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T G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00808423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3495;QD=5.7881;RBI=0.0444887;REFB=0.00922765;REVB=-0.0437481;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413825;STB=0.765061;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0283858;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:15:8:5:2:15:8 chr1 901046 . ACC A 30.46 PASS AF=0.25;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.114982;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=35.4805;QD=4.35177;RBI=0.131083;REFB=-0.0164297;REVB=0.0629438;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637242;STB=0.5;STBP=0.998;TYPE=del;VARB=0.0436892;OID=.;OPOS=901047;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:28:7:28:21:4:3:12:9:30:18:3:3:10:8 chr1 907718 . G A 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0185945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.763;QD=33.9516;RBI=0.0350819;REFB=-0.0114588;REVB=0.0297487;RO=13;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352161;STB=0.519218;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00409305;OID=.;OPOS=907718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:12:18:7:6:12:18:7:6 chr1 909238 . G C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00952112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.528;QD=20.3165;RBI=0.0095254;REFB=-0.031084;REVB=-0.000285717;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171802;STB=0.596445;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0240994;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:5:13:10:9:5:13 chr1 909309 . T C 410.21 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.549;QD=56.58;RBI=0.0276261;REFB=0;REVB=0.022777;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07912e-05;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr1 909363 . A C 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0217911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.029;QD=13.7531;RBI=0.0248414;REFB=-0.00944561;REVB=-0.0119266;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243126;STB=0.61802;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0136268;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:15:15:0.394737:5:10:9:12:5:10:11:12 chr1 909768 . A G 1893.21 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.53793e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.904;QD=61.5677;RBI=0.017063;REFB=0;REVB=-0.017063;RO=0;SAF=38;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2916e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67456e-05;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:84:38:0:0:85:38:0:0 chr1 911595 . A G 557.72 PASS AF=0.458015;AO=50;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.00411491;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.637;QD=17.0297;RBI=0.0287355;REFB=-0.0442097;REVB=-0.0284394;RO=58;SAF=20;SAR=30;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147228;STB=0.596015;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0580585;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:58:71:50:60:0.458015:30:20:32:26:39:21:37:34 chr1 911916 . C T 379.64 PASS AF=0.449438;AO=38;DP=87;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0231723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1009;QD=17.0625;RBI=0.111566;REFB=-0.0186705;REVB=0.109133;RO=49;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351155;STB=0.530958;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0259334;OID=.;OPOS=911916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:49:49:38:40:0.449438:23:15:21:28:25:15:21:28 chr1 914876 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.838;QD=57.3848;RBI=0.045007;REFB=0;REVB=-0.0445872;RO=0;SAF=55;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08492e-05;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:2:55:0:0:2:55:0:0 chr1 914957 . CGGGGGC CCGGGGC,CGGGG,CGGGGC 37.61 PASS AF=0,0.126316,0.0105263;AO=5,13,18;DP=105;FAO=0,12,1;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=0,8,0;FSAR=0,4,1;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.010894,-0.0361177,0.00446794;FXX=0.0306091;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=23.2695,25.1584,11.8347;QD=1.58349;RBI=0.227507,0.228133,0.369798;REFB=-0.0338281,-0.0346104,-0.0535875;REVB=-0.227246,-0.225256,-0.369771;RO=60;SAF=1,9,2;SAR=4,4,16;SRF=36;SRR=24;SSEN=0,0.305263,0.305263;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.405665,0.125352,-0.615629;STB=0.5,0.685011,0.989145;STBP=1,0.208,0.495;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.146887,0.000451284;OID=.,.,.;OPOS=914958,914962,914958;OREF=G,GC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCGGGGC,CGGGG,CGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.126316,0.0105263:5,13,18:105:0,12,1:95:82:0,8,0:0,4,1:37:45:32:60:1,9,2:4,4,16:36:24 chr1 915227 . A G,T 268.92 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=19,2;DP=21;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356521,-0.112594;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=128.505,18.8337;QD=51.2236;RBI=0.0409286,0.119661;REFB=0,0;REVB=0.0201018,0.040514;RO=0;SAF=8,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00127919,-0.0821377;OID=.,.;OPOS=915227,915227;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:21:21:0:0:19,2:20,1:0.952381,0.047619:11,0:8,2:0:0:11,0:9,1:0:0 chr1 948921 . T C 323.29 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0285;QD=53.8817;RBI=0.0182473;REFB=0;REVB=0.0110687;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470729;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr1 949608 . G A 668.9 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.905;QD=62.2231;RBI=0.0397529;REFB=0;REVB=0.0256184;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248977;OID=.;OPOS=949608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 949654 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.73;QD=62.35;RBI=0.0390171;REFB=0;REVB=0.0335124;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354832;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 981931 . A G 134.52 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422228;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1062;QD=44.8382;RBI=0.0853407;REFB=0;REVB=-0.0741638;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149235;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 982994 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0879596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.1939;QD=58.1404;RBI=0.131396;REFB=0;REVB=-0.0976112;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00337941;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr1 984302 . T C 419.49 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0330543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.069;QD=20.2162;RBI=0.0343296;REFB=-0.0389863;REVB=-0.00926997;RO=41;SAF=19;SAR=23;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00990729;STB=0.505492;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0372637;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:23:19:19:22:23:19:19:22 chr1 985098 . AC A 35.3 PASS AF=0.466667;AO=3;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0502167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7569;QD=9.41252;RBI=0.0530035;REFB=-0.0837519;REVB=0.0169602;RO=5;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794084;STB=0.788741;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=0.0941979;OID=.;OPOS=985099;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:3:15:7:15:8:5:2:1:7:35:5:3:0:0:5 chr1 986443 . C T 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631481;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3951;QD=45.9646;RBI=0.082767;REFB=0;REVB=0.0535041;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000387421;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr1 987200 . C G,T 706.63 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,44;DP=46;FAO=2,44;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558062,0.0494467;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.2424,135.52;QD=61.4463;RBI=0.0567208,0.0494472;REFB=0,0;REVB=0.0101448,-0.000231643;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.177769,0.000212385;OID=.,.;OPOS=987200,987200;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:46:46:0:0:2,44:2,44:0.0434783,0.956522:0,21:2,23:0:0:0,21:2,23:0:0 chr1 990280 . C T 375.24 PASS AF=0.433333;AO=36;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.029943;FXX=0.0624935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6387;QD=16.6772;RBI=0.0336336;REFB=-0.0161983;REVB=-0.0153178;RO=44;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226415;STB=0.615325;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0330496;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:51:36:39:0.433333:13:23:18:26:15:24:21:30 chr1 990806 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.332;QD=58.5877;RBI=0.064771;REFB=0;REVB=0.0493822;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201864;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 1026707 . C A 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00841422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.834;QD=15.4091;RBI=0.0166418;REFB=-0.00254991;REVB=0.0143579;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729927;STB=0.54137;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00293499;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:19:15:10:17:19:15 chr1 1078138 . G A 149.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00426984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.091;QD=18.635;RBI=0.00553098;REFB=-0.0149337;REVB=0.00351571;RO=15;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128236;STB=0.564428;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0364074;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:2:14:12:3:2:14:13:3 chr1 1120431 . G A 163.02 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00728223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.055;QD=13.3077;RBI=0.0159212;REFB=-0.00594344;REVB=0.0141582;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174736;STB=0.510193;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0105605;OID=.;OPOS=1120431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:16:15:9:9:16:15 chr1 1147422 . C T 207.18 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.827;QD=48.749;RBI=0.0112377;REFB=0;REVB=-0.00959338;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.48602e-06;OID=.;OPOS=1147422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:1:14:0:0:3:14:0:0 chr1 1149058 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0135242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.932;QD=11.0198;RBI=0.0359324;REFB=-0.0203811;REVB=-0.0332902;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0176247;OID=.;OPOS=1149058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:4:4:1:5:4:4 chr1 1156131 . T A,C 202.12 PASS AF=0.294118,0.705882;AO=4,13;DP=17;FAO=5,12;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223163,0.00135377;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.198,119.53;QD=47.558;RBI=0.0241119,0.00774133;REFB=0,0;REVB=0.00913058,0.00762204;RO=0;SAF=1,6;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.079132,-0.0214232;OID=.,.;OPOS=1156131,1156131;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:17:17:0:0:4,13:5,12:0.294118,0.705882:3,7:1,6:0:0:3,7:2,5:0:0 chr1 1158631 . A G 598.3 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355669;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.977;QD=61.3643;RBI=0.040768;REFB=0;REVB=0.0199254;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02997e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr1 1196863 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.854;QD=33.4285;RBI=0.0251764;REFB=0;REVB=0.016446;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519258;OID=.;OPOS=1196863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 1220954 . G A 2529.38 PASS AF=0.965909;AO=167;DP=178;FAO=170;FDP=176;FR=.;FRO=6;FSAF=100;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0492229;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8992;QD=57.4859;RBI=0.0748623;REFB=-0.136736;REVB=0.0564046;RO=5;SAF=97;SAR=70;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124684;STB=0.502762;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00475616;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:178:176:5:6:167:170:0.965909:70:97:4:1:70:100:4:2 chr1 1222267 . G C 547.38 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.913;QD=59.1765;RBI=0.0164317;REFB=0;REVB=0.0164317;RO=0;SAF=0;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71437e-06;OID=.;OPOS=1222267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:37:0:0:33:37:1:33:0:0:0:37:0:0:0 chr1 1223385 . G C 1043.65 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0665962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.76;QD=54.929;RBI=0.0680375;REFB=-0.234888;REVB=-0.0139303;RO=4;SAF=36;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496981;STB=0.519475;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00230524;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:4:3:72:73:0.960526:36:36:4:0:36:37:3:0 chr1 1226292 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00830859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.948;QD=21.0071;RBI=0.0267581;REFB=-0.0146815;REVB=0.0254355;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140036;STB=0.578864;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0109611;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:7:10:8:11:7:10 chr1 1242468 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0111215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.548;QD=8.24627;RBI=0.0135543;REFB=-0.0218621;REVB=-0.00774803;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0536082;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:8:7:5:2:8:7 chr1 1242707 . A G 52.81 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0740246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8489;QD=21.1231;RBI=0.0862277;REFB=0.00884916;REVB=0.0442219;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00665335;OID=.;OPOS=1242707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr1 1246004 . A G,T 770.47 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=45,2;DP=47;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465118,-0.0101264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.005,209.745;QD=62.8956;RBI=0.0541705,0.0452434;REFB=0,0;REVB=0.0277688,0.0440956;RO=0;SAF=31,0;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00259014,0.110472;OID=.,.;OPOS=1246004,1246004;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:49:0:0:45,2:48,1:0.979592,0.0204082:14,2:31,0:0:0:16,1:32,0:0:0 chr1 1249747 . T G,TG 52.69 PASS AF=0,0.173333;AO=5,11;DP=81;FAO=0,13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=0,5;FSAR=0,8;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00271257,0.100436;FXX=0.0853554;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.7153,14.3504;QD=2.81;RBI=0.081163,0.106099;REFB=-0.0190558,-0.0948093;REVB=-0.0811176,-0.0342004;RO=62;SAF=1,4;SAR=4,7;SRF=24;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220806,-0.0308653;STB=0.5,0.502161;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.189545;OID=.,.;OPOS=1249747,1249748;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:81:75:62:62:5,11:0,13:0,0.173333:4,7:1,4:24:38:0,8:0,5:24:38 chr1 1254436 . A G,T 729.31 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790668,-0.00751364;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.684,151.335;QD=56.1004;RBI=0.025938,0.0140054;REFB=0,0;REVB=0.0247036,0.0118193;RO=0;SAF=27,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00681193,0.100839;OID=.,.;OPOS=1254436,1254436;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:23,0:27,2:0:0:23,0:27,2:0:0 chr1 1254443 . G A 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00585062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.738;QD=54.8825;RBI=0.0249987;REFB=-0.0400579;REVB=0.0243044;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000231162;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chr1 1254465 . G A 295.81 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00898494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.32;QD=20.4005;RBI=0.0229929;REFB=-0.0402022;REVB=0.0211647;RO=26;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156102;STB=0.597092;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0309975;OID=.;OPOS=1254465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:10:21:13:13:10:21:13:14 chr1 1254841 . C G 222.92 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5265;QD=49.5386;RBI=0.108038;REFB=0;REVB=0.0804886;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302033;OID=.;OPOS=1254841;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 1262966 . C T 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7015;QD=51.9026;RBI=0.162747;REFB=0;REVB=0.00734693;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037701;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 1263144 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.154;QD=62.9829;RBI=0.0296148;REFB=0;REVB=0.0282841;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5749e-05;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 1269554 . T C 306.26 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0202362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.376;QD=47.1174;RBI=0.0708247;REFB=-0.0271786;REVB=0.0678721;RO=2;SAF=17;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514717;STB=0.527755;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00128634;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:7:17:2:0:7:17:2:0 chr1 1273116 . A C,G 1171.85 PASS AF=0.0506329,0.949367;AO=3,76;DP=79;FAO=4,75;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=4,29;FSAR=0,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188954,0.0298914;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.648,52.4395;QD=59.3343;RBI=0.0337957,0.0640464;REFB=0,0;REVB=-0.0280199,-0.0566432;RO=0;SAF=3,30;SAR=0,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.153893,-0.00522088;OID=.,.;OPOS=1273116,1273116;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:79:79:0:0:3,76:4,75:0.0506329,0.949367:0,46:3,30:0:0:0,46:4,29:0:0 chr1 1277533 . T C 1023.94 PASS AF=0.947368;AO=72;DP=77;FAO=72;FDP=76;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.010983;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.034;QD=53.8916;RBI=0.0148453;REFB=-0.123604;REVB=0.00998776;RO=3;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358811;STB=0.524993;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00415826;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:77:76:3:4:72:72:0.947368:38:34:0:3:38:34:0:4 chr1 1310074 . C G 404.14 PASS AF=1;AO=16;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.593;QD=55.7434;RBI=0.110156;REFB=0;REVB=0.0664921;RO=1;SAF=14;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031564;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825074;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:16:29:1:2:14:1:0:11:18:0:0 chr1 1361633 . G A 191.55 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.396;QD=47.8886;RBI=0.022657;REFB=0;REVB=0.0214824;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160192;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:13:2:0:0:14:2:0:0 chr1 1361641 . C T 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357072;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.654;QD=47.8077;RBI=0.0364472;REFB=0;REVB=0.00730734;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113198;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr1 1376214 . C G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.732;QD=53.2744;RBI=0.0406827;REFB=0;REVB=0.0367347;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215993;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 1376567 . A G 595.17 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.184;QD=61.0431;RBI=0.0693473;REFB=0;REVB=0.0478796;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192582;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:25:12:0:0:26:13:0:0 chr1 1378173 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.87;QD=53.9112;RBI=0.0511494;REFB=0;REVB=-0.00814969;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120437;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr1 1387764 . G A 263.67 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0205255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.42;QD=13.0208;RBI=0.0209725;REFB=-0.0103928;REVB=0.00430694;RO=49;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763316;STB=0.53794;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0126066;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:50:31:31:0.382716:13:18:25:24:13:18:26:24 chr1 1390875 . C T 149.65 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00482315;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.526;QD=9.65449;RBI=0.0106002;REFB=-0.00848176;REVB=-0.00943941;RO=42;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112796;STB=0.579054;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0181984;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:42:19:20:0.322581:13:6:17:25:14:6:17:25 chr1 1396238 . G T 257.59 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0704509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.999;QD=19.8145;RBI=0.0869351;REFB=-0.0271597;REVB=0.0509351;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127697;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0345068;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:13:14:13:12:13:14:13:12 chr1 1418004 . T C 148.05 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0163798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3838;QD=9.39969;RBI=0.0377098;REFB=-0.0353688;REVB=-0.0339666;RO=41;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236162;STB=0.637366;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0148445;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:41:43:20:20:0.31746:8:12:16:25:8:12:17:26 chr1 1421531 . C A 265.16 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0402834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6098;QD=27.1959;RBI=0.0768815;REFB=-0.0431916;REVB=0.0654829;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173099;STB=0.595665;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0281276;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:14:10:10:5:14:10:10:5 chr1 1423267 . A G 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0131471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5379;QD=16.928;RBI=0.0146075;REFB=-0.0382341;REVB=-0.00636655;RO=12;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116823;STB=0.568059;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.035298;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:2:10:9:3:2:10:9:3 chr1 1425700 . T C 300.55 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0229487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4054;QD=23.1193;RBI=0.0317795;REFB=0.0170561;REVB=0.021984;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156507;STB=0.566622;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0127687;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:22:30:30:0.576923:17:13:13:7:17:13:13:9 chr1 1426003 . G A 153.58 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0560434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.988;QD=21.94;RBI=0.0591022;REFB=-0.0305044;REVB=-0.0187673;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104792;STB=0.558753;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0443809;OID=.;OPOS=1426003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:9:3:6:10:9:3 chr1 1451380 . T C 242.31 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6905;QD=29.3712;RBI=0.0490676;REFB=0.00350715;REVB=-0.018368;RO=11;SAF=18;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394179;STB=0.719776;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00516515;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:4:18:3:8:4:18:3:8 chr1 1458255 . T G 43.46 PASS AF=0.233333;AO=8;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0882781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.427;QD=5.79432;RBI=0.107559;REFB=0.00320939;REVB=-0.0614481;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146666;STB=0.538351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0222858;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:8:7:0.233333:3:5:11:11:3:4:12:11 chr1 1458954 . C T 94.07 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0072414;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.821;QD=9.64769;RBI=0.0241898;REFB=-0.0272027;REVB=-0.0230805;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139316;STB=0.563998;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0607105;OID=.;OPOS=1458954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:39:24:27:12:12:0.307692:6:6:15:9:6:6:16:11 chr1 1479333 . A G 257.17 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6517;QD=51.4343;RBI=0.0943908;REFB=0;REVB=0.0888148;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321916;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:15:20:1:9:6:0:0:14:6:0:0 chr1 1510801 . C T 190.38 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.111;QD=44.7951;RBI=0.0404612;REFB=-0.0261643;REVB=0.0270904;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994734;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:1:0:16:17:1:7:9:1:0:7:10:0:0 chr1 1511104 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4271;QD=55.6556;RBI=0.0268635;REFB=0;REVB=-0.0251743;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386696;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr1 1558792 . T C 85.56 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.019384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.744;QD=11.8014;RBI=0.0196848;REFB=-0.00929601;REVB=-0.00342829;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332324;STB=0.683863;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0146561;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:8:3:10:7:8:3:10:8 chr1 1562437 . C G 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00509694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3811;QD=12.5669;RBI=0.0314018;REFB=-0.0250724;REVB=-0.0309854;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772636;STB=0.545394;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0416301;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:14:12:8:7:14:12 chr1 1588670 . G A 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=44;FWDB=-0.0522004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.054;QD=1.87059;RBI=0.0594639;REFB=-0.0146082;REVB=-0.0284794;RO=70;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530972;STB=0.557406;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0848164;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:70:82:10:10:0.108696:6:4:31:39:6:4:38:44 chr1 1588717 . G A 38.36 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=107;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.0174801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.653;QD=1.42057;RBI=0.0191804;REFB=-0.00256016;REVB=-0.00789514;RO=97;SAF=6;SAR=4;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191383;STB=0.643357;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0222737;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:107:108:97:98:10:10:0.0925926:4:6:42:55:4:6:43:55 chr1 1588737 . C T 31.07 PASS AF=0.0803571;AO=9;DP=112;FAO=9;FDP=112;FR=.;FRO=103;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=60;FWDB=0.00557218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.023;QD=1.10966;RBI=0.00940914;REFB=-0.00143405;REVB=-0.00758174;RO=103;SAF=5;SAR=4;SRF=43;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153131;STB=0.624732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00612666;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:112:112:103:103:9:9:0.0803571:4:5:43:60:4:5:43:60 chr1 1588743 . A T 30.48 PASS AF=0.0789474;AO=9;DP=114;FAO=9;FDP=114;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.0036681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.083;QD=1.06947;RBI=0.0273101;REFB=-0.00202861;REVB=-0.0270627;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150701;STB=0.623535;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0357288;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:114:114:105:105:9:9:0.0789474:4:5:44:61:4:5:44:61 chr1 1597295 . C T 344.83 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0135433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.346;QD=16.6185;RBI=0.0409388;REFB=-0.0400029;REVB=0.0386337;RO=46;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088481;STB=0.549711;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.042652;OID=.;OPOS=1597295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:16:21:22:24:16:21:22:24 chr1 1647814 . T C 245.25 PASS AF=0.267176;AO=35;DP=131;FAO=35;FDP=131;FR=.;FRO=96;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=0.0101602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.563;QD=7.4886;RBI=0.0101669;REFB=-0.00315061;REVB=-0.000366429;RO=95;SAF=29;SAR=6;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463239;STB=0.777497;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00889619;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:95:96:35:35:0.267176:6:29:46:49:6:29:47:49 chr1 1647871 . T C 239.9 PASS AF=0.274194;AO=34;DP=123;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0244042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6581;QD=7.73867;RBI=0.0249073;REFB=-0.0187107;REVB=0.00498062;RO=89;SAF=24;SAR=10;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363971;STB=0.712411;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0588719;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:89:90:34:34:0.274194:10:24:36:53:10:24:37:53 chr1 1650787 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0014025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.849;QD=14.6975;RBI=0.0185109;REFB=-0.0173169;REVB=-0.0184577;RO=30;SAF=17;SAR=3;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329746;STB=0.527445;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0255418;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:30:20:21:0.411765:3:17:25:5:3:18:25:5 chr1 1650797 . A G 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.00336073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.008;QD=11.3455;RBI=0.0294736;REFB=-0.00938696;REVB=-0.0292814;RO=36;SAF=19;SAR=3;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165335;STB=0.607889;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00521905;OID=.;OPOS=1650797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:39:22:22:0.360656:3:19:28:8:3:19:30:9 chr1 1650801 . T C 146.68 PASS AF=0.307692;AO=21;DP=66;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=11;FWDB=-0.00645487;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.124;QD=9.02661;RBI=0.0105353;REFB=-0.00714886;REVB=-0.00832627;RO=42;SAF=17;SAR=4;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817346;STB=0.608573;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0137491;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:45:21:20:0.307692:4:17:32:10:3:17:34:11 chr1 1650807 . T C 343.83 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.0276433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9026;QD=19.1016;RBI=0.0393937;REFB=-0.0345155;REVB=-0.0280662;RO=29;SAF=27;SAR=9;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00933934;STB=0.538441;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0296657;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:36:36:36:0.5:9:27:22:7:9:27:29:7 chr1 1650832 . A G 243.37 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00703364;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.194;QD=12.6425;RBI=0.00940661;REFB=-0.0164008;REVB=0.00624597;RO=47;SAF=22;SAR=7;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15892;STB=0.601675;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.033422;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:7:22:30:17:7:22:30:18 chr1 1650845 . G A 551.13 PASS AF=0.607143;AO=48;DP=81;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0623803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.672;QD=26.2445;RBI=0.0623804;REFB=-0.0592089;REVB=0.000133685;RO=33;SAF=30;SAR=18;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058207;STB=0.521731;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0123844;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:33:33:48:51:0.607143:18:30:23:10:18:33:23:10 chr1 1654058 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0223173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.134;QD=26.6017;RBI=0.0335962;REFB=0.0334751;REVB=0.0251126;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00148921;OID=.;OPOS=1654058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr1 1654064 . A T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00110706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.327;QD=26.6016;RBI=0.0611698;REFB=-0.0188433;REVB=-0.0611598;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00262781;OID=.;OPOS=1654064;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr1 1654065 . AGCG A 65.58 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00957619;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.571;QD=26.2306;RBI=0.00958312;REFB=0.0298543;REVB=-0.00036458;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=-0.0105886;OID=.;OPOS=1654066;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:7:10:8:10:2:5:3:1:1:10:2:5:2:1:1 chr1 1666175 . C T 44.67 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00595828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.539;QD=7.44511;RBI=0.0375063;REFB=-0.0282425;REVB=-0.03703;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.640604;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0548571;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:15:17:7:7:0.291667:5:2:8:7:5:2:8:9 chr1 1684472 . C T 155.24 PASS AF=0.486486;AO=16;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0248435;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0164;QD=16.7823;RBI=0.0503977;REFB=-0.049487;REVB=0.0438489;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301645;STB=0.513498;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0614521;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:16:18:0.486486:7:9:9:8:9:9:10:9 chr1 1823922 . A G 345.32 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296561;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.262;QD=55.2505;RBI=0.0296972;REFB=0;REVB=-0.00156151;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061621;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 1846765 . G A 118.47 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0131462;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.747;QD=12.1512;RBI=0.0360785;REFB=-0.012108;REVB=-0.0335982;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286691;STB=0.666455;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0129608;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:7:7:6:19:7:7:6:19 chr1 1849529 . A G 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0168495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.242;QD=17.2432;RBI=0.0186976;REFB=-0.00356574;REVB=0.00810521;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650418;STB=0.537154;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00567348;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:13:8:12:15:13:8:12:15 chr1 1854109 . A G 146.48 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0109153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.172;QD=17.2332;RBI=0.0394885;REFB=-0.00662841;REVB=-0.0379499;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307288;STB=0.677184;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00916901;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:10:8:12:4:10:8 chr1 1859131 . C T 331.03 PASS AF=0.330709;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=127;FR=.;FRO=85;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00844837;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.984;QD=10.426;RBI=0.0130236;REFB=-0.0089393;REVB=-0.00991162;RO=82;SAF=18;SAR=24;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205519;STB=0.61328;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0203189;OID=.;OPOS=1859131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:82:85:42:42:0.330709:24:18:50:32:24:18:51:34 chr1 1861582 . C T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0185479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.458;QD=20.5428;RBI=0.0243314;REFB=-0.0226893;REVB=-0.0157479;RO=25;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167601;STB=0.509426;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0297869;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:11:13:14:11:11:13:14:11 chr1 1873514 . A G 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0676214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4664;QD=12.7898;RBI=0.102901;REFB=0.00275664;REVB=-0.0775627;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493747;STB=0.78535;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0112135;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:4:10:5:18:4:10:5:18 chr1 1873525 . T C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0397013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7238;QD=14.1955;RBI=0.0404469;REFB=0.0266525;REVB=-0.00773074;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525932;STB=0.800968;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0267026;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:4:18:4:11:4:18 chr1 1875858 . CA GG 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0326333;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.08;QD=22.6785;RBI=0.0326372;REFB=-0.0780661;REVB=0.000508725;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11821;STB=0.567431;STBP=0.546;TYPE=mnp;VARB=0.0231815;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:3:2:6:4:3:2 chr1 1887019 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.32;QD=42.1826;RBI=0.0184382;REFB=0;REVB=0.0153202;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002486;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 1887245 . G A 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00407506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1014;QD=17.8594;RBI=0.0267065;REFB=-0.00976636;REVB=0.0263937;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104131;STB=0.50582;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0124269;OID=.;OPOS=1887245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:17:20:18:16:17:20 chr1 1888193 . C A 269.25 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=0.0130826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.19;QD=11.8352;RBI=0.0154235;REFB=-0.00796254;REVB=0.00816876;RO=58;SAF=8;SAR=24;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231268;STB=0.641415;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0122105;OID=.;OPOS=1888193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:59:32:32:0.351648:24:8:25:33:24:8:26:33 chr1 1896440 . G A 169.26 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0664026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4259;QD=16.5127;RBI=0.0698509;REFB=0.0095972;REVB=0.0216758;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128431;STB=0.574046;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00871457;OID=.;OPOS=1896440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:9:14:13:5:9:14 chr1 1900106 . T C,TCTC 508.87 PASS AF=0.0163934,0.442623;AO=6,53;DP=123;FAO=2,54;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=1,32;FSAR=1,22;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.00376067,-0.00169645;FXX=0.00812942;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=51.6014,199.163;QD=16.6841;RBI=0.0446951,0.0141811;REFB=0.00289623,-0.0172463;REVB=-0.0445366,-0.0140793;RO=62;SAF=1,31;SAR=5,22;SRF=28;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.338016,0.129543;STB=0.558248,0.584489;STBP=0.855,0.127;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0723212,0.0163542;OID=.,.;OPOS=1900106,1900107;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:123:122:62:66:6,53:2,54:0.0163934,0.442623:5,22:1,31:28:34:1,22:1,32:29:37 chr1 1900232 . T C 171.36 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0213328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.072;QD=12.4628;RBI=0.0287967;REFB=0.00173374;REVB=0.0193433;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732019;STB=0.533301;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00176771;OID=.;OPOS=1900232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:34:20:21:0.381818:13:7:11:21:14:7:13:21 chr1 1957037 . T C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0182299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.083;QD=11.3693;RBI=0.0190142;REFB=-0.00529966;REVB=0.00540438;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553037;STB=0.851951;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00483399;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:10:1:9:9:10:1:10:9 chr1 1987993 . T C 97.79 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0222204;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.344;QD=11.8539;RBI=0.0235443;REFB=-0.0191442;REVB=-0.00778385;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0301315;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:11:10:5:7:11:10 chr1 1991014 . A G 450.61 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00817953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.858;QD=21.7159;RBI=0.0263852;REFB=-0.0267385;REVB=-0.0250854;RO=39;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638682;STB=0.535195;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0225894;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:44:44:0.53012:19:25:25:14:19:25:25:14 chr1 2005740 . T C 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8846;QD=53.9012;RBI=0.0519516;REFB=0;REVB=0.0456768;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121668;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 2077466 . GA G 30.93 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0342516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.5978;QD=7.73276;RBI=0.0650051;REFB=-0.0336096;REVB=-0.0552494;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542893;STB=0.82253;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.147901;OID=.;OPOS=2077467;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:6:16:7:16:9:1:6:6:3:30:8:1:5:6:2 chr1 2113818 . C T 177.43 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.00654732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.215;QD=17.3104;RBI=0.028313;REFB=-0.00035387;REVB=-0.0275456;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246046;STB=0.595579;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000390095;OID=.;OPOS=2113818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:18:19:0.463415:5:13:19:2:5:14:19:3 chr1 2144788 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0172907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.108;QD=15.5702;RBI=0.0251445;REFB=-0.0225919;REVB=0.0182559;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.566808;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0203805;OID=.;OPOS=2144788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:5:6:5:6:5:6:5:7 chr1 2144982 . G C,T 737.91 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,44;DP=47;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207363,0.0817367;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.6368,85.0936;QD=61.4921;RBI=0.0332604,0.102903;REFB=0,0;REVB=0.0260051,0.0625156;RO=0;SAF=1,26;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.114748,0.00369899;OID=.,.;OPOS=2144982,2144982;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:47:48:0:0:3,44:3,45:0.0625,0.9375:2,18:1,26:0:0:2,18:1,27:0:0 chr1 2145524 . G A 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.01064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.968;QD=13.4426;RBI=0.0132065;REFB=-0.0176759;REVB=-0.00782315;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0174774;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:6:7:7:3:6:7 chr1 2399119 . A G 325.52 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0025416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.479;QD=17.1324;RBI=0.00398644;REFB=-0.00566587;REVB=0.00307115;RO=39;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195692;STB=0.607375;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00658525;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:41:35:35:0.460526:19:16:26:13:19:16:27:14 chr1 2436052 . C T 210.67 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0262742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.778;QD=19.1516;RBI=0.0469767;REFB=-0.00843231;REVB=0.0389421;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0133762;OID=.;OPOS=2436052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:10:13:10:11:10:13 chr1 2441358 . T C 362.11 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674047;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.091;QD=55.7094;RBI=0.0674107;REFB=0;REVB=0.000899013;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320438;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 2452569 . T C 728.87 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00104878;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2698;QD=53.0087;RBI=0.0151731;REFB=-0.210247;REVB=-0.0151368;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00460238;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:55:2:2:53:53:0.963636:28:25:2:0:28:25:2:0 chr1 2488153 . A G 2275.98 PASS AF=0.875676;AO=161;DP=184;FAO=162;FDP=185;FR=.;FRO=23;FSAF=82;FSAR=80;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00386636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.8;QD=49.2103;RBI=0.00478734;REFB=-0.0209874;REVB=0.00282311;RO=23;SAF=81;SAR=80;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058761;STB=0.50347;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000735574;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:184:185:23:23:161:162:0.875676:80:81:11:12:80:82:11:12 chr1 2488155 . A C 52.78 PASS AF=0.0909091;AO=17;DP=186;FAO=17;FDP=187;FR=.;FRO=170;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=85;FSRR=85;FWDB=-0.12567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.0147;QD=1.12897;RBI=0.129141;REFB=-0.0137632;REVB=-0.0297409;RO=168;SAF=8;SAR=9;SRF=84;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346318;STB=0.526715;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.156752;OID=.;OPOS=2488155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:186:187:168:170:17:17:0.0909091:9:8:84:84:9:8:85:85 chr1 2490898 . C A 400.09 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034876;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.967;QD=57.1559;RBI=0.0385427;REFB=0;REVB=-0.0164075;RO=0;SAF=25;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.18567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169959;OID=.;OPOS=2490898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:2:25:0:0:2:26:0:0 chr1 2490942 . C A 479.63 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8411;QD=56.427;RBI=0.172895;REFB=-0.0537429;REVB=0.0470122;RO=1;SAF=26;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00786896;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:1:0:33:34:1:7:26:1:0:7:27:0:0 chr1 2491205 . C T 1629.51 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00133673;FXX=0.0181802;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.376;QD=60.3523;RBI=0.0102358;REFB=0;REVB=0.0101481;RO=0;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.69741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237094;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:108:108:1:45:63:0:0:45:63:0:0 chr1 2526746 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0106173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.899;QD=15.84;RBI=0.0113101;REFB=-0.0284912;REVB=0.00389771;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0145167;OID=.;OPOS=2526746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:4:4:4:2:4:4:5:2 chr1 2535613 . C A 353.66 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0107974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.247;QD=21.434;RBI=0.0716839;REFB=-0.0218122;REVB=0.0708661;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171634;STB=0.599251;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0305286;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:30:35:36:0.545455:15:20:23:7:16:20:23:7 chr1 2541269 . A G 95.93 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0212126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7636;QD=11.9915;RBI=0.0579948;REFB=0.00123791;REVB=-0.0539762;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283998;STB=0.661457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00339048;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:19:20:12:12:0.375:10:2:7:12:10:2:7:13 chr1 2560882 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00751161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.773;QD=18.1541;RBI=0.076038;REFB=-0.00908343;REVB=0.0756661;RO=25;SAF=16;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227356;STB=0.630408;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00712599;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:5:16:14:11:5:16:14:11 chr1 2560903 . T G 191.22 PASS AF=0.416667;AO=17;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0185989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.916;QD=15.9347;RBI=0.0186144;REFB=-0.0217361;REVB=-0.000758091;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19644;STB=0.642704;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0301998;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:28:28:17:20:0.416667:5:12:15:13:5:15:15:13 chr1 2573199 . A G 1175.5 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301533;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.727;QD=61.0648;RBI=0.0411077;REFB=0;REVB=0.0279396;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61639e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr1 2984087 . C A 404.67 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0894763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.829;QD=47.6085;RBI=0.0946617;REFB=-0.163621;REVB=0.0309001;RO=3;SAF=8;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146183;STB=0.53895;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00603906;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:3:3:30:31:0.911765:22:8:3:0:22:9:2:1 chr1 2985885 . C G 92.1 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0462969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2756;QD=33.4922;RBI=0.158123;REFB=-0.0225976;REVB=-0.151193;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.81244;STB=0.666259;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0204418;OID=.;OPOS=2985885;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:9:0:1:0:9:1:1:0 chr1 3328358 . T C 223.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.31;QD=49.5816;RBI=0.0644386;REFB=0;REVB=0.0170946;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661577;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr1 3352009 . G A 154.14 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=29;FWDB=0.0164694;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.819;QD=13.1185;RBI=0.018749;REFB=-0.00680207;REVB=-0.00896016;RO=30;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397373;STB=0.72086;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.010901;OID=.;OPOS=3352009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:30:30:17:17:0.361702:13:4:1:29:13:4:1:29 chr1 3353890 . A G 1193.62 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118639;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5312;QD=61.2113;RBI=0.0125686;REFB=0;REVB=-0.0041494;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72399e-05;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:76:78:1:50:26:0:0:52:26:0:0 chr1 3353949 . A G 914.92 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0246558;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.898;QD=55.4497;RBI=0.0301973;REFB=-0.0625568;REVB=-0.0174347;RO=2;SAF=22;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00987156;STB=0.505228;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00250864;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:42:22:1:1:42:22:1:1 chr1 3354595 . T C 618.35 PASS AF=0.809524;AO=50;DP=63;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=2.40381e-05;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.616;QD=39.2606;RBI=0.00417187;REFB=-0.161562;REVB=0.00417181;RO=4;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269134;STB=0.568817;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0119158;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:4:12:50:51:0.809524:28:22:1:3:29:22:1:11 chr1 3354615 . T C 723.92 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00715213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.945;QD=59.0957;RBI=0.00733747;REFB=0.00715975;REVB=-0.00163874;RO=2;SAF=16;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552153;STB=0.529399;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-2.28763e-05;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:31:16:2:0:31:16:2:0 chr1 3383898 . A G 817.53 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.66;QD=57.3704;RBI=0.0150313;REFB=0;REVB=-0.012261;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.34874e-06;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:39:18:0:0 chr1 3389727 . C T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.667;QD=60.2261;RBI=0.0159852;REFB=0;REVB=0.00690158;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52986e-05;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr1 3394456 . T C 689.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.899;QD=62.6489;RBI=0.0237479;REFB=0;REVB=-0.00328659;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.03294e-05;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr1 3395039 . G A 621.04 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00447133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.865;QD=59.1465;RBI=0.02127;REFB=-0.0556902;REVB=0.0207948;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000414971;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:18:23:0:1 chr1 3414104 . CC CT,TG 189.76 PASS AF=0.527778,0;AO=16,2;DP=36;FAO=19,0;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.000536771,-0.00877684;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=68.9248,69.3619;QD=21.0847;RBI=0.12121,0.107752;REFB=0.0100998,0.0300979;REVB=-0.121208,-0.107394;RO=16;SAF=6,0;SAR=10,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0596367,-0.468799;STB=0.519979,0.5;STBP=0.805,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0184877,0;OID=.,.;OPOS=3414105,3414104;OREF=C,CC;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:16,2:19,0:0.527778,0:10,2:6,0:5:11:13,0:6,0:6:11 chr1 3416449 . C A 344.05 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0535983;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.439;QD=50.971;RBI=0.109809;REFB=-0.067896;REVB=0.0958391;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00297987;OID=.;OPOS=3416449;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:28:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr1 3417203 . C T 530.33 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=93;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0759846;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2498;QD=22.8098;RBI=0.0790231;REFB=-0.030905;REVB=0.0217022;RO=41;SAF=23;SAR=26;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115879;STB=0.568097;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.033957;OID=.;OPOS=3417203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:43:49:50:0.537634:26:23:25:16:26:24:27:16 chr1 3418391 . C T 545.59 PASS AF=0.42446;AO=58;DP=139;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.072641;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1125;QD=15.7005;RBI=0.0738995;REFB=-0.00490187;REVB=0.01358;RO=79;SAF=29;SAR=29;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846983;STB=0.547962;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.00237973;OID=.;OPOS=3418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:79:80:58:59:0.42446:29:29:46:33:30:29:46:34 chr1 3418427 . GGCCCCCCCA GCCCCCA,GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA 356.04 PASS AF=0,0,0.117647,0.882353,0,0;AO=10,12,3,16,7,3;DP=76;FAO=0,0,8,60,0,0;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8,8,0,0;FSAR=0,0,0,52,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.581266,-0.958375,-0.187167,-0.784257,-0.387471,0.153967;FXX=0.0144907;HRUN=5,5,7,7,7,7;LEN=3,2,3,1,2,1;MLLD=15.2167,7.56041,170.147,6.37368,10.7271,4.73015;QD=20.9432;RBI=0.588156,0.985297,0.18887,0.78452,0.410856,0.288647;REFB=0.128135,0.192699,0.0324818,0.0971418,0.0790548,-0.0667997;REVB=-0.089761,-0.228753,-0.0253036,0.0203067,-0.136636,0.244155;RO=4;SAF=3,0,3,0,0,0;SAR=7,12,0,16,7,3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0.375,0.375,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=0.198514,0,0.782218,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,del,mnp,snp;VARB=0.0377146,0,0.150646,-0.0869509,0,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=3418428,3418428,3418433,3418429,3418435,3418429;OREF=GCC,GC,CCC,C,CA,C;OALT=-,-,ACG,-,AC,G;OMAPALT=GCCCCCA,GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.117647,0.882353,0,0:10,12,3,16,7,3:76:0,0,8,60,0,0:68:0:0,0,8,8,0,0:0,0,0,52,0,0:0:0:42:4:3,0,3,0,0,0:7,12,0,16,7,3:0:4 chr1 3421897 . A G 96.65 PASS AF=0.375;AO=10;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0358879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0328;QD=12.0815;RBI=0.0358992;REFB=-0.0265029;REVB=0.000899938;RO=16;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431396;STB=0.749531;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0504655;OID=.;OPOS=3421897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:16:20:10:12:0.375:9:1:6:10:10:2:10:10 chr1 3425183 . G A 525.56 PASS AF=0.459016;AO=55;DP=124;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0500056;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8323;QD=17.2313;RBI=0.0500821;REFB=-0.0378201;REVB=0.00276678;RO=66;SAF=30;SAR=25;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13286;STB=0.568158;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0377048;OID=.;OPOS=3425183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:66:66:55:56:0.459016:25:30:27:39:26:30:27:39 chr1 3428160 . T G 179.01 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0414812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.308;QD=10.8488;RBI=0.0483568;REFB=-0.00723625;REVB=0.0248534;RO=43;SAF=20;SAR=3;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383045;STB=0.729128;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0144708;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:3:20:27:16:3:20:27:16 chr1 3496479 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.097;QD=56.9383;RBI=0.0365916;REFB=0;REVB=0.0258966;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121643;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr1 3545612 . A G 238.3 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0490644;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.539;QD=28.0356;RBI=0.0490644;REFB=-0.00989029;REVB=3.1516e-05;RO=12;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09362;STB=0.55927;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00789073;OID=.;OPOS=3545612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:12:12:21:22:0.647059:13:8:3:9:13:9:3:9 chr1 3548136 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.151;QD=63.8713;RBI=0.0581714;REFB=0;REVB=0.0146174;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217827;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr1 3607520 . G A 2256.85 PASS AF=0.993333;AO=148;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00316362;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.79;QD=60.1827;RBI=0.0367837;REFB=-0.0824154;REVB=0.0366474;RO=1;SAF=75;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629954;STB=0.503311;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000269921;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:148:149:0.993333:73:75:1:0:74:75:1:0 chr1 3638674 . C T 677.12 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0902261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.108;QD=52.0863;RBI=0.0980198;REFB=-0.118909;REVB=0.0383033;RO=3;SAF=18;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345412;STB=0.526305;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00162681;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:3:2:49:50:0.961538:31:18:2:1:32:18:2:0 chr1 3644715 . C CT,T 645.76 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=6,36;DP=43;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307895,0.0354706;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=251.336,271.924;QD=61.5005;RBI=0.0308122,0.0355038;REFB=0,0;REVB=0.00118194,0.00153475;RO=1;SAF=6,14;SAR=0,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0322556;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0186303,0.000675928;OID=.,.;OPOS=3644716,3644715;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:43:42:1:0:6,36:1,41:0.0238095,0.97619:0,22:6,14:1:0:0,22:1,19:0:0 chr1 3644754 . T C 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00387351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.658;QD=56.9327;RBI=0.0142926;REFB=0;REVB=0.0137577;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41682e-05;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 3649403 . G A 949.49 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.16;QD=58.4304;RBI=0.111278;REFB=0;REVB=0.0808434;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623924;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:31:33:0:1:32:33:0:0 chr1 3649562 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.923;QD=43.4853;RBI=0.0326989;REFB=0;REVB=0.0178727;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470509;OID=.;OPOS=3649562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 3659742 . C T 666.93 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00567822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.007;QD=57.9935;RBI=0.0239911;REFB=0.00215204;REVB=-0.0233094;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.521729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.000183005;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:22:22:0:1:22:22:0:2 chr1 3669201 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.329;QD=62.671;RBI=0.0618773;REFB=0;REVB=0.0601456;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449966;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr1 3669205 . C G 654.82 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434507;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3457;QD=62.3641;RBI=0.0532836;REFB=0;REVB=0.0308412;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756457;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr1 3677933 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.548;QD=59.4289;RBI=0.065598;REFB=0;REVB=0.0501164;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025831;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr1 3703594 . T TC 30.07 PASS AF=0.11215;AO=29;DP=123;FAO=12;FDP=107;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.131875;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.0839;QD=1.12395;RBI=0.132346;REFB=-0.0149574;REVB=-0.0111619;RO=94;SAF=22;SAR=7;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283738;STB=0.627987;STBP=0.373;TYPE=ins;VARB=0.176449;OID=.;OPOS=3703595;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.11215:29:123:12:107:95:8:4:50:45:30:94:22:7:52:42 chr1 3743319 . G A 466.34 PASS AF=1;AO=24;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.917;QD=58.2927;RBI=0.0610528;REFB=0;REVB=0.0283312;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563957;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:24:32:1:14:10:0:0:15:17:0:0 chr1 3745924 . G A 1027.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00188983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1289;QD=57.9127;RBI=0.00633078;REFB=0.0552015;REVB=-0.00604213;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000394814;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:31:39:0:0:31:39:0:1 chr1 3800242 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0178008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.675;QD=14.7986;RBI=0.0230184;REFB=-0.00817862;REVB=0.0145938;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00854201;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:7:6:4:7:7:6 chr1 4772053 . T C 123.13 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0797217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8593;QD=10.4792;RBI=0.0853247;REFB=0.000610034;REVB=-0.0304098;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358301;STB=0.693591;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00405395;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:32:15:15:0.319149:3:12:15:14:3:12:18:14 chr1 4772716 . C T 207.2 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0313095;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6411;QD=14.0472;RBI=0.045433;REFB=0.0300204;REVB=0.0329222;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313493;STB=0.542338;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00814922;OID=.;OPOS=4772716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:32:35:24:24:0.40678:12:12:17:15:12:12:20:15 chr1 4772717 . G A 303.45 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00499984;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.099;QD=19.5772;RBI=0.0277512;REFB=-0.00429957;REVB=0.0272971;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018185;STB=0.501012;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373606;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:16:14:15:17:16:14 chr1 4847845 . G A 228.45 PASS AF=0.583333;AO=15;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.008294;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.607;QD=25.3838;RBI=0.0597663;REFB=-0.0321442;REVB=-0.059188;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113056;STB=0.549248;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0346754;OID=.;OPOS=4847845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:37:36:8:14:15:21:0.583333:2:13:7:1:8:13:7:7 chr1 5937168 . G A 1457.97 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2826;QD=57.7414;RBI=0.0457597;REFB=0.0592862;REVB=0.035966;RO=1;SAF=67;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702819;STB=0.503649;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-7.23797e-05;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:32:67:1:0:32:68:1:0 chr1 5948677 . G A 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.134;QD=57.3932;RBI=0.0247338;REFB=0.00457202;REVB=-0.0204334;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-9.897e-05;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:0:1:14:23:0:1 chr1 6149053 . C T 933.46 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.744;QD=58.341;RBI=0.0524376;REFB=0;REVB=0.0509914;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181067;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:1:0:62:64:1:31:31:0:1:33:31:0:0 chr1 6149122 . G A 768.8 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.445;QD=56.9479;RBI=0.0559123;REFB=0;REVB=0.0462333;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.72119e-05;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 6158562 . A G 1116.61 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.977;QD=60.3575;RBI=0.0260744;REFB=0;REVB=-0.00344934;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114987;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr1 6162054 . T C 218.81 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.045098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5098;QD=39.7844;RBI=0.0451133;REFB=0.0282701;REVB=0.00117424;RO=4;SAF=0;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.855266;STB=0.739383;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0184751;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:4:3:18:19:0.863636:18:0:3:1:18:1:2:1 chr1 6184092 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.383;QD=59.8392;RBI=0.076993;REFB=0;REVB=-0.0768109;RO=0;SAF=31;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418916;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:5:31:0:0:5:31:0:0 chr1 6313938 . C T 789.91 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715637;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.066;QD=64.4825;RBI=0.0137856;REFB=0;REVB=-0.0117826;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103906;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr1 6314822 . T C 769.4 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.328;QD=56.9925;RBI=0.0471611;REFB=0;REVB=0.0448323;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294024;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:30:24:0:0 chr1 6557009 . A C 1075.93 PASS AF=0.536842;AO=103;DP=190;FAO=102;FDP=190;FR=.;FRO=88;FSAF=65;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=0.0148123;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.147;QD=22.6511;RBI=0.0641274;REFB=-0.0237548;REVB=-0.0623933;RO=82;SAF=65;SAR=38;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906568;STB=0.571506;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0156482;OID=.;OPOS=6557009;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:82:88:103:102:0.536842:38:65:43:39:37:65:43:45 chr1 6614535 . G A 137.41 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0243921;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4368;QD=17.1759;RBI=0.0486434;REFB=-0.0217469;REVB=0.0420857;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273825;STB=0.655546;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0259044;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:13:4:8:7:13:4 chr1 6631157 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00569829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0655;QD=16.1722;RBI=0.031098;REFB=0.0026907;REVB=0.0305715;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617758;STB=0.535668;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00569749;OID=.;OPOS=6631157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:6:14:12:4:6:14 chr1 6634693 . T C 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0174437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.03;QD=13.5767;RBI=0.020349;REFB=0.0029783;REVB=0.0104785;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126383;STB=0.574349;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00483773;OID=.;OPOS=6634693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:11:8:4:9:11:8 chr1 6634764 . A G 135.68 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0234479;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.39;QD=9.69151;RBI=0.0242878;REFB=-0.0117523;REVB=0.00633217;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216102;STB=0.627812;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0303201;OID=.;OPOS=6634764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:38:38:18:18:0.321429:7:11:16:22:7:11:16:22 chr1 6634901 . A C 158.97 PASS AF=0.414634;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0319341;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.755;QD=15.5092;RBI=0.0327994;REFB=-0.00966299;REVB=0.00748453;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196948;STB=0.63619;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0131361;OID=.;OPOS=6634901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:23:15:17:0.414634:11:4:10:13:13:4:10:13 chr1 6635231 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000486904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3198;QD=35.5686;RBI=0.0657291;REFB=0;REVB=0.0657273;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00587938;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 6636662 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0350887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.332;QD=12.7389;RBI=0.0351526;REFB=-0.00199369;REVB=0.00211952;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136846;STB=0.583101;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00111614;OID=.;OPOS=6636662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:2:8:7:1:2:8 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 125.79 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00760617;FXX=0.061212;HRUN=2;LEN=9;MLLD=312.536;QD=10.9385;RBI=0.0238228;REFB=-0.00636877;REVB=0.0225759;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957355;STB=0.586872;STBP=0.295;TYPE=del;VARB=0.0085455;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:19:44:20:46:26:10:10:9:17:99:17:10:9:7:10 chr1 6659505 . G A 140.14 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0288078;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.381;QD=19.3295;RBI=0.0296132;REFB=-0.0141533;REVB=0.00685925;RO=14;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515364;STB=0.798426;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0147158;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:15:15:0.517241:13:2:9:5:13:2:9:5 chr1 6693097 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0792101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.586;QD=16.9315;RBI=0.0818417;REFB=0.0150021;REVB=-0.020587;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221412;STB=0.624826;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.00501551;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:1:11:9:3:1:11 chr1 6695244 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.013473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2111;QD=13.959;RBI=0.0258507;REFB=-0.0469528;REVB=-0.0220621;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.042181;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr1 6704635 . A G 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0180706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5746;QD=17.5395;RBI=0.0201101;REFB=0.0391059;REVB=-0.00882441;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146539;STB=0.583229;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-0.0174345;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:12:4:6:9:12:4 chr1 6711146 . T C 146.51 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.068718;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8475;QD=15.8384;RBI=0.0688566;REFB=-0.0267326;REVB=-0.00436599;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102929;STB=0.531874;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0748942;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:5:10:12:9:6:10:12:9 chr1 7723534 . G A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.030856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.362;QD=14.0787;RBI=0.0378776;REFB=-0.0189723;REVB=0.0219685;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129746;STB=0.576783;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0287709;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:4:12:10:2:4:12 chr1 7723957 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.428;QD=21.1692;RBI=0.0145927;REFB=0.00308316;REVB=0.0145927;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291036;OID=.;OPOS=7723957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:7:0:0:3:7:0:0:3 chr1 7811014 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00513412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.957;QD=10.8531;RBI=0.00913785;REFB=-0.0155858;REVB=0.00755918;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739725;STB=0.54309;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0242448;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:10:11:23:16:10:11:23:16 chr1 7870048 . T C 171.99 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0168861;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6733;QD=11.4662;RBI=0.0269845;REFB=-0.000901772;REVB=0.0210482;RO=38;SAF=6;SAR=15;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304709;STB=0.685539;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0102691;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:38:21:22:0.366667:15:6:21:17:16:6:21:17 chr1 7887248 . G A 726.98 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288209;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.552;QD=57.0179;RBI=0.0307029;REFB=0;REVB=0.0105843;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141108;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr1 7887404 . C T 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00249098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.911;QD=10.6991;RBI=0.00626103;REFB=-0.0150487;REVB=-0.00574417;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106184;STB=0.563136;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0397873;OID=.;OPOS=7887404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:8:7:12:20:8:7:12:20 chr1 7887493 . T C 801.75 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.195;QD=57.268;RBI=0.0746672;REFB=0;REVB=0.0746473;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399846;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:25:31:0:0 chr1 7887605 . G A 76.24 PASS AF=0.75;AO=5;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00840392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5222;QD=25.4119;RBI=0.0780309;REFB=-0.0799029;REVB=0.077577;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.636074;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0276264;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:5:9:0.75:3:2:3:0:5:4:3:0 chr1 7889941 . C T 209.09 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0300943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.483;QD=13.7107;RBI=0.0435131;REFB=-0.00910804;REVB=0.031428;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159828;STB=0.591851;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0109988;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:7:18:21:15:7:18:21:15 chr1 7890053 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.010278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.13;QD=4.81086;RBI=0.0294425;REFB=-0.0288627;REVB=-0.0275903;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175337;STB=0.618641;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0801259;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:11:12:4:2:11:12 chr1 7890055 . T A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0506997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.685;QD=4.62989;RBI=0.0669793;REFB=0.00426069;REVB=0.0437694;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199998;STB=0.635901;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0446929;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:12:12:4:2:12:12 chr1 7906476 . G T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0099;QD=48.7337;RBI=0.0394656;REFB=0;REVB=0.0374549;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554103;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr1 7909737 . C T 143.17 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0471616;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5968;QD=11.0129;RBI=0.0503758;REFB=-0.0416181;REVB=0.0177063;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297903;STB=0.653691;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.045073;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:17:18:0.346154:9:8:25:9:9:9:25:9 chr1 7990367 . G A 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00430409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0589;QD=11.6347;RBI=0.0391124;REFB=-0.0355254;REVB=0.0388749;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14995;STB=0.588075;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0356951;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:13:3:3:7:13:3 chr1 8031054 . G A 241.69 PASS AF=0.358025;AO=28;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0143559;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.037;QD=11.9355;RBI=0.0436803;REFB=0.000209062;REVB=0.0412538;RO=52;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123288;STB=0.580149;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=2.40074e-05;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:52:28:29:0.358025:16:12:28:24:17:12:28:24 chr1 8042970 . G T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00476497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.598;QD=11.2568;RBI=0.0107446;REFB=-0.0289927;REVB=-0.00963021;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0477444;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr1 8073430 . AAT A 39.03 PASS AF=0.25;AO=10;DP=50;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.0521943;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=2;MLLD=18.4566;QD=3.25286;RBI=0.0521944;REFB=-0.0423012;REVB=8.30133e-05;RO=34;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.676923;STB=0.844995;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.115378;OID=.;OPOS=8073431;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:50:12:48:36:9:3:8:28:39:34:9:1:10:24 chr1 8390888 . G A 1044.14 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.83;QD=59.6651;RBI=0.0197131;REFB=0;REVB=0.0152044;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08828e-05;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr1 8412935 . C T 416.33 PASS AF=0.472527;AO=38;DP=86;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00642902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.544;QD=18.3002;RBI=0.00687166;REFB=-0.0109698;REVB=0.00242641;RO=40;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152308;STB=0.604797;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.011148;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:91:40:48:38:43:0.472527:25:13:20:20:28:15:26:22 chr1 8412989 . A G 880.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.936;QD=56.8031;RBI=0.0128124;REFB=0;REVB=-0.0113296;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99344e-05;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:33:28:1:0:33:29:0:0 chr1 8418644 . C A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0104805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.786;QD=11.8306;RBI=0.0153122;REFB=-0.0283543;REVB=-0.0111636;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307581;STB=0.683863;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0235924;OID=.;OPOS=8418644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:8:10:3:8:8:10 chr1 8418650 . T C 83.06 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00619944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.449;QD=11.4567;RBI=0.0254303;REFB=-0.0146261;REVB=-0.0246631;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279572;STB=0.683863;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0576783;OID=.;OPOS=8418650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:29:18:18:10:11:0.37931:3:7:8:10:3:8:8:10 chr1 8928125 . G T 232.84 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00390716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.357;QD=23.8815;RBI=0.00697943;REFB=-0.0228085;REVB=-0.00578331;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176194;STB=0.598835;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00961073;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:8:9:16:6:8:9 chr1 9009444 . A C 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0086696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.511;QD=24.2928;RBI=0.00906522;REFB=-0.00625593;REVB=-0.0026488;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481864;STB=0.526854;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00560452;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:4:9:12:7:4:9 chr1 9009451 . G C 194.36 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0129159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0395;QD=24.2946;RBI=0.0327259;REFB=0.0206454;REVB=0.0300694;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481864;STB=0.526854;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0136674;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:4:9:12:7:4:9 chr1 9009470 . G C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00652926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.285;QD=21.7444;RBI=0.0104825;REFB=-0.00773077;REVB=-0.00820074;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101941;STB=0.557303;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0051046;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:3:8:9:6:3:8 chr1 9011586 . T G 850.44 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0389013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.618;QD=55.7667;RBI=0.0593;REFB=-0.096237;REVB=0.0447568;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000975278;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:0:1:57:60:0.983607:25:32:0:0:27:33:1:0 chr1 9011627 . G A 373.53 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0231102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0576;QD=23.3454;RBI=0.0277961;REFB=-0.0243912;REVB=-0.0154447;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368004;STB=0.526849;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0212363;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:16:21:16:10:16:21:17:10 chr1 9011722 . G T 328.62 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273579;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.506;QD=54.7704;RBI=0.0274856;REFB=0;REVB=-0.0026466;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592622;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr1 9165685 . G A 375.23 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0215403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.132;QD=17.4527;RBI=0.0717447;REFB=-0.0110966;REVB=0.0684347;RO=45;SAF=21;SAR=18;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125249;STB=0.568628;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0150462;OID=.;OPOS=9165685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:39:40:0.465116:18:21:30:15:19:21:30:16 chr1 9171238 . G T 701.11 PASS AF=0.413978;AO=77;DP=186;FAO=77;FDP=186;FR=.;FRO=109;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=48;FWDB=0.00179674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9655;QD=15.0776;RBI=0.00549463;REFB=-0.0121241;REVB=-0.00519256;RO=106;SAF=46;SAR=31;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434681;STB=0.522797;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0171977;OID=.;OPOS=9171238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:106:109:77:77:0.413978:31:46:59:47:31:46:61:48 chr1 9323910 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0498331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.747;QD=15.9156;RBI=0.0546677;REFB=-0.00599148;REVB=0.022477;RO=15;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377182;STB=0.521707;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00910817;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:11:2:2:13:11:2:2:13 chr1 9324571 . T C 365.98 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00664543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.51;QD=21.5282;RBI=0.0311221;REFB=-0.00241588;REVB=0.0304043;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016097;STB=0.501193;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00160579;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:19:18:14:16:19:18:15:16 chr1 9416151 . G A 727.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.111;QD=57.0836;RBI=0.050693;REFB=0;REVB=0.0494608;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299075;OID=.;OPOS=9416151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:14:35:0:0:16:35:0:0 chr1 9427842 . A G 886.52 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.692;QD=57.1947;RBI=0.0204957;REFB=0;REVB=0.00433063;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926064;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:33:29:0:0 chr1 9427869 . G A 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.634;QD=64.1504;RBI=0.0648741;REFB=0;REVB=0.0170413;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196148;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 9670834 . C T 472.59 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.00404258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1333;QD=17.5034;RBI=0.0172733;REFB=-0.0137719;REVB=0.0167936;RO=57;SAF=17;SAR=34;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188851;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:34:17:19:38:34:17:19:38 chr1 9787380 . G C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0111558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1471;QD=15.1964;RBI=0.0255272;REFB=-0.0227234;REVB=-0.0229605;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0501558;OID=.;OPOS=9787380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:10:8:6:8:10:8 chr1 9791952 . C T 504.39 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0104625;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.314;QD=21.93;RBI=0.0161465;REFB=-0.00679992;REVB=0.0122982;RO=44;SAF=18;SAR=30;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207789;STB=0.614706;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00517548;OID=.;OPOS=9791952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:44:48:48:0.521739:30:18:27:17:30:18:27:17 chr1 9888202 . C T 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.491;QD=58.1339;RBI=0.026552;REFB=0;REVB=0.00202678;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.95608e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr1 10511589 . T C 673.9 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258637;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.746;QD=62.6882;RBI=0.00480222;REFB=0;REVB=0.00404624;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48096e-06;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 10521569 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00158443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.812;QD=10.8242;RBI=0.0172163;REFB=-0.0341724;REVB=0.0171432;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271811;STB=0.666349;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0373666;OID=.;OPOS=10521569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:10:2:8:15:10:2:8:15 chr1 10521649 . C T 128.11 PASS AF=0.56;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0376927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.727;QD=20.4969;RBI=0.0402704;REFB=-0.0312776;REVB=0.0141763;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00811842;STB=0.536531;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0219314;OID=.;OPOS=10521649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:9:11:14:14:0.56:11:3:2:7:11:3:3:8 chr1 10697842 . G A 157.01 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00659863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.986;QD=16.527;RBI=0.0127708;REFB=-0.0319608;REVB=0.010934;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407305;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0232922;OID=.;OPOS=10697842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:9:12:9:8:9:12 chr1 11008497 . G C 310.78 PASS AF=0.439024;AO=31;DP=76;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.067094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.389;QD=15.16;RBI=0.072505;REFB=-0.026972;REVB=0.0274839;RO=44;SAF=4;SAR=27;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283094;STB=0.53904;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.03406;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:82:44:46:31:36:0.439024:27:4:13:31:27:9:14:32 chr1 11008695 . T C 355.05 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0317396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.088;QD=17.3193;RBI=0.0318306;REFB=-0.0350976;REVB=-0.00240585;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825362;STB=0.548361;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0324665;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:36:38:0.463415:23:13:19:24:24:14:20:24 chr1 11014118 . C T 241.65 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0785565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.04;QD=21.9679;RBI=0.0803759;REFB=-0.0285374;REVB=-0.0170049;RO=20;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909417;STB=0.569315;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0292874;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:6:17:13:7:6:17:13:8 chr1 11015165 . A G 643.73 PASS AF=0.598039;AO=61;DP=104;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0105774;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.171;QD=25.2441;RBI=0.0206302;REFB=-0.00812225;REVB=0.0177123;RO=41;SAF=27;SAR=34;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696412;STB=0.537928;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00653375;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:41:41:61:61:0.598039:34:27:22:19:34:27:22:19 chr1 11082462 . C T 148.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0142755;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7231;QD=24.6957;RBI=0.0752358;REFB=-0.0803521;REVB=-0.073869;RO=8;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133274;STB=0.521711;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0361603;OID=.;OPOS=11082462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:24:8:9:15:15:0.625:11:4:2:6:11:4:2:7 chr1 11087065 . C T 96.38 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0153353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.943;QD=12.8506;RBI=0.0175204;REFB=-0.0183417;REVB=0.00847317;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0285149;OID=.;OPOS=11087065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:12:6:5:7:12:6 chr1 11087524 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0611118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.25;QD=15.6509;RBI=0.0611438;REFB=-0.000929344;REVB=0.00197856;RO=21;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250792;STB=0.646853;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000862767;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:13:3:8:13:13:3:8:13 chr1 11090897 . A G 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0250472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6511;QD=11.3296;RBI=0.034064;REFB=-0.00673141;REVB=0.0230866;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270255;STB=0.661525;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00957404;OID=.;OPOS=11090897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:14:13:10:4:14:13 chr1 11097867 . C T 438.21 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=0.0337264;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.546;QD=15.6505;RBI=0.0364933;REFB=-0.0378129;REVB=-0.0139387;RO=63;SAF=27;SAR=22;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696728;STB=0.53896;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0659352;OID=.;OPOS=11097867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:112:63:63:49:49:0.4375:22:27:39:24:22:27:39:24 chr1 11107310 . G T 587.22 PASS AF=0.392045;AO=66;DP=173;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=50;FSRR=57;FWDB=-0.053133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1921;QD=13.3459;RBI=0.0588688;REFB=-0.0197887;REVB=-0.025346;RO=105;SAF=20;SAR=46;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201669;STB=0.617982;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0362632;OID=.;OPOS=11107310;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:176:105:107:66:69:0.392045:46:20:50:55:49:20:50:57 chr1 11132217 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00693363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.969;QD=18.6418;RBI=0.0124303;REFB=0.0024772;REVB=-0.0103168;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142116;STB=0.568696;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.00245088;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:12:13:9:16:12:13:10:16 chr1 11137426 . G C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0662882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.142;QD=15.8386;RBI=0.0678459;REFB=-0.043971;REVB=0.0144547;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0349257;OID=.;OPOS=11137426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr1 11137617 . C CG 66.95 PASS AF=0.419355;AO=8;DP=35;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.28928;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.6241;QD=8.63888;RBI=0.289633;REFB=-0.05988;REVB=-0.0142903;RO=26;SAF=8;SAR=0;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.717337;STB=0.613308;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0292287;OID=.;OPOS=11137618;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:8:35:13:31:18:10:3:11:7:66:26:8:0:15:11 chr1 11137619 . T G 108.99 PASS AF=0.424242;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.101353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0671;QD=13.2103;RBI=0.101554;REFB=-0.0750454;REVB=0.00638331;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125735;STB=0.507032;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0649129;OID=.;OPOS=11137619;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:33:17:19:12:14:0.424242:3:9:11:6:5:9:12:7 chr1 11137629 . T C 119.08 PASS AF=0.5;AO=10;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00463104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.863;QD=17.0109;RBI=0.00577399;REFB=-0.0162696;REVB=-0.00344855;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214117;STB=0.537988;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0167454;OID=.;OPOS=11137629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:7:14:10:14:0.5:2:8:4:3:5:9:8:6 chr1 11137661 . A G 98.64 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0231385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.927;QD=14.0908;RBI=0.0260759;REFB=-0.0103973;REVB=-0.0120233;RO=15;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518187;STB=0.702737;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0124167;OID=.;OPOS=11137661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:15:16:11:12:0.428571:10:1:7:8:10:2:7:9 chr1 11141187 . C G 213.36 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0419894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.401;QD=44.9173;RBI=0.0821953;REFB=-0.0900429;REVB=0.0706609;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0448437;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:5:13:1:0:5:13:1:0 chr1 11150682 . C T 263.27 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0373822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9442;QD=26.3267;RBI=0.0373826;REFB=-0.00971492;REVB=-0.000188511;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301861;STB=0.516722;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0135041;OID=.;OPOS=11150682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:13:11:8:8:13:11:8:8 chr1 11159823 . T C 448.42 PASS AF=0.418033;AO=48;DP=120;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=0.00397941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.947;QD=14.7021;RBI=0.0291078;REFB=-0.0290226;REVB=-0.0288345;RO=70;SAF=33;SAR=15;SRF=50;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033282;STB=0.50116;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0368966;OID=.;OPOS=11159823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:70:71:48:51:0.418033:15:33:50:20:15:36:50:21 chr1 11166713 . T C 204.95 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0149553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1232;QD=12.8092;RBI=0.0414657;REFB=-0.00579862;REVB=-0.0386749;RO=39;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744837;STB=0.54268;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00677939;OID=.;OPOS=11166713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:12:13:23:16:12:13:23:16 chr1 11167146 . G A 320.54 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0189266;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3373;QD=15.8291;RBI=0.0260979;REFB=-0.0251398;REVB=-0.017969;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217579;STB=0.622718;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0339165;OID=.;OPOS=11167146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:19:27:13:22:19:27 chr1 11171226 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1353;QD=47.822;RBI=0.0338871;REFB=0;REVB=-0.0264198;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102232;OID=.;OPOS=11171226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 11255008 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7538;QD=55.6535;RBI=0.0403395;REFB=0;REVB=0.0391038;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367949;OID=.;OPOS=11255008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 11255026 . C T 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0284876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8698;QD=20.483;RBI=0.0289971;REFB=-0.00859637;REVB=0.00541157;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150655;STB=0.585674;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00802152;OID=.;OPOS=11255026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:6:5:9:5:6:5 chr1 11270895 . A G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0155186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6069;QD=21.5457;RBI=0.0483903;REFB=-0.0231496;REVB=0.0458344;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12611;STB=0.571326;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0230068;OID=.;OPOS=11270895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:4:6:6:8:4:6 chr1 11288758 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.069;QD=55.6559;RBI=0.0358418;REFB=0;REVB=-0.0319229;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000493432;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 11301714 . A G 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.136;QD=62.667;RBI=0.0537373;REFB=0;REVB=-0.00696351;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022031;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr1 11579504 . G C 194.38 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0134519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1711;QD=12.5406;RBI=0.0186761;REFB=-0.0190219;REVB=-0.0129554;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603607;STB=0.548347;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0284305;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:38:24:24:0.387097:12:12:15:19:12:12:16:22 chr1 11589911 . G A 236.69 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0206104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.72;QD=20.144;RBI=0.0221232;REFB=-0.0209499;REVB=0.00804049;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560942;STB=0.531571;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0258822;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:10:14:12:11:10:14 chr1 11710561 . T G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.974;QD=61.3351;RBI=0.0231424;REFB=0;REVB=0.0197743;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121684;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr1 11766424 . C T 279.01 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0248679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.3636;QD=44.6415;RBI=0.0827104;REFB=-0.103322;REVB=0.0788834;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.538428;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0127481;OID=.;OPOS=11766424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:22:23:0.92:11:11:0:1:12:11:0:2 chr1 11810674 . G A 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0209715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.607;QD=21.7449;RBI=0.0483339;REFB=-0.0276317;REVB=0.0435473;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117455;STB=0.575155;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0376392;OID=.;OPOS=11810674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:12:10:6:13:12:10:6:14 chr1 11810691 . C T 213.44 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0498737;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.457;QD=18.5604;RBI=0.050332;REFB=-0.0134483;REVB=-0.0067767;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518891;STB=0.542131;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0174098;OID=.;OPOS=11810691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:21:22:0.478261:12:9:9:15:12:10:9:15 chr1 11810765 . T A 801.29 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.65;QD=57.2351;RBI=0.0233791;REFB=0;REVB=-0.00202621;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.70692e-05;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr1 11810844 . A G 217.49 PASS AF=0.468085;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00609469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.034;QD=18.5096;RBI=0.00683145;REFB=-0.0103767;REVB=0.00308601;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501113;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0180246;OID=.;OPOS=11810844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:21:22:0.468085:14:7:8:16:15:7:8:17 chr1 11826630 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0206425;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=122.761;QD=21.1692;RBI=0.0270585;REFB=0.0736111;REVB=0.0174944;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0037909;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr1 11828237 . CG C,CA 186.89 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,13;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311879,0.0317378;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.043,190.826;QD=46.7233;RBI=0.0928935,0.0380086;REFB=0,0;REVB=0.0875015,-0.0209133;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0113579,0.000987599;OID=.,.;OPOS=11828238,11828238;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:3,13:16:1,15:16:0:1,10:0,5:0:0:5:0:2,9:1,4:0:0 chr1 11828319 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.543;QD=52.6132;RBI=0.0649621;REFB=0;REVB=0.0586118;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349726;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr1 11831615 . C T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.6;QD=60.6063;RBI=0.0429121;REFB=0;REVB=-0.00328268;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000345845;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr1 11832311 . G C 170.55 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0472332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.746;QD=17.4922;RBI=0.0668793;REFB=-0.00913761;REVB=0.0473484;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151842;STB=0.508661;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0109991;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:12:9:8:10:12:9 chr1 11835556 . C T 403.91 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00505964;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.936;QD=21.8328;RBI=0.00537697;REFB=-0.021532;REVB=-0.00181986;RO=33;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062118;STB=0.527014;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0208819;OID=.;OPOS=11835556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:34:40:40:0.540541:20:20:14:19:20:20:15:19 chr1 11836628 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.956;QD=61.3363;RBI=0.0338105;REFB=0;REVB=-0.0100158;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38048e-05;OID=.;OPOS=11836628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 11836670 . C A 98.1 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0170509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.614;QD=14.014;RBI=0.0319407;REFB=-0.0198466;REVB=-0.0270088;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644098;STB=0.563993;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0436206;OID=.;OPOS=11836670;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:28:16:16:10:12:0.428571:5:5:9:7:4:8:9:7 chr1 11836682 . C T 130.53 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0160823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.58;QD=22.7003;RBI=0.0506317;REFB=-0.0372274;REVB=0.0480096;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105825;STB=0.559359;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0107577;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:7:2:5:9:7:2 chr1 11838841 . A G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0206038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.143;QD=13.7203;RBI=0.0254763;REFB=-0.0202784;REVB=-0.0149841;RO=46;SAF=21;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795777;STB=0.554104;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0253539;OID=.;OPOS=11838841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:47:31:31:0.397436:10:21:28:18:10:21:28:19 chr1 11838848 . G T 480.76 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0391417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.488;QD=25.6404;RBI=0.045161;REFB=-0.0211861;REVB=0.0225265;RO=30;SAF=28;SAR=17;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616113;STB=0.533618;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0140001;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:17:28:21:9:17:28:21:9 chr1 11839923 . C T 154.77 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00471987;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.603;QD=12.3819;RBI=0.0120346;REFB=-0.00871627;REVB=-0.0110704;RO=31;SAF=14;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28772;STB=0.681831;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0140101;OID=.;OPOS=11839923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:31:32:18:18:0.36:4:14:17:14:4:14:17:15 chr1 11839966 . G A 285.29 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0823068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3585;QD=20.3776;RBI=0.0879528;REFB=0.00531041;REVB=0.0310046;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059952;STB=0.545424;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00317487;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:10:20:15:10:10:20:15:11 chr1 11839998 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.536;QD=62.6709;RBI=0.0148929;REFB=0;REVB=-0.00076011;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34529e-05;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr1 11844330 . C T 418.48 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.009841;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.487;QD=19.6932;RBI=0.0110261;REFB=-0.0101388;REVB=-0.00497299;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107021;STB=0.553416;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0107633;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:43:42:42:0.494118:19:23:18:24:19:23:19:24 chr1 11845222 . T C 163.0 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0515651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4072;QD=9.18327;RBI=0.0551969;REFB=-0.012938;REVB=-0.019691;RO=48;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583133;STB=0.542334;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0257398;OID=.;OPOS=11845222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:9:13:26:22:9:13:26:23 chr1 11847449 . G A 72.82 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0305203;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5598;QD=7.66573;RBI=0.0584098;REFB=-0.00740056;REVB=0.0498018;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346902;STB=0.521695;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0240037;OID=.;OPOS=11847449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:39:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:16:12:4:6:16:12 chr1 11849447 . A G 441.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.633;QD=56.9675;RBI=0.0486531;REFB=0;REVB=0.0461573;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139933;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 11854457 . G A 471.88 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00109529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.384;QD=55.5149;RBI=0.045573;REFB=-0.0159318;REVB=-0.0455598;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-1.53042e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:14:19:0:0:14:19:0:1 chr1 11884555 . A G 238.97 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.445;QD=50.3104;RBI=0.0207757;REFB=0;REVB=-0.015576;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93859e-05;OID=.;OPOS=11884555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr1 11888589 . TG T,TT 75.95 PASS AF=0.368421,0.105263;AO=10,5;DP=38;FAO=14,4;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6,4;FSAR=8,0;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0437226,0.0416503;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.4115,25.466;QD=7.99461;RBI=0.065196,0.0528125;REFB=-0.0687312,-0.0596156;REVB=-0.0483617,-0.0324717;RO=18;SAF=4,4;SAR=6,1;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.44565,-0.0638684;STB=0.655527,0.996264;STBP=0.158,0.13;TYPE=del,snp;VARB=0.0756753,0.0573655;OID=.,.;OPOS=11888590,11888590;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.105263:10,5:38:14,4:38:20:6,4:8,0:14:6:44:18:4,4:6,1:15:3 chr1 11968230 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0506874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.697;QD=48.6255;RBI=0.0522601;REFB=-0.0849548;REVB=0.0127241;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709088;STB=0.538425;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00111141;OID=.;OPOS=11968230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:16:6:1:0:16:6:1:0 chr1 11968273 . A G 358.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.815;QD=55.0824;RBI=0.0477208;REFB=0;REVB=0.0198261;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164587;OID=.;OPOS=11968273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr1 11968316 . T TA 288.31 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226641;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=225.444;QD=52.4205;RBI=0.0268407;REFB=0;REVB=0.0143794;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-2.26046e-05;OID=.;OPOS=11968317;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:22:22:0:5:17:0:0:4:1:4:16:1:0 chr1 11969917 . A G 212.49 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2069;QD=47.2188;RBI=0.0484758;REFB=0;REVB=0.0126333;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00554489;OID=.;OPOS=11969917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr1 11983205 . CAAA CCGA,GAAC 141.69 PASS AF=0.846154,0.153846;AO=2,2;DP=13;FAO=11,2;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619328,-0.0333669;FXX=0;HRUN=3,6;LEN=2,4;MLLD=164.357,92.1592;QD=43.5964;RBI=0.0914709,0.0964908;REFB=0,0;REVB=0.0673145,0.090538;RO=0;SAF=2,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00753052,-0.0476063;OID=.,.;OPOS=11983206,11983205;OREF=AA,CAAA;OALT=CG,GAAC;OMAPALT=CCGA,GAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:0:0:2,2:11,2:0.846154,0.153846:0,2:2,0:0:0:4,2:7,0:0:0 chr1 12004646 . C T 239.39 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0115623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.99;QD=20.8169;RBI=0.0195408;REFB=-0.0115992;REVB=-0.0157529;RO=23;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276981;STB=0.657384;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0116568;OID=.;OPOS=12004646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:18:5:11:12:18:5:11:12 chr1 12004694 . C T 304.88 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.027368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8346;QD=26.5116;RBI=0.0291917;REFB=-0.0123734;REVB=0.0101563;RO=19;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999618;STB=0.555513;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00824763;OID=.;OPOS=12004694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:20:7:7:12:20:7:7:12 chr1 12009955 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00185558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.694;QD=6.31728;RBI=0.0256213;REFB=-0.00164163;REVB=-0.025554;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235792;STB=0.515114;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00230406;OID=.;OPOS=12009955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:4:4:13:12:4:4:13:12 chr1 12024235 . C T 74.24 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0362255;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5341;QD=14.1414;RBI=0.0625666;REFB=-0.00327642;REVB=0.0510127;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0136145;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:7:5:4:5:7:5 chr1 12034805 . T C 567.1 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0241492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.545;QD=18.5934;RBI=0.0318753;REFB=-0.00934786;REVB=-0.0208051;RO=61;SAF=34;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330042;STB=0.510912;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0111767;OID=.;OPOS=12034805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:61:63:59:59:0.483607:25:34:33:28:25:34:35:28 chr1 12049390 . C T 39.07 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.095899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7596;QD=6.51223;RBI=0.0968798;REFB=0.019393;REVB=-0.0137501;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0162107;OID=.;OPOS=12049390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:15:17:6:6:0.25:4:2:8:7:4:2:10:7 chr1 12056309 . A T 164.37 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0527385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.652;QD=13.6972;RBI=0.0528764;REFB=-0.026039;REVB=-0.00381598;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320342;STB=0.687285;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0442663;OID=.;OPOS=12056309;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:13:5:17:13:13:5:17:13 chr1 12065841 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00262475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.232;QD=17.0592;RBI=0.00780255;REFB=-0.0303094;REVB=-0.00734782;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323357;STB=0.518124;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0286403;OID=.;OPOS=12065841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:15:18:22:16:15:18:22:16 chr1 12082334 . A T 168.63 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0506974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8501;QD=16.0603;RBI=0.0514141;REFB=-0.0193014;REVB=0.00855489;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590993;STB=0.533861;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0256293;OID=.;OPOS=12082334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:16:8:7:11:16:8 chr1 12082461 . C T 109.28 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-4.82455e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.375;QD=14.1005;RBI=0.00651449;REFB=-0.021888;REVB=0.00651431;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904412;STB=0.552988;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0289744;OID=.;OPOS=12082461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:9:4:7:11:9:4:7:11 chr1 12082926 . A G 499.61 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0244959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.996;QD=54.0123;RBI=0.0246758;REFB=-0.0194589;REVB=0.00297438;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00162004;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:1:1:18:17:1:1 chr1 12089142 . C G 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0138394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.943;QD=24.0667;RBI=0.0148551;REFB=0.0218955;REVB=0.00539865;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15703;STB=0.588123;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0049161;OID=.;OPOS=12089142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:6:4:10:6:6:4 chr1 12089163 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0373491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.839;QD=24.0729;RBI=0.0394262;REFB=-0.0300183;REVB=-0.0126281;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114837;STB=0.587653;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0117399;OID=.;OPOS=12089163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:7:6:4:2:7:6:5:2 chr1 12089845 . C T 135.76 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0255098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0575;QD=17.517;RBI=0.0593973;REFB=-0.00505185;REVB=-0.0536403;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414798;STB=0.523777;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00920356;OID=.;OPOS=12089845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:10:6:5:10:10:6 chr1 12089851 . C T 97.16 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00478221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5618;QD=12.9546;RBI=0.0207787;REFB=-0.0224967;REVB=0.0202209;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664552;STB=0.552241;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0351623;OID=.;OPOS=12089851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:5:7:11:6:5:7:12:6 chr1 12089946 . C G 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0218744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.32;QD=11.1052;RBI=0.0466351;REFB=-0.0409479;REVB=-0.0411867;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310426;STB=0.689101;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0282743;OID=.;OPOS=12089946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:4:6:2:5:4:6 chr1 12090154 . C T 226.83 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00783206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.562;QD=21.1001;RBI=0.0220203;REFB=-0.0137902;REVB=0.0205803;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183632;STB=0.603353;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0180178;OID=.;OPOS=12090154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:12:9:14:8:12:9 chr1 12096844 . ACCCCA ACCCCC,CACCCC 203.53 PASS AF=0.487179,0.0512821;AO=15,2;DP=39;FAO=19,2;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=12,1;FSAR=7,1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0543663,0.00502494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=162.224,117.857;QD=20.875;RBI=0.054381,0.00647626;REFB=-0.00871942,-0.00657012;REVB=0.00126296,0.00408557;RO=16;SAF=8,1;SAR=7,1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0300857,0;STB=0.538881,0.549508;STBP=0.665,0.867;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00945907,0.0118472;OID=.,.;OPOS=12096849,12096844;OREF=A,ACCCCA;OALT=C,CACCCC;OMAPALT=ACCCCC,CACCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:18:15,2:19,2:0.487179,0.0512821:7,1:8,1:8:8:7,1:12,1:10:8 chr1 12175729 . C T 566.03 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0258188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.952;QD=53.9072;RBI=0.0474078;REFB=-0.151256;REVB=0.0397604;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.510997;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0019021;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:42:0:3:39:39:0.928571:19:20:0:0:19:20:2:1 chr1 12401868 . A C 181.14 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0304186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.134;QD=12.9388;RBI=0.0305556;REFB=-0.0159621;REVB=-0.00288961;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123128;STB=0.527662;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0285437;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:34:22:22:0.392857:10:12:16:14:10:12:17:17 chr1 12628187 . AT AC,CG 725.9 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=47,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736574,0.00268626;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=164.093,24.6203;QD=55.8382;RBI=0.0613981,0.064951;REFB=0,0;REVB=0.0609546,-0.0648954;RO=0;SAF=30,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000738005,0.0555343;OID=.,.;OPOS=12628188,12628187;OREF=T,AT;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:47,2:50,2:0.961538,0.0384615:17,2:30,0:0:0:19,2:31,0:0:0 chr1 12628459 . G A 635.44 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137489;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6785;QD=61.9943;RBI=0.147212;REFB=0;REVB=0.0526127;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229384;OID=.;OPOS=12628459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr1 12638964 . T C 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0622346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5224;QD=50.4017;RBI=0.0862042;REFB=0;REVB=-0.0596492;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00311295;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 12639168 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.44;QD=48.7373;RBI=0.0580361;REFB=0;REVB=0.0279794;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470635;OID=.;OPOS=12639168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr1 12639309 . G C 721.8 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.111;QD=52.4944;RBI=0.0419734;REFB=-0.00076041;REVB=0.0133608;RO=3;SAF=37;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366748;STB=0.506327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000441087;OID=.;OPOS=12639309;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:55:3:1:52:54:0.981818:15:37:3:0:15:39:1:0 chr1 12776344 . A T 209.65 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0339498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4701;QD=11.811;RBI=0.0339845;REFB=-0.0186695;REVB=0.00153554;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042007;STB=0.517378;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0244319;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:45:26:26:0.366197:14:12:22:22:14:12:22:23 chr1 12779560 . T C 757.25 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.475;QD=60.5801;RBI=0.127256;REFB=0;REVB=0.0645764;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663021;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr1 12779563 . C T 240.7 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0104231;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.314;QD=19.2563;RBI=0.0270015;REFB=0.000167786;REVB=0.0249086;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249641;STB=0.637687;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000308192;OID=.;OPOS=12779563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:25:25:25:0.5:10:15:7:16:10:15:8:17 chr1 12779618 . T C 1046.45 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.184;QD=58.9551;RBI=0.0463854;REFB=0;REVB=0.00742074;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269851;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:39:27:0:0:39:32:0:0 chr1 12785295 . C T 246.85 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0102317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.701;QD=13.5263;RBI=0.0104085;REFB=-0.00844351;REVB=-0.00191029;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964286;STB=0.51759;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0104967;OID=.;OPOS=12785295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:44:29:29:0.39726:13:16:23:18:13:16:23:21 chr1 12785494 . G T 302.65 PASS AF=1;AO=8;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.693;QD=52.6354;RBI=0.0372828;REFB=0;REVB=0.0183779;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886296;OID=.;OPOS=12785494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:8:23:1:5:3:0:0:16:7:0:0 chr1 12799736 . C T 754.72 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.084489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.729;QD=54.889;RBI=0.0853304;REFB=-0.165183;REVB=0.011954;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0017368;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:31:23:0:0:31:23:0:1 chr1 12820870 . T C 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.923;QD=55.6481;RBI=0.0745083;REFB=0;REVB=0.0605065;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318908;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr1 12835168 . C A 350.33 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00324207;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.243;QD=22.9725;RBI=0.0096014;REFB=-0.0123267;REVB=0.00903748;RO=27;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608143;STB=0.506845;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0102011;OID=.;OPOS=12835168;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:26:35:35:0.57377:14:21:16:11:14:21:16:10 chr1 12835868 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00717524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.921;QD=15.6262;RBI=0.00919899;REFB=-0.0185016;REVB=-0.00575651;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247031;STB=0.651426;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0298245;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:7:12:10:16:7:12:10:17 chr1 12837634 . T A 439.27 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0361894;FXX=0.0480723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.506;QD=17.7484;RBI=0.0871538;REFB=-0.00391887;REVB=-0.079285;RO=51;SAF=20;SAR=27;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205232;STB=0.608632;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0028285;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:99:51:52:47:47:0.474747:27:20:33:18:27:20:33:19 chr1 12854428 . C T 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00757194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.004;QD=35.4875;RBI=0.0233186;REFB=0.00428506;REVB=0.022055;RO=2;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824044;STB=0.545388;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00115416;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:10:3:0:2:10:3:0:2 chr1 12854530 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000631123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8354;QD=39.2065;RBI=0.0765183;REFB=0;REVB=0.0765157;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265817;OID=.;OPOS=12854530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 12854544 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.882;QD=35.5759;RBI=0.00885331;REFB=0;REVB=0.000763735;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159258;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr1 12855835 . C G 106.2 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.25798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.5818;QD=38.6179;RBI=0.263732;REFB=0;REVB=0.0547782;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247734;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:1:0:9:11:1:4:5:1:0:5:6:0:0 chr1 12855878 . A C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00215475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.991;QD=21.168;RBI=0.00564165;REFB=-0.0539861;REVB=0.00521395;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0274406;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr1 12856010 . C G 265.42 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0363689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3222;QD=17.9944;RBI=0.0786312;REFB=-0.00429348;REVB=-0.069715;RO=30;SAF=28;SAR=1;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444784;STB=0.759926;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00662608;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:1:28:25:5:1:28:25:5 chr1 12856106 . A G 39.16 PASS AF=0.137931;AO=7;DP=57;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0574617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.409;QD=2.7004;RBI=0.0762997;REFB=-0.00971225;REVB=-0.0501975;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245088;STB=0.557889;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0560902;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:57:58:49:50:7:8:0.137931:3:4:27:22:3:5:28:22 chr1 12856111 . C T 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0223434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.356;QD=8.46434;RBI=0.0232324;REFB=-0.0126395;REVB=0.00636546;RO=37;SAF=11;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359066;STB=0.710307;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0360623;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:4:11:16:21:4:11:17:21 chr1 12856146 . G A 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0176879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.318;QD=5.21556;RBI=0.0324796;REFB=-0.00342464;REVB=-0.0272408;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473602;STB=0.7992;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00967903;OID=.;OPOS=12856146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:5:16:2:4:5:16 chr1 12887549 . T C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3678;QD=57.1983;RBI=0.0783097;REFB=0;REVB=-0.0461521;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00245684;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 12907379 . T C 254.0 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0113387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.19;QD=21.6173;RBI=0.0396363;REFB=-0.00867162;REVB=-0.0379799;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151156;STB=0.573132;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00968922;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:13:11:14:8:13:11:14:9 chr1 12907449 . C G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0222854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.576;QD=21.7448;RBI=0.0310989;REFB=-0.041142;REVB=-0.0216911;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0384877;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:9:7:10:9:9:7 chr1 12907496 . T C 100.96 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0327575;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.522;QD=14.9576;RBI=0.0345618;REFB=-0.0342325;REVB=0.0110212;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0252644;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:15:13:12:0.444444:8:5:7:6:7:5:8:7 chr1 12907507 . CT TC 103.67 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0274883;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.4711;QD=17.2778;RBI=0.0634278;REFB=-0.031635;REVB=0.0571618;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=mnp;VARB=0.0514261;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:9:11:12:13:0.541667:7:5:5:4:8:5:7:4 chr1 12907532 . A AC 89.13 PASS AF=0.6875;AO=2;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.011556;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=173.198;QD=22.2833;RBI=0.0126366;REFB=-0.000497822;REVB=-0.00511303;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521257;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=ins;VARB=0.000665433;OID=.;OPOS=12907533;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:2:17:11:16:5:4:7:2:3:28:14:0:2:6:8 chr1 12907533 . T C 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0155164;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.039;QD=19.3675;RBI=0.0209045;REFB=-0.00909196;REVB=-0.0140087;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0152937;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:17:7:7:10:10:0.588235:6:4:2:5:6:4:2:5 chr1 12907633 . G A 282.78 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.009669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7185;QD=29.0033;RBI=0.0121439;REFB=-0.0152934;REVB=0.00734739;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267224;STB=0.646475;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0102184;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:2:12:11:14:2:12 chr1 12907762 . T C 560.97 PASS AF=0.453846;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.000691443;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.636;QD=17.2605;RBI=0.00348918;REFB=-0.0114269;REVB=-0.00341999;RO=70;SAF=25;SAR=34;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00944226;STB=0.508562;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0138211;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:70:71:59:59:0.453846:34:25:29:41:34:25:29:42 chr1 12907777 . T C 907.35 PASS AF=0.585714;AO=82;DP=140;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0185933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7435;QD=25.9242;RBI=0.0315688;REFB=-0.0243799;REVB=0.0255123;RO=56;SAF=35;SAR=47;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260507;STB=0.505526;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0128264;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:56:58:82:82:0.585714:47:35:22:34:47:35:24:34 chr1 12907798 . A C 56.62 PASS AF=0.101351;AO=15;DP=147;FAO=15;FDP=148;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0324047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.921;QD=1.53028;RBI=0.0324055;REFB=-0.00187358;REVB=-0.000218562;RO=132;SAF=5;SAR=10;SRF=62;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166996;STB=0.623088;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0265671;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:147:148:132:133:15:15:0.101351:10:5:62:70:10:5:62:71 chr1 12907802 . CC TT 57.42 PASS AF=0.10274;AO=15;DP=146;FAO=15;FDP=146;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=-0.030818;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=2;MLLD=194.813;QD=1.57325;RBI=0.031501;REFB=-0.00419059;REVB=-0.00652395;RO=129;SAF=5;SAR=10;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153503;STB=0.622474;STBP=0.349;TYPE=mnp;VARB=0.03419;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:146:146:129:131:15:15:0.10274:10:5:59:70:10:5:61:70 chr1 12907837 . C T 128.01 PASS AF=0.165517;AO=23;DP=144;FAO=24;FDP=145;FR=.;FRO=121;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0104875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.882;QD=3.53121;RBI=0.0106175;REFB=-0.000715614;REVB=-0.0016567;RO=121;SAF=11;SAR=12;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749405;STB=0.531009;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00229078;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:121:121:23:24:0.165517:12:11:65:56:12:12:65:56 chr1 12907843 . T G 88.68 PASS AF=0.137681;AO=19;DP=138;FAO=19;FDP=138;FR=.;FRO=119;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=0.000581588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.291;QD=2.57053;RBI=0.0510203;REFB=-0.00581615;REVB=-0.051017;RO=117;SAF=9;SAR=10;SRF=64;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920775;STB=0.555076;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0375159;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:138:138:117:119:19:19:0.137681:10:9:64:53:10:9:64:55 chr1 12907848 . G C 60.89 PASS AF=0.111111;AO=15;DP=135;FAO=15;FDP=135;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=55;FWDB=-0.0255169;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.693;QD=1.80429;RBI=0.0299412;REFB=0.000788563;REVB=-0.015664;RO=118;SAF=9;SAR=6;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713346;STB=0.552799;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00612262;OID=.;OPOS=12907848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:135:135:118:120:15:15:0.111111:6:9:64:54:6:9:65:55 chr1 12907885 . T C 343.79 PASS AF=0.318841;AO=44;DP=138;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0108931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.345;QD=9.96487;RBI=0.0119786;REFB=-0.00754624;REVB=-0.00498269;RO=94;SAF=31;SAR=13;SRF=48;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240492;STB=0.64034;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0115962;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:94:94:44:44:0.318841:13:31:48:46:13:31:48:46 chr1 12908080 . C T 61.88 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0809283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4305;QD=7.28005;RBI=0.11378;REFB=0.000182956;REVB=0.0799784;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152022;STB=0.594396;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00999518;OID=.;OPOS=12908080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:8:17:5:4:8:17 chr1 12918891 . A C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00673598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.493;QD=18.9485;RBI=0.00984641;REFB=-0.0135732;REVB=-0.0071818;RO=27;SAF=23;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3373;STB=0.690997;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0102027;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:5:23:14:13:5:23:14:13 chr1 12919064 . T G 330.63 PASS AF=0.48;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.014768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.103;QD=17.6337;RBI=0.01818;REFB=-0.0253259;REVB=0.0106028;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948535;STB=0.550534;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.021776;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:35:36:0.48:21:14:19:19:21:15:20:19 chr1 12919111 . G A 236.12 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0633887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2097;QD=17.49;RBI=0.0646109;REFB=-0.00795576;REVB=0.0125076;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118443;STB=0.575014;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00770959;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:12:14:11:16:12:14:11:17 chr1 12919872 . T G 546.76 PASS AF=0.644737;AO=49;DP=76;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00870206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.641;QD=28.7767;RBI=0.02008;REFB=-0.0362921;REVB=0.0180964;RO=27;SAF=25;SAR=24;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187752;STB=0.5102;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.013837;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:27:49:49:0.644737:24:25:13:14:24:25:13:14 chr1 12919891 . G T 463.95 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0135025;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.094;QD=27.2909;RBI=0.0174559;REFB=-0.00926831;REVB=-0.0110631;RO=23;SAF=22;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769688;STB=0.540965;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00590561;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:23:25:43:43:0.632353:21:22:9:14:21:22:10:15 chr1 12919934 . A G 534.22 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0452455;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7958;QD=28.8768;RBI=0.0452735;REFB=-0.0104858;REVB=0.00159211;RO=26;SAF=26;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101335;STB=0.555033;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00989556;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:26:26:48:48:0.648649:22:26:10:16:22:26:10:16 chr1 12921127 . A G 279.31 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0054511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.376;QD=18.9362;RBI=0.00548251;REFB=0.00554236;REVB=-0.000586024;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755164;STB=0.542183;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00182476;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:16:13:11:19:16:13 chr1 12921332 . TG CA,CG 61.76 PASS AF=0.208333,0.166667;AO=5,4;DP=24;FAO=5,4;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2,2;FSAR=3,2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00959413,-0.0164557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=137.482,67.4453;QD=10.2937;RBI=0.0515124,0.02384;REFB=-0.00822812,-0.012899;REVB=0.0506111,0.0172498;RO=15;SAF=2,2;SAR=3,2;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.260866,0.360561;STB=0.66611,0.735923;STBP=0.512,0.446;TYPE=mnp,snp;VARB=0.021676,0.0569858;OID=.,.;OPOS=12921332,12921332;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:24:24:15:15:5,4:5,4:0.208333,0.166667:3,2:2,2:3:12:3,2:2,2:3:12 chr1 13001312 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0383197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.221;QD=19.0003;RBI=0.0389083;REFB=-0.00236717;REVB=-0.00674214;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212378;STB=0.619587;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00198761;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:13:4:8:9:13:4 chr1 13052789 . G A 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0404112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.108;QD=16.9233;RBI=0.050116;REFB=-0.0125703;REVB=-0.0296402;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219515;STB=0.623572;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0113672;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:10:20:15:19:10:20:15:19 chr1 13052871 . C T 527.02 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0279695;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.832;QD=21.5108;RBI=0.0303745;REFB=-0.0301407;REVB=-0.0118455;RO=47;SAF=30;SAR=20;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172081;STB=0.59996;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0287059;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:20:30:19:28:20:30:19:29 chr1 13052907 . T C 1490.24 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275867;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.414;QD=59.6098;RBI=0.0279834;REFB=0;REVB=-0.00469484;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69169e-05;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:53:46:0:0:53:47:0:0 chr1 13183439 . T C 1500.69 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570351;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.135;QD=63.8593;RBI=0.0104602;REFB=0;REVB=0.00876841;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91621e-05;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:38:56:0:0:38:56:0:0 chr1 13183472 . G A 392.18 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0125765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9907;QD=14.3918;RBI=0.0787996;REFB=0.00140052;REVB=0.0777895;RO=64;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138556;STB=0.566122;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000939782;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:63:45:46:0.422018:20:25:27:37:21:25:27:36 chr1 13183492 . T C 138.52 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=96;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0136977;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.735;QD=5.83222;RBI=0.0220302;REFB=-0.0048076;REVB=-0.0172541;RO=72;SAF=5;SAR=16;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315461;STB=0.699252;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0423552;OID=.;OPOS=13183492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:72:74:21:21:0.221053:16:5:34:38:16:5:35:39 chr1 13183511 . T C 268.55 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0316735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.517;QD=11.6759;RBI=0.0391621;REFB=-0.0141189;REVB=-0.0230316;RO=60;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784628;STB=0.54524;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0294353;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:60:32:32:0.347826:17:15:24:36:17:15:24:36 chr1 13183528 . A C 194.25 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0266738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.206;QD=10.2238;RBI=0.0295027;REFB=-0.00713915;REVB=-0.0126064;RO=50;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682099;STB=0.545995;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0196781;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:50:51:24:25:0.328947:13:11:20:30:13:12:21:30 chr1 13183532 . CC TT 167.6 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0287083;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.892;QD=10.1574;RBI=0.0305537;REFB=-0.00483709;REVB=-0.0104576;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818651;STB=0.547784;STBP=0.624;TYPE=mnp;VARB=0.0143324;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:15:29:13:9:15:29 chr1 13183567 . C T 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0411676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1902;QD=4.55551;RBI=0.0475704;REFB=-0.0104961;REVB=-0.0238364;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467781;STB=0.803456;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0515617;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:2:5:9:21:2:5:9:21 chr1 13183573 . G T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0297147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.763;QD=4.30384;RBI=0.0299208;REFB=-0.00394271;REVB=0.00350557;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233843;STB=0.65578;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.022414;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:8:18:3:3:8:18 chr1 13183578 . G C 307.62 PASS AF=0.83871;AO=23;DP=28;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0691699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.669;QD=39.6933;RBI=0.0699197;REFB=-0.0430825;REVB=0.0102128;RO=5;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364208;STB=0.517228;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0144972;OID=.;OPOS=13183578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:28:31:5:5:23:26:0.83871:16:7:2:3:18:8:2:3 chr1 13183615 . T C 175.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.745;QD=46.821;RBI=0.041239;REFB=0;REVB=0.0305109;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15086e-05;OID=.;OPOS=13183615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 13448283 . A G 487.68 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156013;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.994;QD=59.1125;RBI=0.0433427;REFB=0;REVB=0.0433146;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251586;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr1 13448351 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.762;QD=51.1827;RBI=0.065116;REFB=0;REVB=0.0574543;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016924;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 13474934 . G A 95.32 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.017479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.204;QD=34.6614;RBI=0.237504;REFB=-0.0434269;REVB=0.23686;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0118278;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:7:3:0:0:7:3:0:1 chr1 13474951 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.908;QD=47.8216;RBI=0.0216976;REFB=0;REVB=-0.0211375;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77948e-05;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 13474974 . G A 465.73 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.493;QD=58.2161;RBI=0.0713197;REFB=0;REVB=0.0695758;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188456;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:13:13:0:0:19:13:0:0 chr1 13695787 . C G 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00233629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.754;QD=48.6087;RBI=0.00234078;REFB=0.0747223;REVB=-0.000144967;RO=2;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422244;STB=0.52271;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00445774;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:21:5:0:2:21:5:0:2 chr1 13695816 . G A 734.5 PASS AF=1;AO=36;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.977;QD=63.8692;RBI=0.0556997;REFB=0;REVB=0.0554104;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403101;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:36:46:1:20:16:0:0:30:16:0:0 chr1 13716842 . G A 239.41 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.707;QD=50.4032;RBI=0.0102468;REFB=0;REVB=-0.00148382;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69413e-05;OID=.;OPOS=13716842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr1 13716855 . T C 340.75 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.985;QD=54.5195;RBI=0.0767317;REFB=0;REVB=0.0143557;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181073;OID=.;OPOS=13716855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:20:25:1:15:5:0:0:16:9:0:0 chr1 13802325 . T C 754.04 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.283;QD=56.9088;RBI=0.0633119;REFB=0;REVB=0.0122021;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195511;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr1 13802437 . G A 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0365959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.052;QD=21.4061;RBI=0.0401543;REFB=-0.0352281;REVB=0.0165259;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10172;STB=0.556415;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0280819;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:21:11:12:14:21:11:12:14 chr1 13910417 . C T 357.53 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387726;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=194.621;QD=49.3148;RBI=0.0448016;REFB=-0.0905619;REVB=0.0224469;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.524982;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000566295;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:0:2:27:27:0.931034:19:8:0:0:19:8:0:2 chr1 13940864 . C G 1103.28 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216665;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.404;QD=60.4539;RBI=0.00363903;REFB=0;REVB=0.00292373;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42273e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr1 13944236 . C CTT 271.52 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352573;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.4099;QD=45.2528;RBI=0.0773387;REFB=0;REVB=0.0688346;RO=1;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000463841;OID=.;OPOS=13944237;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:25:24:24:0:17:7:0:0:5:1:16:5:0:1 chr1 14106394 . A ACTC 45.13 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00161466;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=158.7;QD=7.84913;RBI=0.010953;REFB=-0.0135852;REVB=-0.0108333;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=ins;VARB=0.028797;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:6:23:7:23:16:3:4:9:7:45:17:3:3:9:8 chr1 14143003 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.566;QD=63.2867;RBI=0.0183078;REFB=0;REVB=0.0154883;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07882e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr1 14149622 . T C 393.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.743;QD=56.2207;RBI=0.0347367;REFB=0;REVB=-0.0231533;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24448e-05;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:14:13:0:0:15:13:0:0 chr1 14150709 . C T 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.854;QD=58.6226;RBI=0.047922;REFB=0.0192878;REVB=0.0455859;RO=1;SAF=42;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111607;STB=0.505881;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=2.51615e-05;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:58:42:1:0:58:42:1:0 chr1 14150714 . G A 1406.86 PASS AF=0.961165;AO=98;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0659948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3683;QD=54.6353;RBI=0.100903;REFB=-0.134497;REVB=0.0763295;RO=4;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142675;STB=0.51754;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0179985;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:103:103:4:4:98:99:0.961165:55:43:1:3:55:44:0:4 chr1 14150740 . G T 874.87 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0121477;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.275;QD=53.8383;RBI=0.0258872;REFB=-0.256116;REVB=0.02286;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521732;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00297073;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:65:0:3:61:62:0.953846:32:29:0:0:33:29:0:3 chr1 14150992 . T C 1081.43 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.931;QD=60.0797;RBI=0.0490129;REFB=0;REVB=0.0483149;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09105e-05;OID=.;OPOS=14150992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:36:34:0:0:38:34:0:0 chr1 14220186 . A G 353.74 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0107387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.696;QD=18.6178;RBI=0.0137129;REFB=-0.0156041;REVB=0.00852793;RO=38;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1113;STB=0.568928;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0195639;OID=.;OPOS=14220186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:22:15:20:18:22:15:21:18 chr1 14450771 . G A 259.38 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00910464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.285;QD=14.0204;RBI=0.0270454;REFB=-0.0102436;REVB=-0.0254668;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888048;STB=0.54693;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0128177;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:39:44:30:30:0.405405:18:12:19:20:18:12:21:23 chr1 14507057 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0245724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=15.8821;RBI=0.024744;REFB=-0.00233803;REVB=0.00290836;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224072;OID=.;OPOS=14507057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr1 15438990 . G A 313.83 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0167389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.2862;QD=19.0198;RBI=0.0167574;REFB=-0.0553408;REVB=0.000788516;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132649;STB=0.573669;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0455174;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:15:19:13:19:15:19:13:19 chr1 15441090 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0261957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.715;QD=12.791;RBI=0.0332876;REFB=-0.0132179;REVB=-0.0205389;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229769;STB=0.513494;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0207512;OID=.;OPOS=15441090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:11:12:7:7:11:12 chr1 15495110 . A G 174.48 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0209041;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.141;QD=11.6318;RBI=0.029594;REFB=-0.00224607;REVB=-0.0209481;RO=39;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258853;STB=0.642735;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00456003;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:38:22:22:0.366667:12:10:27:12:12:10:26:12 chr1 15497727 . T C 575.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.413;QD=60.6195;RBI=0.0189626;REFB=0;REVB=0.0153304;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144056;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr1 15546077 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0181527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.095;QD=18.2487;RBI=0.0291305;REFB=-0.00180097;REVB=-0.022783;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991777;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00151644;OID=.;OPOS=15546077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:6:6:8:5:6:6 chr1 15687059 . A G 152.9 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0125819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5877;QD=13.5913;RBI=0.0205187;REFB=-0.0030856;REVB=-0.0162085;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178843;STB=0.594481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0027496;OID=.;OPOS=15687059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:27:28:17:17:0.377778:11:6:14:13:11:6:14:14 chr1 15708540 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0208948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.1;QD=10.6348;RBI=0.0287362;REFB=-0.00205343;REVB=-0.0197276;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912387;STB=0.555414;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00537796;OID=.;OPOS=15708540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:7:6:3:5:7:6 chr1 15710411 . G C 52.33 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0742715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7359;QD=6.54106;RBI=0.10696;REFB=-0.0248173;REVB=-0.0769693;RO=24;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465288;STB=0.806805;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0722655;OID=.;OPOS=15710411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:7:1:11:13:7:1:11:13 chr1 15714842 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.108671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8875;QD=16.1991;RBI=0.120083;REFB=0.0497437;REVB=-0.0510921;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0465208;OID=.;OPOS=15714842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr1 15723843 . G A 233.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0370585;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.224;QD=14.1336;RBI=0.0371798;REFB=-0.017899;REVB=-0.0030012;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265774;STB=0.508975;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0272226;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:17:10:15:23:17:10:15:24 chr1 15754484 . T C 888.79 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00684074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.543;QD=56.4309;RBI=0.042374;REFB=-0.154027;REVB=0.0418182;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241918;STB=0.512191;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000387101;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:42:19:1:0:42:20:1:0 chr1 15788269 . A C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9323;QD=63.5804;RBI=0.0280702;REFB=0;REVB=0.024652;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105246;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr1 15808198 . C T 912.0 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0514231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.428;QD=55.2725;RBI=0.0753274;REFB=-0.114565;REVB=-0.0550443;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377378;STB=0.519994;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00152784;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:40:24:2:0:40:24:2:0 chr1 15808767 . G A 683.02 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00403442;FXX=0.0384541;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.205;QD=54.6416;RBI=0.0342958;REFB=0.0163286;REVB=0.0340576;RO=1;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154304;STB=0.508193;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-5.98718e-05;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:19:30:1:0:19:30:1:0 chr1 15808872 . G A 848.78 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.887;QD=55.6578;RBI=0.0363247;REFB=-0.0252058;REVB=0.0157341;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=7.78346e-05;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:29:30:0:1:30:30:0:1 chr1 15809876 . G A 177.33 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531288;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.43;QD=47.2876;RBI=0.0571718;REFB=0;REVB=0.0211175;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581095;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr1 15812432 . A G 834.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.656;QD=57.5438;RBI=0.0112315;REFB=0;REVB=-0.00696546;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02514e-05;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr1 15832543 . T C 768.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404057;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3307;QD=64.033;RBI=0.0496505;REFB=0;REVB=0.0288541;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89739e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr1 15844615 . A G 970.77 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0344288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2618;QD=55.4726;RBI=0.0617358;REFB=-0.134091;REVB=0.0512442;RO=2;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201037;STB=0.510414;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00255075;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:70:2:2:67:68:0.971429:46:21:0:2:47:21:0:2 chr1 15850613 . G A 727.7 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.1357;QD=63.2778;RBI=0.0407499;REFB=0;REVB=0.0282884;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298281;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:13:32:0:0:13:33:0:0 chr1 15904246 . G A 83.98 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00843539;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.58;QD=9.07908;RBI=0.0421875;REFB=-0.0228872;REVB=0.0413356;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366072;STB=0.522348;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0270934;OID=.;OPOS=15904246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:26:26:11:11:0.297297:5:6:15:11:5:6:15:11 chr1 15909850 . C G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.218;QD=62.9811;RBI=0.0299004;REFB=0;REVB=0.0293667;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147436;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:13:32:0:0:13:32:0:0 chr1 16096932 . G GT 197.29 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.6606;QD=37.5799;RBI=0.237514;REFB=0;REVB=0.237189;RO=18;SAF=3;SAR=1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500331;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0179903;OID=.;OPOS=16096933;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:22:21:21:0:7:14:0:0:4:18:3:1:5:13 chr1 16096934 . C T 175.13 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.056139;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=27.8411;QD=33.3581;RBI=0.0917725;REFB=-0.0752315;REVB=0.0725989;RO=4;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211686;STB=0.618896;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0297185;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:21:4:4:16:17:0.809524:12:4:3:1:13:4:3:1 chr1 16256007 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0398656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.231;QD=18.767;RBI=0.0401158;REFB=-0.0107311;REVB=0.00447333;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.66617;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00688891;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:3:0:3:3:3:0 chr1 16259813 . A G 175.96 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.049805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7895;QD=20.7012;RBI=0.0588909;REFB=-0.0278527;REVB=0.0314261;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0442341;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chr1 16272250 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0239827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.551;QD=9.10998;RBI=0.0462299;REFB=-0.00771523;REVB=0.0395225;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677072;STB=0.541563;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0286373;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:9:7:4:4:9:7 chr1 16330816 . C T 353.45 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.011245;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.737;QD=26.1813;RBI=0.0119355;REFB=-0.0230682;REVB=-0.00400096;RO=20;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033806;STB=0.518508;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0119375;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:17:17:11:9:17:17:11:9 chr1 16332571 . C T 259.51 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0417116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2002;QD=31.4556;RBI=0.0614489;REFB=-0.0492043;REVB=0.0451233;RO=10;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120007;STB=0.506591;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.037287;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:33:10:10:23:23:0.69697:12:11:5:5:12:11:5:5 chr1 16341649 . C T 508.53 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.396;QD=56.5034;RBI=0.0786297;REFB=-0.148289;REVB=0.0761823;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00073389;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:0:1:13:22:0:1 chr1 16341733 . T C 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.447;QD=62.9767;RBI=0.0532752;REFB=0;REVB=0.0165385;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177907;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 16342237 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.113;QD=53.277;RBI=0.0456883;REFB=0;REVB=0.0341023;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532655;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr1 16344360 . A G 2619.12 PASS AF=0.994186;AO=162;DP=164;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=95;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.639;QD=60.9097;RBI=0.0662189;REFB=-0.128946;REVB=0.0559814;RO=0;SAF=90;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503268;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000665909;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:164:172:0:1:162:171:0.994186:72:90:0:0:76:95:0:1 chr1 16344402 . G A 2923.19 PASS AF=0.994652;AO=186;DP=187;FAO=186;FDP=187;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0438849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.798;QD=62.528;RBI=0.0576357;REFB=0.00869024;REVB=0.0373629;RO=1;SAF=78;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606526;STB=0.503184;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000196783;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:187:187:1:1:186:186:0.994652:108:78:1:0:108:78:1:0 chr1 16344494 . G A 638.27 PASS AF=0.925926;AO=48;DP=53;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.06074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0582;QD=47.2793;RBI=0.163241;REFB=-0.23226;REVB=0.15152;RO=5;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140352;STB=0.517081;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0232211;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:53:54:5:4:48:50:0.925926:25:23:2:3:26:24:1:3 chr1 16344625 . C G 1153.31 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00507491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4223;QD=60.7004;RBI=0.0258127;REFB=0;REVB=0.0253089;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45948e-05;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr1 16344664 . G A 341.32 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00328932;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.964;QD=18.204;RBI=0.0112849;REFB=-0.0268555;REVB=0.0107948;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454749;STB=0.525409;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0346053;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:36:36:0.48:14:22:22:17:14:22:22:17 chr1 16344683 . C T 347.09 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0247187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.625;QD=19.8335;RBI=0.036927;REFB=-0.0258862;REVB=-0.0274333;RO=34;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554155;STB=0.530727;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.037639;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:16:20:21:13:16:20:21:13 chr1 16345735 . C T 179.49 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.012023;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.588;QD=14.9576;RBI=0.048391;REFB=-0.0145719;REVB=0.0468736;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453538;STB=0.537738;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0268864;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:13:15:11:8:14:15 chr1 16351275 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.036;QD=60.9782;RBI=0.0208134;REFB=0;REVB=0.0144363;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04103e-06;OID=.;OPOS=16351275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr1 16355638 . T A 31.63 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0493707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2106;QD=14.0562;RBI=0.0890727;REFB=0.0545426;REVB=-0.0741382;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0152684;OID=.;OPOS=16355638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr1 16356501 . G A 428.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.531;QD=57.1814;RBI=0.12068;REFB=0;REVB=0.0654076;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375676;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 16358932 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.92;QD=51.9167;RBI=0.0452368;REFB=0;REVB=0.0451663;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108118;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr1 16373124 . A G 626.87 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.264;QD=61.1575;RBI=0.0898396;REFB=0;REVB=0.0165509;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118338;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:19:13:0:0:22:19:0:0 chr1 16374533 . G C 794.66 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000386301;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.954;QD=53.875;RBI=0.0058678;REFB=-0.112435;REVB=-0.00585507;RO=1;SAF=14;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324906;STB=0.511495;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-3.58326e-05;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:1:2:57:57:0.966102:43:14:1:0:43:14:1:1 chr1 16374994 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.353;QD=48.7373;RBI=0.0257468;REFB=0;REVB=0.0252897;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111577;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 16375063 . CA GC 124.22 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104227;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.181;QD=41.4065;RBI=0.160755;REFB=0;REVB=0.122388;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0014799;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:8:4:0:0 chr1 16376191 . C T 106.12 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488055;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5947;QD=42.4487;RBI=0.0581986;REFB=0;REVB=-0.0317034;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889443;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr1 16376319 . T C 701.31 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2906;QD=62.3388;RBI=0.00974998;REFB=0;REVB=-0.00140267;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.02933e-05;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:19:26:0:0 chr1 16380196 . T C 138.95 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0196464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.729;QD=12.0821;RBI=0.0214729;REFB=-0.0116736;REVB=-0.00866621;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182275;STB=0.60471;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0140414;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:30:16:16:0.347826:7:9:11:17:7:9:12:18 chr1 16380243 . A G 124.13 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0161625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.462;QD=9.93018;RBI=0.0976765;REFB=-0.00383077;REVB=-0.0963301;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723881;STB=0.533289;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0116682;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:8:7:18:16:8:7:18:17 chr1 16380252 . C T 123.59 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0796014;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.7156;QD=10.5183;RBI=0.0963306;REFB=-0.0206728;REVB=-0.0542512;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572348;STB=0.589624;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.03393;OID=.;OPOS=16380252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:32:15:15:0.319149:9:6:8:15:9:6:17:15 chr1 16382958 . T C 515.33 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0137514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7222;QD=24.8351;RBI=0.0171386;REFB=-0.038629;REVB=-0.0102289;RO=35;SAF=32;SAR=16;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419373;STB=0.522926;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0254034;OID=.;OPOS=16382958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:16:32:25:10:16:32:25:10 chr1 16383682 . G C 96.08 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00632835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6334;QD=6.005;RBI=0.014751;REFB=-0.0184657;REVB=0.0133246;RO=49;SAF=12;SAR=3;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444564;STB=0.778836;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0523363;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:3:12:22:27:3:12:22:27 chr1 16383742 . C G 142.61 PASS AF=0.208696;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=115;FR=.;FRO=91;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0123521;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3723;QD=4.96019;RBI=0.0634581;REFB=-0.0123363;REVB=-0.0622443;RO=90;SAF=13;SAR=11;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387026;STB=0.528662;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0461804;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:90:91:24:24:0.208696:11:13:46:44:11:13:46:45 chr1 16385175 . G A 150.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00119593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.923;QD=19.3715;RBI=0.00139367;REFB=-0.00876031;REVB=-0.000715578;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00659127;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:6:9:8:8:6:9 chr1 16385184 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0108892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.204;QD=7.52637;RBI=0.0108908;REFB=-0.00505605;REVB=0.000186992;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328209;STB=0.520503;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0363977;OID=.;OPOS=16385184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:10:14:5:4:10:14 chr1 16386416 . G A 135.69 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00579028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.096;QD=17.508;RBI=0.0058332;REFB=-0.00896369;REVB=-0.000706312;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264526;STB=0.515131;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0132861;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:7:9:8:7:7:9 chr1 16386447 . G C 82.7 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=29;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0467496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8399;QD=10.6707;RBI=0.0493918;REFB=-0.0154466;REVB=0.015938;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.590194;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0342907;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:31:20:20:9:11:0.354839:4:5:10:10:4:7:10:10 chr1 16386495 . C T 55.43 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.038353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.871;QD=10.0786;RBI=0.0573589;REFB=-0.0128512;REVB=-0.0426508;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.02633;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:9:5:4:4:9:5 chr1 16388646 . T C 188.84 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0235926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.647;QD=11.1081;RBI=0.0290494;REFB=-0.0215675;REVB=0.0169487;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0439428;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:22:22:12:12:22:22 chr1 16459745 . G A 236.43 PASS AF=0.5;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00201265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8302;QD=20.5589;RBI=0.00971585;REFB=0.00890903;REVB=0.0095051;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609466;STB=0.52172;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0109602;OID=.;OPOS=16459745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:22:23:0.5:10:12:11:12:11:12:11:12 chr1 16460339 . G A 304.97 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00373305;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0422;QD=25.9548;RBI=0.0191653;REFB=-0.0225642;REVB=0.0187982;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562824;STB=0.531226;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0385246;OID=.;OPOS=16460339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:9:18:12:8:9:18:12:8 chr1 16533022 . C T 78.22 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6437;QD=14.8983;RBI=0.0898915;REFB=-0.0601628;REVB=0.0898915;RO=10;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0742468;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:11:10:10:0.47619:10:0:0:10:10:0:0:11 chr1 16577794 . C T 148.08 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.010101;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3897;QD=16.9233;RBI=0.0188798;REFB=-0.0173224;REVB=0.0159504;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597576;STB=0.534369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0158625;OID=.;OPOS=16577794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:12:7:5:11:12:7 chr1 16577908 . G C 427.64 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0365541;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.244;QD=19.2199;RBI=0.0377137;REFB=-0.0175777;REVB=-0.00928016;RO=45;SAF=20;SAR=23;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423705;STB=0.518064;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0233652;OID=.;OPOS=16577908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:45:46:43:43:0.483146:23:20:23:22:23:20:23:23 chr1 16641899 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0166906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.83;QD=8.30759;RBI=0.0312062;REFB=-0.00675807;REVB=-0.0263676;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203766;STB=0.651767;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0184604;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:17:18:8:8:0.307692:6:2:7:10:6:2:8:10 chr1 16723084 . G A 483.19 PASS AF=0.516129;AO=43;DP=94;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.00461721;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.095;QD=20.7822;RBI=0.00494444;REFB=-0.0218029;REVB=0.00176885;RO=43;SAF=14;SAR=29;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738688;STB=0.52829;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0126041;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:43:45:43:48:0.516129:29:14:11:32:34:14:11:34 chr1 16730308 . G T 204.43 PASS AF=0.438596;AO=22;DP=54;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00391993;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.073;QD=14.3461;RBI=0.0212357;REFB=-0.0101174;REVB=0.0208708;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126892;STB=0.551295;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0127049;OID=.;OPOS=16730308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:32:32:22:25:0.438596:13:9:17:15:14:11:17:15 chr1 16752057 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.000943614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=326.369;QD=18.8287;RBI=0.00603579;REFB=-0.000631998;REVB=0.00596157;RO=22;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972163;STB=0.555497;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000537333;OID=.;OPOS=16752057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:16:4:6:16:16:4:6:16 chr1 16840665 . G A 56.8 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0227671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5602;QD=3.72428;RBI=0.0282642;REFB=0.00163867;REVB=-0.0167488;RO=51;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283969;STB=0.692681;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0130733;OID=.;OPOS=16840665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:7:3:27:24:7:3:27:24 chr1 16840730 . C T 272.91 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0330565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.287;QD=45.4844;RBI=0.0380294;REFB=-0.00620055;REVB=0.0188018;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317672;STB=0.517226;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000646452;OID=.;OPOS=16840730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:15:7:1:1:15:7:1:1 chr1 16840756 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0209407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.425;QD=14.7986;RBI=0.0237327;REFB=-0.0310537;REVB=0.0111682;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29566;STB=0.669026;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0466763;OID=.;OPOS=16840756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:2:11:6:5:2:11 chr1 16858909 . G C 1287.35 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00243955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.568;QD=60.5811;RBI=0.0199345;REFB=-0.00316554;REVB=0.0197847;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=4.96601e-05;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:29:55:0:0:29:55:1:0 chr1 16860633 . G A 161.57 PASS AF=0.2;AO=28;DP=140;FAO=28;FDP=140;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=0.0218679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0575;QD=4.61628;RBI=0.0774534;REFB=-0.0145353;REVB=-0.0743022;RO=111;SAF=6;SAR=22;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342353;STB=0.715587;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0619173;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:111:112:28:28:0.2:22:6:51:60:22:6:51:61 chr1 16860652 . A C 312.22 PASS AF=0.282895;AO=43;DP=152;FAO=43;FDP=152;FR=.;FRO=109;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.0242633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4006;QD=8.21625;RBI=0.027632;REFB=-0.0122012;REVB=-0.0132219;RO=109;SAF=15;SAR=28;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10566;STB=0.562511;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0305989;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:109:109:43:43:0.282895:28:15:47:62:28:15:47:62 chr1 16860695 . G T 195.88 PASS AF=0.207547;AO=33;DP=159;FAO=33;FDP=159;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=0.0189958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9954;QD=4.92783;RBI=0.0248431;REFB=-0.0093115;REVB=-0.0160106;RO=126;SAF=10;SAR=23;SRF=52;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15177;STB=0.595099;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0215882;OID=.;OPOS=16860695;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:126:126:33:33:0.207547:23:10:52:74:23:10:52:74 chr1 16861772 . A G 143.45 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.0206045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.282;QD=6.831;RBI=0.0215206;REFB=0.00176665;REVB=0.00621214;RO=63;SAF=14;SAR=7;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104538;STB=0.56404;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00562447;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:63:63:21:21:0.25:7:14:37:26:7:14:37:26 chr1 16861804 . G A 76.71 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0355409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.51;QD=3.69678;RBI=0.0362696;REFB=-0.0131953;REVB=-0.00723424;RO=67;SAF=11;SAR=3;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288152;STB=0.707281;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0561483;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:82:83:67:69:14:14:0.168675:3:11:39:28:3:11:39:30 chr1 16861847 . A T 75.78 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=52;FWDB=-0.00817107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.749;QD=2.8868;RBI=0.0401197;REFB=-0.00995657;REVB=-0.0392788;RO=88;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302107;STB=0.703442;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0502991;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:88:90:15:15:0.142857:5:10:37:51:5:10:38:52 chr1 16861849 . A G 74.1 PASS AF=0.140187;AO=15;DP=107;FAO=15;FDP=107;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=-0.000251412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.152;QD=2.77007;RBI=0.03389;REFB=-0.00256927;REVB=-0.0338891;RO=92;SAF=9;SAR=6;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217067;STB=0.64816;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0679109;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:107:107:92:92:15:15:0.140187:6:9:39:53:6:9:39:53 chr1 16862296 . G C 68.67 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0246796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4076;QD=5.84452;RBI=0.0872935;REFB=0.0178974;REVB=-0.0837321;RO=37;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498718;STB=0.835269;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0662607;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:1:9:21:16:1:9:21:16 chr1 16862454 . T G 577.83 PASS AF=0.409938;AO=66;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.00575528;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.493;QD=14.356;RBI=0.0276448;REFB=-0.0110098;REVB=0.0270391;RO=92;SAF=38;SAR=28;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454906;STB=0.517051;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0323106;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:92:95:66:66:0.409938:28:38:49:43:28:38:52:43 chr1 16862461 . T A 703.51 PASS AF=0.465409;AO=71;DP=160;FAO=74;FDP=159;FR=.;FRO=85;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=0.00525664;FXX=0.0363614;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.773;QD=17.6983;RBI=0.0246626;REFB=-0.0230392;REVB=-0.0240959;RO=58;SAF=43;SAR=28;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166438;STB=0.517603;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0122083;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:58:85:71:74:0.465409:28:43:34:24:29:45:49:36 chr1 16862502 . A G 1377.66 PASS AF=0.573991;AO=128;DP=223;FAO=128;FDP=223;FR=.;FRO=95;FSAF=66;FSAR=62;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.00155833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2042;QD=24.7115;RBI=0.0359626;REFB=0.00599624;REVB=-0.0359288;RO=95;SAF=66;SAR=62;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249621;STB=0.513546;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00704089;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:95:95:128:128:0.573991:62:66:52:43:62:66:52:43 chr1 16863304 . T C 40.52 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=119;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.00285778;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.877;QD=1.36207;RBI=0.00604041;REFB=-0.00672429;REVB=-0.00532162;RO=108;SAF=3;SAR=8;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304252;STB=0.736735;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.044945;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:119:119:108:108:11:11:0.092437:8:3:58:50:8:3:58:50 chr1 16863308 . G T 47.22 PASS AF=0.102564;AO=12;DP=117;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=52;FWDB=-0.0101736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2511;QD=1.61432;RBI=0.0278598;REFB=-0.00983338;REVB=0.0259358;RO=105;SAF=3;SAR=9;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307157;STB=0.733228;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0751265;OID=.;OPOS=16863308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:117:117:105:105:12:12:0.102564:9:3:53:52:9:3:53:52 chr1 16863313 . CA CG,TG 39.7 PASS AF=0.0583333,0.0416667;AO=7,5;DP=120;FAO=7,5;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=2,1;FSAR=5,4;FSRF=54;FSRR=54;FWDB=0.00964581,0.00144643;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=222.361,109.626;QD=1.32318;RBI=0.0103657,0.00901502;REFB=-0.000278786,-0.00223282;REVB=0.00379559,0.00889823;RO=107;SAF=2,1;SAR=5,4;SRF=54;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.222334,-0.2683;STB=0.702931,0.790187;STBP=0.313,0.261;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0287507,-0.0364167;OID=.,.;OPOS=16863314,16863313;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:120:120:107:108:7,5:7,5:0.0583333,0.0416667:5,4:2,1:54:53:5,4:2,1:54:54 chr1 16863328 . T G 77.59 PASS AF=0.134921;AO=17;DP=126;FAO=17;FDP=126;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=55;FWDB=-0.00922513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.791;QD=2.46312;RBI=0.0183088;REFB=-0.00981249;REVB=-0.0158149;RO=108;SAF=5;SAR=12;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261999;STB=0.678596;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.071734;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:126:126:108:109:17:17:0.134921:12:5:54:54:12:5:54:55 chr1 16863352 . C T 90.85 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.033102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7138;QD=3.13269;RBI=0.0394699;REFB=-0.0204688;REVB=-0.0214972;RO=97;SAF=5;SAR=13;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246878;STB=0.670855;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0404685;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:116:116:97:98:18:18:0.155172:13:5:45:52:13:5:46:52 chr1 16874206 . A C 390.72 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1276;QD=50.4149;RBI=0.0410064;REFB=-0.0149984;REVB=0.0305652;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.545422;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0134925;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:19:10:1:0:19:10:2:0 chr1 16890598 . T A 324.09 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0148662;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.642;QD=14.2459;RBI=0.0158168;REFB=-0.0129026;REVB=-0.00540068;RO=52;SAF=15;SAR=21;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476489;STB=0.523351;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0223303;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:52:55:36:36:0.395604:21:15:24:28:21:15:25:30 chr1 16890602 . T G 37.57 PASS AF=0.102273;AO=8;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.000686007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.364;QD=1.70751;RBI=0.0142801;REFB=-0.0029598;REVB=-0.0142637;RO=79;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794935;STB=0.501276;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279522;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:8:9:0.102273:5:3:35:44:5:4:35:44 chr1 16890639 . C T 76.74 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0289237;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.846;QD=5.38514;RBI=0.0373967;REFB=-0.00560664;REVB=-0.023705;RO=44;SAF=2;SAR=10;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502886;STB=0.817634;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0314245;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:58:57:44:45:12:12:0.210526:10:2:25:19:10:2:25:20 chr1 16890644 . C T 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00729528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.348;QD=7.73061;RBI=0.00821745;REFB=-0.00518054;REVB=-0.00378225;RO=39;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131295;STB=0.58053;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0122073;OID=.;OPOS=16890644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:6:8:18:21:6:8:18:21 chr1 16890671 . TG CA 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0233807;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.508;QD=14.6498;RBI=0.0297763;REFB=-0.00659135;REVB=0.0184383;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=mnp;VARB=0.00795046;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr1 16893721 . A C 96.43 PASS AF=0.0867347;AO=34;DP=392;FAO=34;FDP=392;FR=.;FRO=358;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=207;FSRR=151;FWDB=0.00182737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.243;QD=0.983954;RBI=0.00210024;REFB=0.000552396;REVB=-0.00103524;RO=357;SAF=18;SAR=16;SRF=207;SRR=150;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603514;STB=0.544933;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00766687;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:392:392:357:358:34:34:0.0867347:16:18:207:150:16:18:207:151 chr1 16901668 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4901;QD=35.5732;RBI=0.10216;REFB=0;REVB=0.0644878;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128792;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 16907328 . G T 3774.6 PASS AF=0.700913;AO=306;DP=438;FAO=307;FDP=438;FR=.;FRO=131;FSAF=129;FSAR=178;FSRF=78;FSRR=53;FWDB=0.00816769;FXX=0.00227785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.875;QD=34.4712;RBI=0.0110369;REFB=-0.0103361;REVB=-0.00742304;RO=131;SAF=128;SAR=178;SRF=78;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100366;STB=0.552866;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00380413;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:438:438:131:131:306:307:0.700913:178:128:78:53:178:129:78:53 chr1 16909052 . C T 593.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.085;QD=60.8734;RBI=0.0534085;REFB=0;REVB=0.0443162;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99496e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:7:29:0:0:7:32:0:0 chr1 16913612 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00319971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6078;QD=8.37069;RBI=0.00652197;REFB=-0.00917649;REVB=0.00568313;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144873;STB=0.571303;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0175131;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:6:5:9:18:6:5:10:18 chr1 16913633 . G T 145.79 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.01329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.021;QD=25.3541;RBI=0.0143272;REFB=-0.0106257;REVB=-0.0053521;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0032074;OID=.;OPOS=16913633;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:3:5:10:5:3:5 chr1 16914252 . C T 130.66 PASS AF=0.152542;AO=27;DP=177;FAO=27;FDP=177;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=93;FSRR=57;FWDB=-0.0387165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7624;QD=2.95269;RBI=0.0487833;REFB=-0.0101054;REVB=0.0296789;RO=149;SAF=14;SAR=13;SRF=92;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128324;STB=0.58661;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0578998;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:149:150:27:27:0.152542:13:14:92:57:13:14:93:57 chr1 16918502 . A G 242.65 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0515392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8067;QD=12.7712;RBI=0.0521967;REFB=0.00315028;REVB=0.00825844;RO=47;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167469;STB=0.595604;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00405544;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:15:14:30:17:15:14:30:17 chr1 17004785 . A C 464.79 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000181981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7237;QD=58.0988;RBI=0.0528956;REFB=0;REVB=-0.0528953;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772777;OID=.;OPOS=17004785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr1 17017717 . C T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00443394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.889;QD=8.37089;RBI=0.0189347;REFB=-0.00948085;REVB=0.0184082;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257675;STB=0.672938;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0274406;OID=.;OPOS=17017717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:8:3:13:14:8:3:14:14 chr1 17017734 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00610257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.505;QD=10.1413;RBI=0.0109933;REFB=-0.0178363;REVB=0.00914388;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183569;STB=0.596253;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0306469;OID=.;OPOS=17017734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:14:10:7:5:14:11 chr1 17022952 . C A 742.56 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00844716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4761;QD=53.0399;RBI=0.0783514;REFB=-0.0779341;REVB=0.0778947;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136578;STB=0.505778;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00214874;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:1:2:53:54:0.964286:34:19:0:1:35:19:1:1 chr1 17023110 . G A 202.25 PASS AF=0.272727;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=99;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=53;FWDB=-0.0206332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8833;QD=8.17172;RBI=0.0226302;REFB=-0.00703186;REVB=-0.00929497;RO=72;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232883;STB=0.636911;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0220526;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:72:27:27:0.272727:15:12:19:53:15:12:19:53 chr1 17023143 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0219188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.691;QD=16.5325;RBI=0.0241477;REFB=-0.0123241;REVB=-0.010133;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147145;STB=0.587218;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0174962;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:19:16:13:29:19:16:13:30 chr1 17023182 . C G 184.0 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0196968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3441;QD=12.0654;RBI=0.0388162;REFB=-0.00730438;REVB=-0.0334475;RO=37;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157553;STB=0.519271;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0151261;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:14:9:15:22:14:9:16:22 chr1 17023376 . C T 192.15 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.0447943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.496;QD=7.53514;RBI=0.0510365;REFB=-0.0103363;REVB=0.0244579;RO=74;SAF=10;SAR=17;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803471;STB=0.540511;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0384273;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:75:27:27:0.264706:17:10:23:51:17:10:24:51 chr1 17023403 . G A 93.94 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=52;FWDB=-0.0386965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8642;QD=4.47335;RBI=0.038698;REFB=-0.00294575;REVB=-0.000350189;RO=67;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29619;STB=0.673319;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0290677;OID=.;OPOS=17023403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:67:68:16:16:0.190476:9:7:15:52:9:7:16:52 chr1 17029462 . A G 56.11 PASS AF=0.110169;AO=15;DP=111;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=62;FSRR=43;FWDB=-0.120327;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.7595;QD=1.90219;RBI=0.19295;REFB=-0.0172263;REVB=-0.150835;RO=95;SAF=11;SAR=4;SRF=57;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183423;STB=0.598146;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.110372;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:111:118:95:105:15:13:0.110169:4:11:57:38:4:9:62:43 chr1 17030504 . T A 454.33 PASS AF=0.251852;AO=68;DP=273;FAO=68;FDP=270;FR=.;FRO=202;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=108;FSRR=94;FWDB=-0.0113027;FXX=0.0109886;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7561;QD=6.73076;RBI=0.0120765;REFB=-0.0273713;REVB=0.00425338;RO=202;SAF=38;SAR=30;SRF=108;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030605;STB=0.518252;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0378699;OID=.;OPOS=17030504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:270:202:202:68:68:0.251852:30:38:108:94:30:38:108:94 chr1 17030515 . G A 453.83 PASS AF=0.246429;AO=68;DP=279;FAO=69;FDP=280;FR=.;FRO=211;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=112;FSRR=99;FWDB=-0.033327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2347;QD=6.48323;RBI=0.0391258;REFB=-0.0068758;REVB=-0.0204974;RO=210;SAF=44;SAR=24;SRF=111;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154129;STB=0.583131;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0246296;OID=.;OPOS=17030515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:280:210:211:68:69:0.246429:24:44:111:99:25:44:112:99 chr1 17030518 . CT TG 424.68 PASS AF=0.239852;AO=65;DP=276;FAO=65;FDP=271;FR=.;FRO=206;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=108;FSRR=98;FWDB=-0.0496103;FXX=0.025179;HRUN=1;LEN=2;MLLD=75.3244;QD=6.26837;RBI=0.0736207;REFB=-0.0151375;REVB=-0.0543952;RO=195;SAF=41;SAR=24;SRF=107;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106606;STB=0.583094;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.0407161;OID=.;OPOS=17030518;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:271:195:206:65:65:0.239852:24:41:107:88:24:41:108:98 chr1 17030590 . G A 414.86 PASS AF=0.28;AO=56;DP=200;FAO=56;FDP=200;FR=.;FRO=144;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=0.0146243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2807;QD=8.29722;RBI=0.0178179;REFB=-0.00659282;REVB=0.0101788;RO=143;SAF=30;SAR=26;SRF=63;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115888;STB=0.570338;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0237096;OID=.;OPOS=17030590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:200:143:144:56:56:0.28:26:30:63:80:26:30:63:81 chr1 17033805 . C T 227.44 PASS AF=0.222892;AO=37;DP=166;FAO=37;FDP=166;FR=.;FRO=129;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=71;FWDB=-0.0194986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.36;QD=5.48045;RBI=0.0198905;REFB=-0.0081323;REVB=-0.00392919;RO=122;SAF=12;SAR=25;SRF=55;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167807;STB=0.602975;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0378507;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:122:129:37:37:0.222892:25:12:55:67:25:12:58:71 chr1 17033854 . C T 823.87 PASS AF=0.603175;AO=74;DP=127;FAO=76;FDP=126;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=62;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.00469966;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.327;QD=26.1547;RBI=0.017054;REFB=-0.0602932;REVB=0.0163936;RO=51;SAF=14;SAR=60;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11739;STB=0.569689;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0250292;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:51:50:74:76:0.603175:60:14:15:36:62:14:15:35 chr1 17034125 . C CAGCT,T 34.73 PASS AF=0.210526,0.105263;AO=4,2;DP=19;FAO=4,2;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3,1;FSAR=1,1;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0216957,-0.0212747;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=116.865,119.289;QD=7.31178;RBI=0.0429852,0.0233011;REFB=-0.00895758,0.00097134;REVB=-0.0371082,-0.00950405;RO=13;SAF=3,1;SAR=1,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0795218,-0.204413;STB=0.555265,0.665191;STBP=0.82,0.727;TYPE=ins,snp;VARB=0.0199712,0.0595663;OID=.,.;OPOS=17034126,17034125;OREF=-,C;OALT=AGCT,T;OMAPALT=CAGCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:19:19:13:13:4,2:4,2:0.210526,0.105263:1,1:3,1:9:4:1,1:3,1:9:4 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 103.95 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0210384;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=8;MLLD=252.657;QD=6.02634;RBI=0.0221213;REFB=-0.00636365;REVB=0.00683646;RO=51;SAF=13;SAR=3;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3481;STB=0.710865;STBP=0.086;TYPE=del;VARB=0.0144597;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.231884:16:74:16:69:53:13:3:31:22:99:51:13:3:29:22 chr1 17046456 . T C 183.22 PASS AF=0.274725;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.0153692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0583;QD=8.05379;RBI=0.0433506;REFB=-0.000243222;REVB=-0.0405347;RO=66;SAF=3;SAR=22;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323586;STB=0.700241;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000721339;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:66:66:25:25:0.274725:22:3:19:47:22:3:19:47 chr1 17052116 . CG GC 64.92 PASS AF=0.0721649;AO=28;DP=390;FAO=28;FDP=388;FR=.;FRO=360;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=183;FSRR=177;FWDB=0.00658694;FXX=0.0102038;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.953;QD=0.669228;RBI=0.0426842;REFB=-0.0023905;REVB=-0.0421729;RO=355;SAF=11;SAR=17;SRF=181;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131318;STB=0.607066;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.0438389;OID=.;OPOS=17052116;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:390:388:355:360:28:28:0.0721649:17:11:181:174:17:11:183:177 chr1 17053766 . G A 945.36 PASS AF=0.752577;AO=73;DP=97;FAO=73;FDP=97;FR=.;FRO=24;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.024435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.523;QD=38.984;RBI=0.0302902;REFB=-0.0282026;REVB=0.0179005;RO=24;SAF=39;SAR=34;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158709;STB=0.508501;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0115212;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:24:24:73:73:0.752577:34:39:12:12:34:39:12:12 chr1 17053782 . C G 651.83 PASS AF=0.686747;AO=56;DP=105;FAO=57;FDP=83;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0340805;FXX=0.209504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6626;QD=31.4135;RBI=0.0453027;REFB=-0.0268239;REVB=-0.0298472;RO=25;SAF=32;SAR=24;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14345;STB=0.573037;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0141378;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:83:25:26:56:57:0.686747:24:32:8:17:24:33:9:17 chr1 17053809 . C T 119.47 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0277999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1924;QD=5.25139;RBI=0.045031;REFB=-0.0116522;REVB=-0.0354253;RO=72;SAF=6;SAR=13;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118516;STB=0.575139;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0450161;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:72:19:19:0.208791:13:6:29:43:13:6:29:43 chr1 17053826 . C T 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=40;FWDB=-0.0200239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.956;QD=8.10363;RBI=0.0278816;REFB=-0.0132428;REVB=-0.0194017;RO=50;SAF=3;SAR=17;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10495;STB=0.563707;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0266271;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:17:3:10:40:17:3:10:40 chr1 17053834 . A AC 143.66 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.026139;FXX=0.0151492;HRUN=0;LEN=1;MLLD=300.813;QD=8.84057;RBI=0.0265898;REFB=-0.000964452;REVB=-0.00487584;RO=41;SAF=4;SAR=21;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663346;STB=0.543067;STBP=0.699;TYPE=ins;VARB=0.0012849;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:25:66:25:65:40:4:21:8:32:99:41:4:21:8:33 chr1 17053861 . C T 206.42 PASS AF=0.42;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.020112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.641;QD=16.5134;RBI=0.0373055;REFB=-0.00373941;REVB=0.0314199;RO=29;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886538;STB=0.56835;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00562017;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:29:19:21:0.42:16:3:6:23:18:3:6:23 chr1 17083807 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00180359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3211;QD=35.5752;RBI=0.0283014;REFB=0;REVB=-0.0282439;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280154;OID=.;OPOS=17083807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 17084510 . G A 267.01 PASS AF=0.313043;AO=35;DP=115;FAO=36;FDP=115;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0382616;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8293;QD=9.28742;RBI=0.0535029;REFB=-0.0119802;REVB=0.0373981;RO=77;SAF=21;SAR=14;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963161;STB=0.536062;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0321761;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:79:35:36:0.313043:14:21:40:37:15:21:42:37 chr1 17084536 . TGGAACA T 52.94 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0183123;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=6;MLLD=298.18;QD=2.78613;RBI=0.020775;REFB=-0.00754674;REVB=-0.00981126;RO=58;SAF=6;SAR=9;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.20438;SSSB=-0.125488;STB=0.587185;STBP=0.486;TYPE=del;VARB=0.0289372;OID=.;OPOS=17084537;OREF=GGAACA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197368:15:78:15:76:61:6:9:31:30:52:58:6:9:29:29 chr1 17084968 . G C 121.32 PASS AF=0.2375;AO=14;DP=77;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0125453;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.736;QD=6.06617;RBI=0.0192789;REFB=-0.0117798;REVB=-0.0146387;RO=62;SAF=11;SAR=3;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467938;STB=0.834983;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.048433;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:62:61:14:19:0.2375:3:11:25:37:3:16:25:36 chr1 17085006 . C T 132.36 PASS AF=0.173913;AO=17;DP=140;FAO=24;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=114;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=56;FSRR=58;FWDB=-0.0105786;FXX=0.0212751;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.693;QD=3.83637;RBI=0.0119718;REFB=-0.0151144;REVB=-0.00560518;RO=87;SAF=8;SAR=9;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298903;STB=0.63355;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0548939;OID=.;OPOS=17085006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:87:114:17:24:0.173913:9:8:43:44:16:8:56:58 chr1 17085502 . T C 701.85 PASS AF=0.946429;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0219838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.16;QD=50.1322;RBI=0.0219884;REFB=-0.0676719;REVB=0.000453062;RO=3;SAF=24;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552954;STB=0.527262;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0016815;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:56:3:3:51:53:0.946429:27:24:3:0:27:26:3:0 chr1 17085834 . G T 386.91 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255838;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.019;QD=53.3662;RBI=0.0382365;REFB=-0.0777198;REVB=0.0284165;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00104672;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:1:0:9:19:1:0 chr1 17087244 . AC A 69.29 PASS AF=0.463415;AO=14;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.041425;FXX=0.0238039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.9101;QD=6.75987;RBI=0.0973411;REFB=-0.0113739;REVB=0.0880867;RO=23;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.366667;SSSB=0.237875;STB=0.574398;STBP=0.569;TYPE=del;VARB=0.0402321;OID=.;OPOS=17087245;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:14:42:19:41:22:3:16:2:20:69:23:3:11:2:21 chr1 17087365 . C G 296.64 PASS AF=0.52381;AO=30;DP=60;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0143551;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.595;QD=18.8344;RBI=0.027399;REFB=-0.0255775;REVB=0.0233375;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840306;STB=0.515714;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0150546;OID=.;OPOS=17087365;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:29:30:30:33:0.52381:18:12:9:20:21:12:10:20 chr1 17087465 . G A 34.21 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0315763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.443;QD=1.35497;RBI=0.0332872;REFB=-0.00404161;REVB=-0.0105344;RO=92;SAF=7;SAR=2;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216009;STB=0.67814;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0471934;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:92:92:9:9:0.0891089:2:7:56:36:2:7:56:36 chr1 17087521 . G A 34.2 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.0269704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.054;QD=1.35461;RBI=0.0372393;REFB=-0.00129879;REVB=-0.0256781;RO=90;SAF=2;SAR=7;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425741;STB=0.824551;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0125381;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:101:90:92:9:9:0.0891089:7:2:55:35:7:2:56:36 chr1 17087582 . G A 60.14 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0114653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.712;QD=2.8636;RBI=0.0155691;REFB=-0.0017651;REVB=0.0105329;RO=72;SAF=4;SAR=8;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240571;STB=0.666389;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0104324;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:72:72:12:12:0.142857:8:4:38:34:8:4:38:34 chr1 17186685 . T C 101.95 PASS AF=0.16;AO=20;DP=126;FAO=20;FDP=125;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=39;FWDB=0.0311734;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6503;QD=3.26231;RBI=0.03723;REFB=-0.00547319;REVB=0.0203542;RO=104;SAF=15;SAR=5;SRF=65;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182297;STB=0.61959;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0339565;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:104:105:20:20:0.16:5:15:65:39:5:15:66:39 chr1 17186719 . T G 257.86 PASS AF=0.248322;AO=37;DP=150;FAO=37;FDP=149;FR=.;FRO=112;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=0.0089226;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9018;QD=6.9223;RBI=0.0689307;REFB=-0.00329897;REVB=0.0683508;RO=112;SAF=19;SAR=18;SRF=62;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501345;STB=0.530166;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0118414;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:112:112:37:37:0.248322:18:19:62:50:18:19:62:50 chr1 17186742 . C T 351.77 PASS AF=0.3125;AO=44;DP=144;FAO=45;FDP=144;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=-0.0160406;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.556;QD=9.77129;RBI=0.0169574;REFB=-0.0102047;REVB=-0.00550038;RO=99;SAF=22;SAR=22;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419864;STB=0.524974;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0205757;OID=.;OPOS=17186742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:99:99:44:45:0.3125:22:22:53:46:23:22:52:47 chr1 17197563 . G T 145.04 PASS AF=0.219048;AO=23;DP=105;FAO=23;FDP=105;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0248418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0104;QD=5.52546;RBI=0.0366967;REFB=-0.00854417;REVB=-0.0270099;RO=79;SAF=11;SAR=12;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667842;STB=0.535949;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0248815;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:79:82:23:23:0.219048:12:11:42:37:12:11:43:39 chr1 17197571 . G A 49.67 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=-0.0248406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.472;QD=1.77389;RBI=0.0252219;REFB=-0.00333314;REVB=-0.00436907;RO=99;SAF=5;SAR=7;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141639;STB=0.608965;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0632342;OID=.;OPOS=17197571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:99:100:12:12:0.107143:7:5:53:46:7:5:54:46 chr1 17197595 . A C 64.08 PASS AF=0.12;AO=15;DP=125;FAO=15;FDP=125;FR=.;FRO=110;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.00966754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.496;QD=2.05046;RBI=0.0316629;REFB=-0.00325843;REVB=-0.0301509;RO=110;SAF=6;SAR=9;SRF=56;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134128;STB=0.596026;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0426789;OID=.;OPOS=17197595;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:125:125:110:110:15:15:0.12:9:6:56:54:9:6:56:54 chr1 17197609 . T C 81.71 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.00645846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.491;QD=2.40317;RBI=0.0186756;REFB=-0.00145597;REVB=0.0175234;RO=117;SAF=9;SAR=9;SRF=60;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160331;STB=0.51469;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0116797;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:136:136:117:118:18:18:0.132353:9:9:60:57:9:9:61:57 chr1 17197615 . C A 103.98 PASS AF=0.148936;AO=21;DP=142;FAO=21;FDP=141;FR=.;FRO=120;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=57;FWDB=0.0132879;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.285;QD=2.94972;RBI=0.0151926;REFB=-0.00394907;REVB=-0.00736533;RO=119;SAF=12;SAR=9;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537084;STB=0.539839;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0073355;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:119:120:21:21:0.148936:9:12:63:56:9:12:63:57 chr1 17197619 . A G 110.83 PASS AF=0.153846;AO=21;DP=143;FAO=22;FDP=143;FR=.;FRO=121;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=-0.012372;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.258;QD=3.10022;RBI=0.0146777;REFB=-0.0046465;REVB=-0.00789746;RO=119;SAF=12;SAR=9;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085446;STB=0.566969;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0164949;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:119:121:21:22:0.153846:9:12:60:59:9:13:62:59 chr1 17199074 . T C 269.88 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.020759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.752;QD=22.9689;RBI=0.0227621;REFB=-0.0198301;REVB=0.00933702;RO=22;SAF=19;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849554;STB=0.547632;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0246911;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:6:19:15:7:6:19:15:7 chr1 17199076 . T A 273.96 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0193932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.854;QD=24.9051;RBI=0.022327;REFB=-0.0292267;REVB=-0.0110634;RO=17;SAF=19;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155486;STB=0.570379;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0467892;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:44:17:19:25:25:0.568182:6:19:10:7:6:19:12:7 chr1 17200227 . C A 170.12 PASS AF=0.172973;AO=32;DP=185;FAO=32;FDP=185;FR=.;FRO=153;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=78;FWDB=-0.0189741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5103;QD=3.67836;RBI=0.0198808;REFB=0.0037178;REVB=-0.00593559;RO=149;SAF=19;SAR=13;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133589;STB=0.585849;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0497188;OID=.;OPOS=17200227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:149:153:32:32:0.172973:13:19:73:76:13:19:75:78 chr1 17200270 . T G 1498.51 PASS AF=0.529197;AO=145;DP=274;FAO=145;FDP=274;FR=.;FRO=129;FSAF=71;FSAR=74;FSRF=62;FSRR=67;FWDB=0.00166503;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5995;QD=21.876;RBI=0.0391917;REFB=-0.0339647;REVB=0.0391563;RO=129;SAF=71;SAR=74;SRF=62;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779871;STB=0.504256;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0382657;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:129:129:145:145:0.529197:74:71:62:67:74:71:62:67 chr1 17200288 . T A 132.01 PASS AF=0.115132;AO=33;DP=302;FAO=35;FDP=304;FR=.;FRO=269;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=124;FSRR=145;FWDB=-0.00816838;FXX=0.00653573;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.324;QD=1.737;RBI=0.0081694;REFB=-0.0129332;REVB=-0.000129129;RO=244;SAF=19;SAR=14;SRF=117;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120342;STB=0.621835;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0427947;OID=.;OPOS=17200288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:304:244:269:33:35:0.115132:14:19:117:127:14:21:124:145 chr1 17200289 . C T 1668.15 PASS AF=0.547541;AO=149;DP=284;FAO=167;FDP=305;FR=.;FRO=138;FSAF=81;FSAR=86;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.0278125;FXX=0.00326787;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2696;QD=21.8773;RBI=0.0707573;REFB=-0.0373076;REVB=0.065062;RO=133;SAF=78;SAR=71;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.506349;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0848812;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:305:133:138:149:167:0.547541:71:78:61:72:86:81:65:73 chr1 17216233 . C A 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0246501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.641;QD=12.3033;RBI=0.0341395;REFB=-0.0105429;REVB=-0.0236195;RO=43;SAF=6;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240442;STB=0.639883;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0222232;OID=.;OPOS=17216233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:20:6:18:25:20:6:18:25 chr1 17250836 . A G 34.68 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0236163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.437;QD=5.13791;RBI=0.0435993;REFB=-0.00735701;REVB=-0.0366493;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117537;STB=0.578677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0246734;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:12:9:2:4:12:9 chr1 17250968 . C T 168.8 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0241686;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4665;QD=15.3456;RBI=0.0331869;REFB=-0.00831283;REVB=-0.0227431;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116321;STB=0.577803;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00755601;OID=.;OPOS=17250968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:26:18:18:0.409091:8:10:11:14:8:10:11:15 chr1 17263290 . G A 370.39 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00664695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.418;QD=14.8156;RBI=0.00722301;REFB=-0.0108967;REVB=0.00282665;RO=60;SAF=26;SAR=14;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198364;STB=0.612648;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0187773;OID=.;OPOS=17263290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:14:26:28:32:14:26:28:32 chr1 17264920 . C T 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=6;FWDB=0.0450809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5289;QD=4.81394;RBI=0.0672624;REFB=-0.00508872;REVB=0.0499194;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=40;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375873;STB=0.72839;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0120155;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:4:7:40:6:4:7:40:6 chr1 17264939 . T C 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=5;FWDB=-0.0179023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.355;QD=3.4594;RBI=0.033077;REFB=-0.0135047;REVB=-0.0278136;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=35;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046428;STB=0.532379;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0572401;OID=.;OPOS=17264939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:1:6:35:5:1:6:35:5 chr1 17270751 . G A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00728687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2754;QD=6.52653;RBI=0.0847938;REFB=-0.0271533;REVB=0.0844801;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374923;STB=0.749167;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0776559;OID=.;OPOS=17270751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:8:12:6:1:8:12 chr1 17273396 . A G 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0316295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.655;QD=6.80683;RBI=0.0347843;REFB=-0.00947655;REVB=-0.0144749;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110244;STB=0.555432;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0373799;OID=.;OPOS=17273396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:4:5:12:14:4:5:13:14 chr1 17275365 . G A 84.29 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0514651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.985;QD=10.5367;RBI=0.0519718;REFB=-0.00577945;REVB=-0.00723979;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.010967;OID=.;OPOS=17275365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:10:11:6:5:10:11 chr1 17295679 . T C,G 336.19 PASS AF=0.96,0.04;AO=23,2;DP=25;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000117304,0.0453715;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.025,55.2183;QD=53.791;RBI=0.0165086,0.0460884;REFB=0,0;REVB=0.0165082,0.00809722;RO=0;SAF=6,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.9951e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00258188,0.0792243;OID=.,.;OPOS=17295679,17295679;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:25:0:0:23,2:24,1:0.96,0.04:17,2:6,0:0:0:18,1:6,0:0:0 chr1 17301448 . C T 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0106616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.37;QD=14.0416;RBI=0.0855299;REFB=-0.0483617;REVB=0.0848628;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0287274;OID=.;OPOS=17301448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr1 17301780 . A G 97.6 PASS AF=0.4;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0125532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.03;QD=13.0128;RBI=0.0986209;REFB=-0.0323279;REVB=-0.0978187;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503811;STB=0.517213;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.027751;OID=.;OPOS=17301780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:30:17:18:12:12:0.4:5:7:10:7:5:7:11:7 chr1 17312743 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0780049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.543;QD=8.24555;RBI=0.0784468;REFB=-0.0191979;REVB=0.00831522;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215026;STB=0.642522;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0256991;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:5:2:2:12:5:2:2:13 chr1 17313343 . G A 330.04 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0171568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0275;QD=31.432;RBI=0.0213765;REFB=-0.0166647;REVB=0.0127514;RO=14;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217866;STB=0.511937;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0058302;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:15:13:7:7:15:13:7:7 chr1 17313454 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0045808;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.84;QD=9.44617;RBI=0.0156968;REFB=-0.0032522;REVB=-0.0150135;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.62453;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00462796;OID=.;OPOS=17313454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:9:10:6:6:0.375:5:1:3:6:5:1:3:7 chr1 17313654 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0134288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.738;QD=18.8868;RBI=0.0573049;REFB=-0.100186;REVB=-0.0557092;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0323365;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:3:2:3:5:3:2 chr1 17314702 . C T 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0012734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.734;QD=17.9527;RBI=0.0361568;REFB=-0.0124816;REVB=0.0361343;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16825;STB=0.603747;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0167784;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:17:10:15:12:17:10:16:12 chr1 17314942 . G A 62.9 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0250168;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7236;QD=11.4363;RBI=0.0771985;REFB=-0.0101762;REVB=0.0730326;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313669;STB=0.624716;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0273806;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:22:13:13:8:9:0.409091:6:2:7:6:6:3:7:6 chr1 17318282 . G A 224.51 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0159121;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1847;QD=19.1072;RBI=0.0234017;REFB=-0.00092563;REVB=0.0171593;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240293;STB=0.513606;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00238661;OID=.;OPOS=17318282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:13:12:10:12:13:12 chr1 17318886 . C CG,G 61.5 PASS AF=0.423077,0;AO=9,2;DP=28;FAO=11,0;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0916094,0.0586754;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=1,1;MLLD=13.9163,27.499;QD=9.46079;RBI=0.124046,0.114476;REFB=-0.067611,-0.0491385;REVB=0.0836373,0.0982947;RO=16;SAF=3,2;SAR=6,0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.304795,0.488772;STB=0.583184,0.5;STBP=0.503,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.107067,0;OID=.,.;OPOS=17318887,17318886;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:26:16:15:9,2:11,0:0.423077,0:6,0:3,2:10:6:6,0:5,0:9:6 chr1 17319011 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.027005;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.436;QD=15.8391;RBI=0.0278431;REFB=-0.0117975;REVB=0.00678007;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368767;STB=0.713795;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00682917;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:6:1:5:3:6:1 chr1 17380497 . G T 1338.18 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=92;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0570813;FXX=0.0326052;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.041;QD=60.1429;RBI=0.0604503;REFB=-0.1089;REVB=0.0198988;RO=2;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172349;STB=0.50091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000350533;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:89:2:2:87:87:0.977528:47:40:1:1:47:40:1:1 chr1 17394613 . T C 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.579;QD=57.1686;RBI=0.0315353;REFB=0;REVB=0.0272833;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014678;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr1 17394623 . C T 725.39 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0659845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4262;QD=53.7324;RBI=0.0680229;REFB=-0.0479382;REVB=-0.0165276;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00109421;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:52:53:0.981481:29:23:0:0:29:24:0:1 chr1 17395480 . G A 282.3 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.050788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.112;QD=22.5843;RBI=0.0534382;REFB=-0.0217755;REVB=0.0166198;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548666;STB=0.539969;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0220308;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:24:26:26:0.52:13:13:10:13:13:13:10:14 chr1 17395521 . G A 426.55 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0152465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.609;QD=21.8742;RBI=0.0246258;REFB=-0.0249937;REVB=0.0193384;RO=32;SAF=22;SAR=20;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187552;STB=0.501835;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0229086;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:36:42:42:0.538462:20:22:16:16:20:22:19:17 chr1 17396703 . T C 205.79 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.000587654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.421;QD=23.519;RBI=0.00250781;REFB=-0.0131651;REVB=-0.00243798;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179521;STB=0.599904;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0115671;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:10:10:4:11:10:10:4:11 chr1 17402255 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0631353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.744;QD=15.3789;RBI=0.0631698;REFB=-0.0132279;REVB=0.00208602;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199941;STB=0.615202;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0101309;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:10:4:6:6:10:4 chr1 17405809 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0217141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.768;QD=13.7531;RBI=0.0284655;REFB=-0.0182192;REVB=0.0184061;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241174;STB=0.641823;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0399536;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:11:12:11:4:11:12 chr1 17413121 . A C 645.46 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.048;QD=61.4719;RBI=0.0623308;REFB=0;REVB=0.0493435;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609733;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:35:42:1:20:15:0:0:21:21:0:0 chr1 17419024 . G A 463.07 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7613;QD=57.8836;RBI=0.0480521;REFB=0;REVB=0.0326487;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442767;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr1 17557133 . A C 88.3 PASS AF=0.458333;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00289341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.7;QD=14.7171;RBI=0.0093576;REFB=-0.0113801;REVB=0.00889904;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.512173;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0128473;OID=.;OPOS=17557133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:9:11:0.458333:5:4:5:8:7:4:5:8 chr1 17565146 . C T 560.93 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.027255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7956;QD=23.6182;RBI=0.0276651;REFB=-0.0395334;REVB=0.00474581;RO=43;SAF=23;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312983;STB=0.521021;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0393854;OID=.;OPOS=17565146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:43:43:51:52:0.547368:28:23:21:22:29:23:21:22 chr1 17597655 . C T 275.94 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0519034;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.343;QD=17.5199;RBI=0.052026;REFB=-0.00725746;REVB=0.00356952;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338808;STB=0.518975;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0131403;OID=.;OPOS=17597655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:19:11:11:22:19:11:11:22 chr1 17609448 . G T 249.67 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00505624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5839;QD=18.4939;RBI=0.0160444;REFB=-0.0218768;REVB=-0.0152269;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214177;STB=0.627783;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0235582;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:11:16:9:17:11:16:9:18 chr1 17661128 . A C 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0189212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7483;QD=7.75988;RBI=0.0422004;REFB=-0.00693139;REVB=0.0377209;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0604014;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:7:6:4:2:7:6 chr1 17662662 . T C 216.08 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0479663;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6962;QD=18.0066;RBI=0.0521829;REFB=-0.00705492;REVB=-0.0205498;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376557;STB=0.512184;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00929121;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:21:22:0.458333:13:8:10:16:14:8:10:16 chr1 17707601 . T C 237.22 PASS AF=0.349398;AO=30;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.000731939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.017;QD=11.4321;RBI=0.0242666;REFB=-0.0192537;REVB=0.0242556;RO=53;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566528;STB=0.556305;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0271295;OID=.;OPOS=17707601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:30:29:0.349398:19:11:22:31:19:10:23:31 chr1 17718671 . AG A 634.63 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.7176;QD=47.0095;RBI=0.17041;REFB=0;REVB=0.10838;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0.00645825;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00558919;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:54:54:0:32:22:0:0:11:2:30:21:1:1 chr1 17733267 . ATGT A 184.52 PASS AF=0.354839;AO=17;DP=69;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00285131;FXX=0.114269;HRUN=1;LEN=3;MLLD=171.234;QD=11.9043;RBI=0.0192939;REFB=0.00961934;REVB=0.0190821;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867302;STB=0.602322;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=-0.0120767;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:17:69:22:62:40:10:12:12:28:99:33:8:9:13:20 chr1 17733996 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0488427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9972;QD=9.56941;RBI=0.0513616;REFB=-0.0266465;REVB=0.0158874;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0371155;OID=.;OPOS=17733996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr1 17735466 . A G 169.11 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00843212;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.096;QD=14.7055;RBI=0.00888304;REFB=0.00144417;REVB=0.00279423;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141393;STB=0.508188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00121661;OID=.;OPOS=17735466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:9:19:12:6:9:19 chr1 17961345 . C T 512.42 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00449354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.834;QD=18.6333;RBI=0.0351389;REFB=0.0199747;REVB=-0.0348504;RO=55;SAF=19;SAR=35;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296363;STB=0.52257;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0197579;OID=.;OPOS=17961345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:54:54:0.490909:35:19:21:34:35:19:22:34 chr1 17991052 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.685;QD=48.7354;RBI=0.0137075;REFB=0;REVB=-0.0121909;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.50316e-05;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 18023365 . C T 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.894;QD=58.9969;RBI=0.0456181;REFB=0;REVB=0.0217924;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189361;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 18023509 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.596;QD=58.5876;RBI=0.0477072;REFB=0;REVB=-0.0242862;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112174;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 18023690 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.599;QD=56.7037;RBI=0.0301842;REFB=0;REVB=0.0116732;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133568;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr1 18807897 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.67;QD=40.7629;RBI=0.00524342;REFB=0;REVB=0.00433923;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5918e-05;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr1 18807938 . C A 113.09 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00921679;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.994;QD=37.698;RBI=0.00972982;REFB=-0.0666096;REVB=-0.00311774;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000538876;OID=.;OPOS=18807938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:0:1 chr1 18808292 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.047;QD=44.6898;RBI=0.0886373;REFB=0;REVB=0.0627133;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141057;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 18808465 . T A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.97735e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.198;QD=59.8556;RBI=0.020686;REFB=0;REVB=0.0206859;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84637e-05;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr1 18808526 . A C 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.496;QD=57.6339;RBI=0.0384324;REFB=0.102336;REVB=-0.0233327;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.0014057;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:34:34:0:0:34:34:0:1 chr1 18808711 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.388;QD=46.848;RBI=0.03445;REFB=0;REVB=-0.0265368;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000413058;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr1 18809896 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.134;QD=44.6895;RBI=0.0209307;REFB=0;REVB=0.0110131;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187969;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr1 18810344 . G T 375.21 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.821;QD=55.5868;RBI=0.0611808;REFB=0;REVB=0.0167088;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545985;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 18810484 . G A 367.19 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.221129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.962;QD=48.9583;RBI=0.252728;REFB=0.00183485;REVB=0.122366;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549963;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0069653;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:30:0:2:27:28:0.933333:10:17:0:0:9:19:0:2 chr1 18810486 . A C 392.34 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0194661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.034;QD=50.625;RBI=0.0194675;REFB=-0.0810931;REVB=-0.000229119;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000497397;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:11:18:2:0:11:18:2:0 chr1 19018405 . G A 275.06 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00671759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.808;QD=15.4965;RBI=0.0529645;REFB=0.00224425;REVB=0.0525367;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182553;STB=0.60237;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00282202;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:17:14:11:29:17:14:11:29 chr1 19018432 . A C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00193152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.972;QD=13.5807;RBI=0.00577917;REFB=-0.017954;REVB=-0.00544684;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143955;STB=0.583241;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0276617;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:8:20:10:7:8:20 chr1 19027239 . A G 157.18 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.163668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9261;QD=19.6473;RBI=0.164364;REFB=-0.0117962;REVB=-0.0151078;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111553;STB=0.599899;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0153467;OID=.;OPOS=19027239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:14:15:16:17:0.53125:14:2:1:13:14:3:1:14 chr1 19186129 . G C 742.78 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0478347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.056;QD=53.0555;RBI=0.048468;REFB=-0.128511;REVB=0.00780948;RO=2;SAF=24;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00325731;STB=0.502007;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00173383;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:29:24:1:1:30:24:1:1 chr1 19401405 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.32;QD=63.2867;RBI=0.0372184;REFB=0;REVB=0.0371101;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17218e-05;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 19411129 . A G 726.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237324;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8248;QD=57.0083;RBI=0.0494754;REFB=0;REVB=-0.0434118;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548188;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 19413261 . T A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.726;QD=57.5452;RBI=0.0316946;REFB=0;REVB=0.000812765;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.886e-05;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr1 19415304 . C T 833.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7577;QD=57.4503;RBI=0.084384;REFB=0;REVB=0.0270343;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514695;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:40:16:0:0:41:17:0:0 chr1 19433449 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.255;QD=61.6826;RBI=0.0284726;REFB=0;REVB=-0.000197782;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014522;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 19447843 . C G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1654;QD=52.5991;RBI=0.142881;REFB=0;REVB=0.00256385;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00324001;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 19510394 . A G 507.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788951;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.6;QD=59.7115;RBI=0.0120716;REFB=0;REVB=-0.00913675;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37266e-05;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr1 19565344 . C G 287.57 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7695;QD=52.2846;RBI=0.106374;REFB=0;REVB=0.0704097;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00460607;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr1 19595137 . C T 694.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284009;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8814;QD=63.119;RBI=0.0406093;REFB=0;REVB=0.029026;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011685;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr1 19596124 . C T 1400.52 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237183;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9513;QD=62.9449;RBI=0.0466895;REFB=0;REVB=-0.0402163;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222439;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr1 19596156 . G T 1171.84 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0106;QD=60.875;RBI=0.105011;REFB=0;REVB=0.0692319;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129598;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr1 19609254 . T C 884.93 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.188;QD=58.028;RBI=0.0765991;REFB=0;REVB=0.0763853;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132207;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr1 19611241 . T C 746.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2049;QD=63.5486;RBI=0.0581211;REFB=0;REVB=-0.052491;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000911285;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 19612477 . C T 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7579;QD=59.4982;RBI=0.111585;REFB=0;REVB=0.041197;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864755;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:25:44:0:0:25:44:0:0 chr1 19726807 . C G 206.8 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00243312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.197;QD=17.9827;RBI=0.0028604;REFB=-0.00383533;REVB=-0.00150393;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732557;STB=0.538426;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00577196;OID=.;OPOS=19726807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:20:21:0.456522:11:9:9:15:12:9:9:16 chr1 19726907 . A T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00766325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.439;QD=18.6416;RBI=0.0106598;REFB=-8.77298e-05;REVB=-0.0074099;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127698;STB=0.571374;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=5.12525e-05;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:19:7:10:15:19:7 chr1 19750909 . G T 283.43 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00154753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.17;QD=26.3657;RBI=0.0232345;REFB=-0.0115626;REVB=0.0231829;RO=17;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212322;STB=0.621477;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0078857;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:16:9:11:6:17:9:11:6 chr1 19810808 . T A 158.15 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0121326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6435;QD=16.6477;RBI=0.0153577;REFB=-0.00185966;REVB=-0.00941591;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241845;STB=0.63814;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00570944;OID=.;OPOS=19810808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:7:14:7:10:7:14 chr1 19953118 . G T 756.68 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00297887;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3461;QD=57.1081;RBI=0.0289207;REFB=0;REVB=-0.0287668;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.98465e-06;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 19992513 . C T 427.02 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.00048112;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.871;QD=16.2673;RBI=0.00540143;REFB=-0.030853;REVB=-0.00537995;RO=57;SAF=19;SAR=28;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137823;STB=0.572566;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0527315;OID=.;OPOS=19992513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:57:58:47:47:0.447619:28:19:31:26:28:19:31:27 chr1 20009737 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00268904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.824;QD=13.336;RBI=0.0106623;REFB=-0.0151473;REVB=0.0103177;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893784;STB=0.571334;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0257585;OID=.;OPOS=20009737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:24:14:15:0.384615:7:7:10:14:7:8:10:14 chr1 20020993 . AC GC,GT 658.72 PASS AF=0.568182,0.431818;AO=25,19;DP=44;FAO=25,19;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13,16;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860638,0.0283082;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.9722,139.926;QD=59.8833;RBI=0.00871969,0.0328935;REFB=0,0;REVB=-0.00140116,0.0167519;RO=0;SAF=13,16;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0169614,0.0150675;OID=.,.;OPOS=20020993,20020993;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:44:44:0:0:25,19:25,19:0.568182,0.431818:12,3:13,16:0:0:12,3:13,16:0:0 chr1 20097941 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.000115727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.759;QD=21.1725;RBI=0.0124703;REFB=-0.0338755;REVB=0.0124697;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324761;STB=0.518487;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0231318;OID=.;OPOS=20097941;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:5:3:4:8:5:3 chr1 20141528 . C T 64.19 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0382849;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.858;QD=8.55836;RBI=0.0583575;REFB=-0.000968511;REVB=-0.0440438;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244737;STB=0.666296;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00395941;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:20:21:9:9:0.3:3:6:9:11:3:6:9:12 chr1 20224092 . G A 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00952117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.347;QD=5.54332;RBI=0.0401696;REFB=-0.00784007;REVB=-0.0390249;RO=34;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355243;STB=0.734257;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0373617;OID=.;OPOS=20224092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:2:7:17:17:2:7:17:17 chr1 20297475 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00837975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.849;QD=30.7902;RBI=0.00837975;REFB=0.0836029;REVB=0;RO=1;SAF=8;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00378285;OID=.;OPOS=20297475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:0:8:1:0:0:8:1:0 chr1 20297566 . G A 241.52 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0090113;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.108;QD=21.0021;RBI=0.0281285;REFB=-0.0166552;REVB=-0.026646;RO=23;SAF=19;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344498;STB=0.696627;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0154652;OID=.;OPOS=20297566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:4:19:12:11:4:19:12:11 chr1 20297723 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0127787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.52;QD=17.1567;RBI=0.0132911;REFB=-0.016976;REVB=0.00365472;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11362;STB=0.564445;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0239791;OID=.;OPOS=20297723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:4:16:12:5:4:16 chr1 20442054 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.016;QD=64.4149;RBI=0.0575302;REFB=0;REVB=0.0573458;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115571;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 20471184 . T C 92.12 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0189071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5025;QD=8.9877;RBI=0.0202362;REFB=0.000949073;REVB=0.0072129;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181326;STB=0.609582;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00332034;OID=.;OPOS=20471184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:10:19:6:6:10:19 chr1 20490518 . T C 330.62 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-8.5696e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.077;QD=23.6158;RBI=0.00388605;REFB=-0.00090479;REVB=-0.00388604;RO=21;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874228;STB=0.562877;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00048991;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:23:33:33:0.589286:15:18:14:7:15:18:16:7 chr1 20639362 . C T 236.8 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00463218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3595;QD=26.3115;RBI=0.0310278;REFB=-0.0115163;REVB=0.0306801;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100496;STB=0.538427;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00860653;OID=.;OPOS=20639362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:12:10:4:9:12:10:5:9 chr1 20656843 . G A 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00620398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.422;QD=18.413;RBI=0.0087796;REFB=-0.00631316;REVB=0.00621225;RO=34;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147172;STB=0.581933;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00545272;OID=.;OPOS=20656843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:17:16:22:12:17:16:22:12 chr1 20827665 . C A 123.58 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0121311;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.458;QD=15.4469;RBI=0.0775522;REFB=-0.00848407;REVB=-0.0765976;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506435;STB=0.551811;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000721947;OID=.;OPOS=20827665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:18:12:14:0.4375:4:8:8:5:5:9:10:8 chr1 20880905 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0026308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.399;QD=16.417;RBI=0.00718663;REFB=-0.0195851;REVB=0.00668779;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236183;STB=0.635327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0272728;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:5:11:6:8:5:11 chr1 20881309 . T A 128.31 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0156227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.934;QD=12.2202;RBI=0.0236968;REFB=-0.0154227;REVB=-0.0178177;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01619;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0211379;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:13:14:8:7:13:14 chr1 20931482 . GAAGGC CTGAGG,GAAGC,GAAGG 33.56 PASS AF=0.0555556,0,0.444444;AO=2,2,3;DP=17;FAO=1,0,8;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0,3;FSAR=1,0,5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0120941,-0.246631,0.0111636;FXX=0.0526039;HRUN=1,2,2;LEN=6,1,1;MLLD=98.5658,17.0787,15.6685;QD=7.45815;RBI=0.098415,0.311471,0.248915;REFB=-0.0141119,-0.0287961,-0.135078;REVB=-0.0976691,-0.19023,0.248664;RO=9;SAF=0,2,3;SAR=2,0,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.232432,0;SSSB=-0.64528,0.532037,0.612869;STB=0.995986,0.5,0.752885;STBP=0.072,1,0.104;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.125003,0,0.195689;OID=.,.,.;OPOS=20931482,20931485,20931487;OREF=GAAGGC,G,C;OALT=CTGAGG,-,-;OMAPALT=CTGAGG,GAAGC,GAAGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:30:17:18:9:9:2,2,3:1,0,8:0.0555556,0,0.444444:2,0,0:0,2,3:6:3:1,0,5:0,0,3:8:1 chr1 20972048 . G A 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0589;QD=58.5664;RBI=0.04144;REFB=0;REVB=-0.0414192;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505541;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 20972111 . G A 205.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.000996803;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.274;QD=12.4278;RBI=0.0208345;REFB=0.00171985;REVB=-0.0208106;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135072;STB=0.595107;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00309606;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:41:25:25:0.378788:13:12:22:14:13:12:26:15 chr1 20977000 . A C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0325106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.693;QD=14.1699;RBI=0.0345915;REFB=-0.00509264;REVB=0.0118165;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0119439;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:7:5:3:7:7:5 chr1 20987873 . G C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8806;QD=63.5803;RBI=0.0347029;REFB=0;REVB=-0.00288571;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236176;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr1 20992819 . G C 212.94 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0200107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7661;QD=16.7014;RBI=0.0845703;REFB=-0.009322;REVB=0.0821687;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303746;STB=0.660878;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00916846;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:22:23:0.45098:15:7:17:10:15:8:18:10 chr1 21011346 . A G 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.01113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.529;QD=15.575;RBI=0.0139455;REFB=-0.0144584;REVB=0.00840235;RO=31;SAF=16;SAR=9;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112499;STB=0.563355;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.02492;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:9:16:23:8:9:16:23:8 chr1 21012575 . G A 257.36 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000846635;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.618;QD=19.7972;RBI=0.0167058;REFB=-0.0144261;REVB=-0.0166843;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426759;STB=0.523792;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0134198;OID=.;OPOS=21012575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:9:16:16:11:9:16 chr1 21024901 . C T 229.0 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0821323;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.239;QD=50.8881;RBI=0.0888506;REFB=0;REVB=0.0338928;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7315e-05;OID=.;OPOS=21024901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 21031046 . C T 363.18 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0262219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8277;QD=18.1591;RBI=0.0487764;REFB=-0.0377763;REVB=-0.0411285;RO=40;SAF=17;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486818;STB=0.515244;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0415878;OID=.;OPOS=21031046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:42:38:38:0.475:21:17:20:20:21:17:20:22 chr1 21042094 . G A 383.65 PASS AF=0.418367;AO=40;DP=95;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0234666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3255;QD=15.6593;RBI=0.0234867;REFB=-0.0174456;REVB=0.000971788;RO=55;SAF=17;SAR=23;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496584;STB=0.545157;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0291279;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:55:57:40:41:0.418367:23:17:26:29:24:17:28:29 chr1 21044161 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.208;QD=35.5756;RBI=0.135222;REFB=0;REVB=-0.0465162;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227423;OID=.;OPOS=21044161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 21050958 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.251;QD=58.2396;RBI=0.0644339;REFB=0;REVB=0.0630399;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171242;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr1 21167404 . A G 671.57 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.887;QD=62.4715;RBI=0.0218338;REFB=0;REVB=-0.0135153;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31939e-05;OID=.;OPOS=21167404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:22:19:0:0:22:21:0:0 chr1 21299496 . GT G 95.27 PASS AF=1;AO=11;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119155;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.09841;QD=23.8184;RBI=0.127138;REFB=0.015144;REVB=-0.0443387;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0149948;OID=.;OPOS=21299497;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:16:16:16:0:12:4:0:0:4:4:7:4:4:0 chr1 21325360 . C A 48.03 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0161009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.484;QD=13.7235;RBI=0.038339;REFB=-0.00788381;REVB=0.0347943;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389209;STB=0.69176;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0169342;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:14:5:7:5:6:0.428571:2:3:5:0:3:3:6:1 chr1 21808159 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2767;QD=40.7627;RBI=0.0384059;REFB=0;REVB=0.00488499;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120395;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr1 21889635 . T C 661.34 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2124;QD=61.52;RBI=0.0106583;REFB=0;REVB=0.00199259;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0245e-05;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:16:27:0:0 chr1 21894735 . T C 232.16 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000587239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.033;QD=23.8117;RBI=0.0226352;REFB=-0.0250816;REVB=0.0226276;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126138;STB=0.507036;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0179176;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:8:9:12:10:8:9 chr1 21900171 . A G 249.94 PASS AF=0.491228;AO=20;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00420583;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.579;QD=17.5394;RBI=0.0182236;REFB=-0.0144745;REVB=0.0177316;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166551;STB=0.570207;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00762623;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:20:28:0.491228:6:14:16:13:9:19:16:13 chr1 21904267 . A G 477.89 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0107027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9187;QD=19.7067;RBI=0.0344745;REFB=-0.00653286;REVB=-0.0327711;RO=48;SAF=33;SAR=14;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161366;STB=0.581746;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00526591;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:48:50:47:47:0.484536:14:33:26:22:14:33:28:22 chr1 21932625 . G A 224.61 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0349855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.223;QD=42.783;RBI=0.0648263;REFB=-0.143545;REVB=0.0545754;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.545407;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00258031;OID=.;OPOS=21932625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:9:10:1:0:9:10:2:0 chr1 21935433 . G T 361.7 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0204739;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.756;QD=46.6707;RBI=0.0206295;REFB=-0.0230175;REVB=0.00252869;RO=3;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209024;STB=0.509427;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00327433;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:31:3:3:27:28:0.903226:15:12:1:2:16:12:1:2 chr1 21943820 . G A 788.35 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0237665;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.183;QD=50.8615;RBI=0.0573233;REFB=-0.07153;REVB=0.0521643;RO=2;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448549;STB=0.545439;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0111777;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:63:62:2:4:58:58:0.935484:20:38:0:2:20:38:0:4 chr1 22005665 . C T 31.54 PASS AF=0.277778;AO=4;DP=18;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.404;QD=7.00799;RBI=0.00878594;REFB=-0.00911403;REVB=-0.00878594;RO=7;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197208;OID=.;OPOS=22005665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:18:18:7:13:4:5:0.277778:4:0:0:7:5:0:0:13 chr1 22141030 . C T 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.289;QD=56.1742;RBI=0.114974;REFB=0;REVB=0.0139688;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580592;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr1 22149935 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.247;QD=63.579;RBI=0.0157487;REFB=0;REVB=-0.00598614;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87379e-05;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr1 22150120 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626167;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.296;QD=56.2291;RBI=0.0632138;REFB=0;REVB=0.00866853;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392858;OID=.;OPOS=22150120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:17:10:0:0 chr1 22150160 . G T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0522269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.825;QD=54.5123;RBI=0.0530542;REFB=-0.0394465;REVB=0.00933238;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.521727;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00144821;OID=.;OPOS=22150160;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:22:14:0:2:22:14:0:2 chr1 22154845 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.882;QD=57.1023;RBI=0.051119;REFB=0;REVB=-0.00580935;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374915;OID=.;OPOS=22154845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr1 22159008 . C A 940.32 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0208893;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.523;QD=52.9755;RBI=0.028033;REFB=-0.169317;REVB=0.0186946;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111183;STB=0.508642;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00907609;OID=.;OPOS=22159008;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:1:4:66:67:0.943662:24:42:1:0:24:43:2:2 chr1 22161275 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.188;QD=52.6132;RBI=0.0545856;REFB=0;REVB=0.0542949;RO=0;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318934;OID=.;OPOS=22161275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:5:17:0:0:5:17:0:0 chr1 22165901 . A G 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0432;QD=62.6629;RBI=0.0515692;REFB=0;REVB=0.0411668;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531203;OID=.;OPOS=22165901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 22165987 . G A 805.46 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1165;QD=64.4367;RBI=0.0908051;REFB=0;REVB=0.0306672;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268741;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882784;OID=.;OPOS=22165987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:32:17:1:0:32:18:0:0 chr1 22174426 . T G 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.317;QD=59.7955;RBI=0.0186671;REFB=-0.0610551;REVB=0.014109;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000740245;OID=.;OPOS=22174426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:24:19:0:0:24:19:0:1 chr1 22199245 . C T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.135;QD=52.6095;RBI=0.0476386;REFB=0;REVB=0.0475914;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507164;OID=.;OPOS=22199245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 22206649 . T C 638.25 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6152;QD=59.372;RBI=0.03361;REFB=-0.0362126;REVB=0.022569;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00178205;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:23:18:1:0:24:18:1:0 chr1 22206942 . G A 1043.32 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.2;QD=58.7785;RBI=0.0652655;REFB=0;REVB=0.0409829;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149305;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:71:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr1 22207235 . T C 362.01 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107897;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.052;QD=55.6938;RBI=0.107982;REFB=0;REVB=-0.00428512;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748829;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 22216574 . C A 203.78 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0611433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.583;QD=38.8151;RBI=0.0672526;REFB=-0.182889;REVB=0.0280072;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151898;STB=0.565142;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00625128;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:18:18:0.857143:13:5:2:0:13:5:2:1 chr1 22216604 . C G 167.53 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0597453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8721;QD=41.883;RBI=0.0598429;REFB=-0.0951179;REVB=0.00341732;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00654501;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:9:6:0:0:9:6:0:1 chr1 22217108 . G A 700.13 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0187487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7624;QD=50.9184;RBI=0.0248821;REFB=0.00407944;REVB=0.0163586;RO=3;SAF=17;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038997;STB=0.520744;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00116581;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:35:17:2:1:35:17:2:1 chr1 22307358 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0495;QD=37.4885;RBI=0.0268689;REFB=0;REVB=0.00641262;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000909365;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 22307538 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.779;QD=61.511;RBI=0.0284317;REFB=-0.0274188;REVB=-0.00277109;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000149308;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:18:30:0:0:18:30:1:0 chr1 22310262 . G C 730.86 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0420776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.736;QD=51.2885;RBI=0.0441915;REFB=0.0271331;REVB=-0.013504;RO=3;SAF=23;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939113;STB=0.504988;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0148331;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:54:54:0.947368:31:23:1:2:31:23:1:2 chr1 22310725 . G C 748.53 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7028;QD=56.4931;RBI=0.0956828;REFB=0;REVB=0.0897714;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142409;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:27:26:0:0 chr1 22310824 . T C 887.21 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253318;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.16;QD=58.1777;RBI=0.0399929;REFB=0;REVB=0.0309472;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176998;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:29:32:0:0 chr1 22313161 . T C 545.19 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.043774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.333;QD=57.3885;RBI=0.0438692;REFB=0.0172387;REVB=-0.00288858;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228411;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000223775;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:20:17:0:1:20:17:0:1 chr1 22315738 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0503751;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=171.978;QD=23.2183;RBI=0.0608504;REFB=-0.0213717;REVB=0.0341338;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000985523;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr1 22329535 . G A 360.92 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0411679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6388;QD=20.3335;RBI=0.0413058;REFB=-0.0224412;REVB=0.00337222;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903526;STB=0.550011;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0274559;OID=.;OPOS=22329535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:18:19:21:13:18:19:21:13 chr1 22332008 . T C 92.92 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.014292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.276;QD=5.54771;RBI=0.0169547;REFB=-0.00551888;REVB=0.00912138;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00494135;STB=0.503101;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0282851;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:67:67:52:52:15:15:0.223881:9:6:21:31:9:6:21:31 chr1 22336277 . C G 557.6 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.659;QD=60.2813;RBI=0.0673427;REFB=0;REVB=0.0582132;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461368;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:10:26:0:0:11:26:0:0 chr1 22337181 . TG CC 494.82 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119984;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=194.01;QD=58.2143;RBI=0.0691569;REFB=0;REVB=0.0681082;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000240478;OID=.;OPOS=22337181;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:27:7:0:0 chr1 22443887 . G T 150.34 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00236982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.518;QD=9.85843;RBI=0.0444116;REFB=-0.00470398;REVB=-0.0443483;RO=40;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118881;STB=0.579678;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0111974;OID=.;OPOS=22443887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:7:13:22:18:7:13:22:19 chr1 22445991 . C T 346.07 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0200826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.133;QD=14.4196;RBI=0.0219653;REFB=-0.00796758;REVB=-0.00889759;RO=57;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288925;STB=0.522715;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0117104;OID=.;OPOS=22445991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:57:58:38:38:0.395833:23:15:24:33:23:15:25:33 chr1 22835677 . A G 1287.37 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.203;QD=60.5823;RBI=0.0563291;REFB=-0.0388004;REVB=0.0429866;RO=1;SAF=36;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129742;STB=0.506665;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000208478;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:83:84:0.988235:47:36:1:0:47:37:1:0 chr1 22846709 . G A 740.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.657;QD=56.9415;RBI=0.049043;REFB=0;REVB=0.0390776;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331457;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:18:34:0:0:18:34:0:0 chr1 22854070 . A G 317.6 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0222331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.237;QD=13.0969;RBI=0.040024;REFB=-0.00301319;REVB=0.0332807;RO=61;SAF=20;SAR=16;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151643;STB=0.586243;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0062271;OID=.;OPOS=22854070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:16:20:42:19:16:20:42:19 chr1 22902772 . C T 222.69 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0121982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.804;QD=18.5573;RBI=0.0241898;REFB=-0.0217674;REVB=-0.020889;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142698;STB=0.503813;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0361952;OID=.;OPOS=22902772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:26:21:22:0.458333:10:11:14:12:10:12:14:12 chr1 22903102 . C T 121.03 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.158262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5593;QD=15.1282;RBI=0.169024;REFB=-0.00975876;REVB=0.0593472;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150849;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0288403;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:7:10:6:8:8:10 chr1 22915753 . T C 62.82 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00260189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.061;QD=11.4213;RBI=0.0145692;REFB=-0.0333084;REVB=-0.014335;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0415779;OID=.;OPOS=22915753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:21:22:11:13:8:9:0.409091:5:3:6:5:5:4:7:6 chr1 22915858 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0187203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.801;QD=14.3343;RBI=0.0187267;REFB=0.00602952;REVB=0.000488699;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00443033;OID=.;OPOS=22915858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:3:7:5:4:3:7 chr1 22919904 . C T 436.31 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0133289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.665;QD=15.4447;RBI=0.0157999;REFB=-0.00953882;REVB=0.00848394;RO=64;SAF=18;SAR=31;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122283;STB=0.568672;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0211397;OID=.;OPOS=22919904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:31:18:31:33:31:18:31:33 chr1 22927408 . G A 168.97 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0675077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8432;QD=24.1386;RBI=0.214226;REFB=-0.0507767;REVB=0.203311;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15703;STB=0.578852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0454715;OID=.;OPOS=22927408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:28:10:11:16:17:0.607143:10:6:6:4:11:6:6:5 chr1 22965438 . A G 271.73 PASS AF=0.35;AO=32;DP=101;FAO=35;FDP=100;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0159742;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.495;QD=10.8691;RBI=0.0159779;REFB=-0.016877;REVB=0.000344552;RO=66;SAF=14;SAR=18;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210166;STB=0.611457;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0295455;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:66:65:32:35:0.35:18:14:41:25:19:16:41:24 chr1 23208925 . G A 213.32 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0398416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.162;QD=16.0995;RBI=0.0422366;REFB=-0.0324045;REVB=-0.0140206;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166439;STB=0.509426;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0344412;OID=.;OPOS=23208925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:12:12:15:14:12:12:15:14 chr1 23219493 . T C 572.17 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2126;QD=57.2166;RBI=0.0538185;REFB=-0.102572;REVB=0.03639;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144734;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:1:0:38:40:1:18:20:0:1:20:20:0:0 chr1 23280424 . G T 258.12 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00352341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.519;QD=13.9525;RBI=0.00475031;REFB=-0.00214326;REVB=-0.00318606;RO=43;SAF=23;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228358;STB=0.640156;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00304473;OID=.;OPOS=23280424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:7:23:25:18:7:23:25:19 chr1 23380266 . T C 468.84 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0192248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.506;QD=25.6897;RBI=0.0411559;REFB=-0.0371074;REVB=0.0363898;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223294;STB=0.506647;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0226258;OID=.;OPOS=23380266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:29:43:44:0.60274:18:25:16:13:19:25:16:13 chr1 23413027 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0030546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.392;QD=20.5465;RBI=0.00837956;REFB=-0.0219755;REVB=-0.00780298;RO=22;SAF=3;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31065;STB=0.67838;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0167046;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:19:3:8:14:19:3:8:14 chr1 23415438 . G A 104.07 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00190023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.072;QD=7.30286;RBI=0.0146061;REFB=-0.013796;REVB=-0.014482;RO=40;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365891;STB=0.704283;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.03878;OID=.;OPOS=23415438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:42:15:15:0.263158:5:10:14:26:5:10:16:26 chr1 23418153 . C T 307.95 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0167466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1881;QD=24.153;RBI=0.0445105;REFB=-0.0360495;REVB=-0.0412399;RO=21;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774893;STB=0.542828;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0239423;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:10:20:12:9:10:20:12:9 chr1 23419261 . G A 76.12 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00959016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7925;QD=12.18;RBI=0.0444962;REFB=-0.0150509;REVB=-0.0434504;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570485;STB=0.758071;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0173327;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:9:10:0.4:8:1:9:6:8:2:9:6 chr1 23419374 . G T 258.59 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0264255;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3216;QD=16.4184;RBI=0.0350831;REFB=0.0315034;REVB=-0.0230763;RO=34;SAF=15;SAR=14;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683539;STB=0.538435;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.0374969;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:14:15:20:14:14:15:20:14 chr1 23419383 . C T 295.68 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00785102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.245;QD=17.9197;RBI=0.0651277;REFB=0.0102426;REVB=-0.0646528;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285738;STB=0.513505;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0129946;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:34:32:32:0.484848:14:18:19:13:14:18:20:14 chr1 23519633 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00122925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.448;QD=12.7823;RBI=0.0208945;REFB=-0.0104811;REVB=-0.0208584;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0113349;OID=.;OPOS=23519633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr1 23688933 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.024769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.987;QD=11.8301;RBI=0.0257415;REFB=-0.0223991;REVB=-0.00700869;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.629404;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0245078;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:11:11:0.37931:6:5:10:6:6:5:12:6 chr1 23696152 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00643024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.726;QD=14.6539;RBI=0.0306671;REFB=0.00669602;REVB=-0.0299853;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00983537;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr1 23710805 . A G 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0987559;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1383;QD=15.3493;RBI=0.0994543;REFB=-0.0123042;REVB=0.0117657;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820866;STB=0.547465;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0161318;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:11:9:8:7:11:9 chr1 23884780 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0247843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.941;QD=18.7118;RBI=0.0281523;REFB=-0.0169767;REVB=0.0133524;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330252;STB=0.688258;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0138195;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:12:7:13:5:12:7 chr1 23885498 . T C 453.36 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0157845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.022;QD=17.4371;RBI=0.019212;REFB=-0.0191588;REVB=-0.0109522;RO=55;SAF=29;SAR=20;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231331;STB=0.628432;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0260608;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:55:49:49:0.471154:20:29:19:36:20:29:19:36 chr1 23885599 . T C 108.54 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0360947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7673;QD=14.4718;RBI=0.0377252;REFB=-0.0143671;REVB=-0.0109712;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0405942;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:17:17:11:13:0.433333:7:4:7:10:7:6:7:10 chr1 23965704 . A C 909.3 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00277243;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9486;QD=56.8313;RBI=0.00528328;REFB=-0.0855495;REVB=-0.00449741;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149869;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00265112;OID=.;OPOS=23965704;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:0:1:32:31:0:1 chr1 23966894 . T TAAG 309.08 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880776;FXX=0.079968;HRUN=2;LEN=3;MLLD=198.75;QD=53.7536;RBI=0.00906647;REFB=0;REVB=0.00215038;RO=3;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000280167;OID=.;OPOS=23966895;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=TAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:26:23:23:0:10:13:0:0:4:3:10:11:1:2 chr1 24018277 . C G 1266.94 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0365333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0914;QD=60.3306;RBI=0.0421004;REFB=-0.156268;REVB=0.0209227;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.507041;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00255876;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:35:48:0:0:35:48:0:1 chr1 24083494 . C T 154.09 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0327931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.804;QD=14.3334;RBI=0.0595937;REFB=0.000706823;REVB=-0.0497596;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337261;STB=0.6959;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00161588;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:16:10:12:5:16:10 chr1 24121601 . C T 127.08 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.00520553;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=221.196;QD=18.1539;RBI=0.00830712;REFB=-0.0112388;REVB=0.00647385;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144365;STB=0.581293;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00848155;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:12:2:1:13:12:2:1:13 chr1 24134721 . T C 298.79 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0204184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.095;QD=18.6745;RBI=0.0212028;REFB=0.00280237;REVB=0.00571384;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00345922;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:32:32:32:0.5:16:16:15:15:16:16:16:16 chr1 24140706 . C T 78.83 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0159531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1196;QD=6.56939;RBI=0.016076;REFB=-0.00273265;REVB=-0.0019838;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129227;STB=0.581253;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0159955;OID=.;OPOS=24140706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:6:5:13:24:6:5:13:24 chr1 24180962 . T C 186.79 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00226717;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.294;QD=12.4527;RBI=0.0177073;REFB=-0.0226388;REVB=0.0175616;RO=38;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334443;STB=0.511618;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0245744;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:38:37:23:23:0.383333:11:12:21:17:11:12:20:17 chr1 24201162 . G A 176.63 PASS AF=0.5625;AO=15;DP=29;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0372165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.61;QD=22.0787;RBI=0.0501596;REFB=-0.057102;REVB=0.033629;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414277;STB=0.638141;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0557817;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:32:14:14:15:18:0.5625:12:3:9:5:12:6:9:5 chr1 24288432 . C T 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4436;QD=57.3792;RBI=0.0336039;REFB=0;REVB=0.0267052;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39444e-05;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 24392600 . G A 136.31 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0523239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7093;QD=10.9044;RBI=0.0559212;REFB=-0.032699;REVB=0.0197328;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104038;STB=0.562418;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0601988;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:12:4:11:23:12:4:11:23 chr1 24392671 . T C 113.65 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000966945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2996;QD=11.6559;RBI=0.0111907;REFB=-0.0301306;REVB=-0.0111488;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141481;STB=0.526277;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0905548;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:24:25:13:14:0.358974:10:3:8:16:10:4:8:17 chr1 24393563 . C T 766.94 PASS AF=0.479042;AO=79;DP=167;FAO=80;FDP=167;FR=.;FRO=87;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=62;FWDB=0.0195791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.025;QD=18.3697;RBI=0.0531835;REFB=-0.0240285;REVB=-0.0494484;RO=86;SAF=36;SAR=43;SRF=24;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171547;STB=0.593017;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0221487;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:86:87:79:80:0.479042:43:36:24:62:43:37:25:62 chr1 24394811 . A G 112.99 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0437422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.842;QD=17.3832;RBI=0.0450864;REFB=-0.0496117;REVB=0.010927;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10822;STB=0.578191;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0302373;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:13:12:13:0.5:8:4:5:6:8:5:7:6 chr1 24409165 . C T 644.0 PASS AF=0.467105;AO=60;DP=140;FAO=71;FDP=152;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=60;FWDB=0.101513;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2294;QD=16.9472;RBI=0.102436;REFB=-0.00610575;REVB=-0.0137192;RO=79;SAF=23;SAR=37;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131304;STB=0.618382;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0120614;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:152:79:81:60:71:0.467105:37:23:21:58:37:34:21:60 chr1 24416059 . T C,G 722.46 PASS AF=0.877551,0.122449;AO=37,6;DP=43;FAO=43,6;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=10,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211642,-0.0250221;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.0094,20.2896;QD=58.976;RBI=0.0587231,0.0513441;REFB=0,0;REVB=0.0547766,0.0448342;RO=0;SAF=29,0;SAR=8,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0102053,0.135159;OID=.,.;OPOS=24416059,24416059;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:43:49:0:0:37,6:43,6:0.877551,0.122449:8,6:29,0:0:0:10,6:33,0:0:0 chr1 24416133 . C T 288.82 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0129351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.903;QD=16.2717;RBI=0.0208546;REFB=-0.00879338;REVB=-0.0163584;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260268;STB=0.662475;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0131489;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:39:30:32:0.450704:11:19:14:24:11:21:14:25 chr1 24419496 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0700174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.7;QD=15.1563;RBI=0.0706797;REFB=-0.011053;REVB=-0.00965362;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431906;STB=0.533871;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0240247;OID=.;OPOS=24419496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:14:11:15:16:14:11:16:16 chr1 24421474 . G A 290.05 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0140952;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.448;QD=25.2221;RBI=0.017035;REFB=3.43403e-05;REVB=-0.0095665;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816009;STB=0.545419;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000307277;OID=.;OPOS=24421474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:20:26:26:0.565217:18:8:8:12:18:8:8:12 chr1 24421950 . C G 105.43 PASS AF=0.451613;AO=11;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0490136;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7849;QD=13.6042;RBI=0.0504107;REFB=-0.0672385;REVB=0.0117858;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444202;STB=0.548319;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.106689;OID=.;OPOS=24421950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:11:14:0.451613:6:5:7:10:7:7:7:10 chr1 24447468 . G C 215.34 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0163676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7716;QD=15.1114;RBI=0.0179386;REFB=-0.0211215;REVB=-0.00734135;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.516299;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0151255;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:15:17:14:11:15:17 chr1 24460797 . T G 696.57 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0302913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6725;QD=52.5709;RBI=0.0312891;REFB=-0.0317808;REVB=-0.00783873;RO=2;SAF=29;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313711;STB=0.51666;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0062922;OID=.;OPOS=24460797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:22:29:2:0:22:29:2:0 chr1 24465113 . C T 314.7 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00798922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.269;QD=22.4785;RBI=0.00805789;REFB=-0.0239398;REVB=-0.00104977;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496535;STB=0.52738;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0169689;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:15:9:14:18:15:9 chr1 24658063 . C G 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0341263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.977;QD=15.4181;RBI=0.0356726;REFB=-0.0293857;REVB=-0.0103889;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731361;STB=0.541372;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0372966;OID=.;OPOS=24658063;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:17:12:18:19:17:12:18:19 chr1 24680915 . C T 206.93 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0293567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6518;QD=17.2443;RBI=0.0382315;REFB=-0.00501679;REVB=0.0244914;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18975;STB=0.608589;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00703141;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:14:13:14:7:14:13 chr1 24681641 . C T 164.57 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0707499;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6715;QD=11.1574;RBI=0.0726491;REFB=-0.00201117;REVB=-0.0165028;RO=37;SAF=15;SAR=6;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209915;STB=0.539841;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00198;OID=.;OPOS=24681641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:21:21:0.355932:6:15:27:10:6:15:29:9 chr1 24706113 . G A 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9555;QD=57.1036;RBI=0.0166433;REFB=0;REVB=0.0116839;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02374e-06;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr1 24706269 . A G 1103.44 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339286;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.468;QD=60.4623;RBI=0.041017;REFB=0;REVB=0.0230487;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823269;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr1 24706292 . T C 785.81 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.364;QD=64.1475;RBI=0.0374037;REFB=0;REVB=-0.0116045;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42776e-05;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr1 24718075 . T C 650.87 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2124;QD=61.9876;RBI=0.0671982;REFB=0;REVB=0.0671851;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118221;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 24785393 . C T 644.58 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.028475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.489;QD=50.555;RBI=0.0348326;REFB=-0.168355;REVB=0.0200621;RO=2;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324231;STB=0.525413;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.019376;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:51:2:3:48:48:0.941176:28:20:0:2:28:20:0:3 chr1 24859617 . G A,C 383.25 PASS AF=0.892857,0.107143;AO=24,4;DP=28;FAO=25,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307334,-0.000686042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.1511,103.744;QD=54.7493;RBI=0.0822588,0.0231068;REFB=0,0;REVB=0.0822013,-0.0230966;RO=0;SAF=10,3;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000528603,0.128054;OID=.,.;OPOS=24859617,24859617;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:28:28:0:0:24,4:25,3:0.892857,0.107143:14,1:10,3:0:0:15,0:10,3:0:0 chr1 24859665 . G A 700.03 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0187716;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.829;QD=48.2777;RBI=0.0202305;REFB=0.0164981;REVB=-0.00754322;RO=3;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513124;STB=0.50943;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000936507;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:3:5:53:53:0.913793:26:27:0:3:26:27:2:3 chr1 24861704 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.674;QD=54.5164;RBI=0.0131542;REFB=0;REVB=0.000433439;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133617;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr1 25291010 . A T 1153.05 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4083;QD=60.6869;RBI=0.0115708;REFB=0;REVB=-0.0113748;RO=0;SAF=52;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.34336e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9528e-05;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:23:52:0:0:24:52:0:0 chr1 26131654 . G A 986.47 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.333;QD=58.8936;RBI=0.0955296;REFB=0;REVB=0.0927618;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161616;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:25:42:0:0 chr1 26138262 . T C 505.02 PASS AF=1;AO=24;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8747;QD=59.4142;RBI=0.219028;REFB=0;REVB=0.0724808;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00556025;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:24:34:1:16:8:0:0:17:17:0:0 chr1 26140573 . C A 518.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9105;QD=59.2703;RBI=0.0897099;REFB=0;REVB=0.0553916;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024032;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr1 26144674 . G A 149.15 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.012765;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.018;QD=17.5476;RBI=0.0138635;REFB=-0.0105349;REVB=-0.00540827;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133138;STB=0.576514;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0312114;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:8:10:11:5:8:10 chr1 26146884 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.17;QD=39.2068;RBI=0.0306766;REFB=0;REVB=0.00894409;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00081858;OID=.;OPOS=26146884;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 26158962 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.37;QD=53.9067;RBI=0.0459201;REFB=0;REVB=0.0422599;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411885;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr1 26290745 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.428;QD=51.183;RBI=0.0370415;REFB=0;REVB=0.0311597;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235957;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr1 26357656 . C A 179.59 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=39;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0104393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.349;QD=17.1041;RBI=0.0227243;REFB=-0.0118953;REVB=0.0201845;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0173427;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:21:22:18:20:0.47619:11:7:11:10:13:7:11:11 chr1 26357667 . G A 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0268261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.96;QD=18.6423;RBI=0.0269612;REFB=-0.0123005;REVB=0.00269538;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136018;STB=0.576852;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0150987;OID=.;OPOS=26357667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:11:10:8:16:11:10:8:16 chr1 26378002 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00161092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.676;QD=8.25466;RBI=0.026082;REFB=0.00582441;REVB=0.0260322;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177981;STB=0.610759;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=-0.0102148;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:4:8:3:3:4:8 chr1 26385003 . T C 333.62 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0325529;FXX=0.0114929;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.2399;QD=15.5173;RBI=0.0497621;REFB=-0.004646;REVB=-0.0376374;RO=47;SAF=22;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084954;STB=0.537255;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0030824;OID=.;OPOS=26385003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:47:49:37:37:0.430233:15:22:24:23:15:22:26:23 chr1 26450714 . A G 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.033375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9408;QD=14.1365;RBI=0.0481924;REFB=-0.0165156;REVB=-0.0347652;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131049;STB=0.576808;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0405103;OID=.;OPOS=26450714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:12:8:4:10:12:8 chr1 26488019 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0049416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.323;QD=51.9093;RBI=0.121385;REFB=0;REVB=0.121284;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556428;OID=.;OPOS=26488019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 26496651 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.218;QD=44.6898;RBI=0.119391;REFB=0;REVB=0.00549178;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114141;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr1 26504035 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.011692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.746;QD=17.3782;RBI=0.0254253;REFB=-0.0241862;REVB=0.0225775;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0211623;OID=.;OPOS=26504035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:5:5:5:6:5:5 chr1 26582091 . G A 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00133134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.268;QD=31.8502;RBI=0.00544254;REFB=-0.0149628;REVB=-0.0052772;RO=8;SAF=6;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606059;STB=0.559384;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00485351;OID=.;OPOS=26582091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:16:6:3:5:16:6:4:5 chr1 26608781 . G GT 45.93 PASS AF=0.8;AO=2;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.172292;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.8459;QD=18.3717;RBI=0.172292;REFB=-0.140671;REVB=0;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.161579;OID=.;OPOS=26608782;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:2:10:8:10:2:8:0:2:0:11:8:2:0:8:0 chr1 26608782 . C T 65.1 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0392369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4589;QD=26.0388;RBI=0.0392369;REFB=-0.0254011;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180933;OID=.;OPOS=26608782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:10:10:2:2:6:6:0.6:0:6:2:0:0:6:2:0 chr1 26608814 . A G 92.21 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00280353;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.355;QD=28.3727;RBI=0.00280353;REFB=-0.029231;REVB=0;RO=3;SAF=10;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103446;OID=.;OPOS=26608814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:13:13:3:3:10:10:0.769231:0:10:3:0:0:10:3:0 chr1 26608828 . G A 60.67 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00717615;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.149;QD=15.1671;RBI=0.00717615;REFB=-0.0373573;REVB=0;RO=8;SAF=8;SAR=0;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279576;OID=.;OPOS=26608828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:16:8:8:8:8:0.5:0:8:8:0:0:8:8:0 chr1 26610891 . A C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0418022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.923;QD=16.1719;RBI=0.0565699;REFB=-0.0223169;REVB=-0.0381146;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096654;STB=0.555487;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0366068;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:12:8:8:8:12:8 chr1 26611915 . CA AC,C 61.46 PASS AF=0.108108,0.189189;AO=5,10;DP=37;FAO=4,7;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=4,1;FSAR=0,6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0159216,-0.069711;FXX=0.0749813;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=163.277,14.5196;QD=6.64399;RBI=0.0464524,0.149107;REFB=-0.0011707,-0.0955593;REVB=-0.0436386,-0.131808;RO=15;SAF=5,1;SAR=0,9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0.383212;SSEP=0,0;SSSB=0.731697,-0.449007;STB=0.998169,0.657011;STBP=0.004,0.467;TYPE=mnp,del;VARB=-0.107159,0.0702416;OID=.,.;OPOS=26611915,26611916;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:37:37:15:26:5,10:4,7:0.108108,0.189189:0,9:5,1:6:9:0,6:4,1:7:19 chr1 26646726 . A G 127.17 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0378092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.487;QD=11.5608;RBI=0.0414953;REFB=-0.0192193;REVB=-0.0170975;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015897;STB=0.509421;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0490969;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:6:9:17:12:6:9:17:12 chr1 26646730 . A G 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0113747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.951;QD=9.58983;RBI=0.0223333;REFB=-0.00383641;REVB=-0.0192196;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581919;STB=0.535261;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00841031;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:5:8:17:13:5:8:17:13 chr1 26648551 . G C 148.11 PASS AF=0.457143;AO=17;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0171816;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.933;QD=16.9272;RBI=0.0174141;REFB=-0.0238144;REVB=-0.00283641;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.583835;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0238838;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:17:16:0.457143:10:7:10:9:10:6:10:9 chr1 26670312 . C T 365.69 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0255147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5402;QD=18.7533;RBI=0.0314395;REFB=0.00943645;REVB=0.0183696;RO=40;SAF=27;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164797;STB=0.592233;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00955611;OID=.;OPOS=26670312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:11:27:22:18:11:27:22:18 chr1 26670444 . G T 290.41 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=0.011053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.483;QD=14.1664;RBI=0.0180623;REFB=-0.00108885;REVB=0.0142857;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241237;STB=0.63602;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00143341;OID=.;OPOS=26670444;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:16:17:14:35:16:17:14:35 chr1 26672506 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=8.63156e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.417;QD=9.76019;RBI=0.0111862;REFB=-0.0193973;REVB=0.0111858;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0356891;OID=.;OPOS=26672506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr1 26691174 . C A 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0246405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.989;QD=19.7611;RBI=0.038321;REFB=-0.0093084;REVB=0.0293486;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.605644;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00551031;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:16:9:13:10:16:9 chr1 26694245 . T C 217.46 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0284659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.283;QD=16.7279;RBI=0.0297609;REFB=-0.0175849;REVB=-0.00868364;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684376;STB=0.529388;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0285131;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:16:8:7:19:16:8:8:20 chr1 26694260 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0744358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.944;QD=14.3349;RBI=0.0759166;REFB=-0.00991534;REVB=0.0149209;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498489;STB=0.528892;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0180162;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:11:15:9:8:11:15 chr1 26700795 . T C 680.73 PASS AF=1;AO=26;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.49;QD=63.3236;RBI=0.0896559;REFB=0;REVB=0.0187525;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675116;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:26:43:1:21:5:0:0:23:20:0:0 chr1 26755919 . A G 309.94 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223375;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.985;QD=51.6566;RBI=0.0362753;REFB=0;REVB=0.0285821;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158805;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:24:1:0:23:24:1:7:16:1:0:7:17:0:0 chr1 26786627 . G A 407.45 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2352;QD=54.3265;RBI=0.0510754;REFB=0;REVB=0.01674;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108956;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:21:7:0:0:22:8:0:0 chr1 26879376 . T C 95.31 PASS AF=0.909091;AO=11;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0654567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.844;QD=34.6591;RBI=0.0862427;REFB=0.000971303;REVB=0.0561535;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00576337;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:11:10:0.909091:10:1:0:0:9:1:0:1 chr1 26879920 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.646;QD=55.6561;RBI=0.0521383;REFB=0;REVB=0.0519456;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188745;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 26887592 . T C 223.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.319;QD=49.5753;RBI=0.049834;REFB=0;REVB=0.0120522;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005103;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr1 26900735 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0968;QD=62.6703;RBI=0.013244;REFB=0;REVB=0.0131516;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104064;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 26901319 . G A,C 731.91 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=46;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013958,0.00564864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.2897,45.1276;QD=62.2902;RBI=0.0144624,0.0188833;REFB=0,0;REVB=-0.00378614,-0.0180187;RO=0;SAF=25,2;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.007883,0.0643207;OID=.,.;OPOS=26901319,26901319;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:47:0:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:19,0:25,2:0:0:20,0:25,2:0:0 chr1 27120884 . C T 39.63 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0410323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8002;QD=2.4389;RBI=0.0504738;REFB=-0.00317956;REVB=-0.0293931;RO=57;SAF=7;SAR=1;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46423;STB=0.848435;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0206829;OID=.;OPOS=27120884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:1:7:29:28:1:7:29:28 chr1 27210721 . T C 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.12;QD=58.1257;RBI=0.0571807;REFB=0;REVB=0.00697542;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145127;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 27426796 . T C 272.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6977;QD=51.88;RBI=0.0351903;REFB=0;REVB=-0.0036936;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907103;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 27427041 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6044;QD=56.1864;RBI=0.0670685;REFB=0;REVB=-0.0500643;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226418;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr1 27622864 . C T 824.56 PASS AF=0.562044;AO=76;DP=137;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00895884;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.624;QD=24.0748;RBI=0.0106983;REFB=-0.00801824;REVB=-0.00584753;RO=61;SAF=43;SAR=33;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339913;STB=0.524307;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00637007;OID=.;OPOS=27622864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:61:60:76:77:0.562044:33:43:32:29:33:44:31:29 chr1 27685239 . G A 46.55 PASS AF=0.136364;AO=5;DP=43;FAO=6;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.100663;FXX=0.0222173;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.3139;QD=4.23174;RBI=0.209788;REFB=-0.0348454;REVB=0.18406;RO=27;SAF=4;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312714;STB=0.791031;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0332741;OID=.;OPOS=27685239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:43:44:27:31:5:6:0.136364:1:4:15:12:1:5:16:15 chr1 27688633 . G A 696.53 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0142644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.977;QD=56.8593;RBI=0.0560639;REFB=-0.117598;REVB=0.0542189;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.530599;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00085512;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:0:3:46:46:0.938776:23:23:0:0:23:23:3:0 chr1 27709020 . T C 298.32 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00992002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.287;QD=29.8322;RBI=0.0266477;REFB=-0.0624174;REVB=0.0247324;RO=14;SAF=8;SAR=18;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165348;STB=0.509084;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0320785;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:18:8:4:10:18:8:4:10 chr1 27876482 . C A 745.89 PASS AF=0.918033;AO=54;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=10;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0609089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.7625;QD=48.9108;RBI=0.0645441;REFB=-0.162831;REVB=0.0213552;RO=2;SAF=10;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.534871;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0055057;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:61:61:2:4:54:56:0.918033:44:10:0:2:46:10:2:2 chr1 28020307 . G C 99.78 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0247333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6139;QD=15.3502;RBI=0.0291967;REFB=-0.0182378;REVB=-0.0155149;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294028;STB=0.689293;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0215179;OID=.;OPOS=28020307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:14:12:12:0.461538:10:2:5:7:10:2:6:8 chr1 28060574 . A G 56.74 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0389793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.721;QD=11.9451;RBI=0.0394115;REFB=0.00309055;REVB=0.00582071;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249111;STB=0.648983;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.00434078;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:4:7:3:5:4:7 chr1 28149924 . A T 214.27 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0832183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5769;QD=21.4273;RBI=0.091729;REFB=-0.000550833;REVB=0.0385867;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991378;STB=0.555504;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00478656;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:12:9:6:13:12:9:6:13 chr1 28173614 . C G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.101808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.39;QD=12.2127;RBI=0.102413;REFB=-0.0113319;REVB=-0.0111156;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136893;STB=0.580663;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0166308;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:9:13:6:7:9:13 chr1 28209305 . A G 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000296787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.764;QD=27.2217;RBI=0.00802486;REFB=-0.0250178;REVB=-0.00801937;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108661;STB=0.547907;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0141712;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:25:25:0.609756:14:11:9:6:14:11:9:7 chr1 28209362 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0723715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.289;QD=22.8299;RBI=0.0727571;REFB=-0.000549404;REVB=0.0074804;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468954;STB=0.542318;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.000927337;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:9:10:15:15:0.6:9:6:3:6:9:6:3:7 chr1 28209366 . A G 159.27 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0628474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4058;QD=26.5452;RBI=0.093657;REFB=-0.0976625;REVB=-0.0694395;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0459204;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:3:5:10:6:3:5 chr1 28268835 . A C 126.73 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0448598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3271;QD=12.3635;RBI=0.0518165;REFB=-0.0273042;REVB=-0.0259336;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206469;STB=0.623195;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0575786;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:12:3:9:17:12:3:9:17 chr1 28282206 . C T 290.48 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.000537698;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6813;QD=13.8325;RBI=0.0222852;REFB=-0.0085985;REVB=-0.0222787;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152101;STB=0.508665;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0134113;OID=.;OPOS=28282206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:16:17:27:24:16:17:27:24 chr1 28282292 . T C 205.35 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0120489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.516;QD=12.8345;RBI=0.0120731;REFB=-0.00716067;REVB=-0.000764417;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498187;STB=0.54268;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0125413;OID=.;OPOS=28282292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:39:25:25:0.390625:13:12:16:21:13:12:16:23 chr1 28422847 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9808;QD=57.6778;RBI=0.0809009;REFB=0;REVB=0.0687634;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236194;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 28527011 . A G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00722059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.773;QD=16.417;RBI=0.0110261;REFB=-0.0168009;REVB=-0.00833297;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0191107;OID=.;OPOS=28527011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr1 28564252 . A G 287.76 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0114149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3379;QD=25.0226;RBI=0.0259213;REFB=-0.0110819;REVB=-0.0232726;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592601;STB=0.532847;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00855865;OID=.;OPOS=28564252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:13:7:11:15:13:7 chr1 28564279 . A G 267.07 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000398855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.459;QD=20.1561;RBI=0.0127525;REFB=-0.0122365;REVB=0.0127463;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00985787;STB=0.505491;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00931554;OID=.;OPOS=28564279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:12:16:14:11:12:16:14:11 chr1 28586376 . C G 153.9 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0541982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9597;QD=11.6149;RBI=0.0542342;REFB=0.00157297;REVB=0.00197638;RO=34;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211543;STB=0.624082;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00302497;OID=.;OPOS=28586376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:13:6:17:17:13:6:17:17 chr1 28598287 . C T 297.94 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0163752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.388;QD=15.89;RBI=0.0174754;REFB=-0.0323794;REVB=0.00610281;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860927;STB=0.504851;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0413343;OID=.;OPOS=28598287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:16:17:22:20:16:17:22:20 chr1 28638859 . A T 346.33 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00354356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.511;QD=14.4302;RBI=0.0083607;REFB=-0.02111;REVB=0.00757262;RO=58;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00871496;STB=0.504948;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0280347;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:20:18:27:31:20:18:27:31 chr1 28733993 . G T 79.15 PASS AF=0.255814;AO=9;DP=41;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0213423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.062;QD=7.36302;RBI=0.0229492;REFB=-0.0166158;REVB=-0.0084363;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126548;STB=0.557416;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0483159;OID=.;OPOS=28733993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:41:43:30:32:9:11:0.255814:6:3:13:17:7:4:14:18 chr1 28861636 . G A 168.66 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.10911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7997;QD=16.0626;RBI=0.1142;REFB=-0.0135181;REVB=0.0337158;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638092;STB=0.523783;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0230463;OID=.;OPOS=28861636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:9:9:13:10:9:9:13:11 chr1 28921199 . A C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0213855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.255;QD=10.9409;RBI=0.0213959;REFB=-0.00936959;REVB=0.000667131;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3566;STB=0.713891;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0270664;OID=.;OPOS=28921199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:12:8:8:3:12:8 chr1 29138975 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.043;QD=39.2068;RBI=0.0316076;REFB=0;REVB=0.0301194;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261385;OID=.;OPOS=29138975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr1 29189597 . C T 290.96 PASS AF=0.450704;AO=28;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00832192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.198;QD=16.3922;RBI=0.0110415;REFB=-0.00484825;REVB=-0.0072567;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961575;STB=0.523708;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00672904;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:28:38:28:32:0.450704:12:16:13:15:14:18:23:15 chr1 29320009 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00643373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.369;QD=8.25462;RBI=0.00729964;REFB=-0.00760963;REVB=0.00344846;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367359;STB=0.721627;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00453492;OID=.;OPOS=29320009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:2:10:3:3:2:10 chr1 29446811 . A G 276.05 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0135028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.261;QD=40.8967;RBI=0.0260845;REFB=-0.0172117;REVB=0.0223176;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544278;STB=0.533304;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0141971;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:27:2:4:23:23:0.851852:16:7:0:2:16:7:2:2 chr1 29475341 . C T 293.64 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.00528809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.413;QD=19.9075;RBI=0.00585604;REFB=-0.0542944;REVB=0.00251582;RO=27;SAF=25;SAR=6;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120782;STB=0.571387;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0422176;OID=.;OPOS=29475341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:6:25:24:3:6:25:25:3 chr1 29475394 . C G 362.14 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0104602;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.531;QD=20.4023;RBI=0.0221795;REFB=-0.0381106;REVB=-0.019558;RO=29;SAF=32;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296221;STB=0.611119;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.028962;OID=.;OPOS=29475394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:34:36:37:0.521127:4:32:20:9:5:32:25:9 chr1 29475648 . T G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0194629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.333;QD=14.6657;RBI=0.0209947;REFB=-0.0239868;REVB=-0.00787211;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185286;STB=0.608357;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.034106;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:11:4:9:12:11:4:9:12 chr1 29529699 . T C 154.2 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0141008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1811;QD=11.6375;RBI=0.0168369;REFB=-0.00909922;REVB=-0.00920038;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263427;STB=0.665043;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0241397;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:13:5:17:17:14:5:17:17 chr1 29542637 . A G 315.37 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0147537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3839;QD=22.5262;RBI=0.0581121;REFB=-0.0562603;REVB=-0.0562081;RO=23;SAF=13;SAR=19;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.61078;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0397514;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:19:13:3:20:19:13:4:20 chr1 29631909 . A G 154.13 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000116226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6105;QD=14.3377;RBI=0.00765515;REFB=-0.0153704;REVB=0.00765426;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112032;STB=0.553953;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0392606;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:10:7:13:12:10:7:13:13 chr1 31188089 . C T 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0300209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.839;QD=15.9153;RBI=0.0315964;REFB=-0.0151276;REVB=-0.00985297;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119945;STB=0.567613;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0154467;OID=.;OPOS=31188089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:14:20:13:15:14:20 chr1 31188901 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.531;QD=57.5451;RBI=0.0115829;REFB=0;REVB=-0.0063967;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.50497e-06;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr1 31215364 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.501;QD=59.0187;RBI=0.0165413;REFB=0;REVB=-0.00170966;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.10486e-05;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr1 31346199 . G A 61.29 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0412626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8104;QD=18.8588;RBI=0.0747789;REFB=-0.0253068;REVB=0.0623641;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0193209;OID=.;OPOS=31346199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr1 31347399 . C T 213.03 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0307617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4675;QD=12.9108;RBI=0.0564092;REFB=-0.0440926;REVB=0.0472833;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121109;STB=0.53189;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0740654;OID=.;OPOS=31347399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:35:40:26:26:0.393939:11:15:16:19:11:15:21:19 chr1 31351513 . G A 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00902013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.813;QD=17.6889;RBI=0.024538;REFB=-0.010206;REVB=0.0228199;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799634;STB=0.53438;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0130747;OID=.;OPOS=31351513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:21:21:0.446809:10:11:11:14:10:11:12:14 chr1 31426815 . A G 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0328822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.019;QD=24.2459;RBI=0.0358814;REFB=-0.0103355;REVB=0.014361;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815517;STB=0.545418;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00887153;OID=.;OPOS=31426815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:15:10:10:10:15:10:10:10 chr1 31445932 . C A,G 487.3 PASS AF=0.0285714,0.942857;AO=3,31;DP=34;FAO=1,33;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=0,16;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212813,0.0262176;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.4895,70.6683;QD=55.6916;RBI=0.0216278,0.0264289;REFB=-0.0551012,-0.136318;REVB=-0.0038559,0.00333516;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.514277;STBP=1,0.513;TYPE=snp,snp;VARB=0.131151,-0.00871812;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:34:35:0:1:3,31:1,33:0.0285714,0.942857:3,15:0,16:0:0:1,17:0,16:0:1 chr1 31732892 . G A 96.93 PASS AF=0.302326;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.102408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7219;QD=9.01662;RBI=0.103976;REFB=-0.0347007;REVB=-0.0179884;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911075;STB=0.511261;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0736336;OID=.;OPOS=31732892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:41:43:22:30:12:13:0.302326:5:7:11:11:5:8:18:12 chr1 31733926 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.333;QD=56.1914;RBI=0.013507;REFB=0;REVB=0.0127215;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120561;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:18:10:0:0 chr1 31837174 . C G 383.37 PASS AF=0.338129;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=139;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.0110425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.66;QD=11.0322;RBI=0.0120543;REFB=0.00193784;REVB=0.00483426;RO=92;SAF=27;SAR=20;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235429;STB=0.513558;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00356691;OID=.;OPOS=31837174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:92:92:47:47:0.338129:20:27:51:41:20:27:51:41 chr1 31837320 . T C 561.51 PASS AF=0.607143;AO=50;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00667651;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7873;QD=26.7385;RBI=0.0227778;REFB=-0.0257892;REVB=0.0217773;RO=33;SAF=24;SAR=26;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107677;STB=0.549817;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0138602;OID=.;OPOS=31837320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:50:51:0.607143:26:24:11:22:26:25:12:21 chr1 31883295 . T C 441.53 PASS AF=0.447368;AO=47;DP=112;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0461244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.908;QD=15.4923;RBI=0.0533362;REFB=-0.0462964;REVB=0.0267822;RO=64;SAF=13;SAR=34;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135368;STB=0.593711;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0637861;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:64:63:47:51:0.447368:34:13:25:39:38:13:25:38 chr1 31897643 . G A 648.08 PASS AF=0.421053;AO=72;DP=172;FAO=72;FDP=171;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.0250969;FXX=0.01156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.874;QD=15.1598;RBI=0.0363065;REFB=-0.0114379;REVB=0.0262357;RO=98;SAF=23;SAR=49;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185993;STB=0.607721;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0137061;OID=.;OPOS=31897643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:98:99:72:72:0.421053:49:23:48:50:49:23:49:50 chr1 31898234 . T C 175.56 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00762085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7266;QD=11.9026;RBI=0.0281153;REFB=-0.00541259;REVB=-0.0270627;RO=36;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189021;STB=0.605275;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0158638;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:18:4:11:25:18:4:11:26 chr1 31905889 . A ACAG 315.18 PASS AF=0.406977;AO=31;DP=91;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0139166;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=171.694;QD=14.6597;RBI=0.0139806;REFB=-0.0635599;REVB=-0.00133573;RO=55;SAF=9;SAR=22;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178505;STB=0.556155;STBP=0.432;TYPE=ins;VARB=0.0858109;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.406977:31:91:35:86:51:12:23:22:29:99:55:9:22:24:31 chr1 31906014 . C T 332.88 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0246667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.828;QD=19.5814;RBI=0.0247094;REFB=-0.0175881;REVB=0.00145177;RO=33;SAF=9;SAR=25;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139212;STB=0.571727;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0151298;OID=.;OPOS=31906014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:33:33:34:35:0.514706:25:9:5:28:26:9:5:28 chr1 31907201 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0723431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1511;QD=15.258;RBI=0.0797249;REFB=0.0148724;REVB=-0.0335044;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00481441;OID=.;OPOS=31907201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:5:1:1:6:5:1 chr1 31907457 . A G 237.45 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0118863;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.557;QD=13.5685;RBI=0.0297902;REFB=-0.00478926;REVB=-0.0273162;RO=42;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888119;STB=0.550584;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0158654;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:13:15:26:16:13:15:26:16 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G,GCGGAGTCTGTC 71.03 PASS AF=0.266667,0.0666667;AO=8,2;DP=33;FAO=8,2;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=3,2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00810174,-0.132231;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=11,1;MLLD=346.716,58.2965;QD=9.47035;RBI=0.0297851,0.132231;REFB=-0.00532747,0.0308082;REVB=-0.0286621,8.97175e-06;RO=20;SAF=5,0;SAR=3,2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144365,-0.509716;STB=0.555414,0.995036;STBP=0.773,0.16;TYPE=del,snp;VARB=0.02276,-0.0969391;OID=.,.;OPOS=31973123,31973123;OREF=TGGAGTCTGTC,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCGGAGTCTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.0666667:8,2:33:8,2:30:20:5,0:3,2:11:9:56:20:5,0:3,2:10:10 chr1 31973138 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0398315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.725;QD=7.32769;RBI=0.05694;REFB=0.00145651;REVB=0.0406893;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171993;STB=0.608422;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000615732;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:10:11:3:5:10:11 chr1 31973348 . A C 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00264058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.755;QD=25.0381;RBI=0.00354332;REFB=-0.0285683;REVB=-0.00236272;RO=19;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103221;STB=0.570616;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0159024;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:20:26:26:0.565217:9:17:10:9:9:17:10:10 chr1 31973409 . G A 213.82 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00546314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.176;QD=20.8606;RBI=0.0171822;REFB=-0.000518122;REVB=0.0162905;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638654;STB=0.535929;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.000450258;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:9:11:10:11:9:11 chr1 31973440 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0274597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.853;QD=17.7311;RBI=0.0348147;REFB=-0.027019;REVB=-0.0214016;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116975;STB=0.56693;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0489913;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:9:10:11:6:9:10 chr1 32127953 . G A 586.92 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.009502;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.658;QD=58.6923;RBI=0.0216823;REFB=-0.199595;REVB=0.0194894;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00140063;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:40:1:1:39:39:0.975:21:18:0:1:21:18:0:1 chr1 32148571 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.423;QD=51.9153;RBI=0.0456334;REFB=0;REVB=0.00311978;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236803;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 32158374 . T C 200.36 PASS AF=0.68;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0151209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.313;QD=32.0582;RBI=0.0192313;REFB=-0.0242861;REVB=-0.0118828;RO=4;SAF=12;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158002;STB=0.602519;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00569628;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:25:25:4:5:15:17:0.68:3:12:2:2:4:13:2:3 chr1 32158732 . C A 85.09 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0290909;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2943;QD=12.1554;RBI=0.0430333;REFB=-0.024486;REVB=0.0317109;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128126;STB=0.526268;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0324304;OID=.;OPOS=32158732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:28:17:17:10:11:0.392857:4:6:10:7:5:6:10:7 chr1 32164206 . T G 118.75 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.028958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7618;QD=13.1943;RBI=0.0766625;REFB=-0.0169265;REVB=-0.070983;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12046;STB=0.570151;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0163831;OID=.;OPOS=32164206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:7:15:8:6:7:15 chr1 32165495 . G T 285.12 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0642663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6512;QD=15.4119;RBI=0.0642813;REFB=-0.0142188;REVB=0.00138762;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274606;OID=.;OPOS=32165495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:16:16:21:20:16:16:21:21 chr1 32256590 . G A 304.49 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.027533;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=72.6251;QD=26.4771;RBI=0.027594;REFB=-0.00772634;REVB=0.00183473;RO=17;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151685;STB=0.554416;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00257169;OID=.;OPOS=32256590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:19:27:27:0.586957:12:15:13:4:12:15:13:6 chr1 32280610 . T C 1624.25 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.951;QD=60.1576;RBI=0.0524326;REFB=0;REVB=-0.0501024;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157959;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:56:52:0:0:56:52:0:0 chr1 33065947 . G C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.492;QD=57.2003;RBI=0.0316663;REFB=0;REVB=0.0312043;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348704;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 33099637 . A G 91.81 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0450588;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.501;QD=15.9662;RBI=0.0450672;REFB=-0.0164863;REVB=-0.000870956;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0155235;OID=.;OPOS=33099637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:22:23:12:12:10:11:0.478261:6:4:5:7:6:5:5:7 chr1 33133968 . T C 481.54 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00548282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.212;QD=53.5047;RBI=0.0106236;REFB=-0.170313;REVB=0.00909942;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622008;STB=0.533314;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00112834;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:14:20:0:2:14:20:0:2 chr1 33160878 . C T 119.21 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00644914;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.187;QD=22.7062;RBI=0.0222803;REFB=-0.00704466;REVB=0.0213265;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00597729;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr1 33161212 . T C 156.62 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00366151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2501;QD=16.0633;RBI=0.0211308;REFB=-0.0277794;REVB=0.0208112;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492072;STB=0.755047;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0256003;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:22:16:17:0.435897:12:4:15:4:13:4:15:7 chr1 33235626 . G A 173.12 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0101936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.662;QD=18.7154;RBI=0.0461354;REFB=-0.0101263;REVB=0.0449952;RO=18;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745873;STB=0.508762;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00955271;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:4:14:15:3:4:14:15:4 chr1 33328165 . G A 1521.32 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00412208;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.681;QD=61.4673;RBI=0.00573403;REFB=-0.115729;REVB=0.00398592;RO=1;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109017;STB=0.50116;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00033568;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:43:54:0:1:43:54:1:1 chr1 33475721 . G C 69.63 PASS AF=0.20339;AO=11;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0368112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3637;QD=4.72038;RBI=0.0368282;REFB=-0.0222678;REVB=-0.00112043;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948041;STB=0.507234;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0729332;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:59:59:48:47:11:12:0.20339:4:7:27:21:5:7:27:20 chr1 33475750 . A G 85.85 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0128261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.009;QD=5.20305;RBI=0.0133904;REFB=-0.0145336;REVB=-0.00384652;RO=52;SAF=7;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476935;STB=0.53026;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0324221;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:7:7:28:24:7:7:28:24 chr1 33475767 . G A 105.75 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0266014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.018;QD=6.60925;RBI=0.030906;REFB=-0.0111221;REVB=0.0157337;RO=47;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632864;STB=0.547;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0331744;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:48:16:16:0.25:9:7:23:24:9:7:24:24 chr1 33478959 . C G 30.05 PASS AF=0.0958904;AO=7;DP=73;FAO=7;FDP=73;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0241141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.254;QD=1.6468;RBI=0.0272291;REFB=0.00133521;REVB=-0.0126466;RO=65;SAF=6;SAR=1;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510682;STB=0.889476;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.029639;OID=.;OPOS=33478959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:73:73:65:66:7:7:0.0958904:1:6:25:40:1:6:25:41 chr1 33646950 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.401;QD=51.9161;RBI=0.0379599;REFB=0;REVB=-0.0281765;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90725e-05;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 33789588 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0290627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.006;QD=12.73;RBI=0.0432083;REFB=-0.0205569;REVB=0.0319737;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289502;STB=0.669755;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0297695;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:9:3:5:4:9:3 chr1 33802351 . C T 201.66 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=34;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0611994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7716;QD=22.407;RBI=0.0626712;REFB=-0.0156534;REVB=0.0135025;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.505612;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0200291;OID=.;OPOS=33802351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:16:18:20:0.555556:11:7:7:9:11:9:7:9 chr1 33832865 . A G 402.17 PASS AF=0.530303;AO=28;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.000999525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.26;QD=24.3741;RBI=0.0300246;REFB=-0.0340884;REVB=0.030008;RO=23;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209685;STB=0.5806;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00622291;OID=.;OPOS=33832865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:25:28:35:0.530303:11:17:8:15:17:18:8:17 chr1 33832933 . G A 274.63 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0154315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.139;QD=19.9729;RBI=0.0191531;REFB=-0.0163786;REVB=0.0113451;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100271;STB=0.556734;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0173237;OID=.;OPOS=33832933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:28:29:0.527273:10:18:18:6:11:18:19:7 chr1 33957152 . T G 570.63 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4103;QD=60.0667;RBI=0.0757481;REFB=0;REVB=0.0728874;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694613;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:32:38:1:6:26:0:0:12:26:0:0 chr1 33959960 . A G 103.77 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0378792;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9894;QD=29.6474;RBI=0.0462912;REFB=0.0252758;REVB=0.026609;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220927;STB=0.666348;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0276311;OID=.;OPOS=33959960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:14:2:3:10:11:0.785714:7:3:2:0:8:3:3:0 chr1 33960062 . A G 186.01 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0456254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.294;QD=19.0783;RBI=0.0456938;REFB=-0.0416139;REVB=0.00249881;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895477;STB=0.537776;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0575559;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:10:8:7:13:11:8:7:13 chr1 33961722 . C T 75.42 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0672466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5896;QD=11.6034;RBI=0.0817828;REFB=0.00345146;REVB=0.0465438;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217976;STB=0.630875;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0097526;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:8:8:3:7:8:8 chr1 33992812 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00148432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.646;QD=17.617;RBI=0.0101501;REFB=-0.0279269;REVB=-0.0100409;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155948;STB=0.587576;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0201023;OID=.;OPOS=33992812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:8:19:13:11:8:19 chr1 34015796 . G C 323.08 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0217483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.582;QD=25.34;RBI=0.0337831;REFB=-0.0335804;REVB=0.0258517;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280727;STB=0.515426;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0207024;OID=.;OPOS=34015796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:12:19:13:7:12:19:13:7 chr1 34090679 . T C 693.57 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=116;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=45;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0129376;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.727;QD=24.1242;RBI=0.0150093;REFB=-0.0216667;REVB=0.00760913;RO=43;SAF=45;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628134;STB=0.513972;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0149622;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:43:49:66:66:0.573913:21:45:26:17:21:45:32:17 chr1 34090751 . T A 472.67 PASS AF=0.343023;AO=59;DP=171;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=77;FSRR=36;FWDB=-0.0568696;FXX=0.00578001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2902;QD=10.9923;RBI=0.069367;REFB=-0.0315734;REVB=-0.0397193;RO=111;SAF=32;SAR=27;SRF=76;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167231;STB=0.593436;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0561088;OID=.;OPOS=34090751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:111:113:59:59:0.343023:27:32:76:35:27:32:77:36 chr1 34189888 . G A 305.65 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0102939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.609;QD=26.0124;RBI=0.0110866;REFB=-0.0103824;REVB=-0.0041169;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163779;STB=0.566453;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0126685;OID=.;OPOS=34189888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:18:22:22:0.468085:13:9:9:5:13:9:10:8 chr1 34270498 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.579;QD=60.6064;RBI=0.0276174;REFB=0;REVB=0.0256464;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117662;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:18:15:0:0:20:18:0:0 chr1 34285342 . G A 905.38 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535168;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.633;QD=58.4117;RBI=0.0536839;REFB=0;REVB=-0.00423192;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528856;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 34285381 . C T 837.58 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179097;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.993;QD=56.7853;RBI=0.0233593;REFB=0;REVB=0.0149967;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276561;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:1:0:56:59:1:26:30:1:0:26:33:0:0 chr1 34329897 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0005566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.928;QD=60.977;RBI=0.00710568;REFB=0;REVB=0.00708384;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51488e-05;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr1 34330067 . A C 473.99 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.932;QD=57.4535;RBI=0.0191115;REFB=0;REVB=0.0183013;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218902;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr1 34578613 . A G 92.22 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00442914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.06;QD=12.7204;RBI=0.0532438;REFB=-0.0320419;REVB=-0.0530592;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0353001;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:28:29:17:17:11:12:0.413793:5:6:8:9:5:7:8:9 chr1 34643450 . G A 301.33 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.00960273;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.098;QD=14.0153;RBI=0.0205728;REFB=-0.017477;REVB=0.0181942;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112121;STB=0.559038;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0243733;OID=.;OPOS=34643450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:52:34:34:0.395349:19:15:18:35:19:15:18:34 chr1 34663208 . C G 155.51 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0165106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.654;QD=16.3697;RBI=0.0175341;REFB=-0.0124929;REVB=-0.005903;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304145;STB=0.646886;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0156667;OID=.;OPOS=34663208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:5:11:8:13:6:11:8:13 chr1 35184033 . C T 398.08 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326748;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.989;QD=56.8689;RBI=0.0344122;REFB=0;REVB=0.0107961;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039486;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:18:10:0:0 chr1 35223913 . A C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00154733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.31;QD=12.1823;RBI=0.00603288;REFB=-0.00406672;REVB=-0.00583107;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00627779;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:8:7:5:5:8:7 chr1 35321242 . A C 336.28 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0664682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9085;QD=17.2452;RBI=0.0666725;REFB=-0.0162961;REVB=0.00521653;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382332;STB=0.502142;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0216431;OID=.;OPOS=35321242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:17:19:22:20:17:19:22:20 chr1 35562965 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0379296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.806;QD=17.542;RBI=0.0380774;REFB=0.00186048;REVB=-0.00335162;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197718;STB=0.612621;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00257622;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:11:5:8:7:11:5 chr1 35563206 . C G 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0834555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.134;QD=13.205;RBI=0.0840822;REFB=-0.0264216;REVB=-0.0102467;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00842988;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:2:4:4:2:2:4 chr1 36225948 . T C 245.18 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0256319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5957;QD=15.5668;RBI=0.0816672;REFB=-0.0148137;REVB=0.0775405;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933254;STB=0.552807;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0208329;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:11:17:18:17:11:17:18:17 chr1 36316571 . A C 287.64 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00927436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.556;QD=25.0125;RBI=0.0119497;REFB=-0.00363108;REVB=0.00753539;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251759;STB=0.639241;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00215912;OID=.;OPOS=36316571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:15:5:15:11:15:5 chr1 36553673 . A G 872.74 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.216;QD=56.3055;RBI=0.058144;REFB=-0.0584361;REVB=-0.00989783;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000448743;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:18:43:0:0:18:43:0:1 chr1 36636835 . C T 418.1 PASS AF=0.506024;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0044051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.048;QD=20.1492;RBI=0.00676734;REFB=-0.0187038;REVB=0.00513732;RO=39;SAF=11;SAR=30;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043072;STB=0.534082;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.016548;OID=.;OPOS=36636835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:39:41:41:42:0.506024:30:11:12:27:31:11:13:28 chr1 36642420 . T C 115.78 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.0214438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.328;QD=11.0262;RBI=0.0400884;REFB=-0.0045559;REVB=-0.033871;RO=27;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184177;STB=0.55217;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0126835;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:12:2:2:25:12:2:3:25 chr1 36643715 . GC G,GT 57.58 PASS AF=0.55,0;AO=7,3;DP=20;FAO=11,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0358945,-0.045242;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.0519,105.689;QD=11.5154;RBI=0.0612528,0.147886;REFB=-0.138075,-0.00514542;REVB=-0.0496336,-0.140796;RO=8;SAF=4,0;SAR=3,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0490059,-0.694555;STB=0.545372,0.5;STBP=0.697,1;TYPE=del,snp;VARB=0.116156,0;OID=.,.;OPOS=36643716,36643716;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55,0:7,3:20:11,0:20:9:5,0:6,0:5:4:47:8:4,0:3,3:5:3 chr1 36755040 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.000356159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.889;QD=10.0339;RBI=0.0219307;REFB=-0.000341075;REVB=-0.0219278;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286688;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.000155143;OID=.;OPOS=36755040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:2:5:2:3:2:5 chr1 36793959 . G A 388.63 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00864671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.562;QD=31.725;RBI=0.0412408;REFB=-0.0142381;REVB=0.0403242;RO=17;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223226;STB=0.621617;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00407188;OID=.;OPOS=36793959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:17:15:14:3:17:15:14:3 chr1 36794138 . G A 81.62 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0527618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8396;QD=21.7664;RBI=0.0754031;REFB=-0.0250376;REVB=0.0538687;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0276485;OID=.;OPOS=36794138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:15:5:5:9:10:0.666667:6:3:2:3:7:3:2:3 chr1 36805478 . T C 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.014098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.892;QD=9.19768;RBI=0.0173728;REFB=-0.00368402;REVB=0.0101518;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191487;STB=0.6151;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00657305;OID=.;OPOS=36805478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:2:11:5:2:2:11 chr1 36820927 . G A 1513.64 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636258;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.578;QD=63.7324;RBI=0.0775439;REFB=0;REVB=-0.0443261;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315857;OID=.;OPOS=36820927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr1 36888462 . A G 53.01 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0427834;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3982;QD=5.58045;RBI=0.0463618;REFB=-0.00851022;REVB=0.0178606;RO=30;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340325;STB=0.718254;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0455677;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:39:38:30:30:8:8:0.210526:3:5:10:20:3:5:10:20 chr1 36889005 . G A 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0291277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.688;QD=10.853;RBI=0.0294695;REFB=-0.000913765;REVB=0.00447533;RO=39;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624671;STB=0.53655;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.001572;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:14:7:15:24:14:7:15:24 chr1 36893968 . A G 58.97 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000921545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.241;QD=7.14843;RBI=0.0459705;REFB=-0.000957598;REVB=0.0459613;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153097;STB=0.523297;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00178723;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:32:33:24:24:6:7:0.212121:2:4:13:11:3:4:13:11 chr1 36927733 . G A 637.36 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0438325;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9764;QD=57.9421;RBI=0.072805;REFB=-0.158531;REVB=0.0581316;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390665;STB=0.519991;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.01506;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:41:42:0.954545:18:23:2:0:18:24:2:0 chr1 36937059 . A G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00317489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.898;QD=14.9479;RBI=0.0352581;REFB=-0.0212362;REVB=-0.0351149;RO=40;SAF=20;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198285;STB=0.626036;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0281865;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:42:31:31:0.424658:11:20:18:22:11:20:18:24 chr1 37948137 . C T 225.33 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0741711;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8506;QD=19.5942;RBI=0.0763698;REFB=-0.00386799;REVB=0.0181931;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939972;STB=0.565159;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00754439;OID=.;OPOS=37948137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:25:24:22:22:0.478261:11:11:15:10:11:11:15:9 chr1 38006359 . A G 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.462;QD=53.8805;RBI=0.0461807;REFB=0;REVB=-0.00340885;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479795;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 38019747 . C T 317.36 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00551123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.902;QD=45.3374;RBI=0.0594608;REFB=-0.103808;REVB=0.0592049;RO=3;SAF=5;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401095;STB=0.521721;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0028807;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:28:28:3:3:25:25:0.892857:20:5:1:2:20:5:1:2 chr1 38077406 . C CAGA 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0236273;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=318.915;QD=16.4544;RBI=0.0236273;REFB=-0.0206388;REVB=0;RO=4;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.012288;OID=.;OPOS=38077407;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:6:10:6:10:4:6:0:4:0:22:4:6:0:4:0 chr1 38077414 . A C 46.58 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0623089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.826;QD=14.3332;RBI=0.0623089;REFB=-0.0383737;REVB=0;RO=3;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0387181;OID=.;OPOS=38077414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:3:5:8:8:0.615385:0:8:3:0:0:8:5:0 chr1 38077415 . CGC CTC,TAG 134.85 PASS AF=0.75,0.25;AO=9,3;DP=13;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9,3;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101655,0.00392387;FXX=0.142755;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=73.1855,225.574;QD=44.9499;RBI=0.0101655,0.00392387;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=9,3;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00506434,0.0177763;OID=.,.;OPOS=38077416,38077415;OREF=G,CGC;OALT=T,TAG;OMAPALT=CTC,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:13:12:0:0:9,3:9,3:0.75,0.25:0,0:9,3:0:0:0,0:9,3:0:0 chr1 38077420 . A C 152.34 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0301588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8162;QD=40.6246;RBI=0.0301588;REFB=0.0102514;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249559;OID=.;OPOS=38077420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:0:14:0:0:0:14:1:0 chr1 38148765 . A G 1216.73 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697206;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7963;QD=60.8365;RBI=0.07992;REFB=0;REVB=0.0390671;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125993;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:35:43:0:0:36:44:0:0 chr1 38158647 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0141757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.896;QD=21.0131;RBI=0.0144133;REFB=0.000313968;REVB=-0.00260622;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=1.71933e-05;OID=.;OPOS=38158647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:1:6:6:5:1:6 chr1 38168926 . C A 38.41 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.0133382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6939;QD=2.84536;RBI=0.0771626;REFB=-0.0119141;REVB=0.076001;RO=46;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056255;STB=0.53449;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0503981;OID=.;OPOS=38168926;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:46:47:7:7:0.12963:2:5:31:15:2:5:32:15 chr1 38173982 . TTTTC T,TT,TTT 336.89 PASS AF=0,0.931034,0.0689655;AO=4,19,6;DP=30;FAO=0,27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239188,-0.0183477,-0.0132229;FXX=0.0333222;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=179.963,188.42,182.572;QD=46.4678;RBI=0.02745,0.0249132,0.0220456;REFB=0,0,0;REVB=-0.0134681,-0.0168532,-0.0176398;RO=0;SAF=3,11,2;SAR=1,8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.050179,-0.00240681,0.00748035;OID=.,.,.;OPOS=38173983,38173984,38173985;OREF=TTTC,TTC,TC;OALT=-,-,-;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.931034,0.0689655:4,19,6:30:0,27,2:29:0:0,16,0:0,11,2:0:0:5:0:3,11,2:1,8,4:0:0 chr1 38174062 . CTT C,CT 30.29 PASS AF=0.0952381,0.238095;AO=3,4;DP=21;FAO=2,5;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2,3;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0656237,-0.116821;FXX=0.0454339;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=24.7718,12.1202;QD=5.7702;RBI=0.067008,0.119277;REFB=-0.0383376,-0.0665059;REVB=-0.0135499,-0.0240811;RO=12;SAF=3,1;SAR=0,3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.375,0.375;SSSB=0.760258,0.137155;STB=0.99688,0.763853;STBP=0.034,0.244;TYPE=del,del;VARB=0.0864491,-0.00499915;OID=.,.;OPOS=38174063,38174063;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0952381,0.238095:3,4:21:2,5:21:14:2,3:0,2:3:11:17:12:3,1:0,3:2:10 chr1 38227086 . A T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.392;QD=53.277;RBI=0.0101445;REFB=0;REVB=-0.0100331;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130502;OID=.;OPOS=38227086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr1 38227268 . G T 76.66 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00164848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.43;QD=12.7763;RBI=0.0020119;REFB=-0.0186455;REVB=-0.00115336;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0214927;OID=.;OPOS=38227268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:5:9:6:4:5:9 chr1 38266725 . AACTG A 96.14 PASS AF=0.276316;AO=20;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0145449;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=4;MLLD=278.223;QD=5.05974;RBI=0.0298716;REFB=-0.0135596;REVB=-0.0260914;RO=53;SAF=16;SAR=4;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473157;STB=0.792459;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0314709;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276316:20:76:21:76:55:17:4:23:32:96:53:16:4:22:31 chr1 38327935 . CAG C 350.27 PASS AF=0.514286;AO=34;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00943984;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.478;QD=20.0152;RBI=0.0351518;REFB=-0.011138;REVB=0.0338605;RO=33;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412839;STB=0.51612;STBP=0.81;TYPE=del;VARB=0.0111497;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514286:34:70:36:70:34:20:16:20:14:99:33:18:16:19:14 chr1 38327982 . G T 295.63 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.059677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.12;QD=17.9167;RBI=0.0633984;REFB=-0.0458597;REVB=0.0214015;RO=34;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255427;STB=0.514277;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0407783;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:15:17:19:15:15:17:19:15 chr1 38338795 . A G 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0223452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.327;QD=19.9753;RBI=0.024875;REFB=-0.0117129;REVB=0.0109298;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109942;STB=0.562434;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0108203;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:15:5:7:13:15:5:7:13 chr1 38423853 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.82;QD=57.3858;RBI=0.0329573;REFB=0;REVB=0.00416137;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130133;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 38442547 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9508;QD=48.7353;RBI=0.0622443;REFB=0;REVB=-0.0417439;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130757;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 38450367 . A G 466.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113535;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1763;QD=56.485;RBI=0.120219;REFB=0;REVB=0.039527;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120743;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:14:19:0:0 chr1 38462898 . T A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00546135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.106;QD=23.2184;RBI=0.00546135;REFB=0.077812;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108166;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 38462905 . C G 56.36 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.109378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5597;QD=28.1777;RBI=0.109378;REFB=-0.0528727;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102627;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr1 38463504 . C T 277.26 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962549;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.534;QD=52.8119;RBI=0.0399735;REFB=0;REVB=-0.0387973;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130533;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 38862336 . T A 191.23 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0743514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7495;QD=47.8075;RBI=0.0789851;REFB=0;REVB=0.0266554;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146056;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr1 39775999 . G A 214.71 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.012335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3102;QD=10.7354;RBI=0.0340956;REFB=-0.014259;REVB=-0.0317861;RO=52;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626329;STB=0.531227;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0230463;OID=.;OPOS=39775999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:17:10:22:30:17:10:22:31 chr1 39806610 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.005;QD=57.2019;RBI=0.03041;REFB=0;REVB=0.0298634;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148394;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr1 39812822 . C A 453.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7012;QD=56.7231;RBI=0.0486684;REFB=0;REVB=0.0483114;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692268;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 39881040 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.291;QD=35.5744;RBI=0.0735293;REFB=0;REVB=-0.00769988;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00565029;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr1 39882001 . C G 153.56 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0278304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3529;QD=21.9367;RBI=0.0278307;REFB=-0.0194893;REVB=0.00014597;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161227;STB=0.50908;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00660093;OID=.;OPOS=39882001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:5:7:9:7:5:7 chr1 39908506 . G A 888.8 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168559;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.134;QD=58.2816;RBI=0.0233689;REFB=0;REVB=0.0233081;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89162e-05;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr1 39914363 . G C 195.39 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0114235;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5159;QD=15.325;RBI=0.0170641;REFB=-0.0121253;REVB=-0.0126763;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814537;STB=0.538886;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0129005;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:7:15:17:11:7:15:18:11 chr1 40092677 . C T 498.47 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0114776;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8578;QD=23.4573;RBI=0.0654799;REFB=-0.0385572;REVB=0.0644661;RO=38;SAF=21;SAR=26;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223283;STB=0.621771;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0340386;OID=.;OPOS=40092677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:38:38:47:47:0.552941:26:21:7:31:26:21:7:31 chr1 40098328 . T C 582.33 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.471;QD=58.2334;RBI=0.0555541;REFB=0.0180304;REVB=2.08221e-05;RO=0;SAF=3;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506846;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00083522;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:36:3:0:0:36:3:0:1 chr1 40145297 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5887;QD=55.6537;RBI=0.0435452;REFB=0;REVB=0.00470302;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688849;OID=.;OPOS=40145297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 40149642 . G T 1607.89 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367183;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.29;QD=60.1081;RBI=0.0709625;REFB=0;REVB=0.0607243;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101528;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:104:107:1:45:59:0:0:47:60:0:0 chr1 40363054 . G C 179.19 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817308;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.191;QD=47.783;RBI=0.0855319;REFB=0;REVB=0.025215;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00455821;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr1 40430907 . CG GC,TG 91.11 PASS AF=0,0.27907;AO=2,12;DP=43;FAO=0,12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00285178,-0.00920668;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=147.502,108.19;QD=8.47524;RBI=0.00971362,0.0140173;REFB=0.00328854,0.00362626;REVB=-0.00928557,-0.0105698;RO=28;SAF=0,6;SAR=2,6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.538454,-0.165467;STB=0.5,0.558044;STBP=1,0.667;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0118011;OID=.,.;OPOS=40430907,40430907;OREF=CG,C;OALT=GC,T;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:91:43:43:28:31:2,12:0,12:0,0.27907:2,6:0,6:18:10:0,6:0,6:18:13 chr1 40533266 . T G 82.54 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.801;QD=36.6833;RBI=0.00944837;REFB=0;REVB=0.00944837;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139408;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:9:0:0:0 chr1 40533315 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.1674;QD=37.4882;RBI=0.0253706;REFB=0;REVB=-0.0253706;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000898336;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 40533320 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8007;QD=33.4271;RBI=0.0548277;REFB=0;REVB=-0.0548277;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00495208;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 40643607 . G C 166.72 PASS AF=0.314286;AO=20;DP=73;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0374251;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2553;QD=9.52667;RBI=0.0374709;REFB=-0.0365062;REVB=-0.00185364;RO=46;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145625;STB=0.596922;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0797373;OID=.;OPOS=40643607;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:46:48:20:22:0.314286:6:14:27:19:6:16:29:19 chr1 40702570 . C T 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00186191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.432;QD=30.8606;RBI=0.0199438;REFB=-0.011667;REVB=-0.0198567;RO=9;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980473;STB=0.554046;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00717919;OID=.;OPOS=40702570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:8:13:4:5:8:13:4:5 chr1 40704937 . C G 94.97 PASS AF=0.48;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0478872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4908;QD=15.1952;RBI=0.0606624;REFB=-0.057459;REVB=-0.037239;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.513491;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0203312;OID=.;OPOS=40704937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:25:25:9:13:10:12:0.48:3:7:6:3:3:9:10:3 chr1 40705399 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0220916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.277;QD=16.4266;RBI=0.0224391;REFB=-0.0140661;REVB=-0.0039337;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316352;STB=0.689226;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0107679;OID=.;OPOS=40705399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:3:8:10:1:3:8 chr1 40768344 . C T 456.5 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0180616;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.014;QD=15.0909;RBI=0.0183903;REFB=-0.0179649;REVB=0.00346163;RO=69;SAF=23;SAR=28;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131297;STB=0.569373;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0230098;OID=.;OPOS=40768344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:69:70:51:51:0.421488:28:23:40:29:28:23:40:30 chr1 40770456 . A T 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=6.28884e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.843;QD=24.2932;RBI=0.0176904;REFB=-0.0107728;REVB=0.0176903;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300096;STB=0.516761;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00594606;OID=.;OPOS=40770456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:7:6:8:11:7:6 chr1 40773123 . G C 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0275184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.746;QD=15.153;RBI=0.0297698;REFB=0.00574015;REVB=0.0113568;RO=43;SAF=23;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205528;STB=0.616944;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00404584;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:9:23:23:20:9:23:23:20 chr1 40773149 . T C 396.14 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00112208;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.327;QD=22.9648;RBI=0.0118533;REFB=-0.0376572;REVB=0.0118001;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113669;STB=0.556533;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0216183;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:31:30:39:39:0.565217:18:21:21:10:18:21:20:10 chr1 40773175 . G C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00408794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.287;QD=20.892;RBI=0.00539813;REFB=-0.0514213;REVB=-0.00352541;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051044;STB=0.528264;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0340143;OID=.;OPOS=40773175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:15:17:16:11:15:17:16:11 chr1 40777800 . T G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.000720866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9677;QD=9.82164;RBI=0.00803703;REFB=0.010632;REVB=0.00800464;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564098;STB=0.829705;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.0229684;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:4:19:3:8:4:19 chr1 40840353 . A G 164.03 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0791996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3894;QD=13.669;RBI=0.079262;REFB=-0.0131841;REVB=-0.00314379;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.62487;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0122712;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:9:9:9:21:9:9:9:21 chr1 40881041 . C G 1196.36 PASS AF=0.912088;AO=83;DP=91;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.080259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4462;QD=52.5871;RBI=0.0866616;REFB=-0.0684816;REVB=0.0326915;RO=8;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576712;STB=0.530534;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0428247;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:8:8:83:83:0.912088:44:39:1:7:44:39:1:7 chr1 41285087 . T C 778.5 PASS AF=0.536232;AO=73;DP=138;FAO=74;FDP=138;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00454492;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.705;QD=22.5651;RBI=0.00902026;REFB=-0.0472342;REVB=0.00779159;RO=62;SAF=40;SAR=33;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673967;STB=0.54053;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0411572;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:64:73:74:0.536232:33:40:29:33:34:40:29:35 chr1 41285585 . G A 329.29 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0151361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.194;QD=18.2941;RBI=0.0242119;REFB=-0.0157927;REVB=0.0188975;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520045;STB=0.529021;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0158735;OID=.;OPOS=41285585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:19:18:19:16:19:18 chr1 41285591 . A G 257.0 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00987065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.747;QD=16.0622;RBI=0.0321715;REFB=0.0123337;REVB=-0.0306198;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778604;STB=0.536191;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0162534;OID=.;OPOS=41285591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:16:13:18:16:16:13:18:17 chr1 41976016 . A AT 84.86 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.257473;FXX=0.142755;HRUN=0;LEN=1;MLLD=58.8019;QD=28.2872;RBI=0.260443;REFB=0;REVB=0.0392252;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.593836;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0323403;OID=.;OPOS=41976017;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:12:12:0:7:5:0:0:3:12:2:0:5:7 chr1 41976017 . C G,T 157.42 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,12;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309425,-0.0288503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.641,101.188;QD=44.9766;RBI=0.031863,0.0335503;REFB=0,0;REVB=0.00760333,0.0171255;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105152,0.00260242;OID=.,.;OPOS=41976017,41976017;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:14:14:0:0:2,12:2,12:0.142857,0.857143:0,7:2,5:0:0:0,7:2,5:0:0 chr1 41978566 . T G 1709.36 PASS AF=1;AO=106;DP=108;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053938;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7412;QD=59.9777;RBI=0.0859408;REFB=0;REVB=0.0669067;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138125;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:114:0:0:106:114:1:62:44:0:0:66:48:0:0 chr1 41978825 . C G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.648;QD=57.2377;RBI=0.0605945;REFB=0;REVB=0.0570636;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68894e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 42048745 . T C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0977163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1773;QD=50.8373;RBI=0.0977342;REFB=-0.0975076;REVB=0.00187267;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00480755;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:15:10:0:0:15:10:0:1 chr1 42049032 . G A 2699.31 PASS AF=1;AO=172;DP=173;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=120;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387011;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3652;QD=62.4117;RBI=0.0621304;REFB=0;REVB=0.0486047;RO=0;SAF=119;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187477;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:173:0:0:172:173:1:53:119:0:0:53:120:0:0 chr1 42049140 . C G 1357.36 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.632;QD=62.4074;RBI=0.0465271;REFB=0;REVB=0.00800746;RO=0;SAF=62;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46613e-05;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:24:62:0:0:25:62:0:0 chr1 42049603 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0604703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2438;QD=11.0198;RBI=0.0663875;REFB=0.0317952;REVB=0.027398;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.0359888;OID=.;OPOS=42049603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:5:1:3:4:5:1:4:4 chr1 42050366 . C T 193.86 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00110514;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.476;QD=16.1548;RBI=0.0995425;REFB=-0.0122946;REVB=-0.0995364;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220443;STB=0.512646;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0128058;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:12:16:11:9:12:16 chr1 42619139 . A G 272.79 PASS AF=0.418919;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0250129;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.533;QD=14.7455;RBI=0.0251068;REFB=-0.0174292;REVB=0.00216992;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22891;STB=0.586881;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0225652;OID=.;OPOS=42619139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:43:30:31:0.418919:18:12:23:13:19:12:23:20 chr1 42619152 . C A 505.75 PASS AF=0.578313;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0276965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.412;QD=24.3733;RBI=0.0441839;REFB=-0.0512872;REVB=0.0344255;RO=35;SAF=23;SAR=24;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921527;STB=0.554195;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0103012;OID=.;OPOS=42619152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:47:48:0.578313:24:23:13:22:24:24:13:22 chr1 42693597 . A G 292.79 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0106528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.358;QD=17.2231;RBI=0.01478;REFB=-0.0045387;REVB=-0.0102454;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188399;STB=0.60539;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00612689;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:23:13:18:14:23:13 chr1 42880516 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0788075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1985;QD=24.8026;RBI=0.0798883;REFB=0.00835042;REVB=0.0130962;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516928;STB=0.529352;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00830618;OID=.;OPOS=42880516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:2:2:4:6:2:2 chr1 42898843 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.00280666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.625;QD=11.8306;RBI=0.00448133;REFB=0.00605539;REVB=-0.00349356;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127723;STB=0.574349;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0113598;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:17:1:1:10:17:1 chr1 42925688 . T G 261.67 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0303656;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9993;QD=16.6141;RBI=0.0329557;REFB=-0.0262316;REVB=0.0128066;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267648;STB=0.522487;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.031755;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:14:15:18:15:14:15:19:15 chr1 43034740 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0336276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7977;QD=14.0963;RBI=0.0785839;REFB=0.00135908;REVB=0.0710254;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564329;STB=0.829203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000691291;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:11:3:9:2:11:3 chr1 43119603 . T C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0206493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2041;QD=17.9393;RBI=0.0225426;REFB=0.0011312;REVB=0.00904296;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405916;STB=0.523136;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00016282;OID=.;OPOS=43119603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:12:7:9:13:12:7:9:13 chr1 43201534 . G A 82.39 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0129362;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.718;QD=17.345;RBI=0.032709;REFB=-0.00884942;REVB=0.0300422;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00872644;OID=.;OPOS=43201534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr1 43212111 . C T 32.38 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0230159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.268;QD=7.19593;RBI=0.0230446;REFB=-0.0268555;REVB=0.00114823;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196884;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0880964;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:18:18:12:12:5:6:0.333333:2:3:5:7:2:4:5:7 chr1 43212431 . A G 1561.6 PASS AF=1;AO=78;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=76;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.8297;QD=54.3164;RBI=0.0850922;REFB=0;REVB=0.0263235;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584529;OID=.;OPOS=43212431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:115:0:0:78:115:1:25:53:0:0:39:76:0:0 chr1 43212869 . A T 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.013102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.336;QD=18.2512;RBI=0.0156697;REFB=-0.0266048;REVB=0.00859512;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.566284;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0196769;OID=.;OPOS=43212869;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:7:8:5:9:7:8:6:9 chr1 43215571 . A G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.924;QD=58.0594;RBI=0.0591261;REFB=0;REVB=0.0580083;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244493;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr1 43309842 . G C 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.986;QD=62.9771;RBI=0.0132875;REFB=0;REVB=0.00459494;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53969e-05;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr1 43395635 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.00595637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.895;QD=15.1662;RBI=0.00644998;REFB=-0.0195084;REVB=-0.00247465;RO=28;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17704;STB=0.575857;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0288329;OID=.;OPOS=43395635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:18:5:3:25:18:5:4:26 chr1 43396414 . G A 81.75 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0442592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6525;QD=8.60535;RBI=0.0466809;REFB=-0.00313599;REVB=0.0148404;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973186;STB=0.559889;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00844977;OID=.;OPOS=43396414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:7:4:12:15:7:4:12:15 chr1 43408966 . G A 849.48 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307179;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.893;QD=56.6321;RBI=0.0551773;REFB=0;REVB=0.0458361;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286184;OID=.;OPOS=43408966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr1 43457170 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.372;QD=47.8224;RBI=0.0221626;REFB=0;REVB=0.00537871;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0533e-05;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 43610910 . T G 117.22 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00344467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.522;QD=12.022;RBI=0.0138723;REFB=-0.0133717;REVB=0.0134378;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454556;STB=0.762392;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0377513;OID=.;OPOS=43610910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:20:5:9:5:20:5 chr1 43649336 . T C 609.57 PASS AF=0.544643;AO=59;DP=110;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0171841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9626;QD=21.7703;RBI=0.0258639;REFB=-0.0107502;REVB=0.01933;RO=51;SAF=30;SAR=29;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319721;STB=0.517115;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00868568;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:51:51:59:61:0.544643:29:30:24:27:30:31:24:27 chr1 43649393 . T C 328.87 PASS AF=0.381443;AO=34;DP=93;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.0206007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.941;QD=13.5618;RBI=0.0206496;REFB=-0.00887396;REVB=-0.00141995;RO=59;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176998;STB=0.616103;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0159938;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:59:60:34:37:0.381443:19:15:17:42:19:18:18:42 chr1 43649508 . A G 229.04 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00464855;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3731;QD=17.6184;RBI=0.0359398;REFB=0.00461614;REVB=0.0356379;RO=27;SAF=4;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381126;STB=0.718109;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00939504;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:21:4:13:14:21:4:13:14 chr1 43652442 . G C 265.72 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00994931;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.192;QD=15.1838;RBI=0.010808;REFB=-0.0198136;REVB=-0.00422196;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336858;STB=0.504777;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0230811;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:30:30:0.428571:14:16:20:20:14:16:21:19 chr1 43662106 . G C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0218994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.876;QD=11.1309;RBI=0.0219386;REFB=-0.01669;REVB=0.00130973;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522173;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.026201;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:6:11:6:4:6:11 chr1 43675467 . G A 215.96 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0282918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9642;QD=15.1554;RBI=0.0799279;REFB=-0.024643;REVB=0.0747532;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163856;STB=0.592361;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0353709;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:23:9:11:14:23:9 chr1 43771016 . TA T 61.49 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.159763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.8159;QD=8.78361;RBI=0.167838;REFB=-0.0317526;REVB=0.0514356;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.5805;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.0237045;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:10:28:11:28:17:5:6:10:7:61:16:4:6:9:7 chr1 43779564 . T C 237.26 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00626646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.642;QD=11.4343;RBI=0.0268979;REFB=-0.0173767;REVB=0.0261578;RO=53;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419243;STB=0.531689;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0316563;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:54:29:29:0.349398:18:11:22:31:18:11:23:31 chr1 43784956 . A G 188.04 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0211636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.789;QD=15.0431;RBI=0.0220229;REFB=-0.0227089;REVB=0.00609173;RO=29;SAF=16;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444936;STB=0.760895;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0333834;OID=.;OPOS=43784956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:19:20:0.4:3:16:14:15:3:17:15:15 chr1 43825644 . T C 287.97 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0118916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.064;QD=25.0407;RBI=0.0136238;REFB=-0.0361068;REVB=0.00664813;RO=18;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220048;STB=0.545419;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0231332;OID=.;OPOS=43825644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:20:26:26:0.565217:8:18:12:6:8:18:12:8 chr1 43886494 . C T 450.14 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0097575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.885;QD=18.9532;RBI=0.0203711;REFB=-0.0176627;REVB=0.0178822;RO=47;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625576;STB=0.541392;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0208704;OID=.;OPOS=43886494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:50:45:45:0.473684:19:26:24:23:19:26:25:25 chr1 43906896 . A G 98.78 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00984615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.685;QD=14.6336;RBI=0.00985391;REFB=0.00293465;REVB=0.000391024;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692817;STB=0.540471;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00591221;OID=.;OPOS=43906896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:9:6:4:8:9:6 chr1 43909265 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00529668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.782;QD=17.247;RBI=0.0210499;REFB=-0.00251103;REVB=-0.0203727;RO=27;SAF=18;SAR=3;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242;STB=0.640622;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00172087;OID=.;OPOS=43909265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:3:18:19:8:3:18:19:8 chr1 43917637 . G A 95.3 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0195632;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.441;QD=10.3029;RBI=0.0207174;REFB=-0.00914016;REVB=0.00681863;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0253456;OID=.;OPOS=43917637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:19:24:11:12:0.324324:3:8:13:6:3:9:18:6 chr1 44058265 . C A 136.75 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00909564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.33;QD=11.3961;RBI=0.0102017;REFB=-0.0128365;REVB=0.00461989;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351377;STB=0.520807;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0301777;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:15:17:8:8:15:17 chr1 44071221 . G A 596.77 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140685;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.838;QD=58.2214;RBI=0.0614896;REFB=0.010321;REVB=0.0598586;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.513507;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000243795;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:0:1:38:39:0.95122:21:17:0:0:21:18:1:0 chr1 44072018 . C T 318.9 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0513115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7288;QD=14.4954;RBI=0.0641891;REFB=-0.00693619;REVB=-0.0385665;RO=50;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801626;STB=0.521616;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0126115;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:52:36:36:0.409091:17:19:26:24:16:20:27:25 chr1 44072066 . C T 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0445501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.087;QD=16.0643;RBI=0.0447155;REFB=-0.00286134;REVB=0.00384323;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144906;STB=0.581707;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00343058;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:14:12:19:12:14:12:19:12 chr1 44083507 . T C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8979;QD=63.2834;RBI=0.0411997;REFB=0;REVB=0.0370107;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03027e-05;OID=.;OPOS=44083507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr1 44083519 . G A 704.69 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0624213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6385;QD=58.7244;RBI=0.0711506;REFB=-0.113927;REVB=0.0341466;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519991;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00699337;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:0:2:46:46:0.958333:22:24:0:0:22:24:2:0 chr1 44084739 . C T 417.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1227;QD=53.9283;RBI=0.0716284;REFB=-0.137311;REVB=0.057428;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00570385;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:0:1:22:8:0:1 chr1 44086831 . C T 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.378;QD=60.972;RBI=0.0499871;REFB=0;REVB=0.00755881;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225048;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr1 44137257 . C A 765.25 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.023;QD=63.7708;RBI=0.0420786;REFB=0;REVB=0.0409386;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110881;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr1 44395786 . C T 464.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.519;QD=58.0287;RBI=0.049386;REFB=0;REVB=0.0368723;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327092;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:10:22:0:0 chr1 44401384 . A G 428.12 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.026;QD=57.0832;RBI=0.0651095;REFB=0;REVB=0.0370862;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775739;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:12:18:0:0 chr1 44415415 . C T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.541;QD=63.2845;RBI=0.0279454;REFB=0;REVB=0.0197269;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150034;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 44457305 . G A 885.4 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6744;QD=55.3375;RBI=0.0389237;REFB=-0.123434;REVB=0.0364955;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000863962;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:61:63:0.984375:28:33:1:0:29:34:1:0 chr1 44595113 . G C 724.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0848;QD=56.8277;RBI=0.0370572;REFB=0;REVB=0.0305672;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250867;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:22:26:0:0:23:28:0:0 chr1 44595410 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0608613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.766;QD=39.3177;RBI=0.0618044;REFB=-0.000714143;REVB=0.0107557;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.571311;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000375136;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:0:1:3:10:0:1 chr1 44595426 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.498;QD=53.2772;RBI=0.0475016;REFB=0;REVB=0.0332541;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525514;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 44686217 . C T 328.64 PASS AF=0.48;AO=34;DP=73;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00316054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.673;QD=17.5274;RBI=0.0102965;REFB=0.00185629;REVB=-0.00979944;RO=39;SAF=10;SAR=24;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247115;STB=0.646784;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00192084;OID=.;OPOS=44686217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:39:39:34:36:0.48:24:10:21:18:26:10:21:18 chr1 44788397 . CA C,CT 203.2 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307983,0.0292665;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.297,155.796;QD=47.8127;RBI=0.0424447,0.0429825;REFB=0,0;REVB=-0.0292065,-0.0314796;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0304453,0.00543033;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.117647,0.882353:2,15:17:2,15:17:0:2,6:0,9:0:0:9:0:2,6:0,9:0:0 chr1 45162768 . A G 204.36 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00501826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.966;QD=22.7063;RBI=0.0116839;REFB=-0.0309287;REVB=-0.0105513;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307373;STB=0.517224;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0227564;OID=.;OPOS=45162768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:9:7:8:12:9:7 chr1 45187478 . T C 480.96 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0531746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4116;QD=53.4399;RBI=0.0567984;REFB=0.0139699;REVB=0.0199631;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0155991;OID=.;OPOS=45187478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:17:17:1:1:17:17:1:1 chr1 45285631 . G A 298.07 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0456562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0907;QD=45.8565;RBI=0.048097;REFB=-0.0365201;REVB=0.0151271;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768812;STB=0.535685;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0335024;OID=.;OPOS=45285631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:26:2:2:22:24:0.923077:11:11:2:0:11:13:2:0 chr1 45285664 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4516;QD=51.1846;RBI=0.0238842;REFB=0;REVB=0.0166491;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92667e-06;OID=.;OPOS=45285664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 45553636 . G T 144.88 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.017323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.351;QD=10.1668;RBI=0.0189235;REFB=-0.00538403;REVB=-0.00761668;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104406;STB=0.570296;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0118786;OID=.;OPOS=45553636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:19:19:0.333333:8:11:18:19:8:11:18:20 chr1 45671527 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.191;QD=16.199;RBI=0.00821541;REFB=0.00549831;REVB=0.00821541;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00938785;OID=.;OPOS=45671527;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr1 45805566 . G C 581.05 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.705;QD=59.5948;RBI=0.0574801;REFB=0;REVB=0.032294;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142389;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:35:39:1:25:10:0:0:27:12:0:0 chr1 45962136 . G GC 192.39 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161836;FXX=0.399867;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.722;QD=42.7528;RBI=0.0657302;REFB=0;REVB=0.0637068;RO=27;SAF=0;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0016766;OID=.;OPOS=45962137;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:30:18:18:0:0:18:0:0:3:27:0:3:12:15 chr1 45962137 . T C,G 391.34 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=27,2;DP=30;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550442,-0.013525;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.613,57.2163;QD=53.978;RBI=0.0572045,0.0699697;REFB=0,0;REVB=0.056939,-0.06865;RO=0;SAF=12,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000519135,0.207764;OID=.,.;OPOS=45962137,45962137;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:29:0:0:27,2:28,1:0.965517,0.0344828:15,2:12,0:0:0:16,1:12,0:0:0 chr1 45973928 . G A 170.26 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296003;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.103;QD=42.5638;RBI=0.0328827;REFB=-0.0117179;REVB=0.0143211;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365123;STB=0.519974;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00148429;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:12:3:0:1:12:3:0:1 chr1 46035615 . A AC 33.41 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0449448;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.4717;QD=6.36308;RBI=0.235642;REFB=-0.0447196;REVB=0.231316;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521733;STB=0.845038;STBP=0.055;TYPE=ins;VARB=0.135801;OID=.;OPOS=46035616;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:21:6:21:15:1:5:10:5:33:14:1:5:9:5 chr1 46073489 . G A 423.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5646;QD=54.6862;RBI=0.0720998;REFB=-0.0765791;REVB=0.0501635;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321142;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:21:10:0:0 chr1 46078854 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.855;QD=43.4784;RBI=0.0317911;REFB=0;REVB=0.0317001;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600399;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 46078884 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.431;QD=46.848;RBI=0.0384592;REFB=0;REVB=0.0382655;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269445;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 46086077 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.647;QD=44.6893;RBI=0.0114801;REFB=0;REVB=-0.00574259;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78349e-05;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 46087577 . G A 718.36 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0178436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.559;QD=57.4685;RBI=0.0685117;REFB=-0.133297;REVB=0.0661473;RO=2;SAF=27;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335685;STB=0.503423;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00229197;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:50:50:2:2:47:48:0.96:20:27:2:0:20:28:1:1 chr1 46379518 . A G 742.64 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00286349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9397;QD=53.0454;RBI=0.00483194;REFB=-0.0619393;REVB=-0.00389206;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029429;STB=0.515619;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00128907;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:22:31:2:0:23:31:2:0 chr1 46476587 . T G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2365;QD=57.195;RBI=0.0292471;REFB=0;REVB=0.0216699;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498347;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:29:1:0:0:29:1:0:0 chr1 46493460 . T G 480.15 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0502399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9384;QD=37.6589;RBI=0.058609;REFB=-0.0347575;REVB=0.0301822;RO=10;SAF=27;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174402;STB=0.593953;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0278603;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:10:10:41:41:0.803922:14:27:2:8:14:27:2:8 chr1 46496709 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.454;QD=61.5356;RBI=0.0139483;REFB=0;REVB=0.0119253;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0758e-05;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr1 46498375 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.285;QD=64.4125;RBI=0.0239671;REFB=0;REVB=-0.0181681;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14125e-05;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr1 46506146 . T C 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0124687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.407;QD=23.8319;RBI=0.0152318;REFB=-0.00643885;REVB=0.00874864;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981017;STB=0.553818;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00431212;OID=.;OPOS=46506146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:19:19:10:17:19:19:10:17 chr1 46521517 . G A 345.45 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111681;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.663;QD=55.2717;RBI=0.0351702;REFB=0;REVB=0.0333499;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031075;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:23:25:1:6:17:0:0:8:17:0:0 chr1 46521559 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00649565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.931;QD=51.1846;RBI=0.0268784;REFB=0;REVB=0.0260817;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45715e-05;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr1 46655158 . T C 564.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.412;QD=59.4389;RBI=0.0305996;REFB=0;REVB=0.0230812;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86682e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr1 46810530 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0734732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.969;QD=42.1823;RBI=0.0774479;REFB=0;REVB=0.0244924;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0028522;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 46871986 . T C 627.02 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5808;QD=61.1725;RBI=0.0594867;REFB=0;REVB=0.0380861;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128994;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr1 46972694 . C T 870.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158216;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.461;QD=57.066;RBI=0.0158216;REFB=0;REVB=-3.84712e-05;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574302;OID=.;OPOS=46972694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:27:32:0:0:29:32:0:0 chr1 47059934 . T C 804.93 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3169;QD=64.3948;RBI=0.0500948;REFB=0;REVB=0.00724633;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305617;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr1 47078637 . T C 1498.08 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414792;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.328;QD=62.4201;RBI=0.0504571;REFB=-0.159614;REVB=0.0287296;RO=1;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998257;STB=0.505262;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00178628;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:1:1:95:95:0.989583:48:47:1:0:48:47:1:0 chr1 47080679 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.959;QD=53.9088;RBI=0.0248954;REFB=0;REVB=0.024646;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764852;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 47101015 . C A 264.7 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00737257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.753;QD=13.0714;RBI=0.0330062;REFB=-0.011065;REVB=-0.0321723;RO=50;SAF=18;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877712;STB=0.550249;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0194296;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:50:31:31:0.382716:13:18:25:25:13:18:25:25 chr1 47131319 . A T 320.07 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00763853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.231;QD=16.0034;RBI=0.0201545;REFB=-0.00348777;REVB=-0.0186509;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936389;STB=0.559106;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00333025;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:20:15:23:21:20:15:24:21 chr1 47138819 . T G 38.47 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.110298;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2184;QD=8.54812;RBI=0.116104;REFB=-0.0299017;REVB=0.0362586;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0232213;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:6:6:4:2:6:6 chr1 47279175 . C T 695.87 PASS AF=0.496403;AO=55;DP=128;FAO=69;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.00174142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.396;QD=20.0251;RBI=0.0238993;REFB=-0.0222246;REVB=-0.0238358;RO=54;SAF=41;SAR=14;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145351;STB=0.5632;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0203697;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:139:54:70:55:69:0.496403:14:41:33:21:27:42:34:36 chr1 47280746 . GAT G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0199532;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.671;QD=20.2743;RBI=0.0288629;REFB=-0.0203473;REVB=0.0208551;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062672;STB=0.535342;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.0194446;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489362:23:47:23:47:24:14:9:13:11:99:24:14:9:13:11 chr1 47280859 . G A 285.69 PASS AF=0.369565;AO=31;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.000689775;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.661;QD=12.4212;RBI=0.0537999;REFB=-0.0224286;REVB=-0.0537955;RO=54;SAF=20;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261745;STB=0.647163;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0277958;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:58:31:34:0.369565:11:20:22:32:11:23:26:32 chr1 47280884 . C T 393.35 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0165594;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.889;QD=16.9181;RBI=0.0349626;REFB=-0.00232824;REVB=0.0307923;RO=53;SAF=28;SAR=13;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325496;STB=0.687474;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00713764;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:53:52:41:41:0.44086:13:28:19:34:13:28:18:34 chr1 47282772 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00577501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.665;QD=7.12422;RBI=0.014235;REFB=-0.00482066;REVB=0.0130109;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103224;STB=0.563939;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0133197;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:18:23:9:5:18:23 chr1 47395973 . G A 164.07 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00702715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5611;QD=12.8678;RBI=0.00960704;REFB=-0.0181198;REVB=-0.00655091;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.562436;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0373113;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:12:20:10:9:12:20 chr1 47398496 . A G 265.65 PASS AF=0.351648;AO=30;DP=89;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=-0.0731527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6458;QD=11.6769;RBI=0.0970459;REFB=-0.00643034;REVB=0.0637698;RO=59;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122673;STB=0.553862;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0126438;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:59:59:30:32:0.351648:19:11:16:43:21:11:16:43 chr1 47399967 . G A 163.95 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0256216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9536;QD=29.8088;RBI=0.0375835;REFB=0.0225285;REVB=-0.0274964;RO=6;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102299;STB=0.556888;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0075928;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:5:11:3:3:5:11:3:3 chr1 47571902 . C T 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.451;QD=50.1339;RBI=0.0252708;REFB=-0.0121125;REVB=0.00659091;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000950381;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:16:8:0:1:16:8:0:1 chr1 47571905 . C T 289.18 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0985989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1003;QD=46.268;RBI=0.125586;REFB=-0.0108886;REVB=0.077782;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336139;STB=0.518202;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00567409;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:16:7:1:1:16:7:1:1 chr1 47607281 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.17929e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.387;QD=62.3501;RBI=0.0164229;REFB=0;REVB=0.0164227;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61645e-05;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 47607785 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.234;QD=51.179;RBI=0.0394833;REFB=0;REVB=0.0373776;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149041;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chr1 47607851 . A T 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0443807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.421;QD=47.8135;RBI=0.0444121;REFB=-0.0528879;REVB=0.00167026;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00217591;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr1 47608983 . G T 728.84 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00470629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7479;QD=57.1636;RBI=0.0404815;REFB=0;REVB=-0.040207;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586766;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 47609489 . T C 639.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.075;QD=60.8774;RBI=0.0173947;REFB=0;REVB=-0.00101198;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189069;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr1 47610065 . A C 332.28 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0186558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0092;QD=26.5822;RBI=0.0204161;REFB=-0.00260969;REVB=-0.00829327;RO=21;SAF=5;SAR=24;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228388;STB=0.627668;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00266934;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:24:5:8:13:24:5:8:13 chr1 47610293 . C T 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0300256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0581;QD=2.84362;RBI=0.0561635;REFB=0.00213547;REVB=0.0474637;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155354;STB=0.626434;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00869986;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:39:40:6:6:0.130435:2:4:21:18:2:4:21:19 chr1 47610590 . A C 128.88 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0080624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.19;QD=8.45107;RBI=0.00934149;REFB=-0.0148041;REVB=-0.00471818;RO=43;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684605;STB=0.540938;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0284788;OID=.;OPOS=47610590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:9:9:19:24:9:9:19:24 chr1 47611598 . T C 1512.59 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9601;QD=59.9046;RBI=0.0234498;REFB=0;REVB=0.00249333;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53447e-05;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:47:54:0:0:47:54:0:0 chr1 47685455 . T C 339.83 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295491;FXX=0.0714031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.602;QD=52.2821;RBI=0.0301301;REFB=-0.00806317;REVB=0.00588829;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00114902;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr1 47717189 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.102;QD=49.5988;RBI=0.0170013;REFB=0;REVB=0.0031892;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98428e-05;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 47834209 . G T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.049768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.05;QD=14.7002;RBI=0.0542492;REFB=-0.0315141;REVB=0.0215897;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359952;STB=0.713877;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0198377;OID=.;OPOS=47834209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:2:10:8:7:2:10:8:7 chr1 47842431 . G A 446.63 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0530946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.186;QD=54.1369;RBI=0.062949;REFB=-0.00993337;REVB=0.0338162;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0077757;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:33:1:1:29:32:0.969697:15:14:0:1:18:14:0:1 chr1 47842666 . A T 570.64 PASS AF=1;AO=23;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.2771;QD=57.0638;RBI=0.242804;REFB=0;REVB=-0.040752;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262227;OID=.;OPOS=47842666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:23:40:1:18:5:0:0:25:15:0:0 chr1 47883019 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.775;QD=28.6827;RBI=0.0276077;REFB=-0.0139433;REVB=0.0276077;RO=2;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325017;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:9:0:0:2:9:0:0:2 chr1 47883024 . A G 147.4 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596076;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6318;QD=45.3542;RBI=0.0597719;REFB=0;REVB=-0.00442787;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026061;OID=.;OPOS=47883024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:13:0:0:9:13:1:8:1:0:0:10:3:0:0 chr1 47906338 . G A 1572.69 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.775;QD=59.9121;RBI=0.024313;REFB=0;REVB=0.00630895;RO=0;SAF=44;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37266e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:104:105:1:60:44:0:0:61:44:0:0 chr1 48241061 . G A 164.96 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.233;QD=41.2391;RBI=0.0238149;REFB=-0.0870029;REVB=-0.0214417;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000961573;OID=.;OPOS=48241061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:0:1:4:11:0:1 chr1 48697733 . T G 1034.1 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00540313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.063;QD=55.8973;RBI=0.0155425;REFB=-0.103873;REVB=0.0145731;RO=2;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028636;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000350205;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:74:2:2:71:72:0.972973:32:39:0:2:33:39:1:1 chr1 48713394 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.124;QD=49.5992;RBI=0.0498253;REFB=0;REVB=0.0482096;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490049;OID=.;OPOS=48713394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr1 49113319 . T C 77.37 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00157483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.303;QD=13.4552;RBI=0.00264021;REFB=-0.0148201;REVB=-0.00211911;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.680449;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0098822;OID=.;OPOS=49113319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:7:2:6:7:8:2:6:7 chr1 49224584 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00489847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.531;QD=15.8822;RBI=0.0249458;REFB=-0.0386127;REVB=-0.0244602;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0213126;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr1 49224751 . T C 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0287829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8776;QD=25.4504;RBI=0.0458198;REFB=-0.0192398;REVB=-0.035651;RO=20;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908811;STB=0.549968;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0105988;OID=.;OPOS=49224751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:20:12:10:10:20:12:10:10 chr1 49511424 . A G 142.84 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0135064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4651;QD=10.7803;RBI=0.0207323;REFB=-0.00856693;REVB=-0.0157292;RO=35;SAF=15;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336315;STB=0.702222;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0198682;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:3:15:21:14:3:15:21:14 chr1 50661411 . C T 557.94 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0653086;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=94.2649;QD=51.9018;RBI=0.0656517;REFB=-0.141124;REVB=0.00670315;RO=3;SAF=11;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615179;STB=0.524483;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00281211;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:3:4:39:39:0.906977:28:11:2:1:28:11:2:2 chr1 50666515 . C T 694.44 PASS AF=0.959184;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0296037;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.0087;QD=56.6887;RBI=0.0859925;REFB=-0.0379311;REVB=0.0807361;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037388;STB=0.500434;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0172957;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:49:2:2:44:47:0.959184:24:20:1:1:24:23:1:1 chr1 51873951 . G A 695.02 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256976;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.007;QD=63.1838;RBI=0.0259638;REFB=0;REVB=0.00370863;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208348;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr1 52264064 . A G 556.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000183476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8324;QD=60.1582;RBI=0.00407865;REFB=0;REVB=0.00407452;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36234e-05;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr1 52266350 . C T 255.81 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4651;QD=51.1624;RBI=0.0366864;REFB=0;REVB=0.02355;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.03082e-05;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 52439128 . G GT 1330.6 PASS AF=0.988506;AO=83;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0528146;FXX=0.0113623;HRUN=0;LEN=1;MLLD=213.555;QD=61.1769;RBI=0.0532938;REFB=-0.100326;REVB=-0.00713069;RO=2;SAF=55;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808011;STB=0.50877;STBP=0.259;TYPE=ins;VARB=0.000445481;OID=.;OPOS=52439129;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:83:87:86:87:1:58:28:0:1:3:2:55:28:1:1 chr1 52903928 . ATTTTT ATTTT,ATTTTC 63.7 PASS AF=0.191489,0.106383;AO=12,5;DP=47;FAO=9,5;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7,2;FSAR=2,3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0845605,-0.0256211;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.6832,25.5409;QD=5.42165;RBI=0.127027,0.0464822;REFB=-0.0964945,-0.0472588;REVB=-0.0947918,-0.0387834;RO=29;SAF=7,3;SAR=5,2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0.354839,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233078,0.253212;STB=0.808399,0.533203;STBP=0.056,0.975;TYPE=del,snp;VARB=0.131958,0.132905;OID=.,.;OPOS=52903929,52903933;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTT,ATTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489,0.106383:12,5:47:9,5:47:33:7,2:2,3:12:21:24:29:7,3:5,2:11:18 chr1 52903935 . CA AT,CAT 67.18 PASS AF=0.0816327,0.142857;AO=8,5;DP=49;FAO=4,7;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3,6;FSAR=1,1;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.134927,-0.128756;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=184.024,183.984;QD=5.48386;RBI=0.136126,0.129761;REFB=0.000876223,-0.000795785;REVB=-0.0180241,-0.0161197;RO=35;SAF=7,4;SAR=1,1;SRF=11;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.626732,0.518565;STB=0.828401,0.890447;STBP=0.276,0.062;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0702744,0.0693255;OID=.,.;OPOS=52903935,52903937;OREF=CA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:49:49:35:38:8,5:4,7:0.0816327,0.142857:1,1:7,4:11:24:1,1:3,6:13:25 chr1 52991638 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.291;QD=57.2006;RBI=0.0308418;REFB=0;REVB=0.000323438;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106529;OID=.;OPOS=52991638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr1 53072454 . T A,C 747.62 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=2,51;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0866564,0.00541366;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.7372,239.192;QD=56.4242;RBI=0.0894113,0.00641036;REFB=0,0;REVB=-0.022024,-0.00343292;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.2152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0422666,0.00013555;OID=.,.;OPOS=53072454,53072454;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:53:0:0:2,51:1,52:0.0188679,0.981132:2,32:0,19:0:0:1,33:0,19:0:0 chr1 53250650 . G A 1074.83 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1694;QD=58.8948;RBI=0.0152484;REFB=0;REVB=0.013271;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016559;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:73:0:0:71:73:1:37:34:0:0:38:35:0:0 chr1 53380922 . T G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0459824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.976;QD=13.4417;RBI=0.0483553;REFB=-0.0142971;REVB=0.0149618;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.620451;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0243082;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:8:5:6:4:8:5 chr1 53519270 . C T 425.24 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0379307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9012;QD=18.8997;RBI=0.0410805;REFB=-0.0152676;REVB=-0.0157758;RO=46;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11093;STB=0.56636;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0116249;OID=.;OPOS=53519270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:47:43:43:0.477778:21:22:29:17:21:22:30:17 chr1 53532535 . G C 116.9 PASS AF=0.243243;AO=17;DP=75;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00842105;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.292;QD=6.31913;RBI=0.0220641;REFB=0.00457698;REVB=0.0203939;RO=56;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363392;STB=0.526997;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0147941;OID=.;OPOS=53532535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:56:56:17:18:0.243243:8:9:28:28:9:9:30:26 chr1 53535478 . G A 109.44 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0169117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3713;QD=16.2127;RBI=0.0462289;REFB=-0.0154691;REVB=0.0430245;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225385;STB=0.629024;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0146054;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:10:4:7:6:10:4 chr1 53537266 . G A 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0858538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9199;QD=63.8649;RBI=0.10689;REFB=0;REVB=0.0636757;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107059;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr1 53544289 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00215192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.647;QD=19.1341;RBI=0.0165407;REFB=-0.00718843;REVB=0.0164001;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00327912;OID=.;OPOS=53544289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr1 53553702 . A G 961.5 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.293;QD=58.2724;RBI=0.0256611;REFB=0;REVB=0.00527332;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112413;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:32:34:0:0 chr1 53558270 . A G 446.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0616875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8653;QD=57.6726;RBI=0.0618277;REFB=0;REVB=0.00416121;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115246;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr1 53676448 . G A 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00210714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.963;QD=16.4429;RBI=0.017749;REFB=-0.0234994;REVB=-0.0176235;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297438;STB=0.669261;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.033169;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:8:19:8:12:8:19 chr1 53679878 . T C 151.21 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0327123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9064;QD=20.1613;RBI=0.035844;REFB=0.00580144;REVB=-0.0146525;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110236;STB=0.562422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0107368;OID=.;OPOS=53679878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:6:8:7:9:6:8 chr1 53684524 . GC G,GG 129.57 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=7,4;DP=11;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819935,0.0785961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=237.368,240.231;QD=43.1894;RBI=0.0828616,0.0792715;REFB=0,0;REVB=0.0119625,0.0103256;RO=0;SAF=6,2;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00345456,0.00953871;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:7,4:11:2,10:12:0:1,8:1,2:0:0:10:0:6,2:1,2:0:0 chr1 53716416 . G A 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0381284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.007;QD=17.2644;RBI=0.0404436;REFB=-0.0233234;REVB=0.0134873;RO=41;SAF=22;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731164;STB=0.54836;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0258738;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:14:22:22:19:14:22:22:20 chr1 53792651 . A C 474.15 PASS AF=0.47;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0368693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.867;QD=18.9661;RBI=0.0368993;REFB=-0.0161397;REVB=-0.00148629;RO=52;SAF=22;SAR=25;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428069;STB=0.518194;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0175094;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:52:53:47:47:0.47:25:22:22:30:25:22:23:30 chr1 53793511 . T C 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0357912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6104;QD=18.7644;RBI=0.0578688;REFB=-0.0527416;REVB=-0.045473;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.58791;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0435713;OID=.;OPOS=53793511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:1:2:5:1:1:2 chr1 53995515 . G A 761.72 PASS AF=0.982143;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.3806;QD=54.4086;RBI=0.158973;REFB=0.00352339;REVB=0.157783;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00123678;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:56:0:1:51:55:0.982143:23:28:0:0:26:29:0:1 chr1 54258880 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0145379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.525;QD=16.9316;RBI=0.0260789;REFB=-0.00597509;REVB=0.0216508;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430695;OID=.;OPOS=54258880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:10:1:1:11:11:1:1:11 chr1 54606804 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.003;QD=58.5878;RBI=0.0334049;REFB=0;REVB=0.0231384;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142296;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr1 54607051 . A G 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236009;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.58;QD=51.984;RBI=0.0436999;REFB=0;REVB=0.0367788;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291871;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 54637167 . T C 150.4 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0505317;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.481;QD=27.3462;RBI=0.0571499;REFB=-0.008311;REVB=0.0266957;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853821;STB=0.533289;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00176994;OID=.;OPOS=54637167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:22:7:7:14:15:0.681818:8:6:4:3:8:7:4:3 chr1 54637202 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0271633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8208;QD=5.00521;RBI=0.0460664;REFB=-0.00786719;REVB=-0.0372057;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.633691;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0293239;OID=.;OPOS=54637202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:11:11:2:4:11:11 chr1 54637417 . G A 377.85 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0245992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3708;QD=24.3772;RBI=0.0290226;REFB=-0.0313579;REVB=-0.015401;RO=25;SAF=24;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10008;STB=0.555011;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.027488;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:13:24:13:12:13:24:13:12 chr1 54637697 . A G 234.56 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00911178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.568;QD=15.3811;RBI=0.0156099;REFB=-0.0205606;REVB=-0.0126746;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133746;STB=0.575519;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0257657;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:13:21:13:14:13:21 chr1 54661150 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0166608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9958;QD=9.49142;RBI=0.111188;REFB=0.01005;REVB=-0.109933;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0238192;OID=.;OPOS=54661150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:14:4:2:7:14:4 chr1 54683856 . C G 1184.79 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5859;QD=59.9894;RBI=0.112625;REFB=0;REVB=0.0604478;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159177;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:37:39:0:0:39:40:0:0 chr1 54683925 . G A 753.38 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.864;QD=61.5005;RBI=0.0850106;REFB=0;REVB=0.0770801;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276315;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:29:20:0:0 chr1 54686374 . T C 850.56 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4552;QD=57.6652;RBI=0.0348583;REFB=0;REVB=-0.0283098;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525524;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:25:34:0:0:25:34:0:0 chr1 54686464 . C T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1162;QD=60.9743;RBI=0.0627742;REFB=0;REVB=-0.0184327;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564072;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 54690954 . T C 56.72 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.154044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.963;QD=12.6045;RBI=0.154045;REFB=-0.021522;REVB=-0.000427394;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.538369;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0075815;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:16:18:8:10:8:8:0.444444:6:2:1:7:6:2:2:8 chr1 54704567 . A G 61.99 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.3084;QD=35.4211;RBI=0.134921;REFB=0;REVB=-0.134896;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0134468;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 54704629 . C T 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0120971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.246;QD=13.4566;RBI=0.047025;REFB=-0.00513306;REVB=-0.0454424;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240656;STB=0.651929;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00460702;OID=.;OPOS=54704629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:6:5:3:11:6:5:3:12 chr1 55060251 . C T 354.96 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00525109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.901;QD=19.1867;RBI=0.0117053;REFB=-0.0251154;REVB=0.0104614;RO=37;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619049;STB=0.541739;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0234848;OID=.;OPOS=55060251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:37:36:37:0.5:15:21:24:13:16:21:24:13 chr1 55064980 . G A 511.69 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00577239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.554;QD=24.0794;RBI=0.0378272;REFB=-0.00690494;REVB=-0.0373842;RO=36;SAF=36;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181352;STB=0.595702;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00357927;OID=.;OPOS=55064980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:37:48:48:0.564706:12:36:20:16:12:36:21:16 chr1 55075062 . C T 215.62 PASS AF=0.42;AO=17;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0174122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.9951;QD=17.2492;RBI=0.0186494;REFB=-0.0741396;REVB=0.00667954;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278502;STB=0.638754;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0205024;OID=.;OPOS=55075062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:28:17:21:0.42:6:11:7:13:7:14:12:16 chr1 55075122 . C G 329.76 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0358282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9051;QD=15.7026;RBI=0.0594586;REFB=0.0113122;REVB=-0.0474517;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240506;STB=0.628836;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0195513;OID=.;OPOS=55075122;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:48:36:36:0.428571:15:21:16:31:15:21:17:31 chr1 55118566 . C G 778.83 PASS AF=0.964912;AO=44;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.059058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.405;QD=54.6545;RBI=0.0707014;REFB=-0.130788;REVB=0.0388695;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.509431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000936638;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:44:55:0.964912:24:20:0:1:26:29:0:1 chr1 55119515 . T G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000983385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.907;QD=64.4138;RBI=0.00205253;REFB=0;REVB=0.00180162;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32454e-06;OID=.;OPOS=55119515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr1 55119546 . A G 725.05 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.072;QD=63.0481;RBI=0.0888051;REFB=0;REVB=0.00293226;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315743;OID=.;OPOS=55119546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:40:46:1:29:11:0:0:29:17:0:0 chr1 55136529 . T C 1616.68 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0316945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9066;QD=57.2276;RBI=0.0677951;REFB=-0.102791;REVB=0.0599303;RO=2;SAF=58;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000927147;STB=0.50516;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00273944;OID=.;OPOS=55136529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:2:3:110:110:0.973451:52:58:1:1:52:58:1:2 chr1 55139741 . A G 1120.14 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000809563;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.083;QD=60.5479;RBI=0.0056354;REFB=0;REVB=0.00557694;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59474e-06;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:36:38:0:0 chr1 55167773 . T A 1663.39 PASS AF=1;AO=107;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223846;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7364;QD=59.9421;RBI=0.0787512;REFB=0;REVB=0.0787194;RO=1;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298414;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:1:0:107:111:1:66:41:0:1:69:42:0:0 chr1 55182300 . T A 919.79 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1315;QD=58.3994;RBI=0.0579528;REFB=0;REVB=0.012844;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606322;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr1 55251689 . T C 697.68 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.152;QD=60.6679;RBI=0.0383824;REFB=-0.118185;REVB=0.0307402;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000480454;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:0:1:45:45:0.978261:17:28:0:0:17:28:0:1 chr1 55266797 . G C 362.32 PASS AF=0.481013;AO=33;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0268494;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4149;QD=18.3455;RBI=0.0614453;REFB=-0.0726859;REVB=0.0552688;RO=28;SAF=21;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23222;STB=0.564423;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0318305;OID=.;OPOS=55266797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:28:39:33:38:0.481013:12:21:10:18:13:25:21:18 chr1 55271845 . C T 866.17 PASS AF=0.502857;AO=87;DP=175;FAO=88;FDP=175;FR=.;FRO=87;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=0.0158867;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.213;QD=19.7981;RBI=0.0516875;REFB=-0.00524186;REVB=-0.0491854;RO=85;SAF=59;SAR=28;SRF=57;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077731;STB=0.502092;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0100095;OID=.;OPOS=55271845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:85:87:87:88:0.502857:28:59:57:28:28:60:59:28 chr1 55277599 . T C 468.96 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599499;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7515;QD=58.6194;RBI=0.0866496;REFB=0;REVB=-0.0625633;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214343;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 55280690 . G A 106.6 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0046183;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.502;QD=10.9331;RBI=0.0167466;REFB=-0.0014526;REVB=-0.0160972;RO=23;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117047;STB=0.654488;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00257169;OID=.;OPOS=55280690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:26:13:13:0.333333:2:11:18:5:2:11:18:8 chr1 55307332 . G T 208.24 PASS AF=0.306452;AO=16;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.059916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.1696;QD=13.435;RBI=0.0812198;REFB=-0.0161693;REVB=-0.0548337;RO=28;SAF=2;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47024;STB=0.643517;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0675632;OID=.;OPOS=55307332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:32:16:19:0.306452:14:2:13:15:14:5:15:17 chr1 55307501 . A G 81.79 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0360805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.6018;QD=19.2448;RBI=0.0465102;REFB=0.0162257;REVB=-0.0293495;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.588064;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0119554;OID=.;OPOS=55307501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:2:5:5:5:2:5 chr1 55457710 . G A 380.26 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0300652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.95;QD=24.9347;RBI=0.0300853;REFB=-0.0144614;REVB=0.00109826;RO=24;SAF=12;SAR=25;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215915;STB=0.617013;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00741549;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:25:12:2:22:25:12:2:22 chr1 55518054 . C T 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0449989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.817;QD=9.82993;RBI=0.0477971;REFB=-0.00738876;REVB=0.0161141;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501631;STB=0.793252;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0144783;OID=.;OPOS=55518054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:8:4:21:5:8:4:21:5 chr1 55523033 . A G 1572.76 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00450007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3362;QD=62.9106;RBI=0.0565954;REFB=-0.0637418;REVB=-0.0564163;RO=1;SAF=57;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111598;STB=0.505881;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000407598;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:1:1:99:99:0.99:42:57:0:1:42:57:0:1 chr1 55524197 . A G 631.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.392;QD=61.5756;RBI=0.0352937;REFB=0;REVB=-0.0350708;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173457;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 55524237 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.009;QD=59.143;RBI=0.0466318;REFB=0;REVB=0.0434055;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124691;OID=.;OPOS=55524237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr1 55529187 . G A 1196.41 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0361798;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.07;QD=56.3015;RBI=0.0431687;REFB=-0.0607201;REVB=0.0235491;RO=3;SAF=23;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040947;STB=0.512364;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.000986972;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:85:3:4:81:81:0.952941:58:23:1:2:58:23:2:2 chr1 55541174 . A G 556.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.241;QD=60.2139;RBI=0.0702561;REFB=0;REVB=0.050075;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585261;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 55638075 . G A 776.03 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.963;QD=63.3493;RBI=0.00476305;REFB=0;REVB=-0.00459983;RO=0;SAF=34;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638231;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:14:34:0:0:15:34:0:0 chr1 55842312 . G C 632.27 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0102819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.07;QD=48.636;RBI=0.0135256;REFB=-0.0866929;REVB=0.00878774;RO=4;SAF=29;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156595;STB=0.508344;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0008654;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:19:29:2:2:19:29:2:2 chr1 55864258 . C T 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3679;QD=56.9537;RBI=0.0549624;REFB=0;REVB=-0.0153004;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453044;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:39:13:0:0:39:13:0:0 chr1 56714833 . C T 252.51 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00841908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.706;QD=21.0422;RBI=0.0154472;REFB=-0.0193416;REVB=0.0129512;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223947;STB=0.624902;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0136198;OID=.;OPOS=56714833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:18:6:12:12:18:6 chr1 56961756 . A G 205.76 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0246231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6789;QD=23.5158;RBI=0.0606352;REFB=-0.0228913;REVB=0.0554105;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948697;STB=0.553137;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0195205;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:7:8:13:7:7:8 chr1 57209695 . T G 117.61 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0101767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.536;QD=12.3797;RBI=0.055534;REFB=-0.018451;REVB=0.0545936;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201609;STB=0.619655;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.033881;OID=.;OPOS=57209695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:4:10:13:11:4:10:13:11 chr1 57221547 . TC CT,TCT 284.57 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,3;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015051,-0.0513139;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=9.79369,14.3751;QD=37.9432;RBI=0.0185733,0.0636498;REFB=0,0;REVB=0.0185122,0.0376588;RO=22;SAF=0,2;SAR=3,1;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.641296,0.0357353;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.171793,-0.0191058;OID=.,.;OPOS=57221547,57221549;OREF=TC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:30:30:22:0:3,3:3,27:0.1,0.9:3,1:0,2:14:8:3,9:0,18:0:0 chr1 57254697 . G A 557.49 PASS AF=0.518182;AO=56;DP=110;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0255259;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7742;QD=20.2723;RBI=0.0718598;REFB=0.00029954;REVB=0.0671734;RO=53;SAF=39;SAR=17;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742645;STB=0.543902;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000803442;OID=.;OPOS=57254697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:53:53:56:57:0.518182:17:39:33:20:17:40:33:20 chr1 57257817 . T C 1387.64 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00513402;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.061;QD=60.3323;RBI=0.0146729;REFB=-0.143426;REVB=0.0137454;RO=2;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242893;STB=0.512818;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000243914;OID=.;OPOS=57257817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:38:52:0:2:38:52:0:2 chr1 57340727 . C A 445.68 PASS AF=0.463918;AO=44;DP=98;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0304139;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.815;QD=18.3787;RBI=0.0304229;REFB=-0.0150856;REVB=-0.00073823;RO=52;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07076;STB=0.531831;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0185673;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:52:52:44:45:0.463918:18:26:27:25:19:26:27:25 chr1 57422484 . C T 958.66 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00596674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.996;QD=57.2332;RBI=0.0347968;REFB=-0.032092;REVB=0.0342814;RO=1;SAF=43;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108628;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00028814;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:23:43:1:0:23:43:1:0 chr1 58939634 . G A 1556.54 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031319;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.75;QD=62.8903;RBI=0.033116;REFB=0.0218459;REVB=0.0107605;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839512;STB=0.504424;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000189447;OID=.;OPOS=58939634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:56:42:0:1:56:42:0:1 chr1 59125683 . C T 214.22 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0482387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8899;QD=45.0978;RBI=0.0893441;REFB=0.00417381;REVB=-0.0752024;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00804405;OID=.;OPOS=59125683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr1 59142713 . T C 671.54 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0170502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.207;QD=50.6822;RBI=0.0171884;REFB=-0.029417;REVB=-0.00217527;RO=2;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324327;STB=0.505041;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000457485;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:53:53:2:3:49:50:0.943396:28:21:0:2:29:21:1:2 chr1 59147926 . T C 631.96 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2038;QD=61.6543;RBI=0.0902425;REFB=0;REVB=0.0858693;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756347;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:12:27:0:0:13:28:0:0 chr1 59148118 . A T 789.33 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514456;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.622;QD=64.4348;RBI=0.0514545;REFB=0;REVB=-0.00095683;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137109;OID=.;OPOS=59148118;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr1 59213743 . G A 224.84 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0213042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.257;QD=42.8269;RBI=0.0235119;REFB=-0.192658;REVB=0.00994692;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.50251;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00497582;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:10:9:1:0:10:9:1:1 chr1 59248813 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.333;QD=40.7629;RBI=0.0799356;REFB=0;REVB=0.0690142;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595865;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr1 59249031 . T G 2771.14 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.062;QD=62.6247;RBI=0.0509517;REFB=0;REVB=0.0321633;RO=0;SAF=77;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92494e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:177:0:0:174:177:1:97:77:0:0:98:79:0:0 chr1 59249347 . G C 2826.67 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.83;QD=62.8148;RBI=0.0279873;REFB=0;REVB=-0.000830047;RO=0;SAF=96;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44841e-05;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:180:0:0:178:180:1:82:96:0:0:82:98:0:0 chr1 59364918 . G A 655.73 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00114243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9658;QD=59.6116;RBI=0.015017;REFB=-0.0167509;REVB=0.0149734;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00297992;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:28:14:1:0:29:14:1:0 chr1 60466814 . T C 500.21 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.117656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3754;QD=54.077;RBI=0.125291;REFB=-0.0773164;REVB=-0.0430694;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0030717;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:1:2:35:35:0.945946:19:16:1:0:19:16:1:1 chr1 60506762 . G A 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00936611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.959;QD=13.0906;RBI=0.0744678;REFB=0.0031059;REVB=-0.0738765;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518625;STB=0.797085;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00732278;OID=.;OPOS=60506762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:3:17:4:9:3:17 chr1 61869783 . G A 651.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8278;QD=62.0042;RBI=0.0654474;REFB=0;REVB=0.0313703;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357319;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 62232031 . C T 1772.22 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373504;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.3;QD=61.1111;RBI=0.0498927;REFB=0;REVB=0.0330792;RO=0;SAF=57;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29024e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:115:116:1:58:57:0:0:58:58:0:0 chr1 62232130 . T C 1043.04 PASS AF=0.96;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00182291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8514;QD=55.6288;RBI=0.0323962;REFB=-0.0825612;REVB=0.0323448;RO=3;SAF=31;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181442;STB=0.509602;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00379286;OID=.;OPOS=62232130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:3:3:72:72:0.96:41:31:2:1:41:31:2:1 chr1 62257036 . A C 680.29 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173303;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.1;QD=60.4703;RBI=0.0177761;REFB=0.081221;REVB=-0.00395625;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000139864;OID=.;OPOS=62257036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr1 62318192 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.341;QD=39.2056;RBI=0.0687971;REFB=0;REVB=0.0552877;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371938;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr1 62330080 . T G 608.28 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.06;QD=59.3447;RBI=0.0388932;REFB=-0.0434377;REVB=0.0336362;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451346;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:39:41:1:14:25:0:0:15:26:0:0 chr1 62456014 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.198;QD=57.2026;RBI=0.0457636;REFB=0;REVB=0.0393649;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562613;OID=.;OPOS=62456014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr1 62516683 . G C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.128;QD=64.4112;RBI=0.0741154;REFB=0;REVB=0.0665424;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353358;OID=.;OPOS=62516683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:13:37:0:0:13:37:0:0 chr1 62538252 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00287245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.68;QD=11.4396;RBI=0.0125377;REFB=-0.0218739;REVB=-0.0122042;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111117;STB=0.506598;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.025797;OID=.;OPOS=62538252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:9:15:8:5:9:15 chr1 62579823 . G A 232.89 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0209014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4714;QD=18.6315;RBI=0.0501927;REFB=-0.0370983;REVB=0.0456337;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114588;STB=0.55441;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0410437;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:27:23:23:0.46:8:15:19:6:8:15:20:7 chr1 62594593 . C T 317.24 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0218436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6059;QD=25.8968;RBI=0.0478371;REFB=-0.00758907;REVB=-0.0425588;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120978;STB=0.581341;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00506208;OID=.;OPOS=62594593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:21:27:28:0.571429:18:9:4:16:18:10:4:17 chr1 62603421 . C T 638.2 PASS AF=0.442953;AO=66;DP=149;FAO=66;FDP=149;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=52;FWDB=0.0283614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.032;QD=17.1328;RBI=0.031704;REFB=-0.00447257;REVB=-0.0141695;RO=81;SAF=25;SAR=41;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412503;STB=0.503137;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00522334;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:81:83:66:66:0.442953:41:25:31:50:41:25:31:52 chr1 62603544 . C T 196.66 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.061474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9241;QD=18.294;RBI=0.0614916;REFB=-0.0119793;REVB=-0.00147329;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448276;STB=0.525399;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0314492;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:6:17:14:6:6:17 chr1 62644118 . A G 787.17 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296069;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2268;QD=57.2486;RBI=0.0298292;REFB=0;REVB=-0.00363495;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.52359e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr1 62713224 . C G 1391.38 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=101;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00578196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.981;QD=55.104;RBI=0.0102657;REFB=0.00333897;REVB=0.00848257;RO=4;SAF=53;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154339;STB=0.508144;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.000187427;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:101:101:4:4:97:97:0.960396:44:53:3:1:44:53:3:1 chr1 62713246 . G A 1432.74 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8661;QD=62.9774;RBI=0.017992;REFB=0;REVB=-0.00103571;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38932e-05;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr1 62728784 . A G 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.905;QD=56.9523;RBI=0.0345696;REFB=0;REVB=-0.0250159;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47743e-05;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 62728838 . T C 1422.67 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5018;QD=62.5351;RBI=0.0338698;REFB=0;REVB=0.0325401;RO=0;SAF=39;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303978;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:51:39:0:0:52:39:0:0 chr1 62728861 . T C,G 1251.91 PASS AF=0.976471,0.0235294;AO=79,4;DP=83;FAO=83,2;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=45,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227728,-0.0126088;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=100.434,12.9704;QD=58.9135;RBI=0.0263507,0.143443;REFB=0,0;REVB=0.0132574,-0.142887;RO=0;SAF=37,0;SAR=42,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00195362,0.103604;OID=.,.;OPOS=62728861,62728861;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:83:85:0:0:79,4:83,2:0.976471,0.0235294:42,4:37,0:0:0:45,2:38,0:0:0 chr1 62728918 . G A 1212.75 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.781;QD=59.889;RBI=0.0304934;REFB=0.0475739;REVB=0.0217151;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.505746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-5.47497e-05;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:43:37:0:1:43:37:0:1 chr1 62738904 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.655;QD=57.5445;RBI=0.0719453;REFB=0;REVB=0.0705779;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208518;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr1 62739198 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9543;QD=55.652;RBI=0.213315;REFB=0;REVB=0.212606;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041343;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr1 62740065 . A G 438.04 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010081;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.048;QD=56.5211;RBI=0.0151686;REFB=0;REVB=-0.011334;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117093;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:31:0:0:24:31:1:12:12:0:0:18:13:0:0 chr1 62740446 . T C 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00139159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5457;QD=58.5843;RBI=0.0371046;REFB=0;REVB=0.0370785;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575893;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 62740449 . T C 468.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393976;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.827;QD=58.607;RBI=0.0394351;REFB=0;REVB=0.00172042;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486328;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 63078453 . T C 183.57 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0420967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.314;QD=17.9088;RBI=0.0436315;REFB=-0.0162802;REVB=0.0114709;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561003;STB=0.531882;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0195598;OID=.;OPOS=63078453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:8:14:11:8:8:14 chr1 63299705 . G T 34.91 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=97;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=52;FWDB=-0.0721831;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.757;QD=1.45459;RBI=0.0884116;REFB=-0.015529;REVB=0.051051;RO=77;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173533;STB=0.636636;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.119286;OID=.;OPOS=63299705;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:97:96:77:85:11:11:0.114583:5:6:31:46:5:6:33:52 chr1 63881552 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.163;QD=48.7373;RBI=0.0100505;REFB=0;REVB=0.0099476;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04266e-05;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 63912546 . G T 111.75 PASS AF=0.25;AO=4;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.134404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.2018;QD=13.9688;RBI=0.20873;REFB=0.00218695;REVB=-0.159699;RO=8;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32623e-08;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0770499;OID=.;OPOS=63912546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:32:32:8:18:4:8:0.25:3:1:2:6:5:3:10:8 chr1 63991267 . T C 195.1 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00604261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5447;QD=14.1888;RBI=0.0651847;REFB=-0.0110086;REVB=0.064904;RO=32;SAF=18;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229605;STB=0.596183;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0253535;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:22:23:0.418182:4:18:21:11:5:18:21:11 chr1 63997633 . A T 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00214443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.123;QD=18.5413;RBI=0.0177237;REFB=-0.0145514;REVB=-0.0175935;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661965;STB=0.536605;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00842884;OID=.;OPOS=63997633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:35:34:34:0.492754:18:16:18:15:18:16:19:16 chr1 63999826 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0173685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.948;QD=15.6188;RBI=0.0186619;REFB=-0.00959694;REVB=-0.00682659;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297347;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0100018;OID=.;OPOS=63999826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:10:7:11:14:11:7:11:14 chr1 63999868 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0287634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.376;QD=12.9747;RBI=0.0287635;REFB=-0.012514;REVB=-6.86686e-05;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230768;STB=0.636132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0154703;OID=.;OPOS=63999868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:10:8:8:4:10:8 chr1 64015217 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.076;QD=55.0984;RBI=0.0326699;REFB=0;REVB=0.0325582;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306859;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr1 64021096 . G A 136.86 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00550422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5861;QD=18.2477;RBI=0.0107306;REFB=0.00125526;REVB=-0.00921139;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638684;STB=0.536536;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00181088;OID=.;OPOS=64021096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:5:10:9:6:5:10:9:6 chr1 64038107 . G T 226.43 PASS AF=0.298969;AO=28;DP=96;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.013717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.335;QD=9.3373;RBI=0.0138551;REFB=-0.00533369;REVB=-0.00195145;RO=67;SAF=9;SAR=19;SRF=28;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124251;STB=0.550269;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.012405;OID=.;OPOS=64038107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:67:68:28:29:0.298969:19:9:28:39:19:10:28:40 chr1 64097432 . C T 244.29 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0680063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.759;QD=23.2659;RBI=0.0680844;REFB=-0.0304754;REVB=-0.00326002;RO=19;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105976;STB=0.55944;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0245203;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:17:6:7:12:17:6:7:12 chr1 64125793 . G A 428.99 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.052721;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.759;QD=16.6596;RBI=0.0528646;REFB=-0.0208741;REVB=-0.00389344;RO=56;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693697;STB=0.538732;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0300083;OID=.;OPOS=64125793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:56:47:47:0.456311:26:21:29:27:26:21:29:27 chr1 64515379 . C T 382.87 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0552461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.923;QD=52.8096;RBI=0.0585697;REFB=-0.130448;REVB=0.0194494;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06184;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00322115;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:29:1:1:27:28:0.965517:7:20:0:1:8:20:0:1 chr1 64608329 . G T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.396;QD=45.8068;RBI=0.0117742;REFB=0;REVB=0.00203034;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45675e-05;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 64624842 . A G 137.27 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00962888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.113;QD=10.9818;RBI=0.0104408;REFB=-0.0179046;REVB=-0.00403666;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215336;STB=0.60136;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0282629;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:34:15:16:0.32:6:9:14:20:7:9:14:20 chr1 64643277 . C T 260.12 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0213488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.452;QD=16.7817;RBI=0.0238359;REFB=-0.00316278;REVB=-0.0106007;RO=33;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158265;STB=0.508891;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00569643;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:18:11:12:21:18:11:12:21 chr1 65016349 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.472;QD=47.8217;RBI=0.0784481;REFB=0;REVB=-0.00208935;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133701;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 65113568 . T C 1937.53 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216705;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.767;QD=62.001;RBI=0.0222256;REFB=0;REVB=0.00493639;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469919;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:64:61:0:0:64:61:0:0 chr1 65147002 . C T 279.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0130321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.17;QD=18.937;RBI=0.0140793;REFB=-0.00498057;REVB=-0.00532819;RO=29;SAF=7;SAR=23;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368961;STB=0.70711;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00638157;OID=.;OPOS=65147002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:23:7:18:11:23:7:18:11 chr1 65158724 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.278;QD=64.4154;RBI=0.0147239;REFB=0;REVB=0.00613361;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45519e-05;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 65280520 . A G 799.45 PASS AF=0.538462;AO=77;DP=143;FAO=77;FDP=143;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0104808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8693;QD=22.3623;RBI=0.0107472;REFB=-0.0878754;REVB=0.00237824;RO=65;SAF=29;SAR=48;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608508;STB=0.537576;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0765722;OID=.;OPOS=65280520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:66:77:77:0.538462:48:29:29:36:48:29:30:36 chr1 65310489 . T C 742.87 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000862843;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.679;QD=63.2229;RBI=0.0258129;REFB=0;REVB=0.0257985;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557035;OID=.;OPOS=65310489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr1 65523519 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7975;QD=50.4088;RBI=0.0544615;REFB=0;REVB=0.0544496;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017662;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 65690461 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.846;QD=56.955;RBI=0.030798;REFB=0;REVB=0.025828;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157804;OID=.;OPOS=65690461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr1 65858145 . G A 290.82 PASS AF=0.586957;AO=23;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0684726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3315;QD=25.2889;RBI=0.0684779;REFB=-0.0435587;REVB=0.000852926;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551678;STB=0.546891;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.034027;OID=.;OPOS=65858145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:23:27:0.586957:13:10:7:12:14:13:7:12 chr1 65858151 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.008302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.539;QD=15.6249;RBI=0.0110017;REFB=-0.0137288;REVB=-0.00721895;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114392;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0161118;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:27:19:19:0.413043:12:7:12:13:12:7:13:14 chr1 65860660 . T C 374.07 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00144888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.476;QD=20.4968;RBI=0.0292968;REFB=0.0038305;REVB=0.029261;RO=35;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158005;STB=0.587348;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00175498;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:20:18:23:12:20:18:23:12 chr1 65860687 . A C 754.77 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0158608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3462;QD=52.9664;RBI=0.019903;REFB=-0.0472441;REVB=0.0120236;RO=2;SAF=22;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409266;STB=0.521731;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0163329;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:32:22:2:0:33:22:2:0 chr1 65867519 . G A 219.35 PASS AF=0.419355;AO=22;DP=58;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00956971;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.982;QD=14.1515;RBI=0.00962868;REFB=-0.0204284;REVB=-0.00106399;RO=36;SAF=3;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248146;STB=0.506265;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0219747;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:36:36:22:26:0.419355:19:3:10:26:19:7:10:26 chr1 65879252 . A G 94.56 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0152518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8686;QD=10.807;RBI=0.0421582;REFB=-0.0161041;REVB=0.0393027;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256455;STB=0.653587;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0319984;OID=.;OPOS=65879252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:10:13:4:8:10:13 chr1 65886398 . T C 868.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.913;QD=57.8784;RBI=0.0310074;REFB=0;REVB=0.0287035;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11855e-05;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr1 65886448 . T C 1453.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.872;QD=63.1919;RBI=0.0743237;REFB=0;REVB=-0.0733727;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248776;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr1 66058513 . A G 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0005183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.771;QD=19.1548;RBI=0.0134871;REFB=-0.00573839;REVB=-0.0134772;RO=23;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285196;STB=0.516114;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00556493;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:15:6:6:17:15:6:6:17 chr1 66067109 . T C 154.8 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.023112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.629;QD=14.7423;RBI=0.0240047;REFB=-0.0139011;REVB=-0.00648554;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599886;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0151709;OID=.;OPOS=66067109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:16:9:9:8:16:9 chr1 66081690 . GC G 35.64 PASS AF=0.28125;AO=11;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0358071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.5562;QD=4.45515;RBI=0.138524;REFB=-0.0391651;REVB=-0.133816;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0.665025;SSEP=0;SSSB=-0.0969096;STB=0.538922;STBP=0.787;TYPE=del;VARB=0.0831989;OID=.;OPOS=66081691;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:11:32:9:32:23:4:5:9:14:35:20:4:7:9:11 chr1 66226961 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0161695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.984;QD=16.9316;RBI=0.0251802;REFB=-0.00779645;REVB=-0.0193025;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125863;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00703144;OID=.;OPOS=66226961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:2:10:10:1:2:10:10:2 chr1 66831370 . G A 1359.56 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.694;QD=62.5086;RBI=0.0263459;REFB=0;REVB=0.00918571;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42517e-05;OID=.;OPOS=66831370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:41:43:0:0:44:43:0:0 chr1 67266756 . T A 639.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3819;QD=60.8765;RBI=0.00821003;REFB=0;REVB=-0.000584335;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833543;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr1 67288045 . C T 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00297544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.455;QD=11.0164;RBI=0.00313476;REFB=-0.0145178;REVB=0.000986651;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164728;STB=0.639808;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0229093;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:28:14:14:0.333333:8:6:14:10:8:6:18:10 chr1 67313249 . G A 151.79 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00489843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.898;QD=11.2436;RBI=0.025997;REFB=-0.0305392;REVB=-0.0255314;RO=34;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812538;STB=0.540438;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0402648;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:13:6:13:21:13:6:13:22 chr1 67390416 . G C 905.92 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0161925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.928;QD=56.6198;RBI=0.0196469;REFB=0.0345458;REVB=0.0111267;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-3.23609e-05;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:0:1:63:63:0.984375:30:33:0:0:30:33:0:1 chr1 67390468 . C G 658.6 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0270062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.213;QD=56.0506;RBI=0.0278357;REFB=-0.193614;REVB=0.00674442;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052086;STB=0.540522;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00131548;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:47:2:3:43:44:0.93617:26:17:2:0:27:17:3:0 chr1 67558739 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5216;QD=50.4093;RBI=0.0768379;REFB=0;REVB=-0.0346783;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00221497;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 67558756 . C T 35.42 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0215989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6951;QD=7.08386;RBI=0.138785;REFB=-0.0518072;REVB=0.137094;RO=14;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218754;STB=0.518456;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0609794;OID=.;OPOS=67558756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:20:14:14:5:6:0.3:1:4:9:5:2:4:9:5 chr1 67558763 . A G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00326302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.549;QD=10.8828;RBI=0.0325862;REFB=-0.0170377;REVB=0.0324224;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222569;STB=0.636033;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0196884;OID=.;OPOS=67558763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:9:6:2:7:9:6 chr1 67560956 . C T 1514.69 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.157;QD=62.4616;RBI=0.0392312;REFB=-0.0982293;REVB=-0.00670304;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000188143;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:47:49:0:0:47:49:1:0 chr1 67561090 . T C 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00328748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2698;QD=19.1727;RBI=0.0115358;REFB=-0.00328228;REVB=0.0110575;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127877;STB=0.571384;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00691468;OID=.;OPOS=67561090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:22:11:15:17:22:11:15:17 chr1 67568351 . C T 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00333652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.838;QD=31.5146;RBI=0.0117066;REFB=-0.0364252;REVB=-0.011221;RO=10;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019569;STB=0.510743;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.018547;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:13:10:4:6:13:10:4:6 chr1 67579386 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2391;QD=44.6836;RBI=0.088582;REFB=0;REVB=0.0851873;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527802;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 67633812 . G T 272.78 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0165882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.742;QD=24.2467;RBI=0.0187392;REFB=-0.0407934;REVB=-0.00871708;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188764;STB=0.592519;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0300711;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:20:24:25:0.555556:10:14:7:13:11:14:7:13 chr1 67635155 . TA T 56.42 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0173095;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.2178;QD=6.6376;RBI=0.107877;REFB=-0.117571;REVB=-0.106479;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338708;STB=0.588113;STBP=0.387;TYPE=del;VARB=0.12952;OID=.;OPOS=67635156;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:12:34:14:34:20:7:7:13:7:56:17:5:7:13:4 chr1 67685387 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.853;QD=44.6891;RBI=0.162867;REFB=0;REVB=0.062886;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00391834;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr1 67733346 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.80296e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.821;QD=57.6799;RBI=0.0114359;REFB=0;REVB=0.0114358;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09733e-05;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr1 67795319 . T C 1477.85 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.063;QD=62.8871;RBI=0.0302303;REFB=0;REVB=0.0295121;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109527;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:37:56:0:0:37:57:0:0 chr1 68006815 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00325877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.028;QD=43.4862;RBI=0.0270693;REFB=0;REVB=0.0268724;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471228;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 68462247 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.379;QD=49.5985;RBI=0.0291009;REFB=0;REVB=0.0171958;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340302;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr1 68591253 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.773;QD=57.2026;RBI=0.0235939;REFB=0;REVB=-0.00736172;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39658e-05;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr1 68624878 . C T 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6585;QD=57.0967;RBI=0.0482971;REFB=0;REVB=0.0326848;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92089e-05;OID=.;OPOS=68624878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr1 68940883 . T TTA 619.84 PASS AF=0.484615;AO=60;DP=140;FAO=63;FDP=130;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=0.010915;FXX=0.0225547;HRUN=3;LEN=2;MLLD=188.029;QD=19.0719;RBI=0.0136234;REFB=-0.0111404;REVB=-0.00815229;RO=75;SAF=29;SAR=31;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110321;STB=0.561271;STBP=0.192;TYPE=ins;VARB=0.0125123;OID=.;OPOS=68940884;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484615:60:140:63:130:67:29:34:23:44:99:75:29:31:28:47 chr1 68941207 . A G 163.62 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00841778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1733;QD=9.08984;RBI=0.0106615;REFB=-0.0179474;REVB=0.00654279;RO=49;SAF=18;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368795;STB=0.717569;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0390458;OID=.;OPOS=68941207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:50:22:22:0.305556:4:18:27:22:4:18:28:22 chr1 70034372 . G A 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0581075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.786;QD=31.2772;RBI=0.0601582;REFB=0.0156434;REVB=0.0155734;RO=15;SAF=8;SAR=21;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609873;STB=0.533311;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00142767;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:21:8:3:12:21:8:3:12 chr1 70345344 . A G 149.94 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0205137;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8105;QD=18.1746;RBI=0.0205382;REFB=-0.00494806;REVB=-0.00100276;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416401;STB=0.545399;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00454774;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:17:16:16:0.484848:6:10:12:6:6:10:12:5 chr1 70460238 . C T 246.83 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=47;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0108001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.118;QD=20.1496;RBI=0.0482141;REFB=-0.0193722;REVB=0.0469889;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1473;STB=0.575852;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0118629;OID=.;OPOS=70460238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:25:22:24:0.489796:8:14:11:12:9:15:12:13 chr1 70611347 . A G 568.82 PASS AF=1;AO=27;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.814;QD=59.8755;RBI=0.0979434;REFB=0;REVB=0.0973104;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276906;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:27:38:1:12:15:0:0:23:15:0:0 chr1 70646053 . A G 146.38 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0501747;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6262;QD=18.8877;RBI=0.0522727;REFB=-0.0091847;REVB=0.0146605;RO=15;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509371;STB=0.804368;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0163931;OID=.;OPOS=70646053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:15:15:12:13:0.419355:2:10:5:10:2:11:5:10 chr1 70831841 . C T 498.1 PASS AF=1;AO=30;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.56;QD=58.6002;RBI=0.0522386;REFB=0;REVB=0.01893;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891689;OID=.;OPOS=70831841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:30:34:1:23:7:0:0:23:11:0:0 chr1 70904800 . G T 222.72 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0225774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4482;QD=18.9552;RBI=0.0240146;REFB=-0.0105909;REVB=0.00818288;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13892;STB=0.57911;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00981684;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:10:15:16:6:10:15 chr1 71331430 . G A 250.14 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.037053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.147;QD=20.0113;RBI=0.0392095;REFB=-0.0204795;REVB=-0.0128242;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125279;STB=0.579935;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0404799;OID=.;OPOS=71331430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:12:11:9:17:12:12:9:17 chr1 71331498 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00968311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.584;QD=47.8146;RBI=0.015608;REFB=0.154595;REVB=0.0122412;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00134333;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr1 71419499 . C T 303.99 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.427;QD=52.8672;RBI=0.0428202;REFB=0;REVB=0.00660807;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151651;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:15:6:0:0:15:8:0:0 chr1 72058552 . G A 993.71 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9684;QD=57.6061;RBI=0.0777703;REFB=0.0275116;REVB=-0.0733346;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00105739;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:69:0:1:68:68:0.985507:30:38:0:0:30:38:0:1 chr1 74506942 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0288126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.048;QD=10.1685;RBI=0.03414;REFB=0.00158709;REVB=-0.0183132;RO=22;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437349;STB=0.761451;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00506277;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:3:8:7:15:3:8:7:15 chr1 74507315 . C T 136.38 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000857849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0924;QD=11.365;RBI=0.0364169;REFB=-0.0149141;REVB=0.0364068;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037005;STB=0.52195;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0315579;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:19:13:6:10:19:13 chr1 74575182 . C T 785.34 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.973;QD=57.1159;RBI=0.0371942;REFB=0;REVB=0.00439386;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37264e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:31:20:0:0:34:21:0:0 chr1 74648408 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0118834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5819;QD=16.1722;RBI=0.057831;REFB=0.00149011;REVB=-0.0565969;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0048387;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:10:10:8:8:10:10 chr1 74671519 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0124037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.669;QD=12.0517;RBI=0.012959;REFB=-0.0157373;REVB=0.00375263;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.707368;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0129789;OID=.;OPOS=74671519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:2:7:6:6:2:7:6:7 chr1 74941210 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.2;QD=58.142;RBI=0.0149529;REFB=0;REVB=0.0026907;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59058e-05;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 74941293 . G A 397.4 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324702;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.864;QD=56.7711;RBI=0.0495202;REFB=0;REVB=-0.0373889;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225146;OID=.;OPOS=74941293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 75035240 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00414606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.9;QD=17.5597;RBI=0.0237302;REFB=0.0048495;REVB=0.0233652;RO=21;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291993;STB=0.667479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00618992;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:5:13:9:12:5:13:9:12 chr1 75036812 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.671;QD=60.0308;RBI=0.025317;REFB=0;REVB=0.0177431;RO=0;SAF=43;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37176e-07;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:29:43:0:0:29:43:0:0 chr1 75037091 . C T 271.6 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.032288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7729;QD=14.6811;RBI=0.0413536;REFB=0.0199785;REVB=0.0258382;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959134;STB=0.51336;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.0261036;OID=.;OPOS=75037091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:42:43:31:31:0.418919:18:13:18:24:18:13:19:24 chr1 75037845 . A G 138.03 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0191388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0255;QD=29.0599;RBI=0.0212022;REFB=-0.101737;REVB=-0.00912349;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608722;STB=0.566831;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0248862;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:4:5:14:14:0.736842:5:9:2:2:5:9:2:3 chr1 75038228 . A C 196.8 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0224522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.152;QD=18.3073;RBI=0.0253492;REFB=-0.0236346;REVB=-0.0117677;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282498;STB=0.660349;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0168017;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:8:15:7:13:8:15 chr1 75038829 . C T 268.24 PASS AF=0.47619;AO=16;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0081153;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=136.814;QD=25.547;RBI=0.0139623;REFB=-0.0287687;REVB=0.0113617;RO=7;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186121;STB=0.599893;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0500727;OID=.;OPOS=75038829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:43:42:7:13:16:20:0.47619:13:3:3:4:15:5:6:7 chr1 75055419 . T C 137.74 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.000612711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.581;QD=11.478;RBI=0.0104864;REFB=-0.00605998;REVB=-0.0104685;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18065;STB=0.586384;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0135575;OID=.;OPOS=75055419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:15:16:0.333333:7:8:22:10:7:9:22:10 chr1 75175886 . T C 124.17 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.023143;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.162;QD=13.0704;RBI=0.0232412;REFB=-0.0106872;REVB=0.00213393;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221397;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0131825;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:23:14:15:0.394737:9:5:12:9:9:6:13:10 chr1 75190452 . C T 75.28 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0294045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.444;QD=11.1529;RBI=0.0733373;REFB=-0.0175429;REVB=-0.0671843;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228926;STB=0.617414;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00790442;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:6:10:4:6:7:10 chr1 75672376 . A G 1216.7 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508243;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.38;QD=60.0838;RBI=0.0514109;REFB=0.120209;REVB=0.00774361;RO=1;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976132;STB=0.505049;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000175309;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:48:31:0:1:49:31:0:1 chr1 75681511 . T C 877.72 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3331;QD=55.7283;RBI=0.0459342;REFB=0.0394438;REVB=0.0339955;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017801;STB=0.509088;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000722145;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:59:62:0.984127:33:26:1:0:35:27:1:0 chr1 75708668 . AAT A 38.38 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.224307;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=2;MLLD=19.71;QD=5.48218;RBI=0.265688;REFB=-0.0820398;REVB=-0.142396;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295649;STB=0.666296;STBP=0.261;TYPE=del;VARB=0.1447;OID=.;OPOS=75708669;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:32:9:28:19:6:3:8:11:38:20:6:3:8:12 chr1 75716925 . C T 1123.48 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.619;QD=59.9191;RBI=0.159043;REFB=0;REVB=-0.0186118;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765724;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr1 76257892 . A T 753.37 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.999;QD=61.4995;RBI=0.0166433;REFB=-0.024374;REVB=-0.0130738;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000483628;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr1 76344705 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.126;QD=63.2867;RBI=0.0645111;REFB=0;REVB=0.00433827;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115651;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr1 76344711 . A T 734.93 PASS AF=1;AO=49;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00554854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.172;QD=56.5327;RBI=0.0217282;REFB=0;REVB=0.0210078;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223198;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:49:52:1:23:26:0:0:26:26:0:0 chr1 77093180 . C A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0545449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.74;QD=7.76287;RBI=0.0653022;REFB=-0.00617371;REVB=-0.0359059;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267754;STB=0.736228;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000905238;OID=.;OPOS=77093180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:11:13:5:6:0.315789:2:3:9:2:3:3:11:2 chr1 77555481 . C T 113.9 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0272183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4608;QD=18.2243;RBI=0.0403976;REFB=0.00415761;REVB=-0.0298519;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310086;STB=0.681092;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00586009;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:7:5:2:11:7:5 chr1 77634948 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.529;QD=61.6838;RBI=0.0151747;REFB=0;REVB=0.010914;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26432e-06;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr1 77763542 . G A 720.54 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.597;QD=62.6561;RBI=0.0288303;REFB=0;REVB=0.0256341;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27707e-05;OID=.;OPOS=77763542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:23:23:0:0 chr1 78024284 . T C 223.03 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.518;QD=49.5614;RBI=0.0357964;REFB=0;REVB=0.0233194;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165975;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 78024345 . C CTAT 303.49 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.021006;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=242.758;QD=39.1597;RBI=0.0285209;REFB=0.00141692;REVB=0.0192922;RO=6;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464429;STB=0.528475;STBP=0.584;TYPE=ins;VARB=-0.000378208;OID=.;OPOS=78024346;OREF=-;OALT=TAT;OMAPALT=CTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.806452:24:31:25:31:6:13:12:4:2:34:6:13:11:4:2 chr1 78162073 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00140386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.627;QD=10.1698;RBI=0.0686833;REFB=0.0013688;REVB=0.0686689;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100164;STB=0.56033;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00119869;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:10:12:5:6:10:12 chr1 78392446 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.946;QD=46.848;RBI=0.0268633;REFB=0;REVB=0.0109209;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69074e-05;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr1 78560583 . G A 841.15 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.529;QD=57.0271;RBI=0.059747;REFB=0;REVB=0.032318;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48852e-05;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:30:27:0:0:32:27:0:0 chr1 78585086 . T C,G 486.15 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169131,0.00213181;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.478,59.1036;QD=57.1946;RBI=0.0601381,0.00861892;REFB=0,0;REVB=0.0577108,0.00835111;RO=0;SAF=13,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00121075,0.0631138;OID=.,.;OPOS=78585086,78585086;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:19,1:13,1:0:0:19,1:13,1:0:0 chr1 79093818 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.027559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.625;QD=15.6258;RBI=0.0369246;REFB=0.00186498;REVB=-0.0245749;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235602;STB=0.513579;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00484768;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:10:13:10:7:10:13 chr1 79093910 . G A 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000506902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.059;QD=27.3829;RBI=0.0247197;REFB=0.006755;REVB=0.0247145;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160541;STB=0.509073;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00282136;OID=.;OPOS=79093910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:1:2:7:3:1:2 chr1 79094081 . T A 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0122622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.995;QD=12.7828;RBI=0.0322883;REFB=-0.0176327;REVB=-0.0298693;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945612;STB=0.571292;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0174939;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:4:9:6:4:4:10 chr1 79115905 . T C 145.21 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0158583;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.174;QD=15.2852;RBI=0.0693301;REFB=0.0177031;REVB=0.067492;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216029;STB=0.624844;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0164461;OID=.;OPOS=79115905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:13:9:10:6:13:9 chr1 79128570 . G GT 1088.71 PASS AF=1;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116996;FXX=0.0219756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.136;QD=48.9307;RBI=0.025488;REFB=0;REVB=-0.0226441;RO=5;SAF=45;SAR=44;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.83722e-05;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:94:89:89:0:46:43:0:0:18:5:45:44:3:2 chr1 79392756 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.902;QD=47.8224;RBI=0.0453592;REFB=0;REVB=0.0431295;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193862;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr1 82421596 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.42;QD=53.9112;RBI=0.0481926;REFB=0;REVB=0.0186071;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237879;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:3:18:0:0:5:19:0:0 chr1 82457662 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.19;QD=62.347;RBI=0.0152737;REFB=0;REVB=0.00223706;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11581e-05;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr1 84376849 . G A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0196424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.704;QD=16.1192;RBI=0.038079;REFB=-0.0151627;REVB=-0.0326219;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0249403;OID=.;OPOS=84376849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:6:7:6:6:6:7 chr1 84640691 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.949;QD=44.6898;RBI=0.0297797;REFB=0;REVB=0.0276253;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210201;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 84810815 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.953;QD=57.1973;RBI=0.0720678;REFB=0;REVB=0.016583;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358514;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 84853957 . A T 659.14 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0339079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5203;QD=48.825;RBI=0.0342333;REFB=-0.0687803;REVB=0.00470874;RO=3;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135786;STB=0.515689;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0391256;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:3:4:50:50:0.925926:27:23:1:2:27:23:1:3 chr1 84878228 . C T 61.89 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0116551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.005;QD=13.0303;RBI=0.0171685;REFB=-0.021923;REVB=-0.0126062;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594079;STB=0.555425;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0213927;OID=.;OPOS=84878228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:18:19:10:10:8:9:0.473684:6:2:3:7:7:2:3:7 chr1 84944989 . A G 708.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.493;QD=62.9636;RBI=0.0490667;REFB=0;REVB=-0.0192729;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364455;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 84961101 . TTA T,TAA 44.3 PASS AF=0.380952,0;AO=5,2;DP=26;FAO=8,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0380536,-0.0478098;FXX=0.0454339;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.6917,18.4927;QD=8.43795;RBI=0.0628862,0.115132;REFB=-0.0863189,-0.02394;REVB=0.050066,0.104735;RO=15;SAF=4,2;SAR=1,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.333329,0.528044;STB=0.648251,0.5;STBP=0.33,1;TYPE=del,snp;VARB=0.150618,0;OID=.,.;OPOS=84961102,84961102;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0:5,2:26:8,0:21:13:6,0:2,0:7:6:44:15:4,2:1,0:8:7 chr1 85028969 . C A 258.71 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0135424;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2469;QD=13.6164;RBI=0.0142742;REFB=1.90028e-05;REVB=-0.00451183;RO=46;SAF=16;SAR=14;SRF=34;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225076;STB=0.627162;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000763515;OID=.;OPOS=85028969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:46:30:30:0.394737:14:16:34:12:14:16:34:12 chr1 85113203 . T C 1121.61 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0521;QD=59.0322;RBI=0.0337497;REFB=-0.122716;REVB=0.0191553;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.505493;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00148402;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:45:29:0:0:45:30:0:1 chr1 85113229 . A G 820.62 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527822;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.636;QD=57.5873;RBI=0.0528207;REFB=0;REVB=-0.0020169;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257963;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:39:18:0:0 chr1 85121255 . A G 1477.32 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302492;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.65;QD=63.5406;RBI=0.0311771;REFB=0;REVB=0.00754947;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220652;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr1 85488030 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.01513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1811;QD=9.91618;RBI=0.0595379;REFB=0.00206822;REVB=-0.0575833;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10141;STB=0.561271;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.00986678;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:6:11:5:4:6:11 chr1 85537706 . T C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0215316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.541;QD=20.5425;RBI=0.0218407;REFB=-0.0351591;REVB=-0.00366098;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181252;STB=0.510196;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0353997;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:12:12:13:12:12:12:13:12 chr1 85559452 . A G 235.9 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0361612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6622;QD=19.2575;RBI=0.0510319;REFB=-0.027993;REVB=0.0360086;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168273;STB=0.594989;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.035173;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:16:10:13:10:16:10 chr1 85589842 . A G 227.12 PASS AF=0.35;AO=28;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00477617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.565;QD=11.356;RBI=0.027708;REFB=-0.014628;REVB=0.0272933;RO=52;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100297;STB=0.558228;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.027964;OID=.;OPOS=85589842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:52:28:28:0.35:18:10:23:29:18:10:23:29 chr1 85594392 . T C 79.54 PASS AF=0.5;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0121749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.946;QD=15.9075;RBI=0.0815982;REFB=-0.0197111;REVB=0.0806848;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249111;STB=0.739926;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0350097;OID=.;OPOS=85594392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:11:10:8:10:0.5:5:3:7:4:7:3:8:2 chr1 85594466 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0261433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.913;QD=8.69797;RBI=0.0261448;REFB=-0.00536405;REVB=0.000274952;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157892;STB=0.651669;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0393004;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:1:6:10:3:1:6:10:4 chr1 85598596 . G A 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0255459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.474;QD=16.8197;RBI=0.0437203;REFB=-0.0304468;REVB=-0.0354805;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206743;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0507789;OID=.;OPOS=85598596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:2:3:4:3:2:3 chr1 85599563 . A C 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0114517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.676;QD=18.0471;RBI=0.0125096;REFB=-0.0189922;REVB=0.00503473;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0136201;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr1 85624549 . C T 689.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.35774e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.333;QD=62.636;RBI=0.019762;REFB=0;REVB=0.019762;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71253e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr1 85624864 . G A 728.91 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.683;QD=57.1697;RBI=0.0233651;REFB=0;REVB=-0.000907589;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.646e-05;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr1 85648620 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.697;QD=60.2286;RBI=0.0333736;REFB=0;REVB=0.00949514;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88868e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr1 85655916 . G A 318.34 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0492036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6124;QD=18.1909;RBI=0.0526543;REFB=-0.00132647;REVB=-0.0187477;RO=35;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000797851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107211;OID=.;OPOS=85655916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:35:36:33:34:0.485714:17:16:17:18:17:17:18:18 chr1 85724283 . C T 408.03 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0515216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5825;QD=20.4017;RBI=0.0680211;REFB=-0.0527871;REVB=0.0444116;RO=39;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647809;STB=0.535922;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0403377;OID=.;OPOS=85724283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:16:25:21:18:16:25:21:18 chr1 85742023 . C A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00466122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.495;QD=16.616;RBI=0.00473712;REFB=-0.0104651;REVB=-0.000844592;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266103;STB=0.655112;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0141697;OID=.;OPOS=85742023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:14:3:8:13:14:3:8:13 chr1 85785751 . T C 506.21 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00895275;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.803;QD=22.4981;RBI=0.00922183;REFB=-0.0117597;REVB=0.00221147;RO=42;SAF=18;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00536828;STB=0.502957;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00654358;OID=.;OPOS=85785751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:42:42:48:48:0.533333:30:18:16:26:30:18:16:26 chr1 86047206 . G A 35.67 PASS AF=0.0779221;AO=5;DP=77;FAO=6;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0351529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.675;QD=1.85279;RBI=0.0696714;REFB=-0.0312085;REVB=0.0601529;RO=59;SAF=5;SAR=0;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589574;STB=0.832225;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.144469;OID=.;OPOS=86047206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:77:77:59:64:5:6:0.0779221:0:5:25:34:1:5:30:34 chr1 86202016 . C T 959.81 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000328444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.451;QD=57.3018;RBI=0.00495629;REFB=-0.114635;REVB=-0.0049454;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000104122;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:27:39:0:0:27:39:1:0 chr1 86202102 . C A 257.72 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0149107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.626;QD=19.8247;RBI=0.0202265;REFB=-0.0203807;REVB=-0.0136668;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331541;STB=0.518505;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0227202;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:13:12:14:13:13:12 chr1 86375654 . C G 348.18 PASS AF=0.962963;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0359252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.061;QD=51.5824;RBI=0.0389991;REFB=-0.165763;REVB=-0.0151761;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00171861;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:27:0:1:24:26:0.962963:10:14:0:0:10:16:0:1 chr1 86487981 . G A 341.62 PASS AF=0.48;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0208351;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.194;QD=18.2195;RBI=0.0208358;REFB=-0.0152817;REVB=-0.00016039;RO=40;SAF=11;SAR=23;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113972;STB=0.547486;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0126365;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:39:34:36:0.48:23:11:9:31:25:11:9:30 chr1 86487992 . A AACAG 224.73 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.0241439;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=255.953;QD=12.8416;RBI=0.024186;REFB=-0.0190305;REVB=-0.00142588;RO=44;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462122;STB=0.521784;STBP=0.799;TYPE=ins;VARB=0.0260998;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385714:27:71:27:70:43:7:20:10:33:99:44:7:20:10:34 chr1 86590915 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.281;QD=52.6122;RBI=0.0342375;REFB=0;REVB=0.0320972;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04854e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr1 86818572 . T C 175.78 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0370106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.396;QD=20.6799;RBI=0.0458598;REFB=0.00127455;REVB=0.0270802;RO=16;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205512;STB=0.616651;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000637801;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:5:13:8:8:5:13:8:8 chr1 86820267 . C T 523.34 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0185252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.194;QD=23.7881;RBI=0.0210104;REFB=-0.027152;REVB=-0.00991228;RO=38;SAF=29;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954076;STB=0.54715;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0190147;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:39:49:49:0.556818:20:29:18:20:20:29:19:20 chr1 86822170 . T C 190.58 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0374338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0034;QD=13.3741;RBI=0.0493056;REFB=-0.0129602;REVB=0.0320897;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155379;STB=0.589534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0367918;OID=.;OPOS=86822170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:15:19:16:7:15:19 chr1 86838158 . C T 812.41 PASS AF=0.417431;AO=90;DP=217;FAO=91;FDP=218;FR=.;FRO=127;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=80;FSRR=47;FWDB=0.00206579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.829;QD=14.9065;RBI=0.0118623;REFB=-0.00365015;REVB=-0.0116811;RO=126;SAF=47;SAR=43;SRF=79;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110358;STB=0.560248;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.006273;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:218:126:127:90:91:0.417431:43:47:79:47:43:48:80:47 chr1 86852621 . A G 529.85 PASS AF=0.525773;AO=49;DP=95;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.0177236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.878;QD=21.8494;RBI=0.0181094;REFB=-0.0542011;REVB=-0.00371813;RO=45;SAF=27;SAR=22;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122886;STB=0.560489;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0365684;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:45:46:49:51:0.525773:22:27:31:14:23:28:31:15 chr1 86900332 . T C 228.4 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00141086;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5985;QD=13.6356;RBI=0.0242707;REFB=-0.0136601;REVB=0.0242296;RO=35;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893996;STB=0.585197;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0202192;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:40:27:27:0.402985:13:14:15:20:13:14:15:25 chr1 86900372 . C G 203.97 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.000262744;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.824;QD=12.552;RBI=0.00215906;REFB=-0.00843546;REVB=0.00214302;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567049;STB=0.526294;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.01293;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:40:25:25:0.384615:16:9:16:23:16:9:16:24 chr1 86913265 . C T 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0502645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5589;QD=12.9221;RBI=0.0552614;REFB=0.00198869;REVB=-0.0229632;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170722;STB=0.597983;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.00248094;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:21:13:12:10:21:13 chr1 86920904 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000400886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.477;QD=17.5685;RBI=0.00358334;REFB=-0.000842271;REVB=0.00356084;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095296;STB=0.553451;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00104949;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:16:15:17:12:16:15 chr1 86939130 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.33;QD=53.9112;RBI=0.0390896;REFB=0;REVB=0.0375507;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213949;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr1 86947975 . A T 260.12 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0478555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8954;QD=16.7822;RBI=0.054235;REFB=-0.0153803;REVB=0.0255204;RO=34;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226305;STB=0.605308;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0191767;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:33:28:29:0.467742:10:18:14:20:11:18:14:19 chr1 86952324 . A G 937.65 PASS AF=0.906667;AO=68;DP=75;FAO=68;FDP=75;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0342308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.8545;QD=50.0081;RBI=0.0362111;REFB=-0.149229;REVB=0.0118109;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.51476;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00896194;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:75:75:1:7:68:68:0.906667:38:30:0:1:38:30:2:5 chr1 86959173 . T C 2046.06 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.984;QD=62.4752;RBI=0.0202235;REFB=0;REVB=0.00877257;RO=0;SAF=76;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47669e-05;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:55:76:0:0:55:76:0:0 chr1 86965419 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.767;QD=56.1904;RBI=0.0217259;REFB=0;REVB=-0.000906718;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133205;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 87101649 . T C 252.43 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00181423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7531;QD=19.0512;RBI=0.0185201;REFB=-0.00722612;REVB=0.018431;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218108;STB=0.621274;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00736653;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:19:7:14:13:19:7 chr1 87208953 . T A 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0450439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.7;QD=8.84563;RBI=0.0711939;REFB=-0.0203946;REVB=-0.0551327;RO=38;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105942;STB=0.56402;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0415404;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:11:5:15:23:11:5:15:23 chr1 87599697 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7419;QD=59.0184;RBI=0.0239182;REFB=0;REVB=0.0062869;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237161;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr1 89225976 . T C 216.26 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0137423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7219;QD=22.18;RBI=0.0435887;REFB=-0.00707013;REVB=0.0413657;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165817;STB=0.592508;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00753986;OID=.;OPOS=89225976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:5:13:11:10:5:13 chr1 89271574 . T C 185.57 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0233326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.491;QD=19.0325;RBI=0.0344967;REFB=-0.011661;REVB=0.0254089;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193465;STB=0.610468;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0135053;OID=.;OPOS=89271574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:9:11:14:5:9:11 chr1 89301123 . C T 330.46 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0399845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2442;QD=18.6176;RBI=0.0438264;REFB=-0.005771;REVB=-0.0179444;RO=36;SAF=15;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156474;STB=0.59303;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00974887;OID=.;OPOS=89301123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:19:15:10:26:19:16:10:26 chr1 89322982 . G A 251.68 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421238;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.726;QD=50.3361;RBI=0.0486315;REFB=0;REVB=0.0243025;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175355;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:15:5:0:0 chr1 89518623 . C T 209.95 PASS AF=0.44;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00261005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.524;QD=16.7962;RBI=0.00849397;REFB=-0.0134024;REVB=-0.00808302;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10902;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0262968;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:20:22:0.44:10:10:17:11:11:11:17:11 chr1 89522646 . G C 387.83 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00128526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.235;QD=18.4679;RBI=0.0160956;REFB=-0.0177921;REVB=-0.0160442;RO=42;SAF=28;SAR=12;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358727;STB=0.51123;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0160053;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:44:40:40:0.47619:12:28:28:14:12:28:30:14 chr1 89579941 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.429;QD=58.7814;RBI=0.0489169;REFB=0;REVB=-0.0212264;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223647;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr1 89582690 . G C 866.73 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00443692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.229;QD=53.3375;RBI=0.0260169;REFB=-0.0422829;REVB=0.0256358;RO=3;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387624;STB=0.520541;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00127682;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:35:27:0:3:35:27:0:3 chr1 89637578 . G A 1345.06 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638719;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.011;QD=62.5611;RBI=0.065771;REFB=0;REVB=0.0156908;RO=0;SAF=30;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107613;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:56:30:0:0:56:30:0:0 chr1 89652078 . A T 124.43 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0435269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.891;QD=10.59;RBI=0.0499706;REFB=-0.00362396;REVB=-0.0245452;RO=32;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409398;STB=0.747309;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0205992;OID=.;OPOS=89652078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:12:3:17:15:12:3:17:15 chr1 89652087 . CC TG 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0118273;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.933;QD=8.64048;RBI=0.0298547;REFB=0.00603347;REVB=-0.0274121;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593502;STB=0.871106;STBP=0.007;TYPE=mnp;VARB=-0.0183121;OID=.;OPOS=89652087;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:12:1:16:17:12:1:16:18 chr1 89652090 . T G 101.85 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00297231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2255;QD=8.85674;RBI=0.0075705;REFB=-0.0181975;REVB=0.0069626;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593502;STB=0.874846;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0285988;OID=.;OPOS=89652090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:12:1:16:17:12:1:16:17 chr1 89652094 . G A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.03316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.454;QD=8.64048;RBI=0.0334545;REFB=-0.0183485;REVB=-0.00442913;RO=33;SAF=1;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.574002;STB=0.871106;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0587412;OID=.;OPOS=89652094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:12:1:15:18:12:1:16:18 chr1 89652097 . C T 112.58 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0359665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.989;QD=9.19019;RBI=0.0361733;REFB=-0.0101615;REVB=-0.0038625;RO=35;SAF=1;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590349;STB=0.872862;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0310609;OID=.;OPOS=89652097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:13:1:16:19:13:1:16:19 chr1 89652102 . A T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0120947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.47;QD=9.99303;RBI=0.0128024;REFB=-0.0004152;REVB=-0.00419757;RO=35;SAF=1;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624727;STB=0.891064;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000968814;OID=.;OPOS=89652102;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:17:17:0.320755:16:1:16:19:16:1:17:19 chr1 89844035 . T C 331.2 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0102169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.674;QD=21.3674;RBI=0.010508;REFB=0.00838074;REVB=0.0024565;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087506;STB=0.502855;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00530991;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:28:34:34:0.548387:18:16:13:14:18:16:13:15 chr1 89847372 . G T 443.25 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.012;QD=55.4057;RBI=0.0675117;REFB=-0.0577087;REVB=0.0414217;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835729;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:1:0:30:32:1:14:16:0:1:15:17:0:0 chr1 89847411 . C T 263.68 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3;QD=45.8573;RBI=0.0548337;REFB=-0.0521884;REVB=0.0250437;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0175084;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:23:0:1:20:22:0.956522:14:6:0:0:14:8:1:0 chr1 89847444 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.945;QD=51.9154;RBI=0.0170393;REFB=0;REVB=0.014518;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375829;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 89849268 . T C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00722706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3155;QD=16.4147;RBI=0.104557;REFB=-0.0104638;REVB=0.104307;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0119882;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:9:7:5:9:9:7 chr1 89849742 . A T 296.83 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.32;QD=49.471;RBI=0.0428248;REFB=0.0325142;REVB=0.0364731;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.518502;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000141127;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:1:1:22:23:0.958333:13:9:0:1:13:10:0:1 chr1 90171835 . C T 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4178;QD=60.2229;RBI=0.015288;REFB=0;REVB=-0.00821625;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61898e-05;OID=.;OPOS=90171835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr1 90178743 . A G 254.77 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7914;QD=50.954;RBI=0.0349843;REFB=0;REVB=0.0203436;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162272;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr1 90179532 . A G 207.21 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00376882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.392;QD=24.377;RBI=0.00391615;REFB=-0.0159481;REVB=0.00106407;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264418;STB=0.647995;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0228174;OID=.;OPOS=90179532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:6:14:5:9:6:14:5:9 chr1 90486412 . T G 603.57 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0263725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.27;QD=29.4423;RBI=0.0289258;REFB=-0.0370536;REVB=-0.0118825;RO=29;SAF=16;SAR=37;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326882;STB=0.517754;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0226162;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:37:16:10:19:37:16:10:19 chr1 91405699 . G A 184.8 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00962584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.776;QD=18.4797;RBI=0.0269952;REFB=-0.01418;REVB=0.0252207;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058524;STB=0.533298;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0165409;OID=.;OPOS=91405699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:12:9:7:12:12:9 chr1 91728053 . G A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00926554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.346;QD=49.398;RBI=0.0210462;REFB=-0.0276574;REVB=0.0188969;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00201525;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:0:1:16:7:0:1 chr1 91781413 . T G 1485.36 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0251196;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.968;QD=61.89;RBI=0.0276827;REFB=-0.0565127;REVB=0.0116334;RO=2;SAF=52;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212415;STB=0.505881;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000132558;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:96:2:1:94:95:0.989583:42:52:1:1:42:53:0:1 chr1 91851253 . T C 313.37 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.421;QD=50.1385;RBI=0.0297984;REFB=-0.10831;REVB=0.0233763;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000529571;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:12:12:0:0:12:12:1:0 chr1 91853111 . A C 2015.14 PASS AF=0.970588;AO=133;DP=138;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=81;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00959387;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.835;QD=59.269;RBI=0.0161381;REFB=0.100579;REVB=0.0129767;RO=1;SAF=52;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00905276;STB=0.518865;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00949951;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:138:136:1:4:133:132:0.970588:81:52:1:0:81:51:4:0 chr1 91859795 . T C 581.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0140595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6144;QD=58.1388;RBI=0.0294034;REFB=-0.111722;REVB=0.0258242;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0038704;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:22:17:0:0:22:17:1:0 chr1 91870410 . G C 524.08 PASS AF=0.394558;AO=59;DP=147;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.074835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.064;QD=14.2606;RBI=0.0751726;REFB=-0.0183431;REVB=0.0071161;RO=84;SAF=34;SAR=25;SRF=48;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00517709;STB=0.502512;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0235273;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:84:89:59:58:0.394558:25:34:48:36:25:33:51:38 chr1 91980447 . A G 248.68 PASS AF=0.462687;AO=27;DP=63;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0008143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.548;QD=14.8468;RBI=0.0165893;REFB=-0.00217977;REVB=-0.0165693;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179629;STB=0.628357;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00276571;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:36:36:27:31:0.462687:13:14:25:11:17:14:25:11 chr1 92108899 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.01574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.412;QD=24.2041;RBI=0.0169468;REFB=0.0100768;REVB=-0.00628056;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00644525;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:5:7:11:7:5:7 chr1 92174260 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.898;QD=62.3508;RBI=0.0178842;REFB=0;REVB=0.00129377;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22955e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr1 92185657 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00352793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.647;QD=26.5136;RBI=0.0101438;REFB=0.00448614;REVB=-0.00951057;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143587;STB=0.586859;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00297666;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:19:27:27:0.586957:11:16:14:4:11:16:15:4 chr1 92262874 . T C 371.42 PASS AF=0.535211;AO=36;DP=69;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000550689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.224;QD=20.9251;RBI=0.000786735;REFB=-0.0362876;REVB=-0.000561866;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612366;STB=0.544204;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0273175;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:33:36:38:0.535211:20:16:17:16:22:16:17:16 chr1 92327045 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00767046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8814;QD=14.1685;RBI=0.0608293;REFB=0.000137189;REVB=-0.0603438;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252837;STB=0.650827;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00462223;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:7:5:2:8:7:5 chr1 92428495 . C A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0117797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.208;QD=9.89824;RBI=0.014921;REFB=-0.00149335;REVB=-0.00915834;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144939;STB=0.586836;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00267806;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:7:7:20:12:7:7:20:12 chr1 92442695 . A C 231.3 PASS AF=0.421053;AO=18;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0394474;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.894;QD=16.2316;RBI=0.0448129;REFB=-0.0515788;REVB=-0.0212625;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227404;STB=0.640324;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0404158;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:27:18:24:0.421053:12:6:11:8:18:6:13:14 chr1 92457843 . C T 309.77 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00659188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.666;QD=19.0626;RBI=0.0137126;REFB=-0.0175654;REVB=-0.0120242;RO=32;SAF=10;SAR=23;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241663;STB=0.635023;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0235839;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:23:10:18:14:23:10:18:14 chr1 92646021 . G A 67.04 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0232874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.415;QD=14.8968;RBI=0.0276493;REFB=-0.00639535;REVB=-0.0149058;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.6599;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0183721;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:18:8:9:6:7:0.388889:2:4:4:4:2:5:4:5 chr1 92647223 . A G 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0253938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.777;QD=13.2093;RBI=0.025954;REFB=-0.00297201;REVB=0.00536342;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272816;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:4:2:2:3:4:2:2:4 chr1 92647532 . C A 318.61 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6193;QD=53.1018;RBI=0.0721732;REFB=0;REVB=0.0169715;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789285;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr1 92889408 . C T 63.66 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0547561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6523;QD=9.0938;RBI=0.0654949;REFB=-0.0264704;REVB=-0.0359353;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0438635;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:8:9:0.321429:5:3:10:8:6:3:10:9 chr1 92940411 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0244298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.937;QD=22.5808;RBI=0.0269308;REFB=0.00570941;REVB=0.0113336;RO=7;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111629;STB=0.563984;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00851873;OID=.;OPOS=92940411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:11:1:1:6:11:1:1:6 chr1 92946479 . G A 288.95 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8481;QD=52.5366;RBI=0.0336614;REFB=0;REVB=-0.022047;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102624;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr1 92974595 . G A 715.5 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0166121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.099;QD=57.2399;RBI=0.016826;REFB=-0.12254;REVB=0.00267456;RO=3;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599159;STB=0.531901;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00590152;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:3:3:47:47:0.94:22:25:0:3:22:25:0:3 chr1 92979354 . A G,T 488.71 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=26,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216731,-0.00767078;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=119.427,78.4621;QD=57.4952;RBI=0.0290273,0.0193378;REFB=0,0;REVB=-0.0193097,-0.0177513;RO=0;SAF=5,0;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000861181,0.171865;OID=.,.;OPOS=92979354,92979354;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:34:34:0:0:31,3:31,3:0.911765,0.0882353:26,3:5,0:0:0:26,3:5,0:0:0 chr1 93073228 . C A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0361399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.978;QD=16.2364;RBI=0.0455052;REFB=-0.000920465;REVB=0.0276519;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859117;STB=0.548355;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00127131;OID=.;OPOS=93073228;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:16:14:20:16:16:14:20:16 chr1 93089823 . T C 582.04 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9738;QD=58.2037;RBI=0.0903609;REFB=-0.0625256;REVB=0.0887633;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183767;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00302065;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:13:25:1:0:13:26:1:0 chr1 93160901 . A AC 224.79 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680958;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.9833;QD=44.9581;RBI=0.0722447;REFB=0;REVB=0.0241302;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00253692;OID=.;OPOS=93160902;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:15:5:0:0:4:17:2:0:12:5 chr1 93160902 . T C 201.62 PASS AF=0.857143;AO=17;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0272308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.696;QD=38.4042;RBI=0.0561141;REFB=0.0525714;REVB=0.0490639;RO=3;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.55167;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00196884;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:17:18:0.857143:5:12:3:0:5:13:3:0 chr1 93297634 . C G 311.35 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0167267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3543;QD=19.1602;RBI=0.0243238;REFB=-0.0583882;REVB=-0.0176597;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680559;STB=0.537921;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0432328;OID=.;OPOS=93297634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:13:20:17:15:13:20:17:15 chr1 93306317 . G A 452.28 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0119112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9689;QD=22.3349;RBI=0.0127843;REFB=-0.0374622;REVB=0.00464349;RO=37;SAF=23;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179768;STB=0.504214;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0238524;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:37:43:44:0.54321:20:23:19:18:21:23:19:18 chr1 93307908 . T A 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.284;QD=60.2221;RBI=0.0159049;REFB=0;REVB=0.0109114;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01037e-05;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 93311661 . T C 124.29 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00886816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7792;QD=6.13779;RBI=0.0100141;REFB=0.000507249;REVB=-0.00465177;RO=62;SAF=11;SAR=8;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384777;STB=0.523784;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00149764;OID=.;OPOS=93311661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:8:11:34:28:8:11:34:28 chr1 93311707 . C T 148.21 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0254539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.011;QD=7.80052;RBI=0.0255379;REFB=-0.0152863;REVB=-0.00206875;RO=55;SAF=10;SAR=11;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261524;STB=0.515708;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0445006;OID=.;OPOS=93311707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:55:55:21:21:0.276316:11:10:25:30:11:10:25:30 chr1 93580581 . G C 778.52 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.153;QD=63.5523;RBI=0.0547608;REFB=0;REVB=0.0547372;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162897;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:18:27:0:0:22:27:0:0 chr1 93581024 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.343;QD=42.1826;RBI=0.0467704;REFB=0;REVB=0.00540497;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689915;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 93603177 . T C 33.57 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0296105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.529;QD=3.53322;RBI=0.063997;REFB=-0.008833;REVB=0.0567348;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494954;STB=0.846344;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0724815;OID=.;OPOS=93603177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:5:1:19:13:5:1:19:13 chr1 93603183 . C CAT,T 642.54 PASS AF=0.697674,0.302326;AO=29,14;DP=43;FAO=30,13;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19,5;FSAR=11,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190729,-0.0424127;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=96.8214,49.9637;QD=59.7714;RBI=0.0253834,0.152963;REFB=0,0;REVB=-0.0167493,-0.146966;RO=0;SAF=19,5;SAR=10,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0161346,0.0304351;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:43:0:0:29,14:30,13:0.697674,0.302326:10,9:19,5:0:0:11,8:19,5:0:0 chr1 93617546 . T C 385.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8298;QD=55.0956;RBI=0.151153;REFB=0;REVB=0.131207;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582166;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr1 93620393 . G A,T 233.62 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490812,0.0318627;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.566,138.329;QD=49.1836;RBI=0.0500703,0.0327224;REFB=0,0;REVB=-0.00990308,-0.00745157;RO=0;SAF=2,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.95117e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00319716,0.244519;OID=.,.;OPOS=93620393,93620393;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:0:17,2:17,2:0.894737,0.105263:15,1:2,1:0:0:15,1:2,1:0:0 chr1 93646207 . T C 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9974;QD=39.1941;RBI=0.0995924;REFB=0;REVB=-0.0840774;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00939316;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 93672723 . A C 464.79 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269271;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.1805;QD=58.0993;RBI=0.0455453;REFB=0;REVB=0.0367329;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35647e-05;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr1 93851295 . T C 427.52 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00301974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.23;QD=51.8204;RBI=0.0150295;REFB=-0.102489;REVB=0.014723;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620846;STB=0.533312;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00680086;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:17:14:2:0:17:14:2:0 chr1 94037329 . C T 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0367119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.883;QD=25.7291;RBI=0.0387123;REFB=-0.00412611;REVB=0.0122835;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196649;STB=0.608313;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00374139;OID=.;OPOS=94037329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:4:15:14:12:4:15 chr1 94341267 . A G 386.86 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.032509;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.364;QD=48.3575;RBI=0.0325824;REFB=-0.199654;REVB=-0.00218568;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774095;STB=0.528197;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00344109;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:32:32:2:3:29:29:0.90625:18:11:2:0:18:11:2:1 chr1 94342564 . C A 680.85 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.454;QD=61.8954;RBI=0.0366647;REFB=0;REVB=0.0169114;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170375;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr1 94343023 . A G 650.83 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.417;QD=61.984;RBI=0.0073774;REFB=0;REVB=0.00367127;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60243e-06;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 94343233 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.112;QD=59.8394;RBI=0.034132;REFB=0;REVB=0.0334466;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115451;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr1 94344716 . C T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.206;QD=56.9478;RBI=0.0454117;REFB=-0.0825262;REVB=0.0267463;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406473;STB=0.521727;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00250647;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:25:11:1:0:25:11:1:0 chr1 94471075 . A G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0298882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1589;QD=53.3607;RBI=0.0528509;REFB=-0.0270602;REVB=0.043588;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00334397;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:0:1:15:14:0:1 chr1 94578548 . T C 422.7 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0737188;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.128;QD=54.5419;RBI=0.0813548;REFB=-0.13239;REVB=0.0344112;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00297141;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:21:9:0:1:21:9:0:1 chr1 94639337 . A G 86.75 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.041;QD=38.5552;RBI=0.0235236;REFB=0;REVB=0.0147682;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679981;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212189;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:1:0:8:9:1:6:2:0:1:7:2:0:0 chr1 94639447 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.188;QD=37.4884;RBI=0.0381852;REFB=0;REVB=-0.0324101;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213104;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 94639740 . T C 124.17 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00670724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4491;QD=11.8256;RBI=0.0649498;REFB=-0.0245913;REVB=-0.0646026;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120418;STB=0.615215;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0465182;OID=.;OPOS=94639740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:27:15:15:0.357143:3:12:18:7:3:12:18:9 chr1 94643531 . T C 169.18 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0237892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.863;QD=13.0139;RBI=0.0238785;REFB=-0.00830461;REVB=0.00206269;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320977;STB=0.504233;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0104767;OID=.;OPOS=94643531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:32:20:20:0.384615:7:13:21:10:7:13:21:11 chr1 94930345 . G A 192.68 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0488458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4914;QD=14.5418;RBI=0.0496011;REFB=-0.0104256;REVB=0.00862316;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210125;STB=0.520117;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0520319;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:13:10:12:17:13:10:12:18 chr1 95001600 . A C 837.45 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689876;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.827;QD=57.7549;RBI=0.0118399;REFB=0;REVB=0.00962237;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189125;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr1 95291479 . A C 127.32 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00942455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.449;QD=12.4213;RBI=0.0131587;REFB=-0.0149708;REVB=0.00918314;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945459;STB=0.56242;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.023959;OID=.;OPOS=95291479;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:14:15:0.365854:9:5:7:18:9:6:8:18 chr1 95294089 . T C 169.67 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0168144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.182;QD=8.81418;RBI=0.018152;REFB=-0.00805422;REVB=0.00683913;RO=54;SAF=9;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151401;STB=0.589898;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0177223;OID=.;OPOS=95294089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:14:9:28:26:14:9:28:26 chr1 95330372 . G A 753.33 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00620394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.164;QD=61.4966;RBI=0.0190082;REFB=0.0389913;REVB=0.0179673;RO=1;SAF=28;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165072;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000201962;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:20:28:1:0:20:28:1:0 chr1 95709821 . T C 375.49 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0673;QD=55.6279;RBI=0.0812078;REFB=0;REVB=0.0750715;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266248;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 95709939 . T G 830.58 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.471;QD=55.3721;RBI=0.0475268;REFB=-0.117037;REVB=0.0189076;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254704;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00120447;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:60:1:1:56:59:0.983333:38:18:1:0:38:21:1:0 chr1 97189091 . G A 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0256322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2778;QD=16.8211;RBI=0.0296245;REFB=-0.00405929;REVB=0.0148528;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130437;STB=0.574398;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00492065;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:17:11:11:10:17:11 chr1 97915624 . A G 259.37 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0904158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9588;QD=14.212;RBI=0.104151;REFB=-0.000993028;REVB=-0.0516961;RO=42;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734204;STB=0.547913;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00174868;OID=.;OPOS=97915624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:30:30:0.410959:15:15:24:18:15:15:25:18 chr1 98348885 . G A 770.61 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.648;QD=55.0438;RBI=0.024356;REFB=-0.0935592;REVB=0.019978;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00343791;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:22:33:0:1:22:33:0:1 chr1 99127392 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5458;QD=52.6032;RBI=0.103632;REFB=0;REVB=0.103598;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286173;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr1 99225627 . G A 849.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.028;QD=57.6165;RBI=0.0177273;REFB=0;REVB=0.00820081;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77155e-05;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr1 99469994 . G A 197.54 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0202741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.486;QD=18.8135;RBI=0.0754668;REFB=-0.00684756;REVB=0.0726925;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447561;STB=0.516113;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00609566;OID=.;OPOS=99469994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:5:14:17:5:5:15:17:5 chr1 100203648 . C T 213.96 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00785021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9807;QD=10.566;RBI=0.00808726;REFB=-0.00458549;REVB=0.00194369;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634497;STB=0.536959;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00608637;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:54:27:27:0.333333:13:14:25:29:13:14:25:29 chr1 100203693 . G A 322.37 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0685182;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4853;QD=14.016;RBI=0.0698292;REFB=-0.0253351;REVB=-0.0134676;RO=56;SAF=25;SAR=11;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201506;STB=0.615218;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.039288;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:56:56:36:36:0.391304:11:25:29:27:11:25:29:27 chr1 100327026 . C T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0200754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.906;QD=19.3683;RBI=0.0581531;REFB=-0.0124628;REVB=-0.0545781;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199849;STB=0.612769;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0124155;OID=.;OPOS=100327026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:11:4:8:8:11:4 chr1 100336361 . C T 231.06 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.00349802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.85;QD=16.5041;RBI=0.0118937;REFB=-0.00898215;REVB=-0.0113677;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214131;STB=0.58906;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00900116;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:30:26:26:0.464286:10:16:23:5:10:16:23:7 chr1 100361925 . G A 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0209368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.227;QD=12.723;RBI=0.0254088;REFB=-0.0106478;REVB=-0.0143965;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16161;STB=0.593464;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0177051;OID=.;OPOS=100361925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:16:20:16:7:16:20 chr1 100376325 . G A 287.63 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0202232;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1125;QD=17.4321;RBI=0.0584613;REFB=-0.0162506;REVB=-0.054852;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612004;STB=0.532422;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0192891;OID=.;OPOS=100376325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:31:32:0.484848:13:18:17:16:14:18:17:17 chr1 100436133 . A G 161.45 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.028022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.3;QD=18.9946;RBI=0.0283646;REFB=-0.0126705;REVB=0.00439505;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079858;STB=0.566847;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0208802;OID=.;OPOS=100436133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:12:5:6:10:12:5:7:10 chr1 100472604 . A G 191.85 PASS AF=0.342466;AO=23;DP=70;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0285837;FXX=0.0266631;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.366;QD=10.5125;RBI=0.0370521;REFB=-0.0109477;REVB=0.023576;RO=46;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185878;STB=0.628807;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0272992;OID=.;OPOS=100472604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:46:48:23:25:0.342466:7:16:25:21:7:18:26:22 chr1 100488177 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.080512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4977;QD=10.0334;RBI=0.100433;REFB=-0.0383934;REVB=-0.060038;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0288783;OID=.;OPOS=100488177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr1 100547994 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00504272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.849;QD=15.1661;RBI=0.0304677;REFB=-0.000963335;REVB=0.0300475;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14591;STB=0.582712;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00203553;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:10:20:12:11:10:20 chr1 100575933 . G A 233.35 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0133988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5039;QD=16.971;RBI=0.0170266;REFB=-0.0385727;REVB=-0.010506;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329222;STB=0.509084;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0493583;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:13:13:15:13:13:13:15:14 chr1 100598866 . GC AT 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00808044;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.021;QD=23.8999;RBI=0.0211622;REFB=-0.00421799;REVB=0.0195588;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194638;STB=0.602319;STBP=0.153;TYPE=mnp;VARB=0.00424763;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:23:27:27:0.54:14:13:5:16:14:13:6:17 chr1 100617938 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0187234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2241;QD=15.1603;RBI=0.0188468;REFB=0.007831;REVB=0.00215378;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035962;STB=0.520807;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00708888;OID=.;OPOS=100617938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:6:10:13:9:6:10:13:9 chr1 100672060 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.819;QD=62.4654;RBI=0.0498193;REFB=0;REVB=0.0436159;RO=0;SAF=30;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04997e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88132e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:57:30:0:0:57:30:0:0 chr1 101005855 . T C 536.21 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0160997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.203;QD=54.9958;RBI=0.02028;REFB=-0.036532;REVB=0.0123319;RO=2;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389977;STB=0.520822;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00260263;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:23:14:0:2:23:14:0:2 chr1 101006577 . A G 450.43 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014059;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.034;QD=58.1197;RBI=0.014134;REFB=0;REVB=-0.00145372;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156223;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 101007055 . C T 556.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.202;QD=60.1862;RBI=0.0124289;REFB=0;REVB=-0.00117801;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11942e-05;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr1 101203827 . G A 692.73 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.706;QD=60.2376;RBI=0.0362053;REFB=-0.118847;REVB=0.0342667;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00110134;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:25:19:0:1:26:19:0:1 chr1 101431420 . A G 458.18 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00101315;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.225;QD=19.9208;RBI=0.0199302;REFB=-0.0080875;REVB=0.0199044;RO=47;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176543;STB=0.5098;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00838086;OID=.;OPOS=101431420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:20:25:27:20:20:25:27:20 chr1 101440878 . TTA T,TTT 88.17 PASS AF=0.5,0;AO=8,8;DP=45;FAO=15,0;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0510596,0.119765;FXX=0.210471;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=13.3778,6.52637;QD=11.7555;RBI=0.101918,0.191396;REFB=0.0573465,-0.155141;REVB=0.0882052,-0.149294;RO=20;SAF=0,0;SAR=8,8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.752287,-0.752287;STB=0.540927,0.5;STBP=0.699,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0308233,0;OID=.,.;OPOS=101440879,101440880;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:8,8:45:15,0:30:15:4,0:11,0:5:10:85:20:0,0:8,8:10:10 chr1 103352451 . A G 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00232792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.976;QD=17.5408;RBI=0.0310076;REFB=-0.00642095;REVB=-0.0309201;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0120192;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:5:11:7:8:5:11 chr1 103354115 . T C 287.86 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0235503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3149;QD=18.5716;RBI=0.0245114;REFB=0.035386;REVB=-0.00679654;RO=31;SAF=24;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326821;STB=0.683957;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0190669;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:7:24:14:17:7:24:14:17 chr1 103354138 . A G 346.33 PASS AF=0.535211;AO=34;DP=69;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.00646552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.651;QD=19.5113;RBI=0.00654031;REFB=-0.0102313;REVB=-0.000986316;RO=33;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273856;STB=0.616681;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.016909;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:33:34:38:0.535211:20:14:24:9:20:18:24:9 chr1 103354428 . A G 556.29 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0185762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.421;QD=33.7146;RBI=0.0326344;REFB=-0.0287668;REVB=0.0268315;RO=18;SAF=24;SAR=24;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00813653;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:24:24:9:9:24:24:9:9 chr1 103379918 . G A 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0280533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9702;QD=20.4836;RBI=0.0426134;REFB=0.0327495;REVB=0.0320767;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218499;STB=0.624098;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0244309;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:7:4:9:5:7:4 chr1 103444679 . T G 686.69 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0250358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.361;QD=58.4413;RBI=0.0273848;REFB=-0.160768;REVB=0.0110966;RO=2;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103566;STB=0.505514;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00257009;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:28:17:1:1:28:17:1:1 chr1 103471456 . CCAT C 607.83 PASS AF=0.605839;AO=47;DP=146;FAO=83;FDP=137;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=82;FSRF=11;FSRR=43;FWDB=0.0342933;FXX=0.388376;HRUN=2;LEN=3;MLLD=183.408;QD=17.7467;RBI=0.0403194;REFB=-0.0172453;REVB=-0.0212043;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.887133;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0146131;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.605839:47:146:83:137:54:1:82:11:43:99:0:20:27:0:0 chr1 107600869 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0250394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.438;QD=14.6975;RBI=0.0250639;REFB=-0.00951459;REVB=-0.00110783;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159149;STB=0.583252;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0112341;OID=.;OPOS=107600869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:14:7:14:15:14:7:14:16 chr1 107979396 . A C 1778.22 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=119;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00394357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.306;QD=58.784;RBI=0.0305129;REFB=-0.0956698;REVB=0.030257;RO=2;SAF=63;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00123475;STB=0.500488;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000394759;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:121:2:2:117:119:0.983471:54:63:1:1:56:63:1:1 chr1 108023589 . A C 73.14 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0088641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.446;QD=9.43798;RBI=0.0322064;REFB=-0.0188516;REVB=-0.0309625;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382526;STB=0.685898;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0804716;OID=.;OPOS=108023589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:18:21:10:10:0.322581:3:7:6:12:3:7:9:12 chr1 108113438 . A C 66.26 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00235898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.014;QD=12.047;RBI=0.0203025;REFB=-0.0287771;REVB=0.020165;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406226;STB=0.744113;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0389545;OID=.;OPOS=108113438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:5:8:2:7:5:8 chr1 108113449 . C T 56.25 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000760587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8555;QD=11.2502;RBI=0.00617293;REFB=-0.0267038;REVB=-0.00612589;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523804;STB=0.822616;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.035667;OID=.;OPOS=108113449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:5:7:1:7:5:7 chr1 108113490 . TG CA 60.3 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0191571;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=142.882;QD=17.2298;RBI=0.0196107;REFB=-0.00817146;REVB=0.00419347;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=mnp;VARB=0.00331546;OID=.;OPOS=108113490;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:7:8:0.571429:2:5:2:3:2:6:2:4 chr1 108113500 . T G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0271685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.85;QD=13.9588;RBI=0.0294061;REFB=-0.00969627;REVB=-0.0112512;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52454;STB=0.817189;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00535354;OID=.;OPOS=108113500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:2:5:1:6:2:5 chr1 108113503 . A T 51.29 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0867619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.199;QD=13.6779;RBI=0.0917996;REFB=-0.0325816;REVB=0.0299925;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0635026;OID=.;OPOS=108113503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:3:4:2:6:3:4 chr1 108113510 . G T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0285202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.337;QD=15.8391;RBI=0.0334205;REFB=-0.0276572;REVB=-0.0174222;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0354566;OID=.;OPOS=108113510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:3:4:2:6:3:4 chr1 108113526 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4365;QD=43.4848;RBI=0.0814807;REFB=0;REVB=-0.0150111;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332395;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 108113547 . TG CA 57.14 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311466;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.018;QD=28.5687;RBI=0.0687502;REFB=-0.0271232;REVB=0.0612902;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=mnp;VARB=0.00547568;OID=.;OPOS=108113547;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:6:7:0.875:4:2:1:0:5:2:1:0 chr1 108115145 . T C 664.0 PASS AF=0.927273;AO=49;DP=53;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00076717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2554;QD=48.2911;RBI=0.0278741;REFB=-0.0249562;REVB=0.0278635;RO=4;SAF=31;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200943;STB=0.50986;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0238768;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:53:55:4:4:49:51:0.927273:18:31:2:2:19:32:2:2 chr1 108307727 . T A 225.83 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0135514;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0611;QD=12.9045;RBI=0.0476856;REFB=0.00459854;REVB=0.0457195;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154348;STB=0.588678;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00905891;OID=.;OPOS=108307727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:43:43:27:27:0.385714:17:10:22:21:17:10:22:21 chr1 108313258 . C T 92.1 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00959617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1772;QD=8.77162;RBI=0.0384915;REFB=-0.0141015;REVB=0.0372761;RO=29;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291533;STB=0.670749;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0215686;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:29:30:12:12:0.285714:3:9:15:14:3:9:16:14 chr1 108742660 . T C 334.4 PASS AF=0.38835;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0253451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9202;QD=12.9865;RBI=0.0600072;REFB=-0.0117244;REVB=-0.054392;RO=62;SAF=26;SAR=14;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199281;STB=0.618374;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0223406;OID=.;OPOS=108742660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:62:63:40:40:0.38835:14:26:29:33:14:26:29:34 chr1 108771721 . T C 286.6 PASS AF=0.31405;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=121;FR=.;FRO=83;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.00536198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.431;QD=9.47428;RBI=0.0178035;REFB=-0.000496291;REVB=-0.0169769;RO=83;SAF=16;SAR=22;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296563;STB=0.517293;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0010613;OID=.;OPOS=108771721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:83:83:38:38:0.31405:22:16:37:46:22:16:37:46 chr1 109010230 . G A 95.92 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00862726;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.393;QD=6.85149;RBI=0.024882;REFB=-0.010989;REVB=-0.0233385;RO=40;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17491;STB=0.591971;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0500305;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:56:56:40:42:14:14:0.25:9:5:20:20:9:5:20:22 chr1 109172200 . T C 177.79 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00340061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.243;QD=10.6145;RBI=0.0510132;REFB=-0.00522173;REVB=0.0508998;RO=44;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500028;STB=0.529158;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.010081;OID=.;OPOS=109172200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:11:12:21:23:11:12:21:23 chr1 109173710 . G A 44.28 PASS AF=0.269231;AO=8;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0817015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8387;QD=6.81258;RBI=0.0821685;REFB=-0.00643369;REVB=-0.00874771;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478793;STB=0.744008;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0107154;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:17:19:8:7:0.269231:6:2:12:5:5:2:12:7 chr1 109265029 . G T 427.95 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00838316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2855;QD=19.4521;RBI=0.0317169;REFB=-0.00999815;REVB=-0.030589;RO=42;SAF=20;SAR=23;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523569;STB=0.512189;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0128741;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:42:45:43:43:0.488636:23:20:22:20:23:20:22:23 chr1 109268573 . T C 327.93 PASS AF=0.578947;AO=32;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0124232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3647;QD=23.0125;RBI=0.0125794;REFB=0.000538896;REVB=0.00197626;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811715;STB=0.536719;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.000297041;OID=.;OPOS=109268573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:24:32:33:0.578947:14:18:11:13:15:18:11:13 chr1 109273456 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0160752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.276;QD=14.7015;RBI=0.0189153;REFB=0.00246692;REVB=0.00996879;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111711;STB=0.565108;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00173148;OID=.;OPOS=109273456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:7:8:5:7:7:8 chr1 109338861 . G C 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0687129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.152;QD=18.1548;RBI=0.068715;REFB=-0.0450035;REVB=-0.000541558;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223937;STB=0.502073;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0382194;OID=.;OPOS=109338861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:21:21:0.456522:10:11:12:12:10:11:13:12 chr1 109351501 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0122764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.761;QD=19.0177;RBI=0.0222993;REFB=-0.0129567;REVB=0.0186158;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183258;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00634824;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:7:8:4:9:7:8:4:10 chr1 109363232 . T C 198.02 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1899;QD=44.0047;RBI=0.0415524;REFB=-0.145154;REVB=0.00130018;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00770522;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:0:1:9:8:0:1 chr1 109369915 . G T 461.78 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.673;QD=57.7229;RBI=0.0273747;REFB=0;REVB=0.0272048;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.21528e-05;OID=.;OPOS=109369915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:28:32:1:19:9:0:0:19:13:0:0 chr1 109377070 . C A 155.52 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00973862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.227;QD=15.1722;RBI=0.0104218;REFB=-0.0154176;REVB=0.00371116;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550525;STB=0.531755;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0206542;OID=.;OPOS=109377070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:10:14:9:8:10:14 chr1 109395105 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.742;QD=55.0985;RBI=0.0444427;REFB=0;REVB=0.0174469;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031462;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 109656946 . T C 297.97 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=36;FWDB=0.00931525;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.498;QD=15.6824;RBI=0.0119057;REFB=-0.050981;REVB=0.00741425;RO=43;SAF=11;SAR=22;SRF=7;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210236;STB=0.616959;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0300124;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:22:11:7:36:22:11:7:36 chr1 109704618 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.017;QD=46.8469;RBI=0.0316481;REFB=0;REVB=-0.0177247;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4585e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr1 109735298 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.333;QD=64.1535;RBI=0.0298821;REFB=0;REVB=0.00803331;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33888e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr1 109735416 . A C 463.26 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.376;QD=57.907;RBI=0.0669488;REFB=0;REVB=0.0232697;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889582;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:27:32:1:14:13:0:0:17:15:0:0 chr1 109737063 . C T 230.64 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0152723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.73;QD=46.1283;RBI=0.0664168;REFB=-0.193896;REVB=0.064637;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00459729;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr1 109737090 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.944;QD=55.6534;RBI=0.0356607;REFB=0;REVB=0.016862;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109986;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr1 109737132 . T C 528.71 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9609;QD=58.7454;RBI=0.0308681;REFB=0;REVB=0.0292406;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271031;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:23:13:0:0 chr1 109737172 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.919;QD=59.4344;RBI=0.0474044;REFB=0;REVB=0.00409949;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140655;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:23:12:0:0 chr1 109742485 . G A 524.1 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.329;QD=58.2337;RBI=0.0661962;REFB=0;REVB=0.055423;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536416;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:23:13:0:0 chr1 109745618 . T C 1075.54 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9765;QD=59.7522;RBI=0.0764561;REFB=0;REVB=0.00289501;RO=0;SAF=19;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021028;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:52:19:0:0:53:19:0:0 chr1 109771063 . T C 631.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.822;QD=61.6547;RBI=0.0812244;REFB=0;REVB=0.078824;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374158;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr1 109792735 . A ACGC 32.99 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.020289;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.249;QD=18.8536;RBI=0.0418381;REFB=-0.0672906;REVB=0.0365894;RO=3;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281139;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=ins;VARB=0.0080225;OID=.;OPOS=109792736;OREF=-;OALT=CGC;OMAPALT=ACGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:4:8:5:7:2:4:1:2:0:10:3:3:1:3:0 chr1 109794252 . T C 538.33 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.251;QD=59.8144;RBI=0.0175913;REFB=0;REVB=0.0133278;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25478e-05;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr1 109805853 . TGC TCG 124.76 PASS AF=0.238095;AO=24;DP=105;FAO=25;FDP=105;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.000417127;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=45.2762;QD=4.75276;RBI=0.207555;REFB=-0.0124412;REVB=-0.207555;RO=34;SAF=21;SAR=3;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387697;STB=0.82359;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.124155;OID=.;OPOS=109805854;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238095:24:105:25:105:79:21:4:34:45:99:34:21:3:21:13 chr1 109807099 . G A 608.95 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0185141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.241;QD=46.8422;RBI=0.0435127;REFB=-0.0329696;REVB=0.0393774;RO=5;SAF=29;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00324193;STB=0.501729;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00363477;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:52:52:5:5:47:47:0.903846:18:29:3:2:18:29:3:2 chr1 109816176 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.498;QD=48.7353;RBI=0.00564169;REFB=0;REVB=-0.00081664;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67461e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr1 109818263 . G A 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.975;QD=56.6222;RBI=0.0359116;REFB=-0.0165048;REVB=0.0148017;RO=1;SAF=41;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113801;STB=0.506022;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000133824;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:22:41:1:0:22:41:1:0 chr1 109825360 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.653;QD=51.9166;RBI=0.0267566;REFB=0;REVB=0.025124;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024298;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 109836842 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.302;QD=51.9164;RBI=0.108291;REFB=0;REVB=-0.108173;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095744;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 109838918 . C T 753.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2846;QD=56.8953;RBI=0.0573456;REFB=0;REVB=0.0146055;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694889;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:22:30:0:0:22:31:0:0 chr1 109839433 . A G 937.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.634;QD=58.5922;RBI=0.0188883;REFB=0;REVB=0.0133069;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.6745e-07;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr1 109853027 . T C 314.6 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00985775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.32;QD=25.6819;RBI=0.0349111;REFB=-0.00955501;REVB=0.0334904;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130188;STB=0.56136;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0047396;OID=.;OPOS=109853027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:21:27:28:0.571429:16:11:12:9:16:12:12:9 chr1 109856306 . G A 294.17 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0386773;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9817;QD=11.6505;RBI=0.0402358;REFB=-0.0204459;REVB=0.0110898;RO=60;SAF=14;SAR=22;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123542;STB=0.57761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0362177;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:60:65:36:36:0.356436:22:14:30:30:22:14:33:32 chr1 109856384 . CAA C 90.3 PASS AF=0.416667;AO=11;DP=33;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0121505;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=30.1948;QD=10.0331;RBI=0.0426558;REFB=-0.0268643;REVB=-0.0408886;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375057;STB=0.649766;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=0.0408301;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:11:33:15:36:21:2:13:6:15:90:17:1:10:5:12 chr1 109884775 . T G 535.98 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0188647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3683;QD=23.8212;RBI=0.0624507;REFB=0.000294572;REVB=0.0595333;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650982;STB=0.5357;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000645447;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:26:24:16:24:26:24:16:24 chr1 109897100 . T C 478.79 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00950202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.068;QD=25.1997;RBI=0.0199902;REFB=-0.00865517;REVB=-0.0175875;RO=31;SAF=22;SAR=23;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027815;STB=0.515216;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00415262;OID=.;OPOS=109897100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:31:31:45:45:0.592105:23:22:14:17:23:22:14:17 chr1 109897103 . A G 245.51 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0165712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.704;QD=13.2706;RBI=0.0165808;REFB=-0.00981221;REVB=-0.000562573;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409371;STB=0.524819;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0204581;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:41:45:29:29:0.391892:16:13:20:21:16:13:22:23 chr1 110019439 . A G 418.71 PASS AF=0.525;AO=37;DP=75;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0151471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.025;QD=20.9356;RBI=0.0158613;REFB=-0.0360392;REVB=0.00470595;RO=35;SAF=21;SAR=16;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24317;STB=0.619048;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0289954;OID=.;OPOS=110019439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:80:35:38:37:42:0.525:16:21:10:25:17:25:13:25 chr1 110023432 . G A 271.96 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0121789;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.309;QD=23.1455;RBI=0.012635;REFB=-0.00848154;REVB=-0.0033643;RO=22;SAF=7;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830491;STB=0.54652;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00776525;OID=.;OPOS=110023432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:22:25:25:0.531915:18:7:8:14:18:7:8:14 chr1 110136458 . A G 639.62 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00255234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.208;QD=59.4998;RBI=0.0463578;REFB=-0.156224;REVB=0.0462875;RO=1;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159086;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000687304;OID=.;OPOS=110136458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:43:1:1:41:42:0.976744:29:12:0:1:30:12:0:1 chr1 110148974 . C T 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00208278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.572;QD=56.6227;RBI=0.0291993;REFB=-0.0835885;REVB=-0.0291249;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00020662;OID=.;OPOS=110148974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:30:33:0:0:30:33:1:0 chr1 110170896 . T C 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3291;QD=58.7799;RBI=0.040338;REFB=0;REVB=0.025204;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391805;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:45:20:0:0:45:20:0:0 chr1 110201699 . T C 670.75 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0508095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8195;QD=50.6229;RBI=0.0826856;REFB=-0.083464;REVB=-0.0652327;RO=3;SAF=19;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527544;STB=0.502806;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00309505;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:31:19:1:2:31:19:1:2 chr1 110201809 . G T 834.82 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.738;QD=57.5737;RBI=0.0302197;REFB=0;REVB=0.00260382;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68334e-05;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:39:18:0:0:40:18:0:0 chr1 110201812 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.331;QD=57.5444;RBI=0.0606179;REFB=0;REVB=0.0452127;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361043;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr1 110210780 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.629;QD=43.4862;RBI=0.0414717;REFB=0;REVB=-0.0140079;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342244;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 110282972 . G T 393.4 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.142;QD=56.1998;RBI=0.152498;REFB=0;REVB=-0.0297642;RO=2;SAF=7;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115254;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807663;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:2:0:24:28:1:17:7:2:0:17:11:0:0 chr1 110295772 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000407445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.05;QD=53.2771;RBI=0.139074;REFB=0;REVB=0.139073;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827902;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr1 110300504 . A G 866.66 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7443;QD=57.7774;RBI=0.0315709;REFB=0;REVB=-0.0287919;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397497;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr1 110301260 . C T 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.092184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7144;QD=20.8682;RBI=0.100051;REFB=-0.0113632;REVB=0.0388889;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199785;STB=0.611665;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0137079;OID=.;OPOS=110301260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:5:15:11:10:5:15 chr1 110466338 . C A 39.6 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0470061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.644;QD=13.2004;RBI=0.060109;REFB=-0.0277712;REVB=-0.0374636;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0552596;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:1:5:5:1:1:5 chr1 110466709 . T C 3049.85 PASS AF=0.984772;AO=196;DP=198;FAO=194;FDP=197;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0145578;FXX=0.00505025;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0851;QD=61.9259;RBI=0.0263835;REFB=-0.00871186;REVB=0.0220036;RO=0;SAF=84;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506726;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000549356;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:198:197:0:3:196:194:0.984772:112:84:0:0:110:84:0:3 chr1 110467745 . A G 606.22 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397567;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.686;QD=62.1762;RBI=0.0190828;REFB=0;REVB=-0.0186641;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111288;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 110656067 . A C 37.47 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.132725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6167;QD=8.81582;RBI=0.171667;REFB=-0.0169696;REVB=0.108874;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467859;STB=0.815233;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0239487;OID=.;OPOS=110656067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:6:4:5:1:7:4 chr1 110882444 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0507775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.286;QD=17.2298;RBI=0.100752;REFB=-0.0221521;REVB=0.0870202;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00615132;OID=.;OPOS=110882444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:5:1:3:5:5:1 chr1 110921715 . T G 418.27 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.116345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4802;QD=17.428;RBI=0.127569;REFB=3.22414e-07;REVB=0.0523236;RO=53;SAF=23;SAR=20;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992254;STB=0.55553;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00247425;OID=.;OPOS=110921715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:20:23:23:30:20:23:23:30 chr1 110949720 . C T 204.16 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00442095;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5912;QD=13.3872;RBI=0.010905;REFB=-0.00174781;REVB=-0.00996868;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029703;STB=0.502657;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00673671;OID=.;OPOS=110949720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:24:25:0.409836:10:14:20:16:11:14:20:16 chr1 110950439 . C T 492.68 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=85;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0237497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0392;QD=21.6564;RBI=0.0648258;REFB=-0.0469615;REVB=0.0603186;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219607;STB=0.53332;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.044251;OID=.;OPOS=110950439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:91:41:42:41:49:0.538462:20:21:20:21:28:21:21:21 chr1 110998854 . G A,C 577.4 PASS AF=0.902439,0.0731707;AO=36,4;DP=41;FAO=37,3;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20,3;FSAR=17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00616358,-0.00732089;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=106.565,96.9145;QD=56.3315;RBI=0.0853169,0.018945;REFB=-0.00515326,-0.0101872;REVB=0.0850939,0.0174733;RO=0;SAF=19,4;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512189,0.5;STBP=0.497,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000144223,0.0980357;OID=.,.;OPOS=110998854,110998854;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:41:0:1:36,4:37,3:0.902439,0.0731707:17,0:19,4:0:0:17,0:20,3:1:0 chr1 111060669 . T C 575.47 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.748;QD=60.5757;RBI=0.0241501;REFB=0;REVB=0.0235917;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15265e-05;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:30:38:1:19:11:0:0:22:16:0:0 chr1 111061062 . T C 1128.86 PASS AF=0.908046;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00110998;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.975;QD=51.9015;RBI=0.0136271;REFB=0.00700065;REVB=-0.0135818;RO=3;SAF=48;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198057;STB=0.522206;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.000330273;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:3:8:79:79:0.908046:31:48:1:2:31:48:3:5 chr1 111061653 . A G 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0411214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.346;QD=15.7528;RBI=0.0413982;REFB=-0.0121502;REVB=-0.00477945;RO=46;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154642;STB=0.587553;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00997911;OID=.;OPOS=111061653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:24:11:21:25:24:11:21:25 chr1 111144661 . A G 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0251535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.109;QD=10.644;RBI=0.0361226;REFB=-0.00220826;REVB=-0.0259257;RO=38;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228631;STB=0.634011;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00267423;OID=.;OPOS=111144661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:7:13:17:21:7:13:17:21 chr1 111441829 . C T 154.05 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0698861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2815;QD=10.6243;RBI=0.104385;REFB=0.0225526;REVB=-0.0775375;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198954;STB=0.616323;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.046767;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:16:22:8:12:16:22 chr1 111773568 . G C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0657;QD=59.0151;RBI=0.0328082;REFB=0;REVB=0.0326204;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537394;OID=.;OPOS=111773568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr1 111783996 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.905;QD=56.9344;RBI=0.0237814;REFB=0;REVB=0.00528149;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9029e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr1 111833488 . C CCT 1711.81 PASS AF=0.991304;AO=109;DP=117;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287941;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=268.962;QD=59.5411;RBI=0.0318868;REFB=-0.175539;REVB=0.0136992;RO=2;SAF=53;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175738;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=-5.29662e-06;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991304:109:117:114:115:1:57:57:1:0:5:2:53:56:2:0 chr1 111833517 . G A 1876.06 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.24;QD=60.518;RBI=0.0544921;REFB=0;REVB=0.0530414;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738991;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:123:124:0:0:122:124:1:60:62:0:0:62:62:0:0 chr1 111857154 . T C 738.78 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00312776;FXX=0.0338926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.042;QD=51.8439;RBI=0.0354811;REFB=-0.108867;REVB=0.035343;RO=3;SAF=31;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849841;STB=0.515619;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000888311;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:3:2:53:55:0.964912:22:31:2:1:24:31:2:0 chr1 111858444 . C T 246.76 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.804;QD=47.0019;RBI=0.0252479;REFB=-0.18316;REVB=-0.00979293;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00365325;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:10:10:0:0:10:10:1:0 chr1 111861841 . A G 542.27 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142282;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.374;QD=60.252;RBI=0.0190155;REFB=0;REVB=0.0126153;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126912;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:25:10:0:0:25:11:0:0 chr1 111861974 . T C 642.51 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.552;QD=61.1911;RBI=0.0180635;REFB=0;REVB=0.0150203;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119653;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr1 111862952 . T G 854.78 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073026;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2698;QD=57.9511;RBI=0.0731187;REFB=0;REVB=0.00368088;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554577;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr1 111893958 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.49;QD=56.706;RBI=0.0247471;REFB=0;REVB=0.00815428;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202848;OID=.;OPOS=111893958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr1 111957097 . C G 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.075;QD=57.5435;RBI=0.0316784;REFB=0;REVB=0.0278507;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321716;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr1 111957311 . G C 159.93 PASS AF=1;AO=7;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.2688;QD=45.693;RBI=0.039976;REFB=0;REVB=0.0373643;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249522;OID=.;OPOS=111957311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:7:14:1:6:1:0:0:13:1:0:0 chr1 111957693 . A G 834.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.402;QD=57.5542;RBI=0.046788;REFB=0;REVB=0.035259;RO=0;SAF=39;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170456;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:18:39:0:0:18:40:0:0 chr1 111968121 . C T 465.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.828;QD=58.1244;RBI=0.0735093;REFB=0;REVB=0.0570583;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331822;OID=.;OPOS=111968121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 111969294 . A G 542.97 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.842;QD=55.689;RBI=0.0244719;REFB=-0.0406085;REVB=-0.0191467;RO=2;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230211;STB=0.509429;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000159781;OID=.;OPOS=111969294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:39:2:1:37:38:0.974359:26:11:1:1:26:12:0:1 chr1 111969719 . A G 333.04 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.717;QD=53.2861;RBI=0.089381;REFB=0;REVB=0.0581062;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060973;OID=.;OPOS=111969719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:25:0:0:22:25:1:11:11:0:0:12:13:0:0 chr1 111991845 . C A 1560.36 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.498;QD=62.4146;RBI=0.021743;REFB=-0.0464159;REVB=0.0163472;RO=1;SAF=49;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958177;STB=0.50495;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000127982;OID=.;OPOS=111991845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:49:49:1:0:49:50:1:0 chr1 111992095 . C T 2198.15 PASS AF=0.986014;AO=142;DP=143;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0304394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8522;QD=61.4868;RBI=0.0315036;REFB=0.0368975;REVB=0.00811899;RO=1;SAF=74;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694149;STB=0.500248;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00214649;OID=.;OPOS=111992095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:143:143:1:2:142:141:0.986014:68:74:0:1:68:73:1:1 chr1 112029193 . A G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.377;QD=62.669;RBI=0.0539299;REFB=0;REVB=0.0430684;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499802;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr1 112033285 . G C 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0058625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8831;QD=17.2462;RBI=0.0115148;REFB=0.0200261;REVB=0.00991065;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117237;STB=0.567098;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0251252;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:12:15:14:7:12:15 chr1 112042632 . A G 628.91 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00122703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7901;QD=57.1737;RBI=0.0360581;REFB=-0.0121154;REVB=0.0360372;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.504482;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00455596;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:25:17:0:1:25:17:1:1 chr1 112255583 . G T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.000808922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2748;QD=22.5795;RBI=0.0474697;REFB=-0.00831231;REVB=-0.0474628;RO=7;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234148;STB=0.629456;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00241424;OID=.;OPOS=112255583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:10:2:0:7:10:2:0:7 chr1 112269872 . G A 660.72 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.034;QD=61.462;RBI=0.0507556;REFB=0;REVB=0.0423875;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190769;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:39:43:1:24:15:0:0:25:18:0:0 chr1 112533649 . C G 298.54 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.0209325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.8902;QD=23.8834;RBI=0.0296245;REFB=-0.0436262;REVB=0.0209628;RO=23;SAF=3;SAR=24;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163681;STB=0.589687;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0127362;OID=.;OPOS=112533649;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:24:3:1:22:24:3:1:22 chr1 112533728 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.000959972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.998;QD=11.1041;RBI=0.00970229;REFB=-0.0479543;REVB=0.00965468;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0723892;OID=.;OPOS=112533728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr1 112539061 . A G 171.17 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0083522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.897;QD=17.5555;RBI=0.00963945;REFB=-0.0184382;REVB=0.00481245;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0156584;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:11:10:8:10:11:10 chr1 112991623 . T C 60.28 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0357549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6395;QD=17.2216;RBI=0.159532;REFB=-0.0848257;REVB=0.155474;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330584;STB=0.68713;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0255202;OID=.;OPOS=112991623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:6:0:3:5:6:0 chr1 112999227 . G A 466.84 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00169409;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6819;QD=53.3526;RBI=0.0639112;REFB=-0.0267129;REVB=-0.0638888;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582943;STB=0.531231;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00429211;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:18:15:2:0:18:15:2:0 chr1 113000565 . A G 638.47 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0543741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.311;QD=59.3922;RBI=0.0545096;REFB=-0.0782231;REVB=0.00384094;RO=1;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323448;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00115918;OID=.;OPOS=113000565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:28:14:1:0:28:14:1:0 chr1 113000946 . GGTCA G 252.67 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.017473;FXX=0.0999667;HRUN=2;LEN=4;MLLD=263.138;QD=37.4326;RBI=0.0186528;REFB=-0.0362903;REVB=0.00652838;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.540506;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.00425195;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:24:26:24:27:3:8:16:2:1:11:0:8:16:0:0 chr1 113063125 . A G 601.43 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.459;QD=58.6761;RBI=0.0171216;REFB=-0.111195;REVB=-0.00471429;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183934;STB=0.509799;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000358104;OID=.;OPOS=113063125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:15:25:1:0:15:25:1:0 chr1 113083438 . TC T,TT 156.83 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,11;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043516,-0.0450472;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.5063,87.4683;QD=44.8072;RBI=0.0494047,0.049353;REFB=0,0;REVB=0.023392,0.0201611;RO=0;SAF=1,7;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.017382,0.0251765;OID=.,.;OPOS=113083439,113083439;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:3,11:14:2,12:14:0:1,7:1,5:0:0:11:0:1,7:2,4:0:0 chr1 113098534 . C T 265.28 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0166052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4049;QD=17.9849;RBI=0.0273063;REFB=-0.00455095;REVB=0.0216772;RO=30;SAF=10;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290838;STB=0.662679;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0044666;OID=.;OPOS=113098534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:19:10:20:10:19:10:20:10 chr1 113236681 . C T 306.75 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00625674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.894;QD=22.7225;RBI=0.0147484;REFB=-0.0224443;REVB=0.0133554;RO=23;SAF=19;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236117;STB=0.630248;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0108999;OID=.;OPOS=113236681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:12:19:7:16:12:19:7:16 chr1 113237171 . A G 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0236079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.942;QD=19.1806;RBI=0.026263;REFB=-0.0274952;REVB=-0.011507;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0164739;OID=.;OPOS=113237171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:4:7:5:8:4:7 chr1 113239382 . G A 294.21 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0364813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.937;QD=17.5646;RBI=0.0404655;REFB=-0.0238032;REVB=0.0175092;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108502;STB=0.567123;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0243903;OID=.;OPOS=113239382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:35:32:32:0.477612:16:16:21:13:16:16:22:13 chr1 113241052 . T C 140.8 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0138208;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.079;QD=12.5158;RBI=0.0159722;REFB=-0.0145074;REVB=0.00800608;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265355;STB=0.655547;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0104517;OID=.;OPOS=113241052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:18:11:10:6:18:11 chr1 113243048 . C T 203.68 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0339756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.178;QD=16.2947;RBI=0.0427755;REFB=-0.00515664;REVB=0.0259886;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665967;STB=0.503813;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00756164;OID=.;OPOS=113243048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:15:14:10:11:15:14 chr1 113247713 . G A 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0091204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.33;QD=6.59546;RBI=0.00912266;REFB=-0.0129766;REVB=-0.000202833;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940133;STB=0.576747;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0399463;OID=.;OPOS=113247713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:27:28:9:9:0.243243:3:6:16:11:3:6:16:12 chr1 113255389 . C T 807.05 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185023;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.219;QD=57.6464;RBI=0.0103312;REFB=0;REVB=0.0101642;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06743e-05;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr1 113456546 . A T 1396.39 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000564885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.593;QD=62.7589;RBI=0.00569329;REFB=0;REVB=0.0056652;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30693e-05;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:47:42:0:0:47:42:0:0 chr1 113657092 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.885;QD=44.6898;RBI=0.0216777;REFB=0;REVB=0.00405004;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186573;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 114196495 . A G 296.88 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0244858;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.039;QD=17.9927;RBI=0.0257128;REFB=-0.0241346;REVB=-0.00784822;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541877;STB=0.530284;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.020261;OID=.;OPOS=114196495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:19:15:16:16:19:15 chr1 114240319 . T TA 200.2 PASS AF=0.631579;AO=21;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0390036;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.7492;QD=21.0739;RBI=0.0544249;REFB=0.00182578;REVB=-0.0379577;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138639;STB=0.593402;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=-0.00658552;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:21:39:24:38:14:11:13:10:4:82:14:11:10:10:4 chr1 114301335 . C T 359.32 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=25;FWDB=0.00899223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.343;QD=12.9485;RBI=0.0254386;REFB=-0.0282526;REVB=-0.0237962;RO=68;SAF=32;SAR=11;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144562;STB=0.58266;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0538687;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:11:32:43:25:11:32:43:25 chr1 114377568 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.613;QD=47.8224;RBI=0.0609425;REFB=0;REVB=0.0476348;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064991;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 114424601 . C T 410.75 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.745;QD=56.6557;RBI=0.0727426;REFB=0;REVB=0.0407799;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000434555;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr1 114448389 . C T 487.67 PASS AF=0.425197;AO=54;DP=127;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0439256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.333;QD=15.3598;RBI=0.0464366;REFB=-0.00559954;REVB=0.0150631;RO=73;SAF=26;SAR=28;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302382;STB=0.516953;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00799202;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:73:73:54:54:0.425197:28:26:33:40:28:26:33:40 chr1 114449662 . T C 451.47 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.000796701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.617;QD=17.1988;RBI=0.0152378;REFB=-0.00246094;REVB=0.015217;RO=56;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249814;STB=0.638229;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00367623;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:56:49:49:0.466667:23:26:15:41:23:26:15:41 chr1 114505000 . G A 343.45 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.049547;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3744;QD=21.1352;RBI=0.060697;REFB=-0.0137801;REVB=-0.0350603;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00732443;STB=0.504422;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0143529;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:30:35:35:0.538462:19:16:13:16:19:16:14:16 chr1 115119392 . T C 245.04 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0182012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.52;QD=46.6733;RBI=0.0190685;REFB=-0.0714542;REVB=-0.00568538;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000461953;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:21:0:1:19:20:0.952381:10:9:0:0:11:9:0:1 chr1 115537933 . A G 403.14 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0401408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1538;QD=50.3919;RBI=0.0440336;REFB=-0.0505847;REVB=0.0181018;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581794;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0214149;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:15:15:2:0:15:15:2:0 chr1 115576023 . A G 659.38 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3981;QD=58.6115;RBI=0.0700749;REFB=-0.0605085;REVB=0.0433489;RO=1;SAF=31;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149167;STB=0.507933;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0021278;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:13:31:1:0:13:31:1:0 chr1 115590998 . T C 1835.72 PASS AF=0.976;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0319921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1995;QD=58.7429;RBI=0.0695304;REFB=-0.130288;REVB=0.0617332;RO=3;SAF=71;SAR=49;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00359656;STB=0.501899;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00314569;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:123:125:3:3:120:122:0.976:49:71:2:1:50:72:2:1 chr1 115604798 . C T 651.14 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110;QD=62.0134;RBI=0.0567552;REFB=0;REVB=0.0341379;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373256;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 116149152 . G A 1208.72 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.446;QD=61.201;RBI=0.028962;REFB=0;REVB=0.0282651;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23954e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:46:33:0:0:46:33:0:0 chr1 116234313 . A G 250.9 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0325206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.184;QD=19.6784;RBI=0.0331506;REFB=-0.0175065;REVB=0.00643241;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608176;STB=0.533955;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00940037;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:8:17:16:10:8:17 chr1 116234505 . A G 110.09 PASS AF=0.28;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0283033;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.013;QD=8.80743;RBI=0.051438;REFB=-0.0170204;REVB=0.042951;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103357;STB=0.539943;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0376743;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:36:14:14:0.28:7:7:20:14:7:7:20:16 chr1 116236351 . T G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0108781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=319.742;QD=15.2616;RBI=0.0110456;REFB=-0.00903408;REVB=-0.00191638;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.636714;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0135603;OID=.;OPOS=116236351;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:7:9:10:3:7:9 chr1 116239751 . A G 333.28 PASS AF=0.384615;AO=39;DP=103;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0268862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.444;QD=12.8183;RBI=0.0280738;REFB=-0.0149254;REVB=-0.00807912;RO=64;SAF=17;SAR=22;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122023;STB=0.562094;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0280725;OID=.;OPOS=116239751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:64:64:39:40:0.384615:22:17:21:43:23:17:21:43 chr1 116243877 . G A 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.10268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9961;QD=18.3449;RBI=0.103176;REFB=-0.00214947;REVB=-0.0101114;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815483;STB=0.546166;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000274447;OID=.;OPOS=116243877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:4:14:12:5:4:14 chr1 116260532 . A T 320.38 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.027629;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.205;QD=21.0086;RBI=0.0276355;REFB=-0.0108049;REVB=0.000596968;RO=26;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205249;STB=0.62518;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00846145;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:33:33:0.540984:17:16:6:20:17:16:6:22 chr1 116310967 . T C 329.76 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0038426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.938;QD=20.9368;RBI=0.0393673;REFB=-0.0105831;REVB=-0.0391793;RO=29;SAF=14;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117223;STB=0.564933;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0116077;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:20:14:16:13:20:14:16:13 chr1 116382318 . A G 1171.73 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6096;QD=60.8691;RBI=0.0524173;REFB=0;REVB=-0.0498137;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000555335;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr1 116382511 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.289;QD=56.1914;RBI=0.0545881;REFB=0;REVB=-0.0474058;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710985;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:20:8:0:0 chr1 116382778 . T C 481.46 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.049043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6368;QD=53.4953;RBI=0.0582809;REFB=-0.138923;REVB=0.0314871;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.508892;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0098846;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:22:12:1:0:22:12:1:1 chr1 116383300 . T C 35.12 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.132495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.6838;QD=23.4153;RBI=0.14745;REFB=-0.173532;REVB=-0.0647024;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0485641;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:4:1:0:0:4:1:0:1 chr1 116384089 . AG A,AA 623.85 PASS AF=0.0243902,0.97561;AO=7,34;DP=41;FAO=1,40;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197949,0.0206035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.188,209.284;QD=60.8631;RBI=0.0310696,0.0311307;REFB=0,0;REVB=0.0239475,0.023337;RO=0;SAF=5,17;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00138574,0.00202886;OID=.,.;OPOS=116384090,116384090;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0243902,0.97561:7,34:41:1,40:41:0:1,21:0,19:0:0:5:0:5,17:2,17:0:0 chr1 116384580 . C T 218.89 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0137885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0842;QD=13.8975;RBI=0.0222506;REFB=-0.0186026;REVB=0.0174633;RO=37;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810422;STB=0.54596;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0306429;OID=.;OPOS=116384580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:18:8:9:28:18:8:9:28 chr1 116384773 . A G 190.51 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00517432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1587;QD=14.9416;RBI=0.0238284;REFB=-0.00686812;REVB=0.0232599;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14578;STB=0.568566;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0137361;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:21:22:0.431373:10:11:11:18:11:11:11:18 chr1 116385122 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0121067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.349;QD=14.0439;RBI=0.0243888;REFB=0.00789968;REVB=0.0211717;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00368543;OID=.;OPOS=116385122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr1 116385288 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.022328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.056;QD=16.8229;RBI=0.0507869;REFB=-0.0253381;REVB=0.0456155;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00769691;OID=.;OPOS=116385288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr1 116385309 . C A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00844839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1096;QD=12.861;RBI=0.0462333;REFB=-0.0260533;REVB=0.0454548;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0223354;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:3:4:4:3:3:4:5:3 chr1 116385467 . A G 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00866458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.571;QD=11.2547;RBI=0.025881;REFB=-0.0120151;REVB=-0.0243876;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450024;STB=0.749375;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0180353;OID=.;OPOS=116385467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:2:6:3:8:2:6:4:8 chr1 116386105 . G A 185.48 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0248436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2938;QD=13.7392;RBI=0.0449454;REFB=-0.021865;REVB=-0.0374551;RO=32;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20718;STB=0.618938;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0391362;OID=.;OPOS=116386105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:8:14:14:18:8:14:14:18 chr1 116386139 . G A 771.51 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5913;QD=56.1096;RBI=0.0775155;REFB=0;REVB=0.0462959;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212908;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:34:17:0:0:38:17:0:0 chr1 116386243 . C T 525.02 PASS AF=0.514019;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00597559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.469;QD=19.6268;RBI=0.0122798;REFB=0.00104627;REVB=-0.0107278;RO=53;SAF=15;SAR=39;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105074;STB=0.564492;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00822017;OID=.;OPOS=116386243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:52:54:55:0.514019:39:15:20:33:40:15:20:32 chr1 116386244 . C T 491.81 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=-0.00463726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.397;QD=18.5589;RBI=0.00721285;REFB=-0.00484358;REVB=-0.00552459;RO=54;SAF=19;SAR=33;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894521;STB=0.549379;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00156117;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:54:54:52:52:0.490566:33:19:15:39:33:19:15:39 chr1 116534852 . C T 749.77 PASS AF=0.533333;AO=72;DP=135;FAO=72;FDP=135;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.00796881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.856;QD=22.2155;RBI=0.0260002;REFB=-0.0179711;REVB=0.0247489;RO=63;SAF=23;SAR=49;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116374;STB=0.563963;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.014893;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:63:72:72:0.533333:49:23:28:35:49:23:28:35 chr1 116569530 . G C 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00084321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0593;QD=62.7603;RBI=0.0171834;REFB=0;REVB=0.0171627;RO=0;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36739e-05;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:43:46:0:0:43:46:0:0 chr1 116610388 . A G 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.461;QD=56.6983;RBI=0.02038;REFB=0;REVB=-0.00696565;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001197;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 117102649 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.019106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2045;QD=14.0969;RBI=0.0268295;REFB=0.00786139;REVB=-0.0188357;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660375;STB=0.522354;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0147645;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:6:7:8:9:6:7:9:9 chr1 117122130 . T C 209.88 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00621694;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.319;QD=13.5406;RBI=0.0476042;REFB=-0.0102806;REVB=-0.0471965;RO=27;SAF=18;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34261;STB=0.759792;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00569681;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:37:24:25:0.403226:6:18:11:16:6:19:12:25 chr1 117131407 . G A 277.53 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0118172;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.168;QD=15.8588;RBI=0.0418707;REFB=-0.0100055;REVB=0.0401685;RO=39;SAF=21;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169443;STB=0.509548;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00998786;OID=.;OPOS=117131407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:10:21:27:12:10:21:27:12 chr1 117142641 . G A 152.48 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0113539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.032;QD=8.71293;RBI=0.0197477;REFB=-0.0170173;REVB=-0.0161575;RO=49;SAF=14;SAR=7;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213482;STB=0.627327;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0420327;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:7:14:24:25:7:14:24:25 chr1 117142700 . C A 522.75 PASS AF=0.5;AO=54;DP=109;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0112886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.833;QD=19.0091;RBI=0.0270699;REFB=-0.0182157;REVB=0.0246038;RO=50;SAF=30;SAR=24;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394576;STB=0.518562;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0211978;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:50:55:54:55:0.5:24:30:30:20:24:31:33:22 chr1 117142736 . A G 529.95 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=104;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0220972;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.435;QD=20.5805;RBI=0.0223407;REFB=-0.0226507;REVB=-0.00329008;RO=49;SAF=26;SAR=27;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105927;STB=0.553379;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0188266;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:49:49:53:54:0.524272:27:26:30:19:27:27:30:19 chr1 117142855 . C T 286.01 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0829534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4868;QD=16.3432;RBI=0.0839684;REFB=-0.0459227;REVB=-0.0130164;RO=24;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117176;STB=0.562461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0777875;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:38:32:32:0.457143:18:14:7:17:18:14:21:17 chr1 117142868 . CA CT,TG 219.82 PASS AF=0.078125,0.34375;AO=5,22;DP=64;FAO=5,22;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=1,10;FSAR=4,12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0276276,0.0194168;FXX=0.0153822;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=130.724,155.36;QD=13.7389;RBI=0.0284723,0.0205697;REFB=-0.00703942,-0.00627265;REVB=-0.00688388,-0.00678995;RO=36;SAF=1,10;SAR=4,12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404051,-0.10817;STB=0.798803,0.553797;STBP=0.243,0.565;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0216257,0.0126803;OID=.,.;OPOS=117142869,117142868;OREF=A,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:64:64:36:37:5,22:5,22:0.078125,0.34375:4,12:1,10:20:16:4,12:1,10:20:17 chr1 117146319 . C T 127.19 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0122843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3308;QD=9.25001;RBI=0.0366417;REFB=-0.0382172;REVB=0.0345211;RO=38;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421028;STB=0.525134;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0513176;OID=.;OPOS=117146319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:7:10:21:17:7:10:21:17 chr1 117146504 . G A 76.5 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=67;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00589801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.042;QD=4.5672;RBI=0.0144078;REFB=-0.00508102;REVB=0.0131453;RO=54;SAF=6;SAR=7;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185348;STB=0.618872;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0247691;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:67:67:54:54:13:13:0.19403:7:6:33:21:7:6:33:21 chr1 117146563 . G A 34.26 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0297702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.29;QD=4.28222;RBI=0.0338295;REFB=-0.0134737;REVB=0.0160676;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407127;STB=0.768455;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.076263;OID=.;OPOS=117146563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:18:8:4:2:18:8 chr1 117146571 . A G 34.69 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0679278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3272;QD=4.62506;RBI=0.0699607;REFB=-0.0161731;REVB=0.0167424;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587093;STB=0.881274;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.093854;OID=.;OPOS=117146571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:5:1:17:7:5:1:17:7 chr1 117150928 . C T 115.09 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000524403;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.244;QD=8.22068;RBI=0.00273918;REFB=-0.0193688;REVB=-0.00268851;RO=41;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600655;STB=0.526993;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0476876;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:41:40:16:16:0.285714:9:7:20:21:9:7:19:21 chr1 117150933 . G A 103.67 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0341004;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.121;QD=7.97473;RBI=0.036956;REFB=-0.0118373;REVB=-0.0142447;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153513;STB=0.519203;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0162856;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:39:38:14:14:0.269231:7:7:19:20:7:7:18:20 chr1 117156459 . C T 304.95 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.0449834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6324;QD=15.0594;RBI=0.0549533;REFB=-0.00499904;REVB=0.0315651;RO=47;SAF=25;SAR=9;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425738;STB=0.524142;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00929568;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:9:25:33:14:9:25:33:14 chr1 117156490 . T C 220.17 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0377619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9573;QD=11.4371;RBI=0.0425333;REFB=-0.0157735;REVB=-0.0195736;RO=48;SAF=17;SAR=10;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00548465;STB=0.507037;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0393076;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:48:49:27:28:0.363636:10:17:30:18:10:18:31:18 chr1 117156584 . TG CA 72.43 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0160397;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.686;QD=5.46613;RBI=0.0409372;REFB=-0.0191844;REVB=-0.037664;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277258;STB=0.562374;STBP=0.679;TYPE=mnp;VARB=0.0553801;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:53:53:26:42:10:10:0.188679:4:6:15:11:4:6:22:20 chr1 117311147 . C A 234.7 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0980433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4158;QD=20.8624;RBI=0.101217;REFB=-0.0310446;REVB=0.0251455;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174487;STB=0.509795;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0558898;OID=.;OPOS=117311147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:10:12:13:10:10:12 chr1 117487710 . AT GA 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750416;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.285;QD=40.7629;RBI=0.0776561;REFB=0;REVB=0.0199809;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00138232;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 117503940 . G A 312.28 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00936066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.994;QD=14.1946;RBI=0.0144115;REFB=0.000690261;REVB=-0.0109576;RO=50;SAF=19;SAR=16;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238392;STB=0.531537;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00168422;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:50:53:35:35:0.397727:16:19:26:24:16:19:26:27 chr1 117529458 . G A 1396.36 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.674;QD=62.7578;RBI=0.0269143;REFB=0;REVB=0.0267809;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84265e-05;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:42:47:0:0 chr1 117530273 . A G 442.43 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5041;QD=53.6276;RBI=0.0669075;REFB=-0.0447297;REVB=0.0174125;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520026;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:33:0:0:28:33:1:12:16:0:0:15:18:0:0 chr1 117532291 . A G 300.74 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0294564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.809;QD=16.4791;RBI=0.0294579;REFB=-0.0148384;REVB=0.000294628;RO=39;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172298;STB=0.592537;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0134406;OID=.;OPOS=117532291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:32:33:0.452055:14:18:15:24:15:18:15:25 chr1 117532790 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00452277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.658;QD=10.3792;RBI=0.0100484;REFB=0.00363868;REVB=-0.00897298;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.504494;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00526443;OID=.;OPOS=117532790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:7:8:5:4:7:9 chr1 117532798 . C G 57.84 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0138334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.891;QD=8.56841;RBI=0.0202145;REFB=0.00482526;REVB=0.0147398;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.0151419;OID=.;OPOS=117532798;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:27:16:18:8:9:0.333333:5:3:9:7:5:4:9:9 chr1 117559726 . A G 500.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.009;QD=58.8805;RBI=0.0367619;REFB=0;REVB=-0.0277714;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0003518;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr1 117560818 . A G 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0688138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4886;QD=21.2668;RBI=0.069434;REFB=0.0520892;REVB=0.00925924;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150576;STB=0.58452;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0451495;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:4:10:9:8:4:10 chr1 117560929 . C A 362.0 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0142782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.617;QD=17.8766;RBI=0.0154759;REFB=-0.0173083;REVB=0.00596968;RO=42;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373444;STB=0.512639;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0167232;OID=.;OPOS=117560929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:23:15:15:27:23:15:16:27 chr1 117602960 . C A 192.59 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0219444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8356;QD=13.7566;RBI=0.0506758;REFB=-0.0320738;REVB=0.0456781;RO=32;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38232;STB=0.706068;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0487327;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:23:23:0.410714:9:14:7:25:9:14:8:25 chr1 117603156 . G T 393.18 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00633285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.958;QD=22.4674;RBI=0.0115759;REFB=-0.0147664;REVB=0.00968997;RO=31;SAF=8;SAR=31;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163447;STB=0.590722;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0139012;OID=.;OPOS=117603156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:31:31:39:39:0.557143:31:8:11:20:31:8:11:20 chr1 117617705 . A G 254.48 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5839;QD=48.4722;RBI=0.0573925;REFB=0;REVB=0.0511541;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282122;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:18:21:1:11:7:0:0:14:7:0:0 chr1 117618067 . C T 188.82 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.888;QD=47.2059;RBI=0.0543472;REFB=0;REVB=-0.0008012;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832531;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:7:9:0:0 chr1 117659352 . C T 355.07 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00368027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.895;QD=18.9369;RBI=0.00457796;REFB=-0.00908622;REVB=-0.00272275;RO=36;SAF=22;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229273;STB=0.626267;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00936216;OID=.;OPOS=117659352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:38:37:37:0.493333:15:22:12:24:15:22:13:25 chr1 117715026 . C T 564.09 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.525;QD=57.8557;RBI=0.0293181;REFB=-0.0821046;REVB=0.0106772;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000332315;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr1 117785931 . G A 93.52 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0264567;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.723;QD=17.8132;RBI=0.0299479;REFB=0.00445794;REVB=0.0140328;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26877;STB=0.588087;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0213753;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:21:21:6:10:11:11:0.52381:4:7:6:0:4:7:8:2 chr1 117785979 . T C 306.03 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5948;QD=53.2228;RBI=0.0230064;REFB=0;REVB=0.00653693;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279079;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr1 118165691 . C T 281.64 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0274718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.401;QD=17.0689;RBI=0.0313764;REFB=-0.0110233;REVB=-0.0151585;RO=35;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593665;STB=0.533312;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0166439;OID=.;OPOS=118165691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:14:17:17:18:14:17:17:18 chr1 118166704 . T C 197.53 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0229527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6376;QD=18.8124;RBI=0.0299778;REFB=-0.0174437;REVB=0.0192833;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155711;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.01484;OID=.;OPOS=118166704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:12:9:12:8:13:9 chr1 118166877 . C T 152.43 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0216196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.404;QD=21.0242;RBI=0.0365069;REFB=-0.0134353;REVB=-0.0294168;RO=13;SAF=12;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257931;STB=0.646862;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0142527;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:4:12:6:7:4:12:6:7 chr1 118167199 . A G 362.67 PASS AF=0.5;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00746852;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.793;QD=19.0877;RBI=0.043455;REFB=-0.00361687;REVB=0.0428084;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138083;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00411219;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:38:38:37:38:0.5:21:16:17:21:21:17:17:21 chr1 118168234 . C T 254.1 PASS AF=0.45283;AO=17;DP=48;FAO=24;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00407987;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.35;QD=19.1773;RBI=0.00763331;REFB=-0.0126589;REVB=0.00645152;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155953;STB=0.624896;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00825123;OID=.;OPOS=118168234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:15:22:17:24:0.45283:7:10:6:9:9:15:8:14 chr1 118168804 . T TC 75.2 PASS AF=0.5;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0516925;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.0697;QD=15.0394;RBI=0.100398;REFB=0.0165494;REVB=0.0860671;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176743;STB=0.5998;STBP=0.41;TYPE=ins;VARB=0.000449177;OID=.;OPOS=118168805;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:21:10:20:10:4:6:6:4:73:11:4:5:7:4 chr1 118169462 . C T 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000543423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.75;QD=13.5057;RBI=0.00551616;REFB=0.0118469;REVB=0.00548933;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.650908;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00559481;OID=.;OPOS=118169462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:10:6:8:4:10:7 chr1 118169463 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0226055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.124;QD=19.0174;RBI=0.0412374;REFB=-0.00297218;REVB=-0.0344894;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293275;STB=0.681579;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00612636;OID=.;OPOS=118169463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:5:10:4:9:5:10:4:10 chr1 118449207 . A G 79.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.04218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.267;QD=15.9643;RBI=0.047415;REFB=-0.0302402;REVB=0.021657;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293173;STB=0.562382;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0226517;OID=.;OPOS=118449207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:19:20:10:10:9:10:0.5:7:2:2:8:7:3:2:8 chr1 118449215 . G A 59.13 PASS AF=0.5;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0607488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.954;QD=14.7829;RBI=0.0645144;REFB=0.0018028;REVB=-0.0217183;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.699398;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00319489;OID=.;OPOS=118449215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:16:16:6:8:7:8:0.5:6:1:2:4:7:1:3:5 chr1 118483474 . C G 197.02 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00743198;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.116;QD=12.7108;RBI=0.00761523;REFB=-4.63875e-05;REVB=0.00166053;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201718;STB=0.598849;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000123286;OID=.;OPOS=118483474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:38:38:23:24:0.387097:9:14:16:22:10:14:16:22 chr1 118491102 . G A 205.36 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.043702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.529;QD=12.8349;RBI=0.0437683;REFB=-0.00998998;REVB=0.00240836;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192405;STB=0.610597;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0142264;OID=.;OPOS=118491102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:16:9:21:18:16:9:21:18 chr1 118495153 . T G 92.05 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00367599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.729;QD=19.3795;RBI=0.06292;REFB=-0.00357792;REVB=0.0628125;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097017;STB=0.584277;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00291218;OID=.;OPOS=118495153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:10:11:0.578947:2:8:7:1:3:8:7:1 chr1 118509278 . G A 152.63 PASS AF=0.308824;AO=19;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00500858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.937;QD=8.97842;RBI=0.0125845;REFB=-0.0007084;REVB=0.0115449;RO=47;SAF=10;SAR=9;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575869;STB=0.502144;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0010229;OID=.;OPOS=118509278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:47:47:19:21:0.308824:9:10:27:20:9:12:27:20 chr1 118509284 . G T 148.38 PASS AF=0.304348;AO=18;DP=66;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00974146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.921;QD=8.60168;RBI=0.0133954;REFB=-0.0202086;REVB=0.00919466;RO=48;SAF=10;SAR=8;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597107;STB=0.523382;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0485985;OID=.;OPOS=118509284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:48:48:18:21:0.304348:8:10:29:19:9:12:29:19 chr1 118516082 . A T 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.0386977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.244;QD=11.7392;RBI=0.0390986;REFB=-9.67227e-06;REVB=-0.005585;RO=70;SAF=21;SAR=19;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122671;STB=0.570101;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000123539;OID=.;OPOS=118516082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:70:40:40:0.363636:19:21:29:41:19:21:29:41 chr1 118530796 . C T 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0153917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.878;QD=20.9024;RBI=0.0172962;REFB=-0.00534905;REVB=0.00789019;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130636;STB=0.572234;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00427834;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:10:18:16:17:10:18 chr1 118537074 . A G 316.87 PASS AF=0.375;AO=36;DP=101;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=46;FWDB=-0.00485124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.682;QD=12.1872;RBI=0.00869665;REFB=-0.0145142;REVB=0.00721784;RO=65;SAF=18;SAR=18;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234631;STB=0.608117;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0228844;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:65:65:36:39:0.375:18:18:19:46:21:18:19:46 chr1 118624123 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0435249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.267;QD=16.1723;RBI=0.0466843;REFB=-0.0089673;REVB=-0.0168823;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102873;STB=0.555487;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00962111;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:20:16:16:0.444444:8:8:11:7:8:8:12:8 chr1 118628623 . G C 280.84 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0206429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1802;QD=14.4019;RBI=0.0248298;REFB=-0.0213141;REVB=0.0137982;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176975;STB=0.600586;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0303537;OID=.;OPOS=118628623;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:46:46:32:32:0.410256:20:12:25:21:20:12:25:21 chr1 118629599 . G A 280.59 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00474945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.846;QD=19.0233;RBI=0.0102965;REFB=-0.0350894;REVB=-0.00913565;RO=26;SAF=19;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499214;STB=0.559441;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0317207;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:29:30:30:0.508475:11:19:15:11:11:19:15:14 chr1 118644430 . A G 341.91 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0525068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5449;QD=30.3924;RBI=0.0618327;REFB=-0.0190002;REVB=-0.0326544;RO=15;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943583;STB=0.540679;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0113843;OID=.;OPOS=118644430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:16:29:29:0.644444:13:16:6:9:13:16:7:9 chr1 118693217 . T C 193.76 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00466239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.793;QD=22.7956;RBI=0.0179389;REFB=-0.0232655;REVB=-0.0173224;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249112;STB=0.63512;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0196552;OID=.;OPOS=118693217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:15:19:19:0.558824:11:8:10:3:11:8:11:4 chr1 118807059 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.656;QD=58.1408;RBI=0.0252108;REFB=0;REVB=0.0247306;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.5938e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr1 119923724 . T C 335.82 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0253141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.883;QD=14.601;RBI=0.0255957;REFB=-0.0146535;REVB=-0.00378624;RO=55;SAF=20;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523713;STB=0.529707;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.020626;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:17:20:27:28:17:20:27:28 chr1 120057158 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.835;QD=60.6103;RBI=0.0306589;REFB=0;REVB=-0.0160917;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54038e-05;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr1 120057246 . C A 246.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.962;QD=49.2576;RBI=0.0484871;REFB=0;REVB=0.0474228;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00557748;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr1 120164738 . C T 1170.35 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.155;QD=58.5175;RBI=0.0986178;REFB=-0.10736;REVB=0.096382;RO=1;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595059;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:80:1:0:76:80:1:38:38:0:1:40:40:0:0 chr1 120165826 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.120907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.778;QD=23.2185;RBI=0.122953;REFB=-0.05731;REVB=0.022336;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00988836;OID=.;OPOS=120165826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr1 120166681 . G A 95.48 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00177314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.237;QD=34.7216;RBI=0.00660605;REFB=-0.181715;REVB=0.00636363;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00637027;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:0:1:8:2:0:1 chr1 120285546 . G A 424.16 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00872237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.327;QD=18.6445;RBI=0.0298909;REFB=-0.00354481;REVB=-0.02859;RO=47;SAF=26;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168652;STB=0.588739;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00293746;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:17:26:20:27:17:26:21:27 chr1 120291724 . G A 42.01 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0202519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.964;QD=4.54154;RBI=0.020488;REFB=-0.00886769;REVB=-0.00310155;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242866;STB=0.661221;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0305673;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:11:19:3:4:11:19 chr1 120378678 . C T 910.13 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0250082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9741;QD=55.1592;RBI=0.0419535;REFB=-0.0961409;REVB=0.0336851;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00457733;STB=0.502424;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0141491;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:1:1:27:37:1:1 chr1 120384205 . A G 919.25 PASS AF=0.970149;AO=63;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9967;QD=54.8805;RBI=0.028428;REFB=-0.0519057;REVB=-0.0178444;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285993;STB=0.515147;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00133089;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:63:65:0.970149:31:32:2:0:33:32:2:0 chr1 120387120 . G A 937.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0840321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5759;QD=58.5864;RBI=0.0869817;REFB=0;REVB=-0.0224593;RO=0;SAF=17;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605681;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:47:17:0:0:47:17:0:0 chr1 120468052 . AG AC,A 64.34 PASS AF=0,0.333333;AO=2,10;DP=32;FAO=0,11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=0,1;FSAR=0,10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00316953,-0.0718146;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=43.32,19.1875;QD=7.7993;RBI=0.0660965,0.153709;REFB=-0.000752801,-0.0453;REVB=-0.0660205,-0.135901;RO=19;SAF=0,0;SAR=2,10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576337,-0.802742;STB=0.5,0.865896;STBP=1,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0.035223,0.0491622;OID=.,.;OPOS=120468053,120468053;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:2,10:32:0,11:33:22:0,1:0,10:12:10:62:19:0,0:2,10:12:7 chr1 120468425 . G A 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0197734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.329;QD=26.4925;RBI=0.0230987;REFB=-0.0112572;REVB=0.0119399;RO=9;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17536;STB=0.596755;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00815374;OID=.;OPOS=120468425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:11:6:1:8:11:6:1:8 chr1 120539331 . C T 364.71 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0130914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.699;QD=12.4688;RBI=0.0215303;REFB=-0.0123458;REVB=0.0170929;RO=73;SAF=30;SAR=14;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172166;STB=0.598457;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0183074;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:73:73:44:44:0.376068:14:30:39:34:14:30:39:34 chr1 120611554 . TT CG 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00553443;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=245.592;QD=7.01156;RBI=0.00709967;REFB=-0.0109882;REVB=-0.00444695;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698112;STB=0.536367;STBP=0.786;TYPE=mnp;VARB=0.0308055;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:13:13:0.245283:9:4:14:25:9:4:14:26 chr1 121116688 . A G 275.29 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.024683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0898;QD=25.608;RBI=0.0583594;REFB=-0.0274975;REVB=0.0528825;RO=18;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140509;STB=0.578388;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00968225;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:6:19:11:7:6:19:11:7 chr1 121116733 . A G 89.81 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0378504;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.129;QD=4.85447;RBI=0.0438665;REFB=-0.00610038;REVB=-0.0221723;RO=50;SAF=8;SAR=7;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832426;STB=0.519829;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.027448;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:75:74:50:59:15:15:0.202703:7:8:30:20:7:8:30:29 chr1 142667306 . C T 296.25 PASS AF=0.78125;AO=22;DP=30;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0908188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.182;QD=37.0307;RBI=0.0916525;REFB=-0.0125716;REVB=0.0123338;RO=7;SAF=3;SAR=19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302811;STB=0.636239;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00139449;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:30:32:7:7:22:25:0.78125:19:3:4:3:21:4:4:3 chr1 144014051 . G A 170.28 PASS AF=0.242991;AO=26;DP=107;FAO=26;FDP=107;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.0412933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8771;QD=6.36568;RBI=0.041451;REFB=-0.00464635;REVB=0.00361286;RO=81;SAF=12;SAR=14;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593985;STB=0.503615;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0165506;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:81:81:26:26:0.242991:14:12:37:44:14:12:37:44 chr1 144014068 . T C 584.09 PASS AF=0.619048;AO=51;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00175377;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.191;QD=27.8136;RBI=0.0230566;REFB=-0.030272;REVB=0.0229898;RO=32;SAF=17;SAR=34;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126268;STB=0.562232;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0158339;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:32:51:52:0.619048:34:17:16:16:34:18:16:16 chr1 144534038 . A G 98.21 PASS AF=0.162393;AO=19;DP=117;FAO=19;FDP=117;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=43;FWDB=0.0121654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.591;QD=3.35749;RBI=0.0135625;REFB=-0.00508667;REVB=-0.00599541;RO=98;SAF=8;SAR=11;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176161;STB=0.61588;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0321332;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:117:117:98:98:19:19:0.162393:11:8:55:43:11:8:55:43 chr1 144534045 . T C 833.68 PASS AF=0.574627;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=134;FR=.;FRO=57;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00252214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.118;QD=24.886;RBI=0.011144;REFB=-0.0226005;REVB=0.0108549;RO=57;SAF=45;SAR=32;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439058;STB=0.502392;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0159307;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:57:57:77:77:0.574627:32:45:33:24:32:45:33:24 chr1 144534053 . G A 216.85 PASS AF=0.214286;AO=36;DP=169;FAO=36;FDP=168;FR=.;FRO=132;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=53;FWDB=-0.00869881;FXX=0.00591681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3167;QD=5.16303;RBI=0.0508844;REFB=0.00171915;REVB=0.0501354;RO=133;SAF=23;SAR=13;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604884;STB=0.533736;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00548273;OID=.;OPOS=144534053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:133:132:36:36:0.214286:13:23:79:54:13:23:79:53 chr1 144534076 . G A 310.04 PASS AF=0.226852;AO=49;DP=221;FAO=49;FDP=216;FR=.;FRO=167;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=101;FSRR=66;FWDB=0.00252006;FXX=0.0226234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.82;QD=5.74139;RBI=0.0154607;REFB=0.000452248;REVB=-0.015254;RO=163;SAF=33;SAR=16;SRF=99;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911345;STB=0.557914;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00129964;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:216:163:167:49:49:0.226852:16:33:99:64:16:33:101:66 chr1 144534082 . TC CT,TT 2936.53 PASS AF=0.128755,0.7897;AO=30,169;DP=236;FAO=30,184;FDP=233;FR=.;FRO=19;FSAF=21,111;FSAR=9,73;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00143271,9.3919e-05;FXX=0.0127113;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=201.976,48.1469;QD=50.4126;RBI=0.0319659,0.0306921;REFB=-0.0187652,-0.018965;REVB=-0.0319338,0.030692;RO=17;SAF=21,106;SAR=9,63;SRF=6;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.242341,0.0501069;STB=0.636269,0.522741;STBP=0.016,0.053;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0170993,0.0316001;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:236:233:17:19:30,169:30,184:0.128755,0.7897:9,63:21,106:6:11:9,73:21,111:7:12 chr1 144534092 . G A 1895.9 PASS AF=0.632576;AO=167;DP=267;FAO=167;FDP=264;FR=.;FRO=97;FSAF=99;FSAR=68;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.00668308;FXX=0.0112355;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.595;QD=28.7258;RBI=0.00780542;REFB=-0.0115169;REVB=0.00403249;RO=79;SAF=99;SAR=68;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919069;STB=0.513671;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0175428;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:264:79:97:167:167:0.632576:68:99:48:31:68:99:54:43 chr1 144534096 . T C 1852.75 PASS AF=0.588028;AO=168;DP=286;FAO=167;FDP=284;FR=.;FRO=117;FSAF=100;FSAR=67;FSRF=61;FSRR=56;FWDB=0.00640594;FXX=0.00699276;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.484;QD=26.095;RBI=0.00690213;REFB=-0.011545;REVB=0.00256969;RO=105;SAF=100;SAR=68;SRF=57;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384341;STB=0.532763;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0113843;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:284:105:117:168:167:0.588028:68:100:57:48:67:100:61:56 chr1 144534186 . TCG T 347.3 PASS AF=0.175066;AO=59;DP=387;FAO=66;FDP=377;FR=.;FRO=311;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=124;FSRR=187;FWDB=-0.0174212;FXX=0.0258391;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.547;QD=3.68492;RBI=0.0241973;REFB=-0.0102354;REVB=-0.0167932;RO=270;SAF=22;SAR=37;SRF=114;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666366;STB=0.508879;STBP=0.898;TYPE=del;VARB=0.0424748;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175066:59:387:66:377:311:27:39:124:187:99:270:22:37:114:156 chr1 144617251 . A G 217.53 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00761999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.042;QD=16.733;RBI=0.0366108;REFB=-0.0208348;REVB=-0.035809;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397066;STB=0.50724;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0236594;OID=.;OPOS=144617251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:16:8:8:19:16:8:9:19 chr1 144618123 . C T 152.97 PASS AF=0.178808;AO=27;DP=151;FAO=27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=80;FWDB=0.0167294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.53;QD=4.05226;RBI=0.0367628;REFB=-0.0112958;REVB=-0.0327358;RO=124;SAF=16;SAR=11;SRF=44;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297969;STB=0.687962;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.041181;OID=.;OPOS=144618123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:124:124:27:27:0.178808:11:16:44:80:11:16:44:80 chr1 144618144 . A G 1805.18 PASS AF=1;AO=115;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.431;QD=59.1862;RBI=0.0370777;REFB=-0.0488337;REVB=0.0239167;RO=1;SAF=52;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0074785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334072;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:122:1:0:115:122:1:63:52:0:1:70:52:0:0 chr1 144619346 . G A 724.38 PASS AF=0.963636;AO=45;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156235;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.262;QD=52.6819;RBI=0.0675675;REFB=-0.0138164;REVB=0.0657364;RO=2;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625072;STB=0.5294;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000507785;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:56:55:2:2:45:53:0.963636:14:31:0:2:16:37:0:2 chr1 144619354 . C T 430.9 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00538398;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.418;QD=25.3469;RBI=0.00549163;REFB=-0.0449355;REVB=0.00108198;RO=25;SAF=28;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152059;STB=0.601176;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0152933;OID=.;OPOS=144619354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:25:27:41:41:0.602941:13:28:12:13:13:28:12:15 chr1 144811836 . G A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00364099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.831;QD=45.1041;RBI=0.00671274;REFB=-0.00718303;REVB=0.00563951;RO=1;SAF=17;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262699;STB=0.51427;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00179064;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:1:17:1:0:1:17:1:0 chr1 144811924 . T G 1507.3 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4712;QD=59.6952;RBI=0.0309364;REFB=0;REVB=0.00693879;RO=0;SAF=67;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142277;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:33:67:0:0:33:68:0:0 chr1 144852390 . C T 161.52 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00785115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.223;QD=10.5912;RBI=0.00821956;REFB=-0.0106567;REVB=-0.00243325;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811062;STB=0.547573;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0130074;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:14:7:16:24:14:7:16:24 chr1 144852476 . TG CA,CG 131.27 PASS AF=0.142857,0.285714;AO=5,10;DP=37;FAO=5,10;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3,4;FSAR=2,6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0247284,-0.0241391;FXX=0.0540395;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.954,122.702;QD=15.0022;RBI=0.0510415,0.0615327;REFB=-0.0101968,-0.00567766;REVB=0.0446513,0.0566002;RO=20;SAF=3,4;SAR=2,6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.284472,0.0581876;STB=0.691598,0.535142;STBP=0.403,0.859;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0358545,-0.0124671;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:37:35:20:20:5,10:5,10:0.142857,0.285714:2,6:3,4:7:13:2,6:3,4:7:13 chr1 144854180 . T C 242.26 PASS AF=0.176245;AO=46;DP=261;FAO=46;FDP=261;FR=.;FRO=215;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=123;FSRR=92;FWDB=-0.0116821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6547;QD=3.71273;RBI=0.0117596;REFB=-0.0109369;REVB=-0.00134812;RO=213;SAF=24;SAR=22;SRF=122;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664154;STB=0.541691;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0472306;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:213:215:46:46:0.176245:22:24:122:91:22:24:123:92 chr1 144854528 . A G 477.73 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0275843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.982;QD=22.2201;RBI=0.0276756;REFB=-0.0104757;REVB=0.00224613;RO=40;SAF=22;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130684;STB=0.571835;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00993541;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:24:22:13:27:24:22:13:27 chr1 144854537 . T C 573.13 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0159601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.645;QD=23.3932;RBI=0.0220478;REFB=-0.0196133;REVB=-0.0152112;RO=42;SAF=25;SAR=28;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034967;STB=0.53314;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0218035;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:42:45:53:53:0.540816:28:25:18:24:28:25:18:27 chr1 144854564 . G A 97.59 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=117;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=-0.0241275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.875;QD=3.30819;RBI=0.0242278;REFB=-0.00344562;REVB=0.00220286;RO=98;SAF=8;SAR=11;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100308;STB=0.570587;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0147983;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:117:118:98:99:19:19:0.161017:11:8:49:49:11:8:50:49 chr1 144854581 . T C 115.81 PASS AF=0.167939;AO=20;DP=128;FAO=22;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.0527468;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8708;QD=3.53631;RBI=0.0579711;REFB=-0.0136323;REVB=-0.0240505;RO=107;SAF=8;SAR=12;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983092;STB=0.557221;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0750416;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:131:107:109:20:22:0.167939:12:8:51:56:13:9:52:57 chr1 144854594 . G T 176.48 PASS AF=0.205674;AO=29;DP=140;FAO=29;FDP=141;FR=.;FRO=112;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0259721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.789;QD=5.00663;RBI=0.0279555;REFB=-0.0110919;REVB=-0.0103422;RO=111;SAF=10;SAR=19;SRF=52;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162184;STB=0.605389;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0466449;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:111:112:29:29:0.205674:19:10:52:59:19:10:53:59 chr1 144854597 . TC CC,CT 812.54 PASS AF=0.724638,0;AO=41,57;DP=132;FAO=100,0;FDP=138;FR=.;FRO=38;FSAF=40,0;FSAR=60,0;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0130407,-0.0441686;FXX=0.00719373;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.8602,104.687;QD=23.5518;RBI=0.022677,0.0523489;REFB=-0.0953989,-0.0207198;REVB=0.0185523,-0.0280988;RO=32;SAF=16,23;SAR=25,34;SRF=14;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.039147,-0.0232739;STB=0.528352,0.5;STBP=0.285,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0659406,0;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:138:32:38:41,57:100,0:0.724638,0:25,34:16,23:14:18:60,0:40,0:19:19 chr1 144854608 . T G 84.25 PASS AF=0.128378;AO=19;DP=148;FAO=19;FDP=148;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=56;FSRR=73;FWDB=0.00985574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8492;QD=2.27712;RBI=0.0333131;REFB=-0.00248075;REVB=0.0318218;RO=126;SAF=5;SAR=14;SRF=56;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241446;STB=0.662349;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0193863;OID=.;OPOS=144854608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:148:148:126:129:19:19:0.128378:14:5:56:70:14:5:56:73 chr1 144855782 . C T 96.56 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0639105;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.688;QD=6.03499;RBI=0.0704095;REFB=-0.0119866;REVB=-0.0295454;RO=46;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932735;STB=0.529373;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0457152;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:65:64:46:49:15:15:0.234375:8:7:18:28:8:7:21:28 chr1 144855812 . T C 71.97 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0286032;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3923;QD=6.39708;RBI=0.0320273;REFB=-0.011281;REVB=0.0144084;RO=35;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205479;STB=0.66637;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0255563;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:45:45:35:35:9:10:0.222222:5:4:10:25:5:5:10:25 chr1 144863320 . T C 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00721228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.937;QD=11.1268;RBI=0.0235274;REFB=0.00465316;REVB=-0.0223947;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198062;STB=0.616307;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.00792455;OID=.;OPOS=144863320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:8:9:12:22:8:9:12:22 chr1 144864143 . G A 80.17 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0160079;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9605;QD=5.1723;RBI=0.0162407;REFB=-0.001727;REVB=-0.00273988;RO=48;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731202;STB=0.538402;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00263317;OID=.;OPOS=144864143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:7:6:25:23:7:6:25:24 chr1 144865850 . G T 511.49 PASS AF=0.387755;AO=57;DP=148;FAO=57;FDP=147;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0147139;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.294;QD=13.918;RBI=0.0148124;REFB=-0.0032945;REVB=-0.00170525;RO=90;SAF=29;SAR=28;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266055;STB=0.515045;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00478237;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:90:90:57:57:0.387755:28:29:48:42:28:29:48:42 chr1 144866643 . G A 363.34 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00516451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.71;QD=12.3166;RBI=0.00587576;REFB=-0.0130065;REVB=0.00280221;RO=74;SAF=23;SAR=21;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694993;STB=0.539597;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0259757;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:74:74:44:44:0.372881:21:23:34:40:21:23:34:40 chr1 144866662 . T C 921.53 PASS AF=0.728972;AO=77;DP=106;FAO=78;FDP=107;FR=.;FRO=29;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00529083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2756;QD=34.4498;RBI=0.0132614;REFB=-0.0312231;REVB=-0.0121602;RO=29;SAF=34;SAR=43;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389246;STB=0.522281;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0141389;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:29:29:77:78:0.728972:43:34:15:14:44:34:15:14 chr1 144868170 . C T 203.93 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0018198;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.435;QD=14.3111;RBI=0.00523864;REFB=-0.00546549;REVB=-0.00491241;RO=33;SAF=4;SAR=20;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277545;STB=0.661004;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00831684;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:33:24:24:0.421053:20:4:12:21:20:4:12:21 chr1 144871738 . C A 237.91 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00467658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.586;QD=13.7918;RBI=0.015031;REFB=-0.0227929;REVB=0.0142849;RO=40;SAF=13;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11397;STB=0.571525;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0386203;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:41:28:28:0.405797:15:13:23:17:15:13:24:17 chr1 144871755 . A T 127.81 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0109644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.457;QD=8.24579;RBI=0.0218668;REFB=-0.000358974;REVB=-0.0189193;RO=43;SAF=1;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.675659;STB=0.919371;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000813516;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:17:1:23:20:17:1:24:20 chr1 144871782 . A G 127.68 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0336665;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.03;QD=11.1025;RBI=0.0336696;REFB=-0.00726542;REVB=0.000461085;RO=30;SAF=1;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56284;STB=0.84591;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0178187;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:14:1:12:18:14:1:12:19 chr1 144871829 . C T 53.08 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0149115;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.159;QD=5.89787;RBI=0.0168301;REFB=-0.00829441;REVB=0.00780364;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150495;STB=0.583102;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0237645;OID=.;OPOS=144871829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:37:36:26:28:8:8:0.222222:7:1:5:21:7:1:5:23 chr1 144873887 . C T 454.34 PASS AF=0.390977;AO=51;DP=132;FAO=52;FDP=133;FR=.;FRO=81;FSAF=42;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=12;FWDB=0.00724053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6986;QD=13.6642;RBI=0.0366182;REFB=0.006973;REVB=-0.0358953;RO=78;SAF=41;SAR=10;SRF=67;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100651;STB=0.545706;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00892851;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:78:81:51:52:0.390977:10:41:67:11:10:42:69:12 chr1 144874760 . T C 404.48 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0186647;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6562;QD=16.8533;RBI=0.0215831;REFB=-0.0157619;REVB=0.0108378;RO=54;SAF=22;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319338;STB=0.51792;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0224625;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:54:54:42:42:0.4375:20:22:30:24:20:22:30:24 chr1 144874815 . T C 286.54 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0248722;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.92;QD=15.282;RBI=0.0288853;REFB=-0.0102933;REVB=-0.0146879;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239129;STB=0.506662;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.01098;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:20:22:16:16:21:22 chr1 144875979 . G C 169.15 PASS AF=0.247423;AO=24;DP=97;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.010216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.801;QD=6.9753;RBI=0.0319369;REFB=-0.00016905;REVB=-0.0302588;RO=73;SAF=15;SAR=9;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131844;STB=0.580407;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000224983;OID=.;OPOS=144875979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:73:73:24:24:0.247423:9:15:38:35:9:15:38:35 chr1 144877176 . C T 248.05 PASS AF=0.300885;AO=34;DP=113;FAO=34;FDP=113;FR=.;FRO=79;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.00760727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.672;QD=8.78064;RBI=0.0263764;REFB=-0.00717556;REVB=-0.0252556;RO=78;SAF=17;SAR=17;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076165;STB=0.548644;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0147618;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:78:79:34:34:0.300885:17:17:34:44:17:17:34:45 chr1 144879090 . T C 120.76 PASS AF=0.274194;AO=15;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0325365;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.991;QD=7.7913;RBI=0.0341055;REFB=-0.00607105;REVB=0.0102258;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176674;STB=0.588131;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0158263;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:45:15:17:0.274194:7:8:10:17:7:10:21:24 chr1 144879264 . A G 2139.9 PASS AF=1;AO=124;DP=129;FAO=137;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=81;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.907;QD=62.4788;RBI=0.0455126;REFB=0;REVB=0.0422463;RO=0;SAF=77;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48267e-05;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:129:137:0:0:124:137:1:47:77:0:0:56:81:0:0 chr1 144879375 . T C 438.15 PASS AF=0.386364;AO=51;DP=132;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.0954185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6498;QD=13.2771;RBI=0.0954803;REFB=-0.024462;REVB=-0.0034338;RO=81;SAF=19;SAR=32;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147827;STB=0.583908;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0339362;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:81:81:51:51:0.386364:32:19:41:40:32:19:41:40 chr1 144880832 . T C 39.24 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0335592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.378;QD=2.3782;RBI=0.0373617;REFB=-0.00546082;REVB=-0.0164217;RO=58;SAF=4;SAR=4;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617753;STB=0.545342;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0337917;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:4:4:26:32:4:4:26:32 chr1 144880864 . T A 89.45 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0189034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.849;QD=7.30216;RBI=0.0411568;REFB=-0.00696167;REVB=-0.0365588;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13427;STB=0.571312;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0182697;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:36:37:12:12:0.244898:6:6:14:22:6:6:15:22 chr1 144882581 . A G 704.68 PASS AF=0.514925;AO=69;DP=135;FAO=69;FDP=134;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.000694766;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8843;QD=21.0353;RBI=0.0153571;REFB=-0.0132852;REVB=-0.0153413;RO=65;SAF=39;SAR=30;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078295;STB=0.543068;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0134344;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:65:65:69:69:0.514925:30:39:31:34:30:39:31:34 chr1 144882823 . C T 287.78 PASS AF=0.33945;AO=37;DP=109;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=58;FWDB=-0.0271614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.046;QD=10.5608;RBI=0.0279704;REFB=-0.0153553;REVB=-0.00667821;RO=71;SAF=3;SAR=34;SRF=14;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300516;STB=0.676696;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0334019;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:71:72:37:37:0.33945:34:3:14:57:34:3:14:58 chr1 144886197 . A T 277.42 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00324672;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.32;QD=13.3695;RBI=0.0119437;REFB=-0.013842;REVB=-0.011494;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207128;STB=0.609131;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0295833;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:50:51:32:32:0.385542:17:15:14:36:17:15:15:36 chr1 144892089 . G T 80.3 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0517845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8881;QD=7.46987;RBI=0.0798152;REFB=-0.0122074;REVB=-0.0607358;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235659;STB=0.646793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0252956;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:14:18:4:7:14:18 chr1 144892149 . G A 153.04 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00188071;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.953;QD=10.2026;RBI=0.020254;REFB=-0.0118222;REVB=-0.0201665;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198954;STB=0.5999;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0419528;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:40:20:20:0.333333:8:12:16:22:8:12:18:22 chr1 144909956 . G A 61.08 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0357162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9696;QD=7.63441;RBI=0.037044;REFB=-0.0123554;REVB=0.00982891;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201057;STB=0.545351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0470491;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:32:23:23:8:9:0.28125:5:3:9:14:6:3:9:14 chr1 144912153 . A G 1526.92 PASS AF=0.981481;AO=99;DP=100;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000579815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.672;QD=56.5525;RBI=0.0215529;REFB=-0.0394494;REVB=0.0215451;RO=1;SAF=52;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998571;STB=0.509257;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00145897;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:108:1:2:99:106:0.981481:47:52:0:1:53:53:0:2 chr1 144912233 . C T 235.69 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.021567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.197;QD=11.0914;RBI=0.022553;REFB=0.00130746;REVB=-0.0065957;RO=55;SAF=5;SAR=24;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244175;STB=0.653682;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00204946;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:24:5:18:37:24:5:19:37 chr1 144915561 . G A 819.7 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=174;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.022815;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.805;QD=18.9526;RBI=0.0378283;REFB=-0.0208513;REVB=-0.0301738;RO=89;SAF=42;SAR=42;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576497;STB=0.531784;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.02262;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:89:89:84:84:0.485549:42:42:50:39:42:42:50:39 chr1 144915624 . G A 588.94 PASS AF=0.251799;AO=35;DP=139;FAO=35;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00653553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.836;QD=16.9479;RBI=0.0226366;REFB=-0.0202927;REVB=-0.0216726;RO=72;SAF=15;SAR=20;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511264;STB=0.525455;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.019221;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:72:73:35:35:0.251799:20:15:34:38:20:15:34:39 chr1 144916748 . C G 390.14 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0873517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6207;QD=19.5069;RBI=0.0880203;REFB=-0.0374762;REVB=-0.0108282;RO=40;SAF=18;SAR=22;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186722;STB=0.603044;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0300004;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:22:18:10:30:22:18:10:30 chr1 144917546 . A G 569.24 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00354261;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3803;QD=22.9995;RBI=0.0515625;REFB=-0.013577;REVB=-0.0514407;RO=47;SAF=22;SAR=31;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171863;STB=0.599508;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0114718;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:47:46:53:53:0.535354:31:22:29:18:31:22:29:17 chr1 144917841 . T C 253.62 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0184683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.855;QD=17.4913;RBI=0.0184691;REFB=-0.0196857;REVB=0.000179088;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154916;STB=0.586736;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0262804;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:11:19:13:15:11:19 chr1 144918957 . T A 149.1 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00587151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.874;QD=9.61908;RBI=0.0138412;REFB=-0.0010921;REVB=0.0125341;RO=41;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236162;STB=0.645428;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00198197;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:8:12:16:25:8:12:16:26 chr1 144921924 . G A 222.65 PASS AF=0.218391;AO=37;DP=175;FAO=38;FDP=174;FR=.;FRO=136;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=70;FSRR=66;FWDB=-0.0230704;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0507;QD=5.11828;RBI=0.027848;REFB=-0.0127354;REVB=-0.0155971;RO=136;SAF=21;SAR=16;SRF=70;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677376;STB=0.550645;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0561071;OID=.;OPOS=144921924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:136:136:37:38:0.218391:16:21:70:66:16:22:70:66 chr1 144922583 . G A 468.65 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0214201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0877;QD=18.5604;RBI=0.0285421;REFB=-0.0225732;REVB=-0.0188635;RO=51;SAF=24;SAR=25;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000368098;STB=0.505252;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0298956;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:51:52:49:49:0.485149:25:24:25:26:25:24:26:26 chr1 144923728 . GT G 115.85 PASS AF=0.204878;AO=40;DP=209;FAO=42;FDP=205;FR=.;FRO=163;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=76;FSRR=87;FWDB=0.101771;FXX=0.0191378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2178;QD=2.26055;RBI=0.110074;REFB=0.00581012;REVB=-0.0419394;RO=157;SAF=16;SAR=24;SRF=72;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765432;STB=0.56949;STBP=0.323;TYPE=del;VARB=-0.0164411;OID=.;OPOS=144923729;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204878:40:209:42:205:163:16:26:76:87:99:157:16:24:72:85 chr1 144923823 . TAGGAAGAAACGGCA T 592.68 PASS AF=1;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393923;FXX=0.45827;HRUN=1;LEN=14;MLLD=302.352;QD=60.7878;RBI=0.0405194;REFB=0;REVB=0.00949028;RO=44;SAF=6;SAR=33;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.71979e-05;OID=.;OPOS=144923824;OREF=AGGAAGAAACGGCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:100:39:39:0:6:33:0:0:3:44:6:33:26:18 chr1 144930596 . C A 381.76 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0135951;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.211;QD=16.5983;RBI=0.0162434;REFB=-0.021249;REVB=-0.00888943;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2012;STB=0.565185;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0268073;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:52:40:40:0.434783:20:20:32:13:20:20:32:20 chr1 144930940 . T C 221.68 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.032535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0091;QD=17.3865;RBI=0.0609961;REFB=-0.00187371;REVB=-0.0515946;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197938;STB=0.611559;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000214982;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:17:10:14:10:17:10 chr1 144931330 . C T 309.16 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0150499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.178;QD=11.1408;RBI=0.0164994;REFB=-0.000918474;REVB=-0.00676241;RO=72;SAF=24;SAR=15;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282418;STB=0.516216;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00147223;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:72:72:39:39:0.351351:15:24:46:26:15:24:46:26 chr1 144931392 . G A 335.3 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0268172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6696;QD=12.1927;RBI=0.0481493;REFB=-0.00714261;REVB=-0.0399899;RO=68;SAF=19;SAR=22;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104083;STB=0.554595;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0110404;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:68:69:41:41:0.372727:22:19:38:30:22:19:38:31 chr1 144931461 . A T 96.3 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0330423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5677;QD=4.87571;RBI=0.0363455;REFB=0.000225718;REVB=-0.0151395;RO=63;SAF=8;SAR=8;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992893;STB=0.506321;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00288929;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:79:79:63:63:16:16:0.202532:8:8:31:32:8:8:31:32 chr1 144952207 . C T 107.72 PASS AF=0.173913;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=58;FSRR=37;FWDB=0.0140465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.662;QD=3.74664;RBI=0.0771561;REFB=-0.0115526;REVB=-0.0758668;RO=94;SAF=12;SAR=8;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845911;STB=0.509082;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0506443;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:94:95:20:20:0.173913:8:12:57:37:8:12:58:37 chr1 144952220 . C T 175.51 PASS AF=0.243243;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=111;FR=.;FRO=84;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=-0.0281317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.767;QD=6.32463;RBI=0.0472604;REFB=-0.0117575;REVB=-0.0379757;RO=82;SAF=15;SAR=12;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846126;STB=0.558479;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0439132;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:82:84:27:27:0.243243:12:15:51:31:12:15:53:31 chr1 144994658 . C A 617.18 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=144;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.00552282;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.493;QD=17.2638;RBI=0.0240356;REFB=-0.0325281;REVB=0.0233924;RO=79;SAF=35;SAR=29;SRF=49;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740798;STB=0.5412;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0319524;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:79:79:64:64:0.447552:29:35:49:30:29:35:49:30 chr1 145014103 . G C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00345028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.187;QD=20.8722;RBI=0.0290759;REFB=-0.0195062;REVB=0.0288705;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148804;STB=0.583843;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0197342;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:9:11:8:13:9:11 chr1 145014186 . GA AG,GAA,G 57.92 PASS AF=0.205128,0.0769231,0.487179;AO=4,6,6;DP=39;FAO=8,3,19;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=3,1,9;FSAR=5,2,10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.022324,-0.361748,0.361748;FXX=0.0714116;HRUN=1,12,12;LEN=2,1,1;MLLD=120.454,3.5781,3.22445;QD=5.94012;RBI=0.044707,0.498276,0.541061;REFB=0.0054509,-0.0840006,0.0612642;REVB=-0.0387344,0.342663,-0.40235;RO=8;SAF=1,5,2;SAR=3,1,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.272394,0.373885,-0.162008;STB=0.596769,0.665558,0.526288;STBP=0.501,0.638,0.735;TYPE=mnp,ins,del;VARB=-0.183462,-0.0565913,0.239628;OID=.,.,.;OPOS=145014186,145014187,145014187;OREF=GA,-,A;OALT=AG,A,-;OMAPALT=AG,GAA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:43:39:39:8:9:4,6,6:8,3,19:0.205128,0.0769231,0.487179:3,1,4:1,5,2:4:4:5,2,10:3,1,9:5:4 chr1 145014263 . C T 279.7 PASS AF=0.469697;AO=29;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0268776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9018;QD=16.9515;RBI=0.028969;REFB=-0.0186939;REVB=0.0108075;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160799;STB=0.583692;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0257879;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:29:31:0.469697:18:11:19:16:19:12:19:16 chr1 145015972 . T C 37.25 PASS AF=0.0784314;AO=12;DP=154;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=-0.0179367;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.764;QD=0.973741;RBI=0.0222987;REFB=-0.00284945;REVB=0.013248;RO=142;SAF=5;SAR=7;SRF=80;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162824;STB=0.630014;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0399304;OID=.;OPOS=145015972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:154:153:142:141:12:12:0.0784314:7:5:80:62:7:5:79:62 chr1 145018023 . G T 306.33 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00254655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3195;QD=20.4221;RBI=0.0535431;REFB=-0.027234;REVB=0.0534826;RO=24;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243021;STB=0.516656;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0260377;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:28:32:32:0.533333:15:17:12:12:16:16:13:15 chr1 145038952 . C T 320.28 PASS AF=0.38;AO=35;DP=97;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=0.00640837;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.576;QD=12.811;RBI=0.020974;REFB=-0.00875172;REVB=0.019971;RO=62;SAF=8;SAR=27;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134569;STB=0.54543;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0164404;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:62:62:35:38:0.38:27:8:20:42:28:10:20:42 chr1 145038954 . G T 123.4 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=58;FWDB=-0.0576764;FXX=0.0194156;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5148;QD=4.8873;RBI=0.0811813;REFB=0.00414287;REVB=0.0571301;RO=79;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104164;STB=0.560258;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0213471;OID=.;OPOS=145038954;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:81:20:20:0.19802:13:7:22:57:13:7:23:58 chr1 145039562 . C T 191.22 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0441825;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7114;QD=14.7094;RBI=0.0491226;REFB=-0.0373922;REVB=0.0214694;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191462;STB=0.609276;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0586811;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:30:22:22:0.423077:13:9:18:12:13:9:18:12 chr1 145075683 . C T 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0300321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.211;QD=17.6896;RBI=0.0305206;REFB=-0.0443972;REVB=-0.0054387;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324837;STB=0.518501;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0584026;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:12:14:12:9:12:14 chr1 145075854 . G C 280.44 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.030217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.146;QD=28.7627;RBI=0.0343917;REFB=-0.0315649;REVB=0.0164232;RO=13;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886948;STB=0.526294;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0182338;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:14:24:25:0.641026:16:8:6:7:16:9:6:8 chr1 145103928 . G A 56.2 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=-0.0381551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.156;QD=2.34153;RBI=0.0414657;REFB=0.00116613;REVB=-0.0162357;RO=84;SAF=6;SAR=6;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0086406;OID=.;OPOS=145103928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:84:84:12:12:0.125:6:6:42:42:6:6:42:42 chr1 145103947 . T C 206.39 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=99;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.016376;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.262;QD=8.51073;RBI=0.0372019;REFB=-0.00763122;REVB=0.0334038;RO=68;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048702;STB=0.527949;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.015779;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:68:70:27:27:0.278351:14:13:30:38:14:13:31:39 chr1 145109549 . G T 238.44 PASS AF=0.147826;AO=50;DP=344;FAO=51;FDP=345;FR=.;FRO=294;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=136;FSRR=158;FWDB=-0.0159912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.098;QD=2.76452;RBI=0.0169;REFB=0.00248699;REVB=0.00546713;RO=293;SAF=25;SAR=25;SRF=135;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505398;STB=0.523551;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0161159;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:345:293:294:50:51:0.147826:25:25:135:158:26:25:136:158 chr1 145109583 . C A 1292.44 PASS AF=0.414493;AO=140;DP=345;FAO=143;FDP=345;FR=.;FRO=202;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=88;FSRR=114;FWDB=-0.00632163;FXX=0.00576352;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3646;QD=14.9848;RBI=0.0275806;REFB=0.00224723;REVB=0.0268464;RO=200;SAF=58;SAR=82;SRF=89;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331223;STB=0.509624;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00277748;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:345:200:202:140:143:0.414493:82:58:89:111:83:60:88:114 chr1 145109661 . G A 227.06 PASS AF=0.178723;AO=42;DP=236;FAO=42;FDP=235;FR=.;FRO=193;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=55;FSRR=138;FWDB=-0.0109572;FXX=0.00843846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.089;QD=3.86482;RBI=0.0111252;REFB=-0.00680793;REVB=0.00192617;RO=193;SAF=15;SAR=27;SRF=55;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106449;STB=0.56698;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0260127;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:235:193:193:42:42:0.178723:27:15:55:138:27:15:55:138 chr1 145112414 . T C 39.14 PASS AF=0.0943396;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=106;FR=.;FRO=96;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00923516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.72;QD=1.47697;RBI=0.0168432;REFB=-0.00815298;REVB=0.0140856;RO=93;SAF=2;SAR=8;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401637;STB=0.805366;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.036027;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:93:96:10:10:0.0943396:8:2:51:42:8:2:52:44 chr1 145112420 . C T 166.42 PASS AF=0.242718;AO=25;DP=104;FAO=25;FDP=103;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.0383221;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9455;QD=6.46275;RBI=0.0393933;REFB=-0.0100303;REVB=-0.00912402;RO=77;SAF=10;SAR=15;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164213;STB=0.604568;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0269749;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:77:78:25:25:0.242718:15:10:41:36:15:10:42:36 chr1 145112428 . C T 52.64 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=104;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0367242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.566;QD=1.98626;RBI=0.0390055;REFB=-0.0027017;REVB=-0.0131439;RO=92;SAF=4;SAR=8;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228056;STB=0.674711;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0108817;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:104:106:92:94:12:12:0.113208:8:4:48:44:8:4:50:44 chr1 145112501 . C T 125.44 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.0694139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5826;QD=6.35125;RBI=0.086553;REFB=-0.00171986;REVB=-0.0517025;RO=59;SAF=13;SAR=6;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299746;STB=0.689457;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00623976;OID=.;OPOS=145112501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:6:13:26:33:6:13:26:34 chr1 145115810 . A G 901.82 PASS AF=0.444954;AO=97;DP=218;FAO=97;FDP=218;FR=.;FRO=121;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.000441981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.775;QD=16.5472;RBI=0.00148849;REFB=-0.0210854;REVB=0.00142136;RO=121;SAF=54;SAR=43;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857506;STB=0.547616;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0196841;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:218:121:121:97:97:0.444954:43:54:57:64:43:54:57:64 chr1 145115820 . T C 289.18 PASS AF=0.222749;AO=47;DP=209;FAO=47;FDP=211;FR=.;FRO=164;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=79;FSRR=85;FWDB=-0.0244663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.309;QD=5.48198;RBI=0.0246028;REFB=-0.00275781;REVB=0.00258784;RO=162;SAF=29;SAR=18;SRF=78;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173103;STB=0.605714;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0229968;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:162:164:47:47:0.222749:18:29:78:84:18:29:79:85 chr1 145116147 . T TA 36.19 PASS AF=0.164948;AO=13;DP=98;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=31;FWDB=0.00680171;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.1804;QD=1.49257;RBI=0.039296;REFB=-0.00483858;REVB=-0.0387029;RO=83;SAF=9;SAR=4;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120595;STB=0.506841;STBP=0.962;TYPE=ins;VARB=0.0217799;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164948:13:98:16:97:81:10:6:50:31:36:83:9:4:50:33 chr1 145116327 . G T 142.25 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0326973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.323;QD=33.4703;RBI=0.0351534;REFB=-0.00284236;REVB=0.0129092;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.542312;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000897378;OID=.;OPOS=145116327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:17:2:3:13:14:0.823529:7:6:2:0:8:6:2:1 chr1 145273302 . A G 455.31 PASS AF=0.329545;AO=58;DP=175;FAO=58;FDP=176;FR=.;FRO=118;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=93;FWDB=-0.00515076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.889;QD=10.3479;RBI=0.0327045;REFB=-0.00945584;REVB=-0.0322963;RO=117;SAF=24;SAR=34;SRF=25;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255793;STB=0.646541;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0195256;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:117:118:58:58:0.329545:34:24:25:92:34:24:25:93 chr1 145273345 . T C 659.62 PASS AF=0.328185;AO=84;DP=259;FAO=85;FDP=259;FR=.;FRO=174;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=37;FSRR=137;FWDB=-0.0137757;FXX=0.00384601;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.427;QD=10.1872;RBI=0.0137781;REFB=-0.0157084;REVB=0.000257157;RO=175;SAF=36;SAR=48;SRF=37;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277073;STB=0.651775;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0226391;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:259:175:174:84:85:0.328185:48:36:37:138:49:36:37:137 chr1 145273431 . A G 295.88 PASS AF=0.229268;AO=47;DP=205;FAO=47;FDP=205;FR=.;FRO=158;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=50;FSRR=108;FWDB=-0.0708376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6466;QD=5.77334;RBI=0.0752098;REFB=-0.000656286;REVB=-0.0252696;RO=157;SAF=9;SAR=38;SRF=49;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204324;STB=0.630422;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00112472;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:157:158:47:47:0.229268:38:9:49:108:38:9:50:108 chr1 145277384 . T C 32.52 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0258088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.789;QD=1.21583;RBI=0.0261713;REFB=-0.000756811;REVB=-0.00434105;RO=98;SAF=6;SAR=3;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231055;STB=0.686709;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0147537;OID=.;OPOS=145277384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:3:6:45:53:3:6:45:53 chr1 145277398 . A G 46.27 PASS AF=0.104762;AO=11;DP=105;FAO=11;FDP=105;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.00158657;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.164;QD=1.76282;RBI=0.00536948;REFB=-0.00233666;REVB=-0.00512973;RO=94;SAF=8;SAR=3;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274035;STB=0.707579;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0143757;OID=.;OPOS=145277398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:105:105:94:94:11:11:0.104762:3:8:47:47:3:8:47:47 chr1 145277402 . A G 76.63 PASS AF=0.144231;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=104;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0523112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.248;QD=2.94742;RBI=0.0581004;REFB=-0.009914;REVB=-0.0252823;RO=83;SAF=12;SAR=3;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410335;STB=0.759963;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.06509;OID=.;OPOS=145277402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:99:104:83:89:15:15:0.144231:3:12:40:43:3:12:46:43 chr1 145277411 . G A 96.28 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.0206198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.807;QD=3.81308;RBI=0.0254582;REFB=-0.00228872;REVB=-0.0149313;RO=83;SAF=14;SAR=3;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449567;STB=0.795678;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0243866;OID=.;OPOS=145277411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:83:84:17:17:0.168317:3:14:40:43:3:14:41:43 chr1 145277430 . T C 194.19 PASS AF=0.266667;AO=28;DP=105;FAO=28;FDP=105;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.012818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.78;QD=7.39773;RBI=0.0170022;REFB=-0.00207154;REVB=0.0111702;RO=76;SAF=25;SAR=3;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.589276;STB=0.857081;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0115923;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:77:28:28:0.266667:3:25:35:41:3:25:36:41 chr1 145277457 . A G 206.35 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=106;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.00381213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.976;QD=7.43616;RBI=0.130777;REFB=-0.00665719;REVB=-0.130722;RO=76;SAF=27;SAR=3;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602228;STB=0.876466;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0199637;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:111:76:81:30:30:0.27027:3:27:35:41:3:27:35:46 chr1 145277469 . G A 220.89 PASS AF=0.27027;AO=28;DP=111;FAO=30;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.000249533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.824;QD=7.96007;RBI=0.035267;REFB=-0.0299306;REVB=-0.0352661;RO=59;SAF=25;SAR=3;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.685189;STB=0.878213;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.037921;OID=.;OPOS=145277469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:80:28:30:0.27027:3:25:17:42:3:27:34:46 chr1 145277481 . A G 162.95 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=114;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0109415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.521;QD=5.71753;RBI=0.0438358;REFB=-0.0104954;REVB=-0.0424483;RO=88;SAF=24;SAR=2;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675542;STB=0.917611;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0615189;OID=.;OPOS=145277481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:88:88:26:26:0.22807:2:24:35:53:2:24:35:53 chr1 145281408 . C T 393.79 PASS AF=0.27551;AO=54;DP=196;FAO=54;FDP=196;FR=.;FRO=142;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=83;FSRR=59;FWDB=-0.020732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.961;QD=8.03649;RBI=0.0240475;REFB=-0.0120275;REVB=-0.0121847;RO=142;SAF=25;SAR=29;SRF=83;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148516;STB=0.587365;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0377801;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:142:142:54:54:0.27551:29:25:83:59:29:25:83:59 chr1 145281543 . C T 224.55 PASS AF=0.228188;AO=34;DP=149;FAO=34;FDP=149;FR=.;FRO=115;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=53;FSRR=62;FWDB=0.00291673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.274;QD=6.02827;RBI=0.0162097;REFB=-0.0106187;REVB=-0.0159451;RO=115;SAF=12;SAR=22;SRF=53;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140939;STB=0.586494;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0423059;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:115:115:34:34:0.228188:22:12:53:62:22:12:53:62 chr1 145281613 . C A 215.62 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=123;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=54;FWDB=0.0332264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5168;QD=6.95542;RBI=0.0338904;REFB=0.00460252;REVB=0.00667601;RO=91;SAF=16;SAR=16;SRF=38;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101865;STB=0.564476;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.0148326;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:91:92:32:32:0.258065:16:16:38:53:16:16:38:54 chr1 145281633 . C A 201.66 PASS AF=0.258621;AO=30;DP=116;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0246322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.045;QD=6.95379;RBI=0.0361116;REFB=-0.0147004;REVB=-0.0264065;RO=85;SAF=15;SAR=15;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652104;STB=0.53446;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0431368;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:85:86:30:30:0.258621:15:15:38:47:15:15:39:47 chr1 145281656 . A T 141.36 PASS AF=0.214953;AO=23;DP=107;FAO=23;FDP=107;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=-0.055034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6527;QD=5.28441;RBI=0.0731741;REFB=-0.0270644;REVB=-0.0482255;RO=83;SAF=12;SAR=11;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500553;STB=0.526378;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0558047;OID=.;OPOS=145281656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:83:84:23:23:0.214953:11:12:40:43:11:12:41:43 chr1 145290409 . G A 55.71 PASS AF=0.0986842;AO=15;DP=152;FAO=15;FDP=152;FR=.;FRO=137;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=0.00893373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.808;QD=1.46617;RBI=0.00906106;REFB=0.00220986;REVB=0.00151369;RO=133;SAF=6;SAR=9;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167493;STB=0.528417;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0158998;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:152:152:133:137:15:15:0.0986842:9:6:55:78:9:6:59:78 chr1 145293425 . C A 53.33 PASS AF=0.0825688;AO=18;DP=218;FAO=18;FDP=218;FR=.;FRO=200;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=103;FSRR=97;FWDB=-0.00150034;FXX=0.004566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.244;QD=0.978579;RBI=0.00527501;REFB=0.000198348;REVB=-0.00505715;RO=199;SAF=14;SAR=4;SRF=103;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308608;STB=0.751039;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00213609;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:218:218:199:200:18:18:0.0825688:4:14:103:96:4:14:103:97 chr1 145293428 . G C 280.7 PASS AF=0.208889;AO=47;DP=224;FAO=47;FDP=225;FR=.;FRO=178;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=92;FSRR=86;FWDB=-0.016427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3696;QD=4.99028;RBI=0.0282283;REFB=-0.00118932;REVB=0.0229563;RO=176;SAF=29;SAR=18;SRF=91;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130001;STB=0.580635;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00515349;OID=.;OPOS=145293428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:225:176:178:47:47:0.208889:18:29:91:85:18:29:92:86 chr1 145293469 . G C 41.98 PASS AF=0.0581114;AO=24;DP=413;FAO=24;FDP=413;FR=.;FRO=389;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=192;FSRR=197;FWDB=-0.00681112;FXX=0.0024154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.918;QD=0.406576;RBI=0.0296767;REFB=0.000470901;REVB=-0.0288845;RO=386;SAF=18;SAR=6;SRF=189;SRR=197;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271476;STB=0.743385;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00726333;OID=.;OPOS=145293469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:413:413:386:389:24:24:0.0581114:6:18:189:197:6:18:192:197 chr1 145293490 . G C 186.74 PASS AF=0.114865;AO=52;DP=444;FAO=51;FDP=444;FR=.;FRO=393;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=188;FSRR=205;FWDB=-0.0421922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3355;QD=1.68236;RBI=0.0486675;REFB=-0.00480172;REVB=-0.0242558;RO=387;SAF=37;SAR=15;SRF=183;SRR=204;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300871;STB=0.719988;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0464902;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:444:444:387:393:52:51:0.114865:15:37:183:204:14:37:188:205 chr1 145293498 . G C 141.71 PASS AF=0.101382;AO=43;DP=441;FAO=44;FDP=434;FR=.;FRO=390;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=185;FSRR=205;FWDB=-0.0130274;FXX=0.0158727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.066;QD=1.30611;RBI=0.0171036;REFB=-0.00197546;REVB=0.0110825;RO=381;SAF=30;SAR=13;SRF=181;SRR=200;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272303;STB=0.706367;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0120533;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:441:434:381:390:43:44:0.101382:13:30:181:200:13:31:185:205 chr1 145293510 . C G 152.69 PASS AF=0.105386;AO=44;DP=427;FAO=45;FDP=427;FR=.;FRO=382;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=184;FSRR=198;FWDB=-0.0291594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.666;QD=1.43032;RBI=0.0292959;REFB=-0.00714335;REVB=-0.00282452;RO=378;SAF=30;SAR=14;SRF=182;SRR=196;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247018;STB=0.685786;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0687338;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:427:427:378:382:44:45:0.105386:14:30:182:196:14:31:184:198 chr1 145293515 . A G 223.29 PASS AF=0.130751;AO=54;DP=413;FAO=54;FDP=413;FR=.;FRO=359;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=180;FSRR=179;FWDB=-0.0153919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.469;QD=2.16259;RBI=0.0202967;REFB=-0.00579654;REVB=-0.0132304;RO=352;SAF=25;SAR=29;SRF=178;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545871;STB=0.533411;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0416941;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:413:413:352:359:54:54:0.130751:29:25:178:174:29:25:180:179 chr1 145293566 . G A 402.21 PASS AF=0.241935;AO=60;DP=247;FAO=60;FDP=248;FR=.;FRO=188;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=107;FSRR=81;FWDB=-0.0140498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.96;QD=6.48731;RBI=0.0150841;REFB=-0.00526694;REVB=0.00548938;RO=185;SAF=27;SAR=33;SRF=106;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153943;STB=0.589571;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0184818;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:185:188:60:60:0.241935:33:27:106:79:33:27:107:81 chr1 145296372 . A G 221.2 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.036829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.65;QD=11.957;RBI=0.0393109;REFB=-0.0169617;REVB=-0.0137468;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637071;STB=0.536814;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0271228;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:17:10:20:27:17:10:20:27 chr1 145296478 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.676;QD=48.7373;RBI=0.0816373;REFB=0;REVB=-0.00568509;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486777;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 145311083 . A C 422.19 PASS AF=0.327381;AO=51;DP=163;FAO=55;FDP=168;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=28;FWDB=0.00617483;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.733;QD=10.0521;RBI=0.0093658;REFB=-0.0127316;REVB=0.00704199;RO=110;SAF=40;SAR=11;SRF=85;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019879;STB=0.52155;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0231757;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:168:110:113:51:55:0.327381:11:40:85:25:15:40:85:28 chr1 145311110 . G C 186.28 PASS AF=0.201258;AO=32;DP=159;FAO=32;FDP=159;FR=.;FRO=127;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=91;FSRR=36;FWDB=-0.00607554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4055;QD=4.68633;RBI=0.00615343;REFB=-0.0138521;REVB=-0.000975916;RO=120;SAF=25;SAR=7;SRF=84;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134805;STB=0.569641;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0467486;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:120:127:32:32:0.201258:7:25:84:36:7:25:91:36 chr1 145311828 . C G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.723;QD=53.9107;RBI=0.0296065;REFB=0;REVB=0.0266552;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193367;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr1 145368461 . A C 169.07 PASS AF=0.247423;AO=23;DP=96;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.0108612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.819;QD=6.9718;RBI=0.0194479;REFB=-0.0108719;REVB=-0.0161325;RO=73;SAF=8;SAR=15;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325704;STB=0.706501;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0376436;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:73:73:23:24:0.247423:15:8:45:28:16:8:45:28 chr1 145368518 . C T 52.78 PASS AF=0.1;AO=14;DP=138;FAO=14;FDP=140;FR=.;FRO=126;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=63;FWDB=-0.0501779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.694;QD=1.50813;RBI=0.0663826;REFB=-0.00519746;REVB=-0.0434607;RO=120;SAF=6;SAR=8;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759144;STB=0.564325;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0465117;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:138:140:120:126:14:14:0.1:8:6:59:61:8:6:63:63 chr1 145395604 . T C 114.76 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0530205;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.631;QD=10.201;RBI=0.055527;REFB=-0.00725311;REVB=0.0164946;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120665;STB=0.624826;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0128279;OID=.;OPOS=145395604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:30:31:13:14:0.311111:6:7:13:17:6:8:12:19 chr1 145397942 . A T 37.11 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0205636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.323;QD=8.24687;RBI=0.0414809;REFB=-0.0197253;REVB=-0.0360251;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46249;STB=0.799461;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0389103;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:9:12:6:6:0.333333:4:2:0:9:4:2:0:12 chr1 145397947 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0161583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7651;QD=8.25484;RBI=0.0161925;REFB=-0.0106587;REVB=0.00105135;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52656;STB=0.799461;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.023124;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:0:12:4:2:0:12 chr1 145399229 . C T 103.56 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00511118;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.394;QD=17.2591;RBI=0.123159;REFB=-0.023573;REVB=-0.123053;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0144537;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:24:13:12:12:12:0.5:3:9:9:4:3:9:9:3 chr1 145442254 . G C 185.04 PASS AF=0.423077;AO=19;DP=49;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0973042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.74;QD=14.2341;RBI=0.0977957;REFB=0.0105782;REVB=-0.00979224;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743751;STB=0.533898;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.017253;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:30:30:19:22:0.423077:9:10:16:14:9:13:16:14 chr1 145532549 . T C 999.81 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00574048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.04;QD=56.3274;RBI=0.00633458;REFB=0.101623;REVB=-0.00267839;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000794477;STB=0.500613;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000364028;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:68:69:0.971831:35:33:1:1:36:33:1:1 chr1 145561594 . C T 38.8 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0126313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.751;QD=12.9322;RBI=0.0224726;REFB=-0.0166675;REVB=-0.0185867;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0313879;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:11:12:6:6:5:6:0.5:1:4:4:2:1:5:4:2 chr1 145562087 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00400177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8207;QD=16.4545;RBI=0.0147359;REFB=-0.00448135;REVB=0.0141821;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119263;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00484024;OID=.;OPOS=145562087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:2:2:2:4:2:2 chr1 145562293 . G C 81.16 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0194142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.612;QD=18.0347;RBI=0.0207647;REFB=-0.049561;REVB=-0.00736615;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18104;STB=0.605828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0186815;OID=.;OPOS=145562293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:3:5:8:2:3:5 chr1 145562881 . T C 361.88 PASS AF=0.458824;AO=38;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00137243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3265;QD=17.0294;RBI=0.0185811;REFB=-0.00868131;REVB=0.0185304;RO=47;SAF=8;SAR=30;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118506;STB=0.537877;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00791317;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:46:38:39:0.458824:30:8:14:33:30:9:13:33 chr1 145586309 . C T 742.57 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224306;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.182;QD=57.121;RBI=0.0369949;REFB=0;REVB=0.0294192;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180886;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr1 145586403 . G T 1654.77 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00747896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.412;QD=60.1734;RBI=0.0247832;REFB=0;REVB=0.0236277;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165105;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:110:0:0:105:110:1:54:51:0:0:57:53:0:0 chr1 146057292 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00392328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.329;QD=56.9567;RBI=0.00982479;REFB=0;REVB=0.00900746;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11507e-05;OID=.;OPOS=146057292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr1 146246193 . G A 126.26 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.043822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.759;QD=11.2228;RBI=0.0438254;REFB=-0.00902601;REVB=-0.000551041;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290322;STB=0.687894;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0181819;OID=.;OPOS=146246193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:11:3:13:17:12:3:13:17 chr1 146395447 . A G 183.04 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0211137;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.493;QD=16.6398;RBI=0.0461622;REFB=-0.0218197;REVB=-0.0410507;RO=25;SAF=18;SAR=1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662026;STB=0.893084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0203152;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:1:18:12:13:1:18:12:13 chr1 146408019 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00708825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.447;QD=12.0516;RBI=0.020482;REFB=-0.0239817;REVB=0.0192164;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242158;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0226963;OID=.;OPOS=146408019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:9:4:5:4:9:4 chr1 146408086 . A G 311.79 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.0588453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0109;QD=16.6288;RBI=0.063533;REFB=-0.00779189;REVB=0.0239513;RO=41;SAF=19;SAR=15;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201386;STB=0.612184;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0107611;OID=.;OPOS=146408086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:15:19:31:10:15:19:31:10 chr1 146494502 . C G 107.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0503249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0414;QD=11.9248;RBI=0.0646591;REFB=0.00679329;REVB=0.0405981;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168049;STB=0.616252;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0115859;OID=.;OPOS=146494502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:4:9:12:10:4:9:12:11 chr1 146494510 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1842;QD=60.229;RBI=0.0609161;REFB=0;REVB=0.0517829;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190072;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr1 146626922 . T C 143.95 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.118324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3984;QD=23.9921;RBI=0.119888;REFB=0.0689342;REVB=0.0193002;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0281055;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:4:5:7:8:4:5 chr1 146650058 . T C 252.53 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0365855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0949;QD=26.5821;RBI=0.0736264;REFB=0.0182007;REVB=0.0638933;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818896;STB=0.52172;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00937733;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:15:22:23:0.605263:10:12:6:8:11:12:7:8 chr1 146672906 . C T 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.3;QD=59.4992;RBI=0.0163591;REFB=0;REVB=-0.00914158;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09363e-06;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr1 146714392 . G C 230.38 PASS AF=0.464286;AO=24;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000302526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.866;QD=16.4558;RBI=0.0298944;REFB=-0.00138213;REVB=0.0298929;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105337;STB=0.5272;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00138378;OID=.;OPOS=146714392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:30:30:24:26:0.464286:8:16:17:13:10:16:17:13 chr1 146728162 . T TA 222.06 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250361;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2194;QD=42.2973;RBI=0.0476059;REFB=0;REVB=-0.0404909;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00328874;OID=.;OPOS=146728163;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:21:21:0:10:11:0:0:4:0:10:10:0:0 chr1 146751782 . A C 980.72 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.837;QD=58.5506;RBI=0.0571151;REFB=0;REVB=0.0480118;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139082;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:38:29:0:0 chr1 146767149 . G T 634.05 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.146;QD=60.3861;RBI=0.0418837;REFB=0;REVB=0.0235091;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062441;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:39:42:1:21:18:0:0:24:18:0:0 chr1 147119273 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0188771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.775;QD=19.6968;RBI=0.0189038;REFB=-0.00715248;REVB=-0.00100266;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295343;STB=0.676756;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00967499;OID=.;OPOS=147119273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:14:7:14:7:14:7:15:7 chr1 147121977 . C T 1234.08 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=86;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151738;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1715;QD=59.4738;RBI=0.0653931;REFB=-0.0351399;REVB=0.0636082;RO=1;SAF=49;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155173;STB=0.507935;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000836655;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:83:1:1:79:82:0.987952:30:49:0:1:31:51:0:1 chr1 147124310 . T G 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.231;QD=59.3154;RBI=0.0421509;REFB=0;REVB=0.0350952;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218662;OID=.;OPOS=147124310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr1 147735828 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0835;QD=53.2727;RBI=0.143776;REFB=0;REVB=-0.0875268;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00545248;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr1 147781062 . A G 302.39 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0191405;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3814;QD=24.6845;RBI=0.0198474;REFB=-0.00660727;REVB=0.00525008;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218039;STB=0.512112;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.010409;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:10:12:14:13:10:12 chr1 147806874 . G C 244.83 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0026328;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.222;QD=22.7752;RBI=0.0281817;REFB=-0.0168555;REVB=-0.0280584;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159835;STB=0.599029;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0129205;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:20:23:23:0.534884:16:7:10:11:16:7:10:10 chr1 147806880 . T C 616.92 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724784;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2125;QD=61.6924;RBI=0.0573463;REFB=0;REVB=0.0568865;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183546;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr1 147825732 . C G 233.24 PASS AF=0.457627;AO=24;DP=56;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.0136936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.809;QD=15.813;RBI=0.0157097;REFB=-0.0266564;REVB=0.00769939;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331579;STB=0.645574;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0365365;OID=.;OPOS=147825732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:30:32:24:27:0.457627:12:12:5:25:15:12:6:26 chr1 147825763 . G A 173.78 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.0177167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.453;QD=12.8727;RBI=0.017724;REFB=-0.0176135;REVB=0.000508988;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273574;STB=0.659833;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0189049;OID=.;OPOS=147825763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:13:8:5:27:13:8:5:28 chr1 147825765 . G A 180.78 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.0696533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0773;QD=13.9058;RBI=0.070021;REFB=-0.0370618;REVB=-0.00716598;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306898;STB=0.672135;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0585467;OID=.;OPOS=147825765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:4:27:13:8:4:27 chr1 147994268 . T C 205.38 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.022405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3742;QD=12.8362;RBI=0.0432885;REFB=0.00671479;REVB=0.0370393;RO=39;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226209;STB=0.629528;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0132633;OID=.;OPOS=147994268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:10:15:15:24:10:15:15:24 chr1 148000824 . T C 248.45 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-6.82866e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.134;QD=13.9971;RBI=0.0102372;REFB=-0.0175223;REVB=0.010237;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13054;STB=0.566267;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0221234;OID=.;OPOS=148000824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:41:42:29:29:0.408451:15:14:25:16:15:14:25:17 chr1 148000850 . A G 181.26 PASS AF=0.32;AO=23;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00927219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.6926;QD=9.66721;RBI=0.014625;REFB=0.00474912;REVB=0.01131;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372857;STB=0.537215;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.0101904;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:51:23:24:0.32:9:14:25:14:10:14:27:24 chr1 148009510 . G A 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0249084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.567;QD=10.6982;RBI=0.0265415;REFB=-0.0162339;REVB=-0.00916642;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897138;STB=0.553773;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0164149;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:10:5:13:19:10:5:13:19 chr1 148009517 . C A 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.016399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.32;QD=2.77393;RBI=0.0234785;REFB=-0.00241984;REVB=-0.0168022;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417466;STB=0.531144;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0182973;OID=.;OPOS=148009517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:4:2:15:26:4:2:15:26 chr1 148342488 . T C 132.68 PASS AF=0.180451;AO=24;DP=133;FAO=24;FDP=133;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=37;FWDB=-0.0108426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.542;QD=3.99045;RBI=0.0172703;REFB=-0.000968912;REVB=0.0134425;RO=106;SAF=13;SAR=11;SRF=70;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156675;STB=0.599665;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00312703;OID=.;OPOS=148342488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:106:109:24:24:0.180451:11:13:70:36:11:13:72:37 chr1 149155848 . C T 285.83 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00519581;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.771;QD=20.4161;RBI=0.0252655;REFB=-0.0161508;REVB=-0.0247255;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160582;STB=0.508923;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0202187;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:10:16:19:11:10:16 chr1 149211962 . T C 60.43 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0334001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.394;QD=4.24047;RBI=0.0396966;REFB=-0.00844939;REVB=-0.0214534;RO=46;SAF=2;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429854;STB=0.782027;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0313631;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:46:47:10:10:0.175439:8:2:25:21:8:2:25:22 chr1 149211967 . G A 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.040502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.833;QD=5.64502;RBI=0.0437405;REFB=-0.00706054;REVB=-0.0165172;RO=45;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304178;STB=0.684753;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0286732;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:45:46:13:13:0.220339:9:4:25:20:9:4:25:21 chr1 149211975 . C A 119.91 PASS AF=0.25;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0143093;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.716;QD=6.66139;RBI=0.0163378;REFB=-0.00713047;REVB=0.0078848;RO=55;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571932;STB=0.527919;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0213636;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:55:54:18:18:0.25:10:8:27:28:10:8:26:28 chr1 149211992 . G A 235.22 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00389344;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.24;QD=10.8145;RBI=0.00719451;REFB=-0.0138869;REVB=-0.00604996;RO=54;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118336;STB=0.56933;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0253576;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:54:58:29:29:0.333333:12:17:26:28:12:17:28:30 chr1 149211998 . T G 280.52 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00836455;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6646;QD=11.9371;RBI=0.0138035;REFB=-0.0113081;REVB=0.0109804;RO=60;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122294;STB=0.56529;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0109027;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:61:33:33:0.351064:14:19:28:32:14:19:29:32 chr1 149215180 . T C 233.0 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00709439;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.74;QD=21.6746;RBI=0.0263557;REFB=-0.0487705;REVB=-0.025383;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356034;STB=0.507181;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0436094;OID=.;OPOS=149215180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:22:23:0.534884:9:13:11:9:10:13:11:9 chr1 149224148 . G A 129.48 PASS AF=0.217391;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.00138114;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.394;QD=5.62944;RBI=0.0153778;REFB=-0.00124051;REVB=-0.0153156;RO=72;SAF=13;SAR=7;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704492;STB=0.544141;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00431559;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:72:72:20:20:0.217391:7:13:43:29:7:13:43:29 chr1 149224185 . C A 172.73 PASS AF=0.283951;AO=22;DP=82;FAO=23;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0308235;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.963;QD=8.52991;RBI=0.0309074;REFB=-0.00560069;REVB=0.00227633;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180027;STB=0.572312;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0155011;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:57:22:23:0.283951:9:13:19:25:9:14:29:28 chr1 149286469 . C G 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0202772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.77;QD=28.0221;RBI=0.0211888;REFB=-0.00450999;REVB=0.00614823;RO=19;SAF=2;SAR=27;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197836;STB=0.61077;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00258552;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:27:2:3:16:27:2:3:16 chr1 149287392 . T G 922.01 PASS AF=0.705357;AO=79;DP=112;FAO=79;FDP=112;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0139998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.019;QD=32.9288;RBI=0.0140056;REFB=-0.0179171;REVB=-0.000403016;RO=32;SAF=37;SAR=42;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170339;STB=0.513816;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00942639;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:32:33:79:79:0.705357:42:37:16:16:42:37:17:16 chr1 149294658 . G A 268.91 PASS AF=0.527273;AO=23;DP=49;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0367896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.538;QD=19.5568;RBI=0.0380488;REFB=-0.0181215;REVB=0.00970752;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128261;STB=0.594935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0151159;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:55:26:26:23:29:0.527273:11:12:10:16:12:17:10:16 chr1 149294663 . T C 39.18 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=53;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00847033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.839;QD=2.9021;RBI=0.0106662;REFB=-0.00356257;REVB=-0.00648237;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571225;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0159631;OID=.;OPOS=149294663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:54:46:47:6:7:0.12963:3:3:23:23:3:4:23:24 chr1 149294669 . C T 30.39 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0211959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2301;QD=2.20991;RBI=0.0456591;REFB=-0.00585822;REVB=0.0404411;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251999;STB=0.509061;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0501271;OID=.;OPOS=149294669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:46:49:6:6:0.109091:3:3:24:22:3:3:24:25 chr1 149294693 . G C 346.96 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00737926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.574;QD=22.3842;RBI=0.0115637;REFB=-0.0248473;REVB=-0.00890311;RO=27;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14523;STB=0.571388;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0156557;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:34:35:0.564516:14:20:11:16:15:20:11:16 chr1 149334339 . G C 937.18 PASS AF=0.478049;AO=98;DP=205;FAO=98;FDP=205;FR=.;FRO=107;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=0.00414454;FXX=0.00485413;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.696;QD=18.2865;RBI=0.00498215;REFB=-0.00722806;REVB=-0.00276488;RO=107;SAF=45;SAR=53;SRF=58;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783726;STB=0.543229;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0073946;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:107:107:98:98:0.478049:53:45:58:49:53:45:58:49 chr1 149334350 . G A 214.44 PASS AF=0.18018;AO=40;DP=222;FAO=40;FDP=222;FR=.;FRO=182;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=82;FSRR=100;FWDB=-0.0215027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.868;QD=3.86369;RBI=0.0224394;REFB=-0.000684469;REVB=-0.00641581;RO=182;SAF=12;SAR=28;SRF=82;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204834;STB=0.63141;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00473685;OID=.;OPOS=149334350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:222:182:182:40:40:0.18018:28:12:82:100:28:12:82:100 chr1 149398890 . G T 47.66 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0373808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.183;QD=12.7089;RBI=0.0452871;REFB=-0.0179658;REVB=-0.0255657;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.666221;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00903666;OID=.;OPOS=149398890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:8:8:6:7:0.466667:3:3:2:6:3:4:2:6 chr1 149664423 . A G 479.95 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00177244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.548;QD=17.1411;RBI=0.0200926;REFB=0.00427619;REVB=-0.0200143;RO=59;SAF=17;SAR=35;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229337;STB=0.624059;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00424962;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:35:17:33:26:35:17:33:27 chr1 149676264 . T C 41.96 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0031898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8394;QD=2.23767;RBI=0.00695159;REFB=0.00176741;REVB=0.00617655;RO=65;SAF=7;SAR=2;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335253;STB=0.753264;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0118762;OID=.;OPOS=149676264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:65:66:9:9:0.12:2:7:33:32:2:7:33:33 chr1 149676401 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0324836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.967;QD=10.8236;RBI=0.0325052;REFB=-0.00700748;REVB=-0.00118465;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229895;STB=0.639095;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0123225;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:9:3:10:13:9:3:10:13 chr1 149680227 . A G 576.69 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00919347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.252;QD=52.4266;RBI=0.0132562;REFB=0.0284036;REVB=-0.00955024;RO=4;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00425833;STB=0.502277;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.000437882;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:44:4:4:40:40:0.909091:21:19:2:2:21:19:2:2 chr1 149684085 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0109821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.273;QD=10.0751;RBI=0.0112937;REFB=-0.00446757;REVB=-0.0026346;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0149473;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:8:6:4:4:8:6 chr1 149684119 . TA T,TT 522.88 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,2;DP=35;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563535,0.0106729;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=156.091,140.314;QD=58.0975;RBI=0.0132947,0.0139722;REFB=0,0;REVB=-0.0120413,-0.00901723;RO=0;SAF=22,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00182695,0.0321025;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:33,2:35:34,2:36:0:22,1:12,1:0:0:9:0:22,1:11,1:0:0 chr1 149684166 . G A 79.88 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0124617;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5506;QD=7.10084;RBI=0.0424043;REFB=-0.00626697;REVB=-0.0405318;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144284;STB=0.578172;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0159138;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:6:5:19:14:6:5:19:15 chr1 149684169 . G A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0125849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.732;QD=6.90649;RBI=0.0162063;REFB=-0.00731968;REVB=-0.010211;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106166;STB=0.566808;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0244407;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:6:5:19:16:6:5:19:16 chr1 149684171 . A T 90.42 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.000132872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.943;QD=7.86273;RBI=0.00628198;REFB=-0.0231721;REVB=-0.00628057;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124755;STB=0.604144;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.049356;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:34:34:11:12:0.26087:6:5:19:15:7:5:19:15 chr1 149711815 . G A 34.95 PASS AF=0.0847458;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=118;FR=.;FRO=108;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.0078413;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.179;QD=1.18484;RBI=0.00787376;REFB=0.0011606;REVB=-0.000714195;RO=100;SAF=3;SAR=7;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179311;STB=0.631495;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0139646;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:118:100:108:10:10:0.0847458:7:3:45:55:7:3:47:61 chr1 149711845 . C A 37.92 PASS AF=0.092437;AO=10;DP=118;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=69;FWDB=-0.017457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2749;QD=1.27465;RBI=0.0290542;REFB=0.00240833;REVB=0.0232251;RO=107;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157321;STB=0.586704;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0114656;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:118:119:107:108:10:11:0.092437:5:5:39:68:6:5:39:69 chr1 149719835 . T C 81.85 PASS AF=0.163043;AO=15;DP=92;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=0.00672841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.616;QD=3.55883;RBI=0.0503324;REFB=-0.00164522;REVB=-0.0498806;RO=77;SAF=14;SAR=1;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598791;STB=0.910902;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00600359;OID=.;OPOS=149719835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:92:92:77:77:15:15:0.163043:1:14:39:38:1:14:39:38 chr1 149914204 . CTTTTTTTC CTTTTTT,CTTTTTTC,CTTTTTTTA 58.44 PASS AF=0,0.4,0.0222222;AO=7,8,3;DP=47;FAO=0,18,1;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=0,5,0;FSAR=0,13,1;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.082535,0.00725399,-0.042918;FXX=0.0217344;HRUN=7,7,3;LEN=2,1,1;MLLD=17.7313,8.68037,118.32;QD=5.1951;RBI=0.0832243,0.0984451,0.0463631;REFB=-0.0530778,-0.110903,-0.0074243;REVB=-0.010689,0.0981775,-0.0175381;RO=20;SAF=4,1,0;SAR=3,7,3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.251837,-0.362117,-0.543452;STB=0.5,0.506322,0.985565;STBP=1,0.975,0.491;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0536925,0.123265,-0.00605576;OID=.,.,.;OPOS=149914211,149914205,149914212;OREF=TC,T,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC,CTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4,0.0222222:7,8,3:47:0,18,1:45:26:0,5,0:0,13,1:7:19:55:20:4,1,0:3,7,3:7:13 chr1 149914683 . G A 141.25 PASS AF=1;AO=7;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.1024;QD=43.4601;RBI=0.138581;REFB=0;REVB=-0.0473836;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103141;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:7:13:1:6:1:0:0:10:3:0:0 chr1 149916539 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00293343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.209;QD=16.8228;RBI=0.0328174;REFB=-0.0200828;REVB=-0.0326861;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.017638;OID=.;OPOS=149916539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr1 150199039 . CTCCTCTTCCTCT CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC 311.86 PASS AF=0.0833333,0.25,0.666667;AO=2,7,14;DP=24;FAO=2,6,16;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,15;FSAR=2,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104358,-0.0434383,0.0735285;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=4,6,1;MLLD=135.71,74.3693,50.4206;QD=51.9773;RBI=0.104586,0.0437058,0.0754522;REFB=0,0,0;REVB=-0.00689501,-0.00482808,0.0169292;RO=0;SAF=0,2,13;SAR=2,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0111174,0.0117485,0.0247242;OID=.,.,.;OPOS=150199042,150199040,150199051;OREF=CTCT,TCCTCT,T;OALT=ATCC,-,C;OMAPALT=CTCATCCTCCTCT,CTCCTCT,CTCCTCTTCCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0833333,0.25,0.666667:2,7,14:24:2,6,16:24:0:0,1,15:2,5,1:0:0:18:0:0,2,13:2,5,1:0:0 chr1 150199057 . C T 79.87 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.124448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5615;QD=16.8157;RBI=0.132998;REFB=-0.0730931;REVB=-0.0469168;RO=9;SAF=9;SAR=0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.824361;STB=0.866649;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0835316;OID=.;OPOS=150199057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:0:9:2:7:1:9:2:7 chr1 150259355 . C T 115.56 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0269276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.633;QD=20.0979;RBI=0.0289152;REFB=-0.0288892;REVB=0.0105353;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0200335;OID=.;OPOS=150259355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:9:10:12:13:0.565217:6:6:4:5:6:7:5:5 chr1 150278741 . G GTC 130.79 PASS AF=0.8125;AO=11;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00898228;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.116;QD=32.6962;RBI=0.0660686;REFB=-0.000975307;REVB=0.0654552;RO=3;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141846;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.000533135;OID=.;OPOS=150278742;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:11:16:13:16:3:10:3:3:0:15:3:8:3:3:0 chr1 150526044 . G C 132.88 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0385711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6116;QD=16.1065;RBI=0.0408333;REFB=0.0135935;REVB=0.0134025;RO=17;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505338;STB=0.808147;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0178005;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:2:13:7:10:2:13:7:11 chr1 150530554 . C T 235.16 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0168118;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.736;QD=25.4229;RBI=0.0940483;REFB=0.000309701;REVB=-0.0925334;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188222;STB=0.620042;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0014285;OID=.;OPOS=150530554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:15:7:8:6:15:7:9:6 chr1 150531008 . T C,G 617.95 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284252,-0.0166251;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.1151,124.652;QD=60.2876;RBI=0.0586076,0.0451804;REFB=0,0;REVB=0.0585386,-0.0420104;RO=0;SAF=24,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0009425,0.14754;OID=.,.;OPOS=150531008,150531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:41:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:15,2:24,0:0:0:15,2:24,0:0:0 chr1 150531050 . G A 613.25 PASS AF=1;AO=19;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217154;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0314;QD=61.3247;RBI=0.175338;REFB=0;REVB=0.175325;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058585;OID=.;OPOS=150531050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:19:40:1:5:14:0:0:15:25:0:0 chr1 150531170 . C T 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.591;QD=59.0129;RBI=0.0249313;REFB=0;REVB=0.0168321;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237175;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 150541729 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0404523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.169;QD=13.9589;RBI=0.0410336;REFB=-0.00260518;REVB=-0.00688231;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235769;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00218191;OID=.;OPOS=150541729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:2:5:3:4:2:5 chr1 150548887 . C CCTAT,T 50.13 PASS AF=1,0;AO=4,2;DP=6;FAO=6,0;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266291,-0.00385575;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=283.189,97.0962;QD=33.4186;RBI=0.0278282,0.00427203;REFB=0,0;REVB=-0.00808065,0.00183941;RO=0;SAF=4,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000134257,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4,2:6,0:1,0:0,2:4,0:0:0:2,0:4,0:0:0 chr1 150597890 . G A 81.01 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0168396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.152;QD=17.0554;RBI=0.0207659;REFB=-0.0233254;REVB=-0.012151;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175521;STB=0.616236;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0130656;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:18:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:1:7:7:3:1:8 chr1 150771703 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.468;QD=62.0189;RBI=0.0370163;REFB=0;REVB=-0.00904143;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70914e-05;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr1 150779755 . C T 1245.71 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5707;QD=61.5167;RBI=0.00423101;REFB=0;REVB=0.00301919;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30493e-05;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr1 150782797 . C T 112.91 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0176245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3151;QD=17.3708;RBI=0.0183259;REFB=-0.0153884;REVB=-0.00502154;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379419;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0174624;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:6:7:7:5:6:7:8:5 chr1 150937771 . T A 856.88 PASS AF=1;AO=40;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798303;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.6146;QD=48.275;RBI=0.261482;REFB=0;REVB=0.248998;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360103;OID=.;OPOS=150937771;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:71:1:0:40:71:1:13:27:0:1:22:49:0:0 chr1 150955580 . C G 204.44 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0155555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.548;QD=22.7158;RBI=0.0231557;REFB=0.00451799;REVB=0.0171526;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184272;STB=0.602315;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00430339;OID=.;OPOS=150955580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:13:3:8:12:13:3 chr1 150960350 . A C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.003542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.156;QD=12.1432;RBI=0.0197376;REFB=-0.0278732;REVB=-0.0194172;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256351;STB=0.649838;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0524345;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:6:13:15:18:6:13:15:18 chr1 150969567 . A G 571.56 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.805;QD=60.1646;RBI=0.0708334;REFB=0;REVB=0.0702683;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338468;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:25:11:0:0:27:11:0:0 chr1 150969992 . T C 131.01 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.203;QD=43.6698;RBI=0.0867739;REFB=0;REVB=0.086674;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901595;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:3:6:0:0:6:6:0:0 chr1 150970577 . G T 530.98 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2408;QD=58.9983;RBI=0.186986;REFB=0;REVB=0.139916;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376273;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:31:36:1:18:13:0:0:18:18:0:0 chr1 150975108 . T C 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0253574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4587;QD=12.1792;RBI=0.0520832;REFB=-0.0127216;REVB=-0.0454936;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0801857;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:9:6:4:6:9:6 chr1 150995236 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.32;QD=35.5759;RBI=0.0715543;REFB=0;REVB=-0.011751;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340372;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 150999737 . A G 179.45 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0112506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5383;QD=15.9506;RBI=0.0121269;REFB=-0.00611153;REVB=-0.00452612;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210608;STB=0.619835;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00899965;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:19:7:9:10:19:7 chr1 151019180 . A G 738.53 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.948;QD=62.8537;RBI=0.0787587;REFB=0;REVB=0.074579;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013641;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr1 151040435 . G A 256.23 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000340514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.991;QD=19.7099;RBI=0.0314322;REFB=0.00624346;REVB=0.0314304;RO=23;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014128;STB=0.536454;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00407287;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:25:26:27:0.519231:14:12:11:12:15:12:13:12 chr1 151089885 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0097161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.279;QD=10.2399;RBI=0.018151;REFB=-0.00497045;REVB=-0.0153315;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515826;STB=0.810202;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0158326;OID=.;OPOS=151089885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:13:6:8:2:13:6 chr1 151089888 . A C 63.32 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0288582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6755;QD=8.73402;RBI=0.048965;REFB=-0.00579701;REVB=0.0395573;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471366;STB=0.788843;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0136658;OID=.;OPOS=151089888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:13:7:7:2:13:7 chr1 151104950 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0497382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.237;QD=15.882;RBI=0.0497651;REFB=-0.0153594;REVB=0.00163587;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156355;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr1 151105178 . C G 137.88 PASS AF=0.583333;AO=10;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0897739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.6621;QD=22.9801;RBI=0.155112;REFB=0.0122296;REVB=0.126493;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172877;STB=0.521708;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00604354;OID=.;OPOS=151105178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:8:9:10:14:0.583333:6:4:5:3:7:7:5:4 chr1 151108137 . T G 539.29 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2197;QD=59.921;RBI=0.0520907;REFB=0;REVB=0.0419492;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189298;OID=.;OPOS=151108137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:15:18:0:0:17:19:0:0 chr1 151112483 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.010678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.674;QD=16.5359;RBI=0.0165302;REFB=-0.0557418;REVB=-0.0126185;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173234;STB=0.599344;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0275978;OID=.;OPOS=151112483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:10:13:7:11:10:13 chr1 151209063 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.167;QD=60.2293;RBI=0.0286401;REFB=0;REVB=-0.0111113;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62344e-05;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 151239051 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.278;QD=60.6087;RBI=0.0460818;REFB=0;REVB=-0.00764995;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129214;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr1 151254041 . T C 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.389;QD=59.496;RBI=0.0335304;REFB=0;REVB=0.0232438;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42996e-05;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr1 151263024 . C T 46.8 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0073592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.753;QD=10.3993;RBI=0.0132362;REFB=-0.00778107;REVB=0.0110018;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.599733;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00669982;OID=.;OPOS=151263024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:9:11:7:7:0.388889:4:3:1:8:4:3:3:8 chr1 151288172 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0569837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.915;QD=39.3172;RBI=0.0638846;REFB=-0.0723158;REVB=0.0288806;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00121191;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr1 151288391 . A G 587.03 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150463;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.166;QD=60.2082;RBI=0.0302946;REFB=0;REVB=0.0262939;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443158;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr1 151316161 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=359.041;QD=44.6898;RBI=0.0228508;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=13;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.81812e-05;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:0:13:0:0:0:13:0:0 chr1 151372138 . G A 196.5 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0171413;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.052;QD=17.4668;RBI=0.0204854;REFB=-0.0136099;REVB=0.0112174;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132289;STB=0.57568;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0232069;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:13:7:12:13:13:7:12:13 chr1 151374025 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00166872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.68;QD=20.601;RBI=0.00897572;REFB=-0.0196019;REVB=-0.00881924;RO=19;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155274;STB=0.587541;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.026448;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:8:12:8:11:8:12:8:11 chr1 151512895 . A G 271.55 PASS AF=0.430556;AO=27;DP=68;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0810339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.362;QD=15.086;RBI=0.0824738;REFB=-0.0149731;REVB=-0.0153435;RO=40;SAF=10;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138948;STB=0.520707;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0176494;OID=.;OPOS=151512895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:40:41:27:31:0.430556:17:10:20:20:17:14:20:21 chr1 151675414 . A G 197.58 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.629;QD=46.489;RBI=0.0387808;REFB=0;REVB=0.0125142;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743568;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:7:9:0:1:8:9:0:0 chr1 151679658 . AG A 60.49 PASS AF=0.576923;AO=12;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.14585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.6005;QD=9.30583;RBI=0.257375;REFB=-0.0826432;REVB=0.212061;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.673913;SSSB=0.387892;STB=0.742472;STBP=0.014;TYPE=del;VARB=0.0920541;OID=.;OPOS=151679659;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:12:26:15:26:11:13:2:5:6:51:11:10:2:5:6 chr1 151686983 . T A 649.0 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4223;QD=60.3722;RBI=0.0626545;REFB=0;REVB=-0.0171116;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572848;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:39:43:1:13:26:0:0:16:27:0:0 chr1 151735576 . T C 123.51 PASS AF=0.4375;AO=9;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0758159;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.037;QD=15.4381;RBI=0.085724;REFB=-0.0100319;REVB=-0.0400068;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131116;STB=0.692085;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.033313;OID=.;OPOS=151735576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:33:32:18:18:9:14:0.4375:8:1:3:15:8:6:2:16 chr1 151740666 . T C 708.64 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5804;QD=62.99;RBI=0.0890953;REFB=0;REVB=-0.00506604;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125627;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr1 151746202 . T A 374.34 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00525373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.876;QD=31.8591;RBI=0.0289003;REFB=-0.0181816;REVB=-0.0284188;RO=16;SAF=25;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207139;STB=0.614285;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0110156;OID=.;OPOS=151746202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:6:25:9:7:6:25:9:7 chr1 151746235 . C T 90.68 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=0.00929442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2192;QD=8.06074;RBI=0.0133565;REFB=-0.0140487;REVB=-0.00959217;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336206;STB=0.716998;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.029184;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:31:33:12:12:0.266667:7:5:22:9:7:5:24:9 chr1 151803449 . G T 850.68 PASS AF=0.544218;AO=78;DP=147;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0141972;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0422;QD=23.1477;RBI=0.0258791;REFB=-0.0260845;REVB=-0.0216371;RO=66;SAF=31;SAR=47;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878318;STB=0.556123;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0347587;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:66:67:78:80:0.544218:47:31:33:33:49:31:34:33 chr1 151814234 . A G 97.25 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0398232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4708;QD=35.3625;RBI=0.0524443;REFB=-0.130128;REVB=0.034125;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00342284;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:11:11:0:1:10:10:0.909091:5:5:0:0:5:5:0:1 chr1 151820298 . G C 780.9 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4593;QD=62.4721;RBI=0.0502506;REFB=0;REVB=0.00950529;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00596556;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr1 151820324 . T C 693.45 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.051565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6511;QD=60.2999;RBI=0.0974763;REFB=-0.148056;REVB=0.0827206;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0033604;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:46:0:1:42:45:0.978261:20:22:0:0:22:23:1:0 chr1 151825991 . G T 684.72 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00461236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.445;QD=52.6705;RBI=0.0429762;REFB=-0.218454;REVB=0.042728;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.519223;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00145554;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:52:1:2:50:50:0.961538:25:25:0:1:25:25:0:2 chr1 151845569 . A G 817.71 PASS AF=1;AO=34;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.489;QD=57.3832;RBI=0.0209301;REFB=0;REVB=-0.0185037;RO=0;SAF=34;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36345e-05;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:34:57:1:0:34:0:0:23:34:0:0 chr1 151845650 . G C 133.04 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0826203;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6565;QD=23.1373;RBI=0.0879689;REFB=-0.0112345;REVB=0.030206;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976611;STB=0.571322;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0127027;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:10:9:14:14:0.608696:4:10:6:4:4:10:5:4 chr1 151862661 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0557665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1133;QD=26.0262;RBI=0.0797791;REFB=0.0476869;REVB=-0.0570508;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0118311;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr1 151867560 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.068;QD=62.3496;RBI=0.0056455;REFB=0;REVB=0.00555309;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92809e-05;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 151955747 . A G 259.66 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0119228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2388;QD=10.8192;RBI=0.0304186;REFB=-0.0157591;REVB=-0.0279846;RO=64;SAF=11;SAR=21;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13196;STB=0.576874;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0345871;OID=.;OPOS=151955747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:21:11:29:35:21:11:29:35 chr1 152079989 . T G 691.96 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304877;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.683;QD=60.17;RBI=0.0311679;REFB=-0.0650665;REVB=0.00647591;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000837943;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:18:26:1:0:18:27:1:0 chr1 152081921 . G C 601.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3981;QD=60.1499;RBI=0.0265274;REFB=0;REVB=0.0200595;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00607177;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr1 152085505 . A C 685.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0368288;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.2;QD=54.8489;RBI=0.0971417;REFB=-0.0464276;REVB=0.0898896;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000903891;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:25:24:1:0:25:24:1:0 chr1 152129087 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.414;QD=54.5167;RBI=0.0545308;REFB=0;REVB=0.0344201;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329954;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 152129094 . A G 321.6 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.018;QD=53.5995;RBI=0.0577661;REFB=0;REVB=0.0233699;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636341;OID=.;OPOS=152129094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:21:24:1:15:6:0:0:17:7:0:0 chr1 152129100 . CA TG 36.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0716299;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.469;QD=6.42736;RBI=0.0783381;REFB=-0.0350225;REVB=-0.0317178;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452109;STB=0.738515;STBP=0.252;TYPE=mnp;VARB=0.0834111;OID=.;OPOS=152129100;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:2:14:3:3:3:14 chr1 152129115 . T C 63.73 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=40;FWDB=-0.0388391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5467;QD=4.24887;RBI=0.0391171;REFB=-0.0095253;REVB=0.00465481;RO=48;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24654;STB=0.666296;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0555672;OID=.;OPOS=152129115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:60:60:48:49:11:11:0.183333:10:1:9:39:10:1:9:40 chr1 152185750 . G A 445.5 PASS AF=0.683333;AO=40;DP=59;FAO=41;FDP=60;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0125851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4903;QD=29.7003;RBI=0.0442769;REFB=-0.0218059;REVB=0.0424506;RO=17;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029944;STB=0.503266;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0177635;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:17:19:40:41:0.683333:21:19:9:8:22:19:9:10 chr1 152185762 . C G 96.44 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0259945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1213;QD=6.02732;RBI=0.0259946;REFB=0.00450167;REVB=4.27164e-05;RO=49;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284427;STB=0.517722;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.0226012;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:8:7:24:25:8:7:24:25 chr1 152185768 . T G 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00726824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.325;QD=4.65376;RBI=0.0343028;REFB=-0.0139278;REVB=-0.0335239;RO=44;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838157;STB=0.579297;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0411502;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:44:47:11:11:0.189655:5:6:21:23:5:6:21:26 chr1 152185774 . A G 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00812474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.512;QD=4.90475;RBI=0.0139308;REFB=-0.0046457;REVB=-0.0113162;RO=43;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220178;STB=0.644164;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0192032;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:4:6:18:25:4:6:18:25 chr1 152185780 . G A 64.83 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0316943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8591;QD=4.8929;RBI=0.0345528;REFB=-0.00275199;REVB=-0.0137609;RO=43;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220178;STB=0.644164;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00345286;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:4:6:18:25:4:6:18:25 chr1 152185790 . T C 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0324506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.222;QD=2.58902;RBI=0.0449349;REFB=-0.000578557;REVB=-0.0310822;RO=44;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00395306;STB=0.545324;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00571428;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:44:50:7:7:0.122807:3:4:25:19:3:4:26:24 chr1 152185792 . G A 36.85 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.011781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.726;QD=2.58631;RBI=0.0439115;REFB=-0.00277616;REVB=-0.0423016;RO=50;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611414;STB=0.545324;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0573948;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:3:4:26:24:3:4:26:24 chr1 152185796 . A G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0017706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5486;QD=2.4321;RBI=0.0230165;REFB=-0.00407952;REVB=-0.0229483;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267892;STB=0.529327;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0304739;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:51:52:7:7:0.118644:3:4:28:23:3:4:28:24 chr1 152188109 . T A 157.71 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=96;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.00291132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1279;QD=6.50331;RBI=0.0845806;REFB=-0.00891599;REVB=-0.0845304;RO=72;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947681;STB=0.565807;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0437948;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:72:74:23:23:0.237113:13:10:26:46:13:10:26:48 chr1 152188176 . G A 119.43 PASS AF=0.177419;AO=22;DP=123;FAO=22;FDP=124;FR=.;FRO=102;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=68;FWDB=-0.0238673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8104;QD=3.85269;RBI=0.0583229;REFB=-0.00393799;REVB=-0.0532158;RO=101;SAF=7;SAR=15;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266379;STB=0.514201;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0132405;OID=.;OPOS=152188176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:101:102:22:22:0.177419:15:7:34:67:15:7:34:68 chr1 152188463 . G A 153.58 PASS AF=0.181208;AO=27;DP=148;FAO=27;FDP=149;FR=.;FRO=122;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.0415791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5179;QD=4.12302;RBI=0.0720736;REFB=-0.00774102;REVB=0.0588709;RO=120;SAF=6;SAR=21;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414418;STB=0.760905;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0445191;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:120:122:27:27:0.181208:21:6:65:55:21:6:65:57 chr1 152190835 . G A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0244619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.925;QD=27.3834;RBI=0.158434;REFB=0.0448936;REVB=0.156534;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.562373;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00172861;OID=.;OPOS=152190835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:1:2:4:6:1:2 chr1 152191709 . C G 213.92 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00171953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5991;QD=14.7533;RBI=0.0351406;REFB=0.0136513;REVB=-0.0350985;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903871;STB=0.559952;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0142121;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:11:14:15:17:11:14:15:18 chr1 152191879 . G A 233.26 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0319834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9377;QD=12.7815;RBI=0.0373973;REFB=0.00422987;REVB=-0.019381;RO=45;SAF=15;SAR=13;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265118;STB=0.5152;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0134054;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:13:15:23:22:13:15:23:22 chr1 152192114 . C T 226.34 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0462975;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.893;QD=12.9338;RBI=0.0468003;REFB=-0.0114746;REVB=-0.00684191;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159178;STB=0.597413;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0218716;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:12:15:17:25:12:15:17:26 chr1 152192163 . G T 151.41 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00984143;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3655;QD=6.72917;RBI=0.0149981;REFB=-0.0108933;REVB=0.0113177;RO=67;SAF=16;SAR=6;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31759;STB=0.690347;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0446227;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:67:68:22:22:0.244444:6:16:32:35:6:16:33:35 chr1 152192219 . G C 134.15 PASS AF=0.207921;AO=20;DP=100;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=-0.0180675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.507;QD=5.31297;RBI=0.0247487;REFB=-0.00936851;REVB=-0.0169135;RO=79;SAF=14;SAR=6;SRF=45;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176485;STB=0.620997;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0386962;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:79:80:20:21:0.207921:6:14:45:34:6:15:46:34 chr1 152192259 . T C 56.28 PASS AF=0.108527;AO=14;DP=129;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=-0.0108459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.102;QD=1.74507;RBI=0.0430487;REFB=-0.00676609;REVB=0.04166;RO=113;SAF=10;SAR=4;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229444;STB=0.677899;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0566958;OID=.;OPOS=152192259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:129:129:113:115:14:14:0.108527:4:10:60:53:4:10:60:55 chr1 152192293 . C T 305.76 PASS AF=0.314961;AO=40;DP=127;FAO=40;FDP=127;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0200848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.445;QD=9.63028;RBI=0.0312149;REFB=-0.0118967;REVB=0.0238949;RO=85;SAF=21;SAR=19;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467349;STB=0.526303;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.024871;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:85:87:40:40:0.314961:19:21:48:37:19:21:49:38 chr1 152192395 . G A 289.32 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0359063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4787;QD=11.809;RBI=0.0414531;REFB=-0.0108997;REVB=0.0207148;RO=64;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287096;STB=0.665384;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0300421;OID=.;OPOS=152192395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:12:22:25:39:12:22:25:39 chr1 152192555 . T C 265.79 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.010374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.254;QD=24.163;RBI=0.0506905;REFB=-0.0355994;REVB=0.0496176;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164374;STB=0.596936;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0424088;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:15:9:11:8:16:9:11:8 chr1 152192631 . C T 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0105992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.157;QD=15.6496;RBI=0.0215649;REFB=-0.000954694;REVB=0.0187804;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282106;STB=0.662054;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00103357;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:7:14:6:10:7:14 chr1 152192687 . T C 520.1 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.096;QD=59.4402;RBI=0.0417573;REFB=0;REVB=0.0408923;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164652;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr1 152192825 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0442165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4325;QD=11.0859;RBI=0.0575837;REFB=-0.00651184;REVB=0.0368888;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632438;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0171676;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:11:14:8:5:11:14 chr1 152192978 . T C 1342.45 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031156;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.806;QD=62.4397;RBI=0.0363061;REFB=0;REVB=-0.0186396;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50207e-05;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:53:33:0:0:53:33:0:0 chr1 152193052 . A G 937.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00924018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8152;QD=58.5921;RBI=0.0092406;REFB=0;REVB=8.80179e-05;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47353e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:36:28:0:0:36:28:0:0 chr1 152193121 . G T 153.49 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00348324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.663;QD=8.89767;RBI=0.0679022;REFB=-0.00478598;REVB=0.0678128;RO=48;SAF=10;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765902;STB=0.545411;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00771111;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:11:10:26:22:11:10:26:22 chr1 152193286 . G T 255.77 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0183012;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.452;QD=21.7674;RBI=0.0203188;REFB=-0.0210847;REVB=-0.00882717;RO=24;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120254;STB=0.574645;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0220863;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:24:23:24:24:0.510638:20:4:6:18:20:4:6:17 chr1 152193291 . G T 267.5 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0365182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.616;QD=21.837;RBI=0.0380082;REFB=-0.0355166;REVB=0.010538;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059747;STB=0.540509;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0173274;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:17:8:6:17:17:8:6:18 chr1 152193544 . A G 221.77 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0220335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2969;QD=18.4809;RBI=0.0448629;REFB=0.0153673;REVB=-0.0390794;RO=26;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14559;STB=0.583252;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0205931;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:17:5:9:17:17:5:9:17 chr1 152193547 . G A 706.04 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.302;QD=58.8369;RBI=0.0250134;REFB=-0.0701536;REVB=0.0157196;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144632;STB=0.511057;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00176958;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:1:2:45:46:0.958333:32:13:0:1:33:13:1:1 chr1 152193851 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.115232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.364;QD=33.9767;RBI=0.115478;REFB=0.0204391;REVB=-0.00753041;RO=2;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753549;STB=0.541601;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0036057;OID=.;OPOS=152193851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:11:1:0:2:11:1:0:2 chr1 152276149 . C T 464.53 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00450649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.804;QD=18.3971;RBI=0.066319;REFB=-0.0379919;REVB=-0.0661657;RO=49;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368432;STB=0.52503;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0451118;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:52:49:49:0.485149:24:25:23:26:24:25:24:28 chr1 152276699 . A G 30.84 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.000352057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4443;QD=1.76215;RBI=0.0622564;REFB=-0.0109679;REVB=-0.0622554;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367906;STB=0.528843;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.113641;OID=.;OPOS=152276699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:70:63:63:7:7:0.1:4:3:29:34:4:3:29:34 chr1 152276772 . C A 483.74 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0153264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.329;QD=16.2602;RBI=0.0303858;REFB=-0.0408441;REVB=0.0262373;RO=66;SAF=26;SAR=27;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544584;STB=0.530407;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0521916;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:66:53:53:0.445378:27:26:36:30:27:26:36:30 chr1 152276870 . CA TG 321.27 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0308026;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166;QD=16.2666;RBI=0.0348264;REFB=-0.00649652;REVB=-0.0162506;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03873;STB=0.531232;STBP=0.671;TYPE=mnp;VARB=0.00624289;OID=.;OPOS=152276870;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:44:35:35:0.443038:14:21:23:18:14:21:24:20 chr1 152276889 . A G 306.18 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0270331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.489;QD=17.7497;RBI=0.0278471;REFB=-0.0116484;REVB=-0.00668375;RO=35;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908605;STB=0.549241;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0071247;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:13:19:24:11:14:19:24:12 chr1 152277055 . C G 45.02 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00797162;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.864;QD=6.00207;RBI=0.0379786;REFB=-0.0111959;REVB=-0.0371326;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.555391;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0383198;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:30:21:23:7:7:0.233333:5:2:8:13:5:2:8:15 chr1 152277168 . A G 285.76 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0200926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.219;QD=15.4463;RBI=0.0260456;REFB=-0.0348867;REVB=-0.0165728;RO=40;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226423;STB=0.637419;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0503297;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:42:32:32:0.432432:15:17:12:28:15:17:12:30 chr1 152277345 . C T 161.46 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0624426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1085;QD=10.5874;RBI=0.0625984;REFB=-0.0226136;REVB=-0.00441358;RO=38;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37978;STB=0.707348;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0450547;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:40:21:21:0.344262:6:15:14:24:6:15:16:24 chr1 152277396 . T C 127.32 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0419086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2692;QD=9.25937;RBI=0.0446273;REFB=-0.0237781;REVB=-0.0153383;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111237;STB=0.556437;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0619102;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:37:38:17:17:0.309091:8:9:16:21:8:9:17:21 chr1 152277717 . C A 67.62 PASS AF=0.243902;AO=8;DP=39;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00111809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.524;QD=6.59682;RBI=0.00700869;REFB=-0.014927;REVB=-0.00691893;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262664;STB=0.539919;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.058898;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:39:41:31:31:8:10:0.243902:6:2:14:17:6:4:14:17 chr1 152278555 . T C 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0613619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6445;QD=6.92789;RBI=0.0729495;REFB=-0.00788889;REVB=0.0394505;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251248;STB=0.666032;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0250538;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:10:5:1:5:10:5 chr1 152278689 . C A 507.9 PASS AF=0.519608;AO=45;DP=96;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=41;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0167195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.65;QD=19.9176;RBI=0.0302998;REFB=-0.0395423;REVB=0.0252693;RO=49;SAF=36;SAR=9;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250425;STB=0.609621;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0334651;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:49:49:45:53:0.519608:9:36:29:20:12:41:29:20 chr1 152278814 . C T 40.64 PASS AF=0.0857143;AO=13;DP=140;FAO=12;FDP=140;FR=.;FRO=128;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=-0.0615988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.585;QD=1.16121;RBI=0.0619847;REFB=-0.00410636;REVB=-0.00690646;RO=125;SAF=7;SAR=6;SRF=59;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777998;STB=0.514262;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0516747;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:140:140:125:128:13:12:0.0857143:6:7:59:66:6:6:62:66 chr1 152278856 . T G 122.78 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0156938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.795;QD=5.84684;RBI=0.0157812;REFB=-0.00952197;REVB=0.00165804;RO=65;SAF=5;SAR=14;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349112;STB=0.717715;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.03399;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:14:5:35:30:14:5:35:30 chr1 152279019 . G A 214.23 PASS AF=0.242424;AO=27;DP=126;FAO=32;FDP=132;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.000263296;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.795;QD=6.49192;RBI=0.0124908;REFB=-0.00763853;REVB=-0.012488;RO=96;SAF=13;SAR=14;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233701;STB=0.539975;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0227496;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:132:96:100:27:32:0.242424:14:13:48:48:14:18:51:49 chr1 152279729 . C T 512.08 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0230313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.379;QD=19.6953;RBI=0.025482;REFB=-0.0258693;REVB=-0.0109036;RO=49;SAF=24;SAR=29;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050161;STB=0.518417;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0282462;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:51:53:53:0.509615:29:24:25:24:29:24:25:26 chr1 152279841 . G C 148.37 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0287302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.895;QD=10.7907;RBI=0.0294767;REFB=-0.00927556;REVB=-0.00659162;RO=36;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440556;STB=0.757199;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0447891;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:5:14:12:24:5:14:12:24 chr1 152280032 . T C 429.55 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0309304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6017;QD=14.5611;RBI=0.0582882;REFB=-0.040393;REVB=-0.0494048;RO=69;SAF=29;SAR=20;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148473;STB=0.583588;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0764678;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:20:29:31:38:20:29:31:38 chr1 152280170 . C G 270.37 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0722403;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2538;QD=18.973;RBI=0.0742274;REFB=0.0177979;REVB=-0.0170602;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898423;STB=0.549967;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0194449;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:18:11:8:20:18:11:8:20 chr1 152280471 . C G 57.49 PASS AF=0.176471;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.000939255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3557;QD=4.50884;RBI=0.0174087;REFB=-0.00413294;REVB=-0.0173834;RO=42;SAF=7;SAR=1;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258426;STB=0.710538;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0181873;OID=.;OPOS=152280471;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:42:42:8:9:0.176471:1:7:31:11:1:8:31:11 chr1 152280736 . T C 37.65 PASS AF=0.0909091;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=35;FWDB=-0.00258997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.193;QD=1.36894;RBI=0.00511907;REFB=-0.00251663;REVB=-0.00441553;RO=99;SAF=2;SAR=8;SRF=64;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483414;STB=0.861128;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0319356;OID=.;OPOS=152280736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:110:99:100:10:10:0.0909091:8:2:64:35:8:2:65:35 chr1 152280759 . A G 38.15 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=86;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.000846116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.899;QD=1.77459;RBI=0.0216609;REFB=-0.00503609;REVB=-0.0216443;RO=75;SAF=2;SAR=7;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453532;STB=0.835413;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0332965;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:86:75:77:9:9:0.104651:7:2:47:28:7:2:49:28 chr1 152280782 . A G 299.4 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0114121;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0084;QD=19.9597;RBI=0.0301718;REFB=-0.00677993;REVB=-0.0279303;RO=28;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164649;STB=0.590855;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00767515;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:14:18:21:7:14:18:21:7 chr1 152280788 . T G 30.5 PASS AF=0.102041;AO=6;DP=51;FAO=5;FDP=49;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.075814;FXX=0.039208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.47;QD=2.48941;RBI=0.076886;REFB=-0.00636326;REVB=0.0127943;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294739;STB=0.878253;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0179856;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:51:49:29:43:6:5:0.102041:4:2:17:12:4:1:30:13 chr1 152280864 . A G 94.12 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0175771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.42;QD=20.9155;RBI=0.0178017;REFB=-0.039098;REVB=-0.00281871;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122361;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0252668;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:7:7:10:11:0.611111:7:3:2:5:8:3:2:5 chr1 152280900 . T G 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0163132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6912;QD=7.89615;RBI=0.0307251;REFB=0.000514192;REVB=0.0260367;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349681;STB=0.717089;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00189751;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:8:3:17:13:8:3:17:13 chr1 152281007 . AA GG 167.72 PASS AF=0.21875;AO=27;DP=125;FAO=28;FDP=128;FR=.;FRO=100;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.00902802;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.1649;QD=5.24136;RBI=0.0400262;REFB=-0.0107716;REVB=-0.0389947;RO=97;SAF=13;SAR=14;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818769;STB=0.551189;STBP=0.57;TYPE=mnp;VARB=0.0396349;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:97:100:27:28:0.21875:14:13:53:44:15:13:53:47 chr1 152281039 . G A 182.9 PASS AF=0.208054;AO=30;DP=148;FAO=31;FDP=149;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=54;FWDB=-0.00863468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.819;QD=4.91014;RBI=0.0233253;REFB=-0.00895326;REVB=0.0216682;RO=118;SAF=14;SAR=16;SRF=64;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962436;STB=0.571506;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0403553;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:118:118:30:31:0.208054:16:14:64:54:17:14:64:54 chr1 152281228 . C G 158.17 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0710665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8284;QD=8.1111;RBI=0.0721964;REFB=-0.0121409;REVB=-0.0127229;RO=53;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872182;STB=0.525524;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0222474;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:53:56:22:22:0.282051:13:9:18:35:13:9:21:35 chr1 152281479 . G T 842.87 PASS AF=0.628099;AO=76;DP=121;FAO=76;FDP=121;FR=.;FRO=45;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00613306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.843;QD=27.8636;RBI=0.0323179;REFB=-0.0140208;REVB=0.0317306;RO=45;SAF=41;SAR=35;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265365;STB=0.514363;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0112811;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:45:45:76:76:0.628099:35:41:26:19:35:41:26:19 chr1 152281523 . A C 248.37 PASS AF=0.255034;AO=34;DP=143;FAO=38;FDP=149;FR=.;FRO=111;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=52;FWDB=0.0128296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1504;QD=6.66758;RBI=0.0160167;REFB=-0.00421228;REVB=0.00958832;RO=109;SAF=15;SAR=19;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125191;STB=0.523478;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0166574;OID=.;OPOS=152281523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:149:109:111:34:38:0.255034:19:15:59:50:19:19:59:52 chr1 152281534 . A T 210.28 PASS AF=0.237037;AO=32;DP=135;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=46;FWDB=-0.00634971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.232;QD=6.23042;RBI=0.0136623;REFB=-0.00212929;REVB=-0.0120971;RO=101;SAF=17;SAR=15;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417408;STB=0.51699;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00711097;OID=.;OPOS=152281534;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:101:103:32:32:0.237037:15:17:57:44:15:17:57:46 chr1 152281690 . C T 673.3 PASS AF=0.468966;AO=68;DP=145;FAO=68;FDP=145;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0259923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.095;QD=18.5737;RBI=0.0314472;REFB=-0.0228521;REVB=-0.0177009;RO=75;SAF=19;SAR=49;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259305;STB=0.6454;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0230955;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:77:68:68:0.468966:49:19:40:35:49:19:41:36 chr1 152281948 . G A 320.81 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00810247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.123;QD=21.3876;RBI=0.0103809;REFB=-0.0375106;REVB=0.00648938;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611461;STB=0.526138;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0261616;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:19:14:13:13:19:14:13:14 chr1 152282267 . G A 185.8 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00866805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.578;QD=19.0568;RBI=0.0407677;REFB=-0.0136424;REVB=0.0398356;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283814;STB=0.672841;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0345396;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:13:6:12:7:13:6:13:7 chr1 152282311 . C T 203.27 PASS AF=0.6;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00919445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1433;QD=23.231;RBI=0.0259139;REFB=-0.030254;REVB=-0.0242279;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497627;STB=0.725594;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0694374;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:14:19:21:0.6:15:4:12:2:15:6:12:2 chr1 152282917 . G T 490.71 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00277328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.351;QD=22.305;RBI=0.00352403;REFB=-0.0202892;REVB=0.00217433;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666104;STB=0.50367;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.018052;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:18:23:26:21:18:23 chr1 152283199 . C T 213.9 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0176263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.198;QD=20.8681;RBI=0.0187053;REFB=-0.00683135;REVB=-0.00626137;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105504;STB=0.559384;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00694345;OID=.;OPOS=152283199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:9:11:9:12:9:11 chr1 152283236 . T C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0107238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.819;QD=14.7017;RBI=0.0335109;REFB=-0.00453033;REVB=0.0317487;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134759;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0109326;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:7:8:8:4:7:8 chr1 152283283 . C T 44.55 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0235288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1531;QD=7.12728;RBI=0.154703;REFB=-0.0033823;REVB=-0.152903;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143116;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000952214;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:8:10:3:4:8:10 chr1 152283862 . G C 126.75 PASS AF=0.25;AO=18;DP=74;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0293582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.108;QD=6.67099;RBI=0.0301231;REFB=-0.0144794;REVB=0.0067452;RO=56;SAF=3;SAR=15;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282954;STB=0.6846;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0286387;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:56:57:18:19:0.25:15:3:19:37:16:3:19:38 chr1 152283975 . A G 204.99 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0271467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.975;QD=11.0804;RBI=0.0286498;REFB=-0.0388943;REVB=0.009158;RO=48;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124957;STB=0.584683;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0540013;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:25:26:0.351351:14:11:16:32:14:12:16:32 chr1 152284854 . A G 512.9 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=106;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00133738;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.221;QD=18.6509;RBI=0.00588805;REFB=-0.02057;REVB=0.00573415;RO=52;SAF=26;SAR=27;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00878343;STB=0.509088;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0162132;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:52:56:53:54:0.490909:27:26:25:27:27:27:27:29 chr1 152285099 . C T 263.2 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0100132;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.474;QD=26.9944;RBI=0.0363561;REFB=-0.0125087;REVB=0.03495;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204144;STB=0.602747;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00711907;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:15:23:24:0.615385:16:7:9:7:17:7:8:7 chr1 152285930 . G A 516.7 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=92;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0140937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.434;QD=22.4651;RBI=0.0230794;REFB=-0.0150838;REVB=-0.0182763;RO=43;SAF=31;SAR=18;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253489;STB=0.513969;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0111561;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:43:49:49:0.532609:18:31:26:17:18:31:26:17 chr1 152286002 . T C 266.42 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0170161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3181;QD=21.7488;RBI=0.0206203;REFB=-0.0254983;REVB=-0.0116467;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137319;STB=0.577294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0238302;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:14:10:7:18:14:10 chr1 152286032 . C T 238.26 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00113323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.71;QD=20.2774;RBI=0.0139172;REFB=-0.0291722;REVB=-0.0138709;RO=22;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215558;STB=0.622533;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0305135;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:24:23:23:0.489362:8:15:9:13:8:15:10:14 chr1 152286367 . C A 195.37 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00663974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.966;QD=18.6064;RBI=0.0254587;REFB=-0.0116702;REVB=0.0245776;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472825;STB=0.776829;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0321878;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:16:3:13:9:17:3:13:9 chr1 152323132 . G T 213.01 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000940857;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.17;QD=14.9484;RBI=0.00675571;REFB=-0.0111617;REVB=-0.00668987;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294527;STB=0.647927;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0113716;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:32:24:25:0.438596:8:16:10:18:9:16:12:20 chr1 152325732 . G A 196.41 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0321321;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.807;QD=12.6716;RBI=0.0321331;REFB=-0.00096749;REVB=0.000253807;RO=38;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100217;STB=0.557593;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00110389;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:13:11:21:17:13:11:21:17 chr1 152327469 . C T 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00551658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.658;QD=4.1016;RBI=0.0357395;REFB=-0.0077013;REVB=-0.0353111;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232971;STB=0.662357;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0529809;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:17:23:6:2:17:23 chr1 152329435 . C T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0016073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.223;QD=20.601;RBI=0.00607981;REFB=-0.012469;REVB=-0.0058635;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718662;STB=0.54043;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0161832;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:7:12:11:9:7:12 chr1 152331240 . G A 224.76 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0217333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.153;QD=14.9837;RBI=0.0217602;REFB=-0.0279583;REVB=-0.0010818;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130495;STB=0.574266;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0231024;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:18:16:9:17:18:16 chr1 152382120 . C T 54.82 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0811126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2055;QD=9.53377;RBI=0.0821684;REFB=-0.0116132;REVB=-0.0131299;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0299439;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr1 152484129 . G A 233.52 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=0.0177177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.366;QD=17.624;RBI=0.0177421;REFB=-0.0174182;REVB=-0.000931178;RO=27;SAF=4;SAR=21;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168816;STB=0.610008;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0206663;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:25:26:0.490566:21:4:2:25:21:5:2:25 chr1 152484590 . A C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0687457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1298;QD=11.1042;RBI=0.0740179;REFB=-0.0114602;REVB=0.027435;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0126525;OID=.;OPOS=152484590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:3:6:4:3:3:7 chr1 152487979 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0346189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.29;QD=10.0338;RBI=0.0835789;REFB=-0.0503549;REVB=0.0760721;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0745335;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr1 152488063 . C T 706.99 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293099;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8169;QD=55.4502;RBI=0.0748124;REFB=0;REVB=0.0688318;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192104;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129931;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:24:26:0:1:25:26:0:0 chr1 152488338 . A T 220.29 PASS AF=0.583333;AO=17;DP=32;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0268969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.085;QD=24.4771;RBI=0.02876;REFB=-0.0220078;REVB=0.010183;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159068;STB=0.516114;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0105864;OID=.;OPOS=152488338;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:12:15:17:21:0.583333:11:6:4:8:12:9:7:8 chr1 152488428 . T C 399.91 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1486;QD=53.3214;RBI=0.0408751;REFB=-0.0896428;REVB=-0.0327022;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00121045;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr1 152681679 . CC GT 47.97 PASS AF=0.181818;AO=4;DP=23;FAO=4;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0123432;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=2;MLLD=309.011;QD=8.72092;RBI=0.0595143;REFB=0.000716218;REVB=-0.0582203;RO=14;SAF=3;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559248;STB=0.53553;STBP=0.973;TYPE=mnp;VARB=0.0295422;OID=.;OPOS=152681679;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:23:22:14:14:4:4:0.181818:1:3:11:3:1:3:10:4 chr1 152732106 . A T 154.36 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00305379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.769;QD=15.4363;RBI=0.0171818;REFB=-0.00742235;REVB=-0.0169082;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509977;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00885045;OID=.;OPOS=152732106;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:9:8:12:11:9:8:12:11 chr1 152732876 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.072263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.04;QD=13.631;RBI=0.0769419;REFB=-0.00198581;REVB=0.0264217;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00333754;OID=.;OPOS=152732876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr1 152883680 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0101835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.304;QD=12.0157;RBI=0.019346;REFB=0.00355988;REVB=0.0164488;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360263;STB=0.705426;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00388435;OID=.;OPOS=152883680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:0:7:5:1:0:7 chr1 152884111 . G A 200.05 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0718878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1832;QD=13.7962;RBI=0.0781962;REFB=-0.0323402;REVB=0.0307701;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214236;STB=0.561003;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0358659;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:34:23:24:0.413793:16:7:10:21:17:7:13:21 chr1 152884246 . GA TG 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0475335;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.43;QD=12.1824;RBI=0.0477241;REFB=-0.00780118;REVB=-0.00426125;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967205;STB=0.558016;STBP=0.756;TYPE=mnp;VARB=0.00998019;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:4:11:8:2:4:11 chr1 152944594 . C T 262.2 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0387428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.935;QD=22.3145;RBI=0.0397482;REFB=-0.0113277;REVB=-0.00888335;RO=22;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22596;STB=0.63175;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0153495;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:16:8:13:9:17:8:13:9 chr1 152957832 . C A 39.06 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0808268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5005;QD=12.0183;RBI=0.0955385;REFB=0.0607424;REVB=0.0509376;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.0684209;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr1 152958238 . A G 246.55 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0467812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0302;QD=13.6975;RBI=0.050812;REFB=-0.0143122;REVB=-0.0198337;RO=42;SAF=6;SAR=23;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488264;STB=0.774063;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0341922;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:23:6:28:14:23:6:28:15 chr1 152958267 . T C 243.9 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00882014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7481;QD=18.7614;RBI=0.011078;REFB=-0.0273462;REVB=-0.00670283;RO=26;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393448;STB=0.725369;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0173707;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:25:26:0.5:19:6:17:9:20:6:17:9 chr1 152975495 . G A 102.21 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0157124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.049;QD=17.7756;RBI=0.0166992;REFB=-0.00446047;REVB=0.00565525;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00308045;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:5:6:5:6:5:7:5:6 chr1 152975829 . A G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0182388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9709;QD=13.9585;RBI=0.0579734;REFB=-0.0360496;REVB=0.0550296;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0189662;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr1 152975941 . C G 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0124893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.03;QD=20.4552;RBI=0.0127555;REFB=-0.0208495;REVB=-0.00259231;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209241;STB=0.618045;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0248697;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:10:5:10:7:10:5 chr1 152976108 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00263909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.203;QD=13.486;RBI=0.0117694;REFB=-0.0114824;REVB=-0.0114697;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425923;STB=0.744243;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00476849;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:1:10:4:5:1:10 chr1 152976114 . G C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0118844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.547;QD=14.1695;RBI=0.0690266;REFB=0.0103991;REVB=-0.0679959;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38819;STB=0.723744;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00904373;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:2:10:4:6:2:10 chr1 152976306 . T G 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00259609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.672;QD=16.6156;RBI=0.00954354;REFB=-0.0192444;REVB=0.00918365;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169315;STB=0.597327;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0271982;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:11:10:11:6:11:10 chr1 153004853 . C T 30.43 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.023144;FXX=0.0666222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.035;QD=8.69299;RBI=0.0330565;REFB=-0.0569412;REVB=-0.0236027;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434068;STB=0.764115;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.075259;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:8:9:5:5:0.357143:1:4:8:0:1:4:9:0 chr1 153005156 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00562123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0854;QD=24.0743;RBI=0.00642023;REFB=-0.0240795;REVB=-0.00310178;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681814;STB=0.538402;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0142885;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:4:3:7:6:4:3 chr1 153066072 . T C 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0285371;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.031;QD=16.1146;RBI=0.031393;REFB=-0.0127854;REVB=0.0130828;RO=29;SAF=22;SAR=2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.53473;STB=0.812476;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0241607;OID=.;OPOS=153066072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:2:22:16:13:2:22:16:13 chr1 153085029 . G T 515.24 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=117;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=0.000874356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.722;QD=17.6151;RBI=0.0305179;REFB=-0.0203125;REVB=-0.0305054;RO=62;SAF=32;SAR=23;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114902;STB=0.500638;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0238639;OID=.;OPOS=153085029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:62:62:55:55:0.470085:23:32:36:26:23:32:36:26 chr1 153113139 . G A 56.48 PASS AF=0.4;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.12116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6149;QD=11.2956;RBI=0.15586;REFB=-0.011573;REVB=0.098043;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407194;STB=0.74953;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0368025;OID=.;OPOS=153113139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:12:12:7:8:0.4:4:3:1:11:4:4:1:11 chr1 153277423 . C T 937.49 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8974;QD=58.5934;RBI=0.032561;REFB=0;REVB=0.00538776;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318443;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:25:39:0:0 chr1 153304140 . AG A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00134807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.086;QD=12.7914;RBI=0.020663;REFB=-0.0129515;REVB=-0.020619;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143953;STB=0.584495;STBP=0.434;TYPE=del;VARB=0.0240094;OID=.;OPOS=153304141;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:14:37:14:37:23:6:8:13:10:99:23:6:8:13:10 chr1 153314153 . C A 958.47 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000300221;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.857;QD=58.9829;RBI=0.0198252;REFB=0;REVB=0.0198229;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93912e-06;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 153315579 . A G 766.1 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.247;QD=61.288;RBI=0.0172544;REFB=0.038102;REVB=0.00963974;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000149158;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:26:22:0:1:27:22:0:1 chr1 153320334 . T C 198.45 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149702;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.412;QD=44.0993;RBI=0.0176343;REFB=-0.115421;REVB=-0.00931995;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000644014;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr1 153320372 . T G 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7414;QD=51.9032;RBI=0.0397949;REFB=0;REVB=0.000135504;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769892;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 153410822 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.629;QD=53.9112;RBI=0.0145131;REFB=0;REVB=0.0117242;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62133e-06;OID=.;OPOS=153410822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr1 153412392 . T A,G 492.71 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=2,32;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732881,-0.00665537;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.259,190.722;QD=57.9656;RBI=0.00732888,0.0525838;REFB=0,0;REVB=-3.24607e-05,0.0521609;RO=0;SAF=1,18;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0583901,-0.000983159;OID=.,.;OPOS=153412392,153412392;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:34:34:0:0:2,32:1,33:0.0294118,0.970588:1,14:1,18:0:0:0,15:1,18:0:0 chr1 153431406 . C G 879.07 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313993;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.925;QD=58.6047;RBI=0.054007;REFB=0;REVB=-0.0439413;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.419e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr1 153588279 . G A 253.26 PASS AF=0.446154;AO=24;DP=59;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00328957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.334;QD=15.5854;RBI=0.05237;REFB=-0.0116562;REVB=0.0522666;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906085;STB=0.552203;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0145472;OID=.;OPOS=153588279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:65:34:36:24:29:0.446154:12:12:14:20:15:14:14:22 chr1 153588340 . C T 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00328567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.974;QD=17.4235;RBI=0.0144362;REFB=-0.0244363;REVB=0.0140573;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113314;STB=0.563632;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0257424;OID=.;OPOS=153588340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:20:11:16:18:20:11:16:18 chr1 153604029 . C T 68.76 PASS AF=0.45;AO=10;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0839202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6768;QD=13.7516;RBI=0.090938;REFB=-0.0527393;REVB=0.0350302;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304629;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0553091;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:19:20:9:11:10:9:0.45:7:3:6:3:6:3:7:4 chr1 153643809 . T C,TC 182.5 PASS AF=0.0681818,0.431818;AO=6,14;DP=44;FAO=3,19;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=3,9;FSAR=0,10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0330897,-0.149276;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=24.1479,21.2989;QD=16.591;RBI=0.0621196,0.149276;REFB=-0.0127285,-0.0273944;REVB=-0.052573,-5.74799e-05;RO=23;SAF=3,8;SAR=3,6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235882,0.277372;STB=0.997341,0.58433;STBP=0.022,0.361;TYPE=snp,ins;VARB=1.6856e-05,0.0147516;OID=.,.;OPOS=153643809,153643810;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:44:23:22:6,14:3,19:0.0681818,0.431818:3,6:3,8:7:16:0,10:3,9:7:15 chr1 153676713 . C A 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0223352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.972;QD=13.4047;RBI=0.0286206;REFB=-0.0161518;REVB=0.0178963;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754839;STB=0.532054;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0214432;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:13:10:12:21:13:10:13:21 chr1 153743234 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.378;QD=56.7064;RBI=0.0644414;REFB=0;REVB=0.0082722;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012608;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr1 153906724 . C G 463.93 PASS AF=0.361963;AO=56;DP=165;FAO=59;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0169676;FXX=0.0121205;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.038;QD=11.3848;RBI=0.107347;REFB=-0.0212806;REVB=-0.105998;RO=84;SAF=32;SAR=24;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891387;STB=0.585206;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0248131;OID=.;OPOS=153906724;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:163:84:104:56:59:0.361963:24:32:41:43:25:34:46:58 chr1 153913770 . A G 707.21 PASS AF=0.962963;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0149862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9703;QD=52.3859;RBI=0.0552544;REFB=0.00602377;REVB=0.0531833;RO=2;SAF=21;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593352;STB=0.503691;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00304158;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:54:2:2:50:52:0.962963:29:21:1:1:31:21:1:1 chr1 154108387 . G A 906.62 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762907;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.381;QD=58.4916;RBI=0.0772661;REFB=0;REVB=-0.0122389;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76911e-05;OID=.;OPOS=154108387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr1 154144681 . A T 45.39 PASS AF=0.5;AO=2;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0161031;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=268.573;QD=15.1285;RBI=0.0213517;REFB=0.00441659;REVB=-0.0140209;RO=1;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25849;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0130373;OID=.;OPOS=154144681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:12:12:1:6:2:6:0.5:1:1:0:1:3:3:5:1 chr1 154184994 . T A 375.46 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0333987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.575;QD=18.3151;RBI=0.0388747;REFB=-0.0227194;REVB=-0.019894;RO=43;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604494;STB=0.533665;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0243424;OID=.;OPOS=154184994;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:23:16:15:28:23:16:15:28 chr1 154231438 . G A 311.67 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00972592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.142;QD=17.81;RBI=0.0479472;REFB=-0.00743888;REVB=-0.0469504;RO=36;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250915;STB=0.629065;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00503719;OID=.;OPOS=154231438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:33:34:0.485714:13:20:12:24:14:20:12:24 chr1 154293675 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00307977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.495;QD=14.3342;RBI=0.0138581;REFB=-0.0210013;REVB=0.0135115;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0199437;OID=.;OPOS=154293675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr1 154295592 . C T 316.91 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0525909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.996;QD=17.8542;RBI=0.0529018;REFB=-0.019163;REVB=-0.00572748;RO=36;SAF=24;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180126;STB=0.609733;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.025547;OID=.;OPOS=154295592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:34:34:0.478873:10:24:19:17:10:24:19:18 chr1 154303976 . T C 330.89 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0223142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.892;QD=15.9465;RBI=0.0348136;REFB=-0.00209092;REVB=0.026722;RO=46;SAF=10;SAR=26;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154054;STB=0.595364;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00468699;OID=.;OPOS=154303976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:26:10:19:27:26:10:20:27 chr1 154310048 . C G 680.44 PASS AF=0.614583;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=96;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0243589;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.366;QD=28.3515;RBI=0.0244113;REFB=-0.0230245;REVB=-0.00159842;RO=37;SAF=22;SAR=37;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415965;STB=0.502262;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0127121;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:37:37:59:59:0.614583:37:22:14:23:37:22:14:23 chr1 154313689 . G A 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0115714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.706;QD=21.7425;RBI=0.014246;REFB=-0.0122237;REVB=0.00830977;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0106315;OID=.;OPOS=154313689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:9:7:12:7:9:7 chr1 154316434 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0114914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.703;QD=14.1389;RBI=0.034773;REFB=-0.0151472;REVB=-0.0328194;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122474;STB=0.571326;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0216236;OID=.;OPOS=154316434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:9:11:6:8:9:11 chr1 154317153 . C T 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0212324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.391;QD=27.3083;RBI=0.0280815;REFB=-0.037998;REVB=0.0183781;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648239;STB=0.535792;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0356506;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:10:10:12:17:10:10 chr1 154320942 . A G 175.64 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0249009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.176;QD=11.9075;RBI=0.0292905;REFB=-0.0291351;REVB=-0.0154233;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157247;STB=0.598989;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0661406;OID=.;OPOS=154320942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:9:13:16:20:9:13:16:21 chr1 154426970 . A C 143.6 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0463302;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.964;QD=22.0915;RBI=0.0473633;REFB=-0.0113172;REVB=0.00983807;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518451;STB=0.543983;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00653794;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:11:11:14:15:0.576923:6:8:7:4:7:8:7:4 chr1 154437896 . T C 146.14 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00277585;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.591;QD=15.3836;RBI=0.0112088;REFB=-0.00579047;REVB=0.0108596;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.649167;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.012945;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:19:22:16:16:0.421053:10:6:12:7:10:6:14:8 chr1 154438880 . T C 124.82 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00445563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0321;QD=17.8316;RBI=0.0713978;REFB=-0.0242211;REVB=0.0712586;RO=14;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336616;STB=0.705536;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0467609;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:11:2:6:8:12:2:6:8 chr1 154474131 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.855;QD=48.7352;RBI=0.0274327;REFB=0;REVB=0.0153483;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157911;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 154516477 . G A 379.67 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00514835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.234;QD=22.6666;RBI=0.0194477;REFB=-0.0169259;REVB=0.0187539;RO=28;SAF=25;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289263;STB=0.517678;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0121585;OID=.;OPOS=154516477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:29:37:38:0.567164:12:25:18:10:13:25:18:11 chr1 154516571 . T C 382.77 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.171;QD=54.6811;RBI=0.0150768;REFB=0;REVB=0.0129392;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80386e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr1 154516578 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00566223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.815;QD=5.95788;RBI=0.0186257;REFB=-0.0161786;REVB=0.0177442;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334106;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0447146;OID=.;OPOS=154516578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:3:3:8:9:3:3:8:10 chr1 154561925 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0379629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.52;QD=45.104;RBI=0.040738;REFB=-0.0503357;REVB=-0.0147784;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00194008;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr1 154574820 . T C 574.22 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.491;QD=60.4443;RBI=0.0149709;REFB=0;REVB=-0.0149212;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.60111e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr1 154575040 . C T 638.28 PASS AF=0.877193;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=57;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.010908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.809;QD=44.7915;RBI=0.0278616;REFB=-0.0537692;REVB=0.0256375;RO=4;SAF=17;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245748;STB=0.549563;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00621579;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:57:57:4:7:50:50:0.877193:33:17:2:2:33:17:5:2 chr1 154600372 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.3;QD=46.844;RBI=0.116887;REFB=0;REVB=-0.0168471;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543703;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr1 154744852 . A G 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0304877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.129;QD=11.9186;RBI=0.0314653;REFB=-0.00222493;REVB=-0.00778243;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00563404;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr1 154917314 . G A 1528.52 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.555;QD=63.6882;RBI=0.0341642;REFB=0;REVB=-0.0253046;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25027e-06;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:45:51:0:0:45:51:0:0 chr1 154919080 . C T 432.55 PASS AF=0.942857;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0187146;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.7647;QD=49.4342;RBI=0.0626049;REFB=-0.187997;REVB=0.0597422;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620412;STB=0.531231;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0040965;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:35:2:2:30:33:0.942857:14:16:0:2:15:18:0:2 chr1 154987526 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.064068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.391;QD=12.3976;RBI=0.0695461;REFB=-0.00377063;REVB=-0.0270547;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00787056;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr1 154988957 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.159;QD=18.4431;RBI=0.00685065;REFB=-0.0166075;REVB=0.00685065;RO=9;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168356;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:11:0:0:9:11:0:0:9 chr1 155006091 . A G 117.01 PASS AF=0.378378;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0324233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.142;QD=12.6494;RBI=0.0393753;REFB=-0.00868921;REVB=-0.0223415;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147216;STB=0.5758;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0108021;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:23:12:14:0.378378:3:9:10:6:3:11:16:7 chr1 155006141 . C T 139.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0215331;FXX=0.0333222;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.002;QD=19.294;RBI=0.022961;REFB=-0.0291576;REVB=0.0079709;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173947;STB=0.62426;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0291733;OID=.;OPOS=155006141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:14:15:15:0.517241:7:8:9:3:7:8:11:3 chr1 155006999 . C T 88.11 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0269895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5253;QD=14.6849;RBI=0.052619;REFB=-0.00757671;REVB=0.0451699;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396837;STB=0.673766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0104956;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:14:13:10:11:0.458333:3:7:4:10:4:7:4:9 chr1 155019710 . A C 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0362915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.107;QD=14.7657;RBI=0.0410022;REFB=-0.0220804;REVB=-0.0190817;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.573828;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0191027;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:16:9:15:17:16:9:16:17 chr1 155026854 . G C 190.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0124457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.13;QD=21.7459;RBI=0.0183241;REFB=-0.0114546;REVB=0.0134491;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223448;STB=0.624875;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00991873;OID=.;OPOS=155026854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:10:9:12:4:10:9:12:4 chr1 155026942 . A C 289.45 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3309;QD=46.3118;RBI=0.0469936;REFB=0.0314827;REVB=0.0390312;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533305;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000469558;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:22:23:0.92:8:14:0:0:9:14:2:0 chr1 155033317 . T C 68.77 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00870055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.066;QD=18.3389;RBI=0.015101;REFB=0.00954439;REVB=-0.0123426;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00722692;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:5:3:2:4:6:3:2:4 chr1 155059851 . A G 414.76 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.897;QD=50.2735;RBI=0.0446665;REFB=-0.142062;REVB=0.031615;RO=3;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163187;STB=0.526299;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00136803;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:3:1:30:32:0.969697:7:23:0:3:9:23:0:1 chr1 155106697 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.627;QD=54.5173;RBI=0.0241966;REFB=0;REVB=-0.0232079;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010854;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 155107129 . A AG 74.23 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0139706;FXX=0.0188644;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.7263;QD=5.70976;RBI=0.126291;REFB=-0.0490044;REVB=-0.125515;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380046;STB=0.557641;STBP=0.502;TYPE=ins;VARB=0.0346099;OID=.;OPOS=155107130;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:20:53:22:52:30:11:11:18:12:70:26:10:10:14:12 chr1 155149718 . G A 497.23 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0050735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.416;QD=58.4972;RBI=0.0288621;REFB=0;REVB=0.0284127;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91392e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr1 155162067 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.046;QD=42.1827;RBI=0.0169263;REFB=0;REVB=0.012892;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209014;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr1 155178782 . A T 785.56 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00387192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3426;QD=64.1276;RBI=0.0274731;REFB=0;REVB=0.0271989;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211467;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr1 155186729 . T C 1894.98 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5798;QD=61.1283;RBI=0.0472853;REFB=0;REVB=-0.0243657;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350473;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:124:0:0:120:124:1:67:53:0:0:68:56:0:0 chr1 155186742 . G A 1713.31 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.884;QD=60.6482;RBI=0.0989997;REFB=0;REVB=0.0982233;RO=0;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163643;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:112:113:1:62:50:0:0:63:50:0:0 chr1 155207267 . C G 73.77 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0183417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4914;QD=3.64319;RBI=0.120106;REFB=-0.0128527;REVB=-0.118697;RO=45;SAF=8;SAR=5;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230885;STB=0.541768;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0484911;OID=.;OPOS=155207267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:45:67:13:13:0.160494:5:8:35:10:5:8:38:29 chr1 155217436 . GGA ATT 250.54 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133026;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=3;MLLD=156.863;QD=50.1083;RBI=0.0525952;REFB=0;REVB=0.0508851;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000941987;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr1 155230131 . C T 392.4 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114263;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.065;QD=50.6326;RBI=0.0137684;REFB=-0.101794;REVB=0.0076818;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207078;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=1.64789e-05;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:1:1:14:15:1:1 chr1 155258752 . G A 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0283;QD=59.0095;RBI=0.0567527;REFB=0;REVB=0.0556985;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439856;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr1 155258756 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8898;QD=57.1983;RBI=0.0267239;REFB=0;REVB=0.0168406;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506901;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr1 155260383 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.995;QD=58.5877;RBI=0.052227;REFB=0;REVB=0.0360021;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192689;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr1 155294274 . A G 180.3 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945083;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.784;QD=48.0787;RBI=0.0963275;REFB=0;REVB=0.0186328;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304537;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr1 155408635 . T C 711.97 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0019779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4599;QD=54.7667;RBI=0.0954967;REFB=-0.116129;REVB=0.0954762;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.005202;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:52:52:0:1:51:51:0.980769:32:19:0:0:32:19:0:1 chr1 155581311 . T A,C 203.17 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871763,0.0107446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.169,241.53;QD=47.8046;RBI=0.0287798,0.0310978;REFB=0,0;REVB=0.0274277,0.0291827;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0607037,-0.00627374;OID=.,.;OPOS=155581311,155581311;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:0,3:2,12:0:0:0,3:2,12:0:0 chr1 155658085 . T C 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0205843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.436;QD=48.6083;RBI=0.0208812;REFB=-0.064761;REVB=-0.00350872;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263667;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:13:13:0:1:13:13:1:1 chr1 155735012 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.221;QD=58.5832;RBI=0.047455;REFB=0;REVB=0.0255338;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323786;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr1 155736193 . C T 86.84 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0693748;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1993;QD=10.8549;RBI=0.0697339;REFB=-0.0339443;REVB=0.00706734;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139848;STB=0.645683;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0519346;OID=.;OPOS=155736193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:18:21:11:11:0.34375:3:8:11:7:3:8:11:10 chr1 155755097 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.245;QD=55.6552;RBI=0.0409546;REFB=0;REVB=0.00542912;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368906;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr1 155823124 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0143967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.927;QD=14.3349;RBI=0.0147744;REFB=-0.00267701;REVB=-0.0033197;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712159;STB=0.553953;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00434287;OID=.;OPOS=155823124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:13:12:7:10:13:13 chr1 155837865 . G C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.86;QD=58.1342;RBI=0.112765;REFB=0;REVB=0.00396767;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141626;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr1 155838267 . T C 285.91 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287517;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.587;QD=51.9835;RBI=0.0578529;REFB=0;REVB=0.0502026;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395531;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:14:8:0:0 chr1 155880573 . C G 404.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.177;QD=55.7475;RBI=0.0401629;REFB=0;REVB=0.0314515;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179921;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr1 155904177 . T C 1215.58 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034881;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.613;QD=61.5485;RBI=0.0388811;REFB=0;REVB=0.0171772;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111386;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101062;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:1:0:79:79:1:42:37:0:1:42:37:0:0 chr1 155912486 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.611;QD=46.8479;RBI=0.0300516;REFB=0;REVB=0.0257137;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812382;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 156202173 . A G 619.06 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.274;QD=58.9576;RBI=0.0191876;REFB=-0.0296796;REVB=-0.000964814;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000412728;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:21:20:0:0:21:20:1:0 chr1 156206121 . G A 263.52 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00973158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8237;QD=19.5198;RBI=0.0259322;REFB=-0.00323383;REVB=0.0240369;RO=25;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181374;STB=0.590488;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00295411;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:28:28:0.518519:15:13:17:8:15:13:17:9 chr1 156213921 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00938485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.443;QD=15.8812;RBI=0.0202235;REFB=-0.0145171;REVB=0.017914;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626156;OID=.;OPOS=156213921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr1 156215899 . G A 505.28 PASS AF=0.473684;AO=54;DP=114;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0169247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3953;QD=17.7291;RBI=0.0182747;REFB=-0.00887884;REVB=0.00689336;RO=59;SAF=35;SAR=19;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00420099;STB=0.501069;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.00724577;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:59:60:54:54:0.473684:19:35:38:21:19:35:39:21 chr1 156220056 . T C 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0151149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.713;QD=19.5212;RBI=0.0191537;REFB=-0.0185385;REVB=-0.0117645;RO=12;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55387;STB=0.826663;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.013431;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:1:13:6:6:1:13:6:6 chr1 156222714 . C T 163.38 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0156078;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4887;QD=12.5677;RBI=0.0431423;REFB=-0.0202418;REVB=-0.0402201;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241865;STB=0.618203;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0314093;OID=.;OPOS=156222714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:19:20:0.384615:7:12:13:19:8:12:13:19 chr1 156339149 . A C 243.76 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00718698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2381;QD=18.7508;RBI=0.0515018;REFB=-0.00214063;REVB=-0.0509979;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740284;STB=0.54137;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00101917;OID=.;OPOS=156339149;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:16:10:8:18:16:10:8:18 chr1 156347834 . T A 543.0 PASS AF=0.449612;AO=57;DP=129;FAO=58;FDP=129;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0555724;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5282;QD=16.8373;RBI=0.0766882;REFB=-0.020505;REVB=0.0528469;RO=71;SAF=33;SAR=24;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222665;STB=0.626933;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0212958;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:71:71:57:58:0.449612:24:33:25:46:24:34:25:46 chr1 156351699 . G A 1389.13 PASS AF=0.951456;AO=97;DP=102;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0591013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.817;QD=53.9467;RBI=0.075436;REFB=-0.133015;REVB=0.0468787;RO=4;SAF=53;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00350969;STB=0.502893;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00151777;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:102:103:4:5:97:98:0.951456:44:53:2:2:45:53:3:2 chr1 156354293 . A G 303.83 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00842588;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.707;QD=22.0964;RBI=0.00842623;REFB=-0.0116449;REVB=-7.65908e-05;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155178;STB=0.586642;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0102827;OID=.;OPOS=156354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:24:31:31:0.563636:12:19:9:13:12:19:10:14 chr1 156354367 . A G 632.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5684;QD=61.658;RBI=0.0986742;REFB=0;REVB=-0.0121359;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011734;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 156446903 . T C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0285413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.137;QD=11.4386;RBI=0.030818;REFB=-0.0124233;REVB=0.011625;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0210769;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr1 156450719 . G A 193.25 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0364136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.863;QD=23.4239;RBI=0.0524052;REFB=-0.0461593;REVB=0.0376875;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305985;STB=0.689481;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.010146;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:12:14:19:19:0.575758:9:10:1:11:9:10:1:13 chr1 156450740 . G A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0110534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.549;QD=17.731;RBI=0.0259286;REFB=-0.00198869;REVB=0.0234546;RO=19;SAF=1;SAR=16;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6344;STB=0.87505;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00734413;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:16:1:10:9:16:1:10:9 chr1 156496298 . T C 460.06 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00375079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.505;QD=26.6703;RBI=0.00895959;REFB=-0.00495943;REVB=-0.0081367;RO=26;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187761;STB=0.602362;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00764165;OID=.;OPOS=156496298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:18:25:8:18:18:25:8:18 chr1 156499969 . T C 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0382234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.665;QD=14.1187;RBI=0.0511607;REFB=-0.0127705;REVB=-0.0340057;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131306;STB=0.58689;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0223441;OID=.;OPOS=156499969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:38:27:27:0.415385:9:18:19:16:9:18:20:18 chr1 156518379 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00486277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.795;QD=18.9994;RBI=0.0581331;REFB=-0.0248376;REVB=-0.0579294;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108843;STB=0.561969;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0150712;OID=.;OPOS=156518379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:9:8:6:11:9:8 chr1 156526387 . C G 287.58 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0032926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5183;QD=15.9769;RBI=0.0589311;REFB=-0.00521371;REVB=-0.058839;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032165;STB=0.518105;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00517006;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:25:15:13:19:25:15 chr1 156526444 . T C 671.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.221;QD=62.4811;RBI=0.0513519;REFB=0;REVB=0.0372895;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135458;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:22:17:0:0:22:21:0:0 chr1 156532977 . T C 329.99 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00180786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6146;QD=52.7984;RBI=0.0450471;REFB=0;REVB=-0.0450108;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00359495;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr1 156536221 . G C 708.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.857;QD=62.9809;RBI=0.0198609;REFB=0;REVB=-0.0176823;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4761e-05;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:17:27:0:0:17:28:0:0 chr1 156536251 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.039;QD=57.0005;RBI=0.0272741;REFB=0;REVB=0.0269255;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27336e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 156556321 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.611;QD=60.2302;RBI=0.0301468;REFB=0;REVB=0.0300031;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176996;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr1 156561651 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.038;QD=44.6898;RBI=0.13356;REFB=0;REVB=0.133421;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882908;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr1 156563375 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318718;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.792;QD=52.6132;RBI=0.0390865;REFB=0;REVB=0.0226261;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105365;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr1 156563726 . A C 1504.89 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.423;QD=63.3636;RBI=0.0166078;REFB=0;REVB=0.01158;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80239e-07;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr1 156563813 . G A 874.49 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.337;QD=57.3435;RBI=0.0612209;REFB=0;REVB=0.0126213;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200422;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:29:28:0:0:29:32:0:0 chr1 156563852 . C T 591.78 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0238315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0388;QD=56.3596;RBI=0.0260753;REFB=-0.128634;REVB=-0.0105822;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.529397;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00678447;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:16:24:0:1:16:24:0:2 chr1 156564922 . C T 99.98 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0221892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.555;QD=15.3811;RBI=0.0222007;REFB=-0.000817373;REVB=-0.000715093;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233662;STB=0.526273;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.000632493;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:9:3:3:10:9:3:3:11 chr1 156565049 . A AAC,AC 188.85 PASS AF=0.875,0.125;AO=9,4;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431481,-0.00154938;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=244.138,230.975;QD=47.2126;RBI=0.013962,0.00999632;REFB=0,0;REVB=-0.0132786,-0.00987552;RO=2;SAF=5,4;SAR=4,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.147719,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00548692,0.0413985;OID=.,.;OPOS=156565050,156565050;OREF=-,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AAC,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:9,4:16:14,2:16:0:10,2:4,0:0:0:10:2:5,4:4,0:2:0 chr1 156595447 . G A 820.53 PASS AF=0.909091;AO=64;DP=70;FAO=60;FDP=66;FR=.;FRO=6;FSAF=54;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0115245;FXX=0.0571347;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.76;QD=49.7292;RBI=0.0116705;REFB=-0.049152;REVB=-0.00184049;RO=6;SAF=58;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335634;STB=0.516388;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.000307972;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:66:6:6:64:60:0.909091:6:58:5:1:6:54:5:1 chr1 156615917 . T C 288.13 PASS AF=0.5;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00262409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.765;QD=18.5887;RBI=0.0106206;REFB=-0.0175517;REVB=0.0102913;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126254;STB=0.516461;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0214079;OID=.;OPOS=156615917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:31:31:31:0.5:18:13:13:17:18:13:14:17 chr1 156639753 . G A 109.06 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0263037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.123;QD=36.3548;RBI=0.0325354;REFB=-0.118116;REVB=0.0191485;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00165259;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:0:1:9:2:0:1 chr1 156640156 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290613;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.61;QD=39.2068;RBI=0.0459871;REFB=0;REVB=0.0356406;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423028;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr1 156640678 . G A 144.99 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4928;QD=44.6123;RBI=0.13008;REFB=0;REVB=0.0196437;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853716;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:11:1:0:0:12:1:0:0 chr1 156705593 . G C 1113.77 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.927;QD=60.2036;RBI=0.0296446;REFB=0;REVB=0.00943463;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05277e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chr1 156713512 . C T 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0942722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9145;QD=55.0829;RBI=0.0954421;REFB=0;REVB=0.0148979;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273917;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr1 156752048 . C G 272.66 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00823263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4568;QD=45.4437;RBI=0.0408738;REFB=0.00756726;REVB=0.0400361;RO=2;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114979;STB=0.562441;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00759534;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:7:15:0:2:7:15:0:2 chr1 156784982 . T C 748.02 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.098757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.836;QD=59.8416;RBI=0.102881;REFB=-0.00043634;REVB=0.0288359;RO=0;SAF=7;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000334889;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:47:49:0.98:40:7:0:0:41:8:0:1 chr1 156785617 . G A 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0478581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.584;QD=54.0141;RBI=0.0492983;REFB=-0.0470136;REVB=0.011829;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.509364;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00121238;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:12:23:0:1:12:23:1:1 chr1 156814027 . G A 192.16 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0253126;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6015;QD=11.6461;RBI=0.0423252;REFB=-0.00753978;REVB=-0.0339218;RO=42;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190909;STB=0.610594;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0106617;OID=.;OPOS=156814027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:9:15:19:23:9:15:19:23 chr1 156877457 . T C 516.27 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0318101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6218;QD=54.3439;RBI=0.0331514;REFB=-0.0138706;REVB=0.00933464;RO=2;SAF=21;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425118;STB=0.522715;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00526601;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:15:21:2:0:15:21:2:0 chr1 156883493 . G A 166.84 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0154898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.545;QD=11.7084;RBI=0.0170876;REFB=-0.0123996;REVB=0.00721483;RO=35;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202122;STB=0.611;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0203158;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:6:15:19:16:6:15:20:16 chr1 156883546 . A G 638.76 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0417631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.285;QD=59.4195;RBI=0.0420167;REFB=0.0813281;REVB=0.00460928;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0053156;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:19:23:0:1:19:23:0:1 chr1 156883735 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC 40.43 PASS AF=0.16129,0.193548;AO=6,7;DP=32;FAO=5,6;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3,4;FSAR=2,2;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0744968,-0.0482528;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=17.3691,9.83458;QD=5.21646;RBI=0.0746786,0.160164;REFB=-0.01221,-0.0870424;REVB=-0.00520715,-0.152723;RO=15;SAF=4,4;SAR=2,3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0.30137,0.30137;SSEP=0,0;SSSB=0.423585,0.32668;STB=0.72648,0.761138;STBP=0.352,0.155;TYPE=del,del;VARB=0.0306569,0.0718558;OID=.,.;OPOS=156883740,156883736;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129,0.193548:6,7:32:5,6:31:20:3,4:2,2:6:14:19:15:4,4:2,3:4:11 chr1 156902259 . G A 586.7 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0292152;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8587;QD=55.876;RBI=0.0292352;REFB=-0.109645;REVB=0.00108076;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425907;STB=0.522716;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0116887;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:43:42:2:2:40:40:0.952381:21:19:0:2:21:19:0:2 chr1 156907081 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.689;QD=53.2763;RBI=0.0449376;REFB=0;REVB=0.0424903;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105776;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr1 156907115 . T C 395.56 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3208;QD=56.5091;RBI=0.19605;REFB=0;REVB=0.189581;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336169;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:21:28:1:9:12:0:0:16:12:0:0 chr1 157095470 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.687;QD=56.9565;RBI=0.0224549;REFB=0;REVB=0.0127831;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98935e-05;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr1 157508882 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4649;QD=55.6545;RBI=0.0725268;REFB=0;REVB=0.0639699;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143758;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 157509025 . C T 708.44 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00115197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.391;QD=62.9725;RBI=0.00454737;REFB=0;REVB=-0.00439904;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61288e-06;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr1 157514091 . C T 282.51 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0083241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6917;QD=21.7316;RBI=0.0372107;REFB=-0.00908889;REVB=-0.0362677;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181903;STB=0.601029;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00624945;OID=.;OPOS=157514091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:13:10:19:10:13:10 chr1 157514097 . A G 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.752;QD=64.4078;RBI=0.0570101;REFB=0;REVB=0.0355433;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348519;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 157517127 . C T 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00155685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.298;QD=25.4294;RBI=0.00742377;REFB=-0.00265203;REVB=0.00725869;RO=15;SAF=17;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102626;STB=0.557322;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00179427;OID=.;OPOS=157517127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:5:17:10:5:5:17:10:5 chr1 157557701 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.985;QD=52.6118;RBI=0.0451163;REFB=0;REVB=0.0303016;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606477;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr1 157668390 . T C 120.63 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00634357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4212;QD=14.6212;RBI=0.0348507;REFB=-0.0178478;REVB=0.0342685;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346333;STB=0.701463;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0269229;OID=.;OPOS=157668390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:12:7:10:4:12:7 chr1 157670290 . C G 278.62 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0104246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7861;QD=16.3892;RBI=0.0325754;REFB=-0.0107679;REVB=-0.0308623;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168717;STB=0.59484;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0128832;OID=.;OPOS=157670290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:22:15:18:13:22:15 chr1 157738450 . CG CC,C 30.26 PASS AF=0.105263,0.263158;AO=2,4;DP=19;FAO=2,5;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=0,1;FSAR=2,4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00286563,-0.00777405;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.6844,11.4157;QD=6.37032;RBI=0.0790302,0.117242;REFB=-0.0720376,-0.109996;REVB=0.0789782,0.116984;RO=11;SAF=0,0;SAR=2,4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473103,-0.619207;STB=0.991476,0.538315;STBP=0.43,0.9;TYPE=snp,del;VARB=0.0754911,0.127087;OID=.,.;OPOS=157738451,157738451;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.105263,0.263158:2,4:19:2,5:19:12:0,1:2,4:2:10:23:11:0,0:2,4:2:9 chr1 157768000 . G C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00332203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.986;QD=12.2123;RBI=0.0184777;REFB=-0.0289847;REVB=0.0181767;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00748266;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0479939;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:12:10:6:7:12:10 chr1 157802979 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00542056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.306;QD=15.1604;RBI=0.0337708;REFB=0.0168586;REVB=-0.033333;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571343;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.0124014;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:7:15:9:7:7:15 chr1 158057633 . C G 213.66 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0263466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8734;QD=20.8448;RBI=0.0610296;REFB=-0.0100588;REVB=-0.0550497;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118849;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0043822;OID=.;OPOS=158057633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:20:21:21:0.512195:11:10:6:12:11:10:7:13 chr1 158066834 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0254595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7709;QD=27.154;RBI=0.0348216;REFB=0.00638294;REVB=0.0237562;RO=6;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888882;STB=0.549925;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.00304331;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:11:3:2:4:11:3:2:4 chr1 158224904 . C T 320.5 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0393172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7754;QD=27.2765;RBI=0.0403929;REFB=-0.00227657;REVB=-0.0092598;RO=18;SAF=24;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435146;STB=0.755693;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00183092;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:4:24:7:11:4:24:7:12 chr1 158225018 . GC CG,GG 274.44 PASS AF=0,0.430556;AO=3,30;DP=71;FAO=0,31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=0,12;FSAR=0,19;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.048154,0.0456929;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=60.9663,46.1383;QD=15.2468;RBI=0.048154,0.0458124;REFB=-0.00862897,-0.00279745;REVB=5.61207e-05,0.00330673;RO=37;SAF=3,11;SAR=0,19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.560971,-0.0402805;STB=0.5,0.544837;STBP=1,0.517;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00172618;OID=.,.;OPOS=158225018,158225019;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:72:37:41:3,30:0,31:0,0.430556:0,19:3,11:15:22:0,19:0,12:19:22 chr1 158263011 . T C 495.09 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0108655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.407;QD=20.6289;RBI=0.0280857;REFB=-0.0189339;REVB=-0.0258988;RO=47;SAF=21;SAR=27;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657906;STB=0.541867;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0184658;OID=.;OPOS=158263011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:27:21:24:23:27:21:25:23 chr1 158324425 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00791289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.602;QD=6.52648;RBI=0.00817523;REFB=-0.00326458;REVB=0.00205443;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265835;STB=0.676826;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00695354;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:6:1:6:14:6:1:6:14 chr1 158325134 . C A 35.87 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0214587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.651;QD=2.43203;RBI=0.0285084;REFB=-0.00715215;REVB=-0.0187685;RO=52;SAF=0;SAR=6;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546509;STB=0.707634;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0711236;OID=.;OPOS=158325134;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:59:52:52:6:7:0.118644:6:0:16:36:6:1:16:36 chr1 158368315 . G A 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.055615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2191;QD=16.1973;RBI=0.0835839;REFB=-0.00920046;REVB=0.0623959;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00806963;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr1 158368541 . A G 88.08 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.037906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.322;QD=14.0926;RBI=0.0660376;REFB=-0.0229599;REVB=-0.0540749;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154773;STB=0.509074;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0550581;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:4:10:8:3:4:10 chr1 158368846 . T C 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0461758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8295;QD=13.8506;RBI=0.0521895;REFB=0.011202;REVB=-0.0243216;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.523336;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.0287158;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:25:16:16:0.390244:9:7:7:15:9:7:10:15 chr1 158390252 . T G 295.44 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0207428;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.133;QD=22.297;RBI=0.0207795;REFB=-0.0111742;REVB=0.00123477;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104841;STB=0.55783;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0136038;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:30:30:0.566038:17:13:7:16:17:13:7:16 chr1 158390501 . G A 58.01 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0321238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.224;QD=13.6491;RBI=0.0321389;REFB=-0.0478013;REVB=-0.000983146;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194344;STB=0.682379;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0243311;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:7:1:2:6:7:1:3:6 chr1 158436299 . T C 130.0 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00585683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.547;QD=13.3333;RBI=0.0874521;REFB=0.008022;REVB=0.0872558;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236042;STB=0.621466;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0310971;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:24:15:15:0.384615:8:7:16:7:8:7:16:8 chr1 158450238 . G A 171.18 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0251304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.38;QD=17.5565;RBI=0.0286336;REFB=-0.0140073;REVB=0.0137239;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178935;STB=0.618908;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0212319;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:13:5:9:11:13:5:10:11 chr1 158450314 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8695;QD=45.8065;RBI=0.104406;REFB=0;REVB=-0.0826929;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00633762;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 158450382 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.023;QD=48.7373;RBI=0.0396237;REFB=0;REVB=0.0353345;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321629;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 158517142 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-3.42912e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.702;QD=10.5423;RBI=0.0396764;REFB=-0.012858;REVB=-0.0396764;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150282;STB=0.606739;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0264743;OID=.;OPOS=158517142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:20:21:11:11:0.34375:4:7:10:10:4:7:10:11 chr1 158517353 . G A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0160737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.571;QD=23.0939;RBI=0.0310331;REFB=-0.00299204;REVB=-0.026546;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311293;STB=0.677182;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00236772;OID=.;OPOS=158517353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:14:3:6:6:14:3:6:6 chr1 158533140 . A G 353.44 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8744;QD=54.3753;RBI=0.0290175;REFB=0;REVB=-0.00538596;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152189;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr1 158533220 . T TG 190.17 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.096042;FXX=0.159936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7858;QD=36.2237;RBI=0.133875;REFB=0;REVB=-0.0932655;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0231008;OID=.;OPOS=158533221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:21:21:0:13:8:0:0:4:23:2:1:11:12 chr1 158533224 . A G 312.96 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4476;QD=50.0739;RBI=0.0453944;REFB=-0.090041;REVB=-0.042131;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000933432;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr1 158549264 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000366771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.289;QD=57.2026;RBI=0.0120873;REFB=0;REVB=0.0120817;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62246e-05;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr1 158549420 . C T 382.47 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7584;QD=52.7548;RBI=0.0510327;REFB=-0.0841114;REVB=-0.0496829;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00326173;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:0:1 chr1 158549492 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.003;QD=57.6805;RBI=0.0405948;REFB=0;REVB=0.0336854;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014283;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr1 158549511 . A G 399.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176221;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.295;QD=57.013;RBI=0.0201211;REFB=0;REVB=0.00971183;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301399;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr1 158577109 . A C 132.39 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00184163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.534;QD=15.1307;RBI=0.0566661;REFB=-0.0305942;REVB=-0.0566362;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00681493;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0912361;OID=.;OPOS=158577109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:7:8:10:9:7:8:11:9 chr1 158582646 . T C 478.31 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000106865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.215;QD=23.3322;RBI=0.01013;REFB=-0.0207917;REVB=-0.0101294;RO=36;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483671;STB=0.502656;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0174134;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:22:24:19:17:22:24:19:17 chr1 158584091 . A G 101.75 PASS AF=0.325;AO=11;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00738162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.964;QD=10.1753;RBI=0.0150515;REFB=-0.00672803;REVB=-0.0131172;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130609;STB=0.510188;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0206892;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:27:27:11:13:0.325:3:8:17:10:5:8:17:10 chr1 158587390 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0048944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.165;QD=14.2617;RBI=0.0555764;REFB=-0.00108042;REVB=-0.0553604;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144654;STB=0.583236;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00158983;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:18:6:6:10:18:6 chr1 158587858 . G A 80.54 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00186856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3562;QD=7.67013;RBI=0.0783289;REFB=-0.00253935;REVB=-0.0783066;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209337;STB=0.63806;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00281634;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:30:31:11:11:0.261905:5:6:11:19:5:6:11:20 chr1 158597507 . G C 194.83 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0119912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.717;QD=20.5079;RBI=0.0174258;REFB=-0.0178009;REVB=-0.012644;RO=18;SAF=3;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453597;STB=0.685518;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00894138;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:18:18:20:0.526316:15:3:11:7:15:5:11:7 chr1 158606449 . G T 270.27 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0094341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.428;QD=14.2246;RBI=0.0416447;REFB=-0.020656;REVB=-0.040562;RO=45;SAF=24;SAR=6;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353917;STB=0.708353;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0264069;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:30:31:0.407895:6:24:23:22:6:25:23:22 chr1 158612236 . A G 976.06 PASS AF=0.488038;AO=101;DP=208;FAO=102;FDP=209;FR=.;FRO=107;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=0.00595225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.851;QD=18.6807;RBI=0.0140046;REFB=-0.0296655;REVB=0.0126768;RO=106;SAF=44;SAR=57;SRF=60;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121195;STB=0.570959;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0325924;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:209:106:107:101:102:0.488038:57:44:60:46:58:44:61:46 chr1 158619728 . A C 1367.0 PASS AF=1;AO=68;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.211;QD=62.1365;RBI=0.0237984;REFB=0;REVB=0.0171943;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40224e-05;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:68:88:1:30:38:0:0:49:39:0:0 chr1 158647495 . A T 261.98 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0476075;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.071;QD=52.3969;RBI=0.049464;REFB=0;REVB=0.0134243;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429563;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 158647522 . A G 306.17 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4854;QD=53.2465;RBI=0.0800416;REFB=0;REVB=0.0423862;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328921;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr1 158655036 . G A 658.55 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.617;QD=61.2601;RBI=0.0800169;REFB=0;REVB=-0.0342115;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769056;OID=.;OPOS=158655036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:25:14:0:0:26:17:0:0 chr1 158656281 . T C 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.76;QD=63.2792;RBI=0.0116791;REFB=0;REVB=0.0115737;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72792e-05;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 158687163 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00212457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.365;QD=16.8248;RBI=0.0152779;REFB=-0.0149353;REVB=-0.0151295;RO=28;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230941;STB=0.632779;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0194904;OID=.;OPOS=158687163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:15:6:14:14:15:6:14:14 chr1 158687224 . G A 45.47 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0366396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8746;QD=8.66188;RBI=0.0441523;REFB=-0.0215781;REVB=-0.0246367;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0367119;OID=.;OPOS=158687224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:5:2:3:10:5:2:4:10 chr1 158736215 . G A 85.68 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0820081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9497;QD=12.2404;RBI=0.0976602;REFB=-0.0459859;REVB=-0.05303;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756198;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0610375;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:28:17:17:10:11:0.392857:4:6:9:8:4:7:9:8 chr1 158746678 . T C 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0252213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.59;QD=17.7317;RBI=0.0269214;REFB=-0.0411245;REVB=0.00941514;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0408116;OID=.;OPOS=158746678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:8:11:7:10:8:11 chr1 158746847 . A G 96.02 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0372179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.397;QD=11.6382;RBI=0.0434885;REFB=-0.0116422;REVB=-0.0224961;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189924;STB=0.631344;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0173102;OID=.;OPOS=158746847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:33:21:21:11:12:0.363636:8:3:9:12:9:3:9:12 chr1 158813819 . A G 578.77 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.422;QD=59.3612;RBI=0.0100145;REFB=0;REVB=0.00153125;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60025e-05;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr1 158990247 . A G 501.58 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.853;QD=55.7307;RBI=0.0240126;REFB=-0.0708318;REVB=0.0208279;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000414521;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:19:15:1:0:20:15:1:0 chr1 159024668 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.264;QD=46.848;RBI=0.049029;REFB=0;REVB=0.0463692;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521386;OID=.;OPOS=159024668;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:9:15:1:8:1:0:0:8:7:0:0 chr1 159169641 . T C 577.55 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00575355;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.048;QD=57.755;RBI=0.00591281;REFB=0.0130827;REVB=0.0013631;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000430051;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:40:1:1:39:39:0.975:23:16:1:0:23:16:1:0 chr1 159275976 . C T 370.48 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.00785537;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0489;QD=16.8399;RBI=0.0145489;REFB=-0.00863164;REVB=-0.0122459;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160627;STB=0.586283;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0128974;OID=.;OPOS=159275976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:48:49:38:39:0.443182:22:16:28:20:22:17:29:20 chr1 159283494 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0236897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7755;QD=17.0328;RBI=0.102406;REFB=-0.00544852;REVB=-0.0996281;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097203;STB=0.555856;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00220989;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:5:13:14:8:5:13:14:8 chr1 159283746 . T C 63.87 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.038696;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.524;QD=8.51615;RBI=0.0389187;REFB=-0.00272652;REVB=-0.00415806;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56164;STB=0.777161;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0116048;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:22:21:8:9:0.3:1:7:9:13:2:7:8:13 chr1 159409734 . G T 724.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0455;QD=63.0246;RBI=0.0604388;REFB=0;REVB=-0.0452143;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125741;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 159410007 . C T 290.81 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0286156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8614;QD=14.1857;RBI=0.0410813;REFB=-0.0191893;REVB=0.0294758;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054106;STB=0.540516;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0278243;OID=.;OPOS=159410007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:49:49:32:33:0.402439:14:18:30:19:15:18:30:19 chr1 159558258 . AG GA,GG 513.88 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=4,31;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217839,-0.0389298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=53.3134,90.6712;QD=58.7294;RBI=0.0953405,0.045621;REFB=0,0;REVB=-0.0953156,0.0237854;RO=0;SAF=0,22;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.15349e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0223061,-0.00140948;OID=.,.;OPOS=159558258,159558258;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:0:4,31:1,34:0.0285714,0.971429:4,9:0,22:0:0:0,13:1,21:0:0 chr1 159776366 . G A 245.23 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0196378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.931;QD=15.57;RBI=0.0213919;REFB=-0.00709365;REVB=0.00848348;RO=35;SAF=20;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241383;STB=0.637152;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0164453;OID=.;OPOS=159776366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:8:20:17:18:8:20:17:18 chr1 159778910 . G A 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00559703;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.238;QD=16.6606;RBI=0.0212983;REFB=-0.00832983;REVB=-0.0205497;RO=30;SAF=22;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682147;STB=0.527377;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0147214;OID=.;OPOS=159778910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:6:22:22:8:6:22:24:8 chr1 159778983 . T C 371.32 PASS AF=0.481013;AO=29;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0188679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.855;QD=18.801;RBI=0.0191524;REFB=-0.0286298;REVB=0.00328905;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119581;STB=0.602357;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0273817;OID=.;OPOS=159778983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:29:38:0.481013:13:16:26:13:20:18:27:13 chr1 159785413 . C T 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.000593116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.454;QD=9.85713;RBI=0.0105786;REFB=-0.00559904;REVB=-0.010562;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249126;STB=0.637472;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.012981;OID=.;OPOS=159785413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:5:8:11:17:5:8:12:17 chr1 159785425 . A G 116.61 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0241698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.726;QD=11.6609;RBI=0.0285018;REFB=0.000324177;REVB=-0.0151054;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251089;STB=0.666444;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.000500445;OID=.;OPOS=159785425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:26:14:14:0.35:6:8:8:16:6:8:8:18 chr1 159824967 . G C 888.78 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00342803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.214;QD=56.4306;RBI=0.055263;REFB=-0.13104;REVB=0.0551566;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00112598;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:0:1:39:23:0:1 chr1 159854251 . T C 91.36 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.035564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4602;QD=8.49868;RBI=0.0443563;REFB=-0.0111368;REVB=-0.0265082;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041764;STB=0.525649;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0411776;OID=.;OPOS=159854251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:14:17:7:5:14:17 chr1 159897559 . G T 622.24 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00126717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.208;QD=25.1411;RBI=0.0198972;REFB=-0.0253775;REVB=-0.0198568;RO=43;SAF=32;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480521;STB=0.526306;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0191641;OID=.;OPOS=159897559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:43:56:56:0.565657:24:32:22:21:24:32:22:21 chr1 159898100 . A G 218.02 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.669;QD=48.4482;RBI=0.0496876;REFB=0;REVB=0.0115178;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854144;OID=.;OPOS=159898100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr1 159923111 . T G 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9226;QD=62.9744;RBI=0.054893;REFB=0;REVB=0.0544713;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397507;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 160134205 . C T 219.6 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000266042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.376;QD=17.5683;RBI=0.0873565;REFB=-0.0111941;REVB=-0.0873561;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214666;STB=0.503933;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.015565;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:22:22:0.44:14:8:10:16:14:8:10:18 chr1 160136350 . G A 354.83 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00829006;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.007;QD=18.6754;RBI=0.0260307;REFB=0.00418952;REVB=0.0246753;RO=39;SAF=22;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767155;STB=0.542792;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00629976;OID=.;OPOS=160136350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:15:22:20:19:15:22:20:19 chr1 160141196 . C T 760.25 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.854;QD=55.2906;RBI=0.0979609;REFB=-0.0766868;REVB=0.0152775;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519637;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr1 160295426 . GT GG,G 64.85 PASS AF=0,0.541667;AO=2,18;DP=45;FAO=0,26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=0,11;FSAR=0,15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.131138,0.129213;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=17.4874,6.90172;QD=5.40415;RBI=0.143361,0.137274;REFB=-0.0812318,-0.101478;REVB=0.0579236,0.0463484;RO=20;SAF=1,9;SAR=1,9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206011,0.185717;STB=0.5,0.572094;STBP=1,0.321;TYPE=snp,del;VARB=0.0441188,0.105349;OID=.,.;OPOS=160295427,160295427;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.541667:2,18:45:0,26:48:22:0,11:0,15:6:16:65:20:1,9:1,9:6:14 chr1 160303416 . G A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0164427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.783;QD=26.399;RBI=0.0428098;REFB=-0.0424387;REVB=0.0395261;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735028;STB=0.540937;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0224356;OID=.;OPOS=160303416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:5:5:11:7:5:5 chr1 160341876 . G A 46.76 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0201873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.796;QD=12.4691;RBI=0.05867;REFB=0.00322092;REVB=-0.0550875;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.529329;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00434579;OID=.;OPOS=160341876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:6:8:7:7:0.466667:4:3:3:3:4:3:3:5 chr1 160342015 . T G 772.23 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276025;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.442;QD=57.2026;RBI=0.0480378;REFB=0;REVB=0.0393158;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258527;OID=.;OPOS=160342015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:19:35:0:0:19:35:0:0 chr1 160390930 . C T 77.26 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0129337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.289;QD=13.4367;RBI=0.0263553;REFB=-0.0330163;REVB=-0.0229635;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929071;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0434106;OID=.;OPOS=160390930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:7:6:5:5:7:6 chr1 160397254 . G T 233.68 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.3016;QD=49.1951;RBI=0.146971;REFB=0;REVB=0.146971;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00895078;OID=.;OPOS=160397254;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:17:0:0:0:19:0:0:0 chr1 160516542 . A T 215.25 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0311813;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.021;QD=15.9447;RBI=0.0311851;REFB=-0.00989085;REVB=-0.000483716;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775123;STB=0.554354;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0116414;OID=.;OPOS=160516542;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:24:25:0.462963:13:11:11:18:13:12:11:18 chr1 160585554 . C G 576.53 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.443;QD=60.6871;RBI=0.0889036;REFB=0;REVB=0.0888624;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403503;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr1 160650913 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1724;QD=52.6129;RBI=0.0723179;REFB=0;REVB=0.0473516;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118496;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr1 160793442 . A G 497.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234678;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3749;QD=58.4712;RBI=0.0365934;REFB=0;REVB=-0.0280774;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280566;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr1 160793560 . A G 400.25 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0266348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.023;QD=53.3663;RBI=0.0266417;REFB=-0.0746449;REVB=0.000606968;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443037;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000697308;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:1:0:19:10:1:0 chr1 160793962 . G C 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000113386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.428;QD=56.997;RBI=0.0798948;REFB=0;REVB=0.0798947;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137184;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr1 160971146 . A G 310.9 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.632;QD=49.7441;RBI=0.0484258;REFB=-0.0245816;REVB=-0.0229603;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00711515;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:13:10:1:0:13:11:1:0 chr1 160990875 . TC CA 433.58 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240932;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.377;QD=57.8107;RBI=0.0542227;REFB=0;REVB=0.0485759;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000576422;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:15:12:0:0:18:12:0:0 chr1 160990878 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.651;QD=57.6806;RBI=0.0500663;REFB=0;REVB=0.0290592;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305839;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:17:12:0:0:18:13:0:0 chr1 161049662 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0388693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4098;QD=12.3962;RBI=0.0479282;REFB=0.00697995;REVB=-0.028041;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0137339;OID=.;OPOS=161049662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr1 161163037 . T C 607.37 PASS AF=1;AO=32;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.012;QD=60.7366;RBI=0.0894221;REFB=0;REVB=0.0755415;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145727;OID=.;OPOS=161163037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:32:40:1:12:20:0:0:15:25:0:0 chr1 161168004 . C T 504.53 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0132687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9518;QD=50.4532;RBI=0.0403008;REFB=-0.150113;REVB=0.0380539;RO=4;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124156;STB=0.566629;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00400957;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:40:40:4:4:36:36:0.9:13:23:0:4:13:23:0:4 chr1 161202605 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0167276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.651;QD=12.7287;RBI=0.0207911;REFB=-0.0133182;REVB=-0.0123473;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0201746;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:8:4:5:4:8:4 chr1 161254280 . G C 1282.28 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8665;QD=61.061;RBI=0.0441132;REFB=0;REVB=-0.0440157;RO=1;SAF=45;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374972;OID=.;OPOS=161254280;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:82:84:1:37:45:1:0:38:46:0:0 chr1 161275943 . C T 60.09 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0342781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.619;QD=8.58473;RBI=0.0967252;REFB=-0.0388159;REVB=0.0904477;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42639;STB=0.761192;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0458989;OID=.;OPOS=161275943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:27:28:18:19:9:9:0.321429:8:1:7:11:8:1:7:12 chr1 161284224 . A AGT 71.42 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00629873;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=287.326;QD=7.72128;RBI=0.048846;REFB=0.00305822;REVB=-0.0484381;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551624;STBP=0.743;TYPE=ins;VARB=-0.00880434;OID=.;OPOS=161284225;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:9:37:10:37:27:6:4:18:9:71:27:6:3:18:9 chr1 161337604 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0054668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.216;QD=7.95365;RBI=0.0441078;REFB=-0.0119654;REVB=-0.0437678;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0451399;OID=.;OPOS=161337604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:8:11:4:4:8:11 chr1 161369571 . G A 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0429467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.484;QD=17.8403;RBI=0.0446248;REFB=-0.0294701;REVB=0.0121227;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143284;STB=0.581287;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0252612;OID=.;OPOS=161369571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:3:11:9:5:3:11 chr1 161410044 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.015;QD=37.4885;RBI=0.0262739;REFB=0;REVB=-0.0155665;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01345e-05;OID=.;OPOS=161410044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 161450431 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0211242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5113;QD=7.76178;RBI=0.0918513;REFB=0.0135412;REVB=0.0893892;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.74376;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0363604;OID=.;OPOS=161450431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:7:6:1:5:7:6 chr1 161479745 . A G 376.55 PASS AF=0.419048;AO=41;DP=106;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00650398;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.903;QD=14.3446;RBI=0.0239206;REFB=-0.00612267;REVB=0.0230194;RO=55;SAF=15;SAR=26;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131376;STB=0.548247;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00776301;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:55:61:41:44:0.419048:26:15:27:28:28:16:27:34 chr1 161488267 . CCA C,CCC 31.84 PASS AF=0.227273,0;AO=4,3;DP=27;FAO=5,0;FDP=22;FR=.;FRO=17;FSAF=4,0;FSAR=1,0;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0275086,-0.098678;FXX=0.153787;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=27.3199,22.2089;QD=5.78933;RBI=0.0337968,0.0994844;REFB=-0.0232591,0.0241326;REVB=0.0196342,-0.0126405;RO=17;SAF=3,3;SAR=1,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.348958,0;SSSB=0.538388,0.719989;STB=0.873807,0.5;STBP=0.144,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0648113,0;OID=.,.;OPOS=161488268,161488269;OREF=CA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273,0:4,3:27:5,0:22:17:4,0:1,0:4:13:32:17:3,3:1,0:4:13 chr1 161495477 . A T 178.7 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00240843;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0142;QD=14.5879;RBI=0.00803336;REFB=0.00852203;REVB=-0.00766383;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210404;STB=0.621901;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00860573;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:13:17:7:12:13:17 chr1 161495885 . T C 79.09 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0100993;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0266;QD=28.76;RBI=0.0122184;REFB=-0.106664;REVB=0.00687695;RO=2;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429214;STB=0.749315;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0266195;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:11:11:2:2:9:9:0.818182:1:8:0:2:1:8:0:2 chr1 161496530 . C G 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00424502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.828;QD=15.2563;RBI=0.0113056;REFB=-0.00388582;REVB=-0.0104784;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103135;STB=0.560914;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00582306;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:12:8:14:14:12:8:15:15 chr1 161500130 . A G 83.03 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0416705;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0718;QD=8.51573;RBI=0.041693;REFB=0.00439955;REVB=-0.00136994;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263961;STB=0.666325;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0220159;OID=.;OPOS=161500130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:39:28:28:11:11:0.282051:2:9:18:10:2:9:18:10 chr1 161500975 . A G 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0109094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.18;QD=11.8292;RBI=0.0726082;REFB=0.00633371;REVB=-0.0717839;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766352;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0182669;OID=.;OPOS=161500975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:8:9:5:6:8:10 chr1 161501904 . A T 318.44 PASS AF=0.395604;AO=35;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00500512;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.134;QD=13.9972;RBI=0.0281115;REFB=-0.000363037;REVB=0.0276623;RO=55;SAF=15;SAR=20;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201235;STB=0.63056;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000727927;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:35:36:0.395604:20:15:34:21:21:15:35:20 chr1 161514542 . A C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0021034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=341.337;QD=17.1669;RBI=0.00605482;REFB=0.011103;REVB=-0.00567773;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139251;STB=0.578177;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0132961;OID=.;OPOS=161514542;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:14:18:12:17:14:18 chr1 161518214 . T C 113.91 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0274834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4822;QD=4.21875;RBI=0.0565171;REFB=-0.00193338;REVB=0.0493847;RO=87;SAF=15;SAR=5;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335461;STB=0.720926;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0146448;OID=.;OPOS=161518214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:88:20:20:0.185185:5:15:43:44:5:15:43:45 chr1 161518336 . C T 138.0 PASS AF=0.142857;AO=29;DP=208;FAO=30;FDP=210;FR=.;FRO=180;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=72;FSRR=108;FWDB=-0.0133431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.495;QD=2.6285;RBI=0.0320322;REFB=-0.00323743;REVB=-0.0291209;RO=179;SAF=4;SAR=25;SRF=72;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401283;STB=0.74306;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0551751;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:210:179:180:29:30:0.142857:25:4:72:107:25:5:72:108 chr1 161569569 . C T 34.14 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0412642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9995;QD=4.01689;RBI=0.0412644;REFB=-0.0018878;REVB=-0.000105729;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00719732;OID=.;OPOS=161569569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:34:27:28:6:6:0.176471:3:3:14:13:3:3:14:14 chr1 161574628 . A G 267.39 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0158387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5389;QD=13.7123;RBI=0.0366973;REFB=0.00217827;REVB=0.0331033;RO=47;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017534;STB=0.509994;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0033154;OID=.;OPOS=161574628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:17:14:22:25:17:14:22:25 chr1 161574654 . G A 201.78 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0270642;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.466;QD=12.2292;RBI=0.0300261;REFB=-0.00121218;REVB=0.0130036;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566953;STB=0.551682;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00185149;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:24:25:0.378788:15:9:17:23:16:9:18:23 chr1 161591548 . C T 177.33 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0112892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.414;QD=14.7779;RBI=0.0145333;REFB=0.0156286;REVB=-0.00915264;RO=28;SAF=1;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500466;STB=0.690811;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0105229;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:28:29:18:19:0.395833:17:1:8:20:17:2:8:21 chr1 161599693 . T C 326.54 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0220881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.995;QD=36.2825;RBI=0.0244617;REFB=-0.035748;REVB=0.0105116;RO=9;SAF=4;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220754;STB=0.621519;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.02941;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:23:4:4:5:23:4:4:5 chr1 161600995 . C T 175.96 PASS AF=0.395833;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.025577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.153;QD=14.6631;RBI=0.0262576;REFB=-0.00770804;REVB=-0.00593916;RO=25;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380265;STB=0.630102;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00945929;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:29:17:19:0.395833:15:2:9:16:15:4:11:18 chr1 161643269 . C T 36.15 PASS AF=0.26087;AO=7;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0046894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5006;QD=6.28659;RBI=0.0788033;REFB=-0.0266984;REVB=-0.0786636;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100525;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0218643;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:23:16:17:7:6:0.26087:4:3:7:9:3:3:7:10 chr1 161680258 . G A 110.96 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.0422049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.038;QD=6.34059;RBI=0.0445412;REFB=-0.00777822;REVB=-0.014236;RO=52;SAF=10;SAR=7;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346041;STB=0.512181;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0186892;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:53:17:17:0.242857:7:10:32:20:7:10:32:21 chr1 161681780 . A G 193.39 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00828157;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4281;QD=22.7518;RBI=0.0345571;REFB=-0.0149239;REVB=-0.0335501;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189201;STB=0.613382;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0245896;OID=.;OPOS=161681780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:18:19:0.558824:9:9:4:11:9:10:4:11 chr1 161683136 . G A 216.21 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0844145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.166;QD=15.4437;RBI=0.0854113;REFB=-0.00133093;REVB=0.013011;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204622;STB=0.623277;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00460366;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:9:15:13:18:9:16:13:18 chr1 161695639 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.809;QD=39.2059;RBI=0.0782458;REFB=0;REVB=0.0775089;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225775;OID=.;OPOS=161695639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 161696782 . G C 100.83 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0518564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4958;QD=17.5364;RBI=0.0717545;REFB=-0.0404796;REVB=0.0495946;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10822;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0420787;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:5:6:8:4:5:6 chr1 161697072 . G C 301.62 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00467533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6811;QD=16.7569;RBI=0.0149834;REFB=-0.0111381;REVB=-0.0142353;RO=39;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202672;STB=0.6134;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00900256;OID=.;OPOS=161697072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:18:15:26:13:18:15:26:13 chr1 161697149 . G T 238.07 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0124669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.851;QD=13.8011;RBI=0.0145204;REFB=-0.00687173;REVB=0.00744425;RO=39;SAF=7;SAR=20;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2609;STB=0.644336;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00790648;OID=.;OPOS=161697149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:41:27:28:0.405797:20:7:19:20:20:8:21:20 chr1 161721707 . C T 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0473858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4821;QD=19.8478;RBI=0.0629319;REFB=-0.0116757;REVB=-0.0414127;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533355;STB=0.807444;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.004867;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:2:13:4:9:2:13:4:9 chr1 161748056 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00310296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9048;QD=17.2285;RBI=0.142669;REFB=-0.00841247;REVB=-0.142635;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330584;STB=0.68713;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00617342;OID=.;OPOS=161748056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:6:0:3:5:6:0 chr1 161751741 . A G 305.28 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.022773;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.454;QD=19.6957;RBI=0.023724;REFB=-0.0309727;REVB=0.00664982;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11374;STB=0.563214;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0399833;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:12:18:15:17:12:18 chr1 161753802 . T C 172.17 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0182689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.616;QD=18.1231;RBI=0.0256559;REFB=-0.0223712;REVB=-0.0180131;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145276;STB=0.550843;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0283443;OID=.;OPOS=161753802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:20:16:18:0.473684:8:8:7:13:10:8:7:13 chr1 161753841 . G A 158.87 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0067359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.923;QD=17.1754;RBI=0.0157435;REFB=-0.0250277;REVB=0.0142298;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145576;STB=0.593443;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.022339;OID=.;OPOS=161753841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:6:13:9:8:6:14 chr1 161761276 . G C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0279998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.214;QD=14.1388;RBI=0.0318086;REFB=-0.00830653;REVB=0.015093;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643408;STB=0.537331;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0120838;OID=.;OPOS=161761276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:9:5:6:14:9:5:6:14 chr1 161761312 . C T 84.75 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0442599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5227;QD=10.9355;RBI=0.0592462;REFB=-0.0142119;REVB=-0.0393849;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231162;STB=0.63614;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0257737;OID=.;OPOS=161761312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:5:15:6:5:5:15 chr1 161823011 . T A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.011856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.698;QD=19.5231;RBI=0.0156739;REFB=-0.0269996;REVB=0.0102521;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0218893;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:5:9:7:5:5:9:7:5 chr1 161928327 . A G 200.88 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00424718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.704;QD=15.1607;RBI=0.00873468;REFB=-0.0192571;REVB=-0.00763257;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883814;STB=0.54388;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0195863;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:22:23:0.433962:14:8:13:16:14:9:14:16 chr1 161967681 . A G 713.3 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.856;QD=62.026;RBI=0.00209748;REFB=0;REVB=-0.00157152;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.61753e-05;OID=.;OPOS=161967681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:39:46:1:14:25:0:0:21:25:0:0 chr1 161976234 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.922;QD=42.1826;RBI=0.0369628;REFB=0;REVB=-0.0182521;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169015;OID=.;OPOS=161976234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 161993121 . C CG 33.49 PASS AF=0.15625;AO=17;DP=68;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.104354;FXX=0.0153822;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.8856;QD=2.09325;RBI=0.107467;REFB=-0.023387;REVB=-0.0256763;RO=50;SAF=13;SAR=4;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383556;STB=0.672724;STBP=0.266;TYPE=ins;VARB=0.0916679;OID=.;OPOS=161993122;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625:17:68:10:64:54:7:3:27:27:33:50:13:4:23:27 chr1 161993192 . T C 124.28 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00699455;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.867;QD=16.0355;RBI=0.0156944;REFB=-0.057818;REVB=0.0140496;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153524;STB=0.576818;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0686355;OID=.;OPOS=161993192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:17:14:14:0.451613:8:6:4:11:8:6:5:12 chr1 162313735 . C T 109.99 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0236177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.004;QD=14.6657;RBI=0.0239104;REFB=-0.040011;REVB=-0.00372971;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0565441;OID=.;OPOS=162313735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:8:9:7:6:8:9 chr1 162344102 . C T 243.8 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0195206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.74;QD=15.2375;RBI=0.042469;REFB=-0.00894343;REVB=-0.0377169;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040542;STB=0.52292;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.015926;OID=.;OPOS=162344102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:14:22:16:12:14:22 chr1 162345091 . G A 1400.52 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.482;QD=61.5611;RBI=0.141331;REFB=-0.0951965;REVB=0.139111;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.505881;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00135277;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:91:91:0:1:89:90:0.989011:41:48:0:0:42:48:0:1 chr1 162354803 . G C 784.44 PASS AF=0.520833;AO=75;DP=144;FAO=75;FDP=144;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.0166556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.361;QD=21.7899;RBI=0.0166963;REFB=-0.0279607;REVB=-0.00116452;RO=69;SAF=32;SAR=43;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133557;STB=0.573314;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0257357;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:69:69:75:75:0.520833:43:32:40:29:43:32:40:29 chr1 162467014 . C G 794.65 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262855;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.201;QD=53.8746;RBI=0.0303893;REFB=-0.110299;REVB=0.0152507;RO=2;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392525;STB=0.520826;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00414807;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:59:2:2:57:57:0.966102:23:34:0:2:23:34:0:2 chr1 162493009 . C T 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.003;QD=55.0869;RBI=0.0372236;REFB=0;REVB=0.0145694;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306578;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr1 162737116 . C G 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00344859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5627;QD=9.37556;RBI=0.00345142;REFB=-0.00457953;REVB=-0.000139755;RO=40;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545357;STB=0.538422;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00963068;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:12:7:13:27:12:7:13:28 chr1 162740327 . T C 777.79 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0468;QD=54.582;RBI=0.0631291;REFB=0;REVB=0.0408613;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265536;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:42:14:0:0:43:14:0:0 chr1 162765475 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6371;QD=42.1809;RBI=0.0112965;REFB=0;REVB=-0.0109991;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213126;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 162782145 . A G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00701076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.195;QD=14.0975;RBI=0.00773773;REFB=-0.0100022;REVB=-0.0032744;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120675;STB=0.507032;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0125397;OID=.;OPOS=162782145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:14:4:3:10:14:4 chr1 163044483 . G A 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00858373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3486;QD=15.6533;RBI=0.00990617;REFB=-0.00632444;REVB=-0.00494487;RO=32;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175093;STB=0.599917;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00627799;OID=.;OPOS=163044483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:6:20:20:12:6:20:20:12 chr1 163045860 . A C 186.81 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0632882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0963;QD=19.6641;RBI=0.0650454;REFB=0.00830355;REVB=-0.015017;RO=19;SAF=17;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544521;STB=0.8151;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00672112;OID=.;OPOS=163045860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:2:17:8:11:2:17:8:11 chr1 163309219 . A T 179.4 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00967554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.432;QD=16.3094;RBI=0.0222882;REFB=-0.0149776;REVB=-0.0200786;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266345;STB=0.652324;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0239454;OID=.;OPOS=163309219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:16:9:12:7:16:9 chr1 163479278 . G A 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0025493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.4;QD=13.2875;RBI=0.007856;REFB=-0.00790129;REVB=-0.00743087;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138412;STB=0.562386;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0112887;OID=.;OPOS=163479278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:41:27:27:0.397059:14:13:24:15:14:13:24:17 chr1 163893042 . G A 405.06 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0400765;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.349;QD=18.8399;RBI=0.0409235;REFB=-0.0194894;REVB=-0.00828315;RO=42;SAF=28;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108774;STB=0.556973;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0214935;OID=.;OPOS=163893042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:44:40:42:0.488372:12:28:25:17:13:29:26:18 chr1 164529120 . G A 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0584137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.527;QD=18.6423;RBI=0.058474;REFB=-0.00261443;REVB=0.00265378;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147527;STB=0.583225;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00193755;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:2:11:10:4:2:11 chr1 164608825 . G A 865.28 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.717;QD=56.7395;RBI=0.0276057;REFB=0;REVB=0.0273657;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343116;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:30:29:0:0:30:31:0:0 chr1 165172696 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.000150401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.469;QD=6.25103;RBI=0.0135925;REFB=-0.0053408;REVB=-0.0135917;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2144;STB=0.651714;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0164601;OID=.;OPOS=165172696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:11:5:3:3:12:5 chr1 165173216 . A G 708.16 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5114;QD=62.9472;RBI=0.0433852;REFB=0;REVB=0.0391531;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620127;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:11:34:0:0:11:34:0:0 chr1 165218792 . G A 246.29 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0181267;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9014;QD=17.5924;RBI=0.0229037;REFB=-0.00751872;REVB=0.014;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191382;STB=0.60702;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00811603;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:13:14:9:20:13:14:9:20 chr1 165377552 . G A 315.63 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0513175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.387;QD=17.5352;RBI=0.0521837;REFB=0.00914755;REVB=-0.00946833;RO=38;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804844;STB=0.545055;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.0128567;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:19:15:20:18:19:15:20:18 chr1 165398115 . T C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0334528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.793;QD=17.4542;RBI=0.0357635;REFB=0.000995999;REVB=-0.0126465;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156348;STB=0.500662;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00130766;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:29:27:27:0.482143:14:13:13:15:14:13:14:15 chr1 165601466 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00732781;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.88;QD=11.4258;RBI=0.0209549;REFB=-0.00583644;REVB=-0.0196319;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147829;STB=0.586506;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0132185;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:15:6:15:22:15:6:15:22 chr1 165630698 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8633;QD=59.0179;RBI=0.0348456;REFB=0;REVB=0.00682801;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654514;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr1 165652273 . A G 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1952;QD=59.424;RBI=0.0519356;REFB=0;REVB=-0.0499798;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446231;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 165737704 . C G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0187284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.067;QD=53.4971;RBI=0.0212836;REFB=-0.053648;REVB=0.0101112;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.535693;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000350983;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:13:21:0:1:13:21:0:2 chr1 166591271 . T C 304.24 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0636508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9738;QD=15.024;RBI=0.0697056;REFB=-0.0127106;REVB=0.0284156;RO=45;SAF=12;SAR=22;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744535;STB=0.531962;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0199299;OID=.;OPOS=166591271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:47:34:34:0.419753:22:12:19:26:22:12:19:28 chr1 166818566 . A G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0121933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.369;QD=27.6514;RBI=0.0133513;REFB=-0.0152905;REVB=0.00543877;RO=9;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368708;STB=0.706175;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00503597;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:4:14:2:7:4:14:2:7 chr1 166825797 . A ACAGATCCAG 113.21 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00900915;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=9;MLLD=289.247;QD=16.1728;RBI=0.0108981;REFB=-0.0185464;REVB=-0.00613215;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=ins;VARB=0.0196447;OID=.;OPOS=166825798;OREF=-;OALT=CAGATCCAG;OMAPALT=ACAGATCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:13:29:13:28:15:6:7:8:7:99:15:6:7:8:7 chr1 166826655 . C T 55.98 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0502201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.559;QD=10.6626;RBI=0.0502433;REFB=-0.00600662;REVB=-0.00152417;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313669;STB=0.6918;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0127954;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:6:7:2:6:6:7 chr1 166826773 . C T 143.9 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0169959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.863;QD=15.1474;RBI=0.0271333;REFB=-0.0160549;REVB=-0.0211508;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910968;STB=0.552566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0262511;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:9:13:8:8:9:13 chr1 166958601 . T C 436.36 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0318161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0602;QD=21.2858;RBI=0.0324883;REFB=-0.00869807;REVB=0.00657485;RO=39;SAF=29;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148747;STB=0.582431;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0065524;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:14:29:20:19:14:29:20:19 chr1 166958710 . T G 576.22 PASS AF=0.552083;AO=53;DP=96;FAO=53;FDP=96;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0504896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.141;QD=24.0091;RBI=0.050498;REFB=-0.0326065;REVB=0.000921279;RO=43;SAF=26;SAR=27;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130971;STB=0.571738;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0147305;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:43:53:53:0.552083:27:26:28:15:27:26:28:15 chr1 167095163 . G C 1549.31 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9318;QD=63.8889;RBI=0.0635318;REFB=0;REVB=0.0494178;RO=0;SAF=59;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532421;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:35:59:0:0:38:59:0:0 chr1 167095765 . G A 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000774177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.265;QD=57.1758;RBI=0.0163067;REFB=0;REVB=0.0162884;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65064e-05;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr1 167095881 . G A 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0888737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.297;QD=55.6065;RBI=0.104063;REFB=-0.0699572;REVB=0.0541353;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000987512;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr1 167097739 . C A 223.0 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.346;QD=49.5554;RBI=0.0329874;REFB=0;REVB=0.0132612;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411405;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr1 167408565 . G T 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0130252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.678;QD=20.0305;RBI=0.0130363;REFB=-0.00550484;REVB=0.000538156;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144062;STB=0.581059;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00543238;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:16:10:13:11:16:10 chr1 167510996 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1644;QD=56.1881;RBI=0.0689236;REFB=0;REVB=0.00248666;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104552;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr1 167511035 . C G 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0263573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1842;QD=16.7246;RBI=0.0491152;REFB=0.0153663;REVB=-0.0414439;RO=19;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514284;STB=0.529376;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=-0.0136771;OID=.;OPOS=167511035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:4:12:15:4:4:12:15:4 chr1 167806282 . AT ATA,TA 33.52 PASS AF=0.125,0.1;AO=6,2;DP=40;FAO=5,4;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3,2;FSAR=2,2;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.186258,0.0127128;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.6173,34.2866;QD=3.35219;RBI=0.194033,0.0825973;REFB=-0.0845595,-0.0293034;REVB=0.0543776,0.0816132;RO=24;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.199998,0.487253;STB=0.57274,0.514215;STBP=0.76,0.895;TYPE=ins,mnp;VARB=0.163559,0.0163817;OID=.,.;OPOS=167806284,167806282;OREF=-,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=ATA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:40:24:31:6,2:5,4:0.125,0.1:2,0:4,2:12:12:2,2:3,2:16:15 chr1 167817639 . A G 822.82 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0103372;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.868;QD=55.7841;RBI=0.0107285;REFB=-0.100505;REVB=-0.00287112;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122541;STB=0.506491;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-6.07969e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:59:1:1:58:58:0.983051:20:38:1:0:20:38:1:0 chr1 167823644 . A G 35.9 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0445885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8887;QD=2.6595;RBI=0.0585368;REFB=-0.0373664;REVB=0.0379266;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571785;STB=0.861988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.159811;OID=.;OPOS=167823644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:53:54:40:46:6:6:0.111111:1:5:12:28:1:5:18:28 chr1 167825485 . T C 953.54 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00790421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.01;QD=58.6793;RBI=0.0112901;REFB=0;REVB=0.00806169;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40491e-05;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr1 167825606 . A G 178.49 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0422315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0058;QD=14.874;RBI=0.0595637;REFB=-0.0256986;REVB=-0.0420039;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650585;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0317824;OID=.;OPOS=167825606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:29:19:19:0.395833:10:9:14:12:10:9:15:14 chr1 167839578 . G A 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0184275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.992;QD=18.0872;RBI=0.0251427;REFB=-0.00467568;REVB=-0.017105;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185629;STB=0.603697;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00504007;OID=.;OPOS=167839578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:8:19:13:13:8:19 chr1 167849414 . A G 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0160367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.047;QD=7.08572;RBI=0.0372183;REFB=-0.0135681;REVB=-0.0335861;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108433;STB=0.578172;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0357589;OID=.;OPOS=167849414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:5:6:15:18:5:6:15:19 chr1 167893759 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00705646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.065;QD=9.44485;RBI=0.0098571;REFB=-0.0110006;REVB=0.00688249;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.686962;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0187137;OID=.;OPOS=167893759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:2:8:3:3:2:8 chr1 167906239 . A C 1333.45 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000881996;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.026;QD=62.0209;RBI=0.0465882;REFB=0;REVB=0.0465799;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010325;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:84:86:1:61:23:0:0:62:24:0:0 chr1 167973976 . C T 263.46 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0228497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.075;QD=15.9672;RBI=0.0292826;REFB=-0.0335864;REVB=0.0183129;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168747;STB=0.59085;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.033243;OID=.;OPOS=167973976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:29:30:0.454545:14:15:12:23:15:15:12:24 chr1 168013850 . T C 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0145785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.221;QD=15.1962;RBI=0.0172331;REFB=-0.00331425;REVB=-0.00918957;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266693;STB=0.6533;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00896996;OID=.;OPOS=168013850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:9:17:7:11:9:17 chr1 168059866 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.015125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.658;QD=22.5854;RBI=0.0196182;REFB=-0.0078372;REVB=-0.0124944;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263925;STB=0.650873;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00516038;OID=.;OPOS=168059866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:4:2:8:3:4:2 chr1 168511284 . T C 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0253225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.698;QD=7.48149;RBI=0.0302575;REFB=-0.00637516;REVB=0.0165616;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362352;STB=0.719654;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0184215;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:34:36:12:12:0.25:8:4:22:12:8:4:23:13 chr1 168513129 . C T 939.59 PASS AF=0.806818;AO=69;DP=85;FAO=71;FDP=88;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0249185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.823;QD=42.7084;RBI=0.0424987;REFB=-0.0275138;REVB=0.0344269;RO=15;SAF=39;SAR=30;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347229;STB=0.504885;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00728329;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:85:88:15:17:69:71:0.806818:30:39:10:5:31:40:10:7 chr1 169101935 . C T 262.84 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0151469;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.741;QD=18.7741;RBI=0.0152159;REFB=-0.0121227;REVB=-0.00144714;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120034;STB=0.586891;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0112303;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:27:28:0.5:20:7:10:17:21:7:11:17 chr1 169272451 . A T 739.03 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0656721;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=110.917;QD=54.7426;RBI=0.0661647;REFB=-0.0081794;REVB=0.00805909;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132734;STB=0.50704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-8.46648e-05;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:35:18:0:1:35:18:0:1 chr1 169272453 . G A 772.4 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.016251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3838;QD=61.7922;RBI=0.0205427;REFB=0.00336553;REVB=-0.0125662;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.507933;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.000244424;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:31:18:0:0:31:18:0:1 chr1 169345868 . A G 166.0 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0391949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.296;QD=22.1337;RBI=0.0395258;REFB=0.00314283;REVB=0.00510354;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00132249;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:7:6:7:10:7:6 chr1 169366516 . G A 522.78 PASS AF=0.478632;AO=50;DP=111;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0295991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.923;QD=17.8729;RBI=0.0342467;REFB=-0.0194128;REVB=0.0172257;RO=59;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112508;STB=0.547653;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0201242;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:117:59:61:50:56:0.478632:23:27:25:34:27:29:26:35 chr1 169391154 . A G 309.13 PASS AF=0.55;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00402586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.284;QD=20.6083;RBI=0.0343413;REFB=-0.00537201;REVB=-0.0341046;RO=27;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217121;STB=0.623807;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00327866;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:32:33:0.55:18:14:19:8:19:14:19:8 chr1 169435027 . C T 508.23 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5242;QD=56.4702;RBI=0.024594;REFB=-0.0587922;REVB=-0.00196594;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00954318;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:1:0:16:19:1:0 chr1 169498975 . T C 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0531099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0023;QD=16.412;RBI=0.0666484;REFB=-0.00872051;REVB=0.0402659;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0184387;OID=.;OPOS=169498975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:5:11:7:7:5:11 chr1 169510139 . G A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=0;FWDB=0.0155315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.473;QD=8.08966;RBI=0.0171583;REFB=-0.00457236;REVB=0.00729233;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.548664;STB=0.805234;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0117813;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:22:0:2:7:22:0 chr1 169510380 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00650498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.494;QD=12.7386;RBI=0.046323;REFB=-0.00294847;REVB=0.045864;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45078;STB=0.776954;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00268519;OID=.;OPOS=169510380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:5:5:1:7:5:5 chr1 169511017 . G T 460.88 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=107;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0321375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.266;QD=17.2291;RBI=0.0322707;REFB=-0.0260649;REVB=-0.00292908;RO=55;SAF=16;SAR=34;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834961;STB=0.539216;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.021037;OID=.;OPOS=169511017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:57:50:50:0.46729:34:16:22:33:34:16:22:35 chr1 169511555 . T C 67.37 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0628737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8505;QD=13.4739;RBI=0.0649235;REFB=-0.0274484;REVB=0.0161852;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565212;STB=0.84124;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0289731;OID=.;OPOS=169511555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:7:4:8:1:7:4 chr1 169511734 . T C 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0587435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.756;QD=30.4288;RBI=0.0619843;REFB=-0.035771;REVB=-0.0197803;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120584;OID=.;OPOS=169511734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:2:3:9:6:2:3 chr1 169511755 . T C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0186524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.07;QD=25.711;RBI=0.0450298;REFB=-0.0151342;REVB=-0.040985;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306968;STB=0.517215;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00764186;OID=.;OPOS=169511755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:2:4:8:5:2:4 chr1 169512027 . T C 164.76 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0275736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5423;QD=12.4347;RBI=0.0413342;REFB=-0.00373522;REVB=0.030793;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280403;STB=0.660233;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00402131;OID=.;OPOS=169512027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:8:25:10:10:8:25 chr1 169512093 . A G 153.63 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00551243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.348;QD=21.9465;RBI=0.0521334;REFB=-0.0303287;REVB=0.0518411;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11081;STB=0.562422;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0109326;OID=.;OPOS=169512093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:5:7:7:9:5:7 chr1 169512120 . G A 181.67 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0207311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.594;QD=20.1859;RBI=0.0310808;REFB=-0.0240079;REVB=-0.0231568;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172565;STB=0.581311;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0245594;OID=.;OPOS=169512120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:8:10:6:11:9:10:6:11 chr1 169519049 . T C 538.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.67;QD=59.8171;RBI=0.0423629;REFB=0;REVB=0.0151216;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199686;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 169519112 . C T 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00296465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.23;QD=10.4168;RBI=0.00493845;REFB=-0.014858;REVB=-0.00394957;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111033;STB=0.506488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.024104;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:20:25:13:10:20:25 chr1 169529826 . C A 1519.76 PASS AF=0.990385;AO=80;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143315;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.68;QD=58.4525;RBI=0.0167442;REFB=-0.0257861;REVB=0.00865886;RO=0;SAF=40;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=2.90635e-05;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:80:103:0.990385:40:40:0:0:51:52:0:1 chr1 169529973 . C T 1244.25 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00641869;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.188;QD=59.2499;RBI=0.0346177;REFB=-0.103407;REVB=0.0340174;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155226;STB=0.516125;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.000622529;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:1:2:82:82:0.97619:52:30:1:0:52:30:2:0 chr1 169562904 . C T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.257;QD=53.2694;RBI=0.0490411;REFB=0;REVB=-0.00998278;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421022;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr1 169566313 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.873;QD=60.7161;RBI=0.0189357;REFB=0;REVB=0.00127587;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19021e-05;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr1 169578860 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0219486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.873;QD=16.7547;RBI=0.0222338;REFB=-0.0112777;REVB=-0.00354973;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170033;STB=0.569248;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0142261;OID=.;OPOS=169578860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:28:24:24:0.461538:15:9:14:11:15:9:14:14 chr1 169599293 . GA G 37.99 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.114965;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.74527;QD=4.74877;RBI=0.24397;REFB=-0.074465;REVB=0.215185;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162033;STB=0.585233;STBP=0.438;TYPE=del;VARB=0.0945377;OID=.;OPOS=169599294;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:12:32:13:32:19:8:5:9:10:37:14:8:4:7:7 chr1 169768033 . T C 46.24 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00147723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0182;QD=9.73443;RBI=0.0365137;REFB=-0.0371609;REVB=0.0364838;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439197;STB=0.776868;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.101321;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:6:6:1:6:6:6 chr1 169768080 . C A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00386995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.093;QD=12.8689;RBI=0.00559583;REFB=-0.0180243;REVB=-0.00404187;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.571292;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0235171;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:10:6:3:8:10:6 chr1 169823509 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0320267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9129;QD=16.5617;RBI=0.0469567;REFB=-0.0235826;REVB=0.0343399;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239522;STB=0.635192;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.029875;OID=.;OPOS=169823509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:18:9:18:13:18:9:18:13 chr1 169823718 . T C 249.47 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0266569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.4936;QD=19.1897;RBI=0.0295102;REFB=0.00283576;REVB=0.0126596;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389078;STB=0.539313;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00174049;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:26:27:0.519231:12:14:14:10:13:14:15:10 chr1 169829071 . G A 56.37 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00458474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0552;QD=10.7376;RBI=0.0258972;REFB=0.0136099;REVB=-0.0254881;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457906;STB=0.768678;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0204163;OID=.;OPOS=169829071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:11:2:5:3:11:2 chr1 169927228 . T TG 395.7 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.9943;QD=45.2235;RBI=0.0593034;REFB=0;REVB=0.044424;RO=5;SAF=25;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000711226;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:37:35:35:0:28:7:0:0:7:5:25:6:5:0 chr1 169951997 . C T 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0246363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.749;QD=12.4805;RBI=0.0261451;REFB=-0.0153641;REVB=-0.00875328;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474469;STB=0.792166;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0224657;OID=.;OPOS=169951997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:11:1:7:12:11:1:7:12 chr1 170501385 . A C,G 713.02 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=45,4;DP=49;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450672,0.0236607;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.93,91.5427;QD=54.8474;RBI=0.0719512,0.0394268;REFB=0,0;REVB=0.0560885,-0.031538;RO=0;SAF=20,0;SAR=25,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00115784,0.14973;OID=.,.;OPOS=170501385,170501385;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:52:0:0:45,4:50,2:0.961538,0.0384615:25,4:20,0:0:0:30,2:20,0:0:0 chr1 170521376 . G A 701.27 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.341;QD=55.0012;RBI=0.040492;REFB=-0.132495;REVB=0.0336745;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00182581;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:51:0:1:49:50:0.980392:21:28:0:0:21:29:0:1 chr1 170705685 . CTATATATATA CA,C 198.67 PASS AF=0,0.558824;AO=3,14;DP=26;FAO=0,19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=0,9;FSAR=0,10;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.067037,0.0596111;FXX=0.149963;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=158.333,254.773;QD=23.3734;RBI=0.0757405,0.0764645;REFB=-0.0283047,-0.042403;REVB=0.0352514,0.0478888;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.67057;STBP=1,0.043;TYPE=del,del;VARB=0,0.0105862;OID=.,.;OPOS=170705686,170705686;OREF=TATATATAT,TATATATATA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.558824:3,14:26:0,19:34:15:0,9:0,10:13:2:99:0:0,11:3,3:0:0 chr1 170916646 . G T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0348985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.132;QD=14.262;RBI=0.0349685;REFB=-0.0196587;REVB=-0.00221176;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.590788;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.037837;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:4:12:15:8:4:12:15:9 chr1 170928671 . T C 215.16 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0738901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2034;QD=21.5156;RBI=0.0741282;REFB=-0.0363939;REVB=-0.00593732;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286187;STB=0.529384;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0371764;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:12:8:7:12:12:9:7:12 chr1 171168584 . CA TG 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00531769;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.258;QD=17.5012;RBI=0.00536062;REFB=-0.0103121;REVB=-0.000677025;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641081;STB=0.535996;STBP=0.636;TYPE=mnp;VARB=0.0112332;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:12:14:17:11:12:14:17:11 chr1 171178152 . A G 265.38 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0155563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.924;QD=15.6108;RBI=0.0165772;REFB=-0.0108069;REVB=0.00572757;RO=36;SAF=6;SAR=24;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265023;STB=0.6566;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0135914;OID=.;OPOS=171178152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:38:30:30:0.441176:24:6:15:21:24:6:16:22 chr1 171461787 . G A 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3402;QD=48.7284;RBI=0.0862318;REFB=0;REVB=0.0185792;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280655;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr1 171509327 . G A 61.39 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2775;QD=35.0803;RBI=0.108401;REFB=0;REVB=-0.0592186;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00374112;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr1 171511039 . C G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6584;QD=53.9054;RBI=0.0542911;REFB=0;REVB=-0.0447145;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205856;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr1 171514731 . C G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107673;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.478;QD=53.9626;RBI=0.00161108;REFB=0;REVB=-0.00119843;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2637e-06;OID=.;OPOS=171514731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr1 171526570 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00820008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8084;QD=40.7624;RBI=0.117013;REFB=0;REVB=0.116725;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031275;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr1 171556165 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.285;QD=57.6807;RBI=0.0358566;REFB=0;REVB=0.00933598;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136095;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr1 171558516 . C T 472.49 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0263509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.59;QD=55.5868;RBI=0.0385323;REFB=-0.0793287;REVB=0.0281135;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000427799;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:1:0:17:16:1:0 chr1 171621525 . C T 341.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.332;QD=54.565;RBI=0.0746648;REFB=0;REVB=0.0359256;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342448;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr1 171751236 . T C 888.09 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664654;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.014;QD=58.2357;RBI=0.0737475;REFB=0;REVB=0.0319537;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005615;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:45:15:0:0:46:15:0:0 chr1 171753039 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.047;QD=60.9735;RBI=0.0242964;REFB=0;REVB=0.00394775;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150834;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr1 171755170 . G A 526.25 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.023;QD=58.4719;RBI=0.0287802;REFB=0;REVB=0.00834092;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256294;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr1 171810960 . A G 708.48 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.85;QD=62.9761;RBI=0.0231748;REFB=0;REVB=0.00212742;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3391e-05;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:32:13:0:0 chr1 172356437 . A G 742.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.152;QD=56.0254;RBI=0.014961;REFB=0;REVB=-0.0068755;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848371;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:24:29:0:0 chr1 172411768 . T C 747.21 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0753;QD=56.3935;RBI=0.0523856;REFB=0;REVB=4.47641e-05;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266423;OID=.;OPOS=172411768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr1 172412845 . C A 714.03 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0396949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.822;QD=60.768;RBI=0.0441465;REFB=-0.0309514;REVB=0.0193191;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000448562;OID=.;OPOS=172412845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:27:18:0:1:28:18:0:1 chr1 172422209 . C T 1222.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3031;QD=61.1384;RBI=0.0600205;REFB=0;REVB=0.0441858;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26279e-05;OID=.;OPOS=172422209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:34:45:0:0:35:45:0:0 chr1 172437592 . G A 590.48 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.426;QD=60.5616;RBI=0.0145384;REFB=0;REVB=-0.00631115;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07499e-05;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:17:22:0:0 chr1 173429995 . G A 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000571158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.587;QD=20.2734;RBI=0.00122619;REFB=-0.0154344;REVB=-0.00108504;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197977;STB=0.602204;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0170295;OID=.;OPOS=173429995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:15:8:13:10:15:8:13:11 chr1 173457017 . C T 367.82 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.015919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.898;QD=21.9591;RBI=0.0160134;REFB=-0.0136186;REVB=0.00173646;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735216;STB=0.5331;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.010829;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:17:20:13:16:17:20:14:16 chr1 173474429 . T C 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0949;QD=62.0168;RBI=0.0532806;REFB=0;REVB=0.0497342;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010644;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr1 173516871 . G C 510.49 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.289;QD=58.3415;RBI=0.0913335;REFB=0;REVB=0.0604691;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123175;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:17:18:0:0 chr1 173516903 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6825;QD=57.1938;RBI=0.14593;REFB=0;REVB=0.0322433;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234099;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr1 173822694 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=26;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.601;QD=6.10493;RBI=0.00937123;REFB=-0.010302;REVB=-0.00937123;RO=26;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0429683;OID=.;OPOS=173822694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:8:0:0:26:8:0:0:26 chr1 173855208 . A G 61.81 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0611482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7391;QD=20.6021;RBI=0.0659114;REFB=0.00705361;REVB=-0.0246011;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00509285;OID=.;OPOS=173855208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:12:4:4:7:8:0.666667:4:3:1:3:4:4:1:3 chr1 175046789 . A G 108.24 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00274046;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4244;QD=12.3706;RBI=0.00399815;REFB=-0.0124426;REVB=0.0029112;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.504418;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0178983;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:22:13:13:0.371429:6:7:9:11:6:7:12:10 chr1 175054548 . C T 151.16 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00059585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.565;QD=20.1542;RBI=0.00849351;REFB=-0.0100874;REVB=0.00847258;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164179;STB=0.593102;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0104997;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:8:6:10:6:8:6 chr1 175092674 . C T 246.75 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00335753;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.218;QD=17.9453;RBI=0.00823323;REFB=-0.0110078;REVB=-0.00751752;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271062;STB=0.512186;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0143532;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:28:27:27:0.490909:10:17:15:10:10:17:17:11 chr1 175096157 . C T 300.43 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.000484234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.439;QD=19.0749;RBI=0.00423091;REFB=-0.0185034;REVB=-0.00420311;RO=31;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11609;STB=0.554638;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0207519;OID=.;OPOS=175096157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:31:32:0.507937:18:13:17:14:18:14:17:14 chr1 175097864 . G A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0157776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.92;QD=9.44318;RBI=0.0166136;REFB=-0.018039;REVB=0.00520369;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357304;STB=0.719306;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0251815;OID=.;OPOS=175097864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:7:3:4:2:7:3 chr1 175105996 . C T 235.72 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0201825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5157;QD=15.7146;RBI=0.0202047;REFB=-0.0168602;REVB=0.000947753;RO=31;SAF=7;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297031;STB=0.655615;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0268289;OID=.;OPOS=175105996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:33:27:27:0.45:20:7:17:14:20:7:17:16 chr1 175113578 . T C 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.311;QD=57.6342;RBI=0.0407704;REFB=-0.0744966;REVB=0.0394337;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000781262;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:37:31:1:0:37:31:1:0 chr1 175129946 . C T 394.26 PASS AF=0.541667;AO=37;DP=73;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0158349;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.792;QD=21.9033;RBI=0.0166098;REFB=-0.0439762;REVB=0.00501425;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20672;STB=0.606712;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0308193;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:33:37:39:0.541667:20:17:25:11:21:18:23:10 chr1 175129955 . G C 32.01 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0632784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7754;QD=1.91116;RBI=0.0693376;REFB=-0.00371371;REVB=-0.028347;RO=60;SAF=6;SAR=1;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41501;STB=0.828489;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.111597;OID=.;OPOS=175129955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:1:6:31:29:1:6:31:29 chr1 175299301 . T C 192.63 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0671612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1201;QD=40.5546;RBI=0.0692002;REFB=-0.0079439;REVB=-0.0166745;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831816;STB=0.545402;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00383912;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:2:0:7:10:2:0 chr1 175324651 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.594;QD=56.9569;RBI=0.00951621;REFB=0;REVB=-0.00537833;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89942e-06;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr1 175335234 . C T 371.85 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.00976252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.564;QD=17.499;RBI=0.0102645;REFB=-0.0266468;REVB=0.00317073;RO=46;SAF=11;SAR=28;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262309;STB=0.514698;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0285647;OID=.;OPOS=175335234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:28:11:14:32:28:11:14:32 chr1 175348723 . C T 399.25 PASS AF=0.432692;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0188633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.6931;QD=15.3556;RBI=0.0314207;REFB=0.00161865;REVB=-0.0251284;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595424;STB=0.531577;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00283101;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:59:45:45:0.432692:25:20:22:35:25:20:23:36 chr1 175355391 . A G 198.12 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0422235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4044;QD=11.321;RBI=0.0551535;REFB=-0.0118421;REVB=0.0354836;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142283;STB=0.57137;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0500603;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:45:25:25:0.357143:16:9:20:21:16:9:21:24 chr1 175375469 . C A 503.42 PASS AF=0.533333;AO=46;DP=88;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00595623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.084;QD=22.3742;RBI=0.00643958;REFB=-0.00958439;REVB=-0.00244777;RO=42;SAF=31;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163964;STB=0.523067;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00775438;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:42:42:46:48:0.533333:15:31:29:13:17:31:29:13 chr1 175375683 . T C 101.91 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0437076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.452;QD=8.86145;RBI=0.0467167;REFB=-0.00984121;REVB=0.0164954;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13356;STB=0.581272;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0358254;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:19:14:7:6:19:14 chr1 175375802 . T C 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0155696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.651;QD=13.7528;RBI=0.02121;REFB=-0.0136746;REVB=0.0144031;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362328;STB=0.711941;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0208766;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:14:9:11:4:14:9 chr1 176103053 . TAC T 490.76 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322264;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.086;QD=59.4855;RBI=0.0366602;REFB=0;REVB=0.0174765;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000167383;OID=.;OPOS=176103054;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:35:33:33:0:9:24:0:0:4:0:9:24:0:0 chr1 176118219 . G A 146.18 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0144886;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.823;QD=22.4898;RBI=0.0190226;REFB=-0.0226704;REVB=-0.0123263;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0287382;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:11:10:10:10:0.384615:6:4:4:7:6:4:4:6 chr1 176833497 . G C 245.26 PASS AF=0.432836;AO=27;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0512535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3721;QD=14.6423;RBI=0.0763472;REFB=0.0212804;REVB=0.056586;RO=39;SAF=20;SAR=7;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301658;STB=0.531998;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=-0.0343668;OID=.;OPOS=176833497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:38:27:29:0.432836:7:20:28:11:9:20:28:10 chr1 176863775 . G C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0137409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.53;QD=19.6924;RBI=0.0149458;REFB=0.00320153;REVB=-0.00587899;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941937;STB=0.552551;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00316701;OID=.;OPOS=176863775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:17:8:11:15:17:8 chr1 176863836 . G C 313.18 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0359298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1202;QD=50.1093;RBI=0.0363012;REFB=-0.0704854;REVB=-0.00517967;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040273;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00506833;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:1:0:13:11:1:0 chr1 176863842 . C T 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00655272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5334;QD=21.7421;RBI=0.0158338;REFB=-0.00629892;REVB=0.0144142;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29491;STB=0.666444;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00445427;OID=.;OPOS=176863842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:8:3:10:5:8:3 chr1 176863867 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0791533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1815;QD=54.5135;RBI=0.0814816;REFB=0;REVB=0.0193389;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00152227;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 177908852 . C T 696.39 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0211563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.762;QD=52.5579;RBI=0.0224824;REFB=-0.0391564;REVB=-0.00760699;RO=2;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209533;STB=0.501113;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00155678;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:27:24:1:1:27:24:1:1 chr1 177915474 . A C 187.15 PASS AF=0.403509;AO=18;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0308645;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.57;QD=13.1337;RBI=0.0345998;REFB=-0.0232035;REVB=0.0156374;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813272;STB=0.565293;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0282934;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:34:18:23:0.403509:7:11:15:13:12:11:20:14 chr1 177929521 . G A 148.47 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000791297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.076;QD=18.5581;RBI=0.0159185;REFB=-0.00363202;REVB=-0.0158989;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00463101;OID=.;OPOS=177929521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:6:10:9:7:6:10 chr1 177929554 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0250496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3284;QD=22.1445;RBI=0.0261447;REFB=-0.0139094;REVB=-0.00748771;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205673;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00380357;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:8:5:11:6:8:5 chr1 177929987 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.175;QD=61.332;RBI=0.0443149;REFB=0;REVB=0.04427;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345023;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr1 177937009 . G A 203.85 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00208997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4559;QD=14.5605;RBI=0.0356542;REFB=-0.00560809;REVB=0.0355929;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110187;STB=0.56245;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00795563;OID=.;OPOS=177937009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:10:22:14:10:10:22 chr1 178062359 . G A 194.99 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0461984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.806;QD=19.9994;RBI=0.0463171;REFB=0.00973584;REVB=0.00331444;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196579;STB=0.589242;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00623048;OID=.;OPOS=178062359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:19:20:0.512821:13:6:10:9:13:7:10:9 chr1 178483231 . G A 258.9 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0072144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.137;QD=21.1347;RBI=0.0538999;REFB=-0.015578;REVB=0.0534149;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50793;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.013871;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:24:25:0.510204:15:9:9:15:16:9:9:15 chr1 178489978 . T G 297.21 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0117528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.832;QD=18.29;RBI=0.0162062;REFB=-0.0155885;REVB=-0.0111585;RO=29;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668166;STB=0.571245;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0122179;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:33:32:32:0.492308:19:13:14:15:19:13:18:15 chr1 178492447 . T A 103.08 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0172748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9269;QD=9.58927;RBI=0.0303763;REFB=-0.018621;REVB=0.024986;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825863;STB=0.549923;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0438057;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:7:6:16:14:7:6:16:14 chr1 178514165 . C T 39.27 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.165466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.187;QD=13.0893;RBI=0.166052;REFB=-0.0606358;REVB=0.0139348;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.624529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.037127;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:2:4:5:1:2:4 chr1 178514560 . A AT 67.64 PASS AF=0.48;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0394119;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.6966;QD=10.8221;RBI=0.149225;REFB=0.0175522;REVB=-0.143927;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703453;STB=0.602479;STBP=0.337;TYPE=ins;VARB=-0.0449015;OID=.;OPOS=178514561;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:10:25:12:25:13:5:7:8:5:67:14:5:5:8:6 chr1 178514622 . C T 209.71 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0211735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7486;QD=15.5339;RBI=0.0472748;REFB=-0.00726295;REVB=-0.042268;RO=30;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310325;STB=0.6766;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00600069;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:7:17:12:18:7:17:12:18 chr1 178646884 . C T 167.41 PASS AF=0.338235;AO=17;DP=62;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00548511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.301;QD=9.84751;RBI=0.00604805;REFB=-0.0234337;REVB=-0.00254804;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791199;STB=0.521327;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.048318;OID=.;OPOS=178646884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:44:45:17:23:0.338235:10:7:21:23:13:10:21:24 chr1 178820159 . C A 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0086707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6252;QD=20.3137;RBI=0.0747882;REFB=-0.0249271;REVB=-0.0742839;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704129;STB=0.539731;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0215401;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:10:8:10:9:10:8 chr1 179044723 . A G 169.37 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00459407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.196;QD=16.524;RBI=0.0333718;REFB=-0.0197759;REVB=-0.033054;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.551474;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.038417;OID=.;OPOS=179044723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:12:10:7:11:12:11 chr1 179077893 . AT A 34.95 PASS AF=0.375;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.254642;FXX=0.0302939;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.44778;QD=4.36893;RBI=0.257379;REFB=-0.0269539;REVB=0.0374352;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535944;STB=0.672108;STBP=0.154;TYPE=del;VARB=0.100392;OID=.;OPOS=179077894;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:10:33:12:32:20:3:9:10:10:34:18:1:9:9:9 chr1 179095548 . C T 758.04 PASS AF=0.715909;AO=62;DP=87;FAO=63;FDP=88;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.021924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.887;QD=34.4562;RBI=0.0310783;REFB=-0.0316369;REVB=-0.0220273;RO=24;SAF=33;SAR=29;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599534;STB=0.535124;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0097313;OID=.;OPOS=179095548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:24:25:62:63:0.715909:29:33:10:14:30:33:10:15 chr1 179170643 . A G 171.83 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00578063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.012;QD=12.4964;RBI=0.0302662;REFB=-0.00936133;REVB=-0.0297091;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262258;STB=0.646314;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0189617;OID=.;OPOS=179170643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:5:16:18:15:5:16:19:15 chr1 179312752 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0233931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.85;QD=12.084;RBI=0.0269825;REFB=-0.0220708;REVB=-0.0134468;RO=30;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193429;STB=0.61523;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0344403;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:12:4:12:18:12:4:12:18 chr1 179319541 . C G 258.48 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00966268;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0424;QD=21.54;RBI=0.00993754;REFB=-0.0281589;REVB=0.00232105;RO=24;SAF=3;SAR=21;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305729;STB=0.675264;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0393785;OID=.;OPOS=179319541;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:24:24:24:24:0.5:21:3:8:16:21:3:8:16 chr1 179347832 . T C 254.4 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0182526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.909;QD=13.0463;RBI=0.0185465;REFB=0.000162653;REVB=-0.00328851;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102504;STB=0.558784;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.000271755;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:19:11:22:26:19:11:22:26 chr1 179363143 . G T 267.1 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.039952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.136;QD=28.8759;RBI=0.0410564;REFB=0.00436588;REVB=-0.00945868;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856894;STB=0.553732;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00308765;OID=.;OPOS=179363143;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:13:23:24:0.648649:13:10:4:9:13:11:4:9 chr1 179398730 . T C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0500932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0607;QD=23.2358;RBI=0.0693184;REFB=-0.0273113;REVB=-0.0479136;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992905;STB=0.57135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0211132;OID=.;OPOS=179398730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:12:13:18:18:0.580645:8:10:5:7:8:10:5:8 chr1 179452275 . G A 273.12 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0193175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.313;QD=17.3406;RBI=0.0243785;REFB=-0.0216623;REVB=-0.014871;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141446;STB=0.507931;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0232142;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:16:17:15:15:16:17 chr1 179504130 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00886226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.148;QD=19.1803;RBI=0.0179123;REFB=-0.0315788;REVB=-0.0155664;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0234878;OID=.;OPOS=179504130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr1 179520151 . C T 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.584;QD=60.2248;RBI=0.0344705;REFB=0;REVB=0.00588448;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150432;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr1 179520506 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0266596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.946;QD=17.2286;RBI=0.0310176;REFB=0.0118713;REVB=-0.0158542;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492481;STB=0.79459;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0138195;OID=.;OPOS=179520506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:4:2:7:1:4:2 chr1 179604864 . C T 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.031;QD=62.3488;RBI=0.00539255;REFB=0;REVB=-0.00265801;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44295e-06;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr1 179604987 . G A 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00651907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.013;QD=22.1266;RBI=0.00669892;REFB=-0.0208282;REVB=0.00154183;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712351;STB=0.539306;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0124219;OID=.;OPOS=179604987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:24:16:16:17:24:16:16:17 chr1 179609589 . G T 265.45 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0106036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.346;QD=16.3352;RBI=0.0106263;REFB=-0.00626468;REVB=0.000693546;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147217;STB=0.502611;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00668996;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:17:12:15:20:17:13:15:20 chr1 179852074 . T C 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0345324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.857;QD=11.1981;RBI=0.0355095;REFB=-0.0185354;REVB=0.0082729;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234759;STB=0.639198;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.019727;OID=.;OPOS=179852074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:8:14:5:7:8:14 chr1 179858444 . G A 361.18 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00350304;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.69;QD=20.0658;RBI=0.00483;REFB=-0.00763219;REVB=0.0033253;RO=33;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109377;STB=0.571828;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00368125;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:33:35:37:37:0.513889:20:17:11:22:20:17:11:24 chr1 179876988 . C G 272.86 PASS AF=0.346154;AO=26;DP=82;FAO=27;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00317772;FXX=0.0487745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.006;QD=13.9926;RBI=0.00469563;REFB=-0.0134286;REVB=0.00345703;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197848;STB=0.582761;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0136432;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:40:45:26:27:0.346154:12:14:14:26:12:15:19:26 chr1 179883190 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000722819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.021;QD=19.668;RBI=0.0139701;REFB=-0.00828349;REVB=-0.0139514;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299517;STB=0.670469;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0168061;OID=.;OPOS=179883190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:11:8:14:5:11:8 chr1 179887125 . G A 172.39 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0580245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8229;QD=18.1457;RBI=0.0633303;REFB=-0.0205658;REVB=0.0253748;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138956;STB=0.578862;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0155;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:7:13:9:9:7:13 chr1 179989742 . G C 58.25 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0321226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.756;QD=14.5614;RBI=0.0710698;REFB=-0.0112483;REVB=-0.063396;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0557854;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr1 180010911 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0140395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.337;QD=14.1954;RBI=0.0170633;REFB=-0.0238044;REVB=-0.00969783;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206604;STB=0.63426;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0343696;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:14:9:18:12:14:9:20:12 chr1 180145088 . A G 335.35 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0165455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.71;QD=16.9795;RBI=0.0179335;REFB=-0.0287447;REVB=-0.00691801;RO=43;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250099;STB=0.514031;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0367561;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:15:21:24:19:15:21:24:19 chr1 180167249 . G A 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0297462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.138;QD=7.98334;RBI=0.0327067;REFB=-0.00147183;REVB=0.0135974;RO=41;SAF=10;SAR=6;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493295;STB=0.529916;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0033522;OID=.;OPOS=180167249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:6:10:24:17:6:10:24:17 chr1 180167414 . C G 338.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0058757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0166;QD=20.5015;RBI=0.06031;REFB=-0.0305687;REVB=-0.0600231;RO=30;SAF=22;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1658;STB=0.599766;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0249781;OID=.;OPOS=180167414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:13:22:13:17:13:22:13:18 chr1 180854067 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.791;QD=62.0202;RBI=0.0233459;REFB=0;REVB=0.0204339;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122039;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 180885430 . T C 679.61 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.247;QD=61.783;RBI=0.0121285;REFB=0;REVB=0.00866872;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018323;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:23:19:0:0:23:21:0:0 chr1 180897569 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.048;QD=62.022;RBI=0.0352322;REFB=0;REVB=0.0351204;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41099e-05;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr1 180905694 . C T 134.46 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146753;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5801;QD=44.8207;RBI=0.149762;REFB=0;REVB=0.0298699;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00471665;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 180913597 . A G 355.69 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.044801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.8982;QD=50.8127;RBI=0.0796116;REFB=-0.0648583;REVB=-0.0658094;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.521723;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00424855;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:26:27:0.964286:16:10:1:0:16:11:1:0 chr1 180944532 . T TAA 353.28 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0599209;FXX=0.0624805;HRUN=3;LEN=2;MLLD=28.5941;QD=47.1035;RBI=0.0600251;REFB=0;REVB=0.00353515;RO=4;SAF=16;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612204;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000167687;OID=.;OPOS=180944533;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:34:30:30:0:18:12:0:0:6:4:16:7:2:2 chr1 180953853 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.718;QD=62.3473;RBI=0.0506265;REFB=0;REVB=0.0490288;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214952;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr1 181018236 . A G 575.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1547;QD=60.5885;RBI=0.00794589;REFB=0;REVB=0.006424;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0355e-05;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr1 181024404 . G A 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.246;QD=62.3457;RBI=0.0251074;REFB=0;REVB=0.0217976;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136976;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr1 181768186 . T C 708.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7348;QD=62.9581;RBI=0.0519665;REFB=0;REVB=0.0428953;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128048;OID=.;OPOS=181768186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:27:18:0:0 chr1 182356399 . A G 777.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7127;QD=56.5297;RBI=0.0919185;REFB=0;REVB=0.0256319;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483972;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:24:29:0:0:26:29:0:0 chr1 182369078 . G A 508.4 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.731;QD=56.489;RBI=0.0384925;REFB=-0.112074;REVB=0.0348217;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000742793;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:0:1:15:20:0:1 chr1 182369233 . A G 381.48 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0619805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0375;QD=52.6172;RBI=0.0651791;REFB=-0.216381;REVB=-0.0201677;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0121992;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr1 182443462 . T C 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0109186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0432;QD=10.8235;RBI=0.0342788;REFB=-0.00401015;REVB=0.0324934;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342033;STB=0.703376;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0101535;OID=.;OPOS=182443462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:8:15:4:8:8:15 chr1 182496829 . A G 267.51 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0212796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2801;QD=21.8373;RBI=0.0220607;REFB=-0.00462396;REVB=0.0058184;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196157;STB=0.609592;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00289292;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:14:11:16:8:14:11:16:8 chr1 182551337 . A C 699.17 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.815;QD=54.8372;RBI=0.0156113;REFB=-0.0962095;REVB=-0.00450881;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-3.72641e-05;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:1:0:28:22:1:0 chr1 182554557 . C T 1704.27 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.285;QD=59.7988;RBI=0.0238015;REFB=0;REVB=0.0202975;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103636;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:114:0:0:109:114:1:50:59:0:0:54:60:0:0 chr1 182568204 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.264;QD=57.8849;RBI=0.0317873;REFB=0;REVB=0.0289598;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26148e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr1 182569626 . T C,G 750.49 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=45,3;DP=48;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273231,-0.0340824;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.9542,145.36;QD=62.5412;RBI=0.0287809,0.035979;REFB=0,0;REVB=0.00904373,0.0115271;RO=0;SAF=24,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00341758,0.0964666;OID=.,.;OPOS=182569626,182569626;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:48:48:0:0:45,3:47,1:0.979167,0.0208333:21,0:24,3:0:0:21,0:26,1:0:0 chr1 182778367 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.503;QD=55.6561;RBI=0.0349693;REFB=0;REVB=0.015983;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145167;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 182850727 . T C 972.72 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6903;QD=58.9526;RBI=0.0550045;REFB=0;REVB=0.0534171;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374005;OID=.;OPOS=182850727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:43:22:0:0:44:22:0:0 chr1 182993025 . C T 2295.5 PASS AF=1;AO=145;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0403;QD=62.4626;RBI=0.0718718;REFB=0;REVB=0.0631993;RO=1;SAF=83;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00760856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507947;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:1:0:145:147:1:62:83:0:1:64:83:0:0 chr1 183072590 . T C 769.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.534;QD=56.9831;RBI=0.0155344;REFB=0;REVB=-0.0053208;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55658e-05;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr1 183085755 . A G 1382.77 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0354713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.241;QD=58.2218;RBI=0.0354713;REFB=-0.0956583;REVB=5.9472e-05;RO=4;SAF=40;SAR=49;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246548;STB=0.505617;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00368013;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:95:4:1:89:94:0.989474:49:40:3:1:50:44:1:0 chr1 183086757 . A C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.352;QD=60.3754;RBI=0.0293548;REFB=0;REVB=-0.00129367;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45181e-05;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr1 183093875 . T C 724.14 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.642;QD=54.6517;RBI=0.0439265;REFB=-0.00192273;REVB=0.0182733;RO=1;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116329;STB=0.50617;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000145581;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:40:12:0:1:40:12:0:1 chr1 183094547 . T C 741.55 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.661;QD=63.1103;RBI=0.0332289;REFB=0;REVB=0.0253313;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.67101e-05;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr1 183105534 . T C 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8771;QD=37.4797;RBI=0.0431141;REFB=0;REVB=0.0344769;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326727;OID=.;OPOS=183105534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 183105705 . G A 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000545776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.032;QD=56.9311;RBI=0.0352635;REFB=0;REVB=0.0352593;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188976;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr1 183112041 . G C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0178;QD=64.4134;RBI=0.029307;REFB=0;REVB=0.013489;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313147;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr1 183112412 . A G 683.63 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647876;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7313;QD=60.7673;RBI=0.072326;REFB=0;REVB=0.0321498;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348374;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:23:22:0:0 chr1 183112505 . T C 581.35 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0104658;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.317;QD=54.0786;RBI=0.0171671;REFB=-0.11575;REVB=0.0136079;RO=3;SAF=20;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653037;STB=0.534866;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0018516;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:44:43:3:3:40:40:0.930233:20:20:3:0:20:20:3:0 chr1 183112566 . T C 576.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.049;QD=60.6316;RBI=0.0318598;REFB=0;REVB=0.0282961;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19109e-05;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr1 183112764 . A G 594.88 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.71236e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.08;QD=61.0134;RBI=0.0242436;REFB=0;REVB=0.0242436;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19019e-05;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr1 183114634 . G A 802.78 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00837291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.805;QD=55.3639;RBI=0.0609054;REFB=0.0446589;REVB=-0.0603271;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000252886;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chr1 183155482 . C A 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0154254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.504;QD=23.5983;RBI=0.0154857;REFB=-0.0197702;REVB=0.00136456;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868714;STB=0.510311;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0166367;OID=.;OPOS=183155482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:9:16:13:7:9:16:13:8 chr1 183184616 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00370093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.855;QD=9.84391;RBI=0.0130644;REFB=-0.00249387;REVB=0.0125292;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269437;STB=0.662027;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00600308;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:7:13:4:6:7:13 chr1 183187603 . C T 725.26 PASS AF=0.484076;AO=77;DP=156;FAO=76;FDP=157;FR=.;FRO=81;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=0.0208156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.566;QD=18.4779;RBI=0.023157;REFB=-0.020151;REVB=0.0101468;RO=78;SAF=24;SAR=53;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195886;STB=0.604839;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0256191;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:78:81:77:76:0.484076:53:24:40:38:52:24:41:40 chr1 183192304 . T G 169.1 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0336381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6988;QD=12.0783;RBI=0.034961;REFB=0.00935532;REVB=-0.00952637;RO=34;SAF=19;SAR=2;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411075;STB=0.741452;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0143287;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:2:19:23:11:2:19:24:11 chr1 183206573 . G A 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0116797;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.664;QD=15.6556;RBI=0.0218469;REFB=0.00151269;REVB=0.0184627;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163849;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00172837;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:15:14:12:12:0.461538:5:7:9:6:5:7:9:5 chr1 183212548 . T G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00966199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8034;QD=19.9269;RBI=0.0337665;REFB=-0.0147228;REVB=-0.0323547;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253577;STB=0.644916;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0125583;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:6:3:8:4:6:3 chr1 183221633 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00371623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.157;QD=24.3281;RBI=0.0870332;REFB=-0.0523659;REVB=-0.0869539;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00163666;OID=.;OPOS=183221633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr1 183262006 . G C 334.38 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0656799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.72;QD=19.3843;RBI=0.0672383;REFB=-0.0158772;REVB=-0.0143923;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037648;STB=0.520946;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0203745;OID=.;OPOS=183262006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:15:19:21:14:15:19 chr1 183486859 . G A 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.897;QD=61.2132;RBI=0.0143014;REFB=0;REVB=0.0130648;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62151e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr1 183592594 . A G 242.01 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0220207;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.424;QD=15.1258;RBI=0.0301959;REFB=-0.018443;REVB=-0.0206611;RO=36;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109031;STB=0.552595;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0322511;OID=.;OPOS=183592594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:11:16:25:11:11:17:25:11 chr1 183596703 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0106388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.696;QD=21.2671;RBI=0.0265799;REFB=-0.00934059;REVB=0.0243579;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121635;STB=0.568881;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0121844;OID=.;OPOS=183596703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:6:8:12:5:6:8 chr1 183599638 . C T 148.17 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0310826;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9903;QD=13.783;RBI=0.060877;REFB=-0.00976512;REVB=-0.0523439;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648571;STB=0.573821;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0196558;OID=.;OPOS=183599638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:27:16:16:0.372093:7:9:12:12:7:9:12:15 chr1 183616884 . C T 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0146888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.036;QD=22.5342;RBI=0.0195587;REFB=-0.024897;REVB=0.0129144;RO=24;SAF=22;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186538;STB=0.510303;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0150087;OID=.;OPOS=183616884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:10:22:16:8:10:22:16:8 chr1 183616926 . T C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=9;FWDB=-0.00193203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.753;QD=18.8073;RBI=0.0180027;REFB=0.00196256;REVB=0.0178987;RO=37;SAF=27;SAR=9;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082352;STB=0.504585;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00202758;OID=.;OPOS=183616926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:9:27:28:9:9:27:28:9 chr1 183617094 . G A 244.06 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0159578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2074;QD=18.7735;RBI=0.0530069;REFB=0.00515252;REVB=0.0505478;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014169;STB=0.520108;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00838805;OID=.;OPOS=183617094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:10:16:15:10:10:16:15:11 chr1 183617105 . A G 239.35 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00746177;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=305.737;QD=20.8127;RBI=0.00910042;REFB=0.000943932;REVB=0.00520957;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736841;STB=0.546517;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000974483;OID=.;OPOS=183617105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:8:15:12:9:8:15:13:10 chr1 183617311 . T A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0450702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9642;QD=14.6496;RBI=0.0491101;REFB=0.0382935;REVB=-0.0195058;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0389054;OID=.;OPOS=183617311;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr1 183617693 . G A 217.79 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00312622;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.664;QD=15.2831;RBI=0.0273299;REFB=-0.00520984;REVB=0.0271505;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140187;STB=0.592361;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00780085;OID=.;OPOS=183617693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:32:25:25:0.438596:11:14:21:9:11:14:23:9 chr1 184020945 . G A 838.56 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.214;QD=55.9037;RBI=0.167782;REFB=-0.159912;REVB=0.159507;RO=1;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285714;STB=0.515146;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00224071;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:16:43:0:1:16:43:0:1 chr1 184023529 . A C 964.44 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00113896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4082;QD=55.9095;RBI=0.0172316;REFB=-0.0916491;REVB=0.0171939;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103874;STB=0.505616;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00676265;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:45:22:0:1:45:22:1:1 chr1 184660205 . T A 313.93 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.608;QD=50.228;RBI=0.0203826;REFB=-0.105586;REVB=0.00421852;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000173216;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:16:8:0:1:16:8:0:1 chr1 184662181 . C T 669.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.417;QD=62.2438;RBI=0.0511361;REFB=0;REVB=0.0506409;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162404;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:20:23:0:0 chr1 184663537 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.503;QD=54.5164;RBI=0.0396498;REFB=0;REVB=0.0395818;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263673;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 184663581 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.979;QD=42.1826;RBI=0.0463164;REFB=0;REVB=-0.0180721;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048435;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr1 184675814 . G A 820.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272784;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.682;QD=57.5798;RBI=0.0123375;REFB=0;REVB=0.0120322;RO=0;SAF=42;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08575e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71247e-06;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:15:42:0:0:15:42:0:0 chr1 184677464 . G A 646.73 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2758;QD=61.5936;RBI=0.0442797;REFB=0;REVB=0.0064491;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000552437;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr1 184706212 . GT G 420.66 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0642996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.3487;QD=48.0752;RBI=0.104001;REFB=0;REVB=-0.0817418;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0058005;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:35:35:35:0:17:18:0:0:7:0:17:17:0:0 chr1 184764066 . C CG 247.98 PASS AF=1;AO=5;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136445;FXX=0.0740466;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.482;QD=39.6771;RBI=0.140652;REFB=0;REVB=-0.0341435;RO=21;SAF=0;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.718978;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0159828;OID=.;OPOS=184764067;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:27:25:25:0:13:12:0:0:3:21:0:5:13:8 chr1 184764067 . C G 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.022621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.122;QD=32.7577;RBI=0.0251684;REFB=0.0377228;REVB=0.0110335;RO=5;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19892;STB=0.568198;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00692525;OID=.;OPOS=184764067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:5:7:20:20:0.740741:9:11:0:5:9:11:2:5 chr1 184777177 . C A 296.84 PASS AF=0.533333;AO=28;DP=56;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0189036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.097;QD=19.7894;RBI=0.0189561;REFB=-0.0487799;REVB=0.00141035;RO=28;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270716;STB=0.577575;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0553662;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:28:28:28:32:0.533333:22:6:13:15:22:10:13:15 chr1 184801065 . T C 88.36 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00806248;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9645;QD=13.0902;RBI=0.0663405;REFB=-0.0126159;REVB=0.0658487;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.624791;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0254916;OID=.;OPOS=184801065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:17:16:11:11:0.407407:6:5:5:12:6:5:4:12 chr1 185135745 . A G 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00902293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5372;QD=9.4419;RBI=0.0120961;REFB=-0.00912945;REVB=0.00805615;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0233128;OID=.;OPOS=185135745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr1 185143721 . A G 77.47 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0092298;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3914;QD=12.3949;RBI=0.0480791;REFB=-0.0121767;REVB=0.0471849;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586477;STB=0.856326;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0314667;OID=.;OPOS=185143721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:15:15:10:10:0.4:1:9:6:9:1:9:6:9 chr1 185984517 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00934181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.535;QD=15.6453;RBI=0.0100366;REFB=-0.00372768;REVB=0.00366919;RO=29;SAF=8;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254883;STB=0.645259;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00337872;OID=.;OPOS=185984517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:14:8:18:11:14:8:18:11 chr1 186026474 . T C 329.71 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0166086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8727;QD=18.0663;RBI=0.0570714;REFB=-0.00762912;REVB=0.0546013;RO=38;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915304;STB=0.551152;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00919033;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:20:15:20:18:20:15:20:18 chr1 186031041 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0341453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.984;QD=15.1969;RBI=0.0342103;REFB=0.000366705;REVB=-0.00210655;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548562;STB=0.531868;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000756625;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:6:12:10:4:6:12 chr1 186050417 . A G 278.65 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0215598;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.898;QD=15.6986;RBI=0.0341037;REFB=0.00276944;REVB=-0.0264242;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200952;STB=0.614483;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00423502;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:42:40:31:31:0.43662:18:13:26:16:18:13:25:15 chr1 186052064 . C A 57.35 PASS AF=0.140845;AO=22;DP=140;FAO=20;FDP=142;FR=.;FRO=122;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=83;FSRR=39;FWDB=-0.0574304;FXX=0.0273954;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7161;QD=1.61537;RBI=0.129083;REFB=-0.0125753;REVB=-0.115603;RO=97;SAF=17;SAR=5;SRF=72;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526633;STB=0.519782;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.139149;OID=.;OPOS=186052064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:140:142:97:122:22:20:0.140845:5:17:72:25:6:14:83:39 chr1 186052065 . CA C,CC 736.6 PASS AF=0.819549,0.180451;AO=53,22;DP=124;FAO=109,24;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=73,16;FSAR=36,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249368,0.246415;FXX=0.029195;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.96904,16.2448;QD=22.1533;RBI=0.27688,0.289039;REFB=0,0;REVB=0.120324,0.151074;RO=34;SAF=39,12;SAR=14,10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0270184,-0.241982;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.051459,-0.0269889;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.819549,0.180451:53,22:124:109,24:133:0:73,16:36,8:0:0:57:34:39,12:14,10:26:8 chr1 186101539 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0225886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.437;QD=16.1063;RBI=0.0245851;REFB=-0.0277865;REVB=-0.00970467;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407973;STB=0.735561;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0190299;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:8:14:4:13:8:14 chr1 186273994 . C T 112.07 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00577643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.471;QD=16.6031;RBI=0.0221055;REFB=-0.0100197;REVB=0.0213374;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511094;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0125759;OID=.;OPOS=186273994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:11:2:2:11:11:2:2:12 chr1 186277088 . G C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5305;QD=40.7588;RBI=0.117431;REFB=0;REVB=-0.0112874;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00753131;OID=.;OPOS=186277088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr1 186277989 . A G 47.02 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0331768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.472;QD=13.4347;RBI=0.0675264;REFB=-0.00257026;REVB=0.0588142;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00291859;OID=.;OPOS=186277989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:13:14:7:7:6:7:0.5:4:2:5:2:5:2:5:2 chr1 186319522 . T C 76.25 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00910742;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.041;QD=5.25845;RBI=0.00936873;REFB=-0.00563337;REVB=0.00219727;RO=47;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120595;STB=0.567785;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0387979;OID=.;OPOS=186319522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:59:58:47:46:12:12:0.206897:8:4:20:27:8:4:19:27 chr1 186326757 . TA T 35.98 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0601322;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.1037;QD=6.85264;RBI=0.0779721;REFB=0.0207432;REVB=-0.0496364;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462091;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=-0.0615117;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:21:7:21:14:2:5:3:11:35:12:2:5:3:9 chr1 186341806 . G C 233.51 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0174328;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4704;QD=14.3698;RBI=0.0174701;REFB=0.00702351;REVB=-0.00113979;RO=38;SAF=4;SAR=23;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229526;STB=0.57977;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0101575;OID=.;OPOS=186341806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:37:27:28:0.430769:23:4:11:27:23:5:10:27 chr1 186363119 . C G 96.75 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0207609;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2296;QD=10.7498;RBI=0.0289095;REFB=-0.0105872;REVB=-0.0201182;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148019;STB=0.599822;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0073926;OID=.;OPOS=186363119;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:36:22:24:12:12:0.333333:9:3:8:14:9:3:9:15 chr1 186418600 . C T 902.68 PASS AF=0.473958;AO=91;DP=192;FAO=91;FDP=192;FR=.;FRO=101;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=57;FWDB=-0.0102125;FXX=0.00518108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.434;QD=18.8059;RBI=0.0105964;REFB=-0.0375564;REVB=-0.00282627;RO=98;SAF=42;SAR=49;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312626;STB=0.513729;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0309065;OID=.;OPOS=186418600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:98:101:91:91:0.473958:49:42:42:56:49:42:44:57 chr1 186648197 . C G 125.75 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0230504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.717;QD=18.6296;RBI=0.0509228;REFB=-0.00305895;REVB=0.0454072;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461491;STB=0.526279;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00538518;OID=.;OPOS=186648197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:4:9:9:5:4:9 chr1 186946912 . G A 977.03 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245434;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0611;QD=59.2138;RBI=0.0694677;REFB=0;REVB=-0.0649875;RO=0;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.06041e-05;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:67:66:1:50:17:0:0:49:17:0:0 chr1 187610537 . AC AG,GG 691.82 PASS AF=0.5,0.5;AO=25,25;DP=52;FAO=25,25;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14,14;FSAR=11,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190492,0.00585819;FXX=0.0384541;HRUN=4,2;LEN=1,2;MLLD=228.719,232.332;QD=55.3455;RBI=0.00196568,0.00810394;REFB=0,0;REVB=-0.00048498,-0.00559959;RO=0;SAF=14,14;SAR=11,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00581111,-0.00255303;OID=.,.;OPOS=187610538,187610537;OREF=C,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:52:50:0:0:25,25:25,25:0.5,0.5:11,11:14,14:0:0:11,11:14,14:0:0 chr1 187610852 . A C,T 331.55 PASS AF=0.24,0.76;AO=5,19;DP=24;FAO=6,19;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559181,0.0568168;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.145,184.625;QD=53.0487;RBI=0.0581369,0.0592702;REFB=0,0;REVB=0.015908,0.016876;RO=0;SAF=3,7;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0083144,0.00212094;OID=.,.;OPOS=187610852,187610852;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:24:25:0:0:5,19:6,19:0.24,0.76:2,12:3,7:0:0:3,12:3,7:0:0 chr1 192781172 . C G 334.97 PASS AF=0.62963;AO=32;DP=52;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.003741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.163;QD=24.8124;RBI=0.00427633;REFB=-0.0270745;REVB=0.00207169;RO=20;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916935;STB=0.537015;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0224003;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:20:20:32:34:0.62963:15:17:8:12:17:17:8:12 chr1 192844886 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.21;QD=47.8211;RBI=0.0131785;REFB=0;REVB=0.0129357;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91324e-05;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr1 193054154 . G A 195.21 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00902367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.216;QD=14.197;RBI=0.0319381;REFB=-0.0117742;REVB=-0.0306368;RO=31;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255591;STB=0.655598;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0101963;OID=.;OPOS=193054154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:32:23:23:0.418182:16:7:17:14:16:7:18:14 chr1 193074651 . T A 245.0 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0130128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5818;QD=15.5558;RBI=0.0448342;REFB=-0.0305971;REVB=0.0429042;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100323;STB=0.54214;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0332317;OID=.;OPOS=193074651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:9:19:26:8:9:19:26:9 chr1 193701055 . G C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.938;QD=60.6096;RBI=0.0160374;REFB=0;REVB=0.0129319;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012089;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 193701480 . G A 517.84 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0281998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.501;QD=54.5098;RBI=0.0311091;REFB=-0.0182336;REVB=0.0131358;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375527;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:1:1:18:18:1:1 chr1 193701489 . C T 503.71 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0489649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7553;QD=50.3708;RBI=0.0530813;REFB=-0.192821;REVB=0.0204956;RO=4;SAF=18;SAR=18;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466295;STB=0.524986;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0247508;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:40:40:4:4:36:36:0.9:18:18:3:1:18:18:3:1 chr1 194457292 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000410213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.052;QD=62.022;RBI=0.0373586;REFB=0;REVB=0.0373564;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106258;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 196227526 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.713;QD=58.0603;RBI=0.0223375;REFB=0;REVB=-0.0211428;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74583e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr1 196654324 . A C 1130.97 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0416892;FXX=0.0256377;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.1143;QD=59.5248;RBI=0.0431442;REFB=-0.180932;REVB=0.0111103;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129618;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00395209;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:39:36:1:0:39:36:1:0 chr1 196659237 . C T 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.708;QD=64.1384;RBI=0.0340669;REFB=0;REVB=0.0287191;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245799;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr1 196695742 . A G 650.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.039;QD=61.9942;RBI=0.0398821;REFB=0;REVB=0.0394219;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342218;OID=.;OPOS=196695742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr1 196709774 . G T 1319.42 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3193;QD=62.0906;RBI=0.0444474;REFB=0;REVB=0.0350318;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56888e-05;OID=.;OPOS=196709774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr1 196757392 . C A,T 506.07 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=3,32;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=3,26;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112087,0.0171948;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=149.688,210.385;QD=57.8364;RBI=0.0144751,0.034221;REFB=0,0;REVB=-0.00915936,-0.0295874;RO=0;SAF=3,26;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.103487,0.000160502;OID=.,.;OPOS=196757392,196757392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:35:35:0:0:3,32:3,32:0.0857143,0.914286:0,6:3,26:0:0:0,6:3,26:0:0 chr1 196757874 . G A 288.21 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3804;QD=52.4012;RBI=0.0662398;REFB=0;REVB=-0.0635608;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999513;OID=.;OPOS=196757874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:16:4:0:0:16:6:0:0 chr1 196757881 . G T 287.07 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.515;QD=52.1938;RBI=0.0332634;REFB=0;REVB=0.0262978;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155847;OID=.;OPOS=196757881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:16:6:0:0 chr1 196874356 . G T 755.88 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109602;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.052;QD=62.9897;RBI=0.015874;REFB=0;REVB=0.0114829;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105914;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr1 196876458 . A G 397.11 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310299;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.795;QD=56.7303;RBI=0.03103;REFB=0;REVB=9.23969e-05;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274396;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr1 196884258 . A T 262.87 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0612203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.841;QD=32.8593;RBI=0.0617665;REFB=-0.00838928;REVB=-0.00819566;RO=9;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534893;STB=0.52172;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00366235;OID=.;OPOS=196884258;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:9:9:22:23:0.71875:12:10:5:4:12:11:5:4 chr1 196920148 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.471;QD=53.2768;RBI=0.0353205;REFB=0;REVB=-0.00796457;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123433;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 197009798 . A G 688.79 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177723;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8605;QD=55.1031;RBI=0.177736;REFB=0;REVB=0.00213048;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189357;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:2:0:47:50:1:27:20:2:0:27:23:0:0 chr1 197030201 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.725;QD=46.848;RBI=0.0215229;REFB=0;REVB=0.0196693;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168909;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr1 197031021 . C T 902.61 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.377;QD=58.2327;RBI=0.0204298;REFB=0;REVB=-0.0041102;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52666e-05;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr1 197070776 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.762;QD=43.4848;RBI=0.00237682;REFB=0;REVB=-0.000705915;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.31509e-05;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 197070815 . T C 214.32 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7709;QD=45.1206;RBI=0.039793;REFB=-0.144737;REVB=0.031978;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545402;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00432605;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:13:5:0:0:13:5:1:0 chr1 197070901 . A G 239.22 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.611;QD=50.3621;RBI=0.0168877;REFB=0;REVB=-0.00161302;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518307;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr1 197091537 . A T 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.909;QD=56.7049;RBI=0.0247749;REFB=0;REVB=0.0104363;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257621;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr1 197112533 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.265;QD=51.9159;RBI=0.0882657;REFB=0;REVB=0.0123392;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532057;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr1 197112801 . G T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0350357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.143;QD=19.1087;RBI=0.0386836;REFB=-0.0079213;REVB=0.0163988;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436534;STB=0.753262;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00592633;OID=.;OPOS=197112801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:1:5:2:7:1:5 chr1 197127491 . A C 724.09 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0351359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.769;QD=54.6486;RBI=0.0362807;REFB=-0.0175497;REVB=0.00904212;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00109362;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chr1 197128726 . G A 752.9 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0978969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.503;QD=61.4611;RBI=0.0983062;REFB=1.96888e-05;REVB=0.0089613;RO=1;SAF=14;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324133;STB=0.517234;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00145883;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:34:14:1:0:34:14:1:0 chr1 197390368 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.236;QD=57.0001;RBI=0.0214113;REFB=0;REVB=-0.00828208;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8141e-05;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 197446702 . G T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0330994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1185;QD=14.4903;RBI=0.040637;REFB=0.0223303;REVB=0.0235752;RO=30;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237857;STB=0.638243;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0484692;OID=.;OPOS=197446702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:13:6:16:14:13:6:16:14 chr1 197480927 . C T 249.86 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0853718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5426;QD=16.657;RBI=0.0878311;REFB=0.00268426;REVB=0.0206388;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592334;STB=0.53331;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.000776345;OID=.;OPOS=197480927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:14:14:18:14:14:14:18:14 chr1 197704717 . C T 245.12 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0108643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.026;QD=15.5631;RBI=0.0618464;REFB=-0.0169939;REVB=-0.0608847;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253269;STB=0.516117;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.022064;OID=.;OPOS=197704717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:33:35:28:28:0.444444:16:12:15:18:16:12:16:19 chr1 197742171 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0071;QD=49.5964;RBI=0.031589;REFB=0;REVB=-0.026154;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000757643;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 197874949 . T C 555.3 PASS AF=0.95;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.608;QD=55.5301;RBI=0.0266211;REFB=-0.0443491;REVB=-0.00363651;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.527763;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00416566;OID=.;OPOS=197874949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:2:2:37:38:0.95:21:16:2:0:21:17:2:0 chr1 198505830 . C T 85.55 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0205583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5637;QD=11.8004;RBI=0.0622218;REFB=-0.00543437;REVB=-0.0587274;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172666;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0304301;OID=.;OPOS=198505830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:8:9:4:7:8:10 chr1 198671653 . A G 446.31 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9747;QD=57.588;RBI=0.144442;REFB=0;REVB=0.0179039;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236348;OID=.;OPOS=198671653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 198703306 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.998;QD=49.5992;RBI=0.031276;REFB=0;REVB=-0.0196786;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85849e-05;OID=.;OPOS=198703306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr1 198704294 . C T 2158.14 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742539;FXX=0.0285694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.136;QD=63.4747;RBI=0.0106789;REFB=0;REVB=-0.0076748;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222683;OID=.;OPOS=198704294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:136:0:0:136:136:1:79:57:0:0:79:57:0:0 chr1 199977636 . C A 761.0 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.473;QD=56.3701;RBI=0.0452583;REFB=0;REVB=0.0262149;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19896e-05;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:28:24:0:0:28:26:0:0 chr1 199977724 . G T 464.99 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4228;QD=58.1241;RBI=0.0342608;REFB=0;REVB=0.00576995;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506616;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 200143281 . C T 192.26 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00167386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.856;QD=17.0897;RBI=0.0485044;REFB=0.0113364;REVB=0.0484755;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323407;STB=0.652027;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00693021;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:19:20:0.444444:7:12:7:17:8:12:8:17 chr1 200182834 . A G 941.05 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1847;QD=57.9109;RBI=0.0771598;REFB=0;REVB=0.032402;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733114;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:21:41:0:0:21:44:0:0 chr1 200183398 . C A 769.35 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213842;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.704;QD=64.1121;RBI=0.0216539;REFB=0;REVB=-0.00340694;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000653025;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:33:14:0:0:34:14:0:0 chr1 200311868 . C G 698.44 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329698;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7626;QD=60.7342;RBI=0.033428;REFB=0.002082;REVB=0.00551561;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000153298;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:43:45:0.978261:23:20:0:1:24:21:0:1 chr1 200534248 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0409419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1179;QD=6.8131;RBI=0.0441665;REFB=-0.00487699;REVB=-0.0165662;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008787;STB=0.505602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166221;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:11:8:3:4:11:8 chr1 200558363 . T C 267.17 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0182489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.03;QD=30.5339;RBI=0.0208428;REFB=-0.0213125;REVB=-0.0100697;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28735;STB=0.645019;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.019975;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:35:35:10:10:18:19:0.542857:10:8:9:1:10:9:9:1 chr1 200618238 . T C 650.74 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.202;QD=61.9756;RBI=0.0651528;REFB=0;REVB=0.0318003;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209193;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr1 200776641 . C T 260.58 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.000845943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.355;QD=18.9513;RBI=0.0117079;REFB=-0.0161516;REVB=-0.0116773;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15085;STB=0.584553;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0193543;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:13:14:19:9:13:14 chr1 200823935 . GTTTTTTC GTTTTTC,GTTTTTCT 194.27 PASS AF=0.828571,0.171429;AO=7,7;DP=36;FAO=29,6;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10,6;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.516607,0.0568151;FXX=0.0277701;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.6436,125.841;QD=22.2027;RBI=0.842933,0.0864066;REFB=-0.00907393,0.0138826;REVB=0.666073,0.065101;RO=14;SAF=1,7;SAR=6,0;SRF=3;SRR=11;SSEN=0.350877,0;SSEP=0.428571,0;SSSB=-0.134335,0.810791;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0513926,-0.0263296;OID=.,.;OPOS=200823936,200823941;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=GTTTTTC,GTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.828571,0.171429:7,7:36:29,6:35:0:10,6:19,0:0:0:19:14:1,7:6,0:3:11 chr1 200880978 . C T 74.92 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1625;QD=37.4592;RBI=0.134899;REFB=0;REVB=0.0973772;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142049;OID=.;OPOS=200880978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 200881172 . C A 70.26 PASS AF=0.9;AO=5;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.223963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7063;QD=28.1051;RBI=0.224683;REFB=0.0456017;REVB=-0.0179714;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00799792;OID=.;OPOS=200881172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:5:9:0.9:4:1:0:0:4:5:0:1 chr1 200941755 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.273;QD=44.6891;RBI=0.0793503;REFB=0;REVB=0.0787371;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118924;OID=.;OPOS=200941755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr1 200941934 . T C 1048.87 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184651;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2651;QD=59.9355;RBI=0.0358464;REFB=0;REVB=0.0307247;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000755992;OID=.;OPOS=200941934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr1 201060865 . G A 212.23 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0387251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7305;QD=14.3886;RBI=0.0387861;REFB=-0.00733372;REVB=0.002173;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371289;STB=0.72747;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.012999;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:34:25:25:0.423729:19:6:19:13:19:6:21:13 chr1 201112981 . A G 85.73 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00840448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5445;QD=11.8248;RBI=0.0242795;REFB=-0.0230233;REVB=0.0227785;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0508134;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:9:9:6:5:9:9 chr1 201122947 . T G 708.13 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6422;QD=62.9451;RBI=0.038402;REFB=0;REVB=0.00319681;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388071;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 201166383 . G A 851.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8019;QD=57.7022;RBI=0.0209654;REFB=0;REVB=0.00991761;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90493e-05;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr1 201166435 . T C 750.87 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624733;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.395;QD=63.9037;RBI=0.00638572;REFB=0;REVB=0.00132222;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41506e-05;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr1 201168803 . G T 72.36 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0268969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3882;QD=9.04509;RBI=0.0395788;REFB=-0.0137192;REVB=0.0290351;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186273;STB=0.614625;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0299374;OID=.;OPOS=201168803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:22:22:10:10:0.3125:3:7:12:10:3:7:12:10 chr1 201175227 . C A 253.27 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0160168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8064;QD=21.5551;RBI=0.0972778;REFB=0.0262587;REVB=0.0959502;RO=23;SAF=21;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269634;STB=0.654054;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0227331;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:3:21:16:7:3:21:16:7 chr1 201175274 . A G 312.98 PASS AF=0.413793;AO=31;DP=81;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0223159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.438;QD=14.39;RBI=0.0288181;REFB=-0.029024;REVB=0.0182341;RO=50;SAF=19;SAR=12;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102068;STB=0.575717;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0395073;OID=.;OPOS=201175274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:87:50:51:31:36:0.413793:12:19:35:15:15:21:36:15 chr1 201175715 . G T 124.06 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00252305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.254;QD=7.51874;RBI=0.00426378;REFB=-0.0120039;REVB=-0.00343716;RO=48;SAF=6;SAR=12;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10716;STB=0.565143;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0332426;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:12:6:20:28:12:6:20:28 chr1 201176018 . A G 139.42 PASS AF=0.535714;AO=16;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00815864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.898;QD=19.9177;RBI=0.0291538;REFB=-0.0154258;REVB=-0.0279889;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36283;STB=0.666481;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0376638;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:16:15:0.535714:7:9:12:0:6:9:12:1 chr1 201176108 . G A 291.15 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00315744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.836;QD=26.4683;RBI=0.0218795;REFB=-0.0339558;REVB=0.0216505;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138919;STB=0.576864;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0126002;OID=.;OPOS=201176108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:11:7:15:11:11:7 chr1 201176968 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00181544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.357;QD=7.32801;RBI=0.0423032;REFB=-0.00616623;REVB=-0.0422643;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0252238;OID=.;OPOS=201176968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:11:10:3:5:11:10 chr1 201177246 . T C 141.28 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00120351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5161;QD=13.4553;RBI=0.0318804;REFB=-0.00960487;REVB=-0.0318577;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208797;STB=0.622483;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00912065;OID=.;OPOS=201177246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:13:13:5:11:13:13 chr1 201177278 . C T 211.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0271963;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.199;QD=14.1203;RBI=0.0272322;REFB=-0.0124652;REVB=0.00139766;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186276;STB=0.60257;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0126196;OID=.;OPOS=201177278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:35:25:25:0.416667:12:13:11:22:12:13:12:23 chr1 201177538 . G T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00793397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.337;QD=15.5715;RBI=0.0129745;REFB=-0.0158108;REVB=0.010266;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260718;STB=0.515124;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00966574;OID=.;OPOS=201177538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:9:3:3:8:9:3 chr1 201181217 . A G 120.82 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00577873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.073;QD=14.6447;RBI=0.030485;REFB=-0.00984477;REVB=0.0299323;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221272;STB=0.628635;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00985688;OID=.;OPOS=201181217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:5:9:8:11:5:9:8:11 chr1 201181223 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.202;QD=57.6798;RBI=0.0228133;REFB=0;REVB=0.00988789;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108353;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 201181916 . AGGGG AGGG,AGGGT 87.91 PASS AF=0.419355,0.0322581;AO=11,2;DP=31;FAO=13,1;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=12,0;FSAR=1,1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0587209,-0.000590409;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.4251,24.5072;QD=11.3432;RBI=0.062839,0.0437254;REFB=0.0442051,0.0703665;REVB=-0.022374,0.0437214;RO=16;SAF=11,1;SAR=0,1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.779384,-0.127296;STB=0.784474,0.992314;STBP=0.047,0.22;TYPE=del,snp;VARB=-0.0425404,-0.0210012;OID=.,.;OPOS=201181917,201181920;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=AGGG,AGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355,0.0322581:11,2:31:13,1:31:17:12,0:1,1:11:6:77:16:11,1:0,1:10:6 chr1 201183363 . C T 256.31 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.011098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.589;QD=13.4901;RBI=0.0262832;REFB=-0.00541509;REVB=-0.0238252;RO=46;SAF=20;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228178;STB=0.630542;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0069576;OID=.;OPOS=201183363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:10:20:21:25:10:20:21:25 chr1 201183402 . T C 290.61 PASS AF=0.377778;AO=32;DP=93;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00437241;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.348;QD=12.9161;RBI=0.00555647;REFB=-0.00703418;REVB=0.00342876;RO=55;SAF=13;SAR=19;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172886;STB=0.558789;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00929105;OID=.;OPOS=201183402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:55:56:32:34:0.377778:19:13:31:24:19:15:30:26 chr1 201184275 . C T 218.02 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.012012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.805;QD=15.5727;RBI=0.0218429;REFB=0.00751025;REVB=0.0182435;RO=30;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2917;STB=0.65617;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00880565;OID=.;OPOS=201184275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:16:9:20:10:16:9:20:11 chr1 201187764 . T C 759.95 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.004;QD=56.2924;RBI=0.0350725;REFB=0;REVB=-0.000247655;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003103;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr1 201190732 . G A 582.28 PASS AF=0.585859;AO=48;DP=96;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0249847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0535;QD=23.5265;RBI=0.0295276;REFB=-0.0453197;REVB=-0.0157367;RO=29;SAF=22;SAR=26;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10417;STB=0.57655;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.041695;OID=.;OPOS=201190732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:29:41:48:58:0.585859:26:22:9:20:26:32:15:26 chr1 201195119 . C T 430.66 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0262149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.343;QD=17.056;RBI=0.028197;REFB=-0.016609;REVB=0.0103851;RO=54;SAF=26;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0022939;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0165404;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:21:26:30:24:21:26:30:24 chr1 201252866 . C T 234.71 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0117038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.606;QD=18.7772;RBI=0.0284521;REFB=-0.0232257;REVB=0.0259334;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631228;STB=0.535684;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0334604;OID=.;OPOS=201252866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:10:13:17:10:10:13:17:10 chr1 201285759 . A G 1126.84 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0162148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.643;QD=57.7864;RBI=0.0265692;REFB=0.0670466;REVB=0.0210477;RO=2;SAF=37;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248901;STB=0.513154;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.000303021;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:39:37:2:0:39:37:2:0 chr1 201289422 . C T 470.07 PASS AF=0.40458;AO=52;DP=130;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0260482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.854;QD=14.3532;RBI=0.0637553;REFB=-0.00441359;REVB=-0.0581913;RO=77;SAF=26;SAR=26;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481036;STB=0.528487;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00620117;OID=.;OPOS=201289422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:77:78:52:53:0.40458:26:26:35:42:26:27:36:42 chr1 201299263 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.708;QD=57.3851;RBI=0.00822733;REFB=0;REVB=-0.000147272;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01797e-05;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr1 201331554 . T G 94.72 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0365701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0704;QD=10.8247;RBI=0.0747509;REFB=-0.00401409;REVB=-0.0651946;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131088;STB=0.577766;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000867801;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:7:16:7:5:7:16 chr1 201334382 . G A 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0297939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5906;QD=15.6497;RBI=0.0362057;REFB=0.00681508;REVB=-0.0205713;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482681;STB=0.513497;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.0100019;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:11:9:8:8:11:10 chr1 201341175 . CAGAAG C 250.72 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.015464;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=5;MLLD=225.586;QD=16.1752;RBI=0.0232764;REFB=-0.019078;REVB=0.017397;RO=31;SAF=26;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543226;STB=0.841412;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0281154;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:28:64:28:62:34:26:2:18:16:99:31:26:2:18:13 chr1 201351421 . T A 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0705663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.641;QD=21.3509;RBI=0.0707519;REFB=-0.0134753;REVB=-0.00512116;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125599;STB=0.571317;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00430541;OID=.;OPOS=201351421;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:4:5:5:8:4:5 chr1 201355522 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00137909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.579;QD=59.8394;RBI=0.0182989;REFB=0;REVB=0.0182468;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81618e-05;OID=.;OPOS=201355522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:6:30:0:0:6:30:0:0 chr1 201355761 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0142489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.378;QD=14.1699;RBI=0.0142972;REFB=-0.00956664;REVB=0.00117399;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398755;STB=0.726911;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0104797;OID=.;OPOS=201355761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:1:11:5:5:1:11 chr1 201355943 . C T 910.86 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.444;QD=56.9286;RBI=0.0519725;REFB=-0.0438526;REVB=0.0325083;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175725;OID=.;OPOS=201355943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:0:0:63:64:1:18:45:0:0:19:45:0:0 chr1 201356001 . CCCA C 120.46 PASS AF=0.425532;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0259524;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=214.518;QD=10.2515;RBI=0.0323707;REFB=-0.0275798;REVB=-0.0193478;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317854;STB=0.535433;STBP=0.706;TYPE=del;VARB=0.0385243;OID=.;OPOS=201356002;OREF=CCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:18:47:20:47:27:7:13:11:16:99:23:5:13:7:16 chr1 201358304 . C A 250.41 PASS AF=0.5;AO=21;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0279739;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0363;QD=20.8671;RBI=0.0367254;REFB=-0.0149743;REVB=-0.0237952;RO=9;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0242325;OID=.;OPOS=201358304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:9:24:21:24:0.5:7:14:8:1:8:16:16:8 chr1 201360281 . A G 55.32 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0553002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2254;QD=13.8292;RBI=0.0639541;REFB=-0.0419364;REVB=-0.032125;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.642474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0537876;OID=.;OPOS=201360281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:15:16:8:8:7:8:0.5:2:5:4:4:2:6:4:4 chr1 201383643 . A C 119.07 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0155106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.16;QD=13.6082;RBI=0.015608;REFB=-0.00222463;REVB=-0.00174077;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122488;STB=0.571329;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00464323;OID=.;OPOS=201383643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:8:13:7:7:8:13 chr1 201777568 . C G 187.39 PASS AF=0.413043;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00538838;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=82.5846;QD=16.2945;RBI=0.0547989;REFB=-0.0109452;REVB=-0.0545333;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205145;STB=0.622515;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0396605;OID=.;OPOS=201777568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:25:17:19:0.413043:10:7:11:6:11:8:16:9 chr1 201791200 . G A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00789293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.044;QD=19.6972;RBI=0.0193698;REFB=-0.0107427;REVB=-0.0176887;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146473;STB=0.582703;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00843684;OID=.;OPOS=201791200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:13:9:12:9:13:9 chr1 201860626 . A G 357.94 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.651;QD=55.0682;RBI=0.101508;REFB=0;REVB=0.0146384;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910107;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:21:4:0:0:21:5:0:0 chr1 201865763 . A G 389.87 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.943;QD=55.6952;RBI=0.200991;REFB=0;REVB=0.114381;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062229;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 201938994 . TC T,TT 736.82 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=8,44;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545488,0.069712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.921,256.574;QD=56.6783;RBI=0.0551717,0.0703022;REFB=0,0;REVB=0.00826696,0.00909078;RO=0;SAF=7,20;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,-5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0758368,-0.000789823;OID=.,.;OPOS=201938995,201938995;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:8,44:52:1,51:52:0:0,27:1,24:0:0:4:0:7,20:1,24:0:0 chr1 201952574 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0195474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.69;QD=16.8248;RBI=0.0328958;REFB=-0.000830018;REVB=-0.0264581;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339003;STB=0.693154;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00105877;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:19:9:14:7:19:9 chr1 201952598 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0165711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.529;QD=14.0543;RBI=0.0182661;REFB=-0.00877106;REVB=0.00768434;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313875;STB=0.684682;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0161441;OID=.;OPOS=201952598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:16:9:23:11:16:9:24:11 chr1 201970562 . T C 1529.53 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138574;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.424;QD=57.718;RBI=0.0213555;REFB=-0.0467635;REVB=-0.0162491;RO=2;SAF=53;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175668;STB=0.509089;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000103542;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:106:2:2:103:104:0.981132:50:53:2:0:50:54:2:0 chr1 201973565 . G A 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0349364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.466;QD=56.8269;RBI=0.0352101;REFB=0.155745;REVB=0.00438224;RO=1;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145314;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000604222;OID=.;OPOS=201973565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:32:32:0:1:32:32:0:1 chr1 201981862 . T C 619.96 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.907;QD=60.4835;RBI=0.0639593;REFB=0;REVB=0.0131623;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102284;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:17:21:0:0:18:23:0:0 chr1 202092360 . G A 265.27 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00784129;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.268;QD=48.2301;RBI=0.0261617;REFB=-0.0187927;REVB=-0.0249589;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00544377;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:22:0:1:21:21:0.954545:11:10:0:0:11:10:1:0 chr1 202092415 . A G 556.95 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.169;QD=60.2112;RBI=0.020287;REFB=0;REVB=0.00715573;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18888e-05;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:14:22:0:0:14:23:0:0 chr1 202092580 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.895;QD=56.1914;RBI=0.0552999;REFB=0;REVB=0.052694;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197762;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 202129821 . C T 562.97 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00203024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.516;QD=19.5815;RBI=0.0111094;REFB=-0.0550864;REVB=-0.0109223;RO=57;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551471;STB=0.530424;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0351285;OID=.;OPOS=202129821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:57:58:58:0.504348:29:29:25:32:29:29:25:32 chr1 202129826 . T C 559.71 PASS AF=0.46875;AO=58;DP=127;FAO=60;FDP=128;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0063236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.368;QD=17.4908;RBI=0.0198186;REFB=-0.0307521;REVB=-0.0187827;RO=68;SAF=31;SAR=27;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335163;STB=0.517739;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0340432;OID=.;OPOS=202129826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:68:68:58:60:0.46875:27:31:34:34:28:32:34:34 chr1 202155542 . CA C,CC 1236.3 PASS AF=0.0123457,0.987654;AO=13,70;DP=83;FAO=1,80;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=1,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830934,0.0797568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=239.547,261.887;QD=61.0521;RBI=0.0961801,0.0944867;REFB=0,0;REVB=0.0484367,0.0506614;RO=0;SAF=9,26;SAR=4,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00123093,0.000243925;OID=.,.;OPOS=202155543,202155543;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0123457,0.987654:13,70:83:1,80:81:0:0,35:1,45:0:0:3:0:9,26:4,44:0:0 chr1 202156628 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.917;QD=56.9568;RBI=0.0264445;REFB=0;REVB=0.0036685;RO=0;SAF=10;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04467e-05;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:42:10:0:0:42:10:0:0 chr1 202200799 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0927959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.194;QD=49.5992;RBI=0.0932329;REFB=0;REVB=-0.0090158;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473159;OID=.;OPOS=202200799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr1 202276494 . C T 1146.13 PASS AF=0.898876;AO=80;DP=89;FAO=80;FDP=89;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0252511;FXX=0.0111099;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.762;QD=51.5116;RBI=0.0537116;REFB=-0.163821;REVB=0.0474059;RO=7;SAF=39;SAR=41;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895765;STB=0.504357;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00210466;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:7:9:80:80:0.898876:41:39:3:4:41:39:4:5 chr1 202287206 . T C 860.78 PASS AF=1;AO=50;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.469;QD=57.3852;RBI=0.0328064;REFB=0;REVB=0.0308857;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000620231;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:50:60:1:25:25:0:0:30:30:0:0 chr1 202287537 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.922;QD=51.1846;RBI=0.0346104;REFB=0;REVB=0.0291276;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400402;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 202287813 . T C 160.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.939;QD=45.7761;RBI=0.046968;REFB=0;REVB=0.0461206;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479616;OID=.;OPOS=202287813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 202287955 . C T 43.77 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0238311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.743;QD=7.61276;RBI=0.0316983;REFB=-0.0209484;REVB=0.0209012;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513116;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0384281;OID=.;OPOS=202287955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:23:16:16:6:7:0.304348:4:2:6:10:4:3:6:10 chr1 202531741 . C T 1122.11 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=72;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00866882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.827;QD=59.0583;RBI=0.027214;REFB=-0.0275066;REVB=0.0257964;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000123641;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:76:1:1:71:75:0.986842:34:37:0:1:38:37:0:1 chr1 202574784 . G A 868.05 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00604416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.066;QD=57.8702;RBI=0.0405668;REFB=0;REVB=0.040114;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33797e-05;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 202705455 . G C 772.58 PASS AF=0.95;AO=54;DP=57;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00177845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9728;QD=51.5056;RBI=0.116688;REFB=-0.0831551;REVB=0.116675;RO=3;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202528;STB=0.508769;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00602608;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:57:60:3:3:54:57:0.95:25:29:1:2:28:29:1:2 chr1 202711536 . G A 50.59 PASS AF=0.2;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0342185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2216;QD=5.0589;RBI=0.0539003;REFB=-0.0033395;REVB=-0.0416453;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150958;STB=0.60101;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.011306;OID=.;OPOS=202711536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:40:28:32:8:8:0.2:3:5:14:14:3:5:16:16 chr1 202715284 . G A 310.33 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123178;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.672;QD=53.9704;RBI=0.0305518;REFB=0;REVB=-0.0279586;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000359307;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 202718202 . G A 632.7 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462361;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8949;QD=61.7265;RBI=0.0515595;REFB=0;REVB=-0.0228168;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000885732;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr1 202733238 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.009;QD=51.915;RBI=0.0161479;REFB=0;REVB=-0.0100887;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167513;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr1 202861342 . A G 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0353591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.796;QD=17.2468;RBI=0.0354268;REFB=-0.0125778;REVB=-0.00218868;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522327;STB=0.502979;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0143632;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:10:11:14:13:10:11:14:13 chr1 202884063 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0225405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.257;QD=17.321;RBI=0.0246482;REFB=-0.0303125;REVB=0.00997277;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136325;STB=0.507803;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.02703;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:11:7:6:10:11:7 chr1 202888947 . T C 198.37 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00589017;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.663;QD=24.7956;RBI=0.0112055;REFB=-0.0229773;REVB=-0.00953249;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470885;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0182374;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:6:7:9:10:6:7 chr1 202932154 . G A 311.66 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00691726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.58;QD=15.7803;RBI=0.0143933;REFB=-0.0156181;REVB=0.0126222;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.522192;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0190971;OID=.;OPOS=202932154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:13:21:26:18:13:22:26:18 chr1 202932219 . C A 431.47 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=10;FWDB=-0.00503358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2827;QD=17.7924;RBI=0.00503844;REFB=-0.00429164;REVB=0.000221316;RO=53;SAF=29;SAR=15;SRF=43;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177611;STB=0.598297;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00520288;OID=.;OPOS=202932219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:15:29:43:10:15:29:43:10 chr1 202935911 . T C 194.12 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0385725;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.176;QD=16.1767;RBI=0.0398601;REFB=-0.0116671;REVB=-0.0100494;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209583;STB=0.610998;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0167092;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:13:7:15:12:13:7:15:13 chr1 202977809 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0.0337875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.223;QD=12.7823;RBI=0.0351343;REFB=-0.019954;REVB=0.00963446;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377183;STB=0.718482;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0353918;OID=.;OPOS=202977809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:9:1:0:13:9:1:0:14 chr1 203003870 . G A 346.0 PASS AF=0.9;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0107728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3016;QD=46.1338;RBI=0.0314554;REFB=-0.166034;REVB=0.0295532;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662357;STB=0.548352;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00619308;OID=.;OPOS=203003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:30:2:3:26:27:0.9:13:13:0:2:14:13:0:3 chr1 203008174 . G C 704.16 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.251;QD=62.5917;RBI=0.0324199;REFB=0;REVB=0.0321373;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117373;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:38:45:1:9:29:0:0:16:29:0:0 chr1 203008286 . C G 662.49 PASS AF=0.925926;AO=50;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.12728;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.28;QD=49.0732;RBI=0.130738;REFB=-0.0642826;REVB=0.0298689;RO=3;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293564;STB=0.526707;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00416432;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:54:3:4:50:50:0.925926:20:30:1:2:20:30:1:3 chr1 203053768 . T C 385.36 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00496022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.926;QD=17.9235;RBI=0.00577861;REFB=-0.0169109;REVB=0.00296456;RO=43;SAF=29;SAR=11;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571213;STB=0.559969;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0138521;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:46:40:40:0.465116:11:29:29:14:11:29:29:17 chr1 203054985 . G A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00497625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.377;QD=16.4805;RBI=0.0484568;REFB=-0.0481565;REVB=0.0482006;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524828;STB=0.529995;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0480283;OID=.;OPOS=203054985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:8:17:12:7:8:17 chr1 203098275 . T G 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0293662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.461;QD=16.5358;RBI=0.0489923;REFB=-0.0166183;REVB=0.0392156;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.512182;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0184558;OID=.;OPOS=203098275;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:11:12:9:9:11:12 chr1 203135840 . CTT CT,CTG 1412.74 PASS AF=0.978947,0.0210526;AO=88,5;DP=95;FAO=93,2;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=62,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755794,0.0133362;FXX=0.0104156;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.4238,6.25776;QD=59.4838;RBI=0.100688,0.0150955;REFB=0,0;REVB=0.0665267,-0.00707251;RO=1;SAF=28,3;SAR=60,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0166212,-0.121807;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.3602e-05,0.0361145;OID=.,.;OPOS=203135841,203135842;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978947,0.0210526:88,5:95:93,2:95:0:31,1:62,1:0:0:4:1:28,3:60,2:1:0 chr1 203137784 . A ACT 834.13 PASS AF=0.863014;AO=63;DP=73;FAO=63;FDP=73;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0157205;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.734;QD=45.7056;RBI=0.0379692;REFB=-0.0510172;REVB=0.0345619;RO=10;SAF=44;SAR=19;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296373;STB=0.515795;STBP=0.523;TYPE=ins;VARB=0.00563222;OID=.;OPOS=203137785;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863014:63:73:63:73:10:44:19:6:4:49:10:44:19:6:4 chr1 203144489 . G A 201.89 PASS AF=0.372549;AO=15;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.030474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.3005;QD=15.8346;RBI=0.0462539;REFB=-0.0231463;REVB=0.0347959;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791205;STB=0.53913;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.060586;OID=.;OPOS=203144489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:27:15:19:0.372549:8:7:9:14:10:9:11:16 chr1 203144838 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0277667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9556;QD=14.6523;RBI=0.0628228;REFB=-0.00220261;REVB=0.0563535;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00486987;OID=.;OPOS=203144838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:1:4:3:3:1:4 chr1 203148633 . A G 163.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00609757;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.057;QD=46.6986;RBI=0.00631383;REFB=0;REVB=0.00163831;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044567;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 203152801 . T C 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00357022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.024;QD=13.9482;RBI=0.0194443;REFB=-0.00856931;REVB=0.0191138;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306575;STB=0.529377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0110598;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:9:8:13:13:9:8:14:13 chr1 203155703 . A T 61.05 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0825737;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9842;QD=13.5667;RBI=0.084536;REFB=-0.0357426;REVB=0.0181085;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119124;STB=0.571247;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.078211;OID=.;OPOS=203155703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:19:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:5:5:5:3:5:5 chr1 203309880 . G A 221.8 PASS AF=0.321839;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0020123;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.002;QD=10.1978;RBI=0.0169398;REFB=-0.0120312;REVB=0.0168198;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193856;STB=0.565742;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0236299;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:59:28:28:0.321839:16:12:17:21:16:12:31:28 chr1 203309966 . G C 1014.65 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3321;QD=58.8204;RBI=0.0565993;REFB=0;REVB=-0.0153574;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237859;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:27:41:0:0:28:41:0:0 chr1 203317162 . C T 262.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.764;QD=50.0748;RBI=0.0399299;REFB=0;REVB=0.0315655;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120534;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:8:13:0:0 chr1 203652444 . A G 471.07 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.532;QD=55.4196;RBI=0.0298845;REFB=0.033244;REVB=-0.0193423;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00393318;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:0:1:17:16:0:1 chr1 203667409 . T C 976.32 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2439;QD=57.4305;RBI=0.0352133;REFB=-0.0931139;REVB=-0.012716;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00262956;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:66:67:0.985294:35:31:0:1:35:32:0:1 chr1 203681085 . T C 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00456487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.806;QD=13.6994;RBI=0.00704211;REFB=-0.0180936;REVB=0.00536221;RO=30;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439324;STB=0.754193;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0199835;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:5:13:9:21:5:13:9:21 chr1 203766964 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.054331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.652;QD=47.8144;RBI=0.0913854;REFB=0.0414612;REVB=0.0734808;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517225;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00245158;OID=.;OPOS=203766964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:14:7:0:0:14:7:0:1 chr1 203787700 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.748;QD=58.1398;RBI=0.0375973;REFB=0;REVB=0.00126361;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115285;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr1 204110334 . A G 538.37 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3259;QD=59.8185;RBI=0.119606;REFB=0;REVB=0.101892;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208368;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr1 204159611 . CT C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0344635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.641;QD=18.767;RBI=0.0472179;REFB=-0.0600498;REVB=0.0322769;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=del;VARB=0.0366655;OID=.;OPOS=204159612;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:9:6:9:3:2:4:2:1:15:3:2:4:2:1 chr1 204230581 . G A 1146.01 PASS AF=0.929412;AO=78;DP=84;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0414054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.243;QD=53.9299;RBI=0.045854;REFB=-0.113564;REVB=0.0197024;RO=5;SAF=35;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560648;STB=0.50315;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00184945;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:84:85:5:6:78:79:0.929412:43:35:2:3:43:36:3:3 chr1 204237416 . C T 1339.69 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00199607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.663;QD=62.3111;RBI=0.0233624;REFB=0;REVB=0.023277;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06008e-05;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:50:35:0:0:51:35:0:0 chr1 204242838 . A C 743.97 PASS AF=1;AO=37;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.716;QD=63.3163;RBI=0.0706424;REFB=0;REVB=0.0656613;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460797;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:37:47:1:9:28:0:0:18:29:0:0 chr1 204379617 . T C 875.73 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.909;QD=56.4989;RBI=0.0210606;REFB=-0.107059;REVB=-0.00731265;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160142;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:34:27:0:1:35:27:0:0 chr1 204418364 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0183546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.527;QD=14.8514;RBI=0.0197096;REFB=-0.0101535;REVB=0.00718177;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289935;STB=0.516761;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0119856;OID=.;OPOS=204418364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:11:8:13:16:11:8:13:16 chr1 204428998 . G C 62.89 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0177962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.496;QD=9.67507;RBI=0.0544657;REFB=-0.026563;REVB=0.0514763;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377676;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0320488;OID=.;OPOS=204428998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:25:26:17:17:8:9:0.346154:2:6:7:10:3:6:7:10 chr1 204438334 . C T 52.08 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0176814;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.918;QD=16.0231;RBI=0.0177867;REFB=-0.00988244;REVB=-0.00193307;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00573394;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:2:4:5:2:2:4 chr1 204438643 . G T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0394272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.521;QD=19.6458;RBI=0.0453217;REFB=-0.00849231;REVB=0.0223507;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00651615;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:4:4:7:4:4:4 chr1 204475654 . C T 216.8 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0161961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0166;QD=15.4856;RBI=0.0167127;REFB=-0.0115942;REVB=0.0041232;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20662;STB=0.616928;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.018151;OID=.;OPOS=204475654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:19:12:15:10:19:12 chr1 204531567 . C T 166.6 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0285075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.215;QD=31.7341;RBI=0.0425662;REFB=-0.00305322;REVB=0.0316103;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238547;STB=0.63142;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000780043;OID=.;OPOS=204531567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:0:5:7:9:0:5 chr1 204531623 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0355302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.618;QD=19.1792;RBI=0.0368339;REFB=-0.0231636;REVB=0.00971304;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181889;STB=0.602692;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0213469;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:2:9:8:5:2:9 chr1 204587240 . G A 235.4 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0107578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.982;QD=13.2619;RBI=0.0111403;REFB=-0.00610607;REVB=0.00289425;RO=43;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301198;STB=0.672273;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00672303;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:9:19:17:26:9:19:17:26 chr1 204589150 . C T 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.015112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7624;QD=31.0668;RBI=0.0329579;REFB=0.00284334;REVB=-0.0292891;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922543;STB=0.550961;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00160733;OID=.;OPOS=204589150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:9:8:4:2:9:8:4:2 chr1 204590044 . G A 844.4 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383033;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.76;QD=58.2348;RBI=0.0578321;REFB=0;REVB=0.0433291;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360205;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:35:21:0:0:37:21:0:0 chr1 204591237 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.099;QD=55.6561;RBI=0.0490438;REFB=0;REVB=0.0384484;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023334;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr1 204966690 . G A,C 694.08 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00217074,-0.0271945;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=109.488,14.0271;QD=61.6958;RBI=0.00624189,0.0564254;REFB=0,0;REVB=0.00585227,-0.0494397;RO=0;SAF=23,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00092812,0.151807;OID=.,.;OPOS=204966690,204966690;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:20,0:23,2:0:0:20,0:23,2:0:0 chr1 204978533 . A G 124.51 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0124419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.784;QD=14.2293;RBI=0.0156913;REFB=-0.00982511;REVB=0.00956122;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298023;STB=0.699656;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0216001;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:20:13:15:0.428571:12:1:4:16:14:1:4:16 chr1 204991372 . T A 48.83 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0429234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8162;QD=8.49214;RBI=0.0653419;REFB=-0.0267834;REVB=0.049266;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.521685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0522917;OID=.;OPOS=204991372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:23:23:16:15:7:8:0.347826:4:3:9:7:4:4:8:7 chr1 205027737 . G A 1573.54 PASS AF=0.990741;AO=101;DP=102;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0419275;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.738;QD=58.2791;RBI=0.0442032;REFB=-0.10071;REVB=0.014;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000358624;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:108:0:1:101:107:0.990741:59:42:0:0:62:45:0:1 chr1 205031116 . C T 1856.76 PASS AF=0.96875;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=82;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0424133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4936;QD=58.0238;RBI=0.042513;REFB=-0.0510368;REVB=-0.00290976;RO=3;SAF=82;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017063;STB=0.5031;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00470298;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:128:128:3:4:124:124:0.96875:42:82:3:0:42:82:3:1 chr1 205041158 . C T 2789.09 PASS AF=1;AO=174;DP=175;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=100;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378851;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.39;QD=60.6323;RBI=0.0522885;REFB=0;REVB=0.0360389;RO=0;SAF=90;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156891;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:184:0:0:174:184:1:84:90:0:0:84:100:0:0 chr1 205052939 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000753631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.191;QD=47.8224;RBI=0.0169184;REFB=0;REVB=0.0169016;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58351e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 205053219 . C T 742.93 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.369;QD=53.0667;RBI=0.0327141;REFB=-0.0716757;REVB=0.0304768;RO=2;SAF=31;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050898;STB=0.502702;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000916151;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:23:31:1:1:23:31:1:1 chr1 205113595 . AG CA 474.28 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273532;FXX=0.0588062;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.616;QD=59.2852;RBI=0.0468333;REFB=0;REVB=0.0380153;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000469978;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 205130413 . A G 871.57 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00112036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5856;QD=56.2303;RBI=0.0121321;REFB=-0.149971;REVB=0.0120802;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192603;STB=0.510201;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00106127;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:37:24:1:0:37:24:1:0 chr1 205272926 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0107;QD=18.7667;RBI=0.0709437;REFB=-0.00288688;REVB=-0.069679;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00376091;OID=.;OPOS=205272926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr1 205272983 . C G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0434542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.213;QD=21.5456;RBI=0.0457902;REFB=-0.117009;REVB=-0.0144387;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223974;STB=0.624843;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0406467;OID=.;OPOS=205272983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:9:1:5:9:9:1 chr1 205275421 . A G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.456;QD=63.8677;RBI=0.0322461;REFB=0;REVB=0.0276876;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184527;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 205492756 . A G 68.1 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0266868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.691;QD=14.3369;RBI=0.0271613;REFB=-0.036468;REVB=-0.00505456;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040409;STB=0.523757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.027294;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:6:4:4:5:6:4 chr1 205501843 . A G 285.51 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0629065;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8235;QD=23.307;RBI=0.0696284;REFB=-0.00797374;REVB=-0.0298476;RO=22;SAF=6;SAR=20;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589283;STB=0.539142;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00788101;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:23:26:26:0.530612:20:6:4:18:20:6:4:19 chr1 205564196 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.692;QD=48.7373;RBI=0.0146438;REFB=0;REVB=0.0025808;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53097e-05;OID=.;OPOS=205564196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr1 205626995 . C G 64.94 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0583541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0645;QD=10.3907;RBI=0.058363;REFB=-0.00978922;REVB=0.00101983;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318917;STB=0.689278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0130407;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:4:12:4:5:4:12 chr1 205627101 . ACC AC,A 46.25 PASS AF=0.47619,0;AO=12,5;DP=40;FAO=20,0;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=13,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0737341,-0.0385221;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.52068,13.9263;QD=4.40521;RBI=0.0793833,0.0410088;REFB=-0.0737425,-0.0366148;REVB=0.0294107,0.0140628;RO=17;SAF=8,4;SAR=4,1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144712,0.33945;STB=0.533299,0.5;STBP=0.688,1;TYPE=del,del;VARB=0.0202189,0;OID=.,.;OPOS=205627102,205627102;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619,0:12,5:40:20,0:42:22:13,0:7,0:13:9:46:17:8,4:4,1:9:8 chr1 205738110 . C T 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0144447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8459;QD=5.44212;RBI=0.0242893;REFB=0.0161459;REVB=-0.0195274;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153245;STB=0.576673;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0526074;OID=.;OPOS=205738110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:3:3:7:12:3:3:8:12 chr1 205738166 . T C 230.66 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.918;QD=48.5608;RBI=0.0433743;REFB=0;REVB=0.0226954;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000999352;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr1 205779231 . G A 163.77 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0104609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.618;QD=13.3686;RBI=0.0125718;REFB=-0.0153545;REVB=-0.00697266;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249236;STB=0.644292;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0128874;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:21:10:10:8:21:10 chr1 205810947 . C T 902.44 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8977;QD=58.222;RBI=0.0892923;REFB=0;REVB=-0.0570382;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127294;OID=.;OPOS=205810947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:41:21:0:0:41:21:0:0 chr1 205814497 . T C 594.37 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.198;QD=60.9608;RBI=0.0297651;REFB=0;REVB=0.017634;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86506e-05;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr1 205817018 . T C 218.28 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0586539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4716;QD=39.6869;RBI=0.0589644;REFB=0.0823034;REVB=-0.00604297;RO=3;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110114;STB=0.559939;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0101123;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:11:8:0:3:11:8:0:3 chr1 205819039 . C T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00690078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.43;QD=60.852;RBI=0.0347002;REFB=-0.0744961;REVB=0.0340071;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00101603;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:0:1:17:29:0:1 chr1 205819104 . G A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.887;QD=56.9352;RBI=0.0318706;REFB=0;REVB=0.0307009;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52114e-05;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 205890817 . C CG,G 31.49 PASS AF=0.166667,0.0185185;AO=13,2;DP=54;FAO=9,1;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=4,1;FSAR=5,0;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.083638,-0.00628723;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=31.1768,44.8606;QD=2.33276;RBI=0.0933755,0.0568359;REFB=-0.0134735,-0.013953;REVB=-0.0415172,-0.0564871;RO=38;SAF=7,1;SAR=6,1;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.077777,0.0217286;STB=0.527365,0.990397;STBP=0.949,0.292;TYPE=ins,snp;VARB=0.109926,0.166892;OID=.,.;OPOS=205890818,205890817;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:38:44:13,2:9,1:0.166667,0.0185185:6,1:7,1:18:20:5,0:4,1:21:23 chr1 206516261 . C T 66.07 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0422003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4906;QD=12.0122;RBI=0.0683988;REFB=-0.0422379;REVB=0.0538287;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0195222;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:5:7:6:3:5:8 chr1 206566195 . C T 211.51 PASS AF=0.20339;AO=37;DP=178;FAO=36;FDP=177;FR=.;FRO=141;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=79;FWDB=0.00119786;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8881;QD=4.77989;RBI=0.0114498;REFB=0.00146887;REVB=-0.011387;RO=139;SAF=21;SAR=16;SRF=61;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163119;STB=0.591482;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0114059;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:177:139:141:37:36:0.20339:16:21:61:78:16:20:62:79 chr1 206566904 . T C 318.7 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0178836;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.169;QD=18.2114;RBI=0.0387496;REFB=-0.018678;REVB=0.034376;RO=37;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893468;STB=0.547798;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0253971;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:36:33:34:0.485714:13:20:19:18:13:21:19:17 chr1 206579936 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0129084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.008;QD=14.0438;RBI=0.0167212;REFB=0.00593848;REVB=-0.0106288;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118169;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00753678;OID=.;OPOS=206579936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:1:3:3:2:1:3 chr1 206626607 . G A 360.75 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0116768;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0629;QD=17.3856;RBI=0.0208412;REFB=-0.024376;REVB=0.0172629;RO=44;SAF=16;SAR=22;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141058;STB=0.584766;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0246435;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:45:38:38:0.457831:22:16:25:19:22:16:26:19 chr1 206635570 . C T 220.63 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0101601;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.767;QD=14.2342;RBI=0.0171938;REFB=-0.00906932;REVB=-0.0138708;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923944;STB=0.559149;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0135848;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:12:14:22:13:12:14:23:13 chr1 206637395 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00619429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.306;QD=18.3448;RBI=0.0761152;REFB=-0.0119244;REVB=-0.0758627;RO=18;SAF=16;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547918;STB=0.825287;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00999413;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:1:16:11:7:1:16:11:7 chr1 206647742 . A G 1096.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1695;QD=59.2461;RBI=0.0595618;REFB=0;REVB=-0.0228645;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000547082;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr1 206647787 . T C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.955;QD=60.5471;RBI=0.0444709;REFB=0;REVB=0.0428608;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12473e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr1 206651107 . G A 129.37 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0102038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.87;QD=9.58271;RBI=0.0328323;REFB=-0.0223268;REVB=-0.0312065;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204064;STB=0.620554;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0347175;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:8:9:13:24:8:9:13:24 chr1 206665052 . C T 116.8 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0125704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2893;QD=11.6796;RBI=0.0368;REFB=0.00427869;REVB=-0.0345865;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563079;STB=0.546695;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0198277;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:6:8:13:12:6:8:13:13 chr1 206665837 . G A 305.44 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0121505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.989;QD=17.7064;RBI=0.0168809;REFB=-0.00230755;REVB=0.0117188;RO=34;SAF=9;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228594;STB=0.617136;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00286725;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:24:9:17:17:24:9:17:19 chr1 206665896 . C G 151.08 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00240901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.331;QD=17.2665;RBI=0.00247679;REFB=-0.0150371;REVB=0.000575469;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154133;STB=0.578852;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0237909;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:16:17:0.485714:11:5:8:9:11:6:9:9 chr1 206757857 . C A 198.31 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0132559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8481;QD=13.2205;RBI=0.0146015;REFB=-0.000517177;REVB=0.00612255;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130213;STB=0.574524;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000703121;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:11:13:15:21:11:13:15:21 chr1 206758077 . T A 31.61 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.101838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3585;QD=14.048;RBI=0.123845;REFB=0.00793377;REVB=0.0704753;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00996167;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr1 206773659 . A G 840.48 PASS AF=1;AO=28;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277466;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.733;QD=56.9816;RBI=0.128135;REFB=0;REVB=0.125095;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571093;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:28:59:1:16:12:0:0:23:36:0:0 chr1 207074905 . T C 325.63 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0187689;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.579;QD=22.0769;RBI=0.0217823;REFB=-0.0128803;REVB=0.0110542;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433677;STB=0.506676;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0114518;OID=.;OPOS=207074905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:24:26:33:33:0.559322:16:17:11:13:16:17:13:13 chr1 207110936 . T C 229.71 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0263196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.639;QD=22.411;RBI=0.0282087;REFB=-0.0140386;REVB=-0.0101494;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336086;STB=0.692134;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0163999;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:21:22:0.536585:7:14:5:14:7:15:5:14 chr1 207132345 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00414879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.577;QD=14.0792;RBI=0.0240242;REFB=-0.0140829;REVB=-0.0236633;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772124;STB=0.545376;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0125301;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:11:5:3:9:11:5 chr1 207140440 . C T 263.54 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00290182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.688;QD=19.5218;RBI=0.0189513;REFB=-0.020698;REVB=-0.0187278;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740645;STB=0.534566;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0184985;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:20:8:9:16:20:8:9:17 chr1 207143422 . A G 85.67 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000186192;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.119;QD=10.709;RBI=0.00602415;REFB=-0.00131752;REVB=0.00602127;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288232;STB=0.674367;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00585585;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:33:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:11:10:8:3:11:10 chr1 207195779 . A G 145.03 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7991;QD=44.6243;RBI=0.0203519;REFB=0;REVB=-0.0115215;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271271;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr1 207217184 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0136083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.455;QD=14.9772;RBI=0.0369592;REFB=-0.0271702;REVB=0.0343628;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286528;STB=0.666349;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0109459;OID=.;OPOS=207217184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:3:8:4:6:3:8 chr1 207263829 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00105478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.35;QD=12.9748;RBI=0.0320408;REFB=-0.0128379;REVB=-0.0320234;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.02153;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:10:8:7:5:10:8 chr1 207269919 . C T 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000592827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2939;QD=9.56678;RBI=0.0456884;REFB=0.000805221;REVB=0.0456846;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237275;STB=0.644803;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.000246653;OID=.;OPOS=207269919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:9:6:5:3:9:6 chr1 207643049 . GC CG,G 207.55 PASS AF=0,0.848485;AO=2,18;DP=32;FAO=0,28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=0,23;FSAR=0,5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0269629,-0.0309748;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=41.7671,12.5969;QD=25.1577;RBI=0.0277545,0.234836;REFB=-0.00855196,-0.0215182;REVB=0.00658168,0.232784;RO=6;SAF=2,18;SAR=0,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.658493,0.853129;STB=0.5,0.595394;STBP=1,0.053;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0095232,0.113303;OID=.,.;OPOS=207643049,207643050;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:32:33:6:5:2,18:0,28:0,0.848485:0,0:2,18:2:4:0,5:0,23:2:3 chr1 207653395 . C A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00495457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.158;QD=61.3362;RBI=0.0276401;REFB=0;REVB=0.0271924;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121404;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 207679307 . A G 1847.42 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242456;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.431;QD=60.571;RBI=0.0355308;REFB=-0.0617343;REVB=0.0259728;RO=1;SAF=65;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725262;STB=0.503816;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=7.22941e-05;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:122:1:1:121:121:0.991803:56:65:1:0:56:65:1:0 chr1 207753621 . A G 124.42 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.00315813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.831;QD=8.73135;RBI=0.0255589;REFB=-0.0104489;REVB=0.0253631;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150738;STB=0.503102;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0390951;OID=.;OPOS=207753621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:16:17:0.298246:8:8:19:20:9:8:19:21 chr1 207760773 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00890624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.396;QD=17.7107;RBI=0.00890952;REFB=-0.0367301;REVB=0.000241618;RO=35;SAF=13;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604945;STB=0.518976;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0208192;OID=.;OPOS=207760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:36:32:33:0.478261:19:13:14:21:19:14:14:22 chr1 207782916 . A T 533.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00953898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3084;QD=59.2223;RBI=0.131909;REFB=0;REVB=0.131564;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302629;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:21:12:0:0:24:12:0:0 chr1 207782931 . A G 115.58 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00236278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5912;QD=11.0073;RBI=0.0153713;REFB=-0.0242777;REVB=-0.0151886;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284533;STB=0.666455;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0397269;OID=.;OPOS=207782931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:7:21:7:7:7:21 chr1 207790088 . C G 500.8 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.0243794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.285;QD=17.1213;RBI=0.0259403;REFB=-0.0137;REVB=-0.00886259;RO=63;SAF=26;SAR=28;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129119;STB=0.571676;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0161976;OID=.;OPOS=207790088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:63:63:54:54:0.461538:28:26:22:41:28:26:22:41 chr1 207795320 . A G 1472.32 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.31;QD=63.3255;RBI=0.0463158;REFB=0;REVB=0.0191189;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264521;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr1 207851611 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.096;QD=56.1916;RBI=0.0459021;REFB=0;REVB=0.0320947;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352902;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr1 207881557 . A G 1580.24 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342028;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.502;QD=60.1995;RBI=0.0239263;REFB=0;REVB=0.0236806;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057036;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:56:48:0:0:56:49:0:0 chr1 207884105 . C A 986.18 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00298308;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5741;QD=57.17;RBI=0.0158101;REFB=-0.112347;REVB=0.0155261;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00335219;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:36:32:1:0:35:33:1:0 chr1 207884107 . G A 1012.09 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.652;QD=57.834;RBI=0.0349378;REFB=0.00725099;REVB=0.0271284;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=5.75202e-05;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:35:34:0:1:35:34:0:1 chr1 207885881 . C T 726.97 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141504;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7002;QD=57.0172;RBI=0.0741978;REFB=0;REVB=-0.072836;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257829;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 207886150 . C T 1324.88 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0329282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.833;QD=60.9142;RBI=0.0339033;REFB=-0.00383468;REVB=0.00807264;RO=0;SAF=26;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504131;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=8.14928e-05;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:60:26:0:0:60:26:0:1 chr1 207888739 . G T 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.119;QD=60.4466;RBI=0.0116344;REFB=0;REVB=0.00140541;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61357e-05;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:62:49:0:0:62:49:0:0 chr1 207933015 . T C 115.15 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0271403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.051;QD=10.7112;RBI=0.057311;REFB=-0.0208766;REVB=-0.0504773;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201963;STB=0.631917;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0368303;OID=.;OPOS=207933015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:5:9:13:15:5:9:13:16 chr1 207941191 . G T 660.24 PASS AF=1;AO=30;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.505;QD=61.4173;RBI=0.0557294;REFB=0;REVB=0.0249589;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444366;OID=.;OPOS=207941191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:30:43:1:21:9:0:0:24:19:0:0 chr1 208390086 . G C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00764444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.393;QD=15.6423;RBI=0.014753;REFB=-0.0176203;REVB=-0.012618;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179105;STB=0.50103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232616;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:16:13:9:11:16:13 chr1 209782335 . TACCCCCCA CTACCCCCG,TACCCCCCG 750.91 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,33;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143265,0.0245553;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=9,1;MLLD=83.0156,116.446;QD=55.6231;RBI=0.0307478,0.0334809;REFB=0,0;REVB=-0.0272062,-0.0227598;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000543583,0.000160391;OID=.,.;OPOS=209782335,209782343;OREF=TACCCCCCA,A;OALT=CTACCCCCG,G;OMAPALT=CTACCCCCG,TACCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:54:54:0:0:2,33:1,53:0.0185185,0.981481:0,15:2,18:0:0:0,25:1,28:0:0 chr1 209788703 . T C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0317581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.718;QD=23.7579;RBI=0.0464254;REFB=-0.0327576;REVB=-0.0338635;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059747;STB=0.533307;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0226787;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:16:10:10:12:16:10:10:12 chr1 209791929 . G T 393.13 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.000415714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.785;QD=17.0926;RBI=0.0232434;REFB=-0.00918204;REVB=-0.0232397;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11422;STB=0.564071;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00893352;OID=.;OPOS=209791929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:17:24:24:27:17:24:24:27 chr1 209797198 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0108638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.651;QD=15.167;RBI=0.037875;REFB=-0.0174276;REVB=-0.0362835;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251865;STB=0.646851;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0343822;OID=.;OPOS=209797198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:10:10:11:4:10:10 chr1 209797253 . T C 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0332552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.224;QD=9.18788;RBI=0.0345967;REFB=0.00184436;REVB=-0.0095406;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133345;STB=0.600962;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00878867;OID=.;OPOS=209797253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:8:3:9:15:8:3:10:15 chr1 209799205 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.066;QD=9.13265;RBI=0.0675485;REFB=0.00226146;REVB=-0.00859064;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189567;STB=0.5998;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.004595;OID=.;OPOS=209799205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:21:22:10:10:0.3125:6:4:12:9:6:4:12:10 chr1 209799253 . A G 53.45 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0490607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0777;QD=7.37234;RBI=0.0543013;REFB=-0.0264339;REVB=-0.023274;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.517198;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0503547;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:9:11:4:4:10:11 chr1 209800230 . C T 465.92 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0272919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.941;QD=17.9201;RBI=0.027496;REFB=-0.024897;REVB=-0.00334418;RO=54;SAF=33;SAR=17;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865441;STB=0.548153;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.029472;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:54:50:50:0.480769:17:33:31:23:17:33:31:23 chr1 209807815 . T C 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00800699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.474;QD=22.1886;RBI=0.0159993;REFB=0.00619164;REVB=0.0138516;RO=22;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425359;STB=0.52379;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00914678;OID=.;OPOS=209807815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:11:13:13:9:11:13:13:9 chr1 209823354 . G A 153.85 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0180443;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9981;QD=13.0939;RBI=0.0182803;REFB=-0.00631998;REVB=-0.00292796;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549036;STB=0.53222;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0147984;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:12:18:11:6:12:18 chr1 209849399 . AG A 282.57 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.971;QD=51.3756;RBI=0.124486;REFB=0;REVB=0.121269;RO=3;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110114;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00114902;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:24:22:22:0:9:13:0:0:4:3:8:11:0:3 chr1 209849406 . T G 357.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.934;QD=54.9891;RBI=0.126713;REFB=0;REVB=0.123346;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645134;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:15:11:0:0 chr1 209933540 . A G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0163862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.052;QD=19.1555;RBI=0.0215053;REFB=-0.0279308;REVB=-0.0139273;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0369702;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:13:10:11:10:13:10 chr1 209933606 . G A 69.03 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00515563;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.142;QD=5.75261;RBI=0.0246959;REFB=-0.0179543;REVB=0.0241518;RO=38;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309954;STB=0.705429;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0700088;OID=.;OPOS=209933606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:49:48:38:38:10:10:0.208333:8:2:16:22:8:2:16:22 chr1 209936466 . A G 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.041663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.4221;QD=17.0961;RBI=0.0467282;REFB=-0.0173001;REVB=0.0211592;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.58811;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0448268;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:6:9:6:8:6:9 chr1 209936673 . C G 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.00531555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0331;QD=13.0878;RBI=0.0227663;REFB=-0.0133976;REVB=0.022137;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220438;STB=0.627757;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0214875;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:19:8:8:8:19:8 chr1 209936914 . C T 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0724599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4662;QD=16.2685;RBI=0.0738848;REFB=0.00869272;REVB=-0.0144406;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148075;STB=0.585251;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.0156079;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:10:8:9:6:10:8 chr1 209950760 . C G 456.18 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=123;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0196083;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.635;QD=14.9567;RBI=0.0234858;REFB=-0.0178143;REVB=-0.0129267;RO=70;SAF=35;SAR=16;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298886;STB=0.671914;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.023228;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:70:71:51:51:0.418033:16:35:28:42:16:35:28:43 chr1 209964080 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0131964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.15;QD=10.5421;RBI=0.0132583;REFB=-0.000404286;REVB=-0.00128007;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178214;STB=0.606553;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.000806709;OID=.;OPOS=209964080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:13:8:6:5:13:8 chr1 209968684 . C A 372.47 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0147284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.356;QD=17.7365;RBI=0.0249331;REFB=-0.00599721;REVB=0.020118;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654344;STB=0.536567;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00803152;OID=.;OPOS=209968684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:25:20:20:19:25:20 chr1 210004199 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0658916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.108;QD=19.0004;RBI=0.0667502;REFB=0.0114092;REVB=0.0106717;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00695071;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:5:12:12:5:5:12 chr1 210006603 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0141762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.153;QD=17.672;RBI=0.0173165;REFB=-0.0168232;REVB=0.00994482;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145149;STB=0.581143;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0154648;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:20:12:16:14:20:12 chr1 210335028 . T C 49.08 PASS AF=0.5;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00568286;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=175.313;QD=14.024;RBI=0.0193063;REFB=-0.00569129;REVB=-0.0184509;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198822;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:13:14:6:7:7:7:0.5:3:4:3:3:3:4:4:3 chr1 210335066 . G A 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0115662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.442;QD=17.7319;RBI=0.0116418;REFB=-0.0391858;REVB=-0.00132454;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130349;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0234594;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:7:10:8:10:7:10:9:10 chr1 210337043 . A G 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.319;QD=43.4771;RBI=0.139945;REFB=0;REVB=0.0244041;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301127;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 210407031 . G T 730.6 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386686;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.691;QD=63.5306;RBI=0.0827787;REFB=0;REVB=0.0731919;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351691;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 210547505 . C G 177.01 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00173398;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.741;QD=12.2074;RBI=0.0160868;REFB=-0.00213818;REVB=-0.0159931;RO=36;SAF=21;SAR=1;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.708639;STB=0.92212;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00207664;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:1:21:16:20:1:21:16:20 chr1 210547517 . C T 211.65 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=66;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00241474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.468;QD=12.4499;RBI=0.0398926;REFB=0.00235836;REVB=0.0398195;RO=42;SAF=20;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408268;STB=0.749779;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00432881;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:42:42:24:26:0.382353:4:20:22:20:4:22:22:20 chr1 210577873 . G C 625.36 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00247777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.266;QD=25.7881;RBI=0.0108096;REFB=-0.00773677;REVB=-0.0105218;RO=41;SAF=24;SAR=32;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12141;STB=0.566348;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00630462;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:32:24:24:17:32:24:24:17 chr1 210577884 . G A 616.8 PASS AF=0.583333;AO=54;DP=94;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00468825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.305;QD=25.7;RBI=0.011151;REFB=-0.0142915;REVB=0.0101176;RO=40;SAF=24;SAR=30;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062941;STB=0.532873;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0121107;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:40:40:54:56:0.583333:30:24:21:19:31:25:21:19 chr1 211380770 . T C 450.58 PASS AF=0.53012;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0330818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.024;QD=21.7145;RBI=0.0339262;REFB=-0.0190192;REVB=-0.00752217;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330239;STB=0.525241;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.01715;OID=.;OPOS=211380770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:39:44:44:0.53012:18:26:21:17:18:26:21:18 chr1 211447625 . G A 494.03 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00259411;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8853;QD=19.9608;RBI=0.0041373;REFB=-0.00801997;REVB=0.00322301;RO=52;SAF=10;SAR=38;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270259;STB=0.644684;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00722473;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:52:51:48:48:0.484848:38:10:23:29:38:10:22:29 chr1 211846876 . A G 788.37 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025026;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5876;QD=57.3357;RBI=0.030123;REFB=0;REVB=0.0167658;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726968;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr1 211922603 . G A 351.41 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0490954;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.137;QD=18.0208;RBI=0.0607397;REFB=-0.0127188;REVB=-0.0357625;RO=40;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184576;STB=0.59714;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0160594;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:41:37:37:0.474359:23:14:23:17:23:14:23:18 chr1 212273639 . C T 545.84 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0623729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.956;QD=57.4567;RBI=0.0637333;REFB=-0.168239;REVB=0.0130981;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000712568;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:1:0:14:23:1:0 chr1 212274413 . A C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.264;QD=56.1916;RBI=0.0575798;REFB=0;REVB=0.0181472;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197128;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr1 212560327 . A G 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3916;QD=58.1352;RBI=0.0853773;REFB=0;REVB=-0.048974;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00268748;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr1 212798977 . A G 87.37 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0493838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.494;QD=13.4409;RBI=0.0493998;REFB=-0.0361185;REVB=0.00125538;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326299;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0287078;OID=.;OPOS=212798977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:10:4:7:4:10:5 chr1 212799870 . A G 227.58 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0213525;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.554;QD=15.6949;RBI=0.0213655;REFB=0.00169223;REVB=-0.000743564;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316041;STB=0.525587;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.00286171;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:32:26:26:0.448276:11:15:18:15:11:15:17:15 chr1 212870410 . G A 656.57 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.288;QD=59.6882;RBI=0.0328218;REFB=0.090407;REVB=0.0270905;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000396953;OID=.;OPOS=212870410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr1 212900487 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.499;QD=57.0008;RBI=0.0338048;REFB=0;REVB=0.0157858;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01143e-05;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr1 212911836 . T C 854.61 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.278;QD=56.0397;RBI=0.0236985;REFB=-0.142119;REVB=0.0157071;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000824819;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:1:0:36:24:1:0 chr1 213009469 . A G 400.25 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.995;QD=53.3665;RBI=0.0206075;REFB=-0.0981793;REVB=0.00436228;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000807693;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:23:6:0:0:23:6:0:1 chr1 213031948 . G C 616.99 PASS AF=1;AO=33;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1602;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=26.3396;QD=54.8437;RBI=0.177646;REFB=-0.0455909;REVB=-0.0767719;RO=3;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00540661;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:3:0:33:45:1:15:18:3:0:16:29:0:0 chr1 214492286 . G A 464.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6922;QD=58.119;RBI=0.130437;REFB=0;REVB=0.0336864;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182341;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr1 214542819 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8431;QD=52.6124;RBI=0.0240617;REFB=0;REVB=0.012505;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249255;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 214564340 . T C 417.89 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00637389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.311;QD=53.9209;RBI=0.0205678;REFB=-0.0232849;REVB=0.0195552;RO=1;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000232555;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:17:13:0:1:17:13:0:1 chr1 214571251 . A C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0497728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1508;QD=10.1732;RBI=0.0700119;REFB=-0.0193427;REVB=0.0492376;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0193498;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr1 214826196 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.224;QD=37.4885;RBI=0.0303715;REFB=0;REVB=0.0275538;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196849;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr1 214830617 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.159;QD=51.9158;RBI=0.0301086;REFB=0;REVB=0.0231649;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387489;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr1 214837110 . C G 365.64 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00218312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.655;QD=52.2343;RBI=0.0223314;REFB=-0.113334;REVB=0.0222244;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00112261;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:26:27:0.964286:12:14:0:0:13:14:0:1 chr1 215793834 . G A 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0162924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.187;QD=24.7095;RBI=0.0169913;REFB=0.00790991;REVB=-0.00482298;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642457;STB=0.535684;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00560763;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:13:10:6:11:13:10:6:11 chr1 215802248 . G A 455.36 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0389068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4168;QD=22.7681;RBI=0.0495674;REFB=0.0115692;REVB=-0.0307114;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725806;STB=0.539982;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00794694;OID=.;OPOS=215802248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:27:17:17:19:27:17:17:19 chr1 215848587 . T C 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0235132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.913;QD=22.5311;RBI=0.0273506;REFB=0.00486273;REVB=-0.0139708;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583233;STB=0.532676;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00302602;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:6:9:10:9:6:9 chr1 215848641 . T C 840.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00491238;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.504;QD=56.0053;RBI=0.0220234;REFB=-0.0865094;REVB=0.0214686;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-1.2631e-05;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:26:33:1:0:26:33:1:0 chr1 215901492 . C T 127.19 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0196466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7833;QD=11.5626;RBI=0.0275581;REFB=0.0112625;REVB=-0.0193251;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358301;STB=0.715474;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0122776;OID=.;OPOS=215901492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:12:3:14:15:12:3:14:15 chr1 216172380 . A G,T 314.47 PASS AF=0.75,0.25;AO=18,5;DP=23;FAO=18,6;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=8,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222403,-0.00140705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.872,176.697;QD=52.4112;RBI=0.0247915,0.0259731;REFB=0,0;REVB=0.0109538,0.025935;RO=0;SAF=10,0;SAR=8,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00346734,0.00915839;OID=.,.;OPOS=216172380,216172380;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:23:24:0:0:18,5:18,6:0.75,0.25:8,5:10,0:0:0:8,5:10,1:0:0 chr1 216219781 . A G 201.52 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0036967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5886;QD=13.8977;RBI=0.0424387;REFB=-0.020271;REVB=0.0422773;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301668;STB=0.517227;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0378616;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:16:18:12:12:16:18 chr1 216221890 . G C 49.69 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0248525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0401;QD=4.41714;RBI=0.0565585;REFB=-0.00808993;REVB=0.0508057;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822681;STB=0.555419;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0588222;OID=.;OPOS=216221890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:16:21:4:4:16:21 chr1 216348764 . C T 854.05 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4813;QD=56.0034;RBI=0.0187268;REFB=-0.0188809;REVB=-0.00811309;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122592;STB=0.506491;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00177676;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:0:1:38:22:0:1 chr1 216498911 . A C 85.25 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.03563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.44;QD=11.3667;RBI=0.0362261;REFB=0.0166133;REVB=0.00654515;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359763;STB=0.521434;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0236717;OID=.;OPOS=216498911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:11:8:5:6:11:8 chr1 216592003 . T C 1153.43 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.971;QD=60.7066;RBI=0.0223717;REFB=0;REVB=0.0174108;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88153e-05;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:41:34:0:0:41:35:0:0 chr1 216595306 . C T 833.7 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.034;QD=57.4966;RBI=0.00938373;REFB=0;REVB=0.00584587;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12086e-05;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr1 216692669 . C T 673.8 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286881;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.106;QD=62.6787;RBI=0.0321499;REFB=0;REVB=0.0145124;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55058e-05;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:30:12:0:0:30:13:0:0 chr1 217856622 . A G 260.49 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0145283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.691;QD=14.4717;RBI=0.0278689;REFB=-0.0225906;REVB=0.0237824;RO=42;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23475;STB=0.633244;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0216812;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:19:11:25:17:19:11:25:17 chr1 217947738 . G A 277.45 PASS AF=0.526316;AO=25;DP=53;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00682722;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.205;QD=19.4701;RBI=0.0244094;REFB=-0.0210446;REVB=0.0234352;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385818;STB=0.556738;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0221158;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:27:27:25:30:0.526316:14:11:13:14:19:11:13:14 chr1 218520044 . A T 37.57 PASS AF=0.134328;AO=13;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0105022;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.3089;QD=2.24283;RBI=0.0632339;REFB=-0.0152493;REVB=-0.0623557;RO=48;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218348;STB=0.771965;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.108033;OID=.;OPOS=218520044;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:67:67:48:58:13:9:0.134328:6:7:25:23:2:7:27:31 chr1 218683528 . A G 165.02 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0285197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5732;QD=12.4541;RBI=0.053334;REFB=-0.0137832;REVB=0.0450682;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760974;STB=0.543957;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0319228;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:12:8:11:22:12:8:11:22 chr1 219383866 . G GC 178.75 PASS AF=1;AO=4;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881865;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=118.505;QD=44.6883;RBI=0.111511;REFB=0;REVB=0.0682477;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562299;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00266063;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:16:16:16:0:10:6:0:0:4:11:1:3:9:2 chr1 219383867 . T C 83.77 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00924913;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=116.93;QD=20.942;RBI=0.0596188;REFB=-0.0887323;REVB=-0.058897;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393613;STB=0.705427;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00287892;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:16:5:6:10:10:0.625:2:8:1:4:2:8:2:4 chr1 219383905 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.996;QD=52.6124;RBI=0.0452739;REFB=0;REVB=-0.0169053;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013167;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 220136115 . A G 316.25 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00566973;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6875;QD=20.079;RBI=0.0195095;REFB=-0.021599;REVB=0.0186675;RO=28;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23222;STB=0.628907;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0204573;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:30:33:33:0.52381:21:12:18:10:21:12:19:11 chr1 220154768 . C T 301.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00120754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.093;QD=25.1487;RBI=0.0113453;REFB=-0.0769985;REVB=-0.0112809;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870209;STB=0.548351;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0389758;OID=.;OPOS=220154768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:17:10:10:11:17:10:10:11 chr1 220162004 . C T 108.22 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0268027;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9655;QD=12.0245;RBI=0.0357584;REFB=-0.00306769;REVB=-0.0236702;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328766;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0116127;OID=.;OPOS=220162004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:23:12:13:0.361111:7:5:16:6:7:6:16:7 chr1 220197625 . G T 777.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9703;QD=56.5608;RBI=0.116451;REFB=0;REVB=0.112775;RO=0;SAF=36;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125912;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:17:36:0:0:19:36:0:0 chr1 220239448 . T C 102.59 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0126835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.451;QD=7.74244;RBI=0.0133467;REFB=-0.0122631;REVB=0.0041551;RO=36;SAF=2;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.458141;STB=0.769825;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0216495;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:36:39:14:14:0.264151:12:2:17:19:12:2:17:22 chr1 220578893 . AACACACACACACACACACACACACACAC AACAACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC 125.81 PASS AF=0,0.181818,0.818182;AO=2,2,3;DP=13;FAO=0,2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,3;FSAR=0,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282877,0.0335283,0.0331948;FXX=0.266489;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=121.96,129.761,135.558;QD=45.7474;RBI=0.0349715,0.0674033,0.0517669;REFB=0,0,0;REVB=0.0205624,0.0584727,0.039723;RO=0;SAF=0,2,0;SAR=2,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.00731465,0.00218865;OID=.,.,.;OPOS=220578897,220578919,220578894;OREF=C,CAC,AC;OALT=-,-,-;OMAPALT=AACAACACACACACACACACACACACAC,AACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.181818,0.818182:2,2,3:13:0,2,9:11:0:0,2,3:0,0,6:0:0:9:0:0,2,0:2,0,3:0:0 chr1 220607685 . G A 255.83 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8914;QD=51.1668;RBI=0.0568266;REFB=0;REVB=-0.0558901;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000871054;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 220935081 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.64;QD=52.613;RBI=0.0144198;REFB=0;REVB=0.00580848;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167107;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 220960457 . A C 110.64 PASS AF=0.52;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0087176;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.317;QD=17.7021;RBI=0.0286252;REFB=-0.0653562;REVB=0.0272654;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842475;STB=0.570367;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0415497;OID=.;OPOS=220960457;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:12:13:0.52:4:8:9:3:5:8:9:3 chr1 220964843 . G C 201.33 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00436174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.408;QD=28.7615;RBI=0.0472105;REFB=0.013533;REVB=0.0470086;RO=9;SAF=9;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111661;STB=0.561733;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00450263;OID=.;OPOS=220964843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:10:9:6:3:10:9:6:3 chr1 220970028 . A G 875.5 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011264;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4428;QD=58.3667;RBI=0.0191677;REFB=0;REVB=0.0155088;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310748;OID=.;OPOS=220970028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:40:20:0:0:40:20:0:0 chr1 220971263 . G A 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0143801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.839;QD=14.0535;RBI=0.0163901;REFB=-0.0163399;REVB=0.00786441;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245361;STB=0.639888;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0179616;OID=.;OPOS=220971263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:14:21:9:16:14:21 chr1 221055463 . G A 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0020688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.755;QD=11.4904;RBI=0.00236366;REFB=-0.00644623;REVB=0.00114323;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179827;STB=0.520807;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0104786;OID=.;OPOS=221055463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:8:8:15:16:8:8:15:17 chr1 221057646 . C T 79.03 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0127324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.6099;QD=15.0539;RBI=0.0269456;REFB=-0.0264475;REVB=0.0237477;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122361;STB=0.538383;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0232098;OID=.;OPOS=221057646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:7:11:10:10:0.47619:3:7:5:2:3:7:7:4 chr1 221057662 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0153754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.561;QD=18.8207;RBI=0.0154549;REFB=-0.0351768;REVB=0.00156513;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.025698;OID=.;OPOS=221057662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:6:4:5:7:6:4 chr1 221509332 . G A 169.37 PASS AF=0.381818;AO=19;DP=53;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0121142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.996;QD=12.3174;RBI=0.0181673;REFB=-0.0266949;REVB=0.0135387;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161926;STB=0.506843;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0375196;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:33:34:19:21:0.381818:6:13:23:10:7:14:23:11 chr1 221912361 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.954;QD=62.6711;RBI=0.0244404;REFB=0;REVB=0.0205305;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31913e-05;OID=.;OPOS=221912361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr1 221912808 . T C 357.48 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0187347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.074;QD=49.3069;RBI=0.029205;REFB=-0.0399487;REVB=0.0224041;RO=2;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000339183;OID=.;OPOS=221912808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:20:7:0:2:20:7:0:2 chr1 222649341 . A C 275.21 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2945;QD=52.4214;RBI=0.293991;REFB=0;REVB=0.293552;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00784781;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:14:21:1:3:11:0:0:10:11:0:0 chr1 222713503 . C G 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00663625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.871;QD=16.0294;RBI=0.00843723;REFB=-0.0472817;REVB=0.00521028;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106146;STB=0.559834;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0402111;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:10:20:14:11:10:20 chr1 222713631 . G C 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0436363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6982;QD=11.4904;RBI=0.0436529;REFB=-0.0157548;REVB=-0.00120252;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376891;STB=0.721955;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.028544;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:11:21:5:11:11:21 chr1 222721288 . C T 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00765071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.845;QD=32.8236;RBI=0.0789257;REFB=-0.107161;REVB=0.078554;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0053785;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr1 222734803 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0190615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.559;QD=11.9196;RBI=0.0223888;REFB=-0.00148469;REVB=-0.0117439;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00122631;OID=.;OPOS=222734803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:3:6:2:5:3:6 chr1 222798105 . T TA 265.13 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160787;FXX=0.0789266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=135.759;QD=30.3;RBI=0.00530525;REFB=0;REVB=0.00505574;RO=36;SAF=0;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00737126;OID=.;OPOS=222798106;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:35:35:0:11:24:0:0:3:36:0:4:14:22 chr1 222798106 . G A,T 495.41 PASS AF=0.842105,0.105263;AO=32,4;DP=38;FAO=32,4;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=11,0;FSAR=21,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0147239,-0.00042103;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.232,85.8395;QD=52.148;RBI=0.0170709,0.000584176;REFB=-0.0257444,0.00742405;REVB=0.00863842,0.000404963;RO=1;SAF=11,0;SAR=21,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0217181,0;STB=0.510115,0.995773;STBP=0.782,0.167;TYPE=snp,snp;VARB=0.00722267,0.195919;OID=.,.;OPOS=222798106,222798106;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:38:38:1:2:32,4:32,4:0.842105,0.105263:21,4:11,0:0:1:21,4:11,0:1:1 chr1 222802006 . A G 411.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.458;QD=56.7299;RBI=0.0603545;REFB=0;REVB=0.0277364;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467442;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:21:6:0:0:23:6:0:0 chr1 222802803 . T G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0101902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.34;QD=17.8275;RBI=0.0102187;REFB=-0.00768945;REVB=-0.000763095;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0104894;OID=.;OPOS=222802803;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:21:23:10:11:11:12:0.521739:6:5:3:7:6:6:4:7 chr1 222802926 . C T 99.93 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.958;QD=39.9733;RBI=0.122882;REFB=0;REVB=0.0370274;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156181;OID=.;OPOS=222802926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:6:2:0:0:6:4:0:0 chr1 222803204 . A G 323.81 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.26;QD=53.9687;RBI=0.0649428;REFB=0;REVB=0.0433647;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298096;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr1 222823529 . A C 184.5 PASS AF=0.5;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.042292;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5259;QD=19.4209;RBI=0.0860214;REFB=-0.0176561;REVB=0.0749071;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202584;STB=0.670469;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0205871;OID=.;OPOS=222823529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:11:19:18:19:0.5:5:13:5:6:5:14:8:11 chr1 222825403 . G A 191.21 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0938454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.884;QD=47.8016;RBI=0.0941155;REFB=0;REVB=0.00712615;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00198004;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr1 222833601 . T C 799.55 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1941;QD=57.1108;RBI=0.0114636;REFB=0;REVB=0.00451275;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64839e-05;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr1 222838215 . TC T,TT 198.27 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=5,12;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319211,0.029659;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.95,164.554;QD=46.6517;RBI=0.0338727,0.0336458;REFB=0,0;REVB=0.0113315,0.0158867;RO=0;SAF=4,8;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0100293,0.00526134;OID=.,.;OPOS=222838216,222838216;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:5,12:17:1,16:17:0:1,11:0,5:0:0:5:0:4,8:1,4:0:0 chr1 222886119 . A G 396.78 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0622858;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9682;QD=23.0018;RBI=0.0769336;REFB=0.0127872;REVB=-0.0451581;RO=29;SAF=16;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110803;STB=0.568504;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0116137;OID=.;OPOS=222886119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:29:30:39:39:0.565217:23:16:16:13:23:16:17:13 chr1 222919895 . T G 208.71 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0155456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.587;QD=18.1489;RBI=0.0238685;REFB=-0.035587;REVB=0.0181118;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148257;STB=0.584532;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0342981;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:12:13:14:7:12:13 chr1 222923351 . A G 271.36 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0109318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5935;QD=20.8737;RBI=0.0209754;REFB=0.0132613;REVB=0.0179014;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224412;STB=0.62491;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0114069;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:10:18:9:15:10:18:9:15 chr1 223116472 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=17;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0697805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.188;QD=21.6125;RBI=0.0699633;REFB=-0.00766986;REVB=0.00505451;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823482;STB=0.537542;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0135221;OID=.;OPOS=223116472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:23:17:24:0.510638:15:2:3:16:15:9:7:16 chr1 223116474 . G T 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0187561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.485;QD=22.1887;RBI=0.0191019;REFB=-0.0102651;REVB=-0.00361836;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526104;STB=0.529388;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00442672;OID=.;OPOS=223116474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:15:9:7:15:15:9:7:15 chr1 223177574 . A G 180.65 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0363777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4626;QD=13.8957;RBI=0.0384628;REFB=-0.00382881;REVB=-0.0124921;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174933;STB=0.600643;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00516283;OID=.;OPOS=223177574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:17:14:13:8:17:14 chr1 223178561 . A C 133.87 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0322949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.854;QD=15.7488;RBI=0.0323118;REFB=-0.00715999;REVB=0.00104617;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509829;STB=0.755394;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00453063;OID=.;OPOS=223178561;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:11:3:14:5:11:4:14:5 chr1 223283910 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00539087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.463;QD=55.5196;RBI=0.00704061;REFB=-0.0252468;REVB=0.00452867;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000315084;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr1 223284250 . C G 66.95 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00842003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5199;QD=12.7523;RBI=0.00890886;REFB=-0.0254437;REVB=-0.00291048;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0483141;OID=.;OPOS=223284250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:5:7:6:3:5:7 chr1 223394228 . T C 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.101318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0285;QD=17.4002;RBI=0.101373;REFB=-0.0185827;REVB=-0.00333901;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115263;STB=0.566898;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0135583;OID=.;OPOS=223394228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:3:10:11:2:3:10 chr1 223396838 . G T 235.92 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.020596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8576;QD=20.0785;RBI=0.0481364;REFB=-0.0416682;REVB=0.0435077;RO=23;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510195;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0633371;OID=.;OPOS=223396838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:11:12:12:11:11:12:13:11 chr1 223536702 . TTGC T 70.72 PASS AF=0.24;AO=25;DP=69;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0572406;FXX=0.305527;HRUN=2;LEN=3;MLLD=159.13;QD=3.77188;RBI=0.0576153;REFB=-0.0118759;REVB=-0.00655983;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513663;STB=0.593799;STBP=0.383;TYPE=del;VARB=0.0360931;OID=.;OPOS=223536703;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:25:69:18:75:57:5:13:22:35:70:30:13:12:14:16 chr1 223567803 . G A 249.22 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00253875;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.565;QD=18.4607;RBI=0.0194791;REFB=-0.0148955;REVB=0.019313;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190227;STB=0.518815;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0184782;OID=.;OPOS=223567803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:27:27:27:0.5:12:15:15:11:12:15:16:11 chr1 223715248 . GT G 237.81 PASS AF=0.59375;AO=32;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.105678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.9707;QD=14.8629;RBI=0.107231;REFB=-0.0130636;REVB=-0.0181861;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642833;STB=0.543896;STBP=0.416;TYPE=del;VARB=0.0192385;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375:32:64:38:64:26:23:15:13:13:99:23:18:14:11:12 chr1 223717484 . G A 177.42 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00339621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1794;QD=21.5052;RBI=0.00833888;REFB=-0.0106878;REVB=-0.00761595;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207807;STB=0.599891;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0118742;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:10:8:10:4:10:8:10:5 chr1 223718651 . G A 200.13 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0212281;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.186;QD=15.104;RBI=0.0217202;REFB=-0.015527;REVB=0.00459718;RO=30;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189106;STB=0.608777;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0169;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:18:5:11:19:18:5:11:19 chr1 223718670 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0253071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.825;QD=19.0583;RBI=0.0274463;REFB=-0.0160247;REVB=0.0106233;RO=20;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393444;STB=0.726997;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0207193;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:16:3:10:10:16:3:10:10 chr1 223722780 . G A 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0212731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.989;QD=18.1148;RBI=0.0307086;REFB=-0.0270987;REVB=-0.0221466;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232863;STB=0.631443;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0270371;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:15:5:9:9:15:5 chr1 223813586 . G T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.827;QD=58.5866;RBI=0.0520182;REFB=0;REVB=-0.014949;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341468;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr1 223877789 . T C 1080.28 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.91;QD=60.0154;RBI=0.0609185;REFB=0;REVB=0.0259169;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049119;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:54:18:0:0:54:18:0:0 chr1 223877831 . T A 106.97 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0131577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.726;QD=26.7434;RBI=0.0181879;REFB=-0.00146738;REVB=0.0125569;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591994;STB=0.52377;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00057377;OID=.;OPOS=223877831;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:16:4:4:11:12:0.75:7:4:1:3:8:4:1:3 chr1 223900408 . C G 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8919;QD=56.9905;RBI=0.0523874;REFB=0;REVB=0.0435614;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469753;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr1 223905532 . G A 61.67 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0309867;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.532;QD=15.4179;RBI=0.0322716;REFB=-0.0390447;REVB=-0.00901541;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379034;STB=0.749374;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0151299;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:15:16:7:8:8:8:0.5:2:6:2:5:2:6:2:6 chr1 223933094 . C T 432.58 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00753225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.634;QD=19.8885;RBI=0.00783279;REFB=-0.0190794;REVB=-0.00214892;RO=43;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535729;STB=0.529648;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0191121;OID=.;OPOS=223933094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:24:20:17:26:24:20:17:26 chr1 223934720 . G A 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00987672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.105;QD=55.9991;RBI=0.0402503;REFB=-0.0989844;REVB=-0.0390197;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00142425;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:0:1 chr1 223954080 . A C 274.15 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0308469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0402;QD=24.9224;RBI=0.0747469;REFB=0.00642544;REVB=0.0680849;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569105;STB=0.531573;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00245509;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:11:14:12:7:11:14:12:7 chr1 223980207 . G C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0235515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.892;QD=5.68936;RBI=0.0241956;REFB=0.0097432;REVB=0.00554557;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550146;STB=0.86309;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.020982;OID=.;OPOS=223980207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:5:1:12:6:5:1:13:6 chr1 223989966 . C T 156.99 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00328217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2892;QD=16.1017;RBI=0.0221821;REFB=-0.0302773;REVB=-0.0219379;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2335;STB=0.640378;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.030851;OID=.;OPOS=223989966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:10:7:4:17:10:7:4:18 chr1 224492746 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.343;QD=54.5161;RBI=0.114583;REFB=0;REVB=-0.108506;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000772381;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr1 224495852 . C T 1211.55 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380923;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.932;QD=61.3442;RBI=0.0750835;REFB=0;REVB=-0.0647033;RO=1;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949259;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:1:0:79:79:1:42:37:1:0:42:37:0:0 chr1 224505570 . T TAA 325.71 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0778929;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.8392;QD=46.5306;RBI=0.115522;REFB=0;REVB=0.0853112;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.92455e-05;OID=.;OPOS=224505571;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:28:28:0:14:14:0:0:6:0:13:13:0:0 chr1 224517842 . C T 94.87 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6779;QD=31.6234;RBI=0.0923272;REFB=-0.118168;REVB=0.0895827;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0731439;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:12:1:1:10:11:0.916667:3:7:1:0:4:7:1:0 chr1 224575373 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.665;QD=62.3502;RBI=0.0850968;REFB=0;REVB=0.0819188;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148285;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr1 225230608 . C T 164.36 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0208085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2993;QD=13.6965;RBI=0.0320781;REFB=-0.0280894;REVB=-0.0244133;RO=29;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279865;STB=0.657268;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.018968;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:4:14:16:13:4:14:17:13 chr1 225266966 . C G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00854288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4712;QD=18.9483;RBI=0.0270796;REFB=0.00166972;REVB=-0.0256967;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240452;STB=0.634368;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00197317;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:18:10:17:10:18:10:17:10 chr1 225268343 . A G 58.68 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0247879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1211;QD=14.6691;RBI=0.0435027;REFB=-0.00788902;REVB=0.0357498;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0109062;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:3:5:6:2:3:5 chr1 225268346 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0412825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.45;QD=14.6538;RBI=0.0422509;REFB=-0.00158006;REVB=0.00899438;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128818;STB=0.576719;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00325944;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:3:5:6:2:3:5 chr1 225270409 . A T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00749157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.617;QD=12.73;RBI=0.0185211;REFB=-0.000591798;REVB=0.0169383;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392579;STB=0.7268;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000599203;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:10:12:7:9:0.428571:5:2:7:3:6:3:9:3 chr1 225273248 . G T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0261164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.053;QD=7.3277;RBI=0.0587135;REFB=-0.00669581;REVB=0.0525853;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569244;STB=0.517198;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.022165;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:11:9:4:4:11:10 chr1 225288534 . A C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0267151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.178;QD=10.0752;RBI=0.0318491;REFB=-0.00931009;REVB=0.0173397;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.011672;OID=.;OPOS=225288534;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:6:7:5:3:6:8 chr1 225373072 . C T 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00713787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.448;QD=13.9114;RBI=0.00971024;REFB=-0.0144879;REVB=-0.00658329;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442495;STB=0.5254;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0277773;OID=.;OPOS=225373072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:12:19:12:9:12:19 chr1 225463772 . A G 126.89 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0189564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.072;QD=19.5216;RBI=0.0190836;REFB=0.0332562;REVB=0.00220041;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798372;STB=0.568865;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0281442;OID=.;OPOS=225463772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:5:9:6:5:5:9:6:6 chr1 225506294 . A G 244.34 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.002519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4305;QD=17.4531;RBI=0.00327738;REFB=0.00783774;REVB=0.00209663;RO=29;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208128;STB=0.617195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00777279;OID=.;OPOS=225506294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:9:18:13:16:9:18:13:16 chr1 225528183 . C A 43.15 PASS AF=0.266667;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0149327;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.301;QD=5.75293;RBI=0.0157407;REFB=-0.0129633;REVB=-0.00497854;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209277;STB=0.685043;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0387443;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:22:7:8:0.266667:3:4:9:14:3:5:8:14 chr1 225533684 . A G 168.82 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0143955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.002;QD=10.8915;RBI=0.0623801;REFB=-0.00349413;REVB=0.0606964;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133732;STB=0.513262;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00749603;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:40:40:21:22:0.354839:11:10:19:21:12:10:19:21 chr1 225533731 . T A 318.19 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00563443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.312;QD=20.8649;RBI=0.0247724;REFB=-0.0195144;REVB=-0.0241231;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160154;STB=0.588474;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0157543;OID=.;OPOS=225533731;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:9:19:16:17:9:19 chr1 225534219 . T C 213.77 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00405509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.767;QD=20.8555;RBI=0.0786689;REFB=-0.0287692;REVB=0.0785643;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273367;STB=0.652923;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0170786;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:5:15:9:12:5:15 chr1 225534348 . G A 137.27 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0114731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.106;QD=18.9339;RBI=0.0178046;REFB=-0.0379569;REVB=-0.0136151;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130632;STB=0.588672;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0325451;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:4:10:8:7:4:10 chr1 225541899 . C T 415.35 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00215213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.991;QD=19.3185;RBI=0.020899;REFB=-0.0170766;REVB=-0.0207879;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210981;STB=0.607966;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0341849;OID=.;OPOS=225541899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:44:44:41:42:0.488372:26:15:26:18:26:16:26:18 chr1 225565015 . T C 571.88 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0180637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.639;QD=55.7933;RBI=0.0343582;REFB=0.0157756;REVB=0.0292266;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756614;STB=0.504514;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00472051;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:41:2:2:38:39:0.95122:22:16:1:1:23:16:1:1 chr1 225565073 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.271;QD=61.6826;RBI=0.0345699;REFB=0;REVB=0.024984;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13934e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr1 225569241 . T G 1123.42 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199936;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.426;QD=60.7255;RBI=0.0283754;REFB=0;REVB=0.020135;RO=0;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.849e-05;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:26:48:0:0:26:48:0:0 chr1 225601647 . C T 176.27 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.656;QD=47.006;RBI=0.0692854;REFB=0;REVB=0.0666509;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155906;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:10:2:0:0:13:2:0:0 chr1 225607144 . C T 262.47 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00730978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.711;QD=47.7211;RBI=0.00774982;REFB=0.0139291;REVB=-0.00257424;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297497;STB=0.515137;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.000679928;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:15:5:0:1:16:5:0:1 chr1 225609884 . A G 1636.83 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00030573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.116;QD=59.5211;RBI=0.00662611;REFB=0;REVB=0.00661906;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42255e-05;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:105:110:1:57:48:0:0:61:49:0:0 chr1 225611661 . C T 1055.68 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.173;QD=59.475;RBI=0.0521254;REFB=0;REVB=0.0100256;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165486;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:38:31:0:0:38:33:0:0 chr1 225682560 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5081;QD=40.7628;RBI=0.0152449;REFB=0;REVB=-0.0119175;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713265;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 226019653 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.535;QD=59.8394;RBI=0.0292372;REFB=0;REVB=-0.00173963;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87321e-05;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr1 226027659 . C T 249.25 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0135521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.908;QD=19.9401;RBI=0.0141324;REFB=0.0156143;REVB=-0.0040081;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216291;STB=0.621611;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.0171026;OID=.;OPOS=226027659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:17:9:14:10:17:9 chr1 226033030 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.148986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5386;QD=14.6537;RBI=0.151505;REFB=0.0182732;REVB=-0.0275122;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00941467;OID=.;OPOS=226033030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:2:6:6:2:2:6 chr1 226034774 . C T 123.56 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0304868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.566;QD=17.6508;RBI=0.0306758;REFB=-0.0582873;REVB=-0.00339993;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524293;STB=0.811913;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0457249;OID=.;OPOS=226034774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:1:13:8:6:1:13:8:6 chr1 226036634 . A G 107.12 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0762476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.3821;QD=12.2426;RBI=0.0778173;REFB=-0.0270245;REVB=-0.0155512;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.513997;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.035444;OID=.;OPOS=226036634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:22:12:13:0.371429:7:5:7:11:8:5:8:14 chr1 226054333 . G A 128.31 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0339947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5069;QD=12.8311;RBI=0.0703661;REFB=-0.0425954;REVB=0.0616096;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163677;STB=0.596762;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0730608;OID=.;OPOS=226054333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:10:15:11:4:10:15 chr1 226055595 . G A 101.36 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00219705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8183;QD=16.893;RBI=0.0646891;REFB=-0.00259063;REVB=0.0646518;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347389;STB=0.642602;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00236134;OID=.;OPOS=226055595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:11:12:0.5:2:9:6:6:3:9:6:6 chr1 226074563 . T G 63.61 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00546711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6836;QD=9.08674;RBI=0.0856907;REFB=-0.0120738;REVB=-0.0855161;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30003;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0249266;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:11:7:6:3:12:7 chr1 226420811 . G A 77.19 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0190056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.544;QD=12.8647;RBI=0.0326005;REFB=-0.00616008;REVB=-0.0264873;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569313;STB=0.562383;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0117329;OID=.;OPOS=226420811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:24:12:14:10:10:0.416667:7:3:3:9:7:3:3:11 chr1 226474132 . G A 990.21 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.818;QD=59.1172;RBI=0.00405987;REFB=0;REVB=-0.00186955;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.889e-06;OID=.;OPOS=226474132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:33:32:0:0:35:32:0:0 chr1 226555302 . A G 169.11 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0172096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2703;QD=13.0088;RBI=0.0174944;REFB=-0.0175129;REVB=-0.00314389;RO=31;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20686;STB=0.613515;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0426378;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:15:5:13:18:15:5:13:19 chr1 226570840 . T C 42.82 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0131018;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.733;QD=5.19057;RBI=0.013961;REFB=-0.00286699;REVB=0.00482208;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219624;STB=0.643674;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00475389;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:10:16:3:4:10:16 chr1 226573364 . A G 271.68 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0269175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.19;QD=45.2797;RBI=0.0391925;REFB=-0.0189029;REVB=0.0284869;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658702;STB=0.533304;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00350968;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:24:2:2:21:22:0.916667:13:8:0:2:14:8:0:2 chr1 226589833 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00701714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.852;QD=12.3961;RBI=0.0245579;REFB=-0.0209469;REVB=-0.023534;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0237733;OID=.;OPOS=226589833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr1 226589958 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.025363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.672;QD=16.884;RBI=0.0254223;REFB=-0.0308759;REVB=0.00173479;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0331795;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:10:7:6:9:10:7 chr1 226613287 . A G 217.98 PASS AF=0.525;AO=15;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0466307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5899;QD=21.7984;RBI=0.155548;REFB=0.0163896;REVB=-0.148394;RO=15;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538459;STB=0.664964;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0198057;OID=.;OPOS=226613287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:19:15:21:0.525:2:13:5:10:8:13:5:14 chr1 226923505 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.698;QD=55.0987;RBI=0.0446715;REFB=0;REVB=0.0430012;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108428;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr1 227069677 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.195;QD=45.8068;RBI=0.0130431;REFB=0;REVB=0.0128634;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98873e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 227069737 . C T 67.64 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0654612;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.066;QD=38.6488;RBI=0.0850685;REFB=0;REVB=0.0543275;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00665811;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 227071525 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.846;QD=62.9788;RBI=0.0194498;REFB=0;REVB=-0.0136217;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220571;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr1 227172290 . C T 171.36 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0524776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.621;QD=18.5252;RBI=0.0575514;REFB=0.00185595;REVB=0.0236278;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229074;STB=0.639181;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00039078;OID=.;OPOS=227172290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:5:12:9:10:5:13:9:10 chr1 227174210 . T C 291.46 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00656269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.495;QD=16.896;RBI=0.0066387;REFB=-0.0112728;REVB=0.00100172;RO=36;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205141;STB=0.608911;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0165795;OID=.;OPOS=227174210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:37:32:32:0.463768:11:21:16:20:11:21:17:20 chr1 227177731 . A T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00816409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.522;QD=11.8143;RBI=0.0254296;REFB=-0.00810491;REVB=0.0240834;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103286;STB=0.561697;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0153281;OID=.;OPOS=227177731;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:7:16:10:3:7:16 chr1 227178127 . A G 46.74 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0110359;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.651;QD=8.90227;RBI=0.0186014;REFB=-0.00233822;REVB=0.014974;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194284;STB=0.639616;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0106717;OID=.;OPOS=227178127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:8:5:4:3:9:5 chr1 227178948 . G A 68.71 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0224879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8996;QD=10.5709;RBI=0.022592;REFB=-0.0201335;REVB=-0.0021659;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633357;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0431223;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:26:15:16:9:10:0.384615:7:2:4:11:7:3:5:11 chr1 227178962 . T C 76.64 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00287618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6078;QD=12.7731;RBI=0.039286;REFB=-0.0128269;REVB=0.0391806;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276263;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0564948;OID=.;OPOS=227178962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:8:2:6:8:8:2:6:8 chr1 227182033 . G A 800.84 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.212;QD=57.2027;RBI=0.0808739;REFB=0;REVB=0.0803969;RO=0;SAF=38;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317277;OID=.;OPOS=227182033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:46:56:1:8:38:0:0:16:40:0:0 chr1 227182575 . A G 296.32 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00863678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.381;QD=28.9097;RBI=0.0189443;REFB=-0.00357264;REVB=0.016861;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699087;STB=0.526296;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00100495;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:15:26:26:0.634146:14:12:8:6:14:12:8:7 chr1 227216662 . T C 619.01 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9443;QD=58.9532;RBI=0.0318369;REFB=-0.118549;REVB=-0.00549811;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0038406;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:17:24:0:1:17:24:0:1 chr1 227216775 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.85;QD=59.4355;RBI=0.0136193;REFB=0;REVB=-0.00350294;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88724e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr1 227221123 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.010275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.499;QD=8.8111;RBI=0.0124945;REFB=-0.00886464;REVB=-0.00710904;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434685;STB=0.776761;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00860922;OID=.;OPOS=227221123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:5:6:1:5:5:6 chr1 227504794 . T C 310.58 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0126457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.942;QD=16.3463;RBI=0.0159333;REFB=-0.00334339;REVB=0.00969308;RO=42;SAF=14;SAR=20;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156815;STB=0.588183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00467804;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:20:14:24:18:20:14:24:18 chr1 227681475 . T C 2231.37 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469511;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.916;QD=61.1334;RBI=0.0889995;REFB=0;REVB=0.0756076;RO=0;SAF=78;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00418714;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:146:0:0:132:146:1:54:78:0:0:58:88:0:0 chr1 227681476 . G C 32.86 PASS AF=0.0748299;AO=11;DP=147;FAO=11;FDP=147;FR=.;FRO=136;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=79;FSRR=57;FWDB=-0.0411935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1209;QD=0.89427;RBI=0.0530598;REFB=-0.0229611;REVB=0.033443;RO=136;SAF=10;SAR=1;SRF=79;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41067;STB=0.866197;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0499243;OID=.;OPOS=227681476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:147:147:136:136:11:11:0.0748299:1:10:79:57:1:10:79:57 chr1 227920103 . G A 290.09 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00765949;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7228;QD=16.343;RBI=0.0661787;REFB=-0.00395419;REVB=0.0657339;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966392;STB=0.513361;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00610673;OID=.;OPOS=227920103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:38:39:32:32:0.450704:14:18:21:17:14:18:21:18 chr1 227935444 . A G 192.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0416509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.572;QD=20.3143;RBI=0.052948;REFB=-0.0269395;REVB=-0.0326909;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.617508;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0113794;OID=.;OPOS=227935444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:18:16:16:0.421053:8:8:5:9:8:8:5:13 chr1 227946825 . A T 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0168006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.041;QD=22.5341;RBI=0.018586;REFB=-0.00520483;REVB=-0.00794861;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253173;STB=0.639866;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00376134;OID=.;OPOS=227946825;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:16:8:21:11:16:8 chr1 227963491 . G T 297.42 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0228902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.525;QD=23.3274;RBI=0.0236845;REFB=-0.0471722;REVB=-0.00608242;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11941;STB=0.548987;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.031791;OID=.;OPOS=227963491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:21:29:30:0.588235:14:15:8:14:15:15:8:13 chr1 228003839 . C T 192.93 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0323015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.271;QD=12.0579;RBI=0.0368761;REFB=-0.031681;REVB=-0.0177893;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267158;STB=0.65372;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0545445;OID=.;OPOS=228003839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:15:9:25:15:15:9:25:15 chr1 228033197 . A G 393.87 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5177;QD=56.2673;RBI=0.063237;REFB=0;REVB=0.0630051;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060803;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:12:16:0:0 chr1 228113046 . C T 303.86 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0103428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.758;QD=19.9253;RBI=0.0123038;REFB=-0.0218074;REVB=0.00666405;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206636;STB=0.511475;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0141574;OID=.;OPOS=228113046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:17:12:14:18:17:12 chr1 228113163 . A G 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2355;QD=57.1681;RBI=0.00936309;REFB=0;REVB=0.00372227;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18563e-05;OID=.;OPOS=228113163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr1 228284991 . C T 109.44 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0228331;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.844;QD=12.8755;RBI=0.0608344;REFB=-0.0114388;REVB=-0.0563868;RO=19;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291849;STB=0.756242;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0192517;OID=.;OPOS=228284991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:19:21:12:13:0.382353:1:11:15:4:1:12:15:6 chr1 228352160 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9219;QD=43.4846;RBI=0.0589268;REFB=0;REVB=-0.00570737;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222461;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 228391808 . G T 395.79 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0289388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9313;QD=20.2969;RBI=0.0350256;REFB=0.00297783;REVB=0.0197316;RO=36;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119109;STB=0.564071;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00445054;OID=.;OPOS=228391808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:20:20:23:13:20:20:24:14 chr1 228399482 . C G 772.85 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.729;QD=61.8282;RBI=0.0223568;REFB=-0.0992994;REVB=0.0178417;RO=0;SAF=39;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5238;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000486285;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:10:39:0:0:10:39:0:1 chr1 228399766 . T C 345.23 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780956;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.661;QD=55.2362;RBI=0.0279649;REFB=0;REVB=0.0268523;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72542e-05;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr1 228402047 . A G 1732.83 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00825342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8098;QD=59.7529;RBI=0.0289143;REFB=-0.0999311;REVB=-0.0277114;RO=1;SAF=66;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00714126;STB=0.503759;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000203699;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:49:66:1:0:49:66:1:0 chr1 228402121 . A G 1305.13 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.221;QD=60.7039;RBI=0.110475;REFB=0;REVB=0.0241778;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633938;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:36:47:0:0:39:47:0:0 chr1 228412227 . T C 215.37 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=25;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0374059;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6857;QD=35.8949;RBI=0.0379236;REFB=-0.0148009;REVB=-0.0062448;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820712;STB=0.5045;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00480801;OID=.;OPOS=228412227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:25:24:5:5:19:19:0.791667:11:8:2:3:11:8:2:3 chr1 228412308 . G A 267.16 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.005261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.002;QD=28.1215;RBI=0.01689;REFB=-0.0260869;REVB=-0.0160498;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645036;STB=0.535491;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0107868;OID=.;OPOS=228412308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:17:7:3:11:17:7:3:11 chr1 228431095 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.066;QD=63.583;RBI=0.0105799;REFB=0;REVB=0.0102758;RO=0;SAF=38;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07044e-05;OID=.;OPOS=228431095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:9:38:0:0:9:38:0:0 chr1 228432054 . CGGGGG CGGGGA,CGGGG 48.37 PASS AF=0,0.4;AO=2,8;DP=30;FAO=0,12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00196843,0.119125;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=33.2356,9.67525;QD=6.44944;RBI=0.16402,0.249348;REFB=-0.0207303,-0.126022;REVB=0.164008,0.219052;RO=19;SAF=2,7;SAR=0,1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.526746,0.512194;STB=0.5,0.66637;STBP=1,0.15;TYPE=snp,del;VARB=0,0.169673;OID=.,.;OPOS=228432059,228432055;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:2,8:30:0,12:30:18:0,9:0,3:9:9:48:19:2,7:0,1:9:10 chr1 228433217 . A G 347.0 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.276;QD=51.4073;RBI=0.0343565;REFB=-0.119987;REVB=-0.0153155;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00743279;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:18:8:0:1:18:8:0:1 chr1 228433346 . C T 138.91 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.032335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3907;QD=19.8438;RBI=0.0342276;REFB=-0.0166702;REVB=-0.0112238;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344223;STB=0.633628;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0156895;OID=.;OPOS=228433346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:10:13:15:15:0.535714:6:9:1:9:6:9:4:9 chr1 228434395 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.043;QD=59.4355;RBI=0.0219623;REFB=0;REVB=0.0198631;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107879;OID=.;OPOS=228434395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 228434467 . T C 267.61 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00352001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.01;QD=50.974;RBI=0.0391902;REFB=0;REVB=0.0390318;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111634;OID=.;OPOS=228434467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:5:14:0:0:6:15:0:0 chr1 228437772 . G A 150.51 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0619727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4554;QD=12.5425;RBI=0.0931788;REFB=-0.0185259;REVB=0.0695822;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113664;STB=0.56693;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0305863;OID=.;OPOS=228437772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:6:11:17:14:6:11:17:14 chr1 228444565 . T A 172.35 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.655;QD=45.9605;RBI=0.0243415;REFB=0;REVB=0.0199753;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140631;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:10:5:0:0 chr1 228451826 . C T 374.76 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0958722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1928;QD=49.9685;RBI=0.10338;REFB=-0.119444;REVB=0.0386772;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265944;STB=0.507457;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.012529;OID=.;OPOS=228451826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:11:17:1:0:11:17:1:1 chr1 228452032 . G A 153.28 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0115794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.486;QD=13.9341;RBI=0.0186184;REFB=-0.0184787;REVB=0.0145794;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342576;STB=0.519976;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0298895;OID=.;OPOS=228452032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:13:4:7:20:13:4:7:20 chr1 228456147 . T C 400.06 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2398;QD=53.3413;RBI=0.0185253;REFB=-0.0260636;REVB=-0.00704075;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00931041;OID=.;OPOS=228456147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr1 228461129 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.456;QD=61.3338;RBI=0.0329618;REFB=0;REVB=0.00100692;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221866;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 228463292 . G A 99.26 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0448074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.611;QD=14.7051;RBI=0.0480647;REFB=-0.00569827;REVB=0.0173929;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298853;STB=0.677626;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0191325;OID=.;OPOS=228463292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:6:9:10:2:6:9 chr1 228463433 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0656867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7879;QD=16.8999;RBI=0.0657965;REFB=0.0232326;REVB=0.00380008;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0224705;OID=.;OPOS=228463433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr1 228464248 . T G 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.618;QD=61.3264;RBI=0.0547086;REFB=0;REVB=0.040555;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237803;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr1 228464276 . T C 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00233615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.309;QD=54.0132;RBI=0.00592604;REFB=-0.203688;REVB=0.00544613;RO=2;SAF=22;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406472;STB=0.521727;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00214169;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:13:22:2:0:13:22:2:0 chr1 228467711 . G A 306.27 PASS AF=0.425;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0266018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.931;QD=15.3134;RBI=0.0500638;REFB=-0.0453906;REVB=-0.0424115;RO=43;SAF=9;SAR=25;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741694;STB=0.543452;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0500068;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:43:46:34:34:0.425:25:9:14:29:25:9:15:31 chr1 228468244 . G A 178.46 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0124381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.97;QD=22.3079;RBI=0.0166093;REFB=-0.00647838;REVB=-0.0110074;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422746;STB=0.518096;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00711554;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:14:18:18:0.5625:7:11:8:4:7:11:8:6 chr1 228468458 . G A 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00341453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.394;QD=21.0636;RBI=0.00638526;REFB=-0.0306144;REVB=0.00539561;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752953;STB=0.542219;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0276579;OID=.;OPOS=228468458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:15:9:11:13:15:9 chr1 228469870 . C T 294.27 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0553055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.905;QD=21.7976;RBI=0.0554841;REFB=-0.016282;REVB=0.00444873;RO=24;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141097;STB=0.578458;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0133194;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:21:9:11:13:21:9:11:13 chr1 228469903 . AG TT 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0037366;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.718;QD=17.9561;RBI=0.00714267;REFB=-0.00809469;REVB=-0.00608733;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.599867;STBP=0.313;TYPE=mnp;VARB=0.00538659;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:7:10:12:4:7:10 chr1 228475848 . G A 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00115305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.434;QD=18.2488;RBI=0.0225484;REFB=-0.0207097;REVB=0.0225189;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261844;STB=0.646889;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.029665;OID=.;OPOS=228475848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:13:2:6:9:13:2 chr1 228480282 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.681;QD=52.613;RBI=0.0186434;REFB=0;REVB=0.0179215;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10686e-05;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr1 228482010 . C T 348.19 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.016683;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.654;QD=16.1948;RBI=0.0190962;REFB=-0.0170635;REVB=0.00929193;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163849;STB=0.604984;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0207169;OID=.;OPOS=228482010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:49:37:37:0.430233:24:13:24:23:24:13:26:23 chr1 228492044 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0195988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8787;QD=19.9272;RBI=0.0230146;REFB=0.0045542;REVB=-0.0120648;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173541;STB=0.599822;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00489046;OID=.;OPOS=228492044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:5:4:3:9:5:4 chr1 228494696 . G A 164.07 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0235628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.389;QD=12.3826;RBI=0.0529247;REFB=-0.0380291;REVB=0.04739;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094944;STB=0.55486;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0412393;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:21:12:9:11:21:12 chr1 228494790 . G A 407.55 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00879016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.64;QD=25.8763;RBI=0.00879467;REFB=-0.0423788;REVB=0.000281448;RO=23;SAF=22;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117313;STB=0.571856;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0233228;OID=.;OPOS=228494790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:24:39:39:0.619048:17:22:9:14:17:22:9:15 chr1 228503677 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.657;QD=55.6547;RBI=0.0537374;REFB=0;REVB=-0.0315225;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18485e-05;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr1 228504472 . T C 582.78 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00782674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0427;QD=58.2784;RBI=0.00783817;REFB=-0.152317;REVB=0.000423049;RO=1;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164521;STB=0.508767;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00308393;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:11:28:1:0:11:28:1:0 chr1 228504670 . C T 91.0 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0306831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8131;QD=17.3327;RBI=0.0308757;REFB=-0.0238484;REVB=-0.00344344;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144334;STB=0.584248;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0234781;OID=.;OPOS=228504670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:7:3:2:9:7:3 chr1 228505204 . G A 331.28 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0359696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6185;QD=26.5024;RBI=0.0407434;REFB=-0.0668837;REVB=0.0191368;RO=20;SAF=20;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22563;STB=0.635741;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0638806;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:9:20:8:12:9:20:8:13 chr1 228505668 . C G 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.797;QD=59.4232;RBI=0.0264148;REFB=0;REVB=-0.0262705;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149073;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr1 228505699 . T C 349.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00757968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0368;QD=51.8027;RBI=0.0679788;REFB=-0.0684712;REVB=0.0675549;RO=0;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08431e-08;STB=0.509796;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00661843;OID=.;OPOS=228505699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:0:1:26:26:0.962963:25:1:0:0:25:1:0:1 chr1 228505727 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0249844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.938;QD=24.2462;RBI=0.0255453;REFB=-0.0182936;REVB=-0.00532376;RO=20;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.010449;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:20:5:4:16:20:5:4:16 chr1 228509427 . A G 855.28 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507567;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8229;QD=57.9848;RBI=0.0602529;REFB=0;REVB=0.0324679;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187624;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:29:28:0:0:29:30:0:0 chr1 228520973 . C G 178.01 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0457639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6494;QD=15.4787;RBI=0.0609428;REFB=-0.00463783;REVB=-0.0402453;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156229;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00867223;OID=.;OPOS=228520973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:8:11:11:15:8:11:12:15 chr1 228524961 . C A 455.4 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0117315;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.583;QD=19.7998;RBI=0.0133787;REFB=-0.0176488;REVB=0.00643135;RO=45;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172768;STB=0.598285;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0200017;OID=.;OPOS=228524961;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:45:47:45:45:0.48913:14:31:23:22:14:31:24:23 chr1 228526665 . T C 2406.24 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811625;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.558;QD=61.3054;RBI=0.0827997;REFB=0;REVB=-0.0163841;RO=0;SAF=47;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87085e-05;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:109:47:0:0:110:47:0:0 chr1 228528563 . C G 805.82 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.184;QD=64.4654;RBI=0.0176778;REFB=0;REVB=-0.00266761;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31587e-05;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:27:22:1:0:27:23:0:0 chr1 228547295 . CA AC 35.46 PASS AF=0.148148;AO=5;DP=30;FAO=4;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0172163;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=56.9664;QD=5.25397;RBI=0.0728475;REFB=-0.0239269;REVB=-0.0707839;RO=16;SAF=2;SAR=3;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613336;STB=0.822141;STBP=0.241;TYPE=mnp;VARB=0.129997;OID=.;OPOS=228547295;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:30:27:16:19:5:4:0.148148:3:2:15:1:3:1:13:6 chr1 228548197 . G A 195.23 PASS AF=0.538462;AO=18;DP=36;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00482687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.194;QD=20.0231;RBI=0.0219682;REFB=-0.00960988;REVB=0.0214314;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.514692;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0106911;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:17:18:18:21:0.538462:7:11:9:8:10:11:10:8 chr1 228550426 . C T 525.53 PASS AF=0.524272;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00978753;FXX=0.00961446;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.241;QD=20.4087;RBI=0.021598;REFB=-0.0186484;REVB=0.019253;RO=46;SAF=28;SAR=26;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758807;STB=0.544781;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0173937;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:46:49:54:54:0.524272:26:28:28:18:26:28:30:19 chr1 228558891 . CCG CC,C 348.36 PASS AF=1,0;AO=24,8;DP=37;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167402,-0.114178;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=13.9045,6.85126;QD=37.6607;RBI=0.19106,0.123895;REFB=0,0;REVB=0.0920892,0.0480955;RO=3;SAF=9,7;SAR=15,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.384615,0.416667;SSSB=0.0091406,0.379258;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0107163,0;OID=.,.;OPOS=228558893,228558892;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:24,8:37:37,0:37:0:19,0:18,0:0:0:7:3:9,7:15,1:1:2 chr1 228559735 . G A 159.24 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0276749;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.982;QD=16.3328;RBI=0.0316556;REFB=-0.00675562;REVB=0.0153682;RO=20;SAF=1;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526679;STB=0.846015;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0100893;OID=.;OPOS=228559735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:22:17:17:0.435897:16:1:7:13:16:1:9:13 chr1 228559994 . C T 348.13 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0479836;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.668;QD=22.8285;RBI=0.0519001;REFB=0.00189431;REVB=0.0197786;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124324;STB=0.506845;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.000724812;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:26:26:35:35:0.57377:21:14:10:16:21:14:10:16 chr1 228560139 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.481;QD=45.8064;RBI=0.0418057;REFB=0;REVB=-0.038908;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316125;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr1 228560700 . T C 1086.69 PASS AF=0.529703;AO=106;DP=202;FAO=107;FDP=202;FR=.;FRO=95;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0453998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5914;QD=21.5187;RBI=0.0697087;REFB=-0.036769;REVB=-0.0528977;RO=92;SAF=54;SAR=52;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802513;STB=0.500278;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0246638;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:92:95:106:107:0.529703:52:54:46:46:53:54:48:47 chr1 228564884 . G A 192.83 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00793673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.948;QD=13.7736;RBI=0.0180118;REFB=-0.00761364;REVB=0.0161689;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281182;STB=0.506324;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0109396;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:10:13:18:14:10:13:19:14 chr1 228597103 . C A 145.99 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000709198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.144;QD=16.6847;RBI=0.00585262;REFB=-0.00894712;REVB=0.00580949;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670294;STB=0.555485;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0216718;OID=.;OPOS=228597103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:6:10:10:8:6:10:10:9 chr1 228602660 . G C 371.64 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00732237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3304;QD=22.1874;RBI=0.00814147;REFB=-0.0146527;REVB=-0.00355899;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719814;STB=0.534184;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00921563;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:29:29:37:38:0.567164:21:16:10:19:22:16:10:19 chr1 228612838 . G T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0578031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.057;QD=7.76208;RBI=0.0578469;REFB=-0.0196181;REVB=0.00225113;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375164;STB=0.74376;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0214786;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:6:7:5:1:6:7 chr1 228699477 . T C 84.51 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0108399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4878;QD=10.9047;RBI=0.0116599;REFB=-0.0271726;REVB=-0.00429513;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151945;STB=0.602234;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0811056;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:6:5:6:13:6:5:6:14 chr1 228743499 . C A 1611.19 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648878;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.976;QD=59.6736;RBI=0.0649578;REFB=0;REVB=0.00301496;RO=1;SAF=60;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202667;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:1:0:106:108:1:46:60:1:0:47:61:0:0 chr1 228783671 . C T 150.31 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0335208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7813;QD=9.85606;RBI=0.0342339;REFB=0.0114252;REVB=0.00695083;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072444;STB=0.529174;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.033653;OID=.;OPOS=228783671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:41:20:20:0.327869:7:13:23:16:7:13:25:16 chr1 228871693 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0227522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.717;QD=12.7388;RBI=0.0454454;REFB=-0.0131101;REVB=0.0393398;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0201381;OID=.;OPOS=228871693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:8:2:4:4:8:2 chr1 229663064 . GAGGAA G 137.48 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059053;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=5;MLLD=169.186;QD=45.8275;RBI=0.0616677;REFB=0;REVB=-0.0177666;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0013441;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:13:12:12:0:4:8:0:0:3:0:4:8:0:0 chr1 229730452 . G A 91.97 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00763423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.298;QD=18.394;RBI=0.0429915;REFB=0.00321772;REVB=-0.0423083;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00424117;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:5:4:5:6:5:4 chr1 229737680 . C T 250.34 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0188286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.862;QD=20.0269;RBI=0.0471263;REFB=-0.0236541;REVB=0.0432015;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104174;STB=0.550681;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0361307;OID=.;OPOS=229737680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:16:8:11:14:16:8:11:15 chr1 229738170 . T G 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.446;QD=60.3734;RBI=0.0414024;REFB=0;REVB=0.0357741;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132138;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr1 229738236 . G A 289.39 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100271;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=116.506;QD=46.3025;RBI=0.0364197;REFB=-0.115609;REVB=0.0350122;RO=2;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589862;STB=0.531991;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00165295;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:18:5:1:1:18:5:1:1 chr1 229772693 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.617;QD=45.8046;RBI=0.12995;REFB=0;REVB=0.0479674;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921732;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 229772932 . A G 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0123373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.716;QD=18.9137;RBI=0.0194475;REFB=-0.0124213;REVB=-0.0150331;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119257;STB=0.566283;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0104263;OID=.;OPOS=229772932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:8:20:17:12:8:20 chr1 229773441 . C T 254.39 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.022595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5915;QD=15.4174;RBI=0.0226568;REFB=0.00306534;REVB=0.00167143;RO=36;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112594;STB=0.571379;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00128992;OID=.;OPOS=229773441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:17:12:19:17:17:12:20:17 chr1 229773702 . G A 352.09 PASS AF=0.529412;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0183501;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.01;QD=20.7111;RBI=0.0239147;REFB=-0.0431269;REVB=0.0153358;RO=29;SAF=24;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375201;STB=0.537362;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0393592;OID=.;OPOS=229773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:29:32:35:36:0.529412:11:24:20:9:11:25:20:12 chr1 229790048 . A G 2157.7 PASS AF=1;AO=135;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9607;QD=62.9984;RBI=0.0323199;REFB=0;REVB=-0.0313916;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102286;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:135:137:1:75:60:0:0:77:60:0:0 chr1 230384937 . T C 40.8 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00220241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.763;QD=3.54776;RBI=0.00603085;REFB=-0.00830561;REVB=-0.00561431;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860255;STB=0.549857;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0454915;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:46:38:39:7:7:0.152174:3:4:19:19:3:4:20:19 chr1 230415148 . G A 209.27 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00297348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.062;QD=13.951;RBI=0.016085;REFB=-0.0241611;REVB=-0.0158077;RO=35;SAF=10;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618541;STB=0.535184;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0389467;OID=.;OPOS=230415148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:15:10:12:23:15:10:12:23 chr1 230415293 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000333373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.451;QD=14.6578;RBI=0.0262604;REFB=-0.0049669;REVB=-0.0262582;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107692;STB=0.562406;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00706593;OID=.;OPOS=230415293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:11:6:6:7:11:6 chr1 230416319 . A C 637.78 PASS AF=0.590476;AO=59;DP=103;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.000171866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.295;QD=24.2964;RBI=0.00704805;REFB=-0.0239772;REVB=0.00704595;RO=38;SAF=20;SAR=39;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123441;STB=0.586332;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0127458;OID=.;OPOS=230416319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:38:43:59:62:0.590476:39:20:19:19:40:22:24:19 chr1 230417557 . T C 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0310434;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.267;QD=42.7835;RBI=0.0317415;REFB=-0.0386435;REVB=0.00662066;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368142;STB=0.519982;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00242842;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:11:11:1:2:11:11:1:2 chr1 230417560 . A G 313.39 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.062688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5739;QD=50.143;RBI=0.0635178;REFB=-0.129091;REVB=0.0102335;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00682864;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:11:12:0:1:12:12:0:1 chr1 230461079 . G A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.129;QD=64.1515;RBI=0.0467133;REFB=0;REVB=0.0459634;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241644;OID=.;OPOS=230461079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr1 230810756 . T A 247.06 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00445813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.13;QD=15.9396;RBI=0.0054794;REFB=-0.000447168;REVB=0.00318574;RO=34;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133746;STB=0.564471;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.000466273;OID=.;OPOS=230810756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:14:13:21:13:14:14:21:13 chr1 230829139 . A G 156.19 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0699647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2754;QD=24.0288;RBI=0.102831;REFB=-0.036284;REVB=0.0753598;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203027;STB=0.602295;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0210059;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:10:10:15:16:0.615385:10:5:1:9:11:5:1:9 chr1 230839998 . T TGGC 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0203566;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=168.129;QD=10.034;RBI=0.048069;REFB=-0.0543701;REVB=-0.0435459;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=ins;VARB=0.0437761;OID=.;OPOS=230839999;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:5:12:5:12:7:4:1:6:1:30:7:4:1:6:1 chr1 230841687 . T C 945.91 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6615;QD=58.2096;RBI=0.0578706;REFB=0;REVB=-0.0576924;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189504;OID=.;OPOS=230841687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:34:30:0:0:35:30:0:0 chr1 230845794 . A G 719.2 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.966;QD=62.539;RBI=0.0254784;REFB=0;REVB=0.0226619;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147556;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr1 230898494 . C T 245.18 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.000796324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2262;QD=11.0191;RBI=0.0141954;REFB=-0.00291899;REVB=0.0141731;RO=57;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141737;STB=0.506489;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00435984;OID=.;OPOS=230898494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:57:59:30:30:0.337079:17:13:24:33:17:13:25:34 chr1 230914729 . A C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0233097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.056;QD=14.8341;RBI=0.0284136;REFB=-0.0103702;REVB=-0.0162478;RO=30;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257162;STB=0.647345;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0126631;OID=.;OPOS=230914729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:7:15:13:17:7:15:13:17 chr1 230974609 . C T 990.5 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.26;QD=59.1342;RBI=0.00710781;REFB=0;REVB=-0.00380375;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03999e-06;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:25:40:0:0:25:42:0:0 chr1 231057247 . AC CT,TC 791.07 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=5,45;DP=51;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=4,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00051041,0.11837;FXX=0.0172384;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=101.535,79.6862;QD=55.5136;RBI=0.00348667,0.121884;REFB=0,0;REVB=0.00344911,0.0290556;RO=0;SAF=0,21;SAR=5,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.143297,-0.000763047;OID=.,.;OPOS=231057247,231057247;OREF=AC,A;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:51:57:0:0:5,45:4,53:0.0701754,0.929825:5,24:0,21:0:0:4,28:0,25:0:0 chr1 231488524 . C T 651.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1734;QD=62.0141;RBI=0.00870724;REFB=0;REVB=0.0033789;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97407e-05;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr1 231903010 . C T 157.83 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00730935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.156;QD=16.6137;RBI=0.0144379;REFB=-0.0193917;REVB=-0.012451;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172385;STB=0.591431;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0214859;OID=.;OPOS=231903010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:14:3:6:14:14:3:6:15 chr1 231906589 . C T 154.9 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00988807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.701;QD=10.6824;RBI=0.0235746;REFB=-0.0335332;REVB=-0.0214006;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503323;STB=0.531883;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0374818;OID=.;OPOS=231906589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:38:20:20:0.344828:8:12:20:16:8:12:21:17 chr1 232534957 . T C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0424332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.194;QD=21.6116;RBI=0.0424507;REFB=-0.0305297;REVB=-0.00121959;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110704;STB=0.572893;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0355658;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:10:14:10:12:10:14:10:13 chr1 232539219 . C T 447.88 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00283953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7619;QD=26.739;RBI=0.00304395;REFB=-0.0260434;REVB=0.00109665;RO=25;SAF=15;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170846;STB=0.593361;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0243357;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:27:15:15:10:27:15:15:10 chr1 232574921 . T C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0407074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5048;QD=5.39728;RBI=0.0417163;REFB=-0.00300156;REVB=-0.00911888;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189758;STB=0.624716;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0153029;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:3:6:18:17:3:6:18:17 chr1 232650750 . A G 786.57 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.606;QD=56.1836;RBI=0.0201916;REFB=0;REVB=-0.00532868;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026237;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:25:31:0:0 chr1 232650867 . C T 152.74 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.000176627;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.317;QD=20.3651;RBI=0.0160634;REFB=-0.0288703;REVB=-0.0160624;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27196;STB=0.592887;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0298643;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:30:16:14:13:13:0.433333:7:6:12:4:6:7:10:4 chr1 232944569 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0300799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.983;QD=27.3906;RBI=0.0302193;REFB=-0.00548277;REVB=0.0028995;RO=11;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290777;STB=0.516113;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00256013;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:10:10:5:6:10:10:5:6 chr1 232944926 . A T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0348099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.317;QD=9.44487;RBI=0.0350276;REFB=-0.00560914;REVB=0.00389969;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.686962;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0105659;OID=.;OPOS=232944926;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:2:8:3:3:2:8 chr1 232967889 . T C 550.92 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397389;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.387;QD=59.5589;RBI=0.0466073;REFB=0;REVB=0.0243529;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343213;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr1 233086456 . T C 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.111758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7618;QD=15.1606;RBI=0.111892;REFB=-0.0121743;REVB=-0.00546083;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150381;STB=0.594156;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0146121;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:11:5:4:17:11:5:4:18 chr1 233086483 . GCC G,GC 189.83 PASS AF=0,1;AO=3,22;DP=29;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439166,0.0720643;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=10.235,9.97657;QD=25.3103;RBI=0.0439181,0.0720727;REFB=-0.0277025,-0.0252817;REVB=0.000355393,0.00110142;RO=3;SAF=0,5;SAR=3,17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0749044;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0306244,0.00370892;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,22:29:0,30:30:0:0,5:0,25:0:0:3:3:0,5:3,17:0:3 chr1 233120192 . G A 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.000804678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.394;QD=5.90471;RBI=0.0045354;REFB=-0.00511418;REVB=-0.00446344;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422197;STB=0.784207;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0151547;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:7:1:11:16:7:1:11:16 chr1 233121791 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00650149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5111;QD=14.1696;RBI=0.0122234;REFB=-0.00908049;REVB=-0.0103509;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234457;STB=0.636111;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0152075;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:3:9:5:5:3:9 chr1 233122127 . C T 59.52 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00946653;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.371;QD=12.5306;RBI=0.0108301;REFB=-0.0248927;REVB=-0.00526073;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0524335;OID=.;OPOS=233122127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:20:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:8:3:5:3:8:3 chr1 233134086 . C T 340.63 PASS AF=0.430233;AO=34;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0141118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.714;QD=15.8433;RBI=0.0323324;REFB=-0.00750581;REVB=0.0290902;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861742;STB=0.529545;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00723427;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:48:49:34:37:0.430233:17:17:28:20:17:20:29:20 chr1 233515413 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0272727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.624;QD=15.9168;RBI=0.028714;REFB=-0.000258586;REVB=-0.00898298;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121144;STB=0.569728;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000309241;OID=.;OPOS=233515413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:10:5:6:7:10:5 chr1 233518983 . G GT 242.31 PASS AF=0.362319;AO=42;DP=144;FAO=50;FDP=138;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0387232;FXX=0.028167;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.8688;QD=7.02333;RBI=0.0564422;REFB=-0.0271315;REVB=-0.0410637;RO=99;SAF=14;SAR=28;SRF=46;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164852;STB=0.515092;STBP=0.801;TYPE=ins;VARB=0.0420239;OID=.;OPOS=233518984;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.362319:42:144:50:138:88:21:29:39:49:99:99:14:28:46:53 chr1 233518998 . C T 459.96 PASS AF=0.365517;AO=53;DP=143;FAO=53;FDP=145;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=-0.00910801;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.68;QD=12.6884;RBI=0.0766558;REFB=-0.0244789;REVB=-0.0761128;RO=89;SAF=21;SAR=32;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728682;STB=0.532319;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0404593;OID=.;OPOS=233518998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:145:89:92:53:53:0.365517:32:21:41:48:32:21:41:51 chr1 233520845 . T C 163.96 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0180881;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.027;QD=17.7249;RBI=0.0195653;REFB=-0.00949312;REVB=0.00745802;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.598078;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0102159;OID=.;OPOS=233520845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:19:17:18:0.486486:6:11:8:12:7:11:8:11 chr1 233785716 . T G 456.58 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0282816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.419;QD=23.1178;RBI=0.0289542;REFB=-0.0271367;REVB=-0.00620481;RO=34;SAF=25;SAR=19;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644588;STB=0.540586;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0219602;OID=.;OPOS=233785716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:35:44:44:0.556962:19:25:22:12:19:25:23:12 chr1 234040897 . G A 450.87 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0124742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.605;QD=24.3716;RBI=0.0176468;REFB=-0.0371349;REVB=-0.0124821;RO=30;SAF=17;SAR=26;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364476;STB=0.510466;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.03623;OID=.;OPOS=234040897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:30:31:43:43:0.581081:26:17:12:18:26:17:13:18 chr1 234509259 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.729;QD=59.0184;RBI=0.0534367;REFB=0;REVB=0.0525771;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024473;OID=.;OPOS=234509259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 234509972 . A G 306.11 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0426824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.203;QD=15.3054;RBI=0.0432681;REFB=-0.00456033;REVB=0.00709546;RO=46;SAF=21;SAR=13;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229027;STB=0.62931;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00875246;OID=.;OPOS=234509972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:13:21:18:28:13:21:18:28 chr1 234529552 . C T 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00420494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.135;QD=8.51031;RBI=0.0154169;REFB=-0.0111783;REVB=-0.0148324;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365386;STB=0.723701;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0220084;OID=.;OPOS=234529552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:15:9:7:3:15:9 chr1 234529570 . G A 54.64 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0274781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.655;QD=9.10704;RBI=0.0316932;REFB=-0.0444947;REVB=0.0157927;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291729;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0553932;OID=.;OPOS=234529570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:8:8:6:2:8:8 chr1 234546245 . C T 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0151743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5749;QD=13.4434;RBI=0.0479009;REFB=-0.0177015;REVB=-0.0454339;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.004463;OID=.;OPOS=234546245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:6:7:6:4:6:7 chr1 234563060 . T C 710.56 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00804639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.213;QD=54.6585;RBI=0.0315043;REFB=-0.0197504;REVB=0.0304595;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=5.69906e-05;OID=.;OPOS=234563060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr1 234606998 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0954638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.19;QD=40.7604;RBI=0.0969237;REFB=0;REVB=-0.0167586;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125825;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr1 235040004 . G A 75.59 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.024128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.58;QD=11.6297;RBI=0.0241333;REFB=-0.0132218;REVB=0.000507369;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.028954;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:8:8:5:5:8:8 chr1 235652513 . T C 237.33 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0331991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0975;QD=18.6143;RBI=0.0414509;REFB=0.00349561;REVB=0.0248193;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529666;STB=0.529757;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=-0.00627074;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:12:14:12:13:12:14 chr1 235705001 . G T 647.35 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4601;QD=61.6528;RBI=0.0253542;REFB=0;REVB=-0.00160434;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000307971;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr1 235715523 . A G 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.093;QD=64.4002;RBI=0.050533;REFB=0;REVB=0.0025527;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272174;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr1 236175327 . C A 739.57 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.088;QD=55.8163;RBI=0.0242793;REFB=0;REVB=-0.00237143;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140801;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr1 236175339 . T C 715.55 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145128;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.635;QD=57.2443;RBI=0.0161944;REFB=0;REVB=0.00718608;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96025e-05;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr1 236208773 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.302;QD=57.6805;RBI=0.0376304;REFB=0;REVB=0.0338192;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77728e-05;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 236224068 . CAA CAAA,C,CCA 41.32 PASS AF=0,0.428571,0.357143;AO=2,4,4;DP=15;FAO=0,6,5;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=0,3,2;FSAR=0,3,3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0476852,-0.028388,-0.0544432;FXX=0.0666222;HRUN=14,14,14;LEN=1,2,1;MLLD=3.53726,5.42019,8.43391;QD=11.8059;RBI=0.338189,0.188778,0.20416;REFB=-0.213056,0.152672,0.146464;REVB=-0.33481,0.186631,0.196767;RO=3;SAF=0,3,2;SAR=2,1,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.599865,0.305979,0.115334;STB=0.5,0.555372,0.526212;STBP=1,0.707,0.986;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0519779,0.325439,-0.159023;OID=.,.,.;OPOS=236224069,236224069,236224069;OREF=-,AA,A;OALT=A,-,C;OMAPALT=CAAA,C,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.428571,0.357143:2,4,4:15:0,6,5:14:3:0,3,2:0,3,3:1:2:15:3:0,3,2:2,1,2:1:2 chr1 236381825 . G C 478.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000381328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8838;QD=56.2348;RBI=0.0398624;REFB=-0.0555974;REVB=0.0398606;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00357946;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:16:18:0:0 chr1 236389999 . C T 294.75 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000239043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.679;QD=51.2613;RBI=0.0121569;REFB=0;REVB=0.0121546;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932484;OID=.;OPOS=236389999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr1 236557771 . G A 528.56 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0149839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.665;QD=52.8559;RBI=0.0319987;REFB=-0.0364218;REVB=0.0282737;RO=3;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214906;STB=0.511496;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000435501;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:19:18:1:2:19:18:1:2 chr1 236557804 . G A 179.52 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0548286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.9699;QD=16.6994;RBI=0.107078;REFB=-0.033482;REVB=-0.0919761;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152597;STB=0.606688;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0451685;OID=.;OPOS=236557804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:24:19:19:0.44186:9:10:8:14:9:10:8:16 chr1 236702210 . A G 324.45 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0115102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4777;QD=19.6638;RBI=0.0403664;REFB=-0.00877834;REVB=0.0386906;RO=32;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132649;STB=0.573669;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0166811;OID=.;OPOS=236702210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:19:15:19:13:19:15:19:13 chr1 236706278 . G T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0128589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.943;QD=8.37076;RBI=0.026086;REFB=-0.00340377;REVB=0.0226964;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317173;STB=0.693359;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0100857;OID=.;OPOS=236706278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:10:18:4:7:10:18 chr1 236706283 . G A 82.68 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0179218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4501;QD=9.18689;RBI=0.119033;REFB=0.000545855;REVB=-0.117676;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265869;STB=0.661403;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00948597;OID=.;OPOS=236706283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:10:15:4:7:10:15 chr1 236706300 . T A 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00877724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.53;QD=10.1702;RBI=0.0278236;REFB=-0.00909876;REVB=-0.0264029;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295482;STB=0.677107;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0277537;OID=.;OPOS=236706300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:8:14:4:7:8:14 chr1 236706780 . C T 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00127235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.406;QD=15.0997;RBI=0.0124981;REFB=-0.000830715;REVB=-0.0124331;RO=31;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314645;STB=0.677282;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00153316;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:14:10:23:8:14:10:23:8 chr1 236706862 . G C 308.99 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0102589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8815;QD=18.7268;RBI=0.0208336;REFB=-0.0246312;REVB=0.0181327;RO=33;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236682;STB=0.636281;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0231073;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:33:32:33:0.5:20:12:21:12:21:12:21:12 chr1 236719135 . T C 374.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0750377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4603;QD=55.5041;RBI=0.0898018;REFB=0;REVB=-0.0493326;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290221;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 236721610 . G A 127.52 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0116051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0727;QD=12.4411;RBI=0.0195301;REFB=-0.00994816;REVB=-0.0157081;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978275;STB=0.523779;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0294353;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:14:16:0.390244:3:11:18:7:4:12:18:7 chr1 236721660 . T C 192.04 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00453393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.179;QD=12.3896;RBI=0.00906662;REFB=-0.0228425;REVB=0.00785156;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492534;STB=0.523079;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0492087;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:37:38:23:24:0.387097:11:12:21:16:11:13:22:16 chr1 236721731 . T A,C 796.21 PASS AF=0.0166667,0.983333;AO=3,56;DP=60;FAO=1,59;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149051,0.0608089;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.071,57.2671;QD=53.0805;RBI=0.0171179,0.108951;REFB=-0.0644306,-0.140836;REVB=-0.00841777,0.0904023;RO=0;SAF=0,33;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.136775,0.0074658;OID=.,.;OPOS=236721731,236721731;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:60:60:0:0:3,56:1,59:0.0166667,0.983333:3,23:0,33:0:0:1,25:0,34:0:0 chr1 236723074 . G C 326.05 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0169864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.18;QD=17.3894;RBI=0.0193696;REFB=-0.00858463;REVB=-0.00930819;RO=40;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132399;STB=0.57399;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.011755;OID=.;OPOS=236723074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:17:18:15:25:17:18:15:25 chr1 236723108 . C T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00844288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.541;QD=13.7273;RBI=0.0220904;REFB=-0.0192128;REVB=0.0204133;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135072;STB=0.576963;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0226302;OID=.;OPOS=236723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:14:22:12:13:14:22 chr1 236732427 . G A 63.63 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0133172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.828;QD=10.6054;RBI=0.0174544;REFB=-0.000229795;REVB=-0.0112831;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.000498985;OID=.;OPOS=236732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:23:24:14:15:8:9:0.375:3:5:6:8:4:5:7:8 chr1 236737983 . A G 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0291941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.229;QD=12.7898;RBI=0.0355313;REFB=-0.00297312;REVB=-0.020253;RO=45;SAF=14;SAR=14;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2044;STB=0.61636;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00469176;OID=.;OPOS=236737983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:14:14:31:14:14:14:31:14 chr1 236746443 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=3.29668e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.405;QD=17.0326;RBI=0.0125155;REFB=-0.0191436;REVB=-0.0125154;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225419;STB=0.628278;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0163228;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:7:15:8:10:7:15 chr1 236748433 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00272616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.478;QD=18.7119;RBI=0.0233977;REFB=-0.0427996;REVB=-0.0232384;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.542122;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0227436;OID=.;OPOS=236748433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:10:9:10:8:10:9 chr1 236748505 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0194565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.564;QD=9.76012;RBI=0.054336;REFB=-0.00789583;REVB=-0.0507331;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0182295;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr1 236749626 . C T 255.7 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0275776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.217;QD=17.9435;RBI=0.0417523;REFB=-0.0225875;REVB=-0.0313485;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343208;STB=0.512186;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0165769;OID=.;OPOS=236749626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:18:10:11:17:18:10:11:18 chr1 236749730 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0343417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.324;QD=14.7009;RBI=0.0349675;REFB=-0.0333453;REVB=-0.00658626;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319896;STB=0.705523;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0281511;OID=.;OPOS=236749730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:9:3:8:6:9:3:9:6 chr1 236755837 . C T 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0155394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.192;QD=11.253;RBI=0.0250274;REFB=-0.00192668;REVB=-0.0196188;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252187;STB=0.649658;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0150918;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:3:9:4:4:3:9 chr1 236758887 . T C 150.31 PASS AF=0.447368;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0194745;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.72;QD=15.8224;RBI=0.0305615;REFB=-0.0236326;REVB=0.0235531;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136602;STB=0.545402;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0313358;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:15:17:0.447368:8:7:7:14:10:7:7:14 chr1 236767330 . A G 195.62 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.023588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.97;QD=12.6204;RBI=0.0273892;REFB=-0.018826;REVB=-0.0139204;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866966;STB=0.541632;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0248287;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:24:24:0.387097:13:11:20:17:13:11:20:18 chr1 236882303 . T C 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.096;QD=58.2372;RBI=0.0378773;REFB=0;REVB=0.0333655;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50394e-05;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:46:16:0:0:46:16:0:0 chr1 236883421 . C T 789.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103142;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.617;QD=64.4614;RBI=0.0121716;REFB=0;REVB=-0.00646255;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.82714e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr1 236898942 . G C 280.78 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0032635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.185;QD=28.0775;RBI=0.0124721;REFB=-0.022949;REVB=-0.0120375;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023169;STB=0.505006;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0108751;OID=.;OPOS=236898942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:15:24:25:0.625:12:12:8:7:12:13:8:7 chr1 236899899 . TCC TC,T 102.45 PASS AF=0.474576,0;AO=25,6;DP=60;FAO=28,0;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.127978,-0.0665827;FXX=0.0166639;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.0241,17.2702;QD=6.94558;RBI=0.289682,0.149585;REFB=0.00236021,0.00244298;REVB=-0.259879,-0.133949;RO=25;SAF=13,1;SAR=12,5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0716692,-0.504241;STB=0.560874,0.5;STBP=0.381,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0480316,0;OID=.,.;OPOS=236899900,236899900;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576,0:25,6:60:28,0:59:31:13,0:15,0:18:13:99:25:13,1:12,5:15:10 chr1 236911004 . C T 130.5 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0282918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5594;QD=14.4994;RBI=0.0423647;REFB=-0.0434035;REVB=0.0315332;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334653;STB=0.701882;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0253659;OID=.;OPOS=236911004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:14:15:0.416667:8:6:16:5:9:6:16:5 chr1 236925844 . G A 892.77 PASS AF=0.562092;AO=86;DP=152;FAO=86;FDP=153;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.000603403;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.669;QD=23.3404;RBI=0.0168852;REFB=-0.0154311;REVB=-0.0168744;RO=66;SAF=33;SAR=53;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338221;STB=0.522494;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0127691;OID=.;OPOS=236925844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:66:67:86:86:0.562092:53:33:28:38:53:33:29:38 chr1 236926445 . T C 149.51 PASS AF=0.34;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00220606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.819;QD=11.9606;RBI=0.00301669;REFB=-0.00924722;REVB=0.00205761;RO=32;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364327;STB=0.721965;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0133085;OID=.;OPOS=236926445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:33:17:17:0.34:5:12:12:20:5:12:12:21 chr1 237054569 . A G 1479.15 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.817;QD=58.5802;RBI=0.0184719;REFB=-0.0410271;REVB=0.00648244;RO=1;SAF=36;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012994;STB=0.506848;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000129763;OID=.;OPOS=237054569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:64:36:1:0:64:36:1:0 chr1 237058744 . C A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.602;QD=62.3496;RBI=0.0661701;REFB=0;REVB=0.0613898;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460998;OID=.;OPOS=237058744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 237058828 . C T 145.4 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.146;QD=44.7385;RBI=0.0958813;REFB=0;REVB=-0.00582824;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162952;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:6:5:0:0:6:7:0:0 chr1 237061056 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.055;QD=44.6896;RBI=0.0387866;REFB=0;REVB=0.0338373;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166761;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 237063504 . A G 346.45 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0587831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.856;QD=51.3255;RBI=0.0597872;REFB=-0.0724041;REVB=0.0109112;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00253216;OID=.;OPOS=237063504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr1 237433625 . C T 378.4 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0123796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.038;QD=16.452;RBI=0.0206992;REFB=-0.0214156;REVB=-0.0165893;RO=50;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666785;STB=0.534814;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0275652;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:52:40:40:0.434783:23:17:18:32:23:17:19:33 chr1 237617757 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0679731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.634;QD=57.6726;RBI=0.0734104;REFB=0;REVB=0.0277263;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384682;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 237711797 . A G 1119.99 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149375;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.318;QD=60.5398;RBI=0.0781355;REFB=0;REVB=0.0766943;RO=0;SAF=52;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579632;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:22:52:0:0:22:52:0:0 chr1 237766753 . A G 556.36 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.8;QD=60.1467;RBI=0.0302944;REFB=0;REVB=-0.0210765;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43049e-06;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr1 237801770 . T C 642.57 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0499383;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1449;QD=59.7744;RBI=0.05927;REFB=-0.118629;REVB=0.0319233;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00150718;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:25:17:0:0:25:17:1:0 chr1 237814783 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.961;QD=53.2767;RBI=0.0520849;REFB=0;REVB=0.0123849;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101692;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr1 237863718 . T G 468.84 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121882;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.433;QD=58.605;RBI=0.014687;REFB=0;REVB=0.00819485;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14597e-05;OID=.;OPOS=237863718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr1 237881770 . C T 1384.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.595;QD=62.2179;RBI=0.0100139;REFB=0;REVB=-0.00322855;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.20309e-05;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:48:41:0:0:48:41:0:0 chr1 237890437 . C T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.573;QD=60.0277;RBI=0.0296456;REFB=0;REVB=-0.0169377;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78231e-05;OID=.;OPOS=237890437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr1 237997087 . A G 134.79 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0290044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2614;QD=16.8487;RBI=0.0399908;REFB=-0.0443293;REVB=-0.027532;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163947;STB=0.594477;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0382667;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:17:14:15:0.46875:9:5:3:12:9:6:4:13 chr1 238107035 . C G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00783718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.849;QD=18.8207;RBI=0.0273932;REFB=0.00833532;REVB=-0.0262481;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428329;STB=0.742488;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00623825;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:1:9:4:8:1:9 chr1 238109695 . A G 123.68 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0844829;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.715;QD=24.7354;RBI=0.0930707;REFB=-0.0497224;REVB=0.0390488;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216875;STB=0.538402;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.016749;OID=.;OPOS=238109695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:20:20:6:7:13:13:0.65:6:7:3:3:6:7:3:4 chr1 238114860 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00594874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.893;QD=17.56;RBI=0.010923;REFB=-0.00383409;REVB=-0.00916101;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172961;STB=0.598743;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00413438;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:12:9:11:7:12:9 chr1 238114934 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00856676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4008;QD=11.2145;RBI=0.00857746;REFB=-0.00858004;REVB=0.000428237;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540173;STB=0.532093;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00953499;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:17:16:7:9:17:16 chr1 238114936 . A G 93.62 PASS AF=0.270833;AO=15;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0309514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.656;QD=7.80192;RBI=0.0357204;REFB=-0.00615943;REVB=0.0178313;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598134;STB=0.503221;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192336;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:47:48:31:35:15:13:0.270833:6:9:17:14:6:7:19:16 chr1 240073226 . C T 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0142351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.889;QD=17.5879;RBI=0.0143515;REFB=-0.00889804;REVB=-0.00182462;RO=28;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206241;STB=0.617539;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0201107;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:8:14:12:16:8:14:12:16 chr1 240341268 . A G 301.83 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00939512;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4953;QD=21.5595;RBI=0.0451367;REFB=-0.00887139;REVB=0.0441481;RO=25;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169304;STB=0.594033;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0160358;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:21:10:13:12:21:10:13:12 chr1 240492734 . G A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.743;QD=61.6805;RBI=0.0330296;REFB=0;REVB=0.0164729;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158181;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 240497265 . A C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.546;QD=58.7805;RBI=0.0494576;REFB=0;REVB=-0.0277453;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18819e-05;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr1 240939104 . G A 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00610214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.378;QD=13.0877;RBI=0.00768081;REFB=-0.00628408;REVB=-0.00466463;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.583207;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.013476;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:12:8:7:6:12:8 chr1 240939152 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0350259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0391;QD=5.44263;RBI=0.0357865;REFB=-0.0168092;REVB=-0.00733878;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107663;STB=0.555366;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0815779;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:11:8:2:4:12:8 chr1 241712134 . C T 400.21 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00372153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.711;QD=14.5532;RBI=0.0141524;REFB=-0.0121012;REVB=-0.0136543;RO=63;SAF=21;SAR=25;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290234;STB=0.520375;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0133296;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:63:64:46:46:0.418182:25:21:27:36:25:21:27:37 chr1 241907817 . T C 97.74 PASS AF=0.268293;AO=9;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0175023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.808;QD=9.53543;RBI=0.0407169;REFB=-0.00762948;REVB=0.0367632;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20252;STB=0.599815;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0193461;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:41:41:28:28:9:11:0.268293:3:6:14:14:4:7:14:14 chr1 242030151 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0208395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4909;QD=21.3532;RBI=0.0766987;REFB=-0.00223651;REVB=0.0738133;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225945;STB=0.627399;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00347067;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:2:7:6:7:2:7 chr1 242042374 . G C 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00664439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.394;QD=15.947;RBI=0.0316204;REFB=-0.0119324;REVB=0.0309144;RO=47;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818675;STB=0.546181;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0160849;OID=.;OPOS=242042374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:14:22:25:22:14:22:25:22 chr1 242042545 . A G 668.44 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.294;QD=62.1801;RBI=0.0215546;REFB=0;REVB=0.013287;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18501e-05;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:28:13:0:0:29:14:0:0 chr1 242045275 . C T 534.77 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.010216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.646;QD=23.5066;RBI=0.0216217;REFB=-0.00704917;REVB=-0.019056;RO=40;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538174;STB=0.522861;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00451141;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:41:50:50:0.549451:28:22:15:25:28:22:16:25 chr1 242045283 . T A 326.63 PASS AF=0.413793;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0281652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1182;QD=15.0175;RBI=0.0359208;REFB=-0.0161426;REVB=-0.022294;RO=51;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456921;STB=0.525882;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0175398;OID=.;OPOS=242045283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:36:36:0.413793:22:14:22:29:22:14:22:29 chr1 242053042 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00835052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.736;QD=22.9565;RBI=0.00969535;REFB=-0.0258187;REVB=0.00492632;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548302;STB=0.530768;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0250176;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:7:4:7:9:7:4 chr1 242222754 . A G 273.37 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0149939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.86;QD=12.715;RBI=0.0169154;REFB=-0.00500167;REVB=0.00783037;RO=53;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442999;STB=0.519638;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0077414;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:15:17:26:27:15:17:27:27 chr1 242253024 . T C 162.33 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0161453;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.554;QD=18.5525;RBI=0.017575;REFB=-0.00986797;REVB=0.00694342;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.578852;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0110804;OID=.;OPOS=242253024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:9:9:6:11:9:9 chr1 243329049 . G A 174.56 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0227961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.489;QD=8.02587;RBI=0.0230041;REFB=-0.00615339;REVB=-0.00308624;RO=56;SAF=18;SAR=6;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196363;STB=0.646928;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0207708;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:63:24:24:0.275862:6:18:34:22:6:18:36:27 chr1 243329075 . T C 99.8 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.022564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9395;QD=5.46863;RBI=0.0228314;REFB=-0.000532711;REVB=0.00348404;RO=56;SAF=11;SAR=5;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259014;STB=0.66935;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00212626;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:56:57:16:16:0.219178:5:11:27:29:5:11:27:30 chr1 243493907 . A T 521.07 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0694404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.863;QD=26.0536;RBI=0.0694585;REFB=-0.000989936;REVB=-0.00158822;RO=32;SAF=14;SAR=34;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21547;STB=0.61813;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000479564;OID=.;OPOS=243493907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:34:14:18:14:34:14:18:14 chr1 243507568 . GA G,GG 50.97 PASS AF=0.375,0.0625;AO=3,3;DP=19;FAO=6,1;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2,1;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0490242,-0.047503;FXX=0.1999;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.593,178.019;QD=12.7413;RBI=0.0501834,0.0475094;REFB=-0.0322572,-0.031349;REVB=-0.0107241,0.000780091;RO=10;SAF=0,3;SAR=3,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.649379,0.649379;STB=0.635901,0.988208;STBP=0.398,0.507;TYPE=del,snp;VARB=0.0765024,0.0242583;OID=.,.;OPOS=243507569,243507569;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0.0625:3,3:19:6,1:16:9:2,1:4,0:5:4:36:10:0,3:3,0:5:5 chr1 243579112 . G A 238.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0671;QD=50.1313;RBI=0.101825;REFB=0;REVB=-0.0256067;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123294;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr1 244219563 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.583;QD=55.6561;RBI=0.0188876;REFB=0;REVB=-0.0176546;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84817e-05;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr1 244653781 . AT A 43.48 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0341417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0225;QD=9.66143;RBI=0.136202;REFB=-0.00711472;REVB=0.131853;RO=7;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123877;STB=0.583179;STBP=0.409;TYPE=del;VARB=0.0291301;OID=.;OPOS=244653782;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:10:18:11:18:7:4:7:4:3:35:7:4:6:4:3 chr1 244736005 . C A 43.6 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=104;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.028765;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.2414;QD=1.66086;RBI=0.122343;REFB=-0.0197186;REVB=-0.118913;RO=86;SAF=15;SAR=2;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629829;STB=0.896083;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.137871;OID=.;OPOS=244736005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:104:105:86:90:17:15:0.142857:2:15:30:56:2:13:32:58 chr1 244773784 . T C 193.6 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00423734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.078;QD=40.7579;RBI=0.0828502;REFB=-0.055835;REVB=0.0827418;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00282259;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:8:9:0:1:8:9:1:1 chr1 244773803 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.23;QD=51.9165;RBI=0.0376926;REFB=0;REVB=-0.00154525;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393519;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 245133623 . T C,TCCTCC 70.31 PASS AF=0.0909091,0.363636;AO=3,7;DP=22;FAO=2,8;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2,6;FSAR=0,2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0137722,-0.013386;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,5;MLLD=153.172,135.218;QD=12.784;RBI=0.0156839,0.0190344;REFB=-0.0116494,-0.0271952;REVB=-0.00750393,0.0135322;RO=12;SAF=2,6;SAR=1,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0961013,0.369272;STB=0.993622,0.617332;STBP=0.196,0.43;TYPE=snp,ins;VARB=0.0590983,0.0464958;OID=.,.;OPOS=245133623,245133624;OREF=T,-;OALT=C,CCTCC;OMAPALT=C,TCCTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:22:22:12:12:3,7:2,8:0.0909091,0.363636:1,1:2,6:7:5:0,2:2,6:7:5 chr1 245133662 . G C 120.66 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0207955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0392;QD=14.6256;RBI=0.0387391;REFB=-0.0518819;REVB=0.0326844;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418346;STB=0.753046;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0591752;OID=.;OPOS=245133662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:13:14:0.424242:3:10:7:12:3:11:7:12 chr1 245245378 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00758194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.172;QD=8.69141;RBI=0.0105518;REFB=-0.00580586;REVB=0.00733854;RO=17;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136257;STB=0.585139;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.010493;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:2:6:11:6:2:6:11:6 chr1 245245402 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.041629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.623;QD=7.83609;RBI=0.0636345;REFB=-0.00858732;REVB=-0.0481288;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183097;STB=0.616089;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0171179;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:9:7:2:5:9:7 chr1 245703989 . TG CT,TT 1005.89 PASS AF=0.0422535,0.943662;AO=3,62;DP=71;FAO=3,67;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=3,44;FSAR=0,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0316292,-0.00274948;FXX=0.013887;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=104.626,169.182;QD=56.67;RBI=0.0345892,0.0241069;REFB=0.00748972,0.0286139;REVB=-0.0140003,0.0239496;RO=1;SAF=3,41;SAR=0,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0113779;STB=0.5,0.505616;STBP=1,0.513;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0436335,0.000191002;OID=.,.;OPOS=245703989,245703990;OREF=TG,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:71:1:1:3,62:3,67:0.0422535,0.943662:0,21:3,41:1:0:0,23:3,44:1:0 chr1 245704130 . G C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0201044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.973;QD=19.156;RBI=0.0214681;REFB=-0.0072019;REVB=0.0075294;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777475;STB=0.543819;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0134773;OID=.;OPOS=245704130;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:6:17:14:7:6:17 chr1 246670481 . C G 1279.48 PASS AF=0.494297;AO=130;DP=263;FAO=130;FDP=263;FR=.;FRO=133;FSAF=57;FSAR=73;FSRF=59;FSRR=74;FWDB=0.0127852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2999;QD=19.4598;RBI=0.0161994;REFB=-0.00410154;REVB=0.00994781;RO=129;SAF=57;SAR=73;SRF=55;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111808;STB=0.502641;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00419221;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:129:133:130:130:0.494297:73:57:55:74:73:57:59:74 chr1 246720798 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6141;QD=55.6551;RBI=0.0277986;REFB=0;REVB=-0.00729964;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000776714;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 246755124 . T C 264.75 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7219;QD=48.1369;RBI=0.0335853;REFB=-0.154054;REVB=0.0307809;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00741706;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr1 246829616 . T C 279.91 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00589341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.353;QD=14.1724;RBI=0.00595675;REFB=-0.0159573;REVB=0.000866395;RO=47;SAF=13;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218311;STB=0.623849;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0155043;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:19:13:29:18:19:13:29:18 chr1 246939856 . G A 163.22 PASS AF=0.377358;AO=18;DP=50;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00548174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3084;QD=12.3189;RBI=0.0288581;REFB=0.00480285;REVB=0.0283327;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598383;STB=0.559263;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00286377;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:30:33:18:20:0.377358:10:8:15:15:11:9:18:15 chr1 246939943 . T C 245.7 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=80;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0447586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3557;QD=11.841;RBI=0.0618896;REFB=-0.0450331;REVB=-0.0427434;RO=51;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123687;STB=0.557379;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.080378;OID=.;OPOS=246939943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:51:53:29:30:0.361446:19:10:23:28:19:11:24:29 chr1 247004031 . T C 213.36 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0311392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9326;QD=14.7141;RBI=0.0326248;REFB=-0.00356256;REVB=-0.0097329;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131021;STB=0.583266;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0057014;OID=.;OPOS=247004031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:15:10:17:15:15:10:18:15 chr1 247012943 . G A 331.9 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00628172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3744;QD=16.1901;RBI=0.0381175;REFB=-0.0122931;REVB=-0.0375963;RO=46;SAF=26;SAR=10;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301418;STB=0.670388;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00995935;OID=.;OPOS=247012943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:10:26:20:26:10:26:20:26 chr1 247021085 . G C 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0113536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0456;QD=10.9422;RBI=0.0194148;REFB=-0.021702;REVB=0.015749;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.028233;OID=.;OPOS=247021085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:11:9:4:7:11:9 chr1 247025286 . T A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00295989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.903;QD=16.8738;RBI=0.0206992;REFB=-0.00953771;REVB=-0.0204864;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226813;STB=0.629824;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0133023;OID=.;OPOS=247025286;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:7:13:11:15:7:13:11:15 chr1 247048834 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.643;QD=60.9769;RBI=0.0218413;REFB=0;REVB=0.0217072;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193268;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr1 247150740 . T C 135.85 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0761074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1564;QD=11.0894;RBI=0.079996;REFB=-0.0135763;REVB=-0.0246381;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583492;STB=0.534715;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0390524;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:10:6:14:19:10:6:14:19 chr1 247162658 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0262831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.249;QD=15.7005;RBI=0.0281855;REFB=-0.0391402;REVB=0.0101794;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223132;STB=0.629772;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0389203;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:9:10:11:4:9:10 chr1 247241850 . G C 500.68 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.0182446;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.986;QD=16.9721;RBI=0.0232511;REFB=-0.000569208;REVB=-0.0144134;RO=64;SAF=39;SAR=15;SRF=44;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411782;STB=0.52298;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00049711;OID=.;OPOS=247241850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:64:64:54:54:0.457627:15:39:44:20:15:39:44:20 chr1 247267274 . C A 233.28 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00908973;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.978;QD=17.9448;RBI=0.0192507;REFB=-0.0277578;REVB=0.0169695;RO=26;SAF=7;SAR=18;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252636;STB=0.622544;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0284484;OID=.;OPOS=247267274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:25:26:0.5:18:7:14:12:18:8:14:12 chr1 247322298 . G T 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.734;QD=61.8144;RBI=0.0402427;REFB=0.0442057;REVB=-0.0142541;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000128605;OID=.;OPOS=247322298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr1 247419509 . T C 211.8 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113527;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.095;QD=49.8349;RBI=0.0147525;REFB=0;REVB=0.00942083;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101861;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 247419664 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.635;QD=45.8068;RBI=0.017343;REFB=0;REVB=-0.00347585;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77629e-05;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 247419866 . T A 49.57 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0170685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.13;QD=15.2517;RBI=0.0216307;REFB=-0.0287454;REVB=0.0132874;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.726508;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0149345;OID=.;OPOS=247419866;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:5:6:7:7:0.538462:6:1:3:2:6:1:3:3 chr1 247587477 . G A 621.21 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0048609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.988;QD=55.2184;RBI=0.0645678;REFB=-0.0832395;REVB=0.0643845;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.540521;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000528845;OID=.;OPOS=247587477;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:0:3:42:42:0.933333:17:25:0:0:17:25:0:3 chr1 247587531 . A G 287.83 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.258;QD=52.3331;RBI=0.105879;REFB=0;REVB=0.0249451;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590545;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:18:3:0:0:18:4:0:0 chr1 247588053 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0427868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.598;QD=19.6446;RBI=0.0596858;REFB=-0.0144749;REVB=0.0416134;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325802;STB=0.681556;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.014061;OID=.;OPOS=247588053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:8:0:4:7:8:0 chr1 247597507 . C T 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0268215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.714;QD=17.6163;RBI=0.0292366;REFB=-0.00968023;REVB=0.0116354;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564863;STB=0.531888;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0134477;OID=.;OPOS=247597507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:13:14:11:13:13:14 chr1 247612202 . T A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00309034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.019;QD=13.4548;RBI=0.0247483;REFB=-0.00920504;REVB=0.0245546;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00956919;OID=.;OPOS=247612202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:8:7:6:5:8:7 chr1 247614386 . T C 67.99 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00153256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.966;QD=14.3129;RBI=0.03418;REFB=-0.027213;REVB=0.0341456;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230887;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.026006;OID=.;OPOS=247614386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:8:2:4:5:8:2 chr1 247614407 . G A 60.14 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0326866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.831;QD=16.0368;RBI=0.0360624;REFB=-0.0656469;REVB=-0.0152343;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.024115;OID=.;OPOS=247614407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:5:2:4:4:5:2 chr1 247614553 . C T 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.011429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.956;QD=24.7056;RBI=0.0228547;REFB=-0.030575;REVB=-0.0197918;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188524;STB=0.604309;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0137417;OID=.;OPOS=247614553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:13:4:11:12:13:4 chr1 247614693 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9767;QD=50.41;RBI=0.0179421;REFB=0;REVB=0.00293245;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475837;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 247615261 . GA G 353.48 PASS AF=0.466667;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.125662;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.4896;QD=11.7828;RBI=0.168163;REFB=-0.0114157;REVB=-0.111749;RO=62;SAF=20;SAR=36;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271417;STB=0.657963;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0142644;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:56:122:56:120:64:20:36:42:22:99:62:20:36:40:22 chr1 247694949 . G C 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.000841099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.849;QD=19.9671;RBI=0.0292185;REFB=0.00416568;REVB=0.0292064;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105374;STB=0.558782;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00278932;OID=.;OPOS=247694949;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:19:10:12:14:19:10:12:14 chr1 247694958 . G A 271.86 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0145587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9352;QD=19.4187;RBI=0.0337365;REFB=0.00593762;REVB=0.0304334;RO=27;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.569703;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00666847;OID=.;OPOS=247694958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:19:10:13:14:19:10:13:14 chr1 247695612 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302371;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.809;QD=59.839;RBI=0.00310329;REFB=0;REVB=-0.000698279;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22619e-06;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr1 247695756 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0773485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4786;QD=39.2063;RBI=0.0948177;REFB=0;REVB=0.0548417;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364797;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 247752019 . G C 708.05 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.036;QD=62.9378;RBI=0.0319074;REFB=0;REVB=-0.00295517;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173758;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr1 247752367 . A G 277.67 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00909203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.702;QD=16.3333;RBI=0.011409;REFB=-0.0191329;REVB=0.00689197;RO=37;SAF=15;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661808;STB=0.545425;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0246889;OID=.;OPOS=247752367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:37:30:31:0.455882:15:15:21:16:16:15:21:16 chr1 247769592 . C T 207.27 PASS AF=0.5;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0331629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9438;QD=18.8429;RBI=0.0551978;REFB=0.0226704;REVB=-0.044125;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203619;STB=0.655107;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0140815;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:19:22:0.5:9:10:6:14:9:13:6:16 chr1 247769752 . A G 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.020255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.512;QD=16.442;RBI=0.0249537;REFB=-0.0236198;REVB=0.0145747;RO=27;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137497;STB=0.578984;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0273105;OID=.;OPOS=247769752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:13:7:13:14:13:7:13:14 chr1 247835950 . T C 293.3 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013122;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2542;QD=53.3273;RBI=0.056731;REFB=0;REVB=-0.0551925;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126689;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 247921100 . T G 79.42 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891881;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.708;QD=39.7078;RBI=0.00949093;REFB=0;REVB=-0.00324538;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000791121;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 247921352 . C T 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.22;QD=54.5124;RBI=0.0610444;REFB=0;REVB=0.0586543;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453293;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr1 247921717 . C A 782.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.107;QD=63.8934;RBI=0.0245842;REFB=0;REVB=0.0109099;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93226e-05;OID=.;OPOS=247921717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:30:19:0:0 chr1 247921888 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8547;QD=57.1983;RBI=0.0614787;REFB=0;REVB=-0.0601181;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000748792;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr1 247978319 . A G 990.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.6;QD=59.1393;RBI=0.0466109;REFB=0;REVB=0.0448171;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42802e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr1 248004613 . C CA 208.83 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104907;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.9119;QD=43.9634;RBI=0.119178;REFB=0;REVB=-0.0565501;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000564905;OID=.;OPOS=248004614;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:9:10:0:0:4:17:1:1:8:9 chr1 248004614 . G A 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00505421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.776;QD=40.5912;RBI=0.0712238;REFB=-0.0394183;REVB=-0.0710443;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567123;STB=0.503102;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00595013;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:1:1:9:8:1:1 chr1 248004686 . GC G,GG 282.73 PASS AF=0.136364,0.863636;AO=3,19;DP=22;FAO=3,19;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600647,0.0570686;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=232.751,251.88;QD=51.406;RBI=0.0628722,0.0606613;REFB=0,0;REVB=0.0185779,0.020566;RO=0;SAF=1,11;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00738507,-0.00162657;OID=.,.;OPOS=248004687,248004687;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.136364,0.863636:3,19:22:3,19:22:0:1,11:2,8:0:0:13:0:1,11:2,8:0:0 chr1 248004775 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.951;QD=44.6898;RBI=0.0830177;REFB=0;REVB=0.0530134;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122837;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr1 248004848 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8404;QD=42.1822;RBI=0.0579536;REFB=0;REVB=0.0577515;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00328961;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 248004877 . C T 115.39 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.617;QD=41.9596;RBI=0.0842731;REFB=0;REVB=0.0737518;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237447;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 248004884 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.738;QD=42.1822;RBI=0.0699199;REFB=0;REVB=0.0106704;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126556;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 248005213 . G C 311.85 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710687;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.678;QD=54.2355;RBI=0.0750916;REFB=0;REVB=0.0242485;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111844;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr1 248020556 . G C 101.8 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1291;QD=40.7188;RBI=0.0186246;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000213129;OID=.;OPOS=248020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:0:9:0:0:0:10:0:0 chr1 248059476 . A C 596.7 PASS AF=0.568421;AO=54;DP=96;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0293176;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6345;QD=25.124;RBI=0.0294791;REFB=-0.0201015;REVB=-0.00308092;RO=41;SAF=36;SAR=18;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110441;STB=0.560583;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0126284;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:41:41:54:54:0.568421:18:36:22:19:18:36:22:19 chr1 248059779 . G A,GA 97.41 PASS AF=0,0.5;AO=2,3;DP=29;FAO=0,14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=0,5;FSAR=0,9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0482052,-0.0144237;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=146.926,20.983;QD=13.9154;RBI=0.0491401,0.0835186;REFB=-0.00338036,-0.0432226;REVB=0.00953995,0.0822636;RO=24;SAF=2,0;SAR=0,3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.505776,-0.558418;STB=0.5,0.609216;STBP=1,0.265;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0700418;OID=.,.;OPOS=248059779,248059780;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:97:29:28:24:14:2,3:0,14:0,0.5:0,3:2,0:11:13:0,9:0,5:8:6 chr1 248059782 . G A 59.34 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00520746;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.2691;QD=7.65615;RBI=0.0481093;REFB=-0.0745571;REVB=0.0478266;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.590701;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.180543;OID=.;OPOS=248059782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:29:31:20:22:9:9:0.290323:6:3:10:10:6:3:10:12 chr1 248059804 . C T 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00492826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.552;QD=17.7324;RBI=0.0115615;REFB=-0.0145958;REVB=0.0104586;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225855;STB=0.638556;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0140525;OID=.;OPOS=248059804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:8:9:5:13:8:9:5:14 chr1 248060029 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000352347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.787;QD=51.9163;RBI=0.0228831;REFB=0;REVB=0.0228803;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59201e-05;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr1 248084434 . G A 256.27 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0212519;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.072;QD=22.284;RBI=0.0369743;REFB=-0.0150652;REVB=0.0302565;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254671;STB=0.514274;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00888896;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:6:18:16:6:6:18:16:6 chr1 248084464 . T C 554.84 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0102489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.1;QD=46.237;RBI=0.0382652;REFB=-0.000341717;REVB=0.0368672;RO=8;SAF=26;SAR=14;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788243;STB=0.542233;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00020675;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:8:8:40:40:0.833333:14:26:7:1:14:26:7:1 chr1 248084511 . T C 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0226243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.823;QD=14.0966;RBI=0.0442561;REFB=-0.0125722;REVB=-0.0380361;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248656;STB=0.646813;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.014607;OID=.;OPOS=248084511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:10:8:3:10:10:8 chr1 248085124 . G A 455.04 PASS AF=0.76087;AO=35;DP=46;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0168441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.192;QD=39.569;RBI=0.0397895;REFB=0.0117945;REVB=-0.0360483;RO=11;SAF=17;SAR=18;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026395;STB=0.514278;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00277111;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:11:11:35:35:0.76087:18:17:6:5:18:17:6:5 chr1 248112627 . T C 1182.26 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0299704;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.779;QD=59.8613;RBI=0.0399062;REFB=-0.121408;REVB=0.0263491;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116855;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000783318;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:77:78:0.987342:40:37:0:1:41:37:0:1 chr1 248112745 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.85;QD=46.848;RBI=0.00955745;REFB=0;REVB=-0.00920882;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45264e-05;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248112762 . TG CA 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031953;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.354;QD=46.848;RBI=0.029451;REFB=0;REVB=-0.0292772;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.10421e-05;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248112771 . C T 223.14 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.238;QD=49.5867;RBI=0.0261779;REFB=0;REVB=0.0260768;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24422e-05;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:9:9:0:0 chr1 248112809 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.871;QD=53.9107;RBI=0.0475339;REFB=0;REVB=-0.0198446;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196534;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 248112836 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.143;QD=54.5163;RBI=0.0628234;REFB=0;REVB=0.0184216;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884537;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 248113026 . T A 669.76 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.369;QD=62.3035;RBI=0.0435939;REFB=0;REVB=0.0134189;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5915e-05;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:25:16:0:0:25:18:0:0 chr1 248113040 . A G 601.61 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0111338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9658;QD=54.6917;RBI=0.0258968;REFB=-0.0536132;REVB=-0.0233813;RO=3;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597911;STB=0.531899;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0174409;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:41:41:0.931818:22:19:0:3:22:19:0:3 chr1 248129240 . G A 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100837;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1117;QD=64.4259;RBI=0.0100837;REFB=0;REVB=-2.27119e-05;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05502e-05;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr1 248264018 . C T 918.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.92263e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.951;QD=58.2908;RBI=0.00176843;REFB=0;REVB=-0.00176799;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5318e-06;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr1 248285470 . C G 155.46 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00310806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6614;QD=15.1664;RBI=0.00720133;REFB=-0.0444504;REVB=-0.00649609;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216683;STB=0.62947;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0246909;OID=.;OPOS=248285470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:17:17:0.414634:5:12:11:11:5:12:12:12 chr1 248343543 . C T 397.47 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0583041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9807;QD=18.0667;RBI=0.0607388;REFB=-0.01304;REVB=0.0170246;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13964;STB=0.572104;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0234364;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:47:41:41:0.465909:23:18:27:19:23:18:27:20 chr1 248343945 . C G 325.3 PASS AF=0.347458;AO=40;DP=116;FAO=41;FDP=118;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=38;FWDB=-0.0179373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8522;QD=11.027;RBI=0.0502157;REFB=-0.0125957;REVB=0.0469028;RO=73;SAF=21;SAR=19;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358363;STB=0.50372;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0254684;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:73:77:40:41:0.347458:19:21:36:37:20:21:39:38 chr1 248343990 . T C 301.81 PASS AF=0.351852;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=108;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0192799;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.909;QD=11.1782;RBI=0.0272872;REFB=-0.0121384;REVB=0.0193101;RO=68;SAF=17;SAR=21;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096079;STB=0.506394;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.019993;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:68:70:38:38:0.351852:21:17:31:37:21:17:32:38 chr1 248366702 . G A 1249.88 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273843;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.371;QD=61.7223;RBI=0.0377689;REFB=0;REVB=0.0260114;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310092;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr1 248402758 . C T 474.34 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.277;QD=57.4957;RBI=0.0962508;REFB=0;REVB=0.0386999;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117797;OID=.;OPOS=248402758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:16:9:0:0:18:15:0:0 chr1 248436611 . G A 239.59 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000581251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.428;QD=50.439;RBI=0.0981022;REFB=0;REVB=0.0981005;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256059;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:5:11:0:0:8:11:0:0 chr1 248436616 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000383316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.601;QD=51.1815;RBI=0.0133678;REFB=0;REVB=0.0133623;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17107e-05;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr1 248436805 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.359;QD=46.848;RBI=0.0562227;REFB=0;REVB=0.0561589;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235688;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr1 248457979 . C A 733.97 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00325497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.219;QD=53.3798;RBI=0.0297419;REFB=-0.106001;REVB=0.0295632;RO=2;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392157;STB=0.5102;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00041468;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:2:1:53:54:0.981818:23:30:0:2:24:30:0:1 chr1 248458676 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.433;QD=54.5176;RBI=0.0502425;REFB=0;REVB=0.0346923;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56718e-05;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr1 248458689 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.741;QD=57.6781;RBI=0.00994638;REFB=0;REVB=0.00200913;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74624e-05;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr1 248458717 . C G 688.93 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0719;QD=62.6303;RBI=0.0201128;REFB=0;REVB=0.0121021;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194445;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:32:12:0:0:32:12:0:0 chr1 248487300 . C T 1640.95 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00186693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.821;QD=60.2183;RBI=0.0614113;REFB=0;REVB=0.0613829;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102468;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:46:63:0:0:46:63:0:0 chr1 248487338 . C A 1766.96 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.028;QD=60.9298;RBI=0.0369238;REFB=0;REVB=0.0352681;RO=0;SAF=70;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77379e-05;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:46:70:0:0:46:70:0:0 chr1 248487638 . A G 1273.82 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280841;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.296;QD=61.3887;RBI=0.0211647;REFB=0;REVB=0.0209775;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09519e-05;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:32:49:0:0:33:50:0:0 chr1 248487768 . A G 471.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0597747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3669;QD=53.8371;RBI=0.130493;REFB=-0.126455;REVB=-0.115998;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0030461;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:16:18:0:0:16:18:1:0 chr1 248512094 . C T 276.07 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00365552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.734;QD=13.3045;RBI=0.0310272;REFB=-0.0325151;REVB=-0.0308111;RO=49;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162727;STB=0.591871;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0310001;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:51:32:32:0.385542:18:14:29:20:18:14:30:21 chr1 248512498 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00812905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.199;QD=23.5284;RBI=0.0141324;REFB=-0.0347063;REVB=-0.0115604;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114633;STB=0.564039;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0251261;OID=.;OPOS=248512498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:9:6:11:9:9:6 chr1 248512637 . C T 239.46 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0209126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.442;QD=18.0724;RBI=0.0265897;REFB=-0.040549;REVB=-0.0164219;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216992;STB=0.512186;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0353761;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:10:16:16:11:10:16:16:11 chr1 248512749 . G A 75.05 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.016458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.556;QD=10.7218;RBI=0.0262193;REFB=-0.00978406;REVB=0.0204104;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306278;STB=0.668771;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0415181;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:17:18:10:10:0.357143:7:3:10:7:7:3:10:8 chr1 248512767 . G T 78.6 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0734529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1351;QD=14.9714;RBI=0.0735519;REFB=0.00181144;REVB=-0.00381451;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.749464;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00842584;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:8:2:6:4:8:2:7:4 chr1 248525146 . C T 65.71 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0155876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2987;QD=3.86515;RBI=0.0422757;REFB=-0.00305943;REVB=-0.0392971;RO=54;SAF=7;SAR=5;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171402;STB=0.597399;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0355126;OID=.;OPOS=248525146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:68:68:54:56:12:12:0.176471:5:7:24:30:5:7:26:30 chr1 248525330 . A G 41.8 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=-0.0533523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0724;QD=2.22952;RBI=0.0556328;REFB=-0.0108779;REVB=0.0157652;RO=66;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555007;STB=0.874375;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0905529;OID=.;OPOS=248525330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:66:66:9:9:0.12:2:7:18:48:2:7:18:48 chr1 248525638 . CA C 218.21 PASS AF=0.740741;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000960137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.838;QD=32.3273;RBI=0.00320352;REFB=-0.026858;REVB=0.00305625;RO=7;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312435;STB=0.522066;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=0.00612577;OID=.;OPOS=248525639;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.740741:19:27:20:27:7:13:7:4:3:43:7:12:7:4:3 chr1 248525647 . C A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00431409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.368;QD=4.81081;RBI=0.0388808;REFB=-0.00813876;REVB=-0.0386407;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128769;STB=0.585928;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.063969;OID=.;OPOS=248525647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:14:9:3:3:14:9 chr1 248525650 . C T 34.65 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.015171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.464;QD=4.62063;RBI=0.0398995;REFB=-0.0108211;REVB=-0.0369027;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107049;STB=0.59968;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0941526;OID=.;OPOS=248525650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:22:24:6:6:0.2:3:3:13:9:3:3:15:9 chr1 248525657 . G A 34.78 PASS AF=0.2;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0318679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.421;QD=4.63705;RBI=0.0344124;REFB=1.09815e-05;REVB=-0.0129866;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161628;STB=0.59968;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0012621;OID=.;OPOS=248525657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:30:22:24:6:6:0.2:3:3:14:8:3:3:15:9 chr1 248525780 . C T 90.39 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0167973;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.269;QD=9.27031;RBI=0.02084;REFB=-0.0119812;REVB=-0.0123352;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973186;STB=0.581678;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0291453;OID=.;OPOS=248525780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:39:27:27:11:12:0.307692:7:4:12:15:8:4:12:15 chr1 248550970 . A G 286.94 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0127223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7738;QD=22.0725;RBI=0.0131003;REFB=-0.00198291;REVB=0.00312439;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328051;STB=0.688993;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0024376;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:23:29:29:0.557692:19:10:17:5:19:10:18:5 chr1 248550976 . T G 728.06 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.944;QD=57.1028;RBI=0.0391626;REFB=0;REVB=0.00964487;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150302;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:24:27:0:0 chr1 248551560 . C T 275.47 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00477035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9892;QD=18.0633;RBI=0.0281139;REFB=0.0134802;REVB=0.0277063;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16217;STB=0.590602;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0144004;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:17:13:19:12:17:13:19:12 chr1 248551636 . T G 169.01 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0132741;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.279;QD=10.2428;RBI=0.0304296;REFB=-0.0262448;REVB=-0.0273817;RO=42;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766645;STB=0.56316;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0497375;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:42:44:22:22:0.333333:8:14:24:18:8:14:24:20 chr1 248569369 . A G 152.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0345674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.788;QD=13.578;RBI=0.0507599;REFB=-0.00693856;REVB=0.0371708;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303022;STB=0.677206;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0113887;OID=.;OPOS=248569369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:12:16:5:12:12:16 chr1 248616401 . G A 599.04 PASS AF=0.435065;AO=65;DP=152;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=0.010998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.221;QD=15.5594;RBI=0.0121237;REFB=-0.00866787;REVB=0.00510173;RO=86;SAF=19;SAR=46;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156638;STB=0.569577;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00993245;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:86:87:65:67:0.435065:46:19:37:49:46:21:37:50 chr1 248616408 . C T 604.28 PASS AF=0.435065;AO=67;DP=154;FAO=67;FDP=154;FR=.;FRO=87;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=49;FWDB=0.0124186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5565;QD=15.6955;RBI=0.0526436;REFB=-0.00830995;REVB=-0.0511579;RO=87;SAF=21;SAR=46;SRF=38;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136226;STB=0.57632;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0103484;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:87:67:67:0.435065:46:21:38:49:46:21:38:49 chr1 248616741 . ATCTCT ATCT,ATCTC 123.45 PASS AF=0.923077,0;AO=10,2;DP=13;FAO=12,0;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485353,0.0339233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=196.884,171.382;QD=37.9831;RBI=0.053741,0.0554608;REFB=0.00715717,-0.0483148;REVB=-0.0230741,-0.0438761;RO=1;SAF=5,0;SAR=5,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0811734,-0.697199;STB=0.545378,0.5;STBP=0.307,1;TYPE=del,del;VARB=3.34273e-05,0;OID=.,.;OPOS=248616742,248616746;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATCT,ATCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077,0:10,2:13:12,0:13:1:5,0:7,0:1:0:6:1:5,0:5,2:1:0 chr1 248637046 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0374507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.479;QD=20.2095;RBI=0.0396779;REFB=-0.0251731;REVB=0.0131066;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374844;STB=0.708076;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0326993;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:0:10:7:6:0:10 chr1 248637362 . C T 212.41 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00549538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5496;QD=14.4008;RBI=0.0110699;REFB=-0.00312572;REVB=-0.00960959;RO=33;SAF=19;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185988;STB=0.600579;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00464647;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:6:19:20:13:6:19:21:13 chr1 248637416 . GC CT 341.5 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00892466;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.532;QD=13.392;RBI=0.0156551;REFB=-0.019556;REVB=-0.0128621;RO=62;SAF=26;SAR=14;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182689;STB=0.603987;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.0241838;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:14:26:30:32:14:26:30:32 chr1 248637543 . C T 220.1 PASS AF=0.242647;AO=33;DP=136;FAO=33;FDP=136;FR=.;FRO=103;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.0104726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.375;QD=6.47346;RBI=0.014863;REFB=-0.00892835;REVB=0.0105466;RO=103;SAF=24;SAR=9;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176289;STB=0.607834;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0282391;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:103:103:33:33:0.242647:9:24:62:41:9:24:62:41 chr1 248652037 . A G 36.89 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0155329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.243;QD=7.76567;RBI=0.031662;REFB=-0.0261595;REVB=-0.02759;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0454341;OID=.;OPOS=248652037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:19:12:13:6:6:0.315789:3:3:5:7:3:3:6:7 chr1 248685253 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000500326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.857;QD=57.2352;RBI=0.0337798;REFB=0;REVB=0.0337761;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62085e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:22:34:0:0 chr1 248722777 . T A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0323524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8776;QD=12.1823;RBI=0.0368564;REFB=0.00791057;REVB=-0.0176555;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238149;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00671957;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:11:4:5:5:11:4 chr1 248737329 . C T 296.3 PASS AF=0.588235;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00273318;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4276;QD=23.2391;RBI=0.0929554;REFB=-0.0439976;REVB=0.0929153;RO=21;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202076;STB=0.516118;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0234318;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:29:30:0.588235:20:9:7:14:21:9:7:14 chr1 248737454 . A G 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0210513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.101;QD=5.64506;RBI=0.0243138;REFB=-0.00181264;REVB=-0.0121657;RO=45;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314544;STB=0.695329;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0071624;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:45:46:13:13:0.220339:10:3:21:24:10:3:21:25 chr1 248789504 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.988;QD=59.4356;RBI=0.0268514;REFB=0;REVB=0.0195525;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156183;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr1 248790075 . A G 175.46 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.774;QD=46.7889;RBI=0.0267484;REFB=0;REVB=0.0257949;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189941;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248801592 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.7958;QD=52.6123;RBI=0.0742538;REFB=0;REVB=0.0664429;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200302;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:2:19:0:0:3:19:0:0 chr1 248801602 . T TCA 218.29 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0183246;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=286.909;QD=39.6884;RBI=0.0775459;REFB=-0.0846692;REVB=0.0753497;RO=3;SAF=15;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834712;STB=0.542815;STBP=0.587;TYPE=ins;VARB=0.00425357;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863636:18:22:19:22:3:16:3:3:0:14:3:15:3:3:0 chr1 248801610 . GC AT 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353266;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.212;QD=50.4135;RBI=0.113445;REFB=0;REVB=0.107804;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00128258;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr1 248801633 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.294;QD=49.5992;RBI=0.0666913;REFB=0;REVB=0.0172013;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274459;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr1 248801897 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.00617806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2063;QD=4.81043;RBI=0.0536539;REFB=0.016568;REVB=0.053297;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084097;STB=0.555385;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.0528638;OID=.;OPOS=248801897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:5:1:3:20:5:1:3:20 chr1 248814052 . T A 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00885912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.053;QD=22.5807;RBI=0.0357015;REFB=0.00725013;REVB=0.0345849;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00325708;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:2:5:7:5:2:5 chr1 248814080 . A C 242.07 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00498687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.031;QD=42.0986;RBI=0.0310358;REFB=-0.0653173;REVB=0.0306325;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173342;STB=0.510907;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0016141;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:23:2:2:20:21:0.913043:12:8:1:1:13:8:1:1 chr1 248814126 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.636;QD=50.4134;RBI=0.0521772;REFB=0;REVB=7.26133e-05;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036568;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr1 248845411 . G A 512.0 PASS AF=0.925;AO=36;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0442487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.561;QD=51.2004;RBI=0.0519184;REFB=-0.10672;REVB=0.0271583;RO=3;SAF=21;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123396;STB=0.520156;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00105353;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:40:40:3:3:36:37:0.925:15:21:2:1:15:22:1:2 chr1 248845458 . C T 572.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1143;QD=60.279;RBI=0.0423581;REFB=0;REVB=0.0418231;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350846;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr1 248845471 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.504;QD=59.4355;RBI=0.0387766;REFB=0;REVB=0.0374034;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101732;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr1 248845499 . A G 296.47 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.792;QD=49.4111;RBI=0.107575;REFB=-0.150917;REVB=0.0935653;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00498243;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:5:18:0:0:5:18:1:0 chr1 249105163 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.331;QD=62.3466;RBI=0.0432567;REFB=0;REVB=0.042585;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280267;OID=.;OPOS=249105163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr1 249142169 . C T 104.2 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0148852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1602;QD=19.8474;RBI=0.037636;REFB=-0.0437279;REVB=-0.0345674;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204835;STB=0.599822;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0333608;OID=.;OPOS=249142169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:3:9:4:4:3:9:5:4 chr1 249150116 . G C 149.59 PASS AF=0.34;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.046462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.527;QD=11.9672;RBI=0.0469921;REFB=-0.0164469;REVB=0.00703823;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102053;STB=0.574377;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0216419;OID=.;OPOS=249150116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:33:17:17:0.34:12:5:12:20:12:5:13:20 chr1 249168107 . G C 263.42 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0181316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8628;QD=19.5128;RBI=0.0210663;REFB=0.000202665;REVB=0.0107253;RO=26;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255966;STB=0.642755;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=6.97446e-05;OID=.;OPOS=249168107;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:18:10:17:9:18:10:17:9 chr1 249168516 . A G 617.61 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00537408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.273;QD=56.1461;RBI=0.0610732;REFB=0.0336489;REVB=-0.0608363;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.502182;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.0029017;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:41:42:0.954545:23:18:1:1:23:19:1:1 chr1 249208772 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0249948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.73;QD=21.9709;RBI=0.0325751;REFB=-0.0351676;REVB=-0.0208901;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999867;STB=0.505612;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0277628;OID=.;OPOS=249208772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:7:10:12:8:7:10 chr2 224919 . A G 651.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1779;QD=62.0047;RBI=0.016106;REFB=0;REVB=0.0159241;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111939;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr2 264019 . C A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.978;QD=57.2363;RBI=0.128756;REFB=0;REVB=0.014125;RO=0;SAF=4;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168849;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:52:4:0:0:52:4:0:0 chr2 272203 . C T 2107.21 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494726;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7615;QD=61.9768;RBI=0.0557392;REFB=0;REVB=-0.0256771;RO=1;SAF=56;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818908;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:134:136:1:0:132:136:1:76:56:1:0:79:57:0:0 chr2 277003 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.738;QD=62.0192;RBI=0.0762747;REFB=0;REVB=0.0215604;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269813;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr2 676177 . C G 750.63 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415048;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.031;QD=63.8838;RBI=0.0462182;REFB=0;REVB=0.0203341;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202666;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr2 1271230 . A G 245.92 PASS AF=0.340909;AO=29;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0292981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.234;QD=11.1781;RBI=0.0350822;REFB=-0.0169778;REVB=-0.0192972;RO=58;SAF=7;SAR=22;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356491;STB=0.713901;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0165651;OID=.;OPOS=1271230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:58:58:29:30:0.340909:22:7:31:27:23:7:31:27 chr2 1320143 . C T 1147.84 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2343;QD=60.4124;RBI=0.04146;REFB=0;REVB=-0.00862552;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895781;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:48:27:0:0:48:28:0:0 chr2 1481155 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.041;QD=37.4884;RBI=0.00448537;REFB=0;REVB=0.00448537;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30207e-05;OID=.;OPOS=1481155;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 1546327 . C G 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3927;QD=58.129;RBI=0.0752337;REFB=0;REVB=0.0669306;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021;OID=.;OPOS=1546327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr2 1636904 . C T 191.56 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0629463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.634;QD=22.5369;RBI=0.0635066;REFB=-0.00930587;REVB=-0.00841704;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165536;STB=0.592383;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00757316;OID=.;OPOS=1636904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:4:11:10:9:4:11 chr2 1647171 . T C 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.122;QD=58.961;RBI=0.00721976;REFB=0;REVB=-0.004451;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.15435e-05;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr2 1652459 . G A 90.32 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0502892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.156;QD=16.4213;RBI=0.0512572;REFB=-0.0255087;REVB=-0.00991464;RO=10;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337697;STB=0.745699;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0501241;OID=.;OPOS=1652459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:10:1:3:7:10:1:4:7 chr2 1652822 . T G 1613.27 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.356;QD=59.7507;RBI=0.0234194;REFB=0;REVB=0.02138;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107797;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:107:108:1:47:60:0:0:48:60:0:0 chr2 1652891 . G A 616.85 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=112;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0197673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.496;QD=22.0303;RBI=0.0510538;REFB=-0.0442515;REVB=0.0470717;RO=50;SAF=28;SAR=33;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173355;STB=0.514256;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.033767;OID=.;OPOS=1652891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:50:51:61:61:0.544643:33:28:24:26:33:28:25:26 chr2 1664654 . A G 972.54 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139748;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.122;QD=58.0618;RBI=0.0625193;REFB=0;REVB=0.0609374;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855417;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:34:31:0:0:36:31:0:0 chr2 1842968 . T C 364.68 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=-0.0119351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.228;QD=16.0297;RBI=0.016737;REFB=-0.0156942;REVB=-0.0117337;RO=51;SAF=10;SAR=29;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283605;STB=0.504823;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0225655;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:52:39:39:0.428571:29:10:12:39:29:10:13:39 chr2 1926437 . G T 685.96 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00110796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.642;QD=58.3792;RBI=0.0185209;REFB=-0.19119;REVB=0.0184878;RO=2;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00123611;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:25:20:1:1:25:20:1:1 chr2 1946914 . A G 95.15 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0130941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.58;QD=11.1942;RBI=0.071873;REFB=-0.0131463;REVB=-0.0706702;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109101;STB=0.58319;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0399118;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:21:22:12:12:0.352941:4:8:12:9:4:8:12:10 chr2 1946968 . C T 193.36 PASS AF=0.375;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0172902;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0144;QD=12.0852;RBI=0.0197882;REFB=-0.0357495;REVB=0.00962388;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111505;STB=0.548739;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.069084;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:40:40:24:24:0.375:9:15:21:19:9:15:22:18 chr2 3212704 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.154;QD=46.848;RBI=0.0349237;REFB=0;REVB=0.027251;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404844;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr2 3392075 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.737;QD=62.0186;RBI=0.029814;REFB=0;REVB=0.0092921;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129294;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr2 3392295 . A G 632.63 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.098;QD=61.7197;RBI=0.0305857;REFB=0;REVB=0.0272805;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120879;OID=.;OPOS=3392295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:21:20:0:0 chr2 3392513 . TT CA,TC 191.0 PASS AF=0.75,0.25;AO=12,3;DP=16;FAO=12,4;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106357,0.00180314;FXX=0.0587889;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=92.1061,61.8827;QD=47.7502;RBI=0.0201719,0.00293271;REFB=0,0;REVB=0.0171403,0.0023129;RO=0;SAF=1,1;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0148718,-0.0136425;OID=.,.;OPOS=3392513,3392514;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:16:16:0:0:12,3:12,4:0.75,0.25:11,2:1,1:0:0:11,3:1,1:0:0 chr2 3425514 . G C 1104.63 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.106113;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.181;QD=58.9138;RBI=0.106486;REFB=-0.10943;REVB=-0.0089023;RO=1;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141179;STB=0.507244;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000459149;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:73:74:0.986667:40:33:1:0:40:34:1:0 chr2 3425729 . C T 593.13 PASS AF=0.97619;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0789139;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4625;QD=56.4883;RBI=0.0797134;REFB=-0.0681814;REVB=-0.011262;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00702734;OID=.;OPOS=3425729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:42:0:1:37:41:0.97619:20:17:0:0:21:20:0:1 chr2 3469463 . G C 632.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.962;QD=61.6823;RBI=0.0448944;REFB=0;REVB=0.0351971;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98626e-05;OID=.;OPOS=3469463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr2 3470115 . T C 806.76 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6119;QD=56.6147;RBI=0.0341175;REFB=0;REVB=0.0299936;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955071;OID=.;OPOS=3470115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr2 3470124 . G A 834.25 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.2009;QD=57.5345;RBI=0.0193384;REFB=0;REVB=0.00413962;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138735;OID=.;OPOS=3470124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr2 3483205 . C T 205.1 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.775;QD=48.2577;RBI=0.0618538;REFB=0;REVB=-0.0118874;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431589;OID=.;OPOS=3483205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr2 3488502 . A G 960.8 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299641;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.693;QD=59.1263;RBI=0.0514952;REFB=0;REVB=0.0418797;RO=0;SAF=45;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232102;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:19:45:0:0:19:46:0:0 chr2 3504687 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.467;QD=60.3763;RBI=0.0140086;REFB=0;REVB=0.00449535;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87114e-05;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:42:32:0:0:42:32:0:0 chr2 3605468 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.112539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.48;QD=21.7427;RBI=0.113249;REFB=-0.0172957;REVB=0.0126618;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420945;STB=0.523778;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0187652;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:6:5:6:9:6:5 chr2 3652616 . G C 1500.99 PASS AF=0.981308;AO=90;DP=94;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0343774;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3018;QD=56.1116;RBI=0.0545454;REFB=-0.124545;REVB=0.0423485;RO=2;SAF=66;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122101;STB=0.502569;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00143129;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:107:2:2:90:105:0.981308:24:66:1:1:39:66:1:1 chr2 3653844 . T C 710.56 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.891;QD=63.1611;RBI=0.0583996;REFB=0;REVB=0.0203005;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786543;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:38:45:1:34:4:0:0:34:11:0:0 chr2 3800383 . C T 473.32 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00658334;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.613;QD=21.0365;RBI=0.0538393;REFB=-0.0289459;REVB=-0.0534353;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00266592;STB=0.501474;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0174142;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:44:44:46:46:0.511111:20:26:25:19:20:26:25:19 chr2 5837455 . A C 1253.62 PASS AF=0.5;AO=123;DP=246;FAO=123;FDP=246;FR=.;FRO=123;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=75;FSRR=48;FWDB=-0.0139004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.949;QD=20.3841;RBI=0.0171365;REFB=-0.0187331;REVB=0.0100219;RO=121;SAF=75;SAR=48;SRF=75;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220869;OID=.;OPOS=5837455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:121:123:123:123:0.5:48:75:75:46:48:75:75:48 chr2 5838030 . G A 136.96 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0361865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.513;QD=18.2618;RBI=0.0362935;REFB=-0.0194025;REVB=0.00278485;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863963;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0191846;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:15:15:0.5:9:6:7:7:9:6:8:7 chr2 5839686 . A G 149.07 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0138355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.57;QD=18.634;RBI=0.0187661;REFB=-0.0211254;REVB=0.0126786;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562335;STB=0.53196;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0101377;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:10:6:7:9:10:6 chr2 5839811 . T C 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0263121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.724;QD=14.168;RBI=0.0263319;REFB=-0.00156026;REVB=0.00102063;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445016;STB=0.770751;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00239374;OID=.;OPOS=5839811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:5:7:9:1:5:7 chr2 5840461 . A G 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0188406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.842;QD=23.3961;RBI=0.0413048;REFB=-0.0146918;REVB=0.0367576;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000323759;OID=.;OPOS=5840461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:2:1:2:6:2:1 chr2 6990020 . C T 241.49 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.012346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.613;QD=12.3841;RBI=0.0125335;REFB=-0.0132004;REVB=-0.00215993;RO=48;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950174;STB=0.559959;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0214925;OID=.;OPOS=6990020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:49:29:29:0.371795:14:15:29:19:14:15:30:19 chr2 6990033 . T C 427.01 PASS AF=0.54321;AO=41;DP=75;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0459414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.7646;QD=21.0871;RBI=0.0616052;REFB=-0.0315781;REVB=0.0410438;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384071;STB=0.520554;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0257491;OID=.;OPOS=6990033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:81:34:37:41:44:0.54321:20:21:19:15:21:23:21:16 chr2 7137067 . A G 344.21 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.0116391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.762;QD=14.0495;RBI=0.0146254;REFB=-0.00810529;REVB=0.00885622;RO=59;SAF=16;SAR=22;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165325;STB=0.588818;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0164063;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:60:38:38:0.387755:22:16:34:25:22:16:34:26 chr2 7154632 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.855;QD=57.7123;RBI=0.00818455;REFB=0;REVB=0.00811948;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8244e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr2 7164578 . A G 222.19 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0159513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3903;QD=12.8808;RBI=0.0486905;REFB=-0.0213573;REVB=-0.0460035;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196821;STB=0.51127;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0467214;OID=.;OPOS=7164578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:21:21:13:14:21:21 chr2 7181560 . G A 94.15 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.10578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3942;QD=5.62085;RBI=0.107691;REFB=-0.0100943;REVB=-0.0201951;RO=52;SAF=4;SAR=11;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400487;STB=0.750161;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0286893;OID=.;OPOS=7181560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:11:4:31:21:11:4:31:21 chr2 7716984 . A G 195.19 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0104896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2715;QD=18.1568;RBI=0.0271694;REFB=0.019016;REVB=-0.0250628;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184842;STB=0.604219;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.0217102;OID=.;OPOS=7716984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:6:17:11:9:6:17 chr2 7717019 . G A 284.25 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0262206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2306;QD=23.6872;RBI=0.0283834;REFB=0.006128;REVB=-0.0108673;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123362;STB=0.552305;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00943732;OID=.;OPOS=7717019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:18:8:9:11:18:8:9:13 chr2 8871342 . C A 109.61 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0148922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.65;QD=24.3581;RBI=0.0371128;REFB=-0.0349085;REVB=0.0339938;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00784901;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:4:2:4:8:4:2 chr2 9491017 . C T 1239.82 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3958;QD=61.2254;RBI=0.0360421;REFB=0;REVB=0.0359337;RO=0;SAF=56;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209729;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:25:56:0:0:25:56:0:0 chr2 9880827 . A G 499.35 PASS AF=0.576471;AO=44;DP=83;FAO=49;FDP=85;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0257716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.804;QD=23.4988;RBI=0.0259683;REFB=-0.0375268;REVB=0.00318967;RO=34;SAF=27;SAR=17;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250876;STB=0.614173;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0362047;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:34:36:44:49:0.576471:17:27:10:24:22:27:10:26 chr2 9880897 . G A 335.86 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0210503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.853;QD=24.8784;RBI=0.0268944;REFB=-0.00580907;REVB=-0.0167389;RO=20;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217234;STB=0.624931;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00314761;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:21:33:33:0.611111:18:15:3:17:18:15:3:18 chr2 9983716 . A C 909.78 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.942;QD=57.7636;RBI=0.0376105;REFB=0;REVB=0.0279354;RO=0;SAF=9;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34641e-05;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:51:9:0:0:54:9:0:0 chr2 10045014 . C T 294.17 PASS AF=0.388889;AO=32;DP=94;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0140102;FXX=0.0816243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7167;QD=13.074;RBI=0.0643242;REFB=-0.00630042;REVB=-0.0627799;RO=42;SAF=17;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163213;STB=0.564321;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0150316;OID=.;OPOS=10045014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:90:42:55:32:35:0.388889:15:17:29:13:15:20:37:18 chr2 10045024 . G A 1581.11 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084787;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.159;QD=59.6644;RBI=0.0284013;REFB=0;REVB=0.0271062;RO=0;SAF=66;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99062e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:106:0:0:106:106:1:40:66:0:0:40:66:0:0 chr2 10050947 . T C 305.15 PASS AF=0.328;AO=35;DP=120;FAO=41;FDP=125;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.000831653;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.424;QD=9.76477;RBI=0.0232446;REFB=-0.00830993;REVB=-0.0232297;RO=72;SAF=14;SAR=21;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691375;STB=0.500195;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188256;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:72:84:35:41:0.328:21:14:33:39:21:20:41:43 chr2 10050960 . A G 267.87 PASS AF=0.284615;AO=37;DP=130;FAO=37;FDP=130;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0617599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.3536;QD=8.24224;RBI=0.0623598;REFB=-0.00485871;REVB=-0.00862918;RO=84;SAF=20;SAR=17;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902934;STB=0.570918;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.027162;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:84:93:37:37:0.284615:17:20:39:45:17:20:41:52 chr2 10053412 . C T 200.89 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0339382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6031;QD=11.817;RBI=0.0370838;REFB=-0.00489163;REVB=0.0149467;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181533;STB=0.617078;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0123453;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:43:25:25:0.367647:11:14:16:25:11:14:16:27 chr2 10059770 . G T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.022844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7223;QD=9.18837;RBI=0.0229476;REFB=-0.00536474;REVB=-0.00217816;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457993;STB=0.782063;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0135386;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:2:9:11:14:2:9:11:14 chr2 10094992 . A G 247.91 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.827;QD=49.5818;RBI=0.155273;REFB=0;REVB=-0.015996;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147495;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:10:10:0:0 chr2 10126330 . G A 539.14 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.82;QD=59.9049;RBI=0.0357434;REFB=0;REVB=0.0145925;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213278;OID=.;OPOS=10126330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr2 10188649 . A T 502.11 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.555;QD=59.0716;RBI=0.0610367;REFB=0;REVB=0.0575485;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275717;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr2 10262920 . T G 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0248432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.652;QD=13.0537;RBI=0.0264098;REFB=-0.0318957;REVB=-0.00896063;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677458;STB=0.538888;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0523953;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:19:16:12:11:19:16 chr2 10267211 . T C 248.69 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.000927117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.692;QD=11.8422;RBI=0.0202897;REFB=0.0112127;REVB=0.0202685;RO=52;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115275;STB=0.504851;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0144941;OID=.;OPOS=10267211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:54:30:30:0.357143:13:17:30:22:13:17:31:23 chr2 10295277 . C T 150.98 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0262639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4232;QD=11.1834;RBI=0.0538487;REFB=0.00864264;REVB=-0.0470095;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141657;STB=0.596798;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0207837;OID=.;OPOS=10295277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:18:19:0.351852:10:8:20:15:11:8:20:15 chr2 10580967 . G A 192.39 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0143748;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.806;QD=9.74134;RBI=0.0289671;REFB=-0.00684215;REVB=-0.0251488;RO=51;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101642;STB=0.575451;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0178946;OID=.;OPOS=10580967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:51:54:25:25:0.316456:13:12:20:31:13:12:20:34 chr2 10717806 . C T 324.6 PASS AF=0.7;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0273172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3388;QD=32.4601;RBI=0.0335724;REFB=-0.0338537;REVB=-0.019516;RO=12;SAF=16;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100234;STB=0.546729;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0170075;OID=.;OPOS=10717806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:40:12:12:27:28:0.7:11:16:5:7:12:16:5:7 chr2 10808776 . C A,CAA 1521.08 PASS AF=0.0194175,0.980583;AO=4,96;DP=103;FAO=2,101;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=2,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595292,0.0166322;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=29.5714,148.451;QD=59.071;RBI=0.0595646,0.0433816;REFB=0,0;REVB=0.00205181,0.0400666;RO=1;SAF=2,42;SAR=2,54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166656,0.00870172;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.111153,0.00182798;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:103:103:1:0:4,96:2,101:0.0194175,0.980583:2,54:2,42:0:1:2,55:0,46:0:0 chr2 10908893 . A G 163.92 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000362295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9844;QD=20.4896;RBI=0.00369689;REFB=-0.0164941;REVB=0.00367909;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236509;STB=0.621364;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0100902;OID=.;OPOS=10908893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:12:5:8:6:12:5:8:7 chr2 10930903 . T C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.014956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.642;QD=15.6433;RBI=0.0151461;REFB=-0.012356;REVB=0.00239228;RO=28;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157788;STB=0.602001;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0170528;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:13:7:14:14:13:7:15:14 chr2 10933249 . C T 81.86 PASS AF=0.297297;AO=12;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0152929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6404;QD=8.85026;RBI=0.067329;REFB=-0.0110434;REVB=0.0655692;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.531961;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0332593;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:37:24:26:12:11:0.297297:5:7:11:13:5:6:13:13 chr2 10942687 . C T 235.04 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.010278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.117;QD=13.2417;RBI=0.0560526;REFB=-0.0215658;REVB=-0.0551023;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183033;STB=0.620564;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.031542;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:41:43:28:28:0.394366:9:19:21:20:9:19:21:22 chr2 11053020 . A G 631.43 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3126;QD=61.6033;RBI=0.0262706;REFB=0;REVB=-0.0262685;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190964;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:15:26:0:0 chr2 11053740 . C T 579.78 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00927559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6794;QD=27.9414;RBI=0.0385657;REFB=-0.0176943;REVB=-0.0374336;RO=31;SAF=34;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307044;STB=0.516711;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0137097;OID=.;OPOS=11053740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:31:52:52:0.626506:18:34:19:12:18:34:19:12 chr2 11264830 . G A 1491.78 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0417633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2918;QD=57.3763;RBI=0.0527527;REFB=-0.145065;REVB=0.0322284;RO=2;SAF=38;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243128;STB=0.512818;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00204493;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:2:2:102:102:0.980769:64:38:2:0:64:38:2:0 chr2 11696806 . C T 352.46 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0197654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.58;QD=21.0424;RBI=0.0198765;REFB=-0.0183508;REVB=0.0020985;RO=31;SAF=28;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262517;STB=0.646497;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0179924;OID=.;OPOS=11696806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:8:28:16:15:8:28:16:15 chr2 11706693 . T C 668.03 PASS AF=0.581818;AO=55;DP=111;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0371029;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1462;QD=24.2921;RBI=0.0379513;REFB=-0.0098748;REVB=-0.00797959;RO=36;SAF=20;SAR=35;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183264;STB=0.569209;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00650658;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:36:46:55:64:0.581818:35:20:22:14:37:27:27:19 chr2 11725049 . T C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.215;QD=56.184;RBI=0.029517;REFB=0;REVB=0.0268286;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166316;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr2 11727507 . G A 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.58;QD=58.4169;RBI=0.0420599;REFB=0;REVB=0.0221395;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595599;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr2 11733134 . C G 279.11 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0508001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0244;QD=19.2492;RBI=0.100807;REFB=-0.0317818;REVB=0.0870712;RO=28;SAF=23;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13673;STB=0.576642;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0325501;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:7:23:18:10:7:23:18:10 chr2 11738091 . T C 417.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0392454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.598;QD=53.8062;RBI=0.0395078;REFB=-0.110731;REVB=0.00454547;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00278194;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:0:1 chr2 11752635 . T C 1464.82 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014154;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5902;QD=56.8864;RBI=0.0531967;REFB=-0.0275997;REVB=0.0512792;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.502329;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000941357;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:1:2:100:101:0.980583:61:39:1:0:62:39:1:1 chr2 11817812 . G C 1676.98 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3306;QD=60.4316;RBI=0.013076;REFB=0;REVB=-0.00875922;RO=0;SAF=64;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9032e-06;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:111:0:0:109:111:1:45:64:0:0:46:65:0:0 chr2 11965541 . A G,T 713.02 PASS AF=0.847458,0.0847458;AO=49,5;DP=58;FAO=50,5;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=11,0;FSAR=39,5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.022636,0.0135698;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=94.3572,30.206;QD=48.3402;RBI=0.0245369,0.0136288;REFB=-0.0142919,0.0390186;REVB=-0.00946952,-0.00126703;RO=3;SAF=10,0;SAR=39,5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0734041,-0.762666;STB=0.55373,0.997326;STBP=0.029,0.02;TYPE=snp,snp;VARB=0.00432815,0.00697961;OID=.,.;OPOS=11965541,11965541;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:58:59:3:4:49,5:50,5:0.847458,0.0847458:39,5:10,0:2:1:39,5:11,0:3:1 chr2 12864766 . C T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0397694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.093;QD=11.5637;RBI=0.0441893;REFB=-0.00939781;REVB=-0.0192635;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170345;STB=0.60047;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0170953;OID=.;OPOS=12864766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:18:11:8:7:18:11 chr2 12877501 . G A,GA 1478.29 PASS AF=0,1;AO=5,83;DP=97;FAO=0,95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=0,62;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339718,-0.00669859;FXX=0.0206164;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=53.3401,73.6011;QD=62.2439;RBI=0.00514823,0.00769356;REFB=0,0;REVB=0.00386826,0.00378414;RO=1;SAF=4,55;SAR=1,28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0951258,-0.00853463;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0437684,-6.59985e-05;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:97:95:1:0:5,83:0,95:0,1:1,28:4,55:1:0:0,33:0,62:0:0 chr2 12882822 . ATC A 1532.84 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254363;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.141;QD=63.2099;RBI=0.0257291;REFB=0;REVB=0.00387056;RO=0;SAF=32;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.82247e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.77696e-05;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:100:97:97:0:35:62:0:0:8:0:32:56:0:0 chr2 14779829 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00229315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.459;QD=12.8689;RBI=0.00360664;REFB=-0.00482447;REVB=-0.00278376;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751908;STB=0.517211;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0083819;OID=.;OPOS=14779829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:3:8:11:4:3:8:12:4 chr2 14780038 . T G 365.67 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0485015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0418;QD=18.9959;RBI=0.0763837;REFB=-0.00856775;REVB=0.059009;RO=39;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794751;STB=0.54933;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0101262;OID=.;OPOS=14780038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:23:14:18:21:24:14:18:21 chr2 15533779 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0699609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.775;QD=19.9284;RBI=0.0699645;REFB=-0.000449439;REVB=-0.000715548;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186247;STB=0.606124;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000545138;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:6:3:7:5:6:3 chr2 15542337 . C G 380.27 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0102222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5348;QD=24.9355;RBI=0.0303784;REFB=-0.045904;REVB=0.0286069;RO=24;SAF=24;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112484;STB=0.561764;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.028671;OID=.;OPOS=15542337;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:13:24:12:12:13:24:12:12 chr2 15542412 . AT A,ATT 36.72 PASS AF=0.421053,0;AO=13,4;DP=36;FAO=16,0;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.101789,-0.100141;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.54258,9.67513;QD=3.86515;RBI=0.149244,0.148636;REFB=-0.0591555,0.0541989;REVB=0.109146,-0.109838;RO=17;SAF=5,0;SAR=8,4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.333333,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.252173,-0.710033;STB=0.599874,0.5;STBP=0.292,1;TYPE=del,ins;VARB=0.110267,0;OID=.,.;OPOS=15542413,15542413;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0:13,4:36:16,0:38:22:6,0:10,0:12:10:38:17:5,0:8,4:11:6 chr2 15555762 . C G 232.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0955038;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8543;QD=23.2866;RBI=0.0955063;REFB=-0.0280116;REVB=-0.00069074;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201628;STB=0.612799;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0237489;OID=.;OPOS=15555762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:14:8:11:7:14:8:11:7 chr2 15555832 . A G 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0642231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.492;QD=11.4388;RBI=0.0642319;REFB=-0.00314138;REVB=0.00106117;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373608;STB=0.721757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00879596;OID=.;OPOS=15555832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:4:10:3:6:4:10 chr2 15601441 . C T 538.1 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0127308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.758;QD=24.1843;RBI=0.0160066;REFB=-0.0129889;REVB=0.00970244;RO=39;SAF=18;SAR=32;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127054;STB=0.569793;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0118501;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:39:50:50:0.561798:32:18:20:19:32:18:20:19 chr2 15613460 . T C 208.61 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00987704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8124;QD=18.1398;RBI=0.0101256;REFB=-0.01313;REVB=0.00222979;RO=25;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135467;STB=0.577093;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0231489;OID=.;OPOS=15613460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:8:13:12:13:8:13:12:13 chr2 15614404 . T C 339.33 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=44;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.035493;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.85;QD=31.5653;RBI=0.0439501;REFB=-0.0543213;REVB=0.0259203;RO=15;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10925;STB=0.563156;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0212572;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:14:28:29:0.674419:12:16:6:9:13:16:5:9 chr2 15618339 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0265935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.242;QD=19.3862;RBI=0.0266032;REFB=-0.0149132;REVB=0.000718442;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11138;STB=0.538885;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0157271;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:6:14:16:4:6:14:16:5 chr2 15698746 . G C 797.3 PASS AF=0.4375;AO=84;DP=194;FAO=84;FDP=192;FR=.;FRO=108;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=77;FWDB=0.0024691;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.93;QD=16.6104;RBI=0.00889313;REFB=0.00111591;REVB=-0.00854349;RO=108;SAF=39;SAR=45;SRF=31;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18362;STB=0.601646;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00185627;OID=.;OPOS=15698746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:192:108:108:84:84:0.4375:45:39:31:77:45:39:31:77 chr2 15735648 . T C 219.79 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.000153068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.455;QD=11.8803;RBI=0.00772587;REFB=-0.0158562;REVB=-0.00772435;RO=47;SAF=19;SAR=8;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248292;STB=0.643957;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0356568;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:8:19:23:24:8:19:23:24 chr2 15747393 . C T 332.89 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0144086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.682;QD=19.022;RBI=0.0146654;REFB=-0.00738402;REVB=-0.00273244;RO=35;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557178;STB=0.531065;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0103797;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:23:12:14:21:23:12:14:21 chr2 15840522 . G T 139.34 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00055404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.234;QD=19.9052;RBI=0.0082725;REFB=-0.0269183;REVB=-0.00825392;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643304;STB=0.523777;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0209397;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:4:11:8:4:4:11:9:4 chr2 15840623 . A G 229.05 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00781758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.295;QD=14.0953;RBI=0.00951698;REFB=-0.00211239;REVB=-0.00542755;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030348;STB=0.507687;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00299874;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:11:15:23:15:11:16:23:15 chr2 15840645 . T C 346.77 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0424027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6207;QD=22.3723;RBI=0.0856834;REFB=-0.0311724;REVB=0.0744558;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171038;STB=0.509429;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0260743;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:15:20:16:11:15:20:16:11 chr2 16090820 . T C 37.96 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0396592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7552;QD=10.123;RBI=0.0520864;REFB=0.00332374;REVB=-0.033766;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00660242;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr2 17304295 . A G 1098.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0876888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9592;QD=60.1815;RBI=0.0883942;REFB=0;REVB=0.0111455;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702364;OID=.;OPOS=17304295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr2 17696573 . C T 1914.98 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.216;QD=61.7736;RBI=0.0409596;REFB=0;REVB=-0.0134293;RO=0;SAF=67;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87435e-05;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:57:67:0:0:57:67:0:0 chr2 17698678 . A G 1433.86 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.978;QD=63.0268;RBI=0.00639575;REFB=0;REVB=-0.00302014;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8072e-06;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:43:48:0:0:43:48:0:0 chr2 17906605 . T C 123.12 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0563293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.686;QD=16.4159;RBI=0.107606;REFB=-0.00840287;REVB=0.091685;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0138356;OID=.;OPOS=17906605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:8:8:5:9:8:8 chr2 17942775 . T A 796.87 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8487;QD=63.7494;RBI=0.0534637;REFB=0;REVB=0.0425853;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231329;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:24:24:0:0:25:25:0:0 chr2 17954027 . G A 739.69 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4796;QD=56.8994;RBI=0.0825941;REFB=0;REVB=-0.079007;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123453;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 17954421 . C G 718.62 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184555;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3148;QD=61.1592;RBI=0.0549683;REFB=-0.0873554;REVB=0.0517775;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000226185;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:24:22:0:1:24:22:0:1 chr2 17962450 . A G 656.98 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00139477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0217;QD=59.7255;RBI=0.00141627;REFB=-0.0304947;REVB=-0.000245849;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00762826;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:0:1:19:24:0:1 chr2 17962518 . C T 268.07 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736344;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.562;QD=51.0606;RBI=0.0283028;REFB=0;REVB=0.0273282;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115629;OID=.;OPOS=17962518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:7:14:0:0 chr2 18112473 . G A 1542.99 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110043;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0898;QD=59.9218;RBI=0.110444;REFB=0;REVB=0.109895;RO=0;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633481;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:103:0:0:99:103:1:51:48:0:0:55:48:0:0 chr2 18113508 . G A 159.75 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00921327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.323;QD=11.6184;RBI=0.013827;REFB=-0.00927491;REVB=-0.0103103;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116932;STB=0.567504;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0180263;OID=.;OPOS=18113508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:13:7:9:26:13:7:9:26 chr2 18113623 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00111748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.773;QD=51.1816;RBI=0.00111958;REFB=0;REVB=6.85385e-05;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06235e-05;OID=.;OPOS=18113623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 18757501 . G C 67.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0121732;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.809;QD=10.3775;RBI=0.0151618;REFB=-0.00961356;REVB=-0.00903849;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190233;STB=0.624759;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0151193;OID=.;OPOS=18757501;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:3:13:6:3:3:14 chr2 18768850 . A G 95.52 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.000583822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.083;QD=11.5784;RBI=0.00575949;REFB=-0.000782899;REVB=0.00572982;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596839;STB=0.507759;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000711556;OID=.;OPOS=18768850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:11:12:0.363636:6:5:8:12:7:5:9:12 chr2 20101487 . G A 1380.79 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149363;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.822;QD=62.7632;RBI=0.0594354;REFB=0;REVB=0.057528;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001507;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr2 20101507 . G A 349.8 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=0.0316714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.987;QD=11.758;RBI=0.033048;REFB=-0.0182979;REVB=-0.0094389;RO=76;SAF=26;SAR=17;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147301;STB=0.584345;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0430091;OID=.;OPOS=20101507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:43:43:0.361345:17:26:36:40:17:26:36:40 chr2 20135283 . T C 863.41 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9751;QD=56.6171;RBI=0.0422439;REFB=0;REVB=0.0176713;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982056;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:61:0:0:56:61:1:34:22:0:0:37:24:0:0 chr2 20205680 . C T 789.55 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5841;QD=55.4073;RBI=0.0464449;REFB=-0.149009;REVB=0.0275168;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00698119;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:31:26:0:0 chr2 20205848 . G A 753.89 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.628;QD=61.5417;RBI=0.0168014;REFB=-0.0675878;REVB=0.00737955;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018447;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000241266;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:1:0:23:25:1:0 chr2 20403793 . CA CT,TG 910.67 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=36,3;DP=63;FAO=62,2;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.14659e-05,-0.0228626;FXX=0.0153822;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=77.2279,49.0144;QD=56.9171;RBI=0.031491,0.0231015;REFB=0,0;REVB=0.031491,0.00331347;RO=0;SAF=33,0;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00341663,0.040304;OID=.,.;OPOS=20403794,20403793;OREF=A,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:63:64:0:0:36,3:62,2:0.96875,0.03125:3,3:33,0:0:0:28,2:34,0:0:0 chr2 20648211 . G C,T 142.48 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,11;DP=13;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928454,0.0267906;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.586,111.988;QD=43.8385;RBI=0.0223256,0.0268761;REFB=0,0;REVB=0.0203034,-0.00214314;RO=0;SAF=0,5;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.053807,0.00290584;OID=.,.;OPOS=20648211,20648211;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:13:13:0:0:2,11:2,11:0.153846,0.846154:2,6:0,5:0:0:2,6:0,5:0:0 chr2 20680665 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.685;QD=46.848;RBI=0.0466778;REFB=0;REVB=0.0463505;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031129;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr2 20680693 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0745;QD=44.6885;RBI=0.0319929;REFB=0;REVB=0.0198692;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.07805e-05;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr2 20818454 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00391675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.53;QD=55.0986;RBI=0.0273454;REFB=0;REVB=0.0270634;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115876;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 20818458 . G A 123.11 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00232579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7015;QD=37.8814;RBI=0.0584609;REFB=-0.00216608;REVB=-0.0584146;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393232;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.002642;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:11:1:0:1:11:1:0:1 chr2 20823724 . T C,G 495.83 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=31,2;DP=33;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490743,-0.0185671;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.084,101.711;QD=58.3324;RBI=0.0417147,0.0432909;REFB=0,0;REVB=0.041425,0.0391071;RO=0;SAF=11,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00156984,-0.0159069;OID=.,.;OPOS=20823724,20823724;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:33:34:0:0:31,2:33,1:0.970588,0.0294118:20,2:11,0:0:0:21,1:12,0:0:0 chr2 20824559 . C T 354.75 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0117798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8062;QD=16.5;RBI=0.0229946;REFB=-0.00914392;REVB=-0.0197481;RO=46;SAF=7;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352122;STB=0.713841;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.010226;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:48:38:38:0.44186:31:7:22:24:31:7:24:24 chr2 20838318 . G A 567.85 PASS AF=0.522124;AO=57;DP=111;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.0208785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.559;QD=20.101;RBI=0.0222049;REFB=-0.0125748;REVB=0.00755929;RO=54;SAF=31;SAR=26;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602002;STB=0.525244;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.014282;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:54:54:57:59:0.522124:26:31:33:21:26:33:33:21 chr2 20885387 . T C 277.56 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0239017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.863;QD=16.0904;RBI=0.0271133;REFB=-0.016296;REVB=0.0127999;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469577;STB=0.526404;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0237241;OID=.;OPOS=20885387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:12:19:25:13:12:19:25:13 chr2 21225281 . C T 194.35 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00977106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.38;QD=24.2932;RBI=0.0229077;REFB=-0.0226056;REVB=0.0207192;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182282;STB=0.601898;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0182027;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:12:7:8:5:12:7:8:5 chr2 21225753 . C T 217.03 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00966917;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.572;QD=21.7031;RBI=0.00978537;REFB=0.0109239;REVB=0.00150351;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760701;STB=0.560983;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0095784;OID=.;OPOS=21225753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:20:19:21:21:0.525:8:13:14:6:8:13:14:5 chr2 21231524 . G A 130.3 PASS AF=0.3;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0107539;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.137;QD=8.68676;RBI=0.0195532;REFB=-0.0120194;REVB=-0.0163304;RO=42;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099415;STB=0.55993;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0314424;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:42:42:18:18:0.3:14:4:12:30:14:4:12:30 chr2 21232803 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.787;QD=51.9167;RBI=0.0413235;REFB=0;REVB=0.0054007;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332886;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr2 21235475 . T C 920.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.053;QD=58.4138;RBI=0.0712217;REFB=0;REVB=0.0588933;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255057;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr2 21250914 . G A 678.17 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167437;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.56;QD=61.6522;RBI=0.0172507;REFB=0;REVB=-0.00415154;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258884;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:41:44:1:24:17:0:0:25:19:0:0 chr2 21360583 . A G 61.32 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00182913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.619;QD=7.43324;RBI=0.032588;REFB=3.43054e-05;REVB=-0.0325367;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517897;STB=0.825434;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.000645769;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:23:24:9:9:0.272727:2:7:7:16:2:7:7:17 chr2 21366324 . G C 122.98 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0312804;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1423;QD=10.0395;RBI=0.0326763;REFB=-0.0274633;REVB=0.00944853;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182819;STB=0.60961;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0254621;OID=.;OPOS=21366324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:15:19:6:9:15:19 chr2 23865260 . T C 2989.5 PASS AF=1;AO=188;DP=192;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274249;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.415;QD=62.6072;RBI=0.0280754;REFB=-0.0679733;REVB=0.00600846;RO=0;SAF=81;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148569;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:192:191:0:0:188:191:1:107:81:0:0:109:82:0:0 chr2 23865358 . TGGGG TGGG,TGGGC 562.26 PASS AF=0.987654,0.0123457;AO=42,13;DP=82;FAO=80,1;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=78,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203971,0.52799;FXX=0.0240935;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.99428,6.83006;QD=27.7661;RBI=0.205034,0.534764;REFB=-0.00471015,-0.184229;REVB=0.0208582,-0.0848521;RO=7;SAF=0,0;SAR=42,13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0.611111,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0137814,-0.0519173;OID=.,.;OPOS=23865359,23865362;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.987654,0.0123457:42,13:82:80,1:81:0:2,0:78,1:0:0:7:7:0,0:42,13:0:7 chr2 23919375 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.976;QD=62.0183;RBI=0.0691821;REFB=0;REVB=0.0121988;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259007;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr2 23926659 . T C 784.7 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8031;QD=57.069;RBI=0.00984526;REFB=0;REVB=-0.00948369;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.37457e-05;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr2 23973799 . T C 713.95 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.98;QD=54.9189;RBI=0.0608349;REFB=-0.103987;REVB=0.00631167;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432044;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:24:28:0:0 chr2 24055058 . G C 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6004;QD=55.0803;RBI=0.0118017;REFB=0;REVB=0.00136529;RO=0;SAF=24;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023752;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:2:24:0:0:2:24:0:0 chr2 24108652 . T C 885.96 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.17;QD=58.0954;RBI=0.0171476;REFB=0;REVB=0.00267456;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42378e-05;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:26:34:0:0:26:35:0:0 chr2 24223572 . AT A,TA 85.19 PASS AF=0.353982,0;AO=35,5;DP=116;FAO=40,0;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=28,0;FSAR=12,0;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0927048,-0.0133695;FXX=0.0258598;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.40141,16.9963;QD=3.01545;RBI=0.101153,0.0511132;REFB=-0.10579,-0.0393292;REVB=0.0404703,-0.0493337;RO=60;SAF=26,3;SAR=9,2;SRF=24;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.386482,0.209312;STB=0.665363,0.5;STBP=0.012,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0862809,0.0364968;OID=.,.;OPOS=24223573,24223572;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:116:113:60:73:35,5:40,0:0.353982,0:9,2:26,3:24:36:12,0:28,0:33:40 chr2 24369674 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.655;QD=53.2772;RBI=0.0369183;REFB=0;REVB=-0.0368285;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110752;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr2 24384424 . T C 255.66 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8298;QD=51.1322;RBI=0.0551487;REFB=0;REVB=0.0362518;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255914;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:11:9:0:0 chr2 24387178 . G GC 229.83 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466018;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.2177;QD=39.9701;RBI=0.0522514;REFB=0;REVB=0.0236322;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184848;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00473197;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:25:23:23:0:9:14:0:0:5:5:9:11:2:3 chr2 24390517 . G A 1687.01 PASS AF=0.982759;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00157663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.295;QD=58.1728;RBI=0.00162336;REFB=-0.0212508;REVB=-0.000386684;RO=0;SAF=72;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.55408e-08;STB=0.502434;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000135751;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:116:0:2:113:114:0.982759:41:72:0:0:42:72:1:1 chr2 24402127 . C CAA 340.6 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293837;FXX=0.172354;HRUN=0;LEN=2;MLLD=185.761;QD=56.7666;RBI=0.00762289;REFB=0;REVB=0.00703381;RO=3;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.4929e-05;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:24:24:0:8:16:0:0:3:3:8:17:1:2 chr2 24587571 . A G 803.76 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346788;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.391;QD=57.4113;RBI=0.0347474;REFB=0;REVB=-0.00218149;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248153;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:41:15:0:0:41:15:0:0 chr2 24899185 . C G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.041235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5844;QD=6.81332;RBI=0.056341;REFB=-0.0138573;REVB=-0.0383925;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136363;STB=0.585974;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0400877;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:13:6:3:4:13:6 chr2 24899204 . A G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0177507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.4528;QD=9.09795;RBI=0.0178529;REFB=-0.0042535;REVB=0.00190808;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262988;STB=0.516093;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00692928;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:11:8:4:5:11:8 chr2 24905927 . G C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.879;QD=58.5813;RBI=0.0997932;REFB=0;REVB=-0.0046138;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567314;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:30:3:0:0:30:3:0:0 chr2 24974945 . T G 485.01 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0169784;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.671;QD=53.8898;RBI=0.0193803;REFB=-0.111731;REVB=0.00934512;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254074;STB=0.513611;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00498046;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:2:2:34:34:0.944444:24:10:1:1:24:10:1:1 chr2 25022598 . A G 251.07 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0181491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.742;QD=19.692;RBI=0.0212187;REFB=-0.00403316;REVB=-0.0109928;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142116;STB=0.568576;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00454016;OID=.;OPOS=25022598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:25:25:25:26:0.509804:12:13:9:16:13:13:9:16 chr2 25046090 . T C 341.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.961;QD=54.5623;RBI=0.0573191;REFB=0;REVB=0.0368529;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224299;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr2 25050977 . T C 611.76 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.975;QD=56.9082;RBI=0.0210207;REFB=-0.0551377;REVB=0.0155557;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.502875;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000479246;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:43:43:1:2:41:41:0.953488:18:23:0:1:18:23:1:1 chr2 25064193 . G A 1390.21 PASS AF=0.970588;AO=97;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0418806;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.433;QD=54.5179;RBI=0.0650813;REFB=-0.0481386;REVB=0.0498156;RO=3;SAF=53;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690311;STB=0.503311;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00134389;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:3:3:97:99:0.970588:44:53:2:1:44:55:2:1 chr2 25141538 . A G 199.42 PASS AF=0.477273;AO=18;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0228397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0502;QD=18.1289;RBI=0.0405104;REFB=-0.0708741;REVB=-0.0334581;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.548973;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0818762;OID=.;OPOS=25141538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:23:18:21:0.477273:9:9:12:12:12:9:12:11 chr2 25181488 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.106707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3775;QD=12.0156;RBI=0.109503;REFB=-0.0208954;REVB=0.0245853;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360263;STB=0.705426;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0201973;OID=.;OPOS=25181488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:0:7:5:1:0:7 chr2 25194741 . G A 1382.98 PASS AF=0.607656;AO=125;DP=192;FAO=127;FDP=209;FR=.;FRO=82;FSAF=82;FSAR=45;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.00961421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.322;QD=26.4685;RBI=0.0160889;REFB=-0.0464628;REVB=-0.0129004;RO=63;SAF=81;SAR=44;SRF=45;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460147;STB=0.535553;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0310774;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:209:63:82:125:127:0.607656:44:81:45:18:45:82:46:36 chr2 25281086 . A T 155.18 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0395554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8469;QD=9.26434;RBI=0.0396122;REFB=-0.00791121;REVB=0.00212105;RO=46;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022912;STB=0.513539;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0184064;OID=.;OPOS=25281086;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:11:10:21:25:11:10:21:25 chr2 25314186 . T C 722.95 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0421121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.905;QD=54.5623;RBI=0.0803594;REFB=-0.0931911;REVB=-0.0684413;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00046566;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:15:37:0:0:15:37:1:0 chr2 25359422 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.568;QD=59.8376;RBI=0.0132162;REFB=0;REVB=0.011278;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10846e-05;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr2 25377176 . T C 446.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.487;QD=57.6088;RBI=0.0784221;REFB=0;REVB=0.0719192;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529103;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr2 25469502 . C T 3554.49 PASS AF=0.978723;AO=229;DP=235;FAO=230;FDP=235;FR=.;FRO=5;FSAF=123;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.018206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.833;QD=60.5019;RBI=0.0251792;REFB=-0.0486331;REVB=0.0173936;RO=3;SAF=122;SAR=107;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00331464;STB=0.501395;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000375038;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:235:235:3:5:229:230:0.978723:107:122:2:1:107:123:3:2 chr2 25919967 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0650296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1507;QD=18.4438;RBI=0.0661751;REFB=-0.0250809;REVB=0.0122595;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0247003;OID=.;OPOS=25919967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:10:11:0.55:5:5:5:4:6:5:5:4 chr2 25965348 . G A 38.68 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0202772;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.162;QD=8.59597;RBI=0.0246091;REFB=-0.012228;REVB=-0.0139444;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.041932;OID=.;OPOS=25965348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:18:8:12:6:6:0.333333:4:2:4:4:4:2:6:6 chr2 26149968 . C T 676.98 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.393;QD=61.5441;RBI=0.0439433;REFB=0;REVB=-0.0434089;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176452;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:22:22:0:0 chr2 26149988 . G C 167.92 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00358401;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=248.751;QD=15.62;RBI=0.0455459;REFB=-0.00237039;REVB=-0.0454047;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270856;STB=0.656075;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00224888;OID=.;OPOS=26149988;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:10:15:6:12:10:15 chr2 26321526 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.922;QD=54.5174;RBI=0.0117874;REFB=0;REVB=-0.00199132;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58226e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr2 26358110 . G C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7139;QD=50.4085;RBI=0.0157173;REFB=0;REVB=0.0140769;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133974;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr2 26399214 . G A 1396.0 PASS AF=0.978495;AO=87;DP=91;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00316852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.072;QD=60.0429;RBI=0.0170483;REFB=-0.00930747;REVB=0.0167513;RO=1;SAF=60;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172233;STB=0.503804;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=6.03136e-05;OID=.;OPOS=26399214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:93:1:2:87:91:0.978495:27:60:0:1:31:60:1:1 chr2 26507076 . A T 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.21;QD=60.6014;RBI=0.0314685;REFB=0;REVB=-0.0119177;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8257e-05;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr2 26534801 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.343;QD=57.6794;RBI=0.124595;REFB=0;REVB=0.122103;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398689;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr2 26536694 . C T 394.77 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169863;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.143;QD=56.3951;RBI=0.0170079;REFB=0;REVB=0.000856917;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042048;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr2 26606154 . T C 854.06 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00556972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.056;QD=56.0037;RBI=0.0242413;REFB=-0.135417;REVB=0.0235927;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.507244;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-2.39391e-05;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:33:26:0:1:34:26:0:1 chr2 26607992 . T C 972.73 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0201254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.936;QD=55.5847;RBI=0.0216718;REFB=-0.158314;REVB=-0.00803984;RO=3;SAF=18;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399189;STB=0.50777;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00117427;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:70:3:2:66:68:0.971429:48:18:2:1:49:19:1:1 chr2 26613056 . C T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.706;QD=59.8358;RBI=0.0470987;REFB=0;REVB=-0.0431268;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381582;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr2 26614583 . T TA 365.81 PASS AF=1;AO=47;DP=65;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345164;FXX=0.0344768;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.62493;QD=26.1293;RBI=0.0451667;REFB=0;REVB=-0.0291315;RO=13;SAF=12;SAR=35;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000330399;OID=.;OPOS=26614584;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:65:56:56:0:15:41:0:0:7:13:12:35:7:6 chr2 26667615 . T C 743.57 PASS AF=0.876923;AO=56;DP=67;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00848223;FXX=0.0298463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3062;QD=45.7582;RBI=0.00849435;REFB=-0.153726;REVB=0.000453712;RO=6;SAF=35;SAR=21;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556803;STB=0.517235;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.014042;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:67:65:6:8:56:57:0.876923:21:35:2:4:21:36:4:4 chr2 26676322 . A G 669.64 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5573;QD=62.292;RBI=0.0675836;REFB=0;REVB=0.0303651;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146322;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:33:10:0:0:33:10:0:0 chr2 26676395 . G T 263.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.288;QD=50.1829;RBI=0.0583903;REFB=0;REVB=0.0447016;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101679;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr2 26693967 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.719;QD=58.5878;RBI=0.0727904;REFB=0;REVB=0.00723685;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223982;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr2 26699126 . C G 1791.17 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.409;QD=60.2073;RBI=0.0758823;REFB=-0.0723858;REVB=0.0730142;RO=0;SAF=67;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.14594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866969;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:119:119:0:0:118:119:1:51:67:0:0:52:67:0:0 chr2 26699855 . G C 883.4 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.387;QD=57.9281;RBI=0.0326443;REFB=0;REVB=0.0288981;RO=0;SAF=47;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137935;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:13:47:0:0:13:48:0:0 chr2 26700700 . G A 884.97 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255275;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.045;QD=57.0946;RBI=0.0331726;REFB=0;REVB=0.0211841;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77959e-05;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:1:0:61:62:1:33:28:0:1:34:28:0:0 chr2 26739423 . T C 785.07 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.071;QD=64.0871;RBI=0.0218382;REFB=0;REVB=-0.0186816;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.52512e-05;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr2 26798893 . A T 366.91 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0312234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.067;QD=50.608;RBI=0.0313567;REFB=-0.113437;REVB=-0.00288923;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040394;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00208886;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:27:28:0.965517:16:11:1:0:16:12:1:0 chr2 26799031 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.283;QD=40.7629;RBI=0.0574786;REFB=0;REVB=-0.00842321;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833387;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr2 26804218 . G A 1771.68 PASS AF=0.975806;AO=116;DP=123;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0466914;FXX=0.0387567;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9534;QD=57.1509;RBI=0.048316;REFB=-0.0797534;REVB=0.0124236;RO=3;SAF=71;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306059;STB=0.515787;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00355287;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:124:3:3:116:121:0.975806:45:71:0:3:46:75:0:3 chr2 26804247 . T C 549.21 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00753968;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3276;QD=20.5312;RBI=0.00800925;REFB=-0.00806743;REVB=0.00270212;RO=50;SAF=29;SAR=27;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534764;STB=0.533656;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00582745;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:51:56:56:0.523364:27:29:29:21:27:29:30:21 chr2 26951449 . G A 272.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.253;QD=51.8971;RBI=0.00969407;REFB=0;REVB=0.00497478;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79298e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:3:18:0:0:3:18:0:0 chr2 27169842 . C A 726.52 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.089;QD=55.8859;RBI=0.15478;REFB=0;REVB=0.0143666;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113138;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:35:16:0:0:35:17:0:0 chr2 27246285 . C T 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126283;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.406;QD=64.1657;RBI=0.014917;REFB=0;REVB=-0.00793983;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49567e-05;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr2 27259448 . G A 154.06 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0142781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.135;QD=14.331;RBI=0.0158481;REFB=-0.0384789;REVB=0.00687736;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0455421;OID=.;OPOS=27259448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:15:11:7:10:15:11 chr2 27261329 . A G 348.46 PASS AF=1;AO=16;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.418;QD=53.6091;RBI=0.0320738;REFB=0;REVB=-0.0320023;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158223;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:16:26:1:8:8:0:0:14:12:0:0 chr2 27290525 . A G 1210.3 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037669;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9565;QD=59.0391;RBI=0.0377236;REFB=-0.0586802;REVB=-0.00203006;RO=2;SAF=27;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337791;STB=0.50877;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.000921434;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:2:1:80:81:0.987805:53:27:2:0:53:28:1:0 chr2 27303755 . A G 444.57 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.139;QD=57.3644;RBI=0.0262136;REFB=0;REVB=0.01704;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24084e-06;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:22:9:0:0 chr2 27315252 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0155498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.231;QD=15.101;RBI=0.0164019;REFB=-0.0332212;REVB=0.00521793;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157233;STB=0.589667;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0377848;OID=.;OPOS=27315252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:15:16:16:8:15:16 chr2 27323379 . TG T 33.49 PASS AF=0.36;AO=6;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0853636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3231;QD=5.35809;RBI=0.0886125;REFB=0.0108094;REVB=0.0237746;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.3625;SSSB=0.521733;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.00251847;OID=.;OPOS=27323380;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:6:25:9:25:16:6:3:6:10:33:14:5:1:5:9 chr2 27323385 . C T 65.47 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00333908;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.594;QD=9.6992;RBI=0.00780976;REFB=-0.00492836;REVB=-0.00705995;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330452;STB=0.713832;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0275266;OID=.;OPOS=27323385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:6:11:3:6:6:12 chr2 27324036 . G A 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00972778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.942;QD=18.967;RBI=0.0277446;REFB=-0.0202046;REVB=0.0259834;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851253;STB=0.548342;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0183597;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:15:10:7:15:15:10 chr2 27324724 . G C 205.56 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0125617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.122;QD=31.6242;RBI=0.0373987;REFB=-0.0236976;REVB=-0.0352259;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10313;STB=0.556901;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00792002;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:12:7:4:3:12:7:4:3 chr2 27324751 . G T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000833961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.178;QD=25.3613;RBI=0.0365843;REFB=-0.0112011;REVB=-0.0365748;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111206;STB=0.562414;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00906317;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:4:4:10:5:4:4 chr2 27351948 . T G 708.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.693;QD=62.9614;RBI=0.0834894;REFB=0;REVB=0.0266527;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330068;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr2 27424636 . G A 757.9 PASS AF=0.967213;AO=55;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.197723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3832;QD=49.6981;RBI=0.204543;REFB=-0.129004;REVB=0.0523772;RO=5;SAF=18;SAR=37;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476084;STB=0.513153;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0397807;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:5:2:55:59:0.967213:37:18:3:2:37:22:0:2 chr2 27428295 . A G 1187.55 PASS AF=0.94186;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.021546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1175;QD=55.2348;RBI=0.026262;REFB=-0.0205864;REVB=0.0150154;RO=4;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472714;STB=0.519259;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0017595;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:4:5:81:81:0.94186:38:43:0:4:38:43:1:4 chr2 27435250 . A G 1370.87 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027787;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.85;QD=62.3122;RBI=0.0395518;REFB=0;REVB=0.0394541;RO=0;SAF=72;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.17255e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022292;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:14:72:0:0:16:72:0:0 chr2 27440785 . C T 167.51 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00633333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.44;QD=41.8784;RBI=0.0483885;REFB=-0.0880676;REVB=0.0479722;RO=1;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296964;STB=0.666386;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0026682;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:1:14:0:1:1:14:0:1 chr2 27455023 . C T 391.59 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00781047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.542;QD=24.8628;RBI=0.012761;REFB=-0.0162946;REVB=-0.0100915;RO=25;SAF=26;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244041;STB=0.634074;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0126701;OID=.;OPOS=27455023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:12:26:9:16:12:26:9:16 chr2 27706480 . C G 525.17 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0138159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.674;QD=26.9319;RBI=0.0295346;REFB=-0.0249469;REVB=-0.0261039;RO=29;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031635;STB=0.511359;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0138732;OID=.;OPOS=27706480;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:30:48:48:0.615385:27:21:14:15:27:21:14:16 chr2 27720442 . A G 223.47 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0381575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7932;QD=14.898;RBI=0.0449913;REFB=0.0114917;REVB=-0.0238374;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283806;STB=0.516117;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0146176;OID=.;OPOS=27720442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:20:14:10:16:20:14 chr2 27789861 . T A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.882;QD=57.1971;RBI=0.054064;REFB=0;REVB=0.0028625;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312383;OID=.;OPOS=27789861;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr2 27801403 . C G 357.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4794;QD=55.0551;RBI=0.100872;REFB=0;REVB=-0.0136258;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022203;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 27801418 . C A 314.6 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.722;QD=52.4327;RBI=0.0114562;REFB=0;REVB=0.00982038;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146297;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr2 27802805 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.065;QD=51.1843;RBI=0.028213;REFB=0;REVB=0.0182115;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386861;OID=.;OPOS=27802805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr2 27838058 . C A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000948705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.856;QD=64.1515;RBI=0.0314699;REFB=0;REVB=0.0314556;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10693e-05;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 27930837 . C T 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.621;QD=43.4783;RBI=0.149318;REFB=0;REVB=0.147243;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110812;OID=.;OPOS=27930837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr2 27931084 . G A 192.66 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0133775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.638;QD=11.8558;RBI=0.0248121;REFB=-0.0104269;REVB=-0.020897;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682646;STB=0.542133;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0159394;OID=.;OPOS=27931084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:39:41:24:24:0.369231:15:9:17:22:15:9:18:23 chr2 28634776 . A G 714.54 PASS AF=0.598214;AO=67;DP=114;FAO=67;FDP=112;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0175291;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.071;QD=25.5192;RBI=0.0327683;REFB=-0.0233159;REVB=-0.0276856;RO=42;SAF=20;SAR=47;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863933;STB=0.536883;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0190656;OID=.;OPOS=28634776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:42:45:67:67:0.598214:47:20:17:25:47:20:17:28 chr2 28634790 . G A 703.46 PASS AF=0.628571;AO=65;DP=104;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=49;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00240389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.537;QD=26.7986;RBI=0.00287867;REFB=-0.00932024;REVB=-0.00158368;RO=39;SAF=16;SAR=49;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140283;STB=0.569144;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0118905;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:39:39:65:66:0.628571:49:16:16:23:49:17:16:23 chr2 28635740 . T C 215.55 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.01927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0616;QD=15.1262;RBI=0.0502286;REFB=-0.0201874;REVB=-0.0463852;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529389;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.025189;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:32:24:25:0.438596:16:8:11:22:16:9:10:22 chr2 28814548 . A T 123.85 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00647043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.9;QD=10.7696;RBI=0.00701905;REFB=0.000615417;REVB=-0.00272039;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345215;STB=0.715683;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00144103;OID=.;OPOS=28814548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:31:15:15:0.326087:4:11:12:16:4:11:13:18 chr2 28824793 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4008;QD=43.4843;RBI=0.0801276;REFB=0;REVB=0.0687592;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098666;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr2 28851420 . T C 73.48 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0411468;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=288.256;QD=8.90627;RBI=0.0414484;REFB=0.00681564;REVB=-0.00499114;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553985;STB=0.599782;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0169221;OID=.;OPOS=28851420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:33:16:23:9:10:0.30303:7:2:3:13:8:2:7:16 chr2 29001691 . A G 156.24 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0176418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4116;QD=15.624;RBI=0.0183383;REFB=-0.0184799;REVB=-0.00500602;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412186;STB=0.523781;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0236684;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:14:9:6:11:14:9 chr2 29023749 . A G 224.61 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0358272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2578;QD=15.2276;RBI=0.0957229;REFB=-0.0174882;REVB=-0.0887653;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638282;STB=0.516603;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.029011;OID=.;OPOS=29023749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:7:18:22:11:8:18:22:11 chr2 29092679 . T C 200.46 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00447119;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.305;QD=25.8653;RBI=0.00593959;REFB=-0.0072408;REVB=-0.00390987;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134246;STB=0.58754;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00533123;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:11:12:19:19:0.612903:10:9:3:8:10:9:3:9 chr2 29092850 . G T 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0279113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.457;QD=28.0295;RBI=0.0320835;REFB=-0.0289123;REVB=0.015821;RO=17;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312035;STB=0.517228;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0180541;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:20:7:5:12:20:7:5:12 chr2 29129418 . A G 637.8 PASS AF=0.757143;AO=53;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.01752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9419;QD=36.4456;RBI=0.0433805;REFB=-0.0335314;REVB=0.0396852;RO=17;SAF=25;SAR=28;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107987;STB=0.557953;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0113812;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:17:53:53:0.757143:28:25:4:13:28:25:4:13 chr2 29135468 . C G 785.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.806;QD=64.1607;RBI=0.0138298;REFB=0;REVB=0.00578223;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15603e-06;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:20:27:0:0:22:27:0:0 chr2 29152456 . A G 210.52 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0235698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6089;QD=19.1385;RBI=0.0301813;REFB=-0.0121955;REVB=-0.0188515;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165294;STB=0.59346;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.012293;OID=.;OPOS=29152456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:14:9:12:9:14:9 chr2 29169612 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9158;QD=35.5757;RBI=0.00275511;REFB=0;REVB=0.00275511;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186751;OID=.;OPOS=29169612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr2 29170623 . G T 207.03 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00250228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.745;QD=8.90438;RBI=0.0448599;REFB=-0.011247;REVB=0.0447901;RO=53;SAF=15;SAR=12;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782608;STB=0.528825;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0241584;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:66:27:27:0.290323:12:15:33:20:12:15:34:32 chr2 29222070 . G A 81.07 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00170418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.492;QD=14.7393;RBI=0.0219616;REFB=-0.0640716;REVB=0.0218954;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319819;STB=0.666296;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0642995;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:21:22:9:11:9:10:0.454545:2:7:4:5:2:8:6:5 chr2 29268375 . A C 166.35 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0299143;FXX=0.0333278;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0314;QD=11.4724;RBI=0.0319482;REFB=0.00201747;REVB=-0.0112171;RO=35;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121201;STB=0.580575;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0038844;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:35:37:21:21:0.362069:15:6:7:28:15:6:7:30 chr2 29274704 . C T 199.93 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00264517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0762;QD=11.59;RBI=0.00626169;REFB=0.00127278;REVB=0.00567554;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111644;STB=0.564654;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00102327;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:15:10:22:22:15:10:22:22 chr2 29274720 . A G 176.06 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00389087;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.219;QD=10.0606;RBI=0.0214689;REFB=-0.0143422;REVB=-0.0211134;RO=45;SAF=9;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161655;STB=0.608601;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0157737;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:47:23:23:0.328571:14:9:24:21:14:9:26:21 chr2 29286509 . T C 472.26 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.053319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5086;QD=26.6064;RBI=0.0544227;REFB=0.0120425;REVB=-0.0109048;RO=27;SAF=18;SAR=26;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515936;STB=0.528165;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00698463;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:26:18:13:14:26:18:13:14 chr2 29287926 . C CGCT 74.37 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=50;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.014943;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=3;MLLD=171.793;QD=8.04006;RBI=0.0205776;REFB=-0.044615;REVB=-0.0141473;RO=40;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277188;STB=0.586645;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.0962641;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:9:50:10:37:27:3:7:11:16:74:40:2:7:17:23 chr2 29295016 . A G 120.54 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0263805;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.101;QD=12.6887;RBI=0.0271986;REFB=-0.0164603;REVB=-0.00662051;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23878;STB=0.619655;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0164713;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:22:24:14:14:0.368421:10:4:11:11:10:4:11:13 chr2 29295389 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00280497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4966;QD=25.3156;RBI=0.0347756;REFB=0.0117153;REVB=0.0346623;RO=13;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18453;STB=0.603944;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.016674;OID=.;OPOS=29295389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:3:17:9:4:3:17:9:4 chr2 29295676 . G A 224.5 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0108459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1737;QD=17.6082;RBI=0.0160382;REFB=-0.0282906;REVB=-0.0118148;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520842;STB=0.529387;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0320524;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:12:15:12:12:12:15 chr2 29295866 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000880169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8104;QD=18.4431;RBI=0.0574809;REFB=-0.00942532;REVB=-0.0574742;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164705;STB=0.594426;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00370868;OID=.;OPOS=29295866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:3:6:5:6:3:6 chr2 29356669 . A G 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0176531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.86;QD=26.7404;RBI=0.0176617;REFB=-0.00212374;REVB=0.00055235;RO=25;SAF=10;SAR=32;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00179247;STB=0.500978;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.000745521;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:32:10:6:19:32:10:6:19 chr2 29416025 . C CATTG 250.13 PASS AF=0.299145;AO=32;DP=117;FAO=35;FDP=117;FR=.;FRO=82;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.00396032;FXX=0.0409802;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.523;QD=8.55137;RBI=0.00671424;REFB=-0.000922513;REVB=-0.00542188;RO=82;SAF=11;SAR=21;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915991;STB=0.531875;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.001723;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.299145:32:117:35:117:82:13:22:34:48:99:82:11:21:34:48 chr2 29416366 . G C 290.2 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.051809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.753;QD=16.5828;RBI=0.0527194;REFB=-0.0179772;REVB=0.00975518;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984195;STB=0.576465;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0228695;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:38:32:32:0.457143:14:18:16:19:14:18:16:22 chr2 29416481 . T C 163.72 PASS AF=0.267442;AO=21;DP=82;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0272076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4552;QD=7.61477;RBI=0.028365;REFB=-0.0140744;REVB=-0.00802005;RO=61;SAF=8;SAR=13;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176608;STB=0.576547;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0459841;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:86:61:63:21:23:0.267442:13:8:32:29:13:10:34:29 chr2 29416572 . T C 747.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3492;QD=63.6139;RBI=0.0340778;REFB=0;REVB=0.033115;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152862;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:27:18:0:0:28:19:0:0 chr2 29430942 . GTC G 143.92 PASS AF=0.34;AO=15;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0223418;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.218;QD=11.5136;RBI=0.0422088;REFB=-0.0123573;REVB=-0.035811;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326627;STB=0.68255;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0172104;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.34:15:50:17:50:33:11:6:12:21:99:32:10:5:12:20 chr2 29444076 . G T 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0232439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.6;QD=22.6;RBI=0.023314;REFB=-0.0163435;REVB=0.00180661;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117929;STB=0.506591;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0139774;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:17:6:5:15:17:6:5:15 chr2 29444095 . C T 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.423;QD=60.6084;RBI=0.0399389;REFB=0;REVB=0.0053796;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111795;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr2 29445458 . G T 65.76 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0126858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.723;QD=11.4361;RBI=0.0143814;REFB=-0.0381254;REVB=0.00677448;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542617;STB=0.83635;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0456834;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:12:14:9:9:0.391304:1:8:5:7:1:8:6:8 chr2 29449819 . C T 257.8 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0118428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.968;QD=19.831;RBI=0.0164996;REFB=-0.0182762;REVB=0.0114885;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148935;STB=0.573833;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0152289;OID=.;OPOS=29449819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:11:16:10:14:11:16:11:14 chr2 29455267 . A G 1716.14 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032035;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.257;QD=60.7485;RBI=0.0526048;REFB=0;REVB=0.0417256;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137482;OID=.;OPOS=29455267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:68:45:0:0:68:45:0:0 chr2 29543663 . T C 1437.06 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0160736;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.491;QD=57.4824;RBI=0.03387;REFB=-0.00461529;REVB=-0.0298131;RO=2;SAF=69;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135495;STB=0.507141;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.000601872;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:29:69:2:0:29:69:2:0 chr2 29903931 . T A 322.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1684;QD=53.7884;RBI=0.176795;REFB=0;REVB=0.173479;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378038;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 29940529 . A T 383.16 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.639;QD=52.8499;RBI=0.0404528;REFB=-0.124728;REVB=0.0102808;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000880536;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:1:0 chr2 30381505 . T C 877.78 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179095;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8444;QD=57.5592;RBI=0.0591527;REFB=0;REVB=0.0563763;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379816;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr2 30864768 . T C 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00134111;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=178.042;QD=12.3997;RBI=0.0233062;REFB=-0.0302858;REVB=-0.0232676;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20967;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00664645;OID=.;OPOS=30864768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:3:2:1:4:3:2 chr2 30957326 . A G 94.34 PASS AF=0.292683;AO=13;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0144116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.804;QD=9.20433;RBI=0.0292559;REFB=-0.0018783;REVB=-0.0254601;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176876;STB=0.579273;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00713176;OID=.;OPOS=30957326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:41:26:29:13:12:0.292683:7:6:8:18:7:5:9:20 chr2 30976058 . C T 325.74 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.0704178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0684;QD=14.8062;RBI=0.070503;REFB=-0.0280272;REVB=-0.0034646;RO=52;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490079;STB=0.527762;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0313267;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:19:17:27:25:19:17:27:25 chr2 30980940 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.192;QD=60.6093;RBI=0.0529865;REFB=0;REVB=0.0360503;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250499;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 31189144 . C T 452.65 PASS AF=0.343373;AO=57;DP=166;FAO=57;FDP=166;FR=.;FRO=109;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=0.00319379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5805;QD=10.9072;RBI=0.0162457;REFB=-0.00846389;REVB=-0.0159287;RO=109;SAF=32;SAR=25;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148399;STB=0.584967;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.015119;OID=.;OPOS=31189144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:109:109:57:57:0.343373:25:32:47:62:25:32:47:62 chr2 31414807 . C G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.343;QD=58.0549;RBI=0.0549494;REFB=0;REVB=-0.00108483;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199891;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr2 31425057 . C A 135.88 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0126574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.733;QD=9.70541;RBI=0.0127882;REFB=-0.0056393;REVB=0.00182423;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770415;STB=0.534375;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00686181;OID=.;OPOS=31425057;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:8:10:23:14:8:10:23:15 chr2 31451224 . G C 199.82 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0635628;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5468;QD=11.418;RBI=0.0639993;REFB=0.0108815;REVB=0.0074622;RO=45;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545579;STB=0.53162;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0123511;OID=.;OPOS=31451224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:45:25:25:0.357143:11:14:23:22:11:14:23:22 chr2 31490716 . C G 244.46 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0568854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5368;QD=17.4614;RBI=0.057522;REFB=-0.0201323;REVB=-0.00853407;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133796;STB=0.575177;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0228929;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:16:11:16:13:16:11:16:13 chr2 31571786 . A G 214.05 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0866255;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.865;QD=14.512;RBI=0.0867948;REFB=0.00823404;REVB=-0.00541891;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111469;STB=0.522431;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0133597;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:32:34:25:25:0.423729:12:13:17:15:12:13:19:15 chr2 31572966 . G C 48.78 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=113;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=67;FWDB=-0.0198197;FXX=0.0169477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.1448;QD=1.682;RBI=0.0455315;REFB=0.000230271;REVB=0.0409914;RO=99;SAF=13;SAR=1;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658463;STB=0.947957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0103175;OID=.;OPOS=31572966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:113:116:99:102:14:14:0.12069:1:13:34:65:1:13:35:67 chr2 31595164 . C T 160.72 PASS AF=0.25;AO=22;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0331407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.799;QD=6.9876;RBI=0.0406283;REFB=-0.0148667;REVB=-0.023502;RO=66;SAF=12;SAR=10;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760829;STB=0.554663;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0336394;OID=.;OPOS=31595164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:66:69:22:23:0.25:10:12:40:26:11:12:41:28 chr2 31805706 . G C 519.33 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0082;QD=56.1438;RBI=0.0806369;REFB=-0.0729293;REVB=0.0740905;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00169474;OID=.;OPOS=31805706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:35:35:0.945946:15:20:0:0:15:20:0:1 chr2 31805880 . A AG 365.02 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.97;QD=40.558;RBI=0.205265;REFB=0;REVB=0.0312169;RO=6;SAF=18;SAR=15;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132879;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00853455;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:39:36:36:0:21:15:0:0:7:6:18:15:6:0 chr2 32342508 . A T 811.09 PASS AF=0.371648;AO=97;DP=262;FAO=97;FDP=261;FR=.;FRO=164;FSAF=27;FSAR=70;FSRF=57;FSRR=107;FWDB=-0.0500098;FXX=0.00760427;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4926;QD=12.4305;RBI=0.0533666;REFB=-0.0137298;REVB=0.0186284;RO=165;SAF=27;SAR=70;SRF=58;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960545;STB=0.551635;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0205405;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:261:165:164:97:97:0.371648:70:27:58:107:70:27:57:107 chr2 32475109 . G A 506.47 PASS AF=0.647887;AO=45;DP=70;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00560621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.083;QD=28.5335;RBI=0.0105075;REFB=-0.0364021;REVB=0.00888699;RO=25;SAF=20;SAR=25;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235497;STB=0.516122;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0177114;OID=.;OPOS=32475109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:25:45:46:0.647887:25:20:12:13:26:20:12:13 chr2 32476390 . T G 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00611354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.535;QD=24.2741;RBI=0.008498;REFB=-0.0291887;REVB=-0.00590259;RO=21;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181461;STB=0.509994;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0247721;OID=.;OPOS=32476390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:17:14:10:11:17:14:10:11 chr2 32481795 . T A 173.78 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00490526;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.89;QD=18.2926;RBI=0.0271026;REFB=-0.0045903;REVB=-0.026655;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019532;STB=0.502955;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0177927;OID=.;OPOS=32481795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:8:9:11:9:8:10:11:9 chr2 32667182 . G C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00701806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.425;QD=64.4137;RBI=0.0422549;REFB=0;REVB=0.041668;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116443;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr2 32702474 . A G 304.54 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0163046;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.643;QD=25.3779;RBI=0.019434;REFB=-0.0192439;REVB=0.0105755;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119171;STB=0.575981;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0134426;OID=.;OPOS=32702474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:21:27:27:0.5625:12:15:8:12:12:15:8:13 chr2 32754795 . C T 165.8 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0265945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.757;QD=14.4174;RBI=0.0327657;REFB=-0.00680918;REVB=-0.0191396;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516111;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00837791;OID=.;OPOS=32754795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:6:12:18:9:6:12:18:10 chr2 32843294 . TA T,TT 270.68 PASS AF=0.380952,0.619048;AO=6,13;DP=19;FAO=8,13;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692918,0.00683291;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.031,180.851;QD=51.5587;RBI=0.0110374,0.00835481;REFB=0,0;REVB=0.00859125,0.00480771;RO=0;SAF=2,8;SAR=4,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0115821,0.00155378;OID=.,.;OPOS=32843295,32843295;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.380952,0.619048:6,13:19:8,13:21:0:4,6:4,7:0:0:13:0:2,8:4,5:0:0 chr2 32855615 . A G 216.66 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0710955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6327;QD=45.6127;RBI=0.071377;REFB=-0.051213;REVB=-0.0063329;RO=1;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539582;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00430682;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:19:1:1:18:18:0.947368:10:8:1:0:10:8:1:0 chr2 32983480 . G A 520.4 PASS AF=0.451613;AO=35;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00684719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.256;QD=16.787;RBI=0.0447417;REFB=-0.0151722;REVB=0.0442147;RO=58;SAF=14;SAR=21;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147486;STB=0.537961;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0167228;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:58:68:35:56:0.451613:21:14:31:27:21:35:38:30 chr2 33488419 . G A 309.44 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=104;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0146061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.09;QD=11.9015;RBI=0.0294757;REFB=-0.0136159;REVB=0.0256023;RO=65;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03051;STB=0.52186;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0208658;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:66:38:38:0.365385:20:18:29:36:20:18:29:37 chr2 33510916 . G T 214.91 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0145076;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.912;QD=10.4835;RBI=0.0187218;REFB=-0.0156638;REVB=-0.0118337;RO=54;SAF=15;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506844;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0311045;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:54:55:27:27:0.329268:12:15:30:24:12:15:30:25 chr2 33540248 . G A 117.7 PASS AF=0.24;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0147966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8405;QD=6.2774;RBI=0.0335228;REFB=-0.00820988;REVB=-0.0300806;RO=56;SAF=9;SAR=9;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065911;STB=0.546615;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0249398;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:57:18:18:0.24:9:9:31:25:9:9:32:25 chr2 33557974 . A G 117.73 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0151998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.806;QD=12.393;RBI=0.0171773;REFB=-0.040914;REVB=-0.00800169;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260499;STB=0.655718;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.055976;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:14:10:3:11:14:10 chr2 33585796 . T C 1751.83 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710813;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6243;QD=60.9331;RBI=0.0747338;REFB=0;REVB=0.0230777;RO=0;SAF=50;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584917;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:65:50:0:0:65:50:0:0 chr2 33764286 . T C 182.02 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.00672976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4658;QD=7.74552;RBI=0.0427087;REFB=-0.0128416;REVB=-0.0421752;RO=67;SAF=10;SAR=15;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776667;STB=0.547787;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0455346;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:67:69:25:25:0.265957:15:10:31:36:15:10:32:37 chr2 33952413 . T C 380.09 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134145;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.594;QD=56.3097;RBI=0.0278296;REFB=0;REVB=-0.0243832;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109853;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr2 33952456 . C G 214.39 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0215969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.884;QD=45.1355;RBI=0.0333393;REFB=-0.172863;REVB=0.0253985;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533296;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00197004;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:11:7:0:0:11:7:1:0 chr2 33952621 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.685;QD=60.9777;RBI=0.0715476;REFB=0;REVB=0.0710284;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428769;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr2 36704144 . C T 1168.86 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.827;QD=60.7201;RBI=0.0281759;REFB=0;REVB=-0.0162666;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.742e-06;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:1:0:76:77:1:34:42:1:0:34:43:0:0 chr2 36756288 . T C 1162.32 PASS AF=0.930233;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00971161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.249;QD=54.0614;RBI=0.0176444;REFB=-0.258955;REVB=0.0147313;RO=3;SAF=45;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724264;STB=0.516172;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00404395;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:86:86:3:6:80:80:0.930233:35:45:2:1:35:45:2:4 chr2 36776555 . G T 204.76 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0158826;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.458;QD=16.715;RBI=0.0158978;REFB=-0.01015;REVB=-0.000693434;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.549248;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0112607;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:20:21:0.428571:12:8:13:15:13:8:13:15 chr2 36781401 . T C 902.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6795;QD=58.2177;RBI=0.0421914;REFB=0;REVB=0.0312563;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571125;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr2 36782886 . G A 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3102;QD=53.9;RBI=0.0507158;REFB=0;REVB=0.0491685;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476233;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 36808732 . T G 446.54 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244887;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=80.1602;QD=57.6185;RBI=0.0367183;REFB=0;REVB=0.0273594;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269219;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:26:31:1:19:7:0:0:24:7:0:0 chr2 36810586 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00358584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.484;QD=21.064;RBI=0.0358771;REFB=-0.0523644;REVB=0.0356975;RO=22;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110138;STB=0.564461;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0532857;OID=.;OPOS=36810586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:24:24:24:0.5:15:9:11:11:15:9:12:12 chr2 37035866 . G T 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00321848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7694;QD=11.8834;RBI=0.0319756;REFB=0.00397007;REVB=0.0318132;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280267;STB=0.516151;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00804294;OID=.;OPOS=37035866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:18:29:16:11:18:29 chr2 37035934 . A G 416.86 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.023693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0849;QD=25.2641;RBI=0.0531007;REFB=0.000388675;REVB=-0.0475218;RO=26;SAF=14;SAR=26;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113919;STB=0.562468;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.000606634;OID=.;OPOS=37035934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:26:14:13:13:26:14:13:13 chr2 37094945 . A G 393.21 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286625;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=124.05;QD=56.1732;RBI=0.0307303;REFB=0;REVB=0.0110821;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446918;OID=.;OPOS=37094945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:14:11:0:0:15:13:0:0 chr2 37230728 . T C 286.69 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0374815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.921;QD=30.9937;RBI=0.0487737;REFB=-0.0414811;REVB=0.0312091;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140041;STB=0.507686;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.016645;OID=.;OPOS=37230728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:5:7:14:11:5:7 chr2 37241050 . G A 529.64 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0063808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.679;QD=27.8756;RBI=0.00894262;REFB=-0.0222145;REVB=0.00626546;RO=27;SAF=23;SAR=25;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230485;STB=0.518694;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.015415;OID=.;OPOS=37241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:28:48:48:0.631579:25:23:12:15:25:23:12:16 chr2 37306343 . G A 1525.76 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.386;QD=59.2527;RBI=0.0135828;REFB=0;REVB=0.0129009;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06753e-06;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:54:49:0:0 chr2 37317869 . C T 771.88 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.50408e-05;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.503;QD=57.1765;RBI=0.0445746;REFB=0;REVB=-0.0445745;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67434e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr2 37365640 . G A 107.08 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0309953;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.046;QD=12.5978;RBI=0.0323743;REFB=-0.0108318;REVB=0.00934813;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302979;STB=0.642641;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0309395;OID=.;OPOS=37365640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:12:13:0.382353:4:8:8:13:5:8:8:13 chr2 37406644 . A G 1029.92 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228622;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.329;QD=59.7052;RBI=0.0282115;REFB=0;REVB=0.016529;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334527;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:28:40:0:0:28:41:0:0 chr2 37406680 . C A,G 884.79 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=4,54;DP=59;FAO=4,60;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=4,35;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017018,0.0191683;FXX=0.0302984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.311,209.432;QD=55.2996;RBI=0.0385451,0.0444754;REFB=0,0;REVB=0.0345849,0.0401327;RO=0;SAF=4,32;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.64875e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0169019,-0.000401106;OID=.,.;OPOS=37406680,37406680;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:59:64:0:0:4,54:4,60:0.0625,0.9375:0,22:4,32:0:0:0,25:4,35:0:0 chr2 37456032 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.095134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1599;QD=45.8048;RBI=0.098411;REFB=0;REVB=0.0251843;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00290236;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 37477794 . C A 255.91 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0465;QD=51.1828;RBI=0.116527;REFB=0;REVB=-0.116223;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108612;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:3:16:0:0:3:17:0:0 chr2 37494591 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00755159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.21;QD=7.32293;RBI=0.00846682;REFB=0.000474253;REVB=-0.0038289;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260867;STB=0.666111;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.000727769;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:6:8:2:4:6:8 chr2 37872314 . GTAA AGTA,GTA,GT 218.24 PASS AF=0,0.511111,0;AO=5,26,11;DP=94;FAO=0,46,0;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=0,12,0;FSAR=0,34,0;FSRF=40;FSRR=4;FWDB=-0.00958101,0.0310286,0.0162107;FXX=0.0624935;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=166.389,10.6638,19.8557;QD=9.69934;RBI=0.069344,0.278663,0.149113;REFB=-0.00428344,-0.0615632,-0.0292635;REVB=-0.0686789,-0.27693,-0.148229;RO=36;SAF=0,13,0;SAR=5,13,11;SRF=33;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.828347,-0.437233,-0.862964;STB=0.5,0.794847,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.01863,0.00755407;OID=.,.,.;OPOS=37872314,37872316,37872316;OREF=GTA,A,AA;OALT=AGT,-,-;OMAPALT=AGTA,GTA,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:94:90:36:44:5,26,11:0,46,0:0,0.511111,0:5,13,11:0,13,0:33:3:0,34,0:0,12,0:40:4 chr2 38178406 . A G 554.78 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0102585;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.987;QD=18.3397;RBI=0.0103206;REFB=-0.00935214;REVB=0.00113052;RO=62;SAF=35;SAR=23;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157632;STB=0.591489;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00723486;OID=.;OPOS=38178406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:63:58:58:0.479339:23:35:27:35:23:35:27:36 chr2 38179134 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.44;QD=64.414;RBI=0.0462179;REFB=0;REVB=-0.0168253;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358701;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr2 38179414 . CTG C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00543726;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.366;QD=16.9315;RBI=0.00581833;REFB=-0.0115109;REVB=0.00207102;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102811;STB=0.558732;STBP=0.696;TYPE=del;VARB=0.00737891;OID=.;OPOS=38179415;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:24:12:24:12:3:9:2:10:98:12:3:9:2:10 chr2 38298150 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.268;QD=59.0162;RBI=0.0603246;REFB=0;REVB=0.0143479;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384494;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr2 38298203 . C G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9451;QD=55.0956;RBI=0.0452984;REFB=0;REVB=0.0451988;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750145;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 38536626 . T G 70.74 PASS AF=0.4;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0100285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.336;QD=11.3182;RBI=0.0446819;REFB=-0.00112208;REVB=0.0435419;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00354783;OID=.;OPOS=38536626;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:25:25:15:15:9:10:0.4:5:4:5:10:6:4:5:10 chr2 38604351 . A G 214.99 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0589101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9325;QD=8.86562;RBI=0.115989;REFB=-0.010037;REVB=-0.0999151;RO=67;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623286;STB=0.546359;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0492575;OID=.;OPOS=38604351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:69:28:28:0.28866:14:14:30:37:14:14:30:39 chr2 38916970 . A T 560.9 PASS AF=0.543689;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=103;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00954795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.834;QD=21.7825;RBI=0.00980122;REFB=-0.0116977;REVB=-0.00221371;RO=46;SAF=22;SAR=34;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178105;STB=0.602465;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00969346;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:46:47:56:56:0.543689:34:22:28:18:34:22:29:18 chr2 39008949 . G A 374.8 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0104155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.953;QD=26.3016;RBI=0.0452242;REFB=-0.000777805;REVB=0.0440084;RO=20;SAF=12;SAR=24;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012195;STB=0.51947;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000869412;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:21:36:36:0.631579:24:12:7:13:24:12:8:13 chr2 39025555 . G A 902.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.432;QD=58.2374;RBI=0.0734644;REFB=0;REVB=0.00341066;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216964;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr2 39050141 . A C,T 283.46 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=20,2;DP=22;FAO=20,2;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120805,0.0130513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.996,125.831;QD=51.5373;RBI=0.087247,0.0164403;REFB=0,0;REVB=0.0864066,-0.00999742;RO=0;SAF=13,2;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00134335,-0.0665526;OID=.,.;OPOS=39050141,39050141;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:20,2:20,2:0.909091,0.0909091:7,0:13,2:0:0:7,0:13,2:0:0 chr2 39082344 . T C 1017.15 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.01;QD=58.1229;RBI=0.010199;REFB=-0.095995;REVB=0.00900664;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351597;OID=.;OPOS=39082344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:70:1:0:67:70:1:34:33:1:0:36:34:0:0 chr2 39209426 . A G 109.97 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.64;QD=39.9899;RBI=0.0378905;REFB=0;REVB=-0.0158255;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000431975;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:3:8:0:0 chr2 39212637 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.109;QD=33.4285;RBI=0.0326344;REFB=0;REVB=-0.0037788;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463664;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 39477170 . T C 56.79 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00104115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.566;QD=11.9554;RBI=0.0122517;REFB=-0.018478;REVB=0.0122074;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0277798;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr2 39583446 . A G 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0205742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5066;QD=10.1036;RBI=0.0264686;REFB=0.00676901;REVB=-0.016652;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581395;STB=0.534212;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0161859;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:12:8:18:22:12:8:18:22 chr2 40403104 . A G 152.86 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.000593637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.109;QD=11.9892;RBI=0.012036;REFB=-0.00490375;REVB=0.0120213;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176893;STB=0.603336;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0106352;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:10:8:20:13:10:8:20:13 chr2 42396722 . A G 711.72 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566467;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.176;QD=63.2636;RBI=0.0803434;REFB=0;REVB=0.0569756;RO=0;SAF=40;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97848e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016115;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:4:40:0:0:4:41:0:0 chr2 42510018 . A G 958.21 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.864;QD=58.0735;RBI=0.052351;REFB=0;REVB=0.0109468;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337119;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:28:34:0:0:30:36:0:0 chr2 42515388 . A G 741.63 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100998;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.217;QD=57.0488;RBI=0.0138982;REFB=0;REVB=0.00954741;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656699;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 42990101 . G C 216.6 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0165435;FXX=0.0897321;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.102;QD=12.2028;RBI=0.0177847;REFB=-0.0189713;REVB=-0.00652756;RO=52;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470902;STB=0.510243;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0273202;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:71:52:45:26:26:0.366197:16:10:18:34:16:10:18:27 chr2 42990336 . T G 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.552;QD=64.1538;RBI=0.0292879;REFB=0;REVB=0.0193278;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17613e-05;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr2 42990522 . C T 525.39 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0339589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4164;QD=29.5996;RBI=0.0355113;REFB=-0.0812607;REVB=0.010385;RO=22;SAF=28;SAR=19;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249471;STB=0.510302;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0428876;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:24:47:47:0.661972:19:28:14:8:19:28:15:9 chr2 43015704 . T A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.477;QD=61.3316;RBI=0.0213631;REFB=0;REVB=-0.00242695;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82216e-05;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 43015719 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000963307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.247;QD=61.6834;RBI=0.0270541;REFB=0;REVB=0.027037;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116883;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr2 43015757 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0486575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.247;QD=54.4815;RBI=0.0583943;REFB=-0.109453;REVB=-0.0322853;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000837953;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:30:31:0.96875:16:14:0:0:17:14:0:1 chr2 43458358 . C T 162.6 PASS AF=0.545455;AO=15;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0246651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.822;QD=19.7091;RBI=0.0350704;REFB=-0.0438683;REVB=-0.0249312;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347876;STB=0.551668;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0226838;OID=.;OPOS=43458358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:10:15:15:18:0.545455:8:7:0:10:10:8:5:10 chr2 44066174 . T G 922.19 PASS AF=0.984848;AO=51;DP=53;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0984792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6265;QD=55.8901;RBI=0.123539;REFB=-0.156312;REVB=0.0745898;RO=1;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303527;STB=0.514281;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0112068;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:66:1:1:51:65:0.984848:15:36:0:1:17:48:0:1 chr2 44071743 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.445;QD=59.4355;RBI=0.0621925;REFB=0;REVB=0.0345302;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437756;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr2 44101538 . C T 1272.48 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.594;QD=59.8816;RBI=0.0298333;REFB=0;REVB=-0.000698339;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2857e-05;OID=.;OPOS=44101538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:85:0:0:77:85:1:33:44:0:0:35:50:0:0 chr2 44104925 . T C 1187.78 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.484;QD=59.3889;RBI=0.12079;REFB=0;REVB=0.0972488;RO=0;SAF=17;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751555;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:80:0:0:71:80:1:54:17:0:0:57:23:0:0 chr2 44201376 . T C 1207.9 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0189829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.265;QD=57.5192;RBI=0.0201047;REFB=-0.014564;REVB=0.00662172;RO=3;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333899;STB=0.517643;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00145422;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:41:40:0:3:41:40:0:3 chr2 44502863 . GCCC GCC,GCTA 1411.64 PASS AF=0.940678,0.0508475;AO=51,6;DP=118;FAO=111,6;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=52,0;FSAR=59,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.844753,0.0805719;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=18.0812,233.687;QD=47.8521;RBI=0.861153,0.0862253;REFB=0.0486714,-0.0135721;REVB=0.167264,0.0307077;RO=57;SAF=2,0;SAR=49,6;SRF=49;SRR=8;SSEN=0.227976,0;SSEP=0.40293,0;SSSB=-0.816494,-0.786395;STB=0.504201,0.5;STBP=0.486,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0241177,0.000827797;OID=.,.;OPOS=44502864,44502865;OREF=C,CC;OALT=-,TA;OMAPALT=GCC,GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.940678,0.0508475:51,6:118:111,6:118:1:52,0:59,6:0:1:14:57:2,0:49,6:49:8 chr2 45149003 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.136;QD=56.1916;RBI=0.0342879;REFB=0;REVB=0.0312811;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5391e-05;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr2 45149373 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.684;QD=33.4285;RBI=0.0260401;REFB=0;REVB=0.0260401;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855982;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr2 45171842 . A G 1116.12 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.871;QD=60.3305;RBI=0.0252356;REFB=0;REVB=0.0171781;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55053e-05;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:20:52:0:0:20:54:0:0 chr2 45640334 . T C 255.87 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=107;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00347862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.312;QD=9.56511;RBI=0.0083587;REFB=-0.00475593;REVB=0.00760046;RO=67;SAF=28;SAR=6;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457911;STB=0.791338;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0100195;OID=.;OPOS=45640334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:73:34:34:0.317757:6:28:31:36:6:28:31:42 chr2 45796468 . C G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.024194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.446;QD=22.5809;RBI=0.0458654;REFB=-0.0138682;REVB=0.0389651;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221094;STB=0.607311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00889923;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:11:12:0.631579:5:6:6:1:5:7:6:1 chr2 45796479 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00694221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.2;QD=22.5809;RBI=0.0107424;REFB=-0.0329424;REVB=-0.00819783;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0166214;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:5:2:5:7:5:2 chr2 45796481 . G A 45.74 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0472964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.632;QD=8.71312;RBI=0.0472965;REFB=-0.00953741;REVB=-0.000101694;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242376;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0245704;OID=.;OPOS=45796481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:7:7:2:5:7:7 chr2 46313481 . C T 233.56 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00442889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.373;QD=15.0683;RBI=0.00753181;REFB=-0.00870981;REVB=-0.00609206;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11893;STB=0.573011;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00955697;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:16:11:10:24:16:11:10:25 chr2 46799852 . G T 155.59 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0628048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1358;QD=7.68345;RBI=0.122138;REFB=-0.00263568;REVB=-0.104754;RO=57;SAF=10;SAR=12;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044252;STB=0.527002;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00168392;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:57:59:22:22:0.271605:12:10:28:29:12:10:29:30 chr2 46987300 . T G 49.62 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0462562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.788;QD=18.0419;RBI=0.081211;REFB=-0.0545758;REVB=0.0667503;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42622;STB=0.699489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0423479;OID=.;OPOS=46987300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:4:4:6:7:0.636364:2:4:0:4:3:4:0:4 chr2 47045309 . C T 104.86 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.106437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5614;QD=19.9725;RBI=0.108015;REFB=-0.0240115;REVB=0.0183986;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.545376;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0239444;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:21:9:9:11:12:0.571429:3:8:6:3:3:9:6:3 chr2 47301028 . TA CG,TG 268.86 PASS AF=0,0.510204;AO=2,23;DP=48;FAO=0,25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=0,18;FSAR=0,7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.078462,-0.00331724;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=84.092,130.332;QD=21.9477;RBI=0.0807114,0.016562;REFB=0.000271597,-0.0178981;REVB=-0.018922,-0.0162264;RO=23;SAF=2,16;SAR=0,7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.435414,0.0446302;STB=0.5,0.53147;STBP=1,0.679;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0228247;OID=.,.;OPOS=47301028,47301029;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:49:23:24:2,23:0,25:0,0.510204:0,7:2,16:15:8:0,7:0,18:16:8 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 568.26 PASS AF=0.196429,0.660714;AO=14,32;DP=59;FAO=11,37;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=9,20;FSAR=2,17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000204717,-0.00529658;FXX=0.0344768;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=163.703,195.24;QD=40.5897;RBI=0.0136145,0.00843763;REFB=0.0389227,-0.0224471;REVB=-0.013613,-0.00656809;RO=11;SAF=10,19;SAR=4,13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.147755,0.0234642;STB=0.67464,0.507242;STBP=0.156,0.809;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0146062,0.00769673;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:77:59:56:11:8:14,32:11,37:0.196429,0.660714:4,13:10,19:6:5:2,17:9,20:4:4 chr2 47596853 . C CG 118.49 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0893965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0554;QD=11.2849;RBI=0.11109;REFB=0.00335439;REVB=-0.0659495;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682035;STB=0.562433;STBP=0.492;TYPE=ins;VARB=-0.0217292;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:18:47:19:42:23:7:12:11:12:99:28:6:12:11:17 chr2 47601106 . T C 531.93 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0110866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5315;QD=31.2899;RBI=0.0231085;REFB=-0.0134869;REVB=-0.0202754;RO=21;SAF=25;SAR=22;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112903;STB=0.561071;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00532804;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:22:25:7:14:22:25:7:14 chr2 47604176 . C T 123.94 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00498696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2218;QD=17.0956;RBI=0.0673797;REFB=0.00541642;REVB=-0.0671949;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269989;STB=0.624838;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0127877;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:6:8:12:2:6:8:12:3 chr2 47637337 . C A 135.89 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.000846028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0035;QD=9.70644;RBI=0.0466051;REFB=-0.00392051;REVB=-0.0465974;RO=35;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114209;STB=0.599886;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0067227;OID=.;OPOS=47637337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:35:38:18:18:0.321429:6:12:20:15:6:12:20:18 chr2 47739551 . A G 206.9 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00134475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.52;QD=14.027;RBI=0.00774151;REFB=-0.0118163;REVB=0.00762382;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433966;STB=0.516561;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0135329;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:34:24:25:0.423729:14:10:12:20:14:11:14:20 chr2 48010488 . G A 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=0.0100141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.373;QD=13.6997;RBI=0.0105497;REFB=-0.00563734;REVB=-0.00331887;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326801;STB=0.684053;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0112913;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:12:6:3:27:12:6:3:27 chr2 48567964 . C G 368.54 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0382684;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1036;QD=16.5638;RBI=0.0396093;REFB=-0.0125622;REVB=-0.0102189;RO=51;SAF=16;SAR=23;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156853;STB=0.505964;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0179693;OID=.;OPOS=48567964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:51:50:39:39:0.438202:23:16:21:30:23:16:20:30 chr2 48602252 . C T 380.58 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0080658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.889;QD=19.5169;RBI=0.00942106;REFB=-0.0232506;REVB=0.00486818;RO=39;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949494;STB=0.552818;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0243681;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:24:15:19:20:24:15:19:20 chr2 48756682 . C G 835.63 PASS AF=0.545455;AO=78;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0557407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4644;QD=23.3742;RBI=0.0669925;REFB=-0.0518419;REVB=0.0371615;RO=64;SAF=45;SAR=33;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178346;STB=0.600615;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0401813;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:64:65:78:78:0.545455:33:45:23:41:33:45:23:42 chr2 48807796 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.339;QD=40.7629;RBI=0.0235419;REFB=0;REVB=0.000118078;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438959;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr2 48807976 . T C 414.57 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00826515;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.4381;QD=48.7731;RBI=0.0256883;REFB=-0.0711813;REVB=0.0243224;RO=3;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649592;STB=0.534862;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00676591;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:34:3:3:30:31:0.911765:20:10:0:3:20:11:0:3 chr2 48808152 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6971;QD=43.4859;RBI=0.0365674;REFB=0;REVB=-0.0315269;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395923;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr2 48808594 . C T 735.71 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00958836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.494;QD=61.3095;RBI=0.009727;REFB=-0.169476;REVB=-0.00163642;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024107;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000456788;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:1:0:28:19:1:0 chr2 48808882 . T A 712.15 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105734;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.002;QD=63.3026;RBI=0.0401998;REFB=0;REVB=0.0387844;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107642;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr2 48808898 . C T 759.74 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00890723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.802;QD=62.0196;RBI=0.0104357;REFB=0;REVB=-0.00543746;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451952;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:46:49:1:20:26:0:0:21:28:0:0 chr2 48809593 . G T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00256743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.819;QD=59.6792;RBI=0.0346048;REFB=0;REVB=0.0345094;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79396e-05;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr2 48825650 . C G 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.05256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4066;QD=14.6505;RBI=0.0568234;REFB=-0.0152873;REVB=0.0215949;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192804;STB=0.647927;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0136937;OID=.;OPOS=48825650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:4:10:9:8:4:10:9:10 chr2 48898798 . T A 1953.54 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5795;QD=60.1089;RBI=0.020357;REFB=-0.161225;REVB=-0.0168438;RO=1;SAF=46;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576058;STB=0.502346;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00314689;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:1:2:128:128:0.984615:82:46:0:1:82:46:1:1 chr2 48915871 . A G 251.03 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0358071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4307;QD=19.6885;RBI=0.0507922;REFB=-0.000479159;REVB=0.0360236;RO=25;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505672;STB=0.528309;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00157144;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:11:15:13:12:11:15:13:12 chr2 48921375 . T C 270.77 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0395252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.851;QD=23.0442;RBI=0.0403519;REFB=-0.0339219;REVB=0.00812603;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169832;STB=0.570402;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0220299;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:22:24:25:0.531915:14:10:12:7:14:11:13:9 chr2 49189921 . C T 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0115317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.881;QD=16.4202;RBI=0.0340722;REFB=-0.0237971;REVB=-0.0320614;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497927;STB=0.528033;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0286524;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:17:17:13:16:17:17 chr2 49191041 . C T 37.25 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0329687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.528;QD=8.764;RBI=0.034993;REFB=-0.010317;REVB=0.0117292;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0148617;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr2 50201110 . A G 474.02 PASS AF=0.818182;AO=35;DP=43;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0518078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9635;QD=43.093;RBI=0.0565098;REFB=-0.116327;REVB=0.0225677;RO=8;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148739;STB=0.50506;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0201624;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:44:8:8:35:36:0.818182:19:16:4:4:19:17:4:4 chr2 53955850 . C T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0227721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.277;QD=19.6972;RBI=0.0361309;REFB=-0.0237648;REVB=-0.0280512;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215563;STB=0.605286;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0288692;OID=.;OPOS=53955850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:11:10:5:16:11:10:6:16 chr2 53992593 . A T 322.79 PASS AF=0.363636;AO=39;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0216746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.01;QD=11.7378;RBI=0.0219484;REFB=-0.00920201;REVB=-0.00345602;RO=69;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707481;STB=0.536346;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0172628;OID=.;OPOS=53992593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:39:40:0.363636:20:19:38:31:20:20:39:31 chr2 54035447 . A G 418.96 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00395773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.722;QD=20.191;RBI=0.0359164;REFB=-0.013732;REVB=0.0356976;RO=41;SAF=23;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990729;STB=0.505492;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0180063;OID=.;OPOS=54035447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:41:42:42:0.506024:19:23:22:19:19:23:22:19 chr2 54115904 . A G 620.16 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00373565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.225;QD=59.0632;RBI=0.0146921;REFB=-0.051627;REVB=0.0142093;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000242456;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr2 54120025 . A T 1253.47 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0210337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.001;QD=56.9759;RBI=0.0266635;REFB=-0.0438656;REVB=-0.0163868;RO=3;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298905;STB=0.509298;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00106934;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:3:4:84:84:0.954545:46:38:0:3:46:38:1:3 chr2 54120820 . G A 397.18 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199541;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9137;QD=56.7402;RBI=0.0421247;REFB=0;REVB=-0.0370988;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000655825;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr2 54125493 . TTTA CTTC,TTCA 503.49 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,23;DP=35;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230427,-0.00211584;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=80.2137,110.757;QD=57.5415;RBI=0.0214254,0.0107344;REFB=0,0;REVB=0.0213011,-0.0105238;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0407325,-0.000259527;OID=.,.;OPOS=54125493,54125495;OREF=TTTA,T;OALT=CTTC,C;OMAPALT=CTTC,TTCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:2,23:2,33:0.0571429,0.942857:1,10:1,13:0:0:1,18:1,15:0:0 chr2 54127041 . C T 1324.86 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00482747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2725;QD=60.9132;RBI=0.0206709;REFB=-0.00853695;REVB=-0.0200993;RO=1;SAF=48;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976886;STB=0.505153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-4.53963e-05;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:38:48:1:0:38:48:1:0 chr2 54133744 . T C 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.000613919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.197;QD=18.9131;RBI=0.0801066;REFB=-0.0239909;REVB=0.0801042;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155837;STB=0.59466;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.022567;OID=.;OPOS=54133744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:28:29:29:0.508772:16:13:17:10:16:13:18:10 chr2 54144448 . T C 974.05 PASS AF=0.524862;AO=95;DP=181;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00613566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.576;QD=21.5259;RBI=0.0314777;REFB=-0.0305468;REVB=0.0308739;RO=84;SAF=32;SAR=63;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15815;STB=0.58761;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0348668;OID=.;OPOS=54144448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:84:86:95:95:0.524862:63:32:43:41:63:32:44:42 chr2 54482964 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0521672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.408;QD=12.7812;RBI=0.0521712;REFB=-0.024531;REVB=0.000643953;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286058;STB=0.66637;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0178381;OID=.;OPOS=54482964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:11:3:5:5:11:3 chr2 54482989 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0046093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.87;QD=22.1441;RBI=0.011279;REFB=0.00333016;REVB=0.0102941;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804595;STB=0.545399;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00221522;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:5:12:8:5:5:12:8:5 chr2 54494448 . G A 673.87 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=99;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00175703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.595;QD=27.2269;RBI=0.0206114;REFB=-0.0162596;REVB=-0.0205364;RO=40;SAF=26;SAR=33;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996888;STB=0.554318;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0172751;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:40:59:59:0.59596:33:26:23:17:33:26:23:17 chr2 54756740 . C T 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.728;QD=50.8346;RBI=0.0343265;REFB=-0.0192499;REVB=0.0212007;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000166998;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr2 54858193 . G C 159.97 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0278443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.868;QD=8.53187;RBI=0.0326503;REFB=-0.0116091;REVB=-0.017051;RO=53;SAF=8;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218351;STB=0.630052;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0308304;OID=.;OPOS=54858193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:53:53:22:22:0.293333:14:8:29:24:14:8:29:24 chr2 54858253 . G T 104.81 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0677497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.831;QD=7.48623;RBI=0.0679349;REFB=-0.0113044;REVB=0.00501233;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123166;STB=0.574783;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0309904;OID=.;OPOS=54858253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:7:8:26:15:7:8:26:15 chr2 54871519 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00259353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.13;QD=9.25779;RBI=0.0596639;REFB=-0.0171198;REVB=0.0596075;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105953;STB=0.574878;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0372043;OID=.;OPOS=54871519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:6:6:11:16:6:6:11:17 chr2 55040426 . A G 129.08 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0151849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.554;QD=7.07288;RBI=0.0241332;REFB=-0.00617044;REVB=0.0187571;RO=53;SAF=8;SAR=11;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129989;STB=0.572178;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0183491;OID=.;OPOS=55040426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:54:19:19:0.260274:11:8:28:25:11:8:28:26 chr2 55155551 . C T 819.61 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419551;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.111;QD=57.5166;RBI=0.0426147;REFB=0;REVB=0.00746895;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18766e-06;OID=.;OPOS=55155551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr2 55404794 . G A 84.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0458683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.279;QD=5.82196;RBI=0.0473718;REFB=-0.0111663;REVB=0.0118402;RO=44;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748442;STB=0.538402;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0307141;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:44:45:13:13:0.224138:6:7:21:23:6:7:22:23 chr2 55407754 . C T 761.61 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066095;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.552;QD=63.4674;RBI=0.0820983;REFB=0;REVB=0.048699;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101928;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr2 55449464 . T C 378.21 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.017071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.656;QD=21.9254;RBI=0.0197288;REFB=-0.0451415;REVB=0.00988957;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869128;STB=0.54792;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0343733;OID=.;OPOS=55449464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:13:18:18:20:13:18 chr2 55470115 . C T 62.43 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0177599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6041;QD=7.1351;RBI=0.0607597;REFB=-0.0238535;REVB=-0.0581061;RO=26;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603406;STB=0.882247;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.03038;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:35:26:26:9:9:0.257143:1:8:10:16:1:8:10:16 chr2 55490819 . G T 80.31 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0037702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8536;QD=7.47092;RBI=0.00958109;REFB=-0.000546815;REVB=0.00880811;RO=32;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371961;STB=0.727625;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00147239;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:4:7:10:22:4:7:10:22 chr2 55516723 . C T 524.23 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171216;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.209;QD=59.9124;RBI=0.0362549;REFB=0;REVB=0.0319573;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267444;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 55522422 . A G 1198.95 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.555;QD=59.9474;RBI=0.0271421;REFB=-0.0381932;REVB=0.015854;RO=1;SAF=25;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410161;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:80:1:0:79:80:1:54:25:1:0:54:26:0:0 chr2 55771161 . A G 373.62 PASS AF=0.558824;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0321902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0044;QD=21.9776;RBI=0.0322228;REFB=-0.0159405;REVB=-0.00144895;RO=27;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159157;STB=0.524787;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0122471;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:27:30:37:38:0.558824:15:22:16:11:16:22:19:11 chr2 55805440 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.745;QD=56.1899;RBI=0.026421;REFB=0;REVB=0.0256335;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334326;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr2 56420006 . A T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0675494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.995;QD=16.454;RBI=0.0677005;REFB=-0.00843918;REVB=-0.00452039;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00574188;OID=.;OPOS=56420006;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:3:3:2:1:3:3:3:1 chr2 56420296 . C T 195.32 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00703928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.013;QD=13.0213;RBI=0.0102829;REFB=-0.0275386;REVB=-0.00749571;RO=36;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060597;STB=0.534654;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0528182;OID=.;OPOS=56420296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:14:10:13:23:14:10:13:23 chr2 58388696 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.45;QD=56.7066;RBI=0.0242874;REFB=0;REVB=0.0137265;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154295;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr2 60687959 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.846;QD=60.6066;RBI=0.0271383;REFB=0;REVB=-0.00276048;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53328e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr2 60689441 . T C 329.74 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0127847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.071;QD=20.9356;RBI=0.0140492;REFB=-0.0250974;REVB=-0.0058249;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125917;STB=0.566597;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0236141;OID=.;OPOS=60689441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:33:34:0.539683:15:18:11:17:15:19:12:17 chr2 60867976 . C T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00992401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4409;QD=13.2303;RBI=0.0132327;REFB=-0.0027009;REVB=-0.0087532;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198097;STB=0.61506;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00582864;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:10:19:8:9:10:19 chr2 61450454 . A G 801.01 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0381;QD=57.2149;RBI=0.019356;REFB=0;REVB=0.0145821;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108987;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr2 61522123 . T C 853.23 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0451489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5326;QD=54.1736;RBI=0.0732227;REFB=-0.13244;REVB=0.0576467;RO=2;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412713;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0141851;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:34:26:1:1:35:26:1:1 chr2 61575308 . A G 991.24 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.432;QD=59.1784;RBI=0.058262;REFB=0;REVB=0.0383513;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370085;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:43:23:0:0:43:24:0:0 chr2 61577435 . T C 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00987685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.303;QD=23.2632;RBI=0.0453585;REFB=-0.0195971;REVB=0.0442701;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.517804;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0170426;OID=.;OPOS=61577435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:9:10:13:10:9:10 chr2 61647901 . A G 102.16 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0573402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1389;QD=9.08128;RBI=0.0957036;REFB=-0.0138477;REVB=0.0766244;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259864;STB=0.505147;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0414826;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:6:7:16:15:6:7:17:15 chr2 62066927 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2555;QD=62.6705;RBI=0.0347061;REFB=0;REVB=0.025601;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04433e-05;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr2 62081012 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.425;QD=57.8848;RBI=0.0521713;REFB=0;REVB=0.0329856;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192456;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr2 62729674 . T C 150.98 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0048152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.14;QD=11.1834;RBI=0.0104228;REFB=-0.018397;REVB=0.0092438;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283973;STB=0.510752;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0327498;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:35:19:19:0.351852:9:10:16:16:9:10:19:16 chr2 62738931 . G C 131.73 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0249285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1697;QD=6.12693;RBI=0.0871305;REFB=-0.00895334;REVB=-0.0834883;RO=63;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192187;STB=0.616479;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0473494;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:63:66:20:20:0.232558:11:9:19:44:11:9:20:46 chr2 63849491 . T C 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.19;QD=63.1941;RBI=0.0401841;REFB=0;REVB=0.0340038;RO=0;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36482e-05;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:43:49:0:0:43:49:0:0 chr2 64069318 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0146389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.118;QD=22.7242;RBI=0.0147006;REFB=-0.0122757;REVB=-0.00134483;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128079;STB=0.57136;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00901257;OID=.;OPOS=64069318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:4:12:12:8:4:12 chr2 64069732 . G A 162.33 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.107462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.286;QD=38.1951;RBI=0.107491;REFB=-0.070199;REVB=0.00249108;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538413;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00711945;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:0:2:15:15:0.882353:12:3:0:0:12:3:0:2 chr2 64327544 . G T 676.77 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.02;QD=60.1577;RBI=0.0710278;REFB=-0.156069;REVB=-0.0696193;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00130584;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:0:1:16:28:0:1 chr2 64327592 . T C 874.07 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3166;QD=57.3159;RBI=0.0409364;REFB=0;REVB=0.0403944;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000752429;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr2 64779509 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0076774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.7;QD=7.95468;RBI=0.00830063;REFB=-0.00507511;REVB=-0.00315564;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124219;STB=0.592369;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0103022;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:4:4:11:7:4:4:12:7 chr2 64796817 . A C 222.71 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0395804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2618;QD=12.7264;RBI=0.0410417;REFB=-0.0202773;REVB=-0.0108542;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196821;STB=0.518505;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0412845;OID=.;OPOS=64796817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:13:14:21:21:13:14:21:22 chr2 65044680 . C T 470.71 PASS AF=0.74;AO=36;DP=50;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0253967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.891;QD=37.6569;RBI=0.0262431;REFB=-0.00489421;REVB=0.00661119;RO=13;SAF=19;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107424;STB=0.560312;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00414614;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:13:13:36:37:0.74:17:19:4:9:17:20:4:9 chr2 65217089 . G C 365.51 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0230575;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.207;QD=26.1077;RBI=0.0300232;REFB=-0.0118023;REVB=0.0192287;RO=21;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865339;STB=0.547418;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00880873;OID=.;OPOS=65217089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:21:14:11:10:21:14:11:10 chr2 65245365 . G A 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0467008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.148;QD=12.5475;RBI=0.0528728;REFB=-0.014566;REVB=-0.0247905;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270841;STB=0.515563;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0286122;OID=.;OPOS=65245365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:16:11:19:25:16:11:19:25 chr2 65296657 . A G 708.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.196;QD=62.9373;RBI=0.0180196;REFB=0;REVB=0.0087232;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50002e-05;OID=.;OPOS=65296657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr2 65298839 . A G 305.98 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4587;QD=53.214;RBI=0.0683412;REFB=0;REVB=0.00895595;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090546;OID=.;OPOS=65298839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:10:11:0:0:10:13:0:0 chr2 65299766 . T C 673.86 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0984005;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6989;QD=62.6848;RBI=0.10078;REFB=0;REVB=0.0217723;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000663623;OID=.;OPOS=65299766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr2 65300752 . C T 2084.62 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.619;QD=62.6952;RBI=0.0574835;REFB=0;REVB=0.0572427;RO=0;SAF=57;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11278e-05;OID=.;OPOS=65300752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:133:0:0:129:133:1:72:57:0:0:75:58:0:0 chr2 65315711 . G A 909.19 PASS AF=0.970149;AO=62;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00256406;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3786;QD=54.2801;RBI=0.00429007;REFB=0.0721844;REVB=-0.00343952;RO=2;SAF=25;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592119;STB=0.502105;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000708058;OID=.;OPOS=65315711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:62:65:0.970149:37:25:1:1:37:28:1:1 chr2 65496018 . C G,T 771.19 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=52,3;DP=56;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165219,0.00960708;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.687,115.489;QD=56.0863;RBI=0.0210792,0.0169989;REFB=0,0;REVB=-0.0130904,-0.0140238;RO=0;SAF=23,1;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.84538e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000254285,0.0360524;OID=.,.;OPOS=65496018,65496018;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:56:55:0:0:52,3:52,3:0.945455,0.0545455:29,2:23,1:0:0:29,2:23,1:0:0 chr2 65496144 . A G 846.59 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459756;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4489;QD=57.3956;RBI=0.0468911;REFB=0;REVB=0.00922075;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294309;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:32:26:0:0:32:27:0:0 chr2 65496187 . G A 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.513;QD=57.1021;RBI=0.0182216;REFB=0;REVB=0.000447772;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98682e-05;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr2 65497571 . C A 389.49 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.698;QD=55.6415;RBI=0.0535899;REFB=0;REVB=0.00292099;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325129;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr2 65540905 . C G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.312;QD=57.8849;RBI=0.0178458;REFB=0;REVB=0.00576284;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78901e-05;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr2 67630980 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6153;QD=52.6091;RBI=0.0674506;REFB=0;REVB=-0.060057;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000710688;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr2 67632125 . C T 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6554;QD=55.0788;RBI=0.0542175;REFB=0;REVB=0.0257066;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000553841;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 68385097 . AG A,GG 252.89 PASS AF=0.333333,0.424242;AO=6,13;DP=30;FAO=11,14;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=11,11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0274314,-0.0438121;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=20.4936,82.624;QD=30.6528;RBI=0.147223,0.0458102;REFB=0.0634934,-0.0209743;REVB=-0.144645,0.013382;RO=8;SAF=0,3;SAR=6,10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0.364486,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.793299,-0.375934;STB=0.998754,0.717056;STBP=0,0.017;TYPE=del,snp;VARB=-0.189225,-0.000453988;OID=.,.;OPOS=68385098,68385097;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:30:33:8:8:6,13:11,14:0.333333,0.424242:6,10:0,3:6:2:11,11:0,3:6:2 chr2 68388823 . A G 277.5 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0272658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.504;QD=16.0871;RBI=0.0322317;REFB=-0.00791356;REVB=0.0171889;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170282;STB=0.500959;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00620923;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:18:13:16:22:18:13:16:22 chr2 68407926 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00505837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1075;QD=7.32258;RBI=0.0067204;REFB=-0.0237049;REVB=-0.00442455;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549835;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0726901;OID=.;OPOS=68407926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:12:14:6:6:0.3:3:3:6:6:3:3:6:8 chr2 68415767 . G A 190.89 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0378989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.468;QD=11.5694;RBI=0.0381302;REFB=-0.00470092;REVB=-0.0041932;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314353;STB=0.682487;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0110482;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:7:17:18:24:7:17:18:24 chr2 68511584 . A G 373.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.928;QD=55.3184;RBI=0.0562156;REFB=0;REVB=0.053887;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315401;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:15:10:0:0:17:10:0:0 chr2 68607947 . G T 550.85 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000511577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.039;QD=59.5514;RBI=0.00650139;REFB=0;REVB=-0.00648123;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24011e-05;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:27:9:0:0:27:10:0:0 chr2 68622914 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.976;QD=59.4356;RBI=0.0302573;REFB=0;REVB=0.0251866;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107085;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr2 68882468 . T C 790.35 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248;QD=55.4628;RBI=0.0217171;REFB=-0.122458;REVB=0.0209004;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113958;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:27:30:0:0 chr2 69002760 . C T 581.24 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000330138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.145;QD=56.7067;RBI=0.000869754;REFB=0;REVB=-0.000804662;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235518;OID=.;OPOS=69002760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:8:29:0:0:12:29:0:0 chr2 69040500 . G A 607.76 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0219798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.524;QD=22.5098;RBI=0.0223399;REFB=-0.00538539;REVB=0.00399489;RO=48;SAF=21;SAR=39;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144783;STB=0.57943;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00568282;OID=.;OPOS=69040500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:39:21:25:23:39:21:25:23 chr2 69049939 . G T 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00701259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.878;QD=26.8485;RBI=0.007439;REFB=-0.0365443;REVB=-0.00248239;RO=6;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991174;STB=0.599854;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0231943;OID=.;OPOS=69049939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:3:12:4:2:3:12:4:3 chr2 69049941 . T C 41.07 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00969329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.886;QD=7.46746;RBI=0.0558138;REFB=-0.0064206;REVB=0.0549656;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272723;STB=0.666262;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.11614;OID=.;OPOS=69049941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:21:22:14:15:6:7:0.318182:2:4:12:2:3:4:12:3 chr2 69173570 . C T 333.13 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0318766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.688;QD=16.4506;RBI=0.0318774;REFB=-0.0183823;REVB=0.000221827;RO=45;SAF=17;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497358;STB=0.527935;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.026422;OID=.;OPOS=69173570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:19:17:19:26:19:17:19:26 chr2 69204629 . T C 245.96 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.00753392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.412;QD=11.1801;RBI=0.0368064;REFB=-0.00692577;REVB=0.0360271;RO=57;SAF=19;SAR=11;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411767;STB=0.528127;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0188782;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:11:19:38:19:11:19:39:19 chr2 69204671 . A T 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0214901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.156;QD=12.9977;RBI=0.0215536;REFB=-0.0167644;REVB=0.00165341;RO=57;SAF=17;SAR=17;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144398;STB=0.58237;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0356066;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:17:17:36:21:17:17:36:21 chr2 69240651 . G A 192.88 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00513238;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.27;QD=22.0434;RBI=0.0364303;REFB=-0.0391218;REVB=0.0360669;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540683;STB=0.545407;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0347542;OID=.;OPOS=69240651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:16:17:19:0.542857:7:10:11:6:9:10:10:6 chr2 69300243 . G A 165.68 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00420539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.623;QD=11.4259;RBI=0.0061975;REFB=-0.00107739;REVB=0.00455233;RO=37;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856419;STB=0.549951;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00196624;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:14:7:15:22:14:7:15:22 chr2 69659126 . A T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0231834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.295;QD=19.7612;RBI=0.0270551;REFB=-0.00169056;REVB=-0.0139467;RO=25;SAF=3;SAR=20;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285711;STB=0.664484;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00221208;OID=.;OPOS=69659126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:20:3:8:17:20:3:8:17 chr2 69693006 . C T 269.98 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0146606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.958;QD=22.9766;RBI=0.0270581;REFB=-0.0487079;REVB=0.0227422;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385333;STB=0.521478;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0340135;OID=.;OPOS=69693006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:15:7:9:16:15:7 chr2 69698158 . G A,T 583.53 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=36,2;DP=38;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897798,0.0105025;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.337,28.7148;QD=59.8496;RBI=0.00955353,0.0246066;REFB=0,0;REVB=0.00326586,-0.0222527;RO=0;SAF=21,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00247064,0.0963713;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:38:39:0:0:36,2:37,2:0.948718,0.0512821:15,1:21,1:0:0:16,1:21,1:0:0 chr2 69702628 . C T 385.99 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0042374;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.566;QD=23.0443;RBI=0.0200635;REFB=-0.0233911;REVB=-0.0196109;RO=29;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612995;STB=0.533734;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0216807;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:18:20:13:16:18:20:13:16 chr2 69741609 . C T 174.61 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3721;QD=46.5628;RBI=0.0713404;REFB=0;REVB=0.0709056;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115247;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:2:11:0:0:3:12:0:0 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC,TTGCTGTTGT 729.08 PASS AF=0.666667,0.291667,0.0416667;AO=26,17,2;DP=49;FAO=32,14,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14,12,2;FSAR=18,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363053,0.0440044,-0.016978;FXX=0.020404;HRUN=2,2,1;LEN=3,1,4;MLLD=121.629,83.5874,147.684;QD=60.7567;RBI=0.0893912,0.0513034,0.0536405;REFB=0,0,0;REVB=0.0816867,-0.0263754,0.0508827;RO=0;SAF=10,16,2;SAR=16,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=7.71087e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00581552,0.0111704,-0.00586736;OID=.,.,.;OPOS=69741754,69741762,69741753;OREF=TGT,T,CTGT;OALT=-,C,TTGC;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC,TTGCTGTTGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:48:0:0:26,17,2:32,14,2:0.666667,0.291667,0.0416667:16,1,0:10,16,2:0:0:18,2,0:14,12,2:0:0 chr2 69741854 . T G 718.25 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.859;QD=61.1277;RBI=0.0488819;REFB=-0.110517;REVB=0.0292665;RO=0;SAF=11;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00074904;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:0:0:46:47:1:35:11:0:0:36:11:0:0 chr2 70168022 . G A 86.23 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.03139;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.144;QD=10.7793;RBI=0.0351385;REFB=-0.00365891;REVB=0.0157919;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3566;STB=0.701378;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00497263;OID=.;OPOS=70168022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:20:21:11:11:0.34375:8:3:12:8:8:3:12:9 chr2 70182805 . T C 503.65 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169307;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.475;QD=59.253;RBI=0.0204512;REFB=0;REVB=0.0114718;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316843;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr2 70188676 . T C 115.38 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.631;QD=41.957;RBI=0.0257891;REFB=0;REVB=0.0250922;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680636;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:7:3:0:0:8:3:0:0 chr2 70191360 . C T 673.14 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.001979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.42;QD=50.8031;RBI=0.00648073;REFB=-0.0580939;REVB=0.00617118;RO=3;SAF=38;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135011;STB=0.507184;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000520019;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:3:3:50:50:0.943396:12:38:2:1:12:38:2:1 chr2 70524577 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.3;QD=62.0188;RBI=0.0246876;REFB=0;REVB=0.0236396;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117734;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr2 70528827 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.33;QD=51.1845;RBI=0.055339;REFB=0;REVB=0.0510673;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251509;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr2 70677994 . G A 143.99 PASS AF=0.345455;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00931718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.35;QD=10.4716;RBI=0.0175353;REFB=-0.0192278;REVB=-0.0148551;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773266;STB=0.572248;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0428804;OID=.;OPOS=70677994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:36:36:17:19:0.345455:6:11:21:15:6:13:21:15 chr2 71004492 . T C 272.53 PASS AF=0.916667;AO=23;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0293332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8811;QD=45.4221;RBI=0.0411505;REFB=-0.00263453;REVB=-0.0288605;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.531221;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0021319;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:23:22:0.916667:17:6:0:1:17:5:1:1 chr2 71004494 . A T 320.11 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.469;QD=53.3523;RBI=0.0412748;REFB=0;REVB=0.0217519;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27447e-05;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr2 71012604 . G A 1897.06 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00777647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2083;QD=60.7058;RBI=0.0391237;REFB=-0.0161113;REVB=-0.038343;RO=0;SAF=52;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61425e-08;STB=0.504761;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-1.24393e-05;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:0:1:124:124:0.992:72:52:0:0:72:52:1:0 chr2 71012734 . C G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.141;QD=60.607;RBI=0.0350925;REFB=0;REVB=-0.00689541;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743103;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr2 71036482 . T C 172.76 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0394906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2083;QD=18.6762;RBI=0.0397521;REFB=0.0138727;REVB=-0.00455154;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523783;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0120589;OID=.;OPOS=71036482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:18:18:0.486486:13:5:5:13:13:5:6:13 chr2 71043461 . C T 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0186548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.062;QD=17.2464;RBI=0.0536448;REFB=-0.00458756;REVB=-0.0502968;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376557;STB=0.515643;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00434145;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:13:8:10:16:13:8:11:16 chr2 71044211 . C T 92.95 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0456929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.407;QD=9.53353;RBI=0.0462256;REFB=-0.000247208;REVB=-0.00699755;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17573;STB=0.606959;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00171009;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:8:4:13:14:8:4:13:14 chr2 71058835 . A G 198.93 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0100024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6873;QD=11.3676;RBI=0.0177757;REFB=-0.00991922;REVB=-0.0146945;RO=45;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790948;STB=0.545835;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0175874;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:11:14:22:23:11:14:22:23 chr2 71062648 . G A 405.55 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0246583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.687;QD=15.1607;RBI=0.0353101;REFB=-0.0243152;REVB=-0.0252739;RO=61;SAF=30;SAR=16;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216624;STB=0.621837;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0346947;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:16:30:27:34:16:30:27:34 chr2 71062833 . G GC 482.68 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.8503;QD=43.8803;RBI=0.128146;REFB=0;REVB=0.126262;RO=7;SAF=13;SAR=26;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157252;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00323769;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:46:44:44:0:17:27:0:0:9:7:13:26:6:1 chr2 71170807 . C T 48.87 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0544045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.142;QD=13.9617;RBI=0.0560377;REFB=-0.013298;REVB=-0.0134301;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136597;OID=.;OPOS=71170807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:1:6:6:1:1:6 chr2 71190384 . C T 103.93 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0742415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2438;QD=10.1397;RBI=0.0746951;REFB=-0.0369542;REVB=0.00821894;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105416;STB=0.574513;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.047462;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:7:6:15:12:7:6:16:12 chr2 71211815 . G A 230.61 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0548205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.041;QD=10.0265;RBI=0.0557755;REFB=-0.0176129;REVB=-0.0102773;RO=61;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110223;STB=0.575568;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.036232;OID=.;OPOS=71211815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:61:63:29:29:0.315217:17:12:31:30:17:12:33:30 chr2 71211989 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0156265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.89;QD=9.56933;RBI=0.018635;REFB=0.0139694;REVB=-0.0101525;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311237;STB=0.68318;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0133004;OID=.;OPOS=71211989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:2:13:5:3:2:13 chr2 71221822 . A G 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0384641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.974;QD=10.1406;RBI=0.0494463;REFB=-0.0234834;REVB=-0.0310717;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777142;STB=0.546489;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0526633;OID=.;OPOS=71221822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:9:19:8:5:9:19 chr2 71273543 . C T 418.48 PASS AF=0.37594;AO=48;DP=132;FAO=50;FDP=133;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.00196036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.444;QD=12.5859;RBI=0.0058632;REFB=-0.0166298;REVB=-0.00552577;RO=82;SAF=32;SAR=16;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165351;STB=0.578882;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0265287;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:82:83:48:50:0.37594:16:32:43:39:18:32:43:40 chr2 71305456 . C T 427.69 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.874;QD=57.0257;RBI=0.0591132;REFB=0;REVB=0.0387385;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163232;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:16:12:0:0:16:14:0:0 chr2 71351403 . C A 439.32 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00719245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.936;QD=24.7502;RBI=0.0103759;REFB=-0.0139863;REVB=-0.00747846;RO=29;SAF=25;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136258;STB=0.574677;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0078644;OID=.;OPOS=71351403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:17:25:12:17:17:25:12:17 chr2 71357364 . C A 187.92 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0182497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.565;QD=10.8937;RBI=0.0184917;REFB=-0.00950926;REVB=0.0029819;RO=45;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143192;STB=0.583996;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0142474;OID=.;OPOS=71357364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:18:6:16:29:18:6:16:29 chr2 71360282 . G A 174.1 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0464853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6871;QD=19.344;RBI=0.0867713;REFB=-0.0261993;REVB=-0.0732693;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105429;STB=0.559932;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0260856;OID=.;OPOS=71360282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:8:10:12:6:8:10 chr2 71365805 . A G 137.73 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0346995;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7837;QD=10.8023;RBI=0.0347036;REFB=-0.00147352;REVB=-0.000534087;RO=33;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289371;STB=0.663263;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00215406;OID=.;OPOS=71365805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:33:34:17:17:0.333333:12:5:18:15:12:5:18:16 chr2 71366957 . C A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.063573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.681;QD=16.1202;RBI=0.0635824;REFB=-0.0278102;REVB=0.0010941;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122788;STB=0.571306;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0301962;OID=.;OPOS=71366957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:6:7:8:4:6:7 chr2 71415479 . T C 289.17 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9099;QD=52.5766;RBI=0.0476022;REFB=0;REVB=-0.0225077;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151925;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr2 71417065 . G T 794.76 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.893;QD=54.8107;RBI=0.0257096;REFB=-0.155092;REVB=-0.0197855;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171391;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00112848;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:1:1:55:57:0.982759:27:28:0:1:27:30:0:1 chr2 71615571 . C T 707.34 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0894;QD=62.8744;RBI=0.0243183;REFB=0;REVB=-0.013215;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87202e-05;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:27:16:0:0:27:18:0:0 chr2 71633275 . T C 266.95 PASS AF=0.307692;AO=36;DP=117;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.00780837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.999;QD=9.12644;RBI=0.0105494;REFB=-0.0100123;REVB=0.00709361;RO=81;SAF=13;SAR=23;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284578;STB=0.665953;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.020399;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:81:81:36:36:0.307692:23:13:49:32:23:13:49:32 chr2 71633389 . C T 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0181589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.666;QD=10.4167;RBI=0.0355244;REFB=-0.000796057;REVB=-0.0305326;RO=45;SAF=4;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349377;STB=0.70806;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00254544;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:19:4:19:26:19:4:19:26 chr2 71654175 . G A 666.87 PASS AF=0.482014;AO=67;DP=140;FAO=67;FDP=139;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.0330526;FXX=0.00714235;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.697;QD=19.1904;RBI=0.0330587;REFB=-0.0156572;REVB=0.000635658;RO=70;SAF=31;SAR=36;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855856;STB=0.545975;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.021306;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:70:72:67:67:0.482014:36:31:26:44:36:31:27:45 chr2 71838597 . C A 389.38 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=64;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0111695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.347;QD=24.3362;RBI=0.0130205;REFB=-0.0240198;REVB=0.00669156;RO=26;SAF=20;SAR=18;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376573;STB=0.52065;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.021006;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:26:38:38:0.59375:18:20:15:11:18:20:15:11 chr2 72356449 . G T 235.89 PASS AF=0.45614;AO=21;DP=53;FAO=26;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0210902;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.674;QD=16.5536;RBI=0.0216959;REFB=-0.00823482;REVB=-0.00509073;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185364;STB=0.64314;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00979706;OID=.;OPOS=72356449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:22:30:21:26:0.45614:10:11:7:15:12:14:8:22 chr2 72356627 . T G 176.8 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.000793646;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.4504;QD=20.2059;RBI=0.0240244;REFB=-0.0110998;REVB=-0.0240113;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177501;STB=0.599893;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0129277;OID=.;OPOS=72356627;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:12:5:9:9:12:5 chr2 72356745 . T TG 160.31 PASS AF=0.5;AO=9;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0702426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.457;QD=12.8252;RBI=0.0877679;REFB=0.00628117;REVB=0.052623;RO=39;SAF=2;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417427;STB=0.658103;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=-0.00275282;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:50:25:50:25:9:16:17:8:99:39:2:7:22:17 chr2 72692272 . A AAG 801.45 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136311;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=2;MLLD=236.102;QD=57.2468;RBI=0.0397879;REFB=0;REVB=0.0373801;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000137016;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:56:56:56:0:30:26:0:0:4:2:29:24:0:2 chr2 73169250 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0145216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.392;QD=17.1001;RBI=0.0211618;REFB=-0.00363503;REVB=-0.0153931;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249239;STB=0.626683;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00211132;OID=.;OPOS=73169250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:9:5:9:5:9:5:9:6 chr2 73339708 . G A 1606.84 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.719;QD=64.2737;RBI=0.0263332;REFB=0;REVB=0.0219577;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83545e-05;OID=.;OPOS=73339708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:46:54:0:0:46:54:0:0 chr2 73525870 . TCC TC,TCT 125.19 PASS AF=0.466667,0.1;AO=12,3;DP=31;FAO=14,3;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=13,3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00227542,0.00442543;FXX=0.0322477;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=16.0559,21.3911;QD=16.6913;RBI=0.175132,0.0663024;REFB=-0.107466,-0.0857501;REVB=0.175117,0.0661546;RO=13;SAF=1,0;SAR=11,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.516542,-0.620235;STB=0.819221,0.995851;STBP=0.012,0.104;TYPE=del,snp;VARB=0.11346,-0.0491393;OID=.,.;OPOS=73525871,73525872;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.1:12,3:31:14,3:30:13:1,0:13,3:6:7:80:13:1,0:11,3:6:7 chr2 73675227 . T C,TCTC 1321.6 PASS AF=0,0.988506;AO=5,80;DP=107;FAO=0,86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=0,29;FSAR=0,57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250244,0.0469397;FXX=0.0744602;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=54.7833,239.269;QD=60.7633;RBI=0.0263343,0.0537566;REFB=-0.11235,-0.174278;REVB=0.00820223,0.0261998;RO=20;SAF=3,25;SAR=2,55;SRF=17;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.355846,-0.213877;STB=0.5,0.508473;STBP=1,0.279;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00080141;OID=.,.;OPOS=73675227,73675228;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:107:87:20:1:5,80:0,86:0,0.988506:2,55:3,25:17:3:0,57:0,29:1:0 chr2 73675669 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.84;QD=35.5747;RBI=0.0268996;REFB=0;REVB=-0.0199496;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00346259;OID=.;OPOS=73675669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr2 73675844 . C T 337.2 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000675562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.949;QD=49.9556;RBI=0.0439943;REFB=-0.0781626;REVB=0.0439891;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299036;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002838;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:27:1:0:24:27:1:9:15:1:0:10:17:0:0 chr2 73828538 . G A 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7494;QD=47.8141;RBI=0.272429;REFB=0;REVB=0.0580245;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120205;OID=.;OPOS=73828538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr2 73927931 . A G 1061.93 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.644;QD=59.8271;RBI=0.0677528;REFB=0;REVB=0.0340217;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155827;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:38:30:0:0:38:33:0:0 chr2 73928098 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.293;QD=62.9818;RBI=0.032384;REFB=0;REVB=0.0199339;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1232e-05;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr2 73928366 . G C 269.25 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.1643;QD=51.2865;RBI=0.0582993;REFB=0;REVB=0.0551034;RO=3;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235742;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:3:0:17:21:1:14:3:0:3:18:3:0:0 chr2 73957124 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.263;QD=57.1964;RBI=0.0264907;REFB=0;REVB=0.00140352;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151341;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr2 74007136 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.858;QD=57.5445;RBI=0.0662475;REFB=0;REVB=-0.00569472;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013285;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr2 74135797 . T C 209.69 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0117939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.304;QD=18.6388;RBI=0.0187279;REFB=-0.0253853;REVB=-0.0145478;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092644;STB=0.565154;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0251264;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:8:13:12:11:8:13:12:12 chr2 74135898 . A G 199.77 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00755423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.323;QD=19.9773;RBI=0.0400835;REFB=-0.00341256;REVB=-0.0393653;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218818;STB=0.623034;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00293172;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:6:14:9:11:6:14 chr2 74185876 . A T 321.8 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0223346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.985;QD=23.8368;RBI=0.0234326;REFB=-0.0136653;REVB=-0.007089;RO=22;SAF=21;SAR=11;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252724;STB=0.639256;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0116484;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:11:21:7:15:11:21:7:15 chr2 74300717 . T C 235.76 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00518963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9168;QD=26.1954;RBI=0.0101732;REFB=-0.00449686;REVB=0.00874994;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171335;STB=0.51775;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00581536;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:21:22:0.611111:10:11:7:7:10:12:7:7 chr2 74329725 . A AT 139.57 PASS AF=0.702703;AO=21;DP=38;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0812058;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.0278;QD=15.0887;RBI=0.127295;REFB=0.0824236;REVB=0.0980283;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148218;STB=0.54051;STBP=0.471;TYPE=ins;VARB=-0.0125117;OID=.;OPOS=74329726;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.702703:21:38:26:37:11:13:13:7:4:36:13:10:11:9:4 chr2 74334462 . G A 732.39 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00431568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.382;QD=23.2504;RBI=0.0488967;REFB=-0.0154545;REVB=-0.0487059;RO=56;SAF=30;SAR=40;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147819;STB=0.508081;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0120778;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:40:30:25:31:40:30:25:31 chr2 74362090 . A G 143.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4642;QD=44.0362;RBI=0.0338806;REFB=0;REVB=0.0192154;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152859;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 174.6 PASS AF=0.68;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0157028;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.251;QD=27.9361;RBI=0.0554752;REFB=-0.0871529;REVB=0.0532064;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174828;STB=0.607351;STBP=0.143;TYPE=ins;VARB=0.0373236;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68:15:25:17:25:8:7:10:6:2:54:8:7:8:6:2 chr2 74590160 . T C 317.23 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0543596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.313;QD=25.8959;RBI=0.0747771;REFB=-0.0594857;REVB=0.0513483;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742888;STB=0.541147;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0399414;OID=.;OPOS=74590160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:11:10:16:12:11:10 chr2 74641624 . G C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0929192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3079;QD=56.9345;RBI=0.102305;REFB=0;REVB=-0.0428053;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168205;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr2 74643333 . G T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0270144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.342;QD=10.6346;RBI=0.0284327;REFB=-0.00656945;REVB=-0.00886783;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380118;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00887553;OID=.;OPOS=74643333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:5:8:2:6:5:8 chr2 74682512 . C T 1034.27 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.878;QD=58.2686;RBI=0.056477;REFB=-0.102242;REVB=0.00484845;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627266;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:71:1:0:67:71:1:32:35:0:1:35:36:0:0 chr2 74687548 . CCTCA CCA,CCCA,CCCAC,CCCCA 637.34 PASS AF=0,0.952381,0,0.047619;AO=6,11,6,15;DP=44;FAO=0,40,0,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,0,2;FSAR=0,22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990013,0.101574,0.0284395,0.0864203;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=2,1,3,1;MLLD=145.873,151.331,127.425,148.534;QD=60.6995;RBI=0.0994278,0.101997,0.0297998,0.086906;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.00920012,-0.00927765,-0.00890057,-0.00917559;RO=1;SAF=1,6,6,3;SAR=5,5,0,12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.281147,-0.0690901,0,-0.129286;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.00433269,-0.00574347,0,0.0161261;OID=.,.,.,.;OPOS=74687549,74687550,74687550,74687550;OREF=CT,T,TCA,T;OALT=-,-,CAC,C;OMAPALT=CCA,CCCA,CCCAC,CCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.952381,0,0.047619:6,11,6,15:44:0,40,0,2:42:0:0,18,0,2:0,22,0,0:0:0:15:1:1,6,6,3:5,5,0,12:1:0 chr2 74690039 . GG AC,AG 2275.63 PASS AF=0,0.924419;AO=10,133;DP=179;FAO=0,159;FDP=172;FR=.;FRO=13;FSAF=0,59;FSAR=0,100;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0428465,0.0495924;FXX=0.039104;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=99.1276,181.01;QD=52.9216;RBI=0.04285,0.0497996;REFB=-0.145014,-0.151512;REVB=0.000547586,-0.00453823;RO=6;SAF=10,38;SAR=0,95;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.819384,-0.00476882;STB=0.5,0.537712;STBP=1,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.000472101;OID=.,.;OPOS=74690039,74690039;OREF=GG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:179:172:6:13:10,133:0,159:0,0.924419:0,95:10,38:2:4:0,100:0,59:11:2 chr2 74690378 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0773;QD=60.6095;RBI=0.0258779;REFB=0;REVB=-0.0223305;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153531;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 74699778 . C A 785.3 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.086;QD=56.0925;RBI=0.0722971;REFB=0;REVB=-0.0128535;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108148;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:1:0:53:56:1:25:28:1:0:26:30:0:0 chr2 74710491 . C T 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.427;QD=62.6689;RBI=0.0340655;REFB=0;REVB=0.00668717;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39335e-05;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr2 74725144 . T C 725.71 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3445;QD=63.1051;RBI=0.109231;REFB=0;REVB=0.105556;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273097;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:41:46:1:18:23:0:0:21:25:0:0 chr2 74725178 . G A 1058.48 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.2308;QD=58.8045;RBI=0.107853;REFB=0;REVB=0.0967324;RO=1;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014194;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:1:0:69:72:1:21:48:0:1:24:48:0:0 chr2 74746322 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.04;QD=60.9781;RBI=0.027001;REFB=0;REVB=-0.0177893;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03674e-05;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr2 74756176 . G C 123.16 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0133567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=307.823;QD=37.8952;RBI=0.0270828;REFB=-0.0860292;REVB=0.0235601;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00100193;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr2 74758666 . G A 476.75 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0183394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.508;QD=19.4591;RBI=0.0195657;REFB=-0.00551051;REVB=-0.00681803;RO=50;SAF=20;SAR=27;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032518;STB=0.523799;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00765334;OID=.;OPOS=74758666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:51:47:47:0.479592:27:20:23:27:27:20:24:27 chr2 74761539 . T A 220.57 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0386726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.721;QD=14.2301;RBI=0.0680534;REFB=-0.0308065;REVB=0.0559973;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850411;STB=0.54835;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0328821;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:15:21:13:13:15:21 chr2 74763258 . C G 653.08 PASS AF=0.666667;AO=54;DP=82;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0240059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8858;QD=31.0991;RBI=0.0256523;REFB=-0.00388646;REVB=-0.00904191;RO=28;SAF=27;SAR=27;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112631;STB=0.553827;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00142882;OID=.;OPOS=74763258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:28:28:54:56:0.666667:27:27:9:19:29:27:9:19 chr2 75113657 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.0205018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.219;QD=9.25807;RBI=0.036071;REFB=-0.00580113;REVB=0.0296781;RO=27;SAF=11;SAR=1;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036061;STB=0.54991;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0150674;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:1:11:25:2:1:11:25:3 chr2 75113789 . C G 238.4 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0534663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8347;QD=13.063;RBI=0.0580368;REFB=-0.00849807;REVB=0.0225749;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113874;STB=0.566267;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0186963;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:44:28:29:0.39726:16:12:14:29:16:13:15:29 chr2 75115108 . A G 214.61 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0186883;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.907;QD=12.2632;RBI=0.0248755;REFB=-0.00628637;REVB=-0.0164176;RO=41;SAF=22;SAR=4;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494236;STB=0.795261;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.013388;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:44:26:26:0.371429:4:22:18:23:4:22:19:25 chr2 75118737 . C T 220.46 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0228804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9872;QD=17.997;RBI=0.028443;REFB=-0.0077876;REVB=-0.0168965;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150617;STB=0.586124;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0108804;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:11:16:16:6:11:16 chr2 75124037 . C T 834.34 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.754;QD=57.5404;RBI=0.026282;REFB=0;REVB=-0.0260746;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144041;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:18:38:0:0:18:40:0:0 chr2 75276429 . C G 222.09 PASS AF=0.375;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.00915562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=337.95;QD=12.3383;RBI=0.014949;REFB=-0.018846;REVB=-0.0118173;RO=42;SAF=16;SAR=11;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38835;STB=0.707826;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0331486;OID=.;OPOS=75276429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:42:45:27:27:0.375:11:16:9:33:11:16:11:34 chr2 75744918 . T C 75.09 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0103279;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2244;QD=10.0125;RBI=0.014284;REFB=0.00450831;REVB=-0.0098675;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2505;STB=0.608469;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0104546;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:30:17:20:10:10:0.333333:3:7:8:9:3:7:11:9 chr2 75907351 . T C 177.77 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00208053;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7722;QD=10.4573;RBI=0.00208146;REFB=0.00311069;REVB=-6.20994e-05;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371804;STB=0.52172;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00587253;OID=.;OPOS=75907351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:11:12:22:23:11:12:22:23 chr2 75915035 . C T 1859.38 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.532;QD=61.467;RBI=0.0262257;REFB=0;REVB=0.0232164;RO=0;SAF=54;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12594e-05;OID=.;OPOS=75915035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:67:54:0:0:67:54:0:0 chr2 75923413 . T C 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000543685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.621;QD=47.8134;RBI=0.00272769;REFB=0.0559406;REVB=0.00267295;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00253223;OID=.;OPOS=75923413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:0:1:10:11:0:1 chr2 75937801 . C T 108.37 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.010132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.96;QD=13.5467;RBI=0.0278565;REFB=-0.0129522;REVB=-0.0259486;RO=19;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304709;STB=0.682432;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0152614;OID=.;OPOS=75937801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:2:11:12:7:2:11:12:7 chr2 79254261 . T C 1203.73 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00874255;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5443;QD=57.3207;RBI=0.0276864;REFB=0.0219056;REVB=-0.0262698;RO=3;SAF=37;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142683;STB=0.50754;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00170787;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:85:84:3:3:81:81:0.964286:44:37:2:1:44:37:2:1 chr2 79255325 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199;QD=57.6806;RBI=0.0400252;REFB=0;REVB=-0.0119722;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05769e-05;OID=.;OPOS=79255325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr2 79350347 . A G 436.55 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3425;QD=54.5682;RBI=0.037573;REFB=-0.0581995;REVB=-0.0356648;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000977427;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:1:0 chr2 80085164 . C T 82.78 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=133;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=63;FWDB=-0.00267387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.181;QD=2.4897;RBI=0.0267081;REFB=-0.00670477;REVB=-0.0265739;RO=115;SAF=13;SAR=5;SRF=52;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335734;STB=0.730929;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0406571;OID=.;OPOS=80085164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:133:133:115:115:18:18:0.135338:5:13:52:63:5:13:52:63 chr2 80101372 . C T 846.82 PASS AF=0.569343;AO=78;DP=137;FAO=78;FDP=137;FR=.;FRO=59;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0218324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.623;QD=24.7248;RBI=0.0221055;REFB=0.0157152;REVB=-0.00346399;RO=59;SAF=52;SAR=26;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119775;STB=0.565428;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00963974;OID=.;OPOS=80101372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:59:59:78:78:0.569343:26:52:31:28:26:52:31:28 chr2 82194270 . A G 114.29 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0103842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.391;QD=18.287;RBI=0.0104431;REFB=-0.0245843;REVB=-0.0011073;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575094;STB=0.545388;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0216726;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:25:25:11:12:13:13:0.52:10:3:2:9:10:3:2:10 chr2 83042810 . GGAAC G 168.53 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00891441;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=4;MLLD=309.203;QD=16.8531;RBI=0.00903411;REFB=-0.00201412;REVB=0.00146573;RO=16;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081141;STB=0.566369;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.0016479;OID=.;OPOS=83042811;OREF=GAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:22:41:22:40:18:4:18:5:13:99:16:4:18:4:12 chr2 84756049 . G A 1361.77 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654992;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.734;QD=62.6102;RBI=0.0270702;REFB=0;REVB=0.0262658;RO=0;SAF=37;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71413e-05;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:50:37:0:0:50:37:0:0 chr2 84771480 . G A 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.718;QD=58.2393;RBI=0.0394308;REFB=0;REVB=0.0159487;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126234;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr2 84771567 . C T 678.54 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112033;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.093;QD=59.0032;RBI=0.0236677;REFB=-0.0387559;REVB=0.0208482;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00147633;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:43:45:0.978261:19:24:1:0:20:25:1:0 chr2 84800605 . C A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.018;QD=57.8846;RBI=0.0189885;REFB=0;REVB=0.012621;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95674e-06;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr2 84897516 . T TG 217.98 PASS AF=1;AO=4;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337879;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.6883;QD=45.8902;RBI=0.100446;REFB=0;REVB=0.0945929;RO=15;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.701367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00198139;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:19:19:19:0:10:9:0:0:4:15:4:0:6:9 chr2 84897517 . A G 154.88 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00776539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.793;QD=32.607;RBI=0.0512437;REFB=0.202684;REVB=0.0506519;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225948;STB=0.624835;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.019776;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:9:6:4:0:9:6:4:0 chr2 85049157 . G A 223.9 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0106669;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.946;QD=20.8274;RBI=0.0250575;REFB=-0.0374734;REVB=0.0226736;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15199;STB=0.57976;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0472992;OID=.;OPOS=85049157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:21:21:20:22:0.511628:11:9:13:8:12:10:13:8 chr2 85282879 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0266577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.867;QD=21.0648;RBI=0.0440502;REFB=-0.0182357;REVB=0.0350684;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074191;STB=0.541632;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0209161;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:10:14:12:12:10:14 chr2 85283329 . CTT C,CCT 63.65 PASS AF=0.285714,0.142857;AO=5,3;DP=21;FAO=6,3;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5,2;FSAR=1,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0131298,0.00153503;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=207.746,45.2916;QD=12.1235;RBI=0.0354354,0.0050826;REFB=-0.00156714,-0.00442866;REVB=-0.0329131,-0.00484526;RO=12;SAF=4,2;SAR=1,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.42695,0.267894;STB=0.798934,0.694385;STBP=0.097,0.519;TYPE=del,snp;VARB=0.0238615,0.0634532;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714,0.142857:5,3:21:6,3:21:12:5,2:1,1:5:7:40:12:4,2:1,1:5:7 chr2 85546615 . C T 866.21 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.559;QD=57.7471;RBI=0.0350453;REFB=0;REVB=0.0256473;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50239e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:56:60:1:24:32:0:0:24:36:0:0 chr2 85549527 . T C 256.36 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.403;QD=51.2711;RBI=0.156467;REFB=0;REVB=0.154699;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170888;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:9:11:0:0 chr2 85549547 . C T 487.37 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260149;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.461;QD=59.0745;RBI=0.0366535;REFB=0;REVB=0.0258206;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114418;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 85553784 . C T 751.51 PASS AF=1;AO=37;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3163;QD=56.718;RBI=0.211857;REFB=0;REVB=0.211707;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289835;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:37:53:1:13:24:0:0:26:27:0:0 chr2 85573033 . G A 1062.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8773;QD=59.8471;RBI=0.0746431;REFB=0;REVB=0.0218302;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788364;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr2 85573049 . G A 237.62 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00323616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.863;QD=13.775;RBI=0.00396642;REFB=-0.00742358;REVB=0.00229342;RO=39;SAF=5;SAR=23;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38053;STB=0.723091;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0107037;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:41:28:28:0.405797:23:5:19:20:23:5:20:21 chr2 85622059 . T C 211.72 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0352124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7307;QD=19.6948;RBI=0.0364016;REFB=-0.00726721;REVB=0.00922828;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154875;STB=0.605286;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0249713;OID=.;OPOS=85622059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:22:21:21:0.488372:11:10:6:14:11:10:6:16 chr2 85769711 . C G 450.1 PASS AF=0.614286;AO=41;DP=68;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00422598;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.223;QD=25.72;RBI=0.00428806;REFB=-0.0254151;REVB=0.000727042;RO=25;SAF=19;SAR=22;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725699;STB=0.559973;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0170383;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:25:27:41:43:0.614286:22:19:9:16:22:21:9:18 chr2 85771763 . G A 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0357029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.346;QD=2.14553;RBI=0.0361286;REFB=-0.000183472;REVB=-0.00552926;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27689;STB=0.718863;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000772405;OID=.;OPOS=85771763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:49:50:6:6:0.107143:5:1:18:31:5:1:18:32 chr2 85780131 . G A 428.47 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00160798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.116;QD=19.476;RBI=0.00904359;REFB=-0.0172111;REVB=0.0088995;RO=45;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450168;STB=0.525029;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0166265;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:25:18:21:24:25:18:21:24 chr2 85780536 . C T 347.62 PASS AF=0.666667;AO=27;DP=40;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0115797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.387;QD=30.8994;RBI=0.0524597;REFB=-0.0294372;REVB=0.0511657;RO=10;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918014;STB=0.566328;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00977694;OID=.;OPOS=85780536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:45:10:15:27:30:0.666667:13:14:5:5:16:14:10:5 chr2 85781318 . T G 287.72 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.787;QD=52.3118;RBI=0.0515932;REFB=0;REVB=0.0497726;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203276;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr2 85806266 . C T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0287299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3109;QD=15.1662;RBI=0.0336151;REFB=-0.0102028;REVB=-0.0174519;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36269;STB=0.702404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0157733;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:12:3:10:9:12:3:10:10 chr2 85808737 . A G 327.76 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=8.42292e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2299;QD=17.9593;RBI=0.000261357;REFB=0.0168588;REVB=0.000247412;RO=38;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784088;STB=0.543893;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0217139;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:23:12:16:22:23:12:16:22 chr2 85808982 . T C 661.1 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0579504;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8888;QD=23.6106;RBI=0.0582208;REFB=-0.0122937;REVB=-0.00560445;RO=47;SAF=39;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128279;STB=0.574806;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0115539;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:47:48:64:64:0.571429:25:39:21:26:25:39:21:27 chr2 85824084 . G C 1044.36 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.561;QD=59.6777;RBI=0.0607572;REFB=0;REVB=0.0244838;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01629e-05;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr2 85824251 . T C 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.317;QD=62.3431;RBI=0.0252019;REFB=0;REVB=-0.0186939;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02525e-06;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr2 85846329 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9448;QD=49.5969;RBI=0.0688607;REFB=0;REVB=-0.0402507;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494395;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr2 85852667 . G A 557.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000733197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.985;QD=60.2172;RBI=0.0268203;REFB=0;REVB=-0.0268103;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121269;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr2 85922121 . T TA 85.77 PASS AF=0.515625;AO=25;DP=72;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0797949;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.09856;QD=5.36051;RBI=0.0954347;REFB=-0.0564928;REVB=0.0523504;RO=40;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117506;STB=0.54472;STBP=0.494;TYPE=ins;VARB=0.0390797;OID=.;OPOS=85922122;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515625:25:72:33:64:31:20:13:16:15:85:40:14:11:18:22 chr2 85922521 . C T 239.47 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0277681;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.093;QD=15.9646;RBI=0.0321227;REFB=-0.00433547;REVB=0.0161493;RO=33;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173062;STB=0.61157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00802886;OID=.;OPOS=85922521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:32:27:28:0.466667:10:17:15:18:10:18:14:18 chr2 85991128 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0112602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.142;QD=14.1696;RBI=0.0238575;REFB=-0.00450609;REVB=-0.0210331;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00909726;OID=.;OPOS=85991128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:7:5:4:6:7:5 chr2 86015096 . G A 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00797499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.779;QD=12.4015;RBI=0.0199372;REFB=-0.007003;REVB=-0.0182727;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371554;STB=0.733057;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00627765;OID=.;OPOS=86015096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:16:16:0.355556:5:11:9:18:5:11:9:20 chr2 86259443 . C T 238.58 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0257939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.949;QD=27.2659;RBI=0.0315317;REFB=-0.0258408;REVB=0.0181362;RO=13;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146946;STB=0.58174;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0116381;OID=.;OPOS=86259443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:6:16:7:6:6:16:7:6 chr2 86272758 . G A 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0116676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.472;QD=23.5967;RBI=0.0319462;REFB=-0.026965;REVB=-0.0297393;RO=20;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071103;STB=0.531224;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0169157;OID=.;OPOS=86272758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:25:25:0.543478:8:17:12:8:8:17:13:8 chr2 86315741 . C T 183.77 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0520021;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.165;QD=13.3649;RBI=0.0531522;REFB=-0.00829894;REVB=-0.0109971;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284405;STB=0.656993;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00845866;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:33:22:22:0.4:16:6:17:15:16:6:17:16 chr2 86317037 . G C 161.45 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0036463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.628;QD=8.84634;RBI=0.00364778;REFB=-0.00181264;REVB=-0.000103854;RO=50;SAF=7;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242937;STB=0.63858;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00405771;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:51:22:22:0.30137:15:7:26:24:15:7:26:25 chr2 86363074 . A G 350.91 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0356524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.924;QD=12.9968;RBI=0.0400197;REFB=-0.0377773;REVB=-0.0181792;RO=63;SAF=27;SAR=15;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212761;STB=0.625608;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0577602;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:66:42:42:0.388889:15:27:28:35:15:27:29:37 chr2 86385728 . C T 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.013803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.767;QD=12.8692;RBI=0.0265914;REFB=-0.013944;REVB=0.0227284;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207001;STB=0.619962;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0249317;OID=.;OPOS=86385728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:13:3:4:7:13:3 chr2 86386619 . ATTTTA ATTTA,TAATTT 36.13 PASS AF=0.47619,0;AO=3,3;DP=26;FAO=10,0;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0166528,-0.0159172;FXX=0.192234;HRUN=4,1;LEN=1,6;MLLD=9.22923,46.2266;QD=6.88101;RBI=0.104815,0.229258;REFB=-0.118481,0.0247285;REVB=-0.103484,-0.228705;RO=10;SAF=3,0;SAR=0,3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.316901,0;SSSB=0.597037,-0.71177;STB=0.666349,0.5;STBP=0.183,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.135198,0;OID=.,.;OPOS=86386620,86386619;OREF=T,ATTTTA;OALT=-,TAATTT;OMAPALT=ATTTA,TAATTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:21:10:11:3,3:10,0:0.47619,0:0,3:3,0:7:3:6,0:4,0:8:3 chr2 86400824 . G A 280.26 PASS AF=0.347368;AO=32;DP=95;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=-0.00639036;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.916;QD=11.8003;RBI=0.0199652;REFB=-0.0122414;REVB=-0.0189149;RO=60;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698187;STB=0.551692;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0241774;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:62:32:33:0.347368:23:9:20:40:24:9:21:41 chr2 86406556 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00996169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.915;QD=28.2832;RBI=0.0142547;REFB=-0.0236817;REVB=0.0101961;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112251;STB=0.573706;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.013026;OID=.;OPOS=86406556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:11:12:22:22:0.647059:10:12:8:3:10:12:9:3 chr2 86440718 . T C 851.18 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.861;QD=57.7069;RBI=0.00618036;REFB=0;REVB=0.00391451;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09271e-06;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr2 86441334 . C CTGTT 579.14 PASS AF=0.975;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124222;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=282.147;QD=57.9139;RBI=0.0458888;REFB=-0.00439984;REVB=0.0441754;RO=1;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183679;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=ins;VARB=0.000286487;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.975:37:40:39:40:1:26:13:1:0:5:1:25:12:1:0 chr2 86481835 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.004;QD=64.415;RBI=0.015755;REFB=0;REVB=-0.0106136;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70287e-05;OID=.;OPOS=86481835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr2 86683642 . A G 373.5 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.282606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2088;QD=51.5173;RBI=0.283929;REFB=0;REVB=0.0273768;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683052;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:0:0:26:29:1:21:5:0:0:21:8:0:0 chr2 86691250 . G A 2027.05 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.776;QD=62.3708;RBI=0.0512468;REFB=0;REVB=0.0483306;RO=0;SAF=63;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81556e-05;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:67:63:0:0:67:63:0:0 chr2 86707313 . G A 430.21 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00367509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=33.0929;RBI=0.00933582;REFB=-0.00951676;REVB=-0.00858203;RO=13;SAF=23;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141866;STB=0.586689;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00089614;OID=.;OPOS=86707313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:13:14:38:38:0.730769:15:23:4:9:15:23:4:10 chr2 86850978 . C T 248.52 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0228292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1332;QD=25.4892;RBI=0.0360056;REFB=-0.0537255;REVB=0.0278429;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039191;STB=0.534491;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0231403;OID=.;OPOS=86850978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:12:11:8:7:12:11:9:7 chr2 86979093 . G A 1571.54 PASS AF=0.99;AO=97;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3179;QD=62.8617;RBI=0.0542883;REFB=-0.0934967;REVB=0.0512753;RO=1;SAF=60;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126448;STB=0.506328;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00146425;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:1:1:97:99:0.99:37:60:0:1:39:60:0:1 chr2 87015633 . T TGA 521.38 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0384859;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=264.364;QD=54.8816;RBI=0.049044;REFB=-0.0303287;REVB=0.0303998;RO=3;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239382;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=ins;VARB=0.00136421;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:36:39:36:38:2:18:18:0:2:9:3:18:18:1:2 chr2 87042825 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00818938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.635;QD=22.7194;RBI=0.0373843;REFB=0.0167281;REVB=-0.0364762;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.565126;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00537833;OID=.;OPOS=87042825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:9:9:12:14:0.608696:6:6:3:6:7:7:3:6 chr2 87069379 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0590994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.235;QD=7.76226;RBI=0.0631206;REFB=0.0157207;REVB=-0.0221691;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30002;STB=0.689036;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0347355;OID=.;OPOS=87069379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:8:5:4:2:8:5 chr2 87073852 . C T 388.78 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0168735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.212;QD=16.1993;RBI=0.0170435;REFB=-0.0171841;REVB=0.00240136;RO=54;SAF=18;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991498;STB=0.550663;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0191018;OID=.;OPOS=87073852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:41:41:0.427083:23:18:29:25:23:18:29:26 chr2 88315934 . A G 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0510884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.402;QD=16.8945;RBI=0.0720596;REFB=-0.0616294;REVB=-0.0508189;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0311363;OID=.;OPOS=88315934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:5:5:3:5:5:5:3:6 chr2 88315954 . C A 212.83 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0214268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.615;QD=40.5384;RBI=0.0219673;REFB=-0.206185;REVB=0.00484275;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367456;STB=0.538422;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00252678;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:21:21:1:1:18:20:0.952381:12:6:0:1:14:6:1:0 chr2 88315993 . A G 117.41 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0458916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6066;QD=21.3475;RBI=0.0740816;REFB=0.00307854;REVB=0.0581553;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189634;STB=0.608515;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00308995;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:4:5:10:3:4:5 chr2 88387403 . C A 85.36 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.0177883;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8775;QD=10.0427;RBI=0.0441397;REFB=-0.0254933;REVB=0.0403967;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153464;STB=0.591093;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0648309;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:34:23:23:11:11:0.323529:3:8:19:4:3:8:19:4 chr2 88407959 . T C 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7386;QD=58.9872;RBI=0.048177;REFB=-0.117885;REVB=-0.0110664;RO=1;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150175;STB=0.507934;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00169658;OID=.;OPOS=88407959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:31:44:0:1:31:44:0:1 chr2 88411605 . A T 957.86 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4128;QD=57.1859;RBI=0.0610411;REFB=-0.16632;REVB=0.0557021;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00473496;OID=.;OPOS=88411605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:29:37:0:1:29:37:0:1 chr2 88424066 . T C 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0224057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.959;QD=14.1875;RBI=0.0227029;REFB=-0.00709751;REVB=-0.00366161;RO=45;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130807;STB=0.574277;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0154869;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:14:17:19:26:14:17:19:26 chr2 88472791 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.72;QD=61.6953;RBI=0.0469302;REFB=0;REVB=0.0245216;RO=0;SAF=60;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94507e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47276e-05;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:22:60:0:0:22:60:0:0 chr2 88874891 . C A 517.31 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00437087;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.598;QD=30.43;RBI=0.0212203;REFB=-0.0107176;REVB=0.0207653;RO=22;SAF=16;SAR=30;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397136;STB=0.521548;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00619782;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:22:22:46:46:0.676471:30:16:9:13:30:16:9:13 chr2 88895123 . T C 264.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00760962;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.09;QD=17.6335;RBI=0.00768784;REFB=0.00268528;REVB=0.00109387;RO=31;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330097;STB=0.518506;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00245522;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:13:16:16:15:13:16:16:15 chr2 88895351 . T C 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0168904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.042;QD=20.5461;RBI=0.0197589;REFB=-0.00310897;REVB=0.0102532;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202845;STB=0.613538;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00370239;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:6:16:11:11:6:16 chr2 88913273 . G C 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0138655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.622;QD=11.6858;RBI=0.0196812;REFB=-0.000863568;REVB=-0.0139677;RO=53;SAF=18;SAR=12;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810871;STB=0.559768;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00203024;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:55:30:30:0.352941:12:18:28:25:12:18:28:27 chr2 89156948 . C G 681.89 PASS AF=0.46;AO=69;DP=150;FAO=69;FDP=150;FR=.;FRO=81;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=2.53591e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1905;QD=18.1838;RBI=0.0305889;REFB=-0.0237802;REVB=-0.0305889;RO=79;SAF=23;SAR=46;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174665;STB=0.598102;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0391953;OID=.;OPOS=89156948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:79:81:69:69:0.46:46:23:40:39:46:23:41:40 chr2 89197190 . C T 675.7 PASS AF=0.380952;AO=80;DP=211;FAO=80;FDP=210;FR=.;FRO=130;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.0153479;FXX=0.00473911;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.248;QD=12.8705;RBI=0.0166141;REFB=-0.014325;REVB=-0.00636168;RO=130;SAF=35;SAR=45;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436078;STB=0.524633;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0225105;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:210:130:130:80:80:0.380952:45:35:62:68:45:35:62:68 chr2 89246951 . C T 95.53 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00853695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4596;QD=7.34876;RBI=0.0460002;REFB=-0.00528431;REVB=-0.0452011;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296254;STB=0.675402;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0223984;OID=.;OPOS=89246951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:51:52:38:39:13:13:0.25:4:9:17:21:4:9:18:21 chr2 89278489 . A C 80.3 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0270455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1061;QD=5.18057;RBI=0.0611317;REFB=-0.0174716;REVB=-0.0548236;RO=48;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082578;STB=0.559105;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0787703;OID=.;OPOS=89278489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:7:6:19:29:7:6:19:30 chr2 89292051 . CA C 33.37 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.100719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.8537;QD=4.60275;RBI=0.143219;REFB=-0.0729135;REVB=0.10182;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334551;STB=0.679662;STBP=0.159;TYPE=del;VARB=0.127943;OID=.;OPOS=89292052;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:29:10:29:19:4:6:13:6:33:18:4:6:13:5 chr2 89292182 . A G 131.65 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00441202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.646;QD=14.6273;RBI=0.00632457;REFB=-0.0326407;REVB=0.00453147;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243126;STB=0.641318;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0390365;OID=.;OPOS=89292182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:12:9:10:5:12:9 chr2 89292201 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0117675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.56;QD=14.6578;RBI=0.0341764;REFB=-0.00997475;REVB=-0.0320866;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00781828;OID=.;OPOS=89292201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:9:7:8:5:9:8 chr2 89292401 . T C 108.6 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0195471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.569;QD=13.5751;RBI=0.0308863;REFB=-0.0247679;REVB=0.0239138;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224007;STB=0.630141;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0383061;OID=.;OPOS=89292401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:13:6:7:6:13:6 chr2 89309542 . T G 386.67 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00265898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8214;QD=19.8294;RBI=0.0293207;REFB=-0.0113956;REVB=-0.0291999;RO=38;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493609;STB=0.52733;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00956217;OID=.;OPOS=89309542;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:38:40:40:0.512821:22:18:15:23:22:18:15:23 chr2 89309554 . T A 315.01 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=68;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0945235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.8704;QD=16.8007;RBI=0.129662;REFB=-0.0225589;REVB=0.0887552;RO=39;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851382;STB=0.517311;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0340686;OID=.;OPOS=89309554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:75:39:40:28:35:0.466667:18:10:17:22:19:16:17:23 chr2 89513004 . A G 117.48 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0296707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5935;QD=6.10292;RBI=0.0423989;REFB=-0.0159433;REVB=0.0302872;RO=58;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753212;STB=0.554013;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0374161;OID=.;OPOS=89513004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:58:59:18:18:0.233766:11:7:26:32:11:7:27:32 chr2 89533687 . T G 225.98 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00797782;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.124;QD=11.7392;RBI=0.0233786;REFB=-0.0260875;REVB=0.0219753;RO=47;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308356;STB=0.692163;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0283441;OID=.;OPOS=89533687;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:47:49:28:28:0.363636:7:21:23:24:7:21:23:26 chr2 89533810 . C T 225.69 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00875211;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.927;QD=10.8768;RBI=0.026753;REFB=-0.00791378;REVB=-0.0252809;RO=55;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196779;STB=0.614628;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0147823;OID=.;OPOS=89533810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:55:55:28:28:0.337349:10:18:26:29:10:18:26:29 chr2 89544473 . A G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00951944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.907;QD=28.6827;RBI=0.0115798;REFB=0.0461258;REVB=-0.00659339;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00544766;OID=.;OPOS=89544473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:1:1:5:4:1:1 chr2 90121675 . T C 190.81 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00301192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.758;QD=47.7014;RBI=0.165168;REFB=0;REVB=0.16514;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00337788;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:5:8:0:0:8:8:0:0 chr2 90121926 . G T 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0208974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9109;QD=8.39964;RBI=0.0236542;REFB=0.000723913;REVB=0.0110824;RO=21;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570221;STB=0.858629;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00241121;OID=.;OPOS=90121926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:1:8:9:12:1:8:9:12 chr2 90121985 . A G 55.78 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0262591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.617;QD=4.64834;RBI=0.0346499;REFB=-0.00123372;REVB=-0.022607;RO=37;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533337;STB=0.860663;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0127866;OID=.;OPOS=90121985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:48:48:37:39:9:9:0.1875:1:8:18:19:1:8:19:20 chr2 90139116 . G A 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00237023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.552;QD=6.88083;RBI=0.0650477;REFB=-0.0118444;REVB=-0.0650045;RO=39;SAF=9;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188855;STB=0.620474;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0345062;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:3:9:24:15:3:9:24:15 chr2 90212126 . A C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0840779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7041;QD=9.09992;RBI=0.108791;REFB=-0.0187183;REVB=-0.0690393;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603237;STB=0.873074;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0168553;OID=.;OPOS=90212126;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:12:7:8:1:12:7 chr2 95542363 . C G 76.24 PASS AF=0.218182;AO=11;DP=54;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0224942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.196;QD=5.54488;RBI=0.0312221;REFB=-0.0101328;REVB=-0.0216524;RO=43;SAF=7;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128076;STB=0.538397;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0285895;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:54:55:43:43:11:12:0.218182:4:7:23:20:5:7:23:20 chr2 95542376 . GC TT 103.88 PASS AF=0.242424;AO=18;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00321103;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.632;QD=6.2958;RBI=0.00955539;REFB=-0.009265;REVB=-0.00899971;RO=47;SAF=10;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539856;STB=0.610548;STBP=0.34;TYPE=mnp;VARB=0.0332561;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:50:18:16:0.242424:8:10:24:23:6:10:24:26 chr2 95542415 . CA CG,TG 107.9 PASS AF=0.0989011,0.10989;AO=9,10;DP=92;FAO=9,10;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=8,2;FSAR=1,8;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.00136491,-0.00480714;FXX=0.0108684;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=104.811,114.842;QD=4.74276;RBI=0.00665438,0.00539951;REFB=-0.000700509,-0.00427002;REVB=-0.0065129,0.0024589;RO=72;SAF=8,2;SAR=1,8;SRF=32;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.523805,-0.320847;STB=0.890444,0.738614;STBP=0.024,0.116;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0500996,0.0199877;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:92:91:72:72:9,10:9,10:0.0989011,0.10989:1,8:8,2:32:40:1,8:8,2:32:40 chr2 95542419 . G A 149.42 PASS AF=0.236559;AO=21;DP=92;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0315623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7914;QD=6.42655;RBI=0.0358316;REFB=0.0110159;REVB=-0.0169626;RO=70;SAF=12;SAR=9;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159172;STB=0.57192;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0331284;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:70:71:21:22:0.236559:9:12:31:39:10:12:32:39 chr2 95542476 . C T 120.83 PASS AF=0.22093;AO=18;DP=85;FAO=19;FDP=86;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0790904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.849;QD=5.61983;RBI=0.0818656;REFB=-0.0203075;REVB=-0.0211352;RO=67;SAF=10;SAR=8;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417577;STB=0.544507;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0599204;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:67:67:18:19:0.22093:8:10:35:32:8:11:35:32 chr2 95542482 . C A 31.91 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.00403596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.923;QD=1.48423;RBI=0.00796627;REFB=-0.0038616;REVB=-0.00686822;RO=78;SAF=3;SAR=5;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19931;STB=0.656759;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0166073;OID=.;OPOS=95542482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:5:3:43:35:5:3:43:35 chr2 95542485 . A C 40.03 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00935462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.834;QD=1.88392;RBI=0.0129879;REFB=-0.0121651;REVB=-0.00900987;RO=74;SAF=4;SAR=7;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230344;STB=0.662867;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.120067;OID=.;OPOS=95542485;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:85:85:74:74:11:11:0.129412:7:4:41:33:7:4:41:33 chr2 95847040 . TGCG T 422.22 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.47167e-05;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.191;QD=58.2366;RBI=0.000886076;REFB=0;REVB=0.000885395;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.83099e-06;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:30:29:29:0:14:15:0:0:3:0:13:15:0:0 chr2 95848354 . G A 392.12 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=51;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0122925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2954;QD=29.5938;RBI=0.0275348;REFB=-0.10501;REVB=0.0246386;RO=15;SAF=20;SAR=16;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244408;STB=0.517736;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0384821;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:15:16:36:37:0.698113:16:20:9:6:16:21:10:6 chr2 95947085 . A G 773.75 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=95;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0132811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.281;QD=32.5789;RBI=0.0140204;REFB=-0.0301481;REVB=-0.00449251;RO=31;SAF=22;SAR=42;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704097;STB=0.538066;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0163722;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:31:31:64:64:0.673684:42:22:14:17:42:22:14:17 chr2 95947099 . G A 219.74 PASS AF=0.307692;AO=28;DP=90;FAO=28;FDP=91;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0447837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4363;QD=9.6588;RBI=0.0450252;REFB=-0.0202429;REVB=0.00465696;RO=61;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398946;STB=0.520318;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0309585;OID=.;OPOS=95947099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:61:63:28:28:0.307692:17:11:22:39:17:11:23:40 chr2 96195632 . T C 867.68 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.8;QD=57.8451;RBI=0.0220676;REFB=0;REVB=0.0187521;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24077e-05;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr2 96195730 . C T 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0589302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8781;QD=9.11097;RBI=0.0662871;REFB=-0.016775;REVB=-0.0303516;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0400159;OID=.;OPOS=96195730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:9:7:5:3:9:7 chr2 96196322 . A G 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00392852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.855;QD=16.4075;RBI=0.00994079;REFB=-0.00940357;REVB=-0.00913159;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280426;STB=0.662143;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00781578;OID=.;OPOS=96196322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:16:5:14:15:16:5:14:15 chr2 96217197 . C G 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00530642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.661;QD=15.5688;RBI=0.0197132;REFB=-0.0122896;REVB=-0.0189856;RO=35;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028807;STB=0.516267;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0138209;OID=.;OPOS=96217197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:12:16:21:14:12:16:21:14 chr2 96217234 . C G 321.14 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0124721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.685;QD=16.2605;RBI=0.0252246;REFB=-0.0371947;REVB=-0.0219255;RO=42;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046621;STB=0.514236;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0374327;OID=.;OPOS=96217234;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:42:44:35:35:0.443038:19:16:19:23:19:16:19:25 chr2 96517484 . T G 39.15 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0539021;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3587;QD=2.37278;RBI=0.109195;REFB=0.00442185;REVB=0.0949634;RO=58;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37272;STB=0.771402;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0181392;OID=.;OPOS=96517484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:66:58:58:8:8:0.121212:2:6:25:33:2:6:25:33 chr2 96517502 . AA CA,CG 55.11 PASS AF=0.125,0.046875;AO=6,3;DP=65;FAO=8,3;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=4,2;FSAR=4,1;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0145849,-0.0727862;FXX=0.0447694;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=133.332,88.3748;QD=3.4443;RBI=0.0534124,0.0828403;REFB=-0.00134063,-0.00882582;REVB=0.0513825,0.0395561;RO=41;SAF=3,2;SAR=3,1;SRF=17;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.10078,0.239718;STB=0.57359,0.725863;STBP=0.67,0.519;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0117046,0.045869;OID=.,.;OPOS=96517502,96517502;OREF=A,AA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:64:41:53:6,3:8,3:0.125,0.046875:3,1:3,2:17:24:4,1:4,2:22:31 chr2 96517518 . A G 89.01 PASS AF=0.220588;AO=12;DP=65;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0633514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2292;QD=5.23565;RBI=0.0646766;REFB=-0.00770647;REVB=0.0130255;RO=51;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134698;STB=0.620002;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0883917;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:65:68:51:53:12:15:0.220588:6:6:20:31:7:8:20:33 chr2 96517882 . G A 34.93 PASS AF=0.0918367;AO=9;DP=99;FAO=9;FDP=98;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0317818;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.127;QD=1.42566;RBI=0.032302;REFB=-0.00762685;REVB=-0.00577369;RO=86;SAF=3;SAR=6;SRF=54;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330488;STB=0.735001;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0338464;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:99:98:86:89:9:9:0.0918367:6:3:54:32:6:3:54:35 chr2 96517885 . G A 198.4 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=92;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0446118;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.405;QD=8.72069;RBI=0.0511134;REFB=-0.00689461;REVB=-0.0249472;RO=61;SAF=14;SAR=12;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819997;STB=0.56696;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0270449;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:61:65:26:26:0.285714:12:14:37:24:12:14:41:24 chr2 96521107 . G T 60.74 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0710759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.573;QD=6.39397;RBI=0.0711152;REFB=-0.00410484;REVB=-0.00236189;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372764;STB=0.523757;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.011974;OID=.;OPOS=96521107;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:17:12:4:5:17:12 chr2 96521455 . A G 33.8 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00162266;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.092;QD=3.29712;RBI=0.00806123;REFB=-0.0029063;REVB=-0.00789623;RO=34;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582276;STB=0.895512;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0176498;OID=.;OPOS=96521455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:41:34:35:6:6:0.146341:1:5:10:24:1:5:10:25 chr2 96521481 . C T 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00679327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.052;QD=2.84584;RBI=0.0248361;REFB=0.00210979;REVB=-0.023889;RO=47;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50401;STB=0.864964;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00313706;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:1:6:20:27:1:6:20:27 chr2 96521483 . TG CA 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00614904;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.994;QD=2.7578;RBI=0.00688871;REFB=-0.000339338;REVB=-0.00310542;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493489;STB=0.860521;STBP=0.066;TYPE=mnp;VARB=0.00129013;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:1:6:21:27:1:6:21:27 chr2 96521486 . G A 44.51 PASS AF=0.140351;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00184899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.227;QD=3.12347;RBI=0.0309008;REFB=-0.00436688;REVB=-0.0308454;RO=46;SAF=7;SAR=1;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533139;STB=0.870173;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0172659;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:57:57:46:49:8:8:0.140351:1:7:20:26:1:7:22:27 chr2 96521512 . A C 171.62 PASS AF=0.26087;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=92;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0362202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.31;QD=7.46185;RBI=0.0494728;REFB=0.00746119;REVB=0.0336995;RO=65;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199058;STB=0.635023;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0293617;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:68:24:24:0.26087:9:15:30:35:9:15:30:38 chr2 96521548 . G A 196.18 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=112;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.00966564;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.06;QD=7.0695;RBI=0.0245089;REFB=-0.00924538;REVB=-0.0225224;RO=81;SAF=15;SAR=14;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438502;STB=0.530705;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.032359;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:81:82:29:29:0.261261:14:15:39:42:14:15:39:43 chr2 96521556 . T C 191.59 PASS AF=0.25;AO=29;DP=117;FAO=29;FDP=116;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0015372;FXX=0.00854628;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.415;QD=6.60659;RBI=0.0161119;REFB=-0.0146022;REVB=-0.0160384;RO=85;SAF=16;SAR=13;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128821;STB=0.57712;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0474163;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:85:87:29:29:0.25:13:16:38:47:13:16:39:48 chr2 96521563 . G A 93.93 PASS AF=0.152;AO=19;DP=125;FAO=19;FDP=125;FR=.;FRO=106;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=52;FSRR=54;FWDB=-0.0123386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.892;QD=3.00562;RBI=0.0181422;REFB=-0.000853942;REVB=-0.0133003;RO=106;SAF=7;SAR=12;SRF=52;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156215;STB=0.605016;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.019235;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:125:125:106:106:19:19:0.152:12:7:52:54:12:7:52:54 chr2 96521607 . GGT CAC 96.0 PASS AF=0.142857;AO=19;DP=140;FAO=20;FDP=140;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=0.0081267;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=222.995;QD=2.74294;RBI=0.0101611;REFB=0.00284867;REVB=0.00609948;RO=117;SAF=9;SAR=10;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.549951;STBP=0.685;TYPE=mnp;VARB=-0.014965;OID=.;OPOS=96521607;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:140:140:117:120:19:20:0.142857:10:9:66:51:10:10:67:53 chr2 96521640 . C T 35.28 PASS AF=0.0769231;AO=10;DP=156;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=80;FSRR=64;FWDB=-0.0447346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.547;QD=0.904682;RBI=0.0828652;REFB=-0.00186014;REVB=-0.0697529;RO=134;SAF=5;SAR=5;SRF=80;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105455;STB=0.5261;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0209426;OID=.;OPOS=96521640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:156:156:134:144:10:12:0.0769231:5:5:80:54:5:7:80:64 chr2 96523096 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00862853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.071;QD=14.4116;RBI=0.0086665;REFB=0.00192369;REVB=0.000810374;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374803;STB=0.521715;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00438696;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:13:15:9:9:13:15 chr2 96525640 . G T 50.84 PASS AF=0.205128;AO=9;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0309705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.259;QD=5.21422;RBI=0.0412356;REFB=-0.00545855;REVB=-0.0272251;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417164;STB=0.739652;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0150011;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:30:31:9:8:0.205128:7:2:17:13:6:2:17:14 chr2 96525652 . T C 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0129584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.817;QD=8.50804;RBI=0.0441271;REFB=-0.00823898;REVB=-0.0421815;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136043;STB=0.571864;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0268447;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:30:31:12:12:0.27907:7:5:16:14:7:5:16:15 chr2 96525659 . C T 46.35 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0289968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2568;QD=3.86284;RBI=0.0292164;REFB=-0.00957936;REVB=-0.00357561;RO=39;SAF=1;SAR=7;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520953;STB=0.864651;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0433645;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:47:48:39:40:8:8:0.166667:7:1:21:18:7:1:22:18 chr2 96525718 . G T 51.28 PASS AF=0.151515;AO=9;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0107978;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.398;QD=3.10786;RBI=0.0191663;REFB=-0.00368923;REVB=0.0158352;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107307;STB=0.590733;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0252317;OID=.;OPOS=96525718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:66:66:50:56:9:10:0.151515:4:5:32:18:5:5:34:22 chr2 96525723 . C T 45.86 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00128205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.845;QD=2.77945;RBI=0.00339647;REFB=-0.00039885;REVB=0.00314522;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731897;STB=0.551612;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0140952;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:66:57:57:9:9:0.136364:4:5:35:22:4:5:35:22 chr2 96525736 . T C 36.95 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=71;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.016487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4966;QD=2.08166;RBI=0.045445;REFB=-0.00262955;REVB=-0.0423489;RO=62;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737627;STB=0.563475;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0778405;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:71:62:63:8:8:0.112676:3:5:35:27:3:5:35:28 chr2 96541695 . C T 167.85 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0627219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0031;QD=15.6138;RBI=0.0656799;REFB=-0.0309914;REVB=0.0194889;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261701;STB=0.651634;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0414129;OID=.;OPOS=96541695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:13:12:13:5:13:12 chr2 96548068 . C T 376.48 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.133506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.445;QD=18.5915;RBI=0.133707;REFB=-0.00188677;REVB=-0.00732678;RO=41;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466948;STB=0.532303;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00127122;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:21:18:21:20:21:18:22:20 chr2 96583735 . A C 107.09 PASS AF=0.361111;AO=9;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0128932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.254;QD=11.8994;RBI=0.0753863;REFB=-0.0178008;REVB=0.0742756;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291584;STB=0.748505;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0684315;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:9:13:0.361111:6:3:13:9:10:3:14:9 chr2 96587496 . C T 260.83 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578545;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0164;QD=52.1656;RBI=0.0579363;REFB=0;REVB=0.00307754;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210073;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 96593000 . A G 124.73 PASS AF=0.150289;AO=26;DP=176;FAO=26;FDP=173;FR=.;FRO=147;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=78;FWDB=-0.0270482;FXX=0.0170445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.261;QD=2.88385;RBI=0.027537;REFB=-0.00620019;REVB=-0.00516538;RO=147;SAF=5;SAR=21;SRF=69;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380351;STB=0.758205;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0586813;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:173:147:147:26:26:0.150289:21:5:69:78:21:5:69:78 chr2 96593016 . C A 200.55 PASS AF=0.188482;AO=37;DP=193;FAO=36;FDP=191;FR=.;FRO=155;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=72;FSRR=83;FWDB=-0.0628305;FXX=0.0103622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4172;QD=4.19995;RBI=0.0710622;REFB=-0.0176028;REVB=-0.0331989;RO=143;SAF=10;SAR=27;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292929;STB=0.661607;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0712214;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:191:143:155:37:36:0.188482:27:10:70:73:26:10:72:83 chr2 96593025 . C T 221.17 PASS AF=0.192893;AO=38;DP=196;FAO=38;FDP=197;FR=.;FRO=159;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=76;FSRR=83;FWDB=-0.0391619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.739;QD=4.49083;RBI=0.0469062;REFB=-0.00255072;REVB=-0.0258174;RO=158;SAF=11;SAR=27;SRF=75;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248711;STB=0.65993;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0285418;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:158:159:38:38:0.192893:27:11:75:83:27:11:76:83 chr2 96593100 . G A 93.04 PASS AF=0.134228;AO=20;DP=148;FAO=20;FDP=149;FR=.;FRO=129;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=61;FSRR=68;FWDB=-0.0366897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.364;QD=2.49758;RBI=0.0390094;REFB=-0.00641026;REVB=-0.0132514;RO=126;SAF=4;SAR=16;SRF=60;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368688;STB=0.755542;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0321921;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:148:149:126:129:20:20:0.134228:16:4:60:66:16:4:61:68 chr2 96593108 . T G 147.16 PASS AF=0.184397;AO=26;DP=141;FAO=26;FDP=141;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=0.0369412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2524;QD=4.17487;RBI=0.0417231;REFB=-0.00633549;REVB=0.0193951;RO=115;SAF=9;SAR=17;SRF=55;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172788;STB=0.610806;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0323269;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:115:115:26:26:0.184397:17:9:55:60:17:9:55:60 chr2 96593118 . T A 132.34 PASS AF=0.179104;AO=24;DP=134;FAO=24;FDP=134;FR=.;FRO=110;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=0.000319286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0814;QD=3.9503;RBI=0.0251903;REFB=0.00338389;REVB=0.0251883;RO=108;SAF=9;SAR=15;SRF=55;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172159;STB=0.603686;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0159314;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:108:110:24:24:0.179104:15:9:55:53:15:9:55:55 chr2 96594958 . G A 105.67 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0367735;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.68;QD=19.213;RBI=0.0525167;REFB=-0.0137216;REVB=0.0374929;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10822;STB=0.580507;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00852164;OID=.;OPOS=96594958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:11:10:12:12:0.545455:4:8:6:5:4:8:5:5 chr2 96594966 . T G 191.52 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0127789;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8795;QD=29.4647;RBI=0.0369269;REFB=-0.0288964;REVB=0.0346453;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637946;STB=0.535358;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0148337;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:8:8:18:18:0.692308:7:11:4:4:7:11:4:4 chr2 96595032 . A T 496.24 PASS AF=0.804348;AO=36;DP=45;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000966225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.438;QD=43.1514;RBI=0.00473028;REFB=-0.0177441;REVB=0.00463055;RO=9;SAF=22;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215481;STB=0.507894;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00447128;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:46:9:9:36:37:0.804348:14:22:5:4:15:22:5:4 chr2 96601240 . G A 208.21 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0255044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.381;QD=19.3687;RBI=0.0374856;REFB=-0.0319926;REVB=0.0274717;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256086;STB=0.651275;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0349665;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:20:21:0.488372:12:8:15:7:13:8:15:7 chr2 96601345 . T C 201.07 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0220897;FXX=0.108079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.105;QD=24.3719;RBI=0.112713;REFB=-0.0665541;REVB=0.110528;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470885;STB=0.541358;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0390762;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:33:13:14:19:19:0.575758:9:10:6:7:9:10:6:8 chr2 96601364 . C T 248.98 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.010332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.12;QD=26.9163;RBI=0.0223953;REFB=-0.0243579;REVB=0.0198696;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148729;STB=0.508228;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0201368;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:7:7:12:11:7:7 chr2 96604591 . A G 1551.18 PASS AF=0.637209;AO=137;DP=215;FAO=137;FDP=215;FR=.;FRO=78;FSAF=79;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=0.0237287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.051;QD=28.8592;RBI=0.0268023;REFB=-0.0204019;REVB=0.0124625;RO=76;SAF=79;SAR=58;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103764;STB=0.551457;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00846164;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:76:78:137:137:0.637209:58:79:32:44:58:79:34:44 chr2 96604606 . C A 77.66 PASS AF=0.101382;AO=22;DP=216;FAO=22;FDP=217;FR=.;FRO=195;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=101;FSRR=94;FWDB=-0.0389657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.028;QD=1.43158;RBI=0.044763;REFB=-0.00170785;REVB=-0.0220317;RO=194;SAF=11;SAR=11;SRF=100;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187288;STB=0.516114;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0135566;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:216:217:194:195:22:22:0.101382:11:11:100:94:11:11:101:94 chr2 96604632 . A T 925.84 PASS AF=0.47549;AO=97;DP=204;FAO=97;FDP=204;FR=.;FRO=107;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=54;FSRR=53;FWDB=0.00190658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9137;QD=18.1538;RBI=0.00799328;REFB=-0.0193678;REVB=-0.00776257;RO=106;SAF=52;SAR=45;SRF=53;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342267;STB=0.516518;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0333892;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:106:107:97:97:0.47549:45:52:53:53:45:52:54:53 chr2 96606944 . C T 191.68 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0325864;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5357;QD=13.6913;RBI=0.0567515;REFB=-0.0109097;REVB=-0.0464635;RO=34;SAF=5;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360378;STB=0.714825;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0587863;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:33:23:23:0.410714:18:5:18:16:18:5:18:15 chr2 96610399 . C A 162.3 PASS AF=0.244898;AO=23;DP=98;FAO=24;FDP=98;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=0.00909077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.786;QD=6.6243;RBI=0.00979632;REFB=-0.00355937;REVB=0.00365044;RO=74;SAF=13;SAR=10;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140852;STB=0.509426;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0097444;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:74:23:24:0.244898:10:13:41:33:11:13:41:33 chr2 96610410 . T A 149.43 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0118186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.905;QD=6.42703;RBI=0.0121935;REFB=0.00816335;REVB=0.00300035;RO=71;SAF=13;SAR=9;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171967;STB=0.510564;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00810916;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:9:13:41:30:9:13:41:30 chr2 96610413 . C T 85.74 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.017318;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.596;QD=3.85339;RBI=0.0268501;REFB=-0.0151403;REVB=0.0205187;RO=69;SAF=13;SAR=9;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508002;STB=0.518346;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0632156;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:91:89:69:67:22:22:0.247191:9:13:38:31:9:13:38:29 chr2 96610420 . G T 137.19 PASS AF=0.241379;AO=16;DP=82;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0519009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.326;QD=6.30752;RBI=0.0522306;REFB=-0.00441301;REVB=0.00585996;RO=65;SAF=9;SAR=7;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304324;STB=0.519981;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0169615;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:87:65:66:16:21:0.241379:7:9:35:30:9:12:36:30 chr2 96610455 . C A 39.22 PASS AF=0.134615;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0204028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.48;QD=3.01668;RBI=0.0211113;REFB=-0.00173768;REVB=-0.00542343;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170633;STB=0.533238;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0101227;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:52:42:45:6:7:0.134615:4:2:20:22:4:3:21:24 chr2 96610899 . T C 382.99 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00150187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.964;QD=14.59;RBI=0.00413696;REFB=-0.0288297;REVB=-0.00385472;RO=61;SAF=15;SAR=29;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11168;STB=0.563077;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0421143;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:29:15:27:34:29:15:27:34 chr2 96610921 . T G 403.65 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00957029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.678;QD=14.9502;RBI=0.0101825;REFB=-0.0098126;REVB=0.00347756;RO=61;SAF=15;SAR=31;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160962;STB=0.58688;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0191345;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:61:62:46:46:0.425926:31:15:29:32:31:15:29:33 chr2 96610923 . C G 44.81 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=-0.0200777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.892;QD=1.6598;RBI=0.029064;REFB=-0.00137913;REVB=-0.0210143;RO=97;SAF=5;SAR=6;SRF=39;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634643;STB=0.54786;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00581223;OID=.;OPOS=96610923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:108:108:97:97:11:11:0.101852:6:5:39:58:6:5:39:58 chr2 96616485 . C G 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.016507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.267;QD=3.63773;RBI=0.0517531;REFB=0.0127862;REVB=0.04905;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109752;STB=0.575951;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0131812;OID=.;OPOS=96616485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:4:3:13:25:4:3:13:25 chr2 96616506 . GC CA 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0387283;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.431;QD=3.83359;RBI=0.0439993;REFB=-0.00914419;REVB=-0.0208819;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15907;STB=0.608106;STBP=0.58;TYPE=mnp;VARB=0.0306253;OID=.;OPOS=96616506;OREF=GC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:4:3:11:25:4:3:11:25 chr2 96617090 . A G 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0164745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.609;QD=2.83771;RBI=0.0165522;REFB=-0.00294018;REVB=-0.0016023;RO=52;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308228;STB=0.723562;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0481097;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:2:6:26:26:2:6:26:26 chr2 96617106 . A C 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0215839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.9;QD=2.58578;RBI=0.0251832;REFB=-0.00473022;REVB=-0.0129741;RO=59;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371529;STB=0.772117;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0322454;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:59:60:9:9:0.130435:2:7:28:31:2:7:28:32 chr2 96617111 . G A 42.35 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0302354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1904;QD=2.28934;RBI=0.043887;REFB=0.000675872;REVB=-0.0318102;RO=65;SAF=7;SAR=2;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350215;STB=0.757924;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0133518;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:2:7:32:33:2:7:32:33 chr2 96617113 . G A 42.88 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0061905;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.842;QD=2.34946;RBI=0.032667;REFB=-0.00251009;REVB=-0.0320751;RO=64;SAF=7;SAR=2;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343465;STB=0.752583;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0124005;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:2:7:32:32:2:7:32:32 chr2 96617125 . T C 33.22 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.00953849;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2075;QD=1.6205;RBI=0.0161694;REFB=-0.00114552;REVB=0.0130563;RO=74;SAF=6;SAR=2;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279456;STB=0.720948;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00715251;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:2:6:38:36:2:6:38:36 chr2 96619687 . CT CG,TG 92.52 PASS AF=0.275862,0.137931;AO=8,4;DP=29;FAO=8,4;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4,2;FSAR=4,2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0030442,-0.0189295;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=165.514,199.243;QD=12.7615;RBI=0.0214496,0.0381851;REFB=-0.0243519,-0.0199256;REVB=0.0212325,0.0331629;RO=17;SAF=4,2;SAR=4,2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.097172,-0.1006;STB=0.559852,0.571079;STBP=0.725,0.801;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0345038,0.0196129;OID=.,.;OPOS=96619688,96619687;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:29:29:17:17:8,4:8,4:0.275862,0.137931:4,2:4,2:10:7:4,2:4,2:10:7 chr2 96619734 . CA TA,TG 131.09 PASS AF=0.166667,0.214286;AO=7,9;DP=42;FAO=7,9;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5,5;FSAR=2,4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0049955,0.0218628;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=57.0715,97.6941;QD=12.4849;RBI=0.0185897,0.032675;REFB=-0.00602885,-0.00703237;REVB=0.0179059,0.0242831;RO=26;SAF=5,5;SAR=2,4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.131509,-0.0721922;STB=0.587971,0.545355;STBP=0.617,0.778;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0139753,0.00961365;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:42:42:26:26:7,9:7,9:0.166667,0.214286:2,4:5,5:16:10:2,4:5,5:16:10 chr2 96626292 . C T 256.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485424;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.106;QD=51.297;RBI=0.0510377;REFB=0;REVB=0.0157631;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342434;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:5:14:0:0:5:15:0:0 chr2 96780716 . T G 63.0 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0330575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.626;QD=8.4003;RBI=0.0741421;REFB=-0.0102747;REVB=-0.0663645;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374769;STB=0.7495;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0405805;OID=.;OPOS=96780716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:19:21:9:9:0.3:6:3:13:6:6:3:15:6 chr2 96781853 . T C 149.27 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0136767;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.997;QD=10.8561;RBI=0.0183162;REFB=-0.00646198;REVB=-0.0121832;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212581;STB=0.62639;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0234406;OID=.;OPOS=96781853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:36:19:19:0.345455:15:4:13:23:15:4:13:23 chr2 96789787 . T C 310.71 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00899501;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.603;QD=21.0648;RBI=0.0133511;REFB=-0.0282173;REVB=0.0098662;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037232;STB=0.528264;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0233141;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:26:27:32:32:0.542373:15:17:15:11:15:17:16:11 chr2 96795608 . T G 117.68 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.092037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4288;QD=12.3875;RBI=0.0973998;REFB=0.00402333;REVB=0.0318736;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446326;STB=0.526278;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00928504;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:13:11:7:7:13:11 chr2 96795714 . G A 834.36 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.412;QD=57.5421;RBI=0.041207;REFB=0;REVB=0.0377572;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160318;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr2 96795857 . T C 465.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.562;QD=58.2387;RBI=0.0897539;REFB=0;REVB=0.0302086;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500086;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:22:8:0:0:22:10:0:0 chr2 96809331 . T C 1248.46 PASS AF=0.910891;AO=91;DP=101;FAO=92;FDP=101;FR=.;FRO=9;FSAF=65;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0770461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2468;QD=49.444;RBI=0.0771507;REFB=-0.0195867;REVB=0.00401618;RO=5;SAF=65;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350763;STB=0.504266;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00501294;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:5:9:91:92:0.910891:26:65:5:0:27:65:6:3 chr2 96851049 . AG AA,A 166.01 PASS AF=0.0606061,0.515152;AO=2,17;DP=34;FAO=2,17;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=0,5;FSAR=2,12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0337121,0.0628167;FXX=0.0294031;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.5337,21.2374;QD=20.1227;RBI=0.0346495,0.0922161;REFB=-0.0146329,-0.0114617;REVB=0.00800492,-0.067512;RO=14;SAF=0,5;SAR=2,12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576453,-0.236509;STB=0.995031,0.633982;STBP=0.154,0.111;TYPE=snp,del;VARB=-0.00852172,-0.00162096;OID=.,.;OPOS=96851050,96851050;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.515152:2,17:34:2,17:33:14:0,5:2,12:8:6:99:14:0,5:2,12:8:6 chr2 96874589 . CTT CCC 101.06 PASS AF=0.269231;AO=11;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0318285;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=2;MLLD=68.5341;QD=7.7738;RBI=0.0822613;REFB=0.000101612;REVB=-0.0758543;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182126;STB=0.654531;STBP=0.205;TYPE=mnp;VARB=-0.00113525;OID=.;OPOS=96874590;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:11:53:14:52:37:10:4:19:18:98:29:7:4:14:15 chr2 96917588 . T G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.461;QD=54.8832;RBI=0.0260143;REFB=-0.0271216;REVB=0.019872;RO=1;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149611;STB=0.507934;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0001032;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:31:23:0:1:31:23:0:1 chr2 96918245 . A G 85.03 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.131593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8023;QD=11.3378;RBI=0.131615;REFB=-0.0171122;REVB=-0.00241678;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0215772;OID=.;OPOS=96918245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:30:17:19:11:11:0.366667:5:6:10:7:5:6:10:9 chr2 96944553 . G A 105.83 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0516844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6439;QD=21.1667;RBI=0.0536773;REFB=-0.0104567;REVB=0.0144908;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326528;STB=0.681569;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0124763;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:0:8:7:5:0:8 chr2 97166204 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.394;QD=60.2282;RBI=0.0142024;REFB=0;REVB=-0.0127379;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48305e-05;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr2 97166296 . A G 170.48 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0612068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2281;QD=25.2566;RBI=0.0613044;REFB=-0.0149296;REVB=0.00345673;RO=10;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212578;STB=0.620095;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0116896;OID=.;OPOS=97166296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:14:3:4:6:14:3:4:6 chr2 97559759 . G A 560.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3089;QD=59.0409;RBI=0.0488064;REFB=0;REVB=0.0349922;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635016;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr2 97808346 . T C 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0130918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.103;QD=5.78718;RBI=0.0196766;REFB=-0.00869152;REVB=0.0146892;RO=23;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577461;STB=0.871716;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0193078;OID=.;OPOS=97808346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:1:6:8:15:1:6:8:15 chr2 97808349 . T C 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0611675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.566;QD=9.47507;RBI=0.0651352;REFB=-0.00358014;REVB=-0.022386;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.668717;STB=0.90487;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00886125;OID=.;OPOS=97808349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:6:15:1:9:6:15 chr2 97808394 . C G 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0229855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.23;QD=5.46139;RBI=0.0241911;REFB=-0.00823103;REVB=0.00754164;RO=50;SAF=11;SAR=3;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433155;STB=0.774601;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0424524;OID=.;OPOS=97808394;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:3:11:22:28:3:11:22:28 chr2 97827839 . G A 213.19 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0509533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5583;QD=16.0895;RBI=0.0555923;REFB=0.00293318;REVB=0.0222322;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266546;STB=0.521155;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00283915;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:29:23:24:0.45283:10:13:16:11:10:14:18:11 chr2 97830012 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00528807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.448;QD=14.0439;RBI=0.0081026;REFB=0.0260573;REVB=-0.00613909;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397043;STB=0.760793;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00644675;OID=.;OPOS=97830012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:4:4:4:5:0.555556:1:3:1:3:1:4:1:3 chr2 97830016 . G T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00674054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.136;QD=13.2053;RBI=0.0183437;REFB=0.0089762;REVB=-0.0170604;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.713468;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00965466;OID=.;OPOS=97830016;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:3:3:1:5:3:3 chr2 97830053 . A G 100.09 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000206479;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.551;QD=14.2992;RBI=0.0003238;REFB=-0.0190633;REVB=0.000249426;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023118;STB=0.513491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0259216;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:11:5:4:8:11:5 chr2 97833342 . G A 327.85 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0299827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.196;QD=26.7631;RBI=0.0322947;REFB=-0.0170313;REVB=-0.0119993;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114427;STB=0.563335;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00834405;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:20:9:9:11:20:9:9:11 chr2 97833361 . A G 87.31 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0423055;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.128;QD=9.19018;RBI=0.0429021;REFB=-0.00643574;REVB=0.0071298;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270184;STB=0.6834;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.018603;OID=.;OPOS=97833361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:38:23:27:11:11:0.289474:7:4:14:9:7:4:17:10 chr2 97833466 . C T 60.25 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0491418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.285;QD=5.47703;RBI=0.0491427;REFB=-0.00610544;REVB=-0.000294595;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319;STB=0.510181;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.043986;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:44:34:35:9:9:0.204545:4:5:18:16:4:5:19:16 chr2 97884763 . T C 528.68 PASS AF=0.925;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.021093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.228;QD=52.8681;RBI=0.111174;REFB=-0.0884705;REVB=0.109155;RO=2;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183196;STB=0.501483;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00782084;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:39:40:2:3:36:37:0.925:12:24:1:1:13:24:2:1 chr2 97909726 . CA TG 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00573461;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.435;QD=10.6681;RBI=0.0157993;REFB=-0.0180209;REVB=-0.0147218;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383311;STB=0.720827;STBP=0.119;TYPE=mnp;VARB=0.0289356;OID=.;OPOS=97909726;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:2:8:8:9:2:8:9:9 chr2 97909739 . G A 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00735719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9644;QD=8.40206;RBI=0.00753351;REFB=-0.00506626;REVB=0.00162034;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289506;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0128226;OID=.;OPOS=97909739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:2:7:11:9:2:7:11:10 chr2 98128172 . C A 115.4 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0244117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7998;QD=5.84293;RBI=0.0244538;REFB=-0.00218425;REVB=-0.00143435;RO=61;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229784;STB=0.51427;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00787884;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:10:8:26:35:10:8:26:35 chr2 98128194 . GGT CAC 433.29 PASS AF=0.411765;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=119;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00194648;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=3;MLLD=182.459;QD=14.5642;RBI=0.0257333;REFB=0.00884159;REVB=0.0256596;RO=69;SAF=35;SAR=14;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288721;STB=0.659831;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=-0.0131002;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:69:70:49:49:0.411765:14:35:31:38:14:35:32:38 chr2 98128228 . G A 32.55 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.0245037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.489;QD=1.21674;RBI=0.0252873;REFB=-0.00557869;REVB=0.00624637;RO=98;SAF=7;SAR=2;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279337;STB=0.732194;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0534346;OID=.;OPOS=98128228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:98:98:9:9:0.0841121:2:7:53:45:2:7:53:45 chr2 98128256 . C T 545.22 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0160055;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.165;QD=25.3592;RBI=0.0199047;REFB=-0.00382388;REVB=-0.011833;RO=36;SAF=35;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189464;STB=0.604017;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.000943066;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:36:36:50:50:0.581395:15:35:17:19:15:35:17:19 chr2 98128258 . G C 513.03 PASS AF=0.564706;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=85;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0375313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.845;QD=24.1428;RBI=0.039265;REFB=-0.0129414;REVB=0.0115387;RO=33;SAF=33;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18593;STB=0.582629;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0143867;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:33:37:48:48:0.564706:15:33:15:18:15:33:19:18 chr2 98128300 . A G 75.85 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0159632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8264;QD=4.46177;RBI=0.01976;REFB=-0.00524442;REVB=0.0116463;RO=55;SAF=11;SAR=2;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353124;STB=0.737188;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0308386;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:2:11:34:21:2:11:34:21 chr2 98128313 . G A 290.57 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0350467;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7999;QD=24.729;RBI=0.0352034;REFB=0.00469715;REVB=-0.00331767;RO=20;SAF=23;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318395;STB=0.674325;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00645719;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:21:26:26:0.553191:3:23:13:7:3:23:14:7 chr2 98525107 . T C 122.31 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00571465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.054;QD=13.9787;RBI=0.0168566;REFB=-0.0156097;REVB=0.0158584;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171974;STB=0.599863;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0138752;OID=.;OPOS=98525107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:7:14:7:7:7:14 chr2 98833449 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.101;QD=35.5759;RBI=0.0160923;REFB=0;REVB=0.0160923;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75464e-05;OID=.;OPOS=98833449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr2 98833454 . G C 61.45 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.332963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=360.063;QD=40.9683;RBI=0.00252948;REFB=0;REVB=0.00252948;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46647e-06;OID=.;OPOS=98833454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:6:3:0:6:6:1:6:0:0:3:6:0:0:0 chr2 98844674 . C G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0086;QD=63.5825;RBI=0.0532076;REFB=0;REVB=0.0441465;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992227;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 98853173 . G A 1083.91 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322556;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0135;QD=60.217;RBI=0.0322674;REFB=0;REVB=0.000873892;RO=0;SAF=22;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194078;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:50:22:0:0:50:22:0:0 chr2 98928494 . G A 481.4 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000889542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1885;QD=53.4893;RBI=0.0753536;REFB=-0.0931087;REVB=0.0753483;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776698;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00625258;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:11:23:0:2:11:23:0:2 chr2 98994641 . G A 559.65 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0312913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.532;QD=28.7;RBI=0.0334718;REFB=-0.02686;REVB=-0.0118835;RO=28;SAF=26;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107306;STB=0.558259;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.016826;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:28:28:50:50:0.641026:24:26:10:18:24:26:10:18 chr2 99013532 . G A 82.26 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00966201;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.912;QD=8.02583;RBI=0.0252235;REFB=-0.0141437;REVB=0.0232995;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19033;STB=0.616242;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0265896;OID=.;OPOS=99013532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:21:9:5:6:21:9 chr2 99149946 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00339051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.938;QD=21.7444;RBI=0.0204742;REFB=-0.0433199;REVB=0.0201915;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0341425;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:4:7:10:5:4:7 chr2 99193496 . C T 537.56 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=52;FWDB=0.0333279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.175;QD=17.3405;RBI=0.0333398;REFB=-0.0296393;REVB=0.000889343;RO=67;SAF=28;SAR=29;SRF=14;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278385;STB=0.645624;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.030356;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:67:66:57:58:0.467742:29:28:14:53:30:28:14:52 chr2 99219071 . T C 132.46 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0347118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.84;QD=25.2301;RBI=0.0585665;REFB=-0.109802;REVB=0.0471713;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234635;STB=0.620546;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0466105;OID=.;OPOS=99219071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:13:14:0.666667:10:3:0:7:11:3:0:7 chr2 99226173 . T A 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00542088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.077;QD=17.9372;RBI=0.0409811;REFB=-0.0120742;REVB=-0.0406209;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225554;STB=0.628892;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00955309;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:10:12:6:13:10:12 chr2 99279812 . C A 115.43 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0524416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5807;QD=10.9932;RBI=0.077889;REFB=-0.023455;REVB=-0.0575898;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327012;STB=0.690243;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0467703;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:6:22:7:7:6:22 chr2 99778985 . T C 195.25 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0698876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6959;QD=11.6568;RBI=0.075121;REFB=-0.0109824;REVB=-0.0275478;RO=43;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251667;STB=0.660251;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0200516;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:42:24:25:0.373134:9:15:17:26:9:16:16:26 chr2 99779131 . T C 172.42 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0177371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6061;QD=12.7718;RBI=0.019987;REFB=-0.0485402;REVB=-0.00921288;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260301;STB=0.652904;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0283074;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:33:20:21:0.388889:15:5:15:17:16:5:15:18 chr2 99804642 . T C 54.18 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000311974;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.63;QD=7.47305;RBI=0.0435004;REFB=-0.00806247;REVB=0.0434993;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295682;STB=0.671854;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.024652;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:22:21:8:8:0.275862:5:3:14:8:5:3:13:8 chr2 99812070 . G A 246.91 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0196068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.976;QD=15.9297;RBI=0.0668674;REFB=-0.00589213;REVB=-0.0639283;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379273;STB=0.531996;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0103969;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:10:18:20:13:10:18:20:14 chr2 99995804 . T C 519.62 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00250956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.266;QD=31.4923;RBI=0.0224058;REFB=0.00454927;REVB=0.0222648;RO=19;SAF=24;SAR=22;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117305;STB=0.569692;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00152811;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:20:46:46:0.69697:22:24:14:5:22:24:15:5 chr2 100019496 . A G 58.11 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0041999;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.982;QD=10.1063;RBI=0.0205209;REFB=-0.00615726;REVB=-0.0200865;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409692;STB=0.765308;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0201134;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:24:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:9:5:6:2:10:5 chr2 100055158 . T C 271.88 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0181667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6747;QD=19.4198;RBI=0.0263748;REFB=-0.0279064;REVB=0.0191207;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609373;STB=0.533969;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0262726;OID=.;OPOS=100055158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:13:16:13:14:13:16:13:14 chr2 100055506 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0293609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.613;QD=18.8287;RBI=0.0297936;REFB=-0.00790748;REVB=-0.00505935;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046355;STB=0.526289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00998717;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:11:11:11:9:11:11 chr2 100343557 . C T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00042931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.37;QD=63.8697;RBI=0.0187154;REFB=0;REVB=-0.0187105;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80859e-05;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr2 100897573 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.978;QD=61.684;RBI=0.030411;REFB=0;REVB=0.00748643;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98095e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr2 100915772 . A G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2105;QD=61.3268;RBI=0.0408495;REFB=0;REVB=-0.0244196;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919743;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr2 100916306 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00033405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.116;QD=58.2394;RBI=0.00110591;REFB=0;REVB=-0.00105425;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.00564e-07;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 100916315 . A G 200.66 PASS AF=0.462963;AO=21;DP=50;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00720915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.528;QD=14.8634;RBI=0.0962619;REFB=-0.0154393;REVB=0.0959916;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0206038;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:27:29:21:25:0.462963:9:12:14:13:11:14:15:14 chr2 100917109 . C T 1905.87 PASS AF=0.962121;AO=127;DP=132;FAO=127;FDP=132;FR=.;FRO=5;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0255848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.603;QD=57.7536;RBI=0.0318398;REFB=-0.161914;REVB=0.0189523;RO=3;SAF=68;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00578408;STB=0.510085;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00098973;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:132:3:5:127:127:0.962121:59:68:2:1:59:68:4:1 chr2 101010082 . G C 1262.81 PASS AF=0.955056;AO=84;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0259486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.212;QD=56.7553;RBI=0.0259976;REFB=-0.0457354;REVB=0.0015969;RO=2;SAF=50;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434799;STB=0.507041;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00169688;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:89:89:2:4:84:85:0.955056:34:50:1:1:34:51:3:1 chr2 101031561 . G T 544.29 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2895;QD=57.2933;RBI=0.0372825;REFB=-0.0265477;REVB=0.026495;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00881169;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:22:15:1:0:22:15:1:0 chr2 101086966 . C T 180.83 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=54;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00431187;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.831;QD=12.9161;RBI=0.050905;REFB=-0.0139138;REVB=0.050722;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.633321;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0218522;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:33:34:21:22:0.392857:15:6:18:15:15:7:18:16 chr2 101089276 . T C 670.02 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00142934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.515;QD=23.1042;RBI=0.00330481;REFB=-0.024065;REVB=-0.00297972;RO=50;SAF=33;SAR=32;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979641;STB=0.509551;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0178617;OID=.;OPOS=101089276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:50:51:65:65:0.560345:32:33:26:24:32:33:27:24 chr2 101096960 . C T 1493.26 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000375093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.08;QD=62.2193;RBI=0.0311597;REFB=-0.0257035;REVB=0.0311575;RO=1;SAF=51;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092068;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000463845;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:1:1:94:95:0.989583:43:51:1:0:43:52:1:0 chr2 101186088 . C T 1307.42 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9183;QD=61.5255;RBI=0.0315596;REFB=0;REVB=0.0314721;RO=0;SAF=26;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45543e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184342;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:58:26:0:0:58:27:0:0 chr2 101437561 . G A 233.14 PASS AF=0.383562;AO=25;DP=69;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.011091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.245;QD=12.7748;RBI=0.0236631;REFB=-0.0149072;REVB=0.0209029;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188486;STB=0.575459;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0123811;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:42:45:25:28:0.383562:13:12:13:29:16:12:14:31 chr2 101437601 . C G 229.59 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0304476;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.265;QD=13.9143;RBI=0.0356026;REFB=-0.0181654;REVB=-0.0184523;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713057;STB=0.540511;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.031631;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:12:27:17:10:12:27 chr2 101591304 . A G 309.46 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0270932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6586;QD=16.0756;RBI=0.0270939;REFB=-0.0416571;REVB=-0.000193975;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122818;STB=0.56919;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0524417;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:20:14:23:20:20:14:23:20 chr2 101609827 . C T 633.05 PASS AF=0.4375;AO=70;DP=160;FAO=70;FDP=160;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0152556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.293;QD=15.8262;RBI=0.0231568;REFB=-0.0109581;REVB=-0.0174214;RO=85;SAF=44;SAR=26;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124697;STB=0.555704;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0115392;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:90:70:70:0.4375:26:44:43:42:26:44:48:42 chr2 101612568 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00321696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.868;QD=19.1339;RBI=0.0216268;REFB=0.0352087;REVB=-0.0213862;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.0125002;OID=.;OPOS=101612568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr2 101624471 . T C 60.94 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00760833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.7817;QD=22.1592;RBI=0.14054;REFB=-0.129882;REVB=0.140334;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0674955;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:4:3:2:1:5:3:2:1 chr2 101638888 . A G 665.98 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=95;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000807165;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.778;QD=28.0414;RBI=0.0012107;REFB=-0.0227788;REVB=0.000902378;RO=37;SAF=29;SAR=29;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967116;STB=0.505261;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0145042;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:37:37:58:58:0.610526:29:29:18:19:29:29:18:19 chr2 101644855 . G A 315.58 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0143783;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.492;QD=25.2464;RBI=0.0208439;REFB=-0.0216774;REVB=-0.0150909;RO=21;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048891;STB=0.53493;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0183448;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:17:11:7:14:17:11:7:15 chr2 101656726 . T C 917.72 PASS AF=0.568493;AO=83;DP=147;FAO=83;FDP=146;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00706728;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2507;QD=25.1429;RBI=0.0314706;REFB=-0.0388514;REVB=-0.0306668;RO=57;SAF=30;SAR=53;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614015;STB=0.516382;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0261916;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:57:63:83:83:0.568493:53:30:25:32:53:30:25:38 chr2 101869588 . G T 275.99 PASS AF=0.958333;AO=16;DP=26;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00832656;FXX=0.11107;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.079;QD=45.9982;RBI=0.0553585;REFB=0.00317169;REVB=0.0547287;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00363451;OID=.;OPOS=101869588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:24:0:1:16:23:0.958333:0:16:0:0:4:19:1:0 chr2 101898412 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.455;QD=60.2303;RBI=0.0417688;REFB=0;REVB=0.00161652;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209747;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr2 102038849 . T A 673.41 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295907;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.533;QD=62.6429;RBI=0.0368101;REFB=0;REVB=0.0218946;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233045;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr2 102038936 . T G 83.5 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0290921;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.203;QD=7.95208;RBI=0.0304843;REFB=-0.00634771;REVB=-0.0091073;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.545372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.032252;OID=.;OPOS=102038936;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:44:42:26:31:11:11:0.261905:6:5:13:13:6:5:16:15 chr2 102067083 . T C 1239.84 PASS AF=0.977528;AO=81;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0282466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.994;QD=55.7233;RBI=0.0436005;REFB=-0.117188;REVB=0.0332134;RO=7;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695999;STB=0.509998;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00193865;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:88:89:7:2:81:87:0.977528:44:37:0:7:49:38:0:2 chr2 102472459 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0536602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1604;QD=12.0517;RBI=0.0600997;REFB=-0.0294738;REVB=-0.0270659;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288925;STB=0.517204;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0328149;OID=.;OPOS=102472459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:4:9:6:3:4:9 chr2 102509356 . C T 195.96 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0326678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.016;QD=10.7378;RBI=0.0334983;REFB=-0.0181313;REVB=-0.00741285;RO=48;SAF=12;SAR=13;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116414;STB=0.567632;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0327941;OID=.;OPOS=102509356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:13:12:28:20:13:12:28:20 chr2 102509898 . C T 349.97 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0306587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7625;QD=17.7202;RBI=0.0354245;REFB=0.0104354;REVB=-0.0177466;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630921;STB=0.502091;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0195044;OID=.;OPOS=102509898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:37:37:0.468354:21:16:18:23:21:16:18:24 chr2 102955468 . C A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0183139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.415;QD=22.7198;RBI=0.0198619;REFB=-0.0208671;REVB=-0.00768753;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216917;STB=0.622464;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.015978;OID=.;OPOS=102955468;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:3:6:5:9:3:6 chr2 102957716 . C T 581.56 PASS AF=0.536364;AO=58;DP=110;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0146269;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.726;QD=21.1476;RBI=0.0164576;REFB=-0.012857;REVB=0.00754368;RO=51;SAF=34;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14869;STB=0.584387;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0124728;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:51:51:58:59:0.536364:24:34:21:30:24:35:21:30 chr2 103048738 . G A 1270.34 PASS AF=0.607527;AO=112;DP=185;FAO=113;FDP=186;FR=.;FRO=73;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0094863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.762;QD=27.3191;RBI=0.0158368;REFB=-0.0230174;REVB=0.0126812;RO=73;SAF=54;SAR=58;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280069;STB=0.516753;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0170056;OID=.;OPOS=103048738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:73:73:112:113:0.607527:58:54:38:35:59:54:38:35 chr2 103095531 . T C 408.91 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0137038;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.602;QD=19.4718;RBI=0.013776;REFB=-0.0152899;REVB=0.00140913;RO=41;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088084;STB=0.54919;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0245291;OID=.;OPOS=103095531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:43:41:41:0.488095:23:18:22:19:23:18:23:20 chr2 103149100 . G A 407.33 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00891747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.307;QD=33.2511;RBI=0.0158287;REFB=-0.0582339;REVB=0.0130777;RO=16;SAF=12;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470243;STB=0.525676;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0273537;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:21:12:7:9:21:12:7:9 chr2 103334969 . G A 493.61 PASS AF=0.373333;AO=56;DP=150;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=37;FWDB=-0.0141526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6261;QD=13.163;RBI=0.0146376;REFB=-0.00969722;REVB=0.00373666;RO=90;SAF=25;SAR=31;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177767;STB=0.599211;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0240648;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:90:94:56:56:0.373333:31:25:55:35:31:25:57:37 chr2 103431404 . T C 1251.29 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646237;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7665;QD=60.3029;RBI=0.0734005;REFB=0;REVB=0.0348052;RO=0;SAF=23;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118652;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:83:0:0:81:83:1:58:23:0:0:59:24:0:0 chr2 105709023 . T C 731.73 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206903;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.475;QD=63.629;RBI=0.0323166;REFB=0;REVB=0.0248248;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74333e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr2 105915128 . G A 764.2 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1349;QD=53.6282;RBI=0.0579202;REFB=-0.155867;REVB=0.0536309;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00414978;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:54:56:0.982456:23:31:0:0:25:31:0:1 chr2 105924510 . A G 919.88 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.318;QD=58.4048;RBI=0.0598079;REFB=0;REVB=-0.056774;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141883;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr2 105953938 . G GC 989.64 PASS AF=1;AO=65;DP=75;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000510407;FXX=0.0140825;HRUN=0;LEN=1;MLLD=110.816;QD=56.5506;RBI=0.0435671;REFB=0;REVB=0.0435641;RO=6;SAF=46;SAR=19;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000402059;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:65:75:70:70:0:51:19:0:0:6:6:46:19:6:0 chr2 106510455 . GCACACACACACACACACACACTA GCACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACTA 686.34 PASS AF=0.82,0.18;AO=32,7;DP=48;FAO=41,9;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,5;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233818,0.0141977;FXX=0.0565931;HRUN=1,1;LEN=6,4;MLLD=229.525,148.303;QD=54.9071;RBI=0.0931324,0.0682532;REFB=0,0;REVB=0.0901495,0.0667602;RO=0;SAF=21,4;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.010498,0.00173608;OID=.,.;OPOS=106510473,106510456;OREF=ACACTA,CACA;OALT=-,-;OMAPALT=GCACACACACACACACAC,GCACACACACACACACACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.82,0.18:32,7:48:41,9:50:0:23,5:18,4:0:0:55:0:21,4:11,3:0:0 chr2 106510472 . CACACTA C 50.0 PASS AO=35;DP=136;LEN=6;RO=101;SAF=21;SAR=16;SRF=59;SRR=40;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=106510473;OREF=ACACTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:136:101:35:16:21:59:40 chr2 106682235 . C G 47.01 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0322512;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8409;QD=17.0933;RBI=0.137751;REFB=-0.0763523;REVB=-0.133922;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0137126;OID=.;OPOS=106682235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:11:4:4:5:5:0.454545:1:4:2:2:1:4:2:2 chr2 106710108 . C T 554.94 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.762;QD=59.9935;RBI=0.0512485;REFB=0;REVB=0.0174003;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128625;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr2 106742139 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.536;QD=51.9166;RBI=0.068904;REFB=0;REVB=-0.0491737;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.19992e-06;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 107032354 . C G 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0287711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.55;QD=34.7811;RBI=0.0438523;REFB=-0.0120612;REVB=-0.0330945;RO=7;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158793;STB=0.587016;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00207066;OID=.;OPOS=107032354;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:14:8:5:2:14:8:5:2 chr2 107073469 . T A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4668;QD=39.2064;RBI=0.126014;REFB=0;REVB=0.0995773;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116693;OID=.;OPOS=107073469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 107073501 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9292;QD=39.2065;RBI=0.0706139;REFB=0;REVB=-0.0519514;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159116;OID=.;OPOS=107073501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr2 107084739 . A G 1459.28 PASS AF=0.969388;AO=94;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0428041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.857;QD=59.5625;RBI=0.0491506;REFB=-0.0431039;REVB=0.0241577;RO=2;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178856;STB=0.514016;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0015172;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:2:3:94:95:0.969388:52:42:0:2:52:43:0:3 chr2 107107511 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=5.67991e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.984;QD=9.83044;RBI=0.00947517;REFB=-0.00405991;REVB=-0.009475;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178695;STB=0.60918;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0120858;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:9:3:10:16:9:3:10:16 chr2 107107567 . G C 619.57 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2222;QD=59.0062;RBI=0.0384204;REFB=-0.0813759;REVB=-0.0263755;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00179623;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:1:0:25:16:1:0 chr2 107423395 . T G 239.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0130745;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5223;QD=19.9273;RBI=0.0390896;REFB=-0.0191916;REVB=-0.0368382;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110803;STB=0.562857;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0197968;OID=.;OPOS=107423395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:9:16:17:6:9:16 chr2 107459974 . C T 214.82 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00112515;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.8597;QD=14.8149;RBI=0.00673732;REFB=0.0122203;REVB=-0.0066427;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205188;STB=0.509109;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0236661;OID=.;OPOS=107459974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:33:25:25:0.431034:14:11:13:18:14:11:14:19 chr2 107460348 . T A 295.41 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0606693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9611;QD=22.2948;RBI=0.0608633;REFB=-0.0396699;REVB=0.00485523;RO=22;SAF=14;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154696;STB=0.579947;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.020626;OID=.;OPOS=107460348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:22:23:29:30:0.566038:15:14:15:7:16:14:15:8 chr2 108443511 . C G 616.92 PASS AF=0.406977;AO=70;DP=172;FAO=70;FDP=172;FR=.;FRO=102;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=37;FSRR=65;FWDB=-0.039571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9651;QD=14.347;RBI=0.0772935;REFB=-0.00147254;REVB=0.0663959;RO=101;SAF=32;SAR=38;SRF=37;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973741;STB=0.556929;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0023639;OID=.;OPOS=108443511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:101:102:70:70:0.406977:38:32:37:64:38:32:37:65 chr2 108475958 . A G 151.89 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0645115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7824;QD=12.9265;RBI=0.0699331;REFB=-0.0250671;REVB=-0.026998;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924721;STB=0.554311;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0471593;OID=.;OPOS=108475958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:13:17:11:6:13:17 chr2 108496435 . T A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0238183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.274;QD=17.2256;RBI=0.0802044;REFB=-0.0100545;REVB=-0.0765861;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21129;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00673756;OID=.;OPOS=108496435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:3:3:6:2:3:3 chr2 108863767 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5018;QD=56.9567;RBI=0.0291072;REFB=0;REVB=0.00312696;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406737;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr2 108875198 . G A 1124.08 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.366;QD=58.3938;RBI=0.0296156;REFB=-0.0683772;REVB=0.0137987;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137108;STB=0.50704;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000262446;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:77:1:1:74:76:0.987013:40:34:1:0:41:35:1:0 chr2 108875244 . T C 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.397;QD=62.0064;RBI=0.0183232;REFB=0;REVB=0.0177385;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60964e-05;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr2 108875471 . G T 1764.63 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7508;QD=60.8494;RBI=0.0356467;REFB=0;REVB=-0.0284774;RO=0;SAF=77;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294356;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:39:77:0:0:39:77:0:0 chr2 108877062 . T A 1048.16 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.169;QD=58.2314;RBI=0.0218983;REFB=-0.123925;REVB=0.00338339;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00026454;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:37:34:0:1:37:34:0:1 chr2 109099572 . C G 238.6 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.948;QD=50.2309;RBI=0.0140045;REFB=0;REVB=-0.00781231;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15871e-05;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr2 109106381 . A G 481.82 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0110146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.017;QD=28.7655;RBI=0.0208089;REFB=-0.00542554;REVB=-0.0176547;RO=23;SAF=26;SAR=18;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126987;STB=0.569052;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00334705;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:18:26:9:14:18:26:9:14 chr2 109380929 . G A 271.26 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.152267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6474;QD=27.1261;RBI=0.152822;REFB=-0.0511794;REVB=0.0130097;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766154;STB=0.542338;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0177975;OID=.;OPOS=109380929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:16:9:7:8:16:9:7:8 chr2 109389463 . G A 638.41 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0586458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9558;QD=59.387;RBI=0.0588175;REFB=0.0622668;REVB=0.0044909;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0136133;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:25:16:0:1:26:16:0:1 chr2 109401259 . C T 125.2 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0112936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7917;QD=10.4331;RBI=0.0240435;REFB=-0.000767913;REVB=0.0212261;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988284;STB=0.559242;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00462501;OID=.;OPOS=109401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:16:17:9:6:16:17 chr2 109429146 . T A 244.6 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0266477;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.466;QD=28.7766;RBI=0.0269764;REFB=-0.0312942;REVB=-0.00419847;RO=11;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191238;STB=0.618941;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0155071;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:11:12:22:22:0.647059:13:9:8:3:13:9:9:3 chr2 109510937 . G A 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0566997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0125;QD=18.6724;RBI=0.056961;REFB=-0.0141245;REVB=-0.00545045;RO=36;SAF=7;SAR=28;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303768;STB=0.67122;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0201924;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:28:7:17:19:28:7:17:19 chr2 109512234 . T C 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00169531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.222;QD=31.0655;RBI=0.0292086;REFB=-0.00960034;REVB=-0.0291593;RO=5;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500611;STB=0.523532;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00278042;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:5:6:17:17:0.73913:10:7:2:3:10:7:3:3 chr2 109513654 . G A 335.26 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.000363364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.44;QD=16.975;RBI=0.0329786;REFB=-0.00245663;REVB=0.0329766;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988766;STB=0.555524;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00372598;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:22:14:21:22:22:14:21:22 chr2 109526969 . G A 183.81 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00307512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.513;QD=11.4881;RBI=0.029065;REFB=-0.0307135;REVB=-0.0289019;RO=36;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16161;STB=0.609871;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.054555;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:36:41:23:23:0.359375:7:16:20:16:7:16:22:19 chr2 109527373 . A G 277.44 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0397638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6451;QD=26.4232;RBI=0.0630497;REFB=-0.0218227;REVB=-0.0489295;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00755934;STB=0.536034;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00778153;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:17:25:25:0.595238:14:11:6:8:14:11:6:11 chr2 109745176 . G A 755.47 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501961;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.87;QD=57.0167;RBI=0.0559513;REFB=0;REVB=0.0247164;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359223;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr2 110015138 . C T 421.09 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0942612;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.932;QD=20.2935;RBI=0.0943056;REFB=-0.0129621;REVB=-0.00289427;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023146;STB=0.506326;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0101524;OID=.;OPOS=110015138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:40:41:42:42:0.506024:20:22:22:18:20:22:22:19 chr2 110015309 . T C 1383.33 PASS AF=0.646739;AO=119;DP=184;FAO=119;FDP=184;FR=.;FRO=65;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0276219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.983;QD=30.0724;RBI=0.029428;REFB=-0.0263494;REVB=-0.010151;RO=64;SAF=51;SAR=68;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444377;STB=0.504761;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.010948;OID=.;OPOS=110015309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:64:65:119:119:0.646739:68:51:27:37:68:51:27:38 chr2 110053570 . C T 218.96 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0122446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.277;QD=23.6709;RBI=0.0220564;REFB=-0.0333996;REVB=0.0183454;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116766;STB=0.579975;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0334408;OID=.;OPOS=110053570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:13:8:8:7:13:8:9:7 chr2 110373197 . G A 841.94 PASS AF=0.690909;AO=69;DP=105;FAO=76;FDP=110;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0286624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3189;QD=30.6161;RBI=0.0327101;REFB=-0.0181029;REVB=0.0157612;RO=34;SAF=19;SAR=50;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119279;STB=0.548761;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0151543;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:110:34:34:69:76:0.690909:50:19:15:19:53:23:15:19 chr2 110373938 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.883;QD=40.7629;RBI=0.0101099;REFB=0;REVB=-0.0030696;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1064e-05;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr2 110374215 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0235908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3029;QD=13.4409;RBI=0.0236742;REFB=-0.0251981;REVB=0.00198582;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0305362;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr2 110375025 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000115069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0653;QD=20.5463;RBI=0.00395234;REFB=-0.0103907;REVB=-0.00395067;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160305;STB=0.590083;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00668846;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:14:8:12:10:14:8 chr2 110376288 . G T 91.45 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0284837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4967;QD=5.54229;RBI=0.0418344;REFB=-0.00838188;REVB=-0.0306398;RO=51;SAF=7;SAR=8;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485379;STB=0.503039;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0333237;OID=.;OPOS=110376288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:66:66:51:51:15:15:0.227273:8:7:24:27:8:7:24:27 chr2 110855123 . G T 401.18 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00602386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.279;QD=53.4905;RBI=0.0623333;REFB=-0.0757077;REVB=0.0620416;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519986;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000423329;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:30:0:1:27:29:0.966667:10:17:0:0:12:17:0:1 chr2 110922703 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0167534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.043;QD=16.0424;RBI=0.032064;REFB=-0.0390247;REVB=-0.0273391;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785432;STB=0.544966;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0522709;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:9:17:11:8:9:17 chr2 111907691 . T C 201.81 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0101263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9679;QD=9.96579;RBI=0.0965294;REFB=-0.016775;REVB=-0.0959968;RO=54;SAF=17;SAR=9;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119343;STB=0.577362;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0262822;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:55:26:26:0.320988:9:17:30:24:9:17:30:25 chr2 111907787 . T A 30.2 PASS AF=0.137255;AO=10;DP=45;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0907907;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.5795;QD=2.36883;RBI=0.0919686;REFB=-0.00984297;REVB=-0.0146724;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591955;STB=0.901963;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0594601;OID=.;OPOS=111907787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:45:51:31:44:10:7:0.137255:2:8:8:23:1:6:14:30 chr2 112592278 . A T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0100327;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=250.232;QD=10.0339;RBI=0.0108976;REFB=-0.00480194;REVB=-0.00425492;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00669019;OID=.;OPOS=112592278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr2 112641256 . GA AA,AG 98.91 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=3,8;DP=12;FAO=6,5;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035288,0.0530376;FXX=0.0832639;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=111.424,78.3493;QD=35.9673;RBI=0.0619508,0.096841;REFB=0,0;REVB=0.0509182,0.0810259;RO=0;SAF=2,4;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0312731,0.071429;OID=.,.;OPOS=112641256,112641256;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:12:11:0:0:3,8:6,5:0.545455,0.454545:1,4:2,4:0:0:4,1:2,4:0:0 chr2 112686988 . G A 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.024;QD=56.9564;RBI=0.0261952;REFB=0;REVB=0.0135453;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134249;OID=.;OPOS=112686988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 112751928 . G A 931.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00240532;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.525;QD=59.1142;RBI=0.0433741;REFB=0;REVB=0.0433073;RO=0;SAF=47;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01306e-05;OID=.;OPOS=112751928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:16:47:0:0:16:47:0:0 chr2 112754720 . A C 101.77 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.761;QD=40.7075;RBI=0.0503712;REFB=0;REVB=0.048959;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410368;OID=.;OPOS=112754720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr2 112754880 . G A 1029.52 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167588;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.805;QD=59.6821;RBI=0.0179494;REFB=0;REVB=0.00642843;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11045e-05;OID=.;OPOS=112754880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr2 112754943 . C T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0531389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.903;QD=59.6764;RBI=0.0535034;REFB=0;REVB=-0.00623439;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012121;OID=.;OPOS=112754943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr2 112755001 . A G 318.51 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815901;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.689;QD=55.3938;RBI=0.0446305;REFB=0;REVB=0.0438783;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086485;OID=.;OPOS=112755001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr2 112765973 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.304;QD=62.0189;RBI=0.0236722;REFB=0;REVB=-0.0116338;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31111e-05;OID=.;OPOS=112765973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr2 112766060 . C T 356.19 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00113636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.701;QD=21.9192;RBI=0.0115906;REFB=-0.0298606;REVB=0.0115348;RO=29;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976187;STB=0.553817;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0253439;OID=.;OPOS=112766060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:18:18:11:18:18:18:11:18 chr2 112832535 . CAAT C 490.12 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732506;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=3;MLLD=273.421;QD=46.6779;RBI=0.0322461;REFB=0;REVB=0.0314031;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.67106e-05;OID=.;OPOS=112832536;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:42:42:42:0:17:25:0:0:9:0:17:24:0:0 chr2 113289032 . A G 277.36 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.00898853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1968;QD=18.4907;RBI=0.021989;REFB=0.0233165;REVB=-0.0200679;RO=30;SAF=6;SAR=24;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15625;STB=0.586156;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0157569;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:24:6:3:27:24:6:3:27 chr2 113308516 . T A 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0367599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6329;QD=26.6151;RBI=0.0804541;REFB=0.0169084;REVB=0.0715651;RO=21;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846746;STB=0.546821;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.006641;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:17:12:11:10:17:12:11:10 chr2 113309473 . C T 274.56 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0168405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.916;QD=24.9602;RBI=0.0174941;REFB=-0.00188878;REVB=0.00473733;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280191;STB=0.639888;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00127846;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:16:8:13:6:16:9:13:6 chr2 113332421 . T C 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0121698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.362;QD=16.4154;RBI=0.0608823;REFB=-0.0109987;REVB=0.0596536;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300812;STB=0.672656;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0100447;OID=.;OPOS=113332421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:5:11:5:9:5:11 chr2 113344047 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.378;QD=47.8218;RBI=0.0530741;REFB=0;REVB=-0.0376884;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94649e-06;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr2 113479614 . G A 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0157331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.485;QD=15.2555;RBI=0.0163664;REFB=-0.0304938;REVB=0.00450884;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975829;STB=0.549458;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0277454;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:30:20:20:0.4:14:6:6:21:14:6:7:23 chr2 113482779 . A C 246.32 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00643871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.587;QD=46.9177;RBI=0.010422;REFB=0.0314003;REVB=-0.00819521;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00108949;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:0:1:13:7:0:1 chr2 113484319 . G A 382.95 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.287;QD=52.8202;RBI=0.0510908;REFB=-0.147647;REVB=0.0439989;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00113013;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr2 113498566 . A G 385.36 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=58;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00900738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.692;QD=26.1261;RBI=0.0320688;REFB=-0.0115117;REVB=0.0307778;RO=22;SAF=13;SAR=23;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06784;STB=0.542721;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00907279;OID=.;OPOS=113498566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:22:36:37:0.627119:23:13:6:16:23:14:6:16 chr2 113513825 . T C 1129.59 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166301;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8592;QD=57.9277;RBI=0.0410233;REFB=-0.170859;REVB=0.0375013;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225227;STB=0.511902;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00340574;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:41:35:0:2:41:35:0:2 chr2 113537223 . C A 489.61 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00724726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.897;QD=24.7904;RBI=0.0127599;REFB=-0.0134067;REVB=0.010502;RO=31;SAF=19;SAR=27;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197804;STB=0.521432;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00694449;OID=.;OPOS=113537223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:31:33:46:46:0.582278:27:19:12:19:27:19:12:21 chr2 113588007 . G A 740.23 PASS AF=0.594828;AO=69;DP=114;FAO=69;FDP=116;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00353889;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.279;QD=25.5251;RBI=0.0035667;REFB=-0.0259513;REVB=0.000444559;RO=45;SAF=30;SAR=39;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929462;STB=0.504949;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0146506;OID=.;OPOS=113588007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:45:47:69:69:0.594828:39:30:19:26:39:30:21:26 chr2 113590390 . G A 200.34 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0146564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.438;QD=21.0883;RBI=0.0153218;REFB=-0.0220671;REVB=-0.00446629;RO=18;SAF=2;SAR=17;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131908;STB=0.538007;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0169457;OID=.;OPOS=113590390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:19:20:0.526316:17:2:2:16:17:3:2:16 chr2 113671378 . G T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0326163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9916;QD=10.6679;RBI=0.0449245;REFB=-0.0072187;REVB=0.0308932;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4959;STB=0.809242;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0220091;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:1:9:10:8:1:9:10:8 chr2 113671410 . A G 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00984248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2044;QD=13.5019;RBI=0.0108795;REFB=-0.00651025;REVB=0.00463559;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109071;STB=0.585219;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.012414;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:4:8:9:7:4:8:9:8 chr2 113763463 . A C 188.0 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0303867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.3285;QD=10.8984;RBI=0.034786;REFB=-0.00137613;REVB=0.0169327;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191013;STB=0.604308;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00172975;OID=.;OPOS=113763463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:15:9:24:20:15:9:24:21 chr2 113763575 . A G 928.48 PASS AF=1;AO=44;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451982;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.05;QD=58.0298;RBI=0.0856166;REFB=0;REVB=0.072714;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155338;OID=.;OPOS=113763575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:44:64:1:20:24:0:0:36:28:0:0 chr2 113831945 . T C 129.97 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00772192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.922;QD=13.3306;RBI=0.0278266;REFB=-0.0156793;REVB=0.0267337;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.571334;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0173352;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:10:14:7:8:10:14 chr2 113832333 . C A 332.26 PASS AF=0.333333;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=61;FSRR=23;FWDB=-0.03355;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.585;QD=10.5479;RBI=0.0338009;REFB=-0.00645523;REVB=-0.00411057;RO=82;SAF=30;SAR=12;SRF=60;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02481;STB=0.509799;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0103393;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:82:84:42:42:0.333333:12:30:60:22:12:30:61:23 chr2 113870663 . G A 335.68 PASS AF=0.397849;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0302164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.29;QD=14.438;RBI=0.0460746;REFB=-0.0140191;REVB=0.0347827;RO=54;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12756;STB=0.572799;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0188794;OID=.;OPOS=113870663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:54:56:36:37:0.397849:21:15:29:25:21:16:31:25 chr2 113870725 . T G 461.16 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.057281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8545;QD=21.4493;RBI=0.0574055;REFB=-0.0257728;REVB=-0.00377864;RO=40;SAF=22;SAR=23;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184063;STB=0.60567;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0291176;OID=.;OPOS=113870725;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:23:22:11:29:23:22:11:30 chr2 113975066 . T G 180.84 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0284015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8732;QD=15.0699;RBI=0.0290405;REFB=0.005881;REVB=-0.00605878;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221161;STB=0.658384;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0117086;OID=.;OPOS=113975066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:28:18:20:0.416667:10:8:19:10:12:8:19:9 chr2 113975104 . T G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0190223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7706;QD=15.6194;RBI=0.0210946;REFB=-0.0179547;REVB=-0.00911788;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193225;STB=0.599888;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0492382;OID=.;OPOS=113975104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:11:7:14:10:11:7:14:11 chr2 113999023 . T C 167.72 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00473492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.117;QD=10.1648;RBI=0.00895125;REFB=-0.00662274;REVB=0.00759641;RO=44;SAF=7;SAR=14;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340869;STB=0.677263;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00968121;OID=.;OPOS=113999023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:44:44:21:22:0.333333:14:7:28:16:14:8:28:16 chr2 114035923 . A G 238.7 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00157674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.553;QD=16.1829;RBI=0.00875271;REFB=-0.0145996;REVB=0.00860952;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870705;STB=0.515592;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0143536;OID=.;OPOS=114035923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:32:26:27:0.457627:10:16:21:9:10:17:21:11 chr2 114220055 . T C 2131.82 PASS AF=0.960784;AO=145;DP=152;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=69;FSAR=78;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0539763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2285;QD=55.7338;RBI=0.0624201;REFB=-0.0510343;REVB=0.0313501;RO=6;SAF=68;SAR=77;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275551;STB=0.514299;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00568748;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:152:153:6:6:145:147:0.960784:77:68:5:1:78:69:5:1 chr2 114256840 . C T 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.13948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3142;QD=46.0625;RBI=0.139572;REFB=-0.169144;REVB=0.00504135;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0198668;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:0:1:19:19:0.95:11:8:0:0:11:8:0:1 chr2 114256859 . C T 109.16 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2991;QD=36.3873;RBI=0.107283;REFB=-0.126021;REVB=-0.0146962;RO=1;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127515;STB=0.571292;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0168271;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:8:3:1:0:8:3:1:0 chr2 114355167 . A G 40.31 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00662591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.57;QD=14.658;RBI=0.139015;REFB=-0.0369266;REVB=0.138857;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0466929;OID=.;OPOS=114355167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr2 114391721 . T C 852.55 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.669;QD=56.8366;RBI=0.0403426;REFB=0;REVB=0.0303502;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357581;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:27:31:0:0:29:31:0:0 chr2 114392716 . C T 777.73 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735886;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.59;QD=63.4883;RBI=0.0255708;REFB=0;REVB=-0.0244891;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208548;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr2 114490960 . C A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0758753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.856;QD=18.2512;RBI=0.0772022;REFB=0.0217378;REVB=-0.0142523;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462923;STB=0.538412;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0155184;OID=.;OPOS=114490960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:15:15:0.5:10:5:4:10:10:5:4:11 chr2 116099725 . A T 200.19 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0438332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7625;QD=21.0731;RBI=0.0440594;REFB=-0.0343701;REVB=-0.0044591;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115188;STB=0.60334;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0201078;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:18:18:20:0.526316:13:5:6:9:14:6:9:9 chr2 116510817 . G C 1530.04 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.857;QD=63.7518;RBI=0.0253652;REFB=0;REVB=0.00431755;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94303e-05;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:51:45:0:0:51:45:0:0 chr2 116525960 . G A 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.336;QD=58.0604;RBI=0.0247614;REFB=0;REVB=0.0214014;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90797e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 118583940 . C T 339.71 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00996337;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.85;QD=20.905;RBI=0.0138257;REFB=-0.0149799;REVB=-0.00958543;RO=29;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100204;STB=0.558107;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0245188;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:29:30:33:35:0.538462:19:14:9:20:19:16:10:20 chr2 118589808 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.254;QD=47.8222;RBI=0.0156743;REFB=0;REVB=0.00588433;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128548;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr2 118774082 . T C 546.39 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0014572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.671;QD=57.5144;RBI=0.0248016;REFB=-0.0373029;REVB=0.0247587;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000657109;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:36:37:0.973684:14:22:0:1:15:22:0:1 chr2 118774177 . A AC 278.79 PASS AF=1;AO=6;DP=31;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314458;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=30.4965;QD=39.8272;RBI=0.0925085;REFB=0;REVB=0.0869999;RO=25;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.726353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00531271;OID=.;OPOS=118774178;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:31:28:28:0:16:12:0:0:3:25:6:0:10:15 chr2 118774178 . G C 269.21 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0131332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.017;QD=37.1321;RBI=0.0383706;REFB=-0.0933016;REVB=0.036053;RO=6;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211919;STB=0.615287;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0127793;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:29:29:6:6:23:23:0.793103:13:10:6:0:13:10:6:0 chr2 119915249 . T C 976.55 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2916;QD=57.4442;RBI=0.0432579;REFB=-0.162355;REVB=-0.0400543;RO=1;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101641;STB=0.505375;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00155755;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:46:21:0:1:46:21:0:1 chr2 119988565 . G A 343.52 PASS AF=0.371681;AO=42;DP=113;FAO=42;FDP=113;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.00805686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.662;QD=12.16;RBI=0.00805992;REFB=-0.0153644;REVB=-0.000222001;RO=70;SAF=25;SAR=17;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18212;STB=0.599448;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0268236;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:71:42:42:0.371681:17:25:30:40:17:25:31:40 chr2 120021785 . T C 994.08 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473182;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4403;QD=59.3483;RBI=0.0474299;REFB=0;REVB=-0.00325336;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000806815;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr2 120060082 . T C 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0396883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8281;QD=13.7477;RBI=0.0401116;REFB=0.0190942;REVB=0.00581154;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177837;STB=0.510195;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.039678;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:10:12:18:14:10:12:18:14 chr2 120078778 . T C 280.8 PASS AF=0.268966;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=145;FR=.;FRO=106;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=43;FWDB=-0.00438855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2836;QD=7.74613;RBI=0.0188435;REFB=-0.0211375;REVB=0.0183254;RO=106;SAF=21;SAR=18;SRF=63;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696516;STB=0.541332;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0497015;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:106:106:39:39:0.268966:18:21:63:43:18:21:63:43 chr2 120125029 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.671;QD=51.9156;RBI=0.0240043;REFB=0;REVB=0.0230164;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119856;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr2 120125053 . C G 56.89 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00588681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4097;QD=11.9762;RBI=0.0650176;REFB=-0.0201878;REVB=0.0647506;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440886;STB=0.691933;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0267696;OID=.;OPOS=120125053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:10:11:7:8:0.421053:2:5:10:0:3:5:10:1 chr2 120125058 . C T 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0100888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5958;QD=12.7825;RBI=0.0107966;REFB=-0.0081145;REVB=-0.00384483;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31874;STB=0.681542;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0152301;OID=.;OPOS=120125058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:13:1:3:7:13:1 chr2 120194651 . A AGTGTGC 581.9 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00744885;FXX=0.113611;HRUN=0;LEN=6;MLLD=308.171;QD=59.6817;RBI=0.010892;REFB=-0.164207;REVB=-0.00794677;RO=15;SAF=3;SAR=35;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626697;STB=0.571386;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.00406839;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359:38:57:38:39:1:3:35:1:0:6:15:3:35:14:1 chr2 120199140 . A G 329.93 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.507;QD=50.759;RBI=0.0383553;REFB=-0.00289166;REVB=0.0038276;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000163706;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:1:0:11:14:1:0 chr2 120303820 . A T 223.14 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.176;QD=49.5867;RBI=0.0284172;REFB=0;REVB=-0.01883;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220577;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr2 120369300 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.135;QD=63.8712;RBI=0.00374948;REFB=0;REVB=0.00314406;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23279e-06;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr2 120388412 . G A 959.18 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279854;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9231;QD=59.0264;RBI=0.0425366;REFB=0;REVB=-0.0320341;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33049e-05;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr2 120438523 . A G 1062.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.046;QD=59.8458;RBI=0.0194042;REFB=0;REVB=0.00350684;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92597e-05;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr2 120438696 . A G 737.9 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.994;QD=62.7997;RBI=0.0637072;REFB=0;REVB=0.00418746;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430233;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr2 120439230 . C G 651.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8937;QD=62.0012;RBI=0.0457581;REFB=0;REVB=0.0152511;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428932;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr2 120439459 . C A 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.373;QD=58.1412;RBI=0.0388341;REFB=0;REVB=0.0385095;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016819;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr2 120704166 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.508;QD=44.6898;RBI=0.0500148;REFB=0;REVB=0.0467848;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260052;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 120830815 . A G 330.81 PASS AF=0.962963;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.108613;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.987;QD=49.0092;RBI=0.111614;REFB=-0.0951857;REVB=0.0257083;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0071074;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:1:1:24:26:0.962963:15:9:0:1:17:9:0:1 chr2 120885310 . G A 766.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.077;QD=63.8373;RBI=0.0592709;REFB=0;REVB=0.0196851;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012898;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr2 120980428 . G C 823.41 PASS AF=0.914286;AO=62;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00891655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1934;QD=47.0522;RBI=0.0348813;REFB=-0.0618602;REVB=0.0337224;RO=6;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528336;STB=0.541654;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.026589;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:6:6:62:64:0.914286:32:30:1:5:33:31:0:6 chr2 121726447 . G A 544.92 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0881141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3717;QD=57.3604;RBI=0.0895305;REFB=0.00844179;REVB=0.0158619;RO=1;SAF=5;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847849;STB=0.545428;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00068742;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:32:5:1:0:32:5:1:0 chr2 121746956 . G T 425.02 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00663299;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.849;QD=23.9445;RBI=0.0556539;REFB=-0.0152218;REVB=0.0552572;RO=29;SAF=20;SAR=21;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742338;STB=0.547302;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0170923;OID=.;OPOS=121746956;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:21:20:17:12:21:20:18:12 chr2 121747406 . G A 352.23 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.00553181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.777;QD=28.7535;RBI=0.0373817;REFB=-0.0249791;REVB=0.0369701;RO=18;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289476;STB=0.666561;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0133412;OID=.;OPOS=121747406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:19:30:30:0.612245:18:12:15:3:18:12:16:3 chr2 121747429 . A G 739.74 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448318;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5002;QD=53.7995;RBI=0.0458338;REFB=-0.096727;REVB=0.00953124;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00256242;OID=.;OPOS=121747429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:53:54:0.981818:28:25:0:1:29:25:0:1 chr2 121749067 . G C 585.15 PASS AF=0.634146;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00331874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.538;QD=28.5438;RBI=0.01978;REFB=-0.00478907;REVB=0.0194996;RO=30;SAF=44;SAR=8;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195606;STB=0.607316;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00297472;OID=.;OPOS=121749067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:30:52:52:0.634146:8:44:20:10:8:44:20:10 chr2 121948235 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1507;QD=35.5747;RBI=0.0455141;REFB=0;REVB=-0.00536093;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00299719;OID=.;OPOS=121948235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 121948239 . A C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0070627;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.362;QD=28.5402;RBI=0.0777396;REFB=-0.0845254;REVB=0.0774181;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0012649;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr2 121948307 . A G 46.68 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0322553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8763;QD=10.3742;RBI=0.0434727;REFB=-0.0213954;REVB=-0.0291457;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263346;STB=0.516083;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0271141;OID=.;OPOS=121948307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:6:5:3:4:6:5 chr2 121980405 . TC T 266.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.955;QD=44.377;RBI=0.035261;REFB=0;REVB=-0.034398;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00138226;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:24:24:24:0:18:6:0:0:5:0:18:6:0:0 chr2 121981950 . A G 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0351562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.316;QD=9.41531;RBI=0.037388;REFB=-0.00254532;REVB=-0.0127244;RO=39;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101618;STB=0.559936;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00702506;OID=.;OPOS=121981950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:11:7:12:27:11:7:12:27 chr2 121989489 . G A 733.39 PASS AF=0.525926;AO=70;DP=134;FAO=71;FDP=135;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.022868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9053;QD=21.7301;RBI=0.0371267;REFB=-0.00990376;REVB=0.029248;RO=64;SAF=39;SAR=31;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905801;STB=0.552402;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0105127;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:64:64:70:71:0.525926:31:39:29:35:31:40:29:35 chr2 122096257 . C T 618.61 PASS AF=0.604396;AO=54;DP=90;FAO=55;FDP=91;FR=.;FRO=36;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00170071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.787;QD=27.1917;RBI=0.0322014;REFB=-0.0483087;REVB=0.0321564;RO=36;SAF=33;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213125;STB=0.514497;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.029648;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:36:36:54:55:0.604396:21:33:21:15:21:34:21:15 chr2 122098360 . G A 585.05 PASS AF=0.582418;AO=52;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00497395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.091;QD=25.7166;RBI=0.0444531;REFB=-0.0187272;REVB=-0.0441739;RO=38;SAF=37;SAR=15;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221776;STB=0.623754;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00727614;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:52:53:0.582418:15:37:17:21:15:38:17:21 chr2 122409207 . A G 167.2 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0154548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.095;QD=15.1997;RBI=0.0191642;REFB=-0.0294961;REVB=-0.0113321;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166409;STB=0.590811;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.035616;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:24:26:18:18:0.409091:9:9:8:16:9:9:9:17 chr2 122484976 . G A 288.76 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0148583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1135;QD=21.0009;RBI=0.0463999;REFB=-0.0115871;REVB=-0.0439566;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103646;STB=0.557677;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0124825;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:25:30:30:0.545455:17:13:13:10:17:13:14:11 chr2 125192068 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00560223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.629;QD=56.1916;RBI=0.0396112;REFB=0;REVB=0.039213;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216681;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr2 125746817 . A G 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0804979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.748;QD=38.4683;RBI=0.0825039;REFB=-0.0565654;REVB=0.0180827;RO=4;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153754;STB=0.508395;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0140616;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:9:11:2:2:9:11:2:2 chr2 127453664 . A C 231.23 PASS AF=1;AO=8;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045636;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.3782;QD=46.2468;RBI=0.113123;REFB=0;REVB=0.10351;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00952422;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:21:20:0:0:8:20:1:1:7:0:0:13:7:0:0 chr2 127816695 . C T 122.62 PASS AF=0.65;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.113781;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1885;QD=24.5243;RBI=0.120116;REFB=-0.0494885;REVB=0.0384927;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166666;STB=0.593087;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0267506;OID=.;OPOS=127816695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:21:20:7:7:13:13:0.65:8:5:1:6:8:5:1:6 chr2 127821207 . G A 286.58 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00896232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.604;QD=20.4701;RBI=0.0384574;REFB=-0.0194207;REVB=0.0373985;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930115;STB=0.551035;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0125547;OID=.;OPOS=127821207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:29:30:0.535714:16:13:14:11:16:14:15:11 chr2 127826533 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.466;QD=59.4329;RBI=0.0200622;REFB=0;REVB=0.0190752;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20535e-05;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr2 127839434 . C T 297.39 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.00402329;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.152;QD=12.9298;RBI=0.0324379;REFB=-0.00890782;REVB=0.0321874;RO=57;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101858;STB=0.551152;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.021869;OID=.;OPOS=127839434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:58:34:34:0.369565:19:15:20:37:19:15:21:37 chr2 128065066 . CT AC,C,TC 75.99 PASS AF=0,0.551724,0.0689655;AO=2,14,3;DP=38;FAO=0,16,2;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=0,12,0;FSAR=0,4,2;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0390433,-0.250643,-0.0792799;FXX=0.23678;HRUN=1,7,1;LEN=2,1,2;MLLD=115.447,8.14466,13.7152;QD=10.4816;RBI=0.0490697,0.264251,0.0898463;REFB=-0.005941,-0.131619,-0.0787889;REVB=-0.0297229,0.0837064,0.0422736;RO=12;SAF=0,11,0;SAR=2,3,3;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.592447,0;STB=0.5,0.789135,0.5;STBP=1,0.001,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.164916,0.042725;OID=.,.,.;OPOS=128065066,128065067,128065066;OREF=CT,T,CT;OALT=AC,-,TC;OMAPALT=AC,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:38:29:12:11:2,14,3:0,16,2:0,0.551724,0.0689655:2,3,3:0,11,0:0:12:0,4,2:0,12,0:0:11 chr2 128065075 . TAA TA,TAT 79.64 PASS AF=0.447368,0.0526316;AO=12,2;DP=39;FAO=17,2;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=9,1;FSAR=8,1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.143482,0.00992326;FXX=0.0731529;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.3118,173.917;QD=8.38357;RBI=0.211957,0.0186299;REFB=0.000484451,0.00729989;REVB=-0.156008,-0.0157672;RO=15;SAF=5,1;SAR=7,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.456311,0;SSSB=0.0832381,0.173623;STB=0.584318,0.617932;STBP=0.359,0.751;TYPE=del,snp;VARB=0.030548,-0.0398475;OID=.,.;OPOS=128065076,128065077;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368,0.0526316:12,2:39:17,2:38:19:9,1:8,1:7:12:68:15:5,1:7,1:5:10 chr2 128176040 . A T 92.93 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00729459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.892;QD=7.01354;RBI=0.00775643;REFB=0.00782567;REVB=-0.00263652;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399521;STB=0.745503;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0251894;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:4:9:14:26:4:9:14:26 chr2 128180547 . T G 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0185243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.224;QD=17.839;RBI=0.0283482;REFB=-0.0391923;REVB=-0.0214586;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321326;OID=.;OPOS=128180547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr2 128180872 . G T 248.34 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0233012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.922;QD=25.4713;RBI=0.0373881;REFB=-0.0297813;REVB=0.0292392;RO=16;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824495;STB=0.545831;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0142946;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:9:14:8:8:9:14:8:8 chr2 128229855 . G T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0198004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3731;QD=4.62987;RBI=0.0312335;REFB=-0.00381903;REVB=-0.0241552;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199998;STB=0.635901;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00745442;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:12:12:4:2:12:12 chr2 128238682 . T C 39.06 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00293414;FXX=0.0370302;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.3776;QD=3.0046;RBI=0.228648;REFB=-0.0149366;REVB=-0.22863;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43483;STB=0.826482;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0978972;OID=.;OPOS=128238682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:54:52:29:43:6:6:0.115385:1:5:14:15:1:5:20:23 chr2 128321770 . G A 557.62 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00677734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.257;QD=25.6376;RBI=0.013829;REFB=-0.0306105;REVB=0.0120544;RO=36;SAF=25;SAR=26;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557645;STB=0.530462;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0208976;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:36:51:51:0.586207:26:25:15:21:26:25:15:21 chr2 128381808 . C T 375.19 PASS AF=0.293103;AO=51;DP=174;FAO=51;FDP=174;FR=.;FRO=123;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=57;FWDB=-0.0105539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.486;QD=8.62504;RBI=0.0111098;REFB=-0.00767394;REVB=0.00347003;RO=112;SAF=29;SAR=22;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250316;STB=0.522931;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0153435;OID=.;OPOS=128381808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:112:123:51:51:0.293103:22:29:66:46:22:29:66:57 chr2 128385224 . C G 166.34 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0232627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2669;QD=14.7855;RBI=0.063158;REFB=-0.012075;REVB=-0.0587178;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078716;STB=0.545405;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0168874;OID=.;OPOS=128385224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:17:10:8:10:17:10 chr2 128385244 . T C 126.47 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0171802;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.548;QD=12.3385;RBI=0.0427046;REFB=-0.00508233;REVB=-0.0390964;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20862;STB=0.617213;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0111887;OID=.;OPOS=128385244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:26:14:15:0.365854:7:7:16:7:8:7:17:9 chr2 128400608 . C T 201.82 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0262554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.8378;QD=21.244;RBI=0.0272508;REFB=-0.0124014;REVB=0.00729807;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385902;STB=0.521717;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00456347;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:8:10:12:8:8:10 chr2 128401091 . A G 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00454434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.249;QD=8.22908;RBI=0.0111544;REFB=-0.0139596;REVB=-0.0101868;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992643;STB=0.560858;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.050358;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:8:17:6:4:8:17 chr2 128408532 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0400186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.558;QD=12.942;RBI=0.043385;REFB=-0.0253694;REVB=0.0167562;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306666;STB=0.682656;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0297775;OID=.;OPOS=128408532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:12:3:11:14:12:3:11:14 chr2 128460956 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.95;QD=60.9779;RBI=0.0981572;REFB=0;REVB=0.0100812;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203041;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr2 128495645 . G A 468.32 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.508;QD=55.0961;RBI=0.0215535;REFB=-0.0611436;REVB=0.00676111;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.513505;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00202235;OID=.;OPOS=128495645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:18:15:0:0:18:15:0:1 chr2 128757995 . A C 193.75 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0439505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.804;QD=10.1972;RBI=0.0448021;REFB=-0.017576;REVB=-0.00869392;RO=51;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466524;STB=0.527366;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0335679;OID=.;OPOS=128757995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:18:7:16:35:18:7:16:35 chr2 128849114 . T C 330.04 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0580549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.465;QD=22.0026;RBI=0.059081;REFB=-0.0276497;REVB=0.0109629;RO=26;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107095;STB=0.56518;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0197495;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:26:26:33:34:0.566667:20:13:7:19:20:14:7:19 chr2 128870808 . T C 294.16 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0334344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.45;QD=34.6073;RBI=0.0335261;REFB=-0.0349927;REVB=0.00247833;RO=9;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701978;STB=0.530781;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0181578;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:9:9:24:25:0.735294:14:10:5:4:14:11:5:4 chr2 128878014 . G A 251.82 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0310198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5125;QD=27.9795;RBI=0.0485262;REFB=0.00505381;REVB=0.0373171;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079389;STB=0.533304;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00510539;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:13:23:23:0.638889:16:7:5:7:16:7:5:8 chr2 128934400 . T C 205.33 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0258988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.836;QD=14.6667;RBI=0.0276008;REFB=-0.0107372;REVB=0.00954238;RO=32;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107715;STB=0.50613;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0151076;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:14:10:13:19:14:10:13:19 chr2 128939817 . G A 375.27 PASS AF=0.394737;AO=43;DP=112;FAO=45;FDP=114;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.00383146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.661;QD=13.1672;RBI=0.0288825;REFB=-0.0214351;REVB=0.0286273;RO=69;SAF=21;SAR=22;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474881;STB=0.502339;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0440402;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:114:69:69:43:45:0.394737:22:21:34:35:23:22:34:35 chr2 129023201 . G T 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0317702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.035;QD=3.33202;RBI=0.0326979;REFB=-0.000982368;REVB=-0.00773362;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183319;STB=0.636055;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00273672;OID=.;OPOS=129023201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:50:51:9:9:0.15:6:3:24:26:6:3:25:26 chr2 129023282 . G C 569.19 PASS AF=0.854545;AO=38;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.040139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7012;QD=41.3952;RBI=0.0408255;REFB=-0.0290567;REVB=-0.00745523;RO=4;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098277;STB=0.555;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0135447;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:55:55:4:8:38:47:0.854545:17:21:0:4:18:29:2:6 chr2 129075961 . T C 117.38 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277228;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8543;QD=42.6839;RBI=0.0348482;REFB=0;REVB=0.021115;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120253;OID=.;OPOS=129075961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:11:0:0:8:11:1:4:4:0:0:4:7:0:0 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 69.05 PASS AF=0.157895,0.105263;AO=6,4;DP=36;FAO=6,4;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1,2;FSAR=5,2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0110651,0.025177;FXX=0.0499875;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=215.946,367.169;QD=7.2686;RBI=0.0118795,0.031667;REFB=-0.00831728,-0.011099;REVB=-0.004323,-0.0192073;RO=22;SAF=1,2;SAR=5,2;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.33919,0.10416;STB=0.75486,0.562193;STBP=0.259,0.813;TYPE=del,mnp;VARB=0.0202977,0.0457027;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895,0.105263:6,4:36:6,4:38:28:1,2:5,2:12:16:39:22:1,2:5,2:9:13 chr2 130739646 . TTAAC T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0196233;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=278.892;QD=12.7389;RBI=0.0251026;REFB=-0.0230725;REVB=-0.0156547;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166061;STB=0.624687;STBP=0.407;TYPE=del;VARB=0.0286886;OID=.;OPOS=130739647;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:19:8:18:10:5:3:4:6:57:11:5:3:5:6 chr2 130739891 . T A 265.22 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=37;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00246689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.277;QD=27.2022;RBI=0.00384029;REFB=-0.0215009;REVB=0.00294317;RO=15;SAF=6;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304554;STB=0.652238;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0105205;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:15:22:24:0.615385:16:6:10:5:17:7:10:5 chr2 130866805 . C G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00987324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2384;QD=7.32769;RBI=0.0481576;REFB=0.00274594;REVB=-0.0471347;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374078;STB=0.736241;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0161134;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:12:9:6:2:12:9 chr2 130897234 . C T 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0625992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.696;QD=6.85058;RBI=0.0628229;REFB=-0.00404974;REVB=-0.00529708;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519959;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.015199;OID=.;OPOS=130897234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:7:3:9:21:7:3:10:21 chr2 130900188 . A G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0302424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.376;QD=6.85051;RBI=0.0327998;REFB=-0.00446269;REVB=-0.0126974;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269822;STB=0.674311;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0133795;OID=.;OPOS=130900188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:8:2:12:19:8:2:12:19 chr2 130925088 . C T 286.68 PASS AF=0.349515;AO=36;DP=103;FAO=36;FDP=103;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0173235;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5993;QD=11.1331;RBI=0.0579211;REFB=-0.0131206;REVB=-0.0552698;RO=65;SAF=19;SAR=17;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740352;STB=0.542249;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.02829;OID=.;OPOS=130925088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:67:36:36:0.349515:17:19:30:35:17:19:31:36 chr2 130939348 . G A 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0364317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.33;QD=12.7754;RBI=0.0392649;REFB=-0.0152777;REVB=-0.0146444;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367556;STB=0.713903;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0507453;OID=.;OPOS=130939348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:3:11:4:6:3:11 chr2 130949491 . G A 32.15 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0237868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1454;QD=2.79594;RBI=0.0728558;REFB=-0.0119684;REVB=-0.0688633;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885617;STB=0.565004;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0877578;OID=.;OPOS=130949491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:3:3:23:17:3:3:23:17 chr2 130951548 . G A 753.58 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.381;QD=61.5166;RBI=0.0744178;REFB=-0.02651;REVB=0.0734252;RO=1;SAF=34;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136387;STB=0.507243;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00045538;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:14:34:1:0:14:34:1:0 chr2 130951566 . G A 801.73 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.217;QD=57.2666;RBI=0.0906394;REFB=0;REVB=0.0892618;RO=0;SAF=42;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70796e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037815;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:13:42:0:0:14:42:0:0 chr2 130951581 . A G 175.52 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.00615887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.179;QD=11.8999;RBI=0.0153939;REFB=-0.0424806;REVB=0.0141082;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271064;STB=0.626234;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0540644;OID=.;OPOS=130951581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:37:21:22:0.372881:8:13:30:6:8:14:30:7 chr2 130951584 . T C 165.15 PASS AF=0.372881;AO=19;DP=56;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0260974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6875;QD=11.1963;RBI=0.070357;REFB=-0.0181264;REVB=0.0653378;RO=37;SAF=14;SAR=5;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115275;STB=0.626234;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0676151;OID=.;OPOS=130951584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:37:37:19:22:0.372881:5:14:30:7:8:14:30:7 chr2 130951754 . G T 176.86 PASS AF=0.235294;AO=28;DP=119;FAO=28;FDP=119;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=0.0282244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0492;QD=5.94478;RBI=0.11032;REFB=-0.00517348;REVB=0.106648;RO=91;SAF=8;SAR=20;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221199;STB=0.636262;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0254665;OID=.;OPOS=130951754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:91:91:28:28:0.235294:20:8:41:50:20:8:41:50 chr2 130951949 . G A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0187846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.268;QD=4.92229;RBI=0.0503969;REFB=-0.0268907;REVB=-0.0467652;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298624;STB=0.700771;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0451498;OID=.;OPOS=130951949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:2:6:17:16:2:6:17:16 chr2 131031142 . T G 153.78 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0180971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.124;QD=15.7721;RBI=0.019274;REFB=-0.00856498;REVB=0.00663181;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197031;STB=0.624856;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0069596;OID=.;OPOS=131031142;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:16:17:0.435897:7:9:8:14:7:10:8:14 chr2 131033040 . C T 525.42 PASS AF=0.392405;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00441358;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.27;QD=13.3017;RBI=0.0169934;REFB=-0.00549842;REVB=-0.0164103;RO=93;SAF=35;SAR=27;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289794;STB=0.514062;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00899114;OID=.;OPOS=131033040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:93:96:62:62:0.392405:27:35:50:43:27:35:52:44 chr2 131036000 . C T 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.0608194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.268;QD=8.56752;RBI=0.0649039;REFB=-0.0130947;REVB=-0.0226612;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201754;STB=0.621144;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0251417;OID=.;OPOS=131036000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:6:8:27:10:6:8:27:10 chr2 131037784 . T C 59.02 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.00459299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.329;QD=2.71365;RBI=0.0265874;REFB=-0.00291008;REVB=0.0261877;RO=74;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233672;STB=0.664546;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0151593;OID=.;OPOS=131037784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:74:75:12:12:0.137931:5:7:29:45:5:7:29:46 chr2 131037817 . A C 80.36 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0955519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5626;QD=4.28598;RBI=0.0977941;REFB=-0.00422274;REVB=0.0208212;RO=61;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176783;STB=0.511466;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0252017;OID=.;OPOS=131037817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:9:5:21:40:9:5:21:40 chr2 131037849 . G A 71.15 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00510895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.908;QD=5.17485;RBI=0.0064521;REFB=0.00478161;REVB=-0.00394057;RO=43;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774452;STB=0.543917;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.0134912;OID=.;OPOS=131037849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:43:44:11:11:0.2:8:3:14:29:8:3:14:30 chr2 131258139 . G A 195.6 PASS AF=0.24;AO=30;DP=126;FAO=30;FDP=125;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=36;FWDB=-0.0409162;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9292;QD=6.25906;RBI=0.0704069;REFB=-0.00375886;REVB=-0.0572974;RO=91;SAF=18;SAR=12;SRF=55;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569888;STB=0.516767;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0047215;OID=.;OPOS=131258139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:91:95:30:30:0.24:12:18:55:36:12:18:59:36 chr2 131266526 . T C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0167018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.378;QD=14.6533;RBI=0.0243546;REFB=-0.0208294;REVB=-0.0177256;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103989;OID=.;OPOS=131266526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:2:6:6:2:2:6 chr2 131266530 . C A 189.57 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.91;QD=47.3923;RBI=0.0656802;REFB=0;REVB=0.010595;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698261;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr2 131414158 . C A 102.43 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0263089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.85;QD=7.73066;RBI=0.032942;REFB=-0.0100017;REVB=-0.0198247;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744465;STB=0.533286;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0242769;OID=.;OPOS=131414158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:39:14:14:0.264151:6:8:24:14:6:8:24:15 chr2 131414176 . C T 178.98 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0309049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6628;QD=12.5598;RBI=0.117445;REFB=-0.0122787;REVB=-0.113306;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411983;STB=0.523788;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0233336;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:8:14:21:14:8:14:21:14 chr2 131487673 . A C 747.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000735286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.434;QD=56.4384;RBI=0.00184773;REFB=0;REVB=0.00169513;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6283e-05;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:14:38:0:0:14:39:0:0 chr2 131520178 . C G 411.68 PASS AF=0.561644;AO=39;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0103027;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.653;QD=22.558;RBI=0.0109567;REFB=-0.00297401;REVB=0.00372878;RO=32;SAF=3;SAR=36;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434919;STB=0.705085;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00384789;OID=.;OPOS=131520178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:39:41:0.561644:36:3:11:21:37:4:11:21 chr2 131520663 . T C 709.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.792;QD=63.0552;RBI=0.0192852;REFB=0;REVB=0.0184621;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87382e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:23:20:0:0:23:22:0:0 chr2 131522498 . CT C 153.16 PASS AF=0.896552;AO=24;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.114212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.0733;QD=21.1261;RBI=0.202716;REFB=-0.0124443;REVB=0.16748;RO=3;SAF=23;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536375;STB=0.799667;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.028898;OID=.;OPOS=131522499;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552:24:29:26:29:3:25:1:0:3:11:3:23:1:0:3 chr2 131672950 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.455;QD=33.4284;RBI=0.180423;REFB=0;REVB=0.175364;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00373508;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr2 131674285 . A G 870.07 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.684;QD=56.1333;RBI=0.0360748;REFB=-0.0192796;REVB=0.0343916;RO=1;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209661;STB=0.510635;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000841491;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:22:38:0:1:23:38:0:1 chr2 131674861 . C CG 35.53 PASS AF=0.137255;AO=24;DP=105;FAO=14;FDP=102;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=55;FWDB=-0.128522;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=34.5109;QD=1.39351;RBI=0.131644;REFB=-0.00731735;REVB=0.0285008;RO=80;SAF=6;SAR=18;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213781;STB=0.666405;STBP=0.229;TYPE=ins;VARB=0.15788;OID=.;OPOS=131674862;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137255:24:105:14:102:88:3:11:33:55:35:80:6:18:32:48 chr2 131976272 . G C 74.43 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104164;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.3305;QD=37.2164;RBI=0.109741;REFB=0;REVB=0.0345384;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012002;OID=.;OPOS=131976272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:6:8:1:5:1:0:0:7:1:0:0 chr2 132129774 . C T 78.1 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=112;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0201731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.462;QD=2.78933;RBI=0.0426155;REFB=0.0018115;REVB=-0.0375384;RO=95;SAF=4;SAR=13;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305677;STB=0.692054;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0208954;OID=.;OPOS=132129774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:112:112:95:96:17:16:0.142857:13:4:44:51:12:4:44:52 chr2 132129810 . A C 143.4 PASS AF=0.216981;AO=23;DP=106;FAO=23;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.0111549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.907;QD=5.41127;RBI=0.0210177;REFB=-0.0114449;REVB=-0.0178133;RO=83;SAF=6;SAR=17;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320598;STB=0.70085;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0334582;OID=.;OPOS=132129810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:83:83:23:23:0.216981:17:6:42:41:17:6:42:41 chr2 132129841 . C A 182.46 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=93;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0102241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0863;QD=7.84782;RBI=0.0106213;REFB=0.00119754;REVB=0.00287748;RO=67;SAF=6;SAR=19;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192204;STB=0.624123;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00365493;OID=.;OPOS=132129841;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:67:68:25:25:0.268817:19:6:25:42:19:6:26:42 chr2 132129844 . G A 174.27 PASS AF=0.266667;AO=23;DP=91;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.00146879;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.872;QD=7.74534;RBI=0.0023145;REFB=-0.0051438;REVB=0.00178873;RO=63;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220118;STB=0.631708;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0164055;OID=.;OPOS=132129844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:63:66:23:24:0.266667:18:5:23:40:19:5:23:43 chr2 132137239 . C T 1192.08 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968586;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.514;QD=61.1325;RBI=0.0163269;REFB=0;REVB=0.0131435;RO=0;SAF=50;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75773e-06;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:27:50:0:0:27:51:0:0 chr2 132140090 . A C 1249.63 PASS AF=0.905263;AO=86;DP=95;FAO=86;FDP=95;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00154336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0621;QD=52.616;RBI=0.0444081;REFB=-0.208954;REVB=0.0443813;RO=6;SAF=52;SAR=34;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557429;STB=0.526576;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0168951;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:95:95:6:9:86:86:0.905263:34:52:1:5:34:52:3:6 chr2 132140200 . C A 2196.21 PASS AF=0.961538;AO=150;DP=156;FAO=150;FDP=156;FR=.;FRO=6;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00334677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.479;QD=56.313;RBI=0.00664572;REFB=-0.0196826;REVB=0.0057415;RO=6;SAF=68;SAR=82;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157001;STB=0.508263;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000190586;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:156:156:6:6:150:150:0.961538:82:68:4:2:82:68:4:2 chr2 132141767 . A G 657.73 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.672;QD=59.7933;RBI=0.0245676;REFB=-0.0550399;REVB=0.019033;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00126806;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr2 132200256 . T C 306.19 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.13;QD=53.2509;RBI=0.0184303;REFB=0;REVB=-0.00343698;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21183e-05;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr2 132200307 . G A 272.22 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.386;QD=51.8519;RBI=0.112599;REFB=0;REVB=0.0814396;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154448;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 132200345 . C T 453.52 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.615;QD=54.9718;RBI=0.0629148;REFB=-0.123554;REVB=0.0440898;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0023259;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:20:11:0:1:21:11:0:1 chr2 132200529 . A G 373.3 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0359;QD=55.3038;RBI=0.0691688;REFB=0;REVB=-0.0647081;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208817;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:19:7:0:0:19:8:0:0 chr2 132200935 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.504;QD=39.2065;RBI=0.0207771;REFB=0;REVB=0.0140284;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884494;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr2 132201288 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00568197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.801;QD=54.5169;RBI=0.0120618;REFB=0;REVB=0.0106397;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30295e-05;OID=.;OPOS=132201288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr2 132201468 . G A 709.68 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2738;QD=54.591;RBI=0.0176269;REFB=-0.115976;REVB=0.00800398;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.50746;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00302202;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:18:33:0:0:18:33:1:0 chr2 132201582 . A G 867.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4086;QD=57.856;RBI=0.0532753;REFB=0;REVB=-0.0257468;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163744;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr2 132201663 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.016;QD=56.9383;RBI=0.0237183;REFB=0;REVB=-0.0173016;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63196e-06;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr2 132201718 . T C 607.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.235;QD=60.7068;RBI=0.0233045;REFB=0;REVB=0.0199973;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104587;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr2 132201736 . C G 538.38 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1379;QD=58.2031;RBI=0.119829;REFB=0;REVB=-0.0346822;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339894;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:11:20:0:0:13:24:0:0 chr2 132201862 . C G 1026.14 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.496;QD=57.008;RBI=0.015794;REFB=-0.098119;REVB=-0.00929609;RO=2;SAF=34;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001156;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:72:2:0:70:72:1:36:34:2:0:36:36:0:0 chr2 132201889 . C A 917.64 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174365;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.407;QD=59.2028;RBI=0.0286255;REFB=0;REVB=0.0227021;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639921;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr2 132201930 . T C 761.55 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6719;QD=63.4624;RBI=0.0240262;REFB=0;REVB=0.0192741;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261039;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr2 132229720 . T C 201.5 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.798;QD=47.4125;RBI=0.0537598;REFB=0;REVB=0.0414192;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722855;OID=.;OPOS=132229720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:12:4:0:1:13:4:0:0 chr2 132236890 . G T 54.39 PASS AF=0.112069;AO=13;DP=118;FAO=13;FDP=116;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=55;FSRR=48;FWDB=-0.00627464;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.756;QD=1.87565;RBI=0.0411807;REFB=-0.00146786;REVB=-0.0406999;RO=102;SAF=12;SAR=1;SRF=54;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525278;STB=0.897023;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00932405;OID=.;OPOS=132236890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:118:116:102:103:13:13:0.112069:1:12:54:48:1:12:55:48 chr2 132237927 . C A 70.92 PASS AF=0.45;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.149568;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.31;QD=14.1848;RBI=0.153874;REFB=-0.00895774;REVB=-0.03615;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372698;STB=0.69952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00966161;OID=.;OPOS=132237927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:20:12:11:9:9:0.45:7:2:7:5:7:2:6:5 chr2 132237982 . CA C,CG 128.26 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=2,10;DP=12;FAO=2,10;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0852257,0.0191676;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.675,191.301;QD=42.753;RBI=0.099034,0.0525406;REFB=0,0;REVB=0.0504413,0.0489195;RO=0;SAF=0,2;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0399556,0.00503028;OID=.,.;OPOS=132237983,132237983;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:2,10:12:2,10:12:0:0,2:2,8:0:0:10:0:0,2:2,8:0:0 chr2 132248379 . T G 750.59 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647571;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4945;QD=63.8797;RBI=0.0571526;REFB=0;REVB=-0.0567845;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576881;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:29:18:0:0 chr2 132248584 . T C 519.39 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1579;QD=59.3592;RBI=0.050618;REFB=0;REVB=0.00594783;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488069;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr2 132249600 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5214;QD=33.4285;RBI=0.0668093;REFB=0;REVB=0.0611037;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533682;OID=.;OPOS=132249600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 132266142 . G C,T 1488.18 PASS AF=0.970297,0.029703;AO=97,4;DP=101;FAO=98,3;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=50,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00234677,-0.0312468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.019,100.411;QD=58.9376;RBI=0.0143843,0.0313388;REFB=0,0;REVB=0.0141916,-0.00240004;RO=0;SAF=48,0;SAR=49,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00373235,-0.0178527;OID=.,.;OPOS=132266142,132266142;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:101:101:0:0:97,4:98,3:0.970297,0.029703:49,4:48,0:0:0:50,3:48,0:0:0 chr2 132274474 . G A 1489.3 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348236;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.714;QD=63.3743;RBI=0.0590385;REFB=0;REVB=0.0476745;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157852;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:51:41:0:0:53:41:0:0 chr2 132275343 . G T 1078.55 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00947481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5525;QD=53.9277;RBI=0.00951771;REFB=-0.0745009;REVB=-0.000902718;RO=3;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388393;STB=0.520863;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0146248;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:3:5:75:75:0.9375:35:40:0:3:35:40:1:4 chr2 132275396 . T C 1358.61 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.81;QD=62.4646;RBI=0.0326199;REFB=0;REVB=0.0236572;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16091e-05;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:54:32:0:0:55:32:0:0 chr2 132277686 . C T 158.48 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0436825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8299;QD=45.2799;RBI=0.0799196;REFB=0;REVB=0.0669252;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016306;OID=.;OPOS=132277686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr2 132277962 . T C 708.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.834;QD=62.9673;RBI=0.105362;REFB=0;REVB=-0.0127373;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163276;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr2 132277984 . G A 556.47 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.619;QD=60.1585;RBI=0.0980894;REFB=0;REVB=-3.67378e-05;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162136;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:23:14:0:0 chr2 132286046 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.077;QD=23.2184;RBI=0.108384;REFB=0.00505912;REVB=0.0959016;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00296278;OID=.;OPOS=132286046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr2 132286061 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0658;QD=23.2179;RBI=0.0442397;REFB=-0.0353928;REVB=0.0268062;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0192805;OID=.;OPOS=132286061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr2 132287109 . TGGGGGGGC TGGGGGGCG 37.96 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0331201;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=66.7741;QD=4.46545;RBI=0.0741706;REFB=-0.0165413;REVB=-0.0663651;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515529;STB=0.737102;STBP=0.151;TYPE=mnp;VARB=0.110954;OID=.;OPOS=132287116;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:8:34:8:34:23:2:6:13:10:24:11:2:6:9:2 chr2 132287824 . C T 1175.94 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.954;QD=59.541;RBI=0.0414963;REFB=-0.0104656;REVB=0.0349324;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166031;STB=0.50877;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=6.68387e-05;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:28:50:0:1:28:50:0:1 chr2 132905758 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0166589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.293;QD=12.7822;RBI=0.0173689;REFB=-0.0224755;REVB=-0.00491532;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.026429;OID=.;OPOS=132905758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr2 132909843 . T C 1434.11 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.527;QD=63.0376;RBI=0.020352;REFB=0;REVB=0.0183701;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11197e-05;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:33:58:0:0:33:58:0:0 chr2 133011953 . T C 41.65 PASS AF=0.179487;AO=12;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0258437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9016;QD=4.27227;RBI=0.0298491;REFB=-0.00138816;REVB=-0.0149356;RO=27;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381369;STB=0.583084;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00901642;OID=.;OPOS=133011953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:27:32:12:7:0.179487:2:10:15:12:2:5:20:12 chr2 133011994 . T C 38.82 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0363003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.928;QD=2.92974;RBI=0.0387686;REFB=-0.00328716;REVB=-0.0136122;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915394;STB=0.552925;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0313387;OID=.;OPOS=133011994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:45:46:7:7:0.132075:3:4:29:16:3:4:29:17 chr2 133012005 . C T 39.16 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0342259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.314;QD=3.07114;RBI=0.0342656;REFB=-0.0137049;REVB=-0.00164818;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42472;STB=0.794137;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0689611;OID=.;OPOS=133012005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:5:2:29:15:5:2:29:15 chr2 133012007 . T C 47.96 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.060481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.848;QD=3.76145;RBI=0.0659942;REFB=-0.00236636;REVB=-0.0264061;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936189;STB=0.538364;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0344982;OID=.;OPOS=133012007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:49:51:40:43:8:8:0.156863:3:5:22:18:3:5:25:18 chr2 133012012 . C A 100.23 PASS AF=0.26;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00590637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.696;QD=8.01849;RBI=0.0352405;REFB=-0.017954;REVB=0.034742;RO=36;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537113;STB=0.504878;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0612361;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:36:37:13:13:0.26:5:8:22:14:5:8:23:14 chr2 133012034 . C G 97.88 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0434934;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.647;QD=9.32184;RBI=0.0647007;REFB=-0.0619229;REVB=0.0479011;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283258;STB=0.574366;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.156189;OID=.;OPOS=133012034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:46:42:26:28:14:14:0.333333:6:8:21:5:6:8:19:9 chr2 133012078 . C T 32.55 PASS AF=0.125;AO=5;DP=47;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.017791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8454;QD=2.71275;RBI=0.070291;REFB=-0.0105415;REVB=-0.0680022;RO=41;SAF=0;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.654877;STB=0.86428;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.12946;OID=.;OPOS=133012078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:41:42:5:6:0.125:5:0:25:16:5:1:26:16 chr2 133012079 . G A 126.18 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00767578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.442;QD=10.9725;RBI=0.0078499;REFB=-0.0188481;REVB=0.00164418;RO=31;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638956;STB=0.557445;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0324706;OID=.;OPOS=133012079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:6:8:16:15:6:9:16:15 chr2 133012080 . A AC 113.63 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0431535;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0004;QD=10.3297;RBI=0.128199;REFB=0.0703704;REVB=0.120717;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212035;STB=0.600845;STBP=0.277;TYPE=ins;VARB=-0.0805923;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:18:46:19:44:25:8:11:15:10:99:25:7:11:15:10 chr2 133012099 . G A 112.46 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.000783855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.765;QD=9.18019;RBI=0.00568307;REFB=-0.0081251;REVB=-0.00562875;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0234371;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:20:15:6:8:20:15 chr2 133012111 . T C 33.93 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0305502;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.354;QD=3.39294;RBI=0.0323122;REFB=-0.0107758;REVB=-0.0105245;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512098;STB=0.858265;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0595576;OID=.;OPOS=133012111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:21:13:5:1:21:13 chr2 133012172 . T C 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0223288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.955;QD=6.26146;RBI=0.0242126;REFB=-0.00835827;REVB=-0.00936334;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157867;STB=0.574264;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0192611;OID=.;OPOS=133012172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:20:21:7:7:0.25:3:4:14:6:3:4:14:7 chr2 133012267 . T C 681.86 PASS AF=0.645161;AO=51;DP=90;FAO=60;FDP=93;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0416922;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.305;QD=29.3271;RBI=0.0515284;REFB=-0.0310839;REVB=0.0302809;RO=34;SAF=10;SAR=41;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26087;STB=0.632719;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0110124;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:34:33:51:60:0.645161:41:10:16:18:48:12:16:17 chr2 133012274 . T C 631.06 PASS AF=0.595745;AO=54;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00573592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.385;QD=26.8537;RBI=0.0108178;REFB=-2.29727e-05;REVB=0.00917186;RO=35;SAF=7;SAR=47;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42406;STB=0.69961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=5.2261e-05;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:35:38:54:56:0.595745:47:7:19:16:47:9:20:18 chr2 133012309 . A G 762.6 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=102;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00635265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.802;QD=29.9059;RBI=0.0311475;REFB=0.00517992;REVB=-0.0304928;RO=34;SAF=18;SAR=50;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088798;STB=0.548076;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00310655;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:34:34:68:68:0.666667:50:18:13:21:50:18:13:21 chr2 133012350 . T C 79.99 PASS AF=0.25;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0104813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.796;QD=7.27194;RBI=0.0177508;REFB=0.00361956;REVB=-0.0143259;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278658;STB=0.603574;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00863693;OID=.;OPOS=133012350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:44:33:33:10:11:0.25:8:2:13:20:8:3:13:20 chr2 133012354 . G A 70.65 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.000152224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.916;QD=7.43696;RBI=0.0140376;REFB=-0.00174672;REVB=-0.0140367;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24039;STB=0.649195;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00401831;OID=.;OPOS=133012354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:11:17:4:6:11:17 chr2 133012358 . G A 107.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00551385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.582;QD=13.0885;RBI=0.0206325;REFB=0.000844688;REVB=-0.0198821;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142088;STB=0.583207;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00244881;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:8:12:6:7:8:12 chr2 133012361 . CCA CGG,GCG 117.95 PASS AF=0.444444,0;AO=8,2;DP=26;FAO=12,0;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0398886,0.0141421;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=143.842,105.535;QD=17.4744;RBI=0.0436363,0.0151746;REFB=-0.0218346,-0.00429458;REVB=0.0176926,-0.00550183;RO=12;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0829008,0.593836;STB=0.648398,0.5;STBP=0.16,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0238402,-0.0641093;OID=.,.;OPOS=133012362,133012361;OREF=CA,CCA;OALT=GG,GCG;OMAPALT=CGG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:27:12:13:8,2:12,0:0.444444,0:4,0:4,2:5:7:4,0:8,0:5:8 chr2 133012369 . A G 120.02 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0658908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8288;QD=14.1195;RBI=0.0942927;REFB=-0.0192114;REVB=-0.0674501;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295884;STB=0.517217;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0212565;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:8:12:8:6:8:12 chr2 133012401 . G A 152.83 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0194781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.912;QD=11.9864;RBI=0.0237417;REFB=-0.000755245;REVB=-0.0135747;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501683;STB=0.529379;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00341813;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:15:18:9:9:15:18 chr2 133012414 . G A 187.92 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00745688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.787;QD=15.0333;RBI=0.0091258;REFB=-0.0227106;REVB=0.00526072;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278261;STB=0.53009;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0255068;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:19:20:0.4:10:9:15:15:11:9:15:15 chr2 133012432 . G C 37.85 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0520757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.337;QD=2.19423;RBI=0.056323;REFB=-0.00524108;REVB=-0.0214569;RO=61;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484197;STB=0.864228;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.04839;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:7:1:32:29:7:1:32:29 chr2 133012439 . A AGAAC,C 246.09 PASS AF=0.215054,0.129032;AO=20,12;DP=93;FAO=20,12;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=15,11;FSAR=5,1;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.016283,-0.027409;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=215.127,68.6359;QD=10.5843;RBI=0.0171888,0.0296789;REFB=-0.00230198,0.00509723;REVB=-0.00550633,0.0113833;RO=60;SAF=15,11;SAR=5,1;SRF=32;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.288142,0.548395;STB=0.684368,0.88399;STBP=0.074,0.005;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00295871,-0.0736412;OID=.,.;OPOS=133012440,133012439;OREF=-,A;OALT=GAAC,C;OMAPALT=AGAAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:20,12:20,12:0.215054,0.129032:5,1:15,11:32:28:5,1:15,11:32:29 chr2 133012457 . C T 101.79 PASS AF=0.116592;AO=26;DP=222;FAO=26;FDP=223;FR=.;FRO=197;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=86;FSRR=111;FWDB=0.0298086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.411;QD=1.82577;RBI=0.0400189;REFB=-0.00371459;REVB=-0.0267014;RO=194;SAF=12;SAR=14;SRF=85;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294445;STB=0.522267;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0191006;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:223:194:197:26:26:0.116592:14:12:85:109:14:12:86:111 chr2 133012458 . GT AC 1862.36 PASS AF=0.698198;AO=154;DP=224;FAO=155;FDP=222;FR=.;FRO=67;FSAF=64;FSAR=91;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=-0.0139934;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.691;QD=33.556;RBI=0.0225564;REFB=-0.0176372;REVB=0.0176912;RO=65;SAF=64;SAR=90;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606855;STB=0.533673;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.00594761;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:222:65:67:154:155:0.698198:90:64:34:31:91:64:35:32 chr2 133012465 . C T 86.72 PASS AF=0.0977444;AO=26;DP=266;FAO=26;FDP=266;FR=.;FRO=240;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=102;FSRR=138;FWDB=0.0223066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.781;QD=1.30406;RBI=0.0362091;REFB=-0.00142979;REVB=-0.0285222;RO=240;SAF=12;SAR=14;SRF=102;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446865;STB=0.533308;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0168418;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:266:266:240:240:26:26:0.0977444:14:12:102:138:14:12:102:138 chr2 133012504 . A G 3012.3 PASS AF=0.771812;AO=226;DP=296;FAO=230;FDP=298;FR=.;FRO=68;FSAF=102;FSAR=128;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.000695469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.778;QD=40.4335;RBI=0.00126386;REFB=-0.0215136;REVB=-0.0010553;RO=67;SAF=101;SAR=125;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198191;STB=0.509643;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00446153;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:296:298:67:68:226:230:0.771812:125:101:33:34:128:102:33:35 chr2 133012508 . TG CA,CG 3328.28 PASS AF=0.0724138,0.77931;AO=16,216;DP=278;FAO=21,226;FDP=290;FR=.;FRO=43;FSAF=9,101;FSAR=12,125;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.000745037,0.00120619;FXX=0.013605;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=95.3671,123.356;QD=45.9074;RBI=0.0171759,0.0649801;REFB=-0.00708193,-0.0111427;REVB=0.0171597,0.0649689;RO=39;SAF=8,101;SAR=8,115;SRF=22;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0754716,-0.027979;STB=0.556,0.51044;STBP=0.534,0.421;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0142855,0.00464797;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:278:290:39:43:16,216:21,226:0.0724138,0.77931:8,115:8,101:22:17:12,125:9,101:22:21 chr2 133012516 . T G 2783.92 PASS AF=0.755034;AO=206;DP=275;FAO=225;FDP=298;FR=.;FRO=73;FSAF=102;FSAR=123;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0488017;FXX=0.00334437;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2793;QD=37.3681;RBI=0.0503416;REFB=-0.0381907;REVB=0.0123559;RO=69;SAF=102;SAR=104;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216283;STB=0.500316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0091423;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:298:69:73:206:225:0.755034:104:102:31:38:123:102:33:40 chr2 133012523 . A G 3193.12 PASS AF=0.811644;AO=236;DP=291;FAO=237;FDP=292;FR=.;FRO=55;FSAF=107;FSAR=130;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0206394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.065;QD=43.7414;RBI=0.0290987;REFB=-0.0245689;REVB=0.0205121;RO=54;SAF=106;SAR=130;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180257;STB=0.507486;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00198641;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:54:55:236:237:0.811644:130:106:27:27:130:107:27:28 chr2 133012542 . T C 3279.53 PASS AF=0.841549;AO=238;DP=285;FAO=239;FDP=284;FR=.;FRO=45;FSAF=112;FSAR=127;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00232613;FXX=0.00350865;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.66;QD=46.1905;RBI=0.0109363;REFB=0.00771633;REVB=-0.010686;RO=46;SAF=111;SAR=127;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236772;STB=0.51028;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.000957873;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:46:45:238:239:0.841549:127:111:25:21:127:112:24:21 chr2 133012571 . T C 3431.25 PASS AF=0.877698;AO=244;DP=279;FAO=244;FDP=278;FR=.;FRO=34;FSAF=118;FSAR=126;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00295349;FXX=0.0035841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.962;QD=49.3705;RBI=0.00818296;REFB=-0.0126023;REVB=0.00763136;RO=34;SAF=118;SAR=126;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106259;STB=0.505606;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000842299;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:278:34:34:244:244:0.877698:126:118:18:16:126:118:18:16 chr2 133012612 . T C 1204.71 PASS AF=0.786885;AO=91;DP=119;FAO=96;FDP=122;FR=.;FRO=26;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0438295;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.341;QD=39.4988;RBI=0.0451232;REFB=-0.0116544;REVB=-0.0107276;RO=28;SAF=41;SAR=50;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978706;STB=0.509782;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00293314;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:28:26:91:96:0.786885:50:41:12:16:51:45:11:15 chr2 133012619 . CC CT,TG 53.28 PASS AF=0.0810811,0.0675676;AO=4,7;DP=74;FAO=6,5;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=3,3;FSAR=3,2;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.022872,-0.0452106;FXX=0.0133316;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=144.165,239.134;QD=2.87998;RBI=0.0240763,0.0457077;REFB=-0.00430641,-0.00275994;REVB=0.00751943,0.00672284;RO=62;SAF=1,5;SAR=3,2;SRF=23;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.130319,0.379948;STB=0.608351,0.6942;STBP=0.656,0.462;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0195237,0.00942016;OID=.,.;OPOS=133012620,133012619;OREF=C,CC;OALT=T,TG;OMAPALT=CT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:74:74:62:63:4,7:6,5:0.0810811,0.0675676:3,2:1,5:23:39:3,2:3,3:24:39 chr2 133012633 . A G 43.17 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0367019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.636;QD=5.57003;RBI=0.0379129;REFB=0.000419225;REVB=-0.00950566;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453573;STB=0.797582;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0027633;OID=.;OPOS=133012633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:6:7:0.225806:2:4:6:17:2:5:7:17 chr2 133012642 . TT CC 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00520536;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=298.254;QD=14.7942;RBI=0.00521806;REFB=-0.0103988;REVB=0.000363834;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305172;STB=0.676276;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0168153;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:10:17:6:12:10:17 chr2 133012655 . A G 619.09 PASS AF=0.650602;AO=54;DP=83;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00237391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.765;QD=29.8354;RBI=0.0195922;REFB=-0.0322738;REVB=0.0194479;RO=29;SAF=24;SAR=30;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427231;STB=0.523152;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0173954;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:29:54:54:0.650602:30:24:11:18:30:24:11:18 chr2 133012674 . A G 1259.11 PASS AF=0.914894;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=94;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0127315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4;QD=53.5791;RBI=0.0233887;REFB=-0.0595309;REVB=0.0196199;RO=8;SAF=44;SAR=42;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420284;STB=0.52225;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00524458;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:94:94:8:8:86:86:0.914894:42:44:2:6:42:44:2:6 chr2 133012680 . A G 887.57 PASS AF=0.729167;AO=70;DP=96;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0136403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7861;QD=36.9821;RBI=0.0473585;REFB=-0.0345182;REVB=-0.0453516;RO=24;SAF=36;SAR=34;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464482;STB=0.514282;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0174115;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:24:26:70:70:0.729167:34:36:10:14:34:36:12:14 chr2 133012688 . A G 902.04 PASS AF=0.731959;AO=69;DP=95;FAO=71;FDP=97;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00214477;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.212;QD=37.1975;RBI=0.0213824;REFB=-0.0369533;REVB=0.0212745;RO=26;SAF=35;SAR=34;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232848;STB=0.512192;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0139313;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:26:26:69:71:0.731959:34:35:12:14:35:36:12:14 chr2 133012691 . T C 1146.79 PASS AF=0.854167;AO=82;DP=96;FAO=82;FDP=96;FR=.;FRO=14;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00498893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.197;QD=47.783;RBI=0.00813581;REFB=-0.0422382;REVB=0.00642666;RO=13;SAF=41;SAR=41;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990677;STB=0.510414;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00523251;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:96:96:13:14:82:82:0.854167:41:41:6:7:41:41:6:8 chr2 133012712 . T C 1366.88 PASS AF=0.938144;AO=89;DP=95;FAO=91;FDP=97;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0172386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.826;QD=56.3661;RBI=0.0346853;REFB=-0.0590178;REVB=0.0300982;RO=6;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391677;STB=0.519641;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00154208;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:95:97:6:6:89:91:0.938144:45:44:1:5:47:44:1:5 chr2 133012716 . A G 1136.47 PASS AF=0.868687;AO=85;DP=101;FAO=86;FDP=99;FR=.;FRO=13;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.000657195;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.048;QD=45.918;RBI=0.00236024;REFB=-0.0153347;REVB=-0.0022669;RO=13;SAF=44;SAR=41;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715801;STB=0.538344;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00505856;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:101:99:13:13:85:86:0.868687:41:44:3:10:41:45:3:10 chr2 133012797 . C CCG 391.4 PASS AF=0.73913;AO=33;DP=87;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.019573;FXX=0.163607;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.643;QD=34.0345;RBI=0.0553595;REFB=-0.0276704;REVB=0.0517839;RO=52;SAF=7;SAR=26;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553939;STB=0.651027;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.0262786;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:33:87:34:46:12:7:27:8:4:89:52:7:26:39:13 chr2 133012799 . AAACT CTTGC 384.09 PASS AF=0.780488;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=41;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0180892;FXX=0.226372;HRUN=3;LEN=5;MLLD=221.292;QD=37.4721;RBI=0.0236574;REFB=-0.0052166;REVB=0.0152464;RO=6;SAF=7;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170862;STB=0.596356;STBP=0.052;TYPE=mnp;VARB=0.00168589;OID=.;OPOS=133012799;OREF=AAACT;OALT=CTTGC;OMAPALT=CTTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:53:41:6:9:32:32:0.780488:25:7:4:2:25:7:5:4 chr2 133012807 . A G 429.44 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=61;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00894041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.181;QD=28.1602;RBI=0.0193746;REFB=-0.032111;REVB=0.0171885;RO=21;SAF=9;SAR=31;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129615;STB=0.570926;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0115958;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:21:40:40:0.655738:31:9:8:13:31:9:8:13 chr2 133012830 . G A 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0343606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.743;QD=1.76262;RBI=0.0472329;REFB=0.00329664;REVB=0.0324082;RO=70;SAF=1;SAR=7;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350523;STB=0.786655;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.0186907;OID=.;OPOS=133012830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:7:1:26:44:7:1:26:44 chr2 133012832 . T C 638.85 PASS AF=0.701299;AO=52;DP=78;FAO=54;FDP=77;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0242643;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1568;QD=33.187;RBI=0.0267165;REFB=-0.00726292;REVB=-0.0111809;RO=23;SAF=17;SAR=35;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013401;STB=0.501319;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00320531;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:23:23:52:54:0.701299:35:17:8:15:35:19:8:15 chr2 133012839 . T C 660.14 PASS AF=0.717949;AO=55;DP=78;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.000190605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2282;QD=33.8535;RBI=0.0173526;REFB=0.0153381;REVB=-0.0173515;RO=23;SAF=19;SAR=36;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250614;STB=0.526307;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0125449;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:23:22:55:56:0.717949:36:19:7:16:36:20:6:16 chr2 133012901 . T C 304.91 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00926632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.408;QD=26.5136;RBI=0.0160067;REFB=-0.0138346;REVB=-0.0130518;RO=19;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150091;STB=0.571375;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00778936;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:26:27:0.586957:16:10:11:8:16:11:11:8 chr2 133012903 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=17;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00856783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6923;QD=16.0421;RBI=0.0249876;REFB=0.00590954;REVB=0.0234728;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306575;STB=0.515206;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0120115;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:26:17:19:0.422222:9:8:13:13:10:9:13:13 chr2 133012923 . A T 127.72 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0110091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.087;QD=11.881;RBI=0.0224966;REFB=-0.0295798;REVB=0.0196188;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240837;STB=0.588666;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0307911;OID=.;OPOS=133012923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:26:28:14:15:0.348837:5:9:11:15:6:9:13:15 chr2 133012930 . A G 103.08 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0242777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.18;QD=9.58876;RBI=0.0246002;REFB=-0.00318898;REVB=-0.00397004;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172087;STB=0.604155;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0236839;OID=.;OPOS=133012930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:5:8:14:16:5:8:14:16 chr2 133012945 . T C 115.58 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00381832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.49;QD=11.0076;RBI=0.00414598;REFB=-0.00509789;REVB=-0.00161542;RO=28;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239502;STB=0.642653;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0190919;OID=.;OPOS=133012945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:5:9:12:16:5:9:12:16 chr2 133012982 . GT AC 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0365561;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=136.157;QD=7.76217;RBI=0.0396754;REFB=-0.0012414;REVB=-0.0154204;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316032;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=mnp;VARB=0.0145088;OID=.;OPOS=133012982;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:9:4:2:4:9:4 chr2 133013144 . A G 385.62 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0181812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5032;QD=48.2023;RBI=0.0207169;REFB=-0.115437;REVB=-0.0099314;RO=2;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071485;STB=0.555517;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0177431;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:17:12:2:0:17:12:3:0 chr2 133013175 . T G 613.66 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.054132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6981;QD=53.3621;RBI=0.0567438;REFB=-0.00294214;REVB=-0.0170172;RO=4;SAF=20;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00388254;STB=0.502074;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0011312;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:4:4:42:42:0.913043:22:20:2:2:22:20:2:2 chr2 133013183 . A G 532.67 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00345082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.265;QD=44.3892;RBI=0.0233927;REFB=-0.0191535;REVB=0.0231368;RO=9;SAF=18;SAR=21;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599417;STB=0.503224;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00418076;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:9:9:39:39:0.8125:21:18:4:5:21:18:4:5 chr2 133013189 . A G 468.84 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0633122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2236;QD=39.07;RBI=0.0639345;REFB=-0.000860226;REVB=0.0088985;RO=10;SAF=17;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292175;STB=0.513946;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00082627;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:10:12:36:36:0.75:19:17:4:6:19:17:5:7 chr2 133013201 . C G 662.91 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0321387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.547;QD=53.0327;RBI=0.0352465;REFB=-0.048694;REVB=0.0144713;RO=4;SAF=21;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043402;STB=0.513363;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00394488;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:4:5:45:45:0.9:24:21:3:1:24:21:3:2 chr2 133013224 . A C 576.64 PASS AF=0.869565;AO=39;DP=50;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00883833;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.496;QD=50.1422;RBI=0.0168664;REFB=-0.000272644;REVB=0.0143652;RO=6;SAF=19;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00318858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6042e-05;OID=.;OPOS=133013224;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:50:46:6:6:39:40:0.869565:20:19:3:3:20:20:3:3 chr2 133013266 . T G 236.47 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0157259;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.456;QD=13.3221;RBI=0.0178905;REFB=-0.00908455;REVB=-0.00853029;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16366;STB=0.600332;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00449208;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:43:28:28:0.394366:17:11:24:20:17:11:24:19 chr2 133013270 . A G 169.37 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00273861;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.571;QD=10.2649;RBI=0.0114811;REFB=-0.0057074;REVB=-0.0111497;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155013;STB=0.590826;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00729128;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:13:9:24:20:13:9:24:20 chr2 133013286 . AGT CAT,CGC 134.75 PASS AF=0.276596,0.0425532;AO=13,2;DP=47;FAO=13,2;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=7,1;FSAR=6,1;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00410583,0.00678135;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=126.485,120.291;QD=11.4681;RBI=0.00686117,0.0112216;REFB=-0.020227,-0.0110773;REVB=-0.00549707,-0.00894079;RO=30;SAF=7,1;SAR=6,1;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0328091,-0.0595001;STB=0.519825,0.56189;STBP=0.882,0.849;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0451339,0.0257484;OID=.,.;OPOS=133013286,133013286;OREF=AG,AGT;OALT=CA,CGC;OMAPALT=CAT,CGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:13,2:13,2:0.276596,0.0425532:6,1:7,1:17:13:6,1:7,1:17:13 chr2 133013318 . A G 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0207905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.339;QD=16.8713;RBI=0.0229313;REFB=-0.00771533;REVB=-0.00967466;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250896;STB=0.5135;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0179559;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:20:20:0.434783:8:12:15:9:8:12:15:11 chr2 133013332 . T C 139.26 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.019335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9412;QD=12.1099;RBI=0.0633495;REFB=-0.0144696;REVB=0.0603268;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672479;STB=0.539722;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0273418;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:6:10:17:13:6:10:17:13 chr2 133013343 . T C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0122991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.592;QD=9.6506;RBI=0.0125445;REFB=0.00327276;REVB=-0.00246941;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306026;STB=0.518492;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00725662;OID=.;OPOS=133013343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:6:8:18:15:6:8:18:15 chr2 133013378 . A G 162.56 PASS AF=0.372549;AO=17;DP=49;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0129401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.333;QD=12.75;RBI=0.0130627;REFB=-0.0338512;REVB=-0.00178544;RO=31;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447419;STB=0.503102;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0563281;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:31:32:17:19:0.372549:10:7:14:17:10:9:15:17 chr2 133013388 . C T 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.023261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4636;QD=7.34906;RBI=0.0281103;REFB=0.00114846;REVB=0.0157834;RO=39;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00307474;OID=.;OPOS=133013388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:7:6:18:21:7:6:18:21 chr2 133013418 . A G 50.85 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.012575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.867;QD=5.21552;RBI=0.0273614;REFB=-0.000332545;REVB=-0.0243005;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583456;STB=0.538366;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.000780316;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:4:4:14:17:4:4:14:17 chr2 133013475 . A G 52.71 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00413631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3296;QD=7.02845;RBI=0.0401182;REFB=-0.0261864;REVB=-0.0399044;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526313;STB=0.53325;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0654703;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:12:10:4:4:12:10 chr2 133013489 . C T 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0997897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7419;QD=4.81072;RBI=0.10941;REFB=-0.00482456;REVB=0.0448619;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175337;STB=0.618641;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00933268;OID=.;OPOS=133013489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:11:12:4:2:11:12 chr2 133013492 . C T 34.07 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00123724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.799;QD=4.86766;RBI=0.0116026;REFB=0.000767609;REVB=0.0115364;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148013;STB=0.599658;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.000332481;OID=.;OPOS=133013492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:10:12:4:2:10:12 chr2 133013567 . T C 58.81 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00107097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.389;QD=12.3817;RBI=0.00182259;REFB=-0.0118459;REVB=0.00147474;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409805;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00383365;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:7:11:8:8:0.421053:4:4:0:7:4:4:4:7 chr2 133013590 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.936;QD=50.4135;RBI=0.0287177;REFB=0;REVB=-0.000952462;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235197;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr2 133013680 . G A 195.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00786484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3662;QD=17.7982;RBI=0.0334506;REFB=-0.0123535;REVB=-0.0325128;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216397;STB=0.642718;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00755709;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:24:20:20:0.454545:8:12:8:14:8:12:8:16 chr2 133013687 . T C 79.86 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0603842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.407;QD=7.09865;RBI=0.0622178;REFB=-0.0114017;REVB=-0.0149936;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363836;STB=0.512173;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0387303;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:6:5:16:17:6:5:16:18 chr2 133013695 . CA CG,TG 208.48 PASS AF=0.234043,0.234043;AO=10,11;DP=49;FAO=11,11;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8,6;FSAR=3,5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00878075,0.00557563;FXX=0.040808;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=120.359,160.509;QD=17.7433;RBI=0.0178252,0.051711;REFB=-0.0175381,-0.00840318;REVB=-0.0155124,-0.0514095;RO=25;SAF=8,6;SAR=2,5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.50101,0.209528;STB=0.748329,0.626645;STBP=0.062,0.318;TYPE=snp,mnp;VARB=0.028665,0.0128303;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:92:49:47:25:25:10,11:11,11:0.234043,0.234043:2,5:8,6:9:16:3,5:8,6:9:16 chr2 133013704 . G A 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0270552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.579;QD=7.4814;RBI=0.0333519;REFB=-0.0132005;REVB=-0.0195029;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373566;STB=0.733645;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0409952;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:3:9:16:20:3:9:16:20 chr2 133013756 . G A 128.26 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.02227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2314;QD=12.2152;RBI=0.0287965;REFB=-0.00618873;REVB=-0.0182561;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207634;STB=0.622783;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0109044;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:5:10:13:14:5:10:13:14 chr2 133014602 . G C 119.86 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.011687;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2645;QD=16.532;RBI=0.0221527;REFB=-0.0571376;REVB=-0.018819;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.624759;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0232923;OID=.;OPOS=133014602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:30:29:15:15:12:11:0.37931:4:8:8:7:3:8:8:7 chr2 133014612 . A C 96.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0216596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.441;QD=14.2552;RBI=0.0473754;REFB=-0.0113701;REVB=-0.0421341;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523773;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0145753;OID=.;OPOS=133014612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:27:13:14:13:13:0.481481:5:8:8:5:5:8:8:6 chr2 133014651 . A AC 64.82 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0375654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7258;QD=13.6455;RBI=0.0376411;REFB=-0.0388109;REVB=-0.00238646;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510886;STB=0.822687;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0358124;OID=.;OPOS=133014652;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:9:20:9:19:10:8:1:4:6:64:11:8:1:5:6 chr2 133036254 . T C 37.79 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0148094;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.767;QD=2.79905;RBI=0.0301575;REFB=-0.0115278;REVB=0.0262708;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292566;STB=0.713675;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0254697;OID=.;OPOS=133036254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:54:47:47:7:7:0.12963:5:2:25:22:5:2:25:22 chr2 133036257 . TG CA 37.57 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=53;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0246931;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.349;QD=2.7831;RBI=0.0246965;REFB=-0.00474385;REVB=-0.00040931;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411161;STB=0.713675;STBP=0.288;TYPE=mnp;VARB=0.045151;OID=.;OPOS=133036257;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:53:54:45:47:6:7:0.12963:5:1:23:22:5:2:25:22 chr2 133036263 . A G 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0361116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.676;QD=3.8025;RBI=0.0376215;REFB=0.00617601;REVB=0.0105514;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242995;STB=0.666297;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0203729;OID=.;OPOS=133036263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:6:3:25:22:6:3:25:22 chr2 133036280 . A C 90.72 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00301503;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2935;QD=5.949;RBI=0.0113253;REFB=-0.00404123;REVB=-0.0109166;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878256;STB=0.530761;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0102101;OID=.;OPOS=133036280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:61:46:47:14:14:0.229508:8:6:23:23:8:6:22:25 chr2 133036337 . A G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00468033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.123;QD=4.8546;RBI=0.0179662;REFB=-0.00717291;REVB=0.0173458;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114278;OID=.;OPOS=133036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:3:4:15:12:3:4:16:12 chr2 133036343 . C T 34.64 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.091886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2605;QD=4.61827;RBI=0.122118;REFB=-0.0170755;REVB=0.0804354;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200237;STB=0.632921;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0774108;OID=.;OPOS=133036343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:16:8:3:3:16:8 chr2 133036364 . G A 44.3 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.014479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1602;QD=6.81605;RBI=0.0489428;REFB=-0.00126393;REVB=0.0467521;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136363;STB=0.585974;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00702889;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:3:4:13:6:3:4:13:6 chr2 133036394 . A G 36.57 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0250369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8006;QD=7.31361;RBI=0.0356218;REFB=-0.0146862;REVB=-0.025339;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289152;STB=0.518456;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0810801;OID=.;OPOS=133036394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:9:5:2:4:9:5 chr2 133036632 . G A 40.36 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.054905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.245;QD=3.29484;RBI=0.0575776;REFB=-0.000315415;REVB=-0.0173383;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336249;STB=0.737976;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.000825851;OID=.;OPOS=133036632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:5:2:24:18:5:2:24:18 chr2 133036650 . T G 204.69 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0248432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1121;QD=12.7931;RBI=0.0460038;REFB=-0.0332891;REVB=0.038719;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487006;STB=0.535552;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0767618;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:39:25:25:0.390625:13:12:20:18:13:12:21:18 chr2 133036661 . A AT 216.28 PASS AF=0.40625;AO=24;DP=69;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0236622;FXX=0.0588149;HRUN=0;LEN=1;MLLD=71.5846;QD=13.5172;RBI=0.0287439;REFB=0.0231235;REVB=-0.0163191;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131196;STB=0.578066;STBP=0.297;TYPE=ins;VARB=-0.0221587;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:24:69:26:64:38:13:13:24:14:99:42:12:12:26:16 chr2 133036666 . AC A 270.56 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00187811;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7352;QD=15.0311;RBI=0.0133423;REFB=0.0309778;REVB=-0.0132095;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114864;STB=0.564477;STBP=0.389;TYPE=del;VARB=-0.00822204;OID=.;OPOS=133036667;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:32:73:32:72:40:18:14:27:13:99:40:18:14:27:13 chr2 133036669 . G T 284.92 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00361083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.727;QD=15.6118;RBI=0.0290019;REFB=-0.0113413;REVB=-0.0287763;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987165;STB=0.555522;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0102806;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:27:14:14:18:27:14 chr2 133036693 . T G 470.41 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.01954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.178;QD=23.5206;RBI=0.0435678;REFB=-0.026504;REVB=0.0389402;RO=34;SAF=26;SAR=19;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056272;STB=0.535966;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0133214;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:19:26:22:12:19:26:23:12 chr2 133036697 . A G 466.67 PASS AF=0.5625;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0261736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.854;QD=23.3335;RBI=0.0277592;REFB=-0.0183704;REVB=-0.00924751;RO=35;SAF=26;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138607;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:35:35:44:45:0.5625:18:26:21:14:18:27:21:14 chr2 133036704 . T C 362.14 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00490594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.348;QD=17.8836;RBI=0.0169813;REFB=-0.0185362;REVB=-0.0162572;RO=42;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868167;STB=0.553461;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0118655;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:17:21:27:15:17:21:28:15 chr2 133036714 . A G 333.91 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00274813;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5584;QD=16.4893;RBI=0.0174148;REFB=-0.0111989;REVB=0.0171966;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862825;STB=0.548361;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0316215;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:45:45:36:36:0.444444:15:21:30:15:15:21:30:15 chr2 133036716 . G T 308.6 PASS AF=0.419753;AO=35;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00404012;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.017;QD=15.2395;RBI=0.0215303;REFB=-0.0383593;REVB=-0.0211479;RO=42;SAF=20;SAR=15;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717825;STB=0.560085;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0376723;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:47:35:34:0.419753:15:20:27:15:15:19:31:16 chr2 133036742 . T C 217.52 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0384687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.983;QD=13.5949;RBI=0.0385201;REFB=-0.00405354;REVB=-0.00198859;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129722;STB=0.574409;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00495892;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:22:16:8:18:22:16 chr2 133036757 . A G 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0559738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0351;QD=9.41436;RBI=0.0559745;REFB=-0.00993659;REVB=0.000277997;RO=39;SAF=15;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325154;STB=0.697423;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.020115;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:3:15:24:15:3:15:24:15 chr2 133036787 . C A 45.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.022675;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.54;QD=6.97388;RBI=0.0498671;REFB=-0.0106802;REVB=-0.0444137;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170567;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0355865;OID=.;OPOS=133036787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:11:8:4:3:10:9 chr2 133036812 . T C 46.3 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0101389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.441;QD=8.41847;RBI=0.012895;REFB=-0.00179874;REVB=-0.00796761;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00515931;OID=.;OPOS=133036812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:8:7:5:2:8:7 chr2 133036828 . A G 36.85 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00584189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.108;QD=7.75779;RBI=0.00737501;REFB=-0.0153308;REVB=0.00450145;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0197007;OID=.;OPOS=133036828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:5:8:4:2:5:8 chr2 133036836 . TCCCCT TCCCTC,TCCCTT 57.76 PASS AF=0,0.315789;AO=2,6;DP=19;FAO=0,6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=0,2;FSAR=0,4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0820445,-0.0121682;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=165.555,43.2043;QD=12.1606;RBI=0.0820454,0.0607576;REFB=0.00686018,0.00382841;REVB=-0.000371234,0.0595266;RO=8;SAF=2,2;SAR=0,4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.812466,0.43608;STB=0.5,0.66622;STBP=1,0.4;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0584216;OID=.,.;OPOS=133036840,133036840;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TCCCTC,TCCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.315789:2,6:19:0,6:19:9:0,2:0,4:1:8:42:8:2,2:0,4:0:8 chr2 133037153 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0141112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2158;QD=11.0922;RBI=0.0162269;REFB=-0.0166331;REVB=-0.00801164;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0259882;OID=.;OPOS=133037153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:4:5:0.454545:4:0:0:5:4:1:1:5 chr2 133037226 . T C 135.81 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.071684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.978;QD=20.8934;RBI=0.0795183;REFB=-0.0133925;REVB=0.0344174;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105391;STB=0.543983;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0154244;OID=.;OPOS=133037226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:13:15:0.576923:6:7:4:6:8:7:4:7 chr2 133037311 . C A 182.04 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0554552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3333;QD=16.9343;RBI=0.0573024;REFB=0.00045107;REVB=0.0144321;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777901;STB=0.544507;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00297388;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:12:12:8:11:12:12 chr2 133037397 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00151368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.592;QD=16.1063;RBI=0.0358322;REFB=-0.00311987;REVB=-0.0358002;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172758;STB=0.599877;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00191529;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:10:12:12:5:10:12 chr2 133037512 . C T 34.09 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=30;FWDB=0.000377369;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.264;QD=3.58802;RBI=0.0248855;REFB=-0.0067037;REVB=-0.0248826;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55091;STB=0.808994;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0150152;OID=.;OPOS=133037512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:38:25:32:6:6:0.157895:4:2:1:24:4:2:2:30 chr2 133037568 . T C 705.5 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0826547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6946;QD=51.3093;RBI=0.0832825;REFB=0.0439247;REVB=0.0102061;RO=2;SAF=2;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308542;STB=0.666585;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-3.28601e-05;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:52:53:0.963636:50:2:2:0:51:2:2:0 chr2 133037586 . A AC 421.66 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.8586;QD=46.8506;RBI=0.232066;REFB=0;REVB=0.0129772;RO=3;SAF=0;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.882225;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00857996;OID=.;OPOS=133037587;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:36:36:0:2:34:0:0:7:3:0:34:3:0 chr2 133037783 . G T 180.78 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00826987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.199;QD=11.4782;RBI=0.0301022;REFB=-0.0315107;REVB=0.0289439;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294405;STB=0.509795;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0537998;OID=.;OPOS=133037783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:40:23:23:0.365079:10:13:21:18:10:13:22:18 chr2 133037812 . A G 782.36 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0503901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.541;QD=52.1573;RBI=0.0543178;REFB=-0.138273;REVB=-0.0202796;RO=3;SAF=30;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448549;STB=0.523801;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00170694;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:3:3:57:57:0.95:27:30:3:0:27:30:3:0 chr2 133038166 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0260131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.66;QD=9.49234;RBI=0.0329492;REFB=0.0131007;REVB=-0.020223;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473602;STB=0.7992;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0219016;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:1:8:10:8:1:8:10:8 chr2 133038179 . AG CT 112.41 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00568244;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.525;QD=11.8323;RBI=0.00574378;REFB=-0.00891661;REVB=0.00083718;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110746;STB=0.567442;STBP=0.665;TYPE=mnp;VARB=0.00822819;OID=.;OPOS=133038179;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:38:24:24:11:11:0.289474:4:7:13:11:4:7:13:11 chr2 133038188 . T C 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0884178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8691;QD=13.458;RBI=0.089833;REFB=0.00248478;REVB=-0.015883;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16909;STB=0.59923;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00824125;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:14:12:5:11:14:12 chr2 133038228 . C T 112.59 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0115529;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.332;QD=7.76457;RBI=0.0517547;REFB=-0.0137871;REVB=-0.0504488;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158669;STB=0.596035;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0300981;OID=.;OPOS=133038228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:42:42:16:16:0.275862:7:9:18:24:7:9:18:24 chr2 133038234 . C T 127.49 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00559361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.217;QD=8.22519;RBI=0.0126316;REFB=-0.0138045;REVB=-0.0113256;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080693;STB=0.548334;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0256954;OID=.;OPOS=133038234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:9:9:19:25:9:9:19:25 chr2 133038264 . G A 88.78 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0348797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1998;QD=6.45684;RBI=0.0635929;REFB=0.00448211;REVB=0.0531739;RO=42;SAF=3;SAR=10;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215743;STB=0.637354;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00583423;OID=.;OPOS=133038264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:10:3:16:26:10:3:16:26 chr2 133038275 . C T 90.66 PASS AF=0.25;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00682111;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.145;QD=7.55482;RBI=0.00850419;REFB=-0.00159052;REVB=0.00507875;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430941;STB=0.526981;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00906636;OID=.;OPOS=133038275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:48:36:36:12:12:0.25:9:3:10:26:9:3:10:26 chr2 133038280 . A C 113.32 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0319567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.278;QD=9.64435;RBI=0.0388731;REFB=-0.00688264;REVB=-0.0221333;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780723;STB=0.556876;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.012071;OID=.;OPOS=133038280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:32:33:13:14:0.297872:10:3:9:23:11:3:9:24 chr2 133038365 . G T 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0226157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.1853;QD=10.8232;RBI=0.0239199;REFB=0.00986304;REVB=0.00779064;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288153;STB=0.517213;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00762436;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:9:14:7:5:9:14 chr2 133038366 . C T 191.51 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0369773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6177;QD=22.5311;RBI=0.0383938;REFB=-0.0346188;REVB=0.0103328;RO=13;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710913;STB=0.514836;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0170589;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:15:19:19:0.558824:12:7:6:7:12:7:6:9 chr2 133038378 . A G 129.41 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0350155;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.646;QD=13.9897;RBI=0.0433562;REFB=-0.00679267;REVB=-0.025567;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00821194;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:22:14:15:0.405405:8:6:10:9:8:7:10:12 chr2 133038383 . GC AT 91.61 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0088021;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.762;QD=10.47;RBI=0.0167073;REFB=-0.017283;REVB=-0.0142006;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490421;STB=0.514262;STBP=0.94;TYPE=mnp;VARB=0.0314498;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:36:35:20:23:11:12:0.342857:6:5:10:10:6:6:11:12 chr2 133038400 . GA G 59.42 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.114246;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.4802;QD=6.09391;RBI=0.13369;REFB=-0.016394;REVB=0.0694336;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103647;STB=0.525857;STBP=0.83;TYPE=del;VARB=0.0131302;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:39:13:39:26:7:6:15:11:59:22:9:6:11:11 chr2 133038421 . G C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.015693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.256;QD=16.4805;RBI=0.017008;REFB=0.000409635;REVB=-0.00655776;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105058;STB=0.559939;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000845188;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:17:8:8:11:17:8 chr2 133038491 . T C 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.027265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3836;QD=7.78003;RBI=0.0276976;REFB=-0.0111896;REVB=0.00487633;RO=44;SAF=9;SAR=8;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101859;STB=0.561333;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0242668;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:8:9:27:17:8:9:27:17 chr2 133038501 . G A 89.15 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=-0.0311559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.527;QD=5.7516;RBI=0.0394384;REFB=-0.00509428;REVB=-0.0241805;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321904;STB=0.693313;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0238762;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:59:62:45:48:14:14:0.225806:7:7:34:11:7:7:36:12 chr2 133038515 . A G 101.35 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.00243419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.563;QD=5.79124;RBI=0.0238481;REFB=-0.00693263;REVB=0.0237236;RO=54;SAF=8;SAR=8;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232502;STB=0.642693;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0104845;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:8:8:37:17:8:8:37:17 chr2 133038530 . A G 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.0211609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.062;QD=4.12588;RBI=0.0251488;REFB=-0.0137742;REVB=0.0135896;RO=61;SAF=7;SAR=7;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240934;STB=0.649156;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0501548;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:77:61:63:14:14:0.181818:7:7:42:19:7:7:43:20 chr2 133038543 . A G 90.49 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0127717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.623;QD=3.93452;RBI=0.0138202;REFB=-0.00735086;REVB=0.00528032;RO=75;SAF=7;SAR=9;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219345;STB=0.646103;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0191908;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:75:76:16:16:0.173913:9:7:46:29:9:7:47:29 chr2 133038569 . T C 70.02 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=112;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=62;FSRR=36;FWDB=-0.0227325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.316;QD=2.47872;RBI=0.0320041;REFB=-0.00481425;REVB=-0.0225277;RO=93;SAF=7;SAR=8;SRF=60;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223504;STB=0.641683;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0452089;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:112:113:93:98:15:15:0.132743:8:7:60:33:8:7:62:36 chr2 133038580 . C T 67.74 PASS AF=0.128205;AO=15;DP=117;FAO=15;FDP=117;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=39;FWDB=-0.0024675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.261;QD=2.31579;RBI=0.00399406;REFB=-0.00774015;REVB=-0.00314069;RO=101;SAF=8;SAR=7;SRF=62;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102015;STB=0.57447;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.041506;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:117:117:101:102:15:15:0.128205:7:8:62:39:7:8:63:39 chr2 133038625 . G A 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=-0.0133313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.426;QD=2.82991;RBI=0.0161145;REFB=-0.00663132;REVB=-0.00905281;RO=86;SAF=5;SAR=9;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220221;STB=0.651773;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0455543;OID=.;OPOS=133038625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:9:5:46:40:9:5:46:40 chr2 133038686 . A G 922.47 PASS AF=0.648;AO=81;DP=125;FAO=81;FDP=125;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=73;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0395367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.549;QD=29.5189;RBI=0.0433797;REFB=-0.0142042;REVB=0.0178506;RO=42;SAF=8;SAR=73;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399806;STB=0.733723;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00787868;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:42:44:81:81:0.648:73:8:19:23:73:8:21:23 chr2 133038693 . A T 781.54 PASS AF=0.610169;AO=72;DP=118;FAO=72;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=66;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0164075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.189;QD=26.493;RBI=0.0164193;REFB=-0.00811372;REVB=-0.000620061;RO=46;SAF=6;SAR=66;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427814;STB=0.737346;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00373244;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:46:46:72:72:0.610169:66:6:18:28:66:6:18:28 chr2 133038724 . T C 313.74 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0699494;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.354;QD=22.0165;RBI=0.0699501;REFB=-0.0159847;REVB=-0.000320742;RO=21;SAF=2;SAR=30;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554267;STB=0.799747;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00951459;OID=.;OPOS=133038724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:25:32:32:0.561404:30:2:10:11:30:2:10:15 chr2 133038728 . CTA CGA,GGC 338.57 PASS AF=0.653846,0.230769;AO=17,6;DP=26;FAO=17,6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206685,0.00537087;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=76.5823,78.6502;QD=52.087;RBI=0.0400046,0.00546449;REFB=0,0;REVB=0.0342517,-0.00100714;RO=0;SAF=7,1;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00835211,0.0087497;OID=.,.;OPOS=133038729,133038728;OREF=T,CTA;OALT=G,GGC;OMAPALT=CGA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:26:26:0:0:17,6:17,6:0.653846,0.230769:10,5:7,1:0:0:10,5:7,1:0:0 chr2 133038737 . T C 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0413872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.611;QD=6.25097;RBI=0.0417187;REFB=-0.000453503;REVB=-0.00524799;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393166;STB=0.761737;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00224559;OID=.;OPOS=133038737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:8:9:5:1:8:9 chr2 133038886 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.704;QD=43.4835;RBI=0.0323568;REFB=0;REVB=-0.0111089;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430771;OID=.;OPOS=133038886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr2 133038925 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.027044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4313;QD=8.69802;RBI=0.0870296;REFB=0.0206895;REVB=0.082721;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0296234;OID=.;OPOS=133038925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:8:6:3:4:8:6 chr2 133039014 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0409309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.452;QD=14.1954;RBI=0.0410659;REFB=-0.0133513;REVB=0.0033277;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481879;STB=0.79779;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0189503;OID=.;OPOS=133039014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:13:2:11:10:13:2:12:10 chr2 133039048 . A G 155.5 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0122789;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.254;QD=21.4483;RBI=0.0194818;REFB=-0.00619688;REVB=0.0151252;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438827;STB=0.740396;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00327468;OID=.;OPOS=133039048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:12:15:17:0.586207:13:2:7:6:15:2:6:6 chr2 133039061 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00837239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.939;QD=16.6272;RBI=0.0154192;REFB=0.0223545;REVB=0.0129481;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20961;STB=0.610919;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0111794;OID=.;OPOS=133039061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:11:2:4:9:11:2:4:10 chr2 133039063 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00695185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.817;QD=17.4015;RBI=0.0150027;REFB=-0.00168227;REVB=-0.0132948;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20961;STB=0.622427;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00165679;OID=.;OPOS=133039063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:11:2:4:9:11:2:4:9 chr2 133039074 . AT GC 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0516277;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.767;QD=17.8275;RBI=0.0527207;REFB=-0.00278713;REVB=-0.0106798;RO=11;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23622;STB=0.638036;STBP=0.294;TYPE=mnp;VARB=0.0016545;OID=.;OPOS=133039074;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:10:2:4:7:10:2:4:7 chr2 133039087 . A G 71.67 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0358504;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.985;QD=14.3348;RBI=0.0364455;REFB=-0.00238109;REVB=-0.00655959;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00256303;OID=.;OPOS=133039087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:4:7:7:2:4:7 chr2 133039090 . T C 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.000226103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7447;QD=19.9244;RBI=0.00469834;REFB=-0.0072806;REVB=0.0046929;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652227;STB=0.537129;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00485614;OID=.;OPOS=133039090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:3:6:7:5:3:6 chr2 133039101 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0249396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.27;QD=11.2569;RBI=0.0260616;REFB=-0.0301083;REVB=-0.00756453;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0411066;OID=.;OPOS=133039101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:5:7:4:4:5:7 chr2 133039105 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0362319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4857;QD=16.898;RBI=0.0473504;REFB=-0.0140944;REVB=0.0304845;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136379;STB=0.578793;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00772109;OID=.;OPOS=133039105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:3:6:5:5:3:6 chr2 133039143 . C T 52.28 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.000546929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.015;QD=6.53553;RBI=0.00263903;REFB=-0.0023657;REVB=0.00258173;RO=24;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980232;STB=0.562346;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0194806;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:4:4:14:10:4:4:14:10 chr2 133039156 . TG CA,CG 166.75 PASS AF=0.228571,0.285714;AO=8,10;DP=36;FAO=8,10;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5,8;FSAR=3,2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00449692,-0.0101652;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.079,160.771;QD=19.0572;RBI=0.0167448,0.0112054;REFB=6.05806e-05,0.00100519;REVB=-0.0161297,-0.00471483;RO=17;SAF=5,8;SAR=3,2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107891,0.330446;STB=0.56684,0.701309;STBP=0.612,0.143;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00319382,0.00526284;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:36:35:17:17:8,10:8,10:0.228571,0.285714:3,2:5,8:9:8:3,2:5,8:9:8 chr2 133039164 . C T 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00280929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.711;QD=7.25972;RBI=0.0117823;REFB=-0.00917402;REVB=-0.0114425;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102398;STB=0.563977;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0234531;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:17:12:5:5:17:12 chr2 133039166 . T C 71.03 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0350377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.698;QD=7.4769;RBI=0.0884716;REFB=-0.00618769;REVB=-0.0812378;RO=28;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349575;STB=0.722404;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0165355;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:2:8:15:13:2:8:15:13 chr2 133039221 . C T 103.46 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0104663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0613;QD=9.85317;RBI=0.0107671;REFB=0.00510339;REVB=-0.00252697;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751011;STB=0.545384;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0269758;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:16:13:5:8:16:13 chr2 133281214 . A G 264.71 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0364026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.553;QD=25.8253;RBI=0.0372264;REFB=-0.0492973;REVB=0.00778826;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139513;STB=0.576863;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.025707;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:8:16:14:3:8:16:14:3 chr2 133539566 . G A 1105.7 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245998;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.986;QD=58.9708;RBI=0.0295773;REFB=-0.116388;REVB=0.0164215;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000543654;OID=.;OPOS=133539566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:73:74:0.986667:35:38:1:0:35:39:1:0 chr2 133540605 . G T 1075.09 PASS AF=0.95;AO=74;DP=78;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0192905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0643;QD=53.7544;RBI=0.0238404;REFB=-0.0226211;REVB=0.0140086;RO=4;SAF=35;SAR=39;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262526;STB=0.501985;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0284754;OID=.;OPOS=133540605;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:78:80:4:4:74:76:0.95:39:35:2:2:41:35:2:2 chr2 133541444 . T C 2321.63 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.891;QD=63.6062;RBI=0.0121856;REFB=0;REVB=0.0116091;RO=0;SAF=69;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97413e-05;OID=.;OPOS=133541444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:76:69:0:0:77:69:0:0 chr2 133541454 . A G 2195.3 PASS AF=0.979167;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00737781;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.354;QD=60.9806;RBI=0.00767417;REFB=-0.0328102;REVB=0.00211209;RO=2;SAF=69;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000282994;STB=0.503694;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-2.72367e-05;OID=.;OPOS=133541454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:145:144:2:3:141:141:0.979167:72:69:1:1:72:69:2:1 chr2 133541575 . C T 868.29 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053236;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.243;QD=57.8859;RBI=0.0537507;REFB=0;REVB=-0.00742067;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033239;OID=.;OPOS=133541575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:35:25:0:0 chr2 133542014 . T C 802.47 PASS AF=1;AO=33;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9142;QD=64.1977;RBI=0.154403;REFB=0;REVB=0.140574;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00263739;OID=.;OPOS=133542014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:33:50:1:14:19:0:0:31:19:0:0 chr2 133542545 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9818;QD=47.8209;RBI=0.0756932;REFB=0;REVB=-0.0685215;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00227084;OID=.;OPOS=133542545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 133554288 . A G 465.19 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0036;QD=58.1491;RBI=0.181169;REFB=0;REVB=-0.0200223;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330935;OID=.;OPOS=133554288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr2 134884697 . G C 631.81 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000545399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8538;QD=61.6397;RBI=0.0907306;REFB=0;REVB=0.090729;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866991;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 135213700 . C T 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00137094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.555;QD=22.5346;RBI=0.0540138;REFB=-0.0391577;REVB=-0.0539964;RO=15;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237349;STB=0.633996;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.039378;OID=.;OPOS=135213700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:14:5:8:7:14:5:8:7 chr2 135710322 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1888;QD=59.0181;RBI=0.0795094;REFB=0;REVB=0.0210992;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118737;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 135711516 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.368;QD=33.4285;RBI=0.036769;REFB=0;REVB=0.00227698;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635723;OID=.;OPOS=135711516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr2 135711657 . G A 527.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.026;QD=58.5565;RBI=0.0458756;REFB=0;REVB=0.0293518;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238854;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:18:18:0:0 chr2 135740863 . C A 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.402;QD=59.4297;RBI=0.0161908;REFB=0;REVB=0.00639361;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08157e-05;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr2 135744007 . T C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5612;QD=48.7235;RBI=0.127216;REFB=0;REVB=0.108332;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144179;OID=.;OPOS=135744007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr2 135744416 . C G 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2417;QD=50.3872;RBI=0.0736141;REFB=0;REVB=0.0157263;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215506;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr2 135745545 . C T 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6635;QD=61.6686;RBI=0.116439;REFB=0;REVB=-0.058525;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467619;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr2 135745722 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.726;QD=55.6528;RBI=0.0373056;REFB=0;REVB=-0.0355239;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139807;OID=.;OPOS=135745722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr2 135781035 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00554762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3091;QD=18.3454;RBI=0.024358;REFB=0.0274801;REVB=0.0237179;RO=18;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249422;STB=0.642682;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.027414;OID=.;OPOS=135781035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:5:12:8:10:5:12:8:10 chr2 135893372 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0521123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.32;QD=18.2486;RBI=0.053664;REFB=-0.0350825;REVB=0.0128115;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327611;STB=0.689341;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00887047;OID=.;OPOS=135893372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:7:5:10:3:7:5 chr2 135911422 . T C 657.61 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0033;QD=59.783;RBI=0.0654421;REFB=0.0173836;REVB=0.0472048;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000580269;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr2 135965376 . T C 213.89 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0725053;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8405;QD=19.8964;RBI=0.078535;REFB=0.0333484;REVB=0.0301783;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611111;STB=0.534489;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0107084;OID=.;OPOS=135965376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:11:10:9:13:11:10:9:13 chr2 135988127 . T A 717.84 PASS AF=0.635417;AO=61;DP=97;FAO=61;FDP=96;FR=.;FRO=35;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00199737;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.629;QD=29.91;RBI=0.0487495;REFB=-0.0303149;REVB=-0.0487085;RO=35;SAF=38;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760784;STB=0.541297;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0142291;OID=.;OPOS=135988127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:35:35:61:61:0.635417:23:38:18:17:23:38:18:17 chr2 135988186 . G A 1104.47 PASS AF=0.635135;AO=94;DP=148;FAO=94;FDP=148;FR=.;FRO=54;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0044689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.04;QD=29.8506;RBI=0.00887263;REFB=-0.00174878;REVB=0.00766502;RO=54;SAF=64;SAR=30;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145734;STB=0.578897;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0011616;OID=.;OPOS=135988186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:54:54:94:94:0.635135:30:64:26:28:30:64:26:28 chr2 135988416 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0274148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.409;QD=17.5413;RBI=0.0316804;REFB=-0.0227014;REVB=-0.015877;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197718;STB=0.612621;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0153797;OID=.;OPOS=135988416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:11:5:8:7:11:5 chr2 135988434 . ACTGTCT AC,ACT 117.97 PASS AF=0,0.65;AO=3,9;DP=20;FAO=0,13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=0,8;FSAR=0,5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00546232,0.00657846;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=301.43,306.451;QD=23.5933;RBI=0.0234027,0.00783263;REFB=-0.00810042,-0.00931876;REVB=0.0227563,0.00425136;RO=7;SAF=2,6;SAR=1,3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102358,0.0779006;STB=0.5,0.516104;STBP=1,0.892;TYPE=del,del;VARB=-0.0101884,0.00606086;OID=.,.;OPOS=135988436,135988435;OREF=TGTCT,CTGT;OALT=-,-;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.65:3,9:20:0,13:20:7:0,8:0,5:4:3:47:7:2,6:1,3:4:3 chr2 136107777 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00462383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.413;QD=13.4558;RBI=0.00498271;REFB=-0.0146713;REVB=0.00185677;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578274;STB=0.840371;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0128835;OID=.;OPOS=136107777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:1:10:6:8:1:10:7:8 chr2 136393658 . A G 225.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0290873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.452;QD=20.5446;RBI=0.0297243;REFB=-0.00704424;REVB=-0.00612058;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282291;STB=0.677237;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00393658;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:18:4:9:12:18:4:10:12 chr2 136396300 . T C 103.92 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00786559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.046;QD=10.1383;RBI=0.0354262;REFB=0.000859918;REVB=0.034542;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148746;STB=0.59002;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00191882;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:12:16:9:4:12:16 chr2 136407479 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.574;QD=63.5824;RBI=0.0333381;REFB=0;REVB=-0.00105876;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.70312e-05;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr2 136409574 . A C 114.57 PASS AF=0.65;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0280125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.909;QD=22.9146;RBI=0.0745367;REFB=-0.0396474;REVB=0.0690726;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203483;STB=0.615207;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0264482;OID=.;OPOS=136409574;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:6:7:12:13:0.65:4:8:2:4:5:8:2:5 chr2 136546110 . A G 105.05 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0745569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.272;QD=7.5033;RBI=0.0752823;REFB=0.00321831;REVB=-0.0104257;RO=41;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181562;STB=0.511096;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.011336;OID=.;OPOS=136546110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:9:6:17:24:9:6:17:24 chr2 136555659 . T C 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0326727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.457;QD=14.4194;RBI=0.0326743;REFB=-0.00329486;REVB=-0.000324334;RO=37;SAF=19;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208189;STB=0.618955;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00753863;OID=.;OPOS=136555659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:8:19:19:18:8:19:19:18 chr2 136561557 . G A 1208.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6397;QD=61.2045;RBI=0.0306052;REFB=0;REVB=-0.0297477;RO=0;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8909e-05;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:27:52:0:0:27:52:0:0 chr2 136562472 . G A 417.62 PASS AF=0.597015;AO=40;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0206356;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.739;QD=24.9322;RBI=0.0213448;REFB=-0.00612084;REVB=0.00545637;RO=24;SAF=19;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171835;STB=0.502617;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00770229;OID=.;OPOS=136562472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:27:40:40:0.597015:21:19:12:12:21:19:13:14 chr2 136575199 . G T 86.03 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00141876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.791;QD=14.9614;RBI=0.0277226;REFB=-0.0246335;REVB=0.0276863;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126336;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0193585;OID=.;OPOS=136575199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:6:6:7:4:6:6 chr2 136575534 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.832;QD=37.4883;RBI=0.0106955;REFB=0;REVB=0.0106955;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024016;OID=.;OPOS=136575534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr2 136594158 . G A 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0207062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.693;QD=13.3343;RBI=0.021147;REFB=-0.0120979;REVB=-0.00429513;RO=53;SAF=22;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216352;STB=0.623923;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0168263;OID=.;OPOS=136594158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:11:22:25:28:11:22:25:28 chr2 136873084 . G A 414.4 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0210126;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.785;QD=15.0692;RBI=0.0223696;REFB=-0.0187769;REVB=0.00767267;RO=64;SAF=21;SAR=26;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226881;STB=0.516952;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.022395;OID=.;OPOS=136873084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:64:63:47:47:0.427273:26:21:30:34:26:21:30:33 chr2 137639841 . A G 742.99 PASS AF=0.63;AO=63;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0290919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.735;QD=29.7198;RBI=0.03936;REFB=-0.0126588;REVB=0.0265118;RO=37;SAF=30;SAR=33;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806209;STB=0.543712;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00622359;OID=.;OPOS=137639841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:37:37:63:63:0.63:33:30:22:15:33:30:22:15 chr2 138237038 . C T 554.56 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0275765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5525;QD=55.4557;RBI=0.0670144;REFB=-0.0221012;REVB=-0.0610776;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445736;STB=0.523797;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000240903;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:18:20:2:0:18:20:2:0 chr2 138376044 . T G 241.87 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=77;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00785423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.514;QD=12.4035;RBI=0.0148661;REFB=-0.0293462;REVB=-0.0126219;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095461;STB=0.56433;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.040842;OID=.;OPOS=138376044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:49:49:28:29:0.371795:13:15:22:27:13:16:22:27 chr2 138420996 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.353;QD=57.8849;RBI=0.0433814;REFB=0;REVB=0.0431641;RO=0;SAF=18;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21989e-05;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:42:18:0:0:42:18:0:0 chr2 138773229 . G A 207.24 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00478272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.92;QD=24.3807;RBI=0.0378261;REFB=0.00774351;REVB=-0.0375225;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754591;STB=0.542126;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00816367;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:7:7:12:8:7:7 chr2 139045852 . A G 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00388401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.071;QD=20.0163;RBI=0.00393516;REFB=-0.0135085;REVB=0.000632416;RO=17;SAF=12;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734303;STB=0.541619;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0168111;OID=.;OPOS=139045852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:6:12:10:7:6:12:10:7 chr2 139045855 . C T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.000113843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2339;QD=17.3205;RBI=0.00155842;REFB=-0.00623147;REVB=-0.00155425;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416401;STB=0.52378;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00683946;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:12:6:6:10:12:6 chr2 139045929 . C T 120.82 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00333013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9892;QD=14.6442;RBI=0.01184;REFB=-0.00468232;REVB=0.011362;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116789;STB=0.567475;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00706883;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:13:6:6:8:13:6 chr2 139045972 . T C 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3445;QD=55.6229;RBI=0.0328977;REFB=0;REVB=-0.0172279;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206274;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr2 139045987 . C T 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00863598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.583;QD=17.4015;RBI=0.0357858;REFB=-0.000591268;REVB=-0.0347281;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216726;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:9:4:4:9:9:4 chr2 139326879 . G C 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.422;QD=63.2862;RBI=0.00451039;REFB=0;REVB=-0.00266743;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69395e-06;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 139429068 . G A 385.35 PASS AF=0.450549;AO=40;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00669996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.125;QD=16.9386;RBI=0.00676506;REFB=-0.0118575;REVB=0.000936251;RO=50;SAF=17;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172235;STB=0.60123;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00894859;OID=.;OPOS=139429068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:50:40:41:0.450549:23:17:30:20:24:17:30:20 chr2 139621308 . C T 349.24 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0394143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9234;QD=21.8272;RBI=0.053742;REFB=-0.00797747;REVB=-0.0365338;RO=28;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975585;STB=0.558791;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00831037;OID=.;OPOS=139621308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:28:35:36:0.5625:17:18:11:17:17:19:11:17 chr2 139621319 . A ATCT,T 531.39 PASS AF=0.77193,0.0350877;AO=43,2;DP=57;FAO=44,2;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=22,2;FSAR=22,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0244872,-0.00699257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=191.012,77.8161;QD=37.2903;RBI=0.0269917,0.00700027;REFB=-0.0396306,-0.0576343;REVB=0.0113545,0.00032817;RO=11;SAF=22,2;SAR=21,0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0560117,0.622114;STB=0.52726,0.995406;STBP=0.461,0.107;TYPE=ins,snp;VARB=0.00690523,0.0612282;OID=.,.;OPOS=139621320,139621319;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:57:57:11:11:43,2:44,2:0.77193,0.0350877:21,0:22,2:4:7:22,0:22,2:4:7 chr2 139621326 . G A 765.65 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168961;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3421;QD=56.7151;RBI=0.0283363;REFB=0;REVB=-0.0227479;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.89437e-05;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr2 141032088 . C T 841.37 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.814;QD=56.0913;RBI=0.0512172;REFB=-0.0804089;REVB=-0.0144493;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143007;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:0:59:60:1:28:31:1:0:28:32:0:0 chr2 141260668 . A G 1056.08 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.109695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1764;QD=57.8676;RBI=0.109836;REFB=-0.102253;REVB=0.00555474;RO=1;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171877;STB=0.508472;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00147048;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:73:1:1:70:72:0.986301:43:27:1:0:43:29:1:0 chr2 141274576 . T C 573.72 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0465253;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.228;QD=55.9726;RBI=0.0471888;REFB=-0.174975;REVB=0.00788569;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.529397;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000965005;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:0:2:39:39:0.95122:23:16:0:0:23:16:2:0 chr2 141571329 . T C 752.5 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.776;QD=56.7921;RBI=0.0382857;REFB=0;REVB=0.0116071;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50851e-05;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:22:29:0:0:23:30:0:0 chr2 141709419 . T G 585.97 PASS AF=0.854545;AO=47;DP=55;FAO=47;FDP=55;FR=.;FRO=8;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0312937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3423;QD=42.6156;RBI=0.0354467;REFB=-0.225315;REVB=0.0166485;RO=8;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207039;STB=0.611062;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0303388;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:8:8:47:47:0.854545:14:33:0:8:14:33:0:8 chr2 141750164 . A T 119.77 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.000182067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.572;QD=7.98479;RBI=0.0311309;REFB=-0.0034854;REVB=-0.0311303;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147566;STB=0.588369;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00852873;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:9:8:15:28:9:8:15:28 chr2 141751592 . G A 442.02 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0150707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.045;QD=31.0187;RBI=0.0164887;REFB=-0.0247783;REVB=0.00668953;RO=17;SAF=16;SAR=24;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199897;STB=0.608338;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00841873;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:24:16:13:4:24:16:13:4 chr2 141777550 . C A 74.4 PASS AF=0.157303;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.00478761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5721;QD=3.34361;RBI=0.0373413;REFB=-0.00635204;REVB=0.0370331;RO=74;SAF=10;SAR=4;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244057;STB=0.660778;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.045222;OID=.;OPOS=141777550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:89:89:74:75:14:14:0.157303:4:10:39:35:4:10:40:35 chr2 141816621 . A G 182.9 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.212;QD=43.0346;RBI=0.0416655;REFB=-0.136612;REVB=0.0239616;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00416053;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:1:0:12:4:1:0 chr2 143849094 . G A 129.32 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0641167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8223;QD=12.9324;RBI=0.0790421;REFB=-0.0157642;REVB=-0.0462246;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.49123;STB=0.80201;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0245647;OID=.;OPOS=143849094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:14:1:8:17:14:1:8:17 chr2 144899559 . C A 710.01 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.03831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7336;QD=54.6161;RBI=0.0383435;REFB=-0.0416456;REVB=0.00160364;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00134323;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:51:51:0.980769:34:17:0:0:34:17:1:0 chr2 145145728 . TAAAAAAC TAAAAAC,TAAAAACT 57.23 PASS AF=0.46875,0;AO=13,2;DP=32;FAO=15,0;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3,0;FSAR=12,0;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00987265,-0.0197662;FXX=0.0302939;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.58198,170.384;QD=7.154;RBI=0.0764968,0.0272557;REFB=-0.129949,-0.0113131;REVB=-0.075857,-0.0187662;RO=14;SAF=4,0;SAR=9,2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0.368071,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0508418,-0.497441;STB=0.644946,0.5;STBP=0.18,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.131081,0;OID=.,.;OPOS=145145729,145145734;OREF=A,AC;OALT=-,CT;OMAPALT=TAAAAAC,TAAAAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875,0:13,2:32:15,0:32:17:3,0:12,0:7:10:57:14:4,0:9,2:5:9 chr2 147345683 . G A 194.36 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0146904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.152;QD=14.1352;RBI=0.0197219;REFB=-0.0119058;REVB=-0.0131584;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114854;STB=0.565164;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0243247;OID=.;OPOS=147345683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:8:24:15:8:8:24 chr2 148657117 . G A 806.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00455105;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.242;QD=55.6168;RBI=0.0235018;REFB=-0.142528;REVB=0.0230569;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000266745;OID=.;OPOS=148657117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr2 148716428 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0123;QD=53.2735;RBI=0.0372464;REFB=0;REVB=0.00769047;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564549;OID=.;OPOS=148716428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr2 150432976 . C T 517.89 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.537;QD=59.1869;RBI=0.0344685;REFB=0;REVB=0.0301054;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003887;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:18:17:0:0 chr2 151219315 . C T 979.63 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00942791;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.018;QD=57.6252;RBI=0.0099743;REFB=-0.0191877;REVB=0.00325593;RO=1;SAF=43;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108646;STB=0.505745;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=4.07576e-05;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:24:43:1:0:24:43:1:0 chr2 152266473 . T C 143.93 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0238715;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.352;QD=9.92608;RBI=0.0285122;REFB=-0.00582979;REVB=0.0155916;RO=38;SAF=12;SAR=7;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13453;STB=0.584439;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0132075;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:38:39:19:19:0.327586:7:12:28:10:7:12:29:10 chr2 152296641 . G T 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0400548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9829;QD=12.0221;RBI=0.0401709;REFB=0.00934828;REVB=-0.00305087;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.552543;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.0165346;OID=.;OPOS=152296641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:10:10:7:5:10:10 chr2 152302942 . C T 93.24 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0244709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.49;QD=9.81434;RBI=0.0606802;REFB=-0.0139583;REVB=-0.0555271;RO=26;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358684;STB=0.7218;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0162672;OID=.;OPOS=152302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:2:10:15:11:2:10:15:11 chr2 152311570 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.926;QD=63.5823;RBI=0.0260229;REFB=0;REVB=0.0259157;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65774e-05;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr2 152314385 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0107629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.489;QD=17.6896;RBI=0.0208834;REFB=-0.0273688;REVB=-0.0178963;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699397;STB=0.539839;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0333429;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:13:13:9:12:13:13 chr2 152320118 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.502;QD=55.6561;RBI=0.0436116;REFB=0;REVB=0.0361363;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143335;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr2 152321090 . C G 142.45 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00212165;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.962;QD=13.2508;RBI=0.015177;REFB=-0.00778995;REVB=-0.015028;RO=28;SAF=13;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456228;STB=0.698646;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0121511;OID=.;OPOS=152321090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:27:15:16:0.372093:2:13:15:13:3:13:15:12 chr2 152322095 . A T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2649;QD=35.5693;RBI=0.0398385;REFB=0;REVB=0.0331865;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461716;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr2 152331418 . C G 695.81 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000677862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.863;QD=60.5055;RBI=0.00672904;REFB=-0.0418147;REVB=-0.00669481;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0021735;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:20:25:0:0:20:25:1:0 chr2 152332424 . C T 101.64 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0183981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.626;QD=10.6991;RBI=0.0431528;REFB=-0.00970372;REVB=-0.0390343;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332136;STB=0.71013;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0428701;OID=.;OPOS=152332424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:12:13:0.342105:5:7:7:18:5:8:7:18 chr2 152342310 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000402046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.16;QD=9.67077;RBI=0.00598831;REFB=0.000610283;REVB=-0.0059748;RO=36;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208744;STB=0.624844;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00148044;OID=.;OPOS=152342310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:6:10:16:20:6:10:16:20 chr2 152352843 . C G 1761.39 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.375;QD=60.2186;RBI=0.038447;REFB=0;REVB=-0.0352952;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190137;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:117:0:0:113:117:1:63:50:0:0:64:53:0:0 chr2 152362730 . T G 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00822828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.26;QD=15.0113;RBI=0.0233279;REFB=-0.0308132;REVB=-0.0218286;RO=52;SAF=22;SAR=15;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118739;STB=0.56201;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0426106;OID=.;OPOS=152362730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:15:22:25:27:15:22:26:27 chr2 152372974 . C T 212.49 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0135474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.739;QD=10.2405;RBI=0.0148059;REFB=-0.0163573;REVB=0.00597335;RO=56;SAF=13;SAR=14;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185987;STB=0.608079;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0310242;OID=.;OPOS=152372974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:14:13:36:20:14:13:36:20 chr2 152387553 . T C 973.15 PASS AF=0.54023;AO=94;DP=174;FAO=94;FDP=174;FR=.;FRO=80;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=0.036228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.901;QD=22.3713;RBI=0.0370263;REFB=-0.00715414;REVB=0.00764711;RO=79;SAF=46;SAR=48;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00698488;STB=0.500856;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00574997;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:79:80:94:94:0.54023:48:46:38:41:48:46:39:41 chr2 152417134 . GC TT 303.62 PASS AF=0.330508;AO=39;DP=119;FAO=39;FDP=118;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0296756;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.001;QD=10.2922;RBI=0.0299803;REFB=-0.0040211;REVB=0.00426314;RO=77;SAF=19;SAR=20;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375575;STB=0.529602;STBP=0.634;TYPE=mnp;VARB=0.00881534;OID=.;OPOS=152417134;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:77:79:39:39:0.330508:20:19:35:42:20:19:35:44 chr2 152420120 . C G 219.44 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00869817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7344;QD=17.5549;RBI=0.0712519;REFB=0.0232238;REVB=0.070719;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114389;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0239389;OID=.;OPOS=152420120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:21:22:0.44:11:10:16:11:11:11:17:11 chr2 152422076 . C G 272.1 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364013;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8668;QD=51.8277;RBI=0.0382313;REFB=0;REVB=-0.0116866;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720414;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr2 152422087 . A G 127.99 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00117955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.555;QD=20.4785;RBI=0.00317005;REFB=-0.00895061;REVB=0.00294242;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231617;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0107992;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:5:6:11:3:5:6 chr2 152424597 . G A 288.85 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0100558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.318;QD=16.2733;RBI=0.0105908;REFB=-0.0227795;REVB=-0.0033237;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00253091;STB=0.507038;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0290487;OID=.;OPOS=152424597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:37:39:31:32:0.450704:16:15:18:19:16:16:20:19 chr2 152474861 . C T 346.91 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00577694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.734;QD=13.3428;RBI=0.0130196;REFB=-0.0135137;REVB=-0.0116677;RO=61;SAF=21;SAR=20;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142578;STB=0.569658;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.020473;OID=.;OPOS=152474861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:63:41:41:0.394231:20:21:23:38:20:21:25:38 chr2 152483519 . G A 156.14 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00812829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.089;QD=9.46325;RBI=0.00854433;REFB=-0.00798759;REVB=-0.00263372;RO=45;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914543;STB=0.553906;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0169684;OID=.;OPOS=152483519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:10:11:20:25:10:11:20:25 chr2 152483525 . A G 155.82 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0285929;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.438;QD=9.30253;RBI=0.0334513;REFB=-0.00541299;REVB=-0.0173619;RO=46;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779639;STB=0.546056;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0140688;OID=.;OPOS=152483525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:46:46:21:21:0.313433:10:11:21:25:10:11:21:25 chr2 152490219 . A G 1950.16 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.024;QD=61.9099;RBI=0.0326935;REFB=0;REVB=0.0317546;RO=0;SAF=49;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86068e-05;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:126:0:0:125:126:1:76:49:0:0:77:49:0:0 chr2 152490458 . A G 1743.37 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.45;QD=60.639;RBI=0.0270734;REFB=0;REVB=0.019634;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79716e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:113:115:0:0:113:115:1:54:59:0:0:55:60:0:0 chr2 152496526 . A G 356.85 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7518;QD=54.8994;RBI=0.104788;REFB=0;REVB=-0.0128327;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113895;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr2 152499355 . T C 185.21 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0169231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.89;QD=10.2895;RBI=0.020444;REFB=0.00330486;REVB=-0.0114702;RO=48;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191097;STB=0.611794;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00806206;OID=.;OPOS=152499355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:15:9:26:22:15:9:26:22 chr2 152515683 . G A 231.21 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.0396239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.668;QD=23.714;RBI=0.0409722;REFB=-0.0208903;REVB=-0.0104245;RO=16;SAF=1;SAR=20;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592802;STB=0.531615;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0297172;OID=.;OPOS=152515683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:17:21:22:0.564103:20:1:1:15:21:1:1:16 chr2 152521096 . C T 657.58 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0356737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1631;QD=59.7797;RBI=0.035682;REFB=0.00597675;REVB=0.000769068;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00324858;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:25:18:0:0:25:18:0:1 chr2 152527608 . C T 1513.16 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.133;QD=59.9273;RBI=0.020954;REFB=0;REVB=0.0133377;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06415e-05;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:49:52:0:0:49:52:0:0 chr2 152531077 . A G 228.64 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0379207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.604;QD=9.62706;RBI=0.0381625;REFB=-0.00902811;REVB=-0.00428919;RO=66;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735972;STB=0.543366;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0239456;OID=.;OPOS=152531077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:18:11:29:37:18:11:29:37 chr2 152544903 . T C 267.91 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0043319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.693;QD=16.2368;RBI=0.0368642;REFB=-0.00501606;REVB=0.0366088;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441423;STB=0.524828;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00549125;OID=.;OPOS=152544903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:14:22:17:13:14:22 chr2 152573981 . A G 195.24 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0232116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.683;QD=8.58211;RBI=0.0274989;REFB=-0.00930341;REVB=-0.0147449;RO=65;SAF=8;SAR=18;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195937;STB=0.617235;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.025591;OID=.;OPOS=152573981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:65:26:26:0.285714:18:8:30:35:18:8:30:35 chr2 152698480 . C T 293.03 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00723019;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.497;QD=16.2794;RBI=0.0111163;REFB=-0.00826835;REVB=-0.00844369;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508299;STB=0.526566;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0103841;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:39:32:33:0.458333:16:16:21:17:16:17:22:17 chr2 152988610 . C CT,T 196.27 PASS AF=0.52381,0;AO=17,2;DP=42;FAO=22,0;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.119663,-0.136769;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.6998,20.8058;QD=18.6922;RBI=0.137535,0.154258;REFB=0.00634398,-0.0236492;REVB=-0.0677982,-0.0713429;RO=22;SAF=9,1;SAR=8,1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0733111,0.0433315;STB=0.590826,0.5;STBP=0.244,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.020603,0;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:20:17,2:22,0:0.52381,0:8,1:9,1:10:12:9,0:13,0:8:12 chr2 153378459 . T C 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.544;QD=56.9319;RBI=0.0621093;REFB=0;REVB=-0.00344486;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10142e-05;OID=.;OPOS=153378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr2 153476066 . G A,GCCA 193.04 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,4;DP=31;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780392,0.0956182;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,3;MLLD=69.5939,196.218;QD=42.897;RBI=0.0935386,0.099147;REFB=0,0;REVB=0.051569,0.026216;RO=22;SAF=1,0;SAR=1,4;SRF=5;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.2946,-0.55889;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00172601,0.0073265;OID=.,.;OPOS=153476066,153476067;OREF=G,-;OALT=A,CCA;OMAPALT=A,GCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:31:18:22:0:2,4:2,16:0.111111,0.888889:1,4:1,0:5:17:1,16:1,0:0:0 chr2 153533260 . G A 1072.92 PASS AF=0.973333;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.294;QD=57.2224;RBI=0.0254268;REFB=-0.0620501;REVB=0.020167;RO=2;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214858;STB=0.511108;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00028679;OID=.;OPOS=153533260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:2:2:71:73:0.973333:43:28:0:2:44:29:0:2 chr2 155265623 . G A,T 513.56 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=33,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870605,-0.013182;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.067,141.053;QD=58.6928;RBI=0.0875048,0.0146371;REFB=0,0;REVB=0.00880697,-0.00636219;RO=0;SAF=21,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000555124,0.124665;OID=.,.;OPOS=155265623,155265623;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:33,2:33,2:0.942857,0.0571429:12,2:21,0:0:0:12,2:21,0:0:0 chr2 155307336 . G C,T 995.11 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=64,3;DP=67;FAO=64,4;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244515,0.00229392;FXX=0.0285673;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.897,150.355;QD=58.5359;RBI=0.0244516,0.00289945;REFB=0,0;REVB=6.58378e-05,-0.00177334;RO=0;SAF=24,1;SAR=40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.3845e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00188326,0.136621;OID=.,.;OPOS=155307336,155307336;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:67:68:0:0:64,3:64,4:0.941176,0.0588235:40,2:24,1:0:0:40,2:24,2:0:0 chr2 156120552 . A G,T 694.61 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00527997,-0.0168556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=221.174,170.636;QD=61.7427;RBI=0.0400894,0.0535184;REFB=0,0;REVB=0.0397402,0.0507948;RO=0;SAF=24,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00221766,-0.00458657;OID=.,.;OPOS=156120552,156120552;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:19,2:24,0:0:0:19,2:24,0:0:0 chr2 157189011 . G C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.312;QD=53.2736;RBI=0.0472407;REFB=0;REVB=0.0285477;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783563;OID=.;OPOS=157189011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 157257361 . G A 955.22 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5771;QD=58.7829;RBI=0.0673498;REFB=0;REVB=-0.0602189;RO=0;SAF=9;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90833e-05;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:55:9:0:0:55:10:0:0 chr2 157441664 . G C 834.62 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3806;QD=57.5598;RBI=0.0175778;REFB=0;REVB=0.0170978;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78145e-05;OID=.;OPOS=157441664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:37:20:0:0:37:21:0:0 chr2 157442253 . G A 719.69 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022451;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0807;QD=62.5819;RBI=0.0473803;REFB=0;REVB=0.0417234;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015977;OID=.;OPOS=157442253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:15:30:0:0:15:31:0:0 chr2 157442413 . G A 291.95 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0296008;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3325;QD=14.0697;RBI=0.0298855;REFB=-0.0180024;REVB=-0.00411562;RO=48;SAF=10;SAR=23;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153808;STB=0.602794;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0336148;OID=.;OPOS=157442413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:50:33:33:0.39759:23:10:21:27:23:10:23:27 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 626.14 PASS AF=0.47619,0.52381;AO=18,12;DP=39;FAO=20,22;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10,17;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253191,0.0507743;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=153.225,252.627;QD=59.6323;RBI=0.039435,0.0509235;REFB=0,0;REVB=0.0302335,0.00389576;RO=0;SAF=10,10;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00312651,0.0183511;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.47619,0.52381:18,12:39:20,22:42:0:10,17:10,5:0:0:99:0:10,10:8,2:0:0 chr2 158155480 . A G 71.21 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0132321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.285;QD=8.13817;RBI=0.0393473;REFB=-0.0298455;REVB=-0.0370557;RO=24;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347202;STB=0.662387;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0620342;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:35:24:25:9:10:0.285714:2:7:12:12:3:7:12:13 chr2 158155576 . G A 204.11 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.016576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.859;QD=38.8783;RBI=0.029791;REFB=-0.237001;REVB=0.0247535;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655734;STB=0.55167;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00364429;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:21:21:2:3:18:18:0.857143:13:5:0:2:13:5:0:3 chr2 158157361 . C T 3295.5 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266319;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.901;QD=62.1792;RBI=0.0326154;REFB=0;REVB=0.0188284;RO=0;SAF=104;SAR=108;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69564e-05;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:212:212:1:108:104:0:0:108:104:0:0 chr2 158291188 . A C 251.39 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0276806;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.94;QD=41.8987;RBI=0.0332313;REFB=-0.16509;REVB=0.0183877;RO=3;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682618;STB=0.537154;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00176342;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:13:8:2:1:13:8:2:1 chr2 158386938 . C T 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.249;QD=57.2372;RBI=0.0406569;REFB=0;REVB=-0.0384421;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.68815e-05;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr2 158443889 . G A 199.97 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00223708;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.979;QD=18.6017;RBI=0.00808188;REFB=-0.00762376;REVB=0.0077661;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972961;STB=0.555498;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0119593;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:14:6:9:14:14:6:9:14 chr2 158626980 . C T 108.88 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.000821766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.714;QD=9.07295;RBI=0.000897422;REFB=-0.00348587;REVB=0.000360647;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193056;STB=0.577534;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00987208;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:34:13:14:0.291667:6:7:23:10:6:8:23:11 chr2 158636910 . G A 239.43 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=88;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0198011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.796;QD=10.6412;RBI=0.0286579;REFB=-0.0125735;REVB=0.0207169;RO=59;SAF=10;SAR=19;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19312;STB=0.625868;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.024091;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:59:60:29:30:0.333333:19:10:30:29:20:10:31:29 chr2 159166069 . T C 346.39 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0435063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4428;QD=51.3172;RBI=0.0653082;REFB=-0.0497827;REVB=0.048707;RO=1;SAF=4;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102655;STB=0.55551;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00275049;OID=.;OPOS=159166069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:22:4:1:0:22:4:1:0 chr2 159537868 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.844;QD=51.1833;RBI=0.0972378;REFB=0;REVB=0.0960342;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141099;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr2 159663599 . T C 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.017458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.246;QD=9.9322;RBI=0.0186784;REFB=-0.00343732;REVB=-0.00664076;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679271;STB=0.540928;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0091048;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:6:9:19:16:6:9:19:16 chr2 160019863 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.056;QD=57.2021;RBI=0.0146056;REFB=0;REVB=-0.00496065;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132516;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 160035207 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.275;QD=61.6835;RBI=0.0703223;REFB=0;REVB=0.0234145;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182085;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr2 160084473 . A C 122.64 PASS AF=0.466667;AO=15;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0265943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6558;QD=16.3516;RBI=0.0348525;REFB=-0.00779704;REVB=0.0225264;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00973354;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:15:14:0.466667:9:6:8:7:9:5:9:7 chr2 160086653 . CA TG 390.97 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00599716;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.265;QD=16.637;RBI=0.0128685;REFB=-0.0281851;REVB=-0.0113856;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582646;STB=0.532753;STBP=0.589;TYPE=mnp;VARB=0.0335974;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:17:24:28:25:17:24:28:25 chr2 160086692 . A G 451.69 PASS AF=0.432203;AO=49;DP=117;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0109626;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.761;QD=15.3116;RBI=0.011804;REFB=-0.0148412;REVB=0.00437671;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467269;STB=0.5294;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0172223;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:64:67:49:51:0.432203:23:26:31:33:24:27:32:35 chr2 160136337 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00399512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.091;QD=50.4135;RBI=0.0739133;REFB=0;REVB=0.0738052;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762093;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr2 160182302 . C T 321.08 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.041994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4526;QD=33.798;RBI=0.0494418;REFB=-0.0181229;REVB=-0.026096;RO=11;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959111;STB=0.552532;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0038078;OID=.;OPOS=160182302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:19:8:5:6:19:8:5:6 chr2 160294779 . T C 247.05 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0286397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.408;QD=24.7053;RBI=0.0414378;REFB=-0.0110664;REVB=0.0299476;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173151;STB=0.596031;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0132135;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:12:11:12:5:12:11:12:5 chr2 160294842 . A G 462.33 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0014491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.496;QD=27.1961;RBI=0.00983436;REFB=-0.0183459;REVB=0.00972701;RO=25;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692301;STB=0.537678;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00796529;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:18:25:17:8:18:25:17:8 chr2 160604812 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.113;QD=62.6711;RBI=0.00281747;REFB=0;REVB=0.00155104;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43979e-06;OID=.;OPOS=160604812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr2 160605268 . T C 373.2 PASS AF=1;AO=18;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.662;QD=55.2887;RBI=0.051278;REFB=0;REVB=0.0323046;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213601;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:18:27:1:5:13:0:0:9:18:0:0 chr2 160639970 . T C 616.88 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112694;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.546;QD=61.688;RBI=0.0749915;REFB=0;REVB=0.0741399;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253344;OID=.;OPOS=160639970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr2 160676427 . C A 331.82 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00150728;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.752;QD=31.6021;RBI=0.00401568;REFB=-0.0250049;REVB=-0.00372207;RO=14;SAF=22;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220258;STB=0.621644;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0243319;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:14:14:28:28:0.666667:6:22:7:7:6:22:7:7 chr2 160711045 . G C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.077;QD=60.716;RBI=0.071401;REFB=0;REVB=0.0394426;RO=0;SAF=12;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214038;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:64:12:0:0:64:12:0:0 chr2 160737621 . C T 929.92 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000988304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.938;QD=58.1198;RBI=0.00304222;REFB=0;REVB=0.00287721;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23543e-06;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr2 160738677 . G A 920.19 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.846;QD=58.425;RBI=0.0215195;REFB=0;REVB=-0.00241124;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01784e-05;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:40:22:0:0:40:23:0:0 chr2 160833188 . A G,T 1857.81 PASS AF=0.95935,0.0406504;AO=117,5;DP=123;FAO=118,5;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=59,2;FSAR=59,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211898,0.0048563;FXX=0.0159987;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.893,138.089;QD=60.4166;RBI=0.0247288,0.010743;REFB=0,0;REVB=0.0127478,-0.00958277;RO=0;SAF=58,2;SAR=59,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00126919,0.0685543;OID=.,.;OPOS=160833188,160833188;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:123:123:0:0:117,5:118,5:0.95935,0.0406504:59,3:58,2:0:0:59,3:59,2:0:0 chr2 160901517 . A G 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0202055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.629;QD=20.5429;RBI=0.0370458;REFB=0.041866;REVB=0.0310504;RO=36;SAF=11;SAR=28;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349197;STB=0.519304;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.0359435;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:28:11:9:27:28:11:9:27 chr2 160968628 . A G 169.5 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0113198;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.099;QD=19.3709;RBI=0.0182803;REFB=-0.00614787;REVB=-0.0143538;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.625355;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0158894;OID=.;OPOS=160968628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:17:15:15:0.428571:7:8:5:11:7:8:5:12 chr2 160994348 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0104058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.257;QD=9.76023;RBI=0.0162246;REFB=-0.0255167;REVB=-0.0124482;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604779;STB=0.86855;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.037075;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:3:9:1:6:3:9 chr2 161130982 . C T 64.05 PASS AF=0.727273;AO=6;DP=8;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0544729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.01;QD=23.2906;RBI=0.0684762;REFB=-0.0248756;REVB=0.0414933;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.713728;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0191876;OID=.;OPOS=161130982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:11:2:3:6:8:0.727273:2:4:0:2:2:6:0:3 chr2 161174693 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0473809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.342;QD=7.95442;RBI=0.0489016;REFB=0.00445318;REVB=-0.0121003;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113905;STB=0.571247;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0119777;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:10:9:3:5:10:9 chr2 161253376 . A G 424.98 PASS AF=0.650794;AO=36;DP=58;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000962281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.513;QD=26.983;RBI=0.0390216;REFB=-0.0188084;REVB=0.0390098;RO=20;SAF=14;SAR=22;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415605;STB=0.532771;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0158203;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:20:22:36:41:0.650794:22:14:9:11:26:15:10:12 chr2 161253401 . G A 564.45 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0767243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8019;QD=29.7078;RBI=0.0898625;REFB=-0.0188068;REVB=-0.046783;RO=26;SAF=18;SAR=32;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679443;STB=0.536898;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0181075;OID=.;OPOS=161253401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:32:18:12:14:32:18:12:14 chr2 162876768 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0232165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.664;QD=15.7812;RBI=0.0239937;REFB=-0.00125508;REVB=0.00605754;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150849;STB=0.587032;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00317021;OID=.;OPOS=162876768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:10:7:8:6:10:7 chr2 163078171 . C CA 52.33 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.06751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.8943;QD=5.50847;RBI=0.0704928;REFB=-0.0294757;REVB=0.0202888;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658881;STB=0.884687;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0369563;OID=.;OPOS=163078172;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:39:11:38:27:2:9:22:5:52:28:2:9:23:5 chr2 164145582 . C A 34.55 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.000614223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.04;QD=10.6313;RBI=0.0274917;REFB=-0.0215568;REVB=-0.0274849;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.631131;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0279106;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:12:13:7:7:5:6:0.461538:2:3:3:4:2:4:3:4 chr2 165476253 . A T 269.42 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.036215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.823;QD=23.4279;RBI=0.0406847;REFB=-0.0282818;REVB=0.0185397;RO=20;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558334;STB=0.541633;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0240991;OID=.;OPOS=165476253;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:12:13:9:11:12:13:9:12 chr2 165657066 . T C 118.96 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00416019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.527;QD=13.5958;RBI=0.00427696;REFB=-0.00789062;REVB=-0.000992614;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.602361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0131607;OID=.;OPOS=165657066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:5:8:10:11:5:9:10:11 chr2 165657096 . G C 53.82 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.01988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3806;QD=7.97385;RBI=0.0357729;REFB=-0.000878715;REVB=0.0297404;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401836;STB=0.735249;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0117629;OID=.;OPOS=165657096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:2:6:7:11:2:6:8:11 chr2 165996107 . T A 418.01 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0387732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6885;QD=22.9047;RBI=0.0388696;REFB=-0.00648128;REVB=0.00273647;RO=32;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440103;STB=0.52422;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00491987;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:17:24:17:15:17:24:17:15 chr2 166152389 . G A 196.4 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00288028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4601;QD=28.0575;RBI=0.00368402;REFB=-0.0484223;REVB=-0.00229694;RO=9;SAF=14;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170991;STB=0.570058;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0225523;OID=.;OPOS=166152389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:27:28:9:9:18:19:0.678571:4:14:5:4:5:14:5:4 chr2 166170127 . T C 1555.81 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7323;QD=58.7096;RBI=0.067466;REFB=-0.0740551;REVB=0.0619181;RO=1;SAF=46;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102048;STB=0.505375;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00105508;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:59:46:1:0:59:46:1:0 chr2 166248047 . G A 228.75 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0422676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1971;QD=14.2966;RBI=0.0464594;REFB=0.000457446;REVB=-0.0192852;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873679;STB=0.549617;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000264275;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:13:14:16:21:13:14:16:21 chr2 166535918 . C T 159.95 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.011159;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.929;QD=8.41829;RBI=0.0264389;REFB=-0.000126654;REVB=0.0239686;RO=54;SAF=14;SAR=8;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152443;STB=0.509083;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.000373436;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:54:54:22:22:0.289474:8:14:35:19:8:14:35:19 chr2 166605010 . A T 92.59 PASS AF=0.292683;AO=10;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0286302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.676;QD=9.03299;RBI=0.0352906;REFB=-0.0131362;REVB=-0.0206334;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993085;STB=0.512175;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0335683;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:41:29:29:10:12:0.292683:6:4:14:15:6:6:14:15 chr2 166618262 . C T 188.75 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00347882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.588;QD=14.2455;RBI=0.00371535;REFB=-0.00695045;REVB=-0.00130447;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11184;STB=0.557323;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0099789;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:31:22:22:0.415094:16:6:11:19:16:6:11:20 chr2 166788336 . T C 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00102497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.147;QD=56.8271;RBI=0.0189123;REFB=-0.0523824;REVB=0.0188845;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=5.78381e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:30:34:0:0:30:34:0:1 chr2 166797646 . C T 1182.55 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0014965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.905;QD=58.3976;RBI=0.0120631;REFB=-0.17641;REVB=-0.0119699;RO=2;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459753;STB=0.502429;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00232241;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:81:2:2:79:79:0.975309:32:47:1:1:32:47:1:1 chr2 166810159 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00607094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.058;QD=14.3343;RBI=0.00639591;REFB=-0.0488633;REVB=-0.00201278;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36755;STB=0.732852;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0494514;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:3:6:2:7:3:6:2:8 chr2 166810161 . G A 80.01 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0140443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8443;QD=16.0011;RBI=0.0401084;REFB=-0.0512617;REVB=-0.0375692;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348751;STB=0.739926;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.070919;OID=.;OPOS=166810161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:19:20:6:10:10:10:0.5:3:7:1:5:3:7:2:8 chr2 166847987 . C A 169.48 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0130328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6421;QD=10.5927;RBI=0.0130537;REFB=-0.0228929;REVB=0.000738906;RO=42;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372734;STB=0.52172;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0244428;OID=.;OPOS=166847987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:42:22:22:0.34375:14:8:14:28:14:8:14:28 chr2 166892788 . C T 108.22 PASS AF=0.262295;AO=15;DP=60;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00715273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.427;QD=7.09632;RBI=0.029513;REFB=-0.0224244;REVB=-0.0286332;RO=45;SAF=4;SAR=11;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285171;STB=0.635799;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0694123;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:45:45:15:16:0.262295:11:4:22:23:11:5:22:23 chr2 166897864 . A G 390.27 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0273295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4625;QD=19.0375;RBI=0.072845;REFB=-0.0179906;REVB=0.0675241;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667448;STB=0.537131;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0128936;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:19:23:19:21:19:23 chr2 166903445 . T C 412.6 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0155416;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8238;QD=18.3376;RBI=0.0161102;REFB=0.00155438;REVB=-0.00424235;RO=47;SAF=8;SAR=34;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242545;STB=0.633167;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00059337;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:48:42:42:0.466667:34:8:18:29:34:8:18:30 chr2 167099158 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.195;QD=57.8849;RBI=0.0413834;REFB=0;REVB=0.00374772;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25392e-05;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr2 167144974 . A T 208.74 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0379412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0263;QD=13.6876;RBI=0.0390722;REFB=-0.0375159;REVB=-0.00933302;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245421;STB=0.514008;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0336742;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:15:21:14:11:15:21 chr2 167144995 . T C 222.72 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0205059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.729;QD=12.5474;RBI=0.0233067;REFB=-0.0163512;REVB=0.0110773;RO=44;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117777;STB=0.567518;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0327836;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:13:14:18:26:13:14:18:26 chr2 167145142 . A G 130.93 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0189985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.193;QD=10.2688;RBI=0.0196784;REFB=-0.0138131;REVB=-0.00512808;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184128;STB=0.60857;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0326405;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:9:7:10:25:9:7:10:25 chr2 167163043 . T C 234.71 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0183465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2219;QD=16.7647;RBI=0.0226618;REFB=-0.00279529;REVB=0.0133028;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197452;STB=0.595615;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00450568;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:26:27:0.482143:17:9:16:13:17:10:16:13 chr2 167168093 . C T 306.61 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0259853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.965;QD=13.0473;RBI=0.0284516;REFB=-0.0133818;REVB=-0.011587;RO=59;SAF=16;SAR=19;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563585;STB=0.532259;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0168661;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:19:16:30:29:19:16:30:29 chr2 167279922 . C A 544.15 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00144644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5429;QD=57.2792;RBI=0.0103288;REFB=-0.0225864;REVB=-0.010227;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00227831;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:0:1 chr2 167334085 . G T 1152.14 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000380461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.766;QD=60.6392;RBI=0.017628;REFB=0;REVB=0.0176238;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60736e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr2 167759994 . T C 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00264378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.666;QD=19.6967;RBI=0.0392595;REFB=-0.0126572;REVB=-0.0391704;RO=22;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346436;STB=0.697136;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0114116;OID=.;OPOS=167759994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:5:16:9:13:5:16:9:13 chr2 169681151 . C T 858.64 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8507;QD=56.3044;RBI=0.0240761;REFB=0.0184182;REVB=-0.0238814;RO=1;SAF=37;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125858;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437388;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:23:37:1:0:23:38:0:0 chr2 169707428 . C T 248.96 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0392505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2427;QD=12.1445;RBI=0.0551903;REFB=-0.0234368;REVB=-0.0387991;RO=51;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139113;STB=0.574739;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0370643;OID=.;OPOS=169707428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:19:11:25:26:19:11:25:27 chr2 169721377 . G A 753.08 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0177572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1367;QD=61.4757;RBI=0.0402618;REFB=-0.012868;REVB=0.0361344;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.510634;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00219033;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:1:0:25:23:1:0 chr2 169733808 . A G 118.89 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0256427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.698;QD=13.2096;RBI=0.027762;REFB=-0.00990156;REVB=0.0106385;RO=21;SAF=1;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.639574;STB=0.87955;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0357631;OID=.;OPOS=169733808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:13:1:12:9:13:1:12:10 chr2 169758024 . A T 431.8 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0110365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.91;QD=23.0295;RBI=0.0145776;REFB=-0.0219276;REVB=-0.00952378;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374267;STB=0.519991;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0219867;OID=.;OPOS=169758024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:33:42:42:0.56:21:21:14:17:21:21:15:18 chr2 169764120 . A G 171.23 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00304154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7341;QD=17.5616;RBI=0.039121;REFB=0.0192861;REVB=0.0390026;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250214;STB=0.654999;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0204096;OID=.;OPOS=169764120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:6:12:8:12:6:12:8:13 chr2 169764491 . T C 121.13 PASS AF=0.326087;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0251608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.431;QD=10.5334;RBI=0.0312671;REFB=-0.00231089;REVB=-0.0185625;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149413;STB=0.605915;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00677155;OID=.;OPOS=169764491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:31:14:15:0.326087:9:5:15:16:10:5:15:16 chr2 169789016 . T C 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0033562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.813;QD=8.95966;RBI=0.00519163;REFB=-0.0150214;REVB=0.00396093;RO=35;SAF=2;SAR=12;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515003;STB=0.812412;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0207928;OID=.;OPOS=169789016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:12:2:19:16:12:2:19:17 chr2 169826877 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.563;QD=45.1034;RBI=0.0188914;REFB=-0.00483293;REVB=0.00277826;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-8.11159e-05;OID=.;OPOS=169826877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:12:6:1:0:12:6:1:0 chr2 169830328 . A G 362.23 PASS AF=0.569231;AO=35;DP=63;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0452123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0749;QD=22.2911;RBI=0.0473602;REFB=-0.0333556;REVB=0.0141011;RO=27;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550855;STB=0.532871;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0311789;OID=.;OPOS=169830328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:27:28:35:37:0.569231:17:18:12:15:17:20:13:15 chr2 169952233 . T C 266.34 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0256636;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.273;QD=15.6673;RBI=0.0257999;REFB=-0.016403;REVB=-0.00264874;RO=38;SAF=7;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298881;STB=0.670281;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00806217;OID=.;OPOS=169952233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:23:7:19:19:23:7:19:19 chr2 169997051 . G A 247.43 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.402;QD=49.4859;RBI=0.169451;REFB=0;REVB=-0.0318293;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318535;OID=.;OPOS=169997051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chr2 170003432 . T G 1029.75 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0410505;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.045;QD=55.6623;RBI=0.0410517;REFB=-0.152855;REVB=-0.000313675;RO=3;SAF=30;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449644;STB=0.523803;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00249843;OID=.;OPOS=170003432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:3:3:71:71:0.959459:41:30:3:0:41:30:3:0 chr2 170010985 . T C 260.9 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0188316;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.058;QD=30.6938;RBI=0.0266172;REFB=0.00357718;REVB=-0.0188108;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.636247;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00303717;OID=.;OPOS=170010985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:0:11:23:23:0.676471:14:9:0:0:14:9:9:2 chr2 170025083 . A G 450.96 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0208777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.75;QD=19.1899;RBI=0.0421092;REFB=-0.0169103;REVB=-0.0365692;RO=49;SAF=32;SAR=13;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167271;STB=0.593491;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0151226;OID=.;OPOS=170025083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:45:45:0.478723:13:32:27:22:13:32:27:22 chr2 170032989 . C T 237.14 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00105786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.329;QD=19.762;RBI=0.0548612;REFB=-0.00285393;REVB=0.054851;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393565;STB=0.722538;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00680205;OID=.;OPOS=170032989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:17:8:17:6:17:8 chr2 170042153 . G A 40.66 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0299948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.578;QD=2.11211;RBI=0.0339726;REFB=0.00325689;REVB=-0.0159515;RO=66;SAF=3;SAR=6;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201692;STB=0.660511;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0401433;OID=.;OPOS=170042153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:77:66:68:9:9:0.116883:6:3:33:33:6:3:35:33 chr2 170092395 . A G 155.56 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0434182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3411;QD=9.4281;RBI=0.0598684;REFB=-0.0199222;REVB=0.0412199;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314052;STB=0.518501;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0592764;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:13:8:16:29:13:8:16:29 chr2 170099473 . T C 682.81 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2599;QD=62.0735;RBI=0.111641;REFB=0;REVB=0.0641689;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194029;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:27:17:0:0 chr2 170103336 . T C 1559.79 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00579314;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.512;QD=58.86;RBI=0.0102245;REFB=0.149024;REVB=0.00842502;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000379507;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:57:48:0:0:57:48:0:1 chr2 170103351 . G T 1530.11 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8553;QD=59.4219;RBI=0.0772709;REFB=0;REVB=0.0772045;RO=0;SAF=44;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.17359e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269393;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:101:103:1:57:44:0:0:58:45:0:0 chr2 170115588 . T C 1264.68 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.774;QD=61.6918;RBI=0.0217135;REFB=0;REVB=0.00528299;RO=0;SAF=32;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79398e-05;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:50:32:0:0:50:32:0:0 chr2 170129528 . G A 222.79 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0141852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5345;QD=12.5517;RBI=0.033652;REFB=-0.00860636;REVB=0.0305162;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845341;STB=0.548553;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0123151;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:23:21:15:12:23:21 chr2 170150671 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.951;QD=51.1843;RBI=0.0811086;REFB=0;REVB=0.0810284;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165413;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 170175334 . T C 909.89 PASS AF=0.942029;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0218843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.653;QD=52.7475;RBI=0.0281656;REFB=-0.0311461;REVB=0.0177308;RO=4;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353856;STB=0.518764;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0016982;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:65:65:0.942029:28:37:1:3:28:37:1:3 chr2 170218847 . C G 613.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.235;QD=61.3791;RBI=0.03595;REFB=0;REVB=0.0331965;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106927;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:12:28:0:0 chr2 170403030 . T C 1026.38 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.464;QD=59.5002;RBI=0.02545;REFB=0;REVB=0.0248839;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56872e-05;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:44:24:0:0:45:24:0:0 chr2 170411693 . T C 445.47 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0288159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.9;QD=52.4081;RBI=0.0299105;REFB=-0.00226751;REVB=-0.0080176;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=8.54848e-05;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:1:1:17:15:1:1 chr2 170605981 . C T 868.12 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.731;QD=57.8747;RBI=0.0233478;REFB=0;REVB=-0.0202915;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340924;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr2 170632969 . C A 127.15 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0961674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.436;QD=36.3274;RBI=0.0990664;REFB=-0.00533548;REVB=0.0237903;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0227107;OID=.;OPOS=170632969;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:5:7:0:1:6:7:0:1 chr2 170938659 . G A 336.81 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8546;QD=53.8892;RBI=0.0753328;REFB=0;REVB=0.048756;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157647;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr2 170976590 . A G 115.4 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.881;QD=38.4659;RBI=0.154345;REFB=0;REVB=0.0150908;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183223;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:12:0:0:10:12:1:9:1:0:0:9:3:0:0 chr2 171260787 . G A 278.94 PASS AF=0.609756;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0139418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.01;QD=27.2138;RBI=0.0549547;REFB=0.00812147;REVB=0.0531568;RO=16;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151615;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00860501;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:24:25:0.609756:11:13:9:7:11:14:9:7 chr2 171260820 . T C 293.22 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00584574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0092;QD=22.9974;RBI=0.0627318;REFB=0.00617643;REVB=0.0624589;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220267;STB=0.512187;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00351411;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:12:10:14:15:12:10 chr2 171355198 . A G 195.9 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0264523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.226;QD=22.3882;RBI=0.0264821;REFB=-0.0198629;REVB=-0.00125689;RO=15;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176241;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:15:15:0.428571:14:1:2:13:13:2:2:13 chr2 171356274 . G A 657.47 PASS AF=0.648352;AO=52;DP=84;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00318719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7874;QD=28.8999;RBI=0.0039236;REFB=-0.0537083;REVB=-0.00228832;RO=31;SAF=27;SAR=25;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200645;STB=0.519934;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0134985;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:91:31:32:52:59:0.648352:25:27:17:14:31:28:17:15 chr2 171570488 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.039;QD=37.4885;RBI=0.0209436;REFB=0;REVB=-0.0157334;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.3836e-05;OID=.;OPOS=171570488;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr2 171572940 . G A 575.46 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0924341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.248;QD=60.5743;RBI=0.0924526;REFB=0;REVB=-0.00185192;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410757;OID=.;OPOS=171572940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr2 171649402 . C T 446.37 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0112006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8772;QD=29.2699;RBI=0.0344176;REFB=-0.0237657;REVB=-0.0325441;RO=19;SAF=20;SAR=21;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100752;STB=0.561768;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0107428;OID=.;OPOS=171649402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:19:20:41:41:0.672131:21:20:6:13:21:20:6:14 chr2 171678625 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0775891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.152;QD=43.4857;RBI=0.0775895;REFB=0;REVB=-0.000257097;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000766511;OID=.;OPOS=171678625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr2 171822465 . C CT 453.19 PASS AF=1;AO=7;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0826926;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=153.87;QD=47.7043;RBI=0.0838561;REFB=0;REVB=-0.01392;RO=31;SAF=0;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.696814;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00368319;OID=.;OPOS=171822466;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:39:38:38:0:16:22:0:0:4:31:0:7:15:16 chr2 171822466 . C T 438.03 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0449759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.706;QD=43.8032;RBI=0.0545954;REFB=-0.160498;REVB=0.0309488;RO=7;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166667;STB=0.589691;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00432972;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:40:40:7:7:33:33:0.825:16:17:0:7:16:17:0:7 chr2 171822576 . C T 866.65 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1145;QD=54.1654;RBI=0.115463;REFB=-0.0483676;REVB=0.114721;RO=2;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277491;STB=0.514701;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00417439;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:64:2:2:61:62:0.96875:33:28:0:2:33:29:0:2 chr2 171850329 . T G 1328.62 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.818;QD=61.7965;RBI=0.013124;REFB=0;REVB=-0.00846424;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132369;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:37:47:0:0:39:47:0:0 chr2 172174150 . AA GC 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249519;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.148;QD=45.8068;RBI=0.0298309;REFB=0;REVB=0.0163489;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000459642;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 172180771 . A G 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.838;QD=62.4647;RBI=0.0138322;REFB=0;REVB=0.0111989;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09899e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr2 172378818 . A G 410.7 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.086;QD=56.6483;RBI=0.020224;REFB=0;REVB=0.0162226;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85884e-05;OID=.;OPOS=172378818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr2 172379781 . G A 657.38 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00699169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.173;QD=50.5679;RBI=0.0427823;REFB=-0.0151396;REVB=0.0422071;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408723;STB=0.531902;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00121905;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:49:49:0.942308:22:27:0:2:22:27:0:3 chr2 172411273 . G A 314.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.05;QD=52.363;RBI=0.0321301;REFB=0;REVB=-0.0248197;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160826;OID=.;OPOS=172411273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr2 172693780 . G A 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.878;QD=55.6435;RBI=0.0526483;REFB=0;REVB=-0.00656337;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00098817;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr2 172709215 . G C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.087;QD=49.5921;RBI=0.0139884;REFB=0;REVB=-0.0102198;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.38719e-06;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr2 172725301 . A G 923.03 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162954;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6696;QD=58.6053;RBI=0.0167666;REFB=0;REVB=0.00394677;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.7921e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr2 172964638 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.252;QD=35.5759;RBI=0.0215307;REFB=0;REVB=0.00759431;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11348e-05;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 172966250 . T C 1317.69 PASS AF=0.977528;AO=85;DP=88;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00747735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3157;QD=59.222;RBI=0.0463362;REFB=0.0122268;REVB=0.045729;RO=2;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210442;STB=0.510867;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00013744;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:89:2:2:85:87:0.977528:44:41:0:2:45:42:0:2 chr2 173339808 . G A 224.81 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0459336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.626;QD=13.0327;RBI=0.045965;REFB=-0.0124505;REVB=0.00169726;RO=42;SAF=7;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964227;STB=0.555513;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.016124;OID=.;OPOS=173339808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:20:7:14:28:20:7:14:28 chr2 173686663 . G T 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0310577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5928;QD=24.2011;RBI=0.037069;REFB=-0.0414165;REVB=0.0202369;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106599;STB=0.559929;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0147016;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:4:14:8:4:4:14:8:4 chr2 173917425 . G A 657.29 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00508258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.343;QD=59.7539;RBI=0.0149525;REFB=0.131534;REVB=0.0140622;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00324379;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:0:1:21:22:0:1 chr2 174068513 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.742;QD=61.6839;RBI=0.0104565;REFB=0;REVB=-0.0048447;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07494e-05;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 174091088 . T C 766.27 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5369;QD=63.856;RBI=0.08113;REFB=0;REVB=0.0735436;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358757;OID=.;OPOS=174091088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 174097106 . A G 630.52 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.44;QD=58.6534;RBI=0.0301693;REFB=-0.0574498;REVB=0.0273258;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000362488;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:0:1:41:42:0.976744:22:19:0:0:22:20:0:1 chr2 174103160 . T C 311.51 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0100574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7223;QD=19.1697;RBI=0.0133189;REFB=-0.00781351;REVB=0.00873172;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685681;STB=0.538152;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0113042;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:17:16:18:14:17:16:18:14 chr2 174128595 . T C 473.24 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00358946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.228;QD=23.9612;RBI=0.00471628;REFB=-0.0189055;REVB=0.00305925;RO=33;SAF=22;SAR=23;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00311904;STB=0.507879;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0160206;OID=.;OPOS=174128595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:34:45:45:0.56962:23:22:16:17:23:22:16:18 chr2 174228107 . G A 152.8 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0205293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.897;QD=13.5821;RBI=0.0217747;REFB=-0.0198142;REVB=-0.00725841;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234306;STB=0.63668;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0369459;OID=.;OPOS=174228107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:16:12:11:6:16:12 chr2 174230201 . C T 451.01 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0104528;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.199;QD=21.4768;RBI=0.0104829;REFB=-0.00651163;REVB=0.000793849;RO=40;SAF=30;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189097;STB=0.604789;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00921853;OID=.;OPOS=174230201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:40:44:44:0.52381:14:30:19:21:14:30:19:21 chr2 174232845 . T C 428.59 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7229;QD=57.1447;RBI=0.0627416;REFB=0;REVB=0.0302612;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134918;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr2 175201299 . C G 2730.31 PASS AF=1;AO=162;DP=164;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.064;QD=61.7019;RBI=0.0609007;REFB=0;REVB=0.0606456;RO=0;SAF=86;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282406;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:164:177:0:0:162:177:1:76:86:0:0:90:87:0:0 chr2 175424779 . T G 36.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0175755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.105;QD=6.12534;RBI=0.024973;REFB=-0.0102763;REVB=-0.0177412;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954119;STB=0.587933;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0226284;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:7:10:4:2:8:10 chr2 175425476 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00040303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.195;QD=52.6132;RBI=0.00887067;REFB=0;REVB=-0.00886151;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78692e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr2 175426274 . C G 923.48 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167155;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1889;QD=58.6335;RBI=0.0433118;REFB=0;REVB=0.0399563;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783795;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr2 175436940 . G A 528.69 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0218175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.576;QD=52.8686;RBI=0.0489968;REFB=-0.0212577;REVB=0.0438712;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.534865;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000619809;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:0:3:37:37:0.925:20:17:0:0:20:17:0:3 chr2 175957917 . C T 36.18 PASS AF=0.0503597;AO=10;DP=140;FAO=7;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=65;FSRR=61;FWDB=-0.0143256;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7485;QD=1.04115;RBI=0.0162811;REFB=-0.00638713;REVB=0.00773638;RO=118;SAF=9;SAR=1;SRF=57;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46942;STB=0.838717;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.17202;OID=.;OPOS=175957917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:140:139:118:126:10:7:0.0503597:1:9:57:61:1:6:65:61 chr2 176964904 . G A 577.89 PASS AF=0.409938;AO=65;DP=161;FAO=66;FDP=161;FR=.;FRO=95;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.00595997;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.275;QD=14.3574;RBI=0.0125729;REFB=-0.0349976;REVB=0.0110706;RO=95;SAF=33;SAR=32;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256582;STB=0.505836;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0498768;OID=.;OPOS=176964904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:95:95:65:66:0.409938:32:33:48:47:32:34:48:47 chr2 176965086 . G A 976.04 PASS AF=0.505208;AO=85;DP=181;FAO=97;FDP=192;FR=.;FRO=95;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=42;FSRR=53;FWDB=-0.00666009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.4;QD=20.3341;RBI=0.0373844;REFB=-0.0251229;REVB=0.0367864;RO=93;SAF=38;SAR=47;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0043537;STB=0.526107;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0298436;OID=.;OPOS=176965086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:192:93:95:85:97:0.505208:47:38:42:51:49:48:42:53 chr2 176984192 . TAAA T,TATA 226.32 PASS AF=0.166667,0.708333;AO=4,15;DP=22;FAO=4,17;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=4,3;FSAR=0,14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0281826,-0.0177843;FXX=0.11107;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=14.5668,80.5428;QD=37.7194;RBI=0.113426,0.126801;REFB=-0.210899,-0.189412;REVB=-0.109869,-0.125547;RO=1;SAF=2,3;SAR=2,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166656,0.0365123;STB=0.996413,0.538414;STBP=0.067,0.563;TYPE=del,snp;VARB=0.0905618,0.0274165;OID=.,.;OPOS=176984193,176984194;OREF=AAA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.708333:4,15:22:4,17:24:3:4,3:0,14:1:2:21:1:2,3:2,12:0:1 chr2 176984454 . A T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0283657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.838;QD=16.8224;RBI=0.0315377;REFB=0.00808923;REVB=0.0137846;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00701006;OID=.;OPOS=176984454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr2 176988290 . C CGCA 35.08 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0378862;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.459;QD=5.01079;RBI=0.0557517;REFB=-0.0193133;REVB=-0.040901;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316493;STB=0.726565;STBP=0.267;TYPE=ins;VARB=0.0577928;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:6:29:6:28:22:4:2:8:14:35:23:4:2:9:14 chr2 177036754 . T C 46.44 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0437435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2833;QD=14.2881;RBI=0.0700825;REFB=-0.0321266;REVB=-0.0547545;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017203;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:13:13:5:6:5:6:0.461538:3:2:1:4:4:2:2:4 chr2 178085137 . G A 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00926168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.224;QD=12.941;RBI=0.0287316;REFB=-0.00389142;REVB=-0.0271979;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311515;STB=0.70558;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00544177;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:25:15:15:0.375:3:12:12:10:3:12:13:12 chr2 178085343 . A G 264.15 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=81;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.0101628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4223;QD=13.0442;RBI=0.0160348;REFB=-0.022334;REVB=-0.0124028;RO=49;SAF=17;SAR=14;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00284901;STB=0.507242;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.039471;OID=.;OPOS=178085343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:50:31:31:0.382716:14:17:27:22:14:17:28:22 chr2 178210593 . C T 54.0 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00389762;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.514;QD=7.44823;RBI=0.0570261;REFB=-0.0058173;REVB=-0.0568927;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00726634;STB=0.504576;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172216;OID=.;OPOS=178210593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:13:8:3:5:13:8 chr2 178417142 . C T 723.18 PASS AF=1;AO=51;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1782;QD=50.7497;RBI=0.0818064;REFB=-0.101478;REVB=0.00161098;RO=2;SAF=29;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313711;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00991862;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:57:2:0:51:57:1:22:29:2:0:24:33:0:0 chr2 178417225 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.192;QD=60.2294;RBI=0.0667157;REFB=0;REVB=0.00384844;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049476;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr2 178481818 . G T 671.92 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00425137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.782;QD=52.7;RBI=0.00454971;REFB=-0.137561;REVB=-0.00162041;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00064092;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:24:25:0:0:24:25:0:2 chr2 178491217 . G A 796.82 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.392;QD=56.9159;RBI=0.0427242;REFB=0;REVB=0.0183986;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132805;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:31:24:0:0:32:24:0:0 chr2 178493301 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.141;QD=47.8223;RBI=0.0741845;REFB=0;REVB=0.00452264;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062184;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr2 178494173 . G GGGA 1461.46 PASS AF=0.865079;AO=99;DP=130;FAO=109;FDP=126;FR=.;FRO=17;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0378207;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=3;MLLD=255.85;QD=46.3955;RBI=0.0386531;REFB=-0.0544213;REVB=0.00797854;RO=23;SAF=56;SAR=43;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313369;STB=0.522439;STBP=0.199;TYPE=ins;VARB=0.00537937;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.865079:99:130:109:126:17:59:50:12:5:78:23:56:43:15:8 chr2 178682603 . T C 199.92 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0143669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.74;QD=11.5897;RBI=0.0144406;REFB=0.00476292;REVB=0.00145747;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00433993;STB=0.502511;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00476099;OID=.;OPOS=178682603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:16:9:16:28:16:9:16:28 chr2 178682655 . A G 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0260102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.829;QD=18.641;RBI=0.0286848;REFB=-0.000120051;REVB=-0.0120949;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391914;STB=0.529389;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000220451;OID=.;OPOS=178682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:16:9:8:17:16:9:8:18 chr2 178936373 . T G 316.39 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.11;QD=52.7322;RBI=0.0505535;REFB=0;REVB=0.0264928;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136584;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:12:12:0:0 chr2 178936614 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.702;QD=45.8067;RBI=0.0175272;REFB=0;REVB=0.0174248;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113308;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr2 178936901 . G A 160.6 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00191901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.358;QD=18.3543;RBI=0.00797443;REFB=-0.00610523;REVB=-0.00774008;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128736;STB=0.572872;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0073739;OID=.;OPOS=178936901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:5:13:10:7:5:13 chr2 179203797 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.973;QD=53.2764;RBI=0.0383652;REFB=0;REVB=-0.00945837;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055148;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr2 179251779 . G A 216.44 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.03952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.192;QD=12.1936;RBI=0.0395296;REFB=-0.0164754;REVB=-0.000871475;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10874;STB=0.573476;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0300978;OID=.;OPOS=179251779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:26:27:0.380282:14:12:16:28:14:13:16:28 chr2 179260382 . A G 852.32 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0163434;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.199;QD=53.2698;RBI=0.0355995;REFB=-0.0681599;REVB=0.0316263;RO=3;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533346;STB=0.528293;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00125511;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:64:3:3:61:61:0.953125:25:36:0:3:25:36:0:3 chr2 179325816 . G A 189.27 PASS AF=0.308642;AO=24;DP=80;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.038308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5507;QD=9.34688;RBI=0.0436251;REFB=-0.0320708;REVB=-0.0208722;RO=54;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070539;STB=0.526139;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0551837;OID=.;OPOS=179325816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:54:56:24:25:0.308642:11:13:26:28:12:13:27:29 chr2 179358665 . A G 166.25 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0409748;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5065;QD=9.77916;RBI=0.0438602;REFB=-0.0190595;REVB=-0.0156456;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756793;STB=0.554682;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.025985;OID=.;OPOS=179358665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:46:22:22:0.323529:15:7:17:28:15:7:18:28 chr2 179367086 . A G 62.99 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0760648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.382;QD=8.39916;RBI=0.0763535;REFB=-0.00416934;REVB=-0.00663429;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129552;STB=0.588062;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00332406;OID=.;OPOS=179367086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:20:21:9:9:0.3:2:7:17:3:2:7:18:3 chr2 179395958 . T C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0322671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.737;QD=9.8301;RBI=0.0340739;REFB=-0.021792;REVB=-0.0109483;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161919;STB=0.509787;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0394297;OID=.;OPOS=179395958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:8:4:9:17:8:4:9:17 chr2 179396354 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00817849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0116;QD=8.69699;RBI=0.0438821;REFB=-0.00254;REVB=-0.0431133;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638671;STB=0.887901;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-2.37701e-05;OID=.;OPOS=179396354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:6:1:11:3:6:1:11:3 chr2 179397561 . C T 508.84 PASS AF=0.41791;AO=56;DP=134;FAO=56;FDP=134;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0215553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.589;QD=15.1891;RBI=0.0219708;REFB=-0.00893127;REVB=-0.00425268;RO=77;SAF=36;SAR=20;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197752;STB=0.614926;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0171587;OID=.;OPOS=179397561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:77:78:56:56:0.41791:20:36:35:42:20:36:35:43 chr2 179406191 . C T 330.14 PASS AF=0.359649;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=114;FR=.;FRO=73;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.0222569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.642;QD=11.584;RBI=0.0315221;REFB=-0.00975926;REVB=-0.022322;RO=72;SAF=31;SAR=10;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29826;STB=0.677021;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0232547;OID=.;OPOS=179406191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:73:41:41:0.359649:10:31:37:35:10:31:37:36 chr2 179408834 . C G 31.4 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0271061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8908;QD=2.41522;RBI=0.0879826;REFB=-0.0110378;REVB=-0.0837031;RO=46;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324058;STB=0.756617;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0937219;OID=.;OPOS=179408834;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:5:1:19:27:5:1:19:27 chr2 179413110 . G A 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00416655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.165;QD=20.5463;RBI=0.00440085;REFB=-0.0314574;REVB=0.00141681;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.021957;OID=.;OPOS=179413110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:12:10:11:11:12:10 chr2 179421694 . A G 142.31 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00977861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7;QD=13.8835;RBI=0.0221772;REFB=-0.0170957;REVB=-0.0199049;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00265522;STB=0.501546;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0209408;OID=.;OPOS=179421694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:14:11:7:9:14:11 chr2 179427186 . A G 475.48 PASS AF=0.448276;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=116;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0301784;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.29;QD=16.3959;RBI=0.0302849;REFB=-0.00540943;REVB=0.00253784;RO=64;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344315;STB=0.519223;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0111174;OID=.;OPOS=179427186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:64:64:52:52:0.448276:25:27:31:33:25:27:31:33 chr2 179427536 . T C 111.04 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00968812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.1;QD=7.52798;RBI=0.0147587;REFB=-0.0138934;REVB=0.0111337;RO=42;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284646;STB=0.530082;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0335292;OID=.;OPOS=179427536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:5:11:28:14:5:11:28:15 chr2 179430997 . G A 208.54 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0435495;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.073;QD=11.1223;RBI=0.0435569;REFB=-0.00832919;REVB=-0.000801502;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607849;STB=0.535243;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0148825;OID=.;OPOS=179430997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:29:20:12:14:29:20 chr2 179432185 . A G 341.25 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0165965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.258;QD=25.755;RBI=0.02375;REFB=-0.0135234;REVB=-0.0169888;RO=19;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426562;STB=0.513165;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00575498;OID=.;OPOS=179432185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:20:33:33:0.622642:16:17:11:8:16:17:11:9 chr2 179436020 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0484943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.178;QD=11.185;RBI=0.0485723;REFB=-0.0118671;REVB=-0.00275144;RO=35;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449356;STB=0.526288;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0240965;OID=.;OPOS=179436020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:10:9:18:17:10:9:18:17 chr2 179440029 . G A 408.38 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00101525;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.033;QD=20.419;RBI=0.0160609;REFB=-0.0083438;REVB=0.0160288;RO=38;SAF=28;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214949;STB=0.626135;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00705696;OID=.;OPOS=179440029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:13:28:17:21:13:28:17:22 chr2 179444768 . C G 1176.09 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163566;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.791;QD=61.0956;RBI=0.0244978;REFB=0;REVB=0.0182374;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239628;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:40:36:0:0:40:37:0:0 chr2 179447848 . T C 175.29 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00114201;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.596;QD=9.605;RBI=0.0151209;REFB=-0.017433;REVB=0.0150777;RO=50;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252648;STB=0.514886;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0181801;OID=.;OPOS=179447848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:12:11:25:25:12:11:25:25 chr2 179451420 . G A 436.48 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0189367;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5742;QD=17.2862;RBI=0.0712272;REFB=-0.0251671;REVB=-0.0686637;RO=55;SAF=19;SAR=28;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171597;STB=0.590928;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0227995;OID=.;OPOS=179451420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:55:54:47:47:0.465347:28:19:32:23:28:19:31:23 chr2 179454394 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0086979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.99;QD=14.4905;RBI=0.012276;REFB=-0.0225303;REVB=0.00866296;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171584;STB=0.588772;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0185885;OID=.;OPOS=179454394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:11:8:17:12:11:8:17:13 chr2 179455207 . T C 209.54 PASS AF=0.277778;AO=29;DP=107;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=31;FWDB=-0.023004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.065;QD=7.76067;RBI=0.0760115;REFB=-0.0169891;REVB=0.0724469;RO=78;SAF=16;SAR=13;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632874;STB=0.550529;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0546164;OID=.;OPOS=179455207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:78:78:29:30:0.277778:13:16:47:31:14:16:47:31 chr2 179457147 . G A 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0119368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0765;QD=19.9737;RBI=0.123901;REFB=-0.00577344;REVB=-0.123325;RO=20;SAF=18;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384036;STB=0.722936;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00297873;OID=.;OPOS=179457147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:2:18:13:7:2:18:13:7 chr2 179462494 . A G 327.39 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0201015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9512;QD=15.59;RBI=0.0311884;REFB=0.00356831;REVB=0.0238463;RO=47;SAF=21;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740171;STB=0.548166;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00312831;OID=.;OPOS=179462494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:15:21:24:23:15:21:24:24 chr2 179464527 . T C 190.01 PASS AF=0.308642;AO=25;DP=81;FAO=25;FDP=81;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0649738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.603;QD=9.38308;RBI=0.0649907;REFB=-0.00463025;REVB=0.00148211;RO=54;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307332;STB=0.678743;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0189846;OID=.;OPOS=179464527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:54:56:25:25:0.308642:9:16:20:34:9:16:21:35 chr2 179474668 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00196706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2293;QD=12.2165;RBI=0.0507566;REFB=0.00443905;REVB=-0.0507185;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21537;STB=0.624851;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0146885;OID=.;OPOS=179474668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:6:21:9:6:6:21 chr2 179477717 . A G 450.81 PASS AF=0.376812;AO=52;DP=139;FAO=52;FDP=138;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0348618;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.079;QD=13.0669;RBI=0.0402537;REFB=-0.00494388;REVB=0.0201251;RO=86;SAF=21;SAR=31;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144453;STB=0.582087;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00971491;OID=.;OPOS=179477717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:86:86:52:52:0.376812:31:21:46:40:31:21:46:40 chr2 179479245 . C T 102.13 PASS AF=0.785714;AO=7;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.170535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.8715;QD=29.1806;RBI=0.220529;REFB=-0.138308;REVB=0.139824;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.567442;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0689282;OID=.;OPOS=179479245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:7:11:0.785714:5:2:2:1:7:4:2:1 chr2 179497025 . A G 286.06 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.0102456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.449;QD=10.4021;RBI=0.0124949;REFB=-0.00523802;REVB=-0.00715189;RO=73;SAF=19;SAR=18;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764783;STB=0.504422;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0136349;OID=.;OPOS=179497025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:18:19:37:36:18:19:37:36 chr2 179515483 . G C 132.25 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00721515;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.3354;QD=7.66666;RBI=0.0353814;REFB=-0.0186687;REVB=0.0346379;RO=48;SAF=11;SAR=8;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143425;STB=0.599896;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.061229;OID=.;OPOS=179515483;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:48:50:19:19:0.275362:8:11:22:26:8:11:22:28 chr2 179545859 . C T 306.73 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0459044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.432;QD=22.7203;RBI=0.0469962;REFB=0.0178147;REVB=-0.0100714;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167266;STB=0.592532;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0168356;OID=.;OPOS=179545859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:20:11:13:10:20:11:13:10 chr2 179554305 . C T 530.64 PASS AF=0.53;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0224942;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.395;QD=21.2258;RBI=0.0295138;REFB=-0.013187;REVB=-0.0191069;RO=47;SAF=30;SAR=23;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190887;STB=0.60489;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0128053;OID=.;OPOS=179554305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:47:47:53:53:0.53:23:30:16:31:23:30:16:31 chr2 179585266 . C T 708.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5034;QD=62.9483;RBI=0.00300957;REFB=0;REVB=-0.00142418;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50356e-05;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr2 179589058 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00528145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.824;QD=17.089;RBI=0.0085111;REFB=-0.0248865;REVB=-0.00667421;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565471;STB=0.531889;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.029459;OID=.;OPOS=179589058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:14:14:11:14:14:14 chr2 179600549 . G C 798.31 PASS AF=0.698925;AO=65;DP=93;FAO=65;FDP=93;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00823725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.021;QD=34.3358;RBI=0.00922242;REFB=-0.0427265;REVB=0.00414737;RO=28;SAF=34;SAR=31;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00708003;STB=0.503813;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0191979;OID=.;OPOS=179600549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:28:28:65:65:0.698925:31:34:15:13:31:34:15:13 chr2 179600563 . G A 1475.82 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294831;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.966;QD=63.4761;RBI=0.0373282;REFB=0;REVB=-0.022894;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14747e-06;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr2 179614952 . A G 888.51 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.779;QD=56.4131;RBI=0.0233482;REFB=0.0735419;REVB=0.0199442;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00035827;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:0:1:32:30:0:1 chr2 179615887 . T C 130.27 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5243;QD=43.4245;RBI=0.0783853;REFB=0;REVB=-0.0120148;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140262;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr2 179615931 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.103;QD=57.6805;RBI=0.0437022;REFB=0;REVB=0.043585;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163403;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr2 179615994 . T C 737.36 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00452957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.749;QD=53.6263;RBI=0.0145148;REFB=-0.21672;REVB=0.01379;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000209185;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:26:28:1:0:26:28:1:0 chr2 179620951 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.241;QD=61.6837;RBI=0.0258502;REFB=0;REVB=0.0166535;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6627e-05;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr2 179621477 . C T 1014.76 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.359;QD=57.9862;RBI=0.0277739;REFB=-0.117403;REVB=0.0114351;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012036;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:69:70:1:31:38:1:0:31:39:0:0 chr2 179623758 . C T 2034.62 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349358;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.044;QD=62.6036;RBI=0.0424545;REFB=0;REVB=0.0241221;RO=0;SAF=65;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160299;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:130:0:0:130:130:1:65:65:0:0:65:65:0:0 chr2 179629363 . T C 820.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026689;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.068;QD=57.5707;RBI=0.0354228;REFB=0;REVB=0.0232911;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138149;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr2 179629461 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.046;QD=60.2289;RBI=0.0152178;REFB=0;REVB=-0.0149012;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01784e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:16:21:0:0 chr2 179641090 . T A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0109569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.826;QD=9.44485;RBI=0.0109585;REFB=0.000598763;REVB=0.000187286;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.000649177;OID=.;OPOS=179641090;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:6:4:2:4:6:4 chr2 179642552 . T A 578.54 PASS AF=0.371585;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=183;FR=.;FRO=115;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=67;FSRR=48;FWDB=-0.0123695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.802;QD=12.6458;RBI=0.0135767;REFB=-0.00772067;REVB=0.00559657;RO=113;SAF=39;SAR=29;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190632;STB=0.50584;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0170104;OID=.;OPOS=179642552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:113:115:68:68:0.371585:29:39:65:48:29:39:67:48 chr2 179644035 . G A 713.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183051;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.914;QD=63.4021;RBI=0.0490301;REFB=0;REVB=0.0454849;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411978;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 179644855 . T C 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.651;QD=57.0991;RBI=0.0368602;REFB=0;REVB=0.0291469;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8548e-06;OID=.;OPOS=179644855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr2 179650701 . C T 412.55 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=65;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0148252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.574;QD=25.0028;RBI=0.0335953;REFB=-0.029386;REVB=-0.0301472;RO=25;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172922;STB=0.57978;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0113011;OID=.;OPOS=179650701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:26:39:40:0.606061:22:17:17:8:22:18:17:9 chr2 179698945 . G A 246.7 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.000925794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4656;QD=11.4746;RBI=0.0502551;REFB=-0.00130212;REVB=-0.0502466;RO=53;SAF=7;SAR=23;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371337;STB=0.702742;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00304201;OID=.;OPOS=179698945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:56:30:30:0.348837:23:7:29:24:23:7:29:27 chr2 179702268 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.617;QD=58.5878;RBI=0.0105622;REFB=0;REVB=-0.00375033;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60618e-06;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr2 179732845 . G A 437.2 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.04274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.846;QD=18.2168;RBI=0.0432599;REFB=-0.0101421;REVB=0.00668681;RO=51;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345806;STB=0.503511;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0106074;OID=.;OPOS=179732845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:44:45:0.46875:24:20:23:28:25:20:23:28 chr2 179839833 . A G 108.92 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0135343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5186;QD=13.2021;RBI=0.0429752;REFB=-0.0304263;REVB=-0.0407883;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244114;STB=0.641996;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0414081;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:6:14:6:7:6:14 chr2 179914640 . G A 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0601598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1179;QD=18.913;RBI=0.0601933;REFB=0.0106497;REVB=0.00200632;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108149;STB=0.560398;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0126353;OID=.;OPOS=179914640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:12:17:13:15:12:17:13:15 chr2 180047908 . T C 49.42 PASS AF=0.2;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0118004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.489;QD=4.94196;RBI=0.0976103;REFB=-0.0102564;REVB=-0.0968943;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137015;STB=0.59976;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0345572;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:39:40:31:32:8:8:0.2:4:4:12:19:4:4:12:20 chr2 180810180 . C T 727.51 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.001;QD=63.2622;RBI=0.0236651;REFB=0;REVB=0.0189761;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25864e-05;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr2 180810264 . A T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.157;QD=57.6804;RBI=0.0393155;REFB=0;REVB=-0.0388201;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011447;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr2 180835792 . T A 912.65 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.035;QD=57.9459;RBI=0.0390919;REFB=0;REVB=0.000454728;RO=0;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35854e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:40:20:0:0:40:23:0:0 chr2 182374534 . A G 784.05 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.273;QD=64.0038;RBI=0.015039;REFB=0;REVB=0.000918607;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19744e-05;OID=.;OPOS=182374534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:31:17:0:0:31:18:0:0 chr2 182395345 . G A 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.665;QD=59.8558;RBI=0.0217048;REFB=0;REVB=-0.0172035;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78322e-05;OID=.;OPOS=182395345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr2 182399097 . T C 563.81 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0407298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.945;QD=57.8261;RBI=0.040748;REFB=-0.111074;REVB=0.00121607;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00162167;OID=.;OPOS=182399097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:1:0:25:13:1:0 chr2 182399638 . A G 1510.33 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114408;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8819;QD=59.815;RBI=0.114769;REFB=0;REVB=0.00909647;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684538;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:59:42:0:0:59:42:0:0 chr2 182400905 . T G 1007.74 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0645522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.91;QD=55.2184;RBI=0.0647286;REFB=-0.157931;REVB=0.00477619;RO=2;SAF=34;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269982;STB=0.507437;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00151294;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:2:3:70:70:0.958904:36:34:2:0:36:34:2:1 chr2 182403851 . G A 738.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.803;QD=56.7931;RBI=0.0449689;REFB=0;REVB=0.0404265;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8982e-05;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:23:25:0:0:25:27:0:0 chr2 182413259 . A G 575.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.171;QD=60.5782;RBI=0.0245687;REFB=0;REVB=0.0239026;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42487e-05;OID=.;OPOS=182413259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:18:20:0:0 chr2 182543455 . T C 102.9 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0293146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.333;QD=9.57168;RBI=0.0350574;REFB=-0.0213271;REVB=-0.0192268;RO=29;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21048;STB=0.618132;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0442116;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:30:13:13:0.302326:4:9:15:14:4:9:16:14 chr2 182763586 . G A 231.71 PASS AF=0.465517;AO=23;DP=60;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00141934;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.272;QD=15.98;RBI=0.00521552;REFB=-0.00791398;REVB=0.00501867;RO=29;SAF=17;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100349;STB=0.555513;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00959029;OID=.;OPOS=182763586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:29:31:23:27:0.465517:6:17:19:10:8:19:19:12 chr2 182780307 . G A 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0138427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.582;QD=14.1964;RBI=0.0267791;REFB=-8.66534e-05;REVB=-0.0229238;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253295;STB=0.643844;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=7.45815e-05;OID=.;OPOS=182780307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:10:13:10:22:10:13:10:22 chr2 182792984 . T A 165.28 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.011938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1575;QD=22.0373;RBI=0.0167015;REFB=-0.0250318;REVB=-0.0116801;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156716;STB=0.588131;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0169961;OID=.;OPOS=182792984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:8:5:10:7:8:5 chr2 182981968 . A G 332.11 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0285704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9196;QD=16.8155;RBI=0.0510983;REFB=-0.0157325;REVB=0.0423647;RO=43;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535367;STB=0.536703;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0280048;OID=.;OPOS=182981968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:35:36:0.455696:16:19:21:22:16:20:21:22 chr2 183007502 . A G 455.08 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0362091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.4675;QD=49.1983;RBI=0.0833386;REFB=-0.0334955;REVB=0.0750615;RO=3;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079877;STB=0.513506;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00723685;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:37:37:3:3:33:34:0.918919:16:17:0:3:17:17:1:2 chr2 183106640 . A C 100.7 PASS AF=0.288889;AO=11;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0224534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.218;QD=8.95087;RBI=0.0251256;REFB=-0.00247911;REVB=-0.0112756;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317173;STB=0.625658;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00497752;OID=.;OPOS=183106640;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:32:11:13:0.288889:7:4:18:10:8:5:18:14 chr2 183789649 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.798;QD=51.9167;RBI=0.0265061;REFB=0;REVB=0.0111982;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164484;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr2 183799558 . G C 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.764;QD=60.7119;RBI=0.0429906;REFB=0;REVB=0.00210886;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014078;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr2 183961650 . A C 1048.9 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0576525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.649;QD=58.2724;RBI=0.0672924;REFB=-0.117777;REVB=0.0347054;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000491965;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:32:39:0:0:32:39:1:0 chr2 183961668 . A G 606.82 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0249108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.539;QD=45.7979;RBI=0.0262979;REFB=-0.108858;REVB=0.00842794;RO=5;SAF=20;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104109;STB=0.555532;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00187904;OID=.;OPOS=183961668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:53:53:5:5:48:48:0.90566:28:20:5:0:28:20:5:0 chr2 183998368 . T C 34.48 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00561206;FXX=0;HRUN=17;LEN=1;MLLD=144.068;QD=4.17915;RBI=0.0232217;REFB=0.011843;REVB=-0.0225333;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242818;STB=0.679407;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0194726;OID=.;OPOS=183998368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:33:26:27:6:6:0.181818:2:4:12:14:2:4:12:15 chr2 184814072 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.133;QD=62.0208;RBI=0.0240247;REFB=0;REVB=0.00121971;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113987;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr2 185469503 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.647;QD=60.9779;RBI=0.0384609;REFB=0;REVB=0.0233287;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162221;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 185800905 . A T 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.774;QD=51.1761;RBI=0.0351983;REFB=0;REVB=0.0119582;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457178;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr2 185801747 . G A 425.33 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.302;QD=56.7109;RBI=0.0308009;REFB=0;REVB=0.0125674;RO=1;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90827e-05;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:1:0:27:30:1:20:7:0:1:22:8:0:0 chr2 185801755 . A G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.929;QD=56.1869;RBI=0.0483596;REFB=0;REVB=0.0483166;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188662;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr2 185801917 . A G 39.07 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00158399;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=225.222;QD=12.0227;RBI=0.0080757;REFB=-0.0232715;REVB=-0.00791883;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.029313;OID=.;OPOS=185801917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:3:3:4:2:3:4 chr2 185802211 . C CACA 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000290234;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=269.754;QD=30.5927;RBI=0.010148;REFB=-0.0243239;REVB=0.0101438;RO=3;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209237;STB=0.642514;STBP=0.171;TYPE=ins;VARB=0.00305067;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:10:13:10:12:2:1:9:1:1:10:3:1:9:1:2 chr2 185802243 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.881;QD=35.5759;RBI=0.00807375;REFB=0;REVB=-0.00807375;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01678e-05;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr2 185802363 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.039;QD=58.1403;RBI=0.0245107;REFB=0;REVB=0.0138081;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135738;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr2 186526579 . G A 351.9 PASS AF=0.367521;AO=43;DP=117;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0201134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7115;QD=12.0309;RBI=0.0350888;REFB=-0.014539;REVB=-0.0287519;RO=74;SAF=25;SAR=18;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149773;STB=0.58551;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0208175;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:74:74:43:43:0.367521:18:25:33:41:18:25:33:41 chr2 186625770 . A G 125.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00825393;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=215.926;QD=18.6478;RBI=0.0108802;REFB=0.000280133;REVB=-0.00708876;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00021888;OID=.;OPOS=186625770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:4:9:8:6:4:9 chr2 186627943 . T C 333.92 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00642281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9565;QD=19.358;RBI=0.00676593;REFB=-0.0235211;REVB=-0.00212729;RO=34;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421082;STB=0.523391;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0242077;OID=.;OPOS=186627943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:15:20:21:13:15:20:21:13 chr2 186654592 . A G 334.73 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0435727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6571;QD=33.4728;RBI=0.102864;REFB=-0.0622641;REVB=0.0931796;RO=12;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397579;STB=0.521724;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0281522;OID=.;OPOS=186654592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:16:12:6:6:16:12:6:6 chr2 186654867 . G C 287.26 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00148477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3755;QD=24.448;RBI=0.0192595;REFB=-0.00761592;REVB=0.0192022;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999619;STB=0.547668;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0066471;OID=.;OPOS=186654867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:21:25:26:0.553191:15:10:6:15:16:10:6:15 chr2 186655726 . G A 263.11 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0310853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2492;QD=47.8375;RBI=0.0425212;REFB=0.029085;REVB=-0.029013;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00194476;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:12:9:0:0:12:9:1:0 chr2 186656657 . C T 267.5 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0205845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8016;QD=21.8365;RBI=0.0774965;REFB=-0.0226535;REVB=-0.0747127;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924322;STB=0.551683;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0199624;OID=.;OPOS=186656657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:13:12:9:15:13:12:9:15 chr2 186657089 . C A 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00797644;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.597;QD=13.4059;RBI=0.0251655;REFB=-0.00538587;REVB=-0.0238679;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128709;STB=0.573756;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00688367;OID=.;OPOS=186657089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:15:19:10:13:15:19 chr2 186658056 . G A 151.43 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00263132;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.77;QD=18.9286;RBI=0.0321439;REFB=-0.0155099;REVB=-0.032036;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269615;STB=0.642666;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0270609;OID=.;OPOS=186658056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:12:4:8:7:12:4:8:8 chr2 186658438 . C T 168.9 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0281112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.179;QD=24.1284;RBI=0.0286315;REFB=-0.000855079;REVB=-0.00543367;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115872;STB=0.564778;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.000134719;OID=.;OPOS=186658438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:7:4:9:8:7:4 chr2 186658565 . G T 331.46 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0320302;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.329;QD=31.5673;RBI=0.0361929;REFB=-0.0332399;REVB=-0.016852;RO=14;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434379;STB=0.523793;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0216939;OID=.;OPOS=186658565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:14:14:28:28:0.666667:14:14:6:8:14:14:6:8 chr2 186659359 . G T 337.48 PASS AF=0.617021;AO=27;DP=44;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0193568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.323;QD=28.722;RBI=0.0226999;REFB=-0.0172121;REVB=-0.0118575;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127627;STB=0.569229;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00971644;OID=.;OPOS=186659359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:17:18:27:29:0.617021:16:11:10:7:18:11:10:8 chr2 186661534 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0239632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.761;QD=14.6574;RBI=0.0264795;REFB=0.00124972;REVB=-0.0112662;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00509067;OID=.;OPOS=186661534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:9:8:8:5:9:8 chr2 186661673 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0238034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1264;QD=11.3693;RBI=0.0264475;REFB=-0.0011612;REVB=-0.011527;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933329;STB=0.555457;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.000978153;OID=.;OPOS=186661673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:7:12:6:5:7:12 chr2 186664473 . T C 425.19 PASS AF=0.46;AO=45;DP=99;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.00247723;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.081;QD=17.0074;RBI=0.00834743;REFB=-0.00877743;REVB=0.00797139;RO=51;SAF=24;SAR=21;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717853;STB=0.537021;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0150874;OID=.;OPOS=186664473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:51:54:45:46:0.46:21:24:31:20:21:25:33:21 chr2 186664963 . C A 146.6 PASS AF=0.625;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0362563;FXX=0.039984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.976;QD=24.433;RBI=0.0441147;REFB=0.0110091;REVB=-0.0251314;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143879;STB=0.628396;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0282566;OID=.;OPOS=186664963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:24:7:9:15:15:0.625:5:10:3:4:5:10:3:6 chr2 186665432 . G A 216.98 PASS AF=0.478261;AO=19;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00473269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3575;QD=18.8678;RBI=0.0307505;REFB=0.0120848;REVB=0.0303841;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591671;STB=0.573702;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.0106698;OID=.;OPOS=186665432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:24:19:22:0.478261:7:12:9:7:8:14:12:12 chr2 186665824 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.071213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.739;QD=18.767;RBI=0.0714125;REFB=0.0151703;REVB=0.00533353;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00670311;OID=.;OPOS=186665824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chr2 186667121 . T C 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.017518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.685;QD=21.1745;RBI=0.0179912;REFB=-0.0271832;REVB=0.0040993;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0147352;OID=.;OPOS=186667121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:4:4:7:5:4:4 chr2 186667459 . C T 237.67 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.000403849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1037;QD=18.6411;RBI=0.0101152;REFB=-0.0410712;REVB=-0.0101071;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15717;STB=0.588075;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0401285;OID=.;OPOS=186667459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:12:13:9:17:12:13:9:17 chr2 186668929 . C T 355.97 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00803636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.443;QD=30.295;RBI=0.0117215;REFB=-0.00386257;REVB=-0.00853295;RO=17;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048899;STB=0.531229;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00448948;OID=.;OPOS=186668929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:19:10:7:10:20:10:7:10 chr2 186668935 . A G 140.04 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.111942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1216;QD=12.7311;RBI=0.111943;REFB=-0.00889564;REVB=-0.000478368;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107143;STB=0.562425;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0284067;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:8:20:10:6:8:20 chr2 186670104 . A C 621.44 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0520717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9256;QD=55.2388;RBI=0.0617584;REFB=-0.100963;REVB=0.0332061;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00409436;STB=0.508018;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0257986;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:44:45:2:3:42:42:0.933333:23:19:1:1:23:19:1:2 chr2 186670780 . T A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00952499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.227;QD=9.7602;RBI=0.00957351;REFB=-0.00989742;REVB=-0.000962602;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324104;STB=0.69515;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.016692;OID=.;OPOS=186670780;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:9:3:4:3:9:3 chr2 186670978 . A AC 205.07 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14742;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.5209;QD=43.1728;RBI=0.160807;REFB=0;REVB=0.0642342;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00205441;OID=.;OPOS=186670979;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:19:19:0:8:11:0:0:4:18:2:0:7:11 chr2 186670979 . T A,C 234.15 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165426,0.00872916;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.9659,100.023;QD=49.2942;RBI=0.0306047,0.0543376;REFB=0,0;REVB=-0.0257485,0.0536319;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0439099,0.00216474;OID=.,.;OPOS=186670979,186670979;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:19:19:0:0:2,17:2,17:0.105263,0.894737:0,11:2,6:0:0:0,11:2,6:0:0 chr2 186671357 . G A 236.84 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00101818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.005;QD=20.1566;RBI=0.0647853;REFB=-0.00193322;REVB=-0.0647773;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556139;STB=0.531282;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00199712;OID=.;OPOS=186671357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:9:15:13:10:9:15 chr2 186671912 . G A 385.22 PASS AF=0.52;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0181486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.952;QD=20.545;RBI=0.0181956;REFB=-0.0114815;REVB=0.00130761;RO=35;SAF=28;SAR=11;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393789;STB=0.712408;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0247996;OID=.;OPOS=186671912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:35:36:39:39:0.52:11:28:9:26:11:28:10:26 chr2 186673311 . T C 272.69 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0160305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.995;QD=24.2392;RBI=0.0410738;REFB=-0.0630435;REVB=0.0378164;RO=19;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264483;STB=0.504501;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0268916;OID=.;OPOS=186673311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:11:14:10:9:11:14:11:9 chr2 186697876 . A G 662.89 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0197505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.666;QD=53.031;RBI=0.0453738;REFB=-0.0144865;REVB=0.0408497;RO=3;SAF=24;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551974;STB=0.547149;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00111574;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:50:50:3:5:45:45:0.9:21:24:3:0:21:24:5:0 chr2 187487160 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.391;QD=57.7083;RBI=0.0331656;REFB=0;REVB=-0.00829899;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3113e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr2 187532417 . G A 1245.87 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9156;QD=61.5246;RBI=0.0545624;REFB=0;REVB=0.0484348;RO=0;SAF=75;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542542;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:6:75:0:0:6:75:0:0 chr2 187558960 . G A 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0462247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.256;QD=49.3959;RBI=0.0665607;REFB=-0.0725034;REVB=0.0478917;RO=1;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838249;STB=0.545413;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00218062;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:5:18:0:1:5:18:0:1 chr2 187559047 . G A,GCAA 585.88 PASS AF=0.254545,0.636364;AO=24,20;DP=62;FAO=14,35;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=8,16;FSAR=6,19;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0222499,0.00780591;FXX=0.0517152;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=84.0074,99.7578;QD=42.6095;RBI=0.0371453,0.0510575;REFB=-0.0108065,-0.127687;REVB=0.0297441,0.0504572;RO=15;SAF=8,11;SAR=16,9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193102,-0.0388861;STB=0.581978,0.554906;STBP=0.306,0.129;TYPE=snp,ins;VARB=0.0658272,0.0264653;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:55:15:6:24,20:14,35:0.254545,0.636364:16,9:8,11:9:6:6,19:8,16:5:1 chr2 187987389 . G A 651.02 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7378;QD=62.0017;RBI=0.0386432;REFB=0;REVB=0.0386262;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304286;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr2 187987519 . C T 666.98 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0339;QD=57.9981;RBI=0.0381488;REFB=-0.0437899;REVB=0.0351714;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037388;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00641387;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:1:1:24:20:1:1 chr2 187987557 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.94;QD=57.6806;RBI=0.0726727;REFB=0;REVB=0.0164323;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105645;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr2 188208130 . A G 1517.6 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.491;QD=58.9361;RBI=0.0584985;REFB=0;REVB=0.000974207;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257607;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:101:103:1:52:49:0:0:53:50:0:0 chr2 188250301 . T A 894.38 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00954961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.092;QD=55.0387;RBI=0.0152632;REFB=-0.00697714;REVB=-0.0119067;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171678;STB=0.517851;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000136964;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:36:27:1:0:36:27:2:0 chr2 189141565 . T C 225.9 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0536075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.861;QD=20.5363;RBI=0.0537077;REFB=-0.01995;REVB=0.00327905;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166386;STB=0.59314;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0291175;OID=.;OPOS=189141565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:6:16:12:10:6:16 chr2 189460553 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.718;QD=58.0591;RBI=0.00854701;REFB=0;REVB=0.00847531;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08772e-05;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr2 189866199 . T A 1797.36 PASS AF=0.983607;AO=116;DP=118;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00270539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.484;QD=58.9298;RBI=0.0294995;REFB=0.0120126;REVB=0.0293752;RO=1;SAF=57;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825902;STB=0.508473;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000287388;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:122:1:2:116:120:0.983607:59:57:1:0:62:58:2:0 chr2 189875421 . T G 634.91 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104568;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.384;QD=61.9429;RBI=0.0525079;REFB=0;REVB=0.0514562;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62743e-05;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr2 189904203 . A G 252.91 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.00515799;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.902;QD=14.877;RBI=0.0181581;REFB=-0.0038978;REVB=0.0174101;RO=39;SAF=12;SAR=17;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251622;STB=0.642052;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00481472;OID=.;OPOS=189904203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:39:29:29:0.426471:17:12:26:13:17:12:26:13 chr2 189904233 . T G 222.93 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0168281;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.105;QD=16.5129;RBI=0.0173312;REFB=-0.013683;REVB=0.00414548;RO=29;SAF=9;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153893;STB=0.587085;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0193834;OID=.;OPOS=189904233;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:16:9:15:14:16:9:15:14 chr2 189907937 . A G 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.502;QD=57.8809;RBI=0.0821852;REFB=0;REVB=0.0099001;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531768;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr2 189932831 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.329;QD=57.1775;RBI=0.00659835;REFB=0;REVB=0.00395074;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72222e-06;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr2 189948696 . G A 92.73 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0127862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.992;QD=10.0245;RBI=0.025932;REFB=-0.00340253;REVB=-0.0225607;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164556;STB=0.622023;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0222942;OID=.;OPOS=189948696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:37:25:25:11:12:0.324324:5:6:10:15:5:7:10:15 chr2 189953508 . C T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.011706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3828;QD=9.47436;RBI=0.0123263;REFB=0.00197204;REVB=-0.00386106;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280897;STB=0.657393;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00906682;OID=.;OPOS=189953508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:3:7:9:11:3:7:10:11 chr2 189964891 . A G 83.04 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0397899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.8613;QD=9.48973;RBI=0.0431457;REFB=-0.00275712;REVB=-0.0166827;RO=23;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20057;STB=0.639731;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00313545;OID=.;OPOS=189964891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:3:8:13:10:3:8:13:11 chr2 189974958 . G T 191.22 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2388;QD=47.8055;RBI=0.0813659;REFB=0;REVB=-0.0718648;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0040462;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr2 190323530 . A G 603.21 PASS AF=0.693333;AO=52;DP=75;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0100675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.022;QD=32.1711;RBI=0.0120482;REFB=0.0123897;REVB=-0.00661853;RO=22;SAF=32;SAR=20;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165543;STB=0.596236;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00969294;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:22:23:52:52:0.693333:20:32:7:15:20:32:7:16 chr2 190430177 . A G 542.91 PASS AF=0.636364;AO=47;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0373072;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0224;QD=28.203;RBI=0.0815039;REFB=0.000693772;REVB=0.0724642;RO=29;SAF=27;SAR=20;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088958;STB=0.552217;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00133382;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:29:28:47:49:0.636364:20:27:13:16:21:28:12:16 chr2 190531426 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00692464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.675;QD=59.5015;RBI=0.0127658;REFB=0;REVB=0.0107244;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85517e-05;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr2 190561060 . A G 128.8 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0386899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.729;QD=12.5653;RBI=0.0392205;REFB=-0.0178042;REVB=-0.00642987;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225901;STB=0.633152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0283656;OID=.;OPOS=190561060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:12:14:5:10:12:14 chr2 190595258 . G T 1257.64 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0595671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7426;QD=61.3484;RBI=0.0598292;REFB=0;REVB=0.0055944;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378722;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:48:32:0:0:49:33:0:0 chr2 190602513 . T C 374.55 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0528968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.1209;QD=49.9406;RBI=0.053501;REFB=-0.183223;REVB=0.00801781;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526297;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00620174;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:18:10:0:0:18:10:0:2 chr2 190617643 . A G,T 1185.76 PASS AF=0.8125,0.1875;AO=58,21;DP=79;FAO=65,15;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42,1;FSAR=23,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103266,-0.0307248;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.325,38.5486;QD=59.288;RBI=0.0169272,0.049857;REFB=0,0;REVB=0.0134124,0.0392645;RO=0;SAF=35,7;SAR=23,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000421646,0.137464;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:85:79:80:0:0:58,21:65,15:0.8125,0.1875:23,14:35,7:0:0:23,14:42,1:0:0 chr2 190617700 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00597478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.261;QD=10.366;RBI=0.0451149;REFB=-0.00363354;REVB=0.0447175;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116682;STB=0.568183;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00539871;OID=.;OPOS=190617700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:19:24:10:12:19:24 chr2 190618249 . T A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.238;QD=52.6103;RBI=0.0195206;REFB=0;REVB=0.0160039;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53989e-05;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr2 190636411 . C G 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0164529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.423;QD=21.8822;RBI=0.017415;REFB=-0.0173396;REVB=0.00570831;RO=27;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087506;STB=0.504833;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0184458;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:27:34:34:0.557377:18:16:13:14:18:16:13:14 chr2 190788844 . T TC,TCG 191.39 PASS AF=1,0;AO=7,2;DP=19;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546914,-0.0695747;FXX=0.111049;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=45.2598,41.8567;QD=47.8485;RBI=0.092789,0.27181;REFB=0,0;REVB=0.0926277,0.262755;RO=8;SAF=7,2;SAR=0,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.804335,0.684179;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00914678,-0.110266;OID=.,.;OPOS=190788845,190788845;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,2:19:16,0:16:0:10,0:6,0:0:0:3:8:7,2:0,0:2:6 chr2 190788845 . G C 58.44 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=6.96561e-06;FXX=0.0526039;HRUN=6;LEN=1;MLLD=59.8273;QD=12.9875;RBI=0.0715684;REFB=-0.0157768;REVB=0.0715684;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621431;STB=0.856461;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0129206;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:10:0:6:2:10:0 chr2 190815211 . G A 587.49 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0480729;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.461;QD=58.7491;RBI=0.0510999;REFB=-0.0283759;REVB=0.0173261;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000609045;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr2 191064753 . C T 145.38 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.039223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.07;QD=25.2837;RBI=0.0392306;REFB=-0.0200498;REVB=0.000769568;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467187;STB=0.511612;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0108496;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:8:8:14:15:0.652174:8:6:4:4:8:7:4:4 chr2 191065236 . TTTTG T 77.65 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0111201;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=256.008;QD=11.5043;RBI=0.0190719;REFB=-0.0027691;REVB=0.0154945;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200531;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=del;VARB=0.00376025;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:25:12:27:15:7:5:6:9:77:10:6:5:3:7 chr2 191065595 . G T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0274191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.3127;QD=24.0297;RBI=0.0376956;REFB=0.0120299;REVB=-0.025868;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166737;STB=0.593102;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0066541;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:2:7:8:7:2:7 chr2 191065782 . A AGAT 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00906737;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.946;QD=15.2624;RBI=0.0109014;REFB=-0.0333018;REVB=-0.00605178;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154499;STB=0.589338;STBP=0.426;TYPE=ins;VARB=0.038016;OID=.;OPOS=191065783;OREF=-;OALT=GAT;OMAPALT=AGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:13:29:13:29:16:7:6:6:10:99:16:7:6:6:10 chr2 191066683 . C T 533.11 PASS AF=0.657534;AO=47;DP=72;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0146689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.345;QD=29.2117;RBI=0.0161637;REFB=-0.0108718;REVB=0.00678892;RO=25;SAF=12;SAR=35;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170705;STB=0.583686;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00625188;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:25:25:47:48:0.657534:35:12:12:13:35:13:12:13 chr2 191066769 . C T 265.44 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3611;QD=50.5591;RBI=0.12848;REFB=0;REVB=0.128358;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260076;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:21:0:0:18:21:1:10:8:0:0:12:9:0:0 chr2 191066913 . T C 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0167033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.167;QD=24.0668;RBI=0.0192108;REFB=-0.00877409;REVB=0.00948969;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973223;STB=0.554389;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00460492;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:3:7:9:7:3:7 chr2 191066970 . C T 244.41 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0118883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0284;QD=30.5513;RBI=0.0153107;REFB=-0.0128507;REVB=0.00964812;RO=10;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148325;STB=0.581324;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00597596;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:12:10:2:8:12:10:2:8 chr2 191067233 . T C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0101543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.867;QD=24.1058;RBI=0.0310415;REFB=-0.0197339;REVB=0.0293337;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20285;STB=0.613489;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0134446;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:9:10:7:17:9:10 chr2 191067766 . T TTC 141.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0145849;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=2;MLLD=127.935;QD=15.6897;RBI=0.0154291;REFB=-0.00575023;REVB=-0.00503361;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566286;STB=0.867828;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0118264;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:12:38:16:36:20:15:1:10:10:99:23:11:1:12:11 chr2 191068061 . A T 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00527073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4642;QD=20.1572;RBI=0.00930887;REFB=-0.0293677;REVB=-0.00767297;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.566585;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0342657;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:9:5:8:8:9:5 chr2 191161622 . T C 281.54 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0577271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.535;QD=14.6252;RBI=0.0578221;REFB=-0.010073;REVB=0.00331231;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110137;STB=0.562622;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0192678;OID=.;OPOS=191161622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:21:11:20:25:21:11:20:25 chr2 191224981 . G T 262.43 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0250307;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.615;QD=17.2082;RBI=0.0275095;REFB=0.0155154;REVB=-0.0114122;RO=32;SAF=8;SAR=21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418343;STB=0.523529;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0170314;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:21:8:10:22:21:8:10:22 chr2 191231458 . G A 1277.57 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00881067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0013;QD=58.0713;RBI=0.0119574;REFB=-0.0631314;REVB=-0.00808406;RO=3;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103784;STB=0.505481;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0185208;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:43:42:1:2:43:42:1:2 chr2 191231503 . G A 377.82 PASS AF=0.425743;AO=41;DP=98;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0270526;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6128;QD=14.9632;RBI=0.0280998;REFB=-0.0238397;REVB=-0.00759959;RO=56;SAF=21;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00580373;STB=0.506676;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.017722;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:56:58:41:43:0.425743:20:21:29:27:22:21:29:29 chr2 191235901 . A C 1412.86 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8429;QD=60.1219;RBI=0.101242;REFB=0;REVB=0.100761;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132208;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:94:0:0:85:94:1:33:52:0:0:42:52:0:0 chr2 191354491 . T C 300.05 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.00127647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.287;QD=16.4409;RBI=0.00492102;REFB=-0.0145272;REVB=-0.00475259;RO=40;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942412;STB=0.552682;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00540056;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:23:10:9:31:23:10:9:31 chr2 191366707 . A G 769.31 PASS AF=0.49375;AO=74;DP=161;FAO=79;FDP=160;FR=.;FRO=81;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=51;FWDB=0.0118668;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.53;QD=19.2328;RBI=0.0225042;REFB=-0.0215263;REVB=0.0191212;RO=79;SAF=36;SAR=38;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100268;STB=0.574899;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0248597;OID=.;OPOS=191366707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:79:81:74:79:0.49375:38:36:30:49:38:41:30:51 chr2 191379268 . G A 85.78 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0738393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6768;QD=11.8315;RBI=0.0794105;REFB=-0.000181193;REVB=0.0292196;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170124;STB=0.612712;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00083794;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:17:18:11:11:0.37931:5:6:12:5:5:6:13:5 chr2 191402685 . A C 120.14 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000482826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0663;QD=14.1339;RBI=0.0377047;REFB=0.0129506;REVB=-0.0377016;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131049;STB=0.576808;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0243434;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:12:8:4:10:12:8 chr2 191402698 . A C 169.24 PASS AF=0.45;AO=12;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00312541;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6531;QD=16.9235;RBI=0.0032009;REFB=-0.00231615;REVB=-0.000691086;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289056;STB=0.518498;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00383016;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:22:12:18:0.45:5:7:10:8:6:12:14:8 chr2 191402702 . T C 168.64 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0149044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5718;QD=16.0611;RBI=0.0565324;REFB=0.00812114;REVB=-0.0545323;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0250118;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:6:12:15:8:6:12:16:8 chr2 191402710 . T C 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0295193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.009;QD=17.6896;RBI=0.0349379;REFB=-0.0240375;REVB=0.0186887;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110682;STB=0.563317;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0383391;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:16:10:6:15:16:10 chr2 191402712 . TA CG 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00519315;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=115.557;QD=17.6896;RBI=0.0221345;REFB=0.0052169;REVB=0.0215167;RO=26;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110682;STB=0.563317;STBP=0.475;TYPE=mnp;VARB=-0.00668239;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:6:15:16:10:6:15:16:10 chr2 191402748 . A T 213.49 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.000971658;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.337;QD=16.1122;RBI=0.000978791;REFB=-0.0173029;REVB=-0.00011795;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443193;STB=0.50251;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0252756;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:18:11:9:15:18:11 chr2 191402761 . G A 171.44 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0376819;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.008;QD=13.4461;RBI=0.0428697;REFB=-0.00206649;REVB=-0.0204423;RO=31;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120712;STB=0.580702;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00392669;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:31:19:20:0.392157:6:13:18:13:6:14:18:13 chr2 191402775 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0143416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.573;QD=12.0843;RBI=0.0143677;REFB=-0.0377106;REVB=-0.000865792;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230451;STB=0.637316;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0198718;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:4:12:17:13:4:12:17:13 chr2 191402778 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00646638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.766;QD=12.0843;RBI=0.00648162;REFB=-0.00250955;REVB=-0.00044422;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24463;STB=0.637316;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00308757;OID=.;OPOS=191402778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:4:12:16:13:4:12:17:13 chr2 191789266 . TAG AGT,TAGT 30.39 PASS AF=0.0408163,0.122449;AO=2,7;DP=50;FAO=2,6;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2,5;FSAR=0,1;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0463594,-0.0701696;FXX=0;HRUN=7,1;LEN=3,1;MLLD=28.0105,19.0879;QD=2.48121;RBI=0.118429,0.0872796;REFB=-0.0150633,-0.0160294;REVB=-0.108979,-0.0519032;RO=40;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=15;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.477697,0.550742;STB=0.995843,0.859818;STBP=0.102,0.107;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0721642,0.0270124;OID=.,.;OPOS=191789266,191789269;OREF=TAG,-;OALT=AGT,T;OMAPALT=AGT,TAGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:50:49:40:41:2,7:2,6:0.0408163,0.122449:0,1:2,6:15:25:0,1:2,5:16:25 chr2 191828153 . G GTT,T 112.13 PASS AF=0.27451,0.0196078;AO=11,2;DP=54;FAO=14,1;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6,0;FSAR=8,1;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0216163,-0.00725072;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=32.195,223.421;QD=8.79422;RBI=0.0387315,0.0198485;REFB=-0.00792979,-0.00231045;REVB=-0.0321382,-0.0184767;RO=36;SAF=5,0;SAR=6,2;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.12172,-0.456246;STB=0.571327,0.990441;STBP=0.55,0.309;TYPE=ins,snp;VARB=0.0194082,0.0588225;OID=.,.;OPOS=191828154,191828153;OREF=-,G;OALT=TT,T;OMAPALT=GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:36:36:11,2:14,1:0.27451,0.0196078:6,2:5,0:20:16:8,1:6,0:19:17 chr2 192160839 . A T 851.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.214;QD=57.7101;RBI=0.0720294;REFB=0;REVB=0.0138337;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175105;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:33:26:0:0 chr2 192160875 . C T 836.96 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01308;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.212;QD=57.7214;RBI=0.0133478;REFB=0;REVB=0.00266026;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45347e-05;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr2 192250726 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.911;QD=59.4356;RBI=0.0642633;REFB=0;REVB=0.0349823;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160463;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr2 192279327 . T C 726.04 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00330602;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.595;QD=54.7952;RBI=0.0519796;REFB=-0.127127;REVB=0.0518744;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.000490846;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr2 192699639 . A AG 66.39 PASS AF=0.240964;AO=20;DP=87;FAO=20;FDP=83;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0786365;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8081;QD=3.19966;RBI=0.0874436;REFB=-0.0144486;REVB=0.038245;RO=66;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198047;STB=0.628445;STBP=0.201;TYPE=ins;VARB=0.0536162;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240964:20:87:20:83:63:12:8:27:36:66:66:12:8:29:37 chr2 192701393 . A G 1143.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.437;QD=60.2093;RBI=0.0336275;REFB=0;REVB=0.0126453;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00217e-05;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:36:39:0:0:36:40:0:0 chr2 195523141 . G T 285.53 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0950315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9615;QD=21.9639;RBI=0.0950332;REFB=-0.0233727;REVB=0.000566682;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280191;STB=0.655628;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.026336;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:20:9:15:8:20:9:15:8 chr2 196601214 . AATAT A 122.17 PASS AF=0.515152;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0216485;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=243.381;QD=14.809;RBI=0.0222537;REFB=-0.0250777;REVB=0.00515441;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342688;STB=0.726972;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0253437;OID=.;OPOS=196601215;OREF=ATAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:15:33:17:33:16:14:3:7:9:99:15:12:3:7:8 chr2 196602089 . TATCA TATCAATCA,T 451.16 PASS AF=0.324324,0.621622;AO=10,17;DP=35;FAO=12,23;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=4,12;FSAR=8,11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0553852,0.0437405;FXX=0.0512689;HRUN=2,1;LEN=4,4;MLLD=56.5477,207.17;QD=48.7735;RBI=0.0564145,0.0441365;REFB=-0.143342,-0.154796;REVB=-0.0107275,0.0058992;RO=0;SAF=3,7;SAR=7,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.599828,0.538428;STBP=0.131,0.256;TYPE=ins,del;VARB=0.0524632,-0.00280238;OID=.,.;OPOS=196602090,196602090;OREF=-,ATCA;OALT=ATCA,-;OMAPALT=TATCAATCA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.324324,0.621622:10,17:35:12,23:37:2:4,12:8,11:2:0:99:0:3,7:7,10:0:0 chr2 196602132 . GTGAT G 35.14 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0332928;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=4;MLLD=241.596;QD=4.13373;RBI=0.0361083;REFB=-0.00756174;REVB=-0.0139784;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366226;STB=0.740007;STBP=0.238;TYPE=del;VARB=0.0310842;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:6:35:6:34:28:4:2:10:18:35:26:4:2:9:17 chr2 196673533 . A G 463.52 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00128793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.9315;QD=47.5405;RBI=0.104827;REFB=-0.226104;REVB=0.104819;RO=3;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717646;STB=0.534934;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.03407;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:39:39:3:5:34:34:0.871795:18:16:0:3:18:16:1:4 chr2 196740420 . T C 431.85 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.000141636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.526;QD=23.0319;RBI=0.0416974;REFB=-0.0235477;REVB=-0.0416972;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125307;STB=0.562671;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0133107;OID=.;OPOS=196740420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:17:25:14:18:17:25:15:18 chr2 196791276 . T G 71.95 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0184067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5383;QD=8.22321;RBI=0.0730174;REFB=-0.0111732;REVB=0.0706593;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18386;STB=0.613411;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0315447;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:11:14:4:6:11:14 chr2 196799394 . A G 304.05 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00492849;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.897;QD=22.1128;RBI=0.013187;REFB=-0.0145932;REVB=0.0122314;RO=24;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182738;STB=0.601494;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00845362;OID=.;OPOS=196799394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:24:31:31:0.563636:22:9:12:12:22:9:12:12 chr2 196822004 . A T 169.47 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00611889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.521;QD=16.5332;RBI=0.0207789;REFB=-0.017649;REVB=-0.0198575;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.585274;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0183936;OID=.;OPOS=196822004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:9:8:8:15:9:9:8:15 chr2 196851911 . G A 136.69 PASS AF=0.32;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0143996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.408;QD=10.9352;RBI=0.0175339;REFB=-0.00724034;REVB=-0.0100045;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846084;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0216548;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:15:16:0.32:8:7:13:20:8:8:13:21 chr2 196866420 . C T 191.79 PASS AF=0.268041;AO=26;DP=97;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0159507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.013;QD=7.90894;RBI=0.0205;REFB=-0.00929471;REVB=-0.0128773;RO=68;SAF=9;SAR=17;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257371;STB=0.658376;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0220909;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:68:71:26:26:0.268041:17:9:38:30:17:9:40:31 chr2 196915989 . GAA GA,GAG 1071.4 PASS AF=0.116883,0.883117;AO=11,59;DP=77;FAO=9,68;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=7,32;FSAR=2,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133901,0.0409316;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.1167,29.6379;QD=55.6573;RBI=0.148656,0.0624363;REFB=0,0;REVB=-0.0645688,-0.0471475;RO=0;SAF=7,28;SAR=4,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0202192,0.0130769;OID=.,.;OPOS=196915990,196915991;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.116883,0.883117:11,59:77:9,68:77:0:7,32:2,36:0:0:13:0:7,28:4,31:0:0 chr2 197004439 . A G 1659.59 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.114;QD=60.3488;RBI=0.0307586;REFB=0;REVB=0.024178;RO=0;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74501e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87087e-05;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:70:40:0:0:70:40:0:0 chr2 197021276 . T C 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.00296369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.298;QD=10.132;RBI=0.00766709;REFB=-0.013308;REVB=0.00707112;RO=53;SAF=12;SAR=14;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269488;STB=0.660264;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0230018;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:14:12:37:16:14:12:38:16 chr2 197021372 . T A 610.45 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00493729;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.4;QD=56.7863;RBI=0.0189576;REFB=-0.08516;REVB=0.0183034;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493148;STB=0.526303;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000430054;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:18:23:0:2:18:23:0:2 chr2 197065221 . A G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.596;QD=59.7967;RBI=0.0764844;REFB=0.031625;REVB=0.0754089;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240734;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000262833;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:1:0:24:19:1:0 chr2 197065415 . T C 264.58 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.025216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3364;QD=20.7513;RBI=0.0269288;REFB=0.00173984;REVB=0.00945054;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22563;STB=0.62223;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.000336649;OID=.;OPOS=197065415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:24:27:27:0.529412:12:15:6:16:12:15:7:17 chr2 197118729 . C T 477.23 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.571;QD=57.846;RBI=0.020239;REFB=0;REVB=0.0115648;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292817;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:17:16:0:0 chr2 197154234 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.689;QD=59.4351;RBI=0.023002;REFB=0;REVB=0.0228666;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18762e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr2 197184321 . C T 477.75 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0333259;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.91;QD=56.2064;RBI=0.033742;REFB=-0.121179;REVB=0.00528305;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.513505;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000833665;OID=.;OPOS=197184321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:34:0:1:33:33:0.970588:15:18:0:0:15:18:1:0 chr2 197504545 . C G 853.63 PASS AF=1;AO=53;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.892;QD=57.8728;RBI=0.142576;REFB=0;REVB=0.12389;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116134;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:53:59:1:33:20:0:0:38:21:0:0 chr2 198257795 . T C 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0116882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.261;QD=28.763;RBI=0.0483944;REFB=-0.0151191;REVB=0.0469617;RO=9;SAF=14;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509737;STB=0.528271;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00291847;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:5:14:6:3:5:14:6:3 chr2 198265526 . A G 338.88 PASS AF=0.553846;AO=33;DP=64;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00196394;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.568;QD=20.8543;RBI=0.00500891;REFB=-0.0248626;REVB=-0.00460783;RO=27;SAF=8;SAR=25;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393744;STB=0.725793;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0191709;OID=.;OPOS=198265526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:27:29:33:36:0.553846:25:8:19:8:28:8:20:9 chr2 198283305 . T C 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00282728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.197;QD=23.0883;RBI=0.00926863;REFB=-0.000353763;REVB=-0.00882689;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169473;STB=0.59451;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000238486;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:12:10:12:6:12:10:12:6 chr2 198327314 . G A 152.38 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0155953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.266;QD=21.0175;RBI=0.0184879;REFB=0.00179091;REVB=-0.00992918;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803505;STB=0.545398;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.000880874;OID=.;OPOS=198327314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:6:7:7:9:6:7 chr2 198361827 . A T 201.91 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0104382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.729;QD=21.2536;RBI=0.0247598;REFB=-0.0040093;REVB=0.022452;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283663;STB=0.657752;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00444329;OID=.;OPOS=198361827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:15:3:10:10:15:3 chr2 198362018 . T C 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0152188;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.983;QD=16.2725;RBI=0.0174483;REFB=-0.00273635;REVB=-0.00853422;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128581;STB=0.573675;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00278805;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:12:6:7:8:12:6 chr2 198363501 . C T 140.75 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0232941;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.124;QD=8.9363;RBI=0.0291372;REFB=-0.0120408;REVB=-0.0175032;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168736;STB=0.601458;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0434917;OID=.;OPOS=198363501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:65:63:33:40:11:11:0.174603:4:7:25:8:4:7:30:10 chr2 198363504 . A G 311.24 PASS AF=0.5;AO=32;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00452209;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.325;QD=18.8629;RBI=0.00463232;REFB=-0.0242103;REVB=0.00100453;RO=33;SAF=17;SAR=15;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124971;STB=0.576132;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0220649;OID=.;OPOS=198363504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:32:33:0.5:15:17:22:11:16:17:22:11 chr2 198508951 . G A 552.86 PASS AF=0.504425;AO=58;DP=114;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0186318;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.579;QD=19.5703;RBI=0.0361122;REFB=-0.0186149;REVB=0.0309345;RO=56;SAF=32;SAR=26;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062168;STB=0.53948;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0228276;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:56:56:58:57:0.504425:26:32:27:29:25:32:27:29 chr2 198572076 . A ATTC,C 106.82 PASS AF=0.666667,0.25;AO=8,3;DP=12;FAO=8,3;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5,3;FSAR=3,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020487,-0.000138546;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=165.297,64.8519;QD=35.6069;RBI=0.0242611,0.00210551;REFB=-0.0171154,-0.0506466;REVB=-0.0129955,-0.00210095;RO=1;SAF=5,3;SAR=3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.080241,0;STB=0.545344,0.5;STBP=0.618,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0118173,-0.0551174;OID=.,.;OPOS=198572077,198572076;OREF=-,A;OALT=TTC,C;OMAPALT=ATTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:12:12:1:1:8,3:8,3:0.666667,0.25:3,0:5,3:1:0:3,0:5,3:1:0 chr2 198572461 . C T 476.72 PASS AF=0.485294;AO=26;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00274403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.173;QD=28.0424;RBI=0.0293385;REFB=-0.0328156;REVB=0.0292099;RO=23;SAF=21;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337242;STB=0.553677;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0283166;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:26:33:0.485294:5:21:11:12:13:20:11:12 chr2 198950029 . A G 176.23 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0265142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.453;QD=29.3723;RBI=0.0266205;REFB=-0.0182755;REVB=0.00237744;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100709;STB=0.555494;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0100121;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:1:6:12:5:1:6 chr2 200136583 . T A 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.164;QD=56.9516;RBI=0.0535099;REFB=0;REVB=-0.00165732;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194135;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr2 200790216 . C T 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0130829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.369;QD=7.62932;RBI=0.0568906;REFB=-0.0135516;REVB=-0.0553659;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0237406;OID=.;OPOS=200790216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:9:11:4:4:9:11 chr2 200792184 . A G 71.75 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00987201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.063;QD=7.97274;RBI=0.0104729;REFB=-0.0129795;REVB=-0.00349637;RO=26;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129911;STB=0.605828;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0343537;OID=.;OPOS=200792184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:26:26:9:10:0.277778:2:7:18:8:2:8:18:8 chr2 200792881 . C T 822.13 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211644;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.992;QD=57.6935;RBI=0.032291;REFB=0;REVB=-0.0243881;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81713e-05;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr2 200813126 . T C 104.68 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0317827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.128;QD=11.9634;RBI=0.0582811;REFB=-0.0318448;REVB=0.0488523;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.513997;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0953192;OID=.;OPOS=200813126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:21:22:11:13:0.371429:6:5:8:13:8:5:8:14 chr2 201342616 . C T 287.02 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0345019;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.174;QD=23.9183;RBI=0.0366465;REFB=-0.0275207;REVB=-0.0123524;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246334;STB=0.636691;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0282097;OID=.;OPOS=201342616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:6:16:11:15:6:16 chr2 201344434 . A G 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5401;QD=47.8155;RBI=0.0454063;REFB=0;REVB=0.0453943;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871739;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr2 201344491 . G A 537.97 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00628292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6991;QD=56.6289;RBI=0.0524063;REFB=-0.131338;REVB=-0.0520283;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191068;STB=0.509799;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00154613;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:12:24:1:0:12:25:1:0 chr2 201344732 . C T 784.1 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9409;QD=64.0084;RBI=0.0204021;REFB=0;REVB=-0.00630723;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65876e-05;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr2 201354935 . C G 567.22 PASS AF=0.513274;AO=57;DP=114;FAO=58;FDP=113;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00664078;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.479;QD=20.0787;RBI=0.00666212;REFB=-0.0334967;REVB=-0.000532723;RO=54;SAF=34;SAR=23;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102996;STB=0.55581;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0328612;OID=.;OPOS=201354935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:54:55:57:58:0.513274:23:34:26:28:24:34:26:29 chr2 201397724 . G A 281.88 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0049296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.364;QD=22.5501;RBI=0.0146545;REFB=-0.0217127;REVB=-0.0138005;RO=24;SAF=6;SAR=20;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454652;STB=0.754517;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00748423;OID=.;OPOS=201397724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:20:6:18:6:20:6:18:6 chr2 201437334 . T C 182.97 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00239524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.016;QD=17.4261;RBI=0.012567;REFB=-0.00757333;REVB=0.0123366;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264764;STB=0.651997;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00949664;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:18:19:0.452381:14:4:10:12:15:4:10:13 chr2 201468732 . C G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00962503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.112;QD=11.8817;RBI=0.0331231;REFB=-0.0118745;REVB=0.0316938;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16369;STB=0.634737;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0360327;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:28:15:15:0.348837:10:5:12:13:10:5:15:13 chr2 201492174 . TA T 47.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.103857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8893;QD=4.23929;RBI=0.268917;REFB=-0.0696662;REVB=-0.248052;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432404;STB=0.761535;STBP=0.021;TYPE=del;VARB=0.0801492;OID=.;OPOS=201492175;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:45:15:45:30:3:12:17:13:47:24:3:12:14:10 chr2 201736166 . A C 177.21 PASS AF=0.303797;AO=23;DP=78;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0632163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6999;QD=8.97259;RBI=0.0634865;REFB=-0.0246902;REVB=-0.00585125;RO=54;SAF=11;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475372;STB=0.518972;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.068071;OID=.;OPOS=201736166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:54:55:23:24:0.303797:12:11:28:26:12:12:29:26 chr2 201768238 . C T 299.37 PASS AF=0.459459;AO=31;DP=71;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0126121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6631;QD=16.182;RBI=0.0129706;REFB=-0.0257605;REVB=0.00302838;RO=38;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188027;STB=0.604738;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0239404;OID=.;OPOS=201768238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:38:40:31:34:0.459459:19:12:22:16:21:13:23:17 chr2 201785837 . G A 271.95 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0358793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.909;QD=19.425;RBI=0.0414837;REFB=-0.025509;REVB=0.0208225;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589706;STB=0.532936;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0232347;OID=.;OPOS=201785837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:20:9:10:17:20:9:10:17 chr2 202006096 . G A 48.18 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.021049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.482;QD=6.21695;RBI=0.0217374;REFB=-0.0122394;REVB=-0.00542733;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135998;STB=0.639653;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0501176;OID=.;OPOS=202006096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:30:31:22:23:7:8:0.258065:4:3:12:10:5:3:13:10 chr2 202025621 . A G 91.97 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0119408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=8.97222;RBI=0.0300535;REFB=-0.00558717;REVB=-0.0275795;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293774;STB=0.698092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0199772;OID=.;OPOS=202025621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:27:29:12:12:0.292683:8:4:16:11:8:4:18:11 chr2 202122995 . A G 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=6;FWDB=-0.00181217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.167;QD=7.05539;RBI=0.00803414;REFB=0.00246371;REVB=-0.0078271;RO=51;SAF=14;SAR=4;SRF=45;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216505;STB=0.627543;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00617732;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:4:14:45:6:4:14:45:6 chr2 202149696 . G A 264.3 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0222189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4231;QD=15.5468;RBI=0.109665;REFB=0.0300052;REVB=-0.107391;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24735;STB=0.639905;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0393107;OID=.;OPOS=202149696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:10:20:16:22:10:20:16:22 chr2 202151781 . T C 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0138549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.269;QD=17.5866;RBI=0.0221364;REFB=-0.0267268;REVB=0.0172645;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258211;STB=0.514693;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0250737;OID=.;OPOS=202151781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:16:12:10:12:16:12 chr2 202195529 . T G 300.44 PASS AF=0.507937;AO=29;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0345564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8531;QD=19.0758;RBI=0.0498155;REFB=0.00468056;REVB=0.0358809;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254873;STB=0.509798;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00309915;OID=.;OPOS=202195529;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:31:29:32:0.507937:17:12:12:19:19:13:12:19 chr2 202215492 . C G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0527764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.475;QD=12.3947;RBI=0.0527847;REFB=-0.0021024;REVB=-0.000935686;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112516;STB=0.566908;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00570786;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:11:3:7:17:11:3:7:17 chr2 202252539 . G A 467.63 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0182635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1366;QD=22.8113;RBI=0.0184509;REFB=0.00327782;REVB=-0.00262325;RO=37;SAF=25;SAR=20;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147765;STB=0.580971;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00520654;OID=.;OPOS=202252539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:20:25:27:10:20:25:27:10 chr2 202260049 . G A 402.92 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.958;QD=55.5757;RBI=0.0719773;REFB=0;REVB=0.0190197;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42446e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:10:18:0:0:11:18:0:0 chr2 202337730 . A G 358.15 PASS AF=0.452381;AO=37;DP=83;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0174611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.765;QD=17.0547;RBI=0.0182455;REFB=-0.0166248;REVB=-0.0052923;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137036;STB=0.582235;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0252799;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:46:46:37:38:0.452381:15:22:21:25:15:23:21:25 chr2 202342402 . G T 220.57 PASS AF=0.369863;AO=26;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00487765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.719;QD=12.0859;RBI=0.00668147;REFB=-0.0159856;REVB=0.00456625;RO=46;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155795;STB=0.567764;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0260179;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:46:46:26:27:0.369863:19:7:18:28:19:8:18:28 chr2 202357949 . A C 346.16 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2892;QD=51.2834;RBI=0.0179069;REFB=-0.074954;REVB=-0.00493545;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0040898;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr2 202410300 . A T 277.62 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0139439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.205;QD=20.5643;RBI=0.0324793;REFB=-0.0227232;REVB=-0.0293339;RO=25;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408433;STB=0.522682;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0152171;OID=.;OPOS=202410300;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:16:13:10:15:16:13:10:15 chr2 202469361 . C T 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018314;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.438;QD=52.6736;RBI=0.0300775;REFB=0;REVB=0.0238591;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7227e-05;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr2 202508115 . A C 45.41 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0257276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.736;QD=8.2566;RBI=0.0259326;REFB=-0.0137622;REVB=0.00325434;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27463;STB=0.666262;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0227511;OID=.;OPOS=202508115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:3:12:4:3:3:12 chr2 202512449 . C T 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0350565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.55;QD=28.8059;RBI=0.0353147;REFB=-0.0127907;REVB=0.00426285;RO=17;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029278;STB=0.516117;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00863759;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:16:12:8:9:16:12:8:9 chr2 202557702 . C T 601.21 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.821;QD=58.6544;RBI=0.0350019;REFB=-0.152158;REVB=0.0304704;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00285857;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr2 202575821 . G A 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7462;QD=50.3867;RBI=0.06643;REFB=0;REVB=-0.0315065;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101021;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr2 202598113 . C T 334.9 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0169048;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.335;QD=26.2667;RBI=0.0210938;REFB=-0.0198952;REVB=-0.0126166;RO=20;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00993713;OID=.;OPOS=202598113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:19:32:32:0.627451:16:16:10:10:16:16:9:10 chr2 202625615 . C T 1107.93 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.93;QD=59.8879;RBI=0.0123428;REFB=0;REVB=0.00334567;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189693;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:31:41:0:0:31:43:0:0 chr2 202633582 . A G 71.67 PASS AF=0.45;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0171284;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.347;QD=14.334;RBI=0.0234119;REFB=0.0112545;REVB=0.0159604;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.666296;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0095903;OID=.;OPOS=202633582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:22:20:11:11:9:9:0.45:6:3:7:4:6:3:7:4 chr2 202741247 . G C 1212.35 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04278;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.346;QD=61.3847;RBI=0.0526314;REFB=0;REVB=0.0306584;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179963;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr2 202741256 . A T 1189.45 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.802;QD=60.9972;RBI=0.0431253;REFB=0;REVB=-0.00687489;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158426;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr2 202741269 . G A 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.78;QD=59.4976;RBI=0.0209559;REFB=0;REVB=0.00755826;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45745e-05;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:35:34:0:0:35:34:0:0 chr2 202741277 . C G 154.27 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0724184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.959;QD=9.07482;RBI=0.0732673;REFB=0.00495602;REVB=0.0111211;RO=46;SAF=6;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351471;STB=0.714082;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00407657;OID=.;OPOS=202741277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:47:21:21:0.308824:15:6:27:19:15:6:28:19 chr2 202941676 . G A 172.98 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.020517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.781;QD=11.5317;RBI=0.0303232;REFB=-0.0303487;REVB=-0.0223283;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273264;STB=0.63624;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.033083;OID=.;OPOS=202941676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:38:21:22:0.366667:7:14:15:21:8:14:16:22 chr2 202964380 . G A 274.38 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00283593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.812;QD=24.9437;RBI=0.00299857;REFB=-0.0278443;REVB=-0.00097413;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540033;STB=0.519984;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0179692;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:11:13:9:10:12:13:9:10 chr2 203630304 . C T 374.38 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.006677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.035;QD=15.5993;RBI=0.00864942;REFB=-0.00537894;REVB=0.0054982;RO=56;SAF=23;SAR=17;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412044;STB=0.523269;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00878739;OID=.;OPOS=203630304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:17:23:30:26:17:23:30:26 chr2 203640713 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0132236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.291;QD=16.9315;RBI=0.019898;REFB=0.00582627;REVB=-0.0148682;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0052989;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr2 204062061 . A G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.058;QD=61.2124;RBI=0.00704136;REFB=0;REVB=0.00507473;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72757e-06;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr2 204090887 . C G 692.94 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102695;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.013;QD=62.9948;RBI=0.0119957;REFB=0;REVB=0.00619951;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14707e-05;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr2 204116690 . C T 295.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.618;QD=51.3642;RBI=0.0974282;REFB=0;REVB=-0.0967745;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224809;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr2 204206977 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.485;QD=54.5171;RBI=0.0699765;REFB=0;REVB=-0.0418283;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108986;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr2 204305093 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00747111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7568;QD=19.1319;RBI=0.00855285;REFB=-0.0439922;REVB=0.00416339;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0641211;OID=.;OPOS=204305093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr2 204354623 . G A 83.52 PASS AF=0.137405;AO=18;DP=131;FAO=18;FDP=131;FR=.;FRO=113;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0351041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7334;QD=2.55023;RBI=0.0517921;REFB=-0.0065613;REVB=-0.0380805;RO=113;SAF=12;SAR=6;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131781;STB=0.591293;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0400953;OID=.;OPOS=204354623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:131:131:113:113:18:18:0.137405:6:12:64:49:6:12:64:49 chr2 204602211 . GA G 42.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.12551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=19.0524;QD=9.49719;RBI=0.20589;REFB=-0.0109854;REVB=-0.163211;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.354839;SSSB=-0.0922775;STB=0.516083;STBP=0.951;TYPE=del;VARB=-0.0228602;OID=.;OPOS=204602212;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:18:7:18:11:4:3:6:5:42:9:4:3:6:3 chr2 204732714 . A G 248.58 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0289807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.183;QD=25.4951;RBI=0.0373874;REFB=-0.0360446;REVB=-0.0236207;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128295;STB=0.561348;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0258703;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:16:23:23:0.589744:16:7:7:8:16:7:7:9 chr2 204824283 . T G 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0666745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.125;QD=19.6968;RBI=0.0720373;REFB=-0.00908084;REVB=0.0272742;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12761;STB=0.572447;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00331652;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:15:6:9:13:15:6:9:13 chr2 204824324 . A C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0145255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.337;QD=21.264;RBI=0.0157679;REFB=-0.00613787;REVB=-0.00613486;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103359;STB=0.548143;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00623883;OID=.;OPOS=204824324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:14:6:7:10:14:6:7:11 chr2 204825286 . T C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00118907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.742;QD=18.8288;RBI=0.00408234;REFB=-0.0227158;REVB=0.00390533;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212864;OID=.;OPOS=204825286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:10:10:11:10:10:10:11:11 chr2 205829991 . C T 491.6 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.227;QD=57.8353;RBI=0.0515376;REFB=0;REVB=0.00629554;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374757;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr2 205912403 . T C 198.49 PASS AF=0.4;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0011687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.635;QD=13.2324;RBI=0.00267867;REFB=-0.000326448;REVB=-0.00241027;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120758;STB=0.560294;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000562669;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:36:23:24:0.4:15:8:16:19:15:9:17:19 chr2 205969220 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000198515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.135;QD=61.684;RBI=0.00592154;REFB=0;REVB=0.00591821;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72676e-06;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr2 205986321 . A G 62.1 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0368529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2185;QD=7.52699;RBI=0.0832103;REFB=-0.00762317;REVB=0.0746045;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328209;STB=0.520503;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0176262;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:14:10:4:5:14:10 chr2 205990353 . C T 362.55 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0326617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.543;QD=32.9586;RBI=0.0326637;REFB=-0.0420239;REVB=-0.000361991;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398271;STB=0.533311;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0195855;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:16:14:7:6:16:14:8:6 chr2 206218963 . G A 54.84 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0262596;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.438;QD=4.06193;RBI=0.0313786;REFB=-0.00343916;REVB=-0.0171771;RO=42;SAF=7;SAR=2;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254331;STB=0.672658;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0306126;OID=.;OPOS=206218963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:54:42:45:9:9:0.166667:2:7:25:17:2:7:27:18 chr2 206219012 . TA CC 68.92 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0208036;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.774;QD=5.62591;RBI=0.0209049;REFB=-0.009491;REVB=0.00205525;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164543;STB=0.510184;STBP=0.941;TYPE=mnp;VARB=0.0342489;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:50:49:37:39:10:10:0.204082:5:5:18:19:5:5:19:20 chr2 206364737 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.907;QD=58.2395;RBI=0.014208;REFB=0;REVB=0.0103255;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40157e-05;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr2 206581033 . G A 1573.98 PASS AF=0.981651;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0110823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8651;QD=57.7609;RBI=0.0111054;REFB=0.00831123;REVB=-0.000714511;RO=2;SAF=50;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000997665;STB=0.50043;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000308386;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:109:2:2:106:107:0.981651:56:50:1:1:56:51:1:1 chr2 206592695 . T C 1970.89 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.747;QD=62.0752;RBI=0.0221865;REFB=0;REVB=0.0214612;RO=0;SAF=49;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12853e-05;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:78:49:0:0:78:49:0:0 chr2 206608039 . T C 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7086;QD=60.9734;RBI=0.0280535;REFB=0;REVB=0.00653625;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272705;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr2 206610502 . T G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0106816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.677;QD=11.6672;RBI=0.0107112;REFB=-0.00468978;REVB=-0.000795738;RO=26;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384364;STB=0.730117;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.012877;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:3:11:12:14:3:11:12:14 chr2 207006676 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4092;QD=61.334;RBI=0.0311655;REFB=0;REVB=-0.000407401;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507166;OID=.;OPOS=207006676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr2 207008763 . C A 740.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.952;QD=56.9373;RBI=0.0335598;REFB=0;REVB=-0.0255542;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84719e-05;OID=.;OPOS=207008763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr2 207041053 . T C 481.71 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0238803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8866;QD=53.5228;RBI=0.0282696;REFB=-0.17496;REVB=-0.0151296;RO=2;SAF=24;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254074;STB=0.513611;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00812245;OID=.;OPOS=207041053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:10:24:1:1:10:24:1:1 chr2 207041441 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0989215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7299;QD=45.8065;RBI=0.0991965;REFB=0;REVB=0.00738158;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301143;OID=.;OPOS=207041441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 207169576 . C T 240.6 PASS AF=0.367089;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0279987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.138;QD=12.1824;RBI=0.0363469;REFB=-0.0192487;REVB=-0.0231769;RO=50;SAF=8;SAR=21;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108593;STB=0.562841;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0336203;OID=.;OPOS=207169576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:50:50:29:29:0.367089:21:8:18:32:21:8:18:32 chr2 207172770 . A G 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0074173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.767;QD=18.0873;RBI=0.0214373;REFB=-0.012003;REVB=0.0201132;RO=26;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105531;STB=0.569679;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00877493;OID=.;OPOS=207172770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:10:16:13:13:10:16:13:14 chr2 207472683 . C CTA 322.2 PASS AF=0.308824;AO=40;DP=139;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.00795534;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.468;QD=9.47646;RBI=0.0110968;REFB=-0.0135522;REVB=-0.00773644;RO=95;SAF=22;SAR=18;SRF=53;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957406;STB=0.512814;STBP=0.86;TYPE=ins;VARB=0.031269;OID=.;OPOS=207472684;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308824:40:139:42:136:94:24:18:52:42:99:95:22:18:53:42 chr2 207527840 . G T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00910321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.682;QD=15.1662;RBI=0.0121272;REFB=-0.0228623;REVB=0.00801248;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106416;STB=0.560831;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0295866;OID=.;OPOS=207527840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:18:12:7:16:18:12 chr2 207621759 . A G 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.029032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.827;QD=56.0057;RBI=0.0400908;REFB=0.0539943;REVB=0.0276481;RO=1;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113736;STB=0.506022;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00045497;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:41:19:0:1:41:19:0:1 chr2 207653653 . G A 118.97 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0218012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.597;QD=6.51893;RBI=0.0316614;REFB=-0.00688522;REVB=-0.0229597;RO=53;SAF=4;SAR=14;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372853;STB=0.720668;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0255897;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:53:55:18:18:0.246575:14:4:27:26:14:4:27:28 chr2 207988613 . C T 1468.5 PASS AF=0.969388;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0597637;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.6652;QD=59.9386;RBI=0.0603888;REFB=-0.204559;REVB=-0.00866651;RO=1;SAF=58;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810635;STB=0.512602;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00066428;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:3:95:95:0.969388:37:58:1:0:37:58:3:0 chr2 208477852 . G A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.038;QD=57.5422;RBI=0.0112035;REFB=0;REVB=0.011074;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58316e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr2 208477956 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.781;QD=57.3859;RBI=0.0285777;REFB=0;REVB=0.0247777;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32572e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr2 208478055 . A G 1065.66 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1707;QD=58.3925;RBI=0.103094;REFB=-0.00652189;REVB=0.007285;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119732;STB=0.506327;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00109423;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:33:39:1:0:33:39:1:0 chr2 208811097 . C T 343.93 PASS AF=0.545455;AO=34;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.00675644;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.69;QD=20.8443;RBI=0.1042;REFB=-0.008775;REVB=0.103981;RO=30;SAF=26;SAR=8;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230608;STB=0.510198;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00541181;OID=.;OPOS=208811097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:30:34:36:0.545455:8:26:23:7:9:27:23:7 chr2 208841964 . A G 750.96 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013657;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.549;QD=63.9114;RBI=0.0786887;REFB=0;REVB=0.0774945;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11906e-05;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr2 208918917 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.763;QD=63.285;RBI=0.0943173;REFB=0;REVB=-0.0824074;RO=0;SAF=34;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622127;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:12:34:0:0:12:34:0:0 chr2 208938866 . G T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0054071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.265;QD=11.5637;RBI=0.0245487;REFB=-0.0280664;REVB=0.0239458;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130223;STB=0.555481;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0423805;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:29:15:15:0.340909:6:9:13:14:6:9:15:14 chr2 208986637 . T C 501.75 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.389;QD=59.0298;RBI=0.0611871;REFB=0;REVB=0.0515216;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316017;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr2 209007559 . T G 1012.6 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.051609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3787;QD=57.8627;RBI=0.0573252;REFB=-0.0984286;REVB=-0.0249537;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00202594;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:43:26:0:0:43:26:0:1 chr2 209030050 . T A 464.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4294;QD=58.1103;RBI=0.14214;REFB=0;REVB=0.119192;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00345332;OID=.;OPOS=209030050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr2 209033138 . C T 1332.55 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0822893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6098;QD=56.7044;RBI=0.082351;REFB=0.00076631;REVB=-0.00318738;RO=4;SAF=48;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172849;STB=0.503248;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000506159;OID=.;OPOS=209033138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:94:4:5:89:89:0.946809:41:48:3:1:41:48:3:2 chr2 209033173 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.956;QD=57.5453;RBI=0.00695771;REFB=0;REVB=0.00636569;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95554e-06;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:25:33:0:0 chr2 209036712 . T C 784.61 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.536;QD=57.0623;RBI=0.0206976;REFB=0;REVB=0.0206696;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97033e-05;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr2 209036778 . A G 1044.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000184019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.852;QD=59.6774;RBI=0.063654;REFB=0;REVB=0.0636538;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154398;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:46:23:0:0:47:23:0:0 chr2 209184980 . G A 746.66 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819913;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.293;QD=63.5456;RBI=0.0395974;REFB=0;REVB=0.0387392;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119095;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:29:15:0:0:31:16:0:0 chr2 209184999 . C T 204.15 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0342547;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.84;QD=18.5594;RBI=0.0347692;REFB=0.00881954;REVB=-0.0059589;RO=23;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448276;STB=0.543819;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0122219;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:20:21:0.477273:14:6:6:17:14:7:6:17 chr2 209190330 . T C 176.06 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0250758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6133;QD=11.9364;RBI=0.0274219;REFB=-0.0388574;REVB=0.011098;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287839;STB=0.659193;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0305749;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:15:7:21:15:15:7:21:16 chr2 209190519 . A T 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0271683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.468;QD=15.914;RBI=0.0283327;REFB=0.020399;REVB=-0.00803907;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0126866;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:8:7:7:6:8:7 chr2 209190528 . C G 115.23 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00240113;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.426;QD=16.4606;RBI=0.00242904;REFB=-0.00896735;REVB=-0.000367159;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0496634;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:9:4:7:7:9:4:8:7 chr2 209191082 . C A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.106467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6486;QD=11.0995;RBI=0.106536;REFB=-0.014071;REVB=0.00383446;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328854;STB=0.708624;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.030311;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:1:8:4:3:1:9 chr2 209191099 . T C 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.846;QD=47.7993;RBI=0.0519303;REFB=0;REVB=-0.00456404;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189582;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr2 209209827 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0493696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.941;QD=11.3693;RBI=0.0533972;REFB=-0.00487882;REVB=-0.0203447;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444202;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0136751;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:17:19:11:11:0.366667:5:6:10:7:5:6:10:9 chr2 209212707 . G A 604.16 PASS AF=0.585106;AO=54;DP=91;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00522485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.147;QD=25.7087;RBI=0.0071385;REFB=-0.0175346;REVB=-0.00486407;RO=36;SAF=23;SAR=31;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055029;STB=0.518366;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0170642;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:36:39:54:55:0.585106:31:23:18:18:32:23:18:21 chr2 209214770 . A G 208.79 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00283686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.939;QD=18.1552;RBI=0.0236061;REFB=-0.00944609;REVB=0.023435;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294196;STB=0.68554;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0171771;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:25:21:21:0.456522:14:7:15:8:14:7:17:8 chr2 209215586 . A G 424.17 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0284126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5392;QD=26.9316;RBI=0.0298078;REFB=-0.010794;REVB=-0.0090126;RO=23;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141452;STB=0.577377;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00610273;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:23:40:40:0.634921:27:13:12:11:27:13:12:11 chr2 209220157 . G T 867.72 PASS AF=0.559441;AO=80;DP=143;FAO=80;FDP=143;FR=.;FRO=63;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.00108877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.873;QD=24.2719;RBI=0.0123643;REFB=-0.0310788;REVB=-0.0123163;RO=63;SAF=45;SAR=35;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145992;STB=0.579615;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0257228;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:63:63:80:80:0.559441:35:45:24:39:35:45:24:39 chr2 209220238 . G C 831.37 PASS AF=0.537931;AO=78;DP=145;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.0338712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5679;QD=22.9344;RBI=0.0484871;REFB=-0.00714097;REVB=0.034695;RO=67;SAF=38;SAR=40;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839868;STB=0.545927;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00663265;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:67:67:78:78:0.537931:40:38:26:41:40:38:26:41 chr2 209224874 . CA C 191.79 PASS AF=0.528302;AO=25;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0336347;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.8996;QD=14.475;RBI=0.0342771;REFB=0.0163044;REVB=-0.00660511;RO=24;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904086;STB=0.561255;STBP=0.398;TYPE=del;VARB=-0.0150758;OID=.;OPOS=209224875;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.528302:25:54:28:53:25:9:19:11:14:99:24:9:16:11:13 chr2 209358027 . C T 312.69 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00583858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.806;QD=21.9432;RBI=0.00948893;REFB=-0.0251416;REVB=0.00748002;RO=25;SAF=10;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103547;STB=0.562004;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0186324;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:31:32:0.561404:21:10:11:14:22:10:11:14 chr2 209785278 . A G 1056.91 PASS AF=0.514563;AO=105;DP=205;FAO=106;FDP=206;FR=.;FRO=100;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=0.00302503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.631;QD=20.5225;RBI=0.0104485;REFB=-0.00717276;REVB=-0.010001;RO=100;SAF=58;SAR=47;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061319;STB=0.535907;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00430702;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:100:100:105:106:0.514563:47:58:62:38:48:58:62:38 chr2 210517915 . T C 543.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881436;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.803;QD=60.3638;RBI=0.0199602;REFB=0;REVB=0.0179086;RO=0;SAF=30;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63664e-05;OID=.;OPOS=210517915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:6:30:0:0:6:30:0:0 chr2 210557380 . C T 394.85 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512497;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4758;QD=54.4624;RBI=0.057421;REFB=-0.145547;REVB=0.0258966;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00886563;OID=.;OPOS=210557380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr2 210557542 . G A 902.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.141;QD=58.2363;RBI=0.0440445;REFB=0;REVB=0.0438576;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33677e-05;OID=.;OPOS=210557542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr2 210558162 . G A 108.16 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.252033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.1745;QD=39.3292;RBI=0.252039;REFB=0;REVB=0.00171563;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181483;OID=.;OPOS=210558162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:10:11:1:6:4:1:0:6:5:0:0 chr2 210559960 . G T 285.29 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.625;QD=51.8709;RBI=0.0474974;REFB=0;REVB=0.0457088;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182955;OID=.;OPOS=210559960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:2:19:0:0:3:19:0:0 chr2 210569199 . C A 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0175185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.202;QD=4.9223;RBI=0.0192362;REFB=-0.00461338;REVB=-0.0079457;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160465;STB=0.608405;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.015561;OID=.;OPOS=210569199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:2:6:21:12:2:6:21:12 chr2 210586685 . T C 1388.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.252;QD=62.4151;RBI=0.0575457;REFB=0;REVB=0.0103552;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95565e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:89:0:0:85:89:1:44:41:0:0:44:45:0:0 chr2 210595324 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.413;QD=55.6561;RBI=0.0307993;REFB=0;REVB=-0.00139945;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23658e-05;OID=.;OPOS=210595324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr2 211098113 . C T 970.28 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.165;QD=58.8049;RBI=0.0372101;REFB=0;REVB=0.0271098;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22503e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:39:26:0:0:39:27:0:0 chr2 211296239 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0197374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.522;QD=15.9167;RBI=0.0197431;REFB=-0.0258587;REVB=0.000472389;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219892;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.036581;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:8:7:9:4:8:7 chr2 211342502 . G A 222.96 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0106645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.544;QD=19.3878;RBI=0.0109433;REFB=-0.00432966;REVB=0.00245432;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223937;STB=0.523788;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00486624;OID=.;OPOS=211342502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:11:10:12:12:12:10:12:12 chr2 211456637 . A G 510.89 PASS AF=0.38125;AO=61;DP=160;FAO=61;FDP=160;FR=.;FRO=99;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.00436993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.208;QD=12.7722;RBI=0.00485652;REFB=-0.000362467;REVB=0.00211883;RO=92;SAF=27;SAR=34;SRF=35;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679233;STB=0.511551;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00124831;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:92:99:61:61:0.38125:34:27:35:57:34:27:42:57 chr2 211456639 . C T 472.77 PASS AF=0.3625;AO=58;DP=160;FAO=58;FDP=160;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=-0.00778265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.354;QD=11.8191;RBI=0.0346386;REFB=-0.0146675;REVB=-0.033753;RO=101;SAF=26;SAR=32;SRF=43;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255005;STB=0.517266;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0307911;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:101:102:58:58:0.3625:32:26:43:58:32:26:43:59 chr2 211481257 . C G 202.76 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.039314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7079;QD=12.8739;RBI=0.0458468;REFB=-0.0169941;REVB=-0.0235869;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280329;STB=0.503814;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0263646;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:38:38:24:25:0.396825:12:12:20:18:12:13:20:18 chr2 212242745 . G C 205.76 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.000658195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.679;QD=23.5156;RBI=0.0359519;REFB=-0.0288084;REVB=0.0359459;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199213;STB=0.610516;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0133964;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:3:12:11:9:3:12 chr2 212251864 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0146846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5553;QD=10.0344;RBI=0.0232919;REFB=-0.0255881;REVB=-0.0180797;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0114838;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:4:3:3:2:4:3 chr2 212522651 . A G 209.11 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0330047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1409;QD=13.4909;RBI=0.0393489;REFB=-0.00150836;REVB=0.0214249;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.591477;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00340503;OID=.;OPOS=212522651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:11:14:14:22:11:14:15:22 chr2 213866714 . G A 871.17 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.267;QD=56.2043;RBI=0.0260834;REFB=-0.0964924;REVB=0.0162423;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000482547;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:33:28:0:1:33:28:0:1 chr2 213886454 . A T 768.61 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0186685;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.322;QD=53.9378;RBI=0.0295157;REFB=-0.0683552;REVB=0.0228618;RO=2;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146797;STB=0.506491;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.000340897;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:38:17:1:1:38:18:0:1 chr2 213921590 . TGGGC TCGGC,TGG,TGGC,TTGGC 110.11 PASS AF=0,0.348837,0,0;AO=2,13,5,2;DP=43;FAO=0,15,0,0;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=0,4,0,0;FSAR=0,11,0,0;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.175997,-0.261342,-0.357549,-0.178349;FXX=0.0227221;HRUN=3,3,3,3;LEN=1,2,1,1;MLLD=27.0079,29.1496,14.8533,22.9639;QD=10.243;RBI=0.211881,0.268649,0.357549,0.192389;REFB=-0.0196214,-0.0634252,-0.0734466,-0.063779;REVB=-0.117977,0.0622307,-0.000655735,0.0721477;RO=19;SAF=0,7,4,2;SAR=2,6,1,0;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0.411054,0.411054,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.604807,-0.151548,0.173399,0.449404;STB=0.5,0.807552,0.5,0.5;STBP=1,0.008,1,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.120727,0.0310039,0;OID=.,.,.,.;OPOS=213921591,213921593,213921591,213921591;OREF=G,GC,G,G;OALT=C,-,-,T;OMAPALT=TCGGC,TGG,TGGC,TTGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.348837,0,0:2,13,5,2:43:0,15,0,0:43:28:0,4,0,0:0,11,0,0:22:6:99:19:0,7,4,2:2,6,1,0:13:6 chr2 214012405 . A C 367.89 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0100915;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=81.0398;QD=22.6396;RBI=0.0182157;REFB=-0.0285586;REVB=0.0151648;RO=21;SAF=6;SAR=31;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469812;STB=0.796157;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0090915;OID=.;OPOS=214012405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:21:28:37:37:0.569231:31:6:16:5:31:6:22:6 chr2 214012406 . A C 41.97 PASS AF=0.131148;AO=9;DP=62;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0197615;FXX=0.0161264;HRUN=9;LEN=1;MLLD=73.3133;QD=2.7521;RBI=0.0298748;REFB=-0.00927768;REVB=-0.0224051;RO=53;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48387;STB=0.811339;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0134351;OID=.;OPOS=214012406;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:61:53:53:9:8:0.131148:2:7:19:34:2:6:19:34 chr2 214637044 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00883304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.886;QD=8.24621;RBI=0.0387421;REFB=-0.00780723;REVB=-0.0377217;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398639;STB=0.740173;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0186705;OID=.;OPOS=214637044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:3:12:3:4:3:12 chr2 214727221 . A C 365.14 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00695592;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3614;QD=18.4878;RBI=0.0397338;REFB=-0.0123315;REVB=-0.0391202;RO=42;SAF=28;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225664;STB=0.618836;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0251509;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:41:38:38:0.481013:10:28:22:20:10:28:22:19 chr2 214794743 . A C 276.08 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0112006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.872;QD=13.3051;RBI=0.0115462;REFB=-0.0148304;REVB=-0.00280379;RO=50;SAF=23;SAR=9;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166844;STB=0.5912;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0212188;OID=.;OPOS=214794743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:9:23:29:21:9:23:30:21 chr2 214794866 . A G 321.04 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00962032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7927;QD=18.8845;RBI=0.00962516;REFB=-0.0165795;REVB=0.0003053;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198584;STB=0.603597;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0245721;OID=.;OPOS=214794866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:21:13:20:13:21:13:20:14 chr2 215102929 . T A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.881;QD=55.0987;RBI=0.0275387;REFB=0;REVB=0.00177912;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74511e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr2 215595645 . C T 192.43 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00361182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.887;QD=16.0361;RBI=0.00591224;REFB=-0.0118704;REVB=0.00468074;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687895;STB=0.54995;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0174782;OID=.;OPOS=215595645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:13:14:9:11:13:15 chr2 215632255 . CA CG,TG 1306.13 PASS AF=0.637363,0.340659;AO=57,31;DP=91;FAO=58,31;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=32,15;FSAR=26,16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0209717,0.0228865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=59.5318,134.176;QD=57.4123;RBI=0.0533505,0.0436527;REFB=-0.0291881,-0.0130403;REVB=0.0490557,0.0371721;RO=1;SAF=31,15;SAR=26,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0149715,-0.0300873;STB=0.501742,0.500978;STBP=0.87,0.872;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00197166,0.0326773;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:91:91:1:2:57,31:58,31:0.637363,0.340659:26,16:31,15:1:0:26,16:32,15:1:1 chr2 215645464 . C G 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0100148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.456;QD=18.7119;RBI=0.0114672;REFB=-0.0061293;REVB=-0.00558585;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713554;STB=0.540496;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00763212;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:8:11:9:9:8:11 chr2 215674224 . G A 596.8 PASS AF=0.466165;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=133;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.000328793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.156;QD=17.9488;RBI=0.00489441;REFB=-0.026724;REVB=0.00488335;RO=71;SAF=40;SAR=22;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118739;STB=0.506594;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0304747;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:71:71:62:62:0.466165:22:40:45:26:22:40:45:26 chr2 215796568 . T C 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0300382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.478;QD=11.1305;RBI=0.0300497;REFB=-0.0246316;REVB=-0.000832666;RO=38;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108223;STB=0.563047;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0391182;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:21:21:0.355932:12:9:20:18:12:9:20:18 chr2 215815760 . T C 623.95 PASS AF=0.508065;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=124;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.002881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.421;QD=20.1274;RBI=0.0152867;REFB=-0.000167211;REVB=0.0150128;RO=60;SAF=24;SAR=39;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177912;STB=0.514951;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.000191105;OID=.;OPOS=215815760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:60:61:63:63:0.508065:39:24:24:36:39:24:25:36 chr2 215820013 . G A 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0268308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.336;QD=19.3416;RBI=0.0426018;REFB=-0.0044899;REVB=0.0330911;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979282;STB=0.555494;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00596965;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:10:8:10:8:10:8 chr2 215865575 . T C 325.3 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00916472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1107;QD=22.4344;RBI=0.040189;REFB=0.0121986;REVB=0.0391301;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373013;STB=0.520595;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00374534;OID=.;OPOS=215865575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:11:14:20:13:11:14 chr2 215876166 . A T 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7683;QD=57.1862;RBI=0.00432003;REFB=0;REVB=0.00355683;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00722e-06;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr2 215901774 . C T 278.17 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0144939;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0844;QD=20.605;RBI=0.0240082;REFB=-0.00157245;REVB=0.0191395;RO=25;SAF=8;SAR=21;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448633;STB=0.524982;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00282058;OID=.;OPOS=215901774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:25:25:29:29:0.537037:21:8:8:17:21:8:8:17 chr2 215940242 . T C 670.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.233;QD=62.3391;RBI=0.0220469;REFB=0;REVB=-0.00294083;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36358e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:27:16:0:0 chr2 216190020 . C G 293.65 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0230827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.912;QD=19.9087;RBI=0.0563736;REFB=-0.0214121;REVB=-0.0514312;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375712;STB=0.511055;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0176345;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:28:31:31:0.525424:17:14:11:16:17:14:12:16 chr2 216212339 . T C 407.01 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00985311;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8285;QD=26.2585;RBI=0.00985936;REFB=-0.0200228;REVB=0.00035092;RO=23;SAF=17;SAR=22;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613807;STB=0.533486;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0146349;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:22:17:8:15:22:17:8:15 chr2 216229692 . A G 238.15 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0628406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.542;QD=21.65;RBI=0.0639873;REFB=-0.0251013;REVB=-0.0120592;RO=21;SAF=4;SAR=18;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3239;STB=0.650459;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0245649;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:18:4:10:11:18:5:10:11 chr2 216235089 . C T 996.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631257;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.844;QD=59.4876;RBI=0.0234362;REFB=0;REVB=-0.02257;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99547e-05;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:37:30:0:0:37:30:0:0 chr2 216242917 . T A 697.77 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5136;QD=62.0237;RBI=0.132744;REFB=0;REVB=0.109769;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190972;OID=.;OPOS=216242917;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr2 216249587 . C T 535.84 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.417;QD=59.5383;RBI=0.0928088;REFB=0;REVB=0.0840612;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294717;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:4:28:0:0:6:30:0:0 chr2 216272900 . T G 689.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.896;QD=62.7232;RBI=0.0471164;REFB=0;REVB=0.0327714;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125195;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:21:23:0:0 chr2 216272907 . A T 616.08 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.227;QD=61.6081;RBI=0.0636091;REFB=0;REVB=0.00988065;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332311;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:32:40:1:15:17:0:0:17:23:0:0 chr2 216300482 . T A 729.96 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000311662;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8457;QD=57.2517;RBI=0.0588681;REFB=0;REVB=0.0588673;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076586;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:35:16:0:0 chr2 216878008 . C G 156.71 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0400913;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4694;QD=9.4977;RBI=0.0478534;REFB=-0.0217697;REVB=0.0261274;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231395;STB=0.529383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0458291;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:45:45:21:21:0.318182:13:8:18:27:13:8:19:26 chr2 217012901 . A G 495.41 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0199702;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.3955;QD=47.1819;RBI=0.0204732;REFB=-0.0980579;REVB=0.00451011;RO=6;SAF=9;SAR=27;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185179;STB=0.599941;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00670241;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:42:6:6:36:36:0.857143:27:9:5:1:27:9:5:1 chr2 217148417 . C A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0294858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.914;QD=20.7383;RBI=0.0337173;REFB=-0.0279641;REVB=-0.0163537;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239574;STB=0.625864;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0210907;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:14:4:7:8:14:4:7:9 chr2 217364539 . C T 794.02 PASS AF=0.523179;AO=80;DP=151;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.00200262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6643;QD=21.0336;RBI=0.0143486;REFB=0.00586493;REVB=-0.0142082;RO=68;SAF=33;SAR=47;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012072;STB=0.526083;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0093408;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:68:72:80:79:0.523179:47:33:29:39:47:32:33:39 chr2 217526514 . C G 738.73 PASS AF=0.693182;AO=57;DP=83;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00391999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.583;QD=33.5786;RBI=0.0536752;REFB=-0.0205264;REVB=0.0535319;RO=26;SAF=30;SAR=27;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745329;STB=0.542227;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.008569;OID=.;OPOS=217526514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:26:27:57:61:0.693182:27:30:17:9:31:30:17:10 chr2 217537584 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0125663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0717;QD=7.83724;RBI=0.0136454;REFB=0.02323;REVB=0.00531826;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0493974;OID=.;OPOS=217537584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:9:7:4:3:9:7 chr2 217541582 . T C 1640.08 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172546;FXX=0.0267833;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.851;QD=60.1865;RBI=0.00339649;REFB=0;REVB=0.00292556;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270358;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:66:42:0:0:66:43:0:0 chr2 218604247 . A C 310.12 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981412;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.296;QD=53.9345;RBI=0.102198;REFB=0;REVB=0.0285074;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150136;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr2 218664633 . T G 1306.76 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-4.88505e-05;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.464;QD=62.2269;RBI=0.0662032;REFB=0;REVB=0.0662032;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190565;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:44:40:0:0:44:40:0:0 chr2 218674697 . C T 171.18 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.00918882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.233;QD=17.5567;RBI=0.00953749;REFB=-0.0185267;REVB=0.00255525;RO=21;SAF=1;SAR=17;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271835;STB=0.65997;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0213953;OID=.;OPOS=218674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:17:1:3:18:17:1:3:18 chr2 218682474 . A G 405.35 PASS AF=0.518987;AO=29;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0226668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.5;QD=20.5238;RBI=0.0232885;REFB=-0.0273726;REVB=-0.00534495;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424109;STB=0.532163;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0300344;OID=.;OPOS=218682474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:38:29:41:0.518987:15:14:14:18:21:20:16:22 chr2 218682771 . A G 192.08 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00970191;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.978;QD=21.9515;RBI=0.0336539;REFB=0.00245111;REVB=-0.0322251;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00227086;OID=.;OPOS=218682771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:7:9:9:10:7:9 chr2 218683154 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000131406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.733;QD=55.0965;RBI=0.0296048;REFB=0;REVB=0.0296045;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015962;OID=.;OPOS=218683154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr2 218683257 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0099878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.133;QD=26.6377;RBI=0.0286477;REFB=-0.0453932;REVB=0.0268503;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.541615;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0179987;OID=.;OPOS=218683257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:5:3:8:8:5:3 chr2 218683368 . C T 252.24 PASS AF=0.6;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.02215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.419;QD=25.2244;RBI=0.0748373;REFB=-0.0292446;REVB=0.0714842;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292005;STB=0.66314;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.01104;OID=.;OPOS=218683368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:23:24:0.6:12:11:14:2:13:11:14:2 chr2 218694551 . A G 979.99 PASS AF=0.527778;AO=94;DP=179;FAO=95;FDP=180;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=0.0491709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2714;QD=21.7776;RBI=0.0528276;REFB=0.00676136;REVB=-0.0193127;RO=85;SAF=39;SAR=55;SRF=31;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452372;STB=0.52752;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00817671;OID=.;OPOS=218694551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:85:85:94:95:0.527778:55:39:31:54:55:40:31:54 chr2 218706857 . T C 359.61 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0170531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.742;QD=17.3305;RBI=0.0170758;REFB=-0.0274506;REVB=0.000880386;RO=45;SAF=13;SAR=25;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191128;STB=0.607296;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0298415;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:25:13:24:21:25:13:24:21 chr2 218712606 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00167932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.56;QD=18.7119;RBI=0.0327786;REFB=-0.0241633;REVB=0.0327355;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167086;STB=0.594493;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0283487;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:13:6:9:9:13:6 chr2 218712726 . A G 318.25 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0314459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9718;QD=18.1858;RBI=0.0433805;REFB=-0.0342392;REVB=-0.0298834;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158837;STB=0.585665;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0308114;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:36:34:34:0.485714:17:17:23:11:17:17:24:12 chr2 218713282 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0204766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.428;QD=23.0882;RBI=0.0211743;REFB=0.000622174;REVB=0.00539056;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205627;STB=0.614762;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.000797915;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:6:12:9:13:6:12 chr2 218750817 . T C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00424064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.649;QD=8.254;RBI=0.0196192;REFB=-0.0174024;REVB=-0.0191554;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403885;STB=0.759899;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.045997;OID=.;OPOS=218750817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:6:6:1:5:6:6 chr2 218940418 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.020245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.242;QD=20.017;RBI=0.0521664;REFB=-0.00537963;REVB=-0.0480778;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106233;STB=0.569543;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00531878;OID=.;OPOS=218940418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:17:16:18:0.514286:6:10:7:7:8:10:7:10 chr2 219000310 . C T 539.78 PASS AF=0.548387;AO=49;DP=91;FAO=51;FDP=93;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0129838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.84;QD=23.2165;RBI=0.0134812;REFB=-0.0414544;REVB=0.00362819;RO=41;SAF=37;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170699;STB=0.595536;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0330108;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:41:42:49:51:0.548387:12:37:24:17:12:39:25:17 chr2 219000734 . T C 199.12 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0167345;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3258;QD=22.7565;RBI=0.0175176;REFB=0.0152317;REVB=0.00517921;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481957;STB=0.523196;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00875597;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:15:19:20:0.571429:12:7:6:8:13:7:6:9 chr2 219029108 . C G 611.65 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00807487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.314;QD=21.4614;RBI=0.0149569;REFB=-0.032182;REVB=-0.0125899;RO=53;SAF=35;SAR=26;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390859;STB=0.521465;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0247434;OID=.;OPOS=219029108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:53:53:61:61:0.535088:26:35:28:25:26:35:28:25 chr2 219110625 . G A 532.32 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.525;QD=59.1468;RBI=0.031738;REFB=0;REVB=-0.0288454;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57103e-05;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:8:27:0:0:8:28:0:0 chr2 219128506 . C T 3439.89 PASS AF=0.978166;AO=224;DP=229;FAO=224;FDP=229;FR=.;FRO=5;FSAF=118;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00395263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.138;QD=60.0854;RBI=0.0150612;REFB=-0.0525089;REVB=0.0145333;RO=5;SAF=118;SAR=106;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00305383;STB=0.501603;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000173383;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:229:229:5:5:224:224:0.978166:106:118:3:2:106:118:3:2 chr2 219140288 . G C 1207.89 PASS AF=0.977011;AO=75;DP=79;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00150905;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5994;QD=55.5352;RBI=0.0210639;REFB=-0.0731769;REVB=0.0210098;RO=2;SAF=30;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030497;STB=0.513886;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0129487;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:79:87:2:2:75:85:0.977011:45:30:2:0:50:35:2:0 chr2 219143229 . G A 687.55 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-3.0963e-05;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.709;QD=52.8886;RBI=0.0146863;REFB=-0.0345969;REVB=0.0146863;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000955078;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:1:1:48:51:0.980769:30:18:0:1:33:18:0:1 chr2 219144089 . G A 334.28 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0416446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.117;QD=46.1072;RBI=0.045388;REFB=-0.0475116;REVB=0.0180497;RO=3;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102852;STB=0.555513;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00382524;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:29:3:3:26:26:0.896552:12:14:0:3:12:14:0:3 chr2 219144815 . T C 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00995173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.375;QD=61.5111;RBI=0.0379832;REFB=0.00909362;REVB=0.0366563;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.000329303;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr2 219231807 . C T 483.23 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.545;QD=58.5739;RBI=0.0258829;REFB=0;REVB=-0.00608711;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31588e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr2 219254622 . A G 673.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280599;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.655;QD=62.646;RBI=0.0412326;REFB=0;REVB=0.0302121;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171361;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr2 219265094 . T C 722.19 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0300669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3104;QD=54.5046;RBI=0.031163;REFB=-0.103809;REVB=0.00819241;RO=1;SAF=6;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101327;STB=0.505374;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00412132;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:46:6:0:1:46:6:0:1 chr2 219319333 . TCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTC TCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,TCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTC 180.82 PASS AF=0.0363636,0.381818,0;AO=2,8,7;DP=56;FAO=2,21,0;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=2,16,0;FSAR=0,5,0;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0247396,0.0451945,-0.391844;FXX=0.017854;HRUN=1,0,3;LEN=1,2,1;MLLD=36.7443,68.1934,16.089;QD=13.1506;RBI=0.115575,0.048621,0.417421;REFB=-0.0516145,-0.0695666,0.0164416;REVB=-0.112896,-0.0179294,-0.143869;RO=18;SAF=2,6,6;SAR=0,2,1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.5;SSSB=0.499987,0.241269,0.413192;STB=0.993311,0.580417,0.5;STBP=0.303,0.424,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.097319,0.159625,0;OID=.,.,.;OPOS=219319355,219319337,219319334;OREF=C,-,C;OALT=G,GT,-;OMAPALT=TCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTG,TCCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTC,TCCGTGTGTGTGTGTGTGTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0363636,0.381818,0:2,8,7:56:2,21,0:55:32:2,16,0:0,5,0:21:11:99:18:2,6,6:0,2,1:10:8 chr2 219319657 . A G 770.74 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596945;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.886;QD=64.2287;RBI=0.0218727;REFB=0;REVB=0.0210423;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036552;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr2 219330847 . G A 131.64 PASS AF=0.32;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0296372;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2558;QD=10.5314;RBI=0.0497112;REFB=-0.00800132;REVB=-0.0399104;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716344;STB=0.54266;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0165392;OID=.;OPOS=219330847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:34:34:16:16:0.32:9:7:17:17:9:7:17:17 chr2 219492924 . T C 268.7 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0648647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4178;QD=13.9586;RBI=0.0649223;REFB=-0.027221;REVB=-0.00273388;RO=45;SAF=21;SAR=10;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311953;STB=0.682952;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0414782;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:10:21:17:28:10:21:17:29 chr2 219503113 . C T 131.0 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0265728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4565;QD=14.1623;RBI=0.0297826;REFB=-0.00517737;REVB=0.0134496;RO=22;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498973;STB=0.790814;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0143221;OID=.;OPOS=219503113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:3:12:7:15:3:12:7:15 chr2 219507302 . C T 149.74 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00066936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.022;QD=28.5213;RBI=0.031208;REFB=-0.0803277;REVB=0.0312008;RO=6;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100199;STB=0.555485;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0390021;OID=.;OPOS=219507302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:10:5:1:5:10:5:1:5 chr2 219508263 . G T 385.52 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0246943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.926;QD=30.8413;RBI=0.0651067;REFB=-0.0784764;REVB=0.0602418;RO=18;SAF=8;SAR=24;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699815;STB=0.538437;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0465672;OID=.;OPOS=219508263;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:24:8:6:12:24:8:6:12 chr2 219508988 . T C 934.0 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.042;QD=58.3747;RBI=0.0625523;REFB=0;REVB=-0.00400531;RO=0;SAF=16;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135507;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:46:16:0:0:46:18:0:0 chr2 219509618 . C A 163.91 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.024485;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1585;QD=9.23457;RBI=0.0273275;REFB=0.00380092;REVB=-0.0121357;RO=48;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18504;STB=0.603038;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0116473;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:49:22:22:0.309859:14:8:25:23:14:8:25:24 chr2 219520895 . T C 182.46 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00183083;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.735;QD=15.8659;RBI=0.0140731;REFB=-0.0132814;REVB=0.0139535;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251598;STB=0.645233;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0246019;OID=.;OPOS=219520895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:15:12:13:6:15:12 chr2 219527712 . C T 100.92 PASS AF=0.48;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0229299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.551;QD=16.1468;RBI=0.0231438;REFB=-0.00565277;REVB=0.00313924;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282867;STB=0.640296;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00513331;OID=.;OPOS=219527712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:13:12:12:0.48:5:7:3:9:5:7:4:9 chr2 219527866 . T C 132.1 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00434217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.993;QD=12.0089;RBI=0.0053621;REFB=-0.0269069;REVB=-0.00314606;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112207;STB=0.535669;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0372179;OID=.;OPOS=219527866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:5:10:16:12:6:10:16:12 chr2 219528995 . T C 435.41 PASS AF=0.617647;AO=41;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0253888;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.859;QD=25.6125;RBI=0.0282379;REFB=-0.0225148;REVB=0.0123608;RO=23;SAF=26;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128553;STB=0.530106;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0130452;OID=.;OPOS=219528995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:26:41:42:0.617647:15:26:15:8:16:26:18:8 chr2 219529247 . A C 513.82 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=0.00744632;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.176;QD=20.9721;RBI=0.0163812;REFB=-0.0225441;REVB=0.0145909;RO=42;SAF=19;SAR=30;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137287;STB=0.578918;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0194007;OID=.;OPOS=219529247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:48:49:50:0.510204:30:19:10:32:30:20:12:36 chr2 219529881 . G A 378.29 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=7.9986e-05;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.578;QD=21.3121;RBI=0.043814;REFB=-0.01315;REVB=0.043814;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636957;STB=0.535193;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0108337;OID=.;OPOS=219529881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:19:19:14:19:19:19:14:19 chr2 219533378 . T C 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0258442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.862;QD=21.8718;RBI=0.025869;REFB=-0.00169361;REVB=-0.00113326;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241209;STB=0.51339;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00214559;OID=.;OPOS=219533378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:10:13:15:13:10:13 chr2 219544388 . A G 67.28 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0804677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8615;QD=14.1643;RBI=0.0839675;REFB=-0.0110753;REVB=-0.0239895;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.555425;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0510118;OID=.;OPOS=219544388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:7:2:3:6:7:2:3:7 chr2 219553468 . C T 348.97 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00690519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.234;QD=22.883;RBI=0.00788769;REFB=0.00499433;REVB=-0.00381235;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239436;STB=0.623307;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00204819;OID=.;OPOS=219553468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:26:35:35:0.57377:14:21:7:18:14:21:8:18 chr2 219555262 . G A 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00113308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.829;QD=16.6322;RBI=0.0140345;REFB=0.00197988;REVB=0.0139887;RO=46;SAF=22;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779879;STB=0.504381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00159097;OID=.;OPOS=219555262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:15:22:27:19:15:22:27:19 chr2 219563602 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00382812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.984;QD=11.9543;RBI=0.0146063;REFB=-0.0187952;REVB=0.0140957;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286032;STB=0.517197;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.017137;OID=.;OPOS=219563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:3:8:6:2:3:8 chr2 219602499 . G C 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00388309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9756;QD=17.3996;RBI=0.0326598;REFB=-0.00816896;REVB=0.0324281;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817639;STB=0.546694;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00640635;OID=.;OPOS=219602499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:10:3:4:9:10:3 chr2 219602819 . G A 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0429477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7809;QD=10.633;RBI=0.0462927;REFB=0.0131649;REVB=0.0172773;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558614;STB=0.829092;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0400227;OID=.;OPOS=219602819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:6:2:11:2:6:2:11:2 chr2 219610433 . A G 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.000383831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.764;QD=24.126;RBI=0.00860536;REFB=-0.0241045;REVB=-0.00859679;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173369;STB=0.596307;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.019443;OID=.;OPOS=219610433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:2:9:10:7:2:9 chr2 219692696 . G C 998.69 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0109898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5448;QD=53.9834;RBI=0.0303814;REFB=-0.102931;REVB=0.0283241;RO=3;SAF=27;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228754;STB=0.506497;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00803524;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:74:74:3:4:70:70:0.945946:43:27:2:1:43:27:2:2 chr2 219695487 . G C 547.74 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8906;QD=57.6566;RBI=0.0250138;REFB=-0.124715;REVB=0.0195678;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0076967;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:0:1:37:37:0.973684:22:15:0:0:22:15:1:0 chr2 219824731 . G C 438.35 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0101676;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.836;QD=24.019;RBI=0.0246573;REFB=-0.0261981;REVB=0.0224634;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623945;STB=0.53423;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0206156;OID=.;OPOS=219824731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:21:21:18:13:21:21:18:13 chr2 219826537 . G A 132.11 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0430962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6908;QD=24.0203;RBI=0.0463116;REFB=-0.080229;REVB=0.0169552;RO=8;SAF=13;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501951;STB=0.79213;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0157812;OID=.;OPOS=219826537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:1:13:4:4:1:13:4:4 chr2 219826761 . T G 51.83 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0234695;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.786;QD=15.9461;RBI=0.0277967;REFB=-0.0117762;REVB=-0.0148942;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23478;STB=0.642384;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00919312;OID=.;OPOS=219826761;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:4:2:1:6:4:2 chr2 219893086 . G A 465.82 PASS AF=0.5625;AO=42;DP=78;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00438523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7159;QD=23.2911;RBI=0.0386235;REFB=-0.041609;REVB=0.0383738;RO=35;SAF=18;SAR=24;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730964;STB=0.526304;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.039596;OID=.;OPOS=219893086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:35:35:42:45:0.5625:24:18:12:23:27:18:12:23 chr2 219903256 . C G 132.83 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.103664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2981;QD=7.8136;RBI=0.104803;REFB=0.00834867;REVB=-0.0154129;RO=48;SAF=7;SAR=12;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183445;STB=0.603663;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0187592;OID=.;OPOS=219903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:48:49:19:19:0.279412:12:7:25:23:12:7:25:24 chr2 219920037 . A G 2359.76 PASS AF=0.993289;AO=129;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.146;QD=63.3493;RBI=0.0534408;REFB=0;REVB=0.0162766;RO=0;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628283;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:149:0:0:129:148:0.993289:74:55:0:0:84:64:0:0 chr2 219940484 . C T 734.19 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6998;QD=61.1821;RBI=0.0174575;REFB=0.0652483;REVB=-0.00520919;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000847991;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:1:0:30:17:1:0 chr2 219967380 . T C 428.58 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3974;QD=57.1444;RBI=0.0514069;REFB=0;REVB=-0.0369192;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170429;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr2 220037393 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.479;QD=53.9112;RBI=0.0678471;REFB=0;REVB=0.00389331;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186122;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 220045454 . G A 1098.7 PASS AF=0.961538;AO=76;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0115716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9697;QD=56.3435;RBI=0.0394617;REFB=0.00318323;REVB=0.0377269;RO=2;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225227;STB=0.518067;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-1.25802e-05;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:78:78:2:3:76:75:0.961538:41:35:0:2:40:35:0:3 chr2 220046978 . A AC 51.02 PASS AF=0.288136;AO=23;DP=62;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.045867;FXX=0.0166639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=54.8293;QD=3.45895;RBI=0.0459166;REFB=-0.00445564;REVB=-0.00213424;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264724;STB=0.765191;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0956063;OID=.;OPOS=220046979;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:23:62:17:59:42:12:5:13:29:51:38:13:10:12:26 chr2 220072766 . G T 736.39 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6269;QD=56.6454;RBI=0.0561561;REFB=0;REVB=-0.0340249;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153708;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:28:24:0:0 chr2 220083279 . C T 1422.74 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278187;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.767;QD=61.8584;RBI=0.0330463;REFB=-0.0394402;REVB=0.0178374;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000295759;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:0:1:91:91:0.98913:49:42:0:0:49:42:0:1 chr2 220084902 . G A 808.63 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0439762;FXX=0.0491723;HRUN=5;LEN=1;MLLD=118.046;QD=55.7678;RBI=0.0567872;REFB=-0.0470676;REVB=0.0359288;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200576;STB=0.510635;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000350224;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:23:33:0:1:23:34:0:1 chr2 220085845 . A G 350.87 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3051;QD=53.9803;RBI=0.115984;REFB=0;REVB=-0.11551;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147936;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr2 220113242 . T G 4023.06 PASS AF=1;AO=259;DP=261;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=124;FSAR=135;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000134606;FXX=0.00766254;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.912;QD=62.1322;RBI=0.0242329;REFB=0.0178953;REVB=0.0242325;RO=1;SAF=124;SAR=135;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035183;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66731e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:261:259:1:0:259:259:1:135:124:0:1:135:124:0:0 chr2 220118531 . G C 476.09 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00978208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.023;QD=52.8987;RBI=0.0161456;REFB=-0.187062;REVB=0.0128449;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00147658;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:36:2:2:32:34:0.944444:16:16:1:1:18:16:1:1 chr2 220136155 . T C 1472.38 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5151;QD=63.3282;RBI=0.0302113;REFB=0;REVB=0.00803424;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130262;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr2 220136351 . G A 1131.01 PASS AF=1;AO=67;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3797;QD=59.527;RBI=0.104522;REFB=0;REVB=0.0148364;RO=1;SAF=23;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185471;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:1:0:67:76:1:44:23:1:0:45:31:0:0 chr2 220136371 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0082831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.698;QD=58.2379;RBI=0.00912455;REFB=0;REVB=0.00382722;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49905e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr2 220150730 . G A 368.0 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0183069;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.045;QD=12.7999;RBI=0.0189049;REFB=0.00110358;REVB=-0.00471732;RO=71;SAF=22;SAR=22;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764599;STB=0.504346;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00116032;OID=.;OPOS=220150730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:71:71:44:44:0.382609:22:22:35:36:22:22:35:36 chr2 220250147 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.706;QD=59.8393;RBI=0.0327364;REFB=0;REVB=-0.028396;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52682e-05;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr2 220283259 . A G 126.75 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1713;QD=42.2498;RBI=0.0259581;REFB=0;REVB=-0.0259104;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80829e-05;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:3:9:0:0 chr2 220283277 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5335;QD=45.8039;RBI=0.0702929;REFB=0;REVB=0.0317974;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161206;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr2 220315970 . G A 191.47 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0894408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.233;QD=14.7284;RBI=0.0901653;REFB=-0.0206231;REVB=0.0114071;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213751;STB=0.63166;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0267953;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:21:22:0.423077:12:9:7:23:12:10:7:23 chr2 220330804 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0286909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.303;QD=18.2511;RBI=0.037159;REFB=-0.015356;REVB=-0.023614;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21298;STB=0.618916;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0324827;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:12:3:1:14:12:3:1:14 chr2 220333764 . GC G 30.73 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.115972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.1013;QD=3.96456;RBI=0.146181;REFB=-0.0120546;REVB=0.0889915;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.403361;SSSB=0.385725;STB=0.805281;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.0391566;OID=.;OPOS=220333765;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:7:31:8:31:23:6:2:7:16:30:19:5:2:7:12 chr2 220333950 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.16;QD=57.0008;RBI=0.00403686;REFB=0;REVB=-0.00199933;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34168e-06;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr2 220338560 . C T 228.7 PASS AF=0.367089;AO=25;DP=74;FAO=29;FDP=79;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00733942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9933;QD=11.5798;RBI=0.0150559;REFB=-0.0213055;REVB=-0.0131459;RO=48;SAF=16;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207167;STB=0.613923;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0680767;OID=.;OPOS=220338560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:48:50:25:29:0.367089:9:16:22:26:10:19:24:26 chr2 220362899 . C G 385.24 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1998;QD=55.0342;RBI=0.0633195;REFB=0;REVB=0.0125269;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180161;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:14:14:0:0 chr2 220379560 . C G 854.27 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00887955;FXX=0.0151492;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.729;QD=52.5706;RBI=0.0126039;REFB=0.00287403;REVB=-0.00894497;RO=4;SAF=25;SAR=37;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407842;STB=0.512566;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-3.53359e-06;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:65:4:3:62:62:0.953846:37:25:3:1:37:25:2:1 chr2 220399951 . A G 218.55 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0087496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.011;QD=13.6592;RBI=0.0452083;REFB=-0.00259781;REVB=-0.0443535;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547171;STB=0.531226;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00163345;OID=.;OPOS=220399951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:17:21:13:13:17:21 chr2 220400014 . G A 47.22 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.00611149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.754;QD=6.99595;RBI=0.0181726;REFB=-0.013125;REVB=0.0171141;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.685218;STB=0.856462;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.095136;OID=.;OPOS=220400014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:25:27:18:19:7:8:0.296296:1:6:3:15:2:6:3:16 chr2 220402671 . G T 68.33 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00434103;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.62;QD=13.0151;RBI=0.136789;REFB=-0.00794576;REVB=-0.13672;RO=12;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728013;STB=0.542768;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0131709;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:12:12:9:9:0.428571:1:8:11:1:1:8:11:1 chr2 220402680 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0681647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1001;QD=17.8271;RBI=0.0766361;REFB=0.0150958;REVB=0.0350238;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177265;STB=0.612742;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0150833;OID=.;OPOS=220402680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:3:9:9:1:3:9:10:1 chr2 220404381 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.123;QD=59.8367;RBI=0.010922;REFB=0;REVB=0.0106257;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82714e-05;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr2 220404458 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.058852;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.727;QD=20.8975;RBI=0.0606399;REFB=0.0088755;REVB=0.0146166;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788369;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00603333;OID=.;OPOS=220404458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:1:3:5:3:1:3 chr2 220405321 . T C 311.66 PASS AF=0.353982;AO=39;DP=113;FAO=40;FDP=113;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.00546208;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.773;QD=11.032;RBI=0.0229244;REFB=-0.00587875;REVB=-0.0222642;RO=74;SAF=17;SAR=22;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579165;STB=0.519136;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0103641;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:73:39:40:0.353982:22:17:36:38:22:18:35:38 chr2 220408003 . C A 165.66 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0034418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.068;QD=14.4053;RBI=0.00794204;REFB=-0.0236742;REVB=-0.00715751;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982302;STB=0.547211;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0262226;OID=.;OPOS=220408003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:11:7:13:14:11:7:13:15 chr2 220412256 . T C 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0956128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5069;QD=55.09;RBI=0.108459;REFB=0;REVB=0.0512008;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111751;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 220414016 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799728;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.639;QD=42.1827;RBI=0.0219498;REFB=0;REVB=0.020441;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311541;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr2 220414019 . T C 68.71 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.8499;QD=24.9858;RBI=0.231493;REFB=-0.181512;REVB=0.227854;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990128;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.177461;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:2:1:9:10:0.909091:8:1:0:2:9:1:0:1 chr2 220415595 . GGAGAGA GGAG,GGAGA 151.61 PASS AF=0,0.592593;AO=4,10;DP=29;FAO=0,16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=0,9;FSAR=0,7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0288422,0.0306331;FXX=0.0689417;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=195.471,205.909;QD=22.46;RBI=0.0335651,0.0352495;REFB=-0.0252767,-0.0278613;REVB=0.0171682,0.0174395;RO=11;SAF=4,4;SAR=0,6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.67888,-0.131181;STB=0.5,0.507033;STBP=1,0.941;TYPE=del,del;VARB=0,0.024914;OID=.,.;OPOS=220415599,220415596;OREF=AGA,GA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAG,GGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.592593:4,10:29:0,16:27:11:0,9:0,7:6:5:90:11:4,4:0,6:6:5 chr2 220417266 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0494351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7553;QD=23.7584;RBI=0.0499978;REFB=-0.0162843;REVB=-0.00747993;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149145;STB=0.594925;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.014025;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:22:26:26:0.541667:17:9:11:10:17:9:12:10 chr2 220419236 . T C 2119.05 PASS AF=1;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511157;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1935;QD=62.7867;RBI=0.0348358;REFB=0;REVB=0.0344587;RO=0;SAF=65;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76136e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168737;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:135:0:0:133:135:1:68:65:0:0:70:65:0:0 chr2 220419339 . T C 2286.03 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.047;QD=63.5008;RBI=0.0329205;REFB=0;REVB=-0.0290989;RO=0;SAF=74;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419748;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:69:74:0:0:69:75:0:0 chr2 220420785 . G A 683.7 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=50;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0100652;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.401;QD=23.1762;RBI=0.0495654;REFB=-0.0298096;REVB=0.0485327;RO=51;SAF=16;SAR=50;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182828;STB=0.606686;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0292702;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:51:52:66:66:0.559322:50:16:22:29:50:16:23:29 chr2 220420956 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.381;QD=53.9103;RBI=0.037957;REFB=0;REVB=0.0219957;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.659e-05;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr2 220421417 . C G 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0133144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.167;QD=8.99461;RBI=0.0360756;REFB=-0.0150986;REVB=-0.0335287;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116902;STB=0.571309;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0303383;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:15:14:7:5:15:14 chr2 220422774 . A G 750.01 PASS AF=0.520548;AO=61;DP=130;FAO=76;FDP=146;FR=.;FRO=70;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=0.0170083;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.15;QD=20.5483;RBI=0.0266084;REFB=-0.0259588;REVB=0.0204627;RO=63;SAF=31;SAR=30;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728632;STB=0.516089;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0162715;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:146:63:70:61:76:0.520548:30:31:37:26:34:42:41:29 chr2 220430203 . C T 773.07 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0158663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0269;QD=50.6931;RBI=0.0466679;REFB=-0.129482;REVB=0.043888;RO=3;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100784;STB=0.512591;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00833957;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:61:61:3:4:57:57:0.934426:32:25:1:2:32:25:1:3 chr2 220435034 . A G 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.576;QD=53.8892;RBI=0.0256974;REFB=0;REVB=0.0214525;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138329;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr2 220435375 . G A 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0231303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.565;QD=19.1772;RBI=0.0394314;REFB=-0.0396595;REVB=0.0319347;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0476861;OID=.;OPOS=220435375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:8:3:5:8:8:3 chr2 220435386 . G C 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00448502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.416;QD=8.30759;RBI=0.0115369;REFB=-0.0016916;REVB=-0.0106295;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121057;STB=0.574292;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0050191;OID=.;OPOS=220435386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:13:5:3:5:13:5 chr2 220462640 . G T 1449.49 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0274414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.373;QD=57.4056;RBI=0.0275063;REFB=-0.076941;REVB=0.00188824;RO=1;SAF=60;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00784092;STB=0.502197;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000109475;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:99:99:0.980198:39:60:1:0:39:60:1:1 chr2 220466199 . G T 704.66 PASS AF=1;AO=32;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0688035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.488;QD=62.6361;RBI=0.0702907;REFB=0;REVB=0.0143826;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222013;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:32:45:1:19:13:0:0:20:25:0:0 chr2 220466200 . C T 90.54 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00217555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.1458;QD=7.87336;RBI=0.015719;REFB=-0.0146824;REVB=-0.0155677;RO=34;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639999;STB=0.901627;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00498299;OID=.;OPOS=220466200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:1:11:14:20:1:11:14:20 chr2 220471116 . C G 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.462;QD=58.6504;RBI=0.0452731;REFB=-0.0753158;REVB=0.0161359;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000566441;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:17:23:0:0:17:23:0:1 chr2 220473355 . G A 390.61 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.030597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.376;QD=16.6216;RBI=0.0331515;REFB=-0.0130329;REVB=-0.012761;RO=52;SAF=29;SAR=12;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403297;STB=0.53112;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0289769;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:12:29:35:17:12:29:35:18 chr2 220476443 . C T 903.02 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.695;QD=58.2594;RBI=0.0731191;REFB=0;REVB=0.00440733;RO=0;SAF=12;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191615;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:54:62:1:42:12:0:0:43:19:0:0 chr2 220479312 . T C 687.92 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.946;QD=62.5378;RBI=0.0414523;REFB=0;REVB=0.0382571;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163955;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:27:14:0:0:30:14:0:0 chr2 220494117 . CA C,CC 255.59 PASS AF=0.2,0.8;AO=8,13;DP=21;FAO=4,16;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570138,0.0553053;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.183,209.792;QD=51.1176;RBI=0.0573395,0.0556565;REFB=0,0;REVB=0.00610246,0.00624276;RO=0;SAF=3,4;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0152687,0.0041744;OID=.,.;OPOS=220494118,220494118;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:8,13:21:4,16:20:0:2,4:2,12:0:0:12:0:3,4:5,9:0:0 chr2 220500423 . A G 1513.1 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3436;QD=59.9249;RBI=0.032612;REFB=0;REVB=-1.88717e-05;RO=1;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106594;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221612;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:1:0:100:101:1:44:56:0:1:45:56:0:0 chr2 220500426 . A G 1432.3 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0107701;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.602;QD=57.2919;RBI=0.0873061;REFB=0.0995646;REVB=-0.0866393;RO=2;SAF=55;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00235663;STB=0.501243;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00066734;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:43:55:1:1:43:55:1:1 chr2 220502367 . A C 178.24 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0301117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.004;QD=14.8533;RBI=0.0301572;REFB=-0.00269588;REVB=-0.00165608;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154777;STB=0.599025;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00275562;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:16:12:11:8:17:12 chr2 220505265 . T C 246.77 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0307565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.412;QD=11.3458;RBI=0.0314091;REFB=-0.014559;REVB=0.00636935;RO=57;SAF=9;SAR=21;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403762;STB=0.73259;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0273817;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:21:9:38:19:21:9:38:19 chr2 220771223 . C T 201.93 PASS AF=0.258621;AO=24;DP=115;FAO=30;FDP=116;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.0139693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.128;QD=6.96323;RBI=0.0139806;REFB=-0.0101993;REVB=0.000561476;RO=68;SAF=16;SAR=8;SRF=42;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654656;STB=0.541638;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0295943;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:86:24:30:0.258621:8:16:42:26:9:21:56:30 chr2 220771290 . G A 202.66 PASS AF=0.27451;AO=27;DP=101;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.00750453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.095;QD=7.94738;RBI=0.0116;REFB=-0.00303912;REVB=0.0088454;RO=71;SAF=13;SAR=14;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991592;STB=0.529391;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0106584;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:71:74:27:28:0.27451:14:13:40:31:14:14:40:34 chr2 222308226 . T C 707.95 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477538;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.9211;QD=54.4574;RBI=0.00685321;REFB=0;REVB=0.00491551;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00665097;OID=.;OPOS=222308226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:48:52:1:16:32:0:0:18:34:0:0 chr2 222347190 . G T 910.82 PASS AF=0.623077;AO=81;DP=130;FAO=81;FDP=130;FR=.;FRO=49;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0263603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.508;QD=28.0252;RBI=0.0268266;REFB=-0.0171396;REVB=-0.00498034;RO=49;SAF=43;SAR=38;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428298;STB=0.523188;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0100532;OID=.;OPOS=222347190;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:49:49:81:81:0.623077:38:43:23:26:38:43:23:26 chr2 223161889 . A G 733.82 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414735;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1929;QD=63.8102;RBI=0.0278344;REFB=0;REVB=-0.0275236;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307283;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr2 223169150 . G T 99.39 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00111269;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3775;QD=13.7087;RBI=0.113156;REFB=-0.01072;REVB=0.113151;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0222442;OID=.;OPOS=223169150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:9:8:6:6:9:8 chr2 223423362 . A G 563.68 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0796318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.747;QD=57.8133;RBI=0.102697;REFB=-0.141576;REVB=0.0648491;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.509086;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00349538;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:11:27:1:0:11:27:1:0 chr2 223423491 . C G 350.62 PASS AF=0.361345;AO=43;DP=120;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0299954;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.421;QD=11.7854;RBI=0.031597;REFB=-0.0237763;REVB=-0.009932;RO=76;SAF=22;SAR=21;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145065;STB=0.582744;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0164871;OID=.;OPOS=223423491;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:76:76:43:43:0.361345:21:22:29:47:21:22:29:47 chr2 223436607 . C T 69.24 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0124903;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3557;QD=4.94536;RBI=0.0662183;REFB=0.00157961;REVB=-0.0650296;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838157;STB=0.562993;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.00775535;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:58:56:44:45:11:11:0.196429:6:5:23:21:6:5:24:21 chr2 223520797 . T G 341.66 PASS AF=0.280702;AO=44;DP=168;FAO=48;FDP=171;FR=.;FRO=123;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=65;FWDB=-0.0245804;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.752;QD=7.99192;RBI=0.0399682;REFB=-0.0117919;REVB=0.0315161;RO=124;SAF=23;SAR=21;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680083;STB=0.505492;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0301591;OID=.;OPOS=223520797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:171:124:123:44:48:0.280702:21:23:58:66:25:23:58:65 chr2 223536541 . G A 617.99 PASS AF=0.38587;AO=71;DP=185;FAO=71;FDP=184;FR=.;FRO=113;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=64;FSRR=49;FWDB=0.0136576;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6121;QD=13.4347;RBI=0.0213478;REFB=-0.0210502;REVB=0.0164073;RO=113;SAF=40;SAR=31;SRF=64;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00330834;STB=0.501867;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0348316;OID=.;OPOS=223536541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:113:113:71:71:0.38587:31:40:64:49:31:40:64:49 chr2 223785740 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.009;QD=60.2304;RBI=0.0152127;REFB=0;REVB=0.000634485;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62391e-05;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr2 223807380 . C A 1572.46 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00842434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.294;QD=62.8985;RBI=0.0155939;REFB=-0.195708;REVB=0.0131225;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00036193;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:0:1:99:99:0.99:58:41:0:0:58:41:0:1 chr2 223917629 . C T 106.04 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0583849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3951;QD=10.8757;RBI=0.06214;REFB=-0.0352595;REVB=-0.021274;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342971;STB=0.654326;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0660474;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:25:13:14:0.358974:4:9:9:15:5:9:10:15 chr2 223917812 . T C 1434.54 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.576;QD=61.7007;RBI=0.0290656;REFB=-0.102265;REVB=0.0198293;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000256187;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:0:1:91:92:0.989247:40:51:0:0:41:51:0:1 chr2 223917983 . T G 192.93 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.0243231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.417;QD=14.8404;RBI=0.0598073;REFB=-0.0291593;REVB=-0.0546379;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344186;STB=0.693722;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0270126;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:10:12:6:24:10:12:6:24 chr2 223918080 . C G 554.45 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.042958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8337;QD=55.4449;RBI=0.045671;REFB=-0.0248376;REVB=-0.0155066;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102816;STB=0.505492;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0163924;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:1:1:23:15:1:1 chr2 223918363 . T C 692.75 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5551;QD=61.5776;RBI=0.046051;REFB=0;REVB=-0.0196859;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109829;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:20:25:0:0 chr2 224620181 . G T 120.48 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00544819;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.273;QD=21.9061;RBI=0.0431354;REFB=-0.0270826;REVB=-0.04279;RO=9;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972524;STB=0.555466;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0197426;OID=.;OPOS=224620181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:10:3:3:6:10:3:3:6 chr2 224640803 . C CAA 75.1 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0165233;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=38.2074;QD=7.90534;RBI=0.0165488;REFB=0.00365167;REVB=0.000917921;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022417;STB=0.512176;STBP=0.944;TYPE=ins;VARB=-0.0122868;OID=.;OPOS=224640804;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:12:39:13:38:25:7:6:13:12:75:25:6:6:13:12 chr2 224765956 . C T 726.16 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0570375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0299;QD=59.2781;RBI=0.095881;REFB=-0.102955;REVB=0.0770706;RO=1;SAF=34;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136345;STB=0.511273;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00569237;OID=.;OPOS=224765956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:1:2:47:47:0.959184:13:34:1:0:13:34:1:1 chr2 224866387 . G A 116.17 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0192756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.045;QD=20.2041;RBI=0.0200954;REFB=-0.0254528;REVB=0.00568109;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123573;STB=0.507031;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0146911;OID=.;OPOS=224866387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:6:4:5:8:6:4 chr2 224866576 . C A 331.37 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0353271;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.247;QD=18.4093;RBI=0.0359461;REFB=-0.0238963;REVB=0.00664214;RO=37;SAF=10;SAR=25;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425666;STB=0.523796;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0216956;OID=.;OPOS=224866576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:37:37:35:35:0.486111:25:10:12:25:25:10:12:25 chr2 225244888 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00956526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.593;QD=8.08965;RBI=0.0103948;REFB=0.00559601;REVB=0.00406901;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291584;STB=0.680454;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0132021;OID=.;OPOS=225244888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:13:9:6:3:13:9 chr2 225244923 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0379905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2522;QD=7.12413;RBI=0.0393678;REFB=-0.0138686;REVB=-0.010322;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.666222;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0268798;OID=.;OPOS=225244923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:4:3:12:6:4:3:12:6 chr2 225336453 . TTAAA T 77.55 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00581459;FXX=0.0576812;HRUN=3;LEN=4;MLLD=248.115;QD=6.33074;RBI=0.0404196;REFB=-0.00999146;REVB=0.0399992;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202593;STB=0.635067;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.0203634;OID=.;OPOS=225336454;OREF=TAAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.306122:15:52:15:49:34:11:4:19:15:77:33:11:4:19:14 chr2 225338022 . G A 178.23 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.016516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.234;QD=14.8521;RBI=0.0322904;REFB=-0.0247149;REVB=-0.0277469;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00949934;STB=0.505489;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0375723;OID=.;OPOS=225338022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:15:14:9:10:15:14 chr2 225346646 . T C 129.59 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0136676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.271;QD=9.59926;RBI=0.0254453;REFB=-0.02227;REVB=0.0214631;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803301;STB=0.54777;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0462318;OID=.;OPOS=225346646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:20:17:9:8:20:17 chr2 225362478 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0269087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.565;QD=9.67075;RBI=0.0276307;REFB=-0.00953863;REVB=-0.00627517;RO=36;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00814459;STB=0.504872;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0165325;OID=.;OPOS=225362478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:7:9:20:16:7:9:20:16 chr2 225630233 . C T 409.87 PASS AF=0.9375;AO=31;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0230772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7949;QD=51.2332;RBI=0.0756744;REFB=0.107244;REVB=-0.0720698;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.010898;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:31:30:0.9375:16:15:1:0:15:15:1:1 chr2 225719693 . G A 142.63 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0992832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5061;QD=22.8213;RBI=0.101007;REFB=0.0534438;REVB=-0.0185796;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.0411491;OID=.;OPOS=225719693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:5:5:10:5:5:5 chr2 225738847 . CTTTTTTTT CTTTTTTTA,CTTTTTTT 32.1 PASS AF=0.0526316,0.263158;AO=2,10;DP=40;FAO=2,10;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=1,1;FSAR=1,9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0178775,0.0347122;FXX=0.0499875;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=91.1068,7.48955;QD=3.37937;RBI=0.0224174,0.0679597;REFB=-0.0197659,-0.118456;REVB=-0.0135253,0.0584259;RO=22;SAF=2,1;SAR=0,9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.518239,-0.512177;STB=0.535362,0.834918;STBP=0.878,0.037;TYPE=snp,del;VARB=0.307902,0.145578;OID=.,.;OPOS=225738855,225738848;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CTTTTTTTA,CTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.263158:2,10:40:2,10:38:26:1,1:1,9:12:14:27:22:2,1:0,9:10:12 chr2 226273689 . T C 642.17 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0106631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.396;QD=24.0062;RBI=0.0157794;REFB=-0.0141973;REVB=0.0116313;RO=45;SAF=27;SAR=35;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928378;STB=0.550664;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0112053;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:45:45:62:62:0.579439:35:27:25:20:35:27:25:20 chr2 226447735 . C T 828.42 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0262743;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0844;QD=54.3228;RBI=0.039686;REFB=-0.0256399;REVB=0.0297429;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336704;STB=0.517851;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0036988;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:2:2:59:59:0.967213:27:32:0:2:27:32:0:2 chr2 226491770 . A C 447.47 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0483;QD=54.2388;RBI=0.125078;REFB=0;REVB=-0.0448698;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168374;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:15:12:0:0:16:17:0:0 chr2 226516354 . G GT 41.0 PASS AF=0.196078;AO=21;DP=104;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0790664;FXX=0.0192289;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.3525;QD=1.6079;RBI=0.0839564;REFB=-0.00379537;REVB=-0.0282345;RO=79;SAF=2;SAR=19;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637324;STB=0.8996;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0605618;OID=.;OPOS=226516355;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196078:21:104:20:102:82:2:18:49:33:41:79:2:19:47:32 chr2 227661043 . T C 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00925605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.927;QD=31.0043;RBI=0.00938645;REFB=-0.00564674;REVB=-0.00155914;RO=12;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214498;STB=0.618084;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00308824;OID=.;OPOS=227661043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:17:8:8:4:17:8:8:4 chr2 227872182 . G A 66.93 PASS AF=0.25641;AO=9;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00152398;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0151;QD=6.86493;RBI=0.0258892;REFB=-0.0119766;REVB=0.0258444;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363055;STB=0.717595;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0172367;OID=.;OPOS=227872182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:39:39:29:29:9:10:0.25641:5:4:5:24:5:5:6:23 chr2 227872995 . T C 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.165;QD=64.4109;RBI=0.0142732;REFB=0;REVB=-0.00329518;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220546;OID=.;OPOS=227872995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr2 227886773 . A G 210.3 PASS AF=0.337349;AO=22;DP=79;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0147357;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.261;QD=10.135;RBI=0.0215473;REFB=-0.0185127;REVB=0.0157208;RO=47;SAF=12;SAR=10;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590553;STB=0.507037;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.036606;OID=.;OPOS=227886773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:47:55:22:28:0.337349:10:12:28:19:12:16:32:23 chr2 227892619 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0202169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.515;QD=11.4912;RBI=0.0233796;REFB=0.000736688;REVB=-0.0117424;RO=32;SAF=13;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2701;STB=0.663036;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00153978;OID=.;OPOS=227892619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:3:13:20:12:3:13:20:12 chr2 227892720 . C T 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00423851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.014;QD=4.62963;RBI=0.0265381;REFB=-0.010399;REVB=-0.0261974;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113225;OID=.;OPOS=227892720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:3:3:12:12:3:3:12:12 chr2 227896886 . C T 184.49 PASS AF=0.258929;AO=26;DP=117;FAO=29;FDP=112;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=-0.00819592;FXX=0.0666611;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.753;QD=6.58885;RBI=0.0229529;REFB=-0.0039281;REVB=0.0214397;RO=81;SAF=10;SAR=16;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766558;STB=0.560613;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00969139;OID=.;OPOS=227896886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:112:81:83:26:29:0.258929:16:10:36:45:19:10:35:48 chr2 227896976 . C T 217.62 PASS AF=0.251969;AO=32;DP=124;FAO=32;FDP=127;FR=.;FRO=95;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=69;FWDB=-0.0296141;FXX=0.0155027;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.7961;QD=6.85423;RBI=0.0391334;REFB=-0.0044145;REVB=-0.0255818;RO=92;SAF=8;SAR=24;SRF=25;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349259;STB=0.523062;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0109368;OID=.;OPOS=227896976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:92:95:32:32:0.251969:24:8:25:67:24:8:26:69 chr2 227915832 . G A 170.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0139749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.611;QD=17.0288;RBI=0.0228876;REFB=-0.0295677;REVB=0.0181258;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251204;STB=0.643905;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0561234;OID=.;OPOS=227915832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:9:13:6:12:9:13 chr2 227954599 . G A 309.35 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0203563;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.109;QD=20.6233;RBI=0.0204057;REFB=-0.00693523;REVB=0.00141939;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752212;STB=0.541641;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00727766;OID=.;OPOS=227954599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:28:28:32:32:0.533333:19:13:9:19:19:13:9:19 chr2 228102723 . G C 343.38 PASS AF=0.5;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0306666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.7146;QD=19.0765;RBI=0.033778;REFB=-0.00608394;REVB=-0.0141603;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137359;STB=0.582776;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00300496;OID=.;OPOS=228102723;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:36:36:0.5:20:16:21:14:20:16:22:14 chr2 228111435 . T C 1029.71 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858047;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.412;QD=59.6932;RBI=0.0179073;REFB=0;REVB=-0.0157177;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117791;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr2 228111600 . G T 429.41 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8474;QD=55.4073;RBI=0.0678665;REFB=0;REVB=0.0549233;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558713;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr2 228113175 . A G 783.92 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0762806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7996;QD=63.9938;RBI=0.0865527;REFB=0;REVB=0.0408979;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465793;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr2 228128540 . C T 2701.73 PASS AF=0.957895;AO=178;DP=189;FAO=182;FDP=190;FR=.;FRO=8;FSAF=83;FSAR=99;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0231298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1785;QD=56.8785;RBI=0.0324511;REFB=-0.0282764;REVB=-0.0227615;RO=2;SAF=82;SAR=96;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000836986;STB=0.522986;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00238544;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:189:190:2:8:178:182:0.957895:96:82:1:1:99:83:8:0 chr2 228128568 . G A 588.33 PASS AF=0.350962;AO=73;DP=209;FAO=73;FDP=208;FR=.;FRO=135;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=-0.00189716;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4621;QD=11.314;RBI=0.063391;REFB=0.000312637;REVB=0.0633626;RO=129;SAF=30;SAR=43;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885231;STB=0.507527;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.000112984;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:129:135:73:73:0.350962:43:30:54:75:43:30:57:78 chr2 228131169 . A G 385.18 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0126531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.09;QD=17.1189;RBI=0.0323753;REFB=-0.0164486;REVB=-0.0298003;RO=49;SAF=18;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593019;STB=0.538945;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0268158;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:40:41:0.455556:22:18:25:24:23:18:25:24 chr2 228131752 . G A 115.42 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0685551;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5993;QD=10.2597;RBI=0.0692777;REFB=-0.00825883;REVB=-0.00997964;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644495;STB=0.555477;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0182835;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:31:13:14:0.311111:6:7:12:13:7:7:18:13 chr2 228135631 . C T 288.47 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0204338;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.19;QD=24.5502;RBI=0.0205477;REFB=-0.00297732;REVB=-0.00216036;RO=20;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126735;STB=0.501729;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241333;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:21:26:26:0.553191:16:10:8:12:16:10:8:13 chr2 228177479 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.45;QD=57.1061;RBI=0.0299661;REFB=0;REVB=0.00656304;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07451e-05;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr2 228177751 . G A 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0426681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0094;QD=29.8325;RBI=0.0556694;REFB=0.00408832;REVB=0.0357563;RO=9;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937307;STB=0.551673;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00178499;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:10:10:3:6:10:10:3:6 chr2 228177825 . C G 299.65 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212821;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.191;QD=52.1131;RBI=0.101858;REFB=0;REVB=0.101836;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222632;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:21:23:1:13:8:0:0:15:8:0:0 chr2 228179038 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0115443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.393;QD=14.0964;RBI=0.0342356;REFB=0.015595;REVB=0.0322305;RO=14;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12889;STB=0.576766;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.013085;OID=.;OPOS=228179038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:10:1:2:12:10:1:2:12 chr2 228194480 . AG TT 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0169549;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.346;QD=27.2322;RBI=0.028662;REFB=-0.0182592;REVB=0.0231093;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486192;STB=0.526861;STBP=0.694;TYPE=mnp;VARB=0.0104986;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:8:9:12:14:8:9 chr2 228221725 . A G 151.97 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0196178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3735;QD=13.2145;RBI=0.0245442;REFB=-0.0199513;REVB=0.0147499;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124217;STB=0.572435;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0388914;OID=.;OPOS=228221725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:12:17:8:9:12:17 chr2 228230945 . G A 62.53 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0215102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9474;QD=8.06775;RBI=0.0224872;REFB=-0.0203311;REVB=-0.00655613;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736838;STB=0.558696;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0189269;OID=.;OPOS=228230945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:4:5:13:8:4:5:14:8 chr2 228416712 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.115;QD=51.1831;RBI=0.109892;REFB=0;REVB=0.0492119;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121133;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr2 228476253 . C G 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1669;QD=62.6591;RBI=0.0431714;REFB=0;REVB=-0.0190479;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000827578;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr2 228493211 . G A 563.96 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00469701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.084;QD=24.2564;RBI=0.00506743;REFB=-0.00833437;REVB=0.00190183;RO=39;SAF=23;SAR=28;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129499;STB=0.584021;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00641528;OID=.;OPOS=228493211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:41:51:52:0.55914:28:23:24:15:29:23:26:15 chr2 228758580 . G C 236.64 PASS AF=0.353659;AO=28;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00528387;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.29;QD=11.5432;RBI=0.0241947;REFB=-0.022457;REVB=0.0236107;RO=53;SAF=7;SAR=21;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193142;STB=0.58948;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0369675;OID=.;OPOS=228758580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:28:29:0.353659:21:7:21:32:21:8:21:32 chr2 228776996 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.025;QD=55.0984;RBI=0.0194451;REFB=0;REVB=0.00615175;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85087e-05;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr2 228882970 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00875131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.934;QD=6.92894;RBI=0.0333493;REFB=-0.00563329;REVB=0.0321806;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184421;STB=0.615046;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0475531;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:3:12:4:2:3:12 chr2 228883721 . T C 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0353811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.95;QD=10.9362;RBI=0.0362189;REFB=-0.00406842;REVB=0.00774484;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190776;STB=0.614214;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00911583;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:5:11:18:16:5:11:18:16 chr2 230045542 . C G 458.48 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0164416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1752;QD=15.6745;RBI=0.0198637;REFB=-0.0129005;REVB=0.0111463;RO=66;SAF=35;SAR=16;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198905;STB=0.611799;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0150641;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:66:66:51:51:0.435897:16:35:33:33:16:35:33:33 chr2 230045545 . T C 543.06 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0229935;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.237;QD=18.2541;RBI=0.0230542;REFB=-0.0243467;REVB=-0.00167292;RO=63;SAF=41;SAR=16;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248826;STB=0.642006;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0175418;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:63:62:57:57:0.478992:16:41:30:33:16:41:29:33 chr2 230045554 . G C 660.82 PASS AF=0.53719;AO=65;DP=121;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=50;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00431482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.57;QD=21.8454;RBI=0.0158803;REFB=-0.0118568;REVB=-0.0152829;RO=56;SAF=50;SAR=15;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324353;STB=0.679131;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00893581;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:56:65:65:0.53719:15:50:24:32:15:50:24:32 chr2 230045564 . T C 671.57 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=117;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=52;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0284441;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.937;QD=23.1577;RBI=0.0322796;REFB=-0.00553656;REVB=0.0152611;RO=50;SAF=52;SAR=13;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371719;STB=0.709606;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103085;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:50:51:65:65:0.560345:13:52:20:30:13:52:20:31 chr2 230045568 . T C 688.2 PASS AF=0.573913;AO=65;DP=115;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0151586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.923;QD=23.9375;RBI=0.041361;REFB=-0.00793761;REVB=-0.0384831;RO=49;SAF=53;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385575;STB=0.71366;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00389585;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:49:65:66:0.573913:12:53:20:29:12:54:20:29 chr2 230045615 . G A 710.05 PASS AF=0.791667;AO=57;DP=72;FAO=57;FDP=72;FR=.;FRO=15;FSAF=49;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00120072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.371;QD=39.4473;RBI=0.0146472;REFB=-0.0137657;REVB=-0.0145979;RO=15;SAF=49;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178744;STB=0.596484;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0018103;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:15:15:57:57:0.791667:8:49:9:6:8:49:9:6 chr2 230135711 . G C,GC 1605.59 PASS AF=0.00884956,0.99115;AO=5,93;DP=123;FAO=1,112;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=1,46;FSAR=0,66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0997781,-0.168256;FXX=0.0341851;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=5.29019,23.6214;QD=56.8349;RBI=0.123818,0.226106;REFB=0,0;REVB=0.0733153,0.151042;RO=18;SAF=1,37;SAR=4,56;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.367462,-0.0322847;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0223926,-0.000131543;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:123:113:18:0:5,93:1,112:0.00884956,0.99115:4,56:1,37:9:9:0,66:1,46:0:0 chr2 230841074 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00743329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.973;QD=46.848;RBI=0.0107279;REFB=0;REVB=0.00773526;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17173e-06;OID=.;OPOS=230841074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr2 231050715 . A G 1227.16 PASS AF=0.964706;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0495696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.879;QD=57.7487;RBI=0.0503433;REFB=-0.0138297;REVB=0.00879204;RO=3;SAF=43;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133858;STB=0.507203;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00171485;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:85:3:3:81:82:0.964706:38:43:1:2:38:44:1:2 chr2 231072709 . C T 499.45 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0381788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1583;QD=53.9949;RBI=0.0687684;REFB=-0.0207533;REVB=-0.0571968;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622358;STB=0.533314;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0118039;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:2:0:21:14:2:0 chr2 231077110 . C T 368.34 PASS AF=0.513514;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0199959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9045;QD=19.9104;RBI=0.0354726;REFB=-0.0245645;REVB=0.0292997;RO=36;SAF=11;SAR=26;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288841;STB=0.663845;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0290173;OID=.;OPOS=231077110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:36:37:38:0.513514:26:11:22:14:27:11:22:14 chr2 231077676 . G A 100.3 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0286832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.348;QD=15.4305;RBI=0.0305041;REFB=-0.0174026;REVB=-0.0103814;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11125;STB=0.538398;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0149151;OID=.;OPOS=231077676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:14:14:11:12:0.461538:5:6:6:8:6:6:6:8 chr2 231077725 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0345;QD=55.6542;RBI=0.0187248;REFB=0;REVB=0.0135703;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436055;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr2 231149108 . G A 716.21 PASS AF=1;AO=41;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0582651;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3447;QD=55.0932;RBI=0.157365;REFB=-0.0810966;REVB=0.146181;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289957;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:52:1:0:41:52:1:23:18:0:1:30:22:0:0 chr2 231331896 . G A 229.97 PASS AF=0.345238;AO=28;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.000384231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9012;QD=10.9511;RBI=0.045104;REFB=-0.00452063;REVB=-0.0451024;RO=54;SAF=18;SAR=10;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823509;STB=0.551415;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0119779;OID=.;OPOS=231331896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:55:28:29:0.345238:10:18:31:23:10:19:32:23 chr2 231406680 . T C 186.25 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.000806069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.501;QD=14.6081;RBI=0.00404768;REFB=-0.0289151;REVB=0.00396661;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02229;STB=0.537537;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0232881;OID=.;OPOS=231406680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:29:30:20:21:0.411765:12:8:11:18:12:9:11:19 chr2 231451851 . A G 107.38 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0370457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.081;QD=22.6053;RBI=0.0374914;REFB=-0.0252379;REVB=0.00576357;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101303;STB=0.557426;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0101937;OID=.;OPOS=231451851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:4:3:7:5:4:3 chr2 231738168 . G A 775.03 PASS AF=0.982143;AO=50;DP=58;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0666872;FXX=0.0344768;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.587;QD=55.3595;RBI=0.0683658;REFB=-0.124507;REVB=0.0150565;RO=2;SAF=34;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148715;STB=0.515146;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.000533703;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:56:2:1:50:55:0.982143:16:34:1:1:16:39:0:1 chr2 231738263 . C T 728.47 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.567;QD=53.9606;RBI=0.0440581;REFB=-0.0110254;REVB=0.0265999;RO=2;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00801538;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00272713;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:2:1:51:53:0.981481:31:20:1:1:31:22:0:1 chr2 231738269 . G A 728.37 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0800461;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.02;QD=59.4586;RBI=0.0909577;REFB=-0.102684;REVB=0.0431964;RO=2;SAF=15;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586347;STB=0.51428;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00151977;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:49:2:1:46:48:0.979592:31:15:2:0:31:17:1:0 chr2 231774844 . G A 526.7 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0185166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.887;QD=24.4976;RBI=0.0187906;REFB=-0.0150143;REVB=-0.00319689;RO=36;SAF=22;SAR=27;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209086;STB=0.607837;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0138745;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:37:49:49:0.569767:27:22:26:10:27:22:26:11 chr2 231775094 . C A 69.41 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0053782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4512;QD=19.831;RBI=0.0370688;REFB=-0.0630375;REVB=-0.0366766;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0276886;OID=.;OPOS=231775094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:5:5:8:9:0.642857:4:4:3:2:4:5:3:2 chr2 231775297 . T G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0386619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.118;QD=17.7308;RBI=0.0408637;REFB=-0.0221172;REVB=0.0132327;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0233934;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:9:10:7:10:9:10 chr2 232087474 . AT GA 654.41 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860405;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.643;QD=51.3263;RBI=0.167867;REFB=0;REVB=0.14414;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000391013;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:17:31:0:0:18:33:0:0 chr2 232091479 . C T 129.86 PASS AF=0.365854;AO=16;DP=43;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00325322;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9608;QD=12.6687;RBI=0.109216;REFB=-0.0299237;REVB=0.109167;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753757;STB=0.610019;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0261664;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:20:26:16:15:0.365854:6:10:11:9:5:10:13:13 chr2 232196564 . C T 117.53 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0176261;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.578;QD=16.7904;RBI=0.0176382;REFB=-0.031434;REVB=0.000655338;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247851;STB=0.650796;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0389958;OID=.;OPOS=232196564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:29:28:14:14:9:9:0.321429:2:7:8:6:2:7:8:6 chr2 232196597 . G A 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0185063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.817;QD=11.9168;RBI=0.021537;REFB=-0.0157665;REVB=-0.0110163;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263271;STB=0.6599;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0216254;OID=.;OPOS=232196597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:4:5:2:5:4:5 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 1017.1 PASS AF=0,0,1;AO=6,18,48;DP=95;FAO=0,0,87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,32;FSAR=0,0,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703546,-0.144899,0.162236;FXX=0.0113623;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=5.49191,5.70365,15.5953;QD=46.7631;RBI=0.107054,0.147652,0.204893;REFB=0,0,0;REVB=-0.0806893,-0.0283813,-0.125142;RO=4;SAF=4,15,8;SAR=2,3,40;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.28888,-0.107974,-0.186398;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,0.0516776,-0.000694787;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:6:95:87:4:0:6,18,48:0,0,87:0,0,1:2,3,40:4,15,8:4:0:0,0,55:0,0,32:0:0 chr2 232263127 . G A 834.63 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244093;FXX=0.0491723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.458;QD=57.5609;RBI=0.0260097;REFB=0;REVB=0.00898278;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81005e-05;OID=.;OPOS=232263127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr2 232317399 . GAACA GAAC,GACA 75.72 PASS AF=0.5,0;AO=8,2;DP=20;FAO=10,0;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.109344,0.019888;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.115,25.507;QD=15.1433;RBI=0.136807,0.28852;REFB=-0.00787657,0.00869544;REVB=-0.0822203,-0.287834;RO=7;SAF=7,0;SAR=1,2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.45905,-0.577625;STB=0.6996,0.5;STBP=0.111,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0194264,0;OID=.,.;OPOS=232317403,232317400;OREF=A,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAC,GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:8,2:20:10,0:20:10:7,0:3,0:3:7:67:7:7,0:1,2:3:4 chr2 232325414 . TTCA T 136.22 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0169193;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=201.058;QD=16.5119;RBI=0.027863;REFB=-0.0953755;REVB=-0.0221379;RO=13;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679608;STB=0.526285;STBP=0.833;TYPE=del;VARB=0.0638402;OID=.;OPOS=232325415;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:17:33:18:33:15:15:3:12:3:99:13:14:3:10:3 chr2 232326417 . C T 305.29 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=0.00230769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5829;QD=12.991;RBI=0.0039822;REFB=-0.0528683;REVB=0.00324538;RO=59;SAF=22;SAR=13;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800123;STB=0.545611;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0958017;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:13:22:41:18:13:22:41:18 chr2 232378231 . T C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4515;QD=57.2362;RBI=0.0690443;REFB=0;REVB=0.0595324;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105829;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr2 232458443 . T C 683.75 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.178;QD=62.1588;RBI=0.0447025;REFB=0;REVB=-0.0345217;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459075;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:12:30:0:0:12:32:0:0 chr2 232672932 . CG AT,TG 195.34 PASS AF=0.06,0.38;AO=2,16;DP=46;FAO=3,19;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=2,10;FSAR=1,9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00222877,-0.00240765;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=180.502,178.429;QD=15.627;RBI=0.0251654,0.0175849;REFB=-0.0109843,-0.0132957;REVB=-0.0250665,-0.0174193;RO=27;SAF=2,10;SAR=0,6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.515582,0.232076;STB=0.707006,0.557975;STBP=0.557,0.527;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0234814,0.0170849;OID=.,.;OPOS=232672932,232672932;OREF=CG,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:50:27:28:2,16:3,19:0.06,0.38:0,6:2,10:11:16:1,9:2,10:12:16 chr2 232952288 . A C 110.99 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0210937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.299;QD=7.52505;RBI=0.02474;REFB=-0.00383714;REVB=0.0129276;RO=41;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629528;STB=0.510989;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0163016;OID=.;OPOS=232952288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:43:16:16:0.271186:11:5:13:28:11:5:14:29 chr2 233243981 . A T 990.27 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.535;QD=59.1205;RBI=0.0169613;REFB=0;REVB=0.00958759;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17732e-05;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 233244586 . C G 451.6 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5199;QD=54.739;RBI=0.0990867;REFB=-0.0807488;REVB=0.0441779;RO=2;SAF=23;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388654;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017135;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:2:0:31:33:1:8:23:2:0:8:25:0:0 chr2 233245141 . T C 91.54 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151271;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.032;QD=40.6829;RBI=0.0694329;REFB=0;REVB=0.067765;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978733;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr2 233245420 . T C 39.6 PASS AF=0.108696;AO=8;DP=89;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=31;FWDB=-0.0160222;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.514;QD=1.72185;RBI=0.0436244;REFB=-0.00985119;REVB=-0.0405756;RO=77;SAF=4;SAR=4;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112695;STB=0.520507;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0797148;OID=.;OPOS=233245420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:89:92:77:82:8:10:0.108696:4:4:46:31:4:6:51:31 chr2 233272700 . G C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0216308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.763;QD=23.6751;RBI=0.0318774;REFB=-0.0203759;REVB=-0.0234153;RO=16;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285352;STB=0.660602;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.013103;OID=.;OPOS=233272700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:16:5:9:7:16:5:9:7 chr2 233273107 . A G 92.93 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00880115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7733;QD=9.53166;RBI=0.0905796;REFB=-0.00322488;REVB=-0.090151;RO=26;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353014;STB=0.699677;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00162383;OID=.;OPOS=233273107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:4:8:9:17:4:8:10:17 chr2 233349588 . G A 499.89 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.968;QD=58.8108;RBI=0.0368109;REFB=0;REVB=0.0343537;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390794;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:26:8:0:0 chr2 233385396 . G A,C 1480.95 PASS AF=0.970297,0.029703;AO=97,4;DP=101;FAO=98,3;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=77,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364446,-0.0223111;FXX=0.0194156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.1582,153.88;QD=58.6516;RBI=0.0652532,0.0269739;REFB=0,0;REVB=0.0541274,-0.0151593;RO=0;SAF=21,0;SAR=76,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000121885,0.213894;OID=.,.;OPOS=233385396,233385396;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:101:101:0:0:97,4:98,3:0.970297,0.029703:76,4:21,0:0:0:77,3:21,0:0:0 chr2 233386583 . T C 496.02 PASS AF=0.477477;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00493832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.551;QD=17.8746;RBI=0.0161419;REFB=-0.0137512;REVB=0.015368;RO=57;SAF=20;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119514;STB=0.574884;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0186978;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:58:52:53:0.477477:32:20:29:28:33:20:30:28 chr2 233390937 . A G 446.76 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.031;QD=57.6458;RBI=0.0245714;REFB=0;REVB=0.0153033;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28921e-05;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr2 233404509 . C G 38.8 PASS AF=0.0902256;AO=11;DP=124;FAO=12;FDP=133;FR=.;FRO=121;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=78;FSRR=43;FWDB=-0.0110695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.689;QD=1.16699;RBI=0.0665383;REFB=-0.00770716;REVB=-0.065611;RO=107;SAF=1;SAR=10;SRF=72;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612179;STB=0.940882;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.1267;OID=.;OPOS=233404509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:124:133:107:121:11:12:0.0902256:10:1:72:35:11:1:78:43 chr2 233413771 . C T 180.06 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0790705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2722;QD=23.2338;RBI=0.103003;REFB=-0.0230251;REVB=-0.0660108;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0136708;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:7:6:9:9:7:6 chr2 233414341 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0278292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7577;QD=14.6535;RBI=0.0543738;REFB=0.0341246;REVB=-0.0467124;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427785;STB=0.760088;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0186463;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:4:4:1:7:4:4 chr2 233438786 . G A 228.63 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.00401816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.861;QD=11.7244;RBI=0.00783581;REFB=-0.0153443;REVB=-0.00672713;RO=50;SAF=10;SAR=18;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328177;STB=0.688483;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0291551;OID=.;OPOS=233438786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:18:10:33:17:18:10:33:17 chr2 233470843 . G A 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7072;QD=53.2671;RBI=0.0532965;REFB=0;REVB=0.051789;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713265;OID=.;OPOS=233470843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr2 233514636 . G T 199.81 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00246866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.582;QD=11.583;RBI=0.0060535;REFB=-0.00969383;REVB=-0.00552726;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191013;STB=0.592949;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0193786;OID=.;OPOS=233514636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:24:25:0.362319:15:9:24:20:15:10:24:20 chr2 233514638 . G C 193.86 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0196781;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.467;QD=11.7492;RBI=0.0219649;REFB=-0.015766;REVB=0.00975841;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203532;STB=0.610594;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0216748;OID=.;OPOS=233514638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:15:9:23:18:15:9:23:19 chr2 233527574 . TGGGGGCC TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC,TGGGGGC 304.09 PASS AF=0,0,0.895833,0,0;AO=9,7,6,6,6;DP=49;FAO=0,0,43,0,0;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,23,0,0;FSAR=0,0,20,0,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0375032,-0.236343,-0.151793,0.44801,-0.859869;FXX=0.020404;HRUN=5,5,5,5,6;LEN=3,3,2,1,1;MLLD=15.4157,15.7503,16.4532,8.29839,9.27147;QD=25.3408;RBI=0.163356,0.236361,0.200252,0.677413,0.899003;REFB=-0.0636403,-0.0648829,-0.103633,-0.0925927,-0.0987029;REVB=-0.158993,0.00294114,-0.130613,-0.50811,0.262357;RO=2;SAF=0,7,1,0,6;SAR=9,0,5,6,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.375,0.375,0.375,0.375,0.598214;SSEP=0,0,0,0,0.604651;SSSB=0,0.804017,0.144764,0,0.794076;STB=0.5,0.5,0.534867,0.5,0.5;STBP=1,1,0.194,1,1;TYPE=del,del,del,del,del;VARB=0,-0.0645286,0.00658464,0.0637062,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=233527578,233527579,233527579,233527575,233527580;OREF=GGC,GCC,GC,G,C;OALT=-,-,-,-,-;OMAPALT=TGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC,TGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.895833,0,0:9,7,6,6,6:49:0,0,43,0,0:48:5:0,0,23,0,0:0,0,20,0,0:1:4:16:2:0,7,1,0,6:9,0,5,6,0:0:2 chr2 233537125 . A G 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0299702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.065;QD=12.5461;RBI=0.0300156;REFB=-0.017401;REVB=0.00165012;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313953;STB=0.679864;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0262467;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:17:9:27:15:17:9:27:15 chr2 233633460 . G A 178.71 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0015382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.475;QD=22.3386;RBI=0.0150831;REFB=-0.0508321;REVB=0.0150044;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0351253;OID=.;OPOS=233633460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:8:6:8:10:8:6 chr2 233660846 . G A 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.017225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.008;QD=16.8246;RBI=0.0177901;REFB=-0.00948337;REVB=-0.00444805;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119288;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0159345;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:15:13:10:11:15:13 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 73.4 PASS AF=0.333333,0.0833333;AO=8,2;DP=24;FAO=8,2;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=2,2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.011139,-0.046622;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=183.092,62.0959;QD=12.233;RBI=0.0397118,0.0897656;REFB=-0.0443504,-0.0387605;REVB=-0.0381175,-0.0767089;RO=12;SAF=6,0;SAR=2,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.192383,-0.593836;STB=0.631226,0.995031;STBP=0.463,0.154;TYPE=del,snp;VARB=0.0646109,0.0215208;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0833333:8,2:24:8,2:24:14:6,0:2,2:8:6:57:12:6,0:2,2:7:5 chr2 233723182 . G A 288.36 PASS AF=0.694444;AO=23;DP=35;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0191649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2555;QD=32.0405;RBI=0.0264112;REFB=0.00563725;REVB=-0.018173;RO=11;SAF=19;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936665;STB=0.513503;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00712079;OID=.;OPOS=233723182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:11:11:23:25:0.694444:4:19:8:3:6:19:8:3 chr2 233740227 . A G 97.05 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0169702;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.419;QD=11.7633;RBI=0.0183505;REFB=-0.00921076;REVB=-0.00698251;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148019;STB=0.565922;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0149651;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:22:21:12:12:0.363636:9:3:8:14:9:3:7:14 chr2 233757697 . A G 286.22 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0125194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.492;QD=15.6831;RBI=0.056156;REFB=-0.0195923;REVB=0.0547427;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033538;STB=0.518931;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0250984;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:13:19:23:18:13:19:23:18 chr2 233834975 . A G 1563.3 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524831;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.241;QD=59.5541;RBI=0.0530834;REFB=0;REVB=0.00796059;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175405;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:100:105:1:48:52:0:0:49:56:0:0 chr2 234055004 . T C 871.02 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00698681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8228;QD=56.1945;RBI=0.0332439;REFB=-0.0674991;REVB=0.0325014;RO=1;SAF=36;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129329;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00120551;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:25:36:1:0:25:36:1:0 chr2 234066969 . C G 695.38 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00473759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9963;QD=60.4678;RBI=0.00636964;REFB=-0.105403;REVB=-0.00425764;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218451;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00305846;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:21:23:0:1:21:24:0:1 chr2 234354320 . C T 431.08 PASS AF=0.614286;AO=38;DP=65;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0104809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.213;QD=24.6332;RBI=0.021459;REFB=-0.0553608;REVB=0.0187254;RO=27;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893233;STB=0.515429;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0363737;OID=.;OPOS=234354320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:27:27:38:43:0.614286:14:24:14:13:19:24:14:13 chr2 234386134 . A G 318.6 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0391294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.678;QD=32.6767;RBI=0.075721;REFB=-0.0220941;REVB=-0.0648271;RO=11;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10164;STB=0.542825;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00636498;OID=.;OPOS=234386134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:11:12:27:27:0.692308:12:15:4:7:12:15:5:7 chr2 234394487 . G A 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0233755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.756;QD=13.4957;RBI=0.0248675;REFB=0.00182296;REVB=-0.00848391;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675091;STB=0.530785;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00256188;OID=.;OPOS=234394487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:44:29:29:0.39726:14:15:25:18:14:15:25:19 chr2 234394569 . A G 253.47 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00507852;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.256;QD=12.5171;RBI=0.0164956;REFB=-0.000944111;REVB=-0.0156944;RO=48;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10273;STB=0.55169;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00208299;OID=.;OPOS=234394569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:48:51:30:30:0.37037:16:14:27:21:16:14:28:23 chr2 234408547 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0203739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7258;QD=8.24599;RBI=0.0831723;REFB=-0.0140231;REVB=-0.0806383;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570552;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0490775;OID=.;OPOS=234408547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:10:5:6:1:10:5 chr2 234420361 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00640663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.177;QD=20.4856;RBI=0.106144;REFB=-0.0364213;REVB=-0.105951;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246408;STB=0.637415;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0308644;OID=.;OPOS=234420361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:10:1:5:9:10:1 chr2 234432017 . A G 261.71 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.000399224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.123;QD=17.1613;RBI=0.0102632;REFB=-0.0198112;REVB=0.0102555;RO=32;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485445;STB=0.527254;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0249524;OID=.;OPOS=234432017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:13:16:16:16:13:16:16:16 chr2 234433124 . G A 87.81 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0156383;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9329;QD=12.5449;RBI=0.0161845;REFB=-0.0243079;REVB=-0.00416911;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106346;STB=0.526268;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0149974;OID=.;OPOS=234433124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:18:17:11:11:0.392857:6:5:8:10:6:5:7:10 chr2 234449316 . G A 60.78 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0169479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.367;QD=6.75336;RBI=0.02564;REFB=-0.00834862;REVB=0.01924;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417706;STB=0.758112;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.035926;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:19:8:6:3:19:8 chr2 234460046 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00926814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.383;QD=14.7978;RBI=0.052269;REFB=-0.0315838;REVB=-0.0514407;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0543495;OID=.;OPOS=234460046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:8:5:6:5:8:5 chr2 234465572 . A T 396.0 PASS AF=0.482353;AO=40;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0218022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.018;QD=18.6353;RBI=0.0261962;REFB=-0.0387808;REVB=-0.0145225;RO=44;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820707;STB=0.552188;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0267169;OID=.;OPOS=234465572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:40:41:0.482353:23:17:15:29:23:18:15:29 chr2 234469664 . T C 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00856963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5404;QD=21.2913;RBI=0.0106045;REFB=-0.00947537;REVB=0.00624631;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107791;STB=0.560339;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0197513;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:16:9:12:13:16:9 chr2 234526871 . C G 1496.6 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891653;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.708;QD=59.8638;RBI=0.060306;REFB=0;REVB=0.0596432;RO=0;SAF=44;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161659;OID=.;OPOS=234526871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:99:100:1:55:44:0:0:57:43:0:0 chr2 234590970 . T G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000330557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.777;QD=17.3254;RBI=0.0245887;REFB=-0.00990611;REVB=0.0245865;RO=25;SAF=5;SAR=15;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289488;STB=0.666489;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00726103;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:15:5:13:12:15:5:13:12 chr2 234590974 . CG AA 211.4 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00454931;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=163.689;QD=18.7908;RBI=0.00473199;REFB=0.00144034;REVB=-0.00130213;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153231;STB=0.587013;STBP=0.306;TYPE=mnp;VARB=-0.00188275;OID=.;OPOS=234590974;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:13:11:13:8:13:11 chr2 234591248 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCA,ATTTTTCT 90.0 PASS AF=0.381818,0.0363636,0.0181818;AO=18,2,3;DP=57;FAO=21,2,1;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7,2,1;FSAR=14,0,0;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0490096,0.0667331,-0.0632428;FXX=0.0350816;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,2;MLLD=10.7904,14.9179,99.2992;QD=6.54569;RBI=0.052066,0.0667344,0.0634507;REFB=-0.14592,-0.112688,-0.0116557;REVB=-0.0175764,-0.000420008,-0.00513198;RO=27;SAF=6,2,3;SAR=12,0,0;SRF=4;SRR=23;SSEN=0.526316,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.240529,0.697522,0.749993;STB=0.624897,0.997881,0.996264;STBP=0.232,0.006,0.081;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.146161,0.118237,0.089596;OID=.,.,.;OPOS=234591249,234591254,234591254;OREF=T,TC,TC;OALT=-,CA,CT;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCA,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381818,0.0363636,0.0181818:18,2,3:57:21,2,1:55:31:7,2,1:14,0,0:5:26:78:27:6,2,3:12,0,0:4:23 chr2 234591339 . G A 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0469426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.944;QD=14.193;RBI=0.0469825;REFB=-0.0127594;REVB=0.00193377;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0134143;OID=.;OPOS=234591339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:10:12:8:7:10:12 chr2 234621780 . T C 162.17 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0337008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.884;QD=12.9734;RBI=0.0451573;REFB=-0.00476789;REVB=-0.0300572;RO=32;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206764;STB=0.619874;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0334735;OID=.;OPOS=234621780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:9:9:10:22:9:9:10:22 chr2 234621787 . C G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0024811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.466;QD=12.0839;RBI=0.0206674;REFB=-0.0129097;REVB=-0.020518;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.630283;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0340902;OID=.;OPOS=234621787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:30:15:16:0.347826:8:7:9:20:8:8:9:21 chr2 234621825 . T C 262.97 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00290831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.493;QD=15.2446;RBI=0.0121667;REFB=-0.00651894;REVB=-0.011814;RO=38;SAF=11;SAR=18;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975015;STB=0.550262;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00725527;OID=.;OPOS=234621825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:39:29:30:0.434783:18:11:18:20:18:12:19:20 chr2 234622061 . C A 280.51 PASS AF=0.343137;AO=35;DP=102;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00245594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.385;QD=11.0004;RBI=0.0166396;REFB=-0.0103633;REVB=-0.0164574;RO=67;SAF=18;SAR=17;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755483;STB=0.543599;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0167637;OID=.;OPOS=234622061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:67:67:35:35:0.343137:17:18:30:37:17:18:30:37 chr2 234622110 . C G 363.47 PASS AF=0.346154;AO=43;DP=128;FAO=45;FDP=130;FR=.;FRO=85;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=-0.00952851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.782;QD=11.1838;RBI=0.0108437;REFB=-0.0112773;REVB=-0.00517619;RO=83;SAF=24;SAR=19;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323253;STB=0.509495;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0198123;OID=.;OPOS=234622110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:83:85:43:45:0.346154:19:24:44:39:20:25:46:39 chr2 234622282 . C T 151.57 PASS AF=0.244444;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0139321;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.64;QD=6.73621;RBI=0.0244728;REFB=-0.00923443;REVB=-0.02012;RO=68;SAF=10;SAR=12;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381391;STB=0.523305;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.033153;OID=.;OPOS=234622282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:68:68:22:22:0.244444:12:10:33:35:12:10:33:35 chr2 234622294 . C T 103.13 PASS AF=0.174757;AO=17;DP=103;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.000364355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.605;QD=4.00487;RBI=0.00669686;REFB=-0.00853108;REVB=-0.00668694;RO=85;SAF=9;SAR=8;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593493;STB=0.514547;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0370802;OID=.;OPOS=234622294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:85:85:17:18:0.174757:8:9:41:44:9:9:41:44 chr2 234622310 . C T 97.59 PASS AF=0.161017;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=118;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=52;FWDB=-0.0107171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.95;QD=3.30827;RBI=0.0339415;REFB=-0.00684046;REVB=-0.0322051;RO=99;SAF=11;SAR=8;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131688;STB=0.587097;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.048115;OID=.;OPOS=234622310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:118:118:99:99:19:19:0.161017:8:11:47:52:8:11:47:52 chr2 234627608 . T G 192.0 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00136554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.649;QD=11.8152;RBI=0.0146182;REFB=-0.0127626;REVB=-0.0145542;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181086;STB=0.615294;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0214011;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:12:11:13:28:12:12:13:28 chr2 234627914 . T C 363.74 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=119;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=-0.00976111;FXX=0.00840265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.368;QD=12.3302;RBI=0.0148312;REFB=-0.0161349;REVB=-0.0111663;RO=74;SAF=23;SAR=21;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645963;STB=0.536777;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0249525;OID=.;OPOS=234627914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:74:74:44:44:0.372881:21:23:43:31:21:23:43:31 chr2 234627937 . T C 1971.91 PASS AF=0.992593;AO=124;DP=125;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0786891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6498;QD=58.427;RBI=0.0939009;REFB=-0.120653;REVB=0.0512387;RO=0;SAF=66;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00980041;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:135:0:1:124:134:0.992593:58:66:0:0:61:73:0:1 chr2 234628270 . G A 338.75 PASS AF=0.383178;AO=40;DP=108;FAO=41;FDP=107;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00855453;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6295;QD=12.6636;RBI=0.0101872;REFB=-0.0421883;REVB=0.00553167;RO=66;SAF=26;SAR=14;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136464;STB=0.573876;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0733816;OID=.;OPOS=234628270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:66:66:40:41:0.383178:14:26:35:31:14:27:36:30 chr2 234637803 . T C 119.42 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0244058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8906;QD=8.84553;RBI=0.0256869;REFB=-0.00666928;REVB=0.00801084;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148618;STB=0.589509;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0138999;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:6:10:19:19:6:10:19:19 chr2 234637853 . G A 226.18 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=40;FWDB=0.0192381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.836;QD=11.0331;RBI=0.0198189;REFB=-0.0214738;REVB=0.00476293;RO=53;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303058;STB=0.521724;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0396772;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:20:8:14:39:20:8:14:40 chr2 234638249 . A G 557.62 PASS AF=0.457364;AO=58;DP=128;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00289068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.626;QD=17.2905;RBI=0.00439432;REFB=-0.0163834;REVB=0.00330969;RO=69;SAF=22;SAR=36;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272256;STB=0.515602;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0160677;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:69:70:58:59:0.457364:36:22:28:41:37:22:28:42 chr2 234652482 . C T 155.53 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.000809662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.538;QD=15.174;RBI=0.00890125;REFB=-0.0300084;REVB=0.00886435;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233746;STB=0.632053;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0342615;OID=.;OPOS=234652482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:3:21:12:5:3:21 chr2 234688036 . C A 833.95 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5336;QD=57.5135;RBI=0.0570694;REFB=0;REVB=-0.0541345;RO=0;SAF=44;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218494;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:14:44:0:0:14:44:0:0 chr2 234702459 . T C 367.51 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0187952;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.941;QD=16.3335;RBI=0.0192749;REFB=-0.0149376;REVB=-0.00427336;RO=52;SAF=16;SAR=23;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270374;STB=0.522244;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0186049;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:51:39:39:0.433333:23:16:20:32:23:16:19:32 chr2 234703136 . T C 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0261867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8553;QD=14.1368;RBI=0.0275416;REFB=-0.0159952;REVB=0.00853216;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0185201;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:11:9:3:11:11:9 chr2 234704318 . A G 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0198295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3855;QD=3.54613;RBI=0.0354819;REFB=0.00238632;REVB=-0.0294238;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382575;STB=0.764003;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.0166359;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:15:24:2:5:15:24 chr2 234704690 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.055;QD=53.2771;RBI=0.0555383;REFB=0;REVB=0.0365512;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366158;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr2 234708868 . G C 273.76 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=70;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.000502536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.699;QD=15.2091;RBI=0.00409065;REFB=-0.000460363;REVB=0.00405966;RO=37;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196932;STB=0.597315;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.000677065;OID=.;OPOS=234708868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:37:40:30:32:0.444444:21:9:18:19:22:10:19:21 chr2 234708922 . T C 316.98 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00175527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.592;QD=17.8578;RBI=0.0195398;REFB=-0.026811;REVB=-0.0194608;RO=37;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323379;STB=0.518062;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0283794;OID=.;OPOS=234708922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:20:14:14:23:20:14:14:23 chr2 234710831 . G C 727.01 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.351;QD=63.2186;RBI=0.0494896;REFB=0;REVB=0.0452311;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023043;OID=.;OPOS=234710831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr2 234713706 . T C 1405.15 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008824;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.454;QD=61.7646;RBI=0.0427388;REFB=0;REVB=0.0418179;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619266;OID=.;OPOS=234713706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:91:0:0:88:91:1:54:34:0:0:57:34:0:0 chr2 234716426 . G A 1377.06 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.316;QD=60.53;RBI=0.0317114;REFB=-0.0881544;REVB=0.0108777;RO=1;SAF=44;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106495;STB=0.505493;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000153232;OID=.;OPOS=234716426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:1:1:89:90:0.989011:45:44:1:0:45:45:0:1 chr2 234719479 . C T 347.44 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0087521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.797;QD=17.1574;RBI=0.0302345;REFB=-0.015923;REVB=0.02894;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.564448;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0238177;OID=.;OPOS=234719479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:22:15:23:21:22:15:23:21 chr2 234725502 . T C 861.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0547;QD=57.4283;RBI=0.0227004;REFB=0;REVB=0.0223809;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241047;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:33:27:0:0 chr2 234727333 . C G 823.0 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0159925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.079;QD=53.9672;RBI=0.0467818;REFB=-0.178488;REVB=0.0439633;RO=1;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230041;STB=0.523801;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00269522;OID=.;OPOS=234727333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:61:1:2:59:59:0.967213:20:39:0:1:20:39:0:2 chr2 234728078 . T C 1399.91 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0503063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1638;QD=61.5344;RBI=0.0503271;REFB=0.00457537;REVB=0.00144515;RO=1;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854059;STB=0.504503;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000646407;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:35:55:1:0:35:55:1:0 chr2 234732317 . A G 170.38 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0249149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.527;QD=17.0377;RBI=0.0364878;REFB=-0.0198594;REVB=-0.0266572;RO=21;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137043;STB=0.570287;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0181837;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:14:4:7:14:14:4:7:15 chr2 234737390 . G A 359.9 PASS AF=0.469136;AO=37;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0598068;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9364;QD=17.7727;RBI=0.0598825;REFB=-0.0455894;REVB=0.00300997;RO=42;SAF=13;SAR=24;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305146;STB=0.515227;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0419756;OID=.;OPOS=234737390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:37:38:0.469136:24:13:16:26:24:14:17:26 chr2 234737632 . A G 1276.85 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8031;QD=61.5349;RBI=0.0307583;REFB=0;REVB=-0.00193247;RO=0;SAF=55;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131472;OID=.;OPOS=234737632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:28:55:0:0:28:55:0:0 chr2 234738391 . C T 249.92 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0101486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.163;QD=25.6332;RBI=0.0439074;REFB=-0.0206508;REVB=0.0427185;RO=15;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918485;STB=0.552527;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0120521;OID=.;OPOS=234738391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:16:22:23:0.589744:9:13:7:8:10:13:7:9 chr2 234749354 . G A 84.99 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0720937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3648;QD=10.9663;RBI=0.0738373;REFB=-0.0294086;REVB=0.0159516;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115455;STB=0.568741;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0481552;OID=.;OPOS=234749354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:13:7:5:6:13:7 chr2 234749722 . T G 153.55 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00326865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.875;QD=21.935;RBI=0.00538643;REFB=-0.0235921;REVB=-0.0042813;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11081;STB=0.562422;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0316277;OID=.;OPOS=234749722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:5:7:7:9:5:7 chr2 234749780 . G C 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0171757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.808;QD=9.19737;RBI=0.0175443;REFB=-0.00394174;REVB=0.00357732;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476186;STB=0.529329;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00645189;OID=.;OPOS=234749780;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:5:8:4:3:5:8 chr2 234750831 . T C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0539898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.348;QD=16.8838;RBI=0.0542302;REFB=0.0133627;REVB=0.00510063;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231906;STB=0.644946;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0108392;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:14:15:0.46875:11:3:7:10:12:3:7:10 chr2 234758500 . G A 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0316117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8147;QD=19.5189;RBI=0.0425346;REFB=-0.00339119;REVB=0.0284587;RO=26;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245961;STB=0.638192;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00434463;OID=.;OPOS=234758500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:21:7:13:13:21:7:13:13 chr2 234762480 . A T 626.17 PASS AF=0.54386;AO=60;DP=116;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=12;FWDB=-0.0107125;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.033;QD=21.9707;RBI=0.0148926;REFB=-0.0173466;REVB=0.0103457;RO=51;SAF=43;SAR=17;SRF=39;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508295;STB=0.541911;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00989932;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:51:52:60:62:0.54386:17:43:39:12:19:43:40:12 chr2 234775169 . T C 356.1 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0658183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.835;QD=24.5585;RBI=0.0661116;REFB=0.00753823;REVB=0.00621975;RO=23;SAF=23;SAR=12;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717134;STB=0.539423;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0072003;OID=.;OPOS=234775169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:12:23:13:10:12:23:13:10 chr2 234854550 . G C 429.39 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0122237;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.626;QD=22.0202;RBI=0.0156047;REFB=-0.0180057;REVB=0.00969987;RO=35;SAF=24;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477147;STB=0.520436;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0138339;OID=.;OPOS=234854550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:36:42:42:0.538462:18:24:18:17:18:24:19:17 chr2 234856212 . C T 310.52 PASS AF=0.354545;AO=39;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0124639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.172;QD=11.2915;RBI=0.0133388;REFB=-0.00704326;REVB=0.00475128;RO=71;SAF=21;SAR=18;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353904;STB=0.520326;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0135024;OID=.;OPOS=234856212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:71:39:39:0.354545:18:21:36:35:18:21:36:35 chr2 234863788 . G A 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0247995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.292;QD=10.9731;RBI=0.0265976;REFB=-0.0188697;REVB=-0.00961349;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493089;STB=0.536352;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0278312;OID=.;OPOS=234863788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:4:11:23:7:4:11:24:7 chr2 234967539 . T A 374.41 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00360973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.074;QD=20.8006;RBI=0.00679975;REFB=-0.0118208;REVB=0.00576251;RO=34;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370587;STB=0.526302;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00969267;OID=.;OPOS=234967539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:18:19:16:18:18:20:16:18 chr2 235402279 . T C 164.05 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0188887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.572;QD=29.8274;RBI=0.0455492;REFB=-0.0207396;REVB=0.0414481;RO=6;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18604;STB=0.603524;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0124455;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:11:5:4:2:11:5:4:2 chr2 235950187 . T C 1514.97 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287288;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.347;QD=63.7883;RBI=0.00977765;REFB=0;REVB=0.00934606;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41971e-05;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:51:44:0:0:51:44:0:0 chr2 235951819 . A G 833.92 PASS AF=0.968254;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0182467;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.636;QD=52.9474;RBI=0.0204598;REFB=-0.152154;REVB=-0.00925533;RO=2;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362473;STB=0.517236;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00283942;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:63:2:2:58:61:0.968254:33:25:2:0:33:28:2:0 chr2 236433161 . G A 195.81 PASS AF=0.826087;AO=16;DP=21;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0471713;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.4;QD=34.0535;RBI=0.0474216;REFB=-0.133539;REVB=0.00486559;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266665;STB=0.530774;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00809403;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:23:4:4:16:19:0.826087:11:5:1:3:11:8:1:3 chr2 236691982 . A G 581.29 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0551032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1663;QD=25.0019;RBI=0.0562275;REFB=-0.0168691;REVB=0.011188;RO=39;SAF=25;SAR=28;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091276;STB=0.544333;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0200122;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:28:25:23:16:28:25:23:17 chr2 236708166 . C T 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0554141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.564;QD=22.583;RBI=0.0556827;REFB=-0.0182516;REVB=0.0054627;RO=24;SAF=4;SAR=22;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834732;STB=0.546923;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0187207;OID=.;OPOS=236708166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:22:4:5:19:22:4:5:19 chr2 236761396 . C T 912.03 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.363;QD=55.2748;RBI=0.0374112;REFB=-0.153103;REVB=-0.00996036;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524992;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00148251;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:0:2:64:64:0.969697:45:19:0:0:45:19:2:0 chr2 237061782 . A G 255.27 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0137244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0571;QD=22.197;RBI=0.0336717;REFB=-0.00551422;REVB=0.0307477;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174177;STB=0.584463;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00447269;OID=.;OPOS=237061782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:13:10:14:8:13:11:14:8 chr2 237119051 . T C 256.38 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00276809;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9242;QD=17.9918;RBI=0.00432238;REFB=-0.00254024;REVB=0.00331973;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240277;STB=0.634664;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00146051;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:10:18:11:18:10:18:11:18 chr2 237119074 . A G 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0430655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3147;QD=18.7851;RBI=0.0430805;REFB=-0.0170542;REVB=-0.0011354;RO=33;SAF=21;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21901;STB=0.622148;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0149412;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:12:21:13:20:12:21:13:20 chr2 237119104 . G A 330.74 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0155091;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.555;QD=17.8776;RBI=0.016348;REFB=-0.0274382;REVB=0.00516958;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190707;STB=0.612839;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0188934;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:14:21:15:23:14:21:15:24 chr2 237119178 . T C 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0161542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.691;QD=16.7847;RBI=0.0165445;REFB=-0.0244899;REVB=-0.00357281;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445375;STB=0.524983;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0296901;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:19:10:10:23:19:10:10:23 chr2 237149941 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00144173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.513;QD=10.4293;RBI=0.0142045;REFB=-0.00914445;REVB=-0.0141312;RO=30;SAF=13;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523731;STB=0.829175;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0224018;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:1:13:19:11:1:13:19:11 chr2 237150166 . A C 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.618;QD=60.9702;RBI=0.0318438;REFB=0;REVB=-0.00405161;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177101;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr2 237923852 . G A 422.3 PASS AF=0.577465;AO=37;DP=67;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000168072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.834;QD=23.7912;RBI=0.00630657;REFB=-0.00455554;REVB=0.00630433;RO=30;SAF=27;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124376;STB=0.539272;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00360616;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:30:30:37:41:0.577465:10:27:18:12:13:28:18:12 chr2 238233410 . C G 300.5 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0612397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.712;QD=19.0793;RBI=0.061654;REFB=-0.0232196;REVB=-0.00713539;RO=30;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16209;STB=0.595259;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0297929;OID=.;OPOS=238233410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:32:32:0.507937:19:13:7:23:19:13:7:24 chr2 238243292 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0046014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.856;QD=13.0605;RBI=0.00478087;REFB=-0.018244;REVB=-0.00129765;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289945;STB=0.516614;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.025124;OID=.;OPOS=238243292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:22:18:11:15:22:18 chr2 238243464 . C G 85.52 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.054109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1462;QD=11.7961;RBI=0.140378;REFB=-0.00391357;REVB=-0.129531;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.596102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00554856;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:29:16:18:11:11:0.37931:6:5:11:5:6:5:11:7 chr2 238244963 . A G 220.6 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00527883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.686;QD=14.2323;RBI=0.048988;REFB=-0.00524199;REVB=-0.0487028;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312728;STB=0.678253;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00771645;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:8:18:14:22:8:18:14:22 chr2 238249630 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0179532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.056;QD=10.5421;RBI=0.0263495;REFB=-0.016907;REVB=-0.0192868;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819168;STB=0.549045;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0368358;OID=.;OPOS=238249630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:8:13:6:5:8:13 chr2 238258814 . C G 196.58 PASS AF=0.288889;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=90;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.00829892;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.49;QD=8.73703;RBI=0.0163244;REFB=-0.0143631;REVB=-0.0140576;RO=64;SAF=17;SAR=9;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133914;STB=0.579829;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.028629;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:64:64:26:26:0.288889:9:17:35:29:9:17:35:29 chr2 238419286 . C T 80.0 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00300187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.877;QD=7.27273;RBI=0.00443377;REFB=-0.0104886;REVB=-0.00326299;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108433;STB=0.567779;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0478515;OID=.;OPOS=238419286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:18:15:6:5:18:15 chr2 238419321 . A G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0316368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.518;QD=8.28261;RBI=0.0346793;REFB=-0.0107794;REVB=-0.0142044;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14841;STB=0.590763;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0206206;OID=.;OPOS=238419321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:20:12:6:6:20:12 chr2 238427142 . T C 375.02 PASS AF=0.567164;AO=36;DP=65;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00882778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.113;QD=22.3891;RBI=0.109481;REFB=0.00126833;REVB=0.109124;RO=28;SAF=24;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223706;STB=0.596102;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000418804;OID=.;OPOS=238427142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:28:29:36:38:0.567164:12:24:11:17:14:24:12:17 chr2 238427194 . T C 674.46 PASS AF=0.617647;AO=63;DP=102;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0708258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.089;QD=26.4494;RBI=0.0723106;REFB=-0.0400647;REVB=0.0145784;RO=38;SAF=27;SAR=36;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317498;STB=0.512816;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0147379;OID=.;OPOS=238427194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:39:63:63:0.617647:36:27:18:20:36:27:18:21 chr2 238427251 . G A 342.78 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0555818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.032;QD=21.4236;RBI=0.0572452;REFB=-0.0106895;REVB=0.0136994;RO=28;SAF=9;SAR=26;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029566;STB=0.510976;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00793242;OID=.;OPOS=238427251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:26:9:8:20:26:9:8:21 chr2 238434249 . C T 156.42 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0155808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.887;QD=15.6415;RBI=0.032877;REFB=-0.0128472;REVB=0.0289505;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876095;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0228534;OID=.;OPOS=238434249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:7:10:11:11:7:10:11:12 chr2 238443226 . A G 168.13 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00573338;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.713;QD=13.7251;RBI=0.0356382;REFB=-0.0188088;REVB=0.035174;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24752;STB=0.616903;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0681595;OID=.;OPOS=238443226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:28:30:19:19:0.387755:10:9:20:8:10:9:20:10 chr2 238449007 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.426;QD=63.5828;RBI=0.0604616;REFB=0;REVB=0.033225;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271134;OID=.;OPOS=238449007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr2 238449023 . T C 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.171;QD=63.8647;RBI=0.0493871;REFB=0;REVB=0.0484652;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67083e-05;OID=.;OPOS=238449023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr2 238449107 . A G 708.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9015;QD=62.9514;RBI=0.0303439;REFB=0;REVB=0.00372466;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477165;OID=.;OPOS=238449107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr2 238461773 . G A 900.82 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6311;QD=58.1174;RBI=0.0430383;REFB=0;REVB=0.0381432;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596825;OID=.;OPOS=238461773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr2 238462324 . A G 729.28 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993322;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.34;QD=57.1981;RBI=0.104652;REFB=0;REVB=0.0329416;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401151;OID=.;OPOS=238462324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:33:18:0:0 chr2 238471873 . C T 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.103511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.486;QD=18.1531;RBI=0.104069;REFB=-0.010911;REVB=0.0107654;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109538;STB=0.562439;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0134693;OID=.;OPOS=238471873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:11:14:14:7:11:14 chr2 238483164 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0134178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7982;QD=13.4414;RBI=0.0160776;REFB=-0.0454108;REVB=-0.00885738;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227183;STB=0.636061;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0257031;OID=.;OPOS=238483164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:8:2:5:8:8:2:5:8 chr2 238483671 . G A 160.38 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0110104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.913;QD=18.3288;RBI=0.142976;REFB=-0.0401197;REVB=0.142551;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131511;STB=0.543573;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.059615;OID=.;OPOS=238483671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:18:17:17:0.485714:9:8:10:6:9:8:10:8 chr2 238483729 . A G 275.74 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0334115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.215;QD=25.6504;RBI=0.0435421;REFB=-0.0271733;REVB=-0.0279211;RO=16;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273494;STB=0.629109;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.018351;OID=.;OPOS=238483729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:18:25:25:0.581395:16:9:12:4:16:9:12:6 chr2 238485251 . G A 277.67 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00362598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.219;QD=20.5679;RBI=0.0308946;REFB=-0.00420881;REVB=0.0306811;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122439;STB=0.568076;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00253922;OID=.;OPOS=238485251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:11:14:12:17:11:14 chr2 238494681 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0104219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.137;QD=23.0009;RBI=0.0146006;REFB=-0.0513667;REVB=0.0102255;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141005;STB=0.577726;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0289683;OID=.;OPOS=238494681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:16:6:13:16:16:6 chr2 238499874 . C T 52.01 PASS AF=0.1875;AO=8;DP=47;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0233376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.212;QD=4.33428;RBI=0.0234054;REFB=-0.0136859;REVB=-0.00178029;RO=39;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378565;STB=0.684527;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0282628;OID=.;OPOS=238499874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:47:48:39:39:8:9:0.1875:2:6:17:22:3:6:17:22 chr2 238500642 . A G 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00811278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.122;QD=31.8549;RBI=0.027379;REFB=-0.0209351;REVB=0.0261494;RO=12;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192081;STB=0.605973;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0160577;OID=.;OPOS=238500642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:20:6:6:6:20:6:6:6 chr2 238503559 . C G 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.012471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.798;QD=21.5363;RBI=0.0440403;REFB=-0.0185851;REVB=-0.0422377;RO=37;SAF=24;SAR=18;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437836;STB=0.524152;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0176322;OID=.;OPOS=238503559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:18:24:23:14:18:24:23:14 chr2 238643907 . G A 91.23 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0280379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.015;QD=8.68899;RBI=0.0430659;REFB=-0.0123116;REVB=-0.0326886;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360655;STB=0.731313;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0782141;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:29:30:12:12:0.285714:9:3:16:13:9:3:17:13 chr2 238668802 . A G 281.94 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.000622821;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.577;QD=14.6462;RBI=0.00251782;REFB=-0.00366547;REVB=-0.00243957;RO=45;SAF=16;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114465;STB=0.506489;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00469155;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:16:16:22:23:16:16:22:23 chr2 238672703 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0497784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.495;QD=18.767;RBI=0.0524748;REFB=0.0104528;REVB=-0.0166047;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00467173;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:1:2:2:4:1:2 chr2 238733016 . G A 63.35 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=22;FWDB=-0.026283;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2183;QD=7.91935;RBI=0.0309667;REFB=0.00344867;REVB=0.0163751;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293965;STB=0.733853;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0096428;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:24:23:9:9:0.28125:7:2:2:22:7:2:1:22 chr2 238991733 . C A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.025069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.954;QD=15.643;RBI=0.0344043;REFB=-0.0147766;REVB=0.0235627;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177286;STB=0.510194;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0177599;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:14:15:10:10:14:15 chr2 238991796 . C T 433.62 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0101326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.313;QD=23.439;RBI=0.0145495;REFB=-0.00551811;REVB=-0.0104411;RO=29;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385576;STB=0.540521;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00364503;OID=.;OPOS=238991796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:32:42:42:0.567568:21:21:16:13:21:21:19:13 chr2 239006879 . C T 347.85 PASS AF=0.612245;AO=28;DP=47;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0361487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.973;QD=28.3957;RBI=0.0483678;REFB=-0.0255126;REVB=0.032136;RO=19;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709935;STB=0.538436;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0149353;OID=.;OPOS=239006879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:19:19:28:30:0.612245:13:15:12:7:14:16:12:7 chr2 239010719 . T C 482.65 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0332318;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.649;QD=22.9832;RBI=0.0399747;REFB=-0.0171784;REVB=-0.0222178;RO=39;SAF=28;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145683;STB=0.585736;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00795531;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:39:38:46:46:0.547619:18:28:17:22:18:28:16:22 chr2 239016539 . C G 599.98 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0264836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9326;QD=26.086;RBI=0.0603873;REFB=-0.0247618;REVB=0.0542701;RO=38;SAF=31;SAR=23;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242177;STB=0.513218;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0194068;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:38:38:54:54:0.586957:23:31:23:15:23:31:23:15 chr2 239025630 . T C 368.58 PASS AF=0.295858;AO=50;DP=169;FAO=50;FDP=169;FR=.;FRO=119;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=-0.0140869;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.222;QD=8.72371;RBI=0.0161999;REFB=-0.00306704;REVB=-0.00799966;RO=114;SAF=19;SAR=31;SRF=41;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259771;STB=0.507685;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00672628;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:114:119:50:50:0.295858:31:19:41:73:31:19:44:75 chr2 239025645 . C T 361.1 PASS AF=0.330882;AO=45;DP=137;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=63;FWDB=0.025964;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.044;QD=10.6206;RBI=0.0259973;REFB=-0.00157507;REVB=0.001315;RO=91;SAF=17;SAR=28;SRF=28;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888989;STB=0.5511;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0059164;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:91:91:45:45:0.330882:28:17:28:63:28:17:28:63 chr2 239036270 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0102913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.74;QD=22.7239;RBI=0.0114382;REFB=-0.0632523;REVB=0.00499222;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.541136;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0472281;OID=.;OPOS=239036270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:5:11:12:8:5:11 chr2 239039057 . A G 1061.68 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2615;QD=59.8127;RBI=0.00848164;REFB=0;REVB=8.76224e-05;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68425e-05;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:27:44:0:0:27:44:0:0 chr2 239039075 . G T 1388.45 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497256;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.479;QD=63.1113;RBI=0.0792925;REFB=0;REVB=0.0617629;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220329;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr2 239039840 . CA C,CG 172.59 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,7;DP=15;FAO=12,3;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396109,0.0526128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.0093,85.1977;QD=46.0249;RBI=0.0927669,0.0609976;REFB=0,0;REVB=0.0838849,0.0308642;RO=0;SAF=8,3;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00590139,-0.0128683;OID=.,.;OPOS=239039841,239039841;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.8,0.2:8,7:15:12,3:15:0:8,3:4,0:0:0:13:0:8,3:0,4:0:0 chr2 239039896 . G C 1317.81 PASS AF=0.946809;AO=86;DP=92;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0338458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0247;QD=56.0769;RBI=0.0338624;REFB=0.0320722;REVB=0.00105964;RO=5;SAF=59;SAR=27;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340159;STB=0.51737;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0108205;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:94:5:5:86:89:0.946809:27:59:2:3:28:61:2:3 chr2 239040187 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.902;QD=47.822;RBI=0.0726387;REFB=0;REVB=0.0656145;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954806;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr2 239049540 . G A 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4502;QD=59.008;RBI=0.0308157;REFB=0;REVB=0.00960112;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455859;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 239051550 . T C 1465.94 PASS AF=0.969697;AO=95;DP=100;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.048969;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3315;QD=59.2301;RBI=0.0521507;REFB=-0.1251;REVB=0.017937;RO=3;SAF=33;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000898062;STB=0.511809;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00178746;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:100:99:3:3:95:96:0.969697:62:33:1:2:62:34:0:3 chr2 239059484 . T C 1043.74 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114472;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.077;QD=59.6424;RBI=0.0307363;REFB=0;REVB=0.0285251;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911998;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr2 239969974 . G C 428.34 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0361893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0589;QD=25.1965;RBI=0.0460249;REFB=-0.0302456;REVB=0.0284364;RO=27;SAF=19;SAR=22;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409883;STB=0.52242;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0206419;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:22:19:11:16:22:19:11:16 chr2 239972883 . C T 169.65 PASS AF=0.461538;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0216786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.903;QD=17.4002;RBI=0.02341;REFB=-0.000602513;REVB=0.0088355;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562335;STB=0.640881;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000649998;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:21:16:18:0.461538:7:9:10:6:9:9:16:5 chr2 240003870 . G A 1379.32 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0115933;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.023;QD=58.6944;RBI=0.0599327;REFB=-0.217145;REVB=0.0588007;RO=4;SAF=54;SAR=36;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03382;STB=0.513271;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00104463;OID=.;OPOS=240003870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:94:94:4:3:90:91:0.968085:36:54:4:0:36:55:3:0 chr2 240323661 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.755;QD=33.4285;RBI=0.00937379;REFB=0;REVB=0.00143518;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125968;OID=.;OPOS=240323661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr2 240323905 . T G,TG 696.52 PASS AF=0,1;AO=2,44;DP=49;FAO=0,46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141772,-0.0303283;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.6405,26.135;QD=60.5671;RBI=0.0209478,0.08965;REFB=0,0;REVB=-0.0154213,-0.0843642;RO=3;SAF=0,28;SAR=2,16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.74993,-0.0477192;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00320943;OID=.,.;OPOS=240323905,240323906;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:49:46:3:0:2,44:0,46:0,1:2,16:0,28:3:0:0,18:0,28:0:0 chr2 240500413 . A G 1008.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.168;QD=59.3146;RBI=0.0301762;REFB=0;REVB=-0.0189874;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62016e-06;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr2 240684619 . G A 147.4 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00146828;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.269;QD=9.07076;RBI=0.0051349;REFB=-0.0122469;REVB=0.0049205;RO=45;SAF=12;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027187;STB=0.516113;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.027401;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:45:45:20:20:0.307692:8:12:28:17:8:12:28:17 chr2 240900607 . TGGGGG TGGGG,TGGGGA 138.97 PASS AF=0.431373,0.0588235;AO=18,5;DP=52;FAO=22,3;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=10,2;FSAR=12,1;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0204678,0.0229495;FXX=0.0192271;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.4926,15.1965;QD=10.8999;RBI=0.0204679,0.0229598;REFB=-0.0401455,-0.0396525;REVB=4.77818e-05,0.0006872;RO=22;SAF=8,3;SAR=10,2;SRF=6;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.171943,0.374923;STB=0.603025,0.814728;STBP=0.244,0.462;TYPE=del,snp;VARB=0.0468386,-0.159226;OID=.,.;OPOS=240900608,240900612;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431373,0.0588235:18,5:52:22,3:51:26:10,2:12,1:7:19:99:22:8,3:10,2:6:16 chr2 240923050 . C T 641.59 PASS AF=0.413793;AO=69;DP=172;FAO=72;FDP=174;FR=.;FRO=102;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=-0.00696379;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.802;QD=14.7492;RBI=0.0158076;REFB=-0.0123377;REVB=-0.0141911;RO=100;SAF=35;SAR=34;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287024;STB=0.503355;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0199372;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:174:100:102:69:72:0.413793:34:35:48:52:37:35:49:53 chr2 240946766 . T C 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00831518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7227;QD=13.0359;RBI=0.0237502;REFB=-0.0116852;REVB=0.022247;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259287;STB=0.515135;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.022151;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:12:6:10:22:12:6:10:22 chr2 240961728 . T C 108.89 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0122146;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.25;QD=7.91916;RBI=0.08704;REFB=-0.0116442;REVB=-0.0861787;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110778;STB=0.571331;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0292798;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:38:40:15:15:0.272727:5:10:22:16:5:10:23:17 chr2 240981375 . T A 161.55 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0748505;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.702;QD=18.4629;RBI=0.075382;REFB=-0.0605187;REVB=0.00893589;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164901;STB=0.576838;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0581081;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:18:17:17:0.485714:11:6:3:13:11:6:4:14 chr2 240982228 . C T 34.78 PASS AF=0.294118;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0479008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4896;QD=8.1835;RBI=0.0699462;REFB=-0.000486021;REVB=-0.0509704;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192903;STB=0.635926;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.023205;OID=.;OPOS=240982228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:17:17:10:11:5:5:0.294118:4:1:1:9:4:1:1:10 chr2 240984833 . C G 208.45 PASS AF=0.625;AO=15;DP=33;FAO=20;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0109626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.691;QD=26.0566;RBI=0.0526731;REFB=-0.0518746;REVB=0.0515197;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235988;STB=0.64985;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0274033;OID=.;OPOS=240984833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:32:13:12:15:20:0.625:9:6:9:4:13:7:9:3 chr2 241066201 . C T 415.44 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0276947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3753;QD=27.6958;RBI=0.0528589;REFB=0.00599158;REVB=-0.045023;RO=21;SAF=15;SAR=24;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068334;STB=0.537171;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00448846;OID=.;OPOS=241066201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:24:15:6:15:24:15:6:15 chr2 241066280 . C T 224.14 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0299466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8378;QD=42.6934;RBI=0.0719461;REFB=-0.0138568;REVB=-0.0654174;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366475;STB=0.519979;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00980581;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:13:6:1:1:13:6:1:1 chr2 241066313 . C T 97.04 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.000900763;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0028;QD=21.5647;RBI=0.00909806;REFB=-0.0479682;REVB=0.00905336;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110704;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0346449;OID=.;OPOS=241066313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:2:5:8:3:2:5 chr2 241079474 . G T 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.010717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.182;QD=8.74366;RBI=0.0259005;REFB=-0.00524811;REVB=-0.0235793;RO=30;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609114;STB=0.537129;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0150215;OID=.;OPOS=241079474;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:5:7:19:11:5:7:19:11 chr2 241404317 . C T 393.86 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.00419529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.934;QD=20.1977;RBI=0.00426189;REFB=0.0187067;REVB=0.000750457;RO=36;SAF=23;SAR=17;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158113;STB=0.582622;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00508905;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:38:40:40:0.512821:17:23:27:9:17:23:28:10 chr2 241405528 . A G 645.88 PASS AF=0.520325;AO=63;DP=121;FAO=64;FDP=123;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.000676785;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.673;QD=21.0043;RBI=0.00114755;REFB=-0.023568;REVB=-0.000926736;RO=58;SAF=31;SAR=32;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112022;STB=0.560957;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0213565;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:58:59:63:64:0.520325:32:31:36:22:32:32:37:22 chr2 241451351 . G A 535.28 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00929547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8848;QD=20.9912;RBI=0.0291107;REFB=-0.00863299;REVB=0.0275867;RO=47;SAF=29;SAR=25;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137599;STB=0.502191;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0102911;OID=.;OPOS=241451351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:48:54:54:0.529412:25:29:26:21:25:29:26:22 chr2 241492255 . G T 595.91 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.128;QD=59.5907;RBI=0.0594469;REFB=0;REVB=-0.0523763;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285899;OID=.;OPOS=241492255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:16:24:0:0 chr2 241513695 . G A 659.23 PASS AF=0.532787;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=122;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.000414599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.728;QD=21.6141;RBI=0.00628824;REFB=-0.0100084;REVB=0.00627456;RO=56;SAF=26;SAR=39;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203979;STB=0.6156;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00962727;OID=.;OPOS=241513695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:56:57:65:65:0.532787:39:26:36:20:39:26:37:20 chr2 241517314 . G A 753.67 PASS AF=0.572581;AO=70;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0240059;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6335;QD=24.3119;RBI=0.0462014;REFB=-0.011456;REVB=0.0394752;RO=53;SAF=38;SAR=32;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041424;STB=0.51912;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00773976;OID=.;OPOS=241517314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:53:53:70:71:0.572581:32:38:26:27:33:38:26:27 chr2 241537421 . G A 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0132251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.688;QD=13.9469;RBI=0.0132304;REFB=-0.0176754;REVB=0.000373125;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228288;STB=0.513259;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0292327;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:9:18:11:6:9:18 chr2 241538074 . A G 797.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.266;QD=56.9456;RBI=0.0431345;REFB=0;REVB=-0.0406898;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.84608e-05;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr2 241558397 . G A 1045.43 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293083;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.662;QD=59.7386;RBI=0.0295319;REFB=0;REVB=-0.00362724;RO=0;SAF=20;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687249;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:50:20:0:0:50:20:0:0 chr2 241569692 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0161279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.813;QD=10.0752;RBI=0.0161773;REFB=-0.000702055;REVB=0.00126361;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500064;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.000331445;OID=.;OPOS=241569692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:7:1:7:6:7:1:8:6 chr2 241570107 . C T 177.92 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00256361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.028;QD=21.566;RBI=0.0591145;REFB=-0.0418338;REVB=-0.0590589;RO=14;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146726;STB=0.573681;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0243526;OID=.;OPOS=241570107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:3:15:10:4:3:15:11:4 chr2 241570249 . A C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0329739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.858;QD=27.3838;RBI=0.0522447;REFB=0.04863;REVB=-0.0405244;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079881;STB=0.545359;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0105089;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:8:2:1:2:8:2:1:2 chr2 241570391 . A G 520.79 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.147;QD=59.5185;RBI=0.0599534;REFB=0;REVB=0.0418484;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183343;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:14:19:0:0:15:20:0:0 chr2 241621799 . GC G,GG 266.56 PASS AF=1,0;AO=19,2;DP=21;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323582,0.033111;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.2563,43.3312;QD=50.7729;RBI=0.049344,0.138602;REFB=0,0;REVB=-0.0372529,-0.134589;RO=0;SAF=11,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-7.79531e-05,0;OID=.,.;OPOS=241621800,241621800;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,2:21:21,0:21:0:11,0:10,0:0:0:4:0:11,0:8,2:0:0 chr2 241622195 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.488;QD=42.1825;RBI=0.0545753;REFB=0;REVB=-0.0285352;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239188;OID=.;OPOS=241622195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr2 241627928 . A G 761.7 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.351;QD=56.4222;RBI=0.0280021;REFB=0;REVB=-0.00993878;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317009;OID=.;OPOS=241627928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:20:34:0:0 chr2 241631459 . T C 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0166603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.384;QD=4.01743;RBI=0.0167997;REFB=-0.01037;REVB=0.00215967;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201684;STB=0.646611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0378734;OID=.;OPOS=241631459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:27:28:6:6:0.176471:3:3:9:18:3:3:9:19 chr2 241631476 . C G 244.86 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0024047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8495;QD=46.6408;RBI=0.0314443;REFB=-0.134172;REVB=-0.0313522;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0100659;OID=.;OPOS=241631476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr2 241696840 . ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC 628.59 PASS AF=0.145833,0.666667,0.1875,0;AO=11,12,9,2;DP=48;FAO=7,32,9,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7,0,0;FSAR=1,25,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818635,0.0765758,0.00437637,0.000929273;FXX=0.058812;HRUN=2,2,1,1;LEN=4,3,4,1;MLLD=69.653,74.757,67.7029,33.1859;QD=52.3828;RBI=0.0893209,0.101129,0.0819316,0.14078;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0357295,0.0660544,0.0818146,-0.140777;RO=0;SAF=10,2,0,0;SAR=1,10,9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.00927101,0.0381689,0.0354191,0;OID=.,.,.,.;OPOS=241696869,241696841,241696840,241696840;OREF=CCTC,TCC,ATCC,A;OALT=-,-,CTCA,C;OMAPALT=ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCT,ATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCATCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC,CTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:60:48:48:0:0:11,12,9,2:7,32,9,0:0.145833,0.666667,0.1875,0:1,10,9,2:10,2,0,0:0:0:1,25,9,0:6,7,0,0:0:0 chr2 241722476 . G A 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0237968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.115;QD=15.1036;RBI=0.0248648;REFB=-0.0155467;REVB=0.00720916;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299508;STB=0.516952;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0197826;OID=.;OPOS=241722476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:13:20:26:19:13:20:26:19 chr2 241813453 . G A 1287.89 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06652;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.105;QD=62.0671;RBI=0.0668208;REFB=0;REVB=0.00633373;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107443;OID=.;OPOS=241813453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:45:38:0:0:45:38:0:0 chr2 241816871 . G T 726.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2606;QD=63.1922;RBI=0.0503178;REFB=0;REVB=0.0335052;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751517;OID=.;OPOS=241816871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr2 241827798 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.16;QD=44.6892;RBI=0.0170561;REFB=0;REVB=0.0128461;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196065;OID=.;OPOS=241827798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr2 241828012 . T C 667.56 PASS AF=0.910714;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0254774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.25;QD=47.6826;RBI=0.0414782;REFB=-0.0182619;REVB=0.0327314;RO=5;SAF=16;SAR=35;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126552;STB=0.56754;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00340842;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:56:5:5:51:51:0.910714:35:16:5:0:35:16:5:0 chr2 241828034 . A G 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.851;QD=61.3294;RBI=0.040185;REFB=0;REVB=-0.000867767;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61822e-05;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr2 241830969 . G A 1374.74 PASS AF=0.980198;AO=93;DP=100;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.517;QD=54.4451;RBI=0.157814;REFB=-0.00449388;REVB=0.157436;RO=6;SAF=63;SAR=30;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858824;STB=0.513511;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00129314;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:100:101:6:2:93:99:0.980198:30:63:0:6:36:63:0:2 chr2 241831005 . C T 2423.9 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5407;QD=60.5976;RBI=0.0841682;REFB=-0.0903173;REVB=0.0502405;RO=1;SAF=94;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00737585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163383;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:159:160:1:0:158:160:1:64:94:0:1:66:94:0:0 chr2 241831296 . C G 214.6 PASS AF=0.947368;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8792;QD=45.1793;RBI=0.109487;REFB=-0.143698;REVB=0.034069;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0164987;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:15:18:0.947368:6:9:1:0:7:11:1:0 chr2 241834907 . C T 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9727;QD=57.3815;RBI=0.0437036;REFB=0;REVB=-0.0362293;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074982;OID=.;OPOS=241834907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr2 241834944 . T C 834.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.242;QD=57.563;RBI=0.0164144;REFB=0;REVB=0.0137678;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24723e-05;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:33:23:0:0:34:24:0:0 chr2 241835379 . G A 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.471;QD=53.9022;RBI=0.0987521;REFB=0;REVB=0.0824446;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241367;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr2 241865156 . T C 2156.02 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.288;QD=62.9494;RBI=0.00975354;REFB=0;REVB=-0.00448653;RO=0;SAF=60;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38205e-05;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:137:0:0:137:137:1:77:60:0:0:77:60:0:0 chr2 241872597 . A G 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.618;QD=63.3352;RBI=0.0447983;REFB=0;REVB=0.0418172;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95785e-05;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:33:60:0:0:33:60:0:0 chr2 241898824 . A G 1160.9 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.736;QD=60.3064;RBI=0.0168266;REFB=0;REVB=0.0166695;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60896e-05;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:30:45:0:0:32:45:0:0 chr2 241904000 . A AC 1554.1 PASS AF=1;AO=22;DP=120;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976274;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.9737;QD=56.5126;RBI=0.109352;REFB=0;REVB=-0.0492615;RO=92;SAF=8;SAR=14;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134966;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000201498;OID=.;OPOS=241904001;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:120:110:110:0:52:58:0:0:9:92:8:14:43:49 chr2 241904001 . G C 1099.8 PASS AF=0.775862;AO=88;DP=114;FAO=90;FDP=116;FR=.;FRO=26;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0560198;FXX=0.0169477;HRUN=7;LEN=1;MLLD=47.0617;QD=37.9241;RBI=0.0562722;REFB=-0.0847913;REVB=0.00532352;RO=26;SAF=40;SAR=48;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06367;STB=0.535955;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0140121;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:26:26:88:90:0.775862:48:40:8:18:48:42:8:18 chr2 241922430 . T C 213.84 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0463329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.273;QD=13.3651;RBI=0.0585255;REFB=-0.0197798;REVB=-0.035756;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178916;STB=0.596748;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0298678;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:15:10:9:28:16:10:9:29 chr2 241925343 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00114247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.785;QD=19.941;RBI=0.0130224;REFB=-0.0120445;REVB=0.0129722;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685959;STB=0.53812;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0132827;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:14:15:14:18:14:15 chr2 241929228 . A G 854.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00374562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.068;QD=56.0046;RBI=0.0232134;REFB=0.0297567;REVB=0.0229092;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-7.21656e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:33:27:1:0:33:27:1:0 chr2 241973223 . C T 219.8 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0294129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6685;QD=17.5836;RBI=0.0472878;REFB=-0.00231847;REVB=0.0370272;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211695;STB=0.610009;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00462037;OID=.;OPOS=241973223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:22:22:0.44:13:9:17:10:13:9:17:11 chr2 241979550 . T C 335.96 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0117148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4179;QD=19.7621;RBI=0.0434364;REFB=0.00365143;REVB=0.0418268;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730414;STB=0.504055;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00303101;OID=.;OPOS=241979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:12:21:22:13:12:21 chr2 241991875 . G A 92.95 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.018886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.222;QD=9.53359;RBI=0.0363012;REFB=-0.0130324;REVB=-0.0310016;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634537;STB=0.538398;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0432234;OID=.;OPOS=241991875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:15:12:6:6:15:12 chr2 242003487 . C T 736.01 PASS AF=0.401914;AO=84;DP=211;FAO=84;FDP=209;FR=.;FRO=125;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=54;FSRR=71;FWDB=0.0100865;FXX=0.0187785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4708;QD=14.0863;RBI=0.0153462;REFB=-0.0112128;REVB=-0.0115658;RO=117;SAF=37;SAR=47;SRF=50;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138867;STB=0.505147;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0203755;OID=.;OPOS=242003487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:117:125:84:84:0.401914:47:37:50:67:47:37:54:71 chr2 242004866 . A G 115.16 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0111858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.776;QD=10.7129;RBI=0.0310934;REFB=-0.00891539;REVB=-0.0290117;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183728;STB=0.61001;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0202045;OID=.;OPOS=242004866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:14:15:5:9:14:15 chr2 242011330 . C A 1097.43 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00584207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4576;QD=56.2784;RBI=0.0652954;REFB=-0.0127585;REVB=0.0650335;RO=3;SAF=19;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038714;STB=0.519308;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00219747;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:3:3:74:75:0.961538:55:19:2:1:55:20:2:1 chr2 242062162 . C T 113.02 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0285299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5032;QD=17.3881;RBI=0.0333075;REFB=-0.00340941;REVB=0.0171882;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304683;STB=0.692012;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0268634;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:4:9:4:8:4:9:4:9 chr2 242066156 . C T 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00065074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.1021;QD=13.6263;RBI=0.0234055;REFB=-0.00885088;REVB=-0.0233964;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250633;STB=0.646722;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00759424;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:2:7:4:4:2:7 chr2 242066314 . T C 130.45 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0222443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.358;QD=22.6865;RBI=0.0273668;REFB=-0.0383113;REVB=0.0159416;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109623;STB=0.536371;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0267832;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:9:9:13:14:0.608696:4:9:5:4:5:9:5:4 chr2 242066789 . A G 216.83 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0376938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4818;QD=14.9536;RBI=0.0391444;REFB=-0.0186131;REVB=-0.0105576;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393535;STB=0.527376;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0296741;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:30:32:25:26:0.448276:11:14:18:12:11:15:20:12 chr2 242082262 . T C 594.1 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.095;QD=60.9328;RBI=0.0436096;REFB=0;REVB=0.0400703;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003194;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr2 242122391 . T C 597.52 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100423;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.798;QD=61.2838;RBI=0.0197272;REFB=0;REVB=0.0169799;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57681e-05;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:29:9:0:0:30:9:0:0 chr2 242129515 . G A 2956.19 PASS AF=0.984375;AO=189;DP=194;FAO=189;FDP=192;FR=.;FRO=3;FSAF=78;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0288671;FXX=0.0153838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.477;QD=61.5873;RBI=0.0462556;REFB=-0.181927;REVB=0.0361424;RO=2;SAF=78;SAR=111;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120513;STB=0.504087;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000683645;OID=.;OPOS=242129515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:194:192:2:3:189:189:0.984375:111:78:2:0:111:78:2:1 chr2 242157087 . C T 251.47 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00287245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.625;QD=22.8608;RBI=0.0181425;REFB=-0.0145506;REVB=-0.0179136;RO=11;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745928;STB=0.507806;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.010544;OID=.;OPOS=242157087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:11:20:23:24:0.545455:9:14:8:3:10:14:12:8 chr2 242157241 . G A 506.99 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00595158;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9609;QD=24.1422;RBI=0.0439437;REFB=-0.0364915;REVB=0.0435388;RO=33;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119748;STB=0.541374;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0429137;OID=.;OPOS=242157241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:33:37:47:47:0.559524:26:21:20:13:26:21:20:17 chr2 242168518 . G A 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00707167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7398;QD=20.5454;RBI=0.0134323;REFB=-0.024918;REVB=-0.0114201;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851245;STB=0.547784;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0160952;OID=.;OPOS=242168518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:9:13:15:7:9:13:15:7 chr2 242168976 . T C 286.92 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00336611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.051;QD=11.363;RBI=0.00904533;REFB=-0.00822672;REVB=-0.00839567;RO=64;SAF=17;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00150475;STB=0.510476;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0220446;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:66:35:35:0.346535:18:17:31:33:18:17:31:35 chr2 242203916 . A C 1262.45 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332349;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.914;QD=61.5829;RBI=0.0299598;REFB=0;REVB=0.0297748;RO=0;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294476;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:27:54:0:0:28:54:0:0 chr2 242275389 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAAAT 72.54 PASS AF=0.255319,0.148936;AO=13,6;DP=47;FAO=12,7;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=7,7;FSAR=5,0;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.127109,-0.0844032;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.12207,25.7066;QD=6.17333;RBI=0.127723,0.0846822;REFB=-0.119306,-0.0713249;REVB=-0.0125043,-0.0068682;RO=22;SAF=5,6;SAR=8,0;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0272451,0.732137;STB=0.630935,0.998532;STBP=0.318,0;TYPE=del,snp;VARB=0.074706,0.0656435;OID=.,.;OPOS=242275390,242275395;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0.148936:13,6:47:12,7:47:28:7,7:5,0:11:17:37:22:5,6:8,0:9:13 chr2 242573211 . T C 142.35 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0288642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.924;QD=17.2543;RBI=0.029629;REFB=-0.0331928;REVB=-0.00668836;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359723;STB=0.693203;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0337004;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:15:16:0.484848:9:6:13:3:10:6:13:4 chr2 242576777 . C T 171.8 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0175144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.555;QD=18.084;RBI=0.116218;REFB=-0.0193371;REVB=0.114891;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214562;STB=0.502955;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0301324;OID=.;OPOS=242576777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:8:10:11:8:8:10:11:9 chr2 242577022 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00391466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.805;QD=19.6448;RBI=0.0644371;REFB=-0.0400918;REVB=0.0643181;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.051767;OID=.;OPOS=242577022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:5:3:5:6:5:3 chr2 242606175 . A G 538.96 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0345173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6363;QD=29.9423;RBI=0.0358029;REFB=-0.025695;REVB=0.00950808;RO=23;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141128;STB=0.569096;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0152995;OID=.;OPOS=242606175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:23:24:48:48:0.666667:26:22:16:7:26:22:16:8 chr2 242607924 . A G 915.17 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252396;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.086;QD=58.1061;RBI=0.0343335;REFB=0;REVB=-0.0232755;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48359e-05;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:37:26:0:0 chr2 242610738 . T C 786.83 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5987;QD=55.2163;RBI=0.0359193;REFB=-0.0625897;REVB=0.0344252;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129193;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00375543;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:36:20:0:1:36:20:0:1 chr2 242610773 . T A 1320.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.669;QD=62.1592;RBI=0.0943958;REFB=0;REVB=0.0819976;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350159;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:50:35:0:0:50:35:0:0 chr2 242611934 . T C 758.76 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0213899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.108;QD=53.2463;RBI=0.025409;REFB=-0.084931;REVB=0.0137146;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00101747;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:25:30:0:0:25:30:2:0 chr2 242613089 . A G 1556.23 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0237731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.221;QD=58.7258;RBI=0.0290509;REFB=-0.000116954;REVB=0.0166971;RO=1;SAF=45;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797558;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-6.50755e-06;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:104:105:0.990566:59:45:0:1:59:46:0:1 chr2 242613133 . T G 1213.24 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.804;QD=60.6618;RBI=0.0965875;REFB=0;REVB=0.0913512;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046616;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:74:80:1:41:33:0:0:46:34:0:0 chr2 242680430 . A G 172.87 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0083596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.513;QD=18.6884;RBI=0.0158856;REFB=-0.016747;REVB=0.0135081;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29074;STB=0.594493;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0126156;OID=.;OPOS=242680430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:19:17:18:0.486486:9:8:13:3:9:9:13:6 chr2 242688292 . C T 333.52 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0610546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85;QD=21.8698;RBI=0.0622152;REFB=-0.00787389;REVB=0.0119611;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611461;STB=0.547917;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0101198;OID=.;OPOS=242688292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:33:34:0.557377:19:14:13:13:20:14:14:13 chr2 242688366 . C T 126.8 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0203858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1597;QD=19.5069;RBI=0.0236929;REFB=0.00149179;REVB=-0.0120737;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207763;STB=0.619531;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.000829526;OID=.;OPOS=242688366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:5:7:11:3:5:7 chr2 242690745 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0821463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.619;QD=20.8914;RBI=0.0844433;REFB=-0.0309491;REVB=0.0195615;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107144;STB=0.559285;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0229583;OID=.;OPOS=242690745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:16:16:17:10:16:16:17:10 chr2 242694582 . C A 104.57 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0688947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.2;QD=19.919;RBI=0.0722418;REFB=-0.0310021;REVB=0.0217346;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205008;STB=0.615215;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0386684;OID=.;OPOS=242694582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:1:8:8:4:1:8 chr2 242694897 . G T 370.52 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0598643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1691;QD=29.6419;RBI=0.0608604;REFB=-0.0545924;REVB=0.010966;RO=19;SAF=4;SAR=27;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363753;STB=0.70325;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00785799;OID=.;OPOS=242694897;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:27:4:9:10:27:4:9:10 chr2 242742875 . C T 885.7 PASS AF=0.557971;AO=70;DP=138;FAO=77;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.00451852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.0355;QD=25.6724;RBI=0.00974304;REFB=-0.0178521;REVB=0.0086319;RO=43;SAF=34;SAR=36;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213477;STB=0.602782;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00937888;OID=.;OPOS=242742875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:43:48:70:77:0.557971:36:34:34:9:40:37:36:12 chr2 242755374 . CT GT,TG 159.93 PASS AF=0.459459,0;AO=13,2;DP=37;FAO=17,0;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.196003,0.0103826;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=191.615,31.979;QD=17.2898;RBI=0.196086,0.0472612;REFB=-0.0159804,-0.0149926;REVB=0.00570062,0.0461066;RO=19;SAF=2,2;SAR=11,0;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00782033,0.710029;STB=0.564445,0.5;STBP=0.549,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0288125,0;OID=.,.;OPOS=242755374,242755374;OREF=C,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:13,2:17,0:0.459459,0:11,0:2,2:3:16:12,0:5,0:4:16 chr2 242793273 . A G 784.26 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.589;QD=64.0214;RBI=0.0266674;REFB=0;REVB=-0.0166362;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65804e-05;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:36:13:0:0:36:13:0:0 chr2 242793433 . G A 191.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0320768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9704;QD=22.5324;RBI=0.0321082;REFB=-0.0256489;REVB=-0.00142121;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468823;STB=0.526288;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0163922;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:7:8:9:10:7:8 chr2 242813124 . T C 608.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5596;QD=60.8292;RBI=0.172764;REFB=0;REVB=0.172695;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176971;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:14:25:0:1:15:25:0:0 chr2 242814283 . C T 207.78 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0922749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2848;QD=17.6837;RBI=0.142955;REFB=-0.0266042;REVB=0.109186;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545082;STB=0.503103;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0390966;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:9:12:15:11:9:12:15:11 chr2 242814360 . T C 376.2 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0152428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6413;QD=21.1943;RBI=0.0385445;REFB=-0.0375554;REVB=-0.0354024;RO=32;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140389;STB=0.584846;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0356767;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:38:38:0.535211:15:23:14:18:15:23:14:19 chr2 242814463 . A T 643.0 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=92;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00633036;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.136;QD=28.2639;RBI=0.0179257;REFB=-0.010071;REVB=0.0167707;RO=35;SAF=28;SAR=28;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100972;STB=0.505493;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00506612;OID=.;OPOS=242814463;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:35:35:56:56:0.615385:28:28:18:17:28:28:18:17 chr2 242814639 . T C 105.71 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0754544;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.498;QD=23.4913;RBI=0.0755921;REFB=-0.0389259;REVB=-0.00456181;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393613;STB=0.84124;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0040561;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:19:18:5:6:10:9:0.5:8:2:4:1:8:1:5:1 chr2 242815059 . C T 476.23 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0259388;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8059;QD=21.4034;RBI=0.0348066;REFB=-0.0230379;REVB=-0.0232095;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662951;STB=0.54138;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0328329;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:25:21:16:26:25:21:16:27 chr2 242839363 . G C 508.89 PASS AF=0.657143;AO=46;DP=70;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.02273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4219;QD=29.0795;RBI=0.0250812;REFB=-0.00768784;REVB=-0.0106024;RO=24;SAF=26;SAR=20;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658059;STB=0.535699;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0034206;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:24:24:46:46:0.657143:20:26:16:8:20:26:16:8 chr3 361508 . C T 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8969;QD=54.508;RBI=0.0174578;REFB=0;REVB=-0.00349794;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539204;OID=.;OPOS=361508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr3 391100 . A G 716.64 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0158566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.482;QD=51.1883;RBI=0.0287743;REFB=-0.0654757;REVB=0.024011;RO=3;SAF=26;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513124;STB=0.527262;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00280724;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:3:3:53:53:0.946429:27:26:3:0:27:26:3:0 chr3 439963 . A G 699.49 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224173;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4525;QD=60.8255;RBI=0.0254646;REFB=-0.0195204;REVB=-0.0120793;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.509087;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00171081;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:0:1:27:18:0:1 chr3 440028 . T C 519.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.512;QD=59.384;RBI=0.0324648;REFB=0;REVB=0.0186727;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.05878e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr3 450391 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.697;QD=37.4883;RBI=0.0990259;REFB=0;REVB=0.0971582;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150149;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr3 450534 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.222;QD=62.0195;RBI=0.040835;REFB=0;REVB=0.0387484;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821158;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 1107455 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.648;QD=59.4285;RBI=0.00913136;REFB=0;REVB=-0.00851571;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71389e-05;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:15:20:0:0 chr3 1262474 . T C 712.73 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0728269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.514;QD=52.7949;RBI=0.0728413;REFB=-0.114998;REVB=0.00144497;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040906;STB=0.521731;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00196737;OID=.;OPOS=1262474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:30:22:2:0:30:22:2:0 chr3 1424718 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.59;QD=57.5451;RBI=0.0187046;REFB=0;REVB=-0.0173487;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88414e-05;OID=.;OPOS=1424718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr3 3081750 . A T 634.65 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=110;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0139079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0487;QD=23.0782;RBI=0.0185211;REFB=-0.0108359;REVB=0.0122311;RO=48;SAF=31;SAR=31;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013708;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:48:48:62:62:0.563636:31:31:24:24:31:31:24:24 chr3 3081825 . T C 1689.0 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.454;QD=59.7877;RBI=0.0634184;REFB=0;REVB=0.0624472;RO=0;SAF=50;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124899;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:113:0:0:107:113:1:57:50:0:0:61:52:0:0 chr3 3098041 . G C 786.87 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00652969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.351;QD=55.2187;RBI=0.00839736;REFB=0.100628;REVB=-0.00528005;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=4.75203e-06;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:1:0:25:31:1:0 chr3 3099460 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0191988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.526;QD=16.9315;RBI=0.0200721;REFB=-0.0228758;REVB=0.00585634;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144848;STB=0.583198;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0175469;OID=.;OPOS=3099460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:8:4:6:6:8:4 chr3 3133899 . G GA,GAC 72.04 PASS AF=0.268657,0;AO=14,9;DP=67;FAO=18,0;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=1,0;FSAR=17,0;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.017702,-0.02783;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=33.0959,47.8844;QD=4.30111;RBI=0.0532483,0.0749581;REFB=-0.0362957,-0.0223564;REVB=0.0502197,0.0696003;RO=44;SAF=1,1;SAR=13,8;SRF=32;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.732153,-0.670511;STB=0.945501,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.156162,0;OID=.,.;OPOS=3133900,3133900;OREF=-,-;OALT=A,AC;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268657,0:14,9:67:18,0:67:49:1,0:17,0:33:16:72:44:1,1:13,8:32:12 chr3 3139957 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00618419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.738;QD=17.2298;RBI=0.0135816;REFB=-0.0184106;REVB=-0.012092;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326506;STB=0.689206;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0136842;OID=.;OPOS=3139957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:1:5:3:5:1:5 chr3 3170792 . C T 754.19 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.572;QD=56.9202;RBI=0.105473;REFB=0;REVB=-0.00767708;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111046;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr3 3189278 . C CG 422.38 PASS AF=1;AO=5;DP=35;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682736;FXX=0.0605877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.299;QD=54.501;RBI=0.077144;REFB=0;REVB=0.0359154;RO=29;SAF=5;SAR=0;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.695126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000289164;OID=.;OPOS=3189279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:35:31:31:0:15:16:0:0:4:29:5:0:11:18 chr3 3189279 . A G 337.16 PASS AF=0.818182;AO=26;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0259246;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.276;QD=40.8683;RBI=0.0291619;REFB=-0.244659;REVB=-0.0133541;RO=6;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229913;STB=0.624905;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00700656;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:33:33:6:6:26:27:0.818182:17:9:6:0:18:9:6:0 chr3 3197918 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.294;QD=57.195;RBI=0.0322166;REFB=0;REVB=0.0246033;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289603;OID=.;OPOS=3197918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr3 3886580 . A G 506.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179082;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.427;QD=59.5909;RBI=0.0387268;REFB=0;REVB=0.0343374;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241452;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr3 3886721 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.142;QD=33.4285;RBI=0.0484511;REFB=0;REVB=0.0484511;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740291;OID=.;OPOS=3886721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr3 3888894 . C T 1742.36 PASS AF=1;AO=113;DP=118;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00125315;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.856;QD=60.6037;RBI=0.0134544;REFB=0;REVB=-0.0133959;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305757;OID=.;OPOS=3888894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:118:115:0:0:113:115:1:54:59:0:0:54:61:0:0 chr3 3889222 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.15654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7655;QD=33.4282;RBI=0.168584;REFB=0;REVB=-0.0625763;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0191221;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr3 4403837 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.858;QD=50.4133;RBI=0.0436138;REFB=0;REVB=0.0376942;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628222;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr3 4699936 . G C 108.66 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0217746;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.602;QD=8.04894;RBI=0.0246749;REFB=-0.00978038;REVB=0.0116068;RO=39;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19365;STB=0.617492;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.022828;OID=.;OPOS=4699936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:9:6:22:17:9:6:22:17 chr3 4712413 . G A 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00906098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.366;QD=4.85444;RBI=0.00994585;REFB=-0.00179479;REVB=0.00410105;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184299;STB=0.624625;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00452559;OID=.;OPOS=4712413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:16:12:2:5:16:12 chr3 4716811 . A C 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0231219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.592;QD=8.64033;RBI=0.0263949;REFB=-0.00433489;REVB=0.0127307;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119819;STB=0.563659;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00725627;OID=.;OPOS=4716811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:8:5:16:17:8:5:16:18 chr3 4767262 . T C 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.01691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.764;QD=8.28248;RBI=0.0310002;REFB=-0.00932128;REVB=-0.025982;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368851;STB=0.522689;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0231054;OID=.;OPOS=4767262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:15:17:6:6:15:17 chr3 4817057 . T C 739.08 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.75;QD=62.9007;RBI=0.0597082;REFB=0;REVB=0.00774904;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847916;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:24:23:0:0 chr3 4856180 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7997;QD=59.8362;RBI=0.0601481;REFB=0;REVB=-0.000382582;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774144;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 4856234 . G A 191.56 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.09;QD=47.8896;RBI=0.014948;REFB=0;REVB=-0.00583592;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187626;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:5:9:0:0:5:11:0:0 chr3 4920353 . A AC 58.17 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.171539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.0827;QD=13.6879;RBI=0.190976;REFB=-0.0289519;REVB=-0.0839422;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170899;STB=0.627655;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.00706226;OID=.;OPOS=4920354;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:8:17:10:17:7:6:4:2:5:45:7:4:4:2:5 chr3 5241309 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.812;QD=57.2025;RBI=0.0115456;REFB=0;REVB=0.00788859;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42245e-05;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr3 5294713 . C T 108.79 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00251503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8268;QD=14.0376;RBI=0.0744526;REFB=0.00311516;REVB=0.0744101;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378639;STB=0.73261;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00215845;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:3:9:7:11:3:10:7:11 chr3 5294774 . C T 148.19 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000389276;FXX=0.0975372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.18;QD=16.0207;RBI=0.00608849;REFB=0.00346518;REVB=-0.00607603;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240592;STB=0.724787;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00605696;OID=.;OPOS=5294774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:37:13:21:15:16:0.432432:2:13:9:4:3:13:10:11 chr3 6903297 . C T 291.46 PASS AF=0.361702;AO=33;DP=95;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0205428;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5288;QD=12.4025;RBI=0.0228676;REFB=-0.00824127;REVB=0.0100459;RO=58;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118838;STB=0.51413;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0170925;OID=.;OPOS=6903297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:58:60:33:34:0.361702:19:14:24:34:20:14:26:34 chr3 7603194 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00446868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.875;QD=6.01591;RBI=0.0338569;REFB=-0.00747143;REVB=-0.0335607;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515108;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0316613;OID=.;OPOS=7603194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:4:3:9:12:4:3:9:13 chr3 7603216 . T G 372.92 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0415164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3492;QD=37.2919;RBI=0.0419089;REFB=0.0711305;REVB=0.00572179;RO=10;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308807;STB=0.516767;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0246672;OID=.;OPOS=7603216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:16:14:4:6:16:14:4:6 chr3 7620789 . T C 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.995;QD=58.1122;RBI=0.0321159;REFB=0;REVB=0.0302491;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498863;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr3 8556639 . AG A 123.2 PASS AF=0.28125;AO=17;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0238204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3227;QD=7.70029;RBI=0.065192;REFB=-0.0112454;REVB=-0.0606843;RO=46;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808985;STB=0.524448;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=0.037004;OID=.;OPOS=8556640;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:17:64:18:64:46:8:10:22:24:99:46:7:10:22:24 chr3 8556671 . T G 452.63 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0125555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.709;QD=30.6867;RBI=0.0176471;REFB=-0.00834075;REVB=0.0124007;RO=18;SAF=18;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346413;STB=0.518788;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00347499;OID=.;OPOS=8556671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:18:41:41:0.694915:23:18:9:9:23:18:9:9 chr3 8590313 . T C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00583396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7899;QD=28.5243;RBI=0.0725225;REFB=-0.0348149;REVB=-0.0722875;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691076;STB=0.538411;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.040707;OID=.;OPOS=8590313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:4:2:7:8:4:2 chr3 8675575 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00733621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.599;QD=14.1322;RBI=0.0181748;REFB=-0.0134972;REVB=-0.0166284;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374753;STB=0.521716;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.025104;OID=.;OPOS=8675575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:12:19:11:8:12:19 chr3 8676204 . A G 338.72 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380885;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.275;QD=54.1947;RBI=0.0506524;REFB=0;REVB=0.0333905;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104899;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr3 8705555 . T C 289.21 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.902;QD=52.5836;RBI=0.0629432;REFB=0;REVB=-0.023561;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239869;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr3 8775661 . C T 115.19 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0169458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.438;QD=19.199;RBI=0.0169463;REFB=-0.025368;REVB=-0.000129838;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136262;STB=0.578384;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0139204;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:4:7:10:3:4:7 chr3 8809703 . G A 830.03 PASS AF=0.983607;AO=57;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.674;QD=54.4285;RBI=0.042129;REFB=-0.0378834;REVB=0.0345717;RO=1;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000767291;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:61:1:1:57:60:0.983607:37:20:0:1:37:23:0:1 chr3 9005078 . C T 394.41 PASS AF=0.373016;AO=47;DP=126;FAO=47;FDP=126;FR=.;FRO=79;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=51;FWDB=0.00974657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.668;QD=12.5209;RBI=0.0124006;REFB=-0.00954171;REVB=-0.00766671;RO=79;SAF=23;SAR=24;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149722;STB=0.584909;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0159668;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:79:47:47:0.373016:24:23:28:51:24:23:28:51 chr3 9026818 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.781;QD=56.7066;RBI=0.0344683;REFB=0;REVB=0.0328805;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306958;OID=.;OPOS=9026818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr3 9122948 . A G 786.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.896;QD=64.2072;RBI=0.0928536;REFB=0;REVB=0.03019;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505658;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:28:17:0:0:28:21:0:0 chr3 9406836 . T C 175.19 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0171431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0751;QD=10.0111;RBI=0.0265757;REFB=-0.0046548;REVB=0.0203072;RO=46;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250657;STB=0.522593;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00719448;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:13:10:21:25:13:10:22:25 chr3 9422210 . T C 78.58 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00783133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.0307;QD=6.4147;RBI=0.0407292;REFB=-0.00113185;REVB=-0.0399692;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00881519;STB=0.505608;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00296959;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:5:6:21:17:5:6:21:17 chr3 9425911 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00223984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.298;QD=11.9536;RBI=0.00999636;REFB=-0.0218677;REVB=0.0097422;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.565062;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0401951;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:8:3:3:5:8:3 chr3 9475118 . G C 260.58 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0538776;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3737;QD=20.4377;RBI=0.0808565;REFB=-0.0150848;REVB=0.0602907;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116969;STB=0.565169;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0152651;OID=.;OPOS=9475118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:10:14:12:15:10:14 chr3 9506176 . T G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000247798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.566;QD=17.3782;RBI=0.0138014;REFB=0.00232689;REVB=0.0137992;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197016;STB=0.613825;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00197325;OID=.;OPOS=9506176;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:4:6:4:7:4:6 chr3 9518106 . C T 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0209829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.022;QD=22.3903;RBI=0.0209934;REFB=-0.0184802;REVB=-0.000663482;RO=26;SAF=23;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860759;STB=0.54759;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0140005;OID=.;OPOS=9518106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:11:23:15:11:11:23:15:11 chr3 9540366 . C G 497.89 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381405;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.593;QD=58.5748;RBI=0.0432982;REFB=0;REVB=0.0204948;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505203;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr3 9879813 . G A 35.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0391752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.986;QD=6.24929;RBI=0.0424124;REFB=-0.00258957;REVB=0.0162517;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623591;STB=0.512777;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00834997;OID=.;OPOS=9879813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:15:17:6:6:0.26087:1:5:12:3:1:5:14:3 chr3 9908749 . G C 49.65 PASS AF=0.15;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00185569;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3929;QD=3.31005;RBI=0.0208932;REFB=-0.0106553;REVB=-0.0208106;RO=51;SAF=7;SAR=2;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322033;STB=0.713776;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0544326;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:60:51:51:9:9:0.15:2:7:27:24:2:7:28:23 chr3 9934605 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.615;QD=40.7629;RBI=0.043071;REFB=0;REVB=-0.042726;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294719;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr3 9952706 . A G 199.9 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=31;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0284272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.042;QD=24.2304;RBI=0.0368565;REFB=0.00528727;REVB=-0.0234584;RO=13;SAF=15;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164396;STB=0.561338;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00144764;OID=.;OPOS=9952706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:13:13:18:20:0.606061:3:15:9:4:4:16:9:4 chr3 9952788 . T C 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00888159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.493;QD=20.811;RBI=0.0206152;REFB=-0.0137437;REVB=-0.0186038;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152375;STB=0.586385;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0119753;OID=.;OPOS=9952788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:15:8:5:18:15:8 chr3 9956279 . G A 161.82 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0442461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.769;QD=28.1426;RBI=0.0531876;REFB=-0.0761687;REVB=0.0295162;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017178;STB=0.509542;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0184872;OID=.;OPOS=9956279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:7:7:16:16:0.695652:5:11:5:2:5:11:5:2 chr3 9960070 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0127801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.634;QD=17.2289;RBI=0.0142791;REFB=-0.0250423;REVB=-0.00636868;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246937;STB=0.642528;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0182828;OID=.;OPOS=9960070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:1:5:4:4:1:5 chr3 9969911 . C T 92.73 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.000731804;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.478;QD=16.8608;RBI=0.0154945;REFB=-0.0208353;REVB=0.0154772;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232793;STB=0.633914;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0162298;OID=.;OPOS=9969911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:6:5:8:3:6:5:8:3 chr3 9970031 . A G 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0200053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.573;QD=36.3492;RBI=0.0567668;REFB=-0.120093;REVB=0.0531249;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0185578;OID=.;OPOS=9970031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:1:0:7:4:1:0 chr3 9976159 . A G 293.36 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175808;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.38;QD=53.3372;RBI=0.0189377;REFB=0;REVB=-0.00703927;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284833;OID=.;OPOS=9976159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr3 9991388 . G C 1238.88 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2732;QD=61.1793;RBI=0.0133854;REFB=0;REVB=0.0130379;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192664;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:42:38:0:0:42:39:0:0 chr3 10088266 . G T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.012527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.562;QD=6.02723;RBI=0.0142303;REFB=0.00434231;REVB=-0.00675084;RO=30;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447209;STB=0.793106;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0139055;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:1:8:18:12:1:8:19:12 chr3 10088299 . C T 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00799648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.161;QD=6.66137;RBI=0.00800065;REFB=-0.01831;REVB=0.000258438;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256382;STB=0.666296;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0242348;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:2:8:20:12:2:8:20:12 chr3 10088308 . T C 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0160865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.425;QD=6.66156;RBI=0.0161318;REFB=-0.00670533;REVB=0.00120751;RO=32;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256382;STB=0.666296;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0119074;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:2:8:20:12:2:8:20:12 chr3 10088343 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0241614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.085;QD=11.0864;RBI=0.0404876;REFB=-0.0206273;REVB=-0.032488;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112573;STB=0.56746;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0223349;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:15:10:4:9:15:10 chr3 10088404 . C T 34.49 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0282265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.379;QD=7.66481;RBI=0.0496046;REFB=-0.0440389;REVB=0.0407906;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.540869;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0977101;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:7:4:3:4:7:4 chr3 10142949 . C T 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0304254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.997;QD=35.4821;RBI=0.0309802;REFB=-0.0185618;REVB=-0.00583632;RO=6;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397226;STB=0.521719;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0045063;OID=.;OPOS=10142949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:12:9:2:4:12:9:2:4 chr3 10251340 . C G 479.27 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=68;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0153549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8902;QD=28.1922;RBI=0.0436174;REFB=0.000281374;REVB=0.0408252;RO=23;SAF=15;SAR=29;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485002;STB=0.513268;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.000259318;OID=.;OPOS=10251340;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:24:44:44:0.647059:29:15:8:15:29:15:9:15 chr3 10276163 . T A 548.22 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.437;QD=59.2673;RBI=0.0142828;REFB=0;REVB=0.00911485;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020961;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr3 10302172 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.158;QD=52.6132;RBI=0.0396841;REFB=0;REVB=0.03289;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50055e-05;OID=.;OPOS=10302172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr3 10311939 . C T 837.09 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00210948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.4;QD=55.8061;RBI=0.00815173;REFB=-0.0960275;REVB=0.00787406;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000237049;OID=.;OPOS=10311939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:25:34:0:0:25:34:0:1 chr3 10312507 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.953;QD=58.1416;RBI=0.0408461;REFB=0;REVB=-0.0313647;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45051e-05;OID=.;OPOS=10312507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr3 10331457 . G T 267.84 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0886128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.175;QD=28.1932;RBI=0.0899972;REFB=-0.0176262;REVB=0.0157245;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105498;STB=0.56468;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0149056;OID=.;OPOS=10331457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:13:10:4:10:13:11:4:10 chr3 10413526 . G A 286.36 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0185039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.273;QD=10.413;RBI=0.0292004;REFB=-0.0151328;REVB=0.0225892;RO=71;SAF=15;SAR=22;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179353;STB=0.603274;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0346627;OID=.;OPOS=10413526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:71:73:37:37:0.336364:22:15:40:31:22:15:41:32 chr3 10420087 . T C 311.82 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730865;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.35;QD=54.2298;RBI=0.0342011;REFB=0;REVB=0.033411;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648866;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr3 11302933 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8785;QD=42.1821;RBI=0.0620828;REFB=0;REVB=0.0573718;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187408;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr3 11303874 . T C 770.62 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826647;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.426;QD=64.2185;RBI=0.02319;REFB=0;REVB=0.0216666;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486757;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr3 11596348 . C T 238.28 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0223847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.063;QD=27.232;RBI=0.0246384;REFB=0.00366857;REVB=-0.0102945;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106522;STB=0.571365;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00337388;OID=.;OPOS=11596348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:13:22:22:0.628571:11:11:8:4:11:11:9:4 chr3 11643465 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.546;QD=57.2025;RBI=0.0584234;REFB=0;REVB=0.0582403;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133498;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr3 12046076 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0769117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8124;QD=33.4276;RBI=0.118125;REFB=0;REVB=-0.0896559;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521751;OID=.;OPOS=12046076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 12229015 . A G 406.42 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0163904;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1186;QD=54.1892;RBI=0.0203418;REFB=-0.120765;REVB=-0.0120476;RO=1;SAF=4;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102941;STB=0.555514;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0102045;OID=.;OPOS=12229015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:25:4:1:0:25:4:1:0 chr3 12232074 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.624;QD=54.5176;RBI=0.00658526;REFB=0;REVB=0.00513987;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27251e-05;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr3 12475557 . C T 129.48 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0189234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.433;QD=32.3689;RBI=0.0217692;REFB=-0.0313938;REVB=0.0107611;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129286;STB=0.571326;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00425646;OID=.;OPOS=12475557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:4:9:3:0:4:9:3:0 chr3 12872995 . C T 278.37 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.03953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.293;QD=25.8945;RBI=0.0466309;REFB=-0.00456977;REVB=-0.0247351;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221617;STB=0.611023;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00603343;OID=.;OPOS=12872995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:10:15:5:12:10:15:6:12 chr3 12875443 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00827172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.517;QD=17.8275;RBI=0.0138971;REFB=0.00440341;REVB=-0.0111673;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267683;STB=0.651943;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00466438;OID=.;OPOS=12875443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:2:9:6:6:2:9 chr3 13358204 . G A 305.79 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2424;QD=53.1805;RBI=0.118968;REFB=0;REVB=0.112857;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222015;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:6:15:0:0:7:16:0:0 chr3 13361287 . C T 526.63 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0111593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.797;QD=56.9333;RBI=0.0429403;REFB=-0.0873296;REVB=0.041465;RO=1;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491764;STB=0.526301;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00231994;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:9:27:0:1:9:27:0:1 chr3 13361391 . A G 754.41 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.326;QD=56.9368;RBI=0.0400115;REFB=0;REVB=0.0213105;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18128e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr3 13364876 . G T 678.81 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00525885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8285;QD=60.3387;RBI=0.119954;REFB=-0.133205;REVB=0.119839;RO=1;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00748723;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:45:1:1:44:44:0.977778:23:21:0:1:23:21:0:1 chr3 13367406 . C T 1102.49 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349066;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.629;QD=60.4103;RBI=0.0557655;REFB=0;REVB=0.0434893;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126135;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr3 13545697 . C T 178.6 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0149074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.201;QD=22.3246;RBI=0.0156028;REFB=0.00488314;REVB=0.00460627;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207807;STB=0.616313;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0053139;OID=.;OPOS=13545697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:4:10:8:10:4:10 chr3 13612936 . A G 362.15 PASS AF=0.625;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00474636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.184;QD=25.8678;RBI=0.0220053;REFB=-0.048143;REVB=0.0214873;RO=20;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135467;STB=0.585318;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0252875;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:20:21:34:35:0.625:17:17:14:6:18:17:15:6 chr3 13670481 . A G 139.49 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0162956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9724;QD=12.3995;RBI=0.0273854;REFB=-0.00442061;REVB=0.0220093;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29518;STB=0.6865;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00934304;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:16:16:0.355556:12:4:14:14:12:4:15:14 chr3 13670536 . A G 393.14 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.265167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.205;QD=56.1632;RBI=0.265664;REFB=0;REVB=-0.0162548;RO=1;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111295;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:1:0:24:28:1:19:5:1:0:19:9:0:0 chr3 13670776 . T C 152.37 PASS AF=0.933333;AO=10;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.94896e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.149;QD=40.6317;RBI=0.00956652;REFB=-0.0616418;REVB=-0.0095661;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00075448;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:10:14:0.933333:7:3:0:0:8:6:0:1 chr3 13677946 . C T 346.07 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0045059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.024;QD=32.1929;RBI=0.0280475;REFB=0.00673618;REVB=0.0276832;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19876;STB=0.608485;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00216688;OID=.;OPOS=13677946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:11:3:16:13:11:3 chr3 13679203 . G A 144.17 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.00754065;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.64;QD=14.7861;RBI=0.0272679;REFB=-0.0130384;REVB=0.0262046;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524772;STB=0.778457;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0120946;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:20:23:16:16:0.410256:11:5:18:2:11:5:19:4 chr3 13679335 . C T 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0410714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.178;QD=22.1441;RBI=0.0410753;REFB=-0.0345412;REVB=-0.000562458;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148243;STB=0.583573;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.014238;OID=.;OPOS=13679335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:7:6:11:6:7:6 chr3 13679688 . T A 118.65 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0112385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.757;QD=7.78025;RBI=0.0198642;REFB=-0.0139558;REVB=-0.0163794;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791199;STB=0.547888;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0450495;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:10:7:21:23:10:7:21:23 chr3 13679695 . C A 116.46 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0299471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8524;QD=7.39418;RBI=0.0310595;REFB=-0.00679004;REVB=0.00823793;RO=45;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399754;STB=0.517221;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0207502;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:10:7:20:25:10:7:20:26 chr3 13679708 . C A 118.61 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0271894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8792;QD=7.77781;RBI=0.0322484;REFB=-0.00399412;REVB=-0.0173405;RO=44;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329213;STB=0.50199;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00836845;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:10:7:18:26:10:7:18:26 chr3 13689455 . T G 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0496625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5463;QD=22.6302;RBI=0.0806797;REFB=-0.0136778;REVB=0.0635834;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225037;STB=0.627703;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0135811;OID=.;OPOS=13689455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:3:5:4:9:3:5 chr3 13695587 . C T 820.23 PASS AF=0.755814;AO=65;DP=86;FAO=65;FDP=86;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00193371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.681;QD=38.1504;RBI=0.015945;REFB=-0.0361866;REVB=0.0158273;RO=21;SAF=35;SAR=30;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501206;STB=0.526873;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0100634;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:21:21:65:65:0.755814:30:35:9:12:30:35:9:12 chr3 13860281 . ATTTTTTTTC ATTTTTTT,ATTTTTTTC,ATTTTTTTT,TATTTTTTTT 129.64 PASS AF=0.15528,0.0559006,0.161491,0.00621118;AO=18,24,30,6;DP=162;FAO=25,9,26,1;FDP=161;FR=.;FRO=100;FSAF=18,1,24,1;FSAR=7,8,2,0;FSRF=29;FSRR=71;FWDB=0.0252121,0.153643,-0.0975023,-0.0118786;FXX=0.0122692;HRUN=8,8,5,1;LEN=2,1,1,10;MLLD=11.6658,7.16993,7.88667,99.2036;QD=3.22093;RBI=0.0908502,0.153643,0.199221,0.0292071;REFB=-0.121941,-0.092008,-0.149486,-0.0174113;REVB=0.0872818,0.000431892,0.173731,-0.0266824;RO=52;SAF=15,2,28,6;SAR=3,22,2,0;SRF=6;SRR=46;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.734243,-0.107236,0.801232,0.808352;STB=0.809946,0.751664,0.942657,0.994123;STBP=0.001,0.192,0,0.164;TYPE=del,del,del,mnp;VARB=0.11395,0.108163,0.214818,0.141116;OID=.,.,.,.;OPOS=13860289,13860282,13860290,13860281;OREF=TC,T,C,ATTTTTTTTC;OALT=-,-,-,TATTTTTTTT;OMAPALT=ATTTTTTT,ATTTTTTTC,ATTTTTTTT,TATTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:162:161:52:100:18,24,30,6:25,9,26,1:0.15528,0.0559006,0.161491,0.00621118:3,22,2,0:15,2,28,6:6:46:7,8,2,0:18,1,24,1:29:71 chr3 14106499 . G A 235.16 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00479896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.628;QD=25.4223;RBI=0.00506473;REFB=-0.00238213;REVB=0.00161909;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257879;STB=0.513501;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00185376;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:11:11:7:6:11:11:7:8 chr3 14174427 . A T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00906477;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.276;QD=15.2589;RBI=0.0180556;REFB=-0.0276826;REVB=-0.0156152;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0171623;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr3 14175262 . T C 170.21 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00758472;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.87;QD=24.3154;RBI=0.0526657;REFB=-0.0186175;REVB=0.0521166;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194788;STB=0.596307;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0258647;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:11:11:16:17:0.607143:7:9:9:2:7:10:9:2 chr3 14197987 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.479;QD=35.5759;RBI=0.0323716;REFB=0;REVB=0.00831212;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343176;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr3 14436184 . GT G 419.28 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232264;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.372;QD=55.904;RBI=0.0394151;REFB=0;REVB=0.0318446;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000718064;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:28:30:30:0:19:11:0:0:4:0:17:10:0:0 chr3 14547197 . C CA 82.21 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839599;FXX=0.181653;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.3721;QD=36.5399;RBI=0.215661;REFB=0;REVB=0.198646;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0176712;OID=.;OPOS=14547198;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:9:9:0:6:3:0:0:3:8:2:0:4:4 chr3 14547198 . G A 81.1 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00701809;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.714;QD=32.4404;RBI=0.0771837;REFB=-0.0388513;REVB=0.0768639;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0243029;OID=.;OPOS=14547198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:10:0:1:8:8:0.8:4:4:0:0:4:4:1:0 chr3 14551444 . A G 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4318;QD=60.9691;RBI=0.00459153;REFB=0;REVB=-0.000803848;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94405e-05;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr3 14552994 . A G 128.11 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=12;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0839191;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.0589;QD=36.6038;RBI=0.0908646;REFB=-0.113134;REVB=-0.0348421;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0163873;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:12:14:1:1:11:13:0.928571:6:5:1:0:6:7:1:0 chr3 14555216 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0857222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3032;QD=57.2015;RBI=0.0874989;REFB=0;REVB=-0.0175433;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159685;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr3 14555811 . A G 145.33 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9784;QD=44.7154;RBI=0.0633812;REFB=0;REVB=0.0382432;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128967;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 14563237 . G A 53.58 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0308637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.21;QD=7.93707;RBI=0.0313848;REFB=-0.0120478;REVB=0.00569547;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21811;STB=0.637927;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0300112;OID=.;OPOS=14563237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:8:11:6:2:8:11 chr3 14563258 . A G 172.0 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0158286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3706;QD=26.4613;RBI=0.0185143;REFB=-0.0213386;REVB=0.00960396;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15699;STB=0.587057;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00988659;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:2:7:9:8:2:7 chr3 14712473 . G A 354.14 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00493056;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.958;QD=26.2322;RBI=0.0201378;REFB=-0.00150633;REVB=0.0195248;RO=17;SAF=18;SAR=16;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359624;STB=0.510911;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00169815;OID=.;OPOS=14712473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:20:34:34:0.62963:16:18:8:9:16:18:10:10 chr3 14724413 . G A 236.81 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00838205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2827;QD=26.3127;RBI=0.0422509;REFB=-0.0553143;REVB=0.0414111;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818896;STB=0.545413;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0329553;OID=.;OPOS=14724413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:6:8:10:12:6:8 chr3 14745857 . G A 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.681;QD=50.403;RBI=0.112057;REFB=0;REVB=0.101817;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824372;OID=.;OPOS=14745857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr3 14755572 . A G 674.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639239;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.129;QD=62.7237;RBI=0.0647548;REFB=0;REVB=-0.0103401;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150533;OID=.;OPOS=14755572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr3 14755617 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.725;QD=55.6556;RBI=0.0569104;REFB=0;REVB=-0.0180879;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288452;OID=.;OPOS=14755617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr3 14939088 . GA AT 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0176554;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.001;QD=7.27149;RBI=0.0299846;REFB=-0.0203548;REVB=-0.0242356;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607751;STB=0.875839;STBP=0.023;TYPE=mnp;VARB=0.0278527;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:1:8:9:15:1:8:10:15 chr3 14939479 . G T 301.62 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-1.93866e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5153;QD=26.8108;RBI=0.0357463;REFB=-0.0292303;REVB=-0.0357463;RO=16;SAF=21;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135932;STB=0.559953;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0444473;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:18:27:27:0.6:6:21:10:6:6:21:12:6 chr3 15084879 . ATA AAA,AA,AT 112.35 PASS AF=0.166667,0.333333,0.444444;AO=3,6,7;DP=26;FAO=3,6,8;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2,1,2;FSAR=1,5,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00389115,-0.0028406,0.0534383;FXX=0.0526039;HRUN=1,1,6;LEN=1,1,1;MLLD=128.121,125.506,7.47935;QD=24.9674;RBI=0.0674411,0.0829796,0.132166;REFB=-0.0013749,-0.0336446,-0.102569;REVB=0.0673287,0.0829309,-0.120881;RO=9;SAF=2,3,1;SAR=1,3,6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.23456,0.0539613,-0.371799;STB=0.665547,0.54531,0.538369;STBP=0.558,0.659,0.64;TYPE=snp,del,del;VARB=0.015514,0.0177179,0.192377;OID=.,.,.;OPOS=15084880,15084880,15084881;OREF=T,T,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.166667,0.333333,0.444444:3,6,7:26:3,6,8:18:1:2,1,2:1,5,6:0:1:31:9:2,3,1:1,3,6:4:5 chr3 15113519 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0226639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.531;QD=8.40182;RBI=0.0245968;REFB=-0.00563967;REVB=-0.00955787;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897431;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0111687;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:11:10:5:4:11:10 chr3 15216429 . C T 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7343;QD=61.5084;RBI=0.0733933;REFB=-0.08582;REVB=-0.0702653;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00154339;OID=.;OPOS=15216429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:24:24:0:0:24:24:1:0 chr3 15216703 . A T 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.496;QD=55.6393;RBI=0.0740004;REFB=0;REVB=-0.00515723;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449843;OID=.;OPOS=15216703;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr3 15476011 . C G 338.27 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0882893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4083;QD=26.5308;RBI=0.101881;REFB=-0.0351733;REVB=-0.0508399;RO=19;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149313;STB=0.582225;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0227598;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:23:9:9:10:23:9:9:10 chr3 15492150 . C T 96.72 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0500616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0447;QD=12.48;RBI=0.0509459;REFB=-0.00112316;REVB=0.00945064;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.502758;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215048;OID=.;OPOS=15492150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:11:12:0.387097:7:4:8:10:7:5:8:11 chr3 15492786 . T A 98.51 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0128529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.888;QD=14.0725;RBI=0.0373305;REFB=0.0170527;REVB=-0.035048;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.024468;OID=.;OPOS=15492786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:8:8:4:8:8:8 chr3 15492807 . G A 94.24 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0737853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9551;QD=10.4707;RBI=0.080493;REFB=-0.0282713;REVB=0.032169;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234851;STB=0.64127;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0589108;OID=.;OPOS=15492807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:4:8:11:13:4:8:11:13 chr3 15509327 . C G 244.06 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00484964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.876;QD=13.0164;RBI=0.00676646;REFB=-0.0198011;REVB=-0.00471868;RO=46;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375939;STB=0.698901;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0204209;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:28:29:0.386667:10:18:13:33:11:18:13:33 chr3 15516481 . T C 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0113752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.2634;QD=13.3359;RBI=0.0188859;REFB=0.0067202;REVB=0.0150759;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275815;STB=0.516108;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.00957153;OID=.;OPOS=15516481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:9:15:9:6:9:15 chr3 15548131 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00471385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.548;QD=17.6438;RBI=0.0102983;REFB=0.00567184;REVB=-0.00915607;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00605202;OID=.;OPOS=15548131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr3 15548227 . G A 142.77 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.021196;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.298;QD=13.2811;RBI=0.036483;REFB=-0.00321697;REVB=0.0296941;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345215;STB=0.703437;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00990856;OID=.;OPOS=15548227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:27:15:16:0.372093:11:4:16:12:12:4:15:12 chr3 15643043 . A G 182.85 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.595;QD=43.0229;RBI=0.0395726;REFB=-0.157128;REVB=0.024853;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00239234;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:10:6:0:1:10:6:0:1 chr3 15686776 . T C 101.4 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0530596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.152;QD=5.79423;RBI=0.0626901;REFB=-0.00436478;REVB=0.0333875;RO=54;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263333;STB=0.666444;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.020177;OID=.;OPOS=15686776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:54:54:16:16:0.228571:12:4:24:30:12:4:24:30 chr3 16260985 . G A 389.14 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0758728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2713;QD=29.3688;RBI=0.0852198;REFB=-0.0388212;REVB=0.0388038;RO=16;SAF=9;SAR=27;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893854;STB=0.564668;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0372151;OID=.;OPOS=16260985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:17:36:36:0.679245:27:9:6:10:27:9:7:10 chr3 16305674 . C G 352.45 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3972;QD=52.2149;RBI=0.053256;REFB=-0.119456;REVB=-0.000703535;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00871659;OID=.;OPOS=16305674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr3 16312564 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.718;QD=60.6097;RBI=0.0191713;REFB=0;REVB=0.0128716;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06315e-05;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr3 16327855 . T G 1199.48 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00180566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.725;QD=59.2337;RBI=0.0026466;REFB=-0.0808742;REVB=0.00193497;RO=2;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230796;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000547494;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:2:1:79:80:0.987654:40:39:0:2:41:39:0:1 chr3 16646743 . TCC TC,TCG 223.52 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,16;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524385,-0.00883582;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.61,82.7284;QD=47.0568;RBI=0.0926198,0.0163687;REFB=0,0;REVB=0.0763454,0.0137791;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0291626,0.00502875;OID=.,.;OPOS=16646744,16646745;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:2,16:19:2,17:19:0:2,10:0,7:0:0:5:0:2,10:0,6:0:0 chr3 17051328 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.379;QD=42.1827;RBI=0.0198442;REFB=0;REVB=0.00950728;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41902e-05;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr3 17053499 . A G 357.73 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7241;QD=55.0352;RBI=0.12128;REFB=0;REVB=-0.106651;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00390094;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr3 17741409 . C G 468.9 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960339;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.093;QD=58.6128;RBI=0.0148541;REFB=0;REVB=-0.0113322;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310339;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr3 18055231 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.754;QD=59.8392;RBI=0.0225558;REFB=0;REVB=0.00980476;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143407;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr3 18427924 . G T 964.54 PASS AF=0.92;AO=69;DP=75;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00339868;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=176.466;QD=51.4423;RBI=0.0272533;REFB=-0.0370224;REVB=0.0270406;RO=5;SAF=36;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410003;STB=0.528381;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000212895;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:75:75:5:6:69:69:0.92:33:36:1:4:33:36:1:5 chr3 18459188 . A G 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.022656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.662;QD=8.30729;RBI=0.0270352;REFB=-0.0107563;REVB=0.0147516;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187422;STB=0.615111;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0176199;OID=.;OPOS=18459188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:12:6:4:4:12:6 chr3 20113830 . G A 33.02 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0257018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9255;QD=3.07159;RBI=0.0309664;REFB=-0.00621773;REVB=0.0172723;RO=37;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42358;STB=0.811921;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0381339;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:5:1:19:18:5:1:19:18 chr3 20195180 . A G 43.65 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00791393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.689;QD=5.63192;RBI=0.0155261;REFB=-0.00455189;REVB=0.0133578;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245612;STB=0.586909;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.02053;OID=.;OPOS=20195180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:24:24:6:7:0.225806:4:2:13:11:4:3:13:11 chr3 20212621 . T G 187.0 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00983883;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.5612;QD=11.0001;RBI=0.0484497;REFB=0.00190326;REVB=-0.0474402;RO=43;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230549;STB=0.639311;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00398048;OID=.;OPOS=20212621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:44:24:24:0.352941:10:14:16:27:10:14:16:28 chr3 21462754 . A G 754.14 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00271299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.935;QD=62.8445;RBI=0.020172;REFB=0;REVB=0.0199887;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103229;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:15:32:0:0:16:32:0:0 chr3 21462787 . G A 747.37 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9197;QD=53.3833;RBI=0.0417757;REFB=-0.146596;REVB=0.0403428;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136578;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00613444;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:53:55:0.982143:19:34:1:0:20:35:1:0 chr3 21462880 . A G 317.43 PASS AF=0.636364;AO=26;DP=42;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0102881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.711;QD=28.8573;RBI=0.046744;REFB=-0.0551646;REVB=0.0455978;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342387;STB=0.503309;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.024001;OID=.;OPOS=21462880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:15:16:26:28:0.636364:14:12:7:8:16:12:7:9 chr3 23312442 . C G 83.26 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.04156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.082;QD=10.4078;RBI=0.0470869;REFB=0.00485483;REVB=-0.0221345;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510626;STB=0.818951;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0089415;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:21:21:11:11:0.34375:10:1:9:12:10:1:9:12 chr3 24006477 . T A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0831657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7882;QD=50.4067;RBI=0.0883138;REFB=0;REVB=0.0297119;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406514;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr3 24562877 . G T 743.63 PASS AF=0.695652;AO=60;DP=90;FAO=64;FDP=92;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0117282;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.206;QD=32.3316;RBI=0.014068;REFB=-0.0422901;REVB=0.00776904;RO=26;SAF=15;SAR=45;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420757;STB=0.514921;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0154244;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:26:28:60:64:0.695652:45:15:8:18:46:18:9:19 chr3 25061808 . C G 103.06 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00458626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1653;QD=9.58715;RBI=0.0423005;REFB=-0.00957164;REVB=-0.0420512;RO=29;SAF=10;SAR=3;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243733;STB=0.64079;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0338353;OID=.;OPOS=25061808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:30:13:13:0.302326:3:10:17:12:3:10:18:12 chr3 25393837 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0161739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.343;QD=7.76204;RBI=0.0177734;REFB=-0.0262186;REVB=-0.00736882;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0414642;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:4:9:3:3:4:9 chr3 25393860 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0116065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.319;QD=9.11046;RBI=0.0225321;REFB=-0.00851947;REVB=0.0193127;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153202;STB=0.592808;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0178233;OID=.;OPOS=25393860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:4:12:5:3:4:12 chr3 25639394 . T G 36.31 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0450688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4391;QD=16.1381;RBI=0.0545095;REFB=-0.0514868;REVB=0.030661;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.614989;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0321405;OID=.;OPOS=25639394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:8:9:3:3:5:6:0.666667:2:3:1:2:2:4:1:2 chr3 25671860 . G A 132.89 PASS AF=0.316667;AO=17;DP=58;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0300494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.687;QD=8.85961;RBI=0.0308637;REFB=-0.00149848;REVB=0.00704309;RO=41;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174621;STB=0.595014;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00290721;OID=.;OPOS=25671860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:41:41:17:19:0.316667:10:7:23:18:11:8:23:18 chr3 25679738 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00574531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.217;QD=20.8378;RBI=0.0322171;REFB=0.00986657;REVB=-0.0317007;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.624732;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00446556;OID=.;OPOS=25679738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:4:5:1:4:4:5:1:4 chr3 27204052 . G A 354.28 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000562964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1175;QD=27.7867;RBI=0.0372638;REFB=0.00160713;REVB=0.0372596;RO=17;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702835;STB=0.550531;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000236757;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:18:33:33:0.647059:21:12:8:9:21:12:9:9 chr3 27243045 . G C 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00656454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.144;QD=28.8522;RBI=0.00849954;REFB=-0.0202183;REVB=-0.00539899;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047523;STB=0.502616;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0118458;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:9:7:12:15:9:7 chr3 27296796 . C G 84.76 PASS AF=0.611111;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.024631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8367;QD=18.8366;RBI=0.126958;REFB=-0.0614945;REVB=0.124545;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437433;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0301154;OID=.;OPOS=27296796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:8:7:9:11:0.611111:2:7:2:6:4:7:2:5 chr3 27297816 . G C 235.86 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00198575;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.979;QD=24.8276;RBI=0.00438491;REFB=-0.0143559;REVB=0.0039095;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610537;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0137536;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:10:6:10:12:10:6 chr3 27307155 . C T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0148686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.079;QD=28.5234;RBI=0.0681914;REFB=0.0169051;REVB=-0.0665506;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017146;STB=0.509541;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.00915792;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:3:3:7:8:3:3 chr3 27326097 . G T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0151565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.309;QD=17.9561;RBI=0.0183534;REFB=-0.011333;REVB=-0.0103504;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415896;STB=0.523779;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0131796;OID=.;OPOS=27326097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:11:6:5:11:11:6 chr3 27326193 . C T 121.51 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0315121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8175;QD=15.1887;RBI=0.0641898;REFB=-0.0283246;REVB=-0.0559224;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0336798;OID=.;OPOS=27326193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:11:7:7:7:11:7 chr3 27326451 . A G 102.37 PASS AF=0.6;AO=9;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00563442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9035;QD=20.474;RBI=0.0109642;REFB=-0.0361386;REVB=-0.00940565;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0332339;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:9:12:0.6:6:3:3:5:6:6:3:5 chr3 27332820 . A G 157.98 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00158146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.8;QD=25.2768;RBI=0.0531447;REFB=-0.0177272;REVB=-0.0531212;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179467;STB=0.59988;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00203133;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:2:7:8:8:2:7 chr3 27424718 . A G 755.82 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674697;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1853;QD=57.0433;RBI=0.0763204;REFB=0;REVB=0.0356742;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781949;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr3 28520417 . T A 1151.81 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.293;QD=60.6215;RBI=0.00781523;REFB=0;REVB=0.000741514;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93241e-05;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr3 28533658 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.305;QD=48.7373;RBI=0.0320284;REFB=0;REVB=0.0298106;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122111;OID=.;OPOS=28533658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 30046191 . G T 220.37 PASS AF=0.740741;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00978087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.002;QD=32.6467;RBI=0.0292586;REFB=-0.0055464;REVB=-0.0275753;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477228;STB=0.531567;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0034656;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:19:20:0.740741:10:9:4:3:11:9:4:3 chr3 30713842 . C T 489.55 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00128306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.758;QD=24.7875;RBI=0.002133;REFB=-0.014451;REVB=0.00170394;RO=33;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248668;STB=0.513613;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0100691;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:21:25:19:14:21:25:19:14 chr3 31270258 . T C 651.7 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0527017;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.468;QD=57.9292;RBI=0.0614299;REFB=-0.136758;REVB=0.031562;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.519222;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00262649;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:1:2:43:43:0.955556:25:18:0:1:25:18:0:2 chr3 31705649 . C T 1460.08 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5196;QD=60.8366;RBI=0.064256;REFB=-0.0629553;REVB=0.0393206;RO=1;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129867;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00140694;OID=.;OPOS=31705649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:93:95:0.989583:36:57:0:1:38:57:0:1 chr3 31712393 . C T 744.47 PASS AF=1;AO=38;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.28;QD=62.0394;RBI=0.0231154;REFB=0;REVB=-0.00767643;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60439e-05;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:38:48:1:14:24:0:0:21:27:0:0 chr3 31789582 . T C 142.98 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0429234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.461;QD=10.791;RBI=0.0470513;REFB=-0.0165547;REVB=-0.0192718;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160146;STB=0.509423;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0241207;OID=.;OPOS=31789582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:18:17:9:9:18:17 chr3 31839242 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.219;QD=52.6131;RBI=0.0403594;REFB=0;REVB=0.0243375;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316908;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 32031024 . C T 110.01 PASS AF=0.382353;AO=14;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00272471;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.052;QD=12.9423;RBI=0.05562;REFB=-0.0137007;REVB=0.0555532;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310684;STB=0.673286;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0134075;OID=.;OPOS=32031024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:14:13:0.382353:3:11:11:10:3:10:11:10 chr3 32031135 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00724348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.251;QD=14.6498;RBI=0.013016;REFB=-0.0173028;REVB=0.0108142;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0232773;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:9:9:6:8:10:9 chr3 32032587 . G C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0265163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3358;QD=6.5736;RBI=0.0304649;REFB=0.00103119;REVB=0.0149998;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123829;STB=0.580369;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00504268;OID=.;OPOS=32032587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:7:9:4:2:7:9 chr3 32032743 . T G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000388416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.257;QD=14.1699;RBI=0.0268183;REFB=0.0154254;REVB=-0.0268155;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.590733;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.0125776;OID=.;OPOS=32032743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:8:4:5:5:8:4 chr3 32208621 . T C 124.66 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0031378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.296;QD=17.8091;RBI=0.0117454;REFB=-0.0282833;REVB=0.0113185;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662356;STB=0.537988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0186156;OID=.;OPOS=32208621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:6:8:9:5:6:8 chr3 32209927 . A G 225.29 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0536629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9637;QD=27.308;RBI=0.0542581;REFB=-0.0022248;REVB=0.00801469;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798276;STB=0.504421;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00274348;OID=.;OPOS=32209927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:5:7:12:9:5:7 chr3 32214179 . A T 224.77 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0549251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0099;QD=27.2453;RBI=0.0562341;REFB=0.00816686;REVB=-0.0120627;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326949;STB=0.544867;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00423244;OID=.;OPOS=32214179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:33:10:12:20:21:0.636364:13:7:4:6:13:8:6:6 chr3 32214212 . A C 115.01 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00814852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.698;QD=19.1683;RBI=0.00817536;REFB=-0.0158128;REVB=-0.000661881;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0204281;OID=.;OPOS=32214212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:5:6:10:3:5:6 chr3 32815231 . A T 224.37 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.518;QD=49.8594;RBI=0.0821537;REFB=0;REVB=0.0333401;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957634;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:13:18:1:9:4:0:0:9:9:0:0 chr3 32927509 . G T 752.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.432;QD=62.6987;RBI=0.0751294;REFB=0;REVB=0.0617543;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565138;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr3 33055721 . A G 895.89 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101059;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.385;QD=57.7995;RBI=0.048419;REFB=0;REVB=0.0473526;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940567;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:38:24:0:0 chr3 33118631 . G A 287.57 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0146569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.11;QD=13.5327;RBI=0.0178598;REFB=-0.0291789;REVB=0.0102053;RO=51;SAF=26;SAR=7;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144968;STB=0.579406;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0374047;OID=.;OPOS=33118631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:52:33:33:0.388235:7:26:35:16:7:26:36:16 chr3 33138544 . A G 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.773;QD=63.4744;RBI=0.0682856;REFB=0;REVB=0.0417598;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2253e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr3 33138549 . G A 575.24 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=84;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0259185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1865;QD=24.4781;RBI=0.100921;REFB=-0.0914791;REVB=-0.0975358;RO=31;SAF=23;SAR=30;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562887;STB=0.5195;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0614241;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:94:31:41:53:53:0.56383:30:23:16:15:30:23:16:25 chr3 33155782 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00452571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.95;QD=11.9196;RBI=0.0115183;REFB=-0.00703543;REVB=-0.0105919;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00887983;OID=.;OPOS=33155782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr3 33161898 . C T 128.85 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0114475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.083;QD=8.44903;RBI=0.0413325;REFB=-0.0125311;REVB=-0.0397156;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133176;STB=0.579622;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.028551;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:10:8:24:19:10:8:24:19 chr3 33174156 . T G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0082488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.989;QD=13.456;RBI=0.0429385;REFB=-7.0275e-05;REVB=0.0421387;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105065;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000348403;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:8:7:4:7:8:7 chr3 33174168 . G A 65.33 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00838916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.502;QD=10.8879;RBI=0.0129072;REFB=-0.025433;REVB=0.0098091;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0322619;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:3:6:8:6:3:6:9:6 chr3 33194990 . C A 54.58 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00455807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.4729;QD=9.09642;RBI=0.0117838;REFB=0.0144018;REVB=0.0108666;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577328;STB=0.642474;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00501167;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:12:16:7:8:0.333333:5:2:4:8:6:2:7:9 chr3 33255592 . A G 145.59 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.674;QD=44.7957;RBI=0.0489172;REFB=0;REVB=0.00451456;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932243;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:6:5:0:0:8:5:0:0 chr3 35725250 . C T 1163.17 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0116526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0247;QD=58.1584;RBI=0.0160719;REFB=-0.0186533;REVB=-0.0110691;RO=2;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372466;STB=0.501968;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00208604;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:78:78:0.975:33:45:1:1:33:45:1:1 chr3 35778773 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3278;QD=49.5945;RBI=0.0811282;REFB=0;REVB=0.0394505;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144843;OID=.;OPOS=35778773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:11:5:0:0:12:6:0:0 chr3 35779750 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.51;QD=58.7817;RBI=0.0336778;REFB=0;REVB=0.00252203;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35041e-05;OID=.;OPOS=35779750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr3 36422135 . G A 488.24 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0150747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.882;QD=33.1013;RBI=0.0477826;REFB=-0.0243582;REVB=0.0453423;RO=16;SAF=20;SAR=23;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175631;STB=0.509489;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0124883;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:23:20:8:8:23:20:8:8 chr3 36422216 . T C 388.77 PASS AF=0.679245;AO=32;DP=49;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0360948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.861;QD=29.3411;RBI=0.0361557;REFB=-0.056366;REVB=-0.00209786;RO=17;SAF=9;SAR=23;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546255;STB=0.502843;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0244254;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:17:17:32:36:0.679245:23:9:6:11:23:13:6:11 chr3 36779707 . G A 71.97 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0150297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9309;QD=8.22513;RBI=0.0150331;REFB=0.0107432;REVB=0.000322639;RO=25;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992643;STB=0.560858;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0263633;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:4:6:17:8:4:6:17:8 chr3 36875028 . C T 49.91 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.015507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.881;QD=4.53683;RBI=0.0160755;REFB=-0.0085291;REVB=-0.00423742;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135922;STB=0.59069;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0361997;OID=.;OPOS=36875028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:36:36:8:8:0.181818:4:4:14:22:4:4:14:22 chr3 36897811 . CT C,CC 74.68 PASS AF=0.125,0.875;AO=3,6;DP=9;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589424,0.0354161;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.778,183.997;QD=37.3399;RBI=0.0679904,0.0497831;REFB=0,0;REVB=0.0338894,0.0349865;RO=0;SAF=1,4;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.041201,0.0192256;OID=.,.;OPOS=36897812,36897812;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:3,6:9:1,7:8:0:1,3:0,4:0:0:3:0:1,4:2,2:0:0 chr3 36940741 . G T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.817;QD=55.0986;RBI=0.0233082;REFB=0;REVB=0.00200388;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156824;OID=.;OPOS=36940741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr3 37163039 . G A 252.74 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.394;QD=48.1399;RBI=0.0280159;REFB=0;REVB=0.0256359;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277267;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr3 37535984 . C G 260.48 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249502;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.955;QD=47.3593;RBI=0.0326629;REFB=0;REVB=0.0210797;RO=0;SAF=18;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480576;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:22:0:0:19:22:1:1:18:0:0:1:21:0:0 chr3 37555329 . GC G,GG 161.07 PASS AF=0.785714,0.178571;AO=8,5;DP=26;FAO=22,5;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10,1;FSAR=12,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.366817,0.152892;FXX=0.0666445;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.34209,8.61732;QD=23.0105;RBI=0.408388,0.228053;REFB=-0.0795176,-0.0938711;REVB=0.179516,0.16921;RO=9;SAF=6,1;SAR=2,4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.334694,0;SSEP=0.30137,0;SSSB=0.200579,-0.386659;STB=0.523788,0.66592;STBP=0.306,0.243;TYPE=del,snp;VARB=0.0537996,0.00674313;OID=.,.;OPOS=37555330,37555330;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.785714,0.178571:8,5:26:22,5:28:1:10,1:12,4:1:0:16:9:6,1:2,4:5:4 chr3 37574951 . G A 601.09 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0530061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.654;QD=58.6426;RBI=0.0682207;REFB=0.0132172;REVB=0.0429467;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00132748;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:24:16:1:0:24:16:1:0 chr3 38056069 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0193638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.575;QD=10.4723;RBI=0.036324;REFB=-0.0185195;REVB=0.0307323;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318808;STB=0.690598;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0368959;OID=.;OPOS=38056069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:15:9:8:4:15:9 chr3 38080952 . T G 613.23 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7689;QD=58.4027;RBI=0.110162;REFB=-0.0940929;REVB=0.103898;RO=1;SAF=28;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00444321;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:42:1:0:39:42:1:11:28:1:0:12:30:0:0 chr3 38081031 . A T 390.27 PASS AF=0.629032;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00524583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1944;QD=25.1789;RBI=0.0215252;REFB=-0.0480776;REVB=0.0208762;RO=23;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129643;STB=0.574005;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0321891;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:38:39:0.629032:22:16:14:9:23:16:14:9 chr3 38087123 . T C 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=0.0030533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.481;QD=5.83272;RBI=0.00823526;REFB=-0.00125314;REVB=0.00764833;RO=41;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486977;STB=0.797051;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00922763;OID=.;OPOS=38087123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:4:7:9:32:4:7:9:32 chr3 38125705 . G A 300.12 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0550403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2068;QD=19.0549;RBI=0.0750849;REFB=-0.0260945;REVB=-0.0510716;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142445;STB=0.586154;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0231433;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:17:15:19:11:17:15:20:11 chr3 38151731 . T C 599.9 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0175221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8177;QD=58.5272;RBI=0.0223686;REFB=-0.163235;REVB=-0.0139044;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00366646;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:0:1:16:24:0:1 chr3 38170810 . C G 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.059092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.19;QD=24.293;RBI=0.0593682;REFB=0.00349114;REVB=-0.00572051;RO=12;SAF=15;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360846;STB=0.692086;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.000701846;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:4:15:4:8:4:15:5:8 chr3 38296817 . G A 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00214667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.183;QD=16.2702;RBI=0.0188971;REFB=-0.0226047;REVB=-0.0187748;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211742;STB=0.512179;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0237188;OID=.;OPOS=38296817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:8:10:8:7:8:10 chr3 38347633 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00830691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.774;QD=11.131;RBI=0.0380525;REFB=-0.00691911;REVB=-0.0371347;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466808;STB=0.790488;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0137316;OID=.;OPOS=38347633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:7:10:9:1:7:10 chr3 38347851 . A G 83.91 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0463502;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.897;QD=8.83284;RBI=0.0704322;REFB=-0.0128886;REVB=-0.0530315;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139846;STB=0.586047;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0292781;OID=.;OPOS=38347851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:14:13:4:7:14:13 chr3 38350479 . T C 414.2 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0328375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.975;QD=21.7999;RBI=0.0358156;REFB=-0.00240622;REVB=0.0142988;RO=33;SAF=14;SAR=27;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172125;STB=0.609507;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00229751;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:35:41:41:0.539474:27:14:18:15:27:14:20:15 chr3 38350519 . G A 476.98 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.05032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.94;QD=25.104;RBI=0.0522097;REFB=-0.0188825;REVB=0.0139194;RO=30;SAF=15;SAR=30;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202723;STB=0.605456;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00888826;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:31:45:45:0.592105:30:15:18:12:30:15:18:13 chr3 38350543 . A G 334.87 PASS AF=0.555556;AO=33;DP=61;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0132505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.023;QD=21.2613;RBI=0.0323429;REFB=-0.00500902;REVB=-0.029504;RO=28;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177156;STB=0.605999;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00332958;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:28:28:33:35:0.555556:20:13:17:11:22:13:17:11 chr3 38401839 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=59.0148;RBI=0.0241039;REFB=0;REVB=0.0240759;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50168e-05;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 38406773 . G T 274.01 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.874;QD=52.1929;RBI=0.134607;REFB=0;REVB=0.0845098;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119798;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:10:7:0:0:14:7:0:0 chr3 38408361 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.189;QD=58.1416;RBI=0.0281936;REFB=0;REVB=0.0230893;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02993e-05;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr3 38442490 . G A 160.34 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00680113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.619;QD=26.7229;RBI=0.0143617;REFB=-0.0026484;REVB=0.0126493;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736045;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0020774;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:23:24:7:8:16:16:0.666667:9:7:4:3:9:7:5:3 chr3 38442504 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.016383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.914;QD=9.19977;RBI=0.020439;REFB=-0.0150037;REVB=-0.0122209;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0254896;OID=.;OPOS=38442504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:5:8:2:5:5:8 chr3 38519424 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.554;QD=56.9378;RBI=0.0246037;REFB=0;REVB=0.0188594;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17341e-05;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr3 38524742 . C T 532.14 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00117517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.696;QD=25.6454;RBI=0.00158739;REFB=-0.0306582;REVB=0.00106714;RO=34;SAF=38;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354454;STB=0.695036;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.014283;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:11:38:12:22:11:38:12:22 chr3 38525567 . T C 400.39 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0342806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0283;QD=36.3993;RBI=0.0371035;REFB=-0.0117239;REVB=0.0141956;RO=12;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155979;STB=0.584693;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00497425;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:12:12:32:32:0.727273:18:14:9:3:18:14:9:3 chr3 38525588 . G A 69.86 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00258119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0453;QD=6.65331;RBI=0.0459419;REFB=-0.0027561;REVB=0.0458693;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281799;STB=0.679247;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0152665;OID=.;OPOS=38525588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:3:7:15:17:3:7:15:17 chr3 38529818 . C T 85.62 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0148305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4507;QD=11.8091;RBI=0.0501756;REFB=-0.0119295;REVB=-0.0479338;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129996;STB=0.576788;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0332052;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:12:6:5:6:12:6 chr3 38529825 . C T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0219774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1594;QD=12.9735;RBI=0.0381281;REFB=-0.0280506;REVB=-0.0311568;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891716;STB=0.552241;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0371168;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:12:6:5:7:12:6 chr3 38532511 . G A 310.75 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0191554;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.432;QD=23.4527;RBI=0.0294626;REFB=-0.014902;REVB=-0.0223856;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305136;STB=0.666964;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.01663;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:3:19:14:17:3:19 chr3 38534142 . T A 117.74 PASS AF=1;AO=20;DP=31;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491558;FXX=0.28551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.294;QD=47.097;RBI=0.0503517;REFB=0;REVB=0.0109083;RO=7;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221476;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051895;OID=.;OPOS=38534142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:10:7:0:20:10:1:15:5:2:5:8:2:0:0 chr3 38534144 . T A 42.47 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0242364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.016;QD=5.66308;RBI=0.0242536;REFB=0.00214066;REVB=0.000913193;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164016;STB=0.523743;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.00577159;OID=.;OPOS=38534144;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:29:30:23:23:6:7:0.233333:5:1:6:17:5:2:6:17 chr3 38589666 . T TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 51.77 PASS AF=0.347826;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0123079;FXX=0;HRUN=3;LEN=25;MLLD=414.602;QD=9.00416;RBI=0.0123937;REFB=-0.0212061;REVB=0.00145616;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63221;STB=0.791515;STBP=0.08;TYPE=ins;VARB=0.0261725;OID=.;OPOS=38589667;OREF=-;OALT=CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:5:25:8:23:15:3:5:13:2:51:17:1:4:14:3 chr3 38590358 . C CT 69.1 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00763564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.8744;QD=9.21318;RBI=0.0752576;REFB=-0.00059756;REVB=0.0748692;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647485;STB=0.813408;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.00952376;OID=.;OPOS=38590359;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:30:12:30:18:2:10:12:6:69:18:1:10:12:6 chr3 38592406 . A G 210.0 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0840077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8844;QD=9.76751;RBI=0.0842132;REFB=0.00558071;REVB=-0.00588031;RO=54;SAF=10;SAR=17;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192155;STB=0.585108;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0079013;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:59:27:27:0.313953:17:10:29:25:17:10:29:30 chr3 38622467 . T C 518.49 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1379;QD=59.256;RBI=0.0862152;REFB=0;REVB=0.0645535;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250521;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:1:0:33:35:1:16:17:0:1:18:17:0:0 chr3 38674712 . T C 969.53 PASS AF=0.578616;AO=92;DP=159;FAO=92;FDP=159;FR=.;FRO=67;FSAF=40;FSAR=52;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0152907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.59;QD=24.3907;RBI=0.0206818;REFB=-0.0347763;REVB=0.0139259;RO=67;SAF=40;SAR=52;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079896;STB=0.543445;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0194473;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:67:67:92:92:0.578616:52:40:36:31:52:40:36:31 chr3 38739574 . T C 866.89 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6254;QD=57.7929;RBI=0.0935391;REFB=0;REVB=0.0705403;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130774;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr3 38739845 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.415;QD=53.2745;RBI=0.0590514;REFB=0;REVB=0.0179424;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115339;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr3 38766675 . A G 650.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.403;QD=61.9119;RBI=0.0260457;REFB=0;REVB=0.00680249;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51392e-05;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr3 38802251 . A G 137.5 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8647;QD=39.2856;RBI=0.0282088;REFB=-0.0843848;REVB=-0.0253307;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00783897;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr3 38936134 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.55;QD=60.5471;RBI=0.0231152;REFB=0;REVB=0.0124682;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09327e-05;OID=.;OPOS=38936134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:33:42:0:0:33:42:0:0 chr3 39111140 . C A 605.13 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857223;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7219;QD=60.5131;RBI=0.0239371;REFB=0;REVB=0.0223495;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251207;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr3 39138082 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1417;QD=40.7627;RBI=0.0434015;REFB=0;REVB=-0.0348597;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005089;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 39152345 . G A 767.0 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0423;QD=56.8151;RBI=0.0349917;REFB=0;REVB=0.0267782;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7512e-05;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 39161456 . G A 165.93 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2951;QD=41.4828;RBI=0.0238825;REFB=0.0455829;REVB=0.00202305;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396758;STB=0.521711;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00293096;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:1:0:4:11:1:0 chr3 39161464 . G A 174.79 PASS AF=1;AO=8;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.443;QD=46.6115;RBI=0.0360383;REFB=0;REVB=0.0358866;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00562617;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:8:15:1:3:5:0:0:4:11:0:0 chr3 39185248 . A G 145.18 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2264;QD=44.67;RBI=0.0913283;REFB=0;REVB=-0.0844526;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00201194;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 39188182 . C T 256.45 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00390647;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1111;QD=13.3219;RBI=0.00485402;REFB=0.00581565;REVB=-0.00288114;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00849123;STB=0.504851;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00834229;OID=.;OPOS=39188182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:47:47:30:30:0.38961:17:13:20:27:17:13:20:27 chr3 39227594 . CTG CGTG,GCT 31.44 PASS AF=0.148148,0;AO=12,3;DP=58;FAO=8,0;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0244871,-0.0915241;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,3;MLLD=139.748,42.6419;QD=2.32916;RBI=0.0253075,0.104117;REFB=-0.000601312,0.00206912;REVB=-0.0063914,-0.0496345;RO=42;SAF=3,3;SAR=9,0;SRF=19;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.269237,0.519324;STB=0.856903,0.5;STBP=0.05,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0545907,0;OID=.,.;OPOS=39227595,39227594;OREF=-,CTG;OALT=G,GCT;OMAPALT=CGTG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:58:54:42:46:12,3:8,0:0.148148,0:9,0:3,3:19:23:7,0:1,0:24:22 chr3 39229900 . T C 764.73 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.984;QD=62.4269;RBI=0.0132011;REFB=0;REVB=-0.00241573;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239215;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:29:19:1:0:29:20:0:0 chr3 39323163 . A C 97.91 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0373857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.314;QD=7.12051;RBI=0.0375013;REFB=-0.00746331;REVB=0.0029415;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244913;STB=0.650948;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0262107;OID=.;OPOS=39323163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:23:18:9:5:23:18 chr3 39448424 . T C 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00634665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.682;QD=26.3375;RBI=0.0147025;REFB=-0.0149507;REVB=0.0132622;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119607;STB=0.566606;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0158925;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:17:6:6:9:17:6:6:9 chr3 39449137 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0249725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.175;QD=22.9154;RBI=0.0250103;REFB=0.0200973;REVB=-0.0013746;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00741311;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr3 39453160 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0199922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.969;QD=12.8607;RBI=0.0201919;REFB=-0.0445733;REVB=-0.0028328;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162992;STB=0.599679;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0423732;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:6:2:1:6:6:2 chr3 39541550 . A G 752.75 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11006;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0401;QD=64.0638;RBI=0.110356;REFB=0;REVB=-0.00807663;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268018;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr3 40231882 . AC A,AT 857.34 PASS AF=0.129032,0.870968;AO=10,52;DP=62;FAO=8,54;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=8,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012296,0.0309079;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.4774,56.001;QD=55.312;RBI=0.0145982,0.0544394;REFB=0,0;REVB=0.00786866,0.0448147;RO=0;SAF=0,29;SAR=10,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.84538e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0614781,-0.0034768;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.129032,0.870968:10,52:62:8,54:62:0:0,29:8,25:0:0:31:0:0,29:10,23:0:0 chr3 40286017 . T C 858.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.507;QD=57.202;RBI=0.0269306;REFB=0;REVB=0.0242577;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209274;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:30:26:0:0:30:30:0:0 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 88.91 PASS AF=0,0.324324;AO=3,9;DP=37;FAO=0,12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=0,3;FSAR=0,9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0304097,-0.00107254;FXX=0.0512689;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=97.3788,201.759;QD=9.61141;RBI=0.0322861,0.0201384;REFB=-0.00108365,-0.000591147;REVB=-0.0108463,-0.0201098;RO=22;SAF=0,2;SAR=3,7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.567298,-0.298292;STB=0.5,0.645893;STBP=1,0.245;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.000504099;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.324324:3,9:37:0,12:37:25:0,3:0,9:11:14:89:22:0,2:3,7:10:12 chr3 40351484 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9999;QD=49.5971;RBI=0.161148;REFB=0;REVB=0.0423343;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650074;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr3 40435890 . A G 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.175425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.831;QD=11.017;RBI=0.175851;REFB=0.0121806;REVB=0.012234;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573303;STB=0.832537;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00471826;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:0:8:2:4:0:8 chr3 40468896 . C T 425.59 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00515109;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.715;QD=32.1197;RBI=0.011169;REFB=-0.00259429;REVB=-0.00991019;RO=15;SAF=17;SAR=21;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965908;STB=0.552257;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000835708;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:38:38:0.716981:21:17:4:11:21:17:4:11 chr3 40499182 . C T 282.97 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0508609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4949;QD=14.8931;RBI=0.0519602;REFB=-0.00566253;REVB=0.0106318;RO=43;SAF=10;SAR=22;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142631;STB=0.589228;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00915229;OID=.;OPOS=40499182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:32:32:0.421053:22:10:19:24:22:10:20:24 chr3 40519429 . T C 145.11 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.5865;QD=44.6497;RBI=0.101974;REFB=0;REVB=-0.0797772;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000741086;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:9:2:0:0:9:4:0:0 chr3 40558150 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00969034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.212;QD=11.1047;RBI=0.0202804;REFB=-0.022279;REVB=0.0178154;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447606;STB=0.761316;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00982494;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:1:9:3:4:1:9 chr3 40559078 . G C 88.02 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0304044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.048;QD=14.0824;RBI=0.0346916;REFB=0.00693123;REVB=0.0167056;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312947;STB=0.680555;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0048557;OID=.;OPOS=40559078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:11:3:6:5:11:3 chr3 40573556 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00884482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.663;QD=14.3341;RBI=0.0392608;REFB=-0.0128731;REVB=0.0382515;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00846666;OID=.;OPOS=40573556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:7:3:2:7:7:3 chr3 40573744 . A G 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0825038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8129;QD=11.5954;RBI=0.0837225;REFB=-0.0284657;REVB=0.0142328;RO=21;SAF=1;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643438;STB=0.889446;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0511348;OID=.;OPOS=40573744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:11:1:13:8:11:1:13:8 chr3 41756965 . C T 143.25 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0126224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.151;QD=14.6925;RBI=0.0126344;REFB=-0.0126167;REVB=-0.000549411;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.562834;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0123114;OID=.;OPOS=41756965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:12:11:6:10:12:11 chr3 41756986 . A T 164.99 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0111641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.24;QD=15.3479;RBI=0.028764;REFB=0.00557593;REVB=0.0265091;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511615;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0076904;OID=.;OPOS=41756986;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:9:9:12:12:9:9:13:12 chr3 41841716 . A C 483.08 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00281509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7187;QD=58.555;RBI=0.00740373;REFB=0;REVB=0.00684767;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4294e-05;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr3 41877414 . T C 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0410568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.311;QD=4.92228;RBI=0.0440819;REFB=-0.0049357;REVB=-0.0160486;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355577;STB=0.523749;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0241928;OID=.;OPOS=41877414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:6:2:9:24:6:2:9:24 chr3 41910571 . T C 475.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9554;QD=57.6254;RBI=0.106325;REFB=0;REVB=0.0147044;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014354;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:22:9:0:0:22:11:0:0 chr3 41925398 . C T 194.88 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00703083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.414;QD=17.3224;RBI=0.0282496;REFB=-0.0178662;REVB=-0.0273607;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250896;STB=0.5;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0262957;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:12:8:9:15:12:8:10:15 chr3 41925423 . T A,C 573.78 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=2,36;DP=39;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366726,0.0183893;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.8179,84.5381;QD=58.8487;RBI=0.0396371,0.0464844;REFB=0,0;REVB=0.0150406,0.0426923;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.21415e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0794511,0.00926595;OID=.,.;OPOS=41925423,41925423;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:39:39:0:0:2,36:2,37:0.0512821,0.948718:1,23:1,13:0:0:1,24:1,13:0:0 chr3 41937000 . C T 303.18 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000486391;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.44;QD=37.8971;RBI=0.00135568;REFB=0.00108425;REVB=0.00126543;RO=7;SAF=14;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110146;STB=0.559952;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00046285;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:33:32:7:7:25:25:0.78125:11:14:2:5:11:14:2:5 chr3 41939993 . T A 493.13 PASS AF=1;AO=20;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9046;QD=54.7918;RBI=0.0493521;REFB=0;REVB=0.00860801;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150306;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:20:36:1:10:10:0:0:21:15:0:0 chr3 41942255 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0374193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.269;QD=11.8143;RBI=0.0419626;REFB=-0.000605187;REVB=0.0189911;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111318;STB=0.565857;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000864312;OID=.;OPOS=41942255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:10:13:6:7:10:13 chr3 41957466 . T G 114.01 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00890768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.275;QD=18.2412;RBI=0.0518782;REFB=-0.00423027;REVB=0.0511078;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017866;STB=0.526276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00578919;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:5:8:7:4:5:8:8:4 chr3 41960006 . T C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0312995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.101;QD=15.8385;RBI=0.0647905;REFB=-0.0179636;REVB=0.0567288;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0225635;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:3:4:6:2:3:4 chr3 41996136 . T C 364.98 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0153693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.747;QD=33.9516;RBI=0.0195618;REFB=-0.0166916;REVB=0.0121017;RO=13;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398271;STB=0.521725;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00575886;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:16:14:7:6:16:14:7:6 chr3 42236415 . A G 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0145;QD=56.1853;RBI=0.0556238;REFB=0;REVB=-0.0524953;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001131;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr3 42244321 . G A 1214.98 PASS AF=0.942529;AO=81;DP=86;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0194956;FXX=0.0333296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.813;QD=55.8611;RBI=0.0480862;REFB=-0.122189;REVB=0.0439569;RO=4;SAF=38;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196011;STB=0.503665;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00131252;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:86:87:4:5:81:82:0.942529:43:38:1:3:44:38:2:3 chr3 42251263 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.538;QD=35.5759;RBI=0.00151791;REFB=0;REVB=-0.000940248;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27786e-06;OID=.;OPOS=42251263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr3 42251329 . C T 453.7 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00818385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.971;QD=54.9942;RBI=0.0122853;REFB=-0.0741854;REVB=0.00916257;RO=1;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00449781;OID=.;OPOS=42251329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:11:21:0:1:11:21:0:1 chr3 42304784 . A G 523.19 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6742;QD=58.1322;RBI=0.0321776;REFB=0;REVB=-0.0320663;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484303;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:14:20:0:0:14:22:0:0 chr3 42568929 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.801;QD=46.848;RBI=0.0436338;REFB=0;REVB=0.000873905;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000702956;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr3 42599091 . G A 239.14 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.144;QD=50.3448;RBI=0.0198552;REFB=0;REVB=0.0169078;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22916e-05;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr3 42610374 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.036;QD=53.9112;RBI=0.0516568;REFB=0;REVB=0.0458909;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275977;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr3 42610515 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.002;QD=44.0922;RBI=0.0562575;REFB=-0.0462827;REVB=0.0254569;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366754;STB=0.519977;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00187257;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:12:5:0:1:12:5:0:1 chr3 42700456 . C T 674.03 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0134104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.225;QD=52.8653;RBI=0.025444;REFB=-0.0288197;REVB=0.0216231;RO=1;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140498;STB=0.5147;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.000302343;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:51:51:1:2:49:49:0.960784:16:33:1:0:16:33:2:0 chr3 42700630 . A G 988.04 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.511;QD=58.9873;RBI=0.0255809;REFB=0;REVB=-0.0223955;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35662e-05;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:32:34:0:0:33:34:0:0 chr3 42728144 . A C,G 585.64 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=2,37;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126152,0.0140514;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.1871,134.656;QD=60.0657;RBI=0.0505923,0.0140518;REFB=0,0;REVB=-0.0489942,-0.000113052;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.198484,-0.000601804;OID=.,.;OPOS=42728144,42728144;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:2,37:1,38:0.025641,0.974359:2,20:0,17:0:0:1,21:0,17:0:0 chr3 42733468 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.933;QD=53.2765;RBI=0.107127;REFB=0;REVB=0.0358739;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612368;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr3 42735274 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.275;QD=43.4861;RBI=0.036625;REFB=0;REVB=-0.0160105;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135232;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr3 42751187 . C T 248.28 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00224498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8078;QD=13.9877;RBI=0.0376199;REFB=-0.00759278;REVB=-0.0375529;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342804;STB=0.684981;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0122548;OID=.;OPOS=42751187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:29:29:0.408451:17:12:31:10:17:12:31:11 chr3 42787469 . A G 139.9 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0344667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8277;QD=20.7253;RBI=0.0692954;REFB=0.0100382;REVB=-0.0601156;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232282;STB=0.615227;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.00903814;OID=.;OPOS=42787469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:12:15:15:0.555556:5:10:4:7:5:10:5:7 chr3 42788823 . C A 251.68 PASS AF=0.621622;AO=21;DP=35;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0862326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2864;QD=27.2091;RBI=0.0865119;REFB=-0.0805986;REVB=0.00694525;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683667;STB=0.518852;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0361741;OID=.;OPOS=42788823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:14:14:21:23:0.621622:11:10:8:6:11:12:8:6 chr3 42917047 . A G 763.14 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.902;QD=56.5288;RBI=0.0428797;REFB=0;REVB=0.0389052;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129008;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:48:54:1:29:19:0:0:34:20:0:0 chr3 42956273 . T C 123.03 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00256935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1614;QD=37.8546;RBI=0.0402445;REFB=-0.177075;REVB=0.0401624;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0109093;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:0:1:7:5:0:1 chr3 43073761 . G A 81.07 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00765945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2279;QD=18.0155;RBI=0.0133669;REFB=-0.0504696;REVB=0.0109548;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283851;STB=0.666296;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0325997;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:4:4:2:8:4:4 chr3 43074871 . A G 1477.87 PASS AF=1;AO=90;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126828;FXX=0.0408122;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.143;QD=62.8883;RBI=0.0132946;REFB=0;REVB=0.00398665;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330267;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:90:94:1:48:42:0:0:50:44:0:0 chr3 43095245 . A G 166.47 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0299216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.244;QD=31.7081;RBI=0.0300455;REFB=-0.00301556;REVB=0.00272575;RO=5;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182147;STB=0.599885;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0005123;OID=.;OPOS=43095245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:10:6:0:5:10:6:0:5 chr3 43097710 . A G 675.75 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.164;QD=60.0668;RBI=0.0288244;REFB=-0.0311654;REVB=0.00173355;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177216;STB=0.509087;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=5.23861e-05;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:1:1:43:44:0.977778:17:26:1:0:17:27:1:0 chr3 43121559 . C T 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0144454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.81;QD=12.4822;RBI=0.0312206;REFB=0.00289712;REVB=0.0276778;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141414;STB=0.567454;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00688977;OID=.;OPOS=43121559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:10:8:7:5:10:9 chr3 43121694 . A AC 54.28 PASS AF=0.206897;AO=21;DP=92;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0598895;FXX=0.0224694;HRUN=0;LEN=1;MLLD=21.1032;QD=2.49545;RBI=0.0709016;REFB=-0.0388341;REVB=-0.0379511;RO=65;SAF=8;SAR=13;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102027;STB=0.721186;STBP=0.046;TYPE=ins;VARB=0.0974375;OID=.;OPOS=43121695;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:21:92:18:87:69:4:14:33:36:54:65:8:13:30:35 chr3 43122966 . G A 212.79 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.106397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5471;QD=20.2659;RBI=0.108974;REFB=-0.000623517;REVB=0.0235579;RO=21;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217296;STB=0.622831;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00328425;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:7:14:9:12:7:14:9:12 chr3 43414318 . A G 883.42 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.353;QD=57.9292;RBI=0.0717531;REFB=0;REVB=0.0301629;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134338;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:36:22:0:0:37:24:0:0 chr3 43602803 . C T 340.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9547;QD=54.4873;RBI=0.0607407;REFB=0;REVB=-0.0399272;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9632e-05;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr3 43607136 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220374;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.611;QD=40.7629;RBI=0.0135502;REFB=0;REVB=-0.0133698;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63625e-05;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 44283808 . C A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.157;QD=60.6095;RBI=0.0541018;REFB=0;REVB=0.052283;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64299e-05;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr3 44284584 . G A 450.46 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000593777;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.698;QD=58.1243;RBI=0.00139526;REFB=0;REVB=-0.0012626;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105296;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr3 44540790 . TTTC T,TT,TTTT 563.12 PASS AF=0,0.930233,0;AO=5,30,4;DP=44;FAO=0,40,0;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=0,22,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.022076,0.00348493,-0.0271231;FXX=0.0227221;HRUN=5,5,1;LEN=3,2,1;MLLD=255.661,267.844,246.835;QD=52.3835;RBI=0.0220804,0.00485863,0.0283148;REFB=-0.00202161,-0.00397135,-0.00341602;REVB=-0.000439233,0.0033855,0.00812827;RO=0;SAF=0,18,2;SAR=5,12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.538442,0.5;STBP=1,0.076,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.000690155,0;OID=.,.,.;OPOS=44540791,44540792,44540793;OREF=TTC,TC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.930233,0:5,30,4:44:0,40,0:43:3:0,22,0:0,18,0:0:3:14:0:0,18,2:5,12,2:0:0 chr3 44612050 . C T 268.77 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.182103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.76;QD=51.1935;RBI=0.182271;REFB=0;REVB=0.0078212;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217472;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:14:5:0:0:14:7:0:0 chr3 44692564 . C G 920.0 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7198;QD=58.4126;RBI=0.0424021;REFB=0;REVB=0.0359773;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569743;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:26:36:0:0:26:37:0:0 chr3 44763037 . A C 145.95 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.969;QD=41.6997;RBI=0.0470309;REFB=0;REVB=0.00735041;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461001;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:1:0:13:14:1:4:9:1:0:4:10:0:0 chr3 44775962 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00390915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.712;QD=46.0585;RBI=0.0188025;REFB=-0.111942;REVB=0.0183916;RO=1;SAF=15;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297028;STB=0.516112;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00331002;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:4:15:1:0:4:15:1:0 chr3 44777795 . CT TC 107.06 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00597775;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=192.541;QD=35.6864;RBI=0.0596415;REFB=0.0499779;REVB=0.0593412;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=mnp;VARB=-0.000259719;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:2:8:1:0:3:8:1:0 chr3 44869026 . A T 1418.87 PASS AF=0.935185;AO=101;DP=108;FAO=101;FDP=108;FR=.;FRO=7;FSAF=41;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0618758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7449;QD=52.5509;RBI=0.0811154;REFB=-0.100712;REVB=0.0524508;RO=2;SAF=41;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00358884;STB=0.50152;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00760368;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:108:108:2:7:101:101:0.935185:60:41:1:1:60:41:3:4 chr3 44884647 . C A 773.03 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000215235;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.224;QD=57.2614;RBI=0.0165836;REFB=0;REVB=0.0165822;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73052e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr3 44929287 . G C 595.05 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.195;QD=61.0303;RBI=0.0439763;REFB=0;REVB=0.0436046;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623431;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr3 44943069 . C T 250.04 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.173;QD=47.6265;RBI=0.0261356;REFB=-0.0628318;REVB=0.00182292;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619501;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:21:1:0:20:21:1:6:14:0:1:7:14:0:0 chr3 44943389 . G A 406.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1882;QD=56.0166;RBI=0.11059;REFB=0;REVB=0.106227;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010764;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr3 44948479 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00507437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.103;QD=56.0118;RBI=0.0125793;REFB=-0.11205;REVB=0.0115104;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00157673;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:14:20:0:0:14:20:0:1 chr3 44948590 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.517;QD=63.2867;RBI=0.00995148;REFB=0;REVB=0.00913945;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80114e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr3 45052775 . G C 990.4 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000908325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.727;QD=59.1282;RBI=0.0220065;REFB=0;REVB=0.0219877;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68377e-05;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr3 45077123 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.003;QD=53.3627;RBI=0.0472121;REFB=-0.0650232;REVB=0.0316464;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618951;STB=0.529391;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000694599;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:7:21:0:1:8:21:0:1 chr3 45127515 . T C 593.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6511;QD=60.921;RBI=0.120861;REFB=0;REVB=0.0830009;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233102;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:21:18:0:0 chr3 45134822 . T C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.468;QD=64.4147;RBI=0.0157045;REFB=0;REVB=-0.0130425;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1169e-06;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr3 45527218 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.718;QD=61.6834;RBI=0.0491825;REFB=0;REVB=0.0490827;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019218;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr3 45533224 . GT AT,TC 705.1 PASS AF=0.96,0.04;AO=47,2;DP=51;FAO=48,2;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439135,-0.00485814;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=150.727,121.178;QD=56.4082;RBI=0.0449134,0.0049381;REFB=0,0;REVB=0.00942454,0.000885014;RO=0;SAF=27,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00250241,0.0974354;OID=.,.;OPOS=45533224,45533224;OREF=G,GT;OALT=A,TC;OMAPALT=AT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:50:0:0:47,2:48,2:0.96,0.04:20,0:27,2:0:0:20,0:28,2:0:0 chr3 45559519 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.667;QD=61.3322;RBI=0.0276617;REFB=0;REVB=0.0262382;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23171e-05;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:27:12:0:0:28:12:0:0 chr3 45565554 . A G 1170.3 PASS AF=0.975;AO=78;DP=82;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0857991;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.792;QD=58.5152;RBI=0.0864979;REFB=-0.00343485;REVB=-0.0109721;RO=2;SAF=30;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575676;STB=0.503042;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.000155912;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:80:2:2:78:78:0.975:48:30:1:1:48:30:1:1 chr3 45637253 . C T 224.25 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0073705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.839;QD=42.7144;RBI=0.0146563;REFB=0.0492365;REVB=0.0126682;RO=2;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22684;STB=0.624851;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.000477205;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:16:3:2:0:16:3:2:0 chr3 45637439 . T C 2368.07 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.414;QD=64.002;RBI=0.0492688;REFB=0;REVB=0.0414144;RO=0;SAF=75;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34972e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:134:148:0:0:134:148:1:59:75:0:0:73:75:0:0 chr3 45754685 . A G 46.87 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0167271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.814;QD=10.4157;RBI=0.0170991;REFB=-0.00401817;REVB=-0.00354694;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.756881;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00479734;OID=.;OPOS=45754685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:8:3:5:2:8:3 chr3 45779136 . A T 56.93 PASS AF=0.219512;AO=7;DP=39;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00282096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.624;QD=5.55456;RBI=0.0501978;REFB=0.000178613;REVB=0.0501185;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123038;STB=0.519083;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=1.59941e-05;OID=.;OPOS=45779136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:39:41:32:32:7:9:0.219512:3:4:15:17:5:4:15:17 chr3 45784417 . T C 134.25 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0187588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.926;QD=16.2723;RBI=0.0188693;REFB=-0.0195366;REVB=0.00203928;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292343;STB=0.669327;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0153984;OID=.;OPOS=45784417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:10:8:11:4:10:8 chr3 45799922 . T C 77.71 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0262505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4698;QD=14.1293;RBI=0.0533141;REFB=-0.0148783;REVB=0.0464037;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198747;STB=0.617401;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0262548;OID=.;OPOS=45799922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:6:6:3:7:6:6 chr3 45811713 . C T 825.93 PASS AF=0.675926;AO=72;DP=108;FAO=73;FDP=108;FR=.;FRO=35;FSAF=55;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00276807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.66;QD=30.5899;RBI=0.0106427;REFB=-0.0282659;REVB=-0.0102764;RO=35;SAF=54;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2089;STB=0.614213;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0111351;OID=.;OPOS=45811713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:35:35:72:73:0.675926:18:54:16:19:18:55:16:19 chr3 45811740 . C T 671.69 PASS AF=0.651685;AO=56;DP=88;FAO=58;FDP=89;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0126469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.736;QD=30.1882;RBI=0.0418846;REFB=-0.0248767;REVB=-0.0399297;RO=31;SAF=43;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289436;STB=0.639214;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00424368;OID=.;OPOS=45811740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:31:31:56:58:0.651685:13:43:12:19:15:43:12:19 chr3 45817418 . A G 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.00181941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.847;QD=9.14883;RBI=0.0324395;REFB=-0.0157072;REVB=-0.0323885;RO=40;SAF=15;SAR=3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286568;STB=0.674381;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0442767;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:3:15:26:14:3:15:26:14 chr3 45821537 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.000385429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3514;QD=24.1913;RBI=0.0789226;REFB=-0.016637;REVB=0.0789216;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147396;STB=0.583194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0259805;OID=.;OPOS=45821537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:4:2:7:5:4:2 chr3 45869972 . C T 219.22 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00154686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1141;QD=17.5373;RBI=0.0159337;REFB=-0.0082529;REVB=-0.0158585;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10549;STB=0.559946;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.009481;OID=.;OPOS=45869972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:11:11:11:17:11:11:11:17 chr3 45957055 . G A 346.19 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0359074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.565;QD=32.2037;RBI=0.0371506;REFB=-0.014657;REVB=0.00953024;RO=14;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522956;STB=0.528622;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00654546;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:17:12:7:7:17:12:7:7 chr3 45959515 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.111;QD=55.6559;RBI=0.0303384;REFB=0;REVB=-0.018734;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14108e-05;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr3 45959759 . T C 362.55 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=40;FAO=28;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0461172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.563;QD=34.5282;RBI=0.0493325;REFB=-0.0505173;REVB=-0.0175185;RO=12;SAF=3;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279718;STB=0.546184;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0366582;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:42:12:12:21:28:0.666667:18:3:5:7:20:8:5:7 chr3 45989044 . T G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0143459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.267;QD=21.7443;RBI=0.0399529;REFB=-0.00642675;REVB=0.0372885;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101941;STB=0.557303;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00723204;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:8:3:6:9:8:3 chr3 45996761 . G A 1434.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.364;QD=63.051;RBI=0.00864716;REFB=0;REVB=-0.00330306;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47355e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:46:45:0:0:46:45:0:0 chr3 46007909 . C T 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0432807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6829;QD=11.2536;RBI=0.0837477;REFB=-0.0360746;REVB=-0.071697;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0695687;OID=.;OPOS=46007909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:11:12:8:8:0.4:3:5:7:4:3:5:7:5 chr3 46008790 . G A 406.26 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0816529;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5618;QD=30.6611;RBI=0.0837653;REFB=-0.050112;REVB=0.0186932;RO=16;SAF=15;SAR=22;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914325;STB=0.549543;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.023328;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:16:16:37:37:0.698113:22:15:4:12:22:15:4:12 chr3 46009491 . C T 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0104475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.532;QD=6.30278;RBI=0.0334718;REFB=-0.00204007;REVB=-0.0317996;RO=41;SAF=7;SAR=5;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129881;STB=0.581267;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00790256;OID=.;OPOS=46009491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:5:7:28:13:5:7:28:13 chr3 46009864 . C G 435.54 PASS AF=0.729167;AO=33;DP=46;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0485155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7305;QD=36.2947;RBI=0.0782089;REFB=-0.0539252;REVB=0.0613422;RO=13;SAF=26;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217319;STB=0.622145;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0351851;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:13:13:33:35:0.729167:7:26:6:7:7:28:6:7 chr3 46010077 . C T 695.96 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.381;QD=60.5185;RBI=0.0255445;REFB=-0.13953;REVB=0.00777676;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025391;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00137187;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:27:18:1:0:27:18:1:0 chr3 46010113 . T G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0242196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.372;QD=9.10001;RBI=0.0367126;REFB=-0.0141056;REVB=-0.0275903;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.659988;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0492515;OID=.;OPOS=46010113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:7:2:6:11:7:2:8:11 chr3 46021218 . G T 435.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.336;QD=56.2355;RBI=0.0315758;REFB=0;REVB=0.030455;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775097;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr3 46063329 . T C 95.06 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0181732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3818;QD=16.5324;RBI=0.0366309;REFB=-0.0210356;REVB=0.031805;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0405243;OID=.;OPOS=46063329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:11:12:0.521739:6:5:4:7:6:6:4:7 chr3 46399798 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0140714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.501;QD=19.9758;RBI=0.0149609;REFB=-0.0126127;REVB=-0.00508177;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132146;STB=0.574553;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0236904;OID=.;OPOS=46399798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:8:12:9:11:8:12 chr3 46416470 . G T 385.21 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0687956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2756;QD=48.1512;RBI=0.0754087;REFB=-0.0449141;REVB=0.030881;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581366;STB=0.545424;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0368064;OID=.;OPOS=46416470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:2:3:29:29:0.90625:15:14:0:2:15:14:0:3 chr3 46417311 . TG T,TT 188.94 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,14;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273458,0.0265372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.255,170.247;QD=47.2361;RBI=0.085854,0.0585145;REFB=0,0;REVB=0.0813825,0.0521509;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0206051,0.00547941;OID=.,.;OPOS=46417312,46417312;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:2,14:16:1,15:16:0:1,8:0,7:0:0:5:0:2,7:0,7:0:0 chr3 46449978 . A C,T 547.7 PASS AF=0.829268,0.121951;AO=34,4;DP=40;FAO=34,5;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=13,5;FSAR=21,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00454566,-0.0108213;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=130.356,52.8091;QD=53.4344;RBI=0.0410045,0.0216725;REFB=0.0488697,0.00572346;REVB=0.0407517,0.0187776;RO=2;SAF=13,4;SAR=21,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0666239,0;STB=0.535693,0.5;STBP=0.124,1;TYPE=snp,snp;VARB=-4.12227e-05,-0.0078379;OID=.,.;OPOS=46449978,46449978;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:40:41:2:2:34,4:34,5:0.829268,0.121951:21,0:13,4:2:0:21,0:13,5:2:0 chr3 46450070 . T A 283.02 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316788;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.407;QD=49.221;RBI=0.0365412;REFB=-0.0635046;REVB=0.018213;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00515298;OID=.;OPOS=46450070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:0:1:11:11:0:1 chr3 46480801 . A G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0107692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.202;QD=36.4505;RBI=0.0437759;REFB=-0.0492027;REVB=0.0424305;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869632;STB=0.547884;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00730458;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:6:10:1:2:6:10:1:2 chr3 46480958 . C G 52.59 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0144033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.466;QD=6.78596;RBI=0.0684206;REFB=-0.0338599;REVB=-0.0668874;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723403;STB=0.546101;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0485715;OID=.;OPOS=46480958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:10:13:5:3:10:13 chr3 46484964 . G A 676.66 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060175;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8616;QD=61.5145;RBI=0.072696;REFB=0;REVB=0.0407883;RO=1;SAF=8;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161687;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:37:44:1:29:8:1:0:30:14:0:0 chr3 46484965 . T A 40.78 PASS AF=0.152174;AO=6;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.01;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5184;QD=3.54624;RBI=0.0300265;REFB=-0.039148;REVB=0.0283124;RO=39;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.772497;STB=0.931222;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0396961;OID=.;OPOS=46484965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:46:39:39:6:7:0.152174:0:6:8:31:1:6:8:31 chr3 46501213 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.523;QD=62.3509;RBI=0.046988;REFB=0;REVB=0.00442406;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123553;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr3 46501268 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0271197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.164;QD=12.024;RBI=0.0274664;REFB=-0.010171;REVB=-0.00435066;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735466;STB=0.543407;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0134907;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:7:13:7:5:7:13 chr3 46501284 . C CCTT 255.28 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.8903e-05;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=3;MLLD=222.492;QD=51.0553;RBI=0.000949783;REFB=0;REVB=0.000948986;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000589691;OID=.;OPOS=46501285;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:24:20:20:0:9:11:0:0:3:5:8:11:2:3 chr3 46580591 . G T 108.76 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0193628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4807;QD=18.9139;RBI=0.0193998;REFB=-0.00929287;REVB=0.00119676;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.526986;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0190888;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:12:13:0.565217:6:6:5:4:6:7:6:4 chr3 46620614 . T C 595.66 PASS AF=0.650602;AO=52;DP=82;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0130018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1951;QD=28.7063;RBI=0.0711977;REFB=0.0429707;REVB=0.0700005;RO=29;SAF=15;SAR=37;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236699;STB=0.63176;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00708919;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:29:29:52:54:0.650602:37:15:18:11:39:15:18:11 chr3 46654132 . G A 321.29 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0088276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.397;QD=18.8994;RBI=0.0142334;REFB=-0.021189;REVB=0.0111653;RO=34;SAF=25;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333708;STB=0.686698;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0119271;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:9:25:13:21:9:25:13:21 chr3 46658737 . A G 726.1 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143917;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7226;QD=59.2737;RBI=0.108462;REFB=-0.0886198;REVB=0.107503;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0118367;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:0:1:46:48:0.979592:24:22:0:0:26:22:0:1 chr3 46713457 . C G 459.67 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0361375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5204;QD=32.2573;RBI=0.0480893;REFB=0.0906488;REVB=0.0317279;RO=16;SAF=16;SAR=25;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589074;STB=0.531899;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0333153;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:16:16:41:41:0.719298:25:16:8:8:25:16:8:8 chr3 46714821 . C G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.000135099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.364;QD=12.329;RBI=0.00750973;REFB=-0.0372853;REVB=-0.00750851;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235598;STB=0.637358;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0491742;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:4:13:6:5:4:13 chr3 46722692 . G T 401.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00197258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6802;QD=55.3478;RBI=0.037065;REFB=0;REVB=0.0370125;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192369;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr3 46729757 . C G 266.29 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0186284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8183;QD=28.0306;RBI=0.0567945;REFB=-0.0214481;REVB=0.0536525;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565342;STB=0.531224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.014307;OID=.;OPOS=46729757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:7:7:14:10:7:7 chr3 46755937 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00626009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.261;QD=24.1264;RBI=0.00982009;REFB=-0.0122949;REVB=0.00756607;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.578852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00769121;OID=.;OPOS=46755937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:6:5:11:6:6:5 chr3 46759010 . T G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.010323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.435;QD=14.1699;RBI=0.0128247;REFB=-0.00839534;REVB=-0.00760981;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294979;STB=0.533269;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0121894;OID=.;OPOS=46759010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:3:7:8:3:3:7:9:3 chr3 46775322 . A G 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0466785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.401;QD=18.6419;RBI=0.0469792;REFB=9.22817e-05;REVB=0.00530622;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128942;STB=0.507241;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.000235416;OID=.;OPOS=46775322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:8:18:17:8:8:18 chr3 46775326 . C G 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0125076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.082;QD=20.0309;RBI=0.0208348;REFB=-0.0388699;REVB=-0.0166629;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128799;STB=0.509992;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0211817;OID=.;OPOS=46775326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:17:7:7:18:17:7:8:18 chr3 46775383 . A G 202.91 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0288669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5371;QD=21.9358;RBI=0.0762431;REFB=0.0154661;REVB=-0.0705671;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264095;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0152108;OID=.;OPOS=46775383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:6:11:13:7:6:11 chr3 46775608 . A G 318.4 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.022779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.897;QD=23.1565;RBI=0.0403026;REFB=-0.0110222;REVB=0.0332479;RO=23;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081517;STB=0.544995;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00795682;OID=.;OPOS=46775608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:12:20:12:11:12:20:12:11 chr3 46777881 . C G 55.74 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0128932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.203;QD=11.735;RBI=0.0128981;REFB=-0.00499749;REVB=-0.000353077;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491325;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0462136;OID=.;OPOS=46777881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:5:6:1:7:5:6 chr3 46777885 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.077075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.518;QD=14.334;RBI=0.0771035;REFB=-0.011185;REVB=0.00209654;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496201;STB=0.822687;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0161135;OID=.;OPOS=46777885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:10:9:9:0.473684:1:8:4:5:1:8:4:6 chr3 46933960 . C G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00963379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.633;QD=27.8594;RBI=0.0154382;REFB=-0.0333927;REVB=0.0120635;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545239;STB=0.53035;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0251712;OID=.;OPOS=46933960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:5:12:5:3:5:12:5:3 chr3 46939406 . G A 192.72 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0342587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3334;QD=24.0897;RBI=0.0806723;REFB=-0.0290343;REVB=0.0730367;RO=14;SAF=5;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738679;STB=0.503813;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0270831;OID=.;OPOS=46939406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:13:18:19:0.59375:13:5:5:9:13:6:4:9 chr3 46944274 . T C 187.77 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0150583;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0537;QD=35.7648;RBI=0.0368522;REFB=0.0105199;REVB=-0.0336353;RO=4;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165813;STB=0.590807;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00363707;OID=.;OPOS=46944274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:21:4:4:17:17:0.809524:8:9:4:0:8:9:4:0 chr3 47018214 . T C 638.62 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968546;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.046;QD=62.3042;RBI=0.0114218;REFB=0;REVB=0.00605392;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170483;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr3 47033985 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCG 44.83 PASS AF=0.0769231,0.0641026;AO=11,8;DP=83;FAO=6,5;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=2,2;FSAR=4,3;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=-0.077993,-0.129024;FXX=0.0602337;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=33.7074,22.0191;QD=2.29878;RBI=0.0867416,0.139456;REFB=0.000536321,-0.00108198;REVB=-0.0379629,0.0529231;RO=40;SAF=4,5;SAR=7,3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.339633,-0.0328684;STB=0.802479,0.760811;STBP=0.181,0.329;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0393736,0.0217034;OID=.,.;OPOS=47033985,47033991;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:83:78:40:67:11,8:6,5:0.0769231,0.0641026:7,3:4,5:26:14:4,3:2,2:47:20 chr3 47033993 . AG AC,A,GA 53.71 PASS AF=0,0.22093,0.0232558;AO=5,23,8;DP=87;FAO=0,19,2;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=0,5,0;FSAR=0,14,2;FSRF=48;FSRR=17;FWDB=-0.0183237,-0.0891869,-0.0800109;FXX=0.0114929;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=60.5964,10.1969,21.6254;QD=2.49828;RBI=0.0203248,0.0949466,0.0802103;REFB=-0.0158653,-0.129277,-0.0750533;REVB=-0.00879423,-0.032566,0.00565308;RO=46;SAF=0,13,3;SAR=5,10,5;SRF=34;SRR=12;SSEN=0,0.315789,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.706466,-0.210494,-0.429751;STB=0.5,0.826916,0.997176;STBP=1,0.003,0.016;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0686721,0.179292,0.0130622;OID=.,.,.;OPOS=47033994,47033994,47033993;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,GA;OMAPALT=AC,A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:87:86:46:65:5,23,8:0,19,2:0,0.22093,0.0232558:5,10,5:0,13,3:34:12:0,14,2:0,5,0:48:17 chr3 47043538 . C T 803.25 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0451891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0639;QD=55.3964;RBI=0.0585892;REFB=0.0162813;REVB=0.0372913;RO=1;SAF=23;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200621;STB=0.510635;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000964227;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:34:23:1:0:34:23:1:0 chr3 47045739 . C G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.016;QD=41.867;RBI=0.115433;REFB=-0.102337;REVB=-0.0011311;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.521711;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00443143;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:11:4:0:0:11:4:0:1 chr3 47125385 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.23107e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.1;QD=60.6097;RBI=0.0382939;REFB=0;REVB=-0.0382939;RO=0;SAF=36;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174933;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:2:36:0:0:2:36:0:0 chr3 47161214 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.301;QD=35.5759;RBI=0.0112573;REFB=0;REVB=0.0109953;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15558e-05;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr3 47162661 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000889776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.388;QD=44.6898;RBI=0.0596703;REFB=0;REVB=0.0596637;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566004;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr3 47165536 . G A 256.08 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000882428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8466;QD=22.7628;RBI=0.019958;REFB=-0.0250048;REVB=-0.0199385;RO=21;SAF=22;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521078;STB=0.79968;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0268892;OID=.;OPOS=47165536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:2:22:11:10:2:22:11:10 chr3 47282303 . G A 507.15 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127633;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.067;QD=59.6649;RBI=0.0223297;REFB=0;REVB=0.0183225;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139164;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 47322496 . C T 469.59 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0281406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.266;QD=52.177;RBI=0.12588;REFB=0.0487882;REVB=0.122694;RO=3;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509115;STB=0.508892;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00132982;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:3:2:33:34:0.944444:21:12:1:2:22:12:1:1 chr3 47385585 . C A 455.25 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.1269;QD=56.9066;RBI=0.0814092;REFB=0;REVB=0.0551245;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323869;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:27:32:1:15:12:0:0:20:12:0:0 chr3 47386060 . G C 207.01 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0758345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1636;QD=48.7075;RBI=0.0759604;REFB=0;REVB=-0.00437142;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00320189;OID=.;OPOS=47386060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 47452786 . G A 214.15 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00969769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.365;QD=45.0834;RBI=0.0411296;REFB=-0.243259;REVB=0.0399699;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0065285;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr3 47459679 . C T 575.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.6;QD=60.5877;RBI=0.0804941;REFB=0;REVB=0.0576562;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637924;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr3 47462200 . T C 323.51 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.236;QD=53.9183;RBI=0.0508923;REFB=0;REVB=0.0496399;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311296;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:14:10:0:0 chr3 47539751 . T C 754.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.033;QD=56.9323;RBI=0.0136443;REFB=0;REVB=-0.00881232;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58198e-06;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr3 47676761 . C A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0666689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.29;QD=16.8229;RBI=0.0808859;REFB=-0.0238942;REVB=-0.0458017;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.019957;OID=.;OPOS=47676761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:4:1:5:2:4:1 chr3 47953405 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.863;QD=42.1826;RBI=0.00713271;REFB=0;REVB=-0.00664761;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42559e-05;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr3 47953733 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=318.082;QD=58.1421;RBI=0.0130039;REFB=0;REVB=0.004699;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15552e-05;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr3 47956424 . C T 797.75 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.79;QD=63.8204;RBI=0.0986015;REFB=0;REVB=0.00330321;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337478;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:34:16:0:0 chr3 47958037 . G T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0499867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.609;QD=61.5106;RBI=0.0499868;REFB=-0.00412257;REVB=-5.76939e-05;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000195572;OID=.;OPOS=47958037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:47:48:0.979592:20:27:0:0:20:28:1:0 chr3 48299439 . T C 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00514222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6241;QD=8.63972;RBI=0.0119859;REFB=-0.00350482;REVB=0.0108268;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334843;STB=0.520516;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0104846;OID=.;OPOS=48299439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:8:5:14:20:8:5:14:20 chr3 48421387 . G T 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00583606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3722;QD=33.4066;RBI=0.0520926;REFB=0;REVB=0.0517647;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537757;OID=.;OPOS=48421387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr3 48422235 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.085;QD=52.6131;RBI=0.0853451;REFB=0;REVB=0.0291239;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110688;OID=.;OPOS=48422235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr3 48474249 . A G 191.17 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3719;QD=47.7932;RBI=0.0258854;REFB=0;REVB=0.0251144;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138233;OID=.;OPOS=48474249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr3 48476431 . C G 1246.49 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00142071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2889;QD=60.0716;RBI=0.038979;REFB=0;REVB=0.0389531;RO=2;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271947;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:83:2:0:81:83:1:29:52:0:2:31:52:0:0 chr3 48508585 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.225;QD=53.9104;RBI=0.0424521;REFB=0;REVB=-0.012366;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214848;OID=.;OPOS=48508585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr3 48599944 . C A 340.5 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.496;QD=54.4801;RBI=0.0471673;REFB=0;REVB=0.0426731;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142729;OID=.;OPOS=48599944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:16:9:0:0 chr3 48605075 . GAAAAAAA GAAAAAAC,GAAAAAA 490.4 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=3,41;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.20044,-0.194984;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=13.2291,13.4635;QD=37.7233;RBI=0.202359,0.208221;REFB=-0.00118544,0.0100644;REVB=0.0278028,0.0730589;RO=2;SAF=1,22;SAR=2,19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111102,0.00320586;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0804354,0.00831416;OID=.,.;OPOS=48605082,48605076;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAAAAC,GAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0192308,0.980769:3,41:52:1,51:52:0:0,29:1,22:0:0:5:2:1,22:2,19:1:1 chr3 48610925 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=17;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.834;QD=43.016;RBI=0.0391859;REFB=0.00675701;REVB=0.00517823;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000168833;OID=.;OPOS=48610925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:17:16:0.941176:8:9:0:0:7:9:0:1 chr3 48625266 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3383;QD=51.1827;RBI=0.0590987;REFB=0;REVB=0.00696995;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000916821;OID=.;OPOS=48625266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr3 48638807 . G C 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0348008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7947;QD=11.5954;RBI=0.105294;REFB=-0.0254483;REVB=-0.0993769;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207537;STB=0.621438;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0429646;OID=.;OPOS=48638807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:16:5:5:7:16:5 chr3 48669447 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.315;QD=55.0984;RBI=0.0363281;REFB=0;REVB=0.0358594;RO=0;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50493e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028874;OID=.;OPOS=48669447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:22:4:0:0:22:4:0:0 chr3 48681053 . C T 610.78 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0631294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2994;QD=56.8163;RBI=0.0721089;REFB=0.0451764;REVB=0.0348479;RO=2;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223561;STB=0.500567;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.000740601;OID=.;OPOS=48681053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:21:19:1:1:21:20:1:1 chr3 48686234 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.022133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.92;QD=12.8731;RBI=0.022637;REFB=-0.00517338;REVB=-0.00475008;RO=32;SAF=3;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535143;STB=0.813808;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00601549;OID=.;OPOS=48686234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:16:3:20:12:16:3:20:12 chr3 48691316 . T C 672.66 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4311;QD=61.151;RBI=0.119921;REFB=0;REVB=0.0534374;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00352834;OID=.;OPOS=48691316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:40:44:1:19:21:0:0:20:24:0:0 chr3 48694147 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.07;QD=39.206;RBI=0.0853537;REFB=0;REVB=0.0817001;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325246;OID=.;OPOS=48694147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr3 48697654 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.211;QD=40.763;RBI=0.0499408;REFB=0;REVB=0.0408725;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738839;OID=.;OPOS=48697654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr3 48698677 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0206968;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=148.415;QD=14.0449;RBI=0.0273864;REFB=0.0321577;REVB=0.0179348;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0117366;OID=.;OPOS=48698677;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:1:3:4:1:1:3 chr3 48699519 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.45;QD=58.1416;RBI=0.019651;REFB=0;REVB=0.00515551;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.521e-05;OID=.;OPOS=48699519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr3 48727112 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0735875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.44;QD=14.0464;RBI=0.0820807;REFB=-0.0199675;REVB=0.0363609;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136399;STB=0.507928;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0190665;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:10:19:12:6:10:19 chr3 48732223 . G A 516.89 PASS AF=0.585366;AO=45;DP=80;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0281639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0664;QD=25.2142;RBI=0.0282178;REFB=-0.0023473;REVB=-0.00174435;RO=34;SAF=19;SAR=26;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056272;STB=0.518729;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00251244;OID=.;OPOS=48732223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:34:34:45:48:0.585366:26:19:12:22:29:19:12:22 chr3 48732480 . T C 216.26 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0259357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.185;QD=22.1804;RBI=0.0276547;REFB=-0.0201993;REVB=0.00959798;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131;OID=.;OPOS=48732480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:7:14:12:6:7:14:12:6 chr3 49053219 . A G,T 718.55 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=46,2;DP=48;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373954,-0.0277397;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.8638,121.955;QD=55.2731;RBI=0.00822905,0.0287054;REFB=0,0;REVB=-0.00733028,-0.00738294;RO=0;SAF=13,1;SAR=33,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.94744e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00130074,0.0662103;OID=.,.;OPOS=49053219,49053219;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:48:52:0:0:46,2:51,1:0.980769,0.0192308:33,1:13,1:0:0:33,1:18,0:0:0 chr3 49054692 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.133;QD=47.8223;RBI=0.047165;REFB=0;REVB=0.0357072;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7849e-05;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr3 49141116 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0316546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.247;QD=20.4561;RBI=0.0316943;REFB=-0.000505233;REVB=0.00158622;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127899;STB=0.571903;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.000558094;OID=.;OPOS=49141116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:4:11:10:7:4:11 chr3 49156473 . C G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0404242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.093;QD=26.3155;RBI=0.047265;REFB=-0.00234942;REVB=0.0244921;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265238;STB=0.514693;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00158142;OID=.;OPOS=49156473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:7:15:10:4:7:15:10:4 chr3 49200137 . G T 214.16 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0276614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.272;QD=28.5546;RBI=0.0388583;REFB=-0.0251179;REVB=0.0272913;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258492;STB=0.534212;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0125972;OID=.;OPOS=49200137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:9:10:20:20:0.666667:8:12:5:4:8:12:5:5 chr3 49215966 . C T 198.52 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0247596;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.175;QD=25.6152;RBI=0.0248016;REFB=-0.0149434;REVB=-0.00144164;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152827;STB=0.585274;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0124353;OID=.;OPOS=49215966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:31:12:12:19:19:0.612903:7:12:5:7:7:12:5:7 chr3 49265744 . C T 562.5 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00186319;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9227;QD=25.2808;RBI=0.0277496;REFB=0.0108844;REVB=-0.027687;RO=36;SAF=25;SAR=26;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119274;STB=0.5521;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00681135;OID=.;OPOS=49265744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:36:38:51:51:0.573034:26:25:12:24:26:25:14:24 chr3 49294250 . C A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0219761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.438;QD=26.399;RBI=0.0222756;REFB=-0.014637;REVB=-0.00364044;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198028;STB=0.624866;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0112029;OID=.;OPOS=49294250;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:9:10:18:18:0.642857:8:10:2:7:8:10:2:8 chr3 49298139 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9303;QD=58.1375;RBI=0.064746;REFB=0;REVB=0.0296527;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333608;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr3 49298205 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0798189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.829;QD=53.909;RBI=0.0903167;REFB=0;REVB=0.0422617;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272816;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr3 49313978 . C T 186.38 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00211448;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.625;QD=17.7507;RBI=0.0082524;REFB=-0.0169568;REVB=-0.00797691;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179615;STB=0.512182;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0223313;OID=.;OPOS=49313978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:23:18:19:0.452381:12:6:6:13:12:7:8:15 chr3 49343175 . G A 162.44 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0233687;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.73;QD=27.0729;RBI=0.0342192;REFB=-0.00914434;REVB=-0.0249972;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111987;STB=0.562422;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00717259;OID=.;OPOS=49343175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:5:3:9:7:5:3 chr3 49362369 . C T 257.72 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0168251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.221;QD=19.8246;RBI=0.050726;REFB=-0.0170144;REVB=0.0478544;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292284;STB=0.664704;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0088073;OID=.;OPOS=49362369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:25:26:27:0.519231:10:16:6:17:11:16:6:19 chr3 49455330 . C T 189.18 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.118253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6085;QD=19.914;RBI=0.12335;REFB=-0.00319602;REVB=0.0350932;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160427;STB=0.512646;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0130204;OID=.;OPOS=49455330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:17:18:18:20:0.526316:14:4:4:13:14:6:5:13 chr3 49548008 . C G 358.72 PASS AF=0.965517;AO=25;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8407;QD=49.4787;RBI=0.0114628;REFB=-0.00165803;REVB=0.00367149;RO=2;SAF=17;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515236;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.000385844;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:2:1:25:28:0.965517:8:17:2:0:9:19:1:0 chr3 49570200 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0197974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.554;QD=12.396;RBI=0.0447018;REFB=0.00873892;REVB=0.0400789;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00993414;OID=.;OPOS=49570200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr3 49570882 . T C 152.64 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.0123148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.274;QD=13.5683;RBI=0.0157969;REFB=-0.00643532;REVB=0.00989388;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297164;STB=0.67077;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0110147;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:9:8:21:7:9:8:21:7 chr3 49690198 . C CA 707.97 PASS AF=1;AO=10;DP=61;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0973066;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.9257;QD=48.8252;RBI=0.104877;REFB=0;REVB=0.0391228;RO=51;SAF=9;SAR=1;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000309845;OID=.;OPOS=49690199;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:61:58:58:0:27:31:0:0:4:51:9:1:21:30 chr3 49690199 . G A,C 747.56 PASS AF=0.827586,0.155172;AO=48,9;DP=58;FAO=48,9;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18,9;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0557683,0.109376;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=112.123,10.7712;QD=51.5555;RBI=0.0653539,0.116595;REFB=-0.020205,0.0773681;REVB=0.0340738,0.0403872;RO=1;SAF=18,9;SAR=30,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0154257,0.81244;STB=0.508193,0.997961;STBP=0.54,0.043;TYPE=snp,snp;VARB=0.000105342,0.162166;OID=.,.;OPOS=49690199,49690199;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:58:58:1:1:48,9:48,9:0.827586,0.155172:30,0:18,9:0:1:30,0:18,9:0:1 chr3 49692105 . C A 65.53 PASS AF=0.538462;AO=5;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0216696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.683;QD=20.1622;RBI=0.0219668;REFB=-0.0104434;REVB=0.00360164;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.66626;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0338476;OID=.;OPOS=49692105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:13:13:4:4:5:7:0.538462:4:1:0:4:4:3:0:4 chr3 49701298 . G A 776.28 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.511;QD=63.3696;RBI=0.0592587;REFB=0;REVB=-0.0111291;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272328;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:32:16:0:0:32:17:0:0 chr3 49708769 . T C 463.02 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0357767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3112;QD=52.9162;RBI=0.0469385;REFB=-0.0391778;REVB=-0.030385;RO=2;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00488373;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0336081;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:18:15:1:1:18:15:1:1 chr3 49724808 . T C 689.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5244;QD=62.6549;RBI=0.0170969;REFB=0;REVB=0.0137987;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126503;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr3 49739507 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5328;QD=43.4861;RBI=0.0512448;REFB=0;REVB=-0.0344344;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00330805;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr3 49760039 . T C 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.882;QD=49.591;RBI=0.0408188;REFB=0;REVB=0.000810556;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051037;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr3 49928691 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.859;QD=42.1737;RBI=0.0516912;REFB=0;REVB=-0.0514134;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884284;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr3 49987790 . G A 137.86 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0701526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.079;QD=19.0149;RBI=0.0802102;REFB=-0.0173632;REVB=-0.0388882;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149262;STB=0.585249;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0115672;OID=.;OPOS=49987790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:7:7:10:5:7:7 chr3 50114515 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.504;QD=49.5935;RBI=0.0792794;REFB=0;REVB=-0.0668879;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253001;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr3 50129399 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00101246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.023;QD=48.7368;RBI=0.0229126;REFB=0;REVB=-0.0228903;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146279;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 50144951 . T C 594.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3062;QD=60.9314;RBI=0.0516637;REFB=0;REVB=-0.00545082;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105349;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr3 50153356 . T C 670.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00303787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6201;QD=62.3453;RBI=0.0401297;REFB=0;REVB=-0.0400145;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351745;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:16:25:0:0:17:26:0:0 chr3 50197092 . C T 92.5 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0786679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7726;QD=15.4159;RBI=0.0787119;REFB=-0.0395981;REVB=0.00263092;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224136;STB=0.588084;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.047898;OID=.;OPOS=50197092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:23:24:12:12:11:12:0.5:8:3:6:6:8:4:6:6 chr3 50197097 . C T 101.73 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0996719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8738;QD=16.9547;RBI=0.106899;REFB=-0.0272155;REVB=0.0386385;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190057;STB=0.583198;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0140747;OID=.;OPOS=50197097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:24:24:11:12:12:12:0.5:6:6:3:8:6:6:4:8 chr3 50222926 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.227;QD=57.6807;RBI=0.0632581;REFB=0;REVB=0.0610651;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246672;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 50251833 . A AG 368.97 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.6112;QD=46.1209;RBI=0.120995;REFB=0;REVB=-0.0366834;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00319433;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:32:32:0:18:14:0:0:7:1:18:13:1:0 chr3 50311900 . C T 56.45 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.000370816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.927;QD=9.81759;RBI=0.0224912;REFB=-0.00698165;REVB=-0.0224882;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194284;STB=0.509782;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0169451;OID=.;OPOS=50311900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:23:13:14:7:9:0.391304:4:3:8:5:4:5:8:6 chr3 50326020 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0056425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.331;QD=6.81336;RBI=0.0133888;REFB=-0.00500647;REVB=-0.0121418;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520582;STB=0.533238;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0171957;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:9:10:4:3:9:10 chr3 50334231 . T A 79.41 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00522621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.018;QD=15.8818;RBI=0.00522621;REFB=0.0070145;REVB=0;RO=9;SAF=9;SAR=0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00811395;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:9:10:9:10:0.5:0:9:9:0:0:10:10:0 chr3 50336661 . T C 92.94 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00128172;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.221;QD=8.85122;RBI=0.0325204;REFB=-0.0122165;REVB=-0.0324951;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014035;STB=0.536229;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0268364;OID=.;OPOS=50336661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:42:42:28:30:12:12:0.285714:7:5:12:16:7:5:14:16 chr3 50355730 . T G 57.95 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0189947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.841;QD=13.6342;RBI=0.0189954;REFB=-0.0153887;REVB=-0.000159571;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0138794;OID=.;OPOS=50355730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:6:2:5:3:6:2:6:3 chr3 50357869 . A C 106.35 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0454238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.696;QD=11.8162;RBI=0.0810605;REFB=-0.05085;REVB=-0.0671378;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239631;STB=0.64263;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0408501;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:11:12:4:9:11:12 chr3 50367867 . A C 83.79 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.002661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.731;QD=11.9703;RBI=0.00374967;REFB=-0.0166101;REVB=0.0026418;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092771;STB=0.5805;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0202763;OID=.;OPOS=50367867;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:27:28:17:17:10:11:0.392857:5:5:7:10:5:6:7:10 chr3 50457227 . G A 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0115796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.956;QD=7.04972;RBI=0.0270886;REFB=-0.00109329;REVB=0.0244889;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272373;STB=0.669581;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00389105;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:6:4:19:11:6:4:19:11 chr3 50597092 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.419;QD=49.5987;RBI=0.0909021;REFB=0;REVB=0.0906938;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121282;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr3 50609624 . T G 192.94 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0161315;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6092;QD=21.4373;RBI=0.0161345;REFB=-0.0043553;REVB=0.000308533;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232439;STB=0.651997;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00421258;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:17:19:19:0.527778:15:4:7:9:15:4:8:9 chr3 50645158 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0480803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7061;QD=17.4015;RBI=0.0488695;REFB=-0.0201372;REVB=-0.00874727;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668703;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.016574;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:6:7:6:7:6:7 chr3 50645413 . G A 83.85 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00285674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.861;QD=10.1631;RBI=0.004165;REFB=-0.000218874;REVB=0.00303089;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.563101;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.000556777;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:12:10:4:7:12:10 chr3 50647888 . T G 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.00645277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.168;QD=18.6205;RBI=0.0190195;REFB=-0.0195986;REVB=-0.0178915;RO=39;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214646;STB=0.618851;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0207334;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:19:18:10:29:19:18:10:29 chr3 51273773 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.029;QD=57.2024;RBI=0.0101238;REFB=0;REVB=-0.0029738;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61322e-05;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr3 51430657 . A C 53.89 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0108564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.215;QD=7.98324;RBI=0.0122626;REFB=-0.00383002;REVB=-0.00570177;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03226;STB=0.587425;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0125175;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:19:19:7:8:0.296296:5:2:5:14:5:3:5:14 chr3 51431981 . C CTTAT 55.05 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00208327;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=254.887;QD=9.5743;RBI=0.00228136;REFB=-0.00893756;REVB=0.000929847;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169958;STB=0.604132;STBP=0.521;TYPE=ins;VARB=0.011829;OID=.;OPOS=51431982;OREF=-;OALT=TTAT;OMAPALT=CTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:24:8:23:15:5:3:7:8:55:15:5:3:7:8 chr3 51432847 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-4.14345e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.482;QD=8.51173;RBI=0.011565;REFB=-0.000907693;REVB=-0.011565;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304026;STB=0.6996;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00335031;OID=.;OPOS=51432847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:7:3:13:10:7:3:14:10 chr3 51432895 . T C 305.96 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.07;QD=53.211;RBI=0.0658028;REFB=0;REVB=0.0221986;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619759;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr3 51434215 . A C 75.36 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0112277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.614;QD=25.1187;RBI=0.0175572;REFB=-0.0652864;REVB=0.0134979;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204298;STB=0.615147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0126448;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:3:0:4:5:3:0 chr3 51728573 . G A 155.82 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0279546;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.172;QD=22.2594;RBI=0.0326708;REFB=-0.0142094;REVB=-0.0169093;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883617;STB=0.549936;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0120527;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:12:12:16:16:0.571429:5:11:7:5:5:11:7:5 chr3 51737965 . G A 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0254249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.101;QD=10.3656;RBI=0.0255794;REFB=-0.0181704;REVB=-0.00280714;RO=37;SAF=7;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242602;STB=0.626378;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0399337;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:39:20:20:0.338983:13:7:21:16:13:7:21:18 chr3 51978220 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.311;QD=45.8056;RBI=0.0721451;REFB=0;REVB=0.0717768;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745846;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr3 52237970 . C T 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=4.67163e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.604;QD=17.9536;RBI=0.0110701;REFB=0.00367903;REVB=-0.01107;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34105;STB=0.692092;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00233797;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:3:14:7:9:3:14 chr3 52256697 . C T 313.28 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.027067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6099;QD=36.8559;RBI=0.028246;REFB=-0.0664249;REVB=0.00807545;RO=8;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927533;STB=0.550421;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0141738;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:12:14:6:2:12:14:6:2 chr3 52291078 . G A 260.45 PASS AF=0.3125;AO=35;DP=113;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=-0.0124212;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.879;QD=9.30168;RBI=0.0153092;REFB=-0.0141034;REVB=-0.00894901;RO=78;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470858;STB=0.532092;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0324532;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:78:77:35:35:0.3125:17:18:37:41:17:18:36:41 chr3 52325759 . A G 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00578315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.019;QD=25.5725;RBI=0.0260669;REFB=-0.0033957;REVB=-0.0254173;RO=17;SAF=17;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278515;STB=0.655112;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00167913;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:7:17:6:11:7:17:6:11 chr3 52407041 . C T 323.0 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0159324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.65;QD=21.8984;RBI=0.0192109;REFB=-0.0149554;REVB=-0.0107338;RO=26;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316932;STB=0.674596;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00536166;OID=.;OPOS=52407041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:21:12:20:6:21:12:20:6 chr3 52430526 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00538899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.51;QD=14.6495;RBI=0.0108225;REFB=-0.00723085;REVB=0.00938541;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357417;STB=0.520803;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00663162;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:6:13:10:4:6:13 chr3 52430698 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.807;QD=55.0985;RBI=0.029414;REFB=0;REVB=0.0230623;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98029e-05;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 52453892 . GC G,GT 551.84 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=4,33;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193443,0.00818892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.166,226.785;QD=59.6583;RBI=0.0407516,0.0664142;REFB=0,0;REVB=0.0407056,0.0659074;RO=0;SAF=1,22;SAR=3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00790637,0.000859391;OID=.,.;OPOS=52453893,52453893;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.027027,0.972973:4,33:37:1,36:37:0:1,22:0,14:0:0:4:0:1,22:3,11:0:0 chr3 52477080 . T C 416.31 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271151;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.846;QD=57.422;RBI=0.0345396;REFB=0;REVB=-0.0213952;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014034;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 52492707 . T C 400.23 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.696;QD=55.2035;RBI=0.050583;REFB=0;REVB=0.0429513;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958467;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:16:13:0:0 chr3 52510592 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.365;QD=57.6803;RBI=0.0214722;REFB=0;REVB=0.0151572;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.15321e-07;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr3 52523404 . G GT 185.17 PASS AF=1;AO=6;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1302;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.7878;QD=43.57;RBI=0.130244;REFB=0;REVB=0.00337262;RO=11;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.677143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.011194;OID=.;OPOS=52523405;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:17:17:17:0:16:1:0:0:4:11:6:0:10:1 chr3 52523405 . C T 113.28 PASS AF=0.764706;AO=11;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.239829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.0946;QD=26.6551;RBI=0.241468;REFB=-0.232325;REVB=0.028089;RO=6;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207895;STB=0.57133;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0650575;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:17:17:6:4:11:13:0.764706:1:10:6:0:1:12:4:0 chr3 52537085 . G A 138.24 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.000180718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.043;QD=12.8592;RBI=0.00122956;REFB=-0.0171645;REVB=0.00121621;RO=27;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128583;STB=0.576365;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0642812;OID=.;OPOS=52537085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:14:2:5:22:14:2:5:22 chr3 52544470 . A G 432.82 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546376;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.346;QD=57.7091;RBI=0.0586062;REFB=0;REVB=-0.0211997;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289234;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr3 52551010 . C T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0245597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8908;QD=10.4739;RBI=0.0302394;REFB=-0.00255931;REVB=0.0176421;RO=36;SAF=4;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305343;STB=0.675472;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00471102;OID=.;OPOS=52551010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:15:4:16:20:15:4:16:21 chr3 52554304 . G C 272.84 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6439;QD=47.4495;RBI=0.132262;REFB=0.221367;REVB=0.017872;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237245;STB=0.512809;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.0100539;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:19:3:0:1:19:3:0:1 chr3 52555957 . T C 444.48 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1205;QD=57.3517;RBI=0.0980053;REFB=0;REVB=-0.0979993;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00179171;OID=.;OPOS=52555957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr3 52556369 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0105952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.489;QD=12.8607;RBI=0.0426889;REFB=-0.00872983;REVB=-0.0413531;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0116173;OID=.;OPOS=52556369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr3 52556890 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00272965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.528;QD=11.6335;RBI=0.0787656;REFB=-0.0365463;REVB=-0.0787183;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154872;STB=0.593026;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0384027;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:9:7:3:7:9:7 chr3 52557038 . C T 184.64 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0314659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5932;QD=21.1018;RBI=0.0314669;REFB=0.00917078;REVB=0.000255296;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.530579;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0185981;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:14:16:18:19:0.542857:12:6:6:8:13:6:6:10 chr3 52557069 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0144288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.674;QD=24.1274;RBI=0.0149429;REFB=-0.0260642;REVB=0.00388603;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192334;STB=0.608161;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0140929;OID=.;OPOS=52557069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:12:5:6:5:12:5:6:5 chr3 52558008 . T C 579.97 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267788;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.712;QD=61.0498;RBI=0.029344;REFB=0;REVB=-0.0119987;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551346;OID=.;OPOS=52558008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr3 52558133 . T C 645.09 PASS AF=0.779412;AO=53;DP=68;FAO=53;FDP=68;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0162815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.518;QD=37.9466;RBI=0.0213652;REFB=-0.0345055;REVB=0.0138342;RO=15;SAF=32;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300375;STB=0.516123;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00701394;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:15:15:53:53:0.779412:21:32:8:7:21:32:8:7 chr3 52558904 . A T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0181684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.426;QD=16.3859;RBI=0.0182091;REFB=-0.00352298;REVB=0.00121614;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.545357;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00309245;OID=.;OPOS=52558904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:2:6:6:3:2:6 chr3 52563337 . G A 113.49 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0257385;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.92;QD=9.65826;RBI=0.0294499;REFB=-0.0180233;REVB=0.0143118;RO=31;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337608;STB=0.717582;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.043685;OID=.;OPOS=52563337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:33:14:14:0.297872:12:2:11:20:12:2:12:21 chr3 52584787 . T C 357.75 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0178831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6609;QD=31.1084;RBI=0.0414332;REFB=-0.00034634;REVB=-0.0373752;RO=16;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205813;STB=0.612827;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-4.95684e-05;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:19:11:11:5:19:11:11:5 chr3 52610651 . T A 198.18 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0102934;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.334;QD=18.4351;RBI=0.0104919;REFB=-0.0214725;REVB=-0.00203115;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137584;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0198025;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:23:20:20:0.465116:7:13:14:8:7:13:15:8 chr3 52643307 . A G 327.19 PASS AF=0.62;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0064275;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.95;QD=26.1748;RBI=0.00644056;REFB=-0.0225512;REVB=-0.000410073;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535469;STB=0.523917;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0132596;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:18:19:30:31:0.62:14:16:11:7:15:16:11:8 chr3 52643685 . T C 70.19 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0106895;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2312;QD=14.7763;RBI=0.0159259;REFB=-0.0040665;REVB=-0.0118055;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00277607;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr3 52676065 . C T 133.33 PASS AF=0.636364;AO=10;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.000374535;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.343;QD=24.2419;RBI=0.0054702;REFB=-0.00391853;REVB=0.00545736;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40672;STB=0.717056;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00167212;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:22:7:8:10:14:0.636364:2:8:2:5:3:11:2:6 chr3 52720080 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.161;QD=43.4862;RBI=0.0195494;REFB=0;REVB=-0.0127162;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71265e-05;OID=.;OPOS=52720080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr3 52721305 . G A 311.13 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0177587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.842;QD=28.9424;RBI=0.0232316;REFB=-0.0160427;REVB=-0.0149779;RO=15;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204949;STB=0.526392;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00518258;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:16:27:27:0.627907:17:10:6:9:17:10:7:9 chr3 52727257 . G A 438.39 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00491987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.585;QD=27.3991;RBI=0.017528;REFB=-0.0364094;REVB=-0.0168233;RO=22;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339086;STB=0.524929;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0224325;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:23:41:41:0.640625:17:24:14:8:17:24:15:8 chr3 52728804 . C T 139.48 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0100011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.14;QD=19.9254;RBI=0.0235889;REFB=-0.0228245;REVB=0.0213638;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28546;STB=0.638324;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0107263;OID=.;OPOS=52728804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:8:7:10:2:8:7:10:3 chr3 52740182 . C G 321.13 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0292318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.0029;QD=33.8029;RBI=0.0292346;REFB=-0.001492;REVB=0.000400263;RO=11;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626932;STB=0.534221;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000660976;OID=.;OPOS=52740182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:38:38:11:11:27:27:0.710526:13:14:7:4:13:14:7:4 chr3 52797634 . G C 126.81 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0195478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.722;QD=24.154;RBI=0.0283194;REFB=-0.0343854;REVB=0.0204907;RO=7;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112649;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:21:21:7:7:13:14:0.666667:11:2:1:6:12:2:1:6 chr3 52800284 . T C 655.6 PASS AF=0.583333;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=108;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00674012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.929;QD=24.2813;RBI=0.00718341;REFB=-0.00645783;REVB=0.00248438;RO=45;SAF=24;SAR=39;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853747;STB=0.546603;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00565757;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:45:63:63:0.583333:39:24:22:23:39:24:22:23 chr3 52802402 . A C 115.8 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00617165;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.996;QD=18.5284;RBI=0.0157544;REFB=-0.0479544;REVB=0.0144952;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0437515;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:6:7:6:6:6:7:6:6 chr3 52821011 . A G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0140777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.059;QD=24.0732;RBI=0.0151222;REFB=-0.0421866;REVB=0.00552248;RO=7;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514281;STB=0.799398;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0111287;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:12:1:4:3:12:1:4:3 chr3 52821177 . A C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00237615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.132;QD=24.0298;RBI=0.0175757;REFB=-0.00966245;REVB=0.0174143;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306606;STB=0.517218;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00599012;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:4:5:9:6:4:5 chr3 52821992 . CT C,CC 189.12 PASS AF=0.261905,0.214286;AO=9,8;DP=39;FAO=11,9;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6,5;FSAR=5,4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0391799,0.0366173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.658,262.516;QD=18.0111;RBI=0.0431208,0.039884;REFB=-0.0141001,-0.0124122;REVB=-0.0180095,-0.0158084;RO=22;SAF=4,4;SAR=5,4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0636181,0;STB=0.530331,0.53948;STBP=0.798,0.805;TYPE=del,snp;VARB=0.00791823,0.0224359;OID=.,.;OPOS=52821993,52821993;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905,0.214286:9,8:39:11,9:42:22:6,5:5,4:11:11:52:22:4,4:5,4:11:11 chr3 52825585 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00468553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.004;QD=20.2097;RBI=0.00761826;REFB=-0.0225641;REVB=-0.00600697;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233879;STB=0.63359;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0175791;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:6:4:9:4:6:4 chr3 52825916 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0148929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.163;QD=3.44828;RBI=0.0408381;REFB=0.00164561;REVB=0.0380256;RO=45;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344374;STB=0.723181;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.0229683;OID=.;OPOS=52825916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:45:46:8:8:0.148148:5:3:30:15:5:3:30:16 chr3 52830764 . C T 192.34 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0151672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.897;QD=16.0282;RBI=0.0367298;REFB=-0.0153859;REVB=-0.0334519;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156291;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0198499;OID=.;OPOS=52830764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:28:20:20:0.416667:12:8:14:11:12:8:14:14 chr3 52833805 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.14;QD=58.5878;RBI=0.0351473;REFB=0;REVB=0.0261817;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245204;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr3 52852538 . G T 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0443756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2991;QD=12.4808;RBI=0.0527753;REFB=0.00455809;REVB=0.0285665;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136949;STB=0.580514;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00285733;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:12:7:6:6:12:7 chr3 52853747 . C G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0136742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.073;QD=21.7424;RBI=0.0147425;REFB=-0.0196509;REVB=0.00550985;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.592683;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0122224;OID=.;OPOS=52853747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:11:4:4:6:11:4:5:6 chr3 52860816 . C T 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0233573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.592;QD=18.2515;RBI=0.0238575;REFB=-0.0399813;REVB=-0.0048595;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131312;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0306396;OID=.;OPOS=52860816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:5:8:5:6:5:8:5:7 chr3 52860936 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0141033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.431;QD=18.6364;RBI=0.0141304;REFB=-0.00356939;REVB=0.000874879;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00403471;OID=.;OPOS=52860936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:10:6:5:10:10:6:6:10 chr3 52861211 . A T 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00562789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.026;QD=13.9526;RBI=0.024161;REFB=-0.0194162;REVB=0.0234964;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0211226;OID=.;OPOS=52861211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:5:2:5:2:5:2 chr3 52864584 . A G 300.97 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.075;QD=52.3424;RBI=0.00347945;REFB=0;REVB=-0.000453641;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.99008e-06;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr3 52864635 . A G 30.84 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0503723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2188;QD=12.3357;RBI=0.0685859;REFB=-0.0208597;REVB=-0.0465474;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0326585;OID=.;OPOS=52864635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr3 52867715 . G C 669.78 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.077;QD=62.3055;RBI=0.00363222;REFB=0;REVB=0.00271064;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64286e-07;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:15:27:0:0:16:27:0:0 chr3 52870618 . T A 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00108931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.446;QD=21.0087;RBI=0.0257786;REFB=-0.0203358;REVB=0.0257556;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0171101;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:9:8:8:11:9:8 chr3 52873984 . C T 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.025548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7321;QD=8.06737;RBI=0.0485177;REFB=-0.00550157;REVB=-0.0412464;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179713;STB=0.511093;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0131196;OID=.;OPOS=52873984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:6:6:16:17:6:6:16:17 chr3 52874288 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00404851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.651;QD=22.6322;RBI=0.0437843;REFB=-0.00819275;REVB=-0.0435968;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00813307;OID=.;OPOS=52874288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr3 52874296 . G A 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0320155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6607;QD=22.6305;RBI=0.0636294;REFB=0.00302846;REVB=0.0549883;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00219563;OID=.;OPOS=52874296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr3 53003179 . A C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0222718;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.598;QD=14.0438;RBI=0.0226003;REFB=0.00339848;REVB=-0.0038392;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00223335;OID=.;OPOS=53003179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr3 53125922 . T C 145.82 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9628;QD=25.36;RBI=0.00946926;REFB=0.00711417;REVB=-0.00928479;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111206;STB=0.562414;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.00455684;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:5:10:4:4:5:10:4:4 chr3 53215799 . G A 131.97 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0152213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9572;QD=14.6628;RBI=0.0152713;REFB=-0.0109734;REVB=0.00123374;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0123037;OID=.;OPOS=53215799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:10:10:6:9:10:11 chr3 53215875 . A C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0313635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.939;QD=14.6492;RBI=0.0325338;REFB=-0.0150313;REVB=0.00864761;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432979;STB=0.753046;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0121621;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:12:7:11:3:12:7 chr3 53222761 . C T 284.01 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00890913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.426;QD=36.6468;RBI=0.038237;REFB=-0.0180931;REVB=-0.0371846;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650611;STB=0.535489;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00376373;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:10:14:3:4:10:14:3:4 chr3 53223927 . C G 490.58 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.022914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4381;QD=51.6399;RBI=0.0938466;REFB=-0.0512125;REVB=-0.0910062;RO=2;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518991;STB=0.514278;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0204459;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:35:35:0.921053:17:18:0:2:17:18:1:2 chr3 53224002 . T C 439.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0839436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9097;QD=56.7612;RBI=0.0898258;REFB=0;REVB=-0.0319711;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235074;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:19:12:0:0 chr3 53321631 . A C 519.85 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.93;QD=59.4112;RBI=0.0386089;REFB=0;REVB=0.0383249;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323181;OID=.;OPOS=53321631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 53324819 . ATGGCAC A 74.68 PASS AF=0.75;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0199192;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=285.938;QD=24.8929;RBI=0.0205048;REFB=-0.0141101;REVB=-0.00486524;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.599799;STBP=0.326;TYPE=del;VARB=0.00712552;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:7:9:9:12:3:3:6:0:3:15:0:2:5:0:0 chr3 53699822 . GT TG 88.04 PASS AF=0.387097;AO=4;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.172405;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=23.209;QD=11.3602;RBI=0.203174;REFB=-0.0643823;REVB=0.1075;RO=17;SAF=0;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.710033;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=mnp;VARB=0.127239;OID=.;OPOS=53699822;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:31:31:17:19:4:12:0.387097:4:0:11:6:5:7:11:8 chr3 53766026 . T C 410.42 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.924;QD=56.6098;RBI=0.0576802;REFB=0;REVB=0.057489;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361486;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr3 53769479 . C T 58.69 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.109186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7104;QD=15.651;RBI=0.125077;REFB=-0.0452788;REVB=0.0610148;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0569985;OID=.;OPOS=53769479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr3 53856653 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.973;QD=53.9324;RBI=0.0338075;REFB=-0.0467933;REVB=0.0197491;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00192926;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:21:9:0:1:21:9:0:1 chr3 53857803 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0773145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.63;QD=56.7061;RBI=0.0842269;REFB=0;REVB=0.0334162;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230716;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr3 53882663 . G A 315.13 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.522;QD=52.5219;RBI=0.050692;REFB=0;REVB=-0.00513481;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096805;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr3 53882673 . G GT 103.41 PASS AF=0.625;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0389296;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.9604;QD=17.2356;RBI=0.0434891;REFB=-0.0152691;REVB=-0.0193853;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.588114;STBP=0.252;TYPE=ins;VARB=0.0128807;OID=.;OPOS=53882674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:14:25:15:24:9:10:5:4:5:30:10:9:5:4:6 chr3 53883722 . C G 1123.59 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0187338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5204;QD=56.1796;RBI=0.0191427;REFB=-0.195685;REVB=-0.00393557;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114041;STB=0.50749;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00812693;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:3:77:77:0.9625:41:36:0:1:41:36:2:1 chr3 53886912 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.438;QD=55.0978;RBI=0.0196033;REFB=0;REVB=0.00864869;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178591;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr3 53905308 . T C 594.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119616;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.9847;QD=60.956;RBI=0.0314424;REFB=0;REVB=0.0290783;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192366;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr3 53906513 . G A 814.55 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.599;QD=57.1614;RBI=0.0292724;REFB=0;REVB=0.0287409;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64637e-05;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:39:18:0:0 chr3 53916130 . A G 239.07 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.672;QD=50.331;RBI=0.0337866;REFB=0;REVB=-0.0136276;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38044e-05;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr3 53919579 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0204912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.315;QD=15.6983;RBI=0.0221814;REFB=-0.00775952;REVB=-0.00849261;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259769;STB=0.648464;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00671801;OID=.;OPOS=53919579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:14:5:8:7:14:5 chr3 54354510 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.023648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4701;QD=21.0639;RBI=0.0309625;REFB=-0.00169622;REVB=0.0199862;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222402;STB=0.624896;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00271352;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:9:15:9:15:9:15:9:15 chr3 54420012 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.000644919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.864;QD=11.257;RBI=0.00838515;REFB=-0.00199634;REVB=-0.00836031;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319996;STB=0.699399;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00389121;OID=.;OPOS=54420012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:4:8:7:1:4:8 chr3 54798258 . G A 93.94 PASS AF=0.227273;AO=13;DP=64;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0265185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.082;QD=5.69354;RBI=0.0273076;REFB=-0.00325848;REVB=-0.00651702;RO=50;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103195;STB=0.622598;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0203061;OID=.;OPOS=54798258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:64:66:50:51:13:15:0.227273:7:6:19:31:7:8:19:32 chr3 54880461 . A G 303.26 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0196785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.006;QD=25.8091;RBI=0.0225982;REFB=-0.0171299;REVB=0.01111;RO=19;SAF=16;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128985;STB=0.582217;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0106175;OID=.;OPOS=54880461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:11:16:8:11:11:16:8:12 chr3 54930794 . C T 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=3;FWDB=0.00322959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3881;QD=6.58815;RBI=0.0371426;REFB=-0.00423633;REVB=-0.0370019;RO=40;SAF=11;SAR=1;SRF=37;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346764;STB=0.521704;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0152716;OID=.;OPOS=54930794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:1:11:37:3:1:11:37:3 chr3 54961949 . C T 374.86 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7645;QD=55.5342;RBI=0.0608893;REFB=0;REVB=0.00554125;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164415;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:9:18:0:0 chr3 55501002 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.208;QD=52.6126;RBI=0.068567;REFB=0;REVB=0.0394649;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528409;OID=.;OPOS=55501002;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 56106226 . C T 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8172;QD=59.8281;RBI=0.0535883;REFB=0;REVB=-0.0428356;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193311;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr3 56219179 . GAAGCT G 107.29 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.000811014;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=248.108;QD=13.4107;RBI=0.0119205;REFB=-0.0396856;REVB=-0.0118929;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264526;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=0.0303772;OID=.;OPOS=56219180;OREF=AAGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:15:32:16:32:16:8:8:7:9:99:16:7:8:7:9 chr3 56219210 . T C 432.12 PASS AF=0.888889;AO=31;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0880085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5423;QD=48.0129;RBI=0.0960383;REFB=0.00959397;REVB=0.0384429;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.552599;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000969106;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:0:4:31:32:0.888889:17:14:0:0:17:15:0:4 chr3 56597954 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.0320892;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.495;QD=15.8405;RBI=0.0332352;REFB=-0.0131019;REVB=-0.00865233;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32619;STB=0.683871;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00774917;OID=.;OPOS=56597954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:0:7:6:2:0:7 chr3 56627048 . A G 664.48 PASS AF=0.576577;AO=63;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0184169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.724;QD=23.9451;RBI=0.0184274;REFB=-0.00064774;REVB=0.000622005;RO=47;SAF=24;SAR=39;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192228;STB=0.506043;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000542582;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:47:47:63:64:0.576577:39:24:19:28:39:25:19:28 chr3 56627598 . A G 740.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.080755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.943;QD=56.9691;RBI=0.08428;REFB=0;REVB=0.0241194;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049136;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:32:17:0:0:32:20:0:0 chr3 56650012 . G C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.010969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2275;QD=7.67879;RBI=0.0116211;REFB=-0.00179788;REVB=0.00383827;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.613826;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0035481;OID=.;OPOS=56650012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:28:31:11:11:0.261905:4:7:14:14:4:7:15:16 chr3 56650050 . GA GACTT,TT 377.38 PASS AF=0.653846,0.0769231;AO=32,4;DP=52;FAO=34,4;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=15,4;FSAR=19,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0137442,-0.0148386;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=171.998,129.582;QD=29.0293;RBI=0.0344698,0.0148589;REFB=-0.0230588,-0.0175643;REVB=0.0316111,-0.000775507;RO=16;SAF=13,4;SAR=19,0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.134397,0.631565;STB=0.538155,0.996675;STBP=0.401,0.085;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0173761,0.00882921;OID=.,.;OPOS=56650052,56650050;OREF=-,GA;OALT=CTT,TT;OMAPALT=GACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:16:14:32,4:34,4:0.653846,0.0769231:19,0:13,4:10:6:19,0:15,4:8:6 chr3 56650054 . T TCTC 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00592681;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.552;QD=7.01187;RBI=0.00620482;REFB=-0.0113439;REVB=-0.00183647;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184569;STB=0.624087;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.0547016;OID=.;OPOS=56650055;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283:13:54:13:53:40:8:5:18:22:92:41:8:5:19:22 chr3 56658871 . T C 180.98 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00430304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.444;QD=13.9217;RBI=0.0188882;REFB=0.00248264;REVB=0.0183916;RO=31;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179536;STB=0.613223;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00429786;OID=.;OPOS=56658871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:31:31:20:21:0.403846:7:13:15:16:7:14:15:16 chr3 56667682 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3921;QD=55.0979;RBI=0.0283753;REFB=0;REVB=-0.0156765;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00091863;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr3 56716922 . T G 428.28 PASS AF=0.96875;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5954;QD=53.5354;RBI=0.156874;REFB=-0.0197597;REVB=0.156299;RO=1;SAF=24;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189901;STB=0.509428;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00552556;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:27:31:0.96875:3:24:1:0:5:26:1:0 chr3 56763316 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.79;QD=58.5871;RBI=0.0111972;REFB=0;REVB=0.00394541;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31469e-05;OID=.;OPOS=56763316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr3 56763328 . T C 464.53 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7594;QD=58.0665;RBI=0.0159829;REFB=0;REVB=-0.0042926;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214573;OID=.;OPOS=56763328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr3 56771251 . A C 474.61 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0216298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5133;QD=27.1204;RBI=0.0259133;REFB=-0.0194501;REVB=0.0142705;RO=26;SAF=17;SAR=27;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106244;STB=0.557973;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00961295;OID=.;OPOS=56771251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:27:17:14:12:27:17:14:12 chr3 57108551 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00123041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.139;QD=11.9536;RBI=0.0245883;REFB=0.00304103;REVB=0.0245575;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380618;STB=0.729141;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00465976;OID=.;OPOS=57108551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:7:4:6:2:7:4 chr3 57109095 . T C 105.68 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0172541;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.598;QD=19.2145;RBI=0.0422395;REFB=-0.00380007;REVB=0.0385547;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.626659;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.011488;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:7:3:7:5:7:3 chr3 57132200 . A G 350.39 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0654752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2419;QD=28.6034;RBI=0.0667319;REFB=0.018209;REVB=0.0128897;RO=19;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288105;STB=0.515851;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0126342;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:17:13:9:10:17:13:9:10 chr3 57136585 . C T 1605.34 PASS AF=0.675127;AO=128;DP=196;FAO=133;FDP=197;FR=.;FRO=64;FSAF=63;FSAR=70;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.020526;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4869;QD=32.5957;RBI=0.034883;REFB=0.00648488;REVB=0.0282047;RO=64;SAF=61;SAR=67;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829926;STB=0.542513;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00216945;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:197:64:64:128:133:0.675127:67:61:22:42:70:63:22:42 chr3 57139972 . A G 334.53 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0227296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.265;QD=27.3089;RBI=0.024758;REFB=-0.00142832;REVB=0.00981456;RO=20;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648239;STB=0.535792;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000740301;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:12:17:10:10:12:17:10:10 chr3 57176505 . A G 168.9 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00540429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.756;QD=24.1284;RBI=0.00545884;REFB=-0.00147562;REVB=0.000769798;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141024;STB=0.578634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000864024;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:8:3:8:9:8:3 chr3 57323170 . A G 194.63 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.928;QD=45.796;RBI=0.221372;REFB=0;REVB=-0.00675766;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970718;OID=.;OPOS=57323170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:9:7:1:0:9:8:0:0 chr3 57335876 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.694;QD=60.7162;RBI=0.0494791;REFB=0;REVB=0.0142967;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68377e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:33:42:0:0:34:42:0:0 chr3 57494138 . A C 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0618316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.433;QD=11.8818;RBI=0.0650919;REFB=-0.030825;REVB=0.0203423;RO=28;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190077;STB=0.612749;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0462902;OID=.;OPOS=57494138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:10:5:14:14:10:5:14:14 chr3 57563120 . GA G 156.68 PASS AF=0.604651;AO=20;DP=39;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.149341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2507;QD=14.5751;RBI=0.164162;REFB=0.0420719;REVB=0.0681659;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346284;STB=0.604236;STBP=0.082;TYPE=del;VARB=-0.0129692;OID=.;OPOS=57563121;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604651:20:39:26:43:17:10:16:11:6:74:17:5:15:11:6 chr3 57613454 . G C 80.39 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0371545;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1224;QD=13.3987;RBI=0.0404386;REFB=0.00130773;REVB=-0.0159634;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155332;STB=0.583171;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.00941937;OID=.;OPOS=57613454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:26:24:12:14:10:10:0.416667:5:5:8:4:5:5:9:5 chr3 57882601 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00932449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.413;QD=21.745;RBI=0.0556977;REFB=-0.0251473;REVB=-0.0549117;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110883;STB=0.562433;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0238341;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:8:8:7:12:8:8 chr3 58081888 . T C 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.987;QD=60.601;RBI=0.0704127;REFB=0;REVB=0.0539342;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52846e-05;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr3 58109162 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0519632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3156;QD=20.0171;RBI=0.0524265;REFB=0.0111978;REVB=-0.006954;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00822508;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:9:8:10:8:9:8 chr3 58112440 . A G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3454;QD=52.5997;RBI=0.07376;REFB=0;REVB=0.0735757;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116774;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr3 58118555 . G A 635.87 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028549;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.056;QD=62.0362;RBI=0.0508189;REFB=0;REVB=0.0420418;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036538;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr3 58139231 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0124607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.822;QD=14.4909;RBI=0.0369045;REFB=-0.0293889;REVB=-0.0347371;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143006;STB=0.575751;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0459553;OID=.;OPOS=58139231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:5:14:18:11:5:14:19:11 chr3 58154327 . C T 223.07 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00774787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.665;QD=16.5236;RBI=0.0134003;REFB=-0.0250755;REVB=-0.0109333;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262555;STB=0.501482;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0339587;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:15:14:12:13:15:14 chr3 58157882 . G A 352.73 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0107952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9958;QD=26.1279;RBI=0.0458965;REFB=-0.0353135;REVB=-0.0446089;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873242;STB=0.547798;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0153486;OID=.;OPOS=58157882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:16:18:8:12:16:18:8:12 chr3 58179028 . T C 378.79 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7756;QD=54.1133;RBI=0.0891424;REFB=0;REVB=0.0738367;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461952;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:18:8:0:0:19:9:0:0 chr3 58191266 . C T 464.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.646;QD=58.1004;RBI=0.0182253;REFB=0;REVB=0.00139249;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119274;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr3 58305033 . A C 213.63 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0297258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.239;QD=23.7369;RBI=0.0385965;REFB=-0.0219705;REVB=-0.0246185;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766705;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0154016;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:15:20:21:0.583333:10:10:6:9:10:11:6:9 chr3 58305079 . T C 412.24 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0206869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.169;QD=35.0845;RBI=0.0500224;REFB=-0.0256751;REVB=0.0455443;RO=14;SAF=18;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102852;STB=0.555951;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0111543;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:15:18:5:9:15:18:5:9 chr3 58305235 . G T 147.62 PASS AF=0.875;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0225519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.587;QD=36.9051;RBI=0.041006;REFB=-0.0900148;REVB=0.0342476;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00128079;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:16:0:2:13:14:0.875:7:6:0:0:8:6:0:2 chr3 58409173 . A T 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00728946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.769;QD=20.1576;RBI=0.0436078;REFB=-0.0270723;REVB=-0.0429943;RO=14;SAF=14;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522857;STB=0.801645;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.017774;OID=.;OPOS=58409173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:2:14:5:9:2:14:5:9 chr3 58416538 . T C 464.64 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.586;QD=58.0795;RBI=0.0561615;REFB=0;REVB=0.0363133;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169569;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:10:20:0:0:10:22:0:0 chr3 58484521 . T C 188.36 PASS AF=0.294118;AO=23;DP=83;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.05749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1546;QD=8.86381;RBI=0.0592987;REFB=-0.0131545;REVB=0.0145338;RO=59;SAF=14;SAR=9;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181582;STB=0.623474;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0348626;OID=.;OPOS=58484521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:59:60:23:25:0.294118:9:14:27:32:9:16:28:32 chr3 58512237 . A G 139.38 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0245838;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3223;QD=18.5839;RBI=0.0251665;REFB=-0.0249181;REVB=0.00538436;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.034927;OID=.;OPOS=58512237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:15:15:15:0.5:8:7:8:6:8:7:8:7 chr3 58520306 . G C 439.6 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213236;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5954;QD=54.9498;RBI=0.0216649;REFB=-0.0811069;REVB=-0.00383054;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00337515;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr3 58572577 . C G 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0226636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.063;QD=22.1886;RBI=0.0259478;REFB=-0.0448675;REVB=-0.0126352;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132995;STB=0.507456;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0352099;OID=.;OPOS=58572577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:12:9:8:10:12:9:8:10 chr3 58572625 . G A 92.26 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.017329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.396;QD=17.5725;RBI=0.018335;REFB=-0.0144191;REVB=0.00598977;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.642565;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0140806;OID=.;OPOS=58572625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:21:21:9:10:11:11:0.52381:9:2:3:6:9:2:4:6 chr3 58834824 . A G 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2779;QD=46.8336;RBI=0.0950318;REFB=0;REVB=-0.0840549;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00564526;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr3 58834890 . C T 337.56 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105108;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.024;QD=50.0095;RBI=0.0159384;REFB=-0.0973714;REVB=0.0119814;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044143;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00140804;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:1:1:25:26:0.962963:15:10:1:0:15:11:1:0 chr3 60519224 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.23667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6166;QD=28.5376;RBI=0.241141;REFB=-0.0161145;REVB=-0.0462167;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0199781;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr3 62189189 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0106772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.797;QD=25.4671;RBI=0.0193629;REFB=-0.0384903;REVB=-0.016153;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0152364;OID=.;OPOS=62189189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:0:3:6:3:0:3 chr3 62229553 . C T 160.09 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9595;QD=45.7387;RBI=0.0203374;REFB=0;REVB=-0.0023507;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951921;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr3 62384314 . A G 175.03 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.358;QD=46.6745;RBI=0.0307687;REFB=0;REVB=-0.00722006;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86558e-06;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:6:6:0:0:8:7:0:0 chr3 62431415 . T C 88.19 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.238;QD=39.1939;RBI=0.109295;REFB=0;REVB=0.00683182;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494852;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr3 62556622 . A G 330.48 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00695499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.055;QD=50.8428;RBI=0.0188516;REFB=-0.0303543;REVB=0.0175217;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000222618;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:1:0:11:14:1:0 chr3 63981635 . C T 122.31 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.058913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.876;QD=27.1788;RBI=0.059879;REFB=0.0179299;REVB=-0.0107125;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.504498;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00579506;OID=.;OPOS=63981635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:18:5:5:12:13:0.722222:7:5:2:3:8:5:2:3 chr3 64009508 . T C 159.13 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00264824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0675;QD=17.6809;RBI=0.00752823;REFB=-0.0321338;REVB=0.00704706;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345359;STB=0.698675;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0338093;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:11:8:13:4:11:8 chr3 64082837 . TTA T,TT 37.9 PASS AF=0.236842,0;AO=8,6;DP=41;FAO=9,0;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.168757,-0.163211;FXX=0.0256345;HRUN=6,7;LEN=2,1;MLLD=21.2686,11.265;QD=3.98904;RBI=0.210482,0.163663;REFB=-0.055991,-0.0424506;REVB=0.125791,-0.0121572;RO=23;SAF=7,2;SAR=1,4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.602834,-0.0189638;STB=0.606704,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=del,del;VARB=0.176527,0.0182725;OID=.,.;OPOS=64082838,64082839;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842,0:8,6:41:9,0:38:29:5,0:4,0:12:17:35:23:7,2:1,4:8:15 chr3 64133350 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.218;QD=42.1825;RBI=0.0455772;REFB=0;REVB=0.00673462;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734367;OID=.;OPOS=64133350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr3 64502189 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0191771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.019;QD=14.7015;RBI=0.0251629;REFB=-0.0153159;REVB=-0.0162914;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.629428;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.023265;OID=.;OPOS=64502189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:11:4:6:6:11:4 chr3 64666931 . G A 216.59 PASS AF=0.288462;AO=30;DP=105;FAO=30;FDP=104;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=44;FWDB=0.000716683;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.411;QD=8.33054;RBI=0.0106384;REFB=-0.0181035;REVB=-0.0106142;RO=63;SAF=17;SAR=13;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105086;STB=0.613217;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0323971;OID=.;OPOS=64666931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:63:74:30:30:0.288462:13:17:30:33:13:17:30:44 chr3 66287056 . G A 394.09 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00402227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8336;QD=20.2096;RBI=0.0287526;REFB=-0.0133871;REVB=-0.0284698;RO=37;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821373;STB=0.538442;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0114157;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:38:40:40:0.512821:20:20:15:22:20:20:16:22 chr3 66354911 . G C 769.4 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6451;QD=56.9928;RBI=0.0780683;REFB=0;REVB=0.0587805;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130843;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr3 66374361 . G C 288.67 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8606;QD=52.4858;RBI=0.126314;REFB=0;REVB=0.105964;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561031;OID=.;OPOS=66374361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr3 66396845 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00785797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.278;QD=40.7629;RBI=0.007858;REFB=0;REVB=-2.27342e-05;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015776;OID=.;OPOS=66396845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 66419956 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.782;QD=53.2771;RBI=0.0275335;REFB=0;REVB=0.0275094;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124218;OID=.;OPOS=66419956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr3 66421794 . AGT AT,ATG,ATGT 114.42 PASS AF=0,0.0243902,0.487805;AO=6,9,5;DP=42;FAO=0,1,20;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=0,0,4;FSAR=0,1,16;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000181017,0.0727703,0.0398298;FXX=0;HRUN=1,1,0;LEN=1,2,1;MLLD=110.779,27.4869,25.1578;QD=11.1627;RBI=0.0913855,0.173078,0.0491967;REFB=0.0131852,-0.0167663,-0.0376943;REVB=-0.0913853,-0.157037,-0.0288774;RO=18;SAF=0,1,3;SAR=6,8,2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.720804,-0.515523,0.115693;STB=0.5,0.991549,0.727025;STBP=1,0.242,0.016;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,0.19308,0.169118;OID=.,.,.;OPOS=66421795,66421795,66421795;OREF=G,GT,-;OALT=-,TG,T;OMAPALT=AT,ATG,ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0243902,0.487805:6,9,5:42:0,1,20:41:20:0,0,4:0,1,16:12:8:78:18:0,1,3:6,8,2:9:9 chr3 66433676 . A G 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8821;QD=63.2753;RBI=0.0733353;REFB=0;REVB=-0.0550018;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109866;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr3 66434643 . T C 938.44 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000587577;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.851;QD=58.6525;RBI=0.0629127;REFB=0;REVB=0.0629099;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87796e-05;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:63:64:1:29:34:0:0:30:34:0:0 chr3 67048761 . GT CG,G,GC 741.1 PASS AF=0.0208333,0.0833333,0.895833;AO=2,5,40;DP=49;FAO=1,4,43;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,18;FSAR=0,4,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331287,-0.0383092,-0.00313899;FXX=0.020404;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=13.5735,70.9485,91.0564;QD=61.7585;RBI=0.0828863,0.051395,0.0260121;REFB=0,0,0;REVB=-0.0759778,0.0342615,0.025822;RO=0;SAF=1,0,18;SAR=1,5,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.19993e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0735748,0.0550193,-0.000343627;OID=.,.,.;OPOS=67048761,67048762,67048762;OREF=GT,T,T;OALT=CG,-,C;OMAPALT=CG,G,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:49:48:0:0:2,5,40:1,4,43:0.0208333,0.0833333,0.895833:1,5,22:1,0,18:0:0:0,4,25:1,0,18:0:0 chr3 67048766 . GGC G,GG 173.2 PASS AF=0.6,0;AO=13,8;DP=41;FAO=24,0;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.146074,-0.178845;FXX=0.0243843;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.1876,13.6185;QD=17.3202;RBI=0.149497,0.19908;REFB=-0.141393,-0.130687;REVB=-0.031804,0.0874481;RO=16;SAF=1,5;SAR=12,3;SRF=2;SRR=14;SSEN=0.445946,0;SSEP=0,0.441379;SSSB=-0.136472,0.514314;STB=0.612592,0.5;STBP=0.116,1;TYPE=del,del;VARB=0.0941036,0;OID=.,.;OPOS=67048767,67048768;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:13,8:41:24,0:40:16:9,0:15,0:2:14:84:16:1,5:12,3:2:14 chr3 67411166 . A G 64.53 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00103583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.889;QD=7.8217;RBI=0.0135549;REFB=0.0014522;REVB=-0.0135152;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195702;STB=0.652718;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00349769;OID=.;OPOS=67411166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:33:22:24:9:9:0.272727:6:3:11:11:6:3:13:11 chr3 67426281 . T C 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00787922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.31;QD=25.2765;RBI=0.0174967;REFB=-0.0517519;REVB=-0.0156221;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952202;STB=0.553135;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0331118;OID=.;OPOS=67426281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:6:6:12:7:6:6 chr3 69036678 . G C 101.36 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0786878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4609;QD=17.6271;RBI=0.0786909;REFB=-0.0483757;REVB=-0.000700548;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0257421;OID=.;OPOS=69036678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:23:10:11:11:12:0.521739:7:4:5:5:8:4:5:6 chr3 69054341 . T C 338.55 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.923;QD=54.1674;RBI=0.0819447;REFB=0;REVB=0.0182534;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473688;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:22:25:1:8:14:0:0:8:17:0:0 chr3 69096614 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.089;QD=59.8374;RBI=0.00546282;REFB=0;REVB=0.00405645;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63879e-06;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr3 69113207 . TA T 32.08 PASS AF=0.28;AO=15;DP=52;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.036006;FXX=0.0384541;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.91298;QD=2.56649;RBI=0.206144;REFB=-0.0908;REVB=0.202975;RO=30;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=10;SSEN=0.371429;SSEP=0;SSSB=0.197041;STB=0.56282;STBP=0.659;TYPE=del;VARB=0.10099;OID=.;OPOS=69113208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:15:52:14:50:36:10:4:23:13:32:30:12:3:20:10 chr3 69230061 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0511854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.153;QD=19.134;RBI=0.0544743;REFB=-0.0328137;REVB=0.0186413;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00556761;OID=.;OPOS=69230061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr3 69230801 . G A 197.44 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00867577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.683;QD=26.3257;RBI=0.0519983;REFB=-0.0104386;REVB=0.0512694;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166367;STB=0.59224;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00589617;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:8:3:10:9:8:3 chr3 69245454 . T C 357.54 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.159;QD=55.0062;RBI=0.0265438;REFB=0;REVB=-0.015013;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2123e-05;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr3 69246152 . A G 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0187383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0997;QD=15.6491;RBI=0.0191128;REFB=-0.00535738;REVB=0.00376533;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062308;STB=0.503593;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00613501;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:13:8:6:10:13:8 chr3 71823582 . C T 107.28 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0541076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4849;QD=12.6208;RBI=0.0564859;REFB=-0.0145473;REVB=-0.0162178;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652316;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0364435;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:11:10:7:6:11:10 chr3 72426901 . A G 2353.53 PASS AF=0.993289;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0757591;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3813;QD=63.182;RBI=0.105174;REFB=-0.140143;REVB=0.0729531;RO=1;SAF=78;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605886;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00148875;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:148:148:0.993289:70:78:1:0:70:78:1:0 chr3 72495775 . TCC CGG,TCG 331.26 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,15;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337721,-0.0724399;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=43.7706,42.7448;QD=53.0017;RBI=0.0351916,0.0762961;REFB=0,0;REVB=0.00989403,0.023949;RO=0;SAF=2,2;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.180327,-0.0189604;OID=.,.;OPOS=72495775,72495777;OREF=TCC,C;OALT=CGG,G;OMAPALT=CGG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:25:25:0:0:2,15:2,23:0.08,0.92:0,13:2,2:0:0:0,15:2,8:0:0 chr3 72495945 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.091;QD=42.1826;RBI=0.0724902;REFB=0;REVB=0.0206051;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789245;OID=.;OPOS=72495945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr3 73024350 . C A 781.35 PASS AF=0.695652;AO=64;DP=92;FAO=64;FDP=92;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0393175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7729;QD=33.9718;RBI=0.0693332;REFB=-0.043026;REVB=-0.0571072;RO=28;SAF=28;SAR=36;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760165;STB=0.540971;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0208677;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:28:28:64:64:0.695652:36:28:16:12:36:28:16:12 chr3 73111368 . T C 527.93 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0285665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.742;QD=52.793;RBI=0.0315141;REFB=0.0717626;REVB=-0.0133077;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00659507;STB=0.517799;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00805573;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:2:3:37:37:0.925:21:16:1:1:21:16:2:1 chr3 73111480 . AC ACA,CA 117.58 PASS AF=0.269231,0.0576923;AO=12,4;DP=53;FAO=14,3;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8,3;FSAR=6,0;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.000317106,-0.0313489;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,2;MLLD=25.6106,33.1762;QD=9.04488;RBI=0.0499248,0.0503923;REFB=-0.00550905,-0.0133177;REVB=-0.0499238,0.0394541;RO=35;SAF=6,4;SAR=6,0;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.085684,0.615697;STB=0.601013,0.996857;STBP=0.366,0.04;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0167576,0.0363969;OID=.,.;OPOS=73111482,73111480;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:53:52:35:35:12,4:14,3:0.269231,0.0576923:6,0:6,4:15:20:6,0:8,3:15:20 chr3 73111809 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.248;QD=35.5759;RBI=0.00764497;REFB=0;REVB=0.00423121;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55195e-05;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr3 73111973 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0562361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.421;QD=59.0129;RBI=0.0597851;REFB=0;REVB=0.020292;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209742;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr3 73111998 . C T 357.17 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.845;QD=54.9491;RBI=0.0224265;REFB=0;REVB=-0.0197616;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93213e-05;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr3 73112378 . A G 556.81 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.913;QD=60.1953;RBI=0.0548066;REFB=0;REVB=0.0327675;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279081;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 73114003 . T C 33.84 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0035322;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8746;QD=3.22248;RBI=0.0347275;REFB=-0.00805455;REVB=0.0345474;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215425;STB=0.644672;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0443176;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:2:4:17:18:2:4:18:18 chr3 73290979 . G T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0186218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.559;QD=26.3157;RBI=0.0291886;REFB=-0.0550739;REVB=0.0224767;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149856;STB=0.583256;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0353364;OID=.;OPOS=73290979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:6:8:8:14:6:8 chr3 74413676 . T C 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.986;QD=39.3142;RBI=0.0816522;REFB=0.0262372;REVB=0.0594109;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000713876;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr3 75232044 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441686;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.083;QD=57.679;RBI=0.0444043;REFB=0;REVB=0.00456915;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223286;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr3 75475670 . A C 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00166949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.193;QD=32.3678;RBI=0.00183504;REFB=-0.0293124;REVB=-0.000761703;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691109;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00457904;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:6:7:1:2:6:7:1:2 chr3 75680006 . T C 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00566266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.943;QD=3.29623;RBI=0.00661846;REFB=-0.003962;REVB=0.00342612;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856927;STB=0.561228;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0243897;OID=.;OPOS=75680006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:4:3:21:21:4:3:21:21 chr3 75713564 . T C 176.13 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0180761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.197;QD=10.2106;RBI=0.0227609;REFB=-0.0053575;REVB=-0.0138315;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113195;STB=0.514526;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00908485;OID=.;OPOS=75713564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:46:23:23:0.333333:11:12:22:21:11:12:25:21 chr3 75714298 . A G 581.54 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=84;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00778656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.914;QD=27.6926;RBI=0.0246407;REFB=-0.0163662;REVB=0.0233781;RO=32;SAF=34;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688616;STB=0.537535;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.01011;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:32:52:52:0.619048:18:34:18:14:18:34:18:14 chr3 75714311 . G A 158.2 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=0.0299535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4862;QD=6.52357;RBI=0.0300129;REFB=0.0105173;REVB=0.00188842;RO=71;SAF=15;SAR=8;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617968;STB=0.5362;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0129439;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:71:74:23:23:0.237113:8:15:43:28:8:15:45:29 chr3 75714337 . T G 793.08 PASS AF=0.626087;AO=69;DP=112;FAO=72;FDP=115;FR=.;FRO=43;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.0108444;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.686;QD=27.5854;RBI=0.0230644;REFB=-0.0292769;REVB=0.020356;RO=41;SAF=43;SAR=26;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260693;STB=0.521128;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.012643;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:115:41:43:69:72:0.626087:26:43:27:14:29:43:28:15 chr3 75714345 . G T 217.0 PASS AF=0.258065;AO=32;DP=124;FAO=32;FDP=124;FR=.;FRO=92;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=-0.00797774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.861;QD=6.99988;RBI=0.0234437;REFB=-0.01618;REVB=0.0220446;RO=92;SAF=19;SAR=13;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224763;STB=0.513505;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0295499;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:92:92:32:32:0.258065:13:19:53:39:13:19:53:39 chr3 75714702 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00186983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.256;QD=23.5279;RBI=0.039826;REFB=-0.017316;REVB=0.039782;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014105;STB=0.507879;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0120472;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:10:5:7:13:10:5 chr3 75714819 . G A 32.54 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=105;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=49;FWDB=-0.0229163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.275;QD=1.21649;RBI=0.0567667;REFB=-0.000775869;REVB=-0.0519355;RO=96;SAF=5;SAR=4;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627293;STB=0.550822;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00682453;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:105:107:96:98:9:9:0.0841121:4:5:48:48:4:5:49:49 chr3 75714825 . G A 452.73 PASS AF=0.509804;AO=46;DP=94;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0387696;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4432;QD=17.7541;RBI=0.0390001;REFB=-0.0275096;REVB=0.00423352;RO=48;SAF=28;SAR=18;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195758;STB=0.605519;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0336286;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:102:48:50:46:52:0.509804:18:28:19:29:21:31:19:31 chr3 75714831 . G A 87.36 PASS AF=0.154545;AO=17;DP=103;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0229143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.721;QD=3.17687;RBI=0.0233792;REFB=-0.00953845;REVB=0.00463925;RO=86;SAF=7;SAR=10;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682547;STB=0.552484;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0511854;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:103:110:86:93:17:17:0.154545:10:7:40:46:10:7:44:49 chr3 75714835 . C T 111.87 PASS AF=0.181818;AO=20;DP=110;FAO=20;FDP=110;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=0.000423439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.408;QD=4.06798;RBI=0.0137031;REFB=-0.00779389;REVB=-0.0136965;RO=90;SAF=7;SAR=13;SRF=39;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110525;STB=0.571628;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0416759;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:90:90:20:20:0.181818:13:7:39:51:13:7:39:51 chr3 75714840 . A G 741.8 PASS AF=0.578512;AO=70;DP=120;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.01041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.895;QD=24.5225;RBI=0.0109607;REFB=-0.0163467;REVB=-0.00343054;RO=50;SAF=34;SAR=36;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657843;STB=0.539544;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0117041;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:50:51:70:70:0.578512:36:34:20:30:36:34:20:31 chr3 75714843 . T A 368.53 PASS AF=0.357143;AO=45;DP=126;FAO=45;FDP=126;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=50;FWDB=-0.037876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9933;QD=11.6993;RBI=0.0494699;REFB=0.00434648;REVB=-0.0318226;RO=81;SAF=26;SAR=19;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216412;STB=0.623513;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0102876;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:81:81:45:45:0.357143:19:26:31:50:19:26:31:50 chr3 75714853 . G A 444.85 PASS AF=0.358621;AO=52;DP=144;FAO=52;FDP=145;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=57;FWDB=0.0235026;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1571;QD=12.2717;RBI=0.0237686;REFB=-0.0144405;REVB=-0.00354631;RO=91;SAF=28;SAR=24;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158487;STB=0.596178;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0343105;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:91:93:52:52:0.358621:24:28:36:55:24:28:36:57 chr3 75714898 . G A 453.02 PASS AF=0.30102;AO=59;DP=194;FAO=59;FDP=196;FR=.;FRO=137;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=65;FSRR=72;FWDB=-0.0119527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2678;QD=9.24524;RBI=0.0820395;REFB=-0.0141018;REVB=0.0811641;RO=135;SAF=25;SAR=34;SRF=63;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520648;STB=0.53589;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0350439;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:196:135:137:59:59:0.30102:34:25:63:72:34:25:65:72 chr3 75714917 . G A 371.3 PASS AF=0.295858;AO=49;DP=170;FAO=50;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.0248866;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.674;QD=8.78804;RBI=0.0249997;REFB=-0.0114357;REVB=-0.00237507;RO=85;SAF=23;SAR=26;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666913;STB=0.545698;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0330714;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:85:118:49:50:0.295858:26:23:45:40:26:24:49:69 chr3 75714929 . G A 304.35 PASS AF=0.271605;AO=44;DP=162;FAO=44;FDP=162;FR=.;FRO=118;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=71;FWDB=-0.0339783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7244;QD=7.51484;RBI=0.0392934;REFB=-0.0426758;REVB=-0.0197343;RO=118;SAF=18;SAR=26;SRF=47;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137498;STB=0.508145;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0412294;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:118:118:44:44:0.271605:26:18:47:71:26:18:47:71 chr3 75714935 . C A 59.63 PASS AF=0.100629;AO=16;DP=159;FAO=16;FDP=159;FR=.;FRO=143;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=86;FWDB=-0.0247787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.392;QD=1.50002;RBI=0.025238;REFB=-0.00526887;REVB=0.00479285;RO=141;SAF=4;SAR=12;SRF=57;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203591;STB=0.651043;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0346294;OID=.;OPOS=75714935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:159:159:141:143:16:16:0.100629:12:4:57:84:12:4:57:86 chr3 75714937 . G A 60.44 PASS AF=0.101911;AO=16;DP=158;FAO=16;FDP=157;FR=.;FRO=141;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=56;FSRR=85;FWDB=-0.021167;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.753;QD=1.53976;RBI=0.0286763;REFB=-0.00665097;REVB=-0.0193465;RO=142;SAF=4;SAR=12;SRF=57;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200104;STB=0.649619;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0351938;OID=.;OPOS=75714937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:158:157:142:141:16:16:0.101911:12:4:57:85:12:4:56:85 chr3 75714950 . C A 257.82 PASS AF=0.25;AO=37;DP=148;FAO=37;FDP=148;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=71;FWDB=-0.00444229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.434;QD=6.96809;RBI=0.0156083;REFB=-0.00224848;REVB=-0.0149628;RO=111;SAF=17;SAR=20;SRF=40;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126564;STB=0.575696;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00847274;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:111:111:37:37:0.25:20:17:40:71:20:17:40:71 chr3 75714971 . C A 88.57 PASS AF=0.147541;AO=18;DP=121;FAO=18;FDP=122;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=62;FWDB=0.00760686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4383;QD=2.90386;RBI=0.0147326;REFB=-0.00933017;REVB=-0.0126169;RO=102;SAF=8;SAR=10;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548725;STB=0.535277;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0430267;OID=.;OPOS=75714971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:121:122:102:104:18:18:0.147541:10:8:41:61:10:8:42:62 chr3 75714976 . C T 319.95 PASS AF=0.350427;AO=40;DP=116;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=0.0405047;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.786;QD=10.9384;RBI=0.0494524;REFB=-0.0156396;REVB=0.028371;RO=75;SAF=14;SAR=26;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608223;STB=0.51999;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0205601;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:75:76:40:41:0.350427:26:14:30:45:26:15:30:46 chr3 75714980 . C A 154.16 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.0164253;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5016;QD=5.45684;RBI=0.029545;REFB=0.0072945;REVB=0.0245584;RO=88;SAF=8;SAR=17;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914775;STB=0.556895;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0104294;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:88:88:25:25:0.221239:17:8:34:54:17:8:34:54 chr3 75715118 . G A 90.12 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00419246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.998;QD=7.66992;RBI=0.00421263;REFB=-0.0127523;REVB=-0.000411782;RO=35;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44213;STB=0.772757;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0302797;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:3:9:13:22:3:9:13:22 chr3 75715124 . C T 111.95 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0117093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.9755;QD=8.44919;RBI=0.0148124;REFB=-0.0225109;REVB=-0.00907185;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371089;STB=0.722612;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0591155;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:5:10:13:25:5:10:13:25 chr3 75715173 . CT TG 141.6 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00313696;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=220.684;QD=7.86688;RBI=0.0151473;REFB=-0.0263426;REVB=-0.0148189;RO=52;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37172;STB=0.722609;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.056331;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:6:14:20:32:6:14:20:32 chr3 75715181 . G A 139.63 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0053777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.072;QD=7.65066;RBI=0.00711555;REFB=-0.0295066;REVB=-0.00465954;RO=53;SAF=13;SAR=7;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279998;STB=0.668305;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0550413;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:7:13:22:31:7:13:22:31 chr3 75779724 . T C 140.1 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0536668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.012;QD=10.3777;RBI=0.0561104;REFB=-0.00698349;REVB=0.0163783;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962951;STB=0.556898;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0142902;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:11:7:17:19:11:7:17:19 chr3 75779727 . A G 145.07 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0156623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2921;QD=10.9485;RBI=0.0183603;REFB=-0.0221503;REVB=-0.00958087;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00204356;STB=0.546384;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0229939;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:35:18:18:0.339623:11:7:12:19:11:7:16:19 chr3 75779742 . G A 67.86 PASS AF=0.190476;AO=11;DP=62;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0117557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.018;QD=4.30887;RBI=0.0359474;REFB=-0.00381483;REVB=-0.0339709;RO=50;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28659;STB=0.650922;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.054917;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:62:63:50:51:11:12:0.190476:4:7:20:30:5:7:20:31 chr3 75779756 . A G 42.54 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.0047925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9389;QD=2.83589;RBI=0.0313624;REFB=-0.00449526;REVB=-0.030994;RO=50;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20142;STB=0.65054;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0670331;OID=.;OPOS=75779756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:59:60:50:52:8:8:0.133333:6:2:20:30:6:2:21:31 chr3 75779762 . G T 59.92 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0281941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1806;QD=4.20492;RBI=0.0390066;REFB=-0.0204734;REVB=0.0269557;RO=46;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982638;STB=0.552138;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0622513;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:57:57:46:47:10:10:0.175439:6:4:15:31:6:4:16:31 chr3 75779769 . C G 251.68 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000766503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.295;QD=17.0633;RBI=0.0111238;REFB=-0.023834;REVB=0.0110974;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588617;STB=0.539972;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0300268;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:16:12:11:19:16:12:11:20 chr3 75779772 . G A 43.17 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0225663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.48;QD=2.92709;RBI=0.0361031;REFB=-0.00294705;REVB=-0.0281815;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214441;STB=0.656723;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0676123;OID=.;OPOS=75779772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:6:2:21:30:6:2:21:30 chr3 75779777 . TAAAAG TAAAA,TAAAG 179.1 PASS AF=0.140351,0.315789;AO=7,18;DP=58;FAO=8,18;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=2,8;FSAR=6,10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00676728,-0.0289508;FXX=0.0172384;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=261.84,18.0427;QD=12.5685;RBI=0.0190371,0.044913;REFB=1.41682e-05,0.0125929;REVB=-0.0177937,-0.0343369;RO=30;SAF=2,8;SAR=5,10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0.338931;SSSB=-0.150958,0.0486333;STB=0.651767,0.516111;STBP=0.369,0.894;TYPE=del,del;VARB=0.00247201,-0.010938;OID=.,.;OPOS=75779782,75779778;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.140351,0.315789:7,18:58:8,18:57:31:2,8:6,10:13:18:99:30:2,8:5,10:12:18 chr3 75781222 . C T 100.19 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00697778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0432;QD=8.0154;RBI=0.0388208;REFB=-0.00356963;REVB=0.0381885;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025046;STB=0.501546;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114425;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:7:6:17:20:7:6:17:20 chr3 75781243 . T C 31.15 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00441361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3297;QD=2.35059;RBI=0.00966006;REFB=-0.00745695;REVB=-0.00859283;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205773;STB=0.657698;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0595117;OID=.;OPOS=75781243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:4:2:24:23:4:2:24:23 chr3 75781257 . T G 42.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.02929;FXX=0.113186;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8589;QD=3.62865;RBI=0.0581652;REFB=0.00788554;REVB=0.0502522;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115448;STB=0.581586;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0418833;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:53:47:40:40:7:7:0.148936:3:4:19:21:3:4:19:21 chr3 75781263 . T C 89.45 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0618901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0738;QD=7.30204;RBI=0.0629008;REFB=-0.00385851;REVB=-0.011231;RO=37;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489376;STB=0.530561;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0142615;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:6:6:17:20:6:6:17:20 chr3 75786031 . A C 149.4 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.00506913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1225;QD=6.4256;RBI=0.00510299;REFB=-0.0016097;REVB=-0.000586925;RO=70;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148191;STB=0.59601;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0054869;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:70:71:22:22:0.236559:9:13:33:37:9:13:33:38 chr3 75786036 . A C 152.37 PASS AF=0.234694;AO=22;DP=98;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0130616;FXX=0.0576868;HRUN=6;LEN=1;MLLD=194.883;QD=6.21916;RBI=0.0288302;REFB=-0.00549604;REVB=-0.0257016;RO=66;SAF=15;SAR=7;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281685;STB=0.652042;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0099048;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:75:22:23:0.234694:7:15:30:36:8:15:34:41 chr3 75786042 . G A 282.49 PASS AF=0.35514;AO=33;DP=104;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.00681958;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.899;QD=10.5604;RBI=0.00723193;REFB=-0.0188068;REVB=0.00240711;RO=70;SAF=17;SAR=16;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176597;STB=0.502957;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0297725;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:70:69:33:38:0.35514:16:17:35:35:18:20:36:33 chr3 75786059 . CA TA,TG 354.99 PASS AF=0.140741,0.207407;AO=18,28;DP=135;FAO=19,28;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=9,14;FSAR=10,14;FSRF=41;FSRR=47;FWDB=-0.0101311,-0.00251521;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=119.86,193.242;QD=10.5183;RBI=0.0165936,0.0183642;REFB=-0.0091576,-0.013488;REVB=0.0131418,-0.0181911;RO=80;SAF=9,14;SAR=9,14;SRF=41;SRR=39;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0157905,-0.0153772;STB=0.50641,0.525844;STBP=0.957,0.754;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0397201,0.0307811;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:135:135:80:88:18,28:19,28:0.140741,0.207407:9,14:9,14:41:39:10,14:9,14:41:47 chr3 75786071 . C A 91.97 PASS AF=0.128834;AO=21;DP=164;FAO=21;FDP=163;FR=.;FRO=142;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=76;FWDB=-0.0107036;FXX=0.00609719;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.446;QD=2.25682;RBI=0.0270366;REFB=-0.00274837;REVB=-0.0248276;RO=141;SAF=10;SAR=11;SRF=66;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101862;STB=0.509955;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0226356;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:164:163:141:142:21:21:0.128834:11:10:66:75:11:10:66:76 chr3 75786073 . C G 322.32 PASS AF=0.277108;AO=46;DP=164;FAO=46;FDP=166;FR=.;FRO=120;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=62;FWDB=0.0194042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5672;QD=7.76664;RBI=0.0369622;REFB=0.0031189;REVB=-0.0314593;RO=117;SAF=21;SAR=25;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478586;STB=0.519455;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.0107971;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:117:120:46:46:0.277108:25:21:58:59:25:21:58:62 chr3 75786079 . CG CA,TA 646.54 PASS AF=0.302632,0.171053;AO=46,26;DP=170;FAO=46,26;FDP=152;FR=.;FRO=80;FSAF=26,15;FSAR=20,11;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=-0.00257755,0.000915786;FXX=0.111105;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=138.346,125.699;QD=17.0142;RBI=0.023916,0.00155719;REFB=-0.0171942,-0.023648;REVB=0.0237767,0.00125943;RO=77;SAF=26,15;SAR=20,11;SRF=33;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149508,0.181692;STB=0.580721,0.604237;STBP=0.19,0.221;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0165518,0.0417991;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:152:77:80:46,26:46,26:0.302632,0.171053:20,11:26,15:33:44:20,11:26,15:35:45 chr3 75786132 . T C 327.66 PASS AF=0.263736;AO=46;DP=181;FAO=48;FDP=182;FR=.;FRO=134;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=79;FWDB=-0.0174423;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.43;QD=7.20137;RBI=0.0190943;REFB=-0.00872738;REVB=-0.00776917;RO=133;SAF=21;SAR=25;SRF=54;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063851;STB=0.5357;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0221115;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:133:134:46:48:0.263736:25:21:54:79:26:22:55:79 chr3 75786163 . C T 306.85 PASS AF=0.29078;AO=40;DP=139;FAO=41;FDP=141;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=0.0125549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.787;QD=8.70485;RBI=0.0250907;REFB=-0.010778;REVB=-0.0217237;RO=98;SAF=17;SAR=23;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440417;STB=0.506504;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0300715;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:98:100:40:41:0.29078:23:17:42:56:23:18:43:57 chr3 75786175 . C A 174.11 PASS AF=0.217054;AO=28;DP=129;FAO=28;FDP=129;FR=.;FRO=101;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=0.038721;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9718;QD=5.39881;RBI=0.0387291;REFB=-0.00364473;REVB=-0.000791374;RO=100;SAF=13;SAR=15;SRF=46;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544491;STB=0.506959;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0136679;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:101:28:28:0.217054:15:13:46:54:15:13:46:55 chr3 75786202 . TG CA 81.17 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00176857;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.717;QD=3.00629;RBI=0.00458499;REFB=-0.00609849;REVB=-0.00423017;RO=92;SAF=10;SAR=6;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235832;STB=0.658897;STBP=0.19;TYPE=mnp;VARB=0.0203306;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:92:92:16:16:0.148148:6:10:40:52:6:10:40:52 chr3 75786211 . A G 252.15 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=97;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0616398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.877;QD=10.3977;RBI=0.0625888;REFB=-0.0112083;REVB=-0.0108577;RO=66;SAF=13;SAR=18;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417166;STB=0.524374;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.028912;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:66:31:31:0.319588:18:13:30:36:18:13:30:36 chr3 75786221 . G A 49.02 PASS AF=0.128205;AO=9;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.00343752;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.257;QD=2.51378;RBI=0.00344291;REFB=-0.0028694;REVB=-0.000192561;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112509;STB=0.62412;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0151714;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:78:78:65:68:9:10:0.128205:4:5:30:35:4:6:31:37 chr3 75786225 . G A 126.85 PASS AF=0.287671;AO=14;DP=69;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0295298;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5859;QD=6.95069;RBI=0.0307265;REFB=-0.0210725;REVB=0.00849166;RO=47;SAF=6;SAR=8;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100931;STB=0.516955;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.138364;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:47:52:14:21:0.287671:8:6:24:23:10:11:26:26 chr3 75786243 . C T 186.22 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00553388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.615;QD=12.4145;RBI=0.0505075;REFB=-0.00310685;REVB=-0.0502034;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230551;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0103556;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:11:12:18:18:11:12:18:19 chr3 75786245 . T A 190.99 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00230147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.474;QD=13.4028;RBI=0.00233217;REFB=0.00360236;REVB=-0.000377111;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531464;STB=0.530461;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00448311;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:16:18:11:12:16:18 chr3 75786251 . GG AT,GT 288.58 PASS AF=0.104167,0.458333;AO=4,22;DP=48;FAO=5,22;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=4,10;FSAR=1,12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0216352,-0.0214105;FXX=0.020404;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=149.819,179.096;QD=24.0484;RBI=0.0216814,0.022188;REFB=-0.00124997,-0.00179674;REVB=-0.00141518,-0.0058222;RO=21;SAF=4,10;SAR=0,12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.686039,0.0649467;STB=0.822302,0.536448;STBP=0.147,0.627;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0281506,0.00889022;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:21:21:4,22:5,22:0.104167,0.458333:0,12:4,10:8:13:1,12:4,10:8:13 chr3 75786256 . T A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0241624;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.253;QD=15.2292;RBI=0.0243485;REFB=0.000860267;REVB=-0.00300468;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822525;STB=0.547461;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00139646;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:11:8:14:14:11:8:14:14 chr3 75786261 . C T 41.96 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.034106;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.782;QD=3.9966;RBI=0.0341648;REFB=-0.00824852;REVB=0.00200357;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248463;STB=0.673247;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.018827;OID=.;OPOS=75786261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:17:18:5:2:17:18 chr3 75786278 . A C 136.85 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00156205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.536;QD=18.246;RBI=0.0171122;REFB=-0.0300817;REVB=0.0170408;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325116;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0295756;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:8:7:6:8:8:7:6:9 chr3 75786302 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00932171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.028;QD=8.30758;RBI=0.017651;REFB=-0.013712;REVB=0.0149887;RO=18;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351281;STB=0.719432;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0245428;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:2:6:8:10:2:6:8:10 chr3 75786314 . CCTACATTCT C 53.75 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000266849;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=9;MLLD=339.172;QD=10.2377;RBI=0.00218356;REFB=-0.000163389;REVB=-0.00216719;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162774;STB=0.599733;STBP=0.574;TYPE=del;VARB=0.000318789;OID=.;OPOS=75786315;OREF=CTACATTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:22:8:21:13:6:2:8:5:53:13:6:2:8:5 chr3 75786379 . T C 93.77 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00144482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.241;QD=10.1377;RBI=0.0172617;REFB=-0.0036169;REVB=-0.0172011;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716318;STB=0.540473;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00763993;OID=.;OPOS=75786379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:23:25:12:12:0.324324:6:6:13:10:6:6:14:11 chr3 75786381 . T C 113.66 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0255095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0581;QD=12.6289;RBI=0.0256549;REFB=0.00588828;REVB=0.00272788;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494203;STB=0.516106;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00470748;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:22:14:14:0.388889:6:8:11:10:6:8:12:10 chr3 75786385 . C G 154.97 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.00286571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.772;QD=14.7588;RBI=0.0593546;REFB=-0.00430425;REVB=0.0592854;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302287;STB=0.698713;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0235119;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:25:17:17:0.404762:10:7:16:6:10:7:19:6 chr3 75786403 . A T 49.01 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=50;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.00711887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.902;QD=3.8436;RBI=0.00712812;REFB=-0.00664718;REVB=-0.000362998;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440953;STB=0.736806;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0435672;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:51:43:43:7:8:0.156863:5:2:29:14:5:3:29:14 chr3 75786415 . C T 71.89 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.00455696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.61;QD=4.63803;RBI=0.0177738;REFB=-0.00618292;REVB=-0.0171797;RO=48;SAF=3;SAR=9;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467212;STB=0.805511;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0331615;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:61:62:48:50:12:12:0.193548:9:3:31:17:9:3:33:17 chr3 75786417 . T C 41.95 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.030839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.154;QD=2.75101;RBI=0.037797;REFB=-0.000379947;REVB=-0.0218533;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125894;STB=0.589946;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00220335;OID=.;OPOS=75786417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:4:4:32:21:4:4:32:21 chr3 75786440 . C T 378.44 PASS AF=0.567164;AO=37;DP=62;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0582795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4242;QD=22.5932;RBI=0.0662348;REFB=-0.0153842;REVB=-0.0314729;RO=25;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933472;STB=0.567129;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00937364;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:25:29:37:38:0.567164:18:19:16:9:19:19:19:10 chr3 75786449 . C T 72.46 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0590856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0747;QD=3.9167;RBI=0.0591398;REFB=-0.0328949;REVB=0.00253044;RO=61;SAF=6;SAR=7;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160004;STB=0.604782;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0425588;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:61:61:13:13:0.175676:7:6:36:25:7:6:36:25 chr3 75786453 . C T 119.26 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0337145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.285;QD=6.62577;RBI=0.0347026;REFB=-0.00763138;REVB=0.00822212;RO=53;SAF=8;SAR=10;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170097;STB=0.609637;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0326303;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:54:18:18:0.25:10:8:31:22:10:8:32:22 chr3 75786499 . CA TG 88.61 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00474536;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.015;QD=5.37009;RBI=0.00526066;REFB=-0.0101684;REVB=-0.0022707;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123686;STB=0.576006;STBP=0.642;TYPE=mnp;VARB=0.0230038;OID=.;OPOS=75786499;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:69:66:44:51:10:10:0.151515:4:6:22:22:4:6:26:25 chr3 75786515 . GG AG,AT 139.71 PASS AF=0.138889,0.152778;AO=9,11;DP=72;FAO=10,11;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=3,6;FSAR=7,5;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00395495,-0.011069;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=170.966,170.94;QD=7.76136;RBI=0.00649592,0.0110715;REFB=0.00290066,-0.0020324;REVB=0.00515318,0.000234373;RO=50;SAF=2,6;SAR=7,5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409995,-0.0181979;STB=0.70643,0.502953;STBP=0.189,0.999;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.036037,0.0143341;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:72:72:50:51:9,11:10,11:0.138889,0.152778:7,5:2,6:28:22:7,5:3,6:28:23 chr3 75786518 . A C 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0265385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0138;QD=1.84592;RBI=0.0269582;REFB=-0.00241124;REVB=0.00473814;RO=65;SAF=2;SAR=6;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352448;STB=0.759101;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.032304;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:65:68:8:8:0.105263:6:2:36:29:6:2:37:31 chr3 75786521 . G A 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=0.000419429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.248;QD=1.98286;RBI=0.0117819;REFB=0.0008628;REVB=-0.0117744;RO=65;SAF=2;SAR=6;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382281;STB=0.783643;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00652482;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:6:2:38:27:6:2:38:27 chr3 75786555 . C CTG 132.72 PASS AF=0.305085;AO=17;DP=63;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0127998;FXX=0.0483793;HRUN=0;LEN=2;MLLD=201.62;QD=8.99801;RBI=0.0282913;REFB=9.81315e-05;REVB=0.0252302;RO=42;SAF=5;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329596;STB=0.70112;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=-2.57025e-05;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:17:63:18:59:41:5:13:23:18:99:42:5:12:24:18 chr3 75786572 . T C 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0214039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.046;QD=5.18114;RBI=0.0239513;REFB=-0.00753599;REVB=-0.0107488;RO=48;SAF=3;SAR=10;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350285;STB=0.73261;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0261077;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:62:48:49:13:13:0.209677:10:3:24:24:10:3:25:24 chr3 75786597 . C T 47.03 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0140135;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.361;QD=3.08416;RBI=0.0143519;REFB=-0.00024446;REVB=0.00309811;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480234;STB=0.84659;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0129;OID=.;OPOS=75786597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:62:61:52:52:9:9:0.147541:8:1:24:28:8:1:24:28 chr3 75786607 . C T 63.89 PASS AF=0.177419;AO=12;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0432527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.468;QD=4.12182;RBI=0.0433483;REFB=-0.0343;REVB=0.00287727;RO=50;SAF=3;SAR=9;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233661;STB=0.739243;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.032897;OID=.;OPOS=75786607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:50:51:12:11:0.177419:9:3:21:29:9:2:22:29 chr3 75786610 . T G 67.46 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.0347427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4698;QD=4.65272;RBI=0.0460853;REFB=0.000564293;REVB=0.0302787;RO=47;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346263;STB=0.732862;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0015663;OID=.;OPOS=75786610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:9:2:20:27:9:2:20:27 chr3 75786619 . T C 61.43 PASS AF=0.169231;AO=10;DP=64;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.021439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.222;QD=3.78026;RBI=0.0255106;REFB=-0.00137676;REVB=-0.0138261;RO=54;SAF=1;SAR=9;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506944;STB=0.761238;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00521649;OID=.;OPOS=75786619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:64:65:54:54:10:11:0.169231:9:1:25:29:9:2:25:29 chr3 75786620 . G A 33.36 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00642295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5142;QD=2.08529;RBI=0.00984505;REFB=-0.0082782;REVB=-0.00746128;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220511;STB=0.64589;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0311688;OID=.;OPOS=75786620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:55:57:7:7:0.109375:3:4:21:34:3:4:23:34 chr3 75786623 . G T 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00818073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.649;QD=9.40151;RBI=0.0144088;REFB=-0.00042366;REVB=-0.0118612;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496448;STB=0.529382;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.000684256;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:12:8:19:24:12:8:19:24 chr3 75786628 . G C 80.6 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00346187;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.969;QD=5.1176;RBI=0.00746281;REFB=-0.00362064;REVB=0.00661127;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067392;STB=0.545384;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0213977;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:64:63:48:50:13:13:0.206349:8:5:21:27:8:5:22:28 chr3 75786662 . A T 36.58 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0123041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.735;QD=2.03234;RBI=0.01561;REFB=-0.00373934;REVB=-0.00960631;RO=62;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185078;STB=0.650315;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0288514;OID=.;OPOS=75786662;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:62:64:8:8:0.111111:3:5:29:33:3:5:29:35 chr3 75786670 . G A 174.52 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0090505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.29;QD=9.83211;RBI=0.0138464;REFB=-0.0158036;REVB=-0.0104791;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00104391;STB=0.500613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195104;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:12:11:23:25:12:11:23:25 chr3 75786681 . G A 406.29 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.021735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.562;QD=25.0025;RBI=0.0227878;REFB=-0.0374905;REVB=-0.00684656;RO=25;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148378;STB=0.589863;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00926676;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:26:39:39:0.6:25:14:14:11:25:14:15:11 chr3 75786737 . A T 242.42 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0177606;FXX=0.114735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.79;QD=17.9569;RBI=0.0185964;REFB=0.00204227;REVB=-0.00551215;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164399;STB=0.615296;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.0039673;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:54:27:28:24:26:0.481481:10:14:11:16:10:16:11:17 chr3 75786740 . CA CG,GG 289.55 PASS AF=0.34375,0.171875;AO=21,11;DP=65;FAO=22,11;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15,2;FSAR=7,9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0189203,0.0247139;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=108.259,131.057;QD=18.0968;RBI=0.0189208,0.0254169;REFB=-0.00517003,-0.0138749;REVB=0.000140766,0.0059363;RO=30;SAF=14,2;SAR=7,9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144581,-0.443393;STB=0.603193,0.770897;STBP=0.236,0.06;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00105386,0.01379;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:31:21,11:22,11:0.34375,0.171875:7,9:14,2:16:14:7,9:15,2:16:15 chr3 75786748 . C T 46.18 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0159742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0474;QD=2.79874;RBI=0.0212847;REFB=0.0087368;REVB=-0.0140664;RO=57;SAF=7;SAR=2;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356726;STB=0.755511;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0553853;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:2:7:28:29:2:7:28:29 chr3 75786753 . C T 137.28 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00403396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.349;QD=8.71603;RBI=0.0147943;REFB=-0.000762536;REVB=-0.0142337;RO=44;SAF=6;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320567;STB=0.69083;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00323887;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:44:44:19:19:0.301587:13:6:26:18:13:6:26:18 chr3 75786754 . G T 61.61 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00163786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.504;QD=3.79126;RBI=0.0197728;REFB=-0.00370577;REVB=0.0197049;RO=54;SAF=2;SAR=9;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482279;STB=0.822134;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.025769;OID=.;OPOS=75786754;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:9:2:31:23:9:2:31:23 chr3 75786759 . T C 269.3 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0151696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.731;QD=16.5725;RBI=0.0154266;REFB=-0.00576675;REVB=0.00280408;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141446;STB=0.523062;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00669154;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:35:30:30:0.461538:15:15:17:16:15:15:19:16 chr3 75786760 . TCCCC TCCCCT,TCCC 95.18 PASS AF=0.178571,0.214286;AO=9,12;DP=58;FAO=10,12;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=2,8;FSAR=8,4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0373713,-0.0149888;FXX=0.0344768;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=146.062,17.429;QD=6.7986;RBI=0.0416339,0.0737429;REFB=0.00298715,0.0251529;REVB=0.0183511,0.0722035;RO=33;SAF=2,8;SAR=7,4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.427303,0.114891;STB=0.7994,0.562393;STBP=0.061,0.661;TYPE=ins,del;VARB=0.010456,0.00932208;OID=.,.;OPOS=75786765,75786761;OREF=-,C;OALT=T,-;OMAPALT=TCCCCT,TCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.178571,0.214286:9,12:58:10,12:56:34:2,8:8,4:20:14:40:33:2,8:7,4:19:14 chr3 75786773 . T A 157.14 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0171527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.563;QD=9.67005;RBI=0.0197485;REFB=-0.0191887;REVB=0.00978716;RO=44;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352446;STB=0.707765;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0280745;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:6:15:18:26:6:15:18:26 chr3 75786784 . T C 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0209882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.064;QD=5.64484;RBI=0.0219494;REFB=-0.0130405;REVB=0.00642447;RO=46;SAF=2;SAR=11;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554269;STB=0.849983;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0354144;OID=.;OPOS=75786784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:11:2:28:18:11:2:28:18 chr3 75786802 . G A 126.58 PASS AF=0.32;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.01231;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.233;QD=10.1262;RBI=0.015672;REFB=-2.81531e-05;REVB=0.00969922;RO=33;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269256;STB=0.651867;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=6.58183e-05;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:33:34:16:16:0.32:5:11:15:18:5:11:16:18 chr3 75786827 . A T 270.32 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00924526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.269;QD=19.6598;RBI=0.00938922;REFB=-0.0140491;REVB=-0.00163786;RO=25;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247965;STB=0.530591;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.011153;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:26:28:29:0.527273:12:16:15:10:13:16:16:10 chr3 75786832 . C T 224.51 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.012573;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.118;QD=18.3275;RBI=0.0136025;REFB=-0.0108278;REVB=-0.00519112;RO=27;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386939;STB=0.722987;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0195393;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:4:18:13:14:4:18:13:14 chr3 75786833 . G A 90.15 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0137824;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.894;QD=7.3592;RBI=0.0183705;REFB=-0.0123603;REVB=-0.0121459;RO=35;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500575;STB=0.53725;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0210877;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:49:35:37:12:12:0.244898:4:8:22:13:4:8:23:14 chr3 75786845 . T C 420.85 PASS AF=0.672414;AO=36;DP=54;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.010522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.136;QD=29.0239;RBI=0.0297835;REFB=-0.0416691;REVB=0.0278629;RO=18;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174093;STB=0.503648;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0176619;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:18:19:36:39:0.672414:15:21:10:8:16:23:11:8 chr3 75786854 . A T 56.65 PASS AF=0.16129;AO=11;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0193203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.614;QD=3.65473;RBI=0.0296465;REFB=-0.000962663;REVB=-0.0224865;RO=50;SAF=9;SAR=2;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41805;STB=0.880301;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0179184;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:50:52:11:10:0.16129:2:9:25:25:1:9:25:27 chr3 75786866 . G T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0442961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.043;QD=5.26468;RBI=0.0482269;REFB=-0.0139518;REVB=-0.0190709;RO=55;SAF=7;SAR=8;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142485;STB=0.589675;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0376421;OID=.;OPOS=75786866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:8:7:32:23:8:7:32:23 chr3 75786888 . C T 120.98 PASS AF=0.257143;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0110656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.457;QD=6.91302;RBI=0.0203029;REFB=-0.00639752;REVB=-0.0170224;RO=52;SAF=5;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303546;STB=0.686255;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0258001;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:52:18:18:0.257143:13:5:27:25:13:5:27:25 chr3 75786892 . A C 109.06 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.00994288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.849;QD=5.97589;RBI=0.02013;REFB=-0.0147236;REVB=-0.0175031;RO=55;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264415;STB=0.504849;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0312695;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:9:8:26:29:9:8:26:30 chr3 75786899 . T C 244.2 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.138354;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.3799;QD=13.7576;RBI=0.166113;REFB=-0.0101128;REVB=-0.0919336;RO=28;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107236;STB=0.548476;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00910268;OID=.;OPOS=75786899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:28:35:17:17:0.239437:9:8:16:12:9:8:19:16 chr3 75786910 . T C 59.08 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0331518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5183;QD=2.71622;RBI=0.0405597;REFB=-0.00200971;REVB=0.0233676;RO=75;SAF=4;SAR=8;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137416;STB=0.596608;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0128342;OID=.;OPOS=75786910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:87:87:75:75:12:12:0.137931:8:4:33:42:8:4:33:42 chr3 75786916 . C A 161.11 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0169622;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.569;QD=6.92938;RBI=0.0214227;REFB=0.00538519;REVB=-0.0130849;RO=70;SAF=17;SAR=6;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455195;STB=0.766925;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0122709;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:70:70:23:23:0.247312:6:17:25:45:6:17:26:44 chr3 75786919 . A T 120.21 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=97;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00215897;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.156;QD=5.11549;RBI=0.0215292;REFB=-0.00056095;REVB=-0.0214207;RO=73;SAF=13;SAR=6;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381874;STB=0.736664;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00268136;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:73:75:19:19:0.202128:6:13:27:46:6:13:28:47 chr3 75786942 . C A 54.37 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=102;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0330014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.196;QD=2.13225;RBI=0.0440738;REFB=-0.00447697;REVB=-0.0292132;RO=90;SAF=2;SAR=10;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410767;STB=0.803659;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0285828;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:102:102:90:90:12:12:0.117647:10:2:44:46:10:2:44:46 chr3 75786965 . C T 147.51 PASS AF=0.223301;AO=23;DP=104;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=0.0159685;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3725;QD=5.72834;RBI=0.0159693;REFB=-0.00602318;REVB=-0.000158821;RO=79;SAF=9;SAR=14;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666369;STB=0.546834;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0223112;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:79:80:23:23:0.223301:14:9:35:44:14:9:36:44 chr3 75786991 . C T 147.6 PASS AF=0.218182;AO=24;DP=110;FAO=24;FDP=110;FR=.;FRO=86;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=-0.0420709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1877;QD=5.36711;RBI=0.0422963;REFB=-0.00143424;REVB=0.00436158;RO=85;SAF=8;SAR=16;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149999;STB=0.589667;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00724496;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:85:86:24:24:0.218182:16:8:38:47:16:8:38:48 chr3 75786993 . T A 93.54 PASS AF=0.160714;AO=18;DP=112;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=-0.0116412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.609;QD=3.34064;RBI=0.014533;REFB=-0.00372937;REVB=0.00869996;RO=94;SAF=11;SAR=7;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295302;STB=0.692549;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0238658;OID=.;OPOS=75786993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:94:94:18:18:0.160714:7:11:35:59:7:11:35:59 chr3 75787015 . C T 135.81 PASS AF=0.209524;AO=22;DP=105;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.00896919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.136;QD=5.17368;RBI=0.00934294;REFB=-0.000954063;REVB=0.00261614;RO=83;SAF=15;SAR=7;SRF=29;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402378;STB=0.747953;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00744085;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:83:83:22:22:0.209524:7:15:29:54:7:15:29:54 chr3 75787032 . T C 126.44 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=0.00697752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.571;QD=5.16091;RBI=0.0113823;REFB=-0.00462932;REVB=0.00899283;RO=78;SAF=6;SAR=14;SRF=31;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134924;STB=0.585883;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0272429;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:78:78:20:20:0.204082:14:6:31:47:14:6:31:47 chr3 75787043 . G A 141.19 PASS AF=0.235955;AO=28;DP=90;FAO=21;FDP=89;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=0.00647543;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1021;QD=6.34566;RBI=0.010039;REFB=-0.00844775;REVB=-0.00767134;RO=62;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473845;STB=0.606621;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0425785;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:62:68:28:21:0.235955:17:11:22:40:11:10:23:45 chr3 75787049 . C A 357.1 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00461993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.039;QD=16.8049;RBI=0.0143465;REFB=-0.0234879;REVB=-0.0135822;RO=45;SAF=11;SAR=27;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166986;STB=0.584859;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0361521;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:47:38:38:0.447059:27:11:20:25:27:11:20:27 chr3 75787057 . G A 655.47 PASS AF=0.714286;AO=50;DP=74;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00308305;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.818;QD=34.0504;RBI=0.0405247;REFB=-0.0323292;REVB=0.0404072;RO=19;SAF=17;SAR=33;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453294;STB=0.532602;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0208984;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:19:22:50:55:0.714286:33:17:8:11:38:17:9:13 chr3 75787169 . G A 181.26 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.013526;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.745;QD=9.2952;RBI=0.0137327;REFB=-0.0123622;REVB=-0.00237378;RO=52;SAF=9;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103732;STB=0.562861;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0297648;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:52:54:24:24:0.307692:15:9:24:28:15:9:25:29 chr3 75787186 . C T 187.79 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00874734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6053;QD=8.94227;RBI=0.0473643;REFB=0.00597192;REVB=-0.0465496;RO=59;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468279;STB=0.527703;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.00650446;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:13:12:26:33:13:12:26:33 chr3 75787199 . A C 78.08 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0383562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.283;QD=3.90402;RBI=0.0456542;REFB=-0.00618372;REVB=-0.024761;RO=66;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180987;STB=0.619392;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0273728;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:9:5:33:33:9:5:33:33 chr3 75787221 . C T 52.79 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.042473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1582;QD=3.15151;RBI=0.0478845;REFB=-0.00487673;REVB=-0.0221126;RO=55;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231132;STB=0.518481;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0104173;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:55:57:10:10:0.149254:6:4:23:32:6:4:24:33 chr3 75787224 . C G 43.58 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0270872;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.583;QD=3.00554;RBI=0.0273734;REFB=-0.00464698;REVB=-0.00394793;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146598;STB=0.603201;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0322057;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:62:58:50:50:8:8:0.137931:4:4:19:31:4:4:19:31 chr3 75787236 . C T 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0508796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.791;QD=4.50894;RBI=0.0514455;REFB=-0.00198454;REVB=0.00761006;RO=42;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300398;STB=0.695817;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0150216;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:4:5:13:29:4:5:13:29 chr3 75787372 . A T 30.66 PASS AF=0.285714;AO=3;DP=14;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0219331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5716;QD=8.759;RBI=0.0299729;REFB=-0.0148647;REVB=0.0204283;RO=8;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177018;STB=0.680854;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00543862;OID=.;OPOS=75787372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:14:14:8:8:3:4:0.285714:1:2:4:4:1:3:4:4 chr3 75787382 . T C 101.98 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0356408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.516;QD=29.1383;RBI=0.046524;REFB=-0.201811;REVB=0.0299034;RO=3;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286464;STB=0.516099;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0237261;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:3:8:2:1:3:8:2:1 chr3 75787464 . C T 39.15 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0329225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0889;QD=4.74564;RBI=0.0339214;REFB=0.00955306;REVB=0.00817137;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540614;STB=0.535614;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0559581;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:10:16:4:3:10:16 chr3 75787486 . C T 71.72 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00781367;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.401;QD=7.3561;RBI=0.00871045;REFB=-0.00556672;REVB=-0.00384947;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143821;STB=0.563977;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0165913;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:11:18:5:5:12:17 chr3 75787516 . C G 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0206842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.606;QD=6.90614;RBI=0.0256208;REFB=-0.0046685;REVB=-0.0151192;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970592;STB=0.519964;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0178705;OID=.;OPOS=75787516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:46:32:35:11:11:0.23913:6:5:12:20:6:5:15:20 chr3 75787519 . CT AG,CG,TC 125.77 PASS AF=0.234043,0.106383,0;AO=11,4,2;DP=47;FAO=11,5,0;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=5,3,0;FSAR=6,2,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00996913,-0.0352265,0.018297;FXX=0;HRUN=4,1,4;LEN=2,1,2;MLLD=101.226,124.016,86.9053;QD=10.7037;RBI=0.0130953,0.0357071,0.0317836;REFB=0.00403428,0.00180685,0.00541587;REVB=-0.00849138,0.00583898,-0.0259888;RO=30;SAF=5,3,0;SAR=6,1,2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0253056,0.347118,-0.429555;STB=0.526268,0.651587,0.5;STBP=0.873,0.517,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=-0.0261541,-0.0184074,0.0141313;OID=.,.,.;OPOS=75787519,75787520,75787519;OREF=CT,T,CT;OALT=AG,G,TC;OMAPALT=AG,CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:47:47:30:31:11,4,2:11,5,0:0.234043,0.106383,0:6,1,2:5,3,0:13:17:6,2,0:5,3,0:13:18 chr3 75787576 . A G 109.56 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00981822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.468;QD=8.11522;RBI=0.0131885;REFB=-0.00475574;REVB=-0.00880566;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14975;STB=0.58812;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0103828;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:39:15:15:0.277778:7:8:15:22:7:8:16:23 chr3 75787583 . AC GA,GC 75.93 PASS AF=0.111111,0.111111;AO=6,6;DP=54;FAO=6,6;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=4,3;FSAR=2,3;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0215436,-0.0151938;FXX=0.0357079;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=190.268,72.6283;QD=5.62475;RBI=0.0288755,0.0300632;REFB=-0.00416135,-0.00257317;REVB=-0.0192268,-0.0259412;RO=41;SAF=4,3;SAR=2,3;SRF=15;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.341996,0.160094;STB=0.736116,0.603835;STBP=0.306,0.64;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0423707,0.00429901;OID=.,.;OPOS=75787583,75787583;OREF=AC,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:54:54:41:42:6,6:6,6:0.111111,0.111111:2,3:4,3:15:26:2,3:4,3:16:26 chr3 75787620 . T C 114.86 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0128311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.783;QD=7.29253;RBI=0.0340812;REFB=-0.00929468;REVB=0.0315736;RO=46;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353586;STB=0.52147;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0674303;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:46:46:17:17:0.269841:9:8:23:23:9:8:23:23 chr3 75787637 . C T 52.37 PASS AF=0.157895;AO=10;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00998437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.288;QD=3.67484;RBI=0.0129629;REFB=-0.00237323;REVB=-0.00826736;RO=46;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449575;STB=0.771045;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00991156;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:46:48:10:9:0.157895:2:8:20:26:2:7:22:26 chr3 75787679 . T C 89.79 PASS AF=0.237288;AO=13;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.012638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.502;QD=6.0872;RBI=0.0229142;REFB=-0.00534095;REVB=0.0191139;RO=45;SAF=11;SAR=2;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494843;STB=0.755344;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0168602;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:59:59:45:45:13:14:0.237288:2:11:21:24:3:11:21:24 chr3 75787688 . T A 88.8 PASS AF=0.222222;AO=9;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0164018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0752;QD=6.57754;RBI=0.0354713;REFB=-0.00800736;REVB=0.0314514;RO=31;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45983;STB=0.734895;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0430359;OID=.;OPOS=75787688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:54:31:40:9:12:0.222222:2:7:12:19:3:9:18:22 chr3 75787702 . C G 462.28 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00179208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7376;QD=27.1928;RBI=0.0188991;REFB=-0.0212306;REVB=-0.018814;RO=24;SAF=23;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448357;STB=0.509287;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0145623;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:24:25:43:43:0.632353:20:23:13:11:20:23:14:11 chr3 75787726 . G A 744.23 PASS AF=0.717647;AO=61;DP=85;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.010068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.015;QD=35.0224;RBI=0.0135749;REFB=-0.00427403;REVB=-0.00910564;RO=24;SAF=37;SAR=24;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127215;STB=0.506847;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00832454;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:24:24:61:61:0.717647:24:37:14:10:24:37:14:10 chr3 75787728 . C T 118.58 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=95;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.000783056;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.711;QD=5.04595;RBI=0.0240087;REFB=-0.0129256;REVB=-0.023996;RO=75;SAF=10;SAR=9;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111294;STB=0.570064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.014798;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:75:75:19:19:0.202128:9:10:46:29:9:10:46:29 chr3 75787732 . A C 132.55 PASS AF=0.205882;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=102;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=0.00666234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5729;QD=5.19796;RBI=0.0292778;REFB=-0.00460696;REVB=-0.0285097;RO=81;SAF=12;SAR=9;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435719;STB=0.527352;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0057708;OID=.;OPOS=75787732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:81:81:21:21:0.205882:9:12:49:32:9:12:49:32 chr3 75787739 . A T 1568.98 PASS AF=1;AO=85;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.953;QD=59.2069;RBI=0.0551614;REFB=0;REVB=0.0514892;RO=0;SAF=59;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563441;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:85:106:1:26:59:0:0:42:64:0:0 chr3 75787770 . C T 254.71 PASS AF=0.245283;AO=39;DP=159;FAO=39;FDP=159;FR=.;FRO=120;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.00525377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.656;QD=6.4077;RBI=0.0201494;REFB=-0.0118106;REVB=-0.0194524;RO=120;SAF=28;SAR=11;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206295;STB=0.625464;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0393614;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:120:120:39:39:0.245283:11:28:68:52:11:28:68:52 chr3 75787794 . A G 1405.05 PASS AF=0.676136;AO=119;DP=177;FAO=119;FDP=176;FR=.;FRO=57;FSAF=75;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0229244;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.323;QD=31.9329;RBI=0.0418938;REFB=-0.0468177;REVB=0.0350651;RO=56;SAF=75;SAR=44;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372006;STB=0.517658;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0196376;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:56:57:119:119:0.676136:44:75:32:24:44:75:33:24 chr3 75787801 . TG CA 112.27 PASS AF=0.13587;AO=25;DP=185;FAO=25;FDP=184;FR=.;FRO=159;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=94;FSRR=65;FWDB=0.00685579;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.94;QD=2.44072;RBI=0.0179149;REFB=-0.00316932;REVB=0.0165512;RO=158;SAF=18;SAR=7;SRF=93;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180772;STB=0.622973;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=0.016541;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:158:159:25:25:0.13587:7:18:93:65:7:18:94:65 chr3 75787809 . T C 386.85 PASS AF=0.281915;AO=52;DP=188;FAO=53;FDP=188;FR=.;FRO=135;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=81;FSRR=54;FWDB=0.00347218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.352;QD=8.23076;RBI=0.00869276;REFB=-0.0168419;REVB=0.00796919;RO=135;SAF=35;SAR=17;SRF=81;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971992;STB=0.562352;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0295344;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:135:135:52:53:0.281915:17:35:81:54:17:36:81:54 chr3 75787812 . C CT 83.67 PASS AF=0.184783;AO=35;DP=187;FAO=34;FDP=184;FR=.;FRO=150;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=99;FSRR=51;FWDB=-0.0600353;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.9552;QD=1.81887;RBI=0.106174;REFB=-0.0036131;REVB=0.0875713;RO=148;SAF=18;SAR=17;SRF=98;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193725;STB=0.652091;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=0.00704269;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184783:35:187:34:184:150:16:18:99:51:83:148:18:17:98:50 chr3 75787840 . C A 58.1 PASS AF=0.08867;AO=18;DP=205;FAO=18;FDP=203;FR=.;FRO=185;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=122;FSRR=63;FWDB=-0.00908536;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.046;QD=1.14489;RBI=0.0109812;REFB=0.00119952;REVB=-0.00616786;RO=185;SAF=8;SAR=10;SRF=120;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240266;STB=0.689833;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.012645;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:205:203:185:185:18:18:0.08867:10:8:120:65:10:8:122:63 chr3 75787863 . AT TA 141.87 PASS AF=0.145631;AO=30;DP=207;FAO=30;FDP=206;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=109;FSRR=67;FWDB=-0.0254011;FXX=0.00483068;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.398;QD=2.75479;RBI=0.0254549;REFB=-0.00545704;REVB=0.00165368;RO=175;SAF=9;SAR=21;SRF=108;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390178;STB=0.757639;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.0252508;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:206:175:176:30:30:0.145631:21:9:108:67:21:9:109:67 chr3 75787869 . CA TG 1390.04 PASS AF=0.631579;AO=120;DP=190;FAO=120;FDP=190;FR=.;FRO=70;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0179409;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.91;QD=29.2641;RBI=0.0325289;REFB=-0.0200235;REVB=-0.027134;RO=69;SAF=69;SAR=51;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00326431;STB=0.501345;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.00854638;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:69:70:120:120:0.631579:51:69:40:29:51:69:40:30 chr3 75787876 . G T 1340.55 PASS AF=0.627027;AO=116;DP=186;FAO=116;FDP=185;FR=.;FRO=69;FSAF=64;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=0.0127768;FXX=0.0263144;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.944;QD=28.9848;RBI=0.0134532;REFB=-0.039891;REVB=-0.00421222;RO=67;SAF=64;SAR=52;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311935;STB=0.510572;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0208262;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:67:69:116:116:0.627027:52:64:40:27:52:64:40:29 chr3 75787880 . A G 483.94 PASS AF=0.324468;AO=61;DP=188;FAO=61;FDP=188;FR=.;FRO=127;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=62;FSRR=65;FWDB=-0.020522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.638;QD=10.2967;RBI=0.0286305;REFB=-0.000950256;REVB=-0.0199638;RO=124;SAF=44;SAR=17;SRF=62;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273826;STB=0.666856;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00264242;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:124:127:61:61:0.324468:17:44:62:62:17:44:62:65 chr3 75787897 . T C 169.12 PASS AF=0.183432;AO=29;DP=167;FAO=31;FDP=169;FR=.;FRO=138;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=82;FSRR=56;FWDB=0.000554998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.731;QD=4.00277;RBI=0.0186206;REFB=-0.00193989;REVB=0.0186123;RO=136;SAF=14;SAR=15;SRF=81;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144695;STB=0.564042;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00738565;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:136:138:29:31:0.183432:15:14:81:55:15:16:82:56 chr3 75787918 . C T 136.57 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=49;FWDB=-0.0336383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.589;QD=3.74164;RBI=0.0465151;REFB=0.00161706;REVB=-0.0321266;RO=121;SAF=8;SAR=17;SRF=72;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342804;STB=0.72017;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0284474;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:121:121:25:25:0.171233:17:8:72:49:17:8:72:49 chr3 75787926 . T C 116.21 PASS AF=0.170543;AO=22;DP=129;FAO=22;FDP=129;FR=.;FRO=107;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=63;FSRR=44;FWDB=-0.000592959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.192;QD=3.60347;RBI=0.00563674;REFB=-0.00199134;REVB=0.00560546;RO=101;SAF=5;SAR=17;SRF=61;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465305;STB=0.790983;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0598342;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:101:107:22:22:0.170543:17:5:61:40:17:5:63:44 chr3 75787927 . A G 492.87 PASS AF=0.433071;AO=53;DP=125;FAO=55;FDP=127;FR=.;FRO=72;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.000357266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.024;QD=15.5234;RBI=0.00182834;REFB=-0.00880621;REVB=0.00179309;RO=69;SAF=30;SAR=23;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890052;STB=0.554733;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00938462;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:69:72:53:55:0.433071:23:30:33:36:23:32:35:37 chr3 75787949 . C T 649.54 PASS AF=0.6;AO=56;DP=95;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0116802;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.593;QD=27.3491;RBI=0.0125642;REFB=-0.0256817;REVB=0.00462949;RO=39;SAF=23;SAR=33;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586919;STB=0.521437;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0150034;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:38:56:57:0.6:33:23:19:20:33:24:18:20 chr3 75787961 . A G 132.16 PASS AF=0.232558;AO=19;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.0131122;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.565;QD=6.14689;RBI=0.0131665;REFB=-0.011613;REVB=-0.00119375;RO=62;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145846;STB=0.628408;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0349582;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:66:19:20:0.232558:12:7:30:32:13:7:34:32 chr3 75787962 . G C 81.65 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=-0.0309418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.774;QD=3.71137;RBI=0.0326971;REFB=-0.00687801;REVB=-0.0105689;RO=71;SAF=12;SAR=3;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506724;STB=0.820552;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0987829;OID=.;OPOS=75787962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:88:88:71:73:15:15:0.170455:3:12:27:44:3:12:29:44 chr3 75788010 . A C 548.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.89;QD=59.2575;RBI=0.0740644;REFB=0;REVB=-0.00228769;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579063;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr3 75788023 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0138507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6088;QD=16.8837;RBI=0.073347;REFB=-0.0428228;REVB=-0.0720274;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163235;STB=0.593102;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0275854;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:5:12:8:7:5:12 chr3 75788028 . G C 96.16 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00205544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.279;QD=12.0206;RBI=0.00974111;REFB=-0.00247064;REVB=-0.00952179;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061901;STB=0.545377;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0156976;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:18:20:12:12:0.375:8:4:7:11:8:4:8:12 chr3 75788068 . A C 101.29 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00272912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.473;QD=8.62078;RBI=0.0198686;REFB=-0.0128107;REVB=-0.0196803;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13146;STB=0.579882;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0281043;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:6:7:22:12:6:7:22:12 chr3 75788076 . A C 471.7 PASS AF=0.765957;AO=36;DP=47;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.029418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.398;QD=40.1447;RBI=0.036304;REFB=-0.0448762;REVB=0.0212735;RO=11;SAF=25;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196615;STB=0.606579;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00836329;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:47:11:11:36:36:0.765957:11:25:3:8:11:25:3:8 chr3 75788115 . G A 348.95 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00950735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9121;QD=22.8816;RBI=0.0204141;REFB=0.00764807;REVB=-0.018065;RO=24;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117348;STB=0.58591;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0141058;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:24:26:35:35:0.57377:11:24:13:11:11:24:13:13 chr3 75788130 . C A 128.99 PASS AF=0.290323;AO=17;DP=65;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00080975;FXX=0.0461467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.206;QD=8.32198;RBI=0.0168627;REFB=-0.00646786;REVB=-0.0168433;RO=44;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741132;STB=0.564446;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0125376;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:44:44:17:18:0.290323:8:9:26:18:9:9:26:18 chr3 75788152 . T C 227.11 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0129047;FXX=0.240476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.432;QD=15.1408;RBI=0.0266584;REFB=-0.0116816;REVB=0.0233267;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041769;STB=0.523791;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0199397;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:14:21:14:11:14:21 chr3 75788158 . G C 210.62 PASS AF=0.3375;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00668069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0429;QD=10.5308;RBI=0.00901716;REFB=-0.00969307;REVB=0.0060562;RO=51;SAF=11;SAR=15;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164594;STB=0.616428;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0194412;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:51:53:26:27:0.3375:15:11:29:22:16:11:31:22 chr3 75788199 . T C 256.16 PASS AF=0.340659;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=91;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00878093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.557;QD=11.2596;RBI=0.0433902;REFB=-0.0029607;REVB=0.0424924;RO=60;SAF=12;SAR=19;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167402;STB=0.59708;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00961512;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:60:60:31:31:0.340659:19:12:32:28:19:12:32:28 chr3 75788217 . G A 38.33 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00526023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.099;QD=1.84739;RBI=0.0233176;REFB=-0.00491749;REVB=-0.0227165;RO=74;SAF=7;SAR=2;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37449;STB=0.781293;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0499952;OID=.;OPOS=75788217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:83:74:74:9:9:0.108434:2:7:34:40:2:7:34:40 chr3 75788226 . CA AG,GG 326.98 PASS AF=0.3125,0.15;AO=25,11;DP=79;FAO=25,12;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=9,8;FSAR=16,4;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00384268,-0.00199213;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=206.758,191.984;QD=16.349;RBI=0.0150999,0.0117522;REFB=-0.0209984,-0.0183523;REVB=-0.0146028,-0.0115821;RO=43;SAF=9,7;SAR=16,4;SRF=21;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.144863,0.183371;STB=0.583873,0.641735;STBP=0.299,0.283;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0220208,0.0313677;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:43:25,11:25,12:0.3125,0.15:16,4:9,7:21:22:16,4:9,8:21:22 chr3 75788245 . C T 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0511312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.794;QD=1.7275;RBI=0.0570763;REFB=9.53627e-05;REVB=-0.0253634;RO=64;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170105;STB=0.632046;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00477719;OID=.;OPOS=75788245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:64:64:7:7:0.0985915:3:4:27:37:3:4:27:37 chr3 75788258 . C A 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000278318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.484;QD=12.3389;RBI=0.00262419;REFB=-0.00477994;REVB=-0.00260939;RO=39;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145633;STB=0.584197;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00757858;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:16:8:18:21:16:8:18:21 chr3 75788281 . T C 205.08 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0231732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.072;QD=16.4063;RBI=0.0346618;REFB=0.000579316;REVB=0.0257768;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882352;STB=0.550675;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.000698381;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:12:17:14:7:12:17 chr3 75788291 . AT AA,GA 179.52 PASS AF=0.104167,0.3125;AO=5,15;DP=48;FAO=5,15;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=2,4;FSAR=3,11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0884577,0.00575098;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=125.863,204.453;QD=14.9596;RBI=0.0884637,0.00652187;REFB=0.0040909,-0.000331616;REVB=-0.00102371,-0.00307588;RO=28;SAF=2,4;SAR=3,11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0342436,-0.200468;STB=0.524899,0.619549;STBP=0.938,0.276;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00603951,0.00239698;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:28:28:5,15:5,15:0.104167,0.3125:3,11:2,4:12:16:3,11:2,4:12:16 chr3 75788316 . C T 104.24 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0062288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0938;QD=10.6916;RBI=0.0175703;REFB=-0.0295182;REVB=0.0164291;RO=26;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095591;STB=0.557431;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.066965;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:9:4:10:16:9:4:10:16 chr3 75790427 . C T 38.97 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-8.6043e-05;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4124;QD=1.87796;RBI=0.0299074;REFB=-0.00611392;REVB=-0.0299073;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316955;STB=0.74662;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0495624;OID=.;OPOS=75790427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:83:73:74:9:9:0.108434:7:2:35:38:7:2:36:38 chr3 75790444 . G A 214.88 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.00927827;FXX=0.034087;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.09;QD=10.1121;RBI=0.0210398;REFB=-0.0181364;REVB=-0.0188835;RO=52;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273651;STB=0.642632;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.020424;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:52:58:27:27:0.317647:11:16:18:34:11:16:22:36 chr3 75790446 . GG TA 52.46 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0339024;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=2;MLLD=242.781;QD=2.43982;RBI=0.0369909;REFB=-0.00668748;REVB=-0.014797;RO=75;SAF=2;SAR=9;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37305;STB=0.772089;STBP=0.083;TYPE=mnp;VARB=0.0322066;OID=.;OPOS=75790446;OREF=GG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:87:86:75:75:11:11:0.127907:9:2:35:40:9:2:35:40 chr3 75790448 . T C 82.97 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.0474362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.862;QD=3.72904;RBI=0.0477632;REFB=-0.00327849;REVB=-0.00557949;RO=73;SAF=6;SAR=9;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667529;STB=0.550391;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0118223;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:89:73:74:15:15:0.168539:9:6:33:40:9:6:34:40 chr3 75790466 . G T 49.82 PASS AF=0.119565;AO=10;DP=91;FAO=11;FDP=92;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0322292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.212;QD=2.16602;RBI=0.0322322;REFB=-0.00330533;REVB=0.00043831;RO=80;SAF=1;SAR=9;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429444;STB=0.733793;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.026802;OID=.;OPOS=75790466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:91:92:80:81:10:11:0.119565:9:1:32:48:9:2:33:48 chr3 75790479 . C T 241.34 PASS AF=0.319149;AO=30;DP=94;FAO=30;FDP=94;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.000258138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.113;QD=10.2696;RBI=0.0236401;REFB=-0.0196024;REVB=-0.0236387;RO=63;SAF=10;SAR=20;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800035;STB=0.542607;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0520545;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:64:30:30:0.319149:20:10:25:38:20:10:25:39 chr3 75790513 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.682;QD=58.5996;RBI=0.0516925;REFB=0;REVB=0.0201362;RO=0;SAF=16;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29137e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:47:16:0:0:47:17:0:0 chr3 75790516 . T A 46.62 PASS AF=0.138462;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.0930007;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.261;QD=2.8687;RBI=0.0930068;REFB=-0.00301111;REVB=-0.00106764;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670862;STB=0.533257;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.073925;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:65:57:56:9:9:0.138462:7:2:15:42:7:2:14:42 chr3 75790791 . GC CA,CC 39.4 PASS AF=0.153846,0.0769231;AO=7,2;DP=39;FAO=6,3;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5,2;FSAR=1,1;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.005763,-0.0143706;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.981,148.387;QD=4.04118;RBI=0.00979583,0.0204161;REFB=-0.0172636,-0.0105031;REVB=-0.00792125,-0.0145018;RO=30;SAF=6,1;SAR=1,1;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463382,0;STB=0.798935,0.652036;STBP=0.155,0.663;TYPE=mnp,snp;VARB=0.159583,0.192509;OID=.,.;OPOS=75790791,75790791;OREF=GC,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:39:39:30:30:7,2:6,3:0.153846,0.0769231:1,1:6,1:15:15:1,1:5,2:15:15 chr3 75790797 . C T 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0115519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.531;QD=9.83037;RBI=0.0303099;REFB=0.0165943;REVB=0.0280222;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466736;STB=0.78705;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0271051;OID=.;OPOS=75790797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:25:26:12:12:0.315789:9:3:17:8:9:3:18:8 chr3 75790807 . C G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00237093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6645;QD=4.16604;RBI=0.00845377;REFB=-0.00286196;REVB=-0.00811449;RO=33;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448861;STB=0.815013;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0182256;OID=.;OPOS=75790807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:1:6:17:16:1:6:17:16 chr3 75790811 . G T 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0368279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.315;QD=8.37158;RBI=0.0496217;REFB=-0.00328697;REVB=0.0332568;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583327;STB=0.852864;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00201035;OID=.;OPOS=75790811;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:9:2:20:8:9:2:20:8 chr3 75790814 . C T 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0406976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9197;QD=8.37046;RBI=0.056405;REFB=-0.00885099;REVB=-0.0390542;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583327;STB=0.852864;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0248714;OID=.;OPOS=75790814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:9:2:20:8:9:2:20:8 chr3 75790822 . A G 146.55 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.081595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.108;QD=17.764;RBI=0.0842667;REFB=-0.0182864;REVB=-0.0210509;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243709;STB=0.638925;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0178468;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:6:11:6:10:6:11 chr3 75790838 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0252806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2922;QD=12.9744;RBI=0.0410257;REFB=-0.0177759;REVB=-0.032311;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424241;STB=0.749583;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0267519;OID=.;OPOS=75790838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:12:6:9:3:12:6 chr3 75790860 . C T 110.24 PASS AF=0.6;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0304148;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0829;QD=22.0477;RBI=0.0343564;REFB=-0.0441969;REVB=0.0159782;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204835;STB=0.617437;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.041832;OID=.;OPOS=75790860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:22:20:8:8:12:12:0.6:9:3:4:4:9:3:4:4 chr3 75790880 . A G 49.15 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.068418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.208;QD=16.3841;RBI=0.0705574;REFB=-0.0192266;REVB=-0.0172432;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0160869;OID=.;OPOS=75790880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:12:5:5:5:5:0.416667:2:3:2:3:2:3:2:3 chr3 75832499 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00413784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.371;QD=15.839;RBI=0.0145555;REFB=-0.0121236;REVB=0.013955;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287934;STB=0.666295;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0125772;OID=.;OPOS=75832499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:6:1:4:4:6:1 chr3 75986663 . C A 1297.12 PASS AF=0.582938;AO=114;DP=203;FAO=123;FDP=211;FR=.;FRO=88;FSAF=64;FSAR=59;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00181758;FXX=0.00938923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.588;QD=24.5899;RBI=0.00645591;REFB=-0.0425864;REVB=-0.00619477;RO=88;SAF=59;SAR=55;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132783;STB=0.505752;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0348675;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:211:88:88:114:123:0.582938:55:59:47:41:59:64:47:41 chr3 75986686 . A G 1539.99 PASS AF=0.588983;AO=138;DP=236;FAO=139;FDP=236;FR=.;FRO=97;FSAF=69;FSAR=70;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.00772499;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3161;QD=26.1015;RBI=0.0222781;REFB=-0.0300072;REVB=0.0208959;RO=98;SAF=69;SAR=69;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156407;STB=0.512069;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.019809;OID=.;OPOS=75986686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:98:97:138:139:0.588983:69:69:51:47:70:69:51:46 chr3 75986695 . G A 152.05 PASS AF=0.136;AO=34;DP=246;FAO=34;FDP=250;FR=.;FRO=216;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=107;FSRR=109;FWDB=-0.0176754;FXX=0.00398391;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.547;QD=2.43278;RBI=0.0183149;REFB=-0.00558968;REVB=-0.0047976;RO=212;SAF=13;SAR=21;SRF=103;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133274;STB=0.598516;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0405579;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:250:212:216:34:34:0.136:21:13:103:109:21:13:107:109 chr3 75986717 . G A 85.0 PASS AF=0.0980392;AO=25;DP=256;FAO=25;FDP=255;FR=.;FRO=230;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=102;FSRR=128;FWDB=-0.00466573;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.654;QD=1.33328;RBI=0.0174626;REFB=-0.00638376;REVB=-0.0168278;RO=229;SAF=12;SAR=13;SRF=102;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419845;STB=0.533055;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.051783;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:256:255:229:230:25:25:0.0980392:13:12:102:127:13:12:102:128 chr3 75986719 . G C 1434.17 PASS AF=0.549407;AO=137;DP=255;FAO=139;FDP=253;FR=.;FRO=114;FSAF=59;FSAR=80;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.00205663;FXX=0.0117183;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1751;QD=22.6746;RBI=0.0227851;REFB=-0.0144028;REVB=0.0226921;RO=107;SAF=59;SAR=78;SRF=48;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147255;STB=0.518546;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00791836;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:253:107:114:137:139:0.549407:78:59:48:59:80:59:53:61 chr3 80677187 . T C 386.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198954;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.205;QD=55.2033;RBI=0.0212909;REFB=0;REVB=0.00758142;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202489;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:11:16:0:0:11:17:0:0 chr3 81643167 . T C 574.18 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0732596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5927;QD=57.418;RBI=0.0732816;REFB=-0.0486836;REVB=0.00179503;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374416;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000960328;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:26:12:1:0:26:13:1:0 chr3 81698130 . T C 506.32 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00197521;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.875;QD=59.5672;RBI=0.00964267;REFB=0;REVB=0.0094382;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306738;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:18:16:0:0 chr3 81810702 . A AG 375.57 PASS AF=1;AO=33;DP=42;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620507;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5213;QD=41.7301;RBI=0.0621757;REFB=0;REVB=-0.00394058;RO=8;SAF=12;SAR=21;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988763;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00319094;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:42:36:36:0:13:23:0:0:7:8:12:21:5:3 chr3 81810725 . C T 393.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.394;QD=56.1629;RBI=0.0320548;REFB=0;REVB=-0.00657868;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012534;OID=.;OPOS=81810725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr3 86411485 . A G 135.97 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0102249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.562;QD=18.1287;RBI=0.0126125;REFB=-0.00822929;REVB=0.00738409;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0153854;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:10:6:6:8:10:6:6:8 chr3 86411527 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00996719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.713;QD=16.8985;RBI=0.0104105;REFB=0.0094034;REVB=0.00300549;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0101308;OID=.;OPOS=86411527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr3 87295049 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.37;QD=58.586;RBI=0.0185376;REFB=0;REVB=0.0180442;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42423e-05;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr3 87304561 . G A 52.49 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0376711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.842;QD=6.56127;RBI=0.0391973;REFB=0.00377136;REVB=-0.0108313;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620461;STB=0.539896;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00988514;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:17:7:2:6:17:7 chr3 87791778 . C T 198.3 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.026667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3004;QD=19.3458;RBI=0.0455129;REFB=-0.0355086;REVB=-0.0368822;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204334;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.034699;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:13:7:12:9:13:7:12:9 chr3 88041650 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0088735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.67;QD=14.2309;RBI=0.0418832;REFB=-0.0103127;REVB=-0.0409324;RO=36;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0714891;STB=0.54051;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0120668;OID=.;OPOS=88041650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:8:18:27:9:8:18:27:9 chr3 88101694 . G T 1445.75 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00628258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9349;QD=56.1455;RBI=0.0382626;REFB=0.0170953;REVB=-0.0377432;RO=3;SAF=35;SAR=65;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00101168;STB=0.500534;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00220212;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:103:103:3:3:100:100:0.970874:65:35:1:2:65:35:1:2 chr3 88105264 . A C 1054.85 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0312119;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.675;QD=54.7973;RBI=0.0313635;REFB=-0.121379;REVB=-0.00308015;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129584;STB=0.500356;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.000529289;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:77:1:4:73:73:0.948052:36:37:0:1:36:37:2:2 chr3 88105818 . T C 483.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0058;QD=58.5739;RBI=0.0480049;REFB=0;REVB=0.0443115;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130322;OID=.;OPOS=88105818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr3 88105879 . TACTTC T,TACTTA 236.83 PASS AF=0.631579,0.368421;AO=12,7;DP=19;FAO=12,7;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168531,0.0046465;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=180.376,101.089;QD=49.8585;RBI=0.01687,0.0369555;REFB=0,0;REVB=0.000754366,0.0366622;RO=0;SAF=11,4;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00913179,-0.00463536;OID=.,.;OPOS=88105880,88105884;OREF=ACTTC,C;OALT=-,A;OMAPALT=T,TACTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.631579,0.368421:12,7:19:12,7:19:0:11,4:1,3:0:0:47:0:11,4:1,3:0:0 chr3 88189341 . T C 725.32 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0155733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4998;QD=59.2096;RBI=0.0822653;REFB=-0.0774893;REVB=0.0807778;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522718;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00389631;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:49:0:2:47:47:0.959184:21:26:0:0:21:26:0:2 chr3 88190768 . C A 428.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.733;QD=57.1824;RBI=0.0181535;REFB=0;REVB=-0.00711096;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52496e-05;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr3 88190809 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.072;QD=57.2375;RBI=0.0265689;REFB=0;REVB=-0.0262583;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.06625e-05;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr3 88191144 . A G,T 383.52 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=3,24;DP=27;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137095,-0.0168391;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=229.394,274.654;QD=54.788;RBI=0.0141799,0.0177188;REFB=0,0;REVB=0.00362196,0.00551362;RO=0;SAF=1,15;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00427067,-4.6001e-07;OID=.,.;OPOS=88191144,88191144;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:28:0:0:3,24:3,25:0.107143,0.892857:2,9:1,15:0:0:2,9:1,16:0:0 chr3 88191170 . TGGGGA TGGG,TGGGA,TGTGGA 376.98 PASS AF=0,0.935484,0.0645161;AO=7,18,2;DP=31;FAO=0,29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,0;FSAR=0,12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178629,-0.0309269,-0.0117941;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=168.933,19.3276,127.257;QD=48.6419;RBI=0.0237306,0.101956,0.0199427;REFB=0,0,0;REVB=0.0156224,-0.0971526,-0.0160814;RO=0;SAF=4,11,0;SAR=3,7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.0326523,0.13127;OID=.,.,.;OPOS=88191174,88191171,88191172;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGA,TGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.935484,0.0645161:7,18,2:31:0,29,2:31:0:0,17,0:0,12,2:0:0:7:0:4,11,0:3,7,2:0:0 chr3 88192423 . A G 207.03 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.057;QD=48.7136;RBI=0.119103;REFB=0;REVB=0.0231617;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175396;OID=.;OPOS=88192423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 88192484 . T C 296.49 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00130019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.587;QD=49.415;RBI=0.00678078;REFB=-0.0484056;REVB=0.00665496;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00116886;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:12:11:1:0:12:11:1:0 chr3 88199298 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.329;QD=53.2772;RBI=0.00584012;REFB=0;REVB=-0.00421394;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49766e-07;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr3 96327750 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.157;QD=39.2068;RBI=0.0658015;REFB=0;REVB=-0.0277149;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669913;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr3 97365038 . G A 290.56 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0105304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.127;QD=14.3486;RBI=0.0198507;REFB=-0.0279522;REVB=-0.0168274;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908421;STB=0.565375;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0292051;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:48:32:33:0.407407:17:15:18:29:17:16:18:30 chr3 97365074 . A G 301.2 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.000703579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.272;QD=14.1742;RBI=0.00354853;REFB=-0.0215879;REVB=-0.00347808;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626048;STB=0.535544;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.035313;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:18:16:21:30:18:16:21:30 chr3 97367132 . C T 212.41 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0119834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.938;QD=14.4006;RBI=0.050475;REFB=-0.0136033;REVB=-0.0490318;RO=34;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182494;STB=0.602865;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0170867;OID=.;OPOS=97367132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:10:15:26:8:10:15:26:8 chr3 97591153 . C T 116.89 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00508641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.679;QD=11.4039;RBI=0.00527146;REFB=-0.00975572;REVB=-0.00138444;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364726;STB=0.661525;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0245524;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:13:14:0.341463:3:10:12:14:4:10:13:14 chr3 97593380 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0443161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.334;QD=11.0865;RBI=0.0453394;REFB=-0.0124611;REVB=0.00957811;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178135;STB=0.510622;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0186951;OID=.;OPOS=97593380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:10:15:8:5:10:15 chr3 97593485 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0353775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0863;QD=11.0924;RBI=0.0393973;REFB=-0.0069113;REVB=0.0173374;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00595983;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr3 97607290 . G A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0662976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.362;QD=17.5597;RBI=0.0664913;REFB=0.00489606;REVB=-0.00507156;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00718097;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:14:7:6:12:14:7 chr3 97660084 . C T 302.75 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0263201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.429;QD=25.766;RBI=0.0273549;REFB=-0.0185553;REVB=0.00745248;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156863;STB=0.586791;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0163122;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:15:12:13:7:15:12:13:7 chr3 97660106 . A C 213.76 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0285295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.184;QD=20.8545;RBI=0.0295899;REFB=-0.0322323;REVB=-0.00785059;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106018;STB=0.559751;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0451907;OID=.;OPOS=97660106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:8:13:10:10:8:13:10:10 chr3 97664725 . C T 114.24 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0140421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.786;QD=10.1545;RBI=0.0253413;REFB=0.0068082;REVB=-0.0210951;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254683;STB=0.65278;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0374971;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:13:18:5:9:13:18 chr3 97673268 . A C 1102.31 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03233;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.19;QD=60.4007;RBI=0.0356677;REFB=0;REVB=0.015065;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92012e-05;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:27:45:0:0:27:46:0:0 chr3 97726747 . T A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.522;QD=61.3357;RBI=0.0272305;REFB=0;REVB=0.0234526;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28702e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr3 97983257 . C G 1004.28 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9302;QD=59.0752;RBI=0.025621;REFB=0;REVB=-0.0133847;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206616;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:27:40:0:0:27:41:0:0 chr3 97983391 . C T 1071.0 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.996;QD=59.4998;RBI=0.0128567;REFB=0;REVB=0.00398904;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422666;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:23:47:0:0:25:47:0:0 chr3 97983487 . TTGTAACCAC T 305.66 PASS AF=0.888889;AO=25;DP=37;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00161867;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=9;MLLD=269.985;QD=33.9619;RBI=0.00187016;REFB=0.0136747;REVB=0.00093671;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.571383;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=-0.0023925;OID=.;OPOS=97983488;OREF=TGTAACCAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:25:37:32:36:4:20:12:0:4:13:0:14:11:0:0 chr3 97983561 . G C 549.0 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.991;QD=59.3512;RBI=0.0296449;REFB=0;REVB=0.0148861;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17932e-05;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr3 97983711 . T C 306.58 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.174;QD=53.3187;RBI=0.0211763;REFB=0;REVB=0.00137757;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015321;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:4:18:0:0:4:19:0:0 chr3 97983942 . A G 797.49 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223418;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.974;QD=55.9643;RBI=0.0440884;REFB=0;REVB=0.0380083;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815792;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:54:57:1:28:26:0:0:31:26:0:0 chr3 97983981 . G A 784.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9506;QD=57.0329;RBI=0.0736846;REFB=0;REVB=-0.0325967;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102878;OID=.;OPOS=97983981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr3 98110406 . G GA 148.58 PASS AF=1;AO=20;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687545;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.60761;QD=19.172;RBI=0.117936;REFB=0;REVB=0.0958215;RO=9;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158282;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0111658;OID=.;OPOS=98110407;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:34:31:31:0:12:19:0:0:3:9:6:14:5:4 chr3 98304467 . T C 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.135;QD=52.1522;RBI=0.0362193;REFB=-0.0702908;REVB=0.0248444;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000675941;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:0:1:18:9:0:1 chr3 98501128 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0110031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.254;QD=10.6346;RBI=0.0140585;REFB=-0.0014678;REVB=-0.00875052;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00223639;OID=.;OPOS=98501128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr3 98518072 . A G 135.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0173911;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.916;QD=15.937;RBI=0.017501;REFB=-0.0199867;REVB=0.00195844;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210988;STB=0.512179;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0244965;OID=.;OPOS=98518072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:8:11:9:6:8:11 chr3 98518377 . C T 775.04 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=143;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.000251009;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.934;QD=21.9871;RBI=0.00805487;REFB=-0.0112786;REVB=0.00805096;RO=67;SAF=44;SAR=30;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056514;STB=0.530965;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.011169;OID=.;OPOS=98518377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:67:67:74:74:0.524823:30:44:44:23:30:44:44:23 chr3 98540931 . T C 74.67 PASS AF=0.4;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00575899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.804;QD=11.9464;RBI=0.00576423;REFB=-0.0132059;REVB=-0.000245711;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.618812;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0148066;OID=.;OPOS=98540931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:23:25:14:15:9:10:0.4:3:6:6:8:4:6:6:9 chr3 98540982 . A G 176.67 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0242498;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4813;QD=19.6297;RBI=0.0244194;REFB=-0.0206551;REVB=0.0028733;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146151;STB=0.582731;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0224085;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:11:7:10:8:11:7 chr3 98541012 . G A 581.35 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.698;QD=59.6252;RBI=0.00631854;REFB=0;REVB=-0.00526798;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194334;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:22:15:0:0:22:17:0:0 chr3 98541116 . G A 96.32 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0117845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4301;QD=12.4287;RBI=0.0317683;REFB=-0.0476443;REVB=-0.0295018;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220102;STB=0.629419;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0715147;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:7:12:5:7:7:12 chr3 99536882 . GC G 91.0 PASS AF=0.8;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0815197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5128;QD=24.268;RBI=0.168054;REFB=-0.136671;REVB=-0.146958;RO=3;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.434251;SSEP=0;SSSB=-0.400429;STB=0.644885;STBP=0.101;TYPE=del;VARB=0.0515696;OID=.;OPOS=99536883;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:11:15:12:15:3:2:10:2:1:13:3:1:10:2:1 chr3 100148640 . C G 40.27 PASS AF=0.184211;AO=8;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0175409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.9453;QD=4.23905;RBI=0.194231;REFB=-0.0403006;REVB=-0.193438;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56164;STB=0.819519;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0829056;OID=.;OPOS=100148640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:38:22:30:8:7:0.184211:7:1:13:9:6:1:15:15 chr3 100170553 . G A 233.62 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.607;QD=49.1823;RBI=0.0307519;REFB=0;REVB=-0.0151546;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000809122;OID=.;OPOS=100170553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr3 100287764 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.12;QD=60.0307;RBI=0.0481458;REFB=0;REVB=0.0426057;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115996;OID=.;OPOS=100287764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr3 100352193 . A G 589.08 PASS AF=0.412121;AO=66;DP=165;FAO=68;FDP=165;FR=.;FRO=97;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0182302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.599;QD=14.2808;RBI=0.029564;REFB=-0.00852796;REVB=0.0232742;RO=95;SAF=18;SAR=48;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188773;STB=0.590917;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0148257;OID=.;OPOS=100352193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:95:97:66:68:0.412121:48:18:41:54:48:20:42:55 chr3 100368546 . A G 392.74 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0252045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.692;QD=50.6756;RBI=0.0359207;REFB=-0.110041;REVB=0.0255935;RO=2;SAF=22;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636829;STB=0.52224;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000808019;OID=.;OPOS=100368546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:2:2:27:29:0.935484:5:22:1:1:7:22:1:1 chr3 100467018 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.005;QD=40.7629;RBI=0.0615736;REFB=0;REVB=0.0614781;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482304;OID=.;OPOS=100467018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 100468407 . C CAGTT 426.99 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00141092;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=293.263;QD=46.1612;RBI=0.0208785;REFB=-0.0355281;REVB=0.0208308;RO=5;SAF=16;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025092;STB=0.513505;STBP=0.757;TYPE=ins;VARB=0.00519585;OID=.;OPOS=100468408;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864865:32:37:32:37:5:16:16:3:2:26:5:16:16:3:2 chr3 100617680 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.041;QD=57.1059;RBI=0.0328714;REFB=0;REVB=0.0318888;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145057;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr3 100949842 . G A 803.31 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4841;QD=55.401;RBI=0.0445852;REFB=0.0119174;REVB=-0.0260374;RO=1;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209528;STB=0.511107;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00142447;OID=.;OPOS=100949842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:22:35:0:1:22:35:0:1 chr3 100963154 . G A 302.07 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00720274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.733;QD=14.3844;RBI=0.00816087;REFB=-0.00932451;REVB=0.0038367;RO=50;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410104;STB=0.523291;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0182841;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:19:15:24:26:19:15:24:26 chr3 101066717 . T A 248.68 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0284141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1175;QD=25.5059;RBI=0.0309289;REFB=-0.042111;REVB=0.0122162;RO=16;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958506;STB=0.562448;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0432513;OID=.;OPOS=101066717;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:16:22:23:0.589744:8:14:12:4:9:14:12:4 chr3 101283792 . C G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0110542;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.892;QD=22.6322;RBI=0.035932;REFB=-0.0141446;REVB=-0.0341894;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00878083;OID=.;OPOS=101283792;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:4:4:8:5:4:4 chr3 101334753 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.184;QD=48.7372;RBI=0.0126649;REFB=0;REVB=-0.0120686;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.86829e-05;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr3 101484335 . G A 1255.04 PASS AF=0.965909;AO=82;DP=85;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0503625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2334;QD=57.0474;RBI=0.0540213;REFB=0.0196365;REVB=-0.0195427;RO=3;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388712;STB=0.519476;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00021224;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:88:3:3:82:85:0.965909:35:47:0:3:37:48:0:3 chr3 101571550 . A G 234.56 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537668;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5429;QD=46.9121;RBI=0.0749999;REFB=-0.122226;REVB=0.0522887;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00581022;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:9:10:0:0:9:10:0:1 chr3 101576029 . T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 59.12 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.004918;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=23;MLLD=488.677;QD=13.1379;RBI=0.0122739;REFB=-0.00854136;REVB=0.0112455;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.610847;STBP=0.477;TYPE=ins;VARB=0.00813494;OID=.;OPOS=101576030;OREF=-;OALT=ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:20:8:18:10:4:4:7:3:59:12:4:4:8:4 chr3 101576175 . T C 1039.84 PASS AF=0.96;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0121608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1692;QD=55.4581;RBI=0.0301553;REFB=0.00827034;REVB=0.0275945;RO=3;SAF=39;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175625;STB=0.508378;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=-4.94051e-06;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:75:3:3:70:72:0.96:31:39:1:2:33:39:1:2 chr3 102878891 . C T 442.87 PASS AF=0.434783;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.00144085;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.136;QD=15.4043;RBI=0.0299372;REFB=-0.0294958;REVB=-0.0299025;RO=64;SAF=26;SAR=23;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125159;STB=0.570066;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.037065;OID=.;OPOS=102878891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:65:49:50:0.434783:23:26:26:38:23:27:27:38 chr3 102878921 . A C 385.44 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=104;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0155472;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.382;QD=14.8246;RBI=0.0155759;REFB=-0.000993511;REVB=-0.000946289;RO=60;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186137;STB=0.596227;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0138463;OID=.;OPOS=102878921;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:60:43:44:0.423077:18:25:24:36:19:25:24:36 chr3 103879569 . G A 4170.44 PASS AF=1;AO=258;DP=258;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.177;QD=62.7134;RBI=0.0751672;REFB=0;REVB=0.00225349;RO=0;SAF=95;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02717e-05;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:258:266:0:0:258:266:1:163:95:0:0:163:103:0:0 chr3 103879599 . T A 1415.52 PASS AF=1;AO=71;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250443;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.409;QD=57.1928;RBI=0.0419992;REFB=0;REVB=0.0337152;RO=1;SAF=18;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301195;OID=.;OPOS=103879599;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:1:0:71:99:1:53:18:1:0:71:28:0:0 chr3 105258861 . A G 209.5 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0011395;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.917;QD=17.8298;RBI=0.0129254;REFB=-0.0166471;REVB=0.0128751;RO=22;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226186;STB=0.602313;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00370703;OID=.;OPOS=105258861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:26:21:21:0.446809:9:12:7:15:9:12:10:16 chr3 105260596 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.519;QD=58.1416;RBI=0.0446063;REFB=0;REVB=0.020081;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264126;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr3 105400420 . T C 150.37 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0219543;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.072;QD=11.1388;RBI=0.0291127;REFB=0.000904185;REVB=0.0191195;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570419;STB=0.533299;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00147589;OID=.;OPOS=105400420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:13:22:11:8:13:22 chr3 105421034 . C T 245.28 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0346973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.791;QD=13.2584;RBI=0.0408112;REFB=-0.0118764;REVB=-0.0214861;RO=45;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275704;STB=0.656235;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0303698;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:45:29:29:0.391892:13:16:13:32:13:16:13:32 chr3 105422844 . C T 679.19 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0026761;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.516;QD=60.3723;RBI=0.0205283;REFB=-0.0398636;REVB=-0.0203531;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-7.55638e-05;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:0:1:44:44:0.977778:15:29:0:0:15:29:1:0 chr3 106613060 . T G 124.05 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0170999;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3496;QD=16.0059;RBI=0.0439066;REFB=0.00802226;REVB=-0.0404399;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372992;STB=0.713372;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0189663;OID=.;OPOS=106613060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:13:4:9:5:13:4 chr3 106617500 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0669526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.862;QD=46.0582;RBI=0.066962;REFB=-0.0234383;REVB=0.0011242;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00178966;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr3 107096547 . G A 186.34 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.372;QD=46.5855;RBI=0.0349247;REFB=0;REVB=0.027383;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442767;OID=.;OPOS=107096547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr3 107646728 . G A 206.09 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000410286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.728;QD=48.4921;RBI=0.0993862;REFB=0;REVB=0.0993853;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634785;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr3 107646807 . G T 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.403;QD=58.1417;RBI=0.0398125;REFB=0;REVB=-0.00313424;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39023e-05;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr3 107646893 . CTT CT,CTC 325.54 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,20;DP=27;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=3,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.140592,-0.064545;FXX=0.0740466;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.6428,29.7106;QD=52.0867;RBI=0.198816,0.0681689;REFB=0,0;REVB=-0.140576,-0.0219305;RO=0;SAF=1,8;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0273805,-0.00926574;OID=.,.;OPOS=107646894,107646895;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.88:3,20:27:3,22:25:0:0,9:3,13:0:0:13:0:1,8:2,12:0:0 chr3 107940924 . AGGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC A 181.68 PASS AF=0.375;AO=30;DP=96;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00810376;FXX=0.0833246;HRUN=2;LEN=24;MLLD=448.971;QD=8.25814;RBI=0.00977361;REFB=-0.0112067;REVB=-0.00546376;RO=42;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0.202067;SSSB=-0.170881;STB=0.547797;STBP=0.495;TYPE=del;VARB=0.0150501;OID=.;OPOS=107940925;OREF=GGCACCCGGGCGCTCGGGGACGCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:30:96:33:88:55:12:21:24:31:99:42:9:21:19:23 chr3 108072425 . C T 637.25 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0113791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.789;QD=25.49;RBI=0.0405065;REFB=-0.00767684;REVB=-0.0388753;RO=43;SAF=24;SAR=33;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126417;STB=0.569141;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00649363;OID=.;OPOS=108072425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:43:43:57:57:0.57:33:24:25:18:33:24:25:18 chr3 108072524 . G A 164.08 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0334715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.295;QD=12.8686;RBI=0.0468118;REFB=-0.00468497;REVB=-0.0327262;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796189;STB=0.555497;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00863888;OID=.;OPOS=108072524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:10:9:17:14:10:9:18:14 chr3 108135680 . C T 333.61 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00697644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.514;QD=24.2627;RBI=0.0186425;REFB=-0.046549;REVB=0.0172879;RO=22;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232145;STB=0.512753;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.036669;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:20:13:8:14:20:13:8:14 chr3 108159977 . G A 171.07 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0131927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7434;QD=17.5453;RBI=0.0540405;REFB=-0.0497249;REVB=0.0524055;RO=20;SAF=3;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187089;STB=0.632744;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0355824;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:15:3:6:14:15:3:7:14 chr3 108248139 . A G 227.7 PASS AF=0.636364;AO=22;DP=34;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.016818;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5401;QD=27.5996;RBI=0.0371555;REFB=-0.029264;REVB=0.0331313;RO=12;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41952;STB=0.749773;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00646734;OID=.;OPOS=108248139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:33:12:12:22:21:0.636364:15:7:12:0:15:6:12:0 chr3 108298260 . C T 69.59 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.026595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.343;QD=16.3732;RBI=0.0267007;REFB=-0.0126171;REVB=0.00237325;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263859;STB=0.65587;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00965264;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:4:4:7:2:4:4 chr3 108367749 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 252.38 PASS AF=0.777778,0;AO=28,6;DP=73;FAO=56,0;FDP=72;FR=.;FRO=16;FSAF=32,0;FSAR=24,0;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.211737,-0.137387;FXX=0.0136968;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.2768,64.9879;QD=14.0211;RBI=0.230211,0.138115;REFB=-0.137533,-0.0258807;REVB=0.0903569,0.0141617;RO=25;SAF=15,6;SAR=13,0;SRF=3;SRR=22;SSEN=0.40625,0;SSEP=0,0;SSSB=0.34839,0.825138;STB=0.58495,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.16539,0.0276357;OID=.,.;OPOS=108367750,108367755;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778,0:28,6:73:56,0:72:16:32,0:24,0:3:13:38:25:15,6:13,0:3:22 chr3 108403086 . T C 801.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.553;QD=57.2293;RBI=0.0330641;REFB=0;REVB=0.000997438;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69025e-05;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:31:25:0:0 chr3 108557820 . T C 469.49 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.567;QD=56.9081;RBI=0.0443684;REFB=0;REVB=0.0280652;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659995;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:15:18:0:0 chr3 108634973 . C A 585.51 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311668;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9684;QD=58.5508;RBI=0.0347917;REFB=-0.00691497;REVB=-0.0154626;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00348318;OID=.;OPOS=108634973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:13:26:0:1:13:26:0:1 chr3 108639423 . C T 125.29 PASS AF=0.7;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0563041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5452;QD=25.058;RBI=0.0574818;REFB=-0.0292191;REVB=-0.0115762;RO=5;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214904;STB=0.581978;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00602555;OID=.;OPOS=108639423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:20:20:5:6:13:14:0.7:8:5:0:5:8:6:1:5 chr3 108677821 . C A 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00122572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.717;QD=12.0148;RBI=0.0291042;REFB=-0.0176636;REVB=-0.0290783;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332136;STB=0.682793;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0244965;OID=.;OPOS=108677821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:13:7:22:11:13:7:22:12 chr3 108703548 . C T 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0243503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8819;QD=20.5988;RBI=0.0319311;REFB=0.000931854;REVB=-0.0206556;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111128;STB=0.562597;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00245352;OID=.;OPOS=108703548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:8:11:9:11:8:11 chr3 108703587 . C T 229.35 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00123529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0822;QD=22.3751;RBI=0.00997638;REFB=-0.0369986;REVB=0.0098996;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159319;STB=0.50892;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00995738;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:9:10:12:10:9:10 chr3 108725862 . T C 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0292599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9751;QD=6.39504;RBI=0.0439703;REFB=-0.00864257;REVB=0.0328214;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868355;STB=0.555432;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0216806;OID=.;OPOS=108725862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:14:15:4:5:14:15 chr3 108737868 . G A 255.2 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0177546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.829;QD=17.3013;RBI=0.0179939;REFB=-0.0164475;REVB=-0.002925;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138825;STB=0.509427;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0193157;OID=.;OPOS=108737868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:30:27:29:0.491525:13:14:16:14:13:16:16:14 chr3 108737939 . A C 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0636673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9113;QD=17.4271;RBI=0.0701217;REFB=-0.0102053;REVB=0.0293858;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0115525;OID=.;OPOS=108737939;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:12:11:9:10:12:11 chr3 108754214 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0169045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.631;QD=11.8143;RBI=0.0344152;REFB=-0.0139475;REVB=0.0299774;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103291;STB=0.561308;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0230681;OID=.;OPOS=108754214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:11:12:8:5:11:12 chr3 108754238 . A T 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00729115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.033;QD=55.5207;RBI=0.0168882;REFB=-0.102892;REVB=-0.0152332;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000411503;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr3 108754260 . A G 108.57 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00578353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0759;QD=12.7728;RBI=0.0170861;REFB=-0.0042616;REVB=0.0160774;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016668;STB=0.502389;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0100413;OID=.;OPOS=108754260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:8:5:8:12:8:5:8:13 chr3 108867128 . A G 192.29 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00445585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8973;QD=16.0243;RBI=0.0596418;REFB=-0.00670618;REVB=-0.0594752;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509692;STB=0.529259;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.015025;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:14:14:11:9:14:14 chr3 109047928 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0439332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.258;QD=14.3338;RBI=0.049177;REFB=0.00672685;REVB=-0.0220964;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0211214;OID=.;OPOS=109047928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:3:7:6:3:3:7 chr3 109052732 . T C 214.41 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00476929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.355;QD=12.8008;RBI=0.0153076;REFB=-0.00992524;REVB=-0.0145457;RO=41;SAF=20;SAR=6;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284184;STB=0.664756;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00974199;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:6:20:22:19:6:20:22:19 chr3 109178707 . C G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.213;QD=43.0162;RBI=0.0336996;REFB=0.0153705;REVB=0.0104551;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=3.96628e-05;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr3 109178758 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0617;QD=44.6898;RBI=0.0586953;REFB=0;REVB=0.0565366;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965188;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 110611137 . G A 535.76 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9651;QD=57.9195;RBI=0.0311488;REFB=0;REVB=-0.00457265;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169612;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:12:23:0:0:12:25:0:0 chr3 110793050 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.018309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.845;QD=60.5101;RBI=0.0635547;REFB=-0.0392637;REVB=0.0608604;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000643682;OID=.;OPOS=110793050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr3 110866337 . T C 150.7 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0278182;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.358;QD=9.27376;RBI=0.0280677;REFB=-0.0266475;REVB=0.00373403;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11987;STB=0.566206;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0718854;OID=.;OPOS=110866337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:44:21:21:0.323077:14:7:10:31:14:7:11:33 chr3 111298145 . A G 124.7 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0105696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7844;QD=10.1797;RBI=0.0219624;REFB=-0.00981047;REVB=-0.0192518;RO=33;SAF=4;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268998;STB=0.673227;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0328133;OID=.;OPOS=111298145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:11:4:16:17:11:4:17:17 chr3 111313457 . T C 483.21 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9339;QD=58.5711;RBI=0.0663346;REFB=0;REVB=0.00383925;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152071;OID=.;OPOS=111313457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr3 111313854 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7587;QD=51.1825;RBI=0.0780143;REFB=0;REVB=0.00448218;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162174;OID=.;OPOS=111313854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr3 111356082 . CG C,CC 1434.26 PASS AF=0.0686275,0.931373;AO=39,61;DP=103;FAO=7,95;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=1,46;FSAR=6,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456769,0.108904;FXX=0.0097078;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.7208,68.1346;QD=56.2454;RBI=0.0484559,0.109017;REFB=0,0;REVB=-0.0161739,-0.00498297;RO=0;SAF=21,26;SAR=18,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.34792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.070469,0.0131657;OID=.,.;OPOS=111356083,111356083;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0686275,0.931373:39,61:103:7,95:102:0:1,46:6,49:0:0:7:0:21,26:18,35:0:0 chr3 111604541 . G C 313.32 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0328158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.089;QD=50.1306;RBI=0.0354586;REFB=0.0112802;REVB=-0.0134326;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-4.82136e-05;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:23:24:0.96:10:13:1:0:10:14:1:0 chr3 111694438 . T C 612.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0893432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.443;QD=61.2877;RBI=0.0937163;REFB=0;REVB=0.0282937;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106729;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr3 111760771 . A G 714.84 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0049494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.889;QD=60.8372;RBI=0.0103168;REFB=-0.0838086;REVB=0.00905205;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177403;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00230165;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:20:26:1:0:20:26:1:0 chr3 111765834 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.553;QD=54.5177;RBI=0.0124666;REFB=0;REVB=0.00273922;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52396e-05;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr3 111799845 . A T 2136.07 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5026;QD=62.8257;RBI=0.0290479;REFB=0;REVB=-0.00888965;RO=0;SAF=57;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104276;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:79:57:0:0:79:57:0:0 chr3 111828384 . G GT,T 199.08 PASS AF=0.481481,0;AO=22,3;DP=55;FAO=26,0;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12,0;FSAR=14,0;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0326637,0.00161349;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=17.216,224.735;QD=14.7466;RBI=0.0484906,0.0120442;REFB=0.00211723,-0.000190542;REVB=-0.0358388,-0.0119357;RO=29;SAF=10,2;SAR=12,1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.265528,-0.0714935;STB=0.629119,0.5;STBP=0.084,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0248662,0;OID=.,.;OPOS=111828385,111828384;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:28:22,3:26,0:0.481481,0:12,1:10,2:21:8:14,0:12,0:20:8 chr3 111828423 . G A 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0647767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.137;QD=55.0456;RBI=0.0650239;REFB=-0.100927;REVB=0.0056645;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00058884;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr3 111898387 . A G 158.53 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0026607;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.447;QD=13.4916;RBI=0.0292608;REFB=0.00725547;REVB=0.0291396;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237833;STB=0.638662;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00514512;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:11:19:7:10:11:19 chr3 111918216 . A G 769.92 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206705;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.385;QD=62.8509;RBI=0.0138994;REFB=0;REVB=0.0137448;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81024e-05;OID=.;OPOS=111918216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:15:32:0:0:17:32:0:0 chr3 111921225 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.24;QD=57.2026;RBI=0.0243635;REFB=0;REVB=0.0159809;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54485e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr3 111923123 . G A,T 493.5 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=32,2;DP=34;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629968,-0.00138557;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.433,95.7438;QD=58.0591;RBI=0.00851407,0.0324139;REFB=0,0;REVB=0.00572743,0.0323843;RO=0;SAF=20,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000746369,0.0536608;OID=.,.;OPOS=111923123,111923123;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:34:34:0:0:32,2:33,1:0.970588,0.0294118:12,0:20,2:0:0:12,0:21,1:0:0 chr3 111981849 . C T 223.06 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0426362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.5949;QD=17.4945;RBI=0.0426427;REFB=-0.0340253;REVB=-0.000744603;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.531888;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0395869;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:23:24:0.470588:12:11:14:13:13:11:14:13 chr3 111981878 . T C 211.71 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00654543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.129;QD=19.6942;RBI=0.0102827;REFB=-0.0160409;REVB=-0.00793039;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196547;STB=0.511101;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0243895;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:12:10:10:11:12:10 chr3 111981924 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.019336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3056;QD=15.3792;RBI=0.0332802;REFB=-0.001388;REVB=0.0270867;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.615202;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000747162;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:6:6:4:9:6:6:4:10 chr3 112005608 . TGA ATG,TG 33.99 PASS AF=0,0.565217;AO=2,8;DP=24;FAO=0,13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0,2;FSAR=0,11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.102735,0.188819;FXX=0.0416493;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=62.5612,7.23479;QD=5.91169;RBI=0.115537,0.192215;REFB=-0.0262361,-0.12452;REVB=-0.052862,0.035973;RO=10;SAF=0,1;SAR=2,7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612877,-0.51755;STB=0.5,0.706053;STBP=1,0.066;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.146294;OID=.,.;OPOS=112005608,112005610;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:24:23:10:10:2,8:0,13:0,0.565217:2,7:0,1:6:4:0,11:0,2:5:5 chr3 112059768 . C G 392.84 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.991;QD=56.1196;RBI=0.0637818;REFB=0;REVB=0.0278584;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425841;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chr3 112066562 . G A 239.69 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0021312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.861;QD=18.0899;RBI=0.00617551;REFB=-0.0146759;REVB=-0.00579611;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101126;STB=0.556958;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00995947;OID=.;OPOS=112066562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:18:8:11:16:18:8:11:16 chr3 112081560 . T TTA 128.74 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.016388;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=161.133;QD=32.1856;RBI=0.0797575;REFB=-0.095049;REVB=0.0780557;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247797;STB=0.565125;STBP=0.46;TYPE=ins;VARB=0.0141877;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8125:12:24:13:16:3:10:3:3:0:14:11:9:3:8:3 chr3 112185025 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.734;QD=63.8719;RBI=0.0374075;REFB=0;REVB=0.00624082;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121498;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr3 112190137 . G T 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.884;QD=62.6696;RBI=0.0664374;REFB=0;REVB=0.0662782;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199601;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:15:28:0:0:16:28:0:0 chr3 112935113 . G C 140.65 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0786504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0623;QD=13.0838;RBI=0.0975911;REFB=-0.0165773;REVB=0.0577766;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14358;STB=0.592036;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0378986;OID=.;OPOS=112935113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:18:8:7:9:19:8 chr3 112935138 . C G 259.25 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00516126;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.035;QD=22.0637;RBI=0.0703478;REFB=-0.00977568;REVB=-0.0701582;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279866;STB=0.657011;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0136369;OID=.;OPOS=112935138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:23:23:24:24:0.510638:16:8:15:8:16:8:15:8 chr3 112993367 . G A 249.65 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0131944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.282;QD=18.4922;RBI=0.0160053;REFB=-0.011262;REVB=-0.00905961;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245158;STB=0.63785;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0158372;OID=.;OPOS=112993367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:8:19:12:15:8:19:12:15 chr3 112997554 . A G 109.48 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.124382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4949;QD=14.5972;RBI=0.144515;REFB=-0.00099547;REVB=-0.0735769;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482756;STB=0.785224;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00788408;OID=.;OPOS=112997554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:10:7:11:2:10:7 chr3 112998268 . G A 238.11 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0152102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.851;QD=16.1429;RBI=0.0185185;REFB=-0.000985789;REVB=-0.0105633;RO=31;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227246;STB=0.524981;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00139589;OID=.;OPOS=112998268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:18:9:11:20:18:9:12:20 chr3 113010466 . T C 540.57 PASS AF=0.40411;AO=58;DP=147;FAO=59;FDP=146;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=53;FSRR=34;FWDB=-0.0131163;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.761;QD=14.8101;RBI=0.015342;REFB=-0.0104403;REVB=-0.00795871;RO=88;SAF=27;SAR=31;SRF=54;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157385;STB=0.58956;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0150947;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:88:87:58:59:0.40411:31:27:54:34:32:27:53:34 chr3 113022870 . T C 668.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4343;QD=62.2065;RBI=0.0439628;REFB=0;REVB=0.0413302;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161996;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 113046640 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0203688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.288;QD=12.7911;RBI=0.0261162;REFB=-0.000439557;REVB=-0.0163451;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264141;STB=0.654953;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000915328;OID=.;OPOS=113046640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:9:14:5:9:9:14 chr3 113176122 . G A 287.49 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0198002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.52;QD=22.1149;RBI=0.0215348;REFB=-0.0294569;REVB=-0.00846756;RO=21;SAF=13;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935448;STB=0.551688;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0129253;OID=.;OPOS=113176122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:23:29:29:0.557692:16:13:12:9:16:13:13:10 chr3 113222036 . G A 192.93 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00308126;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.896;QD=9.76864;RBI=0.0180196;REFB=-0.00289835;REVB=0.0177542;RO=52;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116578;STB=0.569175;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.007387;OID=.;OPOS=113222036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:54:25:25:0.316456:10:15:26:26:10:15:27:27 chr3 113373930 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00824901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6036;QD=60.6096;RBI=0.0083965;REFB=0;REVB=-0.0015669;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161416;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr3 113557787 . AGCC A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329066;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=322.262;QD=37.4885;RBI=0.0243289;REFB=0;REVB=0.0241054;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000163576;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:2:6:0:0:4:0:2:6:0:0 chr3 113655207 . C T 291.72 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0138042;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6804;QD=16.6698;RBI=0.0178031;REFB=-0.00116125;REVB=0.0112426;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191237;STB=0.607393;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000332451;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:19:13:23:15:19:13:23:15 chr3 113673125 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0423618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5009;QD=54.48;RBI=0.0517446;REFB=0.0170094;REVB=-0.0297149;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.00357243;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:1:0:16:15:1:0 chr3 113679589 . C A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00599616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.028;QD=15.1603;RBI=0.0131269;REFB=-0.0109044;REVB=0.0116774;RO=22;SAF=1;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646296;STB=0.885763;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.025355;OID=.;OPOS=113679589;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:15:1:12:10:15:1:12:10 chr3 113801826 . C T 227.18 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0355207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3784;QD=28.3971;RBI=0.0413855;REFB=-0.0105575;REVB=-0.0212378;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16134;STB=0.588705;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00513207;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:12:9:2:9:12:9:2:9 chr3 113858349 . GC G,GT 1188.44 PASS AF=0.1,0.9;AO=8,70;DP=79;FAO=8,72;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=6,44;FSAR=2,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248122,-0.0195808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.2194,106.26;QD=59.4219;RBI=0.0258,0.0234825;REFB=0,0;REVB=0.00707081,0.0129623;RO=0;SAF=5,44;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0189507,-0.00407972;OID=.,.;OPOS=113858350,113858350;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:8,70:79:8,72:80:0:6,44:2,28:0:0:30:0:5,44:3,26:0:0 chr3 113890815 . C T 1194.47 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00616136;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.024;QD=61.255;RBI=0.00885529;REFB=0;REVB=-0.00636033;RO=0;SAF=21;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160242;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:57:21:0:0:57:21:0:0 chr3 114070140 . TAAAAA TAAAAC,TAAAA 40.92 PASS AF=0.0714286,0.285714;AO=3,6;DP=29;FAO=2,8;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=2,7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0122264,0.126677;FXX=0.0344709;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=62.0912,12.3448;QD=5.84568;RBI=0.0512969,0.189839;REFB=-0.00679384,-0.0519952;REVB=-0.0498185,-0.141393;RO=17;SAF=0,1;SAR=3,5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.666655,-0.533815;STB=0.995527,0.856201;STBP=0.094,0.026;TYPE=snp,del;VARB=0.199318,0.0578195;OID=.,.;OPOS=114070145,114070141;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=TAAAAC,TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0714286,0.285714:3,6:29:2,8:28:18:0,1:2,7:11:7:26:17:0,1:3,5:11:6 chr3 115440074 . C CCT,CT 102.84 PASS AF=0.647059,0;AO=7,4;DP=33;FAO=11,0;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00987065,-0.00796949;FXX=0.149925;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=84.0246,74.8529;QD=24.1984;RBI=0.102824,0.104878;REFB=-0.130732,-0.120449;REVB=0.102349,0.104575;RO=21;SAF=7,0;SAR=0,4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.761268,-0.606674;STB=0.550468,0.5;STBP=0.574,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.122191,0;OID=.,.;OPOS=115440075,115440075;OREF=-,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059,0:7,4:33:11,0:17:6:7,0:4,0:3:3:41:21:7,0:0,4:8:13 chr3 116683964 . G C 4002.63 PASS AF=1;AO=255;DP=264;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=148;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431398;FXX=0.0263148;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.483;QD=61.8168;RBI=0.0341628;REFB=-0.0357153;REVB=0.0338894;RO=1;SAF=111;SAR=144;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00329912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228673;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:264:259:1:0:255:259:1:144:111:0:1:148:111:0:0 chr3 118269774 . A G 690.16 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.153546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.771;QD=52.0872;RBI=0.154275;REFB=-0.166711;REVB=0.0149813;RO=3;SAF=24;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552651;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00248283;OID=.;OPOS=118269774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:3:1:49:52:0.981132:25:24:3:0:25:27:0:1 chr3 118621664 . C A 524.68 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00306368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.489;QD=21.4154;RBI=0.00676964;REFB=-0.0182522;REVB=0.00603671;RO=47;SAF=18;SAR=32;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187559;STB=0.51428;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0169849;OID=.;OPOS=118621664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:48:50:50:0.510204:32:18:16:31:32:18:16:32 chr3 118649060 . G T 672.16 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474111;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.389;QD=62.5262;RBI=0.0540171;REFB=0;REVB=0.0258851;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85139e-05;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr3 118824042 . A ATTC 136.72 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0151323;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=3;MLLD=216.941;QD=16.0843;RBI=0.0154089;REFB=-0.00906078;REVB=-0.00290676;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371963;STB=0.542112;STBP=0.666;TYPE=ins;VARB=0.0130422;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:15:39:15:34:19:6:9:9:10:99:23:6:9:10:13 chr3 118865801 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0053374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.763;QD=16.4267;RBI=0.00700508;REFB=-0.0213644;REVB=0.00453689;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409293;STB=0.745699;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0211591;OID=.;OPOS=118865801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:4:7:10:1:4:7 chr3 118867047 . C G 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0108512;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.663;QD=14.8782;RBI=0.0146787;REFB=-0.01684;REVB=0.0098851;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0281891;OID=.;OPOS=118867047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:9:8:5:8:9:8 chr3 118878789 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0353819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.616;QD=19.4663;RBI=0.0360976;REFB=-0.00174195;REVB=0.00715255;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353827;STB=0.519982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00200743;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:14:10:10:12:14:10 chr3 118909159 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0539;QD=51.1818;RBI=0.0756137;REFB=0;REVB=-0.0296783;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924561;OID=.;OPOS=118909159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr3 118948716 . G A 275.11 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00882752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.585;QD=13.1002;RBI=0.0198027;REFB=0.0083175;REVB=0.0177262;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130387;STB=0.507458;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.0112679;OID=.;OPOS=118948716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:15:17:27:25:15:17:27:25 chr3 119118104 . A G 243.35 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.867;QD=48.6706;RBI=0.0835701;REFB=0;REVB=0.0285044;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226787;OID=.;OPOS=119118104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chr3 119133183 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.678;QD=54.5168;RBI=0.0483366;REFB=0;REVB=0.0421411;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105636;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr3 119196166 . T C 328.64 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0285306;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6939;QD=15.2855;RBI=0.0476991;REFB=-0.01261;REVB=0.0382258;RO=50;SAF=24;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238053;STB=0.634844;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0244255;OID=.;OPOS=119196166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:12:24:22:28:12:24:22:28 chr3 119197285 . A G 946.67 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0243095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7075;QD=55.6863;RBI=0.0630582;REFB=-0.0286296;REVB=0.0581841;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269815;STB=0.514281;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00113103;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:32:34:2:0:32:34:2:0 chr3 119248301 . G A 786.6 PASS AF=0.421053;AO=89;DP=209;FAO=88;FDP=209;FR=.;FRO=121;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=65;FSRR=56;FWDB=-0.0679445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2757;QD=15.0545;RBI=0.0799157;REFB=-0.00439401;REVB=-0.0420721;RO=110;SAF=51;SAR=38;SRF=54;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823559;STB=0.518188;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0052746;OID=.;OPOS=119248301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:209:110:121:89:88:0.421053:38:51:54:56:38:50:65:56 chr3 119248321 . A G 584.7 PASS AF=0.408163;AO=33;DP=156;FAO=60;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0014202;FXX=0.0812449;HRUN=9;LEN=1;MLLD=281.037;QD=15.9101;RBI=0.0537098;REFB=0.00195489;REVB=-0.053691;RO=43;SAF=26;SAR=7;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364427;STB=0.561025;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00698929;OID=.;OPOS=119248321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:147:43:71:33:60:0.408163:7:26:20:23:23:37:36:35 chr3 119263680 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.060383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.885;QD=11.4399;RBI=0.0605052;REFB=-0.00883717;REVB=-0.00384396;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227484;STB=0.62712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0163073;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:8:1:3:10:8:1:3:11 chr3 119306579 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.894;QD=57.0007;RBI=0.0496019;REFB=0;REVB=0.0410002;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152353;OID=.;OPOS=119306579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr3 119338956 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.384;QD=59.8558;RBI=0.0233599;REFB=0;REVB=0.0154612;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3387e-05;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr3 119367390 . T C 527.35 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.798;QD=58.5942;RBI=0.0460658;REFB=0;REVB=0.0458587;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444698;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr3 119395662 . C G 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7719;QD=60.5404;RBI=0.0130933;REFB=0;REVB=0.00987151;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102281;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:24:51:0:0:24:51:0:0 chr3 119426307 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0086;QD=54.5147;RBI=0.0524525;REFB=0;REVB=0.0389438;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106465;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr3 119434527 . G C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.054;QD=57.2377;RBI=0.0330528;REFB=0;REVB=0.0183276;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106151;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr3 119533910 . T C 930.68 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426135;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0855;QD=58.1674;RBI=0.057553;REFB=0;REVB=0.0386837;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154807;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396167;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:1:0:63:64:1:33:30:1:0:33:31:0:0 chr3 119886360 . C T 368.01 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00551424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.463;QD=29.4405;RBI=0.00733216;REFB=-0.0144039;REVB=-0.00483256;RO=19;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174516;STB=0.595576;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00998271;OID=.;OPOS=119886360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:15:16:5:14:15:16:5:14 chr3 119886548 . G C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.505;QD=58.5836;RBI=0.0364355;REFB=0;REVB=0.0243751;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345714;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr3 119886776 . T A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.781;QD=57.1775;RBI=0.0329334;REFB=0;REVB=0.0137478;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75826e-05;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr3 119911830 . G T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0334031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2371;QD=6.20609;RBI=0.0341856;REFB=-0.00167154;REVB=-0.00727271;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224317;STB=0.642158;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00699886;OID=.;OPOS=119911830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:4:5:11:19:4:5:11:19 chr3 120389316 . T A 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0159374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.323;QD=53.9066;RBI=0.0159953;REFB=-0.0318601;REVB=0.00135932;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294628;STB=0.51562;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000567974;OID=.;OPOS=120389316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:31:27:0:2:31:27:0:2 chr3 121100283 . G A 345.24 PASS AF=0.468354;AO=35;DP=77;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.010875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4388;QD=17.4804;RBI=0.0137608;REFB=-0.00703603;REVB=-0.00843181;RO=40;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883109;STB=0.519825;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.01289;OID=.;OPOS=121100283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:40:42:35:37:0.468354:19:16:22:18:19:18:22:20 chr3 121137976 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0271009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.271;QD=12.0233;RBI=0.0477974;REFB=-0.0170312;REVB=-0.0393717;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130663;STB=0.576801;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0219457;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:14:6:5:7:14:6 chr3 121138015 . C T 135.01 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0116242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9267;QD=18.0017;RBI=0.0130962;REFB=-0.00846603;REVB=0.00603239;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103377;STB=0.571331;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0178687;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:5:9:8:7:5:10:8:7 chr3 121154974 . T C 370.44 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0120164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.546;QD=19.7566;RBI=0.0121286;REFB=-0.0109463;REVB=-0.00164648;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104283;STB=0.519653;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0074481;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:37:38:38:0.506667:18:20:18:17:18:20:18:19 chr3 121206517 . T C 266.96 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0860178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1418;QD=20.1476;RBI=0.0906593;REFB=-0.0143697;REVB=-0.0286364;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111517;STB=0.562118;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0135787;OID=.;OPOS=121206517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:14:11:16:12:14:11 chr3 121208833 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00780206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.52;QD=9.76005;RBI=0.0368978;REFB=-0.0164693;REVB=-0.0360635;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102163;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0284797;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:8:4:3:4:8:4 chr3 121238749 . G A 676.75 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00994676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.795;QD=60.1552;RBI=0.0890158;REFB=0.0327104;REVB=-0.0884583;RO=1;SAF=33;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407921;STB=0.521729;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00132775;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:11:33:0:1:11:33:0:1 chr3 121263720 . C A 762.02 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0919;QD=56.4461;RBI=0.0582104;REFB=0;REVB=0.0381517;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866652;OID=.;OPOS=121263720;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr3 121340536 . T C 343.46 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0559992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1211;QD=16.3553;RBI=0.0697726;REFB=-0.0191446;REVB=-0.041621;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827975;STB=0.552316;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0229142;OID=.;OPOS=121340536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:47:37:37:0.440476:20:17:25:21:20:17:26:21 chr3 121350966 . C G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.757;QD=52.6115;RBI=0.0540623;REFB=0;REVB=0.00897736;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438395;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr3 121351338 . C T 90.78 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0398609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.275;QD=16.5055;RBI=0.0400171;REFB=-0.00761529;REVB=-0.00353245;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510886;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00871404;OID=.;OPOS=121351338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:20:22:11:11:9:11:0.5:8:1:6:5:8:3:6:5 chr3 121353254 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0152378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.315;QD=11.0924;RBI=0.0340848;REFB=-0.0305077;REVB=-0.0304891;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0434292;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr3 121372875 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.031736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7398;QD=18.8853;RBI=0.122914;REFB=-0.00618196;REVB=0.118746;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0157512;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr3 121415610 . G A 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.000701143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.727;QD=21.613;RBI=0.00969903;REFB=-0.0137799;REVB=-0.00967366;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671389;STB=0.537542;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0111553;OID=.;OPOS=121415610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:7:16:15:9:7:16 chr3 121488995 . C G 358.97 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.569;QD=55.2266;RBI=0.0954425;REFB=0;REVB=0.0953576;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113758;OID=.;OPOS=121488995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:7:17:0:0:9:17:0:0 chr3 121500699 . C T 130.57 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0262064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.52;QD=13.7444;RBI=0.0344936;REFB=0.00333144;REVB=-0.0224285;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104935;STB=0.559362;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00871785;OID=.;OPOS=121500699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:21:23:15:15:0.394737:7:8:9:12:7:8:10:13 chr3 121526204 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2726;QD=50.4078;RBI=0.0175005;REFB=0;REVB=0.0174414;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592973;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr3 121641693 . G A 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0633935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.159;QD=16.9288;RBI=0.0635796;REFB=-0.0171436;REVB=-0.00486083;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218292;STB=0.624804;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0165173;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:3:9:6:6:3:9 chr3 121642048 . A T 223.47 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0158226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5602;QD=19.4318;RBI=0.0745758;REFB=-0.00198751;REVB=-0.0728779;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353827;STB=0.519982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000439868;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:14:10:10:12:14:10 chr3 121643170 . A T 250.66 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00390194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.073;QD=27.0985;RBI=0.0379217;REFB=0.00242843;REVB=-0.0377205;RO=14;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150546;STB=0.573398;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00287612;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:22:23:0.621622:11:11:10:4:11:12:10:4 chr3 121643804 . C T 189.6 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0733386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5317;QD=11.3193;RBI=0.0744749;REFB=-0.0257311;REVB=0.0129604;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523399;STB=0.522369;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0217713;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:12:12:19:23:12:12:20:23 chr3 121646641 . A G 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00969711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.405;QD=26.3387;RBI=0.0216119;REFB=-0.0240594;REVB=-0.0193142;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138345;STB=0.576854;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0216901;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:15:8:8:7:15:8:8:7 chr3 121647286 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00946246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.604;QD=9.37562;RBI=0.017703;REFB=0.000283325;REVB=0.0149619;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234008;STB=0.639193;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000800632;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:13:6:21:20:13:6:21:20 chr3 121648168 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0135477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.917;QD=20.3167;RBI=0.0238606;REFB=-0.0146471;REVB=0.0196414;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205733;STB=0.511616;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0124979;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:10:8:8:11:10:8 chr3 121712051 . A C 486.2 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0783;QD=57.1999;RBI=0.0971969;REFB=0;REVB=0.0959233;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165938;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:10:22:0:0:12:22:0:0 chr3 121825197 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.381;QD=60.8824;RBI=0.0284757;REFB=0;REVB=0.0188964;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136982;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr3 121836966 . TGAGAGAGA TGAGAGA,TGAGAGAG 298.98 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=18,3;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468347,0.0453941;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=101.425,84.47;QD=51.996;RBI=0.0473789,0.046505;REFB=0,0;REVB=0.00716087,0.0101043;RO=0;SAF=4,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00777174,-0.0567703;OID=.,.;OPOS=121836967,121836974;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=TGAGAGA,TGAGAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:18,3:23:20,3:23:0:5,0:15,3:0:0:12:0:4,0:14,3:0:0 chr3 121838319 . G A 190.76 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0294208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.156;QD=9.53798;RBI=0.0300207;REFB=-0.00987541;REVB=0.00597163;RO=53;SAF=9;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217991;STB=0.639888;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.023026;OID=.;OPOS=121838319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:55:25:25:0.3125:16:9:29:24:16:9:31:24 chr3 121838792 . TTG TCT,T 620.97 PASS AF=0,0.954545;AO=10,62;DP=77;FAO=0,42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=0,12;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0208209,-0.00142905;FXX=0.442982;HRUN=4,4;LEN=2,2;MLLD=70.7672,147.962;QD=56.4514;RBI=0.0437735,0.00460764;REFB=0.0256216,0.0377493;REVB=-0.0385047,-0.00438043;RO=0;SAF=10,25;SAR=0,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0.363636;SSSB=0,0;STB=0.5,0.516121;STBP=1,0.411;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000999254;OID=.,.;OPOS=121838793,121838793;OREF=TG,TG;OALT=CT,-;OMAPALT=TCT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.954545:10,62:77:0,42:44:2:0,12:0,30:0:2:9:0:10,25:0,37:0:0 chr3 122003045 . G C 1260.64 PASS AF=1;AO=72;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238947;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.705;QD=61.4946;RBI=0.0488199;REFB=0;REVB=0.0425726;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526473;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:72:82:1:38:34:0:0:48:34:0:0 chr3 122003769 . A G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0118594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.099;QD=12.7915;RBI=0.0121503;REFB=-0.0328876;REVB=0.00264299;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188687;STB=0.610532;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0278047;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:8:6:14:9:8:6:14:9 chr3 122003832 . G C 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000523245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1732;QD=57.1695;RBI=0.000693802;REFB=0;REVB=0.000455605;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4728e-07;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr3 122056432 . C T 225.5 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00637873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.264;QD=22.5495;RBI=0.0526745;REFB=-0.00782764;REVB=-0.0522868;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652267;STB=0.545413;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00590751;OID=.;OPOS=122056432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:11:10:10:8:12:10:10:8 chr3 122186188 . C T 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.842;QD=62.6551;RBI=0.0518694;REFB=0;REVB=0.0440762;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037038;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr3 122290579 . C T 243.55 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00871893;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.522;QD=14.9875;RBI=0.0264724;REFB=0.0113135;REVB=0.0249954;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132764;STB=0.558556;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0143926;OID=.;OPOS=122290579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:37:28:28:0.430769:13:15:14:21:13:15:16:21 chr3 122296647 . G A 542.88 PASS AF=0.39375;AO=63;DP=160;FAO=63;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0137398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3213;QD=13.572;RBI=0.0328704;REFB=-0.0241696;REVB=0.029861;RO=93;SAF=24;SAR=39;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145664;STB=0.589095;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0362649;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:93:97:63:63:0.39375:39:24:48:45:39:24:51:46 chr3 122354037 . A G 54.84 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0194495;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.754;QD=8.7751;RBI=0.0806111;REFB=-0.0238524;REVB=-0.0782296;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308464;STB=0.585139;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0325344;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:17:7:8:0.32:5:2:5:3:6:2:6:11 chr3 122354792 . G A 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0252447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.764;QD=12.7236;RBI=0.0322647;REFB=-0.0105703;REVB=-0.0200927;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656946;STB=0.537745;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0193471;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:12:11:15:21:12:11:15:21 chr3 122418750 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0475771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.06;QD=12.7375;RBI=0.0816793;REFB=0.0149569;REVB=-0.0663922;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3708;STB=0.728476;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0371881;OID=.;OPOS=122418750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:6:4:1:7:6:4 chr3 122419083 . C A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0171552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.641;QD=15.172;RBI=0.0326057;REFB=-0.010754;REVB=0.0277278;RO=24;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273807;STB=0.657935;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0147801;OID=.;OPOS=122419083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:11:6:15:9:11:6:15:9 chr3 122437321 . T C 766.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8056;QD=63.8501;RBI=0.044624;REFB=0;REVB=0.0402588;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515177;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr3 122459290 . G GAGA 172.58 PASS AF=0.473684;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0179191;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.85;QD=18.1659;RBI=0.0241576;REFB=-0.0371773;REVB=-0.0162016;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570481;STB=0.506128;STBP=0.919;TYPE=ins;VARB=0.0396675;OID=.;OPOS=122459291;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:16:39:18:38:20:7:11:8:12:99:21:7:9:8:13 chr3 122459477 . A G 581.47 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0131892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.018;QD=25.0093;RBI=0.0133789;REFB=-0.0129149;REVB=-0.00224479;RO=39;SAF=17;SAR=36;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159575;STB=0.583155;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0103309;OID=.;OPOS=122459477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:40:53:53:0.569892:36:17:20:19:36:17:20:20 chr3 122496747 . T C 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.144925;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.837;QD=19.5205;RBI=0.144955;REFB=-0.0175664;REVB=0.00295064;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886367;STB=0.553034;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0175784;OID=.;OPOS=122496747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:26:28:28:0.518519:18:10:11:13:18:10:12:14 chr3 122630323 . T G 248.29 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0116398;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.807;QD=13.421;RBI=0.0116519;REFB=-0.00702;REVB=-0.000529661;RO=45;SAF=8;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268065;STB=0.65416;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0117538;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:45:29:29:0.391892:21:8:23:22:21:8:23:22 chr3 122630346 . T C 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00664805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7153;QD=12.3067;RBI=0.00692743;REFB=-0.00915958;REVB=0.0019475;RO=41;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266619;STB=0.654416;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0131659;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:18:7:21:20:18:7:21:20 chr3 122694930 . C T 792.68 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0627474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7885;QD=53.7407;RBI=0.0715805;REFB=-0.174668;REVB=0.034446;RO=2;SAF=12;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273265;STB=0.514507;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00759827;OID=.;OPOS=122694930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:2:57:57:0.966102:45:12:1:1:45:12:1:1 chr3 122880191 . T C 325.22 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00654501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.437;QD=22.4292;RBI=0.0123774;REFB=-0.0272719;REVB=-0.0105054;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239447;STB=0.630996;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0236956;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:18:15:4:21:18:15:4:21 chr3 122991021 . A T 784.14 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.404;QD=57.0282;RBI=0.0269783;REFB=0;REVB=0.0156324;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62908e-05;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:23:29:0:0:25:30:0:0 chr3 122991038 . C T 868.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.075;QD=57.8795;RBI=0.0311752;REFB=0;REVB=0.0239498;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47293e-05;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr3 123357037 . A G 667.95 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0404184;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.468;QD=60.7224;RBI=0.0404913;REFB=-0.0629173;REVB=0.0024287;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000332062;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:25:18:0:0:25:18:1:0 chr3 123368013 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.811;QD=53.9082;RBI=0.0717155;REFB=0;REVB=0.0146913;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714768;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr3 123418913 . G A 610.5 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00990344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.589;QD=55.5002;RBI=0.0153553;REFB=-0.0767754;REVB=0.0117349;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323316;STB=0.533317;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000682093;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:1:2:41:42:0.954545:14:27:0:1:14:28:0:2 chr3 123419116 . GTTC G 237.98 PASS AF=0.39604;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=-0.0141683;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.681;QD=9.4249;RBI=0.0142758;REFB=-0.0230432;REVB=0.00174812;RO=55;SAF=15;SAR=25;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738782;STB=0.541759;STBP=0.543;TYPE=del;VARB=0.0322199;OID=.;OPOS=123419117;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39604:40:100:40:101:61:15:25:19:42:99:55:15:25:17:38 chr3 123419288 . C T 207.06 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0244048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.668;QD=20.2009;RBI=0.024407;REFB=-0.0312358;REVB=-0.000323678;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518501;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0349768;OID=.;OPOS=123419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:20:20:21:0.512195:14:6:6:14:14:7:6:14 chr3 123419573 . G T 311.78 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0155851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5114;QD=16.6283;RBI=0.0279219;REFB=-0.00565266;REVB=-0.0231675;RO=41;SAF=21;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10539;STB=0.559287;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00561218;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:13:21:21:20:13:21:21:20 chr3 123419733 . A G 164.11 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0369345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.86;QD=12.8714;RBI=0.0391039;REFB=-0.0185193;REVB=0.0128434;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283973;STB=0.516511;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0395482;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:10:9:16:16:10:9:16:16 chr3 123451773 . G C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.599;QD=58.9626;RBI=0.0531964;REFB=0;REVB=0.0347775;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149269;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr3 123452838 . G A 1123.64 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024892;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.566;QD=60.7373;RBI=0.0278734;REFB=0;REVB=0.0125424;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71435e-05;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr3 123457893 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3196;QD=49.5888;RBI=0.0698818;REFB=0;REVB=-0.00427567;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224222;OID=.;OPOS=123457893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr3 123634046 . G A 888.7 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229181;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4337;QD=58.2753;RBI=0.0229242;REFB=0;REVB=-0.000527994;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154856;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr3 123946895 . G A 361.91 PASS AF=0.454545;AO=33;DP=80;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.091031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4061;QD=16.4504;RBI=0.0973234;REFB=-0.0227239;REVB=0.0344267;RO=47;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121085;STB=0.579507;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0451813;OID=.;OPOS=123946895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:88:47:48:33:40:0.454545:18:15:16:31:20:20:17:31 chr3 123988039 . T C 425.28 PASS AF=0.525;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0337712;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.291;QD=21.264;RBI=0.036098;REFB=-0.0131198;REVB=0.0127503;RO=38;SAF=21;SAR=21;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181556;STB=0.599954;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0175956;OID=.;OPOS=123988039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:38:38:42:42:0.525:21:21:27:11:21:21:27:11 chr3 124044949 . C T 1486.9 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.03;QD=58.887;RBI=0.0540967;REFB=0;REVB=0.0304561;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186335;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:101:0:0:92:101:1:48:44:0:0:48:53:0:0 chr3 124351316 . G A 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0363244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.184;QD=12.7363;RBI=0.0496508;REFB=-0.00952016;REVB=-0.0338487;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249201;STB=0.645887;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0180716;OID=.;OPOS=124351316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:11:17:6:10:11:17 chr3 124351424 . T C 148.6 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0179714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.63;QD=10.807;RBI=0.0454592;REFB=-0.0144258;REVB=-0.041756;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400924;STB=0.75066;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0336493;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:36:19:19:0.345455:6:13:10:23:6:13:10:26 chr3 124376653 . G A 278.73 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0109079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.845;QD=21.8615;RBI=0.011173;REFB=-0.0208901;REVB=-0.00241953;RO=23;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104946;STB=0.558099;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0220044;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:16:12:7:16:16:12:7:16 chr3 124379748 . G C 223.34 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0153514;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.581;QD=16.5437;RBI=0.0333422;REFB=0.00211197;REVB=0.0295979;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895993;STB=0.571852;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.00344716;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:21:8:9:16:22:7 chr3 124379817 . T C 431.75 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00835671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2279;QD=20.3177;RBI=0.0323371;REFB=-0.00374048;REVB=0.0312387;RO=42;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733273;STB=0.54064;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00441815;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:24:19:22:20:24:19:22:20 chr3 124412634 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.12;QD=53.2772;RBI=0.0202246;REFB=0;REVB=0.011525;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95746e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr3 124418846 . C T 197.61 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0577004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.835;QD=18.8204;RBI=0.0617562;REFB=-0.0482169;REVB=0.0220112;RO=22;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599885;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0373646;OID=.;OPOS=124418846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:18:2:4:18:18:2:4:18 chr3 124439127 . T A 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0172951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2803;QD=8.22837;RBI=0.0184435;REFB=-0.000983828;REVB=-0.0064064;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442781;STB=0.548919;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00710781;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:35:24:25:10:10:0.285714:7:3:8:16:7:3:9:16 chr3 124451312 . T G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.013446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.25;QD=21.2648;RBI=0.042914;REFB=0.00373005;REVB=0.0407531;RO=18;SAF=17;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268546;STB=0.515136;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0033297;OID=.;OPOS=124451312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:3:17:15:3:3:17:15:3 chr3 124456742 . G C 185.15 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00271188;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.698;QD=25.5376;RBI=0.0537495;REFB=0.00892247;REVB=0.053681;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308902;STB=0.517222;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00411443;OID=.;OPOS=124456742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:6:5:9:9:6:5 chr3 124462808 . C T 600.54 PASS AF=0.606742;AO=53;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000344185;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.351;QD=26.9906;RBI=0.0063588;REFB=-0.0175804;REVB=0.00634948;RO=34;SAF=22;SAR=31;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830679;STB=0.554034;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0147936;OID=.;OPOS=124462808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:35:53:54:0.606742:31:22:18:16:32:22:19:16 chr3 124515308 . A G 73.14 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0131372;FXX=0.124969;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.785;QD=8.35927;RBI=0.0217375;REFB=-0.0170992;REVB=-0.0173186;RO=24;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.680439;STB=0.856531;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0227122;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:40:35:24:25:9:10:0.285714:1:8:6:18:2:8:6:19 chr3 124515509 . G A 184.76 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0154954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.321;QD=18.476;RBI=0.0160309;REFB=-0.00903964;REVB=0.00410887;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122806;STB=0.583694;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00626738;OID=.;OPOS=124515509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:7:12:10:10:7:12:10:11 chr3 124646594 . A G 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0325627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.125;QD=20.0283;RBI=0.0325956;REFB=0.00148786;REVB=0.00146487;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042446;STB=0.53843;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00173887;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:24:24:0.48:16:8:7:17:16:8:7:19 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 858.01 PASS AF=0,0.983607;AO=33,17;DP=70;FAO=0,60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=0,3;FSAR=0,57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211228,0.0384599;FXX=0.031741;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=212.647,222.059;QD=56.2629;RBI=0.0544358,0.0480336;REFB=-0.146503,-0.18427;REVB=-0.0501705,-0.028776;RO=13;SAF=2,0;SAR=31,17;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.174611,-0.809507;STB=0.5,0.504346;STBP=1,0.644;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00132904;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.983607:33,17:70:0,60:61:1:0,3:0,57:0:1:3:13:2,0:31,17:2:11 chr3 124688791 . A T 87.36 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489393;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=59.5471;QD=38.8288;RBI=0.104276;REFB=0;REVB=0.0920781;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00353152;OID=.;OPOS=124688791;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:7:2:0:0 chr3 124692689 . C T 1131.45 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974597;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.275;QD=60.3442;RBI=0.0368511;REFB=0;REVB=-0.035539;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02861e-05;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:39:36:0:0 chr3 124731485 . C G 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182687;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.584;QD=58.7979;RBI=0.0190079;REFB=0;REVB=0.0052492;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51616e-05;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:35:29:0:0:35:29:0:0 chr3 124731689 . T A 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.197;QD=63.0497;RBI=0.0208603;REFB=0;REVB=0.0201488;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60971e-05;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr3 124733649 . T G 1156.16 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.28;QD=60.0601;RBI=0.0245741;REFB=0;REVB=0.022049;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618874;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:42:32:0:0:42:35:0:0 chr3 124746347 . T C 358.09 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.803;QD=55.0901;RBI=0.0439139;REFB=0;REVB=0.0112725;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149777;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr3 124826408 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3815;QD=49.596;RBI=0.0746286;REFB=0;REVB=-0.062723;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00350603;OID=.;OPOS=124826408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr3 124837684 . T C 1054.23 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0543154;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0646;QD=58.5684;RBI=0.0543237;REFB=-0.0791767;REVB=0.000945626;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00144403;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:0:1:70:71:0.986111:34:36:0:0:35:36:1:0 chr3 124839470 . G A 1393.1 PASS AF=0.978723;AO=90;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0152089;FXX=0.0208312;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.856;QD=59.2809;RBI=0.024595;REFB=-0.154547;REVB=0.0193288;RO=1;SAF=58;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145798;STB=0.514283;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000326818;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:1:2:90:92:0.978723:32:58:0:1:34:58:0:2 chr3 124947331 . TA AT,TAT 35.64 PASS AF=0,0.258065;AO=3,11;DP=31;FAO=0,8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00254228,-0.0124511;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=38.24,30.9186;QD=4.59882;RBI=0.0874139,0.0492802;REFB=0.0029789,-0.000744214;REVB=-0.0873769,-0.0476814;RO=16;SAF=0,1;SAR=3,10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.687676,-0.649397;STB=0.5,0.814633;STBP=1,0.068;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0444028,0.073597;OID=.,.;OPOS=124947331,124947333;OREF=TA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:31:31:16:23:3,11:0,8:0,0.258065:3,10:0,1:11:5:0,7:0,1:11:12 chr3 125235852 . A ATTTAT 321.41 PASS AF=0.96;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306888;FXX=0.137883;HRUN=3;LEN=5;MLLD=244.704;QD=51.4261;RBI=0.0307628;REFB=-0.0359191;REVB=-0.00213267;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690702;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=ins;VARB=0.00094948;OID=.;OPOS=125235853;OREF=-;OALT=TTTAT;OMAPALT=ATTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:23:34:24:25:1:11:13:0:1:6:8:11:12:5:3 chr3 125235909 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0115593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.22;QD=7.46431;RBI=0.012721;REFB=-0.0102891;REVB=0.00531098;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.5997;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0145696;OID=.;OPOS=125235909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:7:10:5:2:7:10 chr3 125653291 . A G 230.24 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000311431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0569;QD=46.0488;RBI=0.0845529;REFB=-0.00112903;REVB=0.0845523;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704612;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000844736;OID=.;OPOS=125653291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:20:1:1:18:19:0.95:6:12:0:1:7:12:0:1 chr3 125692141 . G A 1143.13 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.074;QD=59.3835;RBI=0.0592268;REFB=-0.110573;REVB=0.0350658;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000669013;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:0:0:76:77:1:43:33:0:0:43:34:0:0 chr3 125725268 . TAACAAAC TAAC,TAACA 352.31 PASS AF=1,0;AO=21,5;DP=31;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003349,-0.00645201;FXX=0.0322477;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=223.364,214.273;QD=46.9752;RBI=0.0256497,0.036214;REFB=0,0;REVB=0.0254301,0.0356347;RO=0;SAF=15,5;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000201143,-0.0266471;OID=.,.;OPOS=125725269,125725273;OREF=AACA,AAC;OALT=-,-;OMAPALT=TAAC,TAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,5:31:30,0:30:0:20,0:10,0:0:0:6:0:15,5:6,0:0:0 chr3 125726048 . G C 773.84 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0692815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.201;QD=61.9073;RBI=0.0711681;REFB=-0.0845025;REVB=0.0162778;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000706161;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:47:49:0.98:25:22:0:0:25:24:1:0 chr3 125775228 . T C 806.8 PASS AF=1;AO=36;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.904;QD=64.5439;RBI=0.103217;REFB=0;REVB=0.103161;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334672;OID=.;OPOS=125775228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:36:50:1:13:23:0:0:27:23:0:0 chr3 125786879 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.299;QD=59.0115;RBI=0.0428193;REFB=0;REVB=0.000791631;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521677;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 125826059 . T C 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9629;QD=62.3469;RBI=0.0299478;REFB=0;REVB=-0.0280696;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166568;OID=.;OPOS=125826059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 125854311 . TC T 194.25 PASS AF=1;AO=24;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141993;FXX=0.0294031;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.1059;QD=23.545;RBI=0.229246;REFB=-0.0247109;REVB=0.179977;RO=7;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435871;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0199079;OID=.;OPOS=125854312;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:34:33:33:0:21:12:0:0:3:7:16:8:4:3 chr3 126152474 . C T 611.49 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.035229;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.9833;QD=47.0374;RBI=0.035547;REFB=-0.151556;REVB=0.00474347;RO=3;SAF=32;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044228;STB=0.530374;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00444523;OID=.;OPOS=126152474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:53:52:3:5:47:47:0.903846:15:32:1:2:15:32:2:3 chr3 126169230 . C T 1026.75 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.958;QD=58.6717;RBI=0.0375886;REFB=0;REVB=0.0111655;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457418;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:43:27:0:0 chr3 126169472 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.616;QD=37.4885;RBI=0.0454499;REFB=0;REVB=-0.0350519;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20341e-05;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr3 126255165 . GC G 46.87 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00546691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.8434;QD=5.20733;RBI=0.0149288;REFB=-0.0637396;REVB=0.0138918;RO=22;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0.440476;SSEP=0;SSSB=-0.515296;STB=0.828079;STBP=0.026;TYPE=del;VARB=0.120381;OID=.;OPOS=126255166;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:12:35:12:36:24:1:11:10:14:46:22:1:11:9:13 chr3 126329910 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.368;QD=53.9099;RBI=0.0972807;REFB=0;REVB=0.0809155;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169954;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr3 126736595 . C T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00283859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.582;QD=22.5987;RBI=0.00400447;REFB=-0.00690299;REVB=0.00282457;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15005;STB=0.583603;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0110002;OID=.;OPOS=126736595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:6:14:12:11:6:14 chr3 126737268 . C A 202.55 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0389984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.59;QD=18.4138;RBI=0.0473244;REFB=-0.0338344;REVB=-0.026809;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163228;STB=0.591754;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0306136;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:17:6:9:12:17:6 chr3 126754992 . G A 403.85 PASS AF=0.428571;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0130316;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.485;QD=16.4838;RBI=0.0131143;REFB=-0.0172977;REVB=-0.00147128;RO=56;SAF=21;SAR=21;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181353;STB=0.510199;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.021221;OID=.;OPOS=126754992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:56:42:42:0.428571:21:21:29:27:21:21:29:27 chr3 126916371 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3095;QD=53.2741;RBI=0.0347825;REFB=0;REVB=-0.00778346;RO=0;SAF=3;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113828;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:20:3:0:0:20:3:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 110.36 PASS AF=0.909091;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113518;FXX=0.388673;HRUN=3;LEN=3;MLLD=240.681;QD=40.1296;RBI=0.0141268;REFB=0.0560908;REVB=0.0084086;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578165;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=ins;VARB=-0.00395354;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:8:17:10:11:1:6:4:0:1:9:8:6:2:0:8 chr3 127323830 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0347859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.218;QD=15.3783;RBI=0.0372576;REFB=-0.0100091;REVB=-0.0133442;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.616261;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0172241;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:14:12:12:0.461538:7:5:3:10:7:5:3:11 chr3 127379270 . C T 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0150132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.449;QD=13.5055;RBI=0.0227632;REFB=-0.0389943;REVB=0.0171103;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610571;STB=0.517213;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0420591;OID=.;OPOS=127379270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:6:6:7:9:6:6:8:9 chr3 127396642 . G A 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0371779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.743;QD=17.0893;RBI=0.0380858;REFB=-0.0160025;REVB=0.00826608;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108765;STB=0.50613;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0171296;OID=.;OPOS=127396642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:12:16:14:11:12:16 chr3 127409941 . T C 205.02 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00655221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.789;QD=14.6445;RBI=0.00831084;REFB=-0.00927241;REVB=-0.0051126;RO=32;SAF=8;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234915;STB=0.634032;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0140072;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:16:8:18:14:16:8:18:14 chr3 127410915 . C T 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0265436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.722;QD=17.6274;RBI=0.0276901;REFB=-0.00981378;REVB=-0.00788539;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474609;STB=0.783546;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0139236;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:4:3:8:1:4:3 chr3 127413881 . T C 326.71 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00685046;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.78;QD=19.2184;RBI=0.0131654;REFB=-0.0139622;REVB=0.0112427;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10689;STB=0.559406;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0128649;OID=.;OPOS=127413881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:18:16:12:22:18:16:12:22 chr3 127641968 . C A 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0338185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.294;QD=10.3842;RBI=0.038137;REFB=-0.00452396;REVB=-0.0176278;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090156;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00947529;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:4:7:5:2:4:7 chr3 127642814 . G C 236.15 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0215716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1728;QD=17.4927;RBI=0.022728;REFB=-0.0485488;REVB=0.00715719;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872687;STB=0.558694;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0313191;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:15:11:14:13:15:11:15:13 chr3 127682473 . A AGTGTGTT 115.52 PASS AF=0.261538;AO=15;DP=70;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00336722;FXX=0.0151492;HRUN=0;LEN=7;MLLD=342.718;QD=7.10893;RBI=0.00451262;REFB=-0.00396391;REVB=0.00300426;RO=52;SAF=4;SAR=11;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419585;STB=0.758817;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00924364;OID=.;OPOS=127682474;OREF=-;OALT=GTGTGTT;OMAPALT=AGTGTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261538:15:70:17:65:48:4:13:28:20:99:52:4:11:32:20 chr3 127682477 . AC GT,TT 90.37 PASS AF=0.1875,0.046875;AO=12,3;DP=64;FAO=12,3;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=3,1;FSAR=9,2;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00712357,-0.00525113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=201.127,123.851;QD=5.64806;RBI=0.0269549,0.01361;REFB=-0.00692194,-0.00197061;REVB=-0.0259966,-0.0125562;RO=49;SAF=3,1;SAR=9,2;SRF=28;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.395384,-0.215886;STB=0.755675,0.714688;STBP=0.065,0.526;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.042141,0.00206598;OID=.,.;OPOS=127682477,127682477;OREF=AC,AC;OALT=GT,TT;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:64:64:49:49:12,3:12,3:0.1875,0.046875:9,2:3,1:28:21:9,2:3,1:28:21 chr3 127793923 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0188976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.901;QD=19.0582;RBI=0.0201147;REFB=8.44054e-05;REVB=0.00689064;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335535;STB=0.689105;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-6.62409e-05;OID=.;OPOS=127793923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:15:5:12:7:15:5 chr3 127983495 . T C 104.6 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0502921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.323;QD=10.7282;RBI=0.0588218;REFB=-0.00868483;REVB=0.0305074;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604238;STB=0.65091;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.025181;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:26:13:13:0.333333:10:3:3:13:10:3:11:15 chr3 128181537 . C T 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00156582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4881;QD=14.7658;RBI=0.013345;REFB=-0.00948345;REVB=0.0132528;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249719;STB=0.632549;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0265241;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:10:15:11:21:10:15:12:21 chr3 128182074 . G A 888.79 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00328446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.238;QD=56.4309;RBI=0.027594;REFB=-0.145698;REVB=0.0273978;RO=1;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106114;STB=0.505616;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00105242;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:44:18:0:1:44:18:0:1 chr3 128292844 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.113;QD=35.5759;RBI=0.022652;REFB=0;REVB=0.0180503;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510332;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr3 128580574 . T C 1253.42 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00899571;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.889;QD=60.4056;RBI=0.0456124;REFB=-0.127237;REVB=0.0447166;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111424;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000717181;OID=.;OPOS=128580574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:82:82:0.987952:42:40:0:1:42:40:0:1 chr3 128580585 . C A 1346.29 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.635;QD=61.8985;RBI=0.0186304;REFB=0;REVB=0.0176718;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098354;OID=.;OPOS=128580585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:45:41:0:0:46:41:0:0 chr3 128614185 . A C 272.4 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1402;QD=51.8848;RBI=0.0153732;REFB=0;REVB=-0.00724616;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399682;OID=.;OPOS=128614185;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr3 128627021 . A G 271.15 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00104863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.617;QD=51.6472;RBI=0.0133079;REFB=0;REVB=0.0132666;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54528e-05;OID=.;OPOS=128627021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr3 128627933 . C T 264.54 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221486;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.875;QD=48.0972;RBI=0.0284093;REFB=-0.0503528;REVB=0.0177913;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00102463;OID=.;OPOS=128627933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:0:1:13:8:0:1 chr3 128755953 . G A 264.23 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0484991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.338;QD=27.1009;RBI=0.0541466;REFB=-0.00840298;REVB=0.0240769;RO=14;SAF=6;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422964;STB=0.526294;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.013592;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:15:23:24:0.615385:17:6:3:11:18:6:3:12 chr3 128890350 . G A 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.784;QD=43.4803;RBI=0.0456062;REFB=0;REVB=-0.0421574;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142134;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr3 129130197 . T C 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.859;QD=45.7918;RBI=0.02843;REFB=0;REVB=0.0280481;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599397;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 129134242 . G A 473.42 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178888;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.773;QD=57.3846;RBI=0.178891;REFB=0;REVB=0.000914704;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188972;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:1:0:32:33:1:22:10:1:0:22:11:0:0 chr3 129137127 . G A 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.078;QD=59.795;RBI=0.0177426;REFB=-0.0182137;REVB=-0.00710494;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00014777;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:20:23:0:1:20:23:0:1 chr3 129140498 . CT C,CC 791.63 PASS AF=0.04,0.96;AO=9,41;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,30;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356312,0.0315042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.2,210.269;QD=63.3305;RBI=0.0502303,0.0478416;REFB=0,0;REVB=0.0354048,0.0360043;RO=0;SAF=5,27;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0168148,0.00302212;OID=.,.;OPOS=129140499,129140499;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:9,41:50:2,48:50:0:2,30:0,18:0:0:6:0:5,27:4,14:0:0 chr3 129155451 . C T 639.25 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.091;QD=60.8807;RBI=0.031019;REFB=0;REVB=0.00392161;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138277;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:27:13:0:0:28:14:0:0 chr3 129210977 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.518;QD=43.4862;RBI=0.079833;REFB=0;REVB=0.0735512;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273764;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr3 129214405 . C T 531.26 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0111527;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.187;QD=18.1626;RBI=0.0118732;REFB=-0.0132024;REVB=-0.00407304;RO=62;SAF=29;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474066;STB=0.530639;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0132057;OID=.;OPOS=129214405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:62:61:56:56:0.478632:27:29:29:33:27:29:28:33 chr3 129247886 . G A 133.51 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0192102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.487;QD=15.7068;RBI=0.0221682;REFB=0.0201589;REVB=0.0110634;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148346;STB=0.562417;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00926383;OID=.;OPOS=129247886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:8:6:11:8:8:7:11:8 chr3 129279597 . C T 212.16 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396457;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.858;QD=49.9208;RBI=0.0661978;REFB=0;REVB=0.0530129;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867986;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr3 129281980 . C T 689.21 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.5;QD=62.6558;RBI=0.037233;REFB=0;REVB=0.0281823;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448476;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr3 129286413 . G C 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0154401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8221;QD=16.269;RBI=0.0182365;REFB=0.00454499;REVB=-0.00970429;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00444255;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:9:9:8:7:9:9 chr3 129286635 . G A 34.3 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00678391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.298;QD=9.79972;RBI=0.024039;REFB=-0.0258599;REVB=0.0230619;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216847;STB=0.571195;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0443349;OID=.;OPOS=129286635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:13:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:5:3:3:3:5:3 chr3 129291751 . T C 115.06 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0737525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3746;QD=12.1116;RBI=0.0745274;REFB=-0.0123986;REVB=-0.0107188;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560947;STB=0.539942;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0253368;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:13:14:0.368421:8:5:10:13:9:5:10:14 chr3 129293183 . T C 723.09 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.755;QD=56.7129;RBI=0.0641571;REFB=0;REVB=-0.0596927;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000756198;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr3 129293256 . T C 1472.54 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7304;QD=63.3349;RBI=0.00628589;REFB=0;REVB=0.00193129;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87633e-05;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chr3 129297223 . C G 129.12 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00756037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8754;QD=21.5204;RBI=0.098601;REFB=-0.0189057;REVB=-0.0983107;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555298;STB=0.545392;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00968582;OID=.;OPOS=129297223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:4:10:7:2:4:10:8:2 chr3 129302455 . G A 268.95 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000412511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6554;QD=16.551;RBI=0.0499601;REFB=-0.0266891;REVB=0.0499584;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197298;STB=0.616941;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0317477;OID=.;OPOS=129302455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:19:10:19:16:20:10:19:16 chr3 129303072 . G A 233.26 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0292292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.669;QD=24.5534;RBI=0.0332419;REFB=-0.0246497;REVB=-0.0158329;RO=15;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263949;STB=0.638591;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0299845;OID=.;OPOS=129303072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:17:5:8:7:17:5:8:8 chr3 129304797 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0107028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.489;QD=6.54486;RBI=0.0408602;REFB=-0.0068643;REVB=-0.0394336;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243746;STB=0.661683;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0180277;OID=.;OPOS=129304797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:1:7:18:6:1:7:18:6 chr3 129305460 . C T 403.99 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00921146;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.028;QD=19.95;RBI=0.0254254;REFB=-0.00111543;REVB=0.0236981;RO=39;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102065;STB=0.542766;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00261396;OID=.;OPOS=129305460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:40:40:41:0.506173:24:16:20:19:24:17:20:20 chr3 129310367 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00206678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.257;QD=16.1187;RBI=0.00406652;REFB=0.0505481;REVB=-0.00350214;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.0542001;OID=.;OPOS=129310367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:7:6:5:7:7:6 chr3 129310405 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0228613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.109;QD=17.8273;RBI=0.0353363;REFB=-0.012697;REVB=-0.0269446;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0168681;OID=.;OPOS=129310405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:6:5:5:7:6:5 chr3 129367024 . T A 666.93 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0319394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.54;QD=57.9941;RBI=0.0323427;REFB=-0.0609048;REVB=-0.00509157;RO=1;SAF=11;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407767;STB=0.538444;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000618656;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:1:2:43:44:0.956522:32:11:1:0:32:12:2:0 chr3 129538635 . A G 236.69 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0128243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.176;QD=41.1632;RBI=0.034041;REFB=-0.0540543;REVB=0.031533;RO=2;SAF=12;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708106;STB=0.509082;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00267342;OID=.;OPOS=129538635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:22:23:2:3:20:20:0.869565:8:12:2:0:8:12:2:1 chr3 129546729 . T C 728.43 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.014;QD=57.1319;RBI=0.0191691;REFB=0;REVB=-0.0129883;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81507e-06;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:16:34:0:0:16:35:0:0 chr3 129695954 . T C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8583;QD=58.5833;RBI=0.0895787;REFB=0;REVB=0.061814;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.39218e-05;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr3 129696041 . A G 781.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.697;QD=63.7898;RBI=0.0469652;REFB=0;REVB=0.0461184;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32691e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:22:26:0:0:23:26:0:0 chr3 129800823 . T G 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00790315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.171;QD=3.33837;RBI=0.0570168;REFB=-0.00681008;REVB=-0.0564664;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772668;STB=0.571184;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0325239;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:33:34:6:6:0.15:2:4:20:13:2:4:20:14 chr3 129800888 . G A 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.00896251;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=188.34;QD=1.92299;RBI=0.0300292;REFB=-0.00131563;REVB=-0.0286605;RO=60;SAF=3;SAR=4;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635852;STB=0.549215;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00912274;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:4:3:29:31:4:3:29:31 chr3 129800895 . G A 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.016164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.052;QD=2.09324;RBI=0.0174536;REFB=-0.00246072;REVB=-0.00658428;RO=57;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206718;STB=0.659902;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0537459;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:5:2:26:31:5:2:26:31 chr3 130098349 . G A 293.4 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0548122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9749;QD=14.8558;RBI=0.0557275;REFB=-0.0145312;REVB=0.0100582;RO=44;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311709;STB=0.531862;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.015892;OID=.;OPOS=130098349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:46:33:33:0.417722:19:14:20:24:19:14:22:24 chr3 130103709 . G A 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0321355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1115;QD=13.0872;RBI=0.0328551;REFB=0.0120004;REVB=0.00683855;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229812;STB=0.635084;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0185257;OID=.;OPOS=130103709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:14:13:11:5:14:13 chr3 130104062 . T C 847.58 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.972;QD=57.463;RBI=0.0291506;REFB=0;REVB=0.0130052;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74435e-06;OID=.;OPOS=130104062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:26:31:0:0:27:32:0:0 chr3 130104206 . A G 182.79 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0931012;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8008;QD=13.2934;RBI=0.0933988;REFB=-0.0258847;REVB=-0.00745033;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162137;STB=0.599913;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.033881;OID=.;OPOS=130104206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:33:22:22:0.4:11:11:9:18:11:11:11:22 chr3 130107696 . A AAT 49.1 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=25;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.110994;FXX=0.117578;HRUN=3;LEN=2;MLLD=27.2366;QD=13.0937;RBI=0.110994;REFB=-0.130354;REVB=0.000122306;RO=20;SAF=4;SAR=0;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.163038;OID=.;OPOS=130107697;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:4:25:7:15:8:7:0:8:0:48:20:4:0:16:4 chr3 130110550 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0141502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.891;QD=22.7239;RBI=0.0167558;REFB=-0.0104303;REVB=0.00897382;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111828;STB=0.562439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00726098;OID=.;OPOS=130110550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:5:11:11:9:5:11 chr3 130116684 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00686206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.454;QD=26.6163;RBI=0.007064;REFB=-0.0324897;REVB=0.00167695;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184196;STB=0.517229;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0185398;OID=.;OPOS=130116684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:21:21:28:29:0.58:14:14:11:10:15:14:11:10 chr3 130116696 . A C 219.29 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00998559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7497;QD=17.5436;RBI=0.0428564;REFB=0.00969271;REVB=0.0416768;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448264;STB=0.525524;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=-0.0113843;OID=.;OPOS=130116696;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:10:12:14:14:10:12:14:14 chr3 130124491 . G A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0284836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.093;QD=22.6;RBI=0.0286899;REFB=0.00271513;REVB=-0.00343488;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01133;STB=0.516515;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00255378;OID=.;OPOS=130124491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:13:10:8:11:13:10:8:12 chr3 130124989 . C T 323.62 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00834355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.318;QD=16.8115;RBI=0.02078;REFB=-0.0426424;REVB=-0.0190314;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218538;STB=0.5133;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0496241;OID=.;OPOS=130124989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:37:42:35:35:0.454545:20:15:15:22:20:15:17:25 chr3 130125116 . G C 222.8 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0023879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7562;QD=18.9619;RBI=0.0176892;REFB=0.00427024;REVB=0.0175273;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097583;STB=0.555503;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00483908;OID=.;OPOS=130125116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:9:16:16:6:9:16 chr3 130128159 . AT A 168.77 PASS AF=0.939394;AO=19;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0551157;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.20423;QD=20.4572;RBI=0.138028;REFB=-0.111644;REVB=0.126547;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135971;STB=0.52776;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.048874;OID=.;OPOS=130128160;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.939394:19:33:31:33:2:17:14:2:0:5:7:13:6:3:4 chr3 130134492 . T C 107.72 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00382862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5173;QD=13.0564;RBI=0.0559545;REFB=-0.0159528;REVB=-0.0558234;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257155;STB=0.612735;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.071459;OID=.;OPOS=130134492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:7:6:13:5:7:6:13:7 chr3 130134563 . G A 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0205724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.062;QD=4.1561;RBI=0.0286617;REFB=-0.0137464;REVB=-0.0199567;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110448;STB=0.575511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0418488;OID=.;OPOS=130134563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:11:16:3:3:11:16 chr3 130162395 . A G 313.28 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.0634;QD=50.1249;RBI=0.0489771;REFB=-0.078219;REVB=-0.0393281;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00201148;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr3 130174334 . G A 654.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201448;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.519;QD=62.3733;RBI=0.0225742;REFB=0;REVB=-0.0101872;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118228;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr3 130187817 . T C 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.927;QD=59.496;RBI=0.0422434;REFB=0;REVB=0.0351265;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79709e-05;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:48:21:0:0:48:21:0:0 chr3 130190630 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.166;QD=60.9784;RBI=0.0274847;REFB=0;REVB=-0.00735518;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226873;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr3 130284284 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00152777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9622;QD=14.0964;RBI=0.0264694;REFB=-0.0052523;REVB=-0.0264253;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073535;STB=0.542783;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00512587;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:3:11:8:3:3:11 chr3 130285929 . C T 78.78 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0127578;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.277;QD=11.2548;RBI=0.0138817;REFB=-0.03418;REVB=0.00547161;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286912;STB=0.517207;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0407271;OID=.;OPOS=130285929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:13:5:3:7:13:5 chr3 130361856 . G A 186.04 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0419398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.803;QD=13.781;RBI=0.0674138;REFB=-0.00307018;REVB=-0.0527795;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311335;STB=0.69668;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00448816;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:32:22:22:0.407407:16:6:17:13:16:6:19:13 chr3 130368069 . A G 226.82 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0109516;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.456;QD=17.1186;RBI=0.0255518;REFB=-0.0238645;REVB=0.0230858;RO=28;SAF=5;SAR=20;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114733;STB=0.565162;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0348726;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:28:25:25:0.471698:20:5:8:20:20:5:8:20 chr3 130368301 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00932852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.039;QD=12.1823;RBI=0.0336293;REFB=-0.0326163;REVB=0.0323096;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420733;STB=0.747625;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0391567;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:11:4:7:3:11:4 chr3 130427270 . C T 362.09 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0107594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.405;QD=18.8098;RBI=0.010774;REFB=-0.0277299;REVB=-0.000559469;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020851;STB=0.505615;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0271498;OID=.;OPOS=130427270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:38:39:36:38:0.493506:15:21:23:15:16:22:23:16 chr3 130852185 . TG CA,CG 373.5 PASS AF=0.607143,0.392857;AO=16,10;DP=28;FAO=17,11;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8,7;FSAR=9,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699471,0.0562973;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=188.333,124.271;QD=53.357;RBI=0.00860686,0.0563295;REFB=0,0;REVB=-0.00501519,-0.0019042;RO=0;SAF=8,6;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00833219,-0.00323928;OID=.,.;OPOS=130852185,130852185;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:28:28:0:0:16,10:17,11:0.607143,0.392857:8,4:8,6:0:0:9,4:8,7:0:0 chr3 130947435 . A T 244.37 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0406434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.508;QD=23.2737;RBI=0.0481626;REFB=-0.0549224;REVB=-0.0258408;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0042967;STB=0.516115;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.04581;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:17:19:23:23:0.547619:15:8:6:11:15:8:6:13 chr3 131136797 . T C 223.84 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00377408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.05;QD=19.464;RBI=0.00784694;REFB=-0.0284463;REVB=0.00687974;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130141;STB=0.573702;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0317206;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:12:12:14:8:12:12 chr3 131624120 . C G 177.15 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.105891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7708;QD=12.2176;RBI=0.125434;REFB=-0.0044716;REVB=-0.067237;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891756;STB=0.564994;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00992656;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:6:16:23:12:6:16:23:13 chr3 131947937 . A G 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.385;QD=57.1742;RBI=0.0524082;REFB=0;REVB=0.0491021;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286004;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr3 131950649 . AC A 54.77 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.118225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.8686;QD=12.1707;RBI=0.146885;REFB=-0.00941514;REVB=0.0871672;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57539;STB=0.847546;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.0197909;OID=.;OPOS=131950650;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:8:18:8:18:10:7:1:3:7:51:10:7:1:3:7 chr3 132166266 . T G 607.2 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.031096;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.8447;QD=51.6765;RBI=0.0311155;REFB=-0.0286009;REVB=0.00109983;RO=5;SAF=9;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423032;STB=0.502261;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00239039;OID=.;OPOS=132166266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:47:47:5:5:42:42:0.893617:33:9:1:4:33:9:1:4 chr3 132186187 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.914;QD=48.7373;RBI=0.0318478;REFB=0;REVB=0.0118139;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237014;OID=.;OPOS=132186187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr3 132218623 . G T 1246.1 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.048;QD=61.5357;RBI=0.0397755;REFB=0;REVB=0.0275304;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108502;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr3 132257419 . A G 526.82 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.648;QD=56.953;RBI=0.0201604;REFB=-0.102811;REVB=0.0155508;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000292383;OID=.;OPOS=132257419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr3 132277866 . G A 489.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.646;QD=57.5767;RBI=0.0235531;REFB=0;REVB=-0.0215046;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013637;OID=.;OPOS=132277866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:19:15:0:0 chr3 132338346 . T G 172.24 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0432238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.849;QD=26.4989;RBI=0.0439491;REFB=-0.117261;REVB=0.00795182;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177477;STB=0.5693;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00927983;OID=.;OPOS=132338346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:10:7:1:7:10:7:2:7 chr3 132360883 . C T 972.85 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.837;QD=58.9605;RBI=0.0371391;REFB=0;REVB=-0.00172123;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.63623e-05;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:30:35:0:0:30:36:0:0 chr3 132420369 . T C 62.66 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0247392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4975;QD=8.08469;RBI=0.0314843;REFB=-0.0121079;REVB=-0.0194739;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166071;STB=0.602613;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0422309;OID=.;OPOS=132420369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:13:9:5:4:13:9 chr3 133114893 . C T 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.815;QD=43.4772;RBI=0.0183084;REFB=0;REVB=0.0175834;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183081;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr3 133167362 . C CA 253.4 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720403;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.5359;QD=40.5433;RBI=0.079644;REFB=0;REVB=-0.0339613;RO=21;SAF=3;SAR=0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00145548;OID=.;OPOS=133167363;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:25:25:0:14:11:0:0:5:21:3:0:11:10 chr3 133167363 . G A 246.66 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0430143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7149;QD=39.466;RBI=0.0831881;REFB=-0.0159845;REVB=-0.0712042;RO=4;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667856;STB=0.536364;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0109631;OID=.;OPOS=133167363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:10:11:3:1:10:11:3:1 chr3 133329943 . G A 219.1 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00841642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.401;QD=19.0519;RBI=0.00859206;REFB=-0.0213606;REVB=0.00172841;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.548149;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0215249;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:24:21:22:0.478261:8:13:12:12:9:13:12:12 chr3 133337240 . G C 140.3 PASS AF=0.372093;AO=17;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00192113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1415;QD=13.0515;RBI=0.0505821;REFB=-0.02962;REVB=0.0505456;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0077585;STB=0.528267;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0510502;OID=.;OPOS=133337240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:17:16:0.372093:11:6:9:17:10:6:9:18 chr3 133342218 . C T 210.71 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00655787;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.793;QD=15.6084;RBI=0.0464063;REFB=-0.0392894;REVB=-0.0459406;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408864;STB=0.5232;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0368594;OID=.;OPOS=133342218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:15:15:13:11:15:15 chr3 133368362 . T G 341.06 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0219917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.088;QD=20.9886;RBI=0.0229832;REFB=-0.0259071;REVB=0.00667783;RO=30;SAF=23;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219257;STB=0.621551;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0193716;OID=.;OPOS=133368362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:12:23:12:18:12:23:12:18 chr3 133465283 . A G 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0583;QD=56.9313;RBI=0.107776;REFB=0;REVB=-0.036466;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141977;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:24:29:0:0:24:29:0:0 chr3 133474328 . G A 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00465526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.336;QD=15.1013;RBI=0.00665137;REFB=-0.0103559;REVB=-0.00475072;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120496;STB=0.506844;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0106236;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:10:21:16:8:10:21 chr3 133475722 . C T 326.96 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00385421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8204;QD=18.4201;RBI=0.00606667;REFB=-0.0152503;REVB=-0.00468503;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655754;STB=0.536564;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0261014;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:15:20:18:18:15:20:18:18 chr3 133476698 . A G 387.06 PASS AF=0.449438;AO=39;DP=91;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0042198;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8191;QD=17.396;RBI=0.0410989;REFB=-0.00104483;REVB=-0.0408817;RO=49;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073086;STB=0.546195;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.000867575;OID=.;OPOS=133476698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:49:49:39:40:0.449438:25:14:21:28:26:14:21:28 chr3 133483696 . T C 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.013684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.429;QD=16.0294;RBI=0.0232734;REFB=-0.0034031;REVB=-0.0188255;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16345;STB=0.599043;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0028239;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:13:12:9:20:13:12:9:21 chr3 133485133 . A G 553.29 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779575;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.341;QD=59.8152;RBI=0.0418542;REFB=0;REVB=0.0411218;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197583;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:12:25:0:0 chr3 133547692 . G A 510.35 PASS AF=0.486486;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0222342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.331;QD=18.3908;RBI=0.0379104;REFB=-0.0278406;REVB=0.0307057;RO=56;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284709;STB=0.506071;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0260071;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:57:53:54:0.486486:23:30:30:26:24:30:31:26 chr3 133648223 . C T 75.63 PASS AF=0.75;AO=7;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.8224;QD=25.2085;RBI=0.116856;REFB=0.0398864;REVB=0.116856;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751346;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00560142;OID=.;OPOS=133648223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:12:12:5:3:7:9:0.75:7:0:1:4:9:0:0:3 chr3 133651745 . A C 139.62 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00767877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.126;QD=7.65016;RBI=0.0101555;REFB=-0.0159622;REVB=-0.00664605;RO=53;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203122;STB=0.623867;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0318131;OID=.;OPOS=133651745;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:15:5:21:32:15:5:21:32 chr3 133663966 . G T 183.39 PASS AF=0.338028;AO=23;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0174682;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.516;QD=10.332;RBI=0.0214824;REFB=-0.0136747;REVB=0.0125043;RO=48;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957151;STB=0.536236;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0278005;OID=.;OPOS=133663966;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:47:23:24:0.338028:12:11:19:29:13:11:19:28 chr3 133666209 . C T 217.51 PASS AF=0.433333;AO=24;DP=58;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00741856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.302;QD=14.5003;RBI=0.0173412;REFB=-0.00411355;REVB=0.0156742;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084521;STB=0.538432;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00601808;OID=.;OPOS=133666209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:34:24:26:0.433333:10:14:16:16:12:14:16:18 chr3 133670073 . T C 76.92 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00119598;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.961;QD=10.9889;RBI=0.0390166;REFB=-0.0111998;REVB=0.0389983;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0232052;OID=.;OPOS=133670073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:8:10:6:4:8:10 chr3 133941320 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0171828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4664;QD=12.2287;RBI=0.0348492;REFB=-0.00103432;REVB=-0.0303186;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119598;STB=0.568904;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00124812;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:11:11:22:14:11:11:22:14 chr3 134075522 . A G 449.08 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00681962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.852;QD=21.3846;RBI=0.00851823;REFB=-0.0191145;REVB=0.00510421;RO=40;SAF=29;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207601;STB=0.614902;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0159602;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:15:29:17:23:15:29:17:23 chr3 134077470 . C G 463.74 PASS AF=0.419355;AO=52;DP=124;FAO=52;FDP=124;FR=.;FRO=72;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0284997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.877;QD=14.9592;RBI=0.0286701;REFB=-0.00302599;REVB=0.00312118;RO=72;SAF=25;SAR=27;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037659;STB=0.521149;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00469852;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:72:52:52:0.419355:27:25:32:40:27:25:32:40 chr3 134214231 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTTT 40.89 PASS AF=0.555556,0;AO=7,2;DP=20;FAO=10,0;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.264832,-0.141923;FXX=0;HRUN=7,2;LEN=1,1;MLLD=9.76281,35.3016;QD=9.08769;RBI=0.286793,0.150706;REFB=-0.0530481,0.0424838;REVB=0.110064,-0.0506975;RO=10;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.258458,0.213474;STB=0.6109,0.5;STBP=0.337,1;TYPE=del,snp;VARB=0.107265,0;OID=.,.;OPOS=134214232,134214239;OREF=T,G;OALT=-,T;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556,0:7,2:20:10,0:18:8:5,0:5,0:2:6:34:10:4,1:3,1:3:7 chr3 134278270 . C T 236.72 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.922;QD=49.8364;RBI=0.00639785;REFB=0;REVB=-0.00412234;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08527e-05;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:14:3:0:0:15:4:0:0 chr3 134280395 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.107;QD=58.5872;RBI=0.0151146;REFB=0;REVB=-0.00719301;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45626e-06;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr3 134280609 . ACT AC,ATC,TAC 30.91 PASS AF=0.14,0.06,0.02;AO=9,5,2;DP=50;FAO=7,3,1;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4,3,1;FSAR=3,0,0;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0305928,-0.00949133,-0.00690652;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=1,2,3;MLLD=9.13086,125.021,84.5327;QD=2.4725;RBI=0.06388,0.0149261,0.00852132;REFB=-0.129039,-0.0235437,-0.0294653;REVB=0.056078,-0.0115196,0.00499128;RO=31;SAF=5,5,2;SAR=4,0,0;SRF=14;SRR=17;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.12444,0.661573,0.474592;STB=0.549857,0.99637,0.989701;STBP=0.792,0.07,0.449;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.174653,0.176389,0.0674221;OID=.,.,.;OPOS=134280611,134280610,134280609;OREF=T,CT,ACT;OALT=-,TC,TAC;OMAPALT=AC,ATC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:50:50:31:39:9,5,2:7,3,1:0.14,0.06,0.02:4,0,0:5,5,2:14:17:3,0,0:4,3,1:20:19 chr3 134322163 . C A 763.44 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.424;QD=63.6201;RBI=0.0196024;REFB=0;REVB=0.00969391;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79485e-05;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr3 134322742 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.331;QD=62.3495;RBI=0.00813766;REFB=0;REVB=0.00506997;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25773e-06;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr3 134323156 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7141;QD=59.0145;RBI=0.0774938;REFB=0;REVB=-0.0740833;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101535;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr3 134499419 . G A 434.1 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933163;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2989;QD=57.8802;RBI=0.0227869;REFB=0;REVB=-0.0207886;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844028;OID=.;OPOS=134499419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr3 134670524 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0244895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.575;QD=22.3416;RBI=0.0316383;REFB=-0.0595273;REVB=0.0200312;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315068;STB=0.666481;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0190233;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:17:18:0.5625:6:11:3:10:6:12:4:10 chr3 134898742 . C T 1444.51 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0145362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.261;QD=60.8214;RBI=0.0282072;REFB=-0.160579;REVB=0.0241733;RO=2;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178841;STB=0.509432;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000555842;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:52:41:0:2:52:41:0:2 chr3 136573440 . A G 631.98 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00719167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3489;QD=61.6564;RBI=0.0330476;REFB=0;REVB=0.0322556;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363748;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 136574501 . A G 739.5 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0949682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9935;QD=54.7776;RBI=0.0950993;REFB=-0.17802;REVB=0.00499211;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00588367;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:1:0:28:25:1:0 chr3 136574578 . T A,TTAA 477.55 PASS AF=0,1;AO=2,31;DP=35;FAO=0,33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103911,0.0569281;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=55.2558,203.142;QD=57.8848;RBI=0.0184809,0.0623909;REFB=0,0;REVB=0.0152829,0.0255306;RO=2;SAF=0,17;SAR=2,14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727176,-0.0517742;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0767342,1.42257e-05;OID=.,.;OPOS=136574578,136574579;OREF=T,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:35:33:2:0:2,31:0,33:0,1:2,14:0,17:2:0:0,16:0,17:0:0 chr3 136649463 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.7;QD=57.2026;RBI=0.0353038;REFB=0;REVB=0.016456;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139166;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr3 137786442 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00191083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.178;QD=21.2671;RBI=0.0106472;REFB=-0.0121336;REVB=0.0104743;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0146019;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:8:6:8:9:8:6 chr3 137787047 . C T 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0102143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.243;QD=13.5762;RBI=0.0129432;REFB=0.00138037;REVB=-0.00794941;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226252;STB=0.606048;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00785099;OID=.;OPOS=137787047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:4:9:8:9:4:9:10:9 chr3 137787192 . T C 134.99 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0122382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6278;QD=16.8739;RBI=0.0475997;REFB=-0.0298779;REVB=0.0459995;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415363;STB=0.523778;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0261127;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:5:12:10:5:5:12 chr3 137787963 . T G 454.48 PASS AF=0.393939;AO=51;DP=131;FAO=52;FDP=132;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=50;FSRR=30;FWDB=-0.0110569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.976;QD=13.7721;RBI=0.012582;REFB=-0.00280187;REVB=-0.0060044;RO=77;SAF=24;SAR=27;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189313;STB=0.586924;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0036583;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:77:80:51:52:0.393939:27:24:50:27:27:25:50:30 chr3 137807259 . G A 506.47 PASS AF=0.647887;AO=46;DP=71;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00234521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.747;QD=28.5337;RBI=0.0354335;REFB=-0.0506537;REVB=0.0353558;RO=22;SAF=28;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111053;STB=0.532305;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0225887;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:25:46:46:0.647887:18:28:13:9:18:28:13:12 chr3 137843106 . T C 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00665469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.489;QD=13.4559;RBI=0.0437228;REFB=-0.0175623;REVB=-0.0432134;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716086;STB=0.542293;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0178528;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:3:8:10:5:3:8:10:5 chr3 137843476 . G T 227.16 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0385072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.425;QD=21.1314;RBI=0.0385495;REFB=-0.00725434;REVB=-0.00180684;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100802;STB=0.556693;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00379108;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:11:10:13:9:11:10 chr3 137880743 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0996959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5126;QD=10.3908;RBI=0.108168;REFB=-0.0244273;REVB=-0.0419649;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0246323;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:5:5:6:1:6:5 chr3 137881265 . T A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0476033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.329;QD=11.9197;RBI=0.0482567;REFB=-0.0459049;REVB=0.00791391;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263271;STB=0.6599;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.034809;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:5:4:5:2:5:4 chr3 138033181 . C T 110.84 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00686872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7876;QD=15.8342;RBI=0.0378522;REFB=-0.0468412;REVB=-0.0372238;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249568;STB=0.643036;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0885761;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:11:4:7:6:11:4 chr3 138121692 . C G 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0590184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0654;QD=20.5992;RBI=0.0612418;REFB=-0.0125776;REVB=-0.016352;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718662;STB=0.54043;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0099469;OID=.;OPOS=138121692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:7:12:11:9:7:12 chr3 138122781 . A G 530.19 PASS AF=0.583333;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00198289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.502;QD=25.2472;RBI=0.0126437;REFB=-0.00664318;REVB=0.0124872;RO=35;SAF=25;SAR=24;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083838;STB=0.545833;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00557547;OID=.;OPOS=138122781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:35:49:49:0.583333:24:25:14:21:24:25:14:21 chr3 138187568 . C T 1857.75 PASS AF=0.992;AO=122;DP=127;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0363343;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.247;QD=59.4481;RBI=0.0477592;REFB=-0.0807478;REVB=0.0309961;RO=3;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196474;STB=0.503401;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000519938;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:127:125:3:1:122:124:0.992:71:51:0:3:73:51:0:1 chr3 138191232 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0121295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.806;QD=13.9592;RBI=0.0166089;REFB=-0.00350878;REVB=-0.0113459;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.768342;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00593183;OID=.;OPOS=138191232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:4:3:6:1:4:3 chr3 138191448 . A T 265.12 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0822055;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0628;QD=15.1499;RBI=0.082209;REFB=-0.0189927;REVB=-0.000757919;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133944;STB=0.575708;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.016093;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:24:16:16:14:24:16 chr3 138218994 . T C 433.27 PASS AF=0.393701;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=127;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=54;FSRR=23;FWDB=-0.0108079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6556;QD=13.6462;RBI=0.0201027;REFB=-0.0304804;REVB=-0.0169502;RO=74;SAF=28;SAR=22;SRF=51;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141929;STB=0.588739;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0421302;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:74:77:50:50:0.393701:22:28:51:23:22:28:54:23 chr3 138289221 . C T 705.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3894;QD=62.6988;RBI=0.0655696;REFB=0;REVB=0.0490836;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891464;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:19:25:0:0:19:26:0:0 chr3 138329862 . G A 613.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.331;QD=61.3174;RBI=0.0228878;REFB=0;REVB=0.0226791;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118574;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 138724757 . C G 64.07 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00922994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1478;QD=10.2515;RBI=0.052893;REFB=-0.0166626;REVB=-0.0520815;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407492;STB=0.763038;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0380067;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:2:7:6:9:2:7:6:10 chr3 138739617 . A G 156.75 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.248;QD=44.7853;RBI=0.0485911;REFB=0;REVB=0.00961115;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030197;OID=.;OPOS=138739617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:7:7:0:0 chr3 138762707 . C G 203.07 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0228212;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.906;QD=15.3261;RBI=0.0465519;REFB=-0.0062946;REVB=-0.0405742;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224056;STB=0.64271;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00428176;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:29:20:21:0.396226:5:15:15:12:5:16:16:13 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 831.67 PASS AF=0,1;AO=11,35;DP=61;FAO=0,60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156703,0.0129098;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=242.092,253.601;QD=55.4447;RBI=0.0681607,0.0978455;REFB=0,0;REVB=0.0663349,0.0969901;RO=0;SAF=5,22;SAR=6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.39865e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,2.71532e-05;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:11,35:61:0,60:60:0:0,39:0,21:0:0:5:0:5,22:6,13:0:0 chr3 139102120 . C A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0498089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.386;QD=6.52645;RBI=0.0552479;REFB=-0.00322153;REVB=-0.023904;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025065;STB=0.516083;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00726838;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:9:11:4:3:9:11 chr3 139257603 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0261706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.652;QD=6.57348;RBI=0.0312792;REFB=0.00292002;REVB=0.0171315;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00520075;OID=.;OPOS=139257603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:8:8:3:3:8:8 chr3 139303248 . G A 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.309;QD=51.1768;RBI=0.0524177;REFB=0;REVB=0.0425187;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72476e-05;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr3 139318241 . A T 191.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0275565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.58;QD=22.5326;RBI=0.0275919;REFB=0.00290878;REVB=-0.00139609;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808369;STB=0.545406;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00227061;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:7:8:12:7:7:8 chr3 139328739 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.029;QD=40.7628;RBI=0.0337246;REFB=0;REVB=-0.00398197;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722933;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr3 140167536 . A G 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0202094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.936;QD=13.7478;RBI=0.0204934;REFB=-0.00107776;REVB=-0.00339995;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197551;STB=0.613772;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00139577;OID=.;OPOS=140167536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:16:16:15:7:16:16 chr3 140401693 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0170836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.803;QD=47.8138;RBI=0.0206386;REFB=0.0248207;REVB=-0.0115802;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0078426;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr3 140406947 . G A 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0326287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.794;QD=22.7198;RBI=0.0406072;REFB=-0.018002;REVB=0.0241726;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418936;STB=0.737893;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0149148;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:7:2:11:3:7:2 chr3 140407260 . C A 117.37 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0951812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.017;QD=21.3403;RBI=0.0972093;REFB=-0.0362949;REVB=0.0197533;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394853;STB=0.522354;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0299295;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:3:6:8:5:3:6 chr3 141162185 . T G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0962768;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=101.036;QD=19.132;RBI=0.0968614;REFB=0.080313;REVB=-0.010626;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00406214;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:1:1:4:1:1:1 chr3 141923506 . C T 102.44 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0033117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.966;QD=17.8163;RBI=0.00331353;REFB=-0.00837881;REVB=0.000110067;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107737;STB=0.56194;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0079968;OID=.;OPOS=141923506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:6:5:7:5:6:5 chr3 141932356 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0102332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.331;QD=16.6157;RBI=0.0430574;REFB=0.00288321;REVB=-0.0418237;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15372;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00304045;OID=.;OPOS=141932356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:9:12:7:10:9:12 chr3 142139172 . T C 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0050942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.198;QD=6.57184;RBI=0.00556841;REFB=-0.00125637;REVB=0.00224863;RO=36;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088449;STB=0.545372;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00366138;OID=.;OPOS=142139172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:36:37:11:11:0.229167:6:5:19:17:6:5:19:18 chr3 142168331 . C T 804.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7409;QD=64.3953;RBI=0.0453544;REFB=0;REVB=0.0196583;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239918;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr3 142172064 . G C 283.25 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00768955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4477;QD=19.877;RBI=0.0137889;REFB=-0.0208849;REVB=0.0114457;RO=26;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366928;STB=0.528283;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0312523;OID=.;OPOS=142172064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:16:14:11:15:16:14:11:16 chr3 142222284 . A G 197.63 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0127677;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.845;QD=12.9594;RBI=0.0265862;REFB=-0.0286024;REVB=0.0233197;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211741;STB=0.613539;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0291734;OID=.;OPOS=142222284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:37:24:24:0.393443:16:8:20:18:16:8:19:18 chr3 142277536 . A G 322.41 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.042959;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.488;QD=13.8669;RBI=0.0464552;REFB=-0.0267078;REVB=-0.0176808;RO=56;SAF=15;SAR=21;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462863;STB=0.51947;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0284973;OID=.;OPOS=142277536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:56:57:36:36:0.387097:21:15:21:35:21:15:22:35 chr3 142277575 . A T 272.61 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00152398;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.322;QD=16.522;RBI=0.0106653;REFB=-0.0256403;REVB=-0.0105559;RO=37;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403624;STB=0.534861;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0305178;OID=.;OPOS=142277575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:36:30:30:0.454545:20:10:11:26:20:10:10:26 chr3 142281612 . A G 121.32 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.010487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.481;QD=17.331;RBI=0.0183319;REFB=-0.018653;REVB=-0.0150361;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.535663;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0294908;OID=.;OPOS=142281612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:7:6:6:8:7:7:6:8 chr3 142392596 . T TC 48.96 PASS AF=0.32;AO=13;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00269418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1693;QD=3.91719;RBI=0.0668109;REFB=-0.00331687;REVB=-0.0667566;RO=33;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314743;STB=0.661568;STBP=0.129;TYPE=ins;VARB=-0.0551326;OID=.;OPOS=142392597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:13:50:16:50:34:6:10:21:13:48:33:4:9:19:14 chr3 142408606 . G A 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0136904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.419;QD=11.5703;RBI=0.0148018;REFB=-0.00114782;REVB=0.00562739;RO=42;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138665;STB=0.580576;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00305637;OID=.;OPOS=142408606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:8:16:23:19:8:16:23:19 chr3 142503605 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=39;DP=102;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00430927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.67;QD=13.3432;RBI=0.0254257;REFB=-0.00770464;REVB=0.0250578;RO=63;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186627;STB=0.616966;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00922857;OID=.;OPOS=142503605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:63:63:39:41:0.394231:18:21:23:40:18:23:23:40 chr3 142730774 . T G 175.86 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00889728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2142;QD=20.6898;RBI=0.0376365;REFB=-0.00298126;REVB=-0.0365697;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135115;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:18:18:0.529412:9:9:8:7:9:9:8:8 chr3 142730851 . A G 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0389532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0104;QD=13.4537;RBI=0.0394007;REFB=-0.00987844;REVB=-0.00592154;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.012792;OID=.;OPOS=142730851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:7:8:7:4:7:8 chr3 142779294 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0796773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.998;QD=16.4266;RBI=0.0818901;REFB=-0.00483445;REVB=0.0189079;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415496;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:3:8:8:3:3:8 chr3 143704516 . C T 353.64 PASS AF=0.408602;AO=39;DP=95;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00422225;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.953;QD=15.2103;RBI=0.0145864;REFB=-0.0110184;REVB=-0.013962;RO=55;SAF=16;SAR=23;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140448;STB=0.573657;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0117475;OID=.;OPOS=143704516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:55:55:39:38:0.408602:23:16:30:25:22:16:30:25 chr3 145782812 . T C 85.01 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0935935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.531;QD=22.6702;RBI=0.0955069;REFB=-0.00945814;REVB=0.0190218;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00589921;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:2:3:6:4:2:3 chr3 145803138 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0374562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6549;QD=12.7297;RBI=0.0375331;REFB=0.0353464;REVB=0.0024009;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0474861;OID=.;OPOS=145803138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:5:7:5:4:5:7 chr3 145803142 . T A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00548608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.995;QD=14.3352;RBI=0.0403383;REFB=-0.0212089;REVB=-0.0399635;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0243284;OID=.;OPOS=145803142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr3 146177815 . C T 368.53 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00254436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8779;QD=19.3965;RBI=0.0537659;REFB=-0.0265422;REVB=-0.0537057;RO=38;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14233;STB=0.578907;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0242616;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:19:19:13:25:19:19:13:25 chr3 146289323 . T C 36.82 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00938244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.365;QD=9.20547;RBI=0.0108783;REFB=-0.0182347;REVB=0.00550518;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11246;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0470005;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:16:16:10:10:5:6:0.375:3:2:3:7:3:3:3:7 chr3 147111694 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00581003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.383;QD=14.4111;RBI=0.0204159;REFB=0.00398584;REVB=0.0195717;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20608;STB=0.618919;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00763072;OID=.;OPOS=147111694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:18:10:10:8:18:10 chr3 147132414 . A C 390.48 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0890314;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.272;QD=16.1022;RBI=0.0890847;REFB=-0.0252632;REVB=-0.00307981;RO=54;SAF=12;SAR=29;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225129;STB=0.629001;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.011557;OID=.;OPOS=147132414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:56:41:41:0.42268:29:12:27:27:29:12:28:28 chr3 147132418 . T G 343.91 PASS AF=0.413043;AO=35;DP=89;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0183456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.874;QD=14.9524;RBI=0.019117;REFB=-0.0160127;REVB=0.00537583;RO=54;SAF=11;SAR=24;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208376;STB=0.614483;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0239521;OID=.;OPOS=147132418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:54:54:35:38:0.413043:24:11:27:27:26:12:27:27 chr3 148459395 . C T 340.23 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3946;QD=54.4373;RBI=0.0130987;REFB=0;REVB=0.0128161;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265637;OID=.;OPOS=148459395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr3 148460467 . C A 1509.18 PASS AF=0.990566;AO=102;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00795481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.457;QD=56.9502;RBI=0.0373304;REFB=-0.10996;REVB=0.036473;RO=1;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998794;STB=0.50495;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000424709;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:106:1:1:102:105:0.990566:47:55:0:1:50:55:0:1 chr3 148460700 . G A 58.19 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2299;QD=33.2501;RBI=0.0269687;REFB=0;REVB=0.00425463;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255636;OID=.;OPOS=148460700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr3 148562310 . G A 131.29 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0454429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.295;QD=8.90109;RBI=0.0549845;REFB=-0.00085701;REVB=-0.0309554;RO=40;SAF=5;SAR=13;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397093;STB=0.741911;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0027625;OID=.;OPOS=148562310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:13:5:25:15:13:5:26:15 chr3 148597611 . A AT 221.87 PASS AF=1;AO=6;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448583;FXX=0.0344709;HRUN=0;LEN=1;MLLD=56.2646;QD=31.6951;RBI=0.0453951;REFB=0;REVB=-0.00696039;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523806;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000261962;OID=.;OPOS=148597612;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:30:28:28:0:16:12:0:0:5:24:1:5:15:9 chr3 148597612 . C T 397.19 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144119;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.148;QD=56.7407;RBI=0.0144133;REFB=0;REVB=-0.000204285;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168101;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr3 148744226 . G A 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00594416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.376;QD=12.941;RBI=0.0225263;REFB=-0.00332451;REVB=-0.0217279;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416264;STB=0.733022;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0052869;OID=.;OPOS=148744226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:4:11:8:16:4:11:9:16 chr3 148872987 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.979;QD=54.5176;RBI=0.0268701;REFB=0;REVB=0.0225055;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445353;OID=.;OPOS=148872987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr3 148881673 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.942;QD=58.5873;RBI=0.0551694;REFB=0;REVB=0.0544918;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259498;OID=.;OPOS=148881673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr3 148916235 . T A 463.38 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00214572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4506;QD=52.9577;RBI=0.0202659;REFB=-0.0253086;REVB=0.020152;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.529394;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0032993;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:17:16:0:0:17:16:2:0 chr3 149093238 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00994993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.938;QD=11.0862;RBI=0.0107151;REFB=-5.97464e-05;REVB=0.0039766;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191578;STB=0.622233;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=5.95775e-05;OID=.;OPOS=149093238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:7:6:7:17:7:6:7:18 chr3 149216629 . C T 358.36 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.00158051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.109;QD=12.9138;RBI=0.0182017;REFB=-0.0221602;REVB=-0.018133;RO=68;SAF=20;SAR=23;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116507;STB=0.566094;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0341304;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:23:20:39:29:23:20:39:29 chr3 149220517 . C T 259.06 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0497449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8177;QD=24.0982;RBI=0.0636929;REFB=-0.00284378;REVB=-0.0397773;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511618;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000675659;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:24:24:0.55814:12:12:9:9:12:12:9:10 chr3 149458824 . C CT,T 104.03 PASS AF=0.458824,0;AO=14,12;DP=98;FAO=39,0;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=13,0;FSAR=26,0;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0654159,0.00885395;FXX=0.0116266;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.20093,106.308;QD=4.89543;RBI=0.122045,0.0204169;REFB=-0.138605,-0.00786336;REVB=0.103033,0.0183972;RO=68;SAF=0,11;SAR=14,1;SRF=18;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.664127,0.705258;STB=0.531516,0.5;STBP=0.68,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.184367,0;OID=.,.;OPOS=149458825,149458824;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:85:68:46:14,12:39,0:0.458824,0:14,1:0,11:18:50:26,0:13,0:13:33 chr3 149459341 . A G 201.67 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.000311127;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.192;QD=10.901;RBI=0.0546431;REFB=0.00129909;REVB=0.0546422;RO=49;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120723;STB=0.507037;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.00219774;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:49:49:25:25:0.337838:13:12:23:26:13:12:23:26 chr3 149678534 . C T 381.16 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.529;QD=52.5731;RBI=0.0127723;REFB=-0.164576;REVB=-0.00668465;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00241913;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chr3 150263928 . C T 116.73 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0319741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.294;QD=11.9727;RBI=0.0323184;REFB=-0.00405372;REVB=-0.0047049;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287281;STB=0.672219;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00644466;OID=.;OPOS=150263928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:11:3:11:14:11:3:11:14 chr3 150340844 . T C 193.84 PASS AF=0.434783;AO=21;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0448499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.1363;QD=16.856;RBI=0.0448504;REFB=-0.017726;REVB=-0.000210281;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562738;STB=0.506572;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0229406;OID=.;OPOS=150340844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:21:20:0.434783:11:10:10:14:11:9:12:14 chr3 150347833 . G A 278.9 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348944;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.777;QD=53.1245;RBI=0.0350571;REFB=0;REVB=-0.00337382;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000901766;OID=.;OPOS=150347833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr3 150403749 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0750907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.602;QD=17.8272;RBI=0.0770647;REFB=0.0105616;REVB=0.017331;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279912;STB=0.516102;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.00467571;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:7:4:4:8:7:4 chr3 150421419 . G A 115.24 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.012259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.55;QD=8.23159;RBI=0.03719;REFB=-0.00808315;REVB=-0.0351114;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10131;STB=0.555485;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0352628;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:40:16:16:0.285714:6:10:20:17:6:10:22:18 chr3 150903122 . G A 508.5 PASS AF=0.526882;AO=46;DP=92;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0017497;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.526;QD=21.8709;RBI=0.0428353;REFB=-0.0338102;REVB=0.0427996;RO=42;SAF=22;SAR=24;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393625;STB=0.534992;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0423413;OID=.;OPOS=150903122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:42:44:46:49:0.526882:24:22:22:20:27:22:23:21 chr3 150905972 . A G 53.58 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0215618;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.881;QD=6.91398;RBI=0.0218226;REFB=-0.00464453;REVB=-0.00336378;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265732;STB=0.654132;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0130894;OID=.;OPOS=150905972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:24:23:8:8:0.258065:6:2:11:13:6:2:10:13 chr3 150911405 . T C 301.11 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0108427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.306;QD=14.1698;RBI=0.012442;REFB=-0.00744394;REVB=0.00610257;RO=51;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871765;STB=0.54939;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0101914;OID=.;OPOS=150911405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:20:14:17:34:20:14:17:34 chr3 150916327 . T C 360.46 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0149714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6196;QD=20.3076;RBI=0.0201345;REFB=-0.00178705;REVB=0.0134632;RO=34;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135979;STB=0.575281;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00228161;OID=.;OPOS=150916327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:17:20:13:21:17:20:13:21 chr3 151011969 . G A 41.7 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0232089;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.339;QD=13.9013;RBI=0.0272325;REFB=-0.0376632;REVB=-0.0142462;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0255545;OID=.;OPOS=151011969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr3 151012497 . T C 230.29 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0192508;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.928;QD=21.9326;RBI=0.0305632;REFB=-0.00877206;REVB=-0.0237385;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306732;STB=0.517226;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0117228;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:7:13:15:7:7:13 chr3 151046308 . G A 342.0 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.434;QD=54.7206;RBI=0.0196762;REFB=0;REVB=-0.000322825;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187892;OID=.;OPOS=151046308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:22:25:1:18:4:0:0:18:7:0:0 chr3 151046604 . G T 194.65 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00231944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5669;QD=17.3022;RBI=0.0100497;REFB=-0.00453643;REVB=0.00977843;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145177;STB=0.5827;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0115579;OID=.;OPOS=151046604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:9:11:10:15:9:11:10:15 chr3 151090424 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0131252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.466;QD=18.795;RBI=0.0172211;REFB=-0.0353184;REVB=-0.0111487;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235256;STB=0.633685;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.035789;OID=.;OPOS=151090424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:23:23:0.46:8:15:10:15:8:15:11:16 chr3 151143447 . G T 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0511521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.743;QD=12.3296;RBI=0.0511752;REFB=-0.00513329;REVB=0.00153992;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813502;STB=0.562803;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00728902;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:6:5:6:10:6:5:6:11 chr3 151150967 . T G,TG 235.32 PASS AF=0.0434783,0.869565;AO=2,9;DP=34;FAO=1,20;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=1,8;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0447658,0.0500349;FXX=0.0416493;HRUN=13,0;LEN=1,1;MLLD=174.561,206.428;QD=40.9256;RBI=0.0769792,0.073103;REFB=0.024777,-0.0605107;REVB=-0.0626244,-0.0532969;RO=22;SAF=1,2;SAR=1,7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0433315,-0.386417;STB=0.993266,0.538424;STBP=0.226,0.299;TYPE=snp,ins;VARB=0.0392843,0.00404209;OID=.,.;OPOS=151150967,151150968;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:34:23:22:2:2,9:1,20:0.0434783,0.869565:1,7:1,2:12:10:0,12:1,8:0:2 chr3 151150968 . T G 87.27 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0119949;FXX=0.0333222;HRUN=13;LEN=1;MLLD=118.12;QD=12.0368;RBI=0.0145283;REFB=0.00213795;REVB=0.00819721;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.576788;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000464551;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:12:11:0.37931:6:6:6:12:6:5:6:12 chr3 151154666 . T C 976.68 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7033;QD=57.4517;RBI=0.0258127;REFB=-0.104514;REVB=0.00412142;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165774;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.001057;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:0:1:28:39:0:1 chr3 151155248 . A C 140.51 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0189409;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.284;QD=10.8087;RBI=0.0195116;REFB=-0.00801781;REVB=0.00468445;RO=33;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276698;STB=0.629473;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0154608;OID=.;OPOS=151155248;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:17:18:0.346154:14:3:12:21:14:4:13:21 chr3 151155620 . G A 378.64 PASS AF=0.64;AO=25;DP=51;FAO=32;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.131252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8238;QD=30.2915;RBI=0.134958;REFB=-0.0183408;REVB=-0.0314103;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264483;STB=0.519988;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00547782;OID=.;OPOS=151155620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:18:25:32:0.64:14:11:9:10:16:16:8:10 chr3 151155621 . T A 32.24 PASS AF=0.12;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0530697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.131;QD=2.579;RBI=0.0888432;REFB=-0.0175197;REVB=-0.071251;RO=39;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420533;STB=0.843042;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0348888;OID=.;OPOS=151155621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:50:39:44:6:6:0.12:1:5:19:20:1:5:19:25 chr3 151155758 . A C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00159999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.138;QD=17.3196;RBI=0.0148407;REFB=-0.023103;REVB=0.0147542;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380381;STB=0.521712;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0240016;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:5:13:11:5:5:13 chr3 151161112 . A G 277.73 PASS AF=0.508197;AO=28;DP=57;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00178649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5185;QD=18.2121;RBI=0.00797036;REFB=-0.0283541;REVB=0.00776756;RO=29;SAF=22;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118726;STB=0.525109;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0190302;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:29:30:28:31:0.508197:6:22:20:9:9:22:20:10 chr3 151165678 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.592;QD=44.6898;RBI=0.0390242;REFB=0;REVB=0.033792;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523601;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 151166058 . G A 146.71 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00176335;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.358;QD=24.4522;RBI=0.00205147;REFB=0.0171434;REVB=0.00104839;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248592;STB=0.639163;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00786268;OID=.;OPOS=151166058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:24:9:9:15:15:0.625:9:6:7:2:9:6:7:2 chr3 151166422 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00526664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.612;QD=16.9415;RBI=0.0213588;REFB=-0.0295223;REVB=-0.0206993;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289245;STB=0.667461;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.035852;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:4:15:13:11:4:15:13:11 chr3 151171439 . A C 213.22 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0016234;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=177.209;QD=19.3839;RBI=0.00227182;REFB=-0.00461487;REVB=-0.00158926;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424061;STB=0.54462;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00504453;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:21:23:21:21:0.477273:10:11:12:9:10:11:14:9 chr3 151171542 . A G 562.01 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760624;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.798;QD=60.758;RBI=0.00762245;REFB=0;REVB=0.000496824;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005786;OID=.;OPOS=151171542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr3 151283691 . C A 619.93 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.806;QD=59.041;RBI=0.0551047;REFB=-0.0169449;REVB=-0.0225475;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347212;STB=0.518509;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00027176;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:1:0:28:13:1:0 chr3 151535235 . A G 263.53 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00694488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.819;QD=17.5685;RBI=0.0189284;REFB=-0.0297226;REVB=-0.0176083;RO=30;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458938;STB=0.517229;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0230247;OID=.;OPOS=151535235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:31:29:29:0.483333:14:15:14:16:14:15:15:16 chr3 151545601 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00676477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.085;QD=15.1968;RBI=0.0126112;REFB=0.00925794;REVB=-0.0106433;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.566911;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0129612;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:10:4:7:10:10:4:7:11 chr3 152554357 . A G 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0045373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.904;QD=18.7953;RBI=0.00713401;REFB=-0.0255222;REVB=-0.00550518;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108685;STB=0.561472;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0291529;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:11:16:11:12:11:16 chr3 152637565 . C T 144.11 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0212667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.425;QD=16.0117;RBI=0.0314364;REFB=-0.00960672;REVB=-0.0231511;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313311;STB=0.681577;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0180578;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:11:9:12:4:11:9 chr3 152852067 . C T 207.11 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0460688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1328;QD=24.3663;RBI=0.0703374;REFB=-0.0179918;REVB=0.0531508;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398266;STB=0.718565;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00900891;OID=.;OPOS=152852067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:14:0:11:9:14:0 chr3 152852070 . T C 201.78 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0167683;FXX=0.0833102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.325;QD=24.4576;RBI=0.0328811;REFB=-0.0409824;REVB=0.0282842;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324915;STB=0.718559;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0181364;OID=.;OPOS=152852070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:33:16:14:19:19:0.575758:10:9:14:2:10:9:14:0 chr3 152852188 . T C 240.25 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.000978062;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.462;QD=16.2879;RBI=0.0122809;REFB=0.00150568;REVB=0.0122419;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726809;STB=0.540954;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=-0.00173436;OID=.;OPOS=152852188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:19:13:13:14:19:13 chr3 152883036 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0132782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.507;QD=13.4857;RBI=0.0155538;REFB=-0.0124628;REVB=-0.00809989;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0501008;OID=.;OPOS=152883036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr3 152885599 . A T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0388038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.305;QD=9.7602;RBI=0.040176;REFB=-0.0231726;REVB=-0.0104104;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.733907;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0358623;OID=.;OPOS=152885599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:6:1:5:6:6:1:5:7 chr3 153725166 . G A 122.28 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0405437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.328;QD=5.75427;RBI=0.0464581;REFB=-0.0150035;REVB=-0.0226838;RO=65;SAF=6;SAR=13;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133635;STB=0.59081;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0396417;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:66:19:19:0.223529:13:6:27:38:13:6:28:38 chr3 153725172 . C T 151.87 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0127557;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2569;QD=7.06351;RBI=0.0127575;REFB=0.00619648;REVB=0.0002129;RO=63;SAF=7;SAR=15;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14466;STB=0.583445;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.0170299;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:63:64:22:22:0.255814:15:7:27:36:15:7:27:37 chr3 153725251 . T C 282.52 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=107;FAO=37;FDP=111;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0671522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9758;QD=10.181;RBI=0.0683193;REFB=-0.0269653;REVB=-0.0125739;RO=73;SAF=9;SAR=25;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210348;STB=0.612553;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0544544;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:73:74:34:37:0.333333:25:9:31:42:27:10:31:43 chr3 153839866 . G C 1647.51 PASS AF=0.942149;AO=114;DP=121;FAO=114;FDP=121;FR=.;FRO=7;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0229175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.493;QD=54.4632;RBI=0.0263433;REFB=-0.0954761;REVB=0.0129906;RO=6;SAF=48;SAR=66;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854019;STB=0.500446;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00121757;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:121:121:6:7:114:114:0.942149:66:48:2:4:66:48:3:4 chr3 153839959 . CT TC 391.75 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04166;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=53.9217;QD=55.964;RBI=0.051306;REFB=0;REVB=-0.0299457;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000302551;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr3 154018887 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.026;QD=44.6897;RBI=0.0196871;REFB=0;REVB=-0.0172368;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13492e-05;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr3 155203350 . CT C 55.78 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.122905;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.0137;QD=14.8742;RBI=0.12707;REFB=-0.17064;REVB=0.0322661;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.540904;STBP=0.749;TYPE=del;VARB=0.138253;OID=.;OPOS=155203351;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:8:15:10:15:5:3:7:1:4:26:7:1:7:3:4 chr3 155241740 . A G 582.57 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.703;QD=59.7506;RBI=0.0326089;REFB=0;REVB=-0.004153;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159153;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:19:17:0:0:19:20:0:0 chr3 155314033 . C CG 223.64 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124207;FXX=0.326016;HRUN=0;LEN=1;MLLD=117.92;QD=28.8574;RBI=0.131714;REFB=0;REVB=0.0438325;RO=44;SAF=1;SAR=4;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00635421;OID=.;OPOS=155314034;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:49:31:31:0:16:15:0:0:3:44:1:4:28:16 chr3 155314034 . A G 679.68 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.115;QD=59.1026;RBI=0.114386;REFB=0;REVB=0.10646;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283816;OID=.;OPOS=155314034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:40:46:1:13:27:0:0:18:28:0:0 chr3 155461457 . C T 563.18 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9941;QD=57.7621;RBI=0.0528065;REFB=-0.0446433;REVB=-0.0394518;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.515144;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0012047;OID=.;OPOS=155461457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:16:22:0:1:16:22:0:1 chr3 155652820 . A G 1296.94 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00159727;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.859;QD=61.7591;RBI=0.00977469;REFB=0;REVB=-0.0096433;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191237;OID=.;OPOS=155652820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:35:48:0:0:35:49:0:0 chr3 156177675 . A G 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00291926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.296;QD=12.3068;RBI=0.0254367;REFB=-0.00652355;REVB=0.0252686;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130057;STB=0.57482;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00907303;OID=.;OPOS=156177675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:14:11:23:18:14:11:23:18 chr3 156234108 . A G 318.1 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=83;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.117276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.3486;QD=14.4591;RBI=0.121748;REFB=-0.0209823;REVB=-0.0326964;RO=47;SAF=9;SAR=27;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328327;STB=0.682334;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0190387;OID=.;OPOS=156234108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:88:47:51:36:37:0.420455:27:9:26:21:27:10:29:22 chr3 156266765 . A G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00748057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.28;QD=19.1085;RBI=0.0263729;REFB=-0.00650826;REVB=0.0252897;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00377325;OID=.;OPOS=156266765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:2:4:7:2:2:4 chr3 156544584 . C T 1448.22 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.024398;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.459;QD=60.9779;RBI=0.0419008;REFB=-0.158393;REVB=0.0340649;RO=2;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194873;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00346366;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:93:93:0.978947:51:42:1:1:51:42:1:1 chr3 156763279 . C T 302.83 PASS AF=0.409639;AO=35;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.056544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.459;QD=14.594;RBI=0.0622428;REFB=-0.00212774;REVB=0.0260181;RO=48;SAF=13;SAR=22;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924362;STB=0.540815;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00716361;OID=.;OPOS=156763279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:35:34:0.409639:22:13:22:26:21:13:22:27 chr3 156877276 . CAA C,CGA 73.4 PASS AF=0.307692,0.0769231;AO=8,2;DP=27;FAO=8,2;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5,0;FSAR=3,2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0388744,-0.0907201;FXX=0.0370233;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=187.434,68.8225;QD=11.2924;RBI=0.0426758,0.0930598;REFB=-0.01544,-0.00712779;REVB=-0.017607,-0.0207361;RO=16;SAF=5,0;SAR=3,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.153202,-0.656611;STB=0.592808,0.996675;STBP=0.567,0.049;TYPE=del,snp;VARB=0.0303296,-0.0181774;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.0769231:8,2:27:8,2:26:16:5,0:3,2:12:4:58:16:5,0:3,2:12:4 chr3 156877707 . A T 2076.47 PASS AF=0.50365;AO=207;DP=409;FAO=207;FDP=411;FR=.;FRO=204;FSAF=130;FSAR=77;FSRF=87;FSRR=117;FWDB=-0.0018307;FXX=0.0048425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.11;QD=20.2089;RBI=0.013396;REFB=-0.0318842;REVB=-0.0132703;RO=200;SAF=130;SAR=77;SRF=84;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189318;STB=0.601483;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0318482;OID=.;OPOS=156877707;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:409:411:200:204:207:207:0.50365:77:130:84:116:77:130:87:117 chr3 156983414 . T C 213.94 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-3.01313e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.636;QD=16.1464;RBI=0.0185748;REFB=-0.0179317;REVB=-0.0185748;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112989;STB=0.574071;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0219411;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:29:24:24:0.45283:14:10:14:12:14:10:16:13 chr3 157081324 . A G 228.01 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0136818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0146;QD=13.819;RBI=0.0254647;REFB=-0.00494569;REVB=-0.0214769;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191255;STB=0.593683;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00329354;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:39:26:27:0.409091:12:14:13:24:13:14:14:25 chr3 157131788 . A C 313.47 PASS AF=0.443038;AO=33;DP=77;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00774926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.939;QD=15.872;RBI=0.013895;REFB=-0.0188413;REVB=0.0115334;RO=44;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114537;STB=0.545822;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0229316;OID=.;OPOS=157131788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:44:44:33:35:0.443038:15:18:19:25:17:18:19:25 chr3 157155314 . C A 1117.33 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.62;QD=60.3964;RBI=0.0605214;REFB=0;REVB=0.059346;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022699;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:35:38:0:0:36:38:0:0 chr3 157161198 . A AAT,AT,T 164.55 PASS AF=0,0.866667,0.133333;AO=3,9,6;DP=19;FAO=0,13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,1;FSAR=0,7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328318,-0.0126789,0.0247027;FXX=0;HRUN=8,0,8;LEN=2,1,1;MLLD=58.4019,61.2966,58.5766;QD=43.8788;RBI=0.0365078,0.0133416,0.0274896;REFB=0,0,0;REVB=0.0159654,0.00415274,-0.0120605;RO=1;SAF=3,3,4;SAR=0,6,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.126211,-0.0962265;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0320075,-0.0141619,0.00526223;OID=.,.,.;OPOS=157161199,157161199,157161198;OREF=-,-,A;OALT=AT,T,T;OMAPALT=AAT,AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:19:15:1:0:3,9,6:0,13,2:0,0.866667,0.133333:0,6,2:3,3,4:1:0:0,7,1:0,6,1:0:0 chr3 157289064 . G A 343.99 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.031267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.51;QD=16.3805;RBI=0.0342655;REFB=-0.00593131;REVB=-0.0140179;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119389;STB=0.503935;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0130099;OID=.;OPOS=157289064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:47:37:37:0.440476:21:16:20:25:21:16:20:27 chr3 157815088 . G A 817.5 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.435;QD=57.3681;RBI=0.0236441;REFB=0;REVB=0.0191582;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75111e-05;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr3 158320597 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2474;QD=52.6067;RBI=0.112386;REFB=0;REVB=0.101508;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302862;OID=.;OPOS=158320597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr3 158320703 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.591;QD=58.5877;RBI=0.0142281;REFB=0;REVB=-0.0124518;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.37723e-05;OID=.;OPOS=158320703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr3 158362441 . T C 2065.72 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3587;QD=62.1268;RBI=0.0448974;REFB=0;REVB=-0.0237331;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115115;OID=.;OPOS=158362441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:61:71:0:0:61:72:0:0 chr3 158366900 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.123;QD=59.8377;RBI=0.00828162;REFB=0;REVB=0.00662258;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62859e-06;OID=.;OPOS=158366900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr3 158367837 . C T 194.58 PASS AF=0.292135;AO=24;DP=87;FAO=26;FDP=89;FR=.;FRO=63;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0146858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.124;QD=8.74514;RBI=0.020655;REFB=-0.0147784;REVB=-0.0145243;RO=62;SAF=10;SAR=14;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101104;STB=0.549221;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0278276;OID=.;OPOS=158367837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:62:63:24:26:0.292135:14:10:31:31:15:11:31:32 chr3 158388780 . T C 435.6 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.242;QD=54.4504;RBI=0.0637217;REFB=-0.0634157;REVB=0.0410107;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00134402;OID=.;OPOS=158388780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:19:12:0:0:19:12:1:0 chr3 158428642 . G A 688.42 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0270989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.992;QD=55.0734;RBI=0.0400686;REFB=-0.0328461;REVB=0.0295151;RO=4;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477655;STB=0.525472;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00297911;OID=.;OPOS=158428642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:4:4:46:46:0.92:20:26:1:3:20:26:1:3 chr3 158537443 . A G 482.71 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.501;QD=58.5098;RBI=0.0991684;REFB=0;REVB=0.0991549;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818559;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr3 158952315 . C A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0356771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.896;QD=13.5051;RBI=0.039273;REFB=-0.0113386;REVB=-0.016417;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448575;STB=0.549915;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0191733;OID=.;OPOS=158952315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:6:10:8:4:7:10 chr3 158980354 . G A 97.27 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00365092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0461;QD=12.9698;RBI=0.0143158;REFB=0.00493537;REVB=0.0138424;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387095;STB=0.52269;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.006547;OID=.;OPOS=158980354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:14:4:3:9:14:4 chr3 159744438 . C T 737.81 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9732;QD=56.7545;RBI=0.0588103;REFB=0;REVB=0.0313136;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496668;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:1:0:49:52:1:20:29:1:0:20:32:0:0 chr3 159744440 . C T 723.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.747;QD=54.571;RBI=0.0397346;REFB=-0.082146;REVB=0.0370489;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000821996;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:20:32:1:0:20:32:1:0 chr3 160414759 . G A 348.69 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00485029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.239;QD=18.3523;RBI=0.0319432;REFB=-0.0141557;REVB=-0.0315728;RO=37;SAF=11;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178098;STB=0.602352;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0227633;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:37:39:36:37:0.486842:25:11:18:19:25:12:20:19 chr3 160436316 . A G 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0354816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7907;QD=16.9391;RBI=0.0354821;REFB=-0.00639641;REVB=0.000177083;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408861;STB=0.732163;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0120644;OID=.;OPOS=160436316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:6:18:6:13:6:18 chr3 160804227 . ACT AC,TAC 52.91 PASS AF=0.422222,0;AO=16,5;DP=46;FAO=19,0;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0111196,0.06598;FXX=0.0217344;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=6.64428,97.8416;QD=4.7032;RBI=0.105324,0.0681013;REFB=-0.148796,-0.00352918;REVB=0.104735,-0.0168647;RO=20;SAF=9,5;SAR=7,0;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155931,0.716012;STB=0.578229,0.5;STBP=0.413,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.182923,-0.0426594;OID=.,.;OPOS=160804229,160804227;OREF=T,ACT;OALT=-,TAC;OMAPALT=AC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:46:45:20:26:16,5:19,0:0.422222,0:7,0:9,5:8:12:7,0:12,0:13:13 chr3 160939776 . T A 133.97 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455302;FXX=0;HRUN=30;LEN=1;MLLD=43.1822;QD=38.278;RBI=0.0638271;REFB=-0.151756;REVB=-0.0447314;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380851;OID=.;OPOS=160939776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:13:14:1:0:12:14:1:4:8:1:0:4:10:0:0 chr3 160967354 . G A 540.73 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00514311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.491;QD=55.4597;RBI=0.0432012;REFB=-0.118358;REVB=0.0428939;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00830999;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:36:38:0.974359:17:19:0:0:19:19:0:1 chr3 161062631 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.723;QD=59.4355;RBI=0.0376196;REFB=0;REVB=0.0169448;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121455;OID=.;OPOS=161062631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr3 161062848 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.787;QD=59.8389;RBI=0.0326513;REFB=0;REVB=0.0142887;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85489e-05;OID=.;OPOS=161062848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr3 161221705 . A C 205.59 PASS AF=0.45098;AO=24;DP=53;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0286817;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8332;QD=16.1249;RBI=0.0387711;REFB=0.0105285;REVB=0.0260876;RO=24;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158016;STB=0.584347;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0141234;OID=.;OPOS=161221705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:24:28:24:23:0.45098:10:14:18:6:9:14:21:7 chr3 164714532 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00997623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.495;QD=60.6101;RBI=0.0128489;REFB=0;REVB=-0.00809745;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157517;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr3 164764719 . C A 1626.05 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0713156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.106;QD=59.1292;RBI=0.0714632;REFB=-0.0969963;REVB=0.0045902;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840163;STB=0.504424;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000466313;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:109:109:0.990909:53:56:1:0:53:56:1:0 chr3 164773057 . G A 368.85 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186837;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.473;QD=52.6927;RBI=0.032899;REFB=-0.0716793;REVB=0.0270789;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00101597;OID=.;OPOS=164773057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr3 164783165 . T C 747.35 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00745015;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.343;QD=53.3822;RBI=0.0224824;REFB=-0.0365238;REVB=0.0212121;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.521731;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000608348;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:56:1:2:54:54:0.964286:32:22:1:0:32:22:2:0 chr3 165951073 . C A 804.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0956;QD=64.3213;RBI=0.0457947;REFB=0;REVB=-0.00300492;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294574;OID=.;OPOS=165951073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr3 166900401 . C G 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0172509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.094;QD=13.6281;RBI=0.0313898;REFB=-0.0177913;REVB=-0.0262246;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0141611;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr3 166966436 . C T 545.72 PASS AF=0.392638;AO=64;DP=160;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=69;FSRR=30;FWDB=-0.0145823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.69;QD=13.392;RBI=0.0162067;REFB=-0.0134455;REVB=-0.00707195;RO=96;SAF=43;SAR=21;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019032;STB=0.517486;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0231749;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:163:96:99:64:64:0.392638:21:43:66:30:21:43:69:30 chr3 167034814 . T C 319.0 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00996059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.064;QD=15.7533;RBI=0.0305018;REFB=-0.0324753;REVB=-0.0288297;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637555;STB=0.503595;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0434975;OID=.;OPOS=167034814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:15:20:26:20:15:20:26:20 chr3 167035354 . G A 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00296833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.107;QD=14.0455;RBI=0.0264462;REFB=-0.0232855;REVB=-0.0262791;RO=29;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407617;STB=0.738415;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.024163;OID=.;OPOS=167035354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:14:4:17:12:14:4:17:12 chr3 167045891 . G A 255.23 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0142924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.784;QD=13.2586;RBI=0.0143959;REFB=-0.000375523;REVB=0.00172284;RO=46;SAF=14;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583742;STB=0.526845;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000875781;OID=.;OPOS=167045891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:16:14:24:22:16:14:24:23 chr3 167051726 . A G 96.98 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0106262;FXX=0.0512689;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.4578;QD=10.484;RBI=0.0226287;REFB=0.00228662;REVB=-0.0199785;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513491;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.00644643;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:37:37:24:25:12:12:0.324324:6:6:12:12:6:6:12:13 chr3 167051769 . T C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.014972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.202;QD=27.1542;RBI=0.0154618;REFB=-0.023974;REVB=-0.00386124;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388347;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00660692;OID=.;OPOS=167051769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:3:3:8:6:3:3 chr3 167068256 . T A 494.52 PASS AF=0.5;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0310315;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.392;QD=20.6051;RBI=0.0330895;REFB=-0.0144119;REVB=-0.0114875;RO=46;SAF=31;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172569;STB=0.606716;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0205897;OID=.;OPOS=167068256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:46:48:48:48:0.5:17:31:21:25:17:31:21:27 chr3 167077691 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.088;QD=59.4356;RBI=0.0244616;REFB=0;REVB=-0.00161542;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01614e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr3 167184878 . T C 477.92 PASS AF=1;AO=24;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.192;QD=57.9301;RBI=0.164169;REFB=0;REVB=0.0290784;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133108;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:24:33:1:11:13:0:0:11:22:0:0 chr3 167217960 . C T 535.97 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5734;QD=54.9712;RBI=0.014525;REFB=0.0514347;REVB=0.00366517;RO=2;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155589;STB=0.508316;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0194518;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:13:24:1:1:13:24:1:1 chr3 167217964 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.904;QD=62.9813;RBI=0.0153187;REFB=0;REVB=-0.00497478;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72774e-05;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr3 167248967 . A G 157.52 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0153053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.69;QD=16.5811;RBI=0.019594;REFB=-0.024048;REVB=0.0122341;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166384;STB=0.509543;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0172581;OID=.;OPOS=167248967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:9:12:10:7:9:12 chr3 167415751 . T G 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00835274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.206;QD=21.2649;RBI=0.00895921;REFB=-0.0256019;REVB=0.00324024;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593334;STB=0.533301;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0184559;OID=.;OPOS=167415751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:6:12:12:8:6:12 chr3 168538993 . A G 1468.72 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.361;QD=63.1707;RBI=0.0355142;REFB=0;REVB=0.0300861;RO=0;SAF=34;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01436e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:56:34:0:0:57:36:0:0 chr3 168546914 . C T 337.17 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00622882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.856;QD=19.8335;RBI=0.00958474;REFB=-0.0373352;REVB=-0.00728486;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132679;STB=0.578904;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0368078;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:32:33:35:35:0.514706:20:15:9:23:20:15:9:24 chr3 169098992 . G A 74.51 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00300472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.736;QD=21.2897;RBI=0.0332341;REFB=-0.0567877;REVB=-0.033098;RO=3;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526256;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.035636;OID=.;OPOS=169098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:14:14:3:5:9:9:0.642857:3:6:2:1:3:6:3:2 chr3 169713483 . C T 184.86 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00399332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0344;QD=12.1218;RBI=0.01584;REFB=-0.0222496;REVB=-0.0153284;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682366;STB=0.557093;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.038366;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:34:38:23:23:0.377049:10:13:17:17:10:13:18:20 chr3 169802930 . G T 117.37 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0521233;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.168;QD=11.4509;RBI=0.0615534;REFB=-0.0283174;REVB=-0.0327412;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508467;STB=0.79581;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0177508;OID=.;OPOS=169802930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:21:6:10:4:21:6 chr3 169894680 . G A 145.14 PASS AF=0.444444;AO=14;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0262263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.226;QD=16.1263;RBI=0.0514627;REFB=-0.0475064;REVB=-0.0442785;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157376;STB=0.571338;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0617684;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:20:14:16:0.444444:9:5:7:6:10:6:10:10 chr3 169988286 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.028605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.053;QD=8.51181;RBI=0.0325821;REFB=-0.0073886;REVB=-0.0155995;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300877;STB=0.518482;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0178972;OID=.;OPOS=169988286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:9:15:6:4:9:15 chr3 170078232 . C T 106.77 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468985;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.881;QD=42.7075;RBI=0.0471457;REFB=0;REVB=0.0048217;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501367;OID=.;OPOS=170078232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr3 170715830 . G A 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0207549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.775;QD=17.3758;RBI=0.0299399;REFB=0.00630567;REVB=-0.0215785;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337697;STB=0.701294;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00246027;OID=.;OPOS=170715830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:7:3:1:10:7:3 chr3 170825905 . C G 1008.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.56;QD=59.3203;RBI=0.0467361;REFB=0;REVB=0.0109828;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160818;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr3 170893070 . G A 485.7 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0161084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.29;QD=49.8157;RBI=0.0816607;REFB=-0.0529;REVB=-0.0800562;RO=3;SAF=29;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117175;STB=0.591779;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.000630194;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:35:35:0.897436:6:29:1:2:6:29:1:3 chr3 171065031 . G C 100.79 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.063;QD=40.3168;RBI=0.0338935;REFB=0;REVB=0.00840458;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584613;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:5:10:1:3:2:0:0:8:2:0:0 chr3 171087469 . G A 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0311172;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.022;QD=23.216;RBI=0.0343992;REFB=0.0110779;REVB=-0.0146638;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00228961;OID=.;OPOS=171087469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr3 171510238 . C T 425.35 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00798876;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.737;QD=21.5368;RBI=0.0143832;REFB=-0.00512544;REVB=-0.0119606;RO=37;SAF=18;SAR=24;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116076;STB=0.56388;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00472056;OID=.;OPOS=171510238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:24:18:11:26:24:18:11:26 chr3 171510841 . C T 214.89 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0182795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.963;QD=14.0913;RBI=0.023107;REFB=-0.0196266;REVB=0.0141349;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863799;STB=0.53637;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0189071;OID=.;OPOS=171510841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:35:24:26:0.42623:14:10:17:17:15:11:17:18 chr3 171510898 . A G 176.15 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00692933;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.446;QD=13.2945;RBI=0.00952473;REFB=-0.00848467;REVB=0.0065349;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174933;STB=0.591897;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0141487;OID=.;OPOS=171510898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:32:21:21:0.396226:13:8:17:14:13:8:17:15 chr3 171511020 . T G 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0518828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5583;QD=8.81001;RBI=0.0788904;REFB=-0.00950876;REVB=0.0594295;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.512177;STB=0.836411;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0217222;OID=.;OPOS=171511020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:9:1:10:12:9:1:11:12 chr3 171511139 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00745515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.075;QD=12.8603;RBI=0.0259543;REFB=-0.00883292;REVB=-0.0248606;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0352856;OID=.;OPOS=171511139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:5:3:4:3:5:3 chr3 171511355 . G A 265.26 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0889819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.663;QD=13.263;RBI=0.0892913;REFB=-0.0157978;REVB=-0.00742732;RO=47;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051283;STB=0.501628;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0198154;OID=.;OPOS=171511355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:49:31:31:0.3875:17:14:21:26:17:14:22:27 chr3 171844787 . A T 606.54 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.613;QD=60.6544;RBI=0.122453;REFB=0;REVB=0.0895647;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866421;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:20:17:0:0:23:17:0:0 chr3 171969077 . C G 274.01 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0130243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9965;QD=24.9101;RBI=0.0208961;REFB=-0.0237686;REVB=0.0163406;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150997;STB=0.50273;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.015249;OID=.;OPOS=171969077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:19:25:25:0.568182:13:12:9:9:13:12:9:10 chr3 172034271 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.135;QD=56.9569;RBI=0.0399645;REFB=0;REVB=0.013632;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64586e-05;OID=.;OPOS=172034271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:37:14:0:0:38:14:0:0 chr3 172046861 . T C 768.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.918;QD=56.9138;RBI=0.052089;REFB=0;REVB=0.0374716;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26304e-06;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr3 172117182 . C A 30.34 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00270775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3614;QD=3.91419;RBI=0.0236471;REFB=-0.0154408;REVB=-0.0234916;RO=24;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354189;STB=0.676903;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0635928;OID=.;OPOS=172117182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:30:31:24:25:5:6:0.193548:2:3:7:17:3:3:7:18 chr3 172166033 . G A 89.5 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00420222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7475;QD=15.5645;RBI=0.00620427;REFB=-0.0249129;REVB=0.00456446;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576918;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0172114;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:9:12:11:11:0.478261:3:8:6:3:3:8:8:4 chr3 172224303 . A G 407.08 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0030807;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=159.822;QD=52.5259;RBI=0.00375209;REFB=-0.0615482;REVB=-0.00214184;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=7.21179e-05;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:1:1:29:30:0.967742:14:15:1:0:15:15:1:0 chr3 172428782 . T C 934.23 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.191;QD=58.3893;RBI=0.0239942;REFB=0;REVB=0.00181433;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80428e-05;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:35:26:0:0:35:29:0:0 chr3 172489076 . C T 689.29 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.203;QD=62.6632;RBI=0.0773864;REFB=0;REVB=-0.0773449;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00025985;OID=.;OPOS=172489076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr3 172514294 . G A 385.99 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6924;QD=51.4654;RBI=0.0317771;REFB=-0.0845343;REVB=-0.00169937;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0218402;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:16:12:0:1:16:13:0:1 chr3 174581888 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.506;QD=51.1805;RBI=0.0581997;REFB=0;REVB=0.0096999;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299571;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr3 174814738 . G A 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0217084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.126;QD=16.1148;RBI=0.0572393;REFB=-0.0103188;REVB=-0.052963;RO=26;SAF=8;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161795;STB=0.605173;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0160446;OID=.;OPOS=174814738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:26:29:24:24:0.45283:16:8:13:13:16:8:15:14 chr3 174814920 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0266259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.4;QD=16.1723;RBI=0.0272937;REFB=-0.00168261;REVB=0.00600043;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.507033;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00091756;OID=.;OPOS=174814920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:8:11:9:7:9:11 chr3 174951756 . T C 38.91 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0132958;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.641;QD=9.15499;RBI=0.0139835;REFB=-0.01953;REVB=-0.00433151;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0213746;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:6:4:2:4:7:4 chr3 175165079 . C T 296.43 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0225089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.617;QD=49.4046;RBI=0.0399866;REFB=-0.1058;REVB=0.0330496;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00101568;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:13:10:1:0:13:10:1:0 chr3 175189447 . G A 157.82 PASS AF=0.64;AO=12;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0125844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.333;QD=25.251;RBI=0.0171736;REFB=-0.00950081;REVB=0.0116862;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416756;STB=0.54266;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00484244;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:9:9:12:16:0.64:6:6:4:5:7:9:4:5 chr3 175327309 . G A 452.14 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0252883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9233;QD=19.4467;RBI=0.0294862;REFB=0.00714811;REVB=-0.0151638;RO=47;SAF=21;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00131023;STB=0.504321;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00658556;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:48:45:45:0.483871:24:21:22:25:24:21:22:26 chr3 175345143 . C G 270.77 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00906465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.591;QD=16.923;RBI=0.00986044;REFB=-0.00573464;REVB=0.00388077;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165292;STB=0.517733;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00593947;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:29:30:0.46875:15:14:17:17:16:14:17:17 chr3 175473047 . T C 1397.7 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00645468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.135;QD=62.1201;RBI=0.0102516;REFB=0;REVB=0.00796442;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398178;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:40:50:0:0 chr3 175521611 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.907;QD=57.6807;RBI=0.0347576;REFB=0;REVB=-0.0269847;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67843e-06;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 176765269 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00205643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.517;QD=10.0739;RBI=0.00671101;REFB=-0.00115702;REVB=-0.00638817;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00575809;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:7:7:4:4:7:7 chr3 176838513 . GC G,GA,GG 308.78 PASS AF=0.333333,0.0416667,0.625;AO=5,2,17;DP=24;FAO=8,1,15;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1,9;FSAR=5,0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0368236,0.0464705,-0.0488431;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=90.4307,72.2719,92.4642;QD=51.4634;RBI=0.0385144,0.0483621,0.0503423;REFB=0,0,0;REVB=0.0112863,0.0133936,0.0121943;RO=0;SAF=2,1,10;SAR=3,1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0182938,0.00493263,0.0170446;OID=.,.,.;OPOS=176838514,176838514,176838514;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.333333,0.0416667,0.625:5,2,17:24:8,1,15:24:0:3,1,9:5,0,6:0:0:32:0:2,1,10:3,1,7:0:0 chr3 178742690 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.785;QD=59.4356;RBI=0.0291853;REFB=0;REVB=0.0279607;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120625;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr3 178815528 . G A 1526.51 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7109;QD=62.9488;RBI=0.0980083;REFB=0;REVB=0.0863087;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786444;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:48:44:0:0:52:45:0:0 chr3 178976777 . C T 198.36 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.124851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1641;QD=44.079;RBI=0.125623;REFB=-0.0643724;REVB=-0.0139027;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0238811;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:14:3:0:1:14:3:0:1 chr3 179096508 . C G,T 723.38 PASS AF=0.9,0.06;AO=45,3;DP=50;FAO=45,3;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=22,3;FSAR=23,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0118823,0.0152493;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=66.6652,29.2693;QD=57.8706;RBI=0.0227071,0.065422;REFB=-0.0111746,0.111928;REVB=0.01935,0.06362;RO=1;SAF=22,3;SAR=23,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0208829,0;STB=0.500473,0.994603;STBP=0.87,0.221;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0190124,0.0325099;OID=.,.;OPOS=179096508,179096508;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:50:50:1:2:45,3:45,3:0.9,0.06:23,0:22,3:1:0:23,0:22,3:1:1 chr3 179114529 . GATTAA GA,GAT 171.67 PASS AF=0.9375,0;AO=12,2;DP=18;FAO=15,0;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371224,0.0269314;FXX=0.111049;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=220.908,208.417;QD=42.9165;RBI=0.0541358,0.0448827;REFB=-0.167808,-0.172708;REVB=0.0394031,0.0359049;RO=0;SAF=3,1;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.523778,0.5;STBP=0.617,1;TYPE=del,del;VARB=0.00973279,0;OID=.,.;OPOS=179114530,179114532;OREF=ATTA,TAA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375,0:12,2:18:15,0:16:1:5,0:10,0:0:1:7:0:3,1:9,1:0:0 chr3 179118998 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.013294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.563;QD=12.0151;RBI=0.0263915;REFB=-0.0065264;REVB=-0.0227986;RO=34;SAF=6;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198342;STB=0.615879;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00885673;OID=.;OPOS=179118998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:14:6:16:18:14:6:16:18 chr3 179137273 . A G 284.13 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00970998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.891;QD=15.1535;RBI=0.0152637;REFB=-0.031639;REVB=-0.0117769;RO=42;SAF=16;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506662;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0346618;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:43:32:32:0.426667:16:16:21:21:16:16:21:22 chr3 179298999 . C T 1511.84 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770332;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.097;QD=63.6566;RBI=0.0422876;REFB=0;REVB=-0.0415801;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249047;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr3 180335283 . C T 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.000957314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.988;QD=13.4436;RBI=0.0125083;REFB=-0.0393507;REVB=-0.0124716;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.535642;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0460503;OID=.;OPOS=180335283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:4:6:6:6:4:6:7:6 chr3 182631792 . C A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000629389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6302;QD=11.6277;RBI=0.0154461;REFB=-0.0242899;REVB=-0.0154333;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282398;STB=0.516342;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.035115;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:17:9:17:29:17:9:17:29 chr3 182681740 . C T 348.88 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0220082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.722;QD=22.8776;RBI=0.0280958;REFB=-0.0190215;REVB=0.0174645;RO=26;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422247;STB=0.523277;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0104035;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:22:13:11:15:22:13:11:15 chr3 182755209 . T G 298.68 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0196963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.61;QD=18.9637;RBI=0.0260999;REFB=-0.0189944;REVB=0.0171249;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587492;STB=0.525339;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0185327;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:31:31:31:32:0.507937:17:14:12:19:18:14:12:19 chr3 182790249 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.191;QD=60.2307;RBI=0.0346915;REFB=0;REVB=0.0178879;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88694e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 182853670 . T C 631.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00888076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1977;QD=61.6574;RBI=0.0298996;REFB=0;REVB=0.0285502;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169883;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr3 182871962 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0499836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.695;QD=59.8362;RBI=0.0502479;REFB=0;REVB=0.00514681;RO=0;SAF=7;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6883e-05;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:29:7:0:0:29:7:0:0 chr3 182925403 . GT G,GC 552.37 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,34;DP=39;FAO=3,36;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=3,22;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016118,-0.00812699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.0062,91.0991;QD=56.6533;RBI=0.0413317,0.0570194;REFB=0,0;REVB=0.0413003,0.0564372;RO=0;SAF=3,22;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,4.75716e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.103658,-0.00268429;OID=.,.;OPOS=182925404,182925404;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:4,34:39:3,36:39:0:3,22:0,14:0:0:10:0:3,22:1,12:0:0 chr3 183017965 . T A 180.12 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0138381;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8781;QD=21.8321;RBI=0.0230272;REFB=-0.0113182;REVB=-0.0184054;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125134;STB=0.570392;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00990525;OID=.;OPOS=183017965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:9:6:10:8:9:6 chr3 183211906 . A G 835.07 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00393532;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.112;QD=57.5907;RBI=0.051773;REFB=0;REVB=-0.0516232;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274022;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:21:35:0:0:21:37:0:0 chr3 183476685 . G A 710.06 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00997694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7615;QD=54.6198;RBI=0.0279925;REFB=0.128855;REVB=-0.0261541;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00186361;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:30:21:0:0:30:21:0:1 chr3 183521133 . A G 769.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.644;QD=56.9825;RBI=0.0210868;REFB=0;REVB=-0.0191623;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67713e-05;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr3 183524193 . T C 454.48 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00498823;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.465;QD=55.0885;RBI=0.0108283;REFB=0.136562;REVB=0.00961097;RO=2;SAF=19;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133849;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000771093;OID=.;OPOS=183524193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:12:19:1:1:13:19:1:0 chr3 183533964 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.644;QD=49.5987;RBI=0.0781865;REFB=0;REVB=-0.077979;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00239965;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr3 183660585 . G A 837.74 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5652;QD=55.8496;RBI=0.0673102;REFB=-0.121873;REVB=0.0619434;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0018122;OID=.;OPOS=183660585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:25:34:0:0:25:34:0:1 chr3 183685534 . A G 479.2 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1974;QD=54.7657;RBI=0.0996697;REFB=-0.153565;REVB=0.0991287;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519988;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00766364;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:34:35:0:1:33:34:0.971429:21:12:0:0:22:12:1:0 chr3 183696402 . A C,G 733.05 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,44;DP=46;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544957,0.0721254;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.747,167.439;QD=62.387;RBI=0.0548981,0.072278;REFB=0,0;REVB=0.00663436,0.0046935;RO=0;SAF=1,22;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0585819,0.00449348;OID=.,.;OPOS=183696402,183696402;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:46:47:0:0:2,44:1,46:0.0212766,0.978723:1,22:1,22:0:0:1,22:0,24:0:0 chr3 183753777 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3682;QD=47.8196;RBI=0.0783641;REFB=0;REVB=-0.0138862;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00305557;OID=.;OPOS=183753777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr3 183755822 . G A 540.49 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00342071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6818;QD=55.4346;RBI=0.0927055;REFB=-0.0302529;REVB=0.0926424;RO=2;SAF=29;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312141;STB=0.508192;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00302804;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:39:2:1:37:38:0.974359:8:29:2:0:8:30:1:0 chr3 183756702 . G A 741.34 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264407;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.396;QD=57.0261;RBI=0.0306089;REFB=0;REVB=0.0154204;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152701;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr3 183774762 . C A 981.66 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0527536;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1049;QD=57.7447;RBI=0.0967046;REFB=0.0875876;REVB=0.0810483;RO=1;SAF=40;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011663;STB=0.506171;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000842331;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:64:67:0.985294:24:40:1:0:27:40:1:0 chr3 183778010 . G C 610.33 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00941999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.827;QD=56.7746;RBI=0.0426899;REFB=-0.0763878;REVB=0.0416376;RO=1;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267986;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00470751;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:17:24:0:1:17:24:1:1 chr3 183818416 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.784;QD=61.6831;RBI=0.0284224;REFB=0;REVB=-0.0216899;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46631e-05;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr3 183861243 . A G 229.87 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00909525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.142;QD=19.9887;RBI=0.0669906;REFB=-0.00607742;REVB=0.0663703;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246411;STB=0.616527;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0107288;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:6:16:11:12:7:16:11:12 chr3 183863084 . AAG A 72.01 PASS AF=0.44;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00223871;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=2;MLLD=241.655;QD=11.5216;RBI=0.0143853;REFB=0.00809025;REVB=-0.01421;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0.323222;STB=0.680555;STBP=0.147;TYPE=del;VARB=-0.0136132;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:10:22:11:25:14:6:5:3:11:72:9:5:5:1:8 chr3 183900680 . G C 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0255312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.797;QD=16.724;RBI=0.035748;REFB=-0.0323015;REVB=0.0250215;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024879;STB=0.514268;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0408764;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:10:9:8:8:10:9 chr3 183900729 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0236468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.135;QD=15.8821;RBI=0.0500883;REFB=-0.00341434;REVB=-0.044155;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00283549;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:5:5:4:6:5:5 chr3 183904049 . A G 141.81 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0185749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4522;QD=13.8347;RBI=0.019418;REFB=-0.0206593;REVB=-0.0056596;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189571;STB=0.609625;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0386591;OID=.;OPOS=183904049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:8:8:17:8:8:8:17:8 chr3 183907032 . G C 514.3 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=113;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00770879;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.057;QD=18.5334;RBI=0.0260778;REFB=-0.00544632;REVB=0.0249124;RO=48;SAF=35;SAR=19;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150276;STB=0.610215;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00475715;OID=.;OPOS=183907032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:111:48:57:54:54:0.486486:19:35:23:25:19:35:25:32 chr3 183951135 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.567;QD=44.6898;RBI=0.0405393;REFB=0;REVB=-0.0189364;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103473;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr3 183951431 . C T 279.89 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.575;QD=48.677;RBI=0.0416773;REFB=-0.00542009;REVB=0.0327313;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000289753;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:21:22:0.956522:12:9:0:0:12:10:0:1 chr3 183953972 . G A,C 684.84 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=42,2;DP=44;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,3;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945169,0.00214641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.1042,129.752;QD=60.875;RBI=0.010609,0.0135135;REFB=0,0;REVB=-0.00481832,-0.013342;RO=0;SAF=24,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0215919,0.0711801;OID=.,.;OPOS=183953972,183953972;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:44:45:0:0:42,2:42,3:0.933333,0.0666667:18,0:24,2:0:0:18,0:24,3:0:0 chr3 183955109 . C T 695.72 PASS AF=0.870968;AO=54;DP=62;FAO=54;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.020671;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.342;QD=44.8851;RBI=0.0218088;REFB=-0.0581555;REVB=0.00695232;RO=3;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462903;STB=0.52095;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00228309;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:62:62:3:8:54:54:0.870968:29:25:0:3:29:25:5:3 chr3 183975364 . C CT 160.41 PASS AF=1;AO=3;DP=23;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177028;FXX=0.227169;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.401;QD=37.7429;RBI=0.17756;REFB=0;REVB=0.0137294;RO=19;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0418917;OID=.;OPOS=183975365;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:23:17:17:0:8:9:0:0:3:19:1:2:12:7 chr3 183975365 . C T 241.3 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264242;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.616;QD=45.9623;RBI=0.133091;REFB=-0.117726;REVB=0.130441;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312716;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:21:2:0:19:21:1:8:11:0:2:10:11:0:0 chr3 183976108 . T C 784.74 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4193;QD=64.06;RBI=0.103828;REFB=0;REVB=-0.0979894;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417025;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr3 183976298 . C T 69.18 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0522416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5813;QD=9.2242;RBI=0.103665;REFB=-0.0458507;REVB=-0.0895388;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521259;STB=0.7994;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0943997;OID=.;OPOS=183976298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:28:30:17:20:10:10:0.333333:2:8:5:12:2:8:7:13 chr3 184010230 . C T 307.29 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.00366527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.956;QD=15.5589;RBI=0.0319686;REFB=-0.0207531;REVB=0.0317578;RO=43;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256074;STB=0.653983;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0333983;OID=.;OPOS=184010230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:45:34:34:0.43038:20:14:29:14:20:14:31:14 chr3 184037533 . A G 689.59 PASS AF=1;AO=34;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207239;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6932;QD=59.9643;RBI=0.0372591;REFB=0;REVB=0.0309638;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905659;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:34:46:1:19:15:0:0:27:19:0:0 chr3 184039666 . A G 338.43 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3581;QD=54.149;RBI=0.0801395;REFB=0;REVB=0.0789492;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182967;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr3 184046470 . C T 467.7 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.00885673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.347;QD=20.1159;RBI=0.0262523;REFB=-0.00903992;REVB=-0.0247131;RO=47;SAF=21;SAR=25;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482353;STB=0.526728;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00820948;OID=.;OPOS=184046470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:47:46:46:0.494624:25:21:19:28:25:21:19:28 chr3 184063382 . C T 277.37 PASS AF=0.479167;AO=18;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0089144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.068;QD=23.1141;RBI=0.0130924;REFB=-0.0175476;REVB=-0.00958875;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172961;STB=0.58675;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0191744;OID=.;OPOS=184063382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:18:23:0.479167:11:7:12:9:14:9:12:9 chr3 184103867 . C A 241.01 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00136624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.672;QD=14.6069;RBI=0.0301984;REFB=-0.0180128;REVB=-0.0301675;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439225;STB=0.526297;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.033522;OID=.;OPOS=184103867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:38:28:28:0.424242:16:12:17:19:16:12:18:20 chr3 184293769 . T C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00703581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.071;QD=10.2403;RBI=0.0690586;REFB=-0.0225288;REVB=-0.0686992;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201589;STB=0.620462;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.035047;OID=.;OPOS=184293769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:13:6:5:5:13:6 chr3 184299068 . G A 202.74 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0462005;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.922;QD=13.7452;RBI=0.0505152;REFB=-0.0135824;REVB=-0.020428;RO=34;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138397;STB=0.57297;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0146232;OID=.;OPOS=184299068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:17:7:14:20:17:7:14:21 chr3 184299167 . T C 168.56 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00542544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.6773;QD=16.0536;RBI=0.00868643;REFB=0.0412487;REVB=0.0067837;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972163;STB=0.555497;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.0323369;OID=.;OPOS=184299167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:12:6:6:18:12:6:6:18 chr3 184428903 . T G 182.21 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00554787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.73;QD=16.9493;RBI=0.0132525;REFB=-0.00852158;REVB=-0.0120354;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497194;STB=0.528467;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0105476;OID=.;OPOS=184428903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:14:10:7:12:14:10 chr3 184429133 . A ATCC 44.68 PASS AF=0.28;AO=5;DP=33;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0419484;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=3;MLLD=182.319;QD=7.14937;RBI=0.0423508;REFB=-0.0146563;REVB=0.00582411;RO=27;SAF=2;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306254;STB=0.571233;STBP=0.697;TYPE=ins;VARB=0.0416915;OID=.;OPOS=184429134;OREF=-;OALT=TCC;OMAPALT=ATCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:5:33:7:25:18:4:3:12:6:44:27:2:3:18:9 chr3 184429718 . A G 74.5 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0163078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3727;QD=22.9226;RBI=0.0866108;REFB=-0.0544841;REVB=-0.0850617;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321495;STB=0.685824;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.012357;OID=.;OPOS=184429718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:3:1:7:2:3:1 chr3 184633247 . A C 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.806;QD=45.7926;RBI=0.0473825;REFB=0;REVB=0.0473563;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561583;OID=.;OPOS=184633247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr3 184647413 . T A,C 476.61 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,30;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307599,0.00379256;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.27,222.778;QD=57.7709;RBI=0.00872677,0.00386381;REFB=0,0;REVB=-0.00816668,-0.00073859;RO=0;SAF=1,20;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0572757,-0.00303647;OID=.,.;OPOS=184647413,184647413;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:33:0:0:3,30:3,30:0.0909091,0.909091:2,10:1,20:0:0:2,10:1,20:0:0 chr3 184700356 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.657;QD=47.8224;RBI=0.0467097;REFB=0;REVB=0.0437551;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118364;OID=.;OPOS=184700356;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr3 184798067 . T C 130.41 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0243878;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.842;QD=20.8661;RBI=0.0276504;REFB=-0.0155579;REVB=0.01303;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295738;STB=0.666444;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00758519;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:11:11:14:14:0.56:6:8:2:9:6:8:2:9 chr3 185046975 . T C 1081.85 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0236717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.122;QD=56.1998;RBI=0.0353784;REFB=-0.207973;REVB=0.0262922;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517642;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00112532;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:77:77:0:3:74:74:0.961039:41:33:0:0:41:33:0:3 chr3 185226396 . A G 75.63 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0066646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.081;QD=11.6358;RBI=0.0089831;REFB=-0.00141419;REVB=-0.00602322;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.449007;STB=0.799261;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00236287;OID=.;OPOS=185226396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:9:1:6:9:9:1:7:9 chr3 185229464 . T C 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0039849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.15;QD=33.4776;RBI=0.00817894;REFB=-0.0251877;REVB=0.00714252;RO=12;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457483;STB=0.524982;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0107894;OID=.;OPOS=185229464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:14:14:7:5:14:14:7:5 chr3 185300589 . T C 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00238539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.02;QD=15.7005;RBI=0.00445043;REFB=-0.0199127;REVB=0.00375715;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105699;STB=0.590033;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0275165;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:12:3:5:13:12:3:6:13 chr3 185331165 . C A 105.57 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0467591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0509;QD=11.413;RBI=0.0485894;REFB=-0.0312518;REVB=-0.0132103;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648377;STB=0.551788;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0758007;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:12:11:7:6:13:11 chr3 185348402 . C T 267.03 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0798411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2279;QD=16.1835;RBI=0.0799088;REFB=-0.0149436;REVB=0.00328873;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441423;STB=0.524828;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0196302;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:14:22:17:13:14:22 chr3 185775273 . TGA T,TG 40.68 PASS AF=0,0.6875;AO=2,7;DP=16;FAO=0,11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00290316,0.165253;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=66.4974,8.25874;QD=10.1696;RBI=0.104909,0.165657;REFB=-0.0340164,-0.164061;REVB=-0.104869,-0.0115541;RO=6;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794076,-0.637124;STB=0.5,0.726859;STBP=1,0.012;TYPE=del,del;VARB=0,0.163928;OID=.,.;OPOS=185775274,185775275;OREF=GA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.6875:2,7:16:0,11:16:5:0,3:0,8:5:0:20:6:0,1:2,6:6:0 chr3 185866733 . T C 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=42;FWDB=0.051034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.554;QD=10.5623;RBI=0.051508;REFB=-0.00409033;REVB=-0.0069712;RO=49;SAF=5;SAR=20;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110435;STB=0.56359;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00869847;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:20:5:7:42:20:5:7:42 chr3 185867550 . G C 224.23 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00243826;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.177;QD=42.711;RBI=0.02382;REFB=0.0239024;REVB=0.0236949;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000137696;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:8:11:1:1:8:11:1:1 chr3 185990096 . C T 298.28 PASS AF=0.54386;AO=28;DP=54;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00359295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.537;QD=20.9322;RBI=0.012405;REFB=-0.0216824;REVB=0.0118733;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969565;STB=0.542346;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0192731;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:26:26:28:31:0.54386:13:15:11:15:15:16:11:15 chr3 186006566 . T C 221.97 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0266413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.341;QD=18.4973;RBI=0.0849213;REFB=0.00778863;REVB=-0.0806341;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171871;STB=0.606647;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0144932;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:21:22:0.458333:11:10:17:9:12:10:17:9 chr3 186006618 . G C 228.13 PASS AF=0.52381;AO=16;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0229792;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=113.392;QD=21.7265;RBI=0.0258769;REFB=-0.0282411;REVB=0.0118983;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163462;STB=0.545413;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00978107;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:20:16:22:0.52381:7:9:6:10:10:12:9:11 chr3 186015283 . A G 199.94 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00656096;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=233.25;QD=13.5549;RBI=0.0115654;REFB=-0.0052121;REVB=-0.00952424;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114744;STB=0.584344;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.007293;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:9:15:17:16:9:15:17:18 chr3 186337713 . T C 465.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.161;QD=58.1357;RBI=0.132302;REFB=0;REVB=0.0355158;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152805;OID=.;OPOS=186337713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr3 186338382 . G C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.636;QD=59.0165;RBI=0.0484197;REFB=0;REVB=0.0366474;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63505e-05;OID=.;OPOS=186338382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr3 186338425 . A C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.609;QD=56.7066;RBI=0.0408889;REFB=0;REVB=-0.0148408;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51424e-05;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr3 186358346 . T C 142.66 PASS AF=0.34;AO=14;DP=47;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00115002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.123;QD=11.4131;RBI=0.0256587;REFB=-0.0235802;REVB=-0.0256329;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240541;STB=0.595183;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0365571;OID=.;OPOS=186358346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:31:33:14:17:0.34:11:3:12:19:12:5:14:19 chr3 186370333 . G T 78.41 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00191931;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0212;QD=13.0691;RBI=0.0284177;REFB=0.0045708;REVB=0.0283529;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370123;STB=0.733421;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00482673;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:13:14:10:10:0.416667:7:3:9:4:7:3:10:4 chr3 186390627 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0043697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.772;QD=7.96581;RBI=0.0293557;REFB=-0.00950334;REVB=0.0290286;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32198;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0271724;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:15:11:7:3:15:11 chr3 186395113 . A G 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.125981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.156;QD=18.6416;RBI=0.126064;REFB=-0.00111488;REVB=-0.00458407;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352117;STB=0.518492;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00397044;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:13:14:14:0.518519:7:7:5:6:7:7:6:7 chr3 186395180 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.087;QD=40.7625;RBI=0.0629201;REFB=0;REVB=0.0617511;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122212;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr3 186395572 . A T 70.91 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0128853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4401;QD=18.9095;RBI=0.0709919;REFB=-0.00793025;REVB=0.0698128;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.522338;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0079676;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:3:3:5:4:3:3 chr3 186435370 . G A 227.08 PASS AF=0.536585;AO=20;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0358191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.068;QD=22.154;RBI=0.039352;REFB=-0.0211722;REVB=-0.0162965;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123879;STB=0.529999;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0289194;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:18:19:20:22:0.536585:13:7:4:14:15:7:5:14 chr3 186459927 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0357171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6887;QD=18.8866;RBI=0.0521917;REFB=0.00581674;REVB=-0.0380561;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00407815;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr3 186489724 . T C 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.102156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3948;QD=6.01573;RBI=0.113059;REFB=0.00851477;REVB=0.0484391;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789762;STB=0.550878;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0118757;OID=.;OPOS=186489724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:8:14:4:3:8:14 chr3 186570997 . TG T 54.46 PASS AF=0.407407;AO=7;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.146653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9861;QD=8.06841;RBI=0.157006;REFB=-0.0984355;REVB=-0.0560686;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0.472222;SSEP=0;SSSB=-0.587714;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=del;VARB=0.119747;OID=.;OPOS=186570998;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:7:27:11:27:16:5:6:11:5:53:16:1:6:11:5 chr3 186572089 . T C 683.72 PASS AF=0.559322;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00747751;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.794;QD=23.1771;RBI=0.0330187;REFB=-0.014408;REVB=-0.0321609;RO=51;SAF=24;SAR=42;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136804;STB=0.579593;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0109744;OID=.;OPOS=186572089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:51:52:66:66:0.559322:42:24:27:24:42:24:28:24 chr3 186917751 . C G 116.8 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0134014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4003;QD=12.6271;RBI=0.0457841;REFB=-0.00418379;REVB=-0.0437788;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208041;STB=0.523776;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00918414;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:13:9:6:8:14:9 chr3 186937568 . A G 321.08 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.00702244;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.97;QD=26.7568;RBI=0.0271508;REFB=-0.00731971;REVB=0.0262269;RO=20;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747776;STB=0.541241;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00590839;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:20:28:28:0.583333:17:11:6:14:17:11:6:14 chr3 186954285 . A G 371.64 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3257;QD=55.0573;RBI=0.0952598;REFB=0;REVB=0.0928824;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040342;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:22:27:1:9:13:0:0:12:15:0:0 chr3 187088812 . C T 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0317363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.593;QD=17.0891;RBI=0.0383467;REFB=-0.0435538;REVB=-0.0215238;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797411;STB=0.544856;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0428843;OID=.;OPOS=187088812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:10:18:14:11:10:18 chr3 187088903 . C A 137.81 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0413212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3737;QD=19.0085;RBI=0.0451237;REFB=-0.0338352;REVB=-0.0181303;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121067;STB=0.584364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0374818;OID=.;OPOS=187088903;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:8:7:8:5:8:7:9:5 chr3 187088926 . G A 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.193;QD=57.6778;RBI=0.0266138;REFB=0;REVB=0.0262413;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011178;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr3 187416634 . C A 166.55 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.021404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2966;QD=15.1408;RBI=0.0376218;REFB=0.00486098;REVB=0.0309397;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115825;STB=0.566935;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00586963;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:13:13:7:11:13:13 chr3 187416719 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0150295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.238;QD=12.0842;RBI=0.016239;REFB=-0.0205463;REVB=-0.00614983;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274361;STB=0.678334;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0376715;OID=.;OPOS=187416719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:30:16:16:0.347826:4:12:14:13:4:12:15:15 chr3 187439221 . C T 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.00583069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5886;QD=17.3201;RBI=0.0121321;REFB=0.00217957;REVB=-0.0106391;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578587;STB=0.829391;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00254938;OID=.;OPOS=187439221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:15:3:13:3:15:3 chr3 187446211 . C T 234.57 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.017982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.175;QD=14.4353;RBI=0.0229489;REFB=0.0069797;REVB=-0.0142583;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142139;STB=0.569182;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00449059;OID=.;OPOS=187446211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:27:28:0.430769:14:13:23:14:14:14:23:14 chr3 187447032 . G A 157.86 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=0.0241138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.993;QD=16.6166;RBI=0.0520516;REFB=0.00611605;REVB=0.0461291;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341846;STB=0.689489;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00389431;OID=.;OPOS=187447032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:20:1:5:12:20:1 chr3 187897059 . G A 117.66 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000415514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9031;QD=12.7203;RBI=0.0116088;REFB=0.0040557;REVB=0.0116014;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513494;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0124172;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:11:11:7:7:12:11 chr3 187897424 . A C 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0177178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.885;QD=19.3424;RBI=0.0362378;REFB=-0.0047213;REVB=-0.031611;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267745;STB=0.637045;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00554834;OID=.;OPOS=187897424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:7:11:5:12:7:11:6:12 chr3 187897614 . C G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0100533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.535;QD=18.8864;RBI=0.0253353;REFB=-0.0367292;REVB=0.0232553;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151251;STB=0.588011;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0313426;OID=.;OPOS=187897614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:2:3:3:5:2:3 chr3 187897954 . T A 290.85 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=90;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.0203172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.881;QD=12.7845;RBI=0.0234749;REFB=-0.0141173;REVB=-0.0117593;RO=52;SAF=18;SAR=17;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210711;STB=0.612842;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0300779;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:52:56:35:35:0.384615:17:18:37:15:17:18:39:17 chr3 187898092 . T G 191.31 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00427992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.827;QD=13.6652;RBI=0.0080158;REFB=-0.0189766;REVB=-0.00677756;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974784;STB=0.500917;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0352787;OID=.;OPOS=187898092;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:16:7:10:22:16:7:10:23 chr3 187898593 . G A 86.31 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0545366;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.223;QD=10.789;RBI=0.0589252;REFB=0.0138022;REVB=-0.0223146;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328926;STB=0.701714;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0342347;OID=.;OPOS=187898593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:9:12:9:2:9:12 chr3 188327461 . C T 275.78 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0282159;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.034;QD=20.4282;RBI=0.0311166;REFB=-0.0195572;REVB=-0.013119;RO=25;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197056;STB=0.609065;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0140388;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:14:15:7:18:14:15:7:18 chr3 188464248 . G GT 221.2 PASS AF=0.487179;AO=33;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0205678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.2705;QD=11.3434;RBI=0.0950007;REFB=0.0414964;REVB=-0.0927475;RO=40;SAF=24;SAR=9;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117403;STB=0.534228;STBP=0.607;TYPE=ins;VARB=-0.0565547;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:33:77:38:78:40:26:12:25:15:99:40:24:9:25:15 chr3 188590446 . A G 523.4 PASS AF=0.46281;AO=56;DP=121;FAO=56;FDP=121;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0151682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.209;QD=17.3026;RBI=0.0224128;REFB=-0.0157363;REVB=-0.0165003;RO=64;SAF=37;SAR=19;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10102;STB=0.552922;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0187542;OID=.;OPOS=188590446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:65:56:56:0.46281:19:37:36:28:19:37:37:28 chr3 189033292 . C G 1141.98 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844775;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.104;QD=60.9056;RBI=0.109211;REFB=0;REVB=0.0692144;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487926;OID=.;OPOS=189033292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:33:41:0:0:33:42:0:0 chr3 189713205 . T C 131.67 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0429998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7925;QD=13.86;RBI=0.0523478;REFB=-0.026202;REVB=-0.0298547;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106901;STB=0.572859;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0620293;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:15:15:0.394737:8:7:8:14:8:7:8:15 chr3 190024457 . A G 147.32 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0107805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.333;QD=11.3322;RBI=0.0184417;REFB=-0.00835847;REVB=0.0149626;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13954;STB=0.592569;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0144375;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:34:18:18:0.346154:11:7:16:15:11:7:18:16 chr3 190030679 . CA C,CG 887.32 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=10,50;DP=63;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,36;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270377,0.0331412;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.5176,131.291;QD=57.2467;RBI=0.0282506,0.0643028;REFB=0,0;REVB=-0.00818907,0.0551046;RO=1;SAF=3,32;SAR=7,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126911,-0.014486;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.146668,0.00101477;OID=.,.;OPOS=190030680,190030680;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:10,50:63:1,61:62:0:1,36:0,25:0:0:3:1:3,32:7,18:1:0 chr3 190030681 . C G 60.96 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=65;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00606356;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=76.493;QD=3.69443;RBI=0.0502613;REFB=-0.006174;REVB=0.0498942;RO=55;SAF=3;SAR=7;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378125;STB=0.703356;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00420473;OID=.;OPOS=190030681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:65:66:55:55:10:11:0.166667:7:3:34:21:7:4:34:21 chr3 190333162 . TG T,TT 605.12 PASS AF=1,0;AO=36,4;DP=40;FAO=40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138945,-0.0158688;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=274.464,261.25;QD=60.5117;RBI=0.019351,0.0208909;REFB=0,0;REVB=-0.0134686,-0.0135871;RO=0;SAF=17,2;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000925871,0.0267417;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,4:40:40,0:40:0:19,0:21,0:0:0:4:0:17,2:19,2:0:0 chr3 190360102 . G A 80.39 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0737963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4067;QD=10.7187;RBI=0.0808713;REFB=-0.0111975;REVB=-0.0330799;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403168;STB=0.752497;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0239995;OID=.;OPOS=190360102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:29:30:19:19:10:11:0.366667:3:7:6:13:3:8:6:13 chr3 190578566 . A G 438.84 PASS AF=0.544304;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.00325642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.884;QD=22.2197;RBI=0.0108962;REFB=0.00385362;REVB=0.0103982;RO=34;SAF=21;SAR=21;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240449;STB=0.609188;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0025114;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:34:36:42:43:0.544304:21:21:7:27:22:21:9:27 chr3 191047532 . A G 1544.84 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.008;QD=63.7049;RBI=0.070191;REFB=0;REVB=0.0524927;RO=0;SAF=38;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53733e-05;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:56:38:0:0:59:38:0:0 chr3 191074873 . C G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.327;QD=59.0186;RBI=0.0296598;REFB=0;REVB=0.0294016;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29644e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr3 191093053 . T C 126.82 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0234177;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5259;QD=18.1176;RBI=0.0338002;REFB=0.0457392;REVB=0.0243735;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14117;STB=0.581274;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0124233;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:10:4:6:8:10:4:6:8 chr3 191093080 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0371173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.47;QD=10.075;RBI=0.0404023;REFB=-0.00776763;REVB=0.0159579;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0219253;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:6:8:6:2:6:8 chr3 191093175 . T A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0825614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3703;QD=18.8859;RBI=0.0829994;REFB=-0.0177292;REVB=0.00851581;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0168349;OID=.;OPOS=191093175;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr3 191093310 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.000280451;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.87;QD=12.8689;RBI=0.0265575;REFB=-0.0173859;REVB=-0.0265561;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212575;STB=0.622452;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0227412;OID=.;OPOS=191093310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:2:14:8:3:2:14 chr3 191097966 . T C 162.54 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0155932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.366;QD=10.8359;RBI=0.0310561;REFB=-0.014095;REVB=-0.0268577;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245374;STB=0.64986;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0191064;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:21:21:0.35:8:13:15:23:8:13:15:24 chr3 191098539 . C G 194.09 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0255716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.939;QD=16.877;RBI=0.0256586;REFB=-0.0206847;REVB=-0.00211121;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106824;STB=0.54995;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0283317;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:20:20:0.434783:11:9:14:11:11:9:14:12 chr3 191100561 . C A 93.03 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0145204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5437;QD=10.9449;RBI=0.122649;REFB=-0.00679786;REVB=-0.121787;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.529363;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00897012;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:9:12:6:6:10:12 chr3 191179193 . A G 174.39 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0198195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5342;QD=19.377;RBI=0.0229397;REFB=-0.0463327;REVB=-0.0115506;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185554;STB=0.606171;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0465057;OID=.;OPOS=191179193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:14:4:7:11:14:4:7:11 chr3 191810914 . TA CG 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0016654;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.423;QD=14.7015;RBI=0.0187878;REFB=-0.00843944;REVB=0.0187138;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173698;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=mnp;VARB=0.00733865;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:6:9:5:7:6:9 chr3 192447403 . G A 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.007656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.281;QD=23.8181;RBI=0.0171847;REFB=0.000810595;REVB=-0.015385;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115028;STB=0.564045;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.000512796;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:6:11:11:11:6:11 chr3 192447418 . A G 191.91 PASS AF=0.439024;AO=14;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00707917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.897;QD=18.7229;RBI=0.0153709;REFB=-0.00745474;REVB=-0.0136437;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268732;STB=0.589647;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0408641;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:14:18:0.439024:9:5:7:14:9:9:7:14 chr3 192515557 . G A 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0020131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.574;QD=13.4525;RBI=0.0751409;REFB=-0.0187468;REVB=-0.0751139;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751908;STB=0.504417;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0279943;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:4:11:8:3:4:11 chr3 192516430 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0185283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8347;QD=17.0986;RBI=0.0546021;REFB=-0.0113884;REVB=0.0513623;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0135084;OID=.;OPOS=192516430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:7:7:7:7:7:7:8:7 chr3 193031926 . C T 88.75 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0816275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8615;QD=14.792;RBI=0.11283;REFB=-0.0284935;REVB=-0.0778947;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195771;STB=0.615163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0249597;OID=.;OPOS=193031926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:7:6:3:8:7:6 chr3 193036783 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0791223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7182;QD=7.762;RBI=0.0981693;REFB=-0.00675473;REVB=-0.0581109;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0057024;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:6:7:3:3:6:7 chr3 193036794 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.417;QD=51.9167;RBI=0.023555;REFB=0;REVB=0.0235094;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015194;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 193042776 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.213;QD=52.6085;RBI=0.0813586;REFB=0;REVB=0.0237735;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533796;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr3 193080414 . C G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.902;QD=57.1063;RBI=0.0393179;REFB=0;REVB=0.00859788;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.23715e-05;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr3 193096529 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.539;QD=59.0183;RBI=0.0131999;REFB=0;REVB=-0.000185274;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011369;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr3 193180592 . G A 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0318779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.535;QD=13.3356;RBI=0.0327773;REFB=0.00310592;REVB=-0.00762598;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106613;STB=0.562416;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0119171;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:12:12:6:9:12:12 chr3 193183817 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0597076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.315;QD=7.3276;RBI=0.0607073;REFB=-0.00554776;REVB=0.0109718;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114488;STB=0.57126;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0108232;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:15:6:3:5:15:6 chr3 193209178 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2465;QD=52.6129;RBI=0.0300592;REFB=0;REVB=0.0236441;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119249;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr3 193210768 . A G 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4995;QD=62.01;RBI=0.0316745;REFB=0;REVB=0.0315087;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023387;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr3 193355074 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.697;QD=58.9605;RBI=0.0350062;REFB=0;REVB=0.0295193;RO=0;SAF=9;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64084e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:57:9:0:0:57:9:0:0 chr3 193854657 . A C 181.25 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0162829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.446;QD=16.4771;RBI=0.023495;REFB=-0.0235665;REVB=-0.0169376;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114392;STB=0.565686;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0244946;OID=.;OPOS=193854657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:12:13:12:7:12:13 chr3 193863706 . A G 63.05 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00750522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6597;QD=10.9649;RBI=0.0593516;REFB=-0.0185991;REVB=-0.0588751;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0508604;OID=.;OPOS=193863706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:22:23:14:14:8:9:0.391304:4:4:6:8:5:4:6:8 chr3 194061906 . TG CA 617.05 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02931;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.063;QD=61.705;RBI=0.0296334;REFB=0;REVB=0.00436594;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.46716e-05;OID=.;OPOS=194061906;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr3 194062565 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.045;QD=33.4284;RBI=0.0950295;REFB=0;REVB=0.0616374;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136634;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr3 194063153 . G A 823.02 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593499;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.375;QD=56.7602;RBI=0.060851;REFB=0;REVB=0.0134324;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161739;OID=.;OPOS=194063153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:53:58:1:22:31:0:0:23:35:0:0 chr3 194063300 . T C,G 996.18 PASS AF=0.957143,0.0285714;AO=66,3;DP=69;FAO=67,2;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26,1;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272531,-0.00361028;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.7139,182.769;QD=56.9243;RBI=0.0297081,0.017898;REFB=-0.0910738,-0.0763032;REVB=0.0118255,-0.0175301;RO=0;SAF=26,1;SAR=40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.506022,0.665164;STBP=0.501,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=0.00516874,0.135037;OID=.,.;OPOS=194063300,194063300;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:69:70:0:1:66,3:67,2:0.957143,0.0285714:40,2:26,1:0:0:41,1:26,1:0:1 chr3 194118874 . T C 410.55 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.847;QD=56.6276;RBI=0.0131344;REFB=0;REVB=-0.00165314;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73291e-05;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:17:12:0:0 chr3 194124427 . C T 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.633;QD=58.4166;RBI=0.0534916;REFB=0;REVB=-0.0449784;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.21676e-05;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr3 194313831 . G GC 90.19 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231005;FXX=0.199867;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.0319;QD=30.0627;RBI=0.0111898;REFB=0;REVB=0.0109488;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.576453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00187313;OID=.;OPOS=194313832;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:12:12:0:7:5:0:0:3:14:0:2:8:6 chr3 194313832 . T A,C 172.3 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0822094,0.00893648;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=12.6022,124.574;QD=45.9469;RBI=0.110229,0.0140382;REFB=0,0;REVB=-0.0734312,0.0108264;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0313602,0.000578085;OID=.,.;OPOS=194313832,194313832;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:2,6:0,7:0:0:2,6:0,7:0:0 chr3 194325109 . C G 57.93 PASS AF=0.0769231;AO=7;DP=104;FAO=8;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=88;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0337258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.308;QD=2.22816;RBI=0.0338308;REFB=0.000205644;REVB=-0.00266366;RO=84;SAF=2;SAR=5;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175176;STB=0.690508;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0262482;OID=.;OPOS=194325109;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:104:104:84:88:7:8:0.0769231:5:2:37:47:6:2:39:49 chr3 194337901 . T C 729.67 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.76;QD=56.1281;RBI=0.00902729;REFB=0;REVB=0.00641399;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124221;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:48:52:1:22:26:0:0:24:28:0:0 chr3 194338423 . C T 204.32 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.041803;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.635;QD=14.3382;RBI=0.0539649;REFB=-0.000931214;REVB=-0.034128;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107715;STB=0.513584;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000568248;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:32:33:24:24:0.421053:10:14:19:13:10:14:20:13 chr3 194349178 . C T 454.84 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0224984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.664;QD=19.993;RBI=0.0411893;REFB=-0.01794;REVB=0.0345019;RO=46;SAF=11;SAR=34;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405799;STB=0.725875;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00839065;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:34:11:31:15:34:11:31:15 chr3 194353875 . G T 62.87 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.130282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5768;QD=20.955;RBI=0.147409;REFB=-0.023524;REVB=0.0689642;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250326;STB=0.624737;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0280914;OID=.;OPOS=194353875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:2:5:4:0:2:6:4:0 chr3 194373832 . TG CA 1418.78 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474408;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=2;MLLD=335.658;QD=63.0568;RBI=0.0502655;REFB=0;REVB=0.0166129;RO=0;SAF=37;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=4.04647e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:53:37:0:0:53:37:0:0 chr3 194387300 . C T 108.85 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.004189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.844;QD=15.0132;RBI=0.0123642;REFB=-0.0231742;REVB=0.0116329;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37532;STB=0.742812;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0259359;OID=.;OPOS=194387300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:16:16:11:13:0.448276:9:2:8:8:11:2:8:8 chr3 194842785 . C G 155.93 PASS AF=0.350877;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00531023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1415;QD=10.9423;RBI=0.0344184;REFB=-0.00302646;REVB=-0.0340063;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147706;STB=0.602074;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00421755;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:19:20:0.350877:8:11:26:11:9:11:26:11 chr3 194842876 . CA CG,TG 730.04 PASS AF=0.377358,0.622642;AO=19,33;DP=53;FAO=20,33;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=7,16;FSAR=13,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514717,0.0430061;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=195.518,221.011;QD=55.0975;RBI=0.0127161,0.0438748;REFB=0,0;REVB=0.0116278,0.00868759;RO=0;SAF=7,16;SAR=12,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.002274,0.00478219;OID=.,.;OPOS=194842877,194842876;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:53:53:0:0:19,33:20,33:0.377358,0.622642:12,17:7,16:0:0:13,17:7,16:0:0 chr3 194842911 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.093;QD=60.9759;RBI=0.0250967;REFB=0;REVB=0.0240117;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101727;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr3 195076877 . C G 734.87 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.683;QD=61.2388;RBI=0.0431856;REFB=-0.121446;REVB=0.0123274;RO=1;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176091;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:1:0:46:48:1:32:14:0:1:33:15:0:0 chr3 195242526 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.141;QD=37.4885;RBI=0.0140939;REFB=0;REVB=0.0121288;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191395;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr3 195345828 . AG GA 477.67 PASS AF=0.736842;AO=42;DP=57;FAO=42;FDP=57;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00266831;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.741;QD=33.5204;RBI=0.00598799;REFB=-0.00765407;REVB=-0.00536061;RO=15;SAF=22;SAR=20;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464971;STB=0.502511;STBP=0.971;TYPE=mnp;VARB=0.00128725;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:15:42:42:0.736842:20:22:8:7:20:22:8:7 chr3 195345953 . C T 188.96 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0241396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.217;QD=20.9959;RBI=0.0243105;REFB=-0.0316233;REVB=-0.00287778;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233393;STB=0.63144;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0228943;OID=.;OPOS=195345953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:11:6:12:7:11:6 chr3 195346477 . C T 323.2 PASS AF=0.618182;AO=30;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0353577;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9808;QD=23.5055;RBI=0.0354011;REFB=-0.0551869;REVB=-0.00175219;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185558;STB=0.545428;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0514869;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:21:30:34:0.618182:13:17:8:16:17:17:8:13 chr3 195346861 . T C 37.27 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=109;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-0.0249897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6737;QD=1.36779;RBI=0.028512;REFB=-0.0025904;REVB=-0.0137278;RO=99;SAF=5;SAR=5;SRF=34;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185873;STB=0.641941;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0223136;OID=.;OPOS=195346861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:109:109:99:99:10:10:0.0917431:5:5:34:65:5:5:34:65 chr3 195399505 . C T 165.07 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000444883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.31;QD=14.0482;RBI=0.0571711;REFB=-0.0278262;REVB=0.0571694;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897838;STB=0.528936;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0406923;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:29:18:18:0.382979:7:11:18:8:7:11:19:10 chr3 195404649 . A G 246.93 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0456038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5149;QD=31.8618;RBI=0.0463237;REFB=-0.0789089;REVB=-0.00813501;RO=9;SAF=12;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538181;STB=0.502956;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0221704;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:31:9:9:22:22:0.709677:10:12:5:4:10:12:5:4 chr3 195426305 . T C 107.89 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=-0.00118349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.24;QD=4.49519;RBI=0.0188404;REFB=-0.00710278;REVB=0.0188032;RO=78;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131283;STB=0.583246;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.017711;OID=.;OPOS=195426305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:78:78:18:18:0.1875:11:7:23:55:11:7:23:55 chr3 195447871 . C T 31.41 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=129;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=74;FSRR=47;FWDB=-0.00617229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.1;QD=0.959024;RBI=0.0801611;REFB=0.000103635;REVB=-0.0799231;RO=112;SAF=4;SAR=6;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230312;STB=0.687887;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00482497;OID=.;OPOS=195447871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:129:131:112:121:10:10:0.0763359:6:4:68:44:6:4:74:47 chr3 195447886 . G C 525.25 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=144;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=0.0123962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.332;QD=14.5903;RBI=0.0135997;REFB=-0.0267659;REVB=-0.00559327;RO=85;SAF=34;SAR=24;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279777;STB=0.518623;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0523702;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:85:86:58:58:0.402778:24:34:52:33:24:34:53:33 chr3 195451880 . AG GA 222.17 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414049;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.226;QD=46.7722;RBI=0.0475977;REFB=0;REVB=0.0234771;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00103933;OID=.;OPOS=195451880;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:15:19:1:10:5:0:0:12:7:0:0 chr3 195452770 . G A 123.91 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.014176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.744;QD=27.5357;RBI=0.0285536;REFB=-0.00234821;REVB=-0.024786;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224255;STB=0.573803;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00151077;OID=.;OPOS=195452770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:18:4:5:12:13:0.722222:6:6:4:0:6:7:4:1 chr3 195452799 . C T 122.09 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.070266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9538;QD=25.7023;RBI=0.0704942;REFB=-0.0530021;REVB=0.00566825;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729992;STB=0.540921;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0273861;OID=.;OPOS=195452799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:4:2:6:7:4:2 chr3 195452951 . G C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.027;QD=61.6785;RBI=0.118856;REFB=0;REVB=-0.11437;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220694;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr3 195452987 . G A 301.76 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.084661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3323;QD=25.1467;RBI=0.084686;REFB=-0.0437048;REVB=-0.00205673;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707988;STB=0.539262;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0315172;OID=.;OPOS=195452987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:9:12:13:14:9:12 chr3 195452991 . C T 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0335492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2256;QD=19.6917;RBI=0.0494518;REFB=-0.00615191;REVB=0.0363309;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01751;STB=0.509796;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0153596;OID=.;OPOS=195452991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:13:12:13:13:13:12 chr3 195453014 . G A 61.33 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0111263;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.411;QD=4.38062;RBI=0.0155066;REFB=-0.0104471;REVB=-0.0108009;RO=45;SAF=3;SAR=7;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214114;STB=0.652669;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0335333;OID=.;OPOS=195453014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:55:56:45:46:10:10:0.178571:7:3:21:24:7:3:22:24 chr3 195453064 . T G 836.19 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0271794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4568;QD=55.7463;RBI=0.0504924;REFB=-0.0502845;REVB=-0.0425531;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000391826;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr3 195453205 . G A 150.76 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0256809;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.27;QD=9.88571;RBI=0.0259699;REFB=-0.0123108;REVB=0.00386337;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307525;STB=0.529174;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.024823;OID=.;OPOS=195453205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:13:7:15:25:13:7:16:25 chr3 195453243 . C T 446.15 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=61;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0213231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.777;QD=29.2556;RBI=0.0290814;REFB=-0.0242747;REVB=0.019775;RO=20;SAF=13;SAR=28;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227058;STB=0.512345;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0146411;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:20:41:41:0.672131:28:13:7:13:28:13:7:13 chr3 195453257 . G A 345.83 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0366051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6313;QD=25.6167;RBI=0.0371885;REFB=-0.0744952;REVB=0.00656139;RO=20;SAF=10;SAR=23;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247015;STB=0.502616;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0495966;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:20:33:34:0.62963:23:10:6:14:24:10:6:14 chr3 195456561 . C G 201.04 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00375002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.336;QD=20.6193;RBI=0.00855243;REFB=-0.0094109;REVB=0.00768644;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166177;STB=0.54778;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00838935;OID=.;OPOS=195456561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:19:20:20:0.512821:7:13:14:3:7:13:14:5 chr3 195477791 . G A 1229.75 PASS AF=1;AO=68;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.847;QD=61.4874;RBI=0.0488069;REFB=0;REVB=0.0262961;RO=0;SAF=47;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240351;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:68:80:1:21:47:0:0:27:53:0:0 chr3 195479256 . T C 794.67 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1781;QD=56.7624;RBI=0.133897;REFB=0;REVB=0.122436;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836659;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:24:29:0:0:27:29:0:0 chr3 195489009 . C A 2924.38 PASS AF=1;AO=185;DP=191;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486722;FXX=0.0261766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.257;QD=62.8898;RBI=0.0740179;REFB=-0.0745897;REVB=0.0557644;RO=1;SAF=104;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00455648;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304918;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:186:1:0:185:186:1:81:104:1:0:81:105:0:0 chr3 195489067 . C G 3018.23 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4772;QD=63.5416;RBI=0.0865511;REFB=0;REVB=-0.0688801;RO=0;SAF=96;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68785e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357234;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:190:0:0:190:190:1:94:96:0:0:94:96:0:0 chr3 195495916 . G C 789.51 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0257143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.747;QD=50.9359;RBI=0.0262321;REFB=-0.0100011;REVB=0.00518629;RO=3;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221788;STB=0.52085;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000161306;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:33:25:2:1:33:25:3:1 chr3 195497174 . C G 909.51 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0588025;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9526;QD=56.8445;RBI=0.065172;REFB=-0.144985;REVB=0.0281009;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00413443;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:62:63:0.984375:35:27:0:0:35:28:0:1 chr3 195497743 . T C 501.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.302;QD=58.9896;RBI=0.039796;REFB=0;REVB=0.0127095;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143277;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr3 195501149 . C T 630.26 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0165829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5381;QD=53.6387;RBI=0.0740855;REFB=-0.0926054;REVB=0.0722058;RO=4;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017438;STB=0.509306;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0232716;OID=.;OPOS=195501149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:47:47:4:4:43:43:0.914894:28:15:1:3:28:15:1:3 chr3 195505664 . G A 521.39 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0260452;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.68;QD=54.8836;RBI=0.0654911;REFB=-0.126112;REVB=-0.0600894;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51438;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00110989;OID=.;OPOS=195505664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:0:2:36:36:0.947368:10:26:0:0:10:26:1:1 chr3 195505788 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.882;QD=35.5759;RBI=0.0870921;REFB=0;REVB=-0.072774;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318927;OID=.;OPOS=195505788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr3 195512107 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6366;QD=42.1814;RBI=0.111796;REFB=0;REVB=0.0947948;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120858;OID=.;OPOS=195512107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr3 195512343 . G A 64.1 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0149668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.004;QD=9.4964;RBI=0.0390688;REFB=-0.0186069;REVB=0.0360884;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229856;STB=0.644779;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.026556;OID=.;OPOS=195512343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:4:14:8:1:4:14 chr3 195512373 . G GAT,GGAT 49.99 PASS AF=0.173913,0.173913;AO=4,3;DP=25;FAO=4,4;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=0,2;FSAR=4,2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00831886,-0.00997087;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,3;MLLD=189.233,190.882;QD=8.69381;RBI=0.0537111,0.0540687;REFB=-0.0182005,-0.0191544;REVB=-0.053063,-0.0531413;RO=17;SAF=0,1;SAR=4,2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.604804,0.0499989;STB=0.996326,0.630967;STBP=0.103,0.657;TYPE=ins,ins;VARB=0.069621,0.0421266;OID=.,.;OPOS=195512374,195512374;OREF=-,-;OALT=AT,GAT;OMAPALT=GAT,GGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.173913,0.173913:4,3:25:4,4:23:15:0,2:4,2:5:10:20:17:0,1:4,2:5:12 chr3 195515594 . C G 1250.22 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=80;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00406646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.127;QD=58.8338;RBI=0.0615578;REFB=0.0122536;REVB=0.0614234;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000121517;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:85:0:1:80:84:0.988235:41:39:0:0:42:42:0:1 chr3 195515617 . G C 1401.51 PASS AF=0.978947;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0554931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8999;QD=59.0108;RBI=0.186905;REFB=-0.0681252;REVB=0.178477;RO=3;SAF=45;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104076;STB=0.510636;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00357426;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:95:3:2:91:93:0.978947:46:45:2:1:47:46:2:0 chr3 195516630 . G T 718.42 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.103;QD=61.1424;RBI=0.0186811;REFB=-0.0887714;REVB=0.0125915;RO=1;SAF=5;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113327;STB=0.506021;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00163919;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:1:1:46:46:0.978723:41:5:0:1:41:5:0:1 chr3 195516878 . T C 256.76 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.432;QD=51.351;RBI=0.183391;REFB=0;REVB=0.102593;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254765;OID=.;OPOS=195516878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:15:20:1:11:4:0:0:15:5:0:0 chr3 195517258 . G A,T 738.13 PASS AF=0.978723,0.0212766;AO=45,2;DP=47;FAO=46,1;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127727,-0.0667837;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=155.917,15.9033;QD=62.8196;RBI=0.0151072,0.0946331;REFB=0,0;REVB=0.00806757,-0.0670475;RO=0;SAF=20,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.09779e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-9.54158e-05,0.0751571;OID=.,.;OPOS=195517258,195517258;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:47:0:0:45,2:46,1:0.978723,0.0212766:25,1:20,1:0:0:25,1:21,0:0:0 chr3 195517321 . G A 545.6 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.632;QD=57.4315;RBI=0.0282325;REFB=-0.158725;REVB=0.0126879;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0009317;OID=.;OPOS=195517321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:17:20:0:0:17:20:0:1 chr3 195517553 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.634;QD=51.1844;RBI=0.0300831;REFB=0;REVB=0.0203002;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430111;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr3 195518112 . T A,TGTCTCCTGCGTAACA 433.36 PASS AF=0.0547945,0.534247;AO=4,36;DP=75;FAO=4,39;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=4,20;FSAR=0,19;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00142366,0.0149297;FXX=0.0266631;HRUN=1,1;LEN=1,15;MLLD=68.6944,363.02;QD=23.7455;RBI=0.0212025,0.0154689;REFB=-0.0310925,-0.0187448;REVB=0.0211546,0.00404828;RO=30;SAF=4,18;SAR=0,18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.54874,-0.137335;STB=0.996487,0.56713;STBP=0.093,0.235;TYPE=snp,ins;VARB=-0.016749,0.010504;OID=.,.;OPOS=195518112,195518113;OREF=T,-;OALT=A,GTCTCCTGCGTAACA;OMAPALT=A,TGTCTCCTGCGTAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:73:30:30:4,36:4,39:0.0547945,0.534247:0,18:4,18:20:10:0,19:4,20:20:10 chr3 195518330 . C G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.379;QD=43.4816;RBI=0.0313619;REFB=0;REVB=0.00403877;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000230777;OID=.;OPOS=195518330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr3 195606019 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0298634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.369;QD=15.2589;RBI=0.0302133;REFB=-0.000382669;REVB=-0.00458452;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563064;STB=0.836194;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0004103;OID=.;OPOS=195606019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:5:1:6:1:5:1 chr3 195615376 . A G 456.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.457;QD=57.1023;RBI=0.049667;REFB=0;REVB=0.0421098;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39984e-05;OID=.;OPOS=195615376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr3 195668375 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00323387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3892;QD=12.0155;RBI=0.116022;REFB=0.00835663;REVB=0.115977;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.523732;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000111862;OID=.;OPOS=195668375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:6:1:1:5:6:1 chr3 195668444 . A G 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0248414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.957;QD=2.9284;RBI=0.0276822;REFB=-0.00753552;REVB=-0.012215;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101753;STB=0.548261;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0405422;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:47:51:8:8:0.135593:2:6:32:15:2:6:36:15 chr3 195668478 . A G 182.86 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0457097;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2432;QD=13.2985;RBI=0.0873805;REFB=-0.0125666;REVB=-0.0744713;RO=30;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390982;STB=0.538426;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0188167;OID=.;OPOS=195668478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:33:22:22:0.4:8:14:18:12:8:14:19:14 chr3 195690216 . T C 64.63 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0123354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7191;QD=4.23775;RBI=0.0171517;REFB=0.00148812;REVB=-0.0119173;RO=50;SAF=3;SAR=8;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414668;STB=0.770077;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00787416;OID=.;OPOS=195690216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:8:3:31:19:8:3:31:19 chr3 195690233 . A G 66.8 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0496536;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.407;QD=4.453;RBI=0.049933;REFB=-0.000467505;REVB=-0.00527459;RO=47;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432695;STB=0.776676;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00165549;OID=.;OPOS=195690233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:61:60:47:49:11:11:0.183333:8:3:30:17:8:3:31:18 chr3 195690251 . A G 53.55 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0175637;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.454;QD=3.82516;RBI=0.0448145;REFB=-0.00394574;REVB=-0.0412293;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280308;STB=0.697248;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0267453;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:6:3:26:20:6:3:27:20 chr3 195692311 . T C 88.7 PASS AF=0.137681;AO=19;DP=138;FAO=19;FDP=138;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=44;FWDB=-0.0123963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.985;QD=2.57102;RBI=0.0468698;REFB=-0.00305028;REVB=-0.0452008;RO=118;SAF=11;SAR=8;SRF=75;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074708;STB=0.545984;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.014301;OID=.;OPOS=195692311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:138:138:118:119:19:19:0.137681:8:11:75:43:8:11:75:44 chr3 195692347 . G A 350.97 PASS AF=0.255;AO=49;DP=199;FAO=51;FDP=200;FR=.;FRO=149;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=80;FSRR=69;FWDB=0.0102252;FXX=0.00497488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.696;QD=7.01936;RBI=0.0166932;REFB=-0.00594146;REVB=0.013195;RO=149;SAF=25;SAR=24;SRF=80;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335426;STB=0.534756;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0140228;OID=.;OPOS=195692347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:149:149:49:51:0.255:24:25:80:69:26:25:80:69 chr3 195701285 . G T 38.19 PASS AF=0.0805369;AO=12;DP=150;FAO=12;FDP=149;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=0.00810534;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.822;QD=1.02514;RBI=0.0137074;REFB=-0.00250231;REVB=-0.0110543;RO=138;SAF=7;SAR=5;SRF=67;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109867;STB=0.592934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0284042;OID=.;OPOS=195701285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:150:149:138:137:12:12:0.0805369:5:7:67:71:5:7:66:71 chr3 195701304 . C T 77.58 PASS AF=0.111732;AO=20;DP=178;FAO=20;FDP=179;FR=.;FRO=159;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=82;FWDB=0.0134626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.81;QD=1.7337;RBI=0.0134812;REFB=-0.00115384;REVB=0.00070892;RO=158;SAF=11;SAR=9;SRF=77;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768991;STB=0.558224;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.028797;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:178:179:158:159:20:20:0.111732:9:11:77:81:9:11:77:82 chr3 195701331 . G A 150.13 PASS AF=0.150485;AO=30;DP=205;FAO=31;FDP=206;FR=.;FRO=175;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=89;FWDB=-0.0180137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.934;QD=2.91518;RBI=0.0371318;REFB=-0.00137718;REVB=0.0324697;RO=174;SAF=19;SAR=11;SRF=86;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178621;STB=0.603582;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0078819;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:206:174:175:30:31:0.150485:11:19:86:88:12:19:86:89 chr3 195701388 . GC AA 81.4 PASS AF=0.117647;AO=20;DP=172;FAO=20;FDP=170;FR=.;FRO=150;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=79;FWDB=-0.00276996;FXX=0.01734;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.491;QD=1.91526;RBI=0.0214401;REFB=-0.000572665;REVB=0.0212604;RO=147;SAF=9;SAR=11;SRF=71;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410343;STB=0.520689;STBP=0.867;TYPE=mnp;VARB=0.00386412;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:172:170:147:150:20:20:0.117647:11:9:71:76:11:9:71:79 chr3 195704117 . A G 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.115904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7472;QD=12.9736;RBI=0.116037;REFB=0.0044389;REVB=0.00554498;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167999;STB=0.599822;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.000309641;OID=.;OPOS=195704117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:9:3:7:11:9:3:7:11 chr3 195710989 . G A 570.75 PASS AF=0.423611;AO=45;DP=146;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0257031;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.433;QD=15.8542;RBI=0.0296375;REFB=-0.00921197;REVB=0.0147557;RO=64;SAF=13;SAR=32;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138134;STB=0.532493;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0418025;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:64:83:45:61:0.423611:32:13:26:38:35:26:40:43 chr3 195710993 . A G 617.1 PASS AF=0.419162;AO=69;DP=167;FAO=70;FDP=167;FR=.;FRO=97;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0170433;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.417;QD=14.7807;RBI=0.0302304;REFB=-0.00576686;REVB=-0.0249681;RO=97;SAF=31;SAR=38;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798251;STB=0.539872;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00555915;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:97:97:69:70:0.419162:38:31:51:46:38:32:51:46 chr3 195711016 . G A 277.35 PASS AF=0.215962;AO=46;DP=213;FAO=46;FDP=213;FR=.;FRO=167;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=81;FSRR=86;FWDB=-0.00278776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8198;QD=5.20845;RBI=0.0531259;REFB=0.00389358;REVB=-0.0530527;RO=167;SAF=26;SAR=20;SRF=81;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102421;STB=0.562881;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0172791;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:167:167:46:46:0.215962:20:26:81:86:20:26:81:86 chr3 195938177 . A G 226.2 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.121434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8958;QD=17.0721;RBI=0.121438;REFB=-0.0100668;REVB=-0.000901773;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285393;STB=0.659674;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00564497;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:14:11:21:7:14:11:21:7 chr3 195941216 . C G 1262.04 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105567;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.687;QD=59.3901;RBI=0.0463623;REFB=-0.0848506;REVB=0.0451444;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509432;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000443465;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:0:2:83:83:0.976471:52:31:0:0:52:31:0:2 chr3 195954538 . G C 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0259895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.632;QD=3.76497;RBI=0.0260895;REFB=-0.015743;REVB=-0.00228205;RO=30;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554171;STB=0.873907;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0482246;OID=.;OPOS=195954538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:1:5:10:20:1:5:10:20 chr3 195955762 . G A,C 1635.96 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=108,6;DP=117;FAO=108,6;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=52,6;FSAR=56,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0328681,0.0193951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.126,38.7391;QD=55.9304;RBI=0.0453643,0.0194737;REFB=-0.112253,-0.244194;REVB=0.0312667,-0.00174771;RO=0;SAF=52,6;SAR=56,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.59964e-08,0;STB=0.505009,0.996986;STBP=0.494,0.152;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000266157,0.280911;OID=.,.;OPOS=195955762,195955762;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:117:117:0:3:108,6:108,6:0.923077,0.0512821:56,0:52,6:0:0:56,0:52,6:2:1 chr3 195956827 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7714;QD=57.8844;RBI=0.00441523;REFB=0;REVB=0.00193404;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10691e-05;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr3 195965673 . G T 60.48 PASS AF=0.875;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125462;FXX=0.110988;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.2779;QD=30.2381;RBI=0.050741;REFB=-0.0640151;REVB=-0.0491654;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0301506;OID=.;OPOS=195965673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr3 196054439 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.691;QD=59.4353;RBI=0.0154519;REFB=0;REVB=-0.015025;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30211e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr3 196199204 . G T 195.03 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0515334;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1561;QD=12.3827;RBI=0.0549143;REFB=0.000222003;REVB=-0.0189709;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144338;STB=0.575534;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00203764;OID=.;OPOS=196199204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:40:39:24:24:0.380952:14:10:22:18:14:10:21:18 chr3 196294104 . C G 738.31 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.48;QD=56.7933;RBI=0.0372422;REFB=0;REVB=0.0353983;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84741e-05;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:18:32:0:0:20:32:0:0 chr3 196386964 . C G 283.12 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0169297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.906;QD=19.1943;RBI=0.0193366;REFB=-0.0222799;REVB=0.00934289;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159845;STB=0.58882;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0230591;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:18:13:17:11:18:13:17:11 chr3 196435534 . T C 784.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.943;QD=64.0149;RBI=0.092561;REFB=0;REVB=0.0147744;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229175;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr3 196438826 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6997;QD=42.1825;RBI=0.104005;REFB=0;REVB=0.103053;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00485307;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr3 196443803 . T C 1278.03 PASS AF=0.452145;AO=128;DP=294;FAO=137;FDP=303;FR=.;FRO=166;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=78;FSRR=88;FWDB=0.0395815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8238;QD=16.8717;RBI=0.0625056;REFB=-0.0245933;REVB=0.0483761;RO=166;SAF=47;SAR=81;SRF=78;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108522;STB=0.546912;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0331077;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:294:303:166:166:128:137:0.452145:81:47:78:88:84:53:78:88 chr3 196448046 . A G 113.22 PASS AF=0.464286;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0211319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.398;QD=16.1738;RBI=0.0265996;REFB=-0.00320377;REVB=0.016155;RO=8;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524378;STB=0.826063;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00418441;OID=.;OPOS=196448046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:8:15:11:13:0.464286:2:9:1:7:2:11:4:11 chr3 196448103 . C T 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.038294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.12;QD=15.7006;RBI=0.039439;REFB=0.00420539;REVB=0.0094339;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464123;STB=0.763328;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00201111;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:16:3:10:5:16:3 chr3 196557130 . A G 50.51 PASS AF=0.205128;AO=7;DP=38;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00659183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.686;QD=5.18059;RBI=0.00660807;REFB=-0.00597065;REVB=-0.000463122;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105086;STB=0.512788;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0216679;OID=.;OPOS=196557130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:31:31:7:8:0.205128:3:4:15:16:4:4:15:16 chr3 196613075 . C T 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0466574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.299;QD=13.437;RBI=0.0478735;REFB=-0.000468588;REVB=0.010722;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154027;STB=0.509073;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.000209182;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:5:8:6:4:5:8 chr3 196660820 . C T 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0278592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3976;QD=10.3663;RBI=0.0302401;REFB=-0.0135466;REVB=-0.0117612;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120275;STB=0.507036;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0335269;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:20:23:12:10:20:23 chr3 196674259 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0165874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.558;QD=6.78772;RBI=0.0296296;REFB=-0.0042245;REVB=0.0245513;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3143;STB=0.708233;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00939449;OID=.;OPOS=196674259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:7:1:7:16:7:1:7:16 chr3 196674749 . C T 508.27 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0464876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7612;QD=56.474;RBI=0.0524626;REFB=-0.0612697;REVB=0.0243152;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00732495;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:0:1:14:21:0:1 chr3 196674879 . A G 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.011839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2939;QD=10.3801;RBI=0.0163524;REFB=-0.000114578;REVB=-0.0112801;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141657;STB=0.573689;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.000630816;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:36:18:18:0.333333:8:10:15:20:8:10:16:20 chr3 196674916 . A C 147.12 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00380495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.201;QD=11.3167;RBI=0.00381417;REFB=-0.00823748;REVB=-0.000264963;RO=33;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149475;STB=0.574386;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0139601;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:34:17:18:0.346154:7:10:15:18:8:10:15:19 chr3 196674972 . CT C,TC 371.88 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=3,24;DP=29;FAO=4,24;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230269,-0.0179154;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=93.4444,195.795;QD=53.1252;RBI=0.0462086,0.0183479;REFB=0,0;REVB=-0.0400624,0.00396017;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00154967,0.00105491;OID=.,.;OPOS=196674973,196674972;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:29:28:0:0:3,24:4,24:0.142857,0.857143:1,18:2,6:0:0:1,18:3,6:0:0 chr3 196742277 . C T 462.48 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0548573;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.014;QD=21.2634;RBI=0.0553698;REFB=-0.0331497;REVB=0.00751643;RO=42;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970332;STB=0.505363;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0350792;OID=.;OPOS=196742277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:42:42:45:45:0.517241:22:23:21:21:22:23:21:21 chr3 196770355 . TAAGG T 720.89 PASS AF=1;AO=58;DP=66;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222011;FXX=0.061529;HRUN=2;LEN=4;MLLD=149.533;QD=47.2714;RBI=0.0233105;REFB=0;REVB=0.00710584;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000908521;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:66:61:61:0:18:43:0:0:13:0:17:41:0:0 chr3 196771245 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.547;QD=46.848;RBI=0.0446231;REFB=0;REVB=-0.0340889;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652417;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr3 196865242 . C T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0203397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.269;QD=14.6986;RBI=0.0217898;REFB=0.00997759;REVB=-0.00781619;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197057;STB=0.615187;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0120791;OID=.;OPOS=196865242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:8:7:8:4:8:7 chr3 197020780 . G A,GA,GAA 437.17 PASS AF=0.1,0.883333,0;AO=3,34,8;DP=80;FAO=6,53,0;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=6,20,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141708,0.247203,0.130254;FXX=0.0624902;HRUN=1,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=233.888,9.26472,8.12119;QD=29.1446;RBI=0.0544333,0.290165,0.151487;REFB=-0.0120738,0.00881406,0.00729225;REVB=-0.0525564,-0.151942,-0.0773449;RO=35;SAF=3,10,2;SAR=0,24,6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.518953,-0.215965,-0.329205;STB=0.997093,0.50746,0.5;STBP=0.066,0.545,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.0321251,0.0103064,0;OID=.,.,.;OPOS=197020780,197020781,197020781;OREF=G,-,-;OALT=A,A,AA;OMAPALT=A,GA,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:80:60:35:1:3,34,8:6,53,0:0.1,0.883333,0:0,24,6:3,10,2:18:17:0,33,0:6,20,0:0:1 chr3 197495334 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000831765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6494;QD=62.6701;RBI=0.00505805;REFB=0;REVB=0.0049892;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4097e-05;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr3 197846850 . G A 87.2 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0381432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5125;QD=6.22838;RBI=0.0477088;REFB=-0.0176169;REVB=-0.0286571;RO=43;SAF=7;SAR=6;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822772;STB=0.551454;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0232505;OID=.;OPOS=197846850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:6:7:26:17:6:7:26:17 chr3 197882505 . CT C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.45087e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.017;QD=33.4285;RBI=1.45087e-05;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.85949e-07;OID=.;OPOS=197882506;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:6:0:0:0:4:0:6:0:0:0 chr4 53428 . G A 789.6 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0570934;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.184;QD=55.4105;RBI=0.0662889;REFB=-0.109589;REVB=0.0336833;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129193;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000724261;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:36:20:0:1:36:20:0:1 chr4 60303 . G A 43.58 PASS AF=0.0823529;AO=14;DP=170;FAO=14;FDP=170;FR=.;FRO=156;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=82;FWDB=-0.0445788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.844;QD=1.02533;RBI=0.0540685;REFB=-0.0056639;REVB=-0.0305964;RO=152;SAF=10;SAR=4;SRF=73;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268301;STB=0.718753;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0511904;OID=.;OPOS=60303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:170:170:152:156:14:14:0.0823529:4:10:73:79:4:10:74:82 chr4 67726 . TG GT,TGT 32.84 PASS AF=0.00546448,0.0710383;AO=7,24;DP=186;FAO=1,13;FDP=183;FR=.;FRO=169;FSAF=1,5;FSAR=0,8;FSRF=59;FSRR=110;FWDB=-0.0696152,-0.0612446;FXX=0.0108102;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=121.383,117.144;QD=0.717839;RBI=0.0702905,0.0620577;REFB=-0.00074405,-0.000752375;REVB=-0.00972046,-0.0100128;RO=147;SAF=7,12;SAR=0,12;SRF=47;SRR=100;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.560811,0.234174;STB=0.993041,0.535337;STBP=0.242,0.82;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00482013,0.135025;OID=.,.;OPOS=67726,67728;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:186:183:147:169:7,24:1,13:0.00546448,0.0710383:0,12:7,12:47:100:0,8:1,5:59:110 chr4 85704 . C T 285.33 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00191351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4726;QD=21.9481;RBI=0.0109553;REFB=-0.0142672;REVB=0.0107869;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462135;STB=0.525589;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0136122;OID=.;OPOS=85704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:16:13:9:14:16:13:9:14 chr4 85800 . G A 357.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.242;QD=55.0088;RBI=0.0417259;REFB=0;REVB=-0.00238773;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237376;OID=.;OPOS=85800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr4 86081 . C A 33.54 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.051242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.701;QD=19.1667;RBI=0.0512474;REFB=-0.0736854;REVB=0.000742918;RO=2;SAF=0;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725637;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0130267;OID=.;OPOS=86081;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:4:0:1:1:4:1:1:1 chr4 86738 . A G 708.17 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.146;QD=62.9487;RBI=0.064026;REFB=0;REVB=0.052136;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127948;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:1:0:44:45:1:26:18:1:0:26:19:0:0 chr4 86798 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.658;QD=55.098;RBI=0.0581717;REFB=0;REVB=0.00600823;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657073;OID=.;OPOS=86798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr4 87277 . G C 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0372399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4183;QD=55.4629;RBI=0.0375009;REFB=-0.0148095;REVB=-0.00441675;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425532;STB=0.522715;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00598763;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:21:17:0:2:21:17:0:2 chr4 87313 . G GA 586.55 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9192;QD=46.9238;RBI=0.116718;REFB=0;REVB=-0.0071039;RO=2;SAF=17;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00313905;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:51:50:50:0:19:31:0:0:11:2:17:31:2:0 chr4 501211 . G A 321.66 PASS AF=0.485714;AO=35;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0102295;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.721;QD=18.3807;RBI=0.0279779;REFB=-0.0151155;REVB=-0.0260408;RO=36;SAF=16;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16779;STB=0.586908;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0116285;OID=.;OPOS=501211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:35:34:0.485714:19:16:10:26:19:15:10:26 chr4 619524 . G A 384.17 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=58;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0284821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.269;QD=26.0453;RBI=0.0545339;REFB=-0.0545005;REVB=0.046505;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192716;STB=0.515171;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0226935;OID=.;OPOS=619524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:22:22:36:37:0.627119:19:17:11:11:20:17:11:11 chr4 648643 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.659;QD=51.1841;RBI=0.028794;REFB=0;REVB=0.0261513;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437808;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 675777 . G C 551.99 PASS AF=0.533333;AO=56;DP=105;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.0123165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8615;QD=21.028;RBI=0.0308734;REFB=-0.0155628;REVB=-0.0283103;RO=49;SAF=30;SAR=26;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136773;STB=0.574957;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0135029;OID=.;OPOS=675777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:49:56:56:0.533333:26:30:34:15:26:30:34:15 chr4 759883 . G A 168.31 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.00103543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3116;QD=17.263;RBI=0.0405296;REFB=-0.0331507;REVB=0.0405163;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294619;STB=0.666496;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0237604;OID=.;OPOS=759883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:5:16:8:10:5:16 chr4 761850 . T C 169.47 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00717724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.793;QD=16.5333;RBI=0.0449184;REFB=-0.00102999;REVB=0.0443413;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333225;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0013105;OID=.;OPOS=761850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:12:11:8:10:12:11 chr4 780286 . C G 352.89 PASS AF=0.463415;AO=33;DP=79;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00139837;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.92;QD=17.2139;RBI=0.0307926;REFB=-0.0263702;REVB=0.0307609;RO=45;SAF=28;SAR=5;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248917;STB=0.521868;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0275861;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:44:33:38:0.463415:5:28:31:14:10:28:31:13 chr4 843508 . C T 352.39 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00731023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7867;QD=18.3059;RBI=0.0335699;REFB=-0.0115582;REVB=0.0327643;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529363;STB=0.523797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0151392;OID=.;OPOS=843508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:40:37:37:0.480519:22:15:18:21:22:15:18:22 chr4 843695 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.375;QD=53.9106;RBI=0.0261048;REFB=0;REVB=-0.0160625;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223457;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr4 845636 . G A 404.59 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00409464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.955;QD=27.9029;RBI=0.0628739;REFB=-0.0021441;REVB=0.0627405;RO=20;SAF=17;SAR=21;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965304;STB=0.552604;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00120188;OID=.;OPOS=845636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:21:17:12:8:21:17:12:8 chr4 858941 . T C 927.24 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.054;QD=57.9526;RBI=0.0716236;REFB=0;REVB=0.0436608;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603794;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr4 962669 . CCG C,CCC 86.33 PASS AF=0.266667,0;AO=9,5;DP=64;FAO=16,0;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0238546,0.134165;FXX=0.0322529;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.7687,16.8428;QD=5.75525;RBI=0.0484364,0.190979;REFB=-0.00832099,-7.40151e-05;REVB=-0.042155,-0.135914;RO=41;SAF=3,0;SAR=6,5;SRF=29;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.435692,-0.700956;STB=0.728091,0.5;STBP=0.047,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00326457,0;OID=.,.;OPOS=962670,962671;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0:9,5:64:16,0:60:44:6,0:10,0:31:13:87:41:3,0:6,5:29:12 chr4 994452 . C T 1507.2 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0524439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6381;QD=57.4171;RBI=0.05251;REFB=-0.0851277;REVB=0.00263386;RO=2;SAF=44;SAR=58;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255064;STB=0.501416;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00266128;OID=.;OPOS=994452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:102:103:0.980952:58:44:1:1:59:44:1:1 chr4 1006333 . G A 176.13 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.68;QD=46.9678;RBI=0.119051;REFB=0;REVB=0.007582;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883014;OID=.;OPOS=1006333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:10:3:0:0:12:3:0:0 chr4 1050653 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196114;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.067;QD=50.4135;RBI=0.0244949;REFB=0;REVB=0.0146764;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164369;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr4 1052125 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5128;QD=52.6132;RBI=0.148389;REFB=0;REVB=0.14383;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447111;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr4 1052166 . A C 216.52 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.351;QD=48.1162;RBI=0.0920821;REFB=0;REVB=0.0874414;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628301;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:16:18:1:5:11:0:0:5:13:0:0 chr4 1075271 . C T 203.65 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0110589;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.523;QD=15.6652;RBI=0.0573814;REFB=-0.00315482;REVB=0.0563057;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236222;STB=0.6344;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00513732;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:15:8:17:12:15:8:17:12 chr4 1087326 . TG CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC 171.65 PASS AF=0.4,0.6;AO=6,9;DP=22;FAO=6,9;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,8;FSAR=0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00093895,0.00916117;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=2,21;MLLD=259.956,532.09;QD=45.7726;RBI=0.020085,0.0205368;REFB=0,0;REVB=0.020063,0.0183802;RO=7;SAF=6,8;SAR=0,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.271782;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00415613,0.00640405;OID=.,.;OPOS=1087326,1087328;OREF=TG,-;OALT=CC,CTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC;OMAPALT=CC,TGCTGCCCAGGCTGGAGCCAGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:22:15:7:0:6,9:6,9:0.4,0.6:0,1:6,8:7:0:0,1:6,8:0:0 chr4 1087329 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.844;QD=41.8681;RBI=0.0874697;REFB=-0.108944;REVB=0.0862277;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517219;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00321218;OID=.;OPOS=1087329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:1:14:0:0:1:14:1:0 chr4 1087338 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.86;QD=59.015;RBI=0.100219;REFB=0;REVB=0.0924972;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710632;OID=.;OPOS=1087338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr4 1090625 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.303;QD=60.9775;RBI=0.017472;REFB=0;REVB=-0.00394369;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31719e-05;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr4 1164277 . C G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0297043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.738;QD=6.81332;RBI=0.0693675;REFB=-0.00815716;REVB=-0.0626858;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282546;STB=0.681284;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0196385;OID=.;OPOS=1164277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:9:10:2:5:9:10 chr4 1164552 . A G 603.25 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.699;QD=60.3254;RBI=0.0455696;REFB=0;REVB=-0.0217902;RO=0;SAF=36;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281782;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:2:36:0:0:2:38:0:0 chr4 1165130 . G T 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00264976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.873;QD=21.7448;RBI=0.0717034;REFB=-0.019063;REVB=0.0716544;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524711;STB=0.529385;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0216003;OID=.;OPOS=1165130;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:13:7:9:13:13:7 chr4 1165741 . A G 1180.9 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117186;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.233;QD=60.5592;RBI=0.0440094;REFB=0;REVB=0.0424206;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104914;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:75:78:1:39:36:0:0:42:36:0:0 chr4 1165764 . C T 153.17 PASS AF=0.267442;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00490427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.185;QD=7.12432;RBI=0.0207658;REFB=-0.0067346;REVB=-0.0201784;RO=60;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206959;STB=0.613747;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0157405;OID=.;OPOS=1165764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:63:23:23:0.267442:11:12:21:39:11:12:23:40 chr4 1194586 . T A 33.03 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0147112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5198;QD=3.07299;RBI=0.036321;REFB=-0.0116424;REVB=0.0332084;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16712;STB=0.627509;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.052608;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:36:37:6:6:0.139535:3:3:13:23:3:3:13:24 chr4 1194594 . A T 489.74 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00828817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.28;QD=40.8115;RBI=0.00828824;REFB=-0.0466718;REVB=3.29974e-05;RO=11;SAF=11;SAR=26;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769662;STB=0.541644;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0210153;OID=.;OPOS=1194594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:11:11:37:37:0.770833:26:11:5:6:26:11:5:6 chr4 1244416 . A G 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00593362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.815;QD=59.5374;RBI=0.0148692;REFB=-0.0410547;REVB=-0.013634;RO=1;SAF=22;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837884;STB=0.504424;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.000145657;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:56:22:0:1:56:22:0:1 chr4 1244879 . A G 407.27 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0133914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3578;QD=33.2467;RBI=0.0394833;REFB=-0.0199989;REVB=-0.0371429;RO=16;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145679;STB=0.57966;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0110775;OID=.;OPOS=1244879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:22:11:9:7:22:11:9:7 chr4 1291791 . A G 357.85 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0216266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.504;QD=31.1178;RBI=0.0218863;REFB=-0.0399306;REVB=-0.00336152;RO=16;SAF=23;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672335;STB=0.536939;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0240975;OID=.;OPOS=1291791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:7:23:11:5:7:23:11:5 chr4 1330759 . T C 313.77 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5238;QD=52.2948;RBI=0.0706777;REFB=0;REVB=0.058033;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339515;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:11:11:0:0:13:11:0:0 chr4 1343405 . T C 1212.47 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0315316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6635;QD=59.875;RBI=0.0388432;REFB=-0.0852383;REVB=0.0226838;RO=1;SAF=43;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010884;STB=0.505746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00410053;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:37:43:1:0:37:43:1:0 chr4 1349029 . G A 39.39 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0072806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1481;QD=4.92342;RBI=0.0113366;REFB=-0.00866108;REVB=-0.00868979;RO=24;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39289;STB=0.781688;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0642602;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:32:32:24:25:7:7:0.21875:1:6:14:10:1:6:14:11 chr4 1369885 . G A 749.88 PASS AF=0.598291;AO=70;DP=117;FAO=70;FDP=117;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00354059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.446;QD=25.6369;RBI=0.0627159;REFB=-0.0536383;REVB=0.0626158;RO=44;SAF=39;SAR=31;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10784;STB=0.559803;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0424236;OID=.;OPOS=1369885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:44:47:70:70:0.598291:31:39:31:13:31:39:33:14 chr4 1374695 . C A 714.71 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.866;QD=60.8265;RBI=0.0408535;REFB=-0.0852195;REVB=0.0391427;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000751837;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:1:1:45:46:0.978723:23:22:1:0:23:23:0:1 chr4 1374774 . C T 255.86 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.3331;QD=51.1727;RBI=0.0516958;REFB=0;REVB=-0.00537023;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123097;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:5:12:0:0:7:13:0:0 chr4 1377615 . A G 360.48 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188742;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.474;QD=55.4588;RBI=0.0422426;REFB=0;REVB=0.0377916;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112068;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr4 1659128 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0167032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.441;QD=8.246;RBI=0.0170397;REFB=1.71416e-05;REVB=0.00336964;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242376;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000516876;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:5:2:7:7:5:2:8:7 chr4 1685211 . T C 292.61 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197308;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.251;QD=53.2026;RBI=0.0387759;REFB=0;REVB=0.0333806;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177811;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 1701317 . G A 199.49 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0239203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.984;QD=15.6461;RBI=0.0436128;REFB=-0.0136232;REVB=-0.0364678;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672903;STB=0.538284;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0153479;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:19:10:9:13:19:10 chr4 1720346 . A G 834.48 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00293315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.876;QD=55.6322;RBI=0.0323894;REFB=-0.119349;REVB=0.0322563;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00045417;OID=.;OPOS=1720346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:60:0:1:56:59:0.983333:29:27:0:0:32:27:1:0 chr4 1729660 . C T 602.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.911;QD=60.25;RBI=0.0255619;REFB=0;REVB=0.0254754;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161735;OID=.;OPOS=1729660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr4 1729953 . G A 474.36 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.829;QD=57.4984;RBI=0.101171;REFB=0;REVB=0.0623689;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375415;OID=.;OPOS=1729953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:12:21:0:0 chr4 1729988 . G A 456.24 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00728264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.924;QD=50.6928;RBI=0.0483446;REFB=-0.00620754;REVB=0.047793;RO=3;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755813;STB=0.540516;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00054338;OID=.;OPOS=1729988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:16:17:3:0:16:17:3:0 chr4 1730299 . A G 1338.73 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00730431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.767;QD=62.2663;RBI=0.00936946;REFB=0;REVB=-0.00586803;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.70148e-05;OID=.;OPOS=1730299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr4 1732978 . G A 1946.44 PASS AF=0.977099;AO=128;DP=131;FAO=128;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0129454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.747;QD=59.4332;RBI=0.0218729;REFB=-0.0528447;REVB=0.0176306;RO=3;SAF=65;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691278;STB=0.503639;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=2.4129e-05;OID=.;OPOS=1732978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:131:131:3:3:128:128:0.977099:63:65:2:1:63:65:2:1 chr4 1737062 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.943;QD=57.202;RBI=0.013173;REFB=0;REVB=0.011092;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76813e-05;OID=.;OPOS=1737062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr4 1739592 . A G 519.46 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00966279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=59.367;RBI=0.0429147;REFB=0;REVB=-0.0418127;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235656;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 1741740 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.609;QD=53.2764;RBI=0.0529342;REFB=0;REVB=-0.00359444;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237729;OID=.;OPOS=1741740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chr4 1807894 . G A 224.03 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8685;QD=42.673;RBI=0.0226163;REFB=-0.0978794;REVB=-0.00335411;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.50251;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00952256;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:10:9:0:0:10:9:1:1 chr4 1809127 . CGT C,TGC 795.01 PASS AF=0.910714,0.0892857;AO=39,12;DP=62;FAO=51,5;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=48,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622794,-0.0309087;FXX=0.12498;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=75.6728,55.3376;QD=56.7867;RBI=0.0800215,0.0430737;REFB=0,0;REVB=0.0502465,-0.03;RO=0;SAF=3,2;SAR=36,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0158676,0.0475265;OID=.,.;OPOS=1809128,1809127;OREF=GT,CGT;OALT=-,TGC;OMAPALT=C,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:62:56:0:0:39,12:51,5:0.910714,0.0892857:36,10:3,2:0:0:48,3:3,2:0:0 chr4 1815990 . G A 306.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.293;QD=53.3156;RBI=0.0238192;REFB=0;REVB=0.0178738;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115609;OID=.;OPOS=1815990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:12:9:0:0:14:9:0:0 chr4 1818594 . C T 1262.63 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1916;QD=60.8497;RBI=0.025483;REFB=0;REVB=0.00692068;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19843e-05;OID=.;OPOS=1818594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:42:36:0:0:43:40:0:0 chr4 1954945 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.063;QD=59.6792;RBI=0.0294648;REFB=0;REVB=0.000858542;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105043;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr4 2160894 . C T 468.26 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239361;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.777;QD=53.5152;RBI=0.0364288;REFB=0.0239771;REVB=-0.0274613;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118058;STB=0.506325;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.00240844;OID=.;OPOS=2160894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:2:2:33:33:0.942857:20:13:1:1:20:13:1:1 chr4 2175733 . A G 1469.94 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324919;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7595;QD=59.9975;RBI=0.0343903;REFB=0;REVB=0.011268;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136962;OID=.;OPOS=2175733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr4 2176454 . G A 351.97 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.165;QD=54.1498;RBI=0.0675698;REFB=0;REVB=-0.0604484;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68605e-05;OID=.;OPOS=2176454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr4 2181080 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.097;QD=56.1857;RBI=0.00174746;REFB=0;REVB=0.000590641;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14847e-05;OID=.;OPOS=2181080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr4 2194946 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.679;QD=48.7373;RBI=0.0272328;REFB=0;REVB=-0.0262868;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218617;OID=.;OPOS=2194946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr4 2194953 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.728;QD=50.4115;RBI=0.012965;REFB=0;REVB=0.000791185;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04012e-05;OID=.;OPOS=2194953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr4 2195024 . T G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.64;QD=57.6754;RBI=0.0261819;REFB=0;REVB=0.0119298;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48439e-05;OID=.;OPOS=2195024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr4 2251854 . T G 460.59 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00529477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.886;QD=23.9269;RBI=0.00640585;REFB=-0.0352836;REVB=-0.00360558;RO=32;SAF=32;SAR=12;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00821057;STB=0.516122;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0237945;OID=.;OPOS=2251854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:12:32:23:9:12:32:23:10 chr4 2252174 . G C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.172;QD=40.7536;RBI=0.147955;REFB=0;REVB=0.0402771;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366708;OID=.;OPOS=2252174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 2341194 . T C 907.88 PASS AF=0.585714;AO=82;DP=139;FAO=82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0196144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.535;QD=25.9395;RBI=0.0198526;REFB=0.0153874;REVB=-0.00306611;RO=56;SAF=29;SAR=53;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154995;STB=0.592263;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00752205;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:56:58:82:82:0.585714:53:29:31:25:53:29:33:25 chr4 2451694 . T C 688.78 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.065;QD=62.6165;RBI=0.0368297;REFB=0;REVB=0.0310164;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85938e-05;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr4 2461888 . A G 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.513;QD=57.5377;RBI=0.121812;REFB=0;REVB=0.121785;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361707;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr4 2743999 . A G 1831.3 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225384;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.81;QD=61.5564;RBI=0.0257277;REFB=0;REVB=-0.0124069;RO=0;SAF=57;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9434e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312406;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:119:119:1:62:57:0:0:62:57:0:0 chr4 2746567 . C T 291.94 PASS AF=0.548387;AO=24;DP=59;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00805118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4021;QD=18.8349;RBI=0.0654079;REFB=-0.0364507;REVB=0.0649105;RO=22;SAF=21;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327861;STB=0.570688;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0702972;OID=.;OPOS=2746567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:22:28:24:34:0.548387:3:21:14:8:8:26:18:10 chr4 2822467 . G T 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0326389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.338;QD=3.93813;RBI=0.0330633;REFB=-0.00169763;REVB=-0.00528009;RO=35;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536917;STB=0.867407;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0341462;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:1:6:14:21:1:6:14:21 chr4 2826400 . T C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2735;QD=60.0305;RBI=0.0562331;REFB=0;REVB=-0.0107225;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378891;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr4 2826472 . G T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00113805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.031;QD=13.0911;RBI=0.0102816;REFB=-0.0135683;REVB=0.0102184;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220785;STB=0.629432;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0150652;OID=.;OPOS=2826472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:12:8:8:5:12:8 chr4 2826912 . C G 154.35 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0142631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.652;QD=10.6449;RBI=0.02803;REFB=-0.0106597;REVB=-0.0241298;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132527;STB=0.572368;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0123467;OID=.;OPOS=2826912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:38:20:20:0.344828:9:11:24:12:9:11:25:13 chr4 2828771 . T G 37.42 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.451;QD=9.97872;RBI=0.0240887;REFB=-0.0360771;REVB=-0.0240887;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0536748;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:9:9:5:6:0.4:5:0:0:9:6:0:0:9 chr4 2831383 . T G 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00781825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8533;QD=16.6274;RBI=0.0759254;REFB=-0.0124593;REVB=-0.0755218;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.649784;STB=0.875221;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00536421;OID=.;OPOS=2831383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:1:12:4:9:1:12:5:9 chr4 2906707 . G T 395.76 PASS AF=0.622951;AO=34;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0102047;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.674;QD=25.9514;RBI=0.0122599;REFB=-0.0312484;REVB=-0.00679481;RO=17;SAF=12;SAR=22;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219075;STB=0.584224;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0177792;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:17:23:34:38:0.622951:22:12:12:5:26:12:12:11 chr4 2916762 . C G 456.61 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0208387;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.25;QD=20.2937;RBI=0.0646284;REFB=-0.0334199;REVB=-0.0611766;RO=43;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124353;STB=0.578053;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0262888;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:43:45:45:45:0.5:23:22:15:28:23:22:15:30 chr4 2928413 . T C 785.66 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.954;QD=64.1355;RBI=0.0322174;REFB=0;REVB=0.0276056;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56406e-05;OID=.;OPOS=2928413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr4 2955284 . T C 303.03 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00651897;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5623;QD=16.3798;RBI=0.011101;REFB=-0.00966297;REVB=0.00898532;RO=39;SAF=18;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178435;STB=0.598482;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.017004;OID=.;OPOS=2955284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:74:39:41:33:33:0.445946:15:18:14:25:15:18:15:26 chr4 3129240 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0261696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.132;QD=5.95778;RBI=0.030744;REFB=-0.0118844;REVB=-0.0161351;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.587933;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0675103;OID=.;OPOS=3129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:8:10:4:2:8:10 chr4 3162056 . C T 291.54 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0184037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9682;QD=19.4362;RBI=0.019449;REFB=0.0108486;REVB=-0.00629038;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390657;STB=0.514276;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.0127973;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:28:29:31:31:0.516667:18:13:13:15:18:13:13:16 chr4 3213832 . G A 370.18 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0149504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.15;QD=30.2191;RBI=0.0176363;REFB=-0.0348182;REVB=0.00935552;RO=17;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234068;STB=0.520995;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0131444;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:18:31:31:0.632653:19:12:6:11:19:12:6:12 chr4 3215835 . T C 234.36 PASS AF=0.469388;AO=19;DP=46;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0129949;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.508;QD=19.1311;RBI=0.0259377;REFB=-0.0410677;REVB=-0.0224477;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184637;STB=0.547488;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0485186;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:27:26:19:23:0.469388:9:10:19:8:9:14:18:8 chr4 3219613 . A C 1677.11 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.068;QD=60.4365;RBI=0.0609228;REFB=0;REVB=0.0524491;RO=0;SAF=51;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115363;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:59:51:0:0:60:51:0:0 chr4 3227419 . A G 560.23 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.000859921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.408;QD=26.0572;RBI=0.0522406;REFB=-0.0485683;REVB=-0.0522335;RO=35;SAF=27;SAR=24;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314843;STB=0.517187;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0372744;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:35:35:51:51:0.593023:24:27:20:15:24:27:20:15 chr4 3234980 . G A 416.97 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0210243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.398;QD=25.2711;RBI=0.0216346;REFB=-0.00267009;REVB=0.00510237;RO=26;SAF=29;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154703;STB=0.585043;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00246759;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:11:29:14:12:11:29:14:12 chr4 3257593 . C T 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.013359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.535;QD=27.6514;RBI=0.0136961;REFB=-0.0243554;REVB=0.00302001;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905624;STB=0.550503;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00970967;OID=.;OPOS=3257593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:14:4:3:6:14:4:3:6 chr4 3263138 . G A 348.88 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00953816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.4;QD=17.665;RBI=0.0147332;REFB=-0.0395045;REVB=0.011229;RO=42;SAF=12;SAR=25;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598222;STB=0.533518;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.049259;OID=.;OPOS=3263138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:25:12:16:26:25:12:16:26 chr4 3318413 . A G 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0194515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.502;QD=18.1167;RBI=0.0204969;REFB=-0.0174409;REVB=-0.00646239;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161894;STB=0.592487;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0139607;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:12:6:10:10:12:6:10:10 chr4 3319553 . C T 290.46 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00830475;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9995;QD=11.8555;RBI=0.0414316;REFB=-0.0394283;REVB=-0.0405907;RO=64;SAF=11;SAR=23;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19076;STB=0.610552;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0893516;OID=.;OPOS=3319553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:64:64:34:34:0.346939:23:11:31:33:23:11:31:33 chr4 3417845 . G C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.221;QD=56.7003;RBI=0.0227756;REFB=0;REVB=0.00487395;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134195;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr4 3446132 . C G 470.09 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.118;QD=56.9804;RBI=0.0570472;REFB=0;REVB=0.05493;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833546;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:18:10:0:0:22:11:0:0 chr4 3446997 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0135032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.198;QD=17.3781;RBI=0.0218115;REFB=-0.0139729;REVB=0.017129;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0100106;OID=.;OPOS=3446997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr4 3475252 . T C 3205.3 PASS AF=1;AO=207;DP=212;FAO=210;FDP=210;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408495;FXX=0.0232547;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.195;QD=61.0533;RBI=0.0418199;REFB=-0.165568;REVB=0.00895645;RO=2;SAF=102;SAR=105;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000132154;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185447;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:210:2:0:207:210:1:105:102:1:1:107:103:0:0 chr4 3502542 . C A 339.96 PASS AF=0.652174;AO=28;DP=43;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0322723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.706;QD=29.5614;RBI=0.032475;REFB=-0.043718;REVB=0.00362261;RO=15;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181413;STB=0.612393;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.015601;OID=.;OPOS=3502542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:15:16:28:30:0.652174:17:11:2:13:17:13:2:14 chr4 3514695 . A G 1283.23 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3186;QD=61.8425;RBI=0.0341595;REFB=0;REVB=-0.0133105;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212992;OID=.;OPOS=3514695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:81:83:1:37:44:0:0:38:45:0:0 chr4 3589689 . C A 286.43 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0144563;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8921;QD=22.0328;RBI=0.0499073;REFB=-0.0545465;REVB=0.0477677;RO=23;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657034;STB=0.536399;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0281651;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:15:14:13:10:15:14:13:10 chr4 3589719 . CA C 213.49 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0551464;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5064;QD=14.2326;RBI=0.107708;REFB=-0.0166355;REVB=-0.0925194;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10005;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.00474314;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516667:31:60:31:60:29:14:17:15:14:99:28:13:18:15:13 chr4 3590683 . T G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00546802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.764;QD=15.0641;RBI=0.00724957;REFB=0.00233826;REVB=-0.00475994;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506801;STB=0.528742;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00307342;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:16:19:16:11:16:19 chr4 3590711 . G T 211.44 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00108674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2702;QD=13.8646;RBI=0.0166253;REFB=-0.0157502;REVB=-0.0165898;RO=36;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622994;STB=0.535591;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0222593;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:14:11:18:18:14:11:18:18 chr4 3590730 . G A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0125555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.52;QD=16.1558;RBI=0.0154395;REFB=-0.00992887;REVB=0.00898538;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00676195;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0119727;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:14:18:15:12:14:18 chr4 3590817 . T C 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0265447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.468;QD=19.3682;RBI=0.0343912;REFB=-0.0329185;REVB=0.0218664;RO=7;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272569;STB=0.651938;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0270979;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:2:8:7:0:2:8:7:0 chr4 3590823 . GACACACACACACACACAC GACACACACACACAC,GACACACACACACACACAG 139.05 PASS AF=0.75,0.25;AO=9,3;DP=15;FAO=9,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215658,0.063953;FXX=0.199867;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=142.878,68.3432;QD=46.3497;RBI=0.0711341,0.106297;REFB=0,0;REVB=0.0677862,-0.0849057;RO=0;SAF=8,3;SAR=1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00975242,0.0251303;OID=.,.;OPOS=3590824,3590841;OREF=ACAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=GACACACACACACAC,GACACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:9,3:15:9,3:12:0:8,3:1,0:0:0:18:0:8,3:1,0:0:0 chr4 3590878 . C T 340.74 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0199608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.044;QD=20.9688;RBI=0.0499873;REFB=-0.0312449;REVB=0.045829;RO=30;SAF=26;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103267;STB=0.505718;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0262652;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:9:26:22:8:9:26:22:8 chr4 3590911 . A C 527.13 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00155148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0509;QD=19.1682;RBI=0.00175488;REFB=-0.0120712;REVB=0.000820053;RO=55;SAF=30;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116979;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:25:30:30:25:25:30:30:25 chr4 3591015 . A C 595.21 PASS AF=0.35533;AO=70;DP=200;FAO=70;FDP=197;FR=.;FRO=127;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=53;FSRR=74;FWDB=-0.0399941;FXX=0.0149993;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.9668;QD=12.0855;RBI=0.042378;REFB=-0.00615279;REVB=-0.014013;RO=111;SAF=28;SAR=42;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162427;STB=0.511576;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0114672;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:197:111:127:70:70:0.35533:42:28:46:65:42:28:53:74 chr4 3591049 . C T 490.41 PASS AF=0.36747;AO=62;DP=162;FAO=61;FDP=166;FR=.;FRO=105;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=64;FWDB=-0.0334224;FXX=0.00598767;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.5914;QD=11.817;RBI=0.0482665;REFB=-0.00718966;REVB=0.0348223;RO=99;SAF=18;SAR=44;SRF=38;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116001;STB=0.624503;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.010036;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:166:99:105:62:61:0.36747:44:18:38:61:47:14:41:64 chr4 3591069 . C T 431.42 PASS AF=0.354167;AO=51;DP=144;FAO=51;FDP=144;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.0246686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.801;QD=11.9838;RBI=0.0304659;REFB=-0.00756508;REVB=-0.0178782;RO=79;SAF=15;SAR=36;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373028;STB=0.55313;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.010299;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:79:93:51:51:0.354167:36:15:21:58:36:15:34:59 chr4 4199634 . A T 1184.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.303;QD=60.7682;RBI=0.0247168;REFB=0;REVB=-0.00584329;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87093e-05;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr4 4204299 . T C 767.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.615;QD=56.8837;RBI=0.0211613;REFB=0;REVB=-0.00750865;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013347;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:30:21:0:0:30:24:0:0 chr4 4237495 . A G 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0485617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.048;QD=5.2585;RBI=0.0560058;REFB=-0.000791412;REVB=0.0279;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327471;STB=0.7184;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0095716;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:7:2:17:19:7:2:17:19 chr4 4237511 . C T 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000641596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.119;QD=6.02717;RBI=0.0405373;REFB=-0.00633551;REVB=-0.0405322;RO=31;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269722;STB=0.67699;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0264526;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:7:2:13:18:7:2:13:18 chr4 4239587 . G T 45.63 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0138599;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1708;QD=2.17266;RBI=0.0224857;REFB=0.00145939;REVB=0.0177063;RO=72;SAF=5;SAR=5;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167825;STB=0.523762;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=-0.00692412;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:84:72:74:10:10:0.119048:5:5:37:35:5:5:39:35 chr4 4249297 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.985;QD=59.4355;RBI=0.0435266;REFB=0;REVB=0.0411075;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389378;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 4249300 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00977549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8646;QD=59.4301;RBI=0.019407;REFB=0;REVB=0.0167652;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530105;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 4249909 . C T 224.14 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0303708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.49;QD=42.6942;RBI=0.112745;REFB=0.00478465;REVB=0.108577;RO=2;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00283816;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:11:8:1:1:11:8:1:1 chr4 4275394 . CA C,CT 94.37 PASS AF=0.576923,0;AO=11,2;DP=26;FAO=15,0;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=14,0;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00675368,-0.0182477;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.7054,99.9559;QD=14.5185;RBI=0.124355,0.0182808;REFB=-0.171998,-0.0235996;REVB=0.124172,-0.00109978;RO=11;SAF=1,0;SAR=10,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.589522,-0.622114;STB=0.860922,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,snp;VARB=0.131864,0;OID=.,.;OPOS=4275395,4275395;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923,0:11,2:26:15,0:26:11:1,0:14,0:7:4:62:11:1,0:10,2:7:4 chr4 4276132 . T C 723.18 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.004;QD=54.5795;RBI=0.0719255;REFB=-0.110358;REVB=0.0367166;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00101516;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:1:0:23:29:1:0 chr4 4304337 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.652;QD=35.5759;RBI=0.0365076;REFB=0;REVB=-0.0109593;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544907;OID=.;OPOS=4304337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr4 4304605 . G A 294.73 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227462;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.86;QD=53.5873;RBI=0.0255775;REFB=0;REVB=0.011697;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114688;OID=.;OPOS=4304605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr4 4322570 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5207;QD=59.8294;RBI=0.058109;REFB=0;REVB=-0.0577277;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000955684;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr4 4322665 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00061727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.664;QD=64.1518;RBI=0.0517095;REFB=0;REVB=-0.0517058;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000205122;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 4322770 . T C 605.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.084;QD=60.5528;RBI=0.0430496;REFB=0;REVB=0.042967;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434888;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr4 4420337 . A G 574.28 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0121322;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9367;QD=31.4673;RBI=0.0194644;REFB=0.00558417;REVB=-0.0152208;RO=23;SAF=16;SAR=34;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184663;STB=0.509996;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00193507;OID=.;OPOS=4420337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:23:23:50:50:0.684932:34:16:8:15:34:16:8:15 chr4 4425329 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00897749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.268;QD=15.6998;RBI=0.0548662;REFB=0.00242737;REVB=-0.0541267;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313285;STB=0.677217;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00958323;OID=.;OPOS=4425329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:3:16:8:7:3:16 chr4 5016882 . C T 346.94 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.032663;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.274;QD=19.8248;RBI=0.0388005;REFB=-0.0315767;REVB=-0.020943;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126733;STB=0.570262;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0469275;OID=.;OPOS=5016882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:17:19:13:21:17:19:13:21 chr4 5448429 . A G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00378679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.641;QD=13.7532;RBI=0.0258107;REFB=-0.0148315;REVB=-0.0255314;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820866;STB=0.585254;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0183392;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:23:15:15:0.394737:7:8:9:11:7:8:9:14 chr4 5469810 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0173888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.095;QD=6.52647;RBI=0.05746;REFB=-0.0107217;REVB=-0.0547657;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856982;STB=0.555391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0196751;OID=.;OPOS=5469810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:13:7:2:5:13:7 chr4 5570221 . G A 1748.85 PASS AF=0.991453;AO=115;DP=118;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00817151;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.75;QD=59.7899;RBI=0.0117689;REFB=-0.111426;REVB=-0.00846957;RO=1;SAF=82;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00575671;STB=0.502993;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000310287;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:118:117:1:1:115:116:0.991453:33:82:1:0:33:83:1:0 chr4 5624670 . T C 32.49 PASS AF=0.625;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.058636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.344;QD=16.2429;RBI=0.0594875;REFB=0.0220265;REVB=-0.0100286;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190062;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0134564;OID=.;OPOS=5624670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:2:3:5:5:0.625:4:1:1:1:4:1:1:2 chr4 5690902 . T C 374.11 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00196163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.125;QD=31.8388;RBI=0.00667634;REFB=-0.0201581;REVB=0.00638165;RO=16;SAF=21;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790972;STB=0.54335;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0234256;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:10:21:9:7:10:21:9:7 chr4 5733297 . G T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0335478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.37;QD=9.85815;RBI=0.0335503;REFB=-0.0168857;REVB=0.000408807;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152082;STB=0.56918;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0452068;OID=.;OPOS=5733297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:5:8:13:14:5:8:15:14 chr4 5743509 . C T 930.49 PASS AF=0.942857;AO=71;DP=71;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0414507;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.415;QD=53.1711;RBI=0.0585229;REFB=-0.0154443;REVB=0.0413131;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52272;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00037899;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:71:70:0:4:71:66:0.942857:47:24:0:0:42:24:0:4 chr4 5743512 . T C 994.05 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608838;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.706;QD=59.3465;RBI=0.063132;REFB=0;REVB=0.0166973;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161887;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:44:23:0:0:44:23:0:0 chr4 5749904 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6997;QD=51.9165;RBI=0.0425294;REFB=0;REVB=0.0340162;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110448;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr4 5749961 . G C 382.7 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2923;QD=54.6713;RBI=0.0671429;REFB=0;REVB=0.0649323;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0031756;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr4 5755542 . C A 1457.46 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.219;QD=62.0195;RBI=0.0227638;REFB=-0.127658;REVB=0.0155614;RO=1;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012001;STB=0.506328;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000305423;OID=.;OPOS=5755542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:39:54:0:1:39:54:0:1 chr4 5795412 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1303;QD=58.0586;RBI=0.0696295;REFB=0;REVB=0.0176121;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797419;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr4 5800494 . G A 390.82 PASS AF=0.328947;AO=50;DP=149;FAO=50;FDP=152;FR=.;FRO=102;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0175534;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.962;QD=10.2847;RBI=0.0295554;REFB=-0.0111136;REVB=-0.0237782;RO=96;SAF=28;SAR=22;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808296;STB=0.566447;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0248079;OID=.;OPOS=5800494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:96:102:50:50:0.328947:22:28:47:49:22:28:47:55 chr4 5975538 . G A 772.22 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344154;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.458;QD=64.3519;RBI=0.0384505;REFB=0;REVB=0.017147;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157616;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr4 5990110 . C A 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.539;QD=61.0441;RBI=0.0172935;REFB=0;REVB=0.0119341;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63944e-05;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr4 5990339 . G A 538.51 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.027;QD=59.8341;RBI=0.021926;REFB=0;REVB=0.0196986;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37686e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:8:27:0:0:8:28:0:0 chr4 5990551 . G A 223.42 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2937;QD=49.6484;RBI=0.00892172;REFB=0;REVB=-0.00478052;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416289;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr4 5990599 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.66;QD=44.6894;RBI=0.01372;REFB=0;REVB=0.0119688;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349049;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 5990791 . A G 761.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00839996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5738;QD=63.4548;RBI=0.0327146;REFB=0;REVB=0.0316178;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129964;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:15:33:0:0:15:33:0:0 chr4 5991384 . T C 409.81 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.038661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1443;QD=51.2268;RBI=0.0386675;REFB=0.014521;REVB=-0.00071356;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547301;STB=0.555517;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000118143;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:22:8:1:0:22:8:2:0 chr4 5991476 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.42;QD=43.486;RBI=0.0396695;REFB=0;REVB=0.0322207;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914833;OID=.;OPOS=5991476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr4 6055760 . CAGAT C 41.65 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0241902;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.786;QD=2.19191;RBI=0.0267912;REFB=-0.00197743;REVB=-0.0115152;RO=62;SAF=5;SAR=4;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144153;STB=0.606704;STBP=0.586;TYPE=del;VARB=0.0131249;OID=.;OPOS=6055761;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.118421:9:77:9:76:67:5:4:29:38:41:62:5:4:27:35 chr4 6293696 . C G 3323.85 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=108;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.746;QD=62.128;RBI=0.0515147;REFB=0;REVB=0.0039496;RO=0;SAF=108;SAR=104;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97522e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:212:214:1:104:108:0:0:106:108:0:0 chr4 6302507 . T A 130.07 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0245991;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.605;QD=12.3874;RBI=0.0378193;REFB=-0.0202614;REVB=-0.0287261;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236711;STB=0.641765;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0406789;OID=.;OPOS=6302507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:3:12:17:10:3:12:17:10 chr4 6302519 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.6;QD=63.5825;RBI=0.0335311;REFB=0;REVB=0.0150504;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298435;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr4 6302707 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.575;QD=57.203;RBI=0.0423968;REFB=0;REVB=0.0225776;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9632e-05;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr4 6303022 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.394;QD=58.5878;RBI=0.0354412;REFB=0;REVB=-0.0267478;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224041;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr4 6303955 . G A 573.62 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.626;QD=60.3807;RBI=0.00811291;REFB=0;REVB=-0.00421548;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07498e-05;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr4 6304087 . A G 784.93 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.82;QD=57.0856;RBI=0.0454911;REFB=0;REVB=-0.0417614;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62673e-05;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr4 6304242 . T C 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8326;QD=57.1802;RBI=0.0115467;REFB=0;REVB=-0.00390278;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54915e-05;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr4 6304286 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.133;QD=51.9156;RBI=0.0685799;REFB=0;REVB=-0.0350681;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282306;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr4 6304344 . G A 817.55 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.356;QD=57.3722;RBI=0.0270907;REFB=0;REVB=-0.00123377;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18254e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr4 6325086 . G A 957.64 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543363;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.037;QD=58.9317;RBI=0.022894;REFB=0;REVB=0.0222399;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148809;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr4 6382919 . C T 120.02 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0583233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.835;QD=24.0033;RBI=0.0595671;REFB=-0.0183164;REVB=-0.0121091;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134616;STB=0.537134;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00448348;OID=.;OPOS=6382919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:5:8:5:1:5:8:5:2 chr4 6415618 . G A 180.17 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0122322;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.271;QD=17.5776;RBI=0.0122893;REFB=-0.0346846;REVB=-0.00118252;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124079;STB=0.605364;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0245116;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:17:19:0.463415:11:6:10:11:13:6:11:11 chr4 6594947 . A C 838.13 PASS AF=0.967742;AO=55;DP=57;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00944806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4182;QD=54.073;RBI=0.0103478;REFB=0.0431591;REVB=-0.00422029;RO=2;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0229328;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:62:2:2:55:60:0.967742:30:25:1:1:30:30:1:1 chr4 6600012 . A G 2177.61 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.954;QD=63.119;RBI=0.0731749;REFB=0;REVB=0.0275172;RO=0;SAF=56;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17686e-05;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:81:56:0:0:81:57:0:0 chr4 6606864 . A G 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.795;QD=55.6387;RBI=0.0293328;REFB=0;REVB=0.0245003;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69245e-05;OID=.;OPOS=6606864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr4 6619165 . A G 422.62 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.229;QD=54.5309;RBI=0.082182;REFB=0;REVB=0.00327925;RO=2;SAF=19;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000746617;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:2:0:29:31:1:10:19:2:0:10:21:0:0 chr4 6619204 . G A 399.73 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.856;QD=53.297;RBI=0.0406567;REFB=-0.0692797;REVB=-0.0122701;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00282357;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:15:13:1:0:15:14:1:0 chr4 6698667 . T C 920.29 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00470492;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.513;QD=54.9429;RBI=0.055638;REFB=-0.0113242;REVB=0.0554387;RO=2;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304465;STB=0.51562;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000960451;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:64:65:0.970149:30:34:0:2:31:34:0:2 chr4 6698706 . A C 1120.87 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00886013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6363;QD=58.993;RBI=0.0131844;REFB=-0.0736324;REVB=-0.00976358;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000357385;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:43:32:0:0:43:32:1:0 chr4 6718775 . G T 679.62 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.193;QD=60.4106;RBI=0.017067;REFB=0;REVB=0.00967922;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201505;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:41:45:1:25:16:0:0:27:18:0:0 chr4 6719092 . TAGTC T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281194;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=309.996;QD=45.8068;RBI=0.0284203;REFB=0;REVB=0.00412427;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000101399;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:5:9:0:0:4:0:5:9:0:0 chr4 6884329 . T C 621.18 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00529539;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=137.548;QD=55.2157;RBI=0.0212824;REFB=-0.145475;REVB=0.0206131;RO=3;SAF=14;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105992;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:28:14:1:2:28:14:1:2 chr4 6884352 . GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC 254.9 PASS AF=0.589744,0;AO=20,2;DP=40;FAO=23,0;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=2,0;FSAR=21,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0241918,-0.00138302;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=98.6552,132.008;QD=26.1436;RBI=0.0262929,0.056862;REFB=-0.0627801,0.0070455;REVB=0.0102992,-0.0568452;RO=15;SAF=2,0;SAR=18,2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263671,-0.462547;STB=0.656084,0.5;STBP=0.109,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0342607,0;OID=.,.;OPOS=6884353,6884374;OREF=GT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,GGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589744,0:20,2:40:23,0:39:16:2,0:21,0:4:12:99:15:2,0:18,2:4:11 chr4 7044357 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6273;QD=33.4276;RBI=0.0387873;REFB=0;REVB=-0.0387873;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691338;OID=.;OPOS=7044357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr4 7057037 . C G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0083049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.137;QD=28.0162;RBI=0.00957639;REFB=-0.0145618;REVB=-0.00476822;RO=20;SAF=10;SAR=20;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135337;STB=0.507458;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00920843;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:20:10:7:13:20:10:7:13 chr4 7057106 . G C 180.58 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0220688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.812;QD=15.7024;RBI=0.02208;REFB=-0.00836946;REVB=-0.00070358;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.610993;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00584973;OID=.;OPOS=7057106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:14:12:12:7:15:12 chr4 7057779 . C T 126.88 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0161068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.865;QD=19.5201;RBI=0.0587741;REFB=-0.015572;REVB=-0.056524;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256667;STB=0.646839;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0189524;OID=.;OPOS=7057779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:7:5:10:4:7:5 chr4 7114091 . C T 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136095;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.755;QD=54.5646;RBI=0.0159626;REFB=0;REVB=0.00834187;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37159e-05;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr4 7398094 . C G 551.22 PASS AF=0.528302;AO=56;DP=107;FAO=56;FDP=106;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00615053;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7253;QD=20.8009;RBI=0.00615117;REFB=-0.0200886;REVB=-8.91515e-05;RO=49;SAF=32;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104316;STB=0.552827;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0177626;OID=.;OPOS=7398094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:49:50:56:56:0.528302:24:32:22:27:24:32:23:27 chr4 7435379 . A G 964.33 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0516576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2416;QD=55.9034;RBI=0.0643932;REFB=0.035364;REVB=-0.0384444;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.502443;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00514445;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:28:39:1:0:28:39:1:1 chr4 7436486 . C A 863.45 PASS AF=0.604651;AO=72;DP=124;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0728936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.388;QD=26.7735;RBI=0.0729932;REFB=-0.0152712;REVB=0.00381287;RO=51;SAF=38;SAR=34;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103006;STB=0.557655;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0100418;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:129:51:51:72:78:0.604651:34:38:20:31:36:42:20:31 chr4 7461826 . C CCCA 448.25 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343201;FXX=0.0605877;HRUN=3;LEN=3;MLLD=252.897;QD=57.8386;RBI=0.0370982;REFB=0;REVB=0.0140856;RO=7;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.44788e-05;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:36:31:31:0:15:16:0:0:4:7:14:15:6:1 chr4 7584358 . G A 307.15 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00182805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.948;QD=28.5721;RBI=0.0305759;REFB=-0.0175747;REVB=-0.0305212;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342074;STB=0.526296;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0108303;OID=.;OPOS=7584358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:26:27:0.627907:15:11:6:10:15:12:6:10 chr4 7655855 . C T 1608.0 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00454341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9372;QD=59.0093;RBI=0.0435017;REFB=-0.0116969;REVB=0.0432638;RO=1;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111669;STB=0.505881;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000386654;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:42:66:0:1:42:66:0:1 chr4 7684544 . C T 559.54 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0189404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.142;QD=31.5233;RBI=0.0213739;REFB=-0.0142177;REVB=-0.00990482;RO=22;SAF=23;SAR=26;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347448;STB=0.518789;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00521883;OID=.;OPOS=7684544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:22:22:49:49:0.690141:26:23:9:13:26:23:9:13 chr4 7714490 . T C 958.55 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9999;QD=57.2271;RBI=0.024464;REFB=0.0302291;REVB=-0.00224712;RO=1;SAF=15;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304518;STB=0.516124;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000552958;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:51:15:1:0:51:15:1:0 chr4 7716061 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0138534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.143;QD=22.1885;RBI=0.0139227;REFB=-0.0320754;REVB=-0.00138701;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503607;STB=0.528274;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0191749;OID=.;OPOS=7716061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:7:11:14:7:7:11 chr4 7716932 . T C 802.25 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.314;QD=57.3033;RBI=0.0588943;REFB=0;REVB=0.0540261;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129066;OID=.;OPOS=7716932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:31:20:0:0:36:20:0:0 chr4 7761211 . C T 150.36 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000371753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8998;QD=9.85951;RBI=0.025541;REFB=-0.00412102;REVB=-0.0255383;RO=40;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147059;STB=0.579678;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0198149;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:41:20:20:0.327869:13:7:19:21:13:7:19:22 chr4 7761286 . T C 177.47 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0422982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0119;QD=14.487;RBI=0.0448001;REFB=-0.00932116;REVB=-0.0147618;RO=30;SAF=3;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433451;STB=0.755599;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.011414;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:16:3:15:15:16:3:15:15 chr4 7765495 . G T 449.38 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0117467;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.218;QD=21.1474;RBI=0.0219127;REFB=-0.0251376;REVB=0.0184981;RO=41;SAF=21;SAR=23;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517017;STB=0.528581;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0214017;OID=.;OPOS=7765495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:23:21:22:19:23:21:22:19 chr4 7770723 . G T 1069.22 PASS AF=0.634483;AO=90;DP=142;FAO=92;FDP=145;FR=.;FRO=53;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0576343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.721;QD=29.4958;RBI=0.0602988;REFB=-0.0201889;REVB=0.0177267;RO=50;SAF=40;SAR=50;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297796;STB=0.515295;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.011608;OID=.;OPOS=7770723;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:50:53:90:92:0.634483:50:40:22:28:50:42:22:31 chr4 7774610 . C T 830.66 PASS AF=0.539474;AO=82;DP=152;FAO=82;FDP=152;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=47;FSRR=23;FWDB=0.0491394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0167;QD=21.8595;RBI=0.0513679;REFB=-0.0232066;REVB=0.0149662;RO=70;SAF=44;SAR=38;SRF=47;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115414;STB=0.562994;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0239294;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:70:70:82:82:0.539474:38:44:47:23:38:44:47:23 chr4 7783163 . G A 279.36 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0423687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.43;QD=18.9394;RBI=0.0424903;REFB=-0.0414735;REVB=0.00321285;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195097;STB=0.608431;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0363844;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:9:20:14:16:9:20 chr4 7783286 . G A 299.72 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00854391;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.785;QD=18.7324;RBI=0.0177824;REFB=0.00266266;REVB=0.0155954;RO=32;SAF=9;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242739;STB=0.636081;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00749235;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:23:9:17:15:23:9:17:15 chr4 7941901 . A C 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0119148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.932;QD=29.0929;RBI=0.0225188;REFB=-0.0417006;REVB=0.0191084;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205596;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0223564;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:13:11:6:7:13:11:6:7 chr4 8031471 . A G 1264.74 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.27;QD=61.6947;RBI=0.0166505;REFB=0;REVB=-0.0166192;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10387e-05;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr4 8062689 . TG CA 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000104375;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=211.163;QD=63.583;RBI=0.0234277;REFB=0;REVB=-0.0234274;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.87032e-05;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr4 8108315 . C T 190.24 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0180488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.887;QD=21.7411;RBI=0.0279274;REFB=0.00377588;REVB=0.0213115;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167198;STB=0.59313;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0017363;OID=.;OPOS=8108315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:13:3:7:12:13:3 chr4 8207083 . A G 785.16 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.865;QD=64.0946;RBI=0.0407029;REFB=0;REVB=-0.0224283;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37182e-05;OID=.;OPOS=8207083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr4 8228731 . T C 1502.6 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.354;QD=59.5088;RBI=0.186966;REFB=0;REVB=0.0151918;RO=0;SAF=32;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491698;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:101:0:0:95:101:1:63:32:0:0:63:38:0:0 chr4 8228894 . T C 1140.42 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137708;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.58;QD=60.8223;RBI=0.0406149;REFB=0;REVB=0.038209;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78953e-05;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr4 8229218 . A G 1324.29 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204421;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.273;QD=62.3196;RBI=0.0310274;REFB=0;REVB=-0.0233413;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61e-06;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:48:35:0:0:49:36:0:0 chr4 8229326 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.188;QD=51.9167;RBI=0.0317057;REFB=0;REVB=-0.0257588;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161241;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr4 8229713 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.22;QD=24.3281;RBI=0.0122564;REFB=0.0557931;REVB=0.0122564;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0115974;OID=.;OPOS=8229713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chr4 8230070 . T C 191.65 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569467;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.038;QD=47.9127;RBI=0.11404;REFB=0;REVB=0.113897;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248924;OID=.;OPOS=8230070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:15:16:1:7:8:0:0:8:8:0:0 chr4 8230235 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0139637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.323;QD=15.2589;RBI=0.0283908;REFB=-0.00406051;REVB=0.0247194;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477234;STB=0.788535;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00304012;OID=.;OPOS=8230235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:2:4:1:6:2:4 chr4 8242466 . A G 1733.99 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.879;QD=59.7929;RBI=0.0297818;REFB=0;REVB=0.0208882;RO=0;SAF=53;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326215;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:116:0:0:112:116:1:59:53:0:0:62:54:0:0 chr4 8407707 . GT G 43.96 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0763508;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.6753;QD=4.50909;RBI=0.154796;REFB=-0.08081;REVB=-0.134656;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365339;STB=0.636186;STBP=0.18;TYPE=del;VARB=0.10163;OID=.;OPOS=8407708;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:14:39:15:39:24:6:9:15:9:43:22:4:10:14:8 chr4 8454639 . A G 142.49 PASS AF=0.327869;AO=18;DP=59;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00806495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.032;QD=9.34326;RBI=0.0176289;REFB=-0.0255122;REVB=-0.015676;RO=41;SAF=13;SAR=5;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206319;STB=0.602044;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0456432;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:41:41:18:20:0.327869:5:13:23:18:6:14:23:18 chr4 8594574 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.199;QD=35.5756;RBI=0.112974;REFB=0;REVB=0.0992999;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417364;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr4 8602884 . T C 654.78 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121135;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7254;QD=62.3596;RBI=0.0299016;REFB=0;REVB=-0.0298771;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000636142;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr4 8602935 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.52;QD=56.9372;RBI=0.0255634;REFB=0;REVB=0.00179088;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139636;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr4 8616096 . T C 847.01 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7476;QD=54.6457;RBI=0.0485471;REFB=-0.0321728;REVB=-0.0392178;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00209554;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:62:1:1:58:61:0.983871:30:28:0:1:33:28:0:1 chr4 8616179 . T C 1134.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0954;QD=60.5312;RBI=0.0604656;REFB=0;REVB=0.0603921;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286175;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr4 8620153 . C T 279.15 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0754642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.357;QD=48.5469;RBI=0.0754642;REFB=-0.0184584;REVB=-7.83532e-05;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000996811;OID=.;OPOS=8620153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:20:22:0.956522:13:7:1:0:14:8:1:0 chr4 8621194 . A G 636.38 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.492;QD=60.6074;RBI=0.0234067;REFB=0;REVB=0.023282;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230118;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr4 8951816 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.517;QD=43.4859;RBI=0.00956777;REFB=0;REVB=-0.0030538;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06357e-05;OID=.;OPOS=8951816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr4 9370690 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1448;QD=23.2183;RBI=0.0284568;REFB=-0.0418384;REVB=-0.0284568;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00829299;OID=.;OPOS=9370690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr4 9388888 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.407;QD=40.7629;RBI=0.00322932;REFB=0;REVB=0.000375506;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84391e-05;OID=.;OPOS=9388888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr4 9446324 . CAG ACA,CA,CAA 930.31 PASS AF=0,0.924242,0.0757576;AO=3,49,10;DP=65;FAO=0,61,5;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,32,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167666,0.0185098,0.0194503;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=254.494,276.022,263.453;QD=56.3822;RBI=0.0226873,0.0282709,0.0233128;REFB=0,0,0;REVB=0.0152839,0.0213688,0.0128521;RO=0;SAF=0,25,3;SAR=3,24,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.000568441,-0.025819;OID=.,.,.;OPOS=9446324,9446326,9446326;OREF=CAG,G,G;OALT=ACA,-,A;OMAPALT=ACA,CA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:65:66:0:0:3,49,10:0,61,5:0,0.924242,0.0757576:3,24,7:0,25,3:0:0:0,32,5:0,29,0:0:0 chr4 9784631 . C T 662.19 PASS AF=0.9;AO=51;DP=59;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0458022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.532;QD=44.1458;RBI=0.0458655;REFB=-0.155637;REVB=-0.00240939;RO=4;SAF=26;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00133983;STB=0.513055;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00228122;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:60:4:6:51:54:0.9:25:26:2:2:25:29:4:2 chr4 9785134 . T C 690.26 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.957;QD=61.3565;RBI=0.0329601;REFB=0;REVB=0.0163571;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189439;OID=.;OPOS=9785134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:16:28:0:0:16:29:0:0 chr4 9785265 . G T 310.31 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00809218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.106;QD=35.4638;RBI=0.0218939;REFB=-0.00954998;REVB=-0.0203435;RO=9;SAF=7;SAR=19;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375985;STB=0.520532;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00291283;OID=.;OPOS=9785265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:19:7:3:6:19:7:3:6 chr4 9909923 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0373542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.431;QD=16.9316;RBI=0.0378829;REFB=-0.00250094;REVB=0.00630662;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405775;STB=0.742721;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000829535;OID=.;OPOS=9909923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:11:1:4:8:11:1:4:8 chr4 9922130 . C T 844.36 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9886;QD=57.2446;RBI=0.0797136;REFB=0;REVB=0.0454086;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107715;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:23:34:0:0:23:36:0:0 chr4 9982330 . A G 465.05 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3991;QD=58.1311;RBI=0.0212968;REFB=0;REVB=-0.0184428;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5854e-05;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr4 9987324 . G A 784.75 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2736;QD=62.7796;RBI=0.0222704;REFB=0;REVB=-0.0197793;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22661e-05;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr4 9998493 . A G 1054.07 PASS AF=0.925;AO=74;DP=80;FAO=74;FDP=80;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0296388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.83;QD=52.7037;RBI=0.0371903;REFB=-0.0750574;REVB=0.0224646;RO=6;SAF=40;SAR=34;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179949;STB=0.509534;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00374449;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:80:80:6:6:74:74:0.925:34:40:4:2:34:40:4:2 chr4 10090178 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.095;QD=58.6004;RBI=0.0176086;REFB=0;REVB=0.017565;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09643e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr4 10099340 . T C 919.31 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.085;QD=58.3685;RBI=0.0495535;REFB=0;REVB=0.0396278;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5536e-05;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr4 10446385 . C T 500.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.025;QD=58.8572;RBI=0.0313293;REFB=0;REVB=0.0239683;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15091e-05;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr4 10446906 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.065;QD=49.5967;RBI=0.0392417;REFB=0;REVB=0.0194437;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034071;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr4 10447985 . AT AA,A 539.86 PASS AF=0,1;AO=3,32;DP=36;FAO=0,38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158029,-0.125122;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.0087,25.8485;QD=56.8274;RBI=0.158066,0.125154;REFB=0,0;REVB=-0.00342542,0.00281926;RO=0;SAF=2,8;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0182316,-0.00374773;OID=.,.;OPOS=10447986,10447986;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,32:36:0,38:38:0:0,11:0,27:0:0:4:0:2,8:1,24:0:0 chr4 10502937 . T G 655.87 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7627;QD=61.0107;RBI=0.0182329;REFB=0;REVB=-0.0177021;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82055e-05;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr4 13530604 . T C 183.87 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0350334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0264;QD=17.5117;RBI=0.0370004;REFB=-0.00612137;REVB=-0.0119033;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032624;STB=0.519979;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00160033;OID=.;OPOS=13530604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:23:19:19:0.452381:6:13:15:6:6:13:15:8 chr4 13545792 . G C,T 265.57 PASS AF=0.190476,0.809524;AO=4,17;DP=21;FAO=4,17;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104734,0.00202756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.7911,111.474;QD=50.5847;RBI=0.0225819,0.0605774;REFB=0,0;REVB=-0.0200063,0.0605434;RO=0;SAF=1,5;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0597035,-0.0134136;OID=.,.;OPOS=13545792,13545792;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:21:21:0:0:4,17:4,17:0.190476,0.809524:3,12:1,5:0:0:3,12:1,5:0:0 chr4 13548796 . T G 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1014;QD=61.3291;RBI=0.0395047;REFB=0;REVB=-0.0170197;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0006102;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 13606576 . A T 885.54 PASS AF=0.868421;AO=66;DP=77;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00893515;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4422;QD=46.6073;RBI=0.00995491;REFB=-0.00160383;REVB=-0.004389;RO=8;SAF=31;SAR=35;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570042;STB=0.503999;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00129964;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:76:8:10:66:66:0.868421:35:31:6:2:35:31:5:5 chr4 13615899 . C CT 30.52 PASS AF=0.3;AO=11;DP=32;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0555713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.7775;QD=4.06972;RBI=0.104141;REFB=-0.0601718;REVB=0.0880751;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180561;STB=0.559859;STBP=0.745;TYPE=ins;VARB=0.105997;OID=.;OPOS=13615900;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:11:32:9:30:21:7:2:15:6:30:20:9:2:14:6 chr4 15003721 . A G 129.77 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0082116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1311;QD=12.977;RBI=0.00875157;REFB=-0.0159797;REVB=0.00302649;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200212;STB=0.620525;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0228099;OID=.;OPOS=15003721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:25:14:15:0.375:9:5:13:11:10:5:13:12 chr4 15063830 . T C 593.52 PASS AF=0.455882;AO=62;DP=136;FAO=62;FDP=136;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0557381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.723;QD=17.4563;RBI=0.0557383;REFB=-0.0163251;REVB=0.000128325;RO=72;SAF=24;SAR=38;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410959;STB=0.52068;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0201275;OID=.;OPOS=15063830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:72:74:62:62:0.455882:38:24:25:47:38:24:26:48 chr4 15067856 . CCT CC,C,TCC 728.01 PASS AF=0.943089,0,0.0569106;AO=30,18,7;DP=133;FAO=116,0,7;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=61,0,0;FSAR=55,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.544271,0.240838,0.0382845;FXX=0.0390594;HRUN=7,3,3;LEN=1,2,3;MLLD=8.07305,12.5868,171.331;QD=23.6752;RBI=0.605863,0.246876,0.0599787;REFB=0.070242,0.0380719,-0.000364956;REVB=0.266156,-0.0542667,-0.0461708;RO=61;SAF=21,2,0;SAR=9,16,7;SRF=36;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.139807,-0.609148,-0.656248;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.03637,0,0.0120197;OID=.,.,.;OPOS=15067858,15067857,15067856;OREF=T,CT,CCT;OALT=-,-,TCC;OMAPALT=CC,C,TCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:19:133:123:61:0:30,18,7:116,0,7:0.943089,0,0.0569106:9,16,7:21,2,0:36:25:55,0,7:61,0,0:0:0 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 87.7 PASS AF=0.205479;AO=12;DP=74;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0119195;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=9;MLLD=246.035;QD=4.80535;RBI=0.051227;REFB=-0.0179722;REVB=-0.049821;RO=58;SAF=9;SAR=3;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392612;STB=0.696174;STBP=0.111;TYPE=ins;VARB=0.0395202;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205479:12:74:15:73:58:10:5:24:34:87:58:9:3:25:33 chr4 15095629 . G A 143.54 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00775921;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.2;QD=6.75473;RBI=0.0324548;REFB=-0.0115659;REVB=-0.0315136;RO=63;SAF=13;SAR=8;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340759;STB=0.708908;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0206545;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:63:64:21:21:0.247059:8:13:21:42:8:13:21:43 chr4 15516389 . C T 1904.15 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0606384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3125;QD=59.9732;RBI=0.0645231;REFB=-0.158457;REVB=-0.0220503;RO=1;SAF=43;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00575977;STB=0.502717;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00199321;OID=.;OPOS=15516389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:127:127:1:2:125:125:0.984252:82:43:0:1:82:43:1:1 chr4 15559012 . A G 72.57 PASS AF=0.159091;AO=13;DP=86;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=0.0100966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9576;QD=3.29863;RBI=0.0267745;REFB=-0.00144665;REVB=0.0247978;RO=73;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280294;STB=0.658887;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0102657;OID=.;OPOS=15559012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:86:88:73:74:13:14:0.159091:6:7:23:50:7:7:23:51 chr4 15642417 . T C 336.99 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0365612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9659;QD=24.9619;RBI=0.0480562;REFB=-0.0412645;REVB=0.0311877;RO=21;SAF=12;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488853;STB=0.526865;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0259993;OID=.;OPOS=15642417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:21:12:9:12:21:12:9:12 chr4 15689928 . G A 267.34 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.309;QD=50.9209;RBI=0.0259209;REFB=0;REVB=-0.00559294;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239243;OID=.;OPOS=15689928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:18:21:1:8:10:0:0:8:13:0:0 chr4 15709252 . G A 365.03 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0142288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.281;QD=23.9361;RBI=0.0143104;REFB=0.00278443;REVB=0.0015254;RO=23;SAF=11;SAR=25;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157712;STB=0.553045;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.00139283;OID=.;OPOS=15709252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:25:36:36:0.590164:25:11:3:20:25:11:5:20 chr4 15713446 . C T 257.71 PASS AF=0.676471;AO=25;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0128766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4938;QD=30.3185;RBI=0.0578872;REFB=-0.029195;REVB=-0.0564368;RO=9;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122447;STB=0.548549;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.013347;OID=.;OPOS=15713446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:9:11:25:23:0.676471:8:17:8:1:7:16:9:2 chr4 15724487 . T G 387.83 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00378216;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.097;QD=18.468;RBI=0.00440551;REFB=-0.0099936;REVB=-0.00225915;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487277;STB=0.532242;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0126213;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:44:40:40:0.47619:15:25:27:13:15:25:30:14 chr4 15733454 . A C 430.18 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-8.81711e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.106;QD=22.641;RBI=0.0169179;REFB=-0.0288506;REVB=-0.0169177;RO=34;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104339;STB=0.505744;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0192712;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:24:18:15:19:24:18:15:19 chr4 15739390 . T G 202.07 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0119997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.002;QD=21.2702;RBI=0.0328567;REFB=0.00315564;REVB=0.0305871;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704129;STB=0.52629;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00174136;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:9:10:8:10:10:10:8:10 chr4 15835844 . A C 470.28 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00826483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.3;QD=26.1267;RBI=0.0245034;REFB=-0.0239113;REVB=0.0230675;RO=27;SAF=25;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060966;STB=0.540694;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0130111;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:27:28:44:44:0.611111:19:25:13:14:19:25:13:15 chr4 15937731 . T C 476.45 PASS AF=0.657143;AO=43;DP=66;FAO=46;FDP=70;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.025592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.4165;QD=27.2258;RBI=0.0325461;REFB=0.00597658;REVB=-0.0201072;RO=23;SAF=24;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514966;STB=0.530405;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00162703;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:23:24:43:46:0.657143:19:24:11:12:19:27:12:12 chr4 15964501 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8793;QD=51.1829;RBI=0.0482656;REFB=0;REVB=-0.000481927;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135994;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 15964573 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.497;QD=57.6781;RBI=0.0140371;REFB=0;REVB=-0.0114122;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50673e-05;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr4 15964670 . C T 71.82 PASS AF=0.25;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0184619;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.592;QD=7.18192;RBI=0.0184938;REFB=-0.00861433;REVB=-0.00108525;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928416;STB=0.52901;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.025653;OID=.;OPOS=15964670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:41:40:27:30:10:10:0.25:7:3:10:17:7:3:10:20 chr4 15964763 . C T 233.87 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0305327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.372;QD=32.2578;RBI=0.0359148;REFB=-0.00281452;REVB=0.0189109;RO=8;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188979;STB=0.604291;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0011435;OID=.;OPOS=15964763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:6:15:3:5:6:15:3:5 chr4 15964826 . AAG A,AA 80.4 PASS AF=0.5,0;AO=10,3;DP=30;FAO=15,0;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00131857,-0.0414394;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=19.5292,10.4304;QD=10.72;RBI=0.0669089,0.0934653;REFB=-0.0731084,-0.0894027;REVB=-0.0668959,-0.0837767;RO=13;SAF=3,2;SAR=7,1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.54766,-0.432083;STB=0.723124,0.5;STBP=0.022,1;TYPE=del,del;VARB=0.0818449,0.0753543;OID=.,.;OPOS=15964827,15964828;OREF=AG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:10,3:30:15,0:30:15:5,0:10,0:12:3:69:13:3,2:7,1:12:1 chr4 16164193 . T TTA 195.86 PASS AF=0.393443;AO=21;DP=63;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00502364;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=2;MLLD=260.667;QD=12.843;RBI=0.013441;REFB=-0.00113511;REVB=-0.0124669;RO=40;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135812;STB=0.533488;STBP=0.658;TYPE=ins;VARB=0.00184639;OID=.;OPOS=16164194;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393443:21:63:24:61:37:13:11:18:19:99:40:13:8:20:20 chr4 16198378 . A G 140.56 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0221353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.886;QD=31.2347;RBI=0.0258943;REFB=-0.0268205;REVB=0.0134365;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.555477;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00989774;OID=.;OPOS=16198378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:3:1:7:7:3:1 chr4 16504764 . T A,TA 33.31 PASS AF=0,0.46875;AO=4,10;DP=36;FAO=0,15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00914765,-0.0556691;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=252.251,7.07714;QD=4.16359;RBI=0.0135817,0.0700034;REFB=-0.00214784,-0.100202;REVB=0.0100391,-0.0424432;RO=19;SAF=2,5;SAR=2,5;SRF=2;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.517495,0.448402;STB=0.5,0.625378;STBP=1,0.225;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0690938;OID=.,.;OPOS=16504764,16504765;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:36:32:19:17:4,10:0,15:0,0.46875:2,5:2,5:2:17:0,8:0,7:4:13 chr4 16675898 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000624017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.295;QD=11.0198;RBI=0.0257145;REFB=-0.0259134;REVB=-0.0257069;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0422178;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr4 17488286 . T G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0258254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.585;QD=19.3698;RBI=0.0259063;REFB=-0.0201756;REVB=0.00204584;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383022;STB=0.521712;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0181891;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:10:6:5:10:10:6:5:10 chr4 17503382 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0168275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.522;QD=8.73754;RBI=0.0357027;REFB=-0.0161826;REVB=0.0314884;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326396;STB=0.519957;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0282981;OID=.;OPOS=17503382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:1:8:18:2:1:8:18:2 chr4 17511595 . A T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00514427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.892;QD=11.9184;RBI=0.0427069;REFB=-0.0148032;REVB=0.0423959;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318742;STB=0.689164;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0237371;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:7:2:4:3:7:2 chr4 17517099 . A G 239.22 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2502;QD=50.3618;RBI=0.0571882;REFB=0;REVB=-0.0570008;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00173981;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr4 17524570 . C G 285.9 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0495477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.444;QD=29.323;RBI=0.0500834;REFB=-0.0728592;REVB=-0.00730532;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131742;STB=0.572539;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0198109;OID=.;OPOS=17524570;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:5:9:11:14:5:9 chr4 17586703 . T C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0110302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.049;QD=12.1432;RBI=0.0111441;REFB=-0.0126162;REVB=0.00158945;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303978;STB=0.666496;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0194881;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:12:7:21:11:12:7:21:12 chr4 17627294 . A G 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00105095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.462;QD=16.728;RBI=0.00105596;REFB=-0.027404;REVB=0.000102766;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119416;STB=0.568183;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0184512;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:13:6:7:9:13:6 chr4 17627332 . T C 93.74 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00810386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=304.172;QD=12.0955;RBI=0.0155984;REFB=-0.0215872;REVB=0.013328;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1059;STB=0.516748;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0403294;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:31:31:13:18:9:11:0.354839:2:7:11:2:4:7:11:7 chr4 17634213 . A G 749.71 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4067;QD=63.8053;RBI=0.146889;REFB=0;REVB=0.140038;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260808;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:24:18:0:0:29:18:0:0 chr4 17643848 . G A 45.81 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0517605;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8292;QD=20.3599;RBI=0.091763;REFB=-0.13669;REVB=0.0757714;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.713603;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.124824;OID=.;OPOS=17643848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:1:3:6:6:0.666667:4:2:1:0:4:2:3:0 chr4 17660082 . C T 227.0 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0437441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3303;QD=13.5524;RBI=0.0612574;REFB=-0.032918;REVB=-0.0428826;RO=40;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138948;STB=0.579486;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0400183;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:10:17:20:20:10:17:20:20 chr4 17694943 . A G 157.72 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0318095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2094;QD=15.0209;RBI=0.0601537;REFB=-0.0418869;REVB=-0.0510551;RO=25;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21537;STB=0.644998;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0537156;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:24:17:18:0.428571:6:11:11:14:6:12:10:14 chr4 17711076 . T C 512.94 PASS AF=0.383648;AO=61;DP=159;FAO=61;FDP=159;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=54;FWDB=-0.0306752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.321;QD=12.9041;RBI=0.0309712;REFB=-0.0145638;REVB=-0.00427132;RO=98;SAF=22;SAR=39;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100742;STB=0.557124;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0215798;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:98:98:61:61:0.383648:39:22:44:54:39:22:44:54 chr4 17818885 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.778;QD=56.9561;RBI=0.0581029;REFB=0;REVB=0.0494937;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259983;OID=.;OPOS=17818885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:24:28:0:0 chr4 20492415 . CTG CTT,TCT 222.99 PASS AF=0.5,0;AO=17,2;DP=46;FAO=23,0;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10,0;FSAR=13,0;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0104415,0.0114977;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=182.555,171.856;QD=19.3907;RBI=0.0217191,0.0156715;REFB=-0.0245464,-0.0277349;REVB=0.0190446,0.0106488;RO=21;SAF=7,1;SAR=10,1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.079434,0.167057;STB=0.567458,0.5;STBP=0.397,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0251626,0;OID=.,.;OPOS=20492417,20492415;OREF=G,CTG;OALT=T,TCT;OMAPALT=CTT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:17,2:23,0:0.5,0:10,1:7,1:7:14:13,0:10,0:7:16 chr4 20520993 . T C 538.85 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220708;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8066;QD=56.7214;RBI=0.0751568;REFB=0;REVB=0.071843;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192618;OID=.;OPOS=20520993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:1:0:33:38:1:18:15:0:1:22:16:0:0 chr4 20621987 . G A 338.08 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0022267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.744;QD=28.7726;RBI=0.00310011;REFB=-0.00677709;REVB=-0.00215696;RO=15;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314528;STB=0.506603;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.004998;OID=.;OPOS=20621987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:18:29:29:0.617021:15:14:8:7:15:14:9:9 chr4 20622009 . C T 290.71 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0426791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4697;QD=21.5339;RBI=0.0427628;REFB=-0.0640166;REVB=-0.00267505;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372975;STB=0.511425;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0457115;OID=.;OPOS=20622009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:20:23:31:31:0.574074:17:14:8:12:17:14:11:12 chr4 21950259 . A G 3439.67 PASS AF=1;AO=211;DP=211;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.085;QD=61.6982;RBI=0.0496103;REFB=0;REVB=0.0460956;RO=0;SAF=84;SAR=127;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197333;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:211:223:0:0:211:223:1:127:84:0:0:139:84:0:0 chr4 22390167 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0409113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9716;QD=20.0175;RBI=0.0417489;REFB=0.00291143;REVB=-0.00832052;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939211;STB=0.541619;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.00524032;OID=.;OPOS=22390167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:12:6:7:9:12:6:7:10 chr4 22416195 . C G 113.42 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0190724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6658;QD=10.5511;RBI=0.0332878;REFB=-0.0147548;REVB=0.0272823;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243458;STB=0.511611;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0454678;OID=.;OPOS=22416195;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:13:14:0.325581:7:6:14:15:7:7:14:15 chr4 22425877 . A G 521.53 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0342937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.535;QD=23.4393;RBI=0.0515342;REFB=-0.0416127;REVB=-0.0384671;RO=40;SAF=19;SAR=30;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134933;STB=0.574199;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0401772;OID=.;OPOS=22425877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:40:49:49:0.550562:30:19:22:18:30:19:22:18 chr4 22444335 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.005688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.57;QD=9.91655;RBI=0.00686749;REFB=-0.0241275;REVB=-0.00384825;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0542116;OID=.;OPOS=22444335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr4 22444692 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00293152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.299;QD=44.6898;RBI=0.0182826;REFB=0;REVB=0.0180461;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157155;OID=.;OPOS=22444692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr4 22820504 . A T 364.17 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0218209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.742;QD=21.1115;RBI=0.0253155;REFB=-0.00915966;REVB=-0.0128344;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161642;STB=0.607115;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0095345;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:32:37:37:0.536232:18:19:9:20:18:19:9:23 chr4 23815522 . C T 887.59 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.477;QD=56.3548;RBI=0.0586316;REFB=-0.00437782;REVB=0.0221664;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=8.53673e-05;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:0:1:62:62:0.984127:37:25:0:0:37:25:1:0 chr4 23815662 . C T 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.319;QD=58.2345;RBI=0.00406486;REFB=0;REVB=0.00327175;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38956e-05;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr4 23815924 . T C 1135.45 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.395;QD=60.5572;RBI=0.0154398;REFB=0;REVB=-0.00399072;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69138e-05;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:36:38:0:0:36:39:0:0 chr4 23886323 . G T 67.9 PASS AF=0.2;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0109556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.692;QD=5.4319;RBI=0.0201913;REFB=-0.0140487;REVB=-0.0169607;RO=38;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127205;STB=0.588311;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0472368;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:48:50:38:40:10:10:0.2:3:7:23:15:3:7:24:16 chr4 24578097 . C T 306.68 PASS AF=0.345133;AO=39;DP=113;FAO=39;FDP=113;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.012624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.674;QD=10.8557;RBI=0.0334406;REFB=-0.0166252;REVB=-0.0309663;RO=74;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333901;STB=0.519221;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0386688;OID=.;OPOS=24578097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:74:74:39:39:0.345133:21:18:32:42:21:18:32:42 chr4 24801315 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.46;QD=47.8215;RBI=0.150472;REFB=0;REVB=0.115937;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00492332;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr4 24801949 . C T 105.5 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0697386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6643;QD=32.4615;RBI=0.102415;REFB=-0.131758;REVB=0.0750024;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.562391;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0193125;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:13:13:1:2:11:11:0.846154:4:7:1:0:4:7:2:0 chr4 24801976 . T C 508.36 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0153513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.988;QD=56.4844;RBI=0.0394322;REFB=-0.0233586;REVB=0.0363213;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00136175;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr4 24802323 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.904;QD=56.7064;RBI=0.0454951;REFB=0;REVB=0.0431185;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015971;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr4 25001439 . T C 1390.33 PASS AF=0.970874;AO=97;DP=102;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00141977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3804;QD=53.9932;RBI=0.0442587;REFB=-0.172463;REVB=0.0442359;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.513041;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00864317;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:103:0:3:97:100:0.970874:54:43:0:0:56:44:0:3 chr4 25005193 . G A 984.05 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201334;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.081;QD=58.749;RBI=0.020379;REFB=0;REVB=0.00315423;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162993;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:22:44:0:0:23:44:0:0 chr4 25032135 . C T 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.0085446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.449;QD=21.3987;RBI=0.0530413;REFB=-0.0149835;REVB=0.0523485;RO=28;SAF=22;SAR=12;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278443;STB=0.651509;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0121042;OID=.;OPOS=25032135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:12:22:26:2:12:22:26:2 chr4 25363901 . T A 112.74 PASS AF=0.24;AO=17;DP=75;FAO=18;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0366109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7461;QD=6.01269;RBI=0.0600518;REFB=0.00809638;REVB=0.047601;RO=58;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110614;STB=0.545261;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0145631;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:57:17:18:0.24:11:6:20:38:11:7:19:38 chr4 25678199 . A G 711.95 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020915;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.374;QD=63.2842;RBI=0.0247329;REFB=0;REVB=-0.0132016;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692593;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:17:26:0:0:17:28:0:0 chr4 25749303 . C A 277.08 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.892;QD=50.3783;RBI=0.0290556;REFB=0;REVB=0.0287184;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291511;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:16:6:0:0 chr4 25759334 . C G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00286268;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.519;QD=17.4015;RBI=0.0140367;REFB=-0.0199777;REVB=0.0137417;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022492;OID=.;OPOS=25759334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:7:6:6:7:7:6 chr4 25915648 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00245697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.757;QD=18.6439;RBI=0.00679755;REFB=-0.0129357;REVB=-0.00633799;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165626;STB=0.595095;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0139622;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:6:7:10:4:6:7 chr4 25915858 . C A 275.98 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0158275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.977;QD=13.3;RBI=0.0356452;REFB=-0.0157381;REVB=0.0319385;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071939;STB=0.569788;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0228737;OID=.;OPOS=25915858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:51:32:32:0.385542:11:21:26:18:11:21:28:23 chr4 26274274 . T A 310.15 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00239752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.84;QD=21.3899;RBI=0.0152081;REFB=-0.00871929;REVB=0.0150179;RO=26;SAF=18;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197117;STB=0.51091;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0173995;OID=.;OPOS=26274274;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:14:18:14:12:14:18:14:12 chr4 26417136 . T C 907.33 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3259;QD=55.8357;RBI=0.0651447;REFB=-0.156885;REVB=0.0528204;RO=1;SAF=18;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255025;STB=0.512191;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00628892;OID=.;OPOS=26417136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:44:18:1:0:44:20:1:0 chr4 26585881 . C T 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00937068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.104;QD=17.6712;RBI=0.014462;REFB=-0.0140487;REVB=-0.0110154;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854921;STB=0.547795;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0302152;OID=.;OPOS=26585881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:16:14:12:20:16:14:12:20 chr4 26586850 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00587292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.501;QD=13.6308;RBI=0.0178243;REFB=-0.00707698;REVB=-0.016829;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200579;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0143017;OID=.;OPOS=26586850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:4:5:6:2:4:5 chr4 26673761 . T A 846.35 PASS AF=0.714286;AO=61;DP=104;FAO=75;FDP=105;FR=.;FRO=30;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0158282;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=32.9534;QD=32.2421;RBI=0.0173919;REFB=-0.0245032;REVB=0.00720733;RO=9;SAF=31;SAR=30;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651829;STB=0.511424;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0280641;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:9:30:61:75:0.714286:30:31:7:2:38:37:16:14 chr4 26673787 . A G,T 1908.14 PASS AF=0.946565,0.0305344;AO=122,5;DP=133;FAO=124,4;FDP=131;FR=.;FRO=3;FSAF=54,0;FSAR=70,4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0764328,0.00541716;FXX=0.0150365;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.362,63.8946;QD=58.2637;RBI=0.0767453,0.0172862;REFB=-0.11101,-0.148989;REVB=0.00691956,-0.0164154;RO=1;SAF=54,0;SAR=68,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00693544,0;STB=0.505545,0.996413;STBP=0.473,0.065;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000123485,0.219926;OID=.,.;OPOS=26673787,26673787;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:133:131:1:3:122,5:124,4:0.946565,0.0305344:68,5:54,0:0:1:70,4:54,0:2:1 chr4 27004011 . G A 593.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000817367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2337;QD=60.8761;RBI=0.00315242;REFB=0;REVB=0.00304462;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08025e-05;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr4 28712912 . C G 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0228109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.245;QD=14.6481;RBI=0.0429157;REFB=-0.00461034;REVB=-0.0363513;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00560958;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr4 28712968 . A G 79.97 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0135199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2003;QD=7.27021;RBI=0.0153668;REFB=-0.00586842;REVB=-0.00730432;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367502;STB=0.522971;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.039824;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:5:6:19:14:5:6:19:14 chr4 30724579 . GC G,GT 341.51 PASS AF=0.974359,0;AO=28,2;DP=42;FAO=38,0;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=36,0;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.132467,-0.0296116;FXX=0.0714116;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.2157,27.1954;QD=35.0267;RBI=0.196502,0.22418;REFB=-0.0393492,0.0148113;REVB=-0.145139,-0.222216;RO=3;SAF=28,0;SAR=0,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.74993;STB=0.506846,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0155926,0;OID=.,.;OPOS=30724580,30724580;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974359,0:28,2:42:38,0:39:1:36,0:2,0:1:0:6:3:28,0:0,2:3:0 chr4 30725987 . G A 89.1 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0211398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.214;QD=7.27378;RBI=0.0221495;REFB=-0.00806647;REVB=-0.0066114;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117146;STB=0.573256;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0265268;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:7:5:19:18:7:5:19:18 chr4 31146018 . A G 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0276927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.674;QD=4.63039;RBI=0.0278597;REFB=0.000579762;REVB=-0.00304611;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245612;STB=0.666112;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00710152;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:13:11:4:2:13:11 chr4 31147272 . A C 157.96 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0202893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=139.656;QD=12.1504;RBI=0.0271526;REFB=0.00828668;REVB=-0.0180446;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370945;STB=0.521627;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0124372;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:18:15:8:11:18:15 chr4 34967868 . G T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.518;QD=52.6103;RBI=0.0320373;REFB=0;REVB=0.0311831;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511773;OID=.;OPOS=34967868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 36081878 . C T 556.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.804;QD=60.1767;RBI=0.0340396;REFB=0;REVB=0.00771328;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150188;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr4 36179498 . AT AA,A 42.05 PASS AF=0,0.285714;AO=2,8;DP=40;FAO=0,12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.133086,0.100822;FXX=0.0232504;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=16.8741,11.388;QD=4.00488;RBI=0.13376,0.252691;REFB=-0.0591068,-0.0300725;REVB=0.0134113,0.231706;RO=25;SAF=0,4;SAR=2,4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.490704,-0.0235792;STB=0.5,0.52377;STBP=1,0.859;TYPE=snp,del;VARB=0,0.108739;OID=.,.;OPOS=36179499,36179499;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.285714:2,8:40:0,12:42:30:0,6:0,6:16:14:41:25:0,4:2,4:13:12 chr4 36212049 . C A 91.39 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0529557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.318;QD=5.14899;RBI=0.100995;REFB=-0.0100586;REVB=-0.0859983;RO=56;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189728;STB=0.619953;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0356948;OID=.;OPOS=36212049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:71:71:56:56:15:15:0.211268:9:6:31:25:9:6:31:25 chr4 36216114 . A T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00176171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.99;QD=24.4133;RBI=0.00717934;REFB=-0.00533059;REVB=0.00695983;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144298;STB=0.581253;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00260113;OID=.;OPOS=36216114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:4:1:5:6:4:1 chr4 36258197 . T C 2389.7 PASS AF=1;AO=157;DP=160;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134462;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0196;QD=60.1182;RBI=0.0284959;REFB=-0.073115;REVB=0.025124;RO=2;SAF=98;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539715;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:160:159:2:0:157:159:1:59:98:0:2:61:98:0:0 chr4 36292018 . T A 650.59 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.517;QD=61.9612;RBI=0.0492317;REFB=0;REVB=0.0484033;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328677;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr4 37327583 . A C 191.31 PASS AF=0.72;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0214549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.392;QD=30.6092;RBI=0.0551032;REFB=-0.0562796;REVB=0.0507547;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202028;STB=0.599893;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0131512;OID=.;OPOS=37327583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:7:7:17:18:0.72:8:9:1:6:9:9:1:6 chr4 37435524 . C T 199.67 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00456619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.109;QD=30.7178;RBI=0.0074514;REFB=-0.0173029;REVB=0.0058884;RO=5;SAF=12;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141339;STB=0.631417;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00238183;OID=.;OPOS=37435524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:5:7:17:17:0.653846:5:12:2:3:5:12:2:5 chr4 37592250 . T C 82.36 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0216971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.235;QD=19.3783;RBI=0.0671682;REFB=-0.0112206;REVB=0.0635673;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214117;STB=0.624724;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0120186;OID=.;OPOS=37592250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:3:4:8:2:3:4 chr4 37592498 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00161867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.085;QD=30.7904;RBI=0.0361112;REFB=-0.0179382;REVB=0.0360749;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00254745;OID=.;OPOS=37592498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:1:0:1:7:1:0 chr4 37593173 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0219233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.953;QD=7.799;RBI=0.0296515;REFB=-0.0356743;REVB=-0.0199644;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166071;STB=0.586017;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0536707;OID=.;OPOS=37593173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:22:23:9:9:0.28125:4:5:9:13:4:5:10:13 chr4 37612486 . T A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.921;QD=47.8221;RBI=0.0148223;REFB=0;REVB=0.000812935;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164916;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr4 37836302 . T C 950.76 PASS AF=0.677686;AO=82;DP=121;FAO=82;FDP=121;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0222542;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.9153;QD=31.4301;RBI=0.0264714;REFB=-0.0143263;REVB=0.0143349;RO=39;SAF=36;SAR=46;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752253;STB=0.540509;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00986904;OID=.;OPOS=37836302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:39:39:82:82:0.677686:46:36:22:17:46:36:22:17 chr4 37851856 . A C 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00985336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.499;QD=27.8849;RBI=0.0226372;REFB=-0.0239568;REVB=-0.0203802;RO=18;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186704;STB=0.510198;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0105395;OID=.;OPOS=37851856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:16:18:9:9:16:18:9:9 chr4 37903756 . T C 205.83 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0615529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4408;QD=25.7284;RBI=0.0851785;REFB=-0.0303733;REVB=-0.0588781;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145395;STB=0.580665;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0155882;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:12:12:20:20:0.625:9:11:4:8:9:11:4:8 chr4 37904082 . T C 143.59 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00149969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7265;QD=33.7865;RBI=0.0360753;REFB=-0.0269148;REVB=0.0360441;RO=3;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111875;STB=0.562403;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00354717;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:12:2:1:2:12:2:1:2 chr4 37904089 . C T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0108995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.603;QD=32.3683;RBI=0.0113573;REFB=-0.00364481;REVB=-0.00319198;RO=3;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105798;STB=0.559223;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00119165;OID=.;OPOS=37904089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:11:2:1:2:11:2:1:2 chr4 37962186 . G C 344.71 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262956;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7132;QD=55.1535;RBI=0.0589374;REFB=0;REVB=0.0527462;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451716;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr4 38139024 . C T 73.42 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0250601;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.21;QD=8.15787;RBI=0.0254098;REFB=-0.0195607;REVB=0.00420136;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730335;STB=0.545363;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0520964;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:38:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:14:12:4:6:14:12 chr4 38258908 . G T 190.44 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0967315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6797;QD=30.4709;RBI=0.0976744;REFB=-0.00846292;REVB=-0.0135387;RO=7;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166128;STB=0.591825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00811997;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:7:11:2:5:7:11:2:5 chr4 38259004 . C CG 86.26 PASS AF=0.833333;AO=2;DP=14;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00155657;FXX=0.076864;HRUN=0;LEN=1;MLLD=83.9007;QD=28.7528;RBI=0.0888373;REFB=0.0308752;REVB=-0.0888237;RO=10;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612877;STB=0.599799;STBP=0.215;TYPE=ins;VARB=-0.000916585;OID=.;OPOS=38259005;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:2:14:10:12:2:6:4:0:2:11:10:2:0:4:6 chr4 38259005 . T G 67.43 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0286385;FXX=0.142755;HRUN=8;LEN=1;MLLD=99.7909;QD=22.4774;RBI=0.0785684;REFB=-0.0339567;REVB=-0.073163;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144485;STB=0.58313;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00747899;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:13:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:1:3:4:4:1:3 chr4 38259310 . T C 278.31 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0682788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.749;QD=35.9113;RBI=0.0697373;REFB=-0.00221932;REVB=-0.0141881;RO=7;SAF=17;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663458;STB=0.536247;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00101544;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:7:17:4:3:7:17:4:3 chr4 38628725 . C T 34.86 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0505056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6022;QD=4.97949;RBI=0.0509589;REFB=-0.0199004;REVB=-0.00678179;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22433;STB=0.633691;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.145887;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:28:28:21:22:6:6:0.214286:4:2:11:10:4:2:11:11 chr4 38698773 . A G 115.42 PASS AF=0.227848;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00160295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.456;QD=5.84409;RBI=0.0132305;REFB=0.000206859;REVB=-0.013133;RO=61;SAF=13;SAR=5;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201556;STB=0.626601;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000861988;OID=.;OPOS=38698773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:61:61:18:18:0.227848:5:13:35:26:5:13:35:26 chr4 38702437 . A G 221.22 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.823;QD=49.1593;RBI=0.0910578;REFB=0;REVB=0.0170536;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189012;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:12:6:0:0 chr4 38776070 . C T 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0369163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.786;QD=26.8467;RBI=0.0744059;REFB=-0.0373816;REVB=-0.0646021;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143879;STB=0.580534;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0139019;OID=.;OPOS=38776070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:4:3:10:5:4:3 chr4 38798648 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.898;QD=58.1421;RBI=0.0291611;REFB=0;REVB=0.0244694;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155877;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr4 38798935 . C T 35.73 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0748721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.508;QD=5.9548;RBI=0.0757626;REFB=-0.000472086;REVB=-0.0115815;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161893;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00170698;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:8:9:4:2:9:9 chr4 38799710 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0201522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4762;QD=10.0338;RBI=0.0719247;REFB=-0.00498276;REVB=-0.0690439;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00135876;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:6:1:3:2:6:1 chr4 38830011 . G GC 262.95 PASS AF=1;AO=6;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0808171;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.299;QD=40.4533;RBI=0.0965678;REFB=0;REVB=-0.0528577;RO=22;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0128762;OID=.;OPOS=38830012;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:28:26:26:0:15:11:0:0:4:22:6:0:11:11 chr4 38830012 . G C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0133166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.383;QD=34.4523;RBI=0.0133347;REFB=-0.0105644;REVB=0.000694383;RO=6;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228528;STB=0.62488;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00256505;OID=.;OPOS=38830012;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:11:9:6:0:11:9:6:0 chr4 38830350 . A G 472.33 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0638327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1082;QD=55.5677;RBI=0.0784264;REFB=-0.0822289;REVB=0.045564;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00455297;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:1:0:14:19:1:0 chr4 38930848 . G C 412.64 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00296827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0576;QD=31.7414;RBI=0.0349256;REFB=-0.0260994;REVB=-0.0347993;RO=15;SAF=16;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541727;STB=0.529396;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00829652;OID=.;OPOS=38930848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:21:16:8:7:21:16:8:7 chr4 38937372 . T C 214.22 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0277741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6547;QD=45.0982;RBI=0.0378276;REFB=-0.0488385;REVB=0.0256812;RO=1;SAF=12;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367456;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0387152;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:6:12:1:0:6:12:1:0 chr4 38995374 . T C 1264.71 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.817;QD=61.6933;RBI=0.0523607;REFB=0;REVB=0.0269846;RO=0;SAF=52;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151882;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:30:52:0:0:30:52:0:0 chr4 39094738 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0347377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.661;QD=5.83286;RBI=0.0510445;REFB=-0.0120016;REVB=-0.037401;RO=41;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111782;STB=0.571303;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0419838;OID=.;OPOS=39094738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:6:5:15:26:6:5:15:26 chr4 39207318 . A G 283.02 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0579042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.162;QD=29.7915;RBI=0.0935878;REFB=-0.0409685;REVB=0.073524;RO=12;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113109;STB=0.588159;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.014412;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:13:25:25:0.657895:20:5:4:8:20:5:5:8 chr4 39216221 . C T 462.41 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00877473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.953;QD=27.2003;RBI=0.0719761;REFB=-0.0363779;REVB=-0.0714392;RO=25;SAF=17;SAR=26;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250804;STB=0.513663;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0147764;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:26:17:9:16:26:17:9:16 chr4 39299266 . A G 188.73 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9425;QD=44.4079;RBI=0.165771;REFB=-0.0880847;REVB=0.165763;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0330724;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:10:7:0:0 chr4 39303925 . A G 126.02 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0202357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.798;QD=6.46276;RBI=0.0215887;REFB=-0.00265375;REVB=-0.00752255;RO=59;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04979;STB=0.530638;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00875488;OID=.;OPOS=39303925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:59:59:19:19:0.24359:12:7:24:35:12:7:24:35 chr4 39448542 . C G 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0102371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.133;QD=30.8214;RBI=0.0139118;REFB=-0.00201371;REVB=-0.00942022;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308588;STB=0.517213;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.000415317;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:1:2:7:5:1:2 chr4 39458051 . A G 324.2 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0280334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1851;QD=41.8326;RBI=0.0520634;REFB=-0.000322784;REVB=0.0438717;RO=5;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124821;STB=0.503814;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000386556;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:25:26:0.83871:14:11:2:3:15:11:2:3 chr4 39459724 . T C 399.94 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00129777;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.181;QD=23.185;RBI=0.0120157;REFB=-0.000905199;REVB=0.0119454;RO=28;SAF=23;SAR=16;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420933;STB=0.510324;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000675482;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:28:30:39:39:0.565217:16:23:15:13:16:23:17:13 chr4 39512347 . T C 117.07 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0106223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.632;QD=6.16156;RBI=0.0107322;REFB=-0.00609296;REVB=0.00153176;RO=58;SAF=9;SAR=9;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106744;STB=0.565718;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0257663;OID=.;OPOS=39512347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:9:9:34:24:9:9:34:24 chr4 39553705 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.102306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.035;QD=6.78765;RBI=0.103169;REFB=-0.00887595;REVB=-0.0133123;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172077;STB=0.60948;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0329049;OID=.;OPOS=39553705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:11:12:3:5:11:12 chr4 39711721 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0257304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.142;QD=12.396;RBI=0.0710272;REFB=-0.0299556;REVB=0.0662028;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0237167;OID=.;OPOS=39711721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr4 39762821 . CAG C 108.79 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0137119;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.136;QD=25.5973;RBI=0.0321109;REFB=-0.0170218;REVB=-0.0290361;RO=3;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808542;STB=0.611467;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.00667668;OID=.;OPOS=39762822;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:11:16:12:17:5:7:5:1:4:29:3:6:5:1:2 chr4 39921942 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0339301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.384;QD=11.257;RBI=0.0340554;REFB=-0.0141249;REVB=0.00291906;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.666222;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0406388;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:6:6:2:6:6:6 chr4 40045139 . T C 170.51 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0180479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4141;QD=8.97406;RBI=0.0183507;REFB=-0.00637683;REVB=0.00332004;RO=47;SAF=16;SAR=7;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312151;STB=0.649031;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0163794;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:53:23:23:0.302632:7:16:20:27:7:16:26:27 chr4 40121562 . G A 126.18 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00658272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.566;QD=10.9726;RBI=0.0557536;REFB=-0.00782848;REVB=-0.0553636;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23715;STB=0.639825;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0178276;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:8:7:21:10:8:7:21:10 chr4 40138676 . A G 97.87 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0672182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6385;QD=7.11798;RBI=0.0883338;REFB=0.00274166;REVB=0.0573112;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132528;STB=0.58209;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00332906;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:19:22:9:5:19:22 chr4 40155927 . T C 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0106964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.383;QD=9.09789;RBI=0.0108406;REFB=0.00447904;REVB=0.00176192;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.583135;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00745916;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:6:13:7:2:6:13 chr4 40156043 . A G 326.68 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0677227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.853;QD=36.298;RBI=0.069122;REFB=-0.0554445;REVB=0.0138379;RO=8;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144657;STB=0.56544;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0194135;OID=.;OPOS=40156043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:36:8:9:27:27:0.75:16:11:6:2:16:11:6:3 chr4 40246091 . G A 343.05 PASS AF=0.756757;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0215665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.038;QD=37.0863;RBI=0.0232699;REFB=-0.016478;REVB=0.00873934;RO=9;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240273;STB=0.513069;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00484105;OID=.;OPOS=40246091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:9:9:28:28:0.756757:11:17:5:4:11:17:5:4 chr4 40356422 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000437897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.704;QD=46.8478;RBI=0.0205691;REFB=0;REVB=-0.0205644;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303551;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr4 40428010 . T C 61.0 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0256195;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.646;QD=2.93964;RBI=0.02717;REFB=-0.00529554;REVB=-0.009047;RO=69;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811292;STB=0.554128;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0293342;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:83:69:71:12:12:0.144578:6:6:30:39:6:6:31:40 chr4 40438576 . A G 1412.06 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000262599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.571;QD=62.7581;RBI=0.0240432;REFB=0;REVB=0.0240418;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92101e-05;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:39:50:0:0:39:51:0:0 chr4 40440179 . G A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0199499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.756;QD=3.37602;RBI=0.0212623;REFB=-0.00116541;REVB=0.00735444;RO=41;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138244;STB=0.5997;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00794377;OID=.;OPOS=40440179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:5:2:16:25:5:2:16:25 chr4 40440215 . T C 888.38 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.749;QD=56.4049;RBI=0.0347528;REFB=-0.0434369;REVB=0.0170508;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00138118;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:38:23:1:0:39:23:1:0 chr4 40778146 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.84;QD=62.3503;RBI=0.0548227;REFB=0;REVB=0.0542927;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153592;OID=.;OPOS=40778146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr4 40778162 . T G 510.87 PASS AF=0.9;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0526378;FXX=0.0476077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.47;QD=51.0866;RBI=0.0589362;REFB=-0.0980317;REVB=0.0265092;RO=4;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631868;STB=0.533879;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00172628;OID=.;OPOS=40778162;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:40:4:4:36:36:0.9:21:15:3:1:21:15:3:1 chr4 40810663 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0682585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.325;QD=16.1989;RBI=0.0694391;REFB=-0.0440208;REVB=0.0127502;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00904457;OID=.;OPOS=40810663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr4 40810747 . A G 612.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.602;QD=61.295;RBI=0.0196233;REFB=0;REVB=0.013733;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134439;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr4 40811743 . A AATT 65.15 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0183618;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=255.576;QD=23.6916;RBI=0.0226111;REFB=-0.0156115;REVB=0.0131949;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185472;STB=0.608384;STBP=0.397;TYPE=ins;VARB=0.00573263;OID=.;OPOS=40811744;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.727273:8:11:8:11:3:7:1:2:1:13:3:7:1:2:1 chr4 41015823 . G A,T 924.79 PASS AF=0.636364,0.363636;AO=41,24;DP=66;FAO=42,24;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=15,8;FSAR=27,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164122,-0.0152447;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.8956,163.315;QD=56.0481;RBI=0.041485,0.0152515;REFB=0,0;REVB=0.0381004,0.000454007;RO=0;SAF=15,8;SAR=26,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00746087,0.0305787;OID=.,.;OPOS=41015823,41015823;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:66:0:0:41,24:42,24:0.636364,0.363636:26,16:15,8:0:0:27,16:15,8:0:0 chr4 41015899 . C T 905.23 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021682;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.28;QD=58.4018;RBI=0.0192379;REFB=0;REVB=0.0191154;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76129e-05;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:37:25:0:0 chr4 41086681 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0136062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.4352;QD=9.44459;RBI=0.0443749;REFB=0.00133909;REVB=-0.0422375;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141542;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00693968;OID=.;OPOS=41086681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:5:6:0.375:4:1:3:7:4:2:3:7 chr4 41259633 . C A 543.66 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.9828;QD=58.7739;RBI=0.181569;REFB=0;REVB=0.181549;RO=1;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621641;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238371;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:1:0:34:37:1:7:27:0:1:10:27:0:0 chr4 41526503 . C T 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0502401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9645;QD=8.22835;RBI=0.0567756;REFB=-0.00103521;REVB=-0.0264462;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078868;STB=0.548515;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.000668765;OID=.;OPOS=41526503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:6:7:17:19:6:7:17:19 chr4 41673604 . T C 105.46 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=0.00579232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.628;QD=3.90588;RBI=0.00762789;REFB=-0.000393582;REVB=-0.00496324;RO=88;SAF=12;SAR=7;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182103;STB=0.614052;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0030139;OID=.;OPOS=41673604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:88:89:19:19:0.175926:7:12:43:45:7:12:44:45 chr4 41749668 . C T 160.23 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=93;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00853419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.257;QD=6.89144;RBI=0.0161804;REFB=-0.0142105;REVB=-0.0137468;RO=70;SAF=11;SAR=12;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845775;STB=0.50515;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0508732;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:70:70:23:23:0.247312:12:11:33:37:12:11:33:37 chr4 41984118 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.023;QD=56.7063;RBI=0.0400137;REFB=0;REVB=-0.0214357;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76579e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 41985101 . A G 2288.24 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324748;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.683;QD=63.5622;RBI=0.0481446;REFB=0;REVB=0.0355428;RO=0;SAF=70;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06798e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103078;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:0:0:144:144:1:74:70:0:0:74:70:0:0 chr4 41985478 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000894977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.512;QD=57.2025;RBI=0.0325316;REFB=0;REVB=0.0325192;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130464;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr4 41985689 . C T 520.73 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4452;QD=59.5125;RBI=0.17859;REFB=0;REVB=-0.0831287;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155553;OID=.;OPOS=41985689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:29:35:1:24:5:0:0:25:10:0:0 chr4 41986857 . A G 708.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9122;QD=62.9701;RBI=0.0409643;REFB=0;REVB=0.0357032;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408425;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr4 41987892 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00444174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.958;QD=61.336;RBI=0.0388825;REFB=0;REVB=0.038628;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102316;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr4 41988385 . TAC T 444.35 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241476;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.757;QD=57.3358;RBI=0.00295039;REFB=0;REVB=-0.00169522;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.92367e-05;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:31:31:0:16:15:0:0:4:0:15:13:0:0 chr4 41992677 . C G 3074.7 PASS AF=0.972727;AO=208;DP=220;FAO=214;FDP=220;FR=.;FRO=6;FSAF=120;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0930172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4542;QD=55.9036;RBI=0.116586;REFB=-0.223493;REVB=0.0702861;RO=3;SAF=114;SAR=94;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005866;STB=0.515462;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00815215;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:220:220:3:6:208:214:0.972727:94:114:1:2:94:120:0:6 chr4 42003671 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.827;QD=53.9111;RBI=0.017276;REFB=0;REVB=-0.00171997;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76089e-05;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr4 42020142 . A G 767.64 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00588254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5283;QD=62.6645;RBI=0.0392699;REFB=0;REVB=0.0388268;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422933;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:28:20:1:0:28:21:0:0 chr4 42022464 . C A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.784;QD=62.02;RBI=0.026577;REFB=0;REVB=0.0191813;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010649;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr4 42895308 . G A 54.65 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0156139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.812;QD=3.4155;RBI=0.0161336;REFB=-0.00380446;REVB=0.00406192;RO=53;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293427;STB=0.526264;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0199175;OID=.;OPOS=42895308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:53:54:10:10:0.15625:4:6:33:20:4:6:34:20 chr4 44450454 . C T 33.17 PASS AF=0.166667;AO=2;DP=12;FAO=2;FDP=12;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=0;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.153292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.711;QD=11.057;RBI=0.156814;REFB=0.0141812;REVB=-0.0330494;RO=6;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0209427;OID=.;OPOS=44450454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:12:12:6:6:2:2:0.166667:2:0:0:6:2:0:0:6 chr4 44626641 . A G 122.04 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0416885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.08;QD=9.21018;RBI=0.0443167;REFB=-0.0148892;REVB=-0.0150344;RO=37;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1518;STB=0.551385;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0452031;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:37:15:16:0.301887:4:11:23:14:5:11:23:14 chr4 44638025 . TG GA 36.43 PASS AF=0.107143;AO=7;DP=57;FAO=6;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.0825347;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=40.412;QD=2.60206;RBI=0.114424;REFB=-0.0128539;REVB=-0.0792513;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273005;STB=0.651598;STBP=0.532;TYPE=mnp;VARB=0.0812007;OID=.;OPOS=44638025;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:57:56:42:49:7:6:0.107143:6:1:13:29:5:1:14:35 chr4 44652030 . C T 153.63 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0167757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.705;QD=7.22974;RBI=0.102209;REFB=0.00065667;REVB=-0.100823;RO=63;SAF=12;SAR=10;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460036;STB=0.527872;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00255354;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:63:63:22:22:0.258824:10:12:32:31:10:12:32:31 chr4 44682465 . T C 367.93 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0362316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.634;QD=28.8575;RBI=0.0493799;REFB=-0.0353586;REVB=0.0335507;RO=17;SAF=10;SAR=24;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441959;STB=0.524065;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0194984;OID=.;OPOS=44682465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:24:10:4:13:24:10:4:13 chr4 44699484 . T G 199.11 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0190489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.32;QD=27.4641;RBI=0.0273204;REFB=-0.0303272;REVB=-0.0195843;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521149;STB=0.528817;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0296362;OID=.;OPOS=44699484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:10:10:19:19:0.655172:14:5:2:8:14:5:2:8 chr4 44704757 . C T 404.86 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.894;QD=55.8425;RBI=0.0604093;REFB=0;REVB=-0.0110978;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191817;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:19:10:0:0 chr4 44704938 . T A 126.58 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000929955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.525;QD=11.7748;RBI=0.0282505;REFB=-0.00948337;REVB=0.0282352;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399317;STB=0.544832;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0199071;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:28:14:15:0.348837:7:7:15:13:8:7:15:13 chr4 46737122 . GTT G,GT 122.55 PASS AF=0.225,0.325;AO=5,14;DP=40;FAO=9,13;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8,11;FSAR=1,2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0433382,-0.0833071;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.3467,11.7846;QD=12.2554;RBI=0.0550435,0.102638;REFB=-0.0316314,-0.0534937;REVB=-0.033935,-0.0599547;RO=16;SAF=5,12;SAR=0,2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.34715,0.34715;SSSB=0.73563,0.512193;STB=0.823899,0.751109;STBP=0.031,0.035;TYPE=del,del;VARB=0.0108452,0.012564;OID=.,.;OPOS=46737123,46737123;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.225,0.325:5,14:40:9,13:40:18:8,11:1,2:9:9:58:16:5,12:0,2:6:10 chr4 46928746 . A T 72.33 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0260156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.732;QD=8.50937;RBI=0.0267086;REFB=-0.00349588;REVB=-0.0060449;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29854;STB=0.681478;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00765511;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:8:16:4:6:8:16 chr4 46928834 . C T 109.49 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00570057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.871;QD=6.16849;RBI=0.00739838;REFB=-0.00698901;REVB=-0.00471589;RO=50;SAF=8;SAR=9;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132749;STB=0.578163;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0236241;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:50:54:17:17:0.239437:9:8:29:21:9:8:31:23 chr4 46995366 . G T 90.74 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0182618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.921;QD=8.06587;RBI=0.0324665;REFB=-0.00741731;REVB=0.0268436;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926273;STB=0.571306;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0266356;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:8:4:13:19:8:4:14:19 chr4 47034626 . C G 603.85 PASS AF=0.931818;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0098142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.235;QD=54.8955;RBI=0.0633813;REFB=-0.0343327;REVB=0.0626169;RO=3;SAF=14;SAR=27;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115442;STB=0.500616;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00125185;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:44:44:3:3:41:41:0.931818:27:14:1:2:27:14:1:2 chr4 47322190 . T C 400.15 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0305598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7091;QD=53.3527;RBI=0.0357563;REFB=0.0398908;REVB=-0.0185637;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00932799;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr4 47428305 . G A 509.54 PASS AF=0.602564;AO=48;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00433323;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.866;QD=26.1303;RBI=0.0133261;REFB=-0.00751817;REVB=0.0126019;RO=29;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646185;STB=0.561857;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0052575;OID=.;OPOS=47428305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:29:31:48:47:0.602564:26:22:16:13:27:20:18:13 chr4 47560015 . A G 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00651124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.917;QD=27.2645;RBI=0.0162253;REFB=0.00926975;REVB=0.0148615;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475351;STB=0.526292;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00599102;OID=.;OPOS=47560015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:10:12:8:5:10:12:8:5 chr4 47560163 . C A 529.23 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=63;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0171619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.629;QD=33.6017;RBI=0.0183355;REFB=-0.00565747;REVB=0.00645421;RO=17;SAF=29;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533211;STB=0.528798;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00137694;OID=.;OPOS=47560163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:17:46:46:0.730159:17:29:9:8:17:29:9:8 chr4 47584046 . G A 100.42 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.0367463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.407;QD=5.57863;RBI=0.0491008;REFB=-0.0105149;REVB=-0.0325668;RO=55;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316514;STB=0.524661;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0355449;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:55:56:16:16:0.222222:11:5:16:39:11:5:16:40 chr4 47589203 . G A 1054.16 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.04;QD=59.3892;RBI=0.0400103;REFB=0;REVB=0.0282885;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165622;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:45:25:0:0:46:25:0:0 chr4 47667064 . T C 382.34 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00490075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2927;QD=52.7362;RBI=0.138985;REFB=-0.0102816;REVB=0.138899;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227089;STB=0.512187;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00211641;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:1:0:8:20:1:0 chr4 47839929 . C T 698.38 PASS AF=0.76;AO=57;DP=75;FAO=57;FDP=75;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0288022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5222;QD=37.2471;RBI=0.0407682;REFB=-0.0117777;REVB=0.0288527;RO=18;SAF=27;SAR=30;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011786;STB=0.506327;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00453716;OID=.;OPOS=47839929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:18:18:57:57:0.76:30:27:9:9:30:27:9:9 chr4 47887536 . T C 280.97 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00778058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.33;QD=35.1215;RBI=0.0147462;REFB=-0.0231855;REVB=0.0125265;RO=8;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962357;STB=0.552587;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00549272;OID=.;OPOS=47887536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:10:14:3:5:10:14:3:5 chr4 47887991 . G A 697.79 PASS AF=0.662921;AO=59;DP=89;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.01204;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.714;QD=31.3612;RBI=0.0183452;REFB=-0.014618;REVB=-0.0138414;RO=29;SAF=23;SAR=36;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799796;STB=0.538358;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00784146;OID=.;OPOS=47887991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:29:30:59:59:0.662921:36:23:15:14:36:23:15:15 chr4 47901476 . G A 208.71 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00792544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.033;QD=18.1484;RBI=0.0130528;REFB=-0.0134011;REVB=-0.0103713;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799634;STB=0.545411;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0118426;OID=.;OPOS=47901476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:14:11:11:10:14:11 chr4 47945455 . C G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.27;QD=35.572;RBI=0.0388033;REFB=0;REVB=-0.0121363;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655033;OID=.;OPOS=47945455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 48069696 . G C 470.88 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0372488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7333;QD=55.3972;RBI=0.0436648;REFB=-0.0122688;REVB=0.0227848;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000283541;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:1:0:16:17:1:0 chr4 48069725 . G A 369.12 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0134258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.219;QD=47.6278;RBI=0.0391996;REFB=-0.069885;REVB=0.0368288;RO=3;SAF=14;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299205;STB=0.516118;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00283517;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:31:31:3:3:28:28:0.903226:14:14:2:1:14:14:2:1 chr4 48170669 . A G 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.363;QD=54.4971;RBI=0.0310755;REFB=0;REVB=0.0109887;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54616e-05;OID=.;OPOS=48170669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr4 48172266 . G A 328.63 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00483578;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.898;QD=54.7712;RBI=0.0659074;REFB=0;REVB=0.0657298;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662556;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr4 48424839 . T A 590.43 PASS AF=0.666667;AO=51;DP=78;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0463676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9145;QD=30.2784;RBI=0.0609769;REFB=-0.0531073;REVB=0.0396008;RO=26;SAF=19;SAR=32;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702796;STB=0.541386;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0310121;OID=.;OPOS=48424839;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:26:51:52:0.666667:32:19:7:19:32:20:7:19 chr4 48426066 . A T 242.84 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0221256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.335;QD=37.3602;RBI=0.0273455;REFB=-0.0542739;REVB=0.0160697;RO=5;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130694;STB=0.57136;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00227691;OID=.;OPOS=48426066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:12:9:4:1:12:9:4:1 chr4 48582909 . G A 43.08 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0509272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5382;QD=5.2224;RBI=0.0544397;REFB=-0.000881729;REVB=-0.0192381;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.618691;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00409898;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:33:14:26:6:7:0.212121:2:4:4:10:2:5:15:11 chr4 48588742 . C T 417.89 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0157075;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.43;QD=42.8605;RBI=0.0201245;REFB=-0.0224567;REVB=0.0125805;RO=7;SAF=4;SAR=28;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110423;STB=0.559959;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0035062;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:7:7:32:32:0.820513:28:4:2:5:28:4:2:5 chr4 48625213 . C A 302.65 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.413;QD=52.6347;RBI=0.0387391;REFB=0;REVB=0.0116843;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304775;OID=.;OPOS=48625213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:23:0:0:17:23:1:10:7:0:0:14:9:0:0 chr4 48988450 . C A 159.52 PASS AF=0.252747;AO=23;DP=83;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00258009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9399;QD=7.01177;RBI=0.0160532;REFB=-0.0109386;REVB=-0.0158445;RO=60;SAF=8;SAR=15;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281414;STB=0.647043;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0436624;OID=.;OPOS=48988450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:91:60:68:23:23:0.252747:15:8:35:25:15:8:37:31 chr4 49063872 . C A 40.79 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00596552;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.985;QD=3.26282;RBI=0.0102201;REFB=-0.00357357;REVB=0.00829838;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384947;STB=0.774684;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0235164;OID=.;OPOS=49063872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:5:2:26:16:5:2:27:16 chr4 52714354 . A ATTTC,C 251.19 PASS AF=0.647059,0.0294118;AO=17,3;DP=36;FAO=22,1;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=10,1;FSAR=12,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00217292,0.0177106;FXX=0.0285633;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=210.726,99.4871;QD=29.5515;RBI=0.00956936,0.0239467;REFB=-0.00554787,-0.00186078;REVB=-0.00931939,-0.0161176;RO=12;SAF=8,3;SAR=9,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165672,0.725474;STB=0.5,0.990149;STBP=1,0.524;TYPE=ins,snp;VARB=0.00134692,0.0336221;OID=.,.;OPOS=52714355,52714354;OREF=-,A;OALT=TTTC,C;OMAPALT=ATTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:36:34:12:11:17,3:22,1:0.647059,0.0294118:9,0:8,3:3:9:12,0:10,1:5:6 chr4 52752812 . A T 812.03 PASS AF=0.694737;AO=66;DP=93;FAO=66;FDP=95;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0218921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.047;QD=34.1907;RBI=0.0224716;REFB=-0.0387324;REVB=0.00507056;RO=27;SAF=28;SAR=38;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050649;STB=0.524993;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.017491;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:27:29:66:66:0.694737:38:28:9:18:38:28:10:19 chr4 52780048 . G C 634.74 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0339624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.429;QD=27.9008;RBI=0.0343283;REFB=-0.0302281;REVB=-0.00499866;RO=33;SAF=22;SAR=34;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436459;STB=0.514304;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0145161;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:33:35:56:56:0.615385:34:22:15:18:34:22:15:20 chr4 52938243 . T C 78.93 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0128697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6339;QD=6.71727;RBI=0.013589;REFB=0.00146366;REVB=-0.00436239;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267995;STB=0.643792;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00265134;OID=.;OPOS=52938243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:46:47:33:36:11:11:0.234043:8:3:16:17:8:3:16:20 chr4 52948557 . C T 457.97 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00121762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.747;QD=29.0773;RBI=0.00813019;REFB=-0.00359454;REVB=-0.00803849;RO=21;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730954;STB=0.539724;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.001969;OID=.;OPOS=52948557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:23:19:12:9:23:19:12:9 chr4 53822307 . A G 655.88 PASS AF=0.961538;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.852;QD=50.4523;RBI=0.0742782;REFB=-0.11599;REVB=0.0724357;RO=3;SAF=30;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447543;STB=0.515145;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00203122;OID=.;OPOS=53822307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:3:2:48:50:0.961538:18:30:3:0:18:32:2:0 chr4 54310281 . T G 232.22 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00904223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.538;QD=24.4439;RBI=0.0411981;REFB=-0.0336641;REVB=0.0401936;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933049;STB=0.560922;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0212815;OID=.;OPOS=54310281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:9:12:11:5:10:12:11:5 chr4 54966667 . C T 844.61 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0705168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.074;QD=54.4912;RBI=0.0706185;REFB=-0.135868;REVB=0.00379004;RO=1;SAF=15;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304177;STB=0.531239;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.000905728;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:1:2:60:60:0.967742:45:15:1:0:45:15:2:0 chr4 54966830 . G A 327.37 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494379;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.726;QD=54.561;RBI=0.0133174;REFB=0;REVB=0.0123657;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55128e-05;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr4 54966919 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.85;QD=39.2068;RBI=0.0157185;REFB=0;REVB=0.0157185;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225941;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr4 55141055 . A G 1116.78 PASS AF=1;AO=51;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.485;QD=60.3665;RBI=0.0200141;REFB=0;REVB=0.0191401;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16241e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:51:74:1:24:27:0:0:40:34:0:0 chr4 55161391 . T C 1062.79 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.225;QD=59.8754;RBI=0.0548778;REFB=0;REVB=0.0512082;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180346;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:34:37:0:0 chr4 55161517 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.845;QD=59.833;RBI=0.0226772;REFB=0;REVB=0.0225672;RO=0;SAF=46;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38277e-05;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:56:46:0:0:56:46:0:0 chr4 55599436 . T C 343.68 PASS AF=0.931034;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.110592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0907;QD=47.4043;RBI=0.133358;REFB=-0.0796678;REVB=-0.0745225;RO=2;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617812;STB=0.533309;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0129639;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:29:2:2:25:27:0.931034:14:11:0:2:14:13:0:2 chr4 55946081 . A G 1283.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.155;QD=61.8428;RBI=0.0526415;REFB=0;REVB=0.034899;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39329e-06;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:42:36:0:0:47:36:0:0 chr4 55972974 . T A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.54;QD=48.7333;RBI=0.0534126;REFB=0;REVB=0.0444937;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675864;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr4 55979558 . C T 1936.81 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840891;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.222;QD=61.9779;RBI=0.0305811;REFB=0;REVB=-0.0294023;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66489e-05;OID=.;OPOS=55979558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:65:60:0:0:65:60:0:0 chr4 56291620 . CAA C 85.8 PASS AF=0.25;AO=19;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0240576;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=2;MLLD=87.2749;QD=4.2899;RBI=0.0240882;REFB=-0.00261417;REVB=0.00121448;RO=57;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429891;STB=0.524975;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.00697175;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:19:80:20:80:60:10:10:28:32:85:57:10:9:28:29 chr4 56300685 . C T 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0363483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.713;QD=9.10072;RBI=0.0367655;REFB=-0.0105307;REVB=-0.00552313;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.658586;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0244773;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:4:5:6:12:4:5:6:13 chr4 56301049 . G GA 55.74 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0143309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4966;QD=5.71659;RBI=0.0668761;REFB=-0.00676647;REVB=-0.0653226;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35946;STB=0.693359;STBP=0.158;TYPE=ins;VARB=0.0114318;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:11:42:11:39:28:4:7:18:10:55:31:4:7:21:10 chr4 56301369 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0453238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9659;QD=14.6524;RBI=0.0465142;REFB=-0.0139346;REVB=-0.0104557;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553146;STB=0.53322;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0223047;OID=.;OPOS=56301369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:2:3:4:2:2:3 chr4 56306111 . G A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.046;QD=63.5786;RBI=0.0137134;REFB=0;REVB=0.0121889;RO=0;SAF=10;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61397e-05;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:37:10:0:0:37:10:0:0 chr4 56309992 . A G 356.42 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.218;QD=54.8343;RBI=0.18407;REFB=0;REVB=-0.00050027;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164086;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:21:4:0:0:21:5:0:0 chr4 56318462 . G A 62.29 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00893707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0077;QD=7.7866;RBI=0.0214477;REFB=-0.00034939;REVB=0.019497;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383208;STB=0.719538;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00312864;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:6:3:15:7:6:3:15:8 chr4 56367796 . T G 108.54 PASS AF=0.40625;AO=9;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0389564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.388;QD=13.5669;RBI=0.0419347;REFB=-0.0200544;REVB=0.0155216;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204999;STB=0.644331;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0332943;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:9:13:0.40625:4:5:7:12:5:8:7:12 chr4 56465294 . T G 168.15 PASS AF=0.225;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=37;FWDB=-0.0228685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.096;QD=5.60503;RBI=0.038488;REFB=-0.0110101;REVB=-0.0309573;RO=93;SAF=18;SAR=9;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875845;STB=0.554176;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0414897;OID=.;OPOS=56465294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:93:93:27:27:0.225:9:18:56:37:9:18:56:37 chr4 56471433 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0243124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.583;QD=20.8931;RBI=0.033546;REFB=-0.0451766;REVB=0.0231136;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0234426;OID=.;OPOS=56471433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:2:4:4:6:2:4 chr4 56475338 . G A 429.18 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.031631;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7757;QD=35.0347;RBI=0.0327574;REFB=-0.000833025;REVB=-0.00851635;RO=15;SAF=9;SAR=25;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13514;STB=0.573842;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000391943;OID=.;OPOS=56475338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:25:9:7:8:25:9:7:8 chr4 56756531 . T C 69.44 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.00785398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.693;QD=6.31291;RBI=0.00790214;REFB=-0.0192363;REVB=0.000871164;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225114;STB=0.639756;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0621812;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:6:4:8:26:6:4:8:26 chr4 56771089 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0185433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.087;QD=5.37786;RBI=0.0372304;REFB=-0.0188102;REVB=-0.0322838;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28345;STB=0.687524;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0520294;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:12:13:2:5:12:13 chr4 57180563 . G C 38.74 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0109876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.619;QD=5.34405;RBI=0.0322969;REFB=-0.0149358;REVB=0.0303705;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686632;STB=0.918468;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0228044;OID=.;OPOS=57180563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:29:29:22:22:7:7:0.241379:1:6:4:18:1:6:4:18 chr4 57180990 . A G 119.47 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0398281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.9732;QD=5.25145;RBI=0.109479;REFB=-0.00517922;REVB=-0.101978;RO=72;SAF=9;SAR=10;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678384;STB=0.54268;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0144251;OID=.;OPOS=57180990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:72:72:19:19:0.208791:10:9:38:34:10:9:38:34 chr4 57181629 . C T 330.49 PASS AF=0.325581;AO=42;DP=130;FAO=42;FDP=129;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.00327806;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.5;QD=10.2477;RBI=0.0046602;REFB=-0.00553873;REVB=-0.00331237;RO=87;SAF=17;SAR=25;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051888;STB=0.530088;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0115022;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:87:87:42:42:0.325581:25:17:39:48:25:17:39:48 chr4 57181632 . G C 1877.29 PASS AF=1;AO=108;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.457;QD=61.0502;RBI=0.0340986;REFB=0;REVB=0.0339989;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141027;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:108:123:1:54:54:0:0:66:57:0:0 chr4 57181995 . C T 108.7 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0209864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9427;QD=7.12764;RBI=0.0241444;REFB=0.0145833;REVB=0.0119385;RO=45;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00356854;STB=0.502181;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.0409584;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:10:6:17:28:10:6:17:28 chr4 57182647 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.021735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.741;QD=6.78767;RBI=0.0294151;REFB=-0.00374172;REVB=-0.0198202;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122879;STB=0.578313;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0144265;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:11:12:5:3:11:12 chr4 57182758 . C T 209.08 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0392576;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.25;QD=11.3015;RBI=0.0392586;REFB=-0.0350785;REVB=-0.000291467;RO=48;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124957;STB=0.584683;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0762342;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:48:25:26:0.351351:14:11:16:32:14:12:16:32 chr4 57194329 . G T 290.58 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0754173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6405;QD=19.3723;RBI=0.102336;REFB=0.0155176;REVB=-0.069173;RO=28;SAF=8;SAR=22;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39348;STB=0.709542;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.015968;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:29:30:31:0.516667:22:8:20:8:22:9:21:8 chr4 57197400 . CT TC 79.82 PASS AF=0.173469;AO=8;DP=142;FAO=17;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=62;FWDB=-0.0331994;FXX=0.0576868;HRUN=1;LEN=2;MLLD=82.7162;QD=3.25792;RBI=0.0461905;REFB=0.00366699;REVB=-0.0321148;RO=111;SAF=6;SAR=2;SRF=30;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482711;STB=0.869859;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=-0.0365897;OID=.;OPOS=57197400;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:142:98:111:81:8:17:0.173469:2:6:30:81:4:13:19:62 chr4 57204960 . A G 122.07 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0150195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.237;QD=25.6984;RBI=0.0152709;REFB=0.0289726;REVB=-0.00275931;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134616;STB=0.575112;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00789616;OID=.;OPOS=57204960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:8:5:1:5:8:5:1:5 chr4 57219592 . G A 433.32 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0639319;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.324;QD=36.8786;RBI=0.0640076;REFB=-0.0238146;REVB=0.00311187;RO=12;SAF=23;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134991;STB=0.564763;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0232471;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:12:13:34:34:0.723404:11:23:5:7:11:23:6:7 chr4 57268328 . T C 368.92 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0191257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.279;QD=27.3275;RBI=0.0194719;REFB=-0.0194376;REVB=0.00365546;RO=19;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937762;STB=0.551185;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0100251;OID=.;OPOS=57268328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:17:18:7:12:17:18:7:12 chr4 57270197 . T C 333.06 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0116137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.606;QD=24.6712;RBI=0.0355882;REFB=0.000654923;REVB=0.0336399;RO=21;SAF=13;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600675;STB=0.533004;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.000284365;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:20:13:10:11:20:13:10:11 chr4 57361553 . A G 653.39 PASS AF=0.714286;AO=55;DP=77;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=8.88407e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.179;QD=33.9426;RBI=0.00432744;REFB=-0.0183466;REVB=0.00432653;RO=22;SAF=28;SAR=27;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00481864;STB=0.502597;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00600962;OID=.;OPOS=57361553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:22:22:55:55:0.714286:27:28:11:11:27:28:11:11 chr4 57368807 . C T 379.24 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0064507;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.504;QD=38.8964;RBI=0.00901495;REFB=-0.0413731;REVB=-0.00629745;RO=8;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231553;STB=0.523627;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0144673;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:8:9:30:30:0.769231:17:13:3:5:17:13:3:6 chr4 57368852 . A G 92.99 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00405265;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.706;QD=8.6504;RBI=0.00621125;REFB=-0.000757886;REVB=-0.00470698;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198959;STB=0.501989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298198;OID=.;OPOS=57368852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:43:30:31:12:12:0.27907:7:5:13:17:7:5:13:18 chr4 57516896 . G A 135.88 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00962433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.039;QD=9.70595;RBI=0.0214741;REFB=-0.0206766;REVB=-0.0191966;RO=38;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244544;STB=0.644374;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0303611;OID=.;OPOS=57516896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:7:11:15:23:7:11:15:23 chr4 57798189 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.424;QD=55.6554;RBI=0.0693656;REFB=0;REVB=0.0551985;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618966;OID=.;OPOS=57798189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr4 57889677 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00986139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.345;QD=56.7065;RBI=0.0587791;REFB=0;REVB=0.0579459;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501202;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr4 62598689 . C T 769.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261297;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2078;QD=64.1163;RBI=0.0265106;REFB=0;REVB=0.00447806;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183258;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 62845388 . G C 854.0 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00328733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=297.689;QD=56.0001;RBI=0.00636361;REFB=-0.00983198;REVB=0.00544875;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=7.11896e-05;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:1:0:31:29:1:0 chr4 66197804 . C T 698.9 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.414;QD=54.8153;RBI=0.0181711;REFB=0.0249392;REVB=0.0124394;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000405005;OID=.;OPOS=66197804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr4 67142620 . G A 432.58 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091302;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.687;QD=57.6769;RBI=0.0102909;REFB=0;REVB=-0.00474792;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190628;OID=.;OPOS=67142620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr4 68374597 . C T 1098.45 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2889;QD=60.1892;RBI=0.0545826;REFB=0;REVB=-0.0530939;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194199;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr4 68376708 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.509;QD=55.6532;RBI=0.0248021;REFB=0;REVB=-0.00923453;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120207;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr4 68380215 . G A 1076.33 PASS AF=1;AO=60;DP=74;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355753;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.341;QD=59.7962;RBI=0.094317;REFB=0;REVB=0.0873505;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178897;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:72:0:0:60:72:1:29:31:0:0:40:32:0:0 chr4 68384008 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.174;QD=56.1913;RBI=0.0181816;REFB=0;REVB=0.0164994;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38295e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr4 68436883 . T C 728.04 PASS AF=0.959184;AO=41;DP=50;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.044707;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.634;QD=59.4322;RBI=0.0515024;REFB=-0.0961018;REVB=0.0255691;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00794411;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:49:0:2:41:47:0.959184:25:16:0:0:25:22:1:1 chr4 68780399 . A G 2122.61 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.887;QD=62.892;RBI=0.0604992;REFB=0;REVB=0.0490745;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002261;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:135:0:0:131:135:1:62:69:0:0:65:70:0:0 chr4 68784774 . T C 1008.95 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00136671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.597;QD=56.8421;RBI=0.0248009;REFB=0.0129881;REVB=-0.0247632;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000651554;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:69:70:0.985915:37:32:0:0:37:33:0:1 chr4 68812283 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.289;QD=59.4349;RBI=0.00897631;REFB=0;REVB=0.00803272;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.174e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr4 68995529 . C T 754.16 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2127;QD=56.9181;RBI=0.0228316;REFB=0;REVB=-0.00551385;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033691;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr4 69078113 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.159;QD=57.6806;RBI=0.0126893;REFB=0;REVB=0.00713508;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70573e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr4 69094466 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0210341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9724;QD=15.2931;RBI=0.0451777;REFB=-0.029891;REVB=0.0399824;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.609518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.032129;OID=.;OPOS=69094466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:6:3:5:4:6:3 chr4 69094507 . T A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.726;QD=54.5159;RBI=0.0176125;REFB=0;REVB=-0.00600977;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19624e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr4 69094575 . T G 357.9 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.572;QD=55.0614;RBI=0.0247604;REFB=0;REVB=0.0158746;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222187;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr4 69095197 . T C 279.98 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4975;QD=48.6916;RBI=0.0540454;REFB=0.0537392;REVB=0.0479632;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00102898;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:12:9:0:1:13:9:0:1 chr4 69203551 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.843;QD=59.4356;RBI=0.0384575;REFB=0;REVB=0.0378656;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169586;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr4 69340500 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00919037;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.309;QD=57.1765;RBI=0.0121844;REFB=0;REVB=0.00799979;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76312e-05;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr4 69536084 . A C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0072272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.468;QD=11.3693;RBI=0.00748365;REFB=-0.00124317;REVB=-0.0019423;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020408;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00096234;OID=.;OPOS=69536084;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:9:10:6:5:9:10 chr4 69687987 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.407;QD=59.8388;RBI=0.0146418;REFB=0;REVB=-0.000175048;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51822e-05;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:12:24:0:0:12:24:0:0 chr4 69795626 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00926591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2125;QD=13.4856;RBI=0.101156;REFB=-0.00781878;REVB=-0.100731;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00299536;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:5:6:4:5:5:6 chr4 69885464 . AT A 38.97 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.025979;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.75301;QD=5.37504;RBI=0.0265566;REFB=-0.114738;REVB=0.00550839;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0.408451;SSEP=0;SSSB=0.333238;STB=0.656028;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=0.133977;OID=.;OPOS=69885465;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448276:12:28:13:29:16:7:6:4:12:38:14:7:5:3:11 chr4 69964337 . AT TC 254.09 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771539;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.548;QD=50.8187;RBI=0.029625;REFB=0;REVB=0.0286027;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000255399;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:8:10:0:0:10:10:0:0 chr4 69972949 . C G 1561.71 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.638;QD=63.0993;RBI=0.0225031;REFB=0;REVB=0.0193771;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345368;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:96:99:1:47:49:0:0:47:52:0:0 chr4 70066319 . G T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0280455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.246;QD=6.80714;RBI=0.0280795;REFB=-0.00244995;REVB=-0.00138314;RO=26;SAF=1;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603406;STB=0.876546;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.017301;OID=.;OPOS=70066319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:8:1:16:10:8:1:16:11 chr4 70070366 . A T 81.26 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0143009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9791;QD=8.12592;RBI=0.0260765;REFB=-0.0153495;REVB=-0.0218053;RO=28;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411148;STB=0.7495;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0529613;OID=.;OPOS=70070366;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:28:29:11:11:0.275:2:9:14:14:2:9:15:14 chr4 70146719 . G C 329.63 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1351;QD=52.7407;RBI=0.0582051;REFB=0;REVB=0.0137758;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00580026;OID=.;OPOS=70146719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr4 70296603 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2398;QD=37.4872;RBI=0.0667921;REFB=0;REVB=-0.010215;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466075;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr4 70296641 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0119138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6364;QD=8.25484;RBI=0.0288762;REFB=0.00885884;REVB=-0.026304;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636412;STB=0.886028;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00402274;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:2:10:1:5:2:10 chr4 70296644 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0205587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7325;QD=8.2553;RBI=0.0367949;REFB=-0.000659158;REVB=-0.0305156;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636412;STB=0.886028;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=2.03007e-05;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:2:10:1:5:2:10 chr4 70296648 . T G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00689482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.338;QD=9.76006;RBI=0.0364456;REFB=0.00301801;REVB=-0.0357875;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651775;STB=0.89091;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0041128;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:2:10:1:6:2:10 chr4 70296653 . GCCT TGGG 39.6 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00616605;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=4;MLLD=306.045;QD=9.89996;RBI=0.0192249;REFB=-0.017264;REVB=-0.0182093;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698104;STB=0.891803;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.0220981;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:9:10:6:6:0.375:1:5:0:9:1:5:1:9 chr4 70296660 . A G 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0322572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.731;QD=8.80991;RBI=0.042752;REFB=-0.022418;REVB=0.0280572;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61859;STB=0.876102;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0414557;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:2:9:1:5:2:9 chr4 70296734 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0254816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.553;QD=10.1733;RBI=0.048889;REFB=-0.0178701;REVB=0.0417232;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0247473;OID=.;OPOS=70296734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr4 70355211 . T C 772.66 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.617;QD=61.8125;RBI=0.0439919;REFB=-0.042957;REVB=0.0270182;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000457805;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:1:0:25:24:1:0 chr4 70513139 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4264;QD=56.7022;RBI=0.0100214;REFB=0;REVB=-0.00433129;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76336e-05;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr4 70807771 . C T 188.48 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0870401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.924;QD=28.9968;RBI=0.0887318;REFB=-0.0257675;REVB=0.0172437;RO=6;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52938;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00923484;OID=.;OPOS=70807771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:26:6:8:18:18:0.692308:6:12:4:2:6:12:6:2 chr4 70821025 . A G 263.69 PASS AF=0.6;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0370154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6721;QD=26.369;RBI=0.0700535;REFB=-0.0185836;REVB=0.0594756;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140018;STB=0.566335;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0119809;OID=.;OPOS=70821025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:16:23:24:0.6:10:13:6:10:11:13:6:10 chr4 70898907 . C T 419.03 PASS AF=0.703704;AO=37;DP=53;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0217583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.231;QD=31.0394;RBI=0.022097;REFB=-0.0678598;REVB=-0.00385406;RO=16;SAF=18;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272622;STB=0.510758;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.028449;OID=.;OPOS=70898907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:16:16:37:38:0.703704:19:18:7:9:20:18:7:9 chr4 70898953 . C T 79.44 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0645341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9726;QD=6.90741;RBI=0.091837;REFB=-0.00524452;REVB=-0.0653405;RO=32;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165071;STB=0.573634;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0119301;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:32:35:11:11:0.23913:7:4:16:16:7:4:16:19 chr4 70944452 . G A 1499.11 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256027;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.876;QD=63.792;RBI=0.00500716;REFB=0;REVB=0.0043031;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123534;OID=.;OPOS=70944452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:52:42:0:0:52:42:0:0 chr4 71201388 . C T 564.28 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.7662;QD=59.3978;RBI=0.0498276;REFB=0;REVB=0.0438023;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933132;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:9:29:0:0:9:29:0:0 chr4 71201943 . A G 246.43 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00610763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.316;QD=46.9386;RBI=0.0148671;REFB=-0.0696509;REVB=0.0135546;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00650661;OID=.;OPOS=71201943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr4 71232388 . G A 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00421076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.799;QD=2.70739;RBI=0.00456416;REFB=-0.000553016;REVB=-0.00176098;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561683;STB=0.891806;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00221111;OID=.;OPOS=71232388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:29:13:5:1:29:13 chr4 71232430 . T C 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8003;QD=56.6967;RBI=0.0674022;REFB=0;REVB=-0.00531789;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596895;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 71255767 . A G 689.08 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.367;QD=62.6438;RBI=0.0555583;REFB=0;REVB=0.0427539;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455128;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr4 71384488 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0131994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.465;QD=6.78772;RBI=0.0134722;REFB=-0.0081034;REVB=-0.00269781;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122879;STB=0.578313;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0182059;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:12:11:3:5:12:11 chr4 71396989 . C T 77.82 PASS AF=0.244444;AO=10;DP=44;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0736995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3219;QD=6.9171;RBI=0.0741623;REFB=-0.0061905;REVB=-0.00827231;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107021;STB=0.599822;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0182483;OID=.;OPOS=71396989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:44:45:34:34:10:11:0.244444:5:5:14:20:5:6:14:20 chr4 71468332 . G C 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00623327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7321;QD=11.5948;RBI=0.00638078;REFB=-0.00175654;REVB=-0.00136408;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00274676;OID=.;OPOS=71468332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:12:9:6:6:12:9 chr4 71508013 . C T 38.27 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0112374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0965;QD=10.9356;RBI=0.047799;REFB=-0.084008;REVB=-0.0464592;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32987;STB=0.726563;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.103701;OID=.;OPOS=71508013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:7:8:6:6:0.428571:2:4:2:5:2:4:2:6 chr4 71657772 . G A 451.07 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0256616;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.363;QD=58.2028;RBI=0.0441023;REFB=0;REVB=0.0358677;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161724;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr4 71704965 . C T 237.32 PASS AF=1;AO=12;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4576;QD=49.9615;RBI=0.104998;REFB=0;REVB=0.0516023;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00522837;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:12:19:1:9:3:0:0:9:10:0:0 chr4 71849697 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.175;QD=56.1909;RBI=0.0167758;REFB=0;REVB=-0.0118733;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148885;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr4 71849888 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.577;QD=58.1421;RBI=0.0493008;REFB=0;REVB=0.0462283;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203938;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr4 72425863 . C T 79.99 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0247473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.1;QD=6.95542;RBI=0.0473023;REFB=-0.0104605;REVB=-0.0403123;RO=34;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532298;STB=0.541411;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0246684;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:34:35:11:11:0.23913:7:4:11:23:7:4:11:24 chr4 72433643 . G T 43.58 PASS AF=0.18;AO=4;DP=46;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0252785;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.444;QD=3.48678;RBI=0.0259798;REFB=-0.0248033;REVB=0.00599554;RO=40;SAF=0;SAR=4;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520657;STB=0.586972;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.118161;OID=.;OPOS=72433643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:46:50:40:41:4:9:0.18:4:0:15:25:5:4:14:27 chr4 72434670 . A G 358.52 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0591988;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.06;QD=24.7256;RBI=0.05946;REFB=-0.0239823;REVB=-0.00556665;RO=23;SAF=9;SAR=26;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118246;STB=0.565178;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0124199;OID=.;OPOS=72434670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:23:23:35:35:0.603448:26:9:9:14:26:9:9:14 chr4 72436804 . G A 92.67 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0321017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.751;QD=4.26079;RBI=0.0324622;REFB=-0.00755936;REVB=-0.00482448;RO=71;SAF=6;SAR=10;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150131;STB=0.597544;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0295538;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:71:71:16:16:0.183908:10:6:35:36:10:6:35:36 chr4 72618296 . T C 1250.02 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0567366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.143;QD=60.242;RBI=0.0684306;REFB=-0.091431;REVB=0.0382583;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.506492;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000941241;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:44:38:1:0:44:38:1:0 chr4 72618334 . A C 677.91 PASS AF=0.621053;AO=57;DP=93;FAO=59;FDP=95;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0197505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.895;QD=28.5436;RBI=0.0240708;REFB=-0.0288605;REVB=0.0137594;RO=35;SAF=27;SAR=30;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317135;STB=0.51567;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0189282;OID=.;OPOS=72618334;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:35:36:57:59:0.621053:30:27:15:20:32:27:15:21 chr4 73433122 . GA G 30.26 PASS AF=0.21875;AO=8;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.122957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4801;QD=3.78308;RBI=0.266072;REFB=-0.0483519;REVB=-0.235957;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342276;STB=0.5997;STBP=0.639;TYPE=del;VARB=0.0364151;OID=.;OPOS=73433123;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21875:8:31:7:32:25:5:2:15:10:30:23:5:3:15:8 chr4 73930552 . G A 604.94 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=3.75983e-05;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.163;QD=59.0185;RBI=0.0201068;REFB=-0.10423;REVB=-0.0201068;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000473073;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr4 73956736 . G A 101.58 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.289;QD=40.6327;RBI=0.0480312;REFB=0;REVB=-0.0201015;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280312;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr4 73991006 . T C 657.44 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.41;QD=59.7676;RBI=0.0253782;REFB=-0.0442352;REVB=0.0228007;RO=1;SAF=12;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375223;STB=0.519991;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000802741;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:31:12:1:0:31:12:1:0 chr4 74285239 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4001;QD=44.6896;RBI=0.0662998;REFB=0;REVB=0.0567022;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046665;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr4 74302071 . T A 336.33 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.981;QD=53.8126;RBI=0.0316102;REFB=0;REVB=0.0184802;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284999;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:17:8:0:0 chr4 74318330 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.421;QD=54.5096;RBI=0.0909869;REFB=0;REVB=0.045584;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868719;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr4 74347503 . TA T 293.48 PASS AF=0.913043;AO=30;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0162106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1661;QD=25.5198;RBI=0.265339;REFB=0.0625834;REVB=0.264844;RO=11;SAF=18;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.205236;STB=0.502074;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.0120279;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:30:46:42:46:4:22:20:2:2:9:11:18:12:2:9 chr4 74361142 . G A 112.06 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0603881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.56;QD=21.3444;RBI=0.0604445;REFB=0.0166577;REVB=0.00261158;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12387;STB=0.581968;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0190096;OID=.;OPOS=74361142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:8:8:12:13:0.619048:7:5:2:6:7:6:2:6 chr4 74447510 . A C 669.97 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00414851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.726;QD=54.6911;RBI=0.0110817;REFB=0.0113628;REVB=-0.0102759;RO=4;SAF=32;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726527;STB=0.503874;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000132312;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:13:32:3:1:13:32:3:1 chr4 74453635 . C T 33.04 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=100;FAO=10;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=93;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=-0.0954986;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.6908;QD=1.28328;RBI=0.147858;REFB=-0.0260762;REVB=0.112881;RO=59;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678648;STB=0.904333;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.121814;OID=.;OPOS=74453635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:100:103:59:93:10:10:0.0970874:1:9:16:43:1:9:41:52 chr4 74714098 . G A 423.17 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0572014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.816;QD=23.8405;RBI=0.0576954;REFB=-0.0221743;REVB=0.00753358;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144073;STB=0.571394;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0182161;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:19:22:10:19:19:22:11:19 chr4 74770221 . A T 84.26 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0287842;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.973;QD=10.5325;RBI=0.0310576;REFB=-0.00501007;REVB=-0.0116638;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222398;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0204137;OID=.;OPOS=74770221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:10:11:0.34375:5:5:6:14:5:6:6:15 chr4 74863997 . T C 671.06 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00571605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0486;QD=48.8041;RBI=0.0263625;REFB=-0.0664235;REVB=0.0257354;RO=4;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626566;STB=0.53332;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00504117;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:55:55:4:4:51:51:0.927273:28:23:0:4:28:23:0:4 chr4 74904295 . TG T,TT 78.22 PASS AF=1,0;AO=3,5;DP=9;FAO=9,0;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142642,-0.00797463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.756,190.11;QD=34.7664;RBI=0.0553471,0.0427506;REFB=0,0;REVB=0.0534774,0.0420002;RO=1;SAF=2,5;SAR=1,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00159038,0.0225952;OID=.,.;OPOS=74904296,74904296;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,5:9:9,0:9:0:8,0:1,0:0:0:3:1:2,5:1,0:1:0 chr4 75023609 . T C 617.35 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0277002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2299;QD=58.7951;RBI=0.0588455;REFB=-0.173105;REVB=-0.0519182;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00467153;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:1:0:25:16:1:0 chr4 75046465 . C G 243.38 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101615;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9316;QD=51.2381;RBI=0.103325;REFB=0;REVB=0.102824;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002878;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 75168785 . A G 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.814;QD=60.9642;RBI=0.126772;REFB=0;REVB=0.0362062;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606568;OID=.;OPOS=75168785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr4 75248434 . A G,T 716.32 PASS AF=0.962264,0.0188679;AO=49,3;DP=53;FAO=51,1;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=28,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.037043,-0.02671;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=97.4629,21.7711;QD=54.0615;RBI=0.0370551,0.0460865;REFB=-0.082169,-0.0514591;REVB=0.000948073,-0.0375572;RO=1;SAF=22,1;SAR=27,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0171119,0.163246;STB=0.508768,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00140864,0.066419;OID=.,.;OPOS=75248434,75248434;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:53:53:1:1:49,3:51,1:0.962264,0.0188679:27,2:22,1:0:1:28,1:23,0:0:1 chr4 75254282 . G A 1190.27 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.04;QD=61.0394;RBI=0.0363025;REFB=0;REVB=0.0348584;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82549e-05;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:49:29:0:0:49:29:0:0 chr4 75485872 . C T 121.51 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00792836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.531;QD=25.5802;RBI=0.0101626;REFB=-0.00670971;REVB=-0.00635764;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522328;STB=0.512176;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00495204;OID=.;OPOS=75485872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:18:19:5:6:12:13:0.684211:6:6:3:2:7:6:3:3 chr4 75938179 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00253575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.827;QD=12.0156;RBI=0.028684;REFB=0.0105446;REVB=-0.0285717;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00824058;OID=.;OPOS=75938179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr4 76407217 . A ACT,T 968.37 PASS AF=0.895522,0.104478;AO=58,7;DP=70;FAO=60,7;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38,5;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284698,0.0428499;FXX=0.0289813;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=228.765,77.5151;QD=57.8128;RBI=0.0290122,0.0645339;REFB=0,0;REVB=-0.0055836,0.0482546;RO=3;SAF=38,5;SAR=20,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00117889,0.0295447;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000131141,-0.0017671;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:70:67:3:0:58,7:60,7:0.895522,0.104478:20,2:38,5:2:1:22,2:38,5:0:0 chr4 76489582 . G A 392.22 PASS AF=0.744186;AO=31;DP=42;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00453041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.822;QD=36.4858;RBI=0.00453041;REFB=0.00790822;REVB=-3.13001e-06;RO=10;SAF=21;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134837;STB=0.565874;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00395792;OID=.;OPOS=76489582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:10:11:31:32:0.744186:10:21:4:6:10:22:5:6 chr4 76720885 . T C 386.97 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.000344007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.381;QD=30.3508;RBI=0.00098148;REFB=-0.0334582;REVB=0.000919218;RO=15;SAF=15;SAR=20;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926598;STB=0.558107;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.013455;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:16:35:35:0.686275:20:15:4:11:20:15:4:12 chr4 76722353 . G A 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00987802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7729;QD=40.6383;RBI=0.0346782;REFB=0.0341069;REVB=-0.0332416;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00503534;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:1:0:7:7:1:0 chr4 76730195 . A G 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0125352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.706;QD=10.4386;RBI=0.0144796;REFB=-0.000776266;REVB=0.00724761;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260096;STB=0.651975;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00160964;OID=.;OPOS=76730195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:8:5:5:22:8:5:5:22 chr4 76787673 . T C 713.84 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4566;QD=60.7519;RBI=0.0863624;REFB=-0.126726;REVB=0.0804018;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00388983;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:47:1:1:44:46:0.978723:16:28:0:1:18:28:0:1 chr4 76793228 . A G 1135.18 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.59;QD=60.5428;RBI=0.138715;REFB=0;REVB=-0.137656;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156536;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr4 76794345 . T G 1108.43 PASS AF=0.9625;AO=75;DP=79;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0043313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.968;QD=55.4213;RBI=0.0049294;REFB=-0.175405;REVB=0.00235347;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521733;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00194171;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:79:80:0:3:75:77:0.9625:43:32:0:0:44:33:3:0 chr4 76805902 . C T 937.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.858;QD=58.5983;RBI=0.0177932;REFB=0;REVB=0.00241517;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.6797e-05;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr4 76807218 . C G 327.91 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0362573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6312;QD=39.7461;RBI=0.0438946;REFB=0.0209756;REVB=-0.0247415;RO=6;SAF=7;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925229;STB=0.550417;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0156609;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:33:33:6:6:25:25:0.757576:18:7:3:3:18:7:3:3 chr4 76807249 . C G 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00962476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6192;QD=29.0933;RBI=0.0130126;REFB=0.0169992;REVB=0.00875738;RO=13;SAF=4;SAR=20;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320284;STB=0.678841;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0168173;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:20:4:7:6:20:4:7:6 chr4 76807252 . C A 255.28 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00440582;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2711;QD=28.3641;RBI=0.00815206;REFB=-0.034563;REVB=0.00685892;RO=13;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315011;STB=0.676201;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0216971;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:13:13:23:23:0.638889:19:4:7:6:19:4:7:6 chr4 76807270 . C T 264.71 PASS AF=0.615385;AO=22;DP=37;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0697857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.716;QD=27.1498;RBI=0.0698662;REFB=-0.00949633;REVB=0.0033527;RO=15;SAF=3;SAR=19;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402855;STB=0.689474;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00794777;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:15:15:22:24:0.615385:19:3:8:7:20:4:8:7 chr4 76807288 . A G 244.07 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.038949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.433;QD=23.2449;RBI=0.0419978;REFB=-0.0480992;REVB=0.0157097;RO=19;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318352;STB=0.680262;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0302409;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:19:4:9:10:19:4:9:10 chr4 76807302 . A G 211.14 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.052468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6241;QD=18.3598;RBI=0.0574688;REFB=-0.0310254;REVB=-0.0234472;RO=24;SAF=3;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431865;STB=0.74353;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0293462;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:21:21:0.456522:18:3:12:12:18:3:12:13 chr4 76807304 . A G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0233989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.052;QD=19.466;RBI=0.0243785;REFB=0.0122344;REVB=0.00684154;RO=24;SAF=3;SAR=19;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440017;STB=0.753696;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0120932;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:19:3:12:12:19:3:12:12 chr4 76807313 . C A 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0625229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.153;QD=18.9656;RBI=0.0625923;REFB=-0.0404193;REVB=-0.00294686;RO=25;SAF=3;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45981;STB=0.76546;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00792874;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:19:3:13:12:19:3:13:12 chr4 76807325 . T A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0185366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.886;QD=11.7808;RBI=0.0189714;REFB=-0.0119128;REVB=-0.00403817;RO=31;SAF=3;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41019;STB=0.745887;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0173105;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:13:3:16:15:13:3:16:15 chr4 76807334 . T C 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0372597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.778;QD=5.69666;RBI=0.0379963;REFB=-0.000671443;REVB=-0.00744546;RO=33;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536746;STB=0.856269;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00700631;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:8:1:17:16:8:1:17:16 chr4 76809386 . A G 1781.89 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478342;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7309;QD=61.4444;RBI=0.0527841;REFB=0;REVB=-0.0223171;RO=0;SAF=69;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788141;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:47:69:0:0:47:69:0:0 chr4 76836137 . A G 230.67 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0375218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.75;QD=23.0668;RBI=0.0375277;REFB=-0.06746;REVB=-0.000666605;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820253;STB=0.504583;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0264968;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:10:8:10:12:10:8 chr4 76942943 . C G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5988;QD=61.6833;RBI=0.0656649;REFB=0;REVB=-0.0437935;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115012;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr4 76943137 . G C 637.83 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910689;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4327;QD=62.2274;RBI=0.101127;REFB=0;REVB=0.043968;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029192;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr4 76955914 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.406;QD=55.6561;RBI=0.0546975;REFB=0;REVB=0.0451714;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143036;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 76956188 . T C 874.09 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00688934;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.178;QD=56.3926;RBI=0.00985452;REFB=0.0498736;REVB=-0.00704618;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136821;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.57933e-05;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:34:27:0:1:34:27:0:1 chr4 77033590 . C T 165.44 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0172677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.636;QD=10.6736;RBI=0.0219821;REFB=-0.0139328;REVB=-0.0136029;RO=37;SAF=10;SAR=12;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150788;STB=0.6086;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0278576;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:40:22:22:0.354839:12:10:22:15:12:10:25:15 chr4 77055474 . A G 421.97 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0257978;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.043;QD=25.5742;RBI=0.0329532;REFB=-0.0234477;REVB=0.0205033;RO=26;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506326;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.014413;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:39:40:0.606061:24:15:10:16:24:16:10:16 chr4 77057501 . A G 770.98 PASS AF=0.772152;AO=62;DP=81;FAO=61;FDP=79;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00437159;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.362;QD=39.0369;RBI=0.016357;REFB=-0.0204817;REVB=0.015762;RO=18;SAF=31;SAR=31;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466632;STB=0.527158;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00746886;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:18:18:62:61:0.772152:31:31:11:7:31:30:11:7 chr4 77065318 . C CTGT,T 461.34 PASS AF=0.521739,0.115942;AO=36,8;DP=75;FAO=36,8;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=26,3;FSAR=10,5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0520731,-0.0257422;FXX=0.028165;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=132.498,189.359;QD=26.7444;RBI=0.0533707,0.0313042;REFB=-0.0471952,-0.0136635;REVB=-0.0116973,-0.0178126;RO=30;SAF=26,3;SAR=10,5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25713,-0.0726847;STB=0.658777,0.512165;STBP=0.01,0.977;TYPE=ins,snp;VARB=0.0344674,0.0460052;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:69:30:25:36,8:36,8:0.521739,0.115942:10,5:26,3:13:17:10,5:26,3:9:16 chr4 77065580 . T C 359.66 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00779138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.765;QD=37.8584;RBI=0.010007;REFB=-0.0423429;REVB=-0.00627975;RO=9;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797762;STB=0.543366;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.019793;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:18:11:5:4:18:11:5:4 chr4 77081814 . G C 196.37 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0257313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.323;QD=34.152;RBI=0.0266063;REFB=-0.0261689;REVB=0.00676739;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202394;STB=0.631434;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0020501;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:4:5:18:18:0.782609:11:7:4:0:11:7:5:0 chr4 77305346 . A G 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0153403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7776;QD=19.6928;RBI=0.0286217;REFB=-0.0407076;REVB=0.0241635;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018054;STB=0.510194;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0301945;OID=.;OPOS=77305346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:9:13:12:9:9:13 chr4 77662190 . G A 614.4 PASS AF=0.819672;AO=49;DP=60;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.123802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.702;QD=40.2882;RBI=0.124511;REFB=-0.0714202;REVB=0.0132618;RO=11;SAF=17;SAR=32;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628776;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019787;OID=.;OPOS=77662190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:60:61:11:11:49:50:0.819672:32:17:4:7:32:18:4:7 chr4 78079772 . G A 93.08 PASS AF=0.217391;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0162391;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.898;QD=5.39614;RBI=0.0162468;REFB=-0.0146864;REVB=-0.000499578;RO=55;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506016;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0569854;OID=.;OPOS=78079772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:70:69:55:54:15:15:0.217391:9:6:22:33:9:6:22:32 chr4 78634775 . G GTC 124.89 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00430203;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.086;QD=17.8409;RBI=0.0162361;REFB=-0.000863579;REVB=0.0156557;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998555;STB=0.594474;STBP=0.446;TYPE=ins;VARB=0.00137015;OID=.;OPOS=78634776;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:29:14:28:14:4:10:2:12:99:15:4:10:3:12 chr4 78638730 . T C 70.17 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00755004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7495;QD=6.84602;RBI=0.0402745;REFB=0.000584246;REVB=0.0395605;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396755;STB=0.536513;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00178655;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:5:5:16:14:5:5:17:14 chr4 78669454 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0159655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.934;QD=6.25108;RBI=0.0190307;REFB=-0.000381873;REVB=0.0103572;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346032;STB=0.721525;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00932509;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:6:11:2:4:6:11 chr4 78987157 . A G 588.01 PASS AF=0.71831;AO=46;DP=67;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.014753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.05;QD=33.1273;RBI=0.0171991;REFB=-0.0422173;REVB=0.00884062;RO=19;SAF=18;SAR=28;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751683;STB=0.519589;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0188571;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:19:20:46:51:0.71831:28:18:10:9:29:22:10:10 chr4 78989672 . G C 455.39 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0463959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.332;QD=22.7693;RBI=0.0627652;REFB=-0.0159465;REVB=0.0422717;RO=35;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373368;STB=0.525443;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.013969;OID=.;OPOS=78989672;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:27:17:12:23:27:17:12:24 chr4 78989716 . T C 451.74 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0187942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.992;QD=24.7526;RBI=0.0190294;REFB=-0.01952;REVB=-0.00298306;RO=30;SAF=16;SAR=27;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589129;STB=0.53221;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0142876;OID=.;OPOS=78989716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:27:16:9:21:27:16:9:21 chr4 79186171 . G A 576.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5032;QD=60.6346;RBI=0.0136705;REFB=0;REVB=0.0040988;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113877;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr4 79205699 . T A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00184074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.232;QD=12.229;RBI=0.0176152;REFB=-0.00787539;REVB=-0.0175188;RO=36;SAF=5;SAR=17;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110387;STB=0.564254;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0142209;OID=.;OPOS=79205699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:17:5:11:25:17:5:11:25 chr4 79238649 . T C 119.46 PASS AF=0.208791;AO=19;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0539639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.464;QD=5.25086;RBI=0.0539948;REFB=-0.00799385;REVB=-0.00182771;RO=71;SAF=6;SAR=13;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512446;STB=0.540216;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0216784;OID=.;OPOS=79238649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:72:19:19:0.208791:13:6:25:46:13:6:26:46 chr4 79240063 . A G 40.9 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00992016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4382;QD=2.63877;RBI=0.059756;REFB=-0.00428809;REVB=-0.0589268;RO=54;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892893;STB=0.564358;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0304162;OID=.;OPOS=79240063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:62:62:54:54:8:8:0.129032:4:4:31:23:4:4:31:23 chr4 79284694 . C T 149.15 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0142966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.833;QD=9.62246;RBI=0.0157276;REFB=-0.0194329;REVB=-0.00655481;RO=42;SAF=4;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286393;STB=0.671809;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0432828;OID=.;OPOS=79284694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:16:4:17:25:16:4:17:25 chr4 79300993 . G A 93.38 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00712398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5322;QD=5.57491;RBI=0.20537;REFB=0.00364135;REVB=0.205246;RO=33;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845058;STB=0.663563;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0102051;OID=.;OPOS=79300993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:65:67:33:52:15:15:0.223881:4:11:26:7:4:11:28:24 chr4 79367957 . ATTC A 79.93 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0211796;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.733;QD=5.15656;RBI=0.0281703;REFB=-0.0061462;REVB=0.0185739;RO=42;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254185;STB=0.678148;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.014434;OID=.;OPOS=79367958;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.274194:17:63:17:62:45:12:5:21:24:79:42:12:5:21:21 chr4 79372930 . C T 49.58 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0166981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.218;QD=4.40749;RBI=0.0569502;REFB=-0.00205124;REVB=-0.0544472;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13715;STB=0.592985;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0165833;OID=.;OPOS=79372930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:3:5:19:18:3:5:19:18 chr4 79385719 . G A 87.32 PASS AF=0.154545;AO=17;DP=110;FAO=17;FDP=110;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.0227017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.656;QD=3.17534;RBI=0.0260192;REFB=-0.00699294;REVB=-0.0127134;RO=93;SAF=8;SAR=9;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319802;STB=0.502143;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0384081;OID=.;OPOS=79385719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:110:110:93:93:17:17:0.154545:9:8:44:49:9:8:44:49 chr4 79387464 . A G 734.55 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381895;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0427;QD=55.4379;RBI=0.0382384;REFB=0;REVB=-0.00193442;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848909;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:48:53:1:24:24:0:0:24:29:0:0 chr4 79387586 . A G 304.96 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0731862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9597;QD=31.2777;RBI=0.0881484;REFB=-0.0129341;REVB=-0.0491317;RO=12;SAF=12;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782699;STB=0.542825;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00303087;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:39:12:12:27:27:0.692308:15:12:7:5:15:12:7:5 chr4 79400868 . C T 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0173566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.031;QD=7.89707;RBI=0.0340369;REFB=-0.00783309;REVB=-0.029279;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281301;STB=0.675723;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0315569;OID=.;OPOS=79400868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:8:3:15:15:8:3:15:15 chr4 79432455 . A C 874.97 PASS AF=0.741935;AO=69;DP=93;FAO=69;FDP=93;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00260859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.653;QD=37.6331;RBI=0.0144187;REFB=-0.0431748;REVB=-0.0141808;RO=24;SAF=34;SAR=35;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435538;STB=0.523358;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0183652;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:24:24:69:69:0.741935:35:34:14:10:35:34:14:10 chr4 79443850 . G A 333.68 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0221315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.956;QD=24.2675;RBI=0.0228528;REFB=-0.0200485;REVB=0.00569634;RO=22;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885953;STB=0.548643;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0161264;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:17:16:8:14:17:16:8:14 chr4 79455714 . C G 407.29 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0510332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.504;QD=33.2482;RBI=0.0536862;REFB=-0.024854;REVB=0.016668;RO=16;SAF=17;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19557;STB=0.606334;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0212206;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:16:17:3:13:16:17:3:13 chr4 79455733 . C T 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00537423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5707;QD=29.5618;RBI=0.0175442;REFB=-0.0104773;REVB=0.0167008;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708204;STB=0.538895;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00675757;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:7:10:14:15:7:10 chr4 79845007 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.798;QD=46.8479;RBI=0.0174437;REFB=0;REVB=-0.00515739;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09801e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr4 80827062 . T C 1210.44 PASS AF=0.942529;AO=83;DP=88;FAO=82;FDP=87;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0229358;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=295.87;QD=55.6523;RBI=0.0249016;REFB=0.00241985;REVB=-0.00969736;RO=4;SAF=40;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450355;STB=0.530113;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-4.532e-05;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:88:87:4:5:83:82:0.942529:43:40:4:0:43:39:5:0 chr4 80905990 . C G 129.93 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.607;QD=43.3087;RBI=0.0547092;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222517;OID=.;OPOS=80905990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:0:12:0:0:0:12:0:0 chr4 80977078 . T G 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3508;QD=59.0109;RBI=0.0381418;REFB=0;REVB=0.0377801;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419717;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr4 81124596 . G C 1104.55 PASS AF=0.688889;AO=93;DP=136;FAO=93;FDP=135;FR=.;FRO=42;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00254392;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8277;QD=32.7273;RBI=0.0317121;REFB=-0.0155443;REVB=0.0316099;RO=43;SAF=47;SAR=46;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236739;STB=0.509077;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0104953;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:43:42:93:93:0.688889:46:47:20:23:46:47:20:22 chr4 81207963 . A G 48.2 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0058395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8041;QD=12.8544;RBI=0.0671933;REFB=-0.03605;REVB=-0.0669391;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0388262;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr4 81529518 . T C 631.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.786;QD=61.5738;RBI=0.0397431;REFB=0;REVB=0.032771;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379747;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr4 81884722 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.107;QD=58.9627;RBI=0.0136646;REFB=0;REVB=0.0125231;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41988e-05;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr4 81967150 . G A 174.83 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0172719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3137;QD=20.5683;RBI=0.0444842;REFB=-0.023146;REVB=-0.0409942;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719337;STB=0.526286;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0475221;OID=.;OPOS=81967150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:16:18:18:0.529412:10:8:8:7:10:8:8:8 chr4 81967188 . C T 345.85 PASS AF=0.962963;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.060198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.467;QD=51.2374;RBI=0.0606868;REFB=-0.0149626;REVB=-0.00768668;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000344101;OID=.;OPOS=81967188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:27:0:1:24:26:0.962963:13:11:0:0:13:13:1:0 chr4 81975088 . G A 272.18 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.092;QD=51.8441;RBI=0.030613;REFB=0;REVB=0.016933;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256972;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr4 81977690 . C T 52.42 PASS AF=0.2;AO=7;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.024585;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.295;QD=5.24232;RBI=0.0246774;REFB=-0.00918888;REVB=-0.00213363;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321543;STB=0.624688;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0278689;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:39:40:27:32:7:8:0.2:5:2:15:12:5:3:17:15 chr4 81977730 . A T 622.21 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0282675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.228;QD=48.801;RBI=0.0286575;REFB=-0.114171;REVB=0.00471138;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512614;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0018606;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:51:0:4:47:47:0.921569:28:19:0:0:28:19:1:3 chr4 82025509 . G T 577.85 PASS AF=0.689189;AO=49;DP=75;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00469053;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.161;QD=31.2352;RBI=0.00790153;REFB=-0.0199529;REVB=-0.0063587;RO=23;SAF=27;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941995;STB=0.549;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0113618;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:23:23:49:51:0.689189:22:27:9:14:23:28:9:14 chr4 83551007 . G A 332.38 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0176322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.719;QD=32.4269;RBI=0.0176325;REFB=-0.0450603;REVB=9.82581e-05;RO=13;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131509;STB=0.571873;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00646751;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:13:28:28:0.682927:13:15:4:9:13:15:4:9 chr4 83551119 . T C 190.97 PASS AF=0.72;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0442834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.425;QD=30.5549;RBI=0.0573692;REFB=-0.0334884;REVB=0.0364719;RO=7;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120543;STB=0.571347;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0215712;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:7:7:17:18:0.72:11:6:4:3:12:6:4:3 chr4 83582064 . G T 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00674082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.981;QD=12.052;RBI=0.008934;REFB=-0.0375221;REVB=0.00586326;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289502;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0480074;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:5:4:9:3:5:4:9:4 chr4 83582211 . C G 196.05 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00423941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.078;QD=29.045;RBI=0.0455601;REFB=-0.03433;REVB=-0.0453624;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.5447;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00943025;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:27:8:8:18:19:0.703704:8:10:3:5:9:10:3:5 chr4 83778839 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0047639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.215;QD=7.96581;RBI=0.0227366;REFB=-0.00210861;REVB=0.0222319;RO=24;SAF=9;SAR=1;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449303;STB=0.797652;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00411393;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:24:26:10:10:0.277778:1:9:15:9:1:9:16:10 chr4 83788344 . A T 874.18 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602906;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.106;QD=58.2789;RBI=0.017324;REFB=0;REVB=0.016241;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09447e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr4 83792555 . C A 232.35 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2352;QD=48.9151;RBI=0.0151558;REFB=0;REVB=-0.0146948;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158988;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:8:11:0:0 chr4 83795806 . T C 460.56 PASS AF=0.833333;AO=29;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0335037;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.1603;QD=43.863;RBI=0.0744998;REFB=-0.0814768;REVB=-0.0665412;RO=5;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773494;STB=0.504948;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0168279;OID=.;OPOS=83795806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:5:7:29:35:0.833333:15:14:1:4:21:14:3:4 chr4 83838217 . G A 1080.51 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.028;QD=60.0285;RBI=0.014391;REFB=0;REVB=0.0133675;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48128e-05;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr4 83838262 . G T 544.0 PASS AF=0.566667;AO=47;DP=86;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.000584155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.447;QD=24.1775;RBI=0.0158539;REFB=-0.0202169;REVB=0.0158431;RO=39;SAF=23;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107952;STB=0.540561;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.015132;OID=.;OPOS=83838262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:90:39:39:47:51:0.566667:24:23:14:25:28:23:14:25 chr4 83839799 . A G 382.54 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.474;QD=52.7645;RBI=0.03389;REFB=-0.00683042;REVB=-0.0174404;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000360181;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:15:13:0:1:15:13:0:1 chr4 83848965 . G A 105.25 PASS AF=0.204819;AO=11;DP=84;FAO=17;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0511905;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.462;QD=5.07217;RBI=0.0586103;REFB=-0.0097949;REVB=-0.0285429;RO=40;SAF=9;SAR=2;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345942;STB=0.593949;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.066296;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:40:66:11:17:0.204819:2:9:23:17:7:10:31:35 chr4 83848976 . CAGAA C 97.72 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.000919865;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.997;QD=5.07631;RBI=0.0179881;REFB=-0.0134013;REVB=-0.0179646;RO=59;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171528;STB=0.606611;STBP=0.355;TYPE=del;VARB=0.0471274;OID=.;OPOS=83848977;OREF=AGAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207792:16:77:16:77:61:9:7:26:35:97:59:9:7:25:34 chr4 83900043 . A G 1054.94 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124259;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.206;QD=58.6079;RBI=0.0205513;REFB=-0.0835759;REVB=-0.0163693;RO=1;SAF=21;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00936528;STB=0.504949;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000565377;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:72:1:1:71:71:0.986111:50:21:0:1:50:21:0:1 chr4 84191031 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0465;QD=51.1833;RBI=0.0904543;REFB=0;REVB=0.0734392;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252018;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr4 84205872 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.168;QD=37.4885;RBI=0.0266778;REFB=0;REVB=0.00678488;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355709;OID=.;OPOS=84205872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr4 84230619 . T C 239.5 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5117;QD=50.4219;RBI=0.0669639;REFB=0;REVB=0.00936249;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253697;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:12:6:0:0:12:7:0:0 chr4 84364751 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.357;QD=62.9807;RBI=0.0227511;REFB=0;REVB=-0.0104181;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43876e-05;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr4 84370091 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.934;QD=56.1898;RBI=0.022862;REFB=0;REVB=0.0157515;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128016;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:20:7:0:0:20:8:0:0 chr4 84374480 . C T 1015.03 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1613;QD=58.8425;RBI=0.0435193;REFB=0;REVB=0.0427822;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295525;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:67:69:1:38:29:0:0:40:29:0:0 chr4 84376743 . A T 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2071;QD=58.5786;RBI=0.0988119;REFB=0;REVB=-0.0218575;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884262;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr4 84380955 . G T 428.75 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.808;QD=57.167;RBI=0.0335212;REFB=0;REVB=0.0181992;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010923;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr4 84382552 . A T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.029194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.943;QD=55.41;RBI=0.031835;REFB=-0.10597;REVB=-0.0126955;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.509431;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000432887;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:31:26:0:0:31:26:1:0 chr4 84383810 . C T 989.67 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.681;QD=59.0849;RBI=0.0344624;REFB=0;REVB=0.0289376;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37273e-05;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:24:43:0:0 chr4 85742676 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.120481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.6;QD=19.1341;RBI=0.120695;REFB=0.00942665;REVB=-0.00718222;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00529262;OID=.;OPOS=85742676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr4 85762385 . T C 154.5 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=105;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=-0.0102874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.695;QD=5.88554;RBI=0.0120543;REFB=-0.0106055;REVB=-0.00628287;RO=81;SAF=12;SAR=12;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231813;STB=0.514274;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0309125;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:81:81:24:24:0.228571:12:12:42:39:12:12:42:39 chr4 86021741 . C T 730.4 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.703;QD=63.5126;RBI=0.0393502;REFB=0;REVB=0.0202989;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224008;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:18:21:0:0:20:26:0:0 chr4 86021765 . C T 754.25 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.101581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5873;QD=54.8544;RBI=0.101694;REFB=-0.142523;REVB=0.00480186;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00530638;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:0:1:27:27:0:1 chr4 86021800 . A T 129.24 PASS AF=0.316667;AO=17;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00525466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3685;QD=8.61569;RBI=0.0128841;REFB=-0.00300992;REVB=0.0117638;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887771;STB=0.583694;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00729479;OID=.;OPOS=86021800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:41:17:19:0.316667:7:10:20:19:7:12:21:20 chr4 86021967 . C T 284.42 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.822;QD=51.7129;RBI=0.0615749;REFB=0;REVB=0.0229296;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136525;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr4 86021976 . T A 141.25 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.2807;QD=33.2344;RBI=0.00674256;REFB=-0.130855;REVB=0.00419935;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972616;OID=.;OPOS=86021976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:17:1:0:14:17:1:7:7:1:0:9:8:0:0 chr4 87024409 . T C 122.48 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.534;QD=40.8255;RBI=0.0921173;REFB=0;REVB=0.0389239;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305345;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:9:3:0:0 chr4 87684031 . A G 705.71 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.778;QD=62.7296;RBI=0.0422118;REFB=0;REVB=0.0418756;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140946;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:11:34:0:0:11:34:0:0 chr4 87690998 . A G 92.52 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0212835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.309;QD=5.28691;RBI=0.0255897;REFB=-0.00597305;REVB=0.0142073;RO=54;SAF=6;SAR=9;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564554;STB=0.529372;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0303997;OID=.;OPOS=87690998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:9:6:24:30:9:6:24:31 chr4 87706506 . T G 670.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7642;QD=62.3449;RBI=0.0315145;REFB=0;REVB=-0.00065838;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392366;OID=.;OPOS=87706506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr4 87809387 . G T 53.33 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0290078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.726;QD=7.61835;RBI=0.0364551;REFB=-0.0319556;REVB=-0.0220798;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569244;STB=0.535625;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0724627;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:11:9:4:4:11:9 chr4 88056925 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.9;QD=40.7629;RBI=0.0392495;REFB=0;REVB=0.00449326;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416305;OID=.;OPOS=88056925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr4 88057353 . G A 434.75 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0226967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0496;QD=37.8041;RBI=0.0240474;REFB=0.00166299;REVB=-0.00794581;RO=12;SAF=11;SAR=23;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537386;STB=0.502914;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.000954494;OID=.;OPOS=88057353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:23:11:4:8:23:11:4:8 chr4 88059617 . G C 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0407139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0681;QD=28.6817;RBI=0.0777936;REFB=-0.00929403;REVB=0.066289;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00214608;OID=.;OPOS=88059617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:2:0:4:5:2:0 chr4 88116518 . A G 57.73 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00577123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8063;QD=8.88178;RBI=0.015716;REFB=-0.0079307;REVB=-0.0146179;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171013;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0196549;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:26:17:17:8:9:0.346154:3:5:8:9:4:5:8:9 chr4 88258483 . T C 374.13 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0040187;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=84.1791;QD=48.275;RBI=0.0181856;REFB=-0.157557;REVB=0.017736;RO=2;SAF=17;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516604;STB=0.50823;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00167189;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:2:2:28:29:0.935484:11:17:2:0:11:18:1:1 chr4 88308235 . G A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.018248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.2;QD=3.88749;RBI=0.0389502;REFB=0.00469811;REVB=-0.0344112;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269911;STB=0.695454;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0354409;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:19:10:1:5:19:10 chr4 88333461 . C A 33.38 PASS AF=0.384615;AO=4;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=258.805;QD=10.2709;RBI=0.00932444;REFB=-0.0197934;REVB=-0.00932444;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192347;OID=.;OPOS=88333461;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:5:8:4:5:0.384615:4:0:0:5:5:0:0:8 chr4 88401616 . A G 453.66 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0357089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.203;QD=25.2035;RBI=0.0366151;REFB=-0.00935037;REVB=0.00809568;RO=29;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038072;STB=0.520824;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00582808;OID=.;OPOS=88401616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:20:23:17:12:20:23:17:12 chr4 88415636 . G C 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0100337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.419;QD=36.3121;RBI=0.0164239;REFB=-0.0138602;REVB=-0.0130026;RO=4;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185841;STB=0.510193;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00288934;OID=.;OPOS=88415636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:10:8:2:2:10:8:2:2 chr4 88416188 . G T 667.14 PASS AF=0.678571;AO=56;DP=83;FAO=57;FDP=84;FR=.;FRO=27;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0287776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.427;QD=31.7683;RBI=0.0288651;REFB=-0.0279258;REVB=-0.00224572;RO=27;SAF=33;SAR=23;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721748;STB=0.536283;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0108565;OID=.;OPOS=88416188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:27:27:56:57:0.678571:23:33:19:8:23:34:19:8 chr4 88416223 . A G 608.08 PASS AF=0.627907;AO=52;DP=84;FAO=54;FDP=86;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0176943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0377;QD=28.2827;RBI=0.0346636;REFB=-0.0173264;REVB=0.0298074;RO=32;SAF=22;SAR=30;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11982;STB=0.555535;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0144518;OID=.;OPOS=88416223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:32:32:52:54:0.627907:30:22:19:13:30:24:19:13 chr4 88534235 . A G 190.7 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.855;QD=47.6737;RBI=0.0112452;REFB=0;REVB=-0.00740149;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98518e-06;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr4 88535785 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00923983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.003;QD=3.3392;RBI=0.0891643;REFB=-0.027029;REVB=-0.0886843;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300667;STB=0.728299;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.118223;OID=.;OPOS=88535785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:32:34:6:6:0.15:5:1:12:20:5:1:13:21 chr4 88535818 . T C 32.81 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0214938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.52;QD=3.12522;RBI=0.0403264;REFB=-0.0251608;REVB=-0.0341209;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376912;STB=0.771726;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.146834;OID=.;OPOS=88535818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:42:35:36:6:6:0.142857:5:1:16:19:5:1:16:20 chr4 88535830 . TGA CAG 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0224715;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=105.6;QD=4.41849;RBI=0.0610544;REFB=-0.0207587;REVB=-0.0567686;RO=31;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362921;STB=0.756428;STBP=0.209;TYPE=mnp;VARB=0.088997;OID=.;OPOS=88535830;OREF=TGA;OALT=CAG;OMAPALT=CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:6:1:12:19:6:1:12:19 chr4 88535868 . AC GT 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0372832;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=148.246;QD=8.08966;RBI=0.0669315;REFB=-0.0277567;REVB=-0.0555858;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362847;STB=0.734989;STBP=0.187;TYPE=mnp;VARB=0.0542643;OID=.;OPOS=88535868;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:8:1:7:15:8:1:7:15 chr4 88536362 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.498;QD=37.4885;RBI=0.130079;REFB=0;REVB=0.0428179;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00328516;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr4 88584148 . C T 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0151891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7789;QD=24.2436;RBI=0.0154154;REFB=-0.0196368;REVB=0.00263158;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129597;STB=0.586136;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0143367;OID=.;OPOS=88584148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:8:17:10:9:8:17:10:10 chr4 88584160 . G A 321.12 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0254349;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.167;QD=27.9235;RBI=0.025757;REFB=-0.0337545;REVB=0.00406086;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806243;STB=0.520953;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0182671;OID=.;OPOS=88584160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:18:27:28:0.608696:10:17:10:9:11:17:10:8 chr4 88732746 . A G 72.26 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0178978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.039;QD=8.75885;RBI=0.0185085;REFB=-0.00934713;REVB=-0.00471521;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304026;STB=0.686738;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0247959;OID=.;OPOS=88732746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:13:10:7:3:13:10 chr4 88732763 . A G 78.56 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0233792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3532;QD=7.85551;RBI=0.0815745;REFB=-0.0295578;REVB=-0.0781525;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385863;STB=0.72686;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.139611;OID=.;OPOS=88732763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:40:40:28:29:11:11:0.275:8:3:17:11:8:3:17:12 chr4 88732911 . C T 104.49 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.01266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7473;QD=10.7172;RBI=0.0583116;REFB=-0.0192508;REVB=-0.0569207;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235158;STB=0.627256;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0212829;OID=.;OPOS=88732911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:26:13:13:0.333333:8:5:15:10:8:5:15:11 chr4 88767008 . G A 384.12 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999781;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.04;QD=56.9066;RBI=0.0328397;REFB=0;REVB=0.0312809;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147422;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr4 88813503 . T C 1699.77 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221378;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.935;QD=60.7062;RBI=0.045077;REFB=0;REVB=0.0392664;RO=0;SAF=44;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07735e-05;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:68:44:0:0:68:44:0:0 chr4 88815163 . A ATTAGG 161.97 PASS AF=0.318841;AO=19;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0157384;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=267.181;QD=9.38939;RBI=0.0225587;REFB=-0.0129582;REVB=-0.0161617;RO=47;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932033;STB=0.609663;STBP=0.23;TYPE=ins;VARB=0.0247282;OID=.;OPOS=88815164;OREF=-;OALT=TTAGG;OMAPALT=ATTAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841:19:69:22:69:47:10:12:14:33:99:47:7:12:14:33 chr4 89061114 . C T 52.28 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0254332;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.318;QD=5.80854;RBI=0.0279702;REFB=-0.00445801;REVB=-0.0116397;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109243;STB=0.598343;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0154397;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:13:15:5:3:14:14 chr4 89182518 . T C 293.8 PASS AF=0.92;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0406971;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.599;QD=47.0074;RBI=0.0538761;REFB=-0.0475623;REVB=0.0353042;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660323;STB=0.535684;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00241426;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:25:2:2:23:23:0.92:13:10:0:2:13:10:0:2 chr4 89300132 . GCCCCG GCCC,GCCCC,GCCCG 107.94 PASS AF=0.586207,0,0;AO=7,3,3;DP=27;FAO=17,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=14,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0620307,0.225835,-0.341368;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=25.6268,11.8887,14.7483;QD=14.8881;RBI=0.0837685,0.255579,0.341543;REFB=-0.0926718,-0.139535,-0.0383392;REVB=-0.0562969,-0.119662,0.0109186;RO=10;SAF=5,0,3;SAR=2,3,0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0.380952,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.470509,-0.573898,0.747687;STB=0.790941,0.5,0.5;STBP=0.002,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0686572,0.000481456,0;OID=.,.,.;OPOS=89300136,89300137,89300133;OREF=CG,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207,0,0:7,3,3:27:17,0,0:29:12:14,0,0:3,0,0:2:10:67:10:5,0,3:2,3,0:2:8 chr4 89311962 . T C 150.0 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=94;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.041229;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.886;QD=6.45167;RBI=0.0523481;REFB=-0.009377;REVB=0.0322566;RO=72;SAF=3;SAR=19;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590765;STB=0.860753;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0693868;OID=.;OPOS=89311962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:72:71:22:22:0.236559:19:3:44:28:19:3:43:28 chr4 89319296 . T C 205.08 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8052;QD=48.2551;RBI=0.051839;REFB=0;REVB=-0.0328277;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281493;OID=.;OPOS=89319296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr4 89397091 . A G 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0347143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1742;QD=13.0529;RBI=0.0379996;REFB=-0.0228031;REVB=0.015456;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259898;STB=0.650443;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0296957;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:17:6:17:18:17:6:17:18 chr4 89407360 . A G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00124273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.339;QD=22.7239;RBI=0.0445652;REFB=-0.0192347;REVB=-0.0445479;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291467;STB=0.64985;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0135389;OID=.;OPOS=89407360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:7:13:4:11:7:13:5:11 chr4 89415396 . T C 531.37 PASS AF=0.883721;AO=38;DP=43;FAO=38;FDP=43;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00620724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5819;QD=49.4297;RBI=0.0086334;REFB=0.00411479;REVB=-0.00600048;RO=5;SAF=14;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976765;STB=0.552402;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00549819;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:43:43:5:5:38:38:0.883721:24:14:4:1:24:14:4:1 chr4 89617387 . A G 685.1 PASS AF=0.767123;AO=56;DP=73;FAO=56;FDP=73;FR=.;FRO=17;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0398123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3153;QD=37.54;RBI=0.0408378;REFB=-0.0312377;REVB=0.00909449;RO=17;SAF=41;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134457;STB=0.572399;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0149423;OID=.;OPOS=89617387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:17:17:56:56:0.767123:15:41:8:9:15:41:8:9 chr4 89618837 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.388;QD=58.5865;RBI=0.0172025;REFB=0;REVB=0.00374202;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09724e-05;OID=.;OPOS=89618837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr4 89619275 . CA CG,TG 741.06 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=48;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273328,0.0470309;FXX=0.040808;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=243.803,69.0293;QD=63.0686;RBI=0.0402397,0.0557096;REFB=0,0;REVB=0.0295322,0.0298606;RO=0;SAF=5,0;SAR=40,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00298907,-0.0530014;OID=.,.;OPOS=89619276,89619275;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:40,2:5,0:0:0:40,2:5,0:0:0 chr4 89625427 . G C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00118433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.251;QD=9.25816;RBI=0.015911;REFB=-0.00214086;REVB=0.0158669;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430311;STB=0.786518;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00411806;OID=.;OPOS=89625427;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:26:28:12:12:0.3:10:2:13:13:10:2:15:13 chr4 89647797 . AAAC AAAA,AA,A 180.83 PASS AF=0,0,1;AO=4,6,7;DP=19;FAO=0,0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305596,0.00371198,0.0262114;FXX=0.062461;HRUN=1,7,7;LEN=1,2,3;MLLD=312.482,322.238,329.83;QD=48.2217;RBI=0.0308777,0.0109855,0.029769;REFB=0,0,0;REVB=0.00442125,0.0103394,0.0141123;RO=0;SAF=0,5,1;SAR=4,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.000115032;OID=.,.,.;OPOS=89647800,89647799,89647798;OREF=C,AC,AAC;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:4,6,7:19:0,0,15:15:0:0,0,7:0,0,8:0:0:4:0:0,5,1:4,1,6:0:0 chr4 89653155 . T G 354.19 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0403613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3179;QD=27.7795;RBI=0.0437155;REFB=-0.0150399;REVB=-0.0167932;RO=18;SAF=25;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199314;STB=0.609685;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00862662;OID=.;OPOS=89653155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:8:25:9:9:8:25:9:9 chr4 89653257 . G A 82.06 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.023074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6208;QD=4.55893;RBI=0.0231176;REFB=0.00821006;REVB=-0.00141929;RO=51;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190929;STB=0.576335;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0632156;OID=.;OPOS=89653257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:51:58:14:14:0.194444:5:9:25:26:5:9:32:26 chr4 89668859 . C T 124.81 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.00772408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9763;QD=6.24055;RBI=0.0401466;REFB=-0.00405967;REVB=-0.0393965;RO=61;SAF=11;SAR=8;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565549;STB=0.534752;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0158093;OID=.;OPOS=89668859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:61:61:19:19:0.2375:8:11:38:23:8:11:38:23 chr4 89670155 . C T 906.06 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00437073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.032;QD=56.6285;RBI=0.00545095;REFB=-0.0740916;REVB=-0.00325723;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000184252;OID=.;OPOS=89670155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:32:31:0:0:32:31:0:1 chr4 89950781 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=7.84876e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.526;QD=24.0304;RBI=0.0183634;REFB=-0.0107679;REVB=0.0183632;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149138;STB=0.508369;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00549999;OID=.;OPOS=89950781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:5:4:7:8:5:4 chr4 90168415 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.772;QD=55.0987;RBI=0.0519711;REFB=0;REVB=0.0518791;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143939;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr4 90168572 . C T 137.17 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00592306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4996;QD=11.1979;RBI=0.0460675;REFB=-0.0440185;REVB=-0.0456851;RO=30;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362299;STB=0.696885;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0498236;OID=.;OPOS=90168572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:30:33:16:16:0.326531:13:3:14:16:13:3:14:19 chr4 90169925 . A G 36.36 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0260756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.975;QD=6.92593;RBI=0.02697;REFB=-0.0135301;REVB=-0.00688794;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52373;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0288016;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:3:3:7:7:3:3:8:7 chr4 90874879 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.814;QD=47.8222;RBI=0.0120865;REFB=0;REVB=0.00688627;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166024;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr4 91291407 . C T 506.64 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0212503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.096;QD=34.3486;RBI=0.0254064;REFB=-0.0412568;REVB=0.0139251;RO=15;SAF=21;SAR=23;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577855;STB=0.531164;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0140793;OID=.;OPOS=91291407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:23:21:9:6:23:21:9:6 chr4 91584992 . A G 144.25 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0225811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.657;QD=8.61212;RBI=0.0271188;REFB=0.00211359;REVB=-0.0150174;RO=47;SAF=8;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179787;STB=0.607036;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00205724;OID=.;OPOS=91584992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:12:8:26:21:12:8:26:21 chr4 91585060 . A T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0120398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.613;QD=11.3328;RBI=0.0181313;REFB=-0.0200064;REVB=-0.0135567;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317972;STB=0.675523;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.028186;OID=.;OPOS=91585060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:9:5:17:9:9:5:17:10 chr4 92111349 . C T 86.9 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0148496;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.54;QD=10.8621;RBI=0.023324;REFB=-0.0124276;REVB=-0.017986;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309174;STB=0.718553;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0312385;OID=.;OPOS=92111349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:32:18:21:11:11:0.34375:4:7:6:12:4:7:6:15 chr4 92240278 . A T 1290.71 PASS AF=1;AO=56;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188645;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9544;QD=60.7395;RBI=0.20454;REFB=0;REVB=0.0790555;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486848;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:56:85:1:37:19:0:0:51:34:0:0 chr4 92240802 . C T 603.7 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135926;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3628;QD=61.9177;RBI=0.0670859;REFB=0;REVB=-0.0656944;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269462;OID=.;OPOS=92240802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr4 92246344 . G A 954.57 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.91;QD=58.7427;RBI=0.068202;REFB=0;REVB=0.0357291;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215915;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr4 94316763 . T G 702.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7128;QD=55.0677;RBI=0.0609714;REFB=-0.0274685;REVB=0.0255511;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00695421;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:51:1:0:49:51:1:23:26:1:0:24:27:0:0 chr4 94750513 . C CGG 86.45 PASS AF=0.386364;AO=9;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0518047;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=25.1129;QD=7.85893;RBI=0.146379;REFB=0.00228951;REVB=0.136905;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339234;STB=0.679272;STBP=0.099;TYPE=ins;VARB=-0.00142858;OID=.;OPOS=94750514;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386364:9:44:17:44:27:9:8:22:5:86:27:5:4:22:5 chr4 95134165 . C G,T 270.77 PASS AF=0.727273,0.272727;AO=16,4;DP=20;FAO=16,6;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321773,0.0167826;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.8224,97.4797;QD=49.2307;RBI=0.032756,0.0169531;REFB=0,0;REVB=-0.00613033,-0.00239889;RO=0;SAF=13,0;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.78418e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0106669,0.0722413;OID=.,.;OPOS=95134165,95134165;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:20:22:0:0:16,4:16,6:0.727273,0.272727:3,4:13,0:0:0:3,5:13,1:0:0 chr4 95169682 . G T 374.48 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00254221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4801;QD=49.9305;RBI=0.0487317;REFB=-0.0399032;REVB=0.0486654;RO=2;SAF=7;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403291;STB=0.521723;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0200119;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:21:7:1:1:21:7:1:1 chr4 95170839 . G A 805.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.161;QD=64.4113;RBI=0.0500625;REFB=0;REVB=0.0464541;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201071;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr4 95173779 . T C 548.91 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4567;QD=59.3417;RBI=0.0508752;REFB=0;REVB=0.0105883;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877606;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr4 95186055 . A G 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00684742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.526;QD=58.649;RBI=0.0193555;REFB=-0.0409264;REVB=-0.0181038;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00013671;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:25:15:0:0:25:15:0:1 chr4 95197520 . C T 1061.81 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.796;QD=59.8203;RBI=0.0183217;REFB=0;REVB=0.0179835;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39599e-05;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr4 95211610 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.993;QD=58.141;RBI=0.0130354;REFB=0;REVB=-0.00718128;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22425e-05;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr4 95506827 . G A 633.51 PASS AF=0.746479;AO=53;DP=71;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0304552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.97;QD=35.6906;RBI=0.111539;REFB=-0.0445607;REVB=-0.1073;RO=18;SAF=35;SAR=18;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256319;STB=0.513794;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0126999;OID=.;OPOS=95506827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:18:18:53:53:0.746479:18:35:11:7:18:35:11:7 chr4 95531417 . A G 67.81 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00554618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.35;QD=5.42448;RBI=0.0149425;REFB=-0.011837;REVB=-0.0138751;RO=39;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293318;STB=0.682556;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0290935;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:39:40:10:10:0.2:3:7:18:21:3:7:19:21 chr4 95539267 . G A 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.315;QD=58.1336;RBI=0.0325237;REFB=0;REVB=0.0228787;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58901e-06;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr4 95578588 . G A 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4901;QD=62.3103;RBI=0.0148073;REFB=0;REVB=0.0146057;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61447e-05;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr4 95588075 . G A 714.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539443;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.109;QD=57.1388;RBI=0.0229863;REFB=0;REVB=0.0223444;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651632;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:31:19:0:0 chr4 96075965 . C T 79.09 PASS AF=0.229167;AO=10;DP=47;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0168132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.98;QD=6.59045;RBI=0.0305501;REFB=-0.00884824;REVB=0.0255073;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327838;STB=0.727224;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.038571;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:48:37:37:10:11:0.229167:6:4:25:12:7:4:25:12 chr4 96106322 . A G 264.04 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0407312;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.809;QD=12.725;RBI=0.0411701;REFB=-0.00336095;REVB=0.0059958;RO=48;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152827;STB=0.58003;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00520538;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:52:31:31:0.373494:17:14:15:33:17:14:17:35 chr4 96123981 . C T 107.37 PASS AF=0.285714;AO=13;DP=48;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0147294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.647;QD=8.76483;RBI=0.0279853;REFB=-0.0147751;REVB=-0.0237954;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962662;STB=0.530569;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0240305;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:35:35:13:14:0.285714:6:7:16:19:7:7:16:19 chr4 96127869 . T G 77.27 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00716286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.221;QD=6.06048;RBI=0.00863168;REFB=-0.00538464;REVB=-0.00481657;RO=36;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262346;STB=0.662867;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0140248;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:36:40:11:11:0.215686:4:7:15:21:4:7:17:23 chr4 96169733 . G T 197.21 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000326393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3588;QD=26.2942;RBI=0.0562812;REFB=-0.0280392;REVB=-0.0562803;RO=11;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270717;STB=0.651997;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0282537;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:15:4:6:5:15:4:6:5 chr4 96256616 . A G 369.6 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0810101;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1239;QD=27.3778;RBI=0.0811528;REFB=0.0121326;REVB=0.00481152;RO=19;SAF=19;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145419;STB=0.579345;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00365263;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:19:19:35:35:0.648148:16:19:6:13:16:19:6:13 chr4 96256673 . G A 1048.08 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00947767;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.04;QD=58.2269;RBI=0.012519;REFB=-0.042678;REVB=0.0081792;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.507934;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000209437;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:39:31:1:0:40:31:1:0 chr4 97270063 . C A 110.17 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.000952053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.806;QD=13.3538;RBI=0.0273949;REFB=-0.0107648;REVB=0.0273784;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426609;STB=0.684416;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0287627;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:20:13:13:0.393939:8:5:13:2:8:5:14:6 chr4 98633938 . CTTA CTA,CTT 34.2 PASS AF=0,0.3125;AO=7,11;DP=32;FAO=0,10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=0,2;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.661095,-0.0506861;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=16.8777,13.4696;QD=4.27448;RBI=0.661448,0.277497;REFB=-0.00736218,-0.0769899;REVB=-0.0215883,-0.272829;RO=9;SAF=7,0;SAR=0,11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.844818,0;STB=0.5,0.644839;STBP=1,0.326;TYPE=del,del;VARB=0,0.106266;OID=.,.;OPOS=98633939,98633941;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=CTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.3125:7,11:32:0,10:32:22:0,2:0,8:8:14:35:9:7,0:0,11:0:9 chr4 98893437 . A G 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.036712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.417;QD=22.6765;RBI=0.0429995;REFB=0.00268098;REVB=-0.0223872;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671499;STB=0.538382;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.000807665;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:3:2:3:7:3:2 chr4 98893476 . C T 178.5 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0162767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6272;QD=31.0432;RBI=0.0310613;REFB=-0.0621879;REVB=0.0264551;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532951;STB=0.507683;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0117459;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:5:6:17:17:0.73913:9:8:3:2:9:8:3:3 chr4 99049593 . A G 86.92 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0162323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.911;QD=12.8768;RBI=0.0186066;REFB=-0.00885781;REVB=0.00909503;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252639;STB=0.610474;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00511015;OID=.;OPOS=99049593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:15:16:10:11:0.407407:2:8:9:6:3:8:9:7 chr4 99850126 . A G 238.62 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0158989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9431;QD=23.8624;RBI=0.0283384;REFB=-0.0291474;REVB=0.0234582;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354642;STB=0.509083;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.01597;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:14:9:7:9:14:9:7:10 chr4 99952710 . A G 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.000986917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.601;QD=8.5266;RBI=0.00933104;REFB=-0.00405364;REVB=0.0092787;RO=55;SAF=17;SAR=6;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210446;STB=0.621577;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00857878;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:56:23:23:0.291139:6:17:32:23:6:17:33:23 chr4 100045574 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.23;QD=48.7372;RBI=0.0420343;REFB=0;REVB=0.00637184;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433582;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr4 100045616 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.876;QD=48.7373;RBI=0.0264644;REFB=0;REVB=0.0187737;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50298e-06;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr4 100045647 . A G 156.6 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.49;QD=44.7426;RBI=0.0608216;REFB=0;REVB=0.049042;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800044;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr4 100048414 . T C 718.17 PASS AF=0.978723;AO=40;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180674;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.296;QD=61.1204;RBI=0.0285466;REFB=-0.0320435;REVB=0.0221015;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5102;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000195284;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:0:1:40:46:0.978723:23:17:0:0:24:22:0:1 chr4 100052733 . C A 525.72 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.499;QD=58.4137;RBI=0.0178157;REFB=0;REVB=0.0171223;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468971;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:14:20:0:0:16:20:0:0 chr4 100062819 . A G 920.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.281;QD=58.4441;RBI=0.0283764;REFB=0;REVB=0.0212365;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95997e-05;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr4 100064305 . C G 678.52 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606951;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.793;QD=63.1186;RBI=0.0193078;REFB=0;REVB=0.018329;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262386;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr4 100064368 . G C 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0433932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1347;QD=3.83343;RBI=0.0433935;REFB=0.0079382;REVB=-0.000165546;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136853;STB=0.582546;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0327109;OID=.;OPOS=100064368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:19:16:4:3:19:17 chr4 100140306 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.691;QD=51.9167;RBI=0.0355817;REFB=0;REVB=-0.0298186;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884671;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr4 100203447 . A C 381.23 PASS AF=0.558824;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00332577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.995;QD=22.4251;RBI=0.00371388;REFB=-0.0169795;REVB=0.00165293;RO=28;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204408;STB=0.602838;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0122983;OID=.;OPOS=100203447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:28:30:37:38:0.558824:24:13:17:11:25:13:17:13 chr4 100235053 . A G 484.07 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0290344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0987;QD=23.6132;RBI=0.0357907;REFB=0.0127563;REVB=-0.0209279;RO=36;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303001;STB=0.516641;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00997243;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:46:46:0.560976:20:26:19:17:20:26:19:17 chr4 100239319 . T C 1175.17 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359313;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6369;QD=61.0477;RBI=0.0277895;REFB=0;REVB=0.0275562;RO=0;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14723e-05;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:51:26:0:0:51:26:0:0 chr4 100266133 . T C 284.28 PASS AF=0.3;AO=38;DP=129;FAO=39;FDP=130;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.00600305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.411;QD=8.74721;RBI=0.0264378;REFB=-0.0280781;REVB=0.0257472;RO=91;SAF=25;SAR=13;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2134;STB=0.63151;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0417167;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:91:91:38:39:0.3:13:25:44:47:13:26:44:47 chr4 100268190 . A C 1495.15 PASS AF=0.989583;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0590883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5269;QD=62.2978;RBI=0.0599651;REFB=-0.0749511;REVB=-0.0102171;RO=1;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111562;STB=0.505881;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000629103;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:95:95:0.989583:42:53:0:1:42:53:0:1 chr4 100356178 . AC AT,TT 56.56 PASS AF=0.170732,0.0487805;AO=7,2;DP=42;FAO=7,2;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4,1;FSAR=3,1;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0518802,-0.0177107;FXX=0.0238039;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=119.337,136.563;QD=5.51766;RBI=0.051921,0.0181722;REFB=-0.00820302,-0.0119305;REVB=-0.00205822,0.00406945;RO=32;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0109203,-0.0547481;STB=0.507441,0.558248;STBP=1,0.855;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0346037,0.0311302;OID=.,.;OPOS=100356179,100356178;OREF=C,AC;OALT=T,TT;OMAPALT=AT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:42:41:32:32:7,2:7,2:0.170732,0.0487805:3,1:4,1:18:14:3,1:4,1:18:14 chr4 100443720 . G A 411.05 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00369617;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.2005;QD=29.3605;RBI=0.0340345;REFB=0.00737564;REVB=-0.0338332;RO=18;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.563535;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00419018;OID=.;OPOS=100443720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:18:20:13:5:18:20:13:5 chr4 100443782 . T C 306.54 PASS AF=0.609756;AO=19;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0261697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.391;QD=29.9065;RBI=0.0263218;REFB=-0.0196945;REVB=-0.00282581;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321207;STB=0.61634;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0169684;OID=.;OPOS=100443782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:19:25:0.609756:15:4:8:6:18:7:8:6 chr4 100510859 . T C 359.66 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0521227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.709;QD=37.8592;RBI=0.0543122;REFB=-0.0318973;REVB=0.0152656;RO=9;SAF=11;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797762;STB=0.543366;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00956998;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:18:11:5:4:18:11:5:4 chr4 100516022 . C G 387.0 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00363535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.585;QD=30.3527;RBI=0.00753759;REFB=0.0117228;REVB=-0.00660299;RO=16;SAF=19;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965654;STB=0.552543;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00394569;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:16:19:6:10:16:19:6:10 chr4 100572668 . G C 207.04 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0258112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.783;QD=24.3573;RBI=0.0285423;REFB=-0.017775;REVB=-0.012184;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107084;STB=0.559938;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0178193;OID=.;OPOS=100572668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:6:8:14:6:6:8 chr4 100784980 . C T 35.73 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.000912602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.45;QD=5.95526;RBI=0.0106369;REFB=-0.0169856;REVB=-0.0105977;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156386;STB=0.5997;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0209776;OID=.;OPOS=100784980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:14:4:2:4:14:4 chr4 100805207 . C A 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00742207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.13;QD=57.5447;RBI=0.0239648;REFB=0;REVB=0.0227865;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72716e-05;OID=.;OPOS=100805207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:20:37:0:0:20:38:0:0 chr4 101331502 . A AT 35.82 PASS AF=0.123457;AO=11;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0642439;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.489;QD=1.76868;RBI=0.0692885;REFB=-0.000780982;REVB=-0.0259542;RO=68;SAF=4;SAR=7;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338817;STB=0.85272;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00404154;OID=.;OPOS=101331503;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123457:11:81:10:81:71:2:8:46:25:35:68:4:7:44:24 chr4 101401161 . TAAC T 632.49 PASS AF=0.857143;AO=58;DP=67;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0159553;FXX=0.0410903;HRUN=2;LEN=3;MLLD=212.863;QD=36.1421;RBI=0.0159564;REFB=-0.0272871;REVB=-0.000182008;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542843;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=0.00364013;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:58:67:60:70:10:30:30:8:2:25:0:28:30:0:0 chr4 102251501 . T C 647.33 PASS AF=0.651163;AO=57;DP=88;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00372938;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3733;QD=30.1082;RBI=0.0582245;REFB=0.0078845;REVB=0.058105;RO=30;SAF=26;SAR=31;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280526;STB=0.512496;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00245635;OID=.;OPOS=102251501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:30:30:57:56:0.651163:31:26:15:15:30:26:15:15 chr4 102751076 . G A 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00356084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.836;QD=9.25769;RBI=0.0233183;REFB=-0.00287375;REVB=-0.0230449;RO=54;SAF=13;SAR=11;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920861;STB=0.554326;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00347495;OID=.;OPOS=102751076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:11:13:25:29:11:13:25:29 chr4 102751276 . C T 611.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.51;QD=61.1798;RBI=0.0596346;REFB=0;REVB=0.0590141;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109794;OID=.;OPOS=102751276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:14:24:0:0:16:24:0:0 chr4 102816467 . C G 176.47 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00310703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.963;QD=8.40314;RBI=0.0108063;REFB=-0.0148718;REVB=0.01035;RO=60;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332151;STB=0.69823;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0216127;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:60:60:24:24:0.285714:7:17:26:34:7:17:26:34 chr4 102965043 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.847;QD=58.1411;RBI=0.028404;REFB=0;REVB=0.0207668;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226929;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr4 103514658 . T C 989.24 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.721;QD=59.0593;RBI=0.0138881;REFB=0;REVB=0.00889675;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37932e-05;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:25:41:0:0:25:42:0:0 chr4 103555992 . A G 940.88 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00414949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3239;QD=57.0232;RBI=0.0774716;REFB=0.0160186;REVB=-0.0773603;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000998839;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:33:32:0:1:33:32:0:1 chr4 103557077 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.869;QD=56.1869;RBI=0.0454208;REFB=0;REVB=0.0167427;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117129;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr4 103808862 . T C 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0166847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.898;QD=21.3532;RBI=0.0173952;REFB=-0.0177025;REVB=0.00492051;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0188436;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:4:5:8:5:4:5 chr4 103866480 . G A 108.82 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0189201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.323;QD=24.1819;RBI=0.0373726;REFB=-0.0240581;REVB=0.0322295;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184829;STB=0.610935;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00476514;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:5:6:5:1:6:6:5:1 chr4 103911069 . C A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0157619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.013;QD=46.0581;RBI=0.0157675;REFB=-0.050307;REVB=0.000422352;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00102783;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr4 103964529 . A C 369.21 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0123839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.652;QD=27.3491;RBI=0.0127784;REFB=0.00250886;REVB=-0.00315038;RO=18;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100651;STB=0.502701;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00120327;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:19:35:35:0.648148:15:20:10:8:15:20:11:8 chr4 104000922 . T C 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0303445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9392;QD=22.6308;RBI=0.0322436;REFB=0.00314598;REVB=0.0109022;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118466;STB=0.545384;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.00289774;OID=.;OPOS=104000922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:8:5:4:3:8:5:4:4 chr4 104013796 . T C 462.1 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.021925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.632;QD=42.0088;RBI=0.0391152;REFB=-0.0140927;REVB=0.0323928;RO=9;SAF=21;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174688;STB=0.509429;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0022448;OID=.;OPOS=104013796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:14:21:5:4:14:21:5:4 chr4 104061993 . C G 597.8 PASS AF=0.675325;AO=52;DP=77;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00992308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.403;QD=31.0545;RBI=0.0250003;REFB=-0.0212256;REVB=0.0229467;RO=23;SAF=27;SAR=25;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00142528;STB=0.50025;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112522;OID=.;OPOS=104061993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:25:52:52:0.675325:25:27:12:11:25:27:13:12 chr4 104062223 . C T 115.61 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0384602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.422;QD=30.8302;RBI=0.0384602;REFB=-0.0119927;REVB=5.32775e-05;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903656;STB=0.550477;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00288854;OID=.;OPOS=104062223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:2:1:7:5:2:1 chr4 104067200 . G C 374.36 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0217188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.88;QD=31.8604;RBI=0.0260129;REFB=-0.0163299;REVB=0.0143165;RO=16;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095443;STB=0.552291;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00750477;OID=.;OPOS=104067200;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:20:11:8:8:20:11:8:8 chr4 104082349 . C T 153.52 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0125474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.755;QD=21.931;RBI=0.0281523;REFB=-0.0177209;REVB=-0.0252015;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341381;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0180481;OID=.;OPOS=104082349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:4:8:10:6:4:8 chr4 104117412 . AAAC A 70.17 PASS AF=0.375;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0665366;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=3;MLLD=133.633;QD=8.77172;RBI=0.066797;REFB=-0.0309022;REVB=-0.00589208;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325354;STB=0.719653;STBP=0.088;TYPE=del;VARB=0.0328921;OID=.;OPOS=104117413;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:11:26:12:32:20:4:8:14:6:70:11:3:8:7:4 chr4 106159644 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.299;QD=50.4135;RBI=0.0244915;REFB=0;REVB=0.00393822;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06265e-05;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr4 106317429 . C G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.99;QD=51.1784;RBI=0.0421678;REFB=0;REVB=0.0220636;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328622;OID=.;OPOS=106317429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr4 106474096 . T C 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00473949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.257;QD=52.9617;RBI=0.0114361;REFB=0.02442;REVB=0.0104078;RO=2;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373616;STB=0.519988;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00038582;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:24:9:0:2:24:9:0:2 chr4 106861730 . A G 1015.21 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600048;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.639;QD=58.8529;RBI=0.0610062;REFB=0;REVB=-0.0110078;RO=0;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271557;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:53:14:0:0:54:15:0:0 chr4 106924931 . G A 445.39 PASS AF=0.65625;AO=41;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0627123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3065;QD=27.8371;RBI=0.0629402;REFB=-0.0183819;REVB=-0.00535137;RO=22;SAF=24;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339086;STB=0.514745;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00914241;OID=.;OPOS=106924931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:41:42:0.65625:17:24:14:8:17:25:14:8 chr4 107168431 . G C 715.7 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163367;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9095;QD=57.2562;RBI=0.0409185;REFB=0;REVB=0.0375158;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700861;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chr4 108641300 . T C 1168.27 PASS AF=0.987805;AO=76;DP=79;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.922;QD=56.9887;RBI=0.0311423;REFB=-0.145395;REVB=-0.0270307;RO=3;SAF=29;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021561;STB=0.504949;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00155122;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:82:3:1:76:81:0.987805:47:29:2:1:50:31:0:1 chr4 108641317 . G A,C 1126.56 PASS AF=0.9375,0.0375;AO=75,3;DP=80;FAO=75,3;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=24,0;FSAR=51,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0423963,-0.0472492;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=45.0773,10.7794;QD=56.3282;RBI=0.0927018,0.0745201;REFB=-0.130352,-0.225574;REVB=0.0824389,-0.057626;RO=2;SAF=24,0;SAR=51,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0101182,-0.692188;STB=0.505349,0.994603;STBP=0.559,0.202;TYPE=snp,snp;VARB=0.000914265,0.234427;OID=.,.;OPOS=108641317,108641317;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:80:80:2:2:75,3:75,3:0.9375,0.0375:51,3:24,0:1:1:51,3:24,0:1:1 chr4 108931039 . T C 743.12 PASS AF=0.96;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0908118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3996;QD=59.4498;RBI=0.0908894;REFB=-0.0574507;REVB=0.00375296;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.526305;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00618607;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:50:1:2:48:48:0.96:30:18:1:0:30:18:2:0 chr4 109461985 . A G 281.13 PASS AF=0.75;AO=23;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.016682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.096;QD=35.1406;RBI=0.021735;REFB=-0.0153133;REVB=0.0139328;RO=8;SAF=12;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690702;STB=0.531224;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00414327;OID=.;OPOS=109461985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:32:8:8:23:24:0.75:11:12:3:5:12:12:3:5 chr4 109478108 . C G 52.4 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0107706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6492;QD=6.98627;RBI=0.0697149;REFB=-0.000714417;REVB=-0.0688778;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246752;STB=0.655357;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000220503;OID=.;OPOS=109478108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:13:9:5:3:13:9 chr4 109541499 . C T 112.67 PASS AF=0.227848;AO=17;DP=77;FAO=18;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0605042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.027;QD=5.70471;RBI=0.0816143;REFB=-0.00374912;REVB=0.0547735;RO=60;SAF=8;SAR=9;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036594;STB=0.506322;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0191784;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:60:61:17:18:0.227848:9:8:30:30:9:9:31:30 chr4 109735133 . T C 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00905643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.935;QD=9.7583;RBI=0.038128;REFB=-0.0172886;REVB=0.0370368;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0518448;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr4 109769899 . C T 972.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00990301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1697;QD=58.9609;RBI=0.0352435;REFB=0;REVB=0.0338236;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115771;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr4 109895718 . GAA GA,G 139.78 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529602,0.0341213;FXX=0.0555247;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=10.8833,8.73816;QD=32.8895;RBI=0.0741221,0.0438091;REFB=0,0;REVB=-0.0518585,-0.0274768;RO=1;SAF=3,1;SAR=10,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128507,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00137684,0;OID=.,.;OPOS=109895719,109895719;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,2:18:17,0:17:0:5,0:12,0:0:0:3:1:3,1:10,1:1:0 chr4 109969337 . G T 174.11 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00156267;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.6;QD=19.3458;RBI=0.00274062;REFB=-0.0106617;REVB=-0.00225146;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522875;STB=0.529573;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00898201;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:12:6:7:11:12:6 chr4 110603784 . T C 592.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6282;QD=60.7991;RBI=0.0198434;REFB=0;REVB=-0.0188691;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214661;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr4 110605744 . A T 1208.96 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.214;QD=61.2131;RBI=0.0421981;REFB=0;REVB=-0.00422983;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84982e-05;OID=.;OPOS=110605744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:47:31:0:0:47:32:0:0 chr4 110638810 . C T 1136.17 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.653;QD=60.5955;RBI=0.0661473;REFB=0;REVB=0.0336527;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124759;OID=.;OPOS=110638810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:42:31:0:0:43:32:0:0 chr4 110661937 . G A 190.96 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.377;QD=47.74;RBI=0.0225336;REFB=0;REVB=0.0217981;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129027;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr4 110667590 . C T 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0271201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.693;QD=6.4152;RBI=0.0307898;REFB=-0.00534489;REVB=-0.0145777;RO=38;SAF=3;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369876;STB=0.734871;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0412757;OID=.;OPOS=110667590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:8:3:22:16:8:3:22:16 chr4 110678925 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5635;QD=55.6518;RBI=0.0408526;REFB=0;REVB=-0.0246556;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130474;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr4 110737389 . T C 676.39 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.539;QD=61.4896;RBI=0.0613571;REFB=0;REVB=-0.00941624;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679134;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:31:13:0:0 chr4 110757224 . G A 246.15 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0182884;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.776;QD=9.28855;RBI=0.034002;REFB=-0.00203695;REVB=-0.0286648;RO=72;SAF=14;SAR=19;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569696;STB=0.528985;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00446403;OID=.;OPOS=110757224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:72:73:33:33:0.311321:19:14:34:38:19:14:34:39 chr4 110757287 . G A 194.77 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.0274517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.091;QD=8.2881;RBI=0.0315694;REFB=-0.00299792;REVB=-0.0155895;RO=66;SAF=8;SAR=18;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188243;STB=0.6249;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0133;OID=.;OPOS=110757287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:66:68:26:26:0.276596:18:8:30:36:18:8:32:36 chr4 110773067 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00771909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.621;QD=10.0339;RBI=0.0420178;REFB=-0.0289451;REVB=-0.0413027;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569741;STB=0.847251;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0338653;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:1:6:1:4:1:6 chr4 110790911 . A T 559.91 PASS AF=0.75;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00187574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.322;QD=34.9943;RBI=0.0127944;REFB=-0.0140392;REVB=0.0126562;RO=16;SAF=27;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584531;STB=0.531483;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00477871;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:16:16:48:48:0.75:21:27:7:9:21:27:7:9 chr4 110791543 . C T 109.12 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0166341;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.812;QD=7.15532;RBI=0.0189572;REFB=0.00548862;REVB=0.00909297;RO=45;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252445;STB=0.515399;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0175864;OID=.;OPOS=110791543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:45:45:16:16:0.262295:10:6:16:29:10:6:16:29 chr4 110883121 . G A 252.45 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00943927;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.785;QD=26.5742;RBI=0.0141261;REFB=-0.0325607;REVB=0.0105094;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354642;STB=0.503594;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0224952;OID=.;OPOS=110883121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:16:15:23:23:0.605263:14:9:7:9:14:9:6:9 chr4 110901198 . G A 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.164;QD=60.7162;RBI=0.0395345;REFB=0;REVB=0.0264329;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73709e-05;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:52:24:0:0:52:24:0:0 chr4 110902111 . A T 476.94 PASS AF=0.637681;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0214832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9451;QD=27.6485;RBI=0.0223253;REFB=-0.0260815;REVB=-0.00607383;RO=25;SAF=9;SAR=35;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731998;STB=0.54;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0118539;OID=.;OPOS=110902111;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:44:44:0.637681:35:9:7:18:35:9:7:18 chr4 110914427 . A T 874.04 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4031;QD=57.3143;RBI=0.0360598;REFB=0;REVB=0.0106496;RO=1;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111061;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503921;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:18:42:1:0:18:43:0:0 chr4 110971030 . G T 736.41 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6575;QD=62.6732;RBI=0.0649379;REFB=0;REVB=-0.0418216;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132349;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr4 111398208 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3883;QD=59.0183;RBI=0.051199;REFB=0;REVB=0.0505437;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108347;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr4 111409705 . T C 683.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.755;QD=60.7182;RBI=0.0377871;REFB=0;REVB=-0.015335;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430226;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:23:22:0:0 chr4 111542124 . G A 1072.37 PASS AF=0.796296;AO=86;DP=108;FAO=86;FDP=108;FR=.;FRO=22;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00157383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.936;QD=39.7174;RBI=0.0308514;REFB=-0.0183246;REVB=0.0308113;RO=22;SAF=44;SAR=42;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651778;STB=0.534735;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00320027;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:22:22:86:86:0.796296:42:44:15:7:42:44:15:7 chr4 111542154 . G A 1081.38 PASS AF=0.758621;AO=87;DP=115;FAO=88;FDP=116;FR=.;FRO=28;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.0185436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.39;QD=37.2888;RBI=0.0275741;REFB=-0.018117;REVB=0.0204075;RO=27;SAF=50;SAR=37;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128509;STB=0.570268;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00382993;OID=.;OPOS=111542154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:27:28:87:88:0.758621:37:50:23:4:37:51:24:4 chr4 112252643 . G T 137.16 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6891;QD=39.1889;RBI=0.0530119;REFB=-0.0168656;REVB=0.0293551;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0228442;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr4 113198805 . G C 32.93 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0395369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0923;QD=2.99321;RBI=0.0446057;REFB=0.00407448;REVB=-0.020652;RO=34;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253343;STB=0.658615;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0326121;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:34:38:6:6:0.136364:3:3:10:24:3:3:12:26 chr4 113199075 . A G 115.65 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.060408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9991;QD=7.22823;RBI=0.0685505;REFB=-0.0052709;REVB=-0.0324044;RO=45;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875962;STB=0.556352;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0228824;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:47:17:17:0.265625:11:6:19:26:11:6:20:27 chr4 113344925 . C T 79.53 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00816825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.128;QD=8.83675;RBI=0.00912861;REFB=-0.0129859;REVB=-0.00407569;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265878;STB=0.600962;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0347044;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:35:36:23:25:10:11:0.305556:8:2:9:14:8:3:10:15 chr4 113347611 . T C 46.44 PASS AF=0.162162;AO=4;DP=36;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00879837;FXX=0.0512689;HRUN=10;LEN=1;MLLD=188.873;QD=5.0205;RBI=0.00990338;REFB=-0.000902497;REVB=-0.00454594;RO=12;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582086;STB=0.91648;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0158127;OID=.;OPOS=113347611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:37:12:23:4:6:0.162162:1:3:2:10:1:5:4:19 chr4 113352397 . G A 40.12 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00602615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.25;QD=3.20975;RBI=0.0176883;REFB=0.00335527;REVB=0.0166301;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00980894;STB=0.507022;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.024865;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:5:2:12:31:5:2:12:31 chr4 113352899 . G A 101.35 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0480649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.755;QD=6.87138;RBI=0.0580508;REFB=-0.0152405;REVB=-0.0325524;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228955;STB=0.608361;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0516648;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:41:44:15:15:0.254237:7:8:14:27:7:8:17:27 chr4 113353285 . T C 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0188736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.374;QD=5.84482;RBI=0.0310195;REFB=-0.000768608;REVB=-0.024617;RO=36;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536918;STB=0.832208;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00458513;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:36:37:10:10:0.212766:7:3:28:8:7:3:29:8 chr4 113359703 . A G 99.2 PASS AF=0.245902;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0145288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.744;QD=6.50467;RBI=0.0242483;REFB=-0.0128459;REVB=-0.0194137;RO=46;SAF=8;SAR=7;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932735;STB=0.557447;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0363344;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:46:46:15:15:0.245902:7:8:28:18:7:8:28:18 chr4 113362316 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00610203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.655;QD=4.15608;RBI=0.00670365;REFB=-0.00266594;REVB=0.00277563;RO=27;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179959;STB=0.624574;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0107073;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:4:2:13:14:4:2:13:14 chr4 113362622 . C G 93.68 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0444229;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1684;QD=9.36758;RBI=0.0482475;REFB=-0.00274211;REVB=-0.0188264;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116635;STB=0.583194;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00439721;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:40:27:28:12:12:0.3:5:7:13:14:5:7:13:15 chr4 113436044 . T G 128.04 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0275;QD=42.6797;RBI=0.00787267;REFB=0;REVB=0.00482667;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356144;OID=.;OPOS=113436044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:9:1:0:0:11:1:0:0 chr4 113539969 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0321052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.89;QD=25.4666;RBI=0.0326726;REFB=-0.0411704;REVB=0.00606223;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671366;STB=0.538372;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0195296;OID=.;OPOS=113539969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:1:2:7:2:1:2 chr4 113549989 . G A 37.85 PASS AF=0.545455;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00523792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.336;QD=13.7622;RBI=0.0354329;REFB=-0.00505782;REVB=0.0350436;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.805371;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00924344;OID=.;OPOS=113549989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:5:5:6:0.545455:4:1:4:1:5:1:4:1 chr4 114081490 . A G 129.4 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.755;QD=43.1321;RBI=0.0406089;REFB=0;REVB=0.0241882;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549047;OID=.;OPOS=114081490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:5:7:0:0 chr4 114276884 . A G 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0010738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4257;QD=10.1671;RBI=0.01991;REFB=0.0125321;REVB=0.019881;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0217762;OID=.;OPOS=114276884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:10:12:6:5:10:12 chr4 114278277 . C T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0100801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9871;QD=10.5416;RBI=0.0699112;REFB=0.0154442;REVB=0.0691807;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126972;STB=0.576134;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.024205;OID=.;OPOS=114278277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:9:12:5:6:9:12 chr4 114294308 . T C 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0121893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2071;QD=4.85351;RBI=0.0129387;REFB=-0.00863554;REVB=0.00433936;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184299;STB=0.624625;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0406839;OID=.;OPOS=114294308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:5:2:12:16:5:2:12:16 chr4 114309839 . C T 468.34 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00100327;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.597;QD=22.5707;RBI=0.00832293;REFB=-0.00594372;REVB=-0.00826224;RO=38;SAF=26;SAR=19;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15186;STB=0.583608;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00359884;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:38:38:45:45:0.542169:19:26:15:23:19:26:15:23 chr4 114341210 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.443;QD=61.6813;RBI=0.0438453;REFB=0;REVB=0.0191032;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138237;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:35:41:1:20:15:0:0:20:21:0:0 chr4 114341584 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0655602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.261;QD=24.0667;RBI=0.0716289;REFB=-0.00671795;REVB=-0.028854;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685942;STB=0.538414;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.028332;OID=.;OPOS=114341584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:4:6:8:8:4:6 chr4 114341631 . T C 167.97 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.120834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.298;QD=41.9919;RBI=0.121576;REFB=-0.0960535;REVB=0.013409;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00108085;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:0:1:15:15:0.9375:9:6:0:0:9:6:1:0 chr4 114376933 . G A 377.83 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.00492348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3246;QD=21.5902;RBI=0.00658896;REFB=-0.00921834;REVB=-0.00437878;RO=32;SAF=18;SAR=20;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215552;STB=0.618263;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00578891;OID=.;OPOS=114376933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:20:18:7:25:20:18:7:25 chr4 114429407 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0219614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5359;QD=12.7302;RBI=0.0220012;REFB=-0.0338252;REVB=-0.00132274;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0182471;OID=.;OPOS=114429407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:5:7:4:5:5:7 chr4 114822485 . G A 668.7 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00361011;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.064;QD=58.1479;RBI=0.00787747;REFB=-0.0292956;REVB=-0.00700155;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408068;STB=0.521729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-7.36797e-05;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:22:22:0:2:22:22:0:2 chr4 115544714 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.89;QD=60.6086;RBI=0.0458919;REFB=0;REVB=0.00857719;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361113;OID=.;OPOS=115544714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr4 115577997 . C G 912.0 PASS AF=0.683761;AO=77;DP=119;FAO=80;FDP=117;FR=.;FRO=37;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0204753;FXX=0.0330551;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.721;QD=31.1795;RBI=0.0205819;REFB=-0.0346789;REVB=0.00209143;RO=36;SAF=47;SAR=30;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100619;STB=0.549695;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0177757;OID=.;OPOS=115577997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:36:37:77:80:0.683761:30:47:16:20:33:47:16:21 chr4 115589302 . A G 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0557118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5935;QD=58.0567;RBI=0.0566096;REFB=0;REVB=-0.0100421;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462918;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr4 118005484 . T C 766.45 PASS AF=0.653061;AO=64;DP=98;FAO=64;FDP=98;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00357286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.041;QD=31.2835;RBI=0.00390923;REFB=-0.020929;REVB=-0.00158641;RO=34;SAF=39;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531273;STB=0.528761;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0106509;OID=.;OPOS=118005484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:34:34:64:64:0.653061:25:39:18:16:25:39:18:16 chr4 119237348 . T C 610.39 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0388931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.488;QD=56.7802;RBI=0.0430464;REFB=0.0133026;REVB=0.0184478;RO=2;SAF=24;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00765436;STB=0.504082;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.000767993;OID=.;OPOS=119237348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:17:24:1:1:17:24:1:1 chr4 119273712 . CTCG GGTC,GTCG 148.84 PASS AF=0.05,0.7;AO=2,12;DP=20;FAO=1,14;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=1,11;FSAR=0,3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0262706,0.0382063;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=48.8969,64.7525;QD=29.7683;RBI=0.213074,0.234428;REFB=0.00844628,0.00448743;REVB=-0.211448,-0.231294;RO=5;SAF=1,11;SAR=1,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576642,-0.167444;STB=0.5,0.592476;STBP=1,0.338;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0238215,-0.00870584;OID=.,.;OPOS=119273712,119273712;OREF=CTCG,C;OALT=GGTC,G;OMAPALT=GGTC,GTCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:20:20:5:5:2,12:1,14:0.05,0.7:1,1:1,11:5:0:0,3:1,11:5:0 chr4 119754766 . T C 152.66 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0102661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.007;QD=8.72341;RBI=0.0424805;REFB=-0.00611538;REVB=-0.0412214;RO=49;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383091;STB=0.729118;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0114682;OID=.;OPOS=119754766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:21:21:0.3:5:16:22:27:5:16:22:27 chr4 119947961 . AAAG A 573.19 PASS AF=0.960784;AO=42;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00253584;FXX=0.0892698;HRUN=3;LEN=3;MLLD=168.679;QD=44.9557;RBI=0.0231668;REFB=-0.0964988;REVB=-0.0230276;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5294;STBP=0.103;TYPE=del;VARB=0.00390702;OID=.;OPOS=119947962;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.960784:42:51:49:51:2:16:33:2:0:3:0:13:29:0:0 chr4 119947985 . G C 754.2 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8104;QD=56.921;RBI=0.0562858;REFB=0;REVB=-0.0408716;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000914805;OID=.;OPOS=119947985;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr4 119951647 . A G 339.93 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3769;QD=54.3893;RBI=0.0857502;REFB=0;REVB=0.0784828;RO=0;SAF=22;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.48349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286705;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:2:22:0:0:3:22:0:0 chr4 120158685 . T G 165.62 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00567209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.057;QD=24.5364;RBI=0.00843207;REFB=-0.0283303;REVB=0.00623918;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510904;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0195614;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:16:17:0.62963:8:8:5:5:9:8:5:5 chr4 120214030 . T G 284.67 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=33;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0214252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4619;QD=33.4907;RBI=0.0228375;REFB=-0.00669983;REVB=-0.00790651;RO=9;SAF=8;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063859;STB=0.530363;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0111409;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:34:9:9:24:25:0.735294:16:8:2:7:17:8:2:7 chr4 120215314 . A G 493.76 PASS AF=0.671642;AO=41;DP=63;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0128079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.106;QD=29.4785;RBI=0.0454761;REFB=-0.0109008;REVB=0.0436352;RO=22;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124194;STB=0.570266;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00717292;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:22:22:41:45:0.671642:21:20:15:7:24:21:15:7 chr4 120239831 . A G 107.13 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0233772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.73;QD=22.5547;RBI=0.0342779;REFB=-0.0494247;REVB=0.0250695;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191823;STB=0.608516;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0306871;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:5:2:7:5:5:2 chr4 120239878 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0139097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8626;QD=19.8501;RBI=0.0188286;REFB=-0.0366813;REVB=-0.01269;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0209922;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:9:6:8:5:9:6:8:5 chr4 120240238 . T C 316.56 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0269103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3804;QD=38.3711;RBI=0.027209;REFB=-0.0576922;REVB=-0.00402067;RO=7;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.507037;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0151233;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:12:14:4:3:12:14:4:3 chr4 120241849 . A G 191.05 PASS AF=0.72;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0113795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.803;QD=30.5682;RBI=0.0390701;REFB=-0.0387833;REVB=0.0373762;RO=7;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091037;STB=0.511615;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00954932;OID=.;OPOS=120241849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:7:7:17:18:0.72:7:10:4:3:7:11:4:3 chr4 120241902 . T C 284.74 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0140787;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.058;QD=29.9726;RBI=0.0142495;REFB=-0.0153995;REVB=-0.00219986;RO=13;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511609;STB=0.533871;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00742245;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:24:25:0.657895:11:13:6:7:11:14:6:7 chr4 120325630 . G A 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00247917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.765;QD=29.0498;RBI=0.00569093;REFB=-0.0057359;REVB=-0.00512253;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083154;STB=0.546155;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00256026;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:9:5:1:4:9:5:1:4 chr4 120325654 . GCCCCTG GCCCTG,GCCCTGC 195.41 PASS AF=0.833333,0;AO=16,3;DP=24;FAO=20,0;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=5,0;FSAR=15,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0169606,-0.0251889;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=19.1498,11.4127;QD=32.5674;RBI=0.0221566,0.0277852;REFB=0.0286468,0.00325106;REVB=0.0142566,0.0117275;RO=5;SAF=5,0;SAR=11,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0578027,-0.622974;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0105489,0;OID=.,.;OPOS=120325655,120325658;OREF=C,CTG;OALT=-,TGC;OMAPALT=GCCCTG,GCCCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333,0:16,3:24:20,0:24:4:5,0:15,0:1:3:19:5:5,0:11,3:1:4 chr4 120325732 . C A 420.85 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0202201;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.699;QD=25.8983;RBI=0.0210412;REFB=-0.0307614;REVB=0.00582082;RO=25;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19798;STB=0.608639;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0143449;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:25:25:40:40:0.615385:28:12:14:11:28:12:14:11 chr4 120325820 . T A 984.17 PASS AF=0.795699;AO=74;DP=94;FAO=74;FDP=93;FR=.;FRO=19;FSAF=59;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.011346;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.191;QD=42.3298;RBI=0.0121472;REFB=-0.0187642;REVB=-0.00433876;RO=18;SAF=59;SAR=15;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041386;STB=0.534272;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00540751;OID=.;OPOS=120325820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:18:19:74:74:0.795699:15:59:13:5:15:59:13:6 chr4 120330155 . C T 163.62 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0454349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2409;QD=20.452;RBI=0.0862422;REFB=0.00488515;REVB=-0.0733034;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10507;STB=0.559734;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00787103;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:5:10:13:4:5:10 chr4 120330272 . C G 112.67 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0574866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2369;QD=16.692;RBI=0.0872461;REFB=-0.0183672;REVB=-0.065629;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480626;STB=0.781698;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0213975;OID=.;OPOS=120330272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:3:9:3:11:3:10:3:11 chr4 120330539 . G A 80.19 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0384014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6011;QD=16.8814;RBI=0.0388828;REFB=-0.0451565;REVB=0.00609949;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193381;STB=0.631334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0435122;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:8:9:10:10:0.526316:5:5:2:6:5:5:2:7 chr4 120423729 . T C 160.55 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0204548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.651;QD=18.3486;RBI=0.0835209;REFB=-0.0149526;REVB=0.0809774;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350497;STB=0.519976;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0164399;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:11:7:6:11:11:7 chr4 120474859 . A G 412.01 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0493119;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.342;QD=31.693;RBI=0.051688;REFB=-0.0129875;REVB=0.0154917;RO=15;SAF=18;SAR=19;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460772;STB=0.524987;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00402654;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:15:15:37:37:0.711538:19:18:6:9:19:18:6:9 chr4 120528327 . G A 452.08 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.582;QD=56.5098;RBI=0.0376758;REFB=0;REVB=-0.00275901;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171974;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr4 120868385 . TTA T,TT 66.67 PASS AF=0.357143,0.107143;AO=4,6;DP=28;FAO=10,3;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=1,0;FSAR=9,3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0455094,-0.0311635;FXX=0.0666445;HRUN=3,5;LEN=2,1;MLLD=32.6488,17.3886;QD=9.52402;RBI=0.0961494,0.0382408;REFB=-0.0252698,-0.0363063;REVB=0.0846971,-0.0221629;RO=15;SAF=1,0;SAR=3,6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.506051,-0.786004;STB=0.891752,0.997411;STBP=0.003,0.013;TYPE=del,del;VARB=0.0552263,0.0558819;OID=.,.;OPOS=120868386,120868387;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143,0.107143:4,6:28:10,3:28:15:1,0:9,3:11:4:53:15:1,0:3,6:11:4 chr4 121957051 . C T 980.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.755;QD=58.538;RBI=0.00832373;REFB=0;REVB=0.00517397;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539828;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:37:30:0:0 chr4 121957734 . T C 766.33 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000628511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.29;QD=63.8606;RBI=0.0101608;REFB=0;REVB=0.0101413;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34446e-05;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr4 121958091 . T G 444.56 PASS AF=0.790698;AO=33;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.066254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.795;QD=41.354;RBI=0.0920817;REFB=-0.159286;REVB=0.0639488;RO=9;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286223;STB=0.645074;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00697866;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:43:43:9:9:33:34:0.790698:10:23:0:9:11:23:0:9 chr4 121958187 . A G 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.04;QD=56.9372;RBI=0.00932152;REFB=0;REVB=-0.00689917;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.583e-06;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr4 121958697 . G A 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.268;QD=43.0137;RBI=0.0216657;REFB=-0.0126002;REVB=0.0167304;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701691;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00269866;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:0:1:6:10:0:1 chr4 121966807 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.4;QD=59.4356;RBI=0.0152195;REFB=0;REVB=0.0114845;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37794e-06;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr4 122137662 . T G 176.89 PASS AF=0.708333;AO=12;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0851971;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8517;QD=29.4817;RBI=0.0855995;REFB=-0.0279697;REVB=0.00829109;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274166;STB=0.660812;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0147764;OID=.;OPOS=122137662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:6:7:12:17:0.708333:9:3:4:2:13:4:5:2 chr4 122250733 . C CG 900.22 PASS AF=1;AO=12;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601689;FXX=0.0147037;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.4355;QD=53.7443;RBI=0.0699961;REFB=0;REVB=0.0357654;RO=57;SAF=9;SAR=3;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27457;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000327071;OID=.;OPOS=122250734;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:70:67:67:0:38:29:0:0:5:57:9:3:31:26 chr4 122250734 . A G 694.63 PASS AF=0.823529;AO=55;DP=68;FAO=56;FDP=68;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0100031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2129;QD=40.8606;RBI=0.0577098;REFB=-0.24197;REVB=0.0568362;RO=12;SAF=29;SAR=26;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10351;STB=0.555947;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0264774;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:68:68:12:12:55:56:0.823529:26:29:10:2:27:29:10:2 chr4 122254119 . G A 772.05 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0692678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3817;QD=61.7641;RBI=0.0810425;REFB=0.0561135;REVB=-0.0420696;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017757;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00292387;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:23:26:1:0:23:26:1:0 chr4 122617717 . G GC 193.42 PASS AF=0.807692;AO=3;DP=28;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0800023;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.342;QD=29.7565;RBI=0.105949;REFB=-0.0986929;REVB=-0.0694604;RO=25;SAF=0;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577457;STB=0.553455;STBP=0.282;TYPE=ins;VARB=0.0203112;OID=.;OPOS=122617718;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.807692:3:28:21:26:5:10:11:1:4:22:25:0:3:13:12 chr4 122617718 . G C 214.98 PASS AF=0.65625;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0137462;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=149.819;QD=26.872;RBI=0.0555365;REFB=-0.0157025;REVB=0.0538084;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065238;STB=0.538885;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00493955;OID=.;OPOS=122617718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:13:11:19:21:0.65625:10:9:5:8:11:10:4:7 chr4 122617745 . G A 340.08 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0436265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.021;QD=35.798;RBI=0.0453117;REFB=-0.0570962;REVB=-0.0122426;RO=10;SAF=11;SAR=17;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047576;STB=0.525878;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00989349;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:17:11:3:7:17:11:3:7 chr4 122683007 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.699;QD=60.2042;RBI=0.0272572;REFB=0;REVB=-0.0255731;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80816e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr4 122687238 . A G 139.53 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0137934;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.557;QD=7.54203;RBI=0.033674;REFB=-0.0067867;REVB=-0.0307194;RO=53;SAF=14;SAR=6;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174406;STB=0.613916;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0252463;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:54:20:20:0.27027:6:14:30:23:6:14:30:24 chr4 122687491 . G C 113.72 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00419869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7957;QD=7.98056;RBI=0.0885274;REFB=-0.0199594;REVB=-0.0884278;RO=41;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117405;STB=0.571027;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0450511;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:7:9:19:22:7:9:19:22 chr4 122742217 . T C 579.66 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645385;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4631;QD=61.0172;RBI=0.079957;REFB=0;REVB=0.0472006;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604085;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr4 122824052 . C T 606.17 PASS AF=0.75;AO=51;DP=68;FAO=51;FDP=68;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00501546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.315;QD=35.6572;RBI=0.026588;REFB=-0.0136661;REVB=0.0261106;RO=17;SAF=23;SAR=28;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462309;STB=0.524859;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0054617;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:17:17:51:51:0.75:28:23:6:11:28:23:6:11 chr4 122824158 . TCA ATC,TAC,TC 78.67 PASS AF=0,0,0.5;AO=2,2,9;DP=31;FAO=0,0,14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=0,0,1;FSAR=0,0,13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.181174,0.0275472,0.275659;FXX=0.096743;HRUN=1,1,4;LEN=3,2,1;MLLD=20.5847,172.414,12.6961;QD=11.2381;RBI=0.199345,0.0620241,0.29016;REFB=-0.0319014,-0.00124089,-0.0544788;REVB=-0.0831529,-0.055571,-0.0905824;RO=14;SAF=0,0,0;SAR=2,2,9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.608678,-0.608678,-0.803197;STB=0.5,0.5,0.87772;STBP=1,1,0.001;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0.0906818,0.123013;OID=.,.,.;OPOS=122824158,122824159,122824160;OREF=TCA,CA,A;OALT=ATC,AC,-;OMAPALT=ATC,TAC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:72:31:28:14:14:2,2,9:0,0,14:0,0,0.5:2,2,9:0,0,0:9:5:0,0,13:0,0,1:9:5 chr4 122872719 . G A 100.21 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.531;QD=40.0849;RBI=0.0252261;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000595187;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:0:9:0:0:0:10:0:0 chr4 123008808 . C T 250.18 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00450069;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.177;QD=28.592;RBI=0.0426568;REFB=-0.00903952;REVB=-0.0424187;RO=11;SAF=17;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287897;STB=0.680061;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00572839;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:35:11:12:22:23:0.657143:5:17:4:7:5:18:4:8 chr4 123145751 . T A 308.02 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00965875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.917;QD=24.158;RBI=0.0108567;REFB=-0.00871177;REVB=-0.00495747;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120955;STB=0.556974;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00348613;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:20:21:30:30:0.588235:17:13:12:8:17:13:12:9 chr4 123192383 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0175773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.74;QD=20.0169;RBI=0.0385127;REFB=0.00631216;REVB=0.0342675;RO=17;SAF=1;SAR=17;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40629;STB=0.738773;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00774599;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:17:1:4:13:17:1:4:13 chr4 123229132 . C T 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00302509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.609;QD=22.8809;RBI=0.0122344;REFB=-0.00719746;REVB=-0.0118545;RO=26;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19576;STB=0.607782;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0061418;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:21:14:17:9:21:14:17:9 chr4 123536963 . G A 868.76 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.99;QD=57.917;RBI=0.0477515;REFB=0;REVB=0.0318757;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29087e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:31:25:0:0:35:25:0:0 chr4 123664204 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.823;QD=35.5759;RBI=0.055513;REFB=0;REVB=0.016632;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128735;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr4 123664445 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6392;QD=39.2037;RBI=0.031074;REFB=0;REVB=-0.0242897;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209092;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 123665428 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.583;QD=39.2066;RBI=0.0172169;REFB=0;REVB=-0.00987768;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.3671e-05;OID=.;OPOS=123665428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr4 123665991 . C G 729.6 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311326;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.429;QD=63.4432;RBI=0.0371077;REFB=0;REVB=0.0201925;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220901;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr4 123814308 . C T 53.22 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00970819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1425;QD=3.80109;RBI=0.0108196;REFB=0.000867122;REVB=0.00477656;RO=47;SAF=7;SAR=2;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404991;STB=0.777161;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00581367;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:47:47:9:9:0.160714:2:7:21:26:2:7:21:26 chr4 123838758 . A G 1333.57 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.887;QD=59.9359;RBI=0.0549924;REFB=0;REVB=0.0393747;RO=1;SAF=37;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126337;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348405;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:89:89:1:0:87:89:1:50:37:1:0:50:39:0:0 chr4 123949556 . G A 92.46 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324905;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.277;QD=41.0952;RBI=0.038473;REFB=0;REVB=-0.0206045;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147544;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 125592846 . C T 706.03 PASS AF=0.694118;AO=59;DP=85;FAO=59;FDP=85;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0207119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.978;QD=33.225;RBI=0.0332521;REFB=0.000673307;REVB=0.0260138;RO=26;SAF=32;SAR=27;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019766;STB=0.51066;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000183472;OID=.;OPOS=125592846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:26:26:59:59:0.694118:27:32:15:11:27:32:15:11 chr4 126240510 . T C 768.69 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.153;QD=56.9397;RBI=0.00767119;REFB=0;REVB=-0.00137881;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43038e-05;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr4 126241335 . C G 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.955;QD=61.3354;RBI=0.0350754;REFB=0;REVB=-0.0246495;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2809e-06;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 126241871 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000847598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.937;QD=54.5177;RBI=0.00294277;REFB=0;REVB=-0.00281806;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78508e-06;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr4 126329789 . T C 1018.5 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.149;QD=59.0437;RBI=0.0285811;REFB=0;REVB=0.0261569;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34369e-05;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:42:26:0:0:42:27:0:0 chr4 126336703 . T C 157.26 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.00696918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.768;QD=7.96232;RBI=0.00725682;REFB=-0.000958938;REVB=0.00202284;RO=57;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137759;STB=0.582206;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00281725;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:57:57:22:22:0.278481:11:11:22:35:11:11:22:35 chr4 126369872 . G C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000471697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.508;QD=62.3498;RBI=0.00570773;REFB=0;REVB=0.00568821;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68084e-05;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr4 126372742 . G A 555.34 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0170349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.697;QD=55.5341;RBI=0.023676;REFB=-0.124608;REVB=-0.0164428;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302093;STB=0.531233;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00166224;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:1:2:38:38:0.95:15:23:0:1:15:23:0:2 chr4 126373789 . G A 712.16 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121088;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.895;QD=63.3028;RBI=0.0200632;REFB=0;REVB=-0.0159972;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.158e-05;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr4 126412575 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9356;QD=55.098;RBI=0.0685277;REFB=0;REVB=0.0179365;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113659;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr4 128565000 . A G 492.12 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.065;QD=57.896;RBI=0.0254548;REFB=0;REVB=0.00278321;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095909;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr4 128584580 . G A 302.95 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.076;QD=48.4713;RBI=0.091844;REFB=-0.0526683;REVB=0.0917254;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215866;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:15:10:0:0 chr4 128689936 . A G,T 291.01 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=20,2;DP=23;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040612,0.0206832;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.639,114.911;QD=52.9114;RBI=0.0481873,0.0296137;REFB=0,0;REVB=0.025936,0.0211938;RO=0;SAF=10,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00196019,0.0618866;OID=.,.;OPOS=128689936,128689936;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:23:22:0:0:20,2:21,1:0.954545,0.0454545:10,1:10,1:0:0:11,0:10,1:0:0 chr4 128723042 . T C 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7803;QD=56.9537;RBI=0.0762802;REFB=0;REVB=0.0487384;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983895;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr4 128807219 . T A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000788376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.402;QD=55.656;RBI=0.0380195;REFB=0;REVB=0.0380113;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85852e-05;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr4 128814964 . G T 753.46 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7098;QD=61.507;RBI=0.0142434;REFB=0.167985;REVB=-0.00558016;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0050018;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:47:48:0.979592:17:30:0:0:18:30:0:1 chr4 128878674 . T C 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0413119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4504;QD=9.11038;RBI=0.0414582;REFB=-0.0134321;REVB=0.00347973;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205275;STB=0.624707;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0124451;OID=.;OPOS=128878674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:11:5:4:4:11:5 chr4 129012181 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000948152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.982;QD=64.1539;RBI=0.00260546;REFB=0;REVB=-0.00242681;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.41049e-06;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr4 129012638 . A G 837.18 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577954;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0568;QD=57.7365;RBI=0.057796;REFB=0;REVB=-0.000269298;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450773;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr4 129029009 . G GA 153.4 PASS AF=0.966667;AO=17;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0752009;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.97342;QD=20.4531;RBI=0.153197;REFB=-0.0485634;REVB=-0.13347;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195324;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=ins;VARB=0.02464;OID=.;OPOS=129029010;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:17:30:29:30:1:14:15:1:0:5:10:9:8:5:5 chr4 129043204 . C G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.089752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.059;QD=62.3506;RBI=0.0940541;REFB=0;REVB=0.0281203;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158795;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr4 129043286 . C T 709.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.204;QD=63.0457;RBI=0.0160896;REFB=0;REVB=0.00480335;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107269;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr4 129043614 . G T 49.36 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.09;QD=32.9043;RBI=0.0988217;REFB=0;REVB=0.0404564;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591938;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr4 129100643 . G A 426.85 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0221306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8995;QD=30.4892;RBI=0.0539096;REFB=-0.0374958;REVB=-0.0491578;RO=17;SAF=13;SAR=26;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835759;STB=0.545431;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0222945;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:26:13:8:9:26:13:8:9 chr4 129677239 . T C 776.49 PASS AF=1;AO=36;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.487;QD=64.7077;RBI=0.109557;REFB=0;REVB=0.0256177;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693134;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:36:48:1:28:8:0:0:28:20:0:0 chr4 129867228 . C T 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00336739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.675;QD=6.06119;RBI=0.0131838;REFB=-0.00475714;REVB=-0.0127465;RO=38;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442639;STB=0.772903;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0290789;OID=.;OPOS=129867228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:51:38:40:11:11:0.215686:2:9:18:20:2:9:20:20 chr4 129867280 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.518;QD=60.6102;RBI=0.0405546;REFB=0;REVB=0.00094412;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183483;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr4 129913345 . G A 145.74 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0213849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1949;QD=25.3453;RBI=0.0265866;REFB=-0.0134531;REVB=0.0157967;RO=8;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681046;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00532603;OID=.;OPOS=129913345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:8:8:14:15:0.652174:4:10:5:3:5:10:5:3 chr4 130023884 . G T 442.98 PASS AF=0.5;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0234665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.304;QD=20.1354;RBI=0.0240983;REFB=-0.0300913;REVB=-0.00548186;RO=43;SAF=15;SAR=29;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0377825;OID=.;OPOS=130023884;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:43:44:44:44:0.5:29:15:14:29:29:15:15:29 chr4 130030644 . C T 221.91 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0102399;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.256;QD=31.7022;RBI=0.0124721;REFB=-0.00982898;REVB=0.00712023;RO=8;SAF=15;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156847;STB=0.586864;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00836304;OID=.;OPOS=130030644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:28:8:8:20:20:0.714286:5:15:4:4:5:15:4:4 chr4 130030652 . A G 428.46 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.354;QD=57.1283;RBI=0.0676997;REFB=0;REVB=0.0443531;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552711;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr4 133367588 . T C 710.28 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00812692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8085;QD=54.637;RBI=0.0814537;REFB=-0.130852;REVB=0.0810473;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218935;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00233284;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:21:30:0:1:21:30:0:1 chr4 134082967 . T C 638.0 PASS AF=0.288961;AO=85;DP=307;FAO=89;FDP=308;FR=.;FRO=219;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=98;FSRR=121;FWDB=-0.00539849;FXX=0.0159739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.222;QD=8.28564;RBI=0.07262;REFB=0.0037909;REVB=0.0724191;RO=202;SAF=40;SAR=45;SRF=92;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184174;STB=0.509446;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00864722;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:308:202:219:85:89:0.288961:45:40:92:110:48:41:98:121 chr4 134085015 . G A 32.05 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0103283;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2859;QD=3.28726;RBI=0.0137111;REFB=-0.00757851;REVB=-0.00901781;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596219;STB=0.529316;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.185465;OID=.;OPOS=134085015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:39:31:33:6:6:0.153846:2:4:22:9:2:4:23:10 chr4 134085023 . GTTTTTA GTTTT,GTTTTA,GTTTTTAA 78.97 PASS AF=0.416667,0,0;AO=7,5,4;DP=39;FAO=15,0,0;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.263515,0.145703,-0.366768;FXX=0.0270197;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=23.0005,12.2719,11.446;QD=8.77391;RBI=0.264768,0.172365,0.369937;REFB=-0.0335756,-0.0237768,0.0407749;REVB=-0.0257288,-0.0920892,-0.0483188;RO=15;SAF=1,5,4;SAR=6,0,0;SRF=12;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.652442,0.638275,0.59478;STB=0.695425,0.5,0.5;STBP=0.085,1,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0697953,0,-0.00373364;OID=.,.,.;OPOS=134085028,134085024,134085029;OREF=TA,T,-;OALT=-,-,A;OMAPALT=GTTTT,GTTTTA,GTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0,0:7,5,4:39:15,0,0:36:21:7,0,0:8,0,0:17:4:76:15:1,5,4:6,0,0:12:3 chr4 134710268 . G A 96.23 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.000359682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.223;QD=6.87358;RBI=0.0108711;REFB=0.00054714;REVB=-0.0108651;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204239;STB=0.624833;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0023126;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:7:7:14:28:7:7:14:28 chr4 135121066 . T G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.939;QD=58.1421;RBI=0.0183601;REFB=0;REVB=-0.00421364;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12851e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr4 135121368 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.805;QD=50.4131;RBI=0.0509477;REFB=0;REVB=0.0482393;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113855;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr4 135121601 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.926;QD=47.8224;RBI=0.0484775;REFB=0;REVB=0.0139516;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434688;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:8:6:0:0:9:7:0:0 chr4 139092719 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00736894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0705;QD=9.49212;RBI=0.0370629;REFB=-0.0205176;REVB=0.036323;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520269;STB=0.813304;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0557271;OID=.;OPOS=139092719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:7:2:13:5:7:2:13:5 chr4 139100372 . C T 365.51 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.171;QD=54.149;RBI=0.0379662;REFB=0;REVB=0.0231789;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140878;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:5:21:0:0:6:21:0:0 chr4 139140494 . G C 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00827648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.385;QD=21.9523;RBI=0.0100981;REFB=0.000874239;REVB=0.0057854;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973538;STB=0.553812;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000464855;OID=.;OPOS=139140494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:14:11:18:14:14:11 chr4 139964337 . G A 298.8 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0183577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.558;QD=11.8335;RBI=0.0209702;REFB=-0.00868959;REVB=0.0101362;RO=65;SAF=13;SAR=23;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217287;STB=0.624999;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0121217;OID=.;OPOS=139964337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:65:36:36:0.356436:23:13:36:29:23:13:36:29 chr4 139964455 . C T 90.33 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0122807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.896;QD=4.94951;RBI=0.0126932;REFB=-0.00123106;REVB=0.00320941;RO=54;SAF=8;SAR=7;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461349;STB=0.528507;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00325434;OID=.;OPOS=139964455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:73:54:58:15:15:0.205479:7:8:29:25:7:8:33:25 chr4 139964521 . C T 90.66 PASS AF=0.25;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0322073;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.481;QD=7.55493;RBI=0.0328278;REFB=-0.0149095;REVB=0.00635224;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251324;STB=0.647638;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0383271;OID=.;OPOS=139964521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:49:48:37:36:12:12:0.25:8:4:20:17:8:4:19:17 chr4 140005294 . A G 772.8 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2821;QD=54.2315;RBI=0.0744096;REFB=-0.0569791;REVB=-0.0655474;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00139181;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:54:56:0.982456:29:25:0:1:30:26:0:1 chr4 140121564 . G C 97.95 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00282018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.259;QD=7.12399;RBI=0.00320498;REFB=-0.0187961;REVB=-0.00152267;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189571;STB=0.617244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0640732;OID=.;OPOS=140121564;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:9:5:21:20:9:5:21:20 chr4 140177839 . A G 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00857237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.202;QD=10.3782;RBI=0.0146872;REFB=0.0134247;REVB=0.011926;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318917;STB=0.689278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.0368085;OID=.;OPOS=140177839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:4:12:4:5:4:12 chr4 140310520 . T C 101.14 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00441431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.41;QD=8.42813;RBI=0.00474063;REFB=-0.00964705;REVB=-0.00172841;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395404;STB=0.524235;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.011598;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:6:7:20:15:6:7:20:15 chr4 140417671 . G C 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.55;QD=57.3858;RBI=0.0354143;REFB=0;REVB=0.00401199;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37828e-05;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr4 140651584 . TCTG T 63.29 PASS AF=1;AO=3;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035967;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=3;MLLD=152.276;QD=36.1658;RBI=0.0877114;REFB=0;REVB=0.0799979;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00233042;OID=.;OPOS=140651585;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:8:7:7:0:5:2:0:0:3:0:3:0:0:0 chr4 140809710 . C G 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.021765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5536;QD=21.1291;RBI=0.0249619;REFB=0.00230268;REVB=0.0122221;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032955;STB=0.509083;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.00300796;OID=.;OPOS=140809710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:14:8:8:12:14:8:8:13 chr4 140810334 . T C 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0111149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.066;QD=54.513;RBI=0.0125214;REFB=-0.0118394;REVB=-0.00576571;RO=2;SAF=26;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=9.13561e-05;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:10:26:2:0:10:26:2:0 chr4 140810637 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5185;QD=43.485;RBI=0.100438;REFB=0;REVB=-0.00175169;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00410981;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr4 141294768 . G C 421.04 PASS AF=0.473118;AO=41;DP=92;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0199178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.595;QD=18.1092;RBI=0.104227;REFB=-0.00817577;REVB=0.102306;RO=47;SAF=11;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292446;STB=0.642753;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0124069;OID=.;OPOS=141294768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:49:41:44:0.473118:30:11:26:21:31:13:27:22 chr4 141294814 . G C 463.56 PASS AF=0.693548;AO=42;DP=62;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00412602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.674;QD=29.9072;RBI=0.0197321;REFB=-0.0204164;REVB=0.0192959;RO=19;SAF=12;SAR=30;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187432;STB=0.576404;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0173805;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:19:42:43:0.693548:30:12:11:8:30:13:10:9 chr4 141383121 . A T 198.99 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00879051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.29;QD=44.2203;RBI=0.0153239;REFB=-0.210303;REVB=-0.0125518;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00114547;OID=.;OPOS=141383121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:1:0:9:8:1:0 chr4 141499166 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.48;QD=60.5108;RBI=0.0302399;REFB=-0.078914;REVB=0.0247589;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00085139;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:26:19:1:0:26:19:1:0 chr4 141543997 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.558;QD=57.2376;RBI=0.0385374;REFB=0;REVB=0.0211679;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015038;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr4 141600320 . A G 333.09 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.053613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8728;QD=39.1872;RBI=0.0571892;REFB=-0.0524143;REVB=0.0199059;RO=7;SAF=4;SAR=23;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179719;STB=0.598431;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00968736;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:23:4:3:4:23:4:3:4 chr4 142640637 . A G 489.16 PASS AF=0.816327;AO=33;DP=42;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0117777;FXX=0.039208;HRUN=8;LEN=1;MLLD=210.944;QD=39.9317;RBI=0.0122319;REFB=-0.0254902;REVB=-0.00330244;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.603057;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00036386;OID=.;OPOS=142640637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:49:0:9:33:40:0.816327:24:9:0:0:31:9:6:3 chr4 143043397 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.129288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2707;QD=6.8504;RBI=0.145407;REFB=-0.00233252;REVB=-0.0665416;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159944;STB=0.5852;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00542096;OID=.;OPOS=143043397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:5:5:11:19:5:5:12:19 chr4 143324094 . G A 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0248422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4921;QD=50.8363;RBI=0.0286297;REFB=-0.0733106;REVB=-0.014231;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238057;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00249884;OID=.;OPOS=143324094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:1:0:6:19:1:0 chr4 144135718 . G A 624.84 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0339648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1832;QD=52.0699;RBI=0.0654665;REFB=-0.0366807;REVB=-0.0559666;RO=5;SAF=26;SAR=17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412955;STB=0.522078;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0360898;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:5:5:43:43:0.895833:17:26:2:3:17:26:2:3 chr4 144442611 . T C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00633333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.057;QD=18.7671;RBI=0.00633333;REFB=-0.0589261;REVB=0;RO=3;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185891;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:0:6:3:0:0:6:3:0 chr4 144442735 . C T 105.13 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0105596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1168;QD=32.3481;RBI=0.0369888;REFB=-0.0129882;REVB=0.0354494;RO=2;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089979;STB=0.549915;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0059481;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:9:2:0:2:9:2:0:2 chr4 144467104 . T C 756.58 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157711;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.515;QD=63.0483;RBI=0.0166453;REFB=0;REVB=0.00532344;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022791;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:12:35:0:0:13:35:0:0 chr4 144532644 . A G 537.81 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0896472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1861;QD=32.5947;RBI=0.0904668;REFB=0.0221443;REVB=-0.0121502;RO=19;SAF=21;SAR=26;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100251;STB=0.554067;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00820833;OID=.;OPOS=144532644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:47:47:0.712121:26:21:5:14:26:21:5:14 chr4 144542213 . A G 556.42 PASS AF=0.641026;AO=50;DP=78;FAO=50;FDP=78;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.707;QD=28.5345;RBI=0.0030043;REFB=-0.00456166;REVB=-0.0015885;RO=26;SAF=27;SAR=23;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122604;STB=0.576773;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00232237;OID=.;OPOS=144542213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:28:50:50:0.641026:23:27:19:7:23:27:21:7 chr4 144617397 . A T 357.13 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00123553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.31;QD=26.9528;RBI=0.00287119;REFB=-0.00433104;REVB=0.00259176;RO=19;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762683;STB=0.541736;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00221839;OID=.;OPOS=144617397;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:20:14:10:9:20:14:10:9 chr4 144618610 . G A,C 746.2 PASS AF=0.04,0.94;AO=2,46;DP=49;FAO=2,47;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=0,27;FSAR=2,20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00659475,0.0277712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.47,161.691;QD=59.696;RBI=0.0119405,0.0286737;REFB=-0.0868505,-0.116566;REVB=-0.00995415,-0.00713711;RO=1;SAF=0,26;SAR=2,20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0177403;STB=0.993266,0.509087;STBP=0.232,0.507;TYPE=snp,snp;VARB=0.203529,-0.00062121;OID=.,.;OPOS=144618610,144618610;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:50:1:1:2,46:2,47:0.04,0.94:2,20:0,26:1:0:2,20:0,27:1:0 chr4 144619921 . C T 408.14 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0117972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2259;QD=34.0113;RBI=0.0357327;REFB=-0.011236;REVB=-0.033729;RO=14;SAF=15;SAR=18;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134688;STB=0.55981;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0124777;OID=.;OPOS=144619921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:14:15:33:33:0.6875:18:15:3:11:18:15:4:11 chr4 144794616 . C T 371.48 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.528;QD=53.0688;RBI=0.0281868;REFB=0;REVB=0.0207216;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339121;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:25:28:1:9:16:0:0:10:18:0:0 chr4 144799840 . G A 270.68 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.912;QD=51.5583;RBI=0.00921114;REFB=0;REVB=-0.00377007;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45375e-05;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr4 144801662 . C G,T 839.88 PASS AF=0.354839,0.629032;AO=22,39;DP=63;FAO=22,39;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=8,18;FSAR=14,21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0230341,0.00611641;FXX=0.0158705;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=100.142,33.7085;QD=54.1855;RBI=0.0667807,0.0308478;REFB=-0.0811842,-0.0997616;REVB=-0.0626825,-0.0302354;RO=1;SAF=8,18;SAR=14,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0542958,-0.0253303;STB=0.529385,0.513507;STBP=0.28,0.326;TYPE=snp,snp;VARB=0.0310087,0.0225179;OID=.,.;OPOS=144801662,144801662;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:63:62:1:1:22,39:22,39:0.354839,0.629032:14,21:8,18:1:0:14,21:8,18:1:0 chr4 146054799 . G C 481.91 PASS AF=0.75;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0101649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7525;QD=34.4219;RBI=0.0474573;REFB=-0.014729;REVB=0.0463559;RO=14;SAF=23;SAR=19;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786076;STB=0.542368;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00427061;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:56:56:14:14:42:42:0.75:19:23:10:4:19:23:10:4 chr4 146057637 . A AAAC,AAC 110.31 PASS AF=0.111111,0.611111;AO=2,9;DP=20;FAO=2,11;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=0,9;FSAR=2,2;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0247223,0.0109113;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=3,2;MLLD=238.887,241.104;QD=24.5139;RBI=0.033086,0.0249927;REFB=-0.0437058,-0.0408265;REVB=0.0219885,0.0224851;RO=8;SAF=0,7;SAR=2,2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.684179,0.0315978;STB=0.997126,0.608529;STBP=0.017,0.463;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00299571,0.0172483;OID=.,.;OPOS=146057638,146057638;OREF=-,-;OALT=AAC,AC;OMAPALT=AAAC,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.611111:2,9:20:2,11:18:5:0,9:2,2:5:0:31:8:0,7:2,2:6:2 chr4 147177468 . T G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00820902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.182;QD=26.4935;RBI=0.0171533;REFB=-0.0122557;REVB=0.0150614;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163095;STB=0.50908;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00709726;OID=.;OPOS=147177468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:4:5:9:8:4:5 chr4 148559892 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0249818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.252;QD=24.4133;RBI=0.0259426;REFB=0.000925751;REVB=-0.00699482;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.666388;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000735039;OID=.;OPOS=148559892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:0:5:5:6:0:5 chr4 148984321 . A G 51.74 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.000209857;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.004;QD=5.74839;RBI=0.00636673;REFB=-0.0202365;REVB=0.00636327;RO=26;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406184;STB=0.723181;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.044956;OID=.;OPOS=148984321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:36:26:28:8:8:0.222222:3:5:7:19:3:5:9:19 chr4 149000024 . C T 78.66 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0421941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.15;QD=16.5602;RBI=0.0456972;REFB=-0.0130603;REVB=0.0175468;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448105;STB=0.71961;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0103792;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:6:3:8:1:6:4:8:1 chr4 149041372 . C T 76.41 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000422077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6556;QD=25.4716;RBI=0.00845788;REFB=-0.0905357;REVB=0.00844734;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.017632;OID=.;OPOS=149041372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:4:5:2:1:4:5:2:1 chr4 149356516 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.254;QD=58.7817;RBI=0.0579848;REFB=0;REVB=-0.0371372;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54079e-05;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr4 149357475 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.374;QD=39.2059;RBI=0.139309;REFB=0;REVB=0.137511;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364857;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr4 150769133 . G A 74.63 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.00651931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.128;QD=4.26474;RBI=0.00780048;REFB=-0.00545204;REVB=0.00428324;RO=57;SAF=7;SAR=6;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213723;STB=0.636378;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0171921;OID=.;OPOS=150769133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:57:57:13:13:0.185714:6:7:40:17:6:7:40:17 chr4 151000419 . G A 412.75 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0149093;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.266;QD=27.0654;RBI=0.0197931;REFB=-0.0161723;REVB=0.0130184;RO=21;SAF=16;SAR=23;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074173;STB=0.549462;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0095563;OID=.;OPOS=151000419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:23:16:11:10:23:16:12:10 chr4 151505322 . T A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0493709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1496;QD=8.69808;RBI=0.0494382;REFB=-0.00846251;REVB=-0.00257891;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.595941;STB=0.867405;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0149272;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:4:10:1:6:4:10 chr4 151773593 . G C 112.85 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00239969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0849;QD=28.2117;RBI=0.0229945;REFB=0.0822473;REVB=0.0228689;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224255;STB=0.624804;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.023118;OID=.;OPOS=151773593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:0:4:6:6:0:4 chr4 151829824 . T C 363.49 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0195664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.116;QD=33.0443;RBI=0.0302336;REFB=-0.0384702;REVB=0.0230484;RO=13;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101134;STB=0.566622;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.013548;OID=.;OPOS=151829824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:14:30:30:0.681818:13:17:5:8:13:17:5:9 chr4 152041502 . C G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0377131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.916;QD=21.7444;RBI=0.0377789;REFB=-0.0266388;REVB=-0.00222814;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780516;STB=0.543983;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0212254;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:7:4:7:8:7:4 chr4 152048801 . C T 213.19 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0211384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.225;QD=30.456;RBI=0.0467415;REFB=-0.0223886;REVB=0.0416885;RO=8;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809901;STB=0.54995;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00802872;OID=.;OPOS=152048801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:28:8:8:19:20:0.714286:10:9:5:3:11:9:5:3 chr4 152065197 . C T 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.000526236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.282;QD=30.2997;RBI=0.0153866;REFB=-0.0244322;REVB=0.0153776;RO=17;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118462;STB=0.564929;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0148895;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:16:14:11:6:16:14:11:6 chr4 152567726 . A C 370.57 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0437255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1715;QD=42.3503;RBI=0.0443308;REFB=-0.0102687;REVB=0.00730111;RO=6;SAF=21;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443119;STB=0.523913;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00323396;OID=.;OPOS=152567726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:6:6:29:29:0.828571:8:21:5:1:8:21:5:1 chr4 152624972 . A G 112.29 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.061602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4594;QD=8.31799;RBI=0.0668136;REFB=-0.00750363;REVB=0.0258698;RO=39;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368267;STB=0.555487;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0263204;OID=.;OPOS=152624972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:38:15:16:0.296296:8:7:17:22:8:8:16:22 chr4 152682046 . G T 218.84 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00427496;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8972;QD=13.6777;RBI=0.0563854;REFB=-0.0104745;REVB=0.0562231;RO=35;SAF=12;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819476;STB=0.538432;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.016833;OID=.;OPOS=152682046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:38:26:26:0.40625:14:12:19:16:14:12:20:18 chr4 153243499 . T C 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0156128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.068;QD=27.3839;RBI=0.0168355;REFB=0.0403476;REVB=-0.00629878;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178335;STB=0.599815;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00279332;OID=.;OPOS=153243499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:3:0:4:6:3:0 chr4 153249385 . G A 422.96 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.017311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.541;QD=18.3895;RBI=0.0184364;REFB=-0.0120003;REVB=-0.00634275;RO=49;SAF=25;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688734;STB=0.538444;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.014888;OID=.;OPOS=153249385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:18:25:25:24:18:25:25:24 chr4 153690842 . T C 744.37 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00282586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6691;QD=63.3507;RBI=0.0422862;REFB=0;REVB=0.0421916;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281685;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr4 153896358 . C T 368.83 PASS AF=0.283333;AO=51;DP=180;FAO=51;FDP=180;FR=.;FRO=129;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=54;FSRR=75;FWDB=-0.00980573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.761;QD=8.19622;RBI=0.0117538;REFB=-0.00201796;REVB=0.00648075;RO=129;SAF=28;SAR=23;SRF=54;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157906;STB=0.592621;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0047618;OID=.;OPOS=153896358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:129:129:51:51:0.283333:23:28:54:75:23:28:54:75 chr4 153897770 . G A 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0035135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.158;QD=4.10174;RBI=0.00411586;REFB=-0.00714723;REVB=-0.00214375;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564319;STB=0.88291;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0336783;OID=.;OPOS=153897770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:1:7:16:24:1:7:16:24 chr4 153898178 . A G 130.04 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3325;QD=43.3459;RBI=0.0197124;REFB=0;REVB=0.00773248;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140505;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr4 154216695 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0790933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2388;QD=13.9597;RBI=0.0941016;REFB=0.0268532;REVB=0.050984;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.013553;OID=.;OPOS=154216695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr4 154256423 . T TA 75.84 PASS AF=0.408163;AO=17;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.107569;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.29126;QD=6.19106;RBI=0.108078;REFB=-0.00667508;REVB=0.0104727;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383678;STB=0.673972;STBP=0.054;TYPE=ins;VARB=-0.0166605;OID=.;OPOS=154256424;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.408163:17:50:20:49:29:5:15:15:14:75:27:3:14:13:14 chr4 154387597 . G C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0277389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9827;QD=24.4128;RBI=0.027751;REFB=0.0221801;REVB=0.000819257;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304345;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0122189;OID=.;OPOS=154387597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:2:3:6:5:2:3 chr4 154504722 . C T 43.18 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0119031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.124;QD=5.57173;RBI=0.0519858;REFB=-0.00451623;REVB=-0.0506047;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189188;STB=0.611908;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0361885;OID=.;OPOS=154504722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:2:5:13:10:2:5:14:10 chr4 154513627 . A G 78.66 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.00393077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.713;QD=4.91617;RBI=0.0351901;REFB=-0.00477227;REVB=-0.0349699;RO=51;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229425;STB=0.645181;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0138209;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:6:7:18:33:6:7:18:33 chr4 154513722 . C T 62.99 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.026662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.893;QD=3.99964;RBI=0.0267816;REFB=-0.000728643;REVB=-0.00252879;RO=52;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191486;STB=0.624792;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00679694;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:52:52:11:11:0.174603:6:5:16:36:6:5:16:36 chr4 154514965 . T C 90.04 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0139192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.763;QD=7.66299;RBI=0.0148048;REFB=-0.00295806;REVB=0.00504364;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468334;STB=0.787428;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0189273;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:9:3:23:12:9:3:23:12 chr4 154525458 . C T 67.5 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0461016;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.138;QD=24.5442;RBI=0.0520261;REFB=0.04372;REVB=0.0241112;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0112878;OID=.;OPOS=154525458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:12:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:1:2:5:3:1:2 chr4 154631543 . A T 690.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507058;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.324;QD=62.7467;RBI=0.0597329;REFB=0;REVB=0.0315745;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00073308;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr4 154631563 . T C 150.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00654625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.501;QD=12.2756;RBI=0.00976286;REFB=-0.0161467;REVB=-0.00724293;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286012;STB=0.655563;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0368461;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:32:17:17:0.346939:7:10:10:21:7:10:11:21 chr4 154709856 . A C,G 340.25 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340389,0.0105187;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.999,124.697;QD=52.3461;RBI=0.0402544,0.0212492;REFB=0,0;REVB=0.0214889,0.0184631;RO=0;SAF=12,2;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00420587,0.082;OID=.,.;OPOS=154709856,154709856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:12,0:12,2:0:0:12,0:12,2:0:0 chr4 155156207 . G A 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00502802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.335;QD=17.1565;RBI=0.00638875;REFB=1.19744e-05;REVB=-0.00394146;RO=20;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481396;STB=0.78221;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000101855;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:2:15:10:10:2:15:10:10 chr4 155156542 . G A 137.38 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0353671;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4977;QD=9.99154;RBI=0.0361403;REFB=0.00339258;REVB=-0.00743582;RO=36;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338243;STB=0.690269;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0028292;OID=.;OPOS=155156542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:36:37:18:18:0.327273:6:12:13:23:6:12:14:23 chr4 155157015 . T C 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0159007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.223;QD=4.36796;RBI=0.0209746;REFB=-0.00783064;REVB=-0.0136785;RO=43;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518569;STB=0.535132;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0326275;OID=.;OPOS=155157015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:43:43:9:9:0.173077:3:6:27:16:3:6:27:16 chr4 155241572 . G A 735.12 PASS AF=0.644231;AO=67;DP=104;FAO=67;FDP=104;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0133181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.048;QD=28.2737;RBI=0.0166056;REFB=-0.0161547;REVB=0.00991837;RO=36;SAF=30;SAR=37;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339839;STB=0.523527;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0117316;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:36:37:67:67:0.644231:37:30:18:18:37:30:19:18 chr4 155243573 . C T 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00566632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1629;QD=59.1405;RBI=0.00836033;REFB=0;REVB=-0.00614719;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99321e-05;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr4 155243604 . T C 785.11 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.624;QD=64.0902;RBI=0.0468831;REFB=0;REVB=-0.00399919;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000553059;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr4 155244475 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.579;QD=39.2068;RBI=0.0269774;REFB=0;REVB=0.0165858;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91551e-05;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr4 155256177 . A G 517.72 PASS AF=0.737705;AO=45;DP=61;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0136293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.674;QD=33.9486;RBI=0.0149849;REFB=-0.0456117;REVB=0.00622832;RO=16;SAF=24;SAR=21;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142536;STB=0.507689;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0131798;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:16:16:45:45:0.737705:21:24:9:7:21:24:9:7 chr4 155256204 . CG C,CA 716.53 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=9,38;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404373,-0.00464439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.114,71.6026;QD=60.9813;RBI=0.0798738,0.0843156;REFB=0,0;REVB=0.0688814,0.0841876;RO=0;SAF=1,19;SAR=8,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00595437,0.00062036;OID=.,.;OPOS=155256205,155256205;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:9,38:47:1,46:47:0:1,19:0,27:0:0:7:0:1,19:8,19:0:0 chr4 155287535 . T C 79.63 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00935396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.718;QD=7.07782;RBI=0.0103493;REFB=-0.0171882;REVB=-0.00442856;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897825;STB=0.556349;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.047885;OID=.;OPOS=155287535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:5:6:16:18:5:6:16:18 chr4 155407680 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0921;QD=40.7541;RBI=0.0732233;REFB=0;REVB=0.0700246;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283904;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr4 155410822 . G A 1020.25 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00298021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.536;QD=56.6806;RBI=0.00616662;REFB=-0.0921659;REVB=0.00539866;RO=0;SAF=54;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3e-08;STB=0.529403;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0016882;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:72:72:0:2:70:70:0.972222:16:54:0:0:16:54:0:2 chr4 155411065 . T C 914.8 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017785;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.973;QD=55.4422;RBI=0.0193246;REFB=-0.203035;REVB=-0.00755867;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.501922;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00346767;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:36:28:1:0:36:28:1:1 chr4 155411104 . A C 1376.88 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5894;QD=62.5855;RBI=0.0405956;REFB=0;REVB=-0.0302466;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029434;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:41:47:0:0:41:47:0:0 chr4 155507590 . T C 68.72 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0235168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3196;QD=7.23388;RBI=0.0245304;REFB=-0.0238999;REVB=0.00697856;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260288;STB=0.631334;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.071277;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:38:38:27:28:9:10:0.263158:4:5:9:18:5:5:9:19 chr4 155720274 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000464761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.466;QD=55.6559;RBI=0.000716388;REFB=0;REVB=-0.000545169;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98719e-06;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr4 156135676 . C T 972.68 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4114;QD=58.9505;RBI=0.108627;REFB=0;REVB=0.105948;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820674;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr4 156136027 . C T 746.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.349;QD=63.489;RBI=0.0420973;REFB=0;REVB=0.0401208;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198796;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr4 156273768 . T C 246.75 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.78;QD=46.9998;RBI=0.0141033;REFB=-0.165186;REVB=0.00983592;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00154858;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:10:10:0:0:10:10:0:1 chr4 156274377 . T C 168.56 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.037019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0477;QD=24.9722;RBI=0.0477125;REFB=-0.0346299;REVB=-0.0301011;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125498;STB=0.570092;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0184592;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:4:6:7:10:4:6 chr4 156276289 . C T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0618;QD=59.4327;RBI=0.0125613;REFB=0;REVB=0.0045276;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114811;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr4 156276317 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8254;QD=54.5168;RBI=0.0143036;REFB=0;REVB=-0.00953654;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58958e-05;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr4 156281371 . T C 813.65 PASS AF=0.694737;AO=66;DP=95;FAO=66;FDP=95;FR=.;FRO=29;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0448766;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.396;QD=34.2589;RBI=0.058254;REFB=-0.0557582;REVB=0.0371432;RO=29;SAF=44;SAR=22;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289767;STB=0.51562;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0218471;OID=.;OPOS=156281371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:29:29:66:66:0.694737:22:44:18:11:22:44:18:11 chr4 156289900 . C T 891.47 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.868;QD=57.5139;RBI=0.0651522;REFB=0;REVB=0.0249689;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102992;OID=.;OPOS=156289900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:62:0:0:55:62:1:37:18:0:0:39:23:0:0 chr4 156289917 . G A 113.66 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0142862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6006;QD=7.97602;RBI=0.0240818;REFB=-0.00845647;REVB=0.0193865;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260496;STB=0.631426;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0152798;OID=.;OPOS=156289917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:41:16:16:0.280702:8:8:11:28:8:8:13:28 chr4 156379973 . G T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.099;QD=57.1054;RBI=0.00932939;REFB=0;REVB=0.00907807;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59712e-05;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr4 156382738 . A C 555.13 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4081;QD=56.9359;RBI=0.0483915;REFB=-0.0279053;REVB=-0.0123588;RO=1;SAF=7;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158475;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:39:1:0:37:39:1:30:7:1:0:30:9:0:0 chr4 156632391 . A G 371.73 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000617231;FXX=0.0312402;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.864;QD=47.9652;RBI=0.0242971;REFB=-0.121507;REVB=0.0242892;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.519616;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00100347;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:31:1:3:28:28:0.903226:15:13:0:1:15:13:2:1 chr4 156680340 . G T 205.89 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0548372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.112;QD=31.6759;RBI=0.0571275;REFB=-0.0717258;REVB=0.0160136;RO=7;SAF=5;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983689;STB=0.554396;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0206271;OID=.;OPOS=156680340;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:14:5:3:4:14:5:3:4 chr4 156696223 . A T 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.041086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0465;QD=9.47503;RBI=0.0456314;REFB=-0.0340263;REVB=0.0198537;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679608;STB=0.511605;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.060295;OID=.;OPOS=156696223;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:5:15:7:3:6:15 chr4 156721198 . C T 138.01 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0842799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2014;QD=12.001;RBI=0.0842902;REFB=0.0104995;REVB=-0.00131415;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30176;STB=0.687266;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0175979;OID=.;OPOS=156721198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:11:5:17:12:11:5:18:12 chr4 156784671 . G A 155.56 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0271102;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.717;QD=7.23534;RBI=0.0527117;REFB=-0.0114346;REVB=-0.0452058;RO=62;SAF=8;SAR=14;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315996;STB=0.698404;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0291506;OID=.;OPOS=156784671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:62:64:22:22:0.255814:14:8:39:23:14:8:41:23 chr4 156787340 . G A,T 455.47 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000815026,0.00420328;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.513,107.447;QD=56.9342;RBI=0.0215487,0.022885;REFB=0,0;REVB=-0.0215333,-0.0224956;RO=0;SAF=16,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00112158,0.0618891;OID=.,.;OPOS=156787340,156787340;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:14,1:16,1:0:0:14,1:16,1:0:0 chr4 156847230 . A G 281.92 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0187011;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=35.4012;QD=29.676;RBI=0.116106;REFB=-0.0309514;REVB=-0.11459;RO=9;SAF=8;SAR=17;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124291;STB=0.578661;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00240712;OID=.;OPOS=156847230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:38:9:12:25:26:0.684211:17:8:5:4:17:9:7:5 chr4 156847237 . AG AA,A 257.57 PASS AF=0,0.675676;AO=5,17;DP=35;FAO=0,25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=0,8;FSAR=0,17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00356807,-0.00273755;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.9291,25.7653;QD=27.8455;RBI=0.0197391,0.0882105;REFB=-0.0296426,0.00185631;REVB=-0.0194139,-0.088168;RO=12;SAF=1,6;SAR=4,11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.42695,-0.174678;STB=0.5,0.591571;STBP=1,0.135;TYPE=snp,del;VARB=0.0227194,-0.007088;OID=.,.;OPOS=156847238,156847238;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.675676:5,17:35:0,25:37:12:0,8:0,17:7:5:91:12:1,6:4,11:7:5 chr4 157557726 . A G 727.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4299;QD=63.263;RBI=0.0470541;REFB=0;REVB=0.011195;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624388;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr4 158043559 . C T 579.43 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218425;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3591;QD=60.9929;RBI=0.0280665;REFB=0;REVB=-0.0176248;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012447;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr4 158065038 . T C 768.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.723;QD=64.0082;RBI=0.0569295;REFB=0;REVB=0.0056175;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109815;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:13:33:0:0:13:35:0:0 chr4 158238830 . T C 743.23 PASS AF=0.66;AO=66;DP=101;FAO=66;FDP=100;FR=.;FRO=34;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0369432;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.761;QD=29.7293;RBI=0.0392799;REFB=-0.0139894;REVB=0.0133458;RO=34;SAF=37;SAR=29;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00113766;STB=0.500615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00765543;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:34:34:66:66:0.66:29:37:19:15:29:37:19:15 chr4 159076826 . C T 905.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.214;QD=56.6151;RBI=0.0244501;REFB=-0.133581;REVB=-0.0217959;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000456034;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:33:30:0:0:33:30:0:1 chr4 159092633 . A G 702.7 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00842311;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7374;QD=56.2157;RBI=0.0370429;REFB=-0.169553;REVB=-0.0360725;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973928;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr4 159601676 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.756;QD=53.2771;RBI=0.0219976;REFB=0;REVB=-0.00508947;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171775;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr4 159826773 . T G 160.26 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=301.056;QD=45.788;RBI=0.0446909;REFB=0;REVB=0.0145484;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185535;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr4 159894250 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.073;QD=62.022;RBI=0.0286249;REFB=0;REVB=0.0272848;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29572e-05;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr4 159894305 . T C 875.41 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00588876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.12;QD=57.4038;RBI=0.0234581;REFB=0;REVB=0.0227069;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154291;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:22:37:0:0:24:37:0:0 chr4 160277276 . C T 62.11 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0578473;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.5385;QD=7.52812;RBI=0.0591426;REFB=0.0212367;REVB=-0.01231;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540368;STB=0.807047;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0512576;OID=.;OPOS=160277276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:22:24:9:9:0.272727:7:2:16:6:7:2:16:8 chr4 160428588 . G A 538.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.583;QD=59.8291;RBI=0.0260273;REFB=0;REVB=0.0221674;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93234e-05;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr4 162307060 . G T 895.47 PASS AF=0.71;AO=71;DP=100;FAO=71;FDP=100;FR=.;FRO=29;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00696465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.272;QD=35.819;RBI=0.00723475;REFB=-0.0142299;REVB=-0.00195837;RO=29;SAF=40;SAR=31;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251977;STB=0.513548;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00478453;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:29:29:71:71:0.71:31:40:15:14:31:40:15:14 chr4 164048199 . G C 351.35 PASS AF=0.607143;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00694514;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3287;QD=25.0963;RBI=0.0306291;REFB=0.00203838;REVB=0.0298313;RO=19;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750685;STB=0.519639;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=3.45269e-05;OID=.;OPOS=164048199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:19:22:33:34:0.607143:14:19:13:6:14:20:14:8 chr4 164050489 . TA T 104.82 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0734355;FXX=0.0768935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0498;QD=17.4701;RBI=0.0764791;REFB=-0.0397719;REVB=-0.0213607;RO=7;SAF=1;SAR=15;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.31746;SSSB=-0.593174;STB=0.860068;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.038855;OID=.;OPOS=164050490;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:16:26:16:24:8:1:15:6:2:39:7:1:15:5:2 chr4 164085425 . T C 636.75 PASS AF=0.57;AO=57;DP=100;FAO=57;FDP=100;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0335379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.695;QD=25.4699;RBI=0.0450007;REFB=-0.0190189;REVB=0.0300045;RO=42;SAF=31;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107708;STB=0.563614;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0138498;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:42:43:57:57:0.57:26:31:17:25:26:31:17:26 chr4 164393117 . T A 224.56 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0112969;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0708;QD=25.6634;RBI=0.0413229;REFB=-0.0132975;REVB=-0.0397488;RO=14;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119429;STB=0.566333;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00531347;OID=.;OPOS=164393117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:11:10:9:5:11:10:9:5 chr4 164394545 . G C 48.36 PASS AF=0.4;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00928976;FXX=0.062461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.569;QD=12.8968;RBI=0.0185463;REFB=-0.0284819;REVB=-0.016052;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959372;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0277433;OID=.;OPOS=164394545;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:15:15:6:7:4:6:0.4:1:3:4:2:2:4:4:3 chr4 164450083 . C T 89.19 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0227972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.887;QD=4.75685;RBI=0.0283599;REFB=-0.00906998;REVB=-0.0168693;RO=60;SAF=6;SAR=9;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186246;STB=0.61889;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.026587;OID=.;OPOS=164450083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:60:60:15:15:0.2:9:6:33:27:9:6:33:27 chr4 165878335 . A G 643.18 PASS AF=0.72973;AO=45;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0499647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3978;QD=34.7667;RBI=0.0565862;REFB=-0.0496732;REVB=-0.0265618;RO=16;SAF=25;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272421;STB=0.503523;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0212724;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:16:20:45:54:0.72973:20:25:8:8:29:25:9:11 chr4 165878609 . T A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0413885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.281;QD=3.4594;RBI=0.0447649;REFB=-0.00667846;REVB=-0.0170554;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388528;STB=0.758037;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0177105;OID=.;OPOS=165878609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:30:10:4:3:30:10 chr4 166000194 . CA C,CG 338.07 PASS AF=0.04,0.96;AO=4,21;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719427,0.012239;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.06,147.15;QD=54.0912;RBI=0.00780454,0.0236566;REFB=0,0;REVB=0.00302543,0.0202446;RO=0;SAF=1,15;SAR=3,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0188865,0.000530581;OID=.,.;OPOS=166000195,166000195;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:4,21:25:1,24:25:0:0,16:1,8:0:0:3:0:1,15:3,6:0:0 chr4 166199250 . A T 103.42 PASS AF=0.207317;AO=17;DP=82;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0264303;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6814;QD=5.04496;RBI=0.0423636;REFB=-0.00556233;REVB=-0.0331076;RO=64;SAF=8;SAR=9;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367891;STB=0.517221;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0319467;OID=.;OPOS=166199250;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:65:17:17:0.207317:9:8:32:32:9:8:32:33 chr4 166199390 . C T 1213.29 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.813;QD=59.9154;RBI=0.0302842;REFB=-0.0896251;REVB=0.027082;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000569699;OID=.;OPOS=166199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:78:80:0.987654:36:42:1:0:37:43:1:0 chr4 166199763 . A C 109.16 PASS AF=0.176991;AO=19;DP=112;FAO=20;FDP=113;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0128866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5681;QD=3.86414;RBI=0.0403763;REFB=-0.00297799;REVB=0.0382646;RO=93;SAF=7;SAR=12;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20077;STB=0.645816;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.022886;OID=.;OPOS=166199763;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:93:93:19:20:0.176991:12:7:49:44:13:7:49:44 chr4 166231868 . A G 197.1 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=49;FWDB=0.00193749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.793;QD=7.80604;RBI=0.0191055;REFB=-0.00383747;REVB=-0.019007;RO=72;SAF=12;SAR=15;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122318;STB=0.580442;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0131592;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:72:74:27:27:0.267327:15:12:25:47:15:12:25:49 chr4 166264119 . A G 449.9 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0153827;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.133;QD=26.8598;RBI=0.0176612;REFB=-0.0209438;REVB=0.00867713;RO=25;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565364;STB=0.525327;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0112611;OID=.;OPOS=166264119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:41:42:0.626866:23:18:13:12:23:19:13:12 chr4 166403417 . C A 82.85 PASS AF=0.241379;AO=11;DP=55;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00245921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.521;QD=5.71366;RBI=0.0348407;REFB=-0.0229264;REVB=0.0347538;RO=43;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350776;STB=0.60473;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0799515;OID=.;OPOS=166403417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:55:58:43:44:11:14:0.241379:8:3:24:19:8:6:25:19 chr4 167012381 . G A 1824.81 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04467;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6882;QD=61.3382;RBI=0.04645;REFB=0;REVB=0.0127354;RO=0;SAF=67;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0287e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315764;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:119:119:1:52:67:0:0:52:67:0:0 chr4 167012480 . T C 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7293;QD=58.2346;RBI=0.0943157;REFB=0;REVB=0.0439313;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645004;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr4 167654960 . C G 140.03 PASS AF=0.777778;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0340217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.278;QD=31.1185;RBI=0.0349628;REFB=-0.0356438;REVB=-0.00805749;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113256;STB=0.50979;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0280491;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:18:4:4:13:14:0.777778:3:10:3:1:4:10:3:1 chr4 168584259 . T A 175.38 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7411;QD=46.7686;RBI=0.108602;REFB=0;REVB=0.106602;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032681;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr4 169141768 . TAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT 104.2 PASS AF=0.2875,0.1,0.0125;AO=20,10,8;DP=80;FAO=23,8,1;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=4,0,1;FSAR=19,8,0;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.170439,-0.0163927,0.0811986;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=8.34434,146.654,21.6339;QD=5.21014;RBI=0.214518,0.0387993,0.0927837;REFB=-0.150431,-0.0173392,-0.0843081;REVB=-0.130264,-0.0351662,-0.0448955;RO=35;SAF=3,0,2;SAR=17,10,6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.591743,-0.790481,-0.494962;STB=0.795539,0.998752,0.988423;STBP=0.001,0,0.481;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.187817,0.016106,0.0553617;OID=.,.,.;OPOS=169141769,169141774,169141769;OREF=A,AT,A;OALT=-,TA,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATA,TTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2875,0.1,0.0125:20,10,8:80:23,8,1:80:48:4,0,1:19,8,0:28:20:62:35:3,0,2:17,10,6:24:11 chr4 169282355 . T C 770.08 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248722;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.22;QD=57.0432;RBI=0.029688;REFB=0;REVB=-0.0162096;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84623e-05;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:22:32:0:0 chr4 169315760 . C A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2723;QD=56.1877;RBI=0.0462356;REFB=0;REVB=-0.0175768;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000686815;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr4 169317279 . C T 115.85 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0131;QD=42.1286;RBI=0.0295214;REFB=0;REVB=0.028752;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr4 169336662 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9838;QD=55.097;RBI=0.0480588;REFB=0;REVB=0.00557518;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116691;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr4 169341435 . A G 1366.71 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00577447;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.389;QD=61.4252;RBI=0.0180383;REFB=-0.156622;REVB=-0.0170891;RO=1;SAF=56;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838704;STB=0.504347;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-8.60204e-05;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:31:56:1:0:31:57:1:0 chr4 169362557 . C G 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8341;QD=59.0067;RBI=0.0654722;REFB=0;REVB=-0.0192151;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533416;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr4 169369820 . T A 272.21 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.42;QD=51.8491;RBI=0.088963;REFB=0;REVB=0.0860419;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865102;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr4 169369853 . A T 240.41 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.984;QD=50.6122;RBI=0.153325;REFB=0;REVB=0.0023537;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173333;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:1:0:16:19:1:8:8:1:0:8:11:0:0 chr4 169369920 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.575;QD=39.2067;RBI=0.095827;REFB=0;REVB=-0.0663802;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80185e-05;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr4 169393595 . A G 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3918;QD=63.2684;RBI=0.0234538;REFB=0;REVB=0.0195185;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413074;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr4 169432673 . C T 240.17 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0343043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.152;QD=43.6676;RBI=0.0560802;REFB=-0.00886015;REVB=0.0443644;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121443;OID=.;OPOS=169432673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:10:10:1:1:10:10:1:1 chr4 169432841 . G A 542.38 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0653936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.446;QD=30.132;RBI=0.118439;REFB=-0.00153636;REVB=0.0987495;RO=22;SAF=21;SAR=19;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431162;STB=0.521118;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00727402;OID=.;OPOS=169432841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:22:23:40:48:0.666667:19:21:13:9:24:24:13:10 chr4 169433326 . TG CA 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0426007;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.373;QD=22.1441;RBI=0.0444244;REFB=-0.0421725;REVB=0.0125979;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144736;STB=0.581986;STBP=0.402;TYPE=mnp;VARB=0.0208806;OID=.;OPOS=169433326;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:13:4:5:8:13:4:5:8 chr4 169433333 . C T 168.7 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.000169615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.574;QD=24.1005;RBI=0.0105275;REFB=-0.0158389;REVB=0.0105261;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035621;STB=0.519976;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0240024;OID=.;OPOS=169433333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:3:8:13:4:3:8 chr4 169621191 . G A 50.78 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0197454;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1031;QD=4.41523;RBI=0.0579633;REFB=-0.0078212;REVB=-0.0544965;RO=40;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631189;STB=0.517198;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0381888;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:48:46:40:38:8:8:0.173913:3:5:23:17:3:5:23:15 chr4 169630204 . T G 95.49 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0272918;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.726;QD=10.6099;RBI=0.0366;REFB=0.00471097;REVB=-0.0243868;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425792;STB=0.738186;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.0119012;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:36:24:24:12:12:0.333333:2:10:12:12:2:10:13:11 chr4 169846359 . GCT G 463.54 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707065;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.712;QD=57.9426;RBI=0.0707284;REFB=-0.0801905;REVB=-0.00175914;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000497151;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:35:32:32:0:16:16:0:0:3:0:14:13:0:0 chr4 169928842 . G T 2176.96 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.99;QD=63.1002;RBI=0.0447314;REFB=0;REVB=0.00869163;RO=0;SAF=58;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.59527e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.63597e-05;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:79:58:0:0:80:58:0:0 chr4 170581570 . G A 754.23 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.101;QD=56.9227;RBI=0.0671305;REFB=0;REVB=-0.00678049;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259874;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr4 170663235 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.877;QD=48.7373;RBI=0.0215806;REFB=0;REVB=0.018161;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74119e-05;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr4 170678993 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.604;QD=58.5878;RBI=0.0487559;REFB=0;REVB=0.0290612;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17648e-05;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr4 170987636 . A G 511.82 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.418;QD=56.8689;RBI=0.0151608;REFB=-0.134918;REVB=0.00216431;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602272;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr4 172735897 . C G 521.5 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9475;QD=56.3785;RBI=0.0184783;REFB=-0.160587;REVB=-0.00636393;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00615066;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:19:17:1:0 chr4 174062875 . A G 132.99 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.044;QD=35.4632;RBI=0.0824109;REFB=0.015495;REVB=-0.0805833;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00338513;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:0:2:8:5:0:2 chr4 174090004 . G A 381.24 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0089734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.4051;QD=34.658;RBI=0.0344021;REFB=-0.0368694;REVB=0.0332112;RO=12;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849838;STB=0.535691;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0205127;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:12:13:31:31:0.704545:18:13:7:5:18:13:7:6 chr4 174449949 . C T 376.32 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0166775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.936;QD=32.7235;RBI=0.0383435;REFB=-0.0338572;REVB=-0.0345266;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171612;STB=0.602447;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0188323;OID=.;OPOS=174449949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:15:31:31:0.673913:15:16:3:11:15:16:3:12 chr4 174458022 . T A 787.12 PASS AF=0.711111;AO=63;DP=88;FAO=64;FDP=90;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00251122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.233;QD=34.9832;RBI=0.0140741;REFB=-0.00552329;REVB=0.0138483;RO=25;SAF=32;SAR=31;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780401;STB=0.533323;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00476675;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:25:26:63:64:0.711111:31:32:9:16:32:32:10:16 chr4 174537221 . T C 443.0 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00613113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8399;QD=35.4398;RBI=0.00694051;REFB=-0.0163389;REVB=-0.00325267;RO=15;SAF=19;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115228;STB=0.562607;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0102856;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:16:19:5:10:16:19:5:10 chr4 174537356 . T A 386.9 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0142049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.736;QD=30.345;RBI=0.0210579;REFB=-0.034901;REVB=0.0155453;RO=13;SAF=14;SAR=21;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00801491;STB=0.508192;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0102561;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:13:16:35:35:0.686275:21:14:5:8:21:14:6:10 chr4 174537471 . G A 444.44 PASS AF=0.790698;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00771812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.343;QD=41.3436;RBI=0.00789771;REFB=-0.039356;REVB=-0.00167466;RO=9;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101679;STB=0.505491;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.012237;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:9:9:34:34:0.790698:16:18:5:4:16:18:5:4 chr4 175237408 . T C 319.52 PASS AF=0.581818;AO=30;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0259719;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.195;QD=23.238;RBI=0.026924;REFB=-0.0101446;REVB=-0.00709641;RO=23;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356625;STB=0.517231;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00652423;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:30:32:0.581818:13:17:12:11:14:18:12:11 chr4 175443156 . C T 113.82 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0179775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.966;QD=5.55207;RBI=0.0303757;REFB=-0.00484649;REVB=-0.0244845;RO=64;SAF=11;SAR=7;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177495;STB=0.610988;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0228713;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:7:11:30:34:7:11:30:34 chr4 175598280 . A G 1453.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.619;QD=63.1905;RBI=0.0275981;REFB=0;REVB=0.00703559;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55701e-05;OID=.;OPOS=175598280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:56:36:0:0:56:36:0:0 chr4 175598334 . T C 1153.25 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.634;QD=60.6974;RBI=0.0362267;REFB=0;REVB=-0.00450697;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7201e-05;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:45:29:0:0:47:29:0:0 chr4 175688138 . A G 1022.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.743;QD=59.2612;RBI=0.0573205;REFB=0;REVB=-0.0509644;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.57707e-05;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:34:34:0:0:34:35:0:0 chr4 176555585 . A C 94.05 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0036068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0077;QD=5.61494;RBI=0.020224;REFB=-0.00295267;REVB=0.0198998;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101081;STB=0.563551;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0111026;OID=.;OPOS=176555585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:9:6:25:27:9:6:25:27 chr4 176892056 . CT C 117.46 PASS AF=0.790698;AO=21;DP=42;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.281171;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.61572;QD=10.9264;RBI=0.299801;REFB=-0.0112429;REVB=-0.104037;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158417;STB=0.520698;STBP=0.668;TYPE=del;VARB=0.084632;OID=.;OPOS=176892057;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.790698:21:42:34:43:9:12:22:4:5:12:12:6:15:6:6 chr4 177073026 . G A 444.08 PASS AF=1;AO=24;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.896;QD=57.3003;RBI=0.0513742;REFB=0;REVB=0.0486136;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024972;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:24:31:1:13:11:0:0:14:17:0:0 chr4 177073027 . C A 37.29 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0311463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7242;QD=4.81174;RBI=0.0670225;REFB=-0.0178458;REVB=-0.0593458;RO=24;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497682;STB=0.830676;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.204368;OID=.;OPOS=177073027;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:31:31:24:24:7:7:0.225806:1:6:11:13:1:6:11:13 chr4 177082069 . G C 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0108123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.575;QD=4.62989;RBI=0.0128256;REFB=-0.00582893;REVB=-0.00689866;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104477;STB=0.571184;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0241774;OID=.;OPOS=177082069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:14:10:2:4:14:10 chr4 177087322 . C T 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0800334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5322;QD=59.832;RBI=0.0816243;REFB=0;REVB=-0.016037;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779632;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr4 177100644 . G A 97.28 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00827958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3474;QD=6.17637;RBI=0.036805;REFB=0.00774265;REVB=-0.0358616;RO=48;SAF=9;SAR=6;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729063;STB=0.545393;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.0293556;OID=.;OPOS=177100644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:6:9:26:22:6:9:26:22 chr4 177113779 . T C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00286666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.317;QD=18.9487;RBI=0.00699311;REFB=-0.00202792;REVB=-0.00637855;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476899;STB=0.526639;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00178537;OID=.;OPOS=177113779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:13:14:13:15:13:14 chr4 177113956 . A G 600.86 PASS AF=0.684211;AO=52;DP=76;FAO=52;FDP=76;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0703571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.361;QD=31.6241;RBI=0.0704482;REFB=-0.0268507;REVB=0.00358262;RO=24;SAF=17;SAR=35;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10982;STB=0.559513;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0105627;OID=.;OPOS=177113956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:24:24:52:52:0.684211:35:17:12:12:35:17:12:12 chr4 177137988 . C T 307.25 PASS AF=0.6;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0070277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0863;QD=27.3114;RBI=0.0896525;REFB=0.0256398;REVB=-0.0893767;RO=17;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735494;STB=0.55399;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0191663;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:27:27:0.6:10:17:9:8:10:17:9:9 chr4 177605081 . CTCA C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115374;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=300.893;QD=58.5878;RBI=0.0266715;REFB=0;REVB=0.024047;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.13878e-05;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:33:33:33:0:22:11:0:0:4:0:22:11:0:0 chr4 178262683 . T C 328.0 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00262648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.069;QD=30.5113;RBI=0.0174042;REFB=0.00827042;REVB=0.0172049;RO=15;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914342;STB=0.550219;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00479029;OID=.;OPOS=178262683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:11:17:7:8:11:17:7:8 chr4 178274565 . A G 54.67 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0171321;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.0542;QD=4.96984;RBI=0.0171396;REFB=-0.00657615;REVB=-0.000504737;RO=32;SAF=8;SAR=1;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548458;STB=0.86869;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0204319;OID=.;OPOS=178274565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:41:44:32:35:9:9:0.204545:1:8:15:17:1:8:16:19 chr4 178274694 . T G 62.3 PASS AF=0.171875;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=64;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.00371707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.215;QD=3.89363;RBI=0.0057296;REFB=-0.006675;REVB=-0.00436023;RO=53;SAF=4;SAR=7;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29109;STB=0.691975;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0361232;OID=.;OPOS=178274694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:53:53:11:11:0.171875:7:4:32:21:7:4:32:21 chr4 178274750 . C T 49.59 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0201057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.503;QD=4.72311;RBI=0.0231281;REFB=-0.00843226;REVB=-0.0114311;RO=34;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496183;STB=0.839069;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0474185;OID=.;OPOS=178274750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:42:42:34:34:8:8:0.190476:7:1:17:17:7:1:17:17 chr4 178281754 . G A 452.75 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.000364355;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.276;QD=27.8618;RBI=0.0111783;REFB=-0.0253018;REVB=0.0111724;RO=23;SAF=23;SAR=19;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15704;STB=0.585414;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0098214;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:23:23:42:42:0.646154:19:23:7:16:19:23:7:16 chr4 178359960 . G C 539.13 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5854;QD=59.9037;RBI=0.071797;REFB=0;REVB=0.0485534;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223937;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:33:36:1:11:22:0:0:14:22:0:0 chr4 179037990 . C T 301.33 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.048;QD=50.222;RBI=0.0759975;REFB=-0.0867259;REVB=-0.0192766;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161466;OID=.;OPOS=179037990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:1:0:23:24:1:11:12:1:0:11:13:0:0 chr4 179327856 . G A 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8034;QD=56.9951;RBI=0.0659813;REFB=0;REVB=-0.0641725;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559149;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr4 183601847 . T C 711.73 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.036085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4067;QD=32.3515;RBI=0.0596889;REFB=0.00963206;REVB=0.0475461;RO=28;SAF=22;SAR=38;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387959;STB=0.520961;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00314159;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:28:28:60:60:0.681818:38:22:12:16:38:22:12:16 chr4 183652175 . T C 1611.49 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00646097;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.286;QD=59.1374;RBI=0.028484;REFB=-0.0904376;REVB=0.0277415;RO=1;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870867;STB=0.504586;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-2.40997e-06;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:107:108:0.990826:54:53:0:1:54:54:0:1 chr4 183674697 . C T 122.7 PASS AF=0.26087;AO=15;DP=70;FAO=18;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0287651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.656;QD=7.11284;RBI=0.0439071;REFB=-0.00515651;REVB=-0.0331723;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337596;STB=0.565146;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0169862;OID=.;OPOS=183674697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:51:15:18:0.26087:6:9:12:27:9:9:21:30 chr4 183720850 . C T 34.16 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0448407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.142;QD=4.01905;RBI=0.0485786;REFB=-0.0194929;REVB=-0.0186867;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160511;STB=0.611861;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.062533;OID=.;OPOS=183720850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:13:15:4:2:13:15 chr4 183721852 . G A 77.12 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0265355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.434;QD=6.16932;RBI=0.0269225;REFB=-0.000419172;REVB=-0.00454862;RO=39;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399279;STB=0.525501;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00203998;OID=.;OPOS=183721852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:39:39:11:11:0.22:5:6:20:19:5:6:20:19 chr4 183815688 . A G 474.99 PASS AF=0.68254;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0269252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4415;QD=30.1581;RBI=0.0376206;REFB=-0.0457956;REVB=0.0262743;RO=20;SAF=21;SAR=21;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594149;STB=0.528093;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0239901;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:42:43:0.68254:21:21:12:8:21:22:12:8 chr4 184203886 . G C 103.06 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0601312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6399;QD=9.58674;RBI=0.088775;REFB=-0.0279624;REVB=0.0653088;RO=27;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1922;STB=0.647664;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0630576;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:30:13:13:0.302326:5:8:12:15:5:8:12:18 chr4 184237195 . A T 753.4 PASS AF=0.696629;AO=63;DP=90;FAO=62;FDP=89;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0238544;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.984;QD=33.8606;RBI=0.0251307;REFB=-0.0259473;REVB=0.00790678;RO=25;SAF=31;SAR=32;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183607;STB=0.584243;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00738013;OID=.;OPOS=184237195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:25:27:63:62:0.696629:32:31:21:4:31:31:21:6 chr4 184238670 . C G 59.21 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.012891;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0917;QD=4.93389;RBI=0.0441969;REFB=0.00314141;REVB=-0.0422752;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360851;STB=0.507027;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.00861185;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:48:38:39:9:9:0.1875:5:4:17:21:5:4:17:22 chr4 184239648 . T A 91.76 PASS AF=0.521739;AO=8;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0575869;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=14.1085;QD=15.9584;RBI=0.250429;REFB=-0.0376684;REVB=0.243718;RO=9;SAF=8;SAR=0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.788558;STB=0.666349;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0400133;OID=.;OPOS=184239648;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:9:9:8:12:0.521739:0:8:4:5:2:10:5:4 chr4 184367558 . TCTG T 60.24 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0400812;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=278.784;QD=17.2101;RBI=0.0401316;REFB=-0.0228289;REVB=0.00201001;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372308;STB=0.736128;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=0.0179672;OID=.;OPOS=184367559;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:7:14:8:14:6:1:7:3:3:38:6:1:6:3:3 chr4 184426387 . C T 2486.24 PASS AF=0.988024;AO=164;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0305266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.482;QD=59.5507;RBI=0.0752436;REFB=-0.133396;REVB=0.068773;RO=3;SAF=83;SAR=81;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172952;STB=0.506023;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00141514;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:167:167:3:2:164:165:0.988024:81:83:0:3:82:83:0:2 chr4 184596814 . G A 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0171164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.204;QD=33.9183;RBI=0.0213671;REFB=-0.0167897;REVB=-0.0127898;RO=4;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490294;STB=0.526994;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00644767;OID=.;OPOS=184596814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:6:10:3:1:6:10:3:1 chr4 184596850 . A G 199.71 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0438096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3985;QD=36.3116;RBI=0.0447812;REFB=0.0326965;REVB=-0.00927792;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658029;STB=0.536043;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00924627;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:8:10:3:1:8:10:3:1 chr4 184600601 . A G 398.14 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0230044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.278;QD=35.3904;RBI=0.0269741;REFB=-0.0179139;REVB=-0.0140855;RO=13;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238241;STB=0.512969;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0051757;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:13:32:32:0.711111:11:21:8:5:11:21:8:5 chr4 184612553 . G C 533.62 PASS AF=0.734375;AO=45;DP=63;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00505344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9831;QD=33.3513;RBI=0.0246575;REFB=-0.0218406;REVB=0.0241341;RO=17;SAF=21;SAR=24;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886302;STB=0.541367;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00812912;OID=.;OPOS=184612553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:17:17:45:47:0.734375:24:21:5:12:26:21:5:12 chr4 185310218 . C T 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.269;QD=52.6076;RBI=0.0699615;REFB=0;REVB=0.0142357;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799959;OID=.;OPOS=185310218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr4 185587165 . A G 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.32;QD=60.547;RBI=0.071586;REFB=0;REVB=-0.0026124;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72358e-05;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:39:35:0:0:40:35:0:0 chr4 185655171 . C T 809.42 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0345696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.734;QD=53.9616;RBI=0.0361686;REFB=-0.0581748;REVB=0.0106351;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159891;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000360659;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:1:2:58:58:0.966667:29:29:1:0:29:29:2:0 chr4 185655190 . C G 643.87 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.565;QD=61.321;RBI=0.0377496;REFB=0;REVB=0.00191001;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2506e-05;OID=.;OPOS=185655190;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:20:18:0:0:22:20:0:0 chr4 185678110 . A G 1301.35 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.781;QD=61.9689;RBI=0.0277332;REFB=0;REVB=0.0010826;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54038e-05;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:37:47:0:0 chr4 185678118 . C G,T 1268.57 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=80,3;DP=83;FAO=80,4;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45,2;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183021,0.0099042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.2132,172.208;QD=60.4082;RBI=0.0399691,0.0127217;REFB=0,0;REVB=0.0399272,0.00798433;RO=0;SAF=45,2;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.30416e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00299953,0.174504;OID=.,.;OPOS=185678118,185678118;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:83:84:0:0:80,3:80,4:0.952381,0.047619:35,1:45,2:0:0:35,2:45,2:0:0 chr4 185686032 . C T 522.73 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.75;QD=58.081;RBI=0.134618;REFB=0;REVB=0.134331;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201304;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:1:0:34:36:1:10:24:0:1:12:24:0:0 chr4 186091487 . G A 650.54 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.357;QD=61.9559;RBI=0.0630574;REFB=0;REVB=0.0212655;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347162;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr4 186097045 . C T 652.18 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00321536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.46;QD=47.4313;RBI=0.0173096;REFB=0.030858;REVB=-0.0170084;RO=5;SAF=34;SAR=16;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643665;STB=0.534233;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.000485139;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:16:34:5:0:16:34:5:0 chr4 186318101 . C T 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.011146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.248;QD=3.07319;RBI=0.0421932;REFB=-0.00847489;REVB=-0.0406944;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169113;STB=0.511589;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.045572;OID=.;OPOS=186318101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:35:37:6:6:0.139535:3:3:17:18:3:3:18:19 chr4 186320880 . A G 446.03 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0290225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.46;QD=36.4103;RBI=0.0293705;REFB=-0.0299333;REVB=0.00450793;RO=14;SAF=13;SAR=22;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909978;STB=0.549269;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0121435;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:22:13:3:11:22:13:3:11 chr4 186320906 . C G 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0143938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.626;QD=31.6313;RBI=0.0172471;REFB=-0.0244357;REVB=0.00950168;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125847;STB=0.56858;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0117646;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:18:9:2:11:18:9:2:11 chr4 186339584 . A G 279.64 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.849;QD=48.6325;RBI=0.050526;REFB=-0.136328;REVB=0.0390845;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00172352;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr4 186357523 . C G 446.61 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.156;QD=57.6267;RBI=0.0241745;REFB=0;REVB=2.39944e-05;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115551;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr4 186361876 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.93;QD=51.1834;RBI=0.014063;REFB=0;REVB=0.0108623;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63695e-05;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr4 186379371 . G A 754.32 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5934;QD=56.93;RBI=0.0759257;REFB=0;REVB=0.0614901;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139561;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr4 186379735 . T C 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0179168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.695;QD=26.3148;RBI=0.0354283;REFB=-0.00384855;REVB=0.030564;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693794;STB=0.538427;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00180821;OID=.;OPOS=186379735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:10:12:9:5:10:12:9:5 chr4 186423637 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0146568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2522;QD=16.6271;RBI=0.0148714;REFB=-0.0242956;REVB=0.00251766;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.517215;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0163058;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:6:8:7:6:6:8 chr4 186507298 . AATAT AATA,AAT 176.44 PASS AF=0,1;AO=3,12;DP=15;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000848548,0.00697318;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=99.5739,209.289;QD=47.0506;RBI=0.0316003,0.023755;REFB=0,0;REVB=-0.0315889,0.0227085;RO=0;SAF=0,8;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000284838;OID=.,.;OPOS=186507302,186507299;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AATA,AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,12:15:0,15:15:0:0,8:0,7:0:0:4:0:0,8:3,4:0:0 chr4 186528433 . T C 388.33 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.81;QD=55.476;RBI=0.015549;REFB=0;REVB=0.00354942;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561872;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:13:15:0:0 chr4 186599992 . A T 305.4 PASS AF=0.588235;AO=23;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0618602;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=36.7766;QD=23.9526;RBI=0.0788766;REFB=-0.057867;REVB=0.0489371;RO=10;SAF=5;SAR=18;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142255;STB=0.514884;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0304908;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:10:21:23:30:0.588235:18:5:2:8:19:11:7:14 chr4 187074833 . A G 1274.24 PASS AF=0.988764;AO=72;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00276367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.227;QD=57.269;RBI=0.0169602;REFB=-0.0479753;REVB=0.0167335;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00240645;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:72:88:0.988764:31:41:0:0:41:47:0:1 chr4 187077206 . A G 842.51 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0183949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.297;QD=54.3557;RBI=0.0515779;REFB=-0.0095838;REVB=-0.0481861;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140874;STB=0.501628;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=6.61268e-07;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:1:2:60:60:0.967742:33:27:0:1:33:27:1:1 chr4 187078785 . A G 2482.99 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=164;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0389358;FXX=0.0121205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.452;QD=60.9323;RBI=0.0508437;REFB=-0.040589;REVB=0.0326968;RO=1;SAF=90;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00656304;STB=0.503448;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000231039;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:163:1:1:162:162:0.993865:72:90:0:1:72:90:0:1 chr4 187079047 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3331;QD=51.9147;RBI=0.058289;REFB=0;REVB=-0.0576539;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975329;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr4 187120211 . C A 227.13 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0309912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.967;QD=36.3411;RBI=0.0399806;REFB=-0.00750472;REVB=-0.0252585;RO=5;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122967;STB=0.567497;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00195232;OID=.;OPOS=187120211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:14:6:3:2:14:6:3:2 chr4 187122319 . T G 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0114607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.273;QD=30.5524;RBI=0.0140464;REFB=-0.0385511;REVB=-0.00812117;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108655;STB=0.559934;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00513097;OID=.;OPOS=187122319;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:9:9:2:5:9:9:2:5 chr4 187133576 . A C 538.35 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.496;QD=59.8163;RBI=0.0435107;REFB=0;REVB=0.0175063;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233107;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr4 187158034 . G A 401.61 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=55;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0103996;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2871;QD=30.3102;RBI=0.0139466;REFB=-0.0382612;REVB=0.00929287;RO=17;SAF=10;SAR=26;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935976;STB=0.560405;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00957444;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:17:16:36:37:0.698113:26:10:7:10:27:10:7:9 chr4 187179210 . T C 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550898;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9399;QD=51.986;RBI=0.0600113;REFB=0;REVB=-0.0238007;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00197868;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr4 187519206 . C G 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.375;QD=60.0309;RBI=0.0484408;REFB=0;REVB=0.0482192;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33434e-05;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr4 187534363 . G A 73.38 PASS AF=0.2;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0289499;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.076;QD=4.51541;RBI=0.0296099;REFB=0.00135729;REVB=0.00621729;RO=52;SAF=3;SAR=10;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173774;STB=0.613846;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0056356;OID=.;OPOS=187534363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:66:65:52:52:13:13:0.2:10:3:18:34:10:3:18:34 chr4 187534375 . A G 90.93 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=72;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=-0.016152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.322;QD=5.05187;RBI=0.0363588;REFB=-0.0174836;REVB=-0.0325742;RO=57;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163477;STB=0.605906;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0414479;OID=.;OPOS=187534375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:72:72:57:57:15:15:0.208333:12:3:17:40:12:3:17:40 chr4 187538330 . G A 83.26 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0656396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.314;QD=5.64467;RBI=0.065983;REFB=-0.0107873;REVB=0.00672234;RO=45;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612776;STB=0.523329;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0410389;OID=.;OPOS=187538330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:58:59:45:46:13:13:0.220339:9:4:12:33:9:4:13:33 chr4 187538942 . T G 121.1 PASS AF=0.218391;AO=20;DP=88;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.0128837;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.16;QD=5.56759;RBI=0.0317443;REFB=0.00174322;REVB=-0.0290122;RO=60;SAF=11;SAR=9;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415896;STB=0.54873;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.00482329;OID=.;OPOS=187538942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:68:20:19:0.218391:9:11:35:25:9:10:40:28 chr4 187541761 . G A 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0063689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.022;QD=6.95186;RBI=0.0129222;REFB=-0.00386127;REVB=-0.0112437;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136003;OID=.;OPOS=187541761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:8:8:23:23:8:8:23:23 chr4 187542736 . T C 209.85 PASS AF=0.371429;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000349261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.661;QD=11.9913;RBI=0.00169771;REFB=-0.0165401;REVB=0.0016614;RO=44;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111644;STB=0.573933;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0180639;OID=.;OPOS=187542736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:44:44:25:26:0.371429:15:10:22:22:16:10:22:22 chr4 187549428 . C T 113.25 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0108918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.503;QD=9.63793;RBI=0.0110971;REFB=-0.023726;REVB=0.00212475;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108458;STB=0.553116;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.040252;OID=.;OPOS=187549428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:7:7:19:13:7:7:19:14 chr4 187557837 . C T 762.73 PASS AF=0.684783;AO=63;DP=92;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0145167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.883;QD=33.1621;RBI=0.0225269;REFB=-0.00741845;REVB=0.0172258;RO=29;SAF=36;SAR=27;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191206;STB=0.603045;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00538048;OID=.;OPOS=187557837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:29:29:63:63:0.684783:27:36:7:22:27:36:7:22 chr4 187557893 . T C 193.46 PASS AF=0.252174;AO=30;DP=115;FAO=29;FDP=115;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0282706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.754;QD=6.72909;RBI=0.0786811;REFB=0.00294202;REVB=0.0734267;RO=85;SAF=12;SAR=18;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593636;STB=0.557235;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00602132;OID=.;OPOS=187557893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:85:86:30:29:0.252174:18:12:38:47:18:11:39:47 chr4 187627792 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.893;QD=60.6082;RBI=0.0373341;REFB=0;REVB=0.00366629;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020542;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr4 187628398 . C G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.598;QD=59.4338;RBI=0.0245719;REFB=0;REVB=0.0108425;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225741;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr4 187629140 . G C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.314;QD=58.5866;RBI=0.0202638;REFB=0;REVB=-0.016379;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176358;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr4 187630590 . G A 606.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122361;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.002;QD=62.1599;RBI=0.0135526;REFB=0;REVB=-0.00582673;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015588;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr4 188925176 . T TGAC 89.82 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0168189;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=298.607;QD=7.48462;RBI=0.0195474;REFB=0.00392285;REVB=-0.00996124;RO=36;SAF=8;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267056;STB=0.666389;STBP=0.222;TYPE=ins;VARB=-0.0100662;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:12:48:12:48:36:8:4:16:20:89:36:8:4:16:20 chr4 189012728 . G C 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.268;QD=62.9735;RBI=0.0230093;REFB=0;REVB=-0.018941;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52911e-05;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr4 189018486 . A G 267.99 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00836708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2325;QD=35.7317;RBI=0.0569759;REFB=0.0170562;REVB=0.0563582;RO=7;SAF=11;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397727;STB=0.52172;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00376354;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:12:11:4:3:12:11:4:3 chr4 189022324 . C T 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.000831642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.512;QD=6.30286;RBI=0.00296779;REFB=0.00245943;REVB=-0.00284888;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13481;STB=0.584768;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0104732;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:16:25:6:6:16:25 chr4 189026524 . C G 384.15 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.045137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3239;QD=35.7351;RBI=0.04562;REFB=0.023921;REVB=-0.00662073;RO=12;SAF=12;SAR=19;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103213;STB=0.556204;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00798802;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:19:12:7:5:19:12:7:5 chr4 189042746 . T C 397.46 PASS AF=0.794872;AO=30;DP=38;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00480787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.506;QD=40.7653;RBI=0.0533629;REFB=0.00275137;REVB=0.0531459;RO=8;SAF=19;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495543;STB=0.530016;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.000141829;OID=.;OPOS=189042746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:8:8:30:31:0.794872:11:19:6:2:12:19:6:2 chr4 190630778 . GC AT 1265.69 PASS AF=0.660606;AO=109;DP=169;FAO=109;FDP=165;FR=.;FRO=56;FSAF=69;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0103333;FXX=0.02941;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.16;QD=30.6833;RBI=0.0104546;REFB=-0.0534979;REVB=-0.00158767;RO=42;SAF=69;SAR=40;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00779999;STB=0.547355;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.0256702;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:42:56:109:109:0.660606:40:69:26:16:40:69:28:28 chr4 190630786 . A G 1474.98 PASS AF=0.677596;AO=122;DP=181;FAO=124;FDP=183;FR=.;FRO=59;FSAF=74;FSAR=50;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.0280517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.919;QD=32.2399;RBI=0.0299126;REFB=-0.0250969;REVB=-0.0103859;RO=58;SAF=73;SAR=49;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814558;STB=0.545774;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0136805;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:183:58:59:122:124:0.677596:49:73:27:31:50:74:27:32 chr4 190630812 . C T 38.45 PASS AF=0.0724638;AO=14;DP=206;FAO=15;FDP=207;FR=.;FRO=192;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=106;FSRR=86;FWDB=0.00271205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.436;QD=0.74295;RBI=0.0154395;REFB=-0.000621523;REVB=-0.0151994;RO=191;SAF=7;SAR=7;SRF=105;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053952;STB=0.578642;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00510716;OID=.;OPOS=190630812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:206:207:191:192:14:15:0.0724638:7:7:105:86:8:7:106:86 chr4 190815066 . CA C 52.47 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0263329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.159;QD=20.9895;RBI=0.0320024;REFB=-0.0215238;REVB=0.018186;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=del;VARB=0.00828092;OID=.;OPOS=190815067;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:10:7:10:3:2:5:1:2:15:2:2:5:1:1 chr4 190862155 . T G 78.54 PASS AF=0.2;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0253909;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5297;QD=4.83302;RBI=0.0296109;REFB=-0.0111059;REVB=-0.015235;RO=49;SAF=4;SAR=9;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278356;STB=0.685427;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0309347;OID=.;OPOS=190862155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:66:65:49:52:13:13:0.2:9:4:26:23:9:4:28:24 chr4 190862182 . C T 194.59 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00266246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.358;QD=10.3779;RBI=0.0223083;REFB=-0.0127338;REVB=-0.0221489;RO=49;SAF=8;SAR=17;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201651;STB=0.625315;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0258254;OID=.;OPOS=190862182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:50:25:25:0.333333:17:8:24:25:17:8:25:25 chr4 190874206 . T A 207.0 PASS AF=0.3;AO=26;DP=90;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.000485222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.847;QD=9.19996;RBI=0.0252944;REFB=0.00900141;REVB=-0.0252897;RO=63;SAF=14;SAR=12;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930355;STB=0.566453;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00905695;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:63:63:26:27:0.3:12:14:29:34:12:15:29:34 chr4 190874234 . C T 265.15 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.00329732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.868;QD=8.91268;RBI=0.00692218;REFB=-0.0111642;REVB=0.0060864;RO=83;SAF=19;SAR=17;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545111;STB=0.531947;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0278042;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:83:83:36:36:0.302521:17:19:40:43:17:19:40:43 chr4 190874256 . C T 92.12 PASS AF=0.147287;AO=19;DP=129;FAO=19;FDP=129;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=59;FSRR=51;FWDB=0.00341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.918;QD=2.8563;RBI=0.024807;REFB=-0.0048216;REVB=-0.0245715;RO=108;SAF=5;SAR=14;SRF=58;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346853;STB=0.733578;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0300179;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:129:129:108:110:19:19:0.147287:14:5:58:50:14:5:59:51 chr4 190874290 . T A 94.38 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0394149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.161;QD=3.04445;RBI=0.0396261;REFB=-0.00103304;REVB=0.00408613;RO=103;SAF=4;SAR=15;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386749;STB=0.766905;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00383904;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:103:105:19:19:0.153226:15:4:52:51:15:4:54:51 chr4 190876192 . A C 56.18 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=0.0287402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.154;QD=2.99621;RBI=0.0301212;REFB=-0.0039686;REVB=-0.00901592;RO=64;SAF=6;SAR=5;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171119;STB=0.617019;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0381467;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:75:64:64:11:11:0.146667:5:6:26:38:5:6:26:38 chr4 190876195 . C T 415.92 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=-0.0139951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.043;QD=22.1821;RBI=0.030973;REFB=-0.019605;REVB=-0.0276309;RO=33;SAF=25;SAR=16;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336385;STB=0.689137;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0212877;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:34:41:41:0.546667:16:25:6:27:16:25:6:28 chr4 190876196 . G A 48.45 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0194972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.984;QD=2.55001;RBI=0.0413555;REFB=6.50718e-05;REVB=-0.036471;RO=65;SAF=1;SAR=9;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493335;STB=0.860294;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00402781;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:76:65:66:10:10:0.131579:9:1:30:35:9:1:30:36 chr4 190876204 . G A 575.43 PASS AF=0.7;AO=46;DP=74;FAO=49;FDP=70;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0542619;FXX=0.0908973;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6459;QD=32.8817;RBI=0.0740746;REFB=-0.0412615;REVB=0.0504251;RO=20;SAF=24;SAR=22;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151543;STB=0.575745;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0108905;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:70:20:21:46:49:0.7:22:24:5:15:25:24:5:16 chr4 190876242 . G A 1125.15 PASS AF=0.782609;AO=90;DP=115;FAO=90;FDP=115;FR=.;FRO=25;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00350843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0411;QD=39.1355;RBI=0.0335399;REFB=0.00089302;REVB=-0.0333559;RO=25;SAF=45;SAR=45;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733666;STB=0.539122;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00058136;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:25:25:90:90:0.782609:45:45:8:17:45:45:8:17 chr4 190876256 . C T 45.91 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.0437816;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.932;QD=1.51777;RBI=0.0456806;REFB=-7.64453e-05;REVB=-0.0130341;RO=109;SAF=5;SAR=7;SRF=50;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502809;STB=0.538397;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000608307;OID=.;OPOS=190876256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:121:121:109:109:12:12:0.0991736:7:5:50:59:7:5:50:59 chr4 190876269 . T C 34.22 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=120;FAO=10;FDP=120;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=-0.00169642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.297;QD=1.14072;RBI=0.00170366;REFB=-0.00372806;REVB=0.000156903;RO=110;SAF=8;SAR=2;SRF=45;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424481;STB=0.834274;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0344961;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:120:120:110:110:10:10:0.0833333:2:8:45:65:2:8:45:65 chr4 190876278 . G A 46.34 PASS AF=0.1;AO=12;DP=120;FAO=12;FDP=120;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=62;FWDB=-0.00934129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.248;QD=1.54456;RBI=0.0191484;REFB=-0.000196625;REVB=-0.0167153;RO=108;SAF=5;SAR=7;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112186;STB=0.508533;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00146165;OID=.;OPOS=190876278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:120:120:108:108:12:12:0.1:7:5:46:62:7:5:46:62 chr4 190876293 . C A 43.18 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=60;FWDB=-0.0343125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.74;QD=1.54209;RBI=0.0422505;REFB=0.00329677;REVB=-0.0246526;RO=100;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053457;STB=0.544475;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0344013;OID=.;OPOS=190876293;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:112:112:100:101:11:11:0.0982143:6:5:41:59:6:5:41:60 chr4 190878563 . C A 142.84 PASS AF=0.238636;AO=21;DP=89;FAO=21;FDP=88;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0086992;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.884;QD=6.49269;RBI=0.0137322;REFB=-0.0048244;REVB=0.0106253;RO=57;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286738;STB=0.506323;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0416803;OID=.;OPOS=190878563;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:57:67:21:21:0.238636:13:8:23:34:13:8:25:42 chr4 190878597 . C T 448.64 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0246789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0883;QD=15.7418;RBI=0.0691894;REFB=-0.0270807;REVB=-0.0646384;RO=64;SAF=16;SAR=34;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952359;STB=0.553466;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0323026;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:64:64:50:50:0.438596:34:16:26:38:34:16:26:38 chr4 190878654 . C G 269.73 PASS AF=0.286822;AO=37;DP=129;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=36;FSRR=56;FWDB=-0.0334722;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.551;QD=8.36374;RBI=0.0458078;REFB=-0.00420884;REVB=-0.0312725;RO=90;SAF=13;SAR=24;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048593;STB=0.530669;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00757946;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:90:92:37:37:0.286822:24:13:35:55:24:13:36:56 chr4 190881969 . G A 33.14 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0579683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.986;QD=3.156;RBI=0.059474;REFB=7.76744e-05;REVB=-0.0132982;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707917;STB=0.551548;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00337272;OID=.;OPOS=190881969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:4:2:14:22:4:2:14:22 chr4 190881992 . T C 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00757567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.39;QD=3.07304;RBI=0.0088338;REFB=-0.00169239;REVB=0.0045437;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577348;STB=0.542229;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0101813;OID=.;OPOS=190881992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:14:23:4:2:14:23 chr4 190881997 . A G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0053653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.353;QD=3.07318;RBI=0.00630439;REFB=-0.00336929;REVB=0.00331042;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577348;STB=0.542229;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0202037;OID=.;OPOS=190881997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:14:23:4:2:14:23 chr4 190904382 . A G 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0170346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.193;QD=11.8818;RBI=0.0451519;REFB=-0.0143736;REVB=-0.0418153;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234359;STB=0.644271;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0309806;OID=.;OPOS=190904382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:28:15:15:0.348837:7:8:20:7:7:8:21:7 chr4 190906025 . G A 170.07 PASS AF=0.319444;AO=22;DP=71;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0182659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.03;QD=9.44814;RBI=0.0226947;REFB=-0.0187855;REVB=-0.0134686;RO=49;SAF=18;SAR=4;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368795;STB=0.68337;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0404206;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:49:49:22:23:0.319444:4:18:27:22:5:18:27:22 chr5 163259 . GA G,GC 173.3 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=4,11;DP=15;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050581,0.0518113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.867,134.126;QD=46.2119;RBI=0.0560483,0.0588266;REFB=0,0;REVB=-0.0241449,-0.0278596;RO=0;SAF=4,5;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0201324,0.00701966;OID=.,.;OPOS=163260,163260;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:4,11:15:1,14:15:0:1,8:0,6:0:0:4:0:4,5:0,6:0:0 chr5 163266 . C G 38.27 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0332355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.343;QD=10.2046;RBI=0.0392658;REFB=-0.0530952;REVB=-0.0209095;RO=9;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046104;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0339293;OID=.;OPOS=163266;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:9:9:5:6:0.4:2:3:5:4:2:4:5:4 chr5 236678 . G A 33.81 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=42;FWDB=-0.0166204;FXX=0.0282992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5657;QD=1.31298;RBI=0.0219499;REFB=-0.00215666;REVB=-0.0143373;RO=94;SAF=6;SAR=3;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132885;STB=0.607862;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0277447;OID=.;OPOS=236678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:106:103:94:94:9:9:0.0873786:3:6:52:42:3:6:52:42 chr5 256451 . C T 895.46 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.97;QD=55.9661;RBI=0.0260954;REFB=0.0605218;REVB=0.0222743;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.506327;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000112963;OID=.;OPOS=256451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:1:1:60:63:0.984375:36:24:0:1:39:24:0:1 chr5 367969 . G A 841.89 PASS AF=0.968254;AO=58;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0237426;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.664;QD=53.4533;RBI=0.0342592;REFB=-0.132279;REVB=0.0246978;RO=3;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204047;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00131002;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:3:2:58:61:0.968254:26:32:1:2:28:33:1:1 chr5 482186 . C G 184.76 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00624611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6193;QD=18.4758;RBI=0.0894156;REFB=-0.00949689;REVB=0.0891972;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0159083;OID=.;OPOS=482186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:6:13:13:8:6:13:13:8 chr5 524311 . G A 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.00515665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.37;QD=4.09682;RBI=0.0357208;REFB=-0.00136926;REVB=0.0353467;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386332;STB=0.754428;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0214473;OID=.;OPOS=524311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:7:3:30:18:7:3:30:18 chr5 665280 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.761;QD=63.5827;RBI=0.0131345;REFB=0;REVB=-0.0122747;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.36614e-05;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr5 678062 . A G 419.31 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0278186;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.156;QD=17.6549;RBI=0.0294584;REFB=-0.00548115;REVB=-0.00969137;RO=52;SAF=26;SAR=16;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157657;STB=0.568839;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00813367;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:42:43:0.452632:16:26:24:28:17:26:25:27 chr5 741736 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.712;QD=49.5969;RBI=0.0604915;REFB=0;REVB=0.0473877;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014539;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr5 766910 . C T 1693.45 PASS AF=0.982609;AO=111;DP=117;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00796035;FXX=0.0254216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.815;QD=58.9025;RBI=0.0232367;REFB=-0.0778553;REVB=0.0218306;RO=1;SAF=51;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921809;STB=0.500854;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000257442;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:115:1:2:111:113:0.982609:60:51:1:0:62:51:1:1 chr5 767033 . A C 817.23 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.871;QD=57.3492;RBI=0.0906019;REFB=0;REVB=0.0361924;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049655;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:50:57:1:37:13:0:0:43:14:0:0 chr5 837556 . T G 110.6 PASS AF=0.151724;AO=22;DP=144;FAO=22;FDP=145;FR=.;FRO=123;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=-0.0210691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4789;QD=3.05097;RBI=0.0299507;REFB=-0.00471412;REVB=-0.021287;RO=122;SAF=14;SAR=8;SRF=54;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2434;STB=0.658274;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0262882;OID=.;OPOS=837556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:122:123:22:22:0.151724:8:14:54:68:8:14:55:68 chr5 840342 . A G 338.13 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=24;FWDB=0.00195788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.229;QD=11.4622;RBI=0.0376495;REFB=-0.0179179;REVB=-0.0375985;RO=76;SAF=23;SAR=19;SRF=52;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158449;STB=0.590266;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0359423;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:19:23:52:24:19:23:52:24 chr5 843723 . C A 338.7 PASS AF=0.298701;AO=46;DP=154;FAO=46;FDP=154;FR=.;FRO=108;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=61;FWDB=-0.0110915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.709;QD=8.79743;RBI=0.0111316;REFB=-0.023688;REVB=-0.000943876;RO=107;SAF=22;SAR=24;SRF=46;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582026;STB=0.530333;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0625513;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:107:108:46:46:0.298701:24:22:46:61:24:22:47:61 chr5 843815 . C T 205.05 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0181903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.004;QD=16.4043;RBI=0.018305;REFB=-0.00713386;REVB=0.00204579;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417047;STB=0.503813;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0153317;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:29:21:21:0.42:11:10:14:13:11:10:14:15 chr5 878525 . T A 63.97 PASS AF=0.109589;AO=15;DP=145;FAO=16;FDP=146;FR=.;FRO=130;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=72;FSRR=58;FWDB=-0.0655592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.545;QD=1.75259;RBI=0.0657926;REFB=-0.00809192;REVB=-0.00553768;RO=129;SAF=11;SAR=4;SRF=72;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222929;STB=0.625289;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0623001;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:145:146:129:130:15:16:0.109589:4:11:72:57:5:11:72:58 chr5 917213 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0422409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4871;QD=15.882;RBI=0.0456775;REFB=0.0108569;REVB=-0.0173823;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00635613;OID=.;OPOS=917213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr5 1009145 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.188;QD=40.7629;RBI=0.0332855;REFB=0;REVB=0.0332855;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440452;OID=.;OPOS=1009145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr5 1036962 . C A 161.43 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.032681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7733;QD=19.5671;RBI=0.0619712;REFB=-0.0430834;REVB=0.0526535;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.545399;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.032234;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:12:5:6:9:12:5:6:10 chr5 1038526 . A G 130.64 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.4;QD=43.548;RBI=0.132636;REFB=0;REVB=0.128553;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234751;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:4:8:0:0 chr5 1038682 . C T 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0203559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.606;QD=15.1703;RBI=0.0210929;REFB=-0.0154438;REVB=-0.00552698;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300915;STB=0.674346;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0266568;OID=.;OPOS=1038682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:14:10:12:5:14:10 chr5 1052360 . C T 415.57 PASS AF=0.609375;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0886284;FXX=0.0588149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9572;QD=25.9731;RBI=0.0888125;REFB=-0.0300161;REVB=-0.00571611;RO=25;SAF=20;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108857;STB=0.559522;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0255349;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:25:25:39:39:0.609375:19:20:9:16:19:20:9:16 chr5 1053522 . C T 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00531276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2494;QD=13.3671;RBI=0.00552456;REFB=-0.00978779;REVB=-0.00151506;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172535;STB=0.601424;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0243332;OID=.;OPOS=1053522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:18:13:5:13:18:13 chr5 1057615 . A G 264.05 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0132189;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.255;QD=25.7605;RBI=0.0132424;REFB=0.00151633;REVB=-0.000787576;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351449;STB=0.505108;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00103172;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:7:10:13:11:8:9 chr5 1065399 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.31;QD=51.1846;RBI=0.0251165;REFB=0;REVB=0.0249527;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46244e-05;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr5 1065415 . G A 77.28 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.044797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9279;QD=13.4394;RBI=0.089593;REFB=0.00413562;REVB=0.0775896;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00207873;OID=.;OPOS=1065415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr5 1078089 . G A 218.18 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00366975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.265;QD=15.584;RBI=0.018392;REFB=-0.0221416;REVB=0.0180222;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138559;STB=0.57137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0288874;OID=.;OPOS=1078089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:24:25:0.446429:16:8:14:16:16:9:15:16 chr5 1081767 . C G,T 1105.14 PASS AF=0.0533333,0.946667;AO=5,70;DP=75;FAO=4,71;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=3,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059823,0.129333;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.914,81.3422;QD=58.9406;RBI=0.0649746,0.132262;REFB=0,0;REVB=-0.0253557,0.0276782;RO=0;SAF=1,31;SAR=4,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.134623,0.00085103;OID=.,.;OPOS=1081767,1081767;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:75:75:0:0:5,70:4,71:0.0533333,0.946667:4,39:1,31:0:0:3,40:1,31:0:0 chr5 1216775 . A G 891.58 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.836;QD=57.5212;RBI=0.0468729;REFB=0;REVB=0.0391779;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577794;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr5 1225613 . G A 392.77 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.125;QD=56.1096;RBI=0.020056;REFB=0;REVB=-0.00191078;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06384e-05;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:26:28:1:5:21:0:0:6:22:0:0 chr5 1225626 . T A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.24;QD=57.6807;RBI=0.113982;REFB=0;REVB=-0.113467;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000853033;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr5 1225687 . CT TC 532.01 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147478;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.977;QD=56.0008;RBI=0.0712893;REFB=0;REVB=0.0697472;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000409145;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:35:38:1:18:17:0:0:20:18:0:0 chr5 1225703 . A G 602.46 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.019;QD=58.7766;RBI=0.0405525;REFB=-0.1042;REVB=0.0105301;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.515144;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000269455;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:1:0:24:16:1:0 chr5 1279439 . G A 253.7 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0132756;FXX=0.0285673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.632;QD=14.9235;RBI=0.0150858;REFB=-0.0184498;REVB=0.00716525;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782566;STB=0.537106;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0243439;OID=.;OPOS=1279439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:39:29:29:0.426471:13:16:18:20:13:16:19:20 chr5 1321873 . C T 247.72 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00768743;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.325;QD=19.4287;RBI=0.00798027;REFB=0.0140085;REVB=-0.00214202;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512521;STB=0.528679;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0131935;OID=.;OPOS=1321873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:13:12:14:12:13:12 chr5 1364242 . C G 458.28 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.285;QD=55.5485;RBI=0.0108225;REFB=0;REVB=-0.000709945;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01205;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:15:15:0:0:18:15:0:0 chr5 1394815 . A G 177.26 PASS AF=0.385965;AO=21;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0197852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.266;QD=12.4393;RBI=0.0246157;REFB=-0.00910043;REVB=-0.0146451;RO=35;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361012;STB=0.689288;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0150362;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:35:35:21:22:0.385965:9:12:8:27:10:12:8:27 chr5 1467004 . A G 397.55 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00688256;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.515;QD=25.6482;RBI=0.0172395;REFB=-0.0215928;REVB=0.0158061;RO=24;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882943;STB=0.54842;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0125204;OID=.;OPOS=1467004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:24:24:38:38:0.612903:25:13:11:13:25:13:11:13 chr5 1708983 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0302785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.626;QD=19.0006;RBI=0.0339366;REFB=-0.0305534;REVB=-0.0153266;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208244;STB=0.61632;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0192188;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:5:12:15:2:5:12:15:2 chr5 1814783 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.165887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.961;QD=12.3958;RBI=0.165971;REFB=0.00233854;REVB=0.00528167;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317065;STB=0.691596;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00536408;OID=.;OPOS=1814783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:1:4:2:3:1:4 chr5 1877638 . CAA C,CGA 751.63 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=46,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224193,0.0750845;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=170.08,57.6266;QD=62.6356;RBI=0.0224212,0.0760589;REFB=0,0;REVB=0.000291146,-0.0121356;RO=0;SAF=26,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00491555,-0.0541242;OID=.,.;OPOS=1877639,1877639;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.958333,0.0416667:46,2:48:46,2:48:0:26,1:20,1:0:0:9:0:26,1:20,1:0:0 chr5 1878212 . G A 243.49 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322622;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1961;QD=51.2602;RBI=0.0322622;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=19;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329926;OID=.;OPOS=1878212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:0:19:0:0:0:19:0:0 chr5 3600334 . T C 433.04 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.031083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.402;QD=19.4626;RBI=0.0407747;REFB=-0.00431493;REVB=-0.0263898;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605277;STB=0.527938;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00443638;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:45:43:44:0.494382:20:23:27:18:20:24:27:18 chr5 3610658 . T A,C 674.81 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642437,0.0724313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.2661,93.9217;QD=61.3463;RBI=0.064767,0.0743318;REFB=0,0;REVB=0.00821605,0.0167011;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.36943e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.143229,0.00492649;OID=.,.;OPOS=3610658,3610658;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:1,29:1,13:0:0:1,29:1,13:0:0 chr5 5126260 . C CATCT 311.44 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.0032907;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=4;MLLD=229.754;QD=21.1142;RBI=0.0392268;REFB=-0.0345547;REVB=0.0390885;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389313;STB=0.708382;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.0247203;OID=.;OPOS=5126261;OREF=-;OALT=ATCT;OMAPALT=CATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.542373:32:61:32:59:27:12:20:23:4:99:28:12:20:24:4 chr5 5126265 . C A 40.55 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0353931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.636;QD=3.4511;RBI=0.0431307;REFB=-0.000320584;REVB=-0.0246493;RO=40;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174376;STB=0.622413;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00548559;OID=.;OPOS=5126265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:3:4:17:23:3:4:17:23 chr5 5146335 . C G 257.87 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.105746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.621;QD=16.3726;RBI=0.106569;REFB=-0.00593809;REVB=0.0132188;RO=32;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428057;STB=0.51842;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00497002;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:34:29:29:0.460317:18:11:12:20:18:11:14:20 chr5 5146377 . T C 162.62 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0156154;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.025;QD=18.0693;RBI=0.0193394;REFB=-0.00012034;REVB=-0.0114092;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386616;STB=0.721948;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000669188;OID=.;OPOS=5146377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:12:7:13:4:12:7 chr5 5146395 . A G 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00637746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.841;QD=28.913;RBI=0.0222602;REFB=-0.0188088;REVB=-0.0213271;RO=15;SAF=19;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152791;STB=0.584547;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00942223;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:7:19:8:7:7:19:8:7 chr5 5209210 . G A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0390206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.032;QD=11.4388;RBI=0.041372;REFB=-0.0327119;REVB=0.013749;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0368136;OID=.;OPOS=5209210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr5 5447607 . A G 185.71 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0269441;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.212;QD=15.1602;RBI=0.0271787;REFB=-0.00256012;REVB=-0.0035629;RO=27;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243285;STB=0.521718;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00341083;OID=.;OPOS=5447607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:29:19:20:0.408163:8:11:15:12:9:11:17:12 chr5 5460569 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3129;QD=58.5858;RBI=0.0201375;REFB=0;REVB=-0.00912638;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115741;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr5 5460619 . G C 563.77 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0168927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9402;QD=57.8228;RBI=0.0421877;REFB=-0.0929965;REVB=0.038658;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183767;STB=0.509799;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00652308;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:0:1:25:13:0:1 chr5 5462148 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.866;QD=44.6893;RBI=0.0366181;REFB=0;REVB=-0.00444342;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510902;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 5462607 . A G 93.83 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0879001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1712;QD=10.1437;RBI=0.0880817;REFB=-0.0248492;REVB=-0.00565325;RO=25;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289741;STB=0.678671;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0509991;OID=.;OPOS=5462607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:10:2:9:16:10:2:9:16 chr5 5462620 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0222785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.196;QD=11.5968;RBI=0.0264204;REFB=0.00189724;REVB=0.0142024;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303663;STB=0.684578;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00332095;OID=.;OPOS=5462620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:10:2:8:13:10:2:8:13 chr5 5489383 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00356975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.088;QD=18.9386;RBI=0.0053167;REFB=-0.0099249;REVB=0.00394008;RO=29;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10892;STB=0.560601;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00809817;OID=.;OPOS=5489383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:14:16:19:10:14:16:19:10 chr5 6337241 . T A 184.45 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00901595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.441;QD=12.721;RBI=0.0104062;REFB=-0.0307913;REVB=-0.00519628;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.556005;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0388654;OID=.;OPOS=6337241;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:35:22:23:0.396552:12:10:20:12:12:11:20:15 chr5 6600150 . G A 752.22 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0378797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.985;QD=52.7877;RBI=0.0691508;REFB=-0.147558;REVB=0.057853;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00250224;OID=.;OPOS=6600150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:28:27:1:0:28:27:1:1 chr5 6645016 . A G 445.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8774;QD=57.5145;RBI=0.0695237;REFB=0;REVB=0.0340594;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121727;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr5 6748659 . T C 828.23 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.954;QD=57.1191;RBI=0.0037425;REFB=0;REVB=-0.0031412;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.45772e-05;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr5 7802363 . C T 165.16 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00359489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5602;QD=12.4646;RBI=0.0240201;REFB=-0.0165078;REVB=-0.0237496;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273469;STB=0.658379;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0179218;OID=.;OPOS=7802363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:13:7:20:13:13:7:20:13 chr5 7826680 . T C 93.35 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0222923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.938;QD=9.82637;RBI=0.0239648;REFB=-0.0127037;REVB=-0.00879573;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187393;STB=0.583194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0183829;OID=.;OPOS=7826680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:22:26:12:12:0.315789:7:5:13:9:7:5:14:12 chr5 7835555 . C G 155.92 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0145711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3711;QD=17.3243;RBI=0.0249484;REFB=-0.00618806;REVB=0.0202511;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.505045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0092825;OID=.;OPOS=7835555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:9:7:8:11:10:7:8:11 chr5 7866967 . G C 352.19 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000899819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.16;QD=21.3447;RBI=0.00365581;REFB=-0.028433;REVB=-0.00354334;RO=30;SAF=25;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117127;STB=0.564934;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0342233;OID=.;OPOS=7866967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:11:25:17:13:11:25:17:13 chr5 7868030 . T C 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00495787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.26;QD=15.7533;RBI=0.0121303;REFB=-0.0136179;REVB=0.0110709;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212788;STB=0.512005;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0183708;OID=.;OPOS=7868030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:28:18:13:22:28:18 chr5 7878179 . C T 176.57 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.038174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3503;QD=14.1255;RBI=0.0460347;REFB=0.0107546;REVB=-0.0257281;RO=31;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225;STB=0.631681;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.0177602;OID=.;OPOS=7878179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:14:5:14:17:14:5:14:17 chr5 8619227 . C T 43.87 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00725168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6091;QD=9.23583;RBI=0.0097282;REFB=-0.0271786;REVB=-0.00648467;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264239;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0913751;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:18:19:12:12:6:7:0.368421:2:4:5:7:2:5:5:7 chr5 8619258 . G A 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0112163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.893;QD=16.6255;RBI=0.0116344;REFB=-0.00693409;REVB=-0.0030909;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442244;STB=0.755413;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0161037;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:3:10:4:10:3:10:4:10 chr5 8620513 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00612814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.376;QD=13.9588;RBI=0.0621643;REFB=-0.00589351;REVB=-0.0618615;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00175924;OID=.;OPOS=8620513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:3:4:2:5:3:4 chr5 9041924 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0112009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.73;QD=10.8847;RBI=0.0502476;REFB=-0.0122746;REVB=0.0489833;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514904;STB=0.799466;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0404858;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:13:2:6:3:13:2 chr5 9041935 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0175619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.226;QD=11.4398;RBI=0.0733144;REFB=-0.0170686;REVB=0.0711799;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496607;STB=0.788943;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0216029;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:12:2:6:3:12:2 chr5 9053945 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00221511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.446;QD=11.0925;RBI=0.00444133;REFB=-0.00501143;REVB=-0.00384951;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00710727;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr5 9108333 . C T 118.31 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00988472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.151;QD=12.79;RBI=0.0220218;REFB=-0.00547437;REVB=0.0196787;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115187;STB=0.567473;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00728281;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:14:9:7:7:14:9 chr5 9122926 . C T 287.0 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00425404;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.299;QD=20.5003;RBI=0.00510605;REFB=-0.0521695;REVB=0.00282399;RO=24;SAF=14;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142935;STB=0.556589;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0339101;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:24:26:30:30:0.535714:16:14:7:17:16:14:9:17 chr5 9154659 . G C 174.78 PASS AF=0.4;AO=23;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0488348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0417;QD=12.7112;RBI=0.0495431;REFB=-0.0236693;REVB=0.00834758;RO=31;SAF=17;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114177;STB=0.603239;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0388083;OID=.;OPOS=9154659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:33:23:22:0.4:6:17:20:11:5:17:21:12 chr5 9265602 . C T 344.28 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.021441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.49;QD=16.3942;RBI=0.0434136;REFB=-0.0196296;REVB=-0.0377495;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286167;STB=0.501609;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0277187;OID=.;OPOS=9265602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:23:24:19:18:23:24 chr5 9280957 . C A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.126;QD=51.9147;RBI=0.0198328;REFB=0;REVB=6.32291e-05;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158008;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 9629813 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0344211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.138;QD=16.199;RBI=0.0508832;REFB=-0.00285855;REVB=0.0374738;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00672943;OID=.;OPOS=9629813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr5 9630187 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0106942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.186;QD=22.6785;RBI=0.0153268;REFB=-0.0168833;REVB=-0.0109793;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11821;STB=0.567431;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00631978;OID=.;OPOS=9630187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:2:3:4:6:2:3 chr5 9761013 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00600452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.1;QD=11.9536;RBI=0.00791292;REFB=0.000298383;REVB=-0.00515364;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00087596;OID=.;OPOS=9761013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr5 9761022 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0237264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.269;QD=13.4858;RBI=0.0277435;REFB=-0.00405625;REVB=0.0143792;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0124443;OID=.;OPOS=9761022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:5:6:5:4:5:6 chr5 10237036 . A G 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0106077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.994;QD=13.5061;RBI=0.0149707;REFB=0.00279141;REVB=-0.010564;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207284;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00427885;OID=.;OPOS=10237036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:12:5:6:6:12:5 chr5 10237155 . G A 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0506323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.643;QD=25.3616;RBI=0.0530399;REFB=-0.00768003;REVB=0.0157987;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162296;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00482167;OID=.;OPOS=10237155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:5:3:6:9:5:3 chr5 10239261 . G A 302.62 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000115325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.472;QD=31.8551;RBI=0.0115254;REFB=-0.0173836;REVB=0.0115248;RO=12;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838261;STB=0.545817;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00762109;OID=.;OPOS=10239261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:16:10:3:9:16:10:3:9 chr5 10239278 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.5;QD=63.582;RBI=0.00812322;REFB=0;REVB=0.0043588;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.44865e-06;OID=.;OPOS=10239278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr5 10250430 . G A 694.75 PASS AF=0.846154;AO=55;DP=64;FAO=55;FDP=65;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0196124;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.4055;QD=42.7536;RBI=0.0891818;REFB=-0.0700723;REVB=0.0869985;RO=5;SAF=27;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142469;STB=0.513993;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0514753;OID=.;OPOS=10250430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:64:65:5:10:55:55:0.846154:28:27:2:3:28:27:4:6 chr5 10250443 . T C 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00836104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.418;QD=57.589;RBI=0.00846439;REFB=-0.0132691;REVB=0.00131865;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027017;STB=0.514282;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=4.22327e-05;OID=.;OPOS=10250443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:41:34:2:0:41:34:2:0 chr5 10254817 . A G 575.5 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.724;QD=60.5792;RBI=0.0361617;REFB=0;REVB=0.0315289;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128205;OID=.;OPOS=10254817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:21:14:0:0:22:16:0:0 chr5 10256161 . T C 986.14 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.141408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.83;QD=55.5573;RBI=0.141409;REFB=-0.166457;REVB=0.000465167;RO=3;SAF=25;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533988;STB=0.518513;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00448979;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:3:2:68:69:0.971831:43:25:3:0:43:26:2:0 chr5 10261966 . G A 254.7 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6017;QD=50.9392;RBI=0.0310754;REFB=0;REVB=-0.0183953;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049785;OID=.;OPOS=10261966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr5 10282396 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0308904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.009;QD=24.0302;RBI=0.0393356;REFB=0.00951038;REVB=0.024353;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139671;STB=0.578836;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00820611;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:4:5:11:4:4:5 chr5 10505585 . A G 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0236788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.114;QD=15.6451;RBI=0.0238886;REFB=-0.0100891;REVB=0.00315857;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120507;STB=0.568566;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0119081;OID=.;OPOS=10505585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:11:11:18:11:11:11:18:11 chr5 10564846 . C T 1153.71 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1442;QD=60.7218;RBI=0.0742497;REFB=0;REVB=0.0269241;RO=0;SAF=17;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00082174;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:57:17:0:0:57:19:0:0 chr5 10624887 . T C 933.67 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.144;QD=58.3543;RBI=0.0203822;REFB=0;REVB=-0.0199529;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86391e-06;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:25:39:0:0 chr5 10638180 . T C 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0187111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.431;QD=15.1662;RBI=0.0198183;REFB=-0.00482349;REVB=-0.00653153;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232604;STB=0.610927;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00768576;OID=.;OPOS=10638180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:30:23:23:0.433962:10:13:9:19:10:13:11:19 chr5 10649784 . G A 95.27 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0354098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2877;QD=34.6434;RBI=0.0461214;REFB=-0.00168978;REVB=0.0295521;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000133453;OID=.;OPOS=10649784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr5 11117583 . C T 208.81 PASS AF=0.45283;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.112798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3797;QD=15.7593;RBI=0.127421;REFB=-0.0130485;REVB=0.0592681;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198153;STB=0.628379;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0238677;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:29:22:24:0.45283:10:12:10:19:10:14:10:19 chr5 13717471 . T C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0023377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.895;QD=13.1193;RBI=0.0380327;REFB=-0.00879946;REVB=0.0379607;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867867;STB=0.549889;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0160162;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:8:17:23:15:8:17:23:15 chr5 13719022 . T G 247.11 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00540054;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2049;QD=15.4443;RBI=0.00540281;REFB=-0.0064145;REVB=0.000156348;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016713;STB=0.506844;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0078148;OID=.;OPOS=13719022;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:12:16:20:14:12:16:21:15 chr5 13719089 . G A 266.04 PASS AF=0.434783;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0120355;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.392;QD=15.4227;RBI=0.0121216;REFB=-0.023981;REVB=-0.00144233;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368125;STB=0.550262;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0260637;OID=.;OPOS=13719089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:39:28:30:0.434783:12:16:22:19:12:18:20:19 chr5 13754394 . C T 269.56 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00984504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.501;QD=18.9167;RBI=0.0216217;REFB=-0.0196924;REVB=-0.0192503;RO=28;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453995;STB=0.525363;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0182684;OID=.;OPOS=13754394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:11:18:16:12:11:18:16:12 chr5 13762972 . T C 226.31 PASS AF=0.469388;AO=20;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0531855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.998;QD=18.4744;RBI=0.0534757;REFB=0.00380286;REVB=0.0055635;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502726;STB=0.591357;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00245945;OID=.;OPOS=13762972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:26:20:23:0.469388:14:6:6:11:16:7:12:14 chr5 13811775 . T C 394.5 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0256317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0481;QD=19.9749;RBI=0.0270673;REFB=-0.0173241;REVB=0.0086982;RO=39;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332749;STB=0.518462;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0173225;OID=.;OPOS=13811775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:22:18:19:20:22:18:19:20 chr5 13829799 . G A 416.12 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0327007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.493;QD=22.193;RBI=0.0380224;REFB=-0.0303482;REVB=-0.0194002;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626951;STB=0.534533;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0235777;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:20:21:20:14:20:21:20:14 chr5 13845045 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00879917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.754;QD=16.9796;RBI=0.0140018;REFB=-0.0271099;REVB=-0.0108915;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137158;STB=0.500772;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0300593;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:19:10:9:17:19:10 chr5 13864728 . C A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00512057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.06;QD=18.8287;RBI=0.00831938;REFB=-0.00154098;REVB=-0.00655681;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260777;STB=0.64591;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00148557;OID=.;OPOS=13864728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:4:18:11:9:4:18 chr5 13865980 . T C 483.74 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.318;QD=56.9107;RBI=0.0402784;REFB=0;REVB=0.00652511;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620312;OID=.;OPOS=13865980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:20:13:1:0:20:14:0:0 chr5 13894894 . T A 824.61 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.1672;QD=54.9738;RBI=0.046937;REFB=-0.108918;REVB=-0.0133219;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00488534;OID=.;OPOS=13894894;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:0:1:34:25:0:1 chr5 13900345 . A G 410.37 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00117796;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.284;QD=20.265;RBI=0.0133728;REFB=-0.0171746;REVB=-0.0133208;RO=39;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648769;STB=0.542766;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0177894;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:40:41:41:0.506173:17:24:20:19:17:24:20:20 chr5 13944512 . A C 446.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5436;QD=57.6558;RBI=0.0378417;REFB=0;REVB=-0.0304594;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103445;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr5 14184022 . G A 409.16 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306975;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.63;QD=54.554;RBI=0.031523;REFB=-0.0459019;REVB=0.00716693;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000589997;OID=.;OPOS=14184022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:30:1:1:27:29:0.966667:14:13:1:0:14:15:1:0 chr5 14184079 . G A 371.46 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5424;QD=55.0307;RBI=0.0415183;REFB=0;REVB=-0.0115607;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448673;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:11:14:0:0:11:16:0:0 chr5 14420027 . A C 309.62 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0057489;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.935;QD=20.3029;RBI=0.037863;REFB=-0.0243363;REVB=0.0374241;RO=28;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457317;STB=0.516118;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0198005;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:29:30:0.491803:13:16:14:14:14:16:14:14 chr5 14502775 . C A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0316238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.524;QD=17.3212;RBI=0.032723;REFB=-0.019095;REVB=-0.00840995;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24692;STB=0.643363;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0215043;OID=.;OPOS=14502775;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:7:11:13:3:7:11 chr5 16478200 . G A 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1265;QD=53.9076;RBI=0.00808108;REFB=0;REVB=0.00786594;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96162e-05;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr5 16508674 . A G 182.93 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0580024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7397;QD=17.4218;RBI=0.0749793;REFB=-0.0208964;REVB=0.0475144;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0270061;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:10:13:9:10:10:13 chr5 16666180 . A G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0120276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6383;QD=17.8255;RBI=0.0272298;REFB=-0.00188547;REVB=0.0244295;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00234942;OID=.;OPOS=16666180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:6:5:6:6:6:5 chr5 16673975 . C G 357.41 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.469;QD=54.9863;RBI=0.0900694;REFB=0;REVB=0.0378339;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979904;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:13:8:0:0:14:12:0:0 chr5 16766269 . T C 155.93 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0125214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.235;QD=10.9428;RBI=0.0304447;REFB=-0.00706196;REVB=0.0277505;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811725;STB=0.557085;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0132591;OID=.;OPOS=16766269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:12:8:17:19:12:8:18:19 chr5 19721490 . T C 1379.99 PASS AF=0.989247;AO=84;DP=89;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0619405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8764;QD=59.3543;RBI=0.0619515;REFB=-0.141321;REVB=-0.00116873;RO=1;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088545;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0032769;OID=.;OPOS=19721490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:93:1:1:84:92:0.989247:53:31:0:1:53:39:0:1 chr5 22078584 . C T 200.81 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.018155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3555;QD=20.5961;RBI=0.0189691;REFB=-0.0224533;REVB=-0.00549736;RO=19;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161041;STB=0.509082;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0157452;OID=.;OPOS=22078584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:6:14:13:6:6:14:13:6 chr5 23976115 . G A 412.88 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0133717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4297;QD=21.4482;RBI=0.0187951;REFB=-0.00321365;REVB=-0.0132082;RO=34;SAF=11;SAR=30;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284557;STB=0.671554;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00325092;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:36:41:41:0.532468:30:11:20:14:30:11:22:14 chr5 26198575 . G T 1091.14 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159704;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1983;QD=59.7885;RBI=0.0177854;REFB=0;REVB=0.00782733;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274972;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:71:73:1:38:33:0:0:39:34:0:0 chr5 26198591 . C T 1138.78 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0173267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.907;QD=56.9391;RBI=0.0340691;REFB=-0.171996;REVB=0.0293341;RO=2;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230741;STB=0.511902;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00136581;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:2:2:77:78:0.975:40:37:0:2:41:37:0:2 chr5 26988328 . G A 384.59 PASS AF=0.412844;AO=42;DP=109;FAO=45;FDP=109;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00769835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.46;QD=14.1133;RBI=0.0397894;REFB=-0.0113314;REVB=-0.0390376;RO=62;SAF=21;SAR=21;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169906;STB=0.519599;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.019793;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:64:42:45:0.412844:21:21:30:32:21:24:32:32 chr5 26988424 . T C 250.35 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0259953;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5777;QD=13.9082;RBI=0.0448587;REFB=-0.0186284;REVB=0.0365588;RO=41;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705123;STB=0.524479;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.03286;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:43:29:29:0.402778:14:15:24:17:14:15:24:19 chr5 31302288 . C T 1034.55 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583418;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.401;QD=59.9741;RBI=0.0589066;REFB=0;REVB=0.00813818;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691178;OID=.;OPOS=31302288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr5 31317494 . C T 205.28 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0647014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1554;QD=14.6627;RBI=0.068056;REFB=0.00849548;REVB=-0.0211035;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128581;STB=0.573332;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0130816;OID=.;OPOS=31317494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:9:15:16:16:9:15:16:16 chr5 31317529 . A G 207.81 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0284729;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4437;QD=15.6839;RBI=0.0284773;REFB=-0.0114542;REVB=-0.000498159;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474967;STB=0.513417;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0297641;OID=.;OPOS=31317529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:23:24:0.45283:13:10:14:15:13:11:14:15 chr5 31317952 . T C 233.66 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0200218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.983;QD=15.075;RBI=0.0346697;REFB=-0.0112441;REVB=0.028304;RO=35;SAF=18;SAR=9;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106185;STB=0.50602;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0201104;OID=.;OPOS=31317952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:9:18:23:12:9:18:23:12 chr5 31401447 . A G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00345657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.363;QD=29.9649;RBI=0.00871611;REFB=0.0104231;REVB=0.00800142;RO=13;SAF=9;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089875;STB=0.549258;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00411305;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:16:9:3:10:16:9:3:10 chr5 31409252 . A G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.013226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.48;QD=14.6586;RBI=0.0327994;REFB=-0.0129682;REVB=0.0300146;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660375;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0162651;OID=.;OPOS=31409252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:9:8:7:6:9:8 chr5 31423007 . T C 420.73 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00405768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.505;QD=23.3737;RBI=0.00471263;REFB=-0.0107749;REVB=-0.0023967;RO=31;SAF=19;SAR=21;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326474;STB=0.512189;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00520062;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:31:40:41:0.569444:21:19:16:15:21:20:16:15 chr5 31515657 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0268727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.744;QD=19.18;RBI=0.0272512;REFB=0.00866077;REVB=0.00452582;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0118698;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:4:7:8:5:4:7 chr5 31538692 . A C 273.55 PASS AF=0.526316;AO=27;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00843287;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.372;QD=19.1962;RBI=0.0263059;REFB=-0.0110024;REVB=0.0249176;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245158;STB=0.574315;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00858246;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:27:27:30:0.526316:8:19:12:15:11:19:13:14 chr5 32058115 . A G 265.42 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00856242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.278;QD=27.2225;RBI=0.0175423;REFB=-0.0074751;REVB=-0.0153107;RO=15;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738056;STB=0.540948;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00636154;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:18:6:5:10:18:6:5:10 chr5 32074509 . G A 120.82 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0109591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.077;QD=14.6445;RBI=0.0680845;REFB=-0.0351229;REVB=0.0671967;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539195;STB=0.54539;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0274013;OID=.;OPOS=32074509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:7:7:8:10:7:7:8:11 chr5 32087253 . A G 608.8 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00151058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.915;QD=21.1757;RBI=0.00838367;REFB=-0.0158157;REVB=0.00824646;RO=54;SAF=26;SAR=35;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015867;STB=0.508718;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0147881;OID=.;OPOS=32087253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:54:54:61:61:0.530435:35:26:24:30:35:26:24:30 chr5 32087374 . A G 253.98 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00343641;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0614;QD=20.7327;RBI=0.00647552;REFB=-0.0575497;REVB=0.00548848;RO=25;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136712;STB=0.507686;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0238469;OID=.;OPOS=32087374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:16:8:8:17:16:8:8:17 chr5 32087801 . CA C,CG 141.55 PASS AF=1,0;AO=3,9;DP=13;FAO=13,0;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407539,-0.201925;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.236,103.449;QD=43.5527;RBI=0.0412589,0.202873;REFB=0,0;REVB=-0.00643546,-0.0195882;RO=0;SAF=1,5;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000624341,-0.14395;OID=.,.;OPOS=32087802,32087802;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,9:13:13,0:13:0:7,0:6,0:0:0:4:0:1,5:2,4:0:0 chr5 32087808 . G C 61.25 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00406956;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.3;QD=18.8458;RBI=0.00636117;REFB=0.0142193;REVB=0.00488909;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0109485;OID=.;OPOS=32087808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:13:13:4:4:7:7:0.538462:2:5:2:2:2:5:2:2 chr5 32088213 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0225018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9895;QD=14.6543;RBI=0.0225762;REFB=-0.02;REVB=-0.00183079;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.507765;STB=0.806804;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.029528;OID=.;OPOS=32088213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:5:3:7:1:5:3 chr5 32090294 . G A 152.76 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0233588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.575;QD=20.3681;RBI=0.0259132;REFB=-0.0461966;REVB=0.0112187;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715741;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0462316;OID=.;OPOS=32090294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:6:7:10:6:6:8 chr5 32093070 . G A 91.82 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.059339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.343;QD=8.74517;RBI=0.0609931;REFB=-0.00915595;REVB=0.0141084;RO=30;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239555;STB=0.648383;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.042228;OID=.;OPOS=32093070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:9:3:13:17:9:3:13:17 chr5 32229677 . G A 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.042013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.839;QD=10.6687;RBI=0.0505024;REFB=-0.0352125;REVB=0.0280249;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224862;STB=0.63608;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0475723;OID=.;OPOS=32229677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:9:9:3:7:9:9 chr5 32403346 . C T 1192.98 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777754;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1519;QD=61.1787;RBI=0.0781646;REFB=0;REVB=-0.00778965;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046068;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:45:32:0:0:46:32:0:0 chr5 32716535 . C T 47.08 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0231636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.43;QD=11.7709;RBI=0.023739;REFB=-0.0216481;REVB=0.00519508;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.622323;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0348058;OID=.;OPOS=32716535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:9:9:6:7:0.4375:3:3:2:7:4:3:2:7 chr5 32786389 . A G 155.04 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0165856;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2441;QD=11.926;RBI=0.0206613;REFB=-0.0157462;REVB=-0.0123211;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286821;STB=0.666496;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0413631;OID=.;OPOS=32786389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:21:12:12:7:21:12 chr5 32789852 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.312;QD=56.1897;RBI=0.032659;REFB=0;REVB=0.0187047;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374617;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr5 32790616 . T C 1026.24 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.561;QD=59.4922;RBI=0.00524309;REFB=0;REVB=0.0024177;RO=0;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26238e-06;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:51:18:0:0:51:18:0:0 chr5 33278049 . T C 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0318282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.229;QD=19.9732;RBI=0.0368106;REFB=-0.0203323;REVB=0.018493;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132146;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.021256;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:12:8:11:9:12:8 chr5 33462034 . G A 324.71 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0125276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.159;QD=17.0902;RBI=0.0283188;REFB=-0.00797516;REVB=-0.0253971;RO=41;SAF=28;SAR=7;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211136;STB=0.619643;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00791245;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:7:28:26:15:7:28:26:15 chr5 33535060 . G A 47.17 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0041078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0772;QD=11.0982;RBI=0.029944;REFB=-0.00281736;REVB=-0.0296609;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00175071;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr5 33577076 . G A 71.76 PASS AF=0.454545;AO=11;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00485003;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1311;QD=13.0479;RBI=0.0541624;REFB=-0.0289329;REVB=0.0539448;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144334;STB=0.599781;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0785597;OID=.;OPOS=33577076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:23:22:10:12:11:10:0.454545:9:2:3:7:8:2:4:8 chr5 33624430 . A G 327.46 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0103839;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1298;QD=17.4644;RBI=0.0363737;REFB=-0.0400431;REVB=-0.03486;RO=40;SAF=10;SAR=25;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22193;STB=0.624925;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0302254;OID=.;OPOS=33624430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:25:10:20:20:25:10:20:20 chr5 33751454 . A T 75.41 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0156618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.745;QD=11.6019;RBI=0.0442283;REFB=-0.00149082;REVB=0.0413625;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334607;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0025982;OID=.;OPOS=33751454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:10:6:7:3:10:6 chr5 33938447 . G A 76.74 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0125724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.88;QD=12.7895;RBI=0.0184994;REFB=-0.0107177;REVB=-0.0135707;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.639072;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0138752;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:8:5:6:4:9:5 chr5 33954511 . T C 380.46 PASS AF=0.616667;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0232632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.509;QD=25.3637;RBI=0.0431575;REFB=-0.0269705;REVB=0.0363509;RO=23;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230814;STB=0.516625;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0199699;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:23:36:37:0.616667:23:13:9:14:24:13:9:14 chr5 33963870 . C T 255.24 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00628242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.42;QD=19.6335;RBI=0.00943674;REFB=-0.000547134;REVB=0.00704154;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121095;STB=0.554872;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000800804;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:16:10:13:12:16:11:13:12 chr5 33989503 . C G 150.58 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0525771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6779;QD=12.8154;RBI=0.054338;REFB=-0.0211929;REVB=0.013721;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198353;STB=0.617207;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0395609;OID=.;OPOS=33989503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:17:17:0.361702:6:11:13:15:6:11:14:16 chr5 33989518 . C T 163.92 PASS AF=0.367347;AO=16;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0312376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.829;QD=13.381;RBI=0.0346105;REFB=-0.0227228;REVB=-0.0149031;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194187;STB=0.638732;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0299677;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:31:16:18:0.367347:6:10:14:17:6:12:14:17 chr5 33998768 . C A 313.39 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0156355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9025;QD=14.576;RBI=0.0566453;REFB=-0.0245384;REVB=0.0544447;RO=51;SAF=15;SAR=20;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650154;STB=0.536892;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0364707;OID=.;OPOS=33998768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:20:15:25:26:20:15:25:26 chr5 33998882 . C CG 782.21 PASS AF=1;AO=7;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10558;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=53.0097;QD=48.8878;RBI=0.106241;REFB=0;REVB=0.0118366;RO=57;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00118386;OID=.;OPOS=33998883;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:65:64:64:0:21:43:0:0:5:57:2:5:20:37 chr5 33998883 . A G 725.4 PASS AF=0.875;AO=56;DP=64;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0964765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5278;QD=45.3376;RBI=0.0978204;REFB=0.00414569;REVB=0.0161591;RO=8;SAF=19;SAR=37;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235465;STB=0.512543;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.000311713;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:8:8:56:56:0.875:37:19:2:6:37:19:2:6 chr5 33998884 . A T 39.27 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0315843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3112;QD=2.53327;RBI=0.0324123;REFB=-0.0115309;REVB=-0.00727959;RO=54;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142592;STB=0.605487;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.148535;OID=.;OPOS=33998884;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:62:62:54:54:8:8:0.129032:6:2:19:35:6:2:19:35 chr5 34020277 . C T 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00771178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.983;QD=13.6593;RBI=0.00952458;REFB=-0.0252913;REVB=-0.00558982;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101877;STB=0.55924;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0230026;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:6:8:14:7:6:8:14:7 chr5 34038537 . A G 748.21 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00766644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.392;QD=61.0782;RBI=0.0159121;REFB=-0.152762;REVB=-0.0139434;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000685529;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr5 34757666 . G A 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0117864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=127.915;QD=16.4127;RBI=0.0301645;REFB=-0.0391273;REVB=-0.0277665;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247787;STB=0.642653;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0319366;OID=.;OPOS=34757666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:6:10:5:9:6:10 chr5 34802384 . A G 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0382243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.842;QD=14.0469;RBI=0.0382243;REFB=-0.00581467;REVB=-1.68267e-05;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11362;STB=0.565965;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00947312;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:13:16:8:10:13:16 chr5 34840841 . A G 400.23 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.053;QD=53.3634;RBI=0.0281243;REFB=-0.0708576;REVB=0.010814;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489106;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000874856;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:19:9:1:0:19:10:1:0 chr5 34925328 . T A 161.21 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.103053;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=52.3207;QD=37.9316;RBI=0.104846;REFB=-0.00282332;REVB=-0.0193045;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52171;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0436148;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:0:2:15:15:0.882353:5:10:0:0:5:10:1:1 chr5 35010138 . A G 1439.15 PASS AF=1;AO=83;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.256;QD=59.9647;RBI=0.0559366;REFB=0;REVB=0.00273409;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259527;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:83:96:1:50:33:0:0:49:47:0:0 chr5 35033605 . G A 433.02 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854845;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.587;QD=57.7362;RBI=0.0401859;REFB=0;REVB=0.0392662;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.16456e-05;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr5 35037115 . C T 817.38 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.799;QD=57.3603;RBI=0.00616529;REFB=0;REVB=0.00602357;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99572e-05;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr5 35039437 . A G 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0266721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.394;QD=21.377;RBI=0.0308086;REFB=-0.0422753;REVB=0.0154197;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161771;STB=0.509083;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0164539;OID=.;OPOS=35039437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:9:14:13:9:9:14:13:9 chr5 35039486 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00333072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.793;QD=17.617;RBI=0.0454126;REFB=-0.0212216;REVB=0.0452903;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422146;STB=0.52379;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0208362;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:18:9:9:15:18:9 chr5 35641582 . A C 171.72 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0172121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.962;QD=11.0787;RBI=0.0174958;REFB=-0.0183672;REVB=-0.00313785;RO=40;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069969;STB=0.540887;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0299101;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:16:6:13:27:16:6:13:27 chr5 35643615 . G A 126.19 PASS AF=0.583333;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0726408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.183;QD=21.0323;RBI=0.0731208;REFB=-0.00952343;REVB=0.00836435;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174365;STB=0.562409;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00642862;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:12:14:0.583333:8:4:5:4:9:5:5:5 chr5 35644621 . T C 113.9 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00718037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7427;QD=18.2242;RBI=0.0349306;REFB=-0.0340222;REVB=0.0341847;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0473773;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:4:8:8:5:4:8 chr5 35654711 . C T 617.82 PASS AF=0.457143;AO=64;DP=140;FAO=64;FDP=140;FR=.;FRO=76;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0261427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.301;QD=17.6521;RBI=0.0261427;REFB=-0.00536785;REVB=-3.65418e-05;RO=76;SAF=35;SAR=29;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970239;STB=0.553929;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00621154;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:76:76:64:64:0.457143:29:35:34:42:29:35:34:42 chr5 35670303 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0161355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.368;QD=19.9285;RBI=0.0205911;REFB=-0.014049;REVB=0.0127922;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189337;STB=0.609552;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0130509;OID=.;OPOS=35670303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:10:2:3:6:10:2:3:6 chr5 35692775 . T A 406.52 PASS AF=0.5;AO=33;DP=76;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0245069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.268;QD=19.3579;RBI=0.0247724;REFB=-0.0116691;REVB=0.00361749;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691462;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116772;OID=.;OPOS=35692775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:84:42:42:33:42:0.5:19:14:15:27:27:15:15:27 chr5 35695915 . A C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00219332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.835;QD=17.3215;RBI=0.0400953;REFB=-0.0192097;REVB=0.0400352;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221667;STB=0.512696;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0292402;OID=.;OPOS=35695915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:11:5:6:12:11:5:6:12 chr5 35702306 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0221737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.462;QD=21.9446;RBI=0.0236368;REFB=-0.0121241;REVB=-0.00818678;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334215;STB=0.518844;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00863797;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:7:5:6:10:7:5 chr5 35709095 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.593;QD=62.671;RBI=0.00625595;REFB=0;REVB=-0.00188958;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40275e-06;OID=.;OPOS=35709095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr5 35709184 . G C 557.02 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1787;QD=60.2187;RBI=0.0269424;REFB=0;REVB=0.00686561;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583611;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030352;OID=.;OPOS=35709184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:2:0:35:37:1:20:15:2:0:20:17:0:0 chr5 35764696 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.349;QD=53.9101;RBI=0.0643571;REFB=0;REVB=0.0519863;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641996;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:15:9:0:0 chr5 35800081 . G GT 31.13 PASS AF=0.205128;AO=11;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00343319;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.288;QD=3.19292;RBI=0.00621288;REFB=-0.00294447;REVB=-0.00517813;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522814;STB=0.538366;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=0.154651;OID=.;OPOS=35800082;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205128:11:39:8:39:31:4:4:14:17:31:26:5:6:13:13 chr5 35861068 . T C 354.07 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.02122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.603;QD=18.8837;RBI=0.0222848;REFB=-0.0278347;REVB=0.00680603;RO=38;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708811;STB=0.539546;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0318497;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:25:12:15:23:25:12:15:23 chr5 35871190 . G A 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0119378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.264;QD=14.7923;RBI=0.0119439;REFB=-0.0291279;REVB=0.000379712;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036135;STB=0.522363;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0621365;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:27:18:18:0.4:8:10:13:12:8:10:14:13 chr5 35874575 . C T 369.73 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0236653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.865;QD=14.3584;RBI=0.126488;REFB=-0.0208349;REVB=-0.124254;RO=59;SAF=22;SAR=21;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101683;STB=0.551607;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0362947;OID=.;OPOS=35874575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:60:43:43:0.417476:21:22:36:23:21:22:36:24 chr5 35875593 . A T 538.4 PASS AF=0.509091;AO=51;DP=107;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0423167;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.56;QD=19.5783;RBI=0.0440953;REFB=-0.0123666;REVB=0.0123972;RO=52;SAF=10;SAR=41;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301593;STB=0.609624;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0128981;OID=.;OPOS=35875593;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:52:54:51:56:0.509091:41:10:24:28:41:15:25:29 chr5 35910529 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.168;QD=52.6119;RBI=0.0472113;REFB=0;REVB=0.0215032;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215597;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr5 36155318 . C CT,CTT,CTTT 94.84 PASS AF=0,0.538462,0;AO=4,5,7;DP=28;FAO=0,14,0;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=0,2,0;FSAR=0,12,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.148072,-0.0948289,-0.0664702;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=10.4606,18.2504,19.0496;QD=14.591;RBI=0.433465,0.232945,0.157028;REFB=-0.0553989,-0.0308504,-0.0206475;REVB=-0.40739,-0.212769,-0.142266;RO=11;SAF=1,0,0;SAR=3,5,7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0319232,-0.67677,-0.728032;STB=0.5,0.521707,0.5;STBP=1,0.928,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-0.0632518,-0.0105957,0;OID=.,.,.;OPOS=36155319,36155319,36155319;OREF=-,-,-;OALT=T,TT,TTT;OMAPALT=CT,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.538462,0:4,5,7:28:0,14,0:26:12:0,2,0:0,12,0:2:10:56:11:1,0,0:3,5,7:3:8 chr5 36171780 . A G 311.84 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00602275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.914;QD=16.6316;RBI=0.0143989;REFB=-0.0101802;REVB=0.0130788;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751731;STB=0.542144;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0106596;OID=.;OPOS=36171780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:15:26:19:15:15:26 chr5 36193223 . CAG C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00745468;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.442;QD=10.6341;RBI=0.0137632;REFB=-0.0184404;REVB=-0.0115695;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.648251;STBP=0.324;TYPE=del;VARB=0.0255735;OID=.;OPOS=36193224;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:8:21:8:21:13:2:6:6:7:55:13:2:6:6:7 chr5 36193232 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0139355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.398;QD=11.257;RBI=0.0234913;REFB=-0.0153182;REVB=0.0189115;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272725;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.027123;OID=.;OPOS=36193232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:6:6:6:2:6:6 chr5 36257018 . A G 302.86 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0336582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.709;QD=25.7753;RBI=0.0371294;REFB=0.0142453;REVB=0.0156754;RO=20;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336073;STB=0.518625;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0103992;OID=.;OPOS=36257018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:11:16:11:9:11:16:11:9 chr5 36269551 . G C 598.25 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00114813;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.757;QD=61.3593;RBI=0.00850794;REFB=0;REVB=0.00843011;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42603e-05;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr5 37173930 . A C 256.58 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00180999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.452;QD=14.2545;RBI=0.003979;REFB=-0.0102617;REVB=0.0035435;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147829;STB=0.51162;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0128539;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:29:30:0.416667:11:18:26:15:12:18:26:16 chr5 37176091 . A G 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0152919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.519;QD=15.1956;RBI=0.0390202;REFB=-0.0112917;REVB=0.035899;RO=26;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787827;STB=0.545404;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0151532;OID=.;OPOS=37176091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:9:9:11:15:9:9:11:15 chr5 37182902 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00399759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.312;QD=20.4563;RBI=0.0105479;REFB=-0.00417515;REVB=-0.00976101;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216459;STB=0.621681;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00284873;OID=.;OPOS=37182902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:4:11:8:9:4:11 chr5 37244479 . CAT CAG,CA,TCA 56.41 PASS AF=0.105263,0.315789,0;AO=3,11,5;DP=41;FAO=4,12,0;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4,6,0;FSAR=0,6,0;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00146522,-0.0385651,-0.0102299;FXX=0.0731529;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,3;MLLD=84.7358,8.84646,28.7255;QD=5.93771;RBI=0.0386153,0.114727,0.0368037;REFB=-0.00893769,-0.149221,-0.0739611;REVB=-0.0385875,-0.108051,-0.0353534;RO=15;SAF=3,7,0;SAR=0,4,5;SRF=13;SRR=2;SSEN=0,0.33042,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.518187,-0.271351,-0.810802;STB=0.996168,0.646835,0.5;STBP=0.136,0.241,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.120011,0.179819,0;OID=.,.,.;OPOS=37244481,37244481,37244479;OREF=T,T,CAT;OALT=G,-,TCA;OMAPALT=CAG,CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:41:38:15:22:3,11,5:4,12,0:0.105263,0.315789,0:0,4,5:3,7,0:13:2:0,6,0:4,6,0:16:6 chr5 37294473 . T C 203.23 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0179548;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.408;QD=12.1332;RBI=0.0203129;REFB=-0.000205269;REVB=0.00949947;RO=40;SAF=9;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190759;STB=0.632987;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.000471059;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:42:24:25:0.373134:15:9:22:18:16:9:24:18 chr5 37309371 . TAGA T 67.88 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00236715;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.723;QD=13.576;RBI=0.00539167;REFB=-0.0279372;REVB=0.00484424;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225517;STB=0.604168;STBP=0.424;TYPE=del;VARB=0.0368593;OID=.;OPOS=37309372;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:21:9:20:11:4:5:7:4:67:10:4:5:7:3 chr5 37333727 . A G 367.96 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00573418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.403;QD=29.4367;RBI=0.00581249;REFB=-0.00122071;REVB=0.000950881;RO=19;SAF=5;SAR=26;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303683;STB=0.668992;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.000496672;OID=.;OPOS=37333727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:26:5:9:10:26:5:9:10 chr5 37364443 . C T 281.55 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280331;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.919;QD=53.6292;RBI=0.0301656;REFB=0;REVB=0.0300351;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620153;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr5 37688010 . A G 73.8 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0177292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.397;QD=9.84049;RBI=0.0325776;REFB=-0.00384213;REVB=-0.0273309;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111111;STB=0.567431;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00740254;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:10:10:4:6:10:10 chr5 37688094 . C T 60.76 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0408647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.894;QD=6.39621;RBI=0.0410451;REFB=-0.0121515;REVB=-0.0038431;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459407;STB=0.529346;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0316849;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:4:5:15:14:4:5:15:14 chr5 37700516 . C T 871.32 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023463;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.265;QD=58.0882;RBI=0.0246563;REFB=0;REVB=0.00757776;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154633;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr5 38305547 . G A 255.59 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0335085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7099;QD=17.9364;RBI=0.047808;REFB=-0.00739228;REVB=0.0340996;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156488;STB=0.508766;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00921548;OID=.;OPOS=38305547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:15:14:14:14:15:14 chr5 38350643 . G A 289.68 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0348028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.204;QD=18.9956;RBI=0.0360383;REFB=-0.0138378;REVB=0.00935536;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113452;STB=0.506325;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0122526;OID=.;OPOS=38350643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:20:11:11:19:20:11:11:19 chr5 38475507 . G A 162.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0130325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6568;QD=13.0352;RBI=0.0621632;REFB=0.0170235;REVB=-0.0607817;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193956;STB=0.614294;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.0315927;OID=.;OPOS=38475507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:14:18:13:5:14:18 chr5 38822040 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7798;QD=35.5757;RBI=0.073549;REFB=0;REVB=-0.0717644;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00703697;OID=.;OPOS=38822040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr5 38823254 . C T 534.25 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00530829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.606;QD=56.2363;RBI=0.0449976;REFB=-0.0202678;REVB=0.0446834;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00184676;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:36:37:0.973684:12:24:0:0:13:24:1:0 chr5 38921788 . G A 501.34 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0216214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.644;QD=19.4695;RBI=0.0244413;REFB=-0.0153758;REVB=0.0113971;RO=51;SAF=28;SAR=23;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106112;STB=0.562453;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0156177;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:51:51:51:52:0.504854:23:28:22:29:23:29:22:29 chr5 38931989 . G A 401.79 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00859898;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.635;QD=18.6881;RBI=0.0450034;REFB=-0.00806753;REVB=-0.0441742;RO=44;SAF=24;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804074;STB=0.539462;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0128603;OID=.;OPOS=38931989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:44:45:41:41:0.476744:17:24:22:22:17:24:23:22 chr5 38939228 . G T 157.57 PASS AF=0.357143;AO=19;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0369613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1882;QD=11.2547;RBI=0.043752;REFB=-0.00493842;REVB=-0.0234115;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296;STB=0.650204;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00748257;OID=.;OPOS=38939228;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:19:20:0.357143:12:7:23:13:12:8:23:13 chr5 38941154 . ATTTT ATTTA,ATTT 624.68 PASS AF=0.12987,0.87013;AO=10,19;DP=78;FAO=10,67;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=10,23;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675773,-0.084501;FXX=0.0128189;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=163.726,10.991;QD=32.4508;RBI=0.167437,0.953923;REFB=-0.00328689,-0.0067998;REVB=0.153194,0.950173;RO=40;SAF=10,15;SAR=0,4;SRF=2;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.871558,0.718381;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.109788,-0.0198614;OID=.,.;OPOS=38941158,38941155;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12987,0.87013:10,19:78:10,67:77:0:10,23:0,44:0:0:42:40:10,15:0,4:2:38 chr5 38941427 . G T 100.09 PASS AF=0.325;AO=8;DP=36;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0165966;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.351;QD=10.0085;RBI=0.0597488;REFB=-0.0137701;REVB=0.0573975;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273308;STB=0.587654;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0216073;OID=.;OPOS=38941427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:40:21:27:8:13:0.325:4:4:10:11:6:7:11:16 chr5 38942090 . T C 632.44 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.91843e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.429;QD=61.7015;RBI=0.0298523;REFB=0;REVB=0.0298522;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43847e-05;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr5 38950776 . G A 538.39 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.821;QD=59.8212;RBI=0.0336121;REFB=0;REVB=0.0100668;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.88091e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr5 38955796 . G A 367.52 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0251556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2944;QD=21.9414;RBI=0.0264233;REFB=-0.0279286;REVB=-0.00808618;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0058812;STB=0.503245;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0233835;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:20:17:14:16:20:17:14:16 chr5 39107100 . A G 195.46 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0645819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2673;QD=17.7693;RBI=0.0656293;REFB=-0.0107407;REVB=0.0116784;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127152;STB=0.572326;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.015582;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:10:14:9:11:10:14 chr5 39108309 . A G 272.73 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.52;QD=51.9477;RBI=0.0401599;REFB=0;REVB=0.00716338;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001677;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:7:14:0:0 chr5 39108322 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.421;QD=49.591;RBI=0.00895368;REFB=0;REVB=0.00748656;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17647e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr5 39119723 . C A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00585192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.529;QD=22.6322;RBI=0.0130377;REFB=-0.000906911;REVB=-0.0116506;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302693;STB=0.671373;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00050617;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:6:2:9:4:6:2 chr5 40746916 . A T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0454792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.698;QD=11.1041;RBI=0.0458142;REFB=-0.00996478;REVB=0.00553025;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0157877;OID=.;OPOS=40746916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:4:6:4:3:4:6 chr5 40835288 . C G 48.28 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0407407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6781;QD=14.8567;RBI=0.042882;REFB=-0.0616463;REVB=0.0133815;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414385;STB=0.744007;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0529348;OID=.;OPOS=40835288;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:5:1:5:2:5:1 chr5 40852451 . C G 1270.3 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0379526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4857;QD=59.779;RBI=0.0380121;REFB=-0.14354;REVB=-0.0021259;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997022;STB=0.505049;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00632533;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:82:84:0.988235:47:35:0:1:49:35:0:1 chr5 40853160 . A G 108.54 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0137995;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.004;QD=10.5896;RBI=0.034582;REFB=-0.0164533;REVB=0.0317094;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123651;STB=0.573663;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.031938;OID=.;OPOS=40853160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:8:20:8:5:8:20 chr5 40860126 . C G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.011345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.554;QD=16.3859;RBI=0.0201077;REFB=-0.0111628;REVB=0.0166015;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0104616;OID=.;OPOS=40860126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:3:5:3:6:3:5 chr5 40945397 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0126068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.731;QD=27.2346;RBI=0.0437067;REFB=-0.00324039;REVB=-0.0418491;RO=14;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034087;STB=0.518852;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00155407;OID=.;OPOS=40945397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:11:12:8:6:11:12:8:6 chr5 40955561 . G C 269.25 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00896276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7903;QD=16.5693;RBI=0.0288454;REFB=-0.00701706;REVB=0.0274177;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090506;STB=0.550986;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00894321;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:11:19:19:16:11:19:19:16 chr5 40964852 . A C 427.19 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0288465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1189;QD=19.8691;RBI=0.0297799;REFB=0.00640185;REVB=-0.00739775;RO=42;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534323;STB=0.534943;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.00495897;OID=.;OPOS=40964852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:43:43:43:0.5:22:21:18:24:22:21:18:25 chr5 40972111 . C T 1607.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.412;QD=64.2845;RBI=0.0141315;REFB=0;REVB=0.0101696;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47974e-05;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:39:61:0:0:39:61:0:0 chr5 40998196 . T C 65.21 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.013026;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.853;QD=8.99382;RBI=0.0155458;REFB=-0.0201915;REVB=0.00848492;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0371904;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:30:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chr5 41000343 . G A 171.13 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0206991;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.452;QD=12.4455;RBI=0.0338082;REFB=-0.0002142;REVB=0.0267309;RO=33;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468065;STB=0.510628;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.000275557;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:34:21:21:0.381818:9:12:19:14:9:12:20:14 chr5 41008780 . A G 370.62 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=85;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.000878485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.706;QD=17.0402;RBI=0.0235794;REFB=-0.0277504;REVB=0.023563;RO=48;SAF=21;SAR=16;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068263;STB=0.521266;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0334132;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:48:48:37:39:0.448276:16:21:24:24:18:21:24:24 chr5 41042284 . G T 693.45 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.867;QD=61.6398;RBI=0.0121268;REFB=0;REVB=0.0102977;RO=1;SAF=7;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624128;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103784;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:1:0:42:45:1:35:7:1:0:37:8:0:0 chr5 41049389 . T C 520.33 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450478;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.01;QD=59.4658;RBI=0.0146436;REFB=0;REVB=0.0139334;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040496;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:10:25:0:0 chr5 41049397 . C T 554.71 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0525909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.562;QD=55.4713;RBI=0.0554347;REFB=-0.130039;REVB=-0.0175272;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517848;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00261639;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:11:27:0:0:11:27:2:0 chr5 41061715 . CA TG 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.00442342;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.648;QD=9.88532;RBI=0.00992443;REFB=-0.00269197;REVB=0.00888413;RO=39;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224651;STB=0.63087;STBP=0.191;TYPE=mnp;VARB=0.00580645;OID=.;OPOS=41061715;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:9:10:28:11:9:10:28:11 chr5 41158863 . G A 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192717;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.797;QD=63.3004;RBI=0.0195459;REFB=0;REVB=-0.00326215;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150632;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr5 41159256 . TGGGGGG TGGGGG,TGGGGGT 33.36 PASS AF=0.255319,0.0638298;AO=11,7;DP=48;FAO=12,3;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4,0;FSAR=8,3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0701404,-0.00103597;FXX=0.020829;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.46903,128.961;QD=2.83904;RBI=0.0747124,0.0582964;REFB=-0.165342,-0.0115771;REVB=-0.0257347,-0.0582872;RO=24;SAF=6,0;SAR=5,7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0.722222,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0917324,-0.755903;STB=0.705552,0.997154;STBP=0.12,0.038;TYPE=del,snp;VARB=0.197082,0.190884;OID=.,.;OPOS=41159257,41159262;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGGG,TGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319,0.0638298:11,7:48:12,3:47:32:4,0:8,3:20:12:24:24:6,0:5,7:15:9 chr5 41199959 . G T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0248261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.643;QD=14.0792;RBI=0.0343303;REFB=-0.0138847;REVB=-0.0237115;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0155816;OID=.;OPOS=41199959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:8:8:5:7:8:8 chr5 41310957 . C G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0897334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2747;QD=20.8931;RBI=0.0901069;REFB=-0.0370368;REVB=-0.00819501;RO=5;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571275;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00983304;OID=.;OPOS=41310957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:8:2:1:4:8:2:2:4 chr5 41312164 . A C 97.31 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=63;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0621431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0169;QD=6.17849;RBI=0.0633679;REFB=-0.0296655;REVB=0.0123989;RO=48;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153519;STB=0.509541;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0694835;OID=.;OPOS=41312164;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:48:48:15:15:0.238095:8:7:23:25:8:7:23:25 chr5 42700044 . A G 110.61 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00629861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7103;QD=9.83177;RBI=0.00738113;REFB=-0.0160168;REVB=0.00384819;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511095;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0441428;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:31:14:14:0.311111:7:7:15:15:7:7:15:16 chr5 42718928 . G T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-2.14649e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.073;QD=9.56923;RBI=0.0314175;REFB=-0.0098439;REVB=0.0314175;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0203545;OID=.;OPOS=42718928;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:8:7:5:3:8:7 chr5 42719239 . A C 167.43 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00722683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.391;QD=15.2205;RBI=0.014381;REFB=-0.012078;REVB=0.0124332;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.510193;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0155304;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:8:9:14:12:8:10:14:12 chr5 42719344 . C A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00284753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.844;QD=19.1559;RBI=0.00669449;REFB=-0.0127406;REVB=-0.00605869;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230002;STB=0.618934;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0155913;OID=.;OPOS=42719344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:13:8:14:8:13:8:14:9 chr5 42720068 . T TA 191.72 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122613;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.363;QD=40.3629;RBI=0.029091;REFB=-0.0667204;REVB=0.0263807;RO=3;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148648;STB=0.599873;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.00306878;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:17:20:17:19:2:13:4:0:2:10:3:13:4:1:2 chr5 42720218 . C A 139.0 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0101703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.327;QD=12.0869;RBI=0.0142093;REFB=-0.0037533;REVB=-0.00992312;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374191;STB=0.540932;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00653592;OID=.;OPOS=42720218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:15:16:0.347826:8:7:15:15:9:7:15:15 chr5 43120098 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.6801;QD=45.8067;RBI=0.022912;REFB=0;REVB=-0.0228273;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579365;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr5 43175369 . G T 498.23 PASS AF=0.509804;AO=49;DP=99;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00461438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.638;QD=19.5385;RBI=0.0114611;REFB=-0.0140554;REVB=0.0104912;RO=50;SAF=22;SAR=27;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467246;STB=0.528463;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0145962;OID=.;OPOS=43175369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:50:50:49:52:0.509804:27:22:25:25:29:23:25:25 chr5 43492978 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00479119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.373;QD=44.6898;RBI=0.0468328;REFB=0;REVB=-0.046587;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371123;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 43509348 . T A 1098.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7736;QD=60.202;RBI=0.0344048;REFB=0;REVB=0.0254582;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11639e-05;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:41:32:0:0:41:32:0:0 chr5 43527135 . A C 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.357;QD=57.1693;RBI=0.0837298;REFB=0;REVB=0.0822485;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141446;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:18:33:0:0:18:33:0:0 chr5 44066732 . A G 505.99 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106468;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1667;QD=57.8277;RBI=0.0512744;REFB=0;REVB=0.0501568;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185123;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr5 44809162 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.119;QD=47.8222;RBI=0.0345056;REFB=0;REVB=0.0213682;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021342;OID=.;OPOS=44809162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 49698180 . G A 181.32 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00737396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2662;QD=16.4834;RBI=0.00936671;REFB=-0.00302011;REVB=0.00577581;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497194;STB=0.519064;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00361013;OID=.;OPOS=49698180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:7:12:14:10:7:12:15:10 chr5 49736887 . G A 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0068901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.536;QD=10.0302;RBI=0.0158895;REFB=-0.0318168;REVB=-0.0143179;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0648499;OID=.;OPOS=49736887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr5 50045967 . G T 574.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.242;QD=60.4708;RBI=0.0459769;REFB=0;REVB=0.0217953;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76411e-05;OID=.;OPOS=50045967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:38:0:0:34:38:1:26:8:0:0:28:10:0:0 chr5 50053015 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.21;QD=56.7056;RBI=0.00610058;REFB=0;REVB=0.00317095;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59827e-05;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 50057729 . G A 127.56 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0040119;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.497;QD=39.2483;RBI=0.0287168;REFB=-0.174051;REVB=0.0284352;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128042;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0037119;OID=.;OPOS=50057729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:0:1:3:9:0:1 chr5 50122645 . GTTTTTTTTTTTTTTAC GTTTTTTTTTTTTTAC,GTTTTTTTTTTTTTACT,GTTTTTTTTTTTTTTTAC 58.24 PASS AF=0.571429,0.428571,0;AO=4,2,2;DP=14;FAO=8,6,0;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,6,0;FSAR=4,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.365084,-0.207206,0.365084;FXX=0;HRUN=14,14,14;LEN=1,3,1;MLLD=2.827,44.7567,2.82145;QD=16.6414;RBI=0.88815,0.234194,0.88815;REFB=-0.0609663,-0.063976,0.0609663;REVB=0.809645,0.109145,-0.809645;RO=1;SAF=3,2,0;SAR=1,0,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.272709,0.697199,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.166304,-0.0146816,0;OID=.,.,.;OPOS=50122646,50122659,50122646;OREF=T,TAC,-;OALT=-,ACT,T;OMAPALT=GTTTTTTTTTTTTTAC,GTTTTTTTTTTTTTACT,GTTTTTTTTTTTTTTTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.571429,0.428571,0:4,2,2:14:8,6,0:14:0:4,6,0:4,0,0:0:0:31:1:3,2,0:1,0,2:0:1 chr5 50463442 . T G 447.54 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0252522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.495;QD=52.6512;RBI=0.0344747;REFB=-0.0566436;REVB=0.0234697;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000690263;OID=.;OPOS=50463442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:1:2:32:32:0.941176:14:18:1:0:14:18:2:0 chr5 50685505 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.012237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.39;QD=21.0152;RBI=0.0571649;REFB=-0.0156953;REVB=-0.0558398;RO=13;SAF=15;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.598969;STB=0.850486;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0126848;OID=.;OPOS=50685505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:1:15:6:7:1:15:6:7 chr5 51374796 . C T 206.59 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00905264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.199;QD=13.1169;RBI=0.017361;REFB=-0.0026545;REVB=0.014814;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11857;STB=0.567722;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00498049;OID=.;OPOS=51374796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:24:14:12:13:24:14 chr5 52087584 . T TCA 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0656767;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=221.3;QD=13.9577;RBI=0.0656789;REFB=-0.0154259;REVB=-0.000539667;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0148356;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:14:7:14:7:1:6:1:6:45:7:1:6:1:6 chr5 52096889 . C A 1440.44 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.914;QD=61.9546;RBI=0.0264582;REFB=-0.085851;REVB=0.0202669;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662242;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:93:93:0:0:92:93:1:52:40:0:0:53:40:0:0 chr5 52157374 . T C 766.59 PASS AF=0.576;AO=71;DP=124;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00209646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5389;QD=24.5307;RBI=0.0245219;REFB=-0.0238953;REVB=0.0244321;RO=53;SAF=22;SAR=49;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601848;STB=0.534886;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0160982;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:53:53:71:72:0.576:49:22:20:33:50:22:20:33 chr5 52193287 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00751502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4989;QD=13.4409;RBI=0.0254316;REFB=0.00148319;REVB=-0.0242958;RO=13;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583385;STB=0.851818;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00487796;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:9:1:8:5:9:1:8:5 chr5 52201722 . C T 429.3 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0571693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.338;QD=19.7378;RBI=0.0601601;REFB=-0.0103819;REVB=-0.0187323;RO=42;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527783;STB=0.517362;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0111916;OID=.;OPOS=52201722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:44:43:43:0.494253:22:21:23:19:22:21:23:21 chr5 52214581 . G A 253.47 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0078842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4586;QD=12.834;RBI=0.0146809;REFB=-0.0146573;REVB=-0.0123842;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961074;STB=0.500454;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282414;OID=.;OPOS=52214581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:30:30:0.379747:19:11:18:30:19:11:18:31 chr5 52229745 . T G 749.92 PASS AF=0.419689;AO=81;DP=193;FAO=81;FDP=193;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.00469494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.675;QD=15.5423;RBI=0.0153962;REFB=-0.00370658;REVB=-0.0146629;RO=111;SAF=38;SAR=43;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100549;STB=0.508032;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00552092;OID=.;OPOS=52229745;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:111:112:81:81:0.419689:43:38:51:60:43:38:51:61 chr5 52347369 . C T 358.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0703624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5484;QD=55.0857;RBI=0.0881521;REFB=0;REVB=0.0531031;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278647;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr5 52351413 . G A 1542.0 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.068;QD=63.5876;RBI=0.0729403;REFB=0;REVB=0.0715228;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139047;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:97:0:0:87:97:1:44:43:0:0:54:43:0:0 chr5 52379277 . C T 647.29 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4659;QD=60.2129;RBI=0.114738;REFB=0;REVB=0.03983;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674294;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:1:0:38:43:1:20:18:1:0:24:19:0:0 chr5 52389428 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.064;QD=33.4266;RBI=0.0449152;REFB=0;REVB=0.0449152;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147417;OID=.;OPOS=52389428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr5 52389455 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000297378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.811;QD=37.4882;RBI=0.0281457;REFB=0;REVB=0.0281441;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327109;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 52389811 . T TAAAG 98.86 PASS AF=0.909091;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0832639;HRUN=4;LEN=4;MLLD=226.624;QD=35.9499;RBI=0.00636188;REFB=0.0198234;REVB=-0.00636188;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00174825;OID=.;OPOS=52389812;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:8:12:10:11:1:0:10:0:1:6:1:0:8:0:1 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT 100.8 PASS AF=1;AO=5;DP=28;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802771;FXX=0.356888;HRUN=2;LEN=25;MLLD=722.102;QD=44.7991;RBI=0.0393098;REFB=0;REVB=0.0384814;RO=20;SAF=4;SAR=1;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00118095;OID=.;OPOS=52390027;OREF=-;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:28:9:9:0:8:1:0:0:3:20:4:1:17:3 chr5 52778870 . CG AC,C,GC 50.44 PASS AF=0,0.322581,0.0967742;AO=2,5,4;DP=31;FAO=0,10,3;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2,1;FSAR=0,8,2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0775784,-0.107182,-0.0268169;FXX=0.0312402;HRUN=1,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=24.6527,9.38178,66.6233;QD=6.5089;RBI=0.0779806,0.110675,0.0921854;REFB=-0.0184213,-0.07139,-0.036516;REVB=0.0079095,-0.0275845,-0.0881987;RO=13;SAF=1,3,1;SAR=1,2,3;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.412624,0.480681,0.163891;STB=0.5,0.521695,0.614709;STBP=1,0.931,0.813;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0256998,0.0928045;OID=.,.,.;OPOS=52778870,52778871,52778870;OREF=CG,G,CG;OALT=AC,-,GC;OMAPALT=AC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:31:31:13:18:2,5,4:0,10,3:0,0.322581,0.0967742:1,2,3:1,3,1:2:11:0,8,2:0,2,1:4:14 chr5 52856504 . G C 260.13 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00794876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8808;QD=16.7826;RBI=0.0578027;REFB=-0.0255665;REVB=0.0572536;RO=33;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091965;STB=0.551688;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0284556;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:16:13:18:15:16:13:18:15 chr5 52942083 . A C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.631;QD=51.9142;RBI=0.0416904;REFB=0;REVB=0.0250601;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590653;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr5 52942197 . A G 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00255911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.323;QD=19.1729;RBI=0.00320831;REFB=-0.0452649;REVB=0.00193499;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403398;STB=0.522458;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0380785;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:18:15:16:16:18:15:16:16 chr5 53344135 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.415;QD=42.1826;RBI=0.0152014;REFB=0;REVB=-0.0125927;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06284e-05;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 53606295 . T C 388.53 PASS AF=0.427083;AO=42;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0621761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4835;QD=16.1886;RBI=0.0795312;REFB=0.00597111;REVB=-0.0495918;RO=54;SAF=19;SAR=23;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847912;STB=0.536568;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00991846;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:55:42:41:0.427083:23:19:29:25:22:19:29:26 chr5 53751901 . G A 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0309418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4368;QD=12.4021;RBI=0.0418118;REFB=0.00803284;REVB=0.0281217;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146985;STB=0.551467;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0112557;OID=.;OPOS=53751901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:29:16:16:0.355556:7:9:11:15:7:9:14:15 chr5 53751988 . T C 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0174533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.283;QD=20.6399;RBI=0.0183798;REFB=-0.0180526;REVB=0.00576188;RO=30;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104777;STB=0.556972;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0169261;OID=.;OPOS=53751988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:32:36:36:0.529412:17:19:12:18:17:19:13:19 chr5 53814394 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.214;QD=42.1826;RBI=0.0122051;REFB=0;REVB=0.0121497;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100147;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr5 53815495 . A C 219.86 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00770736;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4883;QD=15.7041;RBI=0.023384;REFB=-0.00565336;REVB=-0.0220774;RO=29;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908903;STB=0.526295;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0127858;OID=.;OPOS=53815495;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:31:25:25:0.446429:10:15:20:9:10:15:20:11 chr5 53815721 . G C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00642478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.757;QD=8.51178;RBI=0.0182978;REFB=-0.00596945;REVB=-0.0171328;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242502;STB=0.64679;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.01733;OID=.;OPOS=53815721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:17:7:5:5:17:7 chr5 53815918 . A C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00127571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.638;QD=12.0517;RBI=0.0190866;REFB=-0.0195815;REVB=-0.0190439;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208265;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0400698;OID=.;OPOS=53815918;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:6:7:3:6:6:7 chr5 53816782 . T C 232.22 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=50;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0163989;FXX=0.0185151;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.057;QD=17.5262;RBI=0.0274861;REFB=-0.0287519;REVB=-0.0220581;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128799;STB=0.529594;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0300401;OID=.;OPOS=53816782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:25:27:24:26:0.490566:17:7:7:18:18:8:7:20 chr5 54252345 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.21;QD=53.275;RBI=0.0650188;REFB=0;REVB=0.0362026;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731909;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr5 54253555 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0682497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.514;QD=54.5164;RBI=0.0752106;REFB=0;REVB=-0.0316008;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00260991;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 54253581 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.237;QD=56.1908;RBI=0.0280029;REFB=0;REVB=0.0186729;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293529;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr5 54403957 . T C 471.76 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00799831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.816;QD=55.5013;RBI=0.0403887;REFB=0.121095;REVB=0.0395888;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00125773;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:0:1 chr5 54404015 . C T 740.44 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00450578;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.815;QD=61.7036;RBI=0.00474165;REFB=-0.043866;REVB=-0.00147687;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000228957;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:29:18:1:0:29:18:1:0 chr5 54410099 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.764;QD=56.7054;RBI=0.121176;REFB=0;REVB=-0.0112232;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394389;OID=.;OPOS=54410099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr5 54410120 . A C 414.54 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107858;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4159;QD=57.178;RBI=0.0199964;REFB=0;REVB=-0.0168381;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433993;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr5 54420799 . A C 505.8 PASS AF=0.947368;AO=33;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0413351;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2965;QD=53.2417;RBI=0.0501981;REFB=-0.152085;REVB=0.0284826;RO=4;SAF=20;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305474;STB=0.507882;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0327016;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:4:2:33:36:0.947368:13:20:3:1:13:23:1:1 chr5 54439466 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.958;QD=52.6132;RBI=0.0409381;REFB=0;REVB=0.012709;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.42868e-05;OID=.;OPOS=54439466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr5 54459961 . A G 103.0 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0795239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3798;QD=9.58121;RBI=0.0795433;REFB=-0.00578144;REVB=-0.00175624;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00593855;STB=0.503592;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0142478;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:7:6:14:16:7:6:14:16 chr5 54516305 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0054256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.574;QD=14.1699;RBI=0.0204963;REFB=-0.0312947;REVB=-0.0197652;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0465631;OID=.;OPOS=54516305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:4:8:6:4:4:8 chr5 54830380 . A G 150.01 PASS AF=0.369565;AO=15;DP=44;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0438297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1566;QD=13.0447;RBI=0.0514932;REFB=-0.0238415;REVB=0.0270278;RO=29;SAF=12;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119092;STB=0.534205;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0817273;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:29:29:15:17:0.369565:3:12:21:8:4:13:21:8 chr5 54941617 . A G 48.05 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00589069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.727;QD=12.813;RBI=0.0170657;REFB=-0.00965222;REVB=-0.0160168;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404365;STB=0.749165;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0255419;OID=.;OPOS=54941617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:4:4:6:1:4:4 chr5 54960609 . A G 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00594324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.494;QD=19.4401;RBI=0.011621;REFB=-0.00866851;REVB=-0.00998622;RO=29;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00952026;STB=0.505297;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00805023;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:20:11:10:19:20:11:10:19 chr5 54960673 . C G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00274905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.341;QD=12.2128;RBI=0.00517621;REFB=-0.00101527;REVB=-0.00438587;RO=22;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34502;STB=0.712451;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00151859;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:12:1:5:17:12:1:5:17 chr5 54960687 . C T 75.49 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0244249;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4053;QD=10.7842;RBI=0.0270364;REFB=0.00229363;REVB=0.0115928;RO=18;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259342;STB=0.661373;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00424039;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:18:18:10:10:0.357143:9:1:4:14:9:1:4:14 chr5 55058992 . C A 249.96 PASS AF=0.510638;AO=21;DP=44;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0237017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4902;QD=21.2733;RBI=0.0286509;REFB=-0.0578693;REVB=-0.0160966;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.5538;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0603149;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:23:23:21:24:0.510638:8:13:13:10:8:16:13:10 chr5 55062756 . G A 102.8 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0148942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1547;QD=9.56245;RBI=0.0164817;REFB=-0.011447;REVB=0.0070576;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30056;STB=0.682028;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0246632;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:4:9:13:17:4:9:13:17 chr5 55062764 . T C 104.11 PASS AF=0.325;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0140118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.254;QD=10.4105;RBI=0.0162455;REFB=-0.00162965;REVB=0.00822108;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30396;STB=0.624291;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00413972;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:26:27:12:13:0.325:3:9:13:13:4:9:14:13 chr5 55082474 . C T 250.73 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.042873;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.912;QD=12.0835;RBI=0.0442035;REFB=-0.017067;REVB=-0.0107636;RO=53;SAF=21;SAR=9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141099;STB=0.581713;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0422894;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:53:30:30:0.361446:9:21:31:22:9:21:31:22 chr5 55210702 . C T 201.84 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00970446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.928;QD=15.2329;RBI=0.0150208;REFB=-0.02037;REVB=-0.0114651;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298357;STB=0.660546;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0225229;OID=.;OPOS=55210702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:8:15:10:19:8:15:11:19 chr5 55246001 . A G 64.1 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00404377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.3682;QD=10.6837;RBI=0.0857838;REFB=0.0259136;REVB=0.0856884;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0336126;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:8:7:6:3:8:7 chr5 56161787 . G A 542.27 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049184;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.657;QD=60.252;RBI=0.0340347;REFB=0;REVB=0.0336775;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115167;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr5 56177743 . G A 501.01 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5009;QD=58.942;RBI=0.0298701;REFB=0;REVB=-0.000648894;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366835;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr5 56177848 . TCAA T 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706975;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.018;QD=36.2813;RBI=0.109486;REFB=0;REVB=0.0836003;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.003598;OID=.;OPOS=56177849;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:6:6:0:4:2:0:0:3:0:4:2:0:0 chr5 56178217 . A C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8884;QD=44.6816;RBI=0.0807387;REFB=0;REVB=0.0748107;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861669;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr5 56526565 . G T 503.1 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.098;QD=59.188;RBI=0.0536482;REFB=0;REVB=0.0391978;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187133;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:29:34:1:15:14:0:0:18:16:0:0 chr5 56526783 . G A 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.673;QD=56.9513;RBI=0.0413462;REFB=0;REVB=0.0120616;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176325;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr5 57750267 . A C 749.65 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0126747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3441;QD=53.5464;RBI=0.0939537;REFB=-0.00890919;REVB=0.0930949;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00260299;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:19:35:1:0:20:35:1:0 chr5 57753025 . G GA 78.83 PASS AF=0.35;AO=10;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00238658;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.0594;QD=7.8834;RBI=0.00354008;REFB=0.00296193;REVB=0.00261465;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181305;STB=0.693149;STBP=0.084;TYPE=ins;VARB=-0.0884976;OID=.;OPOS=57753026;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:10:40:14:40:26:4:10:15:11:78:27:4:6:15:12 chr5 57754004 . C T 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.507;QD=60.9687;RBI=0.0123116;REFB=0;REVB=-0.00888163;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53017e-06;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr5 57754132 . G C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.468;QD=56.705;RBI=0.0148173;REFB=0;REVB=-0.0105694;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.69645e-06;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr5 57754808 . G A 340.18 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4881;QD=54.4283;RBI=0.0609446;REFB=0;REVB=0.0449695;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101048;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr5 57754851 . A G 532.46 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0638578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1668;QD=56.0485;RBI=0.0642979;REFB=-0.0319588;REVB=-0.00750991;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.51612;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00286993;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:21:14:1:0:22:15:1:0 chr5 58489384 . G A 726.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1406;QD=63.162;RBI=0.0855681;REFB=0;REVB=0.0224778;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000810091;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr5 59984897 . A T 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.424;QD=59.4234;RBI=0.0391052;REFB=-0.116093;REVB=0.0266127;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000471956;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr5 60241142 . G A 669.65 PASS AF=0.956522;AO=38;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00630817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.411;QD=58.2307;RBI=0.164696;REFB=-0.102493;REVB=0.164576;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756614;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103688;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:46:2:2:38:44:0.956522:16:22:1:1:22:22:1:1 chr5 60960063 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00785024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.135;QD=26.3055;RBI=0.0116277;REFB=-0.0188055;REVB=-0.0085777;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428632;STB=0.523787;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0118494;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:6:7:10:11:6:7 chr5 60982841 . G A 188.55 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0276021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.155;QD=14.2302;RBI=0.108123;REFB=0.00059192;REVB=-0.104541;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516272;STB=0.502956;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.00356355;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:15:7:10:21:15:7:10:21 chr5 61694379 . T A,C 401.8 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,28;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272254,0.00651667;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=14.7045,145.728;QD=53.5727;RBI=0.027381,0.0336033;REFB=0,0;REVB=-0.00291544,0.0329654;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.24129,-9.17388e-05;OID=.,.;OPOS=61694379,61694379;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:30:30:0:0:2,28:2,28:0.0666667,0.933333:2,13:0,15:0:0:2,13:0,15:0:0 chr5 61697859 . C T 64.16 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0056598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.274;QD=9.50551;RBI=0.00648067;REFB=-0.00707695;REVB=-0.00315687;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180374;STB=0.609518;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0139076;OID=.;OPOS=61697859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:7:11:4:5:7:11 chr5 61772591 . T C 183.81 PASS AF=0.411765;AO=17;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0101786;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=124.59;QD=14.4167;RBI=0.0234975;REFB=-0.0151687;REVB=-0.0211785;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249422;STB=0.672345;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.029078;OID=.;OPOS=61772591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:18:30:17:21:0.411765:12:5:10:8:15:6:17:13 chr5 61847073 . G C 173.16 PASS AF=0.366667;AO=21;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0281128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.694;QD=11.544;RBI=0.0394678;REFB=-0.0305593;REVB=0.0277015;RO=38;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613395;STB=0.521453;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0466317;OID=.;OPOS=61847073;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:38:38:21:22:0.366667:11:10:16:22:12:10:16:22 chr5 63905068 . A G 1081.24 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115841;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1568;QD=60.0688;RBI=0.0389443;REFB=0;REVB=0.0371816;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175427;OID=.;OPOS=63905068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:46:25:0:0:46:26:0:0 chr5 63991473 . G C 192.9 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0312947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8934;QD=13.7786;RBI=0.0355725;REFB=0.0162745;REVB=-0.0169129;RO=33;SAF=2;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.636115;STB=0.871323;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0227948;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:21:2:20:13:21:2:20:13 chr5 64015361 . G C 300.95 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00219057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5999;QD=16.4902;RBI=0.0237088;REFB=-0.0200715;REVB=-0.0236073;RO=40;SAF=21;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858378;STB=0.554422;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0229185;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:40:40:32:33:0.452055:11:21:23:17:11:22:23:17 chr5 64023924 . C A 137.74 PASS AF=0.32;AO=12;DP=47;FAO=16;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00737848;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.324;QD=11.0191;RBI=0.0130354;REFB=-0.0126316;REVB=-0.0107461;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792193;STB=0.560828;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0195718;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:23:33:12:16:0.32:5:7:15:8:5:11:20:13 chr5 64023981 . C T 207.24 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00784621;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.524;QD=13.1583;RBI=0.00994292;REFB=-0.0102068;REVB=0.00610725;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940135;STB=0.544592;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0193527;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:24:25:0.396825:7:17:24:14:7:18:25:13 chr5 64273018 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00938325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.24;QD=6.78773;RBI=0.0139576;REFB=-0.00223428;REVB=-0.0103329;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146666;STB=0.60948;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00570913;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:3:5:11:11:3:5:11:12 chr5 64553480 . A G 253.83 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00662277;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.514;QD=20.3066;RBI=0.00804206;REFB=-0.0204921;REVB=-0.00456219;RO=24;SAF=19;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221425;STB=0.624466;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0216507;OID=.;OPOS=64553480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:7:19:12:12:7:19:12:12 chr5 64748724 . G A 219.79 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0499849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0432;QD=15.985;RBI=0.0643804;REFB=-0.000491596;REVB=-0.0405752;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312891;STB=0.678418;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00133208;OID=.;OPOS=64748724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:19:6:16:14:19:6:16:14 chr5 64881936 . A G 134.2 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0516425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.545;QD=16.2664;RBI=0.0568375;REFB=0.00390406;REVB=-0.0237392;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00629824;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:9:9:9:6:9:9 chr5 64892939 . T G 327.17 PASS AF=0.448718;AO=33;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00773749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.55;QD=16.778;RBI=0.0209117;REFB=-0.0262868;REVB=-0.0194276;RO=29;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167949;STB=0.652091;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0263027;OID=.;OPOS=64892939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:42:33:35:0.448718:15:18:10:19:15:20:12:30 chr5 64926104 . A G 103.53 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0219008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.688;QD=18.8238;RBI=0.0219702;REFB=-0.0404349;REVB=0.00174505;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511116;STB=0.529361;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0181532;OID=.;OPOS=64926104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:7:3:3:9:7:3 chr5 64926174 . C T 100.94 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0482853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2258;QD=16.8226;RBI=0.0623671;REFB=-0.0195342;REVB=-0.0394738;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152196;STB=0.588084;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0150856;OID=.;OPOS=64926174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:6:6:4:8:6:6 chr5 64926315 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0218433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.321;QD=22.831;RBI=0.0560082;REFB=-0.00842804;REVB=-0.0515732;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268262;STB=0.652834;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00426936;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:3:12:5:5:3:12:5:5 chr5 64942942 . G A 113.13 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0689816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.918;QD=17.4041;RBI=0.0891914;REFB=-0.0491579;REVB=-0.056539;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570666;STB=0.675383;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0580468;OID=.;OPOS=64942942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:13:11:13:0.5:10:1:7:5:10:3:7:6 chr5 65108215 . A G 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0512361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.773;QD=17.9914;RBI=0.0523404;REFB=-0.00899827;REVB=-0.0106946;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044932;STB=0.525109;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00789269;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:10:20:18:11:10:20 chr5 65167288 . G T 315.73 PASS AF=0.371429;AO=34;DP=102;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.00513056;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.769;QD=12.0279;RBI=0.0189079;REFB=-0.0120225;REVB=0.0181985;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135667;STB=0.555527;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0210403;OID=.;OPOS=65167288;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:66:66:34:39:0.371429:15:19:29:37:19:20:28:38 chr5 65317181 . C T 173.11 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0232315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.028;QD=18.7146;RBI=0.0235273;REFB=-0.0127696;REVB=-0.0037195;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167086;STB=0.594493;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0347922;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:9:9:13:6:9:9:13:6 chr5 65350374 . A G 236.57 PASS AF=0.45;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0312992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.972;QD=15.7712;RBI=0.0313865;REFB=0.000688429;REVB=0.00233979;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694423;STB=0.51484;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000802876;OID=.;OPOS=65350374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:33:26:27:0.45:14:12:15:18:14:13:15:18 chr5 66283374 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6751;QD=45.8043;RBI=0.065415;REFB=0;REVB=0.0388434;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314585;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr5 66448622 . C T 273.37 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0138509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3841;QD=12.7149;RBI=0.0398096;REFB=-0.00943665;REVB=-0.0373223;RO=54;SAF=13;SAR=19;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837016;STB=0.548047;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0225308;OID=.;OPOS=66448622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:19:13:26:28:19:13:26:28 chr5 66459878 . G C 205.12 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2788;QD=48.2636;RBI=0.0548694;REFB=0;REVB=0.0543571;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136334;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr5 66462069 . A G 102.54 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00859564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.36;QD=17.8334;RBI=0.00958564;REFB=-0.02906;REVB=0.00424258;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113581;STB=0.56511;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0207798;OID=.;OPOS=66462069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:4:7:6:6:4:7 chr5 66478729 . A G 64.83 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0220295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.338;QD=9.97362;RBI=0.0367601;REFB=-0.0059102;REVB=-0.029428;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242792;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00906774;OID=.;OPOS=66478729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:13:17:8:9:0.346154:5:3:8:5:5:4:9:8 chr5 66480004 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.961;QD=49.5979;RBI=0.0298253;REFB=0;REVB=0.0188644;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318267;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 66480374 . G C 139.43 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0129731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5412;QD=12.3938;RBI=0.0259774;REFB=0.0108135;REVB=0.0225061;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194495;STB=0.614381;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.0297013;OID=.;OPOS=66480374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:29:16:16:0.355556:6:10:12:15:6:10:13:16 chr5 67494070 . A T 332.33 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0271641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6146;QD=39.0979;RBI=0.0770311;REFB=-0.0478565;REVB=0.0720826;RO=7;SAF=15;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484386;STB=0.526296;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0120003;OID=.;OPOS=67494070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:12:15:3:4:12:15:3:4 chr5 68266553 . A T 582.76 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.042;QD=59.7704;RBI=0.111304;REFB=0;REVB=0.0999124;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166044;OID=.;OPOS=68266553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:12:26:0:0:13:26:0:0 chr5 68417643 . C T 61.86 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00735952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.907;QD=7.27746;RBI=0.00773341;REFB=-0.00418395;REVB=0.00237552;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247957;STB=0.65825;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0153942;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:9:9:0.264706:6:3:4:20:6:3:4:21 chr5 68419054 . A T 102.65 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00730611;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.813;QD=16.4238;RBI=0.034489;REFB=-0.00513524;REVB=-0.0337063;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.559345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00710363;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:4:9:7:5:4:9 chr5 68525027 . C T 42.1 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.037964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8965;QD=4.55139;RBI=0.0459357;REFB=0.00100175;REVB=0.0258615;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193675;STB=0.635989;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0181829;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:37:27:30:7:7:0.189189:3:4:11:16:3:4:12:18 chr5 68531253 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00667958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.995;QD=18.948;RBI=0.0373877;REFB=-0.0200085;REVB=-0.0367862;RO=27;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178571;STB=0.599927;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0161411;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:10:18:12:15:10:18:12:15 chr5 68546706 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00455094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.307;QD=18.9669;RBI=0.0176779;REFB=-0.00638887;REVB=-0.017082;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216266;STB=0.623258;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0129769;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:12:13:16:6:12:13 chr5 68609885 . G T 35.57 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.000709053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.089;QD=5.69052;RBI=0.00756565;REFB=-0.0129873;REVB=-0.00753235;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230557;STB=0.515102;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0155045;OID=.;OPOS=68609885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:6:13:4:2:6:13 chr5 68616331 . C T 210.49 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0490143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1286;QD=26.3108;RBI=0.0515656;REFB=-0.0209141;REVB=0.016019;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108968;OID=.;OPOS=68616331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:6:6:10:10:6:6 chr5 68688608 . T C 79.22 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0960949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3838;QD=15.8434;RBI=0.10394;REFB=0.000211639;REVB=0.0396131;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.550917;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00406819;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:8:10:10:10:0.5:6:4:3:5:6:4:5:5 chr5 68695940 . T G 267.87 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00759188;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.153;QD=18.4739;RBI=0.0257355;REFB=-0.0322202;REVB=0.0245903;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642495;STB=0.535955;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0194794;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:18:11:13:16:18:11:13:16 chr5 68720419 . T G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0239238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.743;QD=10.2404;RBI=0.0259299;REFB=-0.0146758;REVB=0.0100006;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286912;STB=0.51217;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0276093;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:7:3:5:13:7:3:6:13 chr5 70308251 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.141;QD=60.2307;RBI=0.0298363;REFB=0;REVB=0.00466113;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31752e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr5 70751818 . T G 1339.7 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000466505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1115;QD=61.5952;RBI=0.0361104;REFB=0;REVB=0.0361073;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181736;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:35:50:0:0:37:50:0:0 chr5 70800538 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0694743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.535;QD=63.8717;RBI=0.0726365;REFB=0;REVB=0.0211985;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91446e-05;OID=.;OPOS=70800538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr5 70806457 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.385;QD=39.2068;RBI=0.0436411;REFB=0;REVB=0.017778;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424392;OID=.;OPOS=70806457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr5 70806649 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000321419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.21;QD=33.4283;RBI=0.0229588;REFB=0;REVB=0.0229566;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109749;OID=.;OPOS=70806649;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 70806711 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6458;QD=39.2066;RBI=0.0199999;REFB=0;REVB=0.0151665;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207462;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr5 70806958 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0740419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.792;QD=53.9111;RBI=0.074719;REFB=0;REVB=0.0100365;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000644078;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr5 70809169 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.587;QD=57.2003;RBI=0.0304966;REFB=0;REVB=0.024022;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147167;OID=.;OPOS=70809169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr5 70834852 . ATTTTTTTC ATTTTTT,ATTTTTTC 39.49 PASS AF=0,0.526316;AO=3,6;DP=20;FAO=0,10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0430067,0.158614;FXX=0.049975;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=24.5091,9.17695;QD=8.31297;RBI=0.0748456,0.180899;REFB=-0.00777453,-0.0517117;REVB=-0.0612559,-0.0869826;RO=9;SAF=2,1;SAR=1,5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123106,-0.426681;STB=0.5,0.574318;STBP=1,0.54;TYPE=del,del;VARB=0,0.0943106;OID=.,.;OPOS=70834859,70834853;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.526316:3,6:20:0,10:19:9:0,4:0,6:5:4:36:9:2,1:1,5:5:4 chr5 70837295 . A C 284.29 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5627;QD=49.4414;RBI=0.0478854;REFB=-0.116528;REVB=0.0477977;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709088;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00756236;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:22:23:1:6:16:0:1:7:16:0:0 chr5 70840233 . C T 732.82 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6704;QD=61.0682;RBI=0.0552475;REFB=0.0157497;REVB=-0.0503968;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000766112;OID=.;OPOS=70840233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:1:0:27:20:1:0 chr5 70849020 . CG CT,TT 659.27 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=39,3;DP=44;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=23,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210758,-0.0209656;FXX=0.0227221;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=117.935,75.1012;QD=61.3278;RBI=0.025716,0.0211557;REFB=0,0;REVB=0.0147352,0.00282975;RO=0;SAF=17,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00235858,0.0495057;OID=.,.;OPOS=70849021,70849020;OREF=G,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:44:43:0:0:39,3:40,3:0.930233,0.0697674:22,3:17,0:0:0:23,3:17,0:0:0 chr5 70932002 . G A 55.83 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0260173;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.753;QD=9.70932;RBI=0.0274953;REFB=-0.0318288;REVB=-0.00889335;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.529339;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0348079;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:16:15:7:8:0.347826:3:4:11:5:3:5:10:5 chr5 70945075 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.048;QD=43.4861;RBI=0.0519077;REFB=0;REVB=0.0487359;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804456;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr5 71146741 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.498;QD=33.4285;RBI=0.0125228;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203462;OID=.;OPOS=71146741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr5 71146757 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1675;QD=45.8065;RBI=0.0746662;REFB=0;REVB=-0.0617672;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00462363;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr5 71146882 . T C 1616.1 PASS AF=0.933884;AO=112;DP=122;FAO=113;FDP=121;FR=.;FRO=8;FSAF=74;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00312437;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.553;QD=53.4248;RBI=0.0297222;REFB=-0.0514399;REVB=0.0295575;RO=8;SAF=73;SAR=39;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548562;STB=0.52907;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0013158;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:122:121:8:8:112:113:0.933884:39:73:2:6:39:74:2:6 chr5 71146889 . A G 1488.35 PASS AF=0.921739;AO=106;DP=115;FAO=106;FDP=115;FR=.;FRO=9;FSAF=70;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.991;QD=51.7686;RBI=0.0206586;REFB=-0.0111766;REVB=0.0200884;RO=9;SAF=70;SAR=36;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705216;STB=0.537301;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000630876;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:9:9:106:106:0.921739:36:70:2:7:36:70:2:7 chr5 71465361 . T A 424.73 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=45;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00571286;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5622;QD=34.6717;RBI=0.0506205;REFB=-0.0260471;REVB=0.0502971;RO=14;SAF=14;SAR=16;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149657;STB=0.556491;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0162369;OID=.;OPOS=71465361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:14:14:30:35:0.714286:16:14:3:11:21:14:3:11 chr5 71490962 . A G 50.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6646;QD=33.4021;RBI=0.116089;REFB=0;REVB=0.0409528;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141126;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 71495041 . T C 184.22 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=57;FAO=20;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0129394;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0301;QD=13.3976;RBI=0.0270054;REFB=-0.0143933;REVB=-0.0237037;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491648;STB=0.70251;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0431095;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:21:30:16:20:0.363636:10:6:19:2:13:7:21:9 chr5 71616324 . TGC CTG,TG 55.48 PASS AF=0,0.285714;AO=2,14;DP=45;FAO=0,12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=0,11;FSAR=0,1;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0938199,-0.123424;FXX=0.0666519;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=30.2969,15.2031;QD=5.28374;RBI=0.116886,0.166402;REFB=-0.0712484,-0.101053;REVB=-0.0697143,-0.111608;RO=25;SAF=2,13;SAR=0,1;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0.243808;SSEP=0,0;SSSB=0.490704,0.620573;STB=0.5,0.858653;STBP=1,0.01;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0757275;OID=.,.;OPOS=71616324,71616326;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:45:42:25:30:2,14:0,12:0,0.285714:0,1:2,13:12:13:0,1:0,11:16:14 chr5 71756102 . G A 1966.04 PASS AF=0.962963;AO=130;DP=134;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0604631;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.541;QD=58.2529;RBI=0.0772192;REFB=-0.159548;REVB=0.0480314;RO=4;SAF=54;SAR=76;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339045;STB=0.52212;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00629176;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:134:135:4:5:130:130:0.962963:76:54:4:0:76:54:5:0 chr5 72144209 . C T 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00812496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.344;QD=13.4158;RBI=0.0147605;REFB=-0.0243742;REVB=-0.0123231;RO=37;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160173;STB=0.591477;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0428125;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:11:14:15:22:11:14:15:22 chr5 72174432 . C G 902.53 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3876;QD=58.2274;RBI=0.0387228;REFB=0;REVB=-0.0296096;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.32783e-05;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:31:31:0:0 chr5 72184098 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2114;QD=58.1394;RBI=0.0483432;REFB=0;REVB=0.0039147;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900935;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr5 72347223 . A G 206.25 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00541775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.02;QD=16.8364;RBI=0.00961457;REFB=-0.0105883;REVB=0.00794279;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211651;STB=0.620578;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00957368;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:9:12:10:18:9:12:10:18 chr5 72385914 . A G 166.07 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0207138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0794;QD=22.1423;RBI=0.0208169;REFB=-0.00025586;REVB=0.00206939;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000105267;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:7:6:7:10:7:6 chr5 72395915 . G A 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0220572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.396;QD=13.3341;RBI=0.0367512;REFB=-0.0183833;REVB=-0.0293961;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239781;STB=0.636898;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0181693;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:10:16:15:24:10:16:15:24 chr5 72419410 . A G 871.56 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415403;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.746;QD=58.1037;RBI=0.0425909;REFB=0;REVB=0.00940134;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012894;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:40:19:0:0:41:19:0:0 chr5 72419456 . C G 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0408549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2877;QD=23.4296;RBI=0.056998;REFB=-0.00708007;REVB=-0.0397449;RO=20;SAF=4;SAR=20;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106329;STB=0.558779;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00319046;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:20:4:2:18:20:4:2:18 chr5 72419617 . C A 269.74 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0162698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.103;QD=19.2671;RBI=0.0162717;REFB=-0.0179688;REVB=0.000246542;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141714;STB=0.578827;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0178528;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:27:27:27:29:0.517857:16:11:7:20:17:12:7:20 chr5 72742882 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0140738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.778;QD=19.9285;RBI=0.0184479;REFB=-0.0210142;REVB=-0.011927;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173541;STB=0.599822;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0177283;OID=.;OPOS=72742882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:4:5:9:3:4:5 chr5 72795160 . AATCTC A 179.88 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0154107;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=5;MLLD=262.513;QD=18.9344;RBI=0.0208826;REFB=-0.0403949;REVB=0.0140924;RO=15;SAF=6;SAR=16;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13815;STB=0.547129;STBP=0.579;TYPE=del;VARB=0.0287581;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:22:39:22:38:16:6:16:3:13:99:15:6:16:2:13 chr5 72795176 . G A 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00218752;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.975;QD=23.9649;RBI=0.02032;REFB=-0.0253844;REVB=-0.0202019;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474226;STB=0.503103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0166293;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:18:5:3:14:18:5:4:14 chr5 72798845 . A G 150.43 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000539634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.9395;QD=19.4105;RBI=0.0308085;REFB=-0.0182312;REVB=0.0308037;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588234;STB=0.548327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0126338;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:8:6:8:8:9:6 chr5 72868447 . T C 182.96 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0197626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7192;QD=25.2355;RBI=0.0473477;REFB=-0.00578523;REVB=0.0430261;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186071;STB=0.603067;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00409024;OID=.;OPOS=72868447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:2:9:10:8:2:9 chr5 73179672 . C T 492.32 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0140215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.884;QD=22.6354;RBI=0.0140919;REFB=-0.00142186;REVB=-0.00140709;RO=38;SAF=20;SAR=27;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928702;STB=0.560057;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00163285;OID=.;OPOS=73179672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:38:40:47:47:0.54023:27:20:12:26:27:20:12:28 chr5 73207372 . T A 224.96 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0022326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.46;QD=19.9961;RBI=0.0106031;REFB=-0.0131633;REVB=-0.0103654;RO=23;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239256;STB=0.513501;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0142616;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:13:9:10:13:13:9:10:13 chr5 73471334 . G C 944.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5402;QD=58.1434;RBI=0.0197184;REFB=0;REVB=-0.0139981;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000995804;OID=.;OPOS=73471334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:45:19:0:0:46:19:0:0 chr5 73613858 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00167926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.68;QD=50.1336;RBI=0.0182173;REFB=-0.0886216;REVB=0.0181397;RO=1;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0120843;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:13:11:0:1:13:11:0:1 chr5 73613972 . G C 755.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.365;QD=55.9564;RBI=0.020034;REFB=0;REVB=-0.00425751;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254706;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:35:19:0:0 chr5 73930751 . C T 523.96 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.934;QD=56.6442;RBI=0.0511345;REFB=-0.0489945;REVB=0.0491962;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00265929;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:0:1:22:14:0:1 chr5 73931246 . T C 122.92 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000642317;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.037;QD=37.8212;RBI=0.0107909;REFB=0.105834;REVB=0.0107717;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00181867;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr5 73932315 . T C 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.823;QD=49.3976;RBI=0.0185166;REFB=-0.00885738;REVB=-0.0122657;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000102681;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:0:1:15:8:0:1 chr5 73981270 . T C 417.93 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0608396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.829;QD=53.9266;RBI=0.0722992;REFB=-0.0203315;REVB=0.0390604;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000365617;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:13:16:1:0:13:17:1:0 chr5 73992881 . A G 65.58 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00911522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.084;QD=11.4056;RBI=0.0214993;REFB=-0.0112054;REVB=0.0194714;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477517;STB=0.809307;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00961377;OID=.;OPOS=73992881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:7:1:7:7:8:1:7:7 chr5 74400386 . G C 191.4 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0373132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.1582;QD=15.6244;RBI=0.0442822;REFB=-0.0104615;REVB=-0.0238461;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06687;STB=0.549949;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00818714;OID=.;OPOS=74400386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:13:15:12:8:14:15 chr5 74442410 . G A 131.71 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00177625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4256;QD=14.6348;RBI=0.00622506;REFB=-0.000576141;REVB=-0.00596627;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228813;STB=0.615237;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000509149;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:6:14:7:8:7:14 chr5 74442920 . A G 155.97 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0129025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.384;QD=15.9969;RBI=0.01519;REFB=-0.01974;REVB=0.00801645;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122295;STB=0.501556;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0265776;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:16:17:0.435897:9:7:9:11:10:7:9:13 chr5 74443132 . C T 211.75 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0360085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.715;QD=19.6973;RBI=0.0424875;REFB=-0.0157992;REVB=-0.0225517;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168539;STB=0.604299;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00951508;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:22:22:20:21:0.488372:10:10:15:7:11:10:15:7 chr5 74491715 . TTCA T 177.68 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00525533;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=3;MLLD=272.445;QD=21.5371;RBI=0.0110771;REFB=-0.0232412;REVB=0.00975107;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171859;STB=0.588147;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.011847;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:20:35:21:33:12:15:6:6:6:71:11:14:6:5:6 chr5 74506658 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00383537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.797;QD=15.3789;RBI=0.0760526;REFB=-0.0255611;REVB=-0.0759559;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13274;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0196451;OID=.;OPOS=74506658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:5:9:6:6:5:9 chr5 74681773 . T C 598.86 PASS AF=0.540541;AO=60;DP=111;FAO=60;FDP=111;FR=.;FRO=51;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0242494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1143;QD=21.5806;RBI=0.0357083;REFB=-0.00295359;REVB=0.0262117;RO=51;SAF=41;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140026;STB=0.57706;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00203303;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:51:60:60:0.540541:19:41:27:24:19:41:27:24 chr5 74877266 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0343059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.168;QD=16.4541;RBI=0.0839943;REFB=0.00303399;REVB=-0.0766691;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344363;STB=0.699437;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.00735915;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:4:0:3:3:4:0 chr5 74921686 . G A 284.44 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0203138;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.201;QD=19.9605;RBI=0.0329754;REFB=-0.0244223;REVB=-0.0259755;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207205;STB=0.510581;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0198529;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:27:30:30:0.526316:16:14:13:15:16:14:12:15 chr5 74951901 . G A 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0430353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6485;QD=21.7427;RBI=0.0507198;REFB=0.00577023;REVB=-0.0268413;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227113;STB=0.645027;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0111211;OID=.;OPOS=74951901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:16:19:19:0.542857:8:11:12:2:8:11:14:2 chr5 74970024 . T C 554.68 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00112316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.401;QD=55.4675;RBI=0.046207;REFB=0.068848;REVB=0.0461934;RO=2;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236747;STB=0.512651;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000170583;OID=.;OPOS=74970024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:11:27:1:1:11:27:1:1 chr5 75001582 . A G 574.87 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.864;QD=58.9608;RBI=0.086181;REFB=0;REVB=0.0272353;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077101;OID=.;OPOS=75001582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr5 75003678 . T C 1522.66 PASS AF=0.990476;AO=102;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.594;QD=58.0062;RBI=0.05294;REFB=-0.0877096;REVB=0.0425445;RO=1;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854891;STB=0.504347;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000375311;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:102:104:0.990476:55:47:0:1:57:47:0:1 chr5 75591710 . C G 193.68 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0440031;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8917;QD=11.9189;RBI=0.0455428;REFB=-0.00821322;REVB=0.0117417;RO=40;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117821;STB=0.575772;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0123271;OID=.;OPOS=75591710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:41:24:24:0.369231:14:10:21:19:14:10:22:19 chr5 75884734 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0475593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9672;QD=22.3409;RBI=0.0499166;REFB=-0.0276547;REVB=-0.0151586;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32288;STB=0.693667;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0202485;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:12:6:10:3:12:6:11:3 chr5 75906851 . T C 250.68 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0140835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.601;QD=14.532;RBI=0.0476183;REFB=-0.0304205;REVB=0.045488;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492419;STB=0.536089;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0351023;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:12:17:21:18:12:17:21:19 chr5 75923285 . C T 231.93 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.045656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7477;QD=14.7256;RBI=0.0752207;REFB=-0.00191404;REVB=-0.0597804;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716174;STB=0.540511;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000747489;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:25:11:10:17:25:11 chr5 75923294 . T G 869.05 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604468;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.663;QD=57.9364;RBI=0.0630375;REFB=0;REVB=-0.0178858;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232287;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:54:60:1:21:33:0:0:21:39:0:0 chr5 75923307 . A G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000482188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.911;QD=56.6223;RBI=0.0106973;REFB=-0.0519608;REVB=0.0106865;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119558;STB=0.506327;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00014082;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:24:39:1:0:24:39:1:0 chr5 75932869 . C T 221.99 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0111032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.134;QD=14.5567;RBI=0.043163;REFB=-0.0330438;REVB=-0.0417105;RO=33;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230813;STB=0.502536;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0416857;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:33:35:26:26:0.42623:14:12:16:17:14:12:16:19 chr5 75932965 . G C 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00580774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.154;QD=12.4561;RBI=0.0121132;REFB=-0.017876;REVB=0.0106301;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731997;STB=0.532841;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0307724;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:34:21:21:0.381818:10:11:15:18:10:11:16:18 chr5 75960865 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.887;QD=42.182;RBI=0.0508689;REFB=0;REVB=-0.0172451;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505627;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 76003254 . A T 584.97 PASS AF=0.959184;AO=38;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.152721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.6579;QD=47.7529;RBI=0.199921;REFB=-0.0455434;REVB=0.129014;RO=9;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346866;STB=0.516122;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0295427;OID=.;OPOS=76003254;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:9:2:38:47:0.959184:25:13:3:6:30:17:0:2 chr5 76030796 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00622338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.871;QD=16.1182;RBI=0.00797789;REFB=-0.0178273;REVB=0.00499162;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0267224;OID=.;OPOS=76030796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:9:4:6:6:9:4 chr5 76128521 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.623;QD=63.8708;RBI=0.0321682;REFB=0;REVB=0.0158774;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307897;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr5 76129053 . T C 187.12 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0309975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2193;QD=37.4245;RBI=0.0372812;REFB=-0.162422;REVB=0.0207133;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101507;STB=0.578856;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0345545;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:2:3:17:17:0.85:9:8:2:0:9:8:3:0 chr5 76171252 . A C 207.84 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0100587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.546;QD=24.4522;RBI=0.011163;REFB=-0.0447702;REVB=-0.00484084;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233563;STB=0.5999;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0193105;OID=.;OPOS=76171252;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:12:14:20:20:0.588235:12:8:9:3:12:8:9:5 chr5 76359024 . C A 115.04 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0407954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.827;QD=19.1738;RBI=0.0485412;REFB=0.0201909;REVB=-0.0263056;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0123248;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:5:6:6:7:5:6 chr5 76704849 . T C 372.98 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.666;QD=55.2567;RBI=0.0232737;REFB=0;REVB=0.00927132;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89044e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:17:8:0:0:18:9:0:0 chr5 76708987 . A G 1047.15 PASS AF=0.882353;AO=73;DP=86;FAO=75;FDP=85;FR=.;FRO=10;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0208837;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.628;QD=49.2776;RBI=0.0385658;REFB=-0.0179832;REVB=0.0324221;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.546328;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0157194;OID=.;OPOS=76708987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:85:0:10:73:75:0.882353:36:37:0:0:37:38:9:1 chr5 76722442 . C T 195.27 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0198912;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.04;QD=23.6686;RBI=0.0224774;REFB=0.0517399;REVB=0.0104678;RO=14;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211811;STB=0.619696;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0041185;OID=.;OPOS=76722442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:15:4:6:8:15:4:6:8 chr5 76722443 . G A 123.21 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0143783;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.989;QD=15.4015;RBI=0.0173041;REFB=1.95227e-05;REVB=-0.00962787;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214209;STB=0.622482;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=6.90933e-06;OID=.;OPOS=76722443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:4:14:8:6:4:14 chr5 76734084 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.031169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.411;QD=17.6716;RBI=0.0317831;REFB=-0.0255998;REVB=-0.00621761;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594865;STB=0.533311;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0331604;OID=.;OPOS=76734084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:15:17:14:16:15:17 chr5 76916335 . G GC 375.52 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3033;QD=45.5171;RBI=0.122976;REFB=0;REVB=0.122344;RO=5;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00529461;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:37:33:33:0:17:16:0:0:7:5:17:15:4:1 chr5 76926578 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00215351;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.071;QD=55.0102;RBI=0.0168851;REFB=-0.0599832;REVB=-0.0167472;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000267941;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:15:17:1:0:15:17:1:0 chr5 77425028 . A T 430.69 PASS AF=0.457143;AO=45;DP=102;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.00897844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.325;QD=16.4071;RBI=0.0091207;REFB=-0.00919426;REVB=0.00160461;RO=57;SAF=13;SAR=32;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235666;STB=0.627412;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00934441;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:57:57:45:48:0.457143:32:13:29:28:34:14:29:28 chr5 77745853 . C A,CA 282.23 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=4,17;DP=25;FAO=1,23;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00162696,0.0237615;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.433,22.9088;QD=47.0387;RBI=0.0123229,0.0309839;REFB=0,0;REVB=-0.012215,0.0198845;RO=3;SAF=1,9;SAR=3,8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305979,-0.0377357;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00277327,0.0167089;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:25:24:3:0:4,17:1,23:0.0416667,0.958333:3,8:1,9:2:1:1,12:0,11:0:0 chr5 77781152 . TTACAA T,TTATAA 272.92 PASS AF=0.479167,0.0625;AO=22,3;DP=50;FAO=23,3;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17,2;FSAR=6,1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00212136,0.00869831;FXX=0.020404;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=211.056,65.3377;QD=22.7431;RBI=0.016768,0.0215786;REFB=-0.0168172,-0.0170137;REVB=0.0166332,-0.0197477;RO=22;SAF=16,1;SAR=6,2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.140653,-0.272033;STB=0.586128,0.570941;STBP=0.299,0.904;TYPE=del,snp;VARB=0.0228194,0.0431753;OID=.,.;OPOS=77781153,77781155;OREF=TACAA,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167,0.0625:22,3:50:23,3:48:22:17,2:6,1:13:9:99:22:16,1:6,2:13:9 chr5 77781390 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0209303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.708;QD=12.73;RBI=0.0211553;REFB=-0.00525304;REVB=0.00307719;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590305;STB=0.856268;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00594048;OID=.;OPOS=77781390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:8:4:8:1:8:4 chr5 77781785 . C CT 285.73 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7318;QD=38.0967;RBI=0.173422;REFB=0;REVB=0.151037;RO=10;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.014221;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:36:30:30:0:21:9:0:0:5:10:18:7:5:5 chr5 77784433 . T C 215.84 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00281502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4184;QD=15.1469;RBI=0.0512687;REFB=-0.00767841;REVB=-0.0511914;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163856;STB=0.592361;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0219775;OID=.;OPOS=77784433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:23:9:11:14:23:9 chr5 77784438 . T A 229.85 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=56;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0194139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6369;QD=15.8517;RBI=0.0320248;REFB=-0.0150718;REVB=-0.0254693;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122756;STB=0.566348;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0250865;OID=.;OPOS=77784438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:31:26:27:0.465517:11:15:21:9:11:16:22:9 chr5 77784738 . A G 91.12 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0122569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6891;QD=8.09922;RBI=0.0329327;REFB=0.0190901;REVB=0.0305668;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419625;STB=0.723753;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0366231;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:45:28:33:11:12:0.266667:8:3:18:10:9:3:18:15 chr5 78135201 . C T 107.38 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0242722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.64;QD=12.6324;RBI=0.0247807;REFB=-0.00504988;REVB=0.00499468;RO=21;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26294;STB=0.653114;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0127103;OID=.;OPOS=78135201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:6:7:6:15:6:7:6:15 chr5 78181477 . C T 221.69 PASS AF=0.375;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0238773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.961;QD=12.3162;RBI=0.0244077;REFB=-0.0116866;REVB=-0.00506067;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029122;STB=0.509547;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0239603;OID=.;OPOS=78181477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:45:27:27:0.375:16:11:17:25:16:11:19:26 chr5 78320085 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0030627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.408;QD=16.4805;RBI=0.0137421;REFB=-0.00249236;REVB=-0.0133964;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138984;STB=0.588288;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00681381;OID=.;OPOS=78320085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:9:10:16:8:9:10:17:8 chr5 78328598 . T G 644.87 PASS AF=0.458333;AO=66;DP=140;FAO=66;FDP=144;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0210378;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.827;QD=17.9131;RBI=0.0304062;REFB=-0.0197756;REVB=-0.0219533;RO=73;SAF=24;SAR=42;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477072;STB=0.548458;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0263812;OID=.;OPOS=78328598;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:144:73:78:66:66:0.458333:42:24:30:43:42:24:35:43 chr5 78340257 . C G 1208.96 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.509;QD=61.2132;RBI=0.0279611;REFB=0;REVB=0.014991;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04565e-05;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:30:48:0:0:31:48:0:0 chr5 78340286 . A G 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.67;QD=61.0481;RBI=0.049009;REFB=0;REVB=0.0450339;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182463;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr5 78351635 . GA G,GC 542.02 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=8,29;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173523,0.0465053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.5207,61.7414;QD=58.5967;RBI=0.0242613,0.0467084;REFB=0,0;REVB=-0.016956,-0.00435098;RO=0;SAF=8,10;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0493691,0.0515561;OID=.,.;OPOS=78351636,78351636;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0540541,0.945946:8,29:37:2,35:37:0:2,16:0,19:0:0:7:0:8,10:0,19:0:0 chr5 78373431 . C T 286.11 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0315644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.632;QD=20.4363;RBI=0.0364631;REFB=-0.00762001;REVB=-0.018255;RO=26;SAF=7;SAR=23;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121467;STB=0.567853;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0139398;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:23:7:9:17:23:7:9:17 chr5 78596044 . T C 538.46 PASS AF=0.534653;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0321882;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.678;QD=21.3252;RBI=0.0366181;REFB=-0.0164451;REVB=0.0174587;RO=48;SAF=29;SAR=25;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317519;STB=0.512325;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0133165;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:48:47:54:54:0.534653:25:29:24:24:25:29:24:23 chr5 78981550 . G T 217.89 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0303678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.819;QD=15.5632;RBI=0.0320155;REFB=-0.0172732;REVB=-0.0101384;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138428;STB=0.577463;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0253461;OID=.;OPOS=78981550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:31:25:25:0.446429:11:14:12:17:11:14:13:18 chr5 79028472 . C T 475.59 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.085;QD=57.6477;RBI=0.0747683;REFB=0;REVB=0.073955;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214818;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:13:13:0:0:20:13:0:0 chr5 79030045 . A G 340.78 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.934;QD=54.5243;RBI=0.025206;REFB=0;REVB=0.018474;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12486e-05;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr5 79031558 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.838;QD=35.5759;RBI=0.0508149;REFB=0;REVB=-0.0344711;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155754;OID=.;OPOS=79031558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr5 79277817 . A C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0842273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.286;QD=23.3994;RBI=0.0954638;REFB=-0.045468;REVB=0.0449345;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141139;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00809956;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:2:1:5:3:2:1 chr5 79286831 . C G 556.32 PASS AF=0.450382;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=131;FR=.;FRO=72;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0678956;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0713;QD=16.9868;RBI=0.0680974;REFB=-0.0163493;REVB=-0.00523856;RO=65;SAF=27;SAR=32;SRF=22;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114958;STB=0.561739;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0193413;OID=.;OPOS=79286831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:65:72:59:59:0.450382:32:27:22:43:32:27:25:47 chr5 79351735 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00134651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.925;QD=14.4906;RBI=0.00982307;REFB=-0.0179399;REVB=0.00973034;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035408;STB=0.520526;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0247123;OID=.;OPOS=79351735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:12:18:12:7:12:18 chr5 79439630 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0275575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.915;QD=15.1657;RBI=0.029026;REFB=-0.00859991;REVB=0.00911545;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.529372;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0108104;OID=.;OPOS=79439630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:11:9:6:9:11:9 chr5 79616083 . G C 154.78 PASS AF=0.404762;AO=18;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0122429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.353;QD=14.7406;RBI=0.0123198;REFB=-0.0083681;REVB=-0.00137362;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662078;STB=0.518251;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0128396;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:18:17:0.404762:13:5:8:16:12:5:8:17 chr5 79617357 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000590475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.624;QD=12.7388;RBI=0.0279623;REFB=0.00339932;REVB=-0.0279561;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00708464;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:5:5:4:4:5:5 chr5 79733079 . T C 115.86 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.274;QD=42.1319;RBI=0.114863;REFB=0;REVB=0.0532916;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284466;OID=.;OPOS=79733079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:8:3:0:0 chr5 79734297 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.486;QD=37.4885;RBI=0.0475423;REFB=0;REVB=0.00350285;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182362;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr5 79734409 . G A 149.85 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820112;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.432;QD=46.1078;RBI=0.013183;REFB=0;REVB=-0.0103215;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334505;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr5 79735858 . A G 1010.66 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622888;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.016;QD=58.5892;RBI=0.0692434;REFB=0;REVB=0.030245;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555517;OID=.;OPOS=79735858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:41:26:0:0:42:27:0:0 chr5 79745469 . A G 563.15 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00815915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6685;QD=57.7592;RBI=0.0156839;REFB=0.162625;REVB=0.0133945;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00669223;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:17:21:0:1:17:21:0:1 chr5 79815658 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.936;QD=63.5824;RBI=0.0422457;REFB=0;REVB=0.0419021;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310836;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr5 79855372 . A G 198.84 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.672;QD=46.7865;RBI=0.0589212;REFB=0;REVB=-0.0561993;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550439;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr5 79950512 . A G 74.71 PASS AF=0.75;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00750275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.773;QD=24.9042;RBI=0.0941773;REFB=0.00312445;REVB=0.0938779;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000714402;OID=.;OPOS=79950512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:2:3:8:9:0.75:4:4:1:1:4:5:2:1 chr5 80149981 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.337;QD=56.1908;RBI=0.0762187;REFB=0;REVB=0.00279031;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246183;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr5 80168937 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3965;QD=56.705;RBI=0.0607738;REFB=0;REVB=0.0496157;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115949;OID=.;OPOS=80168937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr5 80502736 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00863415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.089;QD=14.6525;RBI=0.0318926;REFB=0.0217582;REVB=-0.0307016;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.0134364;OID=.;OPOS=80502736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr5 81549216 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.288;QD=59.8389;RBI=0.0507495;REFB=0;REVB=0.0131888;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185963;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr5 81549240 . C A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.173;QD=53.9112;RBI=0.0218058;REFB=0;REVB=0.0016312;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102501;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr5 81572184 . G C 766.22 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7054;QD=63.8517;RBI=0.0402987;REFB=0;REVB=-0.0389036;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002241;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr5 82648943 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.654;QD=53.277;RBI=0.0404841;REFB=0;REVB=0.0309675;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94633e-05;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:2:21:0:0:2:21:0:0 chr5 82648977 . T G 516.71 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859792;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.428;QD=57.4127;RBI=0.135203;REFB=0;REVB=0.13493;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570648;OID=.;OPOS=82648977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:36:0:0:33:36:1:12:21:0:0:13:23:0:0 chr5 82652551 . C G 237.74 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.00832363;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.144;QD=19.4077;RBI=0.0369676;REFB=-0.0395209;REVB=0.0360183;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272898;STB=0.653254;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0199585;OID=.;OPOS=82652551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:7:19:10:13:7:19 chr5 82786194 . T C 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0020917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.126;QD=18.9485;RBI=0.0305233;REFB=-0.0173637;REVB=-0.0304516;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504529;STB=0.528158;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0146757;OID=.;OPOS=82786194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:11:16:15:13:11:16 chr5 82786239 . C T 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0114303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.201;QD=17.7906;RBI=0.023366;REFB=-0.0140068;REVB=-0.0203793;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111523;STB=0.562271;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0240396;OID=.;OPOS=82786239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:12:21:16:15:12:21 chr5 82808072 . C T 212.96 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0158242;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7078;QD=14.4383;RBI=0.10811;REFB=-0.000108015;REVB=0.106945;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.539478;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0023823;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:33:34:25:25:0.423729:12:13:21:12:12:13:20:14 chr5 82833145 . G A 204.8 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.667;QD=48.1872;RBI=0.176608;REFB=0;REVB=0.0298407;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00333353;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:15:17:1:13:2:0:0:14:3:0:0 chr5 82833369 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00166989;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=246.129;QD=10.0752;RBI=0.00640722;REFB=-0.00788588;REVB=0.00618578;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515286;STB=0.531174;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0146954;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:3:11:6:2:3:11 chr5 82834630 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00864896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.543;QD=14.3343;RBI=0.0278132;REFB=-0.0452671;REVB=-0.0264343;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0295403;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:4:6:7:2:4:6 chr5 82835545 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000463097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.106;QD=13.6609;RBI=0.0247938;REFB=-0.0098236;REVB=0.0247895;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024428;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0143225;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:10:11:7:7:10:11 chr5 82835724 . T A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0283479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.996;QD=14.7987;RBI=0.0321317;REFB=0.00877177;REVB=0.0151276;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0098152;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:7:6:5:6:7:6 chr5 82875800 . C T 853.76 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.06859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.369;QD=55.9842;RBI=0.070563;REFB=-0.0486926;REVB=-0.0165696;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185022;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=7.15394e-06;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:1:0:35:25:1:0 chr5 82937450 . C T 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.01098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.65;QD=22.631;RBI=0.0777174;REFB=-0.00773055;REVB=-0.0769379;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518484;STB=0.529366;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00354268;OID=.;OPOS=82937450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:4:9:5:3:4:9:5:3 chr5 82940273 . C G 567.25 PASS AF=0.517241;AO=53;DP=117;FAO=60;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0829559;FXX=0.0169477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.4029;QD=19.5604;RBI=0.10661;REFB=-0.0289854;REVB=-0.0669627;RO=38;SAF=23;SAR=30;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306444;STB=0.541074;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0212784;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:38:56:53:60:0.517241:30:23:15:23:34:26:29:27 chr5 85582712 . T C 179.98 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559894;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0782;QD=47.994;RBI=0.190484;REFB=0;REVB=0.182069;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231578;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:13:15:1:10:3:0:0:12:3:0:0 chr5 85583507 . T G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.617;QD=40.7618;RBI=0.0613073;REFB=0;REVB=-0.0562567;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000779734;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr5 85583642 . C T 79.33 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00250968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.238;QD=15.8664;RBI=0.0175431;REFB=-0.0136158;REVB=-0.0173626;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0212689;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:9:10:10:10:0.5:4:6:3:6:4:6:3:7 chr5 85586831 . C T 886.26 PASS AF=0.729167;AO=70;DP=96;FAO=70;FDP=96;FR=.;FRO=26;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.038178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.028;QD=36.9275;RBI=0.0381926;REFB=-0.0154305;REVB=-0.00105437;RO=25;SAF=33;SAR=37;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421591;STB=0.502687;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00571387;OID=.;OPOS=85586831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:25:26:70:70:0.729167:37:33:12:13:37:33:12:14 chr5 86513974 . A G 636.17 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.06879;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.657;QD=49.8959;RBI=0.0736449;REFB=0.00361144;REVB=-0.0262965;RO=3;SAF=3;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222145;STB=0.594549;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000312083;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:47:48:0.941176:44:3:2:1:44:4:2:1 chr5 86705190 . A T 72.84 PASS AF=0.175;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0639299;FXX=0.0243843;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.729;QD=7.28354;RBI=0.174546;REFB=-0.117426;REVB=-0.162417;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583773;STB=0.803157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.107013;OID=.;OPOS=86705190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:40:40:12:25:6:7:0.175:5:1:9:3:6:1:12:13 chr5 87497977 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.234;QD=50.4123;RBI=0.0637135;REFB=0;REVB=-0.0466395;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144517;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr5 87498849 . G A 936.65 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.031;QD=58.5406;RBI=0.054416;REFB=0;REVB=0.0319071;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100437;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:64:0:0:60:64:1:39:21:0:0:43:21:0:0 chr5 87502325 . G A 306.6 PASS AF=1;AO=11;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244972;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.611;QD=40.8798;RBI=0.0926708;REFB=0;REVB=0.0893743;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150388;OID=.;OPOS=87502325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:30:0:0:11:30:1:5:6:0:0:13:17:0:0 chr5 87968864 . A G 1590.78 PASS AF=0.666667;AO=132;DP=198;FAO=132;FDP=198;FR=.;FRO=66;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00166711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.834;QD=32.137;RBI=0.0216407;REFB=-0.0361361;REVB=0.0215764;RO=65;SAF=75;SAR=57;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491994;STB=0.523302;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0171422;OID=.;OPOS=87968864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:65:66:132:132:0.666667:57:75:42:23:57:75:42:24 chr5 89769728 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3199;QD=37.4861;RBI=0.0182215;REFB=0;REVB=0.0178029;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147819;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr5 89810077 . G A 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.040846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.209;QD=19.645;RBI=0.0832377;REFB=-0.0549285;REVB=0.0725267;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0220107;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:6:2:3:8:6:2 chr5 89814631 . AAT AA,A 38.02 PASS AF=0.111111,0.277778;AO=2,4;DP=18;FAO=2,5;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=0,1;FSAR=2,4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.109491,0.0563685;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=16.2917,27.227;QD=8.44823;RBI=0.131328,0.0947384;REFB=-0.0532826,-0.055842;REVB=-0.0725185,-0.0761443;RO=12;SAF=0,0;SAR=2,4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671794,-0.756743;STB=0.996164,0.835974;STBP=0.054,0.1;TYPE=del,del;VARB=0.0951588,0.176047;OID=.,.;OPOS=89814633,89814632;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.277778:2,4:18:2,5:18:11:0,1:2,4:8:3:21:12:0,0:2,4:9:3 chr5 89816299 . C A 458.47 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00919042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.763;QD=41.6795;RBI=0.0146345;REFB=-0.0150572;REVB=0.0113889;RO=9;SAF=17;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264595;STB=0.514278;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00378073;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:18:17:5:4:18:17:5:4 chr5 89816309 . A AT 210.9 PASS AF=0.767442;AO=29;DP=45;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0802405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.7629;QD=19.6189;RBI=0.0997112;REFB=0.0945957;REVB=0.0591929;RO=13;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750077;STB=0.503524;STBP=0.958;TYPE=ins;VARB=0.00102619;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.767442:29:45:33:43:10:16:17:5:5:27:13:15:14:5:8 chr5 89820984 . T C 346.07 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00588502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.673;QD=24.7193;RBI=0.00632185;REFB=-0.028208;REVB=0.00230918;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424216;STB=0.523291;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0191339;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:19:15:11:11:19:15:11:11 chr5 89943571 . G T 36.72 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.00601869;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5474;QD=6.1198;RBI=0.0143608;REFB=-0.00462725;REVB=-0.0130387;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583089;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0121452;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:18:18:6:6:0.25:5:1:3:15:5:1:2:16 chr5 89979589 . G A 111.7 PASS AF=0.269841;AO=16;DP=62;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0279735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.473;QD=7.09215;RBI=0.0327865;REFB=-0.00912069;REVB=0.0171008;RO=45;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160362;STB=0.607092;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0474913;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:45:46:16:17:0.269841:9:7:14:31:9:8:15:31 chr5 89979698 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0343598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.402;QD=8.24699;RBI=0.0448376;REFB=-0.0125623;REVB=-0.0288065;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18924;STB=0.616134;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0240317;OID=.;OPOS=89979698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:4:11:4:3:4:11 chr5 89985882 . A G 73.56 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0229335;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3776;QD=5.552;RBI=0.0230065;REFB=-0.00474526;REVB=-0.00183225;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189051;STB=0.609975;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0301074;OID=.;OPOS=89985882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:53:53:41:42:11:11:0.207547:5:6:16:25:5:6:17:25 chr5 89988504 . A G 118.27 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=0.0238556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.612;QD=6.39287;RBI=0.0244318;REFB=-0.0104638;REVB=-0.00527465;RO=56;SAF=13;SAR=5;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889204;STB=0.555097;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0271142;OID=.;OPOS=89988504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:5:13:37:19:5:13:37:19 chr5 89989779 . G A 417.27 PASS AF=0.34965;AO=48;DP=136;FAO=50;FDP=143;FR=.;FRO=93;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=0.0428665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9846;QD=11.6718;RBI=0.0895209;REFB=-0.0191886;REVB=-0.0785903;RO=88;SAF=23;SAR=25;SRF=52;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125908;STB=0.545437;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0347933;OID=.;OPOS=89989779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:143:88:93:48:50:0.34965:25:23:52:36:25:25:53:40 chr5 90020923 . T G 156.62 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.027021;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.215;QD=9.35035;RBI=0.0271906;REFB=-0.0080442;REVB=0.00303246;RO=44;SAF=12;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825111;STB=0.549309;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0157926;OID=.;OPOS=90020923;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:46:21:21:0.313433:9:12:22:22:9:12:23:23 chr5 90024735 . G A 1202.96 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.832;QD=60.9094;RBI=0.021629;REFB=0;REVB=0.0091772;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43769e-05;OID=.;OPOS=90024735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:76:79:1:52:24:0:0:54:25:0:0 chr5 90052289 . G A 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0163658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7971;QD=8.81051;RBI=0.0267098;REFB=-0.00194114;REVB=0.0211086;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160116;STB=0.599782;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00420457;OID=.;OPOS=90052289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:2:8:16:7:2:8:16:7 chr5 90052372 . C T 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0025059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.727;QD=9.58995;RBI=0.0205097;REFB=-0.0180106;REVB=-0.020356;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132665;STB=0.595178;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.03641;OID=.;OPOS=90052372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:9:4:12:17:9:4:13:17 chr5 90107108 . A G 738.25 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.032;QD=62.8299;RBI=0.0655509;REFB=0;REVB=0.0607035;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176859;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr5 90119324 . G A 859.87 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00374343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.866;QD=54.595;RBI=0.00749444;REFB=-0.00119863;REVB=0.00649256;RO=1;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171613;STB=0.501844;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-2.80133e-05;OID=.;OPOS=90119324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:34:27:1:0:34:27:1:1 chr5 90151589 . G A 727.99 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239497;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.431;QD=57.0969;RBI=0.0243676;REFB=0;REVB=-0.0044933;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93829e-05;OID=.;OPOS=90151589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr5 90449154 . G A 127.84 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0153846;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.285;QD=8.9714;RBI=0.0155019;REFB=-0.0138758;REVB=0.00190307;RO=40;SAF=3;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425476;STB=0.702813;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0482659;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:39:17:18:0.315789:14:3:20:20:14:4:19:20 chr5 93731985 . A G 716.26 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393759;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.987;QD=57.301;RBI=0.0422257;REFB=0;REVB=0.0152495;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127002;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr5 93752874 . C T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0246378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.038;QD=26.6377;RBI=0.0309245;REFB=0.00838707;REVB=0.0186897;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115989;STB=0.564438;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00275;OID=.;OPOS=93752874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:2:6:9:7:2:6 chr5 93812885 . C T 753.02 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0617097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1922;QD=61.4713;RBI=0.0636181;REFB=-0.0816652;REVB=-0.0154653;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00129896;OID=.;OPOS=93812885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr5 94050487 . T A 797.98 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00857441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9764;QD=56.9985;RBI=0.0330293;REFB=0;REVB=-0.0318969;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468357;OID=.;OPOS=94050487;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 94772540 . C T 362.07 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.101685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0898;QD=51.7242;RBI=0.137785;REFB=-0.139234;REVB=-0.0929785;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0101597;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:11:15:1:0:11:16:1:0 chr5 94994339 . A G 203.48 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0301495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.564;QD=30.1445;RBI=0.0452684;REFB=-0.0230361;REVB=0.0337674;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532503;STB=0.529381;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0117429;OID=.;OPOS=94994339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:5:3:9:10:5:3 chr5 95084131 . G A 446.15 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.007948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.455;QD=23.4815;RBI=0.012396;REFB=-0.0407843;REVB=0.00951264;RO=33;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140701;STB=0.577146;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0253737;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:21:22:11:22:21:22:11:22 chr5 95091194 . C T 500.5 PASS AF=0.767857;AO=43;DP=56;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0140241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.921;QD=35.7501;RBI=0.0154402;REFB=0.000463343;REVB=0.00645949;RO=13;SAF=21;SAR=22;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078076;STB=0.542029;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000165078;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:13:13:43:43:0.767857:22:21:4:9:22:21:4:9 chr5 95091201 . A G 441.79 PASS AF=0.735849;AO=33;DP=53;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0242585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.46;QD=33.3427;RBI=0.0245904;REFB=-0.0090923;REVB=-0.00402623;RO=8;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616949;STB=0.553371;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00681051;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:8:14:33:39:0.735849:15:18:3:5:20:19:4:10 chr5 95152313 . A G 62.01 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00669058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.178;QD=7.29499;RBI=0.0218696;REFB=-0.0061642;REVB=0.0208211;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171963;STB=0.639684;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0315524;OID=.;OPOS=95152313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:34:25:25:8:9:0.264706:3:5:12:13:3:6:12:13 chr5 95194571 . T C 955.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1876;QD=58.7729;RBI=0.0965565;REFB=0;REVB=-0.0946196;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000641962;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr5 95194593 . G T 382.87 PASS AF=0.59375;AO=36;DP=62;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0234658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5667;QD=23.9296;RBI=0.0337157;REFB=-0.0183272;REVB=-0.0242095;RO=26;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937664;STB=0.548147;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0207018;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:26:26:36:38:0.59375:21:15:14:12:22:16:14:12 chr5 95414909 . T C 646.82 PASS AF=0.794118;AO=49;DP=64;FAO=54;FDP=68;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0311741;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.378;QD=38.0479;RBI=0.049483;REFB=-0.0635068;REVB=0.0384285;RO=15;SAF=27;SAR=22;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778088;STB=0.500557;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0131646;OID=.;OPOS=95414909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:64:68:15:14:49:54:0.794118:22:27:8:7:23:31:8:6 chr5 95728440 . A G 61.52 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0346847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7017;QD=7.03109;RBI=0.0397283;REFB=-0.00627731;REVB=0.019373;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242969;STB=0.653501;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0315983;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:12:14:3:6:12:14 chr5 96124296 . C G 1792.66 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=120;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00684065;FXX=0.0763301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.549;QD=59.2615;RBI=0.00761067;REFB=-0.0905182;REVB=0.00333582;RO=2;SAF=70;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133751;STB=0.506943;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0008362;OID=.;OPOS=96124296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:120:121:2:2:117:119:0.983471:47:70:2:0:48:71:2:0 chr5 96124297 . C G 36.56 PASS AF=0.0833333;AO=11;DP=132;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=0.00641104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.5008;QD=1.10796;RBI=0.00688347;REFB=-0.0153353;REVB=0.00250614;RO=121;SAF=1;SAR=10;SRF=73;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54947;STB=0.926623;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0594513;OID=.;OPOS=96124297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:132:132:121:121:11:11:0.0833333:10:1:73:48:10:1:73:48 chr5 96231000 . G T 1244.18 PASS AF=0.94382;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00541659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.342;QD=55.9181;RBI=0.00653958;REFB=-0.00988199;REVB=-0.00366424;RO=5;SAF=44;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131719;STB=0.506965;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000353897;OID=.;OPOS=96231000;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:84:84:0.94382:40:44:2:3:40:44:2:3 chr5 96232142 . T A 834.22 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0901506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.003;QD=57.5324;RBI=0.0902546;REFB=0;REVB=-0.0043327;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137018;OID=.;OPOS=96232142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr5 96235896 . A G 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.181;QD=58.5806;RBI=0.0612808;REFB=0;REVB=0.0430409;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366756;OID=.;OPOS=96235896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr5 96237326 . G A 936.41 PASS AF=0.956522;AO=67;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00843346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9318;QD=54.2846;RBI=0.0278483;REFB=-0.0442402;REVB=0.0265406;RO=2;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314754;STB=0.510001;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00260643;OID=.;OPOS=96237326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:2:3:67:66:0.956522:29:38:0:2:29:37:1:2 chr5 96245343 . C T 780.69 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.558;QD=63.73;RBI=0.0790171;REFB=0;REVB=-0.0787663;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.82338e-05;OID=.;OPOS=96245343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr5 96245439 . C T 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.207;QD=60.2308;RBI=0.0558235;REFB=0;REVB=0.0343624;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156467;OID=.;OPOS=96245439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr5 96249115 . C T 769.84 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.717;QD=57.0249;RBI=0.0490807;REFB=0;REVB=0.0473088;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153062;OID=.;OPOS=96249115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr5 96350710 . G A 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.633;QD=58.4187;RBI=0.0298091;REFB=0;REVB=-0.0239991;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150602;OID=.;OPOS=96350710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr5 96364300 . CT CA,C 79.31 PASS AF=0.0181818,0.309091;AO=5,12;DP=56;FAO=1,17;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=0,2;FSAR=1,15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0362608,0.0225295;FXX=0.017854;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=56.6975,13.4309;QD=5.76828;RBI=0.0862492,0.0821206;REFB=0.000836623,-0.0249671;REVB=-0.0782565,-0.0789697;RO=35;SAF=0,3;SAR=5,9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0.306122;SSEP=0,0;SSSB=-0.614969,-0.27071;STB=0.989675,0.814786;STBP=0.469,0.01;TYPE=snp,del;VARB=0.0781268,0.032795;OID=.,.;OPOS=96364301,96364301;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0181818,0.309091:5,12:56:1,17:55:37:0,2:1,15:18:19:53:35:0,3:5,9:16:19 chr5 96498783 . G A 571.77 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.148;QD=57.1767;RBI=0.0297506;REFB=-0.0501025;REVB=-0.000772761;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00067124;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:38:39:0.975:13:25:0:0:13:26:1:0 chr5 96503523 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0048869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.136;QD=39.2067;RBI=0.0321862;REFB=0;REVB=-0.031813;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458111;OID=.;OPOS=96503523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr5 96512865 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00369547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.673;QD=58.1421;RBI=0.06627;REFB=0;REVB=0.0661668;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144128;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr5 96512871 . T A 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.601;QD=59.4229;RBI=0.0100951;REFB=0;REVB=-0.00690162;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103114;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr5 96513471 . G C 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2149;QD=58.583;RBI=0.0294056;REFB=0;REVB=0.00877014;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354698;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr5 96518792 . T G 361.81 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0605794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1269;QD=55.6627;RBI=0.226837;REFB=0;REVB=0.218599;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416461;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:17:26:1:9:8:0:0:17:9:0:0 chr5 97014421 . T C 384.86 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00367594;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.4947;QD=30.1851;RBI=0.0291262;REFB=0.0167347;REVB=-0.0288933;RO=16;SAF=12;SAR=23;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133697;STB=0.572911;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00836217;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:23:12:9:7:23:12:9:7 chr5 98131505 . A G 43.34 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0110715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.681;QD=5.77889;RBI=0.0162436;REFB=-0.00681359;REVB=-0.0118859;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409201;STB=0.775565;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0130369;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:10:13:6:1:10:13 chr5 99388523 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.318;QD=61.6836;RBI=0.0385056;REFB=0;REVB=-0.0181859;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51333e-05;OID=.;OPOS=99388523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr5 100068875 . C T 1007.92 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8536;QD=59.2894;RBI=0.0269711;REFB=0;REVB=-0.012525;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39032e-05;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:34:34:0:0 chr5 100145388 . A C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2267;QD=60.2251;RBI=0.0989306;REFB=0;REVB=0.0901672;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182243;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr5 100145662 . A AACAC 37.93 PASS AF=0.375;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0168556;FXX=0.111049;HRUN=2;LEN=4;MLLD=154.107;QD=9.48281;RBI=0.113592;REFB=-0.0370685;REVB=0.112335;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296011;STB=0.777232;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=0.0818912;OID=.;OPOS=100145663;OREF=-;OALT=ACAC;OMAPALT=AACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:21:6:16:10:4:2:10:0:37:12:3:2:10:2 chr5 100146447 . G T 715.05 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041421;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.937;QD=56.0825;RBI=0.0119116;REFB=0;REVB=-0.0111682;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59977e-05;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:27:21:0:0:27:24:0:0 chr5 101466768 . C G 431.78 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0414002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.011;QD=36.7468;RBI=0.0786059;REFB=-0.0514917;REVB=0.06682;RO=13;SAF=24;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540622;STB=0.529394;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.025559;OID=.;OPOS=101466768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:10:24:8:5:10:24:8:5 chr5 101596025 . TAAAAAAAAA TAAAAAAAA,TAAAAAAAAT,TAAAAAA 272.3 PASS AF=0.115385,0.615385,0.269231;AO=3,14,7;DP=29;FAO=3,16,7;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,1;FSAR=3,12,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.192315,-0.111764,-0.0834294;FXX=0.103413;HRUN=10,10,10;LEN=1,1,3;MLLD=7.7366,239.905,13.5927;QD=41.8921;RBI=0.192477,0.111915,0.0834775;REFB=-0.0126112,-0.0100707,-0.0437477;REVB=-0.00790014,-0.00580719,-0.00283274;RO=0;SAF=0,2,1;SAR=3,12,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.105081,-0.00446148,0.0715509;OID=.,.,.;OPOS=101596026,101596034,101596026;OREF=A,A,AAA;OALT=-,T,-;OMAPALT=TAAAAAAAA,TAAAAAAAAT,TAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.115385,0.615385,0.269231:3,14,7:29:3,16,7:26:0:0,4,1:3,12,6:0:0:44:0:0,2,1:3,12,6:0:0 chr5 101631790 . T G 459.69 PASS AF=0.651515;AO=42;DP=65;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.000745901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0506;QD=27.86;RBI=0.00655789;REFB=-0.0255029;REVB=-0.00651534;RO=22;SAF=21;SAR=21;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287142;STB=0.526748;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0152934;OID=.;OPOS=101631790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:22:23:42:43:0.651515:21:21:12:10:22:21:13:10 chr5 101638266 . T C 286.43 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0819119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.015;QD=38.191;RBI=0.084794;REFB=-0.0186231;REVB=-0.0219194;RO=6;SAF=18;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182608;STB=0.599911;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00908628;OID=.;OPOS=101638266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:6:18:2:4:6:18:2:4 chr5 101638440 . C A 218.58 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0122527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.16;QD=31.2252;RBI=0.0128981;REFB=-0.0201004;REVB=-0.00402917;RO=8;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100449;OID=.;OPOS=101638440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:10:10:4:4:10:10:4:4 chr5 101724448 . G C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0270304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.727;QD=19.9755;RBI=0.0393864;REFB=-0.00395505;REVB=-0.028647;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884614;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00291787;OID=.;OPOS=101724448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:9:11:9:11:9:11:9:11 chr5 102237046 . C CT 61.47 PASS AF=0.575758;AO=14;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.239211;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.44655;QD=7.45079;RBI=0.254591;REFB=-0.0842102;REVB=0.0871467;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231906;STB=0.553134;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=0.115042;OID=.;OPOS=102237047;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:14:33:19:33:14:6:13:6:8:36:17:3:11:7:10 chr5 102365186 . G A 770.26 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00747216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4819;QD=55.0187;RBI=0.039494;REFB=-0.130013;REVB=-0.0387807;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00254525;OID=.;OPOS=102365186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:35:20:0:1:35:20:0:1 chr5 102365426 . C CAG 568.41 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0206909;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=238.875;QD=45.4725;RBI=0.020818;REFB=0.00638741;REVB=-0.00229701;RO=9;SAF=16;SAR=25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201278;STB=0.510808;STBP=0.777;TYPE=ins;VARB=-0.00049114;OID=.;OPOS=102365427;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.82:41:50:41:50:9:16:25:3:6:57:9:16:25:3:6 chr5 102512570 . C CA 672.16 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136527;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8997;QD=48.8842;RBI=0.121479;REFB=0;REVB=-0.12071;RO=2;SAF=17;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00296866;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:57:55:55:0:17:38:0:0:12:2:17:38:2:0 chr5 102891695 . A G 75.19 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0531682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.428;QD=4.35884;RBI=0.0531686;REFB=-0.00701367;REVB=0.000210633;RO=56;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700907;STB=0.545587;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.028615;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:6:7:27:29:6:7:27:29 chr5 108133967 . A G 119.82 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0124605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0855;QD=9.39762;RBI=0.0204543;REFB=0.0108565;REVB=0.0162208;RO=36;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359205;STB=0.52171;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0389101;OID=.;OPOS=108133967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:10:5:13:23:10:5:13:23 chr5 108281909 . C G 463.7 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0369275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0786;QD=30.4067;RBI=0.0497804;REFB=-0.0451738;REVB=-0.0333833;RO=18;SAF=21;SAR=21;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030752;STB=0.508193;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0216445;OID=.;OPOS=108281909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:19:42:42:0.688525:21:21:8:10:21:21:9:10 chr5 108373106 . C A 310.34 PASS AF=0.6;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0307613;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7892;QD=27.5854;RBI=0.0569412;REFB=-0.0230276;REVB=-0.047917;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638113;STB=0.55399;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0141899;OID=.;OPOS=108373106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:26:27:0.6:10:16:9:8:10:17:9:9 chr5 108672755 . T A 149.92 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.0166429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.639;QD=6.51834;RBI=0.0168312;REFB=-0.00593712;REVB=-0.00251074;RO=70;SAF=11;SAR=11;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124563;STB=0.576019;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0151858;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:70:70:22:22:0.23913:11:11:28:42:11:11:28:42 chr5 108672946 . C T 70.75 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00415096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5619;QD=7.25688;RBI=0.0817417;REFB=-0.00729003;REVB=-0.0816362;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534535;STB=0.516097;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0201621;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:28:29:10:10:0.25641:4:6:18:10:4:6:18:11 chr5 108713970 . C T 336.1 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00905117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6916;QD=28.008;RBI=0.04293;REFB=-0.0259771;REVB=-0.041965;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205066;STB=0.61269;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.016452;OID=.;OPOS=108713970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:13:16:5:14:13:16:5:14 chr5 108713982 . T C 352.01 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0445626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.745;QD=28.7354;RBI=0.0458395;REFB=-0.0140843;REVB=-0.0107441;RO=17;SAF=16;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195028;STB=0.603706;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0138035;OID=.;OPOS=108713982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:19:30:30:0.612245:14:16:4:13:14:16:5:14 chr5 108714298 . T C 58.51 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0143192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.156;QD=14.6285;RBI=0.0347973;REFB=0.0183796;REVB=-0.0317146;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0216096;OID=.;OPOS=108714298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:3:5:3:4:3:5:3:5 chr5 108719151 . G A 253.96 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0223411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.78;QD=21.6132;RBI=0.0267463;REFB=-0.00953049;REVB=0.014705;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546515;STB=0.53066;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0077711;OID=.;OPOS=108719151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:11:12:14:10:11:12 chr5 109035301 . TT AG,TTAAAG 580.04 PASS AF=0.0444444,0.866667;AO=2,36;DP=45;FAO=2,39;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=2,24;FSAR=0,15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00508914,-0.00200501;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,4;MLLD=86.0713,179.816;QD=51.559;RBI=0.0665602,0.0392237;REFB=-0.0458551,-0.0535909;REVB=0.0663653,0.0391724;RO=4;SAF=2,23;SAR=0,13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.569412,-0.0226155;STB=0.991616,0.513301;STBP=0.422,0.671;TYPE=mnp,ins;VARB=0.00285792,0.0020488;OID=.,.;OPOS=109035301,109035303;OREF=TT,-;OALT=AG,AAAG;OMAPALT=AG,TTAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:45:45:4:4:2,36:2,39:0.0444444,0.866667:0,13:2,23:3:1:0,15:2,24:3:1 chr5 109035496 . A G 180.0 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369053;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5907;QD=48.001;RBI=0.061637;REFB=0;REVB=0.0493672;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48174e-06;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr5 109117171 . A G 1171.96 PASS AF=0.941176;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=72;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0165237;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2737;QD=55.151;RBI=0.0403712;REFB=-0.0703014;REVB=-0.0368348;RO=4;SAF=72;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187599;STB=0.619013;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0150582;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:86:85:4:5:80:80:0.941176:8:72:0:4:8:72:0:5 chr5 109181682 . A T 766.23 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.338;QD=63.8526;RBI=0.0701874;REFB=0;REVB=0.0558369;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165553;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 825.28 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00163787;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=146.07;QD=57.914;RBI=0.0144684;REFB=0;REVB=-0.0143754;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.94657e-06;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:57:58:57:57:0:22:35:0:0:5:0:22:35:0:0 chr5 109849584 . CA AC,C 71.09 PASS AF=0.00492611,0.197044;AO=13,54;DP=207;FAO=1,40;FDP=203;FR=.;FRO=162;FSAF=1,4;FSAR=0,36;FSRF=88;FSRR=74;FWDB=-0.0105731,-0.0474188;FXX=0.0240373;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=25.5866,9.60766;QD=1.40085;RBI=0.101121,0.0999719;REFB=-0.0395408,-0.133166;REVB=-0.100567,-0.0880104;RO=102;SAF=12,9;SAR=1,45;SRF=49;SRR=53;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.556365,-0.424752;STB=0.989315,0.882525;STBP=0.468,0;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0523236,0.150465;OID=.,.;OPOS=109849584,109849585;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:207:203:102:162:13,54:1,40:0.00492611,0.197044:1,45:12,9:49:53:0,36:1,4:88:74 chr5 109973962 . G GA 32.2 PASS AF=0.177419;AO=12;DP=62;FAO=11;FDP=62;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0758238;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.3583;QD=2.0776;RBI=0.106423;REFB=-0.0107834;REVB=-0.0746773;RO=47;SAF=1;SAR=11;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51551;STB=0.835909;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0218483;OID=.;OPOS=109973963;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177419:12:62:11:62:51:1:10:20:31:32:47:1:11:19:28 chr5 110096939 . G A 184.26 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=89;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.00610247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.571;QD=8.18937;RBI=0.0125273;REFB=-0.0113337;REVB=-0.0109404;RO=63;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133345;STB=0.575699;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0260928;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:63:65:25:25:0.277778:14:11:21:42:14:11:22:43 chr5 110439509 . A G 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00467778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4574;QD=20.1556;RBI=0.0272205;REFB=0.011244;REVB=-0.0268156;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509427;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.0119722;OID=.;OPOS=110439509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:14:14:12:12:14:14:12:13 chr5 110456704 . A T 201.97 PASS AF=0.678571;AO=16;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0347603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.301;QD=28.8536;RBI=0.0508984;REFB=-0.0392;REVB=0.0371802;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388056;STB=0.684016;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0186392;OID=.;OPOS=110456704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:28:8:9:16:19:0.678571:4:12:1:7:6:13:1:8 chr5 110784822 . A G 1264.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0237;QD=61.689;RBI=0.0393779;REFB=0;REVB=0.0376969;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299279;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr5 110819753 . G C 727.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.717;QD=63.2674;RBI=0.0399555;REFB=0;REVB=0.0318035;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87277e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr5 111066697 . T C 110.57 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0219403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.959;QD=4.96924;RBI=0.0288213;REFB=-0.00477872;REVB=-0.0186893;RO=70;SAF=6;SAR=12;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196343;STB=0.620018;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0158879;OID=.;OPOS=111066697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:71:18:18:0.202247:12:6:34:36:12:6:34:37 chr5 111496581 . A G 680.72 PASS AF=0.63;AO=62;DP=100;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00723251;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.238;QD=27.2288;RBI=0.0166997;REFB=-0.0474046;REVB=0.0150522;RO=37;SAF=39;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145331;STB=0.505493;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0197726;OID=.;OPOS=111496581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:37:37:62:63:0.63:23:39:24:13:23:40:24:13 chr5 111500816 . C CTAAAA 301.9 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00224825;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=5;MLLD=217.32;QD=21.5643;RBI=0.00286564;REFB=-0.0217958;REVB=-0.00177688;RO=25;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224719;STB=0.611576;STBP=0.089;TYPE=ins;VARB=0.0134431;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553571:30:57:31:56:25:10:21:14:11:99:25:10:20:15:10 chr5 111504479 . C T 1360.87 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238924;FXX=0.0744602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.897;QD=62.5686;RBI=0.0242838;REFB=-0.061871;REVB=-0.00434253;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885627;STB=0.504672;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.001603;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:1:1:86:86:0.988506:53:33:0:1:53:33:0:1 chr5 111506069 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.602;QD=61.6831;RBI=0.0286787;REFB=0;REVB=0.00728413;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80048e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr5 111519740 . T C 1558.47 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0333514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.53;QD=57.1917;RBI=0.0494206;REFB=0.0419982;REVB=0.0364702;RO=2;SAF=64;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00407609;STB=0.502264;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.000448019;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:2:2:105:107:0.981651:41:64:1:1:41:66:1:1 chr5 111530284 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3934;QD=48.7295;RBI=0.0341158;REFB=0;REVB=0.0309726;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141074;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr5 111545670 . C G 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.774;QD=62.9722;RBI=0.0232403;REFB=0;REVB=-0.00600882;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90645e-05;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr5 111611076 . A G 68.91 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.00684758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.947;QD=5.99187;RBI=0.00981595;REFB=-0.017298;REVB=-0.00703303;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246919;STB=0.653584;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.039149;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:8:28:6:4:8:28 chr5 112162854 . T C 238.18 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.000571089;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.975;QD=11.4787;RBI=0.00572985;REFB=-0.00453796;REVB=0.00570132;RO=53;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26837;STB=0.649604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00420402;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:53:54:29:29:0.349398:10:19:22:31:10:19:23:31 chr5 112164561 . G A 144.78 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0281697;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.036;QD=8.64362;RBI=0.0370304;REFB=0.00910575;REVB=0.0240358;RO=47;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244077;STB=0.629831;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00998749;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:47:20:20:0.298507:9:11:16:31:9:11:17:30 chr5 112175322 . C G 35.97 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0188308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6558;QD=6.53965;RBI=0.018918;REFB=0.00249855;REVB=-0.00181441;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0101645;OID=.;OPOS=112175322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:9:7:4:2:9:7 chr5 112176559 . T G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0255143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.184;QD=5.69634;RBI=0.0284771;REFB=-0.00482811;REVB=-0.0126479;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248376;STB=0.516093;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0170988;OID=.;OPOS=112176559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:19:14:4:5:19:14 chr5 112176756 . T A 50.95 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0229891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1691;QD=5.36298;RBI=0.0241681;REFB=-0.00958578;REVB=0.00745657;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151767;STB=0.599748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0386316;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:15:15:5:3:15:15 chr5 112200098 . A G 708.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.361;QD=62.9372;RBI=0.108331;REFB=0;REVB=0.0986235;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179342;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr5 112203564 . T A 405.84 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000478469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.984;QD=54.1118;RBI=0.000502194;REFB=-0.0746041;REVB=-0.00015253;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143644;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:17:13:0:0 chr5 112227522 . A G 149.28 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0101869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.971;QD=18.6605;RBI=0.0130413;REFB=-0.0282115;REVB=0.00814262;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196829;OID=.;OPOS=112227522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:7:9:9:6:7:9:9:7 chr5 112227799 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0209569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.997;QD=19.3688;RBI=0.0227776;REFB=-0.0115688;REVB=0.00892361;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00471119;OID=.;OPOS=112227799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:4:3:5:5:4:3 chr5 112227939 . T C 361.63 PASS AF=0.625;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0143585;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.354;QD=25.8305;RBI=0.0215461;REFB=-0.04331;REVB=0.0160645;RO=20;SAF=27;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25479;STB=0.634033;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0235043;OID=.;OPOS=112227939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:20:21:35:35:0.625:8:27:9:11:8:27:10:11 chr5 112228667 . G A 238.39 PASS AF=0.6;AO=10;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0862642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.318;QD=27.2447;RBI=0.0923255;REFB=-0.0911911;REVB=0.0329012;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265517;STB=0.686092;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.064594;OID=.;OPOS=112228667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:35:35:9:9:10:21:0.6:6:4:1:8:6:15:1:8 chr5 112228765 . C A 197.01 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0795694;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8322;QD=26.2683;RBI=0.0849989;REFB=0.0101962;REVB=0.0298918;RO=11;SAF=4;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207316;STB=0.616304;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00161538;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:11:11:19:19:0.633333:15:4:5:6:15:4:5:6 chr5 112312528 . T C 114.68 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0344204;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8988;QD=9.97254;RBI=0.0968286;REFB=-0.0166006;REVB=-0.0905043;RO=32;SAF=13;SAR=1;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445135;STB=0.759252;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0315669;OID=.;OPOS=112312528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:32:32:14:14:0.304348:1:13:23:9:1:13:24:8 chr5 112312676 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.93;QD=57.7086;RBI=0.032519;REFB=0;REVB=0.0252888;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79082e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr5 112328377 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.037261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.552;QD=18.8286;RBI=0.0448451;REFB=-0.0247122;REVB=0.0249539;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.54995;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0313953;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:11:9:11:10:11:9:12:10 chr5 112346430 . GTGT G,GTT 93.19 PASS AF=0,1;AO=2,2;DP=13;FAO=0,9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180177,0.0190034;FXX=0.0999001;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=150.302,158.226;QD=41.4186;RBI=0.0393134,0.23179;REFB=0,0;REVB=-0.0349415,0.231009;RO=6;SAF=0,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00265695;OID=.,.;OPOS=112346431,112346432;OREF=TGT,G;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,2:13:0,9:9:0:0,2:0,7:0:0:4:6:0,0:2,2:0:6 chr5 112349070 . T C 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00350629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.599;QD=47.8797;RBI=0.0280232;REFB=-0.0322974;REVB=-0.027803;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084107;STB=0.545418;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00183109;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:10:15:0:2:10:15:0:2 chr5 112349379 . T C 367.02 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00559502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.489;QD=34.9538;RBI=0.00691353;REFB=-0.0369804;REVB=-0.00406112;RO=12;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908167;STB=0.504947;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0233022;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:18:12:5:7:18:12:5:7 chr5 112350707 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.066187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6924;QD=21.5108;RBI=0.068554;REFB=-0.00405544;REVB=-0.0178588;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319867;STB=0.679802;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0040704;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:4:11:6:12:4:11 chr5 112351918 . A T 31.66 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00368863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8213;QD=3.725;RBI=0.020249;REFB=-0.0187786;REVB=0.0199102;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564391;STB=0.876104;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0916313;OID=.;OPOS=112351918;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:9:19:1:5:9:19 chr5 112358131 . T C 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0152093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.105;QD=32.3683;RBI=0.0214809;REFB=-0.0377607;REVB=-0.0151692;RO=3;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.666388;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00723838;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:10:3:3:0:10:3:3:0 chr5 112379289 . G A 398.86 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0214828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.997;QD=26.5904;RBI=0.0224001;REFB=-0.0143044;REVB=0.00634461;RO=21;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465877;STB=0.533316;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00867849;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:22:38:38:0.633333:19:19:9:12:19:19:9:13 chr5 112384802 . G A 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.448;QD=63.2838;RBI=0.0933412;REFB=0;REVB=0.0749815;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154218;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr5 112399791 . G A 389.48 PASS AF=0.644068;AO=34;DP=55;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0259906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.089;QD=26.4054;RBI=0.0263382;REFB=-0.0517402;REVB=-0.004265;RO=21;SAF=27;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275178;STB=0.593355;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0401869;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:21:21:34:38:0.644068:7:27:10:11:11:27:10:11 chr5 112406862 . G A 96.2 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0151452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.645;QD=6.8712;RBI=0.0167483;REFB=-0.0135888;REVB=0.00715043;RO=42;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115756;STB=0.571329;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0454122;OID=.;OPOS=112406862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:42:42:14:14:0.25:7:7:17:25:7:7:17:25 chr5 112439941 . T C 722.1 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8312;QD=56.6351;RBI=0.0787456;REFB=0;REVB=0.0779278;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205642;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:26:25:0:0 chr5 112479004 . T C 523.77 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156265;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.263;QD=59.8594;RBI=0.0227047;REFB=0;REVB=0.0164717;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171806;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr5 112769541 . T C 43.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0485527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.658;QD=6.26022;RBI=0.0528997;REFB=-0.0410037;REVB=0.0210005;RO=21;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6172;STB=0.887902;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.059117;OID=.;OPOS=112769541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:6:1:15:6:6:1:15:6 chr5 112823998 . C T 2045.27 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572424;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.214;QD=62.451;RBI=0.0617361;REFB=0;REVB=0.0231225;RO=0;SAF=44;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82521e-05;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:123:131:0:0:123:131:1:79:44:0:0:79:52:0:0 chr5 112824039 . T C 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.468;QD=60.975;RBI=0.0736436;REFB=0;REVB=0.0222566;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584747;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr5 112868693 . C A 169.6 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0499891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.438;QD=8.81057;RBI=0.063522;REFB=-0.0169308;REVB=-0.0391935;RO=53;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037707;STB=0.517226;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0354471;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:53:54:23:23:0.298701:15:8:20:33:15:8:20:34 chr5 112884728 . G A 185.94 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0515743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.195;QD=10.4754;RBI=0.0524478;REFB=-0.0161621;REVB=0.00953244;RO=45;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143811;STB=0.594163;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0152433;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:47:24:24:0.338028:13:11:15:30:13:11:15:32 chr5 112888882 . A T 39.79 PASS AF=0.269231;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00719383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.822;QD=6.12224;RBI=0.105001;REFB=-0.00600492;REVB=0.104755;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393166;STB=0.681284;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00862797;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:26:26:17:19:6:7:0.269231:1:5:9:8:2:5:9:10 chr5 112889374 . G A 111.02 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0223309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.42;QD=5.04646;RBI=0.0395848;REFB=-0.00376821;REVB=-0.0326846;RO=69;SAF=9;SAR=9;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454751;STB=0.522702;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0199985;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:70:18:18:0.204545:9:9:32:37:9:9:33:37 chr5 112899702 . A G 220.25 PASS AF=0.291262;AO=30;DP=103;FAO=30;FDP=103;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0111037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.027;QD=8.55327;RBI=0.0120525;REFB=-0.00724268;REVB=0.00468734;RO=69;SAF=16;SAR=14;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554788;STB=0.520195;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.031238;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:69:73:30:30:0.291262:14:16:40:29:14:16:41:32 chr5 112929013 . T A 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000162255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1128;QD=5.06382;RBI=0.00388917;REFB=-0.00567744;REVB=0.00388578;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34608;STB=0.73018;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0199656;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:2:6:15:17:2:6:15:17 chr5 112930952 . A G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0122387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.412;QD=5.71704;RBI=0.0299058;REFB=-0.0104127;REVB=-0.0272868;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312713;STB=0.705345;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0296527;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:6:2:14:14:6:2:14:14 chr5 113589389 . T A,C 441.33 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=29,2;DP=31;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176607,-0.0401833;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=158.325,24.8426;QD=56.9461;RBI=0.0409426,0.0599992;REFB=0,0;REVB=0.0369377,0.0445556;RO=0;SAF=13,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000397169,0.133276;OID=.,.;OPOS=113589389,113589389;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:31:31:0:0:29,2:30,1:0.967742,0.0322581:16,1:13,1:0:0:16,1:14,0:0:0 chr5 113698544 . G C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0099159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.871;QD=24.3901;RBI=0.0140511;REFB=-0.0336197;REVB=0.00995536;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895656;STB=0.54995;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0177312;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:8:6:11:9:8:6 chr5 113698631 . T C,TGCC 182.79 PASS AF=0.166667,0.583333;AO=5,9;DP=32;FAO=4,14;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=4,11;FSAR=0,3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0550084,-0.00691892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=118.921,99.9711;QD=30.4645;RBI=0.116989,0.0255121;REFB=-0.0740738,-0.0685202;REVB=-0.10325,-0.0245559;RO=13;SAF=4,8;SAR=1,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.516581,0.611305;STB=0.997498,0.709352;STBP=0.014,0.013;TYPE=snp,ins;VARB=0.0573439,0.0337112;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:32:24:13:6:5,9:4,14:0.166667,0.583333:1,1:4,8:4:9:0,3:4,11:1:5 chr5 113829121 . A G 651.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.873;QD=62.0049;RBI=0.055297;REFB=0;REVB=0.0465031;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23784e-05;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 114460580 . C G 656.83 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0218447;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.815;QD=42.3758;RBI=0.0222934;REFB=0.0786492;REVB=-0.00445038;RO=10;SAF=28;SAR=24;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116565;STB=0.506232;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0111604;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:10:10:52:52:0.83871:24:28:5:5:24:28:5:5 chr5 114462355 . C T 392.72 PASS AF=0.705882;AO=35;DP=50;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00490972;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.038;QD=30.8017;RBI=0.00491589;REFB=-0.0272506;REVB=-0.000246401;RO=15;SAF=16;SAR=19;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107102;STB=0.561023;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0154716;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:15:15:35:36:0.705882:19:16:4:11:19:17:4:11 chr5 114480364 . C T 203.44 PASS AF=0.278351;AO=27;DP=97;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00262439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.319;QD=8.3891;RBI=0.0311628;REFB=0.000828183;REVB=0.0310521;RO=70;SAF=15;SAR=12;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673965;STB=0.5402;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00187947;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:70:27:27:0.278351:12:15:35:35:12:15:35:35 chr5 114858437 . G T 391.16 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6284;QD=55.8795;RBI=0.0662132;REFB=0;REVB=0.0659974;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203248;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:19:28:1:5:14:0:0:11:17:0:0 chr5 115110090 . A C 762.34 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5855;QD=55.4426;RBI=0.113662;REFB=0;REVB=-0.0199197;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159744;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210239;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:25:29:1:0:25:30:0:0 chr5 115177733 . C T 243.46 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0154923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1553;QD=30.4325;RBI=0.0293016;REFB=-0.0516753;REVB=0.0248711;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113629;STB=0.562444;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0171757;OID=.;OPOS=115177733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:7:3:11:11:7:3 chr5 115249078 . C T 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00684213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.886;QD=9.67067;RBI=0.0141252;REFB=-0.00827455;REVB=-0.0123575;RO=35;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130061;STB=0.569219;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0176208;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:36:16:16:0.307692:10:6:17:18:10:6:17:19 chr5 115249271 . G A 386.04 PASS AF=0.380165;AO=46;DP=121;FAO=46;FDP=121;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00185945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7308;QD=12.7615;RBI=0.00466471;REFB=-0.00487482;REVB=0.00427808;RO=75;SAF=23;SAR=23;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007267;STB=0.50413;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00569083;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:75:75:46:46:0.380165:23:23:37:38:23:23:37:38 chr5 115298232 . G C 650.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.861;QD=61.918;RBI=0.0634388;REFB=0;REVB=-0.00806218;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24259e-05;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:19:23:0:0 chr5 115298378 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=10;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0786564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.67;QD=52.6132;RBI=0.0787939;REFB=0;REVB=-0.00465305;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320202;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:10:22:1:4:6:0:0:16:6:0:0 chr5 115298475 . T C 206.94 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9741;QD=48.6923;RBI=0.013371;REFB=0;REVB=0.00560132;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60387e-05;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 115298518 . A G 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6026;QD=49.5823;RBI=0.0416882;REFB=0;REVB=0.0122131;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884483;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr5 115298977 . C T 2352.08 PASS AF=0.9875;AO=151;DP=155;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.106015;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6388;QD=58.8019;RBI=0.107514;REFB=-0.118177;REVB=0.017896;RO=4;SAF=81;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229064;STB=0.505681;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00607906;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:160:4:2:151:158:0.9875:70:81:4:0:71:87:2:0 chr5 115341611 . G T 1414.99 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.118;QD=62.8883;RBI=0.0356095;REFB=0;REVB=0.0318536;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48111e-05;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:44:45:0:0:45:45:0:0 chr5 115341638 . G C 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9215;QD=60.8828;RBI=0.0189049;REFB=0;REVB=-0.0143513;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.24544e-06;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr5 115362148 . A G 457.8 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0406604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.4238;QD=29.0667;RBI=0.0407595;REFB=-0.0176863;REVB=-0.00284177;RO=18;SAF=12;SAR=30;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317757;STB=0.537616;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00858096;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:18:21:42:42:0.666667:30:12:6:12:30:12:8:13 chr5 115394626 . G A 1135.29 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00977231;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.246;QD=58.9761;RBI=0.0273923;REFB=-0.0873163;REVB=0.0255899;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000169636;OID=.;OPOS=115394626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:0:1:75:76:0.987013:35:40:0:0:35:41:1:0 chr5 115428334 . G T 149.59 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0488474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.133;QD=6.43402;RBI=0.0490205;REFB=0.000394266;REVB=0.00411545;RO=68;SAF=8;SAR=14;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534347;STB=0.524977;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00206035;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:68:71:22:22:0.236559:14:8:25:43:14:8:28:43 chr5 115428381 . T G 606.03 PASS AF=0.702703;AO=52;DP=74;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0209547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.399;QD=32.7585;RBI=0.0270326;REFB=-0.0464099;REVB=0.017078;RO=22;SAF=18;SAR=34;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742273;STB=0.539985;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0220383;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:22:22:52:52:0.702703:34:18:5:17:34:18:5:17 chr5 115469773 . C T 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0188142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.157;QD=10.7925;RBI=0.0260779;REFB=-0.00926255;REVB=-0.0180577;RO=35;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173219;STB=0.601991;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0168923;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:11:7:19:16:11:7:19:16 chr5 115811301 . T A 45.57 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0147823;FXX=0.0588062;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.989;QD=5.69603;RBI=0.0759271;REFB=-0.00218466;REVB=-0.0744742;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422677;STB=0.768238;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0722018;OID=.;OPOS=115811301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:34:32:22:24:6:6:0.1875:5:1:11:11:5:1:11:13 chr5 115813726 . A G 753.3 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6493;QD=62.7746;RBI=0.130135;REFB=0;REVB=-0.0291218;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566368;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:23:25:0:0 chr5 118482567 . C G 315.42 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0255123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.03;QD=25.2337;RBI=0.0452059;REFB=-0.0172599;REVB=0.0373188;RO=22;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127006;STB=0.507037;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0279552;OID=.;OPOS=118482567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:8:20:16:6:8:20:16:6 chr5 118484804 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.606;QD=51.9167;RBI=0.0426073;REFB=0;REVB=0.0031489;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153672;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr5 118503399 . TAAAAAAG TAAAAA,TAAAAAG,TAAAAATG 63.83 PASS AF=0,0.607143,0;AO=4,6,3;DP=28;FAO=0,17,0;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=0,5,0;FSAR=0,12,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.14989,-0.173393,-0.082515;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=86.8408,8.28062,115.911;QD=9.11888;RBI=0.14993,0.226027,0.0832479;REFB=-0.0355753,-0.0487335,0.00217042;REVB=0.00347648,0.144993,0.0110226;RO=11;SAF=2,2,0;SAR=2,4,3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.302326,0.302326,0;SSSB=0.0492666,-0.132203,-0.630413;STB=0.5,0.571341,0.5;STBP=1,0.382,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0633792,0;OID=.,.,.;OPOS=118503405,118503400,118503405;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAG,TAAAAATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.607143,0:4,6,3:28:0,17,0:28:11:0,5,0:0,12,0:5:6:37:11:2,2,0:2,4,3:5:6 chr5 118533499 . A G 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.959;QD=60.715;RBI=0.0180683;REFB=0;REVB=0.0118459;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56727e-06;OID=.;OPOS=118533499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr5 118582778 . TG CC,TC 597.84 PASS AF=0.075,0.925;AO=3,37;DP=40;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211487,0.0437733;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=67.1079,86.7732;QD=59.7841;RBI=0.0281989,0.0529837;REFB=0,0;REVB=0.0186522,0.0298525;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0193705,0.00181321;OID=.,.;OPOS=118582778,118582779;OREF=TG,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:40:40:0:0:3,37:3,37:0.075,0.925:0,25:3,12:0:0:0,25:3,12:0:0 chr5 118827842 . T C 710.5 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.08132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.889;QD=54.6539;RBI=0.0824143;REFB=-0.0605585;REVB=0.013386;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000282145;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:1:0:32:19:1:0 chr5 118845139 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5561;QD=35.5751;RBI=0.0365717;REFB=0;REVB=-0.00511516;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151681;OID=.;OPOS=118845139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr5 118872184 . C T 454.63 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00229325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.418;QD=33.6761;RBI=0.0260354;REFB=-0.0143257;REVB=-0.0259343;RO=14;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493857;STB=0.526704;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00508821;OID=.;OPOS=118872184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:14:14:40:40:0.740741:24:16:7:7:24:16:7:7 chr5 118969960 . C T 330.5 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285375;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.502;QD=50.8456;RBI=0.029706;REFB=-0.222966;REVB=0.00824985;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00172227;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:12:13:0:0:12:13:1:0 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 278.97 PASS AF=0.0380952,0.504762;AO=4,48;DP=108;FAO=4,53;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=0,14;FSAR=4,39;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0184325,-0.0683642;FXX=0.0454504;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=173.727,12.5342;QD=10.6274;RBI=0.058928,0.0753201;REFB=-0.0191095,-0.17611;REVB=-0.0559709,-0.031614;RO=45;SAF=0,13;SAR=4,35;SRF=25;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.574509,-0.270754;STB=0.997605,0.655534;STBP=0.021,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.146599,0.157903;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0380952,0.504762:4,48:108:4,53:105:48:0,14:4,39:27:21:99:45:0,13:4,35:25:20 chr5 120021817 . C A 333.82 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0133882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.607;QD=46.0437;RBI=0.0615955;REFB=-0.0774367;REVB=0.0601228;RO=3;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393744;STB=0.52126;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0188671;OID=.;OPOS=120021817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:12:14:1:2:12:14:1:2 chr5 120021819 . G A 386.03 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288781;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0681;QD=53.2451;RBI=0.0670303;REFB=-0.0597376;REVB=0.0604906;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0012572;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:28:28:0.965517:13:15:1:0:13:15:1:0 chr5 121187988 . C T 1012.71 PASS AF=0.743363;AO=81;DP=111;FAO=84;FDP=113;FR=.;FRO=29;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00919198;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.616;QD=35.8482;RBI=0.00919433;REFB=-0.0212712;REVB=0.000208005;RO=29;SAF=40;SAR=41;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394067;STB=0.519092;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00740805;OID=.;OPOS=121187988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:29:29:81:84:0.743363:41:40:12:17:43:41:12:17 chr5 121355961 . G A 229.21 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0194285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.773;QD=29.5751;RBI=0.0249298;REFB=-0.0127824;REVB=0.0156214;RO=10;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303874;STB=0.668816;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0181815;OID=.;OPOS=121355961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:16:5:7:3:16:5:7:3 chr5 121488506 . C G 166.57 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0618438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.151;QD=31.7271;RBI=0.0697494;REFB=-0.0207892;REVB=0.0322541;RO=5;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702821;STB=0.538873;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00837727;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:7:9:2:3:7:9:2:3 chr5 121758622 . A T 391.68 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0573112;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.664;QD=27.0124;RBI=0.0586674;REFB=-0.0244279;REVB=-0.0125413;RO=21;SAF=20;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117371;STB=0.55759;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00763979;OID=.;OPOS=121758622;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:21:36:37:0.637931:16:20:8:13:17:20:8:13 chr5 122435627 . G A 127.17 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=63;FWDB=-0.00130872;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0869;QD=4.89113;RBI=0.00235579;REFB=-0.0137982;REVB=0.00195882;RO=83;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141417;STB=0.58771;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0390917;OID=.;OPOS=122435627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:83:83:21:21:0.201923:14:7:20:63:14:7:20:63 chr5 122681834 . C T 834.33 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4234;QD=57.5403;RBI=0.0329661;REFB=0;REVB=-0.0329482;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370188;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:24:34:0:0:24:34:0:0 chr5 122682348 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.744;QD=51.9125;RBI=0.0715277;REFB=0;REVB=0.00661126;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526453;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr5 122685727 . C G 1138.57 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190647;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.366;QD=60.7235;RBI=0.0364318;REFB=0;REVB=0.0310453;RO=0;SAF=48;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204215;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:27:48:0:0:27:48:0:0 chr5 122718736 . G C 1914.57 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5723;QD=61.7605;RBI=0.048195;REFB=0;REVB=0.0287901;RO=0;SAF=62;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022261;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:62:62:0:0:62:62:0:0 chr5 122727026 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.517;QD=62.6706;RBI=0.0702145;REFB=0;REVB=0.018799;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288276;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr5 122739421 . G C 344.55 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387899;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9856;QD=55.1275;RBI=0.0480903;REFB=0;REVB=0.0284257;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168401;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 122758268 . G C 1078.72 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.218;QD=59.929;RBI=0.0479509;REFB=0;REVB=0.0187825;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489132;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:42:28:0:0:42:30:0:0 chr5 122846137 . T C 243.54 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00832188;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.853;QD=22.1404;RBI=0.0229129;REFB=-0.0251174;REVB=0.0213483;RO=21;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239191;STB=0.634534;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0210923;OID=.;OPOS=122846137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:7:16:9:12:7:16:9:12 chr5 122950330 . G C 81.23 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00899377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8331;QD=8.12295;RBI=0.0116856;REFB=-0.00744201;REVB=-0.00746092;RO=29;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901958;STB=0.555457;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0191382;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:6:5:11:18:6:5:11:18 chr5 122950911 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.863;QD=53.9111;RBI=0.0231132;REFB=0;REVB=0.0190336;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3295e-05;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr5 122990902 . A T 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.027259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.665;QD=6.5954;RBI=0.0350028;REFB=-0.0105571;REVB=-0.0219577;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129418;STB=0.595968;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0350833;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:26:28:9:9:0.243243:7:2:4:22:7:2:4:24 chr5 123984763 . C T 160.11 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.345;QD=45.7444;RBI=0.137741;REFB=0;REVB=0.0299569;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184213;OID=.;OPOS=123984763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr5 125696140 . G A 411.18 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.394;QD=56.7152;RBI=0.0173081;REFB=0;REVB=0.0136398;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55764e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:17:12:0:0 chr5 125828802 . GA G,GG 513.48 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=4,31;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338632,-0.0035596;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=246.054,264.563;QD=58.6831;RBI=0.0202779,0.0211709;REFB=0,0;REVB=0.020275,0.0208695;RO=0;SAF=1,12;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-5.47712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0147874,0.000651824;OID=.,.;OPOS=125828803,125828803;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:4,31:35:1,34:35:0:1,12:0,22:0:0:4:0:1,12:3,19:0:0 chr5 125939409 . C T 120.37 PASS AF=0.215909;AO=19;DP=88;FAO=19;FDP=88;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0376855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8427;QD=5.47118;RBI=0.0385424;REFB=-0.00322338;REVB=-0.0080819;RO=69;SAF=9;SAR=10;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00574053;STB=0.503593;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0245846;OID=.;OPOS=125939409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:69:69:19:19:0.215909:10:9:33:36:10:9:33:36 chr5 126171999 . T C 727.67 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3402;QD=63.2759;RBI=0.0297973;REFB=0;REVB=-0.0261065;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179466;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr5 126746277 . C T 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00596459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6924;QD=59.4233;RBI=0.0178424;REFB=-0.0556895;REVB=0.0168159;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00222332;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr5 126792974 . T A 975.71 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135752;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.893;QD=59.1338;RBI=0.0259385;REFB=0;REVB=-0.0221024;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386633;OID=.;OPOS=126792974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr5 126887569 . G A 127.74 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0500733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5713;QD=18.9237;RBI=0.0502014;REFB=-0.0402833;REVB=-0.0035849;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677961;STB=0.555473;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0358227;OID=.;OPOS=126887569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:27:8:13:12:14:0.518519:8:4:2:6:10:4:5:8 chr5 126993249 . G C 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.000556134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5465;QD=17.4257;RBI=0.00862977;REFB=-0.02943;REVB=0.00861184;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169342;STB=0.531218;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0279086;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:23:19:19:0.452381:15:4:2:18:15:4:4:19 chr5 126993263 . A T 726.26 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00837948;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.477;QD=54.8122;RBI=0.0146191;REFB=-0.0745958;REVB=0.0119792;RO=1;SAF=11;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408952;STB=0.521731;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00142375;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:41:11:1:0:41:11:1:0 chr5 126993958 . C T 625.69 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=46;FAO=41;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0245949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.213;QD=54.4078;RBI=0.0247006;REFB=-0.0708197;REVB=-0.00228244;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334975;STB=0.526303;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00152894;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:2:3:41:41:0.891304:27:14:0:2:27:14:0:3 chr5 127469859 . A G 171.81 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0159393;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.473;QD=32.7251;RBI=0.0462214;REFB=-0.0474757;REVB=0.0433862;RO=5;SAF=10;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114293;STB=0.506321;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0145794;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:22:21:5:5:16:16:0.761905:6:10:3:2:6:10:3:2 chr5 127522543 . C T 532.18 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0167601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.375;QD=25.647;RBI=0.0171053;REFB=-0.0236016;REVB=-0.00341924;RO=34;SAF=28;SAR=21;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980621;STB=0.553611;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.014436;OID=.;OPOS=127522543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:21:28:15:19:21:28:15:19 chr5 127614472 . A G 870.96 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184881;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.765;QD=58.0642;RBI=0.0243475;REFB=0;REVB=-0.0158427;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651787;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr5 127622491 . T C 412.51 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00768032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.671;QD=27.0495;RBI=0.00975094;REFB=-0.0135988;REVB=-0.00600779;RO=21;SAF=17;SAR=22;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873489;STB=0.555995;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0107835;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:22:39:39:0.639344:22:17:12:9:22:17:13:9 chr5 127625559 . T C 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00289913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7802;QD=2.58905;RBI=0.0156735;REFB=-0.00435154;REVB=-0.0154031;RO=50;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421711;STB=0.79835;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.03325;OID=.;OPOS=127625559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:2:5:17:33:2:5:17:33 chr5 127685135 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.888;QD=58.1395;RBI=0.0111585;REFB=0;REVB=-0.00542654;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44228e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 128430757 . T C 1067.87 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164059;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.129;QD=58.5133;RBI=0.0176287;REFB=-0.0475216;REVB=0.00645113;RO=1;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106287;STB=0.505616;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=4.15648e-05;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:44:28:0:1:44:28:0:1 chr5 128863471 . A G 651.77 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.871;QD=62.073;RBI=0.0590314;REFB=0;REVB=0.0221858;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189025;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr5 129072943 . G T 262.42 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00626447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8903;QD=47.7134;RBI=0.0670767;REFB=-0.0995737;REVB=-0.0667836;RO=1;SAF=7;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00962529;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:14:7:1:0:14:7:1:0 chr5 129310670 . C CA 142.56 PASS AF=1;AO=3;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418166;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.5623;QD=31.6791;RBI=0.139917;REFB=0;REVB=-0.133522;RO=16;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0154295;OID=.;OPOS=129310671;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:20:18:18:0:9:9:0:0:3:16:1:2:8:8 chr5 129521126 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.33;QD=51.9166;RBI=0.0380071;REFB=0;REVB=0.0213581;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014474;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr5 130500751 . A C 158.11 PASS AF=0.234694;AO=19;DP=94;FAO=23;FDP=98;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=28;FWDB=-0.0157176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.474;QD=6.45332;RBI=0.0193257;REFB=-0.00293808;REVB=-0.0112445;RO=74;SAF=15;SAR=4;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252276;STB=0.559387;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.011728;OID=.;OPOS=130500751;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:74:75:19:23:0.234694:4:15:46:28:7:16:47:28 chr5 130539946 . G T 41.54 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0863368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8556;QD=2.18615;RBI=0.086938;REFB=-0.00814609;REVB=0.0102069;RO=66;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114565;STB=0.579258;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0563888;OID=.;OPOS=130539946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:76:66:67:9:9:0.118421:3:6:38:28:3:6:39:28 chr5 130766662 . T C 486.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.492;QD=57.1913;RBI=0.0360583;REFB=0;REVB=-0.00584571;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139416;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:16:15:0:0:16:18:0:0 chr5 130805475 . C T 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4425;QD=55.6494;RBI=0.0410484;REFB=0;REVB=0.0335776;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700513;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr5 130834154 . G A 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00513359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2707;QD=5.37757;RBI=0.039258;REFB=-0.00237563;REVB=-0.0389209;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324794;STB=0.713674;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0148306;OID=.;OPOS=130834154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:14:11:5:2:14:11 chr5 131066725 . C A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.379;QD=59.4353;RBI=0.00598041;REFB=0;REVB=0.00515934;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58256e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr5 131283376 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.295;QD=63.2825;RBI=0.0254892;REFB=0;REVB=-0.0215973;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12651e-05;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:29:17:0:0 chr5 131396478 . C T 610.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.137;QD=61.0347;RBI=0.00853357;REFB=0;REVB=-0.000815913;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37734e-05;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:15:24:0:0:15:25:0:0 chr5 131411460 . T C 1432.57 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000950446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.185;QD=59.6903;RBI=0.0424196;REFB=-0.08295;REVB=0.042409;RO=2;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210599;STB=0.506061;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00327156;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:2:3:93:93:0.96875:44:49:0:2:44:49:1:2 chr5 131602166 . T C 523.52 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180761;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3794;QD=59.8306;RBI=0.0389088;REFB=0;REVB=0.034455;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448771;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr5 131607080 . A G 31.79 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0211819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8236;QD=2.49299;RBI=0.0369084;REFB=-0.00714149;REVB=-0.0302251;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559961;STB=0.542711;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0435223;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:28:17:2:4:28:17 chr5 131607757 . C T 386.83 PASS AF=0.636364;AO=25;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0326358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.77;QD=28.1328;RBI=0.0329495;REFB=-0.0438352;REVB=0.00453595;RO=6;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172908;STB=0.541377;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0276043;OID=.;OPOS=131607757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:6:18:25:35:0.636364:9:16:1:5:10:25:11:7 chr5 131630648 . C G 508.5 PASS AF=0.737705;AO=44;DP=59;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0389446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3698;QD=33.3443;RBI=0.0707717;REFB=-0.0252511;REVB=-0.0590928;RO=15;SAF=32;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176726;STB=0.598328;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00869554;OID=.;OPOS=131630648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:15:16:44:45:0.737705:12:32:6:9:13:32:6:10 chr5 131663062 . T C 535.85 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00448298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1675;QD=38.2752;RBI=0.0175711;REFB=-0.0549097;REVB=0.0169896;RO=11;SAF=12;SAR=33;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00282885;STB=0.501519;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0135605;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:33:12:3:8:33:12:3:8 chr5 131670546 . C G 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00425655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.134;QD=25.7525;RBI=0.00553635;REFB=-0.0105127;REVB=-0.00354019;RO=26;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134503;STB=0.573462;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00621223;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:22:19:17:9:22:19:17:9 chr5 131701279 . T C 789.34 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398527;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.877;QD=64.4355;RBI=0.0444039;REFB=0;REVB=0.0195824;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76388e-05;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr5 131705949 . T C 59.11 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0189434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9041;QD=5.1399;RBI=0.0947112;REFB=-0.00533104;REVB=-0.0927974;RO=34;SAF=7;SAR=2;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293938;STB=0.507027;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0456737;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:46:34:37:9:9:0.195652:2:7:27:7:2:7:29:8 chr5 131721174 . A G 118.3 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0201831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.351;QD=6.39449;RBI=0.0432903;REFB=-0.0031047;REVB=-0.0382974;RO=56;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684439;STB=0.542122;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0208711;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:8:10:28:28:8:10:28:28 chr5 131796266 . CTCT C 36.77 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00371056;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.02;QD=6.12827;RBI=0.0205239;REFB=-0.0118844;REVB=-0.0201856;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111604;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=0.0366706;OID=.;OPOS=131796267;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:6:25:6:24:18:3:3:10:8:36:15:3:3:9:6 chr5 131796498 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.232;QD=42.1826;RBI=0.0609837;REFB=0;REVB=-0.0160407;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285587;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 131805711 . A G 634.32 PASS AF=0.746479;AO=53;DP=71;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0486289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5924;QD=35.7362;RBI=0.0918147;REFB=0.00161668;REVB=0.0778792;RO=18;SAF=29;SAR=24;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1383;STB=0.574198;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00068688;OID=.;OPOS=131805711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:18:18:53:53:0.746479:24:29:15:3:24:29:15:3 chr5 131819126 . C T 60.26 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0250355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.025;QD=6.02647;RBI=0.026452;REFB=-0.0103771;REVB=-0.0085402;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162634;STB=0.604169;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0313591;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:4:5:13:18:4:5:13:18 chr5 131892357 . C T 142.66 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336879;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9965;QD=43.8965;RBI=0.0511939;REFB=0;REVB=0.0385479;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320273;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:2:11:0:0 chr5 131931468 . C T 101.53 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0384622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.165;QD=16.9212;RBI=0.0385657;REFB=0.00318755;REVB=0.00282461;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00698859;OID=.;OPOS=131931468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:5:7:6:6:5:7 chr5 131995964 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0108896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.211;QD=31.2417;RBI=0.012762;REFB=-0.0192094;REVB=-0.00665483;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386241;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:7:7:2:2:7:7:2:2 chr5 131996500 . A C 228.01 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00503315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.836;QD=25.3345;RBI=0.0122938;REFB=2.86984e-05;REVB=-0.0112162;RO=14;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806589;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00114968;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:18:19:0.527778:6:12:8:6:7:12:8:6 chr5 132030414 . T A 53.93 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0171182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8149;QD=8.29681;RBI=0.0267423;REFB=0.000660418;REVB=-0.0205455;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187422;STB=0.615111;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00153148;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:6:12:4:4:6:12 chr5 132031972 . T C 66.49 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0397355;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.4057;QD=10.6383;RBI=0.0400416;REFB=0.00668603;REVB=0.00494203;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743536;STB=0.504494;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00793325;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:7:9:5:4:7:9 chr5 132042146 . C T 179.85 PASS AF=0.255102;AO=25;DP=98;FAO=25;FDP=98;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=0.000185594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.55;QD=7.3408;RBI=0.00343961;REFB=-0.0105914;REVB=-0.0034346;RO=72;SAF=9;SAR=16;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908174;STB=0.550733;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0374721;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:72:73:25:25:0.255102:16:9:31:41:16:9:31:42 chr5 132098242 . A G 1079.86 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0829;QD=59.9922;RBI=0.0371771;REFB=0;REVB=0.0199311;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277193;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr5 132099999 . A G 255.68 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0545406;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.301;QD=10.8798;RBI=0.0553008;REFB=-0.0204017;REVB=-0.00913805;RO=61;SAF=12;SAR=19;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140175;STB=0.582119;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0301544;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:61:63:31:31:0.329787:19:12:31:30:19:12:32:31 chr5 132150948 . T G 947.03 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0499386;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.89;QD=55.7078;RBI=0.0503202;REFB=-0.168114;REVB=0.00618523;RO=2;SAF=28;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325534;STB=0.517236;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00221667;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:2:2:66:66:0.970588:38:28:2:0:38:28:2:0 chr5 132198199 . G A 294.17 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0639344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.548;QD=34.6078;RBI=0.0686224;REFB=-0.0181358;REVB=0.0249283;RO=9;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260237;STB=0.642737;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00344165;OID=.;OPOS=132198199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:18:7:7:2:18:7:7:2 chr5 132362173 . C A 1761.97 PASS AF=0.693023;AO=146;DP=212;FAO=149;FDP=215;FR=.;FRO=66;FSAF=50;FSAR=99;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=0.0642697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8938;QD=32.7808;RBI=0.129909;REFB=-0.0369329;REVB=0.112897;RO=66;SAF=49;SAR=97;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181295;STB=0.509598;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.018249;OID=.;OPOS=132362173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:215:66:66:146:149:0.693023:97:49:24:42:99:50:24:42 chr5 132534059 . T G 929.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.985;QD=58.1054;RBI=0.033318;REFB=0;REVB=0.0146031;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000642528;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:38:24:0:0:39:25:0:0 chr5 132535046 . G A 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.756;QD=60.2232;RBI=0.0249173;REFB=0;REVB=-0.0146509;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15582e-05;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr5 133186603 . A C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4238;QD=39.2064;RBI=0.0324805;REFB=0;REVB=-0.0324127;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000989222;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr5 133316518 . G A 98.4 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0486028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0116;QD=5.2478;RBI=0.049069;REFB=-0.0104447;REVB=-0.00674833;RO=59;SAF=5;SAR=11;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209927;STB=0.633336;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0360162;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:11:5:28:31:11:5:28:31 chr5 133477802 . C T 1048.07 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320393;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.67;QD=59.89;RBI=0.0561847;REFB=0;REVB=-0.0461541;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.31909e-05;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr5 133481467 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.123;QD=59.8379;RBI=0.0303883;REFB=0;REVB=0.00517304;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013726;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr5 133887780 . G A 158.53 PASS AF=0.18125;AO=29;DP=161;FAO=29;FDP=160;FR=.;FRO=131;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=84;FWDB=0.013424;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.321;QD=3.96314;RBI=0.0145662;REFB=-0.00413789;REVB=0.00565429;RO=130;SAF=12;SAR=17;SRF=47;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070357;STB=0.547147;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.023455;OID=.;OPOS=133887780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:130:131:29:29:0.18125:17:12:47:83:17:12:47:84 chr5 133909475 . G A 676.39 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0447;QD=60.1232;RBI=0.0685808;REFB=0;REVB=0.0661638;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474036;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:23:19:0:0:26:19:0:0 chr5 134193043 . T G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0107703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.445;QD=12.8971;RBI=0.0158048;REFB=-0.00921846;REVB=0.0115668;RO=30;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776908;STB=0.545402;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0123352;OID=.;OPOS=134193043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:9:8:12:18:9:8:12:18 chr5 134194613 . A C 127.13 PASS AF=0.232558;AO=19;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0269842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.133;QD=5.91295;RBI=0.0820526;REFB=-0.00358191;REVB=0.0774886;RO=67;SAF=8;SAR=11;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897919;STB=0.577387;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0177126;OID=.;OPOS=134194613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:67:66:19:20:0.232558:11:8:33:34:12:8:33:33 chr5 134262271 . C A 776.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2729;QD=62.0946;RBI=0.0529266;REFB=-0.0876852;REVB=-0.0015392;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241277;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:1:0:49:50:1:27:22:1:0:27:23:0:0 chr5 134263809 . T C 893.95 PASS AF=0.647541;AO=79;DP=122;FAO=79;FDP=122;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0175538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.459;QD=29.3098;RBI=0.0182978;REFB=-0.0111532;REVB=0.00516476;RO=42;SAF=30;SAR=49;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080256;STB=0.539847;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00269783;OID=.;OPOS=134263809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:42:43:79:79:0.647541:49:30:21:21:49:30:21:22 chr5 134343799 . A G 321.04 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0109316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.881;QD=23.7805;RBI=0.0173978;REFB=-0.0132401;REVB=-0.0135346;RO=22;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930488;STB=0.545427;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00567135;OID=.;OPOS=134343799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:19:12:6:16:20:12:6:16 chr5 134871440 . A C 141.81 PASS AF=0.4;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00235673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3379;QD=14.181;RBI=0.0239962;REFB=-0.0193026;REVB=-0.0238802;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381199;STB=0.692544;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0551098;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:15:16:0.4:5:10:7:17:6:10:7:17 chr5 135178124 . T C 499.56 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.016293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.909;QD=54.0066;RBI=0.0538993;REFB=0.159497;REVB=0.0513778;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735457;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0143983;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:1:1:15:20:1:1 chr5 135207382 . C T 208.91 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0269003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.523;QD=41.7819;RBI=0.0360659;REFB=-0.170879;REVB=0.0240234;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00208526;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:0:2:10:8:0:2 chr5 135258105 . G A 1009.92 PASS AF=0.959459;AO=68;DP=71;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00938894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.528;QD=54.5904;RBI=0.0176055;REFB=-0.0265112;REVB=0.014893;RO=3;SAF=19;SAR=49;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00532721;STB=0.501111;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000684625;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:71:74:3:3:68:71:0.959459:49:19:1:2:49:22:1:2 chr5 135276201 . AGTTGT AG,AGT 253.65 PASS AF=0,1;AO=2,17;DP=20;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185,0.00156969;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=268.065,281.473;QD=50.7306;RBI=0.00888312,0.00594729;REFB=0,0;REVB=-0.00868834,0.0057364;RO=0;SAF=1,13;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0208713,-0.000815925;OID=.,.;OPOS=135276203,135276202;OREF=TTGT,GTT;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,17:20:0,20:20:0:0,14:0,6:0:0:4:0:1,13:1,4:0:0 chr5 135276314 . C T 530.43 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0384135;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.031;QD=57.3441;RBI=0.0442247;REFB=0.0134039;REVB=0.0219142;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000224946;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:0:1:19:17:0:1 chr5 135276847 . T C 1163.76 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00949187;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.135;QD=59.6798;RBI=0.0206104;REFB=0.00475399;REVB=0.0182946;RO=1;SAF=24;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00884746;STB=0.504672;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-4.58915e-06;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:53:24:0:1:53:24:0:1 chr5 135282630 . C T 755.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.294;QD=55.9857;RBI=0.0664223;REFB=0;REVB=0.0199541;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580055;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:26:25:0:0:27:27:0:0 chr5 135287029 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.255;QD=56.9563;RBI=0.0218307;REFB=0;REVB=0.0216962;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56601e-05;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr5 135388663 . A G 385.32 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0210907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.362;QD=26.1231;RBI=0.0257234;REFB=-0.0273955;REVB=-0.0147267;RO=22;SAF=23;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783164;STB=0.542721;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0221927;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:14:23:16:6:14:23:16:6 chr5 135391374 . C T 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00292396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.652;QD=24.8187;RBI=0.0148924;REFB=-0.0449803;REVB=-0.0146026;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113741;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0335208;OID=.;OPOS=135391374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:11:7:9:15:11:7 chr5 135392426 . T C 373.53 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0548513;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.058;QD=26.2123;RBI=0.0549016;REFB=-0.0284154;REVB=0.00234952;RO=21;SAF=13;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484497;STB=0.52652;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0148561;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:23:13:9:12:23:13:9:12 chr5 135399452 . T G 1408.6 PASS AF=1;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150475;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.501;QD=62.6045;RBI=0.0330624;REFB=0;REVB=0.0294396;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125697;OID=.;OPOS=135399452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:90:0:0:89:90:1:48:41:0:0:48:42:0:0 chr5 135508381 . A G 58.35 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0335917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.654;QD=4.76302;RBI=0.034341;REFB=-0.00599224;REVB=0.00713497;RO=40;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380036;STB=0.755283;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0308621;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:7:2:21:19:7:2:21:19 chr5 135513085 . T TC 898.11 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233639;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.4699;QD=57.9423;RBI=0.0241533;REFB=0;REVB=-0.00612445;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000118207;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:62:62:62:0:34:28:0:0:5:0:32:28:0:0 chr5 135514055 . A G 109.95 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00198808;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.489;QD=8.14457;RBI=0.0162089;REFB=-0.00316061;REVB=-0.0160865;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768793;STB=0.522358;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00592265;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:39:39:14:15:0.277778:7:7:17:22:8:7:17:22 chr5 135514216 . A G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0377464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.845;QD=8.73728;RBI=0.0381234;REFB=-0.0149241;REVB=0.00534774;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282867;STB=0.671292;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0533423;OID=.;OPOS=135514216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:6:14:4:5:6:14 chr5 135522878 . GT TA 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0357251;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.557;QD=3.43974;RBI=0.0358372;REFB=-0.00021365;REVB=-0.0028313;RO=49;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129755;STB=0.580347;STBP=0.619;TYPE=mnp;VARB=0.00127055;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:49:50:9:9:0.152542:4:5:22:27:4:5:23:27 chr5 136313330 . A AG,G 162.71 PASS AF=0.681818,0;AO=16,3;DP=45;FAO=30,0;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=15,0;FSAR=15,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.214495,0.0936841;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=1,1;MLLD=11.2571,18.4343;QD=14.7919;RBI=0.250289,0.0937891;REFB=-0.0141545,-0.0382958;REVB=0.128982,0.00443677;RO=26;SAF=10,1;SAR=6,2;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.135342,-0.177221;STB=0.522712,0.5;STBP=0.683,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0666521,0;OID=.,.;OPOS=136313331,136313330;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:45:44:26:14:16,3:30,0:0.681818,0:6,2:10,1:13:13:15,0:15,0:8:6 chr5 136313379 . C T 529.35 PASS AF=0.681159;AO=46;DP=67;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0580377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0239;QD=30.6869;RBI=0.0585581;REFB=-0.0258625;REVB=-0.00778922;RO=21;SAF=22;SAR=24;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813047;STB=0.539108;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0142116;OID=.;OPOS=136313379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:21:22:46:47:0.681159:24:22:13:8:25:22:13:9 chr5 136953577 . T C 129.87 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00189337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.491;QD=43.2901;RBI=0.0126573;REFB=0;REVB=0.0125149;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143081;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr5 136954719 . T C 462.49 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.936;QD=57.8112;RBI=0.0397241;REFB=0;REVB=-0.0124342;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142538;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:12:19:0:0:13:19:0:0 chr5 136955383 . G T 327.06 PASS AF=0.537037;AO=21;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.103622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.536;QD=24.227;RBI=0.104748;REFB=-0.00687488;REVB=0.0153189;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329301;STB=0.534931;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00445634;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:21:29:0.537037:14:7:6:14:18:11:6:14 chr5 136969793 . C T 518.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.14;QD=59.2489;RBI=0.0179203;REFB=0;REVB=0.0175519;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81173e-05;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:25:10:0:0 chr5 136974786 . G A 270.95 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00312975;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.063;QD=36.1263;RBI=0.028907;REFB=0.0274016;REVB=0.028737;RO=7;SAF=4;SAR=19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.633203;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0032576;OID=.;OPOS=136974786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:7:7:23:23:0.766667:19:4:4:3:19:4:4:3 chr5 137028029 . T C 734.14 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0546526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5346;QD=61.1781;RBI=0.0744377;REFB=-0.0848907;REVB=0.0505378;RO=1;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149319;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00263821;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:16:31:1:0:16:31:1:0 chr5 137206560 . A C 268.65 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5743;QD=51.1716;RBI=0.0412259;REFB=0;REVB=0.0404187;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117929;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:4:15:0:0:4:17:0:0 chr5 137244517 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00134233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.737;QD=61.3363;RBI=0.00229551;REFB=0;REVB=0.00186213;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84331e-06;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr5 137259179 . T C 2068.21 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345084;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7349;QD=62.673;RBI=0.00830446;REFB=0;REVB=0.00755353;RO=0;SAF=73;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.09721e-05;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:131:132:1:58:73:0:0:58:74:0:0 chr5 137347498 . G A 876.95 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.032599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.619;QD=54.8091;RBI=0.0422753;REFB=-0.00721761;REVB=0.0269167;RO=2;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000952072;STB=0.500504;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.000472673;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:30:32:1:1:30:32:1:1 chr5 137372207 . A T 519.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.686;QD=59.4067;RBI=0.0289714;REFB=0;REVB=0.0289509;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245297;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr5 137426447 . G A 62.7 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0139002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.322;QD=20.8997;RBI=0.0143807;REFB=0.0159673;REVB=0.0036865;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31147;STB=0.681335;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00353204;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:6:2:3:1:6:2:3:1 chr5 137426704 . A G 689.65 PASS AF=0.690476;AO=58;DP=84;FAO=58;FDP=84;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00162333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3048;QD=32.8407;RBI=0.0559566;REFB=-0.00783636;REVB=-0.0559331;RO=26;SAF=25;SAR=33;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465409;STB=0.502512;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00374443;OID=.;OPOS=137426704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:26:26:58:58:0.690476:33:25:11:15:33:25:11:15 chr5 137475787 . C T 429.51 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0175003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.758;QD=38.1785;RBI=0.0232505;REFB=-0.0440407;REVB=0.0153076;RO=11;SAF=13;SAR=21;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076312;STB=0.541359;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0068228;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:21:13:6:5:21:13:6:5 chr5 137476416 . T C 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0719485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3411;QD=54.6356;RBI=0.0720452;REFB=-0.0390462;REVB=0.00373194;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=8.54179e-05;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:25:26:0:0:25:26:0:1 chr5 137517307 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00870697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.711;QD=9.21703;RBI=0.0168244;REFB=-0.00698155;REVB=-0.0143962;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883986;STB=0.534399;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.017161;OID=.;OPOS=137517307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:37:16:16:0.301887:9:7:18:17:9:7:18:19 chr5 137665323 . G A 62.82 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00435771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6641;QD=8.37547;RBI=0.011286;REFB=-0.00757918;REVB=-0.0104107;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361444;STB=0.522338;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.033474;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:11:10:4:5:11:10 chr5 137708434 . C T 946.49 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00522498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.461;QD=55.6756;RBI=0.00733224;REFB=-0.0778494;REVB=0.00514405;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516662;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00439603;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:68:0:2:66:66:0.970588:29:37:0:0:29:37:0:2 chr5 137717213 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0139553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.697;QD=23.2362;RBI=0.0323703;REFB=-0.0245789;REVB=-0.0292076;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161584;STB=0.590805;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0196912;OID=.;OPOS=137717213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:6:7:6:12:6:7 chr5 137717265 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.494;QD=58.5876;RBI=0.048707;REFB=0;REVB=-0.022875;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160195;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr5 137754695 . T C 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1374;QD=58.0577;RBI=0.0194257;REFB=0;REVB=-0.0177958;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33572e-05;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr5 137781792 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.563;QD=33.4283;RBI=0.000377151;REFB=0;REVB=-0.000377151;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59449e-05;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr5 137892170 . G A 800.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0038167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.62;QD=57.2049;RBI=0.0182838;REFB=0;REVB=0.017881;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25276e-05;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr5 137902339 . T C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00209982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.459;QD=10.7926;RBI=0.0108367;REFB=-0.00405106;REVB=-0.0106313;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601197;STB=0.546384;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00737444;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:11:7:15:19:11:7:16:19 chr5 137911022 . G C 48.33 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0175282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.297;QD=3.79036;RBI=0.0296126;REFB=-0.000827919;REVB=0.0238678;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193367;STB=0.633813;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00756662;OID=.;OPOS=137911022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:5:3:23:20:5:3:23:20 chr5 138668972 . TC T 169.25 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0228131;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.276;QD=24.1786;RBI=0.032298;REFB=-0.0389077;REVB=-0.0228631;RO=11;SAF=12;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253869;STB=0.642682;STBP=0.072;TYPE=del;VARB=0.0194817;OID=.;OPOS=138668973;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.607143:17:29:17:28:11:12:5:4:7:84:11:12:5:4:7 chr5 138705188 . C CATT 613.89 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00175867;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.586;QD=57.1063;RBI=0.0237818;REFB=-0.0423194;REVB=0.0237167;RO=2;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152821;STB=0.508152;STBP=0.772;TYPE=ins;VARB=0.00121926;OID=.;OPOS=138705189;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.953488:41:43:41:43:2:27:14:1:1:9:2:27:14:1:1 chr5 138713959 . A C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.363;QD=60.6089;RBI=0.056062;REFB=0;REVB=0.0549969;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321298;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr5 138720108 . C T 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7569;QD=59.0009;RBI=0.139124;REFB=0;REVB=0.136398;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308913;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:9:25:0:0:9:25:0:0 chr5 138728483 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.776;QD=51.9154;RBI=0.0620886;REFB=0;REVB=0.0595597;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808282;OID=.;OPOS=138728483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr5 138728533 . C T 493.05 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0455286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7687;QD=51.9001;RBI=0.0746743;REFB=-0.092983;REVB=0.0591895;RO=3;SAF=17;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075665;STB=0.540517;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0195975;OID=.;OPOS=138728533;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:38:3:3:35:35:0.921053:18:17:3:0:18:17:3:0 chr5 138730407 . C T 481.78 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00802198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5164;QD=28.763;RBI=0.0253732;REFB=-0.0378349;REVB=0.0240717;RO=23;SAF=26;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724467;STB=0.539401;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0229232;OID=.;OPOS=138730407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:18:26:11:12:18:26:11:12 chr5 138856982 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0128866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.561;QD=5.69646;RBI=0.0157022;REFB=0.00489406;REVB=-0.00897194;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291048;STB=0.669756;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0207064;OID=.;OPOS=138856982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:32:33:9:9:0.214286:5:4:22:10:5:4:22:11 chr5 138857919 . T C 837.39 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109519;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.428;QD=57.7509;RBI=0.044904;REFB=0;REVB=0.043548;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13265e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr5 138857925 . C G 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0252189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.255;QD=10.3654;RBI=0.0274446;REFB=0.0112932;REVB=-0.0108263;RO=39;SAF=5;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291709;STB=0.672713;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0222478;OID=.;OPOS=138857925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:15:5:19:20:15:5:19:20 chr5 138861078 . C T 126.51 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00273654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.255;QD=11.5012;RBI=0.0188138;REFB=-0.0229334;REVB=-0.0186137;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112207;STB=0.580534;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0439365;OID=.;OPOS=138861078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:5:10:16:12:5:10:16:13 chr5 138861146 . C G 377.83 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0266999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.257;QD=27.4787;RBI=0.0315306;REFB=-0.0326893;REVB=-0.0167718;RO=19;SAF=13;SAR=22;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764251;STB=0.517118;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0171272;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:19:35:36:0.654545:22:13:5:14:23:13:6:13 chr5 139712548 . TAA TA,TAC 361.76 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,24;DP=27;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173125,-0.02971;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.7806,54.1979;QD=53.5942;RBI=0.0210242,0.0350769;REFB=0,0;REVB=-0.0119288,0.0186468;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0272906,0.00099014;OID=.,.;OPOS=139712549,139712550;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TA,TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:3,24:27:3,24:27:0:3,12:0,12:0:0:10:0:3,12:0,12:0:0 chr5 139745154 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.34;QD=62.6692;RBI=0.0131978;REFB=0;REVB=0.0109517;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46794e-05;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr5 139936760 . G T 256.62 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7787;QD=51.3248;RBI=0.185756;REFB=0;REVB=0.183958;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304902;OID=.;OPOS=139936760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:5:12:0:0:8:12:0:0 chr5 139936980 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.264;QD=62.9828;RBI=0.0216548;REFB=0;REVB=-0.0201501;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17398e-05;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr5 139940233 . G A 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0158387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.265;QD=60.8498;RBI=0.0158395;REFB=-0.0389809;REVB=0.000159353;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=4.20189e-05;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr5 139940302 . G A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0237507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.598;QD=6.30278;RBI=0.0282605;REFB=-0.00839108;REVB=0.0153155;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227154;STB=0.641293;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0139376;OID=.;OPOS=139940302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:28:13:6:6:28:13 chr5 139941228 . A G 252.9 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1399;QD=45.9809;RBI=0.0398118;REFB=0.0256057;REVB=-0.00636357;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533301;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00033159;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:13:7:1:0:14:7:1:0 chr5 139948472 . C G 362.14 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0240407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1476;QD=23.3641;RBI=0.0277676;REFB=-0.0536253;REVB=0.0138955;RO=23;SAF=10;SAR=26;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129727;STB=0.571088;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0450002;OID=.;OPOS=139948472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:26:36:36:0.580645:26:10:10:13:26:10:11:15 chr5 140048209 . T C 265.07 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0142742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1381;QD=34.2022;RBI=0.0748896;REFB=-0.00534315;REVB=0.0735167;RO=8;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488904;STB=0.526737;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00606278;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:11:12:5:3:11:12:5:3 chr5 140048267 . T C 623.32 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115001;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.091;QD=59.3639;RBI=0.0894647;REFB=-0.148807;REVB=0.0887225;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0073836;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr5 140048707 . A G 379.6 PASS AF=0.679245;AO=35;DP=52;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000963297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.253;QD=28.6487;RBI=0.0183925;REFB=-0.0146266;REVB=-0.0183672;RO=17;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235184;STB=0.630409;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0115904;OID=.;OPOS=140048707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:17:17:35:36:0.679245:25:10:11:6:26:10:11:6 chr5 140049101 . CA C,CG 44.31 PASS AF=0.52381,0.0952381;AO=8,2;DP=22;FAO=11,2;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7,1;FSAR=4,1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.131265,0.023736;FXX=0.0454339;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.83589,84.9428;QD=8.43977;RBI=0.142467,0.0249638;REFB=-0.00582716,-0.00769001;REVB=0.0553739,-0.00773262;RO=7;SAF=4,1;SAR=4,1;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409805,-0.639247;STB=0.615197,0.79807;STBP=0.385,0.736;TYPE=del,snp;VARB=0.0160162,0.126385;OID=.,.;OPOS=140049102,140049102;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381,0.0952381:8,2:22:11,2:21:8:7,1:4,1:7:1:26:7:4,1:4,1:7:0 chr5 140052271 . A G 44.08 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0475742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.996;QD=22.0402;RBI=0.0802615;REFB=-0.0620694;REVB=-0.0646421;RO=2;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209294;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00130967;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:8:8:2:2:6:6:0.75:1:5:1:1:1:5:1:1 chr5 140075474 . C T 366.57 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0164016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6807;QD=40.7296;RBI=0.0548564;REFB=0.0682195;REVB=-0.0523471;RO=7;SAF=15;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318237;STB=0.517229;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.0200629;OID=.;OPOS=140075474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:14:15:3:4:14:15:3:4 chr5 140215456 . G A 524.31 PASS AF=0.730159;AO=44;DP=61;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.001068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.016;QD=33.2898;RBI=0.00766123;REFB=-0.0175815;REVB=0.00758642;RO=17;SAF=28;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392019;STB=0.527847;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00517986;OID=.;OPOS=140215456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:17:17:44:46:0.730159:16:28:12:5:18:28:12:5 chr5 140228164 . C A 245.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.907;QD=49.0815;RBI=0.0736442;REFB=0;REVB=0.072431;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238859;OID=.;OPOS=140228164;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:7:13:0:0 chr5 140229086 . C G 739.13 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3875;QD=54.7504;RBI=0.0826364;REFB=0.0452963;REVB=-0.0754684;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00179788;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:24:29:0:0:24:29:0:1 chr5 140229368 . G C 659.8 PASS AF=0.9375;AO=43;DP=47;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0572096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.5179;QD=54.9831;RBI=0.0668932;REFB=-0.0708246;REVB=0.0346665;RO=4;SAF=29;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747467;STB=0.548365;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0110567;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:48:4:3:43:45:0.9375:14:29:1:3:14:31:0:3 chr5 140229432 . A G 377.97 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.018136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.101;QD=26.9981;RBI=0.0269679;REFB=-0.0210482;REVB=-0.0199588;RO=20;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326808;STB=0.517847;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0242267;OID=.;OPOS=140229432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:18:18:11:9:18:18:11:9 chr5 140229526 . T G 974.83 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.61;QD=58.1986;RBI=0.0136368;REFB=0;REVB=0.00272973;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24769e-05;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:22:42:0:0:24:43:0:0 chr5 140230370 . AA CC,CG 675.76 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353267,0.0230251;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=118.222,72.7957;QD=61.4331;RBI=0.0371347,0.0276678;REFB=0,0;REVB=-0.011446,-0.0153413;RO=0;SAF=30,0;SAR=12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.52854e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00145757,0.101157;OID=.,.;OPOS=140230370,140230370;OREF=AA,AA;OALT=CC,CG;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:12,2:30,0:0:0:12,2:30,0:0:0 chr5 140230519 . T C 463.54 PASS AF=0.732143;AO=40;DP=55;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0234236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3879;QD=33.1103;RBI=0.0235668;REFB=-0.0222277;REVB=-0.00259386;RO=15;SAF=17;SAR=23;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.510633;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00766093;OID=.;OPOS=140230519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:15:15:40:41:0.732143:23:17:6:9:23:18:6:9 chr5 140231237 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5929;QD=57.6769;RBI=0.0509663;REFB=0;REVB=0.0146098;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802851;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr5 140231252 . T C 251.92 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0342752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6509;QD=34.7477;RBI=0.0569767;REFB=-0.0209758;REVB=0.0455143;RO=7;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219428;STB=0.620143;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00934095;OID=.;OPOS=140231252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:8:14:1:6:8:14:1:6 chr5 140232173 . T A 33.47 PASS AF=0.363636;AO=2;DP=12;FAO=4;FDP=11;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00229809;FXX=0.0832639;HRUN=12;LEN=1;MLLD=273.59;QD=12.1691;RBI=0.0814059;REFB=4.05137e-05;REVB=0.0813735;RO=2;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599465;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0100249;OID=.;OPOS=140232173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:12:11:2:5:2:4:0.363636:0:2:2:0:1:3:3:2 chr5 140232950 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9423;QD=53.9099;RBI=0.0150453;REFB=0;REVB=0.0115956;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498635;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr5 140236950 . C G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00332099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.403;QD=57.1775;RBI=0.0050778;REFB=0;REVB=-0.00384122;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18886e-06;OID=.;OPOS=140236950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 140237109 . T G 1098.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0748637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.821;QD=60.1942;RBI=0.0762887;REFB=0;REVB=-0.0146764;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000807876;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr5 140237386 . GTT GGT,GT,GTG 384.69 PASS AF=0.964286,0.0357143,0;AO=19,7,2;DP=28;FAO=27,1,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1,0;FSAR=20,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264533,0.0246004,-0.071354;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=44.1388,23.2503,5.1503;QD=54.9558;RBI=0.14297,0.0731915,0.163262;REFB=0,0,0;REVB=0.140501,-0.0689334,-0.146844;RO=0;SAF=7,0,1;SAR=12,7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00388702,-0.0200085,0.0335324;OID=.,.,.;OPOS=140237387,140237387,140237388;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.964286,0.0357143,0:19,7,2:28:27,1,0:28:0:7,1,0:20,0,0:0:0:5:0:7,0,1:12,7,1:0:0 chr5 140237548 . A G 447.15 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.637;QD=57.6968;RBI=0.0219055;REFB=0;REVB=-0.0174541;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16918e-05;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr5 140242451 . GC G 368.6 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154157;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8079;QD=44.6786;RBI=0.0169425;REFB=0.177883;REVB=-0.00702885;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=del;VARB=-0.0137886;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.969697:32:34:32:33:1:18:14:0:1:3:0:18:14:0:0 chr5 140242479 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.824;QD=58.5878;RBI=0.041387;REFB=0;REVB=0.0298615;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241886;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 140250252 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.127;QD=59.0161;RBI=0.0498945;REFB=0;REVB=-0.0130065;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193996;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr5 140255792 . C A 211.92 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0610302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5315;QD=44.6146;RBI=0.110713;REFB=0.125511;REVB=-0.0923729;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518498;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.0179962;OID=.;OPOS=140255792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:5:13:0:0:5:13:1:0 chr5 140263290 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.053;QD=55.0986;RBI=0.10088;REFB=0;REVB=0.0875137;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671077;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr5 140502341 . GCCC GCTT 87.23 PASS AF=0.23913;AO=9;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0262596;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=200.971;QD=7.58503;RBI=0.0332943;REFB=-0.0181178;REVB=-0.0204682;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24873;STB=0.53435;STBP=0.822;TYPE=mnp;VARB=0.0255576;OID=.;OPOS=140502343;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=GCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:9:46:11:46:34:5:6:17:17:80:21:4:5:14:7 chr5 140517174 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.813;QD=24.3281;RBI=0.0261798;REFB=0.00643052;REVB=0.00663364;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0017893;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chr5 140531175 . T C 289.38 PASS AF=1;AO=16;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0948558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7228;QD=52.6154;RBI=0.109478;REFB=0;REVB=-0.0546616;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912799;OID=.;OPOS=140531175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:16:22:1:10:6:0:0:10:12:0:0 chr5 140559596 . T G 175.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.548;QD=46.8221;RBI=0.0329528;REFB=0;REVB=0.0282332;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351676;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr5 140559914 . T C 484.75 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0457399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.899;QD=32.3164;RBI=0.0510347;REFB=-0.0244139;REVB=0.0226363;RO=17;SAF=16;SAR=27;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149165;STB=0.580276;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0107604;OID=.;OPOS=140559914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:27:16:2:15:27:16:2:15 chr5 140567608 . C T 462.31 PASS AF=0.971429;AO=22;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.7226;QD=52.8352;RBI=0.149606;REFB=-0.066287;REVB=-0.0890526;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0099395;OID=.;OPOS=140567608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:35:0:1:22:34:0.971429:16:6:0:0:16:18:0:1 chr5 140568034 . C CA 301.77 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.812;QD=41.6231;RBI=0.152464;REFB=0;REVB=-0.148082;RO=2;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00666073;OID=.;OPOS=140568035;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:29:29:29:0:8:21:0:0:6:2:7:19:0:2 chr5 140574860 . T C 35.02 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0343318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.467;QD=5.00316;RBI=0.0428492;REFB=-0.00914334;REVB=0.0256395;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344535;STB=0.726565;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0450743;OID=.;OPOS=140574860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:14:8:4:2:14:8 chr5 140683265 . G A 423.85 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0093256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.256;QD=33.9076;RBI=0.0109979;REFB=-0.0138665;REVB=0.00582988;RO=16;SAF=14;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609251;STB=0.53315;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00635405;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:20:14:5:11:20:14:5:11 chr5 140710705 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0109456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.096;QD=21.0138;RBI=0.0178578;REFB=-0.0431731;REVB=0.01411;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117729;STB=0.566892;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0204486;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:5:2:5:6:5:2 chr5 140720516 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.15;QD=33.4285;RBI=0.0519231;REFB=0;REVB=-0.0490257;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000885015;OID=.;OPOS=140720516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr5 140725828 . C T 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0164358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1401;QD=9.85748;RBI=0.0575081;REFB=-0.0197115;REVB=0.0551093;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170118;STB=0.50387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0474267;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:8:5:10:17:8:5:11:18 chr5 140731108 . C T 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=32;FWDB=-0.0330492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.279;QD=10.0236;RBI=0.0331838;REFB=-0.0133371;REVB=-0.00298554;RO=37;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161254;STB=0.593457;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.030831;OID=.;OPOS=140731108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:14:4:5:32:14:4:5:32 chr5 140739779 . C G 106.52 PASS AF=0.181818;AO=18;DP=99;FAO=18;FDP=99;FR=.;FRO=81;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0108607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=312.812;QD=4.30394;RBI=0.017977;REFB=-0.00704152;REVB=-0.0143254;RO=81;SAF=12;SAR=6;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320679;STB=0.705662;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0289389;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:81:81:18:18:0.181818:6:12:33:48:6:12:33:48 chr5 140740376 . C A 256.48 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0157685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4834;QD=44.6054;RBI=0.0578357;REFB=-0.0319819;REVB=-0.0556446;RO=2;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0256976;OID=.;OPOS=140740376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:13:8:2:0:13:8:2:0 chr5 140750044 . T C 2737.63 PASS AF=1;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0633288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.934;QD=62.2188;RBI=0.0666392;REFB=0;REVB=0.0207425;RO=0;SAF=86;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4617e-05;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:174:176:1:88:86:0:0:88:88:0:0 chr5 140751128 . C G 34.87 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0025251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.471;QD=4.8099;RBI=0.0352295;REFB=-0.00268253;REVB=-0.0351389;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128769;STB=0.585928;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0726499;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:14:9:3:3:14:9 chr5 140751641 . G A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0157048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.338;QD=3.88747;RBI=0.0176133;REFB=-0.00728602;REVB=0.00797431;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.627018;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0555864;OID=.;OPOS=140751641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:15:14:2:4:15:14 chr5 140755140 . AG AC,A,GG 81.84 PASS AF=0.0571429,0.371429,0;AO=2,13,2;DP=35;FAO=2,13,0;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=2,11,0;FSAR=0,2,0;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0397982,-0.113879,0.00278427;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,1;MLLD=51.1565,15.5028,209.059;QD=9.35274;RBI=0.0461737,0.142924,0.0355657;REFB=-0.000163036,-0.0636883,-0.00819792;REVB=-0.023412,0.0863653,-0.0354565;RO=17;SAF=2,12,0;SAR=0,1,2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.661835,0.703701,-0.439097;STB=0.996827,0.853348,0.5;STBP=0.027,0.005,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.162418,0.0811497,0;OID=.,.,.;OPOS=140755141,140755141,140755140;OREF=G,G,A;OALT=C,-,G;OMAPALT=AC,A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:35:35:17:20:2,13,2:2,13,0:0.0571429,0.371429,0:0,1,2:2,12,0:4:13:0,2,0:2,11,0:5:15 chr5 140763029 . A G 41.32 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.101162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5422;QD=3.93514;RBI=0.116488;REFB=-0.00496828;REVB=0.057756;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669247;STB=0.574265;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0187589;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:42:32:35:7:7:0.166667:3:4:20:12:3:4:23:12 chr5 140763100 . C T 36.52 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.153466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0939;QD=6.64043;RBI=0.162696;REFB=0.0161298;REVB=0.0540204;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123829;STB=0.580369;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0224055;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:9:7:2:4:9:7 chr5 140773388 . G T 41.65 PASS AF=0.175;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0124704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.644;QD=4.16494;RBI=0.0126241;REFB=-0.000852754;REVB=-0.00196405;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230149;STB=0.671135;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00687887;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:40:32:33:7:7:0.175:2:5:17:15:2:5:17:16 chr5 140773877 . GC G 34.66 PASS AF=0.25;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.141798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9043;QD=2.88818;RBI=0.164068;REFB=-0.0439847;REVB=0.0825323;RO=35;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.435897;SSSB=-0.172014;STB=0.662501;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.104999;OID=.;OPOS=140773878;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:11:48:12:48:36:3:9:16:20:34:35:3:8:14:21 chr5 140774288 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.166;QD=45.805;RBI=0.0197188;REFB=0;REVB=-0.0106543;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28291e-05;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr5 140779866 . A G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0246942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.547;QD=9.84375;RBI=0.0265725;REFB=-0.00194135;REVB=0.00981282;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32941;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00630396;OID=.;OPOS=140779866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:12:8:7:3:12:8 chr5 140783596 . C T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0218505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.005;QD=8.89931;RBI=0.0232647;REFB=-0.025878;REVB=-0.00798755;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490443;STB=0.809427;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0487403;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:9:2:15:10:9:2:16:10 chr5 140784427 . T C 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0789303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.958;QD=10.1713;RBI=0.0790944;REFB=-0.0335906;REVB=-0.0050924;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0546919;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr5 140789933 . G A 263.77 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=37;FWDB=-0.00892095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.921;QD=12.8666;RBI=0.0121475;REFB=0.00352197;REVB=0.00824486;RO=50;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538482;STB=0.535033;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0108813;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:51:31:31:0.378049:21:10:14:36:21:10:14:37 chr5 140793007 . A G 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0447268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.445;QD=5.0638;RBI=0.0470085;REFB=-0.008527;REVB=-0.0144674;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583456;STB=0.549876;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0489352;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:31:32:8:8:0.2:4:4:17:14:4:4:18:14 chr5 140797630 . G T 76.72 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0502885;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.996;QD=4.51297;RBI=0.057353;REFB=-0.00740263;REVB=-0.027576;RO=55;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275756;STB=0.679355;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0351946;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:69:68:55:55:13:13:0.191176:4:9:26:29:4:9:26:29 chr5 140801298 . C A 103.33 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0335502;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8654;QD=9.18467;RBI=0.0657778;REFB=-0.00564321;REVB=0.0565783;RO=32;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241256;STB=0.646244;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0299658;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:32:32:13:13:0.288889:5:8:13:19:5:8:13:19 chr5 140807256 . A C 71.98 PASS AF=0.243902;AO=11;DP=42;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000685689;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1289;QD=7.02216;RBI=0.00591921;REFB=-0.00778852;REVB=-0.00587936;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729858;STB=0.512171;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0759423;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:41:31:31:11:10:0.243902:5:6:15:16:5:5:15:16 chr5 140857798 . T C 72.58 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.05759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.262;QD=5.37664;RBI=0.057723;REFB=-0.00432273;REVB=0.00391498;RO=43;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985118;STB=0.563643;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0165532;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:6:5:23:20:6:5:23:20 chr5 140874361 . GT CG,G 35.26 PASS AF=0,0.282609;AO=2,20;DP=47;FAO=0,13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0909051,-0.111079;FXX=0.0212721;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=66.9538,15.1823;QD=3.06631;RBI=0.1002,0.151045;REFB=-0.0229402,-0.141423;REVB=-0.0421452,-0.102352;RO=23;SAF=2,18;SAR=0,2;SRF=3;SRR=20;SSEN=0,0.338931;SSEP=0,0;SSSB=0.723915,0.712217;STB=0.5,0.845621;STBP=1,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.165625;OID=.,.;OPOS=140874361,140874362;OREF=GT,T;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:47:46:23:33:2,20:0,13:0,0.282609:0,2:2,18:3:20:0,2:0,11:12:21 chr5 140903792 . G A 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00829954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.755;QD=7.26944;RBI=0.00965335;REFB=-0.00844864;REVB=-0.00493;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169302;STB=0.625595;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0223991;OID=.;OPOS=140903792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:23:25:9:9:0.264706:5:4:7:16:5:4:7:18 chr5 141014494 . T C 135.19 PASS AF=0.25;AO=20;DP=80;FAO=20;FDP=80;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.00730785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.567;QD=6.75933;RBI=0.0190393;REFB=-0.00638134;REVB=-0.017581;RO=60;SAF=8;SAR=12;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421151;STB=0.525747;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0186472;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:60:60:20:20:0.25:12:8:26:34:12:8:26:34 chr5 141016288 . T G 56.73 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.0220451;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.652;QD=3.06632;RBI=0.0229077;REFB=-0.00962749;REVB=-0.00622708;RO=62;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282286;STB=0.684642;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0444646;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:75:74:62:63:11:11:0.148649:4:7:25:37:4:7:26:37 chr5 141025730 . T G 219.92 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=91;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0039374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.693;QD=9.56171;RBI=0.0130604;REFB=-0.00773957;REVB=-0.0124527;RO=63;SAF=18;SAR=10;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301574;STB=0.524982;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0218893;OID=.;OPOS=141025730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:63:64:28:28:0.304348:10:18:39:24:10:18:39:25 chr5 141036183 . CGT ATC,CAT 434.62 PASS AF=0,0.677966;AO=2,22;DP=56;FAO=0,40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=0,16;FSAR=0,24;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00317649,0.000781826;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=3,1;MLLD=145.353,178.562;QD=29.4656;RBI=0.0270628,0.0406674;REFB=-0.026308,-0.0291976;REVB=0.0268757,0.0406599;RO=15;SAF=0,16;SAR=2,6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.650927,-0.00558597;STB=0.5,0.558591;STBP=1,0.184;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0149169;OID=.,.;OPOS=141036183,141036184;OREF=CGT,G;OALT=ATC,A;OMAPALT=ATC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:59:15:19:2,22:0,40:0,0.677966:2,6:0,16:11:4:0,24:0,16:11:8 chr5 141243646 . A G 234.5 PASS AF=0.251799;AO=34;DP=140;FAO=35;FDP=139;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=59;FSRR=45;FWDB=-0.0332468;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.716;QD=6.74816;RBI=0.0442011;REFB=-0.0104404;REVB=-0.0291271;RO=105;SAF=19;SAR=15;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00390429;STB=0.518477;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0316466;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:105:104:34:35:0.251799:15:19:59:46:16:19:59:45 chr5 141318099 . C T 318.46 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.000681811;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9953;QD=20.8823;RBI=0.0719235;REFB=-0.00673093;REVB=0.0719202;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269981;STB=0.661417;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00462113;OID=.;OPOS=141318099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:28:33:33:0.540984:19:14:20:6:19:14:22:6 chr5 141325249 . T C 1574.32 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182484;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.772;QD=64.2579;RBI=0.0331373;REFB=0;REVB=0.02766;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11396e-05;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:63:35:0:0:63:35:0:0 chr5 141334921 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1826;QD=47.8193;RBI=0.0431606;REFB=0;REVB=0.00960345;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206884;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr5 141335241 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.371;QD=47.8223;RBI=0.0169708;REFB=0;REVB=0.0156787;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124419;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 141335284 . G A 291.87 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7864;QD=50.7602;RBI=0.229605;REFB=0;REVB=0.225401;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00885703;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:9:13:0:1:10:13:0:0 chr5 141336264 . G T 809.7 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.656;QD=56.8209;RBI=0.0370821;REFB=0;REVB=0.0192884;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78809e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:57:0:0:52:57:1:33:19:0:0:38:19:0:0 chr5 141337126 . C T 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1416;QD=56.1842;RBI=0.102423;REFB=0;REVB=-0.000914956;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165648;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr5 141337225 . A G 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.36;QD=54.479;RBI=0.0134267;REFB=0.00418182;REVB=-0.00809534;RO=1;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.000141522;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:9:22:1:0:9:22:1:0 chr5 141391532 . G A 1453.34 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1538;QD=63.1887;RBI=0.0261536;REFB=0;REVB=0.0254278;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146611;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr5 141531735 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.136;QD=55.6561;RBI=0.0935402;REFB=0;REVB=0.0304515;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162091;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:23:3:0:0:23:4:0:0 chr5 142254679 . A G 556.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.952;QD=60.2076;RBI=0.0383712;REFB=0;REVB=-0.0378894;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142583;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr5 142421415 . T G 449.59 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=47;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00668035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.237;QD=37.4659;RBI=0.00873286;REFB=-0.0186243;REVB=0.00562457;RO=13;SAF=8;SAR=26;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189831;STB=0.605316;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0049449;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:13:13:34:35:0.729167:26:8:7:6:27:8:7:6 chr5 142593652 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.677;QD=57.7119;RBI=0.0257059;REFB=0;REVB=0.0239584;RO=0;SAF=42;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51696e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:17:42:0:0:17:42:0:0 chr5 143200053 . C T 560.83 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408902;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6543;QD=60.6307;RBI=0.0607884;REFB=0;REVB=-0.0449802;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000799513;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr5 145246085 . T G 1808.37 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2009;QD=60.2789;RBI=0.0429371;REFB=0;REVB=0.000705623;RO=0;SAF=74;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155327;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:120:0:0:117:120:1:43:74:0:0:44:76:0:0 chr5 145393364 . C T 495.71 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0188367;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.483;QD=52.1799;RBI=0.0235408;REFB=-0.209306;REVB=-0.0141191;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500834;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0035635;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:38:0:3:35:35:0.921053:12:23:0:0:12:23:2:1 chr5 145439647 . T C 636.63 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893326;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.738;QD=62.11;RBI=0.00893381;REFB=0;REVB=-9.95625e-05;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125166;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr5 145442203 . G C 375.55 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0318;QD=55.6372;RBI=0.0959856;REFB=0;REVB=0.0220265;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287874;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:15:11:0:1:16:11:0:0 chr5 145890028 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00822366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.836;QD=57.6806;RBI=0.0497067;REFB=0;REVB=0.0490217;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245762;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 145894896 . G C 72.36 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0617199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.317;QD=8.51267;RBI=0.0669033;REFB=-0.0402724;REVB=-0.0258208;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815562;STB=0.549903;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0804243;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:8:16:6:4:8:16 chr5 146077609 . T C 296.28 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00991206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8566;QD=28.9057;RBI=0.0770138;REFB=0.0118247;REVB=0.0763733;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110804;STB=0.560929;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00540179;OID=.;OPOS=146077609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:13:13:10:5:13:13:10:5 chr5 147012291 . G A 32.16 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00421844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4829;QD=1.91989;RBI=0.0255737;REFB=-0.00280204;REVB=-0.0252234;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180494;STB=0.641777;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0282649;OID=.;OPOS=147012291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:5:2:26:34:5:2:26:34 chr5 147024476 . C A 118.32 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.031785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.773;QD=6.39589;RBI=0.0317979;REFB=-0.00126292;REVB=0.000904204;RO=56;SAF=7;SAR=11;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222263;STB=0.636349;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00463257;OID=.;OPOS=147024476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:11:7:32:24:11:7:32:24 chr5 147024509 . C T 47.88 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0523445;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5762;QD=3.68294;RBI=0.0525318;REFB=0.00773888;REVB=0.00443179;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0642191;OID=.;OPOS=147024509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:54:52:46:44:8:8:0.153846:4:4:24:22:4:4:22:22 chr5 147286054 . G A 762.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.239;QD=63.5053;RBI=0.0682997;REFB=0;REVB=0.0490517;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00978e-05;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:28:20:0:0 chr5 147468614 . A G 759.05 PASS AF=0.904762;AO=55;DP=62;FAO=57;FDP=63;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0265211;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3201;QD=48.1938;RBI=0.0342759;REFB=-0.0221724;REVB=0.0217133;RO=7;SAF=29;SAR=26;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938816;STB=0.511807;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.022488;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:62:63:7:6:55:57:0.904762:26:29:4:3:26:31:4:2 chr5 147475386 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.388;QD=55.6556;RBI=0.0323848;REFB=0;REVB=0.0316459;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289402;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr5 147477551 . C T 750.58 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213135;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.297;QD=63.8791;RBI=0.0246463;REFB=0;REVB=0.0123764;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.70693e-05;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr5 147480027 . G A 411.18 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.973;QD=56.7144;RBI=0.115608;REFB=0;REVB=0.115212;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659118;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:6:22:0:0:7:22:0:0 chr5 147480112 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.867;QD=60.6097;RBI=0.040375;REFB=0;REVB=0.0400808;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67915e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr5 147480955 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5326;QD=42.182;RBI=0.0318139;REFB=0;REVB=0.022864;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025856;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 147481430 . A G 659.18 PASS AF=0.964912;AO=47;DP=52;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0455241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.853;QD=46.258;RBI=0.0834663;REFB=-0.209531;REVB=0.0699584;RO=5;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089268;STB=0.503648;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0327217;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:57:5:2:47:55:0.964912:16:31:1:4:22:33:1:1 chr5 147486677 . C A 839.86 PASS AF=0.953846;AO=56;DP=59;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0194116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4504;QD=51.6834;RBI=0.0260223;REFB=-0.165336;REVB=0.0173306;RO=3;SAF=35;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038716;STB=0.520541;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00799586;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:65:3:3:56:62:0.953846:21:35:3:0:27:35:3:0 chr5 147488365 . G GT 87.52 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390904;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=6.71347;QD=21.8797;RBI=0.0940506;REFB=0;REVB=0.0855421;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00768076;OID=.;OPOS=147488366;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:16:16:0:10:6:0:0:3:15:2:0:8:7 chr5 147488367 . C T 196.33 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487329;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8432;QD=49.0823;RBI=0.0780702;REFB=0;REVB=0.0609922;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285714;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr5 147498019 . G A 1331.19 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00911114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.292;QD=59.8286;RBI=0.0141504;REFB=-0.0660078;REVB=-0.0108269;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00273376;STB=0.501443;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000190172;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:49:38:1:1:49:38:1:1 chr5 147499616 . C T 450.84 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294224;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.448;QD=58.1731;RBI=0.051887;REFB=0;REVB=-0.0427386;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000822954;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 147499670 . C T 362.01 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168853;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.646;QD=55.6939;RBI=0.0289472;REFB=0;REVB=-0.0235123;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133508;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr5 147505116 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0020374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.821;QD=57.1987;RBI=0.00203953;REFB=0;REVB=9.31661e-05;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11602e-05;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr5 147510866 . T C 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.6543e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.374;QD=59.1418;RBI=0.0511543;REFB=0;REVB=0.0511543;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50414e-05;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:26:41:0:0:26:41:0:0 chr5 147593497 . C A 1451.82 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00774083;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.966;QD=59.8688;RBI=0.00838589;REFB=-0.0111973;REVB=-0.00322533;RO=3;SAF=54;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014417;STB=0.507608;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=9.52027e-05;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:40:54:1:2:40:54:1:2 chr5 147703416 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.462;QD=51.9164;RBI=0.0356285;REFB=0;REVB=-0.0124573;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139631;OID=.;OPOS=147703416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr5 147805120 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.132;QD=60.9786;RBI=0.00755848;REFB=0;REVB=0.0058866;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35309e-05;OID=.;OPOS=147805120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr5 147856333 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.838;QD=57.6793;RBI=0.00906838;REFB=0;REVB=-0.000622873;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26827e-05;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr5 148206440 . G A 485.29 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0309548;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.087;QD=53.9207;RBI=0.0457197;REFB=-0.162023;REVB=0.0336466;RO=1;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444566;STB=0.513611;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00173162;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:1:2:34:34:0.944444:10:24:0:1:10:24:1:1 chr5 148206473 . G C 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00120192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.189;QD=57.1999;RBI=0.0495778;REFB=-0.0990136;REVB=0.0495632;RO=2;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779702;STB=0.541646;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00201476;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:11:31:0:2:11:31:0:2 chr5 148207447 . G C 608.34 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0124183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.616;QD=30.417;RBI=0.0150197;REFB=-0.0238648;REVB=-0.00844844;RO=26;SAF=27;SAR=26;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145855;STB=0.571738;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0126724;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:26:27:53:53:0.6625:26:27:7:19:26:27:8:19 chr5 148207633 . G A 109.66 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00692921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.514;QD=24.3678;RBI=0.0246253;REFB=-0.0265784;REVB=-0.0236303;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197656;STB=0.610935;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0128882;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:5:1:6:6:5:1 chr5 148386525 . T G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0279295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0279;QD=9.18839;RBI=0.0464009;REFB=-0.0072014;REVB=-0.0370538;RO=25;SAF=10;SAR=1;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186519;STB=0.617034;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0172912;OID=.;OPOS=148386525;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:1:10:21:4:1:10:21:4 chr5 148406386 . T C 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00274196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.406;QD=9.89822;RBI=0.00440777;REFB=-0.011292;REVB=0.0034511;RO=32;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117568;STB=0.571322;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.02282;OID=.;OPOS=148406386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:10:4:12:20:10:4:12:20 chr5 148407708 . A C 446.87 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1212;QD=57.6607;RBI=0.00909448;REFB=0;REVB=0.00648021;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162459;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr5 148408101 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0263301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.71;QD=6.52574;RBI=0.0340984;REFB=-0.00498581;REVB=-0.0216663;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251837;STB=0.659364;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0265813;OID=.;OPOS=148408101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:7:13:3:4:7:13 chr5 148578636 . T C 132.55 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=64;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.0263004;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.28;QD=8.41575;RBI=0.026424;REFB=0.00550465;REVB=-0.0025529;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205088;STB=0.609823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0131381;OID=.;OPOS=148578636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:43:44:18:19:0.301587:8:10:31:12:8:11:32:12 chr5 148610276 . C A 1281.73 PASS AF=0.696203;AO=107;DP=155;FAO=110;FDP=158;FR=.;FRO=48;FSAF=37;FSAR=73;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00996387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.992;QD=32.4488;RBI=0.016558;REFB=-0.0353651;REVB=0.0132245;RO=48;SAF=35;SAR=72;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00407641;STB=0.501032;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0134074;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:48:48:107:110:0.696203:72:35:16:32:73:37:16:32 chr5 148627252 . G A 330.11 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0131281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.659;QD=31.4391;RBI=0.0265089;REFB=-0.00531922;REVB=0.0230299;RO=14;SAF=6;SAR=22;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034057;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:22:6:3:11:22:6:3:11 chr5 148720087 . T G 765.23 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8288;QD=63.7693;RBI=0.156764;REFB=0;REVB=0.0633709;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296371;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:24:18:0:0:26:22:0:0 chr5 148986244 . G C 152.63 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=85;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0418512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6637;QD=7.09895;RBI=0.0440786;REFB=-0.0141399;REVB=0.0138348;RO=63;SAF=8;SAR=14;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305603;STB=0.688361;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.032953;OID=.;OPOS=148986244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:63:64:22:22:0.255814:14:8:39:24:14:8:40:24 chr5 148989122 . C T 271.93 PASS AF=0.527273;AO=24;DP=50;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0100997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.008;QD=19.7768;RBI=0.0239006;REFB=-0.0211966;REVB=0.0216618;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.512063;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.017678;OID=.;OPOS=148989122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:26:26:24:29:0.527273:11:13:15:11:13:16:15:11 chr5 149006837 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.607;QD=51.1839;RBI=0.04893;REFB=0;REVB=0.00759417;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031787;OID=.;OPOS=149006837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr5 149008403 . A G 800.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.529;QD=57.1713;RBI=0.0269756;REFB=0;REVB=0.0160023;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18422e-05;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:17:39:0:0:17:39:0:0 chr5 149008467 . C A 464.66 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.000174591;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.804;QD=24.782;RBI=0.00555607;REFB=-0.0236356;REVB=-0.00555333;RO=31;SAF=23;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293292;STB=0.516063;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0127314;OID=.;OPOS=149008467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:21:23:15:16:21:23:15:16 chr5 149008521 . A G 718.62 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227221;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.967;QD=56.3621;RBI=0.0227856;REFB=0;REVB=0.00170056;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.88634e-05;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr5 149200043 . T C 1087.78 PASS AF=0.661871;AO=92;DP=139;FAO=92;FDP=139;FR=.;FRO=47;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0623804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8333;QD=31.303;RBI=0.0623815;REFB=-0.0291434;REVB=0.000375886;RO=41;SAF=39;SAR=53;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654438;STB=0.551289;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0207432;OID=.;OPOS=149200043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:41:47:92:92:0.661871:53:39:22:19:53:39:27:20 chr5 149212800 . G A 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0578676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.801;QD=31.0673;RBI=0.0591008;REFB=0.0191858;REVB=-0.0120101;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195581;STB=0.607029;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00850354;OID=.;OPOS=149212800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:0:6:11:6:0:6 chr5 149314258 . C T 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.000909387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.659;QD=33.7905;RBI=0.019626;REFB=0.0229929;REVB=0.0196049;RO=7;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147709;STB=0.581314;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00724652;OID=.;OPOS=149314258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:6:15:3:4:6:15:3:4 chr5 149323772 . G A 188.25 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.707;QD=47.0634;RBI=0.044593;REFB=0;REVB=0.0304893;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97972e-05;OID=.;OPOS=149323772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:3:12:0:0:4:12:0:0 chr5 149323906 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.291;QD=60.2302;RBI=0.0171805;REFB=0;REVB=-0.00245518;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36843e-05;OID=.;OPOS=149323906;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr5 149324060 . T C 334.75 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0302062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.876;QD=33.4746;RBI=0.0436243;REFB=-0.0448432;REVB=0.0314748;RO=11;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538304;STB=0.519217;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.021767;OID=.;OPOS=149324060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:11:12:28:28:0.7:18:10:5:6:18:10:5:7 chr5 149360877 . T C 393.38 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.471;QD=56.1964;RBI=0.0595724;REFB=0;REVB=0.0593591;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783827;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr5 149374879 . CT C 462.91 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303319;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.8884;QD=50.0442;RBI=0.0318372;REFB=0;REVB=0.00967362;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000492345;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:37:37:0:20:17:0:0:8:0:19:17:0:0 chr5 149374932 . T C 744.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.317;QD=63.3979;RBI=0.09377;REFB=0;REVB=0.00343278;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002225;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:24:22:0:0:24:23:0:0 chr5 149406271 . C T 480.53 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.181;QD=58.2466;RBI=0.0511172;REFB=0;REVB=0.0490161;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124623;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:10:23:0:0 chr5 149406438 . C T 129.2 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0181671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1651;QD=21.5338;RBI=0.018203;REFB=-0.00329788;REVB=0.00114363;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282875;STB=0.650957;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00614271;OID=.;OPOS=149406438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:8:10:14:14:0.583333:6:8:1:7:6:8:2:8 chr5 149433400 . G C,GC 288.27 PASS AF=0,1;AO=2,7;DP=25;FAO=0,23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307319,0.035846;FXX=0.079968;HRUN=8,0;LEN=1,1;MLLD=169.755,182.62;QD=50.1344;RBI=0.0528398,0.0657255;REFB=0,0;REVB=-0.0429836,-0.0550899;RO=14;SAF=2,7;SAR=0,0;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.547468,0.753744;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0644568,0.00256765;OID=.,.;OPOS=149433400,149433401;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:25:23:14:0:2,7:0,23:0,1:0,0:2,7:7:7:0,7:0,16:0:0 chr5 149433401 . G C 114.17 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00861771;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=119.854;QD=18.2671;RBI=0.0206038;REFB=0.0163581;REVB=0.0187151;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395842;STB=0.687656;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000717605;OID=.;OPOS=149433401;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:11:12:13:13:0.52:6:7:11:0:6:7:11:1 chr5 149456811 . G A 869.83 PASS AF=0.741935;AO=68;DP=92;FAO=69;FDP=93;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00592045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.771;QD=37.4121;RBI=0.0346663;REFB=-0.0201668;REVB=-0.034157;RO=24;SAF=26;SAR=42;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386913;STB=0.522146;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00721954;OID=.;OPOS=149456811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:24:24:68:69:0.741935:42:26:11:13:43:26:11:13 chr5 149493472 . C T 397.13 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000211824;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.866;QD=56.7329;RBI=0.034195;REFB=0;REVB=0.0341943;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186057;OID=.;OPOS=149493472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr5 149495050 . T C 1981.46 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00463288;FXX=0.00757518;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.225;QD=60.5027;RBI=0.0180621;REFB=-0.048905;REVB=0.0174578;RO=1;SAF=76;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888211;STB=0.509258;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-4.28196e-07;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:131:1:2:129:129:0.984733:53:76:0:1:53:76:0:2 chr5 149499672 . T C 333.19 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0285382;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.295;QD=44.4247;RBI=0.0337464;REFB=0.0197853;REVB=0.0180108;RO=4;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526855;STB=0.528476;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00109507;OID=.;OPOS=149499672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:31:30:4:4:26:26:0.866667:14:12:1:3:14:12:1:3 chr5 149515380 . G A 392.73 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0123283;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.506;QD=44.8831;RBI=0.0248399;REFB=-0.0140476;REVB=-0.0215646;RO=5;SAF=15;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794653;STB=0.542829;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00309901;OID=.;OPOS=149515380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:36:35:5:5:30:30:0.857143:15:15:4:1:15:15:4:1 chr5 149515397 . T A 346.25 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0181098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0498;QD=38.4724;RBI=0.0279434;REFB=-0.0835524;REVB=0.0212807;RO=8;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296803;STB=0.516117;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0124401;OID=.;OPOS=149515397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:12:16:4:4:12:16:4:4 chr5 149563715 . T C 573.09 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0373951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.646;QD=55.9116;RBI=0.0491835;REFB=0.0479511;REVB=0.0319472;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.505926;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0346101;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:24:15:1:1:24:15:1:1 chr5 149578827 . C T 526.05 PASS AF=0.623377;AO=47;DP=76;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.027602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9056;QD=27.3273;RBI=0.0552736;REFB=-0.0109453;REVB=0.0478884;RO=28;SAF=27;SAR=20;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148643;STB=0.576974;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00896971;OID=.;OPOS=149578827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:28:29:47:48:0.623377:20:27:10:18:20:28:11:18 chr5 149583300 . T C 91.48 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0846677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9739;QD=30.4936;RBI=0.0864771;REFB=0.0157325;REVB=0.0175976;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00908139;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:1:1:5:5:1:1 chr5 149583336 . T C 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.531;QD=42.1674;RBI=0.0662011;REFB=0;REVB=0.0245052;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177611;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 149585025 . A C 919.17 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.82;QD=57.4481;RBI=0.0261202;REFB=0;REVB=0.0101359;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013038;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:28:34:0:0:30:34:0:0 chr5 149602221 . G A 487.1 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0312607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.62;QD=29.9754;RBI=0.0388534;REFB=-0.0439717;REVB=0.0230728;RO=21;SAF=15;SAR=29;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568502;STB=0.530878;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0271027;OID=.;OPOS=149602221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:29:15:9:12:29:15:9:12 chr5 149602607 . CAT CGT,GTC 385.21 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671246,-0.0234759;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=206.017,164.007;QD=55.0302;RBI=0.0153899,0.0297646;REFB=0,0;REVB=0.0138489,0.018298;RO=0;SAF=10,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.71087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00262449,-0.0150139;OID=.,.;OPOS=149602608,149602607;OREF=A,CAT;OALT=G,GTC;OMAPALT=CGT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:16,2:10,0:0:0:16,2:10,0:0:0 chr5 149644597 . T G 1767.36 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.784;QD=60.9434;RBI=0.0305228;REFB=0;REVB=0.0303047;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60858e-05;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chr5 149677851 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.644;QD=60.9784;RBI=0.0161212;REFB=0;REVB=-0.0025382;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72899e-05;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr5 149824223 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00397214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=331.902;QD=29.0287;RBI=0.0103335;REFB=0.00742416;REVB=0.00953955;RO=8;SAF=2;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435309;STB=0.74633;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00162201;OID=.;OPOS=149824223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:16:2:5:3:16:2:5:3 chr5 149826526 . C T 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0148995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.062;QD=35.4817;RBI=0.0273639;REFB=-0.00297845;REVB=0.0229518;RO=6;SAF=10;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583112;STB=0.531885;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00133184;OID=.;OPOS=149826526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:11:10:2:4:11:10:2:4 chr5 149907779 . A G 262.83 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0209249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.978;QD=27.6665;RBI=0.021849;REFB=-0.0164251;REVB=0.00628685;RO=14;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145167;STB=0.580574;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0154625;OID=.;OPOS=149907779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:18:6:6:8:18:6:6:8 chr5 149919739 . G C 1044.38 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.619;QD=59.6789;RBI=0.00678684;REFB=0;REVB=-0.00173915;RO=0;SAF=50;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44587e-06;OID=.;OPOS=149919739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:19:50:0:0:19:51:0:0 chr5 150051958 . T C 1778.03 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.283;QD=60.7875;RBI=0.0353301;REFB=0;REVB=0.0241551;RO=0;SAF=61;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33354e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:55:61:0:0:55:62:0:0 chr5 150175420 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0389672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.441;QD=5.95777;RBI=0.0407893;REFB=-0.0194431;REVB=0.0120551;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193723;STB=0.62461;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0161436;OID=.;OPOS=150175420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:6:12:3:3:6:12 chr5 150257616 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0146191;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.2706;QD=11.1323;RBI=0.0463943;REFB=0.00744477;REVB=0.0440308;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432252;STB=0.76135;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00432307;OID=.;OPOS=150257616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:8:2:10:7:8:2:10:7 chr5 150311773 . T C 679.63 PASS AF=0.9375;AO=42;DP=46;FAO=45;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0114568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0958;QD=56.6354;RBI=0.0222974;REFB=-0.172053;REVB=0.0191289;RO=2;SAF=23;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390818;STB=0.519222;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0249064;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:48:2:2:42:45:0.9375:19:23:2:0:20:25:2:0 chr5 150407456 . T C 1874.4 PASS AF=0.991935;AO=120;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0048482;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.055;QD=60.4644;RBI=0.0513143;REFB=-0.0837061;REVB=0.0510848;RO=1;SAF=80;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117262;STB=0.50303;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000251766;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:124:1:1:120:123:0.991935:40:80:0:1:41:82:1:0 chr5 150480520 . C T 170.82 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0448297;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4893;QD=8.64902;RBI=0.0606682;REFB=-0.00962456;REVB=-0.040877;RO=54;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556016;STB=0.52114;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0213515;OID=.;OPOS=150480520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:56:23:23:0.291139:10:13:28:26:10:13:30:26 chr5 150489390 . A G 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0114185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.934;QD=12.4668;RBI=0.0128507;REFB=-0.0107073;REVB=0.00589567;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813988;STB=0.547123;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0180424;OID=.;OPOS=150489390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:10:10:14:19:10:10:14:19 chr5 150512740 . G A 125.36 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0808374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.335;QD=6.34745;RBI=0.081011;REFB=-0.015118;REVB=-0.00530094;RO=59;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15242;STB=0.597088;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0493;OID=.;OPOS=150512740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:11:8:18:41:11:8:18:42 chr5 150518988 . G A 403.77 PASS AF=0.6;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00194907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9749;QD=24.8471;RBI=0.0179439;REFB=0.00879688;REVB=0.0178377;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186315;STB=0.53079;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.00545311;OID=.;OPOS=150518988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:24:26:38:39:0.6:20:18:12:12:21:18:14:12 chr5 150562695 . CCT C,CC,CCC 295.19 PASS AF=0,0.78125,0;AO=5,19,2;DP=36;FAO=0,25,0;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=0,10,0;FSAR=0,15,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00415249,0.0160428,0.0257901;FXX=0.0588062;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=95.384,106.437,100.781;QD=36.8987;RBI=0.0223264,0.0299442,0.0364943;REFB=-0.0808849,-0.0665627,-0.0479828;REVB=0.0219368,0.025284,0.0258206;RO=9;SAF=0,10,1;SAR=5,9,1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0.3,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.761805,-0.0821641,-0.174857;STB=0.5,0.569564,0.5;STBP=1,0.173,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.030319,0.0205143,0;OID=.,.,.;OPOS=150562696,150562697,150562697;OREF=CT,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.78125,0:5,19,2:36:0,25,0:32:7:0,10,0:0,15,0:5:2:41:9:0,10,1:5,9,1:6:3 chr5 150578574 . A G 421.91 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.708;QD=54.4398;RBI=0.0133542;REFB=0;REVB=0.00557014;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058779;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:28:31:1:8:20:0:0:8:23:0:0 chr5 150632832 . G A 85.02 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0222987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8992;QD=22.6714;RBI=0.0251144;REFB=-0.0010257;REVB=0.0115543;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327428;STB=0.691832;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=5.01312e-05;OID=.;OPOS=150632832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:9:1:2:3:9:1:2:3 chr5 150639409 . A G 174.39 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0136173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.438;QD=9.8249;RBI=0.0189418;REFB=-0.000696048;REVB=-0.0131667;RO=48;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193026;STB=0.612963;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00217812;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:10:13:19:29:10:13:19:29 chr5 150639439 . A G 739.53 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0019;QD=56.8868;RBI=0.0253838;REFB=0;REVB=0.0228413;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377111;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr5 150647156 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.014291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.87;QD=24.0275;RBI=0.0169596;REFB=0.000358588;REVB=-0.00913213;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44784;STB=0.753045;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000281392;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:3:11:1:7:3:11:1:7 chr5 150666933 . C A 1377.39 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1256;QD=62.6088;RBI=0.0210324;REFB=0;REVB=0.0182067;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130472;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:52:36:0:0:52:36:0:0 chr5 150695254 . T C 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5088;QD=53.2612;RBI=0.0724795;REFB=0;REVB=0.0718018;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222369;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr5 150696447 . C T 1060.25 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0820435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3895;QD=53.6838;RBI=0.105789;REFB=0.036023;REVB=-0.0667841;RO=4;SAF=33;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539594;STB=0.535202;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00604636;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:79:79:4:5:74:74:0.936709:41:33:4:0:41:33:5:0 chr5 150696540 . C T 926.05 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263589;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.4;QD=58.7967;RBI=0.0294456;REFB=0;REVB=-0.0131244;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98396e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr5 150723806 . G A 1345.76 PASS AF=0.956989;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=73;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0214643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9401;QD=57.8823;RBI=0.0315715;REFB=0.0171818;REVB=-0.0231526;RO=4;SAF=16;SAR=73;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428529;STB=0.522668;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00463172;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:93:93:4:4:89:89:0.956989:73:16:2:2:73:16:2:2 chr5 150726875 . C T 255.84 PASS AF=0.621622;AO=20;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0195573;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.505;QD=27.6581;RBI=0.0258548;REFB=-0.0186649;REVB=0.016911;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229482;STB=0.58871;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0152297;OID=.;OPOS=150726875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:14:20:23:0.621622:8:12:4:10:11:12:4:10 chr5 150857062 . T G 139.43 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00677579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.716;QD=6.06235;RBI=0.011199;REFB=-0.0057493;REVB=-0.00891665;RO=71;SAF=6;SAR=15;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236844;STB=0.647693;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0227585;OID=.;OPOS=150857062;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:71:71:21:21:0.228261:15:6:33:38:15:6:33:38 chr5 150884057 . C T 70.3 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0125612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.159;QD=4.39373;RBI=0.0140848;REFB=-0.00874484;REVB=-0.00637158;RO=52;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322472;STB=0.712746;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0323312;OID=.;OPOS=150884057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:52:52:12:12:0.1875:3:9:26:26:3:9:26:26 chr5 150884089 . A G 79.45 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00604357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7561;QD=5.04434;RBI=0.00604992;REFB=0.00618595;REVB=0.000277202;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119974;STB=0.576994;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0253796;OID=.;OPOS=150884089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:5:8:26:24:5:8:26:24 chr5 150886725 . G A 303.31 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0353203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2972;QD=25.8139;RBI=0.0693152;REFB=-0.00650618;REVB=-0.0596413;RO=20;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136286;STB=0.5757;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00285217;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:9:18:10:10:9:18:10:10 chr5 150886882 . G A 611.88 PASS AF=0.578431;AO=58;DP=101;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00020082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.108;QD=23.9952;RBI=0.00931237;REFB=-0.00969523;REVB=-0.0093102;RO=42;SAF=18;SAR=40;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817414;STB=0.545104;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00717383;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:42:43:58:59:0.578431:40:18:17:25:40:19:18:25 chr5 150891733 . A G 336.71 PASS AF=0.682927;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0256014;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.163;QD=32.8495;RBI=0.0641748;REFB=-0.0292295;REVB=0.058847;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792521;STB=0.547792;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0182771;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:13:13:27:28:0.682927:14:13:8:5:15:13:8:5 chr5 150901111 . A G 426.71 PASS AF=0.684211;AO=39;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0216833;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.42;QD=29.9445;RBI=0.0224954;REFB=-0.0163961;REVB=0.00598984;RO=17;SAF=24;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836401;STB=0.537795;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00799893;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:18:39:39:0.684211:15:24:8:9:15:24:9:9 chr5 150901261 . C T 127.92 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0482459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9192;QD=20.4679;RBI=0.0489748;REFB=-0.0305491;REVB=0.00841823;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352117;STB=0.519971;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0793987;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:6:5:7:7:6:5 chr5 150901300 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0305825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.806;QD=21.1726;RBI=0.0334426;REFB=0.00503531;REVB=0.0135321;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00179848;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:5:3:6:6:5:3 chr5 150901613 . A G 95.64 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00541157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6756;QD=11.5927;RBI=0.0365766;REFB=0.00225951;REVB=-0.036174;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185289;STB=0.631344;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0076322;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:12:12:0.363636:3:9:12:8:3:9:12:9 chr5 150914184 . A G,T 675.77 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287903,-0.013799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.9693,118.066;QD=61.4338;RBI=0.02929,0.0206738;REFB=0,0;REVB=-0.00538715,0.0153946;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.114514,0.000193714;OID=.,.;OPOS=150914184,150914184;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:2,23:0,19:0:0:2,23:0,19:0:0 chr5 150923405 . A G 462.73 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.946;QD=57.8408;RBI=0.0410433;REFB=0;REVB=-0.0404665;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000948003;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr5 150925144 . A G 255.16 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.803;QD=51.0325;RBI=0.0460568;REFB=0;REVB=0.0457426;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131968;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:3:16:0:0:4:16:0:0 chr5 150925640 . G C 83.49 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0181268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.762;QD=4.98434;RBI=0.0273141;REFB=-0.0174555;REVB=-0.0204323;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773474;STB=0.549285;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0717874;OID=.;OPOS=150925640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:67:67:53:53:14:14:0.208955:8:6:26:27:8:6:26:27 chr5 150930186 . C T 230.31 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0402747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.252;QD=20.937;RBI=0.0623005;REFB=-0.012673;REVB=-0.0475321;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121921;STB=0.58675;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00914263;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:21:22:23:0.522727:9:13:10:12:9:14:9:12 chr5 150930345 . C T 610.07 PASS AF=0.6625;AO=53;DP=80;FAO=53;FDP=80;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0902159;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.624;QD=30.5032;RBI=0.0968245;REFB=-0.000501274;REVB=-0.0351577;RO=27;SAF=17;SAR=36;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852875;STB=0.546293;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-9.26675e-05;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:27:27:53:53:0.6625:36:17:12:15:36:17:12:15 chr5 150942919 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.718;QD=47.8216;RBI=0.0338377;REFB=0;REVB=-0.0337379;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447259;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr5 150942969 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00448238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.111;QD=56.0118;RBI=0.0357807;REFB=-0.103466;REVB=0.0354989;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00313868;OID=.;OPOS=150942969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr5 150943085 . G A 1135.09 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7954;QD=60.5383;RBI=0.0437767;REFB=0;REVB=-0.0428091;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357739;OID=.;OPOS=150943085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr5 150945483 . C T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.6;QD=59.0154;RBI=0.0878393;REFB=0;REVB=0.0168386;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445214;OID=.;OPOS=150945483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr5 150945699 . G A,C 694.38 PASS AF=0.955556,0.0444444;AO=43,2;DP=45;FAO=43,2;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244749,0.0223039;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.184,143.026;QD=61.7226;RBI=0.0329721,0.0345884;REFB=0,0;REVB=0.0220939,0.0264367;RO=0;SAF=28,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02792e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00305808,0.0535233;OID=.,.;OPOS=150945699,150945699;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:45:0:0:43,2:43,2:0.955556,0.0444444:15,0:28,2:0:0:15,0:28,2:0:0 chr5 150945862 . A G 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00896394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.73;QD=58.6475;RBI=0.0317606;REFB=0.0258862;REVB=-0.0304694;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000890303;OID=.;OPOS=150945862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr5 150945931 . C T 619.99 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242166;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.383;QD=59.0467;RBI=0.0312188;REFB=-0.166628;REVB=0.019702;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000926281;OID=.;OPOS=150945931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:26:15:1:0:26:15:1:0 chr5 150946132 . G A 714.42 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0308;QD=60.8018;RBI=0.074655;REFB=0.161242;REVB=-0.0698163;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0135623;OID=.;OPOS=150946132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr5 150946436 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.672;QD=62.022;RBI=0.011725;REFB=0;REVB=-0.00129916;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17862e-05;OID=.;OPOS=150946436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 150946773 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.273;QD=54.5176;RBI=0.0256761;REFB=0;REVB=0.0237811;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76153e-05;OID=.;OPOS=150946773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr5 150946966 . G A 1472.19 PASS AF=0.981132;AO=81;DP=104;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00829124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.5381;QD=55.5543;RBI=0.0522753;REFB=-0.0595596;REVB=0.0516136;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.508927;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00116841;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:106:0:2:81:104:0.981132:28:53:0:0:49:55:2:0 chr5 150947719 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.894;QD=60.9752;RBI=0.049989;REFB=0;REVB=-0.00211453;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358462;OID=.;OPOS=150947719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:27:12:0:0:27:12:0:0 chr5 151043103 . G C 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0484194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.409;QD=5.90481;RBI=0.0484235;REFB=-0.00306114;REVB=0.000624113;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220317;STB=0.51425;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0101675;OID=.;OPOS=151043103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:14:13:4:4:14:13 chr5 151083909 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.262;QD=54.5176;RBI=0.0539051;REFB=0;REVB=0.0514633;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193792;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 151084036 . T C 479.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465708;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6664;QD=56.4645;RBI=0.0600363;REFB=0;REVB=0.0378882;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320548;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:18:16:0:0 chr5 151255217 . C T 729.46 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.747;QD=57.2123;RBI=0.0301607;REFB=0;REVB=0.0300732;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100618;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr5 151771817 . C T 1370.13 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.106;QD=62.2785;RBI=0.0365164;REFB=0;REVB=0.0310087;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73519e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:49:38:0:0:50:38:0:0 chr5 151784183 . G A 49.94 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0547971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.683;QD=4.64581;RBI=0.0606029;REFB=-0.00629553;REVB=-0.0258842;RO=35;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300204;STB=0.697861;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0544099;OID=.;OPOS=151784183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:43:35:35:8:8:0.186047:5:3:22:13:5:3:22:13 chr5 153190762 . C T 240.23 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0481236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8095;QD=43.6787;RBI=0.0484315;REFB=0.0242883;REVB=-0.00545284;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.538424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.000737594;OID=.;OPOS=153190762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:19:20:0.909091:12:7:0:2:12:8:0:2 chr5 153413390 . C T 353.75 PASS AF=0.8;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00418508;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.106;QD=40.4282;RBI=0.0204339;REFB=0.000910809;REVB=-0.0200008;RO=7;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041846;STB=0.522662;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000120826;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:35:7:7:28:28:0.8:17:11:2:5:17:11:2:5 chr5 153429459 . T C 378.16 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0456239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.629;QD=24.0103;RBI=0.0465965;REFB=-0.0160654;REVB=-0.00947077;RO=25;SAF=13;SAR=24;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127677;STB=0.556391;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0210558;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:25:26:37:37:0.587302:24:13:5:20:24:13:6:20 chr5 153432970 . C T 544.49 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0014605;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9879;QD=47.3466;RBI=0.00970544;REFB=-0.0904614;REVB=0.00959492;RO=7;SAF=20;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572395;STB=0.530711;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00850866;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:7:7:39:39:0.847826:19:20:5:2:19:20:5:2 chr5 153788991 . G C 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.000409242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.128;QD=8.09797;RBI=0.00944718;REFB=-0.00291574;REVB=-0.00943831;RO=56;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181646;STB=0.608199;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00824117;OID=.;OPOS=153788991;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:10:12:22:34:10:12:22:34 chr5 153975576 . G A 226.75 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00338685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.116;QD=9.25517;RBI=0.0283839;REFB=-0.0223465;REVB=-0.0281811;RO=69;SAF=20;SAR=9;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258983;STB=0.653486;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0424815;OID=.;OPOS=153975576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:69:69:29:29:0.295918:9:20:33:36:9:20:33:36 chr5 154065382 . TAAA TAA,TAAT,TTAA 893.89 PASS AF=1,0,0;AO=18,5,40;DP=65;FAO=71,0,0;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0,0;FSAR=31,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292142,-0.0776442,-0.284129;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=18.7995,5.72346,16.1452;QD=50.3601;RBI=0.0690736,0.0788968,0.288122;REFB=0,0,0;REVB=0.0625915,0.0140031,-0.0477983;RO=1;SAF=13,1,22;SAR=5,4,18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0831815,0.0951258,0.0253417;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00633358,0,0;OID=.,.,.;OPOS=154065383,154065385,154065383;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAA,TAAT,TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:18,5,40:65:71,0,0:71:0:40,0,0:31,0,0:0:0:5:1:13,1,22:5,4,18:0:1 chr5 154268902 . C T 742.28 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.433;QD=56.0213;RBI=0.0473273;REFB=0;REVB=0.0453159;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652491;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:48:53:1:18:30:0:0:20:33:0:0 chr5 154271948 . G A 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.309;QD=61.3191;RBI=0.0425074;REFB=0;REVB=0.0354634;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249052;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr5 154291409 . C T 868.1 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0597092;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.523;QD=54.2565;RBI=0.07133;REFB=-0.138987;REVB=0.0390227;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336837;STB=0.517236;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00261674;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:61:62:0.96875:27:34:0:2:28:34:0:2 chr5 154300940 . A C 785.54 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0742702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0322;QD=64.1258;RBI=0.0784385;REFB=0;REVB=0.0252297;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000654022;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr5 154306972 . T C 615.61 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00677912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.354;QD=58.6296;RBI=0.0389758;REFB=-0.12077;REVB=0.0383817;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00164097;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:25:16:0:0:25:16:0:1 chr5 154395158 . G T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00628863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.152;QD=10.3903;RBI=0.0123308;REFB=0.000504728;REVB=-0.0106067;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666173;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00060062;OID=.;OPOS=154395158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:5:6:2:5:5:6 chr5 154395458 . G A 30.7 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00214695;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.294;QD=7.67496;RBI=0.0182223;REFB=-0.0111655;REVB=0.0180954;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154572;STB=0.5996;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0158338;OID=.;OPOS=154395458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:16:11:11:5:5:0.3125:2:3:5:6:2:3:5:6 chr5 154395682 . G A 111.02 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00613234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.972;QD=6.34424;RBI=0.00983812;REFB=-0.0215623;REVB=-0.00769304;RO=51;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143569;STB=0.588131;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0789605;OID=.;OPOS=154395682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:53:17:17:0.242857:7:10:24:27:7:10:25:28 chr5 154396505 . G A 42.4 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0377368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6701;QD=4.9883;RBI=0.0633849;REFB=-0.00968318;REVB=-0.0509272;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219624;STB=0.655318;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0524868;OID=.;OPOS=154396505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:26:27:7:7:0.205882:4:3:16:10:4:3:17:10 chr5 155771579 . T C 1297.74 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104819;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.366;QD=60.3598;RBI=0.0204333;REFB=-0.0840683;REVB=0.01754;RO=1;SAF=32;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145713;STB=0.507691;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000146161;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:1:1:84:85:0.988372:52:32:1:0:53:32:1:0 chr5 156376703 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.705;QD=37.4885;RBI=0.0744602;REFB=0;REVB=0.00591704;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204943;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr5 156459856 . C T 221.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.558;QD=49.1117;RBI=0.0555173;REFB=0;REVB=0.0137222;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134751;OID=.;OPOS=156459856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr5 156479424 . A C 1357.9 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.829;QD=62.4322;RBI=0.0841735;REFB=0;REVB=0.0762507;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508112;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:33:53:0:0:34:53:0:0 chr5 156479426 . T C 1325.66 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.173;QD=60.9497;RBI=0.0479018;REFB=-0.00799156;REVB=0.0449588;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145728;STB=0.507461;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000144805;OID=.;OPOS=156479426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:1:1:85:86:0.988506:32:53:0:1:33:53:0:1 chr5 156479509 . A G 1697.38 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055715;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.841;QD=60.6209;RBI=0.0262195;REFB=0;REVB=0.0256208;RO=0;SAF=41;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65433e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43158e-05;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:70:41:0:0:70:42:0:0 chr5 156479556 . C T 41.08 PASS AF=0.113636;AO=7;DP=86;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=58;FWDB=-0.027192;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.937;QD=1.86727;RBI=0.0272248;REFB=-0.0125044;REVB=-0.00133736;RO=79;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194008;STB=0.737687;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.137055;OID=.;OPOS=156479556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:86:88:79:78:7:10:0.113636:6:1:21:58:9:1:20:58 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTTGTCG 648.38 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=35,7;DP=64;FAO=35,10;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=24,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248023,-0.0283661;FXX=0.328309;HRUN=2,1;LEN=15,5;MLLD=176.07,108.543;QD=57.6338;RBI=0.0249926,0.0401493;REFB=0,0;REVB=0.00307831,-0.0284136;RO=0;SAF=11,1;SAR=24,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0103127,-0.00766161;OID=.,.;OPOS=156479558,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CGTCA;OALT=-,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:35,7:64:35,10:45:0:11,1:24,9:0:0:73:0:11,1:24,6:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=36;DP=90;LEN=51;RO=54;SAF=11;SAR=24;SRF=10;SRR=45;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:90:54:36:24:11:10:45 chr5 156482459 . G T 930.54 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1724;QD=58.1585;RBI=0.0505432;REFB=0;REVB=0.00646767;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000442433;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:25:38:0:0:26:38:0:0 chr5 156531736 . C A 632.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.348;QD=61.6748;RBI=0.0190755;REFB=0;REVB=0.0179234;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120618;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr5 156721863 . T C,TC 838.61 PASS AF=0,1;AO=6,58;DP=72;FAO=0,72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,39;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260392,-0.0166121;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=7.07979,16.9642;QD=46.5896;RBI=0.0281137,0.0702681;REFB=0,0;REVB=-0.0105991,0.0682763;RO=6;SAF=0,31;SAR=6,27;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826071,-0.0829957;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00130773;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:72:72:6:0:6,58:0,72:0,1:6,27:0,31:6:0:0,33:0,39:0:0 chr5 156747714 . GC CG,G 57.18 PASS AF=0.106667,0.213333;AO=17,26;DP=76;FAO=8,16;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=8,4;FSAR=0,12;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0549172,-0.0820083;FXX=0.0259707;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=91.5102,10.675;QD=3.04936;RBI=0.0889389,0.247358;REFB=-0.00645473,-0.157094;REVB=-0.0699588,-0.233368;RO=28;SAF=17,4;SAR=0,22;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0.452381;SSEP=0,0;SSSB=0.789091,-0.53357;STB=0.998393,0.755239;STBP=0.007,0.024;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0190025,0.0642969;OID=.,.;OPOS=156747714,156747715;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:76:75:28:51:17,26:8,16:0.106667,0.213333:0,22:17,4:19:9:0,12:8,4:30:21 chr5 156898690 . A G 1105.51 PASS AF=1;AO=63;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118827;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.528;QD=60.5759;RBI=0.0584548;REFB=0;REVB=0.0572343;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313063;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:63:73:1:27:36:0:0:36:37:0:0 chr5 156904633 . C T 517.96 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.899;QD=59.1956;RBI=0.0376818;REFB=0;REVB=-0.0220165;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68952e-05;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:20:14:1:0:20:15:0:0 chr5 157073747 . G T 139.84 PASS AF=0.230769;AO=21;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0205204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.454;QD=6.14682;RBI=0.0230221;REFB=-0.0120405;REVB=-0.0104369;RO=70;SAF=9;SAR=12;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124361;STB=0.57673;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0392351;OID=.;OPOS=157073747;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:70:70:21:21:0.230769:12:9:37:33:12:9:37:33 chr5 157164962 . T C 264.55 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0567544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7332;QD=27.8478;RBI=0.0949869;REFB=-0.0413639;REVB=0.0761672;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216275;STB=0.618952;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0341859;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:11:13:3:11:11:13:3:11 chr5 157183739 . G A 142.53 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0881197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.0321;QD=22.8054;RBI=0.0883446;REFB=-0.0165223;REVB=0.0062992;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.564013;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0262074;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:4:6:11:4:4:6 chr5 157183770 . C T 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0117957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9481;QD=27.1512;RBI=0.024923;REFB=-0.0106935;REVB=-0.0219549;RO=6;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.599839;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00130331;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:12:2:2:4:12:2:2:4 chr5 157213497 . A G 1326.97 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0712098;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.512;QD=61.0101;RBI=0.0763034;REFB=-0.0808285;REVB=0.0274112;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106453;STB=0.505493;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000436387;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:85:86:0.988506:41:44:1:0:41:45:1:0 chr5 157403931 . A G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0279904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.563;QD=28.1411;RBI=0.0280975;REFB=-0.0197461;REVB=0.0024509;RO=7;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150637;STB=0.58368;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00729325;OID=.;OPOS=157403931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:7:9:2:5:7:9:2:5 chr5 158122996 . CAAAAAAAAAAAAAAAA ACAAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAA 61.32 PASS AF=0.272727,0,0.727273,0,0;AO=2,2,4,3,3;DP=20;FAO=6,0,16,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,9,0,0;FSAR=4,0,7,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486699,0.0635858,-0.417989,-0.228093,-0.154807;FXX=0;HRUN=1,3,16,16,16;LEN=2,1,1,2,3;MLLD=42.1474,12.061,2.68366,5.04621,7.79658;QD=11.1484;RBI=0.00847444,0.106879,0.418456,0.228353,0.154984;REFB=0.0651418,0.0673052,0.124283,0.17028,0.167497;REVB=0.00693747,-0.0859069,-0.0197558,-0.0109059,-0.00741348;RO=2;SAF=0,0,1,3,3;SAR=2,2,3,0,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.639851,-0.639851,-0.161039,0.692188,0.692188;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,ins,del,del,del;VARB=-0.00390635,0.043848,0.0873401,-0.118531,0.145804;OID=.,.,.,.,.;OPOS=158122996,158123013,158122997,158122997,158122997;OREF=CA,-,A,AA,AAA;OALT=AC,T,-,-,-;OMAPALT=ACAAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAAAAT,CAAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:26:20:22:2:0:2,2,4,3,3:6,0,16,0,0:0.272727,0,0.727273,0,0:2,2,3,0,0:0,0,1,3,3:1:1:4,0,7,0,0:2,0,9,0,0:0:0 chr5 158204425 . A G 457.93 PASS AF=0.666667;AO=41;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0425283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.438;QD=29.0751;RBI=0.0444475;REFB=-0.0356017;REVB=-0.0129198;RO=21;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172555;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:41:42:0.666667:21:20:10:11:22:20:10:11 chr5 159659273 . C T 73.96 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0293558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5304;QD=10.5656;RBI=0.039885;REFB=-0.00730634;REVB=0.0270009;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.529352;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.021461;OID=.;OPOS=159659273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:27:28:18:18:9:10:0.357143:4:5:10:8:4:6:10:8 chr5 159665599 . G A 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7926;QD=61.3194;RBI=0.0292032;REFB=0;REVB=0.0109053;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370103;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr5 159718987 . C T 108.44 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=45;FWDB=0.00331043;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.702;QD=5.86157;RBI=0.00391871;REFB=-0.00353666;REVB=0.00209699;RO=54;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222658;STB=0.629082;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.015542;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:54:57:17:17:0.22973:11:6:11:43:11:6:12:45 chr5 159831803 . A G 70.71 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0489427;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.6;QD=5.8923;RBI=0.0506944;REFB=-0.00166339;REVB=-0.0132109;RO=38;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277174;STB=0.677086;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0089342;OID=.;OPOS=159831803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:49:48:38:38:10:10:0.208333:4:6:14:24:4:6:14:24 chr5 159835658 . A G,T 1279.26 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=81,3;DP=84;FAO=81,3;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=46,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277385,-0.00578928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.877,120.188;QD=60.9171;RBI=0.0439402,0.0245011;REFB=0,0;REVB=0.0340781,0.0238073;RO=0;SAF=35,1;SAR=46,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.46682e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00178383,-0.0411266;OID=.,.;OPOS=159835658,159835658;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:84:84:0:0:81,3:81,3:0.964286,0.0357143:46,2:35,1:0:0:46,2:35,1:0:0 chr5 159992771 . G T 93.45 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0111493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.261;QD=5.49704;RBI=0.0133738;REFB=-0.00361366;REVB=-0.00738587;RO=53;SAF=8;SAR=7;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186795;STB=0.615856;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00948014;OID=.;OPOS=159992771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:68:53:53:15:15:0.220588:7:8:36:17:7:8:36:17 chr5 160016649 . T C 91.16 PASS AF=0.160377;AO=16;DP=106;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.0166183;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.546;QD=3.44009;RBI=0.0243941;REFB=-0.0075525;REVB=-0.0178579;RO=86;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545532;STB=0.565581;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0476067;OID=.;OPOS=160016649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:106:106:86:89:16:17:0.160377:9:7:34:52:9:8:35:54 chr5 160097496 . A G 532.3 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0082;QD=59.1448;RBI=0.0495026;REFB=0;REVB=0.0336229;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56121e-05;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr5 160097632 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.989;QD=54.5172;RBI=0.0388738;REFB=0;REVB=-0.0281678;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08069e-05;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr5 161119071 . G T 943.96 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5574;QD=58.09;RBI=0.0311184;REFB=0;REVB=0.0256907;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29379e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:28:35:0:0:28:37:0:0 chr5 161128761 . C G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5654;QD=62.6696;RBI=0.0446906;REFB=0;REVB=-0.0351838;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000874202;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr5 161281245 . T C 73.68 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.011699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.49;QD=4.91229;RBI=0.0126454;REFB=-0.00259915;REVB=-0.00479998;RO=48;SAF=2;SAR=10;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343434;STB=0.728732;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0187728;OID=.;OPOS=161281245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:10:2:19:29:10:2:19:29 chr5 161528280 . C T 40.42 PASS AF=0.175;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0121306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.101;QD=4.04208;RBI=0.0141707;REFB=-0.00259431;REVB=-0.00732519;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00581892;STB=0.648411;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00849482;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:39:40:30:33:7:7:0.175:4:3:13:17:5:2:15:18 chr5 161582493 . CAT C 60.82 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00917585;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=221.156;QD=5.9336;RBI=0.0231256;REFB=-0.0063053;REVB=0.0212273;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107908;STB=0.547069;STBP=0.837;TYPE=del;VARB=0.015147;OID=.;OPOS=161582494;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:9:42:9:41:32:3:6:9:23:60:31:3:6:8:23 chr5 162210532 . A G 465.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.361;QD=58.1248;RBI=0.0438153;REFB=0;REVB=0.043219;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159846;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr5 162890953 . G A 606.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0012316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.031;QD=60.6584;RBI=0.0043794;REFB=0;REVB=-0.00420265;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56966e-05;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr5 162902516 . T C 326.67 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.028;QD=50.2568;RBI=0.0968459;REFB=0.0203818;REVB=0.0939767;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000532641;OID=.;OPOS=162902516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:11:13:1:0:12:13:1:0 chr5 162909687 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0320747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.525;QD=21.1692;RBI=0.0330362;REFB=-0.0554356;REVB=-0.0079123;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0348631;OID=.;OPOS=162909687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr5 162909716 . C T 91.35 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0260048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.378;QD=22.8381;RBI=0.0324218;REFB=0.00891425;REVB=-0.019363;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295997;STB=0.666388;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00793456;OID=.;OPOS=162909716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:16:5:5:10:11:0.6875:5:5:0:5:5:6:0:5 chr5 167645888 . T C 740.73 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939782;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5723;QD=56.9794;RBI=0.0663793;REFB=0;REVB=-0.0657107;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445509;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:25:27:0:0 chr5 167850748 . A G 1977.49 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.064;QD=61.3174;RBI=0.0409737;REFB=0;REVB=0.0301532;RO=0;SAF=66;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152695;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:129:0:0:127:129:1:61:66:0:0:63:66:0:0 chr5 167868779 . A G 147.02 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0594825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.101;QD=9.18902;RBI=0.060315;REFB=-0.032536;REVB=-0.00998638;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318157;STB=0.518849;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0471094;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:11:9:21:23:11:9:21:23 chr5 167868809 . C T 100.28 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.106073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.756;QD=8.02236;RBI=0.106154;REFB=0.00267556;REVB=-0.00415348;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144552;STB=0.577863;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0311296;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:37:13:13:0.26:6:7:15:21:6:7:16:21 chr5 167895953 . T C 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0121067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.405;QD=10.1319;RBI=0.013261;REFB=-0.00182101;REVB=-0.00541134;RO=54;SAF=18;SAR=8;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148376;STB=0.587299;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00442706;OID=.;OPOS=167895953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:8:18:31:23:8:18:31:23 chr5 167913510 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.956;QD=48.7342;RBI=0.0539379;REFB=0;REVB=0.0517466;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575636;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr5 167913527 . C T 83.88 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0446837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6983;QD=20.9695;RBI=0.046416;REFB=-0.124313;REVB=0.0125622;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303873;STB=0.562382;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0412951;OID=.;OPOS=167913527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:16:16:4:6:10:10:0.625:7:3:1:3:7:3:1:5 chr5 167919755 . C T 93.95 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=84;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00904108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.479;QD=4.47381;RBI=0.0385158;REFB=-0.00202582;REVB=-0.0374396;RO=68;SAF=6;SAR=10;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211438;STB=0.635926;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0101954;OID=.;OPOS=167919755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:84:84:68:68:16:16:0.190476:10:6:37:31:10:6:37:31 chr5 167937607 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00334571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.681;QD=19.9285;RBI=0.0162408;REFB=-0.0109863;REVB=-0.0158925;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155545;STB=0.588097;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00948772;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:7:2:5:7:7:2 chr5 167943827 . G A 471.94 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.787;QD=55.522;RBI=0.0274638;REFB=-0.136771;REVB=0.0236558;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00171309;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:0:1:20:13:0:1 chr5 167957055 . G A 141.75 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0015729;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.063;QD=9.45009;RBI=0.00295622;REFB=-0.0195301;REVB=-0.00250304;RO=40;SAF=5;SAR=14;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315713;STB=0.681448;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0566323;OID=.;OPOS=167957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:41:19:19:0.316667:14:5:21:19:14:5:21:20 chr5 168098235 . A G 448.49 PASS AF=0.694915;AO=40;DP=58;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00433607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.069;QD=30.406;RBI=0.0147419;REFB=-0.0159147;REVB=-0.0140898;RO=18;SAF=24;SAR=16;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122263;STB=0.568627;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00708045;OID=.;OPOS=168098235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:18:18:40:41:0.694915:16:24:7:11:16:25:7:11 chr5 168098463 . A G 327.38 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976539;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.588;QD=54.5637;RBI=0.0228921;REFB=0;REVB=-0.0207047;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.66831e-05;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr5 168123313 . A G 631.44 PASS AF=0.787879;AO=48;DP=62;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0183113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.057;QD=38.2691;RBI=0.0607573;REFB=-0.0322728;REVB=0.0579323;RO=14;SAF=19;SAR=29;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452391;STB=0.525537;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0115019;OID=.;OPOS=168123313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:66:14:14:48:52:0.787879:29:19:7:7:32:20:7:7 chr5 168176517 . A G 41.74 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0702751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.142;QD=4.28103;RBI=0.0727701;REFB=0.00498227;REVB=0.0188915;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669247;STB=0.545328;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.0464839;OID=.;OPOS=168176517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:12:20:4:3:12:20 chr5 168212951 . A G 189.74 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.836;QD=47.4351;RBI=0.184328;REFB=0;REVB=0.0906448;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00489836;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:0:14:0:0:1:15:0:0 chr5 168671698 . A T 567.46 PASS AF=0.684932;AO=49;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00235505;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9464;QD=31.0934;RBI=0.00457914;REFB=-0.0337086;REVB=0.00392712;RO=23;SAF=20;SAR=29;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683386;STB=0.53931;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0150299;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:49:50:0.684932:29:20:12:11:30:20:12:11 chr5 168690612 . A G 2385.29 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.263;QD=60.7717;RBI=0.0342945;REFB=0;REVB=0.0195682;RO=0;SAF=80;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69323e-05;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:154:157:1:74:80:0:0:74:83:0:0 chr5 168690635 . C T 239.34 PASS AF=0.25;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=140;FR=.;FRO=105;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=62;FWDB=0.00934556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0719;QD=6.83831;RBI=0.0108579;REFB=-0.0120249;REVB=0.00552753;RO=105;SAF=17;SAR=18;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954879;STB=0.557345;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0341109;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:105:35:35:0.25:18:17:43:62:18:17:43:62 chr5 169021610 . C T 412.35 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.239;QD=56.8763;RBI=0.129831;REFB=0;REVB=0.129457;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010794;OID=.;OPOS=169021610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:10:15:0:0:14:15:0:0 chr5 169028481 . T C 323.25 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0173083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.899;QD=47.8893;RBI=0.0383523;REFB=-0.164978;REVB=-0.0342246;RO=2;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617812;STB=0.533307;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00455735;OID=.;OPOS=169028481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:14:11:0:2:14:11:0:2 chr5 169031150 . T C 1059.87 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.010628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.268;QD=55.7825;RBI=0.0373851;REFB=-0.0332879;REVB=0.0358426;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516849;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000284172;OID=.;OPOS=169031150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:0:3:73:73:0.960526:43:30:0:0:43:30:0:3 chr5 169145773 . C T 33.93 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0367572;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3004;QD=2.9503;RBI=0.0397576;REFB=-0.00450007;REVB=-0.0151518;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0781468;OID=.;OPOS=169145773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:46:41:40:6:6:0.130435:3:3:21:20:3:3:20:20 chr5 169310213 . A C 199.01 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00108524;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.549;QD=11.2117;RBI=0.00346529;REFB=-0.00547477;REVB=0.00329097;RO=47;SAF=19;SAR=6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329616;STB=0.686018;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00667075;OID=.;OPOS=169310213;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:46:25:25:0.352113:6:19:23:24:6:19:23:23 chr5 169361660 . C G 757.68 PASS AF=0.670213;AO=63;DP=94;FAO=63;FDP=94;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0512187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.572;QD=32.2417;RBI=0.0535473;REFB=-0.066311;REVB=0.0156189;RO=31;SAF=29;SAR=34;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105525;STB=0.55691;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0345377;OID=.;OPOS=169361660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:31:31:63:63:0.670213:34:29:9:22:34:29:9:22 chr5 169361685 . T G 751.59 PASS AF=0.65625;AO=63;DP=96;FAO=63;FDP=96;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0494618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7614;QD=31.3163;RBI=0.0683068;REFB=0.00194242;REVB=0.0471099;RO=30;SAF=28;SAR=35;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884215;STB=0.549748;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000519333;OID=.;OPOS=169361685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:30:33:63:63:0.65625:35:28:9:21:35:28:10:23 chr5 169454941 . C G 324.5 PASS AF=0.627451;AO=28;DP=47;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00544251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2074;QD=25.4509;RBI=0.0306189;REFB=-0.0284437;REVB=0.0301313;RO=19;SAF=18;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896017;STB=0.526299;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0237243;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:19:19:28:32:0.627451:10:18:12:7:14:18:12:7 chr5 169461547 . C T 316.57 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0220121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0504;QD=38.3719;RBI=0.0372014;REFB=-0.0283895;REVB=0.0299902;RO=7;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129488;STB=0.507037;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00592339;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:12:14:4:3:12:14:4:3 chr5 169510392 . G A 213.05 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0222793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9273;QD=20.2906;RBI=0.0295404;REFB=0.00259873;REVB=-0.0193977;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190131;STB=0.594505;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00478126;OID=.;OPOS=169510392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:12:9:13:7:12:9:13:8 chr5 169533240 . G A 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000541795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.075;QD=32.352;RBI=0.0343777;REFB=0.0137165;REVB=-0.0343735;RO=2;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089979;STB=0.549915;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.00406922;OID=.;OPOS=169533240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:2:9:2:0:2:9:2:0 chr5 169535522 . T C 1020.16 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808296;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.86;QD=59.14;RBI=0.0251889;REFB=0;REVB=0.0238568;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125894;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr5 169810796 . C T 154.99 PASS AF=0.8;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0713265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2554;QD=30.9975;RBI=0.100119;REFB=-0.0884514;REVB=0.0702589;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.590801;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0430253;OID=.;OPOS=169810796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:19:20:4:4:15:16:0.8:7:8:4:0:7:9:4:0 chr5 169910062 . A G 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0171901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.99;QD=5.37267;RBI=0.0194123;REFB=-0.0133434;REVB=0.00901888;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400657;STB=0.52625;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0457437;OID=.;OPOS=169910062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:16:14:4:4:16:14 chr5 169910084 . G T 518.7 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3042;QD=59.2805;RBI=0.069331;REFB=0;REVB=-0.0682118;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159714;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr5 170240990 . TAAAAAC TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 1034.66 PASS AF=0,0,0.914729,0.0852713;AO=27,5,29,19;DP=127;FAO=0,0,118,11;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,63,0;FSAR=0,0,55,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.557739,0.230262,0.881009,0.0775452;FXX=0.00769172;HRUN=2,5,5,5;LEN=1,2,1,1;MLLD=13.7295,5.63011,10.5117,146.471;QD=32.0824;RBI=0.565921,0.242452,0.899955,0.0926869;REFB=0.0244994,0.0287318,0.0081783,0.0603943;REVB=0.0958861,-0.0759093,-0.183692,-0.0507701;RO=21;SAF=27,5,3,0;SAR=0,0,26,19;SRF=20;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.822343,0.570839,-0.684529,-0.879274;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,mnp,del,snp;VARB=0,0,-0.0396281,0.0500982;OID=.,.,.,.;OPOS=170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=-,AC,A,A;OALT=A,CA,-,T;OMAPALT=TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.914729,0.0852713:27,5,29,19:127:0,0,118,11:129:0:0,0,63,0:0,0,55,11:0:0:39:21:27,5,3,0:0,0,26,19:20:1 chr5 170294132 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.117;QD=52.6132;RBI=0.0254868;REFB=0;REVB=0.0247393;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190427;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr5 170395512 . A T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.158;QD=62.6699;RBI=0.0727633;REFB=0;REVB=0.0399655;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673388;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr5 170726391 . A G 393.68 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.027202;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7688;QD=38.4083;RBI=0.0314173;REFB=-0.0274779;REVB=-0.0157194;RO=10;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11576;STB=0.562662;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00739437;OID=.;OPOS=170726391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:42:41:10:10:31:31:0.756098:14:17:8:2:14:17:8:2 chr5 171341355 . G C 421.2 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.046505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.776;QD=33.0352;RBI=0.0471112;REFB=-0.0381327;REVB=0.00753367;RO=14;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.569583;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0100426;OID=.;OPOS=171341355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:20:17:10:4:20:17:10:4 chr5 171472417 . A G 98.23 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00151836;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.216;QD=26.1942;RBI=0.0200246;REFB=-0.0518752;REVB=0.0199669;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253827;STB=0.624791;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00287006;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:15:4:4:10:11:0.733333:5:5:0:4:6:5:0:4 chr5 171533629 . A G 453.86 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0264733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.587;QD=55.0128;RBI=0.0476841;REFB=-0.0700186;REVB=0.0396603;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000824614;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:31:32:0.969697:15:16:1:0:15:17:1:0 chr5 171533656 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.213;QD=64.4101;RBI=0.0596572;REFB=0;REVB=0.0538238;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250246;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr5 171760569 . A G 520.58 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0205975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.152;QD=50.7884;RBI=0.0266889;REFB=-0.144527;REVB=0.0169717;RO=4;SAF=20;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385275;STB=0.520628;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0029617;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:4:4:37:37:0.902439:17:20:3:1:17:20:3:1 chr5 171763623 . A G 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00164779;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.038;QD=19.0589;RBI=0.0114004;REFB=0.00199071;REVB=-0.0112807;RO=20;SAF=4;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460771;STB=0.762424;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00121905;OID=.;OPOS=171763623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:15:4:14:6:15:4:14:6 chr5 171789871 . C A 72.36 PASS AF=0.27027;AO=11;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00992021;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.461;QD=7.82299;RBI=0.0219366;REFB=0.00147478;REVB=-0.0195654;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739862;STB=0.513487;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.00556734;OID=.;OPOS=171789871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:27:27:11:10:0.27027:5:6:13:14:5:5:13:14 chr5 172196711 . G T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.862;QD=58.1408;RBI=0.0550255;REFB=0;REVB=0.0367151;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318211;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chr5 172294194 . G T 708.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.708;QD=63.0182;RBI=0.0264961;REFB=0;REVB=0.0209279;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018604;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:25:18:0:0:25:20:0:0 chr5 172341917 . T C 57.97 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0316546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2083;QD=4.63764;RBI=0.0667371;REFB=-0.0190009;REVB=-0.0587522;RO=41;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221007;STB=0.648315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0855686;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:6:3:21:20:6:3:21:20 chr5 172342029 . G GT,T 59.16 PASS AF=0.342857,0;AO=7,2;DP=39;FAO=12,0;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.197626,0.0960522;FXX=0.0540395;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.5335,23.4355;QD=6.76137;RBI=0.198771,0.0962468;REFB=0.0535682,0.0336165;REVB=0.021307,0.0061173;RO=28;SAF=4,2;SAR=3,0;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.135938,0.399992;STB=0.541596,0.5;STBP=0.763,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0673019,0;OID=.,.;OPOS=172342030,172342029;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:39:35:28:23:7,2:12,0:0.342857,0:3,0:4,2:19:9:4,0:8,0:14:9 chr5 172381973 . A AGGT 456.37 PASS AF=0.688525;AO=40;DP=62;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00325206;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.572;QD=29.926;RBI=0.0032663;REFB=-0.0121747;REVB=-0.000304658;RO=19;SAF=21;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000781567;STB=0.500782;STBP=0.982;TYPE=ins;VARB=0.00683217;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.688525:40:62:42:61:19:22:20:10:9:99:19:21:19:10:9 chr5 172447762 . G A 377.38 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030328;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.11;QD=55.9076;RBI=0.0375287;REFB=0;REVB=-0.0221045;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000167594;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr5 172562142 . G A 1193.11 PASS AF=0.638554;AO=105;DP=164;FAO=106;FDP=166;FR=.;FRO=60;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0272528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3987;QD=28.7497;RBI=0.0482801;REFB=2.99141e-05;REVB=-0.0398528;RO=59;SAF=56;SAR=49;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730485;STB=0.543712;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000464274;OID=.;OPOS=172562142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:166:59:60:105:106:0.638554:49:56:25:34:49:57:25:35 chr5 172660527 . T A 44.53 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.089;QD=19.7907;RBI=0.0117436;REFB=-0.00104474;REVB=0.0117436;RO=4;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058951;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:9:4:3:5:6:0.666667:5:0:1:3:6:0:0:3 chr5 172662024 . T C 148.07 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=21;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0148641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.473;QD=26.9211;RBI=0.0280246;REFB=-0.00732007;REVB=0.0237579;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469771;STB=0.538411;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00784666;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:22:7:7:14:15:0.681818:5:9:5:2:6:9:5:2 chr5 173376506 . A G 442.21 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1236;QD=57.0594;RBI=0.0557417;REFB=0;REVB=0.0504643;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900531;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:19:12:0:0 chr5 174156168 . T C 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.32;QD=53.2601;RBI=0.021821;REFB=0;REVB=0.0215001;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289827;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr5 174422374 . C T 357.5 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.000109288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.696;QD=31.0871;RBI=0.00958589;REFB=-0.00976075;REVB=-0.00958527;RO=15;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113331;STB=0.544699;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00464768;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:11:19:12:3:11:19:12:4 chr5 174541854 . A G 423.44 PASS AF=0.68;AO=34;DP=50;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0211364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.676;QD=33.8753;RBI=0.0241075;REFB=3.30724e-05;REVB=-0.0115941;RO=16;SAF=25;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237192;STB=0.629892;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=2.42467e-05;OID=.;OPOS=174541854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:16:16:34:34:0.68:9:25:6:10:9:25:6:10 chr5 174868840 . T C 720.77 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.307;QD=60.0644;RBI=0.0479134;REFB=-0.0737688;REVB=0.0243615;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00149424;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:0:1:44:47:0.979167:26:18:0:0:27:20:1:0 chr5 174870150 . C T 97.32 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00686569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.225;QD=12.9761;RBI=0.0170802;REFB=-0.000750753;REVB=-0.0156395;RO=16;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394229;STB=0.742785;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00111115;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:16:18:12:12:0.4:2:10:8:8:2:10:9:9 chr5 174937193 . C T 359.29 PASS AF=0.74359;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00320348;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.95;QD=36.8499;RBI=0.0309382;REFB=-0.0282882;REVB=-0.0307719;RO=10;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670738;STB=0.503647;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0185153;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:39:10:10:29:29:0.74359:17:12:4:6:17:12:4:6 chr5 175307373 . G A 753.4 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0580174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6327;QD=54.7925;RBI=0.0596993;REFB=-0.129645;REVB=0.0140707;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.512816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0232273;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:19:35:0:1:19:35:0:1 chr5 175308022 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.616;QD=40.7629;RBI=0.0380782;REFB=0;REVB=-0.0137331;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275527;OID=.;OPOS=175308022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr5 175530790 . A G 61.14 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0338713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5872;QD=6.7936;RBI=0.0338809;REFB=-0.00506463;REVB=-0.000809302;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875417;STB=0.555432;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0388422;OID=.;OPOS=175530790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:13:14:4:5:13:14 chr5 175717216 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0945889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.687;QD=21.1671;RBI=0.0949202;REFB=-0.0706929;REVB=-0.00792408;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0605629;OID=.;OPOS=175717216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr5 175772208 . C T 103.45 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0235339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3987;QD=18.8087;RBI=0.0504966;REFB=0.028828;REVB=0.0446773;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547311;STB=0.5312;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.021879;OID=.;OPOS=175772208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:8:2:3:9:8:2 chr5 175793532 . C T 292.07 PASS AF=0.714286;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0375422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.945;QD=33.3791;RBI=0.0398234;REFB=-0.0119048;REVB=-0.0132848;RO=10;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536345;STB=0.534219;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0062842;OID=.;OPOS=175793532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:10:10:24:25:0.714286:12:12:4:6:12:13:4:6 chr5 175811094 . C CAT,CGT 410.74 PASS AF=0.272727,0.666667;AO=8,20;DP=34;FAO=9,22;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=2,15;FSAR=7,7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224224,0.0452037;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,2;MLLD=117.87,153.022;QD=49.7866;RBI=0.0285929,0.0452495;REFB=-0.10694,-0.057837;REVB=-0.0177423,0.00203428;RO=5;SAF=2,14;SAR=6,6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.258785,0.0425992;STB=0.567407,0.517226;STBP=0.551,0.585;TYPE=ins,ins;VARB=0.000464017,0.00799441;OID=.,.;OPOS=175811095,175811095;OREF=-,-;OALT=AT,GT;OMAPALT=CAT,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.666667:8,20:34:9,22:33:2:2,15:7,7:1:1:63:5:2,14:6,6:3:2 chr5 175956177 . G A 242.26 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00798969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.355;QD=23.6352;RBI=0.014055;REFB=-0.0149904;REVB=0.0115632;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447114;STB=0.533869;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0149122;OID=.;OPOS=175956177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:18:22:23:0.560976:11:11:10:8:12:11:10:8 chr5 175956271 . A C 257.03 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0118058;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.865;QD=22.3507;RBI=0.0251338;REFB=-0.0122844;REVB=-0.0221885;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100633;STB=0.565164;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00958422;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:23:24:0.521739:11:12:14:8:12:12:14:8 chr5 175998246 . T C 715.14 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031752;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.084;QD=57.2115;RBI=0.0380018;REFB=0;REVB=0.0208794;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479234;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr5 176002144 . A C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9456;QD=48.7308;RBI=0.0345512;REFB=0;REVB=-0.011699;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316916;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr5 176004476 . T C,G 213.87 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=15,2;DP=17;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105251,0.0204574;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.2903,136.581;QD=47.5271;RBI=0.0530758,0.0480959;REFB=0,0;REVB=0.0520217,0.0435283;RO=0;SAF=10,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0175368,0.0167414;OID=.,.;OPOS=176004476,176004476;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:17:18:0:0:15,2:15,3:0.833333,0.166667:5,0:10,2:0:0:5,1:10,2:0:0 chr5 176017639 . C A 1533.96 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.829;QD=62.6105;RBI=0.108688;REFB=-0.0905951;REVB=0.0334548;RO=1;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977841;STB=0.505154;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000333386;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:1:1:97:97:0.989796:49:48:1:0:49:48:1:0 chr5 176024880 . C T 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00604171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.244;QD=55.8053;RBI=0.016647;REFB=-0.0658724;REVB=0.015512;RO=0;SAF=13;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518512;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.000143678;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:46:13:0:0:46:13:1:0 chr5 176025938 . T C 180.15 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.023189;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.025;QD=34.3138;RBI=0.174779;REFB=-0.0443432;REVB=-0.173233;RO=3;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299344;STB=0.699733;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000143998;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:21:3:4:16:17:0.809524:3:13:0:3:3:14:0:4 chr5 176047761 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00233135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.169;QD=28.541;RBI=0.00744975;REFB=-0.0819811;REVB=-0.00707556;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00250956;OID=.;OPOS=176047761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:1:0 chr5 176053622 . G A 129.17 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0034711;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1617;QD=39.745;RBI=0.0536281;REFB=-0.136922;REVB=0.0535157;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00735634;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr5 176069831 . G A 1275.89 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702313;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6012;QD=61.4885;RBI=0.0729677;REFB=0;REVB=-0.0197954;RO=0;SAF=21;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259219;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:62:21:0:0:62:21:0:0 chr5 176081907 . C T 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0499315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4986;QD=6.9518;RBI=0.0504939;REFB=0.00457816;REVB=0.00751563;RO=46;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496864;STB=0.53045;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0102285;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:7:9:24:22:7:9:24:22 chr5 176334195 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=14;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5995;QD=53.2767;RBI=0.050443;REFB=0;REVB=-0.043286;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189811;OID=.;OPOS=176334195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:14:23:1:6:8:0:0:14:9:0:0 chr5 176378574 . G T 115.88 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.142;QD=42.1388;RBI=0.0251682;REFB=0;REVB=-0.0105854;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347431;OID=.;OPOS=176378574;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr5 176382995 . G A 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.874;QD=57.3913;RBI=0.0126148;REFB=-0.0707391;REVB=0.0048885;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000964335;OID=.;OPOS=176382995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:0:1:14:23:0:1 chr5 176402401 . G A 725.21 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.057;QD=61.7199;RBI=0.0683711;REFB=0;REVB=-0.0660586;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88632e-05;OID=.;OPOS=176402401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:16:29:0:0:16:31:0:0 chr5 176492557 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0732902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.581;QD=44.093;RBI=0.0746187;REFB=-0.135092;REVB=-0.0140182;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00516429;OID=.;OPOS=176492557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr5 176516631 . G A 89.64 PASS AF=0.215385;AO=13;DP=67;FAO=14;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.020539;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.089;QD=5.51652;RBI=0.0482592;REFB=-0.00902892;REVB=-0.0436703;RO=39;SAF=12;SAR=1;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54277;STB=0.863274;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0401409;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:65:39:50:13:14:0.215385:1:12:23:16:1:13:30:20 chr5 176517170 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.36;QD=50.4134;RBI=0.0408817;REFB=0;REVB=0.00338295;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426459;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr5 176517292 . A G 752.72 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6234;QD=55.7568;RBI=0.112008;REFB=0;REVB=-0.107305;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178336;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:28:24:0:0:28:26:0:0 chr5 176517326 . T C 715.18 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00527797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.684;QD=60.8662;RBI=0.0338655;REFB=-0.0965764;REVB=0.0334517;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000510819;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr5 176517461 . T G 301.97 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.455;QD=52.5156;RBI=0.0304352;REFB=0;REVB=0.0246839;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737511;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr5 176517797 . C T 453.91 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.694;QD=55.0199;RBI=0.0196312;REFB=-0.0307206;REVB=0.00650526;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000198422;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr5 176518784 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.79;QD=63.872;RBI=0.0236079;REFB=0;REVB=0.0101368;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.55939e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr5 176520243 . G A 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0227659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.953;QD=31.2415;RBI=0.0274205;REFB=-0.0708948;REVB=0.0152839;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161829;STB=0.590032;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0285994;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:9:5:3:1:9:5:3:1 chr5 176636882 . C T 181.57 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0227296;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.161;QD=31.5767;RBI=0.0229203;REFB=-0.0330783;REVB=-0.00295092;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139023;STB=0.507683;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00990943;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:6:6:17:17:0.73913:8:9:3:3:8:9:3:3 chr5 176637149 . G A 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00155726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.93;QD=29.5807;RBI=0.00155747;REFB=-0.0137648;REVB=2.54787e-05;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103915;STB=0.557222;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00365013;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:10:11:7:3:10:11:7:3 chr5 176637240 . G T 267.08 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.044917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5587;QD=28.1135;RBI=0.0455597;REFB=-0.0266592;REVB=-0.00762528;RO=14;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04765;STB=0.526294;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0139991;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:12:12:6:8:12:12:6:8 chr5 176637576 . T C 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0255807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.014;QD=14.6511;RBI=0.0425227;REFB=0.031175;REVB=0.0339677;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0267435;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr5 176728400 . G A 129.84 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0490995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9794;QD=7.31518;RBI=0.0511071;REFB=0.000730704;REVB=0.0141836;RO=51;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283406;STB=0.665486;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000174006;OID=.;OPOS=176728400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:52:19:19:0.267606:13:6:28:23:13:6:28:24 chr5 176728458 . G T 125.95 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0359802;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9412;QD=6.29735;RBI=0.0495846;REFB=-0.0125599;REVB=0.0341184;RO=60;SAF=7;SAR=12;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184397;STB=0.607885;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0399995;OID=.;OPOS=176728458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:60:61:19:19:0.2375:12:7:31:29:12:7:31:30 chr5 176733116 . A G 72.33 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0241241;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.466;QD=5.35773;RBI=0.033406;REFB=-0.00443648;REVB=-0.0231081;RO=42;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925538;STB=0.566892;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0267682;OID=.;OPOS=176733116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:55:54:42:43:11:11:0.203704:6:5:16:26:6:5:16:27 chr5 176733616 . T C 35.13 PASS AF=0.142857;AO=4;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.0304578;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.916;QD=3.3461;RBI=0.0318551;REFB=-0.00863798;REVB=0.00933098;RO=36;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222605;STB=0.584646;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0420452;OID=.;OPOS=176733616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:42:42:36:36:4:6:0.142857:2:2:11:25:4:2:9:27 chr5 176737720 . A G 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.0184536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.326;QD=9.89824;RBI=0.0295725;REFB=-0.0175153;REVB=0.0231084;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4909;STB=0.795087;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0400603;OID=.;OPOS=176737720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:10:4:23:8:10:4:24:8 chr5 176831826 . C G 1326.05 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071669;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.414;QD=62.4022;RBI=0.0138732;REFB=0;REVB=0.0118785;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.87813e-05;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:86:85:1:41:45:0:0:40:45:0:0 chr5 176885178 . A G 159.65 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9419;QD=45.6138;RBI=0.128507;REFB=0;REVB=-0.128443;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00539133;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr5 176916516 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.017665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.557;QD=10.3789;RBI=0.0178559;REFB=0.00598579;REVB=-0.00260453;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599807;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=-0.0169678;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:2:14:7:2:2:14 chr5 176917078 . T C 284.39 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.351;QD=45.5029;RBI=0.0266256;REFB=-0.025507;REVB=-0.0185838;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.513296;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00161348;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:23:23:0.92:8:15:0:1:8:15:1:1 chr5 176930135 . G A 670.99 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.668;QD=62.418;RBI=0.0457611;REFB=0;REVB=0.0451791;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170746;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr5 176936650 . T C 305.86 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7365;QD=53.1934;RBI=0.065915;REFB=0;REVB=0.0657454;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157805;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:15:6:0:0:17:6:0:0 chr5 176951276 . A G 240.64 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.86;QD=50.6605;RBI=0.082837;REFB=0;REVB=0.066109;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759519;OID=.;OPOS=176951276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:6:9:0:0:6:13:0:0 chr5 177022652 . A G 237.55 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.18843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.588;QD=50.0097;RBI=0.190436;REFB=0;REVB=0.0275716;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131435;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:4:10:0:0:5:14:0:0 chr5 177022722 . G C 268.1 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0213397;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.091;QD=34.5939;RBI=0.0277068;REFB=-0.0952907;REVB=-0.0176715;RO=7;SAF=20;SAR=3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13764;STB=0.58327;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0119186;OID=.;OPOS=177022722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:7:8:23:23:0.741935:3:20:7:0:3:20:8:0 chr5 177023096 . A AT,T 635.13 PASS AF=1,0;AO=12,3;DP=63;FAO=47,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419617,-0.0664966;FXX=0.229471;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.6211,11.1432;QD=54.0535;RBI=0.0640174,0.108918;REFB=0,0;REVB=-0.0638798,-0.0862633;RO=47;SAF=2,1;SAR=10,2;SRF=15;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254201,0.0150593;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000346124,0;OID=.,.;OPOS=177023097,177023096;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:47:47:0:12,3:47,0:1,0:10,2:2,1:15:32:33,0:14,0:0:0 chr5 177023098 . A T 476.91 PASS AF=0.737705;AO=23;DP=50;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0144628;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=63.0582;QD=31.2725;RBI=0.043944;REFB=-0.105462;REVB=0.0414958;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915847;STB=0.533258;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0145581;OID=.;OPOS=177023098;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:50:61:15:16:23:45:0.737705:16:7:3:12:32:13:3:13 chr5 177031348 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.662;QD=39.1989;RBI=0.160242;REFB=0;REVB=0.027856;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148551;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr5 177035964 . T C 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.083;QD=60.2008;RBI=0.0426569;REFB=0;REVB=0.0303466;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47059e-06;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr5 177158620 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.352;QD=35.5759;RBI=0.0699864;REFB=0;REVB=-0.0613632;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237963;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr5 177180236 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.182;QD=57.6807;RBI=0.0280828;REFB=0;REVB=-0.0278127;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.51672e-05;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr5 177310717 . AT GT,TA 78.06 PASS AF=0.75,0.25;AO=5,2;DP=9;FAO=6,2;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956417,0.0734932;FXX=0.110988;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=109.773,159.103;QD=39.0276;RBI=0.0965078,0.0735097;REFB=0,0;REVB=-0.0129009,0.00155799;RO=0;SAF=0,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0110692,-0.0172722;OID=.,.;OPOS=177310717,177310717;OREF=A,AT;OALT=G,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:9:8:0:0:5,2:6,2:0.75,0.25:5,0:0,2:0:0:5,0:1,2:0:0 chr5 177419967 . C T 46.87 PASS AF=0.28;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0263978;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.96;QD=7.49915;RBI=0.02675;REFB=-0.00835588;REVB=0.00432621;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131357;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00875392;OID=.;OPOS=177419967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:27:25:18:18:7:7:0.28:5:2:7:11:5:2:7:11 chr5 177422823 . C T 837.72 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237079;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.566;QD=57.7741;RBI=0.0376469;REFB=0;REVB=0.0292442;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141489;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chr5 177422876 . T C 979.91 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381416;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2471;QD=57.6418;RBI=0.0438882;REFB=-0.00683411;REVB=-0.0217116;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000419171;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr5 177547247 . T C 880.73 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177866;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.204;QD=57.753;RBI=0.0191542;REFB=0;REVB=-0.00710773;RO=0;SAF=9;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354118;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:50:9:0:0:50:11:0:0 chr5 177547336 . G A 38.74 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0109444;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.541;QD=11.9196;RBI=0.0296566;REFB=-0.0150737;REVB=-0.0275633;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478981;STB=0.809724;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0326994;OID=.;OPOS=177547336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:5:6:0.461538:1:4:2:5:1:5:2:5 chr5 177550723 . T C 257.06 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.00881628;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.101;QD=31.1591;RBI=0.120318;REFB=0.01281;REVB=0.119994;RO=9;SAF=19;SAR=3;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176623;STB=0.599927;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00535446;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:34:33:9:10:22:23:0.69697:3:19:9:0:3:20:10:0 chr5 177551169 . T C 74.21 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0207761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8459;QD=10.6016;RBI=0.0300475;REFB=-0.0216765;REVB=-0.0217073;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382526;STB=0.728723;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0100566;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:6:12:3:7:6:12 chr5 177551176 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.010318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.78;QD=8.08961;RBI=0.0380275;REFB=0.00599203;REVB=-0.0366009;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365064;STB=0.707889;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.0390681;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:3:6:7:14:3:6:8:14 chr5 177612734 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00203648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.85;QD=55.0447;RBI=0.00787458;REFB=-0.100667;REVB=-0.00760669;RO=1;SAF=17;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269172;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00174818;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:38:17:1:0:38:17:1:0 chr5 177612739 . G T 277.96 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0593555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7076;QD=19.1699;RBI=0.0654398;REFB=9.00663e-05;REVB=-0.0275552;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774629;STB=0.54301;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.00132969;OID=.;OPOS=177612739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:19:11:8:20:19:11:8:20 chr5 177612744 . A G 782.78 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.695;QD=56.9298;RBI=0.0329544;REFB=0;REVB=0.00723789;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92552e-05;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:36:18:0:0:36:19:0:0 chr5 177612983 . G A 106.3 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0293388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.687;QD=11.8107;RBI=0.0405444;REFB=-0.00630216;REVB=-0.0279837;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340636;STB=0.70389;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.026564;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:12:11:10:3:12:11 chr5 177613123 . T C 400.17 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0288957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.043;QD=53.3564;RBI=0.0464519;REFB=-0.0328902;REVB=0.0363705;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000729662;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chr5 177613168 . C T 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0138658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0305;QD=6.10467;RBI=0.0271879;REFB=-0.010783;REVB=0.0233864;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708534;STB=0.558679;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0131798;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:4:4:14:11:4:4:15:11 chr5 177675217 . C T 1587.37 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1041;QD=63.4949;RBI=0.0359261;REFB=0;REVB=0.034327;RO=1;SAF=33;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141557;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158624;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:1:0:99:100:1:66:33:1:0:66:34:0:0 chr5 177683377 . T C 203.82 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1048;QD=45.2931;RBI=0.0176999;REFB=-0.0824742;REVB=0.0170868;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275975;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:1:0:17:18:1:8:9:0:1:9:9:0:0 chr5 177688772 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1128;QD=45.8066;RBI=0.0726819;REFB=0;REVB=0.0712434;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00289558;OID=.;OPOS=177688772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr5 177715580 . CT C,CC 811.54 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=16,28;DP=59;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110665,-0.0302709;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.754,155.122;QD=55.968;RBI=0.0517749,0.0639656;REFB=0,0;REVB=-0.0505784,-0.0563496;RO=0;SAF=8,18;SAR=8,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000427823,-0.0310682;OID=.,.;OPOS=177715581,177715581;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.982759,0.0172414:16,28:59:57,1:58:0:28,1:29,0:0:0:6:0:8,18:8,10:0:0 chr5 178049444 . C G 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00620892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.746;QD=7.48197;RBI=0.00906251;REFB=0.000954862;REVB=-0.0066014;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301766;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00316381;OID=.;OPOS=178049444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:15:12:7:3:16:12 chr5 178359136 . A G 110.65 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0147657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.681;QD=26.0356;RBI=0.0298691;REFB=-0.00389951;REVB=0.0259641;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00259416;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr5 178391860 . G A 470.27 PASS AF=0.711864;AO=42;DP=59;FAO=42;FDP=59;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.126178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.863;QD=31.8829;RBI=0.12703;REFB=-0.0450532;REVB=0.0146887;RO=17;SAF=22;SAR=20;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977168;STB=0.552821;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0128591;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:17:17:42:42:0.711864:20:22:12:5:20:22:12:5 chr5 178391902 . A C 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0316897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.624;QD=3.54017;RBI=0.0327969;REFB=-0.0170116;REVB=0.00844991;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200411;STB=0.642375;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0596896;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:16:16:2:4:16:16 chr5 178395850 . G C 100.15 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0116708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.207;QD=5.56359;RBI=0.0127567;REFB=-0.00307945;REVB=0.00515014;RO=56;SAF=7;SAR=9;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18655;STB=0.616297;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00663743;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:9:7:33:23:9:7:33:23 chr5 178410538 . A C 37.47 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00120204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6455;QD=8.81698;RBI=0.0379169;REFB=-0.0220588;REVB=-0.0378978;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0470704;OID=.;OPOS=178410538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:3:8:5:1:3:8 chr5 178412273 . T C 246.59 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.276;QD=46.9702;RBI=0.0372347;REFB=-0.101842;REVB=0.0290724;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00160845;OID=.;OPOS=178412273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:7:13:0:0:7:13:0:1 chr5 178413816 . T C 437.07 PASS AF=0.701754;AO=39;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00161583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.928;QD=30.6715;RBI=0.0116764;REFB=-0.019657;REVB=-0.0115641;RO=17;SAF=33;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816982;STB=0.529911;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00966771;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:39:40:0.701754:6:33:13:4:7:33:13:4 chr5 178413947 . T C 280.98 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.021038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.756;QD=35.1219;RBI=0.0252787;REFB=-0.0146287;REVB=0.0140148;RO=8;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252644;STB=0.63818;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00292932;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:8:16:1:7:8:16:1:7 chr5 178415937 . A G 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00218659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4811;QD=22.9146;RBI=0.0148567;REFB=0.016168;REVB=-0.0146949;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974346;STB=0.593016;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00281549;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:5:4:2:1:5:4:3:1 chr5 178415982 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00780951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.205;QD=59.8392;RBI=0.00824696;REFB=0;REVB=-0.00265027;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59182e-06;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:9:27:0:0:9:27:0:0 chr5 178416063 . G A 530.37 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0167639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.375;QD=31.1981;RBI=0.0195354;REFB=-0.0215934;REVB=0.0100302;RO=20;SAF=25;SAR=22;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010028;STB=0.512267;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0122094;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:20:21:47:47:0.691176:22:25:11:9:22:25:12:9 chr5 178416288 . G A 566.99 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=70;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0051182;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.613;QD=32.8689;RBI=0.00550336;REFB=-0.055225;REVB=-0.00202261;RO=19;SAF=25;SAR=24;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461279;STB=0.517438;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0270707;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:19:20:49:49:0.710145:24:25:8:11:24:25:9:11 chr5 178419288 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2378;QD=33.4282;RBI=0.0339301;REFB=0;REVB=-0.00011712;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034444;OID=.;OPOS=178419288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr5 178459283 . A G 460.03 PASS AF=0.623188;AO=42;DP=68;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.043744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4027;QD=26.6685;RBI=0.0451022;REFB=-0.0201334;REVB=0.0109851;RO=26;SAF=18;SAR=24;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116219;STB=0.566937;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0167403;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:26:26:42:43:0.623188:24:18:7:19:24:19:7:19 chr5 178459426 . A C 190.21 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00490111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.117;QD=21.7379;RBI=0.0175789;REFB=-0.0334071;REVB=0.0168819;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107503;STB=0.582196;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0222293;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:16:19:19:0.542857:11:8:4:10:11:8:4:12 chr5 178507069 . T C 573.16 PASS AF=0.95122;AO=34;DP=40;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159671;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.918;QD=55.9178;RBI=0.0179096;REFB=0.0343508;REVB=0.00811191;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.507439;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00014691;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:41:0:2:34:39:0.95122:20:14:0:0:25:14:1:1 chr5 178507090 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.411;QD=57.2026;RBI=0.0130907;REFB=0;REVB=0.0125304;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12054e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr5 178540975 . G A 151.28 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.00419022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.877;QD=5.65538;RBI=0.0194725;REFB=-0.0144843;REVB=-0.0190163;RO=83;SAF=11;SAR=13;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312063;STB=0.51926;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0486202;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:83:83:24:24:0.224299:13:11:36:47:13:11:36:47 chr5 178581859 . G A 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0158429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.028;QD=2.77397;RBI=0.0201485;REFB=-0.0115697;REVB=0.0124484;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160094;STB=0.616653;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0519836;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:3:3:26:15:3:3:26:15 chr5 178634619 . C T 676.9 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.418;QD=60.1688;RBI=0.0558403;REFB=-0.0475744;REVB=-0.0232292;RO=1;SAF=37;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012532;STB=0.506664;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000422468;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:7:37:1:0:7:37:1:0 chr5 178634672 . C T 223.91 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0294254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.858;QD=34.4483;RBI=0.0336709;REFB=-0.0347838;REVB=0.0163669;RO=6;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910982;STB=0.54995;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00863389;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:9:11:2:4:9:11:2:4 chr5 178770981 . A G 977.76 PASS AF=0.614286;AO=86;DP=140;FAO=86;FDP=140;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.00601384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.571;QD=27.936;RBI=0.0120713;REFB=-0.0192926;REVB=-0.0104666;RO=54;SAF=40;SAR=46;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148083;STB=0.50802;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0110882;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:54:54:86:86:0.614286:46:40:24:30:46:40:24:30 chr5 178949560 . AG GT 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0113929;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.121;QD=11.6341;RBI=0.0310025;REFB=0.00451524;REVB=-0.0288333;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=mnp;VARB=-0.00582815;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:5:11:4:6:5:11 chr5 178951598 . G A 43.44 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0302143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6326;QD=5.99195;RBI=0.0518483;REFB=-0.00206418;REVB=-0.0421348;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231856;STB=0.655731;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0110228;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:6:1:6:16:6:1:6:16 chr5 179036433 . G A 1200.03 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00129504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.86;QD=58.5382;RBI=0.0338536;REFB=-0.00383911;REVB=0.0338288;RO=2;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236559;STB=0.512497;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.000141013;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:81:82:2:2:79:80:0.97561:39:40:0:2:39:41:0:2 chr5 179071958 . C G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0117342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.211;QD=4.28885;RBI=0.0117342;REFB=-0.0110681;REVB=1.10755e-05;RO=32;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40916;STB=0.788538;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0565284;OID=.;OPOS=179071958;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:6:1:14:18:6:1:14:18 chr5 179078940 . T C 418.41 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.158;QD=53.9878;RBI=0.0499726;REFB=0.0110444;REVB=-0.00214092;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000550333;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:15:15:0:1 chr5 179079104 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5738;QD=46.8476;RBI=0.0691897;REFB=0;REVB=-0.0150567;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00309767;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr5 179126090 . C T 304.88 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00355497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.614;QD=32.9605;RBI=0.00513712;REFB=-0.0230561;REVB=-0.00370839;RO=11;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246842;STB=0.513503;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00918407;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:13:13:6:5:13:13:6:5 chr5 179203933 . A G 291.64 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.016996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4873;QD=27.1297;RBI=0.0187737;REFB=-0.0473233;REVB=0.00797416;RO=17;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102416;STB=0.549861;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0284253;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:16:9:4:13:17:9:4:13 chr5 179225212 . G A 102.98 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=9;FWDB=-0.0106611;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0491;QD=6.0577;RBI=0.0503933;REFB=-0.00811295;REVB=0.0492527;RO=52;SAF=8;SAR=8;SRF=43;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42279;STB=0.749765;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0454128;OID=.;OPOS=179225212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:8:8:43:9:8:8:43:9 chr5 179260153 . C T 537.3 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567674;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.0812;QD=55.1079;RBI=0.0568233;REFB=0;REVB=0.00251871;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380036;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:39:1:0:34:39:1:17:17:1:0:19:20:0:0 chr5 179260211 . AGG AG,AGA 291.92 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,19;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356128,0.100676;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.548,41.7311;QD=50.7693;RBI=0.211146,0.184766;REFB=0,0;REVB=0.208121,0.154929;RO=0;SAF=2,12;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0778236,0.00964293;OID=.,.;OPOS=179260212,179260213;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=AG,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:3,19:23:1,22:23:0:1,13:0,9:0:0:4:0:2,12:1,7:0:0 chr5 179264731 . T C 1112.1 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347591;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.293;QD=57.7716;RBI=0.0417582;REFB=0.0144138;REVB=0.0231421;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.512497;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00018027;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:0:2:74:75:0.974026:36:38:0:0:36:39:2:0 chr5 179267949 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.325;QD=56.9997;RBI=0.0546431;REFB=0;REVB=-0.0130719;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017838;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr5 179280379 . T C 919.1 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.328;QD=58.3557;RBI=0.0137585;REFB=0;REVB=0.00515099;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89255e-05;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:33:30:0:0 chr5 179285752 . G A 1085.18 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0451209;FXX=0.0256377;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9926;QD=57.1145;RBI=0.16693;REFB=-0.224238;REVB=0.160717;RO=1;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141198;STB=0.507244;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00452284;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:76:1:1:74:75:0.986842:33:41:0:1:34:41:0:1 chr5 179285769 . G A 715.77 PASS AF=0.746835;AO=58;DP=78;FAO=59;FDP=79;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0204061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.756;QD=36.2417;RBI=0.0498896;REFB=-0.0173925;REVB=0.0455255;RO=20;SAF=28;SAR=30;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558829;STB=0.527435;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00648657;OID=.;OPOS=179285769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:20:20:58:59:0.746835:30:28:12:8:30:29:12:8 chr5 179287576 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.375;QD=58.5878;RBI=0.0277946;REFB=0;REVB=0.00716887;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08705e-05;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr5 179287585 . GC CT 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232563;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.172;QD=57.6807;RBI=0.048973;REFB=0;REVB=0.0430987;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000268671;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr5 179287622 . G A,GTA 467.63 PASS AF=0.0833333,0.861111;AO=3,30;DP=36;FAO=3,31;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=1,19;FSAR=2,12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0309448,0.0343691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=67.3677,207.454;QD=51.959;RBI=0.0317295,0.0380365;REFB=0.100301,-0.0786238;REVB=0.00701266,0.0162956;RO=2;SAF=1,18;SAR=2,12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111102,0.0120839;STB=0.570936,0.507182;STBP=0.906,0.763;TYPE=snp,ins;VARB=0.0777468,0.00580559;OID=.,.;OPOS=179287622,179287623;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:36:36:2:2:3,30:3,31:0.0833333,0.861111:2,12:1,18:1:1:2,12:1,19:1:1 chr5 179290845 . T G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132945;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.148;QD=58.7817;RBI=0.0257309;REFB=0;REVB=0.0220304;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51199e-05;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:27:38:0:0:27:38:0:0 chr5 179529124 . G A 549.69 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.186;QD=59.426;RBI=0.0383341;REFB=0;REVB=0.0266767;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118659;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:27:10:0:0 chr5 179542285 . CTTTTTA CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA 436.7 PASS AF=0,1,0;AO=10,9,15;DP=50;FAO=0,43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,0;FSAR=0,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145669,-0.0874926,0.0533739;FXX=0.0850883;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=13.8966,14.2259,13.0265;QD=40.6235;RBI=0.269416,0.0880692,0.246091;REFB=0,0,0;REVB=0.22664,-0.010061,-0.240234;RO=2;SAF=7,6,10;SAR=3,3,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0680994,0.0586432,0.0394328;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.167111,-0.018121,0;OID=.,.,.;OPOS=179542290,179542286,179542290;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTT,CTTTTA,CTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:10,9,15:50:0,43,0:43:0:0,26,0:0,17,0:0:0:3:2:7,6,10:3,3,5:1:1 chr5 179563435 . T C 900.78 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4703;QD=58.1147;RBI=0.0611168;REFB=0;REVB=-0.0164738;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007947;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:36:26:0:0 chr5 179729519 . A G 689.28 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.661;QD=62.6614;RBI=0.063336;REFB=0;REVB=0.0597264;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401247;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:15:29:0:0 chr5 179740827 . T C 1584.06 PASS AF=0.66;AO=130;DP=198;FAO=132;FDP=200;FR=.;FRO=68;FSAF=52;FSAR=80;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0333672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3759;QD=31.6811;RBI=0.0410532;REFB=-0.039728;REVB=0.0239164;RO=68;SAF=52;SAR=78;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368638;STB=0.521845;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0234842;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:68:68:130:132:0.66:78:52:31:37:80:52:31:37 chr5 179996111 . C T 805.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.281;QD=64.4105;RBI=0.0236283;REFB=0;REVB=0.000105929;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06324e-05;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr5 180043388 . G A 201.81 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000552161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.692;QD=28.83;RBI=0.0278476;REFB=-0.0130972;REVB=-0.0278421;RO=7;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477228;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00597267;OID=.;OPOS=180043388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:28:7:9:19:19:0.678571:10:9:4:3:10:9:5:4 chr5 180046344 . G C 136.93 PASS AF=0.214286;AO=21;DP=98;FAO=21;FDP=98;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0623091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.478;QD=5.58908;RBI=0.0705737;REFB=-0.0264288;REVB=-0.0331394;RO=77;SAF=10;SAR=11;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00544919;STB=0.503405;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0948704;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:77:77:21:21:0.214286:11:10:37:40:11:10:37:40 chr5 180048035 . T C 107.81 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0110723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.875;QD=12.6839;RBI=0.0113504;REFB=-0.0439205;REVB=-0.00249734;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110046;STB=0.581262;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0302816;OID=.;OPOS=180048035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:12:13:0.382353:3:9:14:7:3:10:14:7 chr5 180048056 . C T 105.59 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0317892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9401;QD=13.1982;RBI=0.0334057;REFB=-0.00136203;REVB=-0.0102661;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147809;STB=0.60224;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00299934;OID=.;OPOS=180048056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:12:13:0.40625:3:9:12:7:3:10:12:7 chr5 180120149 . T C 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00726365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.905;QD=4.01766;RBI=0.0549333;REFB=-0.0205817;REVB=-0.0544509;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661735;STB=0.545309;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0701844;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:8:20:4:2:8:20 chr5 180166461 . C G 214.29 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.145;QD=47.6203;RBI=0.0466369;REFB=0;REVB=0.00984711;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129511;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr5 180218668 . A G 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.00373523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.669;QD=9.64352;RBI=0.013018;REFB=-0.0101569;REVB=0.0124706;RO=49;SAF=11;SAR=12;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201785;STB=0.617866;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0340512;OID=.;OPOS=180218668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:12:11:32:17:12:11:32:17 chr5 180218820 . C A 216.96 PASS AF=0.311111;AO=27;DP=91;FAO=28;FDP=90;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.000488526;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.926;QD=9.64284;RBI=0.00937431;REFB=-0.0099747;REVB=0.00936158;RO=63;SAF=12;SAR=15;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01899;STB=0.527312;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0278721;OID=.;OPOS=180218820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:63:62:27:28:0.311111:15:12:29:34:16:12:29:33 chr5 180218831 . G A 212.23 PASS AF=0.306818;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.00171781;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.552;QD=9.64695;RBI=0.0109257;REFB=0.000796768;REVB=0.0107898;RO=61;SAF=10;SAR=17;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884579;STB=0.552199;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000816815;OID=.;OPOS=180218831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:61:61:27:27:0.306818:17:10:27:34:17:10:27:34 chr5 180219304 . C T 248.65 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=100;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=19;FWDB=0.00654372;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.75;QD=10.0466;RBI=0.00762843;REFB=-0.00663842;REVB=-0.0039208;RO=66;SAF=15;SAR=16;SRF=47;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26677;STB=0.660977;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.016426;OID=.;OPOS=180219304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:66:68:31:31:0.313131:16:15:47:19:16:15:49:19 chr5 180276402 . C T 885.18 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4792;QD=58.0444;RBI=0.0243687;REFB=0;REVB=0.00516296;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185265;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr5 180278393 . C G 272.53 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.865;QD=51.9098;RBI=0.0872685;REFB=0;REVB=0.0431651;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078511;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr5 180486247 . G T 538.24 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.489;QD=59.8048;RBI=0.0482043;REFB=0;REVB=0.0325128;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252849;OID=.;OPOS=180486247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr5 180486785 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.247;QD=33.4285;RBI=0.0515376;REFB=0;REVB=0.0481301;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671828;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 180582604 . A G 227.21 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804325;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1433;QD=50.4905;RBI=0.0441212;REFB=0;REVB=-0.0433818;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0009004;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr5 180596597 . A G 1832.87 PASS AF=0.976;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0663968;FXX=0.0157468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6639;QD=58.6518;RBI=0.0667177;REFB=-0.035728;REVB=0.00653578;RO=3;SAF=51;SAR=70;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019921;STB=0.510488;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000581731;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:124:125:3:3:121:122:0.976:70:51:0:3:70:52:0:3 chr5 180600638 . T C 766.09 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.438;QD=63.8405;RBI=0.0932078;REFB=0;REVB=0.0913009;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384087;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr5 180618713 . A AC 553.76 PASS AF=1;AO=53;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.7281;QD=33.5612;RBI=0.137037;REFB=-0.0135306;REVB=-0.0485315;RO=14;SAF=31;SAR=22;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00510779;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:68:66:66:0:41:25:0:0:10:14:31:22:11:3 chr5 180626104 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0127316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.008;QD=15.7004;RBI=0.0199805;REFB=-0.0334109;REVB=0.015399;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043351;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0202796;OID=.;OPOS=180626104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:10:8:6:9:11:8 chr5 180649061 . T G 438.44 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0573292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.62;QD=30.2371;RBI=0.0587519;REFB=-0.00383649;REVB=0.0128507;RO=18;SAF=17;SAR=23;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211946;STB=0.511499;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00197943;OID=.;OPOS=180649061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:23:17:7:11:23:17:7:11 chr5 180664256 . C T 227.15 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0191322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.177;QD=36.3432;RBI=0.0620607;REFB=0.0424214;REVB=-0.059038;RO=5;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425992;STB=0.523341;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0118142;OID=.;OPOS=180664256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:14:6:2:3:14:6:2:3 chr5 180687428 . CTCTTCTTCTTCT CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC 341.89 PASS AF=0.771429,0.0285714;AO=24,3;DP=35;FAO=27,1;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=18,0;FSAR=9,1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0352264,-0.000132778;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=166.585,44.1416;QD=39.0732;RBI=0.0553246,0.0216655;REFB=-0.0803903,-0.0447858;REVB=0.0426604,0.0216651;RO=7;SAF=15,2;SAR=9,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0846025,0.240731;STB=0.553151,0.987707;STBP=0.258,0.488;TYPE=del,snp;VARB=0.0203967,-0.0067559;OID=.,.;OPOS=180687429,180687440;OREF=TCT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTCTTCTTCT,CTCTTCTTCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.771429,0.0285714:24,3:35:27,1:35:7:18,0:9,1:3:4:43:7:15,2:9,1:3:4 chr6 203878 . C T 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.022212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8254;QD=9.5352;RBI=0.0374122;REFB=-0.00904008;REVB=-0.0301048;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293774;STB=0.677672;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0126626;OID=.;OPOS=203878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:11:16:4:8:11:16 chr6 203909 . A G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00213874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.253;QD=10.2403;RBI=0.00217699;REFB=-0.016547;REVB=-0.000406345;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0208891;OID=.;OPOS=203909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr6 204072 . G T 387.78 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00125884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.287;QD=18.4658;RBI=0.0278968;REFB=-0.0095536;REVB=-0.0278684;RO=44;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131782;STB=0.573423;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00845715;OID=.;OPOS=204072;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:18:22:18:26:18:22:18:26 chr6 335175 . A T 537.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.428;QD=59.7727;RBI=0.0333076;REFB=0;REVB=0.0211395;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26145e-05;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:16:20:0:0 chr6 348906 . G A 210.34 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.024247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.941;QD=18.2902;RBI=0.0246227;REFB=-0.00760611;REVB=0.00428474;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319444;STB=0.69542;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0210931;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:17:17:0.369565:5:12:9:14:5:12:9:15 chr6 350829 . G A 475.05 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00398759;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.37;QD=17.7589;RBI=0.00732669;REFB=-0.0117784;REVB=-0.00614651;RO=56;SAF=21;SAR=30;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16696;STB=0.592719;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0118847;OID=.;OPOS=350829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:56:51:51:0.476636:30:21:33:23:30:21:33:23 chr6 350940 . T TA 172.77 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=78;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00700192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.8214;QD=9.3388;RBI=0.0726737;REFB=-0.00957997;REVB=0.0723356;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263983;STB=0.686164;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.0200676;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.432432:31:78:32:74:42:20:12:12:30:99:45:19:12:16:29 chr6 408012 . G A 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0095413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7914;QD=17.7526;RBI=0.0134119;REFB=0.00555479;REVB=0.00942563;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106526;STB=0.559952;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00529811;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:14:11:15:12:14:11:15:12 chr6 564145 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9149;QD=44.6865;RBI=0.0211035;REFB=0;REVB=0.0165348;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138973;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr6 656143 . C A 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0412902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9064;QD=11.3237;RBI=0.0785628;REFB=-0.0112944;REVB=-0.0668374;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105728;STB=0.568277;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0115134;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:41:23:23:0.359375:11:12:17:23:11:12:17:24 chr6 656343 . T C 379.71 PASS AF=0.481481;AO=40;DP=80;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0385023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8017;QD=18.751;RBI=0.0396757;REFB=-0.0118643;REVB=0.00957782;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334349;STB=0.556789;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0322546;OID=.;OPOS=656343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:42:40:39:0.481481:19:21:18:19:18:21:18:24 chr6 1395043 . T C 646.96 PASS AF=0.44375;AO=70;DP=159;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0119261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.015;QD=16.174;RBI=0.0120361;REFB=-0.0134475;REVB=0.00162346;RO=88;SAF=37;SAR=33;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107778;STB=0.558425;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0156579;OID=.;OPOS=1395043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:88:89:70:71:0.44375:33:37:37:51:34:37:37:52 chr6 1395805 . ATT A,AT 127.95 PASS AF=0,1;AO=2,11;DP=17;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035464,0.070643;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=7.54441,9.51156;QD=28.4341;RBI=0.158851,0.28981;REFB=0,0;REVB=-0.154842,-0.281068;RO=2;SAF=0,6;SAR=2,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727176,-0.128043;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0780049,-0.0153606;OID=.,.;OPOS=1395806,1395806;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,11:17:0,18:18:0:0,10:0,8:0:0:3:2:0,6:2,5:2:0 chr6 1507626 . G A 720.07 PASS AF=0.648936;AO=61;DP=94;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=46;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0198468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.837;QD=30.6411;RBI=0.0337508;REFB=-0.0174801;REVB=-0.0272988;RO=33;SAF=46;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164857;STB=0.589712;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00775517;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:33:33:61:61:0.648936:15:46:18:15:15:46:18:15 chr6 1507808 . G T 779.22 PASS AF=0.605042;AO=72;DP=119;FAO=72;FDP=119;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0154115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.137;QD=26.1922;RBI=0.0260259;REFB=-0.0176194;REVB=0.0209721;RO=45;SAF=25;SAR=47;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644561;STB=0.521779;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00912381;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:45:47:72:72:0.605042:47:25:12:33:47:25:14:33 chr6 1523145 . C G 627.08 PASS AF=0.822581;AO=52;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.0124463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4656;QD=40.4567;RBI=0.0343461;REFB=-0.0430201;REVB=-0.0320117;RO=3;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076142;STB=0.627855;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00888843;OID=.;OPOS=1523145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:62:62:3:11:52:51:0.822581:17:35:0:3:16:35:0:11 chr6 1611154 . C T 168.13 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0315626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2595;QD=16.012;RBI=0.0315632;REFB=-0.0195523;REVB=0.000193395;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139466;STB=0.508012;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0264209;OID=.;OPOS=1611154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:11:13:10:8:11:13 chr6 1742794 . A G 171.62 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0848933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9736;QD=12.4814;RBI=0.0850134;REFB=-0.0142865;REVB=0.00451776;RO=34;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107927;STB=0.548342;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0528513;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:9:11:22:12:9:12:22:12 chr6 2624053 . T A 268.07 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0132037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.749;QD=22.3388;RBI=0.0181969;REFB=-0.0248181;REVB=-0.0125215;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625897;STB=0.526295;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0252535;OID=.;OPOS=2624053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:14:10:8:15:15:10:8:15 chr6 2667031 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0170071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.067;QD=12.4824;RBI=0.0445805;REFB=-0.00132622;REVB=0.0412089;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.001911;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:12:7:4:8:12:7 chr6 2766465 . T C 183.11 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0136716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9018;QD=25.2565;RBI=0.0844357;REFB=-0.0861662;REVB=-0.0833215;RO=11;SAF=16;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220164;STB=0.624838;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0127555;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:2:16:8:3:2:16:8:3 chr6 2784571 . G A 315.44 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.051827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4169;QD=20.0277;RBI=0.0525069;REFB=-0.00181904;REVB=0.00842221;RO=29;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983654;STB=0.571383;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00361522;OID=.;OPOS=2784571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:30:32:33:0.52381:23:9:11:18:24:9:12:18 chr6 2959513 . C T 353.54 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.049433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3733;QD=23.9685;RBI=0.0519792;REFB=-0.0295422;REVB=-0.0160689;RO=24;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022395;STB=0.512308;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0249569;OID=.;OPOS=2959513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:20:15:11:13:20:15:11:13 chr6 3077141 . T C 579.38 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=109;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00746476;FXX=0.0357111;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.477;QD=21.4583;RBI=0.0369724;REFB=-0.00252145;REVB=-0.036211;RO=47;SAF=22;SAR=36;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575789;STB=0.529402;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0026232;OID=.;OPOS=3077141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:47:50:58:58:0.537037:36:22:21:26:36:22:22:28 chr6 3154871 . A C 682.37 PASS AF=0.820896;AO=53;DP=65;FAO=55;FDP=67;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0167745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1453;QD=40.7386;RBI=0.0267593;REFB=0.0204872;REVB=-0.0208489;RO=12;SAF=38;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881869;STB=0.549001;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00496782;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:65:67:12:12:53:55:0.820896:15:38:6:6:15:40:6:6 chr6 3154882 . C T 57.43 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=12;FWDB=-0.0658848;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2062;QD=3.82863;RBI=0.072519;REFB=-0.00274884;REVB=0.0303018;RO=50;SAF=5;SAR=5;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336787;STB=0.716315;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00947374;OID=.;OPOS=3154882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:62:60:50:50:10:10:0.166667:5:5:38:12:5:5:38:12 chr6 3255327 . G A 321.62 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00786891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4935;QD=18.3781;RBI=0.020199;REFB=0.00701997;REVB=-0.0186033;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16145;STB=0.601433;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00753355;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:35:34:35:0.5:13:21:16:20:13:22:15:20 chr6 3255340 . A C 424.06 PASS AF=0.525;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0167308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.913;QD=21.2029;RBI=0.0316815;REFB=-0.00952484;REVB=-0.0269035;RO=38;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120617;STB=0.570879;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00952347;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:38:38:41:42:0.525:17:24:17:21:17:25:17:21 chr6 3264487 . T C 491.53 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.024003;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.636;QD=18.3748;RBI=0.0312753;REFB=-0.0198722;REVB=0.02005;RO=49;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607564;STB=0.5338;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0185475;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:49:55:52:52:0.485981:28:24:26:23:28:24:29:26 chr6 3264502 . G C 493.88 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00928548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.198;QD=20.5785;RBI=0.016246;REFB=-0.0197;REVB=0.0133309;RO=47;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278556;STB=0.520897;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0180259;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:48:48:48:0.5:26:22:23:24:26:22:24:24 chr6 3264526 . CT TC 118.05 PASS AF=0.375;AO=32;DP=67;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0411194;FXX=0.164155;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.43;QD=8.43214;RBI=0.044789;REFB=-0.110738;REVB=0.0177553;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127505;STB=0.549248;STBP=0.583;TYPE=mnp;VARB=0.0464018;OID=.;OPOS=3264526;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:56:33:35:32:21:0.375:19:13:18:15:8:13:19:16 chr6 3285286 . A G 596.66 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0172461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9432;QD=28.0779;RBI=0.0495628;REFB=-0.0329241;REVB=-0.0464655;RO=32;SAF=23;SAR=30;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461808;STB=0.525125;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0220301;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:32:32:53:53:0.623529:30:23:16:16:30:23:16:16 chr6 3287118 . T C 155.08 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0264994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2896;QD=22.9755;RBI=0.0409832;REFB=-0.0821045;REVB=-0.0312634;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111394;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0519167;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:26:27:10:11:16:16:0.592593:7:9:4:6:7:9:4:7 chr6 3290198 . C A 89.76 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0510406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.182;QD=21.1191;RBI=0.0511491;REFB=-0.0549045;REVB=0.0033307;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5434;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0189107;OID=.;OPOS=3290198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:17:6:6:9:11:0.647059:6:3:2:4:6:5:2:4 chr6 3438738 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6842;QD=59.0163;RBI=0.0381222;REFB=0;REVB=0.0375565;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304064;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr6 3439595 . G GA 386.89 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7783;QD=41.826;RBI=0.214407;REFB=0;REVB=-0.199296;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00322293;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:37:37:0:14:23:0:0:7:0:14:21:0:0 chr6 3727811 . C G 380.68 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00226284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.515;QD=16.9191;RBI=0.0156673;REFB=-0.0174363;REVB=-0.015503;RO=50;SAF=16;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609562;STB=0.534229;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0286717;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:24:16:23:27:24:16:23:27 chr6 4057380 . C T 453.72 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00611049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.008;QD=25.2064;RBI=0.0118777;REFB=-0.0100892;REVB=-0.0101854;RO=29;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303785;STB=0.516626;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00702965;OID=.;OPOS=4057380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:24:19:14:15:24:19:14:15 chr6 4069166 . C T 339.76 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.085;QD=54.3612;RBI=0.00758541;REFB=0;REVB=-0.00643444;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112151;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr6 4074612 . A C 1284.76 PASS AF=0.945055;AO=84;DP=89;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0541897;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.853;QD=56.4729;RBI=0.0551112;REFB=0.0083255;REVB=0.0100364;RO=3;SAF=38;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140922;STB=0.507438;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000159505;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:89:91:3:5:84:86:0.945055:46:38:2:1:46:40:3:2 chr6 4428223 . C G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00554656;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.256;QD=8.25461;RBI=0.0121943;REFB=0.0026245;REVB=0.0108599;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00641372;OID=.;OPOS=4428223;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:6:6:3:3:6:6 chr6 4999011 . A G 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0127519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5671;QD=5.95645;RBI=0.057447;REFB=-0.00304415;REVB=-0.0560138;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311994;STB=0.70205;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00398143;OID=.;OPOS=4999011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:7:11:2:4:7:11 chr6 5086211 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.017;QD=46.848;RBI=0.0686807;REFB=0;REVB=0.0365356;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641456;OID=.;OPOS=5086211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr6 5086558 . C A 539.15 PASS AF=0.6125;AO=49;DP=80;FAO=49;FDP=80;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00919252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.126;QD=26.9577;RBI=0.0311607;REFB=-0.0254439;REVB=0.0297739;RO=31;SAF=20;SAR=29;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015544;STB=0.508471;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0138434;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:31:31:49:49:0.6125:29:20:12:19:29:20:12:19 chr6 5139012 . C A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6766;QD=42.1753;RBI=0.0744132;REFB=0;REVB=-0.0452463;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00646251;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 5260936 . A C 415.24 PASS AF=0.284264;AO=56;DP=197;FAO=56;FDP=197;FR=.;FRO=141;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=-0.0162951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.464;QD=8.43135;RBI=0.0528598;REFB=-0.0151615;REVB=-0.0502855;RO=138;SAF=33;SAR=23;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117941;STB=0.566966;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0556679;OID=.;OPOS=5260936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:138:141:56:56:0.284264:23:33:68:70:23:33:70:71 chr6 5431340 . A G 892.72 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106472;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.914;QD=56.6805;RBI=0.0281744;REFB=-0.238208;REVB=0.0260851;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145233;STB=0.50746;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0012547;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:61:62:0.984127:32:29:0:1:33:29:0:1 chr6 6320808 . T G 400.16 PASS AF=0.355072;AO=46;DP=136;FAO=49;FDP=138;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=46;FSRR=43;FWDB=-0.0561692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5561;QD=11.5988;RBI=0.0561769;REFB=0.00291607;REVB=0.000934174;RO=89;SAF=22;SAR=24;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044193;STB=0.5306;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00252017;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:89:89:46:49:0.355072:24:22:46:43:26:23:46:43 chr6 6321128 . T C 37.67 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.103;QD=8.86402;RBI=0.0043719;REFB=-0.00956672;REVB=-0.0043719;RO=10;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0359532;OID=.;OPOS=6321128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:17:10:11:6:6:0.352941:6:0:0:10:6:0:0:11 chr6 6938928 . C T 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1133;QD=63.2817;RBI=0.026177;REFB=0;REVB=0.0257406;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240273;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr6 7211818 . G A 325.6 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.00563592;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.882;QD=12.6448;RBI=0.0261737;REFB=-0.0130805;REVB=-0.0255597;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433759;STB=0.51881;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0196734;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:63:64:39:39:0.378641:17:22:38:25:17:22:38:26 chr6 7231770 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0641582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4448;QD=9.19973;RBI=0.0647648;REFB=-0.00264682;REVB=0.00884349;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351603;STB=0.711799;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.000767278;OID=.;OPOS=7231770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:3:10:3:4:3:10 chr6 7288544 . A C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.000709854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0284;QD=11.4387;RBI=0.0922539;REFB=0.0143652;REVB=0.0922512;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540018;STB=0.819168;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.013718;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:3:11:2:7:3:11 chr6 7289957 . CCA C 124.02 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0111015;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.106;QD=11.8109;RBI=0.0266857;REFB=-0.026126;REVB=-0.0242669;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=del;VARB=0.0319182;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:18:43:19:42:23:10:9:11:12:99:23:9:9:11:12 chr6 7295283 . T A 66.5 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0663;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3815;QD=11.0837;RBI=0.066481;REFB=-0.00865646;REVB=0.00490355;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212338;STB=0.62828;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.060504;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:7:8:3:6:7:8 chr6 7393452 . C T 377.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183308;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5026;QD=55.9718;RBI=0.00832615;REFB=0;REVB=-0.00812186;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33971e-05;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:7:20:0:0 chr6 7563983 . T G 1454.16 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252449;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7734;QD=63.2244;RBI=0.0503144;REFB=0;REVB=0.0435228;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360744;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:46:46:0:0 chr6 7572262 . A G 170.05 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0166207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.552;QD=10.0031;RBI=0.0171454;REFB=-0.0188337;REVB=-0.0042091;RO=45;SAF=3;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.445056;STB=0.721301;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0133254;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:45:22:23:0.338235:19:3:20:25:19:4:20:25 chr6 7576527 . G A 116.8 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0243957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6288;QD=11.1234;RBI=0.0279653;REFB=-0.00593742;REVB=0.0136713;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160611;STB=0.595107;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00615092;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:18:10:7:7:18:10 chr6 7577260 . C T 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0234035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8957;QD=14.1921;RBI=0.0274947;REFB=-0.00953067;REVB=-0.0144302;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149229;STB=0.58684;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.01345;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:10:12:6:9:10:12 chr6 7581636 . G A 197.55 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00895814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.162;QD=26.3398;RBI=0.0407415;REFB=-0.0216325;REVB=0.0397445;RO=11;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290455;STB=0.516112;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00881327;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:15:4:2:9:15:4:2:9 chr6 7585967 . G C 135.94 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0544816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.125;QD=17.5401;RBI=0.0545102;REFB=-0.0332075;REVB=-0.00176548;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0264299;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:16:12:15:0.483871:5:7:5:9:7:8:5:11 chr6 7601720 . C T 572.18 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0185852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2678;QD=31.3526;RBI=0.0239152;REFB=-0.0420876;REVB=-0.0150509;RO=23;SAF=15;SAR=35;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116937;STB=0.563441;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0193101;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:50:50:0.684932:35:15:11:12:35:15:11:12 chr6 7862631 . G C 189.02 PASS AF=0.316456;AO=21;DP=75;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0152639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.865;QD=9.57063;RBI=0.0167786;REFB=-0.0333693;REVB=-0.00696662;RO=54;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728734;STB=0.593833;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0607303;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:54:54:21:25:0.316456:10:11:25:29:10:15:25:29 chr6 7881754 . A T 308.36 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=97;FAO=40;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=14;FWDB=0.0943865;FXX=0.0204061;HRUN=9;LEN=1;MLLD=17.2902;QD=12.8483;RBI=0.0948551;REFB=0.0332842;REVB=-0.00941723;RO=32;SAF=23;SAR=6;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204528;STB=0.520428;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0234473;OID=.;OPOS=7881754;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:32:56:29:40:0.416667:6:23:20:12:9:31:42:14 chr6 7882752 . A C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0204729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.21;QD=11.5972;RBI=0.0207418;REFB=-0.00444621;REVB=0.00332881;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287731;STB=0.66073;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00727681;OID=.;OPOS=7882752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:3:9:10:10:3:9:11:10 chr6 7986847 . G A 227.73 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00422357;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5504;QD=15.7058;RBI=0.0053566;REFB=-0.0419017;REVB=-0.00329463;RO=32;SAF=5;SAR=21;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268335;STB=0.653847;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.047175;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:21:5:13:19:21:5:13:19 chr6 7988189 . T C 385.32 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.000997561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.762;QD=26.1233;RBI=0.0418241;REFB=-0.0249124;REVB=-0.0418122;RO=21;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526408;STB=0.536159;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0184625;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:22:37:37:0.627119:17:20:13:8:17:20:14:8 chr6 8015129 . T C 504.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-5.41642e-05;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.302;QD=59.328;RBI=0.0391048;REFB=0;REVB=0.0391048;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191822;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr6 8413890 . A G 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0167419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7133;QD=17.3755;RBI=0.0211006;REFB=-0.000123186;REVB=0.0128429;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00110002;OID=.;OPOS=8413890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:4:6:5:6:4:6 chr6 8430049 . G A 462.72 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.0195916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1584;QD=20.1181;RBI=0.0289762;REFB=-0.0251073;REVB=-0.0213492;RO=46;SAF=25;SAR=21;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194443;STB=0.607431;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0229394;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:21:25:15:31:21:25:15:31 chr6 8435454 . TCCCG CCCCG,CCCGC 514.17 PASS AF=0.613333,0;AO=26,4;DP=64;FAO=46,0;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=21,0;FSAR=25,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.158707,0.126018;FXX=0.0384566;HRUN=1,1;LEN=1,5;MLLD=127.316,72.9433;QD=27.4223;RBI=0.160799,0.126579;REFB=-0.0920454,-0.0896281;REVB=-0.0258535,-0.011902;RO=17;SAF=2,4;SAR=24,0;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.284125,0.753744;STB=0.551083,0.5;STBP=0.206,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0914313,0;OID=.,.;OPOS=8435454,8435454;OREF=T,TCCCG;OALT=C,CCCGC;OMAPALT=CCCCG,CCCGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:75:17:18:26,4:46,0:0.613333,0:24,0:2,4:4:13:25,0:21,0:5:13 chr6 9900599 . T TGAG 498.91 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.032608;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=3;MLLD=205.853;QD=23.4782;RBI=0.0390684;REFB=-0.0240118;REVB=0.0215188;RO=38;SAF=32;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314765;STB=0.501729;STBP=0.968;TYPE=ins;VARB=0.0241038;OID=.;OPOS=9900600;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552941:47:85:47:85:38:32:15:26:12:99:38:32:15:26:12 chr6 10439968 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0312515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.424;QD=12.3938;RBI=0.0328145;REFB=-0.0113847;REVB=-0.0100068;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987965;STB=0.571326;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0168231;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:8:6:12:11:8:6:13:11 chr6 10587038 . C G 403.08 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-9.95381e-06;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2571;QD=27.3272;RBI=0.0264331;REFB=-0.0343213;REVB=0.0264331;RO=20;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316252;STB=0.50847;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0199743;OID=.;OPOS=10587038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:21:38:38:0.644068:19:19:11:9:19:19:11:10 chr6 10729020 . C T 125.22 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.094086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8991;QD=10.435;RBI=0.0941556;REFB=0.0125939;REVB=0.00361781;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146524;STB=0.588114;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0312406;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:10:5:15:18:10:5:15:18 chr6 10753107 . T A 770.43 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.6574;QD=55.0306;RBI=0.0240016;REFB=-0.0645907;REVB=0.0208392;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00085909;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:24:31:0:0:24:31:1:0 chr6 10763312 . G A 272.63 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.136;QD=51.9291;RBI=0.0138837;REFB=0;REVB=0.0124225;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67664e-05;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:14:7:0:0 chr6 10764727 . A G 851.19 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.427;QD=57.7077;RBI=0.0192884;REFB=0;REVB=-0.0122487;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95648e-06;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr6 10891781 . C T 542.52 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439558;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.917;QD=60.2794;RBI=0.0319401;REFB=0;REVB=-0.0316361;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78189e-05;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr6 10955408 . C T 934.93 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0471375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2462;QD=56.6625;RBI=0.0694375;REFB=-0.0317865;REVB=0.0509864;RO=1;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111145;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00189034;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:42:22:0:1:43:22:0:1 chr6 10981053 . G A 279.61 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00516772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.802;QD=48.628;RBI=0.0166795;REFB=0.0424288;REVB=-0.0158587;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00032999;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:12:11:0:0:12:10:1:0 chr6 11105763 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.139;QD=54.5146;RBI=0.0120315;REFB=0;REVB=-0.00652963;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134085;OID=.;OPOS=11105763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr6 11185257 . A T 158.92 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608181;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7613;QD=42.3776;RBI=0.0613144;REFB=-0.0684247;REVB=0.0077862;RO=1;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233699;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:15:1:0:13:15:1:9:4:1:0:9:6:0:0 chr6 11190626 . A G 994.19 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00572995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.152;QD=57.6344;RBI=0.0073348;REFB=-0.0156225;REVB=0.00457897;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-2.72905e-06;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:0:1:30:38:0:1 chr6 11192575 . C T 754.34 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5381;QD=56.9316;RBI=0.0151645;REFB=0;REVB=0.00829183;RO=0;SAF=40;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48985e-05;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:13:40:0:0:13:40:0:0 chr6 11193860 . G A 1339.53 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00548682;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.853;QD=60.2034;RBI=0.0414822;REFB=-0.122122;REVB=0.0411177;RO=2;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236761;STB=0.506171;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000542987;OID=.;OPOS=11193860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:89:2:1:87:88:0.988764:39:48:0:2:40:48:0:1 chr6 11213832 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.27;QD=57.1772;RBI=0.050171;REFB=0;REVB=0.0477617;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110361;OID=.;OPOS=11213832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr6 11576130 . T C 613.51 PASS AF=0.913043;AO=41;DP=45;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00429266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.0629;QD=53.3485;RBI=0.0247011;REFB=-0.167534;REVB=0.0243253;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517811;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0112145;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:46:0:4:41:42:0.913043:23:18:0:0:23:19:1:3 chr6 11581374 . T C 211.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00015471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.899;QD=19.6897;RBI=0.0170993;REFB=-0.0214521;REVB=0.0170987;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117528;STB=0.566601;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0265598;OID=.;OPOS=11581374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:7:14:12:10:7:14:12:10 chr6 11644302 . T C 88.03 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5158;QD=39.1256;RBI=0.0449472;REFB=0;REVB=0.00549331;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00274841;OID=.;OPOS=11644302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr6 11644518 . C T 92.9 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00339534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4514;QD=9.52867;RBI=0.00556599;REFB=-0.0225046;REVB=0.00441043;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162897;STB=0.599822;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0617832;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:9:3:10:17:9:3:10:17 chr6 11723636 . C T 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0240682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.93;QD=10.1688;RBI=0.0426054;REFB=-0.0112497;REVB=-0.035156;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31541;STB=0.705559;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0158955;OID=.;OPOS=11723636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:20:22:11:11:0.333333:5:6:5:15:5:6:5:17 chr6 11770327 . GAAAAAATA GAAAAAAT,GAAAAATA 35.73 PASS AF=0.545455,0;AO=6,3;DP=22;FAO=12,0;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.175687,0.468682;FXX=0;HRUN=8,6;LEN=1,1;MLLD=6.78839,7.08313;QD=6.49677;RBI=0.208495,0.470712;REFB=0.066574,0.0868713;REVB=0.11227,-0.0436679;RO=4;SAF=2,0;SAR=4,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0648362,-0.642277;STB=0.533277,0.5;STBP=0.786,1;TYPE=del,del;VARB=0.0173564,0.0620865;OID=.,.;OPOS=11770335,11770328;OREF=A,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAAAT,GAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455,0:6,3:22:12,0:22:10:4,0:8,0:4:6:26:4:2,0:4,3:1:3 chr6 12120445 . A G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0116256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.765;QD=11.633;RBI=0.0126457;REFB=-0.00657684;REVB=-0.00497579;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.671317;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0109729;OID=.;OPOS=12120445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:5:11:4:6:5:11 chr6 12120588 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00194661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.982;QD=11.9536;RBI=0.0326222;REFB=0.00589443;REVB=-0.0325641;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244273;STB=0.650717;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00703864;OID=.;OPOS=12120588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:8:3:1:7:8:3 chr6 12122174 . A G 210.56 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0227747;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.378;QD=25.522;RBI=0.0450829;REFB=-0.030525;REVB=0.0389073;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257122;STB=0.642718;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0320094;OID=.;OPOS=12122174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:13:13:20:20:0.606061:12:8:10:3:12:8:10:3 chr6 12122645 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.731;QD=57.1748;RBI=0.0121018;REFB=0;REVB=0.00242019;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44586e-05;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr6 12122773 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0209375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.487;QD=12.7823;RBI=0.0216488;REFB=-0.000159605;REVB=0.0055036;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=5.28071e-05;OID=.;OPOS=12122773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr6 12124855 . G A 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0215579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.234;QD=28.8059;RBI=0.022902;REFB=0.00886928;REVB=0.00773033;RO=17;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116859;STB=0.564059;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00646473;OID=.;OPOS=12124855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:11:17:13:4:11:17:13:4 chr6 12164561 . C T 119.88 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00230374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.682;QD=17.126;RBI=0.0632465;REFB=-0.0101464;REVB=-0.0632045;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507764;STB=0.810268;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0221369;OID=.;OPOS=12164561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:12:12:0.428571:2:10:4:9:2:10:4:10 chr6 12294258 . A G 994.04 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0034868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.404;QD=57.6255;RBI=0.00678936;REFB=0.0899514;REVB=-0.0058256;RO=1;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150024;STB=0.507934;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000474893;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:31:37:0:1:31:37:0:1 chr6 13288648 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.256;QD=52.6132;RBI=0.0172623;REFB=0;REVB=-0.0126188;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75848e-06;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr6 13288679 . GCT G 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122858;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.769;QD=46.9843;RBI=0.14275;REFB=0;REVB=0.0726864;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00181186;OID=.;OPOS=13288680;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:14:14:0:6:8:0:0:4:0:6:8:0:0 chr6 13295502 . T C 877.35 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.53;QD=57.5314;RBI=0.0501794;REFB=0;REVB=0.0499439;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253622;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:29:32:0:0 chr6 13295515 . A C 874.85 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448738;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.584;QD=56.4418;RBI=0.0474924;REFB=-0.048126;REVB=0.0155522;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00041441;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:0:1:60:61:0.983871:29:31:0:0:30:31:0:1 chr6 13295536 . C T 902.56 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0778655;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.181;QD=58.2297;RBI=0.087479;REFB=0;REVB=0.0398691;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011631;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr6 13361088 . A G 315.59 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0116176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.667;QD=25.247;RBI=0.0336501;REFB=-0.0260311;REVB=-0.031581;RO=21;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238774;STB=0.644064;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0214923;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:20:8:12:9:20:8:13:9 chr6 13470113 . A T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1731;QD=55.0984;RBI=0.0663545;REFB=0;REVB=0.0609808;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807241;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr6 13547958 . C T 279.59 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00371135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4772;QD=48.6249;RBI=0.0260973;REFB=-0.0392942;REVB=0.025832;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00364257;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:6:15:1:0:6:16:1:0 chr6 13548165 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.209;QD=51.1844;RBI=0.0303485;REFB=0;REVB=0.0303147;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.71045e-05;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 13592091 . G A 1437.6 PASS AF=0.40874;AO=159;DP=390;FAO=159;FDP=389;FR=.;FRO=230;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=108;FSRR=122;FWDB=-0.000337868;FXX=0.00256404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.741;QD=14.7825;RBI=0.00375882;REFB=-0.0197773;REVB=0.0037436;RO=229;SAF=79;SAR=80;SRF=108;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267032;STB=0.516137;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0258052;OID=.;OPOS=13592091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:390:389:229:230:159:159:0.40874:80:79:108:121:80:79:108:122 chr6 13659079 . T G 149.73 PASS AF=0.277778;AO=7;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.112318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0155;QD=16.6365;RBI=0.198974;REFB=0.0371248;REVB=0.164242;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229881;STB=0.559872;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0528431;OID=.;OPOS=13659079;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:36:36:13:19:7:10:0.277778:1:6:11:2:2:8:14:5 chr6 13711279 . A G 674.55 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=107;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=50;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0174834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9404;QD=25.2167;RBI=0.0218756;REFB=-0.0082466;REVB=-0.0131481;RO=42;SAF=14;SAR=50;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175623;STB=0.59293;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00518246;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:42:43:64:64:0.598131:50:14:17:25:50:14:17:26 chr6 13794110 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.293;QD=58.1421;RBI=0.00918558;REFB=0;REVB=0.00488131;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.11571e-05;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr6 13801614 . GT AG,GC 37.75 PASS AF=0,0.26087;AO=2,6;DP=25;FAO=0,6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=0,4;FSAR=0,2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.029642,0.00430707;FXX=0.079968;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.529,66.7393;QD=6.56589;RBI=0.0391474,0.0716447;REFB=-0.0119156,-0.0107927;REVB=-0.0255709,0.0715152;RO=16;SAF=0,4;SAR=2,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.656611,-0.11206;STB=0.5,0.585943;STBP=1,0.665;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0459547;OID=.,.;OPOS=13801614,13801615;OREF=GT,T;OALT=AG,C;OMAPALT=AG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:25:23:16:17:2,6:0,6:0,0.26087:2,2:0,4:12:4:0,2:0,4:13:4 chr6 13978275 . A C 559.67 PASS AF=0.541667;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=96;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0250886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.564;QD=23.3198;RBI=0.0446354;REFB=-0.0156272;REVB=0.0369173;RO=43;SAF=25;SAR=27;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129248;STB=0.501604;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0131842;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:44:52:52:0.541667:27:25:20:23:27:25:21:23 chr6 13978618 . C G 195.08 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0521571;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.929;QD=23.646;RBI=0.0526602;REFB=-0.015998;REVB=0.00726133;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144517;STB=0.580563;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0127696;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:4:10:10:9:4:10 chr6 13978802 . TCTC T 240.34 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0313751;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.364;QD=20.454;RBI=0.032933;REFB=-0.0428304;REVB=0.0100094;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174479;STB=0.618682;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.027073;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489362:23:48:23:47:24:9:14:15:9:99:22:9:14:13:9 chr6 13978837 . G T 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00679063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.13;QD=23.9001;RBI=0.0171434;REFB=-0.0311125;REVB=-0.0157412;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128829;STB=0.571811;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0215768;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:17:10:12:11:17:10:12:11 chr6 13978854 . G T 241.67 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0251112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.323;QD=21.9699;RBI=0.0299963;REFB=-0.0335082;REVB=-0.0164075;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595626;STB=0.52172;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0198258;OID=.;OPOS=13978854;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:11:12:9:11:11:12:10:11 chr6 13979526 . A G 75.17 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00472027;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=256.58;QD=11.1363;RBI=0.0067478;REFB=-0.0070929;REVB=-0.00482201;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403938;STB=0.701309;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0133906;OID=.;OPOS=13979526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:11:17:9:10:0.37037:7:2:7:4:8:2:8:9 chr6 13980527 . G A 142.88 PASS AF=0.247059;AO=21;DP=85;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00556976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.638;QD=6.72391;RBI=0.0097362;REFB=-0.0110789;REVB=-0.0079857;RO=61;SAF=11;SAR=10;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123075;STB=0.576852;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0336356;OID=.;OPOS=13980527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:64:21:21:0.247059:10:11:38:23:10:11:40:24 chr6 14131854 . A G 187.99 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0090366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.584;QD=8.95166;RBI=0.00978966;REFB=-0.00690606;REVB=-0.00376528;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211283;STB=0.512514;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0137917;OID=.;OPOS=14131854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:59:25:25:0.297619:11:14:32:27:11:14:32:27 chr6 15496662 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0182312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.443;QD=7.32291;RBI=0.0210265;REFB=0.00299651;REVB=0.0104755;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235288;STB=0.642486;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00635028;OID=.;OPOS=15496662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:1:13:5:1:1:13 chr6 15497224 . ATCCCCCCT ATCCCCCTC,CATCCCCCT 89.17 PASS AF=0.121951,0;AO=9,4;DP=82;FAO=10,0;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=47;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0722969,-0.0248106;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,3;MLLD=15.3715,89.5432;QD=4.34955;RBI=0.074337,0.0249574;REFB=-0.125541,-0.0148375;REVB=-0.0172959,0.0027025;RO=24;SAF=1,4;SAR=8,0;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.279887,0.732136;STB=0.839199,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0946882,0;OID=.,.;OPOS=15497231,15497224;OREF=CT,ATC;OALT=TC,CAT;OMAPALT=ATCCCCCTC,CATCCCCCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:82:82:24:47:9,4:10,0:0.121951,0:8,0:1,4:6:18:9,0:1,0:20:27 chr6 15513482 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9161;QD=50.4131;RBI=0.0721943;REFB=0;REVB=0.0716765;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157087;OID=.;OPOS=15513482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr6 15520911 . GACACA GACA,GACACG 234.17 PASS AF=0.384615,0.205128;AO=15,7;DP=41;FAO=15,8;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11,6;FSAR=4,2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0621082,0.00975159;FXX=0.0487686;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=117.618,56.5107;QD=24.0171;RBI=0.0749017,0.0376639;REFB=-0.0273328,-0.0196069;REVB=-0.0418669,-0.0363796;RO=14;SAF=11,5;SAR=4,2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0926745,0.0885977;STB=0.601846,0.642474;STBP=0.329,0.335;TYPE=del,snp;VARB=0.0230347,0.0324858;OID=.,.;OPOS=15520912,15520916;OREF=AC,A;OALT=-,G;OMAPALT=GACA,GACACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0.205128:15,7:41:15,8:39:16:11,6:4,2:9:7:99:14:11,5:4,2:9:5 chr6 15533878 . C T 310.91 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0101897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8972;QD=21.442;RBI=0.020994;REFB=-0.0120147;REVB=-0.0183552;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081517;STB=0.540515;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00645877;OID=.;OPOS=15533878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:26:32:32:0.551724:20:12:11:12:20:12:12:14 chr6 15586009 . G T 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.816;QD=59.8503;RBI=0.0262091;REFB=0;REVB=0.00700438;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.30098e-05;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr6 16145325 . A G 831.96 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0116426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.674;QD=52.8229;RBI=0.0146466;REFB=-0.0700012;REVB=0.00888663;RO=3;SAF=24;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247936;STB=0.513153;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000777586;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:36:24:2:1:36:24:2:1 chr6 16148176 . G A 145.46 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00326534;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.069;QD=8.81602;RBI=0.00357147;REFB=-0.0157292;REVB=0.0014467;RO=45;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334708;STB=0.690082;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0312137;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:45:46:20:20:0.30303:7:13:16:29:7:13:17:29 chr6 16290761 . T A 1120.2 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050815;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.156;QD=60.5512;RBI=0.0592242;REFB=0;REVB=0.0304194;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116046;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:35:39:0:0:35:39:0:0 chr6 16306866 . G A 463.75 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00663661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.325;QD=30.4096;RBI=0.00964004;REFB=-0.0210258;REVB=0.00699183;RO=19;SAF=27;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711502;STB=0.538635;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0100302;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:19:19:42:42:0.688525:15:27:10:9:15:27:10:9 chr6 16327531 . CGGGGC CGGG,CGGGC 69.12 PASS AF=0.473684,0.0526316;AO=5,4;DP=20;FAO=9,1;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2,1;FSAR=7,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.154946,-0.0787782;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=25.7695,15.3514;QD=14.5515;RBI=0.188523,0.0875167;REFB=-0.11181,-0.0450642;REVB=0.10739,0.0381203;RO=10;SAF=2,1;SAR=3,3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0.418605,0.418605;SSEP=0,0;SSSB=-0.105052,-0.282644;STB=0.636033,0.990139;STBP=0.321,0.495;TYPE=del,del;VARB=0.119934,0.0696332;OID=.,.;OPOS=16327535,16327532;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0.0526316:5,4:20:9,1:19:9:2,1:7,0:4:5:58:10:2,1:3,3:5:5 chr6 16327615 . A G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.371;QD=58.5782;RBI=0.0545827;REFB=0;REVB=0.0545412;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215343;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr6 16328068 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00858345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.974;QD=18.6437;RBI=0.00858345;REFB=-0.0155225;REVB=0;RO=13;SAF=14;SAR=0;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00978167;OID=.;OPOS=16328068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:0:14:13:0:0:14:13:0 chr6 17543302 . A G 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.00613938;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=290.797;QD=16.6322;RBI=0.00745248;REFB=0.00135337;REVB=-0.00422462;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175626;STB=0.597993;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0014626;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:19:15:11:30:19:15:11:30 chr6 17629616 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0054248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.594;QD=16.4266;RBI=0.0144355;REFB=-0.0178466;REVB=-0.0133775;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177484;STB=0.603574;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0184086;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:5:6:8:3:5:6 chr6 17633061 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.769;QD=57.2016;RBI=0.0184002;REFB=0;REVB=-0.0158173;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132359;OID=.;OPOS=17633061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr6 17665479 . G C 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0087759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.289;QD=7.27142;RBI=0.00987171;REFB=-0.00100408;REVB=0.00452044;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257135;STB=0.657229;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00164053;OID=.;OPOS=17665479;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:19:6:4:5:19:6 chr6 17688798 . G A 373.05 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0165143;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.091;QD=20.1646;RBI=0.0236873;REFB=-0.014616;REVB=-0.0169813;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134372;STB=0.515144;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0140606;OID=.;OPOS=17688798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:36:38:38:0.513514:21:17:16:21:21:17:15:21 chr6 17737690 . T A 109.54 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0263188;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.4561;QD=14.6049;RBI=0.0418332;REFB=-0.00857155;REVB=-0.0325167;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226252;STB=0.632221;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00758204;OID=.;OPOS=17737690;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:8:9:4:9:8:9 chr6 17764530 . C T 674.8 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4285;QD=59.9822;RBI=0.0412433;REFB=-0.0668714;REVB=-0.017865;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00119588;OID=.;OPOS=17764530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:25:19:0:0:25:19:0:1 chr6 17773796 . A G 160.53 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0243991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.802;QD=18.3457;RBI=0.026473;REFB=-0.0125141;REVB=0.0102714;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764494;STB=0.543347;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0118852;OID=.;OPOS=17773796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:11:6:5:13:11:6:5:13 chr6 17794494 . G A 543.3 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.00614934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.481;QD=22.6376;RBI=0.00789967;REFB=-0.0311083;REVB=0.00495888;RO=44;SAF=26;SAR=25;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492239;STB=0.531902;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0303893;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:44:45:51:51:0.53125:25:26:25:19:25:26:26:19 chr6 18122505 . G GA 143.56 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170009;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.142;QD=44.1712;RBI=0.178561;REFB=0;REVB=-0.0545983;RO=12;SAF=0;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532086;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000615029;OID=.;OPOS=18122506;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:13:13:0:5:8:0:0:4:12:0:2:5:7 chr6 18122506 . G A 105.59 PASS AF=0.846154;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0817219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.625;QD=32.4884;RBI=0.0822289;REFB=-0.120651;REVB=0.00911716;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111763;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00379741;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:13:2:2:10:11:0.846154:7:3:0:2:6:5:0:2 chr6 18139214 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.571;QD=57.2376;RBI=0.0559378;REFB=0;REVB=-0.0548048;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207858;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr6 18188091 . T C 306.92 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0263615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.958;QD=11.6921;RBI=0.031818;REFB=-0.0152615;REVB=-0.0178173;RO=67;SAF=14;SAR=24;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108733;STB=0.562467;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0218883;OID=.;OPOS=18188091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:24:14:31:36:24:14:31:36 chr6 18215303 . T C 2829.48 PASS AF=0.994505;AO=181;DP=182;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.682;QD=62.1864;RBI=0.0537358;REFB=-0.0460338;REVB=0.0377188;RO=0;SAF=81;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502487;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000129268;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:182:182:0:1:181:181:0.994505:100:81:0:0:100:81:0:1 chr6 18237661 . C T 293.92 PASS AF=0.477612;AO=28;DP=63;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.012629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.755;QD=17.5476;RBI=0.0168397;REFB=-0.0155272;REVB=0.0111394;RO=35;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265607;STB=0.631888;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0178972;OID=.;OPOS=18237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:67:35:35:28:32:0.477612:10:18:13:22:12:20:13:22 chr6 18264210 . G A 216.35 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.114876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.122;QD=22.1892;RBI=0.126163;REFB=-0.00613641;REVB=0.0521604;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.677798;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.015556;OID=.;OPOS=18264210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:13:5:14:7:13:5 chr6 18466677 . A T 305.1 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0873563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1325;QD=46.9388;RBI=0.0886038;REFB=-0.105246;REVB=0.0148159;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0268319;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:1:1:12:12:1:1 chr6 18466750 . C T 837.45 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00423295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.443;QD=55.8301;RBI=0.0306508;REFB=-0.0888327;REVB=0.0303571;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000134005;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:27:32:0:0:27:32:0:1 chr6 20282269 . T C 308.8 PASS AF=0.962963;AO=23;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.598;QD=45.7474;RBI=0.0418005;REFB=-0.167674;REVB=0.0399273;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.538431;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0017717;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:27:0:1:23:26:0.962963:6:17:0:0:6:20:0:1 chr6 20492995 . T C 405.49 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.948;QD=52.3208;RBI=0.0660484;REFB=-0.0550117;REVB=0.0652669;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160162;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:0:0:28:31:1:15:13:0:0:18:13:0:0 chr6 20599628 . C T 451.87 PASS AF=0.54321;AO=43;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0201437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.167;QD=22.3146;RBI=0.0216934;REFB=-0.0234611;REVB=0.00805199;RO=36;SAF=20;SAR=23;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172007;STB=0.520554;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0222493;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:36:37:43:44:0.54321:23:20:16:20:23:21:16:21 chr6 21201493 . G A 504.35 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0170503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.612;QD=25.2177;RBI=0.0247679;REFB=-0.0161295;REVB=-0.0179649;RO=33;SAF=17;SAR=30;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973826;STB=0.553359;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0153102;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:33:47:47:0.5875:30:17:16:17:30:17:16:17 chr6 22136879 . G T 760.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.384;QD=63.408;RBI=0.044694;REFB=0;REVB=0.0329146;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58347e-05;OID=.;OPOS=22136879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr6 22287745 . C T 840.81 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000625517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6979;QD=57.0042;RBI=0.00536872;REFB=0;REVB=0.00533215;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34098e-05;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr6 22570189 . T C 94.43 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0156001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.834;QD=10.4923;RBI=0.0853479;REFB=-0.0225215;REVB=-0.08391;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460742;STB=0.780737;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0196462;OID=.;OPOS=22570189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:2:10:11:13:2:10:11:13 chr6 24147409 . C A 309.44 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0906692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4369;QD=28.7848;RBI=0.0910793;REFB=-0.0423796;REVB=-0.00863403;RO=16;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180825;STB=0.599244;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0269861;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:14:13:12:4:14:13:12:4 chr6 24147483 . A G 190.88 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0744379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.615;QD=11.5686;RBI=0.0792814;REFB=-0.01023;REVB=-0.0272862;RO=42;SAF=21;SAR=3;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487594;STB=0.788932;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0331267;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:3:21:22:20:3:21:22:20 chr6 24174955 . G C 870.46 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276106;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4501;QD=58.0309;RBI=0.0309407;REFB=0;REVB=0.0139637;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145847;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr6 24291203 . T C 545.45 PASS AF=1;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682052;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4365;QD=60.6053;RBI=0.0735576;REFB=0;REVB=0.0275459;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128707;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr6 24353515 . C A 142.25 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0422272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9158;QD=15.806;RBI=0.0423326;REFB=0.00439249;REVB=-0.00298578;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.583232;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00292102;OID=.;OPOS=24353515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:15:16:0.444444:7:8:13:7:8:8:13:7 chr6 24403377 . C T 1177.92 PASS AF=0.583784;AO=106;DP=184;FAO=108;FDP=185;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=68;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0458779;FXX=0.00537606;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2878;QD=25.4686;RBI=0.0859222;REFB=-0.0193723;REVB=0.0726487;RO=77;SAF=40;SAR=66;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000606095;STB=0.502786;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0140638;OID=.;OPOS=24403377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:185:77:77:106:108:0.583784:66:40:29:48:68:40:29:48 chr6 24412530 . G T 767.7 PASS AF=0.576;AO=72;DP=125;FAO=72;FDP=125;FR=.;FRO=53;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00332867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.033;QD=24.5664;RBI=0.00532662;REFB=-0.0188356;REVB=0.00415846;RO=53;SAF=40;SAR=32;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508535;STB=0.52772;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0124709;OID=.;OPOS=24412530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:53:53:72:72:0.576:32:40:26:27:32:40:26:27 chr6 24437445 . G A 789.7 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024127;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.746;QD=55.4175;RBI=0.0485586;REFB=-0.157907;REVB=0.0421406;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00155764;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:28:28:0:0:28:28:1:0 chr6 24445829 . G A 124.07 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.03878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.879;QD=7.5195;RBI=0.0426918;REFB=-0.0132762;REVB=-0.0178524;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405595;STB=0.540495;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0413493;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:48:18:18:0.272727:10:8:22:24:10:8:24:24 chr6 24489652 . C T 332.78 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0350678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2821;QD=22.9504;RBI=0.0480588;REFB=-0.0229897;REVB=0.0328618;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174681;STB=0.599945;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0137988;OID=.;OPOS=24489652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:33:34:0.586207:19:14:5:19:19:15:5:19 chr6 24489741 . A C 325.51 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000772003;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.813;QD=24.5667;RBI=0.000801471;REFB=-0.0463249;REVB=0.00021533;RO=20;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670299;STB=0.547389;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0329443;OID=.;OPOS=24489741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:32:32:0.603774:19:13:10:10:19:13:11:10 chr6 24503590 . C T 317.21 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0203097;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.206;QD=17.8709;RBI=0.0218268;REFB=-0.0232073;REVB=0.00799546;RO=37;SAF=12;SAR=22;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788156;STB=0.544143;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0258114;OID=.;OPOS=24503590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:22:12:16:21:22:12:16:21 chr6 24596478 . T G 435.75 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00210308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8073;QD=54.4684;RBI=0.0625982;REFB=0.00145183;REVB=0.0625629;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000513665;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:1:0:15:16:1:0 chr6 24653273 . G C 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00653757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.937;QD=23.1236;RBI=0.0112592;REFB=-0.0300126;REVB=0.00916682;RO=22;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249917;STB=0.50138;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209635;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:19:11:8:14:19:11:8:14 chr6 24653376 . G A 278.78 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00922643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.888;QD=21.8653;RBI=0.0111853;REFB=-0.0147456;REVB=-0.00632323;RO=22;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223774;STB=0.633707;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00640213;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:18:10:14:8:18:10:15:8 chr6 24780892 . A C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00233196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.792;QD=15.2623;RBI=0.0193992;REFB=-0.0205187;REVB=0.0192585;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0358218;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:8:8:7:6:8:8 chr6 24804808 . G C 128.25 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.03057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.181;QD=12.2143;RBI=0.0308297;REFB=0.00412794;REVB=0.0039931;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359716;STB=0.533289;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0100358;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:7:8:13:13:7:8:13:14 chr6 24804860 . G T 210.22 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0220743;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.499;QD=15.5717;RBI=0.041011;REFB=-0.0123147;REVB=0.0345634;RO=30;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170092;STB=0.596252;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0154151;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:11:13:11:19:11:13:11:19 chr6 24818785 . A G 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.784;QD=57.2354;RBI=0.0103194;REFB=0;REVB=0.00189968;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3556e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chr6 24825511 . A G 1004.82 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00861191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8895;QD=56.6093;RBI=0.0158744;REFB=-0.0571138;REVB=0.0133354;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113915;STB=0.505881;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00403722;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:41:28:0:1:42:28:0:1 chr6 24869300 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00053353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.699;QD=23.094;RBI=0.0102321;REFB=-0.0103017;REVB=-0.0102182;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312094;STB=0.660821;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00439337;OID=.;OPOS=24869300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:12:5:8:3:12:5:8:4 chr6 25084718 . A G 572.84 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0163207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3631;QD=22.6867;RBI=0.0677627;REFB=-0.00196561;REVB=0.0657679;RO=45;SAF=19;SAR=37;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217717;STB=0.619541;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00265862;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:37:19:27:18:37:19:27:18 chr6 25106745 . A G 188.93 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0652082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.265;QD=20.992;RBI=0.0652319;REFB=-0.00758894;REVB=-0.00175636;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809967;STB=0.545409;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0103857;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:4:13:13:6:4:13 chr6 25420344 . C G 1485.95 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=98;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0190911;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.337;QD=61.2762;RBI=0.0191917;REFB=-0.113805;REVB=-0.00196203;RO=2;SAF=48;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193458;STB=0.510202;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000453546;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:97:2:2:95:95:0.979381:47:48:2:0:47:48:2:0 chr6 25472737 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.000602125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.949;QD=12.2166;RBI=0.00556399;REFB=-0.013857;REVB=-0.00553131;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327536;STB=0.694083;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0253557;OID=.;OPOS=25472737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:12:15:4:11:12:15 chr6 25511008 . C CAT,T 127.25 PASS AF=0.365854,0;AO=10,2;DP=45;FAO=15,0;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0343024,-0.0130152;FXX=0.0238039;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=186.413,42.1852;QD=12.4144;RBI=0.0346956,0.0130366;REFB=-0.0119499,-0.0214983;REVB=-0.00520891,-0.000745491;RO=26;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0730335,-0.493968;STB=0.527832,0.5;STBP=0.819,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0229363,0;OID=.,.;OPOS=25511009,25511008;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:41:26:26:10,2:15,0:0.365854,0:4,2:6,0:14:12:8,0:7,0:11:15 chr6 25600602 . A G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0151387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=173.258;QD=14.132;RBI=0.0154848;REFB=-0.00895882;REVB=-0.00325593;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13593;STB=0.578864;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0158312;OID=.;OPOS=25600602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:14:17:8:11:14:17 chr6 25600662 . C T 403.35 PASS AF=0.639344;AO=38;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0139166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.272;QD=26.4493;RBI=0.0166008;REFB=-0.0391281;REVB=0.00905059;RO=22;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103209;STB=0.559555;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0148201;OID=.;OPOS=25600662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:38:39:0.639344:23:15:12:10:24:15:12:10 chr6 25605091 . G A 683.01 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0183258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9362;QD=52.5389;RBI=0.0263907;REFB=-0.0950855;REVB=-0.0189904;RO=2;SAF=18;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494652;STB=0.526305;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00927573;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:32:18:2:0:32:18:2:0 chr6 25691362 . C T 232.28 PASS AF=0.253731;AO=34;DP=134;FAO=34;FDP=134;FR=.;FRO=100;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0844858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.559;QD=6.93369;RBI=0.0852923;REFB=-0.00254435;REVB=-0.0117016;RO=97;SAF=9;SAR=25;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152676;STB=0.60004;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00508399;OID=.;OPOS=25691362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:97:100:34:34:0.253731:25:9:36:61:25:9:38:62 chr6 25726675 . G A 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0011445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.169;QD=19.2766;RBI=0.0170174;REFB=-0.0162531;REVB=0.0169789;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426559;STB=0.52371;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0156802;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:13:20:19:15:13:20 chr6 25727265 . C T 304.57 PASS AF=0.515625;AO=31;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0051446;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.003;QD=19.0353;RBI=0.00514762;REFB=-0.0222514;REVB=-0.000176307;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100226;STB=0.549104;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0167924;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:31:31:33:0.515625:17:14:11:21:18:15:11:20 chr6 25727334 . C T 448.74 PASS AF=0.52381;AO=45;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.021955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5467;QD=21.3686;RBI=0.0519548;REFB=0.000630335;REVB=-0.047088;RO=38;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111645;STB=0.579791;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.000996338;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:40:45:44:0.52381:20:25:16:22:19:25:16:24 chr6 25727517 . G A 98.68 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.096226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.619;QD=17.9426;RBI=0.0962261;REFB=0.000892581;REVB=0.000151435;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327076;STB=0.631344;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000987126;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:10:10:11:12:0.545455:9:2:5:5:9:3:5:5 chr6 25769349 . T C 668.93 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0100845;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1769;QD=52.4647;RBI=0.0114383;REFB=-0.0103357;REVB=0.00539785;RO=3;SAF=22;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599513;STB=0.52173;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00544986;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:3:2:49:49:0.960784:27:22:3:0:27:22:2:0 chr6 25777062 . C A 604.95 PASS AF=0.613636;AO=54;DP=88;FAO=54;FDP=88;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00388778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.123;QD=27.4978;RBI=0.027685;REFB=-0.0427469;REVB=0.0274107;RO=34;SAF=28;SAR=26;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131501;STB=0.507158;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0381007;OID=.;OPOS=25777062;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:34:34:54:54:0.613636:26:28:17:17:26:28:17:17 chr6 25813150 . G A 483.24 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.829;QD=58.5739;RBI=0.0325702;REFB=0;REVB=-0.00614242;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166192;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 25849620 . A G 972.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1408;QD=58.9575;RBI=0.0860365;REFB=0;REVB=0.0824056;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925286;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr6 25914801 . G A 728.71 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00253989;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.375;QD=52.9972;RBI=0.0783484;REFB=0.0222487;REVB=-0.0783073;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325731;STB=0.501729;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00161671;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:24:29:1:1:24:29:1:1 chr6 25914901 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.521;QD=57.7119;RBI=0.0137406;REFB=0;REVB=0.00554699;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58843e-05;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:34:25:0:0 chr6 25916979 . C A,T 800.2 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=4,53;DP=57;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=4,27;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853244,-0.00947937;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.249,103.093;QD=56.1542;RBI=0.0346128,0.0133005;REFB=0,0;REVB=-0.0335447,-0.00932977;RO=0;SAF=4,27;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0349138,-0.00594966;OID=.,.;OPOS=25916979,25916979;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:57:57:0:0:4,53:4,53:0.0701754,0.929825:0,26:4,27:0:0:0,26:4,27:0:0 chr6 25967068 . C T 1486.27 PASS AF=0.979381;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0307895;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.232;QD=61.2895;RBI=0.0324738;REFB=-0.175622;REVB=0.0103226;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000898456;OID=.;OPOS=25967068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:97:0:2:92:95:0.979381:41:51:0:0:41:54:0:2 chr6 26027433 . G A 657.39 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.026184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.738;QD=50.5682;RBI=0.026184;REFB=-0.173338;REVB=-3.34129e-06;RO=3;SAF=17;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377433;STB=0.520094;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00299757;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:32:17:2:1:32:17:2:1 chr6 26033506 . G A 1035.18 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.001;QD=59.1531;RBI=0.0235357;REFB=0;REVB=-0.019621;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45528e-05;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:36:33:0:0:36:34:0:0 chr6 26033546 . A T 193.67 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00920709;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.835;QD=9.93188;RBI=0.0267958;REFB=-0.0232179;REVB=-0.0251644;RO=50;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683778;STB=0.532761;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0467241;OID=.;OPOS=26033546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:53:25:25:0.320513:12:13:23:27:12:13:25:28 chr6 26044369 . A G 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.731;QD=59.4899;RBI=0.0318832;REFB=0;REVB=0.0316875;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105764;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr6 26045929 . T C 1008.34 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0338;QD=59.3139;RBI=0.0328594;REFB=0;REVB=-0.0195831;RO=0;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350078;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:42:26:0:0:42:26:0:0 chr6 26056070 . TTG CTC,TCG,TTC 682.71 PASS AF=0,0.0196078,0.980392;AO=5,2,17;DP=51;FAO=0,1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,32;FSAR=0,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0638598,-0.0516231,-0.00580456;FXX=0.0192271;HRUN=2,2,3;LEN=3,1,1;MLLD=128.798,128.607,153.916;QD=53.5459;RBI=0.0799765,0.0672167,0.0409798;REFB=0,0,0;REVB=0.0481475,0.0430482,0.0405666;RO=0;SAF=5,2,0;SAR=0,0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,-0.155616,0.00145666;OID=.,.,.;OPOS=26056070,26056071,26056072;OREF=TTG,T,G;OALT=CTC,C,C;OMAPALT=CTC,TCG,TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:5:51:51:0:0:5,2,17:0,1,50:0,0.0196078,0.980392:0,0,17:5,2,0:0:0:0,0,18:0,1,32:0:0 chr6 26056549 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.991;QD=57.1774;RBI=0.0134229;REFB=0;REVB=3.36468e-05;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90535e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr6 26104280 . T C 1339.67 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5666;QD=62.3101;RBI=0.053199;REFB=0;REVB=-0.0513762;RO=0;SAF=50;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217504;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:36:50:0:0:36:50:0:0 chr6 26108282 . C G 564.21 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.385;QD=57.8672;RBI=0.0681299;REFB=-0.137478;REVB=0.0629673;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00287308;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:17:20:0:1:17:21:0:1 chr6 26184102 . G A 165.1 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0155697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.699;QD=12.4605;RBI=0.0251671;REFB=-0.0381966;REVB=0.0197728;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375975;STB=0.5218;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0747941;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:17:16:9:11:17:16 chr6 26199454 . C T 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0131841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.8;QD=16.881;RBI=0.0489567;REFB=-0.00566591;REVB=0.047148;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.56423;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00681353;OID=.;OPOS=26199454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:9:7:8:7:10:7 chr6 26199822 . A G 349.47 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.00513812;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.139;QD=15.1945;RBI=0.00558071;REFB=-0.00196128;REVB=0.00217809;RO=52;SAF=14;SAR=23;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280019;STB=0.655961;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00242015;OID=.;OPOS=26199822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:52:54:37:38:0.413043:23:14:34:18:23:15:36:18 chr6 26200083 . A G 294.8 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118021;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.81;QD=53.5992;RBI=0.0154419;REFB=0;REVB=-0.00995797;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457623;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr6 26200256 . C T 536.45 PASS AF=0.657534;AO=48;DP=73;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00278171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.57;QD=29.3943;RBI=0.048332;REFB=0.00141791;REVB=-0.0482519;RO=25;SAF=25;SAR=23;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152563;STB=0.58258;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00102844;OID=.;OPOS=26200256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:25:48:48:0.657534:23:25:19:6:23:25:19:6 chr6 26200518 . G A 440.87 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00834227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4947;QD=22.3223;RBI=0.0211321;REFB=-0.0176618;REVB=-0.0194158;RO=36;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325728;STB=0.517943;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00947381;OID=.;OPOS=26200518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:21:22:17:19:21:22:17:19 chr6 26205052 . G A 501.4 PASS AF=0.578313;AO=47;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.012742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1037;QD=24.1637;RBI=0.0874422;REFB=-0.0109114;REVB=0.0865088;RO=36;SAF=26;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00189048;STB=0.508393;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0118671;OID=.;OPOS=26205052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:35:47:48:0.578313:21:26:20:16:21:27:19:16 chr6 26205293 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.56;QD=49.599;RBI=0.0226568;REFB=0;REVB=0.0201851;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46532e-05;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr6 26205604 . C T 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00254965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.305;QD=27.3143;RBI=0.0179121;REFB=-0.0179428;REVB=0.0177297;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600218;STB=0.533301;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0136315;OID=.;OPOS=26205604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:7:14:7:5:7:14:7:5 chr6 26205718 . T C 140.11 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0099069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.16;QD=20.7575;RBI=0.0121587;REFB=-0.00706253;REVB=-0.007049;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.597866;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00436741;OID=.;OPOS=26205718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:11:12:15:15:0.555556:8:7:3:8:8:7:3:9 chr6 26205939 . A AG 278.34 PASS AF=0.606557;AO=35;DP=63;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0383955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0179;QD=18.2521;RBI=0.0405132;REFB=0.0162605;REVB=0.012927;RO=26;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785244;STB=0.527516;STBP=0.631;TYPE=ins;VARB=-0.0135265;OID=.;OPOS=26205940;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606557:35:63:37:61:24:19:18:14:10:99:26:18:17:16:10 chr6 26206074 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00756015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.882;QD=11.9533;RBI=0.00954602;REFB=-0.0420568;REVB=-0.00582842;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00946919;OID=.;OPOS=26206074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:6:5:3:5:6:5 chr6 26216584 . C T 331.54 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00785786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.376;QD=18.678;RBI=0.0139401;REFB=-0.0092007;REVB=0.0115143;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154222;STB=0.577342;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0105004;OID=.;OPOS=26216584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:16:18:13:23:17:18:13:23 chr6 26234883 . AG GA,GG 368.97 PASS AF=0,0.513514;AO=3,36;DP=75;FAO=0,38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=0,16;FSAR=0,22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0441104,-0.023787;FXX=0.0133316;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=96.8708,170.621;QD=19.9443;RBI=0.0459774,0.0402938;REFB=-0.035548,-0.0222455;REVB=0.0129691,0.0325233;RO=35;SAF=0,16;SAR=3,20;SRF=16;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.507331,-0.0113816;STB=0.5,0.511622;STBP=1,0.868;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0191197;OID=.,.;OPOS=26234883,26234883;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:74:35:36:3,36:0,38:0,0.513514:3,20:0,16:16:19:0,22:0,16:16:20 chr6 26234952 . A G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0553805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.63;QD=13.8995;RBI=0.0555216;REFB=-0.00593053;REVB=-0.00395567;RO=34;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364856;STB=0.520816;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.01158;OID=.;OPOS=26234952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:14:10:13:21:14:10:13:21 chr6 26240752 . C T 155.39 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0324271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.519;QD=25.8983;RBI=0.0327836;REFB=-0.0497902;REVB=-0.00482138;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381514;STB=0.52125;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.017558;OID=.;OPOS=26240752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:24:8:8:16:16:0.666667:7:9:5:3:7:9:5:3 chr6 26285560 . A G 838.32 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00621889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.547;QD=55.888;RBI=0.0518536;REFB=-0.104937;REVB=0.0514793;RO=1;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000967209;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:33:26:0:1:33:26:0:1 chr6 26285683 . T C 724.46 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.091;QD=62.9961;RBI=0.0791762;REFB=0;REVB=-0.00467218;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262199;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:38:46:1:27:11:0:0:28:18:0:0 chr6 26285744 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.006;QD=21.1726;RBI=0.010059;REFB=-0.0326286;REVB=0.010059;RO=8;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0227023;OID=.;OPOS=26285744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:12:0:0:8:12:0:0:8 chr6 26286744 . C T 565.95 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0372159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1559;QD=50.3064;RBI=0.0568067;REFB=-0.028382;REVB=-0.0429182;RO=3;SAF=23;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122699;STB=0.52576;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0102417;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:3:5:40:40:0.888889:17:23:2:1:17:23:4:1 chr6 26299895 . A C 565.44 PASS AF=0.388235;AO=66;DP=170;FAO=66;FDP=170;FR=.;FRO=104;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.0125288;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.147;QD=13.3045;RBI=0.0246446;REFB=-0.00468375;REVB=-0.0212223;RO=103;SAF=44;SAR=22;SRF=56;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140977;STB=0.583307;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0121619;OID=.;OPOS=26299895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:103:104:66:66:0.388235:22:44:56:47:22:44:56:48 chr6 26299900 . C G,T 2436.2 PASS AF=0.0402299,0.942529;AO=6,150;DP=159;FAO=7,164;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=3,96;FSAR=4,68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00728157,-0.00698052;FXX=0.011363;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.817,55.8175;QD=56.0045;RBI=0.0262328,0.0193062;REFB=0.0281265,-0.0381311;REVB=-0.025202,-0.018;RO=1;SAF=3,95;SAR=3,55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123249,-0.00498096;STB=0.571224,0.501505;STBP=0.617,0.788;TYPE=snp,snp;VARB=0.0733513,0.0116707;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:159:174:1:3:6,150:7,164:0.0402299,0.942529:3,55:3,95:1:0:4,68:3,96:2:1 chr6 26299901 . G T 58.09 PASS AF=0.0944444;AO=16;DP=178;FAO=17;FDP=180;FR=.;FRO=163;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=103;FSRR=60;FWDB=-0.0239661;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.5344;QD=1.29098;RBI=0.0349662;REFB=-0.0162493;REVB=0.025461;RO=162;SAF=2;SAR=14;SRF=102;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550881;STB=0.912625;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0247404;OID=.;OPOS=26299901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:178:180:162:163:16:17:0.0944444:14:2:102:60:15:2:103:60 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 470.28 PASS AF=0.833333;AO=35;DP=42;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00829633;FXX=0;HRUN=2;LEN=16;MLLD=377.315;QD=44.7882;RBI=0.00971672;REFB=-0.0148193;REVB=0.00505822;RO=7;SAF=13;SAR=22;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11001;STB=0.559288;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.0018635;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:35:42:35:42:7:13:22:5:2:41:7:13:22:5:2 chr6 26305796 . C T 628.85 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6583;QD=57.1678;RBI=0.0131772;REFB=-0.0890492;REVB=0.000291106;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.516659;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00927395;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:29:13:0:1:29:13:0:2 chr6 26305801 . C G 657.76 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0687166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.167;QD=59.7962;RBI=0.0735321;REFB=-0.0362171;REVB=0.0261725;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153996;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000574516;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:30:13:0:1:30:13:0:1 chr6 26311417 . GCAGGA G 141.67 PASS AF=0.363636;AO=14;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00719208;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=5;MLLD=286.212;QD=12.879;RBI=0.00808622;REFB=-0.000258477;REVB=-0.00369606;RO=28;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47057;STB=0.799564;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.000831058;OID=.;OPOS=26311418;OREF=CAGGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:14:43:16:44:28:14:2:14:14:99:28:12:2:14:14 chr6 26311503 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0231645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.816;QD=9.83029;RBI=0.0256434;REFB=-0.00822822;REVB=0.0109995;RO=26;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559143;STB=0.850475;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0184945;OID=.;OPOS=26311503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:1:11:14:12:1:11:14:12 chr6 26319404 . G A 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0563206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.854;QD=23.8981;RBI=0.0565341;REFB=-0.000774894;REVB=-0.00490901;RO=25;SAF=18;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104511;STB=0.557346;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=1.55881e-05;OID=.;OPOS=26319404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:18:18:9:16:18:18:9:16 chr6 26323033 . A G 525.16 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.00289823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.19;QD=26.931;RBI=0.0199766;REFB=-0.0117682;REVB=-0.0197652;RO=29;SAF=33;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257077;STB=0.523799;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00639535;OID=.;OPOS=26323033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:29:30:48:48:0.615385:15:33:19:10:15:33:19:11 chr6 26323125 . A T 899.03 PASS AF=0.658333;AO=79;DP=120;FAO=79;FDP=120;FR=.;FRO=41;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0334674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.19;QD=29.9676;RBI=0.0338253;REFB=-0.0162393;REVB=-0.00490717;RO=41;SAF=40;SAR=39;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425972;STB=0.52298;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00832487;OID=.;OPOS=26323125;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:41:41:79:79:0.658333:39:40:18:23:39:40:18:23 chr6 26327814 . T C 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00946291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.314;QD=60.6011;RBI=0.0197949;REFB=0;REVB=0.0173866;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5223e-05;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr6 26328365 . A G 1415.25 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.359;QD=62.9002;RBI=0.0277234;REFB=0;REVB=-0.0107436;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93898e-05;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:35:55:0:0:35:55:0:0 chr6 26466225 . A C 1026.08 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4005;QD=59.4826;RBI=0.0423813;REFB=0;REVB=-0.0261613;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366152;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr6 26501897 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.317;QD=62.4654;RBI=0.0048813;REFB=0;REVB=0.0046055;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77372e-06;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr6 26505362 . G A 393.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8261;QD=56.1761;RBI=0.0540361;REFB=0;REVB=-0.0267162;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138109;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr6 26505403 . C A 202.28 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0367884;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9195;QD=44.9512;RBI=0.040015;REFB=0.0265265;REVB=0.0157421;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00159997;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr6 26509330 . C G 481.0 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0796178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3139;QD=53.4441;RBI=0.0828369;REFB=-0.194741;REVB=0.0228681;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.524985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0143678;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:0:2:33:34:0.944444:19:14:0:0:19:15:0:2 chr6 26521435 . C G 1933.61 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.378;QD=61.8756;RBI=0.0218634;REFB=0;REVB=0.0216531;RO=0;SAF=68;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06962e-05;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:57:68:0:0:57:68:0:0 chr6 26521520 . T C 1770.19 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.828;QD=60.0065;RBI=0.0291974;REFB=-0.121552;REVB=0.0232985;RO=1;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637542;STB=0.503355;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000540873;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:74:43:0:1:74:43:0:1 chr6 26538268 . T C 594.39 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161514;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.678;QD=60.9632;RBI=0.221872;REFB=0;REVB=0.221284;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609426;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:9:29:0:0:9:30:0:0 chr6 26545632 . G A 545.44 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9729;QD=57.4145;RBI=0.0332783;REFB=-0.167554;REVB=-0.0295574;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00533888;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:0:1:25:12:0:1 chr6 26546048 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.583;QD=55.0987;RBI=0.0101204;REFB=0;REVB=-0.0092958;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12541e-05;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr6 26546808 . T C 446.45 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238329;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.813;QD=57.606;RBI=0.033956;REFB=0;REVB=0.0241869;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63708e-05;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr6 26553815 . C G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3108;QD=58.583;RBI=0.0918119;REFB=0;REVB=0.0120945;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148748;OID=.;OPOS=26553815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr6 26555484 . A G 1210.52 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0222132;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.367;QD=57.6438;RBI=0.0750795;REFB=-0.0269772;REVB=0.0717182;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.514015;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00288452;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:84:0:3:81:81:0.964286:29:52:0:0:29:52:3:0 chr6 26556769 . G T 1283.08 PASS AF=0.966667;AO=85;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=57;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0346114;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.514;QD=57.0258;RBI=0.0862024;REFB=-0.117958;REVB=0.0789487;RO=2;SAF=57;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837856;STB=0.500424;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.000798472;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:90:2:3:85:87:0.966667:28:57:1:1:30:57:2:1 chr6 26572165 . G T 682.25 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0206748;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.326;QD=50.5366;RBI=0.0224254;REFB=-0.0901365;REVB=-0.00868615;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.527262;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00412436;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:54:54:1:3:50:51:0.944444:25:25:1:0:25:26:3:0 chr6 26575798 . CT C 1102.24 PASS AF=1;AO=93;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.0212;QD=43.2251;RBI=0.161578;REFB=0;REVB=-0.144789;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00250432;OID=.;OPOS=26575799;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:93:101:102:102:0:46:56:0:0:21:0:40:53:0:0 chr6 26577326 . C A 1789.75 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101354;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.299;QD=61.1879;RBI=0.0955126;REFB=0;REVB=0.0949733;RO=0;SAF=54;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202939;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:117:0:0:117:117:1:63:54:0:0:63:54:0:0 chr6 26577370 . C T 2344.48 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.344;QD=60.8956;RBI=0.0482538;REFB=0;REVB=0.0464469;RO=0;SAF=64;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243346;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:153:154:1:89:64:0:0:90:64:0:0 chr6 26595168 . T C 1950.99 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115263;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1923;QD=61.9361;RBI=0.117975;REFB=0;REVB=0.0251488;RO=0;SAF=64;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667043;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:117:126:0:0:115:126:1:51:64:0:0:53:73:0:0 chr6 26597333 . A G 1368.76 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.015844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.465;QD=60.1653;RBI=0.0244827;REFB=-0.0945327;REVB=0.0186647;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500123;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000319538;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:0:2:89:89:0.978022:45:44:0:0:45:44:1:1 chr6 26598188 . A G 1093.23 PASS AF=0.951807;AO=63;DP=81;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0457994;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=60.8235;QD=52.686;RBI=0.0723289;REFB=-0.0884168;REVB=0.0559811;RO=2;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000460997;STB=0.512348;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0061631;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:83:2:4:63:79:0.951807:31:32:1:1:40:39:3:1 chr6 26687523 . G A 430.15 PASS AF=0.293814;AO=57;DP=194;FAO=57;FDP=194;FR=.;FRO=137;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=88;FSRR=49;FWDB=-0.0186205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4137;QD=8.86911;RBI=0.0560335;REFB=-0.000404888;REVB=-0.0528491;RO=137;SAF=26;SAR=31;SRF=88;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223004;STB=0.629454;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000728881;OID=.;OPOS=26687523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:137:137:57:57:0.293814:31:26:88:49:31:26:88:49 chr6 26745262 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.895;QD=33.4285;RBI=0.0209828;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460003;OID=.;OPOS=26745262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr6 26745286 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.426;QD=40.7628;RBI=0.069238;REFB=0;REVB=-0.0632835;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000746044;OID=.;OPOS=26745286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 26745312 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.465;QD=44.6898;RBI=0.0387007;REFB=0;REVB=-0.0375772;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257481;OID=.;OPOS=26745312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr6 26752650 . G A 62.46 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.854;QD=35.6904;RBI=0.0978704;REFB=0;REVB=0.0840037;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246514;OID=.;OPOS=26752650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:5:2:0:0 chr6 26752665 . CT C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.114;QD=37.4864;RBI=0.0570327;REFB=0;REVB=0.0556343;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00106639;OID=.;OPOS=26752666;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:2:6:0:0:4:0:2:6:0:0 chr6 26752682 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.094;QD=39.2068;RBI=0.0304732;REFB=0;REVB=0.0244821;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86555e-05;OID=.;OPOS=26752682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 26752711 . G A 88.14 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.072;QD=39.1751;RBI=0.084086;REFB=0;REVB=0.0283787;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221603;OID=.;OPOS=26752711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr6 27125987 . T C 84.78 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00125186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.997;QD=10.9397;RBI=0.00218358;REFB=-0.00428322;REVB=0.00178909;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425741;STB=0.763589;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00779067;OID=.;OPOS=27125987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:19:20:11:11:0.354839:3:8:6:13:3:8:6:14 chr6 27181610 . G A 316.87 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.11;QD=52.8115;RBI=0.0390572;REFB=0;REVB=0.0270396;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38375e-05;OID=.;OPOS=27181610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:11:13:0:0 chr6 27181701 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9408;QD=53.91;RBI=0.0129978;REFB=0;REVB=0.0124043;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117002;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr6 27277402 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.24;QD=47.8224;RBI=0.011332;REFB=0;REVB=0.00742171;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70461e-06;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr6 27279852 . T C 759.42 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.305;QD=56.2535;RBI=0.0315904;REFB=0;REVB=0.030143;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06854e-05;OID=.;OPOS=27279852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:21:33:0:0 chr6 27327349 . C G 817.5 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6923;QD=57.3686;RBI=0.0680445;REFB=0;REVB=0.0349304;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760397;OID=.;OPOS=27327349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:22:35:0:0:22:35:0:0 chr6 27356867 . A G 971.98 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.713;QD=58.908;RBI=0.00337931;REFB=0;REVB=0.00011661;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98151e-06;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr6 27618731 . G T 322.16 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0122712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.142;QD=16.5208;RBI=0.0124031;REFB=-0.00669003;REVB=0.00180422;RO=43;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189151;STB=0.510632;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00572161;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:14:21:25:18:14:21:25:18 chr6 27636354 . A G 430.17 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00372308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6805;QD=33.09;RBI=0.0116748;REFB=-0.0428519;REVB=-0.0110652;RO=13;SAF=16;SAR=22;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561635;STB=0.521638;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0110588;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:13:14:38:38:0.730769:22:16:7:6:22:16:7:7 chr6 27636378 . C T 457.31 PASS AF=0.719298;AO=39;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0168602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.199;QD=32.0923;RBI=0.0230208;REFB=-0.0236361;REVB=0.0156745;RO=15;SAF=18;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264458;STB=0.517293;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00803531;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:16:39:41:0.719298:21:18:7:8:23:18:8:8 chr6 27648894 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0165535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.332;QD=23.2632;RBI=0.0166588;REFB=-0.000589087;REVB=0.00187004;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369764;STB=0.506324;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.000354716;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:19:23:23:0.547619:13:10:7:11:13:10:8:11 chr6 27648908 . C G 198.51 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.000269962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.859;QD=21.4605;RBI=0.00324323;REFB=-0.00321298;REVB=-0.00323197;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161077;STB=0.586869;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00345313;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:17:19:20:0.540541:7:12:7:9:8:12:7:10 chr6 27650521 . C T 405.45 PASS AF=0.5;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00422502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.355;QD=19.778;RBI=0.0451533;REFB=0.000595932;REVB=-0.0449552;RO=38;SAF=23;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735087;STB=0.524598;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00161907;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:38:41:41:41:0.5:18:23:21:17:18:23:21:20 chr6 27655994 . T G 547.17 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0252698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.556;QD=26.0558;RBI=0.032419;REFB=-0.0151404;REVB=-0.0203083;RO=34;SAF=25;SAR=25;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217938;STB=0.5119;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00909006;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:34:50:50:0.595238:25:25:16:18:25:25:16:18 chr6 27694460 . A G 188.87 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0261719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.903;QD=14.2544;RBI=0.0307311;REFB=-0.00412704;REVB=-0.0161068;RO=31;SAF=20;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629694;STB=0.867383;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0183352;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:2:20:12:19:2:20:12:19 chr6 27721167 . A G 324.23 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0608803;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=35.8301;QD=21.982;RBI=0.0672623;REFB=-0.0341705;REVB=0.0285973;RO=23;SAF=18;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17843;STB=0.603597;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0344496;OID=.;OPOS=27721167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:26:33:33:0.559322:15:18:7:16:15:18:8:18 chr6 27792221 . C T 580.19 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.0367;QD=56.6043;RBI=0.0220753;REFB=-0.183144;REVB=0.0141288;RO=2;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025674;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:2:0:39:41:1:27:12:0:2:29:12:0:0 chr6 27792228 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.006;QD=62.0166;RBI=0.0190724;REFB=0;REVB=-0.0161992;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12513e-05;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:30:11:0:0:30:12:0:0 chr6 28180904 . A G 457.21 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.00148034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.626;QD=15.4987;RBI=0.0150489;REFB=-0.00791961;REVB=-0.0149759;RO=66;SAF=20;SAR=31;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303732;STB=0.511379;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00847091;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:67:51:51:0.432203:31:20:24:42:31:20:25:42 chr6 28227436 . A G 703.58 PASS AF=0.544;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0121356;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.389;QD=22.5144;RBI=0.0386863;REFB=-0.0176555;REVB=-0.0367336;RO=57;SAF=34;SAR=34;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065751;STB=0.535989;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0133353;OID=.;OPOS=28227436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:57:57:68:68:0.544:34:34:33:24:34:34:33:24 chr6 28228342 . A G 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.865;QD=62.0189;RBI=0.042297;REFB=0;REVB=0.0372095;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.89576e-05;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr6 28239932 . T TG 475.93 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0921336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.5207;QD=48.8129;RBI=0.094127;REFB=0;REVB=0.0192692;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00228154;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:39:39:0:15:24:0:0:8:2:15:24:1:1 chr6 28244473 . A T 38.62 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.101739;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.8885;QD=4.82701;RBI=0.150466;REFB=-0.0840503;REVB=0.110856;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447664;STB=0.672566;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.181853;OID=.;OPOS=28244473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:32:17:24:7:7:0.21875:2:5:5:12:2:5:12:12 chr6 28264692 . C G 175.76 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0186008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.446;QD=20.6782;RBI=0.0238191;REFB=-0.00445587;REVB=-0.0148781;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983768;STB=0.555494;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00445951;OID=.;OPOS=28264692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:9:7:10:8:9:7 chr6 28264717 . C T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0267253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.963;QD=15.9167;RBI=0.0276408;REFB=-0.0158364;REVB=0.00705489;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219892;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0160327;OID=.;OPOS=28264717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:8:7:9:4:8:7 chr6 28269663 . A G 568.26 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0189984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.579;QD=27.7198;RBI=0.0241882;REFB=-0.0382107;REVB=0.014971;RO=30;SAF=28;SAR=23;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105151;STB=0.549469;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0250506;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:31:51:51:0.621951:23:28:21:9:23:28:21:10 chr6 28270047 . C G 386.95 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0718288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3269;QD=30.3492;RBI=0.0718567;REFB=-0.00166803;REVB=0.00200324;RO=16;SAF=19;SAR=16;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202861;STB=0.610127;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00227911;OID=.;OPOS=28270047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:16:19:3:13:16:19:3:13 chr6 28294550 . T C 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00305036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.183;QD=18.0732;RBI=0.00311208;REFB=-0.0106576;REVB=0.000616702;RO=31;SAF=6;SAR=24;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340839;STB=0.692771;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0107265;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:24:6:16:15:24:6:16:15 chr6 28328391 . CTT C 153.62 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.021453;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=2;MLLD=45.9981;QD=11.3796;RBI=0.0256463;REFB=0.00584231;REVB=-0.0140536;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171701;STB=0.597319;STBP=0.214;TYPE=del;VARB=-0.0066817;OID=.;OPOS=28328392;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:23:54:24:54:30:8:16:15:15:99:29:8:15:15:14 chr6 28328683 . G A 385.94 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00917499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.761;QD=14.8439;RBI=0.0107071;REFB=-0.0132086;REVB=-0.00551926;RO=60;SAF=21;SAR=22;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636185;STB=0.541866;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0199521;OID=.;OPOS=28328683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:60:60:43:44:0.423077:22:21:33:27:23:21:33:27 chr6 28329037 . C G 192.88 PASS AF=0.567568;AO=10;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0260654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5035;QD=20.8518;RBI=0.107414;REFB=-0.0682057;REVB=0.104203;RO=12;SAF=10;SAR=0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.806146;STB=0.544;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0723177;OID=.;OPOS=28329037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:16:10:21:0.567568:0:10:5:7:11:10:6:10 chr6 28331127 . AA GC 210.1 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0395326;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=2;MLLD=219.467;QD=17.8808;RBI=0.0424125;REFB=-0.0235255;REVB=0.0153622;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244577;STB=0.63774;STBP=0.11;TYPE=mnp;VARB=0.0301755;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:11:10:6:20:11:10:6:20 chr6 28333396 . T C 310.4 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00442302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.128;QD=21.4067;RBI=0.0340221;REFB=0.000676851;REVB=0.0337334;RO=26;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874147;STB=0.548357;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.000157365;OID=.;OPOS=28333396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:17:15:15:11:17:15:15:11 chr6 28358320 . A G 630.88 PASS AF=0.512195;AO=63;DP=125;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00978553;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.281;QD=20.5163;RBI=0.00979043;REFB=-0.0365568;REVB=0.000309679;RO=59;SAF=37;SAR=26;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704125;STB=0.535093;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0387411;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:59:60:63:63:0.512195:26:37:30:29:26:37:31:29 chr6 28358335 . G C 573.7 PASS AF=0.513043;AO=56;DP=113;FAO=59;FDP=115;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0270557;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.405;QD=19.9547;RBI=0.0270606;REFB=0.00108025;REVB=0.000512559;RO=54;SAF=31;SAR=25;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035277;STB=0.505986;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-5.53548e-06;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:54:56:56:59:0.513043:25:31:32:22:26:33:32:24 chr6 28358893 . T C 217.37 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0260773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6594;QD=13.5855;RBI=0.0469169;REFB=-0.00426912;REVB=0.0390022;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2602;STB=0.640525;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00764939;OID=.;OPOS=28358893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:12:13:10:27:13:13:10:28 chr6 28359170 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0391761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.081;QD=19.1094;RBI=0.0392011;REFB=-0.0296377;REVB=-0.00139822;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834894;STB=0.546748;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0279972;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:12:14:17:10:12:14 chr6 28402260 . T C 168.25 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000538974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.418;QD=25.8847;RBI=0.0189467;REFB=0.0349398;REVB=0.018939;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443367;STB=0.507454;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00888127;OID=.;OPOS=28402260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:8:9:16:17:0.653846:5:11:6:2:6:11:6:3 chr6 28456854 . A G 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0411676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.274;QD=22.7178;RBI=0.0502866;REFB=-0.0609797;REVB=0.0288785;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142469;STB=0.580527;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0529992;OID=.;OPOS=28456854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:4:5:5:9:4:5 chr6 28483482 . A C 756.37 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=122;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.00563427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.462;QD=24.7989;RBI=0.0119954;REFB=-0.00405694;REVB=-0.0105898;RO=51;SAF=31;SAR=40;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263881;STB=0.514375;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00275508;OID=.;OPOS=28483482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:51:51:71:71:0.581967:40:31:24:27:40:31:24:27 chr6 28542424 . G A 109.39 PASS AF=0.448276;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0342096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3549;QD=15.0888;RBI=0.0716596;REFB=-0.069055;REVB=-0.0629667;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.636714;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0930092;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:10:13:0.448276:3:7:8:7:3:10:9:7 chr6 28542520 . C T 370.22 PASS AF=0.62069;AO=34;DP=56;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00088414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.661;QD=25.532;RBI=0.00886753;REFB=-0.0213339;REVB=0.00882334;RO=22;SAF=18;SAR=16;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772369;STB=0.541483;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0135744;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:22:22:34:36:0.62069:16:18:14:8:17:19:14:8 chr6 28601934 . A T 428.97 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.222;QD=57.1958;RBI=0.0355789;REFB=0;REVB=0.0117428;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312235;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:21:8:0:0:21:9:0:0 chr6 28616066 . T A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.405;QD=61.0481;RBI=0.0411074;REFB=0;REVB=0.0410671;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32106e-05;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr6 28626098 . G A 686.95 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.99;QD=62.45;RBI=0.0119178;REFB=0;REVB=-0.00615229;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.95968e-05;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:29:13:0:0:31:13:0:0 chr6 28641689 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0611132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0209;QD=10.075;RBI=0.0781948;REFB=-0.0527684;REVB=-0.0487811;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103271;STB=0.562351;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0594125;OID=.;OPOS=28641689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:4:10:5:3:4:10 chr6 28663703 . G GA 32.52 PASS AF=0.22449;AO=15;DP=50;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00265179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0631;QD=2.65447;RBI=0.0936425;REFB=-0.078287;REVB=-0.0936049;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00740054;STB=0.568062;STBP=0.613;TYPE=ins;VARB=0.112915;OID=.;OPOS=28663704;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449:15:50:11:49:38:6:5:24:14:32:32:9:6:19:13 chr6 28663716 . A G 651.12 PASS AF=0.96;AO=46;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00150521;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.231;QD=52.0895;RBI=0.0202605;REFB=-0.125206;REVB=0.0202045;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.517234;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00115327;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:46:48:0.96:18:28:2:0:20:28:2:0 chr6 28663750 . A G 105.94 PASS AF=0.275862;AO=17;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0536478;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4999;QD=7.30598;RBI=0.268192;REFB=-0.0559626;REVB=-0.262771;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0077585;STB=0.687266;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.120293;OID=.;OPOS=28663750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:42:17:16:0.275862:6:11:17:9:5:11:18:24 chr6 28663754 . T C 902.79 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0881;QD=58.2443;RBI=0.0579035;REFB=0;REVB=0.0372412;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572073;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:32:28:0:0:33:29:0:0 chr6 28678357 . T C 339.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.788;QD=54.3479;RBI=0.0296236;REFB=0;REVB=0.00788076;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256127;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr6 28687469 . G A 160.51 PASS AF=0.625;AO=11;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.076765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8916;QD=26.7519;RBI=0.22176;REFB=-0.017503;REVB=0.20805;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131;STB=0.556886;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0239544;OID=.;OPOS=28687469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:24:6:6:11:15:0.625:5:6:2:4:7:8:2:4 chr6 28687542 . T C,G 335.9 PASS AF=0.96,0.04;AO=23,2;DP=25;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512828,-0.0297177;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.052,80.0317;QD=53.7443;RBI=0.0530413,0.0301714;REFB=0,0;REVB=0.0135444,-0.00521276;RO=0;SAF=8,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00438472,0.206863;OID=.,.;OPOS=28687542,28687542;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:25:25:0:0:23,2:24,1:0.96,0.04:15,1:8,1:0:0:15,1:9,0:0:0 chr6 28697086 . C T 172.93 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0118424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3119;QD=11.3399;RBI=0.0367147;REFB=-0.00582389;REVB=-0.0347524;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156682;STB=0.598722;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00896355;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:9:13:17:21:9:13:17:22 chr6 28703244 . T C 373.11 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0154269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.601;QD=20.1683;RBI=0.0156675;REFB=-0.0123898;REVB=0.0027356;RO=34;SAF=18;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725247;STB=0.539752;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0114635;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:36:38:38:0.513514:20:18:19:15:20:18:20:16 chr6 28703281 . T C 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0126187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.461;QD=20.5427;RBI=0.0201853;REFB=0.0140185;REVB=0.0157548;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176619;STB=0.598079;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0128581;OID=.;OPOS=28703281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:26:13:19:17:26:13:19:17 chr6 28715604 . G C 448.92 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0473728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.656;QD=24.266;RBI=0.0473809;REFB=0.0150452;REVB=0.000877938;RO=30;SAF=29;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14052;STB=0.571685;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0114855;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:31:43:43:0.581081:14:29:15:15:14:29:16:15 chr6 28758580 . TTTG T 171.18 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0288101;FXX=0.0470533;HRUN=3;LEN=3;MLLD=257.762;QD=8.45348;RBI=0.0317522;REFB=0.000647516;REVB=0.0133484;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181522;STB=0.572574;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=-0.00181654;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:30:84:30:81:51:14:16:18:33:99:41:14:16:12:29 chr6 28770596 . A AC 232.36 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0797111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0527;QD=16.3057;RBI=0.0884599;REFB=0.0286392;REVB=-0.0383575;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353721;STB=0.518835;STBP=0.782;TYPE=ins;VARB=-0.0243648;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.561404:31:58:32:57:25:18:14:13:12:99:26:18:13:14:12 chr6 28775664 . C T 735.24 PASS AF=0.644231;AO=67;DP=104;FAO=67;FDP=104;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0164522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.544;QD=28.2783;RBI=0.0273364;REFB=-0.0319619;REVB=0.0218313;RO=37;SAF=27;SAR=40;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00165225;STB=0.500894;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.017873;OID=.;OPOS=28775664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:37:37:67:67:0.644231:40:27:15:22:40:27:15:22 chr6 28779933 . G A 247.39 PASS AF=0.439394;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0372778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.359;QD=14.9931;RBI=0.0378417;REFB=-0.00912908;REVB=0.00650842;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028807;STB=0.524399;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0188552;OID=.;OPOS=28779933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:37:28:29:0.439394:16:12:14:21:16:13:15:22 chr6 28785085 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.541;QD=58.5859;RBI=0.0187313;REFB=0;REVB=0.00141398;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43348e-05;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr6 28791134 . G A 191.53 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0265135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.855;QD=13.4407;RBI=0.0275391;REFB=-0.0226444;REVB=0.00744556;RO=33;SAF=6;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283949;STB=0.656998;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0336784;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:17:6:17:16:17:6:17:17 chr6 28791150 . A C 216.05 PASS AF=0.393939;AO=24;DP=64;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0110349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3886;QD=13.0938;RBI=0.02654;REFB=0.00848705;REVB=0.0241372;RO=40;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187395;STB=0.623259;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0314504;OID=.;OPOS=28791150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:40:40:24:26:0.393939:17:7:18:22:19:7:18:22 chr6 28806218 . G A 148.39 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0364986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5872;QD=18.5493;RBI=0.0541335;REFB=-0.015867;REVB=0.0399786;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054861;STB=0.531211;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0158283;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:8:8:7:9:8:8:7:9 chr6 28849157 . T C 691.5 PASS AF=0.54918;AO=67;DP=122;FAO=67;FDP=122;FR=.;FRO=55;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00778386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.2395;QD=22.6721;RBI=0.0532644;REFB=-0.00716211;REVB=-0.0526926;RO=48;SAF=44;SAR=23;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439063;STB=0.553733;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00579687;OID=.;OPOS=28849157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:48:55:67:67:0.54918:23:44:29:19:23:44:30:25 chr6 28911802 . G A 464.14 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0505954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8928;QD=24.754;RBI=0.0527741;REFB=-0.00641595;REVB=0.0150069;RO=31;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060861;STB=0.533318;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00522012;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:22:22:18:13:22:22:18:13 chr6 28912076 . C T 478.56 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00317883;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.985;QD=22.0026;RBI=0.0206708;REFB=-0.0108179;REVB=0.020425;RO=41;SAF=15;SAR=31;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126567;STB=0.570006;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0102491;OID=.;OPOS=28912076;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:41:41:46:46:0.528736:31:15:19:22:31:15:19:22 chr6 28945522 . C T 675.27 PASS AF=0.598131;AO=64;DP=108;FAO=64;FDP=107;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0107974;FXX=0.0092584;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.984;QD=25.2439;RBI=0.010799;REFB=-0.0193046;REVB=-0.000184327;RO=43;SAF=24;SAR=40;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159494;STB=0.508682;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0135015;OID=.;OPOS=28945522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:43:43:64:64:0.598131:40:24:17:26:40:24:17:26 chr6 28963248 . T G 1057.86 PASS AF=0.613924;AO=97;DP=158;FAO=97;FDP=158;FR=.;FRO=61;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00598516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2511;QD=26.7812;RBI=0.00968969;REFB=-0.0111827;REVB=-0.00762023;RO=60;SAF=64;SAR=33;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713551;STB=0.542824;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00714068;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:60:61:97:97:0.613924:33:64:34:26:33:64:34:27 chr6 28964329 . CT CG,C 34.64 PASS AF=0.05,0.225;AO=3,7;DP=37;FAO=2,9;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=0,3;FSAR=2,6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0308101,-0.00494058;FXX=0.0243843;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=27.7806,11.8624;QD=3.46361;RBI=0.0775182,0.0769816;REFB=-0.0532538,-0.113921;REVB=-0.0711323,-0.0768229;RO=26;SAF=0,2;SAR=3,5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.535537,-0.17733;STB=0.994249,0.592381;STBP=0.2,0.534;TYPE=snp,del;VARB=0.163322,0.160717;OID=.,.;OPOS=28964330,28964330;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.225:3,7:37:2,9:40:29:0,3:2,6:13:16:22:26:0,2:3,5:11:15 chr6 29012067 . C T 616.62 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00817594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3099;QD=22.2205;RBI=0.103739;REFB=0.00881396;REVB=-0.103416;RO=50;SAF=31;SAR=30;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108731;STB=0.559483;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0101788;OID=.;OPOS=29012067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:30:31:32:18:30:31:32:18 chr6 29012116 . G A 922.41 PASS AF=0.597122;AO=83;DP=139;FAO=83;FDP=139;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00139515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.226;QD=26.5443;RBI=0.00205535;REFB=-0.0159396;REVB=0.00150931;RO=56;SAF=33;SAR=50;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374882;STB=0.520361;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0119617;OID=.;OPOS=29012116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:56:56:83:83:0.597122:50:33:25:31:50:33:25:31 chr6 29068759 . C A 306.55 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0416873;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1651;QD=14.9534;RBI=0.0477961;REFB=-0.0107526;REVB=-0.0233801;RO=46;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055543;STB=0.533612;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0111853;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:46:48:34:34:0.414634:13:21:26:20:13:21:27:21 chr6 29069016 . G A 1107.39 PASS AF=0.455598;AO=117;DP=258;FAO=118;FDP=259;FR=.;FRO=141;FSAF=46;FSAR=72;FSRF=70;FSRR=71;FWDB=0.0227496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.528;QD=17.1025;RBI=0.0238143;REFB=0.00105329;REVB=0.00704084;RO=141;SAF=46;SAR=71;SRF=70;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104091;STB=0.5594;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0013462;OID=.;OPOS=29069016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:141:141:117:118:0.455598:71:46:70:71:72:46:70:71 chr6 29069264 . T C 265.2 PASS AF=0.274074;AO=36;DP=133;FAO=37;FDP=135;FR=.;FRO=98;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=-0.00214505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.757;QD=7.85785;RBI=0.00815875;REFB=-0.010649;REVB=-0.00787172;RO=97;SAF=18;SAR=18;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056879;STB=0.527273;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0230667;OID=.;OPOS=29069264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:97:98:36:37:0.274074:18:18:53:44:18:19:54:44 chr6 29069299 . C T 287.72 PASS AF=0.282609;AO=39;DP=140;FAO=39;FDP=138;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.000587649;FXX=0.0142847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.718;QD=8.33964;RBI=0.025275;REFB=-0.00579494;REVB=-0.0252681;RO=98;SAF=22;SAR=17;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902674;STB=0.549769;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.019239;OID=.;OPOS=29069299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:138:98:99:39:39:0.282609:17:22:48:50:17:22:49:50 chr6 29069337 . A T 518.19 PASS AF=0.336842;AO=61;DP=187;FAO=64;FDP=190;FR=.;FRO=126;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=-0.00439737;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.363;QD=10.9092;RBI=0.0124233;REFB=-0.00778097;REVB=-0.011619;RO=120;SAF=36;SAR=25;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00813726;STB=0.504544;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0147418;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:120:126:61:64:0.336842:25:36:70:50:27:37:72:54 chr6 29080349 . A G 461.43 PASS AF=0.358491;AO=57;DP=159;FAO=57;FDP=159;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0174099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157;QD=11.6082;RBI=0.0174319;REFB=-0.0111904;REVB=-0.000876624;RO=100;SAF=26;SAR=31;SRF=59;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148818;STB=0.577951;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0159914;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:100:102:57:57:0.358491:31:26:59:41:31:26:59:43 chr6 29080450 . G A 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.034323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4653;QD=16.0405;RBI=0.0350456;REFB=-0.0386315;REVB=-0.00707992;RO=60;SAF=19;SAR=30;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801002;STB=0.550017;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0415009;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:30:19:28:32:30:19:29:32 chr6 29141632 . T C 497.53 PASS AF=0.383562;AO=56;DP=146;FAO=56;FDP=146;FR=.;FRO=90;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0253393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.071;QD=13.6308;RBI=0.0368592;REFB=-0.0242094;REVB=-0.0267679;RO=87;SAF=29;SAR=27;SRF=37;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994486;STB=0.551958;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0436775;OID=.;OPOS=29141632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:87:90:56:56:0.383562:27:29:37:50:27:29:39:51 chr6 29141743 . A G 3204.56 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=114;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546663;FXX=0.00480746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1363;QD=61.9239;RBI=0.0565619;REFB=0;REVB=0.0145206;RO=0;SAF=92;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018849;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:207:0:0:206:207:1:114:92:0:0:114:93:0:0 chr6 29141772 . A G 717.37 PASS AF=0.397129;AO=83;DP=210;FAO=83;FDP=209;FR=.;FRO=126;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=50;FSRR=76;FWDB=-0.0010918;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.718;QD=13.7295;RBI=0.00985405;REFB=-0.0146358;REVB=-0.00979338;RO=126;SAF=41;SAR=42;SRF=50;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104523;STB=0.558647;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0245528;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:209:126:126:83:83:0.397129:42:41:50:76:42:41:50:76 chr6 29141849 . T C 478.28 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=111;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0366456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.759;QD=16.9303;RBI=0.0384274;REFB=-0.0344825;REVB=0.0115659;RO=60;SAF=22;SAR=29;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646807;STB=0.52564;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0413375;OID=.;OPOS=29141849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:60:61:51:52:0.460177:29:22:22:38:30:22:23:38 chr6 29142054 . C G 670.55 PASS AF=0.425287;AO=74;DP=174;FAO=74;FDP=174;FR=.;FRO=100;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=54;FSRR=46;FWDB=0.0445916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3785;QD=15.415;RBI=0.0460562;REFB=-0.00210688;REVB=0.011522;RO=100;SAF=36;SAR=38;SRF=54;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549821;STB=0.530718;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00238996;OID=.;OPOS=29142054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:100:100:74:74:0.425287:38:36:54:46:38:36:54:46 chr6 29142064 . A G 693.83 PASS AF=0.396907;AO=77;DP=194;FAO=77;FDP=194;FR=.;FRO=117;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=50;FWDB=0.0312742;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.964;QD=14.3058;RBI=0.0312745;REFB=-0.0214799;REVB=-0.000136015;RO=116;SAF=39;SAR=38;SRF=66;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669033;STB=0.539936;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0310467;OID=.;OPOS=29142064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:116:117:77:77:0.396907:38:39:66:50:38:39:67:50 chr6 29274486 . T C 115.93 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=0.0607097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5493;QD=5.94494;RBI=0.116319;REFB=0.0108551;REVB=0.0992196;RO=56;SAF=9;SAR=9;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222489;STB=0.602455;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.0240188;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:60:18:18:0.230769:9:9:38:18:9:9:38:22 chr6 29323259 . G A 550.7 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.684;QD=59.5353;RBI=0.0655188;REFB=0;REVB=0.0648001;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015778;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:21:16:0:0 chr6 29323905 . A C 123.95 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.099389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7742;QD=17.0964;RBI=0.135783;REFB=-0.00744775;REVB=0.0925134;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366376;STB=0.517217;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0205617;OID=.;OPOS=29323905;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:15:13:14:0.482759:7:6:8:8:7:7:7:8 chr6 29342825 . G A 251.77 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0204229;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.022;QD=14.5955;RBI=0.0208526;REFB=-0.0114962;REVB=0.00421103;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430975;STB=0.524459;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0120995;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:19:21:14:15:19:21 chr6 29364787 . C T 1549.51 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1518;QD=59.5964;RBI=0.101143;REFB=0;REVB=0.055279;RO=1;SAF=48;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978143;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747751;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:1:0:101:104:1:53:48:1:0:53:51:0:0 chr6 29385237 . T C 186.27 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.00183354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7711;QD=8.66356;RBI=0.00366822;REFB=-0.0126815;REVB=-0.00317709;RO=60;SAF=7;SAR=18;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140092;STB=0.591651;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0352757;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:61:25:25:0.290698:18:7:23:37:18:7:24:37 chr6 29408448 . G A 67.29 PASS AF=0.132075;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=106;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0407641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6238;QD=2.53908;RBI=0.0410129;REFB=0.000133571;REVB=-0.00451025;RO=90;SAF=10;SAR=4;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30707;STB=0.721611;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00387657;OID=.;OPOS=29408448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:106:90:92:14:14:0.132075:4:10:42:48:4:10:42:50 chr6 29408528 . A G 362.05 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=45;FWDB=0.0230606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.822;QD=14.198;RBI=0.0334365;REFB=-0.0159044;REVB=-0.0242118;RO=58;SAF=26;SAR=16;SRF=15;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358487;STB=0.707313;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0263653;OID=.;OPOS=29408528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:60:42:42:0.411765:16:26:15:43:16:26:15:45 chr6 29431698 . A G 207.82 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0140523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8331;QD=13.4078;RBI=0.0228004;REFB=-0.0125243;REVB=0.0179552;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769111;STB=0.544006;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0234701;OID=.;OPOS=29431698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:19:18:14:11:19:18 chr6 29523676 . C G 906.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597907;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5542;QD=58.5034;RBI=0.0636307;REFB=0;REVB=0.0217701;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025635;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:35:27:0:0:35:27:0:0 chr6 29523952 . A G 432.22 PASS AF=0.356643;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=56;FSRR=36;FWDB=-0.00923438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.425;QD=12.0901;RBI=0.0142468;REFB=-0.00847863;REVB=0.0108488;RO=92;SAF=25;SAR=26;SRF=56;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133338;STB=0.57601;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0158761;OID=.;OPOS=29523952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:92:92:51:51:0.356643:26:25:56:36:26:25:56:36 chr6 29555778 . A G 1828.92 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9807;QD=60.964;RBI=0.0356988;REFB=0;REVB=0.034403;RO=0;SAF=70;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179746;OID=.;OPOS=29555778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:120:0:0:115:120:1:45:70:0:0:50:70:0:0 chr6 29555809 . C T 1858.57 PASS AF=0.954198;AO=125;DP=131;FAO=125;FDP=131;FR=.;FRO=6;FSAF=75;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0536149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3836;QD=56.7503;RBI=0.055685;REFB=-0.0552325;REVB=0.015042;RO=5;SAF=75;SAR=50;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152592;STB=0.51118;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.012234;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:131:131:5:6:125:125:0.954198:50:75:4:1:50:75:5:1 chr6 29625001 . A G 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3026;QD=61.33;RBI=0.017989;REFB=0;REVB=0.0176679;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164307;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr6 29634012 . A G 1246.11 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.242;QD=61.5362;RBI=0.0126788;REFB=0;REVB=0.0121136;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23733e-05;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:41:39:0:0:42:39:0:0 chr6 29693011 . C T 434.39 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1878;QD=56.0505;RBI=0.0748401;REFB=0;REVB=0.0548233;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022352;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:18:13:0:0 chr6 29794860 . C T 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.744;QD=57.7081;RBI=0.0276231;REFB=0;REVB=-0.0233738;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.48427e-05;OID=.;OPOS=29794860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr6 29795636 . G A,C 818.67 PASS AF=0.948276,0.0517241;AO=54,3;DP=57;FAO=55,3;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268382,-0.0152119;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7353,197.516;QD=56.4599;RBI=0.0293855,0.0192841;REFB=0,0;REVB=0.0119675,-0.0118521;RO=0;SAF=18,0;SAR=36,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00228632,0.0812691;OID=.,.;OPOS=29795636,29795636;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:58:0:0:54,3:55,3:0.948276,0.0517241:36,3:18,0:0:0:36,3:19,0:0:0 chr6 29795657 . G A 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8411;QD=57.1721;RBI=0.126587;REFB=0;REVB=0.0343699;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142334;OID=.;OPOS=29795657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr6 29795993 . G A 438.65 PASS AF=0.914286;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0162205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.028;QD=50.1313;RBI=0.0232556;REFB=-0.101406;REVB=0.0166648;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542831;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00080084;OID=.;OPOS=29795993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:35:0:3:31:32:0.914286:15:16:0:0:16:16:0:3 chr6 29796376 . C A 1017.92 PASS AF=0.972973;AO=70;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000813748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.406;QD=55.0228;RBI=0.0762599;REFB=-0.0399025;REVB=0.0762556;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269982;STB=0.51351;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000364337;OID=.;OPOS=29796376;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:70:72:0.972973:34:36:0:2:36:36:0:2 chr6 29797696 . A G 1199.17 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.066835;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.813;QD=59.9587;RBI=0.0681317;REFB=0.0639414;REVB=-0.0132296;RO=1;SAF=40;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116869;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00101883;OID=.;OPOS=29797696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:38:40:1:0:39:40:1:0 chr6 29798140 . A G 708.28 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00428623;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.111;QD=53.4549;RBI=0.0123643;REFB=-0.064075;REVB=-0.0115976;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00184623;OID=.;OPOS=29798140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:1:1:50:52:0.981132:25:25:1:0:25:27:1:0 chr6 29910358 . C G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1658;QD=58.5823;RBI=0.0710991;REFB=0;REVB=0.070058;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161551;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr6 29910402 . G A 182.99 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.366;QD=43.0553;RBI=0.0282734;REFB=-0.144984;REVB=0.0092454;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.001821;OID=.;OPOS=29910402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr6 29910558 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1979;QD=35.5751;RBI=0.106984;REFB=0;REVB=0.0366087;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125722;OID=.;OPOS=29910558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 29910716 . C G 49.55 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0759282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5948;QD=33.0314;RBI=0.107659;REFB=0;REVB=0.0763242;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98464e-05;OID=.;OPOS=29910716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr6 29910730 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.236;QD=33.4266;RBI=0.0400558;REFB=0;REVB=0.00288415;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459849;OID=.;OPOS=29910730;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 29911056 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.038;QD=53.2765;RBI=0.0358519;REFB=0;REVB=0.0317259;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105631;OID=.;OPOS=29911056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr6 29911064 . A G 358.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2619;QD=55.0784;RBI=0.0633524;REFB=0;REVB=-0.0630059;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923032;OID=.;OPOS=29911064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 29911069 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.056;QD=56.7066;RBI=0.0488322;REFB=0;REVB=0.0464961;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236935;OID=.;OPOS=29911069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 29911114 . GG AC 464.08 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317187;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=104.038;QD=58.0095;RBI=0.0327744;REFB=0;REVB=0.00825149;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000293852;OID=.;OPOS=29911114;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr6 29911119 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.66;QD=58.5873;RBI=0.0424699;REFB=0;REVB=0.00386715;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335154;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr6 29911154 . C A 505.83 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00263135;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5494;QD=59.5092;RBI=0.112043;REFB=0;REVB=0.112012;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154652;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:21:11:0:0:23:11:0:0 chr6 29911228 . A T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2955;QD=50.4104;RBI=0.0744684;REFB=0;REVB=0.0403436;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255848;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr6 29911239 . TT CA 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242876;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.826;QD=49.5992;RBI=0.0276617;REFB=0;REVB=0.0132394;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-9.99192e-05;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr6 29911256 . T G 174.36 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.353;QD=46.4967;RBI=0.092689;REFB=0;REVB=0.0616539;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066657;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr6 29911271 . GT CG 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00242537;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.426;QD=45.8068;RBI=0.0438946;REFB=0;REVB=0.0438275;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000459116;OID=.;OPOS=29911271;OREF=GT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr6 29912086 . G A 69.26 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00339274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.452;QD=30.7815;RBI=0.0108012;REFB=0.0172818;REVB=-0.0102546;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0064497;OID=.;OPOS=29912086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr6 29912098 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.76;QD=39.2067;RBI=0.161448;REFB=0;REVB=0.158336;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330562;OID=.;OPOS=29912098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 29912280 . TG CA 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176507;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.515;QD=50.4135;RBI=0.0255882;REFB=0;REVB=0.018526;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000229697;OID=.;OPOS=29912280;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr6 29912297 . A G 379.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289206;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=56.2309;RBI=0.0456058;REFB=0;REVB=0.045514;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155376;OID=.;OPOS=29912297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr6 29912368 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.408;QD=60.2287;RBI=0.0760814;REFB=0;REVB=-0.0150232;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235135;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr6 29912386 . G C 575.32 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2248;QD=60.5594;RBI=0.125257;REFB=0;REVB=0.118043;RO=1;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549698;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190239;OID=.;OPOS=29912386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:8:29:0:1:9:29:0:0 chr6 29912830 . T C 708.4 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.646;QD=62.9687;RBI=0.0419834;REFB=0;REVB=0.0122732;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31388e-05;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr6 29912852 . T C 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00926699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.82;QD=57.3932;RBI=0.0476756;REFB=-0.0561866;REVB=0.0467663;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000751738;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:1:0:18:19:1:0 chr6 29912856 . A T 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0938;QD=61.334;RBI=0.0319303;REFB=0;REVB=0.00491165;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437833;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 29913042 . C T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.208;QD=60.7161;RBI=0.0583923;REFB=0;REVB=0.0342077;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117957;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr6 29913074 . A G 993.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.545;QD=58.4158;RBI=0.051501;REFB=0;REVB=0.0126204;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288282;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:36:27:0:0:39:29:0:0 chr6 29913078 . A G 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.412;QD=58.9607;RBI=0.0532118;REFB=0;REVB=-0.0411975;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54799e-05;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr6 29913211 . AATA AA,AAT,AATT 741.47 PASS AF=0,0.962264,0.0377358;AO=16,30,6;DP=53;FAO=0,51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17,1;FSAR=0,34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130862,-0.0118056,-0.0112358;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=210.865,216.99,213.007;QD=55.9601;RBI=0.054863,0.0740495,0.0740343;REFB=0,0,0;REVB=0.0532794,0.0731023,0.0731768;RO=0;SAF=4,11,3;SAR=12,19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.07465e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00424579,-0.000394706,-0.00147444;OID=.,.,.;OPOS=29913212,29913214,29913214;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=AA,AAT,AATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.962264,0.0377358:16,30,6:53:0,51,2:53:0:0,17,1:0,34,1:0:0:11:0:4,11,3:12,19,3:0:0 chr6 29976838 . A G 822.45 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0288694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9761;QD=54.8301;RBI=0.0384173;REFB=-0.0118723;REVB=-0.0253466;RO=1;SAF=42;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111015;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00368038;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:16:42:1:0:17:42:1:0 chr6 29977145 . G C 2085.46 PASS AF=0.971429;AO=136;DP=140;FAO=136;FDP=140;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00758196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.343;QD=59.5847;RBI=0.0370186;REFB=-0.0888083;REVB=0.0362339;RO=4;SAF=74;SAR=62;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160642;STB=0.508455;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000500589;OID=.;OPOS=29977145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:140:140:4:4:136:136:0.971429:62:74:1:3:62:74:1:3 chr6 30075843 . T C,TC 772.53 PASS AF=0.979592,0.0204082;AO=42,8;DP=50;FAO=48,1;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887241,0.0275243;FXX=0;HRUN=7,0;LEN=1,1;MLLD=171.052,161.787;QD=63.0638;RBI=0.0887969,0.0276799;REFB=0,0;REVB=0.00359598,0.00293122;RO=0;SAF=18,6;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.000190827,0.000164618;OID=.,.;OPOS=30075843,30075844;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:49:0:0:42,8:48,1:0.979592,0.0204082:24,2:18,6:0:0:24,1:24,0:0:0 chr6 30075864 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5316;QD=56.9956;RBI=0.0317893;REFB=0;REVB=0.0316571;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330838;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr6 30075903 . C T 229.18 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0358675;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.071;QD=21.319;RBI=0.0391098;REFB=-0.0174011;REVB=-0.0155916;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620553;STB=0.534852;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0157928;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:11:11:9:12:11:11:9:12 chr6 30114845 . T C 311.98 PASS AF=0.596154;AO=27;DP=48;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00212343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.934;QD=23.9988;RBI=0.0226762;REFB=-0.0299182;REVB=0.0225766;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195268;STB=0.623398;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0145548;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:21:21:27:31:0.596154:18:9:12:9:22:9:12:9 chr6 30114955 . C T 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00448746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.77;QD=21.9704;RBI=0.0127333;REFB=-0.0189059;REVB=-0.0119163;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246804;STB=0.638163;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0206069;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:12:5:12:8:12:5 chr6 30115542 . G A 204.67 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0194114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7575;QD=16.3733;RBI=0.0534207;REFB=-0.0017315;REVB=-0.0497692;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039234;STB=0.522428;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.000279752;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:19:10:8:13:19:10 chr6 30121460 . C T 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0302546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.048;QD=18.5769;RBI=0.0452138;REFB=-0.0141059;REVB=0.0335999;RO=31;SAF=12;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598841;STB=0.533455;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0137402;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:19:12:14:17:19:12:14:17 chr6 30122154 . T C 712.81 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00362397;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.304;QD=50.9149;RBI=0.0141415;REFB=-0.0316524;REVB=0.0136693;RO=3;SAF=36;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376598;STB=0.519993;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00338715;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:56:3:3:53:53:0.946429:17:36:3:0:17:36:3:0 chr6 30131546 . A G 337.35 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=-0.0253116;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.915;QD=16.8674;RBI=0.0292756;REFB=-0.0177728;REVB=-0.01471;RO=43;SAF=20;SAR=16;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215583;STB=0.610894;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0111393;OID=.;OPOS=30131546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:16:20:33:10:16:20:33:11 chr6 30139699 . G A 639.08 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00509722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.234;QD=25.8212;RBI=0.00843564;REFB=-0.027668;REVB=-0.00672148;RO=42;SAF=22;SAR=35;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00410858;STB=0.502245;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0204685;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:35:22:16:26:35:22:16:26 chr6 30140342 . T C 1324.74 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000749486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.654;QD=60.9075;RBI=0.0175826;REFB=-0.0269342;REVB=0.0175666;RO=0;SAF=55;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000208474;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:31:55:0:0:31:55:1:0 chr6 30154199 . T C 266.19 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0147809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.246;QD=22.6541;RBI=0.0155489;REFB=-0.0089638;REVB=-0.00482649;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308488;STB=0.655607;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0172455;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:22:23:25:0.531915:6:17:9:13:7:18:9:13 chr6 30227583 . C G 46.15 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0207626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3447;QD=9.71483;RBI=0.0396977;REFB=-0.00821659;REVB=0.0338352;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0176422;OID=.;OPOS=30227583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:6:6:2:5:6:6 chr6 30228230 . A C 104.21 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=41;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.00763817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.85;QD=9.92464;RBI=0.0116995;REFB=-0.0234388;REVB=0.00886213;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134439;STB=0.510188;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0558702;OID=.;OPOS=30228230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:29:29:12:13:0.309524:9:3:7:22:10:3:7:22 chr6 30228379 . A G 91.17 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0043103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.274;QD=8.48079;RBI=0.0673251;REFB=-0.0108365;REVB=-0.067187;RO=31;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154069;STB=0.594438;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0285937;OID=.;OPOS=30228379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:7:5:17:14:7:5:17:14 chr6 30229013 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0275581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.776;QD=17.3782;RBI=0.0326847;REFB=-0.00393879;REVB=-0.0175739;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197016;STB=0.613825;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00272853;OID=.;OPOS=30229013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:4:6:4:7:4:6 chr6 30229034 . C CT 74.28 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0326807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.7638;QD=14.1486;RBI=0.0867261;REFB=0.0293028;REVB=0.0803329;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243833;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=-0.0154801;OID=.;OPOS=30229035;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:22:10:21:11:6:4:4:7:73:12:6:4:4:8 chr6 30229457 . C T 327.62 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0301018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7315;QD=15.4175;RBI=0.0518765;REFB=-0.018827;REVB=-0.0422498;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121667;STB=0.568603;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0357824;OID=.;OPOS=30229457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:17:19:20:29:17:19:20:29 chr6 30229463 . G A 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00435385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.736;QD=13.3339;RBI=0.00445525;REFB=-0.018557;REVB=0.000945101;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10775;STB=0.561453;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0217147;OID=.;OPOS=30229463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:22:31:16:17:22:31 chr6 30230085 . T C 221.45 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0448487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.418;QD=13.8405;RBI=0.044854;REFB=-0.0511797;REVB=-0.000686227;RO=38;SAF=2;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486816;STB=0.507241;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0949267;OID=.;OPOS=30230085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:13:26:0.40625:11:2:20:18:12:14:20:18 chr6 30231071 . G A 100.65 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0175764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2782;QD=8.21652;RBI=0.0523041;REFB=-0.0106259;REVB=-0.0492624;RO=36;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537113;STB=0.503306;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0227009;OID=.;OPOS=30231071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:5:8:22:14:5:8:22:14 chr6 30231108 . G T 196.69 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0768683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3924;QD=10.9274;RBI=0.0968399;REFB=-0.0222057;REVB=-0.0589001;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475066;STB=0.507789;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0223034;OID=.;OPOS=30231108;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:47:24:25:0.347222:12:12:22:26:13:12:22:25 chr6 30297529 . T C 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0390639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.387;QD=15.7909;RBI=0.0391139;REFB=-0.0162162;REVB=-0.00197686;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110799;STB=0.56246;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0157252;OID=.;OPOS=30297529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:17:14:22:17:17:14:22:17 chr6 30309508 . T C 218.5 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0297494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.616;QD=15.6069;RBI=0.0436106;REFB=-0.0209211;REVB=0.0318883;RO=31;SAF=16;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489655;STB=0.542824;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0223295;OID=.;OPOS=30309508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:8:16:22:9:9:16:22:9 chr6 30313268 . G A 412.82 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00205395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.748;QD=20.9024;RBI=0.00252648;REFB=-0.0252414;REVB=-0.00147118;RO=37;SAF=22;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112155;STB=0.566335;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0232372;OID=.;OPOS=30313268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:41:42:0.531646:19:22:15:22:19:23:15:22 chr6 30314566 . TC GA 339.04 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0135991;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.535;QD=17.1668;RBI=0.0286601;REFB=-0.0231201;REVB=-0.0252283;RO=40;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426125;STB=0.501424;STBP=0.994;TYPE=mnp;VARB=0.0251224;OID=.;OPOS=30314566;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:43:36:36:0.455696:20:16:16:24:20:16:19:24 chr6 30457732 . T C 166.66 PASS AF=0.377358;AO=16;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0507309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.955;QD=12.5782;RBI=0.0507961;REFB=-0.0599124;REVB=0.00257226;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319449;STB=0.622526;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0549704;OID=.;OPOS=30457732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:33:16:20:0.377358:6:10:22:3:10:10:23:10 chr6 30458064 . G A 282.92 PASS AF=0.432432;AO=31;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.012549;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7941;QD=15.2927;RBI=0.049324;REFB=-0.0141218;REVB=0.0477009;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289666;STB=0.513058;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.01945;OID=.;OPOS=30458064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:31:32:0.432432:12:19:24:17:13:19:24:18 chr6 30521137 . G A 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0101122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.831;QD=16.407;RBI=0.0213832;REFB=-0.0331413;REVB=-0.0188411;RO=29;SAF=17;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383183;STB=0.72236;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0282284;OID=.;OPOS=30521137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:4:17:14:15:4:17:14:15 chr6 30530245 . T C 271.77 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.000493329;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.761;QD=13.0973;RBI=0.00102781;REFB=-0.0100096;REVB=-0.000901673;RO=48;SAF=11;SAR=20;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264485;STB=0.682815;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0235063;OID=.;OPOS=30530245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:51:31:32:0.385542:20:11:29:19:21:11:33:18 chr6 30558477 . G GA 207.91 PASS AF=0.372881;AO=39;DP=126;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.154308;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.2266;QD=7.04765;RBI=0.164073;REFB=-0.0143265;REVB=0.0557572;RO=85;SAF=23;SAR=16;SRF=39;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154012;STB=0.582652;STBP=0.182;TYPE=ins;VARB=0.0389716;OID=.;OPOS=30558478;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372881:39:126:44:118:74:26:18:34:40:99:85:23:16:39:46 chr6 30575603 . A G 294.41 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0135787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4004;QD=28.0387;RBI=0.0562604;REFB=0.0366272;REVB=0.0545972;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863483;STB=0.547583;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0210643;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:13:13:6:10:13:13:6:10 chr6 30621057 . G T 42.93 PASS AF=0.104839;AO=18;DP=124;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=44;FWDB=-0.0863103;FXX=0.0312476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9256;QD=1.3849;RBI=0.0866383;REFB=-0.000210132;REVB=-0.00753133;RO=99;SAF=1;SAR=17;SRF=67;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.712235;STB=0.935166;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0032336;OID=.;OPOS=30621057;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:124:124:99:111:18:13:0.104839:17:1:67:32:12:1:67:44 chr6 30672165 . A C 34.93 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0423835;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.096;QD=2.21779;RBI=0.0564671;REFB=-0.00727025;REVB=-0.0373118;RO=54;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24878;STB=0.624653;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.058631;OID=.;OPOS=30672165;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:63:54:56:6:7:0.111111:2:4:24:30:3:4:24:32 chr6 30711805 . C G 576.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.674;QD=60.6868;RBI=0.0404972;REFB=0;REVB=0.0402809;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44575e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:22:16:0:0 chr6 30782105 . T C 318.46 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0408785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=13.2692;RBI=0.041471;REFB=0.0066369;REVB=0.00698473;RO=60;SAF=18;SAR=18;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127847;STB=0.572877;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0112046;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:18:18:23:37:18:18:23:37 chr6 30782218 . C CTGTT 115.93 PASS AF=0.257143;AO=17;DP=70;FAO=18;FDP=70;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0233193;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=236.859;QD=6.62455;RBI=0.0290922;REFB=-0.0107822;REVB=-0.0173945;RO=52;SAF=10;SAR=7;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245341;STB=0.624866;STBP=0.238;TYPE=ins;VARB=0.0264306;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:17:70:18:70:52:10:8:20:32:99:52:10:7:20:32 chr6 30782235 . G A 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0365374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.931;QD=7.58743;RBI=0.0382039;REFB=0.0141213;REVB=0.0111605;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207472;STB=0.624626;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0152815;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:8:9:16:29:8:9:16:29 chr6 30782407 . A G 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00931873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.85;QD=13.336;RBI=0.0213076;REFB=-0.00995667;REVB=-0.0191618;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181622;STB=0.510624;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0183637;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:14:10:6:9:14:10 chr6 30832119 . T C 538.57 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.023407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4714;QD=24.4803;RBI=0.0295415;REFB=-0.0191138;REVB=0.0180225;RO=39;SAF=29;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441617;STB=0.532697;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0345177;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:38:49:50:0.568182:20:29:21:18:20:30:20:18 chr6 30857072 . G C 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00108253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.611;QD=12.7895;RBI=0.0145681;REFB=-0.00763793;REVB=-0.0145278;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456401;STB=0.526141;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00871899;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:15:13:19:26:15:13:19:26 chr6 30858731 . CCT C,CGT 239.47 PASS AF=0.461538,0;AO=19,3;DP=72;FAO=30,0;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=14,0;FSAR=16,0;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.049482,-0.0106542;FXX=0.0972087;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=83.4388,104.494;QD=14.7365;RBI=0.0494937,0.0567551;REFB=-0.0428414,-0.0163321;REVB=-0.0010766,-0.0557461;RO=38;SAF=8,2;SAR=11,1;SRF=27;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.318538,0;SSSB=-0.320238,-0.0509835;STB=0.60156,0.5;STBP=0.169,1;TYPE=del,snp;VARB=0.026812,0;OID=.,.;OPOS=30858732,30858732;OREF=CT,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538,0:19,3:72:30,0:65:35:14,0:16,0:23:12:99:38:8,2:11,1:27:11 chr6 30858857 . C T 667.14 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0570775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3745;QD=19.4784;RBI=0.0572304;REFB=-0.00993853;REVB=-0.00418;RO=70;SAF=35;SAR=32;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339223;STB=0.518739;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0135188;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:70:70:67:67:0.489051:32:35:34:36:32:35:34:36 chr6 30862423 . C T 222.11 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.014219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.726;QD=25.3834;RBI=0.0143134;REFB=-0.0114077;REVB=0.00164109;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233173;STB=0.62253;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00689695;OID=.;OPOS=30862423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:14:21:21:0.6:11:10:10:2:11:10:11:3 chr6 30864506 . AG A 44.36 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0658162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7978;QD=7.39326;RBI=0.150881;REFB=-0.070543;REVB=-0.135769;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.220994;SSSB=-0.614538;STB=0.874063;STBP=0.016;TYPE=del;VARB=0.0963976;OID=.;OPOS=30864507;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:24:8:24:16:1:7:11:5:44:14:1:7:10:4 chr6 30864829 . T C 1474.81 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9967;QD=58.4082;RBI=0.0321649;REFB=-0.00543222;REVB=0.0294136;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921056;STB=0.504761;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=8.03166e-05;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:51:48:0:1:52:48:0:1 chr6 30865204 . A C 120.85 PASS AF=0.275362;AO=17;DP=66;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.068517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4346;QD=7.00609;RBI=0.0774565;REFB=-0.0115466;REVB=-0.036124;RO=49;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048067;STB=0.57179;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0324261;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:49:50:17:19:0.275362:8:9:24:25:8:11:24:26 chr6 30865279 . C T 523.85 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0244383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.373;QD=29.5125;RBI=0.0249753;REFB=-0.0179983;REVB=0.00515102;RO=24;SAF=21;SAR=26;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593153;STB=0.532196;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.011863;OID=.;OPOS=30865279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:26:21:13:11:26:21:13:11 chr6 30876238 . G A 130.49 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.00229294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.056;QD=13.7356;RBI=0.00852321;REFB=-0.0193113;REVB=-0.00820899;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282556;STB=0.659627;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0367742;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:11:4:2:21:11:4:2:21 chr6 30877760 . A C 149.67 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.020709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.723;QD=8.0904;RBI=0.0220979;REFB=-0.00987343;REVB=-0.0077108;RO=53;SAF=10;SAR=11;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107148;STB=0.564042;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0233666;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:11:10:30:23:11:10:30:23 chr6 30882689 . C T 365.17 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00519442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.331;QD=21.4803;RBI=0.00884398;REFB=-0.00773539;REVB=0.00715779;RO=30;SAF=17;SAR=20;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140337;STB=0.584012;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00599425;OID=.;OPOS=30882689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:31:37:37:0.544118:20:17:19:11:20:17:20:11 chr6 30882803 . G A 252.65 PASS AF=0.552632;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0236407;FXX=0.0731529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7617;QD=26.5949;RBI=0.0308238;REFB=-0.0889722;REVB=-0.0197793;RO=12;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263955;STB=0.530092;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0634073;OID=.;OPOS=30882803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:38:12:13:19:21:0.552632:7:12:8:4:8:13:9:4 chr6 30887972 . C T 335.86 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00703258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.322;QD=14.6025;RBI=0.00725502;REFB=-0.02615;REVB=-0.0017827;RO=53;SAF=18;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154001;STB=0.508231;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0394209;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:55:37:37:0.402174:19:18:25:28:19:18:26:29 chr6 30888161 . T C 347.6 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0146844;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.68;QD=16.3577;RBI=0.0168926;REFB=-0.00367341;REVB=-0.00835028;RO=46;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173249;STB=0.610109;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00371656;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:46:48:37:37:0.435294:24:13:24:22:24:13:26:22 chr6 30889389 . T C 137.86 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.05514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8655;QD=11.488;RBI=0.0579433;REFB=-0.00459929;REVB=-0.0178046;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321369;STB=0.662247;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0112558;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:32:16:16:0.333333:9:7:22:8:9:7:22:10 chr6 30893127 . G A 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0279827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5906;QD=18.6399;RBI=0.0330053;REFB=-0.00620667;REVB=0.017502;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106569;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00785016;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:13:11:12:9:13:11 chr6 30893728 . C T 224.99 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0722653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7647;QD=20.4538;RBI=0.0919226;REFB=-0.025754;REVB=0.0568111;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154503;STB=0.58768;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0328491;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:17:5:8:14:17:5:8:14 chr6 30899571 . C T 140.07 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00429267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6367;QD=12.7335;RBI=0.0197699;REFB=0.0014394;REVB=-0.0192982;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182275;STB=0.606611;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00211024;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:7:9:11:17:7:9:11:17 chr6 30900399 . C G 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0242007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.244;QD=8.68927;RBI=0.0331832;REFB=-0.0170397;REVB=0.0227036;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292508;STB=0.679182;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0343192;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:11:6:5:3:11:6 chr6 30900427 . T G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.915;QD=57.6774;RBI=0.0555336;REFB=0;REVB=0.0438432;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454877;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr6 30900435 . G T 80.01 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0161384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5683;QD=9.6985;RBI=0.0480102;REFB=-0.0199489;REVB=0.0452165;RO=22;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951184;STB=0.619356;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.045781;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:33:22:22:9:11:0.333333:4:5:14:8:6:5:14:8 chr6 30920086 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0222549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.09;QD=24.2928;RBI=0.0273258;REFB=-0.033378;REVB=-0.0158562;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111566;STB=0.561981;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.025985;OID=.;OPOS=30920086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:10:3:7:12:10:3 chr6 30955182 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.010539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.724;QD=12.0158;RBI=0.0266464;REFB=-0.030204;REVB=-0.0244737;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0295098;OID=.;OPOS=30955182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr6 30955201 . GC AT,GT 67.97 PASS AF=0.45,0;AO=7,2;DP=20;FAO=9,0;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00423222,0.00176446;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=158.471,60.2023;QD=13.5946;RBI=0.0119575,0.16082;REFB=-0.0138176,-0.0218461;REVB=-0.0111835,-0.16081;RO=10;SAF=6,1;SAR=1,1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.237604,-0.213474;STB=0.538373,0.5;STBP=0.84,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0362218,0;OID=.,.;OPOS=30955201,30955202;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:7,2:9,0:0.45,0:1,1:6,1:7:3:2,0:7,0:8:3 chr6 30955209 . T A 65.7 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00200597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.76;QD=10.5115;RBI=0.0415102;REFB=-0.0353952;REVB=-0.0414617;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198652;STB=0.621926;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0357016;OID=.;OPOS=30955209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:10:6:2:7:10:6 chr6 30955211 . C T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00188062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2074;QD=9.91609;RBI=0.0594328;REFB=-0.00287695;REVB=-0.059403;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241665;STB=0.649122;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00422848;OID=.;OPOS=30955211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:2:7:10:7:2:7:10:7 chr6 30955359 . G A 819.21 PASS AF=0.527027;AO=74;DP=144;FAO=78;FDP=148;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.0243044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7169;QD=22.1409;RBI=0.108174;REFB=-0.0361965;REVB=0.105408;RO=66;SAF=30;SAR=44;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167279;STB=0.50502;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0316703;OID=.;OPOS=30955359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:66:70:74:78:0.527027:44:30:28:38:46:32:28:42 chr6 30955929 . C A 556.49 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0129604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.833;QD=25.2948;RBI=0.0131498;REFB=-0.0269652;REVB=-0.00222377;RO=37;SAF=22;SAR=29;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000829983;STB=0.500454;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0191014;OID=.;OPOS=30955929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:29:22:16:21:29:22:16:21 chr6 30993313 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0124453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.308;QD=11.3693;RBI=0.0124479;REFB=-0.0144861;REVB=-0.000251138;RO=19;SAF=10;SAR=1;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405169;STB=0.752104;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0329172;OID=.;OPOS=30993313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:1:10:13:6:1:10:13:6 chr6 30993377 . T A 372.73 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7324;QD=55.2195;RBI=0.0341267;REFB=0;REVB=0.02615;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.765e-05;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr6 30993440 . G A 218.43 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0323023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.888;QD=31.2037;RBI=0.0455143;REFB=-0.0514179;REVB=-0.0320642;RO=8;SAF=15;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0161702;OID=.;OPOS=30993440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:5:15:6:2:5:15:6:2 chr6 30993533 . A G 162.34 PASS AF=0.586207;AO=14;DP=26;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00910239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.25;QD=22.3919;RBI=0.0189695;REFB=-0.0446089;REVB=0.016643;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.54113;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0260976;OID=.;OPOS=30993533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:29:12:12:14:17:0.586207:4:10:10:2:4:13:10:2 chr6 30993590 . A G 148.66 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00156028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8974;QD=16.0717;RBI=0.00466535;REFB=-0.0471337;REVB=0.0043967;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134977;STB=0.564445;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0519182;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:16:17:0.459459:5:11:16:4:5:12:16:4 chr6 30993958 . A G 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0109551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7815;QD=18.481;RBI=0.0114589;REFB=0.00204223;REVB=-0.00336024;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189485;STB=0.613756;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00249041;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:6:13:17:3:6:13:18:3 chr6 30994327 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0166073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.46;QD=16.9316;RBI=0.0175386;REFB=-0.0237218;REVB=0.00563932;RO=11;SAF=11;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494616;STB=0.785101;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0166993;OID=.;OPOS=30994327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:11:12:12:12:0.5:1:11:6:5:1:11:7:5 chr6 30996991 . A G 241.58 PASS AF=0.709677;AO=19;DP=28;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0345842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.095;QD=31.1713;RBI=0.0931911;REFB=-0.0360991;REVB=0.0865362;RO=9;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311786;STB=0.532843;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0200466;OID=.;OPOS=30996991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:28:31:9:9:19:22:0.709677:5:14:7:2:7:15:7:2 chr6 30997692 . G C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.152;QD=60.6034;RBI=0.0338204;REFB=0;REVB=0.0243471;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146433;OID=.;OPOS=30997692;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr6 30997816 . G T 151.88 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.00511371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.144;QD=11.9118;RBI=0.0392958;REFB=-0.0207513;REVB=-0.0389616;RO=30;SAF=12;SAR=5;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240701;STB=0.611833;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0443242;OID=.;OPOS=30997816;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:30:33:17:18:0.352941:5:12:26:4:5:13:28:5 chr6 30997824 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.0233834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.754;QD=12.8691;RBI=0.0335669;REFB=-0.0183048;REVB=-0.0240823;RO=33;SAF=16;SAR=5;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870521;STB=0.549827;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0297934;OID=.;OPOS=30997824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:5:16:27:6:5:16:27:6 chr6 30999997 . T C 765.24 PASS AF=0.657143;AO=68;DP=104;FAO=69;FDP=105;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0113503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.734;QD=29.1519;RBI=0.0182276;REFB=-0.017984;REVB=-0.0142625;RO=36;SAF=30;SAR=38;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341039;STB=0.521002;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00955834;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:36:36:68:69:0.657143:38:30:14:22:38:31:14:22 chr6 31002452 . A G 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00236133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.096;QD=23.8199;RBI=0.0168616;REFB=-0.00496223;REVB=-0.0166954;RO=17;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112524;STB=0.562446;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0023721;OID=.;OPOS=31002452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:8:14:13:4:8:14:13:4 chr6 31079889 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00132539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.655;QD=14.6525;RBI=0.00487928;REFB=-0.0109392;REVB=0.00469582;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00553914;OID=.;OPOS=31079889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr6 31079994 . C T 142.32 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0217848;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.734;QD=12.6502;RBI=0.0369687;REFB=-0.0233318;REVB=0.0298681;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00502413;STB=0.502955;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0410006;OID=.;OPOS=31079994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:29:16:16:0.355556:6:10:18:11:6:10:18:11 chr6 31084163 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0154654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.354;QD=12.7385;RBI=0.0154848;REFB=-0.0137468;REVB=-0.000774063;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0234288;OID=.;OPOS=31084163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:6:4:4:4:6:4 chr6 31084684 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0688673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.12;QD=18.8865;RBI=0.0911396;REFB=-0.00956787;REVB=0.0596969;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0110884;OID=.;OPOS=31084684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr6 31084787 . A G 207.86 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00591027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.368;QD=17.6898;RBI=0.0218177;REFB=-0.0249099;REVB=-0.0210019;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275555;STB=0.656992;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0246874;OID=.;OPOS=31084787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:16:10:14:7:16:10 chr6 31084792 . C T 210.4 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00127657;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.231;QD=18.2957;RBI=0.012739;REFB=-0.0364588;REVB=0.0126748;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241107;STB=0.646917;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0346172;OID=.;OPOS=31084792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:26:25:21:21:0.456522:14:7:15:11:14:7:15:10 chr6 31088202 . A G 357.73 PASS AF=0.453488;AO=32;DP=84;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0554128;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3816;QD=16.6388;RBI=0.0565274;REFB=-0.0291514;REVB=0.0111702;RO=47;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881637;STB=0.508104;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0315689;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:47:47:32:39:0.453488:17:15:26:21:18:21:26:21 chr6 31097453 . T G 420.78 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0147931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.414;QD=20.5258;RBI=0.0220593;REFB=-0.0301442;REVB=-0.0163639;RO=40;SAF=24;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854644;STB=0.547346;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0356361;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:18:24:19:21:18:24:19:21 chr6 31105891 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.592;QD=43.4862;RBI=0.0231821;REFB=0;REVB=0.00557679;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101396;OID=.;OPOS=31105891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 31106268 . A G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0024527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.499;QD=10.1856;RBI=0.0141562;REFB=-0.00743472;REVB=0.0139421;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198449;STB=0.619555;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0191517;OID=.;OPOS=31106268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:10:5:17:17:10:5:17:17 chr6 31106459 . C A 103.43 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0134106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6709;QD=9.85063;RBI=0.0134476;REFB=-0.0102536;REVB=0.000997331;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243458;STB=0.514683;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0239628;OID=.;OPOS=31106459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:14:15:7:6:14:15 chr6 31107733 . C T 310.49 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0148384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.208;QD=19.1074;RBI=0.0149587;REFB=-0.00063998;REVB=0.00189358;RO=32;SAF=11;SAR=22;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265876;STB=0.645496;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.000612168;OID=.;OPOS=31107733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:22:11:3:29:22:11:3:29 chr6 31110391 . G C 182.01 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0127487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.487;QD=9.57948;RBI=0.0127534;REFB=-0.00231374;REVB=0.000347198;RO=52;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110396;STB=0.56468;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00586268;OID=.;OPOS=31110391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:52:24:24:0.315789:13:11:19:33:13:11:19:33 chr6 31111180 . T C 843.93 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5618;QD=57.2153;RBI=0.0287132;REFB=0;REVB=0.012933;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572202;OID=.;OPOS=31111180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:19:39:0:0:20:39:0:0 chr6 31112484 . C T 138.31 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0266644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.194;QD=8.92324;RBI=0.0272292;REFB=-0.0163281;REVB=0.00551723;RO=42;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393474;STB=0.737205;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0375467;OID=.;OPOS=31112484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:13:6:28:14:13:6:29:14 chr6 31112602 . G C 90.49 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=61;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.0228714;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.392;QD=5.93357;RBI=0.0229816;REFB=-0.00365768;REVB=-0.00224721;RO=46;SAF=1;SAR=13;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706209;STB=0.934237;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0175193;OID=.;OPOS=31112602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:61:46:47:14:14:0.229508:13:1:31:15:13:1:31:16 chr6 31113030 . A G 733.32 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.174;QD=54.3201;RBI=0.03084;REFB=-0.126014;REVB=0.0245266;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000687904;OID=.;OPOS=31113030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:51:53:0.981481:19:32:1:0:21:32:1:0 chr6 31113052 . G A 771.19 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.256;QD=62.9545;RBI=0.086535;REFB=0;REVB=0.0865282;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133398;OID=.;OPOS=31113052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr6 31113214 . C A 226.04 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0125159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.027;QD=20.549;RBI=0.016229;REFB=-0.0251181;REVB=0.0103311;RO=20;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829308;STB=0.560382;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0309988;OID=.;OPOS=31113214;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:22:22:22:0.5:17:5:6:14:17:5:7:15 chr6 31116210 . G A 131.2 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.00209569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.673;QD=7.49718;RBI=0.0209076;REFB=-0.013869;REVB=0.0208023;RO=51;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111378;STB=0.566861;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0377897;OID=.;OPOS=31116210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:11:8:17:34:11:8:17:34 chr6 31116246 . G A 166.84 PASS AF=0.275862;AO=23;DP=86;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0171723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2304;QD=7.67092;RBI=0.0594061;REFB=0.00809115;REVB=0.05687;RO=60;SAF=6;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287327;STB=0.66864;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0197867;OID=.;OPOS=31116246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:60:63:23:24:0.275862:17:6:29:31:18:6:29:34 chr6 31118511 . T G 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0231377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.416;QD=22.9244;RBI=0.0231417;REFB=-0.0190195;REVB=-0.000429433;RO=25;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16017;STB=0.588068;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0138726;OID=.;OPOS=31118511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:18:16:17:8:18:16:17:8 chr6 31118527 . C T 335.92 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00729337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.867;QD=22.3947;RBI=0.0133856;REFB=-0.0235408;REVB=0.0112241;RO=26;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120996;STB=0.566628;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0116401;OID=.;OPOS=31118527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:17:17:17:9:17:17:17:9 chr6 31118565 . C G 789.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593506;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.248;QD=64.4516;RBI=0.0601092;REFB=0;REVB=-0.00951934;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114586;OID=.;OPOS=31118565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:21:28:0:0 chr6 31118898 . A T 116.68 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0592277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4333;QD=11.6677;RBI=0.0840672;REFB=-0.00980925;REVB=-0.0596606;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20909;STB=0.624812;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0248904;OID=.;OPOS=31118898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:4:10:14:12:4:10:14:12 chr6 31122315 . G C 106.98 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0392853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0491;QD=12.5857;RBI=0.0605712;REFB=0.0169468;REVB=-0.0461035;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243042;STB=0.644919;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0466961;OID=.;OPOS=31122315;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:10:3:9:12:10:3:9:12 chr6 31124849 . C T 431.16 PASS AF=0.61194;AO=39;DP=65;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0567925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7005;QD=25.7409;RBI=0.0668297;REFB=-0.0146561;REVB=0.0352253;RO=26;SAF=17;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0095251;STB=0.506289;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0108327;OID=.;OPOS=31124849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:26:26:39:41:0.61194:22:17:11:15:23:18:11:15 chr6 31125158 . C T 937.32 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.832;QD=58.5823;RBI=0.0772447;REFB=0;REVB=0.0691972;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212597;OID=.;OPOS=31125158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr6 31125257 . C A 450.65 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0093987;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.806;QD=17.8477;RBI=0.00952731;REFB=-0.022499;REVB=-0.00156019;RO=53;SAF=27;SAR=21;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173383;STB=0.596279;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0320933;OID=.;OPOS=31125257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:53:48:48:0.475248:21:27:20:33:21:27:20:33 chr6 31129616 . A G 746.23 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.2063;QD=63.5089;RBI=0.0558559;REFB=0;REVB=0.014011;RO=0;SAF=9;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162642;OID=.;OPOS=31129616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:38:9:0:0:38:9:0:0 chr6 31129642 . A C 754.75 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.14;QD=56.9626;RBI=0.0520895;REFB=0;REVB=0.0500868;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89903e-05;OID=.;OPOS=31129642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:37:15:0:0:38:15:0:0 chr6 31129707 . C T 140.82 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0307556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9292;QD=9.54699;RBI=0.0513909;REFB=-0.00333484;REVB=0.0411718;RO=38;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625961;STB=0.540295;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0102307;OID=.;OPOS=31129707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:40:19:19:0.322034:12:7:16:22:12:7:17:23 chr6 31132413 . C CA 69.58 PASS AF=0.625;AO=2;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0203449;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.6915;QD=17.3953;RBI=0.0203961;REFB=-0.00615701;REVB=-0.00144391;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.601607;STB=0.658231;STBP=0.151;TYPE=ins;VARB=0.0221713;OID=.;OPOS=31132414;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:2:16:10:16:6:6:4:1:5:30:13:2:0:5:8 chr6 31132414 . G A 69.5 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0247578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1081;QD=16.353;RBI=0.0360112;REFB=-0.0370817;REVB=-0.0261507;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0114071;OID=.;OPOS=31132414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:3:5:4:5:3:5 chr6 31132956 . G C 213.24 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.024175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.817;QD=12.5434;RBI=0.0356993;REFB=-0.00815456;REVB=-0.026268;RO=42;SAF=17;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153074;STB=0.508787;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.011174;OID=.;OPOS=31132956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:9:17:28:14:9:17:28:14 chr6 31133870 . G A 181.33 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0133895;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.033;QD=15.1109;RBI=0.0134538;REFB=-0.00858437;REVB=-0.0013142;RO=29;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0650748;STB=0.516761;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0109696;OID=.;OPOS=31133870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:18:19:0.395833:7:11:16:13:8:11:16:13 chr6 31133943 . C A 379.84 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0250919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4956;QD=24.9076;RBI=0.0261486;REFB=-0.0449406;REVB=0.00735839;RO=24;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177281;STB=0.596964;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0229016;OID=.;OPOS=31133943;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:20:17:17:7:20:17:17:7 chr6 31134087 . C G 173.07 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.050003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.762;QD=18.7099;RBI=0.0542319;REFB=-0.0414336;REVB=-0.0209953;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0306657;OID=.;OPOS=31134087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:9:10:11:7:9:10 chr6 31134118 . C CGAG 324.51 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0163446;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.883;QD=46.358;RBI=0.0234679;REFB=0.0409317;REVB=0.0168403;RO=3;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12047;STB=0.565165;STBP=0.06;TYPE=ins;VARB=-0.00581087;OID=.;OPOS=31134119;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=CGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:25:29:25:28:3:15:10:0:3:15:3:15:10:0:3 chr6 31138211 . ATGGGGG ATGGGG,ATGGGGA,ATGGGGC,GATGGGG 51.8 PASS AF=0.219512,0.0487805,0.0731707,0;AO=6,2,2,2;DP=41;FAO=9,2,3,0;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3,0,0,0;FSAR=6,2,3,0;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0873334,0.0997387,-0.0468587,-0.0206847;FXX=0;HRUN=5,5,5,1;LEN=1,1,1,3;MLLD=10.0411,23.8765,131.716,85.6794;QD=5.0534;RBI=0.257795,0.270483,0.0478421,0.154172;REFB=-0.0985545,-0.0570153,-0.00915454,-0.00872615;REVB=0.242551,0.251423,0.00965023,0.152778;RO=18;SAF=5,0,0,0;SAR=1,2,2,2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0.354839,0,0,0;SSSB=0.31649,-0.571416,-0.571416,-0.571416;STB=0.799466,0.997248,0.998003,0.5;STBP=0.058,0.022,0.012,1;TYPE=del,snp,snp,mnp;VARB=0.0491039,0.056083,0.227128,0;OID=.,.,.,.;OPOS=31138213,31138217,31138217,31138211;OREF=G,G,G,ATG;OALT=-,A,C,GAT;OMAPALT=ATGGGG,ATGGGGA,ATGGGGC,GATGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:41:41:18:27:6,2,2,2:9,2,3,0:0.219512,0.0487805,0.0731707,0:1,2,2,2:5,0,0,0:11:7:6,2,3,0:3,0,0,0:21:6 chr6 31138371 . G A 584.01 PASS AF=0.582418;AO=52;DP=90;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00697158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.207;QD=25.6707;RBI=0.0307743;REFB=0.0073803;REVB=0.0299742;RO=37;SAF=27;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659344;STB=0.525892;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00571221;OID=.;OPOS=31138371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:38:52:53:0.582418:25:27:16:21:26:27:17:21 chr6 31138377 . C T 539.88 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0113775;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.35;QD=24.2644;RBI=0.0129788;REFB=0.00452146;REVB=0.00624513;RO=39;SAF=25;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512215;STB=0.528079;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00246651;OID=.;OPOS=31138377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:39:39:50:50:0.561798:25:25:17:22:25:25:17:22 chr6 31165566 . T C 1415.1 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3729;QD=62.8932;RBI=0.0364399;REFB=0;REVB=0.0308351;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57842e-05;OID=.;OPOS=31165566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr6 31165597 . AT A 355.52 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=91;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.00524921;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9354;QD=15.801;RBI=0.0166345;REFB=0.0013743;REVB=0.0157846;RO=51;SAF=21;SAR=18;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289471;STB=0.505152;STBP=0.936;TYPE=del;VARB=-0.00168227;OID=.;OPOS=31165598;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:39:91:39:90:51:21:18:27:24:99:51:21:18:26:25 chr6 31165962 . G A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.351;QD=60.8835;RBI=0.0431094;REFB=0;REVB=0.0213823;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50573e-05;OID=.;OPOS=31165962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr6 31170228 . G C 1171.51 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2339;QD=60.8579;RBI=0.0531085;REFB=0;REVB=0.0220687;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232831;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:35:41:0:0:35:42:0:0 chr6 31170514 . A G 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00700002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7797;QD=17.9902;RBI=0.0416175;REFB=-0.0055677;REVB=-0.0410245;RO=29;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101299;STB=0.562619;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00525317;OID=.;OPOS=31170514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:30:29:29:0.491525:18:11:8:21:18:11:8:22 chr6 31170528 . A G 864.67 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.983;QD=57.6445;RBI=0.0275778;REFB=0;REVB=-0.00171866;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43791e-05;OID=.;OPOS=31170528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:32:24:0:0:36:24:0:0 chr6 31236853 . G A 542.02 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.545;QD=58.5965;RBI=0.0701993;REFB=0;REVB=0.069352;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381769;OID=.;OPOS=31236853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr6 31236900 . G A 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0129043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.261;QD=21.2933;RBI=0.0289637;REFB=-0.00859549;REVB=0.0259302;RO=25;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374625;STB=0.520992;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00784088;OID=.;OPOS=31236900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:10:15:16:9:10:15:16:9 chr6 31237124 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2466;QD=49.5992;RBI=0.0210291;REFB=0;REVB=0.0194259;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038487;OID=.;OPOS=31237124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr6 31237162 . C G 155.63 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1174;QD=44.4646;RBI=0.0544341;REFB=0;REVB=-0.0223864;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141647;OID=.;OPOS=31237162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:5:8:1:0:5:9:0:0 chr6 31237255 . G A 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.259;QD=56.1841;RBI=0.0419077;REFB=0;REVB=-0.0105343;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281657;OID=.;OPOS=31237255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr6 31237323 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2192;QD=54.5104;RBI=0.0791199;REFB=0;REVB=-0.0162822;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611424;OID=.;OPOS=31237323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr6 31237333 . T A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.642;QD=53.9109;RBI=0.0194734;REFB=0;REVB=-0.0187951;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92832e-05;OID=.;OPOS=31237333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr6 31237727 . T C 49.44 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.614;QD=32.9568;RBI=0.148522;REFB=0;REVB=-0.0239837;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0164539;OID=.;OPOS=31237727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31237833 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.83;QD=33.4284;RBI=0.053259;REFB=0;REVB=0.0464696;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699679;OID=.;OPOS=31237833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 31238029 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.801;QD=33.4269;RBI=0.0532425;REFB=0;REVB=0.0530944;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218456;OID=.;OPOS=31238029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr6 31238053 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1909;QD=42.181;RBI=0.0717212;REFB=0;REVB=-0.0708952;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196231;OID=.;OPOS=31238053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr6 31238134 . G GA 89.28 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131891;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=137.16;QD=32.4639;RBI=0.14317;REFB=0;REVB=-0.0556986;RO=9;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0042316;OID=.;OPOS=31238135;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:11:11:11:0:3:8:0:0:4:9:0:2:3:6 chr6 31238135 . G A 85.8 PASS AF=0.9;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0519741;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.681;QD=34.3209;RBI=0.0519926;REFB=0.0167721;REVB=0.00138434;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00183139;OID=.;OPOS=31238135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr6 31238138 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.883;QD=42.1826;RBI=0.0494841;REFB=0;REVB=0.0188874;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532494;OID=.;OPOS=31238138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 31238155 . G A 31.59 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.102116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1183;QD=14.0408;RBI=0.106182;REFB=0.0549304;REVB=0.0291025;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341697;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.0286419;OID=.;OPOS=31238155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:0:4:3:2:0:4 chr6 31238234 . G A 49.97 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00964777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.229;QD=33.3154;RBI=0.0316697;REFB=0;REVB=0.0301643;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302949;OID=.;OPOS=31238234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31238259 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.963;QD=33.4285;RBI=0.0274461;REFB=0;REVB=-0.0197552;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55665e-06;OID=.;OPOS=31238259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31238490 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.189;QD=56.1878;RBI=0.0275354;REFB=0;REVB=0.0246826;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68713e-05;OID=.;OPOS=31238490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr6 31238492 . C A 364.75 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.32123e-05;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.205;QD=56.1145;RBI=0.015506;REFB=0;REVB=0.0155059;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484639;OID=.;OPOS=31238492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:7:19:0:0:7:19:0:0 chr6 31238851 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.528;QD=57.2006;RBI=0.06246;REFB=0;REVB=0.0511697;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563323;OID=.;OPOS=31238851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 31238868 . C T 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0847676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7415;QD=16.2706;RBI=0.0863164;REFB=-0.00665749;REVB=0.0162781;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.670372;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0125174;OID=.;OPOS=31238868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:13:5:9:6:13:5 chr6 31238909 . GT AG 31.09 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0189326;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.221;QD=3.76825;RBI=0.0193463;REFB=-0.0140221;REVB=-0.00397955;RO=27;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896638;STB=0.564994;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.0548692;OID=.;OPOS=31238909;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:33:33:27:27:5:6:0.181818:2:3:16:11:2:4:16:11 chr6 31238930 . A C 52.79 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0260729;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.88;QD=6.21048;RBI=0.0789329;REFB=-0.0292818;REVB=-0.0745024;RO=26;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228692;STB=0.649599;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0528942;OID=.;OPOS=31238930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:26:26:8:8:0.235294:2:6:15:11:2:6:15:11 chr6 31238942 . G T 88.72 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0267347;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.315;QD=11.4481;RBI=0.0347349;REFB=-0.0213301;REVB=-0.022176;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.083303;OID=.;OPOS=31238942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:34:31:20:20:11:11:0.354839:4:7:11:9:4:7:11:9 chr6 31238943 . C T 207.28 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0423394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.457;QD=24.3863;RBI=0.0439674;REFB=-0.0366795;REVB=0.0118539;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12452;STB=0.56921;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0366235;OID=.;OPOS=31238943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:10:4:9:11:10:4 chr6 31238957 . A C 426.53 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0242574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9742;QD=53.3164;RBI=0.0585925;REFB=-0.000282427;REVB=0.0533353;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00244987;OID=.;OPOS=31238957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr6 31238983 . G C 461.5 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000527111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1242;QD=48.5794;RBI=0.091732;REFB=-0.0748305;REVB=-0.0917304;RO=4;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084785;STB=0.545428;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00767511;OID=.;OPOS=31238983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:14:20:4:0:14:20:4:0 chr6 31239010 . G A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.000738811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.992;QD=9.41527;RBI=0.0196182;REFB=-0.00192154;REVB=0.0196043;RO=34;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203297;STB=0.623316;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00546026;OID=.;OPOS=31239010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:9:5:18:16:9:5:18:16 chr6 31239016 . G A 269.63 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00498398;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.033;QD=22.4691;RBI=0.00505275;REFB=-0.0128084;REVB=0.000830747;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470681;STB=0.53843;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00988161;OID=.;OPOS=31239016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:25:25:0.520833:15:10:10:12:15:10:11:12 chr6 31239050 . G A 682.73 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0246855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.571;QD=52.5179;RBI=0.0299989;REFB=0.0245197;REVB=-0.0170457;RO=2;SAF=17;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522046;STB=0.527767;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.0018672;OID=.;OPOS=31239050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:33:17:2:0:33:17:2:0 chr6 31239057 . C T 682.64 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.635;QD=52.5109;RBI=0.0597055;REFB=-0.0601075;REVB=0.0581205;RO=2;SAF=17;SAR=33;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522046;STB=0.527767;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00120902;OID=.;OPOS=31239057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:33:17:2:0:33:17:2:0 chr6 31239082 . G C 130.04 PASS AF=0.327273;AO=19;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.111218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3302;QD=9.4572;RBI=0.111585;REFB=-0.00979045;REVB=-0.00905207;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774885;STB=0.506842;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0103173;OID=.;OPOS=31239082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:19:18:0.327273:12:7:11:25:12:6:12:25 chr6 31239101 . G A,T 649.38 PASS AF=0.372549,0.588235;AO=18,30;DP=50;FAO=19,30;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=5,10;FSAR=14,20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00386527,0.0354172;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.284,80.1481;QD=50.932;RBI=0.0253263,0.0398687;REFB=-0.127509,-0.0802787;REVB=0.0250296,-0.0183068;RO=2;SAF=5,10;SAR=13,20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0493825,-0.0216314;STB=0.528271,0.51162;STBP=0.54,0.783;TYPE=snp,snp;VARB=0.0148212,-0.00089291;OID=.,.;OPOS=31239101,31239101;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:50:51:2:2:18,30:19,30:0.372549,0.588235:13,20:5,10:1:1:14,20:5,10:1:1 chr6 31239378 . T G 86.91 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0447721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0975;QD=12.8752;RBI=0.0751144;REFB=0.00848289;REVB=-0.0603128;RO=16;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256532;STB=0.654229;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00949394;OID=.;OPOS=31239378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:2:9:10:6:2:9:10:6 chr6 31239407 . G T 203.15 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0271002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3082;QD=21.9625;RBI=0.0799299;REFB=0.00618888;REVB=0.0751955;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267218;STB=0.648513;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00403271;OID=.;OPOS=31239407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:14:3:10:10:14:3 chr6 31239417 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00175319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.277;QD=21.2649;RBI=0.014812;REFB=-0.0250268;REVB=0.0147078;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283663;STB=0.657752;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0239151;OID=.;OPOS=31239417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:15:3:10:10:15:3 chr6 31239430 . C T 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0217841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.356;QD=15.159;RBI=0.0253004;REFB=-0.00406371;REVB=-0.012867;RO=22;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513009;STB=0.802839;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0167991;OID=.;OPOS=31239430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:2:14:10:12:2:14:10:12 chr6 31239501 . G T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0151275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6424;QD=17.8265;RBI=0.0184346;REFB=-0.0338049;REVB=-0.0105353;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116603;STB=0.567449;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0104635;OID=.;OPOS=31239501;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:4:7:9:3:4:7 chr6 31239518 . C T 220.22 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.270962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.333;QD=48.9382;RBI=0.27097;REFB=0;REVB=-0.00206966;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016772;OID=.;OPOS=31239518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:14:3:0:0:14:4:0:0 chr6 31239577 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2195;QD=33.4272;RBI=0.0288113;REFB=0;REVB=0.0117612;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348547;OID=.;OPOS=31239577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31239722 . A C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.689;QD=35.5719;RBI=0.212226;REFB=0;REVB=-0.210558;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00243738;OID=.;OPOS=31239722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 31239742 . G C 95.89 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0177976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.986;QD=22.5615;RBI=0.0605607;REFB=-0.034373;REVB=0.0578865;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10769;STB=0.509075;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0141788;OID=.;OPOS=31239742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:1:9:5:1:2:9:5:1 chr6 31239752 . C T 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00951393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.322;QD=47.8127;RBI=0.0194758;REFB=-0.0711683;REVB=-0.0169938;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571354;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00472888;OID=.;OPOS=31239752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:21:21:0.954545:3:18:0:0:3:18:0:1 chr6 31239766 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00340226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.681;QD=12.7823;RBI=0.0279394;REFB=-0.0125304;REVB=-0.0277315;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330288;STB=0.702621;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.020578;OID=.;OPOS=31239766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:1:9:10:4:1:9:10:4 chr6 31239776 . A C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00192149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.065;QD=18.6449;RBI=0.0192125;REFB=0.000617261;REVB=-0.0191161;RO=13;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585624;STB=0.533287;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00074157;OID=.;OPOS=31239776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:4:10:10:3:4:10:10:3 chr6 31239802 . C G 482.72 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3204;QD=58.5116;RBI=0.100385;REFB=0;REVB=0.0995427;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002211;OID=.;OPOS=31239802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:8:24:0:0:9:24:0:0 chr6 31239821 . G T 484.93 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0535435;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4066;QD=53.8817;RBI=0.0852121;REFB=-0.107252;REVB=0.0662887;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520821;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00206919;OID=.;OPOS=31239821;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:36:0:2:34:34:0.944444:11:23:0:0:11:23:2:0 chr6 31239827 . C T 557.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.151;QD=60.2687;RBI=0.108246;REFB=0;REVB=0.107761;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247587;OID=.;OPOS=31239827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:10:24:0:0:12:25:0:0 chr6 31322303 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9621;QD=33.4285;RBI=0.0537456;REFB=0;REVB=-0.0344247;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00666481;OID=.;OPOS=31322303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 31322470 . C G 425.33 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.272;QD=56.7111;RBI=0.0584514;REFB=0;REVB=0.0396284;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60447e-06;OID=.;OPOS=31322470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr6 31322888 . A G 289.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.204;QD=52.5907;RBI=0.0624893;REFB=0;REVB=0.0428823;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782071;OID=.;OPOS=31322888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr6 31322911 . C T 489.99 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.075554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.199;QD=55.9991;RBI=0.0845007;REFB=0.100479;REVB=0.0378413;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00196975;OID=.;OPOS=31322911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chr6 31322980 . C T 708.36 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.149;QD=62.9654;RBI=0.0469611;REFB=0;REVB=0.0156158;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157606;OID=.;OPOS=31322980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr6 31322996 . CG TA,TG 675.72 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989288,-0.0170547;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.851,96.9298;QD=61.4289;RBI=0.0200407,0.0217921;REFB=0,0;REVB=-0.0174288,0.0135658;RO=0;SAF=2,27;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.13648e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00990817,0.00380147;OID=.,.;OPOS=31322996,31322996;OREF=CG,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:2,42:2,42:0.0454545,0.954545:0,15:2,27:0:0:0,15:2,27:0:0 chr6 31323233 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0275748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.702;QD=15.2623;RBI=0.047218;REFB=-0.0164583;REVB=-0.0383297;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370936;STB=0.723311;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.013127;OID=.;OPOS=31323233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:5:8:3:12:5:8:3:13 chr6 31323296 . A G 330.45 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.067;QD=50.8377;RBI=0.0113905;REFB=0.0154533;REVB=0.00327691;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-6.81874e-05;OID=.;OPOS=31323296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:14:11:0:0:14:11:0:1 chr6 31323337 . T C 157.71 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00479847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.407;QD=24.2624;RBI=0.0128295;REFB=-0.0072988;REVB=0.0118984;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763025;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0042257;OID=.;OPOS=31323337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:26:9:10:16:16:0.615385:9:7:5:4:9:7:6:4 chr6 31323353 . G A 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0448477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6623;QD=10.6638;RBI=0.114829;REFB=0.00445793;REVB=0.105709;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136659;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00471718;OID=.;OPOS=31323353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:4:6:8:9:4:6:8:10 chr6 31323945 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.921;QD=40.7629;RBI=0.0588443;REFB=0;REVB=0.0188147;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514911;OID=.;OPOS=31323945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr6 31323953 . C G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.401;QD=37.485;RBI=0.157963;REFB=0;REVB=0.0461252;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00668448;OID=.;OPOS=31323953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31323958 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.001;QD=37.4885;RBI=0.0465986;REFB=0;REVB=-0.0299921;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94241e-05;OID=.;OPOS=31323958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31323960 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.761;QD=37.4854;RBI=0.0642606;REFB=0;REVB=0.0411802;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310836;OID=.;OPOS=31323960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31324003 . TC AG,GT 100.32 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113174,-0.00928247;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=114.4,105.671;QD=40.1275;RBI=0.0574451,0.0655961;REFB=0,0;REVB=0.0563193,0.064936;RO=0;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00605208,0.0271405;OID=.,.;OPOS=31324003,31324003;OREF=TC,TC;OALT=AG,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:3,0:5,2:0:0:3,0:5,2:0:0 chr6 31324024 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00511641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.668;QD=16.1989;RBI=0.0751164;REFB=-0.0430359;REVB=0.074942;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0415043;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr6 31324086 . G C 154.86 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0242805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4368;QD=32.6012;RBI=0.026655;REFB=-0.0453523;REVB=0.0109976;RO=4;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151604;STB=0.583231;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.015848;OID=.;OPOS=31324086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:5:10:4:0:5:10:4:0 chr6 31324100 . G T 112.74 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0461917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.207;QD=28.1858;RBI=0.0584338;REFB=-0.0599246;REVB=0.0357888;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11262;STB=0.610941;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0144455;OID=.;OPOS=31324100;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:2:4:12:12:0.75:5:7:2:0:5:7:4:0 chr6 31324144 . T G 105.11 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051042;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.194;QD=42.0424;RBI=0.0544378;REFB=0;REVB=0.018926;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160412;OID=.;OPOS=31324144;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr6 31324154 . G A 73.57 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.836;QD=36.7873;RBI=0.0873728;REFB=0;REVB=0.0606914;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0159556;OID=.;OPOS=31324154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr6 31324891 . CG TC 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593611;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=2;MLLD=118.604;QD=41.0879;RBI=0.0989398;REFB=0;REVB=0.0791539;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00259219;OID=.;OPOS=31324891;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr6 31324925 . A G 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9877;QD=39.1886;RBI=0.109316;REFB=0;REVB=0.10792;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406871;OID=.;OPOS=31324925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr6 31324931 . A C 74.9 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1564;QD=37.4507;RBI=0.025014;REFB=0;REVB=-0.0113427;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288751;OID=.;OPOS=31324931;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr6 31371430 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0690996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.958;QD=53.9103;RBI=0.0718687;REFB=0;REVB=0.0197573;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136219;OID=.;OPOS=31371430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr6 31378358 . T G 143.32 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00592582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.086;QD=14.6991;RBI=0.00593135;REFB=0.000806529;REVB=0.000256123;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113452;STB=0.57438;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.000715666;OID=.;OPOS=31378358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:10:6:6:16:10:6:6:17 chr6 31378387 . T C 135.35 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0253421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.091;QD=16.4061;RBI=0.0260555;REFB=-0.0131725;REVB=0.00605556;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176336;STB=0.609626;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00335443;OID=.;OPOS=31378387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:3:14:10:5:3:15 chr6 31378425 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0249582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.633;QD=12.4826;RBI=0.0311418;REFB=-0.0657749;REVB=-0.0186253;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0516096;OID=.;OPOS=31378425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr6 31378977 . G A 195.74 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0298603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.179;QD=17.7947;RBI=0.0406881;REFB=-0.0220477;REVB=-0.0276386;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0234586;OID=.;OPOS=31378977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:11:13:11:9:11:13 chr6 31379109 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0142088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.884;QD=18.1541;RBI=0.0182771;REFB=-0.00870267;REVB=0.0114962;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418656;STB=0.523787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0100864;OID=.;OPOS=31379109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:12:13:10:11:12:13 chr6 31379115 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.035357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.281;QD=22.1886;RBI=0.0362069;REFB=-0.00347381;REVB=-0.00779903;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942359;STB=0.563125;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00230692;OID=.;OPOS=31379115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:12:9:13:11:13:9 chr6 31379931 . G A 80.02 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.050991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.67;QD=7.2741;RBI=0.051027;REFB=-0.0198995;REVB=-0.00191558;RO=32;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139712;STB=0.603574;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0398102;OID=.;OPOS=31379931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:8:3:12:20:8:3:13:20 chr6 31380160 . TG T,TGCTGCTGCTGCT 512.75 PASS AF=0.871795,0.128205;AO=31,5;DP=40;FAO=34,5;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=21,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078045,-0.0214243;FXX=0.0249938;HRUN=2,1;LEN=1,11;MLLD=24.7842,172.292;QD=52.5895;RBI=0.0805846,0.0443024;REFB=-0.0472696,-0.0722853;REVB=-0.0200714,-0.0387776;RO=1;SAF=12,1;SAR=19,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0372894,-0.277405;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0121436,0.0235416;OID=.,.;OPOS=31380161,31380162;OREF=G,-;OALT=-,CTGCTGCTGCT;OMAPALT=T,TGCTGCTGCTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.871795,0.128205:31,5:40:34,5:39:0:13,1:21,4:0:0:26:1:12,1:19,4:1:0 chr6 31380198 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0352711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.742;QD=5.21559;RBI=0.0408883;REFB=-0.0177502;REVB=-0.0206833;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362124;STB=0.531804;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0393876;OID=.;OPOS=31380198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:5:1:3:17:5:1:4:17 chr6 31382882 . C A 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0256583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.635;QD=8.68398;RBI=0.0344631;REFB=-0.00846639;REVB=-0.0230077;RO=60;SAF=14;SAR=11;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518794;STB=0.536921;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0202408;OID=.;OPOS=31382882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:61:25:25:0.290698:11:14:31:29:11:14:31:30 chr6 31382911 . A G 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0872785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0919;QD=64.1435;RBI=0.0895851;REFB=0;REVB=-0.0201976;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661864;OID=.;OPOS=31382911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 31525912 . C T 591.33 PASS AF=0.84;AO=41;DP=49;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0104526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.436;QD=47.3067;RBI=0.0283597;REFB=-0.0215944;REVB=0.0263632;RO=6;SAF=21;SAR=20;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116802;STB=0.539981;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000315701;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:49:50:6:8:41:42:0.84:20:21:6:0:21:21:6:2 chr6 31540418 . CG C 52.67 PASS AF=0.681818;AO=10;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.116971;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.37754;QD=9.5765;RBI=0.141828;REFB=0.0623971;REVB=0.0802046;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0.590909;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.540484;STBP=0.651;TYPE=del;VARB=0.025374;OID=.;OPOS=31540419;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.681818:10:23:15:22:7:12:3:5:2:29:6:8:2:4:2 chr6 31583155 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0870731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9942;QD=47.8136;RBI=0.0870731;REFB=0.0210154;REVB=0;RO=1;SAF=21;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716548;OID=.;OPOS=31583155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:0:21:1:0:0:21:1:0 chr6 31590898 . C T 1194.31 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.09;QD=59.7156;RBI=0.023339;REFB=0.0767713;REVB=0.00402773;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-5.27111e-05;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:41:38:0:0:41:38:1:0 chr6 31594628 . T A 970.79 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6962;QD=58.8355;RBI=0.0240973;REFB=0;REVB=0.0182065;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03816e-05;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:41:25:0:0 chr6 31595882 . C A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.327;QD=59.323;RBI=0.0749005;REFB=0;REVB=-0.00481919;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102617;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:49:19:0:0:49:19:0:0 chr6 31601344 . T C 645.88 PASS AF=0.955556;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0208763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8192;QD=57.4113;RBI=0.054073;REFB=0.00528237;REVB=0.0498806;RO=2;SAF=23;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390665;STB=0.520824;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0103226;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:45:2:2:41:43:0.955556:18:23:2:0:20:23:2:0 chr6 31604044 . T G 525.18 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.056052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1117;QD=56.7761;RBI=0.0592554;REFB=0.0969203;REVB=0.0192191;RO=1;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.523796;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00263054;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:37:1:1:33:36:0.972973:25:8:1:0:26:10:1:0 chr6 31606977 . C T 336.42 PASS AF=0.406593;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00464155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7867;QD=14.7876;RBI=0.0538153;REFB=-0.0221156;REVB=-0.0536148;RO=53;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794671;STB=0.54933;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0253489;OID=.;OPOS=31606977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:54:37:37:0.406593:21:16:19:34:21:16:19:35 chr6 31610686 . A C,G 1966.41 PASS AF=0.0381679,0.961832;AO=6,122;DP=128;FAO=5,126;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=5,75;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743723,0.0129222;FXX=0.00757518;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.4376,140.639;QD=60.043;RBI=0.0393487,0.0359175;REFB=0,0;REVB=0.0386394,0.0335125;RO=0;SAF=5,75;SAR=1,47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,-2.98065e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.111705,-0.00323273;OID=.,.;OPOS=31610686,31610686;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:128:131:0:0:6,122:5,126:0.0381679,0.961832:1,47:5,75:0:0:0,51:5,75:0:0 chr6 31617054 . AGG ACG,A,AG 168.35 PASS AF=0,0,0.95;AO=4,5,17;DP=41;FAO=0,0,38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,19;FSAR=0,0,19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0181069,0.0277314,0.0558307;FXX=0.0243843;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,1;MLLD=116.208,9.2984,7.11348;QD=16.8352;RBI=0.120223,0.0280153,0.05742;REFB=0.0160168,0.110482,0.170406;REVB=-0.118852,0.00397873,0.013416;RO=7;SAF=0,4,9;SAR=4,1,8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.751977,0.112423,-0.0983499;STB=0.5,0.5,0.524987;STBP=1,1,0.247;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.015822,0.0212284;OID=.,.,.;OPOS=31617055,31617055,31617055;OREF=G,GG,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=ACG,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.95:4,5,17:41:0,0,38:40:2:0,0,19:0,0,19:0:2:9:7:0,4,9:4,1,8:5:2 chr6 31617063 . TC CT,GT,T 77.84 PASS AF=0.0208333,0.0833333,0.333333;AO=2,4,16;DP=49;FAO=1,4,16;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=0,4,9;FSAR=1,0,7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0236642,-0.0574841,-0.133896;FXX=0.020404;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=108.443,102.844,9.07555;QD=6.48688;RBI=0.0257451,0.0589667,0.13418;REFB=-0.00722573,-0.00629768,-0.130083;REVB=-0.0101399,-0.0131399,-0.00872406;RO=21;SAF=0,4,9;SAR=2,0,7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.381818;SSSB=-0.40057,0.766226,0.358526;STB=0.986071,0.998068,0.6627;STBP=0.527,0.007,0.111;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0.193341,0.0929957,0.163934;OID=.,.,.;OPOS=31617063,31617063,31617064;OREF=TC,TC,C;OALT=CT,GT,-;OMAPALT=CT,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:48:49:48:21:27:2,4,16:1,4,16:0.0208333,0.0833333,0.333333:2,0,7:0,4,9:4:17:1,0,7:0,4,9:8:19 chr6 31627523 . C T 2615.4 PASS AF=0.982759;AO=171;DP=175;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00540127;FXX=0.00571396;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.3612;QD=60.1241;RBI=0.0097194;REFB=-0.123706;REVB=0.00808042;RO=0;SAF=84;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508474;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.000487404;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:174:0:3:171:171:0.982759:87:84:0:0:87:84:0:3 chr6 31630313 . GC CG,G 67.74 PASS AF=0.0851064,0.382979;AO=5,18;DP=48;FAO=4,18;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=0,6;FSAR=4,12;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0507507,0.0743563;FXX=0.020829;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=144.415,7.77128;QD=5.76539;RBI=0.0541943,0.0808484;REFB=0.00100272,-0.1113;REVB=-0.0190101,0.0317428;RO=19;SAF=0,6;SAR=5,12;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.617375,0.132058;STB=0.995877,0.592499;STBP=0.214,0.4;TYPE=mnp,del;VARB=0.0403773,0.166581;OID=.,.;OPOS=31630313,31630314;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:48:47:19:25:5,18:4,18:0.0851064,0.382979:5,12:0,6:4:15:4,12:0,6:5:20 chr6 31634758 . G A 1245.42 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00160241;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.471;QD=60.0204;RBI=0.0136171;REFB=-0.024232;REVB=0.0135225;RO=1;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114095;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000423701;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:1:1:81:82:0.987952:41:40:0:1:42:40:0:1 chr6 31646986 . G A 405.17 PASS AF=0.405172;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=56;FWDB=-0.00371719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7857;QD=13.9714;RBI=0.00641566;REFB=-0.0227404;REVB=0.00522907;RO=69;SAF=17;SAR=30;SRF=13;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213466;STB=0.618922;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0239496;OID=.;OPOS=31646986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:69:47:47:0.405172:30:17:13:56:30:17:13:56 chr6 31657413 . T C 1472.71 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.943;QD=63.3425;RBI=0.0682651;REFB=0;REVB=0.0652229;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127938;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:41:49:0:0:44:49:0:0 chr6 31680532 . G A 301.9 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0148528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.274;QD=14.5493;RBI=0.0313578;REFB=-0.0117997;REVB=0.0276171;RO=49;SAF=20;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823421;STB=0.546735;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0134607;OID=.;OPOS=31680532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:14:20:25:24:14:20:25:24 chr6 31695043 . A G 146.48 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0112295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1604;QD=11.268;RBI=0.0117676;REFB=0.00685962;REVB=0.00351793;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293185;STB=0.517222;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00924158;OID=.;OPOS=31695043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:18:16:8:10:18:16 chr6 31695437 . G A 148.75 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=92;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0370516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.052;QD=6.39776;RBI=0.0719966;REFB=-0.0154444;REVB=0.0617308;RO=69;SAF=14;SAR=8;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264432;STB=0.651027;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0497321;OID=.;OPOS=31695437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:69:71:22:22:0.236559:8:14:29:40:8:14:31:40 chr6 31729359 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.643;QD=59.1418;RBI=0.0262611;REFB=0;REVB=-0.0205869;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47313e-05;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr6 31733544 . G A 195.34 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=0.0147816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.083;QD=8.58625;RBI=0.0163873;REFB=-0.0102429;REVB=-0.00707456;RO=64;SAF=5;SAR=21;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407781;STB=0.741917;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0276605;OID=.;OPOS=31733544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:65:26:26:0.285714:21:5:32:32:21:5:32:33 chr6 31740745 . G A 102.94 PASS AF=0.545455;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0467313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.6415;QD=18.717;RBI=0.0525558;REFB=0.00283556;REVB=0.0240479;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00180039;OID=.;OPOS=31740745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:22:10:10:10:12:0.545455:3:7:6:4:5:7:6:4 chr6 31745284 . C T 1033.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341714;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6986;QD=59.8884;RBI=0.0341773;REFB=0;REVB=-0.000636275;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480308;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:37:32:0:0 chr6 31777946 . C T 409.98 PASS AF=0.488372;AO=41;DP=84;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.01514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4718;QD=19.0687;RBI=0.0180424;REFB=-0.0199085;REVB=-0.0098137;RO=43;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192709;STB=0.604348;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0187684;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:43:44:41:42:0.488372:19:22:14:29:20:22:14:30 chr6 31778272 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.673;QD=59.8294;RBI=0.0503557;REFB=0;REVB=0.0339897;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270822;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr6 31795550 . C T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00251111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.704;QD=16.4078;RBI=0.0190839;REFB=-0.0135179;REVB=0.018918;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902056;STB=0.551675;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0167742;OID=.;OPOS=31795550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:15:14:12:9:15:14 chr6 31797587 . C G 593.42 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.964;QD=60.8639;RBI=0.0422864;REFB=0;REVB=0.0374764;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69728e-05;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:22:17:0:0 chr6 31797769 . A AAAGTT 169.24 PASS AF=0.25;AO=23;DP=105;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0264171;FXX=0.039996;HRUN=3;LEN=5;MLLD=251.55;QD=7.05145;RBI=0.0271567;REFB=-0.0150265;REVB=-0.00629443;RO=78;SAF=8;SAR=15;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326619;STB=0.68478;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0395808;OID=.;OPOS=31797770;OREF=-;OALT=AAGTT;OMAPALT=AAAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:23:105:24:96:72:8:16:42:30:99:78:8:15:48:30 chr6 31836976 . G A 1400.44 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0159979;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.222;QD=61.5578;RBI=0.0230915;REFB=-0.0212222;REVB=0.0166519;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=5.57647e-05;OID=.;OPOS=31836976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:54:36:0:0:54:36:1:0 chr6 31838441 . T C 1133.18 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00968304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.985;QD=60.4364;RBI=0.0654104;REFB=0;REVB=0.0646897;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204562;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:45:29:0:0:46:29:0:0 chr6 31839309 . C T 1475.85 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02862;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9459;QD=63.4773;RBI=0.034509;REFB=0;REVB=0.0192812;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.93174e-05;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:52:39:0:0:53:40:0:0 chr6 31839331 . C T 970.93 PASS AF=0.971429;AO=64;DP=66;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0545847;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.372;QD=55.482;RBI=0.0556457;REFB=-0.0736086;REVB=0.0108146;RO=2;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286044;STB=0.515147;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00167935;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:70:2:2:64:68:0.971429:32:32:0:2:32:36:0:2 chr6 31860337 . T C 602.76 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.973;QD=60.2756;RBI=0.0350579;REFB=0;REVB=0.0309297;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311875;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:15:25:0:0 chr6 31914935 . A G 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.06;QD=59.5014;RBI=0.0378991;REFB=0;REVB=-0.0148988;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45168e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr6 31915240 . C T 808.61 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0221876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.007;QD=53.907;RBI=0.0516862;REFB=-0.0498675;REVB=0.0466816;RO=2;SAF=28;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325048;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00072118;OID=.;OPOS=31915240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:30:28:2:0:30:28:2:0 chr6 31922440 . TGTCTCGATCCCG T 462.98 PASS AF=1;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566607;FXX=0.268227;HRUN=1;LEN=12;MLLD=210.337;QD=61.7306;RBI=0.0933715;REFB=0;REVB=0.0742146;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000423242;OID=.;OPOS=31922441;OREF=GTCTCGATCCCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:35:30:30:0:11:19:0:0:3:0:10:19:0:0 chr6 31928799 . T C 629.45 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5135;QD=58.5534;RBI=0.0372384;REFB=-0.0828099;REVB=-0.0204143;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00335514;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:0:1:16:26:0:1 chr6 31929014 . A C 1361.66 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171808;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5934;QD=62.6048;RBI=0.0565244;REFB=0;REVB=0.05385;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241724;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chr6 31936386 . C T 690.57 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00574607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.882;QD=43.8456;RBI=0.0301675;REFB=-0.155178;REVB=0.0296152;RO=5;SAF=31;SAR=23;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00422354;STB=0.513574;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00288991;OID=.;OPOS=31936386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:63:63:5:9:54:54:0.857143:23:31:3:2:23:31:6:3 chr6 31936668 . T C 731.25 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.521;QD=56.25;RBI=0.0501813;REFB=0;REVB=0.0366328;RO=0;SAF=43;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2537e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567659;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:7:43:0:0:9:43:0:0 chr6 31948448 . A G 464.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.917;QD=58.111;RBI=0.0061779;REFB=0;REVB=0.00581416;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69905e-05;OID=.;OPOS=31948448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr6 31975129 . T C 1314.98 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00428218;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.156;QD=59.7718;RBI=0.0283531;REFB=-0.0183235;REVB=0.0280278;RO=2;SAF=58;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912319;STB=0.504498;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000491067;OID=.;OPOS=31975129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:85:86:0.977273:27:58:1:1:28:58:1:1 chr6 31977391 . C T 419.11 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.209;QD=54.0786;RBI=0.0791344;REFB=-0.0767078;REVB=0.0696133;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000874536;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:15:15:0:0:15:15:0:1 chr6 31978746 . G A 277.61 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291019;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.896;QD=52.8784;RBI=0.0345565;REFB=0;REVB=0.0186343;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332118;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr6 32006317 . C T 410.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3203;QD=56.6672;RBI=0.0246966;REFB=0;REVB=0.00596493;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596792;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr6 32006337 . C A 246.51 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000464924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8253;QD=46.9549;RBI=0.0178977;REFB=-0.00656101;REVB=0.0178917;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.599885;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00095595;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:18:2:0:0:18:2:1:0 chr6 32006858 . C A 564.03 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2172;QD=57.8496;RBI=0.221259;REFB=-0.113679;REVB=0.188734;RO=1;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00962204;OID=.;OPOS=32006858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:38:38:0.974359:20:18:0:1:20:18:0:1 chr6 32017105 . A G 958.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219825;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.401;QD=58.9787;RBI=0.0342547;REFB=0;REVB=-0.0262707;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67275e-06;OID=.;OPOS=32017105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr6 32024552 . C T 245.84 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0118265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3158;QD=11.1744;RBI=0.0553501;REFB=-0.00041807;REVB=0.0540718;RO=57;SAF=12;SAR=18;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124286;STB=0.566775;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00196046;OID=.;OPOS=32024552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:18:12:29:28:18:12:29:29 chr6 32097317 . G GAGA,GAGACTTATGAGA 698.21 PASS AF=0.168539,0.629213;AO=16,43;DP=89;FAO=15,56;FDP=89;FR=.;FRO=18;FSAF=15,32;FSAR=0,24;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0260082,0.00443807;FXX=0.0111099;HRUN=1,1;LEN=3,12;MLLD=275.857,197.3;QD=31.3802;RBI=0.0278876,0.020705;REFB=-0.0115515,-0.017342;REVB=0.0100642,0.0202238;RO=30;SAF=15,20;SAR=1,23;SRF=16;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.617153,-0.0512069;STB=0.999232,0.584585;STBP=0,0.011;TYPE=ins,ins;VARB=0.0158207,0.0137514;OID=.,.;OPOS=32097318,32097318;OREF=-,-;OALT=AGA,AGACTTATGAGA;OMAPALT=GAGA,GAGACTTATGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.168539,0.629213:16,43:89:15,56:89:18:15,32:0,24:4:14:99:30:15,20:1,23:16:14 chr6 32119898 . T C 3737.22 PASS AF=0.968872;AO=248;DP=256;FAO=249;FDP=257;FR=.;FRO=8;FSAF=121;FSAR=128;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0155782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.012;QD=58.1668;RBI=0.0315557;REFB=-0.0144969;REVB=0.0274423;RO=6;SAF=121;SAR=127;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804747;STB=0.508222;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000866955;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:256:257:6:8:248:249:0.968872:127:121:4:2:128:121:6:2 chr6 32122386 . C G 289.36 PASS AF=0.485294;AO=28;DP=63;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00337915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.266;QD=17.0213;RBI=0.0226551;REFB=-0.0190398;REVB=0.0224017;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546039;STB=0.563086;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0161835;OID=.;OPOS=32122386;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:33:35:28:33:0.485294:16:12:16:17:20:13:18:17 chr6 32149140 . C T 281.85 PASS AF=0.343434;AO=33;DP=98;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0243669;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.331;QD=11.3877;RBI=0.0302127;REFB=-0.0293367;REVB=-0.0178622;RO=59;SAF=18;SAR=15;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134991;STB=0.553805;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0371779;OID=.;OPOS=32149140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:59:65:33:34:0.343434:15:18:25:34:15:19:31:34 chr6 32149883 . C T 33.66 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0071564;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.738;QD=14.96;RBI=0.0557945;REFB=-0.0243123;REVB=-0.0553337;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0510327;OID=.;OPOS=32149883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:10:9:4:4:4:5:0.555556:1:3:3:1:1:4:3:1 chr6 32151694 . GGCCCCC GCCCC,GCCC,GGCCCC,GGCCCCT 532.6 PASS AF=0.934426,0,0,0;AO=16,7,13,3;DP=67;FAO=57,0,0,0;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=44,0,0,0;FSAR=13,0,0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0642243,-0.0100035,-0.175538,-0.100575;FXX=0.031741;HRUN=5,5,5,5;LEN=2,3,1,1;MLLD=16.7037,15.2523,8.80641,8.28636;QD=34.9243;RBI=0.293167,0.0111154,0.622289,0.380831;REFB=0.129276,0.113278,0.219272,0.0826154;REVB=-0.286046,0.00484575,0.597017,0.36731;RO=20;SAF=16,7,13,3;SAR=0,0,0,0;SRF=2;SRR=18;SSEN=0.305263,0.305263,0,0;SSEP=0,0,0.354167,0;SSSB=0.868474,0.839889,0.862311,0.79206;STB=0.521732,0.5,0.5,0.5;STBP=0.305,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00575692,-0.0344639,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32151695,32151695,32151696,32151700;OREF=GC,GCC,C,C;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=GCCCC,GCCC,GGCCCC,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.934426,0,0,0:16,7,13,3:67:57,0,0,0:61:4:44,0,0,0:13,0,0,0:4:0:14:20:16,7,13,3:0,0,0,0:2:18 chr6 32151994 . A T 524.45 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185946;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.364;QD=59.9372;RBI=0.020634;REFB=0;REVB=-0.00894434;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112179;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 32154998 . C T 298.13 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.0187482;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0719;QD=20.2124;RBI=0.0231624;REFB=0.020463;REVB=-0.0136015;RO=25;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310001;STB=0.638633;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00926816;OID=.;OPOS=32154998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:25:28:31:31:0.525424:11:20:24:1:11:20:25:3 chr6 32159191 . C T 294.86 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0144411;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.209;QD=12.82;RBI=0.014617;REFB=-0.0106146;REVB=0.00226102;RO=58;SAF=8;SAR=26;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594744;STB=0.534226;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0175821;OID=.;OPOS=32159191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:26:8:16:42:26:8:16:42 chr6 32172065 . T G 1380.17 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.968;QD=62.0299;RBI=0.00372616;REFB=0;REVB=-0.00258836;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524602;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:48:40:0:0:49:40:0:0 chr6 32178570 . C T 498.6 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0252919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.962;QD=24.0291;RBI=0.0252941;REFB=-0.014052;REVB=0.000337154;RO=36;SAF=18;SAR=29;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659656;STB=0.536113;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0128009;OID=.;OPOS=32178570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:29:18:11:25:29:18:11:25 chr6 32184705 . G A 556.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.992;QD=60.1171;RBI=0.0399205;REFB=0;REVB=0.0286833;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49483e-06;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 32190484 . G A 957.88 PASS AF=0.972222;AO=67;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00052309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.109;QD=53.2156;RBI=0.0168388;REFB=-0.201141;REVB=0.0168307;RO=2;SAF=20;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130931;STB=0.507244;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00158165;OID=.;OPOS=32190484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:72:2:2:67:70:0.972222:47:20:1:1:50:20:1:1 chr6 32191620 . C T 155.49 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0361898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3261;QD=14.4638;RBI=0.0383094;REFB=-0.0492887;REVB=-0.0125661;RO=25;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158751;STB=0.585664;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0255581;OID=.;OPOS=32191620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:3:14:18:7:3:14:19:7 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T,TAGCAGCAGCAGCAGC 161.38 PASS AF=0.458333,0.208333;AO=10,3;DP=27;FAO=11,5;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7,5;FSAR=4,0;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.000455903,-0.0800048;FXX=0.0768935;HRUN=1,1;LEN=12,3;MLLD=368.815,45.7621;QD=26.897;RBI=0.0539775,0.0945401;REFB=-0.0389017,-0.119145;REVB=0.0539756,0.0503691;RO=6;SAF=6,3;SAR=4,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.296967,0;STB=0.615197,0.996248;STBP=0.385,0.3;TYPE=del,ins;VARB=0.0118026,0.0709516;OID=.,.;OPOS=32191659,32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC,-;OALT=-,AGC;OMAPALT=T,TAGCAGCAGCAGCAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333,0.208333:10,3:27:11,5:24:8:7,5:4,0:7:1:51:6:6,3:4,0:6:0 chr6 32223531 . A C 293.62 PASS AF=0.454545;AO=21;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0395823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.355;QD=21.3541;RBI=0.0435794;REFB=-0.0494994;REVB=0.0182319;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141864;STB=0.509084;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0561446;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:21:25:0.454545:14:7:11:12:14:11:11:13 chr6 32223632 . G A 268.03 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=92;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00110225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.081;QD=11.6533;RBI=0.0563476;REFB=-0.00452471;REVB=0.0563368;RO=59;SAF=19;SAR=13;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24445;STB=0.634944;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00536007;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:60:32:32:0.347826:13:19:22:37:13:19:23:37 chr6 32256418 . T C 207.01 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=0.00532659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0197;QD=9.0995;RBI=0.0269873;REFB=-0.000916329;REVB=0.0264564;RO=64;SAF=6;SAR=21;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706858;STB=0.542055;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00236287;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:21:6:17:47:21:6:17:47 chr6 32261507 . T C 281.11 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=-0.0038051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9624;QD=12.2223;RBI=0.00893824;REFB=-0.0246679;REVB=0.00808785;RO=59;SAF=14;SAR=19;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259378;STB=0.648337;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0460761;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:19:14:39:20:19:14:39:20 chr6 32261771 . A G 309.03 PASS AF=0.607143;AO=29;DP=55;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00670718;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.936;QD=22.0735;RBI=0.0250796;REFB=-0.0154318;REVB=0.0241661;RO=16;SAF=20;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134953;STB=0.535311;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0154367;OID=.;OPOS=32261771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:16:22:29:34:0.607143:9:20:8:8:14:20:11:11 chr6 32268501 . A T 296.11 PASS AF=0.566038;AO=28;DP=51;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0332568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.408;QD=22.3479;RBI=0.0338692;REFB=-0.0116266;REVB=-0.00641146;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240679;STB=0.624442;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0157371;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:23:23:28:30:0.566038:10:18:8:15:11:19:8:15 chr6 32270363 . A T 128.01 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0303218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0268;QD=12.1911;RBI=0.0312492;REFB=-0.0211803;REVB=-0.00755667;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0491901;OID=.;OPOS=32270363;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:11:16:9:6:11:16 chr6 32290927 . G T 1171.76 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5266;QD=60.8706;RBI=0.0063491;REFB=0;REVB=0.00590961;RO=0;SAF=32;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00972e-05;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:45:32:0:0:45:32:0:0 chr6 32291270 . CAG C 223.28 PASS AF=0.6;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.017867;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=2;MLLD=199.796;QD=25.5177;RBI=0.0554845;REFB=-0.0170171;REVB=0.0525291;RO=12;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785968;STB=0.574403;STBP=0.394;TYPE=del;VARB=0.00964078;OID=.;OPOS=32291271;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:20:37:21:35:14:15:6:12:2:99:12:15:5:10:2 chr6 32291359 . T G 772.27 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9545;QD=61.7812;RBI=0.0261123;REFB=-0.0316982;REVB=-0.00245888;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00544096;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:22:27:1:0:22:27:1:0 chr6 32298372 . A G 336.26 PASS AF=0.717949;AO=27;DP=38;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.110029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.101;QD=34.4881;RBI=0.110175;REFB=-0.00178386;REVB=-0.00566581;RO=11;SAF=11;SAR=16;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257063;STB=0.507457;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00106297;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:11:11:27:28:0.717949:16:11:5:6:16:12:5:6 chr6 32301804 . G C 405.56 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0169881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.399;QD=22.5312;RBI=0.0261659;REFB=-0.0377951;REVB=0.0199012;RO=32;SAF=14;SAR=25;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943932;STB=0.543456;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0230264;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:39:40:0.555556:25:14:15:17:25:15:15:17 chr6 32303672 . T A 267.39 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00371735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2078;QD=19.4462;RBI=0.00898378;REFB=-0.0228234;REVB=0.0081786;RO=26;SAF=20;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173518;STB=0.596945;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0207756;OID=.;OPOS=32303672;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:9:20:13:13:9:20:13:13 chr6 32307260 . T G 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0245907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.602;QD=19.9666;RBI=0.0409592;REFB=-0.027613;REVB=0.032756;RO=26;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059952;STB=0.533311;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0251502;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:12:17:17:9:12:17:17:9 chr6 32307382 . G A 162.25 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.082504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8922;QD=19.6665;RBI=0.0825876;REFB=-0.0340875;REVB=-0.00371299;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176129;STB=0.60924;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0273075;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:11:5:8:8:12:5:8:8 chr6 32310986 . C G 52.24 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0403827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.316;QD=6.52964;RBI=0.0549302;REFB=-0.0146951;REVB=0.0372366;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467217;STB=0.793437;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0618837;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:16:8:6:2:16:8 chr6 32317859 . T C 195.44 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0437482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.042;QD=12.6091;RBI=0.0755157;REFB=-0.0227207;REVB=0.0615526;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145818;STB=0.58058;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0555562;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:12:12:23:13:12:12:24:14 chr6 32317922 . TTTTC T 174.65 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0215927;FXX=0.0769034;HRUN=4;LEN=4;MLLD=252.695;QD=19.4052;RBI=0.0239974;REFB=-0.0367212;REVB=-0.0104705;RO=8;SAF=15;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=0.123514;STB=0.5855;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.0206914;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:21:33:21:36:15:15:6:8:7:91:8:15:6:4:4 chr6 32333093 . A G 403.43 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00807671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.305;QD=17.3516;RBI=0.00807927;REFB=-0.0123403;REVB=-0.000203384;RO=50;SAF=29;SAR=12;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238125;STB=0.627303;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0135217;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:50:51:41:42:0.451613:12:29:24:26:13:29:24:27 chr6 32333098 . C T 399.84 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.00442217;FXX=0.0322546;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.577;QD=17.7706;RBI=0.0209301;REFB=-0.0172229;REVB=-0.0204576;RO=49;SAF=29;SAR=12;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246238;STB=0.6384;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0197868;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:49:49:41:41:0.455556:12:29:23:26:12:29:23:26 chr6 32333955 . T C 364.41 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0163296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4824;QD=33.8987;RBI=0.0832772;REFB=-0.0552004;REVB=0.0816604;RO=12;SAF=14;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263847;STB=0.524983;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0265459;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:12:13:30:30:0.697674:16:14:5:7:16:14:5:8 chr6 32334224 . C G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00410083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3893;QD=16.4547;RBI=0.0534779;REFB=0.0459385;REVB=-0.0533204;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146968;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0335114;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:5:1:1:2:5:1:1:3 chr6 32336586 . A G 663.69 PASS AF=0.571429;AO=63;DP=113;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0418833;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.023;QD=23.7033;RBI=0.0437824;REFB=-0.0180543;REVB=0.0127549;RO=47;SAF=25;SAR=38;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742842;STB=0.539158;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.012335;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:47:48:63:64:0.571429:38:25:23:24:39:25:23:25 chr6 32337686 . A G 637.48 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404521;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.181;QD=62.1928;RBI=0.0533315;REFB=0;REVB=0.0531779;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045213;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr6 32370794 . C T 784.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4713;QD=64.0104;RBI=0.021606;REFB=0;REVB=0.0153024;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413603;OID=.;OPOS=32370794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:26:23:0:0 chr6 32370816 . G A 756.16 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432102;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2622;QD=57.0689;RBI=0.0761604;REFB=0;REVB=0.0760377;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473866;OID=.;OPOS=32370816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr6 32370835 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.5152;QD=57.1745;RBI=0.072468;REFB=0;REVB=-0.00495835;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293859;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr6 32370879 . C T 440.51 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0017424;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.156;QD=47.6223;RBI=0.00363678;REFB=-0.229215;REVB=0.00319222;RO=5;SAF=9;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149106;STB=0.554697;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00324928;OID=.;OPOS=32370879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:37:5:4:32:33:0.891892:23:9:4:1:23:10:3:1 chr6 32370908 . T A 406.34 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00447078;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.789;QD=54.1791;RBI=0.0068995;REFB=0.0845883;REVB=0.00525502;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538434;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000265653;OID=.;OPOS=32370908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:0:1:29:29:0.966667:23:6:0:0:23:6:1:0 chr6 32370968 . GTG CGT,GT 174.73 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=17;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0766848,0.019271;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=42.5178,26.5128;QD=41.1127;RBI=0.0785476,0.0641107;REFB=-0.0473861,-0.02613;REVB=-0.0170051,0.0611458;RO=2;SAF=0,5;SAR=2,8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.100543;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.00983768;OID=.,.;OPOS=32370968,32370970;OREF=GTG,G;OALT=CGT,-;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:17:17:2:0:2,13:0,17:0,1:2,8:0,5:0:2:0,12:0,5:0:0 chr6 32370975 . C T 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.732;QD=45.1006;RBI=0.0306469;REFB=-0.0799817;REVB=0.0122986;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00100112;OID=.;OPOS=32370975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:0:1:13:5:0:1 chr6 32370986 . C A 222.55 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.042386;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.5921;QD=44.509;RBI=0.0856534;REFB=-0.176579;REVB=0.0744308;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.517223;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0135492;OID=.;OPOS=32370986;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:20:1:1:18:19:0.95:13:5:0:1:14:5:0:1 chr6 32372863 . A T 1550.76 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558043;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.002;QD=63.9487;RBI=0.0558044;REFB=0;REVB=0.000115224;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93587e-05;OID=.;OPOS=32372863;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:45:52:0:0 chr6 32372963 . G A 1464.18 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201375;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186;QD=62.9753;RBI=0.0707364;REFB=0;REVB=0.0678094;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217343;OID=.;OPOS=32372963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:41:51:0:0:41:52:0:0 chr6 32410987 . A G 1431.54 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0204207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5114;QD=59.6476;RBI=0.0218512;REFB=0.010141;REVB=-0.00777621;RO=3;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312256;STB=0.516126;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.000235601;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:96:3:3:92:93:0.96875:44:48:0:3:45:48:0:3 chr6 32487268 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.110419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7572;QD=19.1342;RBI=0.114348;REFB=0.00748543;REVB=0.0297165;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0227724;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr6 32487294 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0325285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4582;QD=30.7922;RBI=0.0367023;REFB=-0.0116725;REVB=-0.0169987;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00111893;OID=.;OPOS=32487294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr6 32487309 . TG CA 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133984;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.017;QD=33.4285;RBI=0.0443166;REFB=0;REVB=0.0422426;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000641905;OID=.;OPOS=32487309;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 32489707 . AC CA 131.08 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428829;FXX=0.181736;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.946;QD=29.1289;RBI=0.0856104;REFB=-0.0247047;REVB=0.0740959;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185841;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0015166;OID=.;OPOS=32489707;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:18:4:0:18:18:1:8:10:2:2:8:10:0:0 chr6 32489709 . CAA ACG,AGC,CAG 279.2 PASS AF=0.0454545,0.0909091,0.863636;AO=2,2,18;DP=22;FAO=1,2,19;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,11;FSAR=1,1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111443,-0.000261493,-0.00274903;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=3,3,1;MLLD=107.84,131.473,171.337;QD=50.7628;RBI=0.0112719,0.000425246,0.00938269;REFB=0,0,0;REVB=0.00169157,-0.000335344,-0.00897094;RO=0;SAF=1,1,10;SAR=1,1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.108031,0.0401907,0.00436834;OID=.,.,.;OPOS=32489709,32489709,32489711;OREF=CAA,CAA,A;OALT=ACG,AGC,G;OMAPALT=ACG,AGC,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:10:22:22:0:0:2,2,18:1,2,19:0.0454545,0.0909091,0.863636:1,1,8:1,1,10:0:0:1,1,8:0,1,11:0:0 chr6 32489731 . G A 406.4 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.454;QD=56.0552;RBI=0.0590912;REFB=0;REVB=0.0576611;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406186;OID=.;OPOS=32489731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr6 32489786 . T G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.72;QD=54.5145;RBI=0.0333206;REFB=0;REVB=-0.013767;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77088e-05;OID=.;OPOS=32489786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr6 32489791 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.083;QD=53.9107;RBI=0.0460173;REFB=0;REVB=-0.0459007;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00045875;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr6 32489795 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.312;QD=52.6132;RBI=0.0215304;REFB=0;REVB=0.0214387;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203803;OID=.;OPOS=32489795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr6 32489825 . T A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.906;QD=43.4755;RBI=0.0576711;REFB=0;REVB=-0.0409588;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.95769e-06;OID=.;OPOS=32489825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr6 32546727 . C T 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00644637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.767;QD=18.7664;RBI=0.133217;REFB=-0.014058;REVB=0.133061;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.713603;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0175369;OID=.;OPOS=32546727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:3:0:4:2:3:0 chr6 32546743 . C T 77.13 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.1;QD=34.281;RBI=0.0629885;REFB=0;REVB=-0.013676;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479386;OID=.;OPOS=32546743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr6 32546781 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0837067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2598;QD=14.0438;RBI=0.0960152;REFB=0.0188252;REVB=-0.0470329;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0288451;OID=.;OPOS=32546781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr6 32546795 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.775;QD=37.4881;RBI=0.0299824;REFB=0;REVB=0.0288419;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119315;OID=.;OPOS=32546795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 32546800 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=7;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.337;QD=26.0262;RBI=0.0668731;REFB=0.00538949;REVB=-0.0638577;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0234479;OID=.;OPOS=32546800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:7:6:0.857143:4:3:0:0:4:2:1:0 chr6 32546828 . C T 34.84 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00360227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.748;QD=23.2262;RBI=0.0678157;REFB=-0.135848;REVB=0.0677199;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00690675;OID=.;OPOS=32546828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr6 32547982 . G A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00945908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.059;QD=8.62782;RBI=0.0156596;REFB=-0.00159926;REVB=-0.01248;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373082;STB=0.721884;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00553396;OID=.;OPOS=32547982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:21:6:6:5:21:6 chr6 32547988 . T G 321.09 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=38;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0121173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.542;QD=33.7991;RBI=0.0134803;REFB=-0.00677533;REVB=-0.00590669;RO=11;SAF=21;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213658;STB=0.617552;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00146377;OID=.;OPOS=32547988;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:11:11:27:27:0.710526:6:21:5:6:6:21:5:6 chr6 32547990 . TG AA,TA 552.16 PASS AF=0.289474,0.710526;AO=10,27;DP=37;FAO=11,27;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,21;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175984,-0.011933;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=103.78,48.4481;QD=58.1226;RBI=0.020109,0.0190967;REFB=0,0;REVB=0.00972977,0.0149093;RO=0;SAF=5,21;SAR=5,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.030642,-0.0121451;OID=.,.;OPOS=32547990,32547991;OREF=TG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:37:38:0:0:10,27:11,27:0.289474,0.710526:5,6:5,21:0:0:6,6:5,21:0:0 chr6 32547997 . T G 70.79 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00974631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.543;QD=7.26014;RBI=0.0107214;REFB=-0.0213186;REVB=0.00446741;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271495;STB=0.66637;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0373794;OID=.;OPOS=32547997;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:21:8:5:5:21:8 chr6 32548026 . G C 337.18 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0291167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2617;QD=34.583;RBI=0.0365911;REFB=-0.014106;REVB=-0.0221613;RO=10;SAF=21;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199577;STB=0.599924;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00221264;OID=.;OPOS=32548026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:10:11:28:28:0.717949:7:21:4:6:7:21:5:6 chr6 32548066 . G T 265.07 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00489956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2708;QD=34.2029;RBI=0.00608583;REFB=0.0344568;REVB=-0.00360994;RO=8;SAF=18;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101756;STB=0.555933;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.00523434;OID=.;OPOS=32548066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:5:18:5:3:5:18:5:3 chr6 32548520 . C T 95.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00498738;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.009;QD=5.43615;RBI=0.0256183;REFB=-0.00173764;REVB=-0.0251282;RO=55;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136066;STB=0.586091;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0124759;OID=.;OPOS=32548520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:71:70:55:55:15:15:0.214286:6:9:27:28:6:9:27:28 chr6 32548534 . C T 65.47 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.00255719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0734;QD=2.87778;RBI=0.0668229;REFB=-0.00630675;REVB=0.066774;RO=78;SAF=9;SAR=4;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285699;STB=0.696668;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0265198;OID=.;OPOS=32548534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:4:9:36:42:4:9:36:42 chr6 32548554 . G C 87.73 PASS AF=0.168421;AO=15;DP=93;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0198796;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.798;QD=3.69372;RBI=0.0219795;REFB=-0.000752571;REVB=-0.00937565;RO=77;SAF=10;SAR=5;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235092;STB=0.629759;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00280097;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:93:95:77:79:15:16:0.168421:5:10:37:40:6:10:37:42 chr6 32548556 . C T 89.71 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.0197018;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.597;QD=3.77709;RBI=0.0314681;REFB=-0.00692802;REVB=-0.0245374;RO=76;SAF=10;SAR=6;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174721;STB=0.619902;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0186836;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:95:76:79:16:16:0.168421:6:10:37:39:6:10:38:41 chr6 32548581 . A G 388.85 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00153112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.781;QD=16.0351;RBI=0.0098752;REFB=-0.00603635;REVB=0.00975578;RO=55;SAF=24;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970645;STB=0.549874;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00717351;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:56:41:41:0.42268:17:24:27:28:17:24:28:28 chr6 32549401 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2772;QD=50.4122;RBI=0.0833709;REFB=0;REVB=-0.0659209;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00397836;OID=.;OPOS=32549401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 32549416 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0622661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.814;QD=10.0752;RBI=0.0639282;REFB=-0.0225748;REVB=-0.0144826;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.590689;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0340399;OID=.;OPOS=32549416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:5:9:4:4:5:9 chr6 32549452 . C A,G 401.52 PASS AF=0.448276,0.551724;AO=13,16;DP=30;FAO=13,16;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7,9;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494318,0.0347006;FXX=0.0333222;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.7874,85.3364;QD=55.3813;RBI=0.0513535,0.0380885;REFB=0,0;REVB=0.0139165,-0.0157036;RO=0;SAF=7,9;SAR=6,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00686331,0.0206559;OID=.,.;OPOS=32549452,32549452;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:30:29:0:0:13,16:13,16:0.448276,0.551724:6,7:7,9:0:0:6,7:7,9:0:0 chr6 32549464 . T C 176.13 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00660496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.804;QD=20.7212;RBI=0.0265734;REFB=0.0133452;REVB=-0.0257395;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939211;STB=0.553131;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00730452;OID=.;OPOS=32549464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:6:12:9:7:6:12:9:7 chr6 32549475 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.105;QD=59.4334;RBI=0.0255317;REFB=0;REVB=0.00264425;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91403e-05;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr6 32549481 . C T 519.33 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1722;QD=59.3525;RBI=0.032928;REFB=0;REVB=-0.0123775;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113489;OID=.;OPOS=32549481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:11:24:0:0 chr6 32549497 . G A 563.81 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.522;QD=57.8262;RBI=0.0239148;REFB=-0.0478891;REVB=0.00689732;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523797;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000282823;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:10:28:0:0:10:28:0:1 chr6 32549501 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.803;QD=61.3364;RBI=0.0154313;REFB=0;REVB=0.0147028;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68411e-05;OID=.;OPOS=32549501;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr6 32549548 . G A 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.637;QD=61.2103;RBI=0.00630181;REFB=0;REVB=-0.00592009;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.99074e-05;OID=.;OPOS=32549548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr6 32549589 . A C 189.45 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0163228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.308;QD=9.24157;RBI=0.0203617;REFB=-0.0156075;REVB=-0.0121722;RO=54;SAF=7;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309438;STB=0.678751;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0475149;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:54:57:25:25:0.304878:18:7:29:25:18:7:30:27 chr6 32549596 . T C 1131.17 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00133942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2141;QD=58.7621;RBI=0.0519517;REFB=-0.110911;REVB=0.0519344;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113997;STB=0.505746;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00294442;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:1:74:76:0.987013:41:33:0:1:43:33:0:1 chr6 32549607 . T G 181.18 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0303162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.911;QD=9.41179;RBI=0.0353937;REFB=-0.00481229;REVB=0.0182659;RO=53;SAF=8;SAR=16;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147129;STB=0.587081;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0103587;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:16:8:24:29:16:8:24:29 chr6 32549611 . T A 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00531562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.055;QD=58.4197;RBI=0.0124935;REFB=-0.0339971;REVB=0.0113063;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.63138e-05;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:0:1:40:32:0:1 chr6 32551990 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.991;QD=33.4264;RBI=0.046332;REFB=0;REVB=-0.0313906;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214485;OID=.;OPOS=32551990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32551995 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.551;QD=33.4285;RBI=0.0188475;REFB=0;REVB=-0.0120931;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000800016;OID=.;OPOS=32551995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 32551999 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.399;QD=35.5755;RBI=0.152929;REFB=0;REVB=0.1529;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351103;OID=.;OPOS=32551999;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 32557446 . G C 30.94 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00366864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.6892;QD=11.2492;RBI=0.0343778;REFB=-0.0475043;REVB=-0.0341815;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0547215;OID=.;OPOS=32557446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:10:11:5:6:5:5:0.454545:2:3:2:3:2:3:2:4 chr6 32557477 . GCG ACG,GAA 209.07 PASS AF=0.368421,0.578947;AO=6,9;DP=18;FAO=7,11;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5,1;FSAR=2,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0499947,-0.00243964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=53.7744,152.265;QD=44.0151;RBI=0.0557411,0.0687975;REFB=-0.0371641,-0.00993375;REVB=0.0246496,0.0687543;RO=1;SAF=5,1;SAR=1,8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0789211,-0.28888;STB=0.54533,0.666293;STBP=0.646,0.073;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0407892,0.0288478;OID=.,.;OPOS=32557477,32557478;OREF=G,CG;OALT=A,AA;OMAPALT=ACG,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:18:19:1:1:6,9:7,11:0.368421,0.578947:1,8:5,1:1:0:2,10:5,1:1:0 chr6 32557483 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9131;QD=51.1839;RBI=0.0222522;REFB=0;REVB=0.0162909;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618898;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr6 32557486 . T A 41.65 PASS AF=0.318182;AO=6;DP=21;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00176254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.608;QD=7.57199;RBI=0.0148152;REFB=-0.00778567;REVB=0.01471;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633411;STB=0.81321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0179454;OID=.;OPOS=32557486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:21:22:15:15:6:7:0.318182:1:5:3:12:2:5:3:12 chr6 32557489 . A T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0074692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7294;QD=8.24762;RBI=0.146042;REFB=-0.00625136;REVB=-0.145851;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500057;STB=0.81321;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0124061;OID=.;OPOS=32557489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:2:5:3:11:2:5:3:12 chr6 32557506 . T C 131.95 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.123825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3697;QD=23.9912;RBI=0.12501;REFB=-0.0275429;REVB=-0.0171756;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479025;STB=0.773743;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0109621;OID=.;OPOS=32557506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:12:2:6:2:12:2:6:2 chr6 32605271 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.492;QD=59.8384;RBI=0.0247238;REFB=0;REVB=0.013324;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35393e-05;OID=.;OPOS=32605271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr6 32605274 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.187;QD=59.8394;RBI=0.037689;REFB=0;REVB=0.0167206;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19709e-05;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr6 32606711 . C T 74.92 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.129991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0068;QD=37.4601;RBI=0.134009;REFB=0;REVB=-0.0325712;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0135338;OID=.;OPOS=32606711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 32606717 . TAGAG T 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626076;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=311.443;QD=35.5759;RBI=0.062676;REFB=0;REVB=-0.00292857;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000641602;OID=.;OPOS=32606718;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:7:7:0:1:6:0:0:4:0:0:6:0:0 chr6 32606756 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000631137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0733;QD=35.5759;RBI=0.0779923;REFB=0;REVB=-0.0779898;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00543154;OID=.;OPOS=32606756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 32606773 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011212;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.291;QD=35.5759;RBI=0.0121803;REFB=0;REVB=0.00475925;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29916e-05;OID=.;OPOS=32606773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 32609094 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.642;QD=52.6107;RBI=0.029929;REFB=0;REVB=-0.0152392;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9658e-05;OID=.;OPOS=32609094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr6 32609105 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8344;QD=53.9104;RBI=0.0149981;REFB=0;REVB=0.0101436;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30363e-05;OID=.;OPOS=32609105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr6 32609126 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152423;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.242;QD=52.6132;RBI=0.0153132;REFB=0;REVB=0.00147257;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05603e-05;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr6 32609146 . TA T,TT 218.6 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,16;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012685,0.015697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.881,168.4;QD=48.5779;RBI=0.0331236,0.0581288;REFB=0,0;REVB=0.0305984,0.0559693;RO=0;SAF=1,8;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0505634,-0.00261815;OID=.,.;OPOS=32609147,32609147;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:2,16:18:1,17:18:0:1,8:0,9:0:0:6:0:1,8:1,8:0:0 chr6 32609169 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.521;QD=47.8212;RBI=0.039998;REFB=0;REVB=0.0312865;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542274;OID=.;OPOS=32609169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr6 32609192 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.61;QD=45.8068;RBI=0.0340832;REFB=0;REVB=-0.00631633;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159824;OID=.;OPOS=32609192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 32609207 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000841527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.09;QD=39.2068;RBI=0.00501532;REFB=0;REVB=-0.00494421;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149839;OID=.;OPOS=32609207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 32610009 . C G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.576;QD=55.0969;RBI=0.0458994;REFB=0;REVB=0.0122984;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378397;OID=.;OPOS=32610009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr6 32610044 . T C 594.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00620149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.515;QD=60.9707;RBI=0.0249032;REFB=0;REVB=0.0241187;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509748;OID=.;OPOS=32610044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr6 32610047 . T C 586.88 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.52;QD=60.1923;RBI=0.020204;REFB=0;REVB=0.0201574;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46747e-05;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:26:12:0:0:26:13:0:0 chr6 32610050 . T C 488.75 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00258621;FXX=0.0512689;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.327;QD=52.8378;RBI=0.00258631;REFB=-0.238177;REVB=2.34057e-05;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406014;STB=0.541642;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=5.10844e-06;OID=.;OPOS=32610050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:1:2:34:35:0.945946:23:11:1:0:24:11:2:0 chr6 32610059 . T G 601.31 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.925;QD=58.664;RBI=0.0346231;REFB=-0.121965;REVB=0.0133168;RO=1;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170572;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000336095;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:27:13:0:1:27:13:0:1 chr6 32610109 . A C 209.13 PASS AF=0.9;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.050409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.0669;QD=41.8249;RBI=0.0526026;REFB=-0.0786073;REVB=-0.015032;RO=2;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573138;STB=0.52938;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0077149;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:20:20:2:2:17:18:0.9:15:2:0:2:16:2:0:2 chr6 32610154 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144136;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=334.186;QD=26.0262;RBI=0.0144148;REFB=-0.0810518;REVB=-0.0001831;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0110862;OID=.;OPOS=32610154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr6 32610158 . T C 46.77 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00143131;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=278.907;QD=26.7241;RBI=0.00812724;REFB=-0.228952;REVB=-0.00800021;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00237468;OID=.;OPOS=32610158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr6 32610436 . T C 796.2 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926448;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.678;QD=55.8738;RBI=0.0395835;REFB=-0.0536878;REVB=0.038484;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715504;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:57:1:0:56:57:1:27:29:1:0:27:30:0:0 chr6 32610445 . G A 716.38 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0227376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.5921;QD=51.1702;RBI=0.0445997;REFB=-0.177981;REVB=0.0383684;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.530601;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00504189;OID=.;OPOS=32610445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:0:3:53:53:0.946429:23:30:0:0:23:30:0:3 chr6 32610461 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.794;QD=57.1765;RBI=0.0241235;REFB=0;REVB=0.0209952;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67521e-05;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 32610495 . A G 669.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.144357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4552;QD=62.2974;RBI=0.15572;REFB=0;REVB=-0.0583924;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00292567;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr6 32610535 . A C 323.05 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.095;QD=53.8411;RBI=0.0888762;REFB=0;REVB=0.0153995;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820934;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:20:24:1:10:10:0:0:12:12:0:0 chr6 32627992 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.546;QD=37.4885;RBI=0.0525162;REFB=0;REVB=0.0454721;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590843;OID=.;OPOS=32627992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr6 32628022 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.073719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9656;QD=43.4844;RBI=0.0763263;REFB=0;REVB=-0.0197792;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00519824;OID=.;OPOS=32628022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 32628045 . CAT GGA 130.97 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147549;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.952;QD=43.6569;RBI=0.15312;REFB=0;REVB=0.040925;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00131861;OID=.;OPOS=32628045;OREF=CAT;OALT=GGA;OMAPALT=GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:7:2:0:0:9:3:0:0 chr6 32628064 . TC CG,TG 128.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=10,2;DP=12;FAO=10,2;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328536,-0.0423566;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=103.102,154.608;QD=42.7491;RBI=0.0328551,0.0438109;REFB=0,0;REVB=-0.000320542,-0.0111942;RO=0;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00190072,0.0464542;OID=.,.;OPOS=32628064,32628065;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:0:0:10,2:10,2:0.833333,0.166667:7,2:3,0:0:0:7,2:3,0:0:0 chr6 32628602 . G GC 462.18 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.929;QD=44.0171;RBI=0.183039;REFB=0;REVB=0.168104;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00740575;OID=.;OPOS=32628603;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:43:42:42:0:24:18:0:0:9:1:22:18:0:1 chr6 32628621 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.613;QD=62.022;RBI=0.0293951;REFB=0;REVB=0.0254738;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132677;OID=.;OPOS=32628621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr6 32629137 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.319;QD=37.4885;RBI=0.0433233;REFB=0;REVB=-0.0060949;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336923;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 32629141 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.441;QD=37.4885;RBI=0.0470389;REFB=0;REVB=-0.0238266;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281731;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 32629146 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.158;QD=37.4879;RBI=0.0183055;REFB=0;REVB=0.013928;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68128e-05;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 32629193 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.471;QD=30.7899;RBI=0.0344365;REFB=-0.0299078;REVB=0.0173497;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0107263;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chr6 32629764 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.214;QD=45.8067;RBI=0.0132807;REFB=0;REVB=0.0130442;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13598e-05;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr6 32629802 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.29;QD=55.6515;RBI=0.0385805;REFB=0;REVB=-0.0215454;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58165e-05;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr6 32629809 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.41;QD=57.2005;RBI=0.014017;REFB=0;REVB=0.0135943;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137385;OID=.;OPOS=32629809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr6 32629847 . A G 591.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0630484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1613;QD=60.6628;RBI=0.0997711;REFB=0;REVB=-0.0773251;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235608;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr6 32629859 . A G 524.71 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238516;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.118;QD=59.9663;RBI=0.0271688;REFB=0;REVB=0.0130095;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185779;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr6 32629891 . C T 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1891;QD=59.0139;RBI=0.0449095;REFB=0;REVB=0.0296931;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25976e-05;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr6 32629904 . A G 450.82 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572576;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.574;QD=58.1707;RBI=0.0576539;REFB=0;REVB=0.00674827;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395155;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr6 32629935 . C G 373.07 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0752;QD=55.2689;RBI=0.136682;REFB=0;REVB=-0.0498388;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00478322;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:24:27:1:8:16:0:0:8:19:0:0 chr6 32629955 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.964;QD=52.6131;RBI=0.074624;REFB=0;REVB=0.0447554;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021086;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr6 32632608 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.244;QD=35.5757;RBI=0.0491066;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012208;OID=.;OPOS=32632608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 32632650 . C T 471.93 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.65;QD=55.5207;RBI=0.0319927;REFB=-0.0599001;REVB=0.0268336;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00034448;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr6 32632687 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.765;QD=60.2306;RBI=0.0257087;REFB=0;REVB=0.0188205;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85543e-05;OID=.;OPOS=32632687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr6 32632694 . C G 563.7 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0529;QD=57.8153;RBI=0.0481908;REFB=-0.0164257;REVB=-0.0365516;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0025717;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr6 32632700 . T A 579.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157745;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.66;QD=60.9974;RBI=0.0275248;REFB=0;REVB=0.0225561;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86328e-05;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr6 32632714 . G C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.341;QD=61.684;RBI=0.018748;REFB=0;REVB=0.0143286;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28503e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr6 32632724 . C T 547.2 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0297583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.797;QD=53.385;RBI=0.0372228;REFB=-0.193024;REVB=0.0223603;RO=3;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623593;STB=0.533316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00160981;OID=.;OPOS=32632724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:21:17:0:3:21:17:0:3 chr6 32632744 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.425;QD=61.681;RBI=0.0052573;REFB=0;REVB=0.00240807;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.5042e-05;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr6 32632781 . AG TA 276.81 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921841;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.675;QD=52.7252;RBI=0.0928939;REFB=0;REVB=0.0114615;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000883519;OID=.;OPOS=32632781;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 32632820 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0566;QD=33.4276;RBI=0.149341;REFB=0;REVB=0.0183201;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0177611;OID=.;OPOS=32632820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 32634300 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3887;QD=42.1815;RBI=0.0605153;REFB=0;REVB=0.0494057;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00459309;OID=.;OPOS=32634300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 32634302 . A G 115.2 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.028;QD=41.8913;RBI=0.109336;REFB=0;REVB=0.0207176;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038887;OID=.;OPOS=32634302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 32634306 . A T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6431;QD=43.4853;RBI=0.0391017;REFB=0;REVB=-0.0224582;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385229;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr6 32634331 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.766;QD=44.6895;RBI=0.0399884;REFB=0;REVB=-0.0239825;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152224;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr6 32634341 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.652;QD=42.1813;RBI=0.0513795;REFB=0;REVB=0.00155069;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618855;OID=.;OPOS=32634341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr6 32634350 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.174;QD=40.7627;RBI=0.179282;REFB=0;REVB=0.179112;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360247;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr6 32634373 . C T 102.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.29;QD=40.8884;RBI=0.0908784;REFB=0;REVB=0.088913;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670491;OID=.;OPOS=32634373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32634387 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8643;QD=40.7626;RBI=0.0794197;REFB=0;REVB=0.079357;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304663;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr6 32636376 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.492;QD=37.4882;RBI=0.0571823;REFB=0;REVB=0.0564766;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292652;OID=.;OPOS=32636376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 32636434 . A G 43.71 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-5.52274e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.372;QD=21.854;RBI=0.000844843;REFB=-0.0951646;REVB=-0.000843036;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00352707;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:2:4:0:1:2:4:0:2 chr6 32709256 . C T 35.43 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=53;FWDB=0.0138778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.022;QD=1.88961;RBI=0.0276845;REFB=-0.0024485;REVB=-0.023955;RO=66;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150389;STB=0.635967;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0142301;OID=.;OPOS=32709256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:66:67:8:8:0.106667:7:1:13:53:7:1:14:53 chr6 32709309 . A G 1103.49 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.112;QD=58.8529;RBI=0.0411071;REFB=-0.0214116;REVB=0.0275576;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.512817;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000415288;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:0:1:72:74:0.986667:54:18:0:0:55:19:1:0 chr6 32713030 . T C 559.38 PASS AF=0.37931;AO=66;DP=174;FAO=66;FDP=174;FR=.;FRO=108;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.0295716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7811;QD=12.8593;RBI=0.0303673;REFB=-0.00343222;REVB=0.00690641;RO=107;SAF=44;SAR=22;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154579;STB=0.591065;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00474453;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:107:108:66:66:0.37931:22:44:57:50:22:44:57:51 chr6 32713044 . C T 1075.33 PASS AF=0.616352;AO=98;DP=159;FAO=98;FDP=159;FR=.;FRO=61;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=-0.0205763;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.38;QD=27.0523;RBI=0.021049;REFB=-0.011285;REVB=-0.00443575;RO=60;SAF=51;SAR=47;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103473;STB=0.558572;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0084325;OID=.;OPOS=32713044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:60:61:98:98:0.616352:47:51:40:20:47:51:41:20 chr6 32713598 . T C 200.37 PASS AF=0.231343;AO=30;DP=134;FAO=31;FDP=134;FR=.;FRO=103;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=64;FSRR=39;FWDB=-0.000119116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.401;QD=5.98116;RBI=0.00646262;REFB=-0.00277396;REVB=-0.00646152;RO=103;SAF=13;SAR=17;SRF=64;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234098;STB=0.628357;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00721242;OID=.;OPOS=32713598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:103:103:30:31:0.231343:17:13:64:39:17:14:64:39 chr6 32713602 . T C 221.72 PASS AF=0.246269;AO=32;DP=133;FAO=33;FDP=134;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=66;FSRR=35;FWDB=-0.00374122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.233;QD=6.6185;RBI=0.0078254;REFB=-0.00628259;REVB=-0.00687315;RO=101;SAF=14;SAR=18;SRF=66;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266469;STB=0.667743;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0132919;OID=.;OPOS=32713602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:101:101:32:33:0.246269:18:14:66:35:19:14:66:35 chr6 32713674 . C A 89.26 PASS AF=0.138686;AO=19;DP=137;FAO=19;FDP=137;FR=.;FRO=118;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=41;FWDB=-0.0250933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.442;QD=2.60627;RBI=0.0251799;REFB=-0.00306409;REVB=0.00208679;RO=118;SAF=12;SAR=7;SRF=77;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286895;STB=0.519579;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0173983;OID=.;OPOS=32713674;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:137:137:118:118:19:19:0.138686:7:12:77:41:7:12:77:41 chr6 32714143 . G A 314.82 PASS AF=0.357143;AO=40;DP=112;FAO=40;FDP=112;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0565412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.841;QD=11.2436;RBI=0.0566429;REFB=-0.00748906;REVB=-0.00339292;RO=72;SAF=11;SAR=29;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163146;STB=0.594213;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0177732;OID=.;OPOS=32714143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:72:72:40:40:0.357143:29:11:29:43:29:11:29:43 chr6 32724258 . C T 235.28 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0350133;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.308;QD=16.2262;RBI=0.0354818;REFB=-0.0219812;REVB=-0.00574658;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481806;STB=0.527645;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0363827;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:31:26:27:0.465517:16:10:13:17:17:10:13:18 chr6 32725062 . T A 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0170129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.237;QD=6.6611;RBI=0.0253377;REFB=-0.0114427;REVB=0.0187765;RO=31;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339417;STB=0.710647;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0515697;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:10:10:0.238095:8:2:14:17:8:2:14:18 chr6 32725559 . C T 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00947815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.804;QD=1.45436;RBI=0.0214404;REFB=-0.0029653;REVB=-0.0192316;RO=79;SAF=7;SAR=1;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456051;STB=0.866317;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.016728;OID=.;OPOS=32725559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:1:7:38:41:1:7:38:41 chr6 32725567 . C T 48.0 PASS AF=0.112245;AO=11;DP=98;FAO=11;FDP=98;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.0057231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.565;QD=1.95901;RBI=0.022532;REFB=-0.00520861;REVB=-0.021793;RO=84;SAF=9;SAR=2;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386376;STB=0.798664;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0129468;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:98:98:84:87:11:11:0.112245:2:9:43:41:2:9:43:44 chr6 32725572 . G A 77.26 PASS AF=0.145631;AO=15;DP=103;FAO=15;FDP=103;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.0223681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.914;QD=3.00048;RBI=0.0238503;REFB=-0.00620625;REVB=0.00827653;RO=88;SAF=10;SAR=5;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211077;STB=0.644541;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0791512;OID=.;OPOS=32725572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:103:103:88:88:15:15:0.145631:5:10:44:44:5:10:44:44 chr6 32725596 . C G 118.58 PASS AF=0.190909;AO=20;DP=109;FAO=21;FDP=110;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.00236814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.174;QD=4.3121;RBI=0.00396439;REFB=-0.0155609;REVB=0.00317935;RO=89;SAF=11;SAR=9;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563848;STB=0.514717;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0514139;OID=.;OPOS=32725596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:89:89:20:21:0.190909:9:11:45:44:10:11:45:44 chr6 32725619 . TG CA,CG 917.72 PASS AF=0.213592,0.553398;AO=22,55;DP=103;FAO=22,57;FDP=103;FR=.;FRO=24;FSAF=13,29;FSAR=9,28;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0392452,-0.019106;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=110.453,109.556;QD=35.6394;RBI=0.0392802,0.0210044;REFB=-0.0155601,-0.0261897;REVB=0.00165632,0.0087263;RO=22;SAF=13,27;SAR=9,28;SRF=14;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0421225,-0.0770195;STB=0.518502,0.534478;STBP=0.831,0.334;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0114812,0.011314;OID=.,.;OPOS=32725619,32725619;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:103:103:22:24:22,55:22,57:0.213592,0.553398:9,28:13,27:14:8:9,28:13,29:15:9 chr6 32725625 . T C 135.81 PASS AF=0.209524;AO=22;DP=105;FAO=22;FDP=105;FR=.;FRO=83;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=-0.0106635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.841;QD=5.17369;RBI=0.0238943;REFB=-0.00918357;REVB=-0.0213829;RO=83;SAF=13;SAR=9;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777276;STB=0.548768;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0378293;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:83:83:22:22:0.209524:9:13:44:39:9:13:44:39 chr6 32726769 . A G 51.77 PASS AF=0.0883978;AO=16;DP=181;FAO=16;FDP=181;FR=.;FRO=165;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=91;FSRR=74;FWDB=-0.00413314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.711;QD=1.14404;RBI=0.00736067;REFB=-0.000384259;REVB=0.00609071;RO=160;SAF=13;SAR=3;SRF=87;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335683;STB=0.762023;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00416581;OID=.;OPOS=32726769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:181:181:160:165:16:16:0.0883978:3:13:87:73:3:13:91:74 chr6 32726774 . C T 63.16 PASS AF=0.0989011;AO=18;DP=182;FAO=18;FDP=182;FR=.;FRO=164;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=69;FWDB=-0.0058258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.418;QD=1.38817;RBI=0.00671979;REFB=0.00447434;REVB=-0.00334899;RO=164;SAF=13;SAR=5;SRF=95;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183446;STB=0.640315;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0166158;OID=.;OPOS=32726774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:182:182:164:164:18:18:0.0989011:5:13:95:69:5:13:95:69 chr6 32726803 . C T 626.92 PASS AF=0.374359;AO=73;DP=195;FAO=73;FDP=195;FR=.;FRO=122;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=77;FSRR=45;FWDB=-0.00146472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.322;QD=12.8598;RBI=0.0247401;REFB=-0.00731872;REVB=0.0246967;RO=119;SAF=43;SAR=30;SRF=76;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569142;STB=0.527465;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0118963;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:119:122:73:73:0.374359:30:43:76:43:30:43:77:45 chr6 32726838 . C T 3186.25 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05732;FXX=0.00483068;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.962;QD=61.8689;RBI=0.0688184;REFB=0;REVB=0.0380841;RO=0;SAF=113;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75341e-06;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:206:0:0:206:206:1:93:113:0:0:93:113:0:0 chr6 32729459 . C T 962.38 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360677;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.464;QD=57.4557;RBI=0.0374793;REFB=-0.101884;REVB=-0.010189;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129446;STB=0.506847;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000158226;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:30:36:1:0:30:36:1:0 chr6 32729642 . G C 1284.17 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115311;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.348;QD=61.8877;RBI=0.0293773;REFB=0;REVB=0.0270196;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13473e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:38:44:0:0:39:44:0:0 chr6 32796653 . C A 185.64 PASS AF=0.254545;AO=27;DP=109;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=54;FSRR=28;FWDB=-0.0200146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.58;QD=6.7505;RBI=0.0203469;REFB=-0.00958474;REVB=0.00366187;RO=82;SAF=17;SAR=10;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389883;STB=0.54083;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0303582;OID=.;OPOS=32796653;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:82:82:27:28:0.254545:10:17:54:28:11:17:54:28 chr6 32796685 . A G 233.9 PASS AF=0.284483;AO=33;DP=116;FAO=33;FDP=116;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0409474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.834;QD=8.06534;RBI=0.0643934;REFB=-0.0110853;REVB=-0.0496972;RO=81;SAF=27;SAR=6;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359715;STB=0.725926;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0215898;OID=.;OPOS=32796685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:81:83:33:33:0.284483:6:27:46:35:6:27:46:37 chr6 32796751 . T C 560.35 PASS AF=0.383721;AO=66;DP=168;FAO=66;FDP=172;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=65;FWDB=-0.0604766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7838;QD=13.0313;RBI=0.0634801;REFB=-0.0120179;REVB=-0.0192952;RO=100;SAF=31;SAR=35;SRF=36;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119033;STB=0.551586;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0190595;OID=.;OPOS=32796751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:172:100:106:66:66:0.383721:35:31:36:64:35:31:41:65 chr6 32797297 . T C 87.54 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0851454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.985;QD=7.78157;RBI=0.0943837;REFB=-0.00813937;REVB=-0.0407253;RO=33;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396457;STB=0.758066;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0239334;OID=.;OPOS=32797297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:45:45:33:33:12:12:0.266667:11:1:9:24:11:1:9:24 chr6 32800224 . C A 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.4;QD=13.0131;RBI=0.0192748;REFB=-0.0134003;REVB=0.0165201;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164631;STB=0.59552;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0255261;OID=.;OPOS=32800224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:13:7:16:16:13:7:16:16 chr6 32800412 . C T 613.57 PASS AF=0.585106;AO=55;DP=94;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0560956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0028;QD=26.1092;RBI=0.0579598;REFB=-0.0383436;REVB=-0.0145814;RO=39;SAF=35;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017121;STB=0.509352;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0210015;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:39:39:55:55:0.585106:20:35:24:15:20:35:24:15 chr6 32825090 . G A 527.02 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.031793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9905;QD=27.3779;RBI=0.031861;REFB=-0.0470329;REVB=0.00207983;RO=27;SAF=21;SAR=27;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078508;STB=0.530266;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0312906;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:29:48:48:0.623377:27:21:15:12:27:21:15:14 chr6 32826233 . A G 239.74 PASS AF=0.45;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00128553;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=15.9828;RBI=0.00157546;REFB=-0.0285386;REVB=-0.000910762;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115646;STB=0.56517;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0268398;OID=.;OPOS=32826233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:33:33:27:27:0.45:14:13:12:21:14:13:12:21 chr6 32844922 . G A 114.02 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0217472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7299;QD=18.2426;RBI=0.091433;REFB=0.0208896;REVB=-0.0888091;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425713;STB=0.739564;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0268981;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:1:11:5:8:1:11 chr6 32904981 . G A 1659.83 PASS AF=0.982456;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0128852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.641;QD=58.2398;RBI=0.0231774;REFB=-0.0377715;REVB=0.0192656;RO=2;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210872;STB=0.510868;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000388237;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:114:2:2:111:112:0.982456:44:67:0:2:45:67:0:2 chr6 32917544 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0157068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.76;QD=15.256;RBI=0.0181673;REFB=-0.00131444;REVB=0.00912936;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364741;STB=0.520988;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00138177;OID=.;OPOS=32917544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:19:11:8:12:19:11 chr6 32939894 . G T 232.18 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6038;QD=48.8808;RBI=0.049612;REFB=0;REVB=-0.0154511;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340746;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:17:1:0:0:18:1:0:0 chr6 32942302 . G A 289.19 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0101771;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.955;QD=18.3613;RBI=0.0147375;REFB=-0.0134132;REVB=0.0106592;RO=32;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724452;STB=0.508191;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0128568;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:32:32:31:31:0.492063:14:17:15:17:15:16:16:16 chr6 32946034 . T C 310.27 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0185347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5857;QD=21.3982;RBI=0.0205899;REFB=-0.00421997;REVB=-0.00896714;RO=26;SAF=11;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327569;STB=0.518105;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00251011;OID=.;OPOS=32946034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:21:11:8:18:21:11:8:18 chr6 32947782 . G A 376.57 PASS AF=0.351562;AO=45;DP=129;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00579229;FXX=0.0375912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.092;QD=11.7679;RBI=0.0124618;REFB=-0.0168141;REVB=-0.0110338;RO=78;SAF=26;SAR=19;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1292;STB=0.570105;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0282977;OID=.;OPOS=32947782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:78:83:45:45:0.351562:19:26:36:42:19:26:39:44 chr6 32948607 . C CT,T 219.49 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=3,13;DP=20;FAO=4,14;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590732,0.00792361;FXX=0.09995;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=186.445,190.743;QD=48.7762;RBI=0.00599819,0.00792362;REFB=0,0;REVB=-0.0010401,-1.07885e-05;RO=2;SAF=1,8;SAR=2,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111102,0.029065;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00554207,-0.000725769;OID=.,.;OPOS=32948608,32948607;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:20:18:2:0:3,13:4,14:0.222222,0.777778:2,5:1,8:1:1:2,5:2,9:0:0 chr6 32948804 . C T 817.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0276;QD=57.3796;RBI=0.020704;REFB=0;REVB=0.0102751;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.51774e-05;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr6 32974551 . G T 244.07 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125634;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.217;QD=51.3836;RBI=0.0296895;REFB=0;REVB=0.0269003;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125848;OID=.;OPOS=32974551;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr6 33036435 . T G 30.79 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00928321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.399;QD=4.24628;RBI=0.0571922;REFB=-0.0095229;REVB=-0.0564338;RO=15;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267058;STB=0.778202;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0210585;OID=.;OPOS=33036435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:29:29:15:23:5:6:0.206897:1:4:9:6:1:5:12:11 chr6 33036505 . G C 130.16 PASS AF=0.321429;AO=15;DP=54;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00814826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.013;QD=9.29694;RBI=0.0551998;REFB=-0.0102411;REVB=0.0545951;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118305;STB=0.624866;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0117561;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:38:38:15:18:0.321429:8:7:14:24:8:10:14:24 chr6 33036549 . T C 125.75 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0108296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.248;QD=10.7025;RBI=0.031019;REFB=-0.0100613;REVB=-0.0290672;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121034;STB=0.587047;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0188784;OID=.;OPOS=33036549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:30:32:15:15:0.319149:9:6:9:21:9:6:9:23 chr6 33036853 . A C 288.87 PASS AF=0.342593;AO=37;DP=108;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0260505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.149;QD=10.6987;RBI=0.0374199;REFB=-0.0247216;REVB=-0.0268629;RO=70;SAF=21;SAR=16;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204119;STB=0.612397;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0593297;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:70:71:37:37:0.342593:16:21:27:43:16:21:28:43 chr6 33036950 . CA TG 333.19 PASS AF=0.366071;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0020177;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.644;QD=11.8996;RBI=0.00686115;REFB=-0.00520372;REVB=-0.00655776;RO=68;SAF=18;SAR=23;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509875;STB=0.516504;STBP=0.801;TYPE=mnp;VARB=0.0144154;OID=.;OPOS=33036950;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:68:71:41:41:0.366071:23:18:33:35:23:18:33:38 chr6 33036959 . G A 327.6 PASS AF=0.373832;AO=38;DP=108;FAO=40;FDP=107;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00639334;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.123;QD=12.2468;RBI=0.00639481;REFB=-0.0127514;REVB=-0.000136975;RO=66;SAF=15;SAR=23;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101738;STB=0.542687;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0106913;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:66:67:38:40:0.373832:23:15:32:34:23:17:33:34 chr6 33036971 . C T 279.27 PASS AF=0.336449;AO=35;DP=106;FAO=36;FDP=107;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0244635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.757;QD=10.4399;RBI=0.0310847;REFB=-0.0103626;REVB=-0.019178;RO=71;SAF=15;SAR=20;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909938;STB=0.541643;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0236866;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:71:71:35:36:0.336449:20:15:36:35:20:16:36:35 chr6 33037045 . G C 135.04 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=82;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.0478879;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1211;QD=6.66858;RBI=0.0515411;REFB=0.000446996;REVB=0.0190589;RO=62;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041936;STB=0.531567;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00207077;OID=.;OPOS=33037045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:62:61:20:20:0.246914:11:9:30:32:11:9:30:31 chr6 33037080 . G A 45.62 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0109015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.586;QD=2.72367;RBI=0.0113766;REFB=-0.00357089;REVB=-0.00325329;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780987;STB=0.562775;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.022781;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:57:58:9:9:0.134328:4:5:28:29:4:5:28:30 chr6 33037419 . G A 74.93 PASS AF=0.141509;AO=15;DP=106;FAO=15;FDP=106;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=0.0124625;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.034;QD=2.82752;RBI=0.0128622;REFB=-0.00157104;REVB=-0.00318129;RO=90;SAF=6;SAR=9;SRF=56;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272822;STB=0.678608;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00616041;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:106:106:90:91:15:15:0.141509:9:6:56:34:9:6:56:35 chr6 33037424 . T C 86.2 PASS AF=0.153153;AO=17;DP=112;FAO=17;FDP=111;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=36;FWDB=0.0051392;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9012;QD=3.10615;RBI=0.0212764;REFB=-0.0110037;REVB=-0.0206463;RO=92;SAF=7;SAR=10;SRF=58;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271287;STB=0.668537;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.031796;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:112:111:92:94:17:17:0.153153:10:7:58:34:10:7:58:36 chr6 33037452 . CAA AGC 123.47 PASS AF=0.171642;AO=23;DP=134;FAO=23;FDP=134;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.00277812;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.89;QD=3.68565;RBI=0.0137564;REFB=-0.00739721;REVB=-0.0134729;RO=111;SAF=11;SAR=12;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792593;STB=0.551412;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.0417411;OID=.;OPOS=33037452;OREF=CAA;OALT=AGC;OMAPALT=AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:111:111:23:23:0.171642:12:11:60:51:12:11:60:51 chr6 33037456 . G A 123.46 PASS AF=0.171642;AO=23;DP=134;FAO=23;FDP=134;FR=.;FRO=111;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=60;FSRR=51;FWDB=0.0160717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.789;QD=3.68542;RBI=0.0221903;REFB=-0.00565262;REVB=0.0153006;RO=111;SAF=11;SAR=12;SRF=60;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792593;STB=0.551412;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0207068;OID=.;OPOS=33037456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:111:111:23:23:0.171642:12:11:60:51:12:11:60:51 chr6 33037522 . T C 132.47 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=117;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0153595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.923;QD=4.52874;RBI=0.0161024;REFB=-0.00234092;REVB=0.00483439;RO=93;SAF=10;SAR=13;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129978;STB=0.586031;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00571226;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:93:94:23:23:0.196581:13:10:50:43:13:10:51:43 chr6 33037587 . T A 125.37 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0707899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3509;QD=6.34802;RBI=0.0716292;REFB=-0.0292757;REVB=-0.0109332;RO=60;SAF=10;SAR=9;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710086;STB=0.543579;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0441118;OID=.;OPOS=33037587;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:9:10:35:25:9:10:35:25 chr6 33037596 . T C 124.65 PASS AF=0.2375;AO=19;DP=78;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0347107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.228;QD=6.23238;RBI=0.0439419;REFB=-0.00908023;REVB=-0.0269455;RO=58;SAF=11;SAR=8;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125363;STB=0.508786;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0650393;OID=.;OPOS=33037596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:58:61:19:19:0.2375:8:11:33:25:8:11:36:25 chr6 33037611 . C T 107.9 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0344454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.725;QD=5.75462;RBI=0.0344458;REFB=-0.00439961;REVB=-0.000174907;RO=58;SAF=10;SAR=7;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461643;STB=0.528812;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0135448;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:7:10:32:26:7:10:32:26 chr6 33037619 . G T 119.49 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0919955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3411;QD=6.6383;RBI=0.102541;REFB=-0.00327528;REVB=-0.0452934;RO=54;SAF=11;SAR=7;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926611;STB=0.556898;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0047657;OID=.;OPOS=33037619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:7:11:29:25:7:11:29:25 chr6 33041339 . A T 109.29 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0327291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.689;QD=14.102;RBI=0.039985;REFB=-0.0405652;REVB=0.0229697;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665616;STB=0.520679;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0314204;OID=.;OPOS=33041339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:18:13:13:0.419355:4:9:12:4:4:9:13:5 chr6 33041349 . T C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00263721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.218;QD=12.2129;RBI=0.0189985;REFB=-0.0111077;REVB=-0.0188146;RO=22;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148019;STB=0.539937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0288307;OID=.;OPOS=33041349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:3:9:14:8:4:9:14:8 chr6 33043842 . G A 175.99 PASS AF=0.289157;AO=21;DP=80;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0404384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7522;QD=8.48163;RBI=0.040465;REFB=-0.0257279;REVB=0.00146779;RO=58;SAF=8;SAR=13;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206816;STB=0.65028;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0361166;OID=.;OPOS=33043842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:58:59:21:24:0.289157:13:8:32:26:16:8:32:27 chr6 33043865 . C T 285.72 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0227891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.406;QD=13.1363;RBI=0.0299512;REFB=-0.0166102;REVB=-0.0194353;RO=53;SAF=10;SAR=23;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215009;STB=0.618759;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0366492;OID=.;OPOS=33043865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:54:33:33:0.37931:23:10:26:27:23:10:26:28 chr6 33048542 . C T 420.6 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0280617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4164;QD=20.5169;RBI=0.0280911;REFB=-0.00258468;REVB=-0.00128525;RO=38;SAF=27;SAR=15;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299787;STB=0.675686;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00263546;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:40:42:42:0.512195:15:27:11:27:15:27:11:29 chr6 33048599 . C A 1026.2 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.762;QD=59.4896;RBI=0.0521064;REFB=0;REVB=0.0353406;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140066;OID=.;OPOS=33048599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr6 33048602 . C A 1011.5 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040322;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5058;QD=59.5002;RBI=0.061851;REFB=0;REVB=0.0469008;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434653;OID=.;OPOS=33048602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr6 33048628 . A C 288.82 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0488575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.465;QD=21.0048;RBI=0.0551319;REFB=-0.0191792;REVB=-0.0255436;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491545;STB=0.527255;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0116165;OID=.;OPOS=33048628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:14:11:15:15:14:11 chr6 33048686 . G T 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0269127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.286;QD=26.4934;RBI=0.0327456;REFB=0.0118889;REVB=0.0186542;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163095;STB=0.50908;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00623752;OID=.;OPOS=33048686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:4:5:9:8:4:5 chr6 33052736 . G A 49.12 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0448778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8013;QD=4.09308;RBI=0.0454503;REFB=0.0019286;REVB=-0.00719097;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287588;STB=0.699476;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00693829;OID=.;OPOS=33052736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:19:21:6:2:19:21 chr6 33052743 . T C 49.21 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0144447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.468;QD=4.10069;RBI=0.0145355;REFB=-0.00481495;REVB=-0.00162289;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287588;STB=0.699476;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0308341;OID=.;OPOS=33052743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:6:2:19:21:6:2:19:21 chr6 33052768 . T C 105.14 PASS AF=0.280702;AO=17;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0422046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7519;QD=7.37817;RBI=0.0570145;REFB=-0.0098284;REVB=0.0383331;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11865;STB=0.547884;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0564352;OID=.;OPOS=33052768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:17:16:0.280702:11:6:18:22:10:6:18:23 chr6 33052803 . G A 190.04 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=83;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0245882;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.973;QD=9.27025;RBI=0.0302194;REFB=-0.00549461;REVB=0.0175679;RO=57;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544619;STB=0.532138;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0136269;OID=.;OPOS=33052803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:57:57:25:25:0.304878:13:12:30:27:13:12:30:27 chr6 33052958 . C T 186.71 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0254226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.539;QD=8.68423;RBI=0.0290592;REFB=9.02019e-05;REVB=0.0140758;RO=61;SAF=10;SAR=15;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168246;STB=0.59992;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=5.77132e-05;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:61:61:25:25:0.290698:15:10:33:28:15:10:33:28 chr6 33052986 . T C 209.67 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=87;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00883757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.639;QD=9.6402;RBI=0.0190598;REFB=-0.00833604;REVB=-0.0168871;RO=59;SAF=13;SAR=14;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279431;STB=0.510231;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0188776;OID=.;OPOS=33052986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:59:60:27:27:0.310345:14:13:27:32:14:13:28:32 chr6 33053682 . G A 170.78 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0285976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5785;QD=7.34544;RBI=0.0558051;REFB=-0.00527772;REVB=0.0479206;RO=69;SAF=9;SAR=15;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111873;STB=0.56781;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0164475;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:69:69:24:24:0.258065:15:9:32:37:15:9:32:37 chr6 33053968 . T A 57.17 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.00277655;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5291;QD=3.13285;RBI=0.0324933;REFB=0.0267112;REVB=-0.0323744;RO=63;SAF=10;SAR=1;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446793;STB=0.829714;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.039757;OID=.;OPOS=33053968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:74:73:63:62:11:11:0.150685:1:10:40:23:1:10:39:23 chr6 33053971 . T C 55.7 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.00048432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.497;QD=2.93134;RBI=0.0720176;REFB=-0.00508763;REVB=0.0720159;RO=65;SAF=10;SAR=1;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460733;STB=0.837963;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0319988;OID=.;OPOS=33053971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:65:65:11:11:0.144737:1:10:40:25:1:10:40:25 chr6 33053982 . G C 68.54 PASS AF=0.173333;AO=12;DP=74;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0116442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.795;QD=3.6555;RBI=0.025992;REFB=-0.00213843;REVB=-0.0232379;RO=60;SAF=11;SAR=1;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47476;STB=0.744359;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0200546;OID=.;OPOS=33053982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:74:75:60:62:12:13:0.173333:1:11:38:22:2:11:38:24 chr6 33054046 . T G 88.88 PASS AF=0.202703;AO=11;DP=71;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0146711;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.469;QD=4.80423;RBI=0.0224721;REFB=-0.00312526;REVB=-0.0170222;RO=52;SAF=7;SAR=4;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769254;STB=0.688543;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0101774;OID=.;OPOS=33054046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:71:74:52:59:11:15:0.202703:4:7:30:22:4:11:30:29 chr6 33054057 . G A 77.32 PASS AF=0.168675;AO=13;DP=82;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0118399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.108;QD=3.72633;RBI=0.0134107;REFB=-0.0073258;REVB=-0.00629801;RO=68;SAF=9;SAR=4;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326317;STB=0.680422;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0211993;OID=.;OPOS=33054057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:82:83:68:69:13:14:0.168675:4:9:29:39:5:9:29:40 chr6 33054302 . T C 235.62 PASS AF=0.257576;AO=34;DP=131;FAO=34;FDP=132;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.0114512;FXX=0.00751823;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8868;QD=7.13992;RBI=0.019444;REFB=-9.01148e-05;REVB=-0.0157143;RO=97;SAF=16;SAR=18;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827275;STB=0.500894;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00191747;OID=.;OPOS=33054302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:97:98:34:34:0.257576:18:16:45:52:18:16:46:52 chr6 33054353 . G A 178.65 PASS AF=0.213235;AO=29;DP=136;FAO=29;FDP=136;FR=.;FRO=107;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0310822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7962;QD=5.25445;RBI=0.0318029;REFB=0.000908337;REVB=-0.00673225;RO=94;SAF=19;SAR=10;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284639;STB=0.693849;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00603173;OID=.;OPOS=33054353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:94:107:29:29:0.213235:10:19:40:54:10:19:43:64 chr6 33084785 . A G 327.98 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00183276;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.591;QD=18.2212;RBI=0.0270269;REFB=-0.00299537;REVB=-0.0269647;RO=37;SAF=21;SAR=12;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685169;STB=0.549459;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00465707;OID=.;OPOS=33084785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:37:33:35:0.486111:12:21:21:16:12:23:21:16 chr6 33084916 . A G 372.9 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=44;FWDB=0.00286254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.312;QD=14.3422;RBI=0.0208516;REFB=-0.00982265;REVB=-0.0206541;RO=61;SAF=12;SAR=31;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000492457;STB=0.500278;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0127592;OID=.;OPOS=33084916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:43:43:0.413462:31:12:17:44:31:12:17:44 chr6 33086249 . C T 352.9 PASS AF=0.362069;AO=33;DP=113;FAO=42;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00109695;FXX=0.0413189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.81;QD=12.1691;RBI=0.00987803;REFB=-0.0101317;REVB=-0.00981694;RO=48;SAF=24;SAR=9;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304133;STB=0.53423;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0173817;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:116:48:74:33:42:0.362069:9:24:36:12:16:26:42:32 chr6 33137259 . G A 645.99 PASS AF=0.371981;AO=76;DP=213;FAO=77;FDP=207;FR=.;FRO=130;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=61;FSRR=69;FWDB=0.00876843;FXX=0.0633456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.461;QD=12.4829;RBI=0.00936442;REFB=-0.0167274;REVB=0.0032874;RO=112;SAF=28;SAR=48;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161876;STB=0.560077;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0479708;OID=.;OPOS=33137259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:207:112:130:76:77:0.371981:48:28:58:54:48:29:61:69 chr6 33138955 . G A 264.25 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0034329;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.659;QD=25.7808;RBI=0.0469439;REFB=-0.0187188;REVB=0.0468182;RO=18;SAF=23;SAR=1;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243802;STB=0.541139;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0130182;OID=.;OPOS=33138955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:18:17:24:24:0.585366:1:23:16:2:1:23:16:1 chr6 33139529 . C A 183.6 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0153885;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.877;QD=17.0792;RBI=0.021226;REFB=-0.0265084;REVB=0.0146197;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560016;STB=0.531986;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0268542;OID=.;OPOS=33139529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:14:10:9:10:14:10 chr6 33140870 . G A 181.92 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.032222;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.902;QD=17.3258;RBI=0.0323583;REFB=-0.00823505;REVB=0.00296678;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218988;STB=0.624563;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.025467;OID=.;OPOS=33140870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:8:15:8:11:8:15 chr6 33141160 . C CG 226.6 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894859;FXX=0.368324;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.2174;QD=37.7662;RBI=0.0128364;REFB=0;REVB=-0.00920297;RO=35;SAF=1;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00115071;OID=.;OPOS=33141161;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:40:24:24:0:11:13:0:0:3:35:1:3:18:17 chr6 33141161 . A C,G 563.43 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,35;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132715,0.0177189;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.204,116.634;QD=59.3089;RBI=0.0250436,0.0192595;REFB=0,0;REVB=-0.0212379,-0.00754769;RO=0;SAF=0,17;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.134543,0.000304774;OID=.,.;OPOS=33141161,33141161;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:38:38:0:0:2,35:2,36:0.0526316,0.947368:2,18:0,17:0:0:2,18:0,18:0:0 chr6 33141475 . C T 94.38 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0222224;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0245;QD=17.9769;RBI=0.0852258;REFB=0.0198884;REVB=0.0822776;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666662;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0108522;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:21:21:9:10:11:11:0.52381:7:4:4:5:7:4:4:6 chr6 33141920 . G C 88.46 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.686;QD=39.3138;RBI=0.117856;REFB=0;REVB=0.0205249;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153795;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:7:2:0:0 chr6 33144243 . T A 638.27 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236901;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.839;QD=60.7879;RBI=0.0274049;REFB=0;REVB=0.0137771;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180087;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:24:16:0:0:24:18:0:0 chr6 33147082 . T A 438.45 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.024246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.998;QD=19.0632;RBI=0.0305859;REFB=-0.0344309;REVB=0.0186449;RO=44;SAF=16;SAR=28;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449392;STB=0.509046;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0340347;OID=.;OPOS=33147082;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:44:48:44:44:0.478261:28:16:14:30:30:14:16:32 chr6 33154594 . C T 458.76 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00755549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.465;QD=23.5261;RBI=0.0165865;REFB=-0.0360575;REVB=0.0147658;RO=34;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646303;STB=0.53549;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0232269;OID=.;OPOS=33154594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:23:21:19:15:23:21:19:15 chr6 33157099 . G T 176.31 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0119889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3156;QD=19.59;RBI=0.0217658;REFB=-0.0219622;REVB=-0.0181663;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252415;STB=0.501465;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0277365;OID=.;OPOS=33157099;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:9:9:8:9:10:9:8:9 chr6 33163451 . G A 369.82 PASS AF=0.542857;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0130575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.433;QD=21.1325;RBI=0.0416185;REFB=-0.0381362;REVB=0.0395171;RO=31;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126792;STB=0.57443;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0267033;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:31:32:36:38:0.542857:19:17:10:21:20:18:10:22 chr6 33166101 . G A 140.87 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0342161;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.94;QD=10.4344;RBI=0.0368898;REFB=0.00281936;REVB=-0.0137881;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254856;STB=0.662483;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0147847;OID=.;OPOS=33166101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:36:18:18:0.333333:8:10:11:23:8:10:11:25 chr6 33168689 . C A 389.47 PASS AF=0.471264;AO=36;DP=86;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0128842;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8687;QD=17.9067;RBI=0.0227119;REFB=-0.00776119;REVB=0.0187037;RO=48;SAF=16;SAR=20;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140032;STB=0.565016;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0129026;OID=.;OPOS=33168689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:46:36:41:0.471264:20:16:28:20:22:19:27:19 chr6 33169193 . C A 314.43 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000902816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.639;QD=24.6609;RBI=0.0182653;REFB=-0.0421127;REVB=0.018243;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907371;STB=0.507806;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0503846;OID=.;OPOS=33169193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:15:16:25:25:0.490196:13:12:7:8:13:12:8:8 chr6 33170194 . T C 289.46 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.00928346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.79;QD=13.9498;RBI=0.016088;REFB=-0.00643436;REVB=-0.0131393;RO=50;SAF=12;SAR=21;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746842;STB=0.542348;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.010977;OID=.;OPOS=33170194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:21:12:15:35:21:12:15:35 chr6 33176958 . C T 347.65 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0202146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0003;QD=19.8659;RBI=0.0445629;REFB=-0.029599;REVB=-0.0397142;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176773;STB=0.501607;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0281575;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:20:16:14:19:20:16:15:19 chr6 33235755 . G A 1307.47 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00917249;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.928;QD=62.2605;RBI=0.0153251;REFB=0;REVB=0.0122769;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164698;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:47:36:0:0:47:37:0:0 chr6 33256471 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.888;QD=45.806;RBI=0.0364669;REFB=0;REVB=0.0343879;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132748;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr6 33333446 . C T 202.03 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356405;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.103;QD=44.8961;RBI=0.0359389;REFB=-0.0304564;REVB=0.00462195;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.002066;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:1:0:6:11:1:0 chr6 33333916 . G T 632.84 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000825858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.227;QD=61.7407;RBI=0.0138722;REFB=0;REVB=0.0138476;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21121e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:22:19:0:0 chr6 33382288 . G A 1042.43 PASS AF=0.986301;AO=68;DP=70;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0503232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6565;QD=57.1195;RBI=0.060603;REFB=-0.0167134;REVB=0.0337683;RO=1;SAF=26;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111219;STB=0.505881;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00123956;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:73:1:1:68:72:0.986301:42:26:0:1:42:30:0:1 chr6 33408542 . G A 406.18 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.502;QD=56.0248;RBI=0.0594723;REFB=0;REVB=0.0555951;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730208;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr6 33422976 . T G 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5706;QD=64.4139;RBI=0.118138;REFB=0;REVB=0.118072;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125289;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr6 33541507 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0287871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.963;QD=11.4395;RBI=0.0347253;REFB=-0.00505389;REVB=-0.0194203;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262225;STB=0.656405;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00899712;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:13:11:9:4:13:11 chr6 33560896 . A G 72.36 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00792336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.885;QD=8.51252;RBI=0.0269601;REFB=-0.0158925;REVB=-0.0257695;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138861;STB=0.5998;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0358127;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:6:4:12:11:6:4:13:11 chr6 33636907 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.408;QD=56.1901;RBI=0.0573205;REFB=0;REVB=0.00380069;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368491;OID=.;OPOS=33636907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr6 33638180 . C T 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.797;QD=56.9347;RBI=0.136906;REFB=0;REVB=0.0289501;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668214;OID=.;OPOS=33638180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:30:23:0:0:30:23:0:0 chr6 33641379 . T C 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.614;QD=57.1698;RBI=0.0442297;REFB=0;REVB=0.0304574;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239203;OID=.;OPOS=33641379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr6 33648228 . C T 682.0 PASS AF=0.945455;AO=51;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.01322;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.866;QD=49.6002;RBI=0.030686;REFB=-0.0495425;REVB=0.0276922;RO=4;SAF=26;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671141;STB=0.526306;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00510835;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:55:55:4:3:51:52:0.945455:25:26:4:0:25:27:3:0 chr6 33653448 . C T 434.81 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117315;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.725;QD=57.9746;RBI=0.050302;REFB=0;REVB=0.0489149;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000580725;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr6 33659472 . C G 721.79 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5734;QD=61.429;RBI=0.0180868;REFB=0;REVB=-0.0022367;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117124;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:27:20:0:0 chr6 33690796 . CA TG 728.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160082;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.17;QD=57.1574;RBI=0.0121264;REFB=0;REVB=0.0120203;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.84789e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr6 33739960 . A G 944.22 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0516929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.759;QD=53.1952;RBI=0.0523194;REFB=-0.0775845;REVB=0.00807268;RO=5;SAF=29;SAR=37;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482667;STB=0.517149;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0278711;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:5:4:66:67:0.943662:37:29:4:1:37:30:3:1 chr6 33740025 . C T 589.79 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5046;QD=58.9789;RBI=0.0646049;REFB=-0.0589907;REVB=0.0646049;RO=2;SAF=0;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029919;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:2:0:38:40:1:38:0:0:2:40:0:0:0 chr6 33768897 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00560352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.801;QD=53.9111;RBI=0.0175983;REFB=0;REVB=0.0166823;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51783e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 33990447 . T C 75.6 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00457505;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.116;QD=10.428;RBI=0.0298714;REFB=-0.0162877;REVB=-0.029519;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.620462;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0347685;OID=.;OPOS=33990447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:29:17:19:10:10:0.344828:5:5:5:12:5:5:6:13 chr6 34003685 . T C 222.58 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0169711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5985;QD=18.9433;RBI=0.016999;REFB=-0.0237182;REVB=0.000974992;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939972;STB=0.553144;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0186385;OID=.;OPOS=34003685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:15:10:11:11:15:10 chr6 34008006 . A G 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0158133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.587;QD=8.80969;RBI=0.016335;REFB=-0.00964984;REVB=-0.00409505;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123879;STB=0.57561;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0247031;OID=.;OPOS=34008006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:9:14:5:5:9:14 chr6 34078463 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0317;QD=42.1783;RBI=0.0159476;REFB=0;REVB=-0.0159476;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485361;OID=.;OPOS=34078463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr6 34212743 . A G 172.59 PASS AF=1;AO=9;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1347;QD=46.0243;RBI=0.00620966;REFB=0;REVB=0.00620966;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00634218;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:9:15:1:9:0:0:0:15:0:0:0 chr6 34213296 . T C 152.28 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.753;QD=40.6069;RBI=0.0111302;REFB=-0.0506491;REVB=2.68596e-05;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060556;STB=0.533286;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0100332;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:0:1:7:7:0:1 chr6 34213868 . A G 130.21 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.23;QD=43.4029;RBI=0.0305556;REFB=0;REVB=0.00659929;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109227;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr6 34214322 . C G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453911;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.875;QD=56.7066;RBI=0.0479375;REFB=0;REVB=-0.0154161;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7395e-05;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 34502687 . T C 1683.42 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.759;QD=60.1222;RBI=0.0262758;REFB=0;REVB=0.0262359;RO=0;SAF=61;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03701e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:112:0:0:110:112:1:49:61:0:0:51:61:0:0 chr6 34512064 . C T 159.51 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0588401;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.667;QD=16.7901;RBI=0.0588727;REFB=-0.00309446;REVB=0.00195761;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257425;STB=0.622495;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00165072;OID=.;OPOS=34512064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:21:17:17:0.447368:11:6:12:7:11:6:12:9 chr6 34512195 . G C 318.63 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000441092;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.929;QD=20.2307;RBI=0.00106058;REFB=-0.0200136;REVB=0.000964507;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632105;STB=0.515202;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0151456;OID=.;OPOS=34512195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:29:33:34:0.539683:12:21:17:13:13:21:17:12 chr6 34557374 . A G 213.92 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00847188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.214;QD=45.0361;RBI=0.0351818;REFB=-0.0695374;REVB=0.0341465;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00165982;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:11:7:0:1:11:7:0:1 chr6 34653268 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.482;QD=33.4285;RBI=0.0562848;REFB=0;REVB=-0.0304796;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276364;OID=.;OPOS=34653268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 34725655 . G GTCA 36.32 PASS AF=0.5;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00501674;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=280.91;QD=12.1079;RBI=0.00887777;REFB=-0.0216304;REVB=-0.00732442;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=ins;VARB=0.0211136;OID=.;OPOS=34725656;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:12:6:12:6:3:3:2:4:34:6:3:2:2:4 chr6 34725658 . G A,T 127.87 PASS AF=0.416667,0.583333;AO=5,7;DP=12;FAO=5,7;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013084,0.0208611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.8801,91.0995;QD=42.6233;RBI=0.0134923,0.0208668;REFB=0,0;REVB=0.00329421,-0.000488752;RO=0;SAF=1,4;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00763665,0.00889605;OID=.,.;OPOS=34725658,34725658;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:30:12:12:0:0:5,7:5,7:0.416667,0.583333:4,3:1,4:0:0:4,3:1,4:0:0 chr6 34803947 . C T 410.19 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0228289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.462;QD=45.5768;RBI=0.0352892;REFB=-0.0941405;REVB=0.0269104;RO=4;SAF=19;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250929;STB=0.501886;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00352948;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:36:36:4:5:31:31:0.861111:12:19:2:2:12:19:3:2 chr6 34824107 . A C 304.13 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0188385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.793;QD=17.379;RBI=0.0195468;REFB=-0.0377381;REVB=-0.00521426;RO=37;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594432;STB=0.533313;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0456404;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:19:14:18:19:19:14:18:19 chr6 34824636 . A G 393.01 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.337;QD=56.144;RBI=0.059379;REFB=0;REVB=0.0300938;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338182;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr6 34831856 . T C 277.57 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00282663;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.492;QD=13.3769;RBI=0.00283789;REFB=0.00120812;REVB=0.000252615;RO=50;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13033;STB=0.576146;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00418714;OID=.;OPOS=34831856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:50:51:31:32:0.385542:18:13:27:23:19:13:27:24 chr6 34831866 . G A 1396.44 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.542;QD=62.7614;RBI=0.0287275;REFB=0;REVB=0.00999134;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73171e-05;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr6 34949607 . C T 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00314147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.262;QD=17.7902;RBI=0.00858696;REFB=-0.00919245;REVB=-0.00799168;RO=32;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168673;STB=0.502584;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0123143;OID=.;OPOS=34949607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:18:13:14:18:18:13:14:19 chr6 35027927 . T C 1514.31 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672626;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.091;QD=63.7603;RBI=0.020879;REFB=0;REVB=-0.0197659;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03018e-06;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:57:38:0:0:57:38:0:0 chr6 35050506 . G A 487.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1004;QD=57.405;RBI=0.0303867;REFB=0;REVB=0.0278069;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583352;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr6 35203203 . T G 177.74 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0118429;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.37;QD=14.8117;RBI=0.0341038;REFB=-0.00890287;REVB=-0.0319814;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137762;STB=0.618075;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0147707;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:27:28:18:20:0.416667:6:12:21:6:8:12:22:6 chr6 35216740 . G A 203.98 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0299004;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6058;QD=29.1397;RBI=0.0380952;REFB=0.0134084;REVB=-0.0236054;RO=9;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192011;STB=0.605475;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00895919;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:19:19:0.678571:11:8:1:8:11:8:1:8 chr6 35260503 . C T 337.3 PASS AF=0.617021;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0405969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.037;QD=28.7065;RBI=0.0408302;REFB=-0.0553996;REVB=0.00435868;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114737;STB=0.51204;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.024265;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:28:29:0.617021:12:16:10:8:12:17:10:8 chr6 35260530 . C T 294.5 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000230249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7541;QD=28.0478;RBI=0.00168212;REFB=-0.0111823;REVB=-0.00166629;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101769;STB=0.505614;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00616596;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:11:15:9:7:11:15:9:7 chr6 35263555 . A G 188.05 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0201476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2777;QD=12.9691;RBI=0.0205299;REFB=-0.00691803;REVB=-0.00394339;RO=35;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150652;STB=0.586777;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0106661;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:15:8:17:18:15:8:17:18 chr6 35285720 . A C 390.52 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00797135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5368;QD=50.389;RBI=0.0773325;REFB=-0.0025531;REVB=-0.0769206;RO=2;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774095;STB=0.541638;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.000601365;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:11:18:0:2:11:18:0:2 chr6 35391787 . C T 93.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.027309;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.259;QD=9.09286;RBI=0.0398786;REFB=-0.00725504;REVB=-0.0290607;RO=29;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544941;STB=0.823712;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0339995;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:41:41:29:29:12:12:0.292683:3:9:7:22:3:9:7:22 chr6 35395010 . C T 255.68 PASS AF=0.340909;AO=26;DP=91;FAO=30;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0305843;FXX=0.0329634;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.415;QD=11.6217;RBI=0.0308076;REFB=-0.0333721;REVB=0.0037025;RO=40;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250027;STB=0.527589;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0467642;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:88:40:57:26:30:0.340909:12:14:12:28:14:16:28:29 chr6 35395795 . G C 149.03 PASS AF=0.244444;AO=21;DP=87;FAO=22;FDP=90;FR=.;FRO=68;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=-0.00123171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1797;QD=6.62348;RBI=0.00284211;REFB=-0.0021644;REVB=0.00256135;RO=66;SAF=11;SAR=10;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293463;STB=0.684889;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00524916;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:66:68:21:22:0.244444:10:11:19:47:10:12:20:48 chr6 35423662 . A C 282.67 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0386607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.547;QD=28.9921;RBI=0.0386832;REFB=-0.00158976;REVB=0.00131872;RO=14;SAF=4;SAR=21;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135556;STB=0.575277;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000708494;OID=.;OPOS=35423662;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:21:4:4:10:21:4:4:10 chr6 35441516 . CAAAAAA CAAAAA,CAAAAAT 230.97 PASS AF=0.692308,0.0384615;AO=36,3;DP=81;FAO=54,3;FDP=78;FR=.;FRO=21;FSAF=22,2;FSAR=32,1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0561292,-0.0494423;FXX=0.0487745;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.78607,166.642;QD=11.8445;RBI=0.0803188,0.0521021;REFB=-0.125731,-0.0114058;REVB=-0.0574511,-0.0164344;RO=28;SAF=12,2;SAR=24,1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196568,0.103816;STB=0.533321,0.6277;STBP=0.368,0.685;TYPE=del,snp;VARB=0.122752,-0.0160459;OID=.,.;OPOS=35441517,35441522;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAA,CAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308,0.0384615:36,3:81:54,3:78:21:22,2:32,1:11:10:49:28:12,2:24,1:16:12 chr6 35465786 . A C 904.55 PASS AF=0.971014;AO=64;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0664143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0605;QD=52.4378;RBI=0.0664145;REFB=0.0038854;REVB=-0.000166118;RO=2;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214621;STB=0.50502;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00765704;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:64:67:0.971014:43:21:0:2:44:23:1:1 chr6 35474073 . C G 105.4 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0442169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5415;QD=12.0454;RBI=0.0502061;REFB=-0.00710491;REVB=0.0237807;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409598;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0226774;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:11:11:7:6:11:11 chr6 35477025 . C G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.268;QD=55.6496;RBI=0.0669536;REFB=0;REVB=0.0539524;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987493;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr6 35477032 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.027186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.691;QD=11.3688;RBI=0.0303009;REFB=-0.0211849;REVB=-0.0133816;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555553;STB=0.533271;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0251116;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:6:13:8:3:6:13 chr6 35479574 . G C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.404;QD=50.4098;RBI=0.0770064;REFB=0;REVB=0.0478222;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496503;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 35705892 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00848925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.455;QD=10.6344;RBI=0.0220409;REFB=-0.00559763;REVB=0.0203404;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00684564;OID=.;OPOS=35705892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr6 35745655 . C T 255.39 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0163167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.488;QD=17.9224;RBI=0.0163569;REFB=-0.0180999;REVB=0.00114632;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019812;STB=0.511103;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0236095;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:12:17:17:11:12:17 chr6 35923246 . T C 459.54 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00238798;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.714;QD=31.6924;RBI=0.0116345;REFB=-0.017645;REVB=0.0113868;RO=17;SAF=20;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225034;STB=0.512189;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0119809;OID=.;OPOS=35923246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:17:17:41:41:0.706897:21:20:9:8:21:20:9:8 chr6 36098410 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.175;QD=42.1827;RBI=0.0595193;REFB=0;REVB=0.0574875;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000577355;OID=.;OPOS=36098410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 36198577 . G C 886.22 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141426;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.244;QD=58.113;RBI=0.0246205;REFB=0;REVB=0.0201533;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157808;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:28:33:0:0 chr6 36260858 . C T 320.48 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0048757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.877;QD=27.2746;RBI=0.0739364;REFB=0.000930826;REVB=0.0737755;RO=19;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453016;STB=0.524982;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.000139779;OID=.;OPOS=36260858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:12:16:12:7:12:16:12:7 chr6 36260914 . C T 194.92 PASS AF=0.425532;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0126288;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.317;QD=16.589;RBI=0.0126899;REFB=-0.0323156;REVB=0.00124292;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957813;STB=0.568896;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0467588;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:27:18:20:0.425532:10:8:10:13:12:8:14:13 chr6 36275458 . T C 191.53 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0506855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3187;QD=15.9612;RBI=0.0797781;REFB=0.0149804;REVB=-0.0616078;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366637;STB=0.723565;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0241303;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:4:16:13:14:4:16:13:15 chr6 36287312 . G C 269.8 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00104345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.189;QD=25.0974;RBI=0.0138436;REFB=-0.0448943;REVB=0.0138042;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115354;STB=0.5853;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0231664;OID=.;OPOS=36287312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:18:24:25:0.581395:13:11:6:13:13:12:5:13 chr6 36339136 . G A 179.1 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00661044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.776;QD=22.3874;RBI=0.0279014;REFB=-0.0204291;REVB=0.027107;RO=14;SAF=15;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146726;STB=0.583232;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0126643;OID=.;OPOS=36339136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:3:15:10:4:3:15:10:4 chr6 36341243 . T A 311.77 PASS AF=0.4375;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0247736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.072;QD=15.5886;RBI=0.0316533;REFB=-0.0134628;REVB=0.0197028;RO=43;SAF=22;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274054;STB=0.645704;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0165743;OID=.;OPOS=36341243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:45:33:35:0.4375:11:22:17:26:12:23:18:27 chr6 36393816 . A G 626.92 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00440034;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.952;QD=25.8521;RBI=0.0165437;REFB=-0.0243605;REVB=0.0159477;RO=40;SAF=23;SAR=33;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283125;STB=0.508963;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0143806;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:40:41:56:56:0.57732:33:23:15:25:33:23:16:25 chr6 36455838 . C T 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0201232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.202;QD=16.6278;RBI=0.0294925;REFB=0.00459061;REVB=0.0215607;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.523773;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.00357372;OID=.;OPOS=36455838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:8:6:5:8:8:6 chr6 36463627 . C T 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0116009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.656;QD=20.2722;RBI=0.0116046;REFB=-0.0108989;REVB=-0.000290345;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135128;STB=0.575753;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0136722;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:17:7:10:13:17:7 chr6 36490128 . AGGGGGGGC AGAGGGGGG,AGGGGGGC 154.01 PASS AF=0.0526316,0.631579;AO=2,20;DP=39;FAO=2,24;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=2,6;FSAR=0,18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00413324,0.194338;FXX=0.0256345;HRUN=7,7;LEN=7,1;MLLD=255.699,9.75183;QD=16.2118;RBI=0.0266202,0.202416;REFB=-5.32834e-05,-0.096492;REVB=-0.0262974,0.0566138;RO=10;SAF=2,3;SAR=0,17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.612877,-0.236966;STB=0.995029,0.568905;STBP=0.166,0.283;TYPE=mnp,del;VARB=0.00888392,0.0701246;OID=.,.;OPOS=36490130,36490129;OREF=GGGGGGC,G;OALT=AGGGGGG,-;OMAPALT=AGAGGGGGG,AGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.631579:2,20:39:2,24:38:12:2,6:0,18:5:7:41:10:2,3:0,17:4:6 chr6 36607432 . C A 501.81 PASS AF=0.680556;AO=38;DP=70;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0850752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.9691;QD=27.8785;RBI=0.0922441;REFB=-0.0317684;REVB=-0.0356537;RO=21;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414843;STB=0.559385;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0364808;OID=.;OPOS=36607432;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:21:23:38:49:0.680556:25:13:6:15:25:24:7:16 chr6 36651971 . C A 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0202996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.049;QD=7.86315;RBI=0.0203096;REFB=-0.0168494;REVB=0.000637349;RO=34;SAF=10;SAR=2;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292067;STB=0.685919;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0283941;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:2:10:22:12:2:10:22:12 chr6 36653597 . C T 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.00102355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.988;QD=15.812;RBI=0.00287694;REFB=-0.00874648;REVB=0.00268871;RO=44;SAF=13;SAR=21;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946896;STB=0.553161;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00952909;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:21:13:13:31:21:13:13:31 chr6 36713263 . A G 3295.18 PASS AF=1;AO=212;DP=213;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165905;FXX=0.00469462;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2583;QD=62.1731;RBI=0.0224094;REFB=0;REVB=-0.0150644;RO=0;SAF=87;SAR=125;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89473e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41724e-06;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:212:0:0:212:212:1:125:87:0:0:125:87:0:0 chr6 36766292 . C T 186.37 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0117402;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.98;QD=12.221;RBI=0.0121479;REFB=-0.0117446;REVB=0.00312085;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110532;STB=0.542486;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0154472;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:38:23:23:0.377049:13:10:14:19:13:10:14:24 chr6 36882353 . A G 143.38 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00758124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5283;QD=8.43401;RBI=0.0845491;REFB=-0.0132465;REVB=-0.0842085;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119403;STB=0.571357;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0277944;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:12:8:24:24:12:8:24:24 chr6 36892571 . C G 208.85 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.070009;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9648;QD=13.4739;RBI=0.0766879;REFB=-0.0334457;REVB=-0.0313014;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124447;STB=0.511812;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0442955;OID=.;OPOS=36892571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:36:37:25:25:0.403226:16:9:13:23:16:9:14:23 chr6 36895835 . C T 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0115625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.786;QD=8.98927;RBI=0.018562;REFB=-0.00682378;REVB=-0.0145209;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110426;STB=0.557546;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0106486;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:11:9:24:20:11:9:24:21 chr6 36922684 . A C 329.45 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=99;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0371627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7776;QD=13.3109;RBI=0.0584159;REFB=0.00269713;REVB=0.0450706;RO=59;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447555;STB=0.534878;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00558812;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:59:62:37:37:0.373737:24:13:23:36:24:13:25:37 chr6 36976637 . G C 913.14 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0150209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.756;QD=55.342;RBI=0.0410923;REFB=-0.189386;REVB=0.0382485;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.50095;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00118844;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:30:34:1:0:30:34:1:1 chr6 36978834 . A G 247.4 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.177;QD=49.4799;RBI=0.0421259;REFB=0;REVB=0.0286461;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677168;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:12:4:0:0:13:7:0:0 chr6 36988364 . C T 94.93 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00644325;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.554;QD=8.83083;RBI=0.00713965;REFB=-0.00867227;REVB=0.00307556;RO=29;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499828;STB=0.809158;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0254253;OID=.;OPOS=36988364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:45:43:29:31:12:12:0.27907:1:11:18:11:1:11:20:11 chr6 36995222 . G A 351.33 PASS AF=0.610169;AO=34;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.006368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.776;QD=23.8189;RBI=0.0123424;REFB=-0.0172083;REVB=-0.0105727;RO=22;SAF=22;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774416;STB=0.518654;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0163024;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:23:34:36:0.610169:12:22:12:10:14:22:13:10 chr6 37012679 . G A 411.54 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0026179;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.188;QD=20.8374;RBI=0.0087089;REFB=-0.0389962;REVB=0.00830611;RO=37;SAF=12;SAR=29;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135181;STB=0.570189;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0358003;OID=.;OPOS=37012679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:37:38:41:41:0.518987:29:12:16:21:29:12:16:22 chr6 37013127 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0255152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.769;QD=5.68995;RBI=0.028152;REFB=-0.0114235;REVB=0.0118958;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48555;STB=0.820818;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0405885;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:11:8:5:1:11:8 chr6 37180237 . G A 785.46 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9431;QD=64.1188;RBI=0.0173901;REFB=0;REVB=-0.00989093;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232534;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr6 37180355 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.952;QD=61.3364;RBI=0.0360673;REFB=0;REVB=-0.000434449;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16821e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 37180523 . A G 1315.75 PASS AF=0.957447;AO=89;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00646468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.5961;QD=55.9895;RBI=0.0297004;REFB=-0.137396;REVB=-0.0289883;RO=3;SAF=32;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00175862;STB=0.518117;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00699997;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:3:4:89:90:0.957447:57:32:1:2:58:32:3:1 chr6 37250112 . A G 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.885;QD=55.6435;RBI=0.0511265;REFB=0;REVB=0.0258584;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295088;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr6 37252210 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3319;QD=63.283;RBI=0.0498167;REFB=0;REVB=0.0389781;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035653;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr6 37288036 . A G 612.94 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000545344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.283;QD=61.2942;RBI=0.0363855;REFB=0;REVB=0.0363814;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109367;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr6 37349033 . G A 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.317;QD=57.1746;RBI=0.0233957;REFB=0;REVB=0.0104055;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91201e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr6 37450914 . T C 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00863445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.586;QD=26.3722;RBI=0.00863756;REFB=-0.00806563;REVB=-0.000231862;RO=16;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154142;STB=0.50854;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00806899;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:14:10:7:9:14:10:7:9 chr6 37452622 . CCTT C 364.44 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.00426684;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=324.122;QD=17.9971;RBI=0.00561781;REFB=-0.00484749;REVB=-0.00365428;RO=34;SAF=21;SAR=25;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200637;STB=0.612047;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.00343223;OID=.;OPOS=37452623;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580247:46:81:47:81:34:22:25:7:27:99:34:21:25:7:27 chr6 37603102 . TG CA 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0240284;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.473;QD=3.5403;RBI=0.0266446;REFB=-0.00292511;REVB=-0.0115138;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.561956;STB=0.87192;STBP=0.093;TYPE=mnp;VARB=0.0338538;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:1:5:10:21:1:5:11:21 chr6 37604885 . A G 445.47 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=47;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0253076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.58;QD=37.1226;RBI=0.0360948;REFB=-0.0416292;REVB=-0.0257363;RO=13;SAF=5;SAR=29;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00685031;STB=0.50847;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0130826;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:13:13:34:35:0.729167:29:5:2:11:29:6:2:11 chr6 37623566 . C T 153.32 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0237263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.597;QD=14.2622;RBI=0.0445651;REFB=-0.0156306;REVB=-0.0377242;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37406;STB=0.700347;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0251476;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:13:4:14:10:13:4:14:12 chr6 37623626 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0111263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4706;QD=23.82;RBI=0.0158013;REFB=0.003576;REVB=0.0112199;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225883;STB=0.624896;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00242749;OID=.;OPOS=37623626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:12:10:3:14:12:10:3:14 chr6 37626142 . C T 334.07 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0197816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.444;QD=16.4971;RBI=0.0197945;REFB=-0.0136454;REVB=0.000713446;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267234;STB=0.503095;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0168358;OID=.;OPOS=37626142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:45:36:36:0.444444:17:19:21:21:17:19:24:21 chr6 38650628 . T G 274.35 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0200245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.466;QD=19.9528;RBI=0.0219382;REFB=-0.0242812;REVB=0.00896127;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256673;STB=0.514276;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0316571;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:10:16:17:12:10:16 chr6 38670837 . G A 1396.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.971;QD=62.7542;RBI=0.118523;REFB=0;REVB=0.0822355;RO=0;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118204;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:61:28:0:0:61:28:0:0 chr6 38747770 . G A 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00895951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.902;QD=12.7897;RBI=0.0174855;REFB=-0.0109151;REVB=-0.0150156;RO=45;SAF=20;SAR=8;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875717;STB=0.550421;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0199329;OID=.;OPOS=38747770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:8:20:29:16:8:20:29:16 chr6 38750888 . A G 933.06 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170962;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.987;QD=58.3163;RBI=0.00413472;REFB=0;REVB=0.00376472;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002255;OID=.;OPOS=38750888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:31:30:0:0:34:30:0:0 chr6 38773293 . G A 465.03 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4148;QD=58.1288;RBI=0.0700226;REFB=0;REVB=-0.0671128;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170388;OID=.;OPOS=38773293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr6 38781866 . C G,T 306.39 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=22,2;DP=24;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021685,-0.0451564;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=71.1861,35.7273;QD=51.0646;RBI=0.0249539,0.0482697;REFB=0,0;REVB=0.0123474,0.0170548;RO=0;SAF=10,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000454615,0.17393;OID=.,.;OPOS=38781866,38781866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:24:24:0:0:22,2:23,1:0.958333,0.0416667:12,1:10,1:0:0:12,1:11,0:0:0 chr6 38800164 . G A 178.96 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0505447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9828;QD=12.5584;RBI=0.0679868;REFB=-0.00306207;REVB=0.0454691;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134425;STB=0.590319;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00730747;OID=.;OPOS=38800164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:16:6:13:21:16:6:14:21 chr6 38802341 . A G 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0283475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.172;QD=22.6298;RBI=0.0305275;REFB=-0.0234836;REVB=0.0113288;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518484;STB=0.529366;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0200602;OID=.;OPOS=38802341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:3:5:9:4:3:5 chr6 38816505 . C T 489.56 PASS AF=0.48;AO=47;DP=99;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00525044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.052;QD=19.5823;RBI=0.0262918;REFB=-0.0370698;REVB=-0.0257622;RO=52;SAF=23;SAR=24;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0394985;OID=.;OPOS=38816505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:52:47:48:0.48:24:23:26:26:24:24:26:26 chr6 38825329 . C T 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1098;QD=61.3237;RBI=0.0506698;REFB=0;REVB=0.0329815;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.76299e-05;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr6 38841101 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.697;QD=59.4327;RBI=0.0254043;REFB=0;REVB=0.025373;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18405e-05;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr6 38843426 . C T 1641.69 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.572;QD=60.2455;RBI=0.0300843;REFB=0;REVB=-0.0197987;RO=0;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71036e-05;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:48:61:0:0:48:61:0:0 chr6 38851669 . C T 92.52 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00309837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.039;QD=9.25153;RBI=0.0185885;REFB=0.00173725;REVB=-0.0183284;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197424;STB=0.620484;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00519931;OID=.;OPOS=38851669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:8:4:14:14:8:4:14:14 chr6 38899643 . T A 310.18 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0125664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.216;QD=28.8535;RBI=0.0250521;REFB=-0.0183448;REVB=-0.0216724;RO=14;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141672;STB=0.559875;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00917954;OID=.;OPOS=38899643;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:16:27:27:0.627907:19:8:7:7:19:8:7:9 chr6 38994426 . A AG 34.14 PASS AF=0.14;AO=9;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0725803;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.9429;QD=2.73102;RBI=0.0731114;REFB=-0.0321078;REVB=-0.00879613;RO=42;SAF=8;SAR=1;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401841;STB=0.737665;STBP=0.263;TYPE=ins;VARB=0.140906;OID=.;OPOS=38994427;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.14:9:51:7:50:43:6:1:28:15:34:42:8:1:27:15 chr6 39033602 . A G 671.03 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0172733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.373;QD=52.6301;RBI=0.0293435;REFB=0.201951;REVB=0.0237208;RO=2;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391617;STB=0.519992;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00108042;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:51:2:2:48:49:0.960784:23:25:0:2:24:25:0:2 chr6 39282036 . T C 99.62 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0609406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.99;QD=26.5665;RBI=0.0653168;REFB=-0.0246065;REVB=0.0235061;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295997;STB=0.66637;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00287906;OID=.;OPOS=39282036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:4:0:7:4:4:0 chr6 39283083 . G A 539.61 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.01044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.979;QD=27.3218;RBI=0.0163968;REFB=-0.00628403;REVB=-0.0126435;RO=30;SAF=20;SAR=29;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111694;STB=0.560874;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00181265;OID=.;OPOS=39283083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:29:20:17:13:29:20:17:13 chr6 39284050 . G T 308.76 PASS AF=0.571429;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00540918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.4;QD=25.2046;RBI=0.0623139;REFB=-0.0179883;REVB=0.0620787;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157012;STB=0.605987;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0131137;OID=.;OPOS=39284050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:26:28:0.571429:13:13:14:6:15:13:15:6 chr6 39284184 . A G 1045.04 PASS AF=0.51269;AO=99;DP=198;FAO=101;FDP=197;FR=.;FRO=96;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=69;FSRR=27;FWDB=-0.00717878;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.031;QD=21.2191;RBI=0.00932314;REFB=-0.0296181;REVB=-0.00594862;RO=94;SAF=66;SAR=33;SRF=70;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804833;STB=0.53589;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0319828;OID=.;OPOS=39284184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:197:94:96:99:101:0.51269:33:66:70:24:35:66:69:27 chr6 39290200 . C T 409.63 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0088016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.049;QD=34.1361;RBI=0.0296109;REFB=-0.0275332;REVB=-0.0282725;RO=15;SAF=16;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487817;STB=0.526566;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0118849;OID=.;OPOS=39290200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:17:16:6:9:17:16:6:9 chr6 39828862 . A C 203.68 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00316373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.375;QD=16.2945;RBI=0.0107648;REFB=-0.0252236;REVB=-0.0102894;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707152;STB=0.540555;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0348443;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:13:8:13:16:13:8:13:16 chr6 39851818 . G A 633.54 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.037;QD=61.8088;RBI=0.0397077;REFB=0;REVB=8.91939e-05;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.25215e-05;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:31:41:1:19:12:0:0:19:22:0:0 chr6 39864730 . C T 103.16 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00856997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.977;QD=18.757;RBI=0.017999;REFB=-0.00467715;REVB=0.0158279;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.555466;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00472395;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:6:5:3:7:7:5:3:7 chr6 39865047 . T C 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1719;QD=53.9023;RBI=0.0363291;REFB=0;REVB=0.0346271;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704626;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr6 39869952 . T A 62.05 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00679461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.837;QD=7.5214;RBI=0.0395986;REFB=-0.0132455;REVB=-0.0390113;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328209;STB=0.520503;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0604665;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:14:10:4:5:14:10 chr6 40360465 . A G 613.01 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0751108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7189;QD=61.3007;RBI=0.084446;REFB=0;REVB=0.0385938;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677948;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 41196156 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.911;QD=60.6103;RBI=0.0319919;REFB=0;REVB=0.0298731;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96486e-05;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr6 41196605 . T C 752.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.739;QD=62.7128;RBI=0.0768412;REFB=0;REVB=-0.00273168;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261364;OID=.;OPOS=41196605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:28:16:0:0:28:20:0:0 chr6 41196727 . C T 185.54 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.041295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0805;QD=43.6554;RBI=0.0713268;REFB=-0.0933303;REVB=-0.0581569;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000889005;OID=.;OPOS=41196727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:17:17:0:1:16:16:0.941176:6:10:0:0:6:10:1:0 chr6 41197785 . T C 630.01 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0404675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.438;QD=57.2736;RBI=0.0536173;REFB=-0.186278;REVB=0.0351738;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.504482;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00190867;OID=.;OPOS=41197785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:0:2:42:42:0.954545:17:25:0:0:17:25:1:1 chr6 41197857 . C T 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.828;QD=60.2225;RBI=0.065633;REFB=0;REVB=0.065599;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031316;OID=.;OPOS=41197857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr6 41270223 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3387;QD=59.4347;RBI=0.00360629;REFB=0;REVB=0.00307722;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.92167e-05;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr6 41303592 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.451;QD=47.821;RBI=0.0587111;REFB=0;REVB=-0.00105213;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484279;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr6 41303995 . A G 343.05 PASS AF=0.756757;AO=27;DP=37;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0543637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.72;QD=37.0862;RBI=0.0544727;REFB=0.0162835;REVB=-0.00344468;RO=9;SAF=16;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169934;STB=0.594107;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00497549;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:9:9:27:28:0.756757:11:16:2:7:11:17:2:7 chr6 41309552 . T C 146.83 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.011753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.662;QD=17.274;RBI=0.022548;REFB=-0.00854481;REVB=-0.0192426;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165929;STB=0.591128;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0133447;OID=.;OPOS=41309552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:18:15:16:0.470588:8:7:11:6:9:7:11:7 chr6 41318424 . T A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0128445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.064;QD=13.9482;RBI=0.0129169;REFB=0.00154887;REVB=-0.00136595;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671255;STB=0.538878;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00233806;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:19:8:6:11:19:8 chr6 41318438 . A G 710.42 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.049263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.674;QD=54.6473;RBI=0.0517835;REFB=-0.0999962;REVB=0.0159591;RO=1;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136506;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000667029;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:17:34:1:0:17:34:1:0 chr6 41533579 . C A 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0195624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.522;QD=14.053;RBI=0.0200709;REFB=-0.0190279;REVB=0.00448907;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933039;STB=0.553149;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0316866;OID=.;OPOS=41533579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:15:20:12:13:15:20 chr6 41621618 . A G 234.86 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3677;QD=49.4446;RBI=0.0336185;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142459;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:0:18:0:0:0:19:0:0 chr6 41621625 . G A 240.26 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0173304;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.873;QD=43.6843;RBI=0.0173304;REFB=0.0115146;REVB=0;RO=1;SAF=20;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268032;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:1:2:20:20:0.909091:0:20:1:0:0:20:2:0 chr6 41658889 . C T 55.89 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00283919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.952;QD=10.6457;RBI=0.0659743;REFB=-0.0290565;REVB=0.0659131;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466517;STB=0.810699;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0276455;OID=.;OPOS=41658889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:1:7:6:6:1:7:6:7 chr6 41708938 . C G 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00323804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.976;QD=15.7534;RBI=0.0158633;REFB=-0.019021;REVB=-0.0155294;RO=45;SAF=25;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198775;STB=0.620083;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0251818;OID=.;OPOS=41708938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:46:35:35:0.432099:10:25:24:21:10:25:24:22 chr6 41740541 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00927203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.522;QD=28.5377;RBI=0.0407297;REFB=-0.00459908;REVB=0.0396603;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.000449293;OID=.;OPOS=41740541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr6 41753084 . C T 449.36 PASS AF=0.578947;AO=42;DP=74;FAO=44;FDP=76;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0167895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.722;QD=23.6505;RBI=0.0216877;REFB=-0.0465693;REVB=0.0137284;RO=31;SAF=21;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873875;STB=0.530034;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0337705;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:31:32:42:44:0.578947:21:21:12:19:23:21:13:19 chr6 41800629 . T C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0113436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.809;QD=23.9649;RBI=0.0180727;REFB=-0.0358621;REVB=0.0140693;RO=18;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877846;STB=0.548976;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0243408;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:9:14:9:9:9:14:9:9 chr6 41895150 . G A 201.76 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00476426;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.254;QD=16.1408;RBI=0.0264528;REFB=-0.00856785;REVB=0.0260203;RO=29;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859778;STB=0.559946;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0129562;OID=.;OPOS=41895150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:28:22:22:0.44:11:11:17:12:11:11:17:11 chr6 41900406 . C T 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=0.00104301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.681;QD=9.23657;RBI=0.0167929;REFB=0.00477557;REVB=0.0167604;RO=57;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132764;STB=0.577457;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00770434;OID=.;OPOS=41900406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:17:8:13:44:17:8:13:44 chr6 41903349 . C G 43.23 PASS AF=0.242424;AO=9;DP=31;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=2;FWDB=0.00472085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=96.6107;QD=5.23945;RBI=0.0150539;REFB=-0.00335798;REVB=0.0142945;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367842;STB=0.70696;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.23038;OID=.;OPOS=41903349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:33:20:25:9:8:0.242424:2:7:19:1:2:6:23:2 chr6 41903782 . A C 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8508;QD=57.1986;RBI=0.022417;REFB=0;REVB=0.0222761;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293954;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr6 42044945 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.843;QD=57.2375;RBI=0.0355253;REFB=0;REVB=-0.00522677;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010586;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr6 42072989 . G A 617.86 PASS AF=0.59;AO=58;DP=99;FAO=59;FDP=100;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0135325;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.939;QD=24.7143;RBI=0.0253768;REFB=-0.0180991;REVB=0.0214675;RO=37;SAF=28;SAR=30;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176223;STB=0.598143;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0144804;OID=.;OPOS=42072989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:37:41:58:59:0.59:30:28:27:10:30:29:30:11 chr6 42073958 . C T 162.24 PASS AF=0.6;AO=16;DP=28;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0517055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7962;QD=21.6319;RBI=0.0522858;REFB=-0.0507421;REVB=0.00776809;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161227;STB=0.533296;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0300316;OID=.;OPOS=42073958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:12:12:16:18:0.6:9:7:5:7:9:9:5:7 chr6 42074106 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0344303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.942;QD=9.13237;RBI=0.0426855;REFB=-0.004189;REVB=-0.025231;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280965;STB=0.666389;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0101324;OID=.;OPOS=42074106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:18:4:4:6:18:4 chr6 42110171 . C G 538.2 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.617;QD=59.7999;RBI=0.0167137;REFB=0;REVB=0.0053638;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00293e-05;OID=.;OPOS=42110171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr6 42162388 . A G 1569.5 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.867;QD=64.0612;RBI=0.0422532;REFB=0;REVB=0.00854787;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14137e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:98:0:0:95:98:1:53:42:0:0:53:45:0:0 chr6 42236412 . T C 192.6 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00536592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.064;QD=12.0374;RBI=0.0384856;REFB=-0.0349054;REVB=0.0381097;RO=40;SAF=15;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138287;STB=0.579932;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0439331;OID=.;OPOS=42236412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:9:15:20:20:9:15:20:20 chr6 42532102 . C T 702.42 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.982;QD=62.4375;RBI=0.0465862;REFB=0;REVB=0.0376624;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722642;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:18:24:0:0:20:25:0:0 chr6 42600319 . A G 1156.42 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6641;QD=59.3034;RBI=0.0148914;REFB=-0.123177;REVB=-0.000914644;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00124075;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:40:36:0:0:40:37:1:0 chr6 42627430 . C T 234.32 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0105029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.7264;QD=18.7452;RBI=0.0708874;REFB=-0.045809;REVB=-0.070105;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482631;STB=0.515085;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.051176;OID=.;OPOS=42627430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:13:10:10:16:13:10:11:16 chr6 42627434 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4194;QD=56.938;RBI=0.104983;REFB=0;REVB=0.03183;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546041;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:28:24:0:0:29:24:0:0 chr6 42650772 . C T 193.69 PASS AF=0.567568;AO=18;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00300147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.5557;QD=20.9391;RBI=0.0895352;REFB=-0.100639;REVB=0.0894849;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132909;STB=0.60557;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0186186;OID=.;OPOS=42650772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:16:18:21:0.567568:13:5:7:10:16:5:7:9 chr6 42666061 . T C 133.46 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0632708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.404;QD=15.7014;RBI=0.0683285;REFB=-0.029549;REVB=0.025799;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148346;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0276625;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:6:8:8:11:7:8:8:11 chr6 42666145 . C T 791.01 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0871943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8018;QD=53.628;RBI=0.0961984;REFB=-0.125738;REVB=0.0406361;RO=2;SAF=20;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104216;STB=0.505528;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0227266;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:37:20:1:1:37:20:1:1 chr6 42666164 . G C 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0497107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.891;QD=11.0823;RBI=0.0567998;REFB=-0.0229747;REVB=-0.0274783;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252296;STB=0.64504;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0569964;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:11:29:11:11:11:29 chr6 42713618 . A G 930.43 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0148218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.843;QD=55.5479;RBI=0.018789;REFB=-0.0363166;REVB=0.0115473;RO=2;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00685709;STB=0.503631;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00130026;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:2:2:65:65:0.970149:25:40:1:1:25:40:1:1 chr6 42932202 . C T 569.75 PASS AF=0.430464;AO=59;DP=145;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.00961264;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.021;QD=15.0926;RBI=0.0203323;REFB=-0.0249455;REVB=0.0179165;RO=82;SAF=35;SAR=24;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059983;STB=0.515333;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0324705;OID=.;OPOS=42932202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:151:82:86:59:65:0.430464:24:35:44:38:30:35:44:42 chr6 42932835 . C T 313.99 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0206947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.199;QD=14.7761;RBI=0.023153;REFB=-0.0253648;REVB=-0.0103823;RO=50;SAF=25;SAR=10;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239248;STB=0.636282;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0289608;OID=.;OPOS=42932835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:10:25:25:25:10:25:25:25 chr6 42981051 . C G 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0761659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.649;QD=14.26;RBI=0.0762376;REFB=-0.0138997;REVB=-0.00330453;RO=24;SAF=2;SAR=14;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895808;STB=0.552561;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0467795;OID=.;OPOS=42981051;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:14:2:4:20:14:2:4:20 chr6 42989057 . T C 715.29 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.696;QD=60.876;RBI=0.0461331;REFB=-0.114273;REVB=0.0310827;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000850891;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:0:1 chr6 42992808 . T C 131.24 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0396045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7648;QD=7.49967;RBI=0.0409104;REFB=-0.00266632;REVB=-0.0102542;RO=50;SAF=5;SAR=14;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256812;STB=0.664302;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00342322;OID=.;OPOS=42992808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:51:19:19:0.271429:14:5:23:27:14:5:24:27 chr6 42992825 . C G 118.09 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0242193;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.461;QD=7.3807;RBI=0.0333875;REFB=-0.000444819;REVB=-0.0229816;RO=46;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808985;STB=0.557553;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00383446;OID=.;OPOS=42992825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:47:17:17:0.265625:10:7:22:24:10:7:23:24 chr6 43008298 . C T 123.9 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00119684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.336;QD=17.09;RBI=0.00437481;REFB=-0.0130857;REVB=-0.00420792;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.517217;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.016953;OID=.;OPOS=43008298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:7:8:7:7:7:8 chr6 43014022 . G A 197.86 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0268396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7032;QD=11.147;RBI=0.0338235;REFB=-0.0118949;REVB=0.0205831;RO=45;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108211;STB=0.568969;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0217268;OID=.;OPOS=43014022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:13:12:26:19:13:12:27:19 chr6 43014298 . TT CC 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0546767;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=155.941;QD=35.5759;RBI=0.0722601;REFB=0;REVB=0.0472439;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000123507;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 43014476 . C A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0015965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.847;QD=10.9382;RBI=0.0267884;REFB=-0.0382937;REVB=-0.0267407;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500501;STB=0.853496;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0518795;OID=.;OPOS=43014476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:14:17:9:9:0.333333:1:8:7:7:1:8:7:10 chr6 43018909 . C T 253.48 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0749469;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0963;QD=26.6825;RBI=0.0832824;REFB=0.0327522;REVB=0.036317;RO=15;SAF=19;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376887;STB=0.711607;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0157112;OID=.;OPOS=43018909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:4:19:6:9:4:19:6:9 chr6 43029288 . G A 199.73 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0366844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8351;QD=19.9734;RBI=0.0650713;REFB=-0.0136124;REVB=-0.0537451;RO=19;SAF=17;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488905;STB=0.772417;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0100716;OID=.;OPOS=43029288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:3:17:7:12:3:17:8:12 chr6 43039951 . T C 126.09 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0121643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7599;QD=10.9642;RBI=0.0282869;REFB=-0.0152227;REVB=0.0255378;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377012;STB=0.733022;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0351306;OID=.;OPOS=43039951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:15:15:0.326087:11:4:18:12:11:4:19:12 chr6 43154091 . C G 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00263429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.819;QD=59.0424;RBI=0.053848;REFB=-0.019576;REVB=0.0537836;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000776485;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr6 43191082 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00830334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.323;QD=9.44487;RBI=0.0154835;REFB=0.0105939;REVB=0.0130688;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0217661;OID=.;OPOS=43191082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr6 43194056 . G T 99.6 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0234353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.021;QD=14.7561;RBI=0.0337177;REFB=-0.0172848;REVB=0.0242419;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0146536;OID=.;OPOS=43194056;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:15:12:12:0.444444:6:6:6:6:6:6:8:7 chr6 43270097 . T C 734.46 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.81;QD=56.4969;RBI=0.0133017;REFB=0;REVB=0.00953539;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541785;OID=.;OPOS=43270097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:29:20:0:0:29:23:0:0 chr6 43270151 . C T 736.59 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.205;QD=62.6887;RBI=0.0549946;REFB=0;REVB=0.0343504;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166011;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr6 43305520 . C T 182.86 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00382773;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.167;QD=16.6235;RBI=0.0111483;REFB=-0.00822743;REVB=-0.0104706;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196208;STB=0.61154;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00682477;OID=.;OPOS=43305520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:7:18:10:9:7:18 chr6 43306346 . A G 734.01 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353987;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.678;QD=63.8266;RBI=0.0533244;REFB=0;REVB=0.0398802;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071729;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:13:33:0:0:13:33:0:0 chr6 43418328 . G A 223.73 PASS AF=0.769231;AO=19;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.171566;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5315;QD=34.4195;RBI=0.180698;REFB=-0.0409007;REVB=0.0567175;RO=6;SAF=2;SAR=17;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476406;STB=0.675931;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0172815;OID=.;OPOS=43418328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:26:26:6:6:19:20:0.769231:17:2:5:1:17:3:4:2 chr6 43418528 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0204939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.1;QD=16.1989;RBI=0.0408926;REFB=-0.00422854;REVB=0.0353865;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.004305;OID=.;OPOS=43418528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr6 43418691 . G A 271.85 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0178065;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5014;QD=30.2055;RBI=0.0483999;REFB=0.0115697;REVB=0.0450054;RO=12;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152765;STB=0.588166;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00310005;OID=.;OPOS=43418691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:12:12:23:24:0.666667:9:14:10:2:10:14:10:2 chr6 43418733 . G A 236.76 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0117435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.009;QD=26.3061;RBI=0.0383992;REFB=-0.0258272;REVB=-0.0365594;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154276;STB=0.595772;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0171725;OID=.;OPOS=43418733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:14:22:22:0.611111:10:12:10:3:10:12:11:3 chr6 43492578 . G A 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.008411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.66;QD=9.65117;RBI=0.009129;REFB=-0.0158986;REVB=-0.00354876;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135382;STB=0.581702;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0303513;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:18:15:8:6:18:15 chr6 43581967 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0191173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.876;QD=8.73785;RBI=0.0543509;REFB=-0.0260774;REVB=-0.0508777;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507976;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0469332;OID=.;OPOS=43581967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:12:8:4:5:12:8 chr6 43596715 . TCG GTC,TC,TGC 248.25 PASS AF=0.0606061,0.939394,0;AO=3,16,2;DP=34;FAO=2,31,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25,0;FSAR=2,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164976,0.0950502,-0.00886958;FXX=0.0294031;HRUN=1,6,1;LEN=3,1,2;MLLD=142.733,10.193,158.292;QD=30.0904;RBI=0.0376907,0.191628,0.121333;REFB=-0.0154569,-0.00700838,-0.020578;REVB=-0.0338883,0.166393,-0.121008;RO=5;SAF=0,14,0;SAR=3,2,2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.648649,0;SSSB=-0.794084,-0.138489,-0.78221;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.00504574,0.00538549,0;OID=.,.,.;OPOS=43596715,43596717,43596716;OREF=TCG,G,CG;OALT=GTC,-,GC;OMAPALT=GTC,TC,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:33:5:0:3,16,2:2,31,0:0.0606061,0.939394,0:3,2,2:0,14,0:5:0:2,6,0:0,25,0:0:0 chr6 43638636 . G A 753.11 PASS AF=0.649485;AO=63;DP=97;FAO=63;FDP=97;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00609744;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.717;QD=31.056;RBI=0.0156398;REFB=-0.0176805;REVB=0.0144023;RO=33;SAF=34;SAR=29;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924547;STB=0.544786;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0107377;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:33:34:63:63:0.649485:29:34:13:20:29:34:14:20 chr6 43640099 . A G 240.4 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00947855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.899;QD=28.2824;RBI=0.0136158;REFB=0.000538025;REVB=-0.00977479;RO=11;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37322e-08;STB=0.516114;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.000711092;OID=.;OPOS=43640099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:34:11:12:22:22:0.647059:10:12:6:5:10:12:6:6 chr6 43968814 . A G 438.81 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.655;QD=56.6208;RBI=0.0191845;REFB=0;REVB=0.0169573;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.40116e-05;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr6 43970827 . G A 205.25 PASS AF=0.287234;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=94;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00666164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0639;QD=8.73422;RBI=0.0120469;REFB=-0.0120693;REVB=0.0100374;RO=67;SAF=12;SAR=15;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128841;STB=0.576414;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0322121;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:67:67:27:27:0.287234:15:12:37:30:15:12:37:30 chr6 44081718 . G A 1326.17 PASS AF=1;AO=72;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0226;QD=58.9407;RBI=0.207706;REFB=0;REVB=0.207594;RO=1;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119811;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:1:0:72:90:1:33:39:0:1:49:41:0:0 chr6 44108848 . C T 312.53 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0166111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8689;QD=16.8934;RBI=0.0181617;REFB=-0.0172578;REVB=-0.00734281;RO=40;SAF=6;SAR=28;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234656;STB=0.633396;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0174885;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:28:6:14:26:28:6:14:26 chr6 44115169 . G A 110.16 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00443781;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.187;QD=13.7703;RBI=0.00860043;REFB=-0.00227841;REVB=-0.00736703;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328157;STB=0.692012;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00221909;OID=.;OPOS=44115169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:7:12:4:9:7:12 chr6 44117607 . C T 46.55 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0275674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.916;QD=10.9537;RBI=0.0307165;REFB=-0.0238693;REVB=0.0135477;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0830048;OID=.;OPOS=44117607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr6 44117664 . C T 70.55 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0133939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.726;QD=17.6379;RBI=0.0167443;REFB=-0.0403329;REVB=-0.0100487;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102872;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0335753;OID=.;OPOS=44117664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:7:2:2:4:7:2:3:4 chr6 44119676 . A G 280.58 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00969545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.425;QD=28.0583;RBI=0.0115956;REFB=-0.0142363;REVB=-0.00636053;RO=13;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200148;STB=0.580583;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0167809;OID=.;OPOS=44119676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:15:24:25:0.625:13:11:2:11:13:12:4:11 chr6 44145063 . T C 590.28 PASS AF=0.65;AO=51;DP=80;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00642893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0877;QD=29.514;RBI=0.022798;REFB=-0.00015769;REVB=-0.0218728;RO=28;SAF=26;SAR=25;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639935;STB=0.506735;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.000237278;OID=.;OPOS=44145063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:28:51:52:0.65:25:26:14:14:25:27:14:14 chr6 44218120 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281871;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.289;QD=40.7584;RBI=0.0282111;REFB=0;REVB=0.00116385;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364446;OID=.;OPOS=44218120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 44221293 . C T 34.67 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.00388988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.543;QD=1.16527;RBI=0.00467587;REFB=-0.00117823;REVB=-0.00259472;RO=108;SAF=7;SAR=3;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247256;STB=0.703112;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0177637;OID=.;OPOS=44221293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:119:108:109:10:10:0.0840336:3:7:52:56:3:7:52:57 chr6 44221299 . C T 40.51 PASS AF=0.092437;AO=11;DP=121;FAO=11;FDP=119;FR=.;FRO=108;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=-0.0380083;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3353;QD=1.36178;RBI=0.0719261;REFB=0.000221597;REVB=-0.0610633;RO=108;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169069;STB=0.632224;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00660123;OID=.;OPOS=44221299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:121:119:108:108:11:11:0.092437:4:7:53:55:4:7:53:55 chr6 44222047 . G A 737.45 PASS AF=0.411765;AO=84;DP=204;FAO=84;FDP=204;FR=.;FRO=120;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=46;FSRR=74;FWDB=-0.0129076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.305;QD=14.4598;RBI=0.0269663;REFB=-0.00944128;REVB=-0.0236765;RO=120;SAF=40;SAR=44;SRF=46;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984429;STB=0.55502;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0102977;OID=.;OPOS=44222047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:120:120:84:84:0.411765:44:40:46:74:44:40:46:74 chr6 44223010 . G T 221.1 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0124818;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.465;QD=23.903;RBI=0.0129905;REFB=-0.0212215;REVB=-0.00359991;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704467;STB=0.503933;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0177482;OID=.;OPOS=44223010;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:7:9:12:9:7:9 chr6 44232920 . A G 143.03 PASS AF=0.346154;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0451597;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3357;QD=11.0021;RBI=0.056329;REFB=-0.00672858;REVB=-0.0336683;RO=34;SAF=10;SAR=7;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105461;STB=0.545822;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0197217;OID=.;OPOS=44232920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:17:18:0.346154:7:10:23:11:7:11:23:11 chr6 44232977 . G A 331.18 PASS AF=0.373737;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00850385;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.931;QD=13.3812;RBI=0.0309478;REFB=-0.010986;REVB=0.0297565;RO=62;SAF=13;SAR=23;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258868;STB=0.653156;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0314632;OID=.;OPOS=44232977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:62:62:36:37:0.373737:23:13:37:25:24:13:37:25 chr6 44243463 . G A 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0127867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.348;QD=20.9597;RBI=0.0268406;REFB=-0.0346569;REVB=0.0235991;RO=40;SAF=8;SAR=35;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173851;STB=0.597026;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0345633;OID=.;OPOS=44243463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:35:8:13:27:35:8:13:27 chr6 44247951 . T G 1314.12 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.282;QD=61.8407;RBI=0.0449814;REFB=0;REVB=-0.0277807;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11494e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:31:53:0:0:32:53:0:0 chr6 44250165 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2576;QD=56.7058;RBI=0.0712971;REFB=0;REVB=0.0472155;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158941;OID=.;OPOS=44250165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr6 44253749 . A G 501.45 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.522;QD=58.9944;RBI=0.0510741;REFB=0;REVB=0.0376844;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121473;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr6 44255387 . C T 228.33 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=104;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.000134105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.944;QD=8.78189;RBI=0.0159896;REFB=-0.00252481;REVB=-0.015989;RO=73;SAF=18;SAR=13;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724039;STB=0.542686;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00706519;OID=.;OPOS=44255387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:73:31:31:0.298077:13:18:38:35:13:18:38:35 chr6 44255459 . G A 1521.82 PASS AF=0.955357;AO=106;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0430725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.629;QD=54.3507;RBI=0.0592744;REFB=-0.221746;REVB=0.0407213;RO=6;SAF=38;SAR=68;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400529;STB=0.517479;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00269794;OID=.;OPOS=44255459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:112:112:6:5:106:107:0.955357:68:38:0:6:69:38:0:5 chr6 44268135 . C T 913.0 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7155;QD=57.9684;RBI=0.0506732;REFB=0;REVB=0.0215346;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272703;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:30:32:1:0:30:33:0:0 chr6 44268371 . T C 819.58 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.696;QD=55.565;RBI=0.0414597;REFB=-0.0946639;REVB=0.0334005;RO=1;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000643908;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:31:27:0:1:31:27:0:1 chr6 44269193 . C T 87.74 PASS AF=0.391304;AO=5;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.016329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.554;QD=15.2586;RBI=0.0214991;REFB=-0.00817585;REVB=0.0139848;RO=12;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180994;STB=0.522337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0289159;OID=.;OPOS=44269193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:12:12:5:9:0.391304:3:2:3:9:7:2:3:9 chr6 44275011 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000943367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.194;QD=58.2393;RBI=0.0393526;REFB=0;REVB=0.0393413;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07458e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr6 44310854 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00329784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.26;QD=52.8647;RBI=0.0356102;REFB=-0.0153416;REVB=0.0354571;RO=2;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891212;STB=0.504732;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.000916544;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:20:33:1:1:20:33:1:1 chr6 44371714 . C T 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3315;QD=63.8663;RBI=0.0101943;REFB=0;REVB=0.00985309;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01667e-05;OID=.;OPOS=44371714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr6 44403438 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000546898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.424;QD=53.9112;RBI=0.00708345;REFB=0;REVB=-0.0070623;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12943e-05;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr6 44413463 . T A 887.45 PASS AF=0.868421;AO=65;DP=79;FAO=66;FDP=76;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00035813;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.948;QD=46.7076;RBI=0.00562779;REFB=-0.0119923;REVB=0.00561638;RO=9;SAF=43;SAR=22;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107798;STB=0.552365;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000387109;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:76:9:10:65:66:0.868421:22:43:2:7:22:44:3:7 chr6 44413464 . G A 39.7 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.00424226;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.3308;QD=1.96057;RBI=0.0103062;REFB=-0.010041;REVB=0.00939256;RO=72;SAF=2;SAR=7;SRF=47;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480339;STB=0.8421;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.039059;OID=.;OPOS=44413464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:7:2:47:25:7:2:47:25 chr6 46623697 . CT C,CC 890.46 PASS AF=0.016129,0.983871;AO=9,52;DP=62;FAO=1,61;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821556,0.0120002;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.592,253.543;QD=57.4492;RBI=0.0806157,0.0815972;REFB=0,0;REVB=0.080196,0.08071;RO=0;SAF=1,15;SAR=8,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0162393,0.00192469;OID=.,.;OPOS=46623698,46623698;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.016129,0.983871:9,52:62:1,61:62:0:1,16:0,45:0:0:3:0:1,15:8,37:0:0 chr6 46657057 . A G 893.06 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.442;QD=57.6169;RBI=0.0317888;REFB=0;REVB=0.0255939;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406804;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:1:0:58:62:1:29:29:0:1:32:30:0:0 chr6 46657273 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0155479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.327;QD=15.9167;RBI=0.025986;REFB=-0.00944465;REVB=-0.0208215;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481927;STB=0.771236;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00629283;OID=.;OPOS=46657273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:1:14:5:8:1:14 chr6 46661426 . T C 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.016641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1827;QD=12.1786;RBI=0.0286796;REFB=-0.0181012;REVB=0.023358;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0269564;OID=.;OPOS=46661426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:8:7:4:6:8:7 chr6 46672943 . A G 1499.34 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161229;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.893;QD=63.8015;RBI=0.0486344;REFB=0;REVB=0.0458841;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224368;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr6 46793175 . G A 192.08 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0103011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.938;QD=14.7754;RBI=0.0136819;REFB=-0.00837599;REVB=-0.00900455;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=25;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462221;STB=0.748168;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0120333;OID=.;OPOS=46793175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:30:21:22:0.423077:13:8:25:4:13:9:26:4 chr6 46800920 . A G 193.7 PASS AF=0.34375;AO=17;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0492835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6086;QD=12.1063;RBI=0.0655404;REFB=-0.00582331;REVB=0.043205;RO=35;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114127;STB=0.549955;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0360142;OID=.;OPOS=46800920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:38:17:22:0.34375:9:8:20:15:11:11:22:16 chr6 46801071 . G T 138.43 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=41;FSRR=11;FWDB=0.00625762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.0494;QD=7.69059;RBI=0.00874718;REFB=-0.00366528;REVB=0.00611191;RO=52;SAF=10;SAR=10;SRF=41;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356572;STB=0.708161;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00902239;OID=.;OPOS=46801071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:10:10:41:11:10:10:41:11 chr6 46802370 . G A 390.15 PASS AF=0.326531;AO=48;DP=146;FAO=48;FDP=147;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=59;FSRR=40;FWDB=-0.0122292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.277;QD=10.6164;RBI=0.0175123;REFB=-0.00534378;REVB=0.012535;RO=98;SAF=24;SAR=24;SRF=58;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106937;STB=0.564599;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0109288;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:98:99:48:48:0.326531:24:24:58:40:24:24:59:40 chr6 46806766 . G A 570.64 PASS AF=0.522523;AO=57;DP=110;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0141709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.842;QD=20.5636;RBI=0.0163407;REFB=-0.0218884;REVB=0.00813656;RO=53;SAF=32;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951384;STB=0.55564;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0137221;OID=.;OPOS=46806766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:53:53:57:58:0.522523:25:32:24:29:25:33:24:29 chr6 46806809 . C T 530.88 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0205438;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.613;QD=17.9958;RBI=0.0235015;REFB=-0.0310658;REVB=-0.0114136;RO=62;SAF=28;SAR=28;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305339;STB=0.516943;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0310027;OID=.;OPOS=46806809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:56:56:0.474576:28:28:29:33:28:28:29:33 chr6 46824448 . A G 250.73 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490098;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.9482;QD=50.1468;RBI=0.0659635;REFB=0;REVB=0.0441499;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466829;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:2:0:16:20:1:5:11:1:1:6:14:0:0 chr6 46826508 . G A 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00354454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.762;QD=51.5097;RBI=0.0432417;REFB=-0.133358;REVB=-0.0430962;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00159765;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr6 46826715 . T A 1008.19 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.355;QD=59.3054;RBI=0.00793016;REFB=0;REVB=0.000408868;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45416e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:42:26:0:0 chr6 46826844 . T C 1475.94 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280087;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.94;QD=63.4814;RBI=0.0417534;REFB=0;REVB=0.0309654;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25408e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:52:40:0:0:53:40:0:0 chr6 46826910 . G A 959.72 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.554;QD=57.2969;RBI=0.0351263;REFB=-0.109702;REVB=0.02942;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000546912;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:23:43:0:0:23:43:1:0 chr6 46827073 . A G 1940.2 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459596;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.201;QD=62.0864;RBI=0.0464855;REFB=0;REVB=0.00697298;RO=0;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65459e-05;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:125:125:1:67:58:0:0:67:58:0:0 chr6 46827126 . C T 973.96 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.157;QD=57.2918;RBI=0.0122697;REFB=-0.115497;REVB=0.00246812;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000495734;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:36:31:0:1:36:31:0:1 chr6 46832813 . G A 1207.13 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.316;QD=61.1207;RBI=0.0299091;REFB=0;REVB=0.023409;RO=0;SAF=48;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61463e-05;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:29:48:0:0:30:49:0:0 chr6 46834685 . G A 888.32 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274252;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.23;QD=58.2504;RBI=0.0220883;REFB=0;REVB=0.0219173;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00726e-05;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr6 46856100 . G A 696.64 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00639885;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.401;QD=52.5769;RBI=0.0230589;REFB=-0.0634999;REVB=0.0221533;RO=2;SAF=27;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336073;STB=0.51785;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00114211;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:2:2:51:51:0.962264:24:27:2:0:24:27:2:0 chr6 46976812 . T C 156.98 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.006813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.991;QD=16.1004;RBI=0.0196602;REFB=-0.0268089;REVB=0.018442;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144364;STB=0.599877;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0288327;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:5:12:12:9:5:12:12:10 chr6 46977458 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0292245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5604;QD=9.76015;RBI=0.0799578;REFB=0.00731463;REVB=0.0744256;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233803;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0085711;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:6:6:5:2:6:6 chr6 47563692 . C T 1147.12 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9249;QD=58.8265;RBI=0.0424716;REFB=0;REVB=0.0285129;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536449;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:38:36:0:0:38:40:0:0 chr6 47594302 . T C 805.73 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213104;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.799;QD=57.5523;RBI=0.0247976;REFB=0;REVB=0.0126803;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77101e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:1:0:55:56:1:22:33:0:1:23:33:0:0 chr6 47594722 . G A 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0142244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.227;QD=26.514;RBI=0.0171299;REFB=-0.024609;REVB=0.00954463;RO=19;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111776;STB=0.561752;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0150849;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:14:13:12:7:14:13:12:7 chr6 47649265 . T A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.841;QD=56.9566;RBI=0.0420687;REFB=0;REVB=0.0123244;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137743;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr6 47682604 . A C 1404.04 PASS AF=0.961165;AO=98;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0609349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.173;QD=54.5259;RBI=0.0610583;REFB=0.0433416;REVB=0.0038811;RO=2;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020611;STB=0.511118;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000527812;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:103:103:2:4:98:99:0.961165:45:53:0:2:46:53:1:3 chr6 47791205 . G A 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0491699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.327;QD=14.6858;RBI=0.0498716;REFB=-0.00539458;REVB=-0.00833692;RO=39;SAF=11;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317368;STB=0.539509;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00634617;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:43:31:31:0.418919:20:11:15:24:20:11:18:25 chr6 47847179 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1817;QD=62.9805;RBI=0.0227724;REFB=0;REVB=0.00682135;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259608;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr6 47847401 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0128793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.376;QD=16.172;RBI=0.012959;REFB=-0.00744713;REVB=0.00143487;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252887;STB=0.642704;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.01479;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:3:17:10:6:3:17 chr6 49403282 . T C 1171.94 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4797;QD=60.8798;RBI=0.0449627;REFB=0;REVB=0.030436;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75005e-05;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr6 49411477 . G C 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3317;QD=59.8537;RBI=0.0352487;REFB=0;REVB=0.0315035;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346325;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:32:39:0:0:32:39:0:0 chr6 49412433 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.617;QD=50.4122;RBI=0.0243967;REFB=0;REVB=-0.0229635;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023656;OID=.;OPOS=49412433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr6 49425521 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000269615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.173;QD=57.2376;RBI=0.0291537;REFB=0;REVB=0.0291525;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36235e-05;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr6 49439805 . G A 398.35 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00763243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.014;QD=53.1129;RBI=0.0180494;REFB=-0.0523303;REVB=0.0163563;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00875644;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:1:0:13:16:1:0 chr6 49479775 . A T 2324.44 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=89;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0141829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7828;QD=62.8226;RBI=0.0179741;REFB=0.00359559;REVB=0.0110414;RO=0;SAF=58;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-5.09379e-06;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:146:147:0.993243:88:58:0:0:89:58:1:0 chr6 49494241 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00715725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.933;QD=58.5857;RBI=0.0690552;REFB=0;REVB=0.0686833;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475509;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr6 49518914 . C G 1322.61 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218944;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.694;QD=61.5168;RBI=0.0242914;REFB=0;REVB=0.0105218;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35589e-05;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:83:86:1:49:34:0:0:49:37:0:0 chr6 49580194 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0271159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.225;QD=22.5809;RBI=0.0273289;REFB=-0.0103486;REVB=0.00340525;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0082048;OID=.;OPOS=49580194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:5:2:5:7:5:2 chr6 49580247 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0242154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.857;QD=12.3961;RBI=0.0355301;REFB=-0.0607688;REVB=0.0260001;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179553;STB=0.608297;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0292952;OID=.;OPOS=49580247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:4:1:2:3:4:1 chr6 49604386 . A G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0151277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7073;QD=16.1145;RBI=0.0157636;REFB=-0.00600937;REVB=0.00443231;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037391;STB=0.521155;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00742901;OID=.;OPOS=49604386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:18:11:10:14:18:11 chr6 49701523 . A G 226.07 PASS AF=0.512195;AO=14;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00941934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.895;QD=22.0551;RBI=0.0534317;REFB=-0.0207355;REVB=0.0525949;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203269;STB=0.671549;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0324637;OID=.;OPOS=49701523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:14:21:0.512195:10:4:9:10:17:4:9:10 chr6 50815314 . T A 243.41 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0110323;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9019;QD=14.9789;RBI=0.0122928;REFB=-0.0139255;REVB=0.00542232;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040702;STB=0.52306;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0177803;OID=.;OPOS=50815314;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:14:14:17:20:14:14:17:20 chr6 51480486 . G T 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.946;QD=50.8363;RBI=0.0422644;REFB=-0.0441782;REVB=0.0108648;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00213945;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr6 51483961 . T C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.019546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.949;QD=22.3965;RBI=0.0195472;REFB=-0.0212249;REVB=0.000216095;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184917;STB=0.516116;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0130527;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:23:25:25:0.520833:16:9:8:13:16:9:9:14 chr6 51491884 . T C 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.015254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.133;QD=17.7531;RBI=0.0217674;REFB=-0.011993;REVB=-0.0155284;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225629;STB=0.617891;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0100447;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:14:11:5:20:14:11:6:21 chr6 51586771 . GC AC,AT 430.7 PASS AF=0.516129,0.483871;AO=15,15;DP=31;FAO=16,15;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12,5;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225956,0.00361815;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=140.501,151.287;QD=55.5738;RBI=0.0287248,0.00861992;REFB=0,0;REVB=0.0177356,0.00782381;RO=0;SAF=12,5;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0181186,-0.00759433;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:31:31:0:0:15,15:16,15:0.516129,0.483871:3,10:12,5:0:0:4,10:12,5:0:0 chr6 51720838 . T C 647.61 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=54;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0220816;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.407;QD=48.8764;RBI=0.0291191;REFB=-0.0267563;REVB=0.0189823;RO=4;SAF=7;SAR=42;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206914;STB=0.61106;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000378362;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:54:53:4:4:49:49:0.924528:42:7:4:0:42:7:4:0 chr6 51875250 . A C 456.23 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0354138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.207;QD=50.6922;RBI=0.0365747;REFB=-0.0406011;REVB=-0.00914193;RO=2;SAF=6;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132569;STB=0.599933;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00686542;OID=.;OPOS=51875250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:2:3:33:33:0.916667:27:6:2:0:27:6:3:0 chr6 51890573 . G T 195.16 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0013743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.801;QD=14.1934;RBI=0.0174195;REFB=-0.0173525;REVB=-0.0173652;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195363;STB=0.591758;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0213975;OID=.;OPOS=51890573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:10:13:11:19:10:13:13:19 chr6 51910905 . T C 970.43 PASS AF=0.643939;AO=84;DP=131;FAO=85;FDP=132;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0304127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.021;QD=29.4069;RBI=0.0405532;REFB=-0.0085573;REVB=-0.0268259;RO=47;SAF=35;SAR=49;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205063;STB=0.508463;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00464018;OID=.;OPOS=51910905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:47:47:84:85:0.643939:49:35:21:26:49:36:21:26 chr6 51921703 . A G 117.35 PASS AF=0.7;AO=12;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0431745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2965;QD=23.4693;RBI=0.0433034;REFB=-0.05589;REVB=0.00333944;RO=6;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245493;STB=0.624843;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0493222;OID=.;OPOS=51921703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:20:6:6:12:14:0.7:8:4:0:6:9:5:0:6 chr6 51924774 . A G 801.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.248;QD=57.2279;RBI=0.00835617;REFB=0;REVB=0.00823525;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02301e-05;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr6 52269151 . T C 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0163201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.816;QD=10.6986;RBI=0.0163602;REFB=-0.00996858;REVB=-0.00114434;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734819;STB=0.543851;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0210914;OID=.;OPOS=52269151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:15:17:7:8:15:17 chr6 52270742 . A G 109.18 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0246215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.112;QD=14.0875;RBI=0.0263941;REFB=0.00168148;REVB=0.00950949;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.531867;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00174091;OID=.;OPOS=52270742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:8:5:5:12:8:5:6:12 chr6 52272033 . C T 206.94 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0204598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7128;QD=17.9944;RBI=0.021091;REFB=-0.00774778;REVB=-0.00512127;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175487;STB=0.592505;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00796553;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:20:21:0.456522:8:12:10:14:9:12:10:15 chr6 52360283 . T A 444.5 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.314;QD=57.355;RBI=0.0345864;REFB=0;REVB=0.0235054;RO=1;SAF=21;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427118;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:1:0:28:31:1:7:21:1:0:8:23:0:0 chr6 52362844 . T A 82.17 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0241398;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.2263;QD=10.956;RBI=0.093768;REFB=-0.022407;REVB=-0.0906075;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299689;STB=0.604472;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0260631;OID=.;OPOS=52362844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:30:14:18:11:12:0.4:3:8:6:8:4:8:9:9 chr6 52362865 . A T 87.23 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0109006;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.445;QD=12.0314;RBI=0.0134153;REFB=0.00680094;REVB=-0.00781968;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232226;STB=0.619488;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.0125022;OID=.;OPOS=52362865;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:19:18:11:11:0.37931:3:8:10:9:3:8:10:8 chr6 52374319 . T TAC 650.98 PASS AF=0.591837;AO=56;DP=98;FAO=58;FDP=98;FR=.;FRO=40;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00209229;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=159.208;QD=26.5707;RBI=0.0148913;REFB=0.000127953;REVB=0.0147435;RO=40;SAF=41;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141207;STB=0.561622;STBP=0.18;TYPE=ins;VARB=-0.000447428;OID=.;OPOS=52374320;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591837:56:98:58:98:40:41:17:23:17:99:40:41:15:23:17 chr6 52617731 . C G 257.31 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00372184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.624;QD=13.723;RBI=0.00964744;REFB=-0.00905487;REVB=0.00890062;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129206;STB=0.566328;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0113996;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:14:16:18:26:14:16:19:26 chr6 52617738 . G A 468.16 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0137791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.987;QD=25.6524;RBI=0.0137944;REFB=-0.00242772;REVB=-0.000649864;RO=29;SAF=19;SAR=25;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374821;STB=0.520495;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00195676;OID=.;OPOS=52617738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:25:19:14:15:25:19:14:15 chr6 52658962 . T C 544.62 PASS AF=0.579545;AO=49;DP=85;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0546896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3158;QD=24.7556;RBI=0.0677395;REFB=-0.0402531;REVB=-0.0399711;RO=36;SAF=21;SAR=28;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12168;STB=0.566064;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.029438;OID=.;OPOS=52658962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:36:37:49:51:0.579545:28:21:10:26:28:23:11:26 chr6 52843131 . G T 740.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3837;QD=56.9302;RBI=0.136327;REFB=0;REVB=0.127593;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246583;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:23:27:0:0:25:27:0:0 chr6 52844045 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.154;QD=63.583;RBI=0.0501581;REFB=0;REVB=0.0499309;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182203;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr6 52963071 . A G 256.47 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00384756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.715;QD=44.603;RBI=0.0160872;REFB=-0.0147747;REVB=0.0156203;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549952;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000678513;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:0:2:21:21:0.913043:9:12:0:0:9:12:0:2 chr6 53363486 . CGGGCT C,CG 510.68 PASS AF=0,0.886792;AO=15,31;DP=48;FAO=0,47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=0,20;FSAR=0,27;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0172937,0.022026;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=192.987,212.312;QD=38.5415;RBI=0.043604,0.0738796;REFB=-0.0243643,-0.0325617;REVB=0.0400279,0.0705198;RO=0;SAF=0,19;SAR=15,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.38835,0.38835;SSEP=0,0;SSSB=0,5.47712e-08;STB=0.5,0.546539;STBP=1,0.077;TYPE=del,del;VARB=0,0.0038121;OID=.,.;OPOS=53363487,53363488;OREF=GGGCT,GGCT;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.886792:15,31:48:0,47:53:6:0,20:0,27:5:1:15:0:0,19:15,12:0:0 chr6 53370107 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1637;QD=37.4884;RBI=0.0803876;REFB=0;REVB=-0.0266904;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290941;OID=.;OPOS=53370107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr6 53514946 . A G 266.73 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0612158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4855;QD=41.0353;RBI=0.0884415;REFB=-0.137596;REVB=0.063832;RO=4;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166984;STB=0.565161;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0110744;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:4:3:22:23:0.884615:13:9:4:0:13:10:3:0 chr6 53516876 . T G 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.162;QD=61.5338;RBI=0.0208875;REFB=0;REVB=-0.0145219;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08805e-06;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr6 53517035 . G A 3603.55 PASS AF=1;AO=229;DP=237;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524917;FXX=0.0253154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.313;QD=62.3992;RBI=0.0684326;REFB=-0.0823519;REVB=0.0439048;RO=1;SAF=111;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127781;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:237:231:1:0:229:231:1:118:111:0:1:119:112:0:0 chr6 53519605 . C T 1032.92 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127811;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.582;QD=59.8792;RBI=0.0232652;REFB=0;REVB=-0.01944;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13596e-05;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:32:37:0:0:32:37:0:0 chr6 53762092 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4813;QD=58.584;RBI=0.108308;REFB=0;REVB=0.103131;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051351;OID=.;OPOS=53762092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr6 53989526 . G A 758.75 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6448;QD=56.204;RBI=0.0727233;REFB=0;REVB=0.0609789;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638657;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:31:23:0:0 chr6 54054686 . T A,C 643.02 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348502,0.03541;FXX=0.0227221;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.406,122.503;QD=59.8155;RBI=0.0356318,0.0355364;REFB=0,0;REVB=0.00742182,0.00299447;RO=0;SAF=29,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00237897,0.287599;OID=.,.;OPOS=54054686,54054686;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:12,1:29,1:0:0:12,1:29,1:0:0 chr6 54079968 . G A 1541.57 PASS AF=0.981308;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0344218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.927;QD=57.6286;RBI=0.0363241;REFB=0.0119057;REVB=0.011601;RO=2;SAF=42;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220585;STB=0.511626;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00046147;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:2:2:105:105:0.981308:63:42:2:0:63:42:2:0 chr6 54186147 . T C 295.69 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0115456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7714;QD=22.3159;RBI=0.0294707;REFB=-0.0240781;REVB=-0.0271149;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774893;STB=0.547912;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0243383;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:23:30:30:0.566038:20:10:9:12:20:10:10:13 chr6 54191970 . T A 147.63 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0277054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2436;QD=26.8411;RBI=0.0311333;REFB=0.0138081;REVB=-0.0142019;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298268;STB=0.666444;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00875251;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:6:1:10:5:6:1 chr6 54254589 . A C 497.52 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00346581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.194;QD=26.5343;RBI=0.0120957;REFB=-0.0228467;REVB=0.0115885;RO=28;SAF=24;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00971999;STB=0.501741;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0124874;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:29:46:46:0.613333:22:24:15:13:22:24:15:14 chr6 55142337 . A G 1569.18 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.111;QD=59.7782;RBI=0.0246685;REFB=0;REVB=0.00681903;RO=0;SAF=64;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99239e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35811e-05;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:41:64:0:0:41:64:0:0 chr6 55147105 . G A 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00181285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.087;QD=8.24052;RBI=0.00983077;REFB=-0.00963765;REVB=0.00966217;RO=40;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229616;STB=0.639355;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0215099;OID=.;OPOS=55147105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:5:11:20:20:5:11:20:20 chr6 55266625 . T C 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0513319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8999;QD=9.13106;RBI=0.0526939;REFB=-0.00767675;REVB=0.0119029;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281769;STB=0.672723;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0101138;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:12:10:7:3:12:10 chr6 55428658 . A C 59.07 PASS AF=0.4;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0264264;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.652;QD=11.8139;RBI=0.0454465;REFB=-0.0117076;REVB=0.0369733;RO=10;SAF=6;SAR=0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.765611;STB=0.749375;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0219423;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:21:20:10:12:6:8:0.4:0:6:4:6:2:6:4:8 chr6 55428724 . A C 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0214465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3815;QD=10.3884;RBI=0.0370108;REFB=0.00709065;REVB=-0.0301637;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00458753;OID=.;OPOS=55428724;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:8:3:2:5:8:3 chr6 55639028 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00592931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.152;QD=15.2582;RBI=0.0278814;REFB=-0.0113334;REVB=-0.0272437;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0124497;OID=.;OPOS=55639028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr6 56044578 . T C 793.47 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.872;QD=54.7221;RBI=0.0215929;REFB=0.0550363;REVB=0.0154629;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.507934;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000180301;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:26:30:1:0:26:31:1:0 chr6 56327849 . C T 143.33 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0117103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.243;QD=9.88498;RBI=0.0543906;REFB=-0.0153297;REVB=-0.0531151;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250162;STB=0.647328;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0310151;OID=.;OPOS=56327849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:12:7:23:16:12:7:23:16 chr6 56417282 . C T 298.08 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0129139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.414;QD=20.9181;RBI=0.0416926;REFB=-0.0383478;REVB=-0.0396422;RO=26;SAF=21;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123943;STB=0.56892;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0325553;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:10:21:14:12:10:21:14:12 chr6 56417545 . T C 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000308187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.274;QD=26.3126;RBI=0.0184489;REFB=-0.00968466;REVB=0.0184463;RO=12;SAF=3;SAR=17;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118925;STB=0.566594;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0045952;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:17:3:3:9:17:3:3:9 chr6 56418290 . A T 217.93 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0040835;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.721;QD=22.3522;RBI=0.00965587;REFB=-0.0188611;REVB=0.0087499;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244888;STB=0.606777;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0112081;OID=.;OPOS=56418290;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:18:20:21:0.538462:13:7:12:7:13:8:11:7 chr6 56420538 . C T 176.45 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=84;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.023613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.246;QD=8.40257;RBI=0.0267081;REFB=0.00218393;REVB=-0.01248;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141844;STB=0.505983;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00696239;OID=.;OPOS=56420538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:60:24:24:0.285714:13:11:25:31:13:11:28:32 chr6 56426931 . C T 137.88 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0243952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6116;QD=11.49;RBI=0.0367016;REFB=-0.0139646;REVB=-0.0274205;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037005;STB=0.52195;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0386961;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:6:10:19:13:6:10:19:13 chr6 56463410 . T C 106.8 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00927769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.985;QD=6.78089;RBI=0.0135249;REFB=0.000866638;REVB=0.00984105;RO=47;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014799;STB=0.50908;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00141292;OID=.;OPOS=56463410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:9:7:20:27:9:7:20:27 chr6 56469915 . T C 94.61 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0345122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7604;QD=10.8126;RBI=0.055881;REFB=-0.0158857;REVB=0.0439499;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254163;STB=0.650922;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0315358;OID=.;OPOS=56469915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:15:8:7:5:15:8 chr6 56470690 . G A 268.54 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.0211167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.362;QD=13.9503;RBI=0.021696;REFB=-0.0122784;REVB=-0.00497992;RO=46;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286696;STB=0.660925;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0136412;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:16:15:10:36:16:15:10:36 chr6 56471402 . G A 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0200113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.603;QD=19.1561;RBI=0.0237194;REFB=0.00257532;REVB=-0.0127341;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196547;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00496562;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:10:11:12:10:10:11:13:10 chr6 56471995 . C T 104.86 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0153768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5431;QD=10.755;RBI=0.0407685;REFB=-0.0256062;REVB=-0.0377574;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1951;STB=0.584281;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0238605;OID=.;OPOS=56471995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:26:13:13:0.333333:9:4:11:12:9:4:11:15 chr6 56482801 . C G 263.95 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.010529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.81;QD=15.3016;RBI=0.0118014;REFB=0.000233011;REVB=0.00533038;RO=39;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640877;STB=0.536208;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000311881;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:15:15:17:22:15:15:17:22 chr6 56483024 . T C 600.62 PASS AF=0.488189;AO=60;DP=126;FAO=62;FDP=127;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0177706;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7981;QD=18.9173;RBI=0.0474382;REFB=-0.0167343;REVB=0.0439839;RO=65;SAF=35;SAR=25;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429429;STB=0.530629;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0230016;OID=.;OPOS=56483024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:65:65:60:62:0.488189:25:35:35:30:25:37:35:30 chr6 56484758 . C T 218.74 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=101;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0130243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.365;QD=8.66298;RBI=0.0283974;REFB=-0.00794552;REVB=0.0252345;RO=70;SAF=8;SAR=21;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14993;STB=0.592409;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0321948;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:72:29:29:0.287129:21:8:27:43:21:8:28:44 chr6 56499666 . C T 303.01 PASS AF=0.35514;AO=38;DP=108;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=-0.069005;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5947;QD=11.3276;RBI=0.0747014;REFB=-0.0319321;REVB=-0.0286112;RO=69;SAF=15;SAR=23;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10951;STB=0.562567;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.036014;OID=.;OPOS=56499666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:69:69:38:38:0.35514:23:15:21:48:23:15:21:48 chr6 56810539 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.832;QD=43.4862;RBI=0.0421597;REFB=0;REVB=-0.0379516;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020397;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr6 56997973 . C T 440.6 PASS AF=0.617647;AO=40;DP=66;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00454649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.257;QD=25.9177;RBI=0.0138847;REFB=-0.0287462;REVB=0.0131192;RO=26;SAF=21;SAR=19;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15568;STB=0.582134;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0182625;OID=.;OPOS=56997973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:26:26:40:42:0.617647:19:21:8:18:20:22:8:18 chr6 57244780 . G A 194.58 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0571929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.804;QD=10.3775;RBI=0.0575257;REFB=-0.0166842;REVB=0.00617917;RO=50;SAF=12;SAR=13;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456174;STB=0.526631;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00579203;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:13:12:26:24:13:12:26:24 chr6 57246884 . A G 585.48 PASS AF=0.386364;AO=68;DP=176;FAO=68;FDP=176;FR=.;FRO=108;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.00432764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.495;QD=13.3064;RBI=0.0129256;REFB=-0.00816788;REVB=-0.0121795;RO=108;SAF=46;SAR=22;SRF=49;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248365;STB=0.640604;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0073189;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:108:108:68:68:0.386364:22:46:49:59:22:46:49:59 chr6 57246969 . G A 527.75 PASS AF=0.392405;AO=62;DP=158;FAO=62;FDP=158;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=55;FSRR=41;FWDB=-0.0234918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.863;QD=13.3607;RBI=0.0239428;REFB=-0.0137961;REVB=-0.00462546;RO=92;SAF=37;SAR=25;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462572;STB=0.514968;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0224237;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:92:96:62:62:0.392405:25:37:51:41:25:37:55:41 chr6 57246982 . G T 462.11 PASS AF=0.373239;AO=51;DP=143;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0647988;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.718;QD=13.0171;RBI=0.0660975;REFB=-0.0134189;REVB=0.0130379;RO=89;SAF=31;SAR=20;SRF=50;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530571;STB=0.514832;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0203308;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:89:89:51:53:0.373239:20:31:50:39:22:31:50:39 chr6 57254927 . A G 203.14 PASS AF=0.27551;AO=26;DP=97;FAO=27;FDP=98;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=23;FWDB=-0.00660175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.458;QD=8.29141;RBI=0.0297056;REFB=-0.00786496;REVB=0.0289627;RO=70;SAF=8;SAR=18;SRF=48;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43836;STB=0.735323;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0175051;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:70:71:26:27:0.27551:18:8:48:22:18:9:48:23 chr6 57254939 . G T 50.3 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0394757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2093;QD=2.21093;RBI=0.0406442;REFB=0.00672681;REVB=-0.00967582;RO=79;SAF=4;SAR=7;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289931;STB=0.699657;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0575825;OID=.;OPOS=57254939;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:79:80:11:11:0.120879:7:4:48:31:7:4:48:32 chr6 57254950 . A AT 43.72 PASS AF=0.213333;AO=18;DP=84;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.121573;FXX=0.0740649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7042;QD=2.33185;RBI=0.162324;REFB=-0.0410687;REVB=-0.10756;RO=66;SAF=5;SAR=13;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446512;STB=0.746949;STBP=0.038;TYPE=ins;VARB=0.0912566;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.213333:18:84:16:75:59:5:11:38:21:43:66:5:13:43:23 chr6 57254955 . G A 79.14 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0138564;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.442;QD=4.00712;RBI=0.0436841;REFB=-0.000115032;REVB=-0.0414282;RO=53;SAF=5;SAR=9;SRF=37;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40566;STB=0.725263;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00086418;OID=.;OPOS=57254955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:81:79:53:65:14:14:0.177215:9:5:37:16:9:5:42:23 chr6 57254986 . G A 45.51 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0295508;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7127;QD=3.30974;RBI=0.041349;REFB=0.00357529;REVB=-0.0289221;RO=44;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146072;STB=0.526249;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.0350152;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:55:44:47:8:8:0.145455:3:5:27:17:3:5:28:19 chr6 57372361 . C A 942.95 PASS AF=0.738318;AO=79;DP=109;FAO=79;FDP=107;FR=.;FRO=28;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0241227;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0803;QD=35.2505;RBI=0.0261991;REFB=-0.00650037;REVB=0.0102219;RO=28;SAF=48;SAR=31;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720993;STB=0.538658;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00379297;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:28:28:79:79:0.738318:31:48:13:15:31:48:13:15 chr6 57372365 . A G 37.25 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=106;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=-0.0239581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3691;QD=1.39246;RBI=0.0264359;REFB=-0.00458423;REVB=-0.0111743;RO=94;SAF=4;SAR=6;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188866;STB=0.656633;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.053944;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:106:107:94:97:10:10:0.0934579:6:4:53:41:6:4:56:41 chr6 57393125 . A G 401.83 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0269346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.384;QD=21.7205;RBI=0.0396101;REFB=-0.023539;REVB=0.0290428;RO=34;SAF=21;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368133;STB=0.502032;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0179812;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:19:21:18:16:19:21:18:16 chr6 57393160 . G A 88.23 PASS AF=0.183908;AO=15;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0265936;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.659;QD=4.05649;RBI=0.0331274;REFB=-0.00402096;REVB=-0.0197537;RO=72;SAF=8;SAR=7;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766558;STB=0.51722;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0136488;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:87:87:72:71:15:16:0.183908:7:8:34:38:8:8:34:37 chr6 57398154 . T C 533.69 PASS AF=0.514019;AO=52;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0288626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0823;QD=19.9508;RBI=0.0322651;REFB=-0.0283227;REVB=-0.0144218;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869742;STB=0.559748;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0214249;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:52:55:0.514019:26:26:31:21:29:26:31:21 chr6 57398157 . A G 572.1 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=110;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.00205692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.715;QD=20.8035;RBI=0.00985707;REFB=-0.0333643;REVB=-0.00964006;RO=52;SAF=29;SAR=29;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08269;STB=0.545439;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0395525;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:52:58:58:0.527273:29:29:31:21:29:29:31:21 chr6 57398163 . A G 598.91 PASS AF=0.535714;AO=58;DP=110;FAO=60;FDP=112;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0121922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.838;QD=21.3896;RBI=0.0157149;REFB=-0.0139979;REVB=-0.00991508;RO=51;SAF=28;SAR=30;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896286;STB=0.544628;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0173092;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:51:52:58:60:0.535714:30:28:30:21:30:30:31:21 chr6 57398186 . G GA 33.73 PASS AF=0.167939;AO=21;DP=135;FAO=22;FDP=131;FR=.;FRO=109;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=0.149177;FXX=0.0150365;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.3466;QD=1.02994;RBI=0.149312;REFB=-0.0176785;REVB=0.00633297;RO=106;SAF=9;SAR=12;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138173;STB=0.564257;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=-0.026114;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.167939:21:135:22:131:109:10:12:58:51:33:106:9:12:57:49 chr6 57398201 . T C 745.78 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0200553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.333;QD=20.1562;RBI=0.0206564;REFB=-0.00937103;REVB=0.00494677;RO=73;SAF=34;SAR=39;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621484;STB=0.534237;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0148887;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:73:75:73:73:0.493243:39:34:39:34:39:34:40:35 chr6 57398226 . T G 387.52 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=156;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.028917;FXX=0.215176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1515;QD=12.5006;RBI=0.0411048;REFB=-0.0168543;REVB=0.0292131;RO=75;SAF=21;SAR=25;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402617;STB=0.519358;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.036549;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:124:75:78:46:46:0.370968:25:21:37:38:25:21:38:40 chr6 57398264 . A G 772.27 PASS AF=0.524823;AO=74;DP=141;FAO=74;FDP=141;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.0194126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.868;QD=21.9084;RBI=0.0226294;REFB=-0.0160691;REVB=-0.0116294;RO=65;SAF=33;SAR=41;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264696;STB=0.513515;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0140602;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:65:67:74:74:0.524823:41:33:27:38:41:33:28:39 chr6 57398270 . C T 161.23 PASS AF=0.195652;AO=28;DP=138;FAO=27;FDP=138;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=64;FWDB=-0.00502071;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.672;QD=4.67336;RBI=0.0342019;REFB=-0.0132174;REVB=-0.0338314;RO=110;SAF=12;SAR=16;SRF=47;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168716;STB=0.517172;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0743805;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:110:111:28:27:0.195652:16:12:47:63:15:12:47:64 chr6 57467084 . A G 70.87 PASS AF=0.126984;AO=15;DP=125;FAO=16;FDP=126;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=64;FWDB=-0.0195674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.548;QD=2.24991;RBI=0.0196458;REFB=-0.00565161;REVB=-0.00175341;RO=109;SAF=8;SAR=7;SRF=45;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148062;STB=0.571341;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0462957;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:125:126:109:110:15:16:0.126984:7:8:45:64:8:8:46:64 chr6 57467093 . A G 67.55 PASS AF=0.120301;AO=16;DP=133;FAO=16;FDP=133;FR=.;FRO=117;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=0.0114333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.913;QD=2.03165;RBI=0.0189441;REFB=-0.00476194;REVB=0.0151049;RO=116;SAF=8;SAR=8;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150784;STB=0.601382;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0202235;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:133:133:116:117:16:16:0.120301:8:8:44:72:8:8:45:72 chr6 57467100 . G C 572.78 PASS AF=0.448529;AO=59;DP=137;FAO=61;FDP=136;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.00711665;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.182;QD=16.8464;RBI=0.0109686;REFB=-0.0180571;REVB=0.00834644;RO=74;SAF=25;SAR=34;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491357;STB=0.501991;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0254635;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:136:74:75:59:61:0.448529:34:25:31:43:36:25:31:44 chr6 57467107 . C T 66.43 PASS AF=0.115108;AO=16;DP=141;FAO=16;FDP=139;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=73;FWDB=-0.0113381;FXX=0.0141834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.231;QD=1.91162;RBI=0.0518897;REFB=-0.00190653;REVB=-0.0506358;RO=122;SAF=8;SAR=8;SRF=50;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111345;STB=0.582633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0152281;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:141:139:122:123:16:16:0.115108:8:8:50:72:8:8:50:73 chr6 57467175 . A G 246.02 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=115;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0164002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.521;QD=8.55723;RBI=0.0172836;REFB=-0.0105205;REVB=-0.00545499;RO=81;SAF=10;SAR=24;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291433;STB=0.6722;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0385365;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:81:81:34:34:0.295652:24:10:43:38:24:10:43:38 chr6 57512476 . G A 1096.98 PASS AF=0.49115;AO=110;DP=225;FAO=111;FDP=226;FR=.;FRO=115;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=61;FSRR=54;FWDB=-0.00663629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.598;QD=19.4156;RBI=0.0122765;REFB=-0.0134064;REVB=-0.0103282;RO=114;SAF=57;SAR=53;SRF=60;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00753894;STB=0.508619;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0140071;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:114:115:110:111:0.49115:53:57:60:54:54:57:61:54 chr6 57512510 . T G 2235.07 PASS AF=0.745763;AO=175;DP=234;FAO=176;FDP=236;FR=.;FRO=60;FSAF=87;FSAR=89;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00521412;FXX=0.00421923;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.684;QD=37.8826;RBI=0.0325171;REFB=-0.0538321;REVB=0.0320963;RO=59;SAF=85;SAR=90;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00275231;STB=0.501445;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.015821;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:236:59:60:175:176:0.745763:90:85:29:30:89:87:30:30 chr6 57512529 . C A 232.49 PASS AF=0.189189;AO=41;DP=223;FAO=42;FDP=222;FR=.;FRO=180;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=97;FWDB=-0.00739137;FXX=0.0133327;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.089;QD=4.18895;RBI=0.031061;REFB=-0.00443487;REVB=-0.0301687;RO=178;SAF=23;SAR=18;SRF=82;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128652;STB=0.569809;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0164296;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:178:180:41:42:0.189189:18:23:82:96:19:23:83:97 chr6 57512565 . T C 558.6 PASS AF=0.421053;AO=55;DP=145;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=0.035569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.161;QD=14.7001;RBI=0.0367786;REFB=0.00328218;REVB=-0.00935486;RO=88;SAF=13;SAR=42;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210082;STB=0.54429;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00423563;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:152:88:88:55:64:0.421053:42:13:35:53:43:21:35:53 chr6 57512678 . G A 152.09 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00314418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.386;QD=20.9778;RBI=0.019383;REFB=-0.0181834;REVB=-0.0191263;RO=13;SAF=1;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351917;STB=0.705547;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0134885;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:15:1:3:10:15:1:3:10 chr6 58141869 . C T 121.61 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.017896;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.534;QD=7.04964;RBI=0.0186377;REFB=-8.20917e-05;REVB=0.00520571;RO=50;SAF=16;SAR=2;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499156;STB=0.809717;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000576014;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:51:18:18:0.26087:2:16:28:22:2:16:29:22 chr6 58141876 . C T 602.24 PASS AF=0.73913;AO=48;DP=65;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00272213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.913;QD=34.9125;RBI=0.0065612;REFB=-0.00315362;REVB=0.00596987;RO=17;SAF=26;SAR=22;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169533;STB=0.587156;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00228619;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:69:17:18:48:51:0.73913:22:26:15:2:22:29:16:2 chr6 58141878 . A G 111.61 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00593844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.136;QD=6.47025;RBI=0.0328263;REFB=-0.0111842;REVB=-0.0322847;RO=52;SAF=15;SAR=2;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470884;STB=0.799583;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0290843;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:2:15:30:22:2:15:30:22 chr6 58141886 . G C 1007.68 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.704;QD=55.2153;RBI=0.0295255;REFB=-0.0337545;REVB=0.0270279;RO=3;SAF=47;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000418793;STB=0.500222;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0004647;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:3:3:70:70:0.958904:23:47:2:1:23:47:2:1 chr6 58141920 . G C 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=0.0186302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.748;QD=5.15006;RBI=0.0191079;REFB=-0.0118163;REVB=-0.00424622;RO=60;SAF=14;SAR=2;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477897;STB=0.811552;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0559377;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:2:14:33:27:2:14:33:27 chr6 58141935 . T C 30.78 PASS AF=0.114754;AO=6;DP=60;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0215518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7471;QD=2.01845;RBI=0.0449241;REFB=-0.0106646;REVB=-0.0394169;RO=54;SAF=5;SAR=1;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358208;STB=0.815766;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0718526;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:60:61:54:54:6:7:0.114754:1:5:29:25:1:6:29:25 chr6 58141946 . C T 231.78 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0764669;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9067;QD=16.8568;RBI=0.117192;REFB=-0.0265628;REVB=0.0888072;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833033;STB=0.54542;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0439557;OID=.;OPOS=58141946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:29:24:26:0.472727:12:12:17:12:13:13:17:12 chr6 58164635 . T C 127.14 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0326506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4501;QD=11.8273;RBI=0.0350508;REFB=0.0106072;REVB=0.0127476;RO=28;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240863;STB=0.514266;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.0301838;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:12:3:6:22:12:3:6:22 chr6 58182701 . C T 230.49 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0242814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.909;QD=10.5973;RBI=0.0263604;REFB=-0.018019;REVB=-0.0102609;RO=58;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257477;STB=0.649856;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0338552;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:58:58:29:29:0.333333:10:19:25:33:10:19:25:33 chr6 58196684 . G A 459.66 PASS AF=0.864865;AO=32;DP=37;FAO=32;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0524743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.846;QD=49.6934;RBI=0.0538963;REFB=0.00601126;REVB=-0.0122986;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.514277;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.000223287;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:37:37:1:3:32:32:0.864865:16:16:0:1:16:16:2:1 chr6 61944740 . C A 166.6 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0151693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3572;QD=31.733;RBI=0.0466159;REFB=-0.0242364;REVB=-0.0440787;RO=5;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135303;STB=0.575066;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00288348;OID=.;OPOS=61944740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:5:5:16:16:0.761905:11:5:3:2:11:5:3:2 chr6 62282965 . C T 442.2 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.050288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9516;QD=16.2274;RBI=0.0503375;REFB=-0.00540495;REVB=-0.00223035;RO=60;SAF=22;SAR=27;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175665;STB=0.509815;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00543255;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:60:60:49:49:0.449541:27:22:28:32:27:22:28:32 chr6 62283016 . T G 171.43 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00317267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.468;QD=12.4675;RBI=0.0162432;REFB=-0.00708898;REVB=0.0159304;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200159;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101267;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:34:20:21:0.381818:12:8:13:21:13:8:13:21 chr6 62284247 . T G 279.29 PASS AF=0.301587;AO=37;DP=124;FAO=38;FDP=126;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0196789;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7553;QD=8.86623;RBI=0.0336288;REFB=-0.00218898;REVB=-0.0272697;RO=86;SAF=13;SAR=24;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127175;STB=0.582629;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00380339;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:86:88:37:38:0.301587:24:13:39:47:25:13:40:48 chr6 62284356 . CA C 405.05 PASS AF=0.568421;AO=52;DP=96;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0581946;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.9629;QD=17.0549;RBI=0.060569;REFB=0.0188641;REVB=-0.0167924;RO=41;SAF=19;SAR=33;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625626;STB=0.531238;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=-0.0130402;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568421:52:96:54:95:41:20:34:18:23:99:41:19:33:18:23 chr6 62284487 . C T 365.72 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0260126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.625;QD=12.6109;RBI=0.0465512;REFB=-0.0114323;REVB=-0.0386052;RO=71;SAF=29;SAR=15;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629651;STB=0.532436;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0266073;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:71:72:44:44:0.37931:15:29:43:28:15:29:44:28 chr6 62284512 . T C 1549.25 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.856;QD=63.8864;RBI=0.017888;REFB=0;REVB=0.0135831;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06312e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:40:57:0:0:40:57:0:0 chr6 62390916 . T C 426.64 PASS AF=0.373134;AO=50;DP=134;FAO=50;FDP=134;FR=.;FRO=84;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00655254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.238;QD=12.7355;RBI=0.00690527;REFB=-0.0105852;REVB=0.00217876;RO=84;SAF=28;SAR=22;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131265;STB=0.574628;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0177446;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:84:84:50:50:0.373134:22:28:37:47:22:28:37:47 chr6 62442604 . A G 318.38 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0145385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3693;QD=23.1551;RBI=0.0228643;REFB=0.0101346;REVB=0.0176467;RO=22;SAF=16;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336227;STB=0.527256;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00629198;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:23:32:32:0.581818:16:16:10:12:16:16:10:13 chr6 62887099 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0481331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8618;QD=14.3998;RBI=0.0706031;REFB=-0.00561422;REVB=-0.0516527;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165017;STB=0.601263;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00532713;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:34:25:25:0.423729:14:11:20:13:14:11:21:13 chr6 65149185 . T A 884.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3221;QD=57.9836;RBI=0.0691232;REFB=0;REVB=0.0261818;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392695;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr6 65300143 . G C 224.24 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0140467;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.699;QD=25.6268;RBI=0.0597451;REFB=-0.0203553;REVB=0.0580703;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359042;STB=0.519981;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0192945;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:14:14:21:21:0.6:13:8:6:8:13:8:6:8 chr6 65301167 . C T 277.35 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.062978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4304;QD=20.5441;RBI=0.0674001;REFB=-0.0554952;REVB=0.0240113;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105041;STB=0.545424;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.04703;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:17:12:7:17:17:12:8:17 chr6 65301211 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0174744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.227;QD=15.101;RBI=0.0186697;REFB=-0.00224784;REVB=-0.00657277;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161321;STB=0.500917;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00250842;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:17:7:9:22:17:7:9:22 chr6 65301217 . G A 208.21 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0421475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4851;QD=15.1427;RBI=0.0469385;REFB=0.0103748;REVB=-0.0206592;RO=29;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060648;STB=0.500917;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.0213502;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:31:24:24:0.436364:17:7:7:22:17:7:9:22 chr6 65301408 . A G 328.55 PASS AF=0.578947;AO=34;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00609703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.604;QD=23.056;RBI=0.00915972;REFB=-0.0411906;REVB=-0.0068357;RO=23;SAF=23;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554934;STB=0.519469;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0243672;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:24:34:33:0.578947:11:23:14:9:11:22:15:9 chr6 65301504 . A G 454.1 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0169821;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.047;QD=24.8822;RBI=0.0318596;REFB=-0.0354121;REVB=0.0269562;RO=29;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889426;STB=0.555248;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0184938;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:43:43:0.589041:20:23:12:17:20:23:12:18 chr6 65301679 . T C 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.023723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2222;QD=10.0763;RBI=0.0245549;REFB=-0.0160133;REVB=-0.00633723;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0630894;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:6:8:3:5:6:8 chr6 65301734 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0213378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.952;QD=13.459;RBI=0.021575;REFB=-0.00507139;REVB=-0.00319031;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594367;STB=0.503468;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0100449;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:11:5:8:18:11:5:8:18 chr6 65301787 . G C 159.47 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.056232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9176;QD=10.125;RBI=0.0638417;REFB=-0.00134683;REVB=0.0302279;RO=42;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1738;STB=0.587568;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00393299;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:42:42:20:21:0.333333:12:8:11:31:13:8:11:31 chr6 65301824 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0121631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.887;QD=8.6872;RBI=0.0128902;REFB=0.00147862;REVB=0.0042682;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13998;STB=0.582848;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00290751;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:11:6:10:30:11:6:10:30 chr6 65301854 . G A 115.15 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0253311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2163;QD=10.7115;RBI=0.0289345;REFB=-0.00707747;REVB=0.0139836;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901787;STB=0.535006;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0164269;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:9:5:8:20:9:5:9:20 chr6 65303100 . T C 213.68 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0107846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7437;QD=20.8463;RBI=0.0110923;REFB=-0.0338144;REVB=0.00259443;RO=20;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658307;STB=0.537154;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0521173;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:15:6:7:13:15:6:7:13 chr6 66005888 . C T 1330.86 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0156053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.793;QD=59.8139;RBI=0.0272162;REFB=0.108159;REVB=-0.0222979;RO=2;SAF=33;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017225;STB=0.509089;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00123267;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:54:33:0:2:54:33:0:2 chr6 66005970 . G A 729.42 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.719;QD=57.209;RBI=0.0449923;REFB=0;REVB=-0.0154883;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4212e-05;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:29:22:0:0 chr6 66044927 . T C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00292073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.575;QD=13.5805;RBI=0.0134963;REFB=-0.0307912;REVB=0.0131764;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570636;STB=0.533294;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0449817;OID=.;OPOS=66044927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:7:10:15:13:7:10:15:13 chr6 66063513 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.435;QD=39.2068;RBI=0.0265226;REFB=0;REVB=-0.00608327;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167577;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 66112409 . A G 780.82 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9987;QD=54.7941;RBI=0.0417446;REFB=-0.0355263;REVB=0.0306122;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128982;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:57:0:0:54:57:1:24:30:0:0:26:31:0:0 chr6 68599166 . A G 558.06 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.0346518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.755;QD=23.0127;RBI=0.0353355;REFB=-0.0116607;REVB=-0.0069174;RO=45;SAF=13;SAR=39;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318284;STB=0.517476;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0106932;OID=.;OPOS=68599166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:45:52:52:0.536082:39:13:10:35:39:13:10:35 chr6 68599169 . A T 533.42 PASS AF=0.56044;AO=48;DP=88;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0176539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.777;QD=23.447;RBI=0.0176656;REFB=-0.0293103;REVB=-0.000642484;RO=40;SAF=12;SAR=36;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869928;STB=0.548407;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.033073;OID=.;OPOS=68599169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:40:40:48:51:0.56044:36:12:7:33:38:13:7:33 chr6 69666684 . A G 669.03 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9403;QD=62.2358;RBI=0.0299095;REFB=0;REVB=-0.0136299;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032303;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:29:13:0:0:30:13:0:0 chr6 70064187 . G A 655.94 PASS AF=0.556522;AO=64;DP=115;FAO=64;FDP=115;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00928662;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7814;QD=22.8153;RBI=0.018664;REFB=-0.0245363;REVB=0.0161896;RO=51;SAF=29;SAR=35;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461152;STB=0.525231;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.017605;OID=.;OPOS=70064187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:51:64:64:0.556522:35:29:26:25:35:29:26:25 chr6 70071173 . G A 76.67 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0324587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.384;QD=12.7779;RBI=0.0685491;REFB=-0.0513577;REVB=-0.0603772;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.666388;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0335903;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:2:12:6:4:2:12 chr6 70423562 . AATTTT AATTTC,AATTT,ATTT 48.26 PASS AF=0,0,0.191489;AO=2,7,6;DP=48;FAO=0,0,9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=0,0,3;FSAR=0,0,6;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0480995,-0.0388643,-0.0366453;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=125.56,12.0139,21.6418;QD=4.10748;RBI=0.0498142,0.0915526,0.0480746;REFB=-0.00029312,-0.0213432,-0.0311855;REVB=-0.0129573,-0.0828942,-0.0311174;RO=30;SAF=2,5,1;SAR=0,2,5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0.302725,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.417034,0.150958,-0.501667;STB=0.5,0.5,0.746171;STBP=1,1,0.124;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.0246652,0.125132;OID=.,.,.;OPOS=70423567,70423564,70423563;OREF=T,T,AT;OALT=C,-,-;OMAPALT=AATTTC,AATTT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.191489:2,7,6:48:0,0,9:47:38:0,0,3:0,0,6:25:13:44:30:2,5,1:0,2,5:18:12 chr6 70812123 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00919922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.356;QD=11.1979;RBI=0.0112246;REFB=0.00105032;REVB=0.00643163;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112953;STB=0.566903;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00287283;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:7:15:7:5:7:15 chr6 70916888 . A C 756.58 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.602;QD=63.0483;RBI=0.0324369;REFB=0;REVB=0.0215088;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675236;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:20:21:0:0:23:25:0:0 chr6 70917559 . A AT,T 357.1 PASS AF=1,0;AO=24,2;DP=30;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488014,0.00956349;FXX=0.0370233;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=61.3446,189.904;QD=54.9386;RBI=0.0631621,0.00986065;REFB=0,0;REVB=0.0400984,0.00240251;RO=4;SAF=12,0;SAR=12,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0658368,-0.687939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000991998,0;OID=.,.;OPOS=70917560,70917559;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:26:4:0:24,2:26,0:1,0:12,2:12,0:3:1:14,0:12,0:0:0 chr6 71012575 . T C 206.68 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0110044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.212;QD=13.553;RBI=0.0160452;REFB=-0.0302676;REVB=-0.0116769;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01783;STB=0.509277;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0404737;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:35:35:24:26:0.42623:10:14:21:14:10:16:21:14 chr6 71236216 . C T 303.02 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0236752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2743;QD=14.6035;RBI=0.0879433;REFB=-0.0131468;REVB=-0.0846966;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861742;STB=0.542144;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0202724;OID=.;OPOS=71236216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:17:17:20:28:17:17:21:28 chr6 71269459 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0182416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.906;QD=12.7241;RBI=0.0182592;REFB=-0.00191434;REVB=0.000801863;RO=36;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199184;STB=0.61394;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00377244;OID=.;OPOS=71269459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:11:12:12:24:11:12:12:24 chr6 71269632 . G A 79.3 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00453105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.934;QD=17.6219;RBI=0.00455677;REFB=-0.00489483;REVB=-0.000483429;RO=8;SAF=0;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.798357;STB=0.812733;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00243533;OID=.;OPOS=71269632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:8:8:9:0.5:8:0:5:3:8:1:5:3 chr6 71289188 . CA TG 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00309461;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.475;QD=8.99487;RBI=0.0306957;REFB=-0.00689602;REVB=-0.0305393;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291009;STB=0.677126;STBP=0.179;TYPE=mnp;VARB=0.0157366;OID=.;OPOS=71289188;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:12:17:4:8:12:17 chr6 71546702 . C T 224.79 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0271089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7176;QD=13.4204;RBI=0.0293471;REFB=0.000602841;REVB=0.0112409;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201611;STB=0.628042;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.000450322;OID=.;OPOS=71546702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:16:11:23:15:16:11:25:15 chr6 71547572 . A T 278.83 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0592998;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.377;QD=13.6015;RBI=0.0594856;REFB=-0.0156651;REVB=-0.00469805;RO=50;SAF=6;SAR=26;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115489;STB=0.566469;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0123671;OID=.;OPOS=71547572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:26:6:13:37:26:6:13:37 chr6 71570404 . CCA C 106.74 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=51;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0061317;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=2;MLLD=33.8312;QD=8.8948;RBI=0.0765287;REFB=-0.028719;REVB=0.0762827;RO=32;SAF=14;SAR=1;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.744401;STB=0.848177;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0416424;OID=.;OPOS=71570405;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:51:20:48:28:16:4:4:24:99:32:14:1:8:24 chr6 71665986 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=10;DP=17;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.93;QD=45.8045;RBI=0.227371;REFB=0;REVB=0.226763;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103541;OID=.;OPOS=71665986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:14:1:0:10:14:1:2:8:0:1:5:9:0:0 chr6 72006512 . T C 195.84 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0921667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.822;QD=25.2697;RBI=0.0922163;REFB=-0.0276063;REVB=-0.00302598;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473502;STB=0.526289;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0231338;OID=.;OPOS=72006512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:15:4:2:10:15:4:2:10 chr6 72889472 . A G 1055.02 PASS AF=0.903614;AO=73;DP=81;FAO=75;FDP=83;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0204796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.235;QD=50.8444;RBI=0.0296993;REFB=-0.0208876;REVB=0.0215089;RO=8;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845617;STB=0.545146;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00344909;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:81:83:8:8:73:75:0.903614:31:42:1:7:31:44:1:7 chr6 72892257 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.738;QD=40.7627;RBI=0.036221;REFB=0;REVB=-0.0128463;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551181;OID=.;OPOS=72892257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr6 73111492 . A G 331.84 PASS AF=0.58;AO=28;DP=48;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00345609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.451;QD=26.5469;RBI=0.0063498;REFB=-0.0120231;REVB=-0.00532686;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129123;STB=0.551688;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00949554;OID=.;OPOS=73111492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:20:21:28:29:0.58:12:16:8:12:13:16:9:12 chr6 73900338 . A G 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0122587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.655;QD=24.5993;RBI=0.0222201;REFB=-0.00843729;REVB=0.0185326;RO=16;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163159;STB=0.590826;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0063328;OID=.;OPOS=73900338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:9:13:6:10:9:13:6:10 chr6 73904189 . A G 662.76 PASS AF=0.7;AO=56;DP=80;FAO=56;FDP=80;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00813211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.616;QD=33.138;RBI=0.0505685;REFB=-0.0604067;REVB=0.0499103;RO=23;SAF=28;SAR=28;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117365;STB=0.512496;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0254396;OID=.;OPOS=73904189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:23:24:56:56:0.7:28:28:11:12:28:28:11:13 chr6 73933501 . G A 477.96 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.000974318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.447;QD=19.7096;RBI=0.00824835;REFB=-0.0186548;REVB=0.0081906;RO=50;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449674;STB=0.524956;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0205597;OID=.;OPOS=73933501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:25:22:21:29:25:22:21:29 chr6 73935135 . G C 371.39 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0337201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8779;QD=22.855;RBI=0.0383506;REFB=-0.0188872;REVB=-0.0182681;RO=27;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692657;STB=0.544664;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0124651;OID=.;OPOS=73935135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:28:37:37:0.569231:20:17:10:17:20:17:10:18 chr6 74019376 . T C 295.65 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0444275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.054;QD=22.3133;RBI=0.0475823;REFB=-0.0364719;REVB=-0.0170373;RO=23;SAF=10;SAR=20;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254411;STB=0.64093;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0267324;OID=.;OPOS=74019376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:20:10:15:8:20:10:15:8 chr6 74073531 . C G 115.25 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0107061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.915;QD=10.7204;RBI=0.0129005;REFB=-0.0123348;REVB=0.00719737;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183495;STB=0.608248;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0506222;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:8:21:8:6:8:21 chr6 74079024 . A G 170.7 PASS AF=0.258065;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=-0.0152841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.538;QD=7.34205;RBI=0.0370283;REFB=-0.00144995;REVB=-0.0337267;RO=67;SAF=12;SAR=12;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00911132;STB=0.505372;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00367702;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:67:69:24:24:0.258065:12:12:34:33:12:12:34:35 chr6 74079041 . A C 1494.95 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456409;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2827;QD=63.6148;RBI=0.0827019;REFB=0;REVB=0.0825759;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586311;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:51:43:0:0:51:43:0:0 chr6 74079464 . C T 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00475367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.632;QD=12.0486;RBI=0.022365;REFB=-0.00811044;REVB=-0.021854;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274631;STB=0.666262;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0299476;OID=.;OPOS=74079464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:2:7:7:6:2:7:7:6 chr6 74125875 . A G 165.08 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.047566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.089;QD=14.0495;RBI=0.0491624;REFB=-0.0161755;REVB=-0.0124267;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240428;STB=0.638156;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0182406;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:8:21:9:9:8:21 chr6 74125888 . A G 140.93 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0272285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.54;QD=13.7489;RBI=0.0399467;REFB=-0.0037113;REVB=-0.0292292;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346087;STB=0.706636;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00908216;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:9:6:3:22:9:7:3:22 chr6 74135016 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000212724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3057;QD=55.6536;RBI=0.00254153;REFB=0;REVB=-0.00253261;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.3398e-05;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 74155346 . G T 336.29 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.031705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.558;QD=19.7817;RBI=0.0354313;REFB=-0.00783677;REVB=-0.0158167;RO=33;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272727;STB=0.515143;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.012444;OID=.;OPOS=74155346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:18:17:15:18:18:17:15:18 chr6 74161801 . G T 714.59 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0638904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6745;QD=60.8163;RBI=0.0700933;REFB=-0.0884156;REVB=0.0288286;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00351598;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:0:1 chr6 74331619 . C T 213.43 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0357745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.621;QD=16.108;RBI=0.0366795;REFB=-0.0100336;REVB=-0.00809772;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311821;STB=0.51767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00927522;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:13:16:14:10:13:16 chr6 74354175 . C T 742.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0352714;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9894;QD=57.1082;RBI=0.049179;REFB=0;REVB=-0.034271;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.67057e-05;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr6 74466377 . C T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.028;QD=55.0899;RBI=0.0154753;REFB=0;REVB=0.0125813;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170209;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 74493432 . A C 309.12 PASS AF=0.365385;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=104;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=21;FWDB=-0.014093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.355;QD=11.8892;RBI=0.0162464;REFB=-0.00748708;REVB=-0.00808293;RO=65;SAF=18;SAR=20;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240125;STB=0.630566;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0196354;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:65:66:38:38:0.365385:20:18:45:20:20:18:45:21 chr6 74497009 . A G 203.43 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00835159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.531;QD=14.2757;RBI=0.102074;REFB=-0.0106151;REVB=0.101732;RO=32;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095895;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0149128;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:33:23:24:0.421053:10:13:21:11:10:14:21:12 chr6 74497152 . G A 210.51 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0163797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.051;QD=26.3133;RBI=0.0168469;REFB=-0.0297998;REVB=-0.0039399;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188271;STB=0.620896;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0101841;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:11:12:20:20:0.625:13:7:7:4:13:7:8:4 chr6 74521947 . C T 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0172845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.382;QD=25.0396;RBI=0.0239764;REFB=0.000594799;REVB=-0.0166167;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126735;STB=0.507037;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00066594;OID=.;OPOS=74521947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:12:8:10:16:12:8 chr6 74533192 . T G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.924;QD=57.1995;RBI=0.0390057;REFB=0;REVB=0.0309004;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561853;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr6 75797302 . C T 833.86 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1731;QD=57.5079;RBI=0.0770976;REFB=0;REVB=0.051498;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930971;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr6 75799842 . T C 121.44 PASS AF=0.232558;AO=14;DP=80;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.0357928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.436;QD=5.64839;RBI=0.0357928;REFB=-0.00447172;REVB=8.4376e-06;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368539;STB=0.643696;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0134095;OID=.;OPOS=75799842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:65:66:14:20:0.232558:8:6:26:39:8:12:27:39 chr6 75841722 . A T 1448.16 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0233415;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.584;QD=60.9751;RBI=0.0329984;REFB=-0.0670875;REVB=0.0233253;RO=1;SAF=55;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854286;STB=0.508927;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000264795;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:95:1:2:93:93:0.978947:38:55:1:0:38:55:2:0 chr6 76138146 . C CAG 428.53 PASS AF=0.5;AO=42;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0010528;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.26;QD=19.9314;RBI=0.0135628;REFB=-0.0155634;REVB=0.0135219;RO=43;SAF=17;SAR=25;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161146;STB=0.593435;STBP=0.104;TYPE=ins;VARB=0.0169788;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:42:86:43:86:43:17:26:25:18:99:43:17:25:25:18 chr6 76312315 . C T 96.18 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0241575;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.024;QD=13.2658;RBI=0.0267372;REFB=-0.0247993;REVB=0.0114583;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304135;STB=0.683863;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0370931;OID=.;OPOS=76312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:29:16:18:11:11:0.37931:8:3:9:7:8:3:10:8 chr6 76344431 . C T 183.08 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0276913;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.091;QD=24.411;RBI=0.0574923;REFB=-0.000955104;REVB=-0.0503841;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207715;STB=0.511615;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000126277;OID=.;OPOS=76344431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:12:12:18:18:0.6:11:7:5:7:11:7:5:7 chr6 76369054 . A G 363.74 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00129023;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.569;QD=20.7852;RBI=0.0290549;REFB=-0.0155385;REVB=0.0290263;RO=33;SAF=17;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564689;STB=0.531233;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0124907;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:20:17:13:20:20:17:13:20 chr6 76425594 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.782;QD=53.9112;RBI=0.0619765;REFB=0;REVB=0.0116139;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019212;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr6 76564953 . A G 216.33 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00349698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.84;QD=11.0941;RBI=0.0240779;REFB=-0.0156401;REVB=0.0238226;RO=51;SAF=12;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296842;STB=0.517229;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0272609;OID=.;OPOS=76564953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:15:12:24:27:15:12:24:27 chr6 76625079 . T C 338.14 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00369878;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.102;QD=22.9246;RBI=0.00577362;REFB=0.00669111;REVB=-0.00443325;RO=24;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160266;STB=0.579953;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00549198;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:20:14:15:9:20:14:15:10 chr6 76631823 . C T 194.76 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0416346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.959;QD=25.1304;RBI=0.0476951;REFB=-0.0292456;REVB=0.0232676;RO=12;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140939;STB=0.563073;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0220083;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:7:11:5:7:8:11:5:7 chr6 76640781 . C T 388.04 PASS AF=0.326797;AO=50;DP=153;FAO=50;FDP=153;FR=.;FRO=103;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.024884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9434;QD=10.1448;RBI=0.0295787;REFB=-0.012834;REVB=0.0159902;RO=101;SAF=16;SAR=34;SRF=60;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317152;STB=0.677078;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0293961;OID=.;OPOS=76640781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:101:103:50:50:0.326797:34:16:60:41:34:16:60:43 chr6 76660397 . T C 230.24 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0228886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7016;QD=46.0475;RBI=0.0299619;REFB=-0.0019868;REVB=0.0193346;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00427729;OID=.;OPOS=76660397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr6 76660551 . G C 789.42 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168101;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6261;QD=64.4422;RBI=0.0563628;REFB=0;REVB=0.0537976;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5934e-05;OID=.;OPOS=76660551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr6 78172992 . G A 422.74 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0193566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.326;QD=20.8762;RBI=0.0302918;REFB=-0.0313227;REVB=0.0233005;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248544;STB=0.507072;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0260344;OID=.;OPOS=78172992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:39:42:42:0.518519:20:22:21:17:20:22:21:18 chr6 79595097 . A G 198.83 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0181504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.173;QD=26.5107;RBI=0.0259387;REFB=-0.0289041;REVB=0.0185305;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289752;STB=0.5333;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0197143;OID=.;OPOS=79595097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:30:10:10:18:20:0.666667:8:10:6:4:10:10:6:4 chr6 79595167 . A ACTTAT 196.84 PASS AF=0.782609;AO=16;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0226044;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=219.927;QD=34.2332;RBI=0.0282056;REFB=-0.0157637;REVB=0.01687;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702821;STB=0.533943;STBP=0.558;TYPE=ins;VARB=0.00327051;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.782609:16:23:18:23:5:8:10:3:2:27:5:7:9:3:2 chr6 79612744 . CA C 292.15 PASS AF=0.606557;AO=34;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.036462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.9588;QD=19.1571;RBI=0.0951205;REFB=0.0110145;REVB=0.0878547;RO=24;SAF=22;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147538;STB=0.566053;STBP=0.225;TYPE=del;VARB=-0.00401347;OID=.;OPOS=79612745;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606557:34:61:37:61:24:23:14:11:13:99:24:22:12:11:13 chr6 79612800 . G A 141.91 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00936923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.41;QD=9.62114;RBI=0.012959;REFB=-0.0142571;REVB=0.00895289;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222534;STB=0.635589;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0463118;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:40:19:19:0.322034:11:8:23:14:11:8:25:15 chr6 79656562 . A T 484.29 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00596665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.634;QD=23.6237;RBI=0.0113474;REFB=-0.0432305;REVB=0.00965204;RO=35;SAF=20;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040544;STB=0.516641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0137259;OID=.;OPOS=79656562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:26:20:17:18:26:20:17:19 chr6 79656570 . G A 400.29 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00603229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9271;QD=21.3486;RBI=0.0126773;REFB=0.0222767;REVB=-0.0111502;RO=33;SAF=18;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376139;STB=0.510116;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.019581;OID=.;OPOS=79656570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:33:35:40:40:0.533333:22:18:15:18:22:18:15:20 chr6 79657391 . G A 211.46 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0021622;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.041;QD=14.0976;RBI=0.0353328;REFB=-0.0114869;REVB=-0.0352665;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144464;STB=0.59329;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0165224;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:35:25:25:0.416667:11:14:25:11:11:14:25:10 chr6 79675701 . A G 257.08 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00327051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6259;QD=16.0672;RBI=0.0280159;REFB=0.00420745;REVB=0.0278243;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365264;STB=0.520593;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0043971;OID=.;OPOS=79675701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:16:13:17:18:16:13:17:18 chr6 79679577 . A G 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00397109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.112;QD=16.8236;RBI=0.00534159;REFB=-0.0192024;REVB=-0.00357253;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191106;STB=0.60927;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0222478;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:16:12:13:8:16:12 chr6 79708000 . A C 859.41 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9023;QD=54.5655;RBI=0.0203871;REFB=-0.00836415;REVB=-0.00537489;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513154;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0012703;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:61:61:0.968254:24:37:0:0:24:37:2:0 chr6 79918309 . G A 713.35 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.287292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5258;QD=51.8798;RBI=0.288172;REFB=0;REVB=0.0225055;RO=6;SAF=17;SAR=31;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0066312;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:6:0:48:55:1:31:17:6:0:32:23:0:0 chr6 80196498 . T C 211.53 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0155464;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7671;QD=18.8024;RBI=0.0278849;REFB=0.00751905;REVB=0.023149;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959819;STB=0.55432;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00722095;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:15:9:10:11:15:9 chr6 80196848 . C T 121.54 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0133242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.138;QD=15.1926;RBI=0.040055;REFB=-0.000704587;REVB=-0.0377739;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395996;STB=0.522903;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00120033;OID=.;OPOS=80196848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:7:11:8:6:7:11 chr6 80228535 . T G 496.93 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=-0.010914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.669;QD=12.3462;RBI=0.0116662;REFB=-0.00731942;REVB=-0.0041212;RO=100;SAF=30;SAR=30;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.01436;OID=.;OPOS=80228535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:100:101:60:60:0.372671:30:30:50:50:30:30:50:51 chr6 80228541 . A G 2432.99 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=162;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.311;QD=59.7053;RBI=0.0368948;REFB=-0.0994717;REVB=0.0332095;RO=1;SAF=79;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598499;STB=0.506172;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000219227;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:163:1:2:160:161:0.98773:81:79:1:0:81:80:2:0 chr6 80513565 . G GCTCTCTGATATGCCATC 177.18 PASS AF=0.403846;AO=18;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00536673;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=17;MLLD=508.267;QD=13.6294;RBI=0.0166473;REFB=-0.0112214;REVB=-0.0157586;RO=31;SAF=16;SAR=2;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463671;STB=0.727018;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.0155701;OID=.;OPOS=80513566;OREF=-;OALT=CTCTCTGATATGCCATC;OMAPALT=GCTCTCTGATATGCCATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.403846:18:53:21:52:31:18:3:18:13:99:31:16:2:18:13 chr6 80513614 . G A 253.5 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.000401123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5324;QD=17.4825;RBI=0.00644959;REFB=-0.0107351;REVB=0.00643711;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127236;STB=0.571378;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0345822;OID=.;OPOS=80513614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:13:17:12:16:13:17 chr6 80580038 . T G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.92;QD=57.3853;RBI=0.0452491;REFB=0;REVB=0.0234634;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214554;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr6 80626375 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0144361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4273;QD=14.7422;RBI=0.0290995;REFB=-0.0159548;REVB=0.0252662;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550525;STB=0.542324;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0221051;OID=.;OPOS=80626375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:9:8:10:14:9:8:10:15 chr6 80715838 . T G 987.74 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.249;QD=58.9694;RBI=0.0402531;REFB=0;REVB=0.0390614;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96402e-05;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:30:34:0:0:31:36:0:0 chr6 80741243 . A T 813.71 PASS AF=0.352113;AO=98;DP=280;FAO=100;FDP=284;FR=.;FRO=184;FSAF=38;FSAR=62;FSRF=85;FSRR=99;FWDB=-0.000490954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.192;QD=11.4607;RBI=0.0146203;REFB=-0.00607463;REVB=0.014612;RO=181;SAF=37;SAR=61;SRF=84;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101807;STB=0.554849;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0111676;OID=.;OPOS=80741243;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:284:181:184:98:100:0.352113:61:37:84:97:62:38:85:99 chr6 80749972 . A C 237.25 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0153647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.39;QD=11.4335;RBI=0.0201677;REFB=-0.00834059;REVB=0.0130638;RO=54;SAF=10;SAR=19;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970091;STB=0.556305;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0122035;OID=.;OPOS=80749972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:19:10:23:31:19:10:23:31 chr6 80837253 . G T 236.91 PASS AF=0.807692;AO=11;DP=22;FAO=21;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0572806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7061;QD=36.4478;RBI=0.162423;REFB=-0.180989;REVB=0.151988;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680141;STB=0.503872;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0683845;OID=.;OPOS=80837253;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:22:26:4:5:11:21:0.807692:4:7:2:2:13:8:2:3 chr6 82457147 . C G 123.81 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.000903219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.755;QD=10.3178;RBI=0.0494634;REFB=-0.0125243;REVB=-0.0494551;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115902;STB=0.593102;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0200167;OID=.;OPOS=82457147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:8:6:11:22:8:7:11:22 chr6 82461874 . C A 52.93 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.104816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0702;QD=7.30004;RBI=0.109907;REFB=-0.019906;REVB=-0.0330606;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199028;STB=0.608422;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0797189;OID=.;OPOS=82461874;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:29:20:21:8:8:0.275862:3:5:9:11:3:5:10:11 chr6 83075914 . G A 349.04 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037979;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.57;QD=55.8462;RBI=0.0415577;REFB=0;REVB=0.0168711;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882508;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr6 83076791 . T C 1006.72 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0237292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3846;QD=55.163;RBI=0.0409137;REFB=-0.1289;REVB=0.0333295;RO=1;SAF=31;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015007;STB=0.52307;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00347161;OID=.;OPOS=83076791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:73:1:3:70:70:0.958904:39:31:1:0:39:31:3:0 chr6 83078575 . T C 175.97 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9131;QD=46.9259;RBI=0.140603;REFB=0;REVB=0.00118456;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641772;OID=.;OPOS=83078575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:7:6:0:0:7:8:0:0 chr6 83080386 . C CTTTG,G 371.66 PASS AF=0.48,0.0666667;AO=31,3;DP=74;FAO=36,5;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21,2;FSAR=15,3;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0113117,-0.0350503;FXX=0.0131562;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=197.373,57.8523;QD=19.822;RBI=0.0124051,0.0385876;REFB=-0.00014641,-0.00724928;REVB=0.00509256,-0.0161393;RO=36;SAF=19,1;SAR=12,2;SRF=22;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00180422,-0.271844;STB=0.512188,0.635831;STBP=0.862,0.524;TYPE=ins,snp;VARB=0.00215558,-0.00798601;OID=.,.;OPOS=83080387,83080386;OREF=-,C;OALT=TTTG,G;OMAPALT=CTTTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:34:31,3:36,5:0.48,0.0666667:12,2:19,1:22:14:15,3:21,2:19:15 chr6 83850049 . A T 192.9 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0547128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5624;QD=14.8385;RBI=0.0547949;REFB=0.012778;REVB=-0.00299902;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244127;STB=0.526292;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.013497;OID=.;OPOS=83850049;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:30:21:22:0.423077:10:11:15:15:10:12:15:15 chr6 83880167 . C T 174.35 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0199977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5587;QD=9.82256;RBI=0.0201529;REFB=0.010113;REVB=0.00249623;RO=47;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151398;STB=0.583708;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0259901;OID=.;OPOS=83880167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:48:23:23:0.323944:16:7:20:27:16:7:20:28 chr6 83881740 . T C 52.49 PASS AF=0.32;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0634027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5378;QD=8.39769;RBI=0.140381;REFB=-0.0515501;REVB=-0.125248;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.679182;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.101448;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:23:25:15:17:8:8:0.32:3:5:6:9:3:5:6:11 chr6 83900923 . A T 286.69 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00239553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.785;QD=13.3345;RBI=0.0163328;REFB=-0.00162119;REVB=-0.0161562;RO=51;SAF=19;SAR=14;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289839;STB=0.529646;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00269901;OID=.;OPOS=83900923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:53:33:33:0.383721:14:19:28:23:14:19:28:25 chr6 84233831 . G A 54.82 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.1157;QD=31.3261;RBI=0.108707;REFB=0;REVB=0.103624;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072953;OID=.;OPOS=84233831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:1:0:6:7:1:1:5:0:1:2:5:0:0 chr6 84234144 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0104061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.858;QD=21.7444;RBI=0.0208144;REFB=0.00106438;REVB=0.0180264;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780516;STB=0.543983;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000466335;OID=.;OPOS=84234144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:4:7:8:7:4:7 chr6 84300997 . A G 645.76 PASS AF=0.396739;AO=73;DP=184;FAO=73;FDP=184;FR=.;FRO=111;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=58;FSRR=53;FWDB=0.00516372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.784;QD=14.0383;RBI=0.0296143;REFB=-0.0271898;REVB=0.0291606;RO=110;SAF=43;SAR=30;SRF=58;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671815;STB=0.540828;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0426091;OID=.;OPOS=84300997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:110:111:73:73:0.396739:30:43:58:52:30:43:58:53 chr6 84303342 . T C,G 808.68 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=54,5;DP=59;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=38,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00486963,-0.00421712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.331,110.763;QD=53.912;RBI=0.0286747,0.00654687;REFB=-0.000528267,-0.0896319;REVB=0.0282582,0.00500773;RO=0;SAF=17,3;SAR=37,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.08382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00282059,0.0854396;OID=.,.;OPOS=84303342,84303342;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:59:60:0:0:54,5:56,4:0.933333,0.0666667:37,2:17,3:0:0:38,2:18,2:0:0 chr6 84799185 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00710838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.316;QD=14.7018;RBI=0.014702;REFB=-0.0104204;REVB=0.0128693;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.599822;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0154891;OID=.;OPOS=84799185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:9:3:6:8:9:3:6:9 chr6 85473758 . C T 358.94 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00464209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.213;QD=25.189;RBI=0.0269182;REFB=-0.0278341;REVB=0.0265149;RO=21;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782351;STB=0.534117;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0148903;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:22:35:35:0.614035:16:19:9:12:16:19:10:12 chr6 86303091 . G A 753.66 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.855;QD=56.8802;RBI=0.0843159;REFB=0;REVB=-0.0186094;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710167;OID=.;OPOS=86303091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr6 86445651 . A G 888.84 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921044;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6004;QD=58.2848;RBI=0.0959041;REFB=0;REVB=0.0267278;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119013;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr6 86445706 . C T 673.65 PASS AF=0.98;AO=47;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183004;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0333;QD=53.8923;RBI=0.1047;REFB=-0.105387;REVB=0.103089;RO=2;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426994;STB=0.510634;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00317886;OID=.;OPOS=86445706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:2:1:47:49:0.98:21:26:0:2:23:26:0:1 chr6 87796233 . G A 58.73 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0378214;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.793;QD=26.1023;RBI=0.0671093;REFB=-0.0537069;REVB=0.0554365;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144764;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0158775;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:9:2:2:6:7:0.777778:5:1:0:2:6:1:0:2 chr6 87965528 . T C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00788054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.494;QD=21.377;RBI=0.0184581;REFB=-0.0115408;REVB=-0.0166913;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965742;STB=0.554216;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0110985;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:12:10:13:10:12:10 chr6 87968565 . A G 159.51 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0169818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.164;QD=17.7237;RBI=0.0170862;REFB=-0.0170922;REVB=-0.00188584;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0297284;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:11:8:10:7:11:8 chr6 87969737 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00501976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.086;QD=12.0157;RBI=0.00592169;REFB=0.00360132;REVB=-0.00314142;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465896;STB=0.76859;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.00612473;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:0:7:3:3:0:7 chr6 87970301 . C G 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0840381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.416;QD=14.6479;RBI=0.0854522;REFB=-0.0325903;REVB=0.0154815;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0290166;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr6 87994015 . A G 83.56 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0817511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1138;QD=20.8911;RBI=0.0972898;REFB=-0.0124912;REVB=0.0527453;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123424;STB=0.571275;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0160806;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:2:4:8:2:2:4 chr6 87994572 . G A 228.89 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=30;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0960749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4656;QD=29.5343;RBI=0.0960755;REFB=-0.0266863;REVB=-0.000353991;RO=10;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411521;STB=0.534852;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.02186;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:31:10:10:20:21:0.677419:15:5:2:8:15:6:2:8 chr6 88108048 . AGAT A,AGAA 156.61 PASS AF=0.441176,0.0588235;AO=15,2;DP=35;FAO=15,2;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=1,1;FSAR=14,1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0490483,-0.0717914;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=171.573,100.063;QD=18.4245;RBI=0.0520856,0.0719804;REFB=-0.0136837,0.00135501;REVB=0.0175264,0.00521243;RO=17;SAF=1,1;SAR=14,1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.540409,0.0882671;STB=0.822958,0.578183;STBP=0.01,0.857;TYPE=del,snp;VARB=0.013879,-0.0604942;OID=.,.;OPOS=88108049,88108051;OREF=GAT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176,0.0588235:15,2:35:15,2:34:17:1,1:14,1:7:10:99:17:1,1:14,1:7:10 chr6 88136324 . C T 256.33 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0179862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.322;QD=13.491;RBI=0.0194809;REFB=-0.0187836;REVB=0.00748366;RO=46;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230445;STB=0.513149;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0339555;OID=.;OPOS=88136324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:15:15:22:24:15:15:22:24 chr6 88221892 . T G 373.13 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0127591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.488;QD=23.6905;RBI=0.0127697;REFB=-0.0320762;REVB=0.000522366;RO=24;SAF=16;SAR=21;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042271;STB=0.503935;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0213975;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:26:37:37:0.587302:21:16:9:15:21:16:11:15 chr6 88224164 . T C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0140131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.943;QD=28.1412;RBI=0.0175182;REFB=0.000751332;REVB=0.0105128;RO=7;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820924;STB=0.5454;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.000213885;OID=.;OPOS=88224164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:12:4:1:6:12:4:1:6 chr6 88315741 . TA T 365.99 PASS AF=0.553846;AO=67;DP=132;FAO=72;FDP=130;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0223864;FXX=0.0151504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2647;QD=11.2613;RBI=0.0224553;REFB=-0.00178058;REVB=-0.00175801;RO=55;SAF=26;SAR=41;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025935;STB=0.501319;STBP=0.985;TYPE=del;VARB=0.0175474;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553846:67:132:72:130:58:30:42:24:34:99:55:26:41:23:32 chr6 88366708 . C T 906.61 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.929;QD=56.6628;RBI=0.0447696;REFB=-0.133367;REVB=0.0371007;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000798416;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr6 89424010 . G C 281.38 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0308981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3923;QD=19.4054;RBI=0.0544872;REFB=0.0126552;REVB=-0.0448795;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179438;STB=0.599933;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.016256;OID=.;OPOS=89424010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:18:12:17:11:18:12:17:11 chr6 89676206 . T G 214.47 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0177824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5796;QD=21.4466;RBI=0.0268328;REFB=0.0120357;REVB=-0.0200944;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386554;STB=0.521718;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0123073;OID=.;OPOS=89676206;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:10:9:9:12:10:9 chr6 89793894 . G C 739.63 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=338.572;QD=62.9471;RBI=0.0303387;REFB=0;REVB=0.0199591;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01076e-05;OID=.;OPOS=89793894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr6 89806689 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.088114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.657;QD=60.9782;RBI=0.0983269;REFB=0;REVB=0.043636;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010111;OID=.;OPOS=89806689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr6 89806992 . A C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.336;QD=60.6089;RBI=0.0273768;REFB=0;REVB=-0.0150279;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68077e-05;OID=.;OPOS=89806992;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr6 89888744 . C T 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3748;QD=62.6673;RBI=0.0373981;REFB=0;REVB=0.0150148;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022877;OID=.;OPOS=89888744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr6 89907873 . G A 1748.9 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.439;QD=60.8312;RBI=0.0255197;REFB=0;REVB=0.0165144;RO=0;SAF=43;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05961e-05;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:72:43:0:0:72:43:0:0 chr6 89913209 . C T 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.941;QD=63.5766;RBI=0.0454822;REFB=0;REVB=0.0311777;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.86119e-06;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr6 89913218 . T A 673.4 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301692;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0763;QD=59.8577;RBI=0.0363113;REFB=-0.121449;REVB=0.0202072;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446823;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00362196;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:2:1:44:44:0.977778:20:24:0:2:20:24:0:1 chr6 89981413 . T C 300.7 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0292151;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4097;QD=30.0703;RBI=0.0328086;REFB=-0.0220824;REVB=-0.0149292;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130155;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:13:13:7:7:13:13:7:7 chr6 90039670 . G C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0111775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.235;QD=8.89977;RBI=0.0160859;REFB=-0.00498203;REVB=-0.011568;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37212;STB=0.732088;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00988708;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:9:2:12:14:9:2:12:14 chr6 90042914 . T C 171.63 PASS AF=0.381818;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0075594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.168;QD=12.4821;RBI=0.00984672;REFB=-0.0160553;REVB=-0.00630978;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162605;STB=0.514717;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0307587;OID=.;OPOS=90042914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:20:21:0.381818:10:10:17:16:11:10:17:17 chr6 90315789 . A G 505.39 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326499;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.683;QD=59.4575;RBI=0.0333194;REFB=0;REVB=-0.00664556;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010656;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr6 90326360 . C T 822.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.761;QD=56.7408;RBI=0.0279533;REFB=0;REVB=-0.027171;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96109e-06;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:24:34:0:0 chr6 90327873 . G A 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.54;QD=59.1412;RBI=0.0789056;REFB=0;REVB=0.0729506;RO=0;SAF=14;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812184;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:53:14:0:0:53:14:0:0 chr6 90333599 . A G 506.47 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.084495;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.532;QD=59.5842;RBI=0.0908609;REFB=0;REVB=0.033411;RO=1;SAF=6;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113733;OID=.;OPOS=90333599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:27:6:1:0:27:7:0:0 chr6 90340276 . G A 472.01 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0297926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.424;QD=55.5302;RBI=0.0300292;REFB=-0.114761;REVB=-0.00376202;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00180555;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:0:1:12:21:0:1 chr6 90368489 . TC T,TT 30.31 PASS AF=0.2,0.05;AO=9,2;DP=40;FAO=8,2;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=7,2;FSAR=1,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0221525,0.00164304;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.5493,31.2416;QD=3.03134;RBI=0.027375,0.0487366;REFB=-0.0780456,-0.0388249;REVB=0.0160828,0.0487089;RO=28;SAF=8,2;SAR=1,0;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.551964,0.482752;STB=0.834893,0.994733;STBP=0.061,0.169;TYPE=del,snp;VARB=0.130243,-0.0162634;OID=.,.;OPOS=90368490,90368490;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2,0.05:9,2:40:8,2:40:30:7,2:1,0:15:15:21:28:8,2:1,0:13:15 chr6 90371202 . G A 1527.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.842;QD=63.6536;RBI=0.0292089;REFB=0;REVB=-0.00420788;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116054;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:49:45:0:0:49:47:0:0 chr6 90390442 . G GA 185.84 PASS AF=1;AO=6;DP=28;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981433;FXX=0.428418;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.4699;QD=46.4613;RBI=0.098175;REFB=0;REVB=0.00249678;RO=22;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.719292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0127248;OID=.;OPOS=90390443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:28:16:16:0:16:0:0:0:3:22:6:0:10:12 chr6 90390443 . CGC ACG,AGC 240.93 PASS AF=0.0714286,0.714286;AO=2,19;DP=28;FAO=2,20;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=2,8;FSAR=0,12;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0415724,-0.0304481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=23.3139,110.592;QD=34.4179;RBI=0.0894221,0.0480849;REFB=-0.0511066,-0.154786;REVB=0.079171,0.0372165;RO=6;SAF=2,8;SAR=0,11;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.248595;STB=0.5,0.63623;STBP=1,0.016;TYPE=mnp,snp;VARB=0.164455,0.00700585;OID=.,.;OPOS=90390443,90390443;OREF=CGC,C;OALT=ACG,A;OMAPALT=ACG,AGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:28:28:6:6:2,19:2,20:0.0714286,0.714286:0,11:2,8:6:0:0,12:2,8:6:0 chr6 90402482 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.793;QD=62.9826;RBI=0.0505597;REFB=0;REVB=0.0463472;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197222;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr6 90402840 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.223;QD=43.4861;RBI=0.0594205;REFB=0;REVB=-0.0204176;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624045;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr6 90408742 . C T 464.72 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.899;QD=58.0894;RBI=0.0353926;REFB=0;REVB=0.0300969;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86343e-05;OID=.;OPOS=90408742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:14:15:0:0:16:16:0:0 chr6 90418262 . C T 1438.41 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.989;QD=61.8673;RBI=0.0349821;REFB=-0.0882936;REVB=0.030167;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000160794;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:44:48:0:0:44:48:0:1 chr6 90448092 . C T 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.891;QD=63.2852;RBI=0.0189096;REFB=0;REVB=0.00330038;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107387;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr6 90455084 . A G 809.86 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.46;QD=55.8526;RBI=0.113642;REFB=-0.0460758;REVB=0.0118438;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008294;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:56:58:1:35:21:1:0:35:23:0:0 chr6 90459454 . G A 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.303;QD=55.0097;RBI=0.0445405;REFB=0.0320899;REVB=-0.00489948;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00146853;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:0:1:18:14:0:1 chr6 90638390 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0132729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.209;QD=8.81164;RBI=0.034293;REFB=-0.00304715;REVB=-0.0316203;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11974;STB=0.572385;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00692682;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:3:7:18:5:3:7:18:5 chr6 90638553 . T G 154.8 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0377891;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4864;QD=13.4608;RBI=0.0380274;REFB=-0.00816723;REVB=0.0042507;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505211;STB=0.529377;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0155046;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:27:29:17:17:0.369565:8:9:13:14:8:9:14:15 chr6 90641522 . T C 169.8 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.00398656;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.944;QD=6.65867;RBI=0.00433908;REFB=-0.00502453;REVB=-0.00171316;RO=75;SAF=15;SAR=10;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100258;STB=0.561703;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.01222;OID=.;OPOS=90641522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:75:77:25:25:0.245098:10:15:39:36:10:15:40:37 chr6 90642361 . TTC T,TT,TTT 31.57 PASS AF=0.157895,0,0;AO=5,8,2;DP=40;FAO=6,0,0;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0884864,-0.180699,-0.100615;FXX=0;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=26.8453,13.1921,23.6841;QD=3.32266;RBI=0.181888,0.303804,0.130394;REFB=-0.025728,-0.030495,-0.00414626;REVB=-0.158913,-0.244223,-0.082941;RO=23;SAF=4,5,0;SAR=1,3,2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0.360258,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0501419,-0.283015,-0.686036;STB=0.73623,0.5,0.5;STBP=0.3,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0935224,0.0395252,0;OID=.,.,.;OPOS=90642362,90642363,90642363;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895,0,0:5,8,2:40:6,0,0:38:32:3,0,0:3,0,0:25:7:30:23:4,5,0:1,3,2:19:4 chr6 93967851 . C T 540.39 PASS AF=0.523364;AO=54;DP=105;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0211177;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.386;QD=20.2015;RBI=0.0227888;REFB=-0.0103867;REVB=0.00856581;RO=51;SAF=32;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915268;STB=0.53907;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0111498;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:51:51:54:56:0.523364:22:32:25:26:24:32:25:26 chr6 93973569 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-8.76355e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.563;QD=10.1699;RBI=0.00186898;REFB=-0.00695502;REVB=0.00186692;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118022;OID=.;OPOS=93973569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:12:10:5:6:12:10 chr6 93982124 . A G 278.55 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0554384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.929;QD=21.8473;RBI=0.0554797;REFB=-0.00696305;REVB=0.00214074;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248149;STB=0.637268;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0108693;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:6:17:12:16:6:17 chr6 94067981 . C T 958.85 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.325;QD=57.2449;RBI=0.0466376;REFB=-0.147677;REVB=0.044482;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.506022;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000619897;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:0:1:66:66:0.985075:25:41:0:0:25:41:1:0 chr6 96034881 . A G 312.36 PASS AF=0.242105;AO=24;DP=111;FAO=23;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0348902;FXX=0.112139;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8768;QD=13.1518;RBI=0.0475626;REFB=0.00190381;REVB=-0.0323246;RO=70;SAF=16;SAR=8;SRF=46;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130869;STB=0.52094;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.0151814;OID=.;OPOS=96034881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:95:70:56:24:23:0.242105:8:16:46:24:8:15:35:21 chr6 96035175 . T C 541.47 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0136865;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.973;QD=20.8256;RBI=0.0395868;REFB=-0.0174576;REVB=0.0371456;RO=47;SAF=27;SAR=28;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129797;STB=0.500524;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0140883;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:49:55:55:0.528846:28:27:23:24:28:27:24:25 chr6 96055915 . G C 965.9 PASS AF=0.553571;AO=93;DP=168;FAO=93;FDP=168;FR=.;FRO=75;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0148921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.335;QD=22.9975;RBI=0.0433865;REFB=-0.0448257;REVB=0.0407507;RO=75;SAF=38;SAR=55;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706855;STB=0.538574;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0369249;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:75:75:93:93:0.553571:55:38:37:38:55:38:37:38 chr6 96386151 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000264756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.07;QD=62.4655;RBI=0.0230261;REFB=0;REVB=0.0230246;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99852e-05;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:53:34:0:0:53:34:0:0 chr6 96651740 . A G 594.18 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0275;QD=60.9416;RBI=0.0346838;REFB=0;REVB=0.0327024;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029968;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr6 96652371 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143977;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.65;QD=53.9067;RBI=0.014698;REFB=0;REVB=0.00295602;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13912e-05;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr6 96652582 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.708;QD=58.1421;RBI=0.0303587;REFB=0;REVB=-0.0102151;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35141e-05;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr6 96652706 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.339;QD=44.0923;RBI=0.0327575;REFB=0.0537705;REVB=0.0229819;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000414863;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr6 96653037 . GT G,GC 2435.36 PASS AF=0.0118343,0.982249;AO=45,114;DP=167;FAO=2,166;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=2,63;FSAR=0,103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169785,0.0373239;FXX=0.00588201;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=40.013,49.8705;QD=57.6418;RBI=0.0200474,0.0687908;REFB=-0.0225889,-0.0387953;REVB=0.0106596,0.057785;RO=1;SAF=2,57;SAR=43,57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0108083,0.00825811;STB=0.993266,0.502415;STBP=0.227,0.52;TYPE=del,snp;VARB=0.104006,0.0145884;OID=.,.;OPOS=96653038,96653038;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0118343,0.982249:45,114:167:2,166:169:1:2,63:0,103:0:1:4:1:2,57:43,57:0:1 chr6 96653208 . C G 655.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179984;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3004;QD=62.4615;RBI=0.0181045;REFB=0;REVB=-0.00195738;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023063;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr6 96661315 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.987;QD=35.5759;RBI=0.0200212;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332653;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr6 96661409 . C CG 121.41 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156018;FXX=0.368227;HRUN=0;LEN=1;MLLD=46.8763;QD=40.4707;RBI=0.161276;REFB=0;REVB=0.0408458;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427206;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0218069;OID=.;OPOS=96661410;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:18:12:12:0:9:3:0:0:3:15:2:0:13:2 chr6 96661410 . A G 243.59 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.212;QD=44.2895;RBI=0.0269017;REFB=-0.0364034;REVB=0.024256;RO=2;SAF=16;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541411;STB=0.513501;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00052011;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:21:22:2:1:19:21:0.954545:3:16:2:0:3:18:1:0 chr6 96730731 . G C 100.33 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.804;QD=40.1337;RBI=0.0315511;REFB=0;REVB=-0.0140833;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266656;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr6 97058574 . G A 616.15 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394879;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4316;QD=61.6149;RBI=0.0419386;REFB=0;REVB=-0.0141262;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010561;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr6 97339078 . A G 599.25 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404021;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.463;QD=61.4615;RBI=0.042191;REFB=0;REVB=0.0121552;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63946e-05;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr6 97339088 . C T 547.16 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0647407;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.691;QD=57.5954;RBI=0.0677629;REFB=0.04473;REVB=-0.0200114;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00956657;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:0:1:38:37:0.973684:19:19:0:0:18:19:1:0 chr6 97613163 . T C 806.37 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0417584;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.338;QD=55.6118;RBI=0.0421046;REFB=-0.0868312;REVB=0.00538822;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000617718;OID=.;OPOS=97613163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:0:1:57:57:0.982759:27:30:0:0:27:30:1:0 chr6 97626374 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.705;QD=58.1421;RBI=0.0510552;REFB=0;REVB=0.0491657;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203895;OID=.;OPOS=97626374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr6 97677118 . G A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.252;QD=57.1948;RBI=0.0671912;REFB=0;REVB=0.0662053;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213032;OID=.;OPOS=97677118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr6 97694582 . A ATAG 234.1 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0011607;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.94;QD=39.0168;RBI=0.0152333;REFB=-0.0551;REVB=0.015189;RO=4;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914945;STB=0.54995;STBP=0.347;TYPE=ins;VARB=0.00788409;OID=.;OPOS=97694583;OREF=-;OALT=TAG;OMAPALT=ATAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:20:25:20:24:4:9:11:3:1:21:4:9:11:3:1 chr6 99284532 . T C 728.24 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0968;QD=59.4479;RBI=0.035472;REFB=-0.130732;REVB=0.0219483;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00231569;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:49:0:1:45:48:0.979592:30:15:0:0:32:16:1:0 chr6 99724713 . G A 102.68 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0260122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.84;QD=7.08111;RBI=0.0297007;REFB=-0.00691203;REVB=0.0143352;RO=43;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135447;STB=0.583222;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0242524;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:43:43:15:15:0.258621:9:6:22:21:9:6:22:21 chr6 99771540 . T C 470.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155648;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.459;QD=58.8623;RBI=0.020193;REFB=0;REVB=-0.0128644;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680161;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 393.77 PASS AF=0,1;AO=3,26;DP=34;FAO=0,28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120968,0.0121891;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=246.341,267.462;QD=56.2525;RBI=0.0200001,0.0175284;REFB=0,0;REVB=0.015927,0.0125964;RO=3;SAF=3,11;SAR=0,15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.664835,-0.0473738;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,2.50963e-05;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:34:28:3:0:3,26:0,28:0,1:0,15:3,11:2:1:0,17:0,11:0:0 chr6 99817601 . A G 594.0 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0380494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.405;QD=60.923;RBI=0.0381267;REFB=0;REVB=0.00242708;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326295;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr6 99819379 . T C 347.64 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9425;QD=51.5016;RBI=0.0237742;REFB=-0.102641;REVB=0.00147372;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441872;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00663202;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:0:1:10:16:0:1 chr6 99825348 . T C 339.14 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0547959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6802;QD=27.6847;RBI=0.105496;REFB=-0.00185754;REVB=-0.0901488;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627551;STB=0.53446;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00178464;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:18:12:6:13:18:12:6:13 chr6 99842056 . C A 332.98 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0468132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.522;QD=19.0275;RBI=0.0478281;REFB=-0.0295182;REVB=-0.00980075;RO=35;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786674;STB=0.543834;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0185382;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:14:21:18:17:14:21:18:17 chr6 99883694 . T C 386.48 PASS AF=0.686275;AO=33;DP=49;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0165581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.472;QD=30.3119;RBI=0.0349582;REFB=-0.0357295;REVB=0.0307881;RO=16;SAF=8;SAR=25;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225891;STB=0.627828;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0148728;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:16:16:33:35:0.686275:25:8:9:7:27:8:9:7 chr6 99883704 . T C 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.789;QD=61.5083;RBI=0.0229525;REFB=-0.00101327;REVB=0.0125467;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.516122;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000107446;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:33:15:1:0:33:15:1:0 chr6 99893938 . T C 380.84 PASS AF=0.493671;AO=38;DP=78;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00562671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.52;QD=19.283;RBI=0.0139003;REFB=-0.021257;REVB=-0.0127105;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238554;STB=0.520016;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.019563;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:38:40:38:39:0.493671:17:21:20:18:17:22:21:19 chr6 99894086 . C G 360.62 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0138444;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1557;QD=20.9056;RBI=0.0165502;REFB=-0.0248997;REVB=-0.00906876;RO=32;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862826;STB=0.547705;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0260342;OID=.;OPOS=99894086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:37:37:0.536232:17:20:14:18:17:20:14:18 chr6 99956560 . T C 326.17 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00367266;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.718;QD=20.0721;RBI=0.0105147;REFB=-0.0107794;REVB=-0.00985244;RO=30;SAF=26;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314383;STB=0.684094;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00965648;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:31:34:34:0.523077:8:26:13:17:8:26:13:18 chr6 99974020 . T G 185.23 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0481551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5199;QD=10.2903;RBI=0.0853104;REFB=0.0148419;REVB=0.0704198;RO=48;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071228;STB=0.541632;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.0278673;OID=.;OPOS=99974020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:11:13:23:25:11:13:23:25 chr6 99990856 . T C 167.39 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0352539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.828;QD=10.1446;RBI=0.036724;REFB=-0.0197767;REVB=-0.0102865;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083207;STB=0.515138;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0385568;OID=.;OPOS=99990856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:44:22:22:0.333333:11:11:23:17:11:11:23:21 chr6 100868721 . G A 267.42 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.00796745;FXX=0.0360328;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1935;QD=9.99708;RBI=0.0105072;REFB=-0.00272016;REVB=-0.00684992;RO=64;SAF=24;SAR=11;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201386;STB=0.648204;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00288651;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:107:64:72:35:35:0.327103:11:24:33:31:11:24:34:38 chr6 100868779 . G T 254.33 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=107;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.0210231;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4466;QD=9.59732;RBI=0.027703;REFB=-0.00463013;REVB=0.0180412;RO=64;SAF=20;SAR=14;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204012;STB=0.641921;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0179643;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:64:72:34:34:0.320755:14:20:26:38:14:20:27:45 chr6 100964147 . G C 1212.25 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138689;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.345;QD=61.38;RBI=0.0271628;REFB=0;REVB=0.0233553;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72794e-05;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr6 101094554 . A G 366.71 PASS AF=0.578125;AO=32;DP=59;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00892897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.369;QD=22.9193;RBI=0.0155734;REFB=-0.0457404;REVB=0.0127595;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128632;STB=0.591717;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0351662;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:25:27:32:37:0.578125:18:14:15:10:23:14:16:11 chr6 101166095 . G A 230.09 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0183561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.387;QD=9.89617;RBI=0.0224917;REFB=-0.0145947;REVB=0.0129973;RO=64;SAF=16;SAR=13;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133368;STB=0.578118;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0253985;OID=.;OPOS=101166095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:64:64:29:29:0.311828:13:16:28:36:13:16:28:36 chr6 102483356 . C A 305.24 PASS AF=0.358491;AO=37;DP=105;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.00412847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.477;QD=11.5185;RBI=0.0402149;REFB=-0.003677;REVB=0.0400024;RO=67;SAF=20;SAR=17;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132155;STB=0.520947;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0123956;OID=.;OPOS=102483356;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:67:68:37:38:0.358491:17:20:37:30:18:20:38:30 chr6 102503317 . G A 291.61 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00157683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.902;QD=19.4405;RBI=0.00159887;REFB=-0.0201017;REVB=-0.000264587;RO=29;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175317;STB=0.597382;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0156127;OID=.;OPOS=102503317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:14:17:10:19:14:17:10:19 chr6 105300261 . AC ACAG,ACAGA,AG,GA 289.18 PASS AF=0.608696,0.0869565,0.217391,0.0869565;AO=9,7,5,2;DP=25;FAO=14,2,5,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,4,0;FSAR=11,2,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929715,0.000235979,0.0242544,0.0125511;FXX=0;HRUN=3,3,1,9;LEN=2,3,1,2;MLLD=190.623,186.442,58.3814,57.0274;QD=50.2921;RBI=0.0102101,0.0044979,0.0242769,0.014883;REFB=0,0,0,0;REVB=0.00422011,0.00449171,-0.00104623,0.00799829;RO=2;SAF=3,0,4,0;SAR=6,7,1,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.219794,-0.804017,-0.171367,-0.727176;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,ins,snp,mnp;VARB=-0.000247838,0.00738111,0.0213558,0.118381;OID=.,.,.,.;OPOS=105300263,105300263,105300262,105300261;OREF=-,-,C,AC;OALT=AG,AGA,G,GA;OMAPALT=ACAG,ACAGA,AG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:31:25:23:2:0:9,7,5,2:14,2,5,2:0.608696,0.0869565,0.217391,0.0869565:6,7,1,2:3,0,4,0:2:0:11,2,1,2:3,0,4,0:0:0 chr6 105530994 . GTA G,GTG 158.0 PASS AF=0.220779,0.0779221;AO=16,6;DP=80;FAO=17,6;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=9,2;FSAR=8,4;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0158023,0.0326129;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=270.663,70.0341;QD=8.20752;RBI=0.0160553,0.0363418;REFB=0.000223792,-0.0070032;REVB=0.00283923,-0.0160351;RO=54;SAF=8,2;SAR=8,4;SRF=21;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.138039,-0.0676391;STB=0.619538,0.536461;STBP=0.296,0.874;TYPE=del,snp;VARB=0.00516231,0.00919033;OID=.,.;OPOS=105530995,105530996;OREF=TA,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220779,0.0779221:16,6:80:17,6:77:54:9,2:8,4:20:34:99:54:8,2:8,4:21:33 chr6 106352349 . T C 557.72 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2431;QD=60.2936;RBI=0.131938;REFB=0;REVB=0.131926;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899757;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr6 106555025 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0169944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.782;QD=26.8489;RBI=0.0184521;REFB=-0.00207186;REVB=-0.00718818;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016877;STB=0.509421;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.000939703;OID=.;OPOS=106555025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:3:4:9:6:3:4 chr6 106959424 . A G 57.13 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0309114;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.51;QD=8.46326;RBI=0.0347273;REFB=-0.0275686;REVB=-0.0158262;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366141;STB=0.72487;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.100533;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:2:16:5:3:2:17 chr6 106959999 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267649;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.87;QD=35.5759;RBI=0.0337992;REFB=0;REVB=0.0206404;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285394;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 106960039 . G A 69.23 PASS AF=0.6;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0406041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.1586;QD=18.4624;RBI=0.0827283;REFB=-0.04405;REVB=0.0720783;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0402928;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:15:6:6:7:9:0.6:3:4:4:2:4:5:4:2 chr6 106967778 . T C 155.46 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0528805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6042;QD=15.1664;RBI=0.0533899;REFB=-0.0138139;REVB=0.00735769;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122016;STB=0.526995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0545949;OID=.;OPOS=106967778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:12:5:7:16:12:5:8:16 chr6 106987370 . A C 1136.28 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123473;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.351;QD=59.0273;RBI=0.0233911;REFB=-0.0759719;REVB=0.0198667;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116825;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00304027;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:35:40:1:0:35:41:1:0 chr6 106992464 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.889;QD=57.1062;RBI=0.01517;REFB=0;REVB=0.0144615;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5405e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr6 107076783 . A T 292.7 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0391053;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.553;QD=19.5132;RBI=0.0578432;REFB=-0.0359338;REVB=-0.0426218;RO=28;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277861;STB=0.64748;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0188087;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:29:31:31:0.516667:21:10:18:10:21:10:18:11 chr6 107113715 . G A 530.97 PASS AF=0.478632;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=117;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.0407334;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.199;QD=18.1528;RBI=0.0408052;REFB=-0.0172387;REVB=0.00241921;RO=60;SAF=19;SAR=37;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172739;STB=0.600727;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0240816;OID=.;OPOS=107113715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:60:61:56:56:0.478632:37:19:31:29:37:19:32:29 chr6 107388504 . C T 1213.8 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804788;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.406;QD=61.458;RBI=0.0150561;REFB=0;REVB=-0.0127246;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140371;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr6 107391807 . G A 403.3 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0980407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7431;QD=24.8184;RBI=0.0982882;REFB=-0.0127659;REVB=-0.00697096;RO=26;SAF=17;SAR=22;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966078;STB=0.552819;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00933035;OID=.;OPOS=107391807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:22:17:8:18:22:17:8:18 chr6 107420516 . A C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0373409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.455;QD=13.4057;RBI=0.0376032;REFB=-0.00660477;REVB=-0.00443385;RO=34;SAF=3;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396743;STB=0.738882;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00755453;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:19:3:14:20:20:3:14:20 chr6 107565060 . T C 1137.15 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.401;QD=60.648;RBI=0.12555;REFB=0;REVB=-0.00388967;RO=1;SAF=36;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302944;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:1:0:72:75:1:36:36:1:0:36:39:0:0 chr6 108026146 . C T 276.71 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544965;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.322;QD=52.7056;RBI=0.00756338;REFB=0;REVB=-0.00524462;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238015;OID=.;OPOS=108026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 108026317 . G T 1353.62 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.205;QD=62.2355;RBI=0.0431071;REFB=0;REVB=0.030525;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140907;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:39:43:0:0:40:47:0:0 chr6 108026402 . A C 1237.24 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0298828;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.801;QD=58.9164;RBI=0.031275;REFB=-0.127504;REVB=0.00922735;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503435;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000210233;OID=.;OPOS=108026402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:0:2:82:82:0.97619:52:30:0:0:52:30:1:1 chr6 108026455 . A G 894.74 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.268;QD=57.7248;RBI=0.0166457;REFB=0;REVB=0.00987181;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022329;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:38:24:0:0 chr6 108029109 . T C 387.83 PASS AF=0.672727;AO=35;DP=53;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0692144;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.46;QD=28.2058;RBI=0.0700905;REFB=-0.0221885;REVB=-0.0110477;RO=17;SAF=8;SAR=27;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141835;STB=0.597881;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00807114;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:17:18:35:37:0.672727:27:8:7:10:29:8:8:10 chr6 108233929 . G A 58.99 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00222272;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.117;QD=7.14973;RBI=0.022107;REFB=-0.0089453;REVB=-0.0219949;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100486;STB=0.595526;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0181191;OID=.;OPOS=108233929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:32:33:24:24:8:9:0.272727:5:3:11:13:6:3:11:13 chr6 108277287 . C A 422.84 PASS AF=0.392;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.00277827;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.163;QD=13.5308;RBI=0.0122573;REFB=-0.0115272;REVB=-0.0119383;RO=72;SAF=16;SAR=33;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566779;STB=0.519582;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0141928;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:125:72:76:49:49:0.392:33:16:27:45:33:16:27:49 chr6 108364582 . T C 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0220672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.152;QD=6.85052;RBI=0.0276548;REFB=-0.0173246;REVB=-0.0166681;RO=31;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487813;STB=0.807086;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0528253;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:2:8:12:19:2:8:12:19 chr6 108573610 . T C 36.0 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0336488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.053;QD=6.5458;RBI=0.0602453;REFB=-0.00872514;REVB=0.0499725;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251248;STB=0.699237;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0449164;OID=.;OPOS=108573610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:15:16:6:6:0.272727:5:1:5:10:5:1:6:10 chr6 108798498 . A G 213.44 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0189655;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4082;QD=10.4119;RBI=0.0294774;REFB=-0.0241495;REVB=-0.022566;RO=55;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156758;STB=0.591129;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0485641;OID=.;OPOS=108798498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:55:55:27:27:0.329268:13:14:21:34:13:14:21:34 chr6 108882570 . C T 45.79 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=24;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0273812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.88;QD=8.72195;RBI=0.0298141;REFB=-0.0319839;REVB=-0.0117964;RO=17;SAF=2;SAR=2;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.105234;OID=.;OPOS=108882570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:24:21:17:14:4:7:0.333333:2:2:13:4:2:5:10:4 chr6 109197379 . T C 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0151459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.603;QD=11.5965;RBI=0.0382834;REFB=-0.0195468;REVB=-0.0351599;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.545379;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0213564;OID=.;OPOS=109197379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:9:12:6:6:9:12 chr6 109233725 . T C 379.65 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0227994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.629;QD=22.0084;RBI=0.0310544;REFB=-0.0251787;REVB=0.0210847;RO=31;SAF=12;SAR=26;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174665;STB=0.596669;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0126202;OID=.;OPOS=109233725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:26:12:16:15:26:12:16:15 chr6 109283278 . C T 509.78 PASS AF=0.509615;AO=46;DP=99;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00528539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.1259;QD=19.607;RBI=0.0722768;REFB=-0.00443205;REVB=0.0720833;RO=50;SAF=28;SAR=18;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122584;STB=0.537608;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00446809;OID=.;OPOS=109283278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:104:50:51:46:53:0.509615:18:28:24:26:24:29:24:27 chr6 109583186 . A G 718.1 PASS AF=0.538462;AO=69;DP=127;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.0119799;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.402;QD=22.0953;RBI=0.0146494;REFB=-0.00383015;REVB=-0.00843128;RO=55;SAF=34;SAR=35;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060595;STB=0.531943;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00363889;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:55:60:69:70:0.538462:35:34:23:32:36:34:25:35 chr6 109586062 . C T 198.41 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0123357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.241;QD=9.22841;RBI=0.0135601;REFB=-0.0150888;REVB=-0.00563084;RO=60;SAF=19;SAR=7;SRF=42;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448875;STB=0.526587;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0365228;OID=.;OPOS=109586062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:7:19:42:18:7:19:42:18 chr6 109591433 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0434515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.044;QD=24.8032;RBI=0.048443;REFB=-0.0028994;REVB=-0.021417;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157689;STB=0.517207;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0010271;OID=.;OPOS=109591433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:7:3:0:3:7:3:1:3 chr6 109674055 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0282659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.954;QD=12.1822;RBI=0.0299888;REFB=-0.0144965;REVB=-0.0100183;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687321;STB=0.540901;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0226784;OID=.;OPOS=109674055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:7:8:6:4:7:8 chr6 109689431 . A G 355.49 PASS AF=0.603448;AO=33;DP=56;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00645741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.421;QD=24.5166;RBI=0.0363965;REFB=-0.0260048;REVB=0.0358191;RO=23;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803396;STB=0.502511;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0147879;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:23:23:33:35:0.603448:14:19:13:10:15:20:13:10 chr6 109761437 . A G 304.73 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0570596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0921;QD=26.4985;RBI=0.0690854;REFB=-0.014931;REVB=0.0389485;RO=19;SAF=1;SAR=26;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255126;STB=0.644493;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00422292;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:26:1:2:17:26:1:2:17 chr6 109764535 . G T 337.03 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00067064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.207;QD=29.9577;RBI=0.0221744;REFB=0.0157645;REVB=-0.0221643;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293866;STB=0.516118;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00762787;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:15:14:7:9:15:14:7:9 chr6 109767930 . GC TT 218.69 PASS AF=0.295918;AO=27;DP=97;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00322307;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=2;MLLD=230.485;QD=8.92609;RBI=0.00567102;REFB=-0.00257575;REVB=-0.00466608;RO=68;SAF=8;SAR=19;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1884;STB=0.567117;STBP=0.415;TYPE=mnp;VARB=0.00466784;OID=.;OPOS=109767930;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:68:69:27:29:0.295918:19:8:30:38:19:10:30:39 chr6 109768295 . G A 315.07 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00403263;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0219;QD=37.0668;RBI=0.0661473;REFB=-0.0201569;REVB=0.0660242;RO=8;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016685;STB=0.509084;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00467795;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:8:8:26:26:0.764706:12:14:4:4:12:14:4:4 chr6 109772866 . G A 90.38 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0169072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9742;QD=7.85888;RBI=0.0189841;REFB=-0.00896672;REVB=0.00863393;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135648;STB=0.58447;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0241118;OID=.;OPOS=109772866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:4:8:19:15:4:8:19:15 chr6 109775436 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0338131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.354;QD=11.0924;RBI=0.0606514;REFB=-0.0190253;REVB=-0.0503514;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0423574;OID=.;OPOS=109775436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr6 109827716 . C T 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0499594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0316;QD=26.315;RBI=0.0672207;REFB=0.000197992;REVB=-0.0449741;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310262;STB=0.517226;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00320881;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:15:7:5:9:15:7:5:9 chr6 109885475 . G A 378.84 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00844754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.635;QD=29.1418;RBI=0.0134776;REFB=-0.0409572;REVB=0.0105017;RO=17;SAF=16;SAR=19;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995712;STB=0.55416;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0234554;OID=.;OPOS=109885475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:19:16:5:12:19:16:5:12 chr6 109886005 . T C 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0476434;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8561;QD=11.332;RBI=0.0543304;REFB=0.00586651;REVB=0.0261132;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219896;STB=0.629957;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0181638;OID=.;OPOS=109886005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:6:8:10:17:6:8:10:17 chr6 109894773 . T A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0481138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.906;QD=8.81094;RBI=0.0514556;REFB=-0.0254348;REVB=0.0182413;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.646611;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0439786;OID=.;OPOS=109894773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:8:3:3:3:8:3 chr6 109906329 . GCTTCTTCTTCTTC GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT 155.72 PASS AF=0.666667,0;AO=6,4;DP=33;FAO=20,0;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13,0;FSAR=7,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00545155,0.00381848;FXX=0.0908816;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=210.573,209.416;QD=20.7623;RBI=0.0211784,0.00787567;REFB=-0.00189704,-0.00204178;REVB=0.0204647,-0.00688806;RO=6;SAF=4,4;SAR=2,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.684163;STB=0.518098,0.5;STBP=0.806,1;TYPE=del,del;VARB=0.000504576,0.0464163;OID=.,.;OPOS=109906330,109906341;OREF=CTT,TC;OALT=-,-;OMAPALT=GCTTCTTCTTC,GCTTCTTCTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:6,4:33:20,0:30:10:13,0:7,0:6:4:55:6:4,4:2,0:4:2 chr6 109954252 . C A,T 842.23 PASS AF=0.101695,0.898305;AO=6,53;DP=59;FAO=6,53;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,27;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166824,-0.0040609;FXX=0.0483793;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.842,69.1212;QD=57.1003;RBI=0.0100244,0.0344367;REFB=0,0;REVB=-0.00988463,-0.0341964;RO=0;SAF=3,27;SAR=3,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.027633,0.000593228;OID=.,.;OPOS=109954252,109954252;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:59:59:0:0:6,53:6,53:0.101695,0.898305:3,26:3,27:0:0:3,26:3,27:0:0 chr6 109954518 . T C 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0194347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9832;QD=19.0575;RBI=0.0546416;REFB=0.00375322;REVB=0.0510686;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154747;STB=0.508763;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00152769;OID=.;OPOS=109954518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:14:5:5:15:14:5:5:15 chr6 110106234 . A G 483.8 PASS AF=0.625;AO=43;DP=71;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00955555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.777;QD=26.8779;RBI=0.00961275;REFB=-0.0266872;REVB=0.00104713;RO=25;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530303;STB=0.527938;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0165054;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:25:27:43:45:0.625:19:24:12:13:20:25:13:14 chr6 110107517 . T C 257.96 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00235505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2357;QD=18.426;RBI=0.00373914;REFB=-0.0159064;REVB=-0.00290428;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829605;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00953749;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:28:27:28:0.5:15:12:15:13:15:13:15:13 chr6 110146303 . G A 215.82 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.066038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.925;QD=15.9866;RBI=0.0676025;REFB=-0.0429396;REVB=-0.0144594;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196708;STB=0.502144;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0407612;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:26:20:21:0.388889:13:7:3:16:13:8:10:16 chr6 110301661 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.388;QD=60.2307;RBI=0.0252728;REFB=0;REVB=0.0225082;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151422;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr6 110421361 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7392;QD=59.4315;RBI=0.0352712;REFB=0;REVB=-0.0329966;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331491;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr6 110746526 . T C 1098.65 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8087;QD=60.1999;RBI=0.00879677;REFB=0;REVB=0.00779171;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1859e-05;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr6 110746545 . T G 692.61 PASS AF=0.698795;AO=58;DP=83;FAO=58;FDP=83;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00983713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2071;QD=33.379;RBI=0.0380098;REFB=-0.0182632;REVB=0.0367148;RO=25;SAF=31;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036866;STB=0.519876;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0102016;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:25:25:58:58:0.698795:27:31:15:10:27:31:15:10 chr6 110777767 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0116286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205;QD=19.9285;RBI=0.022407;REFB=-0.019649;REVB=-0.0191532;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368393;STB=0.713877;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00755729;OID=.;OPOS=110777767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:4:5:2:10:4:5 chr6 110777962 . A G 221.76 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00805108;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9717;QD=16.1278;RBI=0.0200442;REFB=-0.0345041;REVB=0.0183562;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319831;STB=0.654563;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0406619;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:28:30:25:25:0.454545:12:13:5:23:12:13:7:23 chr6 110778128 . T C 192.94 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00499325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.504;QD=13.7817;RBI=0.0195234;REFB=-0.010885;REVB=-0.0188741;RO=33;SAF=7;SAR=16;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039185;STB=0.522369;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0145569;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:16:7:9:24:16:7:9:24 chr6 110797702 . GCCG GCG,GCGC 565.09 PASS AF=0.0701754,0.929825;AO=16,3;DP=57;FAO=4,53;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=2,29;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108389,-0.00585824;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=11.6636,17.6541;QD=39.6556;RBI=0.267031,0.130111;REFB=0,0;REVB=0.244044,-0.129979;RO=5;SAF=13,1;SAR=3,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.239648,-0.0671606;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0544259,-0.0142476;OID=.,.;OPOS=110797703,110797704;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=GCG,GCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0701754,0.929825:16,3:57:4,53:57:0:2,29:2,24:0:0:13:5:13,1:3,2:2:3 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCCA 745.07 PASS AF=0.581818,0.363636;AO=32,20;DP=55;FAO=32,20;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15,13;FSAR=17,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266432,0.0341466;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=4,4;MLLD=181.206,167.545;QD=54.1865;RBI=0.0297947,0.0393222;REFB=0,0;REVB=0.0133367,0.0194998;RO=0;SAF=15,13;SAR=17,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00839827,-0.00533437;OID=.,.;OPOS=110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:55:55:0:0:32,20:32,20:0.581818,0.363636:17,7:15,13:0:0:17,7:15,13:0:0 chr6 110797713 . C T 361.88 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0121519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.973;QD=25.8486;RBI=0.0184174;REFB=-0.0432079;REVB=0.0138395;RO=19;SAF=16;SAR=19;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145419;STB=0.578049;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0140228;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:21:35:35:0.625:19:16:13:6:19:16:14:7 chr6 110959854 . AT A 122.53 PASS AF=0.575;AO=19;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.014739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7183;QD=12.2529;RBI=0.0147652;REFB=-0.0300036;REVB=-0.000879884;RO=17;SAF=17;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.418733;SSSB=0.653378;STB=0.816016;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0532537;OID=.;OPOS=110959855;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575:19:40:23:40:17:20:3:4:13:95:17:17:2:3:14 chr6 110964409 . G A 82.07 PASS AF=0.297297;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0312557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4989;QD=8.87261;RBI=0.102147;REFB=-0.00553036;REVB=-0.0972474;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896548;STB=0.585213;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0414791;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:37:26:26:10:11:0.297297:5:5:11:15:5:6:11:15 chr6 111280038 . C T 68.25 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0767485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.88;QD=14.3683;RBI=0.0767575;REFB=-0.0295935;REVB=-0.00117522;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498364;STB=0.529346;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.03119;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:5:5:5:4:5:5 chr6 111283592 . C T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00674795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4048;QD=55.0893;RBI=0.0632483;REFB=0;REVB=-0.0628873;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000954226;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr6 111587266 . T C 427.12 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0101879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.908;QD=24.7608;RBI=0.0325754;REFB=-0.0197565;REVB=0.0309413;RO=28;SAF=23;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176026;STB=0.59631;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0104087;OID=.;OPOS=111587266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:18:23:9:19:18:23:9:19 chr6 111589293 . A C 208.77 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0776098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7237;QD=25.3059;RBI=0.0798779;REFB=-0.0129947;REVB=0.0188997;RO=13;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178288;STB=0.599893;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0112249;OID=.;OPOS=111589293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:5:15:7:6:5:15:7:6 chr6 111620758 . G A 79.33 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0417528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.913;QD=15.8654;RBI=0.0417629;REFB=-0.00837243;REVB=0.000917346;RO=10;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.645156;STB=0.879615;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0125112;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:1:9:2:8:1:9:2:8 chr6 111695073 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0100589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.26;QD=20.8932;RBI=0.0195212;REFB=-0.0331934;REVB=-0.0167301;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109864;STB=0.562382;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00916623;OID=.;OPOS=111695073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:1:5:7:3:1:5 chr6 111695268 . C T 395.22 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0138857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.526;QD=22.9115;RBI=0.020222;REFB=-0.0293129;REVB=-0.0147009;RO=30;SAF=22;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834748;STB=0.545848;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.019931;OID=.;OPOS=111695268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:17:22:20:10:17:22:20:10 chr6 111695887 . G A 51.83 PASS AF=0.636364;AO=5;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.101727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2833;QD=18.8458;RBI=0.113013;REFB=-0.0164558;REVB=-0.0492306;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.699489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00114857;OID=.;OPOS=111695887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:2:4:5:7:0.636364:1:4:0:2:3:4:0:4 chr6 111696257 . G A 460.25 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00724991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9684;QD=21.1608;RBI=0.00833994;REFB=0.0280989;REVB=-0.00412232;RO=42;SAF=17;SAR=28;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646202;STB=0.53564;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0224649;OID=.;OPOS=111696257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:42:42:45:45:0.517241:28:17:13:29:28:17:13:29 chr6 111696852 . T C 242.82 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0422604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.122;QD=22.5881;RBI=0.0566511;REFB=-0.0211736;REVB=-0.037728;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142272;STB=0.579409;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0192657;OID=.;OPOS=111696852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:7:13:11:12:7:13 chr6 111901453 . G T 428.91 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.284;QD=57.1876;RBI=0.00955493;REFB=0;REVB=0.00855472;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18671e-05;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:16:14:0:0 chr6 112457390 . C T 254.41 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0128936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.12;QD=13.0465;RBI=0.0129086;REFB=-0.0164489;REVB=0.000623311;RO=48;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157386;STB=0.589686;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0261998;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:15:15:17:31:15:15:17:31 chr6 112471688 . G C 273.41 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0338035;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6995;QD=17.3591;RBI=0.0480166;REFB=-0.0203392;REVB=0.0341017;RO=33;SAF=23;SAR=7;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703771;STB=0.539266;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0236961;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:33:33:30:30:0.47619:7:23:27:6:7:23:27:6 chr6 112493872 . A G 1653.73 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.842;QD=60.1358;RBI=0.00909401;REFB=0;REVB=0.0051333;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79702e-06;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:59:49:0:0:60:50:0:0 chr6 112508769 . TG GT 426.53 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108276;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.677;QD=25.0901;RBI=0.168911;REFB=0;REVB=0.129643;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00124429;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:68:0:0:65:68:1:38:27:0:0:42:26:0:0 chr6 112512905 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0335716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.584;QD=18.4264;RBI=0.0344669;REFB=0.00880617;REVB=0.00780505;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657451;STB=0.536816;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00748935;OID=.;OPOS=112512905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:11:17:15:13:11:17:15:13 chr6 116262976 . G A 642.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.328;QD=61.1473;RBI=0.0289624;REFB=0;REVB=-0.0152508;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.69319e-05;OID=.;OPOS=116262976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr6 116263181 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.272;QD=58.5878;RBI=0.0564116;REFB=0;REVB=0.055756;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220204;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr6 116264301 . C A 248.71 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00155463;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.521;QD=16.3091;RBI=0.00749418;REFB=-0.0263147;REVB=0.00733115;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136014;STB=0.590102;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0249438;OID=.;OPOS=116264301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:33:28:28:0.459016:14:14:20:11:14:14:22:11 chr6 116325142 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.59;QD=60.2307;RBI=0.0293634;REFB=0;REVB=-0.0292237;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.42715e-05;OID=.;OPOS=116325142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr6 116499416 . A G 51.45 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0137118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6969;QD=5.71624;RBI=0.060353;REFB=-0.00612302;REVB=-0.0587748;RO=27;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665987;STB=0.856462;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0182685;OID=.;OPOS=116499416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:7:8:0.222222:6:1:21:6:6:2:22:6 chr6 116571255 . G A 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5139;QD=56.7026;RBI=0.0545377;REFB=0;REVB=-0.0541708;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000643411;OID=.;OPOS=116571255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr6 116575083 . C A 875.8 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.264;QD=57.4295;RBI=0.0658464;REFB=0;REVB=0.0392675;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235595;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:60:61:1:34:26:1:0:34:27:0:0 chr6 116599665 . T C 69.37 PASS AF=0.238095;AO=11;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00342029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8348;QD=6.60713;RBI=0.0413843;REFB=7.36585e-05;REVB=-0.0412428;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263988;STB=0.641661;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00426406;OID=.;OPOS=116599665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:31:32:11:10:0.238095:2:9:20:11:2:8:21:11 chr6 116600465 . T TCAC 40.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0676519;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.984;QD=11.5886;RBI=0.0677016;REFB=-0.0325886;REVB=0.00259336;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=ins;VARB=0.0250484;OID=.;OPOS=116600466;OREF=-;OALT=CAC;OMAPALT=TCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:16:6:14:8:2:4:4:4:40:9:2:4:4:5 chr6 116600774 . C G 115.59 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.129;QD=42.0316;RBI=0.0605494;REFB=0;REVB=0.0535324;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164448;OID=.;OPOS=116600774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:8:3:0:0 chr6 116600810 . G A 347.3 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7122;QD=51.4518;RBI=0.104886;REFB=-0.0949558;REVB=0.0902301;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00951203;OID=.;OPOS=116600810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr6 116757557 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4893;QD=45.8068;RBI=0.0611324;REFB=0;REVB=0.0610475;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165524;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 116783330 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0101116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.961;QD=14.1699;RBI=0.0393517;REFB=-0.0249969;REVB=0.0380304;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655979;STB=0.538386;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0281434;OID=.;OPOS=116783330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:4:8:6:4:4:8 chr6 116875427 . G A 1363.58 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0498556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.38;QD=61.2843;RBI=0.0570891;REFB=-0.038238;REVB=0.0278133;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00025224;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:1:0:40:48:1:0 chr6 116875493 . T C 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00537313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.782;QD=20.0176;RBI=0.0183883;REFB=0.00976337;REVB=-0.0175858;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.540938;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0100673;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:9:8:7:11:9:8 chr6 116879210 . G A 304.9 PASS AF=0.364583;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=96;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0110132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.596;QD=12.7043;RBI=0.0197871;REFB=-0.0199014;REVB=-0.0164389;RO=61;SAF=13;SAR=22;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636335;STB=0.536564;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0264789;OID=.;OPOS=116879210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:61:35:35:0.364583:22:13:26:35:22:13:26:35 chr6 116950734 . G A 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0211036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4437;QD=12.6362;RBI=0.0463407;REFB=-0.00723055;REVB=0.0412565;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138413;STB=0.581958;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0119082;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:9:4:9:12:9:4:9:12 chr6 116950833 . T C 155.17 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00383076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9207;QD=15.5173;RBI=0.0276943;REFB=-0.00614061;REVB=-0.0274281;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728783;STB=0.559933;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0120689;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:23:17:17:0.425:11:6:6:15:11:6:6:17 chr6 116973182 . T C 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0217739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4183;QD=11.4258;RBI=0.0220147;REFB=0.0233353;REVB=-0.00324765;RO=37;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209314;STB=0.621247;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0378447;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:12:9:23:14:12:9:23:14 chr6 116988211 . C T 138.89 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0144488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6468;QD=12.6259;RBI=0.0594372;REFB=-0.0160639;REVB=-0.0576543;RO=27;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333662;STB=0.712033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0241841;OID=.;OPOS=116988211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:3:13:15:12:3:13:15:13 chr6 117113653 . T C 395.35 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.000678409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.775;QD=34.3786;RBI=0.0266036;REFB=-0.00684717;REVB=0.026595;RO=14;SAF=13;SAR=19;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936857;STB=0.551073;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00368827;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:19:13:8:6:19:13:8:6 chr6 117114025 . G A 196.57 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00926473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.375;QD=26.2094;RBI=0.0603277;REFB=-0.040048;REVB=-0.0596121;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641625;STB=0.540594;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0179261;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:30:10:11:18:19:0.633333:9:9:6:4:9:10:7:4 chr6 117114223 . T A 175.14 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0311188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9243;QD=20.0157;RBI=0.0435302;REFB=0.0203124;REVB=0.0304384;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126496;STB=0.571351;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.010939;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:11:6:9:9:11:6 chr6 117114403 . G A 292.52 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00372694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0179;QD=27.2112;RBI=0.00390624;REFB=-0.0356617;REVB=0.00116987;RO=17;SAF=19;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290685;STB=0.661378;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0181768;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:7:19:6:11:7:19:6:11 chr6 117121894 . G A 729.9 PASS AF=1;AO=44;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112939;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.219;QD=57.2473;RBI=0.0276772;REFB=0;REVB=-0.0252681;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064593;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:51:0:0:44:51:1:24:20:0:0:28:23:0:0 chr6 117130704 . G A 340.56 PASS AF=0.586207;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00239252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.792;QD=23.4866;RBI=0.00473784;REFB=-0.0342818;REVB=0.00408938;RO=23;SAF=9;SAR=25;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750639;STB=0.555521;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0310638;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:24:34:34:0.586207:25:9:8:15:25:9:9:15 chr6 117243260 . T C 1150.55 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683761;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.197;QD=60.5551;RBI=0.0256706;REFB=0;REVB=0.0247432;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372955;OID=.;OPOS=117243260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:31:44:0:0:31:45:0:0 chr6 117244374 . T C 1036.36 PASS AF=0.96;AO=69;DP=76;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0673974;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.909;QD=55.2724;RBI=0.0840366;REFB=-0.023552;REVB=0.050197;RO=5;SAF=21;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100139;STB=0.529403;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000199537;OID=.;OPOS=117244374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:75:5:3:69:72:0.96:48:21:5:0:48:24:3:0 chr6 117246719 . C T 755.66 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351823;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.799;QD=57.0312;RBI=0.0357703;REFB=0;REVB=-0.00645887;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76903e-05;OID=.;OPOS=117246719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:16:37:0:0:16:37:0:0 chr6 117248218 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.669;QD=61.3292;RBI=0.010919;REFB=0;REVB=0.00958414;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78932e-05;OID=.;OPOS=117248218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr6 117252672 . C A 556.76 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0079;QD=60.1907;RBI=0.098758;REFB=0;REVB=-0.0550331;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473285;OID=.;OPOS=117252672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 117650532 . C G 302.2 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0304854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.459;QD=31.8102;RBI=0.0488924;REFB=-0.00447154;REVB=0.0382244;RO=12;SAF=16;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231842;STB=0.615296;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00128663;OID=.;OPOS=117650532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:25:26:0.684211:9:16:3:9:10:16:3:9 chr6 117725578 . T A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.374;QD=57.3843;RBI=0.0268813;REFB=0;REVB=-0.0103582;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84487e-05;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr6 117730819 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.149;QD=63.583;RBI=0.0480185;REFB=0;REVB=0.0308065;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143894;OID=.;OPOS=117730819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr6 117842759 . CTG C 435.03 PASS AF=0.575342;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00366593;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.39;QD=23.8373;RBI=0.0151238;REFB=-0.00759314;REVB=-0.0146728;RO=30;SAF=19;SAR=22;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053846;STB=0.527165;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.00536199;OID=.;OPOS=117842760;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575342:41:73:42:73:31:19:23:16:15:99:30:19:22:16:14 chr6 117869491 . G A 364.38 PASS AF=0.659091;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00346574;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.348;QD=33.1255;RBI=0.0137914;REFB=-0.0250411;REVB=-0.0133489;RO=10;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586452;STB=0.515244;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00810998;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:10:12:27:29:0.659091:14:13:6:4:16:13:6:6 chr6 119137193 . TAA ATC,TA 113.85 PASS AF=0.0196078,0.529412;AO=2,23;DP=51;FAO=1,27;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=1,25;FSAR=0,2;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0641055,-0.105564;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=3,1;MLLD=131.472,14.2264;QD=8.92923;RBI=0.0664663,0.10708;REFB=-0.0263523,-0.133644;REVB=-0.0175573,-0.017957;RO=22;SAF=2,23;SAR=0,0;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.682681,0.870954;STB=0.99503,0.89252;STBP=0.123,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.19871,0.0411595;OID=.,.;OPOS=119137193,119137194;OREF=TAA,A;OALT=ATC,-;OMAPALT=ATC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:51:51:22:23:2,23:1,27:0.0196078,0.529412:0,0:2,23:4:18:0,2:1,25:5:18 chr6 119149149 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.192;QD=56.9568;RBI=0.01905;REFB=0;REVB=0.0175258;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37227e-05;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:26:26:0:0 chr6 119150218 . T A 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0201403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.606;QD=17.5012;RBI=0.0276072;REFB=-0.0172327;REVB=-0.0188818;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467062;STB=0.526295;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0156583;OID=.;OPOS=119150218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:17:11:9:17:17:11 chr6 119327632 . C T 252.56 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0452535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6622;QD=12.6282;RBI=0.0951045;REFB=-0.0135712;REVB=-0.083648;RO=50;SAF=18;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195134;STB=0.611866;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0170751;OID=.;OPOS=119327632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:12:18:21:29:12:18:21:29 chr6 119379118 . G A 133.67 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0770661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.1277;QD=12.152;RBI=0.0811164;REFB=-0.0426761;REVB=-0.0253116;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0687461;OID=.;OPOS=119379118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:28:16:16:0.363636:8:8:13:12:8:8:14:14 chr6 119510941 . C A 1088.28 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0079903;FXX=0.0263123;HRUN=6;LEN=1;MLLD=114.72;QD=58.8259;RBI=0.00831741;REFB=-0.116155;REVB=0.00230962;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000271999;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:39:34:0:0:39:34:1:0 chr6 120583498 . G A 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0105301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8175;QD=7.03198;RBI=0.0105301;REFB=-0.016471;REVB=1.69433e-05;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112343;STB=0.571265;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.015421;OID=.;OPOS=120583498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:11:15:6:3:11:15 chr6 120583501 . T G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.015303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.893;QD=7.03221;RBI=0.0156207;REFB=-3.79444e-05;REVB=0.00313401;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840726;STB=0.571265;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=1.22386e-06;OID=.;OPOS=120583501;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:6:3:10:15:6:3:11:15 chr6 120583509 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0112592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.767;QD=7.03213;RBI=0.0224711;REFB=-0.00140008;REVB=0.0194469;RO=26;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112343;STB=0.571265;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00465071;OID=.;OPOS=120583509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:6:3:11:15:6:3:11:15 chr6 120583521 . A T 53.67 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0246617;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.342;QD=6.92475;RBI=0.0613235;REFB=-0.00197949;REVB=-0.056146;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201057;STB=0.512788;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0341394;OID=.;OPOS=120583521;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:9:14:5:3:9:14 chr6 120583526 . C G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00598783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3158;QD=6.01615;RBI=0.0216748;REFB=-0.0119959;REVB=0.0208313;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103929;STB=0.567979;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.023113;OID=.;OPOS=120583526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:8:14:5:2:8:14 chr6 120583533 . A G 44.77 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00678266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.148;QD=7.46181;RBI=0.0134491;REFB=-0.00153573;REVB=-0.0116135;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167269;STB=0.602915;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00165266;OID=.;OPOS=120583533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:3:14:5:2:3:14 chr6 121451095 . C T 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0281182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.185;QD=18.8835;RBI=0.0312236;REFB=-0.00576153;REVB=-0.0135749;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0044613;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr6 121577370 . T C 470.23 PASS AF=0.611111;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00157518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.899;QD=26.1238;RBI=0.00463155;REFB=-0.0328151;REVB=0.00435546;RO=28;SAF=31;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514316;STB=0.528135;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0196395;OID=.;OPOS=121577370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:28:44:44:0.611111:13:31:18:10:13:31:18:10 chr6 121602785 . T A 92.97 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00212503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.882;QD=9.53537;RBI=0.0166663;REFB=-0.00517448;REVB=-0.0165302;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239462;STB=0.64412;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0208407;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:10:17:5:7:10:17 chr6 121602795 . C T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.025194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.309;QD=9.53614;RBI=0.0254815;REFB=0.00309067;REVB=-0.00381673;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239462;STB=0.64412;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.00876398;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:5:7:10:17:5:7:10:17 chr6 121620608 . G T 442.02 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.054;QD=57.0351;RBI=0.0234448;REFB=0;REVB=0.00560277;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708811;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:12:19:0:0 chr6 121632008 . T A 1116.43 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101956;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4961;QD=60.3475;RBI=0.0511653;REFB=0;REVB=0.0501392;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287039;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr6 121638666 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00186472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.103;QD=10.8093;RBI=0.0234505;REFB=-0.0166521;REVB=-0.0233762;RO=35;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235681;STB=0.639633;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0311903;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:36:18:19:0.345455:8:10:12:23:8:11:13:23 chr6 121638682 . G A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00183049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.976;QD=11.623;RBI=0.0168792;REFB=-0.00575721;REVB=-0.0167796;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212047;STB=0.622645;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0123673;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:9:13:15:23:9:13:15:23 chr6 121642790 . T C 292.32 PASS AF=0.330435;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=50;FSRR=27;FWDB=0.0613775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2195;QD=10.1675;RBI=0.0699113;REFB=0.00854842;REVB=-0.0334723;RO=77;SAF=29;SAR=9;SRF=50;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16214;STB=0.594818;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.0165201;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:77:77:38:38:0.330435:9:29:50:27:9:29:50:27 chr6 121642916 . C T 131.27 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.100748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.574;QD=8.0782;RBI=0.102292;REFB=-0.0166446;REVB=-0.0177042;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880888;STB=0.521716;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0392861;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:43:46:19:19:0.292308:11:8:15:28:11:8:18:28 chr6 121675600 . T C 71.97 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.048259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.2872;QD=8.22463;RBI=0.0555674;REFB=-0.0146253;REVB=0.0275464;RO=25;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234454;STB=0.650241;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0213391;OID=.;OPOS=121675600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:9:1:5:20:9:1:5:20 chr6 123066514 . T C 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.108;QD=59.323;RBI=0.0266847;REFB=0;REVB=0.0246299;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98112e-05;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr6 123066585 . G A 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1505;QD=54.4996;RBI=0.0147509;REFB=0;REVB=0.00140411;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441815;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr6 123101646 . GA G,GG 280.77 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=14,7;DP=24;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8,1;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022301,-0.0276633;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.749,226.308;QD=51.0485;RBI=0.0585366,0.0498302;REFB=0,0;REVB=0.0541221,0.0414462;RO=3;SAF=6,3;SAR=8,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.143087,0.2378;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00139068,0.043633;OID=.,.;OPOS=123101647,123101647;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.954545,0.0454545:14,7:24:21,1:22:0:8,1:13,0:0:0:8:3:6,3:8,4:0:3 chr6 123594510 . T TA 277.28 PASS AF=0.469697;AO=58;DP=155;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.0949289;FXX=0.0833275;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6133;QD=8.40252;RBI=0.0989829;REFB=-0.0352204;REVB=-0.0280379;RO=93;SAF=24;SAR=34;SRF=33;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671021;STB=0.550588;STBP=0.307;TYPE=ins;VARB=0.034557;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:58:155:62:132:70:27:35:24:46:99:93:24:34:33:60 chr6 123658825 . G T 3019.91 PASS AF=0.995;AO=198;DP=202;FAO=199;FDP=200;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279682;FXX=0.0147776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8192;QD=60.3981;RBI=0.02857;REFB=-0.0550194;REVB=0.00583313;RO=2;SAF=104;SAR=94;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000482204;STB=0.502645;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000718573;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:202:200:2:1:198:199:0.995:94:104:1:1:94:105:0:1 chr6 123687288 . A C 933.98 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0129939;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.286;QD=54.9399;RBI=0.0135503;REFB=-0.00206108;REVB=0.00384315;RO=0;SAF=46;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12145e-08;STB=0.523802;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000316594;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:0:2:64:66:0.970588:18:46:0:0:20:46:0:2 chr6 123702499 . G A 801.08 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.286;QD=57.2197;RBI=0.011482;REFB=0;REVB=0.00655168;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49951e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr6 123758492 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00708857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.315;QD=60.6102;RBI=0.0084288;REFB=0;REVB=-0.00456036;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46785e-06;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr6 123833457 . G C 978.99 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00678495;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7708;QD=57.5877;RBI=0.0135511;REFB=-0.147648;REVB=0.0117301;RO=0;SAF=44;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.11549e-08;STB=0.510635;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00107275;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:23:44:0:0:23:44:0:1 chr6 124603378 . A G 165.44 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0206485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.993;QD=14.0801;RBI=0.0220621;REFB=-0.0232677;REVB=0.00777029;RO=29;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236007;STB=0.638081;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0335757;OID=.;OPOS=124603378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:13:5:14:15:13:5:14:15 chr6 124603390 . A G 162.09 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0964893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2934;QD=13.2322;RBI=0.101069;REFB=-0.0215177;REVB=-0.0300787;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145256;STB=0.599886;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.044999;OID=.;OPOS=124603390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:31:18:18:0.367347:12:6:13:15:12:6:15:16 chr6 125284457 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.076;QD=58.4194;RBI=0.0398875;REFB=0;REVB=0.0315018;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66311e-05;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr6 125573194 . A G 312.04 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.022625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.651;QD=29.7177;RBI=0.0333228;REFB=-0.0248932;REVB=-0.0244645;RO=13;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117131;STB=0.592524;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0117113;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:15:26:27:0.642857:11:15:5:8:11:16:5:10 chr6 126250396 . TTT AAA 115.26 PASS AF=0.733333;AO=7;DP=13;FAO=11;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.150603;FXX=0;HRUN=13;LEN=3;MLLD=55.3289;QD=30.7363;RBI=0.15135;REFB=-0.0800028;REVB=-0.0150198;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.550922;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=0.0171492;OID=.;OPOS=126250396;OREF=TTT;OALT=AAA;OMAPALT=AAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:13:15:2:3:7:11:0.733333:6:1:0:2:9:2:1:2 chr6 126278230 . G C 1008.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5388;QD=59.3062;RBI=0.0323928;REFB=0;REVB=0.00573495;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252064;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr6 127476516 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0271724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6669;QD=27.8589;RBI=0.0280074;REFB=0.0419919;REVB=-0.0067878;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554389;STB=0.53077;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0112596;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:5:3:8:9:5:3 chr6 127768472 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.79;QD=55.096;RBI=0.0315417;REFB=0;REVB=-0.00113342;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178375;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 127797179 . G A 600.96 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.95;QD=58.6306;RBI=0.0456492;REFB=0.0213437;REVB=0.00817737;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-7.25382e-05;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:16:24:0:0:16:24:1:0 chr6 127797374 . G A 1087.69 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286305;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6877;QD=60.4271;RBI=0.00995522;REFB=0;REVB=0.00953464;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252865;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:43:28:0:0:43:29:0:0 chr6 128388799 . G T 445.67 PASS AF=0.672131;AO=33;DP=63;FAO=41;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0294154;FXX=0.061529;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.8557;QD=29.2243;RBI=0.0707729;REFB=-0.0325162;REVB=0.0643703;RO=22;SAF=8;SAR=25;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623299;STB=0.507689;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0267424;OID=.;OPOS=128388799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:22:19:33:41:0.672131:25:8:4:18:33:8:4:15 chr6 128403745 . A G 504.54 PASS AF=0.505051;AO=46;DP=97;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00604061;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4049;QD=20.3856;RBI=0.0173287;REFB=-0.0328253;REVB=0.0162417;RO=50;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279939;STB=0.506022;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0330163;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:50:49:46:50:0.505051:28:18:21:29:29:21:20:29 chr6 129381026 . C A 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.748;QD=56.9984;RBI=0.00972902;REFB=0;REVB=-0.00811622;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08803e-06;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr6 129612808 . A G 350.21 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0209849;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.162;QD=28.0167;RBI=0.0222984;REFB=-0.0372966;REVB=-0.00754009;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100209;STB=0.555061;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0233691;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:6:14:17:13:6:14 chr6 129722389 . A G 409.89 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.898;QD=51.2363;RBI=0.0390939;REFB=-0.131779;REVB=0.0357239;RO=2;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581794;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00111847;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:15:15:0:2:15:15:0:2 chr6 129722425 . G A 453.77 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.749;QD=55.002;RBI=0.0424829;REFB=-0.0553912;REVB=0.0412627;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00345438;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:21:12:0:0:20:12:0:1 chr6 129807629 . C T 153.38 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00757131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.898;QD=13.9436;RBI=0.0200127;REFB=-0.0142321;REVB=-0.0185252;RO=27;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312376;STB=0.685067;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0189834;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:3:14:16:11:3:14:16:11 chr6 129807699 . G C 154.64 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000236649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.094;QD=10.6645;RBI=0.0284251;REFB=-0.0094515;REVB=-0.0284241;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140178;STB=0.584446;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0165364;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:38:20:20:0.344828:7:13:19:17:7:13:20:18 chr6 129807714 . G A 421.03 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0123524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.219;QD=29.0365;RBI=0.0379979;REFB=-0.0503058;REVB=0.0359341;RO=19;SAF=21;SAR=18;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567062;STB=0.530815;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0148043;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:18:21:12:7:18:21:12:7 chr6 129905249 . A G 330.32 PASS AF=0.617021;AO=25;DP=43;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0515508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1866;QD=28.112;RBI=0.0555325;REFB=-0.0518565;REVB=0.0206487;RO=18;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091;STB=0.510197;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0352947;OID=.;OPOS=129905249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:18:18:25:29:0.617021:19:6:6:12:20:9:6:12 chr6 130031215 . T C 526.95 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0102517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7897;QD=19.3378;RBI=0.05278;REFB=-0.0135489;REVB=0.0517748;RO=52;SAF=29;SAR=26;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440109;STB=0.523306;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00996863;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:52:54:55:55:0.504587:26:29:30:22:26:29:31:23 chr6 130374102 . C A 127.91 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0165063;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.59;QD=13.4641;RBI=0.0756199;REFB=-0.0128013;REVB=-0.0737965;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200212;STB=0.642664;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0107265;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:24:23:14:15:0.394737:9:5:13:11:10:5:13:10 chr6 130381246 . T C 363.82 PASS AF=0.590164;AO=35;DP=60;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0291253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.854;QD=23.8569;RBI=0.0315459;REFB=-0.0197298;REVB=0.0121186;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346797;STB=0.524577;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0136824;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:25:25:35:36:0.590164:18:17:11:14:18:18:11:14 chr6 130537005 . G A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0149632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.073;QD=19.0785;RBI=0.0177689;REFB=-0.00397804;REVB=-0.00958324;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11374;STB=0.570539;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00313281;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:15:17:12:18:15:17:12:19 chr6 131148737 . G A 582.64 PASS AF=0.465649;AO=58;DP=130;FAO=61;FDP=131;FR=.;FRO=70;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00719754;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.835;QD=17.7904;RBI=0.00750662;REFB=-0.0309195;REVB=-0.00213184;RO=70;SAF=34;SAR=24;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292215;STB=0.509055;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0243244;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:70:70:58:61:0.465649:24:34:39:31:26:35:39:31 chr6 131156102 . G T 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00350654;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.922;QD=23.8429;RBI=0.00351428;REFB=-0.00340833;REVB=-0.000233037;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123661;STB=0.567868;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00266988;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:18:23:12:18:18:23:12:18 chr6 131160876 . G T 557.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.661;QD=60.2572;RBI=0.0513711;REFB=0;REVB=0.0481906;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5444e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr6 131520655 . G A,T 502.48 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=33,2;DP=35;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346901,-0.00296285;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.664,92.9133;QD=57.4257;RBI=0.0119642,0.0509754;REFB=0,0;REVB=-0.0114502,0.0508892;RO=0;SAF=18,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000704051,0.209433;OID=.,.;OPOS=131520655,131520655;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:0:33,2:33,2:0.942857,0.0571429:15,2:18,0:0:0:15,2:18,0:0:0 chr6 131995313 . A G 759.92 PASS AF=0.536765;AO=72;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.00187326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.374;QD=22.3505;RBI=0.007007;REFB=-0.0195995;REVB=0.00675196;RO=63;SAF=33;SAR=39;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944989;STB=0.54852;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0158608;OID=.;OPOS=131995313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:63:63:72:73:0.536765:39:33:22:41:40:33:22:41 chr6 132022419 . G A 110.69 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0502791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.093;QD=26.0456;RBI=0.0505177;REFB=-0.0410501;REVB=0.00490331;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0270107;OID=.;OPOS=132022419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:2:3:5:7:2:3 chr6 132141692 . A T 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0280477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.36;QD=19.1087;RBI=0.0352291;REFB=-0.021104;REVB=0.0213171;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16577;STB=0.601596;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0198321;OID=.;OPOS=132141692;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:11:16:10:15:11:16:10:16 chr6 132204889 . A T 221.1 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0144861;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.657;QD=23.9024;RBI=0.023718;REFB=-0.00943034;REVB=0.0187803;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104009;STB=0.558084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00652241;OID=.;OPOS=132204889;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:7:9:9:12:7:9 chr6 132212742 . A C 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00120425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.935;QD=16.4058;RBI=0.0370459;REFB=-0.00958613;REVB=0.0370264;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110374;STB=0.555519;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0106341;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:37:31:31:0.455882:12:19:18:18:12:19:19:18 chr6 132212808 . C T 173.82 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0619761;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5122;QD=18.2966;RBI=0.0662717;REFB=-0.0176912;REVB=-0.0234714;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151842;STB=0.523783;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0296302;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:10:8:9:12:10:8:8:12 chr6 132271952 . G C 784.07 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170363;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4967;QD=64.0056;RBI=0.0649206;REFB=0;REVB=0.0626454;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589355;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:1:0:47:49:1:26:21:0:1:27:22:0:0 chr6 132271959 . T G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7092;QD=57.1768;RBI=0.0771811;REFB=0;REVB=-0.0299255;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100134;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr6 132271980 . T G 721.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7546;QD=55.4656;RBI=0.108795;REFB=0;REVB=0.0557397;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010229;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:52:0:0:46:52:1:31:15:0:0:34:18:0:0 chr6 132859609 . T A 1819.59 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352801;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.455;QD=61.1626;RBI=0.0474616;REFB=0;REVB=0.0317477;RO=0;SAF=78;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127491;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:40:78:0:0:41:78:0:0 chr6 132909865 . T A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0184091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.942;QD=25.4984;RBI=0.0479316;REFB=-0.0320515;REVB=0.0442554;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486154;STB=0.527003;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.015834;OID=.;OPOS=132909865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:8:8:10:13:8:8 chr6 132910612 . G A 270.54 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0146019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7905;QD=14.4285;RBI=0.0169814;REFB=-0.0198053;REVB=0.00866905;RO=44;SAF=8;SAR=23;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104682;STB=0.559748;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0288481;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:23:8:15:29:23:8:15:29 chr6 132938817 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0149782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.444;QD=12.1823;RBI=0.0149998;REFB=-0.0117028;REVB=-0.000803405;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.567427;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0203211;OID=.;OPOS=132938817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:3:7:9:4:3:7:9:6 chr6 132966207 . T C 106.07 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0203531;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.0599;QD=8.31898;RBI=0.0576578;REFB=0.00673601;REVB=-0.053946;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208369;STB=0.637174;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.018344;OID=.;OPOS=132966207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:38:37:14:14:0.27451:8:6:23:15:8:6:23:14 chr6 133035098 . G A 829.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.829;QD=57.1746;RBI=0.0179993;REFB=0;REVB=-0.0174727;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300889;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr6 133052616 . C T 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0126862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.487;QD=11.6206;RBI=0.0424898;REFB=-0.0222908;REVB=-0.0405518;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703432;STB=0.540943;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0294507;OID=.;OPOS=133052616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:9:11:17:18:9:11:17:18 chr6 133070995 . G T 929.37 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.921;QD=58.0853;RBI=0.0652492;REFB=0;REVB=0.0336346;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.90984e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:40:24:0:0 chr6 133074663 . T C 154.41 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0377555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9893;QD=14.7056;RBI=0.0785736;REFB=-0.01065;REVB=-0.0689082;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429684;STB=0.806028;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0308199;OID=.;OPOS=133074663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:25:17:17:0.404762:15:2:9:12:15:2:13:12 chr6 133594108 . A G 35.07 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.0152201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3822;QD=1.44605;RBI=0.0695857;REFB=-0.00357527;REVB=-0.0679008;RO=87;SAF=7;SAR=2;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405583;STB=0.814007;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0322327;OID=.;OPOS=133594108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:87:88:9:9:0.0927835:2:7:36:51:2:7:36:52 chr6 133789728 . G A 102.39 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0233054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.784;QD=7.72748;RBI=0.0415781;REFB=-0.00746284;REVB=-0.0344325;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1389;STB=0.584788;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0299607;OID=.;OPOS=133789728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:7:7:15:24:7:7:15:24 chr6 133849966 . C T 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00394944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.903;QD=14.0542;RBI=0.00502422;REFB=0.000494947;REVB=-0.0031056;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275862;STB=0.650151;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.000873759;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:35:25:25:0.416667:17:8:20:14:17:8:20:15 chr6 133850246 . AC A 223.33 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00683906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.836;QD=15.9521;RBI=0.045687;REFB=0.0286502;REVB=-0.0451723;RO=20;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.0241883;STB=0.522458;STBP=0.728;TYPE=del;VARB=-0.00116086;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:31:56:32:56:24:17:15:14:10:99:20:16:15:11:9 chr6 134308798 . A G 380.5 PASS AF=0.39823;AO=45;DP=113;FAO=45;FDP=113;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=44;FWDB=0.00816963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0052;QD=13.4689;RBI=0.0592347;REFB=-0.0270539;REVB=-0.0586686;RO=68;SAF=29;SAR=16;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30518;STB=0.672259;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.042194;OID=.;OPOS=134308798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:68:68:45:45:0.39823:16:29:24:44:16:29:24:44 chr6 134323257 . G T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00680574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.701;QD=11.6672;RBI=0.0437696;REFB=-0.00277522;REVB=-0.0432372;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287281;STB=0.663536;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00642276;OID=.;OPOS=134323257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:11:3:11:14:11:3:11:15 chr6 134454784 . G T 34.86 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0209428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7724;QD=4.80774;RBI=0.0488283;REFB=-0.00282165;REVB=0.044109;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180615;STB=0.61361;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0100305;OID=.;OPOS=134454784;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:5:1:6:16:5:1:6:17 chr6 134454835 . C T 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0545913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6673;QD=4.92174;RBI=0.0710702;REFB=0.0027867;REVB=-0.0455056;RO=32;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127777;STB=0.591625;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0207728;OID=.;OPOS=134454835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:32:33:8:8:0.195122:5:3:9:23:5:3:9:24 chr6 134493397 . G A 146.62 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0546829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.016;QD=16.7567;RBI=0.0550479;REFB=-0.0119447;REVB=0.00632844;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202667;STB=0.628421;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0191637;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:15:16:0.457143:8:7:5:14:8:8:5:14 chr6 135263557 . C A 171.24 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00467947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.38;QD=9.13301;RBI=0.0145985;REFB=-0.00369906;REVB=0.0138282;RO=48;SAF=15;SAR=8;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456448;STB=0.501278;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00629474;OID=.;OPOS=135263557;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:52:23:23:0.306667:8:15:33:15:8:15:34:18 chr6 135286224 . TGC T,TG 59.42 PASS AF=0,0.346154;AO=5,3;DP=25;FAO=0,9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.129578,0.0458494;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=114.714,24.4584;QD=9.14228;RBI=0.130659,0.0510286;REFB=0.0098094,0.00923802;REVB=-0.0167717,0.0223999;RO=17;SAF=5,3;SAR=0,0;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.757217,0.692296;STB=0.5,0.888025;STBP=1,0.012;TYPE=del,del;VARB=0,0.00128394;OID=.,.;OPOS=135286225,135286226;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.346154:5,3:25:0,9:26:17:0,8:0,1:5:12:58:17:5,3:0,0:5:12 chr6 135286230 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0550037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.624;QD=18.6449;RBI=0.0550587;REFB=-0.0148493;REVB=-0.00246001;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156693;STB=0.589347;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0173386;OID=.;OPOS=135286230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:5:8:6:8:5:8 chr6 135358916 . G A 175.58 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00130148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9629;QD=13.7713;RBI=0.045705;REFB=0.0181089;REVB=0.0456864;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10265;STB=0.559061;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0249909;OID=.;OPOS=135358916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:20:11:9:11:20:11 chr6 135375762 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00214982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.385;QD=14.3345;RBI=0.00234639;REFB=0.00107198;REVB=0.000940119;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306575;STB=0.517787;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00201785;OID=.;OPOS=135375762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:13:13:8:9:13:13 chr6 135523774 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.703;QD=56.1916;RBI=0.0164697;REFB=0;REVB=-0.0164094;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.90136e-05;OID=.;OPOS=135523774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 135539396 . AC AA,CA 121.79 PASS AF=0.0789474,0.157895;AO=6,12;DP=76;FAO=6,12;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=5,11;FSAR=1,1;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0132744,0.0194194;FXX=0;HRUN=1,8;LEN=1,2;MLLD=171.77,36.5157;QD=6.40997;RBI=0.0150181,0.0414216;REFB=-0.00474827,-0.0114895;REVB=-0.00702365,-0.0365874;RO=48;SAF=5,11;SAR=1,1;SRF=26;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.362174,0.553678;STB=0.808168,0.88688;STBP=0.162,0.007;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0500836,-0.0062534;OID=.,.;OPOS=135539397,135539396;OREF=C,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:76:76:48:55:6,12:6,12:0.0789474,0.157895:1,1:5,11:26:22:1,1:5,11:28:27 chr6 136359280 . C CG,CGG 486.18 PASS AF=1,0;AO=50,7;DP=68;FAO=67,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0669872,-0.0351376;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.6496,9.34487;QD=29.0257;RBI=0.105613,0.0538325;REFB=0.0126956,0.020302;REVB=-0.0816508,-0.0407835;RO=10;SAF=30,0;SAR=20,7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.156665,-0.709885;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00306525,0;OID=.,.;OPOS=136359281,136359281;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:50,7:68:67,0:67:0:30,0:37,0:0:0:8:10:30,0:20,7:1:9 chr6 136359446 . A C 198.9 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.815;QD=46.8001;RBI=0.109836;REFB=0;REVB=0.0519175;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135457;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:9:8:0:0 chr6 136582417 . G A 36.65 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0224027;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.763;QD=4.18884;RBI=0.0224456;REFB=-0.00395093;REVB=0.00138691;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204699;STB=0.514238;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0450679;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:14:15:3:3:14:15 chr6 136582497 . G T 177.44 PASS AF=0.231405;AO=27;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=0.00732926;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.756;QD=5.86586;RBI=0.0180535;REFB=-0.00820116;REVB=-0.0164988;RO=94;SAF=19;SAR=8;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370238;STB=0.730697;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0314251;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:94:93:27:28:0.231405:8:19:38:56:8:20:38:55 chr6 136594292 . T C 61.95 PASS AF=0.127451;AO=13;DP=101;FAO=13;FDP=102;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0152848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.33;QD=2.42952;RBI=0.0168025;REFB=-0.000974161;REVB=-0.00697858;RO=88;SAF=9;SAR=4;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201424;STB=0.648667;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0102815;OID=.;OPOS=136594292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:101:102:88:89:13:13:0.127451:4:9:47:41:4:9:47:42 chr6 136597004 . A G 73.71 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.0176295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.89;QD=2.80786;RBI=0.0220975;REFB=-0.00278458;REVB=0.0133229;RO=88;SAF=7;SAR=8;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983329;STB=0.556887;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0217495;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:105:105:88:90:15:15:0.142857:8:7:48:40:8:7:48:42 chr6 136597262 . T C 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0146109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.239;QD=6.90641;RBI=0.0196657;REFB=-0.00942979;REVB=-0.0131629;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193791;STB=0.501988;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.027703;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:34:35:11:11:0.23913:6:5:16:18:6:5:16:19 chr6 136597281 . A T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0088863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.181;QD=9.85843;RBI=0.010497;REFB=-0.00665891;REVB=0.0055876;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152806;STB=0.509211;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0171971;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:16:13:6:7:16:13 chr6 136597288 . A C 75.07 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0306391;FXX=0.0769034;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.502;QD=8.34162;RBI=0.0385853;REFB=-0.0053946;REVB=-0.0234536;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230887;STB=0.527722;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0698696;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:39:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:13:12:5:5:14:12 chr6 136599393 . G C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00400867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.7;QD=6.929;RBI=0.0186126;REFB=-0.00554031;REVB=0.0181758;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35867;STB=0.726564;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0181493;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:5:10:2:4:5:10 chr6 136599822 . C G 100.99 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0128986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.155;QD=5.68973;RBI=0.0129387;REFB=-0.00924509;REVB=0.0010183;RO=53;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116287;STB=0.507033;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0413667;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:53:55:16:16:0.225352:8:8:26:27:8:8:27:28 chr6 136599836 . G A 92.11 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.114352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6899;QD=5.26329;RBI=0.11675;REFB=-0.0169505;REVB=-0.0235391;RO=54;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102282;STB=0.572157;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0628485;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:54:55:15:15:0.214286:6:9:28:26:6:9:28:27 chr6 136599842 . G A 74.39 PASS AF=0.185714;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.082674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2331;QD=4.25112;RBI=0.094236;REFB=-0.00898695;REVB=-0.0452264;RO=52;SAF=8;SAR=5;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976094;STB=0.587837;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0524886;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:70:52:57:13:13:0.185714:5:8:28:24:5:8:29:28 chr6 136682172 . G A 186.63 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0103375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1426;QD=27.6489;RBI=0.139539;REFB=0.00880178;REVB=0.139156;RO=9;SAF=14;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905624;STB=0.550503;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000766849;OID=.;OPOS=136682172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:4:14:6:3:4:14:6:3 chr6 136977568 . T C 49.91 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0124426;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.618;QD=11.7435;RBI=0.0227968;REFB=-0.00109147;REVB=0.0191018;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.578732;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000609957;OID=.;OPOS=136977568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:18:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:3:6:4:3:3:7 chr6 137321402 . G C 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0467398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5132;QD=13.0874;RBI=0.049723;REFB=-0.0397288;REVB=0.0169636;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950368;STB=0.555473;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0312224;OID=.;OPOS=137321402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:6:14:8:5:6:14 chr6 137323213 . G A 207.88 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00135828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.135;QD=13.4117;RBI=0.0177651;REFB=-0.0146872;REVB=0.0177131;RO=36;SAF=14;SAR=11;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335915;STB=0.51174;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0187389;OID=.;OPOS=137323213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:11:14:19:17:11:14:20:17 chr6 137325847 . C T 709.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4174;QD=55.6126;RBI=0.0568818;REFB=0;REVB=-0.00689421;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468825;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:35:12:0:0:35:16:0:0 chr6 137519238 . A G 183.86 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00250342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2398;QD=10.0744;RBI=0.00949649;REFB=-0.0101395;REVB=0.00916058;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238477;STB=0.507456;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0268439;OID=.;OPOS=137519238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:24:24:0.328767:13:11:23:25:13:11:23:26 chr6 138413269 . A G 650.94 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0426;QD=61.9941;RBI=0.0703389;REFB=0;REVB=-0.00348826;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066325;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:19:22:0:0:19:23:0:0 chr6 138413333 . G C 483.28 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000649877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.309;QD=58.5792;RBI=0.0620309;REFB=0;REVB=0.0620275;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208038;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:16:16:0:1:17:16:0:0 chr6 138539183 . A AG 154.5 PASS AF=0.547619;AO=20;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0165395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.9103;QD=14.7142;RBI=0.118691;REFB=0.0746118;REVB=0.117533;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196241;STB=0.549957;STBP=0.474;TYPE=ins;VARB=-0.0595619;OID=.;OPOS=138539184;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.547619:20:42:23:42:19:12:11:12:7:99:21:11:9:12:9 chr6 138539315 . A G 379.8 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.013863;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8012;QD=16.5132;RBI=0.0163197;REFB=0.00188627;REVB=0.00861112;RO=52;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212529;STB=0.619673;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00119025;OID=.;OPOS=138539315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:14:26:23:29:14:26:23:29 chr6 138539556 . T C 212.62 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0164779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.122;QD=20.2493;RBI=0.0368538;REFB=-0.0137402;REVB=0.0329649;RO=21;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0126173;OID=.;OPOS=138539556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:9:12:12:9:9:12:12:9 chr6 138584685 . T G 761.61 PASS AF=0.625;AO=69;DP=111;FAO=70;FDP=112;FR=.;FRO=42;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.03441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.893;QD=27.2004;RBI=0.0348634;REFB=-0.0062453;REVB=0.00560393;RO=41;SAF=44;SAR=25;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107747;STB=0.559305;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00205834;OID=.;OPOS=138584685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:41:42:69:70:0.625:25:44:20:21:26:44:20:22 chr6 138645228 . G A 277.11 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0302337;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.674;QD=15.3948;RBI=0.0351902;REFB=-0.019687;REVB=0.0180076;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182243;STB=0.602772;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0242329;OID=.;OPOS=138645228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:26:15:17:14:26:15 chr6 138734029 . A C 555.98 PASS AF=0.55;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0109932;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5006;QD=22.239;RBI=0.0110016;REFB=-0.0247203;REVB=-0.000427755;RO=42;SAF=28;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493849;STB=0.530943;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.016547;OID=.;OPOS=138734029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:42:45:55:55:0.55:27:28:24:18:27:28:26:19 chr6 138753090 . C T 41.05 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0693347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.2962;QD=3.90948;RBI=0.0699451;REFB=0.00637105;REVB=-0.00922092;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248463;STB=0.673247;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0363893;OID=.;OPOS=138753090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:17:18:5:2:17:18 chr6 139013015 . G A 235.95 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0098931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.267;QD=19.2614;RBI=0.0298099;REFB=-0.0242555;REVB=-0.0281204;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209355;STB=0.618272;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0324072;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:16:10:14:9:16:10 chr6 139013227 . TC T 156.64 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00553508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.749;QD=15.2815;RBI=0.0309609;REFB=-0.0212668;REVB=0.0304621;RO=18;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=0.0766139;STB=0.553486;STBP=0.493;TYPE=del;VARB=0.0426309;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.560976:22:41:23:41:18:9:14:5:13:88:18:8:14:5:13 chr6 139013263 . A C 180.29 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0182953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.15;QD=20.0322;RBI=0.0182969;REFB=-0.00854718;REVB=-0.000236827;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132909;STB=0.550434;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.012762;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:13:5:7:10:13:6:7:10 chr6 139013283 . T TC 77.82 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0834789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.6519;QD=14.1483;RBI=0.0853882;REFB=-0.00892018;REVB=-0.0179564;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411341;STB=0.719552;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.00696924;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:23:11:22:11:2:9:6:5:73:12:2:9:7:5 chr6 139017815 . A G 1606.93 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.471;QD=60.0723;RBI=0.0514597;REFB=0;REVB=-0.0328845;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2558e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:63:44:0:0:63:44:0:0 chr6 139017832 . C T 650.4 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00301786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.465;QD=27.9743;RBI=0.0155401;REFB=0.00874449;REVB=0.0152443;RO=35;SAF=26;SAR=31;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142626;STB=0.570415;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00530418;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:35:36:57:57:0.612903:31:26:9:26:31:26:10:26 chr6 139097232 . C T 362.34 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234059;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.437;QD=55.7453;RBI=0.0386966;REFB=0;REVB=0.0308155;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278085;OID=.;OPOS=139097232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr6 139180200 . T C 284.1 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00230148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3388;QD=15.1518;RBI=0.0357148;REFB=0.00823785;REVB=0.0356406;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253845;STB=0.64248;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0103057;OID=.;OPOS=139180200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:15:17:12:31:15:17:12:31 chr6 139355580 . A T 178.51 PASS AF=0.431818;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0196195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.816;QD=16.2279;RBI=0.0209358;REFB=-0.0182978;REVB=-0.0073064;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115251;STB=0.57694;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0287224;OID=.;OPOS=139355580;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:25:18:19:0.431818:6:12:14:11:6:13:14:11 chr6 141004964 . G GT,T 1786.1 PASS AF=0.960938,0.0390625;AO=103,13;DP=140;FAO=123,5;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=43,2;FSAR=80,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112568,-0.0741004;FXX=0.0303007;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=24.9373,7.72171;QD=55.8157;RBI=0.116345,0.078904;REFB=0,0;REVB=0.0294041,0.0271106;RO=17;SAF=27,10;SAR=76,3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.106255,0.21212;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00154095,0.0371259;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:140:128:17:0:103,13:123,5:0.960938,0.0390625:76,3:27,10:10:7:80,3:43,2:0:0 chr6 141807392 . G A 318.38 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0142144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.745;QD=18.1929;RBI=0.0160668;REFB=-0.0083707;REVB=0.00748954;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102304;STB=0.556962;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00845315;OID=.;OPOS=141807392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:15:19:24:12:15:19:24:12 chr6 142396790 . G T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0248008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.774;QD=23.0935;RBI=0.044662;REFB=-0.00623039;REVB=-0.0371432;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103108;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00406247;OID=.;OPOS=142396790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:5:7:12:5:5:7 chr6 142718801 . G A 711.83 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017401;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.036;QD=54.7561;RBI=0.0205176;REFB=-0.00637058;REVB=0.0108708;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000822292;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:1:0:28:23:1:0 chr6 142758631 . A G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2875;QD=58.2379;RBI=0.0452498;REFB=0;REVB=-0.0452169;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280462;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr6 143074700 . T C 1026.35 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.077;QD=59.4983;RBI=0.0350957;REFB=0;REVB=0.034535;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018293;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:30:39:0:0:30:39:0:0 chr6 143091263 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.357;QD=57.1775;RBI=0.0412029;REFB=0;REVB=0.0410449;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7251e-05;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr6 143382110 . T C 3746.06 PASS AF=0.951673;AO=250;DP=265;FAO=256;FDP=269;FR=.;FRO=13;FSAF=121;FSAR=135;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0385587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5791;QD=55.7035;RBI=0.0455695;REFB=0.0152679;REVB=0.0242859;RO=13;SAF=117;SAR=133;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00665124;STB=0.503188;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00435255;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:265:269:13:13:250:256:0.951673:133:117:7:6:135:121:7:6 chr6 143745915 . A G 912.26 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0734966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4398;QD=55.2885;RBI=0.0939728;REFB=-0.0651033;REVB=0.0585588;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.513885;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0150928;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:35:29:0:1:35:29:0:2 chr6 143792675 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00435699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.441;QD=7.46493;RBI=0.0554642;REFB=0.00893745;REVB=-0.0552928;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33863;STB=0.713674;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0110355;OID=.;OPOS=143792675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:7:10:2:5:7:10 chr6 143816859 . C T 173.38 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00657591;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.158;QD=12.8429;RBI=0.0175639;REFB=-0.00350183;REVB=0.0162864;RO=33;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144325;STB=0.583402;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00640694;OID=.;OPOS=143816859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:33:33:21:21:0.388889:8:13:16:17:8:13:16:17 chr6 144263491 . C CG 44.82 PASS AF=0.186441;AO=12;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0368751;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.2345;QD=3.03838;RBI=0.0437465;REFB=-0.0235204;REVB=-0.023537;RO=45;SAF=11;SAR=1;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63061;STB=0.905502;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.113273;OID=.;OPOS=144263492;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.186441:12:59:11:59:48:10:1:20:28:44:45:11:1:19:26 chr6 144537771 . T C 405.33 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0110033;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.331;QD=19.5338;RBI=0.0129812;REFB=-0.00329686;REVB=0.00688755;RO=42;SAF=2;SAR=39;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490995;STB=0.783424;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00415672;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:42:41:41:0.493976:39:2:11:31:39:2:11:31 chr6 144612964 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0293519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.124;QD=19.5232;RBI=0.0321843;REFB=-0.00258137;REVB=-0.0132022;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323957;STB=0.688208;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00377151;OID=.;OPOS=144612964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:2:12:7:5:2:12:7:5 chr6 144665357 . T C 160.8 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=65;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0138531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.902;QD=9.74559;RBI=0.0206254;REFB=-1.05646e-05;REVB=0.0152807;RO=43;SAF=18;SAR=3;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526015;STB=0.823206;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00219304;OID=.;OPOS=144665357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:44:21:22:0.333333:3:18:19:24:3:19:19:25 chr6 144852201 . G A 591.75 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.504;QD=56.3568;RBI=0.0398388;REFB=-0.0689799;REVB=-0.0335645;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00502786;OID=.;OPOS=144852201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:40:40:0.952381:20:20:1:0:20:20:1:1 chr6 144863944 . T C 320.47 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0335653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.906;QD=27.274;RBI=0.0342776;REFB=-0.0143311;REVB=0.00695161;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018837;STB=0.510393;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0111786;OID=.;OPOS=144863944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:11:17:12:7:11:17:12:7 chr6 144869785 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0048607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.295;QD=56.0117;RBI=0.0297783;REFB=0.0972617;REVB=0.0293789;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00043891;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:14:20:0:0:14:20:0:1 chr6 145051594 . G A 142.63 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.048533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.673;QD=14.2625;RBI=0.0509908;REFB=0.00334601;REVB=-0.01564;RO=23;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484779;STB=0.812726;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00484507;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:15:1:7:16:15:1:8:16 chr6 145167978 . C G 383.49 PASS AF=0.326531;AO=47;DP=146;FAO=48;FDP=147;FR=.;FRO=99;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=50;FSRR=49;FWDB=0.00192486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.427;QD=10.435;RBI=0.00194183;REFB=-0.010501;REVB=0.000256136;RO=97;SAF=22;SAR=25;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432122;STB=0.531503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0229293;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:97:99:47:48:0.326531:25:22:49:48:26:22:50:49 chr6 145822992 . A G 190.61 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0553906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4533;QD=15.2491;RBI=0.0617838;REFB=-0.0147224;REVB=0.0273701;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124427;STB=0.579922;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0422873;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:10:10:11:18:10:10:11:19 chr6 145823642 . G A 192.4 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0285626;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.063;QD=13.9927;RBI=0.0309598;REFB=-0.0106599;REVB=-0.011945;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190928;STB=0.599913;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.013624;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:32:32:21:23:0.418182:13:8:18:14:14:9:18:14 chr6 146125793 . A T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00483188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8106;QD=13.4869;RBI=0.0156026;REFB=0.00101904;REVB=0.0148356;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.000707828;OID=.;OPOS=146125793;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:4:7:5:4:4:7 chr6 146126419 . C T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0164076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.938;QD=12.0516;RBI=0.0351378;REFB=0.00358162;REVB=-0.0310718;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242158;STB=0.643262;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00370868;OID=.;OPOS=146126419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:4:9:4:5:4:9 chr6 146207563 . A G 98.07 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00464988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.824;QD=14.0098;RBI=0.0138902;REFB=-0.04446;REVB=0.0130888;RO=16;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37532;STB=0.659715;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0496802;OID=.;OPOS=146207563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:16:16:11:12:0.428571:9:2:8:8:9:3:8:8 chr6 146234644 . G A 194.06 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0301167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8698;QD=24.2576;RBI=0.0301525;REFB=0.0224714;REVB=-0.00146934;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470885;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.0279511;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:7:6:10:9:7:6 chr6 146243916 . T C 395.12 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.00494637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.5475;QD=22.9056;RBI=0.0131055;REFB=-0.0432401;REVB=-0.0121362;RO=30;SAF=10;SAR=29;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137935;STB=0.575279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0144799;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:29:10:4:26:29:10:4:26 chr6 146755140 . G A,C 550.17 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=33,3;DP=36;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236805,-0.0203494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=84.3183,53.417;QD=57.9125;RBI=0.0261305,0.0336552;REFB=0,0;REVB=-0.011047,-0.0268063;RO=0;SAF=10,3;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00123169,0.0036415;OID=.,.;OPOS=146755140,146755140;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:36:38:0:0:33,3:36,2:0.947368,0.0526316:23,0:10,3:0:0:24,0:12,2:0:0 chr6 146755324 . T C 374.69 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.882;QD=55.5103;RBI=0.00766795;REFB=0;REVB=-0.00182212;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38733e-05;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr6 146755515 . T G 718.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.822;QD=62.4494;RBI=0.0569345;REFB=0;REVB=0.018242;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103669;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:30:13:0:0:32:14:0:0 chr6 146755841 . C CA 1374.85 PASS AF=1;AO=15;DP=103;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129655;FXX=0.019998;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.109;QD=56.1165;RBI=0.150112;REFB=0;REVB=-0.0756507;RO=85;SAF=1;SAR=14;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.645161;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00394176;OID=.;OPOS=146755842;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:103:98:98:0:50:48:0:0:8:85:1:14:50:35 chr6 146755842 . C A 1075.61 PASS AF=0.808081;AO=79;DP=99;FAO=80;FDP=99;FR=.;FRO=19;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0560753;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=143.22;QD=43.4591;RBI=0.0603271;REFB=-0.13676;REVB=0.0222467;RO=17;SAF=47;SAR=32;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159244;STB=0.572716;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0026604;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:99:99:17:19:79:80:0.808081:32:47:2:15:33:47:4:15 chr6 147049868 . G A 170.22 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00581634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.162;QD=25.2183;RBI=0.0104726;REFB=-0.0195149;REVB=-0.00870891;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552779;STB=0.502615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128342;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:9:10:17:17:0.62963:12:5:2:7:12:5:3:7 chr6 147106841 . A G 118.59 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0389107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.1759;QD=13.553;RBI=0.0690733;REFB=-0.00743046;REVB=0.0570708;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.557295;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.013762;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:21:13:14:0.4:7:6:10:9:8:6:11:10 chr6 147109561 . C A,CA 31.48 PASS AF=0,0.222222;AO=2,6;DP=37;FAO=0,8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0181123,0.0188123;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=120.533,16.2715;QD=3.49816;RBI=0.0181169,0.0451155;REFB=-0.00281726,-0.0582405;REVB=-0.000409688,-0.0410062;RO=28;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.451606,-0.389479;STB=0.5,0.815764;STBP=1,0.084;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.162754;OID=.,.;OPOS=147109561,147109562;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:37:36:28:28:2,6:0,8:0,0.222222:2,5:0,1:13:15:0,7:0,1:13:15 chr6 147136212 . A T 771.07 PASS AF=0.673267;AO=68;DP=101;FAO=68;FDP=101;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.03615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.267;QD=30.5373;RBI=0.0362035;REFB=-0.0160876;REVB=0.00196822;RO=32;SAF=31;SAR=37;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675339;STB=0.540633;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00634623;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:32:33:68:68:0.673267:37:31:11:21:37:31:11:22 chr6 147136244 . A G 1169.13 PASS AF=1;AO=70;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177878;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6387;QD=58.4563;RBI=0.177986;REFB=0;REVB=-0.00621701;RO=9;SAF=18;SAR=52;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187474;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00824702;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:9:0:70:80:1:52:18:9:0:52:28:0:0 chr6 147635385 . C G 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00664046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.736;QD=8.89835;RBI=0.0092579;REFB=-0.00325845;REVB=0.00645081;RO=48;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05984;STB=0.535531;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00534564;OID=.;OPOS=147635385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:12:9:23:25:12:9:23:25 chr6 147635413 . A G 161.12 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00921795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.408;QD=9.34015;RBI=0.0376687;REFB=-0.00175459;REVB=0.0365234;RO=47;SAF=10;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947865;STB=0.509275;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00514924;OID=.;OPOS=147635413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:47:21:22:0.318841:11:10:22:25:12:10:22:25 chr6 147680359 . A G 321.78 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.038164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9379;QD=23.8354;RBI=0.042208;REFB=-0.0164951;REVB=-0.0180286;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113462;STB=0.562461;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0129448;OID=.;OPOS=147680359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:13:9:18:14:13:9 chr6 147886107 . C G 1218.48 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9882;QD=60.9239;RBI=0.0610549;REFB=0;REVB=0.0558214;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145631;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590081;OID=.;OPOS=147886107;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:32:47:0:1:33:47:0:0 chr6 148792617 . A G 46.71 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.011954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4099;QD=3.66364;RBI=0.0127814;REFB=-0.0113109;REVB=0.00452392;RO=43;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435775;STB=0.784193;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0643496;OID=.;OPOS=148792617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:51:51:43:43:8:8:0.156863:3:5:11:32:3:5:11:32 chr6 148865257 . A G 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0381638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.959;QD=14.6564;RBI=0.0382042;REFB=-0.0192458;REVB=-0.00175721;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0368994;OID=.;OPOS=148865257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr6 149068612 . C G 66.11 PASS AF=0.185185;AO=9;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0141333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.0028;QD=4.89688;RBI=0.0371075;REFB=-0.06646;REVB=-0.0343105;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372492;STB=0.66637;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.143901;OID=.;OPOS=149068612;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:54:36:41:9:10:0.185185:4:5:9:27:5:5:12:29 chr6 149700491 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00343245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.34;QD=12.0206;RBI=0.0220339;REFB=0.00379733;REVB=-0.0217649;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287281;STB=0.672219;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0138571;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:3:11:14:11:3:11:14:11 chr6 149721690 . G A 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.918;QD=55.0837;RBI=0.0415318;REFB=0;REVB=-0.0304419;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590049;OID=.;OPOS=149721690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 149721963 . T TC 258.68 PASS AF=1;AO=3;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00401041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.8939;QD=43.1138;RBI=0.00903631;REFB=0;REVB=-0.00809762;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000587896;OID=.;OPOS=149721964;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:24:24:24:0:17:7:0:0:5:21:1:2:16:5 chr6 149721965 . T C 251.12 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0150109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4294;QD=41.8537;RBI=0.0498826;REFB=-0.122564;REVB=-0.0475704;RO=3;SAF=16;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125326;STB=0.568459;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0178398;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:5:16:1:2:5:16:1:2 chr6 149722040 . A G 304.94 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0001;QD=53.0337;RBI=0.0520449;REFB=0;REVB=0.0408319;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863593;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 149730846 . G A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00458937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3105;QD=11.4256;RBI=0.0604579;REFB=-0.0251125;REVB=-0.0602834;RO=36;SAF=8;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190576;STB=0.602551;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0554822;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:37:21:21:0.362069:13:8:20:16:13:8:20:17 chr6 149953981 . C T 1344.16 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234155;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.951;QD=62.5189;RBI=0.0245082;REFB=0;REVB=0.0243961;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64921e-05;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr6 149983216 . G A 328.01 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2066;QD=52.4811;RBI=0.0677723;REFB=0;REVB=0.0664301;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208396;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:10:14:0:1:11:14:0:0 chr6 150004779 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.821;QD=57.5446;RBI=0.0146448;REFB=0;REVB=0.00445755;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21463e-05;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr6 150067675 . A G 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.746;QD=62.6637;RBI=0.0626076;REFB=0;REVB=0.0610968;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398491;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr6 150093678 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.535;QD=53.9112;RBI=0.0341751;REFB=0;REVB=0.0314715;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81078e-05;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr6 150093682 . C T 320.3 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0604114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.629;QD=53.3837;RBI=0.102475;REFB=0;REVB=-0.0827746;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00377799;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:8:15:0:0:8:16:0:0 chr6 150114745 . G A 561.09 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00448213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.119;QD=57.548;RBI=0.0211373;REFB=-0.0492952;REVB=0.0206567;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00556292;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:23:15:1:0 chr6 150209717 . C G 888.61 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242751;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.645;QD=58.2694;RBI=0.0263464;REFB=0;REVB=0.0102398;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002251;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr6 150210681 . G A 766.21 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.4;QD=63.8508;RBI=0.0403748;REFB=0;REVB=-0.00133662;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118205;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 150210685 . C T 772.02 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199103;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.242;QD=64.3347;RBI=0.0643756;REFB=0;REVB=0.0612192;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054427;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 150211123 . A T 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.362;QD=57.6364;RBI=0.0309869;REFB=0.0217834;REVB=0.0273126;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113897;STB=0.506022;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000491752;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:41:27:0:1:41:27:0:1 chr6 150212003 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1965;QD=62.9792;RBI=0.0226413;REFB=0;REVB=0.0225808;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311967;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr6 150239330 . C T 544.44 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7985;QD=57.309;RBI=0.0567092;REFB=-0.0772434;REVB=0.0535908;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00366115;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:38:1:1:35:37:0.973684:16:19:0:1:16:21:0:1 chr6 150240829 . G C 1647.04 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0479743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8374;QD=58.3024;RBI=0.0600086;REFB=-0.0165434;REVB=-0.0360487;RO=2;SAF=58;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000758219;STB=0.500399;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000364801;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:53:58:1:1:53:58:1:1 chr6 150267527 . A C 186.23 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0156313;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6262;QD=18.6233;RBI=0.0388706;REFB=-0.0171282;REVB=0.0355891;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131428;STB=0.574392;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0215159;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:9:10:14:7:9:10:14:7 chr6 150342232 . G A 244.26 PASS AF=0.285714;AO=34;DP=121;FAO=34;FDP=119;FR=.;FRO=85;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.020296;FXX=0.0165276;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.425;QD=8.21049;RBI=0.0225613;REFB=-0.00417457;REVB=-0.00985308;RO=84;SAF=14;SAR=20;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135343;STB=0.575923;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00911081;OID=.;OPOS=150342232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:84:85:34:34:0.285714:20:14:44:40:20:14:44:41 chr6 150346532 . T C 175.89 PASS AF=0.327273;AO=16;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0208707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.206;QD=12.7917;RBI=0.0577658;REFB=-0.0355206;REVB=-0.0538637;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505947;STB=0.503429;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.058533;OID=.;OPOS=150346532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:16:18:0.327273:7:9:20:13:7:11:20:13 chr6 150385730 . T G 221.47 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0273528;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.669;QD=11.812;RBI=0.0321826;REFB=-0.0152959;REVB=0.0169571;RO=47;SAF=24;SAR=3;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369949;STB=0.730559;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0197079;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:48:27:27:0.36:3:24:32:15:3:24:32:16 chr6 150716533 . T A 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0139367;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.232;QD=28.1917;RBI=0.0199376;REFB=0.00262855;REVB=0.0142575;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393343;STB=0.52172;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00153416;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:12:11:7:6:12:11:7:6 chr6 150716696 . TG CA 198.23 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000884779;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=242.299;QD=25.5782;RBI=0.000889697;REFB=-0.0237122;REVB=9.34181e-05;RO=12;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138976;STB=0.577693;STBP=0.293;TYPE=mnp;VARB=0.013312;OID=.;OPOS=150716696;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:12:12:19:19:0.612903:13:6:6:6:13:6:6:6 chr6 150717640 . T C 379.62 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.016342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.882;QD=22.007;RBI=0.0246379;REFB=-0.000972168;REVB=-0.0184381;RO=31;SAF=20;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165099;STB=0.590862;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00101965;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:18:20:10:21:18:20:10:21 chr6 150722187 . TG CA 414.4 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=74;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0175279;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=2;MLLD=201.049;QD=22.7068;RBI=0.0177938;REFB=-0.0269761;REVB=0.0030648;RO=31;SAF=20;SAR=20;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11532;STB=0.549574;STBP=0.352;TYPE=mnp;VARB=0.0244983;OID=.;OPOS=150722187;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:32:40:41:0.561644:20:20:11:20:21:20:12:20 chr6 151121915 . G A 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00086945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.36;QD=58.9627;RBI=0.0144571;REFB=0;REVB=0.0144309;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64986e-05;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr6 151152257 . A G 199.04 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0192037;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.048;QD=13.2692;RBI=0.0252604;REFB=-0.0119463;REVB=-0.0164105;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301498;STB=0.662034;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0182164;OID=.;OPOS=151152257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:36:24:24:0.4:10:14:10:25:10:14:11:25 chr6 151152656 . T C 208.87 PASS AF=0.341772;AO=25;DP=77;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0124652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.409;QD=10.5756;RBI=0.0142329;REFB=-0.00526915;REVB=-0.0068697;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893698;STB=0.55001;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0116636;OID=.;OPOS=151152656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:52:52:25:27:0.341772:13:12:29:23:14:13:29:23 chr6 151164764 . C T 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0176791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.21;QD=12.3034;RBI=0.0289472;REFB=-0.0180867;REVB=-0.0229214;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117647;STB=0.559954;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0303037;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:12:14:18:24:12:14:19:24 chr6 151336739 . C G 944.15 PASS AF=0.574324;AO=85;DP=149;FAO=85;FDP=148;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0485062;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3651;QD=25.5176;RBI=0.0486074;REFB=0.0215957;REVB=-0.00313511;RO=64;SAF=37;SAR=48;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02338;STB=0.509805;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0157157;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:64:63:85:85:0.574324:48:37:26:38:48:37:26:37 chr6 151362895 . CTTG C 73.56 PASS AF=0.294118;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.00162928;FXX=0.0555453;HRUN=2;LEN=3;MLLD=259.893;QD=5.76957;RBI=0.00278197;REFB=-0.007545;REVB=-0.00225496;RO=35;SAF=10;SAR=4;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401201;STB=0.533934;STBP=0.783;TYPE=del;VARB=0.0189463;OID=.;OPOS=151362896;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:14:53:15:51:36:11:4:25:11:73:35:10:4:24:11 chr6 151362942 . T C 190.97 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0274031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.715;QD=11.574;RBI=0.039697;REFB=-0.0093134;REVB=-0.0287215;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06408;STB=0.534498;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0185296;OID=.;OPOS=151362942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:40:42:24:24:0.363636:11:13:24:16:11:13:25:17 chr6 151670492 . A G 172.08 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0137484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0688;QD=26.4731;RBI=0.0202484;REFB=-0.0111663;REVB=-0.0148653;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028895;STB=0.51611;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0115441;OID=.;OPOS=151670492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:12:5:3:6:12:5:3:6 chr6 151766552 . G A 2205.04 PASS AF=1;AO=139;DP=141;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545624;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.801;QD=63.4544;RBI=0.0307818;REFB=0;REVB=0.0302943;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73809e-05;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:139:0:0:139:139:1:83:56:0:0:83:56:0:0 chr6 151859314 . A G 457.79 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.077;QD=55.4894;RBI=0.0431173;REFB=-0.0634252;REVB=0.00894367;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159589;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:0:32:33:1:17:15:1:0:17:16:0:0 chr6 151894505 . T C 512.39 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0821911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8554;QD=58.5592;RBI=0.0912336;REFB=0;REVB=-0.0396005;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241524;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:17:18:0:0 chr6 152129077 . T C 520.33 PASS AF=0.440945;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=127;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=-0.0066181;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.677;QD=16.3883;RBI=0.0254983;REFB=-0.00553684;REVB=-0.0246245;RO=68;SAF=34;SAR=22;SRF=46;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072883;STB=0.524113;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0073193;OID=.;OPOS=152129077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:127:68:71:56:56:0.440945:22:34:46:22:22:34:46:25 chr6 152201875 . T C 783.35 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.195;QD=55.9532;RBI=0.00489366;REFB=0;REVB=0.00111685;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263062;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr6 152265522 . G C 301.72 PASS AF=0.411765;AO=31;DP=83;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00887568;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.907;QD=14.1986;RBI=0.0110672;REFB=-0.0157122;REVB=-0.00661102;RO=51;SAF=16;SAR=15;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100208;STB=0.550579;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0239422;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:51:50:31:35:0.411765:15:16:31:20:17:18:30:20 chr6 152420095 . G A 203.59 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000276511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.243;QD=30.1609;RBI=0.0354581;REFB=-0.0669333;REVB=-0.035457;RO=7;SAF=15;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144283;STB=0.612116;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0157678;OID=.;OPOS=152420095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:27:7:8:19:19:0.703704:4:15:4:3:4:15:4:4 chr6 152422335 . C T 1050.21 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171936;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.33;QD=60.012;RBI=0.0529907;REFB=0;REVB=0.0529628;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144692;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:43:26:0:0:44:26:0:0 chr6 152443756 . C T 199.45 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0222758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.719;QD=15.6435;RBI=0.0396233;REFB=-0.0034427;REVB=-0.0327688;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509795;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0124604;OID=.;OPOS=152443756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:11:11:14:14:11:11:14:15 chr6 152446487 . C T 263.93 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0579979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9692;QD=15.3002;RBI=0.068719;REFB=-0.0257016;REVB=-0.0368583;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236785;STB=0.628394;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0321966;OID=.;OPOS=152446487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:21:9:20:18:21:9:20:19 chr6 152489294 . T C 373.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.289;QD=55.2784;RBI=0.0585491;REFB=0;REVB=0.0301517;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064979;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:18:8:0:0:18:9:0:0 chr6 152529260 . G A 712.18 PASS AF=0.618182;AO=64;DP=107;FAO=68;FDP=110;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0532749;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5502;QD=25.8975;RBI=0.0561442;REFB=-0.0240043;REVB=0.0177188;RO=42;SAF=31;SAR=33;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756544;STB=0.550946;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0154285;OID=.;OPOS=152529260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:42:42:64:68:0.618182:33:31:16:26:33:35:16:26 chr6 152540278 . A C 1300.72 PASS AF=0.946237;AO=87;DP=93;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000473912;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.562;QD=55.9449;RBI=0.00604696;REFB=-0.135752;REVB=-0.00602836;RO=5;SAF=38;SAR=49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384447;STB=0.502353;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.000773364;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:93:93:5:5:87:88:0.946237:49:38:2:3:49:39:2:3 chr6 152557425 . C G 180.72 PASS AF=0.389831;AO=20;DP=56;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00641723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.656;QD=12.252;RBI=0.0225099;REFB=-0.0180442;REVB=0.0215758;RO=35;SAF=4;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459016;STB=0.788869;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0450762;OID=.;OPOS=152557425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:35:36:20:23:0.389831:16:4:21:14:19:4:22:14 chr6 152640110 . G A 299.66 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.019661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.886;QD=13.9376;RBI=0.0349122;REFB=-0.00652349;REVB=0.0288497;RO=51;SAF=21;SAR=13;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109857;STB=0.501446;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.014004;OID=.;OPOS=152640110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:52:34:34:0.395349:13:21:32:19:13:21:32:20 chr6 152646279 . G C 450.96 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=94;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00298041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.975;QD=19.1896;RBI=0.0257801;REFB=-0.0215624;REVB=0.0256072;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209617;STB=0.506664;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0234809;OID=.;OPOS=152646279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:49:44:45:0.478723:26:18:19:30:27:18:19:30 chr6 152647681 . A T 767.32 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0186683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7069;QD=53.8472;RBI=0.019346;REFB=-0.058868;REVB=0.00507596;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00300628;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:55:56:0.982456:28:27:0:0:29:27:1:0 chr6 152651759 . C G 152.85 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0488286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0693;QD=22.6438;RBI=0.0688509;REFB=-0.0272363;REVB=0.0485409;RO=11;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939365;STB=0.553121;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0211788;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:3:13:8:3:3:13:8:3 chr6 152652034 . A T 958.38 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.557;QD=57.2166;RBI=0.0415172;REFB=-0.11681;REVB=0.0168968;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011667;STB=0.506171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000926499;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:1:0:26:40:1:0 chr6 152658140 . G GC 204.46 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.3524;QD=45.4343;RBI=0.0876773;REFB=0;REVB=0.0870868;RO=16;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.621068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00715444;OID=.;OPOS=152658141;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:18:18:0:7:11:0:0:4:16:2:0:5:11 chr6 152658142 . T C 177.4 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0309751;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0542;QD=39.4223;RBI=0.0345;REFB=-0.124037;REVB=0.0151919;RO=2;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151283;STB=0.583225;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.017594;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:18:2:2:16:16:0.888889:11:5:2:0:11:5:2:0 chr6 152665261 . C A 313.91 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0119084;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.449;QD=22.0289;RBI=0.0130116;REFB=-0.00826512;REVB=0.00524322;RO=25;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135252;STB=0.574654;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00639697;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:17:15:16:9:17:15:16:9 chr6 152674455 . A G 240.22 PASS AF=0.615385;AO=21;DP=36;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0103705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.695;QD=24.6375;RBI=0.016972;REFB=-0.0262086;REVB=0.0134351;RO=15;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149992;STB=0.601671;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0152013;OID=.;OPOS=152674455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:15:15:21:24:0.615385:8:13:12:3:11:13:12:3 chr6 152675854 . A G 738.56 PASS AF=0.583333;AO=68;DP=120;FAO=70;FDP=120;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0358019;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.461;QD=24.6185;RBI=0.035802;REFB=-0.0107093;REVB=-7.59187e-05;RO=50;SAF=31;SAR=37;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598054;STB=0.538377;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00998029;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:50:50:68:70:0.583333:37:31:19:31:37:33:19:31 chr6 152683413 . G T 990.06 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252935;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.421;QD=59.1082;RBI=0.076101;REFB=0;REVB=0.0717747;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233522;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr6 152694184 . T C 661.5 PASS AF=0.604167;AO=57;DP=95;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00825065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.919;QD=27.5624;RBI=0.0552822;REFB=-0.00153431;REVB=0.054663;RO=38;SAF=30;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771471;STB=0.54482;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0010472;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:38:38:57:58:0.604167:27:30:16:22:27:31:16:22 chr6 152772264 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00670273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4478;QD=57.2341;RBI=0.021359;REFB=0;REVB=0.0202801;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104571;OID=.;OPOS=152772264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr6 152776750 . G A 169.21 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0576339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9264;QD=13.0158;RBI=0.0586112;REFB=-0.0176805;REVB=0.0106586;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898566;STB=0.562437;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0230827;OID=.;OPOS=152776750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:12:8:15:16:12:8:16:16 chr6 152777819 . G A 804.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.777;QD=64.385;RBI=0.0488756;REFB=0;REVB=0.025853;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176466;OID=.;OPOS=152777819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:18:32:0:0 chr6 153080061 . T C 465.37 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.156;QD=56.409;RBI=0.0374988;REFB=0;REVB=0.0104054;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026506;OID=.;OPOS=153080061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:14:19:0:0 chr6 153296541 . G C 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6605;QD=57.679;RBI=0.0699445;REFB=0;REVB=-0.0263445;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007864;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr6 153315695 . C T 449.99 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00442822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.72;QD=14.5159;RBI=0.0116587;REFB=-0.015197;REVB=-0.010785;RO=72;SAF=28;SAR=23;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179569;STB=0.596454;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0280114;OID=.;OPOS=153315695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:72:73:51:51:0.41129:23:28:27:45:23:28:28:45 chr6 153315921 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.451;QD=50.407;RBI=0.0572982;REFB=0;REVB=0.00650071;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401257;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr6 153316326 . A G 167.92 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.023717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5366;QD=8.83785;RBI=0.0313812;REFB=-0.00212236;REVB=-0.0205495;RO=53;SAF=13;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04656;STB=0.527526;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0041282;OID=.;OPOS=153316326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:23:23:0.302632:10:13:32:21:10:13:32:21 chr6 153323594 . C T 1461.75 PASS AF=0.971154;AO=98;DP=104;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0182766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3887;QD=56.221;RBI=0.0540789;REFB=-0.011484;REVB=0.0508969;RO=3;SAF=40;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342464;STB=0.516851;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000450096;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:104:3:3:98:101:0.971154:58:40:3:0:58:43:3:0 chr6 153365100 . A C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.905;QD=58.7813;RBI=0.0191743;REFB=0;REVB=0.0186655;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33459e-05;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr6 153741613 . G C 1047.84 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0640562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0677;QD=58.2131;RBI=0.0759727;REFB=-0.12345;REVB=0.0408491;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126095;STB=0.506665;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00278739;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:1:0:34:37:1:0 chr6 154002660 . T C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0436954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.944;QD=8.2541;RBI=0.0636236;REFB=0.00301202;REVB=0.0462458;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.555373;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.0320405;OID=.;OPOS=154002660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:5:7:3:3:5:7 chr6 154360797 . A G 584.67 PASS AF=0.552381;AO=58;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.00406674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.34;QD=22.2733;RBI=0.0300069;REFB=-0.00976711;REVB=-0.0297301;RO=47;SAF=30;SAR=28;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117096;STB=0.564047;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00982378;OID=.;OPOS=154360797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:58:58:0.552381:28:30:31:16:28:30:31:16 chr6 154414446 . A T 1965.74 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0160476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.339;QD=60.9533;RBI=0.033549;REFB=0.0404359;REVB=-0.029462;RO=1;SAF=59;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703955;STB=0.503597;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000108717;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:1:1:126:128:0.992248:67:59:0:1:69:59:0:1 chr6 154414563 . A G 699.66 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.272;QD=62.192;RBI=0.0531731;REFB=0;REVB=0.0168872;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79452e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:41:45:1:29:12:0:0:31:14:0:0 chr6 154414573 . C T 528.37 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0472112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5739;QD=52.8371;RBI=0.0548935;REFB=-0.0607498;REVB=-0.028007;RO=2;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.501483;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.025822;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:2:3:37:37:0.925:24:13:0:2:24:13:1:2 chr6 154727408 . T C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=0.00518142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7647;QD=15.9157;RBI=0.00731716;REFB=-0.0158192;REVB=-0.0051666;RO=33;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908018;STB=0.556175;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0157256;OID=.;OPOS=154727408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:8:20:26:7:8:20:27:7 chr6 154732091 . ATTTT ATT,ATTTG,ATTT 591.33 PASS AF=0.0102041,0.102041,0.887755;AO=16,5,22;DP=97;FAO=1,10,87;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,47;FSAR=1,0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152039,-0.101032,-0.288437;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=9.57052,162.638,8.05788;QD=24.1361;RBI=0.459909,0.159965,0.929973;REFB=0.215406,0.110329,0.300929;REVB=0.434051,0.124021,0.884112;RO=41;SAF=16,5,19;SAR=0,0,3;SRF=5;SRR=36;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.8649,0.799389,0.725628;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0589377,0.140432,-0.0257346;OID=.,.,.;OPOS=154732092,154732095,154732092;OREF=TT,T,T;OALT=-,G,-;OMAPALT=ATT,ATTTG,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0102041,0.102041,0.887755:16,5,22:97:1,10,87:98:0:0,10,47:1,0,40:0:0:35:41:16,5,19:0,0,3:5:36 chr6 154735456 . C A 138.4 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0207211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2208;QD=11.7786;RBI=0.027469;REFB=-0.0265527;REVB=-0.0180328;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953202;STB=0.556096;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0475212;OID=.;OPOS=154735456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:20:11:7:9:20:11 chr6 154763401 . G A 195.34 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0713664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9198;QD=10.5587;RBI=0.0726731;REFB=-0.00834825;REVB=0.0137193;RO=47;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166533;STB=0.603086;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0111828;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:49:25:25:0.337838:19:6:17:30:19:6:18:31 chr6 154771277 . A G 1190.33 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9976;QD=61.0427;RBI=0.0249597;REFB=0;REVB=0.0114485;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163882;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:37:38:0:0:37:41:0:0 chr6 155146331 . A G 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00391058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.061;QD=9.62341;RBI=0.0141522;REFB=-0.0208092;REVB=-0.0136011;RO=42;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279081;STB=0.664374;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0474038;OID=.;OPOS=155146331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:13:7:25:17:13:7:25:17 chr6 155155039 . C T 106.31 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0031807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5843;QD=6.74978;RBI=0.0948378;REFB=-0.0231788;REVB=-0.0947845;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446754;STB=0.525324;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0485921;OID=.;OPOS=155155039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:47:16:16:0.253968:9:7:19:21:9:7:19:28 chr6 155485554 . G A 268.9 PASS AF=0.344086;AO=31;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0233254;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.287;QD=11.5656;RBI=0.0422863;REFB=-0.00489087;REVB=-0.0352712;RO=51;SAF=25;SAR=6;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354776;STB=0.757673;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0131882;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:61:31:32:0.344086:6:25:27:24:6:26:28:33 chr6 155561760 . T C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.485;QD=58.7777;RBI=0.0636617;REFB=0;REVB=0.0636165;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175682;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr6 155577823 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.942;QD=53.9106;RBI=0.0196053;REFB=0;REVB=0.0159707;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5438e-05;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr6 155578592 . A AT 335.68 PASS AF=1;AO=7;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.180592;FXX=0.058812;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.4523;QD=27.9729;RBI=0.222994;REFB=-0.0069186;REVB=-0.130816;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00487557;OID=.;OPOS=155578593;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:50:48:48:0:19:29:0:0:6:42:3:4:16:26 chr6 155578599 . A T 715.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.7469;QD=56.1452;RBI=0.0783457;REFB=0;REVB=0.0778485;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536918;OID=.;OPOS=155578599;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:51:0:0:47:51:1:28:19:0:0:31:20:0:0 chr6 155578756 . A T 374.92 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.002229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.47;QD=49.9891;RBI=0.0313235;REFB=-0.0326684;REVB=-0.0312441;RO=2;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191453;STB=0.510302;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00570292;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:10:18:1:1:10:18:1:1 chr6 155596901 . T C 645.73 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020265;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.299;QD=61.4979;RBI=0.0480937;REFB=0;REVB=0.0436158;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184929;OID=.;OPOS=155596901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:12:28:0:0:14:28:0:0 chr6 155597147 . C T 1644.6 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988358;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.088;QD=60.3523;RBI=0.0122572;REFB=0;REVB=0.00724935;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42629e-05;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr6 155606325 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.535;QD=57.7121;RBI=0.0271221;REFB=0;REVB=0.00754095;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35495e-05;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr6 155750035 . C T 419.96 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0352148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5845;QD=49.4073;RBI=0.0473251;REFB=-0.0212495;REVB=-0.0316163;RO=3;SAF=24;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248442;STB=0.51336;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0516203;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:7:24:2:1:7:24:2:1 chr6 157099286 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGC 31.75 PASS AF=0.25,0;AO=10,2;DP=40;FAO=10,0;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.106644,-0.0070433;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.0634,23.8943;QD=3.17527;RBI=0.122832,0.0105771;REFB=-0.0520065,-0.0365385;REVB=0.0609496,-0.00789091;RO=24;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.525737,-0.366448;STB=0.774616,0.5;STBP=0.095,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0903304,0.0817415;OID=.,.;OPOS=157099287,157099291;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0:10,2:40:10,0:40:30:5,0:5,0:4:26:31:24:6,0:4,2:3:21 chr6 157405930 . G A 1820.58 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8355;QD=61.1959;RBI=0.00960693;REFB=0;REVB=0.00386771;RO=0;SAF=80;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86221e-05;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:38:80:0:0:38:81:0:0 chr6 157801040 . T A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.037;QD=60.6082;RBI=0.0526583;REFB=0;REVB=0.00411587;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20354e-05;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr6 157801186 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.761;QD=48.7373;RBI=0.0302639;REFB=0;REVB=0.00333342;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279337;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr6 157801516 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.373;QD=61.0492;RBI=0.00496963;REFB=0;REVB=0.00424538;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68598e-06;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:28:50:0:0:28:50:0:0 chr6 158132992 . G A 252.45 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0428663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1076;QD=12.6228;RBI=0.0620944;REFB=0.00844699;REVB=0.0449242;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051282;STB=0.529392;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0137927;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:16:14:21:29:16:14:21:29 chr6 158133074 . A AT 127.51 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000196388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7031;QD=9.10787;RBI=0.0839706;REFB=-0.0310121;REVB=0.0839703;RO=39;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195504;STB=0.598865;STBP=0.233;TYPE=ins;VARB=0.0475863;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:22:61:22:56:34:7:15:16:18:99:39:7:15:19:20 chr6 158497717 . T C 733.93 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1415;QD=61.161;RBI=0.014942;REFB=0.0756601;REVB=0.00494602;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507689;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00088621;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:15:31:0:0:15:32:1:0 chr6 158499302 . G T 972.4 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.375;QD=57.1999;RBI=0.0641772;REFB=-0.105415;REVB=0.055459;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130222;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:68:0:0:65:68:1:39:26:0:0:41:27:0:0 chr6 158505088 . A G 847.43 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.006;QD=57.4531;RBI=0.0335395;REFB=0;REVB=0.00461971;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84588e-05;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:27:29:0:0:30:29:0:0 chr6 158507981 . G A 250.99 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0390473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9703;QD=19.6853;RBI=0.062712;REFB=-0.0363186;REVB=0.0490724;RO=25;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189848;STB=0.605891;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0322972;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:12:14:8:17:12:14:8:17 chr6 158509750 . A G 236.42 PASS AF=0.451613;AO=25;DP=59;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.132159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7369;QD=15.253;RBI=0.13289;REFB=-0.0450595;REVB=0.0139244;RO=34;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107688;STB=0.501318;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0595297;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:34:34:25:28:0.451613:19:6:11:23:19:9:11:23 chr6 158517308 . A G 95.84 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0960549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6716;QD=22.5516;RBI=0.101481;REFB=-0.0457836;REVB=0.0327377;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087178;STB=0.54921;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0206844;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:1:5:8:3:1:5 chr6 158571501 . G A 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00832692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0252;QD=59.8246;RBI=0.0358609;REFB=0;REVB=-0.0348808;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436171;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr6 158735087 . C T 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8803;QD=63.8682;RBI=0.0150563;REFB=0;REVB=-0.00677291;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225242;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 158735090 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.899;QD=63.5824;RBI=0.0143547;REFB=0;REVB=0.0116829;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63605e-05;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr6 158870081 . A G 928.76 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00206555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.914;QD=55.4482;RBI=0.0777512;REFB=-0.0792765;REVB=-0.0777238;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.518513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00243936;OID=.;OPOS=158870081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:39:26:1:0:39:26:2:0 chr6 158902343 . C T 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=17;FWDB=0.00443818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.431;QD=12.7672;RBI=0.00474979;REFB=-0.0032207;REVB=-0.00169204;RO=53;SAF=19;SAR=14;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117069;STB=0.57954;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00561746;OID=.;OPOS=158902343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:56:33:33:0.370787:14:19:36:17:14:19:39:17 chr6 158923434 . G C 986.05 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4271;QD=58.8687;RBI=0.0250042;REFB=0;REVB=0.00374178;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114648;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:36:31:0:0 chr6 158924088 . T C 624.12 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.471;QD=60.8901;RBI=0.0868936;REFB=0;REVB=0.0862526;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202484;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr6 158927651 . A G 670.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9745;QD=62.3414;RBI=0.0211475;REFB=0;REVB=-0.00906792;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210832;OID=.;OPOS=158927651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 158932817 . G C 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000525258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7399;QD=56.7008;RBI=0.0706015;REFB=0;REVB=0.0705995;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939822;OID=.;OPOS=158932817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr6 159065758 . C G 353.97 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0156545;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.348;QD=16.0893;RBI=0.0176838;REFB=-0.0167992;REVB=-0.00822517;RO=50;SAF=11;SAR=27;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189175;STB=0.607084;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.021918;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:27:11:23:27:27:11:23:27 chr6 159178345 . C T 1168.34 PASS AF=0.975309;AO=73;DP=75;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0429896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.512;QD=57.6958;RBI=0.0688293;REFB=-0.102112;REVB=0.0537529;RO=2;SAF=33;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278028;STB=0.514282;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0153872;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:81:2:2:73:79:0.975309:40:33:2:0:45:34:2:0 chr6 159185563 . T A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00301349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.843;QD=9.25783;RBI=0.0187196;REFB=-0.0113541;REVB=-0.0184755;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197424;STB=0.620484;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.026043;OID=.;OPOS=159185563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:14:14:4:8:14:14 chr6 159205668 . G A 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0116733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.721;QD=11.571;RBI=0.0301911;REFB=-0.0403329;REVB=-0.027843;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0445367;OID=.;OPOS=159205668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:12:12:21:20:12:12:21:21 chr6 159650978 . A G 1380.31 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102775;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.172;QD=62.7415;RBI=0.0241002;REFB=0;REVB=-0.0240783;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04963e-05;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr6 159670100 . A G 486.76 PASS AF=1;AO=23;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316227;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.412;QD=59.0015;RBI=0.0537651;REFB=0;REVB=0.0536721;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000508746;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:23:33:1:12:11:0:0:12:21:0:0 chr6 159692405 . C T 1749.07 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00363276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.039;QD=60.8371;RBI=0.0258614;REFB=0;REVB=0.025605;RO=0;SAF=69;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91148e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7758e-05;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:113:115:1:44:69:0:0:45:70:0:0 chr6 160114168 . T C 179.99 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.111538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3396;QD=11.0763;RBI=0.155122;REFB=0.0104813;REVB=-0.107806;RO=40;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00262119;STB=0.506602;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0327007;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:40:42:23:23:0.353846:8:15:26:14:8:15:27:15 chr6 160169258 . G T 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.00318711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.136;QD=10.168;RBI=0.0183631;REFB=-0.00418094;REVB=-0.0180844;RO=38;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264952;STB=0.655576;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00908134;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:12:7:23:15:12:7:23:15 chr6 160169798 . ATTTT ATTT,ATTTA 34.25 PASS AF=0.179487,0.025641;AO=6,2;DP=39;FAO=7,1;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5,1;FSAR=2,0;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.143739,-0.155408;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.1472,24.1757;QD=3.51282;RBI=0.180147,0.229752;REFB=-0.00857601,-0.00299238;REVB=0.108591,0.169217;RO=25;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404966,0.47348;STB=0.644728,0.988976;STBP=0.462,0.471;TYPE=del,snp;VARB=-0.0379718,-0.0839865;OID=.,.;OPOS=160169799,160169802;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTT,ATTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.179487,0.025641:6,2:39:7,1:39:31:5,1:2,0:17:14:29:25:5,2:1,0:13:12 chr6 160182617 . C T 134.19 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00630451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.667;QD=9.41647;RBI=0.016435;REFB=-0.0110077;REVB=-0.0151777;RO=39;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293812;STB=0.674226;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0265432;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:6:12:16:23:6:12:16:23 chr6 160198359 . C T 215.49 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0377153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.749;QD=13.0602;RBI=0.0397534;REFB=0.0023509;REVB=-0.0125655;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199707;STB=0.620599;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00400308;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:40:26:26:0.393939:11:15:15:24:11:15:15:25 chr6 160201295 . C A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0148729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.588;QD=12.8693;RBI=0.0480362;REFB=-0.0183064;REVB=-0.0456757;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.582006;STB=0.828364;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0236534;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:9:2:12:3:9:2:12:4 chr6 160206716 . T C 123.04 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0527472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.944;QD=16.405;RBI=0.127889;REFB=-0.0106291;REVB=0.116505;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407851;STB=0.736753;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0199061;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:10:6:11:3:10:6 chr6 160211636 . G A 372.36 PASS AF=0.289773;AO=51;DP=176;FAO=51;FDP=176;FR=.;FRO=125;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=66;FSRR=59;FWDB=-0.00219313;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.215;QD=8.46283;RBI=0.0259503;REFB=-0.0132991;REVB=0.0258574;RO=124;SAF=23;SAR=28;SRF=66;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981409;STB=0.554619;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0300673;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:124:125:51:51:0.289773:28:23:66:58:28:23:66:59 chr6 160211645 . GGTT G 195.6 PASS AF=0.286585;AO=31;DP=164;FAO=47;FDP=164;FR=.;FRO=117;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=58;FWDB=0.000963823;FXX=0.0409333;HRUN=5;LEN=3;MLLD=250.64;QD=4.77074;RBI=0.0222271;REFB=-0.000397706;REVB=0.0222062;RO=108;SAF=15;SAR=16;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868389;STB=0.571996;STBP=0.247;TYPE=del;VARB=0.00110984;OID=.;OPOS=160211646;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.286585:31:164:47:164:117:19:28:59:58:99:108:15:16:53:55 chr6 160224346 . T C 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.032772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.588;QD=19.9706;RBI=0.0540421;REFB=-0.0390726;REVB=0.0429714;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0250132;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr6 160234625 . G C 306.72 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0131035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6501;QD=18.0421;RBI=0.0449;REFB=-0.0152971;REVB=0.0429454;RO=35;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308285;STB=0.517231;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0193128;OID=.;OPOS=160234625;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:14:19:19:16:14:19:19:16 chr6 160328620 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0169627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.607;QD=24.0274;RBI=0.019706;REFB=-0.0018632;REVB=0.0100296;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681046;STB=0.538405;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.000724503;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:3:5:10:4:3:5 chr6 160448324 . C G 174.95 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0373764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7756;QD=19.9944;RBI=0.0375029;REFB=-0.0142312;REVB=-0.00307686;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187803;STB=0.510626;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0163626;OID=.;OPOS=160448324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:6:11:12:6:6:11 chr6 160453978 . A G 169.71 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00712063;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.789;QD=18.3464;RBI=0.0278181;REFB=-0.019921;REVB=-0.0268914;RO=18;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224182;STB=0.626712;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0488461;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:19:17:18:0.486486:4:13:10:8:4:14:11:8 chr6 160464289 . G A 737.08 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00968946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.135;QD=31.0348;RBI=0.0180633;REFB=-0.0351529;REVB=0.0152446;RO=32;SAF=20;SAR=42;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151448;STB=0.504259;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0195144;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:32:33:62:62:0.652632:42:20:11:21:42:20:11:22 chr6 160468278 . A G 195.45 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00514125;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0701;QD=10.2868;RBI=0.0144277;REFB=-0.00447936;REVB=0.0134805;RO=51;SAF=15;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192509;STB=0.612476;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0103605;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:51:25:25:0.328947:10:15:22:29:10:15:22:29 chr6 160494409 . A G 308.51 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0046782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.927;QD=15.8211;RBI=0.00949716;REFB=-0.0106831;REVB=0.00826502;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612138;STB=0.542144;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00987254;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:44:44:33:34:0.435897:17:16:24:20:18:16:24:20 chr6 160505199 . C G 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.652;QD=56.9485;RBI=0.104122;REFB=0;REVB=0.0180402;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262526;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr6 160505207 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0327193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.134;QD=14.4902;RBI=0.0327434;REFB=-0.00426026;REVB=-0.00125529;RO=28;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137963;STB=0.546052;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00794915;OID=.;OPOS=160505207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:30:19:19:0.387755:12:7:7:21:12:7:9:21 chr6 160517481 . C T 427.21 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0238711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.7;QD=14.2404;RBI=0.0390321;REFB=-0.0114755;REVB=-0.0308817;RO=71;SAF=28;SAR=21;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828734;STB=0.546743;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0237673;OID=.;OPOS=160517481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:21:28:35:36:21:28:35:36 chr6 160645832 . C T 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8051;QD=55.0894;RBI=0.0421002;REFB=0;REVB=-0.0243155;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012876;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 160670282 . A C 3640.95 PASS AF=0.991525;AO=233;DP=237;FAO=234;FDP=236;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187167;FXX=0.00421923;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.841;QD=61.711;RBI=0.0323548;REFB=-0.16015;REVB=0.0263916;RO=2;SAF=121;SAR=112;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000313701;STB=0.500145;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00050898;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:237:236:2:2:233:234:0.991525:112:121:1:1:113:121:1:1 chr6 160858188 . G A 1486.02 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.679;QD=62.5693;RBI=0.0250622;REFB=0;REVB=0.0167705;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854356;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38433e-05;OID=.;OPOS=160858188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:95:1:0:94:95:1:55:39:0:1:56:39:0:0 chr6 160872151 . C T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.917;QD=63.8695;RBI=0.0668907;REFB=0;REVB=0.00789227;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034151;OID=.;OPOS=160872151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr6 160969629 . A G 1338.03 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7301;QD=62.2337;RBI=0.00852968;REFB=0;REVB=-0.00707737;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83748e-06;OID=.;OPOS=160969629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr6 161007538 . G C 55.05 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0483582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.532;QD=2.20205;RBI=0.0574934;REFB=-0.00439519;REVB=-0.0310962;RO=87;SAF=3;SAR=9;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386718;STB=0.778402;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.059013;OID=.;OPOS=161007538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:87:88:12:12:0.12:9:3:50:37:9:3:51:37 chr6 161032668 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.997;QD=45.8068;RBI=0.00476;REFB=0;REVB=0.00372887;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56644e-05;OID=.;OPOS=161032668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr6 161173946 . T G 1567.96 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00797543;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.802;QD=59.7317;RBI=0.0438483;REFB=0;REVB=0.0431169;RO=0;SAF=77;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.66415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354431;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:24:77:0:0:24:81:0:0 chr6 161469774 . G A 306.08 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9961;QD=53.2316;RBI=0.0131548;REFB=0;REVB=-0.0107558;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010136;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:21:23:1:11:10:0:0:11:12:0:0 chr6 161538250 . G A 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00295592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.252;QD=59.8312;RBI=0.0483985;REFB=0;REVB=0.0483081;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129269;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr6 161557662 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00953902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.982;QD=24.493;RBI=0.0122234;REFB=-0.0147486;REVB=0.00764319;RO=15;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3188;STB=0.679808;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00850723;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:17:4:8:7:17:4:8:7 chr6 162137099 . CATCTT C 223.27 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0163642;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=5;MLLD=281.141;QD=14.6403;RBI=0.0204543;REFB=-0.0121878;REVB=0.0122715;RO=36;SAF=7;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286856;STB=0.682942;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0141336;OID=.;OPOS=162137100;OREF=ATCTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:24:62:26:61:35:7:19:20:15:99:36:7:17:20:16 chr6 163149342 . A G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0210119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.205;QD=17.956;RBI=0.0210137;REFB=-0.0324589;REVB=0.000278357;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135474;STB=0.577262;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0281118;OID=.;OPOS=163149342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:7:10:7:9:7:10 chr6 163587146 . C G 1363.95 PASS AF=1;AO=78;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5945;QD=61.301;RBI=0.0542033;REFB=0;REVB=0.0516415;RO=0;SAF=54;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00623785;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:78:89:1:24:54:0:0:32:57:0:0 chr6 163600225 . C A 341.1 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.125;QD=54.5759;RBI=0.119227;REFB=0;REVB=0.114278;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638787;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr6 163736204 . T C 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-3.95743e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.44;QD=8.08957;RBI=0.0136572;REFB=-0.00846705;REVB=0.0136572;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298292;STB=0.68807;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0194689;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:12:10:2:7:12:10 chr6 165713961 . A C 388.56 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0181437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.52;QD=31.7189;RBI=0.0224949;REFB=-0.0439134;REVB=-0.0132976;RO=17;SAF=19;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041887;STB=0.522921;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0175322;OID=.;OPOS=165713961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:13:19:9:8:13:19:9:8 chr6 166307718 . T C 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.055;QD=58.5969;RBI=0.0311838;REFB=0;REVB=0.0301645;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.46183e-05;OID=.;OPOS=166307718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr6 166308090 . AT TC 2030.81 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288264;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=2;MLLD=283.716;QD=62.0093;RBI=0.0684183;REFB=0;REVB=0.0683576;RO=0;SAF=80;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.83257e-05;OID=.;OPOS=166308090;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:131:0:0:121:131:1:41:80:0:0:51:80:0:0 chr6 166308584 . C A 785.14 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0806017;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.878;QD=57.101;RBI=0.0840712;REFB=0;REVB=-0.0239026;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699024;OID=.;OPOS=166308584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:1:0:55:55:1:25:30:1:0:25:30:0:0 chr6 166308611 . G C 634.56 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0309256;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.306;QD=57.6869;RBI=0.0373383;REFB=-0.0365962;REVB=0.0209226;RO=2;SAF=25;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360825;STB=0.519222;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00204365;OID=.;OPOS=166308611;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:2:2:42:42:0.954545:17:25:2:0:17:25:2:0 chr6 166308682 . G GAAAT 631.34 PASS AF=0.892857;AO=43;DP=57;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0172901;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=307.292;QD=45.0956;RBI=0.0277638;REFB=-0.0437172;REVB=0.0217228;RO=7;SAF=33;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687589;STB=0.528486;STBP=0.241;TYPE=ins;VARB=0.00408883;OID=.;OPOS=166308683;OREF=-;OALT=AAAT;OMAPALT=GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892857:43:57:50:56:6:36:14:3:3:30:7:33:10:4:3 chr6 166308924 . G A 914.87 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.792;QD=58.0871;RBI=0.0477112;REFB=0;REVB=0.0475104;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725925;OID=.;OPOS=166308924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:56:63:1:20:36:0:0:27:36:0:0 chr6 166309167 . G A 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.98;QD=62.9738;RBI=0.011186;REFB=0;REVB=6.41642e-05;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56517e-05;OID=.;OPOS=166309167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr6 166309245 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.412;QD=56.7065;RBI=0.010793;REFB=0;REVB=-0.000538351;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51548e-05;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 166309249 . G T 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0439666;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.6398;QD=57.1869;RBI=0.0573372;REFB=0;REVB=-0.0368033;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151338;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr6 166309288 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3533;QD=57.2024;RBI=0.0217595;REFB=0;REVB=-0.0212062;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214742;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 166571157 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.49681e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.801;QD=57.6807;RBI=0.00234049;REFB=0;REVB=-0.00234036;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61299e-05;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr6 166571164 . T G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.702;QD=57.6807;RBI=0.03375;REFB=0;REVB=0.00566226;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143563;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr6 166571935 . C T 140.06 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00341516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.91;QD=12.7325;RBI=0.0331441;REFB=-0.023403;REVB=-0.0329677;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175516;STB=0.603524;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0367544;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:5:11:15:13:5:11:15:13 chr6 166572005 . T C 181.47 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.000851168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.61;QD=24.1964;RBI=0.0412264;REFB=-0.029861;REVB=-0.0412176;RO=12;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243242;STB=0.636209;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0133753;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:6:12:4:8:6:12:4:8 chr6 166579270 . C T 141.9 PASS AF=0.340426;AO=11;DP=44;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.000865677;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=124.853;QD=12.0763;RBI=0.0546992;REFB=-0.0120757;REVB=-0.0546924;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466665;STB=0.693854;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0103449;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:19:31:11:16:0.340426:5:6:2:17:9:7:5:26 chr6 166721211 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.212;QD=39.2068;RBI=0.0226815;REFB=0;REVB=0.0122484;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203683;OID=.;OPOS=166721211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 166721224 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.007;QD=37.4885;RBI=0.0125877;REFB=0;REVB=-0.00453035;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76634e-05;OID=.;OPOS=166721224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 166736362 . C T 222.78 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00830865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.961;QD=18.9596;RBI=0.0083201;REFB=-0.0232123;REVB=0.000436416;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137902;STB=0.507805;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0193721;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:11:14:12:10:11:14 chr6 166739684 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.787;QD=43.4856;RBI=0.0307223;REFB=0;REVB=0.0231978;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29488e-05;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr6 166755975 . T C 755.4 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141746;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.99;QD=57.0111;RBI=0.0146039;REFB=0;REVB=-0.00351505;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343406;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:35:17:0:0:36:17:0:0 chr6 166755979 . A C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0921219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.383;QD=56.9511;RBI=0.0921334;REFB=0;REVB=-0.00145896;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016571;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr6 166778679 . T G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8736;QD=62.0159;RBI=0.0727948;REFB=0;REVB=0.0699801;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825647;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr6 166826255 . G A 89.68 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000773664;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.51;QD=13.7965;RBI=0.0283888;REFB=-0.0153504;REVB=0.0283783;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777652;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0153756;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:26:13:15:11:11:0.423077:5:6:6:7:5:6:7:8 chr6 166826304 . T C 193.07 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00801372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.49;QD=22.7138;RBI=0.0112889;REFB=0.0118093;REVB=0.00795103;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291595;STB=0.662489;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00640259;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:3:12:8:11:3:12 chr6 166864693 . G A 142.63 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0223151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7151;QD=12.9665;RBI=0.0363754;REFB=-0.0306182;REVB=0.0287264;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213889;STB=0.609951;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0574919;OID=.;OPOS=166864693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:16:17:0.386364:6:10:11:15:7:10:11:16 chr6 166873010 . C T 324.78 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0343636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3082;QD=17.0938;RBI=0.0387631;REFB=-0.0118751;REVB=-0.0179366;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155573;STB=0.587251;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0117604;OID=.;OPOS=166873010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:14:21:18:23:14:21:18:23 chr6 166889281 . T A 674.9 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149792;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.02;QD=62.7815;RBI=0.0709371;REFB=0;REVB=0.0693375;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220738;OID=.;OPOS=166889281;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr6 166889331 . CAG C 722.34 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193019;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.167;QD=61.4755;RBI=0.0216903;REFB=0;REVB=-0.00989475;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000140642;OID=.;OPOS=166889332;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:44:47:47:0:23:24:0:0:4:0:19:23:0:0 chr6 166952264 . G A 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2156;QD=56.1822;RBI=0.0366018;REFB=0;REVB=0.0337756;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777967;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr6 167271711 . T C 803.06 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347878;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6992;QD=56.355;RBI=0.106987;REFB=0;REVB=0.101173;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187729;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr6 167271716 . T C 791.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00800989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.072;QD=56.5089;RBI=0.0427845;REFB=0;REVB=0.042028;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707848;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:56:0:0:51:56:1:29:22:0:0:32:24:0:0 chr6 167550042 . C T 941.68 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172059;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.417;QD=58.8549;RBI=0.0428131;REFB=0;REVB=0.0392036;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266291;OID=.;OPOS=167550042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr6 167571048 . T C 905.8 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373357;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3173;QD=58.4385;RBI=0.0259372;REFB=0;REVB=0.0256671;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143372;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr6 167590541 . G A 986.19 PASS AF=0.957746;AO=66;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0164196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7343;QD=55.5601;RBI=0.0187986;REFB=-0.104629;REVB=-0.00915344;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.519225;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.000452335;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:66:68:0.957746:25:41:0:0:25:43:0:2 chr6 167590574 . G C 901.76 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.335;QD=58.178;RBI=0.0478103;REFB=0;REVB=0.0276294;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358978;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:21:39:0:0:23:39:0:0 chr6 167591956 . C T 197.62 PASS AF=0.189189;AO=34;DP=185;FAO=35;FDP=185;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=108;FWDB=0.0232602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0233;QD=4.27275;RBI=0.0475513;REFB=0.00576484;REVB=0.0414739;RO=147;SAF=7;SAR=27;SRF=42;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137896;STB=0.555522;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0231639;OID=.;OPOS=167591956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:147:150:34:35:0.189189:27:7:42:105:27:8:42:108 chr6 167592524 . T C 279.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0111456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.785;QD=18.9377;RBI=0.0134717;REFB=-0.0136215;REVB=0.00756727;RO=29;SAF=19;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755164;STB=0.542183;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0114579;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:11:19:16:13:11:19:16:13 chr6 167592571 . G A 35.79 PASS AF=0.108108;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=74;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0649576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3043;QD=1.93433;RBI=0.0708876;REFB=-0.00359235;REVB=0.0283824;RO=64;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738987;STB=0.553921;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0444281;OID=.;OPOS=167592571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:74:74:64:66:8:8:0.108108:4:4:36:28:4:4:37:29 chr6 167592576 . G A 341.92 PASS AF=0.48;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00271022;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6241;QD=18.2355;RBI=0.00859648;REFB=-0.0104466;REVB=0.00815808;RO=39;SAF=19;SAR=17;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998405;STB=0.505573;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0131609;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:39:36:36:0.48:17:19:21:18:17:19:21:18 chr6 167592601 . G A 47.63 PASS AF=0.128205;AO=10;DP=78;FAO=10;FDP=78;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0117513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.719;QD=2.44267;RBI=0.0150932;REFB=-0.00849428;REVB=0.0094716;RO=67;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16619;STB=0.612022;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0635396;OID=.;OPOS=167592601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:78:78:67:68:10:10:0.128205:6:4:36:31:6:4:36:32 chr6 167592605 . TT GA 55.9 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=74;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0635908;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.627;QD=2.94212;RBI=0.0636785;REFB=-0.0131587;REVB=-0.00334084;RO=62;SAF=4;SAR=7;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24515;STB=0.660091;STBP=0.29;TYPE=mnp;VARB=0.0616023;OID=.;OPOS=167592605;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:74:76:62:65:11:11:0.144737:7:4:35:27:7:4:36:29 chr6 167711559 . G C 179.04 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00844225;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.814;QD=13.772;RBI=0.0292028;REFB=-0.00458359;REVB=0.0279559;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976768;STB=0.505613;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00626167;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:12:9:13:18:12:9:13:18 chr6 167719436 . G A 299.41 PASS AF=0.359223;AO=36;DP=105;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00363255;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.529;QD=11.6277;RBI=0.0653377;REFB=-0.0276704;REVB=0.0652367;RO=64;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174102;STB=0.508657;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0524757;OID=.;OPOS=167719436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:64:66:36:37:0.359223:18:18:31:33:18:19:33:33 chr6 167728774 . TGT CAC,CAT 254.86 PASS AF=0.6,0.4;AO=12,8;DP=21;FAO=12,8;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=5,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00496412,0.0130735;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=129.218,94.6048;QD=50.9723;RBI=0.013411,0.0162261;REFB=0,0;REVB=0.0124584,0.00961093;RO=0;SAF=7,5;SAR=5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00658591,-0.00240996;OID=.,.;OPOS=167728774,167728774;OREF=TGT,TG;OALT=CAC,CA;OMAPALT=CAC,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:59:21:20:0:0:12,8:12,8:0.6,0.4:5,3:7,5:0:0:5,3:7,5:0:0 chr6 167754660 . GA G,GG 823.44 PASS AF=0.0172414,0.982759;AO=10,50;DP=60;FAO=1,57;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126083,0.00567793;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.389,218.25;QD=56.7892;RBI=0.0126131,0.00567794;REFB=0,0;REVB=-0.000349988,9.76508e-06;RO=0;SAF=4,29;SAR=6,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.20481e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00844432,0.00279713;OID=.,.;OPOS=167754661,167754661;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0172414,0.982759:10,50:60:1,57:58:0:1,32:0,25:0:0:6:0:4,29:6,21:0:0 chr6 167754702 . C T 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00493966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.032;QD=18.4265;RBI=0.0234804;REFB=-0.0108194;REVB=-0.0229549;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323845;STB=0.518122;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00843412;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:12:16:15:13:12:16:15:13 chr6 167797844 . C T 1914.31 PASS AF=0.941606;AO=129;DP=137;FAO=129;FDP=137;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00452996;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.782;QD=55.8921;RBI=0.00665557;REFB=-0.118936;REVB=0.00487608;RO=5;SAF=57;SAR=72;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113388;STB=0.503961;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00198452;OID=.;OPOS=167797844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:137:137:5:8:129:129:0.941606:72:57:3:2:72:57:3:5 chr6 168315978 . G C 420.71 PASS AF=0.35461;AO=50;DP=141;FAO=50;FDP=141;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=-0.0103515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.738;QD=11.9351;RBI=0.0240017;REFB=-0.00134601;REVB=0.0216547;RO=91;SAF=22;SAR=28;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741529;STB=0.542433;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00255512;OID=.;OPOS=168315978;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:91:91:50:50:0.35461:28:22:46:45:28:22:46:45 chr6 168317816 . A C 225.01 PASS AF=0.378378;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0131908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4143;QD=12.1627;RBI=0.0485632;REFB=-0.0192768;REVB=-0.0467375;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210167;STB=0.608034;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0438248;OID=.;OPOS=168317816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:46:27:28:0.378378:14:13:31:15:14:14:31:15 chr6 168323664 . A G 283.77 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00639441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2471;QD=23.1652;RBI=0.0146928;REFB=-0.0147914;REVB=-0.0132284;RO=22;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183204;STB=0.518381;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00368098;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:23:26:26:0.530612:16:10:8:14:16:10:8:15 chr6 168343838 . T C 1193.64 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592943;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3341;QD=61.2125;RBI=0.062156;REFB=0;REVB=0.0186429;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306129;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr6 168349009 . A AT 175.47 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.196189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.9312;QD=19.4962;RBI=0.201802;REFB=0.00745254;REVB=0.0472621;RO=31;SAF=1;SAR=3;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267812;STB=0.571368;STBP=0.224;TYPE=ins;VARB=0.0102533;OID=.;OPOS=168349010;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:4:36:24:36:12:9:15:7:5:59:31:1:3:15:16 chr6 168349010 . TC T,TT 255.23 PASS AF=0.277778,0.527778;AO=6,19;DP=36;FAO=10,19;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=5,8;FSAR=5,11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.06482,0.0672885;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.1628,28.0743;QD=28.3586;RBI=0.0805204,0.0844845;REFB=-0.156679,-0.0951059;REVB=0.0477692,0.0510871;RO=9;SAF=5,8;SAR=1,11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.572962,0.12128;STB=0.529353,0.502073;STBP=0.765,1;TYPE=del,snp;VARB=0.222761,-0.0118056;OID=.,.;OPOS=168349011,168349011;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.277778,0.527778:6,19:36:10,19:36:7:5,8:5,11:3:4:46:9:5,8:1,11:2:7 chr6 168376866 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.272;QD=47.8219;RBI=0.0485045;REFB=0;REVB=0.0279112;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99662e-05;OID=.;OPOS=168376866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr6 168376869 . C T 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.031949;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.72;QD=36.8927;RBI=0.0370916;REFB=-0.0285134;REVB=0.0188428;RO=2;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00303933;OID=.;OPOS=168376869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:8:6:0:2:8:6:0:2 chr6 168376881 . TGG GTT 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=147.959;QD=28.5377;RBI=0.0225503;REFB=-0.0192945;REVB=0.0225503;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00516955;OID=.;OPOS=168376881;OREF=TGG;OALT=GTT;OMAPALT=GTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr6 168376892 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6955;QD=33.4285;RBI=0.0961843;REFB=0;REVB=-0.0961843;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00850704;OID=.;OPOS=168376892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr6 168442765 . G A 136.14 PASS AF=0.326923;AO=11;DP=50;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00916612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.367;QD=10.4721;RBI=0.106768;REFB=-0.0353292;REVB=0.106374;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342355;STB=0.50908;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0505373;OID=.;OPOS=168442765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:35:11:17:0.326923:9:2:12:16:9:8:16:19 chr6 168457801 . A G 771.89 PASS AF=0.982143;AO=44;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-9.86695e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.029;QD=55.1347;RBI=0.0832927;REFB=-0.012015;REVB=0.0832927;RO=1;SAF=32;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144582;STB=0.507689;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000996802;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:44:55:0.982143:12:32:1:0:23:32:1:0 chr6 168459845 . G C 1491.66 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0692624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.049;QD=63.4747;RBI=0.094329;REFB=0;REVB=0.0640366;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.08993e-05;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr6 168479604 . G A 1540.54 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.66;QD=59.8268;RBI=0.0629788;REFB=0;REVB=0.0600626;RO=0;SAF=50;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29072e-05;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:53:50:0:0:53:50:0:0 chr6 168482110 . C T 1043.85 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776937;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.977;QD=57.1971;RBI=0.110595;REFB=0;REVB=0.0787075;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996756;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:65:73:1:22:43:0:0:30:43:0:0 chr6 168694594 . C T 471.24 PASS AF=0.375;AO=54;DP=144;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=51;FWDB=-0.0381143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2094;QD=13.0899;RBI=0.0602372;REFB=0.000902247;REVB=-0.0466457;RO=89;SAF=30;SAR=24;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140332;STB=0.576009;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.0021605;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:89:90:54:54:0.375:24:30:38:51:24:30:39:51 chr6 168695309 . C T 391.66 PASS AF=0.340426;AO=48;DP=141;FAO=48;FDP=141;FR=.;FRO=93;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=72;FSRR=21;FWDB=0.031534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9464;QD=11.111;RBI=0.0317144;REFB=0.0108606;REVB=0.00337782;RO=92;SAF=31;SAR=17;SRF=71;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167999;STB=0.597778;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0230907;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:92:93:48:48:0.340426:17:31:71:21:17:31:72:21 chr6 168695345 . G A 463.1 PASS AF=0.333333;AO=58;DP=170;FAO=59;FDP=177;FR=.;FRO=118;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=77;FSRR=41;FWDB=-0.0329892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0579;QD=10.4656;RBI=0.0340686;REFB=-0.0280395;REVB=-0.00850808;RO=112;SAF=33;SAR=25;SRF=75;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120683;STB=0.574893;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.045068;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:177:112:118:58:59:0.333333:25:33:75:37:27:32:77:41 chr6 168708751 . A G 88.13 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0188427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.711;QD=14.1011;RBI=0.0255679;REFB=0.00246628;REVB=-0.0172821;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134192;STB=0.578801;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00244591;OID=.;OPOS=168708751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:7:7:7:4:7:7 chr6 168709385 . T C 340.88 PASS AF=0.390476;AO=39;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00744713;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.104;QD=12.986;RBI=0.0129739;REFB=-0.0161821;REVB=-0.0106237;RO=60;SAF=22;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864719;STB=0.543119;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0250539;OID=.;OPOS=168709385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:64:39:41:0.390476:17:22:29:31:17:24:33:31 chr6 169064933 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0384018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.261;QD=14.0792;RBI=0.0399277;REFB=-0.000740674;REVB=-0.0109326;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201473;STB=0.617454;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00145027;OID=.;OPOS=169064933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:6:10:5:7:6:10 chr6 169619933 . T TTTCCTTCC 65.1 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0446644;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=8;MLLD=237.251;QD=21.7006;RBI=0.0457119;REFB=-0.0232238;REVB=-0.0097298;RO=9;SAF=0;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.792135;STB=0.5831;STBP=0.665;TYPE=ins;VARB=0.0137568;OID=.;OPOS=169619934;OREF=-;OALT=TTCCTTCC;OMAPALT=TTTCCTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:7:17:8:12:4:1:7:1:3:23:9:0:7:6:3 chr6 169621536 . A G 376.0 PASS AF=0.542857;AO=36;DP=68;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0268783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.177;QD=21.4855;RBI=0.0269315;REFB=-0.00829372;REVB=-0.00169184;RO=32;SAF=19;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765638;STB=0.528556;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0062523;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:32:32:36:38:0.542857:17:19:14:18:19:19:14:18 chr6 170033086 . G A 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.541;QD=62.0063;RBI=0.0136996;REFB=0;REVB=0.012769;RO=0;SAF=51;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59293e-05;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:33:51:0:0:33:51:0:0 chr6 170059627 . G A 465.49 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.219;QD=58.1866;RBI=0.0443452;REFB=0;REVB=0.0396005;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278949;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr6 170068180 . A G 1885.96 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.226;QD=60.8375;RBI=0.0830542;REFB=0;REVB=-0.0513435;RO=0;SAF=66;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182114;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:121:124:1:55:66:0:0:58:66:0:0 chr6 170070723 . A G 429.06 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.731;QD=57.2077;RBI=0.0905451;REFB=0;REVB=0.0662934;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015147;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:9:17:0:0:9:21:0:0 chr6 170102267 . A G 452.95 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0338834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9411;QD=54.9034;RBI=0.0730381;REFB=0.0733191;REVB=-0.064703;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00559005;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:18:14:1:0:18:14:1:0 chr6 170103508 . G GT 493.18 PASS AF=1;AO=41;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3522;QD=44.8342;RBI=0.0292545;REFB=0;REVB=-0.0280785;RO=4;SAF=22;SAR=19;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.29455e-05;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:46:44:44:0:24:20:0:0:9:4:22:19:3:1 chr6 170190200 . G A 1368.05 PASS AF=0.989011;AO=85;DP=87;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0802785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2467;QD=60.1342;RBI=0.111188;REFB=-0.175935;REVB=0.0769296;RO=2;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018942;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00246475;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:91:2:1:85:90:0.989011:49:36:0:2:51:39:0:1 chr6 170190659 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0743231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7635;QD=52.6127;RBI=0.0796745;REFB=0;REVB=0.0287071;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002061;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr6 170592945 . C T 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0107596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.51;QD=19.6677;RBI=0.0158252;REFB=-0.00738066;REVB=0.0116047;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704129;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00866731;OID=.;OPOS=170592945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:9:10:8:10:9:10:9:10 chr6 170597305 . C T 179.35 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0309348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8474;QD=12.8104;RBI=0.0310784;REFB=-0.0324478;REVB=-0.00298419;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041387;STB=0.54754;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0361117;OID=.;OPOS=170597305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:33:21:23:0.410714:11:10:16:15:13:10:17:16 chr6 170627651 . G A 203.76 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0204741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0237;QD=38.8117;RBI=0.0406094;REFB=-0.15621;REVB=0.0350704;RO=3;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118638;STB=0.565142;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0131958;OID=.;OPOS=170627651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:13:5:2:1:13:5:2:1 chr6 170845354 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0415399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.708;QD=11.6338;RBI=0.0490805;REFB=-0.0220936;REVB=0.0261406;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.562374;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0304991;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:8:8:4:6:8:8 chr6 170862300 . G C 268.67 PASS AF=0.336842;AO=31;DP=96;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0880295;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.438;QD=11.3123;RBI=0.0885984;REFB=-0.0101615;REVB=0.0100244;RO=63;SAF=11;SAR=20;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324355;STB=0.504199;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0194151;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:63:63:31:32:0.336842:20:11:24:39:20:12:24:39 chr6 170878793 . T C 2008.29 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.75;QD=62.2725;RBI=0.0613226;REFB=0;REVB=0.0584749;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167458;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:129:0:0:129:129:1:69:60:0:0:69:60:0:0 chr6 170881855 . A G 159.87 PASS AF=0.62963;AO=15;DP=25;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0389526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.736;QD=23.6838;RBI=0.0565092;REFB=-0.035081;REVB=0.0409388;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111594;STB=0.583241;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0201854;OID=.;OPOS=170881855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:27:10:10:15:17:0.62963:5:10:8:2:7:10:8:2 chr6 170887693 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.007126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.185;QD=8.81099;RBI=0.0472635;REFB=-0.0136915;REVB=-0.0467232;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0164233;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:6:5:3:3:6:5 chr7 228527 . TG GT,T 114.46 PASS AF=0.0967742,0.483871;AO=11,8;DP=33;FAO=3,15;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=0,2;FSAR=3,13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0297408,0.156429;FXX=0.0605877;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=52.0785,11.6192;QD=14.7686;RBI=0.106674,0.15647;REFB=-0.0202579,-0.115317;REVB=-0.102445,-0.00358768;RO=11;SAF=0,1;SAR=11,7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0.516484;SSSB=-0.810909,-0.491325;STB=0.995851,0.721869;STBP=0.104,0.043;TYPE=mnp,del;VARB=0.0855943,0.157075;OID=.,.;OPOS=228527,228528;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:33:31:11:13:11,8:3,15:0.0967742,0.483871:11,7:0,1:6:5:3,13:0,2:6:7 chr7 299850 . G T 417.82 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=101;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00217278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.006;QD=16.3851;RBI=0.022932;REFB=-0.0218172;REVB=0.0228289;RO=55;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119801;STB=0.517529;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0278166;OID=.;OPOS=299850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:55:56:45:46:0.45098:21:24:30:25:22:24:31:25 chr7 299881 . A G 296.78 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0837109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7229;QD=13.3385;RBI=0.110922;REFB=0.00661622;REVB=-0.0727751;RO=54;SAF=14;SAR=20;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193114;STB=0.615116;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0144114;OID=.;OPOS=299881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:54:55:34:34:0.382022:20:14:32:22:20:14:33:22 chr7 470239 . A G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.048;QD=60.2039;RBI=0.0467075;REFB=0;REVB=-0.0264573;RO=0;SAF=15;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11053e-05;OID=.;OPOS=470239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:58:15:0:0:58:15:0:0 chr7 470281 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.832;QD=59.4356;RBI=0.0139452;REFB=0;REVB=0.00437283;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47895e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr7 470316 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.76;QD=40.7629;RBI=0.0372921;REFB=0;REVB=0.000239718;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227871;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr7 540741 . G A 1628.63 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164877;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.34;QD=59.223;RBI=0.0345453;REFB=-0.212002;REVB=0.0303568;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811455;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=8.6659e-05;OID=.;OPOS=540741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:1:1:109:109:0.990909:58:51:0:1:58:51:0:1 chr7 552046 . A G 189.73 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=-0.000197643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.854;QD=13.3145;RBI=0.0222964;REFB=0.00504472;REVB=-0.0222955;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316879;STB=0.682795;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00290048;OID=.;OPOS=552046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:13:10:5:28:13:10:5:29 chr7 590148 . G A 217.85 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00208548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9137;QD=15.2877;RBI=0.0196199;REFB=-0.0193544;REVB=0.0195088;RO=26;SAF=4;SAR=21;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32572;STB=0.739218;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.042893;OID=.;OPOS=590148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:26:32:25:25:0.438596:21:4:11:15:21:4:16:16 chr7 590199 . A G 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.000690042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.729;QD=19.9756;RBI=0.0237144;REFB=-0.00202087;REVB=-0.0237044;RO=19;SAF=1;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596246;STB=0.846055;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00643805;OID=.;OPOS=590199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:19:1:8:11:19:1:8:12 chr7 624221 . T G 3524.94 PASS AF=1;AO=194;DP=251;FAO=232;FDP=232;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=93;FSAR=139;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255102;FXX=0.0756942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.131;QD=60.7748;RBI=0.039529;REFB=0;REVB=0.0301956;RO=0;SAF=79;SAR=115;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541548;OID=.;OPOS=624221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:251:232:0:0:194:232:1:115:79:0:0:139:93:0:0 chr7 772174 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.73;QD=56.7057;RBI=0.046606;REFB=0;REVB=0.0320988;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161453;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr7 808810 . C G 66.39 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00283102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.874;QD=12.6457;RBI=0.0831342;REFB=-0.0140476;REVB=-0.0830859;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399995;STB=0.761191;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0137267;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:12:12:8:9:0.428571:1:7:7:5:1:8:7:5 chr7 810219 . T C 595.96 PASS AF=0.385475;AO=67;DP=179;FAO=69;FDP=179;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=54;FWDB=-0.122197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7347;QD=13.3176;RBI=0.122199;REFB=-0.00792775;REVB=-0.000735497;RO=108;SAF=30;SAR=37;SRF=54;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572348;STB=0.527878;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0128108;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:108:110:67:69:0.385475:37:30:54:54:37:32:56:54 chr7 814788 . G A 613.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0909003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3316;QD=61.3259;RBI=0.101855;REFB=0;REVB=0.0459518;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238866;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr7 881668 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.814;QD=63.8714;RBI=0.0491404;REFB=0;REVB=-0.01594;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102632;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr7 882895 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.552;QD=52.6128;RBI=0.027299;REFB=0;REVB=0.0230402;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531732;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr7 926827 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.531;QD=62.6701;RBI=0.0183457;REFB=0;REVB=0.0126148;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.33937e-06;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr7 933369 . T C 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0337715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.799;QD=3.206;RBI=0.0338557;REFB=-0.00784858;REVB=0.00238563;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489587;STB=0.846041;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0300814;OID=.;OPOS=933369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:1:6:19:23:1:6:20:23 chr7 940181 . C T 770.82 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159365;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.367;QD=64.2352;RBI=0.0371778;REFB=0;REVB=0.0335889;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75879e-05;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr7 940230 . T C 190.95 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0333564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.203;QD=11.5728;RBI=0.0392652;REFB=-0.0137027;REVB=0.0207148;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683243;STB=0.539441;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0321722;OID=.;OPOS=940230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:27:15:10:14:27:15 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 43.23 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.03245;FXX=0.0327815;HRUN=4;LEN=10;MLLD=256.387;QD=2.93071;RBI=0.0480893;REFB=-0.00944133;REVB=-0.0354905;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176196;STB=0.502257;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0417411;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135593:8:63:8:59:51:5:3:32:19:43:54:5:3:33:21 chr7 960434 . A G 296.65 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=-0.00647526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.607;QD=15.613;RBI=0.0167848;REFB=-0.0249143;REVB=-0.0154855;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335432;STB=0.687348;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0326123;OID=.;OPOS=960434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:14:19:10:33:14:19:10:33 chr7 1037310 . AG AC,A 74.04 PASS AF=0.0344828,0.252874;AO=4,26;DP=88;FAO=3,22;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=0,7;FSAR=3,15;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=0.0350167,0.137308;FXX=0.0113623;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=93.1339,6.84784;QD=3.40423;RBI=0.0474362,0.163667;REFB=-0.0117294,-0.156544;REVB=-0.0320004,-0.0890699;RO=44;SAF=0,12;SAR=4,14;SRF=33;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.682438,-0.311861;STB=0.998056,0.785352;STBP=0.005,0.006;TYPE=snp,del;VARB=0.104601,0.185163;OID=.,.;OPOS=1037311,1037311;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.252874:4,26:88:3,22:87:62:0,7:3,15:46:16:61:44:0,12:4,14:33:11 chr7 1481919 . C A 947.02 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0204891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.47;QD=55.7072;RBI=0.035198;REFB=-0.0158366;REVB=0.0286198;RO=2;SAF=28;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325534;STB=0.517236;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=9.77774e-05;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:38:28:2:0:38:28:2:0 chr7 1482009 . G C 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.377;QD=63.2729;RBI=0.0305854;REFB=0;REVB=-0.0064012;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116156;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr7 1484570 . CCA CGG 75.25 PASS AF=1;AO=3;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144238;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=111.592;QD=37.6243;RBI=0.144371;REFB=0;REVB=-0.00619118;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000950738;OID=.;OPOS=1484571;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:9:8:8:0:5:3:0:0:4:0:3:0:0:0 chr7 1533513 . A G 356.71 PASS AF=0.367521;AO=40;DP=120;FAO=43;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.0120439;FXX=0.0249979;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.233;QD=12.1953;RBI=0.0437776;REFB=-0.021211;REVB=-0.0420882;RO=54;SAF=19;SAR=21;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443621;STB=0.535442;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.031887;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:54:74:40:43:0.367521:21:19:28:26:22:21:32:42 chr7 1538614 . G A 232.68 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0138993;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.996;QD=15.0115;RBI=0.0139508;REFB=-0.00590337;REVB=0.00119786;RO=33;SAF=19;SAR=7;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342803;STB=0.51907;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00577442;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:33:35:26:27:0.435484:7:19:25:8:7:20:25:10 chr7 1542697 . G A 260.5 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0251141;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.037;QD=23.1553;RBI=0.0582361;REFB=-0.042606;REVB=0.0525426;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218623;STB=0.502956;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0254557;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:20:21:24:24:0.533333:9:15:13:7:9:15:13:8 chr7 1542814 . T C 130.24 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0155278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.735;QD=16.2793;RBI=0.0162303;REFB=-0.00593181;REVB=0.0047233;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150849;STB=0.599867;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00472262;OID=.;OPOS=1542814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:7:10:6:9:7:10 chr7 1543981 . C A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0885693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.722;QD=24.1897;RBI=0.0885722;REFB=-0.053642;REVB=0.000714468;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140261;STB=0.588073;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0225875;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:9:2:2:4:10:2:2:4 chr7 1588391 . A G 61.41 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000481808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4555;QD=18.8959;RBI=0.00796744;REFB=-0.0148808;REVB=-0.00795286;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0163483;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr7 1588549 . G A 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00433872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.496;QD=26.0479;RBI=0.0192461;REFB=-0.0244542;REVB=-0.0187506;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157187;STB=0.588093;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00687557;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:4:1:6:6:4:1 chr7 1588768 . G A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0587902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.748;QD=11.8294;RBI=0.0595719;REFB=-0.00366937;REVB=0.00961897;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413721;STB=0.545369;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0131507;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:10:11:0.37931:7:3:6:12:8:3:6:12 chr7 1878377 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.202;QD=58.4185;RBI=0.0285379;REFB=0;REVB=0.0275808;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60422e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr7 2257612 . G A 255.48 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0139551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9137;QD=11.1077;RBI=0.0270977;REFB=-0.0178476;REVB=0.023228;RO=61;SAF=16;SAR=15;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967815;STB=0.505614;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0364209;OID=.;OPOS=2257612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:15:16:32:29:15:16:32:29 chr7 2297006 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.724;QD=61.049;RBI=0.0237297;REFB=0;REVB=0.0188319;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20319e-05;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr7 2303986 . T C 785.26 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.159;QD=64.1032;RBI=0.123802;REFB=0;REVB=0.106579;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558922;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr7 2314844 . G A 300.09 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=86;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0384239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.006;QD=13.9576;RBI=0.0384714;REFB=-0.00279495;REVB=-0.00191205;RO=52;SAF=19;SAR=15;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223153;STB=0.626442;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00702478;OID=.;OPOS=2314844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:52:34:34:0.395349:15:19:18:34:15:19:18:34 chr7 2566028 . G A 180.44 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0222828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.982;QD=23.2823;RBI=0.0249476;REFB=-0.0717698;REVB=-0.0112187;RO=11;SAF=13;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318921;STB=0.652332;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0482035;OID=.;OPOS=2566028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:11:13:18:18:0.580645:5:13:3:8:5:13:5:8 chr7 2566484 . C T 1143.58 PASS AF=0.483193;AO=115;DP=239;FAO=115;FDP=238;FR=.;FRO=123;FSAF=68;FSAR=47;FSRF=85;FSRR=38;FWDB=-0.0175597;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.608;QD=19.2199;RBI=0.0177306;REFB=-0.00587418;REVB=-0.00245629;RO=121;SAF=68;SAR=47;SRF=84;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101521;STB=0.554381;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00760688;OID=.;OPOS=2566484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:238:121:123:115:115:0.483193:47:68:84:37:47:68:85:38 chr7 2611878 . T C 254.52 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00568731;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.539;QD=12.8871;RBI=0.0182915;REFB=-0.00114045;REVB=0.0173849;RO=48;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086759;STB=0.556663;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00168586;OID=.;OPOS=2611878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:49:30:30:0.379747:18:12:23:25:18:12:24:25 chr7 2613042 . G C 254.58 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00773542;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.242;QD=12.8899;RBI=0.0348638;REFB=-0.01872;REVB=-0.0339949;RO=46;SAF=21;SAR=9;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289343;STB=0.661307;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0167706;OID=.;OPOS=2613042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:46:49:30:30:0.379747:9:21:20:26:9:21:22:27 chr7 2623351 . G A 253.88 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.048872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6581;QD=20.3103;RBI=0.0491028;REFB=-0.00637241;REVB=-0.00475535;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216262;STB=0.521721;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00991223;OID=.;OPOS=2623351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:26:23:24:0.48:13:10:11:13:13:11:13:13 chr7 2636689 . C T 126.49 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00590984;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2851;QD=16.8652;RBI=0.0226758;REFB=-0.0410817;REVB=0.0218921;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103377;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0462795;OID=.;OPOS=2636689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:30:15:16:14:14:0.466667:9:5:7:8:9:5:7:9 chr7 2748758 . G C 476.04 PASS AF=0.628571;AO=45;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0172988;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3912;QD=27.2023;RBI=0.066115;REFB=-0.0294146;REVB=-0.0638118;RO=25;SAF=16;SAR=29;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314796;STB=0.508376;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.016945;OID=.;OPOS=2748758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:26:45:44:0.628571:29:16:10:15:28:16:10:16 chr7 2748803 . C T 289.61 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0130294;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.951;QD=18.6847;RBI=0.0140417;REFB=-0.0118309;REVB=0.00523509;RO=31;SAF=7;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2649;STB=0.628924;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0146334;OID=.;OPOS=2748803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:30:31:0.5:23:7:15:16:23:8:15:16 chr7 2770297 . G A 141.01 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0735306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8749;QD=21.6933;RBI=0.0899726;REFB=-0.00599895;REVB=-0.0518491;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232261;STB=0.631997;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00212178;OID=.;OPOS=2770297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:11:4:6:5:11:4:6:5 chr7 2770845 . C T 611.7 PASS AF=0.418182;AO=69;DP=165;FAO=69;FDP=165;FR=.;FRO=96;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=0.00892738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6666;QD=14.8291;RBI=0.00997938;REFB=0.00286016;REVB=-0.0044598;RO=96;SAF=37;SAR=32;SRF=54;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274929;STB=0.515394;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00431486;OID=.;OPOS=2770845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:96:96:69:69:0.418182:32:37:54:42:32:37:54:42 chr7 2946461 . T C 243.08 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159259;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.458;QD=51.1752;RBI=0.1596;REFB=0;REVB=-0.0104331;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927282;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:13:6:0:0 chr7 2957005 . T C,G 792.91 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=54,2;DP=56;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013823,-0.0159107;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.938,108.28;QD=56.6364;RBI=0.0203027,0.025473;REFB=0,0;REVB=-0.0148703,-0.0198928;RO=0;SAF=21,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.70667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00226939,0.0950913;OID=.,.;OPOS=2957005,2957005;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:56:56:0:0:54,2:55,1:0.982143,0.0178571:33,0:21,2:0:0:33,0:22,1:0:0 chr7 2974261 . A G 133.58 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=133;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=-0.0294157;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.166;QD=4.048;RBI=0.0414813;REFB=-0.00856722;REVB=-0.0292476;RO=107;SAF=10;SAR=14;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147438;STB=0.597909;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0376626;OID=.;OPOS=2974261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:107:108:24:24:0.181818:14:10:57:50:14:10:58:50 chr7 4002400 . G A 104.05 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0225458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.469;QD=7.30152;RBI=0.0235244;REFB=-0.00986385;REVB=-0.0067144;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228955;STB=0.644981;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0261276;OID=.;OPOS=4002400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:42:15:15:0.263158:7:8:14:27:7:8:14:28 chr7 4026944 . C G 253.67 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0808378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7469;QD=17.4945;RBI=0.0813767;REFB=-0.0395133;REVB=0.00935004;RO=30;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270048;STB=0.515141;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0387652;OID=.;OPOS=4026944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:16:12:12:18:16:12:12:18 chr7 4172006 . C T 298.68 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0276387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.171;QD=18.6672;RBI=0.0276585;REFB=-0.0179289;REVB=0.00104665;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143143;STB=0.579949;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0119216;OID=.;OPOS=4172006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:20:12:17:15:20:12:17:15 chr7 4189075 . G C 157.57 PASS AF=0.368421;AO=19;DP=56;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0383646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8283;QD=11.0576;RBI=0.0578116;REFB=-0.0299753;REVB=0.0432474;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300137;STB=0.692121;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0764908;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:36:36:19:21:0.368421:13:6:21:15:15:6:21:15 chr7 4213877 . T C 335.72 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0142198;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.542;QD=16.1793;RBI=0.0391595;REFB=-0.00615378;REVB=0.0364865;RO=47;SAF=23;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154561;STB=0.587252;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0049578;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:47:36:36:0.433735:13:23:23:24:13:23:23:24 chr7 4213940 . T C 319.77 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0343508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=18.5376;RBI=0.036253;REFB=-0.00810843;REVB=-0.0115889;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910074;STB=0.550695;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00984395;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:17:17:14:21:17:17:14:21 chr7 4213975 . A G 257.73 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00327451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.483;QD=19.825;RBI=0.0225345;REFB=-0.00255808;REVB=0.0222953;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504917;STB=0.516117;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00274236;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:26:27:0.519231:16:10:11:14:16:11:11:14 chr7 4267072 . T A 255.24 PASS AF=0.56;AO=20;DP=52;FAO=28;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0466695;FXX=0.0384541;HRUN=8;LEN=1;MLLD=25.0698;QD=20.4188;RBI=0.0644764;REFB=0.0173561;REVB=0.0444879;RO=16;SAF=18;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554876;STB=0.691903;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00899904;OID=.;OPOS=4267072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:16:22:20:28:0.56:2:18:6:10:6:22:9:13 chr7 4780514 . G T 632.33 PASS AF=0.391304;AO=72;DP=185;FAO=72;FDP=184;FR=.;FRO=112;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.0149464;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.567;QD=13.7463;RBI=0.0293736;REFB=-0.0215248;REVB=-0.0252867;RO=113;SAF=36;SAR=36;SRF=48;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815311;STB=0.543466;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0238051;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:113:112:72:72:0.391304:36:36:48:65:36:36:48:64 chr7 4802029 . T G 629.51 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.703;QD=61.416;RBI=0.0591893;REFB=0;REVB=0.0211385;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154543;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:13:28:0:0 chr7 4841470 . T C,G 744.97 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=50,3;DP=53;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455669,-0.0100811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.055,217.865;QD=56.224;RBI=0.00457405,0.0100962;REFB=0,0;REVB=0.000398117,-0.000552399;RO=0;SAF=19,3;SAR=31,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00117479,0.065076;OID=.,.;OPOS=4841470,4841470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:53:0:0:50,3:52,1:0.981132,0.0188679:31,0:19,3:0:0:31,0:21,1:0:0 chr7 4874250 . G A 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0156682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.119;QD=21.4821;RBI=0.0163193;REFB=-0.00736325;REVB=0.0045635;RO=40;SAF=28;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422959;STB=0.51851;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0105807;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:17:28:23:17:17:28:24:17 chr7 4874334 . C G 948.58 PASS AF=0.46729;AO=100;DP=214;FAO=100;FDP=214;FR=.;FRO=114;FSAF=62;FSAR=38;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.0505472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.982;QD=17.7305;RBI=0.0512031;REFB=-0.0266125;REVB=-0.00816924;RO=111;SAF=62;SAR=38;SRF=59;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872689;STB=0.551634;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0343687;OID=.;OPOS=4874334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:214:111:114:100:100:0.46729:38:62:59:52:38:62:60:54 chr7 4898894 . A C 153.22 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0105925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.651;QD=16.1288;RBI=0.0116716;REFB=-0.0193167;REVB=-0.00490157;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198035;STB=0.613365;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0224695;OID=.;OPOS=4898894;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:10:7:13:8:10:7:13:8 chr7 4900095 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0126081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.471;QD=27.8589;RBI=0.0254052;REFB=-0.0135578;REVB=-0.0220558;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236193;STB=0.653278;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00770253;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:7:8:17:17:0.68:12:5:5:2:12:5:6:2 chr7 4901191 . T C 219.03 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0185637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6047;QD=18.6412;RBI=0.030735;REFB=-0.0177399;REVB=-0.0244955;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223033;STB=0.626343;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.010812;OID=.;OPOS=4901191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:15:10:14:8:15:10 chr7 4901385 . A C 202.96 PASS AF=0.5;AO=15;DP=49;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0592967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5251;QD=15.6126;RBI=0.0714127;REFB=-0.0691577;REVB=-0.0397955;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157214;STB=0.653728;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0351013;OID=.;OPOS=4901385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:23:26:15:26:0.5:9:6:6:17:9:17:9:17 chr7 4955653 . C T 260.56 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00154055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.342;QD=24.8154;RBI=0.0378433;REFB=-0.0406344;REVB=0.0378119;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221129;STB=0.512285;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0148321;OID=.;OPOS=4955653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:11:7:10:14:11:7 chr7 5096958 . T C 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00191336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.964;QD=15.6488;RBI=0.0264907;REFB=-0.00929398;REVB=-0.0264215;RO=18;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435129;STB=0.767169;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0129446;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:21:16:16:0.432432:3:13:7:11:3:13:8:13 chr7 5104275 . G A 241.65 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00286476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.607;QD=21.9682;RBI=0.0045107;REFB=-0.0153928;REVB=0.00348418;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239191;STB=0.634534;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0144591;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:16:7:12:9:16:7:12:9 chr7 5104359 . G A 177.54 PASS AF=0.545455;AO=19;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00794299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6162;QD=21.5197;RBI=0.0105301;REFB=-0.0474822;REVB=0.00691311;RO=14;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167309;STB=0.570392;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0376691;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:19:18:0.545455:8:11:5:9:8:10:6:9 chr7 5105133 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00598572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.448;QD=17.2298;RBI=0.0342237;REFB=-0.0239479;REVB=-0.0336962;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0349391;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr7 5112035 . C T 103.5 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0133591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.188;QD=18.8189;RBI=0.0178267;REFB=0.00292615;REVB=0.0118037;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.626659;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00119207;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:7:3:7:5:7:3 chr7 5161512 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.417;QD=51.1846;RBI=0.0629719;REFB=0;REVB=0.0628142;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469308;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr7 5161640 . G C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.855;QD=60.8835;RBI=0.0318941;REFB=0;REVB=-0.00705605;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77161e-05;OID=.;OPOS=5161640;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr7 5166500 . A G 766.39 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5438;QD=63.8661;RBI=0.135626;REFB=0;REVB=0.0730741;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239206;OID=.;OPOS=5166500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:45:48:1:26:19:0:0:29:19:0:0 chr7 5254227 . C G 1731.05 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0513159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8745;QD=60.7385;RBI=0.0583324;REFB=0;REVB=0.0277373;RO=0;SAF=45;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135062;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:68:45:0:0:68:46:0:0 chr7 5271656 . GCTTCC G 135.08 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0112859;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=5;MLLD=186.049;QD=11.0269;RBI=0.0261274;REFB=-0.00601286;REVB=-0.0235641;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203824;STB=0.582066;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=0.0144364;OID=.;OPOS=5271657;OREF=CTTCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326531:15:45:16:49:33:5:11:14:19:99:20:4:11:9:11 chr7 5327564 . G A 44.32 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0427895;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7153;QD=5.90958;RBI=0.0466379;REFB=-0.0406757;REVB=-0.0185513;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464184;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0597149;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:30:22:23:7:7:0.233333:6:1:11:11:6:1:11:12 chr7 5346735 . T C 62.75 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509332;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.713;QD=35.8597;RBI=0.0489286;REFB=0;REVB=0.0486627;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387283;OID=.;OPOS=5346735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr7 5352790 . CGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT CGCTGCTGCTGCTGCTGCT,CGCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTGCC 99.8 PASS AF=0.333333,0.111111;AO=8,3;DP=31;FAO=9,3;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4,2;FSAR=5,1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0498,-0.0041904;FXX=0.128991;HRUN=1,1;LEN=9,9;MLLD=212.29,202.186;QD=14.7845;RBI=0.059638,0.0352071;REFB=-0.0292002,-0.0191022;REVB=-0.0328124,-0.0349569;RO=12;SAF=4,2;SAR=4,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166665,0.350702;STB=0.571275,0.757098;STBP=0.643,0.445;TYPE=del,mnp;VARB=0.0510948,0.147364;OID=.,.;OPOS=5352791,5352809;OREF=GCTGCTGCT,GCTGCTGCT;OALT=-,ACTGCTGCC;OMAPALT=CGCTGCTGCTGCTGCTGCT,CGCTGCTGCTGCTGCTGCTACTGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.111111:8,3:31:9,3:27:15:4,2:5,1:5:10:71:12:4,2:4,1:4:8 chr7 5372406 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00323288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.015;QD=43.486;RBI=0.0429195;REFB=0;REVB=0.0427976;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638236;OID=.;OPOS=5372406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr7 5410695 . G A 372.64 PASS AF=0.506494;AO=36;DP=75;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0162386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.509;QD=19.3581;RBI=0.0174003;REFB=-0.0291762;REVB=-0.00625143;RO=38;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00134965;STB=0.519298;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0210152;OID=.;OPOS=5410695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:38:38:36:39:0.506494:17:19:20:18:20:19:20:18 chr7 5427517 . G A,C 350.55 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=23,3;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135732,-0.00685529;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.313,136.132;QD=53.9307;RBI=0.0630305,0.0135311;REFB=0,0;REVB=0.0615517,0.011666;RO=0;SAF=15,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00103641,0.0540791;OID=.,.;OPOS=5427517,5427517;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:23,3:24,2:0.923077,0.0769231:8,0:15,3:0:0:8,0:16,2:0:0 chr7 5427720 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3226;QD=44.6898;RBI=0.0935164;REFB=0;REVB=-0.093306;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00250949;OID=.;OPOS=5427720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr7 5434135 . A G 722.52 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0597812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1256;QD=54.5296;RBI=0.112063;REFB=-0.0334846;REVB=-0.0947857;RO=2;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376207;STB=0.5098;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.000975029;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:2:1:50:52:0.981132:24:26:0:2:25:27:0:1 chr7 5460325 . G C 1040.87 PASS AF=0.566474;AO=98;DP=173;FAO=98;FDP=173;FR=.;FRO=75;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=0.0183104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.422;QD=24.0664;RBI=0.021099;REFB=-0.0381656;REVB=-0.0104832;RO=75;SAF=52;SAR=46;SRF=53;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14247;STB=0.577322;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.036586;OID=.;OPOS=5460325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:75:75:98:98:0.566474:46:52:53:22:46:52:53:22 chr7 5460550 . C T 2016.67 PASS AF=0.984962;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=133;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.775;QD=60.6516;RBI=0.0321778;REFB=-0.131913;REVB=0.0264383;RO=1;SAF=67;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704085;STB=0.500172;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=9.24724e-05;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:132:133:1:2:130:131:0.984962:63:67:1:0:64:67:1:1 chr7 5487423 . C G 510.56 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.9154;QD=56.7283;RBI=0.0713327;REFB=0;REVB=-0.0582471;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082253;OID=.;OPOS=5487423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:25:36:1:8:17:0:0:11:25:0:0 chr7 5487457 . CT AC 597.41 PASS AF=0.97619;AO=35;DP=37;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00850942;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.049;QD=56.8957;RBI=0.0310183;REFB=0.0265037;REVB=0.0298283;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.187;TYPE=mnp;VARB=-3.96688e-05;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:42:0:1:35:41:0.97619:9:26:0:0:12:29:0:1 chr7 5515624 . T G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.69961e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.187;QD=58.9627;RBI=0.0133408;REFB=0;REVB=-0.0133404;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14892e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr7 5518331 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2489;QD=48.7369;RBI=0.0818885;REFB=0;REVB=0.0244011;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361436;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr7 5518333 . A T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.872;QD=48.7372;RBI=0.0901336;REFB=0;REVB=0.0216246;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125451;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr7 5528883 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00265683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.013;QD=55.0987;RBI=0.00881905;REFB=0;REVB=0.00840933;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66862e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr7 5529758 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.224;QD=40.7629;RBI=0.0669179;REFB=0;REVB=0.0263713;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000856895;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr7 5540769 . A C 1189.04 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8189;QD=60.9762;RBI=0.0510319;REFB=0;REVB=-0.046356;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476399;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr7 5541657 . G A 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6678;QD=50.3977;RBI=0.105698;REFB=0;REVB=0.0930339;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042278;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr7 5646231 . T C 187.34 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0147926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.803;QD=14.693;RBI=0.0276;REFB=-0.0161812;REVB=-0.0233011;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125275;STB=0.578876;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0160589;OID=.;OPOS=5646231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:9:20:12:9:9:21 chr7 5760687 . G C 332.41 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00746497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.776;QD=22.1605;RBI=0.0217594;REFB=-0.0326996;REVB=-0.0204389;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130521;STB=0.508923;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0309911;OID=.;OPOS=5760687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:26:34:34:0.566667:19:15:11:13:19:15:12:14 chr7 5959485 . G A 157.79 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0129686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6699;QD=8.0916;RBI=0.0332449;REFB=-0.0191928;REVB=-0.0306111;RO=56;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982336;STB=0.505877;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0192224;OID=.;OPOS=5959485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:10:12:31:25:10:12:31:25 chr7 5965258 . T C 184.47 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0885506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.073;QD=35.137;RBI=0.0965382;REFB=0.00776457;REVB=0.0384501;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313083;STB=0.517221;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00205419;OID=.;OPOS=5965258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:7:10:2:2:7:10:2:2 chr7 5965334 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.017794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.483;QD=15.5726;RBI=0.0298184;REFB=-0.0329972;REVB=0.0239273;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224136;STB=0.631326;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0248716;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:6:6:8:3:6:6 chr7 5983012 . A G 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0656731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.687;QD=41.8661;RBI=0.0828751;REFB=-0.0321153;REVB=0.0505502;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00467539;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr7 5983063 . C T 66.35 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000232909;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.873;QD=9.82997;RBI=0.00749432;REFB=-0.0102944;REVB=-0.0074907;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129195;STB=0.537732;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0211842;OID=.;OPOS=5983063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:28:27:16:18:10:9:0.333333:5:5:6:10:5:4:7:11 chr7 6026775 . T C 280.14 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199607;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.553;QD=48.7194;RBI=0.0263001;REFB=-0.221055;REVB=0.0171249;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.518502;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00184134;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:13:9:0:0:13:9:0:1 chr7 6026942 . G T 143.68 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=59;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0187162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2433;QD=9.26959;RBI=0.035074;REFB=-0.020055;REVB=-0.029663;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116014;STB=0.597914;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0269313;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:40:42:19:20:0.322581:11:8:13:27:11:9:13:29 chr7 6026988 . G A 428.47 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00966902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.325;QD=22.258;RBI=0.0158361;REFB=-0.0318415;REVB=-0.0125416;RO=35;SAF=20;SAR=22;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111041;STB=0.561069;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.027248;OID=.;OPOS=6026988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:22:20:12:23:22:20:12:23 chr7 6036980 . G C 123.12 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0381574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0374;QD=37.8844;RBI=0.0636859;REFB=-0.0501968;REVB=-0.0509893;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00194708;OID=.;OPOS=6036980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:0:1:5:7:0:1 chr7 6043386 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.036094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.537;QD=22.398;RBI=0.0373486;REFB=-2.63641e-05;REVB=-0.0095989;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263574;STB=0.647444;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000124611;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:6:13:8:14:6:13 chr7 6056530 . G A 233.86 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=5.07974e-05;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.592;QD=14.8481;RBI=0.0680394;REFB=-0.00393262;REVB=-0.0680394;RO=35;SAF=22;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334821;STB=0.702299;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00410307;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:36:27:27:0.428571:5:22:19:16:5:22:19:17 chr7 6063283 . C T 253.95 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00208223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.876;QD=21.6127;RBI=0.00729131;REFB=-0.00136641;REVB=0.00698767;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930787;STB=0.552169;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00107346;OID=.;OPOS=6063283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:13:11:13:10:13:11:13:10 chr7 6066450 . T C 238.98 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=67;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0240148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1428;QD=14.0574;RBI=0.0611671;REFB=-0.0052089;REVB=0.0562556;RO=40;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123603;STB=0.558782;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00938114;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:40:27:28:0.411765:14:13:24:16:14:14:24:16 chr7 6066461 . T C 208.02 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0199569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.522;QD=13.4206;RBI=0.0212234;REFB=-0.00679862;REVB=-0.0072219;RO=37;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158953;STB=0.575775;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0100099;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:24:25:0.403226:14:10:21:16:14:11:21:16 chr7 6071060 . G A 339.03 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0139112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.247;QD=18.3257;RBI=0.036443;REFB=-0.0199489;REVB=-0.0336834;RO=38;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103794;STB=0.563071;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.027861;OID=.;OPOS=6071060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:38:35:36:0.486486:12:23:21:17:12:24:21:17 chr7 6075823 . A T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0229512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.599;QD=11.5708;RBI=0.0251857;REFB=-0.00978501;REVB=-0.0103712;RO=42;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169303;STB=0.597909;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0178041;OID=.;OPOS=6075823;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:10:14:18:24:10:14:18:24 chr7 6087389 . C A 50.39 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0059705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.963;QD=16.7975;RBI=0.0220823;REFB=-0.0485741;REVB=0.0212598;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553146;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.035273;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:5:5:6:7:0.583333:2:4:3:2:3:4:3:2 chr7 6087400 . C A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00694989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.421;QD=11.9536;RBI=0.0635102;REFB=0.00196354;REVB=0.0631288;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109376;STB=0.565062;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00164828;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:8:3:3:5:8:3 chr7 6088420 . A G 86.6 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0629179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4116;QD=13.3224;RBI=0.0842888;REFB=-0.0103882;REVB=0.0560888;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124271;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0129738;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:25:26:16:15:9:11:0.423077:4:5:7:9:5:6:6:9 chr7 6194274 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00450736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.856;QD=14.2311;RBI=0.0296095;REFB=-0.00889842;REVB=-0.0292644;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656652;STB=0.514501;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0153828;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:36:26:26:0.419355:10:16:23:11:10:16:23:13 chr7 6202413 . T C 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0477886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8937;QD=16.6256;RBI=0.0746075;REFB=-0.0342304;REVB=-0.0572934;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185092;STB=0.60719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0291446;OID=.;OPOS=6202413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:7:7:4:9:7:7 chr7 6204999 . A C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.173;QD=61.6778;RBI=0.00761884;REFB=0;REVB=0.00564322;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85226e-06;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr7 6252291 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00579784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.41;QD=15.6194;RBI=0.0155011;REFB=-0.0343562;REVB=-0.0143759;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515131;STB=0.529747;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0424113;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:13:5:8:17:13:5:8:17 chr7 6370194 . C T 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3525;QD=62.3435;RBI=0.0372606;REFB=0;REVB=-0.0159209;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196022;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr7 6370305 . C G 491.0 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.467;QD=57.7642;RBI=0.0241904;REFB=0;REVB=0.00457692;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.055182;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:31:34:1:10:21:0:0:10:24:0:0 chr7 6370406 . C T 202.3 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017387;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.581;QD=44.9545;RBI=0.0199841;REFB=0.00460366;REVB=-0.00985167;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.12365e-05;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:1:0:7:10:1:0 chr7 6456302 . C T 420.94 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00726162;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3173;QD=19.3534;RBI=0.0393169;REFB=-0.0170607;REVB=0.0386405;RO=41;SAF=24;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751001;STB=0.553132;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.01756;OID=.;OPOS=6456302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:44:42:43:0.494253:18:24:20:21:18:25:21:23 chr7 6461424 . C T 368.31 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.00458885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.526;QD=16.7411;RBI=0.0184783;REFB=-0.00662018;REVB=-0.0178994;RO=49;SAF=13;SAR=26;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102976;STB=0.557494;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00865049;OID=.;OPOS=6461424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:26:13:12:37:26:13:12:37 chr7 6537805 . C T 90.23 PASS AF=0.137255;AO=18;DP=151;FAO=21;FDP=153;FR=.;FRO=132;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=109;FWDB=-0.0617599;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.766;QD=2.35894;RBI=0.0674881;REFB=-0.00187249;REVB=0.0272096;RO=133;SAF=3;SAR=15;SRF=24;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295282;STB=0.630939;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0122585;OID=.;OPOS=6537805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:151:153:133:132:18:21:0.137255:15:3:24:109:15:6:23:109 chr7 6591008 . C T 220.43 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0114326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.269;QD=16.0312;RBI=0.0656437;REFB=-0.022779;REVB=0.0646405;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521665;STB=0.515911;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0283765;OID=.;OPOS=6591008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:9:16:20:9:9:16:20:10 chr7 6628514 . A G 216.71 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00264935;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.086;QD=12.7476;RBI=0.00509282;REFB=-0.0182218;REVB=0.00434946;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128497;STB=0.573406;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0219942;OID=.;OPOS=6628514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:42:42:26:26:0.382353:15:11:13:29:15:11:13:29 chr7 6639791 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0132272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.433;QD=19.3697;RBI=0.0142614;REFB=-0.0161136;REVB=0.00533181;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154064;STB=0.588118;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00783176;OID=.;OPOS=6639791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:6:9:12:4:6:9 chr7 6647738 . T C 285.4 PASS AF=0.48;AO=21;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0036176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6048;QD=22.8323;RBI=0.0530113;REFB=0.00264821;REVB=-0.0528878;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691752;STB=0.575693;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0221769;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:21:24:0.48:8:13:12:10:8:16:12:11 chr7 6656830 . G A 884.29 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.441;QD=57.0507;RBI=0.0310103;REFB=0;REVB=0.0156993;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44195e-05;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chr7 6656897 . A G 769.04 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5653;QD=56.9661;RBI=0.0556357;REFB=0;REVB=-0.052757;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585525;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:33:21:0:0 chr7 6660790 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.256;QD=59.0162;RBI=0.0212905;REFB=0;REVB=0.0183647;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157311;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 6661256 . C G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0921992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.926;QD=19.1336;RBI=0.0926082;REFB=0.00304332;REVB=-0.00869395;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00281345;OID=.;OPOS=6661256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr7 6713936 . C T 36.64 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0160329;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.825;QD=6.10722;RBI=0.0176032;REFB=-0.0125112;REVB=-0.00726769;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195321;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0900291;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:9:9:4:2:9:9 chr7 6713940 . CAG C 36.08 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00868383;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.993;QD=5.77353;RBI=0.0693055;REFB=-0.0216823;REVB=-0.0687593;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254478;STB=0.648148;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=0.0700083;OID=.;OPOS=6713941;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:6:26:6:25:19:2:4:10:9:36:18:2:4:10:8 chr7 6713985 . A G 279.54 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0558637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.211;QD=48.6155;RBI=0.0609165;REFB=-0.100149;REVB=0.0242912;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00245279;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:0:1:8:14:0:1 chr7 6714028 . G A 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00674261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.848;QD=15.2893;RBI=0.0255715;REFB=-0.00721578;REVB=0.0246666;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00495121;OID=.;OPOS=6714028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr7 6776956 . A G 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0029648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.135;QD=10.4707;RBI=0.00684209;REFB=-0.00677004;REVB=-0.00616638;RO=52;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143815;STB=0.584348;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0125511;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:8:18:30:22:8:18:30:22 chr7 6844574 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.846;QD=53.2768;RBI=0.0360136;REFB=0;REVB=0.0357942;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252027;OID=.;OPOS=6844574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr7 6844640 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.837;QD=45.8065;RBI=0.0188257;REFB=0;REVB=0.0116723;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276425;OID=.;OPOS=6844640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr7 6859453 . C G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0497015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7891;QD=17.2287;RBI=0.0506181;REFB=-0.0505372;REVB=-0.00958926;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861157;STB=0.549882;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.043585;OID=.;OPOS=6859453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:1:5:6:2:1:5 chr7 7283688 . T A 305.79 PASS AF=0.441558;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00142458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.306;QD=15.8853;RBI=0.00147808;REFB=-0.00772803;REVB=0.000394094;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478475;STB=0.530403;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.012762;OID=.;OPOS=7283688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:38:43:33:34:0.441558:14:19:20:18:14:20:23:20 chr7 7550711 . A G 342.86 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0198001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.254;QD=21.4285;RBI=0.0237466;REFB=-0.000976473;REVB=0.0131095;RO=29;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04498;STB=0.524873;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00355633;OID=.;OPOS=7550711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:15:20:15:14:15:20:15:14 chr7 7571094 . G C 1207.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.228;QD=61.141;RBI=0.0340178;REFB=0;REVB=0.0307836;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08163e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:76:79:1:41:35:0:0:44:35:0:0 chr7 7646651 . G T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00481422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.079;QD=56.4167;RBI=0.0266747;REFB=-0.0178762;REVB=0.0262366;RO=1;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241965;STB=0.512816;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000449738;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:19:43:0:1:19:43:0:1 chr7 7646687 . A G 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.764;QD=63.194;RBI=0.0444814;REFB=0;REVB=0.0444047;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45479e-05;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr7 8125964 . C T 1350.67 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0202615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.069;QD=60.0299;RBI=0.0470183;REFB=-0.128178;REVB=0.0424287;RO=2;SAF=43;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215283;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000458118;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:90:90:2:2:88:88:0.977778:45:43:2:0:45:43:2:0 chr7 8132252 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.514;QD=59.1432;RBI=0.0184927;REFB=0;REVB=0.0164084;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8822e-05;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr7 8196529 . A T 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.797;QD=56.9473;RBI=0.0226916;REFB=0;REVB=-0.0180618;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56528e-06;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr7 8196572 . A G 33.68 PASS AF=0.15;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0452505;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=143.571;QD=3.36787;RBI=0.0496033;REFB=-0.00377954;REVB=-0.0203195;RO=24;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364761;STB=0.674489;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00743382;OID=.;OPOS=8196572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:40:24:34:6:6:0.15:3:3:19:5:3:3:24:10 chr7 8196580 . A G 50.8 PASS AF=0.2;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0645486;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=169.839;QD=5.08031;RBI=0.068643;REFB=-0.0096678;REVB=-0.0233525;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35933e-08;STB=0.576728;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0163471;OID=.;OPOS=8196580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:33:40:24:32:8:8:0.2:3:5:15:9:3:5:17:15 chr7 8196584 . AG AA,GA 98.85 PASS AF=0.4,0;AO=5,2;DP=26;FAO=14,0;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0582719,-0.0973797;FXX=0.0540395;HRUN=1,25;LEN=1,2;MLLD=149.137,18.1954;QD=11.297;RBI=0.064611,0.0988774;REFB=-0.0181576,-0.0540137;REVB=0.0279099,0.0171445;RO=19;SAF=3,1;SAR=2,1;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0250969,-0.0776352;STB=0.585244,0.5;STBP=0.446,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0543401,0.0579432;OID=.,.;OPOS=8196585,8196584;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:35:19:21:5,2:14,0:0.4,0:2,1:3,1:11:8:8,0:6,0:12:9 chr7 8792148 . T C 775.27 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0425963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4298;QD=53.4669;RBI=0.0446098;REFB=-0.0738493;REVB=0.0132509;RO=1;SAF=20;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229889;STB=0.523801;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00180287;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:36:20:1:0:36:20:2:0 chr7 10979697 . G A 337.33 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.152859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2566;QD=20.1392;RBI=0.153385;REFB=-0.0593055;REVB=0.0126917;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159528;STB=0.538045;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0509326;OID=.;OPOS=10979697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:32:34:35:0.522388:17:17:11:12:17:18:19:13 chr7 11022230 . A G 131.38 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0733897;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.4673;QD=35.0347;RBI=0.120816;REFB=-0.064798;REVB=-0.0959705;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294909;STB=0.648367;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00671584;OID=.;OPOS=11022230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:15:15:1:2:13:13:0.866667:12:1:1:0:12:1:1:1 chr7 11022564 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.252;QD=55.6548;RBI=0.0603812;REFB=0;REVB=0.0217315;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000819445;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr7 11581121 . T C 420.47 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0100371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.234;QD=16.4889;RBI=0.0489116;REFB=-0.0321112;REVB=-0.0478707;RO=56;SAF=29;SAR=17;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183231;STB=0.602552;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0335633;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:56:46:46:0.45098:17:29:25:31:17:29:25:31 chr7 11675855 . C T 206.04 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.129551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.287;QD=16.8198;RBI=0.133756;REFB=0.00702626;REVB=-0.0332747;RO=28;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650706;STB=0.537277;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0159285;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:14:7:11:17:14:7:11:17 chr7 11676065 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0260139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.772;QD=15.2624;RBI=0.0276141;REFB=-0.00383475;REVB=-0.00926376;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664503;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00456544;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:8:7:7:6:8:8 chr7 12269417 . C G 712.4 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573692;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.841;QD=63.3247;RBI=0.0199474;REFB=0;REVB=0.0191047;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117303;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr7 12271997 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5385;QD=50.4064;RBI=0.0813325;REFB=0;REVB=-0.00261206;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016095;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr7 12272026 . A G 397.17 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760278;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7631;QD=56.7389;RBI=0.00865446;REFB=0;REVB=0.00413489;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158427;OID=.;OPOS=12272026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr7 12370794 . T C 1077.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3034;QD=59.8602;RBI=0.103791;REFB=0;REVB=0.103555;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933096;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr7 12376811 . A C 789.79 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0279311;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.851;QD=55.424;RBI=0.0293013;REFB=-0.0108927;REVB=0.00885555;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149682;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.11324e-05;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:25:31:1:0:25:31:1:0 chr7 12391268 . T A,TA 824.02 PASS AF=0,1;AO=4,46;DP=61;FAO=0,59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676837,0.0680481;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=8.7674,27.9976;QD=55.8659;RBI=0.112185,0.0731111;REFB=0,0;REVB=0.0894668,0.0267338;RO=6;SAF=4,23;SAR=0,23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.684163,-0.0359911;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0102298,0.0025876;OID=.,.;OPOS=12391268,12391269;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:61:59:6:0:4,46:0,59:0,1:0,23:4,23:4:2:0,28:0,31:0:0 chr7 12391319 . G T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.205;QD=59.0186;RBI=0.0361645;REFB=0;REVB=0.0144712;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58596e-05;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr7 12400783 . C T 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00804826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.902;QD=16.6609;RBI=0.0290648;REFB=-0.00147736;REVB=-0.0279282;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976889;STB=0.554984;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00162478;OID=.;OPOS=12400783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:12:16:15:17:12:16:15:17 chr7 12400837 . G A 312.9 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00340435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.702;QD=19.5562;RBI=0.00665145;REFB=-0.028611;REVB=0.00571421;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289819;STB=0.515142;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0210634;OID=.;OPOS=12400837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:31:32:33:0.515625:16:16:14:16:16:17:15:16 chr7 12401021 . C T 227.6 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0160753;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.404;QD=15.6965;RBI=0.025029;REFB=-0.0261016;REVB=-0.0191843;RO=32;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125812;STB=0.571372;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0318476;OID=.;OPOS=12401021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:32:26:26:0.448276:9:17:17:15:9:17:17:15 chr7 12409263 . C A 344.25 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0110686;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.554;QD=19.3941;RBI=0.0406874;REFB=-0.0263383;REVB=0.0391529;RO=34;SAF=22;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378084;STB=0.520525;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0254098;OID=.;OPOS=12409263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:35:36:0.507042:13:22:20:14:13:23:21:14 chr7 12409321 . TC T,TT 82.25 PASS AF=0.254237,0.0508475;AO=13,3;DP=56;FAO=15,3;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=13,3;FSAR=2,0;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0332563,0.111022;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.4644,28.1316;QD=5.57632;RBI=0.0431741,0.131539;REFB=-0.0155477,-0.0238932;REVB=0.0275321,0.0705463;RO=39;SAF=11,3;SAR=2,0;SRF=20;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.454085,0.503478;STB=0.807445,0.996385;STBP=0.007,0.081;TYPE=del,snp;VARB=0.0356971,-0.0261413;OID=.,.;OPOS=12409322,12409322;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254237,0.0508475:13,3:56:15,3:59:41:13,3:2,0:21:20:68:39:11,3:2,0:20:19 chr7 12409327 . C T 244.09 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0550364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6376;QD=17.4347;RBI=0.0588686;REFB=-0.0198757;REVB=0.0208929;RO=28;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167838;STB=0.605715;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0224474;OID=.;OPOS=12409327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:8:19:15:13:8:19:15:14 chr7 12409522 . A G 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00628116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.911;QD=11.6204;RBI=0.0231923;REFB=-0.00824609;REVB=-0.0223255;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095238;STB=0.555499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00946555;OID=.;OPOS=12409522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:17:18:12:8:17:18 chr7 12409535 . A G 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0119848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.095;QD=15.2551;RBI=0.0237747;REFB=-0.019307;REVB=-0.0205329;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161392;STB=0.593266;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0289334;OID=.;OPOS=12409535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:15:15:13:7:15:15 chr7 12410112 . G A 650.82 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.465;QD=61.9824;RBI=0.0191903;REFB=0;REVB=0.0162376;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34566e-05;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr7 12410362 . C T 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0321396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=301.209;QD=7.74687;RBI=0.0331698;REFB=-0.0130353;REVB=-0.00820235;RO=61;SAF=10;SAR=13;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166902;STB=0.605173;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0342337;OID=.;OPOS=12410362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:61:62:23:23:0.270588:13:10:35:26:13:10:36:26 chr7 12414725 . G A 569.35 PASS AF=0.491667;AO=58;DP=119;FAO=59;FDP=120;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0372657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4246;QD=18.9782;RBI=0.0372832;REFB=-0.016031;REVB=0.00114276;RO=58;SAF=30;SAR=28;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516534;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0151879;OID=.;OPOS=12414725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:58:61:58:59:0.491667:28:30:30:28:29:30:33:28 chr7 12417407 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.625;QD=52.6132;RBI=0.0159291;REFB=0;REVB=-0.00559707;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162739;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 12419108 . A T 286.0 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0281001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.387;QD=24.3408;RBI=0.061953;REFB=-0.0563465;REVB=-0.0552138;RO=21;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305156;STB=0.516981;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0395154;OID=.;OPOS=12419108;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:9:17:13:8:9:17:13:8 chr7 12428608 . C A 291.06 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00516553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.85;QD=27.0752;RBI=0.00529754;REFB=-0.0157096;REVB=0.00117528;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137232;STB=0.567222;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00957741;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:25:26:0.604651:13:12:5:12:14:12:5:12 chr7 12428803 . G A 1302.34 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.105;QD=61.2864;RBI=0.0322697;REFB=0;REVB=0.0312818;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12711e-05;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:39:40:0:0:42:43:0:0 chr7 12433347 . C T 226.68 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0290726;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.895;QD=13.3343;RBI=0.0293217;REFB=0.00562697;REVB=0.00381364;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0067848;STB=0.503814;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=-0.0082664;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:41:27:27:0.397059:13:14:21:19:13:14:21:20 chr7 12610594 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0214039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4155;QD=14.6653;RBI=0.033583;REFB=-0.000608524;REVB=0.0258784;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872643;STB=0.550496;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000869248;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:13:8:7:8:13:8 chr7 12611252 . T C 457.57 PASS AF=0.421488;AO=50;DP=120;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=52;FWDB=0.008895;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.7;QD=15.1264;RBI=0.0238231;REFB=-0.00317347;REVB=0.0221002;RO=69;SAF=19;SAR=31;SRF=17;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153385;STB=0.574073;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00375874;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:69:70:50:51:0.421488:31:19:17:52:32:19:18:52 chr7 12620804 . C T 441.86 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0321969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.795;QD=14.8525;RBI=0.0322233;REFB=-0.00400288;REVB=0.00130251;RO=69;SAF=32;SAR=18;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966504;STB=0.554433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00743975;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:69:69:50:50:0.420168:18:32:38:31:18:32:38:31 chr7 12636026 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6173;QD=56.1883;RBI=0.0568046;REFB=0;REVB=0.0559852;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112691;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr7 12689137 . G A 170.08 PASS AF=0.37931;AO=19;DP=55;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0263014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.508;QD=11.7297;RBI=0.0309934;REFB=-0.0180758;REVB=-0.016396;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241614;STB=0.64923;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0296293;OID=.;OPOS=12689137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:36:36:19:22:0.37931:11:8:8:28:12:10:8:28 chr7 12730503 . T G 177.52 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0346108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.341;QD=14.4917;RBI=0.0353008;REFB=-0.0132318;REVB=-0.0069453;RO=29;SAF=3;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237552;STB=0.633503;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.014096;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:30:19:19:0.387755:16:3:9:20:16:3:9:21 chr7 13934358 . A T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.706;QD=57.0006;RBI=0.0134496;REFB=0;REVB=0.0132051;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60976e-05;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr7 13978809 . T C 1328.48 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.365;QD=61.7898;RBI=0.0169832;REFB=0;REVB=0.00131208;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23145e-05;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:41:44:0:0:41:45:0:0 chr7 14025727 . C T 246.71 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.010463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.489;QD=14.5122;RBI=0.0133347;REFB=-0.0105608;REVB=0.00826672;RO=38;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546043;STB=0.537165;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0127579;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:16:13:15:23:16:13:15:24 chr7 14025766 . T A 320.95 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0145726;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.233;QD=13.8045;RBI=0.0591761;REFB=-0.00307185;REVB=-0.0573537;RO=57;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937914;STB=0.553316;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00287132;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:19:17:22:35:19:17:22:35 chr7 14758273 . C T 963.52 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=50;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0478087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8097;QD=53.5288;RBI=0.0509656;REFB=0.0739357;REVB=-0.0176585;RO=4;SAF=18;SAR=50;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631776;STB=0.533526;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00374739;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:72:72:4:4:68:68:0.944444:50:18:3:1:50:18:3:1 chr7 15239993 . T C 557.82 PASS AF=0.58427;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=89;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0109539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2892;QD=25.0707;RBI=0.0263443;REFB=-0.0400637;REVB=0.023959;RO=37;SAF=18;SAR=33;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149892;STB=0.584582;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0290828;OID=.;OPOS=15239993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:37:51:52:0.58427:33:18:20:17:34:18:20:17 chr7 15651599 . C G 584.09 PASS AF=0.491667;AO=58;DP=120;FAO=59;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0421777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.749;QD=19.4696;RBI=0.0422273;REFB=-0.0322273;REVB=-0.0020471;RO=40;SAF=29;SAR=29;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16886;STB=0.508477;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0280094;OID=.;OPOS=15651599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:40:59:58:59:0.491667:29:29:11:29:30:29:28:31 chr7 15651770 . C T 111.99 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0193447;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9818;QD=15.4469;RBI=0.0333203;REFB=-0.00433096;REVB=0.0271297;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147216;STB=0.599834;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0147255;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:12:13:0.448276:9:3:6:10:10:3:6:10 chr7 16128994 . TG CA 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197371;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.722;QD=33.4285;RBI=0.0197371;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000410736;OID=.;OPOS=16128994;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr7 16129172 . A G 587.44 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.267;QD=58.7443;RBI=0.183514;REFB=-0.0324592;REVB=0.0420857;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224726;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:39:40:1:32:7:0:0:32:8:0:0 chr7 16640491 . G A 193.7 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.010052;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.53;QD=15.8121;RBI=0.0102053;REFB=-0.0290537;REVB=0.0017622;RO=29;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236928;STB=0.638145;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0346887;OID=.;OPOS=16640491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:29:20:20:0.408163:16:4:11:18:16:4:11:18 chr7 16832382 . T A 880.66 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00502136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2626;QD=51.0527;RBI=0.00677255;REFB=-0.00946194;REVB=0.00454459;RO=5;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064553;STB=0.534236;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=2.81017e-05;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:69:69:5:5:64:64:0.927536:34:30:0:5:34:30:0:5 chr7 16834551 . C A 1566.88 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.077;QD=63.9543;RBI=0.014303;REFB=0;REVB=-0.00100518;RO=0;SAF=50;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14286e-05;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:47:50:0:0:48:50:0:0 chr7 16899197 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00556367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.966;QD=56.7066;RBI=0.00869039;REFB=0;REVB=0.00667595;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52389e-06;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 16913394 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1676;QD=59.0125;RBI=0.095932;REFB=0;REVB=-0.0100325;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158906;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr7 17379110 . G A 339.24 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0281264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.213;QD=20.5602;RBI=0.0284205;REFB=-0.0263196;REVB=0.004078;RO=31;SAF=9;SAR=25;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941449;STB=0.538439;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0208788;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:25:9:11:20:25:10:11:20 chr7 17831806 . C T 160.29 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00184801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.352;QD=10.3412;RBI=0.00184824;REFB=-0.0206163;REVB=-2.93033e-05;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113032;STB=0.555843;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0264588;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:40:41:20:21:0.33871:9:11:18:22:10:11:18:23 chr7 17854532 . G T 228.25 PASS AF=0.390625;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00700928;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.228;QD=14.2657;RBI=0.0134622;REFB=-0.0101742;REVB=-0.0114935;RO=25;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976477;STB=0.571367;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0221816;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:25:35:23:25:0.390625:19:4:6:19:20:5:10:25 chr7 18066569 . C A 343.93 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0249038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.67;QD=16.3777;RBI=0.0262529;REFB=-0.0420429;REVB=0.00830755;RO=47;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509961;STB=0.528676;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0388537;OID=.;OPOS=18066569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:17:20:23:24:17:20:23:24 chr7 18067479 . ACT A 627.15 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109447;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.848;QD=61.185;RBI=0.0109672;REFB=0;REVB=0.000701815;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.81743e-05;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:40:41:41:0:15:26:0:0:4:0:14:24:0:0 chr7 18688173 . G A 68.77 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=-0.0761774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6079;QD=3.23615;RBI=0.076454;REFB=0.000620667;REVB=0.00649698;RO=63;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200282;STB=0.616242;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0377778;OID=.;OPOS=18688173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:85:85:63:71:11:11:0.129412:6:5:19:44:6:5:23:48 chr7 18767343 . A G 264.16 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=84;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=0.0494542;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.303;QD=12.5788;RBI=0.0496198;REFB=-0.00435483;REVB=-0.0040513;RO=53;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253895;STB=0.660182;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00923626;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:53:53:31:31:0.369048:18:13:11:42:17:14:11:42 chr7 18993870 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.794;QD=60.6103;RBI=0.0191294;REFB=0;REVB=0.015877;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79977e-06;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr7 19155074 . T C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0243798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.419;QD=12.3937;RBI=0.0501033;REFB=-0.0105522;REVB=-0.0437718;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206544;STB=0.512178;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0324167;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:9:15:9:5:9:15 chr7 19184746 . C CTCT,T 135.23 PASS AF=0.231884,0.057971;AO=16,4;DP=69;FAO=16,4;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=8,2;FSAR=8,2;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00741143,0.00784676;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=159.304,52.0493;QD=7.83965;RBI=0.00927218,0.036256;REFB=-0.00217802,-0.00635541;REVB=0.00557172,0.0353967;RO=49;SAF=8,2;SAR=8,2;SRF=34;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.240615,-0.211005;STB=0.645987,0.678467;STBP=0.211,0.537;TYPE=ins,snp;VARB=0.00987807,0.0900259;OID=.,.;OPOS=19184747,19184746;OREF=-,C;OALT=TCT,T;OMAPALT=CTCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:16,4:16,4:0.231884,0.057971:8,2:8,2:34:15:8,2:8,2:34:15 chr7 19184752 . C T 37.4 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=21;FWDB=0.0429563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5078;QD=2.13738;RBI=0.0449919;REFB=0.0033893;REVB=0.0133802;RO=62;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33152;STB=0.737733;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0128791;OID=.;OPOS=19184752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:5:3:41:21:5:3:41:21 chr7 19744417 . T C 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0122684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.785;QD=18.0091;RBI=0.0180633;REFB=-0.00380007;REVB=-0.0132578;RO=38;SAF=14;SAR=21;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167074;STB=0.593353;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0032334;OID=.;OPOS=19744417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:21:14:22:16:21:14:22:16 chr7 20178175 . C T 374.62 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.253;QD=55.4995;RBI=0.0216835;REFB=0;REVB=0.0216436;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09996e-05;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:13:11:0:0:16:11:0:0 chr7 20180717 . C G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.796;QD=57.7123;RBI=0.0476745;REFB=0;REVB=0.0226139;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018433;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr7 20198440 . G A 530.93 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00147783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.388;QD=19.6642;RBI=0.00185392;REFB=-0.0349543;REVB=0.00111939;RO=50;SAF=21;SAR=34;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156354;STB=0.58256;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0234966;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:53:55:55:0.509259:34:21:28:22:34:21:29:24 chr7 20201395 . G C 267.0 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0156308;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.252;QD=18.1013;RBI=0.0211025;REFB=0.004928;REVB=-0.0141772;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923351;STB=0.5594;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.00522945;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:14:15:12:17:14:15:12:18 chr7 20418678 . C T 452.13 PASS AF=0.41129;AO=51;DP=126;FAO=51;FDP=124;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00399536;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.647;QD=14.5849;RBI=0.00432063;REFB=-0.0241717;REVB=0.00164467;RO=71;SAF=25;SAR=26;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902512;STB=0.541992;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0344871;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:71:73:51:51:0.41129:26:25:41:30:26:25:41:32 chr7 20421490 . T C 479.51 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0139873;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.485;QD=16.9737;RBI=0.0185727;REFB=-0.00485256;REVB=0.0122188;RO=61;SAF=16;SAR=35;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169653;STB=0.585634;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00807416;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:51:52:0.460177:35:16:29:32:35:17:29:32 chr7 20698270 . A G 489.57 PASS AF=0.428571;AO=54;DP=125;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0152823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.386;QD=15.5418;RBI=0.0153074;REFB=-0.0402034;REVB=0.000875981;RO=71;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889122;STB=0.545169;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0485359;OID=.;OPOS=20698270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:71:72:54:54:0.428571:28:26:28:43:28:26:29:43 chr7 20768013 . G A 479.56 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0159791;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4555;QD=18.9925;RBI=0.0192006;REFB=-0.020562;REVB=-0.0106457;RO=50;SAF=26;SAR=24;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901585;STB=0.544646;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0194867;OID=.;OPOS=20768013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:50:51:50:50:0.49505:24:26:21:29:24:26:22:29 chr7 20778646 . G A 485.48 PASS AF=0.505051;AO=42;DP=93;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0194139;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.474;QD=19.6155;RBI=0.0220239;REFB=-0.0173436;REVB=0.0103996;RO=48;SAF=16;SAR=26;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232028;STB=0.594655;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0188977;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:99:48:49:42:50:0.505051:26:16:30:18:29:21:30:19 chr7 20822196 . A AC 498.57 PASS AF=1;AO=44;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.4465;QD=41.5474;RBI=0.201459;REFB=0;REVB=0.0526587;RO=4;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00710109;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:49:48:48:0:21:27:0:0:9:4:18:26:2:2 chr7 20824614 . C T 544.47 PASS AF=0.53125;AO=39;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00059616;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.005;QD=22.6863;RBI=0.0152037;REFB=-0.0221614;REVB=0.015192;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145722;STB=0.617613;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0131212;OID=.;OPOS=20824614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:42:45:39:51:0.53125:21:18:26:16:32:19:28:17 chr7 20826452 . T G 408.44 PASS AF=0.761905;AO=30;DP=41;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0134463;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.703;QD=38.8988;RBI=0.0135882;REFB=-0.0122391;REVB=-0.00195888;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50347;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00138862;OID=.;OPOS=20826452;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:41:42:0:10:30:32:0.761905:10:20:0:0:10:22:7:3 chr7 21553621 . T G 170.36 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.037127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.833;QD=12.3899;RBI=0.0414917;REFB=0.00479515;REVB=0.0185242;RO=32;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576337;STB=0.550902;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00934409;OID=.;OPOS=21553621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:34:21:21:0.381818:11:10:17:15:11:10:19:15 chr7 21599233 . C T 303.23 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000854949;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.437;QD=21.659;RBI=0.0141125;REFB=-0.0306109;REVB=-0.0140866;RO=25;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138562;STB=0.576872;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0161886;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:20:11:13:12:20:11:13:12 chr7 21628197 . A G 590.05 PASS AF=0.446043;AO=62;DP=139;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.00697634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.036;QD=16.9799;RBI=0.00764016;REFB=-0.0128628;REVB=-0.0031149;RO=77;SAF=29;SAR=33;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131807;STB=0.507345;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.013216;OID=.;OPOS=21628197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:77:77:62:62:0.446043:33:29:35:42:33:29:35:42 chr7 21628237 . C T 1696.3 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152577;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.405;QD=60.5823;RBI=0.0154092;REFB=0;REVB=0.00215577;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48408e-05;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chr7 21630982 . A G 368.13 PASS AF=0.520548;AO=36;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00467;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3753;QD=20.1715;RBI=0.0206951;REFB=-0.0136641;REVB=-0.0201613;RO=35;SAF=23;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189901;STB=0.613322;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0162932;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:35:36:38:0.520548:13:23:15:20:13:25:15:20 chr7 21640405 . A G 1785.81 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.67;QD=60.0273;RBI=0.101442;REFB=-0.0704882;REVB=0.0998748;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070363;STB=0.503703;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000793446;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:1:1:117:118:0.991597:50:67:1:0:51:67:1:0 chr7 21641218 . G A 373.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8041;QD=55.3477;RBI=0.0512837;REFB=0;REVB=0.0257792;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161198;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr7 21659645 . T C 1261.05 PASS AF=0.965517;AO=85;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0115065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1348;QD=57.9795;RBI=0.0181126;REFB=-0.0162311;REVB=0.0139881;RO=2;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233037;STB=0.507895;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00597591;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:2:3:85:84:0.965517:47:38:1:1:47:37:2:1 chr7 21775443 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00775299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.396;QD=17.325;RBI=0.0103643;REFB=-0.029055;REVB=-0.00687815;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267631;STB=0.652027;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.040143;OID=.;OPOS=21775443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:12:8:17:8:12:8:17:8 chr7 21824122 . G A 784.94 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.493;QD=64.0766;RBI=0.0582545;REFB=0;REVB=0.0133781;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258002;OID=.;OPOS=21824122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr7 21893993 . G T 520.09 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00647703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.983;QD=26.0043;RBI=0.0240901;REFB=-0.039949;REVB=-0.023203;RO=32;SAF=17;SAR=31;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337375;STB=0.518404;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0313151;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:31:17:10:22:31:17:10:22 chr7 21901566 . T C 475.76 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.0333385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.174;QD=19.2225;RBI=0.0403957;REFB=-0.0294856;REVB=0.0228113;RO=49;SAF=17;SAR=30;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045564;STB=0.534232;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0282391;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:52:47:47:0.474747:30:17:20:29:30:17:22:30 chr7 21901593 . G A 343.0 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0124986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.171;QD=18.7943;RBI=0.0127879;REFB=-0.00605922;REVB=-0.00270491;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898643;STB=0.549891;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00611008;OID=.;OPOS=21901593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:11:26:22:14:11:26 chr7 21924014 . A G 182.41 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00894205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.034;QD=11.5817;RBI=0.01143;REFB=-0.0190598;REVB=-0.00711926;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142411;STB=0.582104;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.026485;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:12:11:14:26:12:11:14:26 chr7 21939032 . C A 416.94 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00964145;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7005;QD=21.1107;RBI=0.0370784;REFB=0.0158822;REVB=0.0358029;RO=38;SAF=17;SAR=24;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522877;STB=0.528953;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00924678;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:38:38:41:41:0.518987:24:17:18:20:24:17:18:20 chr7 21940960 . A G 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.032647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.099;QD=11.8118;RBI=0.0327016;REFB=-0.0180693;REVB=-0.00188847;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282588;STB=0.667859;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0438113;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:10:13:4:9:10:13 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 191.46 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0169357;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=7;MLLD=269.28;QD=11.2624;RBI=0.0203646;REFB=-0.0137611;REVB=0.0113092;RO=35;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126522;STB=0.568908;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=0.0244529;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:24:64:24:68:44:10:14:23:21:99:35:10:14:15:20 chr7 21941669 . A C 259.49 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00208791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.932;QD=21.1827;RBI=0.0129523;REFB=-0.0186572;REVB=-0.0127829;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592592;STB=0.531123;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0267537;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:24:24:25:0.510204:13:11:9:14:13:12:10:14 chr7 21947890 . A G 353.81 PASS AF=0.396226;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.0171608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6379;QD=13.3513;RBI=0.0194214;REFB=-0.0233119;REVB=0.0090938;RO=62;SAF=16;SAR=26;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128131;STB=0.573494;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0523636;OID=.;OPOS=21947890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:64:42:42:0.396226:26:16:31:31:26:16:32:32 chr7 21956405 . G A 129.49 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0286576;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2003;QD=12.3327;RBI=0.0332842;REFB=-0.0358001;REVB=0.0169286;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136651;STB=0.580336;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0552291;OID=.;OPOS=21956405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:27:15:15:0.357143:8:7:16:11:8:7:16:11 chr7 21956489 . G A 251.35 PASS AF=0.489796;AO=19;DP=46;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.01352;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.173;QD=20.5185;RBI=0.0138484;REFB=0.000168061;REVB=-0.00299793;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.53149;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000149011;OID=.;OPOS=21956489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:26:25:19:24:0.489796:12:7:12:14:13:11:13:12 chr7 22197507 . A G 1126.37 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0193252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7139;QD=57.7626;RBI=0.0251243;REFB=-0.110317;REVB=-0.0160551;RO=2;SAF=39;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000638683;STB=0.500338;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00285065;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:37:39:1:1:37:39:1:1 chr7 22202117 . G A 316.71 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00309429;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.1;QD=22.2254;RBI=0.00353298;REFB=0.00136617;REVB=-0.00170509;RO=25;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476002;STB=0.526299;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=1.75381e-05;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:16:16:11:14:16:16:11:14 chr7 22532260 . A G 217.88 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0639877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.652;QD=13.6172;RBI=0.0639989;REFB=-0.00289745;REVB=0.00119707;RO=36;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229322;STB=0.619468;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00871631;OID=.;OPOS=22532260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:38:26:26:0.40625:7:19:19:17:7:19:21:17 chr7 22533452 . C T 207.09 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0517191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.431;QD=15.0608;RBI=0.0559049;REFB=-0.0153419;REVB=-0.0212247;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.552197;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0272945;OID=.;OPOS=22533452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:22:24:0.436364:14:8:8:22:15:9:9:22 chr7 22787205 . G T 1525.4 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.479;QD=59.8196;RBI=0.0387908;REFB=0;REVB=-0.0206791;RO=0;SAF=52;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.51923e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:50:52:0:0:50:52:0:0 chr7 23015831 . T C 221.84 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00155511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8292;QD=14.5467;RBI=0.00910873;REFB=-0.00888271;REVB=0.008975;RO=34;SAF=8;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259702;STB=0.656127;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0161411;OID=.;OPOS=23015831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:35:26:26:0.42623:18:8:19:15:18:8:20:15 chr7 23164526 . C G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00417818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3278;QD=5.7879;RBI=0.0376871;REFB=-0.00452317;REVB=-0.0374548;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.538351;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00445671;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:12:11:3:4:12:11 chr7 23227629 . T A 90.62 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=4;FWDB=-0.00428064;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.587;QD=7.88034;RBI=0.0107577;REFB=0.00343613;REVB=-0.00986937;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=29;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336862;STB=0.703454;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00567916;OID=.;OPOS=23227629;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:33:34:12:12:0.26087:4:8:29:4:4:8:30:4 chr7 23227632 . A T 254.5 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00326868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.225;QD=22.6223;RBI=0.0134344;REFB=-0.00320918;REVB=-0.0130307;RO=14;SAF=13;SAR=1;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186725;STB=0.706713;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0101406;OID=.;OPOS=23227632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:42:45:14:19:14:15:0.333333:1:13:12:2:1:14:15:4 chr7 23235483 . A G 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00795743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.827;QD=13.3678;RBI=0.00808797;REFB=-0.0103643;REVB=0.00144727;RO=30;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598383;STB=0.525086;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0168905;OID=.;OPOS=23235483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:8:10:15:15:8:10:16:15 chr7 23236797 . C G 209.26 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00250627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7235;QD=11.6256;RBI=0.0128562;REFB=0.0215915;REVB=-0.0126096;RO=44;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333474;STB=0.69216;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0402542;OID=.;OPOS=23236797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:46:26:26:0.361111:8:18:17:27:8:18:18:28 chr7 23236842 . C T 217.21 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0131006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.232;QD=11.2835;RBI=0.0155523;REFB=-0.0030453;REVB=0.00838142;RO=50;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255022;STB=0.647511;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00613779;OID=.;OPOS=23236842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:50:27:27:0.350649:10:17:20:30:10:17:20:30 chr7 23239133 . C T 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0270334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.404;QD=15.1618;RBI=0.0275422;REFB=-0.034826;REVB=-0.00526975;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696964;STB=0.539595;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0290722;OID=.;OPOS=23239133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:11:19:13:10:11:19 chr7 23296533 . G A 423.16 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0760285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7188;QD=18.2005;RBI=0.08203;REFB=-0.0162363;REVB=0.0307991;RO=49;SAF=19;SAR=24;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327593;STB=0.50077;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0131133;OID=.;OPOS=23296533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:43:43:0.462366:24:19:20:29:25:18:21:29 chr7 23296572 . C T 374.79 PASS AF=0.434783;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00355001;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.575;QD=16.2951;RBI=0.0227983;REFB=-0.00966527;REVB=0.0225202;RO=50;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103033;STB=0.566142;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0319965;OID=.;OPOS=23296572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:92:50:52:39:40:0.434783:27:12:20:30:28:12:21:31 chr7 23340618 . C T 220.36 PASS AF=0.433333;AO=23;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0192823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8758;QD=14.6904;RBI=0.299475;REFB=-0.0204097;REVB=-0.298853;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305598;STB=0.521834;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0194311;OID=.;OPOS=23340618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:34:23:26:0.433333:9:14:16:9:12:14:17:17 chr7 23351346 . CATT C 67.37 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000301956;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.321;QD=9.62385;RBI=0.0845183;REFB=-0.00448369;REVB=0.0845178;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102809;STB=0.623463;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.01101;OID=.;OPOS=23351347;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:9:31:9:28:19:7:2:12:7:67:17:7:2:12:5 chr7 23357321 . C T 442.83 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0315154;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.629;QD=22.4217;RBI=0.0321759;REFB=-0.0167646;REVB=0.00648591;RO=36;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581594;STB=0.532095;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0112728;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:36:36:43:43:0.544304:29:14:14:22:29:14:14:22 chr7 23390952 . G T 677.26 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0200126;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.375;QD=22.3886;RBI=0.020057;REFB=-0.00903275;REVB=-0.00133369;RO=55;SAF=34;SAR=32;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147065;STB=0.580329;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0047938;OID=.;OPOS=23390952;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:55:55:66:66:0.545455:32:34:38:17:32:34:38:17 chr7 23624887 . G A 853.04 PASS AF=0.524691;AO=82;DP=159;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.014081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.057;QD=21.0627;RBI=0.0274976;REFB=-0.0220252;REVB=-0.0236187;RO=75;SAF=48;SAR=34;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138634;STB=0.58207;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0149323;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:75:77:82:85:0.524691:34:48:32:43:34:51:33:44 chr7 23757162 . G C 249.48 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0631896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6156;QD=14.2559;RBI=0.0703067;REFB=-0.021045;REVB=0.0308239;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377809;STB=0.529628;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0263429;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:41:29:29:0.414286:17:12:18:22:17:12:19:22 chr7 23794029 . G A 537.81 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=-0.0074826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4044;QD=19.2076;RBI=0.0150172;REFB=-0.0055246;REVB=-0.0130202;RO=56;SAF=32;SAR=24;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207763;STB=0.614569;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00529728;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:24:32:19:37:24:32:19:37 chr7 23854838 . G GA 157.58 PASS AF=0.483871;AO=25;DP=66;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.102278;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7173;QD=10.1661;RBI=0.108954;REFB=-0.00808415;REVB=-0.037552;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762778;STB=0.582386;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.00216617;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:25:66:30:62:32:17:13:13:19:99:39:12:13:19:20 chr7 23934657 . A C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.456;QD=55.6546;RBI=0.0271429;REFB=0;REVB=0.0233973;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215382;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr7 24325009 . G A 187.69 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00290801;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.74;QD=14.1654;RBI=0.0247555;REFB=-0.018639;REVB=0.0245841;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259219;STB=0.656597;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0271687;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:21:22:0.415094:14:7:18:13:15:7:18:13 chr7 24703298 . G A 288.64 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0109086;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.844;QD=13.5829;RBI=0.0261108;REFB=-0.0108706;REVB=0.0237229;RO=53;SAF=15;SAR=18;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018655;STB=0.504308;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0166488;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:52:33:33:0.388235:18:15:24:29:18:15:24:28 chr7 24742436 . T C 203.24 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00433412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0361;QD=14.2627;RBI=0.0221705;REFB=-0.0156909;REVB=0.0217427;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278509;STB=0.653328;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0249832;OID=.;OPOS=24742436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:18:6:16:16:18:6:16:17 chr7 24756841 . A G 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0254283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.263;QD=4.50897;RBI=0.033001;REFB=-0.0109569;REVB=-0.0210349;RO=40;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556341;STB=0.513245;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0484438;OID=.;OPOS=24756841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:40:42:9:9:0.176471:4:5:24:16:4:5:24:18 chr7 24758795 . T C 959.28 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120845;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2321;QD=59.0323;RBI=0.120861;REFB=0;REVB=0.00197856;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000979464;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:66:65:1:40:26:0:0:39:26:0:0 chr7 24854765 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00831063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8952;QD=63.5821;RBI=0.01049;REFB=0;REVB=0.00640113;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6725e-05;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr7 25194665 . G C 496.0 PASS AF=0.410448;AO=55;DP=135;FAO=55;FDP=134;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=28;FWDB=0.00537993;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.569;QD=14.806;RBI=0.039031;REFB=0.000941186;REVB=0.0386585;RO=76;SAF=38;SAR=17;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544177;STB=0.53055;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00112753;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:76:79:55:55:0.410448:17:38:49:27:17:38:51:28 chr7 25198089 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0382039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1736;QD=12.7383;RBI=0.0393686;REFB=-0.0174453;REVB=-0.00950498;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0172121;OID=.;OPOS=25198089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr7 25207974 . T C 441.44 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=47;FWDB=-0.00564401;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7396;QD=16.9783;RBI=0.020676;REFB=-0.0159858;REVB=0.0198907;RO=55;SAF=6;SAR=42;SRF=9;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078533;STB=0.541219;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0184995;OID=.;OPOS=25207974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:55:56:48:48:0.461538:42:6:9:46:42:6:9:47 chr7 25207994 . G A 448.38 PASS AF=0.471154;AO=48;DP=102;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=7;FSRR=48;FWDB=0.027352;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.595;QD=17.2455;RBI=0.0274385;REFB=-0.0428562;REVB=0.00217814;RO=53;SAF=5;SAR=43;SRF=7;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660305;STB=0.534398;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0542897;OID=.;OPOS=25207994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:53:55:48:49:0.471154:43:5:7:46:44:5:7:48 chr7 25266481 . A G 106.6 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=0.00117738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4749;QD=3.98491;RBI=0.0184463;REFB=-0.00972007;REVB=-0.0184087;RO=86;SAF=5;SAR=14;SRF=27;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781904;STB=0.56592;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0454846;OID=.;OPOS=25266481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:86:88:19:19:0.17757:14:5:27:59:14:5:29:59 chr7 25267934 . T C 520.18 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4143;QD=57.7976;RBI=0.0706287;REFB=0;REVB=0.0690609;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934395;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr7 25267963 . G C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00625942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7173;QD=61.6785;RBI=0.0281585;REFB=0;REVB=0.027454;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246206;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr7 25304395 . A G 817.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000724279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.978;QD=57.3616;RBI=0.0223232;REFB=0;REVB=0.0223114;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.71358e-05;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr7 26224668 . C T 1331.52 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.74;QD=61.9311;RBI=0.0120863;REFB=0;REVB=-0.00811549;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194799;OID=.;OPOS=26224668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:84:86:1:53:31:0:0:54:32:0:0 chr7 26252932 . CTGG C 76.9 PASS AF=0.203125;AO=12;DP=66;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.0486381;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.692;QD=4.80638;RBI=0.0504842;REFB=-0.0133952;REVB=-0.0135273;RO=52;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117986;STB=0.506319;STBP=0.99;TYPE=del;VARB=0.044694;OID=.;OPOS=26252933;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203125:12:66:13:64:51:5:8:20:31:76:52:4:8:22:30 chr7 26386122 . T A 901.7 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00506953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.754;QD=53.8329;RBI=0.0124456;REFB=0.00855299;REVB=0.0113663;RO=3;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011493;STB=0.50609;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.000413573;OID=.;OPOS=26386122;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:34:30:1:2:34:30:1:2 chr7 26778406 . A G 227.15 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0207246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.801;QD=36.3434;RBI=0.0490722;REFB=0.0224517;REVB=0.0444812;RO=5;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2321;STB=0.62777;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00107731;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:5:15:1:4:5:15:1:4 chr7 27135314 . C T 310.08 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471888;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7317;QD=53.9272;RBI=0.0478256;REFB=0;REVB=-0.0077782;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236005;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr7 27169093 . T G 1147.4 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.264;QD=60.3894;RBI=0.025227;REFB=0;REVB=0.0216501;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.01239e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr7 27196069 . A C 2695.09 PASS AF=1;AO=173;DP=181;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522398;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.816;QD=61.252;RBI=0.0650278;REFB=-0.0506504;REVB=0.0387249;RO=2;SAF=80;SAR=93;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117494;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260609;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:176:2:0:173:176:1:93:80:2:0:94:82:0:0 chr7 27196113 . C T 2744.92 PASS AF=0.927536;AO=191;DP=206;FAO=192;FDP=207;FR=.;FRO=15;FSAF=79;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0436027;FXX=0.00480746;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.3518;QD=53.042;RBI=0.0504067;REFB=-0.089644;REVB=0.0252912;RO=15;SAF=79;SAR=112;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402547;STB=0.520959;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00641468;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:206:207:15:15:191:192:0.927536:112:79:2:13:113:79:2:13 chr7 27202289 . A G 603.77 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.932;QD=57.5014;RBI=0.0924297;REFB=-0.0139781;REVB=0.0910959;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000685216;OID=.;OPOS=27202289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:17:23:0:0:18:23:0:1 chr7 27279191 . T G 1896.23 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.018;QD=61.666;RBI=0.02974;REFB=0;REVB=0.0232812;RO=0;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71187e-05;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:122:123:1:77:45:0:0:78:45:0:0 chr7 27702390 . C A 1913.67 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.311;QD=61.7312;RBI=0.042905;REFB=0;REVB=0.0251433;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124212;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:80:44:0:0:80:44:0:0 chr7 27871486 . A C 144.74 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00285914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.361;QD=15.6479;RBI=0.016721;REFB=-0.0362534;REVB=0.0164747;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16468;STB=0.594481;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0242197;OID=.;OPOS=27871486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:14:7:8:8:14:7 chr7 27886170 . TA T,TG 1148.35 PASS AF=0.0493827,0.950617;AO=9,69;DP=81;FAO=4,77;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=3,28;FSAR=1,49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586223,0.0564086;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.733,124.781;QD=56.7085;RBI=0.0632821,0.084079;REFB=-0.0556587,-0.0523789;REVB=0.0238337,0.0623486;RO=3;SAF=1,27;SAR=8,42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513504,-0.0496697;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.236462,0.000166346;OID=.,.;OPOS=27886171,27886171;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0493827,0.950617:9,69:81:4,77:81:0:3,28:1,49:0:0:7:3:1,27:8,42:3:0 chr7 27953035 . A G 798.84 PASS AF=0.555556;AO=75;DP=135;FAO=75;FDP=135;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0551359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1883;QD=23.6693;RBI=0.0551409;REFB=0.0251405;REVB=0.000746692;RO=60;SAF=44;SAR=31;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986993;STB=0.553942;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0309828;OID=.;OPOS=27953035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:60:60:75:75:0.555556:31:44:28:32:31:44:28:32 chr7 28319007 . T A 244.31 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0070679;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.703;QD=15.2693;RBI=0.010212;REFB=-0.0170322;REVB=0.00737084;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.509084;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0172208;OID=.;OPOS=28319007;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:16:12:16:18:16:12:16:20 chr7 28319234 . A C 140.59 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00505952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3854;QD=13.7163;RBI=0.0391383;REFB=-0.003857;REVB=0.0388099;RO=25;SAF=13;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461846;STB=0.783581;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00663337;OID=.;OPOS=28319234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:15:16:0.390244:2:13:13:12:2:14:13:12 chr7 28449965 . T C 119.48 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0579095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6996;QD=13.6551;RBI=0.0729139;REFB=-0.0481897;REVB=0.044305;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494203;STB=0.528884;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0670016;OID=.;OPOS=28449965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:10:11:8:6:10:11 chr7 28995800 . G A 192.0 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0586703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7011;QD=40.4217;RBI=0.0655826;REFB=-0.153251;REVB=0.0293067;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.571342;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.008437;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:11:6:1:0:11:6:2:0 chr7 28996557 . C T 510.36 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0352154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.271;QD=52.345;RBI=0.0782457;REFB=-0.110905;REVB=0.0698732;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.504502;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00304864;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:39:1:3:35:36:0.923077:14:21:1:0:14:22:2:1 chr7 28996944 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.106;QD=52.6123;RBI=0.05855;REFB=0;REVB=0.0570324;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390729;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr7 28997141 . G C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.183;QD=64.4139;RBI=0.0310581;REFB=0;REVB=0.0125167;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228707;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 669.82 PASS AF=1,0,0;AO=41,3,6;DP=51;FAO=50,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,0;FSAR=35,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217778,-0.0667942,-0.0391649;FXX=0.019604;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=22.1451,6.40698,6.45955;QD=53.5858;RBI=0.0626281,0.104904,0.168053;REFB=0,0,0;REVB=-0.0587197,-0.080891,-0.163426;RO=0;SAF=13,2,0;SAR=28,1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.000382443,-0.021734,0.0533244;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:41,3,6:51:50,0,0:50:0:15,0,0:35,0,0:0:0:4:0:13,2,0:28,1,6:0:0 chr7 29070320 . C T 225.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0271151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8149;QD=20.5422;RBI=0.0420809;REFB=-0.0184106;REVB=-0.0321804;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892695;STB=0.550412;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0246295;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:9:13:15:7:9:13 chr7 29186256 . A G 1141.8 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142159;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.36;QD=59.3143;RBI=0.0142324;REFB=0;REVB=-0.000684209;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089493;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:73:77:1:45:28:0:0:45:32:0:0 chr7 29186576 . A G 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.868;QD=61.849;RBI=0.0160008;REFB=0;REVB=0.00257752;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97294e-05;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr7 29523563 . G A 371.11 PASS AF=0.412371;AO=39;DP=96;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00603615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.957;QD=15.3036;RBI=0.025635;REFB=-0.0133562;REVB=-0.0249143;RO=57;SAF=22;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215034;STB=0.518606;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0247066;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:57:57:39:40:0.412371:17:22:31:26:17:23:31:26 chr7 29552213 . T C 411.54 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00932693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1757;QD=18.4962;RBI=0.0319006;REFB=-0.00388402;REVB=0.0305066;RO=47;SAF=19;SAR=23;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115266;STB=0.564236;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00219729;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:23:19:27:20:23:19:27:20 chr7 29605975 . C G 177.75 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0567248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.353;QD=14.8127;RBI=0.0569064;REFB=0.00427796;REVB=-0.00454267;RO=29;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046767;STB=0.527127;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.00977217;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:15:4:7:22:15:4:7:22 chr7 29606288 . C T 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0164344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.106;QD=35.274;RBI=0.0585795;REFB=-0.0106781;REVB=0.0562269;RO=5;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645361;STB=0.535481;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00307935;OID=.;OPOS=29606288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:5:14:3:2:5:14:3:2 chr7 29771597 . A C 1498.39 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.03353;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.03;QD=62.4328;RBI=0.0551546;REFB=0.0252044;REVB=0.0437923;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00229239;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:0:1:94:95:0.989583:45:49:0:0:46:49:0:1 chr7 29924072 . A G 389.8 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00842656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8839;QD=50.2963;RBI=0.0411829;REFB=0.0138881;REVB=0.0403116;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153102;STB=0.50823;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00126658;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:18:11:1:1:18:11:1:1 chr7 29927688 . C T 746.54 PASS AF=0.437158;AO=80;DP=183;FAO=80;FDP=183;FR=.;FRO=103;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0138737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.585;QD=16.3178;RBI=0.0165743;REFB=-0.00582322;REVB=-0.00906805;RO=100;SAF=49;SAR=31;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441765;STB=0.523275;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00780233;OID=.;OPOS=29927688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:100:103:80:80:0.437158:31:49:57:43:31:49:59:44 chr7 29954137 . A G 335.93 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0131678;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0632;QD=19.474;RBI=0.0263719;REFB=-0.0263922;REVB=-0.0228492;RO=35;SAF=11;SAR=23;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233094;STB=0.595799;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0198875;OID=.;OPOS=29954137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:34:34:35:0.507246:23:11:20:15:23:12:18:16 chr7 30113706 . A G 842.56 PASS AF=0.472826;AO=86;DP=187;FAO=87;FDP=184;FR=.;FRO=97;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00967325;FXX=0.0315773;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.171;QD=18.3165;RBI=0.00979981;REFB=-0.000259569;REVB=0.00156986;RO=91;SAF=50;SAR=36;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304093;STB=0.521467;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000272737;OID=.;OPOS=30113706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:184:91:97:86:87:0.472826:36:50:50:41:36:51:53:44 chr7 30491311 . C T 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00313315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.385;QD=17.4277;RBI=0.0212705;REFB=-0.0106938;REVB=-0.0210385;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294338;STB=0.516778;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0105654;OID=.;OPOS=30491311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:14:9:8:11:14:9 chr7 30492237 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000701562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.718;QD=19.134;RBI=0.162232;REFB=-0.00312848;REVB=0.16223;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00513188;OID=.;OPOS=30492237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:3:2:1:0:3:2:1:1 chr7 30492550 . G A 224.62 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0322221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8633;QD=19.9658;RBI=0.0446889;REFB=-0.0132963;REVB=0.0309651;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199395;STB=0.629502;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0138808;OID=.;OPOS=30492550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:17:5:9:13:17:5:10:13 chr7 30496382 . G C 364.52 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00683616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1146;QD=18.9358;RBI=0.0509612;REFB=-0.0145189;REVB=-0.0505006;RO=39;SAF=20;SAR=18;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174768;STB=0.596965;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0207597;OID=.;OPOS=30496382;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:18:20:13:26:18:20:13:26 chr7 30538651 . T C 542.91 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.022011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.612;QD=47.2095;RBI=0.0484147;REFB=-0.102316;REVB=0.0431219;RO=3;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017257;STB=0.538442;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0169862;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:46:46:3:7:39:39:0.847826:21:18:1:2:21:18:5:2 chr7 30695202 . C T 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0116929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.718;QD=28.0163;RBI=0.0229711;REFB=-0.00951311;REVB=0.0197724;RO=20;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638011;STB=0.535187;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00812383;OID=.;OPOS=30695202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:11:19:11:9:11:19:11:9 chr7 30728452 . C T 139.5 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0126223;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4947;QD=11.8727;RBI=0.0646853;REFB=-0.00567484;REVB=0.0634419;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945386;STB=0.553126;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0222809;OID=.;OPOS=30728452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:16:16:0.340426:8:8:12:17:8:8:13:18 chr7 30728472 . C G 129.6 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0183898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.147;QD=9.60024;RBI=0.0255663;REFB=0.00723578;REVB=0.0177609;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107637;STB=0.563803;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0120016;OID=.;OPOS=30728472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:14:23:9:8:14:23 chr7 30728557 . A G 177.95 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0547748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.45;QD=14.8295;RBI=0.0563582;REFB=0.0124473;REVB=-0.0132652;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500627;STB=0.528971;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00795518;OID=.;OPOS=30728557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:12:17:12:7:12:17 chr7 30795288 . A G 929.07 PASS AF=0.601449;AO=83;DP=138;FAO=83;FDP=138;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0130388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.967;QD=26.9296;RBI=0.0548843;REFB=-0.0234211;REVB=-0.053313;RO=51;SAF=36;SAR=47;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108771;STB=0.544773;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0197152;OID=.;OPOS=30795288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:51:55:83:83:0.601449:47:36:30:21:47:36:30:25 chr7 30795331 . A G 580.42 PASS AF=0.451852;AO=61;DP=136;FAO=61;FDP=135;FR=.;FRO=74;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=-0.0042814;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.074;QD=17.1975;RBI=0.0135314;REFB=-0.0220935;REVB=0.0128362;RO=74;SAF=29;SAR=32;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05594;STB=0.531125;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0277689;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:74:74:61:61:0.451852:32:29:31:43:32:29:31:43 chr7 30795436 . T G 785.12 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.916;QD=57.1;RBI=0.0225459;REFB=0;REVB=-0.00192463;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77217e-05;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr7 30831082 . C T 367.11 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0254293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9731;QD=16.4991;RBI=0.0286118;REFB=-0.00475499;REVB=-0.0131143;RO=49;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218212;STB=0.627209;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0071517;OID=.;OPOS=30831082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:50:39:39:0.438202:16:23:18:31:16:23:18:32 chr7 30831088 . G A 369.74 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0374491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3607;QD=16.9995;RBI=0.037453;REFB=0.00343988;REVB=0.00054132;RO=48;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200658;STB=0.61721;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00445512;OID=.;OPOS=30831088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:48:38:39:0.448276:16:22:18:30:16:23:18:30 chr7 30898697 . G C 387.83 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0189291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.735;QD=18.4683;RBI=0.0236243;REFB=-0.022524;REVB=0.0141349;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110324;STB=0.548669;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0250712;OID=.;OPOS=30898697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:44:40:40:0.47619:19:21:17:25:19:21:19:25 chr7 30915262 . CA TG 311.55 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0144819;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.832;QD=14.8356;RBI=0.0204798;REFB=-0.010635;REVB=0.0144808;RO=49;SAF=10;SAR=24;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176934;STB=0.585315;STBP=0.178;TYPE=mnp;VARB=0.0157119;OID=.;OPOS=30915262;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:49:34:35:0.416667:24:10:22:27:24:11:22:27 chr7 31377369 . T G 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0120942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3313;QD=14.7648;RBI=0.0169145;REFB=-0.0121215;REVB=0.0118249;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147307;STB=0.508373;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.020609;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:18:15:11:14:18:15 chr7 31377671 . CAAAA CAAA,CAAAG 171.23 PASS AF=0.433962,0.0566038;AO=21,4;DP=53;FAO=23,3;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=9,2;FSAR=14,1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0350904,0.0317014;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.8619,24.6337;QD=12.9227;RBI=0.140268,0.0919624;REFB=0.0379334,0.0109344;REVB=0.135808,0.0863256;RO=23;SAF=7,3;SAR=14,1;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0.402312,0;SSSB=-0.220059,0.226378;STB=0.589395,0.603937;STBP=0.263,0.713;TYPE=del,snp;VARB=-0.0295848,0.0488612;OID=.,.;OPOS=31377672,31377675;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAAA,CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962,0.0566038:21,4:53:23,3:53:27:9,2:14,1:15:12:99:23:7,3:14,1:13:10 chr7 31592733 . C A 333.84 PASS AF=0.634615;AO=30;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00434469;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.298;QD=25.68;RBI=0.0381364;REFB=-0.0475917;REVB=0.0378881;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407167;STB=0.510322;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0358529;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:19:30:33:0.634615:11:19:11:8:13:20:11:8 chr7 31594508 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00459174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.145;QD=9.44486;RBI=0.0163372;REFB=-0.00128688;REVB=-0.0156786;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0020921;OID=.;OPOS=31594508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr7 31617733 . T C,TC 278.59 PASS AF=0.714286,0.178571;AO=21,3;DP=29;FAO=20,5;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=9,1;FSAR=11,4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0354886,-0.052791;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=35.5913,17.9117;QD=39.7985;RBI=0.0660596,0.0665836;REFB=-0.0979288,-0.126819;REVB=-0.0557174,-0.0405768;RO=5;SAF=9,0;SAR=12,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0609641,-0.698233;STB=0.515403,0.57112;STBP=0.761,0.778;TYPE=snp,ins;VARB=0.0102609,0.179397;OID=.,.;OPOS=31617733,31617734;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:29:28:5:3:21,3:20,5:0.714286,0.178571:12,3:9,0:3:2:11,4:9,1:1:2 chr7 31618008 . A G 191.14 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.963;QD=47.7856;RBI=0.083281;REFB=0;REVB=0.0169395;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660375;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 31682453 . C T 342.79 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.022047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3517;QD=16.1315;RBI=0.0369165;REFB=-0.00119401;REVB=0.0296101;RO=48;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104175;STB=0.558733;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00221972;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:23:14:23:25:23:14:23:25 chr7 31682601 . T C 243.62 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.038244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.353;QD=15.7171;RBI=0.039802;REFB=-0.0109075;REVB=-0.0110271;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634844;STB=0.523348;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0115757;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:11:16:18:16:12:16:18:16 chr7 31682853 . T C 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00418771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2803;QD=18.4824;RBI=0.0253904;REFB=0.0165765;REVB=-0.0250427;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0219767;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr7 31683410 . G A 203.37 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0178885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.574;QD=10.2972;RBI=0.0265284;REFB=-0.0227984;REVB=0.0195897;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780804;STB=0.54427;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.038531;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:53:26:26:0.329114:13:13:29:22:13:13:30:23 chr7 31855578 . G A,T 700.5 PASS AF=0.9,0.1;AO=45,5;DP=50;FAO=45,5;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,5;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064976,-0.0278137;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.5928,55.9855;QD=56.0399;RBI=0.0656247,0.0290619;REFB=0,0;REVB=0.00920475,-0.0084257;RO=0;SAF=23,5;SAR=22,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00120129,0.181756;OID=.,.;OPOS=31855578,31855578;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:50:50:0:0:45,5:45,5:0.9,0.1:22,0:23,5:0:0:22,0:23,5:0:0 chr7 32209425 . A G 1500.69 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.466;QD=63.187;RBI=0.0284232;REFB=0;REVB=0.0278213;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108827;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:51:43:0:0:51:44:0:0 chr7 32209459 . C T 570.37 PASS AF=0.522124;AO=54;DP=108;FAO=59;FDP=113;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00126101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.716;QD=20.1902;RBI=0.00335486;REFB=-0.0111818;REVB=0.00310885;RO=54;SAF=25;SAR=29;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502969;STB=0.529154;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0113349;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:113:54:54:54:59:0.522124:29:25:28:26:32:27:28:26 chr7 32338337 . G A 549.49 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.00264853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1695;QD=21.5487;RBI=0.0212115;REFB=-0.0171684;REVB=0.0210455;RO=47;SAF=17;SAR=38;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303342;STB=0.516681;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0132976;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:38:17:16:31:38:17:16:31 chr7 32526687 . C T 156.34 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00271118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.343;QD=15.6337;RBI=0.0317776;REFB=-0.00575106;REVB=-0.0316617;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118024;STB=0.590053;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00463687;OID=.;OPOS=32526687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:23:16:17:0.425:5:11:14:10:5:12:13:10 chr7 32529936 . G C 470.14 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0823538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.264;QD=55.3104;RBI=0.0848618;REFB=0.0963877;REVB=0.0204789;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518507;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00163215;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:20:13:1:0:20:13:1:0 chr7 32530105 . G C 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.091;QD=59.3182;RBI=0.0531749;REFB=0;REVB=-0.0154595;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294302;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr7 32530198 . AA TC 898.96 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985114;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=120.674;QD=57.9973;RBI=0.0233197;REFB=0;REVB=-0.0211368;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.93343e-05;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:37:25:0:0 chr7 32613020 . A G 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0236427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5935;QD=10.0238;RBI=0.0265484;REFB=-0.0104699;REVB=0.0120763;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91419e-08;STB=0.516111;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0186909;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:37:18:18:0.327273:13:5:10:26:13:5:11:26 chr7 32623796 . C T 210.02 PASS AF=0.461538;AO=22;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0426419;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.605;QD=16.1553;RBI=0.0426544;REFB=-0.0221692;REVB=0.0010348;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067306;STB=0.516168;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0236599;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:28:22:24:0.461538:11:11:17:13:11:13:16:12 chr7 32908287 . T C 920.11 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.532;QD=56.6222;RBI=0.0178129;REFB=0.000195348;REVB=0.011352;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506491;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=4.75794e-05;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:0:1:63:64:0.984615:38:25:0:0:38:26:0:1 chr7 32909182 . G A 234.34 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0104551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.104;QD=14.8789;RBI=0.0162606;REFB=-0.000768835;REVB=0.0124538;RO=33;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805686;STB=0.536057;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000980104;OID=.;OPOS=32909182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:35:27:28:0.444444:15:12:12:21:15:13:14:21 chr7 32956941 . C T 659.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0003;QD=61.3132;RBI=0.0470728;REFB=0;REVB=-0.00946997;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124441;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:14:29:0:0 chr7 33054112 . A G 191.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.238;QD=47.879;RBI=0.0095559;REFB=0;REVB=0.00228016;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12556e-05;OID=.;OPOS=33054112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:5:11:0:0 chr7 33054117 . T TAAG,TAAGA,TTAAGA 157.61 PASS AF=0,0.875,0.0625;AO=3,9,2;DP=17;FAO=0,14,1;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10,0;FSAR=0,4,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00698802,0.0122509,0.0138215;FXX=0;HRUN=3,3,14;LEN=3,4,5;MLLD=117.36,255.473,236.624;QD=39.4013;RBI=0.0117328,0.0186836,0.0208284;REFB=0.0001951,-0.0219178,-0.0224069;REVB=-0.00942477,-0.0141065,-0.0155816;RO=2;SAF=3,5,2;SAR=0,4,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.692188,0.0179867,0.639851;STB=0.5,0.523776,0.989913;STBP=1,0.622,0.496;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0,0.00208438,0.0246725;OID=.,.,.;OPOS=33054118,33054118,33054118;OREF=-,-,-;OALT=AAG,AAGA,TAAGA;OMAPALT=TAAG,TAAGA,TTAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.875,0.0625:3,9,2:17:0,14,1:16:1:0,10,0:0,4,1:1:0:6:2:3,5,2:0,4,0:1:1 chr7 33060946 . A G 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.144;QD=58.13;RBI=0.0599278;REFB=0;REVB=0.0427935;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001446;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr7 33385852 . C T 582.32 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.788;QD=58.232;RBI=0.0168058;REFB=0.00258358;REVB=0.00765821;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-2.67147e-05;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:21:18:0:0:21:18:0:1 chr7 33767624 . GCCCC GCCC,GCCCG 32.76 PASS AF=0.195652,0.0434783;AO=15,4;DP=48;FAO=9,2;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6,1;FSAR=3,1;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.162896,-0.0762298;FXX=0.041658;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.97731,67.5531;QD=2.84877;RBI=0.16318,0.080165;REFB=-0.166392,-0.0275893;REVB=-0.00962039,-0.0248081;RO=24;SAF=13,1;SAR=2,3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0.548387,0;SSEP=0,0;SSSB=0.506362,-0.249693;STB=0.602939,0.540141;STBP=0.563,0.846;TYPE=del,snp;VARB=0.186804,0.18548;OID=.,.;OPOS=33767625,33767628;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.195652,0.0434783:15,4:48:9,2:46:35:6,1:3,1:19:16:23:24:13,1:2,3:11:13 chr7 33979636 . GA G,GG 89.08 PASS AF=0.3,0.25;AO=5,6;DP=23;FAO=6,5;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4,2;FSAR=2,3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00337852,-0.00241489;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.443,257.193;QD=17.8157;RBI=0.0431117,0.0444402;REFB=-0.00301785,-0.00349057;REVB=0.0429792,0.0443746;RO=11;SAF=4,2;SAR=1,4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.463715,-0.0346033;STB=0.695017,0.545277;STBP=0.255,0.84;TYPE=del,snp;VARB=0.00153581,0.00218198;OID=.,.;OPOS=33979637,33979637;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0.25:5,6:23:6,5:20:9:4,2:2,3:3:6:40:11:4,2:1,4:4:7 chr7 34009946 . C T 601.61 PASS AF=0.432258;AO=67;DP=155;FAO=67;FDP=155;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0830028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.175;QD=15.5254;RBI=0.0901951;REFB=-0.0100613;REVB=-0.0352945;RO=86;SAF=24;SAR=43;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888783;STB=0.55093;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.010836;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:88:67:67:0.432258:43:24:38:48:43:24:39:49 chr7 34085921 . G A 460.44 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0153712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1919;QD=16.1557;RBI=0.0194739;REFB=-0.0311575;REVB=-0.0119565;RO=60;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379597;STB=0.547684;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0384628;OID=.;OPOS=34085921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:60:63:51:51:0.447368:21:30:33:27:20:31:33:30 chr7 34192762 . G C 1080.16 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.173;QD=60.009;RBI=0.0689903;REFB=0;REVB=0.0580042;RO=0;SAF=49;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320516;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:65:72:1:16:49:0:0:18:54:0:0 chr7 34793057 . C T 220.95 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0187914;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0286;QD=31.5648;RBI=0.0225115;REFB=-0.0578508;REVB=0.0123956;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249754;STB=0.624888;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0399889;OID=.;OPOS=34793057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:28:9:8:20:20:0.714286:12:8:0:9:12:8:0:8 chr7 34818113 . A T 769.05 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.024;QD=56.9668;RBI=0.0406088;REFB=0;REVB=0.0239269;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35936e-05;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr7 34851393 . C G 313.13 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0103876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.086;QD=18.6942;RBI=0.0493417;REFB=-0.0368644;REVB=0.0482359;RO=33;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353219;STB=0.682862;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0199702;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:33:34:0.507463:10:23:10:23:11:23:10:23 chr7 34867182 . C T 299.32 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0618006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.925;QD=24.4341;RBI=0.0645936;REFB=0.00410512;REVB=0.0187887;RO=22;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312249;STB=0.657417;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0022787;OID=.;OPOS=34867182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:18:8:15:7:18:9:15:7 chr7 34968498 . A T 158.0 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00704226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.599;QD=16.632;RBI=0.0198655;REFB=-0.00560945;REVB=0.0185754;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00368105;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:11:10:9:8:11:10 chr7 35121274 . C T 632.05 PASS AF=0.415205;AO=71;DP=171;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=58;FWDB=0.0100625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.492;QD=14.7848;RBI=0.0258579;REFB=-0.020933;REVB=-0.0238197;RO=100;SAF=39;SAR=32;SRF=42;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134319;STB=0.5752;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0330903;OID=.;OPOS=35121274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:100:100:71:71:0.415205:32:39:42:58:32:39:42:58 chr7 35293193 . A G 244.21 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0107388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.771;QD=17.4438;RBI=0.0183398;REFB=-0.0387531;REVB=0.014867;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528073;STB=0.502007;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0318804;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:11:16:15:13:12:15:16:13 chr7 35709842 . C T 342.1 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00137313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9267;QD=15.9117;RBI=0.0221904;REFB=-0.0261992;REVB=-0.0221479;RO=47;SAF=25;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152691;STB=0.576619;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0375392;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:47:49:37:37:0.430233:12:25:25:22:12:25:27:22 chr7 35840898 . G C,GC 1514.27 PASS AF=0.0377358,0.95283;AO=7,97;DP=112;FAO=4,101;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=1,33;FSAR=3,68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197432,0.0264642;FXX=0.00934492;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=91.3085,109.387;QD=57.1424;RBI=0.0239122,0.0286577;REFB=-0.0458866,0.123509;REVB=-0.0134908,0.0109959;RO=7;SAF=1,33;SAR=6,64;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.597519,-0.0714715;STB=0.665771,0.507461;STBP=0.27,0.249;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0613988,-0.000291757;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:112:106:7:1:7,97:4,101:0.0377358,0.95283:6,64:1,33:6:1:3,68:1,33:1:0 chr7 36124292 . G A 928.32 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00429486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2346;QD=55.4223;RBI=0.00466384;REFB=0.00877895;REVB=-0.00181813;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122705;STB=0.502597;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000413843;OID=.;OPOS=36124292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:27:38:1:0:27:38:1:1 chr7 36194769 . CCG C,CCC 47.43 PASS AF=0.264706,0;AO=6,2;DP=36;FAO=9,0;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=3,0;FSAR=6,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.139273,0.00594604;FXX=0.0285633;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.0001,20.4593;QD=5.57977;RBI=0.172297,0.134777;REFB=-0.0407126,0.0177859;REVB=0.101435,-0.134646;RO=22;SAF=1,1;SAR=5,1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496966,-0.0875446;STB=0.611989,0.5;STBP=0.492,1;TYPE=del,snp;VARB=0.121362,0;OID=.,.;OPOS=36194770,36194771;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706,0:6,2:36:9,0:34:25:3,0:6,0:12:13:48:22:1,1:5,1:13:9 chr7 36320821 . G A 1606.59 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.862;QD=60.0594;RBI=0.0364896;REFB=0;REVB=0.0059446;RO=0;SAF=54;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33445e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:53:54:0:0:53:54:0:0 chr7 36338749 . T C 1641.75 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.25;QD=60.2476;RBI=0.0546749;REFB=0;REVB=0.0495441;RO=0;SAF=64;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14549e-05;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:44:64:0:0:44:65:0:0 chr7 36339269 . C G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8592;QD=60.9775;RBI=0.0277109;REFB=0;REVB=0.022611;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673101;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr7 36396480 . A G 708.68 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0117284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5871;QD=56.6945;RBI=0.0642938;REFB=-0.164814;REVB=0.063215;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528485;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0116275;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:0:3:47:47:0.94:13:34:0:0:13:34:1:2 chr7 36445856 . G A 1225.42 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.548;QD=61.2711;RBI=0.0328358;REFB=0;REVB=-0.0135089;RO=0;SAF=52;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03905e-05;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:25:52:0:0:26:54:0:0 chr7 36447349 . A ACTT,T 183.49 PASS AF=0.387755,0.0204082;AO=16,2;DP=48;FAO=19,1;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8,1;FSAR=11,0;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0176656,0.030341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=218.517,59.2576;QD=14.9786;RBI=0.0209619,0.0307852;REFB=-0.0147541,-0.0100924;REVB=0.011284,0.00521069;RO=28;SAF=8,1;SAR=8,1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.537738,0.990177;STBP=0.709,0.452;TYPE=ins,snp;VARB=0.0255451,-0.0627897;OID=.,.;OPOS=36447350,36447349;OREF=-,A;OALT=CTT,T;OMAPALT=ACTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:16,2:19,1:0.387755,0.0204082:8,1:8,1:14:14:11,0:8,1:14:15 chr7 36464324 . T TA 62.56 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0814639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4051;QD=5.21373;RBI=0.0815268;REFB=-0.0689772;REVB=0.00320312;RO=33;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370488;STB=0.738525;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.155576;OID=.;OPOS=36464325;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:49:16:48:32:11:5:10:22:62:33:10:5:11:22 chr7 36552656 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00842086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.039;QD=21.7439;RBI=0.0126079;REFB=-0.022817;REVB=0.00938344;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.599877;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00494224;OID=.;OPOS=36552656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:9:2:6:9:9:2 chr7 36552790 . G GT,T 1309.3 PASS AF=1,0;AO=84,4;DP=98;FAO=95,0;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=59,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611721,0.104027;FXX=0.0104156;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=20.7311,4.74971;QD=55.1283;RBI=0.0822737,0.133959;REFB=0,0;REVB=-0.0550175,-0.0843998;RO=5;SAF=31,0;SAR=53,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00352626,-0.700982;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000265288,0;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:98:95:5:0:84,4:95,0:1,0:53,4:31,0:2:3:59,0:36,0:0:0 chr7 36729757 . T C 804.73 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.967;QD=64.3786;RBI=0.0239839;REFB=0;REVB=-0.00732264;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116834;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chr7 36763688 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.891;QD=58.1408;RBI=0.0859459;REFB=0;REVB=0.0651565;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827783;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr7 37298800 . C T 318.15 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.02126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0077;QD=13.9846;RBI=0.0304989;REFB=-0.0231843;REVB=0.0218677;RO=54;SAF=14;SAR=22;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843487;STB=0.551877;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0517966;OID=.;OPOS=37298800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:22:14:17:37:22:14:17:38 chr7 37355590 . C CT 332.9 PASS AF=1;AO=33;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3646;QD=36.9892;RBI=0.0951332;REFB=0;REVB=-0.0913037;RO=2;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825435;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00229859;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:37:36:36:0:22:14:0:0:6:2:19:14:1:1 chr7 37780436 . G A 340.65 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0119611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.771;QD=15.6622;RBI=0.0145578;REFB=-0.00721608;REVB=-0.00829821;RO=50;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142396;STB=0.580204;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0131902;OID=.;OPOS=37780436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:17:20:20:30:17:20:20:30 chr7 37907304 . T C 235.53 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0242407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.114;QD=13.2691;RBI=0.0290995;REFB=-0.00822453;REVB=0.0160988;RO=41;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165954;STB=0.609777;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0171319;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:43:28:28:0.394366:10:18:20:21:10:18:20:23 chr7 37916455 . A G 226.87 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0102027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.861;QD=13.5444;RBI=0.011388;REFB=-0.00595359;REVB=0.0050587;RO=40;SAF=18;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156043;STB=0.589405;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00762913;OID=.;OPOS=37916455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:9:18:21:19:9:18:21:19 chr7 37936530 . T C 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.000126929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.127;QD=23.4833;RBI=0.0212903;REFB=-0.00931015;REVB=-0.02129;RO=33;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200982;STB=0.511036;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00748404;OID=.;OPOS=37936530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:18:25:20:13:18:25:20:13 chr7 37947164 . G T 499.55 PASS AF=0.504854;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0851809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9972;QD=19.4;RBI=0.0852216;REFB=0.00722449;REVB=-0.00263499;RO=48;SAF=27;SAR=25;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710448;STB=0.533743;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00625235;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:48:51:52:52:0.504854:25:27:21:27:25:27:23:28 chr7 37951726 . G A 485.46 PASS AF=0.5;AO=47;DP=95;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.00143274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.841;QD=20.2273;RBI=0.0075169;REFB=-0.0334022;REVB=-0.00737909;RO=48;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472242;STB=0.531373;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0305046;OID=.;OPOS=37951726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:48:48:47:48:0.5:22:25:28:20:23:25:28:20 chr7 37953840 . C T 335.88 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00801639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1042;QD=13.1718;RBI=0.0254115;REFB=-0.0102441;REVB=-0.0241139;RO=61;SAF=15;SAR=25;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110196;STB=0.568147;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0156683;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:40:40:0.392157:25:15:29:32:25:15:30:32 chr7 37961001 . C A 715.59 PASS AF=0.457831;AO=76;DP=168;FAO=76;FDP=166;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=54;FWDB=0.00525469;FXX=0.023528;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.125;QD=17.243;RBI=0.00873396;REFB=-0.0337234;REVB=-0.00697641;RO=87;SAF=36;SAR=40;SRF=36;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580871;STB=0.540219;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0422544;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:166:87:90:76:76:0.457831:40:36:36:51:40:36:36:54 chr7 37988589 . C G,T 909.75 PASS AF=0.0923077,0.907692;AO=6,56;DP=62;FAO=6,59;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33;FSAR=6,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614087,0.0175163;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.382,156.355;QD=55.9843;RBI=0.00952323,0.0190944;REFB=0,0;REVB=0.00727884,0.00760098;RO=0;SAF=0,31;SAR=6,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0213698,0.00831118;OID=.,.;OPOS=37988589,37988589;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:62:65:0:0:6,56:6,59:0.0923077,0.907692:6,25:0,31:0:0:6,26:0,33:0:0 chr7 37991129 . C A 1371.08 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145937;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.964;QD=62.3217;RBI=0.0495531;REFB=0;REVB=0.0473554;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144739;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:84:88:1:41:43:0:0:44:44:0:0 chr7 38284794 . C T 75.38 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0221971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5589;QD=5.79878;RBI=0.0243434;REFB=-0.00321886;REVB=0.00999447;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226875;STB=0.636116;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0103471;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:4:7:18:22:4:7:19:22 chr7 38284804 . T C 71.99 PASS AF=0.2;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0429689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.048;QD=5.23548;RBI=0.0429702;REFB=-0.00754309;REVB=-0.000343326;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314582;STB=0.719597;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0242174;OID=.;OPOS=38284804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:54:55:42:44:11:11:0.2:3:8:20:22:3:8:20:24 chr7 38284808 . A C 78.32 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=56;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0332078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3537;QD=5.59398;RBI=0.0723737;REFB=-0.00675373;REVB=-0.0643054;RO=43;SAF=8;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248375;STB=0.666389;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0326131;OID=.;OPOS=38284808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:56:56:43:44:12:12:0.214286:4:8:20:23:4:8:20:24 chr7 38284834 . A G 83.21 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00472551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.117;QD=5.64142;RBI=0.0223878;REFB=-0.00888129;REVB=-0.0218834;RO=45;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208518;STB=0.638964;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0225646;OID=.;OPOS=38284834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:45:46:13:13:0.220339:5:8:20:25:5:8:20:26 chr7 38284854 . C T 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00209678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.795;QD=6.22529;RBI=0.00895258;REFB=-0.00956184;REVB=-0.00870357;RO=43;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21061;STB=0.631951;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0184003;OID=.;OPOS=38284854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:5:8:19:24:5:8:19:24 chr7 38289121 . C T 345.04 PASS AF=0.413043;AO=36;DP=90;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0660004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9322;QD=15.0019;RBI=0.0690671;REFB=-0.0265742;REVB=-0.0203522;RO=54;SAF=13;SAR=23;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280629;STB=0.651505;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0292978;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:54:54:36:38:0.413043:23:13:34:20:24:14:34:20 chr7 38299727 . T C 551.4 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00430821;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.18;QD=23.974;RBI=0.0102654;REFB=-0.0081196;REVB=-0.00931756;RO=40;SAF=23;SAR=28;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124139;STB=0.560952;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00385036;OID=.;OPOS=38299727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:40:41:51:51:0.554348:28:23:12:28:28:23:13:28 chr7 38305083 . G A 619.58 PASS AF=0.375661;AO=71;DP=192;FAO=71;FDP=189;FR=.;FRO=118;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=62;FSRR=56;FWDB=-0.00557939;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.682;QD=13.1128;RBI=0.0123243;REFB=-0.0107901;REVB=0.010989;RO=113;SAF=43;SAR=28;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831983;STB=0.551267;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0164536;OID=.;OPOS=38305083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:189:113:118:71:71:0.375661:28:43:60:53:28:43:62:56 chr7 38305142 . G C 540.72 PASS AF=0.421429;AO=57;DP=138;FAO=59;FDP=140;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=0.00376038;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.426;QD=15.4492;RBI=0.0206894;REFB=-0.0130046;REVB=0.0203448;RO=78;SAF=25;SAR=32;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023905;STB=0.500488;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156653;OID=.;OPOS=38305142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:78:81:57:59:0.421429:32:25:36:42:32:27:37:44 chr7 38309102 . A C 150.75 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00990047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5321;QD=12.5626;RBI=0.0518158;REFB=-0.015234;REVB=0.0508611;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270779;STB=0.660812;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0301163;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:4:13:17:14:4:13:17:14 chr7 38357075 . T C 807.13 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457234;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.058;QD=55.6639;RBI=0.0476973;REFB=-0.144208;REVB=0.0135798;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.507934;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00159345;OID=.;OPOS=38357075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:58:0:1:57:57:0.982759:31:26:0:0:31:26:0:1 chr7 38388851 . T G 267.62 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.107;QD=50.9758;RBI=0.0249851;REFB=0;REVB=0.0247829;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849171;OID=.;OPOS=38388851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr7 38389410 . G C 178.36 PASS AF=0.252427;AO=25;DP=102;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=-0.027131;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7484;QD=6.92676;RBI=0.0285786;REFB=-0.00885738;REVB=-0.00898044;RO=75;SAF=6;SAR=19;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259947;STB=0.669961;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0289472;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:75:77:25:26:0.252427:19:6:32:43:20:6:33:44 chr7 38393403 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.736;QD=60.9784;RBI=0.0327295;REFB=0;REVB=0.0298951;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36688e-05;OID=.;OPOS=38393403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr7 38397867 . G C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0476425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.677;QD=24.8032;RBI=0.0483237;REFB=-0.0407686;REVB=-0.00808532;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200612;STB=0.61513;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0198077;OID=.;OPOS=38397867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:2:2:2:8:2:2 chr7 38398564 . AG AC,GC 433.99 PASS AF=0.0677966,0.915254;AO=4,52;DP=59;FAO=4,54;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=4,24;FSAR=0,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160763,0.0336974;FXX=0.0166639;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=111.975,47.3038;QD=29.4228;RBI=0.132666,0.163593;REFB=0.0135408,-0.268966;REVB=0.131688,0.160085;RO=0;SAF=4,22;SAR=0,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5102;STBP=1,0.318;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0495608,0.105498;OID=.,.;OPOS=38398565,38398564;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:59:59:0:1:4,52:4,54:0.0677966,0.915254:0,30:4,22:0:0:0,30:4,24:1:0 chr7 38402496 . A G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.806;QD=56.6222;RBI=0.033179;REFB=-0.0715917;REVB=0.00788626;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000288334;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:31:32:0:1:31:32:0:1 chr7 38402517 . C T 254.75 PASS AF=0.4;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0428641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.408;QD=13.5869;RBI=0.0433715;REFB=-0.011223;REVB=-0.00661462;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150737;STB=0.59352;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0164159;OID=.;OPOS=38402517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:45:45:29:30:0.4:12:17:20:25:12:18:20:25 chr7 38431436 . C T 297.63 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0190182;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.139;QD=13.2279;RBI=0.0240804;REFB=-0.0254133;REVB=-0.0147706;RO=55;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196518;STB=0.617578;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0458239;OID=.;OPOS=38431436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:13:21:24:31:13:21:24:32 chr7 38431481 . C A 352.28 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00928648;FXX=0.0181802;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.514;QD=13.0475;RBI=0.0230448;REFB=-0.0145859;REVB=0.0210909;RO=63;SAF=26;SAR=16;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137083;STB=0.583443;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0207779;OID=.;OPOS=38431481;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:63:66:42:42:0.388889:16:26:31:32:16:26:32:34 chr7 38467842 . A G 598.82 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0643756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6203;QD=58.421;RBI=0.0646813;REFB=-0.0612837;REVB=0.00628064;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0138594;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr7 38467923 . A G 498.83 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.418;QD=58.6858;RBI=0.0825478;REFB=0;REVB=0.0580529;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117216;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:26:7:0:0:26:8:0:0 chr7 38468463 . C T 659.94 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00314965;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7521;QD=59.9949;RBI=0.0395179;REFB=-0.0627733;REVB=-0.0393922;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000742664;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:18:24:0:1:18:25:0:1 chr7 38468695 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.099;QD=44.6898;RBI=0.0525291;REFB=0;REVB=-0.049237;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288759;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr7 38725804 . C T 269.24 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0427683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.699;QD=23.412;RBI=0.0428478;REFB=-0.0320114;REVB=-0.00260883;RO=19;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140187;STB=0.557476;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0110128;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:19:21:25:25:0.543478:10:15:8:11:10:15:10:11 chr7 38765857 . T C 199.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00817894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.727;QD=15.6448;RBI=0.00896583;REFB=0.003148;REVB=0.00367301;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10549;STB=0.568566;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00428856;OID=.;OPOS=38765857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:29:22:22:0.431373:11:11:11:17:11:11:11:18 chr7 38780883 . C T 1419.39 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00744043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.045;QD=61.7124;RBI=0.0117833;REFB=-0.0557404;REVB=0.00913712;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=5.15668e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:0:1:91:91:0.98913:37:54:0:0:37:54:1:0 chr7 38780924 . T C 1829.62 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194301;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.787;QD=60.4835;RBI=0.038055;REFB=-0.12545;REVB=0.0327209;RO=1;SAF=61;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772376;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00124215;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:59:61:1:0:59:61:1:0 chr7 38796570 . G A 360.09 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0802061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.505;QD=22.863;RBI=0.0802632;REFB=-0.0159618;REVB=-0.00302906;RO=27;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235612;STB=0.630177;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00765263;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:25:11:16:11:25:11:16:11 chr7 38807139 . T G 304.52 PASS AF=0.419753;AO=31;DP=78;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.00954676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.5;QD=15.038;RBI=0.01386;REFB=-0.0217025;REVB=0.0100479;RO=47;SAF=21;SAR=10;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707245;STB=0.518857;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0300699;OID=.;OPOS=38807139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:47:47:31:34:0.419753:10:21:29:18:12:22:29:18 chr7 39472681 . C T 728.12 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.408;QD=57.1073;RBI=0.0581925;REFB=0;REVB=-0.0253807;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222926;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr7 39472708 . A G 754.35 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.929;QD=56.932;RBI=0.0234789;REFB=0;REVB=0.00960683;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46432e-05;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:24:27:0:0:24:29:0:0 chr7 39472846 . G A 572.81 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.05401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2992;QD=57.281;RBI=0.0815254;REFB=0.113335;REVB=-0.0610681;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00597775;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:22:16:0:1:23:16:0:1 chr7 40027484 . A G 172.18 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0419197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7946;QD=26.4889;RBI=0.0446405;REFB=-0.00024036;REVB=0.0153466;RO=9;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264654;STB=0.645017;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000502877;OID=.;OPOS=40027484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:11:6:0:9:11:6:0:9 chr7 40127767 . G A 225.33 PASS AF=0.472727;AO=22;DP=51;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0116552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.952;QD=16.3876;RBI=0.0162322;REFB=-0.0299695;REVB=0.0112978;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122984;STB=0.511227;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0342764;OID=.;OPOS=40127767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:29:29:22:26:0.472727:8:14:15:14:12:14:15:14 chr7 40314165 . G A 216.66 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00977581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.728;QD=22.8058;RBI=0.0185302;REFB=-0.016496;REVB=0.0157418;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342722;STB=0.692121;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0332747;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:5:12:6:15:5:12 chr7 40314243 . A G 125.84 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0825756;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.552;QD=17.3569;RBI=0.0826206;REFB=-0.00725439;REVB=-0.00272726;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510156;STB=0.529369;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.011843;OID=.;OPOS=40314243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:5:10:10:4:5:10 chr7 40899967 . G C 586.5 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.964;QD=60.1534;RBI=0.0456628;REFB=0;REVB=0.0230617;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011013;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:33:39:1:12:21:0:0:18:21:0:0 chr7 42212210 . C T 438.3 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=128;FAO=51;FDP=130;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0350001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9066;QD=13.4863;RBI=0.0936644;REFB=-0.0122388;REVB=-0.0868794;RO=77;SAF=19;SAR=31;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399755;STB=0.520898;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0159499;OID=.;OPOS=42212210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:77:79:50:51:0.392308:31:19:32:45:32:19:32:47 chr7 42950640 . C T 1241.45 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0601821;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6025;QD=60.5587;RBI=0.0602937;REFB=-0.0654159;REVB=0.00366708;RO=1;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117197;OID=.;OPOS=42950640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:82:1:0:81:82:1:35:46:0:1:36:46:0:0 chr7 42970733 . C T 770.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7974;QD=61.623;RBI=0.0214734;REFB=0;REVB=0.0213432;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148669;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:23:25:0:0:25:25:0:0 chr7 42976789 . A G 1470.54 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.489;QD=63.249;RBI=0.0704724;REFB=0;REVB=0.0564825;RO=0;SAF=36;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259503;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:56:36:0:0:56:37:0:0 chr7 42977091 . G A 715.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182072;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.2963;QD=56.12;RBI=0.0357486;REFB=0;REVB=0.0307645;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779345;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:35:15:0:0:36:15:0:0 chr7 43484136 . A G 48.87 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.035168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.198;QD=13.9616;RBI=0.0353236;REFB=-0.0212885;REVB=-0.00331199;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334793;STB=0.705189;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0188538;OID=.;OPOS=43484136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:3:4:6:1:3:4 chr7 43506059 . A G 169.15 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00419482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9814;QD=10.7396;RBI=0.0236415;REFB=-0.023817;REVB=-0.0232663;RO=37;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556824;STB=0.519982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0597502;OID=.;OPOS=43506059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:41:22:22:0.349206:9:13:20:17:9:13:23:18 chr7 43506158 . T C 136.73 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0443882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.713;QD=9.59534;RBI=0.0444244;REFB=-0.00704525;REVB=0.00179199;RO=39;SAF=5;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200854;STB=0.620249;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0151687;OID=.;OPOS=43506158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:13:5:17:22:13:5:17:22 chr7 43664280 . A G 1476.44 PASS AF=0.989899;AO=93;DP=98;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.166;QD=59.6543;RBI=0.0321956;REFB=0.0173372;REVB=0.0194765;RO=1;SAF=48;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977519;STB=0.505049;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.000144756;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:99:1:1:93:98:0.989899:45:48:1:0:49:49:1:0 chr7 43664625 . G T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.715;QD=56.7031;RBI=0.0461138;REFB=0;REVB=0.0190413;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259237;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr7 43664785 . C T 593.96 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.55;QD=60.9191;RBI=0.0297284;REFB=0;REVB=-0.0162889;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63806e-05;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr7 43810764 . G A 1590.78 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101602;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.67;QD=64.2739;RBI=0.0257257;REFB=0;REVB=0.0236343;RO=0;SAF=53;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.25512e-05;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:46:53:0:0:46:53:0:0 chr7 43846603 . A G 1364.13 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558575;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.893;QD=62.7185;RBI=0.00944109;REFB=0;REVB=0.00761141;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67288e-05;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:40:46:0:0:41:46:0:0 chr7 43916128 . C CCT,T 992.86 PASS AF=0.971831,0;AO=64,3;DP=81;FAO=69,0;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=32,0;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017883,0.012752;FXX=0.077912;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=253.177,208.728;QD=55.9357;RBI=0.0213776,0.017704;REFB=-0.0245021,-0.122681;REVB=-0.0117132,-0.0122808;RO=11;SAF=30,2;SAR=34,1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0461646,0.0359791;STB=0.513154,0.5;STBP=0.242,1;TYPE=ins,snp;VARB=-7.66319e-05,0;OID=.,.;OPOS=43916129,43916128;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:81:71:11:2:64,3:69,0:0.971831,0:34,1:30,2:7:4:37,0:32,0:0:2 chr7 43916138 . C G 1249.71 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.94;QD=60.2268;RBI=0.0626243;REFB=-0.0208175;REVB=0.0158023;RO=1;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104081;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000608931;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:45:37:0:1:45:37:0:1 chr7 43916727 . T G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4368;QD=51.9136;RBI=0.013397;REFB=0;REVB=-0.00657683;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277199;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 43917013 . G A 2035.32 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632426;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.636;QD=62.6253;RBI=0.0655314;REFB=0;REVB=0.017168;RO=0;SAF=58;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409443;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:72:58:0:0:72:58:0:0 chr7 43917274 . A G 766.04 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.782;QD=63.8367;RBI=0.0471951;REFB=0;REVB=0.000134506;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567481;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:25:23:0:0 chr7 43982482 . A C 1765.92 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.561;QD=60.8939;RBI=0.0242684;REFB=0;REVB=0.0173446;RO=0;SAF=42;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78123e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:73:42:0:0:74:42:0:0 chr7 44027348 . A G 1666.08 PASS AF=0.99115;AO=109;DP=111;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0366112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1816;QD=58.9763;RBI=0.0423812;REFB=0.015183;REVB=-0.0213491;RO=1;SAF=62;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759541;STB=0.503999;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00108743;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:113:1:1:109:112:0.99115:47:62:1:0:50:62:1:0 chr7 44047066 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.319;QD=57.1055;RBI=0.0116933;REFB=0;REVB=0.00221307;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2693e-05;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr7 44147485 . C A 122.85 PASS AF=0.65;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0132255;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.031;QD=24.57;RBI=0.0397824;REFB=-0.0351872;REVB=-0.0375196;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138896;STB=0.51161;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0152151;OID=.;OPOS=44147485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:20:4:7:11:13:0.65:5:6:1:3:7:6:3:4 chr7 44148553 . A G 1440.72 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.733;QD=62.6398;RBI=0.0742242;REFB=0;REVB=-0.0186115;RO=1;SAF=27;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237966;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:1:0:91:92:1:64:27:1:0:64:28:0:0 chr7 44180079 . A AG 351.28 PASS AF=1;AO=30;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.2745;QD=34.2708;RBI=0.100258;REFB=0;REVB=-0.0936121;RO=13;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000420476;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:45:41:41:0:17:24:0:0:8:13:12:18:7:6 chr7 44180652 . G T 291.09 PASS AF=0.516667;AO=27;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000310236;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.733;QD=19.4061;RBI=0.00989408;REFB=-0.0372315;REVB=-0.00988922;RO=18;SAF=10;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290059;STB=0.580593;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0371256;OID=.;OPOS=44180652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:18:29:27:31:0.516667:17:10:6:12:18:13:17:12 chr7 44258964 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.275;QD=43.4878;RBI=0.0118578;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40833e-06;OID=.;OPOS=44258964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:0:11:0:0:0:12:0:0 chr7 44259706 . G A 347.74 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0400883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.443;QD=51.5168;RBI=0.0401322;REFB=-0.130388;REVB=-0.00187652;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0037539;OID=.;OPOS=44259706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:9:17:1:0:9:17:1:0 chr7 44259871 . C T 603.52 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.514;QD=60.3522;RBI=0.0215553;REFB=0;REVB=0.00200142;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307284;OID=.;OPOS=44259871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr7 44284564 . A G 2395.56 PASS AF=1;AO=156;DP=157;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.66;QD=61.0334;RBI=0.0319961;REFB=0;REVB=0.0128348;RO=0;SAF=73;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.77307e-05;OID=.;OPOS=44284564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:157:0:0:156:157:1:83:73:0:0:84:73:0:0 chr7 44442296 . A C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.434;QD=57.1774;RBI=0.0221356;REFB=0;REVB=0.00902839;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85666e-05;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr7 44580855 . C G 94.99 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0321756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8821;QD=3.72522;RBI=0.0653243;REFB=-0.00202547;REVB=-0.0568507;RO=85;SAF=7;SAR=10;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00969141;OID=.;OPOS=44580855;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:102:102:85:85:17:17:0.166667:10:7:35:50:10:7:35:50 chr7 44606098 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00280608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.154;QD=33.4284;RBI=0.0305723;REFB=0;REVB=0.0304433;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848493;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 44608718 . C T 471.45 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0114847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5724;QD=50.968;RBI=0.0203507;REFB=-0.0835294;REVB=0.0168003;RO=1;SAF=8;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548779;STB=0.54619;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00572268;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:1:3:34:34:0.918919:26:8:1:0:26:8:2:1 chr7 44620836 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.828;QD=57.6801;RBI=0.0433867;REFB=0;REVB=0.036863;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224386;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr7 44747499 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00726752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8572;QD=58.1369;RBI=0.017043;REFB=0;REVB=0.0154158;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031376;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr7 44748451 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.332;QD=45.8009;RBI=0.080158;REFB=0;REVB=0.0255742;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149241;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr7 44836314 . A G 1710.09 PASS AF=1;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168279;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2361;QD=60.0033;RBI=0.0289256;REFB=0;REVB=0.0235269;RO=1;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015174;OID=.;OPOS=44836314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:116:114:1:0:113:114:1:64:49:0:1:65:49:0:0 chr7 45104131 . G A 1395.24 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.2;QD=62.7073;RBI=0.0616085;REFB=0;REVB=0.060468;RO=0;SAF=51;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199311;OID=.;OPOS=45104131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:37:51:0:0:38:51:0:0 chr7 45115773 . T C 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00702662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7751;QD=19.0016;RBI=0.0559648;REFB=-0.0343694;REVB=-0.0555219;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0388171;OID=.;OPOS=45115773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:10:7:7:10:10:7 chr7 45118198 . G A 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.554;QD=28.5377;RBI=0.0683557;REFB=-0.112611;REVB=0.0647315;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00589824;OID=.;OPOS=45118198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr7 45120248 . G A 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.385;QD=57.1006;RBI=0.0122547;REFB=0;REVB=-0.00951717;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32486e-05;OID=.;OPOS=45120248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr7 45122324 . C A 536.22 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274515;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.194;QD=59.5803;RBI=0.0290764;REFB=0;REVB=0.00958388;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269752;OID=.;OPOS=45122324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr7 45122464 . A C 304.51 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.457;QD=52.9586;RBI=0.0137674;REFB=0;REVB=0.00825359;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99867e-05;OID=.;OPOS=45122464;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr7 45122723 . G A 423.66 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430484;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2912;QD=56.4873;RBI=0.0858247;REFB=0;REVB=0.0742477;RO=1;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188066;OID=.;OPOS=45122723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:1:0:29:30:1:25:4:0:1:26:4:0:0 chr7 45123090 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.829;QD=46.848;RBI=0.0457473;REFB=0;REVB=0.0184166;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206478;OID=.;OPOS=45123090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr7 45124008 . T C 385.22 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258361;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0687;QD=55.0308;RBI=0.163721;REFB=0;REVB=0.16167;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772126;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181611;OID=.;OPOS=45124008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:2:0:26:28:1:11:15:0:2:13:15:0:0 chr7 45124286 . A G 698.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.958;QD=62.0769;RBI=0.0764536;REFB=0;REVB=0.068199;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100232;OID=.;OPOS=45124286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr7 45124465 . A T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.765;QD=52.6106;RBI=0.0381112;REFB=0;REVB=0.037595;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189911;OID=.;OPOS=45124465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr7 45217015 . T C 479.84 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0362133;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9637;QD=18.2797;RBI=0.0379816;REFB=-0.0181251;REVB=-0.0114543;RO=53;SAF=21;SAR=30;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386512;STB=0.517235;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0215702;OID=.;OPOS=45217015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:54:51:51:0.485714:30:21:24:29:30:21:24:30 chr7 45225838 . AA TC 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0311655;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=158.839;QD=15.5754;RBI=0.0312736;REFB=-0.00111178;REVB=0.00259725;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501346;STB=0.528474;STBP=0.749;TYPE=mnp;VARB=0.00151456;OID=.;OPOS=45225838;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:18:7:10:21:18:7:10:21 chr7 45703971 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.704;QD=56.9368;RBI=0.060321;REFB=0;REVB=0.0600149;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222251;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr7 45765234 . G T 619.88 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0437237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3909;QD=59.0362;RBI=0.0458683;REFB=0.11823;REVB=0.0138615;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00458812;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr7 46732428 . A G 1280.06 PASS AF=0.897959;AO=88;DP=98;FAO=88;FDP=98;FR=.;FRO=10;FSAF=64;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0110601;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.849;QD=52.2475;RBI=0.0115987;REFB=-0.185745;REVB=0.00349321;RO=0;SAF=64;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39644e-08;STB=0.509432;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00622505;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:98:98:0:10:88:88:0.897959:24:64:0:0:24:64:8:2 chr7 47323456 . A G 131.17 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0068451;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.778;QD=12.4922;RBI=0.0258603;REFB=-0.0115133;REVB=0.0249379;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354133;STB=0.707426;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0285357;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:18:9:10:5:18:9 chr7 47408029 . A G 1456.94 PASS AF=1;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281902;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9657;QD=60.08;RBI=0.0281917;REFB=0;REVB=-0.00028895;RO=0;SAF=25;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193243;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:97:0:0:97:97:1:72:25:0:0:72:25:0:0 chr7 47408104 . G A 276.25 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0102012;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.248;QD=15.5632;RBI=0.0453041;REFB=-0.0167734;REVB=0.0441406;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757236;STB=0.537181;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0199277;OID=.;OPOS=47408104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:30:31:0.43662:15:15:17:23:15:16:18:22 chr7 47408443 . C G 113.72 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0216975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1358;QD=18.1946;RBI=0.0316381;REFB=-0.0308647;REVB=-0.0230258;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205785;STB=0.616277;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0225318;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:10:2:5:8:10:2 chr7 47408974 . T A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.336;QD=60.9766;RBI=0.080835;REFB=0;REVB=-0.00850466;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219755;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr7 47436497 . G A 258.64 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00377267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.206;QD=16.4218;RBI=0.00472955;REFB=-0.0292702;REVB=-0.0028523;RO=32;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114401;STB=0.568084;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0350789;OID=.;OPOS=47436497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:34:28:29:0.460317:17:11:9:23:17:12:10:24 chr7 47698685 . A G 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0282571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.914;QD=14.4906;RBI=0.0289051;REFB=-0.0124381;REVB=0.00608577;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133008;STB=0.576843;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0149537;OID=.;OPOS=47698685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:12:18:9:10:12:18 chr7 47851623 . C T 195.97 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00967357;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.406;QD=20.6281;RBI=0.0147664;REFB=-0.0161565;REVB=0.0111566;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130094;STB=0.561738;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00956134;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:18:19:20:0.526316:11:8:5:13:12:8:5:13 chr7 47852837 . C T 601.05 PASS AF=0.512605;AO=60;DP=118;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-5.99055e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.728;QD=20.2033;RBI=0.00412896;REFB=-0.00550784;REVB=-0.00412852;RO=56;SAF=26;SAR=34;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068782;STB=0.548827;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00526651;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:56:58:60:61:0.512605:34:26:20:36:34:27:20:38 chr7 47854956 . C T 846.29 PASS AF=0.450777;AO=81;DP=190;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=57;FSRR=49;FWDB=0.0160938;FXX=0.0252513;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.744;QD=17.5396;RBI=0.0329054;REFB=-0.0354918;REVB=0.0287011;RO=96;SAF=48;SAR=33;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198331;STB=0.507752;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0270682;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:193:96:106:81:87:0.450777:33:48:55:41:39:48:57:49 chr7 47872845 . A G 553.71 PASS AF=0.607143;AO=49;DP=82;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0149025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9465;QD=26.3671;RBI=0.0356779;REFB=-0.0142266;REVB=0.0324164;RO=31;SAF=31;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177807;STB=0.604873;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00841036;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:31:33:49:51:0.607143:18:31:12:19:19:32:12:21 chr7 47879049 . G A 652.01 PASS AF=0.433735;AO=72;DP=166;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=68;FSRR=26;FWDB=-0.00747748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.265;QD=15.7112;RBI=0.0144855;REFB=-0.00336128;REVB=-0.0124063;RO=92;SAF=53;SAR=19;SRF=68;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391933;STB=0.509178;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00919341;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:92:94:72:72:0.433735:19:53:68:24:19:53:68:26 chr7 47913579 . T C 983.81 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508064;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.072;QD=58.7349;RBI=0.0108992;REFB=0;REVB=0.00964262;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177199;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:1:0:66:67:1:35:31:1:0:35:32:0:0 chr7 47921682 . A T 395.94 PASS AF=0.513514;AO=30;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00160008;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.88;QD=21.402;RBI=0.0469841;REFB=-0.039118;REVB=0.0469569;RO=34;SAF=7;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233685;STB=0.660757;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0343769;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:34:34:30:38:0.513514:23:7:15:19:31:7:15:19 chr7 47925331 . C G 811.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.166;QD=56.9145;RBI=0.0355584;REFB=0;REVB=0.0115536;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108949;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:30:23:0:0:31:26:0:0 chr7 47968927 . C A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.181;QD=57.2377;RBI=0.0355769;REFB=0;REVB=0.0190683;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28143e-05;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr7 47971575 . A G 1540.33 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374441;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.31;QD=64.1803;RBI=0.0377175;REFB=0;REVB=-0.0045328;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114623;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr7 48004962 . C T 555.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00771511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.959;QD=60.0946;RBI=0.0306519;REFB=0;REVB=0.0296651;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010938;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr7 48086077 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.381;QD=59.3229;RBI=0.0094129;REFB=0;REVB=0.00281828;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.43878e-05;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr7 48086161 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.38;QD=63.8708;RBI=0.0552737;REFB=0;REVB=0.0308341;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290278;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr7 48089542 . T C 696.06 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0602332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2861;QD=54.593;RBI=0.0621392;REFB=-0.109199;REVB=-0.0152721;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00127063;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:1:1:46:50:0.980392:21:25:0:1:21:29:0:1 chr7 48089571 . C A 462.26 PASS AF=0.871795;AO=21;DP=36;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0240933;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=184.565;QD=47.4114;RBI=0.0254741;REFB=-0.0569006;REVB=-0.00827276;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512813;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00216006;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:39:0:5:21:34:0.871795:15:6:0:0:17:17:2:3 chr7 48092486 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0898065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.227;QD=53.2769;RBI=0.0898544;REFB=0;REVB=0.00293391;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779095;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr7 48285485 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.15;QD=61.6953;RBI=0.0283265;REFB=0;REVB=-0.00862941;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20491e-05;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:32:50:0:0:32:50:0:0 chr7 48311658 . G A 176.19 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0215181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.343;QD=20.7281;RBI=0.0262735;REFB=-0.0165136;REVB=0.0150754;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101231;STB=0.557455;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0160321;OID=.;OPOS=48311658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:5:11:14:4:5:11 chr7 48312674 . G A 715.2 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.218;QD=55.0151;RBI=0.053636;REFB=0;REVB=-0.0236489;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818418;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:47:52:1:28:19:0:0:29:23:0:0 chr7 48315796 . C A 575.56 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.276;QD=60.5851;RBI=0.0510132;REFB=0;REVB=0.0503637;RO=0;SAF=8;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509129;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:29:8:0:0:30:8:0:0 chr7 48315941 . C T 178.89 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.10576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.09;QD=15.2245;RBI=0.106251;REFB=-0.0299521;REVB=-0.0102043;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195552;STB=0.595077;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0433101;OID=.;OPOS=48315941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:13:6:13:13:13:6:13:15 chr7 48318811 . C T 313.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.735;QD=52.2198;RBI=0.0154417;REFB=0;REVB=0.00770266;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519653;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr7 48336844 . C T 1061.08 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8174;QD=59.7792;RBI=0.054581;REFB=0;REVB=0.00758438;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123093;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:35:34:0:0:37:34:0:0 chr7 48545976 . A G 1311.9 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000527988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.425;QD=59.6319;RBI=0.0340147;REFB=-0.0431274;REVB=0.0340106;RO=2;SAF=48;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00286387;STB=0.501616;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00162602;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:88:2:2:85:86:0.977273:37:48:1:1:37:49:1:1 chr7 48965141 . A G 94.97 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00646353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.733;QD=15.1947;RBI=0.117199;REFB=-0.0289898;REVB=0.117021;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0378528;OID=.;OPOS=48965141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:4:9:6:6:4:9 chr7 50143938 . C T 654.78 PASS AF=0.488889;AO=66;DP=135;FAO=66;FDP=135;FR=.;FRO=69;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.0207282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.526;QD=19.4009;RBI=0.0256356;REFB=-0.00124521;REVB=0.0150841;RO=68;SAF=30;SAR=36;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260863;STB=0.517706;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00169452;OID=.;OPOS=50143938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:69:66:66:0.488889:36:30:29:39:36:30:29:40 chr7 50173777 . A G 244.23 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00976706;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=165.395;QD=17.4447;RBI=0.00979139;REFB=0.00218246;REVB=0.000689788;RO=27;SAF=17;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322667;STB=0.693742;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00126919;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:10:17:7:20:10:17:7:22 chr7 50175681 . C T 734.15 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=-0.0138829;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.304;QD=22.9423;RBI=0.0174161;REFB=-0.011107;REVB=0.0105159;RO=56;SAF=37;SAR=33;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12355;STB=0.557919;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0177762;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:56:58:70:70:0.546875:33:37:38:18:33:37:38:20 chr7 50180972 . C T 525.36 PASS AF=0.509259;AO=54;DP=107;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=5.32349e-05;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.311;QD=19.4579;RBI=0.0183722;REFB=-0.0065093;REVB=-0.0183722;RO=53;SAF=22;SAR=32;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280711;STB=0.520717;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0075424;OID=.;OPOS=50180972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:53:53:54:55:0.509259:32:22:20:33:32:23:20:33 chr7 50611735 . T C 1730.67 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.711;QD=60.7253;RBI=0.017335;REFB=0;REVB=0.000622988;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09489e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:60:53:0:0:61:53:0:0 chr7 50660438 . T C 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.068;QD=57.7084;RBI=0.019904;REFB=0;REVB=0.0196785;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75097e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr7 50673029 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.43;QD=60.6083;RBI=0.0442691;REFB=0;REVB=0.0320267;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46411e-06;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr7 50737431 . G A 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0254625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.694;QD=11.9914;RBI=0.0258482;REFB=-0.00434713;REVB=-0.00444896;RO=33;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357782;STB=0.714014;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0110207;OID=.;OPOS=50737431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:3:15:19:14:3:15:19:14 chr7 50742180 . C T 528.52 PASS AF=0.460317;AO=52;DP=122;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00143831;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.861;QD=16.7784;RBI=0.0122371;REFB=-0.0104134;REVB=0.0121523;RO=66;SAF=30;SAR=22;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13751;STB=0.558082;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0093729;OID=.;OPOS=50742180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:66:68:52:58:0.460317:22:30:29:37:27:31:29:39 chr7 51093013 . A T 130.3 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0207;QD=43.434;RBI=0.051415;REFB=0;REVB=0.0422725;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279071;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr7 51096036 . G C 88.19 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0351507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9163;QD=14.1108;RBI=0.0353657;REFB=-0.039857;REVB=0.00389392;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564329;STB=0.829203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.04161;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:11:3:9:2:11:3 chr7 51096974 . C T 1572.96 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.701;QD=59.9222;RBI=0.0370415;REFB=0;REVB=0.0136485;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1367e-05;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:55:50:0:0:55:50:0:0 chr7 51097063 . T G 1544.72 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412545;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.508;QD=63.7;RBI=0.0423984;REFB=0;REVB=0.00978185;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158458;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:94:97:1:58:36:0:0:58:39:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 412.72 PASS AF=0.418182,0.0181818;AO=39,4;DP=111;FAO=46,2;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=28,0;FSAR=18,2;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0042497,0.00635705;FXX=0.0090082;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=204.598,117.8;QD=15.008;RBI=0.00506619,0.0314077;REFB=-0.0174118,-0.00247959;REVB=-0.00275796,-0.0307577;RO=62;SAF=22,2;SAR=17,2;SRF=34;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0171821,-0.0467828;STB=0.535758,0.99535;STBP=0.554,0.115;TYPE=del,snp;VARB=0.0208726,0.0192517;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182,0.0181818:39,4:111:46,2:110:62:28,0:18,2:34:28:99:62:22,2:17,2:34:28 chr7 51287470 . A G 959.31 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194812;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0684;QD=59.0347;RBI=0.0314101;REFB=0;REVB=-0.0246389;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106769;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr7 53103371 . G T 849.27 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9138;QD=54.7914;RBI=0.105154;REFB=-0.105284;REVB=0.0878333;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00530633;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:62:0:0:59:62:1:23:36:0:0:26:36:0:0 chr7 53103382 . G T 944.04 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0289448;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.955;QD=54.727;RBI=0.0704603;REFB=-0.0732476;REVB=0.0642406;RO=3;SAF=40;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341248;STB=0.518067;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00201519;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:69:3:3:66:66:0.956522:26:40:3:0:26:40:3:0 chr7 53103673 . C A 572.22 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00608319;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.632;QD=58.6887;RBI=0.0139889;REFB=-0.082284;REVB=0.012597;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91187e-05;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:39:1:0:38:39:1:14:24:0:1:15:24:0:0 chr7 53104078 . G A 1555.54 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7957;QD=59.2587;RBI=0.0362077;REFB=0;REVB=0.0272656;RO=0;SAF=11;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123447;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:94:11:0:0:94:11:0:0 chr7 53557963 . A G 359.18 PASS AF=0.402062;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=0.0257645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.891;QD=14.8117;RBI=0.0274786;REFB=-0.00585991;REVB=-0.00955302;RO=58;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220587;STB=0.624352;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0191719;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:58:58:39:39:0.402062:18:21:19:39:18:21:19:39 chr7 53558015 . G T 358.38 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00971437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195;QD=16.8648;RBI=0.016786;REFB=-0.0145621;REVB=0.0136895;RO=46;SAF=24;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194361;STB=0.603718;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0133223;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:38:38:0.447059:14:24:20:26:14:24:21:26 chr7 54614698 . C CG 65.56 PASS AF=0.343284;AO=18;DP=74;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0661194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.0106;QD=3.91379;RBI=0.0748366;REFB=-0.0243362;REVB=-0.0350534;RO=49;SAF=7;SAR=11;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14744;STB=0.527567;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=-0.0436879;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.343284:18:74:23:67:44:9:14:19:25:65:49:7:11:25:24 chr7 55214348 . C T 222.03 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0224707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.82;QD=14.5592;RBI=0.0349777;REFB=-0.0207174;REVB=-0.026805;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224299;STB=0.626773;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0203167;OID=.;OPOS=55214348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:11:24:12:14:11:24 chr7 55229255 . G A 468.39 PASS AF=0.485714;AO=52;DP=102;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.053588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.0181;QD=17.8434;RBI=0.0661763;REFB=-0.0216301;REVB=0.0388282;RO=50;SAF=33;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176174;STB=0.577099;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0243403;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:50:54:52:51:0.485714:19:33:22:28:19:32:26:28 chr7 55238874 . T A 253.83 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00146028;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8815;QD=20.7206;RBI=0.0562168;REFB=-0.0231153;REVB=0.0561978;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235357;STB=0.632;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0341041;OID=.;OPOS=55238874;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:17:8:14:10:17:8 chr7 55249063 . G A 281.8 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0514777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0155;QD=17.0788;RBI=0.0515179;REFB=-0.036354;REVB=-0.00203623;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578148;STB=0.524984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0356662;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:12:18:23:12:12:19:23:12 chr7 55266417 . T C 1307.36 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00519872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.523;QD=60.8075;RBI=0.0179553;REFB=-0.106823;REVB=0.0171863;RO=1;SAF=53;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0088545;STB=0.504586;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000316086;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:86:1:1:84:85:0.988372:31:53:1:0:31:54:1:0 chr7 55499058 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.166;QD=53.9105;RBI=0.0298366;REFB=0;REVB=0.0174743;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267417;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr7 55540707 . G A 132.19 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0358883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.256;QD=24.0346;RBI=0.0358913;REFB=-0.0363502;REVB=-0.00046283;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467187;STB=0.526278;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0198288;OID=.;OPOS=55540707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:4:4:6:8:4:4 chr7 55750390 . A G 419.91 PASS AF=0.352113;AO=50;DP=142;FAO=50;FDP=142;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=59;FSRR=33;FWDB=-0.0259508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.975;QD=11.8285;RBI=0.0331758;REFB=-0.00621031;REVB=-0.0206685;RO=89;SAF=27;SAR=23;SRF=59;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141093;STB=0.566736;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0123196;OID=.;OPOS=55750390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:89:92:50:50:0.352113:23:27:59:30:23:27:59:33 chr7 56007576 . C T 85.17 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0125288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8494;QD=12.1671;RBI=0.0126081;REFB=-0.0385676;REVB=0.00141188;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113573;STB=0.567442;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0182444;OID=.;OPOS=56007576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:9:8:4:7:9:8 chr7 56087374 . C T 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0121349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.689;QD=2.37851;RBI=0.0195687;REFB=-0.00743178;REVB=0.0153519;RO=58;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.59069;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0183379;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:4:4:23:35:4:4:23:35 chr7 56087379 . T C 58.64 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=-0.000201899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.463;QD=3.35098;RBI=0.0142537;REFB=-0.00689297;REVB=-0.0142523;RO=57;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153354;STB=0.615182;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0249735;OID=.;OPOS=56087379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:57:59:11:11:0.157143:5:6:24:33:5:6:24:35 chr7 56087399 . G A 87.69 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00273454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.018;QD=4.49681;RBI=0.0425699;REFB=-0.00393366;REVB=0.042482;RO=63;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569893;STB=0.536793;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0161084;OID=.;OPOS=56087399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:9:6:28:35:9:6:28:35 chr7 56087409 . G A 83.68 PASS AF=0.2;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.018484;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1886;QD=4.78186;RBI=0.0281445;REFB=0.00590263;REVB=0.0212239;RO=55;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329443;STB=0.515396;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.0108495;OID=.;OPOS=56087409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:71:70:55:56:14:14:0.2:9:5:21:34:9:5:21:35 chr7 56087423 . G A 74.62 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.0280801;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8333;QD=4.08861;RBI=0.0282865;REFB=-0.00226254;REVB=-0.00341051;RO=59;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903329;STB=0.568977;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.010619;OID=.;OPOS=56087423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:73:73:59:60:13:13:0.178082:9:4:22:37:9:4:23:37 chr7 56087465 . G A 46.11 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0236691;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9539;QD=2.79434;RBI=0.0253425;REFB=0.00269028;REVB=0.00905638;RO=57;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133445;STB=0.595526;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0431991;OID=.;OPOS=56087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:6:3:25:32:6:3:25:32 chr7 56087474 . A G 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00589806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.644;QD=3.51285;RBI=0.0223084;REFB=0.00211182;REVB=-0.0215146;RO=52;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770707;STB=0.561167;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.0380178;OID=.;OPOS=56087474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:63:52:53:10:10:0.15873:6:4:24:28:6:4:25:28 chr7 56087504 . G A 49.55 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0223227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.627;QD=4.30847;RBI=0.0232124;REFB=-0.00152122;REVB=-0.00636496;RO=37;SAF=3;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20011;STB=0.624688;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0289218;OID=.;OPOS=56087504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:37:38:8:8:0.173913:5:3:20:17:5:3:20:18 chr7 56088786 . A T 143.86 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=-0.0153674;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.946;QD=5.04772;RBI=0.0239404;REFB=-0.00812642;REVB=-0.0183571;RO=90;SAF=9;SAR=15;SRF=61;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3695;STB=0.725972;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0324598;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:90:90:24:24:0.210526:15:9:61:29:15:9:61:29 chr7 56088789 . G A 143.66 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=29;FWDB=0.00827732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.165;QD=5.04067;RBI=0.0126602;REFB=-0.000993992;REVB=-0.00957949;RO=89;SAF=10;SAR=14;SRF=60;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318477;STB=0.697885;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00652438;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:90:24:24:0.210526:14:10:60:29:14:10:61:29 chr7 56088811 . T C 156.69 PASS AF=0.214876;AO=26;DP=121;FAO=26;FDP=121;FR=.;FRO=95;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=62;FSRR=33;FWDB=0.0138579;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4207;QD=5.1797;RBI=0.0143231;REFB=-0.00850792;REVB=0.00362079;RO=95;SAF=10;SAR=16;SRF=62;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329319;STB=0.70144;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0381405;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:95:95:26:26:0.214876:16:10:62:33:16:10:62:33 chr7 56088825 . T A 174.81 PASS AF=0.224;AO=28;DP=125;FAO=28;FDP=125;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=-0.0211766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.948;QD=5.59379;RBI=0.0270224;REFB=-0.00512879;REVB=0.0167858;RO=96;SAF=9;SAR=19;SRF=61;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382022;STB=0.728613;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.026212;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:96:97:28:28:0.224:19:9:61:35:19:9:61:36 chr7 56088902 . C T 79.12 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.051865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.06;QD=6.73347;RBI=0.0531679;REFB=-0.0133456;REVB=0.0116982;RO=36;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43806;STB=0.792012;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0231395;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:10:1:12:24:10:1:12:24 chr7 56088907 . GC CT 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=-0.0124408;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.859;QD=8.51201;RBI=0.0136093;REFB=-0.000305338;REVB=-0.00551724;RO=23;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225771;STB=0.639787;STBP=0.811;TYPE=mnp;VARB=0.000457891;OID=.;OPOS=56088907;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:9:1:1:22:9:1:1:23 chr7 56126360 . T C 133.25 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0776099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0589;QD=15.6759;RBI=0.0834858;REFB=-0.0290867;REVB=0.0307665;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577034;STB=0.533289;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0261991;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:10:9:8:7:10:9 chr7 56136260 . C A 1713.18 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00459311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.66;QD=60.6436;RBI=0.0524227;REFB=0;REVB=0.0522211;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17338e-05;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:54:58:0:0:55:58:0:0 chr7 56140827 . C CG 38.56 PASS AF=0.261905;AO=12;DP=45;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0274383;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=85.4096;QD=3.67241;RBI=0.0681014;REFB=-0.003461;REVB=-0.0623293;RO=31;SAF=11;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597439;STB=0.871024;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.101136;OID=.;OPOS=56140828;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.261905:12:45:11:42:31:10:1:15:16:38:31:11:1:15:16 chr7 56149939 . G A 200.75 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0974829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1009;QD=20.59;RBI=0.116215;REFB=-0.00499551;REVB=0.0632687;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206105;STB=0.511616;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00363875;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:9:10:11:9:9:10 chr7 56174115 . A C 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.102;QD=58.5997;RBI=0.0375593;REFB=0;REVB=-0.00165858;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108691;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr7 56871760 . C T 125.45 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.00659214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.967;QD=6.35187;RBI=0.0135981;REFB=-0.020341;REVB=0.0118933;RO=58;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118329;STB=0.560258;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0506223;OID=.;OPOS=56871760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:60:19:19:0.240506:11:8:30:28:11:8:30:30 chr7 56872154 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.858;QD=33.4285;RBI=0.0460525;REFB=0;REVB=0.040527;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245468;OID=.;OPOS=56872154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr7 56879527 . A G 343.58 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00434107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.858;QD=16.3608;RBI=0.00523537;REFB=-0.030413;REVB=0.00292648;RO=47;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720684;STB=0.540519;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0379268;OID=.;OPOS=56879527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:17:20:22:25:17:20:22:25 chr7 56879552 . T C 1253.24 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015684;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.381;QD=61.8884;RBI=0.0105263;REFB=0;REVB=-0.0104088;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50638e-05;OID=.;OPOS=56879552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:45:36:0:0:45:36:0:0 chr7 56879668 . C T 108.21 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.052;QD=19.6746;RBI=0.00618929;REFB=-0.0306788;REVB=0.00618929;RO=10;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0283672;OID=.;OPOS=56879668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:22:10:10:12:12:0.545455:12:0:0:10:12:0:0:10 chr7 56879694 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2944;QD=30.7903;RBI=0.0561426;REFB=-0.0264809;REVB=0.0561426;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00909559;OID=.;OPOS=56879694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr7 57238635 . G A 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.182;QD=56.9979;RBI=0.0112441;REFB=0;REVB=0.0111027;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16792e-05;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr7 57242225 . T C 691.94 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0121881;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=202.458;QD=46.9109;RBI=0.0346228;REFB=-0.0890002;REVB=0.0324066;RO=5;SAF=23;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272509;STB=0.523924;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000581589;OID=.;OPOS=57242225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:59:5:6:53:53:0.898305:30:23:3:2:30:23:4:2 chr7 57257162 . A C 972.66 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.085;QD=57.2152;RBI=0.0398268;REFB=-0.15874;REVB=0.0258224;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000504792;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:29:37:0:0:29:38:0:1 chr7 57257226 . G A 40.11 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.000994006;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.202;QD=1.55769;RBI=0.0480641;REFB=-0.00106796;REVB=-0.0480538;RO=91;SAF=7;SAR=3;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242354;STB=0.687244;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0059796;OID=.;OPOS=57257226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:91:93:10:10:0.0970874:3:7:45:46:3:7:46:47 chr7 57260032 . GA G 142.11 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00609229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.933;QD=9.3186;RBI=0.00701916;REFB=-0.0018899;REVB=-0.00348607;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00318291;STB=0.524114;STBP=0.841;TYPE=del;VARB=0.00356811;OID=.;OPOS=57260033;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327869:19:61:20:61:41:8:12:15:26:99:41:7:12:15:26 chr7 57509966 . C A 87.56 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0303324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.827;QD=14.0095;RBI=0.0321434;REFB=-0.0118119;REVB=0.0106369;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0300818;OID=.;OPOS=57509966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:14:14:10:11:0.44:6:4:5:9:7:4:5:9 chr7 57528997 . T C 44.84 PASS AF=0.235294;AO=4;DP=18;FAO=4;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0223633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.896;QD=10.5502;RBI=0.023325;REFB=-0.0278324;REVB=0.00662876;RO=11;SAF=3;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145094;STB=0.624331;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0240905;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:18:17:11:10:4:4:0.235294:1:3:7:4:1:3:6:4 chr7 63529956 . G A 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0401562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.734;QD=11.2612;RBI=0.0401737;REFB=-0.0184944;REVB=-0.00118558;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385257;STB=0.522905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0217177;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:17:13:6:9:17:13 chr7 63537783 . G A 282.97 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00723188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.532;QD=17.4135;RBI=0.0178682;REFB=-0.00259821;REVB=-0.0163393;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728164;STB=0.504079;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00285541;OID=.;OPOS=63537783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:14:20:18:13:14:20 chr7 63537849 . G A 926.7 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00449871;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.289;QD=57.0277;RBI=0.0132272;REFB=-0.148126;REVB=0.0124387;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-3.82608e-05;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:0:1:64:64:0.984615:35:29:0:0:35:29:1:0 chr7 63538334 . A G 118.82 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0467385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2626;QD=13.2025;RBI=0.0789097;REFB=-0.0403922;REVB=0.0635787;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167364;STB=0.50979;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0477532;OID=.;OPOS=63538334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:10:4:6:16:10:4:6:16 chr7 63565953 . A C 667.83 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0190605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.349;QD=58.0719;RBI=0.0531253;REFB=-0.0320624;REVB=0.0495883;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00329071;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:20:24:1:0:20:24:1:1 chr7 63566387 . A ATGT 335.25 PASS AF=0.818182;AO=25;DP=34;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0129833;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.606;QD=40.6357;RBI=0.0171996;REFB=-0.0528152;REVB=0.011281;RO=7;SAF=11;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465955;STB=0.510197;STBP=0.79;TYPE=ins;VARB=0.011021;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:25:34:27:33:6:12:15:3:3:34:7:11:14:3:4 chr7 63568886 . TA T,TATAACT 434.6 PASS AF=0.214286,0.642857;AO=8,25;DP=42;FAO=9,27;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=9,22;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0105522,-0.0540486;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,5;MLLD=256.397,72.4473;QD=41.3902;RBI=0.0235777,0.0611627;REFB=-0.00373684,-0.116212;REVB=-0.0210846,-0.0286291;RO=9;SAF=8,20;SAR=0,5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.748953,0.0166166;STB=0.997885,0.505614;STBP=0.212,0.915;TYPE=del,ins;VARB=0.0106821,0.0122683;OID=.,.;OPOS=63568887,63568888;OREF=A,-;OALT=-,TAACT;OMAPALT=T,TATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.642857:8,25:42:9,27:42:6:9,22:0,5:5:1:65:9:8,20:0,5:7:2 chr7 63570733 . T C 788.63 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0412373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.31;QD=50.8791;RBI=0.0412378;REFB=-0.111772;REVB=0.000200734;RO=3;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448643;STB=0.515045;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.001629;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:3:4:58:58:0.935484:30:28:0:3:30:28:1:3 chr7 63570826 . A G 238.36 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00125708;FXX=0.0405351;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0539;QD=13.4288;RBI=0.0132855;REFB=0.0126263;REVB=-0.0132259;RO=44;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121527;STB=0.591486;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0226626;OID=.;OPOS=63570826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:71:44:43:28:28:0.394366:14:14:17:27:14:14:15:28 chr7 63673481 . A G 34.34 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00797356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.663;QD=7.22851;RBI=0.0319937;REFB=0.0049752;REVB=-0.0309842;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.0161458;OID=.;OPOS=63673481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:7:6:4:2:7:6 chr7 63679733 . A G 1371.41 PASS AF=0.988889;AO=78;DP=81;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.644;QD=60.9517;RBI=0.0749093;REFB=-0.0338407;REVB=0.0748433;RO=1;SAF=41;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000302625;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:90:1:1:78:89:0.988889:37:41:1:0:48:41:1:0 chr7 63680133 . T A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0240228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.021;QD=15.8821;RBI=0.0248428;REFB=-0.003807;REVB=-0.00633023;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00184719;OID=.;OPOS=63680133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr7 63726370 . A G 145.51 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.03049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6177;QD=16.1677;RBI=0.105695;REFB=-0.0162256;REVB=0.101202;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22826;STB=0.507033;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0138805;OID=.;OPOS=63726370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:11:16:0.444444:4:7:8:11:9:7:9:11 chr7 63726797 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0144255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1373;QD=17.4277;RBI=0.0552618;REFB=-0.0319356;REVB=0.0533457;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202734;STB=0.59313;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.035512;OID=.;OPOS=63726797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:7:12:18:4:7:12:18:5 chr7 63796744 . T C 379.28 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0433072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6407;QD=16.6717;RBI=0.059877;REFB=0.00364915;REVB=0.041349;RO=51;SAF=16;SAR=24;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720799;STB=0.54052;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00442855;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:24:16:24:27:24:16:24:27 chr7 63981559 . T C 138.91 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.03217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3932;QD=19.8441;RBI=0.0882017;REFB=-0.0100178;REVB=0.0821257;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148635;STB=0.585459;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00805274;OID=.;OPOS=63981559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:2:13:10:3:2:13:10:3 chr7 63981563 . A G 397.16 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147044;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9234;QD=56.7364;RBI=0.0174447;REFB=0;REVB=-0.00938603;RO=0;SAF=23;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107264;OID=.;OPOS=63981563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:5:23:0:0:5:23:0:0 chr7 64152353 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=305.478;QD=40.7629;RBI=0.0994575;REFB=0;REVB=0.0931281;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137024;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr7 64169019 . G A 446.81 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.015;QD=57.6533;RBI=0.0828061;REFB=0;REVB=0.022857;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062864;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:19:9:0:0:22:9:0:0 chr7 64254901 . T C 271.59 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0525751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1161;QD=51.7305;RBI=0.0612519;REFB=0;REVB=0.0314271;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505676;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:1:19:0:0:1:20:0:0 chr7 64291333 . T A 1195.23 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0232716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.077;QD=58.3039;RBI=0.0267719;REFB=-0.0356326;REVB=-0.0132351;RO=2;SAF=44;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00269567;STB=0.501548;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000140646;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:79:80:0.97561:35:44:1:1:35:45:1:1 chr7 64291987 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8944;QD=48.731;RBI=0.0324101;REFB=0;REVB=-0.0172229;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215288;OID=.;OPOS=64291987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr7 64291991 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.661;QD=48.7373;RBI=0.00700336;REFB=0;REVB=-0.00232186;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76022e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr7 64389089 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0624;QD=47.8221;RBI=0.0535337;REFB=0;REVB=0.0233729;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00085254;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr7 64438667 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.332;QD=46.0581;RBI=0.0317548;REFB=-0.189354;REVB=-0.0089389;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00497455;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr7 64451699 . T C 1522.31 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.326;QD=58.5505;RBI=0.0404545;REFB=-0.0655419;REVB=0.0165589;RO=1;SAF=57;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825224;STB=0.504347;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000814274;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:46:57:1:0:46:57:1:0 chr7 64451963 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.374;QD=56.9559;RBI=0.0615429;REFB=0;REVB=0.0569181;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478392;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr7 64452830 . C T 1782.35 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266423;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.632;QD=60.9351;RBI=0.0267119;REFB=0;REVB=0.00192747;RO=0;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42869e-05;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:117:0:0:117:117:1:54:63:0:0:54:63:0:0 chr7 64453136 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.182;QD=52.7695;RBI=0.0573499;REFB=0.0663113;REVB=0.0519021;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000248647;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:12:16:0:0:12:16:0:1 chr7 64453615 . T C 755.99 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638619;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9715;QD=57.0561;RBI=0.0511782;REFB=0;REVB=0.0507782;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045858;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr7 64453634 . G A 1048.6 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.463;QD=58.2557;RBI=0.032259;REFB=-0.120903;REVB=0.0267278;RO=0;SAF=44;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000244455;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:27:44:0:0:27:44:1:0 chr7 64863392 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00332662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.029;QD=16.0424;RBI=0.0187765;REFB=-0.0241885;REVB=-0.0184795;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114061;STB=0.574392;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0328898;OID=.;OPOS=64863392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:9:16:10:9:9:17 chr7 64864607 . G A 339.15 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00790154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.994;QD=17.8499;RBI=0.0182231;REFB=-0.0253234;REVB=-0.0164209;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880058;STB=0.549279;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0268998;OID=.;OPOS=64864607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:23:13:18:22:23:13:18:22 chr7 64864800 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0067843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1407;QD=21.5106;RBI=0.065708;REFB=0.0533015;REVB=0.0653568;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125134;STB=0.570392;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0281161;OID=.;OPOS=64864800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:6:9:8:10:6:9 chr7 64864912 . A C 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00251427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.246;QD=11.253;RBI=0.0170518;REFB=0.00926704;REVB=-0.0168654;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284261;STB=0.670319;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0162272;OID=.;OPOS=64864912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:4:8:3:5:4:8 chr7 64865118 . A G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0019311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.088;QD=18.8282;RBI=0.00813214;REFB=-0.00438146;REVB=-0.00789953;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038333;STB=0.521717;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00556564;OID=.;OPOS=64865118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:13:9:9:11:13:9 chr7 64865280 . G A 474.29 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0025629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.655;QD=14.9384;RBI=0.00841252;REFB=-0.00595462;REVB=-0.00801262;RO=74;SAF=26;SAR=27;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131052;STB=0.573445;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00890782;OID=.;OPOS=64865280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:27:26:27:47:27:26:27:47 chr7 64865881 . G C 68.68 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0373766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.66;QD=5.84471;RBI=0.0667327;REFB=-0.0183454;REVB=-0.0552833;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217659;STB=0.638043;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0442251;OID=.;OPOS=64865881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:5:5:12:25:5:5:12:25 chr7 65159983 . A G 107.66 PASS AF=0.35;AO=11;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0218296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.243;QD=10.7655;RBI=0.031133;REFB=-0.0277994;REVB=0.0221976;RO=25;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.459625;STB=0.54615;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0704165;OID=.;OPOS=65159983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:11:14:0.35:1:10:16:9:4:10:17:9 chr7 65279676 . A T 793.26 PASS AF=0.463687;AO=83;DP=179;FAO=83;FDP=179;FR=.;FRO=96;FSAF=53;FSAR=30;FSRF=63;FSRR=33;FWDB=0.000574543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.669;QD=17.7265;RBI=0.0322227;REFB=-0.037193;REVB=-0.0322176;RO=95;SAF=53;SAR=30;SRF=63;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259153;STB=0.510336;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0439892;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:95:96:83:83:0.463687:30:53:63:32:30:53:63:33 chr7 65279757 . A T 400.18 PASS AF=0.403361;AO=34;DP=115;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=0.0108463;FXX=0.0846089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.187;QD=13.4515;RBI=0.0324327;REFB=-0.0140559;REVB=0.0305653;RO=71;SAF=14;SAR=20;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300148;STB=0.567874;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0299986;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:119:71:71:34:48:0.403361:20:14:48:23:23:25:45:26 chr7 65425894 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00122851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7434;QD=21.4743;RBI=0.0217938;REFB=0.0111763;REVB=-0.0217591;RO=25;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552909;STB=0.530616;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00817191;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:25:31:31:0.553571:17:14:13:12:17:14:13:12 chr7 65552792 . A T 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.015088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.08;QD=25.7314;RBI=0.0153052;REFB=-0.0139103;REVB=-0.00256965;RO=18;SAF=5;SAR=21;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346534;STB=0.512186;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0110582;OID=.;OPOS=65552792;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:21:5:4:14:21:5:4:15 chr7 65557564 . C T 496.89 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0058531;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.887;QD=23.1109;RBI=0.0169958;REFB=-0.0122793;REVB=-0.0159561;RO=39;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580064;STB=0.531901;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0109644;OID=.;OPOS=65557564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:25:22:21:18:25:22:21:18 chr7 65842543 . C CAT 175.28 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00327286;FXX=0.0487686;HRUN=0;LEN=2;MLLD=215.527;QD=17.9777;RBI=0.0565774;REFB=0.00045517;REVB=0.0564827;RO=23;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367053;STB=0.714013;STBP=0.031;TYPE=ins;VARB=2.91063e-05;OID=.;OPOS=65842544;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:17:41:18:39:21:15:3:11:10:99:23:14:3:12:11 chr7 65842545 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0347362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3055;QD=17.0332;RBI=0.0407312;REFB=-0.0012701;REVB=-0.0212704;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393467;STB=0.728877;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=2.09815e-05;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:3:15:11:11:3:15:11:11 chr7 65860213 . T TAGAG 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.00811652;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=262.406;QD=14.6498;RBI=0.0126654;REFB=-0.00240184;REVB=-0.00972283;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885381;STB=0.550952;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.00509817;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:14:33:14:33:19:3:11:3:16:99:19:3:11:3:16 chr7 66015630 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.486;QD=48.7372;RBI=0.0368523;REFB=0;REVB=0.0276601;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346278;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 66104003 . C T 288.95 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00405517;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.428;QD=17.2508;RBI=0.00435168;REFB=-0.0187399;REVB=-0.00157884;RO=36;SAF=4;SAR=27;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28037;STB=0.608946;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0157252;OID=.;OPOS=66104003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:36:35:31:32:0.477612:27:4:11:25:27:5:10:25 chr7 66105163 . C G 770.84 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271057;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.39;QD=57.0995;RBI=0.0326953;REFB=0;REVB=-0.0182829;RO=0;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45146e-05;OID=.;OPOS=66105163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:40:14:0:0:40:14:0:0 chr7 66147057 . T C 1659.49 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.114;QD=60.3452;RBI=0.0504674;REFB=0;REVB=0.0229377;RO=0;SAF=48;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52354e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97314e-05;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:62:48:0:0:62:48:0:0 chr7 66147101 . G A 337.96 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00457534;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=168.953;QD=25.0338;RBI=0.00907338;REFB=-0.0317789;REVB=0.00783534;RO=17;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661981;STB=0.575712;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0083547;OID=.;OPOS=66147101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:21:33:33:0.611111:19:14:9:8:19:14:13:8 chr7 66147110 . C A 389.26 PASS AF=0.885714;AO=24;DP=28;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00961832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.632;QD=44.4868;RBI=0.0407911;REFB=-0.0272028;REVB=0.0396409;RO=4;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455365;STB=0.530367;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00961244;OID=.;OPOS=66147110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:28:35:4:4:24:31:0.885714:10:14:3:1:16:15:3:1 chr7 66147149 . A G 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.978;QD=46.3201;RBI=0.0326664;REFB=-0.0238565;REVB=0.0228934;RO=2;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336139;STB=0.518202;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00250652;OID=.;OPOS=66147149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:16:7:1:1:16:7:1:1 chr7 66147178 . C T 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00696747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8482;QD=24.191;RBI=0.0690441;REFB=-0.0255926;REVB=0.0686916;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385364;STB=0.559897;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0162649;OID=.;OPOS=66147178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:5:6:12:12:0.666667:8:4:2:3:8:4:3:3 chr7 66147656 . G C 426.97 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00052512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.919;QD=16.9098;RBI=0.000962206;REFB=-0.00883004;REVB=0.00080628;RO=55;SAF=11;SAR=35;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279494;STB=0.657366;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00866773;OID=.;OPOS=66147656;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:35:11:27:28:35:11:27:28 chr7 66147746 . C G 836.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0389331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7831;QD=55.7986;RBI=0.0619167;REFB=0.0944981;REVB=0.0481445;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00186776;OID=.;OPOS=66147746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:59:59:0.983333:28:31:0:0:28:31:1:0 chr7 66463938 . G A 453.39 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.379;QD=56.6741;RBI=0.0985288;REFB=0;REVB=0.0368889;RO=0;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174943;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:28:4:0:0:28:4:0:0 chr7 66648157 . C T 522.41 PASS AF=0.435115;AO=56;DP=130;FAO=57;FDP=131;FR=.;FRO=74;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0105811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0389;QD=15.9514;RBI=0.0125077;REFB=-0.000743839;REVB=-0.00666966;RO=73;SAF=23;SAR=33;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0567903;STB=0.522087;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00134719;OID=.;OPOS=66648157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:73:74:56:57:0.435115:33:23:34:39:33:24:34:40 chr7 66648199 . G A 332.56 PASS AF=0.366071;AO=42;DP=112;FAO=41;FDP=112;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0791986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6526;QD=11.8772;RBI=0.134724;REFB=0.00616879;REVB=0.108987;RO=68;SAF=15;SAR=27;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960328;STB=0.57337;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00729638;OID=.;OPOS=66648199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:68:71:42:41:0.366071:27:15:30:38:27:14:32:39 chr7 66703328 . G A 200.42 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0294393;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8034;QD=9.544;RBI=0.0455284;REFB=0.00736985;REVB=0.0347299;RO=58;SAF=15;SAR=11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706798;STB=0.529717;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0161808;OID=.;OPOS=66703328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:11:15:30:28:11:15:31:27 chr7 66774604 . G C 806.07 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220858;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.6;QD=57.5767;RBI=0.044676;REFB=0;REVB=0.038835;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190531;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr7 66785137 . C A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.000272755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4927;QD=14.6516;RBI=0.01369;REFB=-0.0068158;REVB=-0.0136873;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00536333;OID=.;OPOS=66785137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr7 66785634 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2886;QD=51.9163;RBI=0.0571653;REFB=0;REVB=-0.0138895;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131905;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr7 68527448 . C G 617.11 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508054;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.195;QD=61.711;RBI=0.0510116;REFB=0;REVB=0.00458203;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48374e-05;OID=.;OPOS=68527448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr7 68527466 . A G 169.22 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0530319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6157;QD=16.509;RBI=0.0568533;REFB=-0.0104396;REVB=-0.0204918;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512182;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00502239;OID=.;OPOS=68527466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:9:9:11:11:9:9:11:12 chr7 68527586 . C CG 123.83 PASS AF=1;AO=2;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0768957;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.9265;QD=41.2767;RBI=0.0797732;REFB=0;REVB=0.0212324;RO=11;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00119231;OID=.;OPOS=68527587;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:13:12:12:0:4:8:0:0:4:11:2:0:2:9 chr7 68527587 . A G 92.37 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0275851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.229;QD=30.7888;RBI=0.0277971;REFB=-0.158331;REVB=0.00342687;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292303;STB=0.666295;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00717052;OID=.;OPOS=68527587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:2:0:8:2:2:0 chr7 68796377 . G A 469.18 PASS AF=0.401515;AO=53;DP=132;FAO=53;FDP=132;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.00315282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.607;QD=14.2176;RBI=0.0172559;REFB=-0.0170909;REVB=-0.0169654;RO=79;SAF=26;SAR=27;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11064;STB=0.562316;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0238277;OID=.;OPOS=68796377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:79:79:53:53:0.401515:27:26:47:32:27:26:47:32 chr7 70597522 . C A,G 3005.81 PASS AF=0.958763,0.0412371;AO=182,8;DP=190;FAO=186,8;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=100,4;FSAR=86,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045354,0.0154358;FXX=0.00512794;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=55.252,14.1419;QD=61.9755;RBI=0.0756396,0.0399402;REFB=0,0;REVB=0.060534,-0.0368369;RO=0;SAF=98,4;SAR=84,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.1362e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000756747,0.149998;OID=.,.;OPOS=70597522,70597522;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:190:194:0:0:182,8:186,8:0.958763,0.0412371:84,4:98,4:0:0:86,4:100,4:0:0 chr7 71150706 . A T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9068;QD=58.1364;RBI=0.0711808;REFB=0;REVB=0.0636058;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110574;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 71248676 . C T 1229.63 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0239364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1792;QD=57.1919;RBI=0.0906572;REFB=-0.0794511;REVB=0.0874401;RO=4;SAF=46;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276637;STB=0.501117;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00338887;OID=.;OPOS=71248676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:4:2:82:84:0.976744:36:46:1:3:38:46:1:1 chr7 71252189 . A AG 178.86 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.5866;QD=39.7472;RBI=0.236067;REFB=0;REVB=-0.169229;RO=3;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00228154;OID=.;OPOS=71252190;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:19:18:18:0:7:11:0:0:3:3:5:10:1:2 chr7 71868287 . AG AC,ACG,A 271.81 PASS AF=0.25,0,0.75;AO=3,6,9;DP=33;FAO=8,0,24;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,16;FSAR=8,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095026,0.0424539,0.264272;FXX=0.0302939;HRUN=3,0,3;LEN=1,1,1;MLLD=25.3738,24.2039,10.4777;QD=33.9766;RBI=0.122424,0.0808513,0.676822;REFB=0,0,0;REVB=0.0771865,-0.0688084,0.623095;RO=11;SAF=0,0,9;SAR=3,6,0;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0.460204;SSEP=0,0,0.356912;SSSB=-0.657411,-0.75317,0.782597;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.123857,0,0.104346;OID=.,.,.;OPOS=71868288,71868288,71868288;OREF=G,-,G;OALT=C,C,-;OMAPALT=AC,ACG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.25,0,0.75:3,6,9:33:8,0,24:32:0:0,0,16:8,0,8:0:0:20:11:0,0,9:3,6,0:6:5 chr7 72081774 . A G 38.66 PASS AF=0.077381;AO=13;DP=168;FAO=13;FDP=168;FR=.;FRO=155;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=91;FSRR=64;FWDB=-0.0180966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.172;QD=0.920391;RBI=0.0195399;REFB=-0.00133884;REVB=0.00737024;RO=154;SAF=1;SAR=12;SRF=90;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544935;STB=0.93498;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0230433;OID=.;OPOS=72081774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:168:168:154:155:13:13:0.077381:12:1:90:64:12:1:91:64 chr7 72093957 . A G 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00181694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.358;QD=7.21164;RBI=0.0248784;REFB=-0.00982717;REVB=-0.0248119;RO=51;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199377;STB=0.605687;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0389936;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:51:53:19:19:0.263889:8:11:21:30:8:11:23:30 chr7 72178756 . C A 196.96 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0225136;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.512;QD=12.9154;RBI=0.0342796;REFB=-0.0149615;REVB=-0.02585;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257713;STB=0.647652;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0241391;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:14:23:9:15:14:23 chr7 72193864 . T C 224.77 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0421823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2825;QD=13.0304;RBI=0.0518453;REFB=-0.0145108;REVB=0.0301428;RO=42;SAF=13;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120607;STB=0.568934;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0267912;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:14:13:25:17:14:13:25:17 chr7 72193868 . G A 235.39 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00732757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.905;QD=13.2614;RBI=0.0095192;REFB=-0.019372;REVB=-0.00607634;RO=43;SAF=13;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147885;STB=0.584356;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0179577;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:15:13:26:17:15:13:26:17 chr7 72286028 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00486759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.7;QD=20.2683;RBI=0.00613173;REFB=-0.0134869;REVB=-0.00372889;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0141086;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:10:11:10:11:10:11 chr7 72418963 . T C 117.77 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0301658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9729;QD=7.36072;RBI=0.0370227;REFB=0.000182286;REVB=-0.021464;RO=45;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291313;STB=0.661014;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00365324;OID=.;OPOS=72418963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:45:47:17:17:0.265625:6:11:18:27:6:11:20:27 chr7 72717933 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0451269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9764;QD=23.6754;RBI=0.0452984;REFB=-0.010659;REVB=0.003938;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177992;STB=0.598869;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00758836;OID=.;OPOS=72717933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:10:11:12:4:10:11:12:4 chr7 72738749 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.796;QD=56.1914;RBI=0.0216728;REFB=0;REVB=0.0113704;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254864;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 72738762 . CA TG 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481804;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=134.253;QD=52.6132;RBI=0.0510716;REFB=0;REVB=0.0169398;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000634887;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr7 73020301 . T C 2140.65 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00749922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.893;QD=62.9602;RBI=0.00854417;REFB=0;REVB=-0.00409447;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27139e-06;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:136:136:1:69:67:0:0:69:67:0:0 chr7 73096993 . T C 149.35 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105787;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.681;QD=45.9528;RBI=0.0810864;REFB=0;REVB=0.0803934;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397242;OID=.;OPOS=73096993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 73097654 . C T 3327.06 PASS AF=0.964912;AO=222;DP=228;FAO=220;FDP=228;FR=.;FRO=8;FSAF=97;FSAR=123;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00128586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6706;QD=58.3694;RBI=0.013824;REFB=-0.0073038;REVB=0.013764;RO=3;SAF=99;SAR=123;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0028955;STB=0.510969;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000783475;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:228:228:3:8:222:220:0.964912:123:99:1:2:123:97:6:2 chr7 73117765 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.952;QD=48.735;RBI=0.0238813;REFB=0;REVB=-0.0202002;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78353e-05;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr7 73122923 . A G 820.23 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425381;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.94;QD=57.5599;RBI=0.0431679;REFB=0;REVB=0.00734719;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105686;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:27:30:0:0 chr7 73147068 . G A 281.25 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0358892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.029;QD=21.2266;RBI=0.0420646;REFB=-0.0066009;REVB=-0.0219407;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171933;STB=0.520625;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00639367;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:29:29:0.54717:17:12:10:13:17:12:11:13 chr7 73150482 . C T 261.17 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0244469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2801;QD=14.7136;RBI=0.0312367;REFB=-0.011671;REVB=-0.0194444;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514901;STB=0.501886;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0433378;OID=.;OPOS=73150482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:41:30:30:0.422535:16:14:18:21:16:14:19:22 chr7 73151644 . A G 134.21 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00734455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.864;QD=16.2677;RBI=0.0288321;REFB=-0.012547;REVB=-0.027881;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058016;STB=0.548323;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0116619;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:18:15:15:0.454545:8:7:9:8:8:7:10:8 chr7 73246461 . A G 306.87 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0060199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.53;QD=18.0512;RBI=0.00764219;REFB=-0.0259466;REVB=0.00470784;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133333;STB=0.574423;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0391088;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:18:15:21:14:18:15:21:14 chr7 73246496 . C T 430.97 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00405835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.726;QD=14.7339;RBI=0.0310319;REFB=-0.0129797;REVB=0.0307653;RO=67;SAF=22;SAR=27;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136177;STB=0.580411;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0130751;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:49:49:0.418803:27:22:39:28:27:22:40:28 chr7 73246555 . C G 491.8 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=136;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.014663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.62;QD=14.255;RBI=0.0146782;REFB=-0.0216438;REVB=0.000668496;RO=80;SAF=23;SAR=32;SRF=48;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189934;STB=0.616625;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0353161;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:80:83:55:55:0.398551:32:23:48:32:32:23:51:32 chr7 73249165 . T A 263.51 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0561133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9641;QD=17.5673;RBI=0.0576396;REFB=-0.0128322;REVB=0.0131764;RO=31;SAF=8;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212713;STB=0.619938;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0141584;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:21:8:15:16:21:8:15:16 chr7 73249299 . G C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.000430754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.689;QD=12.0207;RBI=0.000892569;REFB=-0.0105918;REVB=0.000781749;RO=25;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244899;STB=0.646828;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.019567;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:11:3:10:15:11:3:10:15 chr7 73254812 . T C 178.73 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0259966;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5874;QD=17.4375;RBI=0.0273259;REFB=-0.0432948;REVB=0.00841935;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242709;STB=0.684874;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0129556;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:22:18:19:0.463415:10:8:3:14:10:9:3:19 chr7 73275565 . T A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0259939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.598;QD=17.377;RBI=0.0292725;REFB=-0.019788;REVB=0.013461;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153845;STB=0.567442;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0151549;OID=.;OPOS=73275565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:9:10:11:11:0.52381:4:7:4:5:4:7:5:5 chr7 73279482 . T C 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00113119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.705;QD=5.00557;RBI=0.0299476;REFB=-0.0175197;REVB=-0.0299262;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161628;STB=0.606802;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0548195;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:3:3:8:14:3:3:8:14 chr7 73280020 . C T 224.6 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0481113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.551;QD=20.4185;RBI=0.0481946;REFB=-0.0285402;REVB=0.0028335;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.522707;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0296489;OID=.;OPOS=73280020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:11:11:12:10:11:11:12:10 chr7 73535310 . GC CG 31.12 PASS AF=0.114583;AO=15;DP=100;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=-0.0481152;FXX=0.0679546;HRUN=1;LEN=2;MLLD=78.0144;QD=1.29656;RBI=0.0590799;REFB=-0.00778311;REVB=-0.0342836;RO=74;SAF=12;SAR=3;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266782;STB=0.593706;STBP=0.558;TYPE=mnp;VARB=0.0957996;OID=.;OPOS=73535310;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:100:96:74:85:15:11:0.114583:3:12:46:28:3:8:54:31 chr7 73814749 . G C 2346.6 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4249;QD=62.9961;RBI=0.136453;REFB=0;REVB=-0.0183586;RO=1;SAF=74;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560374;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:149:1:0:136:149:1:62:74:1:0:62:87:0:0 chr7 73944185 . T C 447.69 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.041;QD=57.7663;RBI=0.0584389;REFB=0;REVB=0.0582956;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181232;OID=.;OPOS=73944185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:10:19:0:0:11:20:0:0 chr7 73949411 . T C 784.36 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.886;QD=57.0443;RBI=0.038654;REFB=0;REVB=-0.00901806;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144978;OID=.;OPOS=73949411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr7 73969541 . A G 289.01 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.661;QD=52.5467;RBI=0.00962518;REFB=0;REVB=0.00764731;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115087;OID=.;OPOS=73969541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr7 73969564 . C T 150.61 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103533;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0334;QD=46.3426;RBI=0.0341065;REFB=0;REVB=-0.0324971;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146059;OID=.;OPOS=73969564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr7 74193668 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.323;QD=52.613;RBI=0.0310591;REFB=0;REVB=0.0120223;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183069;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr7 74197598 . T A 49.71 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.184179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.635;QD=33.1411;RBI=0.184196;REFB=0;REVB=0.00250871;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00635367;OID=.;OPOS=74197598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 75051290 . C G 32.5 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0438619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.856;QD=2.70861;RBI=0.047505;REFB=-0.0221984;REVB=-0.0182444;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465008;STB=0.843481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0773557;OID=.;OPOS=75051290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:5:1:24:18:5:1:24:18 chr7 75051311 . T C 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0419482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.698;QD=2.28096;RBI=0.0419606;REFB=-0.0106474;REVB=-0.00102051;RO=47;SAF=1;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408002;STB=0.821686;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0571472;OID=.;OPOS=75051311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:54:47:48:6:6:0.111111:5:1:24:23:5:1:25:23 chr7 75130792 . T C 54.33 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0408024;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3352;QD=4.72437;RBI=0.0418629;REFB=-0.0237593;REVB=-0.0093631;RO=34;SAF=6;SAR=3;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193865;STB=0.642591;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0581962;OID=.;OPOS=75130792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:47:46:34:37:9:9:0.195652:3:6:27:7:3:6:30:7 chr7 75145495 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6507;QD=37.4869;RBI=0.0216554;REFB=0;REVB=-0.0156899;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00234735;OID=.;OPOS=75145495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 75211414 . A G 323.95 PASS AF=0.454545;AO=32;DP=74;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0174079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.08;QD=16.8284;RBI=0.041593;REFB=-0.0316432;REVB=0.0377749;RO=41;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139711;STB=0.572444;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.041722;OID=.;OPOS=75211414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:41:42:32:35:0.454545:17:15:25:16:18:17:26:16 chr7 75401418 . G A 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0417347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.916;QD=11.5711;RBI=0.0418087;REFB=-0.0138967;REVB=-0.00248713;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0263784;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:12:12:20:21:12:12:21:21 chr7 75441111 . G T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0114891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.553;QD=17.2298;RBI=0.0381048;REFB=-0.0138912;REVB=0.0363315;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.010903;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr7 75442730 . T G 491.82 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0472905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6809;QD=22.6126;RBI=0.0475708;REFB=-0.0435114;REVB=-0.00515664;RO=39;SAF=25;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157839;STB=0.5147;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0446534;OID=.;OPOS=75442730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:40:47:47:0.54023:22:25:20:19:22:25:20:20 chr7 75513062 . A G 824.39 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0583951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.273;QD=53.1866;RBI=0.0617558;REFB=-0.12097;REVB=0.0200944;RO=2;SAF=25;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362549;STB=0.519224;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00262647;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:62:2:2:59:60:0.967742:34:25:2:0:35:25:2:0 chr7 75609848 . G A 469.53 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.00631378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3484;QD=17.5525;RBI=0.0369781;REFB=-0.00667687;REVB=0.0364351;RO=55;SAF=16;SAR=35;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528756;STB=0.536217;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00668848;OID=.;OPOS=75609848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:55:56:51:51:0.476636:35:16:20:35:35:16:21:35 chr7 75614264 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00160985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.764;QD=11.9197;RBI=0.0349901;REFB=-0.0336854;REVB=-0.0349531;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0283108;OID=.;OPOS=75614264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:6:3:1:6:6:3 chr7 75614953 . T C 1182.62 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3371;QD=59.1308;RBI=0.052664;REFB=0.020573;REVB=0.0507813;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-9.13594e-05;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:80:0:1:76:79:0.9875:47:29:0:0:48:31:1:0 chr7 75615006 . C T 821.1 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=63;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0922176;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.023;QD=52.9743;RBI=0.0922284;REFB=0.0075033;REVB=0.00141287;RO=3;SAF=22;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452884;STB=0.502876;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=4.91493e-05;OID=.;OPOS=75615006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:63:62:3:3:58:59:0.951613:36:22:1:2:36:23:1:2 chr7 75615043 . C T 249.98 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.13552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.722;QD=17.5425;RBI=0.135582;REFB=-0.00978504;REVB=0.00409018;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094273;STB=0.561583;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00881394;OID=.;OPOS=75615043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:15:12:10:19:15:13:10:19 chr7 75621827 . A G 807.22 PASS AF=0.967213;AO=56;DP=58;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00841963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.662;QD=52.9328;RBI=0.0421496;REFB=0.0395582;REVB=0.0413001;RO=2;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428023;STB=0.52272;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=9.35489e-05;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:61:2:2:56:59:0.967213:21:35:0:2:21:38:0:2 chr7 75629778 . T C 752.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.415;QD=56.8294;RBI=0.0433715;REFB=0;REVB=0.0378966;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91371e-05;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:15:36:0:0:15:38:0:0 chr7 75677504 . C T 747.18 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.129715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7716;QD=53.3697;RBI=0.130587;REFB=-0.0819304;REVB=0.0150667;RO=1;SAF=14;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324675;STB=0.516123;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00626065;OID=.;OPOS=75677504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:1:1:54:55:0.982143:40:14:1:0:40:15:1:0 chr7 75716765 . C T 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0089972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.165;QD=2.28091;RBI=0.0220796;REFB=-0.0087389;REVB=-0.0201633;RO=47;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460472;STB=0.851828;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0345419;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:47:48:6:6:0.111111:1:5:20:27:1:5:20:28 chr7 75716781 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.147;QD=57.5452;RBI=0.0720345;REFB=0;REVB=0.0663319;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028312;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr7 75914934 . G GC 1095.25 PASS AF=1;AO=106;DP=132;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0688848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.5099;QD=33.7001;RBI=0.279006;REFB=0;REVB=0.270369;RO=21;SAF=70;SAR=36;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00213484;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:132:130:130:0:78:52:0:0:24:21:70:36:6:15 chr7 75959188 . G A 58.89 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0186067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.5;QD=14.7231;RBI=0.0268198;REFB=-0.0181195;REVB=0.0193156;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0239852;OID=.;OPOS=75959188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:15:16:8:8:7:8:0.5:3:4:5:3:4:4:5:3 chr7 76029673 . G A 403.56 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=104;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0449369;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.06;QD=15.6723;RBI=0.103458;REFB=-0.0385071;REVB=0.0931888;RO=58;SAF=25;SAR=20;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066842;STB=0.549528;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0498114;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:57:45:46:0.446602:20:25:36:22:21:25:36:21 chr7 76069811 . T C 146.66 PASS AF=0.272727;AO=20;DP=76;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.00821859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.666;QD=7.61845;RBI=0.0235843;REFB=-0.0220985;REVB=-0.0221059;RO=55;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815085;STB=0.539963;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0551145;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:55:56:20:21:0.272727:13:7:16:39:14:7:16:40 chr7 76112060 . C T 164.98 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00863399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.641;QD=14.998;RBI=0.0162918;REFB=-0.0243033;REVB=0.0138159;RO=26;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196745;STB=0.624858;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0354559;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:26:17:18:0.409091:11:6:14:12:12:6:14:12 chr7 76131645 . A G 772.64 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00500012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.922;QD=61.8115;RBI=0.0167561;REFB=-0.11779;REVB=-0.0159926;RO=1;SAF=36;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012896;STB=0.506847;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.000914253;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:13:36:1:0:13:36:1:0 chr7 76131650 . G A 222.68 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=-0.0111565;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.356;QD=17.4654;RBI=0.0136421;REFB=0.00295917;REVB=0.00785103;RO=27;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276497;STB=0.6536;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00312659;OID=.;OPOS=76131650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:10:14:23:4:10:14:23:4 chr7 76131695 . A G 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.774;QD=58.0584;RBI=0.0216774;REFB=0;REVB=-0.00330473;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58747e-05;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr7 76132898 . T C 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0931644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.444;QD=4.46122;RBI=0.0953466;REFB=-0.0111568;REVB=-0.0202826;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265819;STB=0.680256;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0388852;OID=.;OPOS=76132898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:11:14:2:4:11:14 chr7 76135134 . G A 118.13 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=32;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0314425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2231;QD=13.5002;RBI=0.0777894;REFB=-0.0159502;REVB=0.0711517;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105621;STB=0.613486;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0292447;OID=.;OPOS=76135134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:20:20:12:15:0.428571:6:6:12:8:9:6:12:8 chr7 76140023 . G A 77.62 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.011746;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.732;QD=12.4196;RBI=0.0375799;REFB=-0.0228792;REVB=0.035697;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286058;STB=0.679686;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0223672;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:14:15:10:10:0.4:5:5:11:3:5:5:12:3 chr7 76140186 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00956643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.545;QD=13.3343;RBI=0.0120624;REFB=-0.019783;REVB=0.00734752;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869578;STB=0.546727;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0327986;OID=.;OPOS=76140186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:14:12:14:23:14:12:15:24 chr7 76144455 . A C 468.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524697;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.447;QD=58.6062;RBI=0.0101144;REFB=0;REVB=0.00864704;RO=0;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63301e-05;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:28:4:0:0:28:4:0:0 chr7 76144483 . A G 93.33 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0563968;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9037;QD=17.7763;RBI=0.0565177;REFB=0.00468485;REVB=-0.00369475;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.545376;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00151221;OID=.;OPOS=76144483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:21:21:9:10:11:11:0.52381:8:3:2:7:8:3:2:8 chr7 76144560 . T C 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.411;QD=42.1717;RBI=0.124449;REFB=0;REVB=-0.0130513;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119181;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr7 76240888 . A G 204.26 PASS AF=0.265487;AO=30;DP=113;FAO=30;FDP=113;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.0441723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.479;QD=7.23051;RBI=0.0443035;REFB=-0.00270224;REVB=0.00340629;RO=83;SAF=18;SAR=12;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307972;STB=0.501844;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00708269;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:83:30:30:0.265487:12:18:50:33:12:18:50:33 chr7 76891485 . A G 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00433299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.273;QD=11.6171;RBI=0.00505982;REFB=-0.00591596;REVB=-0.00261283;RO=34;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873671;STB=0.551048;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0109846;OID=.;OPOS=76891485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:8:11:17:17:8:11:17:17 chr7 76984572 . G A 707.9 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.539;QD=62.9242;RBI=0.0510915;REFB=0;REVB=0.022884;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369905;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr7 76990178 . C G 530.2 PASS AF=0.525773;AO=50;DP=94;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00654469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.985;QD=21.8638;RBI=0.0213283;REFB=-0.0328978;REVB=-0.0202993;RO=44;SAF=19;SAR=31;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00572871;STB=0.510338;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0312519;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:44:46:50:51:0.525773:31:19:17:27:31:20:19:27 chr7 76991935 . C T 118.36 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0341397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4512;QD=12.4594;RBI=0.0423619;REFB=0.00683134;REVB=-0.0250802;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386799;STB=0.734966;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0270623;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:24:14:14:0.368421:4:10:7:14:4:10:8:16 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG 89.22 PASS AF=0.263158,0.0526316;AO=7,2;DP=39;FAO=10,2;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=3,1;FSAR=7,1;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.02045,0.0394053;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=222.285,81.7042;QD=9.39126;RBI=0.0227174,0.0432273;REFB=-0.00863287,-0.00699451;REVB=-0.00989342,-0.0177714;RO=26;SAF=3,1;SAR=4,1;SRF=7;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.205924,0.233393;STB=0.526974,0.712546;STBP=0.909,0.737;TYPE=del,snp;VARB=0.026556,0.00399512;OID=.,.;OPOS=77010683,77010686;OREF=AAAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0.0526316:7,2:39:10,2:38:26:3,1:7,1:7:19:74:26:3,1:4,1:7:19 chr7 77033937 . A G 150.32 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0108066;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=282.119;QD=9.85708;RBI=0.0119561;REFB=-0.00513192;REVB=-0.00511519;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153739;STB=0.590077;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00890519;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:10:10:15:26:10:10:15:26 chr7 77035392 . T C 526.82 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.712;QD=58.5355;RBI=0.0805397;REFB=0;REVB=0.0377755;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137544;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr7 77200392 . A T 230.36 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.018797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4624;QD=18.805;RBI=0.0732328;REFB=0.0084275;REVB=0.0707793;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879897;STB=0.558932;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00601765;OID=.;OPOS=77200392;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:9:13:13:13:9:14:13:13 chr7 77247821 . G A 888.58 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0331614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3059;QD=56.4175;RBI=0.0423972;REFB=-0.0536003;REVB=-0.0264167;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171646;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000687987;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:0:1:27:35:0:1 chr7 77256672 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0100704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.539;QD=22.9576;RBI=0.0338212;REFB=0.00701591;REVB=0.0322871;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00547769;OID=.;OPOS=77256672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:6:5:10:6:6:5 chr7 77365770 . A G 147.68 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.634;QD=36.9194;RBI=0.039477;REFB=-0.0836675;REVB=0.00632975;RO=1;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698108;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00693999;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:1:2:14:14:0.875:6:8:0:1:6:8:0:2 chr7 77408326 . A G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00996936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.876;QD=13.486;RBI=0.0238869;REFB=-0.00366333;REVB=0.0217071;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.652961;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00538661;OID=.;OPOS=77408326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:5:6:7:2:5:6 chr7 77423574 . G A 902.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.765;QD=58.2174;RBI=0.0269419;REFB=0;REVB=0.0265781;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14542e-05;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:38:24:0:0:38:24:0:0 chr7 77525199 . T C 975.36 PASS AF=0.898734;AO=68;DP=80;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0216865;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.692;QD=49.3854;RBI=0.0369562;REFB=-0.128196;REVB=0.0299242;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154939;STB=0.55554;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00708916;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:80:79:1:8:68:71:0.898734:30:38:0:1:32:39:0:8 chr7 77531113 . T C 878.74 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=173;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0162131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7788;QD=20.3177;RBI=0.0177769;REFB=0.0120099;REVB=-0.00729059;RO=85;SAF=44;SAR=44;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895197;STB=0.549122;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0115835;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:85:85:88:88:0.508671:44:44:34:51:44:44:34:51 chr7 77552127 . G A 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00133798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.37;QD=19.1091;RBI=0.0342269;REFB=-0.0275803;REVB=-0.0342007;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149125;STB=0.583388;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0213971;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:11:15:11:16:11:15 chr7 77756580 . T C 708.43 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00846516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.094;QD=62.9716;RBI=0.0189585;REFB=0;REVB=0.0169637;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42128e-05;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr7 77756724 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.335;QD=58.9627;RBI=0.0298117;REFB=0;REVB=0.0121918;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68183e-05;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:34:32:0:0:34:32:0:0 chr7 79842157 . T C 190.62 PASS AF=0.558824;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.054872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.588;QD=22.4254;RBI=0.0552241;REFB=-0.0311942;REVB=-0.00622627;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.509544;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0284218;OID=.;OPOS=79842157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:14:15:17:19:0.558824:10:7:8:6:8:11:9:6 chr7 80374342 . A G 1706.43 PASS AF=0.974576;AO=114;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00667305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1865;QD=57.845;RBI=0.00678866;REFB=0.0126178;REVB=0.00124753;RO=2;SAF=50;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204027;STB=0.502625;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=2.401e-05;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:2:3:114:115:0.974576:64:50:1:1:65:50:1:2 chr7 80374438 . T C,G 1453.94 PASS AF=0.95098,0.0392157;AO=96,4;DP=101;FAO=97,4;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=49,2;FSAR=48,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164287,-0.0119852;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.447,69.217;QD=57.0172;RBI=0.0257954,0.0451383;REFB=0.0649428,-0.0077454;REVB=-0.0198873,-0.0435181;RO=1;SAF=48,2;SAR=48,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00977764,0.166656;STB=0.505154,0.599516;STBP=0.537,0.523;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0019927,0.0583346;OID=.,.;OPOS=80374438,80374438;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:101:102:1:1:96,4:97,4:0.95098,0.0392157:48,2:48,2:0:1:48,2:49,2:0:1 chr7 80378319 . G C 1573.28 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.478;QD=58.8143;RBI=0.0252186;REFB=-0.0115427;REVB=-0.0152952;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=3.50842e-05;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:54:52:0:0:54:52:1:0 chr7 80387766 . C T 392.08 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0254049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8957;QD=19.3618;RBI=0.032393;REFB=0.00106073;REVB=-0.0200971;RO=41;SAF=15;SAR=25;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583554;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.00122704;OID=.;OPOS=80387766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:25:15:22:19:25:15:22:19 chr7 80418689 . A G 476.5 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.0180841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3986;QD=19.4491;RBI=0.0257;REFB=-0.00681308;REVB=0.0182608;RO=51;SAF=29;SAR=18;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00906461;STB=0.505039;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00831898;OID=.;OPOS=80418689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:47:47:0.479592:18:29:31:20:18:29:31:20 chr7 80466586 . T C 515.54 PASS AF=0.458333;AO=55;DP=121;FAO=55;FDP=120;FR=.;FRO=65;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00840783;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.279;QD=17.1846;RBI=0.0116335;REFB=-0.00839756;REVB=0.00804027;RO=63;SAF=37;SAR=18;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152311;STB=0.606672;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0109878;OID=.;OPOS=80466586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:63:65:55:55:0.458333:18:37:33:30:17:38:33:32 chr7 80962963 . A T 3797.54 PASS AF=0.988048;AO=247;DP=251;FAO=248;FDP=251;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=144;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00094805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.336;QD=60.5185;RBI=0.00590742;REFB=0.0107523;REVB=0.00583085;RO=1;SAF=103;SAR=144;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460525;STB=0.501056;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=3.88469e-05;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:251:251:1:3:247:248:0.988048:144:103:1:0:144:104:1:2 chr7 82435033 . C T 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00537865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.662;QD=18.902;RBI=0.0166375;REFB=-0.0263047;REVB=0.0157441;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531821;STB=0.529599;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0277221;OID=.;OPOS=82435033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:18:16:14:20:18:16:14:20 chr7 82453708 . A C 388.22 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00384353;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.248;QD=18.0566;RBI=0.00836624;REFB=-0.0249087;REVB=0.00743109;RO=45;SAF=25;SAR=15;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213882;STB=0.613978;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0358264;OID=.;OPOS=82453708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:45:46:40:40:0.465116:15:25:18:27:15:25:19:27 chr7 82455895 . A G 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00277106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.508;QD=12.07;RBI=0.00378597;REFB=-0.00185704;REVB=0.00257969;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666947;STB=0.538432;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00346886;OID=.;OPOS=82455895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:21:23:12:14:21:23 chr7 82581488 . T TCA,TTCA 522.29 PASS AF=0,0.829787;AO=7,32;DP=49;FAO=0,39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=0,15;FSAR=0,24;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0267219,-0.0117614;FXX=0.020829;HRUN=1,5;LEN=2,3;MLLD=277.581,288.754;QD=44.4499;RBI=0.0280137,0.0144386;REFB=-0.0229131,-0.0238863;REVB=0.00840883,0.00837509;RO=10;SAF=4,11;SAR=3,21;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0283636,-0.119417;STB=0.5,0.520537;STBP=1,0.566;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0088396,0.00475301;OID=.,.;OPOS=82581489,82581489;OREF=-,-;OALT=CA,TCA;OMAPALT=TCA,TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.829787:7,32:49:0,39:47:8:0,15:0,24:4:4:47:10:4,11:3,21:6:4 chr7 82764425 . C G 691.28 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181449;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.481;QD=62.8433;RBI=0.030362;REFB=0;REVB=0.0243437;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11525e-05;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:41:44:1:20:21:0:0:22:22:0:0 chr7 82784832 . C G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000430188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9466;QD=47.8207;RBI=0.0250761;REFB=0;REVB=0.0250724;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000844817;OID=.;OPOS=82784832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr7 83023587 . TAC T 579.93 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267495;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.684;QD=61.045;RBI=0.107651;REFB=0;REVB=0.104275;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000557863;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:38:38:38:0:12:26:0:0:3:0:9:22:0:0 chr7 83029438 . C T 1208.75 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.002887;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.395;QD=57.5593;RBI=0.00397831;REFB=-0.0768841;REVB=-0.00273718;RO=1;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137227;STB=0.50317;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00697795;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:84:1:3:81:81:0.964286:47:34:1:0:47:34:1:2 chr7 83034754 . T A 996.81 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.464;QD=58.6361;RBI=0.00809526;REFB=0;REVB=0.00791794;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100044;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:1:0:63:68:1:37:26:0:1:40:28:0:0 chr7 83037751 . C A 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8308;QD=64.1519;RBI=0.0716727;REFB=0;REVB=0.0575195;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134015;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr7 83590852 . T C 269.39 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00485781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5093;QD=18.9048;RBI=0.0173406;REFB=0.0035851;REVB=-0.0166462;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139034;STB=0.577616;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00351626;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:16:12:17:12:16:12 chr7 83606518 . G A 880.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.727;QD=57.7628;RBI=0.0570887;REFB=0;REVB=0.00890716;RO=0;SAF=10;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241049;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:49:10:0:0:49:12:0:0 chr7 83610726 . C G 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00350801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.746;QD=18.034;RBI=0.00544713;REFB=-0.00908781;REVB=-0.00416715;RO=44;SAF=25;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180916;STB=0.601213;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00708319;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:14:25:20:24:14:25:20:24 chr7 84628989 . T G 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0064895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.341;QD=16.3236;RBI=0.0170555;REFB=-0.0239648;REVB=-0.0157727;RO=46;SAF=16;SAR=22;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779067;STB=0.539195;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0357077;OID=.;OPOS=84628989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:49:38:38:0.436782:22:16:23:23:22:16:24:25 chr7 86415987 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0438755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9414;QD=11.0914;RBI=0.0721447;REFB=-0.0161765;REVB=0.0572695;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0307115;OID=.;OPOS=86415987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr7 86800351 . A G 851.79 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451324;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.864;QD=57.7486;RBI=0.0477137;REFB=0;REVB=-0.015481;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.77362e-05;OID=.;OPOS=86800351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:31:28:0:0 chr7 87079406 . T A 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0112668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.208;QD=16.0718;RBI=0.0137572;REFB=-0.0136144;REVB=0.00789441;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086808;STB=0.504893;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0147053;OID=.;OPOS=87079406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:19:16:13:16:19:16 chr7 87092185 . G A 332.69 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0326732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.642;QD=26.6152;RBI=0.043951;REFB=0.00368174;REVB=-0.0293964;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969669;STB=0.505356;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00264386;OID=.;OPOS=87092185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:19:10:7:14:19:10:7:14 chr7 87138645 . A G 1486.38 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114829;FXX=0.0412329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9616;QD=63.9303;RBI=0.0198128;REFB=0;REVB=0.0161459;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121745;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr7 87160618 . A C 710.15 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.004313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.169;QD=54.6268;RBI=0.0174634;REFB=-0.0621463;REVB=0.0169225;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000757636;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:0:1:19:32:0:1 chr7 87179601 . A G 317.18 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00605201;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.332;QD=25.8925;RBI=0.0177148;REFB=-0.0196458;REVB=0.0166489;RO=21;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158016;STB=0.570417;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0154467;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:21:27:28:0.571429:20:7:9:12:20:8:9:12 chr7 87229501 . T C 656.13 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0944875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5544;QD=51.461;RBI=0.100425;REFB=-0.158174;REVB=-0.0340204;RO=3;SAF=10;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206477;STB=0.517484;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00608464;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:3:2:48:49:0.960784:38:10:1:2:39:10:1:1 chr7 87473102 . CA C 52.93 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0159125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.318;QD=7.05752;RBI=0.0428073;REFB=-0.0063495;REVB=-0.0397399;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.592984;STBP=0.584;TYPE=del;VARB=0.0128853;OID=.;OPOS=87473103;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:8:30:8:30:22:5:3:11:11:52:21:5:3:11:10 chr7 87564179 . G C 140.9 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00693108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5176;QD=12.8088;RBI=0.134934;REFB=-0.0327811;REVB=-0.134756;RO=25;SAF=13;SAR=3;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838992;STB=0.590785;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0479419;OID=.;OPOS=87564179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:25:28:16:16:0.363636:3:13:19:6:3:13:20:8 chr7 87564277 . A C 460.56 PASS AF=0.484848;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=38;FWDB=0.0217616;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.381;QD=18.6083;RBI=0.0235469;REFB=-0.0063071;REVB=-0.00899368;RO=47;SAF=16;SAR=32;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104174;STB=0.546856;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00955946;OID=.;OPOS=87564277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:47:51:48:48:0.484848:32:16:11:36:32:16:13:38 chr7 87913361 . C T 804.09 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1063;QD=64.3272;RBI=0.0929868;REFB=0;REVB=0.0162691;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138192;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr7 88424115 . C G 431.09 PASS AF=0.444444;AO=47;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0108484;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1533;QD=15.9661;RBI=0.0198261;REFB=-0.0140671;REVB=-0.0165948;RO=60;SAF=20;SAR=27;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917851;STB=0.544168;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0179128;OID=.;OPOS=88424115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:47:48:0.444444:27:20:31:29:27:21:31:29 chr7 88424291 . C T 54.47 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00763992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.782;QD=10.8937;RBI=0.0138619;REFB=-0.00904765;REVB=-0.0115665;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137104;STB=0.587912;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0334806;OID=.;OPOS=88424291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:20:20:12:12:6:6:0.3:1:5:9:3:1:5:9:3 chr7 88956699 . A G 3240.95 PASS AF=0.99061;AO=207;DP=209;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=103;FSAR=108;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0349216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.825;QD=60.8628;RBI=0.060648;REFB=-0.0812988;REVB=0.0495849;RO=2;SAF=101;SAR=106;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000220351;STB=0.500111;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000995775;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:209:213:2:2:207:211:0.99061:106:101:1:1:108:103:1:1 chr7 88964000 . C T 323.63 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.427;QD=53.9378;RBI=0.054556;REFB=0;REVB=0.015228;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256273;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr7 88964196 . T A 730.05 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.276;QD=59.5958;RBI=0.0364112;REFB=0.0443479;REVB=0.0304567;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.50746;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-3.47993e-05;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:32:15:0:1:33:15:0:1 chr7 89797144 . G T 1866.52 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262524;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.057;QD=61.7032;RBI=0.0342026;REFB=0;REVB=0.0219233;RO=0;SAF=90;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011934;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:121:0:0:121:121:1:31:90:0:0:31:90:0:0 chr7 89854446 . T G 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00773179;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=161.083;QD=20.0948;RBI=0.00788889;REFB=-0.00560498;REVB=0.00156653;RO=40;SAF=18;SAR=23;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120879;STB=0.567015;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00634502;OID=.;OPOS=89854446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:23:18:23:17:23:18:23:17 chr7 89856453 . A G 429.25 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0640504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2511;QD=20.1999;RBI=0.0680762;REFB=-0.0101169;REVB=-0.0230631;RO=41;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258092;STB=0.507039;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0118874;OID=.;OPOS=89856453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:25:18:16:25:25:18:17:25 chr7 89856608 . C T 400.04 PASS AF=0.435644;AO=43;DP=101;FAO=44;FDP=101;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.0700772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.453;QD=15.8432;RBI=0.07293;REFB=-0.00754339;REVB=-0.0201985;RO=57;SAF=22;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917301;STB=0.544534;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00930173;OID=.;OPOS=89856608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:57:43:44:0.435644:21:22:24:33:22:22:24:33 chr7 89861832 . G A 166.73 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0070263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.576;QD=18.0253;RBI=0.00850715;REFB=-0.0258;REVB=0.00479612;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155199;STB=0.568786;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0292444;OID=.;OPOS=89861832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:19:17:18:0.486486:10:7:10:7:10:8:11:8 chr7 89861890 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.5568;QD=42.1826;RBI=0.0484829;REFB=0;REVB=0.0145931;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361518;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 89867446 . T TCTG 211.56 PASS AF=0.287129;AO=28;DP=114;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0101822;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.043;QD=8.37861;RBI=0.0148471;REFB=-0.0223553;REVB=0.0108054;RO=82;SAF=16;SAR=12;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645701;STB=0.518401;STBP=0.839;TYPE=ins;VARB=0.0521856;OID=.;OPOS=89867447;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287129:28:114:29:101:72:17:12:44:28:99:82:16:12:51:31 chr7 89881239 . G C 287.86 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00426832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.234;QD=18.5714;RBI=0.0343664;REFB=-0.00235657;REVB=-0.0341003;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736561;STB=0.534499;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00260517;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:20:11:13:17:20:11:13:18 chr7 89906609 . C T 456.3 PASS AF=0.646154;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=65;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00525055;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.7;QD=28.0798;RBI=0.00565352;REFB=0.00623758;REVB=-0.00209618;RO=23;SAF=21;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706391;STB=0.538443;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.00355474;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:65:23:23:42:42:0.646154:21:21:9:14:21:21:9:14 chr7 89912301 . G A 487.14 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202004;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7355;QD=59.0471;RBI=0.0178399;REFB=0;REVB=-0.0177251;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240492;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr7 89938588 . C G 820.32 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0142;QD=55.6147;RBI=0.0570914;REFB=-0.00935127;REVB=0.050544;RO=2;SAF=33;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277265;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00363844;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:2:1:57:58:0.983051:24:33:2:0:24:34:1:0 chr7 89938680 . C T 161.5 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.00345973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.692;QD=10.5905;RBI=0.00408301;REFB=-0.00512382;REVB=-0.00216824;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108286;STB=0.56332;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.011476;OID=.;OPOS=89938680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:9:12:19:21:9:12:19:21 chr7 89983808 . T G 564.23 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.138;QD=59.3921;RBI=0.0228548;REFB=0;REVB=0.0187831;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36464e-05;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr7 89984409 . A G 679.38 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139118;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.475;QD=60.389;RBI=0.034311;REFB=-0.132107;REVB=0.0313641;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000960374;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:45:1:1:44:44:0.977778:22:22:0:1:22:22:0:1 chr7 90042857 . G T 446.19 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9237;QD=57.573;RBI=0.0270413;REFB=0;REVB=0.000705754;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437888;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr7 90043182 . A G 1026.28 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.327;QD=59.4942;RBI=0.0250113;REFB=0;REVB=0.00279284;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105538;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr7 90043304 . C T 789.51 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202019;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.881;QD=64.4495;RBI=0.0202258;REFB=0;REVB=-0.000982137;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017113;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr7 90043314 . C T 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.288;QD=56.9964;RBI=0.0201016;REFB=0;REVB=-0.000224108;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88715e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr7 90236415 . A G 537.41 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.014106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.492;QD=55.1187;RBI=0.0141651;REFB=-0.13063;REVB=0.0012932;RO=2;SAF=13;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066731;STB=0.535695;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00186156;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:2:2:37:37:0.948718:24:13:2:0:24:13:2:0 chr7 90838866 . G A 265.43 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0484372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.972;QD=27.2235;RBI=0.050652;REFB=-0.0328269;REVB=0.0148143;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982784;STB=0.554326;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0166475;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:9:6:13:11:9:6 chr7 90838869 . G C 632.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9376;QD=61.745;RBI=0.0258119;REFB=0;REVB=0.0244335;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387466;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr7 91599825 . A C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=50.4107;RBI=0.0643578;REFB=0;REVB=0.0534803;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118751;OID=.;OPOS=91599825;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr7 91630620 . G T 313.11 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.132;QD=52.1842;RBI=0.0372414;REFB=0;REVB=0.0372414;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141089;OID=.;OPOS=91630620;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:23:0:0:0:24:0:0:0 chr7 91632306 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.658;QD=53.9103;RBI=0.0338495;REFB=0;REVB=0.00865692;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325522;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr7 91641928 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.887;QD=60.9784;RBI=0.0691609;REFB=0;REVB=0.0433292;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051807;OID=.;OPOS=91641928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr7 91652178 . A AAAC 324.54 PASS AF=0.896552;AO=24;DP=34;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00257331;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=265.89;QD=44.7646;RBI=0.0199371;REFB=-0.0246386;REVB=0.0197704;RO=8;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962357;STB=0.530363;STBP=0.388;TYPE=ins;VARB=0.00239029;OID=.;OPOS=91652179;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552:24:34:26:29:3:16:10:1:2:14:8:14:10:3:5 chr7 91691601 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.71;QD=58.7817;RBI=0.0200663;REFB=0;REVB=0.0129627;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73421e-05;OID=.;OPOS=91691601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr7 91712698 . A G 439.72 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344066;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.027;QD=54.9652;RBI=0.0574204;REFB=-0.180425;REVB=0.0459705;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00224507;OID=.;OPOS=91712698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:0:1:31:31:0.96875:21:10:0:0:21:10:0:1 chr7 91713972 . C T 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.737;QD=59.9375;RBI=0.0352967;REFB=0;REVB=-0.0309245;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105647;OID=.;OPOS=91713972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr7 91714911 . C T 1702.08 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0278684;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.251;QD=59.203;RBI=0.0286396;REFB=0.168481;REVB=0.00660136;RO=1;SAF=57;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00855451;STB=0.504347;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000725246;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:115:1:1:112:114:0.991304:55:57:0:1:57:57:0:1 chr7 91715662 . C T 901.47 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00117284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.44;QD=58.1593;RBI=0.00938941;REFB=0;REVB=0.00931587;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03614e-05;OID=.;OPOS=91715662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr7 91726927 . A C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.16;QD=56.7042;RBI=0.0610322;REFB=0;REVB=0.0524965;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720154;OID=.;OPOS=91726927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr7 91743150 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.3;QD=57.1945;RBI=0.0221704;REFB=0;REVB=-0.014317;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07222e-05;OID=.;OPOS=91743150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr7 91779242 . G A 304.15 PASS AF=0.471429;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0617259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.85;QD=17.3797;RBI=0.0631687;REFB=-0.0187298;REVB=-0.0134236;RO=37;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109847;STB=0.567526;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0161584;OID=.;OPOS=91779242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:32:33:0.471429:20:12:18:19:21:12:18:19 chr7 91779971 . T G 263.79 PASS AF=0.441176;AO=20;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.020101;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.739;QD=15.5171;RBI=0.0202382;REFB=-0.0054457;REVB=0.00235192;RO=23;SAF=0;SAR=20;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.7924;STB=0.571378;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00816508;OID=.;OPOS=91779971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:38:20:30:0.441176:20:0:2:21:24:6:11:27 chr7 91842554 . T C 222.0 PASS AF=0.42623;AO=23;DP=58;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0168114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.745;QD=14.5573;RBI=0.0298906;REFB=-0.0327932;REVB=-0.0247149;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798708;STB=0.569659;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0656346;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:35:35:23:26:0.42623:7:16:22:13:7:19:22:13 chr7 92027537 . C G 281.51 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.019406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7834;QD=17.0611;RBI=0.0415816;REFB=0.0205243;REVB=0.0367755;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00174305;STB=0.500978;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.0153974;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:16:15:17:18:16:15:17:18 chr7 92029302 . G A 377.26 PASS AF=0.506494;AO=38;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0776699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9355;QD=19.5982;RBI=0.0802991;REFB=0.0018338;REVB=-0.0203797;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171793;STB=0.599952;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00669325;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:38:39:0.506494:21:17:10:28:21:18:10:28 chr7 92098776 . C T 312.23 PASS AF=0.492754;AO=33;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00368473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.17;QD=18.1003;RBI=0.0171167;REFB=0.0136413;REVB=-0.0167154;RO=35;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077901;STB=0.550745;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0131668;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:33:34:0.492754:18:15:13:22:18:16:13:22 chr7 92131289 . G T 765.61 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.669;QD=56.7118;RBI=0.0495635;REFB=0;REVB=0.000216486;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.35619e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:33:21:0:0 chr7 92163629 . T C 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.0305375;FXX=0.041658;HRUN=7;LEN=1;MLLD=61.3429;QD=15.7539;RBI=0.0305712;REFB=-0.00727705;REVB=0.00143569;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433121;STB=0.740986;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0174836;OID=.;OPOS=92163629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:2:25:10:9:2:25 chr7 92205151 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0518444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.299;QD=24.8033;RBI=0.0977061;REFB=-0.0253129;REVB=0.0828169;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172958;STB=0.599769;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0059314;OID=.;OPOS=92205151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:9:1:1:3:9:1:1:3 chr7 92238101 . G C 44.23 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0611869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.0385;QD=5.89781;RBI=0.0749462;REFB=-0.0032606;REVB=-0.0432792;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110511;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000113037;OID=.;OPOS=92238101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:30:21:23:7:7:0.233333:4:3:11:10:4:3:12:11 chr7 92241633 . G C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.555;QD=60.976;RBI=0.0252289;REFB=0;REVB=-0.00884328;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06695e-05;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr7 92600509 . T C 661.08 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0601203;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.455;QD=60.0983;RBI=0.0629111;REFB=-0.063899;REVB=0.0185299;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00297776;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:25:17:0:1:25:18:0:1 chr7 92764419 . A G 379.44 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.00872828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.604;QD=16.4974;RBI=0.015809;REFB=-0.0150282;REVB=0.0131811;RO=51;SAF=22;SAR=18;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058737;STB=0.537592;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0194078;OID=.;OPOS=92764419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:18:22:31:20:18:22:32:20 chr7 92764982 . C T 398.56 PASS AF=0.456522;AO=36;DP=86;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.00344253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.039;QD=17.3285;RBI=0.00388982;REFB=-0.00482798;REVB=-0.00181098;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147684;STB=0.601861;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00680137;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:92:48:50:36:42:0.456522:15:21:21:27:15:27:23:27 chr7 92875431 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.030136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.104;QD=22.9576;RBI=0.0307547;REFB=-0.00507709;REVB=0.00613811;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548302;STB=0.530768;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0030213;OID=.;OPOS=92875431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:7:4:7:9:7:4 chr7 92963473 . A G 186.36 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.025011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.402;QD=12.424;RBI=0.0531504;REFB=-0.0142243;REVB=0.0468979;RO=37;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300908;STB=0.652042;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0469205;OID=.;OPOS=92963473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:22:23:0.383333:15:7:22:15:15:8:22:15 chr7 92970847 . C T 373.84 PASS AF=0.4;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=110;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0231186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.402;QD=13.594;RBI=0.0350952;REFB=-0.00778567;REVB=-0.0264046;RO=65;SAF=20;SAR=24;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108584;STB=0.564895;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0107049;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:65:66:44:44:0.4:24:20:23:42:24:20:23:43 chr7 93054827 . C CTCTT 234.14 PASS AF=0.386667;AO=23;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00195783;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.009;QD=12.4877;RBI=0.0517544;REFB=-0.0106669;REVB=-0.0517174;RO=47;SAF=22;SAR=1;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.657404;STB=0.692989;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0159327;OID=.;OPOS=93054828;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.386667:23:75:29:75:46:24:5:27:19:99:47:22:1:27:20 chr7 93054884 . AAT A,ATT 59.36 PASS AF=0.220588,0;AO=17,6;DP=75;FAO=15,0;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=10,0;FSAR=5,0;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.2198,-0.00650798;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.7828,17.6464;QD=3.49159;RBI=0.219864,0.0206363;REFB=-0.0466681,-0.0338934;REVB=0.00530454,0.0195833;RO=48;SAF=11,6;SAR=6,0;SRF=18;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.321396,0.674723;STB=0.728687,0.5;STBP=0.052,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0944688,0;OID=.,.;OPOS=93054885,93054885;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.220588,0:17,6:75:15,0:68:53:10,0:5,0:19:34:60:48:11,6:6,0:18:30 chr7 93055650 . G A 258.37 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=0.00560268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9671;QD=13.9657;RBI=0.019546;REFB=-0.000166058;REVB=0.0187258;RO=43;SAF=10;SAR=20;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367428;STB=0.712908;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.000761233;OID=.;OPOS=93055650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:44:30:30:0.405405:20:10:30:13:20:10:31:13 chr7 93055753 . A G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000509783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.076;QD=19.3861;RBI=0.0187132;REFB=-0.0251193;REVB=0.0187063;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216171;STB=0.622908;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.017432;OID=.;OPOS=93055753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:11:10:14:6:11:10 chr7 93070811 . C T 32.93 PASS AF=0.272727;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00210487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.257;QD=5.98713;RBI=0.0389136;REFB=-0.0113847;REVB=-0.0388566;RO=16;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298557;STB=0.590616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.114966;OID=.;OPOS=93070811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:21:22:16:16:5:6:0.272727:2:3:10:6:3:3:10:6 chr7 93116299 . A G,T 650.81 PASS AF=0.906977,0.0930233;AO=38,4;DP=42;FAO=39,4;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26,2;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370714,0.0294569;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.191,79.2249;QD=60.5401;RBI=0.037072,0.0305047;REFB=0,0;REVB=0.00020194,0.00792648;RO=0;SAF=25,2;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00206947,-0.00484871;OID=.,.;OPOS=93116299,93116299;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:42:43:0:0:38,4:39,4:0.906977,0.0930233:13,2:25,2:0:0:13,2:26,2:0:0 chr7 93515993 . T G 108.64 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00337464;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.456;QD=13.5798;RBI=0.0100841;REFB=-0.0062838;REVB=0.00950265;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00448006;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00750418;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:8:5:7:11:8:5:7:12 chr7 94028427 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.257;QD=57.3855;RBI=0.0318614;REFB=0;REVB=0.0188954;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87797e-05;OID=.;OPOS=94028427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr7 94038934 . C T 2752.54 PASS AF=1;AO=176;DP=176;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1041;QD=62.5577;RBI=0.0298943;REFB=0;REVB=-0.00705127;RO=0;SAF=70;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54996e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:176:0:0:176:176:1:106:70:0:0:106:70:0:0 chr7 94039032 . C T 1539.69 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.572;QD=59.7939;RBI=0.0204733;REFB=0;REVB=0.0181486;RO=0;SAF=67;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69281e-05;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:36:67:0:0:36:67:0:0 chr7 94041937 . A C 726.53 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.573;QD=63.1766;RBI=0.0647606;REFB=0;REVB=0.0272666;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166708;OID=.;OPOS=94041937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:19:27:0:0 chr7 94043239 . C G 1162.83 PASS AF=0.930233;AO=79;DP=85;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0157607;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=270.671;QD=54.085;RBI=0.0162207;REFB=-0.132617;REVB=0.00383572;RO=3;SAF=36;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037824;STB=0.51429;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.000597113;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:85:86:3:6:79:80:0.930233:43:36:3:0:43:37:4:2 chr7 94174854 . T C 590.05 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00424274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.09;QD=20.1728;RBI=0.0486561;REFB=-0.00336674;REVB=0.0484708;RO=57;SAF=43;SAR=17;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233699;STB=0.629354;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00330306;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:17:43:27:30:17:43:27:30 chr7 94295587 . C T 171.72 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0146527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0051;QD=18.0757;RBI=0.0165566;REFB=-0.0151289;REVB=-0.00770845;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107618;STB=0.506128;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0158529;OID=.;OPOS=94295587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:12:8:7:11:12:8 chr7 94296769 . T C 816.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.769;QD=57.2801;RBI=0.0322094;REFB=0;REVB=0.0123128;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012367;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:27:30:0:0 chr7 94297293 . GTTTTTTTG GTGTTTTTG,GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT 249.18 PASS AF=0,0,1,0;AO=2,10,24,2;DP=45;FAO=0,0,45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,23,0;FSAR=0,0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153677,-0.0352983,-0.0671562,-0.062393;FXX=0;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,2;MLLD=200.409,8.72309,7.40045,14.4227;QD=22.1493;RBI=0.0732838,0.149673,0.285544,0.202863;REFB=0.034657,0.0585689,0.0490843,0.0404044;REVB=-0.0716543,-0.145451,-0.277535,-0.19303;RO=4;SAF=0,2,16,1;SAR=2,8,8,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.623114,-0.200612,0.0484346,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0,0.0235131,-0.00885556,-0.0105996;OID=.,.,.,.;OPOS=94297295,94297294,94297294,94297300;OREF=T,TT,T,TG;OALT=G,-,-,GT;OMAPALT=GTGTTTTTG,GTTTTTG,GTTTTTTG,GTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,1,0:2,10,24,2:45:0,0,45,0:45:0:0,0,23,0:0,0,22,0:0:0:5:4:0,2,16,1:2,8,8,1:2:2 chr7 94297814 . G A 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0311402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.647;QD=22.1441;RBI=0.0311802;REFB=-0.034159;REVB=-0.00157856;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886073;STB=0.54994;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0251208;OID=.;OPOS=94297814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:6:7:11:6:6:7 chr7 94540416 . A G 251.97 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0119945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.507;QD=17.0829;RBI=0.0210929;REFB=-0.0165124;REVB=0.0173506;RO=31;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754288;STB=0.542343;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0170211;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:14:14:13:18:14:14:13:18 chr7 94924538 . G T 136.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00904014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.856;QD=10.9355;RBI=0.0093424;REFB=0.00252929;REVB=-0.00235718;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134796;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00547777;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:13:21:8:8:13:21 chr7 94937446 . T C 272.81 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00228125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.111;QD=14.9486;RBI=0.0116844;REFB=-0.00726626;REVB=0.0114596;RO=42;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240632;STB=0.51361;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00998273;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:20:11:14:28:20:11:14:28 chr7 95001555 . C T 387.98 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=-0.100364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.713;QD=11.4956;RBI=0.100586;REFB=-0.016072;REVB=-0.0066748;RO=86;SAF=27;SAR=20;SRF=42;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976542;STB=0.548899;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0306766;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:86:88:47:47:0.348148:20:27:42:44:20:27:44:44 chr7 95024046 . A G 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0257578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.084;QD=10.7922;RBI=0.02601;REFB=-0.00142959;REVB=0.00361335;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117668;STB=0.568891;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00556459;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:12:23:10:8:12:23 chr7 95213059 . G A 507.18 PASS AF=1;AO=25;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.756;QD=59.6677;RBI=0.0719189;REFB=0;REVB=0.0705733;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648909;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:25:34:1:6:19:0:0:15:19:0:0 chr7 95213953 . A C 1004.74 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.858;QD=56.6052;RBI=0.0446506;REFB=-0.212682;REVB=0.0354383;RO=2;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214794;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000903151;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:2:1:69:70:0.985915:43:26:0:2:44:26:0:1 chr7 95216394 . T G 716.26 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0409067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6349;QD=60.9586;RBI=0.0454039;REFB=-0.163946;REVB=0.0197016;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00468062;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:45:46:0.978723:25:20:0:1:26:20:0:1 chr7 95499234 . A G 390.36 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.0117361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6927;QD=16.6108;RBI=0.046158;REFB=-0.00922417;REVB=-0.044641;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229957;STB=0.521799;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0111211;OID=.;OPOS=95499234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:41:41:0.43617:17:24:31:20:17:24:33:20 chr7 95750994 . C T 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0553416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6336;QD=16.8236;RBI=0.0557601;REFB=-0.00842679;REVB=0.00681914;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142358;STB=0.581318;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00635253;OID=.;OPOS=95750994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:16:12:12:9:16:12 chr7 95800820 . T A,C 316.62 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,22;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245695,-0.0176388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.7561,161.495;QD=52.77;RBI=0.0257,0.0212285;REFB=0,0;REVB=-0.00753847,0.011812;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129219,0.000364773;OID=.,.;OPOS=95800820,95800820;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:24:24:0:0:2,22:2,22:0.0833333,0.916667:1,13:1,9:0:0:1,13:1,9:0:0 chr7 95970524 . A G 145.59 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.013006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.922;QD=25.3201;RBI=0.0142542;REFB=-0.0110754;REVB=0.00583327;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136952;STB=0.576372;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00939127;OID=.;OPOS=95970524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:2:6:8:7:2:6 chr7 96640130 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0233723;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=305.35;QD=16.4544;RBI=0.0233755;REFB=-0.00999753;REVB=0.000389036;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00607835;OID=.;OPOS=96640130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr7 97483974 . CTTTTTCA CTTTTCA,CTTTTCAT 92.45 PASS AF=0.567568,0;AO=16,3;DP=36;FAO=21,0;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=18,0;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.135456,-0.0497151;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=10.6956,128.509;QD=9.99422;RBI=0.169905,0.0617405;REFB=-0.152683,-0.0045488;REVB=-0.102564,-0.0366101;RO=12;SAF=14,0;SAR=2,3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.465546,-0.613239;STB=0.784737,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.085935,0;OID=.,.;OPOS=97483975,97483979;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=CTTTTCA,CTTTTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568,0:16,3:36:21,0:37:16:18,0:3,0:5:11:86:12:14,0:2,3:5:7 chr7 97488569 . A T 1168.62 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.273;QD=59.9293;RBI=0.0440977;REFB=0;REVB=0.0418971;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516232;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:36:40:0:0:37:41:0:0 chr7 97854393 . G A 518.68 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.012327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.406;QD=54.5975;RBI=0.0249784;REFB=-0.125823;REVB=0.0217248;RO=2;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274091;STB=0.501465;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.001908;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:2:2:36:36:0.947368:17:19:1:1:17:19:1:1 chr7 97863145 . G A 585.0 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.05;QD=59.9998;RBI=0.0523528;REFB=0;REVB=0.0488214;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921481;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:19:20:0:0 chr7 98460824 . C A 853.69 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9501;QD=55.9793;RBI=0.110089;REFB=-0.0257481;REVB=0.0967742;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0041013;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr7 98601811 . A AT,T 50.57 PASS AF=0.2,0.114286;AO=7,4;DP=36;FAO=7,4;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2,1;FSAR=5,3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0177243,0.0215708;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=87.0073,104.596;QD=5.77957;RBI=0.0191152,0.0216017;REFB=-0.00693817,-0.00675811;REVB=0.00715817,0.00115582;RO=25;SAF=2,1;SAR=5,3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196324,-0.230338;STB=0.611908,0.659148;STBP=0.626,0.58;TYPE=ins,snp;VARB=0.157642,0.0847835;OID=.,.;OPOS=98601812,98601811;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:36:35:25:24:7,4:7,4:0.2,0.114286:5,3:2,1:11:14:5,3:2,1:10:14 chr7 98650051 . G C 164.76 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0346489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7116;QD=21.2596;RBI=0.0675609;REFB=0.0254578;REVB=0.0579994;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.017889;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:9:8:6:8:9:8:6:8 chr7 98782750 . C T 419.31 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0238719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2261;QD=19.9674;RBI=0.0513192;REFB=-0.017394;REVB=-0.0454289;RO=42;SAF=10;SAR=32;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135266;STB=0.575501;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0167212;OID=.;OPOS=98782750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:32:10:15:27:32:10:15:27 chr7 98870997 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0342297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.338;QD=12.9748;RBI=0.0362103;REFB=0.0064112;REVB=-0.0118117;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00770593;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:7:11:7:5:7:11 chr7 99032458 . C T 583.59 PASS AF=0.439716;AO=61;DP=142;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.00276268;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.434;QD=16.5558;RBI=0.0249018;REFB=0.00118776;REVB=-0.0247481;RO=73;SAF=32;SAR=29;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906991;STB=0.542606;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00224345;OID=.;OPOS=99032458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:73:79:61:62:0.439716:29:32:45:28:29:33:48:31 chr7 99047978 . T C 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00632906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.048;QD=18.8275;RBI=0.00976945;REFB=-0.025631;REVB=0.00744211;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15124;STB=0.571359;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0268013;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:10:10:14:7:10:10:14:8 chr7 99081730 . A G 460.15 PASS AF=0.464646;AO=46;DP=99;FAO=46;FDP=99;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.00879674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.926;QD=18.5919;RBI=0.0168407;REFB=-0.0392207;REVB=0.0143606;RO=51;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10362;STB=0.5669;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0289463;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:53:46:46:0.464646:24:22:30:21:24:22:32:21 chr7 99130875 . G A 107.98 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0853973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7506;QD=13.0883;RBI=0.0857882;REFB=-0.015103;REVB=-0.00818011;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316834;STB=0.684416;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0259051;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:6:14:5:8:6:14 chr7 99145845 . C T 398.95 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00950188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.768;QD=18.3425;RBI=0.0126894;REFB=-0.00878044;REVB=0.00841034;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122728;STB=0.568494;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0165405;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:24:17:25:21:24:17:25:21 chr7 99217424 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.000849659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.057;QD=15.643;RBI=0.0191061;REFB=-0.00772438;REVB=0.0190872;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179105;STB=0.50103;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00906809;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:13:16:11:9:13:16 chr7 99227172 . A G 395.32 PASS AF=0.565217;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0223482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8536;QD=22.9171;RBI=0.0225683;REFB=-0.0304561;REVB=0.00314452;RO=30;SAF=11;SAR=27;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130886;STB=0.575795;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0256706;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:30:38:39:0.565217:27:11:13:17:28:11:13:17 chr7 99306685 . C G 396.78 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0539952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1061;QD=23.3403;RBI=0.071259;REFB=-0.00206378;REVB=0.0465011;RO=29;SAF=29;SAR=10;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331473;STB=0.683085;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00213653;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:10:29:10:19:10:29:10:19 chr7 99569394 . G A 1428.42 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.461;QD=62.7877;RBI=0.033891;REFB=0;REVB=-0.0173416;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.652e-05;OID=.;OPOS=99569394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:44:46:0:0:44:47:0:0 chr7 99578411 . T C 120.24 PASS AF=0.190909;AO=21;DP=111;FAO=21;FDP=110;FR=.;FRO=89;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00984362;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5197;QD=4.37251;RBI=0.0163169;REFB=-0.007414;REVB=0.0130133;RO=89;SAF=11;SAR=10;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122553;STB=0.568901;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0304962;OID=.;OPOS=99578411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:89:89:21:21:0.190909:10:11:38:51:10:11:39:50 chr7 99580907 . C G 698.79 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0444773;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.088;QD=50.8207;RBI=0.0447204;REFB=-0.00863897;REVB=-0.00465652;RO=3;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626566;STB=0.53332;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000955423;OID=.;OPOS=99580907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:21:31:0:3:21:31:0:3 chr7 99584266 . AG GA 67.07 PASS AF=0.352941;AO=2;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000492986;FXX=0;HRUN=14;LEN=2;MLLD=36.9311;QD=15.7803;RBI=0.023109;REFB=-0.0462451;REVB=0.0231038;RO=7;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224092;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=mnp;VARB=-0.0276868;OID=.;OPOS=99584266;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:7:8:2:6:0.352941:1:1:2:5:3:3:3:5 chr7 99662511 . GTAGTT GT,GTAAAC 417.45 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058257,0.0472372;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=215.821,108.342;QD=55.6595;RBI=0.0582783,0.0507287;REFB=0,0;REVB=-0.00157829,-0.0184945;RO=0;SAF=13,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00580941,-0.0396466;OID=.,.;OPOS=99662512,99662514;OREF=TAGT,GTT;OALT=-,AAC;OMAPALT=GT,GTAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.933333,0.0666667:28,2:30:28,2:30:0:13,0:15,2:0:0:9:0:13,0:15,2:0:0 chr7 99696797 . T C 888.59 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00332724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.238;QD=56.4182;RBI=0.0210295;REFB=-0.0402015;REVB=0.0207646;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012264;STB=0.506491;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000202717;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:38:24:0:1:38:24:0:1 chr7 99709835 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 995.28 PASS AF=0.79021,0,0;AO=56,29,10;DP=147;FAO=113,0,0;FDP=143;FR=.;FRO=30;FSAF=49,0,0;FSAR=64,0,0;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.236505,0.168193,0.411222;FXX=0.0137922;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=16.6796,9.30016,8.48905;QD=27.84;RBI=0.271746,0.171376,0.444038;REFB=-0.152832,-0.114498,0.0360014;REVB=0.133834,-0.0328783,-0.167528;RO=30;SAF=29,9,9;SAR=27,20,1;SRF=8;SRR=22;SSEN=0.354167,0.354167,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.161134,0.047363,0.690907;STB=0.543257,0.5,0.5;STBP=0.051,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.054832,0,0;OID=.,.,.;OPOS=99709840,99709836,99709840;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.79021,0,0:56,29,10:147:113,0,0:143:30:49,0,0:64,0,0:7:23:99:30:29,9,9:27,20,1:8:22 chr7 99711040 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6446;QD=59.0164;RBI=0.106301;REFB=0;REVB=0.104033;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138454;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr7 99747130 . G A 1232.24 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158909;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.266;QD=61.6121;RBI=0.0354617;REFB=0;REVB=0.0317019;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178277;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr7 99751281 . G T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5086;QD=51.9145;RBI=0.102127;REFB=0;REVB=-0.0663968;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366405;OID=.;OPOS=99751281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr7 99751573 . C T 182.32 PASS AF=0.6;AO=16;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0206088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.3947;QD=24.3091;RBI=0.157733;REFB=-0.0992183;REVB=-0.15638;RO=9;SAF=13;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225306;STB=0.565142;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0281385;OID=.;OPOS=99751573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:30:9:12:16:18:0.6:3:13:5:4:5:13:7:5 chr7 99753604 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00323329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.626;QD=16.1156;RBI=0.00355444;REFB=-0.00665317;REVB=-0.00147643;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121745;STB=0.565984;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00862377;OID=.;OPOS=99753604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:29:24:24:0.45283:12:12:10:17:12:12:11:18 chr7 99757612 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.519;QD=58.5873;RBI=0.0414819;REFB=0;REVB=0.0412787;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139938;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr7 99758136 . T G 537.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.904;QD=59.7287;RBI=0.0490646;REFB=0;REVB=0.0252776;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317501;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr7 99772298 . A C 968.42 PASS AF=1;AO=55;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.013;QD=58.6919;RBI=0.0592684;REFB=0;REVB=0.0317724;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172923;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:55:66:1:38:17:0:0:47:19:0:0 chr7 99796146 . A C 1570.24 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.685;QD=58.7006;RBI=0.039851;REFB=0;REVB=-0.00721396;RO=1;SAF=25;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18284e-05;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:107:1:0:95:107:1:70:25:0:1:73:34:0:0 chr7 99799845 . T A 1504.99 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0245563;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.667;QD=61.4282;RBI=0.0245759;REFB=-0.11006;REVB=0.000980422;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.510636;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000175799;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:0:2:96:96:0.979592:46:50:0:0:46:50:0:2 chr7 100065639 . A AC 48.56 PASS AF=0.28;AO=23;DP=76;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.023018;FXX=0.0259707;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.8536;QD=2.58961;RBI=0.0423069;REFB=-0.00384419;REVB=-0.0354971;RO=50;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212276;STB=0.600836;STBP=0.301;TYPE=ins;VARB=0.0937156;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:23:76:21:75:54:5:16:19:35:48:50:7:16:16:34 chr7 100160525 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00247645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.424;QD=11.4397;RBI=0.00353671;REFB=-0.0188847;REVB=0.00252498;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174558;STB=0.584621;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0484144;OID=.;OPOS=100160525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:6:7:16:7:6:7:16:8 chr7 100212754 . C T 221.89 PASS AF=0.464286;AO=23;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0260765;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.151;QD=15.8494;RBI=0.0267382;REFB=-0.00445319;REVB=-0.0059115;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174848;STB=0.556121;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00478597;OID=.;OPOS=100212754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:28:30:23:26:0.464286:14:9:16:12:14:12:17:13 chr7 100225031 . G A 122.5 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0732295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3066;QD=15.806;RBI=0.0801361;REFB=-0.0133889;REVB=0.032546;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0312469;OID=.;OPOS=100225031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:9:8:6:8:9:8 chr7 100276191 . C T 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00872222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.64;QD=20.6001;RBI=0.0106645;REFB=-0.00744892;REVB=0.00613637;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119074;STB=0.566864;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00457932;OID=.;OPOS=100276191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:6:13:11:9:6:13 chr7 100278657 . A G 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.003467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4884;QD=59.0064;RBI=0.0254255;REFB=0;REVB=0.0251881;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318393;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr7 100281768 . T C 84.47 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3787;QD=37.5444;RBI=0.0876235;REFB=0;REVB=0.0816906;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537367;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr7 100285476 . C T 251.53 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0337191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4642;QD=15.7208;RBI=0.0365434;REFB=-0.0149908;REVB=0.0140871;RO=33;SAF=1;SAR=28;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706141;STB=0.909742;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0250619;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:35:29:29:0.453125:28:1:16:17:28:1:16:19 chr7 100348384 . T C 216.65 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0110581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4379;QD=13.3321;RBI=0.0222196;REFB=0.00591264;REVB=-0.0192725;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425102;STB=0.515501;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.013313;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:12:14:22:16:12:14:22:17 chr7 100350763 . T G 113.35 PASS AF=0.52;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0153536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.741;QD=18.1358;RBI=0.0175231;REFB=-0.0375437;REVB=0.00844531;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111229;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0380521;OID=.;OPOS=100350763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:12:12:11:13:0.52:6:5:4:8:8:5:4:8 chr7 100361675 . G A 264.94 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0137638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4385;QD=17.9622;RBI=0.0146047;REFB=-0.0131205;REVB=-0.00488403;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107321;STB=0.560052;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0167361;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:13:16:13:17:13:16:13:17 chr7 100365567 . C T 456.05 PASS AF=0.55;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0351991;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.115;QD=22.8025;RBI=0.0354992;REFB=-0.0223923;REVB=-0.0046057;RO=36;SAF=17;SAR=27;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140551;STB=0.577421;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0143916;OID=.;OPOS=100365567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:36:36:44:44:0.55:27:17:20:16:27:17:20:16 chr7 100365613 . G T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00633207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.767;QD=18.6449;RBI=0.00641936;REFB=0.00737946;REVB=0.00105501;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00795458;OID=.;OPOS=100365613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:5:8:7:7:5:8 chr7 100366284 . T C 133.59 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0236519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0944;QD=16.1925;RBI=0.140876;REFB=-0.0858616;REVB=-0.138876;RO=14;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243546;STB=0.531874;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0938807;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:18:15:15:0.454545:4:11:13:1:4:11:14:4 chr7 100371358 . G A 326.14 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00112153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.452;QD=20.0701;RBI=0.0478191;REFB=-0.0203621;REVB=0.047806;RO=31;SAF=22;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.089867;STB=0.54997;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0185137;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:12:22:17:14:12:22:17:14 chr7 100371474 . G A 806.2 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.617;QD=64.4957;RBI=0.00240281;REFB=0;REVB=0.00181266;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17365e-05;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:29:19:0:0:29:21:0:0 chr7 100371476 . T G,TG 735.05 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=3,43;DP=50;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242679,0.0402968;FXX=0.040808;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=168.408,194.321;QD=62.5571;RBI=0.0242757,0.0412988;REFB=0,0;REVB=0.000614384,0.00904197;RO=2;SAF=3,17;SAR=0,26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.74993,0.034762;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0107686,-0.000184658;OID=.,.;OPOS=100371476,100371477;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:47:2:0:3,43:2,45:0.0425532,0.957447:0,26:3,17:0:2:0,26:2,19:0:0 chr7 100373077 . C G 605.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00094478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3956;QD=60.5233;RBI=0.0110299;REFB=0;REVB=0.0109894;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173278;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr7 100373367 . G C 769.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.597;QD=56.9785;RBI=0.0283734;REFB=0;REVB=-0.0244478;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89791e-05;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr7 100377082 . T C 266.57 PASS AF=0.483871;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0279349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.183;QD=17.1983;RBI=0.0357773;REFB=-0.0127764;REVB=-0.022353;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1846;STB=0.615308;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0154872;OID=.;OPOS=100377082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:32:28:30:0.483871:12:16:12:20:12:18:12:20 chr7 100386900 . T C 1022.05 PASS AF=0.986301;AO=65;DP=67;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0463318;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5088;QD=56.0029;RBI=0.0465029;REFB=0.0166223;REVB=-0.00398565;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141005;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00121547;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:73:1:1:65:72:0.986301:33:32:0:1:34:38:0:1 chr7 100391644 . T C 1524.84 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.859;QD=63.5349;RBI=0.0180058;REFB=0;REVB=0.00665923;RO=0;SAF=58;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87092e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.88356e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:37:58:0:0:37:59:0:0 chr7 100395037 . C A 363.82 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00428063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4692;QD=23.857;RBI=0.0219597;REFB=-0.0148576;REVB=0.0215384;RO=25;SAF=12;SAR=24;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112346;STB=0.506169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0109115;OID=.;OPOS=100395037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:24:12:8:17:24:12:8:17 chr7 100400715 . GC G 52.71 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.155131;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.69779;QD=8.78478;RBI=0.225177;REFB=-0.136503;REVB=0.163215;RO=8;SAF=11;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404929;STB=0.646828;STBP=0.127;TYPE=del;VARB=0.118087;OID=.;OPOS=100400716;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:13:24:14:24:10:11:3:5:5:29:8:11:2:3:5 chr7 100410597 . G A 134.72 PASS AF=0.56;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.00374271;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3241;QD=21.5551;RBI=0.00878433;REFB=-0.0109825;REVB=0.00794711;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323166;STB=0.689445;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00852911;OID=.;OPOS=100410597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:28:25:10:11:14:14:0.56:9:5:0:10:9:5:0:11 chr7 100411278 . T C 143.57 PASS AF=0.30303;AO=19;DP=65;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00406185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7775;QD=8.70089;RBI=0.0043571;REFB=-0.0154372;REVB=-0.00157661;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985419;STB=0.541626;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0377064;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:46:46:19:20:0.30303:10:9:18:28:11:9:18:28 chr7 100416139 . T C 285.84 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.01725;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.85;QD=17.8648;RBI=0.0182932;REFB=-0.0108889;REVB=-0.00608922;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708964;STB=0.530175;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.011562;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:17:14:12:20:17:14:13:20 chr7 100416250 . A G 434.26 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0074361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.035;QD=17.0298;RBI=0.0153718;REFB=-0.00548178;REVB=-0.0134534;RO=54;SAF=26;SAR=21;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203118;STB=0.515658;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00508104;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:54:55:47:47:0.460784:21:26:31:23:21:26:32:23 chr7 100424587 . G C 198.02 PASS AF=0.230769;AO=10;DP=96;FAO=21;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0113857;FXX=0.0618493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.43;QD=8.70432;RBI=0.0131344;REFB=-0.00470301;REVB=-0.00654809;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32113;STB=0.70156;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00775612;OID=.;OPOS=100424587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:91:25:45:10:21:0.230769:8:2:11:14:15:6:26:19 chr7 100458795 . T C 2302.32 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142176;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.736;QD=63.9534;RBI=0.016742;REFB=0;REVB=0.00884036;RO=0;SAF=69;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123432;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:144:0:0:144:144:1:75:69:0:0:75:69:0:0 chr7 100460331 . G A 460.77 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=98;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=-0.0122898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.286;QD=18.8069;RBI=0.0680581;REFB=-0.000560256;REVB=0.0669393;RO=48;SAF=11;SAR=35;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390689;STB=0.507856;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000645546;OID=.;OPOS=100460331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:52:46:46:0.469388:35:11:13:35:35:11:13:39 chr7 100466441 . G A 637.78 PASS AF=0.4;AO=72;DP=180;FAO=72;FDP=180;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=35;FSRR=73;FWDB=-0.00589679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.78;QD=14.173;RBI=0.0128201;REFB=-0.0181833;REVB=0.0113834;RO=104;SAF=29;SAR=43;SRF=33;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958049;STB=0.550019;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0255239;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:104:108:72:72:0.4:43:29:33:71:43:29:35:73 chr7 100468284 . A G 2235.76 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0583749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.922;QD=63.4258;RBI=0.0665419;REFB=0;REVB=-0.0319404;RO=0;SAF=42;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416831;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:98:42:0:0:99:42:0:0 chr7 100482026 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5467;QD=58.1405;RBI=0.0441888;REFB=0;REVB=-0.0314498;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103685;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 100486656 . T G 1084.21 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2029;QD=58.606;RBI=0.0480455;REFB=-0.0935135;REVB=0.00846233;RO=1;SAF=18;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852425;STB=0.504503;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00126861;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:55:18:0:1:55:18:0:1 chr7 100494222 . G GC 1871.42 PASS AF=1;AO=157;DP=170;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398831;FXX=0.00606024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.3444;QD=45.6444;RBI=0.0731386;REFB=0;REVB=0.0613073;RO=9;SAF=81;SAR=76;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408482;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=7.70463e-05;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:157:170:164:164:0:86:78:0:0:35:9:81:76:5:4 chr7 100549505 . T C 41.97 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0325418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.388;QD=4.41832;RBI=0.0359241;REFB=-0.00200541;REVB=-0.0152175;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181045;STB=0.621882;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0118871;OID=.;OPOS=100549505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:3:4:13:18:3:4:13:18 chr7 100549573 . G T 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0629792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1913;QD=5.12651;RBI=0.0632888;REFB=-0.00406252;REVB=-0.00625298;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149158;STB=0.597872;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0176938;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:16:21:4:5:16:21 chr7 100549583 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0391408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.587;QD=6.57184;RBI=0.0391783;REFB=-0.00232459;REVB=-0.00171449;RO=37;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357701;STB=0.72686;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0104919;OID=.;OPOS=100549583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:3:8:16:21:3:8:16:21 chr7 100549592 . TT AA 125.68 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00503654;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.628;QD=10.2593;RBI=0.00808806;REFB=-0.00040356;REVB=0.0063285;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286346;STB=0.673227;STBP=0.112;TYPE=mnp;VARB=0.000500231;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:4:11:17:17:4:11:17:17 chr7 100549650 . A G 405.62 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0328928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.199;QD=17.2604;RBI=0.0474907;REFB=-0.0340381;REVB=0.0342555;RO=52;SAF=24;SAR=18;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446478;STB=0.524988;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0234014;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:18:24:32:20:18:24:32:20 chr7 100549697 . A G 383.23 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0294029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.085;QD=14.5992;RBI=0.0308203;REFB=-0.0204942;REVB=-0.00923906;RO=61;SAF=26;SAR=18;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526166;STB=0.529659;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0434014;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:18:26:33:28:18:26:33:28 chr7 100549703 . C T 328.9 PASS AF=0.382353;AO=39;DP=102;FAO=39;FDP=102;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00141584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.668;QD=12.8982;RBI=0.0142083;REFB=-0.027021;REVB=-0.0141376;RO=63;SAF=22;SAR=17;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267953;STB=0.515267;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0859408;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:63:63:39:39:0.382353:17:22:34:29:17:22:34:29 chr7 100549787 . CA TG 197.97 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00403541;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=250.525;QD=10.9985;RBI=0.00529901;REFB=-0.00713201;REVB=0.00343438;RO=47;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656678;STB=0.538081;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=0.0116303;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:47:25:25:0.347222:14:11:18:29:14:11:18:29 chr7 100549894 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0222416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.109;QD=5.78797;RBI=0.0224072;REFB=-0.000932178;REVB=-0.00271975;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109374;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00224134;OID=.;OPOS=100549894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:11:12:3:4:11:12 chr7 100549896 . G C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0893139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.957;QD=5.78809;RBI=0.0893202;REFB=0.0027642;REVB=-0.00106335;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109374;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0161113;OID=.;OPOS=100549896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:3:4:11:12:3:4:11:12 chr7 100549902 . C T 42.81 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0226194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.77;QD=5.18857;RBI=0.0273083;REFB=0.00587502;REVB=0.0153005;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851674;STB=0.55636;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0173485;OID=.;OPOS=100549902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:13:13:3:4:13:13 chr7 100549914 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0557356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.858;QD=6.78771;RBI=0.058555;REFB=-0.00147917;REVB=-0.0179509;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948687;STB=0.546101;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00285869;OID=.;OPOS=100549914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:22:23:8:8:0.258065:3:5:12:10:3:5:13:10 chr7 100549935 . T G 82.75 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0081701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.256;QD=9.19461;RBI=0.00838234;REFB=-0.0227076;REVB=-0.00187434;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110421;STB=0.566892;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0544399;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:16:9:5:6:16:9 chr7 100549942 . T C 84.7 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.049315;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.043;QD=9.96442;RBI=0.0511925;REFB=0.00135786;REVB=0.0137368;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137716;STB=0.519963;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0028984;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:24:23:11:11:0.323529:4:7:15:9:4:7:14:9 chr7 100549979 . C T 133.37 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0388686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3728;QD=15.6908;RBI=0.117662;REFB=0.00427319;REVB=0.111056;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.542112;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00468272;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:9:9:6:9:10:9 chr7 100550032 . C CCCT 39.59 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0274522;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=217.621;QD=5.86503;RBI=0.030315;REFB=-0.00515098;REVB=-0.0128597;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199028;STB=0.553039;STBP=0.77;TYPE=ins;VARB=0.0183361;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:6:29:7:27:20:3:4:10:10:39:22:2:4:11:11 chr7 100550079 . A G 95.55 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.00403394;FXX=0.199943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.464;QD=13.6495;RBI=0.0368993;REFB=-0.0148168;REVB=0.0366782;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.498594;STB=0.782239;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0282448;OID=.;OPOS=100550079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:35:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:16:1:6:5:16:1 chr7 100550133 . A G 70.18 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0360274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.975;QD=6.84703;RBI=0.0395775;REFB=-0.0129783;REVB=-0.0163832;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229267;STB=0.645851;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0768192;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:15:16:7:3:15:16 chr7 100550138 . C T 81.28 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0179116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.642;QD=8.12804;RBI=0.0289868;REFB=-0.0257753;REVB=-0.0227905;RO=24;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181957;STB=0.639731;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0366099;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:24:29:11:11:0.275:8:3:10:14:8:3:13:16 chr7 100550184 . C A 71.07 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.000288917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0515;QD=7.4814;RBI=0.0151914;REFB=-0.0134603;REVB=0.0151887;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338059;STB=0.735773;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.027464;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:26:28:10:10:0.263158:9:1:7:19:9:1:8:20 chr7 100550191 . C T 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.00038972;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.57;QD=13.9475;RBI=0.00777498;REFB=-0.0149213;REVB=-0.00776521;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312584;STB=0.677247;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0328052;OID=.;OPOS=100550191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:10:7:4:23:10:7:4:23 chr7 100550203 . T A 80.03 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.100611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.993;QD=7.27522;RBI=0.101515;REFB=-0.0191257;REVB=-0.0135164;RO=32;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417151;STB=0.76861;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0417559;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:10:1:10:22:10:1:10:23 chr7 100550205 . A C 79.96 PASS AF=0.25;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0214608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4186;QD=7.26924;RBI=0.0231713;REFB=-0.0161641;REVB=0.00873741;RO=32;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417151;STB=0.76861;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0435415;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:44:32:33:11:11:0.25:10:1:10:22:10:1:10:23 chr7 100550245 . G A 38.92 PASS AF=0.212121;AO=8;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.257614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7858;QD=4.71724;RBI=0.261535;REFB=-0.0188899;REVB=-0.0451178;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159138;STB=0.657011;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0432268;OID=.;OPOS=100550245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:33:33:25:26:8:7:0.212121:6:2:6:19:6:1:7:19 chr7 100550252 . A G 41.73 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0250867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.561;QD=5.05828;RBI=0.0256839;REFB=-0.00720835;REVB=0.00550634;RO=26;SAF=0;SAR=6;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631928;STB=0.657011;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0409482;OID=.;OPOS=100550252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:32:33:26:26:6:7:0.212121:6:0:7:19:6:1:7:19 chr7 100551461 . C G 40.15 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00718768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.109;QD=3.21181;RBI=0.0381334;REFB=-0.00926709;REVB=0.0374499;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161518;STB=0.511595;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0451859;OID=.;OPOS=100551461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:4:3:19:24:4:3:19:24 chr7 100551471 . T C 57.87 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=48;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.02357;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.095;QD=4.92476;RBI=0.0266359;REFB=-0.0164338;REVB=0.0124065;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300662;STB=0.63737;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0789905;OID=.;OPOS=100551471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:48:47:39:38:8:9:0.191489:6:2:19:20:6:3:19:19 chr7 100551473 . G C 57.95 PASS AF=0.18;AO=7;DP=48;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0242677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.683;QD=4.63637;RBI=0.0242894;REFB=-0.0111434;REVB=0.00102551;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45429;STB=0.648315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0179745;OID=.;OPOS=100551473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:48:50:40:41:7:9:0.18:6:1:20:20:6:3:21:20 chr7 100551476 . C T 48.3 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=50;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0335693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.964;QD=3.7885;RBI=0.0336028;REFB=-0.00365845;REVB=-0.00149983;RO=41;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462925;STB=0.741963;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0341364;OID=.;OPOS=100551476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:51:41:43:7:8:0.156863:6:1:21:20:6:2:23:20 chr7 100551502 . A C 136.17 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.027544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.86;QD=10.087;RBI=0.0316454;REFB=-0.0203525;REVB=-0.0155808;RO=35;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114127;STB=0.591736;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0406061;OID=.;OPOS=100551502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:36:17:18:0.333333:8:9:15:20:8:10:15:21 chr7 100551565 . AT GC 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00779842;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=201.833;QD=7.79574;RBI=0.0250731;REFB=-0.00450416;REVB=0.0238295;RO=52;SAF=6;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332242;STB=0.6998;STBP=0.035;TYPE=mnp;VARB=0.01614;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:14:6:30:22:14:6:30:22 chr7 100551578 . T G 150.38 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.00526878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2751;QD=8.23981;RBI=0.0124367;REFB=-0.00415867;REVB=0.0112655;RO=52;SAF=6;SAR=15;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386975;STB=0.730554;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0145408;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:52:52:21:21:0.287671:15:6:32:20:15:6:32:20 chr7 100551626 . T C 91.06 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.00305701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5284;QD=4.00254;RBI=0.0162136;REFB=-0.00556665;REVB=-0.0159227;RO=73;SAF=4;SAR=12;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417994;STB=0.76184;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0407216;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:91:91:73:75:16:16:0.175824:12:4:43:30:12:4:43:32 chr7 100551637 . C CCAA 52.06 PASS AF=0.127907;AO=11;DP=95;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0128187;FXX=0.0337041;HRUN=4;LEN=3;MLLD=216.088;QD=2.42121;RBI=0.0137394;REFB=-0.00489451;REVB=-0.00494483;RO=84;SAF=3;SAR=8;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303821;STB=0.717549;STBP=0.185;TYPE=ins;VARB=0.0258715;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.127907:11:95:11:86:75:3:8:39:36:52:84:3:8:44:40 chr7 100551646 . A G 56.82 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0194006;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3933;QD=2.39241;RBI=0.0244881;REFB=-0.00575053;REVB=-0.0149427;RO=75;SAF=3;SAR=9;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351138;STB=0.737566;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0128108;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:95:75:83:12:12:0.126316:9:3:40:35:9:3:43:40 chr7 100551662 . C T 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=0.0330936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.166;QD=1.9378;RBI=0.0439956;REFB=-0.00252892;REVB=-0.0289901;RO=80;SAF=3;SAR=7;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200672;STB=0.650851;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0382707;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:80:80:10:10:0.111111:7:3:37:43:7:3:37:43 chr7 100551666 . A T 38.37 PASS AF=0.104651;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=86;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0441925;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.988;QD=1.78462;RBI=0.0493295;REFB=-0.00499331;REVB=-0.0219185;RO=77;SAF=3;SAR=6;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146815;STB=0.612646;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0451499;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:88:86:77:77:9:9:0.104651:6:3:35:42:6:3:35:42 chr7 100551719 . C T 36.59 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.029126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.119;QD=2.03274;RBI=0.029661;REFB=-0.00366234;REVB=-0.00560781;RO=63;SAF=3;SAR=5;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121006;STB=0.584891;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0385797;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:63:64:8:8:0.111111:5:3:30:33:5:3:30:34 chr7 100551729 . C T 33.06 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00655452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5492;QD=2.03416;RBI=0.00838642;REFB=-0.0132919;REVB=-0.00523167;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628279;STB=0.533238;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0568854;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:56:58:7:7:0.107692:4:3:27:29:4:3:27:31 chr7 100551773 . C A 56.64 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0316277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.916;QD=3.77608;RBI=0.0353085;REFB=-0.00696706;REVB=-0.0156966;RO=50;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123834;STB=0.583724;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0418521;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:60:60:50:50:10:10:0.166667:4:6:25:25:4:6:25:25 chr7 100551778 . G A 59.42 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.031847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9272;QD=4.09819;RBI=0.0348108;REFB=-0.0111369;REVB=-0.0140558;RO=43;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443822;STB=0.764148;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0251112;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:56:58:43:48:10:10:0.172414:2:8:19:24:2:8:24:24 chr7 100551793 . G T 78.12 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0681914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2836;QD=6.24998;RBI=0.0685843;REFB=-0.003908;REVB=0.00733116;RO=39;SAF=10;SAR=1;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50387;STB=0.836693;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00590378;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:1:10:23:16:1:10:23:16 chr7 100551840 . T A 81.31 PASS AF=0.282609;AO=18;DP=51;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0562674;FXX=0.09802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.044;QD=7.07021;RBI=0.0563345;REFB=-0.0384872;REVB=0.00274931;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728302;STB=0.839338;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0374778;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:51:46:33:33:18:13:0.282609:6:12:20:13:1:12:20:13 chr7 100551842 . CT TC 143.51 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.022052;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=79.8642;QD=11.4811;RBI=0.0241384;REFB=-0.0445682;REVB=0.00981695;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162552;STB=0.507683;STBP=0.96;TYPE=mnp;VARB=0.0268575;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:33:17:17:0.34:6:11:19:11:6:11:21:12 chr7 100551849 . A T 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00549502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.566;QD=13.4049;RBI=0.00762698;REFB=-0.014742;REVB=-0.0052892;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389625;STB=0.522368;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0222365;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:8:15:21:13:8:15:21:13 chr7 100552017 . C T 50.17 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.002546;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.135;QD=4.36304;RBI=0.0143068;REFB=-0.0170353;REVB=-0.0140785;RO=39;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764971;STB=0.539672;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0548549;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:47:46:39:38:8:8:0.173913:5:3:17:22:5:3:16:22 chr7 100552018 . T G 210.04 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00479323;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9027;QD=18.2639;RBI=0.0321679;REFB=-0.0182077;REVB=-0.0318088;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125413;STB=0.584532;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0588161;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:14:7:11:13:14:7:12:13 chr7 100552020 . C T 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00197256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.643;QD=16.4437;RBI=0.0275477;REFB=-0.0147835;REVB=-0.027477;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211223;STB=0.633345;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0263768;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:14:6:13:13:14:6:14:13 chr7 100552044 . T G 135.01 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0324126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2962;QD=16.8766;RBI=0.0392817;REFB=-0.00241726;REVB=0.0221918;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104939;STB=0.559923;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00540521;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:12:5:6:9:12:5 chr7 100552117 . G T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00100532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.411;QD=13.0905;RBI=0.0503982;REFB=-0.0325429;REVB=-0.0503881;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231534;STB=0.651933;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0570757;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:4:9:9:10:4:9:9:11 chr7 100552135 . T C 195.72 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.107169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5238;QD=17.7931;RBI=0.10805;REFB=-0.0244432;REVB=-0.0137693;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244836;STB=0.64985;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0240449;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:7:13:9:14:7:13:9:15 chr7 100552251 . T C 615.88 PASS AF=0.688312;AO=48;DP=72;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0342088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.087;QD=31.9938;RBI=0.0356563;REFB=-0.0442739;REVB=0.0100565;RO=23;SAF=23;SAR=25;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789814;STB=0.554774;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.017559;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:77:23:24:48:53:0.688312:25:23:8:15:26:27:8:16 chr7 100552311 . C T 387.4 PASS AF=0.541667;AO=38;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=31;FWDB=0.0329343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.968;QD=21.5221;RBI=0.0334043;REFB=-0.0180254;REVB=0.00558425;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375267;STB=0.70513;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0136378;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:38:39:0.541667:19:19:2:31:19:20:2:31 chr7 100552338 . C T 304.09 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=32;FWDB=-0.000591241;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.654;QD=17.1318;RBI=0.00248051;REFB=-0.0121291;REVB=0.00240902;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29019;STB=0.664807;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0165936;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:38:33:33:0.464789:18:15:6:31:18:15:6:32 chr7 100552358 . C G 351.09 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0427657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.42;QD=18.0047;RBI=0.0432587;REFB=-0.0209803;REVB=-0.00651208;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187062;STB=0.603721;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0320467;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:21:16:10:31:21:16:10:31 chr7 100552371 . C G 308.26 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00490822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.724;QD=16.0135;RBI=0.00826741;REFB=-0.0179498;REVB=0.00665277;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170155;STB=0.595295;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0197176;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:18:16:13:30:18:16:13:30 chr7 100552384 . A G 270.12 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0840283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.884;QD=16.8823;RBI=0.0840405;REFB=-0.0111892;REVB=0.00142651;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200043;STB=0.612067;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00741653;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:12:22:13:17:12:22 chr7 100552390 . T C 288.81 PASS AF=0.5;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0168536;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5629;QD=18.6329;RBI=0.0204198;REFB=-0.0246285;REVB=0.0115294;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14368;STB=0.580094;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0269998;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:31:31:31:0.5:14:17:12:19:14:17:12:19 chr7 100552412 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00476936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.761;QD=15.1004;RBI=0.00477856;REFB=-0.0152562;REVB=-0.000296452;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0242964;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:14:17:12:12:14:17 chr7 100552435 . TC AT 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00719222;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.5;QD=18.7769;RBI=0.010477;REFB=-0.0196657;REVB=-0.00761835;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00950192;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:11:15:15:11:11:15:15:11 chr7 100552440 . C T 238.83 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0216265;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233;QD=18.0251;RBI=0.0253624;REFB=0.00105034;REVB=0.0132494;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564343;STB=0.50819;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=-0.000898011;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:27:26:26:0.490566:11:15:14:10:11:15:16:11 chr7 100552535 . GT AC 286.92 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0447736;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.3777;QD=17.1298;RBI=0.0538798;REFB=0.00550629;REVB=0.0299726;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925111;STB=0.544719;STBP=0.495;TYPE=mnp;VARB=-0.00758733;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:35:31:32:0.477612:12:19:17:16:12:20:19:16 chr7 100552549 . CT AC 339.46 PASS AF=0.48;AO=34;DP=76;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00242394;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=2;MLLD=128.253;QD=18.1046;RBI=0.00251211;REFB=-0.00509429;REVB=-0.000659708;RO=38;SAF=23;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200305;STB=0.598075;STBP=0.121;TYPE=mnp;VARB=0.00848044;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:39:34:36:0.48:11:23:18:20:12:24:19:20 chr7 100552644 . C A 297.72 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.611;QD=29.7722;RBI=0.011115;REFB=-0.0110016;REVB=0.011115;RO=13;SAF=0;SAR=26;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498982;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:26:0:0:13:26:0:0:14 chr7 100552657 . A G 80.94 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=30;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.313;QD=7.89655;RBI=0.00273608;REFB=-0.0124345;REVB=-0.00273608;RO=29;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00713355;OID=.;OPOS=100552657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:29:30:11:11:0.268293:11:0:0:29:11:0:0:30 chr7 100552727 . G C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0255043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.632;QD=5.19183;RBI=0.0302045;REFB=-0.0106308;REVB=-0.0161815;RO=26;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396396;STB=0.52624;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0426414;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:3:4:14:12:3:4:14:12 chr7 100552738 . CA TG 60.99 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0120137;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.039;QD=5.80838;RBI=0.0123985;REFB=-0.0102308;REVB=0.00306486;RO=33;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180704;STB=0.615148;STBP=0.479;TYPE=mnp;VARB=0.033865;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:42:33:33:9:9:0.214286:4:5:23:10:4:5:23:10 chr7 100552915 . A C 2274.16 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.554;QD=63.6128;RBI=0.0170451;REFB=0;REVB=-0.0107802;RO=0;SAF=70;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17953e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:73:70:0:0:73:70:0:0 chr7 100552978 . T C 392.93 PASS AF=0.370968;AO=46;DP=130;FAO=46;FDP=124;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00112581;FXX=0.0676641;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.907;QD=12.6751;RBI=0.00702973;REFB=0.00555705;REVB=0.00693899;RO=72;SAF=28;SAR=18;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742035;STB=0.553535;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.00383958;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:124:72:78:46:46:0.370968:18:28:39:33:18:28:41:37 chr7 100552984 . T C 457.43 PASS AF=0.4;AO=52;DP=130;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00966075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2124;QD=14.0747;RBI=0.0111879;REFB=-0.00554805;REVB=0.00564252;RO=77;SAF=33;SAR=19;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984459;STB=0.560162;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0038423;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:78:52:52:0.4:19:33:42:35:19:33:42:36 chr7 100553002 . A G 370.45 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=112;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0195653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.334;QD=13.2303;RBI=0.0236068;REFB=-0.0110162;REVB=-0.0132092;RO=66;SAF=31;SAR=13;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231204;STB=0.624284;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0201712;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:66:68:44:44:0.392857:13:31:33:33:13:31:35:33 chr7 100607851 . C G 264.5 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000959255;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.855;QD=17.6332;RBI=0.0174285;REFB=-0.00996638;REVB=0.017402;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307414;STB=0.517229;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0180794;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:31:31:29:29:0.483333:14:15:15:16:14:15:15:16 chr7 100607871 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00654632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.671;QD=7.12421;RBI=0.0204932;REFB=-0.00699849;REVB=-0.0194195;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158836;STB=0.5978;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0162261;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:6:8:18:23:6:8:18:23 chr7 100608370 . A C 308.26 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0102736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.809;QD=16.2242;RBI=0.0131657;REFB=-0.0142205;REVB=-0.00823337;RO=42;SAF=10;SAR=23;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1747;STB=0.606408;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0171001;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:33:34:0.447368:23:10:7:35:23:11:7:35 chr7 100608375 . G A 314.34 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=0.0383834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.167;QD=17.224;RBI=0.0384459;REFB=0.00861304;REVB=0.00219055;RO=38;SAF=12;SAR=21;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262329;STB=0.642376;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.0174427;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:33:34:0.465753:21:12:5:33:22:12:5:34 chr7 100608778 . TC CT 116.95 PASS AF=0.373134;AO=34;DP=77;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0368683;FXX=0.129853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.795;QD=6.98208;RBI=0.0370251;REFB=-0.0240015;REVB=0.00340407;RO=40;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622604;STB=0.610762;STBP=0.17;TYPE=mnp;VARB=0.086675;OID=.;OPOS=100608778;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:67:40:42:34:25:0.373134:20:14:14:26:11:14:16:26 chr7 100608823 . G T 109.87 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0064691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.488;QD=6.1901;RBI=0.0155411;REFB=-0.0177228;REVB=0.0141307;RO=52;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106868;STB=0.562742;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0291234;OID=.;OPOS=100608823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:52:54:17:17:0.239437:9:8:20:32:9:8:21:33 chr7 100608826 . C G 270.99 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0514228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.319;QD=15.4851;RBI=0.0587493;REFB=-0.0375498;REVB=0.0284108;RO=37;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073087;STB=0.540873;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0528487;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:18:15:14:23:18:15:14:23 chr7 100608868 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0242575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.522;QD=15.1714;RBI=0.0275642;REFB=-0.0279161;REVB=-0.0130905;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124646;STB=0.507196;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0406565;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:11:13:9:8:11:13 chr7 100608884 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0546686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8476;QD=13.2118;RBI=0.0547108;REFB=-0.00569537;REVB=-0.00214952;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110272;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:7:7:11:11:7:7:11:11 chr7 100610069 . C A,T 357.88 PASS AF=0.282051,0.487179;AO=11,19;DP=39;FAO=11,19;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=5,8;FSAR=6,11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0167019,0.019693;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.8623,168.688;QD=36.706;RBI=0.0208122,0.0232774;REFB=0.0424924,-0.0276659;REVB=-0.0124175,-0.0124105;RO=8;SAF=5,8;SAR=6,11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0335209,-0.0430588;STB=0.545372,0.54368;STBP=0.697,0.515;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0122856,0.0166696;OID=.,.;OPOS=100610069,100610069;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:94:39:39:8:9:11,19:11,19:0.282051,0.487179:6,11:5,8:4:4:6,11:5,8:5:4 chr7 100612898 . T C 129.64 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0271665;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.859;QD=8.78926;RBI=0.0291329;REFB=-0.00398975;REVB=-0.0105218;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229605;STB=0.665878;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0140258;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:37:41:18:18:0.305085:8:10:13:24:7:11:15:26 chr7 100612945 . C T 155.49 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0461725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.92;QD=9.28298;RBI=0.046864;REFB=-0.00379806;REVB=0.00802103;RO=46;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17855;STB=0.604981;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00690186;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:46:21:21:0.313433:10:11:17:29:10:11:17:29 chr7 100612952 . G A 127.77 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0259864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.673;QD=8.24307;RBI=0.0260512;REFB=-0.00904114;REVB=-0.00183662;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11627;STB=0.575565;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0331878;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:44:18:18:0.290323:10:8:15:28:10:8:15:29 chr7 100612955 . A ACTG 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0397353;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=264.8;QD=4.36703;RBI=0.0453881;REFB=-0.00609267;REVB=-0.0219359;RO=50;SAF=2;SAR=9;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339861;STB=0.722175;STBP=0.161;TYPE=ins;VARB=0.021201;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183333:11:61:11:60:49:2:9:20:29:65:50:2:9:21:29 chr7 100612961 . G C 83.59 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0185667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.414;QD=6.30905;RBI=0.0250036;REFB=-0.00445777;REVB=-0.0167469;RO=40;SAF=1;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474952;STB=0.812145;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0246816;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:40:41:12:12:0.226415:11:1:14:26:11:1:14:27 chr7 100612969 . A G 87.75 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0282206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.994;QD=6.88241;RBI=0.0376335;REFB=-0.0118195;REVB=-0.0248974;RO=39;SAF=2;SAR=10;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270842;STB=0.675341;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0385026;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:10:2:13:26:10:2:13:26 chr7 100615387 . C T 72.6 PASS AF=0.178082;AO=12;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0211426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3919;QD=3.97833;RBI=0.0582825;REFB=-0.0112968;REVB=0.0543125;RO=59;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739718;STB=0.509539;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0579031;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:59:60:12:13:0.178082:6:6:33:26:6:7:33:27 chr7 100624718 . G C 1065.19 PASS AF=1;AO=73;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6808;QD=55.3344;RBI=0.0964382;REFB=-0.14416;REVB=0.0963468;RO=4;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116939;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:4:0:73:77:1:40:33:0:4:44:33:0:0 chr7 100634476 . C G 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6294;QD=57.6691;RBI=0.141513;REFB=0;REVB=0.042562;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347193;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr7 100634640 . T G 633.22 PASS AF=0.825397;AO=51;DP=63;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00852935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.18;QD=40.2042;RBI=0.0417745;REFB=-0.0942798;REVB=0.0408945;RO=10;SAF=28;SAR=23;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157996;STB=0.517235;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.010513;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:63:63:10:11:51:52:0.825397:23:28:6:4:24:28:7:4 chr7 100634921 . AG GA 67.72 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0236328;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=74.4666;QD=5.64297;RBI=0.0270052;REFB=-0.00571925;REVB=0.0130679;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229612;STB=0.64484;STBP=0.356;TYPE=mnp;VARB=0.0507058;OID=.;OPOS=100634921;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:47:48:37:38:10:10:0.208333:8:2:13:24:8:2:13:25 chr7 100634933 . G C 70.47 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0104822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1589;QD=6.71168;RBI=0.0391243;REFB=-0.000508332;REVB=-0.037694;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134115;STB=0.586479;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.000335305;OID=.;OPOS=100634933;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:42:42:32:32:10:10:0.238095:8:2:9:23:8:2:9:23 chr7 100634964 . C A 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00937037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.58;QD=59.425;RBI=0.0094374;REFB=-0.0274001;REVB=0.00112277;RO=1;SAF=8;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055096;STB=0.529397;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000296409;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:34:8:1:0:34:8:1:0 chr7 100635375 . A C 325.51 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.723;QD=54.2512;RBI=0.159222;REFB=0;REVB=0.0214236;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706894;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:24:0:0:21:24:1:17:4:0:0:14:10:0:0 chr7 100635591 . C A 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.888;QD=56.7846;RBI=0.0294367;REFB=-0.0964378;REVB=0.0135998;RO=1;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153876;STB=0.513545;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00134517;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:30:11:0:1:30:11:1:1 chr7 100635661 . T C 972.63 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.43;QD=58.9475;RBI=0.0218769;REFB=0;REVB=0.0177482;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77647e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:40:25:0:0:41:25:0:0 chr7 100635679 . C G 1256.78 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0232536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.058;QD=59.1424;RBI=0.036297;REFB=-0.0920315;REVB=0.02787;RO=2;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201455;STB=0.510636;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00069932;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:46:37:0:2:46:37:0:2 chr7 100638856 . A C,G 714.27 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=2,49;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707887,0.028033;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.726,68.2024;QD=56.0208;RBI=0.0630766,0.0446551;REFB=0,0;REVB=-0.0626781,0.0347595;RO=0;SAF=0,35;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.22152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.196162,0.00146461;OID=.,.;OPOS=100638856,100638856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:51:0:0:2,49:2,49:0.0392157,0.960784:2,14:0,35:0:0:2,14:0,35:0:0 chr7 100639012 . C T 323.9 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5373;QD=53.9828;RBI=0.176037;REFB=0;REVB=0.0253013;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245254;OID=.;OPOS=100639012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr7 100639040 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.353;QD=42.1826;RBI=0.0339032;REFB=0;REVB=-0.000103171;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270056;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr7 100639049 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.462;QD=39.2062;RBI=0.0712936;REFB=0;REVB=0.00127674;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165174;OID=.;OPOS=100639049;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 100639054 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.866;QD=35.5759;RBI=0.0470191;REFB=0;REVB=0.00900614;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684646;OID=.;OPOS=100639054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr7 100643477 . A C 282.01 PASS AF=0.268966;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=145;FR=.;FRO=106;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=59;FWDB=-0.0113305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.282;QD=7.77955;RBI=0.0129562;REFB=-0.00755666;REVB=-0.00628354;RO=99;SAF=27;SAR=12;SRF=43;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314692;STB=0.683328;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0193744;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:99:106:39:39:0.268966:12:27:43:56:12:27:47:59 chr7 100643547 . G A 55.87 PASS AF=0.0857143;AO=18;DP=210;FAO=18;FDP=210;FR=.;FRO=192;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=126;FSRR=66;FWDB=-0.0277328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.513;QD=1.06413;RBI=0.0282476;REFB=-0.00495589;REVB=-0.00536798;RO=192;SAF=10;SAR=8;SRF=126;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123341;STB=0.595086;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.039261;OID=.;OPOS=100643547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:210:210:192:192:18:18:0.0857143:8:10:126:66:8:10:126:66 chr7 100643832 . C G 85.01 PASS AF=0.150442;AO=17;DP=113;FAO=17;FDP=113;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=66;FWDB=-0.0405625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.291;QD=3.0091;RBI=0.040981;REFB=-0.00337783;REVB=0.00584157;RO=95;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145706;STB=0.589701;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.013608;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:113:113:95:96:17:17:0.150442:10:7:29:66:10:7:30:66 chr7 100643843 . G A 66.06 PASS AF=0.144444;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=90;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=61;FWDB=-0.0520541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.259;QD=2.9361;RBI=0.0576382;REFB=-0.00459117;REVB=-0.0247495;RO=72;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349161;STB=0.725711;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0394027;OID=.;OPOS=100643843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:85:90:72:77:13:13:0.144444:7:6:15:57:7:6:16:61 chr7 100643876 . C T 64.78 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.0221182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9637;QD=3.54969;RBI=0.0221258;REFB=0.0105864;REVB=-0.000581866;RO=60;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206365;STB=0.638617;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0243927;OID=.;OPOS=100643876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:60:61:12:12:0.164384:7:5:16:44:7:5:16:45 chr7 100647819 . C T 198.83 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.033;QD=44.1847;RBI=0.0992783;REFB=-0.0147434;REVB=0.0918767;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00102541;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr7 100647875 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.867;QD=52.6132;RBI=0.0526141;REFB=0;REVB=0.00677125;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035572;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr7 100647920 . A C 312.9 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0117665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.938;QD=50.0639;RBI=0.0732597;REFB=-0.0672553;REVB=0.0723086;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00427596;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:16:8:0:1:16:8:0:1 chr7 100648029 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4534;QD=37.4881;RBI=0.0140609;REFB=0;REVB=-7.62161e-05;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000981838;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 100648117 . C G 104.93 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391458;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8685;QD=38.1579;RBI=0.0668633;REFB=-0.198356;REVB=0.0542062;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.032683;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:4:6:0:0:4:6:1:0 chr7 100675512 . G A 47.66 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0285054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0019;QD=11.9139;RBI=0.0303968;REFB=0.00977611;REVB=-0.010555;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0107587;OID=.;OPOS=100675512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr7 100675976 . G A 138.38 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.000972209;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.636;QD=10.8535;RBI=0.00925689;REFB=-0.0190399;REVB=0.00920569;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198062;STB=0.616307;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0259806;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:9:8:22:12:9:8:22:12 chr7 100676409 . C T 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0095742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.026;QD=12.3937;RBI=0.023477;REFB=0.00239597;REVB=-0.021436;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323337;STB=0.519057;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00550332;OID=.;OPOS=100676409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:6:8:13:11:6:8:13:11 chr7 100677279 . G C 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0909268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4188;QD=4.46128;RBI=0.0920405;REFB=0.00493968;REVB=0.0142746;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222387;STB=0.651662;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0263618;OID=.;OPOS=100677279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:12:13:2:4:12:13 chr7 100677285 . G A 35.5 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0346735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4605;QD=5.46198;RBI=0.0376858;REFB=0.0179617;REVB=0.0147638;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19752;STB=0.631132;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0583867;OID=.;OPOS=100677285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:10:10:2:4:10:10 chr7 100677378 . C A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0130274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.147;QD=7.04803;RBI=0.0144557;REFB=-0.00707547;REVB=-0.00626519;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.599733;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0176556;OID=.;OPOS=100677378;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:14:8:2:6:14:8 chr7 100677405 . G A 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0440033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.418;QD=6.66127;RBI=0.044473;REFB=-0.00322901;REVB=-0.00644689;RO=30;SAF=9;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444872;STB=0.817411;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0141136;OID=.;OPOS=100677405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:30:32:10:10:0.238095:1:9:19:11:1:9:19:13 chr7 100677409 . G A 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0286561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.074;QD=7.08556;RBI=0.0380534;REFB=-0.000885129;REVB=-0.0250377;RO=31;SAF=10;SAR=1;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512764;STB=0.832593;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00272201;OID=.;OPOS=100677409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:45:31:34:11:11:0.244444:1:10:18:13:1:10:20:14 chr7 100677415 . T C 32.6 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0120519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.557;QD=2.77406;RBI=0.0155005;REFB=-0.00191016;REVB=-0.0097477;RO=41;SAF=2;SAR=4;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44977;STB=0.809326;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00760343;OID=.;OPOS=100677415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:4:2:30:11:4:2:30:11 chr7 100677455 . G A 222.09 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0153253;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.528;QD=14.1007;RBI=0.0215296;REFB=-0.0103244;REVB=0.0151214;RO=37;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140687;STB=0.580581;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0121395;OID=.;OPOS=100677455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:8:18:21:16:8:18:21:16 chr7 100677457 . G T 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0335134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.049;QD=2.09327;RBI=0.0347609;REFB=-0.00177035;REVB=-0.00922884;RO=57;SAF=3;SAR=4;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235381;STB=0.674863;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0174019;OID=.;OPOS=100677457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:57:57:7:7:0.109375:4:3:36:21:4:3:36:21 chr7 100677502 . G A 69.19 PASS AF=0.160494;AO=12;DP=80;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00733567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.019;QD=3.41682;RBI=0.00915321;REFB=-0.00203356;REVB=-0.00547441;RO=68;SAF=7;SAR=5;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02521;STB=0.510961;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0122078;OID=.;OPOS=100677502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:81:68:68:12:13:0.160494:5:7:41:27:5:8:41:27 chr7 100677516 . A G 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=-0.0283703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.661;QD=2.29759;RBI=0.0317528;REFB=-0.00348828;REVB=0.0142606;RO=70;SAF=6;SAR=4;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505144;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0185165;OID=.;OPOS=100677516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:70:71:10:10:0.123457:4:6:42:28:4:6:43:28 chr7 100677519 . C T 47.27 PASS AF=0.126582;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.00740641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.946;QD=2.39349;RBI=0.0507131;REFB=-0.014946;REVB=-0.0501694;RO=68;SAF=6;SAR=4;SRF=41;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372703;STB=0.505253;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0296452;OID=.;OPOS=100677519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:79:79:68:69:10:10:0.126582:4:6:41:27:4:6:41:28 chr7 100677523 . A C 170.01 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0027965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.345;QD=8.83146;RBI=0.0187674;REFB=-0.0232536;REVB=-0.0185579;RO=54;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119867;STB=0.571365;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0479587;OID=.;OPOS=100677523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:8:15:30:24:8:15:30:24 chr7 100677526 . A C 169.75 PASS AF=0.298701;AO=22;DP=76;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=0.00893507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.58;QD=8.81816;RBI=0.00898444;REFB=-0.00822266;REVB=0.00094052;RO=54;SAF=14;SAR=8;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077858;STB=0.558172;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0168399;OID=.;OPOS=100677526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:54:54:22:23:0.298701:8:14:31:23:8:15:31:23 chr7 100677556 . A C 55.19 PASS AF=0.150685;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=73;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00553028;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.389;QD=3.024;RBI=0.00771005;REFB=-0.0047766;REVB=-0.00537223;RO=61;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148969;STB=0.516343;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0320382;OID=.;OPOS=100677556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:73:73:61:62:11:11:0.150685:5:6:34:27:5:6:35:27 chr7 100677572 . A G 64.79 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0100534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2231;QD=3.55023;RBI=0.0439426;REFB=-0.00229169;REVB=0.0427771;RO=60;SAF=7;SAR=5;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421774;STB=0.522107;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0181429;OID=.;OPOS=100677572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:60:61:12:12:0.164384:5:7:33:27:5:7:34:27 chr7 100677586 . A G 43.57 PASS AF=0.125;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0100744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2501;QD=2.42043;RBI=0.0484798;REFB=-0.0033346;REVB=-0.0474215;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551522;STB=0.52824;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0418634;OID=.;OPOS=100677586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:72:60:63:9:9:0.125:4:5:36:24:4:5:37:26 chr7 100677625 . G A 63.94 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.0400976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9929;QD=2.69218;RBI=0.0422177;REFB=-0.000876113;REVB=0.0132107;RO=79;SAF=8;SAR=5;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101679;STB=0.505112;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00467377;OID=.;OPOS=100677625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:95:95:79:82:13:13:0.136842:5:8:48:31:5:8:50:32 chr7 100677630 . C T 289.8 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.0182526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6946;QD=11.8286;RBI=0.018492;REFB=0.00081939;REVB=0.00296602;RO=63;SAF=24;SAR=10;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129903;STB=0.58216;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00102037;OID=.;OPOS=100677630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:64:34:34:0.346939:10:24:38:25:10:24:38:26 chr7 100677645 . C A 62.72 PASS AF=0.13;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=28;FWDB=0.012531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.871;QD=2.50881;RBI=0.0258506;REFB=0.000666473;REVB=-0.0226103;RO=86;SAF=9;SAR=4;SRF=59;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900672;STB=0.514264;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.00560869;OID=.;OPOS=100677645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:100:86:87:13:13:0.13:4:9:59:27:4:9:59:28 chr7 100677704 . C T 101.55 PASS AF=0.15748;AO=21;DP=127;FAO=20;FDP=127;FR=.;FRO=107;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=69;FSRR=38;FWDB=0.0523551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6909;QD=3.19846;RBI=0.0974564;REFB=0.00211895;REVB=0.0821991;RO=99;SAF=16;SAR=5;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18785;STB=0.663849;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00799386;OID=.;OPOS=100677704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:99:107:21:20:0.15748:5:16:63:36:4:16:69:38 chr7 100677714 . C T 161.21 PASS AF=0.203008;AO=27;DP=134;FAO=27;FDP=133;FR=.;FRO=106;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=37;FWDB=-0.00886301;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.056;QD=4.84831;RBI=0.0202958;REFB=-0.0121397;REVB=-0.0182584;RO=105;SAF=18;SAR=9;SRF=68;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026859;STB=0.513956;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0425865;OID=.;OPOS=100677714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:105:106:27:27:0.203008:9:18:68:37:9:18:69:37 chr7 100677816 . G A 220.48 PASS AF=0.268908;AO=32;DP=119;FAO=32;FDP=119;FR=.;FRO=87;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.0230655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7964;QD=7.41111;RBI=0.0304654;REFB=0.0107804;REVB=-0.0199028;RO=82;SAF=10;SAR=22;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276214;STB=0.683762;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0322562;OID=.;OPOS=100677816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:82:87:32:32:0.268908:22:10:44:38:22:10:49:38 chr7 100677944 . T C 435.58 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0349668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.855;QD=18.5355;RBI=0.0448242;REFB=-0.0265018;REVB=-0.0280451;RO=50;SAF=21;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116722;STB=0.565;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.030433;OID=.;OPOS=100677944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:23:21:30:20:23:21:30:20 chr7 100677974 . A G 56.19 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.0299656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.588;QD=2.34119;RBI=0.0516521;REFB=-0.00158537;REVB=0.0420714;RO=80;SAF=7;SAR=5;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261187;STB=0.521241;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0162183;OID=.;OPOS=100677974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:80:84:12:12:0.125:5:7:45:35:5:7:47:37 chr7 100677988 . T A 96.83 PASS AF=0.17;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.031005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3492;QD=3.87333;RBI=0.038978;REFB=-0.0017886;REVB=0.0236214;RO=83;SAF=10;SAR=7;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128795;STB=0.508465;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00685884;OID=.;OPOS=100677988;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:100:83:83:17:17:0.17:7:10:48:35:7:10:48:35 chr7 100678013 . G A 59.23 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=38;FWDB=-0.03766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0085;QD=2.21407;RBI=0.052975;REFB=0.000682618;REVB=-0.0372568;RO=93;SAF=7;SAR=6;SRF=56;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796439;STB=0.550943;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00902485;OID=.;OPOS=100678013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:107:93:94:13:13:0.121495:6:7:56:37:6:7:56:38 chr7 100678086 . T C 1394.76 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.086;QD=62.6857;RBI=0.0323928;REFB=0;REVB=0.0228537;RO=0;SAF=59;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345898;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:30:59:0:0:30:59:0:0 chr7 100678372 . T G 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0167572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.355;QD=8.80923;RBI=0.0426389;REFB=-0.0233795;REVB=-0.0392081;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186603;STB=0.614231;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0591985;OID=.;OPOS=100678372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:13:10:6:4:13:10 chr7 100678404 . CT CC,GC 39.64 PASS AF=0.285714,0;AO=6,2;DP=24;FAO=6,0;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0125601,-0.00166982;FXX=0.124948;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=161.208,151.434;QD=7.55098;RBI=0.0235851,0.0129745;REFB=-0.00624863,-0.00447588;REVB=-0.0199626,-0.0128666;RO=15;SAF=3,0;SAR=3,2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.187526,-0.61514;STB=0.618673,0.5;STBP=0.536,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0146757,0;OID=.,.;OPOS=100678405,100678404;OREF=T,CT;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:21:15:15:6,2:6,0:0.285714,0:3,2:3,0:10:5:3,0:3,0:10:5 chr7 100678407 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0237385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.872;QD=8.24613;RBI=0.0290896;REFB=-0.00848915;REVB=0.0168134;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255737;STB=0.657802;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0225075;OID=.;OPOS=100678407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:10:5:4:3:10:5 chr7 100678740 . T C 155.82 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0105783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.334;QD=17.808;RBI=0.0974967;REFB=-0.0167243;REVB=-0.0969211;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163235;STB=0.542205;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0120663;OID=.;OPOS=100678740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:15:17:0.485714:7:8:12:5:7:10:12:6 chr7 100678820 . T C 209.23 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.000689395;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8409;QD=25.3606;RBI=0.018641;REFB=-0.0145964;REVB=0.0186283;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127709;STB=0.545409;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0116376;OID=.;OPOS=100678820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:13:19:20:0.606061:10:9:9:5:10:10:8:5 chr7 100679136 . T C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00537251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8081;QD=11.4387;RBI=0.0101778;REFB=-0.0090211;REVB=-0.00864427;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0160046;OID=.;OPOS=100679136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chr7 100679296 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.033927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.397;QD=5.00547;RBI=0.0359215;REFB=-0.00280222;REVB=0.0118031;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239764;STB=0.666032;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00516503;OID=.;OPOS=100679296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:15:7:1:5:15:7 chr7 100679316 . T A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00346401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4251;QD=3.88755;RBI=0.0267146;REFB=-0.00935307;REVB=-0.0264891;RO=29;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374255;STB=0.768239;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0300714;OID=.;OPOS=100679316;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:1:5:16:13:1:5:16:13 chr7 100679318 . A C 30.31 PASS AF=0.176471;AO=5;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00559917;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.484;QD=3.56566;RBI=0.0406724;REFB=-0.00374972;REVB=-0.0402852;RO=27;SAF=4;SAR=1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275728;STB=0.776763;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0177206;OID=.;OPOS=100679318;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:34:34:27:28:5:6:0.176471:1:4:16:11:1:5:15:13 chr7 100679366 . A G 265.84 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.038904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.469;QD=21.2673;RBI=0.0416497;REFB=0.000218298;REVB=0.014872;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919975;STB=0.559952;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.000461544;OID=.;OPOS=100679366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:24:25:0.5:13:11:14:11:14:11:14:11 chr7 100679694 . C A 34.38 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0237746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1163;QD=3.92892;RBI=0.0287511;REFB=-0.0150157;REVB=0.0161676;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204699;STB=0.514238;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0412613;OID=.;OPOS=100679694;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:14:15:3:3:14:15 chr7 100679752 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00520904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.232;QD=7.52613;RBI=0.0388478;REFB=-0.0101186;REVB=-0.038497;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.570314;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0261666;OID=.;OPOS=100679752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:11:13:4:5:11:13 chr7 100679754 . C G 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0243619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3639;QD=7.79795;RBI=0.043811;REFB=0.00724351;REVB=0.036413;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889948;STB=0.555432;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0137794;OID=.;OPOS=100679754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:11:12:4:5:11:12 chr7 100679809 . C T 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00416023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.871;QD=14.0975;RBI=0.0404753;REFB=-0.0143635;REVB=-0.0402609;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171008;STB=0.599845;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0360397;OID=.;OPOS=100679809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:8:10:5:8:8:10 chr7 100679902 . A G 88.08 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0730558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8223;QD=14.093;RBI=0.0999857;REFB=-0.00542666;REVB=0.0682641;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302009;STB=0.689811;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0142945;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:14:14:10:11:0.44:6:4:10:4:7:4:10:4 chr7 100680370 . C T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00478006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.398;QD=14.0962;RBI=0.00479116;REFB=-0.0345706;REVB=-0.000325947;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0363919;OID=.;OPOS=100680370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:6:8:7:4:6:8 chr7 100680939 . C A 258.2 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0112617;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.356;QD=16.1377;RBI=0.0182877;REFB=-0.020731;REVB=0.0144088;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086808;STB=0.504893;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0242199;OID=.;OPOS=100680939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:35:29:29:0.453125:13:16:19:16:13:16:19:16 chr7 100680983 . G A 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.000310124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.4;QD=23.4423;RBI=0.00575609;REFB=-0.0233441;REVB=-0.00574773;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564622;STB=0.531116;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0112375;OID=.;OPOS=100680983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:15:16:13:9:15:16:13:9 chr7 100681172 . A G 165.08 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0319199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.033;QD=14.3549;RBI=0.0321046;REFB=-0.011566;REVB=0.00343861;RO=28;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775601;STB=0.516111;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0105422;OID=.;OPOS=100681172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:12:5:10:18:12:6:10:18 chr7 100681359 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4092;QD=40.7621;RBI=0.0557892;REFB=0;REVB=-0.0546039;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230091;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr7 100681762 . A G 563.62 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0816111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.642;QD=57.807;RBI=0.0816192;REFB=0.0671637;REVB=0.00115552;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000180335;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr7 100682831 . C G 38.67 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0285098;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.411;QD=8.14024;RBI=0.0288044;REFB=-0.0166157;REVB=-0.00410898;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.036562;OID=.;OPOS=100682831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:6:6:2:4:7:6 chr7 100682843 . C G 47.73 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=6.24408e-05;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.515;QD=10.0486;RBI=0.0324638;REFB=-0.0115307;REVB=-0.0324638;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0189147;OID=.;OPOS=100682843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:7:5:2:5:7:5 chr7 100683036 . T C 34.89 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0596906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.198;QD=2.28765;RBI=0.0598589;REFB=0.00028414;REVB=0.00448497;RO=53;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182389;STB=0.641813;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00724581;OID=.;OPOS=100683036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:53:54:7:7:0.114754:4:3:31:22:4:3:32:22 chr7 100683336 . C T 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00903144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.847;QD=14.0972;RBI=0.0349791;REFB=-0.0098142;REVB=0.033793;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236675;STB=0.639731;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00981913;OID=.;OPOS=100683336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:7:7:3:8:7:7 chr7 100684550 . A G 191.49 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00255823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6852;QD=15.6322;RBI=0.00448777;REFB=-0.00523329;REVB=0.00368721;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510408;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00786061;OID=.;OPOS=100684550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:16:13:8:12:16:13 chr7 100684593 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0125151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.664;QD=19.3697;RBI=0.019913;REFB=-0.0170242;REVB=-0.0154887;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.518496;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0117906;OID=.;OPOS=100684593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:7:9:8:6:7:9:9:6 chr7 100692680 . T G 998.21 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.000457191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.844;QD=53.9572;RBI=0.0152575;REFB=0.0300517;REVB=-0.0152506;RO=4;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222628;STB=0.511298;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00550308;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:73:74:4:4:69:70:0.945946:37:32:1:3:38:32:1:3 chr7 100695138 . G A 197.54 PASS AF=0.458333;AO=19;DP=45;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00488451;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.592;QD=16.4617;RBI=0.00937229;REFB=-0.0203408;REVB=-0.00799883;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904698;STB=0.586389;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.034513;OID=.;OPOS=100695138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:26:26:19:22:0.458333:10:9:10:16:10:12:10:16 chr7 100731505 . C G 239.4 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6579;QD=50.4009;RBI=0.0520596;REFB=0;REVB=-0.0488824;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222554;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 100731829 . T C 1877.23 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380429;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.302;QD=61.5486;RBI=0.0923839;REFB=0;REVB=0.0841874;RO=0;SAF=53;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248953;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:122:0:0:115:122:1:62:53:0:0:68:54:0:0 chr7 100732321 . C T 685.47 PASS AF=0.615385;AO=63;DP=103;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=51;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00615238;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.698;QD=26.3642;RBI=0.0104132;REFB=-0.0027124;REVB=-0.00840133;RO=39;SAF=12;SAR=51;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122035;STB=0.553848;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00161972;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:39:40:63:64:0.615385:51:12:12:27:51:13:12:28 chr7 100733100 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.622;QD=39.2067;RBI=0.105234;REFB=0;REVB=0.0834769;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193431;OID=.;OPOS=100733100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 100771717 . G A 323.47 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0301602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0269;QD=16.8037;RBI=0.0413234;REFB=-0.00991031;REVB=0.0282486;RO=38;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086723;STB=0.54664;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0170458;OID=.;OPOS=100771717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:42:35:35:0.454545:18:17:22:16:18:17:24:18 chr7 100802786 . A G 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=18;FWDB=-0.00733075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.058;QD=9.36325;RBI=0.0185099;REFB=-0.00796035;REVB=-0.0169964;RO=62;SAF=24;SAR=3;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347299;STB=0.711672;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0152125;OID=.;OPOS=100802786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:3:24:44:18:3:24:44:18 chr7 100817901 . A G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00671066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.635;QD=13.1196;RBI=0.0150383;REFB=0.00385564;REVB=-0.013458;RO=38;SAF=8;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225266;STB=0.629523;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.00651128;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:17:8:20:18:17:8:20:18 chr7 100839401 . G A 70.56 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0702795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3954;QD=17.6393;RBI=0.0891248;REFB=0.0379774;REVB=0.054809;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186168;STB=0.608447;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0219807;OID=.;OPOS=100839401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:4:3:6:3:4:3 chr7 100845051 . C T 455.19 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0488551;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4129;QD=16.5525;RBI=0.0546521;REFB=-0.0266527;REVB=-0.0244955;RO=57;SAF=37;SAR=13;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161904;STB=0.580611;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0363864;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:57:60:50:50:0.454545:13:37:34:23:13:37:37:23 chr7 100852199 . G C 155.94 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0582405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.808;QD=15.5941;RBI=0.0584298;REFB=-0.00389206;REVB=-0.00469958;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.50442;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0023352;OID=.;OPOS=100852199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:16:17:0.425:8:8:11:12:9:8:11:12 chr7 100859543 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0392953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.701;QD=12.9421;RBI=0.039304;REFB=-0.0322065;REVB=0.000824026;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207063;STB=0.622468;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.045387;OID=.;OPOS=100859543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:11:14:11:4:11:14 chr7 101006376 . C T 295.75 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0395098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.724;QD=22.3204;RBI=0.0446306;REFB=-0.0333803;REVB=0.0207574;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00361899;STB=0.518649;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0184516;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:23:30:30:0.566038:13:17:12:9:13:17:14:9 chr7 101006382 . C T 329.61 PASS AF=0.615385;AO=29;DP=50;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.169629;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0044;QD=25.3546;RBI=0.208298;REFB=-0.0188665;REVB=0.120889;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139364;STB=0.557657;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.019434;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:20:29:32:0.615385:15:14:14:7:16:16:13:7 chr7 101200669 . A AG 701.86 PASS AF=1;AO=76;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.2872;QD=31.5441;RBI=0.0773065;REFB=0;REVB=-0.0352585;RO=11;SAF=48;SAR=28;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00140136;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:91:89:89:0:53:36:0:0:16:11:48:28:6:5 chr7 101844851 . A G 468.84 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.0389423;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2427;QD=15.6279;RBI=0.0475328;REFB=-0.0220658;REVB=-0.0272555;RO=66;SAF=20;SAR=32;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256614;STB=0.516123;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0269286;OID=.;OPOS=101844851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:68:52:52:0.433333:32:20:27:39:32:20:28:40 chr7 101870800 . C T 408.17 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0108214;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.022;QD=17.5559;RBI=0.0166572;REFB=-0.0328038;REVB=0.0126633;RO=49;SAF=15;SAR=27;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932772;STB=0.565186;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.027882;OID=.;OPOS=101870800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:49:51:42:42:0.451613:27:15:22:27:27:15:24:27 chr7 101892833 . C T 333.46 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.020534;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3688;QD=21.5134;RBI=0.0407199;REFB=0.0104431;REVB=0.0351634;RO=27;SAF=8;SAR=26;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137361;STB=0.589442;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0140011;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:28:34:34:0.548387:26:8:10:17:26:8:11:17 chr7 101916647 . A G 784.19 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.249;QD=55.0308;RBI=0.0280152;REFB=-0.0160735;REVB=-0.00440818;RO=1;SAF=43;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348843;STB=0.518512;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000309489;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:13:43:0:1:13:43:0:1 chr7 101917521 . G A 374.98 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0145412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.349;QD=49.9975;RBI=0.0306261;REFB=-0.182224;REVB=0.0269539;RO=2;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00444442;STB=0.502391;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00606192;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:13:15:1:1:13:15:1:1 chr7 101928495 . G C 302.27 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0216322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.48;QD=19.501;RBI=0.0258922;REFB=-0.038393;REVB=0.0142287;RO=29;SAF=8;SAR=24;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286858;STB=0.654442;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0383076;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:24:8:16:13:24:8:16:14 chr7 102063527 . G C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.12;QD=54.5177;RBI=0.0494083;REFB=0;REVB=0.0106834;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493954;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr7 102087202 . T C 499.18 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0294778;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.684;QD=23.7706;RBI=0.0397337;REFB=0.00467662;REVB=0.0266426;RO=36;SAF=19;SAR=28;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772202;STB=0.53705;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0031292;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:36:37:47:47:0.559524:28:19:18:18:28:19:18:19 chr7 102108152 . C T 393.27 PASS AF=0.446809;AO=41;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0241441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7685;QD=16.7349;RBI=0.0398942;REFB=-0.036115;REVB=0.0317586;RO=49;SAF=14;SAR=27;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209265;STB=0.623018;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0616194;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:52:41:42:0.446809:27:14:27:22:27:15:30:22 chr7 102111936 . G A 609.7 PASS AF=0.466667;AO=63;DP=135;FAO=63;FDP=135;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=56;FWDB=-0.00049103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.686;QD=18.0651;RBI=0.00422445;REFB=-0.0286937;REVB=-0.00419582;RO=72;SAF=23;SAR=40;SRF=16;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156009;STB=0.585962;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0257683;OID=.;OPOS=102111936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:72:72:63:63:0.466667:40:23:16:56:40:23:16:56 chr7 102111980 . C T 526.99 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=48;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.031678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.218;QD=20.2688;RBI=0.0319343;REFB=-0.0239329;REVB=0.00403759;RO=49;SAF=6;SAR=48;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257209;STB=0.655669;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0178474;OID=.;OPOS=102111980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:49:50:54:54:0.519231:48:6:13:36:48:6:14:36 chr7 102114087 . C T 385.68 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0414083;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6111;QD=30.854;RBI=0.0439566;REFB=-0.0137754;REVB=-0.0147493;RO=18;SAF=13;SAR=19;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629628;STB=0.534505;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00591279;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:19:13:9:9:19:13:9:9 chr7 102119322 . T C 219.19 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.064203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.474;QD=13.9167;RBI=0.0643514;REFB=-0.0218985;REVB=0.0043683;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104207;STB=0.549468;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0376671;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:14:12:13:23:14:12:14:23 chr7 102210320 . G C 51.66 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0335098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.5;QD=5.90453;RBI=0.0359254;REFB=-0.0144202;REVB=0.0129508;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25504;STB=0.663937;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0460235;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:5:3:16:11:5:3:16:11 chr7 102212939 . G C 143.81 PASS AF=0.19084;AO=24;DP=132;FAO=25;FDP=131;FR=.;FRO=106;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=45;FSRR=61;FWDB=-0.0189877;FXX=0.0150365;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3689;QD=4.39115;RBI=0.0213786;REFB=-0.00822265;REVB=-0.00982411;RO=104;SAF=9;SAR=15;SRF=43;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512385;STB=0.554869;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0395652;OID=.;OPOS=102212939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:104:106:24:25:0.19084:15:9:43:61:16:9:45:61 chr7 102235769 . T C 111.0 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000530688;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6023;QD=14.3227;RBI=0.00435007;REFB=0.0199172;REVB=-0.00431757;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130315;STB=0.575645;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0262833;OID=.;OPOS=102235769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:12:6:6:7:12:6 chr7 102279621 . C T 144.62 PASS AF=0.173913;AO=15;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0110273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.73;QD=6.28798;RBI=0.0165583;REFB=0.00174314;REVB=-0.0123522;RO=59;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644414;STB=0.882233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166716;OID=.;OPOS=102279621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:92:92:59:67:15:16:0.173913:2:13:18:41:2:14:26:41 chr7 102389833 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184745;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.956;QD=52.6132;RBI=0.0410237;REFB=0;REVB=0.0366283;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94597e-05;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr7 102462636 . T C 327.16 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0393234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.01;QD=17.6843;RBI=0.0459197;REFB=-0.0256528;REVB=-0.0237125;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121943;STB=0.568091;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0365536;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:15:24:17:18:15:24 chr7 102462809 . C T 66.8 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0222966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.922;QD=12.7247;RBI=0.0435613;REFB=-0.0103982;REVB=-0.0374226;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0157505;OID=.;OPOS=102462809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:6:6:5:4:6:6 chr7 102495249 . T C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00942976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.648;QD=11.623;RBI=0.045269;REFB=-0.0145325;REVB=0.0442759;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841027;STB=0.538427;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0284319;OID=.;OPOS=102495249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:38:22:22:0.366667:10:12:23:14:10:12:23:15 chr7 102574999 . TGAA T 291.32 PASS AF=0.5;AO=27;DP=61;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00807588;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.158;QD=18.2075;RBI=0.0155381;REFB=-0.0120506;REVB=0.0132745;RO=29;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355784;STB=0.515615;STBP=0.82;TYPE=del;VARB=0.0091168;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:27:61:32:64:32:16:16:17:15:99:29:15:12:15:14 chr7 102668001 . A C 792.13 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0485627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.382;QD=53.7034;RBI=0.0487731;REFB=0.00719469;REVB=0.00452605;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324978;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-6.57798e-05;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:28:29:0:2:28:29:0:2 chr7 102740683 . G A 546.83 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00796891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.867;QD=53.3496;RBI=0.0186368;REFB=-0.0517709;REVB=-0.0168472;RO=3;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623306;STB=0.533316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000333188;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:37:38:0.926829:21:16:0:3:21:17:0:3 chr7 102742144 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.94;QD=51.1797;RBI=0.0156076;REFB=0;REVB=-0.000316776;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182641;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr7 102743893 . C T 410.93 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0734;QD=56.6796;RBI=0.0944611;REFB=0;REVB=-0.0413156;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461827;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr7 102760511 . A C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0444769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.333;QD=16.1723;RBI=0.0477583;REFB=-0.0402594;REVB=0.0173972;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0429437;OID=.;OPOS=102760511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr7 102948040 . T C 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00230524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.773;QD=18.4267;RBI=0.00602244;REFB=-0.0194187;REVB=-0.00556378;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.538017;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0156511;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:11:17:18:9:11:17:19:9 chr7 103007949 . A C 1064.68 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00122952;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.469;QD=58.3388;RBI=0.0141287;REFB=-0.0864525;REVB=0.0140751;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414913;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:72:73:0:0:70:73:1:30:40:0:0:32:41:0:0 chr7 103073964 . T C 72.71 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0145341;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.756;QD=8.0794;RBI=0.0456245;REFB=-0.00756436;REVB=0.0432476;RO=27;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263994;STB=0.65188;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0321107;OID=.;OPOS=103073964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:27:26:10:10:0.277778:6:4:17:10:6:4:16:10 chr7 103073979 . G C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00707619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.476;QD=5.19173;RBI=0.0169013;REFB=-0.0033629;REVB=0.0153487;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219624;STB=0.643674;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.044757;OID=.;OPOS=103073979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:4:3:16:10:4:3:16:10 chr7 103073993 . T C 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0459239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.678;QD=5.78799;RBI=0.0566609;REFB=-0.00840258;REVB=-0.0331882;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209277;STB=0.635141;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0176192;OID=.;OPOS=103073993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:14:9:4:3:14:9 chr7 103124207 . T C 486.7 PASS AF=0.452991;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00220648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8448;QD=16.6393;RBI=0.0123223;REFB=-0.0275222;REVB=0.0121231;RO=64;SAF=21;SAR=31;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187043;STB=0.607815;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.026284;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:64:52:53:0.452991:31:21:38:26:32:21:38:26 chr7 103124785 . T C 189.79 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0107029;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.632;QD=15.1829;RBI=0.0171931;REFB=-0.0120965;REVB=-0.0134554;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208654;STB=0.63001;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0185339;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:21:21:0.42:7:14:13:15:7:14:13:16 chr7 103155705 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.924;QD=63.2828;RBI=0.0117842;REFB=0;REVB=-0.000751137;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16775e-05;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr7 103180872 . A G 245.92 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00916522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9159;QD=15.8655;RBI=0.00917984;REFB=-0.00981189;REVB=-0.000517912;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485573;STB=0.527427;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00690574;OID=.;OPOS=103180872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:15:19:17:11:15:19 chr7 103251161 . G C 279.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00795015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.585;QD=14.1724;RBI=0.0109555;REFB=-0.00597053;REVB=-0.00753777;RO=47;SAF=20;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100692;STB=0.557341;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00885908;OID=.;OPOS=103251161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:12:20:25:22:12:20:25:22 chr7 103389954 . A G 133.8 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0673828;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.776;QD=10.7041;RBI=0.068777;REFB=-0.00648029;REVB=0.0137776;RO=34;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21029;STB=0.627409;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0137481;OID=.;OPOS=103389954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:13:3:11:23:13:3:11:23 chr7 104263425 . T C 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.461;QD=48.7279;RBI=0.0798123;REFB=0;REVB=0.0776305;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000812891;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr7 104785779 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.548;QD=47.8216;RBI=0.0397594;REFB=0;REVB=-0.0354297;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.89441e-05;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr7 105621512 . G T 462.73 PASS AF=0.6;AO=41;DP=71;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0031953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.139;QD=24.6787;RBI=0.0158882;REFB=-0.0348428;REVB=0.0155636;RO=30;SAF=26;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183385;STB=0.600442;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0250153;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:30:30:41:45:0.6:15:26:12:18:16:29:12:18 chr7 105671267 . T C 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0022166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.458;QD=15.3246;RBI=0.0163718;REFB=-0.00847279;REVB=-0.016221;RO=58;SAF=10;SAR=33;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25762;STB=0.646281;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0105827;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:33:10:26:32:33:10:26:32 chr7 105848638 . T C 568.07 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176923;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.216;QD=58.2637;RBI=0.021096;REFB=-0.0759968;REVB=0.0114901;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.512189;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000972989;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:1:0:18:20:1:0 chr7 105903904 . T C 1116.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5926;QD=60.3692;RBI=0.0362255;REFB=0;REVB=0.0357045;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228209;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:48:26:0:0:48:26:0:0 chr7 105917482 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0275769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.152;QD=19.6456;RBI=0.0639364;REFB=0.0171809;REVB=0.0576835;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172885;STB=0.553098;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00278168;OID=.;OPOS=105917482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:4:7:6:1:4:7:6:2 chr7 106508978 . A G 2677.07 PASS AF=1;AO=172;DP=172;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4932;QD=62.2575;RBI=0.0663407;REFB=0;REVB=0.066141;RO=0;SAF=101;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189197;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:172:172:0:0:172:172:1:71:101:0:0:71:101:0:0 chr7 106508987 . T C 2693.86 PASS AF=1;AO=172;DP=176;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457492;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8477;QD=62.6478;RBI=0.0350524;REFB=0;REVB=0.0347526;RO=0;SAF=104;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264228;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:176:172:0:0:172:172:1:68:104:0:0:68:104:0:0 chr7 106509331 . C A 963.23 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0143246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.933;QD=55.8393;RBI=0.0776077;REFB=-0.0138905;REVB=0.0762742;RO=2;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248544;STB=0.512817;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000594026;OID=.;OPOS=106509331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:69:2:2:66:67:0.971014:37:29:0:2:38:29:0:2 chr7 106524689 . C T 992.94 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140648;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.796;QD=59.2798;RBI=0.00306494;REFB=0;REVB=-0.00272317;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148752;OID=.;OPOS=106524689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:38:28:0:0:39:28:0:0 chr7 106799997 . G A 67.4 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00979422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1683;QD=13.4802;RBI=0.0237328;REFB=-0.00408059;REVB=0.0216176;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342062;STB=0.698535;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0085323;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:2:9:4:5:2:9 chr7 106836546 . CA C,CC 70.47 PASS AF=0.392157,0.0392157;AO=20,3;DP=52;FAO=20,2;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=4,0;FSAR=16,2;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0539671,0.02047;FXX=0.0192271;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.37527,27.8799;QD=5.52717;RBI=0.134545,0.0317673;REFB=-0.133988,-0.0759509;REVB=-0.123248,-0.0242928;RO=25;SAF=3,0;SAR=17,3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0.44898,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.473355,-0.594196;STB=0.716743,0.994882;STBP=0.021,0.193;TYPE=del,snp;VARB=0.142711,0.032239;OID=.,.;OPOS=106836547,106836547;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392157,0.0392157:20,3:52:20,2:51:29:4,0:16,2:15:14:55:25:3,0:17,3:14:11 chr7 107002806 . A G 400.44 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0181662;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7406;QD=21.0757;RBI=0.0244342;REFB=-0.0215918;REVB=-0.0163407;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039266;STB=0.521728;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0191142;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:36:36:40:40:0.526316:16:24:20:16:16:24:20:16 chr7 107013080 . G A 260.24 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0172414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.303;QD=12.104;RBI=0.0233819;REFB=-0.00455695;REVB=-0.0157939;RO=54;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849219;STB=0.553847;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0121945;OID=.;OPOS=107013080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:16:15:22:32:16:15:22:33 chr7 107188719 . G T 167.56 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0385901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0964;QD=11.9683;RBI=0.0549995;REFB=-0.0513285;REVB=-0.0391886;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254082;STB=0.617859;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0465745;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:15:5:16:19:15:6:16:19 chr7 107208250 . T C 235.29 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0063778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.946;QD=18.8233;RBI=0.0107754;REFB=-0.0154461;REVB=0.00868518;RO=27;SAF=3;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519796;STB=0.80308;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0132967;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:19:3:16:11:20:3:16:11 chr7 107303776 . C G 623.59 PASS AF=0.439189;AO=65;DP=148;FAO=65;FDP=148;FR=.;FRO=83;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0003941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5206;QD=16.8538;RBI=0.0450165;REFB=-0.0255643;REVB=-0.0450148;RO=82;SAF=32;SAR=33;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411495;STB=0.526111;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0223927;OID=.;OPOS=107303776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:82:83:65:65:0.439189:33:32:37:45:33:32:37:46 chr7 107315495 . C G 539.54 PASS AF=0.604938;AO=49;DP=82;FAO=49;FDP=81;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00741231;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.972;QD=26.644;RBI=0.00861705;REFB=-0.00870242;REVB=-0.00439444;RO=32;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977638;STB=0.553298;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00717265;OID=.;OPOS=107315495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:32:32:49:49:0.604938:25:24:20:12:25:24:20:12 chr7 107414419 . A G 820.26 PASS AF=0.983051;AO=51;DP=61;FAO=58;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021506;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.562;QD=55.6109;RBI=0.0302242;REFB=-0.161596;REVB=0.0212365;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132664;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00075511;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:59:1:1:51:58:0.983051:16:35:1:0:23:35:1:0 chr7 107559911 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6731;QD=59.1401;RBI=0.0507606;REFB=0;REVB=-0.00317405;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000522653;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr7 107569517 . A G 439.46 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=0.01471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.155;QD=15.8363;RBI=0.0190934;REFB=-0.0166477;REVB=-0.0121727;RO=61;SAF=23;SAR=26;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15154;STB=0.588501;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0228625;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:61:62:49:49:0.441441:26:23:38:23:26:23:39:23 chr7 107593989 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.463;QD=39.2068;RBI=0.0736544;REFB=0;REVB=-0.0711229;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000566288;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr7 107704266 . C T 563.91 PASS AF=0.472;AO=58;DP=125;FAO=59;FDP=125;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=0.00347555;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.061;QD=18.0452;RBI=0.00422744;REFB=-0.0172486;REVB=0.00240661;RO=66;SAF=28;SAR=30;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709103;STB=0.534777;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0216711;OID=.;OPOS=107704266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:66:66:58:59:0.472:30:28:27:39:31:28:27:39 chr7 107745029 . A G 253.53 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0227565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.135;QD=10.6751;RBI=0.0252536;REFB=-0.0106161;REVB=-0.0109493;RO=63;SAF=14;SAR=17;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467596;STB=0.52217;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0163914;OID=.;OPOS=107745029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:63:64:31:31:0.326316:17:14:31:32:17:14:31:33 chr7 107818851 . T C 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0173479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.814;QD=11.3448;RBI=0.0183375;REFB=-0.00502918;REVB=0.00594265;RO=39;SAF=8;SAR=14;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24776;STB=0.643787;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00829242;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:14:8:23:16:14:8:23:16 chr7 107824678 . A G 1379.53 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.491;QD=62.0011;RBI=0.0813177;REFB=0;REVB=0.0454757;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368506;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:89:0:0:83:89:1:34:49:0:0:35:54:0:0 chr7 107824889 . C G 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.952;QD=56.1822;RBI=0.0658867;REFB=0;REVB=0.0475437;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338809;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:3:25:0:0:3:25:0:0 chr7 107834613 . G C 754.77 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.933;QD=62.8979;RBI=0.0215509;REFB=0;REVB=0.0210254;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08063e-05;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr7 107834734 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.96;QD=56.9365;RBI=0.0519182;REFB=0;REVB=0.0274608;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194677;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr7 107838464 . G T 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.814;QD=60.8824;RBI=0.00549091;REFB=0;REVB=0.00434574;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95304e-06;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr7 107849907 . CG C,CA 1200.29 PASS AF=0.0759494,0.924051;AO=9,59;DP=80;FAO=6,73;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=6,41;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841474,-0.019945;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.262,82.0786;QD=60.7742;RBI=0.028635,0.0373551;REFB=0,0;REVB=-0.0273707,-0.0315848;RO=0;SAF=2,37;SAR=7,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0493982,-0.00681136;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0759494,0.924051:9,59:80:6,73:79:0:6,41:0,32:0:0:19:0:2,37:7,22:0:0 chr7 107849909 . T A 61.12 PASS AF=0.148148;AO=9;DP=78;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0212114;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.3276;QD=3.01844;RBI=0.0226027;REFB=-0.00726997;REVB=0.00780739;RO=69;SAF=2;SAR=7;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468834;STB=0.805255;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0339606;OID=.;OPOS=107849909;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:78:81:69:69:9:12:0.148148:7:2:44:25:9:3:44:25 chr7 107872816 . G A 315.5 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00809889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.616;QD=14.847;RBI=0.00828079;REFB=-0.0173784;REVB=-0.00172609;RO=48;SAF=19;SAR=15;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478485;STB=0.546049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0407443;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:50:34:35:0.411765:15:19:29:19:16:19:31:19 chr7 107875170 . T C 752.64 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00270317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.198;QD=61.4401;RBI=0.00654424;REFB=0.0952359;REVB=-0.00595986;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000321444;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:24:24:0:0:24:24:0:1 chr7 110764837 . C A 264.32 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0151327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4984;QD=16.7824;RBI=0.0162097;REFB=0.0128541;REVB=-0.00581019;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195484;STB=0.501709;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0215741;OID=.;OPOS=110764837;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:19:10:12:21:19:11:12:21 chr7 111367623 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.086;QD=62.3503;RBI=0.0341213;REFB=0;REVB=0.0328873;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134944;OID=.;OPOS=111367623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr7 112405982 . TA T 166.51 PASS AF=0.641791;AO=35;DP=68;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0935739;FXX=0.0147037;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.53564;QD=9.94084;RBI=0.0960525;REFB=0.077134;REVB=-0.0216797;RO=19;SAF=16;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107172;STB=0.535922;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.0449966;OID=.;OPOS=112405983;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.641791:35:68:43:67:24:19:24:13:11:53:19:16:19:9:10 chr7 112406507 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0056382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.126;QD=11.4912;RBI=0.00587375;REFB=-0.015923;REVB=0.00164669;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087863;STB=0.541832;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.029443;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:7:9:15:16:7:9:16:16 chr7 112459652 . T A 130.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0248355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.157;QD=14.5549;RBI=0.0331053;REFB=-0.010131;REVB=0.0218897;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211742;STB=0.550496;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.013344;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:21:15:15:0.416667:8:7:8:10:8:7:8:13 chr7 112461608 . A G 199.69 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0463345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.185;QD=19.9694;RBI=0.0464642;REFB=-0.028666;REVB=-0.00346885;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293818;OID=.;OPOS=112461608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr7 112535676 . G A 411.57 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=113;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00773921;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.667;QD=14.6991;RBI=0.00968159;REFB=-0.0240089;REVB=-0.00581703;RO=64;SAF=23;SAR=24;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589339;STB=0.528462;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0305455;OID=.;OPOS=112535676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:65:47:47:0.419643:24:23:35:29:24:23:35:30 chr7 112722278 . A C 34.87 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0408148;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=83.478;QD=6.065;RBI=0.0460906;REFB=-0.0296877;REVB=0.0214125;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.605698;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0571937;OID=.;OPOS=112722278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:23:23:15:17:6:6:0.26087:2:4:8:7:2:4:9:8 chr7 112724417 . A G 268.72 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0395415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.3326;QD=22.3929;RBI=0.0421045;REFB=-0.0134709;REVB=0.0144658;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155059;STB=0.508664;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0164455;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:7:16:17:8:7:16 chr7 112724525 . A G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0124277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.951;QD=28.1408;RBI=0.0194284;REFB=-0.00286333;REVB=0.0149337;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117373;STB=0.565137;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000784784;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:5:2:8:8:5:2 chr7 113091231 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0122245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.199;QD=14.665;RBI=0.060109;REFB=-0.022528;REVB=0.0588528;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.545393;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0225793;OID=.;OPOS=113091231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:6:9:10:10:6:9:11:10 chr7 113518502 . A T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00710724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.241;QD=59.8393;RBI=0.00751218;REFB=0;REVB=-0.00243309;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55933e-06;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr7 113519719 . A T 864.32 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.389;QD=57.6213;RBI=0.040508;REFB=0;REVB=0.0221489;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14232e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:28:29:0:0:30:30:0:0 chr7 113519796 . C T 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7435;QD=60.6004;RBI=0.0384985;REFB=0;REVB=-0.016781;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000478323;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr7 114296590 . A C 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00971244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.049;QD=7.79696;RBI=0.0113619;REFB=-0.0044126;REVB=0.00589595;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123245;STB=0.577796;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0138145;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:7:16:7:2:7:16 chr7 114619598 . C A 69.8 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.988;QD=31.0218;RBI=0.0245183;REFB=-0.201191;REVB=0.0165102;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00473893;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:1:0:6:2:1:0 chr7 115578124 . G T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1245;QD=59.0176;RBI=0.044201;REFB=0;REVB=-0.0410501;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271554;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr7 115892650 . T G 212.49 PASS AF=0.325301;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=83;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0133514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.222;QD=10.2404;RBI=0.0137155;REFB=0.000569461;REVB=-0.00313939;RO=56;SAF=5;SAR=22;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281205;STB=0.667305;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00145366;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:56:27:27:0.325301:22:5:21:35:22:5:21:35 chr7 115897392 . G C 556.64 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00991223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.071;QD=22.7199;RBI=0.0104748;REFB=-0.0340149;REVB=-0.00338663;RO=46;SAF=20;SAR=32;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119562;STB=0.565891;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0300018;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:32:20:24:22:32:20:24:22 chr7 116165360 . A C,G 672.56 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=38,5;DP=43;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172647,-0.0134679;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.455,171.736;QD=61.1421;RBI=0.0476723,0.0189289;REFB=0,0;REVB=0.0444362,0.0133011;RO=0;SAF=24,2;SAR=14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.76123e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00604229,0.0916378;OID=.,.;OPOS=116165360,116165360;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:43:44:0:0:38,5:41,3:0.931818,0.0681818:14,3:24,2:0:0:17,1:24,2:0:0 chr7 116165463 . T C 584.89 PASS AF=0.884615;AO=43;DP=50;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00230218;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5098;QD=44.9916;RBI=0.0197273;REFB=0.00376451;REVB=0.0195925;RO=6;SAF=39;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141602;STB=0.620192;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00325279;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:52:6:6:43:46:0.884615:4:39:4:2:4:42:3:3 chr7 116397572 . A G 1190.25 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.367;QD=61.0385;RBI=0.0144298;REFB=0;REVB=0.00397011;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26019e-05;OID=.;OPOS=116397572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr7 116437606 . G A 1765.1 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223479;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.974;QD=61.3948;RBI=0.0266323;REFB=0;REVB=0.0144862;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100794;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:114:115:1:69:45:0:0:69:46:0:0 chr7 116596697 . A G 1365.76 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443875;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.717;QD=62.7935;RBI=0.0127368;REFB=0;REVB=0.0119383;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61765e-05;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:56:31:0:0:56:31:0:0 chr7 116598735 . A G 1616.85 PASS AF=0.973451;AO=110;DP=113;FAO=110;FDP=113;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00670281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4277;QD=57.2335;RBI=0.0619905;REFB=-0.0857068;REVB=0.061627;RO=2;SAF=42;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423811;STB=0.501364;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00647299;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:113:113:2:3:110:110:0.973451:68:42:1:1:68:42:1:2 chr7 117188736 . C A 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000316712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.413;QD=4.15608;RBI=0.00227924;REFB=-0.00650711;REVB=-0.00225713;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261551;STB=0.679407;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0185452;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:12:15:2:4:12:15 chr7 120428799 . C A 1304.06 PASS AF=0.977778;AO=85;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00348801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.075;QD=57.958;RBI=0.00794731;REFB=-0.0685622;REVB=0.00714097;RO=3;SAF=55;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220029;STB=0.502958;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.000453936;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:3:2:85:88:0.977778:30:55:1:2:33:55:1:1 chr7 120704289 . C T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.002;QD=61.6806;RBI=0.0100234;REFB=0;REVB=0.00671826;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.42286e-05;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr7 120740103 . G T 715.18 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349154;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.974;QD=57.2145;RBI=0.0349179;REFB=0;REVB=-0.000418708;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45165e-05;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:18:32:0:0 chr7 120764477 . G C 421.09 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.102577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4808;QD=51.0417;RBI=0.105266;REFB=0.0138679;REVB=0.0236387;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465815;STB=0.523794;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00504991;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:30:31:0.939394:19:11:0:2:20:11:0:2 chr7 120765954 . T C 740.1 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.681;QD=56.9306;RBI=0.0429673;REFB=0;REVB=0.0421819;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116829;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:32:19:0:0:32:20:0:0 chr7 120776097 . C G 411.38 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.094;QD=56.7414;RBI=0.0270082;REFB=0;REVB=0.0223292;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65823e-05;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:16:13:0:0 chr7 121513561 . T G 616.35 PASS AF=0.642857;AO=54;DP=84;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00551386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.292;QD=29.3499;RBI=0.00760519;REFB=-0.0255749;REVB=0.00523796;RO=30;SAF=28;SAR=26;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538209;STB=0.529193;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0192006;OID=.;OPOS=121513561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:30:30:54:54:0.642857:26:28:18:12:26:28:18:12 chr7 121616250 . G A 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00116745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.676;QD=19.2742;RBI=0.0099535;REFB=-0.0185718;REVB=-0.0098848;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0155605;OID=.;OPOS=121616250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:22:15:15:21:22:15:15:22 chr7 121653374 . GTGA ATGG,G 94.96 PASS AF=0.04,0.44;AO=2,9;DP=25;FAO=1,11;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=1,3;FSAR=0,8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00723812,-0.0235537;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=270.987,194.994;QD=15.1941;RBI=0.0245965,0.0331709;REFB=-0.019798,-0.0216548;REVB=-0.0235074,-0.0233566;RO=12;SAF=1,3;SAR=1,6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0855427,-0.243311;STB=0.988779,0.65544;STBP=0.496,0.182;TYPE=mnp,del;VARB=0.0237619,0.0205485;OID=.,.;OPOS=121653374,121653375;OREF=GTGA,TGA;OALT=ATGG,-;OMAPALT=ATGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:47:25:25:12:13:2,9:1,11:0.04,0.44:1,6:1,3:7:5:0,8:1,3:7:6 chr7 121653398 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0186439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.236;QD=14.6498;RBI=0.021836;REFB=3.6251e-05;REVB=0.0113673;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.000151014;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr7 122111437 . G A 163.52 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=5;FWDB=-0.0181661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2985;QD=13.3483;RBI=0.0208654;REFB=-0.00485198;REVB=-0.0102643;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=26;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509808;STB=0.789858;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00958914;OID=.;OPOS=122111437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:26:5:12:6:26:5 chr7 122303321 . C T 273.92 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00610193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.747;QD=15.2177;RBI=0.0454943;REFB=-0.000553633;REVB=-0.0450832;RO=41;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011973;STB=0.506771;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.000754979;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:17:14:19:22:17:14:19:22 chr7 122338930 . A T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0327348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.693;QD=12.8605;RBI=0.0327386;REFB=0.0100753;REVB=0.000499161;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387836;STB=0.72672;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0292142;OID=.;OPOS=122338930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:1:7:3:4:1:7 chr7 122635024 . C T 177.51 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00746907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.281;QD=16.1376;RBI=0.0570864;REFB=-0.0133087;REVB=-0.0565957;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.578864;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.015415;OID=.;OPOS=122635024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:14:11:11:8:14:11 chr7 123097468 . T C 815.79 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5389;QD=56.2615;RBI=0.0539915;REFB=0;REVB=0.00919288;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122582;OID=.;OPOS=123097468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:19:37:0:0:20:38:0:0 chr7 123119990 . T C 754.49 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.864;QD=54.8717;RBI=0.0153327;REFB=0.0263369;REVB=0.006209;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000668215;OID=.;OPOS=123119990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr7 123152019 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0422999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9902;QD=19.1804;RBI=0.0431338;REFB=0.00744236;REVB=-0.0084403;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0103359;OID=.;OPOS=123152019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:7:6:6:5:7:6:6:5 chr7 123152035 . T C 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0158151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.502;QD=16.6248;RBI=0.04129;REFB=-0.0222745;REVB=-0.0381412;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034656;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0341254;OID=.;OPOS=123152035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:7:7:6:7:7:7 chr7 123256427 . C T 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.833;QD=62.3422;RBI=0.0592197;REFB=0;REVB=0.000502282;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000717362;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr7 123269118 . G C 940.59 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0593269;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1412;QD=54.5269;RBI=0.0650568;REFB=-0.0357939;REVB=0.0266966;RO=2;SAF=36;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255209;STB=0.519475;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0037192;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:69:2:3:65:66:0.956522:29:36:2:0:29:37:3:0 chr7 123321978 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.62;QD=46.848;RBI=0.0506714;REFB=0;REVB=0.0474743;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273162;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr7 123336804 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.794;QD=57.0004;RBI=0.0248222;REFB=0;REVB=-0.00290799;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82628e-05;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:37:15:0:0:38:16:0:0 chr7 124387374 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8263;QD=37.488;RBI=0.149606;REFB=0;REVB=-0.0527521;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0146572;OID=.;OPOS=124387374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr7 124486980 . T C 349.2 PASS AF=0.539683;AO=16;DP=66;FAO=34;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00363351;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5507;QD=22.1711;RBI=0.083328;REFB=-0.0430068;REVB=0.0832487;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259529;STB=0.520698;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0518304;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:63:20:26:16:34:0.539683:6:10:13:7:16:18:15:11 chr7 124540841 . A C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0166915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3883;QD=19.8492;RBI=0.0540524;REFB=-0.00734621;REVB=0.0514107;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178105;STB=0.59988;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0188765;OID=.;OPOS=124540841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:11:2:5:10:11:2 chr7 124540872 . C T 307.98 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0213669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.724;QD=24.1554;RBI=0.0243596;REFB=-0.0123522;REVB=-0.0116982;RO=21;SAF=24;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932333;STB=0.551688;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0128239;OID=.;OPOS=124540872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:6:24:15:6:6:24:15:6 chr7 127010497 . G A 73.3 PASS AF=0.150538;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.0119564;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.357;QD=3.15254;RBI=0.0346292;REFB=-0.00679559;REVB=-0.0324996;RO=79;SAF=6;SAR=8;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159383;STB=0.597423;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0318025;OID=.;OPOS=127010497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:94:93:79:79:14:14:0.150538:8:6:44:35:8:6:43:36 chr7 127222157 . G A 974.82 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0048;QD=56.5111;RBI=0.0147694;REFB=-0.0132432;REVB=0.009968;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295115;STB=0.50769;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000499588;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:2:1:67:68:0.985507:31:36:0:2:32:36:0:1 chr7 127224286 . A G 747.39 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00748515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.588;QD=62.2823;RBI=0.00948711;REFB=0;REVB=-0.00582905;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011893;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:45:48:1:27:18:0:0:30:18:0:0 chr7 127253550 . C T 569.83 PASS AF=0.48;AO=57;DP=122;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.00225474;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.773;QD=18.2347;RBI=0.00768764;REFB=-0.00963775;REVB=-0.00734955;RO=63;SAF=35;SAR=22;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264822;STB=0.525765;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00738896;OID=.;OPOS=127253550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:63:65:57:60:0.48:22:35:37:26:23:37:37:28 chr7 127288887 . AAAAAAAAT AAAAAAATT,TAAAAAAAA,TAAAAAAAT 49.09 PASS AF=0.170213,0,0;AO=9,3,10;DP=49;FAO=8,0,0;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=7,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0202444,-0.0154786,-0.0167185;FXX=0.040808;HRUN=8,8,8;LEN=1,9,1;MLLD=9.24197,32.9986,25.4911;QD=4.17791;RBI=0.0290925,0.257321,0.270582;REFB=-0.14811,0.0103241,-0.0242421;REVB=-0.0208935,-0.256855,-0.270065;RO=9;SAF=9,0,1;SAR=0,3,9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.763397,-0.740238,-0.622527;STB=0.869331,0.5,0.5;STBP=0.03,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.166858,0,0;OID=.,.,.;OPOS=127288894,127288887,127288887;OREF=A,AAAAAAAAT,A;OALT=T,TAAAAAAAA,T;OMAPALT=AAAAAAATT,TAAAAAAAA,TAAAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:49:47:9:39:9,3,10:8,0,0:0.170213,0,0:0,3,9:9,0,1:7:2:1,0,0:7,0,0:17:22 chr7 127895597 . G C 287.91 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00148203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.281;QD=18.5748;RBI=0.0185473;REFB=-0.00346065;REVB=0.018488;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289507;STB=0.516152;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00717202;OID=.;OPOS=127895597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:16:15:14:17:16:15:14:17 chr7 128034629 . C T 242.41 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0562533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.137;QD=17.0114;RBI=0.0563883;REFB=-0.00266092;REVB=0.00389843;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484632;STB=0.527253;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00401637;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:16:14:14:13:16:14 chr7 128034631 . C T 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0300709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0245;QD=16.9796;RBI=0.0312715;REFB=-0.00834953;REVB=-0.00858207;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355447;STB=0.529389;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0109666;OID=.;OPOS=128034631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:29:26:26:0.472727:12:14:14:14:12:14:14:15 chr7 128098268 . GT GG,G 933.6 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=4,62;DP=70;FAO=3,63;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=2,56;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535637,0.0539818;FXX=0.0571347;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.59583,27.2272;QD=56.5815;RBI=0.0931463,0.109754;REFB=0,0;REVB=0.0762048,0.0955605;RO=0;SAF=3,55;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0491781,0.00407438;OID=.,.;OPOS=128098269,128098269;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:4,62:70:3,63:66:0:2,56:1,7:0:0:10:0:3,55:1,7:0:0 chr7 128117227 . G A 281.65 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0353722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8583;QD=17.0699;RBI=0.0366243;REFB=0.0242408;REVB=0.00949468;RO=35;SAF=6;SAR=25;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126227;STB=0.571379;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.0266489;OID=.;OPOS=128117227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:25:6:10:25:25:6:10:25 chr7 128133984 . G A 375.51 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.938;QD=55.631;RBI=0.0379183;REFB=0;REVB=0.00552751;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282314;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr7 128140982 . T C 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00358866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.518;QD=22.5296;RBI=0.0103274;REFB=-0.0234415;REVB=0.00968381;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132452;STB=0.572997;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0176394;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:24:16:18:14:24:16:18:14 chr7 128141865 . T C 1472.07 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.087;QD=63.315;RBI=0.0197587;REFB=0;REVB=-0.00868107;RO=0;SAF=58;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17977e-05;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:35:58:0:0:35:58:0:0 chr7 128312463 . C G 233.42 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.011766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7812;QD=16.9757;RBI=0.0430172;REFB=0.00912978;REVB=-0.0413768;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484183;STB=0.527252;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0118942;OID=.;OPOS=128312463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:13:16:13:13:13:16 chr7 128315791 . C G 1060.73 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.59;QD=58.1223;RBI=0.0914851;REFB=-0.0437722;REVB=-0.0106562;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169952;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:73:73:1:0:71:73:1:40:31:1:0:40:33:0:0 chr7 128315882 . C A 390.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1834;QD=55.7627;RBI=0.0746671;REFB=0;REVB=0.0206024;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000967695;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr7 128317658 . C T 994.23 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146925;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.372;QD=59.3567;RBI=0.0240821;REFB=0;REVB=-0.0190809;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68802e-05;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr7 128323034 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.704;QD=48.7328;RBI=0.0630651;REFB=0;REVB=0.062469;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674124;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr7 128359133 . C T 206.45 PASS AF=0.477273;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0339539;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.296;QD=18.7679;RBI=0.0367338;REFB=-0.0622265;REVB=0.0140182;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29324;STB=0.611399;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0631219;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:21:23:19:21:0.477273:15:4:10:11:15:6:11:12 chr7 128364895 . A G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0577589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.438;QD=17.1669;RBI=0.0579877;REFB=-0.0107157;REVB=0.00514683;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132582;STB=0.574274;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00967844;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:20:12:15:14:20:12 chr7 128371206 . G A 163.01 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.018317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.006;QD=9.18366;RBI=0.0266465;REFB=-0.0080689;REVB=-0.0193526;RO=49;SAF=12;SAR=10;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794373;STB=0.546833;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0203762;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:10:12:30:19:10:12:30:19 chr7 128388648 . G A 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00848058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.777;QD=14.7651;RBI=0.0103911;REFB=0.00164912;REVB=0.00600449;RO=33;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754648;STB=0.542902;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00408176;OID=.;OPOS=128388648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:14:11:17:16:14:11:17:16 chr7 128455767 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0532381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.522;QD=52.6132;RBI=0.0532957;REFB=0;REVB=0.00247617;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49282e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr7 128487866 . T C 279.36 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.713;QD=50.7932;RBI=0.0159149;REFB=0;REVB=0.0102761;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127291;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:6:15:0:0:7:15:0:0 chr7 128499079 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00674787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.264;QD=20.2096;RBI=0.0322557;REFB=0.00789309;REVB=-0.031542;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507803;STB=0.779045;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0026237;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:2:11:2:7:2:11:3:7 chr7 128506555 . G A 213.51 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0388649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8463;QD=16.114;RBI=0.0802814;REFB=-0.0113277;REVB=0.0702469;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724742;STB=0.54095;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0122984;OID=.;OPOS=128506555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:10:19:14:10:10:19 chr7 128544133 . G T 300.46 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0350046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1121;QD=23.1122;RBI=0.0363127;REFB=-0.012926;REVB=0.00965876;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347989;STB=0.519218;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00799006;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:15:15:10:12:15:15:10:12 chr7 128550680 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 307.95 PASS AF=1,0;AO=26,3;DP=32;FAO=33,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473441,-0.0616005;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.9006,9.53224;QD=37.327;RBI=0.133658,0.15608;REFB=-0.00537712,0.016055;REVB=-0.133574,-0.14341;RO=1;SAF=9,0;SAR=17,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.323529,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0265471,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000572793,0;OID=.,.;OPOS=128550681,128550685;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:26,3:32:33,0:33:0:9,0:24,0:0:0:3:1:9,0:17,3:0:1 chr7 128607384 . G A 621.58 PASS AF=0.392265;AO=71;DP=181;FAO=71;FDP=181;FR=.;FRO=110;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=61;FSRR=49;FWDB=-0.0299455;FXX=0.0054942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2724;QD=13.7365;RBI=0.0302954;REFB=-0.00790266;REVB=-0.00459141;RO=109;SAF=35;SAR=36;SRF=60;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617841;STB=0.537387;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0114561;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:109:110:71:71:0.392265:36:35:60:49:36:35:61:49 chr7 128630227 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.171;QD=57.5451;RBI=0.0220709;REFB=0;REVB=0.0191569;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72554e-05;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr7 128641226 . G C 130.79 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0316979;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.594;QD=8.86679;RBI=0.0503488;REFB=-0.0233223;REVB=-0.0391184;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135114;STB=0.580436;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0538943;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:41:41:18:18:0.305085:10:8:23:18:10:8:23:18 chr7 128767250 . G A 522.67 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0197905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3814;QD=21.1178;RBI=0.0289584;REFB=-0.0195543;REVB=0.0211406;RO=49;SAF=19;SAR=31;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119535;STB=0.566183;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0203505;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:31:19:25:24:31:19:25:24 chr7 128767410 . A G 497.77 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00618373;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0384;QD=25.5265;RBI=0.0146127;REFB=-0.0411275;REVB=-0.0132399;RO=32;SAF=25;SAR=21;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143886;STB=0.507871;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0192533;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:32:32:46:46:0.589744:21:25:18:14:21:25:18:14 chr7 128767490 . T C 331.78 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0407713;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.82;QD=25.5217;RBI=0.04149;REFB=-0.00330764;REVB=-0.00768922;RO=18;SAF=10;SAR=22;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117471;STB=0.528554;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00137253;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:18:20:32:32:0.615385:22:10:3:15:22:10:5:15 chr7 128767506 . T G 280.42 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0817438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1067;QD=24.3844;RBI=0.0839739;REFB=-0.0446594;REVB=-0.019224;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688202;STB=0.555707;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0232851;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:20:26:26:0.565217:15:11:6:12:15:11:6:14 chr7 128804780 . C G 509.41 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.105507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.513;QD=56.6015;RBI=0.105515;REFB=-0.128049;REVB=0.00127126;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00763696;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:1:0 chr7 128846328 . G C 1422.12 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00447483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.617;QD=54.1762;RBI=0.0345995;REFB=-0.169519;REVB=0.0343089;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.519058;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0013893;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:105:105:0:5:100:100:0.952381:41:59:0:0:41:59:1:4 chr7 129067053 . T C 133.3 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00381821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.877;QD=11.1082;RBI=0.00580709;REFB=-0.0311068;REVB=-0.00437533;RO=32;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161541;STB=0.564434;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0604625;OID=.;OPOS=129067053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:32:32:15:16:0.333333:5:10:17:15:6:10:17:15 chr7 129142694 . C G 597.75 PASS AF=0.875;AO=43;DP=49;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.014303;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7426;QD=49.8127;RBI=0.0293388;REFB=-0.150895;REVB=0.0256162;RO=6;SAF=22;SAR=21;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355298;STB=0.51792;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0200004;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:49:48:6:6:43:42:0.875:21:22:4:2:20:22:4:2 chr7 129297332 . T G 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0127417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7215;QD=19.2754;RBI=0.0219586;REFB=-0.017377;REVB=0.0178837;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564209;STB=0.531887;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0187643;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:12:14:11:12:12:14 chr7 129396174 . C G 344.65 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.00922984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.366;QD=16.6095;RBI=0.0388118;REFB=-0.0260243;REVB=-0.0376984;RO=45;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170367;STB=0.58573;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0361562;OID=.;OPOS=129396174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:46:37:37:0.445783:22:15:11:34:22:15:12:34 chr7 129474470 . G A 1549.43 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.342;QD=63.8939;RBI=0.0204354;REFB=0;REVB=0.00244551;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41778e-05;OID=.;OPOS=129474470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:48:48:0:0:49:48:0:0 chr7 129504866 . C G 728.16 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3745;QD=57.1106;RBI=0.0565046;REFB=0;REVB=0.0563035;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659434;OID=.;OPOS=129504866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr7 129813738 . T C 221.64 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.023928;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5686;QD=14.2993;RBI=0.0688315;REFB=-0.011351;REVB=0.0645386;RO=35;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639505;STB=0.545078;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0167015;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:11:15:18:17:11:15:18:18 chr7 129916515 . T C 268.36 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.000407005;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.864;QD=13.5879;RBI=0.0370034;REFB=-0.0108595;REVB=0.0370011;RO=48;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159351;STB=0.591156;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00904886;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:48:48:31:31:0.392405:11:20:24:24:11:20:24:24 chr7 129938598 . G T 154.99 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.013062;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.977;QD=14.0897;RBI=0.0132693;REFB=-0.0015952;REVB=0.00233671;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107046;STB=0.578217;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0032425;OID=.;OPOS=129938598;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:27:17:17:0.386364:5:12:16:10:5:12:16:11 chr7 129950740 . G T 287.1 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0270258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.349;QD=15.9501;RBI=0.0338305;REFB=-0.0138974;REVB=-0.0203496;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639344;STB=0.503601;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.015972;OID=.;OPOS=129950740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:24:16:13:19:24:16 chr7 129962360 . A G 747.69 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.591;QD=63.633;RBI=0.0377328;REFB=0;REVB=0.0143718;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182863;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:26:19:0:0:28:19:0:0 chr7 129962682 . A G 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.337;QD=60.8835;RBI=0.0256328;REFB=0;REVB=0.0106563;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30094e-05;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:44:33:0:0:44:33:0:0 chr7 130002317 . T C 348.05 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.793;QD=51.563;RBI=0.0390885;REFB=-0.168528;REVB=0.0224262;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00217773;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:1:0 chr7 130021488 . G C 710.49 PASS AF=0.48125;AO=75;DP=161;FAO=77;FDP=160;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=0.00697332;FXX=0.00621079;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.2779;QD=17.7623;RBI=0.00846447;REFB=-0.0211;REVB=0.00479792;RO=83;SAF=25;SAR=50;SRF=38;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126407;STB=0.587292;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0253313;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:83:83:75:77:0.48125:50:25:38:45:52:25:40:43 chr7 130080812 . T G 501.0 PASS AF=0.402878;AO=55;DP=140;FAO=56;FDP=139;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0185419;FXX=0.0141834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.506;QD=14.4171;RBI=0.0272818;REFB=-0.0208027;REVB=-0.0200124;RO=82;SAF=26;SAR=29;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041898;STB=0.521441;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.031484;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:139:82:83:55:56:0.402878:29:26:42:40:29:27:43:40 chr7 131185995 . C A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0069129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.613;QD=13.774;RBI=0.02084;REFB=-0.0220459;REVB=-0.0196601;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21113;STB=0.620579;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0443716;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:8:23:11:9:8:23 chr7 131195712 . G A 1106.0 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0457709;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7527;QD=58.9869;RBI=0.0963617;REFB=-0.0846492;REVB=0.0847974;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00133515;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:0:1:74:74:0.986667:24:50:0:0:24:50:1:0 chr7 131195959 . C T 162.99 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00309178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4439;QD=9.18258;RBI=0.0369243;REFB=-0.00889983;REVB=-0.0367946;RO=49;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111936;STB=0.500662;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187399;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:49:22:22:0.309859:13:9:20:29:13:9:20:29 chr7 131812922 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5942;QD=64.4138;RBI=0.0610399;REFB=0;REVB=0.0502388;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806343;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr7 131814185 . A G 920.07 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.163;QD=58.4172;RBI=0.0736755;REFB=0;REVB=0.0717261;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010286;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:21:42:0:0:21:42:0:0 chr7 131814529 . G A 140.16 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0047094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.434;QD=12.7416;RBI=0.0122825;REFB=-0.0138978;REVB=-0.0113438;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226393;STB=0.603524;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0244645;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:25:28:16:16:0.363636:11:5:13:12:11:5:13:15 chr7 131815310 . A G 242.34 PASS AF=0.376623;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0120396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8022;QD=12.5889;RBI=0.0164706;REFB=-0.00392278;REVB=0.0112396;RO=47;SAF=13;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661808;STB=0.519986;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00797969;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:47:48:28:29:0.376623:15:13:19:28:16:13:20:28 chr7 131859678 . G T 182.8 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0484056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6543;QD=17.4091;RBI=0.048562;REFB=0.00280919;REVB=-0.00389386;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03751;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00613377;OID=.;OPOS=131859678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:10:13:10:9:10:13 chr7 131864591 . T C 292.76 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00810158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.214;QD=17.2214;RBI=0.0104637;REFB=-0.0264787;REVB=0.00662224;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188399;STB=0.60539;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0214932;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:23:13:18:14:23:13 chr7 131870108 . A G 454.57 PASS AF=0.425;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.0265897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9651;QD=15.1523;RBI=0.0273439;REFB=-0.00371624;REVB=-0.00637802;RO=68;SAF=24;SAR=27;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896934;STB=0.54597;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00712291;OID=.;OPOS=131870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:68:69:51:51:0.425:27:24:38:30:27:24:38:31 chr7 131912277 . G C 402.67 PASS AF=0.398305;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=118;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0237475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.151;QD=13.6499;RBI=0.0546733;REFB=-0.0257584;REVB=0.0492466;RO=71;SAF=18;SAR=29;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897207;STB=0.550816;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0476054;OID=.;OPOS=131912277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:71:71:47:47:0.398305:29:18:33:38:29:18:33:38 chr7 132193244 . C T 492.66 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0062463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.863;QD=17.4391;RBI=0.00653472;REFB=-0.00326858;REVB=0.00192;RO=59;SAF=22;SAR=31;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168404;STB=0.597703;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00705598;OID=.;OPOS=132193244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:59:60:53:53:0.469027:31:22:35:24:31:22:36:24 chr7 132707171 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0127909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2549;QD=9.56924;RBI=0.0464789;REFB=-0.024462;REVB=-0.0446842;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0452656;OID=.;OPOS=132707171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:9:6:4:4:9:6 chr7 132767617 . C A 152.38 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00786884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3007;QD=40.6354;RBI=0.0647323;REFB=0.0284261;REVB=-0.0642522;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0203924;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr7 133261358 . G T 391.94 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.00151484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.008;QD=13.5152;RBI=0.00187894;REFB=-0.00670757;REVB=0.00111161;RO=69;SAF=11;SAR=35;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257022;STB=0.64354;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00852098;OID=.;OPOS=133261358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:69:70:46:46:0.396552:35:11:31:38:35:11:31:39 chr7 133580447 . G A 1192.92 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.663;QD=60.4012;RBI=0.0495668;REFB=0;REVB=0.01771;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318268;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:79:0:0:74:79:1:39:35:0:0:42:37:0:0 chr7 133749164 . G A 834.44 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.082;QD=57.5474;RBI=0.0179531;REFB=0;REVB=-0.000552812;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86809e-05;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr7 133848257 . G T 791.21 PASS AF=0.471264;AO=82;DP=175;FAO=82;FDP=174;FR=.;FRO=92;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0176079;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1702;QD=18.1888;RBI=0.019758;REFB=0.00665622;REVB=0.00896333;RO=90;SAF=21;SAR=61;SRF=30;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908847;STB=0.559909;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00686958;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:174:90:92:82:82:0.471264:61:21:30:60:61:21:32:60 chr7 133868507 . C T 1572.59 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.509;QD=62.9035;RBI=0.0293084;REFB=-0.071351;REVB=0.0100062;RO=1;SAF=41;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114286;STB=0.506023;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000103566;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:58:41:1:0:58:41:1:0 chr7 133906669 . C T 148.06 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0226444;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.226;QD=16.0069;RBI=0.0243716;REFB=-0.0257603;REVB=0.0090115;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255214;STB=0.531874;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0332461;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:6:10:12:8:6:10:12:9 chr7 133979368 . C T 140.13 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0159506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.063;QD=10.3797;RBI=0.0293581;REFB=-0.0132123;REVB=-0.0246471;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940995;STB=0.555494;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0240879;OID=.;OPOS=133979368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:17:19:8:10:17:19 chr7 133979795 . T C 214.68 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.035216;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.282;QD=20.9439;RBI=0.0393789;REFB=-0.044149;REVB=0.017622;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350118;STB=0.661604;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0329067;OID=.;OPOS=133979795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:20:21:0.512195:5:15:7:12:6:15:8:12 chr7 133981227 . G A 358.0 PASS AF=0.393939;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0105757;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.704;QD=14.4646;RBI=0.011425;REFB=-0.00823079;REVB=0.00432245;RO=59;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381438;STB=0.506435;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0106264;OID=.;OPOS=133981227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:59:60:39:39:0.393939:23:16:24:35:23:16:24:36 chr7 133989543 . A G 230.94 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0660667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9406;QD=23.0942;RBI=0.0818274;REFB=-0.0300118;REVB=-0.0482795;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812719;STB=0.545413;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.019326;OID=.;OPOS=133989543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:8:10:10:12:8:10 chr7 134215403 . T C 266.18 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0131393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.598;QD=21.2944;RBI=0.0134073;REFB=-0.0263386;REVB=-0.00266736;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299558;STB=0.668778;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0417438;OID=.;OPOS=134215403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:18:7:15:10:18:7:15:10 chr7 134216684 . C T 465.01 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00878029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.519;QD=15.1222;RBI=0.0187758;REFB=-0.0250764;REVB=0.0165963;RO=68;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186838;STB=0.516246;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0414147;OID=.;OPOS=134216684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:123:68:71:52:52:0.422764:22:30:38:30:22:30:39:32 chr7 134225788 . C T 190.47 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.655;QD=47.6163;RBI=0.0328542;REFB=0;REVB=0.0312409;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143204;OID=.;OPOS=134225788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:9:7:0:0 chr7 134225827 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.522;QD=56.7039;RBI=0.0227628;REFB=0;REVB=-0.00569918;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204315;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr7 134576441 . T C 1075.24 PASS AF=0.986842;AO=73;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5656;QD=56.5917;RBI=0.0416875;REFB=-0.00248412;REVB=0.0402053;RO=2;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023638;STB=0.506022;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000447026;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:2:1:73:75:0.986842:39:34:0:2:41:34:0:1 chr7 134618710 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7184;QD=40.7598;RBI=0.209293;REFB=0;REVB=0.116126;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125288;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 134653930 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00963346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.727;QD=15.6998;RBI=0.0097922;REFB=0.00683128;REVB=0.00175601;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00545216;OID=.;OPOS=134653930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:12:7:7:8:12:7 chr7 134701856 . G C 2334.81 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=148;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00117481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.36;QD=63.103;RBI=0.00743656;REFB=0.116909;REVB=-0.00734318;RO=0;SAF=78;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000103101;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:148:0:1:147:147:0.993243:69:78:0:0:69:78:1:0 chr7 134719551 . C G 1513.66 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042967;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4221;QD=58.7829;RBI=0.04377;REFB=0;REVB=-0.00834562;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159639;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:103:0:0:99:103:1:49:50:0:0:51:52:0:0 chr7 134849213 . G A 204.21 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0182204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.504;QD=12.5666;RBI=0.0215818;REFB=-0.0172802;REVB=0.0115667;RO=39;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166153;STB=0.603689;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0258032;OID=.;OPOS=134849213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:9:16:19:20:9:16:19:21 chr7 134849280 . T A 1245.12 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00964118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.428;QD=57.9126;RBI=0.0308535;REFB=-0.0849419;REVB=0.0293085;RO=1;SAF=39;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.506882;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0024011;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:1:3:83:83:0.965116:44:39:1:0:44:39:2:1 chr7 134849577 . A C 181.4 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00848457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.097;QD=17.2766;RBI=0.0446711;REFB=-0.0271491;REVB=-0.043858;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896712;STB=0.562433;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0593257;OID=.;OPOS=134849577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:18:19:0.452381:7:11:12:11:7:12:12:11 chr7 134850465 . C T 650.16 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9473;QD=61.9195;RBI=0.0669241;REFB=0;REVB=0.0665171;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057151;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr7 134850469 . A G 670.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.711;QD=62.3254;RBI=0.0242601;REFB=0;REVB=0.0241727;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124264;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr7 134871775 . C T 1245.06 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0182071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.571;QD=57.9095;RBI=0.0339312;REFB=-0.0425173;REVB=0.0286326;RO=3;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270452;STB=0.514282;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00130255;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:51:32:0:3:51:32:0:3 chr7 134879830 . G A 868.5 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1493;QD=57.8999;RBI=0.0289016;REFB=0;REVB=0.0259657;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90166e-05;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr7 134889141 . G A 800.27 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.221;QD=57.1619;RBI=0.0555784;REFB=0;REVB=0.0287934;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868297;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr7 135047703 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.985;QD=37.4883;RBI=0.0197447;REFB=0;REVB=0.0197447;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179919;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr7 135048804 . C T 787.52 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030394;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.324;QD=57.2739;RBI=0.013947;REFB=0;REVB=-0.0136118;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.58893e-05;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:39:16:0:0:39:16:0:0 chr7 135095270 . A G 1894.07 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.95;QD=61.5956;RBI=0.0428015;REFB=0;REVB=0.0275821;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87958e-05;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:0:0:121:123:1:63:58:0:0:65:58:0:0 chr7 135304273 . G A,C 1642.88 PASS AF=0.0423729,0.923729;AO=5,109;DP=118;FAO=5,109;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=4,51;FSAR=1,58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00971683,0.0125515;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.6778,189.612;QD=55.6908;RBI=0.0230291,0.0211221;REFB=-0.0598463,-0.0624187;REVB=0.0208788,0.0169882;RO=4;SAF=4,51;SAR=1,58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.268008,-0.00216422;STB=0.665923,0.501141;STBP=0.414,0.915;TYPE=snp,snp;VARB=0.0715374,0.000725072;OID=.,.;OPOS=135304273,135304273;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:118:118:4:4:5,109:5,109:0.0423729,0.923729:1,58:4,51:2:2:1,58:4,51:2:2 chr7 135329690 . T C 372.32 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0124683;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.787;QD=14.3199;RBI=0.0151269;REFB=-0.0260754;REVB=-0.00856534;RO=61;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756983;STB=0.558113;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0327452;OID=.;OPOS=135329690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:42:43:0.413462:19:23:29:32:19:24:28:33 chr7 135387656 . G A 487.07 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189278;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3046;QD=59.0392;RBI=0.0472291;REFB=0;REVB=-0.0432704;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532542;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:34:33:1:26:8:0:0:25:8:0:0 chr7 135392876 . T C 2319.54 PASS AF=0.986667;AO=143;DP=144;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.128;QD=61.8543;RBI=0.0270218;REFB=-0.0642509;REVB=0.0214302;RO=1;SAF=73;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646973;STB=0.506756;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000406049;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:144:150:1:2:143:148:0.986667:70:73:1:0:75:73:2:0 chr7 135406176 . A G 982.18 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0126211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.272;QD=56.1243;RBI=0.0131539;REFB=-0.0856773;REVB=0.00370568;RO=2;SAF=49;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146776;STB=0.50777;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.000367963;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:19:49:1:1:19:49:1:1 chr7 135413626 . C T 654.96 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100195;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.771;QD=62.377;RBI=0.0247267;REFB=0;REVB=0.0226057;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03061e-05;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:8:34:0:0:8:34:0:0 chr7 135613262 . G A 130.16 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=25;FWDB=-0.0215889;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.646;QD=12.6989;RBI=0.0266587;REFB=-0.00919736;REVB=-0.0156399;RO=25;SAF=1;SAR=14;SRF=1;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131728;STB=0.581995;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0178152;OID=.;OPOS=135613262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:26:15:15:0.365854:14:1:1:24:14:1:1:25 chr7 136701308 . T A 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0613922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.886;QD=22.9152;RBI=0.0628842;REFB=0.000561019;REVB=-0.0136173;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966199;STB=0.555429;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00118987;OID=.;OPOS=136701308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:2:2:6:3:2:2 chr7 136701563 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.231;QD=51.9167;RBI=0.0243986;REFB=0;REVB=0.0161766;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106968;OID=.;OPOS=136701563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr7 136701935 . T A 150.91 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0093411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.45;QD=12.5758;RBI=0.0203042;REFB=-0.0141569;REVB=-0.0180279;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297672;STB=0.672107;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0358706;OID=.;OPOS=136701935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:8:23:8:9:8:23 chr7 136702044 . T A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0090619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.663;QD=10.6343;RBI=0.0281081;REFB=0.000631849;REVB=-0.0266073;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377549;STB=0.71791;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00328551;OID=.;OPOS=136702044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:1:12:5:3:1:12 chr7 136703376 . T C 349.23 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0136024;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8457;QD=14.8607;RBI=0.0602233;REFB=-0.021559;REVB=0.058667;RO=53;SAF=23;SAR=15;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812887;STB=0.542555;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.026506;OID=.;OPOS=136703376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:53:56:38:38:0.404255:15:23:28:25:15:23:30:26 chr7 136703707 . C T 707.16 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00677858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.862;QD=54.3965;RBI=0.00677891;REFB=-0.0699617;REVB=6.61172e-05;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000993645;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:27:23:0:1:28:23:0:1 chr7 136704531 . T A 135.04 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0353575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1027;QD=16.88;RBI=0.0566553;REFB=-0.0134027;REVB=0.0442682;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213067;STB=0.511612;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0223879;OID=.;OPOS=136704531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:10:5:5:11:10:5:6:11 chr7 137075847 . T A 233.59 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0184094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.735;QD=19.0683;RBI=0.02913;REFB=0.00771584;REVB=-0.0225755;RO=24;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062672;STB=0.517545;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.00914411;OID=.;OPOS=137075847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:24:26:23:23:0.469388:14:9:11:13:14:9:11:15 chr7 137128830 . T C 2230.45 PASS AF=0.979452;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=75;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0546709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2446;QD=61.1083;RBI=0.0988766;REFB=0.0122725;REVB=0.0823874;RO=2;SAF=75;SAR=67;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125099;STB=0.502929;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.000473216;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:145:146:2:3:142:143:0.979452:67:75:2:0:68:75:2:1 chr7 137564501 . C G 1105.25 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00439968;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.947;QD=60.5619;RBI=0.0440033;REFB=0;REVB=0.0437828;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193024;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:39:34:0:0:39:34:0:0 chr7 137600690 . C T 2565.87 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0063232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8458;QD=61.8283;RBI=0.0104964;REFB=0;REVB=-0.00837799;RO=0;SAF=74;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10158e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26088e-06;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:92:74:0:0:92:74:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 871.16 PASS AF=0.878378;AO=65;DP=69;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00805344;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=267.497;QD=47.0898;RBI=0.0249799;REFB=-0.0409322;REVB=0.0236461;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52771;STBP=0.216;TYPE=del;VARB=0.00380326;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878378:65:69:65:74:9:36:29:7:2:42:0:36:29:0:0 chr7 137801413 . A C 326.04 PASS AF=0.444444;AO=34;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0231189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.149;QD=16.1008;RBI=0.0231396;REFB=-0.0354474;REVB=-0.000978216;RO=44;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285566;STB=0.537169;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0408791;OID=.;OPOS=137801413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:45:34:36:0.444444:24:10:14:30:26:10:15:30 chr7 138270657 . G A 156.33 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0155229;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.252;QD=9.19576;RBI=0.0242515;REFB=-0.00252389;REVB=-0.0186327;RO=40;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172683;STB=0.60983;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0292441;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:40:47:21:21:0.308824:11:10:13:27:11:10:15:32 chr7 138305806 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.040713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.77;QD=11.5633;RBI=0.0407171;REFB=-0.0138684;REVB=-0.000578289;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935178;STB=0.555481;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0213311;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:9:6:14:15:9:6:14:15 chr7 138309842 . C A 152.96 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0253463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.21;QD=16.1011;RBI=0.0298045;REFB=-0.0328326;REVB=0.0156803;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221956;STB=0.573688;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0400128;OID=.;OPOS=138309842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:21:14:17:0.447368:7:7:15:6:7:10:15:6 chr7 138312122 . A C 1462.32 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.919;QD=57.3459;RBI=0.0378871;REFB=-0.127295;REVB=0.0213924;RO=0;SAF=51;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500393;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000541169;OID=.;OPOS=138312122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:102:0:2:99:100:0.980392:48:51:0:0:48:52:1:1 chr7 138417718 . A G 1356.1 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0444898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5406;QD=58.9609;RBI=0.0593254;REFB=-0.0744956;REVB=0.0392448;RO=3;SAF=38;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359498;STB=0.518983;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00125162;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:3:3:89:89:0.967391:51:38:3:0:51:38:3:0 chr7 138418910 . G A 366.81 PASS AF=0.933333;AO=26;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00711217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.979;QD=48.9085;RBI=0.0511724;REFB=-0.148512;REVB=0.0506757;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.526297;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00173445;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:30:0:2:26:28:0.933333:16:10:0:0:18:10:0:2 chr7 138486096 . G C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00657718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.519;QD=61.3357;RBI=0.0175618;REFB=0;REVB=0.0162836;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28635e-05;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr7 138583840 . C A 1256.1 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0096043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.607;QD=59.1105;RBI=0.0150304;REFB=-0.0324646;REVB=0.0115616;RO=2;SAF=36;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00278897;STB=0.501586;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000405456;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:85:2:2:82:83:0.976471:46:36:1:1:47:36:1:1 chr7 138732457 . G A 508.01 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0133742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.524;QD=19.9218;RBI=0.0234265;REFB=-0.00396421;REVB=0.0192336;RO=47;SAF=30;SAR=22;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166393;STB=0.585172;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00269469;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:47:49:52:53:0.519608:22:30:18:29:23:30:19:30 chr7 138732497 . G A 422.24 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.00809153;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.4;QD=20.3491;RBI=0.0161655;REFB=-0.000978755;REVB=-0.0139946;RO=40;SAF=25;SAR=17;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297133;STB=0.657455;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00119608;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:40:41:42:42:0.506024:17:25:10:30:17:25:11:30 chr7 138740037 . G C 872.38 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472982;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3371;QD=58.1584;RBI=0.0473184;REFB=0;REVB=0.00138248;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188369;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr7 138761034 . G C 607.76 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=108;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00999829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.721;QD=22.5095;RBI=0.0104976;REFB=0.00646587;REVB=-0.00319895;RO=48;SAF=26;SAR=34;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376462;STB=0.520618;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00839328;OID=.;OPOS=138761034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:48:48:60:60:0.555556:34:26:23:25:34:26:23:25 chr7 138764060 . G A 234.74 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.024865;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.252;QD=10.6701;RBI=0.0251813;REFB=0.00506005;REVB=-0.00397836;RO=59;SAF=10;SAR=19;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135985;STB=0.579499;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00955105;OID=.;OPOS=138764060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:59:59:29:29:0.329545:19:10:27:32:19:10:27:32 chr7 138764145 . T C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0113057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.796;QD=11.9922;RBI=0.0198565;REFB=-0.0115732;REVB=-0.0163237;RO=33;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781493;STB=0.545801;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0132538;OID=.;OPOS=138764145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:10:8:17:16:10:8:17:16 chr7 138874416 . C G 1278.01 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129705;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.627;QD=60.1419;RBI=0.0210072;REFB=-0.0281358;REVB=-0.0165248;RO=2;SAF=35;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262923;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.000214889;OID=.;OPOS=138874416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:2:1:83:84:0.988235:48:35:2:0:48:36:1:0 chr7 139026152 . T G 298.2 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0307843;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4368;QD=15.2924;RBI=0.0309455;REFB=0.00646113;REVB=-0.00315416;RO=44;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220557;STB=0.631498;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00948163;OID=.;OPOS=139026152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:45:33:33:0.423077:11:22:20:24:11:22:20:25 chr7 139077240 . C A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0415204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.08;QD=14.0792;RBI=0.0423909;REFB=0.016719;REVB=-0.00854637;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14236;STB=0.583194;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0244717;OID=.;OPOS=139077240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:9:7:7:5:9:7 chr7 139077317 . T A 86.34 PASS AF=0.358974;AO=15;DP=36;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0113299;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.7775;QD=8.85572;RBI=0.0290184;REFB=-0.00941284;REVB=-0.0267152;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298139;STB=0.699376;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.037169;OID=.;OPOS=139077317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:39:18:25:15:14:0.358974:9:6:13:5:9:5:17:8 chr7 139097282 . AT AC,ACT,ACTT,A,ATT 435.25 PASS AF=0.236842,0.223684,0.0657895,0.289474,0.0921053;AO=12,13,10,15,8;DP=79;FAO=18,17,5,22,7;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=9,9,1,9,2;FSAR=9,8,4,13,5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00308633,0.0037523,0.00444363,-0.0697413,0.0912131;FXX=0.0256377;HRUN=12,0,0,12,12;LEN=1,1,2,1,1;MLLD=75.1115,75.6251,75.3184,3.42554,3.67173;QD=22.9081;RBI=0.0336578,0.0225313,0.00454806,0.0893386,0.101079;REFB=0.0267263,0.0268923,0.0259432,0.0632483,-0.0606386;REVB=0.0335159,0.0222167,-0.000969062,0.0558349,-0.0435558;RO=5;SAF=4,10,2,6,3;SAR=8,3,8,9,5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.0385364,0.221094,-0.160449,0,-0.0175135;STB=0.519978,0.512301,0.7397,0.539899,0.65172;STBP=0.803,0.918,0.211,0.507,0.316;TYPE=snp,ins,ins,del,ins;VARB=-0.0232779,-0.00566124,0.0144345,0.153131,-0.19751;OID=.,.,.,.,.;OPOS=139097283,139097283,139097283,139097283,139097283;OREF=T,-,-,T,-;OALT=C,C,CT,-,T;OMAPALT=AC,ACT,ACTT,A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/4:0.236842,0.223684,0.0657895,0.289474,0.0921053:12,13,10,15,8:79:18,17,5,22,7:76:7:9,9,1,9,2:9,8,4,13,5:4:3:53:5:4,10,2,6,3:8,3,8,9,5:2:3 chr7 139107660 . A G 273.11 PASS AF=0.421053;AO=30;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.015394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.176;QD=14.3742;RBI=0.0177329;REFB=0.00851448;REVB=0.00880243;RO=41;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409648;STB=0.561186;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0123201;OID=.;OPOS=139107660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:44:30:32:0.421053:12:18:23:18:12:20:23:21 chr7 139252780 . T C 784.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.213;QD=57.0615;RBI=0.0587513;REFB=0;REVB=0.0531335;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032833;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:33:22:0:0 chr7 139415775 . G C 400.61 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0202068;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7966;QD=13.6959;RBI=0.0344471;REFB=-0.0253226;REVB=0.0278978;RO=68;SAF=26;SAR=21;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405798;STB=0.523416;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0444727;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:68:70:47:47:0.401709:21:26:35:33:21:26:36:34 chr7 139415943 . G A 434.48 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00288302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.293;QD=18.2939;RBI=0.00645982;REFB=-0.0120966;REVB=-0.00578079;RO=51;SAF=18;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220501;STB=0.51231;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0141525;OID=.;OPOS=139415943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:26:18:22:29:26:18:22:29 chr7 139653196 . A C 753.44 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0094;QD=61.5054;RBI=0.0356019;REFB=-0.0255083;REVB=-0.0242569;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000866085;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:27:21:1:0:27:21:1:0 chr7 139719829 . C T 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.66;QD=64.1519;RBI=0.031672;REFB=0;REVB=-0.0125094;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226111;OID=.;OPOS=139719829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr7 139724358 . G A 1376.86 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0923;QD=62.5846;RBI=0.0371709;REFB=0;REVB=0.0213525;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251137;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:33:54:0:0:34:54:0:0 chr7 139724555 . C T 1324.71 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000677503;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6003;QD=62.3392;RBI=0.0401269;REFB=0;REVB=-0.0401212;RO=0;SAF=50;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380175;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:35:50:0:0:35:50:0:0 chr7 139727135 . G A 936.72 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.34;QD=58.5449;RBI=0.0203943;REFB=0;REVB=0.0203847;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67963e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:34:30:0:0 chr7 139784641 . A G 775.52 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0342358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.648;QD=53.4838;RBI=0.0436412;REFB=-0.0271767;REVB=0.0270642;RO=2;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285591;STB=0.515146;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000130068;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:32:24:0:2:32:24:0:2 chr7 139785701 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0100401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.052;QD=16.5357;RBI=0.014389;REFB=-0.0185735;REVB=-0.0103072;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333225;STB=0.519104;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0246185;OID=.;OPOS=139785701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:8:10:12:11:8:10:12:11 chr7 140043292 . TGA TAG 107.52 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0399409;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.712;QD=10.2403;RBI=0.0400071;REFB=-0.0329656;REVB=0.00230077;RO=26;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526234;STB=0.858186;STBP=0.027;TYPE=mnp;VARB=0.0619818;OID=.;OPOS=140043293;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:9:42:9:42:28:8:1:13:15:59:26:8:1:13:13 chr7 140051790 . T C 295.71 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0045132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.507;QD=12.9981;RBI=0.00597751;REFB=-0.0157932;REVB=0.00391939;RO=57;SAF=13;SAR=21;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159302;STB=0.591301;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0221926;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:21:13:30:27:21:13:30:27 chr7 140158851 . C G 226.68 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00446625;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.641;QD=20.1491;RBI=0.0286857;REFB=-0.0246388;REVB=-0.0283359;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24328;STB=0.631456;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0191981;OID=.;OPOS=140158851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:23:23:23:22:0.488889:7:16:10:13:7:15:10:13 chr7 140258000 . T C 801.13 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.377;QD=57.2236;RBI=0.0207155;REFB=0;REVB=0.0206374;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03822e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:37:18:0:0:37:19:0:0 chr7 140301731 . G T 564.15 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.91;QD=57.8615;RBI=0.0287307;REFB=-0.118466;REVB=0.0221098;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000511202;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:11:27:0:0:11:27:1:0 chr7 140774467 . C G 138.06 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.110641;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.0373;QD=19.7231;RBI=0.111631;REFB=-0.0340388;REVB=0.0148297;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183258;STB=0.603639;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0338054;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:4:9:7:8:4:9 chr7 141170467 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 42.63 PASS AF=0.141844,0.0283688;AO=40,8;DP=141;FAO=20,4;FDP=141;FR=.;FRO=117;FSAF=6,0;FSAR=14,4;FSRF=58;FSRR=59;FWDB=-0.0532625,-0.0429452;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.74084,28.0896;QD=1.20936;RBI=0.0534912,0.0500224;REFB=-0.0917741,-0.0499866;REVB=-0.0049414,0.0256505;RO=82;SAF=17,1;SAR=23,7;SRF=40;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0735117,-0.428981;STB=0.671489,0.997408;STBP=0.119,0.03;TYPE=del,snp;VARB=0.120956,0.10182;OID=.,.;OPOS=141170468,141170474;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141844,0.0283688:40,8:141:20,4:141:117:6,0:14,4:58:59:28:82:17,1:23,7:40:42 chr7 141176928 . G A 476.48 PASS AF=0.490196;AO=48;DP=100;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00707521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.398;QD=18.6854;RBI=0.011523;REFB=0.001045;REVB=0.0090951;RO=51;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622386;STB=0.538992;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.000750553;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:51:52:48:50:0.490196:26:22:20:31:26:24:21:31 chr7 141314008 . C CT 54.81 PASS AF=0.441176;AO=10;DP=37;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.12559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.9595;QD=6.44777;RBI=0.145629;REFB=-0.11524;REVB=0.0737226;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360469;STB=0.562417;STBP=0.524;TYPE=ins;VARB=0.194428;OID=.;OPOS=141314009;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:10:37:15:34:19:8:7:8:11:54:26:7:3:10:16 chr7 141364712 . G A 374.46 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=107;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00529018;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3229;QD=14.5422;RBI=0.0301303;REFB=-0.0237318;REVB=0.0296623;RO=58;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600079;STB=0.531382;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0320371;OID=.;OPOS=141364712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:103:58:60:43:43:0.417476:25:18:21:37:25:18:22:38 chr7 141420768 . A G 1008.88 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.799;QD=59.3458;RBI=0.0403436;REFB=0;REVB=0.0396631;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116007;OID=.;OPOS=141420768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr7 141672604 . T C 154.67 PASS AF=0.516129;AO=12;DP=28;FAO=16;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.114998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1491;QD=19.9577;RBI=0.119236;REFB=-0.110588;REVB=0.0315069;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55549;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0811188;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:12:14:12:16:0.516129:11:1:1:11:11:5:3:11 chr7 141672705 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0106599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.764;QD=20.8379;RBI=0.0200518;REFB=-0.00688041;REVB=-0.0169835;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0033686;OID=.;OPOS=141672705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:3:2:6:3:3:2 chr7 141673345 . C G 97.08 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0739206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8921;QD=12.9439;RBI=0.0761604;REFB=-0.0191943;REVB=-0.0183344;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0308769;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr7 141747658 . A G 630.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7643;QD=61.4884;RBI=0.0446812;REFB=0;REVB=-0.0406429;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019673;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr7 141776541 . T C 411.55 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0310505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.914;QD=18.4965;RBI=0.0314497;REFB=-0.021027;REVB=-0.00499467;RO=47;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149778;STB=0.508352;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0240222;OID=.;OPOS=141776541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:19:23:25:22:19:23:25:22 chr7 141780686 . C G 182.51 PASS AF=0.268817;AO=24;DP=90;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.00180795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.884;QD=7.84989;RBI=0.0278366;REFB=-0.0128732;REVB=-0.0277778;RO=66;SAF=14;SAR=10;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138403;STB=0.584348;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.047928;OID=.;OPOS=141780686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:66:68:24:25:0.268817:10:14:31:35:10:15:33:35 chr7 141784326 . G C 2064.5 PASS AF=0.941558;AO=145;DP=154;FAO=145;FDP=154;FR=.;FRO=9;FSAF=112;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.0108975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.26;QD=53.6233;RBI=0.0536982;REFB=-0.0464069;REVB=0.0525809;RO=9;SAF=112;SAR=33;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366922;STB=0.519311;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0231752;OID=.;OPOS=141784326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:154:154:9:9:145:145:0.941558:33:112:9:0:33:112:9:0 chr7 141796131 . G A 751.12 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013862;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.976;QD=53.6517;RBI=0.0171254;REFB=0.0639094;REVB=0.0100561;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171555;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:56:1:2:53:54:0.964286:26:27:1:0:27:27:1:1 chr7 141838362 . C G 313.87 PASS AF=0.37;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0107896;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.866;QD=12.5546;RBI=0.0280906;REFB=-0.0189544;REVB=-0.0259358;RO=60;SAF=20;SAR=17;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169341;STB=0.589765;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0280247;OID=.;OPOS=141838362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:60:63:37:37:0.37:17:20:23:37:17:20:25:38 chr7 141857846 . A G 2429.53 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=163;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0428385;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.925;QD=59.9883;RBI=0.0439284;REFB=-0.0643491;REVB=0.00972439;RO=2;SAF=79;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000146847;STB=0.500077;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000580219;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:162:2:2:160:160:0.987654:81:79:1:1:81:79:1:1 chr7 141896059 . A G 631.08 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=124;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.0193726;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.747;QD=20.691;RBI=0.0199044;REFB=-0.00840064;REVB=-0.00457025;RO=57;SAF=25;SAR=38;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986658;STB=0.546893;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00910885;OID=.;OPOS=141896059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:57:59:63:63:0.516393:38:25:29:28:38:25:29:30 chr7 141898522 . T A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.843;QD=58.1417;RBI=0.0312027;REFB=0;REVB=-0.00811361;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104041;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr7 141957504 . A G 164.75 PASS AF=0.439024;AO=16;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0100526;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.342;QD=16.073;RBI=0.0101106;REFB=-0.0242309;REVB=0.0010818;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391338;STB=0.647921;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0317073;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:23:23:16:18:0.439024:3:13:11:12:5:13:11:12 chr7 142001030 . A G 1361.99 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.522;QD=61.2131;RBI=0.0596933;REFB=-0.0478783;REVB=0.0557982;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000575212;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:52:36:0:0:52:36:0:1 chr7 142013384 . G A,C 913.74 PASS AF=0.0461538,0.953846;AO=4,59;DP=63;FAO=3,62;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=3,30;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170679,0.00764752;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.1174,90.5796;QD=56.2302;RBI=0.0346393,0.0405469;REFB=0,0;REVB=0.0301424,0.0398192;RO=0;SAF=4,28;SAR=0,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.198544,0.000928833;OID=.,.;OPOS=142013384,142013384;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:63:65:0:0:4,59:3,62:0.0461538,0.953846:0,31:4,28:0:0:0,32:3,30:0:0 chr7 142028355 . A G 87.37 PASS AF=0.133803;AO=19;DP=142;FAO=19;FDP=142;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.00211397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.226;QD=2.46102;RBI=0.00221714;REFB=-0.00103477;REVB=0.000668438;RO=120;SAF=4;SAR=15;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384761;STB=0.769822;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00520467;OID=.;OPOS=142028355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:142:142:120:123:19:19:0.133803:15:4:61:59:15:4:63:60 chr7 142028388 . A T 47.06 PASS AF=0.0886076;AO=14;DP=157;FAO=14;FDP=158;FR=.;FRO=144;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=73;FWDB=-0.0179046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.587;QD=1.1914;RBI=0.0179161;REFB=-0.000196022;REVB=-0.000641027;RO=143;SAF=3;SAR=11;SRF=70;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328705;STB=0.763214;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00950049;OID=.;OPOS=142028388;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:157:158:143:144:14:14:0.0886076:11:3:70:73:11:3:71:73 chr7 142045848 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.147;QD=63.5808;RBI=0.0561055;REFB=0;REVB=0.0323006;RO=0;SAF=7;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.1328e-05;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:40:7:0:0:40:7:0:0 chr7 142045924 . A G 672.9 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208185;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2562;QD=61.1726;RBI=0.208375;REFB=0;REVB=0.00888109;RO=1;SAF=4;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274663;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:1:0:43:44:1:39:4:1:0:39:5:0:0 chr7 142099484 . G C 65.5 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.194732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3826;QD=5.34707;RBI=0.194963;REFB=-0.0137265;REVB=0.00947743;RO=30;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245358;STB=0.749465;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0317727;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:49:49:30:39:10:10:0.204082:8:2:11:19:8:2:19:20 chr7 142099512 . T G 63.23 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.00872147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.182;QD=3.28444;RBI=0.0103546;REFB=-0.0115779;REVB=0.00558163;RO=62;SAF=4;SAR=8;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191359;STB=0.636936;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0384395;OID=.;OPOS=142099512;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:74:77:62:65:12:12:0.155844:8:4:30:32:8:4:32:33 chr7 142119831 . G A 707.7 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00967274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.851;QD=49.6628;RBI=0.0576967;REFB=-0.171754;REVB=0.0568801;RO=4;SAF=26;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335578;STB=0.518193;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0181576;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:57:4:4:52:53:0.929825:26:26:3:1:27:26:3:1 chr7 142124170 . C T 1022.53 PASS AF=0.972222;AO=69;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0247166;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.348;QD=56.8071;RBI=0.0319953;REFB=0.0450797;REVB=0.0203172;RO=2;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262456;STB=0.513885;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00031089;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:2:2:69:70:0.972222:35:34:0:2:35:35:0:2 chr7 142124424 . T G 1142.53 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0133095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.812;QD=57.8498;RBI=0.0206035;REFB=-0.0858468;REVB=0.0157277;RO=2;SAF=32;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286554;STB=0.514702;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00209332;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:79:2:2:76:77:0.974684:44:32:2:0:44:33:2:0 chr7 142131832 . C T 40.49 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0046168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.156;QD=3.94986;RBI=0.0333867;REFB=-0.00146607;REVB=0.0330659;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413812;STB=0.719459;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00912892;OID=.;OPOS=142131832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:40:41:33:34:6:7:0.170732:4:2:23:10:4:3:24:10 chr7 142131836 . C G 32.25 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0463922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.883;QD=3.07152;RBI=0.072436;REFB=-0.00796743;REVB=-0.0556304;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401061;STB=0.78182;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0312265;OID=.;OPOS=142131836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:42:35:36:6:6:0.142857:4:2:24:11:4:2:25:11 chr7 142139348 . CG AA,TG 1146.97 PASS AF=0.0759494,0.911392;AO=6,70;DP=77;FAO=6,72;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33;FSAR=6,39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000435029,0.0230833;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=42.2586,92.3099;QD=58.0744;RBI=0.00192083,0.0265301;REFB=-0.126596,-0.0596224;REVB=-0.00187092,0.0130769;RO=1;SAF=0,32;SAR=6,38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.782178,-0.0145457;STB=0.997093,0.507461;STBP=0.043,0.316;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00961376,0.00329453;OID=.,.;OPOS=142139348,142139348;OREF=CG,C;OALT=AA,T;OMAPALT=AA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:77:79:1:1:6,70:6,72:0.0759494,0.911392:6,38:0,32:1:0:6,39:0,33:1:0 chr7 142139783 . C A 790.61 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.001733;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.516;QD=55.4816;RBI=0.0161828;REFB=0.0938811;REVB=0.0160897;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000587729;OID=.;OPOS=142139783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:0:1:56:56:0.982456:25:31:0:0:25:31:1:0 chr7 142143804 . A C 1399.85 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.818;QD=61.5321;RBI=0.0244186;REFB=-0.0732142;REVB=0.0021389;RO=1;SAF=55;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854059;STB=0.504503;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000831966;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:35:55:1:0:35:55:1:0 chr7 142149160 . T G 1664.45 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00125641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.789;QD=58.4017;RBI=0.0225827;REFB=0.0251975;REVB=0.0225477;RO=2;SAF=41;SAR=71;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022593;STB=0.511903;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000357088;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:71:41:2:0:71:41:2:0 chr7 142149349 . A C 804.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.863;QD=64.386;RBI=0.0429819;REFB=0;REVB=-0.0131127;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41484e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr7 142162001 . A C 2216.38 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.01;QD=63.3253;RBI=0.0104516;REFB=0;REVB=9.32845e-05;RO=0;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.32058e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30493e-05;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:65:75:0:0:65:75:0:0 chr7 142162148 . C T 1766.77 PASS AF=0.983333;AO=116;DP=122;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158314;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.397;QD=58.8924;RBI=0.0204707;REFB=-0.0361526;REVB=-0.0129776;RO=2;SAF=61;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153144;STB=0.508063;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00226541;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:120:2:2:116:118:0.983333:55:61:2:0:57:61:2:0 chr7 142162306 . A G 723.16 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.703;QD=60.2633;RBI=0.0102935;REFB=-0.0242527;REVB=-0.00130193;RO=1;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229252;STB=0.511623;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00056455;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:20:26:0:1:21:26:0:1 chr7 142168429 . A G 544.35 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154787;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.793;QD=60.4835;RBI=0.0177454;REFB=0;REVB=-0.00867816;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245249;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr7 142168452 . C A 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000580527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.779;QD=57.3795;RBI=0.00266181;REFB=0;REVB=0.00259773;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3529e-06;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr7 142168662 . CG TC 369.59 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032141;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.389;QD=52.798;RBI=0.0451064;REFB=-0.0995518;REVB=0.0316471;RO=1;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00149197;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:1:0:27:28:1:20:7:0:1:21:7:0:0 chr7 142168819 . G A 556.24 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0386119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.883;QD=47.3394;RBI=0.0855711;REFB=-0.105966;REVB=0.0763644;RO=6;SAF=23;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229079;STB=0.500544;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200713;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:6:7:40:40:0.851064:17:23:4:2:17:23:4:3 chr7 142168825 . C A 40.34 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0445284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.977;QD=3.29279;RBI=0.0895023;REFB=-0.000495361;REVB=0.0776395;RO=42;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261612;STB=0.688072;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00423248;OID=.;OPOS=142168825;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:2:5:21:21:2:5:21:21 chr7 142168835 . CA TG 42.26 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00772412;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=2;MLLD=153.045;QD=3.93134;RBI=0.0243638;REFB=-0.000889822;REVB=-0.023107;RO=33;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280358;STB=0.68439;STBP=0.347;TYPE=mnp;VARB=-0.000816178;OID=.;OPOS=142168835;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:43:33:36:7:7:0.162791:2:5:16:17:2:5:18:18 chr7 142168839 . G T 41.2 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0212685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.382;QD=3.83246;RBI=0.0494146;REFB=-0.000916069;REVB=-0.0446033;RO=32;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329903;STB=0.68439;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0243207;OID=.;OPOS=142168839;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:43:32:36:7:7:0.162791:2:5:14:18:2:5:18:18 chr7 142168856 . C G 432.18 PASS AF=0.809524;AO=30;DP=39;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0710152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8178;QD=41.1601;RBI=0.0730849;REFB=-0.0744358;REVB=-0.0172696;RO=9;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849145;STB=0.547591;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0199746;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:39:42:9:8:30:34:0.809524:16:14:6:3:17:17:6:2 chr7 142168862 . A G 40.89 PASS AF=0.170732;AO=6;DP=40;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0354268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6688;QD=3.98925;RBI=0.0543802;REFB=-0.00794178;REVB=0.0412571;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199948;STB=0.682916;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0527631;OID=.;OPOS=142168862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:40:41:34:34:6:7:0.170732:2:4:17:17:2:5:17:17 chr7 142176378 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00488963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.391;QD=56.9565;RBI=0.0525593;REFB=0;REVB=0.0523314;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103946;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr7 142180704 . G T 289.1 PASS AF=0.240437;AO=44;DP=183;FAO=44;FDP=183;FR=.;FRO=139;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=71;FSRR=68;FWDB=-0.0059055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.222;QD=6.31915;RBI=0.0153716;REFB=-0.0101138;REVB=-0.0141919;RO=137;SAF=26;SAR=18;SRF=71;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923195;STB=0.561499;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0262423;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:137:139:44:44:0.240437:18:26:71:66:18:26:71:68 chr7 142180737 . T A 265.6 PASS AF=0.241176;AO=41;DP=170;FAO=41;FDP=170;FR=.;FRO=129;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.00913704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.106;QD=6.2494;RBI=0.0147219;REFB=-0.0129953;REVB=-0.0115433;RO=125;SAF=24;SAR=17;SRF=72;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120328;STB=0.503099;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0510391;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:125:129:41:41:0.241176:17:24:72:53:17:24:75:54 chr7 142180770 . T C 221.48 PASS AF=0.246269;AO=33;DP=134;FAO=33;FDP=134;FR=.;FRO=101;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=42;FWDB=0.00537176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.731;QD=6.61137;RBI=0.00762975;REFB=-0.00236196;REVB=0.00541823;RO=101;SAF=18;SAR=15;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489858;STB=0.529556;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00838076;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:101:101:33:33:0.246269:15:18:59:42:15:18:59:42 chr7 142223942 . A G 79.42 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0111052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.758;QD=4.12556;RBI=0.0263822;REFB=-0.0134914;REVB=-0.023931;RO=61;SAF=3;SAR=11;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400062;STB=0.762617;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0637698;OID=.;OPOS=142223942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:61:63:14:14:0.181818:11:3:32:29:11:3:33:30 chr7 142231701 . G T 935.18 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0085793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4328;QD=58.4486;RBI=0.0107982;REFB=0;REVB=0.00655712;RO=0;SAF=50;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.82625e-06;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:14:50:0:0:14:50:0:0 chr7 142242469 . G T 39.48 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=55;FWDB=0.0447275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.195;QD=1.10424;RBI=0.0562108;REFB=-0.00784343;REVB=-0.0340457;RO=131;SAF=2;SAR=10;SRF=76;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454934;STB=0.856587;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0498624;OID=.;OPOS=142242469;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:143:143:131:131:12:12:0.0839161:10:2:76:55:10:2:76:55 chr7 142242478 . C G 53.31 PASS AF=0.0943396;AO=15;DP=159;FAO=15;FDP=159;FR=.;FRO=144;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.0483834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.453;QD=1.34102;RBI=0.0485051;REFB=-0.00116994;REVB=-0.00343407;RO=144;SAF=2;SAR=13;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474677;STB=0.864718;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0352797;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:159:159:144:144:15:15:0.0943396:13:2:77:67:13:2:77:67 chr7 142242511 . A G 60.89 PASS AF=0.102564;AO=16;DP=156;FAO=16;FDP=156;FR=.;FRO=140;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=72;FSRR=68;FWDB=-0.0667563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2081;QD=1.56137;RBI=0.0681935;REFB=-0.00332252;REVB=-0.0139262;RO=138;SAF=3;SAR=13;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406951;STB=0.800109;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0253401;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:156:156:138:140:16:16:0.102564:13:3:72:66:13:3:72:68 chr7 142242552 . G T 96.28 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=-0.020751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.25;QD=3.8131;RBI=0.0219816;REFB=-0.00708787;REVB=-0.00725165;RO=84;SAF=4;SAR=13;SRF=28;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150826;STB=0.601028;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0299608;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:101:84:84:17:17:0.168317:13:4:28:56:13:4:28:56 chr7 142247134 . T C 773.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139505;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6708;QD=57.277;RBI=0.0520959;REFB=0;REVB=0.0501933;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370398;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr7 142247263 . G A 67.46 PASS AF=0.232558;AO=8;DP=41;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00294432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.97;QD=6.27578;RBI=0.0215214;REFB=-0.000646217;REVB=0.0213191;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377048;STB=0.61089;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00225295;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:41:43:32:33:8:10:0.232558:2:6:14:18:4:6:15:18 chr7 142247270 . TG CA 79.94 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0370952;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.402;QD=7.10575;RBI=0.0403511;REFB=-0.00759133;REVB=-0.0158796;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182126;STB=0.625786;STBP=0.351;TYPE=mnp;VARB=0.010214;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:29:34:11:11:0.244444:4:7:14:15:4:7:16:18 chr7 142247285 . G C 102.39 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0403652;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0375;QD=7.87586;RBI=0.0446326;REFB=-0.0220545;REVB=0.0190451;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145767;STB=0.568865;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0602403;OID=.;OPOS=142247285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:40:38:14:14:0.269231:5:9:21:19:5:9:21:17 chr7 142247288 . T C 99.98 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0213017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.958;QD=7.40617;RBI=0.0228747;REFB=-0.00515857;REVB=-0.00833606;RO=40;SAF=9;SAR=5;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145767;STB=0.590033;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.016858;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:5:9:21:19:5:9:21:19 chr7 142247347 . AT CC 112.47 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0616752;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.376;QD=8.48854;RBI=0.0643273;REFB=-0.0112999;REVB=-0.0182801;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266297;STB=0.626699;STBP=0.263;TYPE=mnp;VARB=0.0207442;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:38:15:15:0.283019:6:9:12:21:6:9:16:22 chr7 142247380 . T A 102.64 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0169696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.361;QD=9.33109;RBI=0.0169787;REFB=-0.0168458;REVB=0.000554671;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225499;STB=0.636471;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0338711;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:13:18:5:8:13:18 chr7 142247396 . A T 70.75 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00205453;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8212;QD=7.25625;RBI=0.026459;REFB=-0.0233268;REVB=-0.0263791;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143821;STB=0.58957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0694083;OID=.;OPOS=142247396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:11:18:5:5:11:18 chr7 142250938 . T G 755.12 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231892;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.498;QD=54.9175;RBI=0.0716681;REFB=-0.0577068;REVB=0.0678128;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00145328;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:0:1:51:54:0.981818:25:26:0:0:28:26:0:1 chr7 142250988 . G A 665.63 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0663784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8595;QD=57.8804;RBI=0.0741609;REFB=-0.168915;REVB=0.0330717;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391107;STB=0.520824;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00605477;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:44:44:0.956522:23:21:0:2:23:21:0:2 chr7 142251132 . G T 323.75 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.925;QD=53.9584;RBI=0.0802775;REFB=0;REVB=0.0462904;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488035;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr7 142326607 . C T 503.9 PASS AF=0.490741;AO=52;DP=111;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0117654;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.551;QD=18.6628;RBI=0.0137866;REFB=-0.0266746;REVB=-0.00718663;RO=58;SAF=27;SAR=25;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144984;STB=0.509088;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0280687;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:108:58:55:52:53:0.490741:25:27:31:27:26:27:29:26 chr7 142326909 . C G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0644;QD=57.5438;RBI=0.0354184;REFB=0;REVB=0.0318445;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346723;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr7 142334648 . A T 318.0 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0029418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.965;QD=15.5122;RBI=0.0572692;REFB=-0.00429087;REVB=-0.0571936;RO=46;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843146;STB=0.552317;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00492678;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:20:15:16:30:20:15:16:31 chr7 142378633 . G A 470.67 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160704;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8455;QD=58.8333;RBI=0.0219533;REFB=0;REVB=-0.0149562;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50997e-05;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr7 142378831 . C G 441.94 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00522379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.878;QD=57.0241;RBI=0.0847492;REFB=0;REVB=0.084588;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497288;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:18:13:0:0 chr7 142423562 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00334332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1413;QD=60.7151;RBI=0.0254939;REFB=0;REVB=-0.0252737;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022534;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:33:43:0:0:33:43:0:0 chr7 142458409 . C G 67.92 PASS AF=0.0952381;AO=20;DP=210;FAO=20;FDP=210;FR=.;FRO=190;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=106;FSRR=84;FWDB=-0.00795143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.706;QD=1.29378;RBI=0.0101994;REFB=-0.000947505;REVB=0.00638764;RO=190;SAF=12;SAR=8;SRF=106;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512882;STB=0.539023;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0125508;OID=.;OPOS=142458409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:210:210:190:190:20:20:0.0952381:8:12:106:84:8:12:106:84 chr7 142458412 . C T 61.23 PASS AF=0.0896226;AO=19;DP=196;FAO=19;FDP=212;FR=.;FRO=193;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=107;FSRR=86;FWDB=-0.0365999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.5371;QD=1.1552;RBI=0.036938;REFB=-0.00823337;REVB=-0.00498613;RO=177;SAF=12;SAR=7;SRF=94;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122066;STB=0.572524;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0455379;OID=.;OPOS=142458412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:196:212:177:193:19:19:0.0896226:7:12:94:83:7:12:107:86 chr7 142458414 . C T 59.69 PASS AF=0.087963;AO=19;DP=216;FAO=19;FDP=216;FR=.;FRO=197;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=108;FSRR=89;FWDB=-0.0255997;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.888;QD=1.10537;RBI=0.0258639;REFB=-0.00249095;REVB=-0.00368692;RO=197;SAF=12;SAR=7;SRF=108;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099786;STB=0.57823;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0319024;OID=.;OPOS=142458414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:216:216:197:197:19:19:0.087963:7:12:108:89:7:12:108:89 chr7 142458437 . C T 1124.33 PASS AF=0.478992;AO=112;DP=237;FAO=114;FDP=238;FR=.;FRO=124;FSAF=68;FSAR=46;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=0.000468593;FXX=0.00418393;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4229;QD=18.8962;RBI=0.0135984;REFB=-0.0009738;REVB=-0.0135904;RO=123;SAF=67;SAR=45;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910461;STB=0.551177;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00126368;OID=.;OPOS=142458437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:123:124:112:114:0.478992:45:67:62:61:46:68:62:62 chr7 142458451 . A T 76.05 PASS AF=0.0954357;AO=23;DP=241;FAO=23;FDP=241;FR=.;FRO=218;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=114;FSRR=104;FWDB=0.00826683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.192;QD=1.26218;RBI=0.01108;REFB=-0.000100354;REVB=-0.00737738;RO=217;SAF=12;SAR=11;SRF=114;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00432903;STB=0.501084;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00125248;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:241:241:217:218:23:23:0.0954357:11:12:114:103:11:12:114:104 chr7 142458511 . G T 57.19 PASS AF=0.0873786;AO=18;DP=206;FAO=18;FDP=206;FR=.;FRO=188;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=103;FWDB=-0.0515427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1698;QD=1.11052;RBI=0.057405;REFB=0.00943504;REVB=0.0252723;RO=187;SAF=8;SAR=10;SRF=84;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00560982;STB=0.50708;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.100417;OID=.;OPOS=142458511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:206:206:187:188:18:18:0.0873786:10:8:84:103:10:8:85:103 chr7 142458829 . A G 71.37 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=54;FWDB=-0.0187302;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.715;QD=2.91292;RBI=0.036802;REFB=-0.00797161;REVB=-0.0316791;RO=84;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933468;STB=0.563549;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0451067;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:84:84:14:14:0.142857:8:6:30:54:8:6:30:54 chr7 142458837 . A T 64.38 PASS AF=0.136842;AO=14;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=51;FWDB=-0.00510345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.179;QD=2.71065;RBI=0.00531193;REFB=-0.00321594;REVB=0.00147355;RO=81;SAF=7;SAR=7;SRF=30;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163929;STB=0.573202;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0305544;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:81:82:14:13:0.136842:7:7:30:51:7:6:31:51 chr7 142458841 . AT A 55.07 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=0.0191603;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.302;QD=2.44756;RBI=0.0270821;REFB=0.00113146;REVB=-0.0191396;RO=79;SAF=5;SAR=7;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04742;STB=0.540474;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=-0.0159036;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.133333:12:92:12:90:78:5:7:29:49:55:79:5:7:30:49 chr7 142460313 . T C 495.76 PASS AF=0.328042;AO=62;DP=189;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=72;FSRR=55;FWDB=-0.019277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.187;QD=10.4923;RBI=0.034436;REFB=-0.00867017;REVB=0.0285348;RO=126;SAF=38;SAR=24;SRF=71;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596065;STB=0.53207;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0180658;OID=.;OPOS=142460313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:126:127:62:62:0.328042:24:38:71:55:24:38:72:55 chr7 142460335 . A G 423.05 PASS AF=0.301075;AO=56;DP=186;FAO=56;FDP=186;FR=.;FRO=130;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=76;FSRR=54;FWDB=-0.00358506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5629;QD=9.09785;RBI=0.00912701;REFB=-0.00191563;REVB=0.00839342;RO=130;SAF=26;SAR=30;SRF=76;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143646;STB=0.583495;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0117196;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:130:130:56:56:0.301075:30:26:76:54:30:26:76:54 chr7 142460369 . G A 268.69 PASS AF=0.246988;AO=41;DP=166;FAO=41;FDP=166;FR=.;FRO=125;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=78;FSRR=47;FWDB=0.0248549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.463;QD=6.47455;RBI=0.0261667;REFB=-0.00339248;REVB=-0.00818119;RO=125;SAF=15;SAR=26;SRF=78;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315221;STB=0.688213;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00922022;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:125:125:41:41:0.246988:26:15:78:47:26:15:78:47 chr7 142460394 . T C 109.27 PASS AF=0.147651;AO=22;DP=149;FAO=22;FDP=149;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=79;FSRR=48;FWDB=0.00831138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2299;QD=2.93344;RBI=0.0429395;REFB=-0.00792196;REVB=-0.0421274;RO=127;SAF=10;SAR=12;SRF=79;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211575;STB=0.640167;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0463991;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:127:127:22:22:0.147651:12:10:79:48:12:10:79:48 chr7 142460412 . A C 50.45 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=66;FSRR=28;FWDB=-0.0261659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.205;QD=1.90368;RBI=0.0295602;REFB=-0.00837655;REVB=-0.0137532;RO=94;SAF=6;SAR=6;SRF=66;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254443;STB=0.678985;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0319242;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:106:106:94:94:12:12:0.113208:6:6:66:28:6:6:66:28 chr7 142460415 . T C 41.35 PASS AF=0.102041;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=98;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=27;FWDB=-0.0239188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.236;QD=1.68765;RBI=0.0245073;REFB=-0.000292188;REVB=-0.00533868;RO=88;SAF=6;SAR=4;SRF=61;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121085;STB=0.59014;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0111603;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:98:88:88:10:10:0.102041:4:6:61:27:4:6:61:27 chr7 142460865 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.000601391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.947;QD=12.3281;RBI=0.0346624;REFB=-0.00449199;REVB=0.0346572;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172666;STB=0.60246;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0141128;OID=.;OPOS=142460865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:8:9:4:7:8:9 chr7 142470290 . T C 320.89 PASS AF=0.409091;AO=34;DP=89;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00423287;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.314;QD=14.5858;RBI=0.0098271;REFB=-0.0239243;REVB=-0.00886875;RO=52;SAF=13;SAR=21;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00254145;STB=0.502658;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0263785;OID=.;OPOS=142470290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:52:34:36:0.409091:21:13:20:32:22:14:20:32 chr7 142478897 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.172;QD=55.6561;RBI=0.0171487;REFB=0;REVB=0.00949098;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62582e-06;OID=.;OPOS=142478897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr7 142479915 . T C 703.48 PASS AF=0.496503;AO=65;DP=137;FAO=71;FDP=143;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0366805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.703;QD=19.6777;RBI=0.0371596;REFB=-0.0159139;REVB=-0.00594822;RO=71;SAF=36;SAR=29;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910361;STB=0.51126;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00922596;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:143:71:72:65:71:0.496503:29:36:40:31:30:41:40:32 chr7 142479940 . C T 690.25 PASS AF=0.436047;AO=75;DP=173;FAO=75;FDP=172;FR=.;FRO=97;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=0.00751276;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.638;QD=16.0523;RBI=0.0220713;REFB=-0.00420811;REVB=-0.0207533;RO=96;SAF=42;SAR=33;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808234;STB=0.501886;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0112789;OID=.;OPOS=142479940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:96:97:75:75:0.436047:33:42:53:43:33:42:54:43 chr7 142479954 . C T 1146.29 PASS AF=0.58427;AO=104;DP=187;FAO=104;FDP=178;FR=.;FRO=74;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00618464;FXX=0.0481258;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.33;QD=25.7593;RBI=0.00682824;REFB=-0.00801685;REVB=0.00289398;RO=74;SAF=56;SAR=48;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224701;STB=0.512193;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00524028;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:178:74:74:104:104:0.58427:48:56:42:32:48:56:42:32 chr7 142480002 . C A 1551.37 PASS AF=0.659898;AO=128;DP=195;FAO=130;FDP=197;FR=.;FRO=67;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00974521;FXX=0.0100497;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.763;QD=31.4999;RBI=0.0246491;REFB=-0.0407154;REVB=0.0226409;RO=67;SAF=67;SAR=61;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197637;STB=0.507773;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0185634;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:197:67:67:128:130:0.659898:61:67:33:34:63:67:33:34 chr7 142480012 . C T 421.59 PASS AF=0.290155;AO=56;DP=194;FAO=56;FDP=193;FR=.;FRO=137;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=70;FSRR=67;FWDB=0.0204811;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.201;QD=8.73761;RBI=0.0283068;REFB=-0.0299677;REVB=-0.0195396;RO=134;SAF=27;SAR=29;SRF=69;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395491;STB=0.520437;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0243637;OID=.;OPOS=142480012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:193:134:137:56:56:0.290155:29:27:69:65:29:27:70:67 chr7 142480034 . C A 394.54 PASS AF=0.301676;AO=49;DP=174;FAO=54;FDP=179;FR=.;FRO=125;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=62;FSRR=63;FWDB=0.0243444;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.681;QD=8.81645;RBI=0.0259738;REFB=-0.0109895;REVB=-0.00905482;RO=119;SAF=22;SAR=27;SRF=58;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466227;STB=0.502792;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0249919;OID=.;OPOS=142480034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:179:119:125:49:54:0.301676:27:22:58:61:27:27:62:63 chr7 142480067 . C T 854.82 PASS AF=0.626016;AO=77;DP=123;FAO=77;FDP=123;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0132744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.908;QD=27.7991;RBI=0.0139092;REFB=0.00703007;REVB=-0.004154;RO=46;SAF=38;SAR=39;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255546;STB=0.513835;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.00252825;OID=.;OPOS=142480067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:46:46:77:77:0.626016:39:38:21:25:39:38:21:25 chr7 142481234 . T C 629.19 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.887;QD=57.1993;RBI=0.0559387;REFB=-0.0380588;REVB=0.0538756;RO=2;SAF=19;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468749;STB=0.524988;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00212549;OID=.;OPOS=142481234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:23:19:2:0:23:19:2:0 chr7 142481376 . T A 81.72 PASS AF=0.9;AO=4;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.371;QD=32.6876;RBI=0.0279429;REFB=-0.0153012;REVB=0.0215852;RO=1;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272709;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00224304;OID=.;OPOS=142481376;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:4:9:0.9:3:1:1:0:5:4:1:0 chr7 142481807 . C T 649.78 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0304344;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.187;QD=49.0397;RBI=0.0304911;REFB=-0.238086;REVB=0.00185828;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.534469;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00530425;OID=.;OPOS=142481807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:53:53:1:4:48:49:0.924528:22:26:1:0:22:27:4:0 chr7 142481867 . C G 637.92 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0677617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6787;QD=59.3415;RBI=0.0730473;REFB=-0.126163;REVB=-0.0272811;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00316925;OID=.;OPOS=142481867;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr7 142494045 . GAAA TGTG 54.42 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140699;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.395;QD=36.2816;RBI=0.00140699;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.61488e-05;OID=.;OPOS=142494045;OREF=GAAA;OALT=TGTG;OMAPALT=TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr7 142495126 . GG AT 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00594257;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=159.273;QD=10.5421;RBI=0.00703567;REFB=-0.00531319;REVB=-0.0037665;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191843;STB=0.613842;STBP=0.389;TYPE=mnp;VARB=0.00849828;OID=.;OPOS=142495126;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:15:6:5:6:15:6 chr7 142498833 . A T 283.09 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0248028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1987;QD=12.5816;RBI=0.0477576;REFB=-0.00523767;REVB=0.0408118;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574158;STB=0.537301;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00867239;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:52:57:33:33:0.366667:17:16:28:24:17:16:31:26 chr7 142498837 . C T 267.75 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0232529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.258;QD=11.5161;RBI=0.0304768;REFB=0.000172516;REVB=0.0197011;RO=60;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505373;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-7.14048e-05;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:61:32:32:0.344086:16:16:30:30:16:16:30:31 chr7 142498897 . A G 415.39 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=109;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0168847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.416;QD=15.2438;RBI=0.03296;REFB=-0.011305;REVB=-0.0283067;RO=62;SAF=26;SAR=21;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492067;STB=0.502761;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0124809;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:62:47:47:0.431193:21:26:34:28:21:26:34:28 chr7 142499071 . T C 383.29 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0346221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.754;QD=13.1039;RBI=0.0352882;REFB=-0.0166406;REVB=-0.00682412;RO=69;SAF=20;SAR=26;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122858;STB=0.577744;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0242867;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:69:71:46:46:0.393162:26:20:38:31:26:20:40:31 chr7 142510309 . A G 198.01 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0251818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7752;QD=11.1554;RBI=0.0334553;REFB=0.0091426;REVB=-0.0220258;RO=45;SAF=15;SAR=9;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135705;STB=0.597489;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0165511;OID=.;OPOS=142510309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:46:24:25:0.352113:9:15:33:12:10:15:34:12 chr7 142510350 . G A 243.1 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=22;FWDB=0.015364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.049;QD=9.00384;RBI=0.0153802;REFB=-0.00498711;REVB=0.000704967;RO=72;SAF=15;SAR=18;SRF=50;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278511;STB=0.670958;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00746565;OID=.;OPOS=142510350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:72:75:33:33:0.305556:18:15:50:22:18:15:53:22 chr7 142510446 . G A 360.79 PASS AF=0.390909;AO=43;DP=110;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=25;FWDB=0.00287716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.416;QD=13.1197;RBI=0.0155786;REFB=-0.00779206;REVB=0.0153106;RO=67;SAF=28;SAR=15;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283868;STB=0.516121;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0136391;OID=.;OPOS=142510446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:67:43:43:0.390909:15:28:42:25:15:28:42:25 chr7 142566684 . C CCT 201.49 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=48;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0127829;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=2;MLLD=104.384;QD=17.5207;RBI=0.034622;REFB=-0.014845;REVB=0.0321757;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777901;STB=0.523787;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.0141238;OID=.;OPOS=142566685;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:19:48:21:46:25:11:10:12:13:99:24:11:8:12:12 chr7 142569596 . A G 244.28 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0143881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4707;QD=13.0282;RBI=0.0144039;REFB=-0.00767985;REVB=0.000673589;RO=44;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13016;STB=0.562456;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0208744;OID=.;OPOS=142569596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:46:29:29:0.386667:18:11:22:22:18:11:22:24 chr7 142570142 . T C 527.03 PASS AF=0.505051;AO=48;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00683078;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.185;QD=21.2942;RBI=0.0274501;REFB=-0.0204674;REVB=-0.0265866;RO=48;SAF=27;SAR=21;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131338;STB=0.584879;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0180191;OID=.;OPOS=142570142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:48:50:0.505051:21:27:20:28:21:29:20:29 chr7 142572649 . A G 430.8 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.0244959;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6489;QD=15.9554;RBI=0.0961379;REFB=-0.0308479;REVB=-0.0929648;RO=57;SAF=26;SAR=22;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831204;STB=0.559975;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.034925;OID=.;OPOS=142572649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:57:60:48:48:0.444444:22:26:26:31:22:26:26:34 chr7 142572908 . T C 304.11 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0170666;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.588;QD=14.4813;RBI=0.0191936;REFB=-0.0165557;REVB=-0.00878224;RO=50;SAF=14;SAR=20;SRF=35;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295369;STB=0.666574;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00923233;OID=.;OPOS=142572908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:50:50:34:34:0.404762:20:14:35:15:20:14:35:15 chr7 142573263 . C T 448.04 PASS AF=0.455357;AO=48;DP=108;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.0153362;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6567;QD=16.0016;RBI=0.0153801;REFB=-0.0268049;REVB=0.00116132;RO=60;SAF=35;SAR=13;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557976;STB=0.549739;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0200639;OID=.;OPOS=142573263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:60:61:48:51:0.455357:13:35:41:19:13:38:41:20 chr7 142574913 . A G 155.82 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00807709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.444;QD=13.5497;RBI=0.0116846;REFB=-0.0209854;REVB=-0.00844338;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107046;STB=0.557077;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0298323;OID=.;OPOS=142574913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:28:17:18:0.391304:12:5:10:16:13:5:10:18 chr7 142622714 . G A 742.77 PASS AF=0.49359;AO=76;DP=155;FAO=77;FDP=156;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=-0.00747991;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3856;QD=19.0455;RBI=0.00862363;REFB=-0.0106895;REVB=-0.00429161;RO=78;SAF=38;SAR=38;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011776;STB=0.506327;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00734669;OID=.;OPOS=142622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:78:79:76:77:0.49359:38:38:38:40:39:38:38:41 chr7 142625249 . T C 268.84 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0245783;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.283;QD=16.2932;RBI=0.0245783;REFB=-0.0165049;REVB=-3.93018e-05;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107749;STB=0.560566;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0116532;OID=.;OPOS=142625249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:14:22:15:15:14:22 chr7 142625258 . G A 243.78 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0163797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.418;QD=15.2361;RBI=0.0176947;REFB=-0.0304072;REVB=0.00669396;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138353;STB=0.578071;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0393619;OID=.;OPOS=142625258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:13:23:14:14:13:23 chr7 142625882 . G A 781.74 PASS AF=0.400901;AO=89;DP=221;FAO=89;FDP=222;FR=.;FRO=133;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=67;FSRR=66;FWDB=-0.0174315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.898;QD=14.0855;RBI=0.0190946;REFB=-0.0206404;REVB=0.00779416;RO=131;SAF=45;SAR=44;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191272;STB=0.501113;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0303256;OID=.;OPOS=142625882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:221:222:131:133:89:89:0.400901:44:45:66:65:44:45:67:66 chr7 142625933 . G A 798.23 PASS AF=0.390558;AO=90;DP=234;FAO=91;FDP=233;FR=.;FRO=142;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=0.0479092;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8489;QD=13.7035;RBI=0.0487424;REFB=-0.00761894;REVB=0.0089738;RO=139;SAF=46;SAR=44;SRF=65;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469106;STB=0.516217;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0141821;OID=.;OPOS=142625933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:139:142:90:91:0.390558:44:46:65:74:45:46:68:74 chr7 142626549 . C T 43.2 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0284261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2254;QD=5.57471;RBI=0.050459;REFB=-0.0162964;REVB=0.0416901;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572052;STB=0.542737;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0395514;OID=.;OPOS=142626549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:21:24:7:7:0.225806:4:3:8:13:4:3:9:15 chr7 142626656 . C T 90.68 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.000940056;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.81;QD=13.9514;RBI=0.0114185;REFB=-0.00937396;REVB=0.0113798;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852384;STB=0.549915;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0120747;OID=.;OPOS=142626656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:28:26:17:15:11:11:0.423077:9:2:4:13:9:2:2:13 chr7 142636541 . T G 226.78 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0072006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.704;QD=15.6399;RBI=0.0816547;REFB=-0.0212477;REVB=-0.0813366;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188416;STB=0.60622;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.022614;OID=.;OPOS=142636541;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:11:21:12:14:11:21 chr7 142636599 . G A 265.3 PASS AF=0.441176;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0115147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.991;QD=15.6056;RBI=0.0183235;REFB=-0.0193511;REVB=0.0142536;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196761;STB=0.605757;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0359898;OID=.;OPOS=142636599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:37:38:29:30:0.441176:13:16:13:24:14:16:13:25 chr7 142636704 . T C 263.23 PASS AF=0.520833;AO=19;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0568151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2535;QD=21.9354;RBI=0.063274;REFB=-0.0551842;REVB=-0.0278504;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321382;STB=0.559952;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0581863;OID=.;OPOS=142636704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:19:25:0.520833:8:11:12:10:14:11:13:10 chr7 142640596 . T G 306.32 PASS AF=0.542373;AO=29;DP=56;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00105861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.852;QD=20.7672;RBI=0.0025966;REFB=-0.011359;REVB=-0.00237101;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191175;STB=0.60371;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00515017;OID=.;OPOS=142640596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:25:27:29:32:0.542373:13:16:8:17:14:18:9:18 chr7 143017807 . G T 1039.83 PASS AF=0.872093;AO=75;DP=86;FAO=75;FDP=86;FR=.;FRO=11;FSAF=64;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00102326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.856;QD=48.364;RBI=0.0151082;REFB=-0.117889;REVB=0.0150735;RO=4;SAF=64;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286588;STB=0.606284;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00165411;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:86:86:4:11:75:75:0.872093:11:64:4:0:11:64:4:7 chr7 143036337 . C T 250.0 PASS AF=0.361446;AO=28;DP=81;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-4.71249e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.517;QD=12.0482;RBI=0.00581836;REFB=-0.00477683;REVB=-0.00581817;RO=51;SAF=15;SAR=13;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370517;STB=0.533203;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00722325;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:51:53:28:30:0.361446:13:15:29:22:14:16:31:22 chr7 143042837 . C T 412.74 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0117727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.087;QD=18.7608;RBI=0.0129026;REFB=-0.0182512;REVB=-0.0052801;RO=46;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879253;STB=0.548996;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0245712;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:24:18:24:22:24:18:24:22 chr7 143043240 . C T 191.85 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0517659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8751;QD=11.8062;RBI=0.0587458;REFB=-0.0123875;REVB=0.0277733;RO=40;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812859;STB=0.553802;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0262963;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:12:12:17:23:12:12:17:24 chr7 143050959 . CAC ACA,CA 79.62 PASS AF=0.1,0.65;AO=2,10;DP=21;FAO=2,13;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=2,8;FSAR=0,5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00525295,-0.140178;FXX=0.0908678;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=75.8106,9.17918;QD=15.9249;RBI=0.0493031,0.24324;REFB=-0.00629639,-0.071827;REVB=-0.0490225,0.198786;RO=3;SAF=2,6;SAR=0,4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666583,0.110339;STB=0.994301,0.561308;STBP=0.168,0.371;TYPE=mnp,del;VARB=0.0963015,0.113415;OID=.,.;OPOS=143050959,143050961;OREF=CAC,C;OALT=ACA,-;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:21:20:3:5:2,10:2,13:0.1,0.65:0,4:2,6:1:2:0,5:2,8:2:3 chr7 143053260 . A G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.364;QD=56.9472;RBI=0.0234785;REFB=-0.114066;REVB=0.0177865;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00128148;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:24:12:0:0:24:12:0:1 chr7 143078395 . T TC 64.24 PASS AF=0.292683;AO=14;DP=44;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=28;FWDB=0.0110418;FXX=0.0238039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=78.451;QD=6.2673;RBI=0.0328665;REFB=-0.0121563;REVB=-0.0309562;RO=30;SAF=1;SAR=13;SRF=1;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203388;STB=0.639169;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=0.127738;OID=.;OPOS=143078396;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292683:14:44:12:41:29:1:11:1:28:64:30:1:13:1:29 chr7 143080073 . GC G,TG 150.82 PASS AF=0.447368,0.0263158;AO=16,2;DP=38;FAO=17,1;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=14,1;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.235904,-0.0663074;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=25.3423,80.49;QD=15.8756;RBI=0.236622,0.0673168;REFB=-0.0656678,-0.0148307;REVB=0.0184101,0.011614;RO=20;SAF=3,0;SAR=13,2;SRF=6;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.156038,-0.438113;STB=0.59987,0.986058;STBP=0.377,0.477;TYPE=del,mnp;VARB=0.0535429,0.113104;OID=.,.;OPOS=143080074,143080073;OREF=C,GC;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:16,2:17,1:0.447368,0.0263158:13,2:3,0:6:14:14,1:3,0:6:14 chr7 143088823 . T C 98.59 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00998145;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.568;QD=12.3233;RBI=0.024778;REFB=-0.00871752;REVB=0.0226786;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170437;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0110784;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:32:17:20:12:12:0.375:5:7:7:10:5:7:9:11 chr7 143088867 . T C 77.26 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00309827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.067;QD=13.4363;RBI=0.0193418;REFB=-0.0110737;REVB=-0.019092;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0243193;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:5:8:7:3:5:8 chr7 143093538 . G A 570.99 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=0.0226499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1736;QD=23.0703;RBI=0.0752527;REFB=-0.0339872;REVB=-0.0717631;RO=45;SAF=19;SAR=34;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646173;STB=0.539164;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0293415;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:45:46:53:53:0.535354:34:19:13:32:34:19:13:33 chr7 143097100 . A G 184.26 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00218517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8462;QD=17.9766;RBI=0.0319505;REFB=-0.0388961;REVB=-0.0318756;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117542;STB=0.566939;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0412008;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:12:10:11:8:12:10 chr7 143141475 . T C 518.72 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1427;QD=59.2827;RBI=0.0684481;REFB=0;REVB=0.0466879;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147986;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr7 143270172 . A G 584.09 PASS AF=0.556604;AO=57;DP=100;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=39;FWDB=0.0707276;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.8846;QD=22.0411;RBI=0.0899939;REFB=-0.00963581;REVB=-0.0556463;RO=43;SAF=15;SAR=42;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817916;STB=0.551601;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00984156;OID=.;OPOS=143270172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:106:43:47:57:59:0.556604:42:15:8:35:44:15:8:39 chr7 143632618 . C T 273.39 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0206454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.011;QD=12.7158;RBI=0.0269109;REFB=-0.023292;REVB=0.0172616;RO=53;SAF=15;SAR=17;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079821;STB=0.55063;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0301248;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:54:32:32:0.372093:17:15:21:32:17:15:21:33 chr7 143633297 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0264533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.376;QD=12.2125;RBI=0.030254;REFB=-0.0136873;REVB=-0.0146809;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409598;STB=0.524192;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0198582;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:11:11:7:6:11:11 chr7 143657801 . A G 437.76 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0165444;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.5;QD=17.3371;RBI=0.0211666;REFB=-0.0209475;REVB=-0.0132025;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011787;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0227443;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:54:54:46:47:0.465347:21:25:30:24:21:26:30:24 chr7 143701884 . C T 173.93 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0590927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3732;QD=19.326;RBI=0.0697209;REFB=0.0024955;REVB=0.0370008;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144681;STB=0.559936;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000137176;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:11:7:4:13:11:7:5:13 chr7 143748364 . T C 427.21 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=-0.00932594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.47;QD=19.2004;RBI=0.00973147;REFB=-0.0309713;REVB=-0.00277998;RO=46;SAF=17;SAR=26;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18157;STB=0.600185;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0234198;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:26:17:10:36:26:17:10:36 chr7 143771408 . G C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0270366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.915;QD=14.0474;RBI=0.0338695;REFB=-0.0283361;REVB=0.0204002;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507581;STB=0.553133;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0295958;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:29:17:18:0.382979:9:8:13:12:9:9:17:12 chr7 143771536 . G A 249.2 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0195028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.998;QD=16.6136;RBI=0.0211845;REFB=-0.0316607;REVB=-0.00827199;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726809;STB=0.549965;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.021807;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:32:32:27:28:0.466667:13:14:19:13:14:14:19:13 chr7 143771937 . G C 382.2 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0175946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.282;QD=19.8544;RBI=0.023546;REFB=-0.00644799;REVB=0.0156475;RO=37;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119958;STB=0.57187;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00395349;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:38:39:39:0.506494:20:19:13:24:20:19:13:25 chr7 143807515 . T G 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.102;QD=54.8221;RBI=0.0676506;REFB=0.0182996;REVB=0.0659353;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159576;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000405032;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:1:0:21:29:1:0 chr7 143807518 . T C 729.58 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.983;QD=57.2219;RBI=0.0286893;REFB=0;REVB=0.0134313;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61945e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:21:29:0:0:21:30:0:0 chr7 143826603 . G T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.877;QD=55.6525;RBI=0.0668271;REFB=0;REVB=0.0668123;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422988;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr7 143826697 . C A,G 411.81 PASS AF=0.307692,0.538462;AO=12,21;DP=39;FAO=12,21;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=12,5;FSAR=0,16;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0909112,0.0227224;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=84.625,50.5313;QD=42.2374;RBI=0.0913169,0.0259714;REFB=-0.229951,-0.0101513;REVB=-0.00859897,0.0125781;RO=6;SAF=12,5;SAR=0,16;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.34031;STB=0.5,0.687309;STBP=1,0.004;TYPE=snp,snp;VARB=0.111665,0.053263;OID=.,.;OPOS=143826697,143826697;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:39:39:6:6:12,21:12,21:0.307692,0.538462:0,16:12,5:6:0:0,16:12,5:6:0 chr7 143826729 . ACTT A 130.13 PASS AF=1;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299528;FXX=0.473435;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.163;QD=52.0512;RBI=0.0271012;REFB=0;REVB=0.0269352;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000220936;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:10:19:10:10:0:1:9:0:0:3:0:1:9:0:0 chr7 143884103 . G A 726.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.588;QD=61.8091;RBI=0.0492043;REFB=0;REVB=0.0444636;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321191;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:47:0:0:43:47:1:17:26:0:0:21:26:0:0 chr7 143956742 . C G 110.77 PASS AF=0.14557;AO=23;DP=156;FAO=23;FDP=158;FR=.;FRO=135;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=-0.0575848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2872;QD=2.80426;RBI=0.0700712;REFB=-0.00214377;REVB=-0.0399244;RO=133;SAF=10;SAR=13;SRF=55;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276047;STB=0.510939;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0118346;OID=.;OPOS=143956742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:158:133:135:23:23:0.14557:13:10:55:78:13:10:57:78 chr7 144015434 . A G 831.42 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506225;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3687;QD=56.3672;RBI=0.0548643;REFB=0;REVB=0.021153;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192612;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:30:28:1:0:30:29:0:0 chr7 144015437 . C T 854.06 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000441479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4219;QD=56.0037;RBI=0.0402404;REFB=-0.0686844;REVB=0.040238;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00135423;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:30:30:0:0:30:30:1:0 chr7 144060802 . C T 48.38 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5641;QD=12.9025;RBI=0.0249362;REFB=-0.103788;REVB=-0.0249362;RO=8;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0464541;OID=.;OPOS=144060802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:7:0:0:8:7:0:0:8 chr7 144095600 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7284;QD=42.181;RBI=0.131878;REFB=0;REVB=-0.131869;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00717318;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 144098992 . G A 330.58 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0252309;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7069;QD=45.5975;RBI=0.0418612;REFB=-0.0535577;REVB=-0.033403;RO=3;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162642;STB=0.588164;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.011968;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:7:19:0:3:7:19:0:3 chr7 148106477 . C G 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00630634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.348;QD=10.381;RBI=0.0089559;REFB=-0.0115096;REVB=0.00635911;RO=36;SAF=12;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164254;STB=0.597291;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0125531;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:6:12:19:17:6:12:19:17 chr7 148106490 . G A 160.31 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0429296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.161;QD=10.3426;RBI=0.0454084;REFB=-0.0159877;REVB=-0.0147978;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238095;STB=0.606637;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0270298;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:40:41:20:21:0.33871:6:14:20:20:7:14:21:20 chr7 148113623 . ATAGTT A 217.03 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653209;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=271.287;QD=48.2297;RBI=0.0653918;REFB=0;REVB=-0.0030427;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000120175;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:16:18:18:0:5:13:0:0:4:0:3:12:0:0 chr7 148131742 . G A 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0241172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.034;QD=19.3403;RBI=0.0378897;REFB=0.000599542;REVB=0.0292231;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152434;STB=0.585896;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=4.33065e-05;OID=.;OPOS=148131742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:5:13:10:8:5:13 chr7 148143136 . A G 2558.62 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159386;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9674;QD=61.6534;RBI=0.0272804;REFB=0;REVB=-0.02214;RO=0;SAF=80;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389445;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:166:0:0:165:166:1:85:80:0:0:86:80:0:0 chr7 148481488 . G A 963.28 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00465435;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.059;QD=58.3809;RBI=0.0261846;REFB=0;REVB=0.0257676;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418307;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:63:66:1:33:30:0:0:34:32:0:0 chr7 148638572 . G A 604.07 PASS AF=0.6;AO=54;DP=90;FAO=54;FDP=90;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0323971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1676;QD=26.8475;RBI=0.0517788;REFB=0.00844784;REVB=-0.0403915;RO=36;SAF=25;SAR=29;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00682449;STB=0.503721;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0059005;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:36:36:54:54:0.6:29:25:17:19:29:25:17:19 chr7 148684245 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0264951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.668;QD=16.1186;RBI=0.0282247;REFB=-0.0292745;REVB=0.00972825;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0143099;OID=.;OPOS=148684245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr7 148769065 . GGC GAG,G,GG 153.94 PASS AF=0.4,0.133333,0.466667;AO=3,3,3;DP=15;FAO=6,2,7;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,3;FSAR=0,2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733928,-0.219836,-0.289337;FXX=0.062461;HRUN=4,4,4;LEN=2,2,1;MLLD=147.206,19.3829,14.8752;QD=41.0497;RBI=0.0745495,0.237331,0.39582;REFB=0,0,0;REVB=-0.0130816,0.0894322,0.270106;RO=1;SAF=3,1,0;SAR=0,2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0.466357,0.333333;SSEP=0,0,0.509542;SSSB=0.727144,0.163246,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0833086,-0.0347644,-0.00180557;OID=.,.,.;OPOS=148769066,148769066,148769067;OREF=GC,GC,C;OALT=AG,-,-;OMAPALT=GAG,G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4,0.133333,0.466667:3,3,3:15:6,2,7:15:0:6,0,3:0,2,4:0:0:42:1:3,1,0:0,2,3:0:1 chr7 148801091 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0289571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.199;QD=12.182;RBI=0.0289953;REFB=-0.00294651;REVB=0.00148834;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245627;STB=0.646754;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00483894;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:8:7:7:3:8:7 chr7 148801337 . T C 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0224451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.846;QD=16.0716;RBI=0.0233747;REFB=-0.0119984;REVB=0.00652652;RO=35;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683792;STB=0.538436;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0156824;OID=.;OPOS=148801337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:11:18:24:11:11:18:24:11 chr7 148801658 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00169528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.493;QD=11.3689;RBI=0.00712537;REFB=-0.00863278;REVB=0.00692076;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352516;STB=0.705559;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0284708;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:15:4:6:5:15:4 chr7 148801823 . G C 220.37 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0238046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6245;QD=16.0268;RBI=0.0373732;REFB=-0.0204194;REVB=-0.0288115;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139576;STB=0.579121;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0232165;OID=.;OPOS=148801823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:9:16:15:15:9:16:15:15 chr7 148822810 . C T 1902.88 PASS AF=0.992063;AO=120;DP=121;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=81;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0753112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.169;QD=60.409;RBI=0.0804241;REFB=0.0333821;REVB=0.0282181;RO=1;SAF=76;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620977;STB=0.503067;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=2.57219e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:126:1:1:120:125:0.992063:44:76:1:0:44:81:1:0 chr7 148848358 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0140118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.126;QD=12.1823;RBI=0.015824;REFB=-0.0129852;REVB=-0.00735318;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.580483;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0250633;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:7:8:4:6:7:8 chr7 148851213 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0194047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.686;QD=20.8115;RBI=0.0345737;REFB=-0.0132366;REVB=-0.0286146;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153781;STB=0.586392;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0146885;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:9:14:10:13:9:14 chr7 148947279 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00825402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.859;QD=37.893;RBI=0.0116006;REFB=0.0251158;REVB=0.00815144;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000684994;OID=.;OPOS=148947279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:5:7:1:0:5:7:1:0 chr7 148991624 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0040995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.307;QD=9.18889;RBI=0.019061;REFB=-0.0129216;REVB=-0.018615;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190887;STB=0.626645;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0263598;OID=.;OPOS=148991624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:5:6:9:15:5:6:9:16 chr7 148991712 . A G 416.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462584;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.646;QD=57.4735;RBI=0.0200736;REFB=0;REVB=0.0195334;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326702;OID=.;OPOS=148991712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr7 149112306 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.182;QD=57.2009;RBI=0.0263628;REFB=0;REVB=0.0172495;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157596;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr7 149152906 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00157835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.79;QD=10.1407;RBI=0.00441945;REFB=0.0054008;REVB=0.004128;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377811;STB=0.522693;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0131976;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:12:16:7:6:12:16 chr7 149243619 . C T 189.29 PASS AF=0.425926;AO=21;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0318823;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9215;QD=14.0216;RBI=0.057508;REFB=-0.0257771;REVB=-0.0478611;RO=31;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416544;STB=0.544002;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0454923;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:21:23:0.425926:8:13:18:13:8:15:18:13 chr7 149317062 . C T 724.12 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0143331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4364;QD=18.332;RBI=0.0442011;REFB=-0.00811637;REVB=0.0418126;RO=81;SAF=34;SAR=42;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666697;STB=0.53377;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00966552;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:81:82:76:76:0.481013:42:34:42:39:42:34:42:40 chr7 149318375 . C T 41.82 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0068717;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.151;QD=13.94;RBI=0.0198625;REFB=0.120576;REVB=0.0186359;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00488897;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:0:6:6:6:0.5:1:5:0:0:1:5:5:1 chr7 149332791 . AGG AG,A 34.95 PASS AF=0.162162,0.108108;AO=5,4;DP=37;FAO=6,4;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5,4;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0295772,-0.0157603;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=15.7825,25.6668;QD=3.77888;RBI=0.0967241,0.0496438;REFB=-0.0165852,-0.00790171;REVB=-0.0920909,-0.0470756;RO=26;SAF=5,4;SAR=0,0;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.675518,0.636357;STB=0.82364,0.997428;STBP=0.108,0.034;TYPE=del,del;VARB=-0.123338,0.130525;OID=.,.;OPOS=149332792,149332792;OREF=G,GG;OALT=-,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162162,0.108108:5,4:37:6,4:37:27:5,4:1,0:12:15:15:26:5,4:0,0:12:14 chr7 149344105 . A G 415.48 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.702;QD=55.397;RBI=0.0538458;REFB=0;REVB=0.0236818;RO=1;SAF=7;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151488;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:22:7:1:0:22:8:0:0 chr7 149426305 . G GC 775.81 PASS AF=1;AO=70;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.1516;QD=39.7853;RBI=0.04774;REFB=-0.0461286;REVB=0.0385158;RO=4;SAF=29;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0042452;OID=.;OPOS=149426306;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:76:78:78:0:35:43:0:0:12:4:29:41:3:1 chr7 149427409 . T G 2150.19 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.656;QD=62.7794;RBI=0.0709704;REFB=0;REVB=-0.0702147;RO=0;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010776;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:69:67:0:0:70:67:0:0 chr7 149430438 . C G 246.58 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.00886756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.443;QD=13.6989;RBI=0.0185162;REFB=-0.0250379;REVB=-0.0162548;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114694;STB=0.580589;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0218293;OID=.;OPOS=149430438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:43:29:29:0.402778:11:18:21:20:11:18:21:22 chr7 149462523 . C G 446.79 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=0.000821956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.987;QD=16.7025;RBI=0.02647;REFB=-0.013949;REVB=-0.0264572;RO=57;SAF=34;SAR=15;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292662;STB=0.519591;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0194112;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:57:58:49:49:0.457944:15:34:41:16:15:34:42:16 chr7 149473115 . T C 1135.76 PASS AF=0.465201;AO=100;DP=255;FAO=127;FDP=273;FR=.;FRO=146;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=82;FSRR=64;FWDB=0.00134708;FXX=0.0108692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.041;QD=16.6412;RBI=0.00806425;REFB=-0.00830602;REVB=0.00795094;RO=133;SAF=48;SAR=52;SRF=79;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116521;STB=0.568716;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0110319;OID=.;OPOS=149473115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:273:133:146:100:127:0.465201:52:48:79:54:72:55:82:64 chr7 149473116 . G C 32.68 PASS AF=0.0647482;AO=19;DP=268;FAO=18;FDP=278;FR=.;FRO=260;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=138;FSRR=122;FWDB=-0.0220773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.009;QD=0.470155;RBI=0.0253438;REFB=-0.000968992;REVB=-0.0124459;RO=248;SAF=3;SAR=16;SRF=133;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414826;STB=0.836921;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0484314;OID=.;OPOS=149473116;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:268:278:248:260:19:18:0.0647482:16:3:133:115:15:3:138:122 chr7 149474393 . A G 301.54 PASS AF=0.5;AO=32;DP=61;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0058206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6613;QD=18.2749;RBI=0.0423861;REFB=-0.0305289;REVB=-0.0419845;RO=29;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00102099;STB=0.516214;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0183707;OID=.;OPOS=149474393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:29:33:32:33:0.5:21:11:10:19:21:12:13:20 chr7 149475926 . G A 292.74 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0204717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5812;QD=17.2199;RBI=0.0258023;REFB=0.00496072;REVB=0.0157057;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107843;STB=0.560402;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00173404;OID=.;OPOS=149475926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:15:21:15:17:15:21 chr7 149479335 . G C 568.64 PASS AF=0.454545;AO=59;DP=131;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00262542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.694;QD=17.2315;RBI=0.0120445;REFB=-0.0186539;REVB=-0.0117549;RO=72;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436503;STB=0.528866;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0273437;OID=.;OPOS=149479335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:72:72:59:60:0.454545:31:28:31:41:31:29:31:41 chr7 149480020 . T C 167.22 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00023257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8015;QD=11.735;RBI=0.060346;REFB=-0.00405303;REVB=-0.0603456;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760468;STB=0.544;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00497671;OID=.;OPOS=149480020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:13:23:12:9:13:23 chr7 149480042 . GC AC,G 333.63 PASS AF=0.351852,0.388889;AO=16,12;DP=51;FAO=19,21;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=10,1;FSAR=9,20;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0519684,-0.0675518;FXX=0;HRUN=4,3;LEN=1,1;MLLD=38.7245,15.2545;QD=24.7134;RBI=0.0522218,0.0675842;REFB=-0.0298719,-0.00388124;REVB=-0.0051389,0.0020927;RO=15;SAF=9,0;SAR=7,12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0.348568;SSEP=0,0.475322;SSSB=-0.0915042,-0.826413;STB=0.580563,0.901142;STBP=0.301,0;TYPE=snp,del;VARB=0.0676337,0.0910892;OID=.,.;OPOS=149480042,149480043;OREF=G,C;OALT=A,-;OMAPALT=AC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:54:15:14:16,12:19,21:0.351852,0.388889:7,12:9,0:10:5:9,20:10,1:10:4 chr7 149480069 . C T 125.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0280703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.047;QD=8.96064;RBI=0.0289846;REFB=-0.00960047;REVB=-0.00722254;RO=39;SAF=10;SAR=7;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347109;STB=0.70401;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0259568;OID=.;OPOS=149480069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:7:10:11:28:7:10:11:28 chr7 149480598 . G A 487.44 PASS AF=0.575;AO=45;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0210813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0114;QD=24.372;RBI=0.0671748;REFB=-0.00408156;REVB=0.0637812;RO=34;SAF=25;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206998;STB=0.506015;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00436842;OID=.;OPOS=149480598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:34:45:46:0.575:20:25:18:16:21:25:18:16 chr7 149482580 . G A 64.32 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00806533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.841;QD=15.1346;RBI=0.00826159;REFB=-0.0248987;REVB=-0.00179007;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539065;STB=0.84389;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00382672;OID=.;OPOS=149482580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:17:17:7:8:8:8:0.470588:7:1:5:2:7:1:6:2 chr7 149484590 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.042342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.037;QD=9.91651;RBI=0.0442663;REFB=-0.0229456;REVB=-0.0129098;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.666296;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0237925;OID=.;OPOS=149484590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:7:10:3:6:7:10 chr7 149484798 . C T 48.21 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.055705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.101;QD=12.8565;RBI=0.0557265;REFB=-0.0262992;REVB=0.00154718;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0411349;OID=.;OPOS=149484798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:5:2:2:5:5:3 chr7 149484810 . C G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.024393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7911;QD=15.8389;RBI=0.0541161;REFB=0.0198053;REVB=-0.0483067;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0201193;OID=.;OPOS=149484810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr7 149484818 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0107802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.305;QD=15.8391;RBI=0.012065;REFB=-0.0267973;REVB=0.00541775;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.018843;OID=.;OPOS=149484818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr7 149484822 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0674913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7545;QD=13.9589;RBI=0.134439;REFB=0.0209723;REVB=-0.11627;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0254988;OID=.;OPOS=149484822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:5:2:3:4:5:2 chr7 149484986 . G T 37.85 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00427642;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.758;QD=7.56934;RBI=0.0455639;REFB=-0.0199455;REVB=-0.0453628;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34828;STB=0.728298;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0520554;OID=.;OPOS=149484986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:1:5:8:6:1:5:8:6 chr7 149485740 . C T 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00205513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.882;QD=22.9077;RBI=0.00932361;REFB=-0.0255466;REVB=-0.00909429;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137421;STB=0.507685;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0217109;OID=.;OPOS=149485740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:7:10:12:9:7:10 chr7 149485978 . GGAC G 112.77 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00573889;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=3;MLLD=284.935;QD=11.277;RBI=0.0170706;REFB=-0.00846216;REVB=0.016077;RO=23;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.420518;SSSB=-0.0345863;STB=0.519976;STBP=0.868;TYPE=del;VARB=0.0103558;OID=.;OPOS=149485979;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425:17:40:17:40:23:4:13:6:17:99:23:4:13:6:17 chr7 149486294 . A G 421.44 PASS AF=0.404959;AO=47;DP=117;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=25;FWDB=-0.0208935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.495;QD=13.9317;RBI=0.0441923;REFB=-0.0275767;REVB=-0.0389412;RO=69;SAF=34;SAR=13;SRF=47;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539263;STB=0.543157;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0328067;OID=.;OPOS=149486294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:69:72:47:49:0.404959:13:34:47:22:14:35:47:25 chr7 149486367 . C A 300.23 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0327702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6825;QD=16.4508;RBI=0.0469915;REFB=-0.024559;REVB=0.0336796;RO=40;SAF=20;SAR=13;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125611;STB=0.570237;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.023847;OID=.;OPOS=149486367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:13:20:29:11:13:20:29:11 chr7 149486726 . T C 281.28 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0306774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2892;QD=19.3985;RBI=0.0329912;REFB=-0.0389474;REVB=-0.0121375;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205992;STB=0.603382;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0274261;OID=.;OPOS=149486726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:15:15:20:7:15:15:20:8 chr7 149488686 . T G 96.49 PASS AF=0.55;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0249846;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0714;QD=19.298;RBI=0.0445123;REFB=-0.00667247;REVB=0.036839;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450201;STB=0.817603;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0141403;OID=.;OPOS=149488686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:20:6:9:11:11:0.55:9:2:5:1:9:2:8:1 chr7 149488922 . A G 278.31 PASS AF=0.316239;AO=37;DP=117;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=46;FSRR=34;FWDB=0.00258643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0731;QD=9.51485;RBI=0.0166027;REFB=0.00133112;REVB=-0.0164;RO=79;SAF=17;SAR=20;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142949;STB=0.57847;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00262219;OID=.;OPOS=149488922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:79:80:37:37:0.316239:20:17:46:33:20:17:46:34 chr7 149488991 . T C 344.47 PASS AF=0.387755;AO=37;DP=97;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.0150784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.396;QD=14.06;RBI=0.015244;REFB=-0.0134722;REVB=0.00224052;RO=60;SAF=15;SAR=22;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20925;STB=0.624536;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0229699;OID=.;OPOS=149488991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:60:60:37:38:0.387755:22:15:36:24:23:15:36:24 chr7 149489037 . T C 201.32 PASS AF=0.367647;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0394078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.89;QD=11.8422;RBI=0.0402746;REFB=-0.0236171;REVB=0.00831079;RO=43;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590161;STB=0.545418;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0315862;OID=.;OPOS=149489037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:43:43:24:25:0.367647:13:11:22:21:14:11:22:21 chr7 149489443 . C A 463.91 PASS AF=0.586667;AO=34;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0214008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.954;QD=24.7419;RBI=0.0246781;REFB=-0.0173883;REVB=-0.0122889;RO=27;SAF=22;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167626;STB=0.626966;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0203302;OID=.;OPOS=149489443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:31:34:44:0.586667:12:22:12:15:12:32:14:17 chr7 149492732 . C T 110.34 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0121454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6202;QD=15.2195;RBI=0.0447792;REFB=-0.0318252;REVB=-0.0431006;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159493;STB=0.548314;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0480172;OID=.;OPOS=149492732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:12:13:0.448276:6:6:5:10:7:6:6:10 chr7 149498893 . A G 163.16 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0175487;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.246;QD=12.5511;RBI=0.0182919;REFB=-0.0233556;REVB=-0.00516079;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067857;STB=0.543263;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0345534;OID=.;OPOS=149498893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:31:32:19:20:0.384615:11:8:15:16:12:8:15:17 chr7 149498903 . T C 178.2 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0198245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9777;QD=12.5053;RBI=0.0327306;REFB=-0.00348681;REVB=-0.0260439;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789081;STB=0.554091;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00593277;OID=.;OPOS=149498903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:12:10:18:16:12:10:19:16 chr7 149506211 . G GC 3385.93 PASS AF=1;AO=282;DP=320;FAO=291;FDP=291;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=159;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123271;FXX=0.0135589;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1909;QD=46.542;RBI=0.123552;REFB=0;REVB=-0.00833419;RO=36;SAF=126;SAR=156;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000591429;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:282:320:291:291:0:132:159:0:0:63:36:126:156:30:6 chr7 149511985 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.329;QD=53.932;RBI=0.0408047;REFB=0.0627136;REVB=0.0197093;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.000586602;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr7 149529970 . G T 832.2 PASS AF=0.539474;AO=82;DP=153;FAO=82;FDP=152;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=0.00926627;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.395;QD=21.8999;RBI=0.00928031;REFB=-0.0111895;REVB=-0.000510272;RO=69;SAF=50;SAR=32;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387137;STB=0.525169;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00715262;OID=.;OPOS=149529970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:69:70:82:82:0.539474:32:50:39:30:32:50:39:31 chr7 149558409 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0105476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.039;QD=15.8818;RBI=0.0507309;REFB=-0.039153;REVB=-0.0496223;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0266468;OID=.;OPOS=149558409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr7 149559273 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0156643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.825;QD=21.8719;RBI=0.0215788;REFB=-0.0104461;REVB=0.0148417;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207376;STB=0.615301;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0102418;OID=.;OPOS=149559273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:18:10:14:9:18:10:14:9 chr7 149559465 . C T 263.55 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0252961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2698;QD=17.5698;RBI=0.0617295;REFB=-0.000564884;REVB=0.0563084;RO=31;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211079;STB=0.618102;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00178811;OID=.;OPOS=149559465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:17:12:20:11:17:12:20:11 chr7 149562627 . CCG C 166.12 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0360955;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=126.583;QD=15.4525;RBI=0.0778941;REFB=-0.0218787;REVB=-0.0690261;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0.402516;SSEP=0;SSSB=-0.0387425;STB=0.506591;STBP=0.982;TYPE=del;VARB=0.0225959;OID=.;OPOS=149562628;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.534884:22:44:23:43:20:17:6:15:5:99:21:16:6:16:5 chr7 149983565 . T C 116.72 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.00722639;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.206;QD=7.29509;RBI=0.0134749;REFB=-0.00475723;REVB=-0.0113733;RO=46;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025535;STB=0.505697;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0113669;OID=.;OPOS=149983565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:46:47:17:17:0.265625:10:7:18:28:10:7:19:28 chr7 150020722 . C T 537.48 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0154368;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.351;QD=23.6253;RBI=0.0307382;REFB=-0.0120962;REVB=-0.0265809;RO=38;SAF=36;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343398;STB=0.53332;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0118503;OID=.;OPOS=150020722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:38:41:50:50:0.549451:14:36:26:12:14:36:27:14 chr7 150028958 . AC GC,GT 601.75 PASS AF=0.95,0.05;AO=37,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021834,0.0156621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=153.627,81.1441;QD=60.1753;RBI=0.0304813,0.0327149;REFB=0,0;REVB=0.0212695,0.0287222;RO=0;SAF=21,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000221182,0.0365938;OID=.,.;OPOS=150028958,150028958;OREF=A,AC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:37,2:38,2:0.95,0.05:16,0:21,2:0:0:16,0:22,2:0:0 chr7 150034184 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.119;QD=53.2768;RBI=0.0625382;REFB=0;REVB=-0.0228532;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022779;OID=.;OPOS=150034184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr7 150034378 . A G 616.14 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00438964;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9674;QD=48.325;RBI=0.0493127;REFB=-0.0950398;REVB=0.049117;RO=4;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110126;STB=0.558798;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00414258;OID=.;OPOS=150034378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:51:4:4:47:47:0.921569:15:32:0:4:15:32:0:4 chr7 150035183 . C T 743.46 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0401549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.21;QD=59.4767;RBI=0.0497374;REFB=-0.178264;REVB=0.0293496;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025416;STB=0.505317;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000594243;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:30:18:1:0:30:18:1:1 chr7 150035459 . T G 238.22 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0393;QD=50.1515;RBI=0.0452844;REFB=0;REVB=0.0309336;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241778;OID=.;OPOS=150035459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr7 150035500 . C G 198.51 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0422144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9035;QD=44.1143;RBI=0.0581587;REFB=-0.176628;REVB=-0.0400047;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.013241;OID=.;OPOS=150035500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr7 150035526 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.726;QD=40.763;RBI=0.0246459;REFB=0;REVB=0.0173783;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64926e-06;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr7 150035788 . G A 117.7 PASS AF=0.185841;AO=17;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.00938761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.954;QD=4.16619;RBI=0.099923;REFB=-0.00737392;REVB=0.099481;RO=83;SAF=3;SAR=14;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416181;STB=0.815535;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0620629;OID=.;OPOS=150035788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:83:92:17:21:0.185841:14:3:40:43:18:3:45:47 chr7 150037660 . A G 787.83 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070653;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.578;QD=56.2738;RBI=0.0715778;REFB=0;REVB=0.011469;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000825398;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:53:56:1:38:15:0:0:38:18:0:0 chr7 150068371 . T C 1282.14 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.931;QD=61.7899;RBI=0.0283403;REFB=0;REVB=0.0252519;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13422e-05;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr7 150068605 . G A 1925.88 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101144;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.853;QD=61.6283;RBI=0.112056;REFB=0;REVB=0.0482339;RO=0;SAF=45;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03226e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202068;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:122:125:1:77:45:0:0:78:47:0:0 chr7 150068620 . C T 1592.14 PASS AF=0.95082;AO=105;DP=114;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.130975;FXX=0.0161277;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.9063;QD=52.2013;RBI=0.135649;REFB=-0.191767;REVB=0.0353006;RO=9;SAF=40;SAR=65;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447094;STB=0.504828;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00973358;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:122:9:6:105:116:0.95082:65:40:6:3:69:47:3:3 chr7 150068933 . T C 614.21 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.222;QD=61.421;RBI=0.0305783;REFB=0;REVB=0.0278883;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113491;OID=.;OPOS=150068933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:17:21:0:0:19:21:0:0 chr7 150070630 . A G 347.7 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0231;QD=51.5104;RBI=0.0249833;REFB=-0.146813;REVB=0.0217913;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.533307;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00552716;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:19:7:0:0:19:7:1:0 chr7 150070663 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.481;QD=54.5159;RBI=0.0199358;REFB=0;REVB=0.0159924;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60534e-05;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr7 150070814 . G A 1456.79 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762883;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9984;QD=63.3385;RBI=0.00888079;REFB=0;REVB=-0.00454636;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.87469e-05;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr7 150093701 . A C 1513.02 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310316;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.526;QD=62.3924;RBI=0.00315492;REFB=0;REVB=0.000569093;RO=0;SAF=57;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109821;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:93:97:1:36:57:0:0:36:61:0:0 chr7 150093791 . GGC G 71.59 PASS AF=0.478261;AO=9;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0337462;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=25.5006;QD=12.4503;RBI=0.164701;REFB=-0.057489;REVB=0.161207;RO=13;SAF=9;SAR=0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0.428571;SSEP=0;SSSB=0.789148;STB=0.841353;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0478589;OID=.;OPOS=150093792;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:9:23:11:23:12:10:1:5:7:70:13:9:0:6:7 chr7 150163837 . A G 540.17 PASS AF=0.566667;AO=49;DP=88;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0588871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2225;QD=24.0077;RBI=0.0606704;REFB=-0.00363668;REVB=-0.0146016;RO=39;SAF=23;SAR=26;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271891;STB=0.515106;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00237393;OID=.;OPOS=150163837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:39:39:49:51:0.566667:26:23:17:22:27:24:17:22 chr7 150171710 . T C 189.85 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0310098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.613;QD=11.3346;RBI=0.0317765;REFB=-0.00435499;REVB=0.00693825;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385968;STB=0.522369;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00930419;OID=.;OPOS=150171710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:20:23:12:12:20:23 chr7 150217089 . G A 242.31 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00260981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.333;QD=22.0277;RBI=0.0527378;REFB=-0.012321;REVB=0.0526732;RO=21;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174248;STB=0.503016;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00755541;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:21:21:22:23:0.522727:9:13:12:9:10:13:12:9 chr7 150217248 . A G 1091.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.009;QD=59.824;RBI=0.0216012;REFB=0;REVB=0.0200485;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101134;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:40:33:0:0 chr7 150217335 . G T 195.22 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00757494;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.499;QD=14.1977;RBI=0.0176088;REFB=-0.00529688;REVB=-0.0158962;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11009;STB=0.582328;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00476253;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:32:23:23:0.418182:9:14:15:15:9:14:15:17 chr7 150218002 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0143349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.074;QD=14.1954;RBI=0.0367435;REFB=-0.00983601;REVB=-0.0338319;RO=30;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196627;STB=0.599166;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0261398;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:23:23:0.418182:17:6:13:17:17:6:13:19 chr7 150269542 . G T 192.82 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0048911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.376;QD=13.7729;RBI=0.0136259;REFB=-0.0133788;REVB=-0.0127178;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110532;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0193782;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:13:10:14:19:13:10:14:19 chr7 150488616 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.756;QD=56.9569;RBI=0.00830739;REFB=0;REVB=-0.00316504;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5898e-06;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr7 150490376 . C T 453.81 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4969;QD=55.0077;RBI=0.0168866;REFB=0.0157009;REVB=-0.00699386;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00477784;OID=.;OPOS=150490376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr7 150491084 . T G 464.66 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1769;QD=58.0826;RBI=0.09068;REFB=0;REVB=0.0903761;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131437;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr7 150500729 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.329;QD=46.0582;RBI=0.0402294;REFB=0.0189165;REVB=0.0270774;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=4.57177e-05;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:8:11:0:0:8:11:1:0 chr7 150501516 . A G 1042.56 PASS AF=1;AO=60;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331783;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4978;QD=58.7358;RBI=0.0406713;REFB=0;REVB=0.0235235;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376855;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:60:71:1:24:36:0:0:35:36:0:0 chr7 150556002 . T C 569.95 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=133;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=27;FWDB=-0.0104198;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.032;QD=17.2711;RBI=0.0107654;REFB=-0.00841666;REVB=-0.00270563;RO=73;SAF=22;SAR=38;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258165;STB=0.640296;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0128549;OID=.;OPOS=150556002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:73:72:60:60:0.454545:38:22:46:27:38:22:45:27 chr7 150556055 . CG GC 1056.44 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035187;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.467;QD=57.887;RBI=0.0370356;REFB=-0.0957219;REVB=-0.0115545;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00197846;OID=.;OPOS=150556055;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:74:73:1:0:70:73:1:41:29:1:0:42:31:0:0 chr7 150645534 . T G 384.35 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=10;FWDB=-0.00634472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.873;QD=15.8496;RBI=0.00747781;REFB=-0.0228376;REVB=0.00395754;RO=55;SAF=32;SAR=8;SRF=46;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610136;STB=0.51549;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.021517;OID=.;OPOS=150645534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:55:56:40:41:0.42268:8:32:46:9:8:33:46:10 chr7 150648198 . A G 612.81 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.829;QD=61.2807;RBI=0.0617131;REFB=0;REVB=0.0371953;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634899;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr7 150648789 . T C 189.28 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0200498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.343;QD=13.0537;RBI=0.0244257;REFB=-0.0142255;REVB=-0.0139507;RO=35;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237898;STB=0.513666;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0201919;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:13:10:16:19:13:10:16:19 chr7 150649531 . G A 272.99 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=71;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0040217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3155;QD=15.1659;RBI=0.113481;REFB=-0.0181828;REVB=0.113409;RO=40;SAF=15;SAR=15;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101033;STB=0.539543;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0255898;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:41:30:31:0.430556:15:15:24:16:15:16:24:17 chr7 150649603 . G A 494.69 PASS AF=0.404412;AO=54;DP=136;FAO=55;FDP=136;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.00354247;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.343;QD=14.5497;RBI=0.0128118;REFB=0.00117341;REVB=0.0123123;RO=82;SAF=30;SAR=24;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111226;STB=0.552718;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00137702;OID=.;OPOS=150649603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:81:54:55:0.404412:24:30:37:45:25:30:37:44 chr7 150695726 . T C,G 420.1 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=28,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000998046,-0.0159025;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.47,104.873;QD=56.0135;RBI=0.00440714,0.0162318;REFB=0,0;REVB=-0.00429264,0.003253;RO=0;SAF=10,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0149437,0.0879359;OID=.,.;OPOS=150695726,150695726;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:28,2:28,2:0.933333,0.0666667:18,0:10,2:0:0:18,0:10,2:0:0 chr7 150696111 . T C,G 3341.89 PASS AF=0.108225,0.891775;AO=24,196;DP=222;FAO=25,206;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=1,94;FSAR=24,112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370846,0.0193747;FXX=0.00431016;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.2433,99.2192;QD=57.8683;RBI=0.0385019,0.0270809;REFB=-0.0202985,-0.0378282;REVB=-0.0383229,0.0189208;RO=1;SAF=1,84;SAR=23,112;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.302561,-0.00563592;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105495,0.00197959;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:87:222:231:1:0:24,196:25,206:0.108225,0.891775:23,112:1,84:1:0:24,112:1,94:0:0 chr7 150704250 . C G 313.62 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0375428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9634;QD=17.1848;RBI=0.0642684;REFB=-0.0123887;REVB=-0.0521629;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993407;STB=0.547917;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0134704;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:17:17:15:23:17:17:16:23 chr7 150732871 . G A 203.68 PASS AF=0.46;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0224988;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.45;QD=16.2943;RBI=0.0404899;REFB=-0.016681;REVB=0.0336636;RO=27;SAF=3;SAR=19;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205553;STB=0.624875;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0166196;OID=.;OPOS=150732871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:27:27:22:23:0.46:19:3:7:20:20:3:7:20 chr7 150733025 . T A 532.95 PASS AF=0.486957;AO=55;DP=115;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.00133298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.146;QD=18.5375;RBI=0.0148389;REFB=-0.0275603;REVB=0.0147789;RO=57;SAF=28;SAR=27;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325367;STB=0.504346;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0376825;OID=.;OPOS=150733025;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:57:59:55:56:0.486957:27:28:27:30:28:28:29:30 chr7 150734380 . T C 552.23 PASS AF=0.523364;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00286455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6717;QD=20.6439;RBI=0.0417708;REFB=-0.0379221;REVB=-0.0416725;RO=44;SAF=32;SAR=24;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094382;STB=0.575973;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0347818;OID=.;OPOS=150734380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:107:44:51:56:56:0.523364:24:32:20:24:24:32:21:30 chr7 150746166 . G A 653.34 PASS AF=0.381643;AO=77;DP=207;FAO=79;FDP=207;FR=.;FRO=128;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=47;FSRR=81;FWDB=0.0154859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3519;QD=12.6249;RBI=0.017381;REFB=-0.0140283;REVB=-0.00789223;RO=130;SAF=51;SAR=26;SRF=47;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328617;STB=0.669475;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0172869;OID=.;OPOS=150746166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:130:128:77:79:0.381643:26:51:47:83:28:51:47:81 chr7 150763655 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.842;QD=48.7371;RBI=0.0504965;REFB=0;REVB=0.0485601;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644265;OID=.;OPOS=150763655;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr7 150765065 . T C 2445.9 PASS AF=0.98773;AO=160;DP=163;FAO=161;FDP=163;FR=.;FRO=2;FSAF=83;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211729;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.163;QD=60.0222;RBI=0.0271705;REFB=0.0516479;REVB=0.0170277;RO=3;SAF=82;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062755;STB=0.506328;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-6.77169e-05;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:163:163:3:2:160:161:0.98773:78:82:1:2:78:83:0:2 chr7 150771823 . ACCCCCTG ACCCCCCT,ACCCCTG,AGCCCCTG 39.76 PASS AF=0,0.12,0.08;AO=2,12,6;DP=55;FAO=0,6,4;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=0,5,4;FSAR=0,1,0;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0842865,-0.0807265,-0.0215871;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=30.9986,12.0681,127.264;QD=3.18113;RBI=0.0899097,0.101391,0.0360844;REFB=0.0617245,-0.115135,-0.0116112;REVB=-0.0312978,0.061347,-0.0289151;RO=31;SAF=0,10,6;SAR=2,2,0;SRF=6;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.491803,0;SSSB=-0.348649,0.666283,0.789275;STB=0.5,0.865563,0.997847;STBP=1,0.088,0.012;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.140561,0.118974;OID=.,.,.;OPOS=150771829,150771824,150771824;OREF=TG,C,C;OALT=CT,-,G;OMAPALT=ACCCCCCT,ACCCCTG,AGCCCCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.12,0.08:2,12,6:55:0,6,4:50:40:0,5,4:0,1,0:15:25:21:31:0,10,6:2,2,0:6:25 chr7 150773779 . TGGGGGGG TGGGGGG,TGGGGGGC 184.07 PASS AF=0.704225,0.0140845;AO=26,7;DP=73;FAO=50,1;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=26,0;FSAR=24,1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.089776,-0.11744;FXX=0.0405351;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.22795,15.8807;QD=10.3703;RBI=0.118965,0.124961;REFB=-0.0373857,0.0157775;REVB=0.0780577,-0.0426995;RO=20;SAF=11,4;SAR=15,3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.214325,-0.157867;STB=0.551704,0.993399;STBP=0.189,0.221;TYPE=del,snp;VARB=0.0993175,-0.0125805;OID=.,.;OPOS=150773780,150773786;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TGGGGGG,TGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.704225,0.0140845:26,7:73:50,1:71:20:26,0:24,1:14:6:43:20:11,4:15,3:14:6 chr7 150773788 . C G 52.18 PASS AF=0.127907;AO=13;DP=88;FAO=11;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0240889;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5602;QD=2.427;RBI=0.0248468;REFB=-0.00292013;REVB=0.00608983;RO=71;SAF=12;SAR=1;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624038;STB=0.904423;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0237221;OID=.;OPOS=150773788;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:88:86:71:75:13:11:0.127907:1:12:30:41:1:10:34:41 chr7 150846137 . C T 421.3 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00985461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3631;QD=14.7823;RBI=0.046254;REFB=-0.0238815;REVB=-0.045192;RO=66;SAF=17;SAR=31;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200659;STB=0.613012;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0323066;OID=.;OPOS=150846137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:66:66:48:48:0.421053:31:17:36:30:31:17:36:30 chr7 150864240 . G C 351.0 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.123611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7661;QD=46.7997;RBI=0.124608;REFB=0.000544401;REVB=-0.015735;RO=3;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795453;STB=0.542826;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000615376;OID=.;OPOS=150864240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:16:11:0:3:16:11:0:3 chr7 150873664 . G T 233.48 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0383312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.693;QD=15.0635;RBI=0.0419976;REFB=0.00547465;REVB=-0.0171616;RO=34;SAF=19;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127622;STB=0.58338;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00910607;OID=.;OPOS=150873664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:27:27:0.435484:8:19:20:14:8:19:20:15 chr7 150878260 . C G 775.73 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0280359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.924;QD=53.4989;RBI=0.0537567;REFB=-0.121541;REVB=-0.0458669;RO=2;SAF=25;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362315;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0037956;OID=.;OPOS=150878260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:58:2:2:56:56:0.965517:31:25:2:0:31:25:2:0 chr7 150883593 . G A 663.76 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.00601549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.356;QD=20.5818;RBI=0.0112153;REFB=-0.0198659;REVB=0.0094656;RO=63;SAF=28;SAR=38;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105002;STB=0.505779;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0218975;OID=.;OPOS=150883593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:63:63:66:66:0.511628:38:28:26:37:38:28:26:37 chr7 150884266 . C CAG 31.01 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=12;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0675049;FXX=0.221976;HRUN=1;LEN=2;MLLD=36.5823;QD=17.7207;RBI=0.0675097;REFB=-0.181822;REVB=-0.000805915;RO=6;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=ins;VARB=0.088498;OID=.;OPOS=150884267;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:4:12:5:7:2:3:2:1:1:13:6:2:2:3:3 chr7 150916228 . G A 435.95 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0306138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.173;QD=54.494;RBI=0.0685575;REFB=-0.170099;REVB=0.0613427;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00230308;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:22:9:0:1:22:9:0:1 chr7 150921950 . A G 1959.15 PASS AF=1;AO=125;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2875;QD=61.7056;RBI=0.0478187;REFB=0;REVB=0.0132438;RO=0;SAF=63;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314804;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:125:127:1:62:63:0:0:63:64:0:0 chr7 150931268 . C G 1134.96 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3007;QD=60.5313;RBI=0.0447272;REFB=0;REVB=-0.00668625;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000436694;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr7 150934975 . C G 1418.36 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464984;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.49;QD=63.0382;RBI=0.0467937;REFB=0;REVB=-0.00524817;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31597e-05;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr7 151049231 . C T 346.17 PASS AF=0.5;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0154657;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.18;QD=19.2315;RBI=0.0216906;REFB=-0.0201104;REVB=0.0152084;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134231;STB=0.513946;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0177543;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:36:36:0.5:19:17:16:19:19:17:16:20 chr7 151064064 . C T 376.87 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.02523;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.849;QD=18.384;RBI=0.0254809;REFB=-0.0401352;REVB=0.00356645;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175319;STB=0.517011;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0497581;OID=.;OPOS=151064064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:43:39:39:0.47561:16:23:24:18:16:23:24:19 chr7 151074296 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00310828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.571;QD=14.6525;RBI=0.0235;REFB=-0.0117128;REVB=-0.0232935;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00555352;OID=.;OPOS=151074296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:3:2:3:3:3:2 chr7 151106066 . C T 1086.04 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00562079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.308;QD=58.7049;RBI=0.0385854;REFB=-0.0709054;REVB=0.0381738;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00053795;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:34:38:0:1:35:38:0:1 chr7 151133271 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000124241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.215;QD=58.4194;RBI=0.031929;REFB=0;REVB=0.0319287;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.02931e-05;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:29:34:0:0 chr7 151261270 . G A 201.48 PASS AF=0.211921;AO=32;DP=148;FAO=32;FDP=151;FR=.;FRO=119;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-0.0644511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.221;QD=5.33714;RBI=0.0645134;REFB=-0.00880108;REVB=-0.00283317;RO=116;SAF=13;SAR=19;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434168;STB=0.538242;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0203458;OID=.;OPOS=151261270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:116:119:32:32:0.211921:19:13:51:65:19:13:54:65 chr7 151613438 . G A 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0121751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.943;QD=16.1648;RBI=0.0325047;REFB=-0.0115589;REVB=-0.0301384;RO=41;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13334;STB=0.574543;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0149734;OID=.;OPOS=151613438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:21:12:10:31:21:12:10:31 chr7 151680072 . T C 1853.6 PASS AF=0.99187;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.233;QD=60.2796;RBI=0.088853;REFB=-0.0666726;REVB=0.0828671;RO=1;SAF=47;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629264;STB=0.503311;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000708843;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:123:1:1:122:122:0.99187:75:47:0:1:75:47:0:1 chr7 151722338 . G A 3333.14 PASS AF=1;AO=214;DP=214;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=135;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135177;FXX=0.00465095;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.109;QD=62.3017;RBI=0.0352157;REFB=0;REVB=0.032518;RO=0;SAF=135;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45315e-05;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:214:214:0:0:214:214:1:79:135:0:0:79:135:0:0 chr7 151722388 . A G 992.98 PASS AF=0.47907;AO=102;DP=214;FAO=103;FDP=215;FR=.;FRO=112;FSAF=63;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=48;FWDB=-0.00997765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.906;QD=18.4741;RBI=0.0171091;REFB=-0.0250368;REVB=0.0138984;RO=112;SAF=63;SAR=39;SRF=64;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458211;STB=0.521833;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0146194;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:214:215:112:112:102:103:0.47907:39:63:64:48:40:63:64:48 chr7 151833692 . T C 105.22 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.000157122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.867;QD=12.3782;RBI=0.0145075;REFB=0.00156046;REVB=0.0145066;RO=21;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313907;STB=0.69967;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00355856;OID=.;OPOS=151833692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:12:13:0.382353:9:3:11:10:10:3:11:10 chr7 151873853 . C T 650.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3076;QD=61.9891;RBI=0.0655064;REFB=0;REVB=-0.000291113;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000978293;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:26:15:1:0:26:16:0:0 chr7 151874498 . C T 210.5 PASS AF=0.525;AO=17;DP=35;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00584657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.145;QD=21.0498;RBI=0.0117833;REFB=-0.0449151;REVB=-0.0102306;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.573697;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0252273;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:40:18:19:17:21:0.525:11:6:7:11:15:6:8:11 chr7 151882672 . C A 56.24 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=-0.00317972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5645;QD=2.36815;RBI=0.0068117;REFB=-0.000453355;REVB=0.00602401;RO=81;SAF=6;SAR=6;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836518;STB=0.5578;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00222415;OID=.;OPOS=151882672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:81:83:12:12:0.126316:6:6:35:46:6:6:36:47 chr7 151935853 . T C 54.49 PASS AF=0.161765;AO=10;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0128439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.599;QD=3.20503;RBI=0.0191879;REFB=-0.00159802;REVB=-0.0142551;RO=56;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124951;STB=0.535345;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00701662;OID=.;OPOS=151935853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:68:68:56:57:10:11:0.161765:7:3:22:34:7:4:23:34 chr7 151945051 . A G 119.42 PASS AF=0.094431;AO=39;DP=410;FAO=39;FDP=413;FR=.;FRO=374;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=199;FSRR=175;FWDB=0.00458425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.11;QD=1.15666;RBI=0.0430626;REFB=-0.000274885;REVB=-0.0428179;RO=345;SAF=8;SAR=31;SRF=191;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420405;STB=0.795509;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00451372;OID=.;OPOS=151945051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:410:413:345:374:39:39:0.094431:31:8:191:154:31:8:199:175 chr7 151945060 . G A 39.46 PASS AF=0.056872;AO=23;DP=419;FAO=24;FDP=422;FR=.;FRO=398;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=193;FSRR=205;FWDB=-0.0315869;FXX=0.00236401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9718;QD=0.374033;RBI=0.0333931;REFB=-0.000429645;REVB=-0.0108338;RO=386;SAF=5;SAR=18;SRF=183;SRR=203;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27024;STB=0.770353;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00804808;OID=.;OPOS=151945060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:419:422:386:398:23:24:0.056872:18:5:183:203:19:5:193:205 chr7 151945071 . G GT 406.41 PASS AF=0.26764;AO=108;DP=416;FAO=110;FDP=411;FR=.;FRO=301;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=125;FSRR=176;FWDB=0.0793333;FXX=0.0048425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9483;QD=3.95534;RBI=0.12238;REFB=0.00175982;REVB=-0.0931835;RO=303;SAF=58;SAR=50;SRF=128;SRR=175;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142466;STB=0.594459;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=-0.0118769;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26764:108:416:110:411:301:60:50:125:176:99:303:58:50:128:175 chr7 151945101 . G C 191.3 PASS AF=0.129213;AO=46;DP=356;FAO=46;FDP=356;FR=.;FRO=310;FSAF=8;FSAR=38;FSRF=153;FSRR=157;FWDB=-0.00744962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1849;QD=2.14939;RBI=0.0829935;REFB=-0.00768728;REVB=0.0826585;RO=310;SAF=8;SAR=38;SRF=153;SRR=157;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426894;STB=0.796686;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0417683;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:356:310:310:46:46:0.129213:38:8:153:157:38:8:153:157 chr7 151945140 . C T 298.93 PASS AF=0.217778;AO=48;DP=225;FAO=49;FDP=225;FR=.;FRO=176;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=76;FSRR=100;FWDB=-0.0431842;FXX=0.00442458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.073;QD=5.31438;RBI=0.0667767;REFB=-0.011333;REVB=-0.0509338;RO=175;SAF=25;SAR=23;SRF=76;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110423;STB=0.561163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0373222;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:175:176:48:49:0.217778:23:25:76:99:24:25:76:100 chr7 151945167 . G T 184.93 PASS AF=0.232;AO=29;DP=125;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.00766196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.101;QD=5.91767;RBI=0.00767619;REFB=-0.00211445;REVB=-0.000467047;RO=96;SAF=14;SAR=15;SRF=43;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438937;STB=0.526822;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00743119;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:96:96:29:29:0.232:15:14:43:53:15:14:43:53 chr7 151962176 . T A 563.5 PASS AF=0.321888;AO=64;DP=222;FAO=75;FDP=233;FR=.;FRO=158;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=-0.000598387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.637;QD=9.67377;RBI=0.017483;REFB=-0.0217595;REVB=-0.0174728;RO=156;SAF=31;SAR=33;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437925;STB=0.54654;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0396274;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:233:156:158:64:75:0.321888:33:31:75:81:44:31:76:82 chr7 151970856 . T A 2068.23 PASS AF=0.609428;AO=180;DP=297;FAO=181;FDP=297;FR=.;FRO=116;FSAF=88;FSAR=93;FSRF=50;FSRR=66;FWDB=-0.0212441;FXX=0.00668874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8695;QD=27.855;RBI=0.0261508;REFB=-0.0127933;REVB=0.0152496;RO=114;SAF=88;SAR=92;SRF=50;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362088;STB=0.521581;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0056937;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:297:297:114:116:180:181:0.609428:92:88:50:64:93:88:50:66 chr7 152099906 . T A 1036.13 PASS AF=0.682171;AO=86;DP=127;FAO=88;FDP=129;FR=.;FRO=41;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0370085;FXX=0.015266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.497;QD=32.1282;RBI=0.0415461;REFB=-0.0225316;REVB=0.0188798;RO=41;SAF=48;SAR=38;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07175;STB=0.541347;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0071128;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:41:41:86:88:0.682171:38:48:18:23:38:50:18:23 chr7 152099917 . G A 1044.53 PASS AF=0.692913;AO=88;DP=127;FAO=88;FDP=127;FR=.;FRO=39;FSAF=51;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0136428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.975;QD=32.8985;RBI=0.0161078;REFB=-0.00239656;REVB=-0.00856353;RO=39;SAF=51;SAR=37;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975481;STB=0.552434;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00106704;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:39:39:88:88:0.692913:37:51:16:23:37:51:16:23 chr7 152099924 . T C 990.04 PASS AF=0.685484;AO=84;DP=124;FAO=85;FDP=124;FR=.;FRO=39;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0109343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.561;QD=31.9368;RBI=0.0191228;REFB=-0.00697865;REVB=0.0156884;RO=39;SAF=51;SAR=33;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103153;STB=0.552619;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0042519;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:39:39:84:85:0.685484:33:51:17:22:34:51:17:22 chr7 154461112 . A G 387.84 PASS AF=0.356061;AO=47;DP=132;FAO=47;FDP=132;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.00723671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.7208;QD=11.7526;RBI=0.0113088;REFB=-0.00583022;REVB=-0.00869019;RO=83;SAF=21;SAR=26;SRF=50;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172524;STB=0.59766;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00962012;OID=.;OPOS=154461112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:83:85:47:47:0.356061:26:21:50:33:26:21:51:34 chr7 154667628 . A G 783.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0573263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6086;QD=63.9555;RBI=0.0577447;REFB=0;REVB=0.0069386;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031605;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr7 154672662 . C T 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.982;QD=63.8706;RBI=0.0363387;REFB=0;REVB=0.0103015;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258084;OID=.;OPOS=154672662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr7 154679447 . G A 1083.83 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106918;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8641;QD=60.213;RBI=0.0108578;REFB=0;REVB=0.00189144;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72402e-05;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr7 154681050 . C T 418.13 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.424;QD=55.7512;RBI=0.0315764;REFB=0;REVB=0.0309117;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384055;OID=.;OPOS=154681050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:11:18:0:1:12:18:0:0 chr7 154681216 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.454;QD=53.9112;RBI=0.0303101;REFB=0;REVB=0.00218876;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26946e-05;OID=.;OPOS=154681216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr7 154684153 . T C 606.66 PASS AF=0.606742;AO=53;DP=88;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0198587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.463;QD=27.2655;RBI=0.0198996;REFB=-0.0332582;REVB=0.00127453;RO=35;SAF=37;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251068;STB=0.629257;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0154493;OID=.;OPOS=154684153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:35:35:53:54:0.606742:16:37:13:22:17:37:13:22 chr7 154685562 . T C 57.55 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0314495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.203;QD=5.6142;RBI=0.0340856;REFB=0.00647415;REVB=0.0131437;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307017;STB=0.505482;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0122018;OID=.;OPOS=154685562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:41:41:31:32:9:9:0.219512:5:4:13:18:5:4:14:18 chr7 154685612 . G T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.000706409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7618;QD=11.3674;RBI=0.0106336;REFB=-0.0185065;REVB=0.0106101;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296694;STB=0.674268;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0422249;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:5:14:5:6:5:14 chr7 154738409 . T C 254.99 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0339424;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3064;QD=13.0765;RBI=0.0344711;REFB=-0.00791661;REVB=0.00601433;RO=47;SAF=12;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141813;STB=0.58757;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0108749;OID=.;OPOS=154738409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:47:48:30:30:0.384615:18:12:25:22:18:12:26:22 chr7 154760369 . A G 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0128574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4692;QD=24.3256;RBI=0.0141814;REFB=-0.0314672;REVB=0.00598315;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00909748;OID=.;OPOS=154760369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr7 154760666 . C T 51.32 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0217545;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.22;QD=12.0753;RBI=0.131235;REFB=-0.0242426;REVB=-0.12942;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22218;STB=0.635955;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0194855;OID=.;OPOS=154760666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:18:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:5:5:2:5:5:5 chr7 154862621 . T A 236.06 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0305264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3761;QD=19.2698;RBI=0.0327462;REFB=0.00350677;REVB=0.0118513;RO=26;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755847;STB=0.542819;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00306638;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:15:8:11:15:15:8:11:15 chr7 155150420 . T A,TA 62.07 PASS AF=0,0.380952;AO=3,15;DP=45;FAO=0,16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=0,14;FSAR=0,2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0172433,0.0129097;FXX=0.0232504;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=209.005,12.5341;QD=5.91175;RBI=0.0297991,0.23503;REFB=0.00994369,-0.124287;REVB=0.0243034,0.234676;RO=26;SAF=3,14;SAR=0,1;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.633638,0.696856;STB=0.5,0.839534;STBP=1,0.002;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.109833;OID=.,.;OPOS=155150420,155150421;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:63:45:42:26:26:3,15:0,16:0,0.380952:0,1:3,14:9:17:0,2:0,14:10:16 chr7 155150472 . G A 499.66 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0187793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.894;QD=54.0173;RBI=0.0563014;REFB=-0.110716;REVB=0.0530771;RO=2;SAF=27;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379514;STB=0.520331;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00126823;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:8:27:1:1:8:27:1:1 chr7 155150560 . A G 722.9 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1891;QD=59.0126;RBI=0.0457889;REFB=-0.0181476;REVB=0.0292185;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.503104;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00788823;OID=.;OPOS=155150560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:20:27:1:0:20:27:1:1 chr7 155150602 . T C 689.61 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.121;QD=62.6914;RBI=0.0209724;REFB=0;REVB=0.0206802;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39472e-05;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:20:21:0:0:21:23:0:0 chr7 155150765 . C T 676.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.914;QD=60.1587;RBI=0.0450003;REFB=-0.0468507;REVB=0.0358932;RO=1;SAF=37;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012532;STB=0.506664;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000327354;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:7:37:1:0:7:37:1:0 chr7 155151018 . G A 544.51 PASS AF=0.973684;AO=34;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0920896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9217;QD=57.3172;RBI=0.118671;REFB=0.0286035;REVB=0.0748493;RO=3;SAF=28;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396007;STB=0.533315;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00184752;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:3:1:34:37:0.973684:6:28:2:1:7:30:0:1 chr7 155151095 . T C 508.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.116;QD=58.1231;RBI=0.0832777;REFB=0;REVB=0.082024;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235322;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:8:26:0:0:9:26:0:0 chr7 155151194 . G A 993.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455243;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4978;QD=59.3088;RBI=0.103885;REFB=0;REVB=0.0933788;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086987;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr7 155151299 . G A 134.74 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0070149;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.654;QD=8.04386;RBI=0.00785464;REFB=-0.0098232;REVB=0.00353363;RO=47;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565653;STB=0.527128;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0351605;OID=.;OPOS=155151299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:47:48:19:19:0.283582:11:8:22:25:11:8:22:26 chr7 155151307 . A G 993.87 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510532;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.487;QD=59.3356;RBI=0.0512165;REFB=0;REVB=0.0040863;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33645e-05;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr7 155151367 . G T 1055.79 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611265;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.65;QD=59.4812;RBI=0.0696668;REFB=0;REVB=0.0334217;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975971;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:72:71:1:26:46:0:0:26:45:0:0 chr7 155151369 . C T 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.040539;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.458;QD=58.4202;RBI=0.0408951;REFB=0.0201558;REVB=0.00538518;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103937;STB=0.505375;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-9.25639e-05;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:26:45:1:0:26:46:1:0 chr7 155151433 . T C 406.9 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7828;QD=56.124;RBI=0.0473242;REFB=0;REVB=0.0196654;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00579751;OID=.;OPOS=155151433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:8:16:0:0:8:21:0:0 chr7 155151437 . G A 333.39 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0458106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.483;QD=45.9841;RBI=0.0473686;REFB=-0.140093;REVB=-0.012049;RO=1;SAF=20;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226687;STB=0.559392;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0171836;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:1:3:26:26:0.896552:6:20:1:0:6:20:1:2 chr7 155503920 . A T 889.62 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283579;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3258;QD=58.3359;RBI=0.0289158;REFB=0;REVB=0.00565249;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421155;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:46:15:0:0:46:15:0:0 chr7 155534702 . G A 195.25 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0202669;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.68;QD=22.97;RBI=0.0282934;REFB=-0.0252782;REVB=0.0197426;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232717;STB=0.630926;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0148574;OID=.;OPOS=155534702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:9:6:13:6:9:6 chr7 155755826 . A G 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00829134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.053;QD=14.1874;RBI=0.0208128;REFB=-0.00971025;REVB=-0.0190899;RO=45;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18269;STB=0.604247;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00998004;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:21:10:22:23:21:10:22:23 chr7 155757502 . T C 444.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00943994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4565;QD=57.3909;RBI=0.0256943;REFB=0;REVB=0.0238974;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356401;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:10:21:0:0 chr7 156432955 . G A 180.04 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0240218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.271;QD=23.2311;RBI=0.0242725;REFB=-0.0131717;REVB=0.00347929;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260481;STB=0.652332;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0133878;OID=.;OPOS=156432955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:5:12:5:8:5:13:5:8 chr7 156468559 . T C 47.21 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0226598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.027;QD=11.1083;RBI=0.0414649;REFB=-0.0269631;REVB=0.0347257;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590354;STB=0.869953;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0140891;OID=.;OPOS=156468559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:1:6:2:7:1:6:2:8 chr7 156469123 . G A 891.05 PASS AF=0.481283;AO=90;DP=186;FAO=90;FDP=187;FR=.;FRO=97;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=22;FSRR=75;FWDB=0.0372734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.7;QD=19.0599;RBI=0.0376019;REFB=-0.00738381;REVB=-0.00495959;RO=96;SAF=35;SAR=55;SRF=22;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164616;STB=0.592043;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00802473;OID=.;OPOS=156469123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:96:97:90:90:0.481283:55:35:22:74:55:35:22:75 chr7 156469133 . C G 797.32 PASS AF=0.509434;AO=79;DP=158;FAO=81;FDP=159;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=63;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.018092;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0771;QD=20.0583;RBI=0.021575;REFB=-0.0165297;REVB=0.0117542;RO=74;SAF=18;SAR=61;SRF=29;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181591;STB=0.623004;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0163164;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:74:78:79:81:0.509434:61:18:29:45:63:18:33:45 chr7 156469179 . C T 419.0 PASS AF=0.439252;AO=46;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0316149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.744;QD=15.6635;RBI=0.0360317;REFB=-0.018258;REVB=-0.0172853;RO=59;SAF=19;SAR=27;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113486;STB=0.573002;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0183704;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:59:60:46:47:0.439252:27:19:31:28:28:19:32:28 chr7 156469190 . A G 1618.5 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.249;QD=59.9443;RBI=0.0531708;REFB=0;REVB=0.042759;RO=0;SAF=57;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02844e-05;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:49:57:0:0:50:58:0:0 chr7 156518192 . G A 285.32 PASS AF=0.37931;AO=31;DP=86;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0275578;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.875;QD=13.1183;RBI=0.0280679;REFB=-0.0182867;REVB=-0.00532658;RO=53;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110519;STB=0.537792;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0168685;OID=.;OPOS=156518192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:54:31:33:0.37931:21:10:22:31:22:11:21:33 chr7 156518195 . G A 249.12 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0193061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.091;QD=11.8628;RBI=0.0487386;REFB=-0.0192105;REVB=-0.0447518;RO=54;SAF=11;SAR=19;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264061;STB=0.515244;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0303155;OID=.;OPOS=156518195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:30:30:0.357143:19:11:21:33:19:11:21:33 chr7 156554830 . T C 116.03 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00181358;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.68;QD=9.87458;RBI=0.0137185;REFB=-0.000834952;REVB=-0.0135981;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149413;STB=0.592342;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00166555;OID=.;OPOS=156554830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:31:33:14:14:0.297872:9:5:15:16:9:5:16:17 chr7 156664783 . C T 214.93 PASS AF=0.5;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00254369;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.246;QD=20.4699;RBI=0.0154685;REFB=0.00600978;REVB=0.0152579;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299078;STB=0.6295;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00519363;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:21:20:21:0.5:5:15:10:12:6:15:10:11 chr7 156742749 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0234848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4691;QD=12.0156;RBI=0.0513919;REFB=-0.0459105;REVB=0.0457121;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0117193;OID=.;OPOS=156742749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr7 156742965 . G C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.013763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0088;QD=14.6531;RBI=0.0465273;REFB=-0.0119466;REVB=0.0444451;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439457;STB=0.749529;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0151237;OID=.;OPOS=156742965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:0:8:4:4:0:8 chr7 156743264 . C A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0869256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9441;QD=12.3961;RBI=0.10984;REFB=-0.0198254;REVB=-0.067148;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0144788;OID=.;OPOS=156743264;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr7 157061474 . T C 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.591;QD=58.7766;RBI=0.0333951;REFB=0;REVB=0.00936874;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133372;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr7 157162035 . T G 278.48 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=94;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.00615884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.421;QD=11.85;RBI=0.0275647;REFB=-0.0132786;REVB=0.0268679;RO=59;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226372;STB=0.626122;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.019923;OID=.;OPOS=157162035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:61:32:33:0.351064:13:19:23:36:13:20:25:36 chr7 157162068 . T C 1419.85 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00100956;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.216;QD=55.1397;RBI=0.00223351;REFB=-0.0350771;REVB=-0.00199233;RO=2;SAF=47;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00095076;STB=0.505442;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.000120595;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:104:103:2:3:99:100:0.970874:52:47:1:1:52:48:2:1 chr7 157162103 . A G 305.48 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00345286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6;QD=12.8623;RBI=0.0105563;REFB=-0.0182131;REVB=0.00997562;RO=60;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222756;STB=0.627148;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0230956;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:15:20:22:38:15:20:22:38 chr7 157319423 . G C 467.9 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.052121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.895;QD=20.1246;RBI=0.0521989;REFB=-0.0364068;REVB=0.00284971;RO=46;SAF=25;SAR=21;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596801;STB=0.537679;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0282171;OID=.;OPOS=157319423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:47:46:46:0.494624:21:25:28:18:21:25:29:18 chr7 157319862 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0154874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8955;QD=11.3688;RBI=0.105435;REFB=0.0185599;REVB=0.104291;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054687;STB=0.503262;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0270926;OID=.;OPOS=157319862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:12:7:4:7:12:7 chr7 157414064 . G A 507.26 PASS AF=0.447154;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=123;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.00488149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.594;QD=16.4962;RBI=0.0171703;REFB=-0.0184416;REVB=-0.0164618;RO=67;SAF=21;SAR=34;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524067;STB=0.525818;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0252311;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:67:68:55:55:0.447154:34:21:29:38:34:21:29:39 chr7 157931091 . C T 621.71 PASS AF=0.529915;AO=61;DP=116;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.016884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.019;QD=21.255;RBI=0.0410662;REFB=-0.0334665;REVB=-0.0374348;RO=54;SAF=23;SAR=38;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107343;STB=0.506371;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.030059;OID=.;OPOS=157931091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:54:55:61:62:0.529915:38:23:21:33:38:24:22:33 chr7 157931119 . A G 548.22 PASS AF=0.464;AO=57;DP=124;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0119065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.901;QD=17.5429;RBI=0.0299423;REFB=-0.0235822;REVB=-0.0274732;RO=66;SAF=23;SAR=34;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00961115;STB=0.505981;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0267949;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:66:67:57:58:0.464:34:23:26:40:34:24:27:40 chr7 157931144 . C T 448.98 PASS AF=0.438596;AO=48;DP=113;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.032087;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.969;QD=15.7537;RBI=0.0325077;REFB=-0.047262;REVB=0.00521275;RO=58;SAF=25;SAR=23;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121413;STB=0.572299;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.025341;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:58:64:48:50:0.438596:23:25:23:35:24:26:25:39 chr7 157959636 . G A 292.67 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0128189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.868;QD=17.2161;RBI=0.0402079;REFB=-0.0174672;REVB=0.0381097;RO=36;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112305;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:16:16:18:18:16:16:18:18 chr7 157959911 . A G 261.24 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0344575;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2251;QD=18.0164;RBI=0.0348464;REFB=-0.0213711;REVB=-0.00519123;RO=28;SAF=24;SAR=4;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.562974;STB=0.784102;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.028162;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:29:28:29:0.5:4:24:8:20:5:24:9:20 chr7 157985149 . C G 334.32 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0339267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3828;QD=27.2917;RBI=0.0530436;REFB=-0.0306572;REVB=0.040775;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183973;STB=0.521232;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0244344;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:13:16:10:9:13:16:10:10 chr7 158263331 . T C 379.73 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00120064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.8378;QD=48.9967;RBI=0.0191145;REFB=0.076833;REVB=-0.0190767;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.524983;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00656968;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:31:1:2:27:29:0.935484:18:9:0:1:19:10:0:2 chr7 158263336 . G C 444.32 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.429;QD=57.3318;RBI=0.0381851;REFB=0;REVB=0.0193585;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06924e-05;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr7 158263344 . T A 399.3 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0560641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.282;QD=53.2406;RBI=0.0560744;REFB=-0.0522946;REVB=-0.00107103;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.526297;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00175351;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:1:0:20:9:1:0 chr7 158325503 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.934;QD=55.0987;RBI=0.0821487;REFB=0;REVB=0.0676761;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702171;OID=.;OPOS=158325503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr7 158524504 . G A 731.37 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0054994;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.14;QD=63.5971;RBI=0.019588;REFB=0;REVB=0.0188002;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94878e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr7 158526495 . G A 626.01 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0449;QD=61.0736;RBI=0.0631255;REFB=0;REVB=-0.0599087;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029336;OID=.;OPOS=158526495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:19:22:0:0 chr7 158526880 . G A 949.56 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4862;QD=58.4346;RBI=0.139083;REFB=0;REVB=0.0186633;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00307688;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:56:65:1:38:18:0:0:40:25:0:0 chr7 158528233 . A G 1348.73 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724465;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3025;QD=62.7316;RBI=0.0165028;REFB=0;REVB=0.0148275;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188265;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:39:47:0:0:39:47:0:0 chr7 158534372 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2214;QD=48.7347;RBI=0.0157061;REFB=0;REVB=-0.00286965;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000391744;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 158534381 . G C 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0109484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.875;QD=44.0943;RBI=0.0278421;REFB=-0.107126;REVB=-0.0255991;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000887485;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr7 158536267 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.905;QD=60.6098;RBI=0.0170877;REFB=0;REVB=-0.0127452;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94775e-05;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr7 158536334 . G A 308.72 PASS AF=0.862069;AO=23;DP=30;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.000104477;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.777;QD=42.5814;RBI=0.0278233;REFB=-0.187561;REVB=0.0278231;RO=3;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162133;STB=0.556476;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00379745;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:29:3:4:23:25:0.862069:16:7:3:0:16:9:3:1 chr7 158536345 . A G 360.41 PASS AF=0.903226;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0232261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0397;QD=46.504;RBI=0.0545527;REFB=-0.1921;REVB=0.0493614;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343929;STB=0.545422;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0155611;OID=.;OPOS=158536345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:27:31:1:3:26:28:0.903226:13:13:0:1:15:13:0:3 chr7 158536376 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.489;QD=51.1846;RBI=0.00861747;REFB=0;REVB=0.00775387;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24891e-05;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr7 158536388 . A C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.323;QD=46.8429;RBI=0.0267882;REFB=0;REVB=-0.0255175;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465389;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr7 158536408 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.058;QD=42.1826;RBI=0.0502872;REFB=0;REVB=0.0404448;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966904;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 158536411 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.935;QD=42.1826;RBI=0.0264859;REFB=0;REVB=-0.021234;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113169;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr7 158672476 . C G 400.72 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00573145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.984;QD=55.2719;RBI=0.00924872;REFB=0;REVB=0.00725874;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823896;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:23:5:0:0:24:5:0:0 chr7 158672619 . A G 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.282;QD=58.5797;RBI=0.0290803;REFB=0;REVB=-0.0279604;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101681;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr7 158715219 . A G 834.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0831794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9593;QD=57.5361;RBI=0.08323;REFB=0;REVB=-0.00290144;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891093;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr7 158719084 . C T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00553918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.326;QD=61.5112;RBI=0.00618152;REFB=-0.0477013;REVB=-0.00274385;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00102385;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chr7 158827326 . G A 165.95 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00335388;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.707;QD=11.4445;RBI=0.0246566;REFB=-0.00970367;REVB=-0.0244274;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660405;STB=0.549951;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0172026;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:37:21:21:0.362069:14:7:14:22:14:7:15:22 chr7 158835804 . G A 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0253509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.654;QD=16.5618;RBI=0.028219;REFB=-0.0269355;REVB=-0.0123953;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028402;STB=0.515993;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.02794;OID=.;OPOS=158835804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:17:14:13:14:17:14 chr7 158851234 . T G 237.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.196;QD=49.9273;RBI=0.0356864;REFB=0;REVB=0.0119185;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206278;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr7 158896517 . G A 376.71 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.00998741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2392;QD=18.6027;RBI=0.0122185;REFB=-0.0129968;REVB=-0.00703866;RO=42;SAF=14;SAR=25;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508588;STB=0.528288;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0168198;OID=.;OPOS=158896517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:25:14:13:29:25:14:13:29 chr7 158902567 . G A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0042574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.999;QD=11.8143;RBI=0.021122;REFB=-0.0214115;REVB=0.0206885;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325853;STB=0.691082;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0374522;OID=.;OPOS=158902567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:16:7:8:5:16:7 chr8 381344 . C G 727.7 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6475;QD=63.2787;RBI=0.0118831;REFB=0;REVB=0.0110037;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124376;OID=.;OPOS=381344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr8 381410 . A G 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0190253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.388;QD=28.7487;RBI=0.0192824;REFB=-0.00696722;REVB=-0.00313839;RO=19;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01854;STB=0.510197;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00455153;OID=.;OPOS=381410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:15:15:9:10:15:15:9:10 chr8 382957 . T C 95.32 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0282622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.557;QD=7.33241;RBI=0.0282634;REFB=-0.0187796;REVB=-0.000258039;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323241;STB=0.520093;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0647921;OID=.;OPOS=382957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:8:5:16:23:8:5:16:23 chr8 566618 . GA G,GG 74.27 PASS AF=0.875,0.125;AO=3,3;DP=9;FAO=7,1;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449534,-0.0402512;FXX=0.1998;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.687,101.911;QD=37.1366;RBI=0.101469,0.0975662;REFB=0,0;REVB=0.10137,0.0888763;RO=3;SAF=0,2;SAR=3,1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.483116;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0144249,-0.0601751;OID=.,.;OPOS=566619,566619;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:3,3:9:7,1:8:0:2,0:5,1:0:0:6:3:0,2:3,1:0:3 chr8 577101 . A G 689.78 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1129;QD=62.7074;RBI=0.0297003;REFB=0;REVB=-0.014005;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125997;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:17:26:0:0:17:27:0:0 chr8 607766 . C G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8905;QD=51.1791;RBI=0.0532004;REFB=0;REVB=-0.0221024;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000797322;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr8 608034 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.816;QD=56.1908;RBI=0.0168825;REFB=0;REVB=0.0154361;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10065e-05;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr8 609879 . AT GC 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220104;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.41;QD=58.6486;RBI=0.0272492;REFB=-0.150442;REVB=0.0160643;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=0.00181731;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:0:1:14:26:0:1 chr8 618728 . A G 769.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.019;QD=56.9961;RBI=0.0578554;REFB=0;REVB=0.0298461;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135918;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr8 943494 . TG CA 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0631315;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.04;QD=12.0157;RBI=0.0688758;REFB=-0.0183283;REVB=0.0275372;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=mnp;VARB=0.0231793;OID=.;OPOS=943494;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr8 943504 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.233;QD=48.7372;RBI=0.0457796;REFB=0;REVB=0.0170513;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183697;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr8 943508 . C T 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0333864;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.311;QD=11.4413;RBI=0.0357379;REFB=-0.0276459;REVB=-0.0127493;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557404;STB=0.533261;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0468769;OID=.;OPOS=943508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:4:10:6:3:4:10 chr8 977316 . A G 246.34 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9661;QD=49.2689;RBI=0.0377109;REFB=0;REVB=-0.0353565;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193611;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr8 977320 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0311227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.364;QD=21.3532;RBI=0.0526396;REFB=-0.0255463;REVB=0.0424536;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972524;STB=0.555466;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.015682;OID=.;OPOS=977320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:6:3:3:10:6:3 chr8 977340 . C T 120.92 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00135571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.411;QD=24.1844;RBI=0.0127538;REFB=-0.0122618;REVB=-0.0126816;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187025;STB=0.58809;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0118351;OID=.;OPOS=977340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:20:20:6:7:13:13:0.65:3:10:3:3:3:10:4:3 chr8 978170 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.112187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.371;QD=26.5991;RBI=0.131876;REFB=-0.0654203;REVB=0.0693211;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.027863;OID=.;OPOS=978170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr8 978573 . A G 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0173444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.325;QD=31.6313;RBI=0.021192;REFB=0.0106364;REVB=-0.0121768;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111215;STB=0.560741;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00469228;OID=.;OPOS=978573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:16:11:3:10:16:11:3:10 chr8 1497018 . C T 59.38 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0070107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9132;QD=15.8358;RBI=0.0443173;REFB=0.00222738;REVB=0.0437592;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00135319;OID=.;OPOS=1497018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:2:5:4:3:3:5:4:3 chr8 1649960 . G A 593.66 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3358;QD=60.8886;RBI=0.0650253;REFB=0;REVB=0.0575189;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101286;OID=.;OPOS=1649960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:22:17:0:0 chr8 1650536 . A AC,C 738.21 PASS AF=0.431034,0.517241;AO=25,31;DP=62;FAO=25,30;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=8,7;FSAR=17,23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0160477,0.027184;FXX=0.0645057;HRUN=1,9;LEN=1,1;MLLD=190.65,184.002;QD=50.9108;RBI=0.0190343,0.0295032;REFB=-0.0106821,-0.0135393;REVB=0.010236,0.0114658;RO=3;SAF=9,3;SAR=16,28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00574147,-0.100711;STB=0.501638,0.512526;STBP=0.956,0.725;TYPE=ins,snp;VARB=0.00822127,-0.00643596;OID=.,.;OPOS=1650537,1650536;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:89:62:58:3:3:25,31:25,30:0.431034,0.517241:16,28:9,3:1:2:17,23:8,7:1:2 chr8 1651129 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.423;QD=53.911;RBI=0.0116957;REFB=0;REVB=0.0115885;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46797e-05;OID=.;OPOS=1651129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:13:11:0:0 chr8 1808222 . G T 313.18 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0308308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3801;QD=14.7377;RBI=0.0466502;REFB=-0.0316776;REVB=0.03501;RO=49;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126176;STB=0.565619;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0453594;OID=.;OPOS=1808222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:35:35:0.411765:15:20:22:27:15:20:23:27 chr8 1808256 . A G 133.58 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0227861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.614;QD=7.97499;RBI=0.0243435;REFB=-0.0116779;REVB=-0.00856713;RO=46;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158309;STB=0.581496;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0307413;OID=.;OPOS=1808256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:46:48:19:19:0.283582:12:7:23:23:12:7:23:25 chr8 1817367 . G A 319.07 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.070208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4815;QD=13.4344;RBI=0.0719957;REFB=-0.0124373;REVB=-0.0159445;RO=59;SAF=20;SAR=16;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514679;STB=0.529395;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0200152;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:16:20:30:29:16:20:30:29 chr8 1833801 . G C 427.16 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=122;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=0.0218902;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8197;QD=14.121;RBI=0.0247666;REFB=-0.0116478;REVB=0.0115847;RO=70;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640808;STB=0.527016;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00953697;OID=.;OPOS=1833801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:70:72:49:49:0.404959:25:24:30:40:25:24:32:40 chr8 1857548 . T C 151.06 PASS AF=0.377778;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0602055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.174;QD=13.4273;RBI=0.061224;REFB=-0.023552;REVB=0.011121;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202162;STB=0.616893;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0387386;OID=.;OPOS=1857548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:16:17:0.377778:9:7:7:20:9:8:8:20 chr8 1876631 . C T 895.59 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00517087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2754;QD=55.113;RBI=0.00850045;REFB=-0.117592;REVB=0.00674683;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285993;STB=0.515147;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00192866;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:2:2:63:63:0.969231:32:31:0:2:32:31:0:2 chr8 1900911 . C T 305.19 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0309627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2653;QD=17.4397;RBI=0.056888;REFB=-0.00820068;REVB=0.0477237;RO=34;SAF=22;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100661;STB=0.510632;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00558572;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:37:33:33:0.471429:11:22:23:11:11:22:24:13 chr8 1906630 . G T 733.79 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871559;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.771;QD=63.8082;RBI=0.0227442;REFB=0;REVB=0.021008;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345427;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr8 1953194 . T G 347.54 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.22;QD=51.4874;RBI=0.0297131;REFB=0.126885;REVB=0.0169543;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.0011219;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:12:14:0:0:12:14:0:1 chr8 1953223 . C T 179.85 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0144387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.094;QD=23.2061;RBI=0.0376338;REFB=-0.0144854;REVB=0.0347538;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179199;STB=0.621371;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0167282;OID=.;OPOS=1953223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:12:13:18:18:0.580645:5:13:6:6:5:13:6:7 chr8 1953567 . C A 1035.6 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.352;QD=59.1773;RBI=0.0200724;REFB=0;REVB=0.013364;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139587;OID=.;OPOS=1953567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:67:70:1:36:31:0:0:36:34:0:0 chr8 1953642 . CAG C 531.87 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329286;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=252.152;QD=55.9864;RBI=0.0232304;REFB=0;REVB=0.0229958;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00248055;OID=.;OPOS=1953643;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:36:38:38:0:16:22:0:0:4:0:14:18:0:0 chr8 1953759 . A T 564.12 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692012;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5892;QD=60.9862;RBI=0.069837;REFB=0;REVB=0.00940223;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144874;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:1:0:37:37:1:24:13:0:1:24:13:0:0 chr8 1954237 . G C 785.54 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.216;QD=57.1298;RBI=0.0345058;REFB=0;REVB=-0.00646431;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48528e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr8 1954587 . G A 237.38 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.124;QD=49.9753;RBI=0.0992511;REFB=0;REVB=0.0986898;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674917;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:9:7:0:0:10:9:0:0 chr8 1954983 . T C 203.91 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00893596;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.105;QD=12.1737;RBI=0.0110606;REFB=-0.00734538;REVB=-0.00651804;RO=42;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475723;STB=0.527424;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0104316;OID=.;OPOS=1954983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:42:42:25:25:0.373134:13:12:22:20:13:12:22:20 chr8 2021547 . G A 708.64 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=121;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0220588;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0227;QD=23.6214;RBI=0.033159;REFB=-0.0188872;REVB=0.0247573;RO=51;SAF=25;SAR=43;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292438;STB=0.510066;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0221865;OID=.;OPOS=2021547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:51:52:68:68:0.566667:43:25:17:34:43:25:18:34 chr8 2040337 . T C 1132.64 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2424;QD=60.4077;RBI=0.0696419;REFB=0;REVB=-0.0603272;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000894653;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr8 2048811 . A C 774.82 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00535441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.101;QD=50.8077;RBI=0.00798636;REFB=-0.145534;REVB=-0.00592555;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392525;STB=0.539986;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00254932;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:61:61:2:4:57:57:0.934426:34:23:2:0:34:23:4:0 chr8 2048831 . A G 298.19 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00101138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.053;QD=23.8549;RBI=0.00676483;REFB=-0.0072431;REVB=0.0066888;RO=23;SAF=7;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207717;STB=0.616346;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00673097;OID=.;OPOS=2048831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:20:7:11:12:20:7:11:12 chr8 2050519 . C T 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.000622279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4062;QD=17.943;RBI=0.0100338;REFB=-0.0022139;REVB=-0.0100145;RO=28;SAF=8;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209637;STB=0.611028;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00321506;OID=.;OPOS=2050519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:20:8:14:14:20:8:14:15 chr8 2056569 . C T 120.75 PASS AF=0.280702;AO=14;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0115179;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7705;QD=8.47352;RBI=0.0115883;REFB=-0.000426592;REVB=0.00127491;RO=35;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342194;STB=0.704891;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.00259063;OID=.;OPOS=2056569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:40:14:16:0.280702:5:9:12:23:6:10:13:27 chr8 2148550 . G A 636.39 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346423;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.177;QD=62.0867;RBI=0.0408442;REFB=0;REVB=0.0216369;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457098;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr8 2148587 . TATGTGTGTACATATGTAC T 55.17 PASS AF=0.25;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0393424;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=18;MLLD=472.401;QD=6.89564;RBI=0.046972;REFB=-0.0061613;REVB=-0.0256621;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466664;STB=0.809294;STBP=0.086;TYPE=del;VARB=0.0314912;OID=.;OPOS=2148588;OREF=ATGTGTGTACATATGTAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:35:8:32:24:5:3:4:20:55:23:4:3:4:19 chr8 2148771 . C T 803.82 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108541;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.562;QD=57.4156;RBI=0.0139048;REFB=0;REVB=-0.00869094;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26235e-06;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr8 2792964 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 121.87 PASS AF=0.627451,0;AO=27,2;DP=52;FAO=32,0;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13,0;FSAR=19,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.125961,-0.00104566;FXX=0.0192271;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.45857,105.289;QD=9.55866;RBI=0.130631,0.0173614;REFB=-0.0532775,0.000856593;REVB=-0.0346149,-0.0173298;RO=17;SAF=10,2;SAR=17,0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.234949,0.456158;STB=0.60311,0.5;STBP=0.057,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0979851,0;OID=.,.;OPOS=2792965,2792971;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627451,0:27,2:52:32,0:51:19:13,0:19,0:13:6:51:17:10,2:17,0:12:5 chr8 2795412 . ATT A,AT 64.07 PASS AF=0.4,0.25;AO=5,4;DP=19;FAO=8,5;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7,2;FSAR=1,3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0644248,-0.124653;FXX=0.0475964;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=12.0648,6.66364;QD=12.8133;RBI=0.148162,0.270019;REFB=-0.0919638,-0.162703;REVB=0.133422,0.239525;RO=7;SAF=5,1;SAR=0,3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.748008,-0.198753;STB=0.776953,0.517172;STBP=0.058,0.955;TYPE=del,del;VARB=0.115867,0.0811521;OID=.,.;OPOS=2795413,2795413;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0.25:5,4:19:8,5:20:7:7,2:1,3:3:4:24:7:5,1:0,3:3:4 chr8 2795430 . T G 142.76 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0883258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1608;QD=22.8412;RBI=0.0897633;REFB=-0.0397622;REVB=0.0160001;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186819;STB=0.586099;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0316703;OID=.;OPOS=2795430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:8:10:15:15:0.6:6:9:7:1:6:9:8:2 chr8 2795835 . T C 1056.62 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0126887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.585;QD=57.1148;RBI=0.020684;REFB=-0.12617;REVB=0.0163347;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108729;STB=0.511361;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0012654;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:74:1:2:72:72:0.972973:43:29:0:1:43:29:0:2 chr8 2807783 . G A 461.42 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0147173;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2532;QD=23.3631;RBI=0.0366947;REFB=-0.0157689;REVB=-0.033614;RO=35;SAF=27;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128507;STB=0.570725;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00844216;OID=.;OPOS=2807783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:17:27:16:19:17:27:16:19 chr8 2820745 . G C 1508.35 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0122662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.797;QD=57.4609;RBI=0.0506603;REFB=-0.100348;REVB=0.0491529;RO=0;SAF=54;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95759e-08;STB=0.509998;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00025567;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:0:2:103:103:0.980952:49:54:0:0:49:54:0:2 chr8 2832139 . C G 1694.46 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.054;QD=60.5164;RBI=0.0500246;REFB=0;REVB=-7.2243e-05;RO=0;SAF=37;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12214e-05;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:74:37:0:0:75:37:0:0 chr8 2909992 . G A 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.877;QD=57.3829;RBI=0.00639401;REFB=0;REVB=-0.00303468;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.70699e-05;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr8 2910020 . A G 986.44 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.853;QD=58.8919;RBI=0.0161698;REFB=0;REVB=0.0156048;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17538e-05;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:28:38:0:0:28:39:0:0 chr8 2965244 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.195;QD=60.6103;RBI=0.0151574;REFB=0;REVB=0.0099809;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1279e-06;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr8 3072132 . G T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0197044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5855;QD=7.74642;RBI=0.0276633;REFB=0.0137198;REVB=-0.0194164;RO=42;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091068;STB=0.555847;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0345968;OID=.;OPOS=3072132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:13:3:10:32:13:3:10:32 chr8 3200877 . C T 504.62 PASS AF=0.388158;AO=59;DP=152;FAO=59;FDP=152;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0174576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.002;QD=13.2795;RBI=0.0267666;REFB=-0.0103516;REVB=-0.02029;RO=90;SAF=20;SAR=39;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224795;STB=0.618437;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0167928;OID=.;OPOS=3200877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:93:59:59:0.388158:39:20:49:41:39:20:49:44 chr8 3253768 . C T 300.32 PASS AF=0.359223;AO=37;DP=103;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.00361767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.634;QD=11.6629;RBI=0.122963;REFB=-0.0322179;REVB=-0.12291;RO=66;SAF=15;SAR=22;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.507638;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0507131;OID=.;OPOS=3253768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:66:66:37:37:0.359223:22:15:26:40:22:15:26:40 chr8 3265590 . C T 427.47 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.186;QD=56.9958;RBI=0.0331365;REFB=0;REVB=-0.00120478;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279813;OID=.;OPOS=3265590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:14:16:0:0 chr8 3351147 . G A 250.2 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0224568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9931;QD=26.3364;RBI=0.0396902;REFB=-0.00793687;REVB=-0.0327262;RO=15;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117573;STB=0.565161;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00576041;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:13:10:9:6:13:10:9:6 chr8 3351195 . C A 187.7 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00283965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.485;QD=19.7578;RBI=0.00517611;REFB=0.00317594;REVB=0.00432764;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507894;STB=0.547704;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00165981;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:18:18:20:0.526316:11:7:8:10:13:7:8:10 chr8 3558050 . G A 1187.89 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0505339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.914;QD=58.6611;RBI=0.0529469;REFB=0.0038333;REVB=0.0158021;RO=1;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104034;STB=0.505375;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=8.09733e-05;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:81:1:1:78:80:0.987654:45:33:0:1:46:34:0:1 chr8 3807528 . C T 619.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.008;QD=59.0396;RBI=0.028141;REFB=-0.125049;REVB=0.00534538;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000635583;OID=.;OPOS=3807528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:18:23:0:1:18:23:0:1 chr8 5768667 . A T 536.64 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.047059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.791;QD=55.0399;RBI=0.0671441;REFB=-0.190815;REVB=0.0478934;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.502091;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00254609;OID=.;OPOS=5768667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:39:39:1:2:37:37:0.948718:17:20:0:1:17:20:1:1 chr8 6272399 . G T 244.22 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0808101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3901;QD=13.025;RBI=0.0936718;REFB=0.0147097;REVB=-0.0473724;RO=44;SAF=14;SAR=15;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102489;STB=0.542907;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0257045;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:44:46:29:29:0.386667:15:14:17:27:15:14:19:27 chr8 6296550 . G T 728.98 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1362;QD=57.1748;RBI=0.0240722;REFB=0;REVB=-0.0146742;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254964;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr8 6302183 . G C 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0431599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.263;QD=3.88672;RBI=0.045441;REFB=-0.00630462;REVB=-0.0142163;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152112;STB=0.510603;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0238901;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:10:19:4:2:10:19 chr8 6302418 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.239;QD=55.0979;RBI=0.119008;REFB=0;REVB=-0.118979;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107169;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr8 6302671 . C T 56.84 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0268355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.113;QD=11.967;RBI=0.0290712;REFB=-0.00972309;REVB=-0.0111798;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.010249;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:11:11:7:8:0.421053:5:2:5:6:5:3:5:6 chr8 6302971 . C T 96.64 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00398481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6997;QD=24.161;RBI=0.0284264;REFB=-0.0365845;REVB=-0.0281458;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296967;STB=0.666388;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0199495;OID=.;OPOS=6302971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:16:16:5:5:11:11:0.6875:6:5:5:0:6:5:5:0 chr8 6319260 . T C 381.59 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00754756;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.504;QD=19.823;RBI=0.0175409;REFB=-0.00761985;REVB=-0.0158341;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807432;STB=0.544823;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00836154;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:20:18:22:17:20:18 chr8 6319284 . T C 382.25 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0154577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.243;QD=19.8572;RBI=0.0324807;REFB=-0.0127742;REVB=0.0285666;RO=37;SAF=13;SAR=26;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189704;STB=0.612553;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0108178;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:37:38:39:39:0.506494:26:13:20:17:26:13:21:17 chr8 6338306 . C A 895.62 PASS AF=0.678261;AO=77;DP=115;FAO=78;FDP=115;FR=.;FRO=37;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00243512;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9269;QD=31.152;RBI=0.0209288;REFB=-0.0153386;REVB=0.0207867;RO=37;SAF=39;SAR=38;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694459;STB=0.535083;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00724936;OID=.;OPOS=6338306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:37:37:77:78:0.678261:38:39:23:14:38:40:23:14 chr8 6377433 . C T 247.05 PASS AF=0.248366;AO=36;DP=152;FAO=38;FDP=153;FR=.;FRO=115;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=71;FWDB=-0.00770359;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.492;QD=6.45886;RBI=0.0112493;REFB=-0.0200339;REVB=-0.00819763;RO=116;SAF=14;SAR=22;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00126668;STB=0.509572;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0420975;OID=.;OPOS=6377433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:116:115:36:38:0.248366:22:14:45:71:23:15:44:71 chr8 6378763 . C T 258.29 PASS AF=0.3875;AO=29;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000914246;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.867;QD=12.9145;RBI=0.00970119;REFB=-0.0195817;REVB=-0.00965801;RO=50;SAF=16;SAR=13;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315535;STB=0.514277;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0293453;OID=.;OPOS=6378763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:50:49:29:31:0.3875:13:16:29:21:14:17:28:21 chr8 6389889 . C A 1366.86 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0313867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.011;QD=60.0815;RBI=0.0577976;REFB=-0.0547976;REVB=0.0485328;RO=2;SAF=54;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172283;STB=0.509089;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00103184;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:35:54:2:0:35:54:2:0 chr8 6474473 . C G 584.9 PASS AF=0.68;AO=51;DP=75;FAO=51;FDP=75;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0121455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.707;QD=31.1946;RBI=0.0250503;REFB=-0.00848531;REVB=0.0219089;RO=24;SAF=22;SAR=29;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138857;STB=0.575127;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00362987;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:24:24:51:51:0.68:29:22:16:8:29:22:16:8 chr8 6478986 . C T 732.28 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4203;QD=54.2428;RBI=0.0991374;REFB=-0.0649044;REVB=0.0654303;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00543546;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:54:1:0:50:54:1:24:26:1:0:26:28:0:0 chr8 6479042 . C T 1134.32 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.245;QD=60.4969;RBI=0.0390664;REFB=0;REVB=0.0292111;RO=0;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011867;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:31:44:0:0:31:44:0:0 chr8 6479178 . C A 105.56 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0502763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2804;QD=12.0642;RBI=0.0518538;REFB=-0.0174079;REVB=-0.0126927;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274105;STB=0.50768;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0354817;OID=.;OPOS=6479178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:4:9:15:6:4:9:15:7 chr8 6500544 . C T 216.92 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00952819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.031;QD=10.8458;RBI=0.0101549;REFB=-0.010551;REVB=-0.0035123;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00982271;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0194452;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:53:27:27:0.3375:13:14:26:25:13:14:28:25 chr8 6615663 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0847;QD=53.9099;RBI=0.0400967;REFB=0;REVB=0.000626391;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497319;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr8 6673377 . CA C 453.74 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265631;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.131;QD=58.5468;RBI=0.0312418;REFB=0;REVB=0.0164454;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.57401e-05;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:31:31:0:9:22:0:0:4:0:9:22:0:0 chr8 6735300 . T A 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0856038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.413;QD=8.88632;RBI=0.085884;REFB=-0.0275765;REVB=-0.00693263;RO=37;SAF=4;SAR=11;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461267;STB=0.775811;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0330509;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:11:4:25:12:11:4:25:12 chr8 6793540 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00404635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.877;QD=58.1401;RBI=0.0248982;REFB=0;REVB=-0.0245672;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010434;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr8 6793581 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00284173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3367;QD=8.40198;RBI=0.0404814;REFB=0.00375583;REVB=-0.0403816;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616441;STB=0.874125;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0151681;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:8:1:13:7:8:1:13:8 chr8 6913031 . G A 403.82 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=98;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0267285;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.548;QD=16.6522;RBI=0.0281842;REFB=-0.0069161;REVB=-0.0089407;RO=54;SAF=23;SAR=19;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00802966;STB=0.501238;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00747398;OID=.;OPOS=6913031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:54:55:42:42:0.43299:19:23:30:24:19:23:30:25 chr8 7154917 . A C 256.6 PASS AF=0.29661;AO=34;DP=118;FAO=35;FDP=118;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0185809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5826;QD=8.6982;RBI=0.0298117;REFB=-0.0038075;REVB=-0.0233128;RO=81;SAF=11;SAR=23;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21127;STB=0.617842;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00549093;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:81:83:34:35:0.29661:23:11:40:41:23:12:42:41 chr8 7215694 . A G 557.62 PASS AF=0.530612;AO=50;DP=99;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0411994;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6019;QD=22.7601;RBI=0.0416679;REFB=-0.00682709;REVB=-0.00623056;RO=46;SAF=31;SAR=19;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126078;STB=0.556198;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00957813;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:46:46:50:52:0.530612:19:31:22:24:21:31:22:24 chr8 7217172 . G A 152.24 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=131;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=61;FWDB=-0.038605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.25;QD=4.64839;RBI=0.0405572;REFB=-0.00633359;REVB=-0.0124314;RO=105;SAF=10;SAR=16;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455483;STB=0.528741;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0233608;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:105:105:26:26:0.198473:16:10:44:61:16:10:44:61 chr8 7217795 . T G 153.06 PASS AF=0.255814;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=86;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.0294678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.726;QD=7.11916;RBI=0.0295629;REFB=-0.00501153;REVB=-0.00237042;RO=62;SAF=13;SAR=9;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150223;STB=0.590826;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0161043;OID=.;OPOS=7217795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:64:22:22:0.255814:9:13:29:33:9:13:30:34 chr8 7217837 . A C 151.56 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0235993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.345;QD=10.1037;RBI=0.0266494;REFB=0.0072575;REVB=0.0123801;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229882;STB=0.63145;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0195694;OID=.;OPOS=7217837;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:40:20:20:0.333333:8:12:14:22:8:12:16:24 chr8 7218632 . C T 274.42 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0164864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9845;QD=9.97891;RBI=0.0343701;REFB=-0.00363207;REVB=-0.0301579;RO=74;SAF=20;SAR=16;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176062;STB=0.501022;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0095183;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:16:20:41:33:16:20:41:33 chr8 7308386 . T C 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0255343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7289;QD=3.14412;RBI=0.0260656;REFB=-0.00125411;REVB=-0.00523604;RO=66;SAF=3;SAR=9;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319992;STB=0.71486;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00714507;OID=.;OPOS=7308386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:66:67:12:12:0.151899:9:3:33:33:9:3:33:34 chr8 7308729 . G C 187.05 PASS AF=0.237705;AO=29;DP=122;FAO=29;FDP=122;FR=.;FRO=93;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=50;FWDB=0.0213658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.205;QD=6.13265;RBI=0.0301527;REFB=-0.00325287;REVB=-0.0212765;RO=91;SAF=14;SAR=15;SRF=43;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012783;STB=0.51557;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0106968;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:91:93:29:29:0.237705:15:14:43:48:15:14:43:50 chr8 7718187 . T G 575.7 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.365;QD=60.5997;RBI=0.0381865;REFB=0;REVB=0.00568187;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235968;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr8 7718266 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.715;QD=45.8068;RBI=0.0387191;REFB=0;REVB=-0.00016394;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027926;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr8 8098577 . G A 591.7 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035687;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.497;QD=60.6869;RBI=0.00866819;REFB=0;REVB=0.00789949;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332286;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:23:16:0:0 chr8 8234077 . G C 191.24 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0062;QD=47.809;RBI=0.0508114;REFB=0;REVB=0.00483083;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138096;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:1:0:15:16:1:11:4:0:1:12:4:0:0 chr8 8234192 . G C 386.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7789;QD=55.1919;RBI=0.0927104;REFB=0;REVB=0.0924274;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202276;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr8 8234218 . CG TA 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181052;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=183.782;QD=62.3671;RBI=0.0441023;REFB=0;REVB=0.0402146;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00020237;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr8 8234713 . C CG,CT 116.57 PASS AF=0,1;AO=4,3;DP=19;FAO=0,11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374091,0.0367871;FXX=0.420831;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=149.782,150.965;QD=42.3903;RBI=0.0709801,0.0705346;REFB=0,0;REVB=-0.0603219,-0.0601818;RO=12;SAF=4,2;SAR=0,1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.685298,0.184075;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00255125;OID=.,.;OPOS=8234714,8234714;OREF=-,-;OALT=G,T;OMAPALT=CG,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:4,3:19:0,11:11:0:0,11:0,0:0:0:3:12:4,2:0,1:6:6 chr8 8234714 . C G,T 187.42 PASS AF=0.210526,0.736842;AO=3,14;DP=19;FAO=4,14;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3,9;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0632971,0.0165276;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=65.0551,101.429;QD=39.4564;RBI=0.0744859,0.0201466;REFB=-0.0367776,-0.065418;REVB=-0.0392636,-0.0115205;RO=2;SAF=2,9;SAR=1,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.111102,0.0347762;STB=0.665771,0.545388;STBP=0.288,0.299;TYPE=snp,snp;VARB=0.0615937,-0.000286521;OID=.,.;OPOS=8234714,8234714;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:19:19:2:1:3,14:4,14:0.210526,0.736842:1,5:2,9:1:1:1,5:3,9:0:1 chr8 8439879 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7507;QD=53.9083;RBI=0.0360385;REFB=0;REVB=-0.0243136;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013106;OID=.;OPOS=8439879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:4:19:0:0:4:20:0:0 chr8 8440074 . G A 94.2 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0171231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.724;QD=6.49622;RBI=0.0187962;REFB=-0.0145757;REVB=-0.00775218;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136678;STB=0.517217;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0302967;OID=.;OPOS=8440074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:29:44:14:14:0.241379:7:7:18:11:7:7:21:23 chr8 8560602 . C T 273.37 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0161;QD=45.5624;RBI=0.107944;REFB=-0.178797;REVB=0.10674;RO=2;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411632;STB=0.517226;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0221044;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:24:2:2:21:22:0.916667:6:15:1:1:7:15:1:1 chr8 8560909 . G C 1077.27 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00471147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.063;QD=56.6986;RBI=0.0230479;REFB=-0.135251;REVB=0.0225613;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119748;STB=0.512497;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000929886;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:76:1:2:73:74:0.973684:39:34:0:1:39:35:0:2 chr8 8561391 . A AT 122.16 PASS AF=0.894737;AO=14;DP=21;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.107961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.99;QD=25.7189;RBI=0.111191;REFB=-0.107552;REVB=-0.0266041;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147485;STB=0.545402;STBP=0.298;TYPE=ins;VARB=0.0520995;OID=.;OPOS=8561392;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:14:21:17:19:2:10:7:2:0:7:6:8:6:5:1 chr8 8561399 . G T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.679;QD=50.4075;RBI=0.0447157;REFB=0;REVB=-0.039266;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.33762e-05;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr8 8561442 . A G 241.47 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258789;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.068;QD=50.8355;RBI=0.0395159;REFB=0;REVB=0.0298628;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00351266;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr8 8561452 . A G 187.92 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0226585;FXX=0.09995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.2;QD=41.761;RBI=0.0388213;REFB=0.0248945;REVB=0.0315227;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562422;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000721559;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:18:0:2:16:16:0.888889:9:7:0:0:9:7:2:0 chr8 8643582 . C G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6859;QD=62.9804;RBI=0.0366923;REFB=0;REVB=0.0276528;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10562e-05;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr8 8747894 . A G 1208.72 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0919;QD=61.201;RBI=0.0582391;REFB=0;REVB=-0.0443333;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.14987e-05;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:49:30:0:0:49:30:0:0 chr8 8819186 . T A 290.61 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00744223;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.409;QD=14.0054;RBI=0.0089418;REFB=-0.000538913;REVB=-0.0049567;RO=51;SAF=17;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474315;STB=0.521155;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00073368;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:50:33:33:0.39759:16:17:24:27:16:17:24:26 chr8 8860620 . T C 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00158208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.398;QD=25.4135;RBI=0.0184415;REFB=-0.0593173;REVB=0.0183735;RO=24;SAF=8;SAR=30;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223888;STB=0.623561;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0341626;OID=.;OPOS=8860620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:30:8:11:13:30:8:11:13 chr8 8887542 . TAAC T 169.33 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=70;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0183045;FXX=0.0657808;HRUN=2;LEN=3;MLLD=236.5;QD=9.53946;RBI=0.0236344;REFB=0.00305495;REVB=0.0149509;RO=38;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572927;STB=0.542683;STBP=0.596;TYPE=del;VARB=-0.00464301;OID=.;OPOS=8887543;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394366:27:70:28:71:43:15:13:20:23:99:38:15:12:19:19 chr8 9037942 . C T 314.15 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0246679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.652;QD=30.649;RBI=0.0249536;REFB=-0.034916;REVB=0.00376496;RO=14;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941697;STB=0.551827;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0165146;OID=.;OPOS=9037942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:8:19:8:6:8:19:8:6 chr8 9414049 . G A 579.46 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00371377;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.776;QD=60.9961;RBI=0.0379379;REFB=0;REVB=0.0377557;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121791;OID=.;OPOS=9414049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr8 9414159 . G C 401.81 PASS AF=0.885714;AO=29;DP=35;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.046329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.516;QD=45.9208;RBI=0.0480403;REFB=-0.0849414;REVB=-0.012708;RO=2;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153977;STB=0.55245;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00698145;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:35:2:4:29:31:0.885714:5:24:0:2:6:25:2:2 chr8 9414237 . C T 191.12 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.68;QD=47.7799;RBI=0.0412515;REFB=0;REVB=0.0306029;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103945;OID=.;OPOS=9414237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr8 9414503 . T C 664.04 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.295;QD=61.7708;RBI=0.0664184;REFB=0;REVB=0.0349889;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189808;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:24:16:0:0:26:17:0:0 chr8 9414924 . G C 337.93 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.693;QD=54.0691;RBI=0.0185162;REFB=0;REVB=0.00433007;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5276e-06;OID=.;OPOS=9414924;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr8 9415168 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.447;QD=55.0987;RBI=0.0486442;REFB=0;REVB=0.0398416;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316179;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr8 9415390 . G A 1152.66 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.000253929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.762;QD=56.9215;RBI=0.0337898;REFB=-0.0172014;REVB=0.0337889;RO=3;SAF=51;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00099223;STB=0.500525;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00106741;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:27:51:2:1:27:51:2:1 chr8 9416258 . G C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.126;QD=60.6097;RBI=0.0501171;REFB=0;REVB=0.0193523;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384801;OID=.;OPOS=9416258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr8 9564485 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00660708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.048;QD=16.0643;RBI=0.00665616;REFB=-0.00749574;REVB=-0.000806823;RO=31;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326673;STB=0.68464;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00997111;OID=.;OPOS=9564485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:18:8:20:11:18:8:20:11 chr8 9567700 . C A 239.62 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0101975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7223;QD=14.3056;RBI=0.0238294;REFB=0.00990808;REVB=0.0215372;RO=37;SAF=23;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463613;STB=0.778083;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00828373;OID=.;OPOS=9567700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:39:28:28:0.41791:5:23:15:22:5:23:15:24 chr8 9577940 . T C 1026.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.595;QD=59.4909;RBI=0.0324459;REFB=0;REVB=0.0315415;RO=0;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32248e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:39:30:0:0:39:30:0:0 chr8 9609331 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.928;QD=55.0987;RBI=0.0466866;REFB=0;REVB=-0.0185782;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111868;OID=.;OPOS=9609331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr8 9734267 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.741;QD=40.763;RBI=0.0377188;REFB=0;REVB=-0.00495641;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64403e-05;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr8 9734284 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.422;QD=37.4885;RBI=0.0500169;REFB=0;REVB=0.0403271;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220125;OID=.;OPOS=9734284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr8 10211175 . C T 215.62 PASS AF=0.329268;AO=26;DP=81;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.00103149;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2078;QD=10.5179;RBI=0.0212876;REFB=-0.00258555;REVB=-0.0212626;RO=53;SAF=17;SAR=9;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149993;STB=0.598216;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00639818;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:53:55:26:27:0.329268:9:17:28:25:9:18:29:26 chr8 10285825 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2483;QD=42.1826;RBI=0.0440323;REFB=0;REVB=0.0174974;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166536;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr8 10333799 . G A 216.23 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0118521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.971;QD=29.8253;RBI=0.0164065;REFB=-0.0344559;REVB=0.0113446;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121361;STB=0.566944;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0160688;OID=.;OPOS=10333799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:6:3:11:9:6:3 chr8 10383138 . G A 120.19 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00176056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.098;QD=14.1395;RBI=0.00978614;REFB=-0.0338635;REVB=0.00962647;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328654;STB=0.693872;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0408515;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:10:10:11:3:10:10 chr8 10383226 . C G 36.56 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0621134;FXX=0.124844;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.438;QD=20.8886;RBI=0.0885063;REFB=-0.0455361;REVB=0.0630499;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00409877;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr8 10390452 . C T 171.38 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00670733;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.959;QD=7.2929;RBI=0.045229;REFB=-0.00395781;REVB=-0.0447289;RO=70;SAF=15;SAR=9;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255789;STB=0.654324;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.015845;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:70:70:24:24:0.255319:9:15:29:41:9:15:29:41 chr8 10396054 . A C 144.53 PASS AF=0.31746;AO=18;DP=61;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00794476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8698;QD=9.17633;RBI=0.0671383;REFB=-0.0252714;REVB=-0.0666665;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14502;STB=0.542088;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0610489;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:41:43:18:20:0.31746:7:11:20:21:9:11:21:22 chr8 10464755 . C T 99.8 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0119902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.116;QD=26.6128;RBI=0.0162081;REFB=0.0209784;REVB=0.0109059;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158276;STB=0.610929;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00292949;OID=.;OPOS=10464755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:15:15:3:4:11:11:0.733333:4:7:3:0:4:7:4:0 chr8 10464885 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.89;QD=58.1421;RBI=0.0719853;REFB=0;REVB=0.0641091;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350725;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr8 10465771 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.391;QD=39.2066;RBI=0.0413783;REFB=0;REVB=-0.033557;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166729;OID=.;OPOS=10465771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 10465942 . T A 41.51 PASS AF=0.615385;AO=5;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0619435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6031;QD=12.7723;RBI=0.0879054;REFB=-0.0547946;REVB=0.0623728;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0298634;OID=.;OPOS=10465942;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:12:13:5:5:5:8:0.615385:4:1:2:3:6:2:2:3 chr8 10467124 . G C 442.09 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.0162973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.444;QD=16.076;RBI=0.0226474;REFB=-0.00985296;REVB=-0.0157258;RO=60;SAF=33;SAR=16;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163837;STB=0.588082;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0136313;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:16:33:31:29:16:33:32:29 chr8 10467207 . C A 1471.78 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9768;QD=63.3025;RBI=0.131275;REFB=0;REVB=0.0841277;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006648;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:93:0:0:88:93:1:41:47:0:0:45:48:0:0 chr8 10467652 . G C 36.48 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00878634;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.509;QD=20.8473;RBI=0.00878634;REFB=-0.0574057;REVB=0;RO=2;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226765;OID=.;OPOS=10467652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:7:7:2:2:4:5:0.714286:0:4:2:0:0:5:2:0 chr8 10468172 . G A 199.82 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0246748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.404;QD=20.4945;RBI=0.0254755;REFB=0.00138755;REVB=-0.00633697;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507971;STB=0.543436;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00131078;OID=.;OPOS=10468172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:19:19:20:0.512821:7:12:13:6:8:12:13:6 chr8 10469817 . G A 979.66 PASS AF=0.519126;AO=95;DP=184;FAO=95;FDP=183;FR=.;FRO=88;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.0248459;FXX=0.0108102;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.76;QD=21.4133;RBI=0.0275808;REFB=-0.028933;REVB=0.0119742;RO=84;SAF=55;SAR=40;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685841;STB=0.538453;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0272872;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:183:84:88:95:95:0.519126:40:55:42:42:40:55:44:44 chr8 10474042 . T G 193.22 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000727021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.699;QD=13.8016;RBI=0.00583749;REFB=-0.0267647;REVB=0.00579204;RO=33;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333801;STB=0.663686;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0327492;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:17:5:17:16:17:6:17:16 chr8 10480295 . T TG 31.96 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.037855;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.5548;QD=3.87423;RBI=0.233545;REFB=-0.00476587;REVB=-0.230457;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.730292;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=-0.0738668;OID=.;OPOS=10480296;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727:8:35:9:33:24:3:6:16:8:31:23:3:5:15:8 chr8 10530218 . C T 356.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.541;QD=54.8715;RBI=0.0546567;REFB=0;REVB=0.0131126;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564648;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr8 10555229 . A C 395.98 PASS AF=0.698113;AO=35;DP=51;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0124677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.283;QD=29.8851;RBI=0.0251244;REFB=-0.0393812;REVB=0.0218127;RO=16;SAF=29;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160946;STB=0.513805;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0164293;OID=.;OPOS=10555229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:16:16:35:37:0.698113:6:29:13:3:6:31:13:3 chr8 10583506 . A G 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0468598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.448;QD=10.1857;RBI=0.0504922;REFB=-0.016964;REVB=-0.0188048;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213595;STB=0.512804;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0377762;OID=.;OPOS=10583506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:9:6:13:21:9:6:13:21 chr8 10691277 . A C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.388;QD=32.822;RBI=0.0322349;REFB=0.000521345;REVB=0.0253644;RO=1;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175672;STB=0.599759;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000261613;OID=.;OPOS=10691277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:2:7:0:1:2:7:0:1 chr8 10754511 . C T 1494.51 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160679;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3245;QD=63.596;RBI=0.0174882;REFB=0;REVB=0.00690365;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42545e-05;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:44:50:0:0:44:50:0:0 chr8 10966158 . T C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00454506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.617;QD=29.1641;RBI=0.0720105;REFB=-0.0497719;REVB=0.071867;RO=3;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0174665;OID=.;OPOS=10966158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:4:7:2:1:4:7:2:1 chr8 10966196 . CT CC,C 50.26 PASS AF=0.0416667,0.416667;AO=2,8;DP=24;FAO=1,10;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=1,9;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.219847,-0.26108;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.522,13.4268;QD=8.37698;RBI=0.225933,0.26191;REFB=-0.0332258,-0.0837628;REVB=0.0520869,-0.0208353;RO=13;SAF=2,8;SAR=0,0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637912,0.803192;STB=0.992924,0.872965;STBP=0.222,0.006;TYPE=snp,del;VARB=0.141941,0.0384422;OID=.,.;OPOS=10966197,10966197;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.416667:2,8:24:1,10:24:13:1,9:0,1:4:9:46:13:2,8:0,0:4:9 chr8 11162496 . A C 947.95 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0175105;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4141;QD=55.762;RBI=0.0200805;REFB=-0.0876554;REVB=0.00982898;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314596;STB=0.516124;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0049715;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:64:66:0.970588:35:29:2:0:36:30:2:0 chr8 11184937 . G A 1346.83 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.952;QD=61.9232;RBI=0.0286511;REFB=0;REVB=0.0256469;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265469;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:36:49:0:0:37:50:0:0 chr8 11188743 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.557;QD=62.0201;RBI=0.0373316;REFB=0;REVB=0.0352663;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184914;OID=.;OPOS=11188743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr8 11188752 . G A 582.5 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0403093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.707;QD=54.1857;RBI=0.0511696;REFB=-0.143858;REVB=0.0315196;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223561;STB=0.509913;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00135478;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:2:3:40:40:0.930233:19:21:1:1:19:21:2:1 chr8 11189316 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5186;QD=40.7629;RBI=0.0677579;REFB=0;REVB=0.0236892;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327802;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr8 11189488 . T C 1087.63 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.116638;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.304;QD=58.7907;RBI=0.116689;REFB=-0.136168;REVB=0.00343269;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000332771;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:32:41:0:0:32:41:0:1 chr8 11189535 . T C 281.08 PASS AF=0.958333;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0224874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6995;QD=46.8465;RBI=0.046373;REFB=-0.0344919;REVB=0.0405557;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318424;STB=0.515138;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0066093;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:24:1:1:21:23:0.958333:7:14:1:0:7:16:1:0 chr8 11204165 . C T 614.9 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4919;QD=59.9903;RBI=0.0688176;REFB=0;REVB=-0.0669693;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656124;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr8 11204184 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.955;QD=58.5878;RBI=0.0176166;REFB=0;REVB=0.00182521;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.20161e-05;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 11301753 . A C 3968.21 PASS AF=1;AO=256;DP=257;FAO=256;FDP=256;FR=.;FRO=0;FSAF=137;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315838;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0641;QD=62.0033;RBI=0.0316728;REFB=-0.0351698;REVB=0.00237226;RO=1;SAF=137;SAR=119;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.203e-05;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:257:256:1:0:256:256:1:119:137:0:1:119:137:0:0 chr8 11414237 . T C 876.72 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0611405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9043;QD=54.7949;RBI=0.0612069;REFB=-0.081268;REVB=0.00285018;RO=2;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392923;STB=0.520827;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0148439;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:23:39:0:2:23:39:0:2 chr8 11418385 . G A 742.72 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00911126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.146;QD=53.0513;RBI=0.016753;REFB=-0.021767;REVB=0.0140587;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362146;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000516458;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:29:25:2:0:29:25:2:0 chr8 11418773 . C T 647.14 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0271916;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.0561;QD=50.756;RBI=0.0272023;REFB=-0.111463;REVB=-0.00076511;RO=3;SAF=26;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512435;STB=0.51785;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00333198;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:51:51:3:2:48:49:0.960784:22:26:3:0:22:27:2:0 chr8 11421793 . C T 631.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.491;QD=61.6515;RBI=0.0851985;REFB=0;REVB=0.0844652;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6772e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:11:30:0:0:11:30:0:0 chr8 11619261 . T A 972.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9865;QD=58.916;RBI=0.139697;REFB=0;REVB=0.136971;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015035;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:25:40:0:0:25:41:0:0 chr8 11619334 . C T 1601.49 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8635;QD=58.2361;RBI=0.102487;REFB=-0.115419;REVB=0.0177424;RO=2;SAF=43;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215605;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327483;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:109:110:2:0:107:110:1:64:43:2:0:64:46:0:0 chr8 11619635 . T A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.538;QD=46.848;RBI=0.00141206;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73197e-06;OID=.;OPOS=11619635;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr8 11619986 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.323;QD=51.9154;RBI=0.050797;REFB=0;REVB=0.00105978;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00066179;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 11620077 . GAC CAC,CAG,G 86.8 PASS AF=0,0.222222,0.777778;AO=2,5,2;DP=16;FAO=0,2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,3;FSAR=0,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410238,0.0697134,0.0637535;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,2;MLLD=47.089,127.115,119.996;QD=38.5762;RBI=0.0892295,0.104649,0.100777;REFB=0,0,0;REVB=-0.0792399,0.0780479,0.0780479;RO=7;SAF=2,2,2;SAR=0,3,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.50628,-0.413035,0.50628;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0,0.0220456,-0.0138333;OID=.,.,.;OPOS=11620077,11620077,11620078;OREF=G,GAC,AC;OALT=C,CAG,-;OMAPALT=CAC,CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:16:9:7:0:2,5,2:0,2,7:0,0.222222,0.777778:0,3,0:2,2,2:6:1:0,0,4:0,2,3:0:0 chr8 11620315 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.302;QD=62.9818;RBI=0.00476964;REFB=0;REVB=0.00444497;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2798e-05;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr8 11621351 . C G 438.75 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4574;QD=56.613;RBI=0.0670796;REFB=0;REVB=0.0305545;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215195;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:12:16:0:0:12:19:0:0 chr8 11621450 . G A 505.81 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0426685;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7754;QD=59.5074;RBI=0.0522712;REFB=0;REVB=0.030194;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2886e-05;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr8 11667179 . C T 831.03 PASS AF=0.660714;AO=73;DP=111;FAO=74;FDP=112;FR=.;FRO=38;FSAF=50;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00846641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.656;QD=29.6797;RBI=0.0149915;REFB=-0.0266301;REVB=-0.0123719;RO=38;SAF=49;SAR=24;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100002;STB=0.55554;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00926851;OID=.;OPOS=11667179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:38:38:73:74:0.660714:24:49:20:18:24:50:20:18 chr8 11683653 . T C 1090.51 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0100102;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.48;QD=57.395;RBI=0.0105023;REFB=-0.204105;REVB=-0.00317702;RO=0;SAF=15;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.86739e-08;STB=0.508331;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000423191;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:0:2:74:74:0.973684:59:15:0:0:59:15:0:2 chr8 11689119 . G C 1514.11 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346189;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.204;QD=63.7519;RBI=0.0470682;REFB=0;REVB=0.0318897;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249274;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:38:56:0:0:39:56:0:0 chr8 11701842 . A C 876.03 PASS AF=0.927536;AO=64;DP=68;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00702409;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2437;QD=50.7842;RBI=0.0202801;REFB=0.0910217;REVB=0.0190249;RO=3;SAF=35;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102196;STB=0.518564;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0139086;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:68:69:3:5:64:64:0.927536:29:35:2:1:29:35:4:1 chr8 11701887 . CTG C,CT 1073.07 PASS AF=1,0;AO=60,11;DP=72;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00810967,-0.00895963;FXX=0.0394685;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=167.103,147.386;QD=58.7984;RBI=0.0373087,0.0388353;REFB=0,0;REVB=0.0364166,0.0377876;RO=0;SAF=26,6;SAR=34,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000189452,0;OID=.,.;OPOS=11701888,11701889;OREF=TG,G;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:60,11:72:73,0:73:0:33,0:40,0:0:0:6:0:26,6:34,5:0:0 chr8 11705677 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.798;QD=59.4352;RBI=0.0247582;REFB=0;REVB=-0.0179277;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109833;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:10:25:0:0:10:25:0:0 chr8 11706581 . T G 817.67 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.151;QD=57.3805;RBI=0.0292413;REFB=0;REVB=0.0223991;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017449;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:35:21:0:0:36:21:0:0 chr8 11710888 . G C 749.43 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00479767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.481;QD=49.1432;RBI=0.0475974;REFB=-0.171034;REVB=0.047355;RO=5;SAF=28;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462356;STB=0.524581;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00396829;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:61:61:5:5:56:56:0.918033:28:28:4:1:28:28:4:1 chr8 11793447 . T C 1572.58 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0869426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9811;QD=59.908;RBI=0.087432;REFB=0;REVB=0.0092373;RO=0;SAF=24;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376625;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:81:24:0:0:81:24:0:0 chr8 11832079 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.9;QD=62.6711;RBI=0.0177347;REFB=0;REVB=0.0130269;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59883e-06;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr8 11851513 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00173987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.648;QD=6.52641;RBI=0.0278711;REFB=-0.0165751;REVB=0.0278168;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139361;STB=0.58922;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0494145;OID=.;OPOS=11851513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:9:11:3:4:9:11 chr8 11872239 . C A 99.16 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0853947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.904;QD=14.6903;RBI=0.0859508;REFB=-0.0161196;REVB=0.00976146;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0106932;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:5:10:8:4:5:10 chr8 11995274 . G A 304.59 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0954647;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0997;QD=52.9728;RBI=0.0956143;REFB=0;REVB=-0.0053467;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147573;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr8 12042851 . C G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0251185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.508;QD=13.631;RBI=0.0259876;REFB=-0.0204562;REVB=0.00666456;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0211303;OID=.;OPOS=12042851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr8 12042880 . T C 117.42 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0171587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.422;QD=21.3488;RBI=0.0310294;REFB=-0.0116529;REVB=0.0258536;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394853;STB=0.522354;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0301867;OID=.;OPOS=12042880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:3:6:8:5:3:6 chr8 12516729 . T G 117.35 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.026957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0251;QD=12.3528;RBI=0.0305443;REFB=-0.0295884;REVB=0.0143623;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22503;STB=0.592477;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0506256;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:24:14:14:0.368421:11:3:2:20:11:3:3:21 chr8 12580049 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.521;QD=51.9167;RBI=0.030449;REFB=0;REVB=-0.0284056;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00036501;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr8 12809667 . A T 1137.53 PASS AF=0.399381;AO=129;DP=323;FAO=129;FDP=323;FR=.;FRO=194;FSAF=79;FSAR=50;FSRF=85;FSRR=109;FWDB=0.00853204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.986;QD=14.0871;RBI=0.0154424;REFB=-0.00630961;REVB=0.0128714;RO=193;SAF=79;SAR=50;SRF=84;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190134;STB=0.605012;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0121104;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:323:323:193:194:129:129:0.399381:50:79:84:109:50:79:85:109 chr8 12809700 . G A 1062.61 PASS AF=0.395973;AO=118;DP=300;FAO=118;FDP=298;FR=.;FRO=180;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=75;FSRR=105;FWDB=-0.0122931;FXX=0.00666644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.378;QD=14.2632;RBI=0.0124122;REFB=-0.00994127;REVB=-0.00171501;RO=179;SAF=68;SAR=50;SRF=75;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168238;STB=0.595801;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0125774;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:298:179:180:118:118:0.395973:50:68:75:104:50:68:75:105 chr8 12878637 . A G 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3404;QD=63.5734;RBI=0.0225413;REFB=0;REVB=0.00993261;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0474e-05;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr8 12878677 . T C 176.51 PASS AF=0.385965;AO=20;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.000287209;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.149;QD=12.3866;RBI=0.0199633;REFB=-0.0182902;REVB=0.0199613;RO=37;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144192;STB=0.569971;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0286157;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:35:20:22:0.385965:11:9:12:25:12:10:12:23 chr8 12878807 . T G 250.82 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=43;FWDB=-0.00275299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.17;QD=12.2349;RBI=0.00278734;REFB=-0.00256526;REVB=0.000436236;RO=51;SAF=3;SAR=27;SRF=8;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146868;STB=0.60666;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00301519;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:52:30:30:0.365854:27:3:8:43:27:3:9:43 chr8 12879062 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00160859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.245;QD=8.73785;RBI=0.00211677;REFB=-0.00936941;REVB=0.00137592;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623617;STB=0.538376;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0212743;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:10:10:4:5:10:10 chr8 12879099 . G A 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=3.0865e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.277;QD=8.99511;RBI=0.0361988;REFB=-0.00303888;REVB=-0.0361988;RO=29;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179546;STB=0.609981;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.006723;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:4:8:15:14:4:8:15:14 chr8 12879198 . A T 134.11 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0295178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.527;QD=16.2559;RBI=0.0377846;REFB=-0.00728593;REVB=0.0235876;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512395;STB=0.542801;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00915105;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:8:7:7:10:8:7:7:11 chr8 12879334 . T C 115.03 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.026336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3699;QD=10.7005;RBI=0.0592572;REFB=-0.0380822;REVB=0.0530832;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160611;STB=0.604508;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0936103;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:7:7:18:10:7:7:19:10 chr8 12888743 . A G 274.17 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0106579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.676;QD=24.9244;RBI=0.0111188;REFB=-0.00932672;REVB=0.0031681;RO=19;SAF=22;SAR=3;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144349;STB=0.58106;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0112725;OID=.;OPOS=12888743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:3:22:15:4:3:22:15:4 chr8 12888908 . T G 699.91 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.591;QD=54.8951;RBI=0.0358521;REFB=-0.157636;REVB=-0.00483456;RO=1;SAF=8;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110798;STB=0.50588;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00138443;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:50:50:0.980392:42:8:0:1:42:8:0:1 chr8 12941709 . C A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0275279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.147;QD=12.4824;RBI=0.0295265;REFB=0.0046199;REVB=-0.0106786;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819582;STB=0.548307;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00655881;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:8:11:6:6:8:11 chr8 12943065 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.799;QD=40.763;RBI=0.0764632;REFB=0;REVB=-0.0169243;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661716;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr8 12958025 . C A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0447565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.918;QD=39.318;RBI=0.0565127;REFB=-0.065952;REVB=-0.0345043;RO=1;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431971;STB=0.523774;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00817939;OID=.;OPOS=12958025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:3:10:1:0:3:10:1:0 chr8 13072177 . C T 211.08 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00335743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.676;QD=15.9308;RBI=0.00366168;REFB=0.00414737;REVB=-0.00146134;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140374;STB=0.579643;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00435763;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:14:15:9:15:14:15 chr8 13356802 . G A 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0201522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.881;QD=16.1173;RBI=0.0367065;REFB=0.00410927;REVB=0.0306799;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00407875;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:6:7:6:6:6:7 chr8 13356818 . TT CG,CT 344.13 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=11,14;DP=26;FAO=12,14;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=6,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804579,0.0103118;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=159.562,207.699;QD=52.9434;RBI=0.0114308,0.0107429;REFB=0,0;REVB=0.00811967,-0.00301259;RO=0;SAF=6,7;SAR=5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00284865,0.0054204;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:98:26:26:0:0:11,14:12,14:0.461538,0.538462:5,7:6,7:0:0:6,7:6,7:0:0 chr8 13357340 . G C 242.14 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0114349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.039;QD=16.9924;RBI=0.013579;REFB=-0.00854893;REVB=0.00732347;RO=30;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175273;STB=0.598384;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0101533;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:12:15:11:19:12:15:11:19 chr8 13424583 . C T 726.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.683;QD=63.1631;RBI=0.023135;REFB=0;REVB=0.0213797;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23937e-05;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr8 13425353 . T A 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.171;QD=57.6802;RBI=0.0343018;REFB=0;REVB=-0.00218745;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211298;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:11:20:0:0 chr8 13947515 . A G 327.64 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0100382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.776;QD=30.4784;RBI=0.0231694;REFB=-0.00709759;REVB=0.020882;RO=15;SAF=12;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15246;STB=0.583277;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00440133;OID=.;OPOS=13947515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:16:12:3:12:16:12:3:12 chr8 15095085 . C G 490.25 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0123779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7502;QD=18.4999;RBI=0.0466985;REFB=-0.03302;REVB=0.0450282;RO=50;SAF=29;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139388;STB=0.566955;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0330991;OID=.;OPOS=15095085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:54:52:52:0.490566:23:29:20:30:23:29:23:31 chr8 15978063 . C T 622.44 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.935;QD=59.2796;RBI=0.043805;REFB=-0.141207;REVB=0.039347;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000872441;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:1:0:24:17:1:0 chr8 16043667 . C T 381.4 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00867543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.486;QD=27.7384;RBI=0.0573319;REFB=-0.0194952;REVB=-0.0566717;RO=19;SAF=18;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150234;STB=0.581774;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00227286;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:18:18:5:14:18:18:5:14 chr8 16927250 . A C 398.96 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.07652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.725;QD=20.9981;RBI=0.0775372;REFB=-0.0266878;REVB=-0.0125185;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203571;STB=0.612509;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0217618;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:16:24:13:23:16:24:13:23 chr8 16939284 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.047337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1507;QD=4.81082;RBI=0.0595845;REFB=-0.00884844;REVB=-0.0361873;RO=22;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517184;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0199691;OID=.;OPOS=16939284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:3:3:11:11:3:3:12:11 chr8 17079358 . A G 475.6 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220952;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.932;QD=57.6484;RBI=0.0416389;REFB=0;REVB=0.0352931;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205793;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:18:15:0:0 chr8 17092164 . G T 862.76 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0262182;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6988;QD=54.7783;RBI=0.0332843;REFB=-0.0660511;REVB=0.0205048;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.502954;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00230939;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:60:61:0.968254:35:25:0:0:36:25:1:1 chr8 17125768 . T C 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3781;QD=54.5039;RBI=0.0212021;REFB=0;REVB=0.00443815;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486501;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr8 17132462 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0259422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.512;QD=7.76165;RBI=0.0268969;REFB=-0.00820568;REVB=0.00710254;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.578691;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00945686;OID=.;OPOS=17132462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:8:5:3:3:8:5 chr8 17142065 . C T 512.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.115;QD=58.5666;RBI=0.0544975;REFB=0;REVB=0.0465037;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254062;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:24:10:0:0:25:10:0:0 chr8 17157259 . G A 862.05 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.961;QD=57.47;RBI=0.0380728;REFB=0;REVB=0.028185;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468914;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:29:31:0:0 chr8 17206588 . G A 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0068853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.597;QD=12.546;RBI=0.0167527;REFB=-0.00622801;REVB=-0.0152724;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183594;STB=0.605301;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00818485;OID=.;OPOS=17206588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:17:25:11:15:17:25 chr8 17230644 . G C 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.623;QD=58.6006;RBI=0.0123239;REFB=0;REVB=0.0122579;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26571e-05;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr8 17270759 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0205808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.781;QD=14.2415;RBI=0.0265305;REFB=-0.0110493;REVB=-0.016742;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231862;STB=0.618275;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0424427;OID=.;OPOS=17270759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:21:22:0.415094:11:10:8:23:12:10:8:23 chr8 17270763 . G C 267.07 PASS AF=0.528302;AO=30;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0131007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.071;QD=20.1561;RBI=0.0136673;REFB=-0.0383104;REVB=-0.00389448;RO=22;SAF=7;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24228;STB=0.653345;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0299632;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:25:30:28:0.528302:23:7:11:11:22:6:12:13 chr8 17270770 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.00439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5181;QD=14.8339;RBI=0.00503547;REFB=-0.0385839;REVB=0.00246655;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297034;STB=0.672593;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0491271;OID=.;OPOS=17270770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:30:22:22:0.423077:12:10:5:24:12:10:5:25 chr8 17270787 . A G 715.36 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144046;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.544;QD=57.2289;RBI=0.00876092;REFB=0;REVB=0.00864169;RO=0;SAF=12;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54591e-05;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:38:12:0:0:38:12:0:0 chr8 17270837 . G C 262.03 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0244836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.242;QD=25.5639;RBI=0.0257522;REFB=-0.0103308;REVB=-0.00798311;RO=17;SAF=3;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288551;STB=0.662997;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.020976;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:21:3:6:11:21:3:6:11 chr8 17396415 . G C 461.77 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0169278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7592;QD=41.979;RBI=0.0213056;REFB=-0.0588234;REVB=0.0129375;RO=9;SAF=12;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042056;STB=0.522714;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0136341;OID=.;OPOS=17396415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:23:12:4:5:23:12:4:5 chr8 17424920 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.053;QD=53.9071;RBI=0.0262564;REFB=0;REVB=0.0256436;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143528;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr8 17425296 . C T 233.5 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00397215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5688;QD=16.9815;RBI=0.004008;REFB=-0.0153243;REVB=-0.000534834;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116267;STB=0.56541;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0164294;OID=.;OPOS=17425296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:12:17:12:14:12:17 chr8 17486282 . T C 755.95 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516005;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.703;QD=57.0525;RBI=0.0594081;REFB=0;REVB=0.0294399;RO=0;SAF=11;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92302e-05;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:42:11:0:0:42:11:0:0 chr8 17500119 . C T 393.56 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00134817;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.827;QD=24.9877;RBI=0.00550676;REFB=-0.00236054;REVB=-0.00533918;RO=24;SAF=23;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161545;STB=0.518637;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00140077;OID=.;OPOS=17500119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:25:38:38:0.603175:15:23:14:10:15:23:14:11 chr8 17500223 . T C 461.23 PASS AF=0.443478;AO=51;DP=115;FAO=51;FDP=115;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0481202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2972;QD=16.0427;RBI=0.0537653;REFB=-0.0264976;REVB=-0.0239825;RO=64;SAF=14;SAR=37;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2149;STB=0.62085;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0244473;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:64:64:51:51:0.443478:37:14:30:34:37:14:30:34 chr8 17503125 . C T 287.15 PASS AF=0.352941;AO=38;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0449915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.0548;QD=11.2607;RBI=0.0451388;REFB=0.0041939;REVB=0.00364289;RO=61;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595816;STB=0.582735;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0056616;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:66:38:36:0.352941:22:16:29:32:22:14:34:32 chr8 17503270 . G C 589.43 PASS AF=0.931818;AO=38;DP=42;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0188767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.971;QD=53.5844;RBI=0.0808918;REFB=-0.0804356;REVB=0.0786585;RO=3;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623593;STB=0.529398;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0055403;OID=.;OPOS=17503270;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:44:3:3:38:41:0.931818:21:17:0:3:24:17:0:3 chr8 17503316 . T G 191.48 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=39;FWDB=0.0130155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.691;QD=9.69536;RBI=0.019188;REFB=-0.00340553;REVB=0.0140988;RO=54;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577813;STB=0.534108;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00875029;OID=.;OPOS=17503316;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:54:25:25:0.316456:19:6:15:39:19:6:15:39 chr8 17513472 . C T 724.73 PASS AF=0.487179;AO=75;DP=155;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.0050413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.551;QD=18.5829;RBI=0.0280489;REFB=-0.0120798;REVB=-0.0275921;RO=79;SAF=39;SAR=36;SRF=28;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153359;STB=0.583479;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00905503;OID=.;OPOS=17513472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:79:80:75:76:0.487179:36:39:28:51:36:40:29:51 chr8 17611886 . G A 356.2 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00142913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.368;QD=21.9201;RBI=0.00801653;REFB=-0.0249812;REVB=0.00788811;RO=29;SAF=13;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454302;STB=0.5251;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0124814;OID=.;OPOS=17611886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:23:13:12:17:23:13:12:17 chr8 17612456 . C T 404.58 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00472672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3221;QD=47.5981;RBI=0.0385592;REFB=-0.0731774;REVB=0.0382684;RO=3;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103249;STB=0.555519;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0224607;OID=.;OPOS=17612456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:12:19:0:3:12:19:0:3 chr8 17612639 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0413616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.812;QD=19.8495;RBI=0.0414947;REFB=-0.0219938;REVB=0.00332174;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132271;STB=0.574782;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0225633;OID=.;OPOS=17612639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:4:9:8:7:4:9 chr8 17612875 . A G 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0133106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.755;QD=30.5505;RBI=0.0136351;REFB=-0.0310434;REVB=0.00295672;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823445;STB=0.545405;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0291285;OID=.;OPOS=17612875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:8:10:5:2:8:10:5:2 chr8 17739538 . T C 206.64 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00131177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.388;QD=13.1202;RBI=0.00867835;REFB=0.00449368;REVB=0.00857864;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103893;STB=0.559447;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00649418;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:13:12:22:16:13:12:22:16 chr8 17743020 . G A 140.87 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0404482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.574;QD=13.4157;RBI=0.0426047;REFB=-0.0126754;REVB=-0.0133827;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226376;STB=0.631421;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0153021;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:9:17:7:9:9:17 chr8 17796381 . AAC AGT 496.84 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690222;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=239.701;QD=58.4515;RBI=0.0310522;REFB=0;REVB=0.0302754;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000149456;OID=.;OPOS=17796382;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:33:34:34:0:14:20:0:0:4:0:14:15:0:0 chr8 17814915 . A G 677.08 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.915;QD=61.553;RBI=0.0215054;REFB=0;REVB=0.0201863;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177163;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr8 17817553 . G T 81.97 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0136538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.676;QD=8.62805;RBI=0.0240215;REFB=-0.00696258;REVB=-0.0197638;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119597;STB=0.5713;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.016535;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:25:27:11:11:0.289474:5:6:11:14:5:6:12:15 chr8 17820714 . A T 103.13 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00410575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9588;QD=9.5938;RBI=0.0055726;REFB=-0.00102955;REVB=0.00376785;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19405;STB=0.618132;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00166761;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:4:9:16:14:4:9:16:14 chr8 17827216 . A T 30.34 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00702895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.437;QD=2.52799;RBI=0.0127703;REFB=-0.00130666;REVB=-0.0106618;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420533;STB=0.807743;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0793113;OID=.;OPOS=17827216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:48:48:39:42:6:6:0.125:5:1:20:19:5:1:21:21 chr8 17918934 . A G 1546.2 PASS AF=0.540146;AO=146;DP=274;FAO=148;FDP=274;FR=.;FRO=126;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.0288211;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6341;QD=22.5722;RBI=0.0292803;REFB=-0.0135364;REVB=0.00516549;RO=127;SAF=72;SAR=74;SRF=63;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248487;STB=0.502566;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00773693;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:127:126:146:148:0.540146:74:72:63:64:76:72:62:64 chr8 18077007 . G C 769.32 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418349;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.489;QD=64.11;RBI=0.0198943;REFB=0;REVB=0.0194495;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48491e-05;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr8 18080644 . A T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0215989;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.297;QD=17.6439;RBI=0.0284308;REFB=0.00358653;REVB=0.0184877;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193732;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.00373135;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:3:4:7:2:3:4 chr8 18080651 . A C 61.32 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00884441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.352;QD=18.869;RBI=0.0156434;REFB=-0.0104163;REVB=-0.0129032;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0103619;OID=.;OPOS=18080651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr8 18080818 . A C 49.85 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=44;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00344788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9524;QD=4.53151;RBI=0.00434365;REFB=-0.00525713;REVB=0.00264187;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180578;STB=0.59069;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0502943;OID=.;OPOS=18080818;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:34:36:8:8:0.181818:4:4:12:22:4:4:14:22 chr8 18080923 . G A 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.829;QD=61.6721;RBI=0.0125054;REFB=0;REVB=0.0013977;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68047e-05;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr8 18257795 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00453604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.296;QD=11.1039;RBI=0.0300632;REFB=0.00348363;REVB=-0.0297191;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00571185;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr8 18258316 . G A 168.9 PASS AF=0.555556;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.013018;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.638;QD=25.022;RBI=0.0312118;REFB=-0.0332827;REVB=0.0283674;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588737;STB=0.692023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0274749;OID=.;OPOS=18258316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:27:9:10:12:15:0.555556:11:1:6:3:12:3:6:4 chr8 18388177 . T G 100.4 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00436957;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3002;QD=10.8543;RBI=0.0329897;REFB=-0.00152785;REVB=0.0326991;RO=24;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359446;STB=0.701429;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00887391;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:25:12:12:0.324324:4:8:8:16:4:8:9:16 chr8 18457957 . A G 527.01 PASS AF=0.888889;AO=42;DP=49;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0209326;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.3742;QD=39.0381;RBI=0.0565479;REFB=-0.0599107;REVB=0.0525309;RO=6;SAF=25;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625973;STB=0.531038;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00592996;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:49:54:6:6:42:48:0.888889:17:25:2:4:19:29:2:4 chr8 18620570 . T C 552.43 PASS AF=0.614458;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0143711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4021;QD=26.6233;RBI=0.0600132;REFB=-0.0423873;REVB=-0.0582671;RO=29;SAF=22;SAR=28;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179891;STB=0.506905;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0303983;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:29:32:50:51:0.614458:28:22:12:17:28:23:15:17 chr8 18656805 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.13;QD=61.3362;RBI=0.056771;REFB=0;REVB=0.0436079;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165097;OID=.;OPOS=18656805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr8 18729459 . T C 1084.33 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.295;QD=58.6123;RBI=0.0346276;REFB=-0.0995809;REVB=0.00477528;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106301;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000403362;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:44:29:0:1:44:29:0:1 chr8 18729496 . G A 530.39 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0066658;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.657;QD=57.3397;RBI=0.0107742;REFB=-0.122805;REVB=0.00846472;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000865652;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:23:13:0:1:23:13:0:1 chr8 18729816 . C CA 640.35 PASS AF=1;AO=6;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165852;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=93.0238;QD=49.2577;RBI=0.168822;REFB=0;REVB=0.0315243;RO=45;SAF=6;SAR=0;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.620724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000387138;OID=.;OPOS=18729817;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:52:52:52:0:31:21:0:0:4:45:6:0:24:21 chr8 18729817 . GT AG 576.98 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=52;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0318629;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.52;QD=45.2534;RBI=0.0527853;REFB=-0.140593;REVB=0.0420839;RO=6;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100354;STB=0.553548;STBP=0.051;TYPE=mnp;VARB=0.00405345;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:52:51:6:6:45:45:0.882353:20:25:6:0:20:25:6:0 chr8 19190491 . A G 189.95 PASS AF=0.358209;AO=13;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.000772428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.377;QD=11.34;RBI=0.00681776;REFB=-0.0373695;REVB=-0.00677386;RO=40;SAF=2;SAR=11;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.652145;STB=0.618044;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0505606;OID=.;OPOS=19190491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:43:13:24:0.358209:11:2:30:10:11:13:31:12 chr8 19192332 . G T 509.82 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.152;QD=56.6469;RBI=0.0434978;REFB=-0.147043;REVB=0.0242205;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00230697;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:36:0:1:34:35:0.972222:15:19:0:0:15:20:1:0 chr8 19218766 . A G 47.0 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00487448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7572;QD=11.059;RBI=0.00528338;REFB=0.0294534;REVB=0.00203802;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125396;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.0651974;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:6:4:2:5:6:4 chr8 19221664 . G C 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0102039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.803;QD=26.3389;RBI=0.0122656;REFB=-0.0159174;REVB=0.00680629;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032152;STB=0.517793;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00861881;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:16:7:4:11:16:7:4:11 chr8 19221700 . G A 184.78 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00043421;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.338;QD=22.3972;RBI=0.018293;REFB=-0.0303827;REVB=0.0182878;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109116;STB=0.551672;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0276614;OID=.;OPOS=19221700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:18:19:0.575758:12:6:3:11:13:6:3:11 chr8 19316086 . G A 1812.64 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033855;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6031;QD=60.9289;RBI=0.00437148;REFB=0;REVB=-0.00276554;RO=0;SAF=63;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526974;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:55:63:0:0:55:64:0:0 chr8 19362768 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.71;QD=59.8553;RBI=0.0496814;REFB=0;REVB=0.0412983;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144093;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr8 19677915 . G A 280.92 PASS AF=0.354839;AO=33;DP=93;FAO=33;FDP=93;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.0132527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.268;QD=12.0827;RBI=0.0141865;REFB=-0.00497355;REVB=-0.00506201;RO=60;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147401;STB=0.584635;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00731861;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:60:60:33:33:0.354839:16:17:23:37:16:17:23:37 chr8 19824071 . A G 643.97 PASS AF=0.452055;AO=66;DP=146;FAO=66;FDP=146;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=0.00341191;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.117;QD=17.6431;RBI=0.0082856;REFB=-0.0032189;REVB=-0.0075505;RO=79;SAF=25;SAR=41;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176456;STB=0.595049;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00313467;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:80:66:66:0.452055:41:25:44:35:41:25:44:36 chr8 20036713 . A G 714.03 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0401683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.038;QD=32.4558;RBI=0.0420155;REFB=0.00284775;REVB=0.012321;RO=28;SAF=22;SAR=38;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521832;STB=0.528136;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00163242;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:28:28:60:60:0.681818:38:22:8:20:38:22:8:20 chr8 20068163 . T G 1608.06 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.694;QD=60.1145;RBI=0.0488637;REFB=0;REVB=0.0267623;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5526e-05;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:107:0:0:104:107:1:64:40:0:0:67:40:0:0 chr8 20110641 . C T 740.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.237;QD=56.9848;RBI=0.0537657;REFB=0;REVB=0.00821302;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276974;OID=.;OPOS=20110641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:34:17:0:0:34:18:0:0 chr8 21455978 . GTT G,GT 215.68 PASS AF=0,1;AO=4,21;DP=27;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284246,0.0551862;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=8.96497,13.18;QD=31.9522;RBI=0.111497,0.205784;REFB=-0.0458184,-0.041077;REVB=-0.107813,-0.198247;RO=1;SAF=2,14;SAR=2,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.375,0.375;SSEP=0,0;SSSB=-0.166656,-0.0318424;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0449196,-0.00223045;OID=.,.;OPOS=21455979,21455979;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,21:27:0,27:27:0:0,18:0,9:0:0:3:1:2,14:2,7:1:0 chr8 21455993 . C T 246.79 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0460453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.448;QD=47.0081;RBI=0.0460843;REFB=-0.133784;REVB=0.0018934;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000764317;OID=.;OPOS=21455993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:7:13:0:0:7:13:1:0 chr8 21456116 . G A 357.09 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0830395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.2852;QD=51.0121;RBI=0.0877956;REFB=-0.0819622;REVB=0.0285043;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.512811;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00231422;OID=.;OPOS=21456116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:26:27:0.964286:18:8:0:0:19:8:0:1 chr8 21456138 . C T 95.28 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00799116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.593;QD=11.5488;RBI=0.0351102;REFB=0.0029529;REVB=-0.0341887;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262708;STB=0.654926;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00605494;OID=.;OPOS=21456138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:7:14:5:7:7:14 chr8 21833965 . C T 228.94 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0102749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.832;QD=24.7502;RBI=0.014171;REFB=0.00592949;REVB=-0.00975935;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381435;STB=0.532105;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00219881;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:13:8:5:10:13:9:5:10 chr8 21846586 . G C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0253612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.231;QD=19.9055;RBI=0.0267788;REFB=-0.0172585;REVB=0.00859747;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177927;STB=0.604586;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0176349;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:17:13:6:20:17:13:6:21 chr8 21862551 . A G 86.82 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0501423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3859;QD=24.8058;RBI=0.0524434;REFB=0.0501619;REVB=0.0153643;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329371;STB=0.689234;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0112062;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:1:3:2:8:1:3 chr8 21927460 . C G 428.25 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00374275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.38;QD=51.909;RBI=0.00654846;REFB=-0.120728;REVB=-0.00537347;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.515213;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00103283;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:33:33:1:2:31:31:0.939394:22:9:1:0:22:9:1:1 chr8 21939435 . C T 779.88 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.046348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9638;QD=49.5161;RBI=0.0677615;REFB=-0.0886709;REVB=0.0494315;RO=4;SAF=14;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000729967;STB=0.514421;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0275756;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:63:4:5:57:58:0.920635:43:14:1:3:43:15:2:3 chr8 21953953 . GGC G 48.79 PASS AF=0.4;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.179329;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=2;MLLD=27.4268;QD=9.75836;RBI=0.225978;REFB=-0.0806536;REVB=-0.137503;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0.350575;SSEP=0;SSSB=-0.0909561;STB=0.749621;STBP=0.42;TYPE=del;VARB=0.110018;OID=.;OPOS=21953954;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:25:8:20:12:2:6:0:12:48:16:1:6:3:13 chr8 21961834 . G A 1177.99 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00271383;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4658;QD=59.6452;RBI=0.0146688;REFB=0.0155983;REVB=-0.0144156;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505881;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00131404;OID=.;OPOS=21961834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:78:78:0.987342:36:42:1:0:36:42:1:0 chr8 21965113 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8978;QD=52.6088;RBI=0.0585152;REFB=0;REVB=0.00329085;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127814;OID=.;OPOS=21965113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr8 21967237 . T A 268.12 PASS AF=0.336634;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=101;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.0165564;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.883;QD=10.6185;RBI=0.0165565;REFB=-0.00904437;REVB=6.40261e-05;RO=65;SAF=22;SAR=12;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112463;STB=0.503815;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0207976;OID=.;OPOS=21967237;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:65:67:34:34:0.336634:12:22:42:23:12:22:43:24 chr8 22049594 . C T 175.74 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0268258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.441;QD=11.9148;RBI=0.0271313;REFB=-0.0156119;REVB=-0.00405965;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439122;STB=0.525401;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0239368;OID=.;OPOS=22049594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:11:11:20:17:11:11:20:17 chr8 22054197 . T C 800.12 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4926;QD=64.0097;RBI=0.0368293;REFB=0;REVB=0.0154148;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198165;OID=.;OPOS=22054197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:20:28:0:0:22:28:0:0 chr8 22056821 . T C 441.44 PASS AF=0.672131;AO=40;DP=60;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00501094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.02;QD=28.9467;RBI=0.0109605;REFB=-0.033948;REVB=-0.00974801;RO=20;SAF=14;SAR=26;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332681;STB=0.521042;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0135506;OID=.;OPOS=22056821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:20:20:40:41:0.672131:26:14:8:12:27:14:8:12 chr8 22059323 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00716555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.024;QD=12.0235;RBI=0.0661921;REFB=-0.0220828;REVB=0.0658031;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140483;STB=0.583194;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0479935;OID=.;OPOS=22059323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:11:9:7:5:11:9 chr8 22079355 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.987;QD=45.8068;RBI=0.0352318;REFB=0;REVB=0.0168182;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388781;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr8 22105502 . T C 648.41 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.406;QD=61.7535;RBI=0.0324258;REFB=0;REVB=0.0192143;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172783;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr8 22262321 . T C 326.79 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0142812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.869;QD=17.6644;RBI=0.0143269;REFB=-0.00266407;REVB=0.00114448;RO=34;SAF=23;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119953;STB=0.566463;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00241212;OID=.;OPOS=22262321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:39:35:35:0.472973:12:23:18:16:12:23:21:18 chr8 22262418 . A G 508.11 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0195736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.552;QD=26.0571;RBI=0.0205627;REFB=-0.00786874;REVB=0.00630068;RO=31;SAF=29;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217899;STB=0.511893;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00456361;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:18:29:20:11:18:29:20:11 chr8 22279010 . G GGGA 352.39 PASS AF=0.625;AO=27;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.030183;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=174.714;QD=29.366;RBI=0.0320087;REFB=-0.025871;REVB=0.0106555;RO=21;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870209;STB=0.517034;STBP=0.814;TYPE=ins;VARB=0.0181446;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:27:48:30:48:18:13:17:7:11:99:21:10:17:10:11 chr8 22428658 . T C 271.2 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.403;QD=51.6564;RBI=0.107907;REFB=0;REVB=0.00687776;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710924;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:11:8:0:0:11:10:0:0 chr8 22439020 . G A 76.07 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0597015;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.849;QD=11.7027;RBI=0.0613531;REFB=-0.0768504;REVB=0.0141397;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545359;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.113285;OID=.;OPOS=22439020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:15:16:10:10:0.384615:2:8:12:3:2:8:12:4 chr8 22463623 . C T 235.93 PASS AF=0.265625;AO=34;DP=127;FAO=34;FDP=128;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.0377876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.645;QD=7.37293;RBI=0.0396783;REFB=-0.0195088;REVB=-0.0121022;RO=93;SAF=15;SAR=19;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658444;STB=0.543332;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0497916;OID=.;OPOS=22463623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:93:94:34:34:0.265625:19:15:46:47:19:15:47:47 chr8 22471824 . G A 227.14 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0140421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.765;QD=21.1288;RBI=0.014829;REFB=-0.01397;REVB=0.00476658;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820253;STB=0.536448;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0120511;OID=.;OPOS=22471824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:21:22:22:0.511628:12:10:8:10:12:10:8:13 chr8 22473158 . C T 42.84 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00844016;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.538;QD=4.50993;RBI=0.0144777;REFB=0.000706142;REVB=0.0117629;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118447;STB=0.545324;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00383208;OID=.;OPOS=22473158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:38:24:31:7:7:0.184211:4:3:8:16:4:3:15:16 chr8 22473465 . T C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0169479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.486;QD=10.1573;RBI=0.0169494;REFB=-0.0277041;REVB=-0.000226183;RO=31;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130498;STB=0.577514;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0607512;OID=.;OPOS=22473465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:5:9:23:8:5:9:23:8 chr8 22473850 . T C 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0128016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9373;QD=25.4278;RBI=0.0135611;REFB=-0.0192661;REVB=0.00447486;RO=15;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121721;STB=0.567507;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00646118;OID=.;OPOS=22473850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:11:11:10:5:11:11:10:5 chr8 22477131 . ACAT A 37.0 PASS AF=0.24;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0307563;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=3;MLLD=183.726;QD=5.92017;RBI=0.0379231;REFB=-0.0220182;REVB=0.0221858;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491989;STB=0.683606;STBP=0.315;TYPE=del;VARB=0.0405112;OID=.;OPOS=22477132;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:5:24:6:25:19:4:2:8:11:37:17:4:1:6:11 chr8 22481449 . A G 1201.51 PASS AF=0.416928;AO=91;DP=321;FAO=133;FDP=319;FR=.,HEALED;FRO=186;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=70;FSRR=116;FWDB=-0.294859;FXX=0.00623034;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.665;QD=15.0659;RBI=0.295644;REFB=-0.0164521;REVB=-0.0215233;RO=138;SAF=17;SAR=74;SRF=29;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399152;STB=0.513544;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0224268;OID=.;OPOS=22481449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:321:319:138:186:91:133:0.416928:74:17:29:109:80:53:70:116 chr8 22482851 . A C 752.16 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.591;QD=62.6796;RBI=0.0716591;REFB=0;REVB=-0.00211578;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369937;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:32:14:0:0:32:16:0:0 chr8 22491980 . G T 424.84 PASS AF=0.34;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=150;FR=.;FRO=99;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=-0.00809164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.383;QD=11.329;RBI=0.00831426;REFB=-0.0102515;REVB=-0.00191113;RO=98;SAF=23;SAR=28;SRF=63;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217513;STB=0.620573;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0296378;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:98:99:51:51:0.34:28:23:63:35:28:23:63:36 chr8 22492052 . G A 309.17 PASS AF=0.351351;AO=39;DP=111;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.00991694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.663;QD=11.1412;RBI=0.013098;REFB=-0.0110136;REVB=-0.00855633;RO=69;SAF=13;SAR=26;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305205;STB=0.678481;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0175885;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:72:39:39:0.351351:26:13:42:27:26:13:44:28 chr8 22584718 . T C 512.97 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.088847;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1688;QD=18.6533;RBI=0.102273;REFB=0.00111937;REVB=-0.0506559;RO=56;SAF=29;SAR=25;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318831;STB=0.517645;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00290731;OID=.;OPOS=22584718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:56:54:54:0.490909:25:29:32:24:25:29:32:24 chr8 22785159 . G A 124.22 PASS AF=0.231707;AO=18;DP=80;FAO=19;FDP=82;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0398176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.727;QD=6.05931;RBI=0.0404189;REFB=-0.0142961;REVB=-0.00694586;RO=62;SAF=8;SAR=10;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891088;STB=0.578864;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0431083;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:62:63:18:19:0.231707:10:8:32:30:11:8:33:30 chr8 22864622 . T C 694.27 PASS AF=0.978261;AO=46;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0415522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8393;QD=60.371;RBI=0.0424877;REFB=-0.0281627;REVB=0.00886673;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0091999;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:46:45:0.978261:15:31:0:0:15:30:1:0 chr8 22875909 . A G 39.57 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.000173641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.412;QD=13.1896;RBI=0.00441109;REFB=-0.0200239;REVB=-0.00440767;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0246248;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr8 22886019 . GA G,GC,GG 655.02 PASS AF=0,0.0681818,0.931818;AO=6,3,35;DP=44;FAO=0,3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,21;FSAR=0,2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152747,-0.0314684,0.000470107;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=130.818,116.564,142.39;QD=59.5473;RBI=0.04047,0.0462647,0.0349755;REFB=0,0,0;REVB=0.0374768,0.0339141,0.0349724;RO=0;SAF=3,1,18;SAR=3,2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00070645,-0.0270227,0.005348;OID=.,.,.;OPOS=22886020,22886020,22886020;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0681818,0.931818:6,3,35:44:0,3,41:44:0:0,1,21:0,2,20:0:0:8:0:3,1,18:3,2,17:0:0 chr8 22900701 . G A 486.08 PASS AF=0.573171;AO=45;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00166613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.102;QD=23.7111;RBI=0.00724932;REFB=-0.0338632;REVB=-0.00705526;RO=34;SAF=23;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107085;STB=0.559271;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.02924;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:34:35:45:47:0.573171:22:23:22:12:24:23:22:13 chr8 22926313 . G A 467.29 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300528;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.616;QD=53.4046;RBI=0.0339311;REFB=-0.17171;REVB=0.0157527;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.508375;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000721333;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:1:2:33:33:0.942857:12:21:0:1:12:21:1:1 chr8 22960704 . G C 1961.87 PASS AF=0.984733;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0288637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5639;QD=59.9046;RBI=0.0298099;REFB=-0.00923424;REVB=-0.0074509;RO=1;SAF=40;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117314;STB=0.503199;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00108338;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:131:1:2:129:129:0.984733:89:40:1:0:88:41:1:1 chr8 22960873 . G C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.22;QD=60.9784;RBI=0.0308695;REFB=0;REVB=0.0307193;RO=0;SAF=33;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55229e-05;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:6:33:0:0:6:33:0:0 chr8 22974450 . T C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.646;QD=48.734;RBI=0.0334647;REFB=0;REVB=0.0300388;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256789;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr8 23001988 . A G 505.25 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169675;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.776;QD=59.4415;RBI=0.127172;REFB=0;REVB=-0.126035;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820033;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr8 23021346 . G A 727.01 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00478308;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.632;QD=52.8733;RBI=0.0105839;REFB=-0.130273;REVB=-0.00944145;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508485;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000801264;OID=.;OPOS=23021346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:0:2:52:53:0.963636:15:37:0:0:16:37:1:1 chr8 23049292 . C T 767.82 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.135;QD=56.8752;RBI=0.0316538;REFB=0;REVB=0.0212259;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152956;OID=.;OPOS=23049292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:23:28:0:0:24:30:0:0 chr8 23059324 . C G 744.23 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8518;QD=55.1282;RBI=0.077207;REFB=-0.0405545;REVB=0.0556221;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181779;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:28:26:0:0 chr8 23060256 . T C 1087.49 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00474129;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6839;QD=58.7832;RBI=0.0224735;REFB=-0.0979263;REVB=0.0219677;RO=1;SAF=28;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165924;STB=0.50877;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00124471;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:73:73:0.986486:45:28:1:0:45:28:1:0 chr8 23147564 . G A 393.19 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2968;QD=56.1693;RBI=0.141283;REFB=0;REVB=0.111852;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464763;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr8 23148930 . A G 1361.92 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208541;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.481;QD=62.617;RBI=0.0262552;REFB=0;REVB=0.0159511;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186442;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr8 23148940 . G A 1508.5 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016902;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.801;QD=59.7425;RBI=0.026073;REFB=0;REVB=0.0260181;RO=0;SAF=55;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75572e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:100:101:1:45:55:0:0:46:55:0:0 chr8 23150878 . T G 1470.79 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.061;QD=63.2598;RBI=0.0221589;REFB=0;REVB=0.0107414;RO=0;SAF=33;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49133e-05;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:93:0:0:90:93:1:57:33:0:0:58:35:0:0 chr8 23152334 . A G 1396.21 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.271;QD=62.7509;RBI=0.0286539;REFB=0;REVB=0.0247611;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57619e-05;OID=.;OPOS=23152334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr8 23153022 . T C 1269.21 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239804;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.83;QD=59.7273;RBI=0.0318377;REFB=0.0283182;REVB=0.0209424;RO=1;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00956759;STB=0.504853;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000477201;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:1:1:82:84:0.988235:49:33:0:1:51:33:0:1 chr8 23154982 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.744;QD=44.6898;RBI=0.0143487;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57913e-05;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:0:11:0:0:0:13:0:0 chr8 23154989 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00944635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.25;QD=49.599;RBI=0.0391481;REFB=0;REVB=0.0379913;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448409;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr8 23167353 . T G 109.22 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.033654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5662;QD=8.56617;RBI=0.0359839;REFB=-0.00603923;REVB=-0.0127377;RO=36;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165217;STB=0.588113;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0101164;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:14:14:0.27451:7:7:23:13:7:7:23:14 chr8 23174499 . G A 208.82 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0472276;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1628;QD=32.1259;RBI=0.0926188;REFB=-0.026457;REVB=0.0796731;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117106;STB=0.564449;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0150816;OID=.;OPOS=23174499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:2:5:9:10:2:5 chr8 23186007 . T C 135.8 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.165337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.852;QD=9.69962;RBI=0.165648;REFB=-0.00818119;REVB=0.0101435;RO=38;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269611;STB=0.66083;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00827336;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:13:5:19:19:13:5:19:19 chr8 23190926 . C T 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0213526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.233;QD=18.9668;RBI=0.0248631;REFB=-0.0383792;REVB=0.0127374;RO=25;SAF=19;SAR=3;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173955;STB=0.599898;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0248348;OID=.;OPOS=23190926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:3:19:19:6:3:19:19:6 chr8 23190941 . T C 214.1 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-1.83253e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.368;QD=14.7653;RBI=0.18466;REFB=-0.0193606;REVB=-0.18466;RO=33;SAF=21;SAR=4;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178042;STB=0.602558;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0199267;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:4:21:24:9:4:21:24:9 chr8 23190995 . T C 263.75 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2943;QD=21.1;RBI=0.0681217;REFB=-0.0314971;REVB=-0.0638289;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401997;STB=0.522586;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0351559;OID=.;OPOS=23190995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:17:8:9:16:17:8:9:16 chr8 23217723 . T G 373.58 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0150756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.362;QD=23.3487;RBI=0.0409782;REFB=-0.0134016;REVB=-0.0381043;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118155;STB=0.564851;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0100893;OID=.;OPOS=23217723;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:19:18:9:18:19:18:9:18 chr8 23225745 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0175511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.519;QD=16.4168;RBI=0.0397084;REFB=-0.0102864;REVB=0.0356191;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57132;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0139965;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:3:11:11:3:3:11:11:5 chr8 23290518 . C T 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0441135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.941;QD=16.5264;RBI=0.0455843;REFB=0.00147958;REVB=-0.0114861;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632598;STB=0.535686;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0017493;OID=.;OPOS=23290518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:13:12:12:17:13:12:12:17 chr8 23294562 . G T 32.41 PASS AF=0.101852;AO=10;DP=109;FAO=11;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=58;FWDB=0.058041;FXX=0.0181802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.0609;QD=1.20034;RBI=0.0947725;REFB=-0.0256995;REVB=-0.0749204;RO=78;SAF=1;SAR=9;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468455;STB=0.853938;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.20779;OID=.;OPOS=23294562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:108:78:97:10:11:0.101852:9:1:35:43:10:1:39:58 chr8 23429329 . T C 796.29 PASS AF=0.587302;AO=74;DP=126;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0736656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8692;QD=25.2791;RBI=0.077038;REFB=0.0398293;REVB=0.0225439;RO=51;SAF=41;SAR=33;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150067;STB=0.577444;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0335915;OID=.;OPOS=23429329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:51:52:74:74:0.587302:33:41:18:33:33:41:19:33 chr8 23432326 . T A 579.39 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000337925;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.876;QD=60.9885;RBI=0.0141308;REFB=0;REVB=0.0141268;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96696e-05;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr8 23432332 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00598198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.732;QD=7.96581;RBI=0.0213088;REFB=-0.0133784;REVB=-0.0204519;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383761;STB=0.749375;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.026452;OID=.;OPOS=23432332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:9:1:8:18:9:1:8:18 chr8 23432776 . A C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00325718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.524;QD=58.0611;RBI=0.0212072;REFB=0;REVB=0.0209556;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79532e-05;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr8 24208847 . G A 1466.72 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.274;QD=61.7567;RBI=0.0482315;REFB=-0.10333;REVB=0.0163874;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00260671;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:0:1:92:94:0.989474:51:41:0:0:51:43:1:0 chr8 24211278 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.163;QD=47.822;RBI=0.0132334;REFB=0;REVB=0.0120545;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15038e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr8 24211331 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.727;QD=52.6087;RBI=0.0341913;REFB=0;REVB=-0.0110318;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175864;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 335.31 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00293651;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=4;MLLD=236.065;QD=26.2984;RBI=0.0168335;REFB=-0.0382119;REVB=0.0165754;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166447;STB=0.591184;STBP=0.098;TYPE=ins;VARB=0.018954;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627451:32:52:32:51:19:14:18:13:6:99:19:14:18:13:6 chr8 24304703 . C T 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0558335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0685;QD=63.2838;RBI=0.0559155;REFB=0;REVB=-0.00302749;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254629;OID=.;OPOS=24304703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr8 24771517 . G A 197.26 PASS AF=0.221429;AO=31;DP=140;FAO=31;FDP=140;FR=.;FRO=109;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=63;FSRR=46;FWDB=-0.000587569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3428;QD=5.63604;RBI=0.00408912;REFB=-0.0117185;REVB=-0.00404669;RO=107;SAF=22;SAR=9;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190852;STB=0.612582;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0430989;OID=.;OPOS=24771517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:107:109:31:31:0.221429:9:22:61:46:9:22:63:46 chr8 24774683 . C A 725.17 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0787;QD=61.7169;RBI=0.0776649;REFB=0;REVB=-0.0309313;RO=1;SAF=12;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789621;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:34:12:1:0:34:13:0:0 chr8 24776423 . C T 102.63 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00314473;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.516;QD=16.42;RBI=0.0181228;REFB=-0.0142593;REVB=-0.0178479;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.627678;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.014967;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:9:3:6:7:9:3:6:7 chr8 24810088 . T A 112.56 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0510343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.404;QD=9.18858;RBI=0.0604169;REFB=-0.0115795;REVB=-0.0323373;RO=35;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219244;STB=0.633239;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0317172;OID=.;OPOS=24810088;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:9:5:19:16:9:5:19:16 chr8 24811064 . AGGGGGGGC AGGGGGC,AGGGGGGC,AGGGGGGCT 403.2 PASS AF=0.142857,0.857143,0;AO=10,30,2;DP=51;FAO=7,42,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=3,35,0;FSAR=4,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170178,-0.0309003,-0.0266096;FXX=0.039208;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=10.279,10.9067,10.199;QD=32.9147;RBI=0.0531644,0.0988223,0.0440858;REFB=-0.0383386,-0.0389216,0.00203027;REVB=-0.0503671,-0.0938671,-0.0351495;RO=3;SAF=9,24,2;SAR=1,6,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.128039,-0.0548081,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0548705,-0.00571998,0;OID=.,.,.;OPOS=24811065,24811065,24811071;OREF=GG,G,GC;OALT=-,-,CT;OMAPALT=AGGGGGC,AGGGGGGC,AGGGGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143,0:10,30,2:51:7,42,0:49:0:3,35,0:4,7,0:0:0:16:3:9,24,2:1,6,0:3:0 chr8 25182969 . C A,T 663.76 PASS AF=0.101695,0.79661;AO=7,47;DP=59;FAO=6,47;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=5,25;FSAR=1,22;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00639736,0.00336331;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.7492,182.532;QD=45.0006;RBI=0.00820026,0.0163819;REFB=-0.0422986,0.00616131;REVB=-0.00513012,0.0160329;RO=4;SAF=6,25;SAR=1,22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.219787,-0.0695121;STB=0.687061,0.553549;STBP=0.76,0.046;TYPE=snp,snp;VARB=0.138957,-0.00119663;OID=.,.;OPOS=25182969,25182969;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:59:59:4:6:7,47:6,47:0.101695,0.79661:1,22:6,25:4:0:1,22:5,25:6:0 chr8 25203022 . A G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.595;QD=57.1755;RBI=0.019956;REFB=0;REVB=0.00490216;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1367e-05;OID=.;OPOS=25203022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr8 25222165 . A G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0115537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.692;QD=20.3167;RBI=0.0132322;REFB=-0.0106698;REVB=-0.00645001;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018818;STB=0.510627;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00932182;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:7:11:12:7:7:11 chr8 25230168 . C T 335.88 PASS AF=0.627451;AO=30;DP=49;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0269154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2006;QD=26.3434;RBI=0.10063;REFB=-0.0581943;REVB=0.0969641;RO=18;SAF=17;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702784;STB=0.557586;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0344381;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:18:19:30:32:0.627451:13:17:12:6:15:17:13:6 chr8 25234858 . A G 835.43 PASS AF=0.913043;AO=62;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0621148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7449;QD=48.4308;RBI=0.0632543;REFB=-0.0422646;REVB=0.0119527;RO=7;SAF=21;SAR=41;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07774;STB=0.547353;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0310176;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:69:69:7:6:62:63:0.913043:41:21:5:2:42:21:5:1 chr8 25253109 . C T 137.88 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0166449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.214;QD=11.7346;RBI=0.0373808;REFB=-0.0147556;REVB=0.0334704;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241761;STB=0.514268;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0136887;OID=.;OPOS=25253109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:10:6:11:20:10:6:11:20 chr8 25258442 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0249343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.578;QD=6.31766;RBI=0.0249919;REFB=0.0010331;REVB=-0.00169633;RO=25;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793601;STB=0.551051;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00689825;OID=.;OPOS=25258442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:3:5:14:11:3:5:14:11 chr8 25267622 . A G 159.03 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0236298;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.571;QD=23.5599;RBI=0.0249946;REFB=-0.0395607;REVB=-0.00814632;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058982;STB=0.518495;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0316236;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:27:11:11:15:16:0.592593:8:7:6:5:8:8:6:5 chr8 25280800 . C G 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00513736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.571;QD=23.9643;RBI=0.0067474;REFB=-0.0094891;REVB=0.00437435;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252682;STB=0.640902;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0053779;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:8:15:6:12:8:15:6:12 chr8 25287397 . T C 96.72 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0800452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7055;QD=12.896;RBI=0.0801408;REFB=-0.0173922;REVB=-0.00391234;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250496;STB=0.646504;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0265619;OID=.;OPOS=25287397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:12:6:7:5:12:6 chr8 25317824 . A T 248.97 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0119403;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.485;QD=11.5801;RBI=0.0134931;REFB=-0.013027;REVB=-0.00628417;RO=55;SAF=11;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122698;STB=0.577547;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.037702;OID=.;OPOS=25317824;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:55:56:30:30:0.348837:19:11:26:29:19:11:27:29 chr8 25323777 . T C 820.08 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00961742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.939;QD=55.5988;RBI=0.0256089;REFB=-0.138422;REVB=0.0237344;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000364055;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:57:58:0.983051:30:27:0:0:31:27:1:0 chr8 25325730 . T C 416.11 PASS AF=0.32;AO=54;DP=175;FAO=56;FDP=175;FR=.;FRO=119;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=54;FSRR=65;FWDB=-0.00235167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.852;QD=9.51114;RBI=0.00729676;REFB=-0.00445286;REVB=0.00690741;RO=120;SAF=26;SAR=28;SRF=53;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474716;STB=0.507184;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.010488;OID=.;OPOS=25325730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:120:119:54:56:0.32:28:26:53:67:30:26:54:65 chr8 25364834 . A T 304.55 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0208102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.281;QD=12.5587;RBI=0.0222069;REFB=-0.0177511;REVB=0.00775142;RO=61;SAF=12;SAR=23;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153296;STB=0.583852;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0444946;OID=.;OPOS=25364834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:61:62:35:35:0.360825:23:12:29:32:23:12:29:33 chr8 25364960 . A G 161.34 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0123134;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9927;QD=17.4416;RBI=0.0144634;REFB=-0.0176566;REVB=0.00758746;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.54833;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0106786;OID=.;OPOS=25364960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:20:17:17:0.459459:7:10:10:8:7:10:10:10 chr8 26240646 . A G 3423.65 PASS AF=0.991031;AO=221;DP=223;FAO=221;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=128;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.021176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.21;QD=61.4107;RBI=0.0326203;REFB=-0.0535509;REVB=-0.0248126;RO=2;SAF=128;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0013877;STB=0.500728;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.000346886;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:223:223:2:2:221:221:0.991031:93:128:1:1:93:128:1:1 chr8 26269191 . C T 35.52 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0388116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.849;QD=5.68264;RBI=0.0496704;REFB=-0.0163938;REVB=-0.0309969;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39826;STB=0.768238;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0771381;OID=.;OPOS=26269191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:1:5:10:9:1:5:10:9 chr8 26362201 . A T 591.39 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0150903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0473;QD=56.3228;RBI=0.0203347;REFB=-0.147858;REVB=-0.0136302;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523798;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00361676;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:0:2:40:40:0.952381:20:20:0:0:20:20:0:2 chr8 26371893 . GCTTTTTTT AGCTTTTTT,GCTTTTTT,GCTTTTTTA 255.86 PASS AF=0,0.516129,0.0564516;AO=5,37,9;DP=125;FAO=0,64,7;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=0,49,6;FSAR=0,15,1;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0020721,-0.0142651,0.0435708;FXX=0.00799936;HRUN=1,7,7;LEN=3,1,1;MLLD=74.1292,7.7203,11.1597;QD=8.25347;RBI=0.0266753,0.130869,0.214021;REFB=-0.00656629,-0.114772,-0.113912;REVB=-0.0265947,0.130089,0.209539;RO=42;SAF=5,33,8;SAR=0,4,1;SRF=14;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.67837,0.614954,0.632594;STB=0.5,0.701774,0.892641;STBP=1,0,0.073;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.153472,0.00149379;OID=.,.,.;OPOS=26371893,26371895,26371901;OREF=GCT,T,T;OALT=AGC,-,A;OMAPALT=AGCTTTTTT,GCTTTTTT,GCTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:125:124:42:53:5,37,9:0,64,7:0,0.516129,0.0564516:0,4,1:5,33,8:14:28:0,15,1:0,49,6:19:34 chr8 26481771 . T C 1190.31 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7489;QD=61.0413;RBI=0.0312831;REFB=0;REVB=0.02598;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26149e-05;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:33:45:0:0:33:45:0:0 chr8 26510792 . T C 2096.7 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320653;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.695;QD=62.5882;RBI=0.0448357;REFB=0;REVB=0.0313379;RO=0;SAF=47;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95367e-05;OID=.;OPOS=26510792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:128:134:1:81:47:0:0:82:52:0:0 chr8 26628028 . A G 746.22 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.069;QD=63.5083;RBI=0.0296999;REFB=0;REVB=-0.0133346;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14635e-05;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr8 26636925 . T C 715.53 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.015475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9696;QD=51.1093;RBI=0.0214829;REFB=0.00605193;REVB=0.014901;RO=3;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397765;STB=0.521119;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.0100758;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:34:19:0:3:34:19:0:3 chr8 27101204 . T A 1462.64 PASS AF=0.944954;AO=103;DP=109;FAO=103;FDP=109;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00137968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.149;QD=53.6749;RBI=0.0162917;REFB=-0.00555634;REVB=0.0162332;RO=5;SAF=55;SAR=48;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234858;STB=0.507344;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00011827;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:109:109:5:6:103:103:0.944954:48:55:4:1:48:55:4:2 chr8 27101206 . A C 1561.67 PASS AF=0.981481;AO=104;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00405101;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.388;QD=57.8397;RBI=0.0270349;REFB=-0.0660287;REVB=-0.0267297;RO=2;SAF=56;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166442;STB=0.508619;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000343003;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:108:2:2:104:106:0.981481:48:56:2:0:49:57:2:0 chr8 27255128 . T C 554.53 PASS AF=0.491525;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.005112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.182;QD=18.7975;RBI=0.0304781;REFB=-0.0216746;REVB=0.0300463;RO=58;SAF=29;SAR=28;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102284;STB=0.542358;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00659658;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:58:60:57:58:0.491525:28:29:23:35:29:29:25:35 chr8 27255146 . G A 629.4 PASS AF=0.512195;AO=62;DP=122;FAO=63;FDP=123;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0149316;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.749;QD=20.4684;RBI=0.0166644;REFB=-0.0254779;REVB=-0.00739949;RO=59;SAF=29;SAR=33;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.553805;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0280243;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:59:60:62:63:0.512195:33:29:21:38:33:30:22:38 chr8 27255263 . A G 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00476094;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.27;QD=14.0542;RBI=0.011413;REFB=0.00928344;REVB=0.0103726;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202296;STB=0.614469;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.0128559;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:13:12:10:25:13:12:10:25 chr8 27293865 . C T 401.71 PASS AF=0.352941;AO=47;DP=135;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.0188646;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.171;QD=11.8152;RBI=0.0233522;REFB=-0.00564619;REVB=-0.0137641;RO=86;SAF=25;SAR=22;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101365;STB=0.563466;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00962016;OID=.;OPOS=27293865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:86:88:47:48:0.352941:22:25:38:48:22:26:39:49 chr8 27297827 . G T 267.79 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00185275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.409;QD=11.5176;RBI=0.00396256;REFB=-0.0076218;REVB=0.00350274;RO=61;SAF=16;SAR=16;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929029;STB=0.505373;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0142746;OID=.;OPOS=27297827;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:16:16:30:31:16:16:30:31 chr8 27308538 . G A 193.03 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00503274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.581;QD=16.4282;RBI=0.00505313;REFB=-0.0237224;REVB=0.00045346;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282422;STB=0.653175;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0361402;OID=.;OPOS=27308538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:14:6:15:11:14:6:15:12 chr8 27308585 . A C 296.33 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0156638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.704;QD=28.9106;RBI=0.0156661;REFB=-0.00526102;REVB=0.000267137;RO=15;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255481;STB=0.639184;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00118837;OID=.;OPOS=27308585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:15:11:1:14:15:11:1:14 chr8 27311703 . T C 734.78 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0202558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.154;QD=61.2315;RBI=0.0305567;REFB=-0.065144;REVB=0.0228782;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00135726;OID=.;OPOS=27311703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:22:24:0:1:23:24:0:1 chr8 27312040 . C T 162.18 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.084975;FXX=0.0256345;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.3582;QD=17.0718;RBI=0.229363;REFB=0.0191683;REVB=0.213042;RO=12;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713586;STB=0.666444;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.0281362;OID=.;OPOS=27312040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:12:19:15:15:0.394737:5:10:7:5:5:10:7:12 chr8 27312135 . G A 220.57 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0779906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.43;QD=18.0058;RBI=0.07833;REFB=-0.0109384;REVB=-0.00728431;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417212;STB=0.734075;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0159189;OID=.;OPOS=27312135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:8:14:5:22:8:14:5:22 chr8 27315876 . A G 726.71 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.082;QD=63.192;RBI=0.04098;REFB=0;REVB=0.0409096;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217407;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:24:20:0:0:26:20:0:0 chr8 27315900 . A G 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.873;QD=64.4064;RBI=0.0604871;REFB=0;REVB=0.0220879;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.20889e-05;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr8 27316117 . G A 180.13 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0148089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.087;QD=11.0846;RBI=0.0157747;REFB=-0.0167425;REVB=0.00543472;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057402;STB=0.527003;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0292133;OID=.;OPOS=27316117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:42:23:23:0.353846:10:13:20:19:10:13:22:20 chr8 27362587 . G A 271.35 PASS AF=0.315789;AO=36;DP=114;FAO=36;FDP=114;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.0196387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.814;QD=9.52108;RBI=0.0196401;REFB=-0.00669066;REVB=0.000234174;RO=77;SAF=19;SAR=17;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040099;STB=0.519014;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0180612;OID=.;OPOS=27362587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:77:78:36:36:0.315789:17:19:38:39:17:19:39:39 chr8 27462481 . A G 1606.18 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9569;QD=64.2472;RBI=0.0207719;REFB=0;REVB=0.0187427;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34434e-05;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:47:53:0:0:47:53:0:0 chr8 27537444 . CTT C,CT,CTTT 71.96 PASS AF=0.16129,0.516129,0;AO=4,8,3;DP=29;FAO=5,16,0;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5,0;FSAR=5,11,0;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.155387,0.285372,-0.324534;FXX=0;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=11.9982,6.72099,6.88852;QD=9.28491;RBI=0.156418,0.287712,0.326332;REFB=-0.0629498,-0.114253,0.0788323;REVB=-0.0179311,-0.0366221,0.0342112;RO=13;SAF=0,1,3;SAR=4,7,0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.713165,-0.550504,0.597541;STB=0.997867,0.653269,0.5;STBP=0.005,0.056,1;TYPE=del,del,ins;VARB=0.0829567,0.110521,0.0352452;OID=.,.,.;OPOS=27537445,27537445,27537445;OREF=TT,T,-;OALT=-,-,T;OMAPALT=C,CT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.16129,0.516129,0:4,8,3:29:5,16,0:31:10:0,5,0:5,11,0:7:3:16:13:0,1,3:4,7,0:8:5 chr8 27591161 . C CT 42.35 PASS AF=0.276596;AO=7;DP=56;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0865609;FXX=0.160686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4322;QD=3.6039;RBI=0.127062;REFB=-0.0460235;REVB=-0.0930163;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288985;STB=0.835164;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=-0.0746367;OID=.;OPOS=27591162;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276596:7:56:13:47:34:1:12:13:21:42:49:2:5:15:34 chr8 27591164 . C T 266.87 PASS AF=0.526316;AO=26;DP=54;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0643846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2496;QD=18.728;RBI=0.0688206;REFB=-0.0135021;REVB=-0.0243085;RO=26;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446994;STB=0.576623;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0231765;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:26:27:26:30:0.526316:19:7:6:20:19:11:6:21 chr8 27592828 . G A 495.41 PASS AF=0.465517;AO=51;DP=110;FAO=54;FDP=116;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00303047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3002;QD=17.083;RBI=0.0711157;REFB=-0.0323069;REVB=0.0710511;RO=59;SAF=25;SAR=26;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128056;STB=0.518512;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.040052;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:59:62:51:54:0.465517:26:25:29:30:28:26:32:30 chr8 27631179 . A C 85.42 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0502905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.558;QD=11.7826;RBI=0.0505746;REFB=-0.0114585;REVB=-0.00535336;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334266;STB=0.69481;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.021318;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:4:14:5:6:4:14 chr8 27634064 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0112662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.413;QD=13.4412;RBI=0.0215179;REFB=0.00685999;REVB=-0.0183328;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00824766;OID=.;OPOS=27634064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:5:8:5:5:5:8 chr8 27661318 . C A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00960866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.309;QD=7.32294;RBI=0.00989761;REFB=-0.00592091;REVB=0.00237411;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.571184;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0137791;OID=.;OPOS=27661318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:8:6:2:4:8:6 chr8 27667969 . C G 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0263355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.327;QD=8.06731;RBI=0.0317242;REFB=-0.00480096;REVB=0.017688;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179713;STB=0.511093;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0166637;OID=.;OPOS=27667969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:6:6:17:16:6:6:17:16 chr8 27679981 . T C 141.53 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0140396;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8661;QD=10.6814;RBI=0.0233831;REFB=-0.0266652;REVB=-0.0186991;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062033;STB=0.527396;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0414728;OID=.;OPOS=27679981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:10:8:17:17:10:8:17:18 chr8 27690557 . A C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0237887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.774;QD=11.4398;RBI=0.0237899;REFB=0.000292933;REVB=-0.000242387;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346427;STB=0.685308;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000167839;OID=.;OPOS=27690557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:6:3:9:4:6:3:9:5 chr8 27729532 . G A 217.97 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0332242;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.86;QD=15.8522;RBI=0.0342941;REFB=-0.00963915;REVB=-0.00849919;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324957;STB=0.671897;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0116887;OID=.;OPOS=27729532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:30:24:25:0.454545:17:7:19:12:17:8:19:11 chr8 27737198 . A G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0147647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.436;QD=13.1194;RBI=0.0337137;REFB=-0.0144453;REVB=-0.0303088;RO=38;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051013;STB=0.502922;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0187196;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:8:17:26:12:8:17:26:12 chr8 27767171 . G A 240.67 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00176263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9391;QD=12.5022;RBI=0.0884662;REFB=-0.018352;REVB=0.0884487;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127896;STB=0.567131;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0452414;OID=.;OPOS=27767171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:48:29:29:0.376623:12:17:22:25:12:17:23:25 chr8 27767231 . C G 387.96 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00261362;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.976;QD=18.4742;RBI=0.0529762;REFB=-0.00915244;REVB=-0.0529117;RO=41;SAF=22;SAR=18;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553308;STB=0.521728;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00916646;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:41:44:40:40:0.47619:18:22:25:16:18:22:26:18 chr8 27779545 . C T 39.59 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0691712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1317;QD=13.1981;RBI=0.0695736;REFB=-0.00487613;REVB=-0.00747225;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.780223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0238909;OID=.;OPOS=27779545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:1:5:2:3:1:5:2:4 chr8 27903069 . C T 684.95 PASS AF=0.621359;AO=63;DP=102;FAO=64;FDP=103;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00710855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.684;QD=26.5998;RBI=0.00959131;REFB=-0.02825;REVB=0.00643908;RO=38;SAF=21;SAR=42;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178679;STB=0.587385;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0154989;OID=.;OPOS=27903069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:38:39:63:64:0.621359:42:21:22:16:42:22:22:17 chr8 27915830 . T C 1554.0 PASS AF=0.923729;AO=108;DP=117;FAO=109;FDP=118;FR=.;FRO=9;FSAF=62;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0286611;FXX=0.0247913;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.812;QD=52.6779;RBI=0.0290295;REFB=-0.118331;REVB=-0.0046098;RO=9;SAF=61;SAR=47;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151142;STB=0.507622;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00933843;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:117:118:9:9:108:109:0.923729:47:61:6:3:47:62:6:3 chr8 27918056 . TTG CGA,TCG 420.05 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,26;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,15;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143183,0.00750657;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=69.9635,199.894;QD=56.0067;RBI=0.0185819,0.0346179;REFB=0,0;REVB=0.0118437,0.0337943;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0561057,-0.000109445;OID=.,.;OPOS=27918056,27918057;OREF=TTG,T;OALT=CGA,C;OMAPALT=CGA,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:2,26:2,28:0.0666667,0.933333:0,12:2,14:0:0:0,13:2,15:0:0 chr8 27927849 . C G 670.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.639;QD=62.4079;RBI=0.06085;REFB=0;REVB=0.0223747;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026574;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chr8 27967964 . TTA T,TAA 68.58 PASS AF=0.384615,0;AO=9,8;DP=42;FAO=10,0;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.112454,0.127139;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.8569,15.1934;QD=10.5508;RBI=0.142127,0.206362;REFB=-0.083387,-0.0233552;REVB=0.0869156,0.162546;RO=19;SAF=9,8;SAR=0,0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.763969,0.749845;STB=0.825746,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=del,snp;VARB=0.120071,0;OID=.,.;OPOS=27967965,27967965;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0:9,8:42:10,0:26:16:9,0:1,0:8:8:68:19:9,8:0,0:10:9 chr8 28040712 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00699735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.913;QD=12.5794;RBI=0.0145147;REFB=-0.00796398;REVB=-0.0127167;RO=30;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408285;STB=0.753211;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.015801;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:3:14:15:15:3:14:15:16 chr8 28206275 . G C 140.71 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00188707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.79;QD=13.0888;RBI=0.0361618;REFB=0.00754336;REVB=0.0361125;RO=27;SAF=14;SAR=2;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381929;STB=0.730088;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0174802;OID=.;OPOS=28206275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:2:14:17:10:2:14:17:10 chr8 28286174 . T G 801.06 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00287568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.221;QD=57.2182;RBI=0.0296313;REFB=0;REVB=0.0294914;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94637e-05;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr8 28384712 . A G 1510.61 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.363;QD=63.6045;RBI=0.0210358;REFB=0;REVB=0.0209399;RO=0;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51781e-05;OID=.;OPOS=28384712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:53:42:0:0:53:42:0:0 chr8 28574803 . G A 189.72 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0193857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.067;QD=23.7155;RBI=0.0256834;REFB=-0.0175523;REVB=0.0168474;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183763;STB=0.609007;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0116243;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:10:8:9:4:11:8:9:4 chr8 28638455 . G A 223.99 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0150786;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.156;QD=24.8878;RBI=0.0172663;REFB=-0.016066;REVB=-0.0084119;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072592;OID=.;OPOS=28638455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:14:7:5:10:14:7:5:10 chr8 28984042 . T C 80.83 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0294954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.328;QD=7.88601;RBI=0.0297375;REFB=-0.00820268;REVB=0.00378684;RO=30;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536873;STB=0.533273;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0151841;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:5:6:15:15:5:6:15:15 chr8 29005093 . A G 223.78 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00273716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9724;QD=15.1713;RBI=0.0510809;REFB=-0.0192004;REVB=-0.0510075;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225924;STB=0.627027;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0382945;OID=.;OPOS=29005093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:9:24:13:13:9:24 chr8 29048391 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0110767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.042;QD=13.485;RBI=0.0880617;REFB=-0.00738957;REVB=0.0873623;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61306;STB=0.866593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0269668;OID=.;OPOS=29048391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:8:1:8:3:8:1:8:3 chr8 29197763 . G A 199.14 PASS AF=0.47619;AO=21;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.123431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.937;QD=18.9661;RBI=0.12346;REFB=-0.030884;REVB=-0.00266454;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632754;STB=0.58938;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0346995;OID=.;OPOS=29197763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:21:20:0.47619:14:7:8:12:14:6:10:12 chr8 29927300 . C G 937.83 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.29;QD=58.6141;RBI=0.0569767;REFB=0;REVB=0.00201796;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109552;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:64:0:0:58:64:1:43:15:0:0:43:21:0:0 chr8 29927321 . A G 727.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.441;QD=63.2258;RBI=0.0522379;REFB=0;REVB=0.0431198;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246149;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr8 29961951 . C T 185.96 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0299139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2594;QD=8.55011;RBI=0.0644542;REFB=-0.00942589;REVB=-0.057092;RO=62;SAF=11;SAR=14;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251847;STB=0.514969;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0181111;OID=.;OPOS=29961951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:14:11:26:36:14:11:26:36 chr8 29965519 . T C 428.8 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8381;QD=57.174;RBI=0.0835429;REFB=0;REVB=0.00642914;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133536;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr8 29989564 . A G 406.79 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0042872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.182;QD=30.7011;RBI=0.00556317;REFB=-0.00903242;REVB=0.00354525;RO=14;SAF=11;SAR=26;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261103;STB=0.626435;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00506757;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:16:37:37:0.698113:26:11:11:3:26:11:11:5 chr8 29996158 . A G 237.72 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0138805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.913;QD=17.9413;RBI=0.024131;REFB=-0.0140512;REVB=0.0197392;RO=26;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875473;STB=0.566322;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0158182;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:25:26:0.490566:11:14:17:9:12:14:18:9 chr8 29996256 . T C 286.14 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0113166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6483;QD=30.9335;RBI=0.0400116;REFB=-0.0546281;REVB=0.0383779;RO=11;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108185;STB=0.53537;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0172564;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:37:11:12:24:25:0.675676:13:11:3:8:14:11:4:8 chr8 30423886 . C CAG 311.34 PASS AF=0.397727;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=0.00355988;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.84;QD=14.1518;RBI=0.00379394;REFB=-0.0136354;REVB=-0.00131196;RO=54;SAF=3;SAR=31;SRF=15;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384219;STB=0.665758;STBP=0.065;TYPE=ins;VARB=0.0287253;OID=.;OPOS=30423887;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397727:34:90:35:88:53:4:31:14:39:99:54:3:31:15:39 chr8 30501232 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0509545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.609;QD=12.0154;RBI=0.0517966;REFB=0.000830355;REVB=-0.00930175;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.000757819;OID=.;OPOS=30501232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr8 30503582 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.114375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.087;QD=19.1341;RBI=0.11503;REFB=0.0260481;REVB=-0.0122599;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0112816;OID=.;OPOS=30503582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr8 30608976 . C T 580.96 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.172;QD=59.5856;RBI=0.0212026;REFB=0;REVB=-0.016966;RO=0;SAF=27;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249629;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:36:39:1:9:27:0:0:12:27:0:0 chr8 30620840 . G GT 433.42 PASS AF=1;AO=42;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6276;QD=33.3403;RBI=0.0929195;REFB=-0.062955;REVB=-0.0285538;RO=8;SAF=15;SAR=27;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00725892;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:54:52:52:0:19:33:0:0:5:8:15:27:5:3 chr8 30694694 . CA C 33.49 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.180312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1083;QD=3.94;RBI=0.202494;REFB=-0.041403;REVB=-0.0921497;RO=21;SAF=0;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715559;STB=0.792008;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.0843563;OID=.;OPOS=30694695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:8:33:9:34:25:1:8:10:15:33:21:0:8:7:14 chr8 30924557 . C T 293.33 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233312;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=53.3332;RBI=0.0449337;REFB=0;REVB=-0.0384017;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142753;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr8 30973957 . G T 955.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8663;QD=58.7745;RBI=0.0185903;REFB=0;REVB=0.012113;RO=0;SAF=42;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130317;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:23:42:0:0:23:42:0:0 chr8 30999280 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.338;QD=60.9786;RBI=0.0208995;REFB=0;REVB=0.0134063;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42991e-05;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:21:18:0:0 chr8 32453358 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.43;QD=51.183;RBI=0.0238947;REFB=0;REVB=0.0214778;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62761e-05;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr8 32621844 . G T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1597;QD=54.5152;RBI=0.0424789;REFB=0;REVB=0.0194059;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124875;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr8 32663420 . A G 748.43 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207048;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.675;QD=62.3695;RBI=0.0230194;REFB=0;REVB=0.0100599;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505903;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:25:23:0:0 chr8 33246538 . A G 941.56 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0944827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.412;QD=57.0645;RBI=0.09474;REFB=-0.118828;REVB=0.00697811;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000834421;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:39:26:1:0:39:26:1:0 chr8 33246591 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.326;QD=58.1415;RBI=0.0517233;REFB=0;REVB=0.0180548;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014812;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr8 33246685 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6145;QD=58.138;RBI=0.0402628;REFB=0;REVB=0.0398237;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542074;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr8 33313329 . G A 180.22 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00938949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.523;QD=16.0194;RBI=0.019634;REFB=-0.0311998;REVB=-0.0172433;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671446;STB=0.538422;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0331219;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:8:18:12:7:8:18 chr8 33356074 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0154428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.08;QD=14.6577;RBI=0.0179561;REFB=-0.0175541;REVB=-0.00916202;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228757;STB=0.631394;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0343518;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:13:4:6:7:13:4 chr8 33369944 . T C 117.18 PASS AF=0.358974;AO=15;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0219131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6194;QD=12.0182;RBI=0.02546;REFB=0.0166183;REVB=-0.0129626;RO=24;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363298;STB=0.835636;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0358769;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:15:14:0.358974:13:2:9:15:13:1:10:15 chr8 33369994 . A G 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0114888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2868;QD=14.0963;RBI=0.0246395;REFB=0.00193079;REVB=-0.0217971;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421697;STB=0.751109;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00329071;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:9:9:11:2:9:9 chr8 33416189 . G A 243.64 PASS AF=0.547619;AO=21;DP=39;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00359446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3765;QD=23.2039;RBI=0.0297209;REFB=-0.0372158;REVB=0.0295028;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190399;STB=0.60758;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0450046;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:18:19:21:23:0.547619:13:8:11:7:15:8:11:8 chr8 33416222 . C T 220.08 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0665745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0596;QD=24.4535;RBI=0.0725541;REFB=-0.0119834;REVB=-0.0288433;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152712;STB=0.5855;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0131659;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:7:8:15:6:7:8 chr8 33437926 . C T 322.97 PASS AF=0.576271;AO=29;DP=54;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0206896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.64;QD=21.8961;RBI=0.0255685;REFB=-0.0131789;REVB=0.015023;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262917;STB=0.660105;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0135224;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:23:25:29:34:0.576271:16:13:18:5:20:14:20:5 chr8 33573577 . A G 321.4 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.869;QD=53.5672;RBI=0.0698916;REFB=0;REVB=0.0171436;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192393;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:19:2:0:0:21:3:0:0 chr8 36925165 . A G 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00520456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.149;QD=14.1308;RBI=0.0296047;REFB=-0.00620337;REVB=-0.0291436;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135255;STB=0.563812;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0159719;OID=.;OPOS=36925165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:8:11:21:9:8:11:21:10 chr8 37456438 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0241268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.853;QD=11.6342;RBI=0.0257337;REFB=-0.0129558;REVB=-0.00895122;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334607;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0164194;OID=.;OPOS=37456438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:10:6:7:3:10:6 chr8 37556427 . C A 224.75 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.102441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.793;QD=13.0289;RBI=0.102798;REFB=-0.00174983;REVB=-0.00856686;RO=42;SAF=4;SAR=23;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26143;STB=0.652624;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000275437;OID=.;OPOS=37556427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:23:4:13:29:23:4:13:29 chr8 37635649 . A G 137.36 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0115833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.337;QD=11.2132;RBI=0.0144831;REFB=-0.000703233;REVB=0.00869421;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932131;STB=0.555485;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0016012;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:10:6:15:18:10:6:15:18 chr8 37672471 . A G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0328142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9323;QD=22.6321;RBI=0.033522;REFB=0.0258074;REVB=0.00685231;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589614;STB=0.533282;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0138889;OID=.;OPOS=37672471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:5:3:6:7:5:3 chr8 37728017 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.42;QD=59.018;RBI=0.0660365;REFB=0;REVB=0.0270192;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465264;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr8 37728019 . T G 471.9 PASS AF=0.970588;AO=34;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1317;QD=55.5175;RBI=0.0313662;REFB=-0.0288326;REVB=-0.0137447;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00475146;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:34:33:0.970588:21:13:0:0:20:13:0:1 chr8 37823798 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.442;QD=56.1908;RBI=0.0159339;REFB=0;REVB=-0.00189378;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6924e-05;OID=.;OPOS=37823798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr8 37979919 . G C 326.51 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.386;QD=52.2415;RBI=0.0272841;REFB=0;REVB=0.0227139;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968753;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:11:12:0:0:13:12:0:0 chr8 37985897 . A G 688.44 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4333;QD=59.8647;RBI=0.0357793;REFB=-0.0882394;REVB=-0.0322533;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.5102;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00173155;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:24:20:0:1:24:21:0:1 chr8 38005835 . T C 903.03 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.01;QD=58.2597;RBI=0.064469;REFB=0;REVB=0.0421873;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177453;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr8 38095662 . C T 235.96 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0171391;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.232;QD=13.1086;RBI=0.0242477;REFB=-0.0147036;REVB=-0.0171523;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178807;STB=0.611036;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0113975;OID=.;OPOS=38095662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:44:44:27:28:0.388889:14:13:14:30:14:14:14:30 chr8 38458371 . G T 260.93 PASS AF=0.288;AO=36;DP=126;FAO=36;FDP=125;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.000144003;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.897;QD=8.34981;RBI=0.00427239;REFB=-0.000932789;REVB=0.00426996;RO=89;SAF=17;SAR=19;SRF=36;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825834;STB=0.548606;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00257513;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:89:89:36:36:0.288:19:17:36:53:19:17:36:53 chr8 38458552 . G GTCT 1587.28 PASS AF=1;AO=102;DP=111;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125464;FXX=0.0185168;HRUN=0;LEN=3;MLLD=188.313;QD=59.8975;RBI=0.0525678;REFB=0;REVB=0.0510486;RO=3;SAF=58;SAR=44;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000132591;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:102:111:106:106:0:61:45:0:0:9:3:58:44:3:0 chr8 38458659 . C T 1103.85 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.854;QD=58.8717;RBI=0.0390684;REFB=-0.0533341;REVB=0.0042524;RO=1;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126148;STB=0.506665;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00016915;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:37:37:1:0:37:37:1:0 chr8 38827185 . GCCT GCT,GCTG 1183.46 PASS AF=1,0;AO=77,4;DP=83;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=55,0;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0599786,-0.023703;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=23.4852,209.122;QD=57.0341;RBI=0.128412,0.0306157;REFB=0,0;REVB=0.113544,-0.0193776;RO=0;SAF=53,0;SAR=24,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864,0;SSEP=0,0;SSSB=4.08692e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00194432,0.0993222;OID=.,.;OPOS=38827186,38827187;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:77,4:83:83,0:83:0:55,0:28,0:0:0:7:0:53,0:24,4:0:0 chr8 38835666 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00687584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.285;QD=50.4129;RBI=0.0227286;REFB=0;REVB=0.0216636;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011636;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr8 38848850 . C T 647.97 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.806;QD=61.7117;RBI=0.0465728;REFB=0;REVB=0.0374771;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152085;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:15:23:0:0:17:25:0:0 chr8 38964647 . G A 888.61 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115774;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.315;QD=58.2694;RBI=0.0170059;REFB=0;REVB=0.0124565;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26025e-05;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr8 38965271 . C T 2164.19 PASS AF=0.972222;AO=140;DP=144;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0296511;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.524;QD=60.1164;RBI=0.0591877;REFB=-0.0498039;REVB=0.0512249;RO=1;SAF=75;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725878;STB=0.505987;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000639738;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:144:144:1:4:140:140:0.972222:65:75:0:1:65:75:3:1 chr8 39080632 . C G 1471.72 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.169;QD=61.3215;RBI=0.0449222;REFB=-0.143963;REVB=-0.010182;RO=1;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158485;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:96:1:0:93:96:1:38:55:0:1:41:55:0:0 chr8 39091526 . T C 1209.64 PASS AF=0.605556;AO=107;DP=178;FAO=109;FDP=180;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=88;FSRF=11;FSRR=60;FWDB=0.0248412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.387;QD=26.8808;RBI=0.0299333;REFB=-0.00974479;REVB=0.0167008;RO=71;SAF=20;SAR=87;SRF=11;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398808;STB=0.524641;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00674181;OID=.;OPOS=39091526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:180:71:71:107:109:0.605556:87:20:11:60:88:21:11:60 chr8 39128384 . TTTC T,TT,TTTT 212.7 PASS AF=0,0.357143,0.357143;AO=3,4,11;DP=28;FAO=0,10,10;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=0,7,2;FSAR=0,3,8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0806902,0.0746299,0.0592309;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=3,2,1;MLLD=159.566,167.107,167.137;QD=30.3852;RBI=0.0807243,0.0750749,0.0615426;REFB=-0.0566346,-0.0467403,-0.0296537;REVB=0.00234627,-0.00816184,-0.016709;RO=8;SAF=3,4,2;SAR=0,0,9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.602514,0.655128,-0.458767;STB=0.5,0.526974,0.76135;STBP=1,0.886,0.033;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0203359,0.00285322,0.0275811;OID=.,.,.;OPOS=39128385,39128386,39128387;OREF=TTC,TC,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.357143,0.357143:3,4,11:28:0,10,10:28:8:0,7,2:0,3,8:6:2:58:8:3,4,2:0,0,9:6:2 chr8 39311600 . C T 1407.63 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00886693;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2248;QD=60.5432;RBI=0.0337629;REFB=-0.0694066;REVB=-0.0325777;RO=2;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220325;STB=0.511361;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00244654;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:2:2:90:91:0.978495:42:48:0:2:43:48:0:2 chr8 39312886 . G A 976.12 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8632;QD=58.2757;RBI=0.0336915;REFB=0;REVB=-0.00937128;RO=0;SAF=40;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691992;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:23:40:0:0:25:42:0:0 chr8 39323387 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00692369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.415;QD=10.4388;RBI=0.0375316;REFB=-0.00876765;REVB=-0.0368874;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245315;STB=0.647766;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0128373;OID=.;OPOS=39323387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:4:9:13:14:4:9:13:14 chr8 39331010 . G A 35.4 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.069153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2816;QD=5.24418;RBI=0.0779906;REFB=-0.011006;REVB=-0.0360611;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913776;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0154658;OID=.;OPOS=39331010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:19:21:6:6:0.222222:3:3:8:11:3:3:10:11 chr8 39331043 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0217591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.334;QD=7.03218;RBI=0.0226029;REFB=-0.0086233;REVB=-0.00611802;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654726;STB=0.541309;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0382946;OID=.;OPOS=39331043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:13:13:4:5:13:13 chr8 39331093 . T C 81.94 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0115599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.943;QD=8.62578;RBI=0.0184802;REFB=-0.00918157;REVB=-0.0144182;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201073;STB=0.622427;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0323562;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:10:17:5:6:10:17 chr8 39331447 . C T 306.57 PASS AF=0.308271;AO=40;DP=132;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=29;FWDB=-0.00298158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9715;QD=9.22004;RBI=0.0111242;REFB=-0.00562789;REVB=-0.0107172;RO=86;SAF=25;SAR=15;SRF=62;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125364;STB=0.555836;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0124157;OID=.;OPOS=39331447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:86:92:40:41:0.308271:15:25:62:24:16:25:63:29 chr8 39331451 . CAAAAAAT CAAAAAT,CAAAAATA 120.11 PASS AF=0.302158,0.00719424;AO=40,6;DP=141;FAO=42,1;FDP=139;FR=.;FRO=96;FSAF=27,0;FSAR=15,1;FSRF=63;FSRR=33;FWDB=0.0827818,0.0215927;FXX=0.00714235;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.557,76.2491;QD=3.45642;RBI=0.129508,0.0334201;REFB=-0.010407,-0.00680772;REVB=-0.0995969,-0.025508;RO=78;SAF=27,0;SAR=13,6;SRF=57;SRR=21;SSEN=0.419355,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0753561,-0.668554;STB=0.510199,0.993079;STBP=0.882,0.256;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0718119,0.154827;OID=.,.;OPOS=39331452,39331457;OREF=A,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=CAAAAAT,CAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302158,0.00719424:40,6:141:42,1:139:96:27,0:15,1:63:33:99:78:27,0:13,6:57:21 chr8 39840234 . A G 230.58 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0338301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2436;QD=16.4698;RBI=0.0385995;REFB=-0.0120465;REVB=-0.0185862;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091505;STB=0.551493;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00804693;OID=.;OPOS=39840234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:19:11:12:14:19:11 chr8 39862881 . C T 391.53 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00212968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.362;QD=22.0581;RBI=0.0098535;REFB=-0.0102193;REVB=-0.0096206;RO=31;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491549;STB=0.533893;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0083826;OID=.;OPOS=39862881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:32:39:39:0.549296:19:20:14:17:19:20:14:18 chr8 39872866 . A C 955.1 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.048;QD=57.8849;RBI=0.036788;REFB=0;REVB=0.0277303;RO=1;SAF=47;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994696;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156356;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:1:0:65:66:1:18:47:1:0:18:48:0:0 chr8 39872935 . T A 214.31 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.000946397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.601;QD=12.7943;RBI=0.017305;REFB=-0.0278432;REVB=-0.0172791;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141236;STB=0.586507;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0448427;OID=.;OPOS=39872935;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:7:19:24:15:7:19:25:16 chr8 39873478 . T C 137.64 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.3895;QD=39.3249;RBI=0.0237388;REFB=-0.142889;REVB=-0.0165516;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0148029;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:0:1:4:9:0:1 chr8 39873483 . TT AA 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00653601;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=307.299;QD=13.2053;RBI=0.05829;REFB=-0.0158349;REVB=-0.0579224;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280783;STB=0.666171;STBP=0.274;TYPE=mnp;VARB=0.0171113;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:5:1:3:3:5:1 chr8 40011079 . G A 332.67 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.031;QD=53.2278;RBI=0.0494356;REFB=0;REVB=-0.0464586;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250459;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr8 40012063 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299634;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.589;QD=39.2068;RBI=0.00704158;REFB=0;REVB=0.00637227;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46305e-05;OID=.;OPOS=40012063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr8 41132742 . A T 115.88 PASS AF=0.358974;AO=12;DP=37;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0239648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.674;QD=11.8849;RBI=0.0464841;REFB=-0.0371194;REVB=0.0398304;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114783;STB=0.57242;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.080728;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:25:25:12:14:0.358974:5:7:17:8:6:8:17:8 chr8 41391704 . A G 507.1 PASS AF=0.374233;AO=60;DP=162;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=0.0405048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5387;QD=12.4442;RBI=0.0452805;REFB=-0.00487621;REVB=0.0202407;RO=102;SAF=31;SAR=29;SRF=41;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126887;STB=0.566331;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00978435;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:102:102:60:61:0.374233:29:31:41:61:30:31:41:61 chr8 41512648 . GGT G 108.37 PASS AF=0.736842;AO=10;DP=13;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.118334;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=157.301;QD=22.8154;RBI=0.129252;REFB=-0.0710474;REVB=0.0519928;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529368;STBP=0.853;TYPE=del;VARB=0.0233601;OID=.;OPOS=41512649;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.736842:10:13:14:19:5:2:12:1:4:31:0:0:10:0:0 chr8 41517958 . A AG 1594.04 PASS AF=1;AO=127;DP=163;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.1776;QD=41.6744;RBI=0.172882;REFB=0;REVB=-0.0200195;RO=29;SAF=43;SAR=84;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00167329;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:127:163:153:153:0:60:93:0:0:32:29:43:84:24:5 chr8 41519462 . A G 315.95 PASS AF=0.636364;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000593473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.487;QD=28.723;RBI=0.0117152;REFB=-0.0447696;REVB=0.0117002;RO=16;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912786;STB=0.540105;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0282491;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:16:16:27:28:0.636364:17:10:8:8:17:11:8:8 chr8 41521663 . T C 377.92 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0378228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2286;QD=26.9946;RBI=0.0378293;REFB=-0.00837118;REVB=-0.000699522;RO=18;SAF=8;SAR=28;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923678;STB=0.538439;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0091983;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:20:36:36:0.642857:28:8:6:12:28:8:6:14 chr8 41525914 . C T 288.03 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0204867;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0622;QD=15.7824;RBI=0.0206184;REFB=-0.00927897;REVB=0.0023266;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607054;STB=0.534225;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00560894;OID=.;OPOS=41525914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:16:16:18:23:16:16:18:23 chr8 41553928 . C G 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0286194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6448;QD=18.7937;RBI=0.0461488;REFB=-0.01875;REVB=0.0362028;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679379;STB=0.538428;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0361494;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:16:11:11:12:16:11 chr8 41585438 . G A 297.44 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00413383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.912;QD=13.3679;RBI=0.00787278;REFB=-0.00705669;REVB=0.00670015;RO=54;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255986;STB=0.64282;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0084152;OID=.;OPOS=41585438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:34:34:0.382022:25:9:26:28:25:9:26:29 chr8 42013563 . T TATG 624.6 PASS AF=0.890909;AO=48;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00538259;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=297.79;QD=45.4252;RBI=0.0162994;REFB=-0.029545;REVB=0.015385;RO=6;SAF=23;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390212;STB=0.521537;STBP=0.38;TYPE=ins;VARB=0.00240804;OID=.;OPOS=42013564;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.890909:48:55:49:55:6:23:26:4:2:30:6:23:25:4:2 chr8 42036577 . A G 370.78 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00414682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.341;QD=26.4844;RBI=0.0362802;REFB=-0.0208179;REVB=0.0360424;RO=20;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171915;STB=0.593947;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0112811;OID=.;OPOS=42036577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:20:20:36:36:0.642857:22:14:13:7:22:14:13:7 chr8 42044954 . G A 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00538952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.586;QD=10.3666;RBI=0.0287381;REFB=-0.00656899;REVB=0.0282282;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168499;STB=0.59825;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0109825;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:17:26:10:12:17:26 chr8 42231786 . G A 468.94 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0102021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8736;QD=20.3886;RBI=0.0560835;REFB=0.0190104;REVB=-0.0551478;RO=46;SAF=20;SAR=26;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593123;STB=0.532874;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0175876;OID=.;OPOS=42231786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:26:20:23:23:26:20:23:23 chr8 42882555 . A ATTTGT 920.66 PASS AF=0.956522;AO=57;DP=70;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00897327;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=5;MLLD=276.068;QD=53.3718;RBI=0.0168463;REFB=-0.000439792;REVB=-0.0142576;RO=4;SAF=36;SAR=21;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015775;STB=0.504049;STBP=0.778;TYPE=ins;VARB=-0.000702631;OID=.;OPOS=42882556;OREF=-;OALT=TTTGT;OMAPALT=ATTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:57:70:66:69:3:38:28:2:1:9:4:36:21:3:1 chr8 43054553 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.869;QD=61.6774;RBI=0.00720786;REFB=0;REVB=0.00213147;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41383e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr8 43152430 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0150966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.585;QD=19.1085;RBI=0.0165071;REFB=-0.0216915;REVB=0.00667675;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339215;STB=0.695228;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0112408;OID=.;OPOS=43152430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:1:5:3:6:1:5 chr8 43152432 . G A 62.64 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00702989;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.531;QD=17.8974;RBI=0.0365188;REFB=-0.010451;REVB=-0.0358358;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426988;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0147277;OID=.;OPOS=43152432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:1:5:2:6:1:5 chr8 47979781 . G C 804.59 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8799;QD=55.4889;RBI=0.0212936;REFB=-0.142644;REVB=0.00388213;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00350463;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:56:57:0.982759:29:27:0:1:30:27:0:1 chr8 48102786 . C T 769.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5569;QD=56.9897;RBI=0.0306452;REFB=0;REVB=-0.0252834;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229256;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr8 48102987 . A G 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659059;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.835;QD=51.9853;RBI=0.150346;REFB=0;REVB=0.150201;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192887;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr8 48104722 . G T 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6202;QD=60.6038;RBI=0.0393537;REFB=0;REVB=-0.0146655;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681364;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr8 48805816 . A AG,G 229.75 PASS AF=1,0;AO=14,5;DP=22;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212691,-0.0578789;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.2216,5.97592;QD=45.9496;RBI=0.124759,0.290557;REFB=0,0;REVB=-0.122932,-0.284733;RO=3;SAF=9,0;SAR=5,5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129617,-0.794084;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00876937,0;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:20:3:0:14,5:20,0:1,0:5,5:9,0:3:0:10,0:10,0:0:0 chr8 48843315 . G A 341.78 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.012726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2971;QD=18.4749;RBI=0.0149628;REFB=-0.0037553;REVB=-0.00786978;RO=38;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271502;STB=0.515143;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00357855;OID=.;OPOS=48843315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:20:16:18:20:20:16:18:20 chr8 48885436 . T A 1069.45 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217117;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.205;QD=58.6;RBI=0.0361921;REFB=-0.0228178;REVB=0.0289563;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000169858;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:0:1:72:72:0.986301:45:27:0:0:45:27:0:1 chr8 49375958 . T C 393.78 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00451859;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.469;QD=21.577;RBI=0.00474534;REFB=-0.00594814;REVB=0.00144934;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870178;STB=0.565278;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00157691;OID=.;OPOS=49375958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:34:39:39:0.534247:18:21:20:11:18:21:23:11 chr8 50242815 . C T 440.75 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4905;QD=56.8715;RBI=0.0392583;REFB=0;REVB=0.0255595;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887647;OID=.;OPOS=50242815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:12:19:0:0 chr8 50242991 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.58;QD=59.4356;RBI=0.0361271;REFB=0;REVB=0.0294042;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134887;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr8 52252193 . G T 374.01 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0107561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.568;QD=23.3757;RBI=0.0109822;REFB=-0.034912;REVB=0.00221748;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380801;STB=0.520947;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0188172;OID=.;OPOS=52252193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:21:16:13:14:21:16:13:14 chr8 52321243 . T C 1356.75 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.426;QD=62.3794;RBI=0.0315469;REFB=0;REVB=0.0065242;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06747e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:48:37:0:0:48:39:0:0 chr8 52321686 . C T 229.18 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00544825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.122;QD=22.3594;RBI=0.0118211;REFB=-0.0135546;REVB=0.0104907;RO=19;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182834;STB=0.60274;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00752115;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:7:15:9:10:7:15:9:10 chr8 52325767 . T G 107.73 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0103916;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.573;QD=5.66972;RBI=0.0113276;REFB=-0.00813073;REVB=-0.00450878;RO=59;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29321;STB=0.682091;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0466491;OID=.;OPOS=52325767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:59:59:17:17:0.223684:6:11:24:35:6:11:24:35 chr8 52325796 . G A 108.81 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.115516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6867;QD=5.96218;RBI=0.115645;REFB=-0.0138267;REVB=-0.00546415;RO=55;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228861;STB=0.646521;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0458755;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:7:10:22:33:7:10:22:34 chr8 52366200 . G A 842.57 PASS AF=0.537415;AO=79;DP=146;FAO=79;FDP=147;FR=.;FRO=68;FSAF=53;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0254861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.031;QD=22.9271;RBI=0.0279566;REFB=-0.00451291;REVB=0.0114905;RO=67;SAF=53;SAR=26;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195827;STB=0.611142;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00399477;OID=.;OPOS=52366200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:67:68:79:79:0.537415:26:53:30:37:26:53:30:38 chr8 52730441 . T C 137.1 PASS AF=0.192;AO=24;DP=124;FAO=24;FDP=125;FR=.;FRO=101;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=50;FWDB=-0.0336211;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.728;QD=4.38713;RBI=0.0508441;REFB=-0.000331101;REVB=0.0381411;RO=100;SAF=14;SAR=10;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106409;STB=0.563705;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000813548;OID=.;OPOS=52730441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:100:101:24:24:0.192:10:14:50:50:10:14:51:50 chr8 52730521 . C T 710.94 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1543;QD=55.7597;RBI=0.145768;REFB=0;REVB=0.131011;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024563;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:22:26:0:0:24:27:0:0 chr8 52730864 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.303;QD=59.0163;RBI=0.0291162;REFB=0;REVB=0.00542283;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56994e-05;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr8 52731473 . G A 33.57 PASS AF=0.109375;AO=8;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0525198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9764;QD=2.09782;RBI=0.0622441;REFB=-0.000304747;REVB=-0.0334066;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406918;STB=0.50683;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.00525347;OID=.;OPOS=52731473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:54:57:8:7:0.109375:3:5:32:22:3:4:33:24 chr8 52731494 . G A 39.24 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0515856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1853;QD=2.37799;RBI=0.0519963;REFB=-0.0127305;REVB=0.00652241;RO=57;SAF=4;SAR=4;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159724;STB=0.620927;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0988748;OID=.;OPOS=52731494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:66:57:58:8:8:0.121212:4:4:36:21:4:4:37:21 chr8 52731968 . G A 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0295991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.017;QD=2.28744;RBI=0.0334116;REFB=0.00255711;REVB=0.0154993;RO=52;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617887;STB=0.563199;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.0157619;OID=.;OPOS=52731968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:52:54:7:7:0.114754:4:3:25:27:4:3:27:27 chr8 52731975 . C A 54.16 PASS AF=0.163636;AO=8;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0179525;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.648;QD=3.93878;RBI=0.019329;REFB=-0.00106146;REVB=-0.00716362;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335552;STB=0.77082;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00722882;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:44:46:8:9:0.163636:2:6:21:23:2:7:21:25 chr8 52731980 . C G 54.14 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.030493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.303;QD=3.93745;RBI=0.0307251;REFB=-0.00340082;REVB=-0.00376927;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681036;STB=0.546455;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0237777;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:4:5:23:23:4:5:23:23 chr8 52731999 . C T 66.91 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.015434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.4;QD=5.24755;RBI=0.0172577;REFB=-0.00460482;REVB=0.0077213;RO=41;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448849;STB=0.529353;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0241002;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:41:41:10:10:0.196078:5:5:19:22:5:5:19:22 chr8 52733050 . T A 251.91 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0274604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.617;QD=27.2332;RBI=0.0306822;REFB=-0.033056;REVB=0.0136867;RO=14;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813266;STB=0.545149;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0134901;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:17:6:5:9:17:6:5:9 chr8 52746153 . C T 261.29 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.000165195;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.861;QD=17.1339;RBI=0.0358051;REFB=-0.00956427;REVB=-0.0358047;RO=32;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428057;STB=0.502402;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00922993;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:32:29:29:0.47541:11:18:20:12:11:18:20:12 chr8 53537316 . A G 101.81 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.01967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.148;QD=8.85312;RBI=0.0317317;REFB=-0.0105416;REVB=0.0248996;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826728;STB=0.505043;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0266155;OID=.;OPOS=53537316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:18:15:6:7:18:15 chr8 53555069 . A G 206.5 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0166456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0976;QD=13.1112;RBI=0.0175155;REFB=-0.00785689;REVB=-0.00545111;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623551;STB=0.535686;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00932955;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:12:13:22:16:12:13:22:16 chr8 53586706 . A G 252.85 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0259258;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.313;QD=12.3343;RBI=0.0320256;REFB=-0.0104548;REVB=-0.0188013;RO=50;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201149;STB=0.625519;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0240654;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:50:52:30:30:0.365854:13:17:19:31:13:17:19:33 chr8 53852871 . A T 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0599234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8477;QD=22.5822;RBI=0.0722366;REFB=-0.0685636;REVB=0.0403399;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.02341;OID=.;OPOS=53852871;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr8 54745538 . C G 754.3 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3642;QD=56.9281;RBI=0.0493568;REFB=0;REVB=0.0193774;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000861226;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr8 55537278 . C T 130.58 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.025644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.962;QD=14.1164;RBI=0.0276079;REFB=-0.0192248;REVB=-0.0102264;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760533;STB=0.568869;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0308744;OID=.;OPOS=55537278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:22:14:15:0.405405:4:10:13:7:4:11:14:8 chr8 55586495 . C T 314.06 PASS AF=0.363636;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0386033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5739;QD=12.6894;RBI=0.039644;REFB=-0.0121566;REVB=-0.00902382;RO=62;SAF=13;SAR=22;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000549053;STB=0.513571;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0242759;OID=.;OPOS=55586495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:62:63:35:36:0.363636:22:13:23:39:23:13:24:39 chr8 55632762 . C T 1381.03 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386821;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.34;QD=62.7742;RBI=0.0388343;REFB=0;REVB=0.00343509;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05079e-05;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr8 56054696 . C T 184.79 PASS AF=0.642857;AO=14;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0113684;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.845;QD=26.399;RBI=0.0182176;REFB=-0.00491331;REVB=-0.0142352;RO=5;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166281;STB=0.504162;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0024981;OID=.;OPOS=56054696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:5:10:14:18:0.642857:10:4:3:2:11:7:4:6 chr8 56076708 . TTGC T 162.6 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00167038;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=3;MLLD=260.876;QD=19.1288;RBI=0.0220343;REFB=-0.0310085;REVB=0.0219709;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19318;STB=0.607453;STBP=0.137;TYPE=del;VARB=0.0221645;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:20:35:20:34:14:9:11:10:4:86:14:9:11:10:4 chr8 56076791 . G A 178.21 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0101055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.42;QD=14.8509;RBI=0.0398852;REFB=-0.00672395;REVB=0.0385837;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500627;STB=0.528971;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0090687;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:12:17:12:7:12:17 chr8 56651746 . G A 149.41 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00603476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.657;QD=28.4598;RBI=0.0384614;REFB=-0.0160248;REVB=-0.037985;RO=5;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960507;STB=0.519974;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00924009;OID=.;OPOS=56651746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:5:6:15:15:0.714286:6:9:4:1:6:9:4:2 chr8 56652048 . CAT C 593.4 PASS AF=0.452555;AO=58;DP=138;FAO=62;FDP=137;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0100335;FXX=0.021427;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.586;QD=17.3256;RBI=0.032091;REFB=-0.0104429;REVB=0.0304822;RO=73;SAF=30;SAR=28;SRF=45;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996657;STB=0.570602;STBP=0.152;TYPE=del;VARB=0.0146467;OID=.;OPOS=56652049;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452555:58:138:62:137:75:30:32:46:29:99:73:30:28:45:28 chr8 56657801 . C T 338.04 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0231266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4742;QD=28.7693;RBI=0.0305552;REFB=-0.00197142;REVB=-0.0199695;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228068;STB=0.62566;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000394918;OID=.;OPOS=56657801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:19:10:12:6:19:10:12:6 chr8 56686224 . T C 689.14 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3627;QD=62.6494;RBI=0.00224307;REFB=0;REVB=-0.00043488;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11407e-05;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr8 56711598 . TA T 33.33 PASS AF=0.375;AO=15;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.189908;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.0949;QD=4.16631;RBI=0.296652;REFB=-0.135769;REVB=-0.227899;RO=15;SAF=2;SAR=13;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641664;STB=0.849442;STBP=0.007;TYPE=del;VARB=0.0816546;OID=.;OPOS=56711599;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:15:32:12:32:20:2:10:15:5:33:15:2:13:13:2 chr8 56821700 . T G 770.87 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.63;QD=55.0618;RBI=0.0356877;REFB=-0.146116;REVB=0.0239093;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00110346;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:30:25:0:0:30:25:0:1 chr8 56821795 . T G 1259.85 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.888;QD=61.4559;RBI=0.0458476;REFB=0;REVB=0.00425394;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06576e-05;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:75:82:1:33:42:0:0:34:48:0:0 chr8 56821809 . C T 1194.33 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0185068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.579;QD=59.7164;RBI=0.0206362;REFB=-0.0252193;REVB=0.00912959;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.507245;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000546618;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:79:79:0.9875:34:45:0:0:34:45:0:1 chr8 56821945 . G A 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.284;QD=62.9812;RBI=0.0317555;REFB=0;REVB=0.0250982;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304507;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 56821962 . CT C,CC 615.78 PASS AF=0.238095,0.761905;AO=16,29;DP=46;FAO=10,32;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10,16;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959321,0.0851417;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.5058,103.332;QD=58.6459;RBI=0.0960367,0.0853287;REFB=0,0;REVB=-0.00448052,-0.00564601;RO=0;SAF=16,9;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0482207,0.0175919;OID=.,.;OPOS=56821963,56821963;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.238095,0.761905:16,29:46:10,32:42:0:10,16:0,16:0:0:27:0:16,9:0,20:0:0 chr8 57074194 . T C 253.46 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.000183249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.593;QD=12.8332;RBI=0.0284891;REFB=-0.0065466;REVB=0.0284885;RO=49;SAF=17;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193082;STB=0.597425;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00674854;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:49:29:30:0.379747:12:17:20:29:13:17:20:29 chr8 57075358 . TAAAAAC TAAA,TAAAAC,TTAAAAC 85.48 PASS AF=0.170732,0.243902,0.097561;AO=4,7,2;DP=36;FAO=7,10,4;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=6,1,0;FSAR=1,9,4;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0477108,0.118101,0.076694;FXX=0.127632;HRUN=5,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=36.3809,10.1109,10.2626;QD=8.3398;RBI=0.126901,0.196526,0.0785395;REFB=-0.0676719,-0.168189,-0.159946;REVB=-0.117591,-0.157082,0.0169258;RO=18;SAF=4,0,0;SAR=0,7,2;SRF=2;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.806145,-0.666102,-0.399966;STB=0.933623,0.5,0.995404;STBP=0.089,1,0.348;TYPE=del,del,snp;VARB=0.122071,0.0884901,0.096483;OID=.,.,.;OPOS=57075362,57075359,57075359;OREF=AAC,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAA,TAAAAC,TTAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.170732,0.243902,0.097561:4,7,2:36:7,10,4:41:20:6,1,0:1,9,4:2:18:31:18:4,0,0:0,7,2:2:16 chr8 57129291 . A T 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00427486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.992;QD=16.6186;RBI=0.00462694;REFB=-0.0185054;REVB=-0.00177035;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108685;STB=0.550976;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0216219;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:11:12:11:16:11:12:12:16 chr8 57358251 . C T 715.23 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.108;QD=62.1937;RBI=0.0883477;REFB=0;REVB=0.0400452;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872322;OID=.;OPOS=57358251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:24:22:0:0 chr8 57829649 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.276;QD=35.5759;RBI=0.0366947;REFB=0;REVB=-0.0343671;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999322;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr8 59060275 . A G 269.01 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0017341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.018;QD=22.4178;RBI=0.00258587;REFB=-0.0143549;REVB=-0.00191823;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105204;STB=0.559274;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00966039;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:23:24:25:0.520833:9:15:10:10:10:15:11:12 chr8 59061072 . T C 392.14 PASS AF=0.463918;AO=31;DP=84;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0181587;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.6235;QD=16.1707;RBI=0.0683525;REFB=-0.0629366;REVB=0.0658963;RO=34;SAF=8;SAR=23;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805181;STB=0.562934;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0304542;OID=.;OPOS=59061072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:97:34:52:31:45:0.463918:23:8:9:25:30:15:23:29 chr8 59361140 . TCAA T 162.85 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933513;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=271.627;QD=46.5283;RBI=0.0443245;REFB=0;REVB=0.0433304;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000162405;OID=.;OPOS=59361141;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:14:14:0:8:6:0:0:4:0:8:6:0:0 chr8 59496490 . A G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0116819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.836;QD=14.1955;RBI=0.0138697;REFB=-0.0301722;REVB=-0.00747684;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106901;STB=0.561963;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0503512;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:8:14:8:7:8:14 chr8 59512334 . G A 1431.13 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000760347;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.867;QD=60.8991;RBI=0.042168;REFB=-0.0431438;REVB=0.0421611;RO=2;SAF=47;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206008;STB=0.510867;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000361372;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:96:94:2:2:92:92:0.978723:45:47:0:2:45:47:0:2 chr8 59547804 . C A 192.75 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00197313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6274;QD=16.4038;RBI=0.02454;REFB=-0.0318731;REVB=-0.0244606;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119827;STB=0.534211;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.035622;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:19:20:0.425532:15:4:8:19:15:5:8:19 chr8 59571856 . A C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0172068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.947;QD=21.1692;RBI=0.0288273;REFB=-0.0669482;REVB=-0.0231288;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21311;STB=0.624624;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0458997;OID=.;OPOS=59571856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:2:1:5:2:2:1 chr8 61488824 . T C 1383.13 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118679;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.939;QD=62.8696;RBI=0.016515;REFB=0;REVB=-0.0114846;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30802e-07;OID=.;OPOS=61488824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:27:59:0:0:29:59:0:0 chr8 61488859 . A G 1607.02 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3495;QD=64.2809;RBI=0.0367578;REFB=0;REVB=0.00244693;RO=0;SAF=65;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262203;OID=.;OPOS=61488859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:35:65:0:0:35:65:0:0 chr8 62489334 . C T 143.23 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0949837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.469;QD=14.6904;RBI=0.101692;REFB=-0.00232299;REVB=-0.0363215;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231016;STB=0.513353;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00379124;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:13:3:4:19:13:3:4:19 chr8 62490978 . T C 297.53 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0411523;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8239;QD=14.6929;RBI=0.043052;REFB=-0.0386074;REVB=-0.0126477;RO=44;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327031;STB=0.534501;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0198164;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:44:47:34:34:0.419753:19:15:18:26:19:15:18:29 chr8 62491943 . G A 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0577471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2958;QD=21.1697;RBI=0.0612858;REFB=-0.0621825;REVB=0.0205239;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211319;STB=0.620483;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0341303;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:5:3:8:4:5:3 chr8 62491985 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0288967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.467;QD=14.6525;RBI=0.0899431;REFB=0.0146977;REVB=-0.0851747;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392076;STB=0.739831;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0238303;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:2:3:1:5:2:3 chr8 62544428 . G T 794.95 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.444;QD=63.5957;RBI=0.0832065;REFB=0;REVB=0.00477277;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820075;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:45:50:1:30:15:0:0:30:20:0:0 chr8 62595068 . C T 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.283;QD=60.6068;RBI=0.0198879;REFB=0;REVB=-0.0117626;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19957e-05;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr8 63659635 . G A 579.25 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.00975293;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5107;QD=22.0665;RBI=0.0260987;REFB=-0.012322;REVB=0.0242079;RO=47;SAF=29;SAR=28;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138606;STB=0.561884;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.012625;OID=.;OPOS=63659635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:57:58:0.552381:28:29:16:31:29:29:17:30 chr8 63942717 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.586;QD=51.1821;RBI=0.0642097;REFB=0;REVB=0.0487946;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106724;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr8 63951237 . C G,T 891.06 PASS AF=0.0483871,0.951613;AO=3,59;DP=62;FAO=3,59;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100741,0.0500153;FXX=0.0158705;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.873,65.6403;QD=57.4875;RBI=0.0102526,0.0641072;REFB=0,0;REVB=-0.00190461,0.0401024;RO=0;SAF=2,26;SAR=1,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.00382e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.167854,0.00157722;OID=.,.;OPOS=63951237,63951237;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:62:62:0:0:3,59:3,59:0.0483871,0.951613:1,33:2,26:0:0:1,33:2,26:0:0 chr8 63951312 . A C,G 369.99 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,25;DP=27;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0071499,0.0793865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.0349,148.33;QD=52.8557;RBI=0.0277549,0.08593;REFB=0,0;REVB=-0.0268182,-0.0328899;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.661e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0900758,0.000504369;OID=.,.;OPOS=63951312,63951312;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:27:28:0:0:2,25:1,27:0.0357143,0.964286:0,21:2,4:0:0:1,21:0,6:0:0 chr8 63978658 . TAA TA,T 129.27 PASS AF=1,0;AO=15,4;DP=27;FAO=27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892777,0.0514453;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.83528,9.36953;QD=19.1514;RBI=0.0996114,0.0558114;REFB=-0.0315035,-0.0284323;REVB=0.0441806,0.0216399;RO=4;SAF=1,2;SAR=14,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.504807,-0.201109;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00682939,0.0519218;OID=.,.;OPOS=63978659,63978659;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:15,4:27:27,0:27:0:7,0:20,0:0:0:4:4:1,2:14,2:3:1 chr8 64098729 . A AG 1148.96 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=84;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0339513;FXX=0.0595167;HRUN=0;LEN=1;MLLD=216.297;QD=58.1753;RBI=0.0601752;REFB=-0.132881;REVB=0.0496826;RO=6;SAF=36;SAR=39;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261046;STB=0.500825;STBP=0.87;TYPE=ins;VARB=0.00323589;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.974684:75:84:77:79:2:36:41:1:1:5:6:36:39:4:2 chr8 64122278 . T G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00203602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.08;QD=12.729;RBI=0.00690702;REFB=-0.00743557;REVB=-0.00660012;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.7268;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0191158;OID=.;OPOS=64122278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:3:9:3:6:3:9 chr8 64147395 . T C 481.93 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0186188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.184;QD=20.5075;RBI=0.0186697;REFB=-0.0316487;REVB=0.0013785;RO=47;SAF=25;SAR=22;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0321772;OID=.;OPOS=64147395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:22:25:25:22:22:25:25:22 chr8 64147448 . C T 207.9 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0175871;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.091;QD=23.7599;RBI=0.0202067;REFB=-0.0182997;REVB=-0.00995012;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223448;STB=0.599904;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0161079;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:15:19:20:0.571429:10:9:12:4:10:10:11:4 chr8 65290650 . C T 287.7 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00853296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.49;QD=20.9238;RBI=0.038157;REFB=-0.0345043;REVB=0.0371907;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056155;STB=0.537288;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0246242;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:17:12:12:13:18:12:12:13 chr8 66515783 . G A 404.84 PASS AF=0.66;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0310527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0497;QD=32.3872;RBI=0.0310539;REFB=0.0109229;REVB=-0.000274052;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157051;STB=0.595123;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0115557;OID=.;OPOS=66515783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:16:17:33:33:0.66:19:14:11:5:19:14:12:5 chr8 66516490 . C T 315.56 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00496274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4686;QD=24.2737;RBI=0.0148684;REFB=0.0010479;REVB=-0.0140157;RO=20;SAF=19;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255627;STB=0.630913;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00082912;OID=.;OPOS=66516490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:12:19:5:15:12:19:6:15 chr8 66517486 . C T 197.49 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=-0.012096;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2287;QD=17.9537;RBI=0.142537;REFB=-0.00145428;REVB=-0.142023;RO=22;SAF=13;SAR=7;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295181;STB=0.676655;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.00254894;OID=.;OPOS=66517486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:24:20:20:0.454545:7:13:20:2:7:13:22:2 chr8 66525548 . T C 188.69 PASS AF=0.692308;AO=14;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00882977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.744;QD=29.0284;RBI=0.0212896;REFB=-0.027289;REVB=0.0193722;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388347;STB=0.538419;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0135907;OID=.;OPOS=66525548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:6:8:14:18:0.692308:8:6:3:3:9:9:3:5 chr8 66683300 . T C 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0166429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3563;QD=14.1376;RBI=0.0299275;REFB=0.00299294;REVB=0.0248731;RO=20;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449731;STB=0.759651;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00622873;OID=.;OPOS=66683300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:4:10:5:15:4:10:5:15 chr8 67062066 . T G 224.78 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0107955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.469;QD=13.0307;RBI=0.0150391;REFB=-0.00719734;REVB=0.0104706;RO=42;SAF=4;SAR=22;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334231;STB=0.657988;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0137374;OID=.;OPOS=67062066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:22:4:16:26:22:5:16:26 chr8 67109101 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0483861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4387;QD=9.60079;RBI=0.0548482;REFB=0.0156061;REVB=0.0258284;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117703;STB=0.570092;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0316343;OID=.;OPOS=67109101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:10:7:19:18:10:7:19:18 chr8 67341378 . G A 459.02 PASS AF=0.312169;AO=57;DP=188;FAO=59;FDP=189;FR=.;FRO=130;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=69;FSRR=61;FWDB=0.00754515;FXX=0.00526288;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.853;QD=9.71475;RBI=0.0119944;REFB=-0.0184289;REVB=-0.00932393;RO=131;SAF=34;SAR=23;SRF=69;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084976;STB=0.531722;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0357551;OID=.;OPOS=67341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:131:130:57:59:0.312169:23:34:69:62:25:34:69:61 chr8 67380528 . T C 304.84 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00611777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.096;QD=20.3229;RBI=0.0277836;REFB=0.0430487;REVB=0.0271017;RO=26;SAF=17;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237552;STB=0.518856;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00864503;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:26:28:31:32:0.533333:14:17:15:11:15:17:16:12 chr8 68163686 . C T 169.22 PASS AF=0.375;AO=22;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0193501;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.673;QD=12.087;RBI=0.0193859;REFB=-0.00972304;REVB=0.0011761;RO=35;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217245;STB=0.617859;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0175166;OID=.;OPOS=68163686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:22:21:0.375:16:6:16:19:15:6:16:19 chr8 68494981 . C CATT 549.16 PASS AF=0.479339;AO=56;DP=124;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0248283;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=3;MLLD=251.294;QD=18.1541;RBI=0.0270672;REFB=-0.0109434;REVB=-0.0107793;RO=63;SAF=20;SAR=36;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148753;STB=0.586754;STBP=0.072;TYPE=ins;VARB=0.0109003;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479339:56:124:58:121:63:21:37:33:30:99:63:20:36:32:31 chr8 68864728 . G A 1616.82 PASS AF=1;AO=94;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.791;QD=59.882;RBI=0.101189;REFB=0;REVB=0.0467839;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100895;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:94:108:1:50:44:0:0:55:53:0:0 chr8 68993013 . AT GC 297.31 PASS AF=0.543478;AO=23;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0532002;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.776;QD=25.8528;RBI=0.0633551;REFB=-0.0639102;REVB=0.0344035;RO=16;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302011;STB=0.519984;STBP=0.792;TYPE=mnp;VARB=0.0441085;OID=.;OPOS=68993013;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:16:19:23:25:0.543478:11:12:9:7:12:13:9:10 chr8 69012364 . G A 112.45 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00355789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.171;QD=6.61495;RBI=0.0380886;REFB=-0.0129239;REVB=-0.037922;RO=50;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135085;STB=0.576761;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0357141;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:50:51:17:17:0.25:11:6:23:27:11:6:23:28 chr8 69020496 . T C 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0481811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9776;QD=10.6974;RBI=0.0481847;REFB=0.000776484;REVB=0.000586547;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319166;STB=0.688291;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.003272;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:10:22:6:9:10:22 chr8 69046409 . G A 299.18 PASS AF=0.37234;AO=33;DP=92;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.0156759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3622;QD=12.7312;RBI=0.0342675;REFB=-0.0111003;REVB=0.0304718;RO=59;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683935;STB=0.539002;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0557245;OID=.;OPOS=69046409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:59:59:33:35:0.37234:17:16:25:34:18:17:25:34 chr8 69136871 . T A 276.64 PASS AF=0.5;AO=29;DP=61;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0112535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.652;QD=17.8479;RBI=0.0115508;REFB=-0.0228056;REVB=0.00260351;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922242;STB=0.548356;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0250521;OID=.;OPOS=69136871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:31:29:31:0.5:16:13:17:14:17:14:17:14 chr8 69143589 . A G 396.34 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0130493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.086;QD=25.9896;RBI=0.0224998;REFB=-0.000135045;REVB=0.0183291;RO=22;SAF=13;SAR=25;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527442;STB=0.534752;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=4.95956e-05;OID=.;OPOS=69143589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:23:38:38:0.622951:25:13:6:16:25:13:6:17 chr8 69216990 . G A 179.62 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0228505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.952;QD=15.6189;RBI=0.0329407;REFB=-0.0107998;REVB=0.0237265;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389417;STB=0.522365;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0123231;OID=.;OPOS=69216990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:18:9:7:12:18:9 chr8 69699756 . G A 148.6 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.128078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3542;QD=10.8071;RBI=0.129118;REFB=-0.000534019;REVB=-0.016353;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154083;STB=0.59081;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00394767;OID=.;OPOS=69699756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:13:6:16:20:13:6:16:20 chr8 69730432 . G A 87.79 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0331027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5538;QD=9.49098;RBI=0.0805174;REFB=-0.0140092;REVB=-0.073398;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295482;STB=0.678277;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0181936;OID=.;OPOS=69730432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:37:37:22:25:11:12:0.324324:4:7:8:14:4:8:10:15 chr8 69730488 . G C 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0109596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.672;QD=10.1572;RBI=0.0143573;REFB=-0.0075391;REVB=-0.00927464;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2436;STB=0.644255;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0199362;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:9:22:7:7:9:22 chr8 70072423 . G A,T 755.18 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=50,2;DP=52;FAO=52,2;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515167,0.0463657;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.1448,40.7131;QD=55.9389;RBI=0.0515425,0.0621489;REFB=0,0;REVB=-0.00163008,0.0413849;RO=0;SAF=17,0;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56458e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00614004,0.127484;OID=.,.;OPOS=70072423,70072423;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:54:0:0:50,2:52,2:0.962963,0.037037:33,2:17,0:0:0:33,2:19,0:0:0 chr8 70571313 . G A 175.33 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00832147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8402;QD=13.2323;RBI=0.0236794;REFB=-0.0202673;REVB=-0.022169;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039234;STB=0.524062;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0266751;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:32:21:21:0.396226:13:8:10:19:13:8:11:21 chr8 70571531 . G A 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00508196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.477;QD=17.5396;RBI=0.0278189;REFB=-0.0267821;REVB=-0.0273507;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179384;STB=0.613893;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0143864;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:8:7:4:11:8:7:4:12 chr8 70571622 . A G 510.12 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00464996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.342;QD=20.821;RBI=0.00592823;REFB=-0.0175635;REVB=-0.00367719;RO=47;SAF=30;SAR=19;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184994;STB=0.602468;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0177881;OID=.;OPOS=70571622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:49:49:49:0.5:19:30:19:28:19:30:20:29 chr8 70573004 . G A 70.21 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0226893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.144;QD=6.24089;RBI=0.0268459;REFB=-0.008448;REVB=-0.0143492;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966674;STB=0.555446;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0338846;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:45:31:35:10:10:0.222222:5:5:18:13:5:5:20:15 chr8 70584628 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0624;QD=53.9093;RBI=0.0830042;REFB=0;REVB=-0.0385034;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963959;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr8 70602259 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1497;QD=37.4875;RBI=0.0538867;REFB=0;REVB=-0.0443807;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209166;OID=.;OPOS=70602259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr8 70602299 . A G 314.59 PASS AF=0.585366;AO=18;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0230364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7932;QD=30.6921;RBI=0.0327162;REFB=-0.00642911;REVB=-0.0232309;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179199;STB=0.568064;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0525789;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:12:13:18:24:0.585366:13:5:6:6:17:7:6:7 chr8 70602341 . A G 1998.79 PASS AF=0.922078;AO=140;DP=156;FAO=142;FDP=154;FR=.;FRO=12;FSAF=63;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0085105;FXX=0.0191071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.208;QD=51.9166;RBI=0.0834815;REFB=-0.0192166;REVB=0.0830465;RO=12;SAF=62;SAR=78;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016641;STB=0.508723;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00171579;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:154:12:12:140:142:0.922078:78:62:4:8:79:63:4:8 chr8 70602538 . T A 62.17 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1629;QD=35.5247;RBI=0.118726;REFB=0;REVB=0.00698082;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600364;OID=.;OPOS=70602538;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr8 70612637 . C A 501.68 PASS AF=0.972973;AO=32;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00144881;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.459;QD=54.2353;RBI=0.0153147;REFB=-0.109357;REVB=0.015246;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00334202;OID=.;OPOS=70612637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:0:1:32:36:0.972973:20:12:0:0:21:15:0:1 chr8 70612692 . G A 117.34 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0676256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7705;QD=33.5246;RBI=0.0829866;REFB=0.00347619;REVB=0.0480995;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0107084;OID=.;OPOS=70612692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:14:2:2:11:12:0.857143:5:6:1:1:6:6:1:1 chr8 70744812 . G A 955.33 PASS AF=1;AO=44;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9965;QD=57.0347;RBI=0.203136;REFB=0;REVB=0.195913;RO=0;SAF=37;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326865;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:44:67:1:7:37:0:0:29:38:0:0 chr8 70835081 . C T 385.23 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0167652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9805;QD=28.5353;RBI=0.0204455;REFB=-0.026326;REVB=-0.0117024;RO=17;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503513;STB=0.537169;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0186742;OID=.;OPOS=70835081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:18:36:36:0.666667:20:16:9:8:20:16:10:8 chr8 70964399 . A G 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152;QD=59.8178;RBI=0.0479263;REFB=0;REVB=-0.0450171;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00030226;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr8 70967607 . T C 164.2 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202656;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4195;QD=46.9137;RBI=0.0254512;REFB=0;REVB=0.015397;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151505;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr8 70970878 . G A 361.0 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00543094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0735;QD=15.1999;RBI=0.0182164;REFB=-0.00935947;REVB=0.0173879;RO=56;SAF=25;SAR=14;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0766945;STB=0.543456;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0116193;OID=.;OPOS=70970878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:14:25:32:24:14:25:32:24 chr8 70978690 . C T 42.67 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00609259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.022;QD=5.17222;RBI=0.0321471;REFB=-0.000253736;REVB=0.0315645;RO=26;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432901;STB=0.794968;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00695452;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:1:6:14:12:1:6:14:12 chr8 70980738 . T C 273.74 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00398713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.4331;QD=17.6609;RBI=0.00455425;REFB=-0.0106015;REVB=-0.0022009;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126936;STB=0.571221;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0113472;OID=.;OPOS=70980738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:19:11:16:16:19:11:16:16 chr8 71039118 . C G 143.35 PASS AF=0.516129;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00399747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.592;QD=18.4963;RBI=0.0344315;REFB=-0.0332612;REVB=0.0341987;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21079;STB=0.54745;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0304573;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:14:16:0.516129:3:11:9:6:5:11:9:6 chr8 71575184 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.061;QD=48.7365;RBI=0.0441629;REFB=0;REVB=-0.0437863;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000361222;OID=.;OPOS=71575184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr8 71646084 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0239496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.311;QD=15.2931;RBI=0.0299011;REFB=-0.01706;REVB=0.0179023;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136505;OID=.;OPOS=71646084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:3:6:6:3:3:6 chr8 72111599 . A G 742.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921905;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.534;QD=57.123;RBI=0.0130394;REFB=0;REVB=0.00922142;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125615;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr8 72129009 . G A,C 823.18 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=48,10;DP=58;FAO=54,4;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262642,0.0128826;FXX=0.0169463;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.0006,143.708;QD=56.7709;RBI=0.10448,0.0217967;REFB=0,0;REVB=0.101125,-0.0175822;RO=0;SAF=25,2;SAR=23,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000431349,0.0345563;OID=.,.;OPOS=72129009,72129009;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:58:58:0:0:48,10:54,4:0.931034,0.0689655:23,8:25,2:0:0:29,2:25,2:0:0 chr8 72211295 . T C 1455.46 PASS AF=0.625;AO=122;DP=198;FAO=125;FDP=200;FR=.;FRO=75;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0275981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.433;QD=29.1092;RBI=0.0318988;REFB=-0.0170834;REVB=0.0159963;RO=75;SAF=54;SAR=68;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764329;STB=0.501008;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00896239;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:75:75:122:125:0.625:68:54:34:41:68:57:34:41 chr8 72383124 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.488;QD=52.6132;RBI=0.0448185;REFB=0;REVB=0.0214168;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276325;OID=.;OPOS=72383124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr8 72727820 . C T 329.14 PASS AF=0.376238;AO=34;DP=100;FAO=38;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0531551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5159;QD=13.0354;RBI=0.0941813;REFB=-0.0089447;REVB=-0.0777473;RO=47;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123903;STB=0.598275;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0126947;OID=.;OPOS=72727820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:47:62:34:38:0.376238:14:20:22:25:16:22:26:36 chr8 72754502 . G A 303.61 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.023113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.849;QD=26.9878;RBI=0.023427;REFB=-0.0225898;REVB=-0.00382272;RO=17;SAF=18;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603127;STB=0.54835;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0248832;OID=.;OPOS=72754502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:9:18:10:7:9:18:10:8 chr8 72755647 . C CT 325.7 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.8716;QD=43.4261;RBI=0.0983659;REFB=0;REVB=-0.0937335;RO=5;SAF=17;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0133342;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:30:30:30:0:19:11:0:0:6:5:17:7:2:3 chr8 72935000 . C A,CTAA 573.81 PASS AF=0.0833333,0.791667;AO=4,36;DP=50;FAO=4,38;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=3,22;FSAR=1,16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00257395,0.00951453;FXX=0.020404;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=80.2635,199.881;QD=47.8174;RBI=0.0297636,0.0309321;REFB=0.0237981,-0.0275809;REVB=0.0296521,0.0294324;RO=7;SAF=3,20;SAR=1,16;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0448885,-0.0489294;STB=0.562171,0.512309;STBP=0.793,0.706;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0280755,0.00658405;OID=.,.;OPOS=72935000,72935001;OREF=C,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,CTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:50:48:7:6:4,36:4,38:0.0833333,0.791667:1,16:3,20:5:2:1,16:3,22:4:2 chr8 72935045 . G C 1175.19 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181032;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7505;QD=61.049;RBI=0.0665862;REFB=0;REVB=0.064078;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236396;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr8 72942210 . G T 306.27 PASS AF=1;AO=14;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8631;QD=53.2644;RBI=0.0489779;REFB=0;REVB=-0.00179143;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702539;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:14:23:1:7:7:0:0:15:8:0:0 chr8 72964965 . G A 165.33 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=75;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.017794;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.59;QD=8.70157;RBI=0.025721;REFB=-0.00887305;REVB=0.0185726;RO=52;SAF=14;SAR=8;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265143;STB=0.536343;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0178285;OID=.;OPOS=72964965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:52:53:22:23:0.302632:8:14:32:20:8:15:32:21 chr8 72966002 . G A 1122.32 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6231;QD=59.857;RBI=0.0991942;REFB=0;REVB=-0.0848152;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248408;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:40:33:0:0:40:35:0:0 chr8 72975801 . T G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300146;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=285.748;QD=57.8849;RBI=0.030444;REFB=0;REVB=-0.00509539;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88238e-05;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr8 72981327 . A G 1165.8 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0151779;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.006;QD=56.8683;RBI=0.0204213;REFB=-0.198317;REVB=0.0136624;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166031;STB=0.525417;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.000806066;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:82:1:3:78:79:0.963415:28:50:0:1:28:51:0:3 chr8 74005131 . A G 2660.41 PASS AF=0.99422;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00566018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8987;QD=61.5123;RBI=0.0282704;REFB=0.0160953;REVB=-0.0276979;RO=1;SAF=58;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419379;STB=0.502202;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000286631;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:172:173:1:1:171:172:0.99422:113:58:0:1:113:59:0:1 chr8 74005179 . T G 481.55 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=-0.00953604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.738;QD=20.4917;RBI=0.0189949;REFB=-0.0276154;REVB=-0.0164277;RO=47;SAF=13;SAR=34;SRF=9;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10133;STB=0.555797;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0280554;OID=.;OPOS=74005179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:34:13:9:38:34:13:9:38 chr8 74169337 . T C 295.65 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0347217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.767;QD=17.918;RBI=0.0740453;REFB=0.0503472;REVB=0.0653997;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813212;STB=0.545426;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0483066;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:14:20:16:16:14:20 chr8 74234185 . G A 361.86 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0107492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.78;QD=25.8473;RBI=0.0204146;REFB=-0.0279659;REVB=0.0173554;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101662;STB=0.555525;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0140381;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:15:20:15:6:15:20:15:6 chr8 74527996 . C T 364.97 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.315;QD=52.1385;RBI=0.0268324;REFB=-0.0569124;REVB=-0.0174408;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000738994;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:18:9:0:1:18:9:0:1 chr8 74581290 . A AG 508.11 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0514441;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=243.369;QD=56.457;RBI=0.0618877;REFB=-0.0575217;REVB=0.0344034;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=ins;VARB=0.00168927;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.972222:35:36:35:36:1:19:16:0:1:5:1:19:16:0:1 chr8 74893452 . A G 109.01 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0124959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.612;QD=14.0664;RBI=0.0128401;REFB=-0.00721816;REVB=-0.00295304;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0123163;OID=.;OPOS=74893452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:6:6:8:10:6:7:8:10 chr8 74893821 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00618759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.42;QD=13.4555;RBI=0.00829471;REFB=-0.0165759;REVB=0.00552412;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350968;STB=0.704349;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0200506;OID=.;OPOS=74893821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:11:4:7:4:11:4 chr8 74893850 . C G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0359861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.211;QD=12.0516;RBI=0.0395362;REFB=-0.0118405;REVB=-0.0163741;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196246;STB=0.631314;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0243416;OID=.;OPOS=74893850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:4:5:9:3:4:5:10:3 chr8 74893880 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0101927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.82;QD=7.83716;RBI=0.0399867;REFB=-0.00655739;REVB=0.0386658;RO=16;SAF=6;SAR=1;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508484;STB=0.785315;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0130995;OID=.;OPOS=74893880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:1:6:16:0:1:6:16:0 chr8 74894627 . G A 45.33 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0652309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.089;QD=8.24222;RBI=0.0747232;REFB=-0.00999892;REVB=-0.0364484;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.03977;OID=.;OPOS=74894627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:7:8:3:4:7:8 chr8 74917084 . A G 918.85 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0182;QD=57.4283;RBI=0.0251752;REFB=0;REVB=-0.000270339;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302482;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:1:0:63:64:1:36:27:0:1:37:27:0:0 chr8 74960935 . G A 237.87 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.109086;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.368;QD=19.4176;RBI=0.109548;REFB=-0.0459845;REVB=-0.01005;RO=23;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026797;STB=0.531222;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0379061;OID=.;OPOS=74960935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:26:21:23:0.469388:16:5:5:18:17:6:8:18 chr8 74991826 . G C 146.72 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.000312982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5871;QD=9.16982;RBI=0.00679878;REFB=-0.00863099;REVB=0.00679157;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148591;STB=0.576849;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0307217;OID=.;OPOS=74991826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:11:9:14:29:11:9:15:29 chr8 75262798 . G C 897.02 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1627;QD=57.8725;RBI=0.0762652;REFB=0;REVB=0.0762105;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107342;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:38:23:0:0:38:24:0:0 chr8 75274141 . T G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.637;QD=59.4356;RBI=0.0229101;REFB=0;REVB=0.0219265;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105917;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr8 75460784 . T G,TG 1428.86 PASS AF=0,1;AO=6,86;DP=137;FAO=0,106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41;FSAR=0,65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647901,-0.0156353;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=9.29528,21.8726;QD=53.9193;RBI=0.0742483,0.0441255;REFB=0,0;REVB=0.0362637,0.0412626;RO=37;SAF=2,32;SAR=4,54;SRF=29;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.511409,-0.230963;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0225859,6.97448e-05;OID=.,.;OPOS=75460784,75460785;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:8:137:106:37:0:6,86:0,106:0,1:4,54:2,32:29:8:0,65:0,41:0:0 chr8 75460789 . A AG 1019.14 PASS AF=1;AO=83;DP=101;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987648;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.9622;QD=42.9113;RBI=0.110413;REFB=0;REVB=-0.0493615;RO=13;SAF=31;SAR=52;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00181913;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:83:101:95:95:0:40:55:0:0:19:13:31:52:6:7 chr8 75614614 . C A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00394379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0475;QD=10.5411;RBI=0.0297595;REFB=-0.00175798;REVB=0.0294971;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075548;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00640683;OID=.;OPOS=75614614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:11:10:6:5:11:10 chr8 75614617 . A G 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0254223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2364;QD=28.4026;RBI=0.0762893;REFB=0.0175799;REVB=0.0719288;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430355;STB=0.523787;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.00797442;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:10:11:5:6:10:11:5:6 chr8 75664694 . CA C,CC 264.77 PASS AF=0.479167,0.0625;AO=21,3;DP=46;FAO=23,3;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=17,2;FSAR=6,1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.034865,0.0287847;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.402,224.234;QD=22.064;RBI=0.0366418,0.0290022;REFB=-0.0353919,-0.0296223;REVB=-0.0112717,-0.00354543;RO=21;SAF=16,2;SAR=5,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.202691,0.107737;STB=0.586128,0.570941;STBP=0.299,0.904;TYPE=del,snp;VARB=0.0297137,0.0258471;OID=.,.;OPOS=75664695,75664695;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.479167,0.0625:21,3:46:23,3:48:22:17,2:6,1:13:9:99:21:16,2:5,1:12:9 chr8 76452313 . G A 80.83 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0439749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6123;QD=7.88572;RBI=0.0647425;REFB=-0.0226821;REVB=0.0475164;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163555;STB=0.601622;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0767725;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:7:4:15:15:7:4:15:15 chr8 76468282 . G A 435.35 PASS AF=0.359155;AO=51;DP=144;FAO=51;FDP=142;FR=.;FRO=91;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0433153;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4765;QD=12.2632;RBI=0.0536302;REFB=-0.0247369;REVB=-0.0316224;RO=84;SAF=24;SAR=27;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069299;STB=0.508302;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0365378;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:84:91:51:51:0.359155:27:24:39:45:27:24:44:47 chr8 76476396 . G A 137.09 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00951649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3807;QD=8.70404;RBI=0.0426577;REFB=0.00706263;REVB=-0.0415827;RO=43;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152121;STB=0.581311;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.0183598;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:44:19:19:0.301587:10:9:26:17:10:9:26:18 chr8 76476457 . G A 127.35 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0558992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.574;QD=9.26192;RBI=0.0559799;REFB=-0.00914925;REVB=-0.0030037;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132461;STB=0.561482;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0218606;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:16:17:0.309091:6:10:19:18:7:10:19:19 chr8 76478768 . C T 625.92 PASS AF=0.295775;AO=84;DP=284;FAO=84;FDP=284;FR=.;FRO=200;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=96;FSRR=104;FWDB=-0.0248134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.164;QD=8.8158;RBI=0.028439;REFB=-0.010966;REVB=-0.0138952;RO=198;SAF=39;SAR=45;SRF=95;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188041;STB=0.511103;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0282806;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:284:198:200:84:84:0.295775:45:39:95:103:45:39:96:104 chr8 77048621 . C A 168.46 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00654103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.483;QD=10.3665;RBI=0.0230923;REFB=-0.00108717;REVB=-0.0221466;RO=42;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492338;STB=0.522958;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00191424;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:15:7:15:27:15:7:15:28 chr8 77745635 . G A 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0394586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.646;QD=25.8108;RBI=0.0399176;REFB=-0.0138912;REVB=0.00603598;RO=25;SAF=19;SAR=21;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352389;STB=0.501927;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00884354;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:21:19:12:13:21:19:12:13 chr8 77768390 . T G 441.21 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=95;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.0188364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.379;QD=18.3837;RBI=0.0195936;REFB=-0.0192052;REVB=-0.00539419;RO=49;SAF=18;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412028;STB=0.526304;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0272894;OID=.;OPOS=77768390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:51:44:45:0.46875:26:18:18:31:27:18:18:33 chr8 77777735 . C G 107.03 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00376243;FXX=0.0975372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.095;QD=11.5703;RBI=0.0315684;REFB=0.00802976;REVB=-0.0313434;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596839;STB=0.587472;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00779829;OID=.;OPOS=77777735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:37:20:24:11:11:0.297297:6:5:8:12:6:5:14:10 chr8 77778119 . G T 92.97 PASS AF=0.3;AO=10;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0196869;FXX=0.0697512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.908;QD=9.29719;RBI=0.0202479;REFB=-0.000261673;REVB=0.00473326;RO=29;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388269;STB=0.760977;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000589615;OID=.;OPOS=77778119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:40:29:28:10:12:0.3:9:1:9:20:11:1:8:20 chr8 77895865 . A G,T 385.47 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207335,-0.0268744;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=243.153,166.29;QD=55.0675;RBI=0.0259524,0.027932;REFB=0,0;REVB=0.0156093,0.00761323;RO=0;SAF=9,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00024434,0.0747143;OID=.,.;OPOS=77895865,77895865;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:17,2:9,0:0:0:17,2:9,0:0:0 chr8 77912148 . G A 141.83 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0703383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2621;QD=6.52102;RBI=0.0771173;REFB=0.00659219;REVB=-0.0316167;RO=65;SAF=6;SAR=15;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970381;STB=0.555501;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0225682;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:65:66:21:21:0.241379:15:6:23:42:15:6:23:43 chr8 79610710 . A G 401.3 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.341;QD=55.3514;RBI=0.0353353;REFB=0;REVB=0.0350164;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045196;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr8 80941997 . T C 262.57 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.012732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3234;QD=20.1979;RBI=0.0227233;REFB=-0.0413096;REVB=-0.0188214;RO=24;SAF=8;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471938;STB=0.526297;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.025842;OID=.;OPOS=80941997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:20:8:8:16:20:8:8:16 chr8 80949457 . C T 113.76 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.011473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.828;QD=5.54923;RBI=0.0302106;REFB=-0.00405344;REVB=-0.0279473;RO=64;SAF=10;SAR=8;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184707;STB=0.614849;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.014832;OID=.;OPOS=80949457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:8:10:26:38:8:10:26:38 chr8 81116920 . G C 254.51 PASS AF=0.5;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00144375;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7686;QD=21.2088;RBI=0.0197223;REFB=0.0121167;REVB=0.0196694;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957053;STB=0.545416;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0114456;OID=.;OPOS=81116920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:24:24:24:0.5:16:8:10:13:16:8:10:14 chr8 81884480 . G C 95.97 PASS AF=0.375;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00500182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.028;QD=11.9968;RBI=0.00572618;REFB=0.0103246;REVB=-0.00278763;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159493;STB=0.531198;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0211206;OID=.;OPOS=81884480;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:32:15:20:12:12:0.375:6:6:5:10:6:6:9:11 chr8 82355621 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0464775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4404;QD=9.75908;RBI=0.0513234;REFB=0.00506375;REVB=-0.0217701;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497435;STB=0.810067;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00605614;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:9:2:5:2:10:2 chr8 82357112 . T C 753.39 PASS AF=0.663366;AO=67;DP=101;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00172034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.732;QD=29.8372;RBI=0.00602155;REFB=-0.0145985;REVB=-0.00577058;RO=34;SAF=38;SAR=29;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423392;STB=0.522877;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00733916;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:34:34:67:67:0.663366:29:38:17:17:29:38:17:17 chr8 82633452 . C G 350.33 PASS AF=0.486842;AO=38;DP=73;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=-0.0207718;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.468;QD=18.4384;RBI=0.0308784;REFB=-0.0317308;REVB=-0.0228475;RO=34;SAF=26;SAR=12;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215944;STB=0.509429;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0269289;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:34:39:38:37:0.486842:12:26:24:10:11:26:28:11 chr8 85833168 . A G 91.86 PASS AF=0.3;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0116443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0571;QD=9.1858;RBI=0.0198236;REFB=-0.0247781;REVB=-0.0160433;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135506;STB=0.607261;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0571505;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:40:40:28:28:11:12:0.3:5:6:12:16:5:7:12:16 chr8 85833439 . A G 195.44 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.013733;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.302;QD=15.3286;RBI=0.0465221;REFB=-0.0460404;REVB=-0.0444489;RO=22;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211772;STB=0.578153;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0551056;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:27:21:21:0.411765:15:6:11:11:15:6:11:16 chr8 86126827 . C CAACATT,T 599.35 PASS AF=0.857143,0.0204082;AO=37,4;DP=50;FAO=42,1;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=19,0;FSAR=23,1;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0142191,-0.060821;FXX=0.019996;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=224.19,50.5012;QD=48.9262;RBI=0.0255779,0.0677603;REFB=0.0160784,0.0155917;REVB=0.0212614,0.0298706;RO=6;SAF=18,1;SAR=19,3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133135,-0.623982;STB=0.56815,0.997093;STBP=0.029,0.064;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00223517,-0.0632936;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:50:49:6:6:37,4:42,1:0.857143,0.0204082:19,3:18,1:6:0:23,1:19,0:6:0 chr8 86240815 . C G 324.88 PASS AF=0.265537;AO=44;DP=177;FAO=47;FDP=177;FR=.,HEALED;FRO=130;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=60;FSRR=70;FWDB=-0.0468832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.577;QD=7.34194;RBI=0.0592032;REFB=-0.0184182;REVB=-0.0361523;RO=110;SAF=19;SAR=25;SRF=57;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104925;STB=0.526818;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0501404;OID=.;OPOS=86240815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:110:130:44:47:0.265537:25:19:57:53:27:20:60:70 chr8 86385657 . A G 173.38 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0055514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.638;QD=16.1286;RBI=0.0151308;REFB=-0.0125646;REVB=0.0140756;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297626;STB=0.512643;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0153431;OID=.;OPOS=86385657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:16:17:0.395349:10:6:8:15:11:6:8:16 chr8 86389459 . G A 201.01 PASS AF=0.275229;AO=26;DP=105;FAO=30;FDP=109;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0530373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6674;QD=7.37659;RBI=0.0530633;REFB=-0.00735544;REVB=-0.00165945;RO=78;SAF=11;SAR=15;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14234;STB=0.55606;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0170558;OID=.;OPOS=86389459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:109:78:79:26:30:0.275229:15:11:42:36:16:14:43:36 chr8 86747791 . C CA 52.22 PASS AF=0.777778;AO=3;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.0276;QD=23.2074;RBI=0.000909656;REFB=-0.0793937;REVB=0.000909656;RO=6;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0478062;OID=.;OPOS=86747792;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:3:9:7:9:2:0:7:0:2:10:6:0:3:0:6 chr8 87076520 . C A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0246785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.411;QD=12.2129;RBI=0.027229;REFB=-0.0215605;REVB=0.0115062;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218069;STB=0.628624;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0294126;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:13:9:8:5:13:9 chr8 87226642 . C T 88.16 PASS AF=0.647059;AO=3;DP=9;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0522113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.045;QD=20.7437;RBI=0.141153;REFB=-0.0846966;REVB=0.131141;RO=6;SAF=3;SAR=0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711122;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0614981;OID=.;OPOS=87226642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:9:17:6:6:3:11:0.647059:0:3:2:4:3:8:2:4 chr8 87229702 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.012545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.512;QD=5.53946;RBI=0.0149839;REFB=-0.0111307;REVB=0.00819388;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138426;STB=0.588039;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0241555;OID=.;OPOS=87229702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:2:6:24:5:2:6:24:5 chr8 87229739 . C T 144.96 PASS AF=0.30303;AO=21;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0249966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8846;QD=8.78561;RBI=0.0457792;REFB=0.00419907;REVB=-0.0383523;RO=44;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00124551;STB=0.519797;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0135264;OID=.;OPOS=87229739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:46:21:20:0.30303:11:10:21:23:11:9:22:24 chr8 87241847 . G A 192.99 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0271648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3186;QD=10.0253;RBI=0.073822;REFB=-0.00944072;REVB=-0.0686423;RO=50;SAF=10;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137887;STB=0.593675;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0105606;OID=.;OPOS=87241847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:50:52:25:25:0.324675:15:10:26:24:15:10:28:24 chr8 87474085 . A G 143.22 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0220513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6905;QD=14.6889;RBI=0.0337043;REFB=-0.0124283;REVB=0.0254896;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409559;STB=0.523779;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0220985;OID=.;OPOS=87474085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:8:15:11:5:8:15 chr8 87479810 . C T 242.39 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00170349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.525;QD=14.9162;RBI=0.0342379;REFB=0.00187392;REVB=-0.0341954;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139248;STB=0.578891;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00562398;OID=.;OPOS=87479810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:16:21:12:16:16:21 chr8 87480890 . C T 381.55 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00553898;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.955;QD=16.9576;RBI=0.0232037;REFB=-0.0234369;REVB=-0.0225329;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167249;STB=0.511106;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0277499;OID=.;OPOS=87480890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:50:39:40:0.444444:19:20:27:24:20:20:26:24 chr8 87484669 . C T 58.74 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0765531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.7893;QD=9.0371;RBI=0.0781995;REFB=-0.00698273;REVB=0.0159621;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351886;STB=0.731229;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0137749;OID=.;OPOS=87484669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:25:26:17:17:8:9:0.346154:5:3:12:5:6:3:12:5 chr8 87489562 . AACAC AAACA,AAC 171.47 PASS AF=0.05,0.316667;AO=3,17;DP=64;FAO=3,19;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=2,12;FSAR=1,7;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0183375,-0.014705;FXX=0.0624902;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=250.221,244.006;QD=11.4314;RBI=0.0200002,0.017774;REFB=-0.0136926,-0.0176221;REVB=-0.00798397,-0.00998379;RO=37;SAF=2,11;SAR=1,6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.254384,0.275492;STB=0.717376,0.63956;STBP=0.518,0.139;TYPE=mnp,del;VARB=0.0655048,0.0258761;OID=.,.;OPOS=87489564,87489563;OREF=CAC,AC;OALT=ACA,-;OMAPALT=AAACA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.316667:3,17:64:3,19:60:38:2,12:1,7:16:22:99:37:2,11:1,6:15:22 chr8 87497176 . G A 116.63 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0820002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.118;QD=11.6631;RBI=0.0823778;REFB=-0.00757086;REVB=-0.00787839;RO=26;SAF=1;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587302;STB=0.861596;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0340665;OID=.;OPOS=87497176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:13:1:12:14:13:1:12:14 chr8 87567193 . C T 256.28 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.103648;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2885;QD=19.7135;RBI=0.104027;REFB=-0.0339841;REVB=0.00887513;RO=25;SAF=6;SAR=21;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298548;STB=0.668206;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.023446;OID=.;OPOS=87567193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:21:6:13:12:21:6:13:12 chr8 87573317 . G A 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00319751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.385;QD=8.99492;RBI=0.0157066;REFB=-0.0108493;REVB=-0.0153777;RO=29;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304017;STB=0.518488;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0277515;OID=.;OPOS=87573317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:8:4:9:20:8:4:9:20 chr8 87581566 . A G 89.22 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0040246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.278;QD=15.5166;RBI=0.019683;REFB=-0.00122666;REVB=-0.0192671;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00125112;OID=.;OPOS=87581566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr8 87588043 . C T 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.0173774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.151;QD=8.08922;RBI=0.0272923;REFB=0.00567277;REVB=-0.021045;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082826;STB=0.505143;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0294096;OID=.;OPOS=87588043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:2:7:17:5:2:7:17:5 chr8 87666251 . T G 715.13 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0348937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.737;QD=60.8623;RBI=0.0707624;REFB=-0.0410872;REVB=0.0615609;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000640027;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:0:1:28:18:0:1 chr8 87679303 . A C 1202.0 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00261158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5849;QD=57.238;RBI=0.0312756;REFB=-0.130713;REVB=0.0311664;RO=2;SAF=27;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429257;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:84:2:3:81:81:0.964286:54:27:1:1:54:27:1:2 chr8 88622043 . T A,G 544.82 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,27;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158259,0.0240178;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.1233,100.389;QD=58.8995;RBI=0.018578,0.0481802;REFB=0,0;REVB=-0.0097306,0.0417669;RO=0;SAF=1,27;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0766222,0.00311199;OID=.,.;OPOS=88622043,88622043;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:1,8:1,27:0:0:1,8:1,27:0:0 chr8 89081730 . T C 853.88 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109709;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5353;QD=57.8898;RBI=0.111016;REFB=0;REVB=0.016985;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118904;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:44:15:0:0:44:15:0:0 chr8 90802491 . A G 187.35 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0517425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.176;QD=14.6942;RBI=0.0518144;REFB=-0.0129403;REVB=-0.00272852;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377977;STB=0.521718;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0192186;OID=.;OPOS=90802491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:11:19:14:7:11:19 chr8 90938629 . T C 407.83 PASS AF=0.406593;AO=26;DP=92;FAO=37;FDP=91;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.011874;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.612;QD=17.9264;RBI=0.0554065;REFB=-0.0278102;REVB=0.0541192;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257711;STB=0.650645;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0561943;OID=.;OPOS=90938629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:32:47:26:37:0.406593:18:8:18:14:22:15:32:15 chr8 90958422 . T C 286.38 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0200179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.034;QD=15.692;RBI=0.0460097;REFB=-0.00406773;REVB=0.0414268;RO=41;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10669;STB=0.56024;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00870119;OID=.;OPOS=90958422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:19:13:21:20:19:13:21:20 chr8 90967711 . A G 961.62 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.845;QD=57.4099;RBI=0.10387;REFB=0;REVB=0.0103463;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136835;OID=.;OPOS=90967711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:64:67:1:41:23:1:0:41:26:0:0 chr8 90990479 . C G 335.28 PASS AF=0.284848;AO=47;DP=165;FAO=47;FDP=165;FR=.;FRO=118;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=0.0056781;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.012;QD=8.12789;RBI=0.00651028;REFB=-0.00426604;REVB=-0.00318478;RO=116;SAF=28;SAR=19;SRF=44;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257791;STB=0.649951;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0114667;OID=.;OPOS=90990479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:116:118:47:47:0.284848:19:28:44:72:19:28:45:73 chr8 90995019 . C T 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0211864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.962;QD=14.8514;RBI=0.0322443;REFB=-0.00367084;REVB=-0.024307;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181067;STB=0.60548;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00832846;OID=.;OPOS=90995019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:5:14:17:12:5:14:17:12 chr8 91940446 . C T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00948739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.765;QD=14.6657;RBI=0.00977592;REFB=-0.00876272;REVB=0.00235757;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243126;STB=0.641318;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00755479;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:9:12:5:10:9:12 chr8 91971072 . A ATTCT 97.28 PASS AF=0.309524;AO=11;DP=45;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00319635;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.541;QD=9.26472;RBI=0.00331755;REFB=-0.00400183;REVB=-0.000888528;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332627;STB=0.751483;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.00964557;OID=.;OPOS=91971073;OREF=-;OALT=TTCT;OMAPALT=ATTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524:11:45:13:42:29:10:3:12:17:97:31:8:3:14:17 chr8 91990893 . G A 169.23 PASS AF=0.45;AO=19;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0130693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3458;QD=16.9232;RBI=0.0669853;REFB=-0.0217988;REVB=-0.065698;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159169;STB=0.633989;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0196031;OID=.;OPOS=91990893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:19:18:0.45:13:6:10:11:13:5:11:11 chr8 92008041 . GT AT,GAT,TA 31.83 PASS AF=0,0.162162,0.0540541;AO=2,7,2;DP=37;FAO=0,6,2;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=0,5,2;FSAR=0,1,0;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0203171,-0.0148547,0.0302529;FXX=0;HRUN=4,0,4;LEN=1,1,2;MLLD=105.624,98.2812,176.047;QD=3.4413;RBI=0.0203402,0.0150754,0.0311416;REFB=-0.00470744,-0.00667801,0.00115902;REVB=-0.000970191,-0.00256965,-0.00738656;RO=24;SAF=1,6,2;SAR=1,1,0;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.119873,0.55898,0.547397;STB=0.5,0.82414,0.995198;STBP=1,0.107,0.131;TYPE=snp,ins,mnp;VARB=0.0994584,0.125881,0.0943039;OID=.,.,.;OPOS=92008041,92008042,92008041;OREF=G,-,GT;OALT=A,A,TA;OMAPALT=AT,GAT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:37:37:24:29:2,7,2:0,6,2:0,0.162162,0.0540541:1,1,0:1,6,2:9:15:0,1,0:0,5,2:13:16 chr8 92083424 . A G 1062.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.671;QD=59.8487;RBI=0.0607364;REFB=0;REVB=0.0559498;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560004;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr8 92136728 . C T 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00382462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.01;QD=55.4104;RBI=0.0179112;REFB=-0.0153984;REVB=0.0174981;RO=1;SAF=37;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125779;STB=0.506664;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000418295;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:20:37:1:0:20:37:1:0 chr8 92409733 . ACT ACTA,CAT,CTA 31.14 PASS AF=0.0652174,0.0434783,0.0652174;AO=10,2,6;DP=47;FAO=3,2,3;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=2,2,2;FSAR=1,0,1;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.034583,-0.105914,-0.0490355;FXX=0.0212721;HRUN=0,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=51.767,107.469,59.6308;QD=2.70823;RBI=0.122377,0.107298,0.111299;REFB=-0.015111,-0.00545176,-0.0143036;REVB=-0.117389,-0.0171764,-0.0999149;RO=26;SAF=3,2,2;SAR=7,0,4;SRF=21;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.543724,0.372715,-0.532618;STB=0.560985,0.993817,0.560985;STBP=0.9,0.2,0.9;TYPE=ins,mnp,mnp;VARB=0.0595275,0.114055,-0.0162834;OID=.,.,.;OPOS=92409736,92409733,92409733;OREF=-,AC,ACT;OALT=A,CA,CTA;OMAPALT=ACTA,CAT,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:46:26:38:10,2,6:3,2,3:0.0652174,0.0434783,0.0652174:7,0,4:3,2,2:21:5:1,0,1:2,2,2:23:15 chr8 92971404 . GT G 137.16 PASS AF=0.952381;AO=16;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.283315;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1645;QD=26.1259;RBI=0.287193;REFB=0.109473;REVB=-0.0470404;RO=2;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609953;STB=0.515137;STBP=0.648;TYPE=del;VARB=-0.0171405;OID=.;OPOS=92971405;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:16:21:20:21:1:4:16:0:1:4:2:2:14:0:2 chr8 94744813 . C T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0928165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7603;QD=17.3781;RBI=0.0929398;REFB=-0.0715553;REVB=-0.00478632;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0203511;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:4:6:7:4:4:6 chr8 94745050 . T C 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00148076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.768;QD=12.0239;RBI=0.00534103;REFB=-0.0294257;REVB=-0.00513167;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386567;STB=0.749531;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.032987;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:2:10:10:9:2:10:10:10 chr8 94745386 . G T 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.06523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9196;QD=12.0508;RBI=0.0664536;REFB=-0.0073411;REVB=-0.0126936;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372698;STB=0.707368;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00506253;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:2:7:5:7:2:7:6:7 chr8 94746698 . G T 81.14 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0168117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.535;QD=14.1109;RBI=0.0192624;REFB=-0.0166797;REVB=0.00940252;RO=10;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166059;STB=0.58676;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0180019;OID=.;OPOS=94746698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:23:10:12:9:10:0.434783:1:8:8:2:1:9:10:2 chr8 94752754 . G A 532.13 PASS AF=0.520833;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00464823;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.972;QD=22.1721;RBI=0.008634;REFB=-0.0143414;REVB=0.00727599;RO=47;SAF=22;SAR=27;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110929;STB=0.550313;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0125133;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:47:46:49:50:0.520833:27:22:27:20:27:23:26:20 chr8 94794620 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.544;QD=57.6774;RBI=0.0603067;REFB=0;REVB=0.0403589;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343406;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr8 94808165 . A G 874.28 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335434;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6766;QD=56.4049;RBI=0.036766;REFB=0.120944;REVB=-0.0150525;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00241164;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:0:1:61:61:0.983871:36:25:0:0:36:25:1:0 chr8 94827660 . A C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0442469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.52;QD=15.6427;RBI=0.0506622;REFB=-0.00498903;REVB=-0.0246752;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332106;STB=0.691165;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0124392;OID=.;OPOS=94827660;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:6:14:11:18:6:14:11:18 chr8 94935937 . T C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0341242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9776;QD=9.25787;RBI=0.0474352;REFB=0.00181666;REVB=0.0329489;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116751;STB=0.571306;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00581513;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:8:4:12:16:8:4:12:16 chr8 94936532 . G C 240.14 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.010231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.124;QD=16.5616;RBI=0.0106607;REFB=-0.0159357;REVB=-0.00299634;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226867;STB=0.501278;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0168078;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:15:16:14:13:15:16 chr8 95143172 . T G 323.07 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080223;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.147;QD=53.845;RBI=0.00955572;REFB=0;REVB=-0.00519177;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32833e-06;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:21:24:1:9:12:0:0:12:12:0:0 chr8 95143186 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.073;QD=52.6131;RBI=0.0482711;REFB=0;REVB=0.0271904;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118519;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr8 95158382 . C T 610.28 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00293525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.312;QD=56.7704;RBI=0.0333957;REFB=-0.0626425;REVB=0.0332665;RO=2;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407438;STB=0.521729;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000445414;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:22:18:0:2:22:19:0:2 chr8 95186382 . G A 290.11 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00072243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.877;QD=16.5778;RBI=0.0655797;REFB=-0.0153121;REVB=0.0655758;RO=37;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000836016;STB=0.506489;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0184662;OID=.;OPOS=95186382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:32:32:0.457143:19:13:15:22:19:13:15:23 chr8 95188850 . T C 2116.24 PASS AF=0.978571;AO=137;DP=140;FAO=137;FDP=140;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00315992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.896;QD=60.4641;RBI=0.00682406;REFB=-0.0702046;REVB=-0.00604836;RO=1;SAF=64;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737039;STB=0.502881;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.000537102;OID=.;OPOS=95188850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:140:140:1:3:137:137:0.978571:73:64:1:0:73:64:1:2 chr8 95416309 . T A 93.59 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0183453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0825;QD=10.1184;RBI=0.0410001;REFB=-0.0184921;REVB=0.0366668;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124976;STB=0.574352;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0757163;OID=.;OPOS=95416309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:19:6:4:8:19:6 chr8 95419698 . A G 291.39 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=35;FWDB=0.000452242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.637;QD=10.0478;RBI=0.0172667;REFB=-0.00442315;REVB=-0.0172608;RO=73;SAF=19;SAR=19;SRF=40;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546682;STB=0.534465;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0098081;OID=.;OPOS=95419698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:78:38:38:0.327586:19:19:40:33:19:19:43:35 chr8 95541302 . A G 45.94 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0561022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.529;QD=9.1881;RBI=0.0689943;REFB=-0.0319819;REVB=0.0401592;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0305915;OID=.;OPOS=95541302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:8:5:2:5:8:5 chr8 95541371 . T A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00791338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.165;QD=14.6497;RBI=0.0625574;REFB=-0.0136636;REVB=0.0620549;RO=19;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198528;STB=0.617456;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0162868;OID=.;OPOS=95541371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:2:12:14:5:2:12:14:5 chr8 95559092 . T C 155.42 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000617111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.454;QD=15.1625;RBI=0.0196752;REFB=-0.0128194;REVB=-0.0196655;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298214;STB=0.517221;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0193506;OID=.;OPOS=95559092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:12:12:8:9:12:12 chr8 95668231 . C T 170.12 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0319244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.359;QD=17.012;RBI=0.0454586;REFB=-0.0104578;REVB=-0.0323623;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00981228;STB=0.505612;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0119354;OID=.;OPOS=95668231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:12:10:8:10:12:10 chr8 95668315 . G T 251.9 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0355104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3054;QD=20.9918;RBI=0.0731447;REFB=0.009972;REVB=0.0639465;RO=24;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00886805;OID=.;OPOS=95668315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:13:11:11:13:13:11:11:13 chr8 95680229 . C T 285.69 PASS AF=0.375;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00935076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5883;QD=12.986;RBI=0.00979399;REFB=0.000142526;REVB=-0.002913;RO=54;SAF=21;SAR=12;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917737;STB=0.547797;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00177208;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:54:55:33:33:0.375:12:21:30:24:12:21:31:24 chr8 95690579 . T C 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00653015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9598;QD=12.1194;RBI=0.00864112;REFB=-0.0238991;REVB=-0.00565916;RO=38;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174501;STB=0.60077;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.027305;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:9:14:17:21:9:14:17:21 chr8 95719387 . A T 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0103545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8222;QD=20.071;RBI=0.0192928;REFB=-0.00782204;REVB=-0.0162787;RO=31;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110372;STB=0.561034;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00531304;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:14:20:22:9:14:20:22:9 chr8 95732283 . G C 170.75 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0322859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.011;QD=23.5513;RBI=0.0323451;REFB=-0.0592686;REVB=0.00195653;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103108;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0309572;OID=.;OPOS=95732283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:5:7:12:5:5:7 chr8 95802040 . AT A 190.71 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0167417;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6179;QD=12.9297;RBI=0.0327806;REFB=-0.0277705;REVB=-0.028183;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118826;STB=0.58256;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.027351;OID=.;OPOS=95802041;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474576:27:59:28:59:31:17:11:14:17:99:30:16:11:14:16 chr8 95802044 . A G 239.09 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00313137;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.185;QD=16.2094;RBI=0.00313316;REFB=-0.00807643;REVB=-0.000105842;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879328;STB=0.567757;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0112961;OID=.;OPOS=95802044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:32:27:27:0.457627:11:16:15:15:11:16:15:17 chr8 95802061 . A T 255.6 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00623937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6084;QD=17.9368;RBI=0.0203128;REFB=-0.0222178;REVB=-0.0193308;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180794;STB=0.601469;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0154106;OID=.;OPOS=95802061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:10:18:13:16:10:18:13:16 chr8 95854688 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0303011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.561;QD=10.1414;RBI=0.0396682;REFB=-0.00625865;REVB=0.025601;RO=25;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975932;STB=0.559218;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0140477;OID=.;OPOS=95854688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:9:3:8:17:9:3:8:17 chr8 95877787 . T C 551.48 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=84;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0294066;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.889;QD=26.5772;RBI=0.0308168;REFB=-0.0313629;REVB=0.00921564;RO=32;SAF=21;SAR=29;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190093;STB=0.59747;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0170494;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:32:33:50:50:0.60241:29:21:22:10:29:21:22:11 chr8 95938422 . C A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00923305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.522;QD=9.82118;RBI=0.0106234;REFB=-0.011914;REVB=-0.00525422;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130723;STB=0.57818;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0363741;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:6:17:7:4:6:17 chr8 95942244 . G A 71.64 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0175076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.68;QD=7.95953;RBI=0.0246626;REFB=-0.0211641;REVB=-0.0173704;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199615;STB=0.62474;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0479105;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:14:12:3:7:14:12 chr8 96053782 . GCT G 687.82 PASS AF=1;AO=40;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125689;FXX=0.0638162;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.742;QD=62.5294;RBI=0.025177;REFB=0;REVB=0.0218152;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00086645;OID=.;OPOS=96053783;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:46:44:44:0:24:20:0:0:4:0:22:18:0:0 chr8 97605800 . C T 126.54 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=80;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00523492;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.692;QD=6.40686;RBI=0.00912951;REFB=-0.00508554;REVB=-0.00747954;RO=59;SAF=5;SAR=14;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258815;STB=0.655756;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0194733;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:59:60:19:19:0.240506:14:5:27:32:14:5:27:33 chr8 97847358 . G T 1222.85 PASS AF=0.943182;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0489674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6227;QD=55.5841;RBI=0.0535606;REFB=-0.138785;REVB=-0.0217011;RO=5;SAF=35;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629941;STB=0.533325;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00758093;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:88:88:5:5:83:83:0.943182:48:35:5:0:48:35:5:0 chr8 98289986 . C T 925.33 PASS AF=0.648;AO=81;DP=126;FAO=81;FDP=125;FR=.;FRO=44;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0238014;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.458;QD=29.6104;RBI=0.0252231;REFB=-0.0214795;REVB=0.00834856;RO=44;SAF=42;SAR=39;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175929;STB=0.509499;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0178089;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:44:44:81:81:0.648:39:42:24:20:39:42:24:20 chr8 98943446 . T C 369.32 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00219861;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.628;QD=52.7595;RBI=0.0356852;REFB=-0.0129665;REVB=0.0356174;RO=1;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216358;STB=0.511619;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.000757498;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:27:27:0.964286:21:6:0:1:21:6:0:1 chr8 98954012 . T C 768.95 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0945;QD=56.9596;RBI=0.0253674;REFB=0;REVB=-0.0207251;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000404931;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:22:31:0:0:23:31:0:0 chr8 99039774 . C T 810.39 PASS AF=0.550725;AO=76;DP=138;FAO=76;FDP=138;FR=.;FRO=62;FSAF=53;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.00680441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.284;QD=23.4896;RBI=0.0238973;REFB=-0.0254311;REVB=-0.0229081;RO=62;SAF=53;SAR=23;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122122;STB=0.566948;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0158611;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:62:62:76:76:0.550725:23:53:35:27:23:53:35:27 chr8 99205612 . C T 346.99 PASS AF=0.4;AO=38;DP=95;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0121482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.1;QD=14.61;RBI=0.0132542;REFB=-0.0173133;REVB=0.00530053;RO=57;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750131;STB=0.542578;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0225344;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:57:38:38:0.4:22:16:28:29:22:16:28:29 chr8 99208190 . A C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0170371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.826;QD=13.0148;RBI=0.0173925;REFB=-0.0127288;REVB=-0.00349778;RO=32;SAF=17;SAR=3;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39454;STB=0.733231;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0202034;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:3:17:18:14:3:17:18:14 chr8 99234772 . T G 184.0 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0385225;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8637;QD=13.63;RBI=0.0408395;REFB=-0.0445655;REVB=-0.0135606;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165986;STB=0.605446;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0611385;OID=.;OPOS=99234772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:32:21:22:0.407407:11:10:11:23:12:10:9:23 chr8 99441904 . G T 621.43 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.975;QD=60.6272;RBI=0.0269244;REFB=0;REVB=0.0257894;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56129e-05;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:14:23:0:0:15:26:0:0 chr8 100133706 . T G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0395056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.123;QD=10.3792;RBI=0.0455394;REFB=-0.0105203;REVB=0.0226526;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304795;STB=0.683807;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0335335;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:10:6:6:3:10:6 chr8 100865836 . G A 248.93 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00778131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.954;QD=26.2032;RBI=0.0230046;REFB=0.000968042;REVB=-0.0216487;RO=15;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184998;STB=0.602745;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.000699885;OID=.;OPOS=100865836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:8:15:6:9:8:15:6:9 chr8 100899793 . G A 462.91 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00143663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.722;QD=37.0329;RBI=0.00956423;REFB=-0.0225034;REVB=0.00945572;RO=14;SAF=20;SAR=16;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289177;STB=0.515686;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00977041;OID=.;OPOS=100899793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:16:20:7:7:16:20:7:7 chr8 100975002 . A G 305.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216664;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.713;QD=53.0739;RBI=0.0691491;REFB=0;REVB=0.0656671;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294441;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr8 101143384 . C G 81.18 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0302833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1327;QD=18.0408;RBI=0.03568;REFB=0.0026622;REVB=-0.0188675;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662608;STB=0.538383;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00471238;OID=.;OPOS=101143384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:3:5:7:3:3:5 chr8 101153024 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.334;QD=57.8843;RBI=0.0337538;REFB=0;REVB=-0.0118208;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18194e-05;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr8 101154066 . G A 144.28 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00848344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.967;QD=8.6137;RBI=0.0285009;REFB=-0.0039837;REVB=-0.0272091;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332872;STB=0.527708;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00722919;OID=.;OPOS=101154066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:46:47:20:20:0.298507:11:9:22:24:11:9:23:24 chr8 101157467 . T A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0148936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.068;QD=10.1417;RBI=0.0169056;REFB=-0.0140484;REVB=0.0079987;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695111;STB=0.5416;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0149615;OID=.;OPOS=101157467;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:7:18:8:4:7:18 chr8 101196929 . A G 180.81 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00889598;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.297;QD=11.127;RBI=0.0101126;REFB=-0.0176801;REVB=0.00480894;RO=43;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140973;STB=0.590349;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0329032;OID=.;OPOS=101196929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:43:42:23:23:0.353846:11:12:17:26:11:12:16:26 chr8 101252680 . T C 217.03 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00634284;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.602;QD=23.4629;RBI=0.0163479;REFB=-0.0370396;REVB=-0.0150672;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110883;STB=0.576848;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.031106;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:19:21:0.567568:12:7:8:8:14:7:8:8 chr8 101253184 . G A 291.68 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0191908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.658;QD=19.4452;RBI=0.0231036;REFB=-0.0188763;REVB=-0.0128642;RO=25;SAF=19;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264559;STB=0.643977;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0177204;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:25:29:31:31:0.516667:12:19:7:18:12:19:9:20 chr8 101586133 . T C 215.34 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00613165;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.562;QD=16.2517;RBI=0.0100073;REFB=-0.0122872;REVB=0.00790878;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186803;STB=0.606646;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0267895;OID=.;OPOS=101586133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:12:17:18:6:12:17 chr8 101608919 . T C 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0289248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.842;QD=23.675;RBI=0.0289288;REFB=-0.00561217;REVB=0.00047846;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104009;STB=0.558084;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00720948;OID=.;OPOS=101608919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:9:7:12:9:9:7 chr8 101648164 . C G 264.83 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0038002;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8696;QD=12.9184;RBI=0.00596425;REFB=-0.000871663;REVB=0.00459682;RO=50;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341555;STB=0.698966;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00180705;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:51:31:31:0.378049:11:20:16:34:11:20:16:35 chr8 101670026 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0185901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.0941;QD=21.1723;RBI=0.0250775;REFB=-0.020179;REVB=0.0168313;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551717;STB=0.5312;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0137284;OID=.;OPOS=101670026;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:1:7:10:2:1:7 chr8 101752155 . C T 255.68 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0109683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6697;QD=21.7603;RBI=0.101445;REFB=-0.0592638;REVB=-0.10085;RO=20;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521721;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0411726;OID=.;OPOS=101752155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:20:23:24:24:0.510638:18:6:5:15:18:6:5:18 chr8 101970394 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.342;QD=58.5877;RBI=0.0221797;REFB=0;REVB=0.00031781;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64855e-05;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr8 102209357 . A T 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.438;QD=63.286;RBI=0.0336515;REFB=0;REVB=-0.0230484;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21917e-06;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr8 102504974 . C G 353.42 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.16;QD=54.3729;RBI=0.030411;REFB=0;REVB=0.0280309;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229336;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr8 103137663 . T C 1504.7 PASS AF=0.565737;AO=142;DP=251;FAO=142;FDP=251;FR=.;FRO=109;FSAF=76;FSAR=66;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=0.0039879;FXX=0.0039681;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.33;QD=23.9792;RBI=0.0193935;REFB=-0.0108863;REVB=0.0189791;RO=108;SAF=76;SAR=66;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428227;STB=0.521306;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00801671;OID=.;OPOS=103137663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:108:109:142:142:0.565737:66:76:52:56:66:76:53:56 chr8 103137693 . T C 1625.37 PASS AF=0.582418;AO=142;DP=257;FAO=159;FDP=273;FR=.;FRO=114;FSAF=83;FSAR=76;FSRF=53;FSRR=61;FWDB=0.0285388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9068;QD=23.8149;RBI=0.035673;REFB=-0.0513691;REVB=0.0214032;RO=113;SAF=73;SAR=69;SRF=53;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367131;STB=0.523837;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0353048;OID=.;OPOS=103137693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:273:113:114:142:159:0.582418:69:73:53:60:76:83:53:61 chr8 103220280 . C T 116.13 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0106744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.961;QD=11.3292;RBI=0.0311536;REFB=0.000504711;REVB=-0.0292678;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110257;STB=0.565127;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00055449;OID=.;OPOS=103220280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:8:6:9:18:8:6:9:18 chr8 103572992 . C G 263.17 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00876651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.593;QD=47.8493;RBI=0.0166534;REFB=-0.197413;REVB=0.0141592;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00176159;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:0:1:21:21:0.954545:11:10:0:0:11:10:0:1 chr8 103573001 . C G 79.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0148864;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.738;QD=15.9607;RBI=0.0149353;REFB=-0.0170751;REVB=-0.00120775;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144653;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203189;OID=.;OPOS=103573001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:20:20:8:10:9:10:0.5:4:5:3:5:5:5:5:5 chr8 103573006 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00802557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.543;QD=18.0515;RBI=0.00816261;REFB=-0.0426657;REVB=-0.0014894;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096204;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00983376;OID=.;OPOS=103573006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:3:5:5:5:3:5 chr8 104312341 . A G 618.41 PASS AF=0.923077;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00824621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.325;QD=47.5699;RBI=0.0084843;REFB=-0.017319;REVB=-0.00199583;RO=3;SAF=35;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589493;STB=0.524989;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000826248;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:3:4:47:48:0.923077:12:35:1:2:12:36:2:2 chr8 104337096 . A G 990.24 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.173;QD=59.1188;RBI=0.0590663;REFB=0;REVB=-0.0217986;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54419e-05;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:29:36:0:0:29:38:0:0 chr8 104337367 . A C 271.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.349;QD=51.7205;RBI=0.0361225;REFB=0;REVB=0.016047;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303442;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr8 104343686 . G A 1011.28 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043522;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.014;QD=59.4872;RBI=0.0478259;REFB=0;REVB=-0.0198281;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198721;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr8 104343822 . A G 726.0 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.829;QD=63.13;RBI=0.0485658;REFB=0;REVB=0.00526066;RO=0;SAF=7;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185641;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:39:7:0:0:39:7:0:0 chr8 104394744 . T C 2213.85 PASS AF=0.993056;AO=141;DP=143;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5536;QD=61.4957;RBI=0.0597053;REFB=-0.138789;REVB=0.0539949;RO=0;SAF=66;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2556e-08;STB=0.503268;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00154282;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:143:144:0:1:141:143:0.993056:75:66:0:0:76:67:0:1 chr8 104934028 . G A 258.81 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0173279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.764;QD=13.2725;RBI=0.0173284;REFB=-0.0204716;REVB=-0.000125819;RO=44;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13763;STB=0.586904;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0328334;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:47:30:31:0.397436:19:11:11:33:19:12:12:35 chr8 105105846 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0198751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3154;QD=12.2289;RBI=0.0322031;REFB=-0.00814757;REVB=-0.0253381;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115404;STB=0.566947;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0205669;OID=.;OPOS=105105846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:15:7:15:21:15:7:15:21 chr8 105106882 . T G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00574249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.052;QD=5.95793;RBI=0.0158297;REFB=-0.00571366;REVB=-0.0147513;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550146;STB=0.85415;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00934597;OID=.;OPOS=105106882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:1:5:6:12:1:5:6:12 chr8 105261725 . G A 187.07 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.000401254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1104;QD=12.6826;RBI=0.0583356;REFB=-0.00606198;REVB=-0.0583342;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18609;STB=0.616639;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00789154;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:13:9:21:15:14:9:21:15 chr8 105263979 . C T 173.45 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0511233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.99;QD=36.5155;RBI=0.0540402;REFB=-0.0593039;REVB=0.0175143;RO=3;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945622;STB=0.551664;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0118356;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:13:3:0:3:13:3:0:3 chr8 105361095 . C T 136.74 PASS AF=0.5;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0226856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.607;QD=18.232;RBI=0.0291894;REFB=-0.00426119;REVB=-0.018368;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42946;STB=0.721258;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0133946;OID=.;OPOS=105361095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:15:15:15:0.5:6:9:1:13:6:9:2:13 chr8 105361354 . G C 284.62 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0292237;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.082;QD=17.5152;RBI=0.0293292;REFB=-0.00456245;REVB=0.00248482;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156286;STB=0.584927;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00614477;OID=.;OPOS=105361354;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:32:34:31:31:0.476923:15:16:11:21:15:16:12:22 chr8 105367121 . A G 271.24 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.016499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.008;QD=37.4117;RBI=0.0260911;REFB=-0.0176839;REVB=0.0202122;RO=6;SAF=17;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110361;STB=0.560385;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00428244;OID=.;OPOS=105367121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:6:17:3:3:6:17:3:3 chr8 105478933 . G A 401.03 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.0876584;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5729;QD=16.7095;RBI=0.120828;REFB=-0.0196539;REVB=0.0831592;RO=53;SAF=25;SAR=17;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299186;STB=0.522948;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0287389;OID=.;OPOS=105478933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:54:42:42:0.4375:17:25:30:23:17:25:30:24 chr8 107754473 . G A 889.64 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=61;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214677;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.979;QD=55.6026;RBI=0.0372655;REFB=-0.0709108;REVB=0.0304607;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.509088;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00443369;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:64:0:1:59:63:0.984375:32:27:0:0:36:27:1:0 chr8 107764454 . GT G,GTA 625.81 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=8,2;DP=11;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036613,0.0170554;FXX=0.0175408;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=169.244,78.3628;QD=44.7004;RBI=0.116641,0.0221291;REFB=0,0;REVB=0.110745,-0.0141;RO=1;SAF=4,1;SAR=4,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0978599,-0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0154499,0.0199786;OID=.,.;OPOS=107764455,107764456;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.946429,0.0535714:8,2:11:53,3:56:0:27,2:26,1:0:0:9:1:4,1:4,1:1:0 chr8 107764501 . GCAC GAC,GACT 155.89 PASS AF=0.365385,0;AO=16,2;DP=52;FAO=19,0;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6,0;FSAR=13,0;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0149324,-0.011054;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=209.747,210.775;QD=11.9913;RBI=0.0356815,0.0465692;REFB=-0.0142346,-0.00749551;REVB=-0.0324067,-0.0452383;RO=32;SAF=6,0;SAR=10,2;SRF=20;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.27647,-0.510357;STB=0.700391,0.5;STBP=0.032,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0293193,0.0341732;OID=.,.;OPOS=107764502,107764502;OREF=C,CAC;OALT=-,ACT;OMAPALT=GAC,GACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385,0:16,2:52:19,0:52:33:6,0:13,0:21:12:99:32:6,0:10,2:20:12 chr8 108970367 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.803;QD=62.6144;RBI=0.00399921;REFB=0;REVB=-0.00045823;RO=0;SAF=53;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51463e-06;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:35:53:0:0:35:53:0:0 chr8 109455863 . C T 59.23 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.038155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.821;QD=15.7952;RBI=0.0441971;REFB=-0.0393326;REVB=0.0223067;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0215013;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:1:6:5:3:1:6 chr8 110254895 . C A 1804.38 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.631;QD=61.1653;RBI=0.0131197;REFB=0;REVB=0.00181748;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39776e-05;OID=.;OPOS=110254895;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:0:0:117:118:1:64:53:0:0:64:54:0:0 chr8 110301998 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.08;QD=61.6743;RBI=0.028659;REFB=0;REVB=0.0207761;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222903;OID=.;OPOS=110301998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr8 110302047 . T G 634.43 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0345132;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.745;QD=48.8026;RBI=0.0389272;REFB=0.0243606;REVB=0.0180045;RO=4;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301185;STB=0.501604;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00210753;OID=.;OPOS=110302047;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:54:52:4:4:48:48:0.923077:25:23:2:2:25:23:2:2 chr8 110412519 . G A 1043.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3017;QD=59.6212;RBI=0.0244118;REFB=0;REVB=0.00851784;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129015;OID=.;OPOS=110412519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr8 110413762 . T C 515.21 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00624186;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.948;QD=47.9268;RBI=0.045337;REFB=-0.0277283;REVB=0.0449053;RO=3;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025247;STB=0.54828;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0023064;OID=.;OPOS=110413762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:43:3:6:37:37:0.860465:18:19:1:2:18:19:1:5 chr8 110416813 . C T 940.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823202;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.829;QD=58.8109;RBI=0.0285836;REFB=0;REVB=-0.0273726;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014774;OID=.;OPOS=110416813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr8 110420384 . T C 1057.29 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00917899;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.302;QD=57.1508;RBI=0.0614419;REFB=-0.0791248;REVB=0.0607524;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108729;STB=0.511361;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00220261;OID=.;OPOS=110420384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:74:1:2:72:72:0.972973:43:29:0:1:43:29:0:2 chr8 110420429 . A G 800.61 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.12329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.053;QD=55.2144;RBI=0.125607;REFB=-0.0926875;REVB=-0.0240138;RO=1;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119415;STB=0.506327;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00922238;OID=.;OPOS=110420429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:39:18:0:1:39:18:0:1 chr8 110437384 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00355751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.61;QD=41.8666;RBI=0.0163142;REFB=-0.122581;REVB=0.0159216;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00296684;OID=.;OPOS=110437384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr8 110455321 . C A 1302.14 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.173;QD=62.0068;RBI=0.0736942;REFB=0;REVB=0.037168;RO=0;SAF=24;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056743;OID=.;OPOS=110455321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:60:24:0:0:60:24:0:0 chr8 110460488 . G T 1120.31 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00137728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1813;QD=58.9635;RBI=0.00267589;REFB=-0.0588136;REVB=-0.00229422;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133266;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00307575;OID=.;OPOS=110460488;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:0:1:35:40:0:1 chr8 110465060 . G C 740.81 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.871;QD=56.9856;RBI=0.0240393;REFB=0;REVB=-0.0240024;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.06667e-05;OID=.;OPOS=110465060;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr8 110476993 . A G 726.59 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0811345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0732;QD=56.9871;RBI=0.0863306;REFB=0;REVB=0.0294985;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130292;OID=.;OPOS=110476993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr8 110489620 . A T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.575;QD=63.2843;RBI=0.0623411;REFB=0;REVB=-0.00639983;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229808;OID=.;OPOS=110489620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr8 110491840 . C G 582.42 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.121;QD=58.2417;RBI=0.0134105;REFB=0.00796858;REVB=0.00878778;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000104228;OID=.;OPOS=110491840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:25:14:0:0:25:14:0:1 chr8 110505886 . C T 514.3 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013132;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.267;QD=58.7775;RBI=0.0621854;REFB=0;REVB=0.060783;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162706;OID=.;OPOS=110505886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:31:35:1:13:18:0:0:15:20:0:0 chr8 110534512 . G A 769.94 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722625;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9362;QD=64.1619;RBI=0.0199069;REFB=0;REVB=0.018549;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52522e-05;OID=.;OPOS=110534512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr8 110539186 . G A 1295.46 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0212686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.021;QD=59.5614;RBI=0.0214509;REFB=0.0950431;REVB=0.00278997;RO=1;SAF=38;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123032;STB=0.506328;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.000684973;OID=.;OPOS=110539186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:87:1:1:85:86:0.988506:47:38:1:0:47:39:1:0 chr8 110542298 . C T 1691.49 PASS AF=0.95122;AO=114;DP=122;FAO=117;FDP=123;FR=.;FRO=6;FSAF=61;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0076511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1252;QD=55.0077;RBI=0.0388936;REFB=0.0192646;REVB=0.0381337;RO=8;SAF=60;SAR=54;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435486;STB=0.523434;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0253207;OID=.;OPOS=110542298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:123:8:6:114:117:0.95122:54:60:7:1:56:61:6:0 chr8 110542337 . T C 2282.88 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121376;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.043;QD=63.4132;RBI=0.100037;REFB=0;REVB=0.0992984;RO=1;SAF=75;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127593;OID=.;OPOS=110542337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:144:1:0:143:144:1:68:75:0:1:69:75:0:0 chr8 110542343 . G GA 1469.29 PASS AF=1;AO=122;DP=144;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7862;QD=41.682;RBI=0.147869;REFB=0;REVB=-0.146798;RO=17;SAF=66;SAR=56;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163536;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000727605;OID=.;OPOS=110542344;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:122:144:141:141:0:74:67:0:0:29:17:66:56:8:9 chr8 110657514 . G A 340.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.734;QD=54.4628;RBI=0.040995;REFB=0;REVB=0.0230343;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296169;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr8 111946844 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9196;QD=55.6561;RBI=0.0371195;REFB=0;REVB=0.0313389;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269929;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr8 113241088 . T G 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.768;QD=64.1539;RBI=0.0402721;REFB=0;REVB=0.013633;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.54754e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr8 113364696 . A G 76.18 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0729834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.4534;QD=8.96199;RBI=0.0989283;REFB=-0.0488119;REVB=0.066785;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233732;STB=0.574334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.110443;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:34:34:23:23:10:11:0.323529:4:6:9:14:5:6:10:13 chr8 113516209 . G A 597.61 PASS AF=1;AO=27;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.761;QD=59.7605;RBI=0.0807471;REFB=0;REVB=0.0053335;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000918961;OID=.;OPOS=113516209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:27:40:1:23:4:0:0:32:8:0:0 chr8 113655752 . T C 257.24 PASS AF=0.323529;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.00478709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.6084;QD=10.0876;RBI=0.0261387;REFB=-0.00462116;REVB=-0.0256966;RO=69;SAF=18;SAR=15;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044514;STB=0.525923;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00503835;OID=.;OPOS=113655752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:69:33:33:0.323529:15:18:35:34:15:18:35:34 chr8 113668456 . G A 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0300579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.978;QD=19.9674;RBI=0.0421056;REFB=-0.0433138;REVB=-0.0294858;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477507;STB=0.502658;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0295489;OID=.;OPOS=113668456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:10:16:18:11:10:16 chr8 114186003 . T C 300.93 PASS AF=0.4;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.0161191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.085;QD=14.1615;RBI=0.0161399;REFB=-0.016132;REVB=0.000819882;RO=51;SAF=14;SAR=19;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273923;STB=0.660288;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0265143;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:51:33:34:0.4:19:14:35:16:20:14:35:16 chr8 116423424 . T C 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0146756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.628;QD=52.7696;RBI=0.0146853;REFB=0.0119823;REVB=0.000532771;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000135183;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr8 116423490 . A T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.489;QD=58.1412;RBI=0.071022;REFB=0;REVB=0.0691481;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421168;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr8 116424270 . A AAC,AC,C 189.04 PASS AF=0,1,0;AO=2,11,4;DP=19;FAO=0,16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200192,0.0120911,-0.00116395;FXX=0;HRUN=9,0,9;LEN=2,1,1;MLLD=288.952,293.277,287.627;QD=47.261;RBI=0.0213852,0.0141192,0.00692759;REFB=0,0,0;REVB=-0.0075204,-0.00729101,-0.00682911;RO=2;SAF=0,4,2;SAR=2,7,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727176,-0.178335,-0.277405;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00696235,-0.000592887,0.0145144;OID=.,.,.;OPOS=116424271,116424271,116424270;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:19:16:2:0:2,11,4:0,16,0:0,1,0:2,7,2:0,4,2:2:0:0,10,0:0,6,0:0:0 chr8 117035009 . C T 290.53 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0103447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.864;QD=14.1722;RBI=0.0209559;REFB=-0.0273206;REVB=-0.0182246;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585992;STB=0.533313;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0307298;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:18:15:25:24:18:15:25:24 chr8 117791733 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.06;QD=56.1908;RBI=0.0624079;REFB=0;REVB=0.058533;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599954;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr8 117858350 . G A 116.52 PASS AF=0.233766;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00151411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.965;QD=6.05274;RBI=0.00222788;REFB=-0.000193959;REVB=0.0016343;RO=57;SAF=11;SAR=7;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231482;STB=0.6533;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00129033;OID=.;OPOS=117858350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:57:59:18:18:0.233766:7:11:24:33:7:11:24:35 chr8 117858389 . G A 189.9 PASS AF=0.320513;AO=26;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0095669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.117;QD=9.73828;RBI=0.0552664;REFB=-0.00267487;REVB=-0.0544321;RO=51;SAF=17;SAR=9;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27417;STB=0.639888;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00312542;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:53:26:25:0.320513:9:17:21:30:9:16:23:30 chr8 117858445 . A T 186.21 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0479373;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.903;QD=12.4138;RBI=0.0479702;REFB=-0.0257214;REVB=0.00177489;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237079;STB=0.636776;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0390551;OID=.;OPOS=117858445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:8:15:16:21:8:15:16:21 chr8 117950768 . G C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0162752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.054;QD=12.3963;RBI=0.0711403;REFB=0.00657622;REVB=-0.0692536;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00607081;OID=.;OPOS=117950768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr8 118030465 . C G 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0271293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6856;QD=13.486;RBI=0.039368;REFB=-0.0327355;REVB=0.0285278;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225517;STB=0.651856;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0332913;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:5:4:7:3:5:4:8:3 chr8 118184783 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00683039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.689;QD=16.1064;RBI=0.0114581;REFB=-0.00810033;REVB=0.00919966;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0104779;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:13:9:8:9:13:9 chr8 118819578 . C T 165.74 PASS AF=0.360656;AO=20;DP=60;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0266592;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.379;QD=10.8683;RBI=0.0287672;REFB=-0.00845203;REVB=0.0108091;RO=40;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330739;STB=0.689942;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0206426;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:39:20:22:0.360656:8:12:12:28:9:13:11:28 chr8 119391791 . T C 496.83 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00461754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9804;QD=26.4975;RBI=0.0337843;REFB=0.00945122;REVB=0.0334672;RO=29;SAF=24;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458735;STB=0.525018;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0138056;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:29:29:46:46:0.613333:22:24:17:12:22:24:17:12 chr8 119964052 . G C 3723.91 PASS AF=1;AO=235;DP=239;FAO=236;FDP=236;FR=.;FRO=0;FSAF=111;FSAR=125;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064931;FXX=0.020746;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.44;QD=63.1172;RBI=0.0312215;REFB=-0.0487978;REVB=0.0305388;RO=1;SAF=111;SAR=124;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00382804;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019553;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:236:1:0:235:236:1:124:111:0:1:125:111:0:0 chr8 119988758 . G A 36.71 PASS AF=0.12963;AO=6;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0402156;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6983;QD=2.71889;RBI=0.0402236;REFB=-0.00636295;REVB=0.000806767;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036924;STB=0.53466;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0511677;OID=.;OPOS=119988758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:54:54:47:47:6:7:0.12963:3:3:25:22:3:4:25:22 chr8 120596023 . A G 429.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.363;QD=57.2434;RBI=0.0258859;REFB=0;REVB=0.02221;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104969;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:12:18:0:0 chr8 120724209 . T C 389.38 PASS AF=0.59375;AO=36;DP=62;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0271443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.022;QD=24.3364;RBI=0.0444224;REFB=-0.00277593;REVB=0.0351644;RO=25;SAF=15;SAR=21;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107699;STB=0.537109;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00167727;OID=.;OPOS=120724209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:25:26:36:38:0.59375:21:15:14:11:21:17:14:12 chr8 120790304 . T C 152.22 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00791029;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.811;QD=18.4509;RBI=0.00940838;REFB=-0.0120227;REVB=-0.0050936;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31754;STB=0.683952;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0242133;OID=.;OPOS=120790304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:8:9:13:3:8:9 chr8 120803637 . C G 386.56 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00801883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9349;QD=18.1911;RBI=0.0132654;REFB=-0.00875343;REVB=-0.0105674;RO=44;SAF=23;SAR=17;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923788;STB=0.545971;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0128873;OID=.;OPOS=120803637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:17:23:21:23:17:23:22:23 chr8 120847078 . C G 209.22 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0526878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.093;QD=34.8703;RBI=0.0533002;REFB=-0.0416802;REVB=0.00805593;RO=5;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917848;STB=0.550405;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00381121;OID=.;OPOS=120847078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:7:12:2:3:7:12:2:3 chr8 120847123 . C T 183.12 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0185528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.326;QD=25.2581;RBI=0.0201754;REFB=-0.0163239;REVB=-0.00792717;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154912;STB=0.586114;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00616776;OID=.;OPOS=120847123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:3:8:9:9:3:8 chr8 120847188 . T C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0164326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.324;QD=27.2218;RBI=0.0171442;REFB=-0.0199571;REVB=0.0048881;RO=15;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311855;STB=0.517227;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0141157;OID=.;OPOS=120847188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:15:9:5:10:15:9:5:10 chr8 120903471 . C CA 1832.63 PASS AF=1;AO=106;DP=130;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554194;FXX=0.0163921;HRUN=0;LEN=1;MLLD=180.862;QD=61.0875;RBI=0.0642032;REFB=0;REVB=0.0324151;RO=13;SAF=55;SAR=51;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.4933e-05;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:130:120:120:0:66:54:0:0:10:13:55:51:11:2 chr8 121013770 . A G 278.84 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0187385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.928;QD=21.8696;RBI=0.0351163;REFB=-0.0250683;REVB=0.0296988;RO=23;SAF=20;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183489;STB=0.510197;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0146857;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:8:20:16:7:8:20:16:7 chr8 121061879 . G A 661.26 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0551604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.047;QD=24.9533;RBI=0.0574203;REFB=-0.0221794;REVB=0.0159506;RO=41;SAF=30;SAR=33;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134529;STB=0.561575;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0171862;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:41:43:63:63:0.59434:33:30:12:29:33:30:14:29 chr8 121210069 . T C 414.9 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0255196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2074;QD=36.0779;RBI=0.0256121;REFB=-0.047489;REVB=-0.00217531;RO=13;SAF=18;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162479;STB=0.588183;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0236725;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:15:18:3:10:15:18:3:10 chr8 121215991 . T C 393.87 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0206218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.277;QD=18.1091;RBI=0.0206516;REFB=-0.015921;REVB=-0.00110735;RO=45;SAF=11;SAR=26;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659288;STB=0.537087;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0223677;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:37:37:0.425287:26:11:16:29:26:11:16:29 chr8 121228679 . A C 748.62 PASS AF=0.493243;AO=72;DP=150;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0578254;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9252;QD=20.2328;RBI=0.0815458;REFB=-0.0332814;REVB=0.0574973;RO=77;SAF=26;SAR=46;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104176;STB=0.558043;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0356522;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:77:75:72:73:0.493243:46:26:36:41:46:27:36:39 chr8 121256150 . T C 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0332902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.572;QD=13.405;RBI=0.0752396;REFB=0.0100109;REVB=-0.0674742;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151227;STB=0.575321;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0144926;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:11:12:22:11:11:12:22:12 chr8 121259861 . CG CA,C 1243.17 PASS AF=0.641026,0.324786;AO=67,26;DP=116;FAO=75,38;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=43,17;FSAR=32,21;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.000958701,-0.0339066;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=177.536,11.5725;QD=42.5016;RBI=0.00274631,0.129208;REFB=-0.0306844,-0.141239;REVB=0.00257354,-0.12468;RO=6;SAF=39,10;SAR=28,16;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=-0.0673514,-0.21249;STB=0.522216,0.552604;STBP=0.099,0.065;TYPE=snp,del;VARB=0.0121697,0.0954037;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.641026,0.324786:67,26:116:75,38:117:4:43,17:32,21:4:0:99:6:39,10:28,16:6:0 chr8 121383048 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2911;QD=48.7362;RBI=0.0693462;REFB=0;REVB=0.0155964;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302354;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:14:3:0:0:14:3:0:0 chr8 121530190 . A G 728.88 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.437;QD=57.1667;RBI=0.0242104;REFB=0;REVB=0.0160343;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81276e-05;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr8 121550388 . A G 150.84 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0790458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.088;QD=12.5701;RBI=0.0800465;REFB=-0.00746825;REVB=-0.0126178;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159409;STB=0.526285;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0160071;OID=.;OPOS=121550388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:16:17:0.354167:9:7:14:17:10:7:14:17 chr8 121644825 . C T 253.55 PASS AF=0.326316;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0357911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.474;QD=10.6758;RBI=0.037084;REFB=-0.01408;REVB=-0.00970675;RO=64;SAF=8;SAR=23;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300458;STB=0.67635;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0313582;OID=.;OPOS=121644825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:64:64:31:31:0.326316:23:8:32:32:23:8:32:32 chr8 123964431 . G A 185.45 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00715565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.08;QD=19.5215;RBI=0.025206;REFB=-0.0178535;REVB=0.024169;RO=18;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173386;STB=0.529749;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.019592;OID=.;OPOS=123964431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:6:13:12:6:6:13:12:7 chr8 123964953 . C T 409.65 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00204556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.302;QD=34.1377;RBI=0.00971388;REFB=0.00700952;REVB=0.00949606;RO=15;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431919;STB=0.523546;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00311549;OID=.;OPOS=123964953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:15:15:33:33:0.6875:20:13:7:8:20:13:7:8 chr8 124027628 . T C 207.61 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0198691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.154;QD=15.0987;RBI=0.0228452;REFB=-0.0243198;REVB=0.0112748;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979372;STB=0.538429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0324434;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:14:10:15:14:14:10:15:16 chr8 124169554 . G A 1198.13 PASS AF=0.964286;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.017349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.113;QD=57.0539;RBI=0.017591;REFB=-0.0576465;REVB=0.00290786;RO=3;SAF=44;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149392;STB=0.508019;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00062141;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:80:81:0.964286:36:44:1:2:36:45:1:2 chr8 124195140 . A G 182.03 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0436423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7816;QD=14.2773;RBI=0.0873683;REFB=-0.0160329;REVB=-0.0756873;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403918;STB=0.52334;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0338185;OID=.;OPOS=124195140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:19:19:0.372549:7:12:20:10:7:12:20:10 chr8 124221800 . G A 392.91 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.011839;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.153;QD=21.2382;RBI=0.0315708;REFB=-0.00933596;REVB=-0.029267;RO=32;SAF=23;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228842;STB=0.521281;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0114527;OID=.;OPOS=124221800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:32:34:39:40:0.540541:16:23:18:14:17:23:18:16 chr8 124525483 . C T 739.81 PASS AF=0.517986;AO=72;DP=139;FAO=72;FDP=139;FR=.;FRO=67;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0147212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4605;QD=21.2894;RBI=0.0214073;REFB=-0.0161769;REVB=0.0155422;RO=67;SAF=36;SAR=36;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327322;STB=0.517981;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0192826;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:67:67:72:72:0.517986:36:36:31:36:36:36:31:36 chr8 124664130 . C T 828.75 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5183;QD=56.1861;RBI=0.0658948;REFB=0;REVB=-0.00619488;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185319;OID=.;OPOS=124664130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr8 124664167 . T C 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00544773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.156;QD=60.7479;RBI=0.0454188;REFB=0.00337314;REVB=0.0450909;RO=1;SAF=37;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126311;STB=0.506665;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-6.59129e-07;OID=.;OPOS=124664167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:48:37:1:0:48:37:1:0 chr8 124664792 . C T 855.84 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341239;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.041;QD=58.0232;RBI=0.0400503;REFB=0;REVB=-0.0209663;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08355e-05;OID=.;OPOS=124664792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:23:34:0:0:23:36:0:0 chr8 124664873 . AT CC,GC 729.79 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00205624,-0.00424919;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=119.56,260.104;QD=56.138;RBI=0.0124002,0.0150738;REFB=0,0;REVB=-0.0122286,0.0144625;RO=0;SAF=1,24;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0747332,-0.00132778;OID=.,.;OPOS=124664873,124664873;OREF=AT,AT;OALT=CC,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:1,26:1,24:0:0:1,26:1,24:0:0 chr8 124749610 . C T 631.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2189;QD=61.6542;RBI=0.0519106;REFB=0;REVB=0.0188998;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256175;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr8 124824826 . G A 944.21 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844308;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.748;QD=59.0129;RBI=0.0135851;REFB=0;REVB=-0.0106428;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105855;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr8 124987478 . T C 404.55 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00863902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.751;QD=17.0336;RBI=0.0256032;REFB=-0.0166951;REVB=0.0241017;RO=53;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549903;STB=0.530875;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0218321;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:53:42:42:0.442105:26:16:23:30:26:16:23:30 chr8 125061895 . G A 371.18 PASS AF=0.333333;AO=46;DP=138;FAO=46;FDP=138;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.0203714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.786;QD=10.7588;RBI=0.0237204;REFB=-0.0138727;REVB=-0.0121518;RO=91;SAF=32;SAR=14;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181511;STB=0.602281;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.026274;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:91:92:46:46:0.333333:14:32:50:41:14:32:51:41 chr8 125072426 . T C 135.34 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00193422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.33;QD=8.73182;RBI=0.00580028;REFB=-0.0113446;REVB=0.00546827;RO=42;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374174;STB=0.54712;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.024157;OID=.;OPOS=125072426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:42:43:18:19:0.306452:8:10:22:20:8:11:22:21 chr8 125076589 . T G 314.25 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.0372112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7726;QD=12.5698;RBI=0.0670247;REFB=-0.0169768;REVB=0.0557461;RO=63;SAF=14;SAR=22;SRF=40;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268431;STB=0.657524;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0559733;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:22:14:40:23:22:14:41:23 chr8 125107201 . G A 247.74 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00711208;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.823;QD=11.5229;RBI=0.0110606;REFB=0.00336766;REVB=0.00847081;RO=55;SAF=14;SAR=16;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681243;STB=0.501557;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=-0.00569271;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:55:56:30:30:0.348837:16:14:26:29:16:14:26:30 chr8 125107207 . C T 250.15 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0168925;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.89;QD=11.9119;RBI=0.025529;REFB=0.00855559;REVB=-0.0191409;RO=54;SAF=14;SAR=16;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457829;STB=0.526383;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.024931;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:54:54:30:30:0.357143:16:14:23:31:16:14:23:31 chr8 125272972 . T A 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3462;QD=47.808;RBI=0.0297667;REFB=0;REVB=-0.010281;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529978;OID=.;OPOS=125272972;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr8 125463250 . T C 379.38 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0101535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.232;QD=19.2091;RBI=0.0114949;REFB=-0.017238;REVB=-0.00538895;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=7;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214757;STB=0.618167;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0163732;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:24:15:7:33:24:15:7:33 chr8 125463435 . C G 180.52 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0167787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.326;QD=9.25753;RBI=0.0209531;REFB=-0.00695617;REVB=0.0125502;RO=54;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984212;STB=0.558141;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0127228;OID=.;OPOS=125463435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:10:14:27:27:10:14:27:27 chr8 125465203 . T A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.51;QD=12.3961;RBI=0.0141433;REFB=0.0117389;REVB=0.0141433;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00612815;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:5:0:0:5:5:0:0:5 chr8 125498547 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00180711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.44;QD=7.27134;RBI=0.0243168;REFB=0.000892704;REVB=-0.0242496;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221667;STB=0.639684;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00386049;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:12:13:3:6:12:13 chr8 125499363 . G A 230.31 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00732043;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.427;QD=9.80046;RBI=0.0138284;REFB=-0.00036367;REVB=-0.0117318;RO=64;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790521;STB=0.541148;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000227006;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:64:65:29:29:0.308511:16:13:33:31:16:13:33:32 chr8 125528135 . G A 323.61 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=88;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0400272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4353;QD=14.7093;RBI=0.0516165;REFB=-0.0152874;REVB=-0.0325897;RO=52;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381455;STB=0.521616;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0204288;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:52:36:36:0.409091:20:16:25:27:20:16:25:27 chr8 125579973 . C T 183.77 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0213741;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.361;QD=17.0952;RBI=0.0254602;REFB=-0.0168985;REVB=-0.0138336;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876044;STB=0.560912;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0450661;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:10:9:13:10:10:9:14:10 chr8 125579990 . C T 224.88 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.025267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.929;QD=19.9893;RBI=0.0755391;REFB=-0.0194723;REVB=-0.071188;RO=22;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403423;STB=0.533303;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0129129;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:11:11:12:10:11:11:13:10 chr8 125740204 . G A 280.88 PASS AF=0.351064;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0717846;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9226;QD=11.9525;RBI=0.0763036;REFB=-0.0214788;REVB=0.0258692;RO=61;SAF=18;SAR=15;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115289;STB=0.566434;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0360398;OID=.;OPOS=125740204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:61:61:33:33:0.351064:15:18:27:34:15:18:27:34 chr8 125989698 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0240409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.733;QD=15.2621;RBI=0.03044;REFB=-0.0393285;REVB=0.0186715;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723649;STB=0.542102;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0405222;OID=.;OPOS=125989698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:6:10:9:4:6:10 chr8 126012245 . A C 123.21 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00189348;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.468;QD=7.35559;RBI=0.00627566;REFB=-0.00372938;REVB=-0.0059832;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664076;STB=0.548119;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0116237;OID=.;OPOS=126012245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:46:49:18:18:0.268657:10:8:23:23:10:8:25:24 chr8 126033096 . T C 679.7 PASS AF=0.536;AO=65;DP=123;FAO=67;FDP=125;FR=.;FRO=58;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0069996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.2;QD=21.7504;RBI=0.0164824;REFB=-0.0344977;REVB=0.0149223;RO=57;SAF=28;SAR=37;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966657;STB=0.540328;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0263149;OID=.;OPOS=126033096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:57:58:65:67:0.536:37:28:31:26:37:30:31:27 chr8 126034052 . C T 295.66 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0137033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0109;QD=12.9962;RBI=0.020506;REFB=-0.00619371;REVB=-0.015255;RO=57;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618419;STB=0.53534;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00696103;OID=.;OPOS=126034052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:19:15:22:35:19:15:22:35 chr8 126071452 . T C 336.11 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0131618;FXX=0.0238067;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.143;QD=16.3955;RBI=0.0134702;REFB=-0.0134271;REVB=-0.00286587;RO=42;SAF=13;SAR=23;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041372;STB=0.508108;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0136431;OID=.;OPOS=126071452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:42:46:36:36:0.439024:23:13:15:27:23:13:16:30 chr8 126091094 . T C 429.65 PASS AF=0.468085;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.014383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.458;QD=18.2831;RBI=0.0160737;REFB=-0.0142118;REVB=-0.00717587;RO=48;SAF=17;SAR=26;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19716;STB=0.611274;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0162752;OID=.;OPOS=126091094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:48:50:43:44:0.468085:26:17:29:19:26:18:31:19 chr8 126095503 . G A 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00727276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.063;QD=36.8926;RBI=0.027452;REFB=-0.033892;REVB=-0.0264711;RO=2;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08263;STB=0.545392;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00161927;OID=.;OPOS=126095503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:10:4:0:2:10:4:0:2 chr8 126142476 . G C 1399.48 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3465;QD=61.5155;RBI=0.0419254;REFB=-0.0736984;REVB=0.00919943;RO=1;SAF=60;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783503;STB=0.504131;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00098179;OID=.;OPOS=126142476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:30:60:1:0:30:60:1:0 chr8 126283111 . G T 39.79 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0243119;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.498;QD=10.6095;RBI=0.0250099;REFB=-0.0024679;REVB=0.00586739;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46433;STB=0.768236;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0109907;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:15:15:8:9:6:6:0.4:5:1:5:3:5:1:5:4 chr8 127565184 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0326755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.884;QD=5.95876;RBI=0.0508255;REFB=-0.00408;REVB=-0.03893;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195321;STB=0.628134;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.011377;OID=.;OPOS=127565184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:9:9:2:4:9:9 chr8 127683773 . GG GT,TA 275.55 PASS AF=0.54902,0;AO=22,4;DP=52;FAO=28,0;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00887061,-0.0223199;FXX=0.0192271;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=134.396,130.036;QD=21.6113;RBI=0.00945065,0.0223512;REFB=-0.0210658,-0.0196502;REVB=0.00325991,-0.00118285;RO=22;SAF=13,0;SAR=9,4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121921,-0.624481;STB=0.51339,0.5;STBP=0.862,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0227965,-0.0345093;OID=.,.;OPOS=127683774,127683773;OREF=G,GG;OALT=T,TA;OMAPALT=GT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:23:22,4:28,0:0.54902,0:9,4:13,0:10:12:15,0:13,0:10:13 chr8 127683850 . T C 1048.11 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.032;QD=58.2284;RBI=0.0357761;REFB=-0.0586196;REVB=0.0247047;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000660024;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:35:36:0:0:35:36:0:1 chr8 128428638 . G A 566.03 PASS AF=0.36413;AO=67;DP=184;FAO=67;FDP=184;FR=.;FRO=117;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=61;FWDB=0.00306695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.22;QD=12.305;RBI=0.0041846;REFB=-0.00564124;REVB=-0.00284687;RO=115;SAF=32;SAR=35;SRF=56;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104131;STB=0.50065;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0108379;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:115:117:67:67:0.36413:35:32:56:59:35:32:56:61 chr8 128428795 . G A 157.06 PASS AF=0.323529;AO=21;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0213742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7497;QD=9.23874;RBI=0.0233117;REFB=0.00877643;REVB=-0.00930488;RO=46;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330414;STB=0.673427;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.043429;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:46:21:22:0.323529:8:13:15:31:9:13:15:31 chr8 128428823 . G C 176.16 PASS AF=0.333333;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=69;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.00961416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.757;QD=10.2119;RBI=0.0195164;REFB=-0.00101858;REVB=0.016984;RO=45;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334624;STB=0.689315;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00225946;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:46:23:23:0.333333:7:16:18:27:7:16:19:27 chr8 128429510 . G A 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3839;QD=46.8436;RBI=0.04043;REFB=0;REVB=0.0235954;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146702;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr8 128429519 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.387;QD=50.4132;RBI=0.0120397;REFB=0;REVB=0.00884308;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.0979e-06;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr8 128429660 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5512;QD=63.284;RBI=0.025038;REFB=0;REVB=-0.0204031;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497602;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr8 128429721 . T C 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3528;QD=54.5139;RBI=0.0890008;REFB=0;REVB=0.032572;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114063;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr8 128429732 . C T 189.87 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.214;QD=47.4678;RBI=0.184641;REFB=0;REVB=0.0712508;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032978;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:9:7:0:0 chr8 128430478 . G T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.644;QD=39.205;RBI=0.0517536;REFB=0;REVB=0.0514357;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334041;OID=.;OPOS=128430478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr8 128430807 . C A 175.01 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00582415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0459;QD=20.5895;RBI=0.0171434;REFB=-0.00922848;REVB=-0.0161238;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149652;STB=0.584323;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0055201;OID=.;OPOS=128430807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:6:10:8:10:6:10 chr8 128430872 . A AATG 196.43 PASS AF=0.818182;AO=15;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0380454;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=253.251;QD=35.714;RBI=0.0412417;REFB=-0.0383941;REVB=0.0159193;RO=4;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.583245;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.0035089;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:15:22:18:22:4:10:8:4:0:19:4:8:7:4:0 chr8 128431385 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00694446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.117;QD=9.11039;RBI=0.00867608;REFB=-0.00370205;REVB=-0.00520086;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00903601;OID=.;OPOS=128431385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:8:8:5:3:8:8 chr8 128431694 . A G 288.17 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0391662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.99;QD=25.058;RBI=0.0392159;REFB=-0.0298813;REVB=0.0019729;RO=20;SAF=19;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242831;STB=0.635577;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0279375;OID=.;OPOS=128431694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:7:19:9:11:7:19:9:11 chr8 128747953 . G T 35.8 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0076737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5286;QD=6.50877;RBI=0.0250267;REFB=-0.0382768;REVB=0.0238212;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141582;STB=0.590616;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0926475;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:6:10:3:3:6:10 chr8 129021179 . G A 131.34 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0192215;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.19;QD=13.4711;RBI=0.0195831;REFB=-0.0131595;REVB=-0.00374584;RO=23;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241174;STB=0.631997;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0272031;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:24:15:15:0.384615:11:4:11:12:11:4:11:13 chr8 129022785 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00207259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.612;QD=57.6803;RBI=0.00520969;REFB=0;REVB=0.00477967;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13267e-05;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr8 129022816 . G A 97.01 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00532941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.545;QD=12.5168;RBI=0.0186326;REFB=-0.0412915;REVB=-0.0178542;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338708;STB=0.659433;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0269001;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:31:17:19:12:12:0.387097:5:7:4:13:5:7:6:13 chr8 129022818 . T A 96.07 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0630188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.815;QD=12.0082;RBI=0.0632295;REFB=-0.00883625;REVB=0.00515839;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292438;STB=0.671449;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0119393;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:6:14:5:7:6:14 chr8 129162429 . TGG TGGT,TG,TGT 137.39 PASS AF=0.64,0,0;AO=4,3,2;DP=25;FAO=16,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.122574,-6.85757e-05,-0.0654588;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=19.4195,19.2379,17.2314;QD=21.9816;RBI=0.17304,0.391564,0.153323;REFB=-0.0252292,0.0861387,0.0324444;REVB=0.122141,-0.391564,-0.138647;RO=15;SAF=3,0,0;SAR=1,3,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.386538,-0.589173,-0.504245;STB=0.580215,0.5,0.5;STBP=0.33,1,1;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0137506,0,0;OID=.,.,.;OPOS=129162432,129162430,129162431;OREF=-,G,G;OALT=T,-,T;OMAPALT=TGGT,TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64,0,0:4,3,2:25:16,0,0:25:9:7,0,0:9,0,0:2:7:53:15:3,0,0:1,3,2:6:9 chr8 129162433 . G T 73.71 PASS AF=0.4;AO=11;DP=23;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0784343;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=25.6907;QD=11.7938;RBI=0.0980421;REFB=-0.0963091;REVB=-0.0588244;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.124819;OID=.;OPOS=129162433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:23:25:12:15:11:10:0.4:7:4:5:7:6:4:5:10 chr8 130760802 . G A 327.98 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0136866;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.392;QD=20.4989;RBI=0.0200567;REFB=-0.023809;REVB=0.0146612;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114944;STB=0.556784;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0182807;OID=.;OPOS=130760802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:30:34:34:0.53125:21:13:15:14:21:13:15:15 chr8 130761773 . T C 302.1 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0148087;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.125;QD=24.6611;RBI=0.0210859;REFB=-0.0391928;REVB=0.0150106;RO=23;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837099;STB=0.542341;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.027111;OID=.;OPOS=130761773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:22:26:27:0.55102:15:11:12:11:16:11:11:11 chr8 131124559 . T C 851.1 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.123;QD=57.7019;RBI=0.0178493;REFB=0;REVB=-0.0158362;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71027e-05;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:42:16:0:0:43:16:0:0 chr8 131921956 . A G 1459.59 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0250123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.541;QD=61.4563;RBI=0.0310713;REFB=-0.00372473;REVB=0.0184339;RO=1;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977167;STB=0.504761;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=5.8411e-05;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:95:1:1:89:94:0.989474:48:41:0:1:52:42:0:1 chr8 132947786 . C T 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0586489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.328;QD=7.86237;RBI=0.0770977;REFB=-0.00902678;REVB=-0.0500436;RO=33;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229917;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:33:34:12:12:0.26087:6:6:17:16:6:6:17:17 chr8 132982824 . A G 381.43 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0288679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0824;QD=34.6752;RBI=0.0294588;REFB=-0.0406475;REVB=0.00587111;RO=13;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187598;STB=0.602342;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0146226;OID=.;OPOS=132982824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:20:11:9:4:20:11:9:4 chr8 133023933 . G A 136.68 PASS AF=0.32;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0105009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.347;QD=10.9343;RBI=0.0500608;REFB=-0.0158137;REVB=-0.0489471;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515226;STB=0.53995;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0419408;OID=.;OPOS=133023933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:34:16:16:0.32:8:8:15:18:8:8:15:19 chr8 133047071 . G A 169.78 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0546907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.021;QD=8.81954;RBI=0.05533;REFB=-0.00654143;REVB=-0.00838656;RO=54;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178519;STB=0.605293;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0198359;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:11:12:20:34:11:12:20:34 chr8 133048619 . T C 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0113578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.664;QD=14.7423;RBI=0.0122131;REFB=-0.0110995;REVB=0.00448988;RO=25;SAF=14;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299218;STB=0.676344;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0159656;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:3:14:15:10:3:14:15:10 chr8 133053309 . T C 142.52 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00426507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.686;QD=14.2519;RBI=0.0134392;REFB=0.00563133;REVB=0.0127445;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149715;STB=0.586849;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00501352;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:10:14:7:9:10:14 chr8 133053318 . T C 129.98 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0056774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.725;QD=13.3317;RBI=0.00636567;REFB=0.000785467;REVB=-0.00287903;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191897;STB=0.612096;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00212893;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:10:14:6:9:10:14 chr8 133067315 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0135081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.7;QD=11.8304;RBI=0.0403186;REFB=-0.0175867;REVB=0.0379884;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14699;STB=0.588609;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0376788;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:5:13:9:2:5:13 chr8 133089975 . A G 1025.78 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0318835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.747;QD=55.4476;RBI=0.104023;REFB=-0.000310698;REVB=-0.0990161;RO=3;SAF=30;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188093;STB=0.509453;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.000130072;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:3:3:70:71:0.959459:40:30:2:1:40:31:2:1 chr8 133092138 . G A 327.87 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00227398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.068;QD=23.0081;RBI=0.00663362;REFB=-0.000525995;REVB=0.00623168;RO=24;SAF=8;SAR=25;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163208;STB=0.590493;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000456039;OID=.;OPOS=133092138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:25:8:10:14:25:8:10:14 chr8 133101818 . G A 888.02 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00154307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.156;QD=56.382;RBI=0.00286578;REFB=-0.137204;REVB=0.00241488;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000846479;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:34:28:0:0:34:28:0:1 chr8 133107830 . T C 990.62 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.873;QD=59.1416;RBI=0.0299052;REFB=0;REVB=0.0132384;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72925e-05;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:24:41:0:0:26:41:0:0 chr8 133112392 . G A 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0108886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.36;QD=17.9413;RBI=0.0116277;REFB=-0.0140572;REVB=0.00407928;RO=22;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228552;STB=0.632253;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.01314;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:16:3:7:15:16:3:7:15 chr8 133113531 . A T 141.32 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.07025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.919;QD=21.7419;RBI=0.0719732;REFB=-0.0274732;REVB=0.0156548;RO=11;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058982;STB=0.533289;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0198278;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:7:8:5:6:7:8:5:6 chr8 133175736 . T C 63.74 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0218451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0963;QD=9.10554;RBI=0.0449172;REFB=0.0188054;REVB=0.0392473;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220547;STB=0.513484;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0372607;OID=.;OPOS=133175736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:6:13:6:3:6:13 chr8 133723166 . A G 306.58 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00616563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.858;QD=13.046;RBI=0.0229218;REFB=-0.0049387;REVB=-0.022077;RO=58;SAF=26;SAR=9;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322325;STB=0.690748;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0137693;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:59:35:35:0.37234:9:26:27:31:9:26:27:32 chr8 133769554 . TGA T 277.14 PASS AF=0.444444;AO=29;DP=67;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00750938;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.9;QD=15.3967;RBI=0.00788626;REFB=-0.0230568;REVB=-0.0024088;RO=34;SAF=4;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471305;STB=0.722068;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.020571;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:29:67:32:72:40:6:26:21:19:99:34:4:25:18:16 chr8 133844508 . C T 455.1 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.00109639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0131;QD=19.1621;RBI=0.0343698;REFB=-0.0052968;REVB=-0.0343523;RO=48;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146275;STB=0.568794;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00610277;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:49:45:46:0.484211:21:24:18:30:22:24:19:30 chr8 133858712 . G A 447.95 PASS AF=0.530864;AO=43;DP=81;FAO=43;FDP=81;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00733527;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.578;QD=22.1209;RBI=0.010596;REFB=-0.0322273;REVB=-0.00764657;RO=38;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136471;STB=0.575339;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0224281;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:38:38:43:43:0.530864:18:25:16:22:18:25:16:22 chr8 133859877 . G T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0336366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7085;QD=24.4132;RBI=0.0336462;REFB=0.050064;REVB=-0.000805519;RO=5;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3999;STB=0.729263;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0120118;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:9:2:4:1:9:2:4:1 chr8 133883744 . C T 195.56 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0455909;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8019;QD=16.2963;RBI=0.0464298;REFB=-0.010549;REVB=-0.00878598;RO=28;SAF=2;SAR=18;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107493;STB=0.562431;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0165267;OID=.;OPOS=133883744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:28:28:20:20:0.416667:18:2:4:24:18:2:4:24 chr8 133900252 . T G 786.73 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0453477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.603;QD=55.209;RBI=0.0700903;REFB=-0.0164992;REVB=0.0534438;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000570123;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:24:31:1:0:25:31:1:0 chr8 133900386 . T C 594.48 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.32;QD=60.972;RBI=0.0174146;REFB=0;REVB=0.00445355;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7896e-05;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr8 133909974 . ATGC CGTG,GTGC 663.63 PASS AF=0.0444444,0.955556;AO=2,25;DP=44;FAO=2,43;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374554,0.0984199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=37.6925,61.159;QD=58.9896;RBI=0.0683861,0.099343;REFB=0,0;REVB=-0.0572167,0.0135111;RO=0;SAF=2,0;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0142703,0.0262236;OID=.,.;OPOS=133909974,133909974;OREF=ATGC,A;OALT=CGTG,G;OMAPALT=CGTG,GTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:44:45:0:0:2,25:2,43:0.0444444,0.955556:0,25:2,0:0:0:0,30:2,13:0:0 chr8 133920518 . A G 526.58 PASS AF=0.531915;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=94;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0389011;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.164;QD=22.4075;RBI=0.0409528;REFB=-0.0261945;REVB=-0.0127999;RO=43;SAF=24;SAR=25;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156519;STB=0.593872;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.031522;OID=.;OPOS=133920518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:44:49:50:0.531915:25:24:29:14:26:24:30:14 chr8 133931748 . T C 419.55 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00991806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.109;QD=22.989;RBI=0.0100487;REFB=-0.0193564;REVB=-0.00161511;RO=32;SAF=12;SAR=29;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188845;STB=0.510395;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0150447;OID=.;OPOS=133931748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:29:12:10:22:29:12:10:22 chr8 133975283 . G A 207.93 PASS AF=0.566667;AO=13;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0140006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.009;QD=27.7235;RBI=0.0144733;REFB=-0.0215866;REVB=0.00366858;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131312;STB=0.510904;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0136311;OID=.;OPOS=133975283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:31:30:11:10:13:17:0.566667:8:5:6:5:9:8:5:5 chr8 133984058 . C T 509.04 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00168862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.905;QD=19.3921;RBI=0.00483309;REFB=-0.0368826;REVB=0.0045285;RO=52;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878343;STB=0.504853;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0273074;OID=.;OPOS=133984058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:26:27:27:25:26:27:27:25 chr8 134108453 . C T 379.38 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00363132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6963;QD=21.9932;RBI=0.0352757;REFB=-0.0254268;REVB=-0.0350883;RO=31;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231308;STB=0.512754;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0285069;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:17:21:18:13:17:21:18:13 chr8 134108546 . T C 579.09 PASS AF=0.590909;AO=52;DP=89;FAO=52;FDP=88;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0171974;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.609;QD=26.3224;RBI=0.0188049;REFB=-0.0231041;REVB=0.00760736;RO=34;SAF=26;SAR=26;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213221;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013707;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:34:36:52:52:0.590909:26:26:16:18:26:26:18:18 chr8 134114771 . C T 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0125152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.223;QD=21.0104;RBI=0.0379803;REFB=0.00666192;REVB=0.035859;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175522;STB=0.599822;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00397487;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:5:2:6:5:5:2 chr8 134125682 . G A 100.99 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00292756;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.289;QD=13.93;RBI=0.101151;REFB=0.00303007;REVB=-0.101108;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330707;STB=0.678928;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00756958;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:18:17:12:12:0.413793:3:9:8:10:3:9:8:9 chr8 134260948 . A G 322.48 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00758419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5415;QD=47.7752;RBI=0.0866185;REFB=-0.0622898;REVB=-0.0862859;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661725;STB=0.535686;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00232934;OID=.;OPOS=134260948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:13:12:0:2:13:12:0:2 chr8 134292516 . A G 289.02 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.152786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2711;QD=52.5487;RBI=0.154871;REFB=0;REVB=0.0253259;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00380516;OID=.;OPOS=134292516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr8 134474148 . C T 541.52 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00546987;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.867;QD=24.6145;RBI=0.0068348;REFB=-0.0133237;REVB=0.00409816;RO=37;SAF=28;SAR=22;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596782;STB=0.503224;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0102049;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:37:38:50:50:0.568182:22:28:21:16:22:28:21:17 chr8 134488007 . G A 181.46 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0404095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.569;QD=21.9947;RBI=0.0564312;REFB=-0.007002;REVB=0.0393898;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296492;STB=0.670786;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00891078;OID=.;OPOS=134488007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:18:19:0.575758:12:6:10:4:13:6:10:4 chr8 135521970 . G A 175.97 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0224333;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.838;QD=10.0552;RBI=0.0245563;REFB=-0.0122455;REVB=0.00998795;RO=46;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353909;STB=0.516115;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0172891;OID=.;OPOS=135521970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:18:5:11:35:18:5:11:36 chr8 135522364 . A G 209.49 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0400159;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5633;QD=11.0256;RBI=0.053089;REFB=-0.0202089;REVB=-0.034888;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145777;STB=0.590293;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.020913;OID=.;OPOS=135522364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:49:50:26:26:0.342105:12:14:20:29:12:14:20:30 chr8 135602581 . A G 754.6 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0698499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6939;QD=54.8796;RBI=0.0819763;REFB=-0.0836256;REVB=0.0429081;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00777121;OID=.;OPOS=135602581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr8 135602590 . C T 281.6 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0300639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.259;QD=22.5282;RBI=0.0422173;REFB=0.000523144;REVB=0.0296388;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357815;STB=0.519985;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.000863077;OID=.;OPOS=135602590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:11:13:13:13:11:13 chr8 135612595 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.897;QD=55.0963;RBI=0.0300989;REFB=0;REVB=0.0297002;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013365;OID=.;OPOS=135612595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr8 135612745 . A G 1472.51 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.888;QD=63.3337;RBI=0.0613039;REFB=0;REVB=0.0237232;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001389;OID=.;OPOS=135612745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:47:44:0:0:48:45:0:0 chr8 135614705 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.92;QD=58.7796;RBI=0.0362636;REFB=0;REVB=-0.0346831;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473888;OID=.;OPOS=135614705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr8 135614972 . A G 1156.8 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.642;QD=59.323;RBI=0.0640171;REFB=-0.0844173;REVB=-0.0127676;RO=1;SAF=26;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091908;STB=0.504853;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00248369;OID=.;OPOS=135614972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:51:26:0:1:51:26:0:1 chr8 135649848 . G A 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0466966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.345;QD=23.2362;RBI=0.0558568;REFB=-0.0203521;REVB=0.0306498;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274539;STB=0.515401;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0154734;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:13:5:4:9:13:5:4:9 chr8 136659426 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.318;QD=49.5992;RBI=0.0193863;REFB=0;REVB=0.0190616;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10421e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr8 139143942 . A G 705.68 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0216093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1664;QD=58.8063;RBI=0.07592;REFB=-0.0147538;REVB=0.0727797;RO=2;SAF=13;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203286;STB=0.511057;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00207626;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:47:48:2:2:45:46:0.958333:32:13:1:1:33:13:1:1 chr8 139143971 . G A 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0133988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3148;QD=12.0186;RBI=0.0242574;REFB=-0.0146981;REVB=-0.0202212;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146705;STB=0.585661;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0329419;OID=.;OPOS=139143971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:6:19:9:5:6:19 chr8 139149406 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00733952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.238;QD=17.9401;RBI=0.0685898;REFB=-0.0284856;REVB=0.068196;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018094;STB=0.510298;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0365822;OID=.;OPOS=139149406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:9:10:12:10:9:10:12:10 chr8 139165272 . T C 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00416182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.551;QD=8.89845;RBI=0.0045316;REFB=-0.0127881;REVB=-0.00179295;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349353;STB=0.502073;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0244575;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:10:11:25:23:10:11:25:23 chr8 139165289 . T C 196.54 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-6.49301e-05;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9953;QD=10.624;RBI=0.0578569;REFB=-0.0223034;REVB=0.0578568;RO=49;SAF=15;SAR=10;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103453;STB=0.560391;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0416823;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:49:49:25:25:0.337838:10:15:25:24:10:15:25:24 chr8 139626176 . C G 1302.11 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0489;QD=62.0053;RBI=0.0318214;REFB=0;REVB=-0.0199128;RO=0;SAF=38;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91168e-05;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:45:38:0:0:46:38:0:0 chr8 139647262 . A G 43.72 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00808413;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.845;QD=4.72686;RBI=0.0123554;REFB=-0.00821705;REVB=-0.00934365;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338253;STB=0.745594;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0353376;OID=.;OPOS=139647262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:37:37:28:30:7:7:0.189189:2:5:12:16:2:5:12:18 chr8 139672671 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0107812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.384;QD=17.0332;RBI=0.0115525;REFB=-0.0108556;REVB=-0.00415041;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.537314;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0148996;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:12:10:7:11:12:10 chr8 139697478 . T C 1491.22 PASS AF=0.491961;AO=150;DP=311;FAO=153;FDP=311;FR=.;FRO=158;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=64;FSRR=94;FWDB=0.0266717;FXX=0.00638957;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5063;QD=19.1796;RBI=0.027736;REFB=-0.0284092;REVB=0.00760971;RO=137;SAF=63;SAR=87;SRF=55;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166813;STB=0.506924;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0160994;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:311:137:158:150:153:0.491961:87:63:55:82:89:64:64:94 chr8 139701209 . G T 213.03 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=85;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.015216;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.008;QD=10.1441;RBI=0.0235321;REFB=-0.01375;REVB=-0.0179509;RO=57;SAF=11;SAR=16;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982971;STB=0.557598;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.043198;OID=.;OPOS=139701209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:57:57:27:27:0.321429:16:11:28:29:16:11:28:29 chr8 139712323 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.075;QD=56.9555;RBI=0.0398603;REFB=0;REVB=0.0378872;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102127;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr8 139712346 . A G 348.91 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00376374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7363;QD=22.879;RBI=0.0350219;REFB=-0.0154811;REVB=-0.0348191;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342368;STB=0.501886;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0115057;OID=.;OPOS=139712346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:19:16:12:14:19:16:12:14 chr8 139727981 . A G 118.86 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.127721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.232;QD=13.2063;RBI=0.128109;REFB=-0.012959;REVB=-0.00996247;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153548;STB=0.591404;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0119148;OID=.;OPOS=139727981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:12:2:5:17:12:2:5:17 chr8 139736933 . C A 375.2 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00400863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.677;QD=50.0268;RBI=0.0113022;REFB=-0.163613;REVB=0.0105675;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.541637;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00164255;OID=.;OPOS=139736933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:0:2:28:28:0.933333:17:11:0:0:17:11:2:0 chr8 139768085 . G A 393.15 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.535;QD=56.1649;RBI=0.079493;REFB=0;REVB=-0.00110059;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415067;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr8 139809111 . G T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0882576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.298;QD=6.57347;RBI=0.0890834;REFB=0.000194415;REVB=0.0121018;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603731;STB=0.877291;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00334113;OID=.;OPOS=139809111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:4:12:1:5:4:12 chr8 139838912 . T C 601.13 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.86;QD=58.647;RBI=0.0663668;REFB=0.0385322;REVB=0.0584515;RO=1;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347063;STB=0.518509;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=1.39491e-05;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:13:27:0:1:13:27:0:1 chr8 140630990 . AC CG,GC 441.44 PASS AF=0.0645161,0.935484;AO=2,29;DP=32;FAO=2,29;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210857,0.0161079;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=44.2532,78.1193;QD=56.9601;RBI=0.00790393,0.055224;REFB=0,0;REVB=0.00761748,0.0528226;RO=0;SAF=2,10;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00941361,0.00181099;OID=.,.;OPOS=140630990,140630990;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:31:0:0:2,29:2,29:0.0645161,0.935484:0,19:2,10:0:0:0,19:2,10:0:0 chr8 140945896 . G A 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0244315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.207;QD=22.4366;RBI=0.0253531;REFB=-0.0318611;REVB=-0.00677377;RO=23;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477204;STB=0.531626;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0231174;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:25:33:33:0.568966:11:22:14:9:11:22:15:10 chr8 141310644 . G A 1895.74 PASS AF=0.992126;AO=123;DP=128;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250447;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.774;QD=59.7083;RBI=0.0259852;REFB=-0.0855227;REVB=-0.00692777;RO=0;SAF=60;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503936;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000803486;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:127:0:1:123:126:0.992126:63:60:0:0:63:63:0:1 chr8 141461062 . G A 618.51 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0742642;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4757;QD=61.8512;RBI=0.0973675;REFB=0;REVB=0.0629702;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329162;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr8 141461185 . A G 303.47 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.0369;QD=50.579;RBI=0.0910434;REFB=0;REVB=0.0897086;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00943557;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:19:24:1:2:17:0:0:7:17:0:0 chr8 141461266 . A G 1028.95 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8899;QD=58.7971;RBI=0.0833369;REFB=0;REVB=0.0511023;RO=0;SAF=47;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00313988;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:18:47:0:0:19:51:0:0 chr8 141559358 . G A 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0132659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.294;QD=15.1662;RBI=0.0231421;REFB=-0.0172445;REVB=0.0189624;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087676;STB=0.549875;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0203591;OID=.;OPOS=141559358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:17:13:12:11:17:13 chr8 141566311 . C T 458.74 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0466689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.615;QD=23.5252;RBI=0.0468275;REFB=-0.0219675;REVB=0.00385107;RO=34;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413624;STB=0.522717;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0177979;OID=.;OPOS=141566311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:21:23:16:18:21:23:16:18 chr8 141568622 . G A 1673.87 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8189;QD=60.3197;RBI=0.0130579;REFB=0;REVB=-0.00587621;RO=0;SAF=38;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7808e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35522e-05;OID=.;OPOS=141568622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:73:38:0:0:73:38:0:0 chr8 141679817 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.531;QD=56.1907;RBI=0.100558;REFB=0;REVB=0.00238743;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579352;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr8 142146708 . T C 222.67 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.937;QD=49.4816;RBI=0.0124489;REFB=0;REVB=-0.00899474;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125582;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr8 142152442 . A G 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0098983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.604;QD=55.6052;RBI=0.0186557;REFB=-0.0597403;REVB=0.0158133;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000638442;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:0:1 chr8 142154291 . G A 171.24 PASS AF=0.315068;AO=21;DP=70;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00209862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.582;QD=9.38308;RBI=0.00247222;REFB=-0.0139485;REVB=-0.00130677;RO=48;SAF=12;SAR=9;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649382;STB=0.508149;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0334928;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:48:50:21:23:0.315068:9:12:30:18:9:14:31:19 chr8 142161032 . A C 220.59 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0123178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.533;QD=14.2317;RBI=0.0254188;REFB=-0.0265348;REVB=-0.0222348;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141903;STB=0.575701;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0315399;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:35:36:25:26:0.419355:13:12:12:23:14:12:12:24 chr8 142161873 . C T 161.51 PASS AF=0.377778;AO=15;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00272986;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1425;QD=14.3566;RBI=0.0238542;REFB=0.0151515;REVB=0.0236975;RO=25;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306666;STB=0.587049;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000864921;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:26:15:17:0.377778:12:3:11:14:12:5:11:15 chr8 142161888 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00508692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6257;QD=13.6602;RBI=0.00960463;REFB=-0.0122476;REVB=0.00814691;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462575;STB=0.545388;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00895726;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:9:5:8:12:9:5:9:12 chr8 142168337 . C T 310.6 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00264074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3603;QD=23.4415;RBI=0.0176032;REFB=-0.0198025;REVB=-0.017404;RO=22;SAF=12;SAR=19;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131469;STB=0.572141;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0213721;OID=.;OPOS=142168337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:19:12:5:17:19:12:5:17 chr8 142185580 . G A 267.21 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0113303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.766;QD=28.1273;RBI=0.0371758;REFB=-0.0135331;REVB=0.0354072;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754261;STB=0.541632;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00455392;OID=.;OPOS=142185580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:11:13:6:8:11:13:6:8 chr8 142185696 . C T 42.43 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0122449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1167;QD=4.8496;RBI=0.0134475;REFB=0.0101261;REVB=-0.00555839;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440454;STB=0.529329;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0401209;OID=.;OPOS=142185696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:11:17:4:3:11:17 chr8 142185718 . T C 237.39 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0799611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.232;QD=33.9126;RBI=0.0875524;REFB=0.0246031;REVB=0.0356601;RO=7;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478891;STB=0.52629;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00229678;OID=.;OPOS=142185718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:28:28:7:7:21:21:0.75:14:7:3:4:14:7:3:4 chr8 142200467 . G A 232.05 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.013561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.955;QD=14.7335;RBI=0.0142683;REFB=-0.0230751;REVB=0.00443678;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374231;STB=0.510994;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0341149;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:36:27:27:0.428571:16:11:13:22:16:11:14:22 chr8 142202856 . C T 142.65 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0450846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.502;QD=22.8242;RBI=0.0462309;REFB=-0.0348268;REVB=-0.0102311;RO=10;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259226;STB=0.646851;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0307653;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:4:11:4:6:4:11:4:6 chr8 142202884 . T C 456.24 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00740447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.396;QD=50.6934;RBI=0.0436119;REFB=-0.0163551;REVB=0.0429787;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.551692;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00208267;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:0:3:33:33:0.916667:20:13:0:0:20:13:3:0 chr8 142204326 . C G 42.54 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00838472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.753;QD=7.08973;RBI=0.0125383;REFB=-0.00456541;REVB=0.00932228;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404914;STB=0.689165;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0169467;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:23:24:17:17:6:7:0.291667:4:2:12:5:4:3:12:5 chr8 142221360 . GC G,GG 219.98 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=3,15;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521651,0.0501635;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.471,221.912;QD=48.8847;RBI=0.0528742,0.0506198;REFB=0,0;REVB=0.00863092,0.00678191;RO=0;SAF=2,3;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0191495,0.00469242;OID=.,.;OPOS=142221361,142221361;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:3,15:18:2,16:18:0:1,4:1,12:0:0:6:0:2,3:1,12:0:0 chr8 142221794 . C A 716.58 PASS AF=0.452941;AO=76;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=38;FSRR=55;FWDB=-0.0453573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.064;QD=16.8606;RBI=0.0454171;REFB=-0.0182308;REVB=-0.00232977;RO=93;SAF=32;SAR=44;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236651;STB=0.503936;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0234013;OID=.;OPOS=142221794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:93:93:76:77:0.452941:44:32:37:56:45:32:38:55 chr8 142222374 . A C,G 1398.04 PASS AF=0.043956,0.956044;AO=4,87;DP=91;FAO=4,87;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=4,42;FSAR=0,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661075,-0.0284495;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.123,59.3515;QD=61.4523;RBI=0.0118501,0.0287137;REFB=0,0;REVB=-0.00983483,0.00388578;RO=0;SAF=4,42;SAR=0,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.519e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.234869,-0.00280511;OID=.,.;OPOS=142222374,142222374;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:91:91:0:0:4,87:4,87:0.043956,0.956044:0,45:4,42:0:0:0,45:4,42:0:0 chr8 142222445 . T C 1396.11 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7637;QD=62.7467;RBI=0.0396251;REFB=0;REVB=0.0251027;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85376e-05;OID=.;OPOS=142222445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:53:35:0:0:54:35:0:0 chr8 142225990 . G A 386.54 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0187644;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2872;QD=26.2062;RBI=0.0488609;REFB=0.0167382;REVB=0.0451141;RO=22;SAF=14;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107131;STB=0.512094;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.00741481;OID=.;OPOS=142225990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:23:14:8:14:23:14:9:13 chr8 142228809 . T C 330.66 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0305488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5354;QD=50.8713;RBI=0.036328;REFB=-0.173022;REVB=-0.0196594;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00715272;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:11:13:1:0:12:13:1:0 chr8 142228909 . G A 141.03 PASS AF=0.535714;AO=16;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0318599;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.165;QD=20.1465;RBI=0.0476437;REFB=-0.0155872;REVB=0.035424;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.529372;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0145239;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:16:15:0.535714:9:7:6:7:9:6:6:7 chr8 142229891 . A G 2298.43 PASS AF=1;AO=151;DP=153;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545182;FXX=0.00653552;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.056;QD=60.4851;RBI=0.0606134;REFB=0;REVB=0.0264906;RO=0;SAF=77;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98372e-05;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:153:152:0:0:151:152:1:74:77:0:0:74:78:0:0 chr8 142266691 . A C 1134.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.042;QD=60.5066;RBI=0.0211518;REFB=0;REVB=0.0178774;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35944e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:51:23:0:0:52:23:0:0 chr8 142367014 . C T 705.12 PASS AF=0.8;AO=56;DP=72;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0148779;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.158;QD=40.2927;RBI=0.0258635;REFB=-0.0220042;REVB=0.0211558;RO=14;SAF=32;SAR=24;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027109;STB=0.514518;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00367078;OID=.;OPOS=142367014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:72:70:14:14:56:56:0.8:24:32:7:7:24:32:7:7 chr8 142367335 . T C 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9376;QD=58.1343;RBI=0.0336843;REFB=0;REVB=0.0285744;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021881;OID=.;OPOS=142367335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr8 142367400 . G A 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.181;QD=62.9829;RBI=0.0469229;REFB=0;REVB=0.0350219;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124252;OID=.;OPOS=142367400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr8 142367559 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.319;QD=45.8056;RBI=0.0603883;REFB=0;REVB=-0.0532041;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170103;OID=.;OPOS=142367559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chr8 142459814 . C T 1336.2 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00457733;FXX=0.0215031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.925;QD=58.7339;RBI=0.00965453;REFB=-0.0441544;REVB=0.00850047;RO=3;SAF=30;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450533;STB=0.523804;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000244766;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:91:91:3:3:88:88:0.967033:58:30:3:0:58:30:3:0 chr8 142476529 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0070823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.438;QD=55.6561;RBI=0.057444;REFB=0;REVB=0.0570057;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158968;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr8 142488837 . G A 734.1 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0633935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.555;QD=61.1748;RBI=0.0743447;REFB=-0.0547949;REVB=0.0388381;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000475627;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:25:22:1:0:25:22:1:0 chr8 142490078 . CG C,CA 1120.06 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=12,54;DP=76;FAO=2,74;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581416,0.112865;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.6725,167.146;QD=58.9503;RBI=0.0504972,0.115891;REFB=0,0;REVB=0.0501614,0.0263109;RO=1;SAF=2,15;SAR=10,39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0430526,0.0119331;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000974656,0.000200948;OID=.,.;OPOS=142490079,142490079;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0263158,0.973684:12,54:76:2,74:76:0:2,21:0,53:0:0:5:1:2,15:10,39:0:1 chr8 142490080 . T A 91.19 PASS AF=0.210526;AO=13;DP=73;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=41;FWDB=-0.0177795;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=73.6356;QD=4.79959;RBI=0.0306713;REFB=-0.00691469;REVB=0.0249923;RO=60;SAF=2;SAR=11;SRF=19;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277052;STB=0.565488;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00513109;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:73:76:60:60:13:16:0.210526:11:2:19:41:12:4:19:41 chr8 142490120 . G T 729.21 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288185;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0319;QD=57.1928;RBI=0.0408698;REFB=0;REVB=0.02898;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775872;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr8 142505037 . T TC 642.31 PASS AF=1;AO=7;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127566;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.512;QD=45.0745;RBI=0.158053;REFB=0;REVB=-0.0933146;RO=52;SAF=7;SAR=0;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.703362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000889127;OID=.;OPOS=142505038;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:59:57:57:0:24:33:0:0:4:52:7:0:18:34 chr8 142505038 . T C 652.94 PASS AF=0.910714;AO=50;DP=57;FAO=51;FDP=56;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0271905;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.355;QD=46.6388;RBI=0.0372872;REFB=-0.0183158;REVB=0.0255149;RO=5;SAF=17;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120077;STB=0.560951;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00287251;OID=.;OPOS=142505038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:57:56:5:5:50:51:0.910714:33:17:5:0:33:18:5:0 chr8 142505578 . C A 530.24 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=92;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0422238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5593;QD=22.8059;RBI=0.0476553;REFB=-0.00523113;REVB=0.0220948;RO=43;SAF=19;SAR=30;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878306;STB=0.541833;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00468037;OID=.;OPOS=142505578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:43:43:49:50:0.537634:30:19:21:22:30:20:21:22 chr8 142506461 . A G 177.9 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0250287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.073;QD=10.9477;RBI=0.0366037;REFB=-0.0116066;REVB=-0.0267095;RO=42;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900426;STB=0.539966;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0177051;OID=.;OPOS=142506461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:42:42:22:23:0.353846:13:9:14:28:14:9:14:28 chr8 142517222 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3948;QD=52.611;RBI=0.0820404;REFB=0;REVB=-0.0523637;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00321993;OID=.;OPOS=142517222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr8 142517227 . C T 262.57 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0541396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5868;QD=47.74;RBI=0.0643998;REFB=-0.109054;REVB=-0.0348745;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00905334;OID=.;OPOS=142517227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:8:13:0:1:8:13:0:1 chr8 143257760 . G C 230.25 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.209234;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.313;QD=46.0491;RBI=0.209732;REFB=-0.0869218;REVB=0.0144365;RO=1;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279067;STB=0.515136;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00197644;OID=.;OPOS=143257760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:16:3:0:1:16:3:0:1 chr8 143413136 . C T 494.43 PASS AF=0.473214;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.000274492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.647;QD=17.6582;RBI=0.0149922;REFB=-3.80472e-05;REVB=0.0149897;RO=58;SAF=32;SAR=21;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24093;STB=0.637399;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=8.02283e-05;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:58:59:53:53:0.473214:21:32:20:38:21:32:20:39 chr8 143425720 . T C 278.37 PASS AF=0.56;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0331452;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.449;QD=22.2696;RBI=0.033266;REFB=-0.0324134;REVB=0.0028328;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360531;STB=0.519986;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0305775;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:22:22:28:28:0.56:14:14:10:12:14:14:10:12 chr8 143427178 . C G 368.04 PASS AF=0.507246;AO=28;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=31;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00992695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.158;QD=21.3355;RBI=0.0747344;REFB=-0.0117422;REVB=0.0740722;RO=22;SAF=15;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171432;STB=0.611496;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0122936;OID=.;OPOS=143427178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:22:31:28:35:0.507246:13:15:7:15:19:16:7:24 chr8 143436034 . A G 215.03 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0174724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.414;QD=21.5029;RBI=0.0199288;REFB=-0.00925064;REVB=-0.00958491;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718662;STB=0.529384;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0162855;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:11:9:7:12:12:9:7:12 chr8 143603418 . G C 1167.87 PASS AF=0.963415;AO=79;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0145022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9581;QD=56.9695;RBI=0.0238548;REFB=0.0211746;REVB=0.0189403;RO=3;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318847;STB=0.51685;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00573141;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:79:79:0.963415:43:36:0:3:43:36:0:3 chr8 143623372 . C A 280.89 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00343528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.975;QD=14.4047;RBI=0.00395427;REFB=-0.0162763;REVB=-0.00195834;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988675;STB=0.549808;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.037606;OID=.;OPOS=143623372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:18:14:24:21:18:14:24:22 chr8 143623459 . G T 598.0 PASS AF=0.545455;AO=56;DP=108;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0234073;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.2;QD=21.7456;RBI=0.023617;REFB=-0.0324493;REVB=0.00314031;RO=49;SAF=32;SAR=24;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871581;STB=0.564554;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.026958;OID=.;OPOS=143623459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:49:50:56:60:0.545455:24:32:23:26:24:36:23:27 chr8 143694775 . G C 110.92 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0224902;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.877;QD=13.4449;RBI=0.0309515;REFB=-0.0244719;REVB=-0.0212647;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.629432;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0346075;OID=.;OPOS=143694775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:20:20:12:13:0.393939:8:4:12:8:8:5:12:8 chr8 143695144 . G A 385.02 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0198063;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.72;QD=14.8083;RBI=0.0333458;REFB=-0.0304155;REVB=0.0268264;RO=60;SAF=21;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091434;STB=0.551415;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0386202;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:60:60:44:44:0.423077:23:21:34:26:23:21:34:26 chr8 143746050 . C T 288.86 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0198362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.532;QD=21.0079;RBI=0.0217371;REFB=-0.0270113;REVB=0.00888983;RO=25;SAF=24;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318268;STB=0.678439;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.021207;OID=.;OPOS=143746050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:6:24:12:13:6:24:12:13 chr8 143746069 . T C 277.56 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.031494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.8268;QD=20.5598;RBI=0.0315738;REFB=-0.000595588;REVB=-0.00224385;RO=25;SAF=24;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365165;STB=0.705721;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00048018;OID=.;OPOS=143746069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:5:24:12:13:5:24:12:13 chr8 143746087 . CCA C 415.17 PASS AF=0.888889;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0103916;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=2;MLLD=261.22;QD=36.9039;RBI=0.0139913;REFB=-0.0477838;REVB=-0.00936861;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515997;STBP=0.629;TYPE=del;VARB=0.000980317;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:39:41:40:45:5:27:13:4:1:13:0:26:13:0:0 chr8 143746416 . A G 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00487079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.152;QD=19.3685;RBI=0.0289739;REFB=-0.0503262;REVB=0.0285615;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390506;STB=0.723701;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0177617;OID=.;OPOS=143746416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:7:3:6:1:7:3:6:1 chr8 143746701 . A G 273.83 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0121549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.396;QD=17.6662;RBI=0.0162472;REFB=-0.0129493;REVB=-0.0107809;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028787;STB=0.516118;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0142422;OID=.;OPOS=143746701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:17:15:15:15:17:15 chr8 143747271 . C G 479.26 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00733337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5819;QD=17.1163;RBI=0.0223762;REFB=-0.0163356;REVB=-0.0211404;RO=60;SAF=32;SAR=20;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652571;STB=0.536362;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0162287;OID=.;OPOS=143747271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:60:52:52:0.464286:20:32:33:27:20:32:33:27 chr8 143761931 . C T 288.95 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0384224;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9163;QD=21.0148;RBI=0.0749258;REFB=-0.0331772;REVB=-0.0643242;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279229;STB=0.515479;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0214251;OID=.;OPOS=143761931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:25:30:30:0.545455:17:13:10:15:17:13:10:15 chr8 143762807 . G A 1870.7 PASS AF=0.597865;AO=167;DP=280;FAO=168;FDP=281;FR=.;FRO=113;FSAF=99;FSAR=69;FSRF=70;FSRR=43;FWDB=0.0152285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.592;QD=26.6292;RBI=0.0229045;REFB=-0.0171807;REVB=-0.0171088;RO=110;SAF=98;SAR=69;SRF=68;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238842;STB=0.512592;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0110576;OID=.;OPOS=143762807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:110:113:167:168:0.597865:69:98:68:42:69:99:70:43 chr8 143763490 . T C 72.51 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0331528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.868;QD=8.78932;RBI=0.038703;REFB=-0.033497;REVB=-0.0199703;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232628;STB=0.634622;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0683067;OID=.;OPOS=143763490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:22:23:10:10:0.30303:8:2:8:14:8:2:8:15 chr8 143783164 . G A 196.16 PASS AF=0.413793;AO=21;DP=55;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.000225991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6285;QD=13.5281;RBI=0.0266759;REFB=-0.000512907;REVB=0.0266749;RO=34;SAF=4;SAR=17;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261232;STB=0.539181;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00352153;OID=.;OPOS=143783164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:34:34:21:24:0.413793:17:4:7:27:20:4:7:27 chr8 143784275 . C T 162.35 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0093882;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.834;QD=21.6463;RBI=0.02494;REFB=-0.0123115;REVB=0.0231055;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224043;STB=0.502509;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181674;OID=.;OPOS=143784275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:14:16:0.533333:10:4:4:9:11:5:4:9 chr8 143808951 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.463;QD=43.4856;RBI=0.0572385;REFB=0;REVB=-0.0447382;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141263;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr8 143833850 . G A 1169.93 PASS AF=0.625;AO=105;DP=168;FAO=105;FDP=168;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=84;FSRF=12;FSRR=51;FWDB=-0.00718176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9578;QD=27.8555;RBI=0.0399122;REFB=-0.0425345;REVB=0.0392607;RO=56;SAF=21;SAR=84;SRF=10;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219463;STB=0.505617;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0290886;OID=.;OPOS=143833850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:56:63:105:105:0.625:84:21:10:46:84:21:12:51 chr8 143833856 . C T 967.58 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=75;FSRF=14;FSRR=54;FWDB=0.038945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.331;QD=24.1895;RBI=0.0432494;REFB=-0.0432842;REVB=0.0188095;RO=66;SAF=17;SAR=75;SRF=13;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153693;STB=0.514605;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0342408;OID=.;OPOS=143833856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:66:68:92:92:0.575:75:17:13:53:75:17:14:54 chr8 143922620 . C T 338.87 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0129758;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.201;QD=19.9334;RBI=0.0201794;REFB=-0.0140337;REVB=-0.0154544;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123017;STB=0.55946;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0193401;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:33:35:35:0.514706:18:17:11:21:18:17:12:21 chr8 143959174 . T C 50.2 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.017314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.291;QD=2.78882;RBI=0.039658;REFB=-0.0080971;REVB=-0.0356789;RO=61;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249141;STB=0.66455;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0485212;OID=.;OPOS=143959174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:72:61:62:10:10:0.138889:4:6:24:37:4:6:25:37 chr8 143959250 . T C 753.71 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6911;QD=54.8151;RBI=0.0621234;REFB=0.0225512;REVB=-0.0378841;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000837393;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:36:18:1:0:36:18:1:0 chr8 143960597 . G A 651.97 PASS AF=0.977273;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.164511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0876;QD=59.2704;RBI=0.168151;REFB=-0.00309216;REVB=0.0348;RO=1;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159086;STB=0.508471;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00315903;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:44:1:1:41:43:0.977273:29:12:0:1:29:14:0:1 chr8 143961005 . T C 350.62 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.095;QD=53.9413;RBI=0.0225875;REFB=0;REVB=0.00521784;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.90461e-05;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr8 143994702 . G T 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0144714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.334;QD=16.8943;RBI=0.0346377;REFB=-0.0251417;REVB=0.0314698;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136379;STB=0.578793;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0229455;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:6:3:5:5:6:3 chr8 143995761 . C T 534.79 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00546574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.193;QD=18.7645;RBI=0.0141365;REFB=-0.0257079;REVB=0.0130372;RO=58;SAF=28;SAR=28;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14297;STB=0.57892;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0315376;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:28:28:20:38:28:28:20:38 chr8 143996581 . G A 209.06 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00952638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.337;QD=13.7088;RBI=0.0216882;REFB=-0.019766;REVB=-0.0194839;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041769;STB=0.530807;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0285093;OID=.;OPOS=143996581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:36:25:25:0.409836:14:11:14:21:14:11:14:22 chr8 144239859 . A G 570.9 PASS AF=0.557692;AO=57;DP=104;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0552464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3823;QD=21.9575;RBI=0.0655398;REFB=0.0018954;REVB=0.0352606;RO=47;SAF=20;SAR=37;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222806;STB=0.61081;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000163058;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:46:57:58:0.557692:37:20:29:18:37:21:28:18 chr8 144240257 . C G 762.32 PASS AF=0.532847;AO=73;DP=137;FAO=73;FDP=137;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0210621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0202;QD=22.2575;RBI=0.0210834;REFB=0.0168531;REVB=-0.000946035;RO=62;SAF=46;SAR=27;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153353;STB=0.584762;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0135776;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:62:64:73:73:0.532847:27:46:28:34:27:46:29:35 chr8 144295183 . G T 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0183868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.697;QD=27.3838;RBI=0.0184947;REFB=0.0150287;REVB=0.00199444;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.538385;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00339051;OID=.;OPOS=144295183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:5:5:2:1:5:5:2:1 chr8 144295782 . G T 292.82 PASS AF=0.365591;AO=32;DP=91;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=0.0360486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3308;QD=12.5943;RBI=0.0906775;REFB=-0.0111614;REVB=0.083204;RO=59;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340379;STB=0.533313;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0225849;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:59:59:32:34:0.365591:22:10:20:39:24:10:20:39 chr8 144332012 . T C 613.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1691;QD=61.3229;RBI=0.0548944;REFB=0;REVB=0.048693;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179891;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr8 144332082 . T C 422.46 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.231;QD=56.3285;RBI=0.10829;REFB=0;REVB=0.0151514;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014392;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:20:10:0:0 chr8 144333315 . G A 1350.81 PASS AF=0.956989;AO=88;DP=92;FAO=89;FDP=93;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0185134;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.502;QD=58.0995;RBI=0.0192044;REFB=-0.0547905;REVB=0.0051052;RO=3;SAF=40;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133342;STB=0.512494;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00077215;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:93:3:4:88:89:0.956989:48:40:2:1:48:41:3:1 chr8 144333434 . G A,C 885.04 PASS AF=0.921875,0.0625;AO=59,3;DP=64;FAO=59,4;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25,4;FSAR=34,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106291,0.0983368;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=179.698,26.9137;QD=55.3148;RBI=0.113786,0.104197;REFB=-0.132638,-0.0452241;REVB=0.0406131,0.0344504;RO=2;SAF=25,3;SAR=34,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0362549,0;STB=0.509801,0.5;STBP=0.303,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000995882,0.0424437;OID=.,.;OPOS=144333434,144333434;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:64:64:2:1:59,3:59,4:0.921875,0.0625:34,0:25,3:2:0:34,0:25,4:1:0 chr8 144351631 . CA C,CG 1129.84 PASS AF=0.194805,0.805195;AO=17,55;DP=76;FAO=15,62;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=11,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171279,0.0147889;FXX=0.0128189;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.415,195.725;QD=58.6929;RBI=0.0411989,0.0392397;REFB=0,0;REVB=0.0374697,0.0363462;RO=0;SAF=6,19;SAR=11,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.75811e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0295454,0.000184363;OID=.,.;OPOS=144351632,144351632;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.194805,0.805195:17,55:76:15,62:77:0:4,21:11,41:0:0:44:0:6,19:11,36:0:0 chr8 144357213 . G C 330.47 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.025007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.108;QD=50.841;RBI=0.025394;REFB=-0.146383;REVB=0.00441679;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00197236;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:11:14:0:0:11:14:1:0 chr8 144378184 . C G 176.09 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.895;QD=46.9567;RBI=0.0521265;REFB=0;REVB=0.0456731;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414925;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:3:9:0:0:6:9:0:0 chr8 144378868 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6721;QD=44.6896;RBI=0.0334497;REFB=0;REVB=0.0205848;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017358;OID=.;OPOS=144378868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 144391924 . CT TC 121.85 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00838378;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=114.821;QD=34.8128;RBI=0.0171158;REFB=-0.134914;REVB=-0.0149219;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=mnp;VARB=0.0216494;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:11:13:0.928571:6:5:0:1:8:5:0:1 chr8 144391930 . G A 152.68 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00764289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.429;QD=40.7142;RBI=0.0125992;REFB=-0.183993;REVB=0.0100162;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00525544;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:0:1:9:5:0:1 chr8 144392368 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0065;QD=39.2026;RBI=0.0433026;REFB=0;REVB=-0.0330823;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012225;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr8 144409934 . C A 2505.09 PASS AF=0.949438;AO=168;DP=178;FAO=169;FDP=178;FR=.;FRO=9;FSAF=90;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0269665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.292;QD=56.2942;RBI=0.0276131;REFB=-0.0437872;REVB=0.00594057;RO=9;SAF=89;SAR=79;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190187;STB=0.510101;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00311068;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:178:178:9:9:168:169:0.949438:79:89:3:6:79:90:3:6 chr8 144409938 . A AG,G 2370.83 PASS AF=0.993939,0.00606061;AO=139,9;DP=177;FAO=164,1;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=83,1;FSAR=81,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226716,0.0224561;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=24.9644,6.14911;QD=57.4747;RBI=0.0359165,0.022985;REFB=0,0;REVB=-0.0278567,-0.00490221;RO=19;SAF=67,4;SAR=72,5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0698374,-0.378144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0026039,0.0626889;OID=.,.;OPOS=144409939,144409938;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:177:165:19:0:139,9:164,1:0.993939,0.00606061:72,5:67,4:15:4:81,0:83,1:0:0 chr8 144620183 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.804;QD=47.8138;RBI=0.0886751;REFB=0;REVB=0.0883089;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr8 144620342 . T C 919.68 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.332;QD=58.3922;RBI=0.0387634;REFB=0;REVB=0.0100519;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127229;OID=.;OPOS=144620342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:35:28:0:0 chr8 144620855 . C A 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2497;QD=59.8316;RBI=0.0281651;REFB=0;REVB=-0.0202941;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158692;OID=.;OPOS=144620855;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:48:54:0:0:48:54:0:0 chr8 144621084 . T G 962.71 PASS AF=0.944444;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=72;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000261138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.636;QD=53.4839;RBI=0.00961193;REFB=0.0556643;REVB=-0.00960839;RO=4;SAF=36;SAR=32;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00309311;STB=0.501639;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00169143;OID=.;OPOS=144621084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:72:4:4:68:68:0.944444:32:36:2:2:32:36:2:2 chr8 144624438 . C T 708.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.637;QD=62.9698;RBI=0.00980008;REFB=0;REVB=-0.00468972;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15761e-05;OID=.;OPOS=144624438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr8 144642178 . T C 902.55 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.674;QD=58.2291;RBI=0.0214617;REFB=0;REVB=0.00791894;RO=0;SAF=9;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95444e-05;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:51:9:0:0:53:9:0:0 chr8 144642244 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.63;QD=46.8469;RBI=0.0463576;REFB=0;REVB=0.0461118;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131017;OID=.;OPOS=144642244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr8 144642490 . G A 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0400054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.026;QD=59.7958;RBI=0.040018;REFB=-0.0230053;REVB=-0.00100731;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153996;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000772841;OID=.;OPOS=144642490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:30:13:0:1:30:13:0:1 chr8 144642626 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.646;QD=45.8068;RBI=0.0495874;REFB=0;REVB=0.0492014;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804505;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr8 144642854 . G A 928.0 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.964;QD=57.9998;RBI=0.0706864;REFB=0;REVB=0.0662507;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365836;OID=.;OPOS=144642854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:35:27:0:0:37:27:0:0 chr8 144643603 . G A 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000629881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.594;QD=60.0687;RBI=0.00338042;REFB=-0.0341913;REVB=-0.00332122;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.507461;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=7.03092e-05;OID=.;OPOS=144643603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:48:33:0:0:48:33:1:0 chr8 144649968 . C T 1487.97 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0232544;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3157;QD=61.3594;RBI=0.0681534;REFB=-0.168505;REVB=0.0640635;RO=2;SAF=61;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270728;STB=0.514283;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00219164;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:97:2:2:95:95:0.979381:34:61:0:2:34:61:0:2 chr8 144657801 . G A 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9558;QD=55.6459;RBI=0.0609094;REFB=0;REVB=0.0597612;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167174;OID=.;OPOS=144657801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr8 144658711 . G C 178.61 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0521216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.755;QD=12.5342;RBI=0.052849;REFB=-0.0246556;REVB=0.00873817;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857102;STB=0.559944;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0477516;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:14:8:15:19:14:8:16:19 chr8 144660046 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.77;QD=59.9375;RBI=0.0308053;REFB=0;REVB=0.0299456;RO=0;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01951e-05;OID=.;OPOS=144660046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:53:48:0:0:53:48:0:0 chr8 144661938 . C T 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0261215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3341;QD=26.4609;RBI=0.031496;REFB=-0.0431837;REVB=0.0175973;RO=18;SAF=16;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168969;STB=0.593567;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0286149;OID=.;OPOS=144661938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:10:16:7:11:10:16:7:11 chr8 144671244 . C A 558.13 PASS AF=0.95;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359357;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.433;QD=55.8132;RBI=0.0728164;REFB=-0.189074;REVB=0.0633313;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54543;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00166108;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:40:0:2:38:38:0.95:28:10:0:0:28:10:2:0 chr8 144671685 . G C 319.64 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.498;QD=53.2737;RBI=0.103546;REFB=0;REVB=0.0998597;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331713;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr8 144681777 . G T 1322.53 PASS AF=0.925234;AO=94;DP=103;FAO=99;FDP=107;FR=.;FRO=8;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0203274;FXX=0.0183469;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.5552;QD=49.4403;RBI=0.0594398;REFB=-0.12532;REVB=0.0558559;RO=9;SAF=55;SAR=39;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238099;STB=0.504201;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0172285;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:103:107:9:8:94:99:0.925234:39:55:4:5:44:55:4:4 chr8 144732363 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.172;QD=61.3309;RBI=0.0601175;REFB=0;REVB=0.0592642;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596478;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr8 144732418 . A G 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.495;QD=58.5793;RBI=0.0418506;REFB=0;REVB=-0.0207483;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02534e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr8 144732450 . G A 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0188579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.112;QD=16.6281;RBI=0.0227713;REFB=-0.00601385;REVB=0.0127636;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234553;STB=0.513493;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00791687;OID=.;OPOS=144732450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:4:10:9:4:4:10 chr8 144735347 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00579444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.375;QD=21.3531;RBI=0.0311566;REFB=-0.00114913;REVB=0.0306131;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128523;STB=0.572413;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00132994;OID=.;OPOS=144735347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:7:2:5:8:7:2 chr8 144735977 . T C 676.16 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0543557;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.141;QD=60.1027;RBI=0.0607066;REFB=0.00623673;REVB=0.0270325;RO=1;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199884;STB=0.510633;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000332666;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:21:23:1:0:21:23:1:0 chr8 144774233 . T C 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0232461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.58;QD=9.58961;RBI=0.0292088;REFB=-0.00354218;REVB=0.0176854;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148237;STB=0.590759;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00817296;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:10:3:10:20:10:3:10:20 chr8 144775871 . C A 230.61 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00310357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.733;QD=17.739;RBI=0.0568089;REFB=-5.04561e-06;REVB=-0.0567241;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10358;STB=0.558236;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.000680683;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:16:11:13:12:16:11 chr8 144776109 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.826;QD=49.5964;RBI=0.0610918;REFB=0;REVB=-0.0609391;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119418;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr8 144801243 . C T 134.61 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.00387898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.25;QD=6.64758;RBI=0.0120679;REFB=-0.00956577;REVB=-0.0114275;RO=59;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153705;STB=0.580289;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0241908;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:61:20:20:0.246914:9:11:25:34:9:11:27:34 chr8 144801593 . C A 452.24 PASS AF=0.454545;AO=49;DP=109;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00260122;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.827;QD=16.4449;RBI=0.0300019;REFB=-0.0476396;REVB=0.0298889;RO=59;SAF=36;SAR=13;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196045;STB=0.613588;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0384273;OID=.;OPOS=144801593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:59:60:49:50:0.454545:13:36:33:26:14:36:32:28 chr8 144802735 . AG CC 167.14 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00314248;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.555;QD=21.566;RBI=0.00315513;REFB=-0.023752;REVB=-0.000282342;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392056;STB=0.507803;STBP=0.953;TYPE=mnp;VARB=0.0210812;OID=.;OPOS=144802735;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:7:6:7:10:8:6 chr8 144808747 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0848269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1077;QD=12.7388;RBI=0.0895443;REFB=0.0256042;REVB=0.0286807;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0246417;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr8 144810322 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8961;QD=26.0262;RBI=0.122768;REFB=-0.0995067;REVB=0.11457;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0327156;OID=.;OPOS=144810322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr8 144811338 . C G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.531;QD=60.9768;RBI=0.0659492;REFB=0;REVB=0.0405739;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443574;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr8 144822037 . G T 917.89 PASS AF=0.61194;AO=79;DP=130;FAO=82;FDP=134;FR=.;FRO=52;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0165293;FXX=0.0428541;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.092;QD=27.3997;RBI=0.023071;REFB=-0.0387179;REVB=0.0160951;RO=47;SAF=47;SAR=32;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088945;STB=0.531207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0271018;OID=.;OPOS=144822037;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:134:47:52:79:82:0.61194:32:47:22:25:33:49:27:25 chr8 144885580 . A G 2511.11 PASS AF=0.988372;AO=160;DP=162;FAO=170;FDP=172;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0551198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4636;QD=58.398;RBI=0.0580031;REFB=-0.0395851;REVB=-0.0180601;RO=2;SAF=87;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00103553;STB=0.500412;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00127645;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:172:2:2:160:170:0.988372:73:87:1:1:79:91:1:1 chr8 144885669 . G C 238.76 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00851727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.727;QD=14.0448;RBI=0.0199402;REFB=-0.00721298;REVB=-0.0180296;RO=39;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292848;STB=0.508451;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00698134;OID=.;OPOS=144885669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:15:13:17:22:15:13:18:22 chr8 144889172 . A G 595.11 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.979;QD=61.0371;RBI=0.0514434;REFB=0;REVB=0.00615785;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170743;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:25:13:0:0:25:14:0:0 chr8 144890873 . A T 234.29 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461597;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.35;QD=52.0654;RBI=0.0583585;REFB=0;REVB=0.0357072;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145885;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr8 144893084 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00735639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.924;QD=10.2403;RBI=0.0100025;REFB=-0.00931874;REVB=0.00677746;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13765;STB=0.583166;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.01655;OID=.;OPOS=144893084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:9:10:4:6:9:10 chr8 144894496 . G A 765.2 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.949;QD=63.7662;RBI=0.0387022;REFB=0;REVB=0.0105672;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169014;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr8 144895553 . G A 233.4 PASS AF=0.472727;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0685755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1352;QD=16.9744;RBI=0.0720435;REFB=0.00552195;REVB=0.022083;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590725;STB=0.562453;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00557918;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:25:26:0.472727:14:11:11:18:14:12:10:19 chr8 144904690 . A G 613.63 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2611;QD=61.3627;RBI=0.0283691;REFB=0;REVB=0.0279082;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259361;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:26:14:0:0 chr8 144917790 . A G 133.77 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0049204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.023;QD=8.10748;RBI=0.0325827;REFB=-0.00342765;REVB=-0.032209;RO=46;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225574;STB=0.643409;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0106086;OID=.;OPOS=144917790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:47:19:19:0.287879:6:13:23:23:6:13:23:24 chr8 144940222 . A C 542.13 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.012038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.99;QD=19.7139;RBI=0.0309836;REFB=-0.0365761;REVB=-0.0285494;RO=53;SAF=18;SAR=38;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125815;STB=0.565933;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0271757;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:54:56:56:0.509091:38:18:24:29:38:18:24:30 chr8 144940230 . G C 818.12 PASS AF=0.567164;AO=76;DP=133;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00224025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.851;QD=24.4216;RBI=0.0493676;REFB=-0.0438264;REVB=0.0493167;RO=57;SAF=27;SAR=49;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069832;STB=0.54284;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0354804;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:57:58:76:76:0.567164:49:27:25:32:49:27:26:32 chr8 144940300 . G A 1890.7 PASS AF=0.6625;AO=159;DP=240;FAO=159;FDP=240;FR=.;FRO=81;FSAF=58;FSAR=101;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=1.15505e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.699;QD=31.5116;RBI=0.0136761;REFB=-0.00713297;REVB=0.0136761;RO=80;SAF=58;SAR=101;SRF=33;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317937;STB=0.519801;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00295317;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:80:81:159:159:0.6625:101:58:33:47:101:58:34:47 chr8 144940331 . C T 76.09 PASS AF=0.0995475;AO=22;DP=221;FAO=22;FDP=221;FR=.;FRO=199;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=118;FWDB=-0.00261949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.594;QD=1.37717;RBI=0.00405484;REFB=-0.00252042;REVB=0.00309516;RO=198;SAF=3;SAR=19;SRF=81;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379835;STB=0.794911;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0274736;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:221:221:198:199:22:22:0.0995475:19:3:81:117:19:3:81:118 chr8 144941181 . G C 375.77 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.532;QD=55.6696;RBI=0.0678839;REFB=0;REVB=0.051318;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569001;OID=.;OPOS=144941181;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr8 144943252 . G C 627.26 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0613239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8698;QD=26.136;RBI=0.0613856;REFB=-0.0115461;REVB=-0.00275031;RO=39;SAF=23;SAR=33;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194859;STB=0.506133;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00873081;OID=.;OPOS=144943252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:39:40:56:56:0.583333:33:23:17:22:33:23:17:23 chr8 144944176 . T C 168.3 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0174761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.272;QD=10.357;RBI=0.0407508;REFB=-0.0195118;REVB=-0.0368133;RO=43;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645838;STB=0.537781;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0432526;OID=.;OPOS=144944176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:10:12:21:22:10:12:21:22 chr8 144944460 . C A 38.52 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.177142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.316;QD=11.0043;RBI=0.183542;REFB=0.000829904;REVB=-0.0480433;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165314;OID=.;OPOS=144944460;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:4:4:3:3:4:4 chr8 144944638 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00481656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.239;QD=17.643;RBI=0.0445168;REFB=-0.0411239;REVB=0.0442554;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041038;STB=0.523757;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0171306;OID=.;OPOS=144944638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:2:5:6:3:2:5 chr8 144945191 . T C 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00780674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.724;QD=12.8664;RBI=0.00833457;REFB=-0.00464448;REVB=0.00291887;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290291;STB=0.666419;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00459898;OID=.;OPOS=144945191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:2:14:7:4:2:14 chr8 144945792 . T C 479.77 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0163023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.921;QD=17.1347;RBI=0.0200154;REFB=-0.0342899;REVB=-0.0116125;RO=59;SAF=24;SAR=28;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044931;STB=0.520653;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0475784;OID=.;OPOS=144945792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:52:52:0.464286:28:24:30:29:28:24:30:30 chr8 144945912 . G A 243.39 PASS AF=0.5;AO=17;DP=59;FAO=27;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00881283;FXX=0.0526223;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.908;QD=18.0287;RBI=0.0117114;REFB=-0.0493004;REVB=0.00771307;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299457;STB=0.566759;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0326601;OID=.;OPOS=144945912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:54:22:26:17:27:0.5:5:12:9:13:14:13:9:17 chr8 144946252 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00251252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.333;QD=20.8927;RBI=0.0599951;REFB=-0.00888118;REVB=-0.0599425;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0165638;OID=.;OPOS=144946252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:4:2:4:6:4:2 chr8 144946799 . C T 435.13 PASS AF=0.4;AO=50;DP=125;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.0112281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.285;QD=13.9242;RBI=0.0114169;REFB=-0.0116657;REVB=0.00206774;RO=73;SAF=36;SAR=14;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141428;STB=0.574153;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.015882;OID=.;OPOS=144946799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:73:75:50:50:0.4:14:36:44:29:14:36:46:29 chr8 144990528 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00201982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.054;QD=11.257;RBI=0.0259882;REFB=-0.0241568;REVB=-0.0259096;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.617332;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0209861;OID=.;OPOS=144990528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:7:5:2:6:7:5 chr8 144992103 . T C 546.26 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.018835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.004;QD=20.2317;RBI=0.0220102;REFB=-0.0151532;REVB=-0.0113881;RO=52;SAF=27;SAR=29;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116156;STB=0.563919;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0097486;OID=.;OPOS=144992103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:29:27:32:20:29:27:32:20 chr8 144992767 . C T 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0245924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.722;QD=20.4359;RBI=0.0266472;REFB=-0.0134139;REVB=0.0102608;RO=25;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28572;STB=0.649665;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00667099;OID=.;OPOS=144992767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:25:26:30:30:0.535714:11:19:7:18:11:19:8:18 chr8 144992862 . A G 281.5 PASS AF=0.435897;AO=15;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0210109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.797;QD=28.8722;RBI=0.0235547;REFB=-0.0327293;REVB=0.0106473;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282995;STB=0.522062;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0189847;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:13:15:17:0.435897:7:8:7:7:7:10:7:6 chr8 144993324 . C T 193.41 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0170814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.908;QD=24.9564;RBI=0.0186565;REFB=-0.0461833;REVB=-0.00750256;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632488;STB=0.535175;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0159275;OID=.;OPOS=144993324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:8:11:8:4:8:11:8:4 chr8 144993377 . A G 227.2 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0298485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8601;QD=28.4003;RBI=0.044393;REFB=-0.00194854;REVB=0.0328604;RO=10;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090917;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000573884;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:21:21:0.65625:7:14:8:2:7:14:8:3 chr8 144995494 . C T 716.56 PASS AF=0.681818;AO=60;DP=88;FAO=60;FDP=88;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.120686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.44;QD=32.5708;RBI=0.120897;REFB=-0.0238821;REVB=-0.00715363;RO=28;SAF=24;SAR=36;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390983;STB=0.52112;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0109552;OID=.;OPOS=144995494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:28:28:60:60:0.681818:36:24:13:15:36:24:13:15 chr8 144995736 . G A 176.3 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00572197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.981;QD=20.7408;RBI=0.0433065;REFB=-0.0266247;REVB=0.0429268;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168581;STB=0.594495;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0193366;OID=.;OPOS=144995736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:10:8:4:12:10:8:4:12 chr8 144996408 . T G 126.23 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.052698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.145;QD=10.9766;RBI=0.0530676;REFB=-0.0369986;REVB=-0.00625257;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345611;STB=0.715683;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0644767;OID=.;OPOS=144996408;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:11:4:17:13:11:4:18:13 chr8 144997656 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0774233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.606;QD=15.8391;RBI=0.0808874;REFB=0.0161589;REVB=-0.0234183;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45905;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.013797;OID=.;OPOS=144997656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:4:3:7:1:4:3 chr8 144997927 . G A 60.08 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0452445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7036;QD=17.1655;RBI=0.0496168;REFB=-0.0496788;REVB=0.0203657;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21129;STB=0.624664;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0486789;OID=.;OPOS=144997927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:3:3:6:2:3:3 chr8 144998444 . C T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.140751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2797;QD=22.8289;RBI=0.140813;REFB=-0.030449;REVB=-0.00418419;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337141;STB=0.692023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0304067;OID=.;OPOS=144998444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:6:4:12:3:6:4 chr8 144999417 . C T 181.1 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.157618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9815;QD=24.147;RBI=0.157773;REFB=-0.0346957;REVB=-0.00700972;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169801;STB=0.566594;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0162414;OID=.;OPOS=144999417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:13:12:17:18:0.6:9:8:9:4:9:9:8:4 chr8 145001031 . T C 402.45 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0284996;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.764;QD=24.0268;RBI=0.051494;REFB=-0.0477432;REVB=0.0428883;RO=28;SAF=12;SAR=27;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239446;STB=0.631891;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0227931;OID=.;OPOS=145001031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:28:28:39:39:0.58209:27:12:17:11:27:12:17:11 chr8 145001038 . G A 209.47 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.010478;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.026;QD=13.5143;RBI=0.0522134;REFB=-0.0199339;REVB=0.0511513;RO=37;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387646;STB=0.720529;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0182197;OID=.;OPOS=145001038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:37:37:25:25:0.403226:8:17:11:26:8:17:11:26 chr8 145001509 . T C 127.93 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.028188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8894;QD=20.4692;RBI=0.0517965;REFB=-0.0336904;REVB=0.0434547;RO=11;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448855;STB=0.764206;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0307707;OID=.;OPOS=145001509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:13:1:4:7:13:1:4:7 chr8 145001588 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5064;QD=23.2183;RBI=0.0128714;REFB=0.0565128;REVB=0.0128714;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00944634;OID=.;OPOS=145001588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr8 145001784 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0266987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.984;QD=20.838;RBI=0.0724929;REFB=-0.060026;REVB=0.0673973;RO=5;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970608;STB=0.555438;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.020596;OID=.;OPOS=145001784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:3:6:4:1:3:6:4:1 chr8 145007187 . G A 211.5 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.104115;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8847;QD=27.2901;RBI=0.139317;REFB=-0.0109611;REVB=0.0925709;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269029;STB=0.66083;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0390813;OID=.;OPOS=145007187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:32:31:8:10:16:18:0.580645:5:11:2:6:5:13:3:7 chr8 145008560 . A G 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.012623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.053;QD=17.3182;RBI=0.0140549;REFB=-0.0115103;REVB=-0.00618072;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0153293;OID=.;OPOS=145008560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:9:7:8:10:9:7:8:10 chr8 145011204 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.014812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.497;QD=20.8996;RBI=0.0570652;REFB=-0.0209484;REVB=-0.0551093;RO=24;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296995;STB=0.516517;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0166957;OID=.;OPOS=145011204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:15:13:12:12:15:13:12:12 chr8 145057868 . A G 302.23 PASS AF=0.472222;AO=32;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00497579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2359;QD=16.7904;RBI=0.0114362;REFB=-0.0456482;REVB=0.010297;RO=38;SAF=23;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153407;STB=0.556417;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0494867;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:38:32:34:0.472222:9:23:22:16:11:23:22:16 chr8 145058986 . A G 184.78 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00943796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.513;QD=26.3977;RBI=0.0114266;REFB=-0.0122728;REVB=-0.0064415;RO=9;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163095;STB=0.535675;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00375002;OID=.;OPOS=145058986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:28:9:10:17:18:0.642857:8:9:5:4:9:9:6:4 chr8 145060112 . G A 147.55 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00669718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1974;QD=17.885;RBI=0.089478;REFB=-0.00882331;REVB=0.089227;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112057;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00886974;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:8:7:10:7:8:8:10:7 chr8 145066886 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.104;QD=58.1378;RBI=0.0511226;REFB=0;REVB=-0.0384186;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000841209;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr8 145106301 . ACCCC ACCC,ACCCG 59.07 PASS AF=0.327273,0;AO=19,2;DP=55;FAO=18,0;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4,0;FSAR=14,0;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0159095,-0.0109981;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.4844,20.7853;QD=4.29625;RBI=0.0168804,0.0454621;REFB=-0.119676,-0.0666111;REVB=0.00564219,-0.0441117;RO=32;SAF=5,0;SAR=14,2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.24473,-0.434394;STB=0.683499,0.5;STBP=0.071,1;TYPE=del,snp;VARB=0.158406,0.144683;OID=.,.;OPOS=145106302,145106305;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCC,ACCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273,0:19,2:55:18,0:55:37:4,0:14,0:17:20:58:32:5,0:14,2:15:17 chr8 145107795 . G A 1423.39 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.367;QD=61.2212;RBI=0.0508185;REFB=0.0383964;REVB=0.0224408;RO=2;SAF=28;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03265;STB=0.508195;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-7.52801e-06;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:93:2:1:90:92:0.989247:62:28:2:0:62:30:1:0 chr8 145150831 . C CG 109.48 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150176;FXX=0.222099;HRUN=0;LEN=1;MLLD=70.2429;QD=31.2807;RBI=0.0762303;REFB=0;REVB=0.0747364;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000495651;OID=.;OPOS=145150832;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:18:14:14:0:8:6:0:0:3:16:1:1:7:9 chr8 145150832 . A G 222.96 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.673;QD=49.5457;RBI=0.0490826;REFB=0;REVB=0.038703;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764928;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr8 145154282 . G A 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00242579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.584;QD=23.2349;RBI=0.0240348;REFB=-0.0541257;REVB=-0.0239121;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0528617;OID=.;OPOS=145154282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:5:8:8:10:5:8 chr8 145160646 . T C 661.95 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.76;QD=61.5771;RBI=0.0226665;REFB=0;REVB=-0.00382353;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14925e-05;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr8 145161896 . T C 314.54 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0183052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8197;QD=46.5987;RBI=0.0189841;REFB=-0.0750742;REVB=0.00503127;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978817;STB=0.505296;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0118483;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:27:2:2:23:23:0.851852:10:13:1:1:10:13:1:1 chr8 145163414 . C G 1388.69 PASS AF=0.958763;AO=92;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00263206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2998;QD=57.2656;RBI=0.00459622;REFB=-0.112599;REVB=0.00376796;RO=5;SAF=64;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335618;STB=0.521611;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0169869;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:97:97:5:4:92:93:0.958763:28:64:2:3:28:65:1:3 chr8 145164847 . A G 415.03 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0547895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0241;QD=53.5522;RBI=0.119603;REFB=-0.0338925;REVB=-0.106316;RO=1;SAF=21;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216881;STB=0.51162;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00011733;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:9:21:1:0:9:21:1:0 chr8 145166134 . C G 267.96 PASS AF=0.454545;AO=29;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0125308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.859;QD=16.2397;RBI=0.0192728;REFB=-0.017348;REVB=0.0146431;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651105;STB=0.527477;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0185491;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:29:30:0.454545:14:15:21:15:14:16:21:15 chr8 145168611 . A G 342.72 PASS AF=0.64;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=18;FWDB=0.0281273;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.121;QD=27.4176;RBI=0.0282549;REFB=-0.0711604;REVB=0.0026828;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.679902;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00348191;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:0:18:32:32:0.64:16:16:0:0:16:16:0:18 chr8 145170440 . A C,G 1004.99 PASS AF=0.942029,0.057971;AO=64,5;DP=69;FAO=65,4;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31,3;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201779,-0.0524394;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=134.46,22.8435;QD=58.2604;RBI=0.0201791,0.0862281;REFB=0,0;REVB=-0.00021488,-0.0684499;RO=0;SAF=30,4;SAR=34,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00195245,-0.000567302;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:69:69:0:0:64,5:65,4:0.942029,0.057971:34,1:30,4:0:0:34,1:31,3:0:0 chr8 145170704 . A T 332.3 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.65;QD=53.1673;RBI=0.0644078;REFB=0;REVB=0.00150418;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372884;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:13:12:0:0 chr8 145223288 . C T 226.88 PASS AF=0.9;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.311;QD=45.3753;RBI=0.0744176;REFB=-0.0775983;REVB=0.0501905;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00609954;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:17:18:0.9:9:8:0:0:10:8:1:0 chr8 145578296 . A G 315.08 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00672519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.789;QD=15.3699;RBI=0.109182;REFB=-0.0022005;REVB=-0.108975;RO=44;SAF=30;SAR=5;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345734;STB=0.712728;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00141739;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:44:47:35:35:0.426829:5:30:27:17:5:30:28:19 chr8 145603114 . A C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0198695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.03;QD=5.57561;RBI=0.035543;REFB=-0.0105042;REVB=-0.0294704;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173364;STB=0.611357;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0348323;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:7:17:4:3:7:17 chr8 145618597 . G A 152.16 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0239949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.118;QD=30.4324;RBI=0.0250404;REFB=-0.0197371;REVB=-0.0071601;RO=5;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405403;STB=0.726942;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00239675;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:12:3:5:0:12:3:5:0 chr8 145623963 . G A 192.99 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0485092;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.018;QD=13.7846;RBI=0.0486816;REFB=-0.0269053;REVB=0.00409329;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00678824;STB=0.503885;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0607174;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:33:33:23:23:0.410714:12:11:16:17:12:11:16:17 chr8 145639726 . T C 1020.87 PASS AF=0.986111;AO=65;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.715;QD=56.7149;RBI=0.175057;REFB=-0.105852;REVB=0.173266;RO=1;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122705;STB=0.505616;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00283892;OID=.;OPOS=145639726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:65:71:0.986111:38:27:0:1:44:27:0:1 chr8 145640411 . A G 754.14 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.857;QD=62.8451;RBI=0.00619943;REFB=0;REVB=0.00565328;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92081e-06;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:32:16:0:0 chr8 145641328 . C T 122.66 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=19;FWDB=-0.0303917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.043;QD=5.84074;RBI=0.0690425;REFB=-0.00350208;REVB=0.0619936;RO=65;SAF=9;SAR=10;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292889;STB=0.678008;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0270899;OID=.;OPOS=145641328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:10:9:46:19:10:9:46:19 chr8 145641347 . G A 728.13 PASS AF=0.677778;AO=60;DP=89;FAO=61;FDP=90;FR=.;FRO=29;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=3.94507e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.212;QD=32.3612;RBI=0.0577804;REFB=-0.024431;REVB=0.0577804;RO=28;SAF=39;SAR=21;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721615;STB=0.547929;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00725312;OID=.;OPOS=145641347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:28:29:60:61:0.677778:21:39:15:13:21:40:15:14 chr8 145641392 . G A 253.83 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0224826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.651;QD=10.8013;RBI=0.0226341;REFB=-0.0148453;REVB=-0.00261432;RO=63;SAF=15;SAR=16;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642123;STB=0.53733;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0354352;OID=.;OPOS=145641392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:31:31:0.329787:16:15:34:29:16:15:34:29 chr8 145641564 . T G 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00953078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.359;QD=15.619;RBI=0.0184275;REFB=-0.00418397;REVB=0.0157714;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117513;STB=0.506768;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00617256;OID=.;OPOS=145641564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:10:15:11:7:10:15 chr8 145642002 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0827448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.977;QD=16.2712;RBI=0.0828707;REFB=-0.0200701;REVB=0.00456672;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240435;STB=0.637277;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0189128;OID=.;OPOS=145642002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:13:5:8:7:13:5 chr8 145661320 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.010115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.949;QD=9.19976;RBI=0.0456305;REFB=-0.0025911;REVB=0.0444952;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527602;STB=0.829762;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00624861;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:1:6:5:8:1:6:5:8 chr8 145661675 . G A 54.38 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0095855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9365;QD=9.06352;RBI=0.0428926;REFB=-0.0338189;REVB=0.0418078;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0693368;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:9:6:3:5:9:7 chr8 145665516 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.351;QD=54.5145;RBI=0.0136117;REFB=0;REVB=0.00812572;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.87432e-05;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr8 145665761 . G A 180.66 PASS AF=0.257732;AO=25;DP=97;FAO=25;FDP=97;FR=.;FRO=72;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0220635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.902;QD=7.44973;RBI=0.023184;REFB=-0.0300164;REVB=-0.00712042;RO=70;SAF=12;SAR=13;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164042;STB=0.586479;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0795867;OID=.;OPOS=145665761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:70:72:25:25:0.257732:13:12:43:27:13:12:43:29 chr8 145689915 . G A 826.11 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0486046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.319;QD=53.2974;RBI=0.0732637;REFB=-0.160237;REVB=0.0548193;RO=3;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310913;STB=0.510866;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00335408;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:3:2:59:60:0.967742:44:15:0:3:45:15:0:2 chr8 145690308 . C T 1060.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280971;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.57;QD=58.9111;RBI=0.0431337;REFB=0;REVB=0.0327273;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277521;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:30:40:0:0:30:42:0:0 chr8 145690348 . G A 970.05 PASS AF=0.909091;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=77;FR=.;FRO=7;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0734096;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0426;QD=50.3923;RBI=0.0748771;REFB=-0.068147;REVB=0.0147518;RO=6;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941901;STB=0.546146;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0286177;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:77:77:6:7:70:70:0.909091:27:43:0:6:26:44:1:6 chr8 145690396 . A C 856.89 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0496957;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5689;QD=56.1892;RBI=0.0506907;REFB=-0.0998335;REVB=-0.0099941;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014981;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00242032;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:1:0:29:31:1:0 chr8 145692385 . C T 239.71 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4028;QD=50.4653;RBI=0.0520368;REFB=0;REVB=-0.0226839;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503464;OID=.;OPOS=145692385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr8 145693720 . A G 2658.8 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.392;QD=62.1941;RBI=0.0189551;REFB=0;REVB=0.0187113;RO=0;SAF=97;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22424e-05;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:73:97:0:0:74:97:0:0 chr8 145723419 . T G 158.66 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0471177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0438;QD=10.404;RBI=0.0543061;REFB=0.00280659;REVB=-0.0270015;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281721;STB=0.53015;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00797071;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:40:21:21:0.344262:8:13:22:15:8:13:23:17 chr8 145724275 . T C 105.87 PASS AF=0.25;AO=16;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.00303439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6955;QD=6.6167;RBI=0.0231338;REFB=-0.01486;REVB=-0.022934;RO=48;SAF=12;SAR=4;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151295;STB=0.594214;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0448901;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:48:48:16:16:0.25:4:12:31:17:4:12:31:17 chr8 145729727 . C A 293.7 PASS AF=0.312;AO=37;DP=123;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.00241285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.52;QD=9.39834;RBI=0.0226306;REFB=-0.0286822;REVB=-0.0225016;RO=79;SAF=19;SAR=18;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097146;STB=0.555345;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0618343;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:79:86:37:39:0.312:18:19:34:45:20:19:35:51 chr8 145737636 . A G 804.94 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0469;QD=64.3949;RBI=0.0594903;REFB=0;REVB=-0.0317818;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011428;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr8 145737816 . C T 80.17 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00205022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.774;QD=16.8785;RBI=0.0225191;REFB=-0.0679845;REVB=0.0224256;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304629;STB=0.677057;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.024813;OID=.;OPOS=145737816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:3:6:3:7:3:6 chr8 145738767 . CG C 583.39 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0788;QD=47.6235;RBI=0.106947;REFB=0;REVB=-0.101654;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00180357;OID=.;OPOS=145738768;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:49:49:49:0:16:33:0:0:10:0:16:32:0:0 chr8 145741698 . AGGGC AGGC,AGGGG 221.78 PASS AF=0.375,0.4375;AO=9,14;DP=31;FAO=12,14;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=11,9;FSAR=1,5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0769759,0.0222983;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=14.5945,116.706;QD=27.7221;RBI=0.17421,0.0262116;REFB=-0.0794412,-0.0161577;REVB=0.156281,-0.013778;RO=7;SAF=9,9;SAR=0,5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0.396318,0;SSEP=0.346804,0;SSSB=0.816654,0.214765;STB=0.845442,0.642653;STBP=0.001,0.075;TYPE=del,snp;VARB=0.204534,0.0273905;OID=.,.;OPOS=145741699,145741702;OREF=G,C;OALT=-,G;OMAPALT=AGGC,AGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.4375:9,14:31:12,14:32:6:11,9:1,5:1:5:79:7:9,9:0,5:2:5 chr8 145741765 . G A 91.32 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0225115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5244;QD=12.1757;RBI=0.0363069;REFB=-0.0112996;REVB=0.0284854;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165991;STB=0.603257;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0211136;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:29:30:17:18:11:12:0.4:2:9:12:5:2:10:13:5 chr8 145742514 . A G 3043.95 PASS AF=1;AO=190;DP=190;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=116;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.578;QD=63.4157;RBI=0.024237;REFB=0;REVB=0.013954;RO=0;SAF=116;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054091;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:190:192:0:0:190:192:1:74:116:0:0:76:116:0:0 chr8 145742879 . T C 170.1 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0632089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7569;QD=25.1993;RBI=0.06846;REFB=-0.0144091;REVB=-0.0262947;RO=10;SAF=14;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411645;STB=0.732677;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0123137;OID=.;OPOS=145742879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:3:14:3:7:3:14:3:7 chr8 145745182 . T C 1275.61 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0073671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.877;QD=60.0288;RBI=0.0268104;REFB=-0.0422082;REVB=0.0257784;RO=1;SAF=42;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111436;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00089649;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:41:42:1:0:42:42:1:0 chr8 145756170 . G A 1135.4 PASS AF=0.544554;AO=109;DP=201;FAO=110;FDP=202;FR=.;FRO=92;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.013475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9543;QD=22.4831;RBI=0.0378346;REFB=-0.0308819;REVB=0.0353536;RO=89;SAF=53;SAR=56;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956667;STB=0.546383;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0147134;OID=.;OPOS=145756170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:89:92:109:110:0.544554:56:53:33:56:57:53:35:57 chr8 146010776 . T C 300.4 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0138475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.316;QD=19.073;RBI=0.0226937;REFB=-0.0239731;REVB=0.0179791;RO=31;SAF=4;SAR=28;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388798;STB=0.721046;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0170299;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:28:4:13:18:28:4:13:18 chr8 146010817 . C A 320.85 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00508086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.178;QD=21.3901;RBI=0.0230215;REFB=-0.014541;REVB=-0.0224538;RO=26;SAF=5;SAR=28;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036027;STB=0.528284;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.014079;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:27:33:33:0.55:28:5:4:22:28:5:5:22 chr8 146033347 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9108;QD=33.4284;RBI=0.0338907;REFB=0;REVB=-0.0200668;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275001;OID=.;OPOS=146033347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr8 146045868 . T C 141.15 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0209612;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.711;QD=12.5467;RBI=0.0210495;REFB=-0.000846411;REVB=0.00192667;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144462;STB=0.573316;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00127096;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:29:16:16:0.355556:7:9:12:16:7:9:13:16 chr8 146067054 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0242331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.769;QD=11.3693;RBI=0.029335;REFB=-0.0311015;REVB=-0.0165317;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21212;STB=0.624792;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0537581;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:5:14:6:5:5:14 chr8 146068322 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00405658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.105;QD=16.4168;RBI=0.0105908;REFB=-0.00890855;REVB=-0.00978313;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157511;STB=0.591261;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0129534;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:7:9:10:4:7:9 chr8 146068594 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.579;QD=56.1868;RBI=0.0656083;REFB=0;REVB=0.0425264;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691578;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr8 146076706 . AGC AGT,CAG 158.17 PASS AF=0.366667,0;AO=15,3;DP=62;FAO=22,0;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14,0;FSAR=8,0;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00432131,-0.00987059;FXX=0.0322529;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=51.1928,23.834;QD=10.5446;RBI=0.00459024,0.0380029;REFB=-0.0242547,-0.0157242;REVB=-0.00154809,0.0366987;RO=32;SAF=9,3;SAR=6,0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0439694,0.512653;STB=0.538426,0.5;STBP=0.68,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0360943,0;OID=.,.;OPOS=146076708,146076706;OREF=C,AGC;OALT=T,CAG;OMAPALT=AGT,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:32:38:15,3:22,0:0.366667,0:6,0:9,3:18:14:8,0:14,0:22:16 chr8 146115367 . A G 812.95 PASS AF=0.967213;AO=53;DP=55;FAO=59;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0569747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1025;QD=53.3083;RBI=0.0605951;REFB=0.0500135;REVB=0.0206313;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00445776;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:61:0:1:53:59:0.967213:28:25:0:0:30:29:1:0 chr8 146156247 . C A 170.92 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0118481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.709;QD=12.4302;RBI=0.0137303;REFB=-0.0184586;REVB=0.0069386;RO=34;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133511;STB=0.576852;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0307235;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:11:10:12:22:11:10:12:22 chr8 146171437 . A G 135.93 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0139672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.371;QD=13.2618;RBI=0.0266418;REFB=-0.0289997;REVB=-0.0226871;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295006;STB=0.658489;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0262127;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:10:6:16:8:10:6:16:9 chr8 146229161 . T A 795.71 PASS AF=0.983051;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.17;QD=53.9467;RBI=0.0373734;REFB=-0.110971;REVB=-0.0120611;RO=1;SAF=36;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241604;STB=0.511107;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000146818;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:1:1:55:58:0.983051:19:36:0:1:22:36:0:1 chr9 118173 . C G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.306;QD=47.814;RBI=0.0474654;REFB=-0.0309508;REVB=0.0264683;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000467965;OID=.;OPOS=118173;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:19:21:0.954545:10:9:0:0:12:9:0:1 chr9 154795 . T C 637.72 PASS AF=0.976744;AO=39;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.271;QD=59.3228;RBI=0.0388605;REFB=-0.0725284;REVB=0.0279232;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000311744;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:39:42:0.976744:21:18:1:0:23:19:1:0 chr9 214804 . A G 525.16 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5334;QD=58.3513;RBI=0.131646;REFB=0;REVB=0.122977;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324915;OID=.;OPOS=214804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:33:36:1:11:22:0:0:12:24:0:0 chr9 214864 . C T 1008.29 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.38;QD=59.3111;RBI=0.0453893;REFB=0;REVB=0.0266642;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279804;OID=.;OPOS=214864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr9 215494 . C T 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.604;QD=58.5992;RBI=0.0327809;REFB=0;REVB=0.0266958;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118692;OID=.;OPOS=215494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:41:23:0:0:41:23:0:0 chr9 215511 . C T 993.85 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215143;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.811;QD=59.3345;RBI=0.00562561;REFB=0;REVB=-0.00519796;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02002e-05;OID=.;OPOS=215511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr9 286593 . C A 1135.81 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=62;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0404885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3879;QD=52.8282;RBI=0.0434117;REFB=0.00690872;REVB=0.0156606;RO=7;SAF=17;SAR=62;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105889;STB=0.556266;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00540332;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:86:86:7:7:79:79:0.918605:62:17:5:2:62:17:5:2 chr9 328076 . C A 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00688691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.561;QD=7.96497;RBI=0.0141838;REFB=-0.0276543;REVB=-0.0123996;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109862;STB=0.568607;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0586579;OID=.;OPOS=328076;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:10:16:7:3:10:16 chr9 421032 . C G 610.43 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0351256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.044;QD=56.7843;RBI=0.03517;REFB=0.0213027;REVB=-0.00176564;RO=2;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312688;STB=0.516659;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00208269;OID=.;OPOS=421032;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:29:12:0:2:29:12:0:2 chr9 429719 . T C 472.19 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.6477;QD=53.9641;RBI=0.0779849;REFB=-0.0569947;REVB=0.0723063;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054844;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00289035;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:2:1:32:34:0.971429:16:16:0:2:18:16:0:1 chr9 433978 . A G 465.0 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.556;QD=58.1243;RBI=0.0140356;REFB=0;REVB=0.00903496;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52813e-05;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr9 441952 . G A 397.35 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177426;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.751;QD=56.7644;RBI=0.0229093;REFB=0;REVB=0.0144926;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021023;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr9 676954 . T C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.311;QD=44.0923;RBI=0.0236342;REFB=-0.0978278;REVB=-0.00888715;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00434254;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr9 712137 . G C 141.95 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0031208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.331;QD=13.8487;RBI=0.0206919;REFB=-0.018937;REVB=0.0204552;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.53654;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0344422;OID=.;OPOS=712137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:8:8:14:10:8:8:14:11 chr9 712156 . T G 96.79 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0751369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.209;QD=12.4895;RBI=0.0752621;REFB=-0.0150057;REVB=-0.00434092;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.548307;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0190306;OID=.;OPOS=712156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:18:19:12:12:0.387097:6:6:10:8:6:6:11:8 chr9 712674 . C T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0143275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.319;QD=29.5806;RBI=0.0283881;REFB=-0.0109747;REVB=-0.0245073;RO=10;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.555502;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00654186;OID=.;OPOS=712674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:9:12:4:6:9:12:4:6 chr9 712766 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0238273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.519;QD=5.68903;RBI=0.0291218;REFB=-0.00577775;REVB=0.0167434;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0188616;OID=.;OPOS=712766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:10:9:3:3:10:9 chr9 713307 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00889177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.674;QD=10.0752;RBI=0.109922;REFB=-0.0231863;REVB=-0.109562;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354271;STB=0.723463;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0275795;OID=.;OPOS=713307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:9:5:1:7:9:5 chr9 730054 . A G 140.66 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.003268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5815;QD=9.37699;RBI=0.00716236;REFB=-0.0070189;REVB=-0.00637334;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298604;STB=0.684017;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0293301;OID=.;OPOS=730054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:41:19:19:0.316667:13:6:23:17:13:6:24:17 chr9 731224 . A G 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00334839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.9731;QD=7.26964;RBI=0.0164228;REFB=-5.33467e-05;REVB=-0.0160779;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526144;STB=0.503304;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000400476;OID=.;OPOS=731224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:14:11:4:5:14:11 chr9 738434 . C T 375.47 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00573841;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.629;QD=23.1058;RBI=0.00896512;REFB=-0.0160352;REVB=-0.00688797;RO=28;SAF=21;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812519;STB=0.544746;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0100896;OID=.;OPOS=738434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:16:21:13:15:16:21:13:15 chr9 740901 . C T 226.61 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00452748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.086;QD=13.1366;RBI=0.0341884;REFB=0.0120039;REVB=0.0338873;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11015;STB=0.562655;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0205826;OID=.;OPOS=740901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:40:42:27:27:0.391304:15:12:22:18:15:12:23:19 chr9 742342 . A G 338.14 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0796;QD=54.1031;RBI=0.0936244;REFB=0;REVB=0.0884033;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00423457;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:9:12:0:0:13:12:0:0 chr9 990653 . G T 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.00928525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.442;QD=13.9482;RBI=0.016454;REFB=-0.0104089;REVB=-0.0135837;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774408;STB=0.544697;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0140714;OID=.;OPOS=990653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:13:4:5:22:13:4:5:22 chr9 991114 . A G 208.67 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0490656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.435;QD=18.5483;RBI=0.0497249;REFB=-0.00946304;REVB=-0.00807054;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336743;STB=0.689626;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00917577;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:18:6:13:8:18:6 chr9 1001922 . C G 169.13 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0354972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.854;QD=13.0102;RBI=0.0362607;REFB=-0.0243673;REVB=-0.00740168;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456226;STB=0.52629;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0417501;OID=.;OPOS=1001922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:15:5:7:25:15:5:7:25 chr9 1056959 . G C 451.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194077;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.519;QD=58.1946;RBI=0.0241064;REFB=0;REVB=0.0142989;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47405e-05;OID=.;OPOS=1056959;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr9 1057555 . T C 521.34 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00447771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.965;QD=57.9268;RBI=0.0168265;REFB=0;REVB=0.0162198;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.33922e-06;OID=.;OPOS=1057555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr9 2101545 . T A 112.53 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00113053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9688;QD=16.6711;RBI=0.0194964;REFB=-0.021725;REVB=-0.0194636;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106228;STB=0.561308;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0207835;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:7:7:5:8:7:7 chr9 2645743 . C T 116.15 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0244736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.833;QD=11.3321;RBI=0.0250282;REFB=-0.0189381;REVB=0.00523965;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158474;STB=0.50942;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0387097;OID=.;OPOS=2645743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:10:17:9:5:10:17 chr9 2717922 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.034;QD=50.4135;RBI=0.0311112;REFB=0;REVB=0.0264226;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173488;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr9 2718498 . A G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0152424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9956;QD=11.3685;RBI=0.0249031;REFB=-0.0109515;REVB=-0.0196935;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514636;STB=0.810105;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00804593;OID=.;OPOS=2718498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:1:10:10:8:1:10:11:8 chr9 2718534 . C G 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00487799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.721;QD=15.7006;RBI=0.0262267;REFB=-0.0242801;REVB=-0.0257691;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247164;STB=0.649179;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0175157;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:6:9:15:3:6:9:16:3 chr9 2729475 . C T 176.57 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0349538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.25;QD=14.1255;RBI=0.0575835;REFB=-0.0128736;REVB=0.0457612;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13593;STB=0.578864;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0232503;OID=.;OPOS=2729475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:17:14:11:8:17:14 chr9 2729686 . C G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000585435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.942;QD=13.5766;RBI=0.0126671;REFB=-0.0154565;REVB=-0.0126536;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.636147;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0137415;OID=.;OPOS=2729686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:19:13:13:0.40625:4:9:9:8:4:9:9:10 chr9 2811505 . G A 246.28 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.015528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4999;QD=13.4948;RBI=0.0565433;REFB=-0.024957;REVB=-0.0543693;RO=44;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915106;STB=0.552088;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.034485;OID=.;OPOS=2811505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:16:13:16:28:16:13:16:28 chr9 2828765 . C G 112.24 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0172544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.615;QD=16.6277;RBI=0.0230256;REFB=-0.0183824;REVB=-0.0152468;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162012;STB=0.59308;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0207161;OID=.;OPOS=2828765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:5:9:6:7:5:9 chr9 4118208 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.224;QD=35.5759;RBI=0.0271231;REFB=0;REVB=-0.0112241;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057282;OID=.;OPOS=4118208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr9 4576680 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00609424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.755;QD=7.71677;RBI=0.0485852;REFB=-0.0120273;REVB=0.0482014;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241773;STB=0.664466;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0229571;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:13:13:3:7:13:14 chr9 4664829 . T C 187.3 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2532;QD=46.8252;RBI=0.0459379;REFB=0;REVB=0.0433201;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108878;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr9 4706214 . C T 95.58 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.000353676;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.028;QD=9.10242;RBI=0.0041947;REFB=-0.0097911;REVB=0.00417977;RO=27;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255379;STB=0.622741;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0295226;OID=.;OPOS=4706214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:40:42:27:30:12:12:0.285714:8:4:15:12:8:4:15:15 chr9 4711440 . T A 668.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5663;QD=62.2266;RBI=0.0171893;REFB=0;REVB=-0.00178807;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000291453;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr9 5094034 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.828;QD=60.9785;RBI=0.0421498;REFB=0;REVB=0.0243832;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160985;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr9 5095049 . ATAGAGT AT,ATA 235.48 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=17,2;DP=19;FAO=17,2;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180645,0.0152621;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=272.767,254.513;QD=49.574;RBI=0.0782876,0.110426;REFB=0,0;REVB=0.0761749,0.109366;RO=0;SAF=15,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.95117e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00314531,0.0504203;OID=.,.;OPOS=5095050,5095052;OREF=TAGAG,GAGT;OALT=-,-;OMAPALT=AT,ATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.894737,0.105263:17,2:19:17,2:19:0:15,2:2,0:0:0:7:0:15,2:2,0:0:0 chr9 5335470 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.157;QD=58.7817;RBI=0.0451791;REFB=0;REVB=-0.00990103;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001728;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr9 5431913 . A G 254.08 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00204245;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.129;QD=20.3265;RBI=0.00208086;REFB=-0.0225929;REVB=-0.000397982;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24023;STB=0.634044;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.025485;OID=.;OPOS=5431913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:16:10:16:8:16:10:16:8 chr9 5557672 . T C 1262.84 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=87;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00888127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9476;QD=58.0615;RBI=0.0361829;REFB=-0.00394642;REVB=-0.035076;RO=3;SAF=43;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952923;STB=0.504938;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00122591;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:87:3:3:82:84:0.965517:39:43:2:1:40:44:2:1 chr9 5732483 . T C 262.32 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000647042;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.415;QD=14.9899;RBI=0.0486357;REFB=-0.0154773;REVB=0.0486314;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677333;STB=0.538362;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0253512;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:17:13:20:20:17:13:20:20 chr9 5774225 . T G 417.78 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00587686;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.666;QD=17.0521;RBI=0.016971;REFB=-0.0180323;REVB=0.015921;RO=55;SAF=13;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090131;STB=0.550732;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0256498;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:55:55:43:43:0.438776:30:13:21:34:30:13:21:34 chr9 5890162 . G T 168.78 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00630257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2115;QD=24.112;RBI=0.022569;REFB=-0.00899151;REVB=0.0216711;RO=11;SAF=14;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2661;STB=0.650962;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00766128;OID=.;OPOS=5890162;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:3:14:6:5:3:14:6:5 chr9 5909152 . T G 190.21 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00411234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9657;QD=21.7381;RBI=0.0513678;REFB=-0.0206474;REVB=0.051203;RO=16;SAF=15;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284346;STB=0.661577;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0154285;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:4:15:8:8:4:15:8:8 chr9 5919249 . AT AG,AGT,A 195.72 PASS AF=0.5,0.166667,0.25;AO=8,4,3;DP=25;FAO=12,4,6;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=7,1,4;FSAR=5,3,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00910372,-0.00984821,0.0353546;FXX=0.11107;HRUN=11,0,11;LEN=1,1,1;MLLD=62.6583,62.0412,5.02927;QD=32.6201;RBI=0.0214023,0.0924752,0.0636028;REFB=-0.0119878,-0.0237477,0.189389;REVB=0.0193696,0.0919493,-0.0528713;RO=1;SAF=4,2,3;SAR=4,2,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0978599,0.166656,0.727144;STB=0.512175,0.599463,0.545299;STBP=0.884,0.614,0.798;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.00977021,0.0294864,0.0123763;OID=.,.,.;OPOS=5919250,5919250,5919250;OREF=T,-,T;OALT=G,G,-;OMAPALT=AG,AGT,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.5,0.166667,0.25:8,4,3:25:12,4,6:24:2:7,1,4:5,3,2:1:1:35:1:4,2,3:4,2,0:0:1 chr9 5954008 . AC CA 36.75 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=49;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0391622;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=2;MLLD=33.7291;QD=3.06264;RBI=0.0842854;REFB=-0.0376737;REVB=-0.0746348;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.625402;STB=0.920222;STBP=0.037;TYPE=mnp;VARB=0.161858;OID=.;OPOS=5954008;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:49:48:40:40:7:8:0.166667:1:6:11:29:1:7:11:29 chr9 5968416 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0129983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.79;QD=18.7453;RBI=0.0455929;REFB=-0.00513161;REVB=0.0437007;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.699489;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0060815;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:4:0:4:3:4:0 chr9 5969249 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0549899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.318;QD=18.3445;RBI=0.0553243;REFB=-0.0331893;REVB=0.00607358;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.517221;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0511649;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:10:8:7:10:10:8 chr9 6007500 . G A 878.23 PASS AF=0.617188;AO=78;DP=132;FAO=79;FDP=128;FR=.;FRO=49;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0151489;FXX=0.0303007;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.824;QD=27.4445;RBI=0.0795729;REFB=-0.013355;REVB=0.0781176;RO=49;SAF=53;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536999;STB=0.530823;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00687565;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:128:49:49:78:79:0.617188:25:53:30:19:25:54:30:19 chr9 6007767 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00430041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.609;QD=14.0438;RBI=0.0209153;REFB=-0.018236;REVB=0.0204684;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0287826;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr9 6015011 . T C 194.34 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=8;FWDB=0.002021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.259;QD=12.3387;RBI=0.00386876;REFB=0.004803;REVB=0.00329892;RO=39;SAF=17;SAR=7;SRF=31;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120033;STB=0.568475;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00773456;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:7:17:31:8:7:17:31:8 chr9 6328947 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.366;QD=44.6894;RBI=0.0388883;REFB=0;REVB=0.0383398;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442689;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr9 6329887 . TA AG,TG 664.88 PASS AF=0.113636,0.886364;AO=5,38;DP=44;FAO=5,39;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5,17;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547379,0.0473823;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=47.9707,135.517;QD=60.4436;RBI=0.0592858,0.0531259;REFB=0,0;REVB=0.022772,0.0240267;RO=0;SAF=5,16;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.211182,0.00227319;OID=.,.;OPOS=6329887,6329888;OREF=TA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:44:44:0:0:5,38:5,39:0.113636,0.886364:0,22:5,16:0:0:0,22:5,17:0:0 chr9 6330174 . CT C 36.2 PASS AF=0.322581;AO=15;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0890034;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.42;QD=4.67066;RBI=0.18064;REFB=-0.10663;REVB=-0.157192;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176662;STB=0.687084;STBP=0.196;TYPE=del;VARB=0.124188;OID=.;OPOS=6330175;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:15:31:10:31:21:2:8:9:12:36:16:4:11:7:9 chr9 6330321 . T A 218.06 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00936188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.638;QD=23.5742;RBI=0.0454857;REFB=-0.00171719;REVB=-0.0445118;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119429;STB=0.564042;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.000899925;OID=.;OPOS=6330321;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:16:21:21:0.567568:10:11:5:9:10:11:6:10 chr9 6330915 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.933;QD=57.2001;RBI=0.0120369;REFB=0;REVB=-0.000834264;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32645e-05;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr9 6645251 . C T 245.58 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00701017;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.292;QD=23.9593;RBI=0.0328051;REFB=-0.0115012;REVB=-0.0320473;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159983;STB=0.588791;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.010558;OID=.;OPOS=6645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:13:5:11:12:13:5 chr9 6984236 . G A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00508445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.123;QD=18.4432;RBI=0.00512807;REFB=-0.00194393;REVB=-0.00066743;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258248;STB=0.514825;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00206145;OID=.;OPOS=6984236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:6:3:4:7:6:3 chr9 7076463 . G A 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.045351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.579;QD=8.30675;RBI=0.0592003;REFB=-0.00125121;REVB=-0.0380521;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259036;STB=0.659986;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00208331;OID=.;OPOS=7076463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:7:11:3:5:7:11 chr9 7103816 . C T 291.93 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0131044;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.939;QD=14.2404;RBI=0.0241823;REFB=-0.00989352;REVB=-0.0203238;RO=49;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845792;STB=0.547938;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0166963;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:19:14:17:32:19:14:17:32 chr9 7798435 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.929;QD=47.8224;RBI=0.00408842;REFB=0;REVB=-0.00307066;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34935e-06;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr9 7798518 . G C 766.17 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3034;QD=63.8476;RBI=0.0861354;REFB=0;REVB=0.0744799;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110265;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr9 8389364 . C G 313.0 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00114511;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.794;QD=18.6866;RBI=0.00650822;REFB=-0.0338577;REVB=0.00640669;RO=25;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221893;STB=0.584423;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0210763;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:34:33:33:0.492537:13:20:8:17:13:20:15:19 chr9 8454566 . T C 35.58 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0129433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1116;QD=5.92959;RBI=0.0552922;REFB=-0.0131387;REVB=0.053756;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0396556;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:6:12:4:2:6:12 chr9 8465598 . A G 718.13 PASS AF=0.642105;AO=61;DP=95;FAO=61;FDP=95;FR=.;FRO=34;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0342085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.829;QD=30.2369;RBI=0.0343062;REFB=0.0130109;REVB=0.00258771;RO=34;SAF=31;SAR=30;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140154;STB=0.507594;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00669699;OID=.;OPOS=8465598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:34:34:61:61:0.642105:30:31:18:16:30:31:18:16 chr9 8485834 . G A 142.53 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0172466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.629;QD=14.253;RBI=0.0384762;REFB=-0.0296126;REVB=-0.0343944;RO=24;SAF=13;SAR=3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376277;STB=0.721913;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0699127;OID=.;OPOS=8485834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:3:13:12:12:3:13:12:12 chr9 8485928 . G A 294.57 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0260574;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.7227;QD=12.8073;RBI=0.0261163;REFB=-0.00720671;REVB=-0.00175338;RO=58;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126673;STB=0.572477;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.01342;OID=.;OPOS=8485928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:58:34:34:0.369565:16:18:24:34:16:18:24:34 chr9 8486482 . T C 151.41 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0507657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.153;QD=12.8858;RBI=0.0528508;REFB=0.00390697;REVB=0.0146986;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924721;STB=0.554311;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00823222;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:6:11:17:13:6:11:17:13 chr9 8518052 . G C 359.48 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0298333;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9617;QD=19.6976;RBI=0.0298592;REFB=-0.00579478;REVB=-0.00124266;RO=36;SAF=15;SAR=22;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229273;STB=0.627125;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00442923;OID=.;OPOS=8518052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:22:15:24:12:22:15:24:12 chr9 8518143 . T C 360.6 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0622225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.201;QD=17.3782;RBI=0.0622374;REFB=-0.0146285;REVB=-0.00136197;RO=45;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240908;STB=0.635329;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0232044;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:12:26:20:25:12:26:20:25 chr9 13105959 . T G 482.73 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1722;QD=58.513;RBI=0.0458392;REFB=0;REVB=0.0456448;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916451;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr9 13112116 . A G 1125.73 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=81;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0258732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.526;QD=55.5914;RBI=0.0260253;REFB=0.101538;REVB=0.00280896;RO=3;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298672;STB=0.507855;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00427975;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:81:81:3:4:77:77:0.950617:46:31:0:3:46:31:1:3 chr9 13192276 . G T 132.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000445081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6721;QD=15.1644;RBI=0.00266835;REFB=-0.0110086;REVB=-0.00263097;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521122;STB=0.530081;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.015087;OID=.;OPOS=13192276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:7:13:9:6:7:13 chr9 13219570 . T C 318.38 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00608612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.653;QD=13.2657;RBI=0.00849348;REFB=-0.00826573;REVB=0.00592438;RO=60;SAF=23;SAR=13;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536676;STB=0.530596;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0147431;OID=.;OPOS=13219570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:13:23:41:19:13:23:41:19 chr9 14082783 . AG A,AGA 43.63 PASS AF=0.272727,0.0454545;AO=3,5;DP=20;FAO=6,1;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=4,1;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0427023,-0.5344;FXX=0;HRUN=1,9;LEN=1,1;MLLD=191.298,6.01643;QD=7.93273;RBI=0.0433789,0.670755;REFB=0.00242823,-0.0361596;REVB=0.0076317,0.405375;RO=5;SAF=0,1;SAR=3,4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622974,0;STB=0.555379,0.985354;STBP=0.767,0.507;TYPE=del,ins;VARB=-0.0063427,-0.10635;OID=.,.;OPOS=14082784,14082785;OREF=G,-;OALT=-,A;OMAPALT=A,AGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.272727,0.0454545:3,5:20:6,1:22:15:2,0:4,1:4:11:38:5:0,1:3,4:1:4 chr9 14618856 . C T 701.93 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.855;QD=62.3937;RBI=0.0135493;REFB=0;REVB=0.0128879;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024341;OID=.;OPOS=14618856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr9 14662260 . A G 191.51 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0751516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.477;QD=22.5309;RBI=0.0760909;REFB=-0.0351948;REVB=-0.0119191;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196148;STB=0.618264;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0424275;OID=.;OPOS=14662260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:15:19:19:0.558824:12:7:2:12:12:7:2:13 chr9 14737506 . T G 194.28 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0356643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3127;QD=24.2853;RBI=0.0419587;REFB=0.0333328;REVB=0.0221041;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249112;STB=0.638569;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0234036;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:10:3:11:8:10:3 chr9 14747412 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0162068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.373;QD=10.1699;RBI=0.02098;REFB=-0.00964089;REVB=-0.013323;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153944;STB=0.593048;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0184854;OID=.;OPOS=14747412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:11:11:4:7:11:11 chr9 14770787 . T G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0165182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.243;QD=13.037;RBI=0.0167636;REFB=-0.000885322;REVB=0.00285761;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168608;STB=0.597461;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00146682;OID=.;OPOS=14770787;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:11:7:8:24:11:7:8:24 chr9 14775853 . A G 743.41 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516706;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.051;QD=55.0675;RBI=0.0556072;REFB=-0.043308;REVB=-0.0205502;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012566;STB=0.506664;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000837095;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:54:1:1:53:53:0.981481:16:37:1:0:16:37:1:0 chr9 14784566 . G C 356.57 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00763289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.814;QD=19.274;RBI=0.0200534;REFB=-0.0119363;REVB=0.0185439;RO=37;SAF=15;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19344;STB=0.6075;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0158509;OID=.;OPOS=14784566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:22:15:23:14:22:15:23:14 chr9 14797503 . G GT,T 32.83 PASS AF=0.232558,0;AO=7,5;DP=45;FAO=10,0;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0389211,-0.0247366;FXX=0.0227221;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=50.0231,140.612;QD=3.05358;RBI=0.0715355,0.117553;REFB=-0.0118701,-0.00454762;REVB=-0.0600206,-0.114921;RO=30;SAF=4,0;SAR=3,5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125246,-0.636787;STB=0.669509,0.5;STBP=0.253,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.149805,0;OID=.,.;OPOS=14797504,14797503;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:45:43:30:33:7,5:10,0:0.232558,0:3,5:4,0:14:16:7,0:3,0:17:16 chr9 14801710 . C A 290.28 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.0150026;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.024;QD=11.7286;RBI=0.016046;REFB=-0.016279;REVB=0.00569187;RO=65;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198448;STB=0.614053;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0358646;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:16:18:23:42:16:18:23:42 chr9 14823221 . G T 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00743759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.523;QD=17.4892;RBI=0.021937;REFB=-0.00722922;REVB=0.0206377;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220455;STB=0.501237;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00695966;OID=.;OPOS=14823221;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:13:15:16:14:13:15:16:14 chr9 14846026 . T C 253.11 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00328685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.281;QD=19.1026;RBI=0.0338866;REFB=-0.00898204;REVB=-0.0337268;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826047;STB=0.546184;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0100306;OID=.;OPOS=14846026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:14:12:15:12:14:12 chr9 14846036 . C G 790.0 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289918;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.278;QD=64.4896;RBI=0.0386698;REFB=0;REVB=0.0255897;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260246;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr9 14859356 . T C 286.34 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0538325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4645;QD=24.3692;RBI=0.0543625;REFB=-0.0169758;REVB=0.00757215;RO=21;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655371;STB=0.536396;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0166306;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:14:12:8:13:14:12:8:13 chr9 15188106 . T C 924.56 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00723613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.118;QD=56.896;RBI=0.0311262;REFB=-0.175474;REVB=0.0302734;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00155082;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:0:1 chr9 15464898 . C A 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00582024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2855;QD=21.5079;RBI=0.0656681;REFB=0.0183664;REVB=-0.0654097;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0140067;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:5:10:12:6:5:10 chr9 15591372 . T A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0318431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.295;QD=12.3289;RBI=0.0501094;REFB=-0.0114566;REVB=0.0386907;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285657;STB=0.66849;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0248915;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:11:6:7:4:11:6 chr9 15744683 . G A 181.28 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0243704;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.092;QD=12.9488;RBI=0.0300987;REFB=0.00118764;REVB=-0.017664;RO=34;SAF=5;SAR=17;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375886;STB=0.718099;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00116101;OID=.;OPOS=15744683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:17:5:19:15:17:5:19:15 chr9 15784631 . A G 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.007107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.955;QD=10.8236;RBI=0.0100632;REFB=-0.0107362;REVB=0.00712452;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177397;STB=0.51062;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0212184;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:8:15:8:4:8:15 chr9 15922137 . A G 619.9 PASS AF=0.97619;AO=42;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.51;QD=59.038;RBI=0.037422;REFB=-0.0420639;REVB=0.0307956;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0012988;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:42:41:0.97619:16:26:0:0:15:26:0:1 chr9 16411463 . G T 337.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0937495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5709;QD=53.9867;RBI=0.0949822;REFB=0;REVB=0.0152529;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00199171;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr9 16413158 . C A 178.4 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00188451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.606;QD=12.3038;RBI=0.002146;REFB=-0.0259574;REVB=0.00102662;RO=35;SAF=14;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333688;STB=0.682767;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0223223;OID=.;OPOS=16413158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:8:14:11:24:8:14:12:24 chr9 16417431 . G A 1014.3 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5568;QD=58.8002;RBI=0.0217057;REFB=0;REVB=-0.0135039;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2411e-05;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:33:36:0:0:33:36:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 63.42 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0152081;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=10;MLLD=253.552;QD=8.18288;RBI=0.041996;REFB=-0.0224915;REVB=-0.0391456;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697097;STB=0.53565;STBP=0.829;TYPE=del;VARB=0.0357263;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:11:32:11:31:20:6:5:12:8:63:18:6:5:11:7 chr9 16435714 . T C 606.06 PASS AF=0.606742;AO=54;DP=89;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0240908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.281;QD=27.2385;RBI=0.0242836;REFB=-0.0229026;REVB=0.00305371;RO=35;SAF=35;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594498;STB=0.532426;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0109769;OID=.;OPOS=16435714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:35:54:54:0.606742:19:35:20:15:19:35:20:15 chr9 16435848 . T C 170.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0562526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2899;QD=17.0289;RBI=0.0654188;REFB=-0.00268421;REVB=0.0333955;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560012;STB=0.541622;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00987136;OID=.;OPOS=16435848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:7:11:14:7:7:11:15:7 chr9 16685539 . T C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5772;QD=43.4768;RBI=0.0343932;REFB=0;REVB=-0.0278147;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125892;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr9 17001122 . C A 136.74 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=10;FWDB=-0.00935789;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6023;QD=8.54641;RBI=0.0541984;REFB=-0.0150913;REVB=-0.0533844;RO=45;SAF=13;SAR=6;SRF=35;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136727;STB=0.580567;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0281611;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:45:45:19:19:0.296875:6:13:35:10:6:13:35:10 chr9 17001200 . C A 263.57 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=101;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=-0.0312724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.589;QD=10.4385;RBI=0.0313472;REFB=-0.0163768;REVB=-0.00216445;RO=68;SAF=17;SAR=16;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154404;STB=0.58932;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0322866;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:68:68:33:33:0.326733:16:17:44:24:16:17:44:24 chr9 17001216 . A C 239.87 PASS AF=0.306122;AO=30;DP=99;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.00276276;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.319;QD=9.79078;RBI=0.00630005;REFB=-0.0247089;REVB=-0.00566195;RO=67;SAF=15;SAR=15;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185696;STB=0.612174;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0392945;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:67:68:30:30:0.306122:15:15:44:23:15:15:45:23 chr9 17053994 . G A 47.52 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0210974;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.068;QD=9.05118;RBI=0.0235516;REFB=-0.00959131;REVB=-0.010468;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.693879;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0278949;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:22:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:6:8:2:5:6:8 chr9 17054142 . A G 206.01 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0519497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9491;QD=18.7286;RBI=0.0592421;REFB=-0.0311346;REVB=0.0284755;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155711;STB=0.548973;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0338142;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:21:23:20:21:0.477273:8:12:9:12:9:12:11:12 chr9 17273731 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00128963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.406;QD=14.0792;RBI=0.00741798;REFB=-0.00427554;REVB=-0.00730501;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173361;STB=0.59985;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00616204;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:13:3:4:8:13:3 chr9 17342383 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.627;QD=56.1906;RBI=0.0284778;REFB=0;REVB=0.00389812;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256187;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr9 17394996 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.354;QD=62.0217;RBI=0.0671825;REFB=0;REVB=0.0658698;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156616;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr9 17409366 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00404488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.091;QD=54.4807;RBI=0.0176855;REFB=-0.0600075;REVB=-0.0172168;RO=1;SAF=5;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844684;STB=0.545423;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00189652;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:26:5:1:0:26:5:1:0 chr9 18651156 . C T 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.017102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3316;QD=21.9679;RBI=0.0351849;REFB=-0.0203079;REVB=0.0307489;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00264095;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121507;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:7:13:11:6:7:13:11:6 chr9 18651282 . A G 302.32 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00955047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.26;QD=19.5044;RBI=0.0200652;REFB=-0.0288489;REVB=-0.0176466;RO=30;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11374;STB=0.563214;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0147873;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:15:17:12:18:15:17:12:18 chr9 18681821 . A G 221.86 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00764184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.799;QD=25.3553;RBI=0.066411;REFB=-0.0170629;REVB=0.0659699;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191005;STB=0.510628;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00428172;OID=.;OPOS=18681821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:7:14:9:5:7:14:9:5 chr9 18775810 . C A 311.19 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0488539;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.983;QD=18.8597;RBI=0.049131;REFB=-0.0140339;REVB=-0.00521001;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229157;STB=0.622153;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.027423;OID=.;OPOS=18775810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:33:33:33:0.5:17:16:7:24:17:16:8:25 chr9 18776840 . A C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.669;QD=62.0215;RBI=0.0205553;REFB=0;REVB=-0.0108246;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150743;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr9 18777196 . A C 132.62 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.0166124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.088;QD=15.1568;RBI=0.0186107;REFB=-0.0114009;REVB=-0.00838958;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377231;STB=0.713515;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0223099;OID=.;OPOS=18777196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:3:17:7:8:3:17 chr9 18777368 . T C 466.42 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00557146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.97;QD=35.8782;RBI=0.0544464;REFB=-0.0334248;REVB=-0.0541606;RO=12;SAF=29;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731139;STB=0.539514;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00935583;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:11:29:7:5:11:29:7:5 chr9 18777422 . G A 499.36 PASS AF=0.671642;AO=45;DP=67;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.01149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.544;QD=29.8126;RBI=0.0302228;REFB=-0.0368525;REVB=0.0279535;RO=22;SAF=30;SAR=15;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103535;STB=0.505615;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0204709;OID=.;OPOS=18777422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:22:22:45:45:0.671642:15:30:15:7:15:30:15:7 chr9 18887908 . G C 508.08 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0148828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5813;QD=26.0556;RBI=0.0168202;REFB=-0.0278654;REVB=-0.0078371;RO=31;SAF=25;SAR=22;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151516;STB=0.582621;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0137856;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:22:25:10:21:22:25:10:21 chr9 18905753 . G T 348.4 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0115864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.552;QD=20.1968;RBI=0.0116273;REFB=-0.0236717;REVB=0.00097411;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237456;STB=0.631507;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0200371;OID=.;OPOS=18905753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:22:11:22:14:22:11 chr9 18950787 . G A 1086.37 PASS AF=0.896552;AO=76;DP=86;FAO=78;FDP=87;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00423796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7732;QD=49.9482;RBI=0.00483512;REFB=0.0129091;REVB=-0.00232768;RO=9;SAF=32;SAR=44;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116117;STB=0.558427;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00327874;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:86:87:9:9:76:78:0.896552:44:32:9:0:44:34:9:0 chr9 18950895 . T C 1052.85 PASS AF=0.948052;AO=72;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0207664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.744;QD=54.6933;RBI=0.0408588;REFB=-0.213675;REVB=0.035188;RO=3;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298481;STB=0.520828;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00177097;OID=.;OPOS=18950895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:3:4:72:73:0.948052:46:26:0:3:46:27:0:4 chr9 19063108 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.757;QD=57.6807;RBI=0.0410481;REFB=0;REVB=0.0393283;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61784e-05;OID=.;OPOS=19063108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr9 19076673 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.017;QD=45.8068;RBI=0.00248637;REFB=0;REVB=-0.00180752;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.53511e-07;OID=.;OPOS=19076673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:5:9:0:0 chr9 19080577 . G A 88.05 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0119205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.511;QD=14.0873;RBI=0.0319306;REFB=-0.0122805;REVB=-0.029622;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0185724;OID=.;OPOS=19080577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:6:7:6:5:7:7 chr9 19093239 . A G 192.62 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.105123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.613;QD=17.1219;RBI=0.105254;REFB=-0.00571388;REVB=-0.00525592;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338911;STB=0.687963;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00595763;OID=.;OPOS=19093239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:16:4:12:12:16:4:12:13 chr9 19492973 . A G 336.25 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0155514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=28.0206;RBI=0.0524192;REFB=-0.0281552;REVB=-0.0500592;RO=19;SAF=20;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167754;STB=0.592757;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0210517;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:9:20:9:10:9:20:9:10 chr9 19576949 . T G 759.05 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0199515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.416;QD=53.2667;RBI=0.0551256;REFB=-0.174034;REVB=0.0513884;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.500319;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00164438;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:27:28:1:0:27:28:1:1 chr9 19622268 . T C 255.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1874;QD=51.1567;RBI=0.057627;REFB=0;REVB=0.0456407;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190169;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr9 20418323 . T C 693.17 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.432;QD=61.6147;RBI=0.0413363;REFB=0;REVB=0.0291373;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135432;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:23:22:0:0 chr9 20866974 . C G 665.0 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8952;QD=61.8606;RBI=0.0588565;REFB=0;REVB=0.0494633;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128832;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:13:29:0:0:14:29:0:0 chr9 20953049 . A G 153.98 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0401921;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.077;QD=19.8678;RBI=0.055046;REFB=-0.0168737;REVB=-0.0376119;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110236;STB=0.5465;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0138917;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:14:15:16:16:0.516129:9:7:8:6:9:7:8:7 chr9 20988426 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.359;QD=54.5167;RBI=0.0232458;REFB=0;REVB=0.00294618;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08245e-05;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr9 21029330 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0122728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.443;QD=11.5972;RBI=0.0335292;REFB=-0.0295582;REVB=0.0312023;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206538;STB=0.533277;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0322632;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:19:21:12:12:0.363636:8:4:6:13:8:4:8:13 chr9 21077716 . G A 99.09 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0134214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.552;QD=14.6807;RBI=0.0138756;REFB=-0.00323604;REVB=-0.00352087;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256705;STB=0.649747;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00368783;OID=.;OPOS=21077716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:6:9:4:8:6:9 chr9 21187121 . T A 122.17 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0372451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.65;QD=25.7197;RBI=0.0550593;REFB=-0.0191856;REVB=0.0405504;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671703;STB=0.537756;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00409153;OID=.;OPOS=21187121;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:3:3:5:8:3:3 chr9 21187311 . C T 483.67 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.153;QD=58.6263;RBI=0.0218725;REFB=0;REVB=0.0125185;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139836;OID=.;OPOS=21187311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr9 21206763 . G T 80.18 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00122443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8281;QD=16.8802;RBI=0.00987744;REFB=-0.0599726;REVB=0.00980125;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319819;STB=0.628944;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0484278;OID=.;OPOS=21206763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:7:2:5:4:7:3:5:4 chr9 21207037 . A T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0124492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.691;QD=4.30344;RBI=0.0762537;REFB=-0.00607091;REVB=-0.0752306;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421986;STB=0.794399;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0371353;OID=.;OPOS=21207037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:1:5:13:13:1:5:13:13 chr9 21227942 . G T 197.58 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0149894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8648;QD=18.8171;RBI=0.0323469;REFB=-0.0122764;REVB=0.0286643;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139349;STB=0.578241;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0150598;OID=.;OPOS=21227942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:4:18:14:6:4:18 chr9 21228040 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00146403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.274;QD=18.767;RBI=0.00522506;REFB=-0.0170005;REVB=0.00501576;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0068584;OID=.;OPOS=21228040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr9 21228182 . GC GA,TG 192.91 PASS AF=0.423729,0.0508475;AO=3,22;DP=58;FAO=25,3;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15,2;FSAR=10,1;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=0.0172673,0.0203903;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=203.381,207.483;QD=13.0786;RBI=0.0441346,0.0321996;REFB=-0.0406361,-0.0413867;REVB=0.0406166,0.0249209;RO=31;SAF=2,14;SAR=1,8;SRF=25;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.194307,-0.202055;STB=0.624911,0.657679;STBP=0.129,0.796;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0686181,0.0609886;OID=.,.;OPOS=21228183,21228182;OREF=C,GC;OALT=A,TG;OMAPALT=GA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:3,22:25,3:0.423729,0.0508475:1,8:2,14:25:6:10,1:15,2:25:6 chr9 21304803 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00762488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.163;QD=20.0176;RBI=0.0155942;REFB=0.00472591;REVB=0.0136029;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.569543;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0046137;OID=.;OPOS=21304803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:7:10:8:10:7:10 chr9 21350620 . G A 36.57 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0527329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.52;QD=7.31476;RBI=0.0541525;REFB=-0.005297;REVB=-0.0123184;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329965;STB=0.728298;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0113968;OID=.;OPOS=21350620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:12:14:6:6:0.3:5:1:5:7:5:1:6:8 chr9 21482089 . G A 291.03 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787263;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.707;QD=50.6144;RBI=0.100584;REFB=0;REVB=0.0626037;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027252;OID=.;OPOS=21482089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:6:15:0:0:7:16:0:0 chr9 21482125 . T TA 131.56 PASS AF=0.456522;AO=19;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.10139;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.1644;QD=11.4399;RBI=0.110329;REFB=0.0222336;REVB=0.0435022;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389417;STB=0.516114;STBP=0.881;TYPE=ins;VARB=-0.0316215;OID=.;OPOS=21482126;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:19:47:21:46:25:14:7:16:9:99:27:12:7:18:9 chr9 21699406 . G A 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00809111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7304;QD=11.8277;RBI=0.017066;REFB=-0.00178582;REVB=0.015026;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00474428;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:8:10:7:4:8:10 chr9 21699444 . C T 109.5 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0180386;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5014;QD=12.8817;RBI=0.0214183;REFB=-0.000190501;REVB=0.0115478;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28183;STB=0.666405;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000443547;OID=.;OPOS=21699444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:9:12:4:9:9:12 chr9 21968199 . C G 528.44 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0609626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7056;QD=57.1284;RBI=0.0619759;REFB=-0.125789;REVB=0.0111615;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00539665;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr9 22029445 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.018;QD=59.8376;RBI=0.0623492;REFB=0;REVB=0.0495755;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038282;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr9 23762176 . G A 518.71 PASS AF=0.504673;AO=54;DP=107;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.021656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.183;QD=19.391;RBI=0.0219091;REFB=-0.00725294;REVB=0.00332048;RO=53;SAF=10;SAR=44;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235537;STB=0.631525;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00634813;OID=.;OPOS=23762176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:53:54:54:0.504673:44:10:20:33:44:10:20:33 chr9 24545513 . G A 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=177.06;QD=63.5825;RBI=0.029678;REFB=0;REVB=0.0296455;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17266e-05;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr9 24905556 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.247;QD=59.8558;RBI=0.0233192;REFB=0;REVB=0.0171572;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03783e-05;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr9 24905678 . C A 118.52 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.021387;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.48;QD=12.1559;RBI=0.0250109;REFB=-0.00888085;REVB=-0.0129669;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120419;STB=0.558739;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0172193;OID=.;OPOS=24905678;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:25:14:14:0.358974:8:6:14:12:8:6:13:12 chr9 25677953 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.486;QD=35.5758;RBI=0.113413;REFB=0;REVB=0.034283;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00096728;OID=.;OPOS=25677953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr9 25678640 . T A 586.52 PASS AF=1;AO=37;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21127;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.623;QD=58.6521;RBI=0.213838;REFB=-0.043207;REVB=0.0330403;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119447;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:0:0:37:40:1:23:14:0:0:23:17:0:0 chr9 26116150 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.791;QD=44.6895;RBI=0.0383652;REFB=0;REVB=0.0311009;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353953;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr9 27168571 . T C 157.97 PASS AF=0.64;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00352223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.726;QD=25.2759;RBI=0.0336025;REFB=-0.0123916;REVB=0.0334174;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353564;STB=0.701862;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0293502;OID=.;OPOS=27168571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:15:16:0.64:11:4:7:2:12:4:7:2 chr9 27183463 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.356;QD=57.2026;RBI=0.00805127;REFB=0;REVB=-0.00404053;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17693e-05;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr9 27202870 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.078;QD=50.4135;RBI=0.0206864;REFB=0;REVB=-0.00301379;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118658;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 27205021 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00726813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.584;QD=11.8415;RBI=0.040342;REFB=-0.033227;REVB=-0.0396819;RO=39;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133777;STB=0.577457;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0481101;OID=.;OPOS=27205021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:14:9:20:19:14:9:20:19 chr9 27213580 . T C 86.81 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0137703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.098;QD=12.8613;RBI=0.0454868;REFB=-0.0330049;REVB=0.0433524;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0272811;OID=.;OPOS=27213580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr9 27328886 . C A 864.74 PASS AF=1;AO=46;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.519;QD=57.6492;RBI=0.0544407;REFB=0;REVB=0.0198066;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867914;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:46:60:1:23:23:0:0:31:29:0:0 chr9 27378301 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.466;QD=40.7627;RBI=0.0244908;REFB=0;REVB=0.022601;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281057;OID=.;OPOS=27378301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr9 27524731 . A G 408.49 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00121141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.949;QD=56.3428;RBI=0.0790432;REFB=0;REVB=0.0790339;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119945;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:11:13:0:0:16:13:0:0 chr9 32069857 . T G 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0333497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8987;QD=12.8628;RBI=0.0792425;REFB=0.00437513;REVB=-0.071883;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00818049;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:5:11:7:4:5:11 chr9 32069938 . G C 76.35 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0410644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2467;QD=12.7243;RBI=0.0476449;REFB=0.0205771;REVB=-0.0241609;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252837;STB=0.621953;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.0329057;OID=.;OPOS=32069938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:10:10:0.416667:8:2:5:7:8:2:5:9 chr9 32425910 . A G 411.88 PASS AF=0.362963;AO=49;DP=135;FAO=49;FDP=135;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0046838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8965;QD=12.2039;RBI=0.0204807;REFB=-0.00709962;REVB=-0.0199379;RO=85;SAF=26;SAR=23;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381754;STB=0.517633;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.022592;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:85:86:49:49:0.362963:23:26:48:37:23:26:48:38 chr9 32436014 . A G 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=0.0130632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.032;QD=7.2732;RBI=0.0519166;REFB=-0.0123397;REVB=-0.0502463;RO=32;SAF=8;SAR=3;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349371;STB=0.52936;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0382474;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:3:8:24:8:3:8:25:8 chr9 32450187 . T C 117.77 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0231683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.063;QD=12.3963;RBI=0.0279288;REFB=-0.00128896;REVB=-0.0155965;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165748;STB=0.598857;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00175006;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:16:8:3:11:16:8 chr9 32498291 . A G 601.42 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.012;QD=60.1417;RBI=0.0808411;REFB=0;REVB=0.0726976;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221059;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:36:40:1:7:29:0:0:10:30:0:0 chr9 32568024 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00907458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.133;QD=18.7442;RBI=0.0186345;REFB=-0.0238451;REVB=0.0162756;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0126949;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:2:2:4:3:2:2 chr9 32568168 . A T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00518605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.004;QD=18.4832;RBI=0.00780158;REFB=-0.0216655;REVB=-0.00582833;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086445;STB=0.548847;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0229113;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:5:16:13:6:5:16 chr9 32634193 . C T 487.74 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0113394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8779;QD=24.3872;RBI=0.0320922;REFB=0.00116643;REVB=0.0300221;RO=34;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288445;STB=0.515806;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00059334;OID=.;OPOS=32634193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:22:24:19:15:22:24:19:15 chr9 32785399 . C T 1162.54 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558989;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.442;QD=59.6176;RBI=0.0675261;REFB=0;REVB=-0.0672943;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016742;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:33:43:0:0:35:43:0:0 chr9 32785468 . A C 635.69 PASS AF=0.503937;AO=64;DP=127;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.0150871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.224;QD=20.0216;RBI=0.0358626;REFB=-0.0264421;REVB=0.0325346;RO=63;SAF=27;SAR=37;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106582;STB=0.558783;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0218456;OID=.;OPOS=32785468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:63:63:64:64:0.503937:37:27:34:29:37:27:34:29 chr9 32785888 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.539;QD=46.848;RBI=0.0315931;REFB=0;REVB=0.00858908;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131693;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr9 32786553 . T C 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.186;QD=46.8331;RBI=0.00323543;REFB=0;REVB=0.00267227;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61567e-05;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr9 32786586 . G T 159.82 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.541;QD=45.663;RBI=0.0419135;REFB=0;REVB=0.000564848;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215612;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chr9 32786653 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.81;QD=49.5984;RBI=0.0237445;REFB=0;REVB=-0.00186539;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91424e-05;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr9 32820257 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.776;QD=56.9382;RBI=0.0075668;REFB=0;REVB=0.000271001;RO=0;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8049e-05;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:19:34:0:0:19:34:0:0 chr9 32986041 . C A 101.73 PASS AF=0.705882;AO=5;DP=11;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0402001;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.835;QD=23.9355;RBI=0.0433776;REFB=-0.0169622;REVB=0.0162963;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.631383;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0226616;OID=.;OPOS=32986041;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:11:17:6:5:5:12:0.705882:2:3:2:4:7:5:0:5 chr9 33026572 . T C 138.76 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0319719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4873;QD=12.0658;RBI=0.0445088;REFB=-0.0213805;REVB=-0.030965;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280622;STB=0.664693;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0353766;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:10:6:19:11:10:6:19:11 chr9 33111511 . C G 209.1 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0304288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.909;QD=18.5869;RBI=0.0317958;REFB=-0.0305326;REVB=0.00922297;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207598;STB=0.599911;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0381592;OID=.;OPOS=33111511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:18:5:9:12:18:6 chr9 33135238 . G A 84.05 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00127154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.479;QD=10.1882;RBI=0.0547504;REFB=-0.0297174;REVB=-0.0547356;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249274;STB=0.650002;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0502935;OID=.;OPOS=33135238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:9:13:4:7:9:13 chr9 33240225 . G A 1216.85 PASS AF=0.953488;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0329941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.246;QD=56.5976;RBI=0.0535063;REFB=-0.0898983;REVB=0.0421225;RO=4;SAF=39;SAR=43;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241625;STB=0.512774;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000635735;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:86:4:4:82:82:0.953488:43:39:3:1:43:39:3:1 chr9 33395196 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.156454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.954;QD=43.4861;RBI=0.159525;REFB=0;REVB=0.031153;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00286477;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 33442952 . G A 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0250069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2964;QD=13.9463;RBI=0.0468741;REFB=-0.0150322;REVB=-0.0396464;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.51611;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0246319;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:8:9:14:12:8:9:15:12 chr9 33447424 . C G 1719.25 PASS AF=0.551724;AO=159;DP=289;FAO=160;FDP=290;FR=.;FRO=130;FSAF=77;FSAR=83;FSRF=49;FSRR=81;FWDB=0.00762707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.401;QD=23.7138;RBI=0.00803614;REFB=-0.0166604;REVB=-0.00253126;RO=130;SAF=76;SAR=83;SRF=49;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841689;STB=0.546992;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0128804;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:290:130:130:159:160:0.551724:83:76:49:81:83:77:49:81 chr9 33524684 . G A 630.35 PASS AF=0.976744;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.271;QD=58.6372;RBI=0.0427198;REFB=0.0466803;REVB=0.0350249;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000381933;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:43:0:1:38:42:0.976744:23:15:0:0:25:17:0:1 chr9 33618358 . A G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0519088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.398;QD=13.7203;RBI=0.05474;REFB=-0.00981781;REVB=-0.0173766;RO=47;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285139;STB=0.516232;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0162306;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:19:12:17:30:19:12:17:30 chr9 33618460 . A T 102.32 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.022864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.391;QD=9.51812;RBI=0.0291871;REFB=-0.0235884;REVB=0.0181419;RO=30;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365747;STB=0.732361;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0371518;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:12:1:7:23:12:1:7:23 chr9 33618497 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0148668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8177;QD=12.0246;RBI=0.041678;REFB=-0.0551151;REVB=-0.0389362;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424901;STB=0.754355;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0544487;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:11:1:6:13:11:1:6:14 chr9 33625082 . G C 713.34 PASS AF=0.628571;AO=64;DP=103;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0110589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.879;QD=27.1748;RBI=0.0122792;REFB=-0.0134052;REVB=0.00533671;RO=39;SAF=40;SAR=24;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260291;STB=0.506327;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00654057;OID=.;OPOS=33625082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:39:39:64:66:0.628571:24:40:23:16:26:40:23:16 chr9 33625185 . C T 356.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0139343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.562;QD=19.2923;RBI=0.0195856;REFB=-0.0173309;REVB=0.0137635;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142554;STB=0.568228;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0181126;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:36:37:35:37:0.5:21:14:20:16:22:15:20:17 chr9 33638046 . G C 344.32 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0240378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6216;QD=21.8614;RBI=0.0771617;REFB=-0.0108881;REVB=0.073322;RO=28;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744047;STB=0.541152;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00953656;OID=.;OPOS=33638046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:12:23:16:12:12:23:16:12 chr9 33662181 . TCTGTAGCCCCAA T 124.03 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0372977;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=269.061;QD=17.1074;RBI=0.0373171;REFB=-0.00987215;REVB=0.00120465;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675494;STB=0.517217;STBP=0.881;TYPE=del;VARB=0.0082437;OID=.;OPOS=33662182;OREF=CTGTAGCCCCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.482759:14:29:14:29:15:7:7:8:7:99:12:7:7:5:7 chr9 33662389 . A G 361.66 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0106189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4519;QD=28.9324;RBI=0.0111545;REFB=0.00479787;REVB=-0.00341494;RO=19;SAF=18;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382936;STB=0.521039;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00289374;OID=.;OPOS=33662389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:13:18:10:9:13:18:10:9 chr9 33675629 . A C 816.02 PASS AF=0.627119;AO=74;DP=118;FAO=74;FDP=118;FR=.;FRO=44;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.000918252;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.954;QD=27.6617;RBI=0.00127733;REFB=0.00427925;REVB=0.000887912;RO=44;SAF=37;SAR=37;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222115;OID=.;OPOS=33675629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:44:44:74:74:0.627119:37:37:22:22:37:37:22:22 chr9 33676094 . C G 1240.5 PASS AF=0.603261;AO=110;DP=183;FAO=111;FDP=184;FR=.;FRO=73;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00879958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.021;QD=26.9674;RBI=0.0209099;REFB=-0.0208263;REVB=0.0189681;RO=73;SAF=53;SAR=57;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184493;STB=0.50808;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0130286;OID=.;OPOS=33676094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:73:73:110:111:0.603261:57:53:37:36:57:54:37:36 chr9 33794797 . TGA T 40.81 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0360112;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=225.104;QD=3.5489;RBI=0.0781227;REFB=-0.0194307;REVB=-0.0693278;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423927;STB=0.807536;STBP=0.124;TYPE=del;VARB=0.0559032;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152174:7:46:7:46:39:6:1:21:18:40:37:6:1:20:17 chr9 33794809 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0406654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4914;QD=10.4727;RBI=0.0592105;REFB=0.0404544;REVB=-0.0430373;RO=35;SAF=14;SAR=3;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40543;STB=0.744361;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0485419;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:3:14:18:17:3:14:18:17 chr9 33794811 . GG AT,GT 125.01 PASS AF=0.169811,0.150943;AO=9,8;DP=53;FAO=9,8;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=7,7;FSAR=2,1;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00381797,0.00085649;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=178.69,125.552;QD=9.43436;RBI=0.0116255,0.0184909;REFB=-0.00556709,-0.00686877;REVB=0.0109807,0.018471;RO=36;SAF=7,7;SAR=2,1;SRF=19;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.327471,0.472971;STB=0.7184,0.828028;STBP=0.184,0.076;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00852451,0.0308101;OID=.,.;OPOS=33794811,33794812;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:53:53:36:36:9,8:9,8:0.169811,0.150943:2,1:7,7:19:17:2,1:7,7:19:17 chr9 33794840 . G A 116.63 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0497766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1727;QD=7.40518;RBI=0.0791931;REFB=-0.0272082;REVB=0.0615941;RO=45;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875962;STB=0.546664;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0476114;OID=.;OPOS=33794840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:6:11:26:19:6:11:27:19 chr9 33794877 . C T 73.62 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0492511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.416;QD=4.90779;RBI=0.0493708;REFB=-0.00550192;REVB=-0.00343505;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813828;STB=0.552241;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0182705;OID=.;OPOS=33794877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:5:7:31:17:5:7:31:17 chr9 33796660 . T C 86.06 PASS AF=0.144;AO=18;DP=125;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=0.0091928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.817;QD=2.75389;RBI=0.0253857;REFB=-0.000931033;REVB=-0.0236628;RO=107;SAF=11;SAR=7;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532472;STB=0.536298;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00592573;OID=.;OPOS=33796660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:125:125:107:107:18:18:0.144:7:11:61:46:7:11:61:46 chr9 33796672 . TG CA 91.31 PASS AF=0.145038;AO=19;DP=131;FAO=19;FDP=131;FR=.;FRO=112;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=47;FWDB=0.00142065;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=251.779;QD=2.78795;RBI=0.00903739;REFB=0.000429708;REVB=0.00892503;RO=111;SAF=12;SAR=7;SRF=64;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722943;STB=0.545865;STBP=0.694;TYPE=mnp;VARB=-0.00179988;OID=.;OPOS=33796672;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:131:131:111:112:19:19:0.145038:7:12:64:47:7:12:65:47 chr9 33796799 . A T 38.79 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=83;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0185898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.64;QD=1.84719;RBI=0.0307876;REFB=0.00248009;REVB=-0.0245416;RO=74;SAF=2;SAR=7;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283019;STB=0.713776;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0245475;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:83:84:74:75:9:9:0.107143:7:2:33:41:7:2:33:42 chr9 33797951 . A C 60.47 PASS AF=0.144578;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.115811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.935;QD=2.91445;RBI=0.120296;REFB=-0.00488378;REVB=-0.0325436;RO=71;SAF=3;SAR=9;SRF=42;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411145;STB=0.779902;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0403471;OID=.;OPOS=33797951;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:83:83:71:71:12:12:0.144578:9:3:42:29:9:3:42:29 chr9 33797962 . A G 76.33 PASS AF=0.166667;AO=14;DP=84;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0364198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.525;QD=3.63477;RBI=0.0377616;REFB=-0.0114445;REVB=0.00997673;RO=70;SAF=5;SAR=9;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264701;STB=0.674756;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0504685;OID=.;OPOS=33797962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:84:84:70:70:14:14:0.166667:9:5:40:30:9:5:40:30 chr9 33797987 . G T 42.44 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0240697;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.699;QD=2.2943;RBI=0.0279799;REFB=-0.00518791;REVB=-0.0142661;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305961;STB=0.712592;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0404617;OID=.;OPOS=33797987;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:75:74:64:65:9:9:0.121622:6:3:38:26:6:3:38:27 chr9 33797991 . GC AT 32.56 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.000610972;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.444;QD=1.97331;RBI=0.00881253;REFB=0.00085648;REVB=0.00879133;RO=48;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133577;STB=0.600574;STBP=0.632;TYPE=mnp;VARB=-0.00797214;OID=.;OPOS=33797991;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:66:48:59:7:7:0.106061:4:3:26:22:4:3:32:27 chr9 33797999 . A G 46.18 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00403675;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0329;QD=2.79878;RBI=0.00632053;REFB=-0.00594813;REVB=-0.00486351;RO=55;SAF=3;SAR=6;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235984;STB=0.679605;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0366876;OID=.;OPOS=33797999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:67:66:55:57:9:9:0.136364:6:3:29:26:6:3:31:26 chr9 33798016 . CA CG,TG 500.69 PASS AF=0.685185,0.0925926;AO=36,4;DP=54;FAO=37,5;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=17,1;FSAR=20,4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0202561,-0.0115793;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=57.752,105.512;QD=37.0883;RBI=0.0353037,0.018642;REFB=-0.0449328,-0.017335;REVB=0.0289144,-0.0146097;RO=10;SAF=17,0;SAR=19,4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.069879,-0.650438;STB=0.534324,0.59219;STBP=0.372,0.646;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0241709,0.0829002;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:54:54:10:10:36,4:37,5:0.685185,0.0925926:19,4:17,0:3:7:20,4:17,1:3:7 chr9 33798037 . T C 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0426557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.032;QD=2.64329;RBI=0.0584619;REFB=-0.00503112;REVB=-0.0399786;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.61931;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0335839;OID=.;OPOS=33798037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:4:2:20:23:4:2:20:23 chr9 33798042 . G C 32.56 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0420098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.981;QD=2.77142;RBI=0.0441492;REFB=0.00174469;REVB=0.0135769;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212266;STB=0.637215;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0149244;OID=.;OPOS=33798042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:47:39:41:6:6:0.12766:4:2:20:19:4:2:20:21 chr9 33798052 . C T 48.62 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.000441431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.316;QD=3.88976;RBI=0.0255149;REFB=-0.00298396;REVB=-0.0255111;RO=41;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248404;STB=0.684294;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0831522;OID=.;OPOS=33798052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:41:42:8:8:0.16:6:2:18:23:6:2:19:23 chr9 33798075 . T C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00921765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.424;QD=5.39767;RBI=0.0156946;REFB=-0.00713988;REVB=-0.0127026;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319;STB=0.510181;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0224559;OID=.;OPOS=33798075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:34:35:9:9:0.204545:5:4:16:18:5:4:16:19 chr9 33798596 . T C 32.0 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0800553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0587;QD=2.66695;RBI=0.0956902;REFB=-0.00213118;REVB=-0.0524192;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558195;STB=0.541529;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0102229;OID=.;OPOS=33798596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:3:3:19:23:3:3:19:23 chr9 33923478 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCA 213.6 PASS AF=0,0.923077,0.0769231;AO=4,18,3;DP=39;FAO=0,36,3;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,2;FSAR=0,26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724873,0.129433,0.0568305;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=9.86846,8.36394,19.5377;QD=21.9076;RBI=0.07553,0.134239,0.0568481;REFB=-0.031512,-0.0270076,-0.00508466;REVB=-0.0212217,-0.0355979,0.00141395;RO=9;SAF=1,1,3;SAR=3,17,0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.32832,-0.571702,0.640421;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00559273,0.0250377,-0.153764;OID=.,.,.;OPOS=33923479,33923479,33923485;OREF=GG,G,GC;OALT=-,-,CA;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.923077,0.0769231:4,18,3:39:0,36,3:39:0:0,10,2:0,26,1:0:0:7:9:1,1,3:3,17,0:5:4 chr9 33927899 . G A 1428.94 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=98;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0375986;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3614;QD=58.9255;RBI=0.0644521;REFB=-0.181101;REVB=0.052349;RO=4;SAF=38;SAR=55;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128472;STB=0.502278;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00275712;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:97:4:3:93:94:0.969072:55:38:1:3:56:38:1:2 chr9 33935736 . A G 75.8 PASS AF=0.206897;AO=11;DP=56;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=8;FWDB=-0.0151389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.387;QD=5.22761;RBI=0.0382679;REFB=-0.00846205;REVB=0.0351461;RO=45;SAF=10;SAR=1;SRF=37;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229275;STB=0.668572;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0321501;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:56:58:45:46:11:12:0.206897:1:10:37:8:1:11:38:8 chr9 33971740 . A G 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0180062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.399;QD=11.7808;RBI=0.0196063;REFB=-0.0288253;REVB=0.00775792;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133947;STB=0.56133;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0545056;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:10:6:8:22:10:6:9:22 chr9 34017106 . C T 789.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721487;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.576;QD=64.4755;RBI=0.0721561;REFB=0;REVB=0.00103118;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178033;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr9 34107505 . C T 186.16 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0300855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1546;QD=12.4108;RBI=0.0382119;REFB=0.00553991;REVB=0.0235587;RO=36;SAF=15;SAR=8;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470834;STB=0.520487;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00692784;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:8:15:22:14:8:15:23:14 chr9 34251943 . GA AC,CA 668.67 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=3,37;DP=44;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410759,-0.0322897;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=127.318,46.2949;QD=60.7882;RBI=0.0434976,0.0376138;REFB=0,0;REVB=-0.0143113,0.0192917;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.167042,0.00235689;OID=.,.;OPOS=34251943,34251943;OREF=GA,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:44:44:0:0:3,37:1,43:0.0227273,0.977273:3,15:0,22:0:0:1,21:0,22:0:0 chr9 34252466 . GCTAA G 632.67 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126554;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=319.493;QD=61.7235;RBI=0.0128295;REFB=0;REVB=-0.00210631;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.07234e-05;OID=.;OPOS=34252467;OREF=CTAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:42:41:41:0:11:30:0:0:4:0:7:28:0:0 chr9 34256347 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.272;QD=53.9112;RBI=0.0256673;REFB=0;REVB=0.0194781;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24089e-06;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr9 34371788 . A T 2080.2 PASS AF=0.964539;AO=136;DP=143;FAO=136;FDP=141;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0367836;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.059;QD=59.0128;RBI=0.044858;REFB=-0.0588486;REVB=0.0256751;RO=4;SAF=62;SAR=74;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241285;STB=0.505145;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00116701;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:143:141:4:5:136:136:0.964539:74:62:2:2:74:62:3:2 chr9 34372783 . G C 545.27 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.365;QD=57.3966;RBI=0.0718105;REFB=-0.103448;REVB=0.0666561;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000925101;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:0:1:16:21:0:1 chr9 34372873 . C G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000896513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.024;QD=62.9826;RBI=0.00123186;REFB=0;REVB=0.00084484;RO=0;SAF=37;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64784e-06;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:8:37:0:0:8:37:0:0 chr9 34382726 . A G 1824.22 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783684;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3109;QD=61.3184;RBI=0.0110228;REFB=0;REVB=0.00775147;RO=0;SAF=34;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67659e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71285e-05;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:119:0:0:118:119:1:84:34:0:0:85:34:0:0 chr9 34521148 . G A 751.22 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139303;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.917;QD=63.9337;RBI=0.0206109;REFB=0;REVB=0.0151907;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571455;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr9 34622389 . A C 93.04 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00982004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.993;QD=9.54257;RBI=0.0125438;REFB=-0.0099861;REVB=-0.00780479;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744569;STB=0.519618;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0205088;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:39:26:27:12:12:0.307692:5:7:15:11:5:7:15:12 chr9 34627940 . C T 165.29 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=29;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.124118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1291;QD=21.328;RBI=0.125353;REFB=-0.0524958;REVB=0.0175483;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.516111;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0377006;OID=.;OPOS=34627940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:12:13:16:18:0.580645:9:7:6:6:9:9:6:7 chr9 34709981 . C T 88.44 PASS AF=0.407407;AO=8;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0462727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8765;QD=13.1017;RBI=0.102206;REFB=-0.0449903;REVB=-0.0911316;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175566;STB=0.517211;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0663154;OID=.;OPOS=34709981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:27:17:16:8:11:0.407407:3:5:13:4:3:8:12:4 chr9 34723744 . C A 766.42 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3309;QD=63.8681;RBI=0.0662348;REFB=0;REVB=-0.0654932;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351262;OID=.;OPOS=34723744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:12:35:0:0:13:35:0:0 chr9 34723935 . C T 305.73 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.52;QD=53.1707;RBI=0.0601419;REFB=0;REVB=-0.0281321;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194929;OID=.;OPOS=34723935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr9 34724241 . C A 1281.9 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.014;QD=61.7784;RBI=0.0447957;REFB=0;REVB=0.0431128;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64183e-05;OID=.;OPOS=34724241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:83:0:0:78:83:1:38:40:0:0:43:40:0:0 chr9 34724786 . G A 182.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6796;QD=45.6288;RBI=0.0135946;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0070769;OID=.;OPOS=34724786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:0:15:0:0:0:16:0:0 chr9 34724796 . T A 179.77 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125174;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6726;QD=47.9378;RBI=0.0125174;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579926;OID=.;OPOS=34724796;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr9 34725047 . C T 870.39 PASS AF=0.72549;AO=74;DP=102;FAO=74;FDP=102;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.000734032;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.955;QD=34.133;RBI=0.00318804;REFB=-0.00744591;REVB=0.00310239;RO=27;SAF=38;SAR=36;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712476;STB=0.542846;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00259598;OID=.;OPOS=34725047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:27:28:74:74:0.72549:36:38:10:17:36:38:10:18 chr9 34725069 . T A 131.75 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0160982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4333;QD=6.12787;RBI=0.024446;REFB=-0.0121885;REVB=0.0183972;RO=64;SAF=8;SAR=12;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143657;STB=0.5999;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0695973;OID=.;OPOS=34725069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:64:66:20:20:0.232558:12:8:33:31:12:8:35:31 chr9 34725742 . T C 145.04 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.366;QD=44.6272;RBI=0.0665301;REFB=0;REVB=0.0594885;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126345;OID=.;OPOS=34725742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr9 34834494 . C T 1235.19 PASS AF=0.484733;AO=127;DP=262;FAO=127;FDP=262;FR=.;FRO=135;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=0.0134571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.549;QD=18.8579;RBI=0.0462291;REFB=-0.0271024;REVB=-0.0442271;RO=135;SAF=70;SAR=57;SRF=71;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238372;STB=0.513114;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0275189;OID=.;OPOS=34834494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:262:135:135:127:127:0.484733:57:70:71:64:57:70:71:64 chr9 34835273 . A C 689.31 PASS AF=0.409574;AO=75;DP=188;FAO=77;FDP=188;FR=.;FRO=111;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=36;FSRR=75;FWDB=-0.0135456;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.258;QD=14.6662;RBI=0.0158557;REFB=-0.0179802;REVB=0.00824132;RO=105;SAF=28;SAR=47;SRF=30;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100736;STB=0.54125;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0296438;OID=.;OPOS=34835273;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:105:111:75:77:0.409574:47:28:30:75:47:30:36:75 chr9 34835861 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.023607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1577;QD=48.7373;RBI=0.0283423;REFB=0;REVB=-0.0156842;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118918;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr9 34978431 . G A,T 718.07 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=49,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128287,0.0130563;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=118.037,17.133;QD=56.3191;RBI=0.0174478,0.0250785;REFB=0,0;REVB=0.0118258,0.0214118;RO=0;SAF=19,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.48867e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000821383,0.0504049;OID=.,.;OPOS=34978431,34978431;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:49,2:49,2:0.960784,0.0392157:30,2:19,0:0:0:30,2:19,0:0:0 chr9 35089431 . AAG AA,A 157.93 PASS AF=0.851852,0;AO=16,3;DP=25;FAO=23,0;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=12,0;FSAR=11,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0235441,0.0149061;FXX=0.0357015;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=14.8713,12.4999;QD=23.3963;RBI=0.144778,0.292504;REFB=-0.111588,-0.0222973;REVB=-0.142851,-0.292124;RO=4;SAF=11,0;SAR=5,3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.285418,0;SSSB=-0.14035,-0.782218;STB=0.571368,0.5;STBP=0.102,1;TYPE=del,del;VARB=0.0216464,0;OID=.,.;OPOS=35089433,35089432;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.851852,0:16,3:25:23,0:27:4:12,0:11,0:4:0:16:4:11,0:5,3:4:0 chr9 35107858 . C T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306952;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.667;QD=53.2694;RBI=0.0316256;REFB=0;REVB=-0.00761468;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27306e-05;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 35480564 . T C 452.76 PASS AF=0.363014;AO=52;DP=145;FAO=53;FDP=146;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0148546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.971;QD=12.4043;RBI=0.0149549;REFB=-0.023921;REVB=0.00172893;RO=92;SAF=20;SAR=32;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143418;STB=0.583192;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0359407;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:92:93:52:53:0.363014:32:20:47:45:33:20:47:46 chr9 35482075 . T C 257.43 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00456503;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.464;QD=13.549;RBI=0.011894;REFB=-0.0118829;REVB=0.010983;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106;STB=0.574418;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0166215;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:46:30:30:0.394737:18:12:22:22:18:12:24:22 chr9 35482149 . C T 263.02 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0320342;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1822;QD=14.6124;RBI=0.0379567;REFB=-0.0138319;REVB=0.0203597;RO=43;SAF=13;SAR=17;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222793;STB=0.62036;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0128355;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:43:42:30:30:0.416667:17:13:28:15:17:13:27:15 chr9 35546735 . A G 224.16 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982224;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.459;QD=49.8134;RBI=0.0154539;REFB=0;REVB=-0.0119309;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52848e-05;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr9 35562387 . GCCCCCA GCCCA,GCCCCCATAGT 43.22 PASS AF=0.333333,0.444444;AO=3,2;DP=9;FAO=3,4;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0,3;FSAR=3,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.129204,0.0159427;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=2,4;MLLD=25.4825,225.569;QD=19.2077;RBI=0.130586,0.0183029;REFB=-0.0972251,-0.0533452;REVB=0.0189486,0.00899044;RO=1;SAF=0,2;SAR=3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.478673,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,0;STB=0.994603,0.599463;STBP=0.202,0.601;TYPE=del,ins;VARB=0.0990971,0.0296978;OID=.,.;OPOS=35562388,35562394;OREF=CC,-;OALT=-,TAGT;OMAPALT=GCCCA,GCCCCCATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.444444:3,2:9:3,4:9:2:0,3:3,1:1:1:16:1:0,2:3,0:1:0 chr9 35562549 . G A 137.97 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00257888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.383;QD=19.0306;RBI=0.0811894;REFB=-0.0368237;REVB=0.0811484;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515323;STB=0.549229;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0444608;OID=.;OPOS=35562549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:14:14:15:0.517241:5:9:7:5:6:9:7:7 chr9 35606884 . G A 785.79 PASS AF=0.631579;AO=71;DP=114;FAO=72;FDP=114;FR=.;FRO=42;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0305142;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.054;QD=27.5717;RBI=0.0305673;REFB=-0.00355617;REVB=0.00179969;RO=41;SAF=44;SAR=27;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108787;STB=0.565592;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00278449;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:41:42:71:72:0.631579:27:44:19:22:27:45:19:23 chr9 35612978 . G A 330.03 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0198526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.246;QD=18.3348;RBI=0.0230116;REFB=-0.0198326;REVB=0.0116364;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288804;STB=0.51612;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0218427;OID=.;OPOS=35612978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:17:20:20:15:17:20 chr9 35660990 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.806;QD=62.6698;RBI=0.0232589;REFB=0;REVB=-0.0054722;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6317e-05;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr9 35662251 . T C 804.99 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.069;QD=64.3988;RBI=0.0799574;REFB=0;REVB=0.0282921;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028238;OID=.;OPOS=35662251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:33:16:0:0:34:16:0:0 chr9 35739108 . TGGGGGAG TGGGGAG,TGGGGAGC,TGGGGAGG,TGGGGGAGC 110.12 PASS AF=0,0,0.0227273,0.318182;AO=7,2,2,8;DP=49;FAO=0,0,1,14;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,1,4;FSAR=0,0,0,10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.385518,-0.122831,-0.287798,0.156641;FXX=0;HRUN=5,5,5,0;LEN=1,3,2,1;MLLD=11.2224,60.6971,29.7577,60.8355;QD=10.0109;RBI=0.385552,0.124036,0.293337,0.157684;REFB=-0.0900943,-0.0184048,-0.0541284,-0.00835268;REVB=0.00514146,-0.0172478,-0.0567345,-0.0181084;RO=20;SAF=6,2,2,1;SAR=1,0,0,7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0.338235,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.606114,0.609291,0.609291,-0.305967;STB=0.5,0.5,0.99082,0.620257;STBP=1,1,0.266,0.272;TYPE=del,mnp,mnp,ins;VARB=0,0,0.141585,0.0234775;OID=.,.,.,.;OPOS=35739109,35739113,35739113,35739116;OREF=G,GAG,GA,-;OALT=-,AGC,AG,C;OMAPALT=TGGGGAG,TGGGGAGC,TGGGGAGG,TGGGGGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0,0.0227273,0.318182:7,2,2,8:49:0,0,1,14:44:29:0,0,1,4:0,0,0,10:13:16:99:20:6,2,2,1:1,0,0,7:6:14 chr9 35799649 . AT TC 31.14 PASS AF=0.0892857;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=56;FWDB=-0.0198451;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=37.9617;QD=1.11218;RBI=0.0387912;REFB=-0.0118568;REVB=-0.0333306;RO=89;SAF=9;SAR=1;SRF=37;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549319;STB=0.902375;STBP=0.019;TYPE=mnp;VARB=0.127531;OID=.;OPOS=35799649;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:111:112:89:102:10:10:0.0892857:1:9:37:52:1:9:46:56 chr9 35841783 . G A 51.55 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0196573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.759;QD=5.57278;RBI=0.0318717;REFB=-0.0168949;REVB=-0.0250878;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35149;STB=0.731969;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.072272;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:3:5:9:19:3:5:9:20 chr9 35842610 . C T 594.32 PASS AF=0.404762;AO=68;DP=168;FAO=68;FDP=168;FR=.;FRO=100;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00223158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.685;QD=14.1504;RBI=0.0115375;REFB=-0.0200379;REVB=0.0113196;RO=96;SAF=40;SAR=28;SRF=52;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049639;STB=0.541298;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0257831;OID=.;OPOS=35842610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:96:100:68:68:0.404762:28:40:52:44:28:40:52:48 chr9 35870001 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0789398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6221;QD=22.6318;RBI=0.131452;REFB=0.0358669;REVB=-0.10511;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845065;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.0295044;OID=.;OPOS=35870001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:9:4:3:4:9:4:4:4 chr9 35906519 . G A 909.35 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00185779;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.287;QD=56.8345;RBI=0.0252738;REFB=-0.00522383;REVB=0.0252055;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-3.0033e-05;OID=.;OPOS=35906519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr9 35910690 . G A 220.73 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0230495;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2499;QD=19.1938;RBI=0.0423943;REFB=-0.0546069;REVB=0.0355809;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102867;STB=0.564459;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0840105;OID=.;OPOS=35910690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:22:24:21:22:0.478261:10:11:14:8:10:12:16:8 chr9 35957355 . G A 686.06 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.037016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.22;QD=58.3882;RBI=0.0458975;REFB=-0.0872079;REVB=0.0271366;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446978;STB=0.523799;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00164473;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:0:2:20:25:0:2 chr9 35957669 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.808;QD=49.5964;RBI=0.0319094;REFB=0;REVB=0.0271198;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464778;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr9 35958047 . T C 620.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.101;QD=60.5322;RBI=0.0293779;REFB=0;REVB=0.0232918;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687459;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:16:21:0:0:19:22:0:0 chr9 36066899 . T C 83.85 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0125126;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.392;QD=9.31705;RBI=0.0329761;REFB=-0.00970801;REVB=0.03051;RO=25;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048462;STB=0.52936;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0234579;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:36:25:25:11:11:0.305556:8:3:6:19:8:3:6:19 chr9 36085307 . C T 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0146919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.154;QD=8.81135;RBI=0.0306161;REFB=-0.0150275;REVB=0.0268606;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138861;STB=0.585194;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0539851;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:12:11:6:4:12:11 chr9 36087876 . G A 309.74 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.000127876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.359;QD=13.766;RBI=0.00669483;REFB=-0.0250827;REVB=0.00669361;RO=55;SAF=13;SAR=21;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15863;STB=0.57843;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.025659;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:55:55:34:35:0.388889:21:13:29:26:21:14:29:26 chr9 36674842 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.598;QD=56.7028;RBI=0.0684096;REFB=0;REVB=-0.0651532;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048476;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr9 36677335 . T C 164.03 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0199945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.672;QD=12.8649;RBI=0.0335034;REFB=-0.00957549;REVB=0.026883;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111933;STB=0.565241;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0241173;OID=.;OPOS=36677335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:15:17:12:7:15:17 chr9 36840621 . T TA 223.96 PASS AF=1;AO=7;DP=57;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339124;FXX=0.351787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=11.3714;QD=25.595;RBI=0.154322;REFB=0;REVB=0.15055;RO=47;SAF=7;SAR=0;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.734448;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0213239;OID=.;OPOS=36840622;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:57:35:35:0:18:17:0:0:6:47:7:0:14:33 chr9 36840623 . G A 716.02 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.39;QD=53.0382;RBI=0.169713;REFB=-0.0573992;REVB=0.0696302;RO=7;SAF=14;SAR=32;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186456;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517987;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:54:7:0:46:54:1:32:14:7:0:33:21:0:0 chr9 37429814 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6569;QD=44.6886;RBI=0.0718851;REFB=0;REVB=-0.0154694;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240979;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr9 37430875 . C G 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0136645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.898;QD=12.7392;RBI=0.0168188;REFB=-0.0114886;REVB=0.0098058;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.013824;OID=.;OPOS=37430875;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr9 37439785 . G GAAAAC,GAAAC 277.94 PASS AF=0,0.851852;AO=3,18;DP=28;FAO=0,23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=0,12;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00889033,0.0183959;FXX=0.0357015;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=234.324,247.07;QD=41.1762;RBI=0.00902926,0.018404;REFB=-0.00947657,-0.0047475;REVB=0.00157784,0.000544778;RO=4;SAF=3,9;SAR=0,9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.729277,0.0828586;STB=0.5,0.540158;STBP=1,0.361;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00119308;OID=.,.;OPOS=37439786,37439786;OREF=-,-;OALT=AAAAC,AAAC;OMAPALT=GAAAAC,GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.851852:3,18:28:0,23:27:4:0,12:0,11:1:3:20:4:3,9:0,9:1:3 chr9 37441808 . A G 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0204562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.197;QD=51.2382;RBI=0.0211164;REFB=0.0389408;REVB=-0.00523913;RO=2;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620412;STB=0.533311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.0008314;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:14:16:0:2:14:16:0:2 chr9 37503124 . G A 1141.83 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0828;QD=60.0962;RBI=0.0246577;REFB=0;REVB=0.0149784;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481492;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:34:42:0:0 chr9 37537557 . G A 101.96 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8734;QD=40.7824;RBI=0.198577;REFB=0;REVB=0.099673;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163495;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr9 37541459 . G A 244.69 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00408332;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.834;QD=22.7616;RBI=0.0122666;REFB=-0.0172593;REVB=-0.0115671;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177488;STB=0.599113;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.012895;OID=.;OPOS=37541459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:13:7:13:10:13:7 chr9 37707441 . G A 158.67 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0148303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.575;QD=17.1537;RBI=0.0148431;REFB=-0.0130492;REVB=-0.000616306;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262442;STB=0.64874;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0108586;OID=.;OPOS=37707441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:15:5:9:8:15:5 chr9 37740637 . T C 359.65 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00303648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.908;QD=37.8583;RBI=0.0030831;REFB=-0.00951273;REVB=-0.000534163;RO=9;SAF=18;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298935;STB=0.516241;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00339184;OID=.;OPOS=37740637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:11:18:5:4:11:18:5:4 chr9 37745413 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00264298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.345;QD=24.1898;RBI=0.0363588;REFB=-0.0193695;REVB=-0.0362626;RO=6;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203483;STB=0.615187;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0115278;OID=.;OPOS=37745413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:4:8:2:4:4:8:2:4 chr9 37746136 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00682282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.666;QD=20.4846;RBI=0.0304795;REFB=0.00558271;REVB=-0.029706;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.614308;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00404654;OID=.;OPOS=37746136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:8:6:2:8:8:6:2:9 chr9 37780558 . C A 101.3 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0211123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.851;QD=19.2948;RBI=0.0254259;REFB=-0.00809076;REVB=0.0141685;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.559899;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00418565;OID=.;OPOS=37780558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:8:9:11:12:0.571429:4:7:4:4:5:7:4:5 chr9 37782111 . C T 273.3 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0288723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.05;QD=28.7684;RBI=0.0340014;REFB=-0.0052393;REVB=-0.0179578;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187381;STB=0.599916;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00803172;OID=.;OPOS=37782111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:12:13:23:25:0.657895:16:7:7:5:18:7:7:6 chr9 37862124 . A T 252.69 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0728623;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8605;QD=21.0572;RBI=0.0782453;REFB=-0.0262793;REVB=0.0285204;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074191;STB=0.541632;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0101351;OID=.;OPOS=37862124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:10:14:12:12:10:14 chr9 37862178 . A T 86.59 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0781586;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=227.984;QD=12.3699;RBI=0.0789337;REFB=0.0105372;REVB=0.0110346;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1968;STB=0.52936;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.018883;OID=.;OPOS=37862178;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:12:17:10:11:0.392857:8:2:1:11:8:3:4:13 chr9 37865943 . A G 311.33 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0242786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.701;QD=19.159;RBI=0.0356036;REFB=-0.0074941;REVB=0.0260415;RO=32;SAF=14;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449335;STB=0.524985;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.007666;OID=.;OPOS=37865943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:19:14:12:20:19:14:12:20 chr9 37884237 . A G 318.61 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0235069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.804;QD=32.6783;RBI=0.0255173;REFB=-0.0282788;REVB=-0.00992758;RO=12;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532722;STB=0.529161;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0194535;OID=.;OPOS=37884237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:16:11:6:6:16:11:6:6 chr9 37919743 . T C 114.09 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00100775;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.564;QD=16.9026;RBI=0.0430417;REFB=0.000744315;REVB=0.0430299;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185092;STB=0.60719;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00044433;OID=.;OPOS=37919743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:14:14:13:13:0.481481:4:9:7:7:4:9:7:7 chr9 37948724 . T C 393.1 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.68;QD=56.1572;RBI=0.0615683;REFB=0;REVB=0.0366236;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171032;OID=.;OPOS=37948724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:13:9:0:0:15:13:0:0 chr9 38395928 . C T 344.66 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0112157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.321;QD=19.1479;RBI=0.0147868;REFB=0.00871249;REVB=0.00963619;RO=34;SAF=19;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126733;STB=0.569086;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00803959;OID=.;OPOS=38395928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:36:36:36:0.5:17:19:13:21:17:19:14:22 chr9 38395940 . T C 912.83 PASS AF=1;AO=51;DP=73;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613962;FXX=0.16214;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0599;QD=58.8925;RBI=0.0854662;REFB=0;REVB=0.0594557;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256449;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:73:62:0:0:51:62:1:19:32:0:0:29:33:0:0 chr9 38396002 . C T 227.52 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0203894;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.401;QD=20.684;RBI=0.020532;REFB=-0.00494016;REVB=-0.00241611;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251306;STB=0.648506;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00593642;OID=.;OPOS=38396002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:6:15:10:12:6:16:10:12 chr9 38396502 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8484;QD=57.3849;RBI=0.0218426;REFB=0;REVB=0.000365176;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167531;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr9 38398150 . G C 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0145557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.221;QD=14.4002;RBI=0.015302;REFB=-0.00553284;REVB=0.00472043;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218663;STB=0.62314;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00681854;OID=.;OPOS=38398150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:26:8:11:14:26:8 chr9 38571986 . C G 34.03 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.00225759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0336;QD=1.72324;RBI=0.0379403;REFB=-0.000354607;REVB=-0.0378731;RO=69;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138126;STB=0.61875;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000984221;OID=.;OPOS=38571986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:79:69:71:8:8:0.101266:3:5:35:34:3:5:35:36 chr9 38593864 . TA T,TG 430.63 PASS AF=0.757576,0.0454545;AO=33,3;DP=65;FAO=50,3;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=3,3;FSAR=47,0;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00581134,-0.0599194;FXX=0.0294074;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.0818,58.9832;QD=26.0987;RBI=0.176088,0.069728;REFB=-0.138948,-0.0423455;REVB=0.175992,0.0356603;RO=21;SAF=0,3;SAR=33,0;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.858848,0.617382;STB=0.817219,0.994167;STBP=0,0.351;TYPE=del,snp;VARB=0.149625,0.0494781;OID=.,.;OPOS=38593865,38593865;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.757576,0.0454545:33,3:65:50,3:66:13:3,3:47,0:11:2:45:21:0,3:33,0:9:12 chr9 38615698 . C T 461.99 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0131128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6395;QD=25.3142;RBI=0.030037;REFB=-0.0142184;REVB=-0.0270237;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036391;STB=0.507308;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00697842;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:29:43:44:0.60274:18:25:17:12:19:25:17:12 chr9 38621344 . G A 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0180934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.878;QD=17.4259;RBI=0.0358138;REFB=-0.0288988;REVB=0.0309073;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675636;STB=0.538422;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0398486;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:16:7:7:12:16:7 chr9 39103763 . A G 190.55 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0305216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.553;QD=15.5555;RBI=0.0314724;REFB=-0.0307157;REVB=-0.00767717;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510408;STB=0.529382;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0365731;OID=.;OPOS=39103763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:8:12:16:13:8:12:16:13 chr9 39287976 . C T 237.71 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0529299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6964;QD=16.6812;RBI=0.0561376;REFB=0.00295377;REVB=-0.0187045;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107347;STB=0.570417;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00419073;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:17:10:14:15:17:10:15:15 chr9 40503085 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.015;QD=48.7372;RBI=0.0248942;REFB=0;REVB=0.0221814;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428402;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr9 40774051 . T A 187.84 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00721122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.601;QD=20.3069;RBI=0.0166256;REFB=-0.0259683;REVB=-0.0149803;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300454;STB=0.668342;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0323229;OID=.;OPOS=40774051;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:8:11:4:14:8:11:4:14 chr9 40784154 . TCTC T 91.89 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000191167;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=3;MLLD=196.317;QD=7.8201;RBI=0.00959939;REFB=-0.0140005;REVB=-0.00959748;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803826;STB=0.553754;STBP=0.706;TYPE=del;VARB=0.0444805;OID=.;OPOS=40784155;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.255319:12:51:12:47:35:4:8:14:21:91:38:4:8:15:23 chr9 40784183 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.733;QD=54.5174;RBI=0.0386676;REFB=0;REVB=0.00224192;RO=0;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198211;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:21:4:0:0:21:4:0:0 chr9 43685298 . G T 466.25 PASS AF=0.769231;AO=40;DP=52;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00891406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.026;QD=35.8653;RBI=0.0395767;REFB=-0.0442858;REVB=0.0385598;RO=12;SAF=10;SAR=30;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462586;STB=0.524987;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0109689;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:12:12:40:40:0.769231:30:10:4:8:30:10:4:8 chr9 43818062 . T A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.466;QD=60.2306;RBI=0.0219638;REFB=0;REVB=0.000928247;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1391e-05;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr9 43822668 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0074958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.061;QD=13.2039;RBI=0.0132574;REFB=-0.0159186;REVB=-0.0109348;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0354836;OID=.;OPOS=43822668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr9 43822686 . C A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000832183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.464;QD=13.2054;RBI=0.013845;REFB=0.00716501;REVB=-0.01382;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00700971;OID=.;OPOS=43822686;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr9 43822704 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0209691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.166;QD=13.2052;RBI=0.021415;REFB=0.00760884;REVB=-0.00434733;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00591983;OID=.;OPOS=43822704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr9 66457018 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00982567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6744;QD=11.9193;RBI=0.0260552;REFB=0.00202799;REVB=-0.0241315;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.00571033;OID=.;OPOS=66457018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:5:2:3:5:5:2:4:5 chr9 66457019 . G A 38.42 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.000746472;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.953;QD=9.60557;RBI=0.00889996;REFB=-0.045139;REVB=0.0088686;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.686962;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0430017;OID=.;OPOS=66457019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:2:8:3:3:2:8 chr9 66457027 . T A 33.04 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0341909;FXX=0.166574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.243;QD=8.81042;RBI=0.0676286;REFB=-0.0259131;REVB=-0.058349;RO=10;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11246;STB=0.571156;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0977614;OID=.;OPOS=66457027;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:18:15:10:10:5:5:0.333333:3:2:3:7:3:2:3:7 chr9 66457051 . G A 33.2 PASS AF=0.263158;AO=5;DP=23;FAO=5;FDP=19;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00721537;FXX=0.208247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.877;QD=6.99038;RBI=0.0114712;REFB=-0.013988;REVB=-0.00891776;RO=13;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152232;STB=0.574168;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0380435;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:23:19:13:14:5:5:0.263158:3:2:7:6:3:2:7:7 chr9 66457076 . T C 75.44 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0673768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0808;QD=12.0707;RBI=0.0778173;REFB=-0.0126737;REVB=0.0389347;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0317707;OID=.;OPOS=66457076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:15:15:9:10:0.4:6:3:8:7:6:4:8:7 chr9 66457127 . G A 53.66 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0580352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.2;QD=7.94933;RBI=0.059698;REFB=-0.0164889;REVB=-0.0139915;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00792354;STB=0.504938;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.057691;OID=.;OPOS=66457127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:7:12:5:3:7:12 chr9 66457388 . T G 49.46 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00218376;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.073;QD=12.3654;RBI=0.0243252;REFB=-0.0107026;REVB=0.024227;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378852;STB=0.713894;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0126711;OID=.;OPOS=66457388;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:9:0:1:6:9:0 chr9 66457451 . T C 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.00563724;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9254;QD=3.22891;RBI=0.0277368;REFB=0.0110319;REVB=0.0271579;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449598;STB=0.828976;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0335401;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:56:48:48:8:8:0.142857:1:7:26:22:1:7:26:22 chr9 66457465 . T G 126.58 PASS AF=0.309091;AO=18;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00685758;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.834;QD=9.20581;RBI=0.0382773;REFB=-0.0157281;REVB=-0.037658;RO=38;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269611;STB=0.64993;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0294206;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:38:38:18:17:0.309091:5:13:19:19:5:12:19:19 chr9 66457467 . GTTTTTTTC GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT 259.75 PASS AF=0.418605,0.302326,0.186047;AO=13,12,7;DP=52;FAO=18,13,8;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=6,8,5;FSAR=12,5,3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0438307,0.0324355,0.0380013;FXX=0.173044;HRUN=7,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=8.58523,19.6105,22.928;QD=24.1629;RBI=0.233162,0.066491,0.0991231;REFB=-0.253152,-0.0268173,0.132174;REVB=-0.229005,-0.058043,0.0915494;RO=7;SAF=2,7,5;SAR=11,5,2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.499997,-0.191213,-0.161108;STB=0.580553,0.533929,0.545344;STBP=0.136,0.657,0.721;TYPE=del,del,snp;VARB=0.203811,0.00257836,0.0690033;OID=.,.,.;OPOS=66457468,66457475,66457475;OREF=T,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GTTTTTTC,GTTTTTTT,GTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.418605,0.302326,0.186047:13,12,7:52:18,13,8:43:4:6,8,5:12,5,3:3:1:61:7:2,7,5:11,5,2:6:1 chr9 66457480 . G A 91.04 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0305654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6333;QD=6.06935;RBI=0.043609;REFB=0.00186228;REVB=0.0311046;RO=44;SAF=9;SAR=5;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123002;STB=0.595449;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.00322623;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:44:46:14:14:0.233333:5:9:24:20:5:9:24:22 chr9 66457498 . G T 79.84 PASS AF=0.170732;AO=14;DP=89;FAO=14;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0123443;FXX=0.0786428;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.817;QD=3.89475;RBI=0.0847709;REFB=-0.00529167;REVB=-0.0838673;RO=53;SAF=11;SAR=3;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346956;STB=0.759615;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0179662;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:89:82:53:68:14:14:0.170732:3:11:28:25:3:11:33:35 chr9 66457549 . A T 144.42 PASS AF=0.17931;AO=26;DP=158;FAO=26;FDP=145;FR=.;FRO=119;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=69;FWDB=-0.0145485;FXX=0.0822733;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.248;QD=3.98408;RBI=0.0708831;REFB=-0.0127718;REVB=-0.0693741;RO=115;SAF=16;SAR=10;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259489;STB=0.656847;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0553068;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:145:115:119:26:26:0.17931:10:16:47:68:10:16:50:69 chr9 66457562 . C T 39.92 PASS AF=0.0839161;AO=12;DP=144;FAO=12;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=131;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=72;FWDB=-0.0207768;FXX=0.0137922;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.565;QD=1.11674;RBI=0.0437279;REFB=-0.00542107;REVB=-0.0384766;RO=107;SAF=5;SAR=7;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495276;STB=0.531383;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0482376;OID=.;OPOS=66457562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:144:143:107:131:12:12:0.0839161:7:5:49:58:7:5:59:72 chr9 66457585 . G T 64.49 PASS AF=0.120968;AO=16;DP=124;FAO=15;FDP=124;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=74;FWDB=-0.0127497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.697;QD=2.08027;RBI=0.014209;REFB=-0.00660227;REVB=-0.00627219;RO=108;SAF=7;SAR=9;SRF=35;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14958;STB=0.63061;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0422197;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:124:124:108:109:16:15:0.120968:9:7:35:73:8:7:35:74 chr9 66457588 . T C 146.67 PASS AF=0.201613;AO=25;DP=123;FAO=25;FDP=124;FR=.;FRO=99;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=68;FWDB=-0.0762532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.427;QD=4.73134;RBI=0.0793879;REFB=-0.00319474;REVB=-0.0220883;RO=96;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185004;STB=0.605291;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0263576;OID=.;OPOS=66457588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:96:99:25:25:0.201613:14:11:29:67:14:11:31:68 chr9 66457593 . CAG AGG,CGA,CGG 877.01 PASS AF=0.0707965,0,0.637168;AO=6,6,65;DP=113;FAO=8,0,72;FDP=113;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0,25;FSAR=7,0,47;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00669864,-0.0349305,0.000212094;FXX=0.0258598;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=114.042,59.1748,144.682;QD=31.0445;RBI=0.00900404,0.0836237,0.0127531;REFB=-0.0127145,0.0346173,-0.0364881;REVB=-0.00601671,-0.0759788,0.0127513;RO=33;SAF=1,1,24;SAR=5,5,41;SRF=10;SRR=23;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.218671,-0.218671,0.044882;STB=0.718966,0.5,0.51546;STBP=0.275,1,0.68;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0.0252139,0,0.0252078;OID=.,.,.;OPOS=66457593,66457594,66457594;OREF=CA,AG,A;OALT=AG,GA,G;OMAPALT=AGG,CGA,CGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:113:113:33:33:6,6,65:8,0,72:0.0707965,0,0.637168:5,5,41:1,1,24:10:23:7,0,47:1,0,25:10:23 chr9 66457605 . C T 96.48 PASS AF=0.168317;AO=16;DP=100;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=53;FWDB=-0.0360425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.414;QD=3.8208;RBI=0.0366507;REFB=-0.0108784;REVB=-0.00664944;RO=83;SAF=2;SAR=14;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386671;STB=0.702831;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.04793;OID=.;OPOS=66457605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:101:83:84:16:17:0.168317:14:2:30:53:14:3:31:53 chr9 66458150 . C T 65.55 PASS AF=0.113475;AO=16;DP=142;FAO=16;FDP=141;FR=.;FRO=125;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=73;FSRR=52;FWDB=-0.0147002;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.919;QD=1.8596;RBI=0.0204636;REFB=-0.0039143;REVB=-0.014236;RO=122;SAF=8;SAR=8;SRF=71;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101085;STB=0.574377;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0303162;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:142:141:122:125:16:16:0.113475:8:8:71:51:8:8:73:52 chr9 66458183 . A G 73.23 PASS AF=0.12;AO=13;DP=145;FAO=18;FDP=150;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=58;FWDB=0.0194153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3341;QD=1.95268;RBI=0.0197763;REFB=-0.0112077;REVB=0.00376144;RO=125;SAF=3;SAR=10;SRF=69;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371219;STB=0.648311;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0480086;OID=.;OPOS=66458183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:145:150:125:132:13:18:0.12:10:3:69:56:11:7:74:58 chr9 66458195 . T G 177.08 PASS AF=0.205674;AO=25;DP=142;FAO=29;FDP=141;FR=.;FRO=112;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=-0.0192194;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6121;QD=5.02341;RBI=0.0201969;REFB=-0.00626923;REVB=0.00620714;RO=107;SAF=10;SAR=15;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214398;STB=0.589944;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0148618;OID=.;OPOS=66458195;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:107:112:25:29:0.205674:15:10:61:46:16:13:63:49 chr9 66458231 . GC G 548.09 PASS AF=0.72619;AO=56;DP=87;FAO=61;FDP=84;FR=.;FRO=23;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0256187;FXX=0.115777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.2491;QD=26.0996;RBI=0.0440816;REFB=-0.0457172;REVB=-0.035873;RO=23;SAF=33;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108048;STB=0.550298;STBP=0.123;TYPE=del;VARB=0.0158391;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72619:56:87:61:84:23:35:26:9:14:93:23:33:23:9:14 chr9 68415338 . A C 117.71 PASS AF=0.185841;AO=21;DP=113;FAO=21;FDP=113;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.0608921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3003;QD=4.16687;RBI=0.0632862;REFB=-0.0140882;REVB=-0.0172423;RO=91;SAF=8;SAR=13;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906942;STB=0.563197;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0362846;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:91:92:21:21:0.185841:13:8:41:50:13:8:42:50 chr9 68415353 . T G 107.18 PASS AF=0.193548;AO=17;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0261674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=4.60996;RBI=0.0319065;REFB=-0.00202672;REVB=-0.0182563;RO=75;SAF=6;SAR=11;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114277;STB=0.590805;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0103644;OID=.;OPOS=68415353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:75:75:17:18:0.193548:11:6:33:42:12:6:33:42 chr9 68415355 . C T 31.51 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=47;FWDB=0.0181704;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3088;QD=1.43206;RBI=0.0413607;REFB=-0.00741768;REVB=-0.0371557;RO=78;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103413;STB=0.579352;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0853751;OID=.;OPOS=68415355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:88:78:80:8:8:0.0909091:4:4:32:46:4:4:33:47 chr9 68415386 . G A 123.14 PASS AF=0.288136;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0835516;FXX=0.0483793;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4144;QD=8.3487;RBI=0.0836329;REFB=-0.0297881;REVB=0.00368712;RO=45;SAF=8;SAR=8;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175648;STB=0.604624;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0380005;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:59:45:42:16:17:0.288136:8:8:16:29:8:9:16:26 chr9 68415387 . GA AT,GT 358.77 PASS AF=0.103448,0.517241;AO=6,30;DP=59;FAO=6,30;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=3,8;FSAR=3,22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.132994,-0.0535002;FXX=0.0169463;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=53.822,136.095;QD=24.7428;RBI=0.133046,0.0549258;REFB=0.00355494,-0.0370203;REVB=-0.00373975,0.0124327;RO=22;SAF=3,8;SAR=3,22;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0533155,-0.237776;STB=0.535596,0.63209;STBP=0.926,0.047;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0221347,0.0127711;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:59:58:22:22:6,30:6,30:0.103448,0.517241:3,22:3,8:12:10:3,22:3,8:12:10 chr9 68415397 . T C 37.4 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.014917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.714;QD=2.67124;RBI=0.0198745;REFB=-0.00876276;REVB=-0.0131331;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0334116;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:4:3:21:28:4:3:21:28 chr9 69002294 . C T 95.48 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0141041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.046;QD=7.34481;RBI=0.0330609;REFB=-0.014477;REVB=-0.0299015;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816854;STB=0.55847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0508468;OID=.;OPOS=69002294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:6:7:23:15:6:7:24:15 chr9 69002304 . C G 41.92 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00818705;FXX=0.12725;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.436;QD=3.4936;RBI=0.008784;REFB=0.000200741;REVB=-0.0031829;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419892;STB=0.533647;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=-0.000524722;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:54:48:38:41:7:7:0.145833:3:4:23:15:3:4:25:16 chr9 69002317 . T C 116.84 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0566995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.832;QD=7.78938;RBI=0.0598232;REFB=-0.0102888;REVB=-0.0190783;RO=43;SAF=8;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076204;STB=0.545934;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0218353;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:9:8:23:20:9:8:23:20 chr9 69181551 . C A 42.7 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0189429;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2337;QD=4.16617;RBI=0.026171;REFB=-0.00546956;REVB=-0.0180579;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175974;STB=0.658812;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.029318;OID=.;OPOS=69181551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:41:30:34:7:7:0.170732:1:6:23:7:1:6:25:9 chr9 69181556 . T G 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=0.0010672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.245;QD=4.3093;RBI=0.0395284;REFB=-0.0128912;REVB=-0.039514;RO=37;SAF=7;SAR=1;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193003;STB=0.659904;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0454869;OID=.;OPOS=69181556;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:37:38:8:8:0.173913:1:7:29:8:1:7:29:9 chr9 69181562 . A T 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.02362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.199;QD=4.00515;RBI=0.0502576;REFB=-0.0215285;REVB=-0.0443612;RO=40;SAF=7;SAR=1;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164885;STB=0.641787;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0437171;OID=.;OPOS=69181562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:1:7:32:8:1:7:32:9 chr9 69256816 . G A 788.67 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469292;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.814;QD=57.358;RBI=0.0125708;REFB=0;REVB=-0.011662;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147934;OID=.;OPOS=69256816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr9 71396239 . C T 154.78 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0160582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.822;QD=14.7412;RBI=0.0275117;REFB=-0.0112142;REVB=-0.0223389;RO=25;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309204;STB=0.677312;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0182017;OID=.;OPOS=71396239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:10:7:18:7:10:7:18:7 chr9 71396746 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.083;QD=53.9111;RBI=0.112682;REFB=0;REVB=0.00470882;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145099;OID=.;OPOS=71396746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr9 71397734 . A G 292.5 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9094;QD=50.8692;RBI=0.0397059;REFB=0;REVB=0.0112227;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243543;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:6:16:1:0:6:17:0:0 chr9 71397747 . T C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0179801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.102;QD=11.1042;RBI=0.129026;REFB=0.0177412;REVB=0.127768;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228386;STB=0.650814;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0264157;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:2:5:8:1:2:5:9:1 chr9 71843023 . C A 744.88 PASS AF=0.98;AO=46;DP=47;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327358;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.9029;QD=59.59;RBI=0.071497;REFB=-0.132598;REVB=0.0635625;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00440267;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:50:1:1:46:49:0.98:23:23:0:1:24:25:0:1 chr9 71862975 . C T 214.9 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00448671;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.324;QD=10.6123;RBI=0.0132138;REFB=-0.0136534;REVB=0.0124288;RO=54;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425032;STB=0.524752;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0275121;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:54:54:27:27:0.333333:13:14:30:24:13:14:30:24 chr9 71862987 . G A 225.58 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.962;QD=11.0041;RBI=0.0232203;REFB=-0.00371422;REVB=0.0122919;RO=53;SAF=14;SAR=14;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532256;STB=0.524373;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00736775;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:53:54:28:28:0.341463:14:14:29:24:14:14:29:25 chr9 71986276 . G C 180.33 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0313022;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4848;QD=15.3475;RBI=0.0315839;REFB=-0.00657653;REVB=0.00420902;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231537;STB=0.63461;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0159006;OID=.;OPOS=71986276;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:15:13:5:14:15:13 chr9 71986315 . T C 955.83 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.445;QD=58.8205;RBI=0.0629565;REFB=0;REVB=0.0609484;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157083;OID=.;OPOS=71986315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:25:37:0:0:28:37:0:0 chr9 72002911 . T TGTTATA 930.36 PASS AF=0.788889;AO=69;DP=91;FAO=71;FDP=90;FR=.;FRO=19;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00663963;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=6;MLLD=278.23;QD=41.3492;RBI=0.0129057;REFB=-0.0127826;REVB=0.0110667;RO=19;SAF=36;SAR=33;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659464;STB=0.537439;STBP=0.152;TYPE=ins;VARB=0.0028101;OID=.;OPOS=72002912;OREF=-;OALT=GTTATA;OMAPALT=TGTTATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.788889:69:91:71:90:19:36:35:13:6:99:19:36:33:13:6 chr9 72373624 . A G 1661.46 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.518;QD=59.3378;RBI=0.0254359;REFB=-0.101204;REVB=-0.0162041;RO=1;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736047;STB=0.503816;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00024804;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:110:111:0.991071:64:46:0:1:65:46:0:1 chr9 72472831 . C T 228.62 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.00390543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.639;QD=9.62592;RBI=0.0127058;REFB=0.00502768;REVB=0.0120907;RO=66;SAF=21;SAR=8;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15849;STB=0.593942;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0121835;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:8:21:40:26:8:21:40:26 chr9 72499548 . A T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.022475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.096;QD=9.44424;RBI=0.0462959;REFB=-0.0561278;REVB=0.0404745;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.118483;OID=.;OPOS=72499548;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr9 72741247 . C T 605.07 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00723035;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6809;QD=59.0313;RBI=0.0133297;REFB=-0.111257;REVB=-0.0111984;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00122914;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr9 72741298 . G A 397.16 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347407;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.809;QD=56.7377;RBI=0.0406841;REFB=0;REVB=0.0211726;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303273;OID=.;OPOS=72741298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr9 72741312 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.262;QD=55.0972;RBI=0.0371808;REFB=0;REVB=0.0271753;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634046;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr9 72755128 . TAAA T 561.72 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954278;FXX=0.079984;HRUN=3;LEN=3;MLLD=134.672;QD=48.8455;RBI=0.0106986;REFB=0;REVB=0.00483694;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000236564;OID=.;OPOS=72755129;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:49:46:46:0:23:23:0:0:10:0:23:22:0:0 chr9 72897434 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.118;QD=58.9619;RBI=0.0547588;REFB=0;REVB=-0.00819618;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190487;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr9 72897440 . T C 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.646;QD=58.2342;RBI=0.0244564;REFB=0;REVB=0.0240541;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53245e-05;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr9 73150984 . C T 277.55 PASS AF=0.330357;AO=35;DP=112;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0155407;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.916;QD=9.91254;RBI=0.0348789;REFB=-0.00353942;REVB=0.0312253;RO=77;SAF=13;SAR=22;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248677;STB=0.648568;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00649252;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:77:75:35:37:0.330357:22:13:45:32:24:13:43:32 chr9 73151715 . C T 130.03 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00853569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.119;QD=8.66888;RBI=0.0192679;REFB=0.00045016;REVB=-0.0172741;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274239;STB=0.667698;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00143238;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:42:18:18:0.3:8:10:13:28:8:10:13:29 chr9 73151970 . C T 237.46 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00886376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.408;QD=13.7658;RBI=0.00928231;REFB=-0.0118193;REVB=-0.00275592;RO=41;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497405;STB=0.528383;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0186574;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:17:11:18:23:17:11:18:23 chr9 73376414 . G T 195.2 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00505439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.612;QD=14.196;RBI=0.0110974;REFB=-0.00840268;REVB=0.00987956;RO=32;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538882;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.012692;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:11:12:15:17:11:12:15:17 chr9 73391369 . T C 161.59 PASS AF=0.548387;AO=12;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0021448;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.074;QD=20.8499;RBI=0.00476517;REFB=-0.00727864;REVB=0.0042552;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198498;STB=0.603652;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00590666;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:5:14:12:17:0.548387:7:5:4:1:10:7:9:5 chr9 73408518 . T G 699.77 PASS AF=0.35443;AO=84;DP=237;FAO=84;FDP=237;FR=.;FRO=153;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=83;FSRR=70;FWDB=0.0466955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.984;QD=11.8105;RBI=0.0467642;REFB=-0.00966213;REVB=-0.00253443;RO=153;SAF=52;SAR=32;SRF=83;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08969;STB=0.55111;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0156747;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:153:153:84:84:0.35443:32:52:83:70:32:52:83:70 chr9 73461337 . T A 1208.88 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=88;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0548159;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.013;QD=56.8886;RBI=0.0613756;REFB=-0.119773;REVB=0.0276076;RO=4;SAF=42;SAR=39;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206446;STB=0.510914;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00581579;OID=.;OPOS=73461337;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:85:4:4:81:81:0.952941:39:42:3:1:39:42:3:1 chr9 74671719 . T C 248.32 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0790527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4944;QD=13.9897;RBI=0.0795167;REFB=-0.00791113;REVB=0.00857772;RO=40;SAF=20;SAR=9;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322735;STB=0.683466;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0120287;OID=.;OPOS=74671719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:40:42:29:29:0.408451:9:20:15:25:9:20:16:26 chr9 74834384 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00585565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.859;QD=10.5941;RBI=0.00597632;REFB=-0.00342968;REVB=0.00119492;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128649;STB=0.575645;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00779235;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:42:22:22:0.34375:9:13:18:20:9:13:20:22 chr9 74846104 . A G 204.97 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00224261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.342;QD=10.6479;RBI=0.00354066;REFB=-0.0182389;REVB=-0.00273988;RO=51;SAF=15;SAR=11;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142881;STB=0.583186;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0426696;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:11:15:23:28:11:15:23:28 chr9 74969864 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00319991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2276;QD=20.2096;RBI=0.0690432;REFB=-0.00916519;REVB=0.068969;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691362;STB=0.503931;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00827435;OID=.;OPOS=74969864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:7:3:4:9:7:3 chr9 74975136 . T C 815.84 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0952711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0988;QD=55.311;RBI=0.0987688;REFB=-0.101802;REVB=0.0260516;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00333989;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:27:31:0:0:27:31:0:1 chr9 77257346 . G A 246.07 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00352688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.709;QD=11.3136;RBI=0.0147748;REFB=0.00263356;REVB=0.0143477;RO=56;SAF=15;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141175;STB=0.586151;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00477367;OID=.;OPOS=77257346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:57:30:30:0.344828:15:15:35:21:15:15:36:21 chr9 77376633 . A G 398.23 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0247926;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.942;QD=17.6991;RBI=0.0248456;REFB=-0.00201374;REVB=-0.00162164;RO=47;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448737;STB=0.503266;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00112381;OID=.;OPOS=77376633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:49:41:41:0.455556:19:22:25:22:19:22:26:23 chr9 77376647 . T C 423.36 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=105;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0181305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.53;QD=16.1279;RBI=0.0186226;REFB=-0.0139236;REVB=0.00425271;RO=56;SAF=25;SAR=22;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311261;STB=0.508127;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0192973;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:58:47:47:0.447619:22:25:28:28:22:25:30:28 chr9 77397519 . T C 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00568424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.543;QD=19.9406;RBI=0.0219458;REFB=0.00331824;REVB=0.0211968;RO=29;SAF=21;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320539;STB=0.517785;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00349729;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:11:21:20:9:11:21:20:9 chr9 77407636 . C T 292.43 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00313421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.634;QD=14.6213;RBI=0.00314428;REFB=-0.00996875;REVB=0.000251509;RO=47;SAF=21;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902518;STB=0.551281;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0139344;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:12:21:26:21:12:21:26:21 chr9 77423042 . C T 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0346044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4158;QD=18.1751;RBI=0.0358721;REFB=0.0181418;REVB=-0.00945229;RO=32;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741578;STB=0.541467;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0224903;OID=.;OPOS=77423042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:13:18:16:16:13:18:16:16 chr9 77436641 . G A 367.96 PASS AF=0.433333;AO=37;DP=92;FAO=39;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.028923;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.946;QD=16.3537;RBI=0.0342909;REFB=-0.0127617;REVB=-0.0184207;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256165;STB=0.568147;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0136159;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:39:51:37:39:0.433333:17:20:20:19:19:20:20:31 chr9 77563087 . C T 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.02757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.476;QD=9.58939;RBI=0.0314105;REFB=-0.0116078;REVB=-0.0150504;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196766;STB=0.618199;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0375869;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:7:6:19:11:7:6:19:11 chr9 77752510 . C T 675.33 PASS AF=0.45625;AO=74;DP=160;FAO=73;FDP=160;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0224845;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0676;QD=16.8831;RBI=0.0239891;REFB=-0.00378683;REVB=0.00836208;RO=86;SAF=24;SAR=50;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212797;STB=0.622372;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00418352;OID=.;OPOS=77752510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:86:87:74:73:0.45625:50:24:46:40:50:23:46:41 chr9 78291861 . G T 142.47 PASS AF=0.386364;AO=12;DP=40;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0267224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.67;QD=12.9518;RBI=0.0298627;REFB=-0.0129462;REVB=0.0133302;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748206;STB=0.624125;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0179634;OID=.;OPOS=78291861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:44:27:27:12:17:0.386364:7:5:13:14:12:5:13:14 chr9 78773953 . G A 152.89 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0266975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.339;QD=11.9915;RBI=0.0289077;REFB=-0.0189301;REVB=0.011086;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205391;STB=0.620257;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0299498;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:19:14:11:7:19:14 chr9 78790153 . A G 57.23 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00863804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9528;QD=28.6147;RBI=0.0360887;REFB=-0.17409;REVB=0.0350396;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0346659;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr9 78790157 . G C 34.8 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0494182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.637;QD=23.1974;RBI=0.0725952;REFB=0.0747388;REVB=0.0531781;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00350081;OID=.;OPOS=78790157;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr9 78790167 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0498383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.342;QD=23.2183;RBI=0.0511608;REFB=0.0256537;REVB=-0.0115575;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00424089;OID=.;OPOS=78790167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr9 78937974 . C T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0187866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.888;QD=17.4225;RBI=0.0288708;REFB=-0.0162825;REVB=-0.0219222;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255253;STB=0.505513;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0151215;OID=.;OPOS=78937974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:17:14:14:19:17:14:15:19 chr9 78942956 . A G 63.79 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0360213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1082;QD=4.72519;RBI=0.0377647;REFB=-0.00785231;REVB=0.011342;RO=40;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169794;STB=0.591829;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0339108;OID=.;OPOS=78942956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:40:44:10:10:0.185185:4:6:29:11:4:6:31:13 chr9 79009106 . A C,G 669.15 PASS AF=0.934783,0.0434783;AO=42,3;DP=46;FAO=43,2;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508913,0.00706716;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=194.654,17.2728;QD=58.1872;RBI=0.0511749,0.0694509;REFB=0.0820164,0.24042;REVB=-0.00537978,-0.0690904;RO=1;SAF=17,1;SAR=25,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0184086,0.163246;STB=0.509799,0.5;STBP=0.49,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000108712,0.121572;OID=.,.;OPOS=79009106,79009106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:46:46:1:1:42,3:43,2:0.934783,0.0434783:25,2:17,1:0:1:25,2:18,0:0:1 chr9 79118661 . A G 838.56 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00140269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.897;QD=55.9037;RBI=0.0450719;REFB=-0.146015;REVB=0.0450501;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200708;STB=0.510635;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000922883;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:23:36:0:1:23:36:0:1 chr9 79121085 . G T 1305.67 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0362452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0275;QD=60.729;RBI=0.0366216;REFB=-0.109331;REVB=0.00523731;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.504064;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00199751;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:61:24:0:0:61:24:0:1 chr9 79121281 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0335405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.156;QD=10.4723;RBI=0.0335469;REFB=-0.00884115;REVB=0.000654532;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470445;STB=0.528254;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0186257;OID=.;OPOS=79121281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:11:13:7:5:11:13 chr9 79121906 . C T 524.44 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129272;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.756;QD=59.9359;RBI=0.0175406;REFB=0;REVB=-0.0118559;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422631;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr9 79186729 . T C 207.07 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1479;QD=48.7231;RBI=0.0481872;REFB=0;REVB=0.0162704;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465676;OID=.;OPOS=79186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:17:0:0:15:17:1:4:11:0:0:6:11:0:0 chr9 79186750 . G T 274.87 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0188201;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.361;QD=39.2673;RBI=0.0240471;REFB=-0.040017;REVB=0.0149689;RO=5;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883159;STB=0.54813;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00835738;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:8:15:2:3:8:15:2:3 chr9 79186765 . C G 283.9 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0361355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.469;QD=36.6327;RBI=0.0440661;REFB=-0.0642663;REVB=0.0252201;RO=7;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435871;STB=0.523789;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0226381;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:8:16:4:3:8:16:4:3 chr9 79186781 . T C 348.66 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00794966;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7691;QD=32.4337;RBI=0.0115278;REFB=-0.0315965;REVB=0.00834818;RO=14;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394813;STB=0.521568;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00958435;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:10:19:10:4:10:19:10:4 chr9 79186787 . C T 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=0.0045503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.697;QD=2.92821;RBI=0.0221764;REFB=-0.000454822;REVB=-0.0217046;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=37;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16103;STB=0.596934;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00219495;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:59:50:51:8:8:0.135593:3:5:37:13:3:5:37:14 chr9 79186820 . A C 880.13 PASS AF=0.75;AO=69;DP=92;FAO=69;FDP=92;FR=.;FRO=23;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000105432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4574;QD=38.2665;RBI=0.0461177;REFB=-0.023778;REVB=-0.0461176;RO=23;SAF=49;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789873;STB=0.542423;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00772817;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:23:23:69:69:0.75:20:49:13:10:20:49:13:10 chr9 79186886 . C G 52.4 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0446976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3755;QD=6.54938;RBI=0.0753882;REFB=-0.00215809;REVB=-0.0607084;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511092;STB=0.532704;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00350943;OID=.;OPOS=79186886;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:14:10:3:5:14:10 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=64;DP=83;LEN=15;RO=19;SAF=31;SAR=26;SRF=21;SRR=5;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:83:19:64:26:31:21:5 chr9 79318471 . C T 825.5 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0219401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.482;QD=54.1311;RBI=0.0280793;REFB=-0.0658427;REVB=-0.0175237;RO=2;SAF=37;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248227;STB=0.513153;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00295087;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:22:37:2:0:22:37:2:0 chr9 79318677 . T C 1182.33 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.2519;QD=59.865;RBI=0.00894015;REFB=0;REVB=0.00139567;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067911;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:41:36:0:0:41:38:0:0 chr9 79318921 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0606093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.631;QD=59.0168;RBI=0.0611257;REFB=0;REVB=0.00792877;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501028;OID=.;OPOS=79318921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 79318998 . A G 276.11 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110473;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3051;QD=52.5925;RBI=0.111935;REFB=0;REVB=0.0180296;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367299;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:7:12:0:0:7:14:0:0 chr9 79320640 . C T 754.4 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3039;QD=56.936;RBI=0.0263126;REFB=0;REVB=0.00612341;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163388;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:46:53:1:22:24:0:0:29:24:0:0 chr9 79321276 . T C 656.57 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0119807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1394;QD=59.6883;RBI=0.109357;REFB=-0.0217314;REVB=0.108699;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00171762;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:0:1 chr9 79321871 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.434;QD=57.1059;RBI=0.0490661;REFB=0;REVB=0.0397903;RO=0;SAF=41;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011434;OID=.;OPOS=79321871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:14:41:0:0:14:41:0:0 chr9 79322068 . G T 382.5 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0658046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.91;QD=52.759;RBI=0.0668318;REFB=0.0460057;REVB=0.0116723;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0156507;OID=.;OPOS=79322068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr9 79322674 . A G 1065.45 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0874889;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0168;QD=59.1916;RBI=0.0912899;REFB=0;REVB=0.0260677;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751373;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:42:29:0:0:43:29:0:0 chr9 79322720 . A G 867.82 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.561;QD=57.8547;RBI=0.0122624;REFB=0;REVB=-0.0100391;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50513e-06;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr9 79324179 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.041;QD=45.8068;RBI=0.0241252;REFB=0;REVB=0.0228096;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156114;OID=.;OPOS=79324179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 79324741 . T C 687.68 PASS AF=0.92;AO=47;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0169085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7252;QD=55.0145;RBI=0.0305628;REFB=-0.00627395;REVB=0.0254595;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586537;STB=0.540737;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00201713;OID=.;OPOS=79324741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:50:50:2:4:47:46:0.92:32:15:2:0:32:14:3:1 chr9 79325558 . G C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7641;QD=62.9786;RBI=0.043184;REFB=0;REVB=-0.0322502;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000706755;OID=.;OPOS=79325558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr9 79325615 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4475;QD=53.2769;RBI=0.0469165;REFB=0;REVB=-0.00011579;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839628;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr9 79827964 . G C 247.08 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00174815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.872;QD=24.7083;RBI=0.019262;REFB=-0.0373516;REVB=0.0191825;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163236;STB=0.509083;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0286104;OID=.;OPOS=79827964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:7:10:14:9:7:10 chr9 79936415 . A G 388.07 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0113131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.644;QD=31.6793;RBI=0.0113575;REFB=-0.0308342;REVB=0.00100361;RO=14;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185558;STB=0.52939;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0187942;OID=.;OPOS=79936415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:16:26:26:0.530612:16:10:5:9:16:10:5:11 chr9 79984232 . T C 510.17 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0237474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0811;QD=23.729;RBI=0.0647541;REFB=-0.0290671;REVB=0.0602425;RO=38;SAF=25;SAR=23;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14335;STB=0.57856;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0175089;OID=.;OPOS=79984232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:23:25:13:25:23:25:13:25 chr9 79986057 . A G 103.14 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0216024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.7981;QD=18.7537;RBI=0.0312233;REFB=-0.0691432;REVB=0.0225439;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579899;STB=0.533277;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0544412;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:4:6:8:4:4:6 chr9 80049298 . C T 218.07 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00519254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.364;QD=11.4772;RBI=0.0214533;REFB=-0.00684831;REVB=0.0208154;RO=49;SAF=11;SAR=16;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242654;STB=0.514046;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0126333;OID=.;OPOS=80049298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:16:11:21:28:16:11:21:28 chr9 80250143 . C T 67.32 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.028686;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.33;QD=11.7082;RBI=0.030376;REFB=-0.0128636;REVB=-0.0099909;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147874;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0187983;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:15:14:9:9:0.391304:7:2:5:10:7:2:5:9 chr9 80335288 . C T 38.5 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.031108;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.453;QD=8.55519;RBI=0.0441139;REFB=-0.014017;REVB=-0.0312783;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501047;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0142951;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:7:4:5:1:7:5 chr9 80335438 . A C 361.85 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0117479;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.3989;QD=27.8346;RBI=0.0232987;REFB=-0.0151872;REVB=0.0201201;RO=17;SAF=13;SAR=21;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977422;STB=0.539002;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0127904;OID=.;OPOS=80335438;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:18:34:34:0.653846:21:13:4:13:21:13:5:13 chr9 80881406 . T C 290.73 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0266366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4199;QD=27.6884;RBI=0.046506;REFB=-0.0657063;REVB=0.0381222;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581605;STB=0.538432;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0393027;OID=.;OPOS=80881406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:16:25:26:0.619048:13:12:9:7:14:12:9:7 chr9 80912115 . G C 409.21 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00225581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.092;QD=51.1513;RBI=0.0345571;REFB=0.0154907;REVB=-0.0344834;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.506489;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00415564;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:1:2:30:30:0.9375:12:18:1:0:12:18:1:1 chr9 82187750 . A G 2163.04 PASS AF=1;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558178;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.017;QD=63.1544;RBI=0.0157576;REFB=0;REVB=-0.0147358;RO=0;SAF=64;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3137e-06;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:137:0:0:137:137:1:73:64:0:0:73:64:0:0 chr9 83179630 . G A 52.77 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00490569;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.167;QD=6.20844;RBI=0.00896158;REFB=-0.00634137;REVB=-0.0074996;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403146;STB=0.770772;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0178435;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:27:26:8:8:0.235294:6:2:16:11:6:2:16:10 chr9 83179857 . C T 247.27 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.010387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8168;QD=13.7372;RBI=0.0352012;REFB=-0.0176283;REVB=-0.0336338;RO=43;SAF=18;SAR=11;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302377;STB=0.671528;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.028631;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:11:18:14:29:11:18:14:29 chr9 84215034 . A T 404.54 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00430202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6588;QD=27.8992;RBI=0.0358835;REFB=-0.0302232;REVB=0.0356247;RO=20;SAF=23;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362465;STB=0.519764;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0159799;OID=.;OPOS=84215034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:15:23:11:9:15:23:11:9 chr9 84267147 . T C 1048.18 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00489667;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1105;QD=59.8958;RBI=0.0356629;REFB=0;REVB=0.0353251;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102114;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr9 84268878 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0134107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.65;QD=21.5098;RBI=0.0623994;REFB=-0.0203544;REVB=0.0609413;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200963;STB=0.603324;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00883497;OID=.;OPOS=84268878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:4:14:8:6:4:14:9:6 chr9 84340199 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00564076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2778;QD=13.7525;RBI=0.0456205;REFB=-0.00848435;REVB=0.0452704;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00941367;STB=0.505487;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00279277;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:14:9:6:9:14:9 chr9 84607758 . T A 501.6 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.229;QD=59.0112;RBI=0.0612225;REFB=0;REVB=0.0488392;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14927e-05;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:13:21:0:0 chr9 85627408 . G A,T 783.72 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=52,2;DP=54;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19,2;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229608,-0.0468312;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.758,18.654;QD=55.9799;RBI=0.0263613,0.0617728;REFB=0,0;REVB=0.0129507,-0.0402829;RO=0;SAF=19,2;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.0907e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00011128,0.227063;OID=.,.;OPOS=85627408,85627408;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:54:56:0:0:52,2:53,3:0.946429,0.0535714:33,0:19,2:0:0:34,1:19,2:0:0 chr9 85863091 . A G 143.28 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0315433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.539;QD=9.88148;RBI=0.0322639;REFB=5.06462e-05;REVB=-0.00678072;RO=39;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132724;STB=0.577902;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.000207766;OID=.;OPOS=85863091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:10:9:14:25:10:9:14:25 chr9 86238086 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.863;QD=33.4285;RBI=0.0184999;REFB=0;REVB=0.00399337;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049617;OID=.;OPOS=86238086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr9 86278817 . C A 1063.22 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.109;QD=59.8997;RBI=0.0531977;REFB=0;REVB=0.0415412;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110783;OID=.;OPOS=86278817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:38:31:0:0:38:33:0:0 chr9 86284178 . C A 817.72 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.501;QD=57.3841;RBI=0.0257661;REFB=0;REVB=0.0257132;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.34262e-05;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr9 86327898 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.03;QD=62.6711;RBI=0.0549582;REFB=0;REVB=0.0271914;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148759;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr9 86607917 . C G 586.08 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272095;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.152;QD=58.6084;RBI=0.0337724;REFB=0.170406;REVB=0.0200054;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000997026;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:22:17:1:0:22:17:1:0 chr9 86617265 . A G 734.1 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00768654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.559;QD=61.1746;RBI=0.0495621;REFB=0.00581485;REVB=0.0489625;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.000246165;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:16:31:0:0:16:31:1:0 chr9 86618232 . AC A,AA,AT 469.45 PASS AF=0,0.878788,0.121212;AO=6,23,4;DP=34;FAO=0,29,4;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18,2;FSAR=0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212138,0.00801656,0.120371;FXX=0.0294031;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=32.7366,51.9352,27.4229;QD=56.9029;RBI=0.0285723,0.0387332,0.15157;REFB=0,0,0;REVB=0.0191403,0.0378946,0.0921102;RO=0;SAF=3,15,2;SAR=3,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.00379012,0.00639438;OID=.,.,.;OPOS=86618233,86618233,86618233;OREF=C,C,C;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.878788,0.121212:6,23,4:34:0,29,4:33:0:0,18,2:0,11,2:0:0:17:0:3,15,2:3,8,2:0:0 chr9 86618234 . T A 41.1 PASS AF=0.205882;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0225696;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=72.3111;QD=4.83529;RBI=0.0358434;REFB=-0.00573451;REVB=0.0278453;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155579;STB=0.655318;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.120292;OID=.;OPOS=86618234;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:33:34:27:27:6:7:0.205882:3:3:17:10:4:3:17:10 chr9 86900369 . T A 486.79 PASS AF=0.616438;AO=45;DP=74;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00174133;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.774;QD=26.6733;RBI=0.0110049;REFB=-0.00394462;REVB=0.0108662;RO=29;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031732;STB=0.511579;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00245533;OID=.;OPOS=86900369;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:29:28:45:45:0.616438:19:26:18:11:19:26:17:11 chr9 86917301 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00906652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.33;QD=10.0328;RBI=0.010321;REFB=-0.0615711;REVB=0.00493166;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0427674;OID=.;OPOS=86917301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr9 86920236 . T C 394.41 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0267504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.614;QD=28.1723;RBI=0.0267546;REFB=-0.00265926;REVB=0.000474175;RO=18;SAF=19;SAR=18;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174724;STB=0.602252;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00164209;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:19:37:37:0.660714:18:19:4:14:18:19:4:15 chr9 88920094 . C T 293.65 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0297197;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3251;QD=33.5605;RBI=0.0335621;REFB=0.0259663;REVB=0.0155935;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625578;STB=0.534219;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00392184;OID=.;OPOS=88920094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:36:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:4:6:12:13:4:6 chr9 88937851 . ATTTTT ATT,ATTTTC,ATTTTTT 215.07 PASS AF=0.466667,0.0444444,0;AO=16,3,5;DP=44;FAO=21,2,0;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13,2,0;FSAR=8,0,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0181837,0.00870337,-0.0521224;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=3,1,1;MLLD=26.3707,164.817,8.64923;QD=19.1175;RBI=0.0185569,0.0106481,0.0532577;REFB=-0.027347,-0.0283115,0.0714441;REVB=0.00370275,-0.00613461,-0.0109379;RO=12;SAF=10,3,4;SAR=6,0,1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0334215,0.613239,0.27779;STB=0.515137,0.99381,0.5;STBP=0.874,0.215,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0543445,0.044456,0.0294416;OID=.,.,.;OPOS=88937852,88937856,88937852;OREF=TTT,T,-;OALT=-,C,T;OMAPALT=ATT,ATTTTC,ATTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667,0.0444444,0:16,3,5:44:21,2,0:45:22:13,2,0:8,0,0:13:9:99:12:10,3,4:6,0,1:7:5 chr9 88959938 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.014;QD=56.9369;RBI=0.0182541;REFB=0;REVB=-0.00381918;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47369e-05;OID=.;OPOS=88959938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr9 89772284 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.568;QD=39.2068;RBI=0.0242126;REFB=0;REVB=0.0237782;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260385;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr9 90265015 . C T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0524585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.168;QD=6.39495;RBI=0.0649331;REFB=-0.00820952;REVB=-0.0382677;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102596;STB=0.565887;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.030779;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:29:29:9:9:0.236842:6:3:12:17:6:3:12:17 chr9 90321583 . C T 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0492614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.64;QD=16.3844;RBI=0.0558693;REFB=-0.0445227;REVB=0.026357;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437433;STB=0.756168;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0229327;OID=.;OPOS=90321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:6:2:7:2:6:2 chr9 90322023 . G A 888.45 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104408;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.556;QD=58.2592;RBI=0.0327468;REFB=0;REVB=0.0310378;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12812e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr9 90343780 . A C 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.589;QD=58.5783;RBI=0.026525;REFB=0;REVB=0.00725135;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167652;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr9 90388370 . G A 63.5 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000566667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5322;QD=9.07135;RBI=0.0169506;REFB=-0.00358394;REVB=0.0169411;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103902;STB=0.563956;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0184601;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:11:8:3:6:11:8 chr9 90388539 . T A 184.39 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0112955;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.918;QD=9.45583;RBI=0.0194222;REFB=-0.0113979;REVB=0.0157997;RO=56;SAF=7;SAR=17;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315035;STB=0.675346;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0168111;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:56:54:24:24:0.307692:17:7:31:25:17:7:29:25 chr9 90500405 . A C 801.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571285;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.643;QD=57.245;RBI=0.0573664;REFB=0;REVB=0.00521893;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57035e-05;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:51:56:1:30:21:0:0:31:25:0:0 chr9 90501256 . T C 92.64 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=-0.053606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.897;QD=5.37062;RBI=0.0536076;REFB=-0.00894791;REVB=0.000423568;RO=38;SAF=3;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168279;STB=0.63279;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0510471;OID=.;OPOS=90501256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:70:69:38:51:12:12:0.173913:9:3:14:24:9:3:20:31 chr9 90501280 . G A 939.13 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0523224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.807;QD=56.9171;RBI=0.0543422;REFB=-0.0784205;REVB=0.0146781;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.510201;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000995451;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:0:1:64:65:0.984848:40:24:0:0:41:24:1:0 chr9 90501448 . C A 1378.5 PASS AF=1;AO=80;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5834;QD=61.9552;RBI=0.0653144;REFB=0;REVB=0.0314098;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417834;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:80:89:1:35:45:0:0:35:54:0:0 chr9 90502458 . T A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8861;QD=61.681;RBI=0.0193121;REFB=0;REVB=-0.0025072;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242709;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr9 90503734 . C T 109.51 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0221;QD=36.5038;RBI=0.0767646;REFB=-0.164255;REVB=-0.0690733;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00972722;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr9 90538288 . C T 191.02 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5817;QD=47.7541;RBI=0.105732;REFB=0;REVB=0.0339446;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268365;OID=.;OPOS=90538288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr9 90588903 . C T 603.63 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.149666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2934;QD=57.4888;RBI=0.153763;REFB=-0.096627;REVB=0.0352576;RO=1;SAF=7;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623592;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0145333;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:0:40:42:1:33:7:1:0:33:9:0:0 chr9 90746125 . G T 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.021691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.618;QD=12.6383;RBI=0.0462946;REFB=-0.00407486;REVB=0.0408985;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984012;STB=0.558049;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00375736;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:11:10:5:8:11:10 chr9 90746326 . C T 87.5 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.000813341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.769;QD=13.4617;RBI=0.0215973;REFB=-0.0122455;REVB=-0.0215819;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191357;STB=0.611322;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0146818;OID=.;OPOS=90746326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:11:4:5:6:11:4 chr9 90747023 . C T 329.53 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=75;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0188474;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.6;QD=17.8123;RBI=0.0424861;REFB=-0.020772;REVB=-0.0380768;RO=39;SAF=21;SAR=13;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501896;STB=0.537122;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0245919;OID=.;OPOS=90747023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:39:39:34:35:0.472973:13:21:26:13:14:21:26:13 chr9 90747248 . AGG AGA,A,AG 81.59 PASS AF=0.4375,0,0.3125;AO=6,2,2;DP=16;FAO=7,0,5;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6,0,1;FSAR=1,0,4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0334914,0.0546819,0.0968151;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=166.521,21.9445,10.4311;QD=20.3964;RBI=0.0529202,0.130636,0.23095;REFB=-0.0185915,-0.067718,-0.105608;REVB=-0.0409741,-0.118641,-0.209678;RO=4;SAF=5,0,0;SAR=1,2,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0.306452,0.306452;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0921951,-0.687939,-0.687939;STB=0.691659,0.5,0.665923;STBP=0.193,1,0.429;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0104161,0,-0.0495494;OID=.,.,.;OPOS=90747250,90747249,90747249;OREF=G,GG,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AGA,A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.4375,0,0.3125:6,2,2:16:7,0,5:16:4:6,0,1:1,0,4:2:2:24:4:5,0,0:1,2,2:3:1 chr9 91618328 . G A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0898419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1067;QD=8.64023;RBI=0.112097;REFB=-0.0179816;REVB=-0.0670384;RO=34;SAF=1;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620391;STB=0.889934;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0352694;OID=.;OPOS=91618328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:12:1:18:16:12:1:18:16 chr9 91652414 . A T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0166135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.365;QD=8.9948;RBI=0.0214097;REFB=-0.0101877;REVB=0.0135043;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140543;STB=0.585228;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0189325;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:18:11:6:6:18:11 chr9 91656963 . T C 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=6.40939e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.612;QD=57.2338;RBI=0.000176462;REFB=0.0244867;REVB=0.000164411;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000425105;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:30:36:0:1:30:36:0:1 chr9 91657089 . G A 543.53 PASS AF=0.528846;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0372389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.879;QD=20.905;RBI=0.0479986;REFB=-0.0201835;REVB=0.0302843;RO=46;SAF=22;SAR=32;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236029;STB=0.524581;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0162912;OID=.;OPOS=91657089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:46:49:54:55:0.528846:32:22:20:26:32:23:23:26 chr9 91978722 . G A 126.75 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00221667;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3834;QD=9.21785;RBI=0.0486951;REFB=-0.01492;REVB=0.0486447;RO=37;SAF=9;SAR=8;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107637;STB=0.571347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0417386;OID=.;OPOS=91978722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:37:38:17:17:0.309091:8:9:23:14:8:9:24:14 chr9 92003679 . C T 443.59 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0239421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4938;QD=16.5828;RBI=0.0263598;REFB=-0.00966761;REVB=-0.011028;RO=58;SAF=22;SAR=27;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518258;STB=0.528875;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0177278;OID=.;OPOS=92003679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:27:22:23:35:27:22:23:35 chr9 93607788 . GA AG,G 33.16 PASS AF=0.0350877,0.245614;AO=3,19;DP=57;FAO=2,14;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=1,5;FSAR=1,9;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00886879,0.0445363;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=57.1178,7.80749;QD=2.32704;RBI=0.0178291,0.0446886;REFB=-0.0156775,-0.150172;REVB=-0.0154668,0.00368659;RO=32;SAF=2,5;SAR=1,14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0.388889;SSSB=0.323454,-0.104827;STB=0.6498,0.512802;STBP=0.725,0.976;TYPE=mnp,del;VARB=0.134514,0.196502;OID=.,.;OPOS=93607788,93607789;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:57:57:32:41:3,19:2,14:0.0350877,0.245614:1,14:2,5:11:21:1,9:1,5:14:27 chr9 94118258 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0242368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.509;QD=18.4434;RBI=0.0658134;REFB=-0.0389921;REVB=-0.0611881;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0325065;OID=.;OPOS=94118258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:8:9:11:11:0.55:5:6:5:3:5:6:5:4 chr9 94456643 . G C 505.82 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00607324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.916;QD=53.2448;RBI=0.0281365;REFB=-0.0279031;REVB=0.0274732;RO=3;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102536;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0006658;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:38:3:1:35:37:0.973684:21:14:1:2:23:14:1:0 chr9 94456705 . T A 61.07 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0400339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7929;QD=7.6335;RBI=0.0626957;REFB=-0.00412755;REVB=-0.0482497;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168149;STB=0.637985;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0425873;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:21:23:9:9:0.28125:6:3:10:11:6:3:12:11 chr9 94456714 . C T 314.78 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.645;QD=52.4626;RBI=0.0272164;REFB=0;REVB=0.00650487;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916743;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:19:24:1:9:10:0:0:13:11:0:0 chr9 94485232 . G A 136.91 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=72;FAO=20;FDP=75;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0199601;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.886;QD=7.30183;RBI=0.0201159;REFB=-0.0077544;REVB=0.0024989;RO=52;SAF=7;SAR=9;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147059;STB=0.5333;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0175978;OID=.;OPOS=94485232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:52:55:16:20:0.266667:9:7:29:23:10:10:30:25 chr9 94486321 . C T 358.63 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.92;QD=55.1739;RBI=0.0334729;REFB=0;REVB=0.000816304;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0055137;OID=.;OPOS=94486321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:23:26:1:9:14:0:0:11:15:0:0 chr9 94486688 . G A 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.032993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.462;QD=24.0276;RBI=0.034124;REFB=-0.0235273;REVB=0.00871265;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120515;STB=0.567474;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00614454;OID=.;OPOS=94486688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:6:2:6:8:6:2 chr9 94495608 . T C 304.55 PASS AF=0.787879;AO=23;DP=31;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0431884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2543;QD=36.915;RBI=0.0593536;REFB=-0.0895355;REVB=0.0407137;RO=6;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393825;STB=0.530098;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0197359;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:31:33:6:7:23:26:0.787879:13:10:2:4:15:11:2:5 chr9 94518328 . C T 263.02 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00879681;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.768;QD=17.2472;RBI=0.00899798;REFB=-0.00373293;REVB=0.00189202;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103125;STB=0.573037;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00559946;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:32:28:29:0.47541:16:12:10:21:16:13:10:22 chr9 95148045 . C T 535.86 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0349263;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.737;QD=28.9654;RBI=0.0349546;REFB=-0.0104087;REVB=0.00140444;RO=26;SAF=11;SAR=37;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146496;STB=0.500796;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0040508;OID=.;OPOS=95148045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:26:26:48:48:0.648649:37:11:6:20:37:11:6:20 chr9 95219248 . A G 723.87 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.07419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1027;QD=59.0917;RBI=0.07419;REFB=-0.138005;REVB=-5.58741e-05;RO=2;SAF=19;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046957;STB=0.524989;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00257857;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:28:19:2:0:28:19:2:0 chr9 95219597 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.904;QD=56.7061;RBI=0.0264427;REFB=0;REVB=-0.000555512;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204544;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 95237024 . CTCATCA C,CTCA 121.73 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=5,5;DP=12;FAO=6,5;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103568,0.0891265;FXX=0.153728;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=157.193,115.633;QD=44.2659;RBI=0.103773,0.0951883;REFB=0,0;REVB=-0.00652294,0.0334259;RO=0;SAF=4,0;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0220347,-0.000554854;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCATCA,TCA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.545455,0.454545:5,5:12:6,5:11:0:4,0:2,5:0:0:33:0:4,0:1,5:0:0 chr9 95284982 . T G 868.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.64;QD=57.9062;RBI=0.0559298;REFB=0;REVB=0.0467729;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001805;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:37:23:0:0 chr9 95380726 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4089;QD=52.6109;RBI=0.0418838;REFB=0;REVB=0.0386921;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373468;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 95400370 . G A 615.92 PASS AF=0.642857;AO=53;DP=82;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0300623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3492;QD=29.3296;RBI=0.0300847;REFB=-0.0173556;REVB=0.00115948;RO=28;SAF=15;SAR=38;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180755;STB=0.605756;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0140211;OID=.;OPOS=95400370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:28:30:53:54:0.642857:38:15:15:13:38:16:17:13 chr9 95576250 . A T 544.45 PASS AF=0.588235;AO=48;DP=83;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0132178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.994;QD=25.6213;RBI=0.0308444;REFB=-0.0226572;REVB=0.0278687;RO=35;SAF=25;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061265;STB=0.524954;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0181635;OID=.;OPOS=95576250;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:35:35:48:50:0.588235:23:25:21:14:23:27:21:14 chr9 95738781 . C A 709.71 PASS AF=0.637255;AO=65;DP=103;FAO=65;FDP=102;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0251122;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.591;QD=27.8317;RBI=0.0278903;REFB=-0.0527824;REVB=0.0121345;RO=36;SAF=29;SAR=36;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126487;STB=0.563496;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0179008;OID=.;OPOS=95738781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:36:37:65:65:0.637255:36:29:23:13:36:29:23:14 chr9 95780465 . A G 1451.62 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00421574;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.07;QD=62.4351;RBI=0.0297001;REFB=0;REVB=0.0293994;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052564;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:46:45:0:0:46:47:0:0 chr9 95797999 . C T 255.6 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000502508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.294;QD=29.2108;RBI=0.0280983;REFB=-0.00270026;REVB=0.0280938;RO=12;SAF=16;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210608;STB=0.511618;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000801161;OID=.;OPOS=95797999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:7:16:8:4:7:16:8:4 chr9 95838070 . G C 558.75 PASS AF=0.464567;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=127;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=0.0255555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5475;QD=17.5983;RBI=0.0775302;REFB=-0.0342657;REVB=-0.0731973;RO=67;SAF=35;SAR=24;SRF=50;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15768;STB=0.581171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0408044;OID=.;OPOS=95838070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:67:68:59:59:0.464567:24:35:50:17:24:35:50:18 chr9 95840256 . A G 453.89 PASS AF=0.605634;AO=41;DP=70;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.134342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.962;QD=25.5715;RBI=0.135685;REFB=-0.0475389;REVB=-0.0190476;RO=29;SAF=16;SAR=25;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930377;STB=0.569824;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0465397;OID=.;OPOS=95840256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:28:41:43:0.605634:25:16:8:21:25:18:7:21 chr9 95887320 . G T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0228939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8066;QD=11.0862;RBI=0.0719859;REFB=-0.0271091;REVB=0.0682484;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430031;STB=0.761917;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0344479;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:11:2:12:13:11:2:12:13 chr9 96015256 . C T 813.61 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.025;QD=56.1112;RBI=0.135689;REFB=0;REVB=0.0153919;RO=1;SAF=14;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316767;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:1:0:56:58:1:42:14:1:0:42:16:0:0 chr9 96021312 . G A 857.61 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749706;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.353;QD=58.1431;RBI=0.0768324;REFB=0;REVB=0.0168119;RO=0;SAF=10;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25974e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126166;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:49:10:0:0:49:10:0:0 chr9 96051521 . A G 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.435;QD=39.3144;RBI=0.0118759;REFB=0.080802;REVB=-0.0117795;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00270978;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:7:6:0:0:7:6:0:1 chr9 96097747 . C G,T 989.17 PASS AF=0.0441176,0.955882;AO=3,65;DP=68;FAO=3,65;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=3,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388596,0.0305392;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.886,268.454;QD=58.1865;RBI=0.0847347,0.0521244;REFB=0,0;REVB=0.0752987,0.0422411;RO=0;SAF=0,38;SAR=3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.04073e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.13322,-1.30787e-05;OID=.,.;OPOS=96097747,96097747;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:68:68:0:0:3,65:3,65:0.0441176,0.955882:3,27:0,38:0:0:3,27:0,38:0:0 chr9 96209943 . T C 132.67 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0212684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.218;QD=15.1619;RBI=0.0215802;REFB=-0.0140543;REVB=-0.003655;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251865;STB=0.646851;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0335943;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:4:11:10:10:4:11:10:10 chr9 96238578 . C T 535.59 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00283702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.483;QD=56.3783;RBI=0.00635858;REFB=-0.13003;REVB=-0.00569059;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00119413;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:36:37:0.973684:17:19:0:0:17:20:0:1 chr9 96328303 . T C 781.31 PASS AF=0.695652;AO=63;DP=91;FAO=64;FDP=92;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00122827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6148;QD=33.9701;RBI=0.0154946;REFB=-0.00346713;REVB=0.0154459;RO=28;SAF=24;SAR=39;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152087;STB=0.583307;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00158151;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:28:28:63:64:0.695652:39:24:18:10:40:24:18:10 chr9 96407983 . C T 441.17 PASS AF=0.438596;AO=49;DP=115;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0559533;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5914;QD=15.4798;RBI=0.0638219;REFB=-0.00398734;REVB=0.0306996;RO=64;SAF=24;SAR=25;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733858;STB=0.535074;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00625077;OID=.;OPOS=96407983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:64:64:49:50:0.438596:25:24:36:28:25:25:36:28 chr9 96441559 . A AG 31.41 PASS AF=0.180328;AO=10;DP=63;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0169591;FXX=0.0161264;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.212;QD=2.05992;RBI=0.0180259;REFB=-0.00357438;REVB=-0.00610907;RO=50;SAF=1;SAR=9;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.57823;STB=0.893806;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.173873;OID=.;OPOS=96441560;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.180328:10:63:11:61:50:1:10:27:23:31:50:1:9:28:22 chr9 96441750 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00197864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.76;QD=11.6672;RBI=0.00544814;REFB=-0.00638756;REVB=-0.00507614;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137756;STB=0.595449;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0119509;OID=.;OPOS=96441750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:9:5:12:13:9:5:13:13 chr9 96860722 . T A 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0617473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.83;QD=29.3729;RBI=0.0617499;REFB=-0.0201347;REVB=0.000567;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222069;STB=0.512301;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00887079;OID=.;OPOS=96860722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:8:9:4:3:8:9:4:3 chr9 97055376 . G A 296.5 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0109875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.949;QD=15.6054;RBI=0.0756922;REFB=-0.0233116;REVB=0.0748905;RO=43;SAF=10;SAR=23;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265756;STB=0.650488;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.046487;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:23:10:24:19:23:10:24:19 chr9 97062981 . C T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.109541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2337;QD=10.3897;RBI=0.110938;REFB=0.00206144;REVB=-0.0175491;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0177551;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:3:8:5:2:3:8 chr9 97080944 . GAGA G 234.04 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00925716;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.795;QD=46.8072;RBI=0.0134064;REFB=-0.0172884;REVB=-0.00969721;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=del;VARB=0.00055667;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:19:21:19:20:1:10:9:1:0:6:1:10:9:1:0 chr9 97082699 . G A 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0221264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.564;QD=14.8515;RBI=0.0224498;REFB=-0.015651;REVB=-0.00379663;RO=29;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121702;STB=0.507035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0217691;OID=.;OPOS=97082699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:12:7:11:18:12:7:11:18 chr9 97349666 . C G 785.41 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171305;FXX=0.0491723;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.567;QD=54.166;RBI=0.0454913;REFB=-0.0348519;REVB=0.0421427;RO=2;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470706;STB=0.524991;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00215442;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:58:2:2:56:56:0.965517:19:37:0:2:19:37:0:2 chr9 97365720 . T C 892.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.341;QD=57.5932;RBI=0.0170215;REFB=0;REVB=0.0163231;RO=0;SAF=39;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86606e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:56:62:1:17:39:0:0:20:42:0:0 chr9 97369149 . C T 910.81 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0643;QD=56.9254;RBI=0.052324;REFB=-0.0898308;REVB=0.00665179;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226372;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:1:0:63:64:1:35:28:0:1:36:28:0:0 chr9 97369151 . G A 117.6 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0151249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.008;QD=7.58729;RBI=0.032222;REFB=-0.00794275;REVB=0.0284516;RO=45;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222496;STB=0.634174;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0234343;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:7:10:18:27:7:10:18:27 chr9 97382707 . G A 227.25 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0262598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0924;QD=28.4064;RBI=0.0282681;REFB=-0.0151273;REVB=-0.0104649;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187724;STB=0.589038;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00905254;OID=.;OPOS=97382707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:10:11:21:21:0.65625:8:13:3:7:8:13:4:7 chr9 97686330 . G A 339.73 PASS AF=0.634615;AO=32;DP=51;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0332718;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.356;QD=26.1333;RBI=0.03379;REFB=-0.0373438;REVB=0.00589503;RO=19;SAF=20;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477158;STB=0.501886;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.014671;OID=.;OPOS=97686330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:19:32:33:0.634615:12:20:12:7:12:21:12:7 chr9 97768286 . T C 110.58 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00320133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.688;QD=15.2519;RBI=0.00689914;REFB=-0.0152701;REVB=-0.00611143;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00477241;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0230842;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:7:8:7:6:8:8 chr9 97849090 . A G 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0196919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.201;QD=4.65902;RBI=0.0403523;REFB=-0.010496;REVB=-0.0352213;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287495;STB=0.697861;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0590873;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:34:35:8:8:0.186047:3:5:13:21:3:5:13:22 chr9 98209594 . G A 400.32 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0267598;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=292.358;QD=53.3755;RBI=0.0487455;REFB=-0.104349;REVB=0.0407435;RO=1;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714284;STB=0.538434;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000322524;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:6:23:0:1:6:23:0:1 chr9 98691137 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0273762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.406;QD=12.1824;RBI=0.0282136;REFB=-0.0176382;REVB=-0.00682266;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128876;STB=0.575618;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0181479;OID=.;OPOS=98691137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:3:12:7:3:3:12 chr9 98734891 . A T 34.57 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0255745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6167;QD=4.4608;RBI=0.0306008;REFB=-0.0184867;REVB=-0.0168034;RO=25;SAF=3;SAR=2;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101448;STB=0.512155;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0148439;OID=.;OPOS=98734891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:25:25:5:6:0.193548:2:3:17:8:2:4:17:8 chr9 98766861 . G T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0383221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.595;QD=9.9166;RBI=0.0410335;REFB=-0.00293008;REVB=-0.0146685;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169117;STB=0.601558;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00396448;OID=.;OPOS=98766861;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:12:5:4:5:12:5 chr9 99252449 . C CT 33.25 PASS AF=0.175676;AO=20;DP=79;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0368845;FXX=0.0512755;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.5543;QD=1.79712;RBI=0.054786;REFB=-0.0225375;REVB=-0.0405098;RO=57;SAF=14;SAR=6;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262559;STB=0.749071;STBP=0.082;TYPE=ins;VARB=0.171428;OID=.;OPOS=99252450;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.175676:20:79:13:74:61:10:3:29:32:33:57:14:6:28:29 chr9 99694397 . C G 99.41 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0141875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2623;QD=7.95262;RBI=0.0701322;REFB=-0.00556143;REVB=0.0686821;RO=37;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919188;STB=0.556873;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.042459;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:5:8:20:17:5:8:20:17 chr9 100053194 . G A 922.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472475;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.654;QD=58.5548;RBI=0.0552017;REFB=0;REVB=0.0285464;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00938e-05;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:19:44:0:0:19:44:0:0 chr9 100069648 . T C 1525.6 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.069;QD=59.8273;RBI=0.0326824;REFB=0;REVB=-0.0253884;RO=0;SAF=59;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12323e-05;OID=.;OPOS=100069648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:43:59:0:0:43:59:0:0 chr9 100190780 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000901634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.957;QD=60.2306;RBI=0.00556185;REFB=0;REVB=-0.00548828;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.77836e-05;OID=.;OPOS=100190780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr9 100194406 . T C 1840.72 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.621;QD=61.3574;RBI=0.0278626;REFB=0;REVB=0.0105349;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09102e-05;OID=.;OPOS=100194406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:67:53:0:0:67:53:0:0 chr9 100365086 . A G 260.48 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.01572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.558;QD=24.8077;RBI=0.0189718;REFB=-0.0228638;REVB=-0.0106213;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219793;STB=0.622738;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.022536;OID=.;OPOS=100365086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:10:8:17:7:10:8 chr9 100365431 . G T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0158702;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=331.053;QD=21.1692;RBI=0.0158824;REFB=-0.0228117;REVB=-0.000623141;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175667;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0107284;OID=.;OPOS=100365431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:6:1:0:3:6:1:0:3 chr9 100367809 . CG AC,CA 531.35 PASS AF=0,0.691176;AO=5,39;DP=68;FAO=0,47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=0,30;FSAR=0,17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0273987,-0.0167723;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=2,1;MLLD=126.678,108.78;QD=31.2557;RBI=0.0285457,0.0224022;REFB=-0.0309562,-0.025826;REVB=0.00801052,0.0148508;RO=20;SAF=0,30;SAR=5,9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.732003,0.098076;STB=0.5,0.506412;STBP=1,0.909;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0384546;OID=.,.;OPOS=100367809,100367810;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:68:20:21:5,39:0,47:0,0.691176:5,9:0,30:13:7:0,17:0,30:13:8 chr9 100367813 . A G 536.4 PASS AF=0.685714;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=70;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0336736;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.264;QD=30.6514;RBI=0.034942;REFB=-0.0365959;REVB=-0.00932886;RO=22;SAF=31;SAR=17;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599466;STB=0.503245;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0195038;OID=.;OPOS=100367813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:22:22:48:48:0.685714:17:31:14:8:17:31:14:8 chr9 100380093 . T C 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0104612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.15;QD=21.9699;RBI=0.0308963;REFB=-0.00217784;REVB=0.0290714;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104312;STB=0.558679;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00383291;OID=.;OPOS=100380093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:13:7:8:9:13:7:8:9 chr9 100388197 . C T 1080.5 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.051;QD=60.0278;RBI=0.0252545;REFB=0;REVB=0.0234909;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102149;OID=.;OPOS=100388197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr9 100420976 . G A 388.38 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00750498;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7828;QD=29.312;RBI=0.0462013;REFB=-0.0363059;REVB=0.0455877;RO=16;SAF=20;SAR=16;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136974;STB=0.583287;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0210748;OID=.;OPOS=100420976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:16:17:36:36:0.679245:16:20:5:11:16:20:5:12 chr9 100616583 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.145;QD=39.2066;RBI=0.0377325;REFB=0;REVB=0.0368419;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544761;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr9 100617375 . T C 1525.14 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.139;QD=59.8093;RBI=0.0186348;REFB=0;REVB=0.0175484;RO=0;SAF=53;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28273e-05;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:100:102:1:47:53:0:0:49:53:0:0 chr9 100617433 . A C 287.44 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00456068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.969;QD=15.969;RBI=0.0297231;REFB=0.00258831;REVB=0.0293712;RO=40;SAF=15;SAR=17;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153254;STB=0.586154;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00264136;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:17:15:25:15:17:15:25:15 chr9 100617479 . G T 224.9 PASS AF=0.488889;AO=16;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0452756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.557;QD=19.9912;RBI=0.0522802;REFB=-0.00372889;REVB=0.0261407;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.601518;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0068417;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:23:16:22:0.488889:9:7:9:10:9:13:9:14 chr9 100617583 . T C 194.18 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00140807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.419;QD=24.2719;RBI=0.0161519;REFB=-0.0629403;REVB=0.0160904;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213745;STB=0.618773;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0184859;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:3:10:9:10:3:10 chr9 100617949 . T C 82.21 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0108364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.863;QD=8.88719;RBI=0.0217473;REFB=-0.00204444;REVB=-0.0188551;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.590735;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00524461;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:16:10:3:8:16:10 chr9 100618578 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0673226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9799;QD=10.6345;RBI=0.0685454;REFB=-0.0150554;REVB=-0.0128896;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198042;STB=0.618767;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0168698;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:9:4:4:4:9:4 chr9 100672338 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0123372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.972;QD=18.2482;RBI=0.012344;REFB=-0.00629265;REVB=-0.000410718;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191108;STB=0.610503;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00426122;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:5:7:10:3:5:7 chr9 100675816 . A G 157.25 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0212039;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.917;QD=17.4726;RBI=0.0276196;REFB=-0.0093747;REVB=0.0176985;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186679;STB=0.611173;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0145748;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:19:16:17:0.472222:8:8:5:12:9:8:5:14 chr9 100684719 . A C 115.71 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00619083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.464;QD=7.2318;RBI=0.0112333;REFB=-0.00120539;REVB=-0.00937336;RO=47;SAF=6;SAR=11;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403108;STB=0.740679;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00445373;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:11:6:33:14:11:6:33:14 chr9 100684757 . A G 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0105708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.076;QD=7.98505;RBI=0.0211296;REFB=-0.0159763;REVB=-0.0182953;RO=43;SAF=5;SAR=12;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364503;STB=0.719281;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0337483;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:43:43:17:17:0.283333:12:5:26:17:12:5:26:17 chr9 101068580 . G A 290.46 PASS AF=0.342342;AO=37;DP=107;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.0108377;FXX=0.00892777;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.815;QD=10.4669;RBI=0.0210433;REFB=-0.0186611;REVB=0.0180378;RO=69;SAF=17;SAR=20;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10287;STB=0.557626;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0236173;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:69:73:37:38:0.342342:20:17:38:31:20:18:41:32 chr9 101533220 . C T 620.03 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0253873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.131;QD=56.3663;RBI=0.0254006;REFB=-0.187055;REVB=0.000821656;RO=2;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360683;STB=0.519222;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00229614;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:44:2:2:41:42:0.954545:25:16:0:2:25:17:0:2 chr9 101547116 . AT A 36.13 PASS AF=0.259259;AO=16;DP=53;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0189241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.2241;QD=2.67598;RBI=0.145207;REFB=-0.0939897;REVB=-0.143968;RO=36;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.517857;SSSB=0.225412;STB=0.516106;STBP=0.907;TYPE=del;VARB=0.145785;OID=.;OPOS=101547117;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:16:53:14:54:40:8:6:22:18:36:36:11:5:18:18 chr9 101767245 . G A 230.76 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00225277;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.425;QD=11.8339;RBI=0.00244687;REFB=-0.0152544;REVB=0.000955092;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576569;STB=0.533309;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0274695;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:24:26:16:12:24:26 chr9 101767315 . G A 125.31 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0357793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.993;QD=10.4422;RBI=0.0569936;REFB=-0.00367318;REVB=0.0443634;RO=32;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521333;STB=0.545393;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00841182;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:15:15:0.3125:10:5:12:20:10:5:13:20 chr9 101778265 . G T 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0162032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1198;QD=21.5089;RBI=0.0179317;REFB=-0.00839373;REVB=0.0076813;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16938;STB=0.595635;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00818466;OID=.;OPOS=101778265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:7:8:6:12:7:8 chr9 101784438 . A G 402.25 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=104;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00615079;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.785;QD=15.6215;RBI=0.0109318;REFB=-0.030187;REVB=-0.00903726;RO=58;SAF=20;SAR=25;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124631;STB=0.560318;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0412725;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:58:58:45:45:0.436893:25:20:33:25:25:20:32:26 chr9 101796891 . A G 32.1 PASS AF=0.130435;AO=5;DP=44;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=34;FWDB=-0.0315825;FXX=0;HRUN=28;LEN=1;MLLD=104.376;QD=2.79166;RBI=0.0330992;REFB=0.0161956;REVB=0.00990454;RO=38;SAF=0;SAR=5;SRF=6;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513962;STB=0.52694;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0430078;OID=.;OPOS=101796891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:46:38:40:5:6:0.130435:5:0:6:32:5:1:6:34 chr9 101915292 . G A 247.07 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0213026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.887;QD=24.7069;RBI=0.0236723;REFB=-0.0150111;REVB=-0.0103235;RO=16;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107203;STB=0.53559;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00738219;OID=.;OPOS=101915292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:17:23:23:0.575:7:16:13:3:7:16:13:4 chr9 102068344 . C G 108.98 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.105137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2135;QD=36.3277;RBI=0.10705;REFB=-0.0111481;REVB=-0.0201465;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0084347;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr9 102068770 . T C 283.62 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0117071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.124;QD=19.9034;RBI=0.0188981;REFB=-0.019346;REVB=-0.0148351;RO=26;SAF=25;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373853;STB=0.544523;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0299358;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:5:25:21:5:5:25:21:6 chr9 102068832 . G A 2123.27 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0597764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6966;QD=61.9932;RBI=0.0830836;REFB=-0.124612;REVB=0.0577033;RO=1;SAF=88;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00537203;STB=0.502824;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0105621;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:48:88:1:0:48:88:1:0 chr9 102595685 . C T 303.49 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0099539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.956;QD=22.072;RBI=0.0161252;REFB=-0.0188513;REVB=0.0126863;RO=24;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172612;STB=0.509548;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.013828;OID=.;OPOS=102595685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:20:11:9:15:20:11:9:15 chr9 102713580 . G A 750.85 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000353376;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.452;QD=63.9023;RBI=0.00969312;REFB=0;REVB=-0.00968667;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453316;OID=.;OPOS=102713580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr9 102732237 . T C 313.03 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0280643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.764;QD=50.0846;RBI=0.0286612;REFB=-0.0879291;REVB=0.00581885;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00565191;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:16:7:1:0:17:7:1:0 chr9 102736844 . A G 72.32 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0466649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.552;QD=8.50846;RBI=0.0467887;REFB=-0.00861271;REVB=-0.00340216;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34352;STB=0.70749;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0146298;OID=.;OPOS=102736844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:6:4:17:7:6:4:17:7 chr9 103054951 . T C 65.51 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0048912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.207;QD=10.918;RBI=0.0264474;REFB=-0.0136908;REVB=-0.0259912;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106688;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0244748;OID=.;OPOS=103054951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:15:15:8:9:0.375:4:4:9:6:4:5:9:6 chr9 103060386 . T G 377.92 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0319375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5929;QD=24.382;RBI=0.0641551;REFB=-0.00632473;REVB=0.0556406;RO=25;SAF=23;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165218;STB=0.590739;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00559994;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:14:23:10:15:14:23:10:15 chr9 103064530 . G A 191.84 PASS AF=0.575758;AO=17;DP=31;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0142704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.069;QD=23.2532;RBI=0.0210217;REFB=-0.00220724;REVB=-0.015436;RO=14;SAF=14;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134204;STB=0.512182;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00109571;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:14:17:19:0.575758:3:14:10:4:5:14:10:4 chr9 104032338 . C T 267.21 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0125764;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.841;QD=11.2509;RBI=0.0294957;REFB=-0.0226638;REVB=-0.0266802;RO=62;SAF=22;SAR=10;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187805;STB=0.605009;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0414462;OID=.;OPOS=104032338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:63:32:32:0.336842:10:22:33:29:10:22:34:29 chr9 104133628 . C T 461.81 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00320318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.5;QD=57.7257;RBI=0.107382;REFB=0;REVB=0.107335;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691471;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:18:14:0:0 chr9 104324545 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.939;QD=58.2388;RBI=0.0251424;REFB=0;REVB=0.024482;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06803e-05;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr9 104333264 . C T 293.53 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00121361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.148;QD=19.9002;RBI=0.0268594;REFB=-0.0118592;REVB=-0.026832;RO=26;SAF=14;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226984;STB=0.60642;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.017337;OID=.;OPOS=104333264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:28:31:31:0.525424:17:14:19:7:17:14:19:9 chr9 104385712 . A G 132.71 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0279319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8197;QD=17.1232;RBI=0.0311928;REFB=-0.0333033;REVB=0.0138852;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.5817;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0395127;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:16:14:15:0.483871:12:2:4:11:12:3:5:11 chr9 104449063 . C T 1074.09 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0167;QD=58.0589;RBI=0.0105703;REFB=0;REVB=0.00908328;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592757;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:68:74:1:27:41:0:0:33:41:0:0 chr9 104449098 . C T 187.69 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0032938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.84;QD=12.7244;RBI=0.00488972;REFB=-0.0156303;REVB=-0.00361389;RO=36;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213838;STB=0.622538;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0104791;OID=.;OPOS=104449098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:13:10:23:13:13:10:23:13 chr9 104499575 . T C 307.4 PASS AF=0.366337;AO=36;DP=100;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0236123;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8169;QD=12.1741;RBI=0.041594;REFB=0.0101957;REVB=0.0342421;RO=63;SAF=17;SAR=19;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132573;STB=0.511248;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0197094;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:63:64:36:37:0.366337:19:17:29:34:19:18:30:34 chr9 105405415 . G A 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0164349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.837;QD=19.0173;RBI=0.0164541;REFB=-0.012832;REVB=0.000794525;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0180649;OID=.;OPOS=105405415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:8:6:8:7:8:6 chr9 105405434 . T C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00113341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.764;QD=21.0155;RBI=0.0235843;REFB=-0.0191164;REVB=0.023557;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0161753;OID=.;OPOS=105405434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:7:6:9:7:7:6 chr9 105767131 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0433618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.897;QD=12.0517;RBI=0.0434683;REFB=-0.0211615;REVB=-0.00304053;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343366;STB=0.707368;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0363442;OID=.;OPOS=105767131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:7:6:7:2:7:6 chr9 105780618 . G A 2300.98 PASS AF=0.980892;AO=153;DP=156;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0443655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2596;QD=58.6238;RBI=0.0625162;REFB=-0.0725328;REVB=0.0440452;RO=2;SAF=72;SAR=81;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000724356;STB=0.502696;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00295812;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:156:157:2:3:153:154:0.980892:81:72:1:1:81:73:1:2 chr9 106896809 . G A 2344.72 PASS AF=0.987261;AO=153;DP=156;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000645237;FXX=0.0125778;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.003;QD=59.7381;RBI=0.0045969;REFB=0.152844;REVB=0.00455139;RO=2;SAF=68;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110603;STB=0.505746;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000599983;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:156:157:2:2:153:155:0.987261:85:68:0:2:86:69:0:2 chr9 107266596 . T C 941.07 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00621376;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.975;QD=57.0346;RBI=0.0222172;REFB=-0.032978;REVB=0.0213305;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=4.93512e-05;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:0:1:27:38:0:1 chr9 107266774 . C G 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0295257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.866;QD=53.6846;RBI=0.0343236;REFB=-0.106674;REVB=0.0175026;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.515146;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00380024;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:32:25:0:1:32:25:0:2 chr9 107266844 . A G 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.52;QD=57.2304;RBI=0.118787;REFB=0;REVB=0.0237433;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360546;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr9 107266943 . G A 651.05 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0944;QD=62.0044;RBI=0.0569997;REFB=0;REVB=0.00509568;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386781;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr9 107267304 . C T 1800.55 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0667;QD=60.5228;RBI=0.0248782;REFB=0;REVB=-0.0248367;RO=0;SAF=68;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15086e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497096;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:49:68:0:0:51:68:0:0 chr9 107298249 . G A 326.4 PASS AF=0.7;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00823192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.397;QD=32.6398;RBI=0.0221159;REFB=-0.0118409;REVB=0.0205268;RO=12;SAF=13;SAR=14;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131266;STB=0.565172;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00502898;OID=.;OPOS=107298249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:27:28:0.7:14:13:3:9:15:13:3:9 chr9 107331474 . C A 232.27 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0318635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.862;QD=28.1544;RBI=0.0395261;REFB=-0.0336744;REVB=0.0233886;RO=11;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430355;STB=0.530359;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0137575;OID=.;OPOS=107331474;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:11:11:21:22:0.666667:11:10:6:5:12:10:6:5 chr9 107331504 . C A 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.978;QD=58.1396;RBI=0.0255232;REFB=0;REVB=0.0126268;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67486e-05;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr9 107360768 . GT G 165.6 PASS AF=0.328358;AO=20;DP=68;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00608139;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.637;QD=9.88662;RBI=0.00868085;REFB=-0.00669812;REVB=0.00619466;RO=45;SAF=5;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346592;STB=0.634571;STBP=0.134;TYPE=del;VARB=0.0105417;OID=.;OPOS=107360769;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.328358:20:68:22:67:45:7:15:23:22:99:45:5:15:24:21 chr9 107360826 . A G 180.08 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0261737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.204;QD=11.0816;RBI=0.0427782;REFB=-0.0104563;REVB=0.0338366;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963872;STB=0.556115;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0122094;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:14:9:20:22:14:9:20:22 chr9 107360851 . T C 142.0 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0153719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.298;QD=8.3532;RBI=0.0628245;REFB=-0.0176185;REVB=0.0609149;RO=47;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375601;STB=0.514691;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0364737;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:48:20:20:0.294118:10:10:25:22:10:10:25:23 chr9 107360922 . A G 1297.17 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8961;QD=61.0434;RBI=0.0827218;REFB=0;REVB=0.0827107;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730331;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:85:0:0:84:85:1:47:37:0:0:48:37:0:0 chr9 107361129 . C T 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0237968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3948;QD=12.1419;RBI=0.0335625;REFB=-0.00879562;REVB=-0.0236676;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392367;STB=0.512182;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0089505;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:10:9:14:18:10:9:15:18 chr9 107361312 . T C 299.83 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=29;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0366626;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.87;QD=42.8329;RBI=0.0385893;REFB=-0.0535198;REVB=0.012041;RO=3;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901728;STB=0.512185;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.010292;OID=.;OPOS=107361312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:28:3:4:11:24:0.857143:9:2:1:2:10:14:2:2 chr9 107361439 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.961;QD=58.1418;RBI=0.0346279;REFB=0;REVB=-0.0218614;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94857e-05;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr9 107361451 . GC AG 272.5 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944697;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.654;QD=47.3913;RBI=0.160361;REFB=0;REVB=0.12958;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0116962;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr9 107361460 . G A 255.72 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.035;QD=51.1441;RBI=0.0904339;REFB=0;REVB=0.0343057;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417379;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr9 107361490 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.926;QD=40.7628;RBI=0.00408232;REFB=0;REVB=-0.00371483;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.75782e-05;OID=.;OPOS=107361490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr9 107361642 . G A 398.15 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00796195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.719;QD=35.3907;RBI=0.0102229;REFB=-0.00414685;REVB=-0.00641216;RO=10;SAF=19;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422792;STB=0.538982;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00150337;OID=.;OPOS=107361642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:10:13:32:32:0.711111:13:19:5:5:13:19:6:7 chr9 107361710 . G A 94.72 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0898367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.298;QD=6.64689;RBI=0.090891;REFB=-0.00415091;REVB=-0.0138037;RO=43;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216758;STB=0.634567;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00769494;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:9:5:23:20:9:5:23:20 chr9 107367008 . T C 246.29 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=-0.00790775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.278;QD=13.4951;RBI=0.00813645;REFB=-0.0130305;REVB=-0.00191554;RO=44;SAF=18;SAR=11;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12432;STB=0.570493;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0157153;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:11:18:32:12:11:18:32:12 chr9 107367132 . G A 341.25 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0369926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.135;QD=25.7545;RBI=0.0552452;REFB=-0.0663869;REVB=0.0410314;RO=19;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408238;STB=0.514697;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0423909;OID=.;OPOS=107367132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:20:33:33:0.622642:21:12:8:11:21:12:8:12 chr9 107367392 . TGTTA T 217.07 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0176625;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=4;MLLD=214.088;QD=20.1922;RBI=0.0246662;REFB=-0.0256796;REVB=0.0172179;RO=22;SAF=2;SAR=19;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370365;STB=0.715224;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0266066;OID=.;OPOS=107367393;OREF=GTTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:21:43:21:43:22:2:19:7:15:99:22:2:19:7:15 chr9 107367431 . A T 102.83 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00481218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.052;QD=12.4643;RBI=0.0199021;REFB=-0.0165714;REVB=0.0193115;RO=20;SAF=0;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.788687;STB=0.838499;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00933498;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:12:0:9:11:12:1:9:11 chr9 107367612 . C T 103.7 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.00170481;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.358;QD=9.01715;RBI=0.0269048;REFB=-0.00867321;REVB=0.0268507;RO=33;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493783;STB=0.792931;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0149414;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:33:33:13:13:0.282609:9:4:25:8:9:4:25:8 chr9 107367664 . AGC A,AGT 34.54 PASS AF=0.192308,0.0384615;AO=4,2;DP=26;FAO=5,1;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=2,1;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0347736,-0.0603843;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=155.993,67.267;QD=5.31425;RBI=0.0399332,0.0730474;REFB=-0.0213353,-0.00105137;REVB=-0.0196331,-0.0411055;RO=19;SAF=3,0;SAR=1,2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0635908,-0.67111;STB=0.677989,0.995261;STBP=0.466,0.093;TYPE=del,snp;VARB=0.0549759,-0.0504589;OID=.,.;OPOS=107367665,107367666;OREF=GC,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192308,0.0384615:4,2:26:5,1:26:20:3,0:2,1:16:4:29:19:3,0:1,2:15:4 chr9 107367841 . A T 58.75 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.00213646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.987;QD=4.99973;RBI=0.0157628;REFB=-0.000275706;REVB=0.0156174;RO=38;SAF=6;SAR=3;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244013;STB=0.516094;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00170289;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:3:6:26:12:3:6:26:12 chr9 107379895 . G T 199.35 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0171477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.514;QD=27.4969;RBI=0.0409695;REFB=0.000167169;REVB=0.0372083;RO=10;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137414;STB=0.582002;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000708895;OID=.;OPOS=107379895;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:10:10:18:19:0.655172:7:11:4:6:7:12:4:6 chr9 107380177 . A G 85.65 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00229011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.39;QD=6.5882;RBI=0.00446762;REFB=-0.00552764;REVB=0.00383602;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280982;STB=0.672823;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.021596;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:6:6:29:11:6:6:29:11 chr9 107380215 . T A 118.91 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0158557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.428;QD=8.80801;RBI=0.0335438;REFB=-0.0139738;REVB=0.0295598;RO=38;SAF=6;SAR=10;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350192;STB=0.707725;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.026739;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:10:6:26:12:10:6:26:12 chr9 107380396 . T G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0531672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.02;QD=14.6493;RBI=0.0555337;REFB=-0.0363104;REVB=0.0160389;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045221;STB=0.526278;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0365783;OID=.;OPOS=107380396;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:9:10:8:6:9:10 chr9 107380414 . C A 189.96 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00506102;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9593;QD=23.0253;RBI=0.0254534;REFB=-0.0500699;REVB=0.0249452;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556163;STB=0.519211;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.03969;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:18:19:0.575758:9:9:6:8:10:9:6:8 chr9 107456763 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0144587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.993;QD=14.6498;RBI=0.0250121;REFB=-0.024125;REVB=-0.0204096;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414085;STB=0.749659;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0278534;OID=.;OPOS=107456763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:4:10:5:13:4:10:5:14 chr9 107456933 . C T 299.57 PASS AF=0.675;AO=25;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0314822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.372;QD=29.9571;RBI=0.0340654;REFB=-0.0257315;REVB=-0.0130125;RO=13;SAF=4;SAR=21;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767341;STB=0.503997;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0166932;OID=.;OPOS=107456933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:25:27:0.675:21:4:3:10:21:6:3:10 chr9 107457275 . A C 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00756135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.962;QD=13.0608;RBI=0.00826162;REFB=-0.00506106;REVB=0.00332872;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445202;STB=0.525528;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00625937;OID=.;OPOS=107457275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:17:23:16:10:17:23 chr9 107457532 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8623;QD=59.4315;RBI=0.0513373;REFB=0;REVB=-0.0501585;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632949;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr9 107457725 . G A 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0645023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.852;QD=32.4311;RBI=0.0649544;REFB=-0.0174405;REVB=0.00765043;RO=10;SAF=5;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204145;STB=0.6128;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00501085;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:19:5:5:5:19:5:5:5 chr9 107457759 . C T 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0582061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0055;QD=9.47364;RBI=0.0591556;REFB=-0.0349247;REVB=-0.0105563;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191115;STB=0.511605;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0695249;OID=.;OPOS=107457759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:6:15:7:3:6:15 chr9 107510145 . G C 257.17 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0450892;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.1588;QD=29.3911;RBI=0.0491299;REFB=-0.0084415;REVB=0.0195116;RO=12;SAF=1;SAR=22;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641317;STB=0.866548;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00346832;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:35:35:12:12:23:23:0.657143:22:1:7:5:22:1:7:5 chr9 107531152 . G C 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00943403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.21;QD=26.5136;RBI=0.013673;REFB=-0.03755;REVB=-0.00989701;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986192;STB=0.554416;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0263177;OID=.;OPOS=107531152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:12:15:13:6:12:15:13:6 chr9 107533175 . C G 534.54 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=84;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0373195;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.113;QD=25.7607;RBI=0.0373364;REFB=-0.0214538;REVB=-0.00112603;RO=34;SAF=27;SAR=22;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165464;STB=0.590046;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0192438;OID=.;OPOS=107533175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:34:34:49:49:0.590361:22:27:26:8:22:27:26:8 chr9 107562804 . T C 262.67 PASS AF=0.571429;AO=25;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00449446;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=294.566;QD=25.0163;RBI=0.0209559;REFB=0.00451386;REVB=0.0204683;RO=18;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144958;STB=0.572311;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00295008;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:25:24:0.571429:10:15:14:4:9:15:14:4 chr9 107586753 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0206121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.293;QD=7.96527;RBI=0.0301787;REFB=-0.00703838;REVB=0.022043;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155746;STB=0.597357;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0233359;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:11:15:7:3:11:15 chr9 107588033 . C T 202.2 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00295138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9468;QD=21.2843;RBI=0.00849062;REFB=-0.0130836;REVB=0.00796115;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893329;STB=0.548338;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0131682;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:17:18:19:20:0.526316:7:12:9:8:8:12:9:9 chr9 107591272 . G T 158.84 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00450224;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.252;QD=8.14553;RBI=0.0265088;REFB=-0.00610822;REVB=-0.0261237;RO=54;SAF=10;SAR=12;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141584;STB=0.583259;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00987729;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:54:56:22:22:0.282051:12:10:31:23:12:10:32:24 chr9 108152199 . G A 1152.23 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.415;QD=60.6436;RBI=0.0166686;REFB=0;REVB=-0.00313684;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64108e-05;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr9 109689859 . T C 358.82 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0174743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.511;QD=25.1804;RBI=0.0175775;REFB=-0.0165308;REVB=0.00190217;RO=22;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940092;STB=0.551522;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0184014;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:16:19:9:13:16:19:9:13 chr9 109691676 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00242901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.147;QD=17.8402;RBI=0.0161887;REFB=-0.0474452;REVB=-0.0160054;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305188;STB=0.673038;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0399262;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:3:11:6:8:3:11 chr9 109773700 . T C 512.4 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00613885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.077;QD=26.9683;RBI=0.00629105;REFB=0.0235178;REVB=-0.00137546;RO=28;SAF=16;SAR=31;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145727;STB=0.501867;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0126492;OID=.;OPOS=109773700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:28:29:47:47:0.618421:31:16:9:19:31:16:10:19 chr9 110249505 . C T 312.29 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0237597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.2584;QD=21.1723;RBI=0.101446;REFB=-0.0580498;REVB=0.0986244;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21061;STB=0.605122;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0611779;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:19:21:23:23:0.389831:14:9:3:16:14:9:4:17 chr9 111617650 . G A 110.0 PASS AF=0.246377;AO=16;DP=68;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00324452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9348;QD=6.37659;RBI=0.0133172;REFB=0.00183917;REVB=0.012916;RO=50;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155019;STB=0.552615;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00265533;OID=.;OPOS=111617650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:52:16:17:0.246377:6:10:25:25:7:10:27:25 chr9 111618163 . G A 175.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0286937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.371;QD=14.9735;RBI=0.0293076;REFB=-0.0187219;REVB=0.0059672;RO=28;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245234;STB=0.641277;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0309674;OID=.;OPOS=111618163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:7:12:11:17:7:12:11:17 chr9 111618309 . T C 200.75 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.055845;FXX=0.0856898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.128;QD=25.0941;RBI=0.0644053;REFB=-0.0244232;REVB=0.0320838;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0149244;OID=.;OPOS=111618309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:5:8:13:6:5:8 chr9 111618602 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7301;QD=56.7044;RBI=0.0316224;REFB=0;REVB=-0.028426;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177853;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr9 111618796 . C T 146.16 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00164608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.959;QD=8.99417;RBI=0.00212249;REFB=-0.00399949;REVB=-0.00133991;RO=43;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138186;STB=0.588691;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00942467;OID=.;OPOS=111618796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:45:20:20:0.307692:15:5:15:28:15:5:16:29 chr9 111618926 . A G 448.21 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.011071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.441;QD=23.9044;RBI=0.0120778;REFB=-0.0393498;REVB=-0.00482758;RO=32;SAF=12;SAR=30;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282268;STB=0.644462;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0208148;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:32:42:43:0.573333:30:12:20:12:30:13:20:12 chr9 111625259 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0213034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.053;QD=9.83005;RBI=0.0247786;REFB=-0.0193111;REVB=0.0126549;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203785;STB=0.605096;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0306725;OID=.;OPOS=111625259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:25:26:12:12:0.315789:6:6:8:17:6:6:9:17 chr9 111625620 . G A 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00798794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3348;QD=17.0319;RBI=0.0162604;REFB=-0.0143908;REVB=-0.0141631;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345678;STB=0.519752;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0130761;OID=.;OPOS=111625620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:13:9:8:10:13:9 chr9 111625913 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.134;QD=57.0005;RBI=0.0398254;REFB=0;REVB=0.0182171;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212234;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr9 111641825 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0059462;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.548;QD=11.1851;RBI=0.0082612;REFB=-0.0021803;REVB=-0.00573499;RO=35;SAF=15;SAR=4;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223471;STB=0.632601;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00615772;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:4:15:22:13:4:15:22:13 chr9 111651620 . A T 243.31 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=13;FWDB=-0.0172403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4927;QD=12.8058;RBI=0.0204998;REFB=-0.00211031;REVB=-0.0110913;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193102;STB=0.609686;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00314941;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:13:16:34:13:13:16:34:13 chr9 111653574 . C G 786.06 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00496498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2919;QD=27.1054;RBI=0.00508374;REFB=-0.0116811;REVB=-0.00109244;RO=44;SAF=36;SAR=36;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158979;STB=0.508618;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00874666;OID=.;OPOS=111653574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:36:36:21:23:36:36:21:23 chr9 111659483 . T G 237.87 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00597796;FXX=0.0249969;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.197;QD=12.1984;RBI=0.0177492;REFB=-0.0138541;REVB=-0.0167122;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057976;STB=0.530015;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0217785;OID=.;OPOS=111659483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:47:49:28:29:0.371795:14:14:26:21:15:14:26:23 chr9 111660851 . C T 69.36 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0200758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3335;QD=6.16524;RBI=0.0234131;REFB=0.0208218;REVB=0.0120472;RO=35;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296307;STB=0.690199;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.072116;OID=.;OPOS=111660851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:3:7:16:19:3:7:16:19 chr9 111727670 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0248656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.64;QD=16.2717;RBI=0.0421595;REFB=-0.00721833;REVB=0.034046;RO=18;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489537;STB=0.787434;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00298273;OID=.;OPOS=111727670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:2:13:8:10:2:13:8:10 chr9 111754288 . T C 737.85 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0388675;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.033;QD=61.4875;RBI=0.0440192;REFB=-0.057675;REVB=0.020664;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000292561;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:22:25:0:0:22:25:0:1 chr9 111755008 . C T 431.19 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0161881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.192;QD=42.0673;RBI=0.0205258;REFB=-0.0209934;REVB=-0.0126195;RO=8;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956106;STB=0.551591;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00433478;OID=.;OPOS=111755008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:16:17:2:6:16:17:2:6 chr9 111781779 . T C 337.12 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00505049;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.972;QD=22.4748;RBI=0.0181481;REFB=-0.0181707;REVB=0.0174312;RO=26;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106583;STB=0.558789;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0202906;OID=.;OPOS=111781779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:26:26:34:34:0.566667:19:15:15:11:19:15:15:11 chr9 111782670 . G A 125.97 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0016512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1766;QD=23.9941;RBI=0.00273806;REFB=-0.0547975;REVB=0.00218415;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681814;STB=0.523776;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0329461;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:21:7:7:13:14:0.666667:7:6:4:3:7:7:4:3 chr9 111849505 . G A 457.94 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00164662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7743;QD=29.0756;RBI=0.0253293;REFB=-0.0122613;REVB=-0.0252757;RO=21;SAF=24;SAR=18;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881583;STB=0.547922;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00334083;OID=.;OPOS=111849505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:21:42:42:0.666667:18:24:9:12:18:24:9:12 chr9 111868885 . G A 255.27 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0399422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.192;QD=36.4672;RBI=0.040312;REFB=0.00162885;REVB=-0.0054474;RO=6;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1968;STB=0.60705;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.000236063;OID=.;OPOS=111868885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:11:11:0:6:11:11:0:6 chr9 111881856 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0247654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.027;QD=24.4132;RBI=0.0419238;REFB=-0.0578398;REVB=-0.0338273;RO=5;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338888;STB=0.697224;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0420118;OID=.;OPOS=111881856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:1:10:3:2:1:10:3:2 chr9 111881927 . T C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0558781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.357;QD=16.1192;RBI=0.0644042;REFB=-0.0134541;REVB=-0.032024;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233662;STB=0.513491;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0282907;OID=.;OPOS=111881927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:10:3:3:9:10:3 chr9 111945049 . T G 760.99 PASS AF=0.548872;AO=68;DP=128;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.00588762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7085;QD=22.887;RBI=0.0201178;REFB=0.00137077;REVB=-0.019237;RO=60;SAF=34;SAR=34;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142366;STB=0.522998;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00114261;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:133:60:60:68:73:0.548872:34:34:31:29:39:34:31:29 chr9 112069477 . T A 68.76 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0822194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3468;QD=15.2805;RBI=0.085248;REFB=-0.0305032;REVB=-0.022521;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.031263;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:3:6:5:4:3:6 chr9 112087048 . G T 98.47 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.115924;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.032;QD=23.1686;RBI=0.115936;REFB=-0.0152377;REVB=0.00168456;RO=6;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310631;STB=0.681408;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0142413;OID=.;OPOS=112087048;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:6:6:11:11:0.647059:10:1:2:4:10:1:2:4 chr9 112141051 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0347686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.931;QD=21.5097;RBI=0.0568566;REFB=-0.0393062;REVB=0.0449869;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234134;STB=0.632632;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0406459;OID=.;OPOS=112141051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:9:10:16:5:9:10 chr9 112145798 . C CA,CG 1143.52 PASS AF=0.428571,0.571429;AO=17,15;DP=135;FAO=57,76;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=24,26;FSAR=33,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286465,0.456854;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=199.902,8.11171;QD=34.3915;RBI=0.00295955,0.86583;REFB=0.0139333,-0.00160459;REVB=0.000743452,0.73549;RO=98;SAF=10,10;SAR=7,5;SRF=31;SRR=67;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.336616,0.416714;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0333035,0.134906;OID=.,.;OPOS=112145799,112145799;OREF=-,-;OALT=A,G;OMAPALT=CA,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.428571,0.571429:17,15:135:57,76:133:0:24,26:33,50:0:0:99:98:10,10:7,5:31:67 chr9 112145799 . G A 265.56 PASS AF=0.272059;AO=37;DP=132;FAO=37;FDP=136;FR=.;FRO=99;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=62;FWDB=0.00230405;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.599;QD=7.81053;RBI=0.0104895;REFB=-0.0023573;REVB=0.0102333;RO=94;SAF=14;SAR=23;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195235;STB=0.503595;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00608578;OID=.;OPOS=112145799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:136:94:99:37:37:0.272059:23:14:37:57:23:14:37:62 chr9 112629397 . G A 131.28 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0277995;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.71;QD=20.1967;RBI=0.0398898;REFB=-0.0147281;REVB=-0.0286074;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191095;STB=0.568865;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00873397;OID=.;OPOS=112629397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:9:12:13:14:0.538462:9:4:5:4:9:5:6:6 chr9 112629858 . A G 650.38 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.704;QD=61.9413;RBI=0.084785;REFB=0;REVB=0.0830405;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242355;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:22:20:0:0 chr9 112709689 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.020556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.263;QD=9.49166;RBI=0.0207258;REFB=-0.00207258;REVB=-0.0026477;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330519;OID=.;OPOS=112709689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:8:10:5:4:8:10 chr9 112899361 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.937;QD=59.8393;RBI=0.0725225;REFB=0;REVB=0.0624026;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162812;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr9 112900478 . GGGGGC AGGGGT 146.41 PASS AF=0.518519;AO=2;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00718719;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=6;MLLD=130.708;QD=21.6901;RBI=0.00871536;REFB=-0.0016112;REVB=0.00492967;RO=4;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237547;STB=0.59446;STBP=0.257;TYPE=mnp;VARB=0.0378404;OID=.;OPOS=112900478;OREF=GGGGGC;OALT=AGGGGT;OMAPALT=AGGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:4:7:2:14:0.518519:1:1:3:1:8:6:5:2 chr9 112900785 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0732552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4847;QD=46.8435;RBI=0.0749679;REFB=0;REVB=0.0159331;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00252639;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr9 112931518 . C T 41.52 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0278458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8536;QD=5.03322;RBI=0.029798;REFB=-0.00512854;REVB=-0.0106081;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149757;STB=0.587971;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0113748;OID=.;OPOS=112931518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:32:33:25:26:7:7:0.212121:5:2:10:15:5:2:10:16 chr9 112931646 . G A 258.93 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0399161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5614;QD=24.0861;RBI=0.0451524;REFB=0.00751598;REVB=-0.0211057;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143702;STB=0.571372;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00823068;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:10:14:13:4:10:14:14:5 chr9 112932329 . G A 668.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.953;QD=62.1469;RBI=0.0368026;REFB=0;REVB=0.016905;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154071;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:19:22:0:0:20:23:0:0 chr9 112960852 . C T 207.66 PASS AF=0.296703;AO=26;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.00705359;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.517;QD=9.12798;RBI=0.00765561;REFB=-0.00199683;REVB=0.00297577;RO=63;SAF=15;SAR=11;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101696;STB=0.56574;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0071479;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:64:26:27:0.296703:11:15:31:32:11:16:32:32 chr9 112960858 . T C 186.91 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.035349;FXX=0.0222198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.716;QD=8.4961;RBI=0.0386185;REFB=0.00346884;REVB=-0.0155512;RO=63;SAF=14;SAR=11;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817718;STB=0.54873;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0181908;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:63:63:25:25:0.284091:11:14:31:32:11:14:31:32 chr9 112960869 . A G 1157.35 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.295;QD=59.3513;RBI=0.0209077;REFB=-0.10019;REVB=-0.00133044;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00231457;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:40:37:1:0:40:37:1:0 chr9 112963504 . A G 1178.88 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792064;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.842;QD=61.2405;RBI=0.0183955;REFB=0;REVB=0.0166029;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75653e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr9 113006420 . A G 870.33 PASS AF=1;AO=37;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0462;QD=55.2587;RBI=0.113945;REFB=0;REVB=0.113609;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343133;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:37:63:1:9:28:0:0:16:47:0:0 chr9 113006421 . T G 229.49 PASS AF=0.415385;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0159981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.099;QD=14.1225;RBI=0.0316182;REFB=-0.053627;REVB=0.0272722;RO=38;SAF=20;SAR=6;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459041;STB=0.502956;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00585137;OID=.;OPOS=113006421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:38:26:27:0.415385:6:20:28:10:7:20:28:10 chr9 113132221 . G A 416.66 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0219045;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8721;QD=21.9296;RBI=0.0265842;REFB=-0.00148998;REVB=-0.0150636;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886451;STB=0.50489;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00149802;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:35:35:41:41:0.539474:18:23:20:15:18:23:20:15 chr9 113192655 . T G 993.84 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00270372;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.512;QD=59.3336;RBI=0.0307926;REFB=0;REVB=0.0306736;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34289e-05;OID=.;OPOS=113192655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chr9 113197636 . T G 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0252202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.936;QD=14.1319;RBI=0.0267709;REFB=0.0143583;REVB=0.00897909;RO=31;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721648;STB=0.542122;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.0193008;OID=.;OPOS=113197636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:15:4:8:23:15:4:8:23 chr9 113220820 . C T 594.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9401;QD=60.9467;RBI=0.0480249;REFB=0;REVB=0.0182679;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346205;OID=.;OPOS=113220820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr9 113233720 . G A 1237.48 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0418289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.362;QD=58.9277;RBI=0.0543009;REFB=-0.039618;REVB=0.0346256;RO=2;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255799;STB=0.51351;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00123813;OID=.;OPOS=113233720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:36:46:0:2:36:46:0:2 chr9 113275227 . C T 566.87 PASS AF=0.761905;AO=48;DP=63;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00834112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.175;QD=35.9916;RBI=0.0317425;REFB=0.00212519;REVB=0.030627;RO=15;SAF=27;SAR=21;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168945;STB=0.509087;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000543826;OID=.;OPOS=113275227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:63:63:15:15:48:48:0.761905:21:27:9:6:21:27:9:6 chr9 113302016 . G A 2637.67 PASS AF=0.542918;AO=250;DP=445;FAO=253;FDP=466;FR=.;FRO=213;FSAF=157;FSAR=96;FSRF=119;FSRR=94;FWDB=-0.0497207;FXX=0.0106155;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.1407;QD=22.6409;RBI=0.0533885;REFB=-0.0134481;REVB=-0.0194468;RO=191;SAF=154;SAR=96;SRF=101;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722755;STB=0.529593;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0141915;OID=.;OPOS=113302016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:466:191:213:250:253:0.542918:96:154:101:90:96:157:119:94 chr9 113550168 . T C 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0297319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5714;QD=9.56648;RBI=0.0927066;REFB=-0.00461793;REVB=-0.0878096;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252475;STB=0.651828;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00444551;OID=.;OPOS=113550168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:4:11:4:4:4:11 chr9 113636353 . T G 46.6 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00503441;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.495;QD=8.47204;RBI=0.0196294;REFB=-0.0150624;REVB=-0.0189728;RO=15;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214427;STB=0.637842;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0384542;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:15:15:7:7:0.318182:1:6:11:4:1:6:11:4 chr9 113636379 . C T 64.74 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0259291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.626;QD=10.358;RBI=0.0313075;REFB=-0.00952716;REVB=0.0175455;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34364;STB=0.715828;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0705352;OID=.;OPOS=113636379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:1:8:11:5:1:8:11:5 chr9 114090279 . A G 106.0 PASS AF=0.6;AO=13;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0807073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7754;QD=21.199;RBI=0.0810386;REFB=-0.0317045;REVB=0.00731998;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681814;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222458;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:20:7:8:13:12:0.6:6:7:3:4:6:6:4:4 chr9 114359624 . C A 788.18 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016059;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.249;QD=57.3224;RBI=0.0164971;REFB=0;REVB=-0.00377667;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018746;OID=.;OPOS=114359624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:24:31:0:0 chr9 114366094 . G C 784.94 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.524;QD=57.0869;RBI=0.0620711;REFB=0;REVB=-0.060972;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242476;OID=.;OPOS=114366094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr9 114371322 . T A 815.04 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8134;QD=56.2095;RBI=0.20187;REFB=0;REVB=0.107052;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177894;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376308;OID=.;OPOS=114371322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:56:58:1:30:26:1:0:31:27:0:0 chr9 114371493 . C T 742.93 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130198;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.357;QD=57.1487;RBI=0.0183977;REFB=0;REVB=0.0129985;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307773;OID=.;OPOS=114371493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:50:52:1:26:24:0:0:28:24:0:0 chr9 114454544 . T C 888.42 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.671;QD=56.4077;RBI=0.0286859;REFB=0.0217099;REVB=-0.025763;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119536;STB=0.506327;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0005497;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:39:23:0:1:39:23:0:1 chr9 114454580 . A G 798.33 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0372358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.25;QD=53.222;RBI=0.0372855;REFB=-0.143134;REVB=-0.00192422;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524991;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000271344;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:2:57:58:0.966667:38:19:0:0:39:19:2:0 chr9 114462322 . A G 913.43 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0847083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.872;QD=57.9956;RBI=0.087572;REFB=0;REVB=0.0222116;RO=0;SAF=9;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482005;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:51:9:0:0:52:11:0:0 chr9 114464487 . T C 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.709;QD=62.3491;RBI=0.0200106;REFB=0;REVB=0.0196939;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144093;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr9 114490308 . T C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00251157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.777;QD=56.1842;RBI=0.0065238;REFB=0;REVB=-0.00602096;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62056e-06;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr9 114694486 . A G 710.2 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.444;QD=54.6308;RBI=0.0264068;REFB=0.0283292;REVB=-0.00922488;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00045066;OID=.;OPOS=114694486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:0:1:29:22:0:1 chr9 114803286 . C T 293.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00180453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9316;QD=17.2813;RBI=0.0513104;REFB=-0.0286376;REVB=-0.0512787;RO=36;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162866;STB=0.591184;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0295861;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:18:14:22:14:18:14:22:14 chr9 114980967 . T C 268.43 PASS AF=0.625;AO=18;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0791483;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=28.8176;QD=26.8432;RBI=0.184475;REFB=-0.0287576;REVB=-0.166633;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025751;STB=0.543343;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00756832;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:8:14:18:25:0.625:6:12:5:3:8:17:8:6 chr9 114982462 . GT GC,TG 167.51 PASS AF=0.653846,0;AO=8,2;DP=27;FAO=17,0;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13,0;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0794728,-0.0347192;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.9438,51.8034;QD=25.7707;RBI=0.0804927,0.0382305;REFB=0.00212106,0.000794781;REVB=-0.0127728,-0.0160047;RO=6;SAF=6,2;SAR=2,0;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0771948,0.562437;STB=0.544855,0.5;STBP=0.602,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000579063,0;OID=.,.;OPOS=114982463,114982462;OREF=T,GT;OALT=C,TG;OMAPALT=GC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:26:6:9:8,2:17,0:0.653846,0:2,0:6,2:4:2:4,0:13,0:6:3 chr9 114982549 . C T 267.18 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0106954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.455;QD=28.1245;RBI=0.0107316;REFB=-0.0378566;REVB=-0.000879862;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104068;STB=0.557474;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0166026;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:10:14:6:8:10:14:6:8 chr9 115034899 . A T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0205423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.456;QD=21.7443;RBI=0.027008;REFB=-0.0424978;REVB=0.0175342;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216161;STB=0.512179;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0310768;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:3:12:9:2:3:12:9:2 chr9 115095743 . T C 298.7 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00673859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.787;QD=23.8959;RBI=0.00702077;REFB=-0.00298563;REVB=-0.00197044;RO=23;SAF=18;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127898;STB=0.571374;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00385059;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:9:18:12:11:9:18:12:11 chr9 115421788 . C A 414.92 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.093808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1222;QD=53.5374;RBI=0.109859;REFB=-0.188231;REVB=0.0571763;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00766512;OID=.;OPOS=115421788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:29:30:0.967742:14:15:1:0:14:16:1:0 chr9 115567184 . T C 620.48 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0497554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0435;QD=55.1542;RBI=0.0662189;REFB=-0.0453974;REVB=0.043696;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034749;STB=0.503369;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00239793;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:45:45:2:3:42:42:0.933333:16:26:2:0:16:26:2:1 chr9 115580008 . G C 948.47 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.635;QD=58.3676;RBI=0.0259573;REFB=0;REVB=0.00335732;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.25253e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:25:38:0:0:27:38:0:0 chr9 115600848 . T C 908.25 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877275;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.012;QD=58.5965;RBI=0.0294653;REFB=0;REVB=0.028129;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186216;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr9 115617061 . T C 738.22 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.761;QD=56.7865;RBI=0.0407999;REFB=0;REVB=0.0109717;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105981;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:48:52:1:21:27:0:0:22:30:0:0 chr9 115632969 . A G 1577.04 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.45;QD=63.7188;RBI=0.0532199;REFB=0;REVB=0.0361827;RO=0;SAF=37;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176369;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:62:37:0:0:62:37:0:0 chr9 115635641 . C G 820.27 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00574829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.548;QD=55.6114;RBI=0.0103228;REFB=-0.139671;REVB=-0.0085742;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000449196;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:24:34:0:0:24:34:1:0 chr9 115873890 . G C 58.64 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0113586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.983;QD=14.6603;RBI=0.0318324;REFB=-0.00991333;REVB=0.0297369;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00982129;OID=.;OPOS=115873890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:5:3:5:3:5:3 chr9 115925104 . C T 1510.65 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.651;QD=63.6064;RBI=0.0257632;REFB=0;REVB=-0.0256603;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.79051e-05;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr9 115925801 . CAAAAAAATTTTT CAAAAAAATTTT,CAAAAAAATTTTA,CAAAAAATTTT,TCAAAAAATTTTT 248.45 PASS AF=0,0.1,0.54,0;AO=5,3,16,2;DP=50;FAO=0,5,27,0;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=0,5,14,0;FSAR=0,0,13,0;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.116694,0.12174,0.116362,0.00229816;FXX=0;HRUN=5,5,7,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=10.3159,19.6166,16.3815,147.67;QD=19.8756;RBI=0.22967,0.170172,0.175871,0.0449648;REFB=-0.22955,-0.147513,-0.129327,-0.0208007;REVB=0.197816,0.118902,0.131873,-0.044906;RO=11;SAF=4,3,10,0;SAR=1,0,6,2;SRF=1;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.659866,0.793296,0.372875,-0.451439;STB=0.5,0.998089,0.573717,0.5;STBP=1,0.005,0.241,1;TYPE=del,snp,del,mnp;VARB=0.0345766,0.0790447,0.137432,0;OID=.,.,.,.;OPOS=115925809,115925813,115925808,115925801;OREF=T,T,AT,CA;OALT=-,A,-,TC;OMAPALT=CAAAAAAATTTT,CAAAAAAATTTTA,CAAAAAATTTT,TCAAAAAATTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:50:50:11:18:5,3,16,2:0,5,27,0:0,0.1,0.54,0:1,0,6,2:4,3,10,0:1:10:0,0,13,0:0,5,14,0:6:12 chr9 115926197 . TG T 770.55 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000428536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.6978;QD=47.4184;RBI=0.133258;REFB=0;REVB=-0.133257;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00262122;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:65:65:65:0:40:25:0:0:14:0:39:24:0:0 chr9 115928275 . T C 756.8 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222734;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.547;QD=61.7797;RBI=0.0360827;REFB=-0.0649571;REVB=0.0283876;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00238315;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:0:1:30:18:0:1 chr9 115931692 . A G 301.13 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=43;FWDB=0.0235643;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8597;QD=14.0059;RBI=0.0724035;REFB=-0.0231016;REVB=-0.0684616;RO=53;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312142;STB=0.67091;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0298989;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:53:52:34:34:0.395349:19:15:9:44:19:15:9:43 chr9 115950156 . G A 448.98 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00535377;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.951;QD=23.6307;RBI=0.0053911;REFB=-0.0326171;REVB=-0.000633295;RO=33;SAF=20;SAR=23;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811767;STB=0.544534;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0237631;OID=.;OPOS=115950156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:23:20:12:21:23:20:12:21 chr9 115950706 . A C 263.51 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00545374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.204;QD=19.5192;RBI=0.00813203;REFB=-0.0182601;REVB=-0.00603213;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247965;STB=0.502701;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0177127;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:16:12:10:15:16:12:11:15 chr9 115962208 . C T 199.86 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0381083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8311;QD=13.5498;RBI=0.038478;REFB=-0.0126332;REVB=-0.0053211;RO=35;SAF=18;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351874;STB=0.702526;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0264061;OID=.;OPOS=115962208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:6:18:15:20:6:18:15:20 chr9 115983540 . G A 1165.57 PASS AF=0.572193;AO=107;DP=187;FAO=107;FDP=187;FR=.;FRO=80;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.00368808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.526;QD=24.9321;RBI=0.00981102;REFB=-0.00290368;REVB=0.00909143;RO=80;SAF=68;SAR=39;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140658;STB=0.576555;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00339745;OID=.;OPOS=115983540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:80:80:107:107:0.572193:39:68:37:43:39:68:37:43 chr9 115985499 . G C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00250048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.451;QD=28.9132;RBI=0.0242117;REFB=-0.0162602;REVB=-0.0240822;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863794;STB=0.547493;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00901197;OID=.;OPOS=115985499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:14:12:5:10:14:12:5:10 chr9 116044998 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00156398;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.089;QD=9.7602;RBI=0.0275435;REFB=-0.0206278;REVB=-0.027499;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240999;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0377158;OID=.;OPOS=116044998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:4:8:3:4:4:8 chr9 116060124 . T C 106.43 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0419323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1526;QD=12.1628;RBI=0.0993542;REFB=-0.0122263;REVB=-0.0900719;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564458;STB=0.533283;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0203459;OID=.;OPOS=116060124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:13:9:6:7:13:9 chr9 116060221 . C T 261.23 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0361171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8057;QD=27.498;RBI=0.0705298;REFB=-0.0310464;REVB=0.0605806;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652201;STB=0.519984;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0225597;OID=.;OPOS=116060221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:14:23:24:0.631579:15:8:4:11:16:8:4:10 chr9 116061628 . T C 142.74 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0366851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.911;QD=14.6397;RBI=0.0948097;REFB=-0.0346089;REVB=0.0874247;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512805;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0493834;OID=.;OPOS=116061628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:8:8:11:11:8:8:11:12 chr9 116061671 . C T 137.16 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00213524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.771;QD=17.1454;RBI=0.00937972;REFB=-0.0156246;REVB=0.00913345;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0134702;OID=.;OPOS=116061671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:9:7:8:7:9:8 chr9 116132092 . G C 188.07 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000514844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.034;QD=22.1253;RBI=0.00446983;REFB=-0.0277122;REVB=0.00444008;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940499;STB=0.514836;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0214636;OID=.;OPOS=116132092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:15:18:19:0.558824:7:11:9:6:7:12:9:6 chr9 116136198 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128723;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=260.375;QD=55.6561;RBI=0.0346445;REFB=0;REVB=0.0321644;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67219e-05;OID=.;OPOS=116136198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr9 116149967 . C T 541.05 PASS AF=0.666667;AO=48;DP=72;FAO=48;FDP=72;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00773177;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.609;QD=30.0581;RBI=0.0230405;REFB=-0.027598;REVB=-0.0217045;RO=24;SAF=26;SAR=22;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518357;STB=0.528091;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0139932;OID=.;OPOS=116149967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:24:24:48:48:0.666667:22:26:15:9:22:26:15:9 chr9 116152891 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.961;QD=51.1844;RBI=0.10423;REFB=0;REVB=0.00914082;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677229;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr9 116152940 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.063;QD=54.5175;RBI=0.0515048;REFB=0;REVB=-5.18333e-05;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141193;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:12:13:0:0 chr9 116153900 . A G 669.19 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199539;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.025;QD=62.2503;RBI=0.0241071;REFB=0;REVB=0.0135275;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173362;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:15:28:0:0 chr9 116346287 . C T 178.57 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0108487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1579;QD=23.0408;RBI=0.0650189;REFB=-0.0268405;REVB=0.0641075;RO=11;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212716;STB=0.622083;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0278615;OID=.;OPOS=116346287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:13:18:18:0.580645:12:6:7:4:12:6:8:5 chr9 116356373 . G C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4432;QD=57.2353;RBI=0.0579003;REFB=0;REVB=-0.0247907;RO=0;SAF=9;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219168;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:47:9:0:0:47:9:0:0 chr9 116356516 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2341;QD=39.2036;RBI=0.0719278;REFB=0;REVB=-0.0531591;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178833;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr9 116764283 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0193736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.083;QD=14.4116;RBI=0.0291905;REFB=-0.0194535;REVB=0.0218346;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242614;STB=0.639663;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0283642;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:19:9:10:8:19:9 chr9 116770776 . C T 43.27 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.026378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.394;QD=5.96796;RBI=0.0272601;REFB=-0.00260479;REVB=-0.00687847;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253539;STB=0.637884;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0128516;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:18:22:7:7:0.241379:2:5:9:9:2:5:12:10 chr9 116779080 . C T 156.06 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00616704;FXX=0.061212;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1265;QD=13.5706;RBI=0.0144954;REFB=-0.0036828;REVB=-0.0131181;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235171;STB=0.636213;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0126384;OID=.;OPOS=116779080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:29:29:17:17:0.369565:8:9:9:20:8:9:9:20 chr9 116813001 . T C 331.62 PASS AF=0.507246;AO=36;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0163499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.016;QD=19.224;RBI=0.0200401;REFB=-0.0151346;REVB=-0.0115882;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131297;STB=0.58437;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00560737;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:36:35:0.507246:21:15:9:24:20:15:9:25 chr9 116813654 . G A 793.37 PASS AF=0.543478;AO=75;DP=137;FAO=75;FDP=138;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.0123421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.1526;QD=22.9961;RBI=0.0176275;REFB=-0.0221469;REVB=-0.0125858;RO=56;SAF=36;SAR=39;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264029;STB=0.538138;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0178029;OID=.;OPOS=116813654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:56:63:75:75:0.543478:39:36:25:31:39:36:25:38 chr9 116818033 . A C 94.13 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00770857;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=220.407;QD=12.1462;RBI=0.0215574;REFB=0.00226884;REVB=-0.020132;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448006;STB=0.502614;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00388725;OID=.;OPOS=116818033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:11:7:5:8:11:7 chr9 116931099 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1592;QD=44.6881;RBI=0.117003;REFB=0;REVB=0.117003;RO=0;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0054042;OID=.;OPOS=116931099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:13:0:0:0:13:0:0:0 chr9 116958216 . C T 245.25 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0059029;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.943;QD=11.0223;RBI=0.0480688;REFB=-0.00330311;REVB=-0.047705;RO=58;SAF=20;SAR=10;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781027;STB=0.540956;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00971226;OID=.;OPOS=116958216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:58:59:30:30:0.337079:10:20:35:23:10:20:36:23 chr9 116980052 . C T 345.8 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0122912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.564;QD=32.1678;RBI=0.0332823;REFB=-0.00324588;REVB=0.0309296;RO=14;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183536;STB=0.600594;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00124541;OID=.;OPOS=116980052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:19:10:9:5:19:10:9:5 chr9 117002517 . C T 153.94 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=59;FWDB=0.0395691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.934;QD=5.44912;RBI=0.0395708;REFB=0.00437341;REVB=-0.000365417;RO=88;SAF=13;SAR=12;SRF=29;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240664;STB=0.646703;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0155372;OID=.;OPOS=117002517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:88:88:25:25:0.221239:12:13:29:59:12:13:29:59 chr9 117033022 . T C 362.68 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0326853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9235;QD=23.3988;RBI=0.0812547;REFB=0.00848133;REVB=-0.0743908;RO=26;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187217;STB=0.602781;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00746577;OID=.;OPOS=117033022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:20:16:18:8:20:16:18:8 chr9 117044538 . G T 494.68 PASS AF=0.638889;AO=41;DP=67;FAO=46;FDP=72;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0213531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.789;QD=27.482;RBI=0.0250644;REFB=-0.0648017;REVB=0.0131251;RO=26;SAF=29;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127792;STB=0.501424;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0257683;OID=.;OPOS=117044538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:26:26:41:46:0.638889:12:29:18:8:14:32:18:8 chr9 117044751 . T C 474.06 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.984;QD=57.4614;RBI=0.0198811;REFB=0;REVB=0.0191986;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014795;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr9 117050998 . G A 108.56 PASS AF=0.293103;AO=14;DP=54;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0019257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.859;QD=7.48712;RBI=0.034894;REFB=-0.0124325;REVB=0.0348409;RO=40;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903661;STB=0.50209;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0637106;OID=.;OPOS=117050998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:40:41:14:17:0.293103:7:7:17:23:10:7:17:24 chr9 117051020 . A G 351.49 PASS AF=0.641509;AO=29;DP=48;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000734072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.764;QD=26.5271;RBI=0.0280338;REFB=-0.0291403;REVB=0.0280242;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315339;STB=0.538818;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0152567;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:53:19:19:29:34:0.641509:18:11:8:11:23:11:8:11 chr9 117051586 . C G 37.9 PASS AF=0.115942;AO=9;DP=70;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0194283;FXX=0.028165;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1132;QD=2.19707;RBI=0.0472684;REFB=-0.00235998;REVB=-0.0430911;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012974;STB=0.561641;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0713287;OID=.;OPOS=117051586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:69:53:61:9:8:0.115942:5:4:23:30:5:3:27:34 chr9 117064345 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.516;QD=59.0178;RBI=0.0534634;REFB=0;REVB=-0.0459231;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117763;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr9 117085526 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.883;QD=58.5871;RBI=0.00852194;REFB=0;REVB=0.00555475;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20426e-05;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr9 117085634 . CTTTT CCTTT,CTT,CTTTC 381.49 PASS AF=0.857143,0.0357143,0.107143;AO=20,4,2;DP=28;FAO=24,1,3;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0,3;FSAR=18,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117261,-0.219535,-0.056657;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=35.3786,11.176,200.653;QD=54.4981;RBI=0.119742,0.221328,0.064297;REFB=0,0,0;REVB=0.0242489,-0.0281153,-0.0303989;RO=0;SAF=2,3,2;SAR=18,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.19193e-08,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.00368365,0.0403021,0.117712;OID=.,.,.;OPOS=117085635,117085635,117085638;OREF=T,TT,T;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCTTT,CTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.857143,0.0357143,0.107143:20,4,2:28:24,1,3:28:0:6,0,3:18,1,0:0:0:12:0:2,3,2:18,1,0:0:0 chr9 117103973 . A G 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.971;QD=61.3298;RBI=0.00492177;REFB=0;REVB=-0.00143005;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07172e-05;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr9 117110046 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0436079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.333;QD=12.7367;RBI=0.0669671;REFB=-0.0638418;REVB=-0.0508227;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.046026;OID=.;OPOS=117110046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr9 117166338 . G C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.637;QD=53.3625;RBI=0.0450217;REFB=-0.0335005;REVB=0.0240101;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000582332;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:20:9:0:0:20:9:0:1 chr9 117170310 . C T 117.31 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0078093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.804;QD=12.3484;RBI=0.00839715;REFB=-0.00997567;REVB=-0.00308659;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068991;STB=0.526278;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0175133;OID=.;OPOS=117170310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:7:7:10:13:7:7:11:13 chr9 117186677 . A G 994.27 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158214;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.188;QD=59.3593;RBI=0.0455947;REFB=0;REVB=0.0427616;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280424;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:42:25:0:0:42:25:0:0 chr9 117188566 . C T 1107.81 PASS AF=0.931034;AO=75;DP=86;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00871585;FXX=0.0439512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.379;QD=50.9338;RBI=0.0240103;REFB=-0.101109;REVB=0.0223725;RO=1;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133266;STB=0.537491;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00158525;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:86:87:1:6:75:81:0.931034:40:35:1:0:44:37:6:0 chr9 117377843 . G C 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.204;QD=51.9091;RBI=0.0467173;REFB=0;REVB=0.0441783;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371806;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr9 117428960 . T C 235.98 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0053766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0852;QD=19.2633;RBI=0.0104606;REFB=-0.022414;REVB=0.00897304;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219375;STB=0.604303;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0319154;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:7:15:12:14:8:15:12:14 chr9 117430611 . A T 397.77 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0313141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.974;QD=20.6633;RBI=0.0714338;REFB=-0.0248402;REVB=-0.0642045;RO=36;SAF=25;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110488;STB=0.568527;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0174405;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:40:40:0.519481:15:25:18:18:15:25:18:19 chr9 117433685 . C T 804.84 PASS AF=0.572519;AO=75;DP=131;FAO=75;FDP=131;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0278098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8612;QD=24.5754;RBI=0.0896848;REFB=-0.00905783;REVB=-0.0852642;RO=56;SAF=37;SAR=38;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368145;STB=0.52006;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00662825;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:56:75:75:0.572519:38:37:25:31:38:37:25:31 chr9 117553249 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.148824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0461;QD=18.05;RBI=0.149497;REFB=0.0360783;REVB=-0.0141665;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00497735;OID=.;OPOS=117553249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr9 117792583 . C G 222.66 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0527744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8689;QD=12.544;RBI=0.063265;REFB=0.00129545;REVB=0.0348901;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441127;STB=0.525367;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.00244459;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:17:10:18:26:17:10:18:26 chr9 117797597 . T C 110.5 PASS AF=0.283019;AO=13;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.000631491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.255;QD=8.33991;RBI=0.00635518;REFB=-0.00523539;REVB=-0.00632373;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225179;STB=0.623208;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0150731;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:39:38:13:15:0.283019:9:4:19:20:10:5:19:19 chr9 117808785 . T A 290.39 PASS AF=0.324786;AO=38;DP=117;FAO=38;FDP=117;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=-0.00669635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.454;QD=9.92799;RBI=0.00747073;REFB=-0.00540348;REVB=0.0033122;RO=77;SAF=22;SAR=16;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375593;STB=0.528849;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0120205;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:77:79:38:38:0.324786:16:22:47:30:16:22:49:30 chr9 117846570 . C T 509.33 PASS AF=0.647887;AO=44;DP=70;FAO=46;FDP=71;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00716207;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.271;QD=28.6947;RBI=0.00973462;REFB=-0.0175009;REVB=-0.00659299;RO=25;SAF=20;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170392;STB=0.516122;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00995952;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:25:44:46:0.647887:24:20:12:13:26:20:12:13 chr9 117848197 . C T 108.81 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.017544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.053;QD=24.1799;RBI=0.039775;REFB=-0.00898885;REVB=-0.0356968;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147448;STB=0.615187;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00471741;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:5:6:12:12:0.666667:8:4:3:2:8:4:4:2 chr9 117848394 . T C 714.72 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.245;QD=60.8272;RBI=0.0738071;REFB=0;REVB=0.0140211;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261858;OID=.;OPOS=117848394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:19:22:0:0:19:28:0:0 chr9 118163563 . C T 1399.9 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00747456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1244;QD=61.5341;RBI=0.0155057;REFB=-0.0355682;REVB=0.0135851;RO=1;SAF=25;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723714;STB=0.503816;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000560637;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:65:25:0:1:65:25:0:1 chr9 119106881 . C A 617.88 PASS AF=0.544643;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=112;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0550234;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.872;QD=22.067;RBI=0.0550243;REFB=-0.0271764;REVB=0.000311155;RO=48;SAF=30;SAR=31;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269551;STB=0.527541;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0229931;OID=.;OPOS=119106881;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:48:51:61:61:0.544643:31:30:22:26:31:30:22:29 chr9 119158814 . T C 108.98 PASS AF=0.25;AO=16;DP=67;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0170505;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.787;QD=6.41063;RBI=0.0358183;REFB=-0.00763484;REVB=-0.0314998;RO=50;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22512;STB=0.616303;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0133881;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:50:51:16:17:0.25:6:10:22:28:7:10:22:29 chr9 119161253 . A G 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00173856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.721;QD=11.0185;RBI=0.020723;REFB=-0.0692723;REVB=-0.02065;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0389331;OID=.;OPOS=119161253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:4:2:4:3:4:2:4:4 chr9 119162545 . C A 197.02 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0144526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.784;QD=18.7641;RBI=0.0382436;REFB=-0.0217937;REVB=-0.0354076;RO=21;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129649;STB=0.564449;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0244216;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:6:14:12:9:6:14:13:9 chr9 119163989 . A G 431.53 PASS AF=0.337423;AO=55;DP=163;FAO=55;FDP=163;FR=.;FRO=108;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=63;FSRR=45;FWDB=0.0701424;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4917;QD=10.5897;RBI=0.0742666;REFB=3.56066e-05;REVB=0.0244043;RO=108;SAF=29;SAR=26;SRF=63;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651622;STB=0.537394;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00124036;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:108:108:55:55:0.337423:26:29:63:45:26:29:63:45 chr9 119199820 . C G 669.51 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4006;QD=62.2802;RBI=0.0757797;REFB=0;REVB=-0.0342413;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424349;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr9 119461387 . AC A,AT 73.21 PASS AF=0.313725,0.0392157;AO=16,2;DP=51;FAO=16,2;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=1,0;FSAR=15,2;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.101753,-0.0692439;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.7046,107.067;QD=5.74198;RBI=0.105574,0.0976801;REFB=-0.124023,-0.0180504;REVB=0.0281459,-0.0688962;RO=30;SAF=2,0;SAR=14,2;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.348196,-0.394061;STB=0.85656,0.993781;STBP=0.009,0.208;TYPE=del,snp;VARB=0.183422,0.0767385;OID=.,.;OPOS=119461388,119461388;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.313725,0.0392157:16,2:51:16,2:51:33:1,0:15,2:13:20:63:30:2,0:14,2:10:20 chr9 119462112 . C T 765.99 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.994;QD=63.8325;RBI=0.0225909;REFB=0;REVB=0.0181735;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2845e-05;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr9 119463189 . T C 62.28 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00978319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5748;QD=8.03654;RBI=0.0345188;REFB=-0.012859;REVB=0.0331034;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219511;STB=0.621944;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0479382;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:3:6:10:11:3:6:11:11 chr9 119495697 . T C 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00027457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.375;QD=60.031;RBI=0.0253758;REFB=0;REVB=0.0253743;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55767e-05;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chr9 120039299 . T C 822.19 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00582243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.167;QD=53.9139;RBI=0.0267979;REFB=-0.0107062;REVB=0.0261577;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.517236;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=6.97571e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:61:0:2:57:59:0.967213:26:31:0:0:28:31:0:2 chr9 120053776 . T C 970.09 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.322;QD=58.7932;RBI=0.0220502;REFB=0;REVB=0.0121552;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91448e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:38:27:0:0:39:27:0:0 chr9 120470358 . G A 746.9 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.555;QD=63.5658;RBI=0.0307944;REFB=0;REVB=0.0215568;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188535;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr9 121976309 . G A 149.11 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.00869984;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.337;QD=9.61967;RBI=0.0113379;REFB=-0.0102113;REVB=0.00727051;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2059;STB=0.619611;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0219221;OID=.;OPOS=121976309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:8:12:32:10:8:12:32:10 chr9 122001000 . G A 306.98 PASS AF=0.361905;AO=38;DP=105;FAO=38;FDP=105;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.00394672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.493;QD=11.6943;RBI=0.013164;REFB=-0.00606077;REVB=0.0125584;RO=67;SAF=17;SAR=21;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845831;STB=0.548362;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0104025;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:67:67:38:38:0.361905:21:17:25:42:21:17:25:42 chr9 123163161 . ACCC ACCG,ACC 832.73 PASS AF=0.0722892,0.915663;AO=17,12;DP=82;FAO=6,76;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=5,33;FSAR=1,43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497427,-0.0619675;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.9555,13.4054;QD=40.1317;RBI=0.291918,0.833328;REFB=-0.0433488,-0.00862963;REVB=0.287649,0.83102;RO=38;SAF=17,11;SAR=0,1;SRF=3;SRR=35;SSEN=0,0.435071;SSEP=0,0.384185;SSSB=0.876288,0.809501;STB=0.54531,0.507461;STBP=0.659,0.29;TYPE=snp,del;VARB=0.0821567,0.0123833;OID=.,.;OPOS=123163164,123163162;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=ACCG,ACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0722892,0.915663:17,12:82:6,76:83:1:5,33:1,43:1:0:14:38:17,11:0,1:3:35 chr9 123170733 . C G 374.39 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.553;QD=53.4843;RBI=0.125637;REFB=0;REVB=0.0530793;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014049;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:28:0:0:27:28:1:23:4:0:0:24:4:0:0 chr9 123291036 . C G 883.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066196;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.649;QD=56.0811;RBI=0.00664367;REFB=0;REVB=0.000565036;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059951;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:26:32:0:0:26:37:0:0 chr9 123342259 . C A 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.262;QD=56.9988;RBI=0.049672;REFB=0;REVB=0.0427203;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180958;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr9 123342275 . A G 785.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.291;QD=64.1307;RBI=0.0591593;REFB=0;REVB=-0.0504339;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.81732e-05;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr9 123618971 . A G 227.06 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0231987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.362;QD=21.1214;RBI=0.0273572;REFB=0.0131465;REVB=-0.0144996;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189113;STB=0.510629;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.00854554;OID=.;OPOS=123618971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:10:11:12:10:10:11 chr9 123626311 . C A 283.66 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00122285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.885;QD=19.9058;RBI=0.00265876;REFB=-0.040039;REVB=0.00236085;RO=26;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189867;STB=0.61062;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0283368;OID=.;OPOS=123626311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:18:12:5:21:18:12:5:22 chr9 123632045 . A G 356.35 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0252878;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8372;QD=25.9161;RBI=0.0253561;REFB=-0.0930475;REVB=0.00186012;RO=18;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105686;STB=0.567812;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.054294;OID=.;OPOS=123632045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:20:34:35:0.636364:17:17:12:6:17:18:14:6 chr9 123671520 . G A 33.79 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0759028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6935;QD=7.11366;RBI=0.0794309;REFB=-0.0349665;REVB=0.0234098;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407987;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0565297;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:19:19:11:13:5:6:0.315789:2:3:7:4:2:4:9:4 chr9 123673771 . G T 439.47 PASS AF=0.441441;AO=49;DP=111;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.0343498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.841;QD=15.8366;RBI=0.0403094;REFB=-0.0323839;REVB=-0.0210936;RO=62;SAF=19;SAR=30;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161777;STB=0.590602;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.036621;OID=.;OPOS=123673771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:62:62:49:49:0.441441:30:19:34:28:30:19:34:28 chr9 123675801 . G A 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0225867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7209;QD=11.2544;RBI=0.040022;REFB=-0.0289675;REVB=-0.0330395;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0456924;OID=.;OPOS=123675801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:6:6:4:4:6:6 chr9 123725971 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00212142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.788;QD=8.8862;RBI=0.0293366;REFB=-0.016701;REVB=-0.0292598;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851556;STB=0.505148;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0342817;OID=.;OPOS=123725971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:8:7:17:20:8:7:17:20 chr9 123734287 . GAAAC G 78.62 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0127151;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=4;MLLD=238.497;QD=11.648;RBI=0.0235554;REFB=-0.007429;REVB=0.0198289;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200253;STB=0.601059;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.00933963;OID=.;OPOS=123734288;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:28:12:27:15:5:7:9:6:78:14:4:7:8:6 chr9 123783934 . T C 125.05 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00185402;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.14;QD=9.80807;RBI=0.0120583;REFB=-0.0146936;REVB=-0.011915;RO=37;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714096;STB=0.577791;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0306101;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:37:35:15:16:0.313725:6:9:20:17:6:10:18:17 chr9 123800218 . C T 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.015051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.368;QD=7.23157;RBI=0.0821621;REFB=-0.0425693;REVB=-0.0807717;RO=47;SAF=10;SAR=7;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909947;STB=0.555063;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0341736;OID=.;OPOS=123800218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:47:17:17:0.265625:7:10:31:16:7:10:31:16 chr9 123914874 . C T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0126737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.97;QD=15.2369;RBI=0.0350272;REFB=-0.0129305;REVB=-0.032654;RO=35;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506844;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0156736;OID=.;OPOS=123914874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:16:12:15:20:16:12:15:21 chr9 124043867 . C T 229.43 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0115997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.724;QD=22.3838;RBI=0.0506794;REFB=0.00202598;REVB=0.049334;RO=19;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426887;STB=0.50239;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.00273473;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:8:14:12:7:8:14:12:7 chr9 124044995 . C T 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0096616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.887;QD=13.0911;RBI=0.0241505;REFB=0.00235969;REVB=-0.0221337;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216322;STB=0.624829;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00329003;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:5:8:16:4:5:8:16:4 chr9 124045949 . GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC GTTCATTCATTCATTCATTCATTC,GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATAT 471.49 PASS AF=0.558824,0.441176;AO=21,5;DP=43;FAO=19,15;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,11;FSAR=10,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491877,0.0686297;FXX=0.346087;HRUN=1,2;LEN=8,2;MLLD=140.173,152.733;QD=55.4693;RBI=0.0634661,0.0692431;REFB=0,0;REVB=0.0401062,-0.0091959;RO=0;SAF=14,3;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0175008,0.00947908;OID=.,.;OPOS=124045950,124045979;OREF=TTCATTCA,TC;OALT=-,AT;OMAPALT=GTTCATTCATTCATTCATTCATTC,GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.558824,0.441176:21,5:43:19,15:34:0:9,11:10,4:0:0:99:0:14,3:7,2:0:0 chr9 124046691 . G T 148.42 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00572013;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.462;QD=25.8127;RBI=0.0342072;REFB=-0.0436857;REVB=0.0337255;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574481;STB=0.532121;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0219869;OID=.;OPOS=124046691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:3:5:8:7:3:5 chr9 124046722 . C T 44.38 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0175311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.556;QD=7.10111;RBI=0.034292;REFB=0.00647346;REVB=-0.029472;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265764;STB=0.666222;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0273503;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:6:12:3:4:6:12 chr9 124046830 . CT CC,C 308.6 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,21;DP=23;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119696,0.00730053;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=9.64779,27.8347;QD=51.4326;RBI=0.0278408,0.106243;REFB=0,0;REVB=-0.0251364,-0.105992;RO=0;SAF=1,8;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0421216,-0.00408669;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,21:23:2,22:24:0:1,8:1,14:0:0:9:0:1,8:1,13:0:0 chr9 124218133 . C T 715.03 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478548;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.208;QD=57.2026;RBI=0.0486139;REFB=0;REVB=0.00855747;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.80444e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr9 124257091 . C T 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9559;QD=57.6634;RBI=0.0624271;REFB=0;REVB=-0.0259406;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336059;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr9 124329446 . A G 303.79 PASS AF=0.596491;AO=29;DP=55;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0427335;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5806;QD=21.3187;RBI=0.0465038;REFB=-0.0256516;REVB=0.0183426;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162857;STB=0.545047;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0478872;OID=.;OPOS=124329446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:22:23:29:34:0.596491:10:19:10:12:14:20:11:12 chr9 124966449 . C T 128.87 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00920754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0159;QD=13.2176;RBI=0.0599675;REFB=-0.0105967;REVB=-0.0592564;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224101;STB=0.6314;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0344905;OID=.;OPOS=124966449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:11:13:5:10:11:13 chr9 125133479 . T C 850.63 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327218;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.574;QD=57.6698;RBI=0.0341569;REFB=0;REVB=0.00979687;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35112e-05;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr9 125239253 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.028425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.474;QD=15.8389;RBI=0.0442101;REFB=-0.02438;REVB=-0.0338608;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0191874;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:5:2:3:5:5:2 chr9 125240032 . G A 249.09 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00745039;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.279;QD=18.7993;RBI=0.0110045;REFB=-0.000523746;REVB=0.00809885;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115962;STB=0.564806;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00080159;OID=.;OPOS=125240032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:15:11:15:12:15:11 chr9 125289083 . A G 297.1 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.457;QD=49.516;RBI=0.0311955;REFB=-0.14822;REVB=0.00544371;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00261719;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:1:0:10:13:1:0 chr9 125289521 . G A 152.31 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0271923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0447;QD=40.6148;RBI=0.0366229;REFB=-0.0933759;REVB=0.024532;RO=1;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00280406;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:10:4:1:0:10:4:1:0 chr9 125315542 . C T 651.5 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.605;QD=62.0475;RBI=0.0371096;REFB=0;REVB=0.0351428;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104753;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:12:29:0:0:13:29:0:0 chr9 125315557 . T C 673.65 PASS AF=0.962264;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0284308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1895;QD=50.8415;RBI=0.0905345;REFB=-0.108074;REVB=0.0859546;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.502637;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0129633;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:53:1:2:48:51:0.962264:22:26:1:0:22:29:1:1 chr9 125315778 . G C 752.77 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1042;QD=56.8131;RBI=0.0213277;REFB=0;REVB=-0.00769969;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221397;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr9 125316033 . T C 632.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.653;QD=61.6648;RBI=0.0315958;REFB=0;REVB=0.0220688;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222377;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:33:8:0:0:33:8:0:0 chr9 125316042 . T C 648.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.897;QD=61.729;RBI=0.0246288;REFB=0;REVB=0.00707455;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36721e-05;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:33:7:0:0:34:8:0:0 chr9 125316179 . T G 665.53 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0700604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3432;QD=52.1981;RBI=0.0749821;REFB=-0.059173;REVB=0.0267181;RO=2;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408602;STB=0.520825;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00227626;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:2:2:48:49:0.960784:26:22:2:0:26:23:2:0 chr9 125316350 . C T 1386.03 PASS AF=0.978723;AO=89;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000886207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7008;QD=58.9801;RBI=0.0234699;REFB=-0.0813111;REVB=-0.0234531;RO=3;SAF=43;SAR=46;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319175;STB=0.510636;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00824299;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:3:2:89:92:0.978723:46:43:3:0:46:46:2:0 chr9 125316455 . C T 710.59 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.110221;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.639;QD=54.6604;RBI=0.111061;REFB=0.0183234;REVB=-0.0136333;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00127333;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr9 125330125 . C G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2575;QD=48.7287;RBI=0.0392749;REFB=0;REVB=-0.010582;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520899;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr9 125330184 . A C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0223;QD=43.4769;RBI=0.0606011;REFB=0;REVB=0.0495783;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758328;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 125330325 . C G 519.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.48;QD=59.3853;RBI=0.0838318;REFB=0;REVB=-0.083815;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000424209;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr9 125330678 . T G 1846.97 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=121;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0125753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9988;QD=60.064;RBI=0.0275552;REFB=-0.0783392;REVB=0.0245183;RO=1;SAF=60;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798283;STB=0.504064;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00067899;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:123:1:1:119:122:0.99187:59:60:0:1:61:61:0:1 chr9 125330739 . G A 1807.06 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139156;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2083;QD=61.2563;RBI=0.0142641;REFB=0;REVB=-0.00313392;RO=0;SAF=49;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10569e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41854e-05;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:69:49:0:0:69:49:0:0 chr9 125377087 . AA GA,GG 534.47 PASS AF=0.921053,0.0526316;AO=34,2;DP=37;FAO=35,2;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22,2;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339066,0.029655;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=68.8153,33.6028;QD=56.2598;RBI=0.0339919,0.0297018;REFB=-0.0643783,-0.0514697;REVB=0.00240646,-0.0016664;RO=1;SAF=21,2;SAR=13,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0217449,0;STB=0.511105,0.5;STBP=0.514,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00508611,-0.0140269;OID=.,.;OPOS=125377087,125377087;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:38:1:1:34,2:35,2:0.921053,0.0526316:13,0:21,2:1:0:13,0:22,2:1:0 chr9 125377505 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.063;QD=53.9083;RBI=0.0279745;REFB=0;REVB=0.0222591;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129297;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr9 125377734 . A G 139.42 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0306689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.747;QD=12.3932;RBI=0.0307186;REFB=-0.0143425;REVB=-0.00174646;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209485;STB=0.622079;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.026857;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:8:8:9:20:8:8:9:20 chr9 125378014 . T G 306.5 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.414;QD=53.3046;RBI=0.0516452;REFB=0;REVB=0.019031;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290952;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:17:6:0:0 chr9 125390874 . A C 740.79 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.895;QD=56.9839;RBI=0.032097;REFB=0;REVB=0.0245207;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36824e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:19:31:0:0:21:31:0:0 chr9 125391026 . A C 814.81 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.601;QD=57.1795;RBI=0.069713;REFB=0;REVB=0.0299504;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020376;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:52:57:1:0:50:57:1:28:22:1:0:28:29:0:0 chr9 125391127 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000249928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4045;QD=53.2749;RBI=0.0271924;REFB=0;REVB=-0.0271913;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244512;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr9 125391241 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0268912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.419;QD=18.6371;RBI=0.0335539;REFB=-0.0410382;REVB=0.0200681;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429897;STB=0.747449;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0236653;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:10:6:13:3:10:6 chr9 125391369 . A G 200.8 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0145416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4568;QD=20.5951;RBI=0.0367483;REFB=-0.0363699;REVB=-0.0337488;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688096;STB=0.536805;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0438426;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:18:19:19:20:0.512821:8:11:9:9:8:12:10:9 chr9 125391409 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.015761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.201;QD=15.2625;RBI=0.0297403;REFB=-0.0333925;REVB=-0.0252205;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135257;STB=0.578821;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0424003;OID=.;OPOS=125391409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:9:7:4:9:9:7 chr9 125424507 . A C 109.16 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0166349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7589;QD=14.0854;RBI=0.0582963;REFB=-0.0260275;REVB=-0.0558725;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.542649;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0336125;OID=.;OPOS=125424507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:7:10:7:6:7:11 chr9 125437830 . G GTT 97.61 PASS AF=0.271605;AO=18;DP=88;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0191313;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.6765;QD=4.82027;RBI=0.0621111;REFB=-0.00442494;REVB=-0.0590913;RO=64;SAF=10;SAR=8;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286348;STB=0.510973;STBP=0.929;TYPE=ins;VARB=0.0173114;OID=.;OPOS=125437831;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.271605:18:88:22:81:59:13:9:34:25:97:64:10:8:37:27 chr9 125486968 . G A 1868.28 PASS AF=0.984;AO=121;DP=123;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0462005;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.118;QD=59.7849;RBI=0.0472655;REFB=-0.161693;REVB=0.00997709;RO=2;SAF=18;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091351;STB=0.504807;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=3.38263e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:123:125:2:2:121:123:0.984:103:18:0:2:103:20:0:2 chr9 125512193 . C A 391.25 PASS AF=0.966667;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.16926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6661;QD=52.166;RBI=0.17909;REFB=-0.113771;REVB=0.0585173;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578146;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0134947;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:2:1:23:29:0.966667:15:8:0:2:17:12:0:1 chr9 125512575 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.794;QD=43.4851;RBI=0.0386245;REFB=0;REVB=0.038572;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301529;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr9 125512770 . T C 436.33 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00942334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.484;QD=54.5413;RBI=0.0597251;REFB=-0.174638;REVB=0.0589771;RO=0;SAF=1;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508191;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00562698;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:30:1:0:0:30:1:0:1 chr9 125512788 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9799;QD=62.3489;RBI=0.0551742;REFB=0;REVB=0.0532274;RO=0;SAF=4;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842423;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:38:4:0:0:39:4:0:0 chr9 125512795 . G C 698.57 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.126;QD=62.0952;RBI=0.073707;REFB=0;REVB=-0.01437;RO=0;SAF=5;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185074;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:39:5:0:0:40:5:0:0 chr9 125512826 . G A 1296.89 PASS AF=0.977273;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0021459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5483;QD=58.9495;RBI=0.0210472;REFB=-0.10562;REVB=0.0209375;RO=2;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169109;STB=0.508473;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000478653;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:86:88:2:2:83:86:0.977273:55:28:0:2:58:28:0:2 chr9 125524836 . A G 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6063;QD=56.9806;RBI=0.0138748;REFB=0;REVB=-0.0125073;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66905e-05;OID=.;OPOS=125524836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr9 125582173 . C T 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0367486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.951;QD=18.8273;RBI=0.0682064;REFB=-0.000635203;REVB=0.05746;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170758;STB=0.596603;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00101289;OID=.;OPOS=125582173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:8:14:9:11:8:14 chr9 125637471 . A T 357.49 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0196491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.223;QD=49.3083;RBI=0.0241198;REFB=-0.0930169;REVB=-0.0139885;RO=2;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071931;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00126879;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:15:12:1:1:15:12:1:1 chr9 125637483 . GA G 51.7 PASS AF=0.652174;AO=11;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.199116;FXX=0.079968;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.59246;QD=8.99091;RBI=0.199187;REFB=-0.163413;REVB=-0.00530577;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765456;STB=0.55484;STBP=0.525;TYPE=del;VARB=0.107869;OID=.;OPOS=125637484;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:11:22:15:23:8:7:8:5:3:28:6:6:5:4:2 chr9 125637648 . T C 213.94 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0298;QD=45.0405;RBI=0.0165504;REFB=-0.0375235;REVB=0.0094175;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831815;STB=0.545402;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0250264;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:1:0:13:5:1:0 chr9 125652757 . G A,T 729.27 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223802,0.0165307;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.918,93.7494;QD=56.0975;RBI=0.0255405,0.0244707;REFB=0,0;REVB=-0.0123063,0.018043;RO=0;SAF=22,2;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.15703e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00361712,0.0638334;OID=.,.;OPOS=125652757,125652757;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:28,0:22,2:0:0:28,0:22,2:0:0 chr9 125670810 . ATTTTTTTTC AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT 58.75 PASS AF=0,0.358209,0;AO=5,17,3;DP=68;FAO=0,24,0;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=0,10,0;FSAR=0,14,0;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0346387,0.0537063,-0.0282669;FXX=0.0147037;HRUN=8,8,8;LEN=1,1,2;MLLD=21.7532,7.26308,183.815;QD=3.50758;RBI=0.0576707,0.056285,0.0282675;REFB=-0.0693681,-0.128866,-0.00913911;REVB=-0.0461093,0.0168414,0.000182808;RO=35;SAF=2,7,0;SAR=3,10,3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.227271,-0.211428,-0.5713;STB=0.5,0.561352,0.5;STBP=1,0.461,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.149396,0;OID=.,.,.;OPOS=125670811,125670811,125670818;OREF=T,T,TC;OALT=A,-,CT;OMAPALT=AATTTTTTTC,ATTTTTTTC,ATTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.358209,0:5,17,3:68:0,24,0:67:43:0,10,0:0,14,0:22:21:62:35:2,7,0:3,10,3:21:14 chr9 125866104 . C T 309.82 PASS AF=0.447368;AO=32;DP=74;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0171231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.316;QD=16.3063;RBI=0.0176057;REFB=-0.0107543;REVB=0.00409387;RO=42;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186657;STB=0.597386;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0118686;OID=.;OPOS=125866104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:42:42:32:34:0.447368:21:11:22:20:22:12:22:20 chr9 126028395 . C G 808.68 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.174;QD=53.9122;RBI=0.0412694;REFB=-0.00891784;REVB=0.0331695;RO=2;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325048;STB=0.517235;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000151366;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:28:30:0:2:28:30:0:2 chr9 126125318 . C A 1474.75 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173147;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5734;QD=61.448;RBI=0.0802194;REFB=-0.0853655;REVB=0.0783285;RO=2;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251292;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:96:2:0:94:96:1:58:36:0:2:60:36:0:0 chr9 126128211 . T C 102.55 PASS AF=0.2;AO=17;DP=85;FAO=17;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0187365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.624;QD=4.82581;RBI=0.0274193;REFB=-0.0224;REVB=-0.0200189;RO=67;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132584;STB=0.574696;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0680576;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:67:68:17:17:0.2:10:7:21:46:10:7:22:46 chr9 126128253 . G C 87.66 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0378454;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.6172;QD=6.87526;RBI=0.0523501;REFB=-0.0018016;REVB=0.0361698;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401035;STB=0.744788;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00527798;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:38:39:12:12:0.235294:6:6:7:31:6:6:7:32 chr9 126129904 . C T 681.39 PASS AF=0.291536;AO=93;DP=319;FAO=93;FDP=319;FR=.;FRO=226;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=99;FSRR=127;FWDB=0.0166996;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1396;QD=8.54409;RBI=0.028484;REFB=-0.000956679;REVB=-0.0230752;RO=225;SAF=30;SAR=63;SRF=99;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152236;STB=0.587744;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00230429;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:225:226:93:93:0.291536:63:30:99:126:63:30:99:127 chr9 126131161 . G A 210.66 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00769532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.911;QD=19.1504;RBI=0.0135609;REFB=-0.0225125;REVB=-0.011166;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171704;STB=0.597281;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0186006;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:10:13:8:13:10:13 chr9 126132919 . G A 31.0 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.160623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9887;QD=12.3994;RBI=0.167124;REFB=0.00208457;REVB=0.0461583;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0193085;OID=.;OPOS=126132919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:4:0:0:5:4:1:0:5 chr9 126133497 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0264035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.313;QD=19.7021;RBI=0.0481604;REFB=-0.0155423;REVB=0.0402776;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172654;STB=0.509792;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0131011;OID=.;OPOS=126133497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:12:4:4:13:12:4 chr9 126133547 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.126;QD=40.7587;RBI=0.145717;REFB=0;REVB=0.0487916;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330148;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr9 126134542 . G A 195.25 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00858779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.197;QD=8.58237;RBI=0.00998244;REFB=-0.0157463;REVB=0.00508912;RO=65;SAF=11;SAR=15;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138294;STB=0.582215;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0497976;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:65:26:26:0.285714:15:11:35:30:15:11:35:30 chr9 126136247 . A G 417.18 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0582752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5005;QD=25.2838;RBI=0.0827416;REFB=-0.0113745;REVB=-0.0587382;RO=26;SAF=27;SAR=13;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172199;STB=0.509429;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00323651;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:13:27:17:9:13:27:17:9 chr9 126136914 . C G 311.32 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00628433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8215;QD=23.4962;RBI=0.0587122;REFB=-0.0422197;REVB=-0.0583749;RO=21;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223123;STB=0.615921;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0311895;OID=.;OPOS=126136914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:22:31:31:0.584906:22:9:12:9:22:9:12:10 chr9 126770249 . GC G,GG 2752.5 PASS AF=0.105556,0.894444;AO=21,157;DP=178;FAO=19,161;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=15,71;FSAR=4,90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480793,0.00490191;FXX=0.00552456;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=230.605,246.057;QD=61.1668;RBI=0.0294983,0.0246874;REFB=0,0;REVB=0.0291038,0.0241959;RO=0;SAF=15,69;SAR=6,88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.47484e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00387127,0.000949661;OID=.,.;OPOS=126770250,126770250;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105556,0.894444:21,157:178:19,161:180:0:15,71:4,90:0:0:30:0:15,69:6,88:0:0 chr9 126783433 . G C 1118.32 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.283;QD=58.8592;RBI=0.0292739;REFB=-0.0571263;REVB=-0.0198456;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137108;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=5.98943e-05;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:40:34:1:0:40:35:1:0 chr9 127101924 . C T 1398.14 PASS AF=0.93578;AO=101;DP=108;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0223638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5884;QD=51.308;RBI=0.0560607;REFB=-0.0345794;REVB=-0.0514069;RO=6;SAF=57;SAR=44;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426811;STB=0.517708;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00475468;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:108:109:6:7:101:102:0.93578:44:57:1:5:45:57:2:5 chr9 127113660 . A G 421.35 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000102428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.587;QD=23.4084;RBI=0.00773491;REFB=-0.00915744;REVB=0.00773423;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064238;STB=0.53318;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00580523;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:31:41:41:0.569444:19:22:18:11:19:22:19:12 chr9 127113732 . C T 187.44 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0137831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.267;QD=12.708;RBI=0.0226324;REFB=-0.018129;REVB=-0.0179514;RO=36;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18609;STB=0.616639;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0139593;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:36:22:23:0.389831:9:13:15:21:9:14:15:21 chr9 127114323 . G C 327.29 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0110517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.009;QD=20.4553;RBI=0.0209695;REFB=-0.0255736;REVB=-0.0178208;RO=29;SAF=22;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113477;STB=0.556386;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.020245;OID=.;OPOS=127114323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:34:34:0.53125:12:22:15:14:12:22:16:14 chr9 127214450 . C T 506.27 PASS AF=0.594937;AO=37;DP=75;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0118045;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=211.498;QD=25.6338;RBI=0.0222053;REFB=-0.0225903;REVB=-0.0188077;RO=20;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139559;STB=0.516956;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.014071;OID=.;OPOS=127214450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:20:32:37:47:0.594937:16:21:7:13:24:23:17:15 chr9 127216839 . C T 837.87 PASS AF=0.553191;AO=78;DP=141;FAO=78;FDP=141;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0200967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1075;QD=23.7694;RBI=0.0331124;REFB=0.00294386;REVB=0.0263164;RO=60;SAF=25;SAR=53;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140383;STB=0.5899;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00311692;OID=.;OPOS=127216839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:60:63:78:78:0.553191:53:25:29:31:53:25:32:31 chr9 127228596 . A G 105.57 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0128494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.869;QD=11.4129;RBI=0.0133077;REFB=-0.00684633;REVB=-0.00346237;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250481;STB=0.630956;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0155508;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:16:7:7:6:16:8 chr9 127230891 . G A 1185.92 PASS AF=0.911111;AO=82;DP=90;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.028829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.826;QD=52.7074;RBI=0.0412602;REFB=-0.154372;REVB=-0.0295177;RO=8;SAF=29;SAR=53;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927905;STB=0.549211;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0065113;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:90:90:8:8:82:82:0.911111:53:29:7:1:53:29:7:1 chr9 127231774 . C G 323.37 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0632;QD=53.895;RBI=0.0935372;REFB=0;REVB=0.0716431;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376298;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:7:16:1:0:7:17:0:0 chr9 127369679 . C T 536.38 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0950608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.15;QD=59.5982;RBI=0.0952488;REFB=0;REVB=-0.00598113;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332613;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr9 127563364 . G A 246.69 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.056411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.599;QD=46.9888;RBI=0.0992299;REFB=-0.169401;REVB=0.0816356;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00516833;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr9 127566378 . A C,G 614.79 PASS AF=0.121951,0.878049;AO=5,36;DP=42;FAO=5,36;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=5,27;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041027,-0.000971356;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.737,122.952;QD=59.9799;RBI=0.0121297,0.0269008;REFB=0,0;REVB=0.0114148,-0.0268833;RO=0;SAF=5,27;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0664073,-0.0129459;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:42:41:0:0:5,36:5,36:0.121951,0.878049:0,9:5,27:0:0:0,9:5,27:0:0 chr9 127616537 . A G 73.33 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.118239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6566;QD=10.1147;RBI=0.127982;REFB=-0.0481452;REVB=-0.0489772;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396837;STB=0.741262;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0765499;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:29:14:19:10:10:0.344828:7:3:10:4:7:3:13:6 chr9 127618839 . C G 482.83 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1004;QD=58.5253;RBI=0.0398804;REFB=0;REVB=-0.00784607;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640982;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr9 127661645 . G A 491.44 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00280011;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4978;QD=24.8832;RBI=0.0148579;REFB=-0.0167036;REVB=-0.0145916;RO=33;SAF=25;SAR=21;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113699;STB=0.562233;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0143603;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:33:33:46:46:0.582278:21:25:13:20:21:25:13:20 chr9 127674200 . A C,T 756.99 PASS AF=0.94,0.04;AO=46,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15,2;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168299,0.008834;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=146.517,88.2758;QD=60.5591;RBI=0.0407613,0.0307269;REFB=-0.026737,0.0993914;REVB=0.0371246,0.0294296;RO=1;SAF=15,2;SAR=31,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.014927,0.697199;STB=0.507689,0.993266;STBP=0.601,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=0.000480493,0.103369;OID=.,.;OPOS=127674200,127674200;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:50:50:1:1:46,2:47,2:0.94,0.04:31,0:15,2:0:1:32,0:15,2:0:1 chr9 127951863 . G A 262.94 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5402;QD=47.8073;RBI=0.0473422;REFB=-0.0227022;REVB=0.0415935;RO=1;SAF=19;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023693;STB=0.512808;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00226508;OID=.;OPOS=127951863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:2:19:1:0:2:19:1:0 chr9 127962916 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.916;QD=59.8377;RBI=0.0393413;REFB=0;REVB=0.0371011;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194932;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr9 128072273 . G C 638.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373173;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7224;QD=62.2881;RBI=0.0376259;REFB=0;REVB=0.00480874;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112685;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr9 128074807 . T C 754.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8616;QD=56.9245;RBI=0.0576189;REFB=0;REVB=-0.0510526;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103519;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr9 128246786 . G A 388.57 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00836829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.082;QD=31.7201;RBI=0.00839155;REFB=-0.0221099;REVB=0.000624311;RO=17;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957875;STB=0.552397;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00813303;OID=.;OPOS=128246786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:17:17:32:32:0.653061:14:18:7:10:14:18:7:10 chr9 128728459 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0456355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.399;QD=12.7388;RBI=0.0465436;REFB=-0.00523291;REVB=-0.00914948;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164675;STB=0.666171;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00184453;OID=.;OPOS=128728459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:7:1:2:7:7:1:3:7 chr9 129265715 . C G 1190.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0827;QD=61.0762;RBI=0.107545;REFB=0;REVB=0.105078;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640887;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:40:38:0:0 chr9 129453229 . A G 449.97 PASS AF=0.555556;AO=43;DP=78;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.582;QD=22.2209;RBI=0.034336;REFB=-0.0386909;REVB=0.00305358;RO=34;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381091;STB=0.502531;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0322664;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:34:36:43:45:0.555556:26:17:15:19:26:19:15:21 chr9 129455587 . G C 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0110539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.669;QD=31.2416;RBI=0.0110843;REFB=-0.00934951;REVB=-0.000819721;RO=4;SAF=4;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176474;STB=0.50979;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00523091;OID=.;OPOS=129455587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:10:4:1:3:10:4:1:3 chr9 129460914 . A G 232.69 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0323315;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.652;QD=23.2692;RBI=0.0461358;REFB=-0.0242796;REVB=-0.0329118;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248172;STB=0.63827;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.01909;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:9:13:5:13:9:13:5:13 chr9 129595895 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.654;QD=52.6132;RBI=0.032464;REFB=0;REVB=0.0159693;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189729;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr9 129643296 . G T 120.32 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000403868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.175;QD=24.0647;RBI=0.029121;REFB=-0.0109686;REVB=-0.0291182;RO=6;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167666;STB=0.509077;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0123338;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:6:7:13:13:0.65:9:4:2:4:9:4:2:5 chr9 129645251 . C T 362.24 PASS AF=0.580645;AO=36;DP=62;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0105093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.649;QD=23.3701;RBI=0.0160358;REFB=-0.0185671;REVB=0.0121121;RO=26;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088005;STB=0.54836;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.013591;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:26:36:36:0.580645:18:18:16:10:18:18:16:10 chr9 129646734 . TTTG T 140.38 PASS AF=0.308511;AO=24;DP=83;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0154821;FXX=0.0504999;HRUN=6;LEN=3;MLLD=223.188;QD=5.97361;RBI=0.0319716;REFB=0.000579933;REVB=0.027973;RO=22;SAF=5;SAR=19;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.566667;SSSB=0.035195;STB=0.653412;STBP=0.081;TYPE=del;VARB=-0.00119057;OID=.;OPOS=129646735;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.308511:24:83:29:94:65:6:23:25:40:99:22:5:19:4:18 chr9 129646762 . AGTTTTTTTTTTTA AGTTTTTTTTTTTG,TAGTTTTTTTTTTG 482.04 PASS AF=0.709677,0;AO=16,4;DP=68;FAO=44,0;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13,0;FSAR=31,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00016275,-0.00343499;FXX=0.0746157;HRUN=3,1;LEN=1,14;MLLD=138.44,131.098;QD=31.0993;RBI=0.0182116,0.016867;REFB=-0.0186951,-0.0168235;REVB=0.0182108,0.0165135;RO=10;SAF=3,3;SAR=13,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.115355,0.457083;STB=0.506192,0.5;STBP=0.9,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00770537,0;OID=.,.;OPOS=129646775,129646762;OREF=A,AGTTTTTTTTTTTA;OALT=G,TAGTTTTTTTTTTG;OMAPALT=AGTTTTTTTTTTTG,TAGTTTTTTTTTTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:68:62:10:18:16,4:44,0:0.709677,0:13,1:3,3:3:7:31,0:13,0:5:13 chr9 129752239 . C T 289.22 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0449415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.505;QD=18.9649;RBI=0.0461432;REFB=-0.031152;REVB=0.0104618;RO=30;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142313;STB=0.507931;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0263582;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:16:15:15:15:16:15:15:15 chr9 129831659 . T A 573.13 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00283526;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=215.479;QD=46.7861;RBI=0.00629938;REFB=-0.141316;REVB=0.00562526;RO=7;SAF=16;SAR=25;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300901;STB=0.524301;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00141654;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:49:7:8:41:41:0.836735:25:16:2:5:25:16:2:6 chr9 129853997 . T C 203.27 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00942461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.97;QD=10.6983;RBI=0.00942902;REFB=-0.0114426;REVB=0.000288349;RO=50;SAF=12;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133341;STB=0.577406;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0147036;OID=.;OPOS=129853997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:14:12:29:21:14:12:29:21 chr9 129854199 . G A 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0592389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.722;QD=14.6683;RBI=0.0593048;REFB=0.00207677;REVB=-0.00279432;RO=31;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226173;STB=0.624883;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00245125;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:20:4:10:21:20:4:10:22 chr9 130259618 . A C 296.45 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0124791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1788;QD=28.9222;RBI=0.0666948;REFB=0.0281661;REVB=-0.065517;RO=15;SAF=8;SAR=18;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873654;STB=0.54791;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0162078;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:18:8:3:12:18:8:3:12 chr9 130341253 . A G 296.57 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8779;QD=51.5768;RBI=0.103915;REFB=0;REVB=0.0196863;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388076;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:21:1:0:0:21:2:0:0 chr9 130475011 . T C 278.76 PASS AF=0.395062;AO=33;DP=82;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.041648;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6266;QD=13.766;RBI=0.0630483;REFB=0.0101597;REVB=0.0473342;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11225;STB=0.574014;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0117164;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:49:33:32:0.395062:17:16:29:20:17:15:29:20 chr9 130475442 . A C 580.62 PASS AF=0.487805;AO=60;DP=123;FAO=60;FDP=123;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.00533894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5709;QD=18.8818;RBI=0.00534258;REFB=-0.00185587;REVB=-0.000197129;RO=61;SAF=31;SAR=29;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00773303;STB=0.512601;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00163941;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:61:63:60:60:0.487805:29:31:31:30:29:31:31:32 chr9 130477768 . G A 122.94 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0186294;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.836;QD=14.9023;RBI=0.0235103;REFB=-0.00774438;REVB=-0.0143415;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291127;STB=0.666455;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.013641;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:4:15:7:7:4:15 chr9 130489558 . A G 246.7 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0256461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.109;QD=11.3423;RBI=0.0390847;REFB=-0.00248451;REVB=-0.0294939;RO=55;SAF=21;SAR=9;SRF=39;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121959;STB=0.512187;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00370301;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:57:30:30:0.344828:9:21:39:16:9:21:39:18 chr9 130489743 . A G 61.65 PASS AF=0.236842;AO=10;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.00872289;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.24;QD=6.4895;RBI=0.00977876;REFB=-0.00647039;REVB=-0.00441988;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191246;STB=0.651895;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0231076;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:39:38:28:29:10:9:0.236842:7:3:5:23:6:3:5:24 chr9 130493513 . A G 199.36 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0104045;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.291;QD=18.5453;RBI=0.0815483;REFB=-0.0472317;REVB=-0.0808818;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271507;STB=0.519978;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0438804;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:15:20:18:18:0.418605:6:12:14:1:6:12:14:6 chr9 130494811 . T C 276.01 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0236392;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.518;QD=14.9192;RBI=0.0322764;REFB=-0.0212638;REVB=-0.0219762;RO=42;SAF=15;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00781075;STB=0.502616;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0377169;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:42:43:31:31:0.418919:16:15:20:22:16:15:21:22 chr9 130494957 . T C 1549.6 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.699;QD=59.5999;RBI=0.0302264;REFB=0;REVB=0.0293719;RO=0;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04638e-05;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:103:104:1:58:45:0:0:59:45:0:0 chr9 130495627 . GCCCCCCCA GCCCCCCAC,GCCCCCGCA 170.04 PASS AF=0,0.384615;AO=2,14;DP=52;FAO=0,20;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=0,6;FSAR=0,14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0856567,-0.0135026;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=18.7283,220.846;QD=13.08;RBI=0.0997394,0.029463;REFB=-0.11104,-0.0217873;REVB=-0.0510968,0.0261868;RO=18;SAF=1,6;SAR=1,8;SRF=15;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.391293,-0.383039;STB=0.5,0.73112;STBP=1,0.008;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0736655,0.0145238;OID=.,.;OPOS=130495634,130495633;OREF=CA,C;OALT=AC,G;OMAPALT=GCCCCCCAC,GCCCCCGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.384615:2,14:52:0,20:52:32:0,6:0,14:22:10:99:18:1,6:1,8:15:3 chr9 130504070 . G A 282.17 PASS AF=0.268966;AO=39;DP=145;FAO=39;FDP=145;FR=.;FRO=106;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=64;FWDB=0.0167232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.404;QD=7.78397;RBI=0.0178922;REFB=-0.0121397;REVB=-0.00636122;RO=106;SAF=23;SAR=16;SRF=42;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234517;STB=0.63882;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0312552;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:106:106:39:39:0.268966:16:23:42:64:16:23:42:64 chr9 130507033 . TCCCCT TCCC,TCCCGT,TCCCT 144.4 PASS AF=0,0.0204082,0.469388;AO=5,2,18;DP=49;FAO=0,1,23;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=0,0,20;FSAR=0,1,3;FSRF=1;FSRR=24;FWDB=-0.189659,-0.0645732,-0.0593905;FXX=0.019996;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=25.5617,45.9427,14.5817;QD=11.7874;RBI=0.220783,0.0660318,0.0980424;REFB=-0.00950031,-0.00192648,-0.0559217;REVB=-0.113025,-0.0138021,-0.078007;RO=22;SAF=5,0,14;SAR=0,2,4;SRF=1;SRR=21;SSEN=0.5,0,0.5;SSEP=0,0,0;SSSB=0.84895,-0.359438,0.631927;STB=0.5,0.981046,0.895212;STBP=1,0.597,0;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.0722117,0.0525233;OID=.,.,.;OPOS=130507037,130507037,130507034;OREF=CT,C,C;OALT=-,G,-;OMAPALT=TCCC,TCCCGT,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0204082,0.469388:5,2,18:49:0,1,23:49:25:0,0,20:0,1,3:1:24:99:22:5,0,14:0,2,4:1:21 chr9 130536717 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00252454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.89;QD=24.8187;RBI=0.0342881;REFB=-0.0319392;REVB=0.034195;RO=18;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131436;STB=0.573465;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0205703;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:18:6:7:11:18:6:7:11 chr9 130586621 . C G 182.32 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0364395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6806;QD=11.5757;RBI=0.0433969;REFB=-0.0246819;REVB=0.0235681;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238243;STB=0.5138;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0464594;OID=.;OPOS=130586621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:20:20:11:12:20:20 chr9 130630639 . A G 1432.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.682;QD=62.9449;RBI=0.140509;REFB=0;REVB=0.140378;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206326;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:84:91:0:0:84:91:1:38:46:0:0:45:46:0:0 chr9 130635699 . CG C 34.1 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.128014;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2758;QD=7.57856;RBI=0.235282;REFB=0.0626008;REVB=0.197409;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69933;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=del;VARB=-0.0200647;OID=.;OPOS=130635700;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:5:18:7:18:11:2:5:4:7:34:9:0:5:3:6 chr9 130647583 . T C 1015.64 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0338795;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2014;QD=58.0366;RBI=0.0634039;REFB=0.00486354;REVB=-0.0535933;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00122074;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:68:69:0.985714:38:30:0:0:38:31:0:1 chr9 130648680 . G A 306.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000805094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.083;QD=53.2411;RBI=0.108318;REFB=0;REVB=0.108315;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128574;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr9 130670310 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.384;QD=40.7629;RBI=0.0390243;REFB=0;REVB=0.0385661;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178299;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr9 130674667 . C T 224.38 PASS AF=0.261905;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=126;FR=.;FRO=93;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=52;FWDB=0.0298357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2757;QD=7.12328;RBI=0.0458825;REFB=-0.0206126;REVB=-0.0348574;RO=91;SAF=10;SAR=23;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193419;STB=0.609915;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0640905;OID=.;OPOS=130674667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:91:93:33:33:0.261905:23:10:41:50:23:10:41:52 chr9 130677112 . G A 124.54 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0127598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.874;QD=17.7922;RBI=0.0393457;REFB=-0.0254262;REVB=0.0372192;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2801;STB=0.642669;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0205536;OID=.;OPOS=130677112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:14:13:14:0.5:7:6:2:11:7:7:3:11 chr9 130690412 . G C 556.45 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.311;QD=60.157;RBI=0.034193;REFB=0;REVB=0.0321566;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63588e-05;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr9 130698029 . G C 304.28 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00716993;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.028;QD=16.9046;RBI=0.0208756;REFB=-0.034654;REVB=0.0196057;RO=38;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183702;STB=0.503814;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0330601;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:39:33:33:0.458333:15:18:20:18:15:18:21:18 chr9 130698043 . A G 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.291;QD=60.1959;RBI=0.0744355;REFB=0;REVB=0.0566262;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257236;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr9 130698845 . C T 262.09 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0241149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.273;QD=25.5702;RBI=0.0278928;REFB=-0.0524393;REVB=-0.0140172;RO=17;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538627;STB=0.52995;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0342238;OID=.;OPOS=130698845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:17:7:6:11:17:7:6:11 chr9 130703789 . G A 90.31 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0323403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3213;QD=8.0279;RBI=0.0653878;REFB=-0.0105538;REVB=0.0568302;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196392;STB=0.644224;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0399968;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:30:33:12:12:0.266667:6:6:10:20:6:6:10:23 chr9 130703852 . A AAAC 201.4 PASS AF=1;AO=9;DP=22;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674492;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=244.939;QD=47.3876;RBI=0.0706976;REFB=0;REVB=0.0211838;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119999;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000726707;OID=.;OPOS=130703853;OREF=-;OALT=AAC;OMAPALT=AAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:22:17:17:0:6:11:0:0:4:11:3:6:5:6 chr9 130707081 . A G 208.63 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0139053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.832;QD=13.6809;RBI=0.0267397;REFB=-0.0140948;REVB=-0.0228397;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036853;STB=0.521036;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.022807;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:20:16:12:13:20:16 chr9 130829039 . A G 482.89 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.633;QD=58.5315;RBI=0.0225596;REFB=0;REVB=-0.0160131;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02589e-07;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr9 130860866 . T C 888.82 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052277;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.637;QD=58.283;RBI=0.0149209;REFB=0;REVB=0.0139752;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77822e-06;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr9 130864676 . T C 777.08 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5783;QD=62.1666;RBI=0.0372484;REFB=-0.0327593;REVB=0.0322818;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788154;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:1:0:49:50:1:22:27:0:1:23:27:0:0 chr9 130869499 . A T 812.4 PASS AF=1;AO=39;DP=60;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168032;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9757;QD=58.0288;RBI=0.0186417;REFB=0;REVB=0.00807257;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000330441;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:56:0:0:39:56:1:24:15:0:0:35:21:0:0 chr9 130883511 . C T 2246.3 PASS AF=0.993377;AO=148;DP=150;FAO=150;FDP=151;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.06;QD=59.5046;RBI=0.0465649;REFB=-0.100851;REVB=0.0190702;RO=1;SAF=65;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726089;STB=0.502994;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000388224;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:151:1:1:148:150:0.993377:83:65:1:0:83:67:0:1 chr9 130941259 . G T 278.79 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0051851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.918;QD=21.8661;RBI=0.0180572;REFB=-0.0214628;REVB=0.0172967;RO=23;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360706;STB=0.519986;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0174361;OID=.;OPOS=130941259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:21:7:5:18:21:7:5:18 chr9 130984755 . C T 753.83 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.718;QD=61.5375;RBI=0.0422967;REFB=0.131471;REVB=0.0386997;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000804374;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:18:30:1:0:18:30:1:0 chr9 131085358 . C G 33.54 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0216105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.948;QD=3.43973;RBI=0.0475229;REFB=-0.0111314;REVB=-0.0423251;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544572;STB=0.865037;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0547036;OID=.;OPOS=131085358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:39:32:33:6:6:0.153846:1:5:11:21:1:5:12:21 chr9 131085373 . G C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00886337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.54;QD=55.0097;RBI=0.0108661;REFB=-0.0280506;REVB=-0.00628587;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00100371;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:22:10:1:0:22:10:1:0 chr9 131235321 . A G 302.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.589;QD=52.6051;RBI=0.0299857;REFB=0;REVB=0.0109114;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83749e-05;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:14:7:0:0:16:7:0:0 chr9 131247176 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0572739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.8877;QD=9.44142;RBI=0.0628884;REFB=-0.0251688;REVB=0.0259742;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568762;STB=0.535589;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0316019;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:5:1:2:8:5:1:2:8 chr9 131285955 . A G 260.57 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=18;FWDB=-0.0140689;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.232;QD=11.9801;RBI=0.0253051;REFB=-0.00281028;REVB=-0.0210336;RO=53;SAF=13;SAR=18;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26012;STB=0.662239;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00411217;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:53:56:31:31:0.356322:18:13:35:18:18:13:38:18 chr9 131346218 . A C 1172.72 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.656;QD=60.9203;RBI=0.0175892;REFB=0;REVB=0.00909922;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45655e-05;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:36:38:0:0:39:38:0:0 chr9 131360750 . C A,T 743.59 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,50;DP=52;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00976832,-0.0111772;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.914,168.436;QD=56.1196;RBI=0.0523377,0.0606675;REFB=0,0;REVB=0.051418,0.059629;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.062501,-0.000358172;OID=.,.;OPOS=131360750,131360750;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:53:0:0:2,50:2,51:0.0377358,0.962264:1,27:1,23:0:0:1,28:1,23:0:0 chr9 131375701 . A G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8077;QD=61.6793;RBI=0.0265198;REFB=0;REVB=0.00231417;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188206;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr9 131379967 . C T 641.85 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.144;QD=61.1282;RBI=0.0477007;REFB=0;REVB=0.00754209;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138583;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr9 131397479 . G A 2098.23 PASS AF=0.978417;AO=135;DP=138;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0137844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.049;QD=60.3809;RBI=0.0170194;REFB=-0.131192;REVB=0.00998252;RO=2;SAF=59;SAR=76;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123441;STB=0.502208;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000416932;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:138:139:2:3:135:136:0.978417:76:59:0:2:77:59:1:2 chr9 131398636 . C T 737.86 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.045;QD=56.7584;RBI=0.0510307;REFB=0;REVB=0.00525141;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300518;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:28:23:0:0:29:23:0:0 chr9 131403096 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.16;QD=58.5865;RBI=0.0170317;REFB=0;REVB=0.0168271;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91945e-05;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr9 131465167 . A G 573.08 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0937941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6226;QD=55.9103;RBI=0.0945567;REFB=0.143584;REVB=0.0119844;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360381;STB=0.519221;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0360237;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:25:14:0:2:25:14:0:2 chr9 131479023 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.677;QD=56.7062;RBI=0.0263931;REFB=0;REVB=0.018647;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182606;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr9 131482008 . G A 278.51 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00745401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.382;QD=13.9255;RBI=0.0203057;REFB=-0.0106144;REVB=0.0188881;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329746;STB=0.518768;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0170251;OID=.;OPOS=131482008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:48:32:32:0.4:15:17:24:24:15:17:24:24 chr9 131483749 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.32;QD=53.2769;RBI=0.0252966;REFB=0;REVB=-0.0143203;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55335e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr9 131492850 . T C 288.61 PASS AF=1;AO=17;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.052;QD=52.474;RBI=0.0648372;REFB=0;REVB=-0.00958577;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312574;OID=.;OPOS=131492850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:17:22:1:5:12:0:0:5:17:0:0 chr9 131515547 . G T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.000909417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100;QD=19.9927;RBI=0.0413308;REFB=-0.0153888;REVB=-0.0413208;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145295;STB=0.508189;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0194414;OID=.;OPOS=131515547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:7:15:16:7:7:15:16:7 chr9 131565554 . T C 412.95 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.036194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6145;QD=24.2914;RBI=0.0384252;REFB=-0.0513097;REVB=0.0129031;RO=28;SAF=29;SAR=11;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589589;STB=0.532242;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0304978;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:11:29:22:6:11:29:22:6 chr9 131570274 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0265404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.105;QD=15.8818;RBI=0.0267502;REFB=-0.024097;REVB=0.003343;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.646773;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0239687;OID=.;OPOS=131570274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:7:3:6:4:7:3 chr9 131585069 . A G 47.9 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0637401;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.458;QD=10.0836;RBI=0.0642455;REFB=0.00524468;REVB=-0.00804266;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453553;STB=0.773931;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00631604;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:9:3:5:2:9:3 chr9 131586374 . G A 209.43 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0648433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1253;QD=18.6163;RBI=0.065089;REFB=-0.0187213;REVB=0.0056505;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181521;STB=0.615272;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0192629;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:14:7:12:11:14:7:13:11 chr9 131588652 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.218;QD=55.6504;RBI=0.0583739;REFB=0;REVB=-0.0146288;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434319;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr9 131588888 . G C 166.06 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0230315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0522;QD=22.1419;RBI=0.0386104;REFB=-0.00461093;REVB=-0.030989;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338333;STB=0.705432;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000819615;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:16:17:0.566667:6:10:2:10:6:11:2:11 chr9 131670457 . T C 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0141904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.427;QD=31.6306;RBI=0.0215793;REFB=-0.0229696;REVB=-0.0162572;RO=13;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111215;STB=0.560741;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00723055;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:16:11:3:10:16:11:3:10 chr9 131679809 . A G 360.46 PASS AF=0.351562;AO=44;DP=127;FAO=45;FDP=128;FR=.;FRO=83;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=0.030148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6764;QD=11.2642;RBI=0.0381258;REFB=0.0022598;REVB=-0.0233383;RO=81;SAF=26;SAR=18;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968594;STB=0.561877;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00304535;OID=.;OPOS=131679809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:81:83:44:45:0.351562:18:26:41:40:18:27:42:41 chr9 131830567 . G A 330.8 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0485201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.253;QD=25.4461;RBI=0.0500772;REFB=-0.0319148;REVB=0.0123907;RO=20;SAF=23;SAR=9;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135946;STB=0.574951;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0253401;OID=.;OPOS=131830567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:9:23:11:9:9:23:11:9 chr9 131860901 . G T 979.35 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0208431;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.99;QD=55.1745;RBI=0.0251222;REFB=-0.161777;REVB=0.0140245;RO=3;SAF=33;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014475;STB=0.500204;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000999319;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:71:71:3:2:68:69:0.971831:35:33:2:1:35:34:1:1 chr9 131909736 . C T 510.71 PASS AF=0.652778;AO=45;DP=71;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0932798;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1863;QD=28.373;RBI=0.0933615;REFB=-0.00947925;REVB=-0.0039045;RO=24;SAF=19;SAR=26;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772329;STB=0.554931;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00639738;OID=.;OPOS=131909736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:24:25:45:47:0.652778:26:19:13:11:28:19:14:11 chr9 132400480 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.674;QD=42.1826;RBI=0.0443037;REFB=0;REVB=0.0416988;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296475;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr9 132402908 . C G 1152.05 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00926265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6223;QD=59.0797;RBI=0.0627872;REFB=-0.121184;REVB=0.0621002;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00168794;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:35:41:0:0:36:41:0:1 chr9 132573536 . G T 740.74 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383395;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7757;QD=56.9802;RBI=0.0476501;REFB=0;REVB=-0.0282952;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.55786e-05;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr9 132585058 . G A 1476.67 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.685;QD=62.1754;RBI=0.0433501;REFB=-0.107442;REVB=0.0333922;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000211406;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:55:39:0:0:55:39:1:0 chr9 132591372 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.431;QD=47.8221;RBI=0.0420463;REFB=0;REVB=-0.0401384;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001266;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 132591425 . C T 400.52 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0380971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6277;QD=53.4027;RBI=0.137565;REFB=-0.0732978;REVB=0.132184;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0131786;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:12:16:1:0:13:16:1:0 chr9 132591509 . A G 271.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5992;QD=49.4377;RBI=0.150392;REFB=0;REVB=0.0850393;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105064;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:11:11:0:0 chr9 132597021 . C T 5390.22 PASS AF=0.991453;AO=348;DP=351;FAO=348;FDP=351;FR=.;FRO=3;FSAF=115;FSAR=233;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0472896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0772;QD=61.427;RBI=0.0476697;REFB=-0.123419;REVB=0.00600757;RO=3;SAF=115;SAR=233;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.29537e-05;STB=0.500028;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00101871;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:351:351:3:3:348:348:0.991453:233:115:1:2:233:115:1:2 chr9 132618578 . T C 788.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.562;QD=64.3387;RBI=0.0680598;REFB=0;REVB=0.0013518;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127659;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:30:15:0:0:30:19:0:0 chr9 132620364 . T C 449.78 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0325265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.088;QD=54.5182;RBI=0.0325271;REFB=-0.15715;REVB=-0.000200845;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00140257;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:16:16:0:0:16:16:0:1 chr9 132623293 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.458;QD=40.7617;RBI=0.0703511;REFB=0;REVB=0.0703511;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110482;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr9 132623868 . T C 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2315;QD=57.2345;RBI=0.0259977;REFB=0;REVB=0.0224503;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207854;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr9 132631680 . T C 416.86 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388369;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.082;QD=57.4984;RBI=0.0503074;REFB=0;REVB=0.031977;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82973e-06;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr9 132636031 . A G 497.12 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.029;QD=58.4841;RBI=0.0995202;REFB=0;REVB=0.00133043;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709862;OID=.;OPOS=132636031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:31:34:1:16:15:0:0:16:18:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 435.7 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=28,3;DP=32;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154974,-0.070885;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=133.516,105.472;QD=56.2192;RBI=0.0513247,0.0810038;REFB=0,0;REVB=0.0513013,0.0392037;RO=0;SAF=14,3;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00078342,0.135828;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:32:31:0:0:28,3:29,2:0.935484,0.0645161:14,0:14,3:0:0:14,0:15,2:0:0 chr9 132637712 . G A 289.36 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.026126;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.882;QD=44.5165;RBI=0.0679738;REFB=-0.113949;REVB=0.0627524;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.548346;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00280834;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:26:1:3:23:23:0.884615:9:14:1:0:9:14:3:0 chr9 132649662 . A G,T 691.52 PASS AF=0.87234,0.106383;AO=41,5;DP=47;FAO=41,5;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25,4;FSAR=16,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00579357,0.00543379;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.038,149.397;QD=58.8528;RBI=0.0119101,0.0230232;REFB=-0.0110486,0.177824;REVB=0.010406,0.0223727;RO=0;SAF=25,4;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.1719e-08,0;STB=0.509799,0.555346;STBP=0.525,0.649;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00216737,0.0226428;OID=.,.;OPOS=132649662,132649662;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:47:47:0:1:41,5:41,5:0.87234,0.106383:16,1:25,4:0:0:16,1:25,4:1:0 chr9 132686186 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00883301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.353;QD=62.9818;RBI=0.0213875;REFB=0;REVB=0.0194783;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00541e-05;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:33:11:0:0:33:12:0:0 chr9 132872686 . A G 594.9 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.797;QD=61.015;RBI=0.0593401;REFB=0;REVB=0.027622;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104922;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 866.63 PASS AF=0.866667;AO=58;DP=79;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000711597;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=3;MLLD=218.759;QD=46.2205;RBI=0.0496991;REFB=-0.06294;REVB=0.049694;RO=14;SAF=30;SAR=28;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457847;STB=0.52566;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.00760327;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:58:79:65:75:10:33:32:7:3:49:14:30:28:9:5 chr9 132988709 . T G 204.89 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00349963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7885;QD=12.4173;RBI=0.0131671;REFB=-0.0162084;REVB=0.0126935;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276655;STB=0.52498;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0339915;OID=.;OPOS=132988709;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:25:25:0.378788:10:15:23:17:10:15:23:18 chr9 132998827 . CTTTTTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTTTTTT,TTTTTTTTTTTTTTTTT 36.84 PASS AF=0.771429,0.0571429,0,0.0571429;AO=8,2,5,2;DP=35;FAO=27,2,0,2;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=17,1,0,1;FSAR=10,1,0,1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.453337,0.266228,-0.453337,0.0203642;FXX=0;HRUN=16,16,16,1;LEN=1,1,1,1;MLLD=2.35322,14.453,2.76712,153.091;QD=4.21031;RBI=0.488654,0.277041,0.488654,0.0443672;REFB=1.91764e-05,-0.0114946,-1.91464e-05,-0.00129529;REVB=-0.182395,-0.076643,0.182395,0.0394176;RO=10;SAF=7,1,3,1;SAR=1,1,2,1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.45078,0,0.105052,0;STB=0.516784,0.665181,0.5,0.665181;STBP=0.693,0.723,1,0.723;TYPE=del,snp,ins,snp;VARB=0.247679,-0.0250261,-0.245954,0.0035006;OID=.,.,.,.;OPOS=132998828,132998843,132998828,132998827;OREF=T,T,-,C;OALT=-,A,T,T;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTTTTA,CTTTTTTTTTTTTTTTTT,TTTTTTTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/4:12:35:35:10:4:8,2,5,2:27,2,0,2:0.771429,0.0571429,0,0.0571429:1,1,2,1:7,1,3,1:5:5:10,1,0,1:17,1,0,1:3:1 chr9 133048501 . G A 792.11 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431854;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.939;QD=55.5865;RBI=0.0433177;REFB=-0.0717154;REVB=-0.00338286;RO=1;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145046;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00439628;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:1:1:55:56:0.982456:23:32:1:0:24:32:1:0 chr9 133260082 . G A 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0360125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8413;QD=25.7092;RBI=0.0394674;REFB=-0.0431662;REVB=-0.0161485;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207161;STB=0.615828;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0103583;OID=.;OPOS=133260082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:1:5:6:7:1:5 chr9 133284310 . G A 184.71 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0973732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.457;QD=26.3873;RBI=0.0980257;REFB=-0.0120794;REVB=-0.0112913;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258674;STB=0.642711;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0143909;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:1:9:9:9:1:9 chr9 133294244 . G A 284.39 PASS AF=0.563636;AO=28;DP=52;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.018552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.382;QD=20.6832;RBI=0.0361662;REFB=-0.054388;REVB=0.0310454;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441759;STB=0.543298;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0444505;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:22:24:28:31:0.563636:15:13:9:13:15:16:10:14 chr9 133294288 . G A 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0152514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.03;QD=20.0183;RBI=0.0175172;REFB=-0.0144502;REVB=0.00861657;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2246;STB=0.627306;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0126976;OID=.;OPOS=133294288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:12:6:10:7:12:6:10:7 chr9 133302769 . GC G 58.0 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0335075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.395;QD=7.73275;RBI=0.10057;REFB=-0.0822072;REVB=0.0948239;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473986;STB=0.719671;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.134559;OID=.;OPOS=133302770;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:12:30:13:30:17:4:9:12:5:57:16:3:9:12:4 chr9 133305012 . G A 240.32 PASS AF=0.3125;AO=30;DP=96;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.00561485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.154;QD=10.0132;RBI=0.00587575;REFB=-0.0143857;REVB=-0.00173147;RO=66;SAF=11;SAR=19;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32554;STB=0.689396;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0203195;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:66:30:30:0.3125:19:11:43:23:19:11:43:23 chr9 133346920 . A G 1271.38 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658148;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.118;QD=62.0183;RBI=0.0666765;REFB=0;REVB=-0.010685;RO=0;SAF=21;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06518e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61784e-05;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:0:0:82:82:1:61:21:0:0:61:21:0:0 chr9 133553993 . C T 830.96 PASS AF=0.968254;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0115509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.2445;QD=52.7595;RBI=0.0358645;REFB=-0.0951001;REVB=-0.0339535;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.502954;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00105888;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:59:61:0.968254:25:34:0:1:25:36:1:1 chr9 133558282 . A G 940.69 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296591;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.093;QD=58.7932;RBI=0.0296597;REFB=0;REVB=-0.000185877;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52949e-05;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr9 133710804 . T C 772.74 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=6.87659e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.555;QD=61.8192;RBI=0.0400785;REFB=-0.200599;REVB=0.0400785;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00047813;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:17:32:0:0:17:32:1:0 chr9 133710819 . T C,TC 1244.27 PASS AF=0.0119048,0.988095;AO=4,81;DP=85;FAO=1,83;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=1,51;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611711,0.0532388;FXX=0.0232531;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=16.8259,36.8748;QD=59.2511;RBI=0.0323664,0.0608051;REFB=0,0;REVB=-0.0317831,0.0293751;RO=0;SAF=3,50;SAR=1,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.35858e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0379479,0.000756409;OID=.,.;OPOS=133710819,133710820;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:85:84:0:0:4,81:1,83:0.0119048,0.988095:1,31:3,50:0:0:0,32:1,51:0:0 chr9 133761001 . A G 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.0168486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.612;QD=11.257;RBI=0.0277921;REFB=0.00907391;REVB=-0.0221026;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105261;STB=0.562358;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0168783;OID=.;OPOS=133761001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:1:11:7:1:1:11 chr9 133787225 . A G 1350.89 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.353;QD=61.4039;RBI=0.0323109;REFB=0;REVB=0.0104522;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383287;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:48:37:0:0:48:40:0:0 chr9 133884820 . T G 340.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1826;QD=54.5146;RBI=0.047652;REFB=0;REVB=0.0464216;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465091;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:9:16:0:0 chr9 133901819 . C A 677.14 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.366;QD=60.1897;RBI=0.0461259;REFB=-0.0696299;REVB=0.0109661;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000187874;OID=.;OPOS=133901819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr9 133911598 . A G 780.14 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.065;QD=63.6848;RBI=0.0253684;REFB=0;REVB=0.0218619;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192571;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:23:23:0:0:25:24:0:0 chr9 133911610 . C T 340.45 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.111859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1403;QD=25.6942;RBI=0.114404;REFB=-0.0335658;REVB=-0.0239973;RO=20;SAF=19;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121214;STB=0.566473;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0280273;OID=.;OPOS=133911610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:20:33:33:0.622642:14:19:8:12:14:19:8:12 chr9 133914321 . C T 235.97 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00814687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8647;QD=19.2625;RBI=0.0112778;REFB=-0.0016559;REVB=0.00779852;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381483;STB=0.714111;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00333785;OID=.;OPOS=133914321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:6:20:8:15:6:20 chr9 133924451 . C T 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0281581;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=214.115;QD=10.0759;RBI=0.0353864;REFB=-0.0114259;REVB=0.0214318;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.590689;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0139583;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:5:9:4:4:5:9 chr9 133927878 . A G 683.62 PASS AF=0.590909;AO=64;DP=109;FAO=65;FDP=110;FR=.;FRO=45;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0153571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.343;QD=24.859;RBI=0.015589;REFB=-0.0126922;REVB=0.00267839;RO=45;SAF=39;SAR=25;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936104;STB=0.546454;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00760184;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:45:45:64:65:0.590909:25:39:22:23:26:39:22:23 chr9 133927945 . C G 223.8 PASS AF=0.322917;AO=29;DP=97;FAO=31;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.153211;FXX=0.0204061;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.4096;QD=9.32517;RBI=0.153393;REFB=-0.0562787;REVB=0.00747145;RO=44;SAF=27;SAR=2;SRF=7;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775078;STB=0.928064;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0439899;OID=.;OPOS=133927945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:44:58:29:31:0.322917:2:27:7:37:2:29:18:40 chr9 133928345 . C T 151.12 PASS AF=0.75;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.106857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.465;QD=30.224;RBI=0.106859;REFB=-0.0229296;REVB=-0.000672847;RO=4;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290643;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479715;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:20:4:5:15:15:0.75:12:3:1:3:12:3:1:4 chr9 133981629 . T C 54.68 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0471993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.512;QD=9.11361;RBI=0.0503619;REFB=0.0013017;REVB=0.0175658;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319318;STB=0.716828;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00513561;OID=.;OPOS=133981629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:8:7:6:2:9:7 chr9 133986980 . T G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.895;QD=50.4134;RBI=0.0086444;REFB=0;REVB=0.00408219;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36993e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 133987060 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.186;QD=42.1826;RBI=0.0488591;REFB=0;REVB=0.0473352;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037435;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr9 133996460 . T G 305.37 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.00612651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.76;QD=39.4022;RBI=0.00921616;REFB=0.0891121;REVB=0.00688502;RO=7;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374425;STB=0.666523;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00181859;OID=.;OPOS=133996460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:31:31:7:6:24:25:0.806452:5:19:0:7:6:19:0:6 chr9 133996503 . T A,G 506.05 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=34,2;DP=36;FAO=35,2;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469427,-0.00450568;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=187.216,11.588;QD=54.7082;RBI=0.0581335,0.050753;REFB=-0.087741,0.0141365;REVB=0.0342912,-0.0505526;RO=0;SAF=17,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000335895,0.263292;OID=.,.;OPOS=133996503,133996503;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:36:37:0:0:34,2:35,2:0.945946,0.0540541:17,2:17,0:0:0:18,2:17,0:0:0 chr9 134019967 . C T 173.37 PASS AF=0.842105;AO=14;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0296492;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.98;QD=36.4992;RBI=0.032861;REFB=-0.0713265;REVB=0.0141693;RO=3;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143087;STB=0.578851;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00887828;OID=.;OPOS=134019967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:14:16:0.842105:8:6:0:3:8:8:0:3 chr9 134020092 . C T 78.61 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0108853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.765;QD=14.974;RBI=0.0286261;REFB=-0.021801;REVB=-0.0264757;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501495;STB=0.529352;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0168222;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:5:6:6:4:5:6 chr9 134108844 . T C 269.28 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=36;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00595219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.58;QD=29.1117;RBI=0.0870033;REFB=-0.00458752;REVB=0.0867995;RO=13;SAF=19;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135983;STB=0.549796;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0034928;OID=.;OPOS=134108844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:13:23:24:0.648649:4:19:9:4:5:19:9:4 chr9 134133539 . G T 778.83 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.673;QD=63.578;RBI=0.042369;REFB=0;REVB=0.039879;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242774;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:26:20:0:0:27:22:0:0 chr9 134136515 . A G 1425.99 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383897;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.192;QD=62.681;RBI=0.0801492;REFB=0;REVB=-0.0703571;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72164e-05;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:48:43:0:0 chr9 134136677 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00332898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0153;QD=59.8362;RBI=0.0267421;REFB=0;REVB=-0.0265341;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224408;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 134139956 . T G 411.16 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0292036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.554;QD=29.3682;RBI=0.0474207;REFB=-0.00434148;REVB=0.0373614;RO=18;SAF=25;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099872;STB=0.554406;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00173343;OID=.;OPOS=134139956;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:13:25:9:9:13:25:9:9 chr9 134183379 . C T 1529.5 PASS AF=0.95614;AO=107;DP=114;FAO=109;FDP=114;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0078912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8036;QD=53.6667;RBI=0.0938446;REFB=-0.186765;REVB=0.0935122;RO=5;SAF=66;SAR=41;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369519;STB=0.509394;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00566718;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:114:5:5:107:109:0.95614:41:66:1:4:43:66:2:3 chr9 134183503 . T C 1607.04 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.087;QD=60.0761;RBI=0.0459079;REFB=0;REVB=0.0372649;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02971e-05;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:48:59:0:0:48:59:0:0 chr9 134346315 . T C 375.62 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8848;QD=55.6467;RBI=0.0676057;REFB=0;REVB=-0.0122678;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571822;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr9 134350322 . A AG 263.23 PASS AF=1;AO=3;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156872;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=148.068;QD=42.1163;RBI=0.169164;REFB=0;REVB=0.0633053;RO=21;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205794;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0039466;OID=.;OPOS=134350323;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:25:25:25:0:13:12:0:0:5:21:1:2:11:10 chr9 134350323 . C G 287.69 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0496449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.063;QD=46.0305;RBI=0.0778979;REFB=-0.0462455;REVB=0.0600289;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083825;STB=0.545415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00183746;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:24:25:2:2:22:23:0.92:10:12:0:2:10:13:0:2 chr9 134350458 . C T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0171418;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.33;QD=54.5129;RBI=0.0737003;REFB=-0.0207976;REVB=0.0716791;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.533315;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000435094;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:14:22:0:1:14:22:0:2 chr9 134350647 . T C 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.359;QD=56.6969;RBI=0.0287128;REFB=0;REVB=-0.0174734;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36087e-05;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 134351065 . G T 230.72 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0270542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0441;QD=38.4532;RBI=0.0372123;REFB=-0.117177;REVB=0.0255505;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835989;STB=0.541625;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0253688;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:2:4:20:20:0.833333:10:10:0:2:10:10:1:3 chr9 134373770 . G C 222.76 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3424;QD=49.5025;RBI=0.0433979;REFB=0;REVB=0.00457696;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018138;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr9 134385436 . A G 800.66 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.766;QD=56.1865;RBI=0.0137632;REFB=0;REVB=0.0108035;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520265;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:1:0:55:57:1:36:19:1:0:36:21:0:0 chr9 134386744 . T C 651.69 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00681281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.137;QD=62.0656;RBI=0.0445104;REFB=0;REVB=0.0439859;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012496;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr9 134387488 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7076;QD=50.4131;RBI=0.02669;REFB=0;REVB=0.0054787;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618796;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr9 134401335 . C T 367.73 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.229;QD=54.478;RBI=0.0260798;REFB=0;REVB=0.0210414;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00599229;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr9 134406071 . C G 289.19 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.781;QD=52.5795;RBI=0.0637468;REFB=0;REVB=-0.000866046;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381388;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr9 134453976 . G A 152.47 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00278283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2131;QD=18.4809;RBI=0.0765385;REFB=-0.0155085;REVB=0.0764879;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0089418;OID=.;OPOS=134453976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:16:17:0.515152:7:9:7:8:8:9:8:8 chr9 134497321 . C T 171.88 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0457902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.386;QD=9.41823;RBI=0.0466022;REFB=-0.0377572;REVB=-0.00866152;RO=50;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112793;STB=0.566691;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0703788;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:15:8:22:28:15:8:22:28 chr9 134658234 . G A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0132932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.274;QD=18.7119;RBI=0.0201509;REFB=-0.0173723;REVB=0.0151443;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227404;STB=0.629483;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0248805;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:8:11:6:12:8:11 chr9 135073877 . C T 553.89 PASS AF=0.55;AO=49;DP=96;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0138863;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.769;QD=22.1557;RBI=0.0236671;REFB=-0.00389829;REVB=0.0191651;RO=45;SAF=33;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169654;STB=0.540969;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00279521;OID=.;OPOS=135073877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:45:45:49:55:0.55:16:33:22:23:22:33:23:22 chr9 135102254 . C T 772.84 PASS AF=0.548872;AO=73;DP=132;FAO=73;FDP=133;FR=.;FRO=60;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0020988;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.838;QD=23.2434;RBI=0.00468899;REFB=-0.0308692;REVB=-0.00419305;RO=59;SAF=41;SAR=32;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159623;STB=0.512924;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0169831;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:59:60:73:73:0.548872:32:41:32:27:32:41:32:28 chr9 135105944 . G A 92.6 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.038262;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.31;QD=8.61434;RBI=0.0398173;REFB=-0.0118567;REVB=0.0110199;RO=30;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272085;STB=0.676631;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0443479;OID=.;OPOS=135105944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:43:43:30:31:12:12:0.27907:4:8:13:17:4:8:13:18 chr9 135105964 . A G 740.94 PASS AF=1;AO=50;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823282;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9971;QD=56.995;RBI=0.0860263;REFB=0;REVB=0.0249519;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381007;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:50:52:1:37:13:0:0:37:15:0:0 chr9 135114365 . G A 207.21 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0177999;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.333;QD=13.156;RBI=0.0188581;REFB=-0.00387334;REVB=-0.00622807;RO=38;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417734;STB=0.738619;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00712196;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:38:25:25:0.396825:7:18:12:26:7:18:12:26 chr9 135139826 . T C 89.5 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00635802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.845;QD=15.5657;RBI=0.0245805;REFB=-0.0151566;REVB=-0.0237439;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657668;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0217101;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:8:4:3:8:8:4 chr9 135139901 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0750282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.816;QD=10.1732;RBI=0.0844358;REFB=-0.0190367;REVB=0.038732;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0252894;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr9 135172412 . A G 178.7 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.025269;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.593;QD=14.588;RBI=0.0265781;REFB=-0.0234233;REVB=-0.00823838;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222789;STB=0.618918;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0161328;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:30:19:19:0.387755:13:6:16:15:13:6:15:15 chr9 135173685 . T C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0046868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.5168;QD=12.8731;RBI=0.0270737;REFB=-0.0120234;REVB=-0.0266649;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924894;STB=0.545406;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0181412;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:31:32:19:19:0.372549:12:7:14:17:12:7:14:18 chr9 135202829 . T C 144.32 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0430982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.432;QD=24.0536;RBI=0.0486164;REFB=0.00936768;REVB=0.0224968;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901393;STB=0.550495;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00221929;OID=.;OPOS=135202829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:6:3:7:8:6:3 chr9 135203231 . C T 390.66 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00144134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5179;QD=24.8038;RBI=0.0105597;REFB=0.00787176;REVB=0.0104608;RO=23;SAF=23;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119457;STB=0.582235;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0135732;OID=.;OPOS=135203231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:25:38:38:0.603175:15:23:10:13:15:23:10:15 chr9 135203409 . A C 222.2 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000819871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.747;QD=18.5164;RBI=0.00972495;REFB=-0.0179027;REVB=-0.00969033;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23972;STB=0.63624;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.032236;OID=.;OPOS=135203409;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:26:21:22:0.458333:7:14:10:14:8:14:10:16 chr9 135203838 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0398763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.058;QD=12.2166;RBI=0.0398988;REFB=-0.0115348;REVB=0.00134027;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307409;STB=0.687841;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0126548;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:6:9:8:18:6:9:8:19 chr9 135206460 . A G 203.35 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.083515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.226;QD=30.1254;RBI=0.0837179;REFB=0.0173008;REVB=0.00582465;RO=8;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109935;STB=0.56072;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00577439;OID=.;OPOS=135206460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:11:8:5:3:11:8:5:3 chr9 135263573 . G T 937.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.384;QD=58.5874;RBI=0.00689757;REFB=0;REVB=-0.00637134;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.39006e-05;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr9 135273607 . C G 379.61 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0124278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.495;QD=22.0064;RBI=0.0176314;REFB=0.00149999;REVB=-0.0125066;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171271;STB=0.594155;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=-0.00183442;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:19:19:9:22:19:19:9:22 chr9 135277301 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0519294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.831;QD=15.839;RBI=0.053762;REFB=-0.0374469;REVB=0.0139174;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.592984;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0239235;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:3:4:3:5:3:4 chr9 135277341 . C A 41.31 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0338113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.984;QD=15.0218;RBI=0.0429858;REFB=-0.0253458;REVB=-0.0265437;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.726669;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0105903;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:10:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:0:4:3:3:0:5 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=44;DP=37;LEN=76;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=0;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:37:0:44:16:15:9:0 chr9 135297013 . T TTCTC 69.53 PASS AF=1;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.499584;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.946;QD=46.3513;RBI=0.00553345;REFB=0;REVB=-0.00553345;RO=29;SAF=0;SAR=6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.800655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.54184e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:36:6:6:0:0:6:0:0:3:29:0:6:24:5 chr9 135297016 . T G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.696;QD=13.2053;RBI=0.0161999;REFB=0.0448102;REVB=-0.0161999;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0109023;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr9 135297019 . TC AG,T 54.37 PASS AF=0,1;AO=4,6;DP=11;FAO=0,6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.142653;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=89.9078,204.72;QD=36.2437;RBI=0.0319449,0.0127959;REFB=0,0;REVB=-0.0319449,-0.0127959;RO=0;SAF=0,0;SAR=4,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.000246334;OID=.,.;OPOS=135297019,135297020;OREF=TC,C;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:11:6:0:0:4,6:0,6:0,1:4,6:0,0:0:0:0,6:0,0:0:0 chr9 135297022 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.23;QD=26.0262;RBI=0.011896;REFB=0.0197389;REVB=0.011896;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00490135;OID=.;OPOS=135297022;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr9 135374764 . G A 376.17 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0158735;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.482;QD=23.8839;RBI=0.0161585;REFB=-0.0293764;REVB=0.00302137;RO=26;SAF=14;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651473;STB=0.535823;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0201702;OID=.;OPOS=135374764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:26:26:37:37:0.587302:23:14:12:14:23:14:12:14 chr9 135374898 . T C 706.66 PASS AF=0.587719;AO=67;DP=114;FAO=67;FDP=114;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00664576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9458;QD=24.7952;RBI=0.0375146;REFB=-0.0126685;REVB=-0.0369213;RO=47;SAF=31;SAR=36;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100472;STB=0.554698;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0086945;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:47:47:67:67:0.587719:36:31:28:19:36:31:28:19 chr9 135448320 . C A 645.75 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0211411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.481;QD=50.6471;RBI=0.0211623;REFB=0.0172212;REVB=-0.000946714;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816314;STB=0.500834;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0005047;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:51:51:2:2:47:48:0.941176:23:24:1:1:23:25:1:1 chr9 135470414 . T C 2124.92 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591624;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.823;QD=62.9606;RBI=0.0135346;REFB=0;REVB=-0.0121731;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31512e-05;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:72:63:0:0:72:63:0:0 chr9 135554566 . G A 810.48 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0358;QD=55.8949;RBI=0.085927;REFB=0;REVB=0.0188884;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129164;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191019;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:58:1:0:55:58:1:36:19:0:1:37:21:0:0 chr9 135771331 . GGA G,GG,GGG 298.72 PASS AF=0,1,0;AO=5,16,4;DP=25;FAO=0,24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,0;FSAR=0,10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346352,-0.0145567,-0.0485177;FXX=0.039984;HRUN=7,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=13.4747,20.3779,13.1437;QD=49.7858;RBI=0.216296,0.106627,0.107748;REFB=0,0,0;REVB=-0.213505,-0.105629,0.0962065;RO=0;SAF=1,10,3;SAR=4,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0398431,4.99214e-06,0.000235784;OID=.,.,.;OPOS=135771332,135771333,135771333;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,16,4:25:0,24,0:24:0:0,14,0:0,10,0:0:0:4:0:1,10,3:4,6,1:0:0 chr9 135906434 . C T 98.27 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00469944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.794;QD=15.1187;RBI=0.0254569;REFB=-0.0108656;REVB=-0.0250194;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050746;STB=0.529364;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0170814;OID=.;OPOS=135906434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:10:4:4:8:10:4 chr9 135930371 . G C 91.04 PASS AF=0.202703;AO=11;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.00935182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.614;QD=4.92082;RBI=0.0117804;REFB=-0.0101567;REVB=0.00716392;RO=43;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260891;STB=0.670887;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0296101;OID=.;OPOS=135930371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:74:74:43:59:11:15:0.202703:9:2:15:28:12:3:22:37 chr9 135930467 . G A 146.37 PASS AF=0.265823;AO=20;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.00504106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.826;QD=7.41133;RBI=0.00516548;REFB=-0.0317386;REVB=0.00112688;RO=58;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344005;STB=0.685154;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0636299;OID=.;OPOS=135930467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:20:21:0.265823:8:12:18:40:9:12:18:40 chr9 135930637 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0618575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0032;QD=10.5422;RBI=0.0621348;REFB=-0.01223;REVB=0.00586344;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223664;STB=0.631371;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0177879;OID=.;OPOS=135930637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:4:17:7:4:4:17 chr9 135942653 . C CG,G 30.09 PASS AF=0.170213,0.0212766;AO=6,7;DP=47;FAO=8,1;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=1,0;FSAR=7,1;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0181995,-0.0266163;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=47.4316,64.6771;QD=2.56093;RBI=0.0461721,0.0388459;REFB=-0.0161074,-0.00977659;REVB=-0.042434,-0.0282945;RO=33;SAF=1,0;SAR=5,7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.479477,-0.718747;STB=0.842439,0.989935;STBP=0.047,0.492;TYPE=ins,snp;VARB=0.142432,0.195166;OID=.,.;OPOS=135942654,135942653;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:47:47:33:38:6,7:8,1:0.170213,0.0212766:5,7:1,0:19:14:7,1:1,0:19:19 chr9 135956743 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=2;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0904105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4478;QD=28.6821;RBI=0.104115;REFB=-0.0347466;REVB=0.0516318;RO=1;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00771553;OID=.;OPOS=135956743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:11:1:2:2:9:0.818182:0:2:1:0:5:4:1:1 chr9 135956966 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142951;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.358;QD=35.5759;RBI=0.0148801;REFB=0;REVB=-0.00413157;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123713;OID=.;OPOS=135956966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr9 135957091 . A G 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.632;QD=60.3718;RBI=0.0181125;REFB=0;REVB=-0.0138828;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.69821e-06;OID=.;OPOS=135957091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr9 135961809 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.152;QD=46.848;RBI=0.018289;REFB=0;REVB=0.00894141;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06224e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr9 135968511 . C CTG 738.26 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00859197;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=2;MLLD=290.217;QD=51.8079;RBI=0.00881219;REFB=-0.0513876;REVB=-0.00195775;RO=3;SAF=16;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431175;STB=0.522927;STBP=0.213;TYPE=ins;VARB=0.00144843;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:54:59:54:57:3:16:38:2:1:11:3:16:38:2:1 chr9 135974079 . G C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8586;QD=59.016;RBI=0.00410056;REFB=0;REVB=-0.000697636;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16847e-05;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr9 135974100 . G A 456.8 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00294735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.424;QD=53.7415;RBI=0.0358209;REFB=0.00993321;REVB=0.0356994;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000454675;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:32:33:0.970588:18:14:0:1:19:14:0:1 chr9 136004699 . G A 980.47 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0256183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.243;QD=52.2917;RBI=0.0260671;REFB=-0.0470097;REVB=0.00481594;RO=5;SAF=20;SAR=49;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139989;STB=0.514203;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00106806;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:5:4:69:71:0.946667:49:20:1:4:51:20:2:2 chr9 136031346 . A G 730.5 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.276;QD=57.2939;RBI=0.0721129;REFB=0;REVB=0.0710848;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259071;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:44:51:1:22:22:0:0:28:23:0:0 chr9 136037742 . G A 977.59 PASS AF=0.957746;AO=64;DP=68;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0731267;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4786;QD=55.0756;RBI=0.124254;REFB=-0.123837;REVB=0.100457;RO=2;SAF=30;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304465;STB=0.508959;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0110295;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:68:71:2:3:64:68:0.957746:34:30:2:0:37:31:2:1 chr9 136081283 . C T 50.38 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=86;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0176135;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.523;QD=2.23931;RBI=0.0545508;REFB=-0.0050673;REVB=-0.051629;RO=75;SAF=5;SAR=6;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226694;STB=0.631978;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.10083;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:86:90:75:79:11:11:0.122222:6:5:48:27:6:5:48:31 chr9 136081289 . T C 64.24 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=94;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=34;FWDB=-0.0154699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.006;QD=2.70498;RBI=0.0251473;REFB=-0.00746986;REVB=-0.0198259;RO=77;SAF=5;SAR=8;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259875;STB=0.66852;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0372627;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:94:95:77:82:13:13:0.136842:8:5:46:31:8:5:48:34 chr9 136081356 . T G 90.3 PASS AF=0.172043;AO=16;DP=93;FAO=16;FDP=93;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0546341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.393;QD=3.88377;RBI=0.0554948;REFB=-0.00582436;REVB=-0.00973614;RO=76;SAF=4;SAR=12;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353979;STB=0.728988;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0288499;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:93:93:76:77:16:16:0.172043:12:4:40:36:12:4:40:37 chr9 136081362 . G A 93.22 PASS AF=0.188235;AO=16;DP=85;FAO=16;FDP=85;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0765522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.017;QD=4.38674;RBI=0.0769018;REFB=-0.000879222;REVB=0.00732442;RO=68;SAF=4;SAR=12;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310836;STB=0.697853;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0145832;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:85:85:68:69:16:16:0.188235:12:4:33:35:12:4:33:36 chr9 136083580 . T G 337.75 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00385086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.548;QD=15.0113;RBI=0.0209276;REFB=-0.00844649;REVB=0.0205703;RO=53;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502465;STB=0.528482;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0107745;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:37:37:0.411111:24:13:21:32:24:13:21:32 chr9 136131289 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0243908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.676;QD=56.0116;RBI=0.0509371;REFB=0.00366537;REVB=0.0447177;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000302675;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr9 136131347 . G A 773.12 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520537;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.426;QD=57.268;RBI=0.0115872;REFB=0;REVB=-0.0103521;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863333;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr9 136131437 . C T 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4094;QD=62.01;RBI=0.0570634;REFB=0;REVB=-0.0408518;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51097e-05;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr9 136131472 . A T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.113;QD=59.0186;RBI=0.0256985;REFB=0;REVB=0.014894;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136461;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr9 136132873 . T C 1648.32 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304959;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.704;QD=60.4889;RBI=0.0418122;REFB=0;REVB=0.0286052;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42471e-05;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:109:0:0:109:109:1:52:57:0:0:52:57:0:0 chr9 136177993 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.435;QD=57.1052;RBI=0.0460457;REFB=0;REVB=0.0397014;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113217;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr9 136219448 . C G 1226.56 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.979;QD=61.3282;RBI=0.0496398;REFB=0;REVB=-0.0042105;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.54158e-05;OID=.;OPOS=136219448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:40:39:0:0:40:40:0:0 chr9 136227260 . A G 1162.0 PASS AF=0.987342;AO=71;DP=71;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0442735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.938;QD=58.8357;RBI=0.0890231;REFB=-0.0739529;REVB=0.0772332;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509089;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.001864;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:79:0:1:71:78:0.987342:47:24:0:0:51:27:1:0 chr9 136237783 . C A 654.83 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556631;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.908;QD=62.3645;RBI=0.0637183;REFB=0;REVB=0.0310104;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233512;OID=.;OPOS=136237783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr9 136268038 . C T 1547.01 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3615;QD=63.7943;RBI=0.0513048;REFB=0;REVB=0.0217288;RO=0;SAF=61;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.76228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322186;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:36:61:0:0:36:61:0:0 chr9 136277480 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00816653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.51;QD=56.9553;RBI=0.0486908;REFB=0;REVB=0.0480011;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35209e-05;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr9 136291063 . C T 778.45 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0123613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.121;QD=52.7764;RBI=0.0511781;REFB=-0.134673;REVB=0.0496628;RO=2;SAF=43;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671634;STB=0.535701;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000392714;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:56:57:0.966102:13:43:0:2:13:44:0:2 chr9 136295290 . A C 1199.54 PASS AF=0.988235;AO=67;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0267132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.4605;QD=56.4488;RBI=0.0861982;REFB=-0.140875;REVB=0.0819545;RO=4;SAF=36;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496621;STB=0.505881;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00520532;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:4:1:67:84:0.988235:31:36:4:0:42:42:1:0 chr9 136304497 . A G 642.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.496;QD=61.1523;RBI=0.0283307;REFB=0;REVB=0.0114294;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119252;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr9 136308542 . C T 1152.04 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566062;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7311;QD=60.6338;RBI=0.057445;REFB=0;REVB=0.00978081;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319021;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:48:28:0:0:48:28:0:0 chr9 136320698 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0242189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.882;QD=17.3781;RBI=0.0250076;REFB=-0.0303366;REVB=-0.00623077;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320029;STB=0.518484;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0350828;OID=.;OPOS=136320698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:4:6:7:4:4:6 chr9 136328657 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.155;QD=64.4151;RBI=0.127359;REFB=0;REVB=0.0413053;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000258521;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr9 136330519 . G C 119.71 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.042585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4124;QD=6.65025;RBI=0.0709578;REFB=-0.00142707;REVB=0.0567585;RO=54;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105491;STB=0.565142;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00810182;OID=.;OPOS=136330519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:13:5:19:35:13:5:19:35 chr9 136340200 . T G 797.01 PASS AF=1;AO=50;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.752;QD=56.9289;RBI=0.0801166;REFB=0;REVB=0.0768295;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144056;OID=.;OPOS=136340200;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:50:56:1:27:23:0:0:32:24:0:0 chr9 136379890 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.723;QD=58.142;RBI=0.056332;REFB=0;REVB=-0.0206569;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182165;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr9 136518097 . A G 1530.44 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230354;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.113;QD=63.1109;RBI=0.0313186;REFB=0;REVB=-0.0212185;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022596;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:95:97:1:48:47:0:0:49:48:0:0 chr9 136532016 . TGGGGC TGGG,TGGGC,TGGGG 61.54 PASS AF=0.296296,0,0.148148;AO=7,4,3;DP=26;FAO=8,0,4;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6,0,4;FSAR=2,0,0;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0237798,-0.0118365,-0.0347431;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=24.4128,14.6157,13.6209;QD=9.11719;RBI=0.101672,0.343729,0.142269;REFB=-0.0510033,-0.024023,-0.0734038;REVB=-0.0988517,-0.343525,0.137962;RO=10;SAF=6,0,3;SAR=1,4,0;SRF=1;SRR=9;SSEN=0.527273,0.527273,0;SSEP=0,0,0.462963;SSSB=0.666558,-0.611521,0.78742;STB=0.872066,0.5,0.998681;STBP=0.045,1,0;TYPE=del,del,del;VARB=0.0301529,0,0.136712;OID=.,.,.;OPOS=136532020,136532017,136532021;OREF=GC,G,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296,0,0.148148:7,4,3:26:8,0,4:27:15:6,0,4:2,0,0:1:14:46:10:6,0,3:1,4,0:1:9 chr9 136536679 . G A 577.44 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.857;QD=60.7826;RBI=0.147231;REFB=0;REVB=0.144197;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126683;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:20:15:0:0:23:15:0:0 chr9 136536793 . C G 1079.16 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188963;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.0458;QD=59.9532;RBI=0.0350836;REFB=0;REVB=0.0295599;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223925;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr9 136555623 . C T 347.62 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0329115;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.325;QD=19.5841;RBI=0.0334579;REFB=-0.00218153;REVB=-0.00602191;RO=35;SAF=15;SAR=21;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186724;STB=0.603672;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00334553;OID=.;OPOS=136555623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:35:35:36:36:0.507042:21:15:22:13:21:15:22:13 chr9 136555629 . T C 334.77 PASS AF=0.5;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0216737;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.295;QD=19.13;RBI=0.0321616;REFB=-0.0178982;REVB=0.0237617;RO=32;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185093;STB=0.627047;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0081261;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:32:35:34:35:0.5:20:14:20:12:21:14:23:12 chr9 136559453 . GC G 53.02 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00840022;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7555;QD=7.57407;RBI=0.205215;REFB=-0.0589714;REVB=-0.205043;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.333333;SSSB=-0.649397;STB=0.795357;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0794891;OID=.;OPOS=136559454;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:28:11:28:17:2:9:11:6:53:16:1:10:11:5 chr9 136559460 . C T 233.85 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0170501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.399;QD=32.2546;RBI=0.0179856;REFB=-0.00968057;REVB=0.00572507;RO=8;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989936;STB=0.554403;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00436273;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:12:9:5:3:12:9:5:3 chr9 136573412 . G A 412.59 PASS AF=0.396694;AO=48;DP=121;FAO=48;FDP=121;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00095782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.1;QD=13.6393;RBI=0.00919649;REFB=-0.0209243;REVB=-0.00914647;RO=73;SAF=25;SAR=23;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295283;STB=0.5167;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.034065;OID=.;OPOS=136573412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:73:73:48:48:0.396694:23:25:36:37:23:25:36:37 chr9 136599146 . C T 910.14 PASS AF=0.403101;AO=104;DP=258;FAO=104;FDP=258;FR=.;FRO=154;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=87;FSRR=67;FWDB=-0.00668378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5063;QD=14.1106;RBI=0.0529806;REFB=-0.007832;REVB=0.0525573;RO=154;SAF=59;SAR=45;SRF=87;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00257306;STB=0.501442;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0115028;OID=.;OPOS=136599146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:154:154:104:104:0.403101:45:59:87:67:45:59:87:67 chr9 136628770 . T C 1333.89 PASS AF=1;AO=66;DP=89;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00760379;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.12;QD=62.0414;RBI=0.0276564;REFB=0;REVB=0.0265906;RO=2;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214693;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138643;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:86:2:0:66:86:1:43:23:0:2:54:32:0:0 chr9 136628771 . G C 74.55 PASS AF=0.157303;AO=13;DP=88;FAO=14;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=0.0158817;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.6988;QD=3.35039;RBI=0.0159201;REFB=-0.0433482;REVB=-0.00110455;RO=74;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160134;STB=0.640265;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0294042;OID=.;OPOS=136628771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:89:74:75:13:14:0.157303:7:6:25:49:7:7:25:50 chr9 136898627 . A G 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.042523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.298;QD=29.9651;RBI=0.0462659;REFB=-0.0501456;REVB=0.0182299;RO=13;SAF=9;SAR=16;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146183;STB=0.579893;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0158695;OID=.;OPOS=136898627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:16:9:2:11:16:9:2:11 chr9 136907005 . G A 210.24 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0578831;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.1069;QD=17.8924;RBI=0.0581711;REFB=-0.00823468;REVB=-0.00578133;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144726;STB=0.567566;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0143099;OID=.;OPOS=136907005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:18:26:21:21:0.446809:8:13:14:4:8:13:19:7 chr9 136913355 . T C 414.5 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00629209;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.378;QD=24.382;RBI=0.0110727;REFB=-0.0270943;REVB=0.00911126;RO=28;SAF=18;SAR=22;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170278;STB=0.593249;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0216491;OID=.;OPOS=136913355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:28:28:40:40:0.588235:22:18:19:9:22:18:19:9 chr9 137271318 . C A 1017.69 PASS AF=0.946667;AO=70;DP=74;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0202569;FXX=0.0131562;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.9183;QD=54.277;RBI=0.034862;REFB=-0.00210087;REVB=0.0283728;RO=4;SAF=43;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388309;STB=0.520704;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000368112;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:74:75:4:4:70:71:0.946667:27:43:1:3:27:44:1:3 chr9 137332311 . T G 2119.72 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000483085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.664;QD=62.8064;RBI=0.0294686;REFB=0;REVB=0.0294646;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65532e-05;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:75:60:0:0:75:60:0:0 chr9 137630587 . T C 49.01 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0132883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8707;QD=4.00068;RBI=0.03663;REFB=0.00162424;REVB=-0.0341348;RO=40;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51348;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0115812;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:5:3:15:25:5:3:16:25 chr9 137674589 . T C 196.46 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0217836;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.676;QD=41.36;RBI=0.0225875;REFB=-0.102972;REVB=0.00597237;RO=2;SAF=13;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653276;STB=0.533296;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0118885;OID=.;OPOS=137674589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:19:2:2:16:17:0.894737:3:13:2:0:3:14:2:0 chr9 137686906 . C T 822.06 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0266235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.427;QD=53.0359;RBI=0.0271564;REFB=-0.234926;REVB=0.00535316;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00148336;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:59:60:0.967742:25:34:0:1:25:35:0:2 chr9 137690318 . A T 177.35 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0278453;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6963;QD=20.2686;RBI=0.0394062;REFB=-0.0297742;REVB=0.0278835;RO=15;SAF=2;SAR=16;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154466;STB=0.571341;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0282353;OID=.;OPOS=137690318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:17:18:18:0.514286:16:2:3:12:16:2:3:14 chr9 137708934 . T G 188.53 PASS AF=0.512821;AO=18;DP=37;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0346734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.363;QD=19.3365;RBI=0.0348095;REFB=-0.00687192;REVB=-0.00307544;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167808;STB=0.564039;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00629735;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:19:18:20:0.512821:10:8:12:7:10:10:12:7 chr9 137711997 . G C 460.09 PASS AF=0.688525;AO=41;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0342834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.1129;QD=30.1699;RBI=0.0394451;REFB=-0.00990489;REVB=-0.0195081;RO=20;SAF=19;SAR=22;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112188;STB=0.571839;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00182045;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:20:19:41:42:0.688525:22:19:13:7:23:19:13:6 chr9 137735592 . G A 319.24 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0261423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.868;QD=13.4418;RBI=0.026143;REFB=-0.00540535;REVB=0.000190632;RO=59;SAF=19;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109393;STB=0.562282;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00615648;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:59:59:36:36:0.378947:17:19:37:22:17:19:37:22 chr9 137775139 . A G 918.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4494;QD=58.3406;RBI=0.0527022;REFB=0;REVB=-0.0495207;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724054;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr9 137775155 . T C 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.162;QD=57.7106;RBI=0.0213932;REFB=0;REVB=-0.021343;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17466e-05;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr9 137779152 . G A 240.92 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00402943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.291;QD=14.8258;RBI=0.0304939;REFB=-0.0382505;REVB=-0.0302265;RO=37;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00487122;STB=0.50276;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0571431;OID=.;OPOS=137779152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:15:13:17:20:15:13:17:20 chr9 137801014 . G A 360.3 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00957941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.874;QD=32.0264;RBI=0.00957997;REFB=-0.0319327;REVB=-0.000103741;RO=15;SAF=20;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210347;STB=0.615306;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0134647;OID=.;OPOS=137801014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:10:20:5:10:10:20:5:10 chr9 137801314 . A G 326.03 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0013634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.079;QD=29.6391;RBI=0.00663843;REFB=-0.0169623;REVB=-0.00649691;RO=14;SAF=14;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434379;STB=0.522711;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0098263;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:16:28:28:0.636364:14:14:6:8:14:14:7:9 chr9 137801800 . T C 392.9 PASS AF=0.633333;AO=37;DP=59;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00295415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.814;QD=26.1936;RBI=0.0183758;REFB=0.0135778;REVB=0.0181368;RO=22;SAF=22;SAR=15;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157885;STB=0.589175;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00831686;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:22:37:38:0.633333:15:22:8:14:15:23:8:14 chr9 137804360 . A G 80.97 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0410583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9009;QD=17.9925;RBI=0.0784665;REFB=-0.0850093;REVB=-0.0668671;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193381;STB=0.6109;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0692113;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:2:6:5:5:2:6 chr9 137968919 . G A,GAA 999.16 PASS AF=0.057971,0.942029;AO=4,60;DP=71;FAO=4,65;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=3,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879624,0.0175904;FXX=0.0142837;HRUN=2,0;LEN=1,2;MLLD=28.6501,244.94;QD=57.9221;RBI=0.100783,0.0339872;REFB=0,0;REVB=0.100398,0.029081;RO=5;SAF=1,26;SAR=3,34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15474,0.00491695;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.032627,0.00176971;OID=.,.;OPOS=137968919,137968920;OREF=G,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,GAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:71:69:5:0:4,60:4,65:0.057971,0.942029:3,34:1,26:2:3:3,37:1,28:0:0 chr9 137978552 . A G 148.61 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0172621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1361;QD=10.8081;RBI=0.0298039;REFB=-0.00457953;REVB=-0.024296;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723444;STB=0.552068;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00820265;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:8:11:18:17:8:11:18:18 chr9 137979236 . G C 71.19 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0261551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.431;QD=7.69622;RBI=0.0279101;REFB=-0.00941885;REVB=-0.00974106;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222876;STB=0.63971;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0294786;OID=.;OPOS=137979236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:7:3:13:14:7:3:13:14 chr9 137982127 . T C 296.87 PASS AF=0.351351;AO=32;DP=104;FAO=39;FDP=111;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.00353849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.582;QD=10.6979;RBI=0.0175098;REFB=-0.0102101;REVB=0.0171485;RO=72;SAF=18;SAR=14;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831505;STB=0.544258;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0170218;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:111:72:72:32:39:0.351351:14:18:40:32:20:19:40:32 chr9 138236031 . A G 355.43 PASS AF=0.37;AO=35;DP=101;FAO=37;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0287767;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.017;QD=14.2171;RBI=0.0393816;REFB=-0.01375;REVB=-0.0268851;RO=49;SAF=23;SAR=12;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277588;STB=0.651575;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0295243;OID=.;OPOS=138236031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:49:56:35:37:0.37:12:23:19:30:12:25:24:32 chr9 138236212 . T G 1138.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00961995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.016;QD=59.9097;RBI=0.00984394;REFB=0;REVB=-0.00208799;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.65797e-06;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:35:36:0:0:36:40:0:0 chr9 138376649 . T C 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0362172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9227;QD=15.3047;RBI=0.0490549;REFB=0.0169191;REVB=0.0330862;RO=39;SAF=9;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201257;STB=0.61434;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0208689;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:21:9:19:20:21:9:19:20 chr9 138376972 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.000870731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.813;QD=12.1823;RBI=0.0812698;REFB=-0.00674671;REVB=-0.0812652;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256185;STB=0.646829;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0097787;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:14:1:2:8:14:1 chr9 138377657 . T C 670.55 PASS AF=0.630435;AO=58;DP=92;FAO=58;FDP=92;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00718175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.635;QD=29.1544;RBI=0.0297874;REFB=-0.00449443;REVB=0.0289087;RO=34;SAF=28;SAR=30;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111574;STB=0.560517;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00476757;OID=.;OPOS=138377657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:34:34:58:58:0.630435:30:28:22:12:30:28:22:12 chr9 138377853 . A G 425.77 PASS AF=0.626866;AO=38;DP=64;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0210135;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.395;QD=25.419;RBI=0.021025;REFB=-0.0203591;REVB=-0.000695841;RO=25;SAF=32;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382722;STB=0.640996;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0254817;OID=.;OPOS=138377853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:25:25:38:42:0.626866:6:32:11:14:10:32:11:14 chr9 138378856 . A G 378.09 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0113695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.641;QD=21.6051;RBI=0.019394;REFB=-0.0388489;REVB=-0.0157118;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013131;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231028;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:31:32:38:38:0.542857:19:19:15:16:19:19:16:16 chr9 138379002 . T G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.239;QD=50.4102;RBI=0.0730019;REFB=0;REVB=-0.049968;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90948e-05;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr9 138379419 . C T 224.16 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.059584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.947;QD=26.372;RBI=0.0622662;REFB=-0.0601277;REVB=0.0180783;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163485;STB=0.590822;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0233946;OID=.;OPOS=138379419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:8:5:13:8:8:5 chr9 138380264 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00729772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.654;QD=12.02;RBI=0.017734;REFB=-0.00991134;REVB=0.0161629;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184235;STB=0.608543;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0174689;OID=.;OPOS=138380264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:15:10:8:6:15:10 chr9 138391299 . T A 650.23 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6291;QD=61.9263;RBI=0.132084;REFB=0;REVB=0.130605;RO=0;SAF=29;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897336;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:9:29:0:0:13:29:0:0 chr9 138440525 . C G 266.9 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0264312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.286;QD=18.4068;RBI=0.0315523;REFB=-0.013503;REVB=0.0172319;RO=28;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114618;STB=0.570685;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0245923;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:16:13:9:19:16:13:9:20 chr9 138440527 . T C 281.4 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0652453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.172;QD=19.4071;RBI=0.065264;REFB=0.00414001;REVB=0.00156227;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143171;STB=0.555783;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.014218;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:28:30:30:0.517241:17:13:7:19:17:13:9:19 chr9 138440641 . T C 418.08 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.41;QD=53.9453;RBI=0.0373865;REFB=-0.132524;REVB=0.0145898;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00149741;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:29:30:0.967742:20:9:0:0:20:10:1:0 chr9 138456155 . C A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00563084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.909;QD=14.6579;RBI=0.0148755;REFB=-0.0266197;REVB=-0.0137686;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142857;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0412041;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:9:8:8:5:9:8 chr9 138457209 . C G 219.4 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0292797;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.737;QD=15.6717;RBI=0.0326741;REFB=-0.0119087;REVB=0.0145016;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114912;STB=0.565165;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0159031;OID=.;OPOS=138457209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:15:16:10:15:15:16 chr9 138457475 . CT C 158.3 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0234503;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.87;QD=15.0763;RBI=0.025959;REFB=-0.00493923;REVB=-0.0111334;RO=26;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186099;STB=0.540493;STBP=0.734;TYPE=del;VARB=0.0046688;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:15:43:18:42:24:3:15:5:19:99:26:2:13:6:20 chr9 138458462 . C T 389.87 PASS AF=0.352941;AO=46;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=61;FWDB=0.0875773;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0752;QD=11.4667;RBI=0.0875966;REFB=-0.0123261;REVB=-0.00183814;RO=89;SAF=16;SAR=30;SRF=28;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042655;STB=0.548173;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0236609;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:89:88:46:48:0.352941:30:16:28:61:30:18:27:61 chr9 138458570 . C T 508.26 PASS AF=0.356322;AO=62;DP=174;FAO=62;FDP=174;FR=.;FRO=112;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=60;FWDB=-0.0132895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.032;QD=11.6842;RBI=0.0454526;REFB=-0.0169821;REVB=-0.0434664;RO=112;SAF=39;SAR=23;SRF=52;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187922;STB=0.607282;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0242245;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:112:112:62:62:0.356322:23:39:52:60:23:39:52:60 chr9 138515991 . A G 273.29 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0339753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7049;QD=31.2335;RBI=0.0538822;REFB=-0.018481;REVB=0.0418207;RO=11;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218205;STB=0.501198;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00913275;OID=.;OPOS=138515991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:11:13:6:5:11:13:6:5 chr9 138516190 . T C 215.67 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0449882;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5841;QD=15.135;RBI=0.0502875;REFB=-0.0467789;REVB=0.0224698;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066703;STB=0.546182;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0623183;OID=.;OPOS=138516190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:32:25:25:0.438596:12:13:14:17:12:13:14:18 chr9 138518010 . A G 1279.42 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.095;QD=61.6589;RBI=0.0138492;REFB=0;REVB=-0.000652551;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85407e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:44:38:0:0:44:39:0:0 chr9 138523331 . AC A,AA 844.55 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=7,52;DP=59;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017673,0.016712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=288.659,301.722;QD=57.2578;RBI=0.0416114,0.0411247;REFB=0,0;REVB=0.0376719,0.037576;RO=0;SAF=3,17;SAR=4,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.31071e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0170773,0.000532692;OID=.,.;OPOS=138523332,138523332;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0169492,0.983051:7,52:59:1,58:59:0:1,19:0,39:0:0:3:0:3,17:4,35:0:0 chr9 138586197 . C CA 657.1 PASS AF=1;AO=5;DP=47;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813042;FXX=0.0444346;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.028;QD=61.1251;RBI=0.104734;REFB=0;REVB=0.0660214;RO=37;SAF=3;SAR=2;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00642385;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.48952e-05;OID=.;OPOS=138586198;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:47:43:43:0:27:16:0:0:4:37:3:2:22:15 chr9 138586198 . G A 526.06 PASS AF=0.869565;AO=36;DP=42;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0104133;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.504;QD=45.7443;RBI=0.0489086;REFB=-0.0420353;REVB=0.0477872;RO=6;SAF=21;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228813;STB=0.509086;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.000785486;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:42:46:6:6:36:40:0.869565:15:21:4:2:16:24:4:2 chr9 138586966 . GC AA 1527.66 PASS AF=1;AO=100;DP=106;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221455;FXX=0.0282992;HRUN=4;LEN=2;MLLD=144.635;QD=59.3266;RBI=0.0304244;REFB=0;REVB=0.0208619;RO=0;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000924134;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:103:0:0:100:103:1:51:49:0:0:54:49:0:0 chr9 138590928 . C T 321.87 PASS AF=0.608696;AO=21;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00544273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.809;QD=27.9884;RBI=0.0156989;REFB=-0.0341693;REVB=-0.0147252;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115968;STB=0.590839;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.024813;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:21:28:0.608696:6:15:10:7:6:22:11:7 chr9 138591266 . A G 280.72 PASS AF=0.432432;AO=27;DP=68;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0134323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.702;QD=15.1741;RBI=0.0155386;REFB=-0.0168848;REVB=-0.00781153;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214833;STB=0.54466;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0220866;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:38:42:27:32:0.432432:17:10:22:16:17:15:23:19 chr9 138714857 . C G 433.86 PASS AF=0.5;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00908945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.286;QD=19.7211;RBI=0.00944861;REFB=-0.0123375;REVB=-0.00258035;RO=44;SAF=21;SAR=22;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932739;STB=0.556617;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0162013;OID=.;OPOS=138714857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:44:43:44:0.5:22:21:26:18:23:21:26:18 chr9 138817003 . C G 35.92 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.043635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.347;QD=6.24678;RBI=0.0444635;REFB=-0.00180242;REVB=0.00854321;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0179046;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:8:9:3:3:8:9 chr9 138838140 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.135;QD=60.61;RBI=0.0112674;REFB=0;REVB=0.0110322;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.78188e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr9 138898893 . C G 1175.34 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920365;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.803;QD=61.0565;RBI=0.0186487;REFB=0;REVB=0.0162193;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66894e-05;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:28:49:0:0:28:49:0:0 chr9 138903671 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.24;QD=47.8209;RBI=0.0556833;REFB=0;REVB=0.0048213;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000441044;OID=.;OPOS=138903671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr9 138905136 . C T 479.82 PASS AF=0.464286;AO=52;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0022322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5784;QD=17.1364;RBI=0.0156358;REFB=-0.0268217;REVB=0.0154756;RO=58;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771783;STB=0.549981;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0274786;OID=.;OPOS=138905136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:58:60:52:52:0.464286:22:30:38:20:22:30:40:20 chr9 139118673 . T C 130.16 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00606257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0152;QD=13.3499;RBI=0.0215244;REFB=0.0102117;REVB=0.0206529;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381199;STB=0.721033;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0132902;OID=.;OPOS=139118673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:7:17:5:10:7:17 chr9 139142710 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.439;QD=37.4884;RBI=0.0380413;REFB=0;REVB=0.0361447;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046281;OID=.;OPOS=139142710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr9 139142808 . T C 357.6 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0628;QD=55.0147;RBI=0.0776962;REFB=0;REVB=0.0713409;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271309;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr9 139235480 . CTC CGT,CT,GCT 336.02 PASS AF=0.025,0.5125,0;AO=10,25,3;DP=81;FAO=2,41,0;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=1,11,0;FSAR=1,30,0;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00256644,0.00366517,0.016934;FXX=0.0123442;HRUN=1,4,1;LEN=2,1,3;MLLD=73.9924,16.1906,19.0353;QD=16.8007;RBI=0.0225349,0.012569,0.044556;REFB=-0.00350656,0.0230827,0.0342628;REVB=-0.0223883,0.0120227,-0.0412126;RO=31;SAF=0,9,0;SAR=10,16,3;SRF=11;SRR=20;SSEN=0,0.306569,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.720179,0.00547917,-0.487617;STB=0.69068,0.517233,0.5;STBP=0.709,0.784,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.163108,-0.0592281,0;OID=.,.,.;OPOS=139235481,139235482,139235480;OREF=TC,C,CTC;OALT=GT,-,GCT;OMAPALT=CGT,CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:81:80:31:37:10,25,3:2,41,0:0.025,0.5125,0:10,16,3:0,9,0:11:20:1,30,0:1,11,0:11:26 chr9 139235526 . C A 396.46 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0210994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.25;QD=20.3312;RBI=0.028479;REFB=-0.0328484;REVB=0.0191277;RO=38;SAF=10;SAR=29;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147435;STB=0.585892;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0578503;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:38:38:39:40:0.512821:29:10:15:23:30:10:15:23 chr9 139235590 . C T 86.18 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.038196;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.917;QD=10.7721;RBI=0.0405287;REFB=0.00543826;REVB=-0.0135513;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207796;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0092228;OID=.;OPOS=139235590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:32:21:21:10:11:0.34375:7:3:10:11:7:4:10:11 chr9 139235606 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0129256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.518;QD=13.4862;RBI=0.0158328;REFB=-0.0114783;REVB=-0.00914361;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403938;STB=0.740614;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0198018;OID=.;OPOS=139235606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:7:4:7:2:7:4 chr9 139252495 . G A,C 2738.14 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=170,10;DP=181;FAO=170,10;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=81,8;FSAR=89,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368522,0.0202697;FXX=0.0109884;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.925,113.102;QD=60.8476;RBI=0.0615301,0.0229433;REFB=-0.0624439,-0.0941222;REVB=0.0492734,-0.0107487;RO=0;SAF=81,8;SAR=89,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.85996e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00181722,0.0719345;OID=.,.;OPOS=139252495,139252495;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:181:180:0:0:170,10:170,10:0.944444,0.0555556:89,2:81,8:0:0:89,2:81,8:0:0 chr9 139256468 . C G 361.06 PASS AF=0.333333;AO=45;DP=135;FAO=45;FDP=135;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.00986758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.919;QD=10.6982;RBI=0.0126244;REFB=-0.0193791;REVB=-0.00787442;RO=90;SAF=23;SAR=22;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256997;STB=0.514825;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.03335;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:90:90:45:45:0.333333:22:23:48:42:22:23:48:42 chr9 139256541 . C T 678.77 PASS AF=0.380597;AO=34;DP=147;FAO=51;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=5;FWDB=0.00619564;FXX=0.0758568;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.882;QD=20.2617;RBI=0.00766868;REFB=-0.0110207;REVB=0.00451915;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=30;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35701;STB=0.688816;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0354108;OID=.;OPOS=139256541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:134:32:46:34:51:0.380597:15:19:30:2:26:25:41:5 chr9 139261991 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0444003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8965;QD=7.83667;RBI=0.0842572;REFB=-0.0130864;REVB=-0.0716093;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135555;STB=0.584187;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0184331;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:5:11:4:3:5:11 chr9 139262395 . C T 366.03 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0286045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0073;QD=21.5313;RBI=0.035944;REFB=-0.0123348;REVB=0.0217659;RO=30;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145916;STB=0.572069;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00833515;OID=.;OPOS=139262395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:19:18:20:10:19:18:20:11 chr9 139266405 . G A 272.4 PASS AF=0.347368;AO=31;DP=90;FAO=33;FDP=95;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0102058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.591;QD=11.4697;RBI=0.0623673;REFB=-0.0132806;REVB=-0.0615266;RO=56;SAF=13;SAR=18;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207393;STB=0.64062;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0308849;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:95:56:62:31:33:0.347368:18:13:34:22:20:13:38:24 chr9 139266496 . C T 161.5 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0210999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.219;QD=10.5902;RBI=0.0211197;REFB=-0.0131339;REVB=-0.000915284;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166277;STB=0.597605;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0343332;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:14:7:19:21:14:7:19:21 chr9 139272058 . A G 161.46 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0563264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4862;QD=10.5875;RBI=0.0597512;REFB=-0.0157161;REVB=-0.0199384;RO=39;SAF=3;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393426;STB=0.745068;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0389236;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:18:3:16:23:18:3:17:23 chr9 139273402 . C T 100.6 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0131489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.624;QD=16.0964;RBI=0.0198746;REFB=-0.0225838;REVB=-0.0149032;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173529;STB=0.59984;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00791628;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:4:9:6:6:4:9 chr9 139275204 . A C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.014678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.424;QD=12.1823;RBI=0.0766749;REFB=-0.0205997;REVB=-0.0752568;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306545;STB=0.682555;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0221879;OID=.;OPOS=139275204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:9:6:7:3:9:6 chr9 139275294 . G C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00643473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.196;QD=12.1819;RBI=0.0259061;REFB=-0.0161317;REVB=0.0250942;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101015;STB=0.559882;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.031842;OID=.;OPOS=139275294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:9:6:5:5:9:6 chr9 139279173 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0122646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.162;QD=8.30748;RBI=0.0127575;REFB=-0.0136602;REVB=-0.00351202;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0352731;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:10:8:5:3:10:8 chr9 139289825 . A G 100.22 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00427501;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.06;QD=14.3173;RBI=0.0178837;REFB=-0.0500689;REVB=-0.0173652;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.512175;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0323612;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:16:12:12:0.428571:5:7:7:7:5:7:9:7 chr9 139298580 . C T 130.52 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0185838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.908;QD=7.35302;RBI=0.0232019;REFB=-0.0144038;REVB=-0.0138914;RO=50;SAF=7;SAR=12;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27388;STB=0.676121;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0365842;OID=.;OPOS=139298580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:52:19:19:0.267606:12:7:30:20:12:7:32:20 chr9 139298593 . A G 119.51 PASS AF=0.264706;AO=17;DP=67;FAO=18;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0238877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.272;QD=7.02993;RBI=0.0554482;REFB=-0.0157371;REVB=-0.0500388;RO=49;SAF=6;SAR=11;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263224;STB=0.679414;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0840201;OID=.;OPOS=139298593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:49:50:17:18:0.264706:11:6:28:21:12:6:29:21 chr9 139299637 . C T 107.89 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0204624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.902;QD=13.0777;RBI=0.0214113;REFB=0.00691595;REVB=-0.00630358;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.571317;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.0138963;OID=.;OPOS=139299637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:12:13:0.393939:4:8:10:8:5:8:10:10 chr9 139306467 . C T 496.38 PASS AF=0.372671;AO=60;DP=161;FAO=60;FDP=161;FR=.;FRO=101;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=69;FWDB=-0.00682998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1618;QD=12.3325;RBI=0.0897248;REFB=-0.00915578;REVB=-0.0894645;RO=100;SAF=24;SAR=36;SRF=31;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106216;STB=0.555538;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0175037;OID=.;OPOS=139306467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:100:101:60:60:0.372671:36:24:31:69:36:24:32:69 chr9 139316601 . C T 124.56 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.136276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.839;QD=19.1624;RBI=0.13675;REFB=-0.00404111;REVB=-0.0113781;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136048;STB=0.588095;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00269968;OID=.;OPOS=139316601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:13:14:0.538462:11:2:3:9:12:2:3:9 chr9 139324740 . C T 228.78 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00227971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.9;QD=11.7325;RBI=0.00771608;REFB=-0.00120664;REVB=0.00737162;RO=50;SAF=12;SAR=16;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188566;STB=0.608619;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00212836;OID=.;OPOS=139324740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:16:12:30:20:16:12:30:20 chr9 139327034 . A G 257.92 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0370293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.961;QD=11.592;RBI=0.0781213;REFB=-0.0142365;REVB=-0.0687879;RO=57;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220537;STB=0.519218;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0244068;OID=.;OPOS=139327034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:58:31:31:0.348315:18:13:25:32:18:13:26:32 chr9 139328551 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-7.14653e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.76;QD=12.4824;RBI=0.0408932;REFB=-0.00563971;REVB=0.0408931;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215384;STB=0.599845;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00886841;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:14:4:5:7:14:5 chr9 139343718 . TC T,TT 459.99 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=6,26;DP=32;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14037,0.134624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.488,247.532;QD=57.4993;RBI=0.14119,0.135436;REFB=0,0;REVB=0.0151913,0.0148048;RO=0;SAF=2,3;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00247459,0.000919981;OID=.,.;OPOS=139343719,139343719;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:6,26:32:1,31:32:0:0,5:1,26:0:0:4:0:2,3:4,23:0:0 chr9 139371234 . G A 131.25 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00070694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.774;QD=14.189;RBI=0.0189676;REFB=-0.0336355;REVB=-0.0189544;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23825;STB=0.638118;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0504726;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:8:14:6:9:8:14 chr9 139380320 . C T 186.92 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00988507;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.101;QD=18.6919;RBI=0.0126949;REFB=-0.0110675;REVB=-0.00796529;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133747;STB=0.575837;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0167763;OID=.;OPOS=139380320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:9:10:8:13:9:10:8:13 chr9 139391636 . G A 2656.57 PASS AF=1;AO=168;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00258889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.083;QD=62.142;RBI=0.0236608;REFB=0;REVB=0.0235187;RO=0;SAF=92;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02044e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01768e-05;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:168:171:1:76:92:0:0:78:93:0:0 chr9 139397707 . G A 686.42 PASS AF=0.944444;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0630985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.118;QD=50.8457;RBI=0.0892876;REFB=-0.191088;REVB=0.0631731;RO=2;SAF=31;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293889;STB=0.502332;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00320914;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:52:54:2:3:48:51:0.944444:17:31:2:0:19:32:2:1 chr9 139402760 . G A 485.34 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0489977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5548;QD=30.3337;RBI=0.0709985;REFB=-0.014962;REVB=0.051381;RO=20;SAF=25;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484316;STB=0.526227;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00847973;OID=.;OPOS=139402760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:19:25:13:7:19:25:13:7 chr9 139407932 . A G 298.12 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0122483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0826;QD=18.6327;RBI=0.0123293;REFB=-0.00812538;REVB=-0.00141119;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872801;STB=0.54875;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00892075;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:20:12:15:17:20:12:15:17 chr9 139418260 . A G 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00155294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.429;QD=25.711;RBI=0.0130516;REFB=-0.0410086;REVB=-0.0129589;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974122;STB=0.554376;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00425724;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:5:1:4:9:5:1 chr9 139616742 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.931;QD=54.5166;RBI=0.0233712;REFB=0;REVB=0.0144301;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.07433e-05;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr9 139617662 . T C 239.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6457;QD=50.3774;RBI=0.0925411;REFB=0;REVB=-0.0790391;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00398372;OID=.;OPOS=139617662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr9 139634495 . G A 524.74 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030838;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.888;QD=59.9701;RBI=0.0438093;REFB=0;REVB=0.031117;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296368;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr9 139635430 . C T 392.42 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0641002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.407;QD=50.6345;RBI=0.0663098;REFB=0.0489509;REVB=0.016975;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.514129;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00165846;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:20:9:1:0:20:9:1:1 chr9 139648918 . T G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00754978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.315;QD=58.5864;RBI=0.0580407;REFB=0;REVB=-0.0575475;RO=0;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190239;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:5:28:0:0:5:28:0:0 chr9 139649612 . C A 772.77 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.448;QD=56.2013;RBI=0.0422443;REFB=0;REVB=0.0367098;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151138;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:21:33:0:0:21:34:0:0 chr9 139652329 . G C 789.26 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.077615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.575;QD=50.92;RBI=0.0776219;REFB=-0.0965079;REVB=-0.00103478;RO=2;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039261;STB=0.523582;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00444733;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:2:4:58:58:0.935484:23:35:0:2:23:35:1:3 chr9 139656670 . T C,G 1572.75 PASS AF=0.940171,0;AO=100,8;DP=115;FAO=110,0;FDP=117;FR=.;FRO=7;FSAF=75,0;FSAR=35,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0206652,-0.0471902;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=115.842,28.6829;QD=53.7691;RBI=0.0506476,0.0478142;REFB=-0.0221363,-0.0767226;REVB=0.04624,-0.00769943;RO=5;SAF=67,7;SAR=33,1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0272548,0.428999;STB=0.517238,0.5;STBP=0.163,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00225638,0;OID=.,.;OPOS=139656670,139656670;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:115:117:5:7:100,8:110,0:0.940171,0:33,1:67,7:2:3:35,0:75,0:3:4 chr9 139656706 . A C 2079.2 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000402403;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.964;QD=61.1529;RBI=0.0103395;REFB=0;REVB=0.0103317;RO=0;SAF=83;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106367;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:136:0:0:129:136:1:46:83:0:0:50:86:0:0 chr9 139657834 . G C 1140.11 PASS AF=0.91954;AO=78;DP=86;FAO=80;FDP=87;FR=.;FRO=7;FSAF=53;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00525163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.928;QD=52.4188;RBI=0.0374263;REFB=-0.019623;REVB=0.037056;RO=7;SAF=52;SAR=26;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337205;STB=0.517708;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00455735;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:86:87:7:7:78:80:0.91954:26:52:6:1:27:53:6:1 chr9 139657835 . G C 36.6 PASS AF=0.0813953;AO=6;DP=88;FAO=7;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.0204557;FXX=0.0227247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.139;QD=1.70217;RBI=0.0236311;REFB=-0.0028231;REVB=-0.0118319;RO=57;SAF=5;SAR=1;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269529;STB=0.752522;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.101412;OID=.;OPOS=139657835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:88:86:57:76:6:7:0.0813953:1:5:36:21:1:6:49:27 chr9 139690840 . G A 575.23 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.486;QD=60.5505;RBI=0.0298626;REFB=0;REVB=0.0292324;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59269e-05;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:10:27:0:0:11:27:0:0 chr9 139693596 . T C 4604.59 PASS AF=1;AO=287;DP=295;FAO=289;FDP=289;FR=.;FRO=0;FSAF=123;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219752;FXX=0.0302003;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7636;QD=63.7313;RBI=0.0169647;REFB=-0.0745097;REVB=-0.0168217;RO=0;SAF=122;SAR=165;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132806;OID=.;OPOS=139693596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:295:289:0:0:287:289:1:165:122:0:0:166:123:0:0 chr9 139694521 . T G 2203.53 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.519;QD=62.958;RBI=0.0243651;REFB=0;REVB=0.0226031;RO=0;SAF=63;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141447;OID=.;OPOS=139694521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:75:63:0:0:77:63:0:0 chr9 139694569 . A C 553.01 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00910939;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1299;QD=26.9762;RBI=0.0139288;REFB=-0.0214293;REVB=-0.0105371;RO=32;SAF=25;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447322;STB=0.524381;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0117173;OID=.;OPOS=139694569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:32:32:50:50:0.609756:25:25:18:14:25:25:18:14 chr9 139726239 . A G 562.86 PASS AF=0.658228;AO=49;DP=76;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0260897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6666;QD=28.4993;RBI=0.0310422;REFB=-0.00797848;REVB=0.0168209;RO=27;SAF=23;SAR=26;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652995;STB=0.531484;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00425049;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:27:27:49:52:0.658228:26:23:10:17:28:24:10:17 chr9 139732331 . G C 664.74 PASS AF=0.605769;AO=62;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0271488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9952;QD=25.5669;RBI=0.0490178;REFB=-0.0604387;REVB=0.0408129;RO=41;SAF=35;SAR=27;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522076;STB=0.531581;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0368061;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:41:62:63:0.605769:27:35:26:15:28:35:26:15 chr9 139739643 . T C 143.99 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00468227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.97;QD=23.9983;RBI=0.00990794;REFB=-0.0219466;REVB=0.00873176;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346772;STB=0.699147;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0269781;OID=.;OPOS=139739643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:14:15:0.625:10:4:7:2:11:4:7:2 chr9 139747739 . T A 246.96 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.000908694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1183;QD=24.6955;RBI=0.046761;REFB=-0.000908095;REVB=-0.0467521;RO=17;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200498;STB=0.612794;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000818441;OID=.;OPOS=139747739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:19:4:6:11:19:4:6:11 chr9 139749067 . C T 315.42 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0554775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0998;QD=24.2629;RBI=0.0562549;REFB=-0.0290687;REVB=-0.00931997;RO=20;SAF=24;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23722;STB=0.624721;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0314108;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:21:31:31:0.596154:7:24:10:10:7:24:11:10 chr9 139752899 . T G 232.64 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0282087;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.518;QD=21.6409;RBI=0.0293232;REFB=-0.0242214;REVB=0.00800726;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.601147;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0401926;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:20:16:17:0.395349:10:6:12:7:10:7:12:8 chr9 139839904 . T G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.055;QD=56.7065;RBI=0.139528;REFB=0;REVB=0.000623403;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484383;OID=.;OPOS=139839904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:25:4:0:0:25:4:0:0 chr9 139840543 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8152;QD=47.822;RBI=0.0997908;REFB=0;REVB=-0.0646626;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420293;OID=.;OPOS=139840543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr9 139848688 . C T 1977.45 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00694238;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.016;QD=61.3164;RBI=0.0227378;REFB=-0.0974554;REVB=0.0216521;RO=1;SAF=75;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00629386;STB=0.503311;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000286553;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:129:1:1:126:128:0.992248:51:75:1:0:53:75:1:0 chr9 139864341 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0038395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.407;QD=12.0157;RBI=0.0439135;REFB=-0.0218515;REVB=-0.0437453;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.523732;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00875468;OID=.;OPOS=139864341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:6:1:1:5:6:1 chr9 139866247 . T G 146.9 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0202555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6804;QD=25.5483;RBI=0.0208743;REFB=-0.114871;REVB=0.00504502;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574481;STB=0.532121;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0101677;OID=.;OPOS=139866247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:23:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:3:5:8:7:3:5 chr9 139872048 . A G 1606.58 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.977;QD=60.0589;RBI=0.0192502;REFB=0;REVB=-0.00904163;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70386e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:54:53:0:0:54:53:0:0 chr9 139878317 . C T 375.05 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0986025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6656;QD=50.0066;RBI=0.100359;REFB=-0.191655;REVB=0.0186953;RO=2;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191453;STB=0.510302;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00775566;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:18:10:1:1:18:10:1:1 chr9 139878828 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.743;QD=44.6898;RBI=0.0169558;REFB=0;REVB=0.0161128;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103098;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr9 139902214 . A G 1528.89 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264582;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1396;QD=59.9565;RBI=0.0597392;REFB=0;REVB=-0.0535605;RO=0;SAF=47;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344785;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:101:102:1:54:47:0:0:55:47:0:0 chr9 139904037 . A G 283.78 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00759942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.188;QD=43.6588;RBI=0.0196373;REFB=-0.0550728;REVB=0.0181072;RO=3;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955253;STB=0.55168;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00295434;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:13:10:0:3:13:10:0:3 chr9 139906359 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.706;QD=57.3851;RBI=0.0606628;REFB=0;REVB=0.0510382;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205601;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr9 139912484 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.364;QD=51.9121;RBI=0.0185395;REFB=0;REVB=-0.0144935;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.13739e-05;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr9 139913239 . T G 1591.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.977;QD=63.6632;RBI=0.0568287;REFB=0;REVB=0.0523921;RO=0;SAF=60;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45443e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:100:0:0:93:100:1:33:60:0:0:36:64:0:0 chr9 139923265 . A G 283.6 PASS AF=0.557692;AO=27;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00159382;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.407;QD=21.8151;RBI=0.00659704;REFB=-0.0379224;REVB=0.00640161;RO=24;SAF=5;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178981;STB=0.585391;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0298265;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:23:27:29:0.557692:22:5:8:16:23:6:8:15 chr9 139926402 . T C 149.66 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.049479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6686;QD=19.311;RBI=0.059346;REFB=-0.0579251;REVB=-0.0327685;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.05128;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:8:7:8:8:8:7 chr9 139934133 . CA C 37.99 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0129742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9897;QD=6.33146;RBI=0.215201;REFB=-0.0988262;REVB=-0.214809;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=2;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=-0.244457;STB=0.666388;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.136791;OID=.;OPOS=139934134;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:9:24:10:24:14:6:4:12:2:37:14:6:3:12:2 chr9 139937795 . T C 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.809;QD=58.055;RBI=0.046166;REFB=0;REVB=0.0247868;RO=0;SAF=10;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9302e-05;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:51:10:0:0:51:10:0:0 chr9 139937799 . G A 919.97 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1777;QD=58.411;RBI=0.044477;REFB=0;REVB=-0.0244936;RO=0;SAF=10;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87395e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1887e-05;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:53:10:0:0:53:10:0:0 chr9 139943112 . A G 204.09 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0162621;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.981;QD=12.369;RBI=0.0169008;REFB=-0.00784936;REVB=-0.00460224;RO=40;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146392;STB=0.578955;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0153662;OID=.;OPOS=139943112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:41:25:25:0.378788:7:18:24:16:7:18:25:16 chr9 139943429 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00549614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.059;QD=18.767;RBI=0.0187374;REFB=-0.0352589;REVB=0.0179132;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0173913;OID=.;OPOS=139943429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr9 139943549 . G A 607.15 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0628831;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.154;QD=57.8238;RBI=0.0743108;REFB=0.0189186;REVB=0.0395957;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=4.56523e-05;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:39:41:0.97619:16:23:0:1:17:24:0:1 chr9 139944736 . C G 107.3 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00772902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.435;QD=7.8039;RBI=0.0752902;REFB=-0.00311035;REVB=-0.0748925;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128713;STB=0.57821;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00768053;OID=.;OPOS=139944736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:8:7:23:17:8:7:23:17 chr9 139945363 . G A 86.39 PASS AF=0.4;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00233228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4694;QD=13.8219;RBI=0.173425;REFB=-0.0392699;REVB=0.173409;RO=14;SAF=7;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.76724;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0320196;OID=.;OPOS=139945363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:25:14:14:7:10:0.4:0:7:6:8:3:7:6:8 chr9 139973820 . C T 614.41 PASS AF=0.379679;AO=71;DP=185;FAO=71;FDP=187;FR=.;FRO=116;FSAF=4;FSAR=67;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=0.0358501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3646;QD=13.1424;RBI=0.064187;REFB=-0.0155702;REVB=-0.0532422;RO=114;SAF=4;SAR=67;SRF=53;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.653709;STB=0.880018;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0254622;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:114:116:71:71:0.379679:67:4:53:61:67:4:53:63 chr9 139981627 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.857;QD=58.5875;RBI=0.0499457;REFB=0;REVB=0.0316699;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.09761e-05;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr9 139996641 . C A 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0168557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.612;QD=18.7423;RBI=0.0741728;REFB=-0.0673995;REVB=0.0722322;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0222723;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr9 140002989 . T C 389.89 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0386457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5163;QD=21.6605;RBI=0.0409325;REFB=-0.00609409;REVB=0.0134897;RO=32;SAF=15;SAR=24;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1724;STB=0.602098;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00319783;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:33:39:39:0.541667:24:15:19:13:24:15:20:13 chr9 140003427 . A G 175.94 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.084089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.328;QD=22.7017;RBI=0.0841359;REFB=-0.0158365;REVB=-0.00280946;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264293;STB=0.523783;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0107014;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:11:6:5:8:12:6:5:8 chr9 140006202 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.020051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9455;QD=17.2296;RBI=0.0368637;REFB=0.0449694;REVB=0.0309336;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51888;STB=0.799313;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0146943;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:6:0:6:2:6:0 chr9 140006425 . C G 191.48 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0206503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5859;QD=22.527;RBI=0.0216444;REFB=0.0100572;REVB=-0.00648431;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329619;STB=0.658058;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00522378;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:15:19:19:0.558824:13:6:10:3:13:6:10:5 chr9 140008750 . G C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0433818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0357;QD=13.9589;RBI=0.0434419;REFB=-0.0354005;REVB=0.00228515;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0338885;OID=.;OPOS=140008750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:1:6:6:1:1:6 chr9 140094137 . G A 249.76 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0406669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0705;QD=16.6507;RBI=0.101078;REFB=-0.0275221;REVB=0.0925362;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255639;STB=0.514378;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0491203;OID=.;OPOS=140094137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:15:13:14:18:15:13:14:18 chr9 140109272 . GCCCCA GCCCA,GCCCAC 153.99 PASS AF=0.507692,0;AO=27,3;DP=65;FAO=33,0;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=30,0;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0342715,-0.0792475;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.3905,106.253;QD=9.47609;RBI=0.111543,0.082392;REFB=-0.0854474,0.0129592;REVB=0.106148,0.022545;RO=29;SAF=26,2;SAR=1,1;SRF=5;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.800144,0.527845;STB=0.876366,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.065575,0;OID=.,.;OPOS=140109273,140109276;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=GCCCA,GCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507692,0:27,3:65:33,0:65:32:30,0:3,0:8:24:99:29:26,2:1,1:5:24 chr9 140115520 . AGGGGGCA AGGGGCA,AGGGGCAG 92.93 PASS AF=0.894737,0;AO=4,7;DP=19;FAO=17,0;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=15,0;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.265035,-0.082597;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=9.25303,10.8565;QD=19.5636;RBI=0.284647,0.0826381;REFB=-0.0389404,0.0667445;REVB=0.103827,0.0026055;RO=6;SAF=4,7;SAR=0,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.65814,0.74229;STB=0.531215,0.5;STBP=0.642,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0430873,0;OID=.,.;OPOS=140115521,140115525;OREF=G,GCA;OALT=-,CAG;OMAPALT=AGGGGCA,AGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737,0:4,7:19:17,0:19:2:15,0:2,0:2:0:9:6:4,7:0,0:5:1 chr9 140120396 . C T 57.83 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0847508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=34.023;QD=25.7014;RBI=0.0924293;REFB=-0.187718;REVB=0.0368847;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0652147;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:0:2:7:7:0.777778:4:3:0:0:4:3:1:1 chr9 140123132 . C G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0141344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.576;QD=21.1691;RBI=0.0228277;REFB=-0.00534491;REVB=0.0179254;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367917;STB=0.713672;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00335216;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:3:0:5:2:3:0 chr9 140128085 . T C 519.72 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=66;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0299306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4812;QD=31.4982;RBI=0.0334771;REFB=-0.00403097;REVB=-0.0149958;RO=19;SAF=27;SAR=19;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178162;STB=0.601225;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00181853;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:20:46:46:0.69697:19:27:17:2:19:27:18:2 chr9 140128883 . TG CT,T 67.29 PASS AF=0,0.47619;AO=2,8;DP=21;FAO=0,10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=-0.00907484,-0.0182916;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=13.8992,14.1345;QD=12.8173;RBI=0.0113333,0.0806011;REFB=-0.0802995,-0.073018;REVB=0.00678904,0.0784981;RO=10;SAF=0,4;SAR=2,4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0.415966;SSEP=0,0;SSSB=0,0.489223;STB=0.5,0.738792;STBP=1,0.109;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.103325;OID=.,.;OPOS=140128883,140128884;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:21:21:10:11:2,8:0,10:0,0.47619:2,4:0,4:0:10:0,6:0,4:0:11 chr9 140130606 . A T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.425;QD=56.9986;RBI=0.0282207;REFB=0;REVB=0.000607249;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236178;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr9 140139757 . G A 250.73 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00353187;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.533;QD=47.7576;RBI=0.0369608;REFB=-0.0639864;REVB=0.0367917;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5185;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.001636;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:0:1:20:20:0.952381:13:7:0:0:13:7:0:1 chr9 140147152 . C G 315.13 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0239301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2873;QD=22.5089;RBI=0.0746069;REFB=-0.0255529;REVB=0.070665;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476644;STB=0.518856;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0188261;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:20:12:10:13:20:12:10:14 chr9 140147273 . C T 287.06 PASS AF=0.333333;AO=35;DP=113;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0183338;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.104;QD=9.8141;RBI=0.0250742;REFB=-0.0224017;REVB=0.0171052;RO=74;SAF=18;SAR=17;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795853;STB=0.551155;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0445825;OID=.;OPOS=140147273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:74:78:35:39:0.333333:17:18:33:41:18:21:36:42 chr9 140167021 . CG AC,CA 424.96 PASS AF=0,0.577465;AO=3,37;DP=71;FAO=0,41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=0,11;FSAR=0,30;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0395759,0.0702715;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=158.425,112.875;QD=23.9411;RBI=0.0395956,0.0709041;REFB=-0.0125615,-0.0154461;REVB=-0.00124806,0.00945026;RO=29;SAF=3,7;SAR=0,30;SRF=7;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.682145,-0.0645217;STB=0.5,0.500875;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0119674;OID=.,.;OPOS=140167021,140167022;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:71:29:30:3,37:0,41:0,0.577465:0,30:3,7:7:22:0,30:0,11:8:22 chr9 140177040 . A T 836.6 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0589426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2609;QD=55.7732;RBI=0.0614202;REFB=0.13995;REVB=0.0172688;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184984;STB=0.509801;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0150417;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:0:1:25:34:0:1 chr9 140243844 . C T 1122.62 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626129;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.265;QD=60.6821;RBI=0.0795053;REFB=0;REVB=0.0489972;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471011;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:26:46:0:0:27:47:0:0 chr9 140247143 . T G 873.51 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0967;QD=57.2793;RBI=0.0361119;REFB=0;REVB=0.0295411;RO=0;SAF=45;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702767;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:13:45:0:0:14:47:0:0 chr9 140250818 . C G,T 1298.26 PASS AF=0.045977,0.942529;AO=8,78;DP=87;FAO=4,82;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=4,32;FSAR=0,50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0295372,-0.0219683;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.236,132.597;QD=59.6903;RBI=0.0342905,0.0317787;REFB=-0.010459,-0.119417;REVB=-0.0174181,0.0229627;RO=0;SAF=4,32;SAR=4,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.5329e-08;STB=0.995941,0.504949;STBP=0.099,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.126933,-0.00114938;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:87:87:0:1:8,78:4,82:0.045977,0.942529:4,46:4,32:0:0:0,50:4,32:0:1 chr9 140262426 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.387;QD=59.8366;RBI=0.024891;REFB=0;REVB=0.0175353;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187058;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 140277826 . C T 490.94 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00147705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8592;QD=22.5721;RBI=0.00149608;REFB=-0.000899755;REVB=-0.000237842;RO=40;SAF=18;SAR=29;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519759;STB=0.528567;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00113834;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:40:47:47:0.54023:29:18:13:27:29:18:13:27 chr9 140327663 . C G,T 1973.92 PASS AF=0.0615385,0.938462;AO=8,122;DP=130;FAO=8,122;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=7,76;FSAR=1,46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230575,0.00172791;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.9672,199.395;QD=60.736;RBI=0.0504619,0.0346784;REFB=0,0;REVB=0.0504092,0.0346353;RO=0;SAF=7,76;SAR=1,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.177243,-5.03335e-05;OID=.,.;OPOS=140327663,140327663;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:130:130:0:0:8,122:8,122:0.0615385,0.938462:1,46:7,76:0:0:1,46:7,76:0:0 chr9 140330976 . T C 613.14 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.938;QD=61.3136;RBI=0.122226;REFB=0;REVB=-0.120186;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263371;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr9 140332478 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0092593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.094;QD=59.5782;RBI=0.00988226;REFB=0;REVB=0.00345319;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170736;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:21:21:0:0:24:21:0:0 chr9 140356422 . G C 901.55 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00654241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.854;QD=53.8237;RBI=0.0493908;REFB=-0.104604;REVB=0.0489556;RO=3;SAF=32;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140786;STB=0.50746;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00403763;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:3:3:64:64:0.955224:32:32:1:2:32:32:1:2 chr9 140357972 . A G 758.39 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273475;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0743;QD=57.2372;RBI=0.0301033;REFB=0;REVB=0.0125825;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239631;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr9 140374861 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.597;QD=62.6709;RBI=0.0124231;REFB=0;REVB=0.00212418;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.19707e-05;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr9 140414410 . C T 373.0 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00757623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.011;QD=17.762;RBI=0.00827915;REFB=-0.0289037;REVB=0.00333843;RO=45;SAF=18;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284288;STB=0.50922;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0364783;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:38:39:0.464286:20:18:20:25:21:18:20:25 chr9 140435087 . G A 79.88 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.045299;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.5276;QD=5.80927;RBI=0.1002;REFB=-0.0237789;REVB=0.0893762;RO=42;SAF=8;SAR=4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938668;STB=0.571306;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0820677;OID=.;OPOS=140435087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:4:8:25:17:4:8:25:18 chr9 140777306 . C G 218.38 PASS AF=0.304348;AO=28;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0419101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7806;QD=9.49461;RBI=0.0467235;REFB=-0.0149794;REVB=0.0206549;RO=63;SAF=17;SAR=11;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173123;STB=0.607066;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0242154;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:63:64:28:28:0.304348:11:17:29:34:11:17:29:35 chr9 140786918 . T C 220.48 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0270245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.739;QD=12.0808;RBI=0.0274417;REFB=-0.0153657;REVB=-0.00476663;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403653;STB=0.515756;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0331083;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:46:27:27:0.369863:14:13:20:25:14:13:21:25 chr9 140866007 . G A 1306.34 PASS AF=0.640449;AO=113;DP=177;FAO=114;FDP=178;FR=.;FRO=64;FSAF=46;FSAR=68;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00840944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.502;QD=29.3559;RBI=0.026463;REFB=-0.0192035;REVB=0.0250912;RO=64;SAF=46;SAR=67;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223892;STB=0.510689;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0121436;OID=.;OPOS=140866007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:64:64:113:114:0.640449:67:46:24:40:68:46:24:40 chr9 140878616 . G A 559.68 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.015461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.696;QD=19.1344;RBI=0.0245141;REFB=-0.0133982;REVB=0.0190236;RO=58;SAF=32;SAR=26;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316741;STB=0.521237;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0148432;OID=.;OPOS=140878616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:58:59:58:58:0.495726:26:32:34:24:26:32:35:24 chr9 140881314 . A C 441.09 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.29;QD=56.9147;RBI=0.100159;REFB=0;REVB=0.0882707;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380781;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:14:14:0:0:16:15:0:0 chr9 140911670 . C T 670.2 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.711;QD=62.344;RBI=0.00928466;REFB=0;REVB=-0.00910437;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.85405e-05;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr9 140952690 . G A 629.08 PASS AF=0.608696;AO=54;DP=89;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.042837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1656;QD=27.3511;RBI=0.0429876;REFB=-0.00524092;REVB=0.00359489;RO=35;SAF=22;SAR=32;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00554198;STB=0.515918;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00681604;OID=.;OPOS=140952690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:35:36:54:56:0.608696:32:22:14:21:32:24:14:22 chr9 141016262 . T G 1607.04 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.207;QD=64.2815;RBI=0.0155475;REFB=0;REVB=0.00600718;RO=0;SAF=77;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1608e-05;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:23:77:0:0:23:77:0:0 chr9 141069521 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0322436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5215;QD=14.7985;RBI=0.0550143;REFB=-0.00890351;REVB=0.044575;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00840189;OID=.;OPOS=141069521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:4:9:8:3:4:9 chr9 141069563 . A G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.815;QD=49.5925;RBI=0.0269074;REFB=0;REVB=0.0127052;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124987;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr9 141069905 . C T 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.031125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.247;QD=22.9154;RBI=0.0604589;REFB=0.00317739;REVB=-0.0518316;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197751;STB=0.6109;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00148694;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:0:4:7:2:0:4 chr9 141070125 . C T 370.29 PASS AF=0.731707;AO=29;DP=40;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0111703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.166;QD=36.1259;RBI=0.0112314;REFB=-0.0312629;REVB=0.00116998;RO=11;SAF=24;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209726;STB=0.594526;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0174786;OID=.;OPOS=141070125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:11:11:29:30:0.731707:5:24:6:5:6:24:6:5 chr9 141070283 . T C 464.68 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.637;QD=58.0852;RBI=0.0056309;REFB=0;REVB=0.000108443;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5139e-05;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr9 141070335 . T G 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.56;QD=44.6788;RBI=0.0115019;REFB=0;REVB=-0.00205495;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176931;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr9 141070916 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.94;QD=42.1812;RBI=0.0467763;REFB=0;REVB=0.0256224;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249738;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr9 141070950 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00894565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8066;QD=34.665;RBI=0.00903564;REFB=0.0320733;REVB=0.00127206;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00557743;OID=.;OPOS=141070950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr9 141071438 . A G 1263.39 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873968;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.37;QD=60.8861;RBI=0.0884025;REFB=0;REVB=0.0132971;RO=0;SAF=38;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329152;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:83:0:0:81:83:1:43:38:0:0:43:40:0:0 chr9 141071475 . C G 1556.01 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00664369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6014;QD=59.8464;RBI=0.00719045;REFB=0;REVB=-0.00275027;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56911e-05;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:57:47:0:0:57:47:0:0 chr9 141071552 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.121863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.26;QD=16.4176;RBI=0.12191;REFB=-0.000795364;REVB=0.00336662;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.57132;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00377255;OID=.;OPOS=141071552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:5:11:11:3:5:11 chr10 93816 . C T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00918676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.278;QD=17.167;RBI=0.0203924;REFB=-0.0219082;REVB=-0.0182058;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424109;STB=0.523793;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0240128;OID=.;OPOS=93816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:14:15:18:14:14:15:18:14 chr10 93945 . G A 185.57 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9542;QD=46.3913;RBI=0.0493965;REFB=0;REVB=0.0352882;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249177;OID=.;OPOS=93945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr10 94545 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.469;QD=64.1532;RBI=0.0781756;REFB=0;REVB=0.0221564;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431476;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr10 283619 . TAAAG TAAG,TAAGA 204.14 PASS AF=0.396825,0.015873;AO=22,3;DP=62;FAO=25,1;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11,1;FSAR=14,0;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0613363,-0.0666368;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=25.0198,186.997;QD=12.9611;RBI=0.091503,0.0684736;REFB=-0.0167384,-0.00728209;REVB=-0.0679017,-0.0157533;RO=34;SAF=8,3;SAR=14,0;SRF=8;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.154719,0.671378;STB=0.588168,0.993751;STBP=0.281,0.166;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0116864,0.189496;OID=.,.;OPOS=283620,283622;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=TAAG,TAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396825,0.015873:22,3:62:25,1:63:37:11,1:14,0:11:26:99:34:8,3:14,0:8:26 chr10 294953 . A G 152.36 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0012;QD=40.629;RBI=0.0751191;REFB=0.0104497;REVB=0.0703522;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00851732;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chr10 328070 . A G 102.52 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.016783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.822;QD=17.8289;RBI=0.0180513;REFB=-0.0205129;REVB=0.0066468;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.605879;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0192228;OID=.;OPOS=328070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:6:5:8:4:6:5 chr10 445061 . C T 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.792;QD=58.123;RBI=0.0792368;REFB=0;REVB=0.0731211;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102054;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr10 1081882 . T C 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.127;QD=59.9375;RBI=0.0265631;REFB=0;REVB=-0.0208429;RO=0;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57848e-06;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:59:42:0:0:59:42:0:0 chr10 1089616 . T C 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.089;QD=60.6011;RBI=0.0173621;REFB=0;REVB=0.00743807;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.68976e-05;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr10 1142208 . T C 1029.42 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.545;QD=57.9957;RBI=0.0484043;REFB=0.0382883;REVB=0.0164911;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-3.66163e-05;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:45:25:0:0:45:25:1:0 chr10 1149586 . C T 155.68 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00293382;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.096;QD=11.9757;RBI=0.0443157;REFB=-0.0153995;REVB=-0.0442185;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702086;STB=0.54094;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0245385;OID=.;OPOS=1149586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:33:19:19:0.365385:8:11:17:16:8:11:17:16 chr10 1175894 . A G 626.01 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0448562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7165;QD=58.2337;RBI=0.0756775;REFB=-0.0396834;REVB=0.0609508;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00187035;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:20:22:0:0:20:22:0:1 chr10 1230968 . C T 2545.19 PASS AF=0.994152;AO=167;DP=172;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.111583;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.261;QD=59.5365;RBI=0.114801;REFB=-0.152619;REVB=0.0269888;RO=4;SAF=71;SAR=96;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147496;STB=0.503401;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00162599;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:172:171:4:1:167:170:0.994152:96:71:3:1:97:73:1:0 chr10 1569095 . G A 827.1 PASS AF=0.567164;AO=76;DP=139;FAO=76;FDP=134;FR=.;FRO=58;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0165453;FXX=0.0359686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.362;QD=24.6894;RBI=0.026417;REFB=-0.0211995;REVB=0.0205939;RO=58;SAF=37;SAR=39;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443871;STB=0.524197;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0120265;OID=.;OPOS=1569095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:134:58:58:76:76:0.567164:39:37:25:33:39:37:25:33 chr10 3143643 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.272;QD=61.3361;RBI=0.0438179;REFB=0;REVB=0.0190326;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253179;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr10 3150973 . C T 533.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.182;QD=59.2239;RBI=0.100939;REFB=0;REVB=0.00786954;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341206;OID=.;OPOS=3150973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:21:13:0:0:22:14:0:0 chr10 3155620 . A G 1452.53 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8365;QD=63.1534;RBI=0.02878;REFB=0;REVB=-0.0147517;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01013e-05;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:46:46:0:0:46:46:0:0 chr10 3178881 . C T 260.11 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0316393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2172;QD=16.7813;RBI=0.0373219;REFB=-0.000402286;REVB=-0.019796;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00111424;STB=0.506794;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000520346;OID=.;OPOS=3178881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:19:10:11:21:19:10:11:22 chr10 3180227 . T C 499.08 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.0260196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8986;QD=21.4656;RBI=0.0422226;REFB=-0.0066163;REVB=-0.0332525;RO=45;SAF=29;SAR=19;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791688;STB=0.543616;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00645374;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:19:29:31:14:19:29:31:14 chr10 3181003 . A G 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.019535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.693;QD=16.4801;RBI=0.0204148;REFB=-0.0134865;REVB=0.00592847;RO=24;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350841;STB=0.540016;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0254508;OID=.;OPOS=3181003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:5:14:17:7:5:14:17:8 chr10 3189380 . C T 292.93 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.022831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.017;QD=27.2493;RBI=0.0472205;REFB=-0.019816;REVB=-0.0413343;RO=16;SAF=22;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307878;STB=0.624891;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00984733;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:25:26:0.604651:3:22:10:6:4:22:11:6 chr10 3190265 . A G 262.69 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0139141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3036;QD=20.6028;RBI=0.0194732;REFB=-0.0541536;REVB=0.0136236;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148691;STB=0.583029;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0602626;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:24:27:27:0.529412:16:11:13:9:16:11:14:10 chr10 3200292 . G A 198.68 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0137355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.1;QD=19.3829;RBI=0.0194879;REFB=-0.0139567;REVB=-0.0138244;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238541;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0220883;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:11:9:10:11:11:9:10:11 chr10 3202065 . T C 616.93 PASS AF=0.632184;AO=51;DP=83;FAO=55;FDP=87;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0189983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.76;QD=28.3647;RBI=0.0663944;REFB=-0.0215978;REVB=0.0636182;RO=32;SAF=20;SAR=31;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122641;STB=0.575729;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0176399;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:32:32:51:55:0.632184:31:20:18:14:35:20:18:14 chr10 3206027 . A G 427.06 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00419457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.394;QD=24.7571;RBI=0.0171234;REFB=0.000968398;REVB=0.0166018;RO=27;SAF=16;SAR=25;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408626;STB=0.516216;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.000497448;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:28:41:41:0.594203:25:16:12:15:25:16:12:16 chr10 3208557 . A G 101.01 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00667006;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.7;QD=14.9645;RBI=0.0181657;REFB=-0.000367297;REVB=0.0168968;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500788;STB=0.789022;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00041757;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:12:3:9:3:12:3 chr10 3214369 . A G 219.83 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0377154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.767;QD=17.5866;RBI=0.0394788;REFB=-0.00441469;REVB=0.0116671;RO=28;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12086;STB=0.569311;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00548062;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:17:5:9:19:17:5:9:19 chr10 3821327 . A T 290.81 PASS AF=0.463768;AO=29;DP=66;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0123235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.51;QD=16.8585;RBI=0.0511854;REFB=0.00128541;REVB=0.0496797;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152419;STB=0.552813;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.00130992;OID=.;OPOS=3821327;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:37:37:29:32:0.463768:17:12:21:16:17:15:21:16 chr10 4872878 . GA G 105.43 PASS AF=0.287356;AO=24;DP=88;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.0832883;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.249;QD=4.84745;RBI=0.199303;REFB=0.00151864;REVB=-0.181066;RO=60;SAF=8;SAR=16;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147247;STB=0.588453;STBP=0.32;TYPE=del;VARB=-0.0145156;OID=.;OPOS=4872879;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287356:24:88:25:87:62:8:17:27:35:99:60:8:16:27:33 chr10 4872921 . C T 632.51 PASS AF=0.529412;AO=63;DP=119;FAO=63;FDP=119;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00606171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.779;QD=21.2608;RBI=0.0339839;REFB=-0.00940347;REVB=-0.0334389;RO=54;SAF=21;SAR=42;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133022;STB=0.566243;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0112226;OID=.;OPOS=4872921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:54:56:63:63:0.529412:42:21:26:28:42:21:26:30 chr10 5019959 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.633;QD=51.9165;RBI=0.0256668;REFB=0;REVB=-0.0033619;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409788;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr10 5032239 . A AG 62.56 PASS AF=0.533333;AO=3;DP=17;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.149287;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.7506;QD=16.6831;RBI=0.18469;REFB=0.0167847;REVB=0.108737;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.64472;STB=0.822615;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=-0.0230378;OID=.;OPOS=5032240;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:3:17:8:15:7:7:1:2:5:50:13:3:0:6:7 chr10 5046907 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00983952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.076;QD=6.57358;RBI=0.0189607;REFB=-0.0220808;REVB=-0.0162078;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416902;STB=0.774851;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0539915;OID=.;OPOS=5046907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:1:5:8:8:1:5:8:8 chr10 5046957 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.845;QD=35.5759;RBI=0.0364207;REFB=0;REVB=0.0348865;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076614;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr10 5120157 . GC TA,TC 234.72 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,17;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843167,0.0163609;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=145.121,196.165;QD=49.415;RBI=0.062494,0.0582656;REFB=0,0;REVB=0.0619226,0.0559214;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0383953,0.00262722;OID=.,.;OPOS=5120157,5120157;OREF=GC,G;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:19:0:0:2,17:2,17:0.105263,0.894737:2,7:0,10:0:0:2,7:0,10:0:0 chr10 5136651 . C G 1508.5 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0162658;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.568;QD=58.5825;RBI=0.0240053;REFB=-0.0300634;REVB=0.0176545;RO=1;SAF=46;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102026;STB=0.505375;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-1.79122e-05;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:1:1:102:102:0.990291:56:46:1:0:56:46:1:0 chr10 5139685 . G A 573.86 PASS AF=1;AO=30;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.986;QD=60.4063;RBI=0.0343953;REFB=0;REVB=0.0151496;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365834;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:30:38:1:16:14:0:0:19:19:0:0 chr10 5199934 . G C 416.55 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0122385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6074;QD=49.0062;RBI=0.0503794;REFB=-0.0391262;REVB=0.0488703;RO=2;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715384;STB=0.555519;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0134003;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:33:34:2:3:30:31:0.911765:12:18:0:2:12:19:0:3 chr10 5202060 . C T 391.4 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0251819;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.3276;QD=50.5035;RBI=0.0609604;REFB=0.085316;REVB=0.0555162;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.00434053;OID=.;OPOS=5202060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:32:31:2:2:29:29:0.935484:18:11:0:2:18:11:0:2 chr10 5202104 . C T 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7414;QD=58.1315;RBI=0.0422762;REFB=0;REVB=-0.04201;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000936527;OID=.;OPOS=5202104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr10 5202145 . T A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0906357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.474;QD=37.4885;RBI=0.0910762;REFB=0;REVB=-0.00894671;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220393;OID=.;OPOS=5202145;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr10 5244441 . A G,T 674.6 PASS AF=0.773585,0.188679;AO=42,9;DP=53;FAO=41,10;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=12,3;FSAR=29,7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.035642,0.0453447;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=137.16,38.0183;QD=50.9132;RBI=0.0378227,0.04608;REFB=0.00545648,0.0227486;REVB=0.0126573,0.00819924;RO=1;SAF=12,3;SAR=30,6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0375076,-0.126211;STB=0.538442,0.624739;STBP=0.067,0.114;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000108949,0.0318229;OID=.,.;OPOS=5244441,5244441;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:55:53:53:1:2:42,9:41,10:0.773585,0.188679:30,6:12,3:1:0:29,7:12,3:2:0 chr10 5255025 . A G 795.4 PASS AF=0.831169;AO=61;DP=75;FAO=64;FDP=77;FR=.;FRO=13;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.018288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7394;QD=41.3193;RBI=0.0246051;REFB=-0.105948;REVB=-0.0164608;RO=11;SAF=26;SAR=35;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347068;STB=0.533131;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00336276;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:75:77:11:13:61:64:0.831169:35:26:6:5:37:27:8:5 chr10 5415954 . A G 301.73 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0117867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.172;QD=25.1439;RBI=0.0167247;REFB=-0.0152049;REVB=-0.0118655;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506519;STB=0.530783;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0128683;OID=.;OPOS=5415954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:16:11:9:10:16:11:10:11 chr10 5435918 . G A 215.87 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00118106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6001;QD=15.149;RBI=0.0461271;REFB=0.0102268;REVB=0.046112;RO=32;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749398;STB=0.542678;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.0110426;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:18:7:11:21:18:7:11:21 chr10 5436260 . A G 273.83 PASS AF=0.367816;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=0.0149176;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.98;QD=12.5901;RBI=0.0444095;REFB=-0.022626;REVB=-0.041829;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121831;STB=0.552739;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0405625;OID=.;OPOS=5436260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:55:31:32:0.367816:13:18:37:17:13:19:37:18 chr10 5437365 . A G 156.1 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=-0.00251519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.882;QD=9.46033;RBI=0.00750511;REFB=0.00143818;REVB=-0.0070711;RO=45;SAF=13;SAR=8;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880478;STB=0.551677;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00402921;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:8:13:31:14:8:13:31:14 chr10 5446794 . C T 156.79 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00249387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2497;QD=16.0806;RBI=0.0109159;REFB=-0.015754;REVB=-0.0106272;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174965;STB=0.600483;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0202432;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:9:13:7:10:9:13 chr10 5471200 . C T 1380.73 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5763;QD=61.3656;RBI=0.0260974;REFB=-0.0947883;REVB=-0.00873782;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00139971;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:50:39:0:0:50:39:0:1 chr10 5495218 . T C 592.16 PASS AF=0.952381;AO=41;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00461559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.758;QD=56.3966;RBI=0.0573956;REFB=0.00835497;REVB=0.0572097;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.000409531;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:0:2:41:40:0.952381:21:20:0:0:21:19:1:1 chr10 5499703 . ATA AT,ATT,TAT 532.74 PASS AF=0.891892,0,0.108108;AO=26,30,3;DP=66;FAO=33,0,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0,4;FSAR=20,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04166,-0.0447844,-0.04178;FXX=0.0512689;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=161.517,155.817,145.079;QD=57.5935;RBI=0.124502,0.0751898,0.079071;REFB=0,0,0;REVB=0.117325,0.0603975,0.0671316;RO=4;SAF=9,21,1;SAR=17,9,2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0975607,0.168196,0.413613;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00458069,0.0327265,0.0454527;OID=.,.,.;OPOS=5499705,5499705,5499703;OREF=A,A,ATA;OALT=-,T,TAT;OMAPALT=AT,ATT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:12:66:37:4:0:26,30,3:33,0,4:0.891892,0,0.108108:17,9,2:9,21,1:0:4:20,0,0:13,0,4:0:0 chr10 5541183 . C T 42.23 PASS AF=0.205128;AO=25;DP=44;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0108161;FXX=0.133304;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.873;QD=4.33117;RBI=0.0207393;REFB=-0.0669634;REVB=0.0176955;RO=18;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128754;STB=0.675589;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.184606;OID=.;OPOS=5541183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:44:39:18:31:25:8:0.205128:11:14:7:11:6:2:14:17 chr10 5541230 . T C 386.54 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.000336822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.126;QD=18.1901;RBI=0.00244875;REFB=-0.0187843;REVB=-0.00242548;RO=44;SAF=24;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742526;STB=0.536214;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0183573;OID=.;OPOS=5541230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:45:40:40:0.470588:16:24:23:21:16:24:24:21 chr10 5541294 . C T 449.09 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00482516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.137;QD=21.385;RBI=0.00871103;REFB=-0.0233305;REVB=0.00725258;RO=40;SAF=21;SAR=23;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452627;STB=0.524989;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.018582;OID=.;OPOS=5541294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:40:40:44:44:0.52381:23:21:17:23:23:21:17:23 chr10 5567366 . G A 1553.21 PASS AF=0.989899;AO=97;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00352651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7157;QD=62.7559;RBI=0.0119449;REFB=-0.0489704;REVB=0.0114124;RO=1;SAF=50;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939136;STB=0.504853;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000593222;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:97:98:0.989899:47:50:1:0:47:51:1:0 chr10 5567695 . G A 1844.1 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546107;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.712;QD=61.4698;RBI=0.0557045;REFB=0;REVB=0.0109844;RO=0;SAF=92;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.07749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107467;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:28:92:0:0:28:92:0:0 chr10 5567967 . G T 1488.61 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.484;QD=62.6785;RBI=0.0385302;REFB=0;REVB=0.0258555;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01108e-05;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:1:0:94:95:1:55:39:1:0:55:40:0:0 chr10 5673528 . G A 464.91 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.576;QD=58.1132;RBI=0.0577875;REFB=0;REVB=0.0082247;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016072;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:26:32:1:11:15:0:0:15:17:0:0 chr10 5765637 . C T 219.17 PASS AF=0.583333;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0222119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7369;QD=24.3517;RBI=0.0229947;REFB=-0.0191123;REVB=0.00594899;RO=14;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204321;STB=0.640885;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00991022;OID=.;OPOS=5765637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:14:15:19:21:0.583333:6:13:6:8:6:15:6:9 chr10 5781628 . T G 801.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7314;QD=64.1567;RBI=0.0388447;REFB=0;REVB=-0.0351727;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260437;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr10 5781969 . A T 382.77 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000339459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2155;QD=52.7959;RBI=0.0507214;REFB=-0.167221;REVB=0.0507203;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00467002;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:18:10:0:1:18:10:0:1 chr10 5784151 . A G 104.86 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0243831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.12;QD=11.0376;RBI=0.0255455;REFB=0.000414358;REVB=-0.00761816;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494956;STB=0.540921;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.000414676;OID=.;OPOS=5784151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:7:6:10:14:7:6:10:15 chr10 5788608 . G C 255.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.967;QD=51.1582;RBI=0.0293279;REFB=0;REVB=0.0159324;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451262;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr10 5789966 . CCTGCCTCAG C 75.4 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0246416;FXX=0.142806;HRUN=2;LEN=9;MLLD=275.818;QD=12.5662;RBI=0.0265091;REFB=-0.0204382;REVB=-0.00977358;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=del;VARB=0.0204606;OID=.;OPOS=5789967;OREF=CTGCCTCAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:11:26:11:24:13:5:6:6:7:75:13:5:6:6:7 chr10 5790420 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.51;QD=54.5173;RBI=0.0518676;REFB=0;REVB=0.0261317;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586776;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr10 5790616 . A G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0252584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.399;QD=22.7934;RBI=0.0459189;REFB=-0.0321908;REVB=0.0383479;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265067;OID=.;OPOS=5790616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:14:7:8:16:14:7 chr10 5799613 . A G 336.45 PASS AF=0.325758;AO=43;DP=132;FAO=43;FDP=132;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.0168857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2386;QD=10.1955;RBI=0.0168868;REFB=-0.0136268;REVB=0.000193531;RO=88;SAF=19;SAR=24;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414178;STB=0.520431;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0301274;OID=.;OPOS=5799613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:88:89:43:43:0.325758:24:19:42:46:24:19:42:47 chr10 5804531 . G A 749.2 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.194;QD=56.5431;RBI=0.0295347;REFB=0;REVB=0.0290922;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58618e-05;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:35:17:0:0:36:17:0:0 chr10 5808086 . G A 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00827621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.437;QD=12.5645;RBI=0.0179008;REFB=-0.0110164;REVB=-0.0158727;RO=46;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155454;STB=0.589018;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.017409;OID=.;OPOS=5808086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:13:15:18:28:13:15:18:28 chr10 5920121 . T C 410.69 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.664;QD=56.6464;RBI=0.0727416;REFB=0;REVB=0.0724325;RO=0;SAF=21;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293471;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:3:21:0:0:5:24:0:0 chr10 5925971 . C A 707.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.778;QD=62.8879;RBI=0.0517576;REFB=0;REVB=-0.0391641;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49264e-05;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 6001696 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00273275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.345;QD=19.0178;RBI=0.0271058;REFB=-0.00989982;REVB=0.0269677;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0116206;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:8:6:8:7:8:6 chr10 6002368 . T G 618.36 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0116124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0126;QD=20.9614;RBI=0.0127816;REFB=-0.00542006;REVB=-0.00534065;RO=56;SAF=25;SAR=37;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161082;STB=0.588562;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00711017;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:56:56:62:62:0.525424:37:25:33:23:37:25:33:23 chr10 6191733 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0349887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1428;QD=15.2621;RBI=0.0368401;REFB=0.00368709;REVB=-0.011532;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.0106054;OID=.;OPOS=6191733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:6:10:10:3:6:10 chr10 6191735 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1748;QD=56.7047;RBI=0.0299903;REFB=0;REVB=-0.0233561;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.267e-05;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr10 6287695 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6568;QD=44.6896;RBI=0.0139748;REFB=0;REVB=-0.0132938;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111937;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr10 6392848 . G A 409.83 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.414;QD=54.6438;RBI=0.0134996;REFB=0;REVB=0.0109884;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162423;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:16:14:0:0 chr10 6393009 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3151;QD=50.4121;RBI=0.0788158;REFB=0;REVB=-0.0698645;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110348;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr10 6393260 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.94;QD=46.848;RBI=0.0103993;REFB=0;REVB=0.00431954;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.80616e-05;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr10 6527143 . G A 125.31 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0125835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.446;QD=10.4423;RBI=0.0325216;REFB=-0.00352311;REVB=0.0299886;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988284;STB=0.559242;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00985533;OID=.;OPOS=6527143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:16:17:9:6:16:17 chr10 7285632 . A G 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.908;QD=58.138;RBI=0.0465713;REFB=0;REVB=0.0319926;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000643119;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr10 7528738 . G A 441.74 PASS AF=0.420168;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=119;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0600477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1071;QD=14.8484;RBI=0.0602005;REFB=0.00427948;REVB=-0.00428699;RO=66;SAF=21;SAR=29;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357157;STB=0.534275;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00437669;OID=.;OPOS=7528738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:66:69:50:50:0.420168:29:21:30:36:29:21:33:36 chr10 7605076 . GTCCAT CGTCAT,GTCAT,GTCATC 958.28 PASS AF=0,1,0;AO=3,58,3;DP=69;FAO=0,69,0;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,45,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304193,0.0670398,-0.00198578;FXX=0;HRUN=1,2,2;LEN=3,1,3;MLLD=59.5522,22.8844,5.22252;QD=55.5527;RBI=0.0360598,0.0808824,0.0351757;REFB=0,0,0;REVB=-0.0193644,-0.0452508,-0.0351196;RO=0;SAF=3,37,3;SAR=0,21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.213368,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.3149e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.000495466,0;OID=.,.,.;OPOS=7605076,7605078,7605079;OREF=GTC,C,CAT;OALT=CGT,-,ATC;OMAPALT=CGTCAT,GTCAT,GTCATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:69:69:0:0:3,58,3:0,69,0:0,1,0:0,21,0:3,37,3:0:0:0,24,0:0,45,0:0:0 chr10 7605101 . A G 1079.74 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8086;QD=59.9855;RBI=0.0275648;REFB=0;REVB=-0.0211026;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08493e-05;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:31:41:0:0 chr10 7618501 . A G 1607.01 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.562;QD=64.2805;RBI=0.0323999;REFB=0;REVB=0.0138521;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92631e-05;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:40:60:0:0:40:60:0:0 chr10 7618685 . GT CG,GG 607.76 PASS AF=0.707317,0.292683;AO=29,11;DP=42;FAO=29,12;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16,5;FSAR=13,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022971,0.00287532;FXX=0.0238039;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=144.944,126.894;QD=59.2932;RBI=0.0283474,0.00526245;REFB=0,0;REVB=0.0166106,0.00440748;RO=0;SAF=16,4;SAR=13,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0149089,0.0109385;OID=.,.;OPOS=7618685,7618686;OREF=GT,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:42:41:0:0:29,11:29,12:0.707317,0.292683:13,7:16,4:0:0:13,7:16,5:0:0 chr10 7679393 . C T 322.1 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0248659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9955;QD=28.0087;RBI=0.0254322;REFB=0.0117927;REVB=0.00533691;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00694656;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:9:9:14:14:9:9 chr10 7763661 . A G 869.37 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366692;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.374;QD=57.9576;RBI=0.0471247;REFB=0;REVB=0.0295991;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214338;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr10 7780646 . C G 480.87 PASS AF=0.494737;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.014896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.248;QD=20.2473;RBI=0.0225514;REFB=-0.00987894;REVB=0.0169314;RO=46;SAF=22;SAR=25;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125158;STB=0.558011;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00880781;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:46:48:47:47:0.494737:25:22:28:18:25:22:28:20 chr10 7797903 . C CAACT 245.88 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112722;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=246.291;QD=46.8345;RBI=0.0204065;REFB=-0.0511085;REVB=-0.0170107;RO=1;SAF=16;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279067;STB=0.514272;STBP=0.65;TYPE=ins;VARB=0.00154866;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:19:21:20:21:1:17:3:1:0:6:1:16:3:1:0 chr10 7808086 . T C 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0155973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.685;QD=15.1973;RBI=0.0175759;REFB=-0.0063459;REVB=-0.00810158;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748824;STB=0.531868;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0102801;OID=.;OPOS=7808086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:18:14:14:0.4375:4:10:11:6:4:10:12:6 chr10 8006798 . A G 236.84 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0376811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.633;QD=26.3156;RBI=0.0386575;REFB=-0.0108087;REVB=0.00863354;RO=14;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131376;STB=0.572799;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0091015;OID=.;OPOS=8006798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:12:10:9:5:12:10:9:5 chr10 11299735 . A T 861.04 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.308;QD=57.4023;RBI=0.0465116;REFB=0;REVB=0.045424;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486833;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:22:34:0:0:25:35:0:0 chr10 11356160 . C T 1216.15 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.666;QD=60.8077;RBI=0.0393217;REFB=0;REVB=0.025304;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670897;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:52:27:0:0:53:27:0:0 chr10 11373418 . A ATC 500.66 PASS AF=0.733333;AO=40;DP=63;FAO=44;FDP=60;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0134704;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.576;QD=33.3771;RBI=0.0210491;REFB=0.00259448;REVB=-0.0161745;RO=15;SAF=22;SAR=18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598127;STB=0.533318;STBP=0.406;TYPE=ins;VARB=-0.000747125;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333:40:63:44:60:16:22:22:10:6:99:15:22:18:10:5 chr10 11373420 . G C 64.38 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=64;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0184928;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2309;QD=4.22193;RBI=0.0393046;REFB=-0.00635586;REVB=-0.0346824;RO=49;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230191;STB=0.643657;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00415335;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:64:61:49:50:11:11:0.180328:4:7:22:27:4:7:23:27 chr10 11504313 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6546;QD=56.1901;RBI=0.0411379;REFB=0;REVB=-0.0341576;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000868928;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr10 11789382 . G A 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5163;QD=60.2232;RBI=0.061718;REFB=0;REVB=-0.0361756;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136718;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr10 11789405 . G A 635.91 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1469;QD=60.5633;RBI=0.0169634;REFB=0;REVB=-0.0134321;RO=1;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36418e-05;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:13:28:0:1:14:28:0:0 chr10 11797436 . T C 571.84 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.035498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1529;QD=55.7893;RBI=0.0834536;REFB=-0.207598;REVB=-0.0755275;RO=2;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520011;STB=0.527763;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00842855;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:2:2:39:39:0.95122:22:17:2:0:22:17:2:0 chr10 11797467 . G A 744.14 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.837;QD=54.1194;RBI=0.157316;REFB=-0.0458675;REVB=0.157154;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122141;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:28:27:0:0 chr10 11805354 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.571;QD=58.0604;RBI=0.0394069;REFB=0;REVB=0.0390917;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244715;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr10 11805357 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9987;QD=58.0597;RBI=0.10433;REFB=0;REVB=0.102056;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135449;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr10 12071397 . G A 414.44 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00699001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.108;QD=21.8126;RBI=0.0150585;REFB=-0.0137987;REVB=0.0133378;RO=34;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185232;STB=0.593505;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0124564;OID=.;OPOS=12071397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:20:21:25:9:20:21:25:10 chr10 12111090 . T C 1400.96 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1146;QD=62.265;RBI=0.0615912;REFB=0;REVB=0.015942;RO=0;SAF=30;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09878e-05;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:60:30:0:0:60:30:0:0 chr10 12143105 . C G 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00226674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.872;QD=16.0637;RBI=0.0370914;REFB=0.00506793;REVB=-0.037022;RO=31;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120866;STB=0.568283;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=-0.00837902;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:11:15:14:17:11:15:14:17 chr10 12148259 . A C 725.81 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.484;QD=63.1141;RBI=0.0227528;REFB=0;REVB=0.0190581;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119379;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:14:29:0:0:16:30:0:0 chr10 12148286 . T C 758.82 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0186701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.3441;QD=53.2503;RBI=0.0343442;REFB=0.0619186;REVB=0.0288262;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522719;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00101867;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:0:2:55:55:0.964912:21:34:0:0:21:34:0:2 chr10 12149939 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.976;QD=53.9109;RBI=0.0405017;REFB=0;REVB=0.00422603;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179575;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr10 12191933 . C T 874.59 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00828943;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.11;QD=56.425;RBI=0.0108046;REFB=-0.142794;REVB=-0.00693004;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000408757;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:39:21:1:0:40:21:1:0 chr10 12209752 . T C 821.26 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0885241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4439;QD=52.1435;RBI=0.102339;REFB=-0.164943;REVB=0.0513495;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.507934;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00363593;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:1:3:59:60:0.952381:29:30:1:0:30:30:1:2 chr10 12292344 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00335989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.435;QD=8.69115;RBI=0.0146486;REFB=0.00110898;REVB=0.0142581;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.00159044;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:7:10:5:3:7:10 chr10 12292454 . A G 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0317879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4383;QD=8.8089;RBI=0.0432492;REFB=-0.00175084;REVB=-0.0293261;RO=22;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413331;STB=0.759521;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00606534;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:22:23:10:10:0.30303:3:7:7:15:3:7:7:16 chr10 12867598 . C G 216.94 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0741606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2101;QD=21.6939;RBI=0.0950212;REFB=0.0169542;REVB=0.0594073;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144726;STB=0.589729;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0133343;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:8:13:14:4:9:13:14:4 chr10 12940455 . A G 738.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288673;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.335;QD=55.7492;RBI=0.0323106;REFB=0;REVB=-0.0145138;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129959;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:30:18:0:0:30:23:0:0 chr10 13158262 . C T 175.29 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.441;QD=46.7435;RBI=0.0530771;REFB=0;REVB=0.0473304;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310914;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:4:9:0:0:4:11:0:0 chr10 13166076 . A G 315.46 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.085;QD=46.7347;RBI=0.09713;REFB=0;REVB=0.071171;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00748681;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:0:0:21:27:1:6:15:0:0:10:17:0:0 chr10 13206233 . A T 1026.11 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00251484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.419;QD=57.0061;RBI=0.0297855;REFB=-0.104636;REVB=0.0296792;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000523539;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:72:0:1:70:71:0.986111:37:33:0:0:39:32:1:0 chr10 13230950 . C T 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0181996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.493;QD=17.9915;RBI=0.0210766;REFB=-0.0255334;REVB=0.01063;RO=30;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201103;STB=0.612598;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0298179;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:11:18:12:18:11:18:12:18 chr10 13337588 . G A 501.68 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.684;QD=59.0216;RBI=0.0183482;REFB=0;REVB=-0.0103469;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11072e-05;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr10 13375906 . T C 365.19 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.000362133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.623;QD=26.559;RBI=0.0102517;REFB=0.00536234;REVB=-0.0102454;RO=20;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571428;STB=0.531232;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0032964;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:17:18:12:8:17:18:12:8 chr10 13481427 . T A 258.73 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0772735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6462;QD=24.0675;RBI=0.0846484;REFB=-0.0314561;REVB=0.0345566;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241656;STB=0.634806;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0269168;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:12:7:16:8:12:7 chr10 13494594 . T C 386.89 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0142854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.654;QD=15.3225;RBI=0.0262762;REFB=-0.00578497;REVB=0.0220538;RO=58;SAF=19;SAR=24;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836119;STB=0.546935;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00680879;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:24:19:21:37:24:19:21:37 chr10 13534851 . A G 72.9 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0132233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.009;QD=10.8004;RBI=0.0132259;REFB=-0.00092338;REVB=0.000262041;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215431;STB=0.581924;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00399327;OID=.;OPOS=13534851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:26:27:17:17:9:10:0.37037:3:6:8:9:4:6:8:9 chr10 13633835 . A G 1141.82 PASS AF=0.987013;AO=77;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0702869;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2715;QD=59.3153;RBI=0.0703067;REFB=-0.0198031;REVB=-0.00166913;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000622604;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:77:76:0.987013:40:37:1:0:40:36:1:0 chr10 13685766 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.1;QD=45.8068;RBI=0.0463126;REFB=0;REVB=0.017314;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430608;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 13687890 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.645;QD=56.1907;RBI=0.0436776;REFB=0;REVB=-0.0091474;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000456323;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 13705529 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0188693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4033;QD=7.96563;RBI=0.0465434;REFB=0.00183728;REVB=-0.0425468;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665872;STB=0.541096;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00274908;OID=.;OPOS=13705529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:6:4:9:17:6:4:9:17 chr10 13769842 . A G 250.76 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0210523;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.277;QD=21.8048;RBI=0.0291292;REFB=-0.0217324;REVB=0.0201324;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159835;STB=0.609466;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.015225;OID=.;OPOS=13769842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:23:24:0.521739:16:7:10:11:17:7:11:11 chr10 14816335 . C T 186.29 PASS AF=0.297619;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00195957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.238;QD=8.87102;RBI=0.0235061;REFB=-0.0133113;REVB=0.0234243;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893698;STB=0.531849;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0319789;OID=.;OPOS=14816335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:59:25:25:0.297619:13:12:29:23:13:12:31:28 chr10 14976414 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0038106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.261;QD=22.9576;RBI=0.019075;REFB=-0.00457742;REVB=0.0186906;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.571338;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0020747;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:6:5:10:6:6:5 chr10 14976727 . G C 173.93 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0278422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0298;QD=19.326;RBI=0.0358604;REFB=-0.0273502;REVB=0.0226006;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499439;STB=0.528271;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00814497;OID=.;OPOS=14976727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:7:11:10:8:7:11 chr10 15573050 . A G 1381.36 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.988;QD=61.3936;RBI=0.0770347;REFB=-0.0809783;REVB=0.070812;RO=1;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145785;STB=0.507691;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00223109;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:32:57:0:1:32:57:0:1 chr10 15713667 . C G 42.97 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0049215;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.484;QD=15.6267;RBI=0.016091;REFB=-0.0136279;REVB=0.0153199;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.635942;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0177666;OID=.;OPOS=15713667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:11:4:5:6:6:0.545455:3:3:0:4:3:3:1:4 chr10 16547058 . A G 1426.91 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206212;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.201;QD=61.3725;RBI=0.0349325;REFB=-0.107481;REVB=0.0281966;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00128985;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:90:92:0.989247:43:47:1:0:45:47:1:0 chr10 16556204 . C CAT 43.71 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0143363;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.37;QD=6.02843;RBI=0.0368837;REFB=-0.00856401;REVB=-0.0339835;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323527;STB=0.694995;STBP=0.328;TYPE=ins;VARB=0.022942;OID=.;OPOS=16556205;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:7:30:7:29:22:1:6:7:15:43:23:1:6:8:15 chr10 16796919 . C A 912.59 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.402;QD=57.9425;RBI=0.0147725;REFB=0;REVB=0.00483553;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2162e-05;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr10 16870912 . G T 614.27 PASS AF=0.521008;AO=60;DP=116;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.000360701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.255;QD=20.6477;RBI=0.00102686;REFB=-0.0200624;REVB=-0.000961421;RO=55;SAF=32;SAR=28;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131123;STB=0.585549;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0164502;OID=.;OPOS=16870912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:119:55:57:60:62:0.521008:28:32:21:34:28:34:21:36 chr10 16918997 . T C 278.49 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00196726;FXX=0.0348797;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.839;QD=13.421;RBI=0.0274001;REFB=-0.00930099;REVB=-0.0273294;RO=54;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0694608;STB=0.528168;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0129714;OID=.;OPOS=16918997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:54:51:31:32:0.385542:13:18:28:26:13:19:28:23 chr10 16919052 . T C 118.31 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0383727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.958;QD=6.39508;RBI=0.0390816;REFB=-0.0133114;REVB=-0.00740963;RO=56;SAF=10;SAR=8;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133519;STB=0.581999;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0405266;OID=.;OPOS=16919052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:56:56:18:18:0.243243:8:10:25:31:8:10:25:31 chr10 16943371 . G C 873.7 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350957;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.262;QD=58.2469;RBI=0.040482;REFB=0;REVB=0.0201762;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74293e-05;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr10 16955834 . C T 101.6 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0256574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.964;QD=8.64676;RBI=0.0269392;REFB=-0.009632;REVB=-0.00821078;RO=34;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311419;STB=0.693111;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.017213;OID=.;OPOS=16955834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:3:10:18:16:3:10:18:16 chr10 16967401 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.082;QD=59.0182;RBI=0.0171973;REFB=0;REVB=-0.00641321;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9628e-05;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr10 16967586 . C G 132.4 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0149866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.096;QD=9.99261;RBI=0.0273429;REFB=0.00571821;REVB=-0.0228699;RO=34;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100793;STB=0.575195;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.0163019;OID=.;OPOS=16967586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:36:17:17:0.320755:8:9:21:13:8:9:23:13 chr10 17024503 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.801;QD=56.9565;RBI=0.0247693;REFB=0;REVB=-0.00837138;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20448e-05;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr10 17024615 . A T 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.183;QD=52.6044;RBI=0.0672056;REFB=0;REVB=0.00782001;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411515;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr10 17113563 . C T 384.87 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0312316;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2096;QD=22.977;RBI=0.032197;REFB=-0.0224737;REVB=-0.00782531;RO=29;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706899;STB=0.538827;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0167484;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:23:15:9:20:23:15:9:20 chr10 17130199 . G A 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0145456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.988;QD=11.2607;RBI=0.0552391;REFB=-0.00755747;REVB=-0.0532896;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228651;STB=0.636178;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0112499;OID=.;OPOS=17130199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:5:10:14:16:5:10:14:16 chr10 17147521 . G T 311.79 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00754058;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.696;QD=18.6143;RBI=0.0576142;REFB=-0.0128566;REVB=-0.0571186;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404696;STB=0.521965;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0166388;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:34:32:33:0.492537:18:14:13:20:18:15:14:20 chr10 17156151 . A G 234.95 PASS AF=0.46;AO=18;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0304455;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.042;QD=18.7957;RBI=0.0314802;REFB=-0.0190216;REVB=0.0080047;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763977;STB=0.595583;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0221821;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:18:23:0.46:10:8:13:12:15:8:14:13 chr10 17210822 . A C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00405503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.553;QD=16.6273;RBI=0.0110404;REFB=-0.0339571;REVB=0.0102688;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162267;STB=0.592887;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0385832;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:4:10:7:6:4:10 chr10 17243638 . G C 172.55 PASS AF=0.22807;AO=15;DP=63;FAO=13;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00350623;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.333;QD=12.1085;RBI=0.0107934;REFB=-0.00287333;REVB=-0.0102081;RO=37;SAF=3;SAR=12;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116535;STB=0.526274;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0129963;OID=.;OPOS=17243638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:57:37:35:15:13:0.22807:12:3:10:27:10:3:9:26 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 630.53 PASS AF=0.0795455,0.920455;AO=7,30;DP=88;FAO=7,81;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,44;FSAR=7,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716394,0.923326;FXX=0.0112347;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=207.302,9.7038;QD=28.6603;RBI=0.071641,0.928962;REFB=0.0053892,-0.00998143;REVB=0.000482695,0.102168;RO=39;SAF=0,7;SAR=7,23;SRF=31;SRR=8;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.788097,-0.53607;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0474022,0.0164851;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0795455,0.920455:7,30:88:7,81:88:0:0,44:7,37:0:0:25:39:0,7:7,23:31:8 chr10 17641309 . T C 327.6 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00038729;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.625;QD=28.4872;RBI=0.03143;REFB=-0.0164914;REVB=0.0314276;RO=18;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692244;STB=0.503814;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0123867;OID=.;OPOS=17641309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:8:20:13:5:8:20:13:5 chr10 17891705 . A G 828.61 PASS AF=0.562044;AO=77;DP=137;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=14;FSRR=46;FWDB=0.044758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.527;QD=24.1931;RBI=0.0447717;REFB=0.021776;REVB=-0.00110536;RO=58;SAF=24;SAR=53;SRF=12;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100622;STB=0.54122;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0189903;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:58:60:77:77:0.562044:53:24:12:46:53:24:14:46 chr10 18242304 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3572;QD=58.5872;RBI=0.0355068;REFB=0;REVB=0.0235063;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612309;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr10 18254606 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0109363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.537;QD=16.417;RBI=0.0111537;REFB=-0.00354957;REVB=-0.00219128;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300812;STB=0.672656;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00503255;OID=.;OPOS=18254606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:11:5:9:5:11:5 chr10 18266989 . G A 200.0 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0154632;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.547;QD=26.6663;RBI=0.015935;REFB=0.00632076;REVB=-0.00384881;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293818;STB=0.650994;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00352786;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:10:11:19:19:0.633333:14:5:7:3:14:5:7:4 chr10 18439808 . T G 70.19 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0350306;FXX=0.0869187;HRUN=25;LEN=1;MLLD=88.0624;QD=13.3687;RBI=0.0352465;REFB=-0.00522178;REVB=-0.00389555;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.682485;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00606983;OID=.;OPOS=18439808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:21:12:12:10:9:0.428571:4:6:6:6:2:7:6:6 chr10 18828464 . T C 51.85 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0737487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3777;QD=6.4809;RBI=0.0840427;REFB=-0.0205124;REVB=-0.0403027;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287035;STB=0.681385;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0476024;OID=.;OPOS=18828464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:15:9:5:3:15:9 chr10 18829981 . A ATGTT 366.35 PASS AF=0.433333;AO=37;DP=93;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.00313702;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.21;QD=16.282;RBI=0.00329739;REFB=-0.00401798;REVB=0.00101583;RO=53;SAF=12;SAR=25;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143204;STB=0.582633;STBP=0.2;TYPE=ins;VARB=0.00456351;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:37:93:39:90:51:13:26:24:27:99:53:12:25:24:29 chr10 19492832 . A C 538.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.999;QD=59.8695;RBI=0.0949628;REFB=0;REVB=0.00694796;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388719;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:22:13:0:0:22:14:0:0 chr10 19498278 . G A 913.27 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.172;QD=57.9854;RBI=0.0239121;REFB=0;REVB=0.00981356;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68103e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:28:33:0:0:29:34:0:0 chr10 19620407 . A C 661.21 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0237018;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3759;QD=23.4058;RBI=0.0409806;REFB=-0.0194099;REVB=0.033431;RO=49;SAF=39;SAR=25;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809635;STB=0.544275;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0130627;OID=.;OPOS=19620407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:49:49:64:64:0.566372:25:39:25:24:25:39:25:24 chr10 19620439 . A G 642.36 PASS AF=0.557522;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=113;FR=.;FRO=50;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0108602;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.069;QD=22.7382;RBI=0.0464584;REFB=-0.0111687;REVB=0.0451712;RO=49;SAF=36;SAR=27;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822308;STB=0.540803;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.006719;OID=.;OPOS=19620439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:49:50:63:63:0.557522:27:36:23:26:27:36:24:26 chr10 19636869 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0655893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7545;QD=21.1719;RBI=0.102598;REFB=0.0175656;REVB=-0.0788953;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204835;STB=0.617437;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.0184535;OID=.;OPOS=19636869;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:4:4:9:3:4:4 chr10 19641035 . T C 733.01 PASS AF=0.685393;AO=61;DP=89;FAO=61;FDP=89;FR=.;FRO=28;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0222737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.375;QD=32.9442;RBI=0.0225906;REFB=-0.0458697;REVB=-0.00377066;RO=27;SAF=41;SAR=20;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160257;STB=0.593242;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0209818;OID=.;OPOS=19641035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:27:28:61:61:0.685393:20:41:11:16:20:41:11:17 chr10 19678286 . C T 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.07;QD=60.7155;RBI=0.0265926;REFB=0;REVB=0.0169982;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51943e-05;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr10 19678449 . A G 191.94 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0602118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.459;QD=11.8115;RBI=0.0602152;REFB=-0.00241803;REVB=0.000634552;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288676;STB=0.673326;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0021165;OID=.;OPOS=19678449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:16:8:24:16:16:8:25:16 chr10 19678497 . G A 750.15 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187179;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.862;QD=63.8426;RBI=0.0465302;REFB=0;REVB=0.0425993;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135193;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr10 19778072 . A G 1256.09 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00870226;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.76;QD=59.1104;RBI=0.0175206;REFB=0.032782;REVB=0.0152066;RO=2;SAF=31;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060112;STB=0.503174;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000184389;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:52:31:1:1:52:31:1:1 chr10 19780543 . C T 433.68 PASS AF=0.621212;AO=40;DP=65;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0166636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9094;QD=26.2839;RBI=0.0166919;REFB=-0.00404432;REVB=-0.000971416;RO=24;SAF=22;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630964;STB=0.521471;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00264851;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:24:25:40:41:0.621212:18:22:11:13:19:22:12:13 chr10 19884264 . G A 159.43 PASS AF=0.262626;AO=11;DP=95;FAO=26;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=73;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0367741;FXX=0.0388312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.84;QD=6.44166;RBI=0.03693;REFB=-0.0229357;REVB=0.00338946;RO=42;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179993;STB=0.51514;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0581455;OID=.;OPOS=19884264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:99:42:73:11:26:0.262626:8:3:17:25:13:13:35:38 chr10 19887292 . T G 448.43 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0044314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.531;QD=18.6847;RBI=0.0237728;REFB=-0.011004;REVB=0.0233561;RO=51;SAF=18;SAR=27;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143099;STB=0.579796;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0197593;OID=.;OPOS=19887292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:51:45:45:0.46875:27:18:28:23:27:18:28:23 chr10 19896830 . C A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.21;QD=64.4154;RBI=0.0376779;REFB=0;REVB=0.00221729;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010136;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr10 20357183 . A G 63.56 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00195707;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5409;QD=7.26403;RBI=0.00772318;REFB=0.00385997;REVB=0.00747111;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202753;STB=0.512792;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0200543;OID=.;OPOS=20357183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:36:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:14:12:4:5:14:12 chr10 20500592 . T C 455.31 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00069242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.202;QD=22.7652;RBI=0.0108739;REFB=-0.0225747;REVB=0.0108519;RO=36;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777174;STB=0.542706;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0174895;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:20:24:23:13:20:24:23:13 chr10 20534333 . A G 387.8 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00807707;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.403;QD=23.5032;RBI=0.0123517;REFB=-0.00527275;REVB=-0.00934483;RO=28;SAF=15;SAR=23;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060083;STB=0.532978;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00580043;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:28:38:38:0.575758:23:15:9:19:23:15:9:19 chr10 21071191 . G C 72.26 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0127145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.345;QD=9.32366;RBI=0.0337671;REFB=-0.00429587;REVB=-0.0312819;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219477;STB=0.627321;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0109354;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:31:18:21:9:10:0.322581:2:7:11:7:3:7:11:10 chr10 21074344 . A G 174.45 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.0308137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8181;QD=8.02077;RBI=0.0347931;REFB=-0.00977371;REVB=0.0161578;RO=63;SAF=15;SAR=9;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869486;STB=0.552195;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0440797;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:63:63:24:24:0.275862:9:15:35:28:9:15:35:28 chr10 21074455 . T C 609.22 PASS AF=0.413174;AO=69;DP=167;FAO=69;FDP=167;FR=.;FRO=98;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=56;FWDB=0.0022947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.951;QD=14.5922;RBI=0.0117721;REFB=-0.0146683;REVB=0.0115463;RO=98;SAF=40;SAR=29;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157719;STB=0.588413;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0226988;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:98:98:69:69:0.413174:29:40:42:56:29:40:42:56 chr10 21108377 . C T 417.12 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0301247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7098;QD=17.2009;RBI=0.0509711;REFB=-0.0253186;REVB=-0.0411164;RO=54;SAF=15;SAR=28;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156025;STB=0.587664;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.022095;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:54:54:43:43:0.443299:28:15:27:27:28:15:27:27 chr10 21157621 . G T 497.79 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0428372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9616;QD=19.7145;RBI=0.0755816;REFB=-0.0253796;REVB=-0.06227;RO=49;SAF=32;SAR=19;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125731;STB=0.565209;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0261942;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:50:51:51:0.50495:19:32:24:25:19:32:25:25 chr10 21414892 . C G 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.891;QD=57.1735;RBI=0.0322669;REFB=0;REVB=0.0265023;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118454;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr10 21415006 . T C 930.87 PASS AF=0.608696;AO=83;DP=139;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00219267;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.452;QD=26.9817;RBI=0.00654218;REFB=-0.0184846;REVB=-0.00616379;RO=54;SAF=40;SAR=43;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108733;STB=0.556315;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0108732;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:54:54:83:84:0.608696:43:40:18:36:44:40:18:36 chr10 21435340 . ACACT A 136.02 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0174981;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=4;MLLD=200.073;QD=15.1133;RBI=0.0243943;REFB=-0.0141815;REVB=-0.0169971;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872643;STB=0.578846;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.0188493;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:15:39:15:36:21:8:7:14:7:99:21:8:7:13:8 chr10 21807000 . TTA T,TTT 72.3 PASS AF=0.518519,0;AO=5,8;DP=39;FAO=14,0;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.200473,0.408247;FXX=0;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=15.5218,10.0935;QD=10.7108;RBI=0.295865,0.409288;REFB=-0.0558442,-0.0607539;REVB=0.217592,0.0291783;RO=17;SAF=1,0;SAR=4,8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.443561,-0.777588;STB=0.518492,0.5;STBP=0.868,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0694431,0;OID=.,.;OPOS=21807001,21807002;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519,0:5,8:39:14,0:27:13:7,0:7,0:7:6:69:17:1,0:4,8:10:7 chr10 22498209 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0330046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.375;QD=21.7437;RBI=0.0611117;REFB=-0.0197634;REVB=0.0514328;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296397;STB=0.668272;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0114942;OID=.;OPOS=22498209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:4:11:4:7:4:11:4:7 chr10 22498468 . C T 163.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0291371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7932;QD=20.4574;RBI=0.051255;REFB=-0.0249832;REVB=0.0421675;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0190805;OID=.;OPOS=22498468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:5:10:10:7:5:10 chr10 22498483 . TC GA,TCAGA 129.32 PASS AF=0.0625,0.40625;AO=2,13;DP=32;FAO=2,13;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2,7;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00605876,0.0128568;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=206.348,155.746;QD=16.165;RBI=0.0112927,0.0376038;REFB=-0.0225329,-0.0298576;REVB=-0.00952972,-0.0353376;RO=17;SAF=2,7;SAR=0,6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.626525,0.235954;STB=0.99633,0.636165;STBP=0.067,0.23;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.0085664,0.0490206;OID=.,.;OPOS=22498483,22498485;OREF=TC,-;OALT=GA,AGA;OMAPALT=GA,TCAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:32:32:17:17:2,13:2,13:0.0625,0.40625:0,6:2,7:5:12:0,6:2,7:5:12 chr10 22498749 . A T 1693.26 PASS AF=1;AO=110;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387179;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3336;QD=59.9385;RBI=0.0514079;REFB=0;REVB=0.0338187;RO=0;SAF=59;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125397;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:110:113:1:51:59:0:0:52:61:0:0 chr10 22518522 . T C 54.75 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0828284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.621;QD=24.3334;RBI=0.095424;REFB=-0.0666538;REVB=-0.0473837;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.666171;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0186193;OID=.;OPOS=22518522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:0:2:2:5:0:2 chr10 22825596 . C T 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0536121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.167;QD=17.9544;RBI=0.0585189;REFB=-0.0182525;REVB=-0.0234566;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349675;STB=0.519975;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0168862;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:10:7:6:10:10:7 chr10 22839628 . T C 264.02 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0142884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.16;QD=15.3052;RBI=0.0184983;REFB=-0.00485972;REVB=-0.0117487;RO=39;SAF=5;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323803;STB=0.686132;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00437998;OID=.;OPOS=22839628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:25:5:16:23:25:5:16:23 chr10 23297301 . C A,T 2503.25 PASS AF=0.060241,0.939759;AO=10,156;DP=166;FAO=10,156;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=10,38;FSAR=0,118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133095,-0.0186764;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.574,95.9293;QD=60.3192;RBI=0.0135157,0.0395653;REFB=0,0;REVB=0.00235166,-0.0348798;RO=0;SAF=10,38;SAR=0,118;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0980832,-0.00110263;OID=.,.;OPOS=23297301,23297301;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:166:166:0:0:10,156:10,156:0.060241,0.939759:0,118:10,38:0:0:0,118:10,38:0:0 chr10 23482634 . GTC G,GC,GCC 93.21 PASS AF=0.3,0.7,0;AO=2,5,3;DP=10;FAO=3,7,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3,0;FSAR=0,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00534197,-0.0186922,-0.023917;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=172.084,171.145,162.891;QD=37.2853;RBI=0.0409201,0.0187438,0.0442024;REFB=0,0,0;REVB=0.0405699,0.00139029,-0.0371729;RO=0;SAF=2,4,0;SAR=0,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00694802,0.00301255,0;OID=.,.,.;OPOS=23482635,23482635,23482635;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=G,GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.3,0.7,0:2,5,3:10:3,7,0:10:0:3,3,0:0,4,0:0:0:16:0:2,4,0:0,1,3:0:0 chr10 23482991 . AGATG AGATGT,AG 205.18 PASS AF=0,0.536585;AO=5,16;DP=42;FAO=0,22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=0,10;FSAR=0,12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0348899,-0.0109891;FXX=0.0238039;HRUN=0,1;LEN=1,3;MLLD=38.1253,222.561;QD=20.0174;RBI=0.0648018,0.0111005;REFB=-0.0379882,-0.020035;REVB=-0.0546074,0.00156867;RO=14;SAF=3,9;SAR=2,7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0327935,-0.00747459;STB=0.5,0.55747;STBP=1,0.483;TYPE=ins,del;VARB=0.0397458,0.0148401;OID=.,.;OPOS=23482996,23482992;OREF=-,GAT;OALT=T,-;OMAPALT=AGATGT,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.536585:5,16:42:0,22:41:19:0,10:0,12:11:8:99:14:3,9:2,7:8:6 chr10 23556110 . A G 173.64 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0210697;FXX=0.0161264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=98.0271;QD=11.3859;RBI=0.0390882;REFB=-0.0187352;REVB=0.0329234;RO=38;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239436;STB=0.645128;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0162772;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:39:22:22:0.360656:9:13:14:24:9:13:14:25 chr10 23633566 . C A 537.44 PASS AF=0.51;AO=51;DP=100;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0282347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.688;QD=21.4976;RBI=0.043792;REFB=-0.0283981;REVB=0.0334744;RO=49;SAF=28;SAR=23;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113095;STB=0.562301;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0258092;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:49:49:51:51:0.51:23:28:33:16:23:28:33:16 chr10 23688542 . T A 32.18 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.213215;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.6747;QD=18.3879;RBI=0.214895;REFB=0.0529951;REVB=-0.0268153;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.00354837;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:2:2:4:5:0.714286:2:2:0:2:2:3:0:2 chr10 24721946 . A C 101.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.020806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1732;QD=16.9068;RBI=0.0486717;REFB=-0.0359664;REVB=0.0440005;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0474512;OID=.;OPOS=24721946;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:6:6:5:7:6:6 chr10 24790393 . A G 1481.12 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.551;QD=63.0263;RBI=0.0445149;REFB=0;REVB=0.00973613;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2983e-05;OID=.;OPOS=24790393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:56:35:0:0:56:38:0:0 chr10 24813454 . G A 164.12 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.00725774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7833;QD=12.8725;RBI=0.0153435;REFB=-0.0164475;REVB=0.0135185;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228041;STB=0.630212;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.031605;OID=.;OPOS=24813454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:12:7:6:26:12:7:6:26 chr10 24832885 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0330995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.945;QD=21.2676;RBI=0.044312;REFB=-0.0243847;REVB=0.0294613;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144048;STB=0.568881;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.022552;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:5:12:7:6:5:12:8:6 chr10 24873369 . C G 159.24 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.0374872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.907;QD=8.38081;RBI=0.037978;REFB=-0.0115753;REVB=-0.00608596;RO=54;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141584;STB=0.584247;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0391528;OID=.;OPOS=24873369;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:10:12:23:31:10:12:23:31 chr10 24879281 . A G 838.92 PASS AF=1;AO=51;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00939533;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.827;QD=57.8563;RBI=0.0173953;REFB=0;REVB=0.0146398;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017625;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:51:58:1:27:24:0:0:32:26:0:0 chr10 24908686 . T C 92.6 PASS AF=0.3;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0208677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.525;QD=9.25988;RBI=0.0374696;REFB=-0.0299329;REVB=-0.0311209;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371621;STB=0.69972;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.054;OID=.;OPOS=24908686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:27:28:12:12:0.3:6:6:22:5:6:6:22:6 chr10 24909854 . T C 340.73 PASS AF=0.333333;AO=43;DP=129;FAO=43;FDP=129;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=62;FSRR=24;FWDB=-0.00930127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.662;QD=10.5652;RBI=0.0511994;REFB=-0.00788603;REVB=0.0503475;RO=86;SAF=12;SAR=31;SRF=62;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484087;STB=0.776456;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0172149;OID=.;OPOS=24909854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:86:86:43:43:0.333333:31:12:62:24:31:12:62:24 chr10 24929141 . G A 2699.02 PASS AF=1;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=173;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125127;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.856;QD=62.4051;RBI=0.0546411;REFB=0;REVB=0.0531891;RO=0;SAF=74;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7156e-05;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:173:0:0:173:173:1:99:74:0:0:99:74:0:0 chr10 25701341 . C G 546.4 PASS AF=0.538462;AO=55;DP=96;FAO=56;FDP=104;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0200555;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7474;QD=21.0154;RBI=0.0243468;REFB=-0.0521019;REVB=-0.0138038;RO=41;SAF=32;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112197;STB=0.532246;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0346005;OID=.;OPOS=25701341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:41:48:55:56:0.538462:23:32:18:23:23:33:25:23 chr10 25861632 . C T 666.73 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00995001;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5264;QD=25.6435;RBI=0.0164355;REFB=-0.0215968;REVB=-0.0130814;RO=41;SAF=32;SAR=31;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675809;STB=0.536737;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0138175;OID=.;OPOS=25861632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:41:41:63:63:0.605769:31:32:17:24:31:32:17:24 chr10 25888180 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.816;QD=35.5758;RBI=0.0137646;REFB=0;REVB=0.000800113;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172932;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr10 26355906 . G A 167.19 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0296226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6941;QD=15.1989;RBI=0.0468548;REFB=0.00238975;REVB=-0.0363026;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096183;STB=0.555494;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00796111;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:12:14:8:10:12:14 chr10 26355992 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0329037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.5939;QD=13.5807;RBI=0.0343503;REFB=-0.0148058;REVB=-0.00986367;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937616;STB=0.545399;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0115929;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:28:17:17:0.377778:12:5:9:15:12:5:10:18 chr10 26446312 . G A 268.63 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0199946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.946;QD=18.8514;RBI=0.0285762;REFB=0.00708808;REVB=-0.020416;RO=26;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293485;STB=0.662945;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00666459;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:28:29:29:0.508772:19:10:18:8:19:10:19:9 chr10 26462790 . G A 115.06 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0924436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3013;QD=19.1772;RBI=0.102849;REFB=-0.0164515;REVB=-0.0450794;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00545152;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:5:6:8:5:5:6 chr10 26463130 . C A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0572836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.364;QD=9.56966;RBI=0.068827;REFB=0.0113345;REVB=-0.0381542;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.615076;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0529889;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:6:9:6:2:6:9 chr10 26505822 . G A 512.92 PASS AF=0.571429;AO=46;DP=83;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0962851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9428;QD=24.4247;RBI=0.135051;REFB=-0.00774051;REVB=0.0946987;RO=37;SAF=16;SAR=30;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205;STB=0.612414;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00753106;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:36:46:48:0.571429:30:16:22:15:31:17:22:14 chr10 26991067 . CG C 106.1 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106055;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9831;QD=42.4384;RBI=0.0311399;REFB=0;REVB=-0.0292783;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00420701;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:10:10:10:0:6:4:0:0:4:0:6:4:0:0 chr10 27035259 . T C 199.37 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0577396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.115;QD=27.4995;RBI=0.0580327;REFB=-0.0136881;REVB=-0.00582597;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109095;STB=0.560377;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0112988;OID=.;OPOS=27035259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:7:3:9:10:7:3 chr10 27303605 . A T 198.1 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0641079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2188;QD=16.1717;RBI=0.0827269;REFB=-0.0374777;REVB=0.0522868;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0056272;STB=0.541137;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0516157;OID=.;OPOS=27303605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:27:28:20:21:0.428571:11:9:12:15:12:9:14:14 chr10 27317840 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0916467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2549;QD=6.57156;RBI=0.108286;REFB=-0.0120505;REVB=-0.0576784;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245307;STB=0.655152;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0301072;OID=.;OPOS=27317840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:21:16:7:4:21:16 chr10 27349268 . A G 54.33 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0117963;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.824;QD=7.49334;RBI=0.0158093;REFB=5.68496e-05;REVB=-0.0105252;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375939;STB=0.731193;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00048163;OID=.;OPOS=27349268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:21:21:8:8:0.275862:3:5:6:15:3:5:6:15 chr10 27377283 . A T 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0131708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.774;QD=26.3723;RBI=0.0200308;REFB=-0.0359835;REVB=0.0150919;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138554;STB=0.576858;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0109603;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:9:7:15:9:9:7 chr10 27381349 . T C 141.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00160051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.63;QD=13.8459;RBI=0.00167798;REFB=-0.0212599;REVB=-0.000503966;RO=25;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101299;STB=0.559245;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0324694;OID=.;OPOS=27381349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:5:11:15:10:5:11:15:10 chr10 27389197 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.098;QD=48.7366;RBI=0.0410657;REFB=0;REVB=0.0211407;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151046;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 27400861 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000260601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3612;QD=51.9166;RBI=0.00711867;REFB=0;REVB=0.0071139;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167532;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr10 27434483 . G A 299.22 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.035628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.448;QD=13.7574;RBI=0.0356546;REFB=-0.0142265;REVB=-0.00137926;RO=53;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106578;STB=0.560939;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0135716;OID=.;OPOS=27434483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:53:53:34:34:0.390805:23:11:22:31:23:11:22:31 chr10 27436566 . T C 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00552589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.043;QD=8.09791;RBI=0.00797906;REFB=-0.0117927;REVB=-0.00575585;RO=56;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107319;STB=0.564045;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0277762;OID=.;OPOS=27436566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:11:11:23:33:11:11:23:33 chr10 27459319 . T C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0272848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1977;QD=17.6434;RBI=0.0389833;REFB=-0.0201651;REVB=0.027843;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0529863;OID=.;OPOS=27459319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:5:4:3:3:5:4:3:4 chr10 27459670 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00339579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.825;QD=24.1271;RBI=0.00420218;REFB=2.9304e-05;REVB=0.00247526;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216974;STB=0.634705;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=2.93892e-05;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:8:9:2:8:8:9:2:9 chr10 27459746 . C G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0670434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.662;QD=8.81182;RBI=0.0696508;REFB=-0.00322689;REVB=-0.0188788;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628691;STB=0.538386;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00539102;OID=.;OPOS=27459746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:8:15:6:4:8:15 chr10 27475444 . T C 375.09 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=54;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0124699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.149;QD=27.2789;RBI=0.0170265;REFB=-0.0274563;REVB=0.0115933;RO=19;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111997;STB=0.554854;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0148105;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:19:35:36:0.654545:19:16:12:7:19:17:12:7 chr10 27475693 . T C 349.28 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0085435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.962;QD=25.4019;RBI=0.00867955;REFB=-0.0134794;REVB=0.00153074;RO=20;SAF=18;SAR=16;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154337;STB=0.574425;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0102776;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:16:18:6:14:16:18:7:14 chr10 27508758 . T C 201.86 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=0.0191614;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2449;QD=13.9213;RBI=0.0308961;REFB=-0.0304282;REVB=-0.0242366;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357261;STB=0.711383;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0442304;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:34:24:24:0.413793:10:14:8:27:10:14:7:27 chr10 27538797 . G A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0473209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7447;QD=7.89729;RBI=0.0475315;REFB=0.00569863;REVB=0.00446953;RO=30;SAF=9;SAR=2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31447;STB=0.69959;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.0134665;OID=.;OPOS=27538797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:2:9:18:12:2:9:18:12 chr10 27624494 . G A 145.8 PASS AF=0.2625;AO=20;DP=81;FAO=21;FDP=80;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0097626;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4609;QD=7.29016;RBI=0.01381;REFB=-0.0158659;REVB=0.00976768;RO=58;SAF=16;SAR=4;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288718;STB=0.695698;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0602467;OID=.;OPOS=27624494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:58:59:20:21:0.2625:4:16:35:23:4:17:35:24 chr10 27687534 . C CT 54.58 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.119298;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.1889;QD=10.9152;RBI=0.130003;REFB=0.0346389;REVB=-0.0516607;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0430501;OID=.;OPOS=27687535;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:20:10:20:10:5:5:5:5:48:10:5:4:5:5 chr10 27687775 . T C 733.63 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00710644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7376;QD=61.1358;RBI=0.0698561;REFB=0.0061006;REVB=-0.0694937;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000762634;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:18:29:0:1:18:29:0:1 chr10 27692205 . G A 479.36 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00899404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.245;QD=19.9732;RBI=0.0503276;REFB=-0.015242;REVB=-0.0495174;RO=49;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170006;STB=0.50943;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0127117;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:26:21:21:28:26:21:21:28 chr10 27692279 . A C 456.06 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0125241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.17;QD=20.2691;RBI=0.0128262;REFB=-0.0122984;REVB=0.00276735;RO=45;SAF=20;SAR=25;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0136387;OID=.;OPOS=27692279;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:45:45:45:45:0.5:25:20:20:25:25:20:20:25 chr10 27702624 . G T 89.38 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0240208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.342;QD=15.5449;RBI=0.0245233;REFB=-0.0372142;REVB=0.00493914;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.02922;OID=.;OPOS=27702624;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:7:5:4:7:7:5 chr10 27794104 . T G 183.65 PASS AF=0.4;AO=18;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0148804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.152;QD=14.6922;RBI=0.0369838;REFB=-0.0182445;REVB=0.0338581;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107493;STB=0.530458;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0276701;OID=.;OPOS=27794104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:30:30:18:20:0.4:9:9:12:18:11:9:12:18 chr10 28228865 . A G 377.12 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00349327;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.716;QD=21.246;RBI=0.0237424;REFB=-0.0207198;REVB=-0.023484;RO=32;SAF=25;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576783;STB=0.541277;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0227528;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:32:33:38:38:0.535211:13:25:19:13:13:25:19:14 chr10 28260151 . A G 402.61 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0134284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.737;QD=16.2671;RBI=0.0286212;REFB=-0.00582062;REVB=-0.0252756;RO=56;SAF=14;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122848;STB=0.575503;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0108384;OID=.;OPOS=28260151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:28:14:25:31:28:14:26:31 chr10 28345418 . T C 106.34 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0073597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.781;QD=5.45318;RBI=0.00855871;REFB=-0.00654789;REVB=-0.0043688;RO=60;SAF=6;SAR=11;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205517;STB=0.62313;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.024783;OID=.;OPOS=28345418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:60:61:17:17:0.217949:11:6:31:29:11:6:31:30 chr10 28378758 . T C 89.1 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0127863;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.846;QD=5.74819;RBI=0.0199291;REFB=0.00212205;REVB=-0.0152866;RO=48;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415056;STB=0.52603;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00795576;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:8:6:19:29:8:6:19:29 chr10 28438917 . G T 274.76 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0125577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149;QD=19.9822;RBI=0.0148955;REFB=-0.0337959;REVB=-0.00801124;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835679;STB=0.5444;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0290831;OID=.;OPOS=28438917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:26:27:29:0.527273:13:14:11:15:14:15:11:15 chr10 28731618 . T C 893.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056135;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.929;QD=58.571;RBI=0.131087;REFB=0;REVB=0.118459;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135171;OID=.;OPOS=28731618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:32:27:0:0:34:27:0:0 chr10 28900846 . C A 586.24 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00505999;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.693;QD=58.6238;RBI=0.0521025;REFB=0.0968236;REVB=0.0518562;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00214393;OID=.;OPOS=28900846;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:22:16:0:1:23:16:0:1 chr10 28909299 . GTT GT,GTA 554.51 PASS AF=0.925,0.075;AO=34,5;DP=40;FAO=37,3;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=17,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579285,-0.0988703;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.413,8.8018;QD=55.4507;RBI=0.0589457,0.0988707;REFB=0,0;REVB=-0.0109031,0.000275415;RO=0;SAF=17,2;SAR=17,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0110825,-0.128031;OID=.,.;OPOS=28909300,28909301;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=GT,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925,0.075:34,5:40:37,3:40:0:20,0:17,3:0:0:13:0:17,2:17,3:0:0 chr10 28970487 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0175804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.29;QD=9.10004;RBI=0.0204495;REFB=-0.0266282;REVB=-0.0104456;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14663;STB=0.5998;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0382898;OID=.;OPOS=28970487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:4:14:6:3:4:15 chr10 28971525 . CTTTT CATTT,CTT,CTTT,CTTTA 184.75 PASS AF=0.0526316,0,0.736842,0.157895;AO=2,3,8,4;DP=20;FAO=1,0,14,3;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0,11,1;FSAR=0,0,3,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292942,-0.0977908,-0.181904,-0.147372;FXX=0.049975;HRUN=4,4,4,4;LEN=1,2,1,1;MLLD=117.45,9.69969,17.5695,11.7083;QD=38.8945;RBI=0.0445966,0.105764,0.193847,0.147418;REFB=0.0175854,0.0429833,0.0522064,0.0316941;REVB=-0.033626,0.0402854,0.0669892,0.00369742;RO=1;SAF=2,3,6,1;SAR=0,0,2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.697199,0.727144,0.174483,0.119989;STB=0.989913,0.5,0.571319,0.59939;STBP=0.496,1,0.151,0.681;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0.0490118,0.0551046,-0.0748397,0.0809746;OID=.,.,.,.;OPOS=28971526,28971526,28971526,28971529;OREF=T,TT,T,T;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=CATTT,CTT,CTTT,CTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0.0526316,0,0.736842,0.157895:2,3,8,4:20:1,0,14,3:19:1:1,0,11,1:0,0,3,2:0:1:14:1:2,3,6,1:0,0,2,3:0:1 chr10 29163377 . C G 135.33 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0062138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.972;QD=27.0665;RBI=0.0362554;REFB=0.00767734;REVB=0.0357189;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.571326;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00478102;OID=.;OPOS=29163377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:4:2:8:6:4:2 chr10 29163413 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.913;QD=51.9142;RBI=0.0371963;REFB=0;REVB=-0.00882162;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171886;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr10 29578084 . A G 670.07 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0539246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6489;QD=62.3324;RBI=0.0754859;REFB=0;REVB=-0.052823;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00156336;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr10 29754535 . G A 150.18 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0147678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.702;QD=19.3786;RBI=0.0295007;REFB=-0.00209543;REVB=-0.0255382;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139462;STB=0.639149;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000633939;OID=.;OPOS=29754535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:15:16:16:0.516129:3:13:9:4:3:13:9:6 chr10 29754543 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0198354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.908;QD=24.292;RBI=0.0302437;REFB=0.0144578;REVB=-0.0228306;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606122;STB=0.522797;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00334929;OID=.;OPOS=29754543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:5:14:8:4:5:14:9:4 chr10 29754675 . A G 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0192343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.987;QD=17.3239;RBI=0.0196114;REFB=0.000360564;REVB=0.00382766;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401324;STB=0.522913;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.000555271;OID=.;OPOS=29754675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:14:11:8:12:14:11 chr10 29769589 . C T 195.8 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0286384;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.989;QD=14.2399;RBI=0.0349568;REFB=-0.0111266;REVB=-0.0200455;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301204;STB=0.517226;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00996514;OID=.;OPOS=29769589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:8:15:20:12:8:15:20:12 chr10 29777559 . T A 188.66 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0144426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0342;QD=19.8589;RBI=0.109818;REFB=-0.0333347;REVB=0.108865;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507894;STB=0.547704;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0419692;OID=.;OPOS=29777559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:18:18:20:0.526316:7:11:10:8:7:13:10:8 chr10 29779847 . A C 82.65 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.072689;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8764;QD=8.47727;RBI=0.0901635;REFB=-0.00267369;REVB=-0.0533458;RO=28;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385863;STB=0.736901;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00135346;OID=.;OPOS=29779847;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:28:28:11:11:0.282051:8:3:17:11:8:3:17:11 chr10 29783908 . A G 278.54 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00849173;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.681;QD=11.4862;RBI=0.0338285;REFB=-0.00737536;REVB=-0.0327453;RO=64;SAF=17;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000539988;STB=0.500313;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00999954;OID=.;OPOS=29783908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:64:64:33:33:0.340206:16:17:33:31:16:17:33:31 chr10 29784072 . G C 706.06 PASS AF=0.780822;AO=57;DP=73;FAO=57;FDP=73;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00185738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.655;QD=38.6885;RBI=0.0258506;REFB=-0.0528856;REVB=0.0257838;RO=16;SAF=30;SAR=27;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148459;STB=0.507957;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0222797;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:16:16:57:57:0.780822:27:30:9:7:27:30:9:7 chr10 29784114 . T C 257.58 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0786841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.13;QD=23.416;RBI=0.0801513;REFB=-0.0183415;REVB=-0.0152658;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227824;STB=0.626762;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00654449;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:14:10:14:6:14:10:14:6 chr10 29822032 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1571;QD=47.8202;RBI=0.0770879;REFB=0;REVB=-0.0324309;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115198;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr10 29833998 . A G 154.35 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0149756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.991;QD=9.07922;RBI=0.0217863;REFB=-0.0122671;REVB=-0.0158232;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120502;STB=0.571361;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0303121;OID=.;OPOS=29833998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:12:9:25:22:12:9:25:22 chr10 29834003 . G A 154.36 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000279548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.435;QD=9.08021;RBI=0.00903979;REFB=-0.0281494;REVB=0.00903547;RO=45;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956554;STB=0.571361;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0329778;OID=.;OPOS=29834003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:47:21:21:0.308824:12:9:23:22:12:9:25:22 chr10 29839787 . A G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0241494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.006;QD=8.2831;RBI=0.0460285;REFB=-0.016947;REVB=-0.0391846;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104658;STB=0.543789;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0409424;OID=.;OPOS=29839787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:4:8:23:8:4:8:23:9 chr10 29839864 . A C 1525.18 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0512423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5218;QD=59.8111;RBI=0.0532572;REFB=0;REVB=-0.0145107;RO=0;SAF=63;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317371;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:39:63:0:0:39:63:0:0 chr10 29840038 . A G 253.44 PASS AF=0.320388;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=103;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0136864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.692;QD=9.84213;RBI=0.033241;REFB=-0.0118102;REVB=-0.0302927;RO=70;SAF=25;SAR=8;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353962;STB=0.70786;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0379805;OID=.;OPOS=29840038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:70:70:33:33:0.320388:8:25:33:37:8:25:33:37 chr10 29843833 . C T 109.52 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00968724;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5105;QD=12.5168;RBI=0.0113115;REFB=-0.00625692;REVB=-0.00584021;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323012;STB=0.662993;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0111322;OID=.;OPOS=29843833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:24:22:13:13:0.371429:10:3:12:12:10:3:10:12 chr10 30315930 . C G 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.018019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.723;QD=15.5087;RBI=0.0224365;REFB=-0.00905994;REVB=0.0133683;RO=47;SAF=19;SAR=16;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765107;STB=0.543116;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0126874;OID=.;OPOS=30315930;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:16:19:29:18:16:19:29:18 chr10 30316208 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0522585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.485;QD=16.728;RBI=0.0596542;REFB=-0.0231017;REVB=-0.0287693;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0300365;OID=.;OPOS=30316208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:8:8:8:10:8:8:9:10 chr10 30317826 . A G 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0145786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.556;QD=11.992;RBI=0.0194076;REFB=-0.00846262;REVB=-0.0128109;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162183;STB=0.603336;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0129487;OID=.;OPOS=30317826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:10:8:19:13:10:8:20:13 chr10 30317838 . A G 170.72 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0362448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.808;QD=13.6576;RBI=0.0642293;REFB=-0.050688;REVB=-0.0530257;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143572;STB=0.585686;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0322973;OID=.;OPOS=30317838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:18:19:0.38:9:9:19:11:10:9:19:12 chr10 30336682 . T C 155.36 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00813731;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.248;QD=9.1387;RBI=0.0130423;REFB=-0.00684653;REVB=0.0101925;RO=33;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113096;STB=0.654046;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0151374;OID=.;OPOS=30336682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:33:47:20:20:0.294118:14:6:13:20:14:6:24:23 chr10 30629226 . G A 257.75 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0177818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.552;QD=19.827;RBI=0.0179331;REFB=-0.00269949;REVB=0.00232504;RO=25;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364695;STB=0.703553;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00117114;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:19:8:18:7:19:8:18:7 chr10 30844579 . G A 594.34 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0750623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.514;QD=60.9581;RBI=0.101037;REFB=0;REVB=0.067633;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878219;OID=.;OPOS=30844579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr10 30915834 . G A 106.13 PASS AF=0.285714;AO=11;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0894478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4302;QD=8.66379;RBI=0.0895197;REFB=-0.0109457;REVB=0.00358778;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308666;STB=0.530569;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.026809;OID=.;OPOS=30915834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:35:11:14:0.285714:7:4:3:19:7:7:16:19 chr10 30918549 . G C 271.33 PASS AF=0.264901;AO=38;DP=151;FAO=40;FDP=151;FR=.;FRO=111;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=72;FSRR=39;FWDB=0.0107132;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.319;QD=7.18741;RBI=0.0300615;REFB=-0.00557226;REVB=-0.0280877;RO=113;SAF=25;SAR=13;SRF=73;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163076;STB=0.50109;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0150779;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:113:111:38:40:0.264901:13:25:73:40:14:26:72:39 chr10 30918597 . T C 90.95 PASS AF=0.145038;AO=20;DP=131;FAO=19;FDP=131;FR=.;FRO=112;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=-0.0339754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4212;QD=2.77712;RBI=0.0351393;REFB=0.0017915;REVB=0.00896918;RO=111;SAF=12;SAR=8;SRF=67;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00476027;STB=0.524891;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0112004;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:131:131:111:112:20:19:0.145038:8:12:67:44:8:11:68:44 chr10 30989135 . T C 353.87 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.036828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.563;QD=16.0851;RBI=0.0440816;REFB=-0.0205253;REVB=0.0242257;RO=49;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431368;STB=0.507799;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.035294;OID=.;OPOS=30989135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:50:38:38:0.431818:20:18:23:26:20:18:23:27 chr10 30989188 . G C 702.47 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.948;QD=62.4417;RBI=0.0953018;REFB=0;REVB=0.0082745;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229104;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:24:17:0:0:24:21:0:0 chr10 30993404 . G A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0512;QD=56.9544;RBI=0.0650083;REFB=0;REVB=0.0179479;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654284;OID=.;OPOS=30993404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr10 30993448 . G A 682.92 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.579;QD=52.5322;RBI=0.0394347;REFB=-0.119339;REVB=0.0293562;RO=1;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192048;STB=0.50077;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00253928;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:49:50:0.961538:24:25:0:1:24:26:1:1 chr10 31001494 . A C 146.75 PASS AF=0.380952;AO=11;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.114711;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=62.5825;QD=13.976;RBI=0.1313;REFB=-0.0279161;REVB=0.0638841;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280966;STB=0.690052;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00440139;OID=.;OPOS=31001494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:25:11:16:0.380952:6:5:15:6:9:7:19:6 chr10 31134214 . A G 169.08 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=78;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=-0.00719689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.415;QD=8.67067;RBI=0.00720603;REFB=-0.0183161;REVB=-0.000362964;RO=55;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344662;STB=0.70208;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0399345;OID=.;OPOS=31134214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:55:23:23:0.294872:9:14:17:38:9:14:17:38 chr10 32045045 . A C 386.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.535;QD=55.2675;RBI=0.0481402;REFB=0;REVB=0.0190927;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453725;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:16:10:0:0:18:10:0:0 chr10 32095666 . T C 195.4 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0339966;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.459;QD=23.6842;RBI=0.0341774;REFB=-0.0160816;REVB=0.00351083;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217477;STB=0.512182;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.011738;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:14:5:4:10:14:5:4:10 chr10 32120678 . C T 119.97 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0404542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6354;QD=17.1389;RBI=0.110585;REFB=0.00195561;REVB=0.10292;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288924;STB=0.642669;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00770422;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:6:7:3:11:7:7:3:11 chr10 32128611 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0198943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.953;QD=19.646;RBI=0.0269731;REFB=-0.0085415;REVB=-0.0182145;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00626784;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:2:6:8:3:2:6 chr10 32141460 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0125347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.878;QD=22.1438;RBI=0.0156274;REFB=-0.019669;REVB=-0.00933262;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0181545;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:5:8:9:8:5:8 chr10 32345710 . G A 2327.42 PASS AF=0.993548;AO=154;DP=156;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0076953;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.796;QD=60.0623;RBI=0.0195441;REFB=0.0383995;REVB=0.0179654;RO=0;SAF=61;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7182e-08;STB=0.504065;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000470815;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:156:155:0:1:154:154:0.993548:93:61:0:0:93:61:1:0 chr10 32635834 . GT AT,CG,G 350.75 PASS AF=0.580645,0,0.387097;AO=17,2,9;DP=31;FAO=18,0,12;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0,2;FSAR=10,0,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00735792,-0.00578184,-0.0420943;FXX=0;HRUN=1,1,3;LEN=1,2,1;MLLD=106.874,50.9651,18.6287;QD=45.2586;RBI=0.0415544,0.0159439,0.148705;REFB=-0.0527907,0.0499144,-0.0412878;REVB=-0.0408978,-0.0148587,-0.142623;RO=0;SAF=8,0,2;SAR=9,2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-4.126e-08,0,0;STB=0.529379,0.5,0.599814;STBP=0.331,1,0.102;TYPE=snp,mnp,del;VARB=0.00260128,0,0.011923;OID=.,.,.;OPOS=32635834,32635834,32635835;OREF=G,GT,T;OALT=A,CG,-;OMAPALT=AT,CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:90:31:31:0:1:17,2,9:18,0,12:0.580645,0,0.387097:9,2,7:8,0,2:0:0:10,0,10:8,0,2:1:0 chr10 32974969 . A G 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0886009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3957;QD=45.1001;RBI=0.101932;REFB=-0.135361;REVB=0.0503986;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0142106;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:1:0 chr10 33018351 . G C 1143.62 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365694;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.934;QD=60.9932;RBI=0.0365695;REFB=0;REVB=-5.52624e-05;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07543e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr10 33123824 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.884;QD=57.6807;RBI=0.0541738;REFB=0;REVB=0.0294618;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325754;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr10 33143396 . G A 661.45 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0961;QD=61.5305;RBI=0.01607;REFB=0;REVB=-0.011768;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00493095;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:22:21:0:0 chr10 33211227 . T G 642.05 PASS AF=0.581633;AO=57;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0233699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6472;QD=26.2062;RBI=0.0457959;REFB=0.00155924;REVB=0.0393842;RO=39;SAF=33;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144753;STB=0.588834;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.00189099;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:41:57:57:0.581633:24:33:15:24:24:33:15:26 chr10 33217110 . G A 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0211885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7943;QD=19.1084;RBI=0.0215033;REFB=-0.0425156;REVB=0.00366621;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854931;STB=0.547909;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0343498;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:15:11:9:18:15:11 chr10 33468014 . T C 323.4 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.893;QD=53.8995;RBI=0.0568675;REFB=0;REVB=0.0532332;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392179;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr10 33475282 . C T 1086.21 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0251618;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.52;QD=58.7139;RBI=0.0330048;REFB=0.0281367;REVB=0.021359;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=9.56994e-05;OID=.;OPOS=33475282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:37:36:0:0:37:36:1:0 chr10 33495267 . C T 834.89 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.625;QD=57.5782;RBI=0.0537787;REFB=0;REVB=0.000149663;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99207e-05;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:33:24:0:0:33:25:0:0 chr10 33502240 . C T 313.02 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0357811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3682;QD=16.9198;RBI=0.0387813;REFB=-0.00177534;REVB=0.0149566;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048449;STB=0.52116;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00301417;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:14:20:21:18:14:20:22:18 chr10 33510663 . G A 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.058;QD=56.9378;RBI=0.033354;REFB=0;REVB=0.0183547;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122631;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr10 33510768 . G A 698.31 PASS AF=1;AO=28;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000243849;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.917;QD=63.4822;RBI=0.0997463;REFB=0;REVB=-0.099746;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000635641;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:28:44:1:6:22:0:0:21:23:0:0 chr10 33552695 . CA CG,TG 907.3 PASS AF=0.681818,0.30303;AO=43,22;DP=66;FAO=45,20;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=18,11;FSAR=27,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297018,-0.0196128;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=61.473,219.83;QD=54.9879;RBI=0.0654692,0.0197089;REFB=0.160024,0.132143;REVB=0.0583439,0.00194384;RO=1;SAF=18,11;SAR=25,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0184156,0.0401764;STB=0.509087,0.526289;STBP=0.52,0.336;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0471152,0.0163029;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:66:1:1:43,22:45,20:0.681818,0.30303:25,11:18,11:0:1:27,9:18,11:0:1 chr10 33577361 . G A 1207.66 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0916404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5188;QD=59.6374;RBI=0.0917367;REFB=-0.0297854;REVB=-0.00420182;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119854;STB=0.506328;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00123267;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:1:0:41:39:1:0 chr10 34591402 . C T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8455;QD=61.6773;RBI=0.043702;REFB=0;REVB=-0.0353238;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163778;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr10 34688287 . G A 708.48 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2374;QD=62.9759;RBI=0.026276;REFB=0;REVB=-0.00671053;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226759;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr10 35302705 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.077;QD=57.2026;RBI=0.063052;REFB=0;REVB=0.00575219;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354082;OID=.;OPOS=35302705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr10 35321414 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02264;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.208;QD=56.2293;RBI=0.0276274;REFB=0;REVB=0.0158336;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75881e-05;OID=.;OPOS=35321414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr10 35338699 . G A 601.22 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.000406711;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.772;QD=45.375;RBI=0.00966074;REFB=0.00141402;REVB=0.00965218;RO=6;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685623;STB=0.53659;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-1.95895e-05;OID=.;OPOS=35338699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:6:6:47:47:0.886792:24:23:1:5:24:23:1:5 chr10 35362977 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.859;QD=55.656;RBI=0.0420232;REFB=0;REVB=0.00850465;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078468;OID=.;OPOS=35362977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr10 35426755 . A G 755.26 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487484;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.551;QD=57.0011;RBI=0.0502784;REFB=0;REVB=0.012309;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149159;OID=.;OPOS=35426755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr10 35464778 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.191;QD=64.1535;RBI=0.0161332;REFB=0;REVB=0.00840781;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11893e-05;OID=.;OPOS=35464778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr10 35772402 . G A 365.09 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0054909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.486;QD=52.1551;RBI=0.0372506;REFB=-0.0609259;REVB=0.0368437;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371713;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00135086;OID=.;OPOS=35772402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:1:0:15:12:1:0 chr10 36812362 . C T 278.05 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0532438;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9381;QD=11.1218;RBI=0.0544859;REFB=0.00134295;REVB=-0.0115675;RO=66;SAF=9;SAR=25;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222673;STB=0.629892;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00559036;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:25:9:29:37:25:9:29:37 chr10 36812879 . A G 561.1 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.000325879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.307;QD=23.6252;RBI=0.011816;REFB=-0.00868309;REVB=0.0118115;RO=42;SAF=22;SAR=30;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243251;STB=0.519366;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00668581;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:42:43:52:52:0.547368:30:22:19:23:30:22:20:23 chr10 37447358 . T G 293.32 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00783419;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.827;QD=27.2854;RBI=0.0148306;REFB=-0.000885261;REVB=-0.0125925;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431465;STB=0.511619;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00040759;OID=.;OPOS=37447358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:26:26:0.604651:13:13:9:7:13:13:9:8 chr10 37447445 . A G 233.4 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00107071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.95;QD=10.6089;RBI=0.0303528;REFB=-0.0138916;REVB=-0.0303339;RO=59;SAF=18;SAR=11;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112422;STB=0.565627;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0174015;OID=.;OPOS=37447445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:59:59:29:29:0.329545:11:18:31:28:11:18:31:28 chr10 37451617 . T C 438.38 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0374182;FXX=0.00943307;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.894;QD=16.7003;RBI=0.0390957;REFB=-0.0134326;REVB=-0.0113292;RO=55;SAF=31;SAR=17;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101443;STB=0.568068;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0150998;OID=.;OPOS=37451617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:57:48:48:0.457143:17:31:30:25:17:31:30:27 chr10 37488689 . G C 849.34 PASS AF=0.953125;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0306758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.204;QD=53.0834;RBI=0.0456696;REFB=-0.0551525;REVB=0.0338335;RO=3;SAF=25;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229809;STB=0.511478;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00236873;OID=.;OPOS=37488689;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:60:61:0.953125:35:25:2:1:35:26:2:1 chr10 37505141 . G A 84.05 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=24;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0321348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.448;QD=12.9301;RBI=0.0329308;REFB=-0.0338565;REVB=-0.00719687;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469885;STB=0.583184;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0783376;OID=.;OPOS=37505141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:24:26:15:15:9:11:0.423077:5:4:6:9:5:6:6:9 chr10 37505192 . C T 224.48 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00883355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.696;QD=22.4479;RBI=0.0124163;REFB=-0.0114279;REVB=-0.00872534;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132995;STB=0.504583;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0131527;OID=.;OPOS=37505192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:12:9:8:10:12:10:8:10 chr10 37890955 . G A 59.86 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0175373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.265;QD=9.2091;RBI=0.0504119;REFB=-0.00177518;REVB=0.0472631;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162757;STB=0.561271;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00278085;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:26:26:17:17:8:9:0.346154:4:4:6:11:5:4:6:11 chr10 37891465 . G T 204.73 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.102834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.871;QD=22.7474;RBI=0.103856;REFB=-0.0213129;REVB=0.0145317;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.52775;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00940988;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:10:10:7:9:10:10:7:9 chr10 37891576 . G A 300.6 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0165596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4407;QD=23.1229;RBI=0.0728269;REFB=0.0218161;REVB=0.0709193;RO=22;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072361;STB=0.503997;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0148;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:12:18:13:9:12:18:13:9 chr10 38118901 . C T 252.84 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0326866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1749;QD=21.5186;RBI=0.090783;REFB=-0.030338;REVB=-0.0846944;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721459;STB=0.53066;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0245613;OID=.;OPOS=38118901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:14:10:11:11:14:10:11:12 chr10 38344700 . C G 448.82 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197401;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.113;QD=57.9128;RBI=0.0264058;REFB=0;REVB=0.0175383;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555745;OID=.;OPOS=38344700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:18:10:0:0:20:11:0:0 chr10 38407519 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.499;QD=49.599;RBI=0.0478613;REFB=0;REVB=0.0456001;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274297;OID=.;OPOS=38407519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr10 38645403 . T C,G 1149.21 PASS AF=0.974026,0.025974;AO=70,3;DP=75;FAO=75,2;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35,1;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840165,-0.00722122;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=118.21,67.8925;QD=59.6994;RBI=0.0524318,0.0346649;REFB=0,0;REVB=0.0517543,0.0339044;RO=0;SAF=31,2;SAR=39,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000425115,0.091481;OID=.,.;OPOS=38645403,38645403;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:75:77:0:0:70,3:75,2:0.974026,0.025974:39,1:31,2:0:0:40,1:35,1:0:0 chr10 38672144 . A C 254.55 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0170023;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3758;QD=21.2126;RBI=0.0351617;REFB=-0.0198544;REVB=0.0307777;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925597;STB=0.542218;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00977976;OID=.;OPOS=38672144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:24:24:24:0.5:10:14:11:12:10:14:12:12 chr10 38680963 . G T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.000810017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.985;QD=4.7008;RBI=0.0206589;REFB=-0.00848901;REVB=-0.020643;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519942;STB=0.856124;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0235523;OID=.;OPOS=38680963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:28:29:7:7:0.194444:1:6:12:16:1:6:12:17 chr10 38740000 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.864;QD=52.6102;RBI=0.0308572;REFB=0;REVB=-0.008299;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145058;OID=.;OPOS=38740000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr10 38740029 . C T 191.47 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.413;QD=47.8668;RBI=0.0787552;REFB=0;REVB=0.00921713;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105418;OID=.;OPOS=38740029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr10 38740050 . C T 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0746768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.716;QD=15.2589;RBI=0.0756563;REFB=-0.00924682;REVB=0.0121345;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0148497;OID=.;OPOS=38740050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:3:3:3:4:3:3 chr10 38740353 . T C 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.513;QD=63.2803;RBI=0.0803025;REFB=0;REVB=0.0163672;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194019;OID=.;OPOS=38740353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr10 38740382 . T C 623.91 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.654;QD=59.4203;RBI=0.0436915;REFB=0;REVB=0.0155201;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000686769;OID=.;OPOS=38740382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:37:42:1:16:21:0:0:18:24:0:0 chr10 38740546 . G T 746.97 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.64;QD=63.5717;RBI=0.0438943;REFB=0;REVB=0.0254033;RO=0;SAF=6;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258741;OID=.;OPOS=38740546;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:40:6:0:0:41:6:0:0 chr10 38740590 . A G 340.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.12;QD=54.4203;RBI=0.0673125;REFB=0;REVB=-0.0065761;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558654;OID=.;OPOS=38740590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr10 42941616 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0144255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.75;QD=9.91635;RBI=0.0184157;REFB=-0.0328623;REVB=-0.0114475;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241665;STB=0.649122;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0328377;OID=.;OPOS=42941616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:7:10:7:2:7:10 chr10 42965636 . C T 522.96 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00150035;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3694;QD=55.0482;RBI=0.00710779;REFB=-0.0417663;REVB=0.00694763;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00465985;OID=.;OPOS=42965636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:1:2:36:36:0.947368:17:19:0:1:17:19:0:2 chr10 43078525 . A G 93.76 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0492643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9332;QD=10.4181;RBI=0.0583695;REFB=0.0123272;REVB=0.0313055;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115742;STB=0.555981;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.0274036;OID=.;OPOS=43078525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:23:24:12:12:0.333333:7:5:12:11:7:5:12:12 chr10 43089965 . G A 265.42 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0171041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.579;QD=27.222;RBI=0.0303038;REFB=-0.00125887;REVB=-0.0250154;RO=15;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234274;STB=0.628473;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00133492;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:13:11:2:13:13:11:2:13 chr10 43281089 . T C 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0055272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.419;QD=19.3857;RBI=0.0130658;REFB=-0.00804265;REVB=0.0118391;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045558;STB=0.53996;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0055882;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:12:8:9:11:12:8:10:11 chr10 43312807 . C T 277.25 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0293436;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.993;QD=20.1633;RBI=0.0317755;REFB=-0.014283;REVB=0.0121917;RO=25;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053274;STB=0.523102;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.012714;OID=.;OPOS=43312807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:25:25:29:30:0.545455:18:11:8:17:19:11:8:17 chr10 43595968 . A G 245.75 PASS AF=0.391892;AO=28;DP=73;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0107406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4319;QD=13.2835;RBI=0.0130995;REFB=-0.0117785;REVB=-0.00749915;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107939;STB=0.516057;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0183739;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:43:45:28:29:0.391892:16:12:18:25:16:13:19:26 chr10 43606687 . A G 2334.51 PASS AF=1;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197609;FXX=0.0254761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.176;QD=61.0331;RBI=0.0202507;REFB=0;REVB=-0.00442694;RO=0;SAF=64;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420824;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:154:153:0:0:153:153:1:89:64:0:0:89:64:0:0 chr10 43610119 . G A 116.7 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0285486;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.575;QD=9.153;RBI=0.0410377;REFB=-0.0137169;REVB=0.0294801;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365316;STB=0.716161;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0211438;OID=.;OPOS=43610119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:10:26:6:9:10:26 chr10 43613843 . G T 403.38 PASS AF=0.424779;AO=44;DP=109;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0199004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.878;QD=14.2788;RBI=0.0254467;REFB=-0.0294907;REVB=0.0158591;RO=64;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128194;STB=0.506762;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0359297;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:64:65:44:48:0.424779:28:16:24:40:29:19:25:40 chr10 43615633 . C G 458.66 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0467942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.025;QD=23.5209;RBI=0.049358;REFB=-0.0375315;REVB=-0.015701;RO=34;SAF=13;SAR=31;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105219;STB=0.557973;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0323344;OID=.;OPOS=43615633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:31:13:14:20:31:13:14:20 chr10 43624105 . G A 117.54 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0288688;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7552;QD=11.4672;RBI=0.030131;REFB=-0.0122941;REVB=-0.00862961;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563079;STB=0.535161;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.026587;OID=.;OPOS=43624105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:27:14:14:0.341463:6:8:13:12:6:8:14:13 chr10 43690189 . G A 463.52 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0243152;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.422;QD=52.9737;RBI=0.0243166;REFB=-0.21155;REVB=-0.000254227;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.535692;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00271801;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:20:13:1:0:20:13:2:0 chr10 43691691 . C T 81.84 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0132454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4477;QD=8.61467;RBI=0.0764167;REFB=-0.0174986;REVB=-0.07526;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535672;STB=0.532934;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0444543;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:16:11:4:7:16:11 chr10 43837352 . A G 184.27 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139658;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.708;QD=49.1385;RBI=0.0170452;REFB=0;REVB=0.0097722;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105126;OID=.;OPOS=43837352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr10 43978087 . A G 392.58 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00115031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9761;QD=52.3433;RBI=0.0291412;REFB=-0.0267937;REVB=0.0291185;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00849459;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:16:12:0:1:17:12:0:1 chr10 44052903 . A C 196.53 PASS AF=0.466667;AO=18;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0154291;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.199;QD=17.4691;RBI=0.0241438;REFB=-0.0225876;REVB=0.0185705;RO=22;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235552;STB=0.600747;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0275046;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:24:18:21:0.466667:11:7:14:8:11:10:16:8 chr10 44053013 . G C 199.71 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0741543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.138;QD=19.9715;RBI=0.0750124;REFB=-0.0119042;REVB=-0.0113133;RO=19;SAF=3;SAR=17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521372;STB=0.806927;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0109572;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:17:3:13:6:17:3:14:6 chr10 44053585 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00546108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.014;QD=18.3448;RBI=0.0511926;REFB=-0.00426197;REVB=-0.0509005;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195133;STB=0.511098;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00485753;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:12:6:6:11:12:6 chr10 44285777 . T C 336.27 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0220516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.332;QD=28.0221;RBI=0.0235699;REFB=0.00244849;REVB=0.00832284;RO=18;SAF=17;SAR=12;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996306;STB=0.562742;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0015502;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:19:29:29:0.604167:12:17:13:5:12:17:14:5 chr10 44793299 . C T 356.11 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00629908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0548;QD=24.5595;RBI=0.0978784;REFB=-0.0118716;REVB=-0.0976755;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507476;STB=0.539423;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0119053;OID=.;OPOS=44793299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:23:12:9:13:23:12:10:13 chr10 45430462 . C T 278.82 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00175959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.978;QD=21.868;RBI=0.0115463;REFB=-0.0235035;REVB=-0.0114114;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302387;STB=0.655632;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.012347;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:12:16:4:18:12:16:5:18 chr10 45473317 . C T 191.49 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0257185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.216;QD=15.6316;RBI=0.0271101;REFB=-0.0182569;REVB=-0.00857413;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121401;STB=0.569166;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0281865;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:6:14:23:6:6:14:23:6 chr10 45478092 . A G 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0839191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8807;QD=19.3411;RBI=0.09858;REFB=0.0013574;REVB=-0.0517261;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146011;STB=0.573683;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.00535438;OID=.;OPOS=45478092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:18:18:18:0.5:14:4:6:11:14:4:6:12 chr10 45479434 . G A 250.31 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=3;FWDB=-0.0341306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.897;QD=14.7243;RBI=0.0584713;REFB=-0.0304266;REVB=0.0474763;RO=38;SAF=26;SAR=3;SRF=35;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708542;STB=0.543831;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0458051;OID=.;OPOS=45479434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:29:29:0.426471:3:26:35:3:3:26:36:3 chr10 45499799 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00441346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8248;QD=19.3686;RBI=0.0229982;REFB=0.0106177;REVB=-0.0225707;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473371;STB=0.768743;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0047819;OID=.;OPOS=45499799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:0:7:3:7:0:7 chr10 45500221 . A G 127.62 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0443706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.083;QD=11.8711;RBI=0.0450542;REFB=-0.0203061;REVB=0.00781883;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263558;STB=0.515604;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0385558;OID=.;OPOS=45500221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:4:11:20:8:4:11:20:8 chr10 45878050 . G A 200.66 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0331622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1459;QD=21.1217;RBI=0.039569;REFB=-0.00953048;REVB=-0.0215865;RO=17;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467226;STB=0.517224;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0156186;OID=.;OPOS=45878050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:5:15:12:5:5:15:13:5 chr10 46342667 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=39;DP=177;LEN=21;RO=138;SAF=9;SAR=21;SRF=57;SRR=90;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=46342668;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:177:138:39:21:9:57:90 chr10 46965018 . C G 159.91 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0171718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.579;QD=8.884;RBI=0.0385658;REFB=-0.0106017;REVB=-0.0345318;RO=50;SAF=13;SAR=9;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107482;STB=0.563717;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0242259;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:9:13:25:25:9:13:25:25 chr10 46965727 . G A 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00265643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.463;QD=4.85491;RBI=0.00777882;REFB=-0.00311252;REVB=-0.00731119;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043134;STB=0.528843;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0139267;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:13:15:4:3:13:15 chr10 46967672 . C T 202.8 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0102168;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.749;QD=20.7997;RBI=0.0110448;REFB=-0.000108853;REVB=0.00419594;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178195;STB=0.614057;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000132254;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:18:19:20:20:0.512821:13:7:10:8:13:7:11:8 chr10 46970792 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0518474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.052;QD=12.7388;RBI=0.053129;REFB=-0.0157441;REVB=0.0115993;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.675253;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0150141;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:7:3:5:3:7:3 chr10 46998894 . G A 183.7 PASS AF=0.4;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0187945;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0199;QD=13.3599;RBI=0.100647;REFB=-0.0137113;REVB=0.0988762;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133435;STB=0.588152;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0740476;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:32:33:22:22:0.4:7:15:18:14:7:15:18:15 chr10 46998995 . C G 341.15 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00102257;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.975;QD=20.3673;RBI=0.00797137;REFB=-0.0481388;REVB=0.00790551;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146512;STB=0.581093;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0352628;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:17:18:11:21:17:18:11:21 chr10 46998999 . G A 260.66 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0487203;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5821;QD=16.5495;RBI=0.0812904;REFB=-0.0213306;REVB=0.0650728;RO=32;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245383;STB=0.6399;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0391092;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:34:29:29:0.460317:20:9:18:14:20:9:19:15 chr10 46999019 . G A 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0017083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8122;QD=18.4977;RBI=0.0217924;REFB=-0.0388256;REVB=0.0217253;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135887;STB=0.576214;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0366444;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:14:13:17:10:14:13 chr10 46999030 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0173097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.853;QD=19.7627;RBI=0.0293645;REFB=-0.0341912;REVB=0.0237202;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110123;STB=0.561991;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0365547;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:12:11:9:16:12:11:9:16 chr10 46999151 . T C 243.57 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00879747;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7902;QD=22.1426;RBI=0.0439917;REFB=-0.01651;REVB=0.043103;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538292;STB=0.503016;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0187368;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:12:9:10:13:12:9 chr10 46999178 . A C 210.7 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=44;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0055112;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.669;QD=18.3216;RBI=0.00764384;REFB=-0.0111654;REVB=0.00529669;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364109;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.011082;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:25:18:21:0.456522:7:11:15:11:9:12:14:11 chr10 46999189 . CA CG,TG 659.57 PASS AF=0.5,0.5;AO=22,21;DP=43;FAO=22,22;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13,11;FSAR=9,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458684,0.0169255;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=76.7337,127.503;QD=59.9605;RBI=0.0516473,0.0179748;REFB=0,0;REVB=0.0237388,0.00605157;RO=0;SAF=13,12;SAR=9,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00721394,0.0193109;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:43:44:0:0:22,21:22,22:0.5,0.5:9,9:13,12:0:0:9,11:13,11:0:0 chr10 46999198 . G T 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00564171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.845;QD=25.0397;RBI=0.00597568;REFB=-0.0232099;REVB=-0.00196972;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288527;STB=0.516002;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0205412;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:10:16:13:7:10:16:13:7 chr10 46999465 . A G 190.94 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00940561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.332;QD=30.5497;RBI=0.0289882;REFB=-0.0218857;REVB=0.0274199;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948483;STB=0.552452;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00423763;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:4:3:11:7:4:3 chr10 46999603 . GA G,GG 116.44 PASS AF=0.214286,0.642857;AO=4,8;DP=14;FAO=3,9;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=0,7;FSAR=3,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00415938,-0.00492278;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=247.504,253.841;QD=33.2674;RBI=0.0562299,0.0410912;REFB=-0.0357804,-0.0299574;REVB=0.0560758,0.0407952;RO=2;SAF=1,6;SAR=3,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407562,-0.12621;STB=0.995982,0.562371;STBP=0.069,0.644;TYPE=del,snp;VARB=0.0217155,0.00894207;OID=.,.;OPOS=46999604,46999604;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.642857:4,8:14:3,9:14:2:0,7:3,2:2:0:18:2:1,6:3,2:2:0 chr10 46999732 . G A 423.81 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00182326;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.766;QD=21.1906;RBI=0.00455477;REFB=-0.0128702;REVB=0.00417392;RO=38;SAF=20;SAR=22;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881088;STB=0.548671;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0127753;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:38:42:42:0.525:22:20:22:16:22:20:22:16 chr10 46999747 . T C 361.9 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0157577;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6309;QD=17.6536;RBI=0.0449676;REFB=-0.0523712;REVB=-0.0421163;RO=44;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872461;STB=0.548755;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.027177;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:44:44:38:38:0.463415:19:19:18:26:19:19:18:26 chr10 46999922 . G T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0114693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.344;QD=17.3782;RBI=0.0119015;REFB=-0.0165657;REVB=0.00317791;RO=10;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144334;STB=0.584248;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0140676;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:9:2:3:7:9:2:3:7 chr10 47000004 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7542;QD=59.8319;RBI=0.0353829;REFB=0;REVB=-0.0281578;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.40929e-05;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr10 47000071 . G A 332.44 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0269474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8339;QD=26.5949;RBI=0.0455342;REFB=-0.0221739;REVB=-0.0367042;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220519;STB=0.61028;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0243577;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:21:29:29:0.58:16:13:15:5:16:13:15:6 chr10 47000079 . T C 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0037475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.77;QD=14.6976;RBI=0.0292371;REFB=-0.0163991;REVB=-0.028996;RO=30;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299138;STB=0.672345;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0255579;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:6:15:13:17:6:15:13:17 chr10 47000146 . C T 66.8 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0135206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.669;QD=12.7238;RBI=0.0135215;REFB=-0.0327783;REVB=0.000158329;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.7268;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0488946;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:3:9:3:6:3:9 chr10 47000188 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.262;QD=39.2065;RBI=0.0913035;REFB=0;REVB=-0.0814852;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724016;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr10 47000239 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0259327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.08;QD=17.6435;RBI=0.0378326;REFB=0.00066444;REVB=-0.0275464;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301282;STB=0.676989;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.000387239;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:3:4:2:7:3:4 chr10 47000321 . G A 222.38 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00104645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.171;QD=14.5822;RBI=0.0483798;REFB=-0.00180542;REVB=0.0483685;RO=34;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243239;STB=0.508015;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00258404;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:35:25:26:0.42623:9:16:21:13:10:16:22:13 chr10 47000366 . C G 388.16 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0167091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9295;QD=18.7063;RBI=0.0262956;REFB=-0.00218643;REVB=0.0203043;RO=42;SAF=23;SAR=16;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751957;STB=0.540796;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00160266;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:43:39:40:0.481928:16:23:28:14:16:24:29:14 chr10 47000374 . T C 390.61 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.009205;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.242;QD=17.7548;RBI=0.0135391;REFB=-0.0220664;REVB=-0.00992851;RO=47;SAF=26;SAR=15;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489077;STB=0.52726;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0163356;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:15:26:32:15:15:26:32:15 chr10 47000381 . T C 1338.53 PASS AF=0.967033;AO=88;DP=91;FAO=88;FDP=91;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.026587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.81;QD=58.8363;RBI=0.030913;REFB=-0.106229;REVB=0.0157715;RO=2;SAF=56;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166228;STB=0.513041;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00135824;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:91:2:3:88:88:0.967033:32:56:2:0:32:56:3:0 chr10 47000426 . T C 1537.8 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4943;QD=63.4145;RBI=0.0335039;REFB=0;REVB=0.00771139;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5955e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:97:0:0:92:97:1:41:51:0:0:42:55:0:0 chr10 47000487 . G A 432.04 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0102749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.824;QD=20.3314;RBI=0.0103236;REFB=-0.01537;REVB=-0.00100184;RO=40;SAF=22;SAR=21;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991966;STB=0.541396;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0154377;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:40:42:43:43:0.505882:21:22:25:15:21:22:25:17 chr10 47000547 . G T 201.97 PASS AF=0.44;AO=19;DP=47;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000717447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.044;QD=16.158;RBI=0.00417157;REFB=-0.00490506;REVB=0.00410941;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126815;STB=0.511226;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00903926;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:28:28:19:22:0.44:13:6:12:16:13:9:12:16 chr10 47000728 . T C 346.12 PASS AF=0.564516;AO=30;DP=61;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00561057;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.832;QD=22.3301;RBI=0.0223761;REFB=-0.0278027;REVB=0.0216613;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302168;STB=0.521889;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0237228;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:27:30:35:0.564516:13:17:16:14:16:19:16:11 chr10 47000765 . C T 86.52 PASS AF=0.1875;AO=15;DP=80;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0168447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4025;QD=4.32579;RBI=0.0351027;REFB=-0.00216623;REVB=-0.030797;RO=65;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321888;STB=0.52084;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00721519;OID=.;OPOS=47000765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:65:65:15:15:0.1875:7:8:33:32:7:8:33:32 chr10 47000863 . A G 789.93 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.131;QD=56.4234;RBI=0.0325932;REFB=0;REVB=0.0028245;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190926;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:30:25:0:0:30:26:0:0 chr10 47000873 . T A,G 732.35 PASS AF=0.433962,0.566038;AO=23,28;DP=51;FAO=23,30;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=8,17;FSAR=15,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245488,-0.0105375;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.523,154.104;QD=55.2718;RBI=0.0247776,0.0107053;REFB=0,0;REVB=0.00335971,-0.00188813;RO=0;SAF=8,16;SAR=15,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0124963,0.0115077;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:53:0:0:23,28:23,30:0.433962,0.566038:15,12:8,16:0:0:15,13:8,17:0:0 chr10 47000898 . C T 283.74 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00674919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.903;QD=23.1627;RBI=0.0227833;REFB=-0.0433268;REVB=-0.0217607;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128245;STB=0.571375;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.023601;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:8:15:13:13:8:15 chr10 47001032 . G A 254.4 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0059694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.317;QD=22.6135;RBI=0.0321671;REFB=-0.0359762;REVB=-0.0316084;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223933;STB=0.614429;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0679137;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:9:15:7:13:9:15:8:13 chr10 47001098 . C T 225.92 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00597783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.613;QD=20.5385;RBI=0.0604187;REFB=-0.0187823;REVB=-0.0601222;RO=22;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429447;STB=0.524207;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0279038;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:8:14:13:9:8:14:13:9 chr10 47001371 . C G,T 772.97 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=53,2;DP=55;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163947,0.0209788;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.092,115.045;QD=56.2159;RBI=0.0281217,0.0442902;REFB=0,0;REVB=0.0228482,0.0390066;RO=0;SAF=25,1;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000428,0.0265474;OID=.,.;OPOS=47001371,47001371;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:55:55:0:0:53,2:54,1:0.981818,0.0181818:28,1:25,1:0:0:29,0:25,1:0:0 chr10 47001409 . G A 352.55 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0106976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3633;QD=21.0476;RBI=0.0113416;REFB=-0.0221665;REVB=0.00376749;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198618;STB=0.503354;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0149515;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:35:36:0.537313:20:15:14:17:20:16:14:17 chr10 47001485 . A T 82.58 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.00933206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.597;QD=3.67004;RBI=0.027589;REFB=-0.00546437;REVB=-0.0259628;RO=72;SAF=6;SAR=9;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057148;STB=0.545393;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0255037;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:72:75:15:15:0.166667:9:6:32:40:9:6:34:41 chr10 47001504 . G T 373.68 PASS AF=0.415842;AO=41;DP=99;FAO=42;FDP=101;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0158423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.961;QD=14.7993;RBI=0.0205051;REFB=-0.00923079;REVB=0.0130185;RO=57;SAF=16;SAR=25;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464032;STB=0.501222;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0174518;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:57:59:41:42:0.415842:25:16:22:35:25:17:24:35 chr10 47001543 . C T 495.07 PASS AF=0.5;AO=48;DP=96;FAO=48;FDP=96;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0194837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.488;QD=20.6279;RBI=0.0196009;REFB=-0.00267831;REVB=0.00214008;RO=48;SAF=16;SAR=32;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209779;STB=0.511623;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00261832;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:48:48:48:48:0.5:32:16:17:31:32:16:17:31 chr10 47001786 . A C 362.51 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0246541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.668;QD=32.9553;RBI=0.0309918;REFB=-0.0155446;REVB=-0.0187795;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609874;STB=0.533311;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00777523;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:14:16:6:8:14:16:6:8 chr10 47001946 . T C 58.55 PASS AF=0.2;AO=7;DP=44;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0037245;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.88;QD=5.20446;RBI=0.0223005;REFB=-0.00641326;REVB=0.0219873;RO=37;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389578;STB=0.630789;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0176263;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:44:45:37:36:7:9:0.2:5:2:23:14:5:4:22:14 chr10 47001954 . C T 230.11 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0116002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.82;QD=23.011;RBI=0.0143779;REFB=-0.0501998;REVB=-0.00849477;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292275;STB=0.51634;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0388858;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:10:8:9:13:10:8 chr10 47001984 . G A 354.12 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0131874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.829;QD=48.8436;RBI=0.0208791;REFB=-0.0330057;REVB=0.0161874;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.531227;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000643301;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:12:15:1:0:12:15:2:0 chr10 47002049 . C T 81.6 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0244813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8218;QD=6.04479;RBI=0.0638883;REFB=-0.0157368;REVB=-0.0590117;RO=38;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290772;STB=0.705524;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0450589;OID=.;OPOS=47002049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:38:42:12:12:0.222222:3:9:20:18:3:9:21:21 chr10 47002079 . T C 375.48 PASS AF=0.552239;AO=34;DP=69;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00640679;FXX=0.0694348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.482;QD=22.4169;RBI=0.0221466;REFB=-0.0182624;REVB=0.0211997;RO=29;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635461;STB=0.530546;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.018884;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:29:30:34:37:0.552239:19:15:15:14:21:16:15:15 chr10 47002118 . T A 331.77 PASS AF=0.380952;AO=40;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.00251582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.159;QD=12.6387;RBI=0.0284402;REFB=-0.0131892;REVB=0.0283287;RO=64;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100382;STB=0.560827;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0221;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:64:65:40:40:0.380952:22:18:23:41:22:18:23:42 chr10 47002127 . T C,G 1525.35 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=94,4;DP=98;FAO=102,2;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41,0;FSAR=61,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142103,0.00349057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.782,121.946;QD=58.6675;RBI=0.0494171,0.0451793;REFB=0,0;REVB=0.0473299,0.0450442;RO=0;SAF=36,1;SAR=58,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000535866,0.0375316;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:98:104:0:0:94,4:102,2:0.980769,0.0192308:58,3:36,1:0:0:61,2:41,0:0:0 chr10 47002135 . A G 677.59 PASS AF=0.603774;AO=64;DP=106;FAO=64;FDP=106;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00959901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.843;QD=25.5694;RBI=0.034459;REFB=0.0057543;REVB=-0.0330951;RO=42;SAF=23;SAR=41;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718479;STB=0.539123;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=-0.00547463;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:42:64:64:0.603774:41:23:19:23:41:23:19:23 chr10 47002501 . T A 126.85 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=42;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0134464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1457;QD=11.5321;RBI=0.0335024;REFB=-0.00727341;REVB=0.0306856;RO=28;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318687;STB=0.695363;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0396421;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:28:29:14:15:0.340909:11:3:13:15:12:3:13:16 chr10 47002542 . C A 958.63 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.026489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.544;QD=57.2316;RBI=0.0274396;REFB=0.0243458;REVB=-0.00716017;RO=1;SAF=24;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192778;STB=0.510201;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000983075;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:42:24:1:0:42:24:1:0 chr10 47002606 . G A 140.32 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0167869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8907;QD=7.79558;RBI=0.0265984;REFB=-0.00609223;REVB=-0.0206319;RO=52;SAF=5;SAR=15;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278028;STB=0.66905;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0202743;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:52:52:20:20:0.277778:15:5:24:28:15:5:24:28 chr10 47002617 . T C 145.1 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0371557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1421;QD=8.79374;RBI=0.0450571;REFB=0.00489518;REVB=-0.0254872;RO=46;SAF=6;SAR=14;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220828;STB=0.63212;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00934464;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:14:6:22:24:14:6:22:24 chr10 47002724 . G A 131.62 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0342208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.314;QD=14.2294;RBI=0.0343193;REFB=-0.0694788;REVB=0.00259924;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071126;STB=0.551657;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0690351;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:6:9:14:7:6:9:15:7 chr10 47002757 . A G 406.27 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334695;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2918;QD=56.0375;RBI=0.0437875;REFB=0;REVB=0.0282336;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198075;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:10:14:0:0:11:18:0:0 chr10 47002792 . T C 64.4 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0121536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.854;QD=9.90788;RBI=0.0252913;REFB=-0.0307014;REVB=0.0221797;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356588;STB=0.719105;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0162391;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:9:8:7:2:9:8 chr10 47002917 . T C 136.12 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=19;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.050751;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.1952;QD=24.7486;RBI=0.0552433;REFB=-0.0900857;REVB=0.0218211;RO=5;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471926;STB=0.581292;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0857058;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:19:22:5:6:14:16:0.727273:7:7:2:3:6:10:2:4 chr10 47002937 . A G 103.84 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0902205;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1937;QD=11.538;RBI=0.0974445;REFB=-0.00620558;REVB=-0.0368199;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217007;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0165017;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:12:13:0.361111:6:6:7:16:6:7:7:16 chr10 47002942 . C G 87.49 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0485057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7115;QD=9.72093;RBI=0.0953145;REFB=0.00657587;REVB=0.0820491;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237362;STB=0.610935;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.000763423;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:35:36:24:24:11:12:0.333333:5:6:8:16:6:6:8:16 chr10 47003115 . C T 279.96 PASS AF=0.405063;AO=21;DP=77;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0303952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.086;QD=14.1752;RBI=0.030482;REFB=-0.00695709;REVB=-0.00229855;RO=35;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133117;STB=0.559507;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0168631;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:47:21:32:0.405063:10:11:14:21:18:14:16:31 chr10 47003177 . A G 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.014631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.586;QD=8.64047;RBI=0.0151084;REFB=-0.0219738;REVB=-0.00376765;RO=34;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117685;STB=0.571324;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0405629;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:8:5:10:24:8:5:10:24 chr10 47003215 . T C 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-7.73662e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.643;QD=15.6262;RBI=0.00355845;REFB=-0.0169896;REVB=-0.00355761;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141862;STB=0.582;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0329788;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:12:15:13:6:12:15 chr10 47003229 . C G 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0292412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.699;QD=12.5686;RBI=0.029994;REFB=-0.0047019;REVB=0.00667767;RO=26;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366995;STB=0.718781;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0215595;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:12:3:13:13:12:3:13:13 chr10 47003250 . C T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0288277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.145;QD=12.579;RBI=0.0301802;REFB=-0.0083945;REVB=0.00893363;RO=31;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288185;STB=0.669845;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0100309;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:12:5:17:14:12:5:17:14 chr10 47003615 . C T 275.75 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0150828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.663;QD=25.651;RBI=0.0150895;REFB=-0.0261545;REVB=0.000448687;RO=17;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181339;STB=0.60894;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00993341;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:12:13:13:4:12:13:14:4 chr10 47003896 . C T 208.1 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0118717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.623;QD=15.1343;RBI=0.0153418;REFB=-0.00756654;REVB=-0.00971761;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125156;STB=0.571367;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00790895;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:16:8:14:17:16:8:14:17 chr10 47004068 . T C 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0097221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.014;QD=16.4805;RBI=0.019544;REFB=-0.0144041;REVB=-0.0169543;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.599891;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0206835;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:6:13:13:12:6:13:13:12 chr10 47004182 . G A 289.81 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00316839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.8629;QD=48.3008;RBI=0.0174441;REFB=-0.111837;REVB=0.0171539;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00209394;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:0:1:8:15:0:1 chr10 47004217 . T C 254.85 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00522061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.84;QD=29.1254;RBI=0.027176;REFB=-0.0140495;REVB=0.0266698;RO=12;SAF=7;SAR=16;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406558;STB=0.522369;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00936246;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:16:7:3:9:16:7:3:9 chr10 47004289 . C T 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00718468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0837;QD=11.1282;RBI=0.0271517;REFB=-0.0127734;REVB=0.0261839;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756198;STB=0.545363;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0223755;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:8:9:6:4:8:9 chr10 47004355 . C CA 100.97 PASS AF=0.48;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0127694;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=252.791;QD=16.1544;RBI=0.0203259;REFB=-0.0100307;REVB=-0.0158141;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065293;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=0.014317;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:11:25:12:25:13:7:5:7:6:99:13:6:5:7:6 chr10 47004362 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0143547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.68;QD=15.3789;RBI=0.0410026;REFB=0.00821001;REVB=0.0384078;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00207881;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:5:7:6:7:5:7:7:7 chr10 47004463 . G A 40.68 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0665187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.452;QD=3.53732;RBI=0.0673246;REFB=-0.00231361;REVB=0.0103859;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460848;STB=0.809314;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0211227;OID=.;OPOS=47004463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:12:27:2:5:12:27 chr10 47004702 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0139826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.777;QD=10.1746;RBI=0.102072;REFB=-0.0141068;REVB=-0.10111;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00278941;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:3:6:1:5:3:6 chr10 47004971 . A G 124.25 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0469832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.862;QD=17.138;RBI=0.0574202;REFB=-0.00261304;REVB=-0.0330099;RO=14;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414901;STB=0.754372;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00536242;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:15:13:14:0.482759:4:9:3:11:4:10:3:12 chr10 47005267 . C T 66.85 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00993226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.977;QD=12.7333;RBI=0.0412354;REFB=-0.0181796;REVB=0.0400214;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0181475;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:6:5:5:4:7:5 chr10 47005466 . C T 468.06 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00506446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.934;QD=22.8323;RBI=0.0202579;REFB=-0.00491435;REVB=-0.0196146;RO=37;SAF=35;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238054;STB=0.632043;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00426335;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:10:35:20:17:10:35:20:17 chr10 47005504 . T C 402.22 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=15;FWDB=-0.00708801;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.054;QD=15.6201;RBI=0.00748291;REFB=-0.014162;REVB=-0.00239877;RO=57;SAF=29;SAR=16;SRF=42;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104399;STB=0.561651;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0195689;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:57:58:45:45:0.436893:16:29:42:15:16:29:43:15 chr10 47005575 . C T 469.31 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=94;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0078731;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.471;QD=20.1856;RBI=0.0131494;REFB=-0.0041416;REVB=0.0105319;RO=45;SAF=23;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505374;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00504141;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:45:47:45:46:0.494624:22:23:23:22:23:23:24:23 chr10 47005611 . CAGA C 94.01 PASS AF=0.227273;AO=11;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0292444;FXX=0.043472;HRUN=1;LEN=3;MLLD=226.304;QD=5.69765;RBI=0.0325387;REFB=-0.00828184;REVB=-0.0142664;RO=48;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289836;STB=0.533289;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.0255159;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:11:65:15:66:51:7:8:26:25:94:48:3:8:24:24 chr10 47087078 . G T 249.68 PASS AF=0.282258;AO=35;DP=124;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=-0.028213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5881;QD=8.05432;RBI=0.037036;REFB=-0.0218903;REVB=-0.0239936;RO=88;SAF=20;SAR=15;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457115;STB=0.53145;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.043337;OID=.;OPOS=47087078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:89:35:35:0.282258:15:20:47:41:15:20:47:42 chr10 47087474 . C T 1293.21 PASS AF=0.977011;AO=86;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0411311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4103;QD=59.458;RBI=0.0557044;REFB=0.0045675;REVB=0.0375662;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141395;STB=0.515148;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000255329;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:86:85:0.977011:53:33:1:0:53:32:2:0 chr10 47087501 . C T 295.46 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0273915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.271;QD=15.3484;RBI=0.0274288;REFB=-0.0147013;REVB=-0.00142988;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732871;STB=0.5488;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0186228;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:20:13:20:23:20:13:21:23 chr10 47087608 . T C 1138.42 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.533;QD=59.1386;RBI=0.0212312;REFB=-0.0391572;REVB=0.0107798;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119781;STB=0.506327;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000728685;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:39:36:0:1:39:37:0:1 chr10 47087680 . C T 1157.53 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00319349;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3331;QD=60.9227;RBI=0.0187741;REFB=0;REVB=-0.0185005;RO=0;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6391e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112126;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:34:42:0:0:34:42:0:0 chr10 47087731 . C T 898.84 PASS AF=0.942029;AO=63;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.126911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7979;QD=52.1067;RBI=0.127336;REFB=-0.153484;REVB=0.0103943;RO=5;SAF=32;SAR=31;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068269;STB=0.527769;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00544425;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:69:69:5:4:63:65:0.942029:31:32:5:0:31:34:4:0 chr10 47087830 . G A 610.43 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0550597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.395;QD=56.7844;RBI=0.0558576;REFB=0.0457368;REVB=0.00940752;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.51999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00138439;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:24:17:0:1:24:17:0:2 chr10 47416908 . A G 2112.79 PASS AF=0.482063;AO=210;DP=447;FAO=215;FDP=446;FR=.;FRO=231;FSAF=152;FSAR=63;FSRF=128;FSRR=103;FWDB=0.00101528;FXX=0.00223709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.486;QD=18.9488;RBI=0.110382;REFB=-0.0175783;REVB=0.110377;RO=232;SAF=152;SAR=58;SRF=126;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194064;STB=0.588534;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153211;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:447:446:232:231:210:215:0.482063:58:152:126:106:63:152:128:103 chr10 47747159 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458499;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.14;QD=42.1826;RBI=0.0517936;REFB=0;REVB=0.0240908;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349029;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr10 47769356 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0813046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.069;QD=19.1304;RBI=0.0900253;REFB=0.0452101;REVB=0.0386537;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00322037;OID=.;OPOS=47769356;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr10 47769358 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0311592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.336;QD=23.2188;RBI=0.043283;REFB=0.0479379;REVB=-0.030042;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000585567;OID=.;OPOS=47769358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr10 47911590 . GT AG 318.78 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464441;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.872;QD=53.1293;RBI=0.00475672;REFB=0;REVB=-0.00102752;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.93253e-06;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:19:5:0:0 chr10 48370595 . G A 220.71 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.100805;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8052;QD=17.3108;RBI=0.122085;REFB=-0.0244287;REVB=0.0688701;RO=26;SAF=5;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247777;STB=0.634532;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0242131;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:27:24:24:0.470588:19:5:11:15:19:5:11:16 chr10 48373123 . G A 36.73 PASS AF=0.3;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0576898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4536;QD=7.34526;RBI=0.0781143;REFB=-0.0160378;REVB=-0.0526663;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247161;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.107586;OID=.;OPOS=48373123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:13:14:5:6:0.3:1:4:8:5:1:5:9:5 chr10 48373576 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0521373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9688;QD=7.76202;RBI=0.0531806;REFB=0.0015511;REVB=0.0104819;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00485882;OID=.;OPOS=48373576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:7:6:4:2:7:6 chr10 49659351 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0739971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4765;QD=14.7985;RBI=0.108638;REFB=-0.0112406;REVB=0.0795407;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544356;STB=0.817603;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0201012;OID=.;OPOS=49659351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:10:3:9:2:10:3 chr10 49659559 . C T 150.29 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0348635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.554;QD=12.5238;RBI=0.0392972;REFB=-0.0138198;REVB=0.018133;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23397;STB=0.646886;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0190197;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:6:11:13:17:6:11:13:18 chr10 49667795 . T C 787.64 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00177526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2759;QD=55.2733;RBI=0.0109687;REFB=-0.0834226;REVB=0.0108241;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000495266;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:1:0:22:34:1:0 chr10 49687800 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0179712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.574;QD=18.767;RBI=0.0194418;REFB=-0.0593358;REVB=-0.00741741;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0112146;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr10 49860258 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.791;QD=49.5992;RBI=0.0607458;REFB=0;REVB=0.060036;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020118;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr10 49998780 . G A 1173.04 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00315121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.209;QD=59.3946;RBI=0.0540806;REFB=-0.0676542;REVB=0.0539887;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.506848;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00032641;OID=.;OPOS=49998780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:78:78:0.987342:36:42:0:0:36:42:0:1 chr10 50004372 . C T 1491.4 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7433;QD=63.4638;RBI=0.0375075;REFB=0;REVB=-0.034963;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332349;OID=.;OPOS=50004372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:39:55:0:0:39:55:0:0 chr10 50013402 . T C 766.72 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.319;QD=63.8932;RBI=0.0647262;REFB=0;REVB=0.00984901;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013591;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:40:48:1:22:18:0:0:23:25:0:0 chr10 50025396 . G A 733.82 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.741;QD=61.152;RBI=0.0437663;REFB=-0.0695633;REVB=0.0269471;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.507243;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.000562068;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:44:47:0.979167:34:10:0:0:34:13:0:1 chr10 50038800 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.088;QD=59.4352;RBI=0.0519034;REFB=0;REVB=0.0493768;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220608;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr10 50083111 . T C 706.54 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00144808;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.3469;QD=49.582;RBI=0.0361375;REFB=-0.146077;REVB=-0.0361084;RO=2;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.529401;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0105901;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:2:4:53:53:0.929825:32:21:0:2:32:21:0:4 chr10 50109902 . G A 330.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0679383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.12;QD=50.8341;RBI=0.0703907;REFB=-0.0632996;REVB=0.0184184;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0025546;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:1:0:13:12:1:0 chr10 50121784 . T C 1080.22 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5116;QD=60.012;RBI=0.0507467;REFB=0;REVB=0.0457344;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318186;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr10 50122181 . C A 573.06 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0130757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.414;QD=55.9083;RBI=0.0137322;REFB=-0.0252365;REVB=0.00419514;RO=2;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390336;STB=0.520823;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000191657;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:23:16:0:2:23:16:0:2 chr10 50227785 . T C 596.2 PASS AF=0.921569;AO=44;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0398719;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6955;QD=46.7609;RBI=0.0690728;REFB=0.00720569;REVB=0.0564028;RO=4;SAF=16;SAR=28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638874;STB=0.530013;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00159189;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:51:51:4:4:44:47:0.921569:28:16:3:1:29:18:3:1 chr10 50339925 . G A 33.38 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0215242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.607;QD=19.0739;RBI=0.0217143;REFB=-0.0697518;REVB=0.00286771;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0152195;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr10 50340304 . C A 232.24 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0363149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.618;QD=23.8193;RBI=0.0391928;REFB=-0.00687373;REVB=0.0147412;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176727;STB=0.598002;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00455011;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:13:4:10:12:13:4 chr10 50341954 . A G 126.08 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.027867;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.148;QD=8.84784;RBI=0.0401855;REFB=-0.018317;REVB=-0.0289535;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239683;STB=0.621716;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0316705;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:40:16:17:0.298246:8:8:12:28:9:8:12:28 chr10 50374819 . T C 217.18 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0252075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0008;QD=22.8606;RBI=0.0413623;REFB=-0.0307894;REVB=0.0327937;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196126;STB=0.609039;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0362423;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:4:13:11:10:4:13 chr10 50531604 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.175;QD=49.5985;RBI=0.0373003;REFB=0;REVB=0.0346768;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203283;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr10 50532588 . C G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.070889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.929;QD=19.1085;RBI=0.0708913;REFB=-0.0222224;REVB=0.000566945;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0269859;OID=.;OPOS=50532588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:2:4:3:6:2:4 chr10 50532683 . T C 88.14 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8177;QD=39.172;RBI=0.0912283;REFB=0;REVB=-0.029251;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394438;OID=.;OPOS=50532683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr10 50532812 . A G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00786858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.879;QD=20.8371;RBI=0.0137728;REFB=-0.00550244;REVB=0.0113038;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313638;STB=0.685212;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0121927;OID=.;OPOS=50532812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:3:2:1:8:3:2 chr10 50533463 . T A 79.37 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.136503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.638;QD=15.8744;RBI=0.136635;REFB=-0.0191914;REVB=-0.00601946;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23572;STB=0.666388;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0280082;OID=.;OPOS=50533463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:8:10:10:10:0.5:6:4:1:7:6:4:1:9 chr10 50533617 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9224;QD=49.5981;RBI=0.0694039;REFB=0;REVB=0.0573154;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00324025;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:14:18:1:10:4:0:0:12:6:0:0 chr10 50534350 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0343861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7307;QD=22.8302;RBI=0.0515554;REFB=-0.0116874;REVB=0.038413;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12026;STB=0.56748;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0157627;OID=.;OPOS=50534350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:7:3:7:8:7:3 chr10 50534599 . G A 92.92 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0787644;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8289;QD=16.8946;RBI=0.0806907;REFB=-0.00554728;REVB=0.0175261;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362939;STB=0.677128;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.021082;OID=.;OPOS=50534599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:22:10:11:11:11:0.5:5:6:1:9:5:6:2:9 chr10 50678331 . C T 223.06 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00398678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.303;QD=16.5229;RBI=0.00409766;REFB=-8.52159e-05;REVB=0.000946779;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353931;STB=0.519984;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=6.21245e-05;OID=.;OPOS=50678331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:14:15:12:13:14:15 chr10 50681033 . G A 194.61 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0123718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1677;QD=11.9758;RBI=0.0166619;REFB=-0.0218557;REVB=0.0111605;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00346506;STB=0.518504;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0315594;OID=.;OPOS=50681033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:24:25:0.384615:13:11:18:21:13:12:18:22 chr10 50723684 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.722;QD=57.1774;RBI=0.0114474;REFB=0;REVB=-0.00308432;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73801e-05;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr10 50724016 . C T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.673;QD=62.022;RBI=0.0280549;REFB=0;REVB=-0.00711186;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0366e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr10 50732280 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0219361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.065;QD=9.56957;RBI=0.0393929;REFB=-0.0281793;REVB=0.0327202;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237275;STB=0.644803;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0543424;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:6:9:3:5:6:9 chr10 50740600 . C T 128.09 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00130304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.408;QD=12.1988;RBI=0.0264551;REFB=-0.0132643;REVB=-0.026423;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243762;STB=0.514358;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0225537;OID=.;OPOS=50740600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:15:12:7:8:15:12 chr10 50740876 . G C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0166874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.158;QD=21.944;RBI=0.0368911;REFB=-0.00467298;REVB=-0.0329011;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234285;STB=0.63142;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00229908;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:9:3:9:7:9:3 chr10 50819182 . T C 178.12 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0152927;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.952;QD=13.7012;RBI=0.0157406;REFB=-0.0160119;REVB=-0.00372814;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292783;STB=0.674941;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0294006;OID=.;OPOS=50819182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:20:21:0.403846:10:10:24:7:11:10:24:7 chr10 50820345 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.975;QD=55.0983;RBI=0.0580903;REFB=0;REVB=0.0196792;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223209;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr10 50820424 . G T 124.51 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00764432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5526;QD=17.7878;RBI=0.0590407;REFB=0.00313585;REVB=0.0585437;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.609216;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000464369;OID=.;OPOS=50820424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:8:6:9:5:8:6 chr10 50820693 . G T 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0170246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.653;QD=20.6009;RBI=0.0171232;REFB=-0.0288041;REVB=0.001835;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227307;STB=0.512808;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0149501;OID=.;OPOS=50820693;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:10:10:9:10:10:10:9:10 chr10 50822376 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00219491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.128;QD=21.8417;RBI=0.0102488;REFB=-0.0253395;REVB=0.010011;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.599697;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00178531;OID=.;OPOS=50822376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:4:2:0:2:4:2:0:2 chr10 50856652 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.544;QD=57.2015;RBI=0.0156007;REFB=0;REVB=0.0150654;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.80579e-05;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr10 50863147 . T C 342.42 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0412505;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9336;QD=20.7525;RBI=0.0413022;REFB=-0.00729525;REVB=-0.00206543;RO=30;SAF=21;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587349;STB=0.52228;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00490131;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:14:21:20:10:14:21:20:11 chr10 50916484 . A G 800.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.985;QD=57.154;RBI=0.0323094;REFB=0;REVB=0.00970032;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83038e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:30:26:0:0 chr10 50942763 . C T 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1153;QD=60.2271;RBI=0.128149;REFB=0;REVB=-0.11713;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00272902;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr10 50960209 . G A 426.24 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.485;QD=56.8324;RBI=0.0809935;REFB=0;REVB=0.0796082;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026925;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:26:30:1:10:16:0:0:14:16:0:0 chr10 51246281 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCCCA C 50.0 PASS AO=53;DP=210;LEN=21;RO=157;SAF=8;SAR=37;SRF=68;SRR=97;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51246282;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:210:157:53:37:8:68:97 chr10 51465552 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.503;QD=45.8068;RBI=0.0544425;REFB=0;REVB=0.0123828;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215005;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr10 51486073 . CGCTCCTGCCATCCTGTCCTCA C 50.0 PASS AO=31;DP=130;LEN=21;RO=99;SAF=8;SAR=23;SRF=37;SRR=62;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=51486074;OREF=GCTCCTGCCATCCTGTCCTCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:130:99:31:23:8:37:62 chr10 51549545 . G T 623.67 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.908;QD=60.8455;RBI=0.0171342;REFB=0;REVB=-0.0109305;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2388e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr10 51568378 . T G 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0141377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.763;QD=14.2309;RBI=0.0141387;REFB=-0.0182012;REVB=0.000166438;RO=36;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10623;STB=0.560638;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.023241;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:9:17:20:16:9:17:20:16 chr10 51623147 . C T 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0361781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5373;QD=9.19973;RBI=0.0844982;REFB=0.00537238;REVB=0.0763616;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.000774007;OID=.;OPOS=51623147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:8:5:2:5:8:5 chr10 51623866 . A G 99.85 PASS AF=0.733333;AO=9;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0820591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8972;QD=26.6276;RBI=0.0924009;REFB=-0.0697626;REVB=-0.0424761;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.66637;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00655987;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:9:11:0.733333:4:5:0:4:4:7:0:4 chr10 51631812 . A G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0231239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9776;QD=18.744;RBI=0.0588228;REFB=-0.0267239;REVB=0.054087;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0236475;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr10 51827763 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.035;QD=55.656;RBI=0.0133705;REFB=0;REVB=0.0124461;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81975e-05;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr10 52002980 . T G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.797;QD=54.5177;RBI=0.0167201;REFB=0;REVB=0.00470026;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13852e-05;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 52005153 . A G 873.42 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.632;QD=57.2736;RBI=0.0603677;REFB=0;REVB=0.0372324;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346557;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:24:37:0:0 chr10 52103707 . A G 992.1 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041837;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.858;QD=59.2296;RBI=0.0418488;REFB=0;REVB=-0.000992479;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15748e-05;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr10 54405572 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.567;QD=56.1908;RBI=0.0411724;REFB=0;REVB=-0.0410984;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189304;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr10 54528266 . G C 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00614572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9067;QD=17.6438;RBI=0.0125238;REFB=0.044788;REVB=0.0109121;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0116651;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:3:4:5:4:3:4 chr10 55568972 . T G 750.99 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0488759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.076;QD=60.0795;RBI=0.0858211;REFB=-0.105248;REVB=0.0705436;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00288841;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:48:49:0.98:25:23:1:0:25:24:1:0 chr10 55582905 . G T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.593;QD=56.9569;RBI=0.0107276;REFB=0;REVB=-0.0105305;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26049e-05;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 281.42 PASS AF=1;AO=4;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100484;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=5;MLLD=80.1142;QD=48.9422;RBI=0.168424;REFB=0;REVB=0.135166;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00657427;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:4:23:1:3:1:0:0:15:8:0:0 chr10 55617017 . C T 718.5 PASS AF=0.452941;AO=77;DP=170;FAO=77;FDP=170;FR=.;FRO=93;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=-0.052831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.457;QD=16.9058;RBI=0.0534303;REFB=-0.0017248;REVB=-0.00798052;RO=92;SAF=28;SAR=49;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10617;STB=0.562483;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00168441;OID=.;OPOS=55617017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:92:93:77:77:0.452941:49:28:43:49:49:28:44:49 chr10 55755491 . C T 321.85 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.729;QD=53.6422;RBI=0.0632919;REFB=0;REVB=0.0393685;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679602;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr10 55949151 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0134541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3428;QD=10.169;RBI=0.0477657;REFB=-0.0253459;REVB=-0.0458318;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491281;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0246258;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:8:3:5:16:8:3:6:16 chr10 55955444 . T G 186.6 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00661883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.415;QD=18.6598;RBI=0.030164;REFB=-0.0240089;REVB=0.0294289;RO=20;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306184;STB=0.668996;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.042833;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:16:3:8:12:16:3:8:13 chr10 55955485 . A G 292.22 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.000616665;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1344;QD=19.4816;RBI=0.0820501;REFB=-0.0282846;REVB=0.0820478;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298449;STB=0.6481;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0406643;OID=.;OPOS=55955485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:29:29:31:31:0.516667:15:16:5:24:15:16:6:23 chr10 55955610 . C T 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0107764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.524;QD=25.9903;RBI=0.0135797;REFB=-0.0305358;REVB=-0.00826293;RO=23;SAF=26;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586945;STB=0.532146;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0156729;OID=.;OPOS=55955610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:12:26:14:9:12:26:14:9 chr10 56335031 . A G 538.31 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9432;QD=59.812;RBI=0.0541835;REFB=0;REVB=0.0508019;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000870958;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr10 56335067 . A G 588.52 PASS AF=0.913043;AO=37;DP=51;FAO=42;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00467301;FXX=0.041658;HRUN=11;LEN=1;MLLD=179.238;QD=51.176;RBI=0.00481081;REFB=-0.222544;REVB=0.00114319;RO=6;SAF=20;SAR=17;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771509;STB=0.53702;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00513452;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:51:46:6:4:37:42:0.913043:17:20:5:1:17:25:4:0 chr10 56345303 . T C 301.28 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.066;QD=52.3965;RBI=0.0409185;REFB=0;REVB=-0.00602061;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012243;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:11:12:0:0 chr10 56345335 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1756;QD=53.268;RBI=0.0509866;REFB=0;REVB=-0.0307733;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187535;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr10 56423968 . A C 286.38 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0072458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.533;QD=15.6922;RBI=0.00801353;REFB=-0.0255298;REVB=-0.00342273;RO=41;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712384;STB=0.540321;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.024299;OID=.;OPOS=56423968;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:23:9:14:27:23:9:14:27 chr10 57357632 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.097733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1575;QD=14.9787;RBI=0.125984;REFB=-0.0099339;REVB=-0.0794994;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188266;STB=0.51996;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00145307;OID=.;OPOS=57357632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:11:10:0.47619:6:5:2:7:6:4:4:7 chr10 57358664 . C A 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0101298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4711;QD=7.95628;RBI=0.0296417;REFB=-0.00532526;REVB=-0.027857;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149147;STB=0.592369;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0095773;OID=.;OPOS=57358664;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:7:12:4:4:7:12 chr10 57358667 . G A 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00352681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.124;QD=52.1522;RBI=0.00524669;REFB=0.0446611;REVB=0.0038845;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00187406;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr10 57359697 . C T 109.96 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00130495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.687;QD=14.6607;RBI=0.0825602;REFB=-0.00466829;REVB=-0.0825499;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279998;STB=0.66637;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00563496;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:11:6:2:11:11:6 chr10 57359819 . T C 111.0 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0269404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6794;QD=15.8568;RBI=0.0274716;REFB=-0.00686974;REVB=0.00537603;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199941;STB=0.608534;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0121765;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:14:15:12:13:0.464286:6:6:4:10:6:7:5:10 chr10 58118630 . T C 763.34 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.755;QD=54.5241;RBI=0.0506361;REFB=0;REVB=0.033141;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313793;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022476;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:2:0:52:56:1:29:23:0:2:32:24:0:0 chr10 59997568 . C A 211.98 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00477135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.728;QD=13.2488;RBI=0.00480596;REFB=-0.0297052;REVB=0.000575719;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911354;STB=0.531226;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.040742;OID=.;OPOS=59997568;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:13:12:21:16:13:13:21:17 chr10 60128731 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.022578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.042;QD=18.7441;RBI=0.0324752;REFB=-0.0464195;REVB=0.0233425;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.58797;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.027048;OID=.;OPOS=60128731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:2:2:5:2:2:2 chr10 60573753 . G T 1040.11 PASS AF=0.986111;AO=64;DP=65;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00282433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.333;QD=57.7836;RBI=0.0981174;REFB=-0.104383;REVB=0.0980768;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133044;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00069615;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:72:1:1:64:71:0.986111:35:29:0:1:41:30:0:1 chr10 60577393 . T C 919.5 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9905;QD=58.381;RBI=0.0670776;REFB=0;REVB=0.0231485;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042595;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr10 60588553 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.282;QD=60.375;RBI=0.00529837;REFB=0;REVB=0.00373462;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01747e-05;OID=.;OPOS=60588553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr10 61005244 . G C 545.91 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7118;QD=57.4647;RBI=0.0570011;REFB=-0.0884234;REVB=0.0500482;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00306771;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:1:0:15:22:1:0 chr10 61122268 . T TTA 195.64 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085803;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.013;QD=48.9089;RBI=0.09366;REFB=0;REVB=0.0375506;RO=3;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00116806;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:19:16:16:0:11:5:0:0:4:3:11:4:2:1 chr10 61414011 . G T 456.16 PASS AF=0.555556;AO=41;DP=77;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00472979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.02;QD=22.5262;RBI=0.0112972;REFB=-0.00645008;REVB=0.0102595;RO=36;SAF=19;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637884;STB=0.544535;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00469536;OID=.;OPOS=61414011;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:36:36:41:45:0.555556:22:19:14:22:23:22:14:22 chr10 61549657 . AT A 123.84 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.018958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1738;QD=16.5116;RBI=0.0486281;REFB=-0.0337619;REVB=0.0447804;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169801;STB=0.595221;STBP=0.272;TYPE=del;VARB=0.0273044;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:17:30:17:30:13:9:8:4:9:77:13:9:8:4:9 chr10 61551428 . T C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0148265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.89;QD=20.893;RBI=0.0148523;REFB=0.00182242;REVB=0.000874134;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249643;STB=0.644839;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00118543;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:3:3:8:2:3:3 chr10 61552692 . G T 294.51 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000323397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.417;QD=28.0481;RBI=0.0142002;REFB=-0.0183302;REVB=-0.0141965;RO=16;SAF=9;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218144;STB=0.512039;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0124377;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:17:9:6:10:17:9:6:10 chr10 61552774 . C T 80.95 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.034187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.511;QD=17.9896;RBI=0.0374155;REFB=-0.0591295;REVB=0.0152042;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0495988;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr10 61665886 . C A 1357.27 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.159;QD=62.4034;RBI=0.0496778;REFB=0;REVB=0.0430225;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110197;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:38:46:0:0:41:46:0:0 chr10 61719232 . A AT 770.86 PASS AF=1;AO=64;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802665;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.564;QD=42.2388;RBI=0.0649788;REFB=0;REVB=-0.0644812;RO=4;SAF=40;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147253;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00988732;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:74:73:73:0:45:28:0:0:15:4:40:24:2:2 chr10 61719437 . TGGGGT CTGGGT,TGGG,TGGGT 36.82 PASS AF=0,0,0.52381;AO=2,5,5;DP=23;FAO=0,0,11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00435593,0.00877994,0.0484166;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=2,2,1;MLLD=20.0422,25.0379,9.21966;QD=7.01375;RBI=0.01197,0.103561,0.0593104;REFB=-0.0748624,-0.0645784,-0.149142;REVB=-0.0111493,-0.103188,-0.0342572;RO=9;SAF=0,0,1;SAR=2,5,4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.532037,-0.69933,-0.177426;STB=0.5,0.5,0.642565;STBP=1,1,0.249;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.134068;OID=.,.,.;OPOS=61719437,61719441,61719438;OREF=TG,GT,G;OALT=CT,-,-;OMAPALT=CTGGGT,TGGG,TGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:37:23:21:9:10:2,5,5:0,0,11:0,0,0.52381:2,5,4:0,0,1:3:6:0,0,9:0,0,2:4:6 chr10 61841573 . CTTTT CTTT,CTTTC 522.59 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=30,5;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124877,0.0899507;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=24.6507,13.1303;QD=55.0091;RBI=0.197922,0.102028;REFB=0,0;REVB=-0.153555,-0.0481528;RO=0;SAF=1,2;SAR=29,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0161873,-0.00690861;OID=.,.;OPOS=61841574,61841577;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.921053,0.0789474:30,5:38:35,3:38:0:5,0:30,3:0:0:16:0:1,2:29,3:0:0 chr10 61868716 . C A 301.78 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0219054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.905;QD=25.1487;RBI=0.0221287;REFB=-0.00513799;REVB=-0.0031359;RO=20;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347134;STB=0.528281;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00490651;OID=.;OPOS=61868716;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:12:15:12:8:12:15:13:8 chr10 62060128 . A G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00524975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=319.409;QD=13.0148;RBI=0.00533284;REFB=-0.0170913;REVB=0.000937702;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814697;STB=0.547013;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0277797;OID=.;OPOS=62060128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:12:20:11:9:12:20 chr10 63188682 . A G 97.22 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00864409;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8167;QD=11.4371;RBI=0.0218273;REFB=-0.0300103;REVB=-0.0200427;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130543;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0755964;OID=.;OPOS=63188682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:34:21:22:12:12:0.352941:7:5:9:12:7:5:9:13 chr10 63422751 . CTGG CTG,CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 799.33 PASS AF=0,0.444444,0.353535,0.0505051;AO=12,27,24,5;DP=104;FAO=0,44,35,5;FDP=99;FR=.;FRO=15;FSAF=0,43,13,5;FSAR=0,1,22,0;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0928327,-0.0055459,0.0149125,-0.0249507;FXX=0.0480723;HRUN=5,5,5,3;LEN=1,14,15,4;MLLD=12.3015,191.34,192.572,260.004;QD=32.2963;RBI=0.105709,0.00561674,0.0149136,0.0257118;REFB=0.0577787,0.0128405,0.0129128,0.00670585;REVB=0.0505611,0.000889251,-0.000178069,0.00620955;RO=13;SAF=12,26,5,5;SAR=0,1,19,0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.839853,0.720676,-0.0213434,0.781912;STB=0.5,0.923683,0.556644,0.9984;STBP=1,0,0.264,0.002;TYPE=del,ins,ins,mnp;VARB=0.0351337,0.01961,-0.00927758,0.0506718;OID=.,.,.,.;OPOS=63422753,63422755,63422755,63422751;OREF=G,-,-,CTGG;OALT=-,GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTG,CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:99:104:99:13:15:12,27,24,5:0,44,35,5:0,0.444444,0.353535,0.0505051:0,1,19,0:12,26,5,5:3:10:0,1,22,0:0,43,13,5:3:12 chr10 63422754 . G GGGCCGACCCCGGCA 50.0 PASS AO=34;DP=146;LEN=14;RO=112;SAF=37;SAR=26;SRF=44;SRR=39;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63422755;OREF=-;OALT=GGCCGACCCCGGCA;OMAPALT=GGGCCGACCCCGGCA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:146:112:34:26:37:44:39 chr10 63520698 . T C 884.9 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.377;QD=58.026;RBI=0.0125185;REFB=0;REVB=0.0121664;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04455e-05;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:23:36:0:0:23:38:0:0 chr10 63958112 . T C 565.4 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0681817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.222;QD=57.9902;RBI=0.0729795;REFB=-0.133337;REVB=0.0260244;RO=1;SAF=11;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406887;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00289043;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:38:38:0.974359:27:11:1:0:27:11:1:0 chr10 63995983 . C T 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.733;QD=59.3228;RBI=0.0374444;REFB=0;REVB=-0.0348482;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.17795e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr10 64000878 . T G 130.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.365;QD=43.4576;RBI=0.0433735;REFB=0;REVB=0.0346222;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139429;OID=.;OPOS=64000878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr10 64110037 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000332247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8347;QD=12.3959;RBI=0.0456373;REFB=0.0128623;REVB=-0.0456361;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0268614;OID=.;OPOS=64110037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr10 64415184 . A G 871.99 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568499;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.76;QD=57.1797;RBI=0.0703869;REFB=0;REVB=0.0415018;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000779891;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:33:28:0:0 chr10 64564934 . C G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0097802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.377;QD=21.7465;RBI=0.0641239;REFB=-0.00965888;REVB=-0.0633737;RO=20;SAF=19;SAR=3;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240207;STB=0.513501;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.010588;OID=.;OPOS=64564934;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:3:19:17:3:3:19:17:3 chr10 64572037 . ATT A,AT 176.99 PASS AF=0,1;AO=7,19;DP=35;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584589,-0.107283;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.02264,7.57499;QD=19.6655;RBI=0.0598093,0.107846;REFB=0.0147281,0.00622922;REVB=0.0126376,0.0110041;RO=6;SAF=5,11;SAR=2,8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.304739,0.107776;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00281286;OID=.,.;OPOS=64572038,64572038;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,19:35:0,36:36:0:0,20:0,16:0:0:3:6:5,11:2,8:2:4 chr10 64573771 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.812;QD=49.5992;RBI=0.0746887;REFB=0;REVB=-0.0567963;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.36147e-05;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:1:17:0:0:1:17:0:0 chr10 64869942 . A G 62.97 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00925975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9828;QD=8.39543;RBI=0.0264977;REFB=-0.00315496;REVB=0.0248271;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142856;STB=0.588042;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0112943;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:9:12:4:5:9:12 chr10 64913646 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0721464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.239;QD=12.3961;RBI=0.0721886;REFB=-0.0235456;REVB=-0.0024683;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178493;OID=.;OPOS=64913646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr10 64914016 . T TA 107.93 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0347067;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0625;QD=9.81216;RBI=0.0348932;REFB=-0.0536416;REVB=-0.0036023;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627176;STB=0.503593;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=0.0625465;OID=.;OPOS=64914017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818:19:45:19:44:25:9:10:12:13:99:25:9:10:12:13 chr10 64914518 . CATA C 334.39 PASS AF=0.6;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0207398;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=3;MLLD=197.314;QD=24.3193;RBI=0.0207519;REFB=-0.0295567;REVB=-0.000708594;RO=23;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0192407;OID=.;OPOS=64914519;OREF=ATA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:33:56:33:55:22:12:21:8:14:99:23:12:21:8:15 chr10 64927823 . C G 200.21 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0725114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.153;QD=20.534;RBI=0.07286;REFB=-0.0147587;REVB=0.00711855;RO=19;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660691;STB=0.537238;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0139482;OID=.;OPOS=64927823;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:9:11:9:10:9:11:9:10 chr10 64967445 . A T 930.86 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3489;QD=57.2839;RBI=0.0444847;REFB=0;REVB=0.00620327;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121918;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:1:0:63:65:1:29:34:1:0:30:35:0:0 chr10 64968002 . G A 123.31 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0154335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.465;QD=16.4414;RBI=0.0214577;REFB=-0.0107854;REVB=0.0149077;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356893;STB=0.713979;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0112923;OID=.;OPOS=64968002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:9:4:11:5:10:4:11:5 chr10 64974537 . A T 225.81 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00683817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.37;QD=20.0721;RBI=0.0256899;REFB=-0.018661;REVB=-0.0247631;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413286;STB=0.513501;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0209194;OID=.;OPOS=64974537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:13:9:10:12:13:9:10:13 chr10 64979734 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0436573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.582;QD=10.1418;RBI=0.0437893;REFB=0.00426852;REVB=-0.00339732;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664102;STB=0.539841;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00697561;OID=.;OPOS=64979734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:9:16:7:5:9:16 chr10 65380900 . G C 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00464308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4136;QD=21.5097;RBI=0.0285987;REFB=-0.0298208;REVB=0.0282193;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329041;STB=0.518501;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0222673;OID=.;OPOS=65380900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:7:12:14:7:7:12 chr10 65381315 . A T 300.51 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0248228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.514;QD=23.1164;RBI=0.0252624;REFB=-0.0145417;REVB=-0.00469199;RO=22;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905901;STB=0.55734;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0104389;OID=.;OPOS=65381315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:18:11:6:16:18:12:6:16 chr10 68040325 . C T 289.6 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.571;QD=52.6547;RBI=0.0384382;REFB=0;REVB=0.0317737;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011196;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:8:12:0:0:9:13:0:0 chr10 68685929 . G C 368.14 PASS AF=0.964286;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.005778;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.498;QD=52.5918;RBI=0.00971385;REFB=-0.0749388;REVB=0.00780856;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000661995;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:24:27:0.964286:9:15:0:1:12:15:0:1 chr10 69676830 . T C 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0554507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.907;QD=9.11123;RBI=0.056448;REFB=-0.0046977;REVB=-0.0105638;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354635;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00787536;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:8:7:4:4:8:8 chr10 69773841 . G A 265.88 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0586506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.821;QD=13.4621;RBI=0.0798819;REFB=-0.00721163;REVB=0.054233;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489721;STB=0.527901;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0119517;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:13:18:30:18:13:18:30:18 chr10 69917921 . C T 785.04 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8559;QD=57.0937;RBI=0.05731;REFB=0;REVB=-0.0285353;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144659;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr10 69917925 . T C 671.02 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0183417;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.206;QD=50.6429;RBI=0.0185591;REFB=-0.118964;REVB=-0.00283245;RO=2;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00752343;STB=0.515619;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.000553122;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:2:3:50:50:0.943396:20:30:1:1:20:30:1:2 chr10 69926097 . T C 392.6 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2173;QD=56.0857;RBI=0.0185727;REFB=0;REVB=-0.00988896;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02225e-05;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr10 69926334 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.375;QD=56.1916;RBI=0.0470745;REFB=0;REVB=0.000941438;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134581;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr10 69933921 . G A 562.98 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00788689;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.633;QD=60.8629;RBI=0.0220251;REFB=0;REVB=0.0205645;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248684;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr10 69933969 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.424;QD=63.8716;RBI=0.0195631;REFB=0;REVB=0.0106842;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29523e-05;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr10 69948844 . T C 1787.86 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0053598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.387;QD=60.0963;RBI=0.01503;REFB=-0.0515493;REVB=-0.0140418;RO=1;SAF=50;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693398;STB=0.503649;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-4.15077e-05;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:118:118:0.991597:68:50:0:1:68:50:0:1 chr10 69959242 . C A 1514.8 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.934;QD=59.4041;RBI=0.031621;REFB=0;REVB=0.0288447;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15179e-05;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:45:56:0:0:45:57:0:0 chr10 69991853 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.832;QD=33.4284;RBI=0.0364355;REFB=0;REVB=-0.0351069;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819606;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 70051810 . A G 575.53 PASS AF=0.909091;AO=39;DP=43;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00686395;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=242.915;QD=52.3211;RBI=0.00894397;REFB=0.000461828;REVB=-0.00573419;RO=4;SAF=15;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210653;STB=0.512042;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-3.76357e-05;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:44:4:4:39:40:0.909091:24:15:2:2:25:15:2:2 chr10 70051928 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00862489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.247;QD=60.3762;RBI=0.0226395;REFB=0;REVB=0.0209323;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35338e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr10 70102936 . T A 881.23 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7075;QD=55.0767;RBI=0.108517;REFB=-0.13749;REVB=0.0361738;RO=2;SAF=31;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294861;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00679267;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:2:1:62:63:0.984375:31:31:2:0:31:32:1:0 chr10 70103272 . G C 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1404;QD=54.4784;RBI=0.0460021;REFB=0.146321;REVB=0.0339088;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00395051;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:1:0:13:18:1:0 chr10 70104122 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 30.0 PASS AF=0.290323,0;AO=9,2;DP=33;FAO=9,0;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6,0;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.000779697,-0.074685;FXX=0.0312402;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=11.4888,26.7632;QD=3.87049;RBI=0.139181,0.115839;REFB=-0.0268368,-0.020627;REVB=0.139179,0.0885486;RO=19;SAF=5,2;SAR=4,0;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.458333,0;SSSB=0.0325653,0.505018;STB=0.621944,0.5;STBP=0.407,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.077703,0;OID=.,.;OPOS=70104123,70104128;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323,0:9,2:33:9,0:31:22:6,0:3,0:11:11:31:19:5,2:4,0:10:9 chr10 70105558 . C CA 292.58 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.126331;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=8.2354;QD=25.4413;RBI=0.15696;REFB=0;REVB=-0.0931499;RO=44;SAF=4;SAR=1;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00241383;OID=.;OPOS=70105559;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:46:46:0:16:30:0:0:8:44:4:1:11:33 chr10 70105560 . G A 762.74 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0801764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6575;QD=62.2645;RBI=0.0835293;REFB=0;REVB=-0.0234285;RO=1;SAF=15;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276711;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:33:15:1:0:33:16:0:0 chr10 70166913 . T G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4;QD=37.4826;RBI=0.0762349;REFB=0;REVB=-0.0105426;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00641666;OID=.;OPOS=70166913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr10 70182185 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0447741;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.736;QD=22.7198;RBI=0.0455195;REFB=-0.034389;REVB=-0.00820408;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164121;STB=0.592461;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0344617;OID=.;OPOS=70182185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:3:6:6:8:3:6 chr10 70332580 . A G 65.86 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0148284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.991;QD=11.9737;RBI=0.0330419;REFB=-0.00506735;REVB=0.0295277;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392276;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0111512;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:13:13:8:9:0.409091:4:4:7:6:5:4:7:6 chr10 70333555 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0305971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.941;QD=16.172;RBI=0.0326587;REFB=-0.000787748;REVB=-0.0114198;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717256;STB=0.514687;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000866638;OID=.;OPOS=70333555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:15:16:0.444444:5:10:12:8:6:10:12:8 chr10 70405855 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8548;QD=40.7615;RBI=0.132152;REFB=0;REVB=0.0474927;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00979783;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr10 70495544 . T C 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3729;QD=56.1808;RBI=0.0441946;REFB=0;REVB=0.0276435;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086377;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr10 70502288 . G A 716.07 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014299;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.276;QD=57.2854;RBI=0.0354482;REFB=0;REVB=0.0324363;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136249;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr10 70534744 . A C 112.6 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.144;QD=40.9435;RBI=0.146425;REFB=0;REVB=0.139568;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432107;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:4:7:0:0 chr10 70641860 . T C 612.58 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3699;QD=61.2584;RBI=0.0322242;REFB=0;REVB=0.0280697;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414276;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr10 70696713 . C T 450.26 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476734;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.036;QD=58.0979;RBI=0.0445814;REFB=0;REVB=0.0443257;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23806e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr10 70700944 . A G 191.27 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.8247;QD=47.818;RBI=0.0209169;REFB=0;REVB=0.0136071;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564215;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:12:3:0:0:13:3:0:0 chr10 70748784 . G A 395.04 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0120377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.409;QD=34.3509;RBI=0.0262173;REFB=-0.0316732;REVB=0.0232903;RO=14;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03527;STB=0.519219;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0119556;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:18:14:7:7:18:14:7:7 chr10 70856852 . G A 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00808146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.122;QD=12.142;RBI=0.0129397;REFB=-0.0107683;REVB=0.0101057;RO=33;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406097;STB=0.736593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0197776;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:5:14:12:21:5:14:12:21 chr10 70884006 . TAGGGGGG GTAGGGGA,TAGGGGGA 161.42 PASS AF=0,0.53125;AO=2,11;DP=34;FAO=0,17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=0,8;FSAR=0,9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0590726,-0.0734578;FXX=0.0588062;HRUN=1,6;LEN=8,1;MLLD=32.3742,28.7026;QD=20.177;RBI=0.150931,0.183238;REFB=-0.0512819,-0.0599072;REVB=-0.13889,-0.16787;RO=8;SAF=0,7;SAR=2,4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.684179,-0.0932099;STB=0.5,0.560369;STBP=1,0.476;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0310495;OID=.,.;OPOS=70884006,70884013;OREF=TAGGGGGG,G;OALT=GTAGGGGA,A;OMAPALT=GTAGGGGA,TAGGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:34:32:8:15:2,11:0,17:0,0.53125:2,4:0,7:6:2:0,9:0,8:9:6 chr10 70892791 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0288895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8007;QD=17.9406;RBI=0.0290762;REFB=0.00952099;REVB=0.00329029;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030383;STB=0.525398;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0127102;OID=.;OPOS=70892791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:14:5:5:16:14:5:5:17 chr10 70922159 . T C 167.15 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0347181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.959;QD=15.1958;RBI=0.0385329;REFB=-0.0164181;REVB=0.0167165;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222065;STB=0.512806;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0308016;OID=.;OPOS=70922159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:15:11:8:10:15:11 chr10 70992635 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0142047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.259;QD=9.49162;RBI=0.0153479;REFB=-0.00205799;REVB=0.00581249;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.537732;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00910663;OID=.;OPOS=70992635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:4:5:10:7:4:5:11:7 chr10 70992664 . C T 433.27 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311513;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2716;QD=57.7687;RBI=0.0322247;REFB=0;REVB=0.00824782;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050635;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 71018660 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7652;QD=54.5153;RBI=0.0300234;REFB=0;REVB=0.0267379;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120947;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr10 71027231 . G C 1083.45 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0314478;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.539;QD=56.2831;RBI=0.0592286;REFB=-0.100919;REVB=0.0501903;RO=2;SAF=23;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109376;STB=0.501023;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00178908;OID=.;OPOS=71027231;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:77:2:3:74:74:0.961039:51:23:1:1:51:23:1:2 chr10 71055459 . T C,TC 169.99 PASS AF=0,1;AO=6,6;DP=16;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130362,0.0666593;FXX=0;HRUN=11,0;LEN=1,1;MLLD=63.1581,64.9593;QD=45.3306;RBI=0.130585,0.0681408;REFB=0,0;REVB=-0.00762907,-0.0141318;RO=3;SAF=5,2;SAR=1,4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502096,0.236104;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0370358,1.67383e-05;OID=.,.;OPOS=71055459,71055460;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:16:15:3:0:6,6:0,15:0,1:1,4:5,2:0:3:0,8:0,7:0:0 chr10 71060610 . A G 198.66 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2277;QD=44.1458;RBI=0.0236101;REFB=-0.150713;REVB=0.0165931;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00405602;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:0:1:17:17:0.944444:10:7:0:0:10:7:1:0 chr10 71060621 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0200541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.465;QD=14.6536;RBI=0.022091;REFB=-0.00227609;REVB=0.0092653;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00286706;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:5:3:4:3:5:3:4:4 chr10 71060634 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00303304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.369;QD=43.4861;RBI=0.0138829;REFB=0;REVB=0.0135476;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64277e-05;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr10 71142420 . G A 283.82 PASS AF=0.574468;AO=15;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.151419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8004;QD=24.1548;RBI=0.153297;REFB=-0.0707629;REVB=0.0239182;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840217;STB=0.639322;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0576381;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:20:15:27:0.574468:7:8:8:10:7:20:9:11 chr10 71160828 . C T 273.98 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0507287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8059;QD=17.6762;RBI=0.0524901;REFB=-0.00597743;REVB=-0.0134834;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00726173;OID=.;OPOS=71160828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:16:16:15:15:16:16 chr10 71160897 . C T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0110317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.355;QD=15.6255;RBI=0.0111093;REFB=-0.00158954;REVB=0.00131072;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260212;STB=0.658848;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00281216;OID=.;OPOS=71160897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:7:10:7:15:7:10:7:16 chr10 71160971 . G T 46.15 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00437476;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.944;QD=8.78993;RBI=0.0363004;REFB=-0.0254028;REVB=0.0360358;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351603;STB=0.726721;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0154315;OID=.;OPOS=71160971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:3:10:3:4:3:11 chr10 71161281 . T C 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00265663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.329;QD=22.831;RBI=0.0196608;REFB=-0.0395598;REVB=-0.0194805;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263413;STB=0.648448;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0113618;OID=.;OPOS=71161281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:7:3:10:5:7:3 chr10 71164692 . T C 123.58 PASS AF=0.307692;AO=17;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00724161;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4197;QD=9.50642;RBI=0.013259;REFB=-0.0066887;REVB=-0.0111068;RO=36;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276457;STB=0.653269;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0347852;OID=.;OPOS=71164692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:36:17:16:0.307692:5:12:17:19:5:11:17:19 chr10 71168685 . A T 446.1 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.656;QD=57.5617;RBI=0.0531477;REFB=0;REVB=0.0530865;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022261;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr10 71168766 . C G 570.04 PASS AF=0.458015;AO=60;DP=131;FAO=60;FDP=131;FR=.;FRO=71;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0108949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.028;QD=17.4057;RBI=0.0183597;REFB=-0.0174834;REVB=-0.0147777;RO=70;SAF=28;SAR=32;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371747;STB=0.516388;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0220542;OID=.;OPOS=71168766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:70:71:60:60:0.458015:32:28:30:40:32:28:31:40 chr10 71332204 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00452686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.38;QD=14.2624;RBI=0.00524401;REFB=-0.00902124;REVB=0.0026471;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.514688;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0169997;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:11:5:7:17:11:5:7:17 chr10 71390392 . C T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.304;QD=59.4318;RBI=0.0577671;REFB=0;REVB=-0.0129313;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459111;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr10 71392557 . C T 379.16 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031609;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.975;QD=56.1719;RBI=0.0357604;REFB=0;REVB=-0.0167236;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52942e-06;OID=.;OPOS=71392557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr10 71392692 . T C 871.08 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0378002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.941;QD=56.1988;RBI=0.0462858;REFB=0.0781448;REVB=0.0267118;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508472;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00162546;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:32:28:1:0:32:29:1:0 chr10 71562437 . G A 144.8 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0241929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.85;QD=15.6545;RBI=0.0398168;REFB=-0.0271723;REVB=0.031624;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787552;STB=0.590044;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0361781;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:21:16:16:0.432432:12:4:6:13:12:4:8:13 chr10 71620403 . G A 86.45 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0124688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.706;QD=12.8076;RBI=0.0126525;REFB=-0.0125963;REVB=0.00214821;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644098;STB=0.563643;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0211088;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:10:11:0.407407:5:5:7:9:5:6:7:9 chr10 71620436 . A AC 252.19 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.9667;QD=43.8595;RBI=0.107944;REFB=0;REVB=-0.0360533;RO=6;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00378763;OID=.;OPOS=71620437;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:25:23:23:0:11:12:0:0:5:6:7:12:6:0 chr10 71640255 . G A 56.35 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00601579;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0282;QD=9.79996;RBI=0.0370508;REFB=-0.040667;REVB=0.0365592;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34871;STB=0.732738;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0388234;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:23:14:15:8:8:0.347826:2:6:6:8:2:6:6:9 chr10 71657272 . A G 330.44 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.214;QD=50.8367;RBI=0.0276818;REFB=-0.036314;REVB=-0.0207561;RO=1;SAF=7;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000261769;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:18:7:1:0:18:7:1:0 chr10 71658512 . G A 721.22 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079274;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.664;QD=56.566;RBI=0.00868123;REFB=0;REVB=0.00353837;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033952;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr10 71678058 . C G 273.8 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.00176768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8324;QD=15.2113;RBI=0.0223341;REFB=0.0145502;REVB=-0.022264;RO=41;SAF=29;SAR=2;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381026;STB=0.723167;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0470846;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:2:29:32:9:2:29:32:9 chr10 71872410 . C T 233.66 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00307512;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.808;QD=16.9936;RBI=0.00736827;REFB=-0.028198;REVB=0.0066959;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214724;STB=0.620599;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0215762;OID=.;OPOS=71872410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:15:11:19:10:15:11:19:10 chr10 71874683 . G A 120.81 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0370482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.387;QD=14.6441;RBI=0.0396949;REFB=-0.00418499;REVB=-0.0142518;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00181628;OID=.;OPOS=71874683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr10 71874734 . G A 175.86 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0170188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8725;QD=14.0684;RBI=0.0350953;REFB=-0.0217567;REVB=0.0306928;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187564;STB=0.598224;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0446017;OID=.;OPOS=71874734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:11:8:18:12:11:8:18:13 chr10 71874784 . C T 165.94 PASS AF=0.375;AO=20;DP=55;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0532942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7301;QD=11.853;RBI=0.0534415;REFB=-0.00660702;REVB=0.00396543;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243053;STB=0.618934;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0105002;OID=.;OPOS=71874784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:35:20:21:0.375:13:7:20:15:13:8:20:15 chr10 71876382 . C T 244.24 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00828481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.694;QD=23.2613;RBI=0.0272913;REFB=-0.00463002;REVB=-0.0260034;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289003;STB=0.516115;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00301844;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:13:6:8:15:13:6 chr10 71905569 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.717;QD=43.485;RBI=0.0671788;REFB=0;REVB=0.0523724;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010935;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr10 71906150 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0937938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6838;QD=33.4279;RBI=0.0957315;REFB=0;REVB=-0.0191635;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0112164;OID=.;OPOS=71906150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr10 72043389 . T G 509.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.371;QD=58.2464;RBI=0.030496;REFB=0;REVB=0.00106116;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019452;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr10 72179746 . C T 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.317;QD=48.6226;RBI=0.0242944;REFB=-0.0770688;REVB=0.0196758;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.555502;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0115358;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:18:4:1:0:18:4:1:0 chr10 72181460 . G T 609.86 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6899;QD=60.986;RBI=0.0565375;REFB=0;REVB=-0.0545783;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551121;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:21:19:0:0 chr10 72195439 . T C 202.38 PASS AF=0.944444;AO=7;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00519373;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9002;QD=44.9728;RBI=0.00676656;REFB=-0.109588;REVB=-0.00433722;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00421688;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:0:1:7:17:0.944444:5:2:0:0:5:12:0:1 chr10 72289701 . G A 151.62 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0205142;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.511;QD=19.564;RBI=0.022858;REFB=-0.0215587;REVB=0.0100826;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018692;STB=0.510625;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0117209;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:11:4:4:12:11:4 chr10 72293713 . C T 270.39 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00281003;FXX=0.107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.57;QD=13.0306;RBI=0.0106587;REFB=-0.0359965;REVB=-0.0102816;RO=50;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137515;STB=0.584277;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0363109;OID=.;OPOS=72293713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:50:53:30:30:0.361446:13:17:22:28:13:17:23:30 chr10 72293714 . G T 31.76 PASS AF=0.0978261;AO=8;DP=88;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0184467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.045;QD=1.38085;RBI=0.0378648;REFB=-0.00753791;REVB=-0.0330676;RO=79;SAF=0;SAR=8;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603458;STB=0.737234;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.291875;OID=.;OPOS=72293714;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:92:79:83:8:9:0.0978261:8:0:39:40:7:2:39:44 chr10 72307101 . C T 286.1 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0669993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.733;QD=20.4358;RBI=0.0671838;REFB=-0.0193494;REVB=-0.00497502;RO=26;SAF=22;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117687;STB=0.565668;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0152046;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:8:22:16:10:8:22:16:10 chr10 72324143 . A G 1479.15 PASS AF=0.913793;AO=106;DP=116;FAO=106;FDP=116;FR=.;FRO=10;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0291599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0961;QD=51.0051;RBI=0.039441;REFB=-0.00678106;REVB=-0.0265574;RO=8;SAF=51;SAR=55;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191233;STB=0.518864;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00298394;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:116:116:8:10:106:106:0.913793:55:51:5:3:55:51:7:3 chr10 72494973 . GC CG 30.12 PASS AF=0.097561;AO=9;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00136685;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.534;QD=1.4692;RBI=0.0689725;REFB=-0.00149963;REVB=-0.068959;RO=63;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397288;STB=0.784212;STBP=0.115;TYPE=mnp;VARB=0.105929;OID=.;OPOS=72494973;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:82:82:63:74:9:8:0.097561:7:2:35:28:6:2:43:31 chr10 72500762 . CTGT CCGT,CGT,CGTC 466.81 PASS AF=0.647059,0.352941,0;AO=19,8,3;DP=32;FAO=22,12,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9,12,0;FSAR=13,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946483,0.0463258,-0.00979779;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,3;MLLD=125.358,116.513,28.7664;QD=54.9191;RBI=0.0951247,0.0463816,0.0452216;REFB=0,0,0;REVB=-0.00950905,-0.00227371,-0.0441474;RO=1;SAF=6,8,3;SAR=13,0,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0705879,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.000488725,-0.0251936,0;OID=.,.,.;OPOS=72500763,72500763,72500763;OREF=T,T,TGT;OALT=C,-,GTC;OMAPALT=CCGT,CGT,CGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.647059,0.352941,0:19,8,3:32:22,12,0:34:0:9,12,0:13,0,0:0:0:49:1:6,8,3:13,0,0:1:0 chr10 72500863 . C G 695.91 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0677269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.215;QD=60.5143;RBI=0.0731139;REFB=-0.1241;REVB=0.0275447;RO=1;SAF=22;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208829;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00113398;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:23:22:1:0:23:22:1:0 chr10 72503344 . G A 1777.95 PASS AF=0.976;AO=117;DP=120;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00400992;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.381;QD=56.8943;RBI=0.0611844;REFB=-0.133308;REVB=0.0610529;RO=3;SAF=87;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477434;STB=0.501628;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000341105;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:120:125:3:3:117:122:0.976:30:87:2:1:34:88:2:1 chr10 72503840 . G A 575.09 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.10348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1277;QD=19.8306;RBI=0.105345;REFB=-0.0177221;REVB=-0.0197326;RO=55;SAF=30;SAR=29;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483908;STB=0.534668;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0209609;OID=.;OPOS=72503840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:55:57:59:59:0.508621:29:30:31:24:29:30:33:24 chr10 72517830 . G A 491.36 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7404;QD=57.807;RBI=0.0582963;REFB=0;REVB=-0.0262585;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421568;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:16:18:0:0 chr10 72518009 . A G 637.34 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0112855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2336;QD=56.6526;RBI=0.0219851;REFB=0.0197699;REVB=0.0188675;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551181;STB=0.527765;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00102702;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:2:2:42:43:0.955556:26:16:2:0:26:17:2:0 chr10 72520660 . T C 340.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9691;QD=54.4644;RBI=0.101622;REFB=0;REVB=-0.100545;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00300479;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr10 72535007 . C T 447.38 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0439343;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.337;QD=47.0928;RBI=0.0462423;REFB=-0.0603857;REVB=-0.0144266;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.549809;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0236214;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:39:38:0:5:33:33:0.868421:19:14:0:0:19:14:4:1 chr10 72536936 . A G 132.09 PASS AF=0.405405;AO=11;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0399664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8003;QD=14.28;RBI=0.13228;REFB=-0.0118247;REVB=-0.126098;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028677;STB=0.5467;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0139527;OID=.;OPOS=72536936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:11:15:0.405405:6:5:9:12:7:8:10:12 chr10 72619205 . C T 1133.35 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.882;QD=60.4454;RBI=0.0129736;REFB=0;REVB=0.00769982;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.08435e-06;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr10 72637087 . C T 366.62 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0241329;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.9809;QD=18.8011;RBI=0.0243126;REFB=0.00534275;REVB=0.00295099;RO=40;SAF=21;SAR=17;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117174;STB=0.565242;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.01712;OID=.;OPOS=72637087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:17:21:17:23:17:21:17:23 chr10 73044580 . G A 411.74 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=81;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00957907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.982;QD=19.3759;RBI=0.0293709;REFB=-0.0242982;REVB=-0.0277649;RO=39;SAF=13;SAR=29;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211367;STB=0.59789;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0330747;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:39:43:42:42:0.494118:29:13:21:18:29:13:21:22 chr10 73104056 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.799;QD=56.1893;RBI=0.0407197;REFB=0;REVB=0.011172;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282098;OID=.;OPOS=73104056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr10 73111408 . C T 1223.25 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2802;QD=59.6709;RBI=0.0118288;REFB=-0.0279804;REVB=0.00238945;RO=2;SAF=37;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148455;STB=0.506665;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=1.45801e-05;OID=.;OPOS=73111408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:2:1:79:81:0.987805:42:37:1:1:44:37:1:0 chr10 73115941 . TG CA 617.03 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738968;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=2;MLLD=176;QD=61.7027;RBI=0.00742062;REFB=0;REVB=0.000676936;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.12989e-05;OID=.;OPOS=73115941;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr10 73121913 . A G 445.1 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.786;QD=57.4321;RBI=0.126111;REFB=0;REVB=-0.00517948;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519688;OID=.;OPOS=73121913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr10 73121945 . T C 464.63 PASS AF=1;AO=24;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.445;QD=58.0785;RBI=0.0119069;REFB=0;REVB=0.00460417;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93801e-05;OID=.;OPOS=73121945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:24:32:1:5:19:0:0:12:20:0:0 chr10 73270906 . T C 777.57 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00594921;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.575;QD=53.6258;RBI=0.023021;REFB=-0.0532273;REVB=0.022239;RO=2;SAF=28;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324832;STB=0.517235;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000224488;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:55:56:0.965517:27:28:2:0:28:28:2:0 chr10 73270982 . G A 289.46 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0507541;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.715;QD=46.3139;RBI=0.0524317;REFB=-0.161984;REVB=-0.0131569;RO=2;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245642;STB=0.513296;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00412136;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:15:8:1:1:15:8:1:1 chr10 73434888 . G C 65.25 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0112847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.982;QD=10.8749;RBI=0.0129256;REFB=-0.0245603;REVB=-0.00630286;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0399344;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:8:7:5:4:8:7 chr10 73455201 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.173;QD=64.1517;RBI=0.0408929;REFB=0;REVB=-0.023149;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298861;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr10 73455273 . T C 604.0 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.858;QD=58.9268;RBI=0.0754975;REFB=-0.109176;REVB=0.03518;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0041626;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:1:0:40:41:1:22:18:1:0:22:19:0:0 chr10 73472868 . C G 76.42 PASS AF=0.314286;AO=7;DP=32;FAO=11;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.000112127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.983;QD=8.73427;RBI=0.0357577;REFB=-0.0188734;REVB=0.0357575;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542292;STB=0.699657;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0227966;OID=.;OPOS=73472868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:35:18:24:7:11:0.314286:1:6:7:11:4:7:8:16 chr10 73472882 . C T 127.72 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00498856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.905;QD=11.8808;RBI=0.00507293;REFB=-0.0187055;REVB=-0.000921311;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192957;STB=0.613351;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0128994;OID=.;OPOS=73472882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:10:18:7:8:10:18 chr10 73492011 . T C 143.41 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.059275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0888;QD=17.3833;RBI=0.0825114;REFB=-0.00287658;REVB=0.0573987;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00699397;OID=.;OPOS=73492011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:17:15:16:0.484848:8:7:8:6:8:8:10:7 chr10 73492079 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1401;QD=51.5081;RBI=0.0326759;REFB=0.0584201;REVB=0.0139577;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00255643;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chr10 73501556 . G A 465.96 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0558697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1984;QD=53.2523;RBI=0.0566128;REFB=-0.206076;REVB=0.00914261;RO=2;SAF=21;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424416;STB=0.522714;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00801277;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:35:2:2:33:33:0.942857:12:21:2:0:12:21:2:0 chr10 73520632 . A C 191.54 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00879976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.092;QD=15.6362;RBI=0.0996315;REFB=-0.0128381;REVB=0.0992421;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106623;STB=0.561492;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0158509;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:13:7:13:16:13:7:13:16 chr10 73537978 . C T 96.75 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0463278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5841;QD=12.4834;RBI=0.0482172;REFB=-0.016025;REVB=0.0133653;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857274;STB=0.550932;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0158836;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:3:9:13:6:3:9:13:6 chr10 73544086 . G A 221.6 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.00420089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.183;QD=14.2969;RBI=0.00887066;REFB=-0.0252467;REVB=0.00781289;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315244;STB=0.683324;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0223935;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:15:11:26:9:15:11:27:9 chr10 73550969 . G A 1339.82 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581267;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.695;QD=62.3174;RBI=0.0734467;REFB=0;REVB=0.0448966;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435289;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:86:0:0:83:86:1:35:48:0:0:35:51:0:0 chr10 73558886 . G A 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.01998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.382;QD=56.9477;RBI=0.055678;REFB=-0.0547433;REVB=0.0519696;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00076924;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr10 73558952 . C T 480.38 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.36;QD=53.3757;RBI=0.03142;REFB=-0.131124;REVB=0.0295242;RO=3;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125162;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:3:0:33:36:1:25:8:1:2:27:9:0:0 chr10 73562744 . G A 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000594443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0779;QD=63.8576;RBI=0.00982555;REFB=0;REVB=0.00980756;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.34286e-05;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr10 73569761 . C T 637.77 PASS AF=0.478261;AO=64;DP=138;FAO=66;FDP=138;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=-0.0283018;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.151;QD=18.4862;RBI=0.0293652;REFB=-0.0190102;REVB=-0.00783063;RO=72;SAF=23;SAR=41;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241178;STB=0.651469;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0194939;OID=.;OPOS=73569761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:72:72:64:66:0.478261:41:23:44:28:43:23:46:26 chr10 73571765 . T C 115.01 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.057649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.043;QD=11.7954;RBI=0.0586995;REFB=-0.0149393;REVB=-0.0110553;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283079;STB=0.630808;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0241688;OID=.;OPOS=73571765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:4:9:11:14:5:9:11:14 chr10 73574843 . G A 64.48 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0623159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.78;QD=23.4484;RBI=0.0691787;REFB=0.0183382;REVB=0.0300403;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00187203;OID=.;OPOS=73574843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr10 73576307 . C T 116.32 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.555;QD=42.2992;RBI=0.0525567;REFB=0;REVB=0.0506982;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762516;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:3:6:0:0:4:7:0:0 chr10 73585526 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0158394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.56;QD=17.3782;RBI=0.0398849;REFB=0.000995173;REVB=0.0366049;RO=10;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246583;STB=0.514259;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.000399464;OID=.;OPOS=73585526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:2:9:8:2:2:9:8:2 chr10 73819105 . C T 221.02 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00982343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.594;QD=32.7439;RBI=0.0644682;REFB=-0.0271756;REVB=-0.0637154;RO=6;SAF=17;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135842;STB=0.503646;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00722812;OID=.;OPOS=73819105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:6:7:20:20:0.740741:3:17:5:1:3:17:6:1 chr10 73822855 . C T 129.91 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.020141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.001;QD=13.3243;RBI=0.061147;REFB=-0.0214129;REVB=0.0577347;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165628;STB=0.596484;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.02377;OID=.;OPOS=73822855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:9:15:7:8:9:15 chr10 74237247 . C CT,T 684.7 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=40,2;DP=46;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132793,-0.0114861;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.5348,149.164;QD=59.539;RBI=0.0524189,0.0255258;REFB=0,0;REVB=-0.050709,-0.0227955;RO=2;SAF=23,1;SAR=17,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00683707,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00851762,-0.0133148;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:46:46:2:0:40,2:45,1:0.978261,0.0217391:17,1:23,1:1:1:21,0:24,1:0:0 chr10 74834629 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0207632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.804;QD=12.7291;RBI=0.0311643;REFB=-0.0154579;REVB=0.0232402;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590305;STB=0.856268;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0527918;OID=.;OPOS=74834629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:8:4:8:1:8:4 chr10 74894519 . G A 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0361929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.684;QD=15.7855;RBI=0.0378326;REFB=-0.0143951;REVB=0.0110172;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960359;STB=0.555476;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0131143;OID=.;OPOS=74894519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:8:9:6:8:8:9 chr10 75135899 . G A 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.018975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2383;QD=15.2365;RBI=0.0234296;REFB=-0.0337555;REVB=-0.013744;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771172;STB=0.551188;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0298202;OID=.;OPOS=75135899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:13:15:16:19:13:15:16:20 chr10 75158057 . TG T 90.69 PASS AF=0.457627;AO=25;DP=60;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0258578;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1815;QD=6.14832;RBI=0.185234;REFB=-0.112159;REVB=-0.18342;RO=30;SAF=1;SAR=24;SRF=13;SRR=17;SSEN=0.364583;SSEP=0;SSSB=-0.661612;STB=0.889568;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0741651;OID=.;OPOS=75158058;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627:25:60:27:59:32:1:26:13:19:90:30:1:24:13:17 chr10 75457513 . TG T 41.77 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.103658;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9528;QD=10.4432;RBI=0.116642;REFB=-0.104849;REVB=0.0534816;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359217;STB=0.699398;STBP=0.212;TYPE=del;VARB=0.131084;OID=.;OPOS=75457514;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:17:8:16:8:1:7:3:5:38:7:1:7:3:4 chr10 75523729 . GCCCCC GCCCC,GCCCCG 70.04 PASS AF=0.387097,0.0322581;AO=12,2;DP=31;FAO=12,1;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10,0;FSAR=2,1;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0431822,-0.131754;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.6305,42.8501;QD=9.03767;RBI=0.050188,0.132767;REFB=-0.10314,-0.0143799;REVB=-0.0255761,-0.0163664;RO=13;SAF=10,1;SAR=2,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0.344828,0;SSEP=0,0;SSSB=0.507764,0.204413;STB=0.813408,0.986628;STBP=0.012,0.489;TYPE=del,snp;VARB=0.0874358,0.0509974;OID=.,.;OPOS=75523730,75523734;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097,0.0322581:12,2:31:12,1:31:18:10,0:2,1:6:12:64:13:10,1:2,1:4:9 chr10 75526198 . C T 471.18 PASS AF=0.407692;AO=53;DP=130;FAO=53;FDP=130;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.00723289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.393;QD=14.4979;RBI=0.025139;REFB=-0.0112017;REVB=0.0240761;RO=77;SAF=29;SAR=24;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181896;STB=0.501024;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0181065;OID=.;OPOS=75526198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:77:77:53:53:0.407692:24:29:42:35:24:29:42:35 chr10 75533448 . A G 126.22 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.103976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5253;QD=11.2194;RBI=0.120449;REFB=-0.0120339;REVB=-0.0608023;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33632;STB=0.692071;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0201491;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:30:15:15:0.333333:6:9:8:20:6:9:9:21 chr10 75576857 . G A 174.06 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0196134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.693;QD=19.3395;RBI=0.0205982;REFB=-0.000429483;REVB=0.00629273;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176087;STB=0.588134;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000490635;OID=.;OPOS=75576857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:12:6:9:8:12:6:9:9 chr10 76781905 . GGAA G 67.72 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0173619;FXX=0.121175;HRUN=2;LEN=3;MLLD=177.603;QD=9.34113;RBI=0.0238884;REFB=-0.0237486;REVB=0.016408;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146265;STB=0.539924;STBP=0.808;TYPE=del;VARB=0.0353065;OID=.;OPOS=76781906;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931:11:29:11:29:18:2:9:4:14:67:14:2:9:4:10 chr10 76790016 . T C 166.51 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00568661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5169;QD=21.4846;RBI=0.0616429;REFB=-0.0377227;REVB=-0.0613801;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.006993;STB=0.513292;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0183195;OID=.;OPOS=76790016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:6:7:9:8:7:7 chr10 76790612 . TG T 126.87 PASS AF=0.7;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0979082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.2884;QD=25.3736;RBI=0.0981844;REFB=0.0547504;REVB=-0.00736003;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=-0.169984;STB=0.599863;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=-0.0428719;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:13:20:14:20:6:7:7:5:1:29:6:7:6:5:1 chr10 76803567 . T G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.012158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.442;QD=19.6662;RBI=0.0211886;REFB=-0.00103178;REVB=0.0173534;RO=32;SAF=30;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297784;STB=0.668671;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00150498;OID=.;OPOS=76803567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:32:34:34:0.515152:4:30:22:10:4:30:22:10 chr10 76854564 . C T 1264.69 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.112;QD=61.6922;RBI=0.0361331;REFB=0;REVB=0.0158488;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012709;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr10 76855412 . G A 300.58 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0138462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.411;QD=21.4698;RBI=0.0254685;REFB=-0.0127586;REVB=0.0213759;RO=24;SAF=23;SAR=8;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3126;STB=0.683044;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0237832;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:8:23:9:15:8:23:9:16 chr10 76855421 . G A 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.057951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9327;QD=14.7647;RBI=0.0654897;REFB=0.0132482;REVB=-0.0305054;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318874;STB=0.679865;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0177653;OID=.;OPOS=76855421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:24:9:15:10:24:9 chr10 76861680 . T C 729.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563024;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6991;QD=62.0868;RBI=0.0565831;REFB=0;REVB=-0.00562966;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293304;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:47:1:0:47:47:1:33:14:1:0:32:15:0:0 chr10 76867899 . T C 133.87 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0476882;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7176;QD=14.0915;RBI=0.0478475;REFB=-0.00727416;REVB=-0.00390194;RO=23;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321559;STB=0.696729;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.009427;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:23:23:14:15:0.394737:6:8:6:17:6:9:6:17 chr10 78084184 . C T 292.52 PASS AF=0.477612;AO=30;DP=64;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0248195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3369;QD=17.4637;RBI=0.110549;REFB=-0.0389033;REVB=0.107727;RO=34;SAF=22;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159619;STB=0.566967;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.044355;OID=.;OPOS=78084184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:34:35:30:32:0.477612:8:22:20:14:10:22:20:15 chr10 78629795 . C G 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208815;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.89;QD=56.2295;RBI=0.0527024;REFB=0;REVB=0.052661;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30406e-05;OID=.;OPOS=78629795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr10 78944590 . G A 200.76 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0143775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.842;QD=20.591;RBI=0.0515068;REFB=0.00252112;REVB=0.0494595;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328768;STB=0.5185;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00147168;OID=.;OPOS=78944590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:6:13:13:7:6:13 chr10 79550544 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00719313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3376;QD=9.76019;RBI=0.0471647;REFB=0.00027137;REVB=-0.0466129;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604779;STB=0.86855;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00516871;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:3:9:1:6:3:9 chr10 79570873 . G T 80.54 PASS AF=0.545455;AO=7;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.102431;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=43.975;QD=14.6441;RBI=0.209547;REFB=-0.111749;REVB=0.182806;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45597;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.101291;OID=.;OPOS=79570873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:22:9:10:7:12:0.545455:1:6:4:5:6:6:5:5 chr10 79606441 . A C 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0152003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.116;QD=10.3793;RBI=0.0320758;REFB=-0.00595132;REVB=0.0282455;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125056;STB=0.573689;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0114343;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:16:20:8:10:16:20 chr10 79616605 . T C 1503.08 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.478;QD=63.2876;RBI=0.0243664;REFB=0;REVB=0.0198346;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52834e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:56:37:0:0:56:39:0:0 chr10 79628875 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.477;QD=57.1981;RBI=0.0320568;REFB=0;REVB=-0.0123928;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26483e-05;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr10 79628961 . G A 210.49 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0434456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.3419;QD=21.049;RBI=0.0440149;REFB=-0.043133;REVB=-0.00705576;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374753;STB=0.709486;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0474685;OID=.;OPOS=79628961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:15:4:14:7:15:4 chr10 79760818 . A G 117.95 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00476817;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.603;QD=11.7951;RBI=0.0678218;REFB=-0.0186031;REVB=-0.067654;RO=25;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378701;STB=0.708624;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0224358;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:5:9:7:18:5:9:8:18 chr10 79762028 . G A 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0118384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.152;QD=14.4197;RBI=0.0382556;REFB=-0.0097413;REVB=-0.0363778;RO=36;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779232;STB=0.537685;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0137624;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:17:10:16:20:17:10:16:21 chr10 79793688 . C T 243.11 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0527899;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.177;QD=28.6012;RBI=0.0537121;REFB=-0.0238455;REVB=0.00991031;RO=13;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899249;STB=0.526291;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0113218;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:34:13:12:22:22:0.647059:16:6:5:8:16:6:4:8 chr10 80310465 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.896;QD=45.8068;RBI=0.0312169;REFB=0;REVB=0.0240901;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375077;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 80310636 . G A 1451.72 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0071405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.359;QD=62.4394;RBI=0.0096137;REFB=0;REVB=0.00643712;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225943;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:37:54:0:0:39:54:0:0 chr10 81053475 . G A 337.82 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00973005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4129;QD=46.5953;RBI=0.0303722;REFB=-0.179584;REVB=0.0287715;RO=3;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794778;STB=0.527758;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00777753;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:29:29:3:2:26:27:0.931034:16:10:0:3:17:10:0:2 chr10 81146091 . G A 332.19 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00122796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.66;QD=21.0916;RBI=0.00199593;REFB=-0.0328714;REVB=-0.00157349;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531616;STB=0.521483;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0236365;OID=.;OPOS=81146091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:29:34:34:0.539683:18:16:15:13:18:16:15:14 chr10 81270253 . A G 37.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0230192;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.004;QD=6.75457;RBI=0.0270981;REFB=0.0174376;REVB=-0.0142977;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166455;STB=0.594887;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0262267;OID=.;OPOS=81270253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:22:15:16:6:6:0.272727:1:5:11:4:1:5:12:4 chr10 81270319 . T A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0153131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.58;QD=6.81418;RBI=0.0300393;REFB=-0.0136842;REVB=-0.0258432;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282546;STB=0.681284;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0313846;OID=.;OPOS=81270319;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:9:10:2:5:9:10 chr10 81319423 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.234;QD=57.2023;RBI=0.0515775;REFB=0;REVB=0.0391067;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6826e-05;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr10 81319483 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.7;QD=54.5134;RBI=0.0325865;REFB=0;REVB=-0.0279087;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48402e-05;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr10 81373674 . T A,C 731.54 PASS AF=0.0425532,0.957447;AO=2,45;DP=47;FAO=2,45;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106931,0.0185351;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.914,88.3648;QD=62.2587;RBI=0.0989133,0.0360214;REFB=0,0;REVB=-0.0983336,-0.0308867;RO=0;SAF=0,22;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.133961,-0.000865673;OID=.,.;OPOS=81373674,81373674;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:47:47:0:0:2,45:2,45:0.0425532,0.957447:2,23:0,22:0:0:2,23:0,22:0:0 chr10 81701722 . T C 734.41 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0373577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.033;QD=54.4005;RBI=0.0383625;REFB=-0.137188;REVB=-0.00872285;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000689281;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:19:33:0:1:19:34:0:1 chr10 81841692 . G T 170.76 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00823452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.646;QD=17.0761;RBI=0.0142727;REFB=-0.0244535;REVB=-0.0116577;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174965;STB=0.580022;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0281025;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:10:7:13:9:10:8:13:9 chr10 81915136 . T C 435.86 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6515;QD=54.4827;RBI=0.0651836;REFB=-0.161257;REVB=0.0626657;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0101564;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:32:1:1:30:31:0.96875:15:15:0:1:16:15:0:1 chr10 81917708 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.763;QD=57.1971;RBI=0.0535635;REFB=0;REVB=0.0232634;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054833;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr10 81926702 . G A 2351.66 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=154;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00573541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.273;QD=60.2991;RBI=0.00597438;REFB=-0.128336;REVB=0.00167278;RO=0;SAF=109;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30038e-08;STB=0.505494;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000310499;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:156:0:1:154:155:0.99359:45:109:0:0:45:110:0:1 chr10 82012954 . A G 188.29 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0298165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.261;QD=20.3558;RBI=0.0315662;REFB=-0.021433;REVB=-0.0103634;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194029;STB=0.593125;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0204844;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:18:18:19:0.513514:10:8:12:6:10:9:12:6 chr10 82012967 . G T 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00550839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.222;QD=23.5283;RBI=0.0395819;REFB=-0.0359161;REVB=-0.0391968;RO=15;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388861;STB=0.521718;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0310782;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:9:11:9:6:9:11:9:6 chr10 82013119 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00535238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.541;QD=19.0583;RBI=0.0156741;REFB=-0.0206695;REVB=0.0147319;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115002;STB=0.564906;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0245816;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:14:6:8:11:14:6 chr10 82013134 . C T 198.56 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0185819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.936;QD=19.3721;RBI=0.0194043;REFB=-0.031064;REVB=-0.00558925;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114238;STB=0.543037;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0175425;OID=.;OPOS=82013134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:6:13:12:9:7:13:12:9 chr10 82013146 . T C 226.28 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0211813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.504;QD=20.5707;RBI=0.0217821;REFB=-0.0169496;REVB=-0.00508091;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105327;STB=0.574254;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00849673;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:7:15:12:9:7:15:12:10 chr10 82013314 . A G 162.97 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0917659;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.109;QD=19.1732;RBI=0.0930895;REFB=-0.0238706;REVB=0.0156418;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104816;STB=0.559372;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0316694;OID=.;OPOS=82013314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:9:8:6:11:9:8:6:11 chr10 82033594 . G A 694.02 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0066997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.978;QD=60.3494;RBI=0.0254356;REFB=-0.127801;REVB=0.0245374;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00112487;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:1:1:44:45:0.978261:20:24:0:1:20:25:0:1 chr10 82034842 . A G 865.58 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2131;QD=57.7053;RBI=0.0553995;REFB=0;REVB=0.0532266;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130849;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:34:24:0:0:36:24:0:0 chr10 82034854 . T C 727.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041289;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.247;QD=57.0644;RBI=0.0443295;REFB=0;REVB=0.0161346;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190849;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr10 82036321 . G A 242.91 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0314979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9838;QD=22.5966;RBI=0.0321022;REFB=-0.0187858;REVB=0.0061993;RO=20;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145745;STB=0.582133;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0162542;OID=.;OPOS=82036321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:18:5:7:13:18:5:7:13 chr10 82040052 . A G 527.24 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.761;QD=56.999;RBI=0.147877;REFB=0;REVB=0.0376562;RO=1;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299779;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:35:37:1:21:14:1:0:21:16:0:0 chr10 82095968 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.49;QD=39.2068;RBI=0.00801092;REFB=0;REVB=-2.61576e-05;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84238e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr10 82192713 . T A 214.4 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.077;QD=47.6451;RBI=0.0655483;REFB=0;REVB=-0.0185408;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459976;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:8:8:0:0:9:9:0:0 chr10 82363340 . C A 372.3 PASS AF=0.368852;AO=45;DP=122;FAO=45;FDP=122;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=-0.00247816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.02;QD=12.2066;RBI=0.00304607;REFB=-0.0174179;REVB=-0.00177123;RO=76;SAF=28;SAR=17;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795829;STB=0.541917;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0316861;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:76:77:45:45:0.368852:17:28:42:34:17:28:43:34 chr10 82363404 . A G 357.03 PASS AF=0.4;AO=42;DP=106;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0104902;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5639;QD=13.601;RBI=0.0277916;REFB=-0.024374;REVB=-0.0257357;RO=62;SAF=25;SAR=17;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1352;STB=0.572048;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0221766;OID=.;OPOS=82363404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:62:63:42:42:0.4:17:25:29:33:17:25:30:33 chr10 82369195 . C T 281.59 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00135798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.1657;QD=14.6279;RBI=0.0314395;REFB=-0.0251927;REVB=-0.0314101;RO=44;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232249;STB=0.506489;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0340873;OID=.;OPOS=82369195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:44:45:32:32:0.415584:16:16:23:21:16:16:23:22 chr10 82369219 . T A 500.68 PASS AF=0.526882;AO=45;DP=89;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0259378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.103;QD=21.5345;RBI=0.0409017;REFB=-0.0424413;REVB=0.0316256;RO=42;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125413;STB=0.516689;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0297853;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:93:42:44:45:49:0.526882:24:21:19:23:25:24:20:24 chr10 84745256 . C T 235.14 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0247349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9334;QD=25.4208;RBI=0.0803817;REFB=-0.0275091;REVB=-0.0764813;RO=14;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858043;STB=0.537156;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0177313;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:15:22:22:0.594595:15:7:6:8:15:7:6:9 chr10 85960395 . A G 128.55 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0103175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.21;QD=12.5411;RBI=0.0177247;REFB=-0.00624168;REVB=0.0144123;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323715;STB=0.535666;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00701643;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:26:14:15:0.365854:5:9:16:10:5:10:16:10 chr10 85972043 . A G 182.86 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.0128364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.107;QD=17.4147;RBI=0.0211873;REFB=-0.0101941;REVB=-0.016856;RO=23;SAF=16;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517721;STB=0.529382;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.028137;OID=.;OPOS=85972043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:3:16:20:3:3:16:20:3 chr10 85974236 . T C 214.09 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00233057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.439;QD=14.7649;RBI=0.0315387;REFB=-0.0226091;REVB=-0.0314524;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147307;STB=0.508373;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0192741;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:11:14:18:15:11:14:18:15 chr10 85978939 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0695174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3032;QD=11.4393;RBI=0.0709079;REFB=-0.00472928;REVB=-0.013974;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191578;STB=0.612604;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00792741;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:17:7:6:7:17:7 chr10 85978991 . C T 108.94 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00378936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.852;QD=13.6175;RBI=0.0075256;REFB=-0.0477967;REVB=0.00650196;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375971;STB=0.689883;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0614275;OID=.;OPOS=85978991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:7:5:15:4:7:6:15:4 chr10 85981801 . T G 66.22 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=20;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0323208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.984;QD=12.0396;RBI=0.0323513;REFB=-0.0104728;REVB=0.00140578;RO=12;SAF=0;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719781;STB=0.567408;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0161958;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:22:12:13:7:9:0.409091:7:0:3:9:7:2:4:9 chr10 85992478 . T C 117.66 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.01036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.729;QD=13.0735;RBI=0.0393354;REFB=-0.0086775;REVB=0.0379466;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232535;STB=0.61096;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0101385;OID=.;OPOS=85992478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:6:7:7:15:7:7:7:15 chr10 85992511 . T C 170.3 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00379731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3259;QD=17.03;RBI=0.0302289;REFB=-0.0125006;REVB=0.0299894;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.599893;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.016183;OID=.;OPOS=85992511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:7:15:9:9:7:15 chr10 85993836 . A G 340.47 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.224;QD=54.4756;RBI=0.0237184;REFB=0;REVB=0.0139528;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97534e-05;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr10 85993910 . G A 179.03 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0133225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0519;QD=19.3548;RBI=0.0554886;REFB=-0.0525931;REVB=0.0538656;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191332;STB=0.628868;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0502572;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:15:17:0.459459:11:4:8:10:13:4:8:10 chr10 86131059 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.011797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.635;QD=18.445;RBI=0.0708945;REFB=-0.00614936;REVB=0.0699061;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15431;STB=0.589302;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00399665;OID=.;OPOS=86131059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:5:4:3:8:5:4 chr10 86273249 . T C 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0186387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5306;QD=10.14;RBI=0.0209978;REFB=-0.0201523;REVB=0.0096698;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132854;STB=0.580028;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0492316;OID=.;OPOS=86273249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:14:14:8:5:14:14 chr10 86274871 . C T 1208.87 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.692;QD=61.2088;RBI=0.0111079;REFB=0;REVB=0.0105907;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38577e-05;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:44:34:0:0:44:35:0:0 chr10 87359678 . A T 187.72 PASS AF=0.8;AO=11;DP=27;FAO=16;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0.259163;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3499;QD=37.544;RBI=0.0569905;REFB=-0.0524431;REVB=-0.0569905;RO=13;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113988;OID=.;OPOS=87359678;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:27:20:13:4:11:16:0.8:11:0:0:13:16:0:0:4 chr10 87359826 . A G 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0115994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.559;QD=25.2867;RBI=0.0210052;REFB=-0.0452164;REVB=-0.017512;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237771;STB=0.633335;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0264258;OID=.;OPOS=87359826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:6:3:11:5:6:3 chr10 87361961 . G A 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.020474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.141;QD=16.4264;RBI=0.0257354;REFB=-0.00111441;REVB=-0.0155925;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513906;STB=0.789057;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00235379;OID=.;OPOS=87361961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:0:11:4:7:0:11 chr10 87898729 . G A 891.11 PASS AF=0.942029;AO=64;DP=69;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0300965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0078;QD=51.6586;RBI=0.0424938;REFB=-0.223207;REVB=0.0299987;RO=4;SAF=10;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337137;STB=0.517852;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00755867;OID=.;OPOS=87898729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:69:4:4:64:65:0.942029:54:10:0:4:54:11:0:4 chr10 88203068 . T C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.665;QD=56.1835;RBI=0.0495264;REFB=0;REVB=0.0477218;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375282;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr10 88277457 . C T 67.93 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.021739;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.422;QD=10.8694;RBI=0.10048;REFB=-0.0304348;REVB=-0.0981001;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752546;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0416066;OID=.;OPOS=88277457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:25:16:16:9:9:0.36:4:5:10:6:4:5:10:6 chr10 88414570 . G A 446.71 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8344;QD=57.6396;RBI=0.0340009;REFB=0;REVB=0.0269202;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102082;OID=.;OPOS=88414570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:26:5:0:0:26:5:0:0 chr10 88422116 . C T 1289.69 PASS AF=0.912621;AO=93;DP=103;FAO=94;FDP=103;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=59;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0611188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.109;QD=50.0849;RBI=0.0733619;REFB=-0.170977;REVB=0.0405766;RO=1;SAF=35;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133522;STB=0.527124;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00322537;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:103:103:1:9:93:94:0.912621:58:35:1:0:59:35:6:3 chr10 88422151 . C A 1733.61 PASS AF=0.991667;AO=114;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0502808;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.836;QD=57.7872;RBI=0.0509517;REFB=-0.0930159;REVB=0.00824115;RO=3;SAF=56;SAR=58;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247556;STB=0.504132;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00196549;OID=.;OPOS=88422151;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:119:120:3:1:114:119:0.991667:58:56:3:0:59:60:1:0 chr10 88505700 . T G 144.22 PASS AF=0.410256;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0115021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.626;QD=14.792;RBI=0.0215585;REFB=-0.00454451;REVB=0.0182338;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530878;STB=0.562834;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0059659;OID=.;OPOS=88505700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:23:23:14:16:0.410256:8:6:11:12:10:6:11:12 chr10 88635779 . C A 154.92 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0205435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.807;QD=22.9517;RBI=0.125566;REFB=0.00270828;REVB=-0.123874;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243896;STB=0.638112;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00673468;OID=.;OPOS=88635779;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:5:6:4:12:5:6 chr10 88683890 . T A 186.15 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00551461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.12;QD=46.5386;RBI=0.0145128;REFB=0;REVB=0.0134242;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245841;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:12:3:0:0:13:3:0:0 chr10 88702350 . G C 149.78 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643987;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9777;QD=46.0848;RBI=0.064403;REFB=0;REVB=0.000748391;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052236;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr10 88717140 . T A 1096.62 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00570208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7733;QD=60.0887;RBI=0.0100837;REFB=0;REVB=0.00831664;RO=0;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0379e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0431e-05;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:21:49:0:0:23:50:0:0 chr10 88717154 . C T 1037.33 PASS AF=0.948718;AO=72;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0330819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.659;QD=53.1966;RBI=0.0511452;REFB=-0.236316;REVB=0.0390054;RO=4;SAF=49;SAR=23;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754318;STB=0.523258;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00243939;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:4:4:72:74:0.948718:23:49:0:4:25:49:1:3 chr10 88730106 . CC TC,TT 107.15 PASS AF=0.75,0.166667;AO=9,2;DP=12;FAO=9,2;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3,0;FSAR=6,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280943,0.00289105;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=39.567,143.583;QD=35.7165;RBI=0.0784341,0.0212224;REFB=-0.185143,-0.11698;REVB=0.0732299,0.0210245;RO=1;SAF=3,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.126211,-0.697199;STB=0.571265,0.993266;STBP=0.286,0.232;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0223967,0.0755187;OID=.,.;OPOS=88730106,88730106;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:12:12:1:1:9,2:9,2:0.75,0.166667:6,2:3,0:1:0:6,2:3,0:1:0 chr10 88730177 . A G 256.77 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.2;QD=51.3532;RBI=0.0940153;REFB=0;REVB=0.0732328;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163548;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:7:9:0:0:9:11:0:0 chr10 88730312 . T C 445.72 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201177;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9347;QD=57.512;RBI=0.0400115;REFB=0;REVB=0.0345861;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568911;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr10 88768253 . A G 740.16 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0376573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.839;QD=60.4209;RBI=0.0840607;REFB=-0.101486;REVB=0.075154;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00177358;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:25:22:0:1:26:22:0:1 chr10 88768657 . C T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5481;QD=62.0201;RBI=0.0300988;REFB=0;REVB=0.00933244;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462021;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr10 88782084 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.36;QD=54.5174;RBI=0.0671177;REFB=0;REVB=-0.0626098;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244663;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 88782151 . C T 62.27 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.090205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.502;QD=35.5807;RBI=0.125305;REFB=0;REVB=0.0869737;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3594e-05;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr10 88820789 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.024;QD=58.1418;RBI=0.0326412;REFB=0;REVB=0.0303933;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167916;OID=.;OPOS=88820789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr10 88988115 . G A 129.5 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00924375;FXX=0.0856898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.884;QD=16.1877;RBI=0.0183392;REFB=-0.0424432;REVB=0.0158392;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292758;STB=0.656048;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0486661;OID=.;OPOS=88988115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:17:18:13:14:0.4375:6:7:4:13:7:7:4:14 chr10 88992641 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.774;QD=53.2772;RBI=0.0232885;REFB=0;REVB=0.00759027;RO=0;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121294;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:1:22:0:0:1:22:0:0 chr10 89267957 . C T 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0124836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.095;QD=13.0228;RBI=0.0261368;REFB=-0.00533096;REVB=-0.0229629;RO=44;SAF=17;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677358;STB=0.538827;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00762439;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:11:17:24:20:11:17:24:20 chr10 89420789 . A G 276.82 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0525182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.41;QD=16.777;RBI=0.0532614;REFB=-0.0221527;REVB=-0.00886632;RO=35;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119454;STB=0.572904;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0282147;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:30:31:0.469697:22:8:13:22:23:8:13:22 chr10 89720907 . T G 1320.46 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0519;QD=62.1391;RBI=0.0324567;REFB=0;REVB=0.0106983;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329549;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr10 90342837 . C G 386.11 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0126414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.771;QD=15.7596;RBI=0.0130761;REFB=-0.0289754;REVB=-0.00334331;RO=56;SAF=15;SAR=26;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194713;STB=0.605211;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0529356;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:57:41:41:0.418367:26:15:31:25:26:15:31:26 chr10 90345429 . G A 198.63 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0375039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8246;QD=19.3789;RBI=0.0417662;REFB=-0.025036;REVB=0.0183814;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267355;STB=0.515136;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0266679;OID=.;OPOS=90345429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:9:12:12:8:9:12 chr10 90356598 . A G 714.68 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00641814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=60.8242;RBI=0.0113519;REFB=-0.0597379;REVB=-0.00936335;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.508193;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000482704;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:30:16:0:0:30:16:0:1 chr10 90425327 . T C 211.04 PASS AF=0.415385;AO=21;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.020381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2125;QD=12.9871;RBI=0.0313505;REFB=-0.024818;REVB=0.0238216;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640825;STB=0.532622;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0336306;OID=.;OPOS=90425327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:38:21:27:0.415385:9:12:19:18:15:12:19:19 chr10 90429652 . A G 256.34 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0119582;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.635;QD=17.9889;RBI=0.0128331;REFB=-0.0148823;REVB=0.00465705;RO=29;SAF=20;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257677;STB=0.645053;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0145583;OID=.;OPOS=90429652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:8:20:13:16:8:20:13:16 chr10 90438207 . A G 117.22 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0468231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.371;QD=10.4192;RBI=0.0468307;REFB=-0.0106086;REVB=0.000845612;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224913;STB=0.567475;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.026185;OID=.;OPOS=90438207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:30:13:14:0.311111:7:6:6:17:8:6:10:20 chr10 90490921 . G A 209.72 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0142917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.876;QD=18.642;RBI=0.0187106;REFB=-0.0170598;REVB=-0.0120762;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19106;STB=0.608407;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0204232;OID=.;OPOS=90490921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:8:13:10:14:8:13:10:14 chr10 90503075 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0136621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.407;QD=21.2648;RBI=0.0230035;REFB=-0.0200943;REVB=-0.0185069;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132154;STB=0.574509;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0256314;OID=.;OPOS=90503075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:13:7:9:9:13:7:9:9 chr10 90512306 . G C 95.16 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0488678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7945;QD=11.1949;RBI=0.0527092;REFB=-0.00030414;REVB=0.0197535;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256805;STB=0.639763;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00041655;OID=.;OPOS=90512306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:34:21:22:12:12:0.352941:8:4:12:9:8:4:12:10 chr10 90524237 . T C 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00967578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.552;QD=9.21741;RBI=0.0501511;REFB=-0.00799067;REVB=0.0492088;RO=36;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14702;STB=0.579609;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0257982;OID=.;OPOS=90524237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:37:16:16:0.301887:10:6:18:18:10:6:18:19 chr10 90530660 . C A 256.12 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0319875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1041;QD=23.2836;RBI=0.0579963;REFB=-0.00506309;REVB=0.0483774;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133753;STB=0.581326;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00895212;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:23:24:0.545455:9:14:9:11:9:15:9:11 chr10 90537942 . C T 383.3 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0513574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4866;QD=22.8835;RBI=0.0586817;REFB=0.0125878;REVB=-0.0283895;RO=29;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301488;STB=0.665554;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0105331;OID=.;OPOS=90537942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:24:14:22:7:24:14:22:7 chr10 90580144 . C T 210.34 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0108837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.522;QD=15.5805;RBI=0.0570013;REFB=-0.0132239;REVB=-0.0559526;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241036;STB=0.636253;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.011998;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:10:20:10:14:10:20 chr10 90585819 . G A 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0292128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.752;QD=19.0583;RBI=0.0539034;REFB=-0.00481632;REVB=-0.0453011;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167203;STB=0.59494;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00240007;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:9:11:7:12:9:11 chr10 90673024 . G A 89.89 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0320766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3675;QD=7.65041;RBI=0.0374179;REFB=-0.0177905;REVB=-0.0192664;RO=34;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651128;STB=0.551884;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0767901;OID=.;OPOS=90673024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:47:34:35:12:12:0.255319:7:5:16:18:7:5:17:18 chr10 90749256 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.126;QD=61.6838;RBI=0.0682336;REFB=0;REVB=0.0666775;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177621;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 90771829 . T C 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0883334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0113;QD=50.3947;RBI=0.0884421;REFB=0;REVB=-0.00438376;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00322077;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr10 90966546 . C T 184.63 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0426412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.423;QD=26.3763;RBI=0.0426902;REFB=-0.0455402;REVB=-0.00204324;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137414;STB=0.576527;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0110581;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:6:4:11:7:6:4 chr10 91007360 . T G 120.6 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00840577;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.623;QD=15.5617;RBI=0.00920231;REFB=-0.00738162;REVB=0.00374508;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356085;STB=0.64335;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0124888;OID=.;OPOS=91007360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:17:12:14:0.451613:9:3:11:8:10:4:9:8 chr10 91066460 . T A 265.07 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0166087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.061;QD=15.5925;RBI=0.0178228;REFB=-0.00234473;REVB=-0.00646548;RO=38;SAF=6;SAR=24;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546096;STB=0.530952;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00401708;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:24:6:9:29:24:6:9:29 chr10 91066769 . C A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.922;QD=62.9825;RBI=0.0265304;REFB=0;REVB=-0.0222507;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11878e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr10 91067595 . C G 410.58 PASS AF=0.56338;AO=31;DP=71;FAO=40;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0193218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.807;QD=23.1312;RBI=0.0196589;REFB=-0.0121105;REVB=-0.00362458;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288841;STB=0.526077;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00818661;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:31:31:40:0.56338:16:15:16:15:17:23:16:15 chr10 91099943 . C G 72.47 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=33;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0370369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.369;QD=8.28282;RBI=0.0374905;REFB=-0.0212946;REVB=0.005814;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265878;STB=0.717005;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0626854;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:35:25:25:8:10:0.285714:4:4:18:7:6:4:18:7 chr10 91100068 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00442424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.251;QD=12.7299;RBI=0.0186278;REFB=-0.0161349;REVB=0.0180947;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0159376;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:6:6:6:3:6:6 chr10 91143529 . T A 178.79 PASS AF=0.395833;AO=20;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0275666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.897;QD=14.8988;RBI=0.0279969;REFB=-0.00528601;REVB=0.00488958;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146258;STB=0.537738;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00840214;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:20:19:0.395833:11:9:13:15:11:8:14:15 chr10 91162497 . A G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00278576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.84;QD=41.868;RBI=0.00751939;REFB=-0.0724786;REVB=0.00698433;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000582517;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:0:1:8:7:0:1 chr10 91162677 . C T 260.01 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.022883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.903;QD=31.5161;RBI=0.0331099;REFB=-0.0235658;REVB=-0.0239298;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00502538;STB=0.50276;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00845556;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:4:6:14:9:4:6 chr10 91172556 . AG A,AA 73.71 PASS AF=0.32,0.08;AO=8,2;DP=26;FAO=8,2;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00853494,0.0109642;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.284,229.621;QD=11.7932;RBI=0.026138,0.02818;REFB=-0.00163818,-0.00160908;REVB=0.0247052,0.0259595;RO=15;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0481223,0.482498;STB=0.529339,0.993007;STBP=0.852,0.322;TYPE=del,snp;VARB=0.00614319,-0.0093387;OID=.,.;OPOS=91172557,91172557;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.08:8,2:26:8,2:25:15:5,2:3,0:10:5:54:15:5,2:3,0:10:5 chr10 91178000 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0302436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.866;QD=16.8982;RBI=0.0314189;REFB=-0.0117088;REVB=0.00851312;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518632;STB=0.782026;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00820703;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:8:2:7:1:8:2:7:2 chr10 91343930 . TTA T,TT,TTT 30.61 PASS AF=0.3,0,0;AO=5,3,3;DP=26;FAO=6,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.13106,0.0555852,-0.060867;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=17.4686,9.66902,11.8545;QD=6.1211;RBI=0.263932,0.257119,0.0715671;REFB=-0.0171866,0.0026891,0.0162213;REVB=-0.229093,-0.251039,-0.0376439;RO=13;SAF=0,0,0;SAR=5,3,3;SRF=2;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.641897,-0.53842,-0.53842;STB=0.642486,0.5,0.5;STBP=0.799,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0285617,0,0;OID=.,.,.;OPOS=91343931,91343932,91343932;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0,0:5,3,3:26:6,0,0:20:14:1,0,0:5,0,0:1:13:29:13:0,0,0:5,3,3:2:11 chr10 91352966 . G A 1472.01 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9169;QD=63.3124;RBI=0.0367996;REFB=0;REVB=0.0267607;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82473e-06;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:42:50:0:0:42:51:0:0 chr10 91404448 . C G 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0108481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.844;QD=18.0506;RBI=0.0108499;REFB=-0.0368289;REVB=0.000200186;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784731;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0272182;OID=.;OPOS=91404448;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:4:4:6:4:4:4 chr10 91470834 . A C 204.89 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0895738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6462;QD=39.0262;RBI=0.093271;REFB=-0.193106;REVB=0.0260004;RO=2;SAF=4;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070175;STB=0.522363;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0242188;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:21:21:2:3:18:18:0.857143:14:4:1:1:14:4:1:2 chr10 91484780 . G A 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00545479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.902;QD=12.8691;RBI=0.00871205;REFB=-0.019855;REVB=-0.00679301;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616319;STB=0.546573;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0292066;OID=.;OPOS=91484780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:8:13:18:14:8:13:18:15 chr10 91497207 . A G 441.12 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=42;FWDB=0.0443963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.7;QD=16.0407;RBI=0.0444145;REFB=-0.0146612;REVB=-0.0012706;RO=61;SAF=28;SAR=21;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253594;STB=0.641166;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0240063;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:21:28:19:42:21:28:19:42 chr10 91497912 . A G 369.78 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0385026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1961;QD=30.186;RBI=0.0516895;REFB=-0.038714;REVB=0.034487;RO=18;SAF=8;SAR=23;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13895;STB=0.575601;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0260544;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:23:8:2:16:23:8:2:16 chr10 91498127 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000684998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.678;QD=53.2756;RBI=0.00484546;REFB=0;REVB=-0.0047968;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.68813e-05;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr10 91498254 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0638864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.338;QD=11.9535;RBI=0.0638914;REFB=0.0108451;REVB=0.000806931;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305926;STB=0.685222;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00949173;OID=.;OPOS=91498254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:2:6:5:6:2:6:5:6 chr10 91738556 . C A 724.03 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8754;QD=51.7166;RBI=0.017886;REFB=-0.19274;REVB=-0.0156827;RO=2;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031395;STB=0.516661;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00995182;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:29:25:0:2:29:25:0:2 chr10 91923501 . G A 205.37 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0121357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.821;QD=14.6691;RBI=0.0248838;REFB=-0.00985085;REVB=-0.0217239;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283143;STB=0.661854;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00851934;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:18:14:17:7:18:14 chr10 92456074 . C T 215.0 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0248675;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.238;QD=12.8361;RBI=0.0440376;REFB=-0.0130461;REVB=-0.0363444;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312299;STB=0.672762;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00991464;OID=.;OPOS=92456074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:41:26:26:0.38806:8:18:16:24:8:18:17:24 chr10 92456132 . T C 275.87 PASS AF=0.372093;AO=31;DP=85;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0062061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.908;QD=12.8311;RBI=0.011837;REFB=-0.0177625;REVB=-0.0100796;RO=50;SAF=22;SAR=9;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319765;STB=0.689533;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0240914;OID=.;OPOS=92456132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:54:31:32:0.372093:9:22:21:29:9:23:23:31 chr10 92654697 . T G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0106881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6432;QD=15.1962;RBI=0.0217988;REFB=-0.0291209;REVB=-0.0189987;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156724;STB=0.509078;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0273785;OID=.;OPOS=92654697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:8:10:8:6:8:10 chr10 93040348 . C T 265.36 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0471764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.309;QD=27.2168;RBI=0.0475017;REFB=-0.0097465;REVB=-0.00554967;RO=15;SAF=5;SAR=19;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32266;STB=0.680141;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00389393;OID=.;OPOS=93040348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:19:5:9:6:19:5:9:6 chr10 93608142 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0303414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.96;QD=16.6157;RBI=0.0353955;REFB=-0.00300209;REVB=-0.0182274;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00506616;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:11:10:9:8:11:10 chr10 93667635 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.989;QD=56.7066;RBI=0.0294127;REFB=0;REVB=0.0028838;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118156;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr10 93668110 . T A 132.13 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0257256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3188;QD=24.0236;RBI=0.0416512;REFB=-0.0229069;REVB=0.0327569;RO=8;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240563;STB=0.513494;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0431709;OID=.;OPOS=93668110;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:12:2:1:7:12:2:1:7 chr10 93810973 . GA G,GT 70.22 PASS AF=0.684211,0.0526316;AO=9,2;DP=18;FAO=13,1;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7,0;FSAR=6,1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.211366,0.0033356;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.93751,192.591;QD=14.7838;RBI=0.227126,0.0613535;REFB=0.00891522,-0.00922395;REVB=-0.0831307,-0.0612628;RO=3;SAF=6,0;SAR=3,2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.177567,-0.74993;STB=0.517215,0.990101;STBP=0.812,0.486;TYPE=del,snp;VARB=0.0764428,-0.024912;OID=.,.;OPOS=93810974,93810974;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0.0526316:9,2:18:13,1:19:5:7,0:6,1:3:2:17:3:6,0:3,2:3:0 chr10 93841227 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0941242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.59;QD=62.9822;RBI=0.0957588;REFB=0;REVB=0.0176179;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037873;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr10 93999849 . GA G,GG 129.6 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=4,8;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141106,-0.000621478;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.728,265.21;QD=43.201;RBI=0.121936,0.10814;REFB=0,0;REVB=0.121928,0.108138;RO=0;SAF=1,4;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.097598,0.0109481;OID=.,.;OPOS=93999850,93999850;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:4,8:12:1,11:12:0:1,4:0,7:0:0:4:0:1,4:3,4:0:0 chr10 94112156 . G C 200.13 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.017327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7009;QD=20.0134;RBI=0.0460135;REFB=-0.0250928;REVB=0.0426265;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924797;STB=0.525356;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0270934;OID=.;OPOS=94112156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:20:20:18:20:0.5:9:9:8:12:11:9:8:12 chr10 94449904 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.227;QD=30.79;RBI=0.0509068;REFB=-0.00668437;REVB=0.0464179;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00156517;OID=.;OPOS=94449904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr10 94695617 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.141;QD=55.0968;RBI=0.00802891;REFB=0;REVB=-0.0078287;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30672e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr10 95072906 . T C 834.33 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000631552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.211;QD=57.5397;RBI=0.00639114;REFB=0;REVB=-0.00635986;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12616e-05;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:38:19:0:0:38:20:0:0 chr10 95168634 . A G 344.82 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0156784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9529;QD=17.0281;RBI=0.0237152;REFB=-0.0343709;REVB=-0.0177933;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12889;STB=0.555525;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0263569;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:41:44:37:37:0.45679:23:14:21:20:23:14:21:23 chr10 95216623 . A G 439.62 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0174653;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.063;QD=48.8467;RBI=0.0177646;REFB=-0.220614;REVB=-0.0032472;RO=4;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395775;STB=0.538438;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00160795;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:4:3:32:33:0.916667:14:18:3:1:15:18:3:0 chr10 95237963 . A G 124.75 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0115547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1048;QD=8.18047;RBI=0.0512229;REFB=-0.0236696;REVB=-0.0499026;RO=43;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315136;STB=0.693184;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0767698;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:15:3:16:27:15:3:16:27 chr10 95262981 . A G 464.68 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0748;QD=58.0845;RBI=0.162057;REFB=0;REVB=0.0738887;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436306;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr10 95276742 . G C 397.07 PASS AF=0.447619;AO=41;DP=101;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00695754;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.608;QD=15.1264;RBI=0.0371767;REFB=-0.00410755;REVB=0.0365198;RO=58;SAF=24;SAR=17;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895611;STB=0.541529;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00405845;OID=.;OPOS=95276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:58:58:41:47:0.447619:17:24:29:29:20:27:29:29 chr10 95279506 . A T 202.6 PASS AF=0.444444;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0051825;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.934;QD=15.0074;RBI=0.00677508;REFB=-0.0143032;REVB=0.00436387;RO=31;SAF=12;SAR=11;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29754;STB=0.648036;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0216617;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:31:30:23:24:0.444444:11:12:7:24:12:12:7:23 chr10 95279653 . A G 538.12 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1337;QD=59.7915;RBI=0.0382816;REFB=0;REVB=0.0343691;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391421;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr10 95288874 . A G 170.32 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00116263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.711;QD=17.0316;RBI=0.0354221;REFB=-0.0108306;REVB=-0.0354031;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257126;STB=0.51469;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0124763;OID=.;OPOS=95288874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:14:8:7:11:14:8 chr10 95381773 . T A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.224;QD=60.6101;RBI=0.0383059;REFB=0;REVB=0.028982;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256791;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr10 95389041 . G A 669.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5478;QD=62.2471;RBI=0.0308249;REFB=0;REVB=0.00438624;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194011;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr10 95389083 . A G 544.4 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.915;QD=58.8535;RBI=0.0303762;REFB=0;REVB=0.0211762;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973041;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:16:19:0:0:17:20:0:0 chr10 95395364 . C G 392.52 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00596076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.764;QD=50.6476;RBI=0.0112116;REFB=-0.0357004;REVB=0.00949577;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00545261;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:31:1:2:27:29:0.935484:12:15:0:1:13:16:1:1 chr10 95431668 . A G 182.98 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0168548;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.058;QD=14.3515;RBI=0.0208869;REFB=-0.00305831;REVB=-0.0123361;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101643;STB=0.558086;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0229246;OID=.;OPOS=95431668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:20:10:9:12:20:10 chr10 95454681 . G C 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00901765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.103;QD=12.3944;RBI=0.017211;REFB=-0.00233723;REVB=-0.0146595;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20862;STB=0.631404;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00519926;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:24:14:14:0.368421:7:7:7:16:7:7:7:17 chr10 95458141 . A G 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0213309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.745;QD=11.1967;RBI=0.0213451;REFB=-0.00586681;REVB=0.00077847;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233847;STB=0.639763;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00967583;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:10:12:4:8:10:12 chr10 95459817 . C T 374.51 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=95;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0193293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1033;QD=15.6046;RBI=0.0395515;REFB=-0.0104725;REVB=-0.0345065;RO=55;SAF=26;SAR=14;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168726;STB=0.601024;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00994487;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:55:56:40:40:0.416667:14:26:27:28:14:26:27:29 chr10 95552653 . T C 435.78 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365465;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.2553;QD=54.472;RBI=0.0444765;REFB=-0.122649;REVB=0.0253478;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00318979;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:15:16:0:0:15:16:1:0 chr10 95791613 . T C 206.92 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0109681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.988;QD=17.2432;RBI=0.0122882;REFB=-0.0139808;REVB=-0.00554081;RO=27;SAF=14;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18975;STB=0.608589;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0183737;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:7:14:13:14:7:14:13:14 chr10 95791763 . G A 153.14 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00316886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.559;QD=14.585;RBI=0.00861737;REFB=-0.0132135;REVB=-0.00801357;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.57886;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0136661;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:24:24:16:18:0.428571:8:8:14:10:10:8:14:10 chr10 96039597 . G C 120.11 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0357974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.015;QD=13.3451;RBI=0.16935;REFB=-0.00494603;REVB=0.165524;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.516106;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0136261;OID=.;OPOS=96039597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:22:12:14:0.388889:6:6:9:5:8:6:10:12 chr10 96058298 . C T 223.1 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.012558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6978;QD=14.8736;RBI=0.0350906;REFB=-0.0165433;REVB=-0.0327665;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293531;STB=0.516654;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0115337;OID=.;OPOS=96058298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:16:18:13:13:16:18 chr10 96066341 . A G 225.92 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0137681;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.009;QD=15.3165;RBI=0.0144106;REFB=0.00567353;REVB=0.0042552;RO=33;SAF=11;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316041;STB=0.517914;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00667581;OID=.;OPOS=96066341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:15:11:15:18:15:11:15:18 chr10 96104665 . T G 240.95 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0227186;FXX=0.0714116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.892;QD=24.7129;RBI=0.0500535;REFB=-0.0300013;REVB=0.0446007;RO=16;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246763;STB=0.655493;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0193054;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:16:17:22:22:0.564103:17:5:8:8:17:5:9:8 chr10 96106240 . G C 89.56 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0201885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.872;QD=15.575;RBI=0.0401902;REFB=-0.0261926;REVB=-0.0347516;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.573634;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0133135;OID=.;OPOS=96106240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:12:10:11:0.478261:6:4:6:5:7:4:6:6 chr10 96114835 . G A 88.99 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0391671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8956;QD=15.4771;RBI=0.0484243;REFB=-0.0321772;REVB=-0.0284753;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0506009;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:6:6:5:6:6:6 chr10 96305729 . T C 715.31 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362857;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.611;QD=57.2252;RBI=0.0368409;REFB=0;REVB=0.00637193;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.51005e-05;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr10 96313960 . A C 817.45 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.408;QD=57.3646;RBI=0.0628542;REFB=0;REVB=0.0623529;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242593;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:33:24:0:0 chr10 96493058 . C T 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0163835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6893;QD=18.8211;RBI=0.05933;REFB=-0.0597223;REVB=-0.0570231;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282836;STB=0.5312;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0223923;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:3:9:7:2:3:9:8:2 chr10 96541616 . G A 312.21 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00187016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.842;QD=29.7344;RBI=0.0436027;REFB=-0.0321015;REVB=-0.0435626;RO=8;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967319;STB=0.593677;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0177079;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:8:15:26:27:0.642857:8:18:7:1:8:19:7:8 chr10 96602622 . C T 177.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00151336;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.008;QD=14.2136;RBI=0.0144272;REFB=-0.00683113;REVB=-0.0143476;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264068;STB=0.634733;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0121742;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:30:20:20:0.4:9:11:23:6:9:11:23:7 chr10 96827178 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00749612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.479;QD=12.0512;RBI=0.0221738;REFB=-0.00745682;REVB=-0.0208683;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46905;STB=0.768778;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0288927;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:1:12:4:5:1:12 chr10 97072040 . A G 156.35 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0179431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.955;QD=24.0531;RBI=0.0267248;REFB=-0.0056578;REVB=-0.0198055;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558137;STB=0.531212;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00462252;OID=.;OPOS=97072040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:6:10:7:3:6:10:7:3 chr10 97082543 . C T 193.39 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0218049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.009;QD=17.19;RBI=0.0218166;REFB=-0.0225745;REVB=-0.000712621;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154895;STB=0.599904;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0269558;OID=.;OPOS=97082543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:10:9:8:17:10:10:8:17 chr10 97106165 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.567;QD=61.6836;RBI=0.0245185;REFB=0;REVB=-0.0204398;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000240728;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr10 97116219 . C T 171.93 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0190579;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0078;QD=24.5607;RBI=0.0314543;REFB=0.0470249;REVB=0.0250234;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115872;STB=0.564778;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0128656;OID=.;OPOS=97116219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:4:7:8:9:4:7 chr10 97127462 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.688;QD=49.5992;RBI=0.0284711;REFB=0;REVB=-0.0245993;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.9572e-05;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr10 97141523 . G A 669.91 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6479;QD=62.3169;RBI=0.0160823;REFB=0;REVB=-0.0154966;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154579;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:21:21:0:0:21:22:0:0 chr10 97174164 . A G 213.31 PASS AF=0.525;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0128902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.383;QD=21.3309;RBI=0.0165686;REFB=-0.0272942;REVB=0.0104096;RO=19;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366188;STB=0.632632;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0238053;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:19:19:19:21:0.525:3:16:10:9:5:16:10:9 chr10 97192324 . A G 1387.37 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00573045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7929;QD=60.3204;RBI=0.00783985;REFB=-0.0903212;REVB=-0.00535026;RO=2;SAF=39;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027948;STB=0.501475;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=1.82417e-06;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:51:39:1:1:51:39:1:1 chr10 97447373 . A T 664.29 PASS AF=0.576577;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=111;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.000903709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.277;QD=23.9385;RBI=0.0477066;REFB=-0.045956;REVB=0.047698;RO=46;SAF=34;SAR=30;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768229;STB=0.536616;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0305854;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:46:47:64:64:0.576577:30:34:29:17:30:34:29:18 chr10 97632082 . C T 229.12 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00360991;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.136;QD=17.6247;RBI=0.0241864;REFB=-0.0155236;REVB=0.0239155;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073882;STB=0.539139;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.022501;OID=.;OPOS=97632082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:27:24:25:0.480769:13:11:14:12:13:12:15:12 chr10 97698370 . C T 592.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.667;QD=60.7717;RBI=0.0344519;REFB=0;REVB=0.00312169;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116181;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:23:16:0:0 chr10 97787033 . C T 512.04 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0192059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.828;QD=19.6938;RBI=0.0268094;REFB=-0.00824736;REVB=-0.0187049;RO=51;SAF=26;SAR=27;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070149;STB=0.538699;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00433407;OID=.;OPOS=97787033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:27:26:21:30:27:26:21:30 chr10 97817650 . G T 223.16 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.000225279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.445;QD=16.5303;RBI=0.0188783;REFB=-0.0319613;REVB=-0.0188769;RO=28;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118784;STB=0.575162;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0285497;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:12:13:11:17:12:13:11:18 chr10 97920062 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00166918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.818;QD=13.661;RBI=0.0177819;REFB=-0.00442179;REVB=-0.0177034;RO=21;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31134;STB=0.681024;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00782551;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:5:9:7:14:5:9:7:14 chr10 97920099 . T TC 341.83 PASS AF=1;AO=29;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.0501;QD=42.7291;RBI=0.167354;REFB=0;REVB=0.166689;RO=4;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00778019;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:34:32:32:0:13:19:0:0:7:4:12:17:2:2 chr10 97990583 . A G 124.19 PASS AF=0.466667;AO=10;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0230612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.32;QD=16.5586;RBI=0.0393026;REFB=-0.0314721;REVB=0.0318257;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.555473;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0313961;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:11:16:10:14:0.466667:6:4:6:5:10:4:6:10 chr10 98078127 . C T 704.51 PASS AF=0.964286;AO=49;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00221185;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.331;QD=50.3221;RBI=0.0448966;REFB=-0.12146;REVB=0.0448421;RO=5;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133652;STB=0.526306;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00407815;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:56:56:5:2:49:54:0.964286:15:34:0:5:18:36:0:2 chr10 98078239 . A G 769.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0081;QD=56.98;RBI=0.0397084;REFB=0;REVB=0.031477;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605113;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr10 98287261 . G C 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0113277;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.876;QD=54.4811;RBI=0.0126155;REFB=0.0136707;REVB=-0.00555273;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-7.80054e-05;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:15:16:0:0:15:16:1:0 chr10 98380277 . C T 722.33 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7248;QD=56.6533;RBI=0.0652874;REFB=0;REVB=0.0358169;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619562;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:24:25:0:0:24:27:0:0 chr10 98386483 . C T 250.89 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0354469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6736;QD=19.6777;RBI=0.0395026;REFB=-0.0213688;REVB=-0.0174348;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915079;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0298629;OID=.;OPOS=98386483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:25:26:26:0.509804:13:13:14:9:13:13:16:9 chr10 98386558 . G A 674.8 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4665;QD=52.9252;RBI=0.0207239;REFB=-0.0467488;REVB=-0.0100318;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00410266;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:48:50:0.980392:28:20:1:0:28:22:0:1 chr10 98469507 . C A 93.42 PASS AF=0.413793;AO=9;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0737827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=12.8862;RBI=0.0746636;REFB=-0.00619263;REVB=-0.0114348;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273865;STB=0.708727;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0189785;OID=.;OPOS=98469507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:29:29:17:17:9:12:0.413793:3:6:7:10:3:9:7:10 chr10 98742750 . A C 218.02 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0386939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.888;QD=15.5726;RBI=0.0432645;REFB=-0.0237377;REVB=0.0193544;RO=31;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835894;STB=0.547407;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.031813;OID=.;OPOS=98742750;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:10:15:16:15:10:15:16:15 chr10 98806512 . G C 70.54 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.160531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8245;QD=11.2856;RBI=0.162846;REFB=-0.00290511;REVB=0.0273613;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403885;STB=0.749167;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0151139;OID=.;OPOS=98806512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:25:12:14:6:7:0.28:5:1:6:6:6:1:6:8 chr10 98808866 . C G 657.08 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0374247;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.316;QD=59.7346;RBI=0.0381412;REFB=-0.105876;REVB=0.00735831;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00289334;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:43:44:0:1:42:43:0.977273:27:15:0:0:28:15:0:1 chr10 98819317 . A G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0513947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.235;QD=19.1552;RBI=0.0515277;REFB=-0.00971042;REVB=0.00369878;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16874;STB=0.594641;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0124696;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:5:18:13:8:5:18 chr10 98901433 . C T 2289.74 PASS AF=0.986486;AO=145;DP=147;FAO=146;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0266279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3592;QD=61.8848;RBI=0.0289804;REFB=-0.054731;REVB=-0.0114376;RO=0;SAF=62;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500943;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000889628;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:148:0:2:145:146:0.986486:83:62:0:0:83:63:1:1 chr10 98901438 . T C 131.78 PASS AF=0.156863;AO=14;DP=153;FAO=24;FDP=153;FR=.,HEALED;FRO=129;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=70;FWDB=-0.0289378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.998;QD=3.44525;RBI=0.0298459;REFB=-0.0127883;REVB=0.00730642;RO=119;SAF=7;SAR=7;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760078;STB=0.648052;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0583548;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:153:153:119:129:14:24:0.156863:7:7:52:67:17:7:59:70 chr10 98901463 . T C 66.88 PASS AF=0.0989583;AO=19;DP=192;FAO=19;FDP=192;FR=.;FRO=173;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=107;FWDB=-0.0187331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0051;QD=1.3934;RBI=0.0365936;REFB=-0.0139609;REVB=-0.031435;RO=171;SAF=10;SAR=9;SRF=64;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184306;STB=0.628939;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0874888;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:192:192:171:173:19:19:0.0989583:9:10:64:107:9:10:66:107 chr10 99016088 . T C 85.29 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00409113;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.532;QD=10.0347;RBI=0.00608153;REFB=-0.00137636;REVB=0.00449974;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315535;STB=0.687197;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00294547;OID=.;OPOS=99016088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:35:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:6:17:5:6:6:17 chr10 99019177 . A G 400.25 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0060308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.709;QD=18.6163;RBI=0.0137884;REFB=-0.00592382;REVB=-0.0123995;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570567;STB=0.526303;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00552316;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:45:41:41:0.476744:18:23:22:22:18:23:23:22 chr10 99080246 . CT C 113.1 PASS AF=0.425926;AO=20;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.029447;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.8447;QD=8.37761;RBI=0.0320385;REFB=-0.0194132;REVB=-0.0126232;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189129;STB=0.528029;STBP=0.735;TYPE=del;VARB=0.0197543;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425926:20:55:23:54:31:13:10:19:12:99:30:13:7:19:11 chr10 99080585 . C T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0296368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.627;QD=19.1343;RBI=0.0306532;REFB=-0.0119238;REVB=0.00782811;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00314055;OID=.;OPOS=99080585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr10 99080871 . G T 85.05 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0137026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5535;QD=22.6801;RBI=0.0585384;REFB=-0.00645863;REVB=0.0569121;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299059;STB=0.670882;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00476662;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:3:7:1:4:3:7:1:4 chr10 99080981 . G T 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2319;QD=32.8218;RBI=0.0109222;REFB=0.122915;REVB=0;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0174949;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:0:9:1:0:0:9:1:0 chr10 99125949 . C T 438.45 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0572482;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.485;QD=21.3878;RBI=0.0593512;REFB=-0.0339938;REVB=0.0156593;RO=39;SAF=12;SAR=31;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264009;STB=0.646554;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0223198;OID=.;OPOS=99125949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:39:39:43:43:0.52439:31:12:22:17:31:12:22:17 chr10 99129230 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0224699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.79;QD=9.10002;RBI=0.0721897;REFB=-0.0117669;REVB=-0.0686036;RO=19;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498623;STB=0.815497;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0135207;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:1:8:10:9:1:8:10:9 chr10 99139140 . G A 164.39 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0349072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6779;QD=21.2121;RBI=0.0562246;REFB=-0.015216;REVB=0.044076;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.507803;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0155199;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:10:7:5:8:10:7:6:8 chr10 99160965 . A G 436.86 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.027235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8165;QD=49.9273;RBI=0.0699508;REFB=-0.0448979;REVB=-0.0644311;RO=3;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265976;STB=0.514277;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0242955;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:16:16:2:1:16:16:2:1 chr10 99181008 . G A 38.0 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0153464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6129;QD=10.1331;RBI=0.0679799;REFB=-0.0962528;REVB=-0.066225;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.635901;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0704327;OID=.;OPOS=99181008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:4:5:2:4:4:5 chr10 99205686 . A G 173.92 PASS AF=0.545455;AO=15;DP=30;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0122253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.887;QD=21.0807;RBI=0.0126908;REFB=-0.0319064;REVB=0.00340564;RO=15;SAF=4;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359999;STB=0.652889;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0173892;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:33:15:15:15:18:0.545455:11:4:10:5:12:6:10:5 chr10 99215764 . G A 222.66 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0262381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5757;QD=19.3617;RBI=0.0622684;REFB=-0.0221766;REVB=0.0564705;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803666;STB=0.545413;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0265992;OID=.;OPOS=99215764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:13:11:12:10:13:11 chr10 99219885 . G A 202.04 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00519058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.642;QD=21.2673;RBI=0.021911;REFB=-0.0109294;REVB=0.0212873;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199317;STB=0.625541;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0111619;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:13:7:10:7:13:7:11:7 chr10 99220707 . C T 138.91 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0281227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0743;QD=19.8443;RBI=0.039302;REFB=-0.0427984;REVB=0.0274546;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950073;STB=0.585459;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0409346;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:12:15:0.535714:2:10:10:3:2:13:10:3 chr10 99229394 . G A 243.06 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00314263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.867;QD=22.61;RBI=0.0291878;REFB=-0.0233495;REVB=0.0290181;RO=20;SAF=20;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460749;STB=0.762672;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0154707;OID=.;OPOS=99229394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:3:20:9:11:3:20:9:11 chr10 99240048 . C T 146.95 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00783431;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.809;QD=17.2877;RBI=0.00839355;REFB=-0.00898067;REVB=-0.00301253;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209483;STB=0.61942;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0105807;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:6:12:7:9:6:12 chr10 99240758 . G C 1320.73 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.052;QD=62.1518;RBI=0.036466;REFB=0;REVB=0.021934;RO=0;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.99785e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:41:44:0:0:41:44:0:0 chr10 99330662 . GCCCCCA GCCCCAC 41.56 PASS AF=0.2;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.050501;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=2;MLLD=65.2109;QD=4.15555;RBI=0.0573428;REFB=-0.015791;REVB=-0.0271635;RO=23;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.6828;STB=0.934887;STBP=0.057;TYPE=mnp;VARB=0.189166;OID=.;OPOS=99330667;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=GCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:8:42:8:40:32:7:1:6:26:41:23:7:1:5:18 chr10 99337572 . G A 179.53 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0127637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.552;QD=13.8099;RBI=0.0624643;REFB=-0.0170312;REVB=0.0611464;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196666;STB=0.612144;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.054146;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:22:9:10:11:22:9 chr10 99371344 . C A 243.79 PASS AF=0.32967;AO=28;DP=88;FAO=30;FDP=91;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00902352;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.703;QD=10.7159;RBI=0.00983637;REFB=-0.0164314;REVB=0.0039154;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840092;STB=0.540513;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.030324;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:38:61:28:30:0.32967:17:11:18:20:18:12:28:33 chr10 99422648 . A G 46.36 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0240172;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6313;QD=7.13186;RBI=0.038658;REFB=0.00946147;REVB=0.0302922;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309661;STB=0.681284;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0143497;OID=.;OPOS=99422648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:28:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:10:8:5:2:10:9 chr10 99434760 . C T 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00163193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.777;QD=15.8758;RBI=0.0087612;REFB=-0.00306176;REVB=-0.00860787;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.726776;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00862271;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:6:4:8:2:6:4 chr10 99439541 . G C 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0595148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0855;QD=16.8733;RBI=0.096865;REFB=0.00996683;REVB=0.0764252;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388378;STB=0.718814;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0149191;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:5:21:8:12:5:21 chr10 99504630 . G T 66.25 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0271022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4334;QD=12.0455;RBI=0.0282611;REFB=0.0131411;REVB=-0.00801024;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243311;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.024004;OID=.;OPOS=99504630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:7:5:6:3:8:5 chr10 99969568 . A G 526.51 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.369;QD=56.9204;RBI=0.0443293;REFB=-0.0150262;REVB=0.0382759;RO=1;SAF=23;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199188;STB=0.510632;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000475893;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:13:23:1:0:13:23:1:0 chr10 99991408 . A G,T 867.42 PASS AF=0.951613,0.0483871;AO=59,3;DP=62;FAO=59,3;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621015,-0.00674113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.995,48.9351;QD=55.9627;RBI=0.0668603,0.00706141;REFB=0,0;REVB=0.0247731,0.00210254;RO=0;SAF=32,0;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.96591e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000603838,0.236797;OID=.,.;OPOS=99991408,99991408;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:62:62:0:0:59,3:59,3:0.951613,0.0483871:27,3:32,0:0:0:27,3:32,0:0:0 chr10 100017453 . T G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.476;QD=50.4099;RBI=0.00993873;REFB=0;REVB=0.00984928;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001168;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr10 100017553 . G T 79.74 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0475815;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.0714;QD=12.7583;RBI=0.0528657;REFB=-0.0196992;REVB=-0.0230388;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286058;STB=0.639742;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0583904;OID=.;OPOS=100017553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:25:14:15:10:10:0.4:5:5:3:11:5:5:4:11 chr10 100018844 . G A 654.76 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246114;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1423;QD=62.3582;RBI=0.0366454;REFB=0;REVB=0.0271508;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666359;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr10 100152781 . T TC 53.4 PASS AF=0.416667;AO=7;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.225669;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.8283;QD=8.90064;RBI=0.232036;REFB=-0.00519283;REVB=0.0539832;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316679;STB=0.749624;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=0.0514901;OID=.;OPOS=100152782;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:7:25:10:24:14:5:5:1:13:53:17:3:4:3:14 chr10 100219314 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.754;QD=56.9372;RBI=0.0398424;REFB=0;REVB=0.0350354;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188195;OID=.;OPOS=100219314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr10 100219374 . T A 721.25 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.267;QD=62.7176;RBI=0.0387545;REFB=0;REVB=0.0382801;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193138;OID=.;OPOS=100219374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:25:14:0:0:32:14:0:0 chr10 101090428 . T G 746.27 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.033;QD=63.5121;RBI=0.101979;REFB=0;REVB=0.0530926;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000369813;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr10 101152191 . T C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0132308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.001;QD=24.4135;RBI=0.0139897;REFB=-0.0227981;REVB=0.00454507;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084233;STB=0.547855;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0129156;OID=.;OPOS=101152191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:8:3:2:3:8:3:2:3 chr10 101293035 . C A 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9511;QD=61.6689;RBI=0.021913;REFB=0;REVB=0.0210146;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147174;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr10 101295863 . A G 356.79 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0541017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.078;QD=49.2126;RBI=0.055213;REFB=-0.125159;REVB=0.0110218;RO=1;SAF=4;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102756;STB=0.544988;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00103638;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:23:4:1:0:23:4:1:1 chr10 101473218 . A G 237.83 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3837;QD=50.0689;RBI=0.0444841;REFB=0;REVB=0.0214989;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015458;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 101510116 . CT TC,TT 30.33 PASS AF=0,0.142857;AO=4,2;DP=33;FAO=0,5;FDP=35;FR=.;FRO=30;FSAF=0,3;FSAR=0,2;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0475628,-0.0185336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=34.6689,143.332;QD=3.4665;RBI=0.0903195,0.0192071;REFB=0.00476661,-0.00263155;REVB=-0.0767814,0.0050417;RO=22;SAF=2,1;SAR=2,1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.051776,-0.0433315;STB=0.5,0.529293;STBP=1,0.948;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0968661,0.066716;OID=.,.;OPOS=101510116,101510116;OREF=CT,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:25:33:35:22:30:4,2:0,5:0,0.142857:2,1:2,1:12:10:0,2:0,3:17:13 chr10 101544447 . A T 1492.64 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446194;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.005;QD=63.5164;RBI=0.0447506;REFB=0;REVB=0.0034236;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92755e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:94:0:0:91:94:1:52:39:0:0:52:42:0:0 chr10 101590129 . G A 319.48 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00302381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0197;QD=23.6653;RBI=0.0485736;REFB=0.00625819;REVB=0.0484794;RO=22;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043411;STB=0.530787;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.00177767;OID=.;OPOS=101590129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:13:18:14:8:14:18:14:8 chr10 101690050 . C T 89.27 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0468322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9942;QD=15.5252;RBI=0.0470396;REFB=-0.0122476;REVB=0.00441184;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252837;STB=0.662823;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0229799;OID=.;OPOS=101690050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:12:12:10:11:0.478261:8:2:5:7:9:2:5:7 chr10 101716484 . G A 240.47 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.682;QD=43.7222;RBI=0.0810479;REFB=-0.082501;REVB=0.0782846;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.54995;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00102505;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:22:22:0:2:20:20:0.909091:9:11:0:0:9:11:0:2 chr10 101823396 . C T 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00533299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.888;QD=13.0148;RBI=0.0188986;REFB=-0.0160975;REVB=0.0181305;RO=32;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151883;STB=0.5877;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0218259;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:9:11:13:19:9:11:13:19 chr10 101937969 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0129438;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=306.48;QD=14.0438;RBI=0.0153322;REFB=-0.0122403;REVB=-0.00821791;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0167957;OID=.;OPOS=101937969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr10 101977883 . C T 471.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155513;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4882;QD=57.1479;RBI=0.0258502;REFB=0;REVB=0.0206493;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216385;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:18:13:0:0:19:14:0:0 chr10 102006625 . G A 209.3 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.020306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.483;QD=11.628;RBI=0.0215583;REFB=-0.00791296;REVB=-0.00724068;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434994;STB=0.525095;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0149677;OID=.;OPOS=102006625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:16:10:16:30:16:10:16:30 chr10 102006681 . C T 346.5 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.588;QD=26.6539;RBI=0.037973;REFB=-0.0293372;REVB=-0.0364976;RO=19;SAF=10;SAR=23;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100244;STB=0.505491;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0178202;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:23:10:6:13:23:10:6:13 chr10 102016044 . C T 65.61 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0142088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.142;QD=11.4101;RBI=0.04172;REFB=-0.0159785;REVB=0.0392258;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0563991;OID=.;OPOS=102016044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:6:8:5:4:6:8 chr10 102048208 . G T 249.86 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00106472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.979;QD=16.6572;RBI=0.00722239;REFB=-0.00440125;REVB=-0.00714348;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197975;STB=0.61157;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00664681;OID=.;OPOS=102048208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:10:18:14:18:10:18:14:18 chr10 102050242 . C A 86.27 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0882744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0917;QD=12.3248;RBI=0.0885105;REFB=0.0198492;REVB=0.00646086;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135016;STB=0.578816;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0259739;OID=.;OPOS=102050242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:3:14:8:3:3:14 chr10 102056745 . C T 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=7;FWDB=-0.00415484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.413;QD=11.266;RBI=0.0261745;REFB=-0.0146632;REVB=0.0258427;RO=36;SAF=13;SAR=7;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205029;STB=0.617543;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0210922;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:7:13:29:7:7:13:29:7 chr10 102089663 . C T 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0101378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.752;QD=20.1551;RBI=0.01789;REFB=-0.00206247;REVB=0.0147403;RO=32;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146186;STB=0.508108;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0038817;OID=.;OPOS=102089663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:18:17:15:17:18:17:15:17 chr10 102107251 . C G 600.57 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00243851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1586;QD=16.9175;RBI=0.0571439;REFB=-0.000425378;REVB=0.0570919;RO=78;SAF=30;SAR=33;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490677;STB=0.523802;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00109085;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:78:79:63:63:0.443662:33:30:41:37:33:30:41:38 chr10 102116311 . A C 236.1 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0335133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.298;QD=11.2426;RBI=0.0339115;REFB=-0.0143337;REVB=-0.0051818;RO=55;SAF=11;SAR=18;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168825;STB=0.597938;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0245977;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:18:11:29:26:18:11:29:26 chr10 102309597 . C G 1033.2 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115372;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9751;QD=59.8955;RBI=0.0147617;REFB=0;REVB=-0.00920869;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035091;OID=.;OPOS=102309597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr10 102506070 . G C 3560.62 PASS AF=1;AO=175;DP=230;FAO=227;FDP=227;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=91;FSAR=136;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.284206;FXX=0.0130429;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8883;QD=62.7423;RBI=0.284206;REFB=0;REVB=0.000638948;RO=0;SAF=41;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169839;OID=.;OPOS=102506070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:230:227:0:0:175:227:1:134:41:0:0:136:91:0:0 chr10 102734778 . C G 112.92 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00515963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.589;QD=9.41034;RBI=0.0650584;REFB=0.00605614;REVB=-0.0648535;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658857;STB=0.550825;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.0151736;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:34:14:14:0.291667:6:8:17:16:6:8:17:17 chr10 102745062 . G T 370.34 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0144755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.8459;QD=18.0653;RBI=0.0211142;REFB=-0.00540458;REVB=-0.0153711;RO=41;SAF=25;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100886;STB=0.570739;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0109935;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:41:43:39:39:0.47561:14:25:22:19:14:25:22:21 chr10 102746503 . C T 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0024409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.436;QD=14.0969;RBI=0.00358137;REFB=-0.015948;REVB=0.00262072;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11125;STB=0.565099;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0176203;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:8:6:6:5:8:6 chr10 102750623 . T C 368.03 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0298498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.06;QD=29.4428;RBI=0.0606999;REFB=-0.0201589;REVB=0.0528532;RO=19;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113908;STB=0.562723;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00800194;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:21:10:9:10:21:10:9:10 chr10 102750783 . C A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00387625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.051;QD=18.8865;RBI=0.0254803;REFB=-0.0325883;REVB=0.0251838;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453777;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0228625;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:1:4:6:2:1:4 chr10 102766574 . A G 118.88 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0650129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2529;QD=13.2092;RBI=0.0699014;REFB=-0.0168932;REVB=-0.0256814;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172185;STB=0.599867;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0355399;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:6:16:8:6:6:16 chr10 102770082 . T G 2446.68 PASS AF=1;AO=142;DP=149;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7165;QD=60.0412;RBI=0.0832175;REFB=0;REVB=0.0803174;RO=1;SAF=64;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737192;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440927;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:149:163:1:0:142:163:1:78:64:1:0:85:78:0:0 chr10 102770327 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.073;QD=50.4134;RBI=0.0277509;REFB=0;REVB=-0.0247239;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427193;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr10 102824349 . G C 470.2 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0150135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0857;QD=45.8727;RBI=0.0274186;REFB=-0.0121377;REVB=0.0229428;RO=5;SAF=17;SAR=18;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119418;STB=0.574958;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0261254;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:5:6:35:35:0.853659:18:17:5:0:18:17:6:0 chr10 102827757 . G GT 105.04 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0547359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1342;QD=12.3572;RBI=0.103871;REFB=0.0332559;REVB=0.0882792;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259537;STB=0.683988;STBP=0.043;TYPE=ins;VARB=-0.0156196;OID=.;OPOS=102827758;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:16:34:18:34:16:4:14:9:7:91:18:4:12:9:9 chr10 102897305 . C T 136.67 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.000114796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.764;QD=10.9333;RBI=0.00072272;REFB=-0.0186043;REVB=0.000713544;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134796;STB=0.579903;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0324817;OID=.;OPOS=102897305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:21:13:8:8:21:13 chr10 102897311 . A G 143.55 PASS AF=0.34;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0154945;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.573;QD=11.484;RBI=0.0202499;REFB=-0.0246884;REVB=0.0130376;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867302;STB=0.55101;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0407716;OID=.;OPOS=102897311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:33:33:17:17:0.34:8:9:20:13:8:9:20:13 chr10 103124606 . A G 2735.91 PASS AF=0.857143;AO=198;DP=231;FAO=198;FDP=231;FR=.;FRO=33;FSAF=71;FSAR=127;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.005085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.464;QD=47.3751;RBI=0.00508501;REFB=0.0105796;REVB=-1.0771e-05;RO=33;SAF=71;SAR=127;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00148295;STB=0.500784;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.000339289;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:231:33:33:198:198:0.857143:127:71:12:21:127:71:12:21 chr10 103124647 . A G 3266.64 PASS AF=0.835664;AO=238;DP=286;FAO=239;FDP=286;FR=.;FRO=47;FSAF=93;FSAR=146;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0582976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6515;QD=45.6873;RBI=0.0584262;REFB=-0.00376292;REVB=0.00387422;RO=47;SAF=92;SAR=146;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436181;STB=0.523363;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000660666;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:286:47:47:238:239:0.835664:146:92:12:35:146:93:12:35 chr10 103124696 . T C 2346.49 PASS AF=0.842105;AO=169;DP=205;FAO=176;FDP=209;FR=.;FRO=33;FSAF=74;FSAR=102;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0489139;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.485;QD=44.9089;RBI=0.0492564;REFB=0.00502857;REVB=-0.00579826;RO=34;SAF=72;SAR=97;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526133;STB=0.524112;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.000264067;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:209:34:33:169:176:0.842105:97:72:9:25:102:74:9:24 chr10 103124715 . A G 1472.22 PASS AF=0.783217;AO=108;DP=138;FAO=112;FDP=143;FR=.;FRO=31;FSAF=54;FSAR=58;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.07606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.498;QD=41.1809;RBI=0.0762439;REFB=-0.0474742;REVB=0.00529245;RO=30;SAF=51;SAR=57;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708231;STB=0.541753;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0074485;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:143:30:31:108:112:0.783217:57:51:9:21:58:54:9:22 chr10 103124726 . A G 849.76 PASS AF=0.701031;AO=68;DP=99;FAO=68;FDP=97;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.00229299;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.461;QD=35.0417;RBI=0.00326632;REFB=-0.0236746;REVB=-0.00232616;RO=29;SAF=32;SAR=36;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10942;STB=0.558807;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00442764;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:29:29:68:68:0.701031:36:32:8:21:36:32:8:21 chr10 103124736 . C T 398.08 PASS AF=0.619048;AO=37;DP=60;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00114612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.039;QD=25.2752;RBI=0.00691542;REFB=-0.0445732;REVB=-0.00681979;RO=23;SAF=20;SAR=17;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223952;STB=0.615328;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0164017;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:63:23:24:37:39:0.619048:17:20:5:18:19:20:5:19 chr10 103124746 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0431015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.291;QD=13.2126;RBI=0.0473308;REFB=-0.00782455;REVB=-0.0195566;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454763;STB=0.76071;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0274666;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:4:18:5:9:4:18 chr10 103577643 . C T 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0120679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.209;QD=12.5699;RBI=0.0128725;REFB=-0.00309486;REVB=0.00447964;RO=26;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242785;STB=0.646181;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00545906;OID=.;OPOS=103577643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:13:2:7:19:13:2:7:19 chr10 103899871 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0253949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.45;QD=12.8689;RBI=0.0264808;REFB=-0.00943612;REVB=-0.00750546;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0813502;STB=0.54786;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0147361;OID=.;OPOS=103899871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:10:6:5:6:10:6 chr10 103991381 . G A 382.84 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0125914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1105;QD=17.4017;RBI=0.119348;REFB=-0.0166612;REVB=0.118682;RO=48;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129953;STB=0.577942;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0123571;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:39:40:0.454545:23:16:26:22:24:16:26:22 chr10 104136469 . T C 753.7 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00954667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.46;QD=61.5264;RBI=0.0294349;REFB=-0.080639;REVB=0.0278437;RO=1;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241145;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000477103;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:19:29:0:1:19:29:0:1 chr10 104160434 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.4;QD=54.5174;RBI=0.0303183;REFB=0;REVB=-0.0184043;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15477e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr10 104180934 . C T 316.59 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0247595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4963;QD=20.4251;RBI=0.0285284;REFB=-0.030754;REVB=0.0141716;RO=29;SAF=8;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143258;STB=0.579924;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0207044;OID=.;OPOS=104180934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:25:8:11:18:25:8:11:18 chr10 104184081 . G A 223.28 PASS AF=0.6;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0153105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.459;QD=25.5172;RBI=0.0153672;REFB=-0.00995809;REVB=-0.00131873;RO=13;SAF=15;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244315;STB=0.624875;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00702938;OID=.;OPOS=104184081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:14:21:21:0.6:6:15:5:8:6:15:6:8 chr10 104184953 . C G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0118477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.495;QD=17.7316;RBI=0.0149015;REFB=-0.0194284;REVB=0.00903816;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743401;STB=0.553204;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0171174;OID=.;OPOS=104184953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:10:7:6:12:10:7:6:13 chr10 104229785 . C T 795.08 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00819245;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.142;QD=53.9035;RBI=0.0140999;REFB=-0.216792;REVB=0.0114757;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000930496;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:2:57:57:0.966102:28:29:0:0:28:29:2:0 chr10 104231054 . A G 670.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.564;QD=62.3359;RBI=0.0608264;REFB=0;REVB=0.0094644;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213577;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:24:19:0:0 chr10 104236457 . C T 594.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0951;QD=60.9644;RBI=0.010113;REFB=0;REVB=0.00551921;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013185;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr10 104239100 . T C 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.889;QD=59.7929;RBI=0.0548661;REFB=-0.0561178;REVB=0.0468646;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000755481;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr10 104389931 . GT G,GG 1098.61 PASS AF=0.0405405,0.959459;AO=11,64;DP=75;FAO=3,71;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=2,34;FSAR=1,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561985,0.0538325;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.873,274.6;QD=59.3841;RBI=0.0671839,0.0644662;REFB=0,0;REVB=0.0368158,0.0354677;RO=0;SAF=7,29;SAR=4,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0200686,0.000484751;OID=.,.;OPOS=104389932,104389932;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0405405,0.959459:11,64:75:3,71:74:0:2,34:1,37:0:0:6:0:7,29:4,35:0:0 chr10 104435746 . C T 728.02 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00102149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.885;QD=57.0996;RBI=0.00162764;REFB=0;REVB=0.00126719;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11836e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:34:17:0:0 chr10 104493328 . C T 267.57 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0327661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3264;QD=13.7216;RBI=0.0482805;REFB=-0.0398853;REVB=-0.0354597;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163542;STB=0.593577;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0471724;OID=.;OPOS=104493328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:21:10:22:25:21:10:22:25 chr10 104563743 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00150872;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.443;QD=17.4276;RBI=0.0135198;REFB=-0.00436459;REVB=-0.0134353;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163389;STB=0.592501;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00539767;OID=.;OPOS=104563743;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:17:6:8:11:17:6 chr10 104574329 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.979;QD=57.2022;RBI=0.0459038;REFB=0;REVB=0.0159769;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104562;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 104574562 . T G 246.87 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.137389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.909;QD=47.0218;RBI=0.141235;REFB=0.120266;REVB=0.0327361;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317459;STB=0.517224;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00120334;OID=.;OPOS=104574562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:14:5:0:1:14:6:0:1 chr10 105128134 . T G 74.75 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3306;QD=37.3738;RBI=0.104163;REFB=0;REVB=0.061911;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0086504;OID=.;OPOS=105128134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:6:8:1:3:3:0:0:4:4:0:0 chr10 105210210 . G T 107.39 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00481655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8621;QD=12.634;RBI=0.00828406;REFB=0.00191116;REVB=0.00673992;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397392;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.00652741;OID=.;OPOS=105210210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:10:10:7:6:11:10 chr10 105215016 . A G 731.37 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00865235;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.554;QD=63.5972;RBI=0.0310726;REFB=0;REVB=0.0298437;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240121;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr10 105218252 . A G 1958.74 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00537154;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.846;QD=62.1822;RBI=0.00854263;REFB=0;REVB=-0.00664252;RO=0;SAF=62;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91443e-07;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:126:0:0:128:126:1:66:62:0:0:65:61:0:0 chr10 105218254 . C T 1972.27 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0196;QD=61.1558;RBI=0.0281797;REFB=-0.0837628;REVB=0.0045002;RO=1;SAF=63;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725512;STB=0.503816;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000310295;OID=.;OPOS=105218254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:129:1:1:128:128:0.992248:65:63:0:1:65:63:0:1 chr10 105218359 . T C 1358.49 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.599;QD=62.4594;RBI=0.0223246;REFB=0;REVB=0.0162535;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63099e-05;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:40:47:0:0:40:47:0:0 chr10 105233110 . C T 878.1 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.024972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3462;QD=54.8814;RBI=0.15262;REFB=-0.0404623;REVB=0.150563;RO=2;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377095;STB=0.518513;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00331003;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:64:2:2:60:62:0.96875:24:36:0:2:26:36:0:2 chr10 105361816 . T G 101.72 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.602;QD=40.6897;RBI=0.0224455;REFB=0;REVB=-0.00281442;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290035;OID=.;OPOS=105361816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr10 105362179 . G A 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0393769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.783;QD=18.2512;RBI=0.0394361;REFB=0.00174225;REVB=0.00216144;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.00054754;OID=.;OPOS=105362179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:7:8:9:6:7:8:9:6 chr10 105362209 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.836;QD=51.1794;RBI=0.0651921;REFB=0;REVB=-0.0477937;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.90214e-05;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr10 105362287 . C G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0314355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6076;QD=26.6016;RBI=0.102923;REFB=0.0581124;REVB=0.098005;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00435038;OID=.;OPOS=105362287;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:3:5:1:1:3:5:1:1 chr10 105372696 . G A 318.1 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0015781;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.8011;QD=20.5226;RBI=0.0427453;REFB=-0.0315728;REVB=-0.0427162;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060113;STB=0.533313;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0186013;OID=.;OPOS=105372696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:29:29:33:33:0.532258:17:16:12:17:17:16:12:17 chr10 105657316 . G C 639.62 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.033789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.347;QD=59.4993;RBI=0.0467518;REFB=-0.170628;REVB=0.0323115;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00121719;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:42:42:0.976744:17:25:0:0:17:25:0:1 chr10 105659826 . T C 1091.08 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0306845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.176;QD=57.4251;RBI=0.0413744;REFB=-0.140727;REVB=0.0277544;RO=1;SAF=48;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178459;STB=0.518513;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00180044;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:1:2:74:74:0.973684:26:48:0:1:26:48:0:2 chr10 105796819 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.211;QD=53.9026;RBI=0.131389;REFB=0;REVB=-0.127785;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00445274;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 105798872 . T C 191.29 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0184414;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.181;QD=11.4205;RBI=0.0186707;REFB=-0.0202184;REVB=-0.00291677;RO=43;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251667;STB=0.645637;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0272232;OID=.;OPOS=105798872;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:15:9:26:17:15:9:26:17 chr10 105799216 . G T 257.68 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0241735;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8264;QD=14.3156;RBI=0.0248025;REFB=-0.0279804;REVB=-0.00554998;RO=42;SAF=12;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2582;STB=0.633551;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0348995;OID=.;OPOS=105799216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:17:12:28:14:17:13:28:14 chr10 105801253 . G A 280.87 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0154941;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.351;QD=34.0446;RBI=0.131873;REFB=0.00854422;REVB=0.130959;RO=9;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933438;STB=0.551138;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.000641212;OID=.;OPOS=105801253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:33:9:9:24:24:0.727273:15:9:5:4:15:9:5:4 chr10 105805497 . C T 200.56 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00501421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.406;QD=13.832;RBI=0.0138572;REFB=-0.00596298;REVB=-0.0129182;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302722;STB=0.67213;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0235885;OID=.;OPOS=105805497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:15:9:23:11:15:9:23:11 chr10 105810400 . T C 376.14 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0109188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.699;QD=21.1909;RBI=0.0159046;REFB=-0.0120578;REVB=0.0115644;RO=33;SAF=22;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287106;STB=0.515877;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0124264;OID=.;OPOS=105810400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:16:22:18:15:16:22:18:15 chr10 105816916 . C T 1529.96 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5182;QD=63.7484;RBI=0.0398989;REFB=0;REVB=0.0389893;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228923;OID=.;OPOS=105816916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:43:53:0:0:43:53:0:0 chr10 105817891 . G A 229.57 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000251418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.131;QD=22.3975;RBI=0.0137729;REFB=-0.0159296;REVB=-0.0137706;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102074;STB=0.505716;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0158434;OID=.;OPOS=105817891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:9:13:11:8:9:13:11:8 chr10 105819956 . G A 349.77 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.02954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1619;QD=15.2074;RBI=0.0392616;REFB=-0.0178621;REVB=-0.0258623;RO=49;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123445;STB=0.559461;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.024482;OID=.;OPOS=105819956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:92:49:54:38:38:0.413043:26:12:21:28:26:12:22:32 chr10 105824333 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-2.28306e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.109;QD=28.0157;RBI=0.00543372;REFB=-0.00411603;REVB=0.00543367;RO=20;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181432;STB=0.599933;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00230896;OID=.;OPOS=105824333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:18:12:13:7:18:12:13:7 chr10 105957714 . A G 1552.93 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274786;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0237;QD=64.0384;RBI=0.0506629;REFB=0;REVB=0.0505884;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211925;OID=.;OPOS=105957714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:44:53:0:0:44:53:0:0 chr10 105963552 . CA CG,TG 172.43 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=13,2;DP=15;FAO=13,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460821,-0.00295642;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=89.1381,66.3482;QD=45.9817;RBI=0.0590827,0.0153609;REFB=0,0;REVB=-0.0369757,-0.0150737;RO=0;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.60098e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0193201,-0.049044;OID=.,.;OPOS=105963553,105963552;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:13,2:13,2:0.866667,0.133333:8,2:5,0:0:0:8,2:5,0:0:0 chr10 106075419 . AG A 146.46 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00502773;FXX=0.039208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.7752;QD=11.9557;RBI=0.0485879;REFB=-0.0720369;REVB=0.0483271;RO=18;SAF=20;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.333333;SSSB=0.518074;STB=0.733155;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0870308;OID=.;OPOS=106075420;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:23:50:28:49:21:22:6:6:15:86:18:20:3:6:12 chr10 106152111 . T A 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.052702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.292;QD=14.6978;RBI=0.0558148;REFB=-0.0299428;REVB=-0.0183791;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0467977;OID=.;OPOS=106152111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:7:16:10:6:7:16 chr10 106849612 . A G 306.73 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0688483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.315;QD=21.909;RBI=0.0738811;REFB=-0.0318442;REVB=-0.0268016;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819321;STB=0.52701;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.022452;OID=.;OPOS=106849612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:24:24:30:32:0.571429:18:12:12:12:18:14:12:12 chr10 107024459 . G A 373.16 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00556062;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.143;QD=17.5603;RBI=0.00671824;REFB=-0.0126562;REVB=0.00377017;RO=46;SAF=14;SAR=25;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242088;STB=0.635523;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.014782;OID=.;OPOS=107024459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:25:14:28:18:25:14:28:18 chr10 108367020 . C T 421.09 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0107603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3363;QD=18.1114;RBI=0.0125906;REFB=-0.00358018;REVB=0.00653743;RO=50;SAF=15;SAR=28;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207596;STB=0.616117;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00438471;OID=.;OPOS=108367020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:28:15:28:22:28:15:28:22 chr10 108380213 . G A 1587.69 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.986;QD=64.1491;RBI=0.0559976;REFB=0;REVB=0.0482668;RO=0;SAF=55;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25619e-05;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:44:55:0:0:44:55:0:0 chr10 108389111 . A G 1420.39 PASS AF=0.961538;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0239094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.895;QD=54.6302;RBI=0.023942;REFB=-0.186952;REVB=0.00124858;RO=4;SAF=55;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227027;STB=0.51206;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00139201;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:4:4:99:100:0.961538:44:55:1:3:44:56:1:3 chr10 108729824 . C T 404.23 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.000131178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5065;QD=22.4569;RBI=0.0386847;REFB=0.0147821;REVB=-0.0386845;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756707;STB=0.541646;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.0115473;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:20:20:19:13:20:20:19:13 chr10 109221364 . G A 179.04 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00426217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.659;QD=10.8509;RBI=0.00483164;REFB=-0.0121212;REVB=0.00227567;RO=43;SAF=4;SAR=19;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342974;STB=0.703502;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0286884;OID=.;OPOS=109221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:19:4:18:25:19:4:18:25 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 55.05 PASS AF=0,0.4;AO=2,4;DP=13;FAO=0,8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=0,4;FSAR=0,4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00531939,0.0415176;FXX=0.0475964;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=135.264,139.811;QD=11.0108;RBI=0.00557691,0.0416968;REFB=-0.027195,-0.0223818;REVB=-0.00167511,-0.00386165;RO=0;SAF=2,0;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0297624;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.4:2,4:13:0,8:20:12:0,4:0,4:6:6:54:0:2,0:0,4:0:0 chr10 112266822 . GC AT 465.41 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369115;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.403;QD=58.1764;RBI=0.0397757;REFB=0;REVB=0.0148206;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000271759;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:21:9:0:0:22:10:0:0 chr10 112271257 . C G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0386014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0441;QD=18.6446;RBI=0.0450311;REFB=0.00141925;REVB=0.0231892;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279836;STB=0.65946;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00213488;OID=.;OPOS=112271257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:4:9:5:9:4:9 chr10 112361870 . A G 747.02 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0251;QD=63.5761;RBI=0.0870709;REFB=0;REVB=0.0563901;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111771;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:19:26:0:0:21:26:0:0 chr10 112402492 . G C,T 832.7 PASS AF=0.383333,0.616667;AO=23,37;DP=60;FAO=23,37;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=13,14;FSAR=10,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471642,-0.0104697;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.0161,123.862;QD=55.5132;RBI=0.052693,0.0206764;REFB=0,0;REVB=-0.0234966,0.0178297;RO=0;SAF=13,14;SAR=10,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00444287,0.02562;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:60:60:0:0:23,37:23,37:0.383333,0.616667:10,23:13,14:0:0:10,23:13,14:0:0 chr10 112572458 . G C 509.12 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0313447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8935;QD=56.5693;RBI=0.0414762;REFB=0.0393755;REVB=0.0271623;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000559163;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:0:1:14:21:0:1 chr10 112641053 . A G 460.26 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00896917;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.637;QD=51.1403;RBI=0.0453772;REFB=-0.0379837;REVB=0.044482;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.565176;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00141913;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:37:36:1:3:33:33:0.916667:10:23:0:1:10:23:0:3 chr10 112839579 . A G 168.98 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0534113;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.596;QD=16.0936;RBI=0.0545025;REFB=-0.000117425;REVB=-0.0108514;RO=24;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157028;STB=0.590803;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=7.6654e-05;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:13:5:10:14:13:5:10:14 chr10 113913222 . T C 721.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.141;QD=55.4664;RBI=0.0204245;REFB=0;REVB=0.0174875;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857106;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:21:27:0:0:25:27:0:0 chr10 113917085 . T A 821.12 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.066;QD=56.629;RBI=0.0432956;REFB=0;REVB=-0.00727367;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288874;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr10 113920465 . G A 1343.06 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391207;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1218;QD=60.3623;RBI=0.0765591;REFB=-0.0388034;REVB=0.0658093;RO=1;SAF=37;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126324;STB=0.506492;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000811104;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:89:1:1:86:88:0.988764:49:37:1:0:50:38:1:0 chr10 113935379 . T C 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8589;QD=60.1859;RBI=0.0465419;REFB=0;REVB=-0.0449035;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000546425;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr10 113940329 . T C 728.85 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.32;QD=57.1647;RBI=0.0415257;REFB=0;REVB=0.0401727;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155213;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr10 114186624 . G A 1190.43 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.92;QD=61.0476;RBI=0.0303505;REFB=0;REVB=-0.0272973;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.33278e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:41:37:0:0:41:37:0:0 chr10 114711243 . G C 1286.39 PASS AF=0.409222;AO=142;DP=344;FAO=142;FDP=347;FR=.;FRO=205;FSAF=94;FSAR=48;FSRF=124;FSRR=81;FWDB=-0.0761664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3046;QD=14.8287;RBI=0.0903635;REFB=-0.0143447;REVB=-0.0486235;RO=201;SAF=93;SAR=49;SRF=123;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490401;STB=0.536781;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0225719;OID=.;OPOS=114711243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:347:201:205:142:142:0.409222:49:93:123:78:48:94:124:81 chr10 114831434 . A T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0210591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.38;QD=10.9409;RBI=0.0315238;REFB=-0.0144593;REVB=0.0234577;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369527;STB=0.715576;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0304307;OID=.;OPOS=114831434;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:4:16:5:6:4:16 chr10 114925369 . C A 326.39 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.10507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7719;QD=26.6438;RBI=0.105076;REFB=-0.0119145;REVB=-0.00115411;RO=20;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169984;STB=0.593022;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0102496;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:19:10:3:17:19:10:3:17 chr10 115334124 . C T 745.95 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0233;QD=63.4848;RBI=0.0476361;REFB=0;REVB=0.00626532;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056565;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr10 115355479 . T C 251.63 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.013233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.9;QD=17.0599;RBI=0.0489948;REFB=-0.0192316;REVB=0.0471739;RO=31;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103917;STB=0.558241;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.023296;OID=.;OPOS=115355479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:13:15:20:11:13:15:20:11 chr10 115370254 . A G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.962;QD=64.4124;RBI=0.0367542;REFB=0;REVB=-0.0237497;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24906e-05;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr10 115370274 . T C 708.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2701;QD=62.9372;RBI=0.0562144;REFB=0;REVB=0.0560802;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532333;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr10 115375528 . C A 346.21 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00288518;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.905;QD=14.4252;RBI=0.0217558;REFB=-0.0205431;REVB=0.0215637;RO=50;SAF=24;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369541;STB=0.554427;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0284215;OID=.;OPOS=115375528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:96:50:57:39:39:0.40625:15:24:29:21:15:24:30:27 chr10 115377290 . T C 210.28 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0720306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7229;QD=19.1167;RBI=0.0721147;REFB=-0.0036863;REVB=0.00348106;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319455;STB=0.679088;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0074006;OID=.;OPOS=115377290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:5:18:9:12:5:18 chr10 115393929 . G A 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00362442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.89;QD=16.923;RBI=0.0264219;REFB=-0.0283335;REVB=-0.0261721;RO=40;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763689;STB=0.542832;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0275911;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:16:18:18:22:16:18:18:22 chr10 115405615 . T C 305.59 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.111349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4025;QD=20.0385;RBI=0.111368;REFB=0.000351485;REVB=-0.00203741;RO=29;SAF=17;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773048;STB=0.54289;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00196412;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:15:17:18:11:15:17:18:11 chr10 115405664 . C T 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0321709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.562;QD=20.7687;RBI=0.0337823;REFB=-0.0205471;REVB=-0.0103092;RO=23;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387046;STB=0.53059;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.012485;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:13:14:13:10:13:14:14:10 chr10 115410234 . T C 246.77 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00863252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.235;QD=13.1612;RBI=0.0869268;REFB=-0.023065;REVB=0.0864971;RO=45;SAF=15;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408735;STB=0.516118;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.032731;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:14:15:25:20:14:15:25:21 chr10 115411614 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0377487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1443;QD=17.6889;RBI=0.0379134;REFB=0.0107155;REVB=0.00352942;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959819;STB=0.529504;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.0195076;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:26:21:21:0.446809:11:10:9:15:11:10:11:15 chr10 115417289 . G A 354.01 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=-0.0547276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.76;QD=24.0006;RBI=0.0547701;REFB=-0.00185534;REVB=-0.00215711;RO=24;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259026;STB=0.635697;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00140014;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:24:10:1:23:25:10:1:23 chr10 115439530 . G C 182.01 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.015782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0274;QD=16.9313;RBI=0.126535;REFB=-0.00788373;REVB=-0.125547;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.521175;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0194041;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:19:19:0.44186:8:11:13:10:8:11:13:11 chr10 115439569 . C T 870.5 PASS AF=0.941176;AO=62;DP=67;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0383206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.629;QD=51.2058;RBI=0.0519432;REFB=-0.225077;REVB=0.0350661;RO=4;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250173;STB=0.513808;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00307658;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:67:68:4:4:62:64:0.941176:33:29:1:3:33:31:1:3 chr10 115439640 . CTT C 306.79 PASS AF=0.52439;AO=41;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0754877;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.7361;QD=14.9656;RBI=0.0765526;REFB=0.0153965;REVB=-0.0127242;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711361;STB=0.560244;STBP=0.258;TYPE=del;VARB=-0.0135337;OID=.;OPOS=115439641;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52439:41:83:43:82:39:21:22:24:15:99:33:20:21:19:14 chr10 115457264 . T G 408.48 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00173371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.138;QD=20.6823;RBI=0.0719947;REFB=-0.0271297;REVB=-0.0719738;RO=38;SAF=31;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134629;STB=0.574923;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0192552;OID=.;OPOS=115457264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:10:31:24:14:10:31:24:14 chr10 115525175 . T C 272.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.871;QD=51.9839;RBI=0.0135051;REFB=0;REVB=0.00897921;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.30913e-06;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr10 115526177 . A G 311.33 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00136279;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.132;QD=28.3031;RBI=0.0512119;REFB=-0.00954565;REVB=0.0511938;RO=16;SAF=17;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293944;STB=0.67093;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00257679;OID=.;OPOS=115526177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:17:27:27:0.613636:10:17:3:13:10:17:3:14 chr10 115529576 . T A 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0319669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.132;QD=16.5352;RBI=0.0324795;REFB=-0.0106863;REVB=0.00574768;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128431;STB=0.574046;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0207731;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:9:14:13:5:9:14 chr10 115535599 . T C 323.72 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0519582;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.242;QD=34.0755;RBI=0.0530233;REFB=-0.0509228;REVB=0.0105739;RO=12;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246622;STB=0.522918;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0219662;OID=.;OPOS=115535599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:12:11:27:27:0.710526:8:19:8:4:8:19:7:4 chr10 115540411 . T C 212.7 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0445804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.288;QD=20.2568;RBI=0.0563397;REFB=-0.0184622;REVB=-0.0344493;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126199;STB=0.571039;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0160598;OID=.;OPOS=115540411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:8:13:10:11:8:13 chr10 115609831 . TA T,TT 67.68 PASS AF=0.473684,0;AO=8,3;DP=49;FAO=27,0;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16,0;FSAR=11,0;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0285459,0.0690957;FXX=0.0499917;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=6.9292,7.78486;QD=4.74956;RBI=0.048208,0.0783611;REFB=-0.0658318,-0.0931457;REVB=0.0388477,0.0369628;RO=25;SAF=1,2;SAR=7,1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.570089,0.0753389;STB=0.522372,0.5;STBP=0.734,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0295818,-0.0382199;OID=.,.;OPOS=115609832,115609832;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0:8,3:49:27,0:57:30:16,0:11,0:19:11:65:25:1,2:7,1:15:10 chr10 115609915 . C G 155.34 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0634645;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.338;QD=14.45;RBI=0.0634857;REFB=-0.00204506;REVB=0.00164113;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165108;STB=0.610642;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0069855;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:12:5:11:14:12:5:12:14 chr10 115804036 . A G 43.42 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00256581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6825;QD=7.23693;RBI=0.0224991;REFB=-0.0123412;REVB=0.0223523;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381716;STB=0.749167;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0876647;OID=.;OPOS=115804036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:10:7:1:6:10:7 chr10 115805056 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.669;QD=43.4862;RBI=0.0408715;REFB=0;REVB=-0.000109197;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254511;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr10 116032519 . A G 116.03 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0272352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4408;QD=11.3203;RBI=0.109991;REFB=0.00158909;REVB=-0.106565;RO=26;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34889;STB=0.700882;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00965621;OID=.;OPOS=116032519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:27:14:14:0.341463:3:11:13:13:3:11:14:13 chr10 116050008 . A G 300.28 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00202796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.362;QD=24.513;RBI=0.0160319;REFB=-0.0104278;REVB=0.0159031;RO=22;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292028;STB=0.663222;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0243609;OID=.;OPOS=116050008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:20:7:13:9:20:7:13:9 chr10 116073696 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2702;QD=58.0598;RBI=0.0350772;REFB=0;REVB=0.017562;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303359;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 393.3 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106328;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=169.469;QD=56.1855;RBI=0.0184907;REFB=0;REVB=-0.0151278;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-7.15962e-05;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:28:28:0:15:13:0:0:4:2:14:13:2:0 chr10 116307504 . A G 260.98 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0238907;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.627;QD=20.4687;RBI=0.0243236;REFB=0.00716942;REVB=-0.00456896;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798965;STB=0.543346;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00547023;OID=.;OPOS=116307504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:26:27:0.529412:17:9:10:13:17:10:11:13 chr10 116335246 . G A 270.8 PASS AF=0.508475;AO=28;DP=57;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00369928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.852;QD=18.3596;RBI=0.0078653;REFB=-0.012517;REVB=0.00694105;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802329;STB=0.546732;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00649605;OID=.;OPOS=116335246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:29:29:28:30:0.508475:17:11:9:20:18:12:9:20 chr10 116659253 . A G 71.99 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0119946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6388;QD=8.22781;RBI=0.0144366;REFB=-0.00997413;REVB=-0.00803403;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230887;STB=0.514257;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0285999;OID=.;OPOS=116659253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:13:12:5:5:13:12 chr10 116931101 . C CTT,CTTT 211.96 PASS AF=1,0;AO=13,4;DP=19;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00941418,-0.00866345;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=45.7639,28.7519;QD=49.8717;RBI=0.0656047,0.0427773;REFB=0,0;REVB=-0.0649257,-0.0418908;RO=1;SAF=4,0;SAR=9,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.100229,-0.749895;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00197656,0;OID=.,.;OPOS=116931102,116931102;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,4:19:17,0:17:0:4,0:13,0:0:0:4:1:4,0:9,4:1:0 chr10 117075175 . G A 1047.77 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.422;QD=58.2096;RBI=0.0128256;REFB=-0.0338606;REVB=0.00488234;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000711841;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:38:33:0:1:38:33:0:1 chr10 117226713 . T C 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0121871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5815;QD=17.0886;RBI=0.0462409;REFB=-0.0157013;REVB=0.044606;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106526;STB=0.55064;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0190995;OID=.;OPOS=117226713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:14:11:15:12:14:11:15:13 chr10 117228794 . A G 342.29 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=116;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=-0.0203276;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.042;QD=11.9057;RBI=0.0271549;REFB=0.00150696;REVB=-0.0180049;RO=73;SAF=19;SAR=23;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757157;STB=0.543286;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00321703;OID=.;OPOS=117228794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:73:73:42:42:0.365217:23:19:38:35:23:19:38:35 chr10 117486763 . G T 319.01 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.00615796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.229;QD=15.7533;RBI=0.0203904;REFB=-0.0178251;REVB=0.0194383;RO=46;SAF=25;SAR=10;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211772;STB=0.620083;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0230158;OID=.;OPOS=117486763;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:10:25:24:22:10:25:24:22 chr10 117823739 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.1112;QD=57.1936;RBI=0.0200579;REFB=0;REVB=0.0159753;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234841;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr10 118228763 . T C 568.75 PASS AF=0.54717;AO=57;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0710366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3146;QD=21.4623;RBI=0.0714461;REFB=-0.0136704;REVB=-0.00763808;RO=48;SAF=22;SAR=35;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182794;STB=0.59435;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0128883;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:57:58:0.54717:35:22:29:19:35:23:29:19 chr10 118231305 . A G 201.99 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.021836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.854;QD=12.059;RBI=0.0274369;REFB=-0.0124657;REVB=0.0166124;RO=42;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167478;STB=0.596374;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.019981;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:11:14:17:25:11:14:17:25 chr10 118231360 . G A 767.1 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5266;QD=61.3679;RBI=0.0759083;REFB=0;REVB=0.0711819;RO=1;SAF=11;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382224;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:50:1:0:46:50:1:35:11:1:0:37:13:0:0 chr10 118231363 . A G 802.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.025;QD=64.1852;RBI=0.0590134;REFB=0;REVB=0.0545879;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113568;OID=.;OPOS=118231363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:37:11:0:0:37:13:0:0 chr10 118313265 . T C 896.56 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3688;QD=56.9245;RBI=0.0448896;REFB=0;REVB=0.0066168;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600459;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:63:63:1:0:62:63:1:32:30:1:0:32:31:0:0 chr10 118363642 . T C 1906.71 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4019;QD=61.5069;RBI=0.0251487;REFB=0;REVB=0.0187471;RO=0;SAF=49;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110625;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:75:49:0:0:75:49:0:0 chr10 118368606 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00951695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.682;QD=17.5419;RBI=0.0303277;REFB=-0.0585784;REVB=-0.0287958;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0269925;OID=.;OPOS=118368606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:8:8:7:8:8:8 chr10 118380511 . A G 191.3 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.817;QD=47.824;RBI=0.0478121;REFB=0;REVB=0.0391263;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309988;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:8:6:0:0:10:6:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1107.59 PASS AF=1,0;AO=66,7;DP=78;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.181918,0.0475618;FXX=0.0128189;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=24.5406,12.8336;QD=57.5371;RBI=0.192597,0.0475636;REFB=0,0;REVB=0.0632402,-0.000413974;RO=2;SAF=39,3;SAR=27,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0337138,0.174483;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00420451,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:2:0:66,7:77,0:1,0:27,4:39,3:0:2:35,0:42,0:0:0 chr10 118387282 . A G 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.988;QD=61.6696;RBI=0.0476152;REFB=0;REVB=0.0215975;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96859e-05;OID=.;OPOS=118387282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr10 118397884 . A G 52.32 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0236203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9286;QD=9.09993;RBI=0.0584582;REFB=0.00865485;REVB=-0.0534738;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420002;STB=0.521685;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0160059;OID=.;OPOS=118397884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:22:23:15:15:7:8:0.347826:3:4:8:7:4:4:8:7 chr10 118397894 . A G 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0239797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.137;QD=12.8671;RBI=0.0289621;REFB=-0.0137753;REVB=0.0162412;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0248531;OID=.;OPOS=118397894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr10 118397971 . A G 134.12 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0106406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.778;QD=16.2575;RBI=0.0109424;REFB=-0.0214025;REVB=-0.0025521;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11279;STB=0.565128;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.015352;OID=.;OPOS=118397971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:8:10:10:5:8:10 chr10 118404620 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0190684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.391;QD=17.4274;RBI=0.0190835;REFB=-0.0146965;REVB=0.000759138;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018094;STB=0.521388;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0130554;OID=.;OPOS=118404620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:10:9:10:12:10:9:10:13 chr10 118620459 . A C 961.77 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.806;QD=57.4192;RBI=0.0310652;REFB=-0.0988224;REVB=0.00133678;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011832;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:34:33:0:0 chr10 118890573 . T C 99.29 PASS AF=0.325;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00911329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5229;QD=9.92938;RBI=0.0495732;REFB=-0.00969064;REVB=0.0487284;RO=23;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130528;STB=0.641964;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0557539;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:23:27:12:13:0.325:9:3:8:15:10:3:11:16 chr10 119133968 . G C 1973.79 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.933;QD=61.2028;RBI=0.0215325;REFB=-0.113533;REVB=-0.00312425;RO=0;SAF=56;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21615e-08;STB=0.504424;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000127555;OID=.;OPOS=119133968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:72:56:0:0:72:56:1:0 chr10 119134058 . T C 1380.83 PASS AF=0.917431;AO=100;DP=109;FAO=100;FDP=109;FR=.;FRO=9;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5946;QD=50.6726;RBI=0.0255703;REFB=0.0180024;REVB=-0.0239378;RO=6;SAF=45;SAR=55;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059161;STB=0.527183;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0194792;OID=.;OPOS=119134058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:6:9:100:100:0.917431:55:45:6:0:55:45:7:2 chr10 119768022 . GAAT GA,GAT,G 509.38 PASS AF=0,0.566038,0.433962;AO=9,11,12;DP=45;FAO=0,30,23;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,6;FSAR=0,16,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215262,0.76816,0.159221;FXX=0.0185151;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,3;MLLD=140.484,15.0137,137.973;QD=38.4436;RBI=0.0238478,0.776741,0.161531;REFB=-0.0233194,-0.0276629,-0.0375451;REVB=0.0102635,0.115137,0.0272226;RO=8;SAF=5,0,0;SAR=4,11,12;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.163174,-0.832443,-0.837201;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,0.0409471,0.0485132;OID=.,.,.;OPOS=119768024,119768023,119768023;OREF=AT,A,AAT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GA,GAT,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.566038,0.433962:9,11,12:45:0,30,23:53:0:0,14,6:0,16,17:0:0:99:8:5,0,0:4,11,12:6:2 chr10 119768551 . C T 672.45 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016294;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.728;QD=62.5537;RBI=0.0171802;REFB=0;REVB=0.0054463;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352219;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:13:30:0:0:13:30:0:0 chr10 120069611 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00350107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.673;QD=53.9072;RBI=0.00428349;REFB=0;REVB=-0.00246794;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81169e-05;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr10 120070427 . G T 35.05 PASS AF=0.625;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.158896;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.472;QD=17.523;RBI=0.159448;REFB=-0.0117715;REVB=-0.0132559;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23409;STB=0.635921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00107375;OID=.;OPOS=120070427;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:8:3:3:5:5:0.625:4:1:0:3:4:1:0:3 chr10 120353910 . T C 130.33 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.719;QD=43.4438;RBI=0.0375486;REFB=0;REVB=0.00598316;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514189;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr10 120446114 . A G 73.32 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0337245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1292;QD=9.46081;RBI=0.0950017;REFB=0.00495716;REVB=0.0888144;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327763;STB=0.51996;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00215353;OID=.;OPOS=120446114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:4:6:12:9:4:6:12:9 chr10 120790590 . A AT 33.36 PASS AF=0.387097;AO=9;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.153096;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.70625;QD=4.30416;RBI=0.158391;REFB=-0.0684544;REVB=-0.0406137;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137716;STB=0.55804;STBP=0.662;TYPE=ins;VARB=0.0914924;OID=.;OPOS=120790591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387097:9:32:12:31:19:8:4:11:8:33:20:6:3:11:9 chr10 120791060 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.036;QD=39.2068;RBI=0.0677325;REFB=0;REVB=0.0560687;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106166;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0143583;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=298.674;QD=57.603;RBI=0.033026;REFB=0.0287387;REVB=0.0297415;RO=2;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696279;STB=0.50371;STBP=0.856;TYPE=ins;VARB=-0.000665543;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.955556:43:45:43:45:2:18:25:1:1:9:2:18:25:1:1 chr10 120792684 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.095;QD=48.7373;RBI=0.0652579;REFB=0;REVB=0.0630107;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530853;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr10 120792703 . C A 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000365666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.916;QD=53.9087;RBI=0.00393297;REFB=0;REVB=0.00391594;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55295e-06;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr10 120795459 . T C 261.78 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00181158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.057;QD=17.1658;RBI=0.0115618;REFB=-0.0152619;REVB=-0.011419;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071818;STB=0.540268;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0198885;OID=.;OPOS=120795459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:14:15:19:13:14:15:19:13 chr10 120820528 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.777;QD=43.4834;RBI=0.0487244;REFB=0;REVB=0.0237434;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113293;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr10 120828969 . A G 380.75 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.18;QD=54.3924;RBI=0.0477078;REFB=0;REVB=0.0379896;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103335;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:14:12:0:0:15:13:0:0 chr10 120896027 . G A 757.11 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.891;QD=63.0926;RBI=0.0621217;REFB=0;REVB=-0.0620912;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212015;OID=.;OPOS=120896027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr10 120909313 . T A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00879508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.964;QD=26.5704;RBI=0.0754036;REFB=-0.0838589;REVB=-0.0748889;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185599;STB=0.604744;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0135346;OID=.;OPOS=120909313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:7:4:3:1:7:4:3:1 chr10 120909785 . C T 455.37 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0137052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.462;QD=22.7685;RBI=0.0195536;REFB=-0.0192519;REVB=-0.0139468;RO=35;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115079;STB=0.512494;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.016326;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:22:22:17:18:22:22:17:19 chr10 120914692 . G A 331.58 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00069724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4089;QD=21.3925;RBI=0.0027507;REFB=-0.0348287;REVB=0.00266087;RO=28;SAF=16;SAR=18;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183763;STB=0.6011;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0295605;OID=.;OPOS=120914692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:18:16:7:21:18:16:7:21 chr10 120917445 . G A 172.2 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00194645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.832;QD=18.1266;RBI=0.0246283;REFB=-0.0122589;REVB=0.0245513;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350337;STB=0.706494;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00962383;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:7:11:4:15:7:11:4:16 chr10 120917616 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0101606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.418;QD=15.1659;RBI=0.0101616;REFB=-0.029006;REVB=-0.000141496;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427439;STB=0.749643;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0337818;OID=.;OPOS=120917616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:12:8:12:3:12:8 chr10 120919246 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.982;QD=57.675;RBI=0.0808299;REFB=0;REVB=0.0413271;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102296;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr10 120920588 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0679271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4745;QD=8.81189;RBI=0.0691226;REFB=0.0198192;REVB=-0.0127998;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.0264503;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:3:8:5:1:3:8 chr10 120933324 . G A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.707;QD=49.5934;RBI=0.0400729;REFB=0;REVB=0.00178192;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000608243;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr10 121199310 . T C 280.52 PASS AF=0.56;AO=25;DP=47;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.010534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6856;QD=22.4416;RBI=0.0433995;REFB=-0.0550401;REVB=0.0421017;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113552;STB=0.590845;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0623625;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:21:22:25:28:0.56:12:13:8:13:12:16:8:14 chr10 121436068 . T G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0135333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.069;QD=10.157;RBI=0.0141661;REFB=-0.00252747;REVB=0.00418654;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2754;STB=0.66642;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00584496;OID=.;OPOS=121436068;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:10:4:16:15:10:4:16:15 chr10 121436286 . C T 90.21 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0135175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3197;QD=16.4024;RBI=0.057824;REFB=-0.0345064;REVB=0.0562218;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216984;STB=0.627647;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0397785;OID=.;OPOS=121436286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:4:7:9:2:4:7 chr10 121436362 . A G 574.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.288;QD=60.5006;RBI=0.0278282;REFB=0;REVB=-0.0195996;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87241e-07;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr10 121527997 . C T 526.17 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00379168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.052;QD=56.8833;RBI=0.046896;REFB=-0.0930731;REVB=0.0467425;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00312261;OID=.;OPOS=121527997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:1:0 chr10 121551581 . A C 763.15 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.261;QD=56.53;RBI=0.0242116;REFB=0;REVB=0.0218692;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43928e-05;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:49:54:1:33:16:0:0:37:17:0:0 chr10 121586882 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00967526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.612;QD=40.6388;RBI=0.0292004;REFB=-0.0672769;REVB=0.0275509;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526279;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00075995;OID=.;OPOS=121586882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:9:5:0:0:9:5:0:1 chr10 121590796 . C T 54.99 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0386939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.792;QD=9.56407;RBI=0.0426342;REFB=-0.00652833;REVB=-0.0179013;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0221341;OID=.;OPOS=121590796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:14:15:8:8:0.347826:4:4:6:8:4:4:7:8 chr10 121689136 . C G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0209152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.56;QD=18.8281;RBI=0.0259603;REFB=-0.00193351;REVB=0.0153783;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523786;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00241636;OID=.;OPOS=121689136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:22:20:20:0.47619:10:10:10:10:10:10:12:10 chr10 121693250 . A G 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0477365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6727;QD=17.3996;RBI=0.0584521;REFB=-0.0126676;REVB=0.0337325;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668703;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0154437;OID=.;OPOS=121693250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:7:6:7:6:7:6 chr10 122216804 . G A 465.02 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=82;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.00485074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.574;QD=22.4105;RBI=0.0647338;REFB=-0.0384808;REVB=0.0645518;RO=38;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356206;STB=0.525431;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0204158;OID=.;OPOS=122216804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:38:38:44:45:0.542169:18:26:24:14:19:26:24:14 chr10 122358342 . G C 482.99 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2873;QD=58.544;RBI=0.059644;REFB=0;REVB=0.0377001;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965316;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr10 122358463 . G A 233.47 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0251371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.537;QD=16.9796;RBI=0.027452;REFB=-0.019788;REVB=0.0110335;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316827;STB=0.677995;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.023602;OID=.;OPOS=122358463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:9:20:9:17:9:20 chr10 122358604 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0556456;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.837;QD=12.73;RBI=0.0604596;REFB=-0.0193125;REVB=-0.0236417;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227889;STB=0.63134;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0261466;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:1:11:7:2:1:11 chr10 122358657 . A T 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700392;FXX=0.124844;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.0635;QD=38.0147;RBI=0.0948825;REFB=0;REVB=-0.0640094;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502264;OID=.;OPOS=122358657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr10 122624679 . G A 226.92 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0561627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0541;QD=15.6498;RBI=0.056333;REFB=-0.0155438;REVB=-0.00437716;RO=31;SAF=12;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834687;STB=0.555513;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0162511;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:31:32:26:26:0.448276:14:12:17:14:14:12:18:14 chr10 122645376 . A T 164.7 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0778201;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.766;QD=21.2512;RBI=0.0784748;REFB=-0.0505536;REVB=-0.0101157;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236509;STB=0.633982;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0388426;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:8:6:12:5:8:6 chr10 122663585 . G A 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00557281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.943;QD=21.7464;RBI=0.0110862;REFB=-0.00594181;REVB=0.0095837;RO=18;SAF=18;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23059;STB=0.642711;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00357959;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:20:22:22:0.52381:4:18:11:7:4:18:12:8 chr10 122665459 . C G 378.37 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0145552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5102;QD=16.451;RBI=0.0251964;REFB=0.000829335;REVB=-0.0205671;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198201;STB=0.610938;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00168945;OID=.;OPOS=122665459;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:19:21:17:35:19:21:17:35 chr10 123239112 . G A 276.36 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0139497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.56;QD=11.1661;RBI=0.0468029;REFB=-0.0167696;REVB=-0.0446757;RO=66;SAF=18;SAR=15;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352491;STB=0.520434;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0449587;OID=.;OPOS=123239112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:66:66:33:33:0.333333:15:18:38:28:15:18:38:28 chr10 123298158 . T C 2084.06 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.708;QD=62.6784;RBI=0.0593742;REFB=0;REVB=0.0573123;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2501e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:133:0:0:132:133:1:61:71:0:0:62:71:0:0 chr10 123549691 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.578;QD=46.847;RBI=0.0326243;REFB=0;REVB=0.0176678;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.77824e-05;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr10 123673339 . T C 271.32 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.013288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.846;QD=23.5927;RBI=0.0160113;REFB=-0.0241151;REVB=0.00893251;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559217;STB=0.531224;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0120801;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:17:8:8:13:17:8:8:13 chr10 123687456 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=444.488;QD=16.199;RBI=0.00135922;REFB=-0.00675819;REVB=-0.00135922;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361739;OID=.;OPOS=123687456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr10 123845322 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000210302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.404;QD=55.6499;RBI=0.00240399;REFB=0;REVB=0.00239478;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40838e-05;OID=.;OPOS=123845322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr10 123976391 . C A 696.87 PASS AF=0.913793;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0160418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.983;QD=48.0598;RBI=0.0304746;REFB=-0.075443;REVB=0.0259106;RO=5;SAF=29;SAR=23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745752;STB=0.538447;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00298772;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:58:5:5:52:53:0.913793:23:29:5:0:23:30:5:0 chr10 123996976 . G A 271.85 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0444853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.63;QD=19.4177;RBI=0.0447224;REFB=-0.0289084;REVB=0.0045989;RO=27;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622745;STB=0.534821;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0171722;OID=.;OPOS=123996976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:22:7:8:19:22:7:8:19 chr10 124001539 . G C 145.81 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0437056;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.9362;QD=16.664;RBI=0.0832974;REFB=-0.0222596;REVB=0.0709104;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191979;STB=0.629067;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0266202;OID=.;OPOS=124001539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:19:16:16:0.457143:9:7:4:13:9:7:4:15 chr10 124013604 . C A 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00267084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.869;QD=21.5316;RBI=0.0150548;REFB=-0.0224576;REVB=0.014816;RO=31;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200081;STB=0.610311;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0147499;OID=.;OPOS=124013604;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:21:16:21:10:21:16:21:10 chr10 124036328 . G A 215.5 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00287931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.251;QD=13.0606;RBI=0.0101449;REFB=-0.0138629;REVB=-0.00972777;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820445;STB=0.547022;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0194423;OID=.;OPOS=124036328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:20:20:11:15:20:20 chr10 124066731 . T G 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0162792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.286;QD=27.6511;RBI=0.0204516;REFB=-0.00238196;REVB=0.0123798;RO=9;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347362;STB=0.519292;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00062226;OID=.;OPOS=124066731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:7:11:5:4:7:11:5:4 chr10 124089036 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.012;QD=57.2375;RBI=0.0327073;REFB=0;REVB=0.00815557;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69466e-05;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr10 124094467 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0478757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.675;QD=13.0884;RBI=0.0481879;REFB=-0.0185074;REVB=0.00547688;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126225;STB=0.573821;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0240181;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:15:12:9:7:15:12 chr10 124096035 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.326;QD=48.7373;RBI=0.0204455;REFB=0;REVB=-0.0129617;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03473e-06;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr10 124096041 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.384;QD=47.8223;RBI=0.01958;REFB=0;REVB=-0.0174817;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44294e-05;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 124096061 . A C 306.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.088;QD=53.2593;RBI=0.024622;REFB=0;REVB=0.0243442;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.518e-05;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr10 124183698 . T G 77.41 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=85;FAO=14;FDP=84;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.00308365;FXX=0.0117633;HRUN=22;LEN=1;MLLD=170.942;QD=3.68619;RBI=0.0283183;REFB=0.00102575;REVB=-0.02815;RO=68;SAF=13;SAR=2;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462627;STB=0.888231;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0029052;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:85:84:68:70:15:14:0.166667:2:13:37:31:1:13:39:31 chr10 124183732 . T C 2287.64 PASS AF=1;AO=150;DP=152;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7862;QD=59.8076;RBI=0.0201039;REFB=-0.042132;REVB=-0.0197013;RO=0;SAF=81;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857026;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:152:153:0:0:150:153:1:69:81:0:0:72:81:0:0 chr10 124189197 . A G 434.57 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0630387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4449;QD=52.6756;RBI=0.0645698;REFB=-0.0878703;REVB=-0.0139776;RO=1;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103104;STB=0.555518;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00791383;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:33:1:1:31:32:0.969697:4:27:0:1:4:28:0:1 chr10 124214355 . C T 607.06 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.00656565;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.333;QD=20.7541;RBI=0.00715297;REFB=-0.0320151;REVB=-0.00283852;RO=56;SAF=26;SAR=35;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621323;STB=0.534132;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.03544;OID=.;OPOS=124214355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:56:56:61:61:0.521368:35:26:20:36:35:26:20:36 chr10 124214448 . G T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0296682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.326;QD=23.7582;RBI=0.0439649;REFB=-0.013289;REVB=-0.0324455;RO=20;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163698;STB=0.619468;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0235373;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:22:26:26:0.541667:19:7:9:11:19:7:11:11 chr10 124320355 . G A 109.04 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0116538;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6185;QD=11.7877;RBI=0.0215859;REFB=0.0111192;REVB=-0.0181698;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136893;STB=0.551788;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0277824;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:37:22:24:13:13:0.351351:7:6:13:9:7:6:13:11 chr10 124325512 . G A 283.24 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.011388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.344;QD=12.5882;RBI=0.0130024;REFB=-0.00817089;REVB=0.00627496;RO=57;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00177328;STB=0.501018;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0134779;OID=.;OPOS=124325512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:15:18:31:26:15:18:31:26 chr10 124329710 . C A 171.23 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0105131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.524;QD=17.562;RBI=0.0167782;REFB=-0.0318161;REVB=0.013076;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0211354;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:13:8:8:10:13:8 chr10 124329746 . A T 113.31 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0353085;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.486;QD=16.1875;RBI=0.0354266;REFB=-0.00343194;REVB=-0.00288949;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954316;STB=0.533283;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00301281;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:6:7:9:5:6:7:9:6 chr10 124330427 . C T 245.13 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0331167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0481;QD=18.5005;RBI=0.0378676;REFB=-0.00752375;REVB=-0.0183641;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508468;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0300392;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:26:26:27:0.509434:12:14:14:12:12:15:14:12 chr10 124330459 . G A 253.22 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0236409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.87;QD=19.1109;RBI=0.0262563;REFB=0.00747825;REVB=-0.0114238;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358179;STB=0.528731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00749608;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:14:13:11:14:14:13:11:15 chr10 124331867 . C T 1525.72 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.049;QD=59.8322;RBI=0.00939661;REFB=0;REVB=0.00514091;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55622e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:49:52:0:0:49:53:0:0 chr10 124333297 . G T 244.19 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=95;FAO=31;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00308059;FXX=0.0210504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.483;QD=10.5026;RBI=0.0102659;REFB=-0.00987568;REVB=-0.00979278;RO=48;SAF=9;SAR=12;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179874;STB=0.617917;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0154264;OID=.;OPOS=124333297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:48:62:21:31:0.333333:12:9:28:20:19:12:35:27 chr10 124337380 . G A 207.87 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0377383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.371;QD=18.0756;RBI=0.0415966;REFB=-0.00441835;REVB=-0.0174957;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401324;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0057199;OID=.;OPOS=124337380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:12:8:11:14:12:9:11:14 chr10 124339332 . T C 1249.4 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169909;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.062;QD=61.6988;RBI=0.0233983;REFB=0;REVB=0.016087;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70052e-06;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:30:51:0:0:30:51:0:0 chr10 124340406 . G C 173.99 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.132693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.71;QD=19.3327;RBI=0.134121;REFB=0.0039424;REVB=0.0195194;RO=16;SAF=0;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.836563;STB=0.881524;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00105334;OID=.;OPOS=124340406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:18:17:18:0.5:17:0:9:7:17:1:10:8 chr10 124340407 . C T 148.2 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.00569123;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.146;QD=16.9366;RBI=0.0249434;REFB=0.00287382;REVB=-0.0242855;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422682;STB=0.736957;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0111932;OID=.;OPOS=124340407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:2:17:7:9:2:17 chr10 124348643 . G A 463.42 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0281586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.388;QD=52.962;RBI=0.02825;REFB=-0.0239094;REVB=-0.00227081;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424416;STB=0.522714;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00333282;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:0:2:21:12:0:2 chr10 124351013 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9521;QD=58.1408;RBI=0.0396435;REFB=0;REVB=-0.030354;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106964;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr10 124351954 . G A 666.98 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0163078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.407;QD=57.9982;RBI=0.0281121;REFB=-0.0288622;REVB=0.0228987;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493711;STB=0.526304;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.000339635;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:26:18:2:0:26:18:2:0 chr10 124353100 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9018;QD=49.5992;RBI=0.0666983;REFB=0;REVB=-0.00266295;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00208589;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr10 124357536 . T A 386.61 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=100;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.0188926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8617;QD=15.3111;RBI=0.0474289;REFB=-0.00929835;REVB=-0.0435037;RO=58;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035443;STB=0.511021;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0140306;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:58:58:42:43:0.425743:26:16:24:34:26:17:24:34 chr10 124358420 . C A,G 1089.8 PASS AF=0.64,0.36;AO=48,27;DP=75;FAO=48,27;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25,12;FSAR=23,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932401,0.103085;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.6175,24.4912;QD=58.1228;RBI=0.113627,0.131866;REFB=0,0;REVB=0.0649408,0.0822312;RO=0;SAF=25,12;SAR=23,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00315128,0.00368908;OID=.,.;OPOS=124358420,124358420;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:75:75:0:0:48,27:48,27:0.64,0.36:23,15:25,12:0:0:23,15:25,12:0:0 chr10 124358483 . G A 323.53 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0305797;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2104;QD=16.591;RBI=0.0722696;REFB=-0.0155312;REVB=-0.0654811;RO=43;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116462;STB=0.578058;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0171377;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:17:18:17:26:17:18:16:27 chr10 124377608 . A G 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.00137739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.234;QD=14.1959;RBI=0.00270072;REFB=-0.0220237;REVB=-0.00232308;RO=32;SAF=2;SAR=21;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180008;STB=0.604832;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0189902;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:21:2:5:27:21:2:5:27 chr10 124377636 . C T 277.13 PASS AF=0.5;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0229001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7938;QD=18.4752;RBI=0.0235598;REFB=-0.00874456;REVB=0.00553623;RO=29;SAF=4;SAR=26;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697951;STB=0.534223;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00378904;OID=.;OPOS=124377636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:29:30:30:30:0.5:26:4:5:24:26:4:5:25 chr10 124377660 . C T 169.05 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0246402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.78;QD=12.0751;RBI=0.0261382;REFB=-0.00597598;REVB=-0.00872166;RO=35;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220265;STB=0.629492;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.014001;OID=.;OPOS=124377660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:17:4:12:23:17:4:12:23 chr10 124377837 . T C 353.77 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0202997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.897;QD=18.6195;RBI=0.0297509;REFB=-0.0128448;REVB=0.0217495;RO=39;SAF=11;SAR=25;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108993;STB=0.548562;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0152611;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:25:11:16:23:25:12:16:23 chr10 124379794 . G A 325.89 PASS AF=0.37037;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00798267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.21;QD=12.0701;RBI=0.00798834;REFB=0.0134207;REVB=-0.000300859;RO=68;SAF=17;SAR=23;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031688;STB=0.518086;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0263229;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:68:40:40:0.37037:23:17:27:41:23:17:27:41 chr10 124380676 . C A 326.41 PASS AF=0.37037;AO=39;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.000149402;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.756;QD=12.0893;RBI=0.0136563;REFB=-0.0188293;REVB=0.0136555;RO=69;SAF=22;SAR=17;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509687;STB=0.518086;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0265526;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:69:68:39:40:0.37037:17:22:42:27:17:23:41:27 chr10 124402677 . A G 92.19 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0308584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6849;QD=8.99388;RBI=0.0781759;REFB=-0.0226792;REVB=-0.0718278;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717067;STB=0.553105;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0655672;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:28:29:12:12:0.292683:5:7:18:10:5:7:19:10 chr10 124457452 . C T 995.66 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990743;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.685;QD=58.568;RBI=0.0208538;REFB=0;REVB=0.01835;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00440344;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:37:29:0:0:39:29:0:0 chr10 124457906 . C T 1339.76 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.087;QD=62.3145;RBI=0.0173423;REFB=0;REVB=0.000788318;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98435e-05;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:42:43:0:0:42:44:0:0 chr10 124459139 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0370748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2339;QD=59.8385;RBI=0.043093;REFB=0;REVB=0.0219651;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257328;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr10 124610027 . G A 753.65 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9131;QD=56.8792;RBI=0.0527527;REFB=0;REVB=-0.0471428;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260213;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr10 124648150 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.164;QD=42.1826;RBI=0.0718984;REFB=0;REVB=0.0306996;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386855;OID=.;OPOS=124648150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr10 124816515 . C G 420.15 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0421769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.911;QD=56.0198;RBI=0.0427552;REFB=0;REVB=0.00700844;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239773;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr10 125426412 . A G 177.26 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0413258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.519;QD=12.2246;RBI=0.0450371;REFB=-0.0137862;REVB=-0.0179031;RO=36;SAF=18;SAR=4;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687528;STB=0.539962;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0193648;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:4:18:28:8:4:18:28:8 chr10 125426565 . G C 770.58 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00591166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.169;QD=55.0413;RBI=0.0294504;REFB=-0.0423676;REVB=0.028851;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00179624;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:1:0:31:24:1:0 chr10 125449015 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.982;QD=56.7059;RBI=0.017418;REFB=0;REVB=0.00636249;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50034e-05;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr10 125450857 . C G 608.94 PASS AF=1;AO=33;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.315;QD=60.8942;RBI=0.0965384;REFB=0;REVB=0.0835019;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714126;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:33:40:1:17:16:0:0:20:20:0:0 chr10 125506302 . T C 255.75 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.798;QD=51.1491;RBI=0.0152415;REFB=0;REVB=0.000629039;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97288e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:7:13:0:0 chr10 125521533 . G A 302.77 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0102138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.394;QD=31.8709;RBI=0.0532431;REFB=-0.0392901;REVB=0.0522542;RO=12;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087154;STB=0.552592;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0040676;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:38:38:12:12:25:26:0.684211:13:12:4:8:13:13:4:8 chr10 125521590 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0181316;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.231;QD=12.7821;RBI=0.0235445;REFB=-0.00443747;REVB=0.0150196;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467985;STB=0.76514;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00667402;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:12:14:10:10:0.416667:3:7:2:10:3:7:3:11 chr10 125521626 . G A 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00661851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2013;QD=9.82064;RBI=0.0421138;REFB=-0.0138029;REVB=0.0415905;RO=22;SAF=2;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575505;STB=0.850161;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0508281;OID=.;OPOS=125521626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:9:2:16:6:9:2:17:6 chr10 126089434 . G A 61.22 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.01893;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.362;QD=6.12191;RBI=0.0190044;REFB=-0.00841954;REVB=0.00168054;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707689;STB=0.545355;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0353925;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:31:31:9:9:0.225:4:5:19:12:4:5:19:12 chr10 126172863 . A G 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0677236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.427;QD=53.9317;RBI=0.071284;REFB=0.0760961;REVB=0.0222469;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00769443;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:0:1:16:14:0:1 chr10 126517989 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0111439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.821;QD=17.2465;RBI=0.0113004;REFB=-0.0203231;REVB=-0.00187395;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793939;STB=0.54541;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0262628;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:14:7:11:16:14:7:11:16 chr10 126674093 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.199;QD=49.5991;RBI=0.0871993;REFB=0;REVB=0.0810697;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445738;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr10 126674227 . C CT 499.72 PASS AF=1;AO=52;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.143917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.8412;QD=29.8341;RBI=0.145714;REFB=-0.0137143;REVB=0.0228087;RO=9;SAF=29;SAR=23;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00388277;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:66:67:67:0:37:30:0:0:9:9:29:23:3:6 chr10 126677239 . GAAGAA G 99.94 PASS AF=0.6875;AO=9;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00269698;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=5;MLLD=220.423;QD=24.9851;RBI=0.0234784;REFB=-0.026166;REVB=-0.0233229;RO=5;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275108;STB=0.576329;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.0106237;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:9:16:11:16:5:7:4:2:3:30:5:7:2:2:3 chr10 126677266 . A T 53.33 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0498755;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=37.5402;QD=7.61813;RBI=0.0624765;REFB=-0.0101645;REVB=-0.0376264;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141447;STB=0.590679;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0136867;OID=.;OPOS=126677266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:28:18:20:8:8:0.285714:5:3:9:9:5:3:10:10 chr10 126677308 . A T 40.49 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00100393;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.0979;QD=4.15231;RBI=0.00697548;REFB=-0.00963772;REVB=0.00690286;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667883;STB=0.558655;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0864428;OID=.;OPOS=126677308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:38:39:31:32:7:7:0.179487:4:3:15:16:4:3:16:16 chr10 126677323 . A T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0072772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.356;QD=5.37243;RBI=0.0274877;REFB=-0.00541502;REVB=-0.0265069;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0242408;OID=.;OPOS=126677323;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:15:15:4:4:15:15 chr10 126683071 . G C 40.99 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0046571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.763;QD=3.6435;RBI=0.00495514;REFB=-0.0053106;REVB=0.00169258;RO=37;SAF=6;SAR=1;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37592;STB=0.783691;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0205803;OID=.;OPOS=126683071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:37:38:7:7:0.155556:1:6:22:15:1:6:22:16 chr10 126683075 . T A 32.73 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00519736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.708;QD=2.7855;RBI=0.0104934;REFB=-0.00305414;REVB=0.00911588;RO=41;SAF=4;SAR=2;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717473;STB=0.553663;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0114219;OID=.;OPOS=126683075;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:2:4:25:16:2:4:25:16 chr10 126683087 . T C 107.45 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0161296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.164;QD=7.81423;RBI=0.0344374;REFB=-0.00952483;REVB=0.0304264;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090909;STB=0.555481;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.027902;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:6:9:21:19:6:9:21:19 chr10 126683103 . C T 110.93 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0139668;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.32;QD=6.24979;RBI=0.054052;REFB=-0.0134086;REVB=-0.0522164;RO=51;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194285;STB=0.640433;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.046112;OID=.;OPOS=126683103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:51:54:17:17:0.239437:6:11:25:26:6:11:25:29 chr10 126683123 . A C 225.7 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0314424;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7327;QD=11.7246;RBI=0.0338386;REFB=-0.0490466;REVB=0.012507;RO=49;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134964;STB=0.519467;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0854099;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:49:49:27:28:0.363636:13:14:26:23:14:14:26:23 chr10 126683150 . AC AT,GT 202.03 PASS AF=0.268657,0.119403;AO=18,8;DP=68;FAO=18,8;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10,2;FSAR=8,6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00489562,0.00729615;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=67.8617,98.3766;QD=12.0615;RBI=0.0632186,0.0493475;REFB=-0.0161855,-0.014454;REVB=-0.0630287,-0.0488051;RO=40;SAF=10,2;SAR=8,6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00650799,-0.364361;STB=0.513293,0.741657;STBP=0.904,0.187;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0106358,0.0666844;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:41:18,8:18,8:0.268657,0.119403:8,6:10,2:22:18:8,6:10,2:22:19 chr10 126683162 . C T 238.75 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0166744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.536;QD=14.0443;RBI=0.0261785;REFB=-0.0127846;REVB=-0.0201812;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393731;STB=0.514695;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0118985;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:14:14:21:18:14:14:21:19 chr10 126683166 . C A 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.010698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.651;QD=1.92286;RBI=0.0119807;REFB=0.0012345;REVB=-0.00539345;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318695;STB=0.743132;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0253561;OID=.;OPOS=126683166;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:5:2:34:26:5:2:34:26 chr10 126683190 . C A 254.72 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00075562;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.566;QD=21.2267;RBI=0.0251648;REFB=-0.0176396;REVB=-0.0251535;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037479;STB=0.521035;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0141135;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:11:13:14:10:11:13:14:10 chr10 126683197 . T C 185.04 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00230837;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.15;QD=16.0907;RBI=0.0257209;REFB=-0.00740243;REVB=0.0256171;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135953;STB=0.568647;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0103669;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:7:12:13:13:7:12:14:13 chr10 126683218 . CT TG 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0397097;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=299.476;QD=5.21556;RBI=0.0408952;REFB=-0.00279815;REVB=0.0097752;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835743;STB=0.555373;STBP=0.783;TYPE=mnp;VARB=0.00777007;OID=.;OPOS=126683218;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:12:9:3:3:12:9 chr10 126683225 . C A,G 32.61 PASS AF=0.107143,0.107143;AO=3,3;DP=28;FAO=3,3;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1,2;FSAR=2,1;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00341772,-0.0626484;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.1862,116.973;QD=4.65912;RBI=0.0190483,0.0663961;REFB=-0.000849963,0.00883586;REVB=-0.0187392,-0.0219913;RO=22;SAF=1,2;SAR=2,1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226546,0.134471;STB=0.683006,0.610354;STBP=0.554,0.719;TYPE=snp,snp;VARB=0.037048,0.00158309;OID=.,.;OPOS=126683225,126683225;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:28:28:22:22:3,3:3,3:0.107143,0.107143:2,1:1,2:12:10:2,1:1,2:12:10 chr10 126691631 . T A 36.87 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00192697;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.625;QD=2.5875;RBI=0.00307754;REFB=-0.00296688;REVB=0.00239959;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201573;STB=0.644728;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0290513;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:57:47:50:7:7:0.122807:5:2:21:26:5:2:22:28 chr10 126691634 . T A 36.38 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0178525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.974;QD=2.50882;RBI=0.0230847;REFB=-0.00818476;REVB=-0.0146352;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182629;STB=0.637885;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0445226;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:51:51:7:7:0.12069:5:2:22:29:5:2:22:29 chr10 126714714 . G C 414.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035126;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.607;QD=57.2273;RBI=0.0459578;REFB=0;REVB=0.0296359;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254385;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr10 126714966 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7547;QD=45.8038;RBI=0.118469;REFB=0;REVB=-0.0966067;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00687485;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 126721441 . C A 459.75 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.257;QD=57.4686;RBI=0.0601588;REFB=0;REVB=0.021555;RO=0;SAF=2;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185005;OID=.;OPOS=126721441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:29:2:0:0:30:2:0:0 chr10 126727602 . T A 164.62 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0165557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.238;QD=7.74683;RBI=0.0179884;REFB=-0.00782853;REVB=-0.00703501;RO=62;SAF=5;SAR=18;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938164;STB=0.55691;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0281863;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:18:5:17:45:18:5:17:45 chr10 126727604 . T C 164.77 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0239838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3991;QD=7.75362;RBI=0.0268684;REFB=-0.0124856;REVB=0.0121115;RO=62;SAF=5;SAR=18;SRF=17;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938164;STB=0.55691;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0688243;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:18:5:17:45:18:5:17:45 chr10 126727630 . T G 89.09 PASS AF=0.229508;AO=12;DP=68;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.0115148;FXX=0.128553;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.61;QD=5.84214;RBI=0.0249457;REFB=-0.00919452;REVB=0.0221291;RO=46;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177274;STB=0.573074;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0313456;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:68:61:46:47:12:14:0.229508:8:4:10:36:10:4:10:37 chr10 127455397 . T C 241.24 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.041329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7077;QD=21.4436;RBI=0.0620087;REFB=-0.0161853;REVB=0.0462276;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892695;STB=0.557682;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0295522;OID=.;OPOS=127455397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:22:22:23:0.511111:15:7:9:13:16:7:9:13 chr10 127462525 . A G 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1535;QD=62.3375;RBI=0.0582594;REFB=0;REVB=-0.0400231;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98229e-05;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr10 127530325 . T C 77.27 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0227338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.562;QD=13.4386;RBI=0.042914;REFB=-0.0127769;REVB=-0.0363977;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261385;STB=0.651897;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0161345;OID=.;OPOS=127530325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:10:3:5:5:10:3 chr10 127579210 . T C 309.13 PASS AF=0.294964;AO=41;DP=139;FAO=41;FDP=139;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00557535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1754;QD=8.89575;RBI=0.0387677;REFB=-0.00478599;REVB=0.0383647;RO=96;SAF=23;SAR=18;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358859;STB=0.521605;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0122302;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:96:98:41:41:0.294964:18:23:51:45:18:23:52:46 chr10 127579238 . G T 227.98 PASS AF=0.239437;AO=34;DP=142;FAO=34;FDP=142;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=58;FWDB=-0.00456015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.69;QD=6.42202;RBI=0.0162302;REFB=-0.00660378;REVB=-0.0155765;RO=108;SAF=20;SAR=14;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15667;STB=0.594986;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0223423;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:108:108:34:34:0.239437:14:20:50:58:14:20:50:58 chr10 127585173 . T C 61.12 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0527137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.088;QD=18.8058;RBI=0.0527625;REFB=-0.0680633;REVB=0.0022693;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0229604;OID=.;OPOS=127585173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:13:5:5:7:8:0.615385:5:2:3:2:6:2:3:2 chr10 127585179 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353622;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=300.601;QD=34.6655;RBI=0.0358073;REFB=-0.00179995;REVB=0.00562857;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000315552;OID=.;OPOS=127585179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr10 127668431 . A G 173.25 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0194509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.46;QD=10.6617;RBI=0.0274683;REFB=-0.012731;REVB=-0.019395;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10119;STB=0.563288;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.018323;OID=.;OPOS=127668431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:22:23:0.353846:12:10:15:26:12:11:16:26 chr10 127677374 . A G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00274702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.249;QD=12.7298;RBI=0.00329127;REFB=-0.00608289;REVB=-0.00181283;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374679;STB=0.522337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00538443;OID=.;OPOS=127677374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:3:9:7:2:3:9 chr10 127730728 . C T 371.18 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0104274;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.3;QD=19.5361;RBI=0.0435084;REFB=-0.00614495;REVB=-0.0422404;RO=38;SAF=15;SAR=23;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966828;STB=0.553796;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00656562;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:23:15:19:19:23:15:19:19 chr10 127753478 . G A 228.09 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0285958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.443;QD=16.0065;RBI=0.0418637;REFB=-0.0071057;REVB=0.0305753;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125;STB=0.523143;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0116557;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:31:26:26:0.45614:12:14:16:13:12:14:18:13 chr10 127834139 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.39;QD=51.9167;RBI=0.0107148;REFB=0;REVB=-0.00587754;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04299e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr10 128019025 . C G 744.14 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158858;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.9297;QD=53.1526;RBI=0.0301995;REFB=-0.0158258;REVB=0.0256836;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516123;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00275649;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:0:2:54:54:0.964286:30:24:0:0:30:24:0:2 chr10 128150096 . G T 230.24 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0847209;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6241;QD=17.7105;RBI=0.0870527;REFB=-0.000501204;REVB=-0.0200137;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731331;STB=0.556918;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00234396;OID=.;OPOS=128150096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:11:14:16:9:11:14:18:9 chr10 128192985 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.077;QD=52.6132;RBI=0.0263127;REFB=0;REVB=-0.0262602;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104923;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr10 128202435 . T C 316.47 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0140926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.2228;QD=45.2102;RBI=0.0161276;REFB=-0.205271;REVB=0.00784192;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.57137;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.018572;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:0:3:25:25:0.892857:9:16:0:0:9:16:0:3 chr10 128926013 . A G 1061.92 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.962;QD=59.8267;RBI=0.0350762;REFB=0;REVB=0.0237473;RO=0;SAF=46;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91335e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:24:46:0:0:24:47:0:0 chr10 129160458 . G A 206.85 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0709685;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.538;QD=11.032;RBI=0.0727235;REFB=-0.0260461;REVB=-0.0158802;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374391;STB=0.521722;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0567518;OID=.;OPOS=129160458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:49:49:26:26:0.346667:12:14:28:21:12:14:28:21 chr10 129216658 . T C 368.03 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0157848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.382;QD=30.0437;RBI=0.0164395;REFB=-0.0419321;REVB=0.00459304;RO=18;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325766;STB=0.517869;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0163727;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:14:17:9:9:14:17:9:9 chr10 129245684 . G A 337.22 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0211792;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.1671;QD=17.7484;RBI=0.0543324;REFB=-0.0282374;REVB=0.0500345;RO=37;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194752;STB=0.622982;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0203338;OID=.;OPOS=129245684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:40:35:36:0.473684:11:24:18:19:11:25:19:21 chr10 129245689 . C T 355.04 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.00135104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.963;QD=16.3235;RBI=0.00970979;REFB=-0.0192251;REVB=-0.00961534;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176358;STB=0.59554;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0207295;OID=.;OPOS=129245689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:49:38:38:0.436782:18:20:33:14:18:20:34:15 chr10 129249662 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.58;QD=61.3275;RBI=0.073771;REFB=0;REVB=0.0725468;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496352;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:19:21:0:0 chr10 129249676 . C T 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0198263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.143;QD=24.8185;RBI=0.0322702;REFB=-0.022588;REVB=0.0254613;RO=18;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541937;STB=0.530096;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.017438;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:11:13:11:7:11:13:11:7 chr10 129249693 . G A 260.58 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0105836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.08;QD=24.8172;RBI=0.0874545;REFB=-0.0286886;REVB=0.0868118;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049448;STB=0.53716;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0242506;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:10:14:11:6:10:14:12:6 chr10 129249701 . C G 689.67 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2006;QD=62.6973;RBI=0.128819;REFB=0;REVB=0.0941945;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269535;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:16:26:0:0:17:27:0:0 chr10 129249925 . T C 369.62 PASS AF=0.418367;AO=39;DP=96;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=17;FWDB=-0.0165759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.547;QD=15.0863;RBI=0.0242036;REFB=-0.0371783;REVB=0.0176368;RO=57;SAF=21;SAR=18;SRF=40;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175943;STB=0.597924;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0340158;OID=.;OPOS=129249925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:57:57:39:41:0.418367:18:21:40:17:19:22:40:17 chr10 129534478 . A AGCGCGGC,C 208.63 PASS AF=0.944444,0;AO=13,3;DP=20;FAO=17,0;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175269,-0.00263301;FXX=0.142789;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=215.181,46.7161;QD=46.3628;RBI=0.0335735,0.048913;REFB=-0.0755019,0.0701803;REVB=-0.0286354,-0.0488421;RO=1;SAF=9,2;SAR=4,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.047723,-0.163246;STB=0.521714,0.5;STBP=0.626,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00391224,0;OID=.,.;OPOS=129534479,129534478;OREF=-,A;OALT=GCGCGGC,C;OMAPALT=AGCGCGGC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:18:1:1:13,3:17,0:0.944444,0:4,1:9,2:1:0:6,0:11,0:1:0 chr10 129534679 . T C 1486.83 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.961;QD=63.2694;RBI=0.0326453;REFB=0;REVB=0.0273512;RO=0;SAF=66;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8387e-05;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:94:0:0:89:94:1:23:66:0:0:27:67:0:0 chr10 129534739 . C G 1165.97 PASS AF=0.988235;AO=77;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0588504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8;QD=54.8694;RBI=0.0665656;REFB=-0.20918;REVB=0.0311063;RO=3;SAF=51;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000343162;STB=0.507935;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.015513;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:3:1:77:84:0.988235:26:51:2:1:31:53:0:1 chr10 129534864 . A C 885.41 PASS AF=1;AO=50;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.963;QD=58.0595;RBI=0.0523825;REFB=0;REVB=0.00367058;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5902e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:50:61:1:29:21:0:0:30:31:0:0 chr10 129536992 . G GGCC 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.028551;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=193.504;QD=13.0887;RBI=0.0449054;REFB=-0.0191665;REVB=0.0346602;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198492;STB=0.511613;STBP=0.945;TYPE=ins;VARB=0.0261258;OID=.;OPOS=129536993;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=GGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372093:16:43:16:43:27:8:8:13:14:99:27:8:8:13:14 chr10 129763277 . C T 806.28 PASS AF=1;AO=52;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168326;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.436;QD=57.5917;RBI=0.00171906;REFB=0;REVB=0.000348995;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284081;OID=.;OPOS=129763277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:52:56:1:35:17:0:0:38:18:0:0 chr10 129845902 . G A 179.67 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0142513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.164;QD=16.7139;RBI=0.066573;REFB=-0.00184078;REVB=0.0650297;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914146;STB=0.552373;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00248799;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:7:12:13:11:7:12:13:11 chr10 129859992 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0324164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.295;QD=15.6502;RBI=0.0325754;REFB=-0.00508046;REVB=0.00321461;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106066;STB=0.560902;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0112787;OID=.;OPOS=129859992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:7:14:9:7:7:14 chr10 129866449 . C G 254.61 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.015847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.3478;QD=22.1396;RBI=0.0314225;REFB=0.0129691;REVB=0.0271339;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179599;STB=0.586886;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00719853;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:12:12:15:6:12:12:15:7 chr10 129871690 . A G 220.14 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0155325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9896;QD=24.4598;RBI=0.0737242;REFB=-0.0376226;REVB=-0.0720694;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191005;STB=0.530583;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0129169;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:7:14:9:5:7:14:9:6 chr10 129882401 . C T 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00607706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9526;QD=57.1738;RBI=0.0180655;REFB=0;REVB=-0.0170127;RO=0;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.74042e-05;OID=.;OPOS=129882401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:12:39:0:0:12:39:0:0 chr10 129883370 . A G 1824.94 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.061676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9415;QD=60.3285;RBI=0.0663076;REFB=-0.0706291;REVB=-0.0243468;RO=1;SAF=57;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826089;STB=0.504347;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.000667299;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:1:1:120:120:0.991736:63:57:1:0:63:57:1:0 chr10 129883933 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.125;QD=58.1421;RBI=0.0379494;REFB=0;REVB=0.0153846;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.52517e-05;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:27:4:0:0:28:4:0:0 chr10 129899578 . T C 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.023571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.762;QD=16.5328;RBI=0.0313055;REFB=-0.0120785;REVB=0.020602;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431157;STB=0.524215;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0170372;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:18:17:19:24:18:17:19:24 chr10 129899778 . G C 329.69 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00958579;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.212;QD=25.3604;RBI=0.0632662;REFB=0.0098455;REVB=-0.0625358;RO=20;SAF=24;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12937;STB=0.571381;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00785703;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:20:32:32:0.615385:8:24:12:8:8:24:12:8 chr10 129901066 . C A 193.71 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0590112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0416;QD=10.3314;RBI=0.0648775;REFB=-0.0105351;REVB=0.0269585;RO=50;SAF=12;SAR=13;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228296;STB=0.51333;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0284588;OID=.;OPOS=129901066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:13:12:25:25:13:12:25:25 chr10 129901393 . T C 248.3 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0218922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.911;QD=11.6849;RBI=0.0282088;REFB=-0.0197656;REVB=-0.0177894;RO=55;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18503;STB=0.606602;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0360028;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:13:17:22:33:13:17:22:33 chr10 129901722 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0171752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.442;QD=11.6343;RBI=0.0191637;REFB=-0.00131803;REVB=0.00850053;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32826;STB=0.689353;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00159533;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:2:14:6:4:2:14 chr10 129901726 . C T 74.8 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0381606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6664;QD=11.0811;RBI=0.0412418;REFB=-0.016193;REVB=0.0156415;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309141;STB=0.655473;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0220718;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:27:15:17:10:10:0.37037:6:4:2:13:6:4:3:14 chr10 129901825 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00994449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.054;QD=19.3437;RBI=0.00998532;REFB=-0.0131401;REVB=0.000902168;RO=18;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114369;STB=0.565142;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0123643;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:5:13:11:7:5:13:11:7 chr10 129901946 . T G 234.47 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0125779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.512;QD=15.3754;RBI=0.0143741;REFB=-0.0190817;REVB=0.00695779;RO=31;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642617;STB=0.546633;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0238308;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:34:26:27:0.442623:10:16:21:10:10:17:24:10 chr10 129902281 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0253904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.912;QD=15.5706;RBI=0.0392194;REFB=-0.020224;REVB=-0.0298913;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359136;STB=0.709289;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0250589;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:4:8:3:8:4:8 chr10 129902368 . T A 77.3 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0101481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.656;QD=13.4435;RBI=0.0161602;REFB=-0.0236861;REVB=-0.0125765;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0314744;OID=.;OPOS=129902368;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:8:5:3:7:8:5 chr10 129903016 . T C 159.29 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00693132;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.802;QD=11.5845;RBI=0.00693229;REFB=-0.0207578;REVB=-0.00011615;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127809;STB=0.581739;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0402245;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:34:35:20:20:0.363636:10:10:13:21:10:10:13:22 chr10 129904477 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0118221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.553;QD=9.10029;RBI=0.0119512;REFB=-0.00845607;REVB=-0.0017519;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0317906;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:9:10:3:6:9:10 chr10 129904917 . G A 169.21 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00381596;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.892;QD=12.0863;RBI=0.00863557;REFB=-0.0157445;REVB=-0.00774671;RO=34;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088128;STB=0.559266;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0206894;OID=.;OPOS=129904917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:10:11:15:19:10:11:15:20 chr10 129906468 . C T 591.48 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0159113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.195;QD=24.3911;RBI=0.0159154;REFB=-0.0251296;REVB=-0.0003647;RO=43;SAF=27;SAR=27;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658337;STB=0.536069;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0163411;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:27:27:18:25:27:27:18:25 chr10 129911856 . C G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0127092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.969;QD=12.4823;RBI=0.0209365;REFB=-0.00560222;REVB=-0.0166378;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153067;STB=0.590753;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00431506;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:9:10:8:4:9:10 chr10 129913960 . A T 378.46 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00273486;FXX=0.043472;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.614;QD=22.9371;RBI=0.018206;REFB=-0.00755337;REVB=0.0179994;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245072;STB=0.513506;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00505388;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:29:37:37:0.560606:18:19:14:15:18:19:14:15 chr10 131635547 . T C 244.53 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.025013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.932;QD=30.5661;RBI=0.028481;REFB=-0.0174946;REVB=0.0136205;RO=10;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081405;STB=0.544869;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00822726;OID=.;OPOS=131635547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:10:10:22:22:0.6875:14:8:5:5:14:8:5:5 chr10 131934747 . G C 85.47 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0247493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2238;QD=6.57482;RBI=0.0251686;REFB=-0.00598314;REVB=0.00457497;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529364;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0203533;OID=.;OPOS=131934747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:52:36:40:12:12:0.230769:8:4:12:24:8:4:12:28 chr10 131934763 . C T 100.14 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.0397165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.468;QD=7.5576;RBI=0.041138;REFB=-0.00787481;REVB=-0.0107207;RO=39;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102329;STB=0.562225;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0379336;OID=.;OPOS=131934763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:9:5:11:28:9:5:11:28 chr10 131959150 . C T 182.74 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00461762;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.084;QD=15.8905;RBI=0.0253811;REFB=-0.0104234;REVB=0.0249575;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897838;STB=0.553644;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00914858;OID=.;OPOS=131959150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:26:27:18:19:0.413043:11:7:8:18:11:8:9:18 chr10 131967693 . T A 155.47 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0119867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.512;QD=15.1673;RBI=0.018013;REFB=-0.0140893;REVB=0.0134457;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152993;STB=0.599883;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.016361;OID=.;OPOS=131967693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:17:17:0.414634:10:7:13:10:10:7:14:10 chr10 132303374 . G C 118.28 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0043386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.496;QD=12.7872;RBI=0.03279;REFB=-0.0161769;REVB=-0.0325017;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.636176;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0345349;OID=.;OPOS=132303374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:23:14:14:0.378378:6:8:8:14:6:8:8:15 chr10 132891202 . C A 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.024765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3299;QD=14.1924;RBI=0.0419265;REFB=-0.018306;REVB=-0.0338308;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00787269;STB=0.504581;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0566589;OID=.;OPOS=132891202;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:11:4:6:16:11:4:6:16 chr10 133058628 . G A 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0260572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.725;QD=23.5279;RBI=0.0415048;REFB=-0.0308801;REVB=0.0323058;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014105;STB=0.507879;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0368218;OID=.;OPOS=133058628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:13:7:5:10:13:7:5:10 chr10 133607904 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.514;QD=42.1826;RBI=0.058117;REFB=0;REVB=0.0454082;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998912;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr10 133607937 . G A 142.16 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9362;QD=43.741;RBI=0.159911;REFB=0;REVB=0.159518;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818407;OID=.;OPOS=133607937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:6:6:0:1:7:6:0:0 chr10 133607947 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.495;QD=45.8068;RBI=0.0620113;REFB=0;REVB=0.0429467;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155514;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr10 133608210 . A G 598.19 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952909;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.067;QD=61.353;RBI=0.010756;REFB=0;REVB=-0.0049888;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105533;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr10 133608237 . G A 522.36 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5476;QD=56.4714;RBI=0.228459;REFB=0;REVB=0.0652726;RO=0;SAF=4;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00508263;OID=.;OPOS=133608237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:37:0:0:34:37:1:30:4:0:0:30:7:0:0 chr10 133608291 . TT GG 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435812;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.37;QD=53.2772;RBI=0.0493746;REFB=0;REVB=-0.0232062;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000133977;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr10 133608495 . A T 837.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789579;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2543;QD=57.742;RBI=0.0521352;REFB=0;REVB=0.0515339;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28313e-05;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr10 133761285 . G A 220.43 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00869698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9284;QD=18.7601;RBI=0.0254435;REFB=-0.00414843;REVB=-0.023911;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156284;STB=0.576854;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00567228;OID=.;OPOS=133761285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:25:22:22:0.468085:10:12:9:15:10:12:10:15 chr10 133918420 . G A 486.84 PASS AF=0.381579;AO=55;DP=150;FAO=58;FDP=152;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.00952112;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.526;QD=12.8117;RBI=0.0121316;REFB=-0.0145589;REVB=0.00751826;RO=95;SAF=21;SAR=34;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139733;STB=0.560419;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0281481;OID=.;OPOS=133918420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:152:95:94:55:58:0.381579:34:21:48:47:34:24:48:46 chr10 133948634 . T C 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.136;QD=58.5689;RBI=0.017071;REFB=0;REVB=0.0160724;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120201;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr10 133954011 . C T 575.37 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00409841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.646;QD=16.5574;RBI=0.0112854;REFB=-0.00941067;REVB=-0.0105149;RO=75;SAF=34;SAR=27;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160352;STB=0.511139;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0120359;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:75:78:61:61:0.438849:27:34:43:32:27:34:45:33 chr10 133955427 . A G 334.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0176629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.53;QD=16.7128;RBI=0.0209657;REFB=-0.0210069;REVB=0.0112952;RO=42;SAF=18;SAR=18;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512493;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0286111;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:44:36:36:0.45:18:18:21:21:18:18:21:23 chr10 133961494 . C T 302.71 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0537519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.674;QD=19.5296;RBI=0.0537797;REFB=-0.0237954;REVB=0.00172838;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188389;STB=0.593691;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0192544;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:30:31:32:0.516129:19:12:18:12:19:13:18:12 chr10 133963466 . A G 1815.78 PASS AF=1;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145622;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8021;QD=61.0346;RBI=0.0423192;REFB=0;REVB=0.0397349;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723876;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:117:119:1:61:56:0:0:62:57:0:0 chr10 133981682 . G A 725.57 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611737;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.6627;QD=63.0932;RBI=0.0622315;REFB=0;REVB=0.0114252;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447357;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:22:24:0:0 chr10 134017295 . A G 456.39 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5725;QD=57.0492;RBI=0.0106821;REFB=0;REVB=-0.00935805;RO=0;SAF=27;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633313;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:4:27:0:0:4:28:0:0 chr10 134018834 . C T 465.64 PASS AF=0.47619;AO=50;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00239194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.776;QD=17.7388;RBI=0.0041618;REFB=-0.0134257;REVB=0.00340576;RO=55;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112818;STB=0.562618;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0172541;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:50:50:0.47619:26:24:33:22:26:24:33:22 chr10 134036193 . A G 98.52 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0291782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1897;QD=14.075;RBI=0.0296116;REFB=0.00737829;REVB=-0.00504803;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822464;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0120086;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:8:8:5:7:8:8 chr10 134145314 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0164;QD=35.5743;RBI=0.0668329;REFB=0;REVB=-0.0668329;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0058807;OID=.;OPOS=134145314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr10 134161633 . A G 194.69 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0174605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.712;QD=40.9876;RBI=0.0276545;REFB=-0.246313;REVB=0.0214454;RO=2;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.599873;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00532096;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:19:19:2:2:17:17:0.894737:13:4:2:0:13:4:2:0 chr10 134218269 . C T 648.3 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0475202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.373;QD=57.6263;RBI=0.0475823;REFB=-0.083701;REVB=0.00243114;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.507358;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000525825;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:1:2:43:43:0.955556:28:15:1:0:28:15:1:1 chr10 134218296 . C G 51.45 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0684577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.855;QD=18.7102;RBI=0.0754035;REFB=-0.0119104;REVB=0.0316105;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.571204;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0657138;OID=.;OPOS=134218296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:1:3:6:1:1:3 chr10 134459388 . A G 312.88 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0211232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0205;QD=21.9562;RBI=0.0240693;REFB=-0.0128652;REVB=0.0115386;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063068;STB=0.53481;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00917856;OID=.;OPOS=134459388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:14:18:16:9:14:18:16:9 chr10 134598628 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.843;QD=60.6077;RBI=0.0230194;REFB=0;REVB=0.0108989;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212198;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr10 134622408 . T C 425.88 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2448;QD=56.7837;RBI=0.0485975;REFB=0;REVB=0.0473093;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116603;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:15:13:0:0:16:14:0:0 chr10 134623959 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.144;QD=59.4355;RBI=0.021671;REFB=0;REVB=-0.0187904;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.49738e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr10 134624504 . C T 450.82 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=102;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0447395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8366;QD=17.6791;RBI=0.0475637;REFB=-0.0112012;REVB=-0.0161459;RO=52;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807411;STB=0.549321;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00894297;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:52:53:49:49:0.480392:25:24:30:22:25:24:31:22 chr10 134738338 . C T 295.14 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0552767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1625;QD=12.9733;RBI=0.0554561;REFB=-0.0181643;REVB=-0.00445641;RO=57;SAF=22;SAR=12;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193577;STB=0.611045;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0459379;OID=.;OPOS=134738338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:12:22:27:30:12:22:27:30 chr10 134777790 . G A 894.3 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0027103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.399;QD=55.034;RBI=0.0204667;REFB=-0.0180545;REVB=0.0202865;RO=2;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209819;STB=0.511108;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=7.38916e-05;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:44:19:0:2:44:19:0:2 chr10 134884516 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.727;QD=56.7059;RBI=0.016162;REFB=0;REVB=0.00813922;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.20132e-05;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr10 134884546 . A G 587.18 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763413;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6573;QD=58.7179;RBI=0.0764747;REFB=0;REVB=-0.00451384;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163886;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:17:23:0:0 chr10 134884595 . G A 972.09 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0403482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.015;QD=54.7654;RBI=0.0541702;REFB=-0.0929292;REVB=0.0361446;RO=2;SAF=39;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004054;STB=0.504026;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000852803;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:68:68:0.957746:29:39:1:1:29:39:2:1 chr10 134884610 . C G 1060.59 PASS AF=0.960526;AO=73;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0145374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8814;QD=55.8203;RBI=0.0349484;REFB=0.0153805;REVB=0.0317813;RO=3;SAF=45;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00396559;STB=0.502098;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00237495;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:76:3:3:73:73:0.960526:28:45:2:1:28:45:2:1 chr10 134886618 . G C 160.47 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.585;QD=45.8475;RBI=0.0415181;REFB=0;REVB=0.0362556;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237991;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:11:3:0:0 chr10 134902396 . C G 101.86 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9108;QD=40.7436;RBI=0.0852911;REFB=0;REVB=-0.0287872;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0067777;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr10 134902398 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2514;QD=40.7617;RBI=0.0142578;REFB=0;REVB=-0.00889981;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46631e-05;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr10 134942166 . A G 643.11 PASS AF=0.435583;AO=71;DP=164;FAO=71;FDP=163;FR=.;FRO=92;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=37;FSRR=55;FWDB=-0.0132425;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0479;QD=15.7819;RBI=0.0382738;REFB=-0.0284753;REVB=-0.0359099;RO=92;SAF=29;SAR=42;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657978;STB=0.50367;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0418633;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:92:92:71:71:0.435583:42:29:37:55:42:29:37:55 chr10 134997480 . C T 217.2 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0104618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3156;QD=16.7077;RBI=0.0219313;REFB=0.0411061;REVB=0.0192752;RO=28;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140123;STB=0.578452;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0284561;OID=.;OPOS=134997480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:17:7:5:23:17:7:5:23 chr10 134999602 . G C 564.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5604;QD=59.4614;RBI=0.0328301;REFB=0;REVB=0.0218776;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105019;OID=.;OPOS=134999602;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr10 135012652 . T C 196.92 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0160184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9393;QD=12.9125;RBI=0.0537902;REFB=-0.0225677;REVB=-0.0513497;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872913;STB=0.54095;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0364299;OID=.;OPOS=135012652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:12:12:15:21:12:12:16:21 chr10 135015427 . C A 115.63 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0495604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.169;QD=30.8352;RBI=0.0506346;REFB=-0.0108203;REVB=0.0103744;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195495;OID=.;OPOS=135015427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:15:2:3:12:12:0.8:8:4:0:2:8:4:1:2 chr10 135016089 . T C 467.43 PASS AF=0.611111;AO=42;DP=71;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0514249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.021;QD=25.9685;RBI=0.0514344;REFB=-0.0448037;REVB=0.000988492;RO=28;SAF=17;SAR=25;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904409;STB=0.521043;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0217919;OID=.;OPOS=135016089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:28:28:42:44:0.611111:25:17:11:17:26:18:10:18 chr10 135032376 . A G 130.67 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00983286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.281;QD=13.7546;RBI=0.0149256;REFB=-0.0164149;REVB=0.0112289;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171272;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0182944;OID=.;OPOS=135032376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:10:13:6:9:10:13 chr10 135051543 . T C 79.63 PASS AF=0.275;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0147048;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.581;QD=7.9632;RBI=0.014989;REFB=-0.0106889;REVB=0.00290511;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24039;STB=0.618626;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0260397;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:40:40:28:29:10:11:0.275:4:6:11:17:5:6:11:18 chr10 135051562 . A G 777.82 PASS AF=1;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1307;QD=63.4955;RBI=0.0716434;REFB=0;REVB=0.0693917;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037134;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:40:49:1:22:18:0:0:31:18:0:0 chr10 135053604 . G A 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00716099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.644;QD=14.6507;RBI=0.00775089;REFB=-0.0178334;REVB=0.00296589;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194471;STB=0.614347;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0213733;OID=.;OPOS=135053604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:3:11:12:7:3:11:12:7 chr10 135053710 . C A 124.12 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0497592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.072;QD=20.686;RBI=0.0503137;REFB=-0.0398309;REVB=0.00744959;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182643;STB=0.603508;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.04122;OID=.;OPOS=135053710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:4:6:5:9:4:6 chr10 135053721 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0142247;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.743;QD=12.7302;RBI=0.0297541;REFB=-0.0225937;REVB=-0.0261336;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0215116;OID=.;OPOS=135053721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:10:12:9:9:0.428571:3:6:4:6:3:6:4:8 chr10 135053768 . CCGGGG CCCGGA,CCGGGA,CCGGG,CGGG 108.56 PASS AF=0,0.533333,0,0.4;AO=2,6,2,2;DP=14;FAO=0,8,0,6;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=0,4,0,0;FSAR=0,4,0,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103857,0.0887927,0.0366747,-0.172309;FXX=0;HRUN=4,4,4,4;LEN=4,1,1,2;MLLD=58.056,62.1965,7.98829,7.76563;QD=28.95;RBI=0.108887,0.100371,0.193803,0.25045;REFB=0.0570721,0.0142435,0.013802,-0.0743048;REVB=-0.0327114,-0.0467991,-0.190301,-0.181756;RO=1;SAF=0,4,0,0;SAR=2,2,2,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0.171372,0,0;STB=0.5,0.555418,0.5,0.5;STBP=1,0.52,1,1;TYPE=mnp,snp,del,del;VARB=0,-0.0201598,0.0167789,0.13575;OID=.,.,.,.;OPOS=135053770,135053773,135053770,135053769;OREF=GGGG,G,G,CG;OALT=CGGA,A,-,-;OMAPALT=CCCGGA,CCGGGA,CCGGG,CGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0,0.533333,0,0.4:2,6,2,2:14:0,8,0,6:15:1:0,4,0,0:0,4,0,6:0:1:26:1:0,4,0,0:2,2,2,2:0:1 chr10 135061112 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0079012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.904;QD=9.76017;RBI=0.0142638;REFB=-0.0164046;REVB=-0.0118755;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577328;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0318107;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:4:8:5:2:4:8 chr10 135076596 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0295253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.341;QD=14.079;RBI=0.0296193;REFB=-0.0279549;REVB=-0.00235836;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349392;STB=0.696724;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0289636;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:15:1:4:8:15:1 chr10 135082346 . A G 191.7 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0113411;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6422;QD=15.6489;RBI=0.224049;REFB=-0.0496471;REVB=-0.223762;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15124;STB=0.539837;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.063714;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:29:20:20:0.408163:10:10:14:7:9:11:14:15 chr10 135084232 . C CAGA 347.9 PASS AF=0.354839;AO=40;DP=124;FAO=44;FDP=124;FR=.;FRO=80;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0150263;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.389;QD=11.2227;RBI=0.0276269;REFB=-0.0179091;REVB=0.023183;RO=79;SAF=21;SAR=19;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692266;STB=0.506605;STBP=0.911;TYPE=ins;VARB=0.0334017;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:40:124:44:124:80:23:21:41:39:99:79:21:19:41:38 chr10 135084322 . A G 383.1 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0940321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6986;QD=13.8053;RBI=0.0998582;REFB=-0.000396938;REVB=-0.0336098;RO=65;SAF=12;SAR=33;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162016;STB=0.59828;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000756272;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:65:66:45:45:0.405405:33:12:26:39:33:12:27:39 chr10 135085321 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.033586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.734;QD=12.7386;RBI=0.0385299;REFB=-0.0315741;REVB=0.018882;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0456833;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr10 135085426 . A G 186.98 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00615987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.911;QD=19.6817;RBI=0.0175257;REFB=-0.0194708;REVB=0.0164075;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0211336;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:18:19:17:19:0.5:11:6:7:11:11:8:8:11 chr10 135085754 . G A 352.44 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00105028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.102;QD=18.3083;RBI=0.00364332;REFB=-0.0118521;REVB=-0.00348866;RO=40;SAF=11;SAR=26;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251453;STB=0.514011;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0134845;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:26:11:11:29:26:11:11:29 chr10 135086380 . C T 34.99 PASS AF=0.833333;AO=3;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0672703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.046;QD=23.3278;RBI=0.0672703;REFB=-0.0849742;REVB=0;RO=1;SAF=3;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019689;OID=.;OPOS=135086380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:3:5:0.833333:0:3:1:0:0:5:1:0 chr10 135087521 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0105698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.779;QD=19.646;RBI=0.012698;REFB=-0.0207651;REVB=0.00703692;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585073;STB=0.553098;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0130253;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:4:7:5:2:4:7:6:2 chr10 135089035 . A G 491.52 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00865127;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1951;QD=17.0964;RBI=0.0232745;REFB=-0.0258834;REVB=0.0216068;RO=61;SAF=24;SAR=29;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00991304;STB=0.500662;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0264804;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:61:62:53:53:0.46087:29:24:27:34:29:24:28:34 chr10 135097434 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0108663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.49;QD=14.0789;RBI=0.0161702;REFB=-0.0179776;REVB=-0.011975;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0281748;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:12:4:3:9:12:4 chr10 135098672 . G A 182.65 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0184988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.381;QD=17.3947;RBI=0.0267541;REFB=-0.0112398;REVB=0.0193281;RO=23;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191355;STB=0.586026;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0104339;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:6:12:11:12:7:12:11:12 chr10 135098798 . G A 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00653387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.278;QD=11.8296;RBI=0.0101606;REFB=-0.0121383;REVB=-0.00778115;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307581;STB=0.683863;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0311615;OID=.;OPOS=135098798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:8:10:3:8:8:10 chr10 135098830 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000637344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.755;QD=10.3792;RBI=0.0208735;REFB=-0.00620251;REVB=-0.0208638;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509244;STB=0.817349;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.012446;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:1:8:8:8:1:8:8:8 chr10 135098845 . C T 45.2 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0107908;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.923;QD=6.95452;RBI=0.0122332;REFB=-0.00350809;REVB=-0.0057628;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139608;STB=0.569413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0158967;OID=.;OPOS=135098845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:15:19:7:7:0.269231:2:5:9:6:2:5:12:7 chr10 135106153 . G A 33.18 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00565912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9238;QD=3.15994;RBI=0.00704533;REFB=0.000287389;REVB=0.00419655;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229245;STB=0.594933;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0047889;OID=.;OPOS=135106153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:32:36:6:6:0.142857:3:3:10:22:3:3:14:22 chr10 135112940 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0385253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.873;QD=17.4006;RBI=0.0452164;REFB=-0.0200131;REVB=0.0236711;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327611;STB=0.675383;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0189735;OID=.;OPOS=135112940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:10:3:7:5:10:3:7:6 chr10 135160950 . C T 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8281;QD=14.3326;RBI=0.118353;REFB=-0.00174814;REVB=0.118353;RO=10;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00947677;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:9:0:0:10:9:0:0:10 chr10 135165790 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.786;QD=59.434;RBI=0.0387061;REFB=0;REVB=-0.0231541;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.05699e-05;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr10 135180430 . A G 1453.38 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.18;QD=63.1906;RBI=0.0163432;REFB=0;REVB=-0.0100778;RO=0;SAF=43;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72476e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:49:43:0:0:49:43:0:0 chr10 135184126 . G A 1089.98 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00404652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.718;QD=57.3673;RBI=0.0486923;REFB=-0.124566;REVB=0.0485239;RO=2;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201241;STB=0.510635;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00276514;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:46:28:0:2:46:28:0:2 chr10 135186806 . A G 594.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9735;QD=60.9544;RBI=0.0507685;REFB=0;REVB=-0.00593081;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312426;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr10 135204610 . GTTTT GTTT,GTTTC 124.17 PASS AF=0.351351,0.135135;AO=9,6;DP=39;FAO=13,5;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=1,0;FSAR=12,5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0539822,-0.00704114;FXX=0.0512689;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.3561,24.0811;QD=13.4235;RBI=0.0551344,0.041761;REFB=-0.0287432,-0.0696698;REVB=0.0112128,0.0411632;RO=19;SAF=1,0;SAR=8,6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0.402312,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.291095,-0.662909;STB=0.734226,0.996839;STBP=0.123,0.105;TYPE=del,snp;VARB=0.0786021,0.0672082;OID=.,.;OPOS=135204611,135204614;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTT,GTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351,0.135135:9,6:39:13,5:37:19:1,0:12,5:5:14:70:19:1,0:8,6:5:14 chr10 135204950 . C G 623.84 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0360775;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.316;QD=59.4134;RBI=0.038834;REFB=-0.0766235;REVB=0.0143699;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000661648;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:1:0:24:17:1:0 chr10 135205009 . C G 1227.49 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.429;QD=61.3743;RBI=0.0420838;REFB=0;REVB=0.000457122;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57015e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr10 135233541 . A G 1379.28 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569708;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.438;QD=62.6947;RBI=0.0160909;REFB=0;REVB=0.0150486;RO=0;SAF=58;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66478e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:29:58:0:0:29:59:0:0 chr10 135269788 . G A 263.48 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0310777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.416;QD=19.5172;RBI=0.050637;REFB=-0.0347975;REVB=0.0399785;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12411;STB=0.568816;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0457162;OID=.;OPOS=135269788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:10:18:20:6:10:18:20:6 chr10 135269866 . G T 140.96 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0309206;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1519;QD=17.6194;RBI=0.031703;REFB=-0.0382012;REVB=-0.00699971;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170229;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.136583;OID=.;OPOS=135269866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:32:16:14:13:14:0.4375:8:5:9:7:8:6:8:6 chr10 135270837 . TC T 135.46 PASS AF=0.714286;AO=17;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0759166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.4453;QD=19.3514;RBI=0.0843001;REFB=0.00817623;REVB=-0.0366493;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904398;STB=0.565151;STBP=0.264;TYPE=del;VARB=-0.0044651;OID=.;OPOS=135270838;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:17:28:20:28:8:8:12:5:3:41:9:7:10:5:4 chr10 135271789 . C T 1044.11 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018717;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.006;QD=59.6635;RBI=0.038762;REFB=0;REVB=0.0387168;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90246e-05;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr10 135278193 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.929;QD=55.6516;RBI=0.014048;REFB=0;REVB=-0.0132853;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.34702e-05;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr10 135278244 . CTGGGGTGTGGGGT CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA 94.57 PASS AF=0.666667,0.333333;AO=5,3;DP=10;FAO=6,3;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382725,0.0103855;FXX=0.181653;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=135.858,74.8499;QD=42.0331;RBI=0.0819351,0.0206995;REFB=0,0;REVB=0.0818456,-0.0179056;RO=0;SAF=2,3;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.010005,-0.0213477;OID=.,.;OPOS=135278245,135278257;OREF=TGGGGTG,T;OALT=-,A;OMAPALT=CTGGGGT,CTGGGGTGTGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.333333:5,3:10:6,3:9:0:2,3:4,0:0:0:18:0:2,3:3,0:0:0 chr10 135279810 . T G 758.76 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117535;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.241;QD=63.2296;RBI=0.0318797;REFB=0;REVB=0.029634;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215329;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:26:20:0:0:28:20:0:0 chr10 135280765 . C T 786.89 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.315;QD=55.2202;RBI=0.0565602;REFB=-0.0309523;REVB=0.0556472;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508769;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000568042;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:28:28:1:0:28:28:1:0 chr10 135347397 . T C 599.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2257;QD=59.9202;RBI=0.0557516;REFB=0;REVB=0.0450001;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217978;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:12:28:0:0 chr10 135351362 . T C 153.76 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00252154;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.684;QD=20.5013;RBI=0.0115997;REFB=-0.0168139;REVB=0.0113223;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330708;STB=0.687265;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00988688;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:10:4:11:5:10:4 chr10 135368163 . A G 144.24 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00474356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.854;QD=17.4831;RBI=0.0216367;REFB=0.000505275;REVB=0.0211103;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353611;STB=0.712032;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.000364076;OID=.;OPOS=135368163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:12:3:9:8:13:3:9:8 chr10 135368590 . T C 251.84 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0149786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.14;QD=27.2262;RBI=0.0346032;REFB=-0.0103768;REVB=-0.0311934;RO=14;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034087;STB=0.518852;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00625839;OID=.;OPOS=135368590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:12:11:6:8:12:11:6:8 chr10 135369532 . T C 231.03 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0630341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3587;QD=16.5024;RBI=0.0742061;REFB=-0.00967795;REVB=-0.0391567;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281794;STB=0.515911;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00892927;OID=.;OPOS=135369532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:18:8:10:20:18:8:10:20 chr10 135370343 . G A 339.89 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0352303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4556;QD=29.5556;RBI=0.0396825;REFB=-0.00328669;REVB=0.0182628;RO=17;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159943;STB=0.588172;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00181457;OID=.;OPOS=135370343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:20:9:9:8:20:9:9:8 chr10 135370633 . C T 57.29 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0048475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.136;QD=12.7321;RBI=0.0223998;REFB=-0.0384505;REVB=0.021869;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153362;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0542202;OID=.;OPOS=135370633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:5:3:2:7:5:3:3:7 chr10 135370639 . C A 80.04 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0433333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6846;QD=16.8497;RBI=0.0457131;REFB=-0.0311503;REVB=-0.0145573;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157971;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0413619;OID=.;OPOS=135370639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:2:7:6:4:2:7 chr10 135372870 . C G 238.5 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000999486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.996;QD=27.2574;RBI=0.00997887;REFB=-0.0285637;REVB=0.00992869;RO=13;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158719;STB=0.588152;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0233639;OID=.;OPOS=135372870;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:15:7:7:6:15:7:7:6 chr10 135373591 . C T 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0261013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.956;QD=14.6534;RBI=0.0443761;REFB=0.0125135;REVB=0.0358881;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335325;STB=0.699474;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.0184892;OID=.;OPOS=135373591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:3:5:2:6:3:5 chr10 135381425 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0576615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0718;QD=12.3961;RBI=0.0580365;REFB=-0.0036131;REVB=0.00658632;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00666896;OID=.;OPOS=135381425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr10 135381443 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0200266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.09;QD=12.3963;RBI=0.0217216;REFB=-0.0201398;REVB=-0.00841201;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0138686;OID=.;OPOS=135381443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr10 135381623 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0135212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.966;QD=14.0966;RBI=0.06114;REFB=-0.0148553;REVB=-0.0596261;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115026;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0169926;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:12:14:11:11:0.44:6:5:7:5:6:5:7:7 chr10 135381766 . C T 191.52 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0364251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.648;QD=22.5323;RBI=0.0374247;REFB=5.12871e-05;REVB=0.00859216;RO=14;SAF=3;SAR=16;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158003;STB=0.580218;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000137645;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:19:19:0.558824:16:3:4:10:16:3:4:11 chr10 135438888 . C T 45.53 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.118103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9864;QD=26.0168;RBI=0.119825;REFB=-0.075112;REVB=0.0202363;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.02964;OID=.;OPOS=135438888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr10 135438929 . T G 57.1 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0292837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4389;QD=28.5494;RBI=0.0636663;REFB=-0.0404929;REVB=-0.056532;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=5.31828e-05;OID=.;OPOS=135438929;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:0:1:6:1:0:1 chr10 135438951 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.557;QD=37.4885;RBI=0.0297863;REFB=0;REVB=0.0296782;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266225;OID=.;OPOS=135438951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr10 135438955 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.481;QD=37.4885;RBI=0.0652534;REFB=0;REVB=0.0279634;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745646;OID=.;OPOS=135438955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr10 135438967 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.829;QD=37.4885;RBI=0.130529;REFB=0;REVB=0.0104736;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00277919;OID=.;OPOS=135438967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr10 135438977 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.246;QD=39.2068;RBI=0.0446024;REFB=0;REVB=0.0393502;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781537;OID=.;OPOS=135438977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr10 135440203 . A T 268.0 PASS AF=0.766667;AO=22;DP=29;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0167244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.1;QD=35.7337;RBI=0.0304774;REFB=-0.0353979;REVB=0.0254787;RO=7;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135308;STB=0.565161;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00730208;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:30:7:7:22:23:0.766667:9:13:2:5:10:13:2:5 chr11 193722 . A G 122.77 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0191292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6421;QD=15.3464;RBI=0.0210182;REFB=-0.034309;REVB=-0.00870852;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.526281;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0260864;OID=.;OPOS=193722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:17:14:15:0.46875:6:8:9:5:6:9:11:6 chr11 193863 . T C 920.03 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.403;QD=58.4145;RBI=0.0202428;REFB=0;REVB=0.0114599;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2841e-05;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:28:35:0:0 chr11 193865 . T G 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.000500999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.211;QD=9.40152;RBI=0.0216072;REFB=-0.00502136;REVB=-0.0216014;RO=40;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577249;STB=0.505612;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0106091;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:43:20:20:0.31746:9:11:24:16:9:11:24:19 chr11 197337 . G A 510.22 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000297071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.817;QD=52.3303;RBI=0.0265603;REFB=-0.0189012;REVB=0.0265586;RO=3;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07184;STB=0.53844;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.000325961;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:18:18:0:3:18:18:0:3 chr11 223796 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.637;QD=57.6739;RBI=0.137252;REFB=0;REVB=2.19662e-05;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707898;OID=.;OPOS=223796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 223823 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.872;QD=47.8224;RBI=0.00572907;REFB=0;REVB=0.00572907;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51648e-05;OID=.;OPOS=223823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr11 223832 . C A 119.06 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6002;QD=34.0166;RBI=0.0107305;REFB=-0.215439;REVB=-0.0107305;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02609;OID=.;OPOS=223832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:0:2:12:12:0.857143:12:0:0:0:12:0:0:2 chr11 237087 . A G 1523.13 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.4;QD=58.5818;RBI=0.0305092;REFB=-0.108283;REVB=-0.0182206;RO=0;SAF=61;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18616e-08;STB=0.504064;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000258574;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:104:0:1:102:103:0.990385:41:61:0:0:42:61:1:0 chr11 244106 . A G 273.16 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.851;QD=52.0311;RBI=0.0513787;REFB=0;REVB=0.0494535;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100923;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:4:15:0:0:6:15:0:0 chr11 244108 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.841;QD=51.9167;RBI=0.017071;REFB=0;REVB=-0.0168677;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28764e-05;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr11 244115 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.901;QD=52.6097;RBI=0.0792606;REFB=0;REVB=0.00727823;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134441;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 244129 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8322;QD=54.5173;RBI=0.037804;REFB=0;REVB=-0.00619142;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621207;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 244141 . G A 224.49 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0063393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.479;QD=42.7602;RBI=0.0458675;REFB=-0.0674808;REVB=-0.0454273;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00601981;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:8:11:1:1:8:11:1:1 chr11 244167 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.667;QD=47.822;RBI=0.0388008;REFB=0;REVB=0.030822;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513266;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 244171 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.059;QD=47.8224;RBI=0.0217132;REFB=0;REVB=0.00596945;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107663;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr11 244197 . T C 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000365131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.117;QD=42.1695;RBI=0.0127476;REFB=0;REVB=-0.0127424;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284265;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 244414 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9593;QD=58.5861;RBI=0.061889;REFB=0;REVB=0.00194643;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490373;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 244490 . ATACCTTTTAGTACCTTTTAGA ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA 219.9 PASS AF=0,1;AO=3,12;DP=17;FAO=0,18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981057,0.00582593;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=11,10;MLLD=212.794,358.829;QD=48.8662;RBI=0.0180007,0.0378514;REFB=0,0;REVB=0.0150923,0.0374004;RO=0;SAF=0,8;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000118256;OID=.,.;OPOS=244501,244491;OREF=TACCTTTTAGA,TACCTTTTAG;OALT=-,-;OMAPALT=ATACCTTTTAG,ATACCTTTTAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,12:17:0,18:18:0:0,9:0,9:0:0:4:0:0,8:3,4:0:0 chr11 284257 . G A 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0112502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.483;QD=12.942;RBI=0.0284501;REFB=-0.0193434;REVB=-0.0261313;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28395;STB=0.666444;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0279153;OID=.;OPOS=284257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:5:10:10:15:5:10:10:15 chr11 290816 . A G 252.79 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00862895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.337;QD=21.0656;RBI=0.0146374;REFB=0.00735434;REVB=0.0118234;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150974;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00569248;OID=.;OPOS=290816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:15:9:9:14:15:9:9:15 chr11 290891 . T C 161.35 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0335754;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.252;QD=17.9272;RBI=0.0352023;REFB=-0.0403908;REVB=0.0105782;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545399;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.029435;OID=.;OPOS=290891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:17:19:17:17:0.472222:5:12:12:5:5:12:12:7 chr11 290918 . G A 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00585487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.776;QD=18.7771;RBI=0.00883813;REFB=-0.037272;REVB=0.00662066;RO=26;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353657;STB=0.519802;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0307627;OID=.;OPOS=290918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:11:15:16:10:11:15:16:10 chr11 294119 . C T 304.89 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0203111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.703;QD=26.5126;RBI=0.0351734;REFB=-0.0152121;REVB=0.0287162;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400468;STB=0.522168;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00862761;OID=.;OPOS=294119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:17:10:8:11:17:10:8:11 chr11 294375 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0164121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.788;QD=19.5232;RBI=0.0173685;REFB=-0.016055;REVB=-0.00568395;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0126148;OID=.;OPOS=294375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:6:6:8:6:6:6 chr11 299410 . CC CG,GG 171.06 PASS AF=0.484848,0.0606061;AO=16,2;DP=33;FAO=16,2;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4,1;FSAR=12,1;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0245372,-0.0194617;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=285.244,239.711;QD=20.7344;RBI=0.024544,0.0194632;REFB=-0.00484425,-0.00382906;REVB=-0.000575258,-0.000243891;RO=15;SAF=4,1;SAR=12,1;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144933,0.448831;STB=0.581303,0.821645;STBP=0.511,0.71;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00685872,-0.0181701;OID=.,.;OPOS=299411,299410;OREF=C,CC;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:16,2:16,2:0.484848,0.0606061:12,1:4,1:2:13:12,1:4,1:2:13 chr11 308290 . T C 548.75 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0552832;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.3012;QD=59.3245;RBI=0.0708991;REFB=0;REVB=-0.0443897;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010161;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:19:18:0:0 chr11 308314 . T C 310.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709244;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.634;QD=53.9949;RBI=0.0238686;REFB=0;REVB=0.0227906;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73229e-05;OID=.;OPOS=308314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr11 308362 . T TC 197.85 PASS AF=1;AO=4;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0858256;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.468;QD=41.6533;RBI=0.089059;REFB=0;REVB=-0.0237798;RO=15;SAF=0;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.626522;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00138991;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:19:19:19:0:5:14:0:0:4:15:0:4:5:10 chr11 308363 . G C 239.02 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.342;QD=50.3197;RBI=0.0698357;REFB=0;REVB=-0.000319301;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771603;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr11 308426 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.814;QD=42.1819;RBI=0.0397364;REFB=0;REVB=-0.0342715;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444389;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 309127 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.637;QD=60.2284;RBI=0.0617153;REFB=0;REVB=-0.0447574;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13077e-05;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr11 314207 . C G 684.81 PASS AF=1;AO=35;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389624;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.2788;QD=59.5488;RBI=0.138563;REFB=0;REVB=0.132972;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146886;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:35:46:1:8:27:0:0:16:30:0:0 chr11 372157 . C T 122.6 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.10327;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9199;QD=14.8609;RBI=0.105931;REFB=-0.0280146;REVB=-0.0235947;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150708;STB=0.588103;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0467501;OID=.;OPOS=372157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:11:8:4:10:11:8 chr11 372700 . G C 45.08 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0201234;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=185.939;QD=7.83929;RBI=0.0217604;REFB=-0.0196097;REVB=0.00828041;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.571216;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0308147;OID=.;OPOS=372700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:7:16:5:7:0.304348:4:1:4:3:5:2:6:10 chr11 400040 . A G 287.76 PASS AF=0.444444;AO=30;DP=70;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.0107777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.737;QD=15.9864;RBI=0.0306704;REFB=-0.0119706;REVB=-0.0287143;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126969;STB=0.561032;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0147092;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:40:30:32:0.444444:18:12:11:28:20:12:11:29 chr11 400109 . A G 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.649;QD=60.6059;RBI=0.0122685;REFB=0;REVB=-0.00390859;RO=0;SAF=1;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25004e-05;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:37:1:0:0:37:1:0:0 chr11 403980 . G A 483.11 PASS AF=0.580247;AO=45;DP=77;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00684267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.965;QD=23.8571;RBI=0.0307812;REFB=-0.0292121;REVB=-0.030011;RO=31;SAF=24;SAR=21;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108917;STB=0.545005;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0188945;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:81:31:34:45:47:0.580247:21:24:21:10:23:24:21:13 chr11 404317 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0827933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9728;QD=16.4264;RBI=0.0845385;REFB=0.0198087;REVB=0.0170886;RO=11;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0146049;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:2:9:9:2:2:9:9:2 chr11 404468 . G A 242.12 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0185819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6353;QD=22.5228;RBI=0.0417457;REFB=-0.0272979;REVB=0.0373821;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15005;STB=0.583603;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0189486;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:14:6:11:12:14:6 chr11 406043 . G A 1079.09 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.327;QD=59.128;RBI=0.0262051;REFB=0;REVB=0.00162753;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.87767e-05;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:65:73:1:28:37:0:0:31:42:0:0 chr11 428385 . A G 293.31 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299363;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7877;QD=53.329;RBI=0.0789071;REFB=0;REVB=-0.0730079;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000996871;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 428489 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.145;QD=42.1826;RBI=0.0297966;REFB=0;REVB=-0.0131992;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147564;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 429659 . C T 313.24 PASS AF=0.622222;AO=20;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0131183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2485;QD=27.8436;RBI=0.0271996;REFB=0.00401235;REVB=-0.0238271;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539316;STB=0.522168;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00627746;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:17:20:28:0.622222:12:8:5:10:18:10:7:10 chr11 429660 . G T 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0143587;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.481;QD=4.30991;RBI=0.014715;REFB=-0.0049837;REVB=0.00321838;RO=38;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198323;STB=0.637132;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00926798;OID=.;OPOS=429660;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:6:2:15:23:6:2:15:23 chr11 431757 . C T 157.35 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0207949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.805;QD=9.53643;RBI=0.0215021;REFB=-0.00722102;REVB=-0.00546925;RO=45;SAF=5;SAR=16;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269648;STB=0.660992;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0196798;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:16:5:20:25:16:5:20:25 chr11 431834 . A G 239.19 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.156;QD=50.3554;RBI=0.0138279;REFB=0;REVB=-0.0138279;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.23432e-05;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr11 433387 . A G 719.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.427;QD=62.5349;RBI=0.0173972;REFB=0;REVB=-0.00311329;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01848e-05;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:20:25:0:0:21:25:0:0 chr11 494942 . G C 45.08 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0400829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9869;QD=8.19609;RBI=0.0711411;REFB=-0.0152584;REVB=-0.0587743;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11411;STB=0.571224;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.032598;OID=.;OPOS=494942;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:7:8:3:4:7:8 chr11 499059 . C T 485.09 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0418177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.879;QD=21.091;RBI=0.094052;REFB=-0.0171;REVB=0.084244;RO=43;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268418;STB=0.524049;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0149143;OID=.;OPOS=499059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:43:45:47:47:0.51087:27:20:17:26:27:20:17:28 chr11 499547 . A C 297.16 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0202148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.5;QD=18.2868;RBI=0.0206234;REFB=0.00218887;REVB=-0.00408463;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224936;STB=0.630252;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00193203;OID=.;OPOS=499547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:18:13:22:11:19:13:22:11 chr11 499583 . G A 200.53 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0134223;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.788;QD=13.595;RBI=0.0136887;REFB=-0.0197781;REVB=0.0026872;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376347;STB=0.715109;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0652327;OID=.;OPOS=499583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:35:24:24:0.40678:17:7:23:12:17:7:23:12 chr11 534242 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0258683;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.85;QD=11.1982;RBI=0.0265873;REFB=0.00877891;REVB=0.00614111;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190262;STB=0.605864;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.013545;OID=.;OPOS=534242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:10:2:6:15:10:2:6:16 chr11 549959 . C T 457.67 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000179093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.731;QD=52.3048;RBI=0.0437582;REFB=0.0896434;REVB=0.0437579;RO=2;SAF=19;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466437;STB=0.523795;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00173695;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:13:19:2:0:13:20:2:0 chr11 551235 . G A 375.66 PASS AF=0.527027;AO=29;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00531734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2473;QD=20.3058;RBI=0.00937523;REFB=-0.00786343;REVB=-0.00772145;RO=28;SAF=25;SAR=4;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36756;STB=0.581895;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0087286;OID=.;OPOS=551235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:35:29:39:0.527027:4:25:16:12:10:29:21:14 chr11 551753 . G A 300.76 PASS AF=0.395349;AO=32;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00333126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.733;QD=13.9889;RBI=0.00627415;REFB=-0.013578;REVB=0.00531673;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178482;STB=0.598315;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0173732;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:52:52:32:34:0.395349:15:17:19:33:16:18:19:33 chr11 554047 . G A 317.05 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0400301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.532;QD=26.4204;RBI=0.0404553;REFB=-0.0215912;REVB=0.00585015;RO=19;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159019;STB=0.566618;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0237145;OID=.;OPOS=554047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:20:27:28:0.583333:10:17:8:11:11:17:9:11 chr11 554166 . C G 586.18 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.811;QD=60.1206;RBI=0.0669408;REFB=0;REVB=0.00127882;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277717;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:25:14:0:0 chr11 554214 . G C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.126;QD=61.3324;RBI=0.0979688;REFB=0;REVB=0.00135555;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654407;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr11 556521 . C G 489.85 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00026507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0071;QD=55.983;RBI=0.0831696;REFB=-0.127313;REVB=-0.0831692;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346006;STB=0.518508;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00230523;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:13:21:0:1:13:21:0:1 chr11 556857 . G C 776.88 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0756631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.207;QD=63.4187;RBI=0.0947496;REFB=0;REVB=0.0570314;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000679688;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:27:20:0:0:27:22:0:0 chr11 557989 . C T 616.99 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=129;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=0.0651522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9096;QD=19.1315;RBI=0.0663803;REFB=-0.025873;REVB=0.0127097;RO=65;SAF=38;SAR=25;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266623;STB=0.517861;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0318998;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:65:66:63:63:0.488372:25:38:41:24:25:38:42:24 chr11 559016 . C T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.762;QD=48.7281;RBI=0.0334154;REFB=0;REVB=-0.0274181;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51774e-05;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr11 562437 . G A 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00753515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.521;QD=16.4202;RBI=0.0209803;REFB=-0.0361268;REVB=-0.0195804;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13356;STB=0.575112;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0425166;OID=.;OPOS=562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:16:13:20:14:16:13:20:14 chr11 587425 . C A 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0288527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.921;QD=23.8208;RBI=0.0288622;REFB=-0.013921;REVB=-0.00074261;RO=17;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126138;STB=0.507036;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00998009;OID=.;OPOS=587425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:10:12:9:8:10:12:9:8 chr11 607174 . C CA 66.65 PASS AF=0.722222;AO=2;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0713563;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=17.2149;QD=14.8108;RBI=0.0717373;REFB=-0.0178267;REVB=-0.00738446;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566117;STB=0.59308;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=0.0387126;OID=.;OPOS=607175;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:2:19:13:18:5:7:6:1:4:24:17:2:0:7:10 chr11 607175 . G A 95.82 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00431802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0938;QD=21.2933;RBI=0.0579381;REFB=-0.0686395;REVB=0.0577769;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765456;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0352774;OID=.;OPOS=607175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:18:18:6:7:11:11:0.611111:6:5:2:4:6:5:3:4 chr11 609353 . G A 242.87 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0186055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.551;QD=22.5928;RBI=0.0186694;REFB=-0.00966086;REVB=-0.00154287;RO=20;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829308;STB=0.553024;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00579908;OID=.;OPOS=609353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:5:17:14:6:5:18:14:6 chr11 610277 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3551;QD=52.6132;RBI=0.0288406;REFB=0;REVB=-0.0255374;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000879591;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr11 614318 . T C 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0290984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.61;QD=14.6477;RBI=0.0335568;REFB=-0.00270155;REVB=-0.0167136;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0045352;OID=.;OPOS=614318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr11 614864 . C T 490.21 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.871;QD=56.0243;RBI=0.0504466;REFB=-0.15792;REVB=-0.0103547;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00121656;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:1:0:14:20:1:0 chr11 616970 . A T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.494;QD=47.8224;RBI=0.014479;REFB=0;REVB=0.0139491;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122583;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr11 617378 . C T 38.08 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00122123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0546;QD=10.1541;RBI=0.0290006;REFB=-0.0330144;REVB=-0.0289749;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39381;STB=0.732723;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0844463;OID=.;OPOS=617378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:8:1:3:3:8:1 chr11 617420 . A G 217.62 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.00871218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4557;QD=16.7398;RBI=0.014703;REFB=-0.0542306;REVB=0.0118438;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159937;STB=0.5967;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0384754;OID=.;OPOS=617420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:28:23:24:0.461538:8:15:20:5:9:15:22:6 chr11 617519 . A G 396.54 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00545074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7502;QD=17.822;RBI=0.00674631;REFB=-0.0315076;REVB=-0.00397518;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152531;STB=0.508526;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0399341;OID=.;OPOS=617519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:19:22:25:23:19:22:25:23 chr11 617537 . C T 434.89 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0164896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7141;QD=20.9584;RBI=0.0217261;REFB=-0.00757688;REVB=-0.0141464;RO=37;SAF=23;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00476751;STB=0.516846;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00946573;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:40:43:43:0.518072:20:23:20:17:20:23:20:20 chr11 617967 . C G 888.45 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443413;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.981;QD=58.2588;RBI=0.0534839;REFB=0;REVB=0.0299062;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011391;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr11 618013 . C T 225.88 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00420072;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5854;QD=13.0947;RBI=0.044783;REFB=-0.0187504;REVB=0.0445855;RO=42;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125122;STB=0.572115;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0497945;OID=.;OPOS=618013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:20:7:15:27:20:7:15:27 chr11 618997 . GGC G,GAC 162.4 PASS AF=0.15,0.7;AO=3,9;DP=22;FAO=3,14;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=1,6;FSAR=2,8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0304275,0.195507;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=8.43528,56.1615;QD=32.4808;RBI=0.0336583,0.195523;REFB=-0.284694,-0.136819;REVB=0.014389,0.0025011;RO=1;SAF=1,3;SAR=2,6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.163246,0.0684198;STB=0.5,0.517217;STBP=1,0.796;TYPE=del,snp;VARB=0.218283,0.0309373;OID=.,.;OPOS=618998,618998;OREF=GC,G;OALT=-,A;OMAPALT=G,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15,0.7:3,9:22:3,14:20:3:1,6:2,8:1:2:16:1:1,3:2,6:0:1 chr11 619789 . T G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0220559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.928;QD=12.0157;RBI=0.0225261;REFB=-0.00670426;REVB=-0.00457844;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0149817;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr11 621634 . G A 317.55 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0039316;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.476;QD=25.9225;RBI=0.0140553;REFB=-0.0154759;REVB=0.0134942;RO=20;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289084;STB=0.651157;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0173522;OID=.;OPOS=621634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:21:28:28:0.571429:19:9:14:6:19:9:14:7 chr11 654043 . G A 203.06 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00777377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1694;QD=12.3069;RBI=0.012118;REFB=-0.0064625;REVB=-0.00929595;RO=41;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243019;STB=0.639888;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00774555;OID=.;OPOS=654043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:41:25:25:0.378788:16:9:24:17:16:9:24:17 chr11 709401 . A G 256.38 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0498639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2657;QD=44.5877;RBI=0.135042;REFB=0.0715347;REVB=-0.125498;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116515;STB=0.506323;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0103878;OID=.;OPOS=709401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:12:9:1:1:12:9:1:1 chr11 720197 . C T 176.33 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0490585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2555;QD=22.0409;RBI=0.0509938;REFB=-0.0542199;REVB=0.0139151;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.026956;OID=.;OPOS=720197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:13:13:17:19:0.59375:7:10:6:7:9:10:6:7 chr11 726178 . G C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.763;QD=28.537;RBI=0.0561974;REFB=0.0403137;REVB=0.0494646;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.000612058;OID=.;OPOS=726178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr11 771034 . A G 164.3 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00889723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.817;QD=13.6915;RBI=0.0222966;REFB=-0.00564512;REVB=-0.0204445;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149609;STB=0.575953;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00670463;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:8:10:12:17:8:10:13:17 chr11 790762 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.103349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.8532;QD=15.8818;RBI=0.107605;REFB=-0.0133943;REVB=-0.0299628;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.631356;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0203591;OID=.;OPOS=790762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:1:9:7:3:1:9 chr11 822588 . C T 136.04 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=41;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00869381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.999;QD=12.3674;RBI=0.010947;REFB=-0.00688013;REVB=0.00665234;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285262;STB=0.636206;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0119708;OID=.;OPOS=822588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:28:28:13:16:0.363636:7:6:20:8:8:8:20:8 chr11 823809 . C G 310.82 PASS AF=0.489362;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0541346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.9134;QD=26.4531;RBI=0.0750437;REFB=-0.0923133;REVB=-0.0519712;RO=10;SAF=15;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142368;STB=0.52314;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.022354;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:10:14:21:23:0.489362:6:15:5:5:7:16:9:5 chr11 823861 . C CG 30.14 PASS AF=0.215686;AO=19;DP=55;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.000739728;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.2134;QD=2.36388;RBI=0.136384;REFB=-0.00230722;REVB=-0.136382;RO=33;SAF=17;SAR=2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483028;STB=0.819791;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.10819;OID=.;OPOS=823862;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215686:19:55:11:51:40:10:1:25:15:30:33:17:2:19:14 chr11 829539 . A G 330.23 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=95;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0474649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.251;QD=13.4787;RBI=0.0583113;REFB=-0.026969;REVB=-0.0338717;RO=58;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217738;STB=0.607144;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0429896;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:58:61:37:37:0.377551:16:21:21:37:16:21:24:37 chr11 830670 . G T 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.030301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.401;QD=19.0005;RBI=0.0316265;REFB=-0.0375417;REVB=0.00906001;RO=17;SAF=15;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522708;STB=0.80315;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0342366;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:2:15:7:10:2:15:7:10 chr11 831122 . C T 132.81 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0191919;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.426;QD=14.3579;RBI=0.0193281;REFB=-0.0132301;REVB=-0.00229036;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101896;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0202101;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:22:15:15:0.405405:8:7:13:10:8:7:13:9 chr11 837582 . G A 297.75 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0241431;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2272;QD=15.6712;RBI=0.0402692;REFB=-0.023877;REVB=-0.0322292;RO=43;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108321;STB=0.56094;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0465995;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:43:43:33:33:0.434211:18:15:15:28:18:15:15:28 chr11 862652 . T C 435.03 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8905;QD=54.3785;RBI=0.0198653;REFB=0.0751218;REVB=-0.00670868;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00421923;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:0:1:13:18:0:1 chr11 870095 . G A 420.23 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0090022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.201;QD=23.0264;RBI=0.0119715;REFB=-0.0308366;REVB=0.00789153;RO=29;SAF=6;SAR=35;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128476;STB=0.558252;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0214248;OID=.;OPOS=870095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:29:32:41:41:0.561644:35:6:4:25:35:6:7:25 chr11 870446 . G A 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.232;QD=50.1335;RBI=0.0420726;REFB=-0.0997021;REVB=0.0219429;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.517227;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00557192;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:10:14:1:0:10:14:1:0 chr11 900929 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.254;QD=42.1826;RBI=0.0350519;REFB=0;REVB=0.0348392;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675799;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 903070 . G C 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.537;QD=58.5781;RBI=0.0296736;REFB=0;REVB=0.0295808;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124551;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr11 986800 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0347528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3175;QD=17.1;RBI=0.0782246;REFB=-0.0119917;REVB=0.0700809;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211553;STB=0.620527;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00776683;OID=.;OPOS=986800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:4:11:7:7:4:11 chr11 1010649 . C T 823.08 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041388;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2812;QD=57.7597;RBI=0.0415677;REFB=0;REVB=0.00386033;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285709;OID=.;OPOS=1010649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:40:17:0:0:40:17:0:0 chr11 1016594 . A G 64.97 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0229204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.661;QD=9.6253;RBI=0.099957;REFB=-0.0121279;REVB=-0.0972937;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363052;STB=0.636033;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0710678;OID=.;OPOS=1016594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:14:18:11:9:0.333333:9:2:7:7:7:2:7:11 chr11 1016604 . ACT GGC 89.69 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0412264;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=3;MLLD=120.583;QD=11.9589;RBI=0.047346;REFB=-0.00165927;REVB=-0.0232816;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145894;STB=0.572193;STBP=0.518;TYPE=mnp;VARB=0.00424801;OID=.;OPOS=1016604;OREF=ACT;OALT=GGC;OMAPALT=GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:32:30:18:19:11:11:0.366667:7:4:9:9:7:4:9:10 chr11 1016614 . G T 221.69 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0239643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.427;QD=18.474;RBI=0.0655815;REFB=-0.0148333;REVB=-0.0610462;RO=25;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158474;STB=0.583252;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0255954;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:17:5:9:16:17:5:9:17 chr11 1016618 . G C 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00242934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.702;QD=15.5774;RBI=0.0221154;REFB=-0.0213888;REVB=-0.0219816;RO=30;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626625;STB=0.535684;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0284179;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:18:6:9:21:18:6:9:21 chr11 1016665 . C T 126.06 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.0143454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.087;QD=6.46442;RBI=0.0384775;REFB=-0.0207304;REVB=-0.0357034;RO=55;SAF=3;SAR=16;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182899;STB=0.597688;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0555549;OID=.;OPOS=1016665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:55:59:19:19:0.24359:16:3:14:41:16:3:14:45 chr11 1016713 . T C 50.49 PASS AF=0.120879;AO=10;DP=92;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=62;FWDB=0.0675915;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.798;QD=2.21956;RBI=0.0724462;REFB=-0.0128187;REVB=-0.0260738;RO=80;SAF=1;SAR=9;SRF=18;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257121;STB=0.724675;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0420135;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:92:91:80:80:10:11:0.120879:9:1:18:62:10:1:18:62 chr11 1016724 . A G 58.72 PASS AF=0.136364;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=58;FWDB=-0.0433413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.897;QD=2.6691;RBI=0.0457899;REFB=-0.0128298;REVB=-0.0147732;RO=72;SAF=2;SAR=10;SRF=17;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131562;STB=0.595063;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.054642;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:88:72:76:12:12:0.136364:10:2:17:55:10:2:18:58 chr11 1016776 . C T 153.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0228915;FXX=0.0877039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.067;QD=11.833;RBI=0.0291077;REFB=-0.0194758;REVB=-0.0179787;RO=32;SAF=2;SAR=17;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405743;STB=0.738818;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0295705;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:52:32:33:19:19:0.365385:17:2:11:21:17:2:11:22 chr11 1016789 . T A 32.99 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=-0.0408661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4323;QD=2.02986;RBI=0.0485935;REFB=-0.0101369;REVB=-0.0262925;RO=57;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182809;STB=0.642387;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0695487;OID=.;OPOS=1016789;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:65:57:58:7:7:0.107692:6:1:14:43:6:1:14:44 chr11 1016798 . AGGGT AGAGA 59.29 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=45;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0201943;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=140.891;QD=4.23483;RBI=0.0783806;REFB=-0.049949;REVB=-0.0757344;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241738;STB=0.642387;STBP=0.517;TYPE=mnp;VARB=0.112421;OID=.;OPOS=1016800;OREF=GGT;OALT=AGA;OMAPALT=AGAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:7:56:7:56:45:1:6:11:34:39:39:1:6:11:28 chr11 1016825 . G A 104.63 PASS AF=0.152174;AO=21;DP=138;FAO=21;FDP=138;FR=.;FRO=117;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=94;FWDB=-0.0104394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.1181;QD=3.03266;RBI=0.0317103;REFB=-0.00479955;REVB=-0.0299426;RO=116;SAF=5;SAR=16;SRF=22;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916602;STB=0.551057;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0336837;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:116:117:21:21:0.152174:16:5:22:94:16:5:23:94 chr11 1016833 . G T 30.88 PASS AF=0.0696203;AO=11;DP=151;FAO=11;FDP=158;FR=.;FRO=147;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=115;FWDB=0.0107179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9035;QD=0.781895;RBI=0.0109319;REFB=-0.00438271;REVB=-0.00215243;RO=140;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195186;STB=0.65922;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0713569;OID=.;OPOS=1016833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:151:158:140:147:11:11:0.0696203:7:4:31:109:7:4:32:115 chr11 1016834 . G A 136.13 PASS AF=0.16875;AO=27;DP=160;FAO=27;FDP=160;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=104;FWDB=0.0665997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.35;QD=3.40328;RBI=0.0746508;REFB=-0.0152087;REVB=0.0337227;RO=119;SAF=7;SAR=20;SRF=29;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263952;STB=0.546567;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.117127;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:119:133:27:27:0.16875:20:7:29:90:20:7:29:104 chr11 1016869 . AG CA,TG 466.08 PASS AF=0.0672269,0.378151;AO=8,45;DP=128;FAO=8,45;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=3,13;FSAR=5,32;FSRF=19;FSRR=47;FWDB=0.00413851,-0.00806698;FXX=0.070307;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=155.908,101.114;QD=15.6667;RBI=0.0064774,0.0217956;REFB=-0.0130433,-0.0245905;REVB=0.00498291,-0.0202477;RO=65;SAF=3,13;SAR=5,32;SRF=19;SRR=46;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.110316,-0.0043444;STB=0.586265,0.500731;STBP=0.681,0.995;TYPE=mnp,snp;VARB=0.047897,0.0322822;OID=.,.;OPOS=1016869,1016869;OREF=AG,A;OALT=CA,T;OMAPALT=CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:128:119:65:66:8,45:8,45:0.0672269,0.378151:5,32:3,13:19:46:5,32:3,13:19:47 chr11 1016889 . GG AA,GA 328.58 PASS AF=0.15,0.3125;AO=12,25;DP=79;FAO=12,25;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=5,10;FSAR=7,15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00203422,-0.0012842;FXX=0.0123442;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=141.863,169.843;QD=16.4288;RBI=0.00203544,0.0161271;REFB=-0.0219774,-0.0280835;REVB=-7.06488e-05,-0.0160759;RO=41;SAF=5,10;SAR=7,15;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0578966,-0.0699904;STB=0.52009,0.527251;STBP=0.878,0.767;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0281372,0.0327342;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:79:80:41:43:12,25:12,25:0.15,0.3125:7,15:5,10:19:22:7,15:5,10:19:24 chr11 1016894 . G A 69.42 PASS AF=0.178082;AO=12;DP=72;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0367412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.127;QD=3.8041;RBI=0.0368152;REFB=-0.00969668;REVB=0.00233257;RO=60;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421774;STB=0.509539;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0518993;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:72:73:60:60:12:13:0.178082:7:5:27:33:7:6:27:33 chr11 1016906 . G T 35.39 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.018617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.098;QD=2.35903;RBI=0.0367903;REFB=-0.0104038;REVB=-0.0317323;RO=51;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327688;STB=0.72706;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0426912;OID=.;OPOS=1016906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:60:51:53:7:7:0.116667:5:2:29:22:5:2:29:24 chr11 1016912 . G A 39.43 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00814965;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.839;QD=3.03295;RBI=0.0358732;REFB=-0.0147151;REVB=-0.0349352;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401504;STB=0.772482;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0461342;OID=.;OPOS=1016912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:52:44:45:7:7:0.134615:5:2:28:16:5:2:28:17 chr11 1016914 . G T 315.29 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0113558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4643;QD=25.7376;RBI=0.107511;REFB=0.0268761;REVB=0.10691;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228283;STB=0.625813;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0140808;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:16:5:15:13:16:5 chr11 1016928 . C G 435.34 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0267756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.663;QD=43.5344;RBI=0.0300924;REFB=-0.111404;REVB=0.0137339;RO=7;SAF=21;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712073;STB=0.538438;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0181509;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:12:21:3:4:12:21:3:4 chr11 1016933 . C T 188.86 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0128478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.011;QD=19.3703;RBI=0.0329354;REFB=-0.028243;REVB=-0.0303262;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299517;STB=0.643095;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0306913;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:19:20:0.512821:5:14:8:11:6:14:8:11 chr11 1016957 . T G 67.1 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0732542;FXX=0.0937207;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.146;QD=9.2555;RBI=0.0732806;REFB=-0.026637;REVB=-0.00197044;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32543;STB=0.675584;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0323288;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:32:29:17:20:9:9:0.310345:8:1:5:12:8:1:5:15 chr11 1016963 . G T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0093841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.818;QD=7.79865;RBI=0.0141659;REFB=0.00276632;REVB=-0.0106119;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165943;STB=0.59677;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0050926;OID=.;OPOS=1016963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:8:1:4:18:8:1:4:19 chr11 1017023 . G A 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=68;FWDB=0.0297943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.08;QD=2.29766;RBI=0.052487;REFB=-0.00682696;REVB=-0.0432109;RO=71;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478366;STB=0.79138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0500754;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:8:2:3:68:8:2:3:68 chr11 1017029 . T G 555.51 PASS AF=0.579545;AO=51;DP=88;FAO=51;FDP=88;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=-0.036991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5893;QD=25.2505;RBI=0.0522703;REFB=-0.0714768;REVB=-0.0369304;RO=37;SAF=2;SAR=49;SRF=4;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254014;STB=0.641852;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0579257;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:37:51:51:0.579545:49:2:4:33:49:2:4:33 chr11 1017036 . G A 68.78 PASS AF=0.159091;AO=11;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=74;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=70;FWDB=0.069534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6906;QD=3.12629;RBI=0.0701558;REFB=-0.0180042;REVB=-0.00931991;RO=58;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322599;STB=0.69473;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0745375;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:88:88:58:74:11:14:0.159091:9:2:4:54:12:2:4:70 chr11 1017041 . GT TG 70.59 PASS AF=0.141414;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=99;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=80;FWDB=-0.0038358;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.942;QD=2.85232;RBI=0.0581786;REFB=-0.00620865;REVB=-0.058052;RO=84;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293011;STB=0.686386;STBP=0.49;TYPE=mnp;VARB=0.0907782;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:99:99:84:85:14:14:0.141414:12:2:5:79:12:2:5:80 chr11 1017045 . G T 70.37 PASS AF=0.138614;AO=14;DP=99;FAO=14;FDP=101;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=82;FWDB=-0.020313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.251;QD=2.78695;RBI=0.058902;REFB=-0.00761154;REVB=-0.0552886;RO=85;SAF=2;SAR=12;SRF=5;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296644;STB=0.690993;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0605048;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:99:101:85:87:14:14:0.138614:12:2:5:80:12:2:5:82 chr11 1017069 . G A 142.97 PASS AF=0.19084;AO=25;DP=131;FAO=25;FDP=131;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=91;FWDB=0.00705111;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3852;QD=4.36533;RBI=0.0305979;REFB=-0.0124791;REVB=-0.0297744;RO=105;SAF=5;SAR=20;SRF=15;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127379;STB=0.581094;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0491868;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:105:106:25:25:0.19084:20:5:15:90:20:5:15:91 chr11 1017084 . G A 215.73 PASS AF=0.235714;AO=33;DP=137;FAO=33;FDP=140;FR=.;FRO=107;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=84;FWDB=0.0173687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.448;QD=6.16365;RBI=0.0253894;REFB=-0.0173415;REVB=-0.0185189;RO=102;SAF=2;SAR=31;SRF=23;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434196;STB=0.770923;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0613414;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:102:107:33:33:0.235714:31:2:23:79:31:2:23:84 chr11 1017110 . C T 337.41 PASS AF=0.345865;AO=41;DP=126;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=73;FWDB=-0.0245593;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.286;QD=10.1478;RBI=0.0245639;REFB=-0.0227713;REVB=0.000478914;RO=83;SAF=17;SAR=24;SRF=12;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353782;STB=0.634355;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.073943;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:133:83:87:41:46:0.345865:24:17:12:71:31:15:14:73 chr11 1017112 . GT CC,GC 474.19 PASS AF=0.311475,0.131148;AO=40,26;DP=135;FAO=38,16;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=15,4;FSAR=23,12;FSRF=8;FSRR=60;FWDB=0.00109922,0.0175091;FXX=0.0962892;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=131.082,101.599;QD=15.5472;RBI=0.029791,0.0285967;REFB=-0.0136465,-0.0179909;REVB=0.0297707,0.0226098;RO=64;SAF=16,4;SAR=24,22;SRF=7;SRR=57;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.363554,0.113385;STB=0.701722,0.666508;STBP=0.024,0.341;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0175879,0.0135732;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:122:64:68:40,26:38,16:0.311475,0.131148:24,22:16,4:7:57:23,12:15,4:8:60 chr11 1017135 . G A 30.2 PASS AF=0.06875;AO=11;DP=161;FAO=11;FDP=160;FR=.;FRO=149;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=121;FWDB=0.00394891;FXX=0.00621079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.001;QD=0.755098;RBI=0.0300637;REFB=-0.00133269;REVB=-0.0298032;RO=146;SAF=4;SAR=7;SRF=27;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256997;STB=0.69538;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0404556;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:161:160:146:149:11:11:0.06875:7:4:27:119:7:4:28:121 chr11 1017173 . G A 935.38 PASS AF=0.614815;AO=82;DP=135;FAO=83;FDP=135;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=46;FWDB=0.0224371;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.514;QD=27.7149;RBI=0.0402736;REFB=-0.0602405;REVB=0.0334445;RO=52;SAF=17;SAR=65;SRF=6;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10754;STB=0.561538;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0285978;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:52:52:82:83:0.614815:65:17:6:46:65:18:6:46 chr11 1017183 . G T 61.69 PASS AF=0.115385;AO=15;DP=129;FAO=15;FDP=130;FR=.;FRO=115;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=91;FWDB=0.0383632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3333;QD=1.8981;RBI=0.0396837;REFB=-0.00223371;REVB=-0.0101518;RO=113;SAF=1;SAR=14;SRF=23;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33205;STB=0.768753;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0148803;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:129:130:113:115:15:15:0.115385:14:1:23:90:14:1:24:91 chr11 1017220 . T C 556.54 PASS AF=0.614458;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=-0.00151843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.769;QD=26.8211;RBI=0.0185156;REFB=-0.0563061;REVB=-0.0184532;RO=32;SAF=10;SAR=41;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125238;STB=0.567697;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0661374;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:51:51:0.614458:41:10:3:29:41:10:3:29 chr11 1017231 . A G 318.62 PASS AF=0.530303;AO=30;DP=61;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=29;FWDB=0.0543477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.981;QD=19.3101;RBI=0.0544128;REFB=-0.0352232;REVB=0.00265925;RO=31;SAF=8;SAR=22;SRF=2;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273342;STB=0.63374;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0380608;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:31:31:30:35:0.530303:22:8:2:29:26:9:2:29 chr11 1017239 . CG TA 255.69 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=27;FWDB=-0.0153334;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=186.378;QD=17.9428;RBI=0.0153859;REFB=-0.0230955;REVB=0.00126944;RO=29;SAF=6;SAR=22;SRF=2;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228393;STB=0.625458;STBP=0.235;TYPE=mnp;VARB=0.023349;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:22:6:2:27:22:6:2:27 chr11 1017325 . A C 136.93 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=48;FWDB=0.0341222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6281;QD=7.50318;RBI=0.0347952;REFB=-0.0452266;REVB=0.00681051;RO=53;SAF=2;SAR=18;SRF=5;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193419;STB=0.511616;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.135232;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:53:20:20:0.273973:18:2:5:48:18:2:5:48 chr11 1017337 . TC CA 33.7 PASS AF=0.1;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=66;FWDB=-0.0140675;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.669;QD=1.68522;RBI=0.0526897;REFB=-0.00490255;REVB=-0.050777;RO=71;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371169;STB=0.749624;STBP=0.491;TYPE=mnp;VARB=0.0613995;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:79:80:71:72:8:8:0.1:6:2:6:65:6:2:6:66 chr11 1017384 . G C 51.51 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=0.0143011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.311;QD=5.56818;RBI=0.0148288;REFB=-0.0253353;REVB=0.00392049;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199615;STB=0.63238;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0564968;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:6:2:4:24:6:2:4:25 chr11 1017418 . TGGG TGG,TGGT 259.18 PASS AF=0.441176,0.323529;AO=13,11;DP=34;FAO=15,11;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=15,8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0188467,-0.0148562;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=21.4222,28.3751;QD=30.4913;RBI=0.0993945,0.0593753;REFB=-0.00845847,-0.00991639;REVB=-0.0975914,0.0574867;RO=8;SAF=0,3;SAR=13,8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.850397,-0.43326;STB=0.999071,0.747224;STBP=0,0.016;TYPE=del,snp;VARB=0.0639642,-0.044093;OID=.,.;OPOS=1017419,1017421;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.441176,0.323529:13,11:34:15,11:34:8:0,3:15,8:7:1:89:8:0,3:13,8:7:1 chr11 1017440 . C T 107.89 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=48;FWDB=0.015841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.904;QD=5.75384;RBI=0.0361885;REFB=-0.016014;REVB=-0.0325373;RO=58;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872186;STB=0.505428;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0432711;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:14:3:10:48:14:3:10:48 chr11 1017443 . C G 98.42 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=49;FWDB=-0.00949433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.623;QD=5.249;RBI=0.0647302;REFB=-0.00248303;REVB=-0.0640301;RO=58;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317187;STB=0.523915;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0126199;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:75:58:59:16:16:0.213333:13:3:10:48:13:3:10:49 chr11 1017552 . T C 254.22 PASS AF=0.289256;AO=35;DP=121;FAO=35;FDP=121;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=74;FWDB=-0.00189402;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.971;QD=8.40386;RBI=0.00313427;REFB=-0.0216141;REVB=0.00249726;RO=86;SAF=4;SAR=31;SRF=12;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696393;STB=0.54146;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0544519;OID=.;OPOS=1017552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:86:86:35:35:0.289256:31:4:12:74:31:4:12:74 chr11 1017556 . G A 33.86 PASS AF=0.0840336;AO=9;DP=117;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=94;FWDB=0.0367745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1444;QD=1.13812;RBI=0.06413;REFB=-0.00622462;REVB=0.0525385;RO=107;SAF=1;SAR=8;SRF=15;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707246;STB=0.58281;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0610547;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:117:119:107:109:9:10:0.0840336:8:1:15:92:9:1:15:94 chr11 1017575 . C T 39.73 PASS AF=0.0961538;AO=9;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=72;FWDB=-0.0128993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.569;QD=1.5282;RBI=0.0154963;REFB=-0.00115946;REVB=-0.00858735;RO=93;SAF=1;SAR=8;SRF=22;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229703;STB=0.718206;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0119129;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:93:94:9:10:0.0961538:8:1:22:71:9:1:22:72 chr11 1017596 . T G 88.7 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.0396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.885;QD=4.66857;RBI=0.0471985;REFB=-0.000720145;REVB=-0.0256816;RO=61;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105771;STB=0.566926;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00297275;OID=.;OPOS=1017596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:10:5:16:45:10:5:16:45 chr11 1017655 . G A 67.32 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00243231;FXX=0.0714031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.708;QD=10.3573;RBI=0.0135467;REFB=-0.0184866;REVB=0.0133266;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.561271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.017107;OID=.;OPOS=1017655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:11:6:4:5:11:6 chr11 1017746 . T G 131.56 PASS AF=0.227273;AO=20;DP=88;FAO=20;FDP=88;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=55;FWDB=0.00553923;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.9306;QD=5.98018;RBI=0.0101212;REFB=0.001715;REVB=-0.00847085;RO=65;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629479;STB=0.510781;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0112582;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:65:68:20:20:0.227273:16:4:11:54:16:4:13:55 chr11 1017767 . G C 55.4 PASS AF=0.114035;AO=13;DP=114;FAO=13;FDP=114;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=72;FWDB=0.0221933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.913;QD=1.94395;RBI=0.0312473;REFB=-0.00367117;REVB=-0.0219966;RO=101;SAF=10;SAR=3;SRF=29;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.538882;STB=0.86462;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0427372;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:114:114:101:101:13:13:0.114035:3:10:29:72:3:10:29:72 chr11 1017773 . G A 350.05 PASS AF=0.366667;AO=42;DP=121;FAO=44;FDP=120;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0151505;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5835;QD=11.6684;RBI=0.0360825;REFB=-0.0270657;REVB=0.0327476;RO=76;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594211;STB=0.544743;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0571665;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:76:76:42:44:0.366667:28:14:29:47:30:14:29:47 chr11 1017783 . A G 729.27 PASS AF=0.514493;AO=71;DP=138;FAO=71;FDP=138;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.010858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.216;QD=21.1382;RBI=0.0291567;REFB=0.00236988;REVB=-0.0270595;RO=66;SAF=26;SAR=45;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118428;STB=0.50362;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00239356;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:66:67:71:71:0.514493:45:26:25:41:45:26:25:42 chr11 1017789 . A C 50.44 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=143;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=78;FWDB=-0.00672416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.996;QD=1.40098;RBI=0.0189138;REFB=-0.00181332;REVB=-0.0176781;RO=125;SAF=4;SAR=10;SRF=51;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157326;STB=0.613864;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0353145;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:143:144:125:130:14:14:0.0972222:10:4:51:74:10:4:52:78 chr11 1017833 . C T 33.67 PASS AF=0.0763889;AO=10;DP=144;FAO=11;FDP=144;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=84;FWDB=-0.0091805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.512;QD=0.935308;RBI=0.0417283;REFB=0.000693296;REVB=-0.0407058;RO=129;SAF=7;SAR=3;SRF=48;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344679;STB=0.732954;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0241239;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:144:144:129:133:10:11:0.0763889:3:7:48:81:4:7:49:84 chr11 1017834 . G A 64.34 PASS AF=0.110345;AO=15;DP=143;FAO=16;FDP=145;FR=.;FRO=129;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=74;FWDB=-0.0194689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.692;QD=1.77499;RBI=0.0211436;REFB=-0.00333368;REVB=0.00824709;RO=128;SAF=1;SAR=14;SRF=54;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503974;STB=0.903601;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.036432;OID=.;OPOS=1017834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:143:145:128:129:15:16:0.110345:14:1:54:74:15:1:55:74 chr11 1017844 . TC CG,TG 228.81 PASS AF=0.0633803,0.190141;AO=9,27;DP=144;FAO=9,27;FDP=142;FR=.;FRO=106;FSAF=6,5;FSAR=3,22;FSRF=46;FSRR=60;FWDB=-0.0237204,-0.0893267;FXX=0.0138879;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.05,131.82;QD=6.44524;RBI=0.0248683,0.0920149;REFB=-0.0256329,-0.0285707;REVB=-0.00746824,-0.0220791;RO=104;SAF=6,5;SAR=3,22;SRF=46;SRR=58;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.245319,-0.371459;STB=0.707422,0.732185;STBP=0.223,0.011;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0804513,0.0719466;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:144:142:104:106:9,27:9,27:0.0633803,0.190141:3,22:6,5:46:58:3,22:6,5:46:60 chr11 1017858 . A G 225.43 PASS AF=0.239437;AO=34;DP=142;FAO=34;FDP=142;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=70;FWDB=-0.0399823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3327;QD=6.35014;RBI=0.084405;REFB=-0.0462608;REVB=-0.0743345;RO=107;SAF=10;SAR=24;SRF=38;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874194;STB=0.550638;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.101707;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:107:108:34:34:0.239437:24:10:38:69:24:10:38:70 chr11 1017883 . C A 36.03 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=81;FWDB=-0.0715964;FXX=0.0289834;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4788;QD=1.07542;RBI=0.082676;REFB=-0.00535366;REVB=-0.0413433;RO=120;SAF=5;SAR=6;SRF=42;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12432;STB=0.606513;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0581758;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:136:134:120:123:11:11:0.0820896:6:5:42:78:6:5:42:81 chr11 1017939 . G C 30.19 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=51;FWDB=0.0452524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3841;QD=1.67715;RBI=0.0476692;REFB=-0.00356772;REVB=0.0149857;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426171;STB=0.7994;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0334974;OID=.;OPOS=1017939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:3:4:14:51:3:4:14:51 chr11 1018116 . T G 54.69 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.159505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5425;QD=9.51151;RBI=0.161139;REFB=-0.0162603;REVB=0.0228872;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479673;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00622921;OID=.;OPOS=1018116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:14:15:8:8:0.347826:6:2:4:10:6:2:5:10 chr11 1018295 . T C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0324091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.35;QD=22.6327;RBI=0.0324928;REFB=-0.00363007;REVB=-0.00233002;RO=7;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810804;STB=0.510188;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00324347;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:10:3:1:6:10:3:2:6 chr11 1018314 . G A 54.98 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0163281;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.695;QD=8.45882;RBI=0.0203109;REFB=-0.0259533;REVB=-0.01208;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748347;STB=0.583146;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0674211;OID=.;OPOS=1018314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:15:18:8:8:0.307692:6:2:3:12:6:2:3:15 chr11 1018374 . T A 400.29 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0415787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1843;QD=53.3722;RBI=0.0582415;REFB=-0.107608;REVB=0.0407834;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00226005;OID=.;OPOS=1018374;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:0:1:29:29:0.966667:21:8:0:0:21:8:0:1 chr11 1018456 . G A 32.09 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0302092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.019;QD=2.56693;RBI=0.0363649;REFB=-0.0131522;REVB=-0.0202437;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842568;STB=0.562303;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0868975;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:12:32:4:2:12:32 chr11 1018483 . C G 74.96 PASS AF=0.25;AO=14;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.104795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.5;QD=6.81485;RBI=0.229226;REFB=-0.0340427;REVB=-0.203869;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262706;STB=0.560337;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.103822;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:44:44:26:33:14:11:0.25:11:3:6:20:8:3:7:26 chr11 1018492 . ATGGG ATGGT,GATGG 78.89 PASS AF=0.243902,0;AO=9,3;DP=44;FAO=10,0;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=2,0;FSAR=8,0;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0109428,0.00457434;FXX=0.0681663;HRUN=4,1;LEN=1,3;MLLD=172.265,19.5147;QD=7.69684;RBI=0.0591483,0.132467;REFB=-0.0620262,-0.136137;REVB=-0.0581273,-0.132388;RO=17;SAF=2,0;SAR=7,3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.102809,-0.545438;STB=0.540906,0.5;STBP=0.846,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0715045,0;OID=.,.;OPOS=1018496,1018492;OREF=G,ATG;OALT=T,GAT;OMAPALT=ATGGT,GATGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:44:41:17:30:9,3:10,0:0.243902,0:7,3:2,0:5:12:8,0:2,0:5:25 chr11 1018523 . A G 61.18 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.062653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9323;QD=6.79828;RBI=0.0792341;REFB=0.00358784;REVB=-0.048504;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329575;STB=0.695348;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0232901;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:2:25:7:2:2:25 chr11 1019375 . C T 1530.02 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.381;QD=63.7507;RBI=0.0265272;REFB=0;REVB=0.0204307;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86491e-05;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:59:35:0:0:60:36:0:0 chr11 1093710 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.737;QD=42.1825;RBI=0.0879384;REFB=0;REVB=0.0323332;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232978;OID=.;OPOS=1093710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 1094690 . C T 112.24 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.925;QD=37.4117;RBI=0.000561433;REFB=-0.0586722;REVB=0.000561433;RO=1;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00571785;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:11:11:0.916667:11:0:0:1:11:0:0:1 chr11 1094752 . CAA CA,CAC,CCA 181.74 PASS AF=0.588235,0,0.411765;AO=3,5,8;DP=16;FAO=10,0,7;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,2;FSAR=8,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120323,-0.027862,0.0128946;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=19.1232,6.70112,18.411;QD=42.7632;RBI=0.120379,0.179417,0.0992189;REFB=0,0,0;REVB=0.00368128,-0.177241,-0.0983774;RO=0;SAF=1,0,2;SAR=2,5,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00529948,0,0.00256285;OID=.,.,.;OPOS=1094753,1094754,1094753;OREF=A,A,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.588235,0,0.411765:3,5,8:16:10,0,7:17:0:2,0,2:8,0,5:0:0:26:0:1,0,2:2,5,6:0:0 chr11 1096494 . T C 877.76 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5562;QD=57.5579;RBI=0.0696878;REFB=0;REVB=0.0481652;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144986;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:61:0:0:53:61:1:31:22:0:0:35:26:0:0 chr11 1101649 . T C 674.28 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0518688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0691;QD=59.9359;RBI=0.0633567;REFB=-0.0560925;REVB=0.0363826;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302739;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0038885;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:28:15:1:0:28:16:0:1 chr11 1158073 . T C 1549.15 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0088511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.952;QD=63.8826;RBI=0.01139;REFB=0;REVB=0.00716873;RO=0;SAF=56;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.12027e-06;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:40:56:0:0:41:56:0:0 chr11 1161315 . T C 432.99 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548194;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.85;QD=57.7322;RBI=0.0577246;REFB=0;REVB=0.018082;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169408;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr11 1212877 . A G 126.2 PASS AF=0.24359;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=78;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=19;FWDB=-0.0120144;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4651;QD=6.47176;RBI=0.0150645;REFB=-0.00864372;REVB=0.00908808;RO=59;SAF=6;SAR=13;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425442;STB=0.756716;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0245166;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:59:59:19:19:0.24359:13:6:40:19:13:6:40:19 chr11 1212921 . C T 102.34 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0113268;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.287;QD=8.70958;RBI=0.0186139;REFB=-0.0164818;REVB=-0.014771;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154991;STB=0.601859;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0409425;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:34:13:13:0.276596:7:6:11:22:7:6:11:23 chr11 1212954 . C A 54.33 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0154897;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.434;QD=5.87372;RBI=0.0205246;REFB=-0.0149943;REVB=0.0134659;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262625;STB=0.64831;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.117359;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:38:37:28:29:8:8:0.216216:4:4:20:8:4:4:20:9 chr11 1213125 . G A 33.4 PASS AF=0.162162;AO=7;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0121132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7679;QD=3.61041;RBI=0.194015;REFB=-0.00645104;REVB=-0.193637;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100548;STB=0.541533;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00869157;OID=.;OPOS=1213125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:37:25:31:7:6:0.162162:5:2:9:16:4:2:9:22 chr11 1213174 . A G 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=-0.0103912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.306;QD=3.76515;RBI=0.0189984;REFB=-0.0147145;REVB=-0.0159049;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200532;STB=0.673961;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0435789;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:25:30:6:6:0.166667:4:2:5:20:4:2:5:25 chr11 1213177 . C T 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.0059397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.021;QD=3.76493;RBI=0.0297752;REFB=-0.00318659;REVB=-0.0291768;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487705;STB=0.804917;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0137459;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:4:26:3:3:4:26 chr11 1213204 . C G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0197104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.907;QD=4.2889;RBI=0.0197344;REFB=-0.00327976;REVB=-0.000971365;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203196;STB=0.57124;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0150397;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:30:32:7:7:0.179487:5:2:5:25:5:2:7:25 chr11 1220760 . T C 311.16 PASS AF=0.468354;AO=34;DP=74;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0152562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.6136;QD=15.7548;RBI=0.0331061;REFB=-0.068998;REVB=-0.0293814;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169181;STB=0.569036;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0837196;OID=.;OPOS=1220760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:40:42:34:37:0.468354:17:17:27:13:18:19:27:15 chr11 1220796 . T C 387.65 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.031618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.58;QD=15.9855;RBI=0.0322332;REFB=-0.0263434;REVB=0.00626773;RO=56;SAF=14;SAR=26;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265635;STB=0.65381;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0284327;OID=.;OPOS=1220796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:56:56:40:41:0.42268:26:14:34:22:27:14:34:22 chr11 1246941 . A G 75.81 PASS AF=0.3125;AO=11;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0130068;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.531;QD=9.47641;RBI=0.0148023;REFB=-0.00472911;REVB=0.00706618;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509707;STB=0.562377;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0100938;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:33:32:22:22:11:10:0.3125:5:6:13:9:5:5:13:9 chr11 1247458 . C T 350.16 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0163184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.0488;QD=12.969;RBI=0.0163795;REFB=-0.0241762;REVB=0.00141341;RO=58;SAF=12;SAR=30;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220472;STB=0.604667;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0316511;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:58:66:42:42:0.388889:30:12:28:30:30:12:29:37 chr11 1250488 . C T 350.11 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0471307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.384;QD=28.0089;RBI=0.0472796;REFB=-0.0378344;REVB=0.00374921;RO=20;SAF=11;SAR=19;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136152;STB=0.57458;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0253221;OID=.;OPOS=1250488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:19:11:4:16:19:11:4:16 chr11 1252708 . G C 175.06 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.000724846;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.342;QD=18.4271;RBI=0.0108636;REFB=-0.0271302;REVB=-0.0108393;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274563;STB=0.642696;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0256996;OID=.;OPOS=1252708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:19:20:17:18:0.473684:12:5:11:8:12:6:12:8 chr11 1253942 . T C 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0324807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.371;QD=19.3679;RBI=0.0338428;REFB=-0.0313484;REVB=0.00950478;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142741;STB=0.581392;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0225151;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:7:8:11:5:7:8 chr11 1255773 . C T 281.01 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.020891;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.963;QD=14.2285;RBI=0.0217857;REFB=-0.0177528;REVB=0.00617922;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768424;STB=0.543693;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0360371;OID=.;OPOS=1255773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:18:14:24:23:18:14:24:23 chr11 1258217 . T G 79.45 PASS AF=0.151515;AO=15;DP=97;FAO=15;FDP=99;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0375596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.727;QD=3.21009;RBI=0.0564434;REFB=-0.00332424;REVB=-0.0421324;RO=82;SAF=9;SAR=6;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501757;STB=0.545393;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0196065;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:97:99:82:84:15:15:0.151515:6:9:46:36:6:9:46:38 chr11 1258226 . C T 86.63 PASS AF=0.156863;AO=16;DP=102;FAO=16;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.0169252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.089;QD=3.39724;RBI=0.0354441;REFB=-0.000911544;REVB=-0.0311419;RO=83;SAF=11;SAR=5;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205168;STB=0.625161;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00316629;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:102:102:83:86:16:16:0.156863:5:11:44:39:5:11:47:39 chr11 1258240 . CA TG 111.11 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.00494131;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.639;QD=4.31505;RBI=0.00529448;REFB=-0.00852302;REVB=-0.00190131;RO=82;SAF=13;SAR=6;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164791;STB=0.608152;STBP=0.303;TYPE=mnp;VARB=0.0467494;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:82:84:19:19:0.184466:6:13:46:36:6:13:47:37 chr11 1258283 . G A 144.64 PASS AF=0.217822;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=101;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.00337607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.471;QD=5.72843;RBI=0.0166956;REFB=-0.00909854;REVB=-0.0163507;RO=77;SAF=16;SAR=6;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303507;STB=0.690253;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0425379;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:77:79:22:22:0.217822:6:16:38:39:6:16:39:40 chr11 1258286 . C T 125.97 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.00384342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.974;QD=5.08973;RBI=0.0347524;REFB=-0.0148114;REVB=-0.0345392;RO=79;SAF=14;SAR=6;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237211;STB=0.651007;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0628228;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:79:79:20:20:0.20202:6:14:41:38:6:14:41:38 chr11 1258295 . A G 140.59 PASS AF=0.223404;AO=21;DP=94;FAO=21;FDP=94;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.00995223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.85;QD=5.98239;RBI=0.0254881;REFB=-0.0184768;REVB=-0.0234648;RO=68;SAF=16;SAR=5;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312639;STB=0.72081;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.039955;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:73:21:21:0.223404:5:16:36:32:5:16:36:37 chr11 1262312 . G A 97.25 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6522;QD=12.9664;RBI=0.0644862;REFB=-0.0647556;REVB=0.0596508;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225979;STB=0.634375;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0454308;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:10:8:3:9:10:8 chr11 1268513 . G C 74.54 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0215406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.275;QD=22.9361;RBI=0.0215436;REFB=-0.0441312;REVB=-0.000360326;RO=4;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158958;STB=0.592358;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0137541;OID=.;OPOS=1268513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:8:1:1:3:8:1:1:3 chr11 1272858 . C T 31.65 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0314631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.463;QD=14.0652;RBI=0.0326262;REFB=-0.124359;REVB=0.00863376;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00855968;OID=.;OPOS=1272858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr11 1276327 . G A 338.11 PASS AF=0.5;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00175585;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.408;QD=18.7836;RBI=0.018471;REFB=-0.0228774;REVB=-0.0183874;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116724;STB=0.57139;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0172787;OID=.;OPOS=1276327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:36:36:35:36:0.5:20:15:11:25:20:16:11:25 chr11 1309956 . C T 100.8 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0255606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.598;QD=8.22842;RBI=0.0349099;REFB=-0.0159149;REVB=-0.0237773;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309762;STB=0.815884;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0525922;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:36:13:13:0.265306:3:10:10:10:3:10:11:25 chr11 1482851 . T C 30.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.963;QD=10.0375;RBI=0.0117677;REFB=-0.0365891;REVB=0.0117677;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0497451;OID=.;OPOS=1482851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr11 1491096 . G A 93.97 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0252152;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5616;QD=19.7824;RBI=0.0286766;REFB=-0.0351644;REVB=0.0136581;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395763;STB=0.721883;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0388383;OID=.;OPOS=1491096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:0:8:5:6:0:8 chr11 1501670 . G C 520.05 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153536;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6377;QD=59.4344;RBI=0.0157861;REFB=0;REVB=0.00366971;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109461;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:19:16:0:0 chr11 1502097 . A G 688.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.442;QD=62.6211;RBI=0.0214953;REFB=0;REVB=-0.0196705;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72669e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 1507731 . A G 206.59 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.66;QD=48.6087;RBI=0.0199308;REFB=0;REVB=0.0192233;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010046;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:3:13:0:0:3:14:0:0 chr11 1576079 . C T 220.04 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=0;FSRF=38;FSRR=0;FWDB=-0.010845;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.821;QD=13.7522;RBI=0.010845;REFB=-0.0274206;REVB=0;RO=37;SAF=25;SAR=0;SRF=37;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0418571;OID=.;OPOS=1576079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:38:25:26:0.40625:0:25:37:0:0:26:38:0 chr11 1576137 . C T 162.98 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=0;FSRF=32;FSRR=0;FWDB=0.000298823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.354;QD=13.0387;RBI=0.000298823;REFB=-0.00455702;REVB=0;RO=31;SAF=18;SAR=0;SRF=31;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0260947;OID=.;OPOS=1576137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:0:18:31:0:0:18:32:0 chr11 1628965 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0729549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.543;QD=26.6384;RBI=0.0809397;REFB=-0.0738824;REVB=0.0350545;RO=8;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074712;STB=0.541615;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0325615;OID=.;OPOS=1628965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:8:8:5:3:8:8:5:3 chr11 1628992 . G A 140.2 PASS AF=0.722222;AO=10;DP=17;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0816247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.762;QD=31.1551;RBI=0.0840914;REFB=-0.0832365;REVB=0.020218;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.55437;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0311337;OID=.;OPOS=1628992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:17:18:3:3:10:13:0.722222:7:3:2:1:8:5:2:1 chr11 1642884 . A C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0134831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.884;QD=14.0438;RBI=0.078787;REFB=-0.0184894;REVB=-0.0776247;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554117;STB=0.832095;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0117537;OID=.;OPOS=1642884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:0:4:1:4:0:4 chr11 1651830 . G T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.000895476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1549;QD=14.6996;RBI=0.00349975;REFB=-0.0816466;REVB=-0.00338325;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224736;STB=0.628946;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0671936;OID=.;OPOS=1651830;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:3:12:7:5:3:12 chr11 1651917 . C T 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0621321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7884;QD=11.9503;RBI=0.107794;REFB=-0.0141432;REVB=0.0880861;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0224878;OID=.;OPOS=1651917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:5:6:4:4:5:6 chr11 1775245 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00218441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.812;QD=11.1041;RBI=0.0114676;REFB=-0.0409995;REVB=-0.0112576;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22218;STB=0.635955;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0456813;OID=.;OPOS=1775245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:5:5:5:2:5:5 chr11 1857173 . T C 498.89 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0634855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.052;QD=58.6925;RBI=0.0658088;REFB=0;REVB=0.0173316;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32613e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:23:34:1:18:5:0:0:20:14:0:0 chr11 1858262 . C T 300.19 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.489;QD=50.0322;RBI=0.0249851;REFB=0;REVB=0.0203819;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021883;OID=.;OPOS=1858262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:15:9:0:0 chr11 1861760 . T C 467.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304198;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.463;QD=58.4888;RBI=0.0626839;REFB=0;REVB=0.0548079;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751504;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 1874404 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0163408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.291;QD=20.4561;RBI=0.0193592;REFB=-0.0297864;REVB=0.0103806;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15853;STB=0.590053;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0281445;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:5:12:8:7:5:12:8:7 chr11 1887806 . T A 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0198739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.218;QD=4.62989;RBI=0.020471;REFB=-0.00986715;REVB=-0.00490826;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313895;STB=0.666222;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0487871;OID=.;OPOS=1887806;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:22:24:6:6:0.2:4:2:3:19:4:2:4:20 chr11 1890990 . G A 64.34 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0657986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.5726;QD=9.89883;RBI=0.0659367;REFB=-0.0244424;REVB=-0.00426522;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0463964;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:7:10:5:4:7:10 chr11 1891722 . C T 73.1 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0179362;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9751;QD=9.43232;RBI=0.0659163;REFB=-0.0237487;REVB=-0.0634291;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.619503;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.111955;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:14:21:10:10:0.322581:6:4:2:12:6:4:5:16 chr11 1902768 . G A 719.69 PASS AF=0.556452;AO=68;DP=124;FAO=69;FDP=124;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0092156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.046;QD=23.2159;RBI=0.0389202;REFB=-0.0664892;REVB=0.0378134;RO=50;SAF=31;SAR=37;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124518;STB=0.512077;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.04262;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:50:55:68:69:0.556452:37:31:22:28:37:32:27:28 chr11 1910635 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0190756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.319;QD=21.0125;RBI=0.0208736;REFB=-0.00746262;REVB=0.00847505;RO=7;SAF=10;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28385;STB=0.666294;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00893452;OID=.;OPOS=1910635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:1:10:5:2:1:10:5:2 chr11 1959707 . C T 253.06 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0599192;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9118;QD=14.886;RBI=0.0618863;REFB=-0.0194218;REVB=0.0154791;RO=39;SAF=18;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568653;STB=0.503224;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.020764;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:39:29:29:0.426471:11:18:24:15:11:18:24:15 chr11 1977552 . G A 196.97 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0150769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.549;QD=21.2937;RBI=0.0235988;REFB=-0.0426866;REVB=0.0181546;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140036;STB=0.586869;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0464526;OID=.;OPOS=1977552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:11:8:10:7:12:8:10:7 chr11 1977561 . G C 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.153032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5136;QD=11.8266;RBI=0.153053;REFB=7.13802e-06;REVB=0.00252525;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256069;STB=0.6519;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00856738;OID=.;OPOS=1977561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:7:11:4:7:7:11 chr11 2016659 . T C 48.68 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0149032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.225;QD=13.908;RBI=0.0149124;REFB=-0.00518675;REVB=-0.000525807;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00812668;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:4:2:5:2:4:3 chr11 2016662 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0188418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.135;QD=12.0154;RBI=0.0723251;REFB=-0.0146942;REVB=-0.0698277;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0147697;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr11 2017017 . A C 83.36 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0182642;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.285;QD=12.8244;RBI=0.0615966;REFB=-0.01045;REVB=-0.0588265;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522347;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0164546;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:27:26:15:15:10:11:0.423077:4:6:9:6:4:7:9:6 chr11 2017110 . C G 215.94 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.017655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5538;QD=15.1538;RBI=0.0288506;REFB=-0.0152381;REVB=-0.0228179;RO=32;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506399;STB=0.528729;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0191672;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:12:13:15:17:12:13:15:17 chr11 2017439 . C G 227.11 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0230143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1295;QD=21.1269;RBI=0.0364163;REFB=0.00619736;REVB=-0.0282221;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137313;STB=0.560291;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00594583;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:21:21:22:0.511628:11:10:6:13:12:10:7:14 chr11 2018336 . A T 218.79 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0206441;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.499;QD=13.6744;RBI=0.0305695;REFB=-0.0158563;REVB=-0.0225459;RO=33;SAF=20;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197253;STB=0.666528;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0186142;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:38:26:26:0.40625:6:20:20:13:6:20:20:18 chr11 2018853 . G A 483.32 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.000949405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.606;QD=20.7879;RBI=0.000974913;REFB=-0.0492254;REVB=0.000221554;RO=44;SAF=26;SAR=21;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184154;STB=0.590067;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0431324;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:44:46:47:47:0.505376:21:26:15:29:21:26:17:29 chr11 2181060 . T G 129.97 PASS AF=0.8125;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0539124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.038;QD=32.4922;RBI=0.0663252;REFB=-0.0284257;REVB=-0.0386327;RO=3;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52112;STB=0.799398;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00261255;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:15:16:3:3:12:13:0.8125:1:11:0:3:1:12:0:3 chr11 2190951 . C T 804.69 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.505;QD=64.3753;RBI=0.0589136;REFB=0;REVB=0.00491316;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326474;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:39:11:0:0:39:11:0:0 chr11 2337218 . G A 160.29 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0284728;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.038;QD=17.3286;RBI=0.0295944;REFB=-0.0213519;REVB=0.00807014;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368375;STB=0.705686;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0281509;OID=.;OPOS=2337218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:2:18:9:8:2:18 chr11 2337693 . G A 208.6 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0098569;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.192;QD=23.1774;RBI=0.0146352;REFB=-0.0292413;REVB=-0.010818;RO=16;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178387;STB=0.5999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0232756;OID=.;OPOS=2337693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:16:16:20:20:0.555556:8:12:6:10:8:12:6:10 chr11 2343016 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0212096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.81;QD=10.8846;RBI=0.0331922;REFB=-0.0163265;REVB=0.0255319;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222569;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0109877;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:6:9:7:2:6:9 chr11 2424684 . A C 485.05 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.395;QD=58.7939;RBI=0.112744;REFB=0;REVB=0.109424;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000817304;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:23:33:1:5:18:0:0:13:20:0:0 chr11 2427290 . GA G,GC 746.45 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=8,41;DP=55;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122328,0.0163207;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=36.0087,44.4614;QD=55.2923;RBI=0.112995,0.118049;REFB=0,0;REVB=-0.112331,-0.116916;RO=0;SAF=3,7;SAR=5,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,-5.33091e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0916662,0.00934982;OID=.,.;OPOS=2427291,2427291;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0185185,0.981481:8,41:55:1,53:54:0:0,10:1,43:0:0:6:0:3,7:5,34:0:0 chr11 2435946 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00831805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8617;QD=10.0322;RBI=0.0630272;REFB=0.000696286;REVB=-0.0624759;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00761758;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr11 2439542 . A G 101.58 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0367926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.655;QD=16.9298;RBI=0.0490251;REFB=-0.00318469;REVB=-0.0324001;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00608263;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:11:12:11:12:0.5:5:6:4:7:5:7:5:7 chr11 2439767 . T C 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0179969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.658;QD=25.2871;RBI=0.0251407;REFB=-0.0267592;REVB=-0.0175548;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698094;STB=0.538875;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0187742;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:2:7:11:5:2:7 chr11 2610034 . C G 810.24 PASS AF=0.967213;AO=48;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0278842;FXX=0.031741;HRUN=6;LEN=1;MLLD=83.9145;QD=53.1304;RBI=0.0340902;REFB=-0.100888;REVB=-0.0196116;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520826;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00190885;OID=.;OPOS=2610034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:0:2:48:59:0.967213:32:16:0:0:36:23:2:0 chr11 2797237 . G A 219.19 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0153823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.133;QD=13.9165;RBI=0.0332893;REFB=-0.0215554;REVB=0.0295222;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679532;STB=0.503873;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0265494;OID=.;OPOS=2797237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:16:10:14:23:16:10:14:23 chr11 2870108 . A G 266.15 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0262435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.397;QD=21.2919;RBI=0.0265551;REFB=-0.00450525;REVB=-0.00405621;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160804;STB=0.59992;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00331652;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:15:10:14:10:15:10:15:10 chr11 2920666 . C T 257.71 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.00162049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2579;QD=11.7142;RBI=0.00166461;REFB=-0.0223454;REVB=-0.000380683;RO=57;SAF=11;SAR=20;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251328;STB=0.645068;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0320728;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:20:11:33:24:20:11:33:24 chr11 2924610 . G A 255.78 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0150471;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.198;QD=21.7688;RBI=0.0196748;REFB=-0.0097238;REVB=0.0126761;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194607;STB=0.622244;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0076125;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:22:23:24:24:0.510638:17:7:11:11:17:7:12:11 chr11 2929552 . A G 486.17 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.67;QD=57.1968;RBI=0.124401;REFB=0;REVB=0.000116266;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511649;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:34:0:0:30:34:1:24:6:0:0:23:11:0:0 chr11 2999507 . G T 70.81 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.025907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.425;QD=7.45412;RBI=0.0261026;REFB=-0.00772017;REVB=-0.00318939;RO=28;SAF=4;SAR=6;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280282;STB=0.673141;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0170951;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:6:4:18:10:6:4:18:10 chr11 3028140 . G A 100.76 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00726489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.817;QD=16.1224;RBI=0.00766432;REFB=-0.0306854;REVB=-0.00244197;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0513788;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:7:6:6:6:7:6 chr11 3061780 . C T 190.18 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0288503;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5793;QD=13.1158;RBI=0.0288796;REFB=-0.0108505;REVB=0.00129917;RO=34;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128709;STB=0.582019;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.030958;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:35:23:23:0.396552:13:10:19:15:13:10:20:15 chr11 3109403 . A G 56.9 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=5.60147e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.074;QD=11.9787;RBI=0.0171985;REFB=-0.0156257;REVB=-0.0171984;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244273;STB=0.650717;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0158897;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:8:3:1:7:8:3 chr11 3109408 . C T 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0186133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.561;QD=13.4828;RBI=0.0298845;REFB=-0.0162806;REVB=0.0233801;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645154;STB=0.538373;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0312755;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:8:3:2:7:8:3 chr11 3111866 . C T 223.56 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00601164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1232;QD=26.3008;RBI=0.0114561;REFB=-0.0588749;REVB=0.00975208;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267081;STB=0.501482;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0402644;OID=.;OPOS=3111866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:5:8:13:8:5:8 chr11 3129027 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0312304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.951;QD=17.0987;RBI=0.0366956;REFB=-0.00521537;REVB=0.0192673;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917792;STB=0.552414;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.022113;OID=.;OPOS=3129027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:11:4:5:9:11:4 chr11 3243427 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.734;QD=53.9089;RBI=0.0515234;REFB=0;REVB=-0.051381;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000713895;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 3243638 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.564;QD=55.0987;RBI=0.0353591;REFB=0;REVB=0.0133201;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111274;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 3243665 . C T 386.64 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0337414;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.039;QD=53.329;RBI=0.0781113;REFB=-0.106549;REVB=0.0704478;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00184813;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:0:1:17:11:0:1 chr11 3243673 . G C 436.43 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0388774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8302;QD=54.554;RBI=0.0433014;REFB=-0.0863064;REVB=0.0190671;RO=1;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443701;STB=0.523794;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0033116;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:21:10:1:0:21:10:1:0 chr11 3243908 . T TA 73.16 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511023;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.495;QD=36.5819;RBI=0.0620188;REFB=0;REVB=0.0351409;RO=7;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000483744;OID=.;OPOS=3243909;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:9:8:8:0:7:1:0:0:4:7:2:0:6:1 chr11 3243909 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.013923;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=145.585;QD=26.599;RBI=0.164615;REFB=-0.125296;REVB=-0.164025;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00175425;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chr11 3244005 . TC T 438.82 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0247;QD=39.0063;RBI=0.140878;REFB=-0.0241164;REVB=-0.0908874;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00165334;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:44:45:45:0:30:15:0:0:8:1:27:14:1:0 chr11 3249552 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0763374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.187;QD=44.6897;RBI=0.118155;REFB=0;REVB=0.0901844;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377989;OID=.;OPOS=3249552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 3249984 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.534;QD=61.6839;RBI=0.0295703;REFB=0;REVB=0.0236464;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20708e-05;OID=.;OPOS=3249984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 3249990 . C T 285.47 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00304318;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.347;QD=29.2785;RBI=0.00860377;REFB=-0.0168678;REVB=0.00804761;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113278;STB=0.562449;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00548249;OID=.;OPOS=3249990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:6:8:10:15:6:8 chr11 3381369 . G C 140.66 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00433991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.445;QD=13.0848;RBI=0.00865931;REFB=-0.00935135;REVB=0.00749325;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19185;STB=0.612857;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0203575;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:11:5:13:14:11:5:13:14 chr11 3436490 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0812;QD=40.7628;RBI=0.111826;REFB=0;REVB=0.0514137;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00496929;OID=.;OPOS=3436490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 3436492 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.583;QD=40.7629;RBI=0.0669818;REFB=0;REVB=0.0518931;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262925;OID=.;OPOS=3436492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 3661140 . T C 314.66 PASS AF=0.96;AO=21;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0172525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.603;QD=50.3456;RBI=0.0206069;REFB=-0.109011;REVB=0.0112692;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00487882;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:25:0:1:21:24:0.96:9:12:0:0:11:13:1:0 chr11 3661585 . A ATGG 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0278221;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.185;QD=35.4875;RBI=0.0279092;REFB=0.0294081;REVB=-0.00220428;RO=2;SAF=1;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262406;STB=0.648367;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=-0.00294872;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667:13:16:13:15:2:1:12:1:1:10:2:1:12:1:1 chr11 3681519 . T C 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00677093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.741;QD=19.3436;RBI=0.0287075;REFB=-0.0179267;REVB=-0.0278976;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507894;STB=0.528814;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0138936;OID=.;OPOS=3681519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:7:11:10:8:7:11:10:8 chr11 3744606 . T C 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0470769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.202;QD=20.6009;RBI=0.0475499;REFB=-0.0154724;REVB=0.00669021;RO=19;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113788;STB=0.563577;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0172278;OID=.;OPOS=3744606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:15:5:3:16:15:5:3:16 chr11 4159466 . G A 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0220473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.428;QD=9.33497;RBI=0.0220566;REFB=-0.016242;REVB=0.000641078;RO=31;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419879;STB=0.525508;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0288081;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:8:5:13:18:8:5:13:18 chr11 4411241 . C T 302.39 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0342046;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9438;QD=19.5087;RBI=0.0358115;REFB=-0.0269441;REVB=-0.0106071;RO=31;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418716;STB=0.515142;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0430651;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:31:30:32:32:0.516129:15:17:15:16:15:17:15:15 chr11 4592706 . T TAC 170.49 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.00799631;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.328;QD=8.97295;RBI=0.0346428;REFB=0.00424413;REVB=-0.0337073;RO=53;SAF=10;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881072;STB=0.552193;STBP=0.569;TYPE=ins;VARB=-0.0110479;OID=.;OPOS=4592707;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.302632:23:76:23:76:53:10:13:27:26:99:53:10:13:27:26 chr11 4592708 . C CAG 395.04 PASS AF=0.512821;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00253627;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=258.867;QD=20.2582;RBI=0.00913965;REFB=0.00674634;REVB=-0.00878069;RO=39;SAF=20;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461086;STB=0.537753;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=-0.00624729;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:39:78:40:78:38:21:19:17:21:99:39:20:19:18:21 chr11 4608542 . C T 213.89 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0271423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.643;QD=20.8676;RBI=0.0280954;REFB=-0.0408547;REVB=0.00725574;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244747;STB=0.630017;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0168618;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:20:20:21:0.512195:11:9:14:5:12:9:14:6 chr11 4615234 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00416118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1768;QD=15.8815;RBI=0.0295993;REFB=-0.00216665;REVB=-0.0293054;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025596;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:6:4:4:6:6:4 chr11 4615390 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.595;QD=57.1988;RBI=0.0390397;REFB=0;REVB=0.0256142;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606208;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 4615508 . C G 187.87 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0248939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2364;QD=10.8908;RBI=0.0261384;REFB=-0.0106127;REVB=-0.00796915;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106262;STB=0.572461;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0227096;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:45:24:24:0.347826:14:10:14:29:14:10:14:31 chr11 4703165 . C A 427.31 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0216565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6413;QD=51.7952;RBI=0.0503892;REFB=-0.108786;REVB=-0.045498;RO=2;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775224;STB=0.541639;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0164588;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:11:20:0:2:11:20:0:2 chr11 4730985 . C T 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0141654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.367;QD=13.5036;RBI=0.0171757;REFB=-0.00769484;REVB=-0.00971307;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.017666;OID=.;OPOS=4730985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chr11 4731180 . G A 239.48 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0101007;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.663;QD=16.2361;RBI=0.0210192;REFB=-0.0074705;REVB=0.0184332;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836622;STB=0.553212;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00944063;OID=.;OPOS=4731180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:22:9:10:17:23:9 chr11 4731468 . G A 312.05 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0385285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.263;QD=30.4443;RBI=0.0413043;REFB=-0.0361289;REVB=0.0148864;RO=14;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292993;STB=0.521057;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0180043;OID=.;OPOS=4731468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:26:27:0.658537:10:16:8:6:10:17:8:6 chr11 4731583 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0265084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.171;QD=18.7768;RBI=0.0422595;REFB=-0.00181021;REVB=0.0329116;RO=25;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112953;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159339;OID=.;OPOS=4731583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:20:6:6:19:20:6:6:20 chr11 4928621 . G A 305.42 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.037489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.091;QD=17.7052;RBI=0.0376335;REFB=-0.00644032;REVB=0.0032953;RO=36;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115611;STB=0.564478;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00420278;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:18:15:12:24:18:15:12:24 chr11 4929061 . C G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00461851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5932;QD=12.1823;RBI=0.0124674;REFB=0.00765552;REVB=0.0115804;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179822;STB=0.608457;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.016908;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:10:5:2:8:10:5 chr11 4945196 . T G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.075987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5173;QD=24.0731;RBI=0.0920243;REFB=-0.0244897;REVB=0.0519081;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.562406;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0137361;OID=.;OPOS=4945196;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:2:5:7:6:2:5 chr11 4964753 . A G 850.96 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0113955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.68;QD=54.029;RBI=0.0129331;REFB=-0.157021;REVB=-0.00611628;RO=2;SAF=23;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392771;STB=0.520826;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00112694;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:37:23:2:0:38:23:2:0 chr11 4965301 . G T 418.22 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7491;QD=53.9633;RBI=0.0238392;REFB=-0.147405;REVB=-0.0178946;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00608241;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:11:19:0:1:11:19:0:1 chr11 4967468 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.366;QD=60.2298;RBI=0.0211558;REFB=0;REVB=0.0209188;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13633e-05;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr11 4968198 . C A 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.124887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9907;QD=26.0256;RBI=0.124894;REFB=-0.00219257;REVB=-0.00136978;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00927914;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr11 4976086 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.364;QD=53.2769;RBI=0.0159481;REFB=0;REVB=0.00696105;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215663;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr11 5079946 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.556;QD=59.8394;RBI=0.0393839;REFB=0;REVB=0.0105687;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010441;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr11 5141902 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.193;QD=55.6558;RBI=0.0524027;REFB=0;REVB=0.0464462;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194418;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 5141980 . A G 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.041;QD=53.8973;RBI=0.029919;REFB=0;REVB=0.0138894;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372434;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 5142270 . T G 654.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00753715;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.553;QD=62.3664;RBI=0.0139897;REFB=0;REVB=0.0117857;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74599e-05;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:43:42:1:25:18:0:0:25:17:0:0 chr11 5142549 . T C 688.81 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.489;QD=62.6192;RBI=0.0399123;REFB=0;REVB=0.013938;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131116;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr11 5153261 . A G 555.02 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00148676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7129;QD=55.5016;RBI=0.0189601;REFB=-0.186409;REVB=0.0189017;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00986698;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:1:1:19:19:1:1 chr11 5153659 . C G 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.000611776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1916;QD=17.1564;RBI=0.0632908;REFB=-0.0150738;REVB=-0.0632878;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168577;STB=0.596104;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0183822;OID=.;OPOS=5153659;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:13:7:9:8:13:7 chr11 5172785 . GA G,GG 515.09 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=6,29;DP=36;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337941,0.0271035;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=200.527,210.73;QD=58.8672;RBI=0.0718278,0.0634786;REFB=0,0;REVB=0.0633814,0.0574015;RO=0;SAF=2,15;SAR=4,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.92057e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0179233,0.000487102;OID=.,.;OPOS=5172786,5172786;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:6,29:36:1,34:35:0:1,16:0,18:0:0:5:0:2,15:4,14:0:0 chr11 5221645 . C G 162.39 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00442074;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.783;QD=38.2093;RBI=0.014941;REFB=-0.0783376;REVB=0.014272;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.512179;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00169347;OID=.;OPOS=5221645;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:6:9:0:1:6:9:1:1 chr11 5248243 . A G 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0169857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.819;QD=12.0182;RBI=0.020675;REFB=0.00774098;REVB=-0.0117873;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943528;STB=0.555903;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0198262;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:11:14:9:5:11:14 chr11 5269583 . GTGA AGAG 725.12 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435237;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=278.576;QD=60.4265;RBI=0.0512376;REFB=0;REVB=0.0270366;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00173502;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:42:48:1:22:20:0:0:26:22:0:0 chr11 5322520 . G A 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.036569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.796;QD=12.0522;RBI=0.0370258;REFB=-0.0011108;REVB=0.00579838;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.721027;STB=0.919562;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00233783;OID=.;OPOS=5322520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:12:1:8:1:12:1 chr11 5322737 . A G 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0143297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.171;QD=21.7444;RBI=0.0144715;REFB=-0.00946007;REVB=-0.00202076;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268262;STB=0.67898;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00554526;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:12:3:5:5:12:3:6:5 chr11 5323071 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.477;QD=60.2307;RBI=0.0140126;REFB=0;REVB=0.00464475;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01428e-05;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr11 5344681 . G A 129.49 PASS AF=0.375;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0135151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6003;QD=12.9487;RBI=0.0225213;REFB=0.00810161;REVB=-0.0180153;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123508;STB=0.596762;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0159148;OID=.;OPOS=5344681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:25:14:15:0.375:4:10:16:10:4:11:15:10 chr11 5344772 . T C 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0064648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.303;QD=12.0203;RBI=0.00675012;REFB=-0.00949805;REVB=0.00194178;RO=24;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156866;STB=0.609591;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.01015;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:10:4:10:14:10:4:11:14 chr11 5344847 . A G 108.52 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0167024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4919;QD=13.5649;RBI=0.0176231;REFB=-0.00109979;REVB=0.00562182;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28075;STB=0.664765;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0026274;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:11:8:9:4:11:8 chr11 5344902 . C G 67.45 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00353107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.163;QD=13.489;RBI=0.0348096;REFB=-0.0577711;REVB=-0.03463;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33333;STB=0.69952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0512442;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:6:5:7:2:6:5 chr11 5345170 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0155944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.687;QD=9.56942;RBI=0.0167865;REFB=-0.00175405;REVB=-0.00621301;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252475;STB=0.651828;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0127495;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:4:11:4:4:4:11 chr11 5345486 . G A 300.7 PASS AF=0.6;AO=22;DP=41;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.018408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.538;QD=26.7292;RBI=0.0184416;REFB=-0.0183935;REVB=0.00111247;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.559955;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0116187;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:17:18:22:27:0.6:9:13:7:10:11:16:8:10 chr11 5443442 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.251;QD=51.9158;RBI=0.100445;REFB=0;REVB=0.100066;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173823;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr11 5443700 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.182;QD=62.9823;RBI=0.0133435;REFB=0;REVB=-0.0110274;RO=0;SAF=6;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.44635e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56997e-06;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:39:6:0:0:39:6:0:0 chr11 5443739 . T C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0572041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.406;QD=56.0125;RBI=0.05741;REFB=-0.0226096;REVB=0.00485858;RO=1;SAF=9;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491205;STB=0.5263;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000214054;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:25:9:1:0:25:9:1:0 chr11 5443867 . C T 74.94 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6544;QD=37.4713;RBI=0.1209;REFB=0;REVB=-0.0200804;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381819;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 5443887 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9722;QD=37.4885;RBI=0.0132623;REFB=0;REVB=0.00438859;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000384531;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 5443893 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.149;QD=37.4885;RBI=0.0404363;REFB=0;REVB=-0.0240875;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185184;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 5443969 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0373;QD=33.4281;RBI=0.0620966;REFB=0;REVB=-0.051178;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0091836;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 5444061 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.147;QD=48.7372;RBI=0.0141117;REFB=0;REVB=0.0140305;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281345;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr11 5444136 . C T 871.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170283;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8532;QD=58.0834;RBI=0.0290162;REFB=0;REVB=0.0234942;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22226e-05;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:31:29:0:0 chr11 5444353 . T C 184.08 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0637956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9518;QD=38.7531;RBI=0.132839;REFB=0.0146641;REVB=0.116518;RO=3;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693073;STB=0.525517;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00703049;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:3:2:16:17:0.894737:11:5:1:2:12:5:1:1 chr11 5462085 . G A 40.9 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.543;QD=27.2651;RBI=0.0438474;REFB=-0.0833726;REVB=-0.00274129;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00562663;OID=.;OPOS=5462085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:6:6:1:0:5:6:1:3:2:1:0:3:3:0:0 chr11 5462255 . C G 400.2 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5986;QD=55.2;RBI=0.0105532;REFB=0;REVB=-0.00249287;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375681;OID=.;OPOS=5462255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:11:18:0:0 chr11 5462374 . C T 754.71 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5944;QD=62.8927;RBI=0.0292119;REFB=0;REVB=-9.86085e-05;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302782;OID=.;OPOS=5462374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 5462702 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.221;QD=46.8478;RBI=0.0342102;REFB=0;REVB=0.0070778;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467794;OID=.;OPOS=5462702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 5475118 . A G 620.39 PASS AF=1;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276344;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.4312;QD=62.0391;RBI=0.0478167;REFB=0;REVB=0.0390228;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410532;OID=.;OPOS=5475118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:39:40:1:12:27:0:0:13:27:0:0 chr11 5510284 . A G 617.54 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747034;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.881;QD=61.7541;RBI=0.0748133;REFB=0;REVB=-0.00405365;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417198;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr11 5510341 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.569;QD=59.1432;RBI=0.0453731;REFB=0;REVB=0.0353772;RO=0;SAF=32;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113679;OID=.;OPOS=5510341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:34:32:0:0:35:32:0:0 chr11 5510423 . ATCT A 915.91 PASS AF=1;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246293;FXX=0.101435;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.925;QD=59.0906;RBI=0.0246624;REFB=0;REVB=0.00127695;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=3.16564e-05;OID=.;OPOS=5510424;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:64:62:62:0:30:32:0:0:5:0:28:32:0:0 chr11 5510497 . T C 863.14 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0507149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2711;QD=53.1166;RBI=0.0597224;REFB=-0.0772672;REVB=0.0315399;RO=2;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00190992;STB=0.506232;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00230053;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:62:62:0.953846:33:29:1:1:33:29:1:2 chr11 5510626 . T C 520.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.434;QD=59.4818;RBI=0.0378507;REFB=0;REVB=0.0212749;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128952;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr11 5510928 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1142;QD=45.8051;RBI=0.0367617;REFB=0;REVB=-0.0327572;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194017;OID=.;OPOS=5510928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 5529865 . G A 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.856;QD=55.0917;RBI=0.0132161;REFB=0;REVB=0.00542781;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8116e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 5536415 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0493523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.937;QD=8.25454;RBI=0.0643582;REFB=-0.0112096;REVB=0.0413076;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243254;STB=0.657294;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0267487;OID=.;OPOS=5536415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:1:5:8:4:1:5:8:4 chr11 5536537 . A C 733.42 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.062248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2886;QD=54.3273;RBI=0.0699934;REFB=-0.0393742;REVB=-0.032004;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.51219;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00012608;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:19:33:0:1:20:33:0:1 chr11 5536852 . A G 504.79 PASS AF=0.618421;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00180691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.317;QD=26.5677;RBI=0.018667;REFB=-0.010651;REVB=0.0185793;RO=28;SAF=19;SAR=27;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011085;STB=0.508848;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00649919;OID=.;OPOS=5536852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:28:29:46:47:0.618421:27:19:12:16:27:20:13:16 chr11 5537045 . T G 150.05 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00882701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.785;QD=15.7943;RBI=0.0107981;REFB=-0.00537269;REVB=0.00621947;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194811;STB=0.513073;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00888041;OID=.;OPOS=5537045;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:16:17:0.447368:13:3:4:16:14:3:4:17 chr11 5537161 . A G 133.66 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0331288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3683;QD=16.2016;RBI=0.0342808;REFB=-0.015294;REVB=0.00881242;RO=18;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231886;STB=0.636153;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0334192;OID=.;OPOS=5537161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:13:2:5:13:13:2:5:13 chr11 5537245 . G T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00887268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.283;QD=12.2289;RBI=0.0124323;REFB=0.00246711;REVB=-0.00870842;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489413;STB=0.528276;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0049547;OID=.;OPOS=5537245;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:18:18:12:10:18:18 chr11 5537780 . C A 194.96 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0609025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6612;QD=25.1563;RBI=0.0622997;REFB=0.00527165;REVB=-0.0131201;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632488;STB=0.564294;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.01943;OID=.;OPOS=5537780;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:31:12:11:19:20:0.645161:11:8:4:8:11:9:3:8 chr11 5537804 . TAAAA TAAA,TAAAG 69.68 PASS AF=0.392857,0.0714286;AO=8,2;DP=26;FAO=11,2;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3,0;FSAR=8,2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.025927,0.0330449;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.8409,23.5522;QD=9.95431;RBI=0.254279,0.0649474;REFB=-0.0788191,-0.0251736;REVB=-0.252954,-0.0559124;RO=14;SAF=1,0;SAR=7,2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.477517,-0.547468;STB=0.585202,0.993586;STBP=0.504,0.208;TYPE=del,snp;VARB=0.098593,0.0247062;OID=.,.;OPOS=5537805,5537808;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TAAA,TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0.0714286:8,2:26:11,2:28:15:3,0:8,2:6:9:50:14:1,0:7,2:7:7 chr11 5566030 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.779;QD=53.2722;RBI=0.0276033;REFB=0;REVB=0.00813221;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147006;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 5566051 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0962548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0231;QD=14.0437;RBI=0.105046;REFB=-0.00844516;REVB=0.0420671;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.000650134;OID=.;OPOS=5566051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr11 5566112 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0072239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.316;QD=14.6524;RBI=0.00970907;REFB=-0.00287638;REVB=0.00648702;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0047699;OID=.;OPOS=5566112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr11 5566365 . T C 754.86 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.192;QD=62.9053;RBI=0.149845;REFB=0;REVB=0.148278;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107848;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr11 5566489 . C T 220.67 PASS AF=0.385714;AO=25;DP=69;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0116067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.562;QD=12.6095;RBI=0.0339244;REFB=-0.0183265;REVB=0.0318771;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108527;STB=0.527136;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0316108;OID=.;OPOS=5566489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:43:25:27:0.385714:15:10:20:20:15:12:21:22 chr11 5602275 . A G 521.92 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2222;QD=57.9908;RBI=0.0676509;REFB=0;REVB=0.0337223;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464974;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:19:16:1:0:19:17:0:0 chr11 5602438 . T A 471.5 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2845;QD=55.4708;RBI=0.0403487;REFB=-0.141576;REVB=0.0345115;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00351438;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:16:17:1:0:16:17:1:0 chr11 5602605 . G A,C 427.36 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=27,3;DP=30;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00407948,0.0230113;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.641,124.687;QD=55.1428;RBI=0.0440898,0.0326518;REFB=0,0;REVB=0.0439006,-0.0231651;RO=0;SAF=14,2;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.39874e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00210058,-0.00768071;OID=.,.;OPOS=5602605,5602605;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:31:0:0:27,3:29,2:0.935484,0.0645161:13,1:14,2:0:0:14,0:15,2:0:0 chr11 5602615 . A G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4019;QD=55.0887;RBI=0.110957;REFB=0;REVB=-0.0362589;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153013;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 5602679 . T C 352.86 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.813;QD=54.2866;RBI=0.0828356;REFB=0;REVB=0.0635845;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168465;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr11 5602790 . A G 822.73 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.083;QD=56.7398;RBI=0.0187293;REFB=0;REVB=0.0181073;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28333e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:30:26:0:0:32:26:0:0 chr11 5602928 . G C 716.95 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.89;QD=55.1497;RBI=0.0687289;REFB=0;REVB=0.0358472;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531105;OID=.;OPOS=5602928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:1:0:47:52:1:31:16:1:0:32:20:0:0 chr11 5602968 . G A 1037.08 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.965;QD=56.8261;RBI=0.057227;REFB=-0.094254;REVB=0.0557007;RO=2;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205526;STB=0.510867;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000529522;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:45:26:0:2:45:26:0:2 chr11 5625784 . A G 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0423142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.698;QD=15.1968;RBI=0.0504357;REFB=-0.0327213;REVB=0.0274458;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195583;STB=0.613472;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0445413;OID=.;OPOS=5625784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:10:8:9:5:10:8 chr11 5625847 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00467263;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.495;QD=23.0939;RBI=0.0245575;REFB=0.0019647;REVB=-0.0241089;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165905;STB=0.59379;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00121254;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:5:7:13:4:5:7 chr11 5632212 . G A 1724.01 PASS AF=0.959016;AO=114;DP=120;FAO=117;FDP=122;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00723009;FXX=0.0468713;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.339;QD=56.5248;RBI=0.0174331;REFB=-0.0392905;REVB=0.0158631;RO=5;SAF=53;SAR=61;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427108;STB=0.521364;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000494376;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:120:122:5:5:114:117:0.959016:61:53:5:0:61:56:5:0 chr11 5632525 . C A 96.01 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0412237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.367;QD=22.5902;RBI=0.0418697;REFB=-0.0689183;REVB=-0.00732632;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801957;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0455591;OID=.;OPOS=5632525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:5:6:11:11:0.647059:5:6:2:3:5:6:3:3 chr11 5663706 . G C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0165091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6693;QD=11.8306;RBI=0.0184114;REFB=0.00534263;REVB=0.00815039;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170436;STB=0.599834;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0114283;OID=.;OPOS=5663706;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:4:14:7:4:4:14 chr11 5664831 . C A 762.18 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.826;QD=56.4579;RBI=0.0443998;REFB=0;REVB=0.0162432;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107835;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:34:19:0:0:35:19:0:0 chr11 5688940 . C T 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5537;QD=46.8366;RBI=0.0471512;REFB=0;REVB=-0.0192212;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935713;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 5691191 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.609;QD=40.7618;RBI=0.0264873;REFB=0;REVB=0.022618;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593897;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 5691214 . A C 95.69 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186433;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.266;QD=34.7965;RBI=0.0507272;REFB=-0.160544;REVB=0.0471771;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00152479;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:11:0:1:10:10:0.909091:4:6:0:0:4:6:1:0 chr11 5700340 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.688;QD=55.0937;RBI=0.0528893;REFB=0;REVB=0.00894828;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379593;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 5758062 . T C 743.81 PASS AF=1;AO=52;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.253;QD=50.4278;RBI=0.228519;REFB=-0.0359434;REVB=0.00722615;RO=7;SAF=24;SAR=28;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11933;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0099102;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:7:0:52:59:1:28:24:7:0:28:31:0:0 chr11 5758118 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.226;QD=62.9827;RBI=0.0204344;REFB=0;REVB=0.0116563;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39393e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr11 5758641 . GTTT GTT,GTTC 316.09 PASS AF=0.394737,0.421053;AO=10,16;DP=37;FAO=15,16;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=1,10;FSAR=14,6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0710552,-0.0239086;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.8242,37.3505;QD=33.2725;RBI=0.318624,0.101696;REFB=-0.0751757,-0.0587124;REVB=-0.3106,-0.098846;RO=5;SAF=2,10;SAR=8,6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.393613,-0.0823487;STB=0.866635,0.578221;STBP=0.001,0.321;TYPE=del,snp;VARB=-0.0240625,0.0468167;OID=.,.;OPOS=5758642,5758644;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTT,GTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.394737,0.421053:10,16:37:15,16:38:7:1,10:14,6:6:1:77:5:2,10:8,6:4:1 chr11 5776287 . C T 1841.92 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138516;FXX=0.0241916;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.368;QD=60.8899;RBI=0.0138522;REFB=0;REVB=0.000120555;RO=0;SAF=57;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092066;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:118:121:1:61:57:0:0:61:60:0:0 chr11 5776470 . T G 314.49 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3788;QD=52.4145;RBI=0.0937662;REFB=0;REVB=0.0891113;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429179;OID=.;OPOS=5776470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:22:24:1:14:8:0:1:16:8:0:0 chr11 5776623 . A T 365.91 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.48;QD=52.2734;RBI=0.0343656;REFB=-0.119251;REVB=0.0314838;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526296;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00134498;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:0:1:27:27:0.964286:18:9:0:0:18:9:1:0 chr11 5809308 . A T 830.81 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0178562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.559;QD=52.7497;RBI=0.020377;REFB=-0.157089;REVB=-0.00981714;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.523069;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00331981;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:0:3:60:60:0.952381:31:29:0:0:31:29:0:3 chr11 5809548 . G A 417.89 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00852774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.473;QD=53.9216;RBI=0.0427924;REFB=-0.0136035;REVB=0.0419341;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00235705;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr11 5841856 . C T 519.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.192;QD=59.4154;RBI=0.0368244;REFB=0;REVB=-0.0124891;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182358;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr11 5842310 . T G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.698;QD=57.1988;RBI=0.0286787;REFB=0;REVB=-0.00905266;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115105;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 5842356 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.568;QD=50.4103;RBI=0.0803318;REFB=0;REVB=-0.0761549;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299944;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 5877979 . T A 109.27 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00260356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.386;QD=13.6587;RBI=0.00304206;REFB=-0.0092423;REVB=0.0015734;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960223;STB=0.556013;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0109191;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:6:7:12:7:6:7:12:7 chr11 5906048 . G A 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.065941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0527;QD=25.4945;RBI=0.0758708;REFB=0.00885745;REVB=0.0375256;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00589619;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:2:5:10:4:2:5 chr11 5906073 . G T 97.66 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00764899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.57;QD=24.4148;RBI=0.00772215;REFB=-0.016592;REVB=-0.00106047;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00543132;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr11 5906192 . A C 35.69 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00661728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.215;QD=10.1973;RBI=0.00676785;REFB=-0.0112986;REVB=0.00141967;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0464238;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:13:14:8:8:5:6:0.428571:4:1:5:3:5:1:5:3 chr11 5906203 . T G 60.57 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0220727;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.856;QD=15.1414;RBI=0.0286615;REFB=-0.00289125;REVB=0.0182832;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00253153;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr11 5906291 . T C 217.23 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.00534768;FXX=0.0126566;HRUN=7;LEN=1;MLLD=64.8397;QD=11.1398;RBI=0.0300443;REFB=-0.0060044;REVB=0.0295645;RO=51;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830797;STB=0.54807;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0520864;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:12:15:32:19:12:15:32:19 chr11 5968728 . T C 137.9 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.044347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7299;QD=11.7363;RBI=0.0448181;REFB=-0.00763282;REVB=-0.00648123;RO=31;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118905;STB=0.507033;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.017064;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:4:12:23:8:4:12:23:8 chr11 5989293 . G A 85.01 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0503571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4342;QD=11.3345;RBI=0.0802368;REFB=-0.012447;REVB=-0.0624668;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555553;STB=0.533271;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0371493;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:13:6:3:8:13:6 chr11 5989415 . C T 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0052179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.681;QD=11.3693;RBI=0.0124683;REFB=-0.021301;REVB=-0.0113239;RO=19;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494734;STB=0.796906;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.029034;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:2:9:7:12:2:9:7:12 chr11 6007272 . A G 172.88 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0182491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.091;QD=18.6894;RBI=0.0393968;REFB=-0.0340174;REVB=0.0349153;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178792;STB=0.600557;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.02038;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:4:15:11:7:4:15 chr11 6007396 . C T 251.03 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0144488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.289;QD=20.0821;RBI=0.0586416;REFB=-0.0283215;REVB=-0.0568337;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994847;STB=0.519983;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0317102;OID=.;OPOS=6007396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:26:24:24:0.48:12:12:13:8:12:12:14:12 chr11 6007613 . T G 184.1 PASS AF=0.434783;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000497388;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.848;QD=16.0082;RBI=0.06848;REFB=-0.0182106;REVB=-0.0684782;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285815;STB=0.681232;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0212062;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:26:19:20:0.434783:6:13:10:15:6:14:10:16 chr11 6007680 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0149492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.388;QD=16.0646;RBI=0.0150266;REFB=-0.00816499;REVB=0.00152365;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193225;STB=0.610988;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0111273;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:10:14:7:11:10:14 chr11 6007743 . A G 55.32 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.033878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9484;QD=10.0573;RBI=0.0715566;REFB=-0.0300833;REVB=-0.0630287;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477517;STB=0.799127;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.111766;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:7:7:1:7:7:7 chr11 6007772 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0141108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.632;QD=14.3342;RBI=0.0173546;REFB=-0.0121328;REVB=-0.0101028;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0161859;OID=.;OPOS=6007772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:2:8:4:5:2:8 chr11 6129837 . C T 358.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8542;QD=55.0836;RBI=0.0114807;REFB=0;REVB=0.0078579;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410348;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr11 6173364 . T A 375.6 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.081;QD=55.6444;RBI=0.15123;REFB=0;REVB=-0.147611;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281355;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:9:17:0:1:10:17:0:0 chr11 6221169 . A G 749.72 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307808;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.029;QD=63.806;RBI=0.0428916;REFB=0;REVB=0.0298702;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124951;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr11 6221214 . T A 911.72 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012079;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9943;QD=57.887;RBI=0.0643471;REFB=0;REVB=0.0632033;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713418;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:25:36:0:0:25:38:0:0 chr11 6221427 . T C 73.96 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0567391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6552;QD=11.8333;RBI=0.0658054;REFB=-0.021815;REVB=-0.033332;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0460296;OID=.;OPOS=6221427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:24:25:14:15:9:10:0.4:5:4:5:9:6:4:6:9 chr11 6231731 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.066;QD=60.2296;RBI=0.0613932;REFB=0;REVB=0.0174353;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336055;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr11 6243804 . A G 766.11 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.042;QD=63.8427;RBI=0.0325942;REFB=0;REVB=-0.0108934;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39527e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 6340525 . A T 159.95 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.465;QD=45.7003;RBI=0.0264043;REFB=0;REVB=0.0197939;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003431;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr11 6340706 . A G 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0123337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.004;QD=25.0371;RBI=0.0140587;REFB=-0.0121122;REVB=0.00674736;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170514;STB=0.59317;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00510644;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:18:18:17:6:18:18:17:6 chr11 6341684 . C G 57.05 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0506933;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.4623;QD=28.5233;RBI=0.0508268;REFB=-0.168863;REVB=-0.00368217;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0456438;OID=.;OPOS=6341684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:6:1:0:0:6:1:0:1 chr11 6411935 . T C 155.47 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=19;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0468408;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5965;QD=20.7288;RBI=0.0485389;REFB=-0.0760305;REVB=-0.0127265;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.773863;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.043759;OID=.;OPOS=6411935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:19:30:0:14:6:16:0.533333:3:3:0:0:12:4:12:2 chr11 6412931 . T C 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000427885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5681;QD=9.4431;RBI=0.0439156;REFB=-0.0158211;REVB=-0.0439135;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0722321;OID=.;OPOS=6412931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr11 6549779 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.038;QD=61.6839;RBI=0.00682038;REFB=0;REVB=-0.00280981;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50162e-05;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 6549995 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.398;QD=45.8035;RBI=0.0133422;REFB=0;REVB=-0.0123136;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.62656e-05;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 6550004 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0961239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.519;QD=43.4861;RBI=0.0961242;REFB=0;REVB=0.000238484;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146178;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr11 6550309 . G A 488.69 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.54;QD=57.4931;RBI=0.00799379;REFB=0;REVB=-0.00380149;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62204e-05;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:22:11:0:0:23:11:0:0 chr11 6555365 . A G 237.1 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6239;QD=49.9164;RBI=0.0982023;REFB=0;REVB=0.0631787;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253065;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr11 6567022 . GC CC,G 50.58 PASS AF=0,0.416667;AO=2,13;DP=34;FAO=0,15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=0,13;FSAR=0,2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0176075,0.0636577;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=96.9543,11.0023;QD=5.6203;RBI=0.027806,0.112775;REFB=0.0081637,-0.0564025;REVB=-0.0215208,0.0930906;RO=17;SAF=1,12;SAR=1,1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0.53125;SSEP=0,0;SSSB=0.0882671,0.624799;STB=0.5,0.804847;STBP=1,0.011;TYPE=snp,del;VARB=0,0.112102;OID=.,.;OPOS=6567022,6567023;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:34:36:17:21:2,13:0,15:0,0.416667:1,1:1,12:7:10:0,2:0,13:9:12 chr11 6567894 . GC CA,GCTGCCCTACTCGCA,GCTGCCCTACTGCA 289.68 PASS AF=0.222222,0,0.703704;AO=6,3,12;DP=27;FAO=6,0,19;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=6,0,10;FSAR=0,0,9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00114482,0.00753923,0.00635921;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,13,12;MLLD=163.04,190.793,220.575;QD=42.915;RBI=0.00175031,0.0227002,0.0147803;REFB=0.0262596,-0.0543466,-0.0461919;REVB=-0.001324,-0.0214117,-0.0133424;RO=3;SAF=6,0,8;SAR=0,3,4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.767807,-0.142306;STB=0.5,0.5,0.545407;STBP=1,1,0.217;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0.00495264,0,0.00170957;OID=.,.,.;OPOS=6567894,6567896,6567896;OREF=GC,-,-;OALT=CA,TGCCCTACTCGCA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CA,GCTGCCCTACTCGCA,GCTGCCCTACTGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:37:27:27:3:2:6,3,12:6,0,19:0.222222,0,0.703704:0,3,4:6,0,8:3:0:0,0,9:6,0,10:2:0 chr11 6585007 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8348;QD=55.0964;RBI=0.0260682;REFB=0;REVB=0.0234869;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488172;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 6622714 . G A 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00348168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6766;QD=62.0196;RBI=0.0309026;REFB=0;REVB=0.0307058;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254559;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr11 6630028 . TC T 479.47 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868944;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9675;QD=30.4427;RBI=0.101747;REFB=0;REVB=-0.0529329;RO=3;SAF=17;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.650794;SSSB=-0.0761011;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000833014;OID=.;OPOS=6630029;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:62:63:63:0:23:40:0:0:10:3:17:33:3:0 chr11 6634149 . C T 859.51 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.020841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.251;QD=54.5723;RBI=0.0320838;REFB=-0.113297;REVB=0.0243931;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.51562;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000942387;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:0:2:60:61:0.968254:29:31:0:0:30:31:2:0 chr11 6634189 . G A 779.44 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.593;QD=56.6862;RBI=0.0108352;REFB=0;REVB=0.00986357;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102403;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr11 6638505 . A AC,AT,C 325.78 PASS AF=0,1,0;AO=6,4,2;DP=39;FAO=0,24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=0,18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324773,0.0197309,0.030677;FXX=0.3999;HRUN=5,0,2;LEN=1,1,1;MLLD=159.643,148.409,13.6806;QD=54.2961;RBI=0.0405477,0.0387529,0.680815;REFB=0,0,0;REVB=0.0242764,0.0333539,-0.680123;RO=27;SAF=0,1,2;SAR=6,3,0;SRF=18;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.742964,-0.444614,0.408918;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0,-0.000307189,0;OID=.,.,.;OPOS=6638506,6638506,6638505;OREF=-,-,A;OALT=C,T,C;OMAPALT=AC,AT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:39:24:27:0:6,4,2:0,24,0:0,1,0:6,3,0:0,1,2:18:9:0,18,0:0,6,0:0:0 chr11 6638506 . A C,T 486.93 PASS AF=0.075,0.825;AO=4,33;DP=40;FAO=3,33;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=1,17;FSAR=2,16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00847691,0.0152335;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=51.8297,184.799;QD=48.6928;RBI=0.014955,0.0422361;REFB=0.000989076,-0.0184326;REVB=-0.0123205,0.0393932;RO=2;SAF=1,18;SAR=3,15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.407562,-0.0491206;STB=0.831735,0.5526;STBP=0.398,0.071;TYPE=snp,snp;VARB=0.112079,0.00126695;OID=.,.;OPOS=6638506,6638506;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:40:40:2:4:4,33:3,33:0.075,0.825:3,15:1,18:2:0:2,16:1,17:4:0 chr11 6645578 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0198611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.45;QD=20.0176;RBI=0.0198612;REFB=0.00951082;REVB=-2.98062e-05;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757821;STB=0.54281;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00618014;OID=.;OPOS=6645578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:7:10:9:9:7:10 chr11 6662744 . C CCCAG 112.72 PASS AF=0.3;AO=11;DP=53;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.108536;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=100.165;QD=9.01795;RBI=0.114396;REFB=-0.0367614;REVB=0.0361441;RO=39;SAF=0;SAR=11;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.795683;STB=0.942095;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0250154;OID=.;OPOS=6662745;OREF=-;OALT=CCAG;OMAPALT=CCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:11:53:15:50:35:1:14:26:9:99:39:0:11:27:12 chr11 6662745 . C CAG 128.66 PASS AF=0.380952;AO=10;DP=81;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0392297;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.062;QD=12.2536;RBI=0.0577622;REFB=-0.0298432;REVB=-0.0423969;RO=65;SAF=10;SAR=0;SRF=12;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.801707;STB=0.917782;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.124861;OID=.;OPOS=6662746;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:10:81:16:42:26:15:1:9:17:99:65:10:0:12:53 chr11 6735869 . A G 186.66 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0294261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0303;QD=19.6488;RBI=0.0403071;REFB=0.00472119;REVB=-0.0275457;RO=18;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198581;STB=0.604276;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-0.00985532;OID=.;OPOS=6735869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:4:15:11:7:4:15:12:7 chr11 6738411 . A G 250.36 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0348569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1414;QD=20.0288;RBI=0.0471513;REFB=-0.00680625;REVB=0.0317528;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178125;STB=0.59992;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00803287;OID=.;OPOS=6738411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:18:8:12:12:18:8 chr11 6738728 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0242037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.853;QD=12.0506;RBI=0.0602473;REFB=-0.0183525;REVB=-0.0551718;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0206974;OID=.;OPOS=6738728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:5:8:4:5:5:8 chr11 6739109 . G A 172.13 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0262031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6593;QD=17.6548;RBI=0.034467;REFB=-0.0139134;REVB=0.0223913;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0166308;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:11:10:8:10:11:10 chr11 6739407 . A G 130.53 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00104699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5931;QD=13.7397;RBI=0.00816444;REFB=-0.00708937;REVB=-0.00809703;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171272;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0100282;OID=.;OPOS=6739407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:10:13:6:9:10:13 chr11 6739814 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0246826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.999;QD=17.542;RBI=0.0265658;REFB=-0.0193256;REVB=-0.00982392;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265245;STB=0.651969;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0210002;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:6:10:5:10:6:10 chr11 6739822 . T C 127.55 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0239709;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4937;QD=18.8961;RBI=0.0304428;REFB=-0.00905204;REVB=0.0187658;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.590032;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0161372;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:6:7:5:9:6:7 chr11 6741108 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.027994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8292;QD=12.7288;RBI=0.0280777;REFB=-0.00614176;REVB=-0.00216629;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372698;STB=0.723608;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00518031;OID=.;OPOS=6741108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:5:7:2:7:5:7 chr11 6789294 . G C 322.39 PASS AF=0.507463;AO=32;DP=65;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0232622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.037;QD=19.2469;RBI=0.0276004;REFB=-0.0083118;REVB=0.0148544;RO=33;SAF=15;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129709;STB=0.522375;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00922208;OID=.;OPOS=6789294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:33:32:34:0.507463:17:15:15:18:17:17:15:18 chr11 6790106 . T C 481.1 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0251742;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0562;QD=22.6402;RBI=0.0251748;REFB=-0.00628729;REVB=0.00018462;RO=39;SAF=19;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842651;STB=0.546425;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00674655;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:39:46:46:0.541176:27:19:20:19:27:19:20:19 chr11 6807163 . C T 176.55 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00349356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.814;QD=14.1241;RBI=0.0068494;REFB=-0.00383932;REVB=-0.00589147;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482577;STB=0.549242;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00538522;OID=.;OPOS=6807163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:31:19:19:0.38:13:6:10:18:13:6:12:19 chr11 6807243 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.271;QD=40.763;RBI=0.00312927;REFB=0;REVB=0.00312927;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69057e-05;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr11 6816778 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.427;QD=53.9109;RBI=0.0114851;REFB=0;REVB=0.0114377;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.92231e-05;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 6867083 . A G 78.93 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=0.0713864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9416;QD=4.04779;RBI=0.0921036;REFB=-0.00620648;REVB=0.0581984;RO=63;SAF=5;SAR=9;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227785;STB=0.642653;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0354288;OID=.;OPOS=6867083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:63:64:14:14:0.179487:9:5:34:29:9:5:34:30 chr11 6891113 . A G 499.67 PASS AF=0.527473;AO=46;DP=92;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0425296;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1934;QD=21.9634;RBI=0.0893292;REFB=-0.0361397;REVB=0.0785553;RO=38;SAF=17;SAR=29;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447891;STB=0.555532;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.033853;OID=.;OPOS=6891113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:38:43:46:48:0.527473:29:17:16:22:30:18:21:22 chr11 6891528 . C G 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0191928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0114;QD=13.0869;RBI=0.0472236;REFB=0.00882049;REVB=0.0431475;RO=25;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265318;STB=0.656516;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0214994;OID=.;OPOS=6891528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:27:16:16:0.372093:11:5:14:11:11:5:15:12 chr11 6891605 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0199985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5846;QD=14.0789;RBI=0.0217563;REFB=-0.0230048;REVB=0.00856724;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394229;STB=0.734849;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0424733;OID=.;OPOS=6891605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:8:8:10:2:8:8 chr11 6891758 . A C 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0210512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.884;QD=30.429;RBI=0.0256167;REFB=-0.0554395;REVB=0.0145967;RO=5;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917426;STB=0.550952;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00912446;OID=.;OPOS=6891758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:6:9:2:3:6:9:2:3 chr11 6898663 . G A 94.19 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0228428;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6484;QD=19.8305;RBI=0.0493485;REFB=-0.00778881;REVB=0.0437434;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276935;STB=0.584277;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0100418;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:9:8:10:11:0.578947:2:8:7:2:3:8:7:1 chr11 6913243 . TA CG,TG 156.78 PASS AF=0.571429,0.428571;AO=8,6;DP=14;FAO=8,6;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448814,0.00903367;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=100.89,78.1217;QD=44.7949;RBI=0.0449903,0.0608756;REFB=0,0;REVB=0.00312899,-0.0602016;RO=0;SAF=0,4;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0133996,0.00350414;OID=.,.;OPOS=6913243,6913244;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:14:14:0:0:8,6:8,6:0.571429,0.428571:8,2:0,4:0:0:8,2:0,4:0:0 chr11 6942476 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00588645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9315;QD=11.257;RBI=0.0556149;REFB=0.0250833;REVB=-0.0553025;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0394794;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:4:8:5:3:4:8 chr11 6942628 . A C 178.3 PASS AF=0.338235;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=0.00151467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.916;QD=10.4881;RBI=0.0183667;REFB=-0.00994288;REVB=-0.0183041;RO=40;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453434;STB=0.763116;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0125089;OID=.;OPOS=6942628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:40:45:22:23:0.338235:7:15:10:30:8:15:10:35 chr11 6942726 . G C 421.64 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0423879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.258;QD=25.9473;RBI=0.0445981;REFB=-0.0146407;REVB=0.0138657;RO=24;SAF=11;SAR=29;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114597;STB=0.574219;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00692081;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:24:25:40:40:0.615385:29:11:10:14:29:11:11:14 chr11 6942952 . T C 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0184098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.92;QD=20.0302;RBI=0.0622709;REFB=-0.00542782;REVB=-0.0594873;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153553;STB=0.586661;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00466595;OID=.;OPOS=6942952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:9:15:12:14:9:15:12:14 chr11 6943254 . C T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0348636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.147;QD=17.8274;RBI=0.0355413;REFB=-0.00222075;REVB=-0.00690756;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.598842;STB=0.85365;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000727027;OID=.;OPOS=6943254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:11:1:7:4:11:1:7:4 chr11 6953858 . A G 145.06 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6543;QD=44.635;RBI=0.108957;REFB=0;REVB=0.0231053;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00562677;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr11 6976988 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.942;QD=45.8068;RBI=0.0670394;REFB=0;REVB=0.0649753;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694179;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 7021276 . C A 171.21 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0110308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.596;QD=17.56;RBI=0.0146687;REFB=-0.0197053;REVB=-0.00966919;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187863;STB=0.589647;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0198356;OID=.;OPOS=7021276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:9:8:14:7:9:9:14:7 chr11 7022038 . A G 178.68 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0331326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4847;QD=15.2064;RBI=0.0457205;REFB=-0.0187035;REVB=-0.0315055;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468637;STB=0.526999;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.027801;OID=.;OPOS=7022038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:16:12:9:10:16:12 chr11 7022160 . A G 681.72 PASS AF=0.98;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00229941;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.999;QD=54.5376;RBI=0.0410865;REFB=-0.0196091;REVB=0.0410221;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000509889;OID=.;OPOS=7022160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:50:0:1:46:49:0.98:30:16:0:0:33:16:1:0 chr11 7022531 . A T 731.32 PASS AF=1;AO=46;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.997;QD=59.7;RBI=0.0403895;REFB=0;REVB=0.00450039;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560104;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:49:0:0:46:49:1:27:19:0:0:27:22:0:0 chr11 7022717 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00895816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.444;QD=56.7033;RBI=0.0271405;REFB=0;REVB=0.0256195;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88866e-05;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 7059960 . A C,G 484.76 PASS AF=0.942857,0.0285714;AO=32,2;DP=35;FAO=33,1;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20,1;FSAR=13,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.029963,0.0221248;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=104.68,51.2966;QD=55.401;RBI=0.031944,0.0588203;REFB=-0.19046,-0.0664823;REVB=0.0110743,-0.0545006;RO=0;SAF=20,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512188,0.5;STBP=0.508,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00488945,-0.0423927;OID=.,.;OPOS=7059960,7059960;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:35:0:1:32,2:33,1:0.942857,0.0285714:12,1:20,1:0:0:13,0:20,1:1:0 chr11 7063755 . C T 952.66 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00296392;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.914;QD=58.6252;RBI=0.0122821;REFB=0;REVB=0.0119191;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00732e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:62:65:1:29:33:0:0:31:34:0:0 chr11 7071031 . G A 464.46 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0192;QD=58.0575;RBI=0.0418594;REFB=0;REVB=-0.0196198;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338795;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:26:5:0:0:27:5:0:0 chr11 7079038 . G A 1190.24 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.523;QD=61.0381;RBI=0.0489943;REFB=0;REVB=-0.00729524;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26192e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr11 7110363 . G A 593.37 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=115;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.00548395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.938;QD=20.6388;RBI=0.011927;REFB=-0.0258679;REVB=-0.0105915;RO=55;SAF=34;SAR=26;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296347;STB=0.516296;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0236153;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:55:55:60:60:0.521739:26:34:33:22:26:34:33:22 chr11 7110402 . C T 618.79 PASS AF=0.460432;AO=62;DP=136;FAO=64;FDP=139;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=0.0518967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.765;QD=17.8068;RBI=0.051954;REFB=-0.0175342;REVB=0.00243988;RO=73;SAF=35;SAR=27;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431939;STB=0.524575;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0206548;OID=.;OPOS=7110402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:73:75:62:64:0.460432:27:35:38:35:27:37:40:35 chr11 7324475 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.498;QD=51.1825;RBI=0.0698098;REFB=0;REVB=0.0102175;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505937;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr11 7439264 . C T 253.53 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0453662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4896;QD=17.4847;RBI=0.0519476;REFB=-0.00619474;REVB=-0.0253073;RO=29;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987107;STB=0.568131;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00260957;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:20:8:11:18:20:8:12:18 chr11 7488872 . C T 965.03 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1319;QD=58.4865;RBI=0.104101;REFB=0;REVB=0.0635114;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151241;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:43:22:0:0:44:22:0:0 chr11 7488927 . A C,T 1341.45 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=82,5;DP=89;FAO=85,5;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34,4;FSAR=51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398593,0.0101354;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.965,76.2709;QD=59.6199;RBI=0.0716854,0.0603703;REFB=0,0;REVB=0.0595822,0.0595135;RO=2;SAF=32,4;SAR=50,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00519115,0.190062;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00110751,0.101488;OID=.,.;OPOS=7488927,7488927;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:89:90:2:0:82,5:85,5:0.944444,0.0555556:50,1:32,4:1:1:51,1:34,4:0:0 chr11 7489819 . A C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.674;QD=62.0184;RBI=0.0863537;REFB=0;REVB=0.0528621;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692815;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr11 7619518 . T C 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00137377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.453;QD=58.032;RBI=0.00143754;REFB=-0.113174;REVB=0.000423403;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113932;STB=0.506022;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000193217;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:41:29:0:1:41:29:0:1 chr11 7661047 . TCTC T 253.68 PASS AF=0.491228;AO=22;DP=52;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0195355;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.258;QD=17.8022;RBI=0.0215569;REFB=-0.0320038;REVB=-0.00911392;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463131;STB=0.543829;STBP=0.532;TYPE=del;VARB=0.0317845;OID=.;OPOS=7661048;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491228:22:52:28:57:29:14:14:17:12:99:27:12:10:16:11 chr11 7670440 . A G 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2644;QD=57.3832;RBI=0.0101472;REFB=0;REVB=-0.00153827;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74072e-05;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr11 7673015 . G A 531.92 PASS AF=0.595238;AO=47;DP=81;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00390293;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.9;QD=25.3296;RBI=0.0167139;REFB=-0.0320871;REVB=0.0162519;RO=31;SAF=24;SAR=23;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510314;STB=0.527714;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0258588;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:31:34:47:50:0.595238:23:24:18:13:24:26:20:14 chr11 7686602 . G GTGTT 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.013548;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=284.329;QD=7.95466;RBI=0.0346999;REFB=-0.00153561;REVB=-0.0319458;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39228;STB=0.738607;STBP=0.15;TYPE=ins;VARB=0.00305387;OID=.;OPOS=7686603;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=GTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:8:27:8:27:19:5:3:5:14:53:19:5:3:5:14 chr11 7686674 . T C 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0114379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7106;QD=21.6106;RBI=0.0372579;REFB=0.0102338;REVB=0.0354587;RO=22;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223687;STB=0.634038;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0108275;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:10:14:7:15:10:14:7:16 chr11 7687146 . G A 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00268745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.441;QD=18.4821;RBI=0.00423592;REFB=-0.0164875;REVB=0.00327424;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674485;STB=0.53842;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0184961;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:8:13:13:6:8:13 chr11 7687715 . T C 696.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189222;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.675;QD=54.6532;RBI=0.0340373;REFB=-0.08888;REVB=0.0282929;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000573632;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:0:1:50:50:0.980392:26:24:0:0:26:24:1:0 chr11 7716855 . T A 1475.09 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0623108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7597;QD=62.1089;RBI=0.0632553;REFB=-0.0299811;REVB=-0.0108898;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000752713;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:0:1:94:94:0.989474:38:56:0:0:38:56:0:1 chr11 7721870 . G A 1545.31 PASS AF=0.972727;AO=106;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0589713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8527;QD=56.1931;RBI=0.0725896;REFB=-0.0117797;REVB=0.0423276;RO=4;SAF=57;SAR=49;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199192;STB=0.514849;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00103158;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:110:110:4:3:106:107:0.972727:49:57:1:3:49:58:0:3 chr11 7727886 . C T 246.15 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00400358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.712;QD=15.8806;RBI=0.00499099;REFB=-0.0191542;REVB=0.00298014;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689946;STB=0.529049;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.021144;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:13:14:20:14:13:15:20:14 chr11 7750622 . T C 326.07 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0108098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.802;QD=17.3905;RBI=0.0128101;REFB=0.00167665;REVB=-0.00687357;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133098;STB=0.505718;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00150306;OID=.;OPOS=7750622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:40:35:35:0.466667:17:18:19:19:17:18:21:19 chr11 7817538 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00184291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.474;QD=16.1724;RBI=0.0217204;REFB=-0.0244043;REVB=-0.0216421;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0300614;OID=.;OPOS=7817538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:11:9:8:8:11:9 chr11 7817665 . T C 263.63 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=5.94173e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3908;QD=26.3628;RBI=0.020609;REFB=-0.0396449;REVB=0.020609;RO=16;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935671;STB=0.551904;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0304002;OID=.;OPOS=7817665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:15:9:8:8:15:9:8:8 chr11 7817852 . C G 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00832818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.822;QD=22.188;RBI=0.0101125;REFB=-0.0453555;REVB=-0.00573613;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.580573;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0276778;OID=.;OPOS=7817852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:13:8:4:13:13:8:4:14 chr11 7817856 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0249064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.299;QD=22.1884;RBI=0.0302128;REFB=-0.0225977;REVB=-0.0171022;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.580573;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0131844;OID=.;OPOS=7817856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:13:8:4:13:13:8:4:14 chr11 7818151 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00142862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.346;QD=20.893;RBI=0.0518063;REFB=-0.0112331;REVB=0.0517866;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.562377;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00651836;OID=.;OPOS=7818151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:5:5:4:2:5:5:4:2 chr11 7818190 . C T 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00692203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.905;QD=21.012;RBI=0.0196004;REFB=0.00192393;REVB=-0.0183374;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00255303;OID=.;OPOS=7818190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:4:3:5:6:4:3 chr11 7818313 . C T 58.07 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00318526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.622;QD=13.6627;RBI=0.0762994;REFB=-0.0390853;REVB=0.0762329;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0376519;OID=.;OPOS=7818313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:4:5:6:2:4:5 chr11 7818518 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0823316;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.387;QD=19.1341;RBI=0.0839133;REFB=0.010159;REVB=-0.0162158;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00270515;OID=.;OPOS=7818518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr11 7847208 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00515058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.819;QD=11.4396;RBI=0.0335736;REFB=0.00108638;REVB=-0.0331762;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103291;STB=0.576152;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00342765;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:8:5:11:12:8:5:12:12 chr11 7870670 . A G 412.1 PASS AF=0.5;AO=39;DP=81;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00107499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.229;QD=19.6236;RBI=0.0220773;REFB=-0.00679567;REVB=-0.0220511;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344079;STB=0.523798;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0090966;OID=.;OPOS=7870670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:40:42:39:42:0.5:19:20:19:21:20:22:20:22 chr11 7870760 . G A 400.25 PASS AF=0.540541;AO=39;DP=73;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00455065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.687;QD=21.6349;RBI=0.00455816;REFB=-0.0184025;REVB=0.000261587;RO=34;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603063;STB=0.538442;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0251016;OID=.;OPOS=7870760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:34:39:40:0.540541:19:20:15:19:19:21:15:19 chr11 7871011 . A G,T 1125.6 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=68,4;DP=73;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=41,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265915,-0.0117712;FXX=0.0624922;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.614,151.096;QD=60.0321;RBI=0.027074,0.0147991;REFB=0,0;REVB=0.0269431,-0.00896961;RO=1;SAF=29,3;SAR=39,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160186,-0.119989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00896227,0.0424167;OID=.,.;OPOS=7871011,7871011;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:73:75:1:0:68,4:73,2:0.973333,0.0266667:39,1:29,3:1:0:41,1:32,1:0:0 chr11 7949350 . A G 1246.09 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.148;QD=61.5355;RBI=0.0292062;REFB=0;REVB=0.0285512;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12813e-05;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:41:40:0:0:41:40:0:0 chr11 7949791 . A C 108.64 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0517662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6751;QD=36.2137;RBI=0.0522626;REFB=-0.0651851;REVB=0.00718603;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00496051;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr11 7949860 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.63;QD=49.595;RBI=0.0496753;REFB=0;REVB=-0.0447413;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130832;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr11 8014479 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00294774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.272;QD=21.172;RBI=0.00335378;REFB=-0.017459;REVB=-0.00159958;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0206928;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:3:5:5:7:3:5 chr11 8123499 . G A 195.28 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00768312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.511;QD=17.3581;RBI=0.0195502;REFB=-0.0107088;REVB=0.0179772;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495004;STB=0.506077;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0117378;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:6:13:16:9:7:13:16:9 chr11 8127495 . T C 410.24 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0137342;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4196;QD=18.233;RBI=0.0452962;REFB=-0.00357262;REVB=-0.0431638;RO=48;SAF=16;SAR=26;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136311;STB=0.576179;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00410401;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:26:16:25:23:26:16:25:23 chr11 8159892 . G T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000168931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.107;QD=14.3247;RBI=0.0403196;REFB=-0.0205782;REVB=-0.0403192;RO=38;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110168;STB=0.556816;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0286601;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:39:28:28:0.41791:19:9:16:22:19:9:16:23 chr11 8174966 . G A 128.07 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0207296;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.484;QD=14.6361;RBI=0.0207323;REFB=-0.012844;REVB=0.000337484;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246747;STB=0.599863;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0181984;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:20:14:15:0.428571:10:4:9:8:10:5:10:10 chr11 8435077 . CA TC 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.00391176;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=165.271;QD=8.10348;RBI=0.011234;REFB=-0.00794797;REVB=-0.010531;RO=50;SAF=9;SAR=11;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2242;STB=0.6333;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0364494;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:20:20:0.285714:11:9:32:18:11:9:32:18 chr11 8646441 . GGC G 117.21 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0668763;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=29.3513;QD=10.6551;RBI=0.0924667;REFB=-0.0857229;REVB=0.0638565;RO=27;SAF=1;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0.286088;SSEP=0;SSSB=-0.610443;STB=0.83681;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.107362;OID=.;OPOS=8646442;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:13:44:20:44:24:2:18:14:10:99:27:1:12:14:13 chr11 8669609 . CAAAAC CAAAC,CAAACA 32.75 PASS AF=0.205882,0.0294118;AO=6,2;DP=35;FAO=7,1;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3,1;FSAR=4,0;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.169587,-0.0466;FXX=0.0285633;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=16.5351,152.902;QD=3.8533;RBI=0.171042,0.0517798;REFB=-0.0280122,0.0039915;REVB=-0.0222582,-0.0225742;RO=23;SAF=1,2;SAR=5,0;SRF=6;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.164016,0.621043;STB=0.632687,0.994126;STBP=0.528,0.129;TYPE=del,mnp;VARB=0.0204291,0.0479638;OID=.,.;OPOS=8669610,8669613;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAC,CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205882,0.0294118:6,2:35:7,1:34:26:3,1:4,0:7:19:26:23:1,2:5,0:6:17 chr11 8671369 . C T 1308.36 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423109;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8222;QD=61.5698;RBI=0.0424177;REFB=0;REVB=-0.00300845;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256373;OID=.;OPOS=8671369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:1:0:84:85:1:47:37:1:0:47:38:0:0 chr11 8693405 . G T 976.38 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.773;QD=57.434;RBI=0.0423094;REFB=0.0166123;REVB=0.0403018;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.000263694;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chr11 8715262 . T TCAGG 43.18 PASS AF=0.833333;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282234;FXX=0.249688;HRUN=1;LEN=4;MLLD=229.686;QD=28.7883;RBI=0.0835831;REFB=-0.0252638;REVB=0.0786738;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.00531507;OID=.;OPOS=8715263;OREF=-;OALT=CAGG;OMAPALT=TCAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:3:7:5:6:1:4:1:1:0:7:4:3:0:4:0 chr11 8717003 . C T 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.781;QD=60.2186;RBI=0.011902;REFB=0;REVB=0.00514531;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49278e-05;OID=.;OPOS=8717003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr11 8751889 . C G 203.66 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.697;QD=45.2566;RBI=0.0676981;REFB=-0.0815559;REVB=0.0669743;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196359;OID=.;OPOS=8751889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:1:0:17:18:1:7:10:0:1:8:10:0:0 chr11 8788168 . A T 754.71 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.973;QD=56.9594;RBI=0.0152628;REFB=0;REVB=0.00771006;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44518e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr11 8788224 . CA C,CC 497.08 PASS AF=0.0882353,0.911765;AO=8,25;DP=34;FAO=3,31;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479303,0.0370926;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.156,188.299;QD=58.4802;RBI=0.0535373,0.043849;REFB=0,0;REVB=0.0238522,0.0233853;RO=0;SAF=3,7;SAR=5,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00368156,0.0038373;OID=.,.;OPOS=8788225,8788225;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0882353,0.911765:8,25:34:3,31:34:0:1,9:2,22:0:0:9:0:3,7:5,18:0:0 chr11 8942999 . G A 1591.14 PASS AF=0.990741;AO=105;DP=106;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.537;QD=58.9311;RBI=0.0431229;REFB=-0.141316;REVB=0.0146037;RO=0;SAF=59;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00246227;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:108:0:1:105:107:0.990741:46:59:0:0:46:61:1:0 chr11 8947021 . A G 159.45 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1476;QD=45.5581;RBI=0.202291;REFB=0;REVB=-0.140879;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183718;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:10:14:1:5:5:0:0:5:9:0:0 chr11 8947283 . G C 419.76 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0017952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.8807;QD=49.3832;RBI=0.111906;REFB=-0.237186;REVB=0.111892;RO=3;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845855;STB=0.529393;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0303226;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:34:34:3:2:31:32:0.941176:15:16:0:3:16:16:0:2 chr11 8948680 . A T 595.38 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0893;QD=58.0862;RBI=0.0271356;REFB=-0.0765114;REVB=0.0226192;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00185577;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:21:18:1:0:22:18:1:0 chr11 8959511 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.125;QD=53.911;RBI=0.0151444;REFB=0;REVB=0.012278;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11716e-05;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 8959545 . C A 310.51 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243905;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.607;QD=54.0021;RBI=0.123131;REFB=0;REVB=-0.120691;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00165609;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 8968878 . GAGGACAT G 79.17 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107053;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=7;MLLD=294.864;QD=39.5848;RBI=0.0305585;REFB=0;REVB=0.028622;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.99707e-05;OID=.;OPOS=8968879;OREF=AGGACAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:9:8:8:0:3:5:0:0:4:0:2:5:0:0 chr11 9005036 . T A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.669;QD=57.3854;RBI=0.0241921;REFB=0;REVB=0.0148141;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43174e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr11 9045960 . T A 678.46 PASS AF=0.55;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.00500931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.405;QD=22.6152;RBI=0.0120297;REFB=-0.012589;REVB=-0.0109371;RO=54;SAF=28;SAR=38;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457026;STB=0.524992;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0175586;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:54:66:66:0.55:38:28:20:34:38:28:20:34 chr11 9052423 . A C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.532;QD=62.0165;RBI=0.0782285;REFB=0;REVB=0.00688617;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292326;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr11 9069046 . G A 263.96 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0304945;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.303;QD=15.0832;RBI=0.031319;REFB=-0.00986211;REVB=0.00713928;RO=40;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125676;STB=0.57138;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0112409;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:40:30:30:0.428571:20:10:18:22:20:10:18:22 chr11 9225486 . C G 1251.19 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.302;QD=61.0338;RBI=0.0189582;REFB=0;REVB=0.0138583;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22283e-05;OID=.;OPOS=9225486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:46:35:0:0:47:35:0:0 chr11 9228785 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0387;QD=52.6131;RBI=0.0742502;REFB=0;REVB=-0.0306496;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133232;OID=.;OPOS=9228785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 9316937 . G A 460.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.861;QD=57.6199;RBI=0.0590187;REFB=0;REVB=0.0303566;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180956;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr11 9406349 . T C 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.967;QD=63.3366;RBI=0.0605848;REFB=0;REVB=0.0221746;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04686e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:60:33:0:0:60:33:0:0 chr11 9450377 . T G 195.85 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0129621;FXX=0.0377287;HRUN=5;LEN=1;MLLD=203.984;QD=15.3608;RBI=0.0143674;REFB=-0.0249748;REVB=-0.00619712;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018883;STB=0.55511;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0228434;OID=.;OPOS=9450377;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:20:29:21:22:0.431373:12:9:9:11:12:10:16:13 chr11 9537904 . G C 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00903428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.13;QD=50.6174;RBI=0.0238855;REFB=0.0415185;REVB=0.022111;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207078;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.000334057;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:1:1:14:15:1:1 chr11 9754191 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00415701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.62;QD=20.3162;RBI=0.00922028;REFB=-0.0204223;REVB=-0.00823;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328183;STB=0.518499;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.020254;OID=.;OPOS=9754191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:6:12:12:7:6:12 chr11 9754221 . C T 136.84 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0307129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9895;QD=18.2449;RBI=0.0377818;REFB=-0.024301;REVB=0.0220042;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194539;OID=.;OPOS=9754221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:11:4:4:10:11:4:4:11 chr11 9769562 . C G 138.4 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00622159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2449;QD=11.7789;RBI=0.0354165;REFB=-0.00931575;REVB=-0.0348657;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368747;STB=0.713324;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0119325;OID=.;OPOS=9769562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:7:9:7:24:7:9:7:24 chr11 9800601 . G A 74.15 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=7.30339e-05;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.162;QD=8.72395;RBI=0.0101704;REFB=-0.00299897;REVB=-0.0101701;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.529353;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00746798;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:34:34:23:24:10:10:0.294118:5:5:12:11:5:5:13:11 chr11 10014614 . C T 80.89 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0154892;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.924;QD=3.33568;RBI=0.0184385;REFB=-0.00394967;REVB=-0.0100031;RO=79;SAF=8;SAR=7;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144815;STB=0.579131;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0205254;OID=.;OPOS=10014614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:99:97:79:82:15:15:0.154639:7:8:33:46:7:8:36:46 chr11 10019879 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0219401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.645;QD=18.8285;RBI=0.0268369;REFB=0.000455203;REVB=0.0154549;RO=22;SAF=2;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246137;STB=0.642687;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.000516612;OID=.;OPOS=10019879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:18:2:5:17:18:2:5:17 chr11 10328747 . T TC 103.58 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0087392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.9649;QD=10.9035;RBI=0.0342098;REFB=-0.0462448;REVB=0.0330748;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276089;STB=0.610988;STBP=0.22;TYPE=ins;VARB=0.0388908;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:17:41:18:38:20:11:7:8:12:88:22:11:6:8:14 chr11 10521764 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.396;QD=57.1748;RBI=0.0182894;REFB=0;REVB=0.00972996;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.96372e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr11 10555589 . A G 849.91 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00305092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5233;QD=57.621;RBI=0.0444771;REFB=0;REVB=0.0443723;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262165;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr11 10597081 . G A 1119.52 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211399;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.738;QD=58.1567;RBI=0.0413227;REFB=-0.0865265;REVB=0.035506;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114321;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:77:0:0:73:77:1:39:34:0:0:39:38:0:0 chr11 10647702 . G A 1843.53 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.953;QD=60.943;RBI=0.0388296;REFB=0;REVB=0.00861997;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15655e-05;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:118:121:1:57:61:0:0:59:62:0:0 chr11 10650329 . C T 332.08 PASS AF=0.928571;AO=21;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.013547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2711;QD=47.44;RBI=0.104243;REFB=-0.0879736;REVB=0.103359;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541634;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0228953;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:21:26:0.928571:7:14:0:0:11:15:0:2 chr11 10655609 . C T 579.61 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495826;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9492;QD=61.0111;RBI=0.052806;REFB=0;REVB=0.0181669;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287366;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr11 10673739 . T C,G 2785.64 PASS AF=0.956284,0.0382514;AO=174,7;DP=183;FAO=175,7;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=69,7;FSAR=106,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00023427,-0.0210813;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.289,78.2667;QD=60.8884;RBI=0.00780026,0.0347354;REFB=-0.0822652,-0.0337358;REVB=0.00779674,-0.0276066;RO=1;SAF=69,7;SAR=105,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00451215,0.794046;STB=0.502347,0.997454;STBP=0.542,0.048;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000968787,0.0650317;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:183:183:1:1:174,7:175,7:0.956284,0.0382514:105,0:69,7:0:1:106,0:69,7:0:1 chr11 10715124 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.25;QD=59.8394;RBI=0.0233547;REFB=0;REVB=0.018135;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0902e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr11 10786142 . C T 728.74 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.764;QD=57.1558;RBI=0.0333159;REFB=0;REVB=0.0244269;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404756;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr11 10822350 . C T 1767.61 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.081;QD=60.952;RBI=0.0114453;REFB=0;REVB=0.00421613;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18347e-05;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:61:55:0:0:61:55:0:0 chr11 10823079 . T C 269.08 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00185913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.307;QD=29.0893;RBI=0.0238641;REFB=-0.012615;REVB=-0.0237916;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724971;STB=0.539873;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00530465;OID=.;OPOS=10823079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:14:10:4:9:14:10:4:9 chr11 10828361 . C A 153.95 PASS AF=0.395349;AO=15;DP=40;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0860551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.857;QD=14.3205;RBI=0.0909497;REFB=-0.037283;REVB=0.0294342;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359461;STB=0.67808;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0596098;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:25:26:15:17:0.395349:5:10:8:17:6:11:9:17 chr11 11292700 . G C 381.75 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0150396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.017;QD=17.1574;RBI=0.0249095;REFB=-0.0119278;REVB=0.0198568;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114401;STB=0.564042;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0125751;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:19:21:20:29:19:21:20:29 chr11 11373508 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4883;QD=53.2746;RBI=0.0692645;REFB=0;REVB=0.0628603;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240383;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 11373587 . A G 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.617;QD=58.2396;RBI=0.0328095;REFB=0;REVB=0.0171378;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26576e-05;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:43:19:0:0:43:19:0:0 chr11 11373635 . C T 1227.48 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4079;QD=61.374;RBI=0.0452264;REFB=0;REVB=-0.000173584;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217792;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:51:29:0:0:51:29:0:0 chr11 11373808 . T G 972.64 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9554;QD=58.9478;RBI=0.0347062;REFB=0;REVB=-0.0159772;RO=0;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85207e-05;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:45:21:0:0:45:21:0:0 chr11 11373925 . A C 1077.48 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9672;QD=59.8602;RBI=0.0268867;REFB=0;REVB=0.00430861;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197021;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr11 11374016 . T A 1320.89 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.181;QD=62.1597;RBI=0.0515143;REFB=0;REVB=-0.0147304;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38824e-05;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:40:45:0:0:40:45:0:0 chr11 11374283 . T G 1987.57 PASS AF=0.977444;AO=129;DP=134;FAO=130;FDP=133;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0323485;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.597;QD=59.7766;RBI=0.0400303;REFB=-0.134382;REVB=0.0235796;RO=3;SAF=87;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000380968;STB=0.500264;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00147473;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:134:133:3:3:129:130:0.977444:42:87:2:1:42:88:2:1 chr11 11913585 . G T 758.89 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00668179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.414;QD=53.2556;RBI=0.00909119;REFB=-0.0197247;REVB=-0.0061647;RO=2;SAF=20;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00970894;STB=0.505153;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-3.24574e-05;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:35:20:1:1:35:20:1:1 chr11 11986061 . T C 284.11 PASS AF=0.484375;AO=29;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0150317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.485;QD=17.7567;RBI=0.0196063;REFB=-0.00876024;REVB=-0.0125879;RO=33;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798938;STB=0.529583;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00883305;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:33:33:29:31:0.484375:12:17:22:11:12:19:22:11 chr11 12225946 . T G 324.88 PASS AF=0.373333;AO=25;DP=74;FAO=28;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=0.0486432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.1;QD=17.327;RBI=0.0540623;REFB=-0.0149917;REVB=0.0235918;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266217;STB=0.671534;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0152291;OID=.;OPOS=12225946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:39:25:28:0.373333:14:11:8:31:14:14:8:31 chr11 12229655 . T G 429.95 PASS AF=0.44;AO=44;DP=100;FAO=44;FDP=100;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.00157311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.39;QD=17.198;RBI=0.0126452;REFB=-0.0179645;REVB=-0.0125469;RO=55;SAF=13;SAR=31;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780249;STB=0.551231;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0251812;OID=.;OPOS=12229655;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:56:44:44:0.44:31:13:20:35:31:13:21:35 chr11 12284002 . T G 141.28 PASS AF=0.625;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00174249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.842;QD=23.5474;RBI=0.0291681;REFB=-0.059503;REVB=0.029116;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811842;STB=0.512803;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0354476;OID=.;OPOS=12284002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:14:15:0.625:3:11:7:2:3:12:7:2 chr11 12285090 . C T 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0117561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.771;QD=10.2709;RBI=0.0152356;REFB=-0.0184514;REVB=-0.00969117;RO=34;SAF=14;SAR=2;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222946;STB=0.657886;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.035991;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:2:14:26:8:2:14:26:9 chr11 12315186 . G A 281.86 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000679836;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.363;QD=19.4387;RBI=0.040395;REFB=-0.0122076;REVB=-0.0403892;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207205;STB=0.501154;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112829;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:16:14:13:15:16:14:13:15 chr11 12315333 . GCC CGA,GCA 108.33 PASS AF=0,0.571429;AO=2,9;DP=19;FAO=0,12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=0,3;FSAR=0,9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0202023,0.00147477;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=3,1;MLLD=152.949,160.807;QD=20.6344;RBI=0.0278035,0.0238306;REFB=-0.0269125,-0.030736;REVB=0.0191025,0.0237849;RO=5;SAF=1,1;SAR=1,8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0967026,-0.441617;STB=0.5,0.691969;STBP=1,0.073;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0241792;OID=.,.;OPOS=12315333,12315335;OREF=GCC,C;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:19:21:5:9:2,9:0,12:0,0.571429:1,8:1,1:3:2:0,9:0,3:6:3 chr11 12315407 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00533818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4431;QD=47.8217;RBI=0.0992306;REFB=0;REVB=0.0990869;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00396714;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 12315716 . C T 112.73 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0647549;FXX=0.076864;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.073;QD=37.576;RBI=0.067062;REFB=-0.0139525;REVB=-0.0174387;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00613074;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr11 12315891 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.213;QD=42.1826;RBI=0.0376163;REFB=0;REVB=0.0255276;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000912493;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 12315915 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.099;QD=46.8481;RBI=0.0631103;REFB=0;REVB=-0.000930573;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328023;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 12534707 . G A 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0144921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.939;QD=11.4395;RBI=0.0205381;REFB=-0.0182702;REVB=-0.0145532;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263461;STB=0.677159;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0479681;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:22:24:13:13:0.351351:5:8:8:14:5:8:8:16 chr11 12903443 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.00394828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.718;QD=19.9285;RBI=0.0194363;REFB=-0.0191709;REVB=0.0190311;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250566;STB=0.640819;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0138537;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:8:1:5:7:8:1 chr11 13398129 . T A 802.69 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.107;QD=56.3291;RBI=0.061343;REFB=0;REVB=0.0599426;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219509;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:52:57:1:23:29:0:0:28:29:0:0 chr11 13408159 . A C 182.43 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=0.00557072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.585;QD=11.5826;RBI=0.00892298;REFB=-0.0345155;REVB=-0.00697041;RO=38;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140033;STB=0.580144;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0325401;OID=.;OPOS=13408159;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:38:40:22:23:0.365079:13:9:11:27:14:9:11:29 chr11 13441126 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0176984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.869;QD=20.8989;RBI=0.0178624;REFB=-0.00296067;REVB=0.00241534;RO=23;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298791;STB=0.508922;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00345416;OID=.;OPOS=13441126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:10:18:14:9:10:18:15:9 chr11 13443250 . C T 209.79 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0124289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.346;QD=18.6482;RBI=0.0424808;REFB=-0.0282676;REVB=-0.0406219;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864829;STB=0.538425;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0297747;OID=.;OPOS=13443250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:24:21:21:0.466667:9:12:11:12:9:12:12:12 chr11 13461457 . C A 62.08 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00593849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.212;QD=20.6923;RBI=0.01658;REFB=0.000850515;REVB=-0.01548;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000229107;OID=.;OPOS=13461457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:2:5:2:2:2:6:2:2 chr11 13929045 . T TA 214.79 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634011;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.986;QD=45.2192;RBI=0.166144;REFB=0;REVB=-0.153571;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000336224;OID=.;OPOS=13929046;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:19:19:0:10:9:0:0:4:18:1:1:10:8 chr11 13929046 . T A 227.55 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000146194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.362;QD=47.9046;RBI=0.0287009;REFB=0;REVB=-0.0287006;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24105e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr11 14101493 . G GC 408.81 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0985233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.573;QD=41.9291;RBI=0.107375;REFB=0;REVB=0.0426924;RO=6;SAF=21;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671683;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00643367;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:41:39:39:0:24:15:0:0:7:6:21:14:5:1 chr11 14284277 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00575744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.497;QD=17.1565;RBI=0.023715;REFB=-0.0457439;REVB=0.0230055;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.050967;OID=.;OPOS=14284277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr11 14535368 . A G 243.78 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.00327436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.691;QD=15.236;RBI=0.0498399;REFB=-0.0228479;REVB=0.0497323;RO=36;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134923;STB=0.576865;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0261456;OID=.;OPOS=14535368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:7:21:23:13:7:21:23:13 chr11 14632570 . A C 410.38 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.484;QD=56.6041;RBI=0.0607384;REFB=0;REVB=0.0449296;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042087;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:17:12:0:0 chr11 14810762 . A G 656.95 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476008;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.271;QD=62.567;RBI=0.0049343;REFB=0;REVB=0.00129962;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36144e-05;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr11 14902177 . T C 186.24 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00315656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2343;QD=14.8993;RBI=0.0198719;REFB=-0.0145546;REVB=0.0196196;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22108;STB=0.628072;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0203938;OID=.;OPOS=14902177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:14:6:15:15:14:6:15:15 chr11 14913575 . G A 2700.95 PASS AF=0.994286;AO=174;DP=176;FAO=174;FDP=175;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483959;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.986;QD=61.7359;RBI=0.0724997;REFB=-0.0651254;REVB=0.0539819;RO=1;SAF=86;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550293;STB=0.50289;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000653347;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:175:1:1:174:174:0.994286:88:86:1:0:88:86:1:0 chr11 14991539 . T C 1611.36 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0317316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.743;QD=58.0671;RBI=0.051577;REFB=-0.0838335;REVB=-0.0406607;RO=1;SAF=71;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663961;STB=0.502997;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00083202;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:1:2:109:109:0.981982:38:71:1:0:38:71:1:1 chr11 15199957 . T C 726.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169453;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0893;QD=63.1532;RBI=0.0231655;REFB=0;REVB=0.0157954;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206921;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:19:27:0:0 chr11 15243097 . G A 78.31 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0121022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.106;QD=14.2387;RBI=0.0125966;REFB=-0.0146212;REVB=-0.00349446;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.529355;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0147076;OID=.;OPOS=15243097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:12:12:9:10:0.454545:7:2:2:10:8:2:2:10 chr11 15992319 . A C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0174783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.451;QD=18.2489;RBI=0.0195429;REFB=0.0149037;REVB=0.00874268;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459857;STB=0.526276;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00970884;OID=.;OPOS=15992319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:4:8:8:5:4:8 chr11 16133413 . A G 791.6 PASS AF=0.982759;AO=55;DP=56;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.578;QD=54.5934;RBI=0.0494079;REFB=0.0923914;REVB=0.0363269;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00170537;OID=.;OPOS=16133413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:58:1:1:55:57:0.982759:33:22:1:0:33:24:1:0 chr11 16863907 . C T 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0617364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.314;QD=15.9153;RBI=0.0717687;REFB=-0.0596822;REVB=0.0365973;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25507;STB=0.649101;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0573905;OID=.;OPOS=16863907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:8:7:3:10:8:7 chr11 16872822 . C G 440.55 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0116625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7734;QD=22.3062;RBI=0.0173347;REFB=-0.00525605;REVB=0.0128249;RO=35;SAF=23;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865024;STB=0.553704;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00451548;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:20:23:15:20:20:23:15:21 chr11 17035718 . A G 160.55 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.562;QD=45.8726;RBI=0.0947239;REFB=0;REVB=0.0282434;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109144;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:11:3:0:0 chr11 17108868 . ACT A 102.95 PASS AF=0.342857;AO=9;DP=41;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00521755;FXX=0.146306;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.153;QD=11.7662;RBI=0.0334896;REFB=0.0021914;REVB=-0.0330807;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325653;STB=0.514262;STBP=0.94;TYPE=del;VARB=-0.00543398;OID=.;OPOS=17108869;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:9:41:12:35:23:6:6:11:12:99:19:5:4:10:9 chr11 17172133 . T C 248.2 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0619353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.155;QD=16.2752;RBI=0.0631863;REFB=-0.0278846;REVB=-0.0125108;RO=33;SAF=19;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137724;STB=0.577889;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0399358;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:9:19:18:15:9:19:18:15 chr11 17191054 . GA G,GG 109.04 PASS AF=0.341463,0.0487805;AO=16,2;DP=42;FAO=14,2;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=12,2;FSAR=2,0;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.175882,-0.0782358;FXX=0.0238039;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.213,30.2987;QD=10.6376;RBI=0.188943,0.0782971;REFB=-0.0828144,-0.0446761;REVB=-0.0690299,0.0030975;RO=22;SAF=13,2;SAR=3,0;SRF=4;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.59794,0.682681;STB=0.885409,0.997412;STBP=0.002,0.02;TYPE=del,snp;VARB=0.098888,-0.0382139;OID=.,.;OPOS=17191055,17191055;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.341463,0.0487805:16,2:42:14,2:41:25:12,2:2,0:5:20:95:22:13,2:3,0:4:18 chr11 17191264 . C T 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0132371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.378;QD=11.9536;RBI=0.018672;REFB=-0.0180588;REVB=-0.0131691;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132829;STB=0.580431;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.023011;OID=.;OPOS=17191264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:4:7:6:2:4:7 chr11 17333663 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.088;QD=46.847;RBI=0.0494762;REFB=0;REVB=0.00357718;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634621;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr11 17339127 . T C 283.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0137879;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.877;QD=43.6646;RBI=0.025659;REFB=-0.116848;REVB=0.0216397;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319244;STB=0.507036;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00244565;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:1:3:23:23:0.884615:9:14:1:0:9:14:2:1 chr11 17352476 . TTACA T,TT 124.57 PASS AF=0,0.608696;AO=4,8;DP=21;FAO=0,14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=0,10;FSAR=0,4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0331152,0.0341936;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,3;MLLD=284.843,298.18;QD=21.6649;RBI=0.0331785,0.0342776;REFB=-0.00963289,-0.0109673;REVB=0.00204815,0.00239878;RO=8;SAF=3,5;SAR=1,3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272394,0.108737;STB=0.5,0.616263;STBP=1,0.174;TYPE=del,del;VARB=0,0.0110418;OID=.,.;OPOS=17352477,17352478;OREF=TACA,ACA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.608696:4,8:21:0,14:23:9:0,10:0,4:4:5:66:8:3,5:1,3:4:4 chr11 17408251 . G A 37.16 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0372074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3704;QD=9.29107;RBI=0.146118;REFB=0.0523788;REVB=0.141302;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255761;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0152656;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:8:10:5:6:0.375:2:3:5:3:3:3:5:5 chr11 17408404 . C T 236.28 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0117556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.221;QD=17.5019;RBI=0.0429584;REFB=-0.00852416;REVB=0.0413187;RO=28;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630316;STB=0.535371;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00945981;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:15:11:10:18:15:11:10:18 chr11 17408630 . C T 357.77 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00374444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.858;QD=31.1105;RBI=0.0180672;REFB=-0.00699789;REVB=-0.0176749;RO=16;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396694;STB=0.521725;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00372315;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:15:15:7:9:15:15:7:9 chr11 17408796 . G A 283.13 PASS AF=0.541667;AO=25;DP=47;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0164599;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0897;QD=23.5938;RBI=0.0444798;REFB=0.020264;REVB=0.0413222;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927583;STB=0.55906;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0148303;OID=.;OPOS=17408796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:22:25:26:0.541667:12:13:9:13:12:14:9:13 chr11 17409069 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0066847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.167;QD=7.32292;RBI=0.0305192;REFB=-0.0121492;REVB=-0.0297781;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399996;STB=0.74925;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0243443;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:4:10:2:4:4:10 chr11 17409572 . T C 101.13 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00111573;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.699;QD=11.8971;RBI=0.00536219;REFB=-0.0247803;REVB=-0.00524483;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.558049;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0486577;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:12:13:0.382353:5:7:11:10:5:8:11:10 chr11 17418477 . C A 240.1 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0110968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.497;QD=21.3423;RBI=0.0236466;REFB=-0.0123962;REVB=0.0208812;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124682;STB=0.578881;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0160623;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:22:23:23:0.511111:11:12:14:7:11:12:15:7 chr11 17448704 . G A 177.34 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0981642;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.091;QD=20.2678;RBI=0.0988919;REFB=-0.0519918;REVB=0.0119749;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757821;STB=0.54281;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0298884;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:17:18:18:0.514286:9:9:7:10:9:9:7:10 chr11 17449929 . C T 45.95 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0246982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.749;QD=9.19;RBI=0.0426435;REFB=-0.0043791;REVB=0.034763;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133873;STB=0.581866;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00941948;OID=.;OPOS=17449929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:3:4:9:4:3:4:9:4 chr11 17452492 . G A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0294921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.119;QD=19.385;RBI=0.0648824;REFB=-0.0101738;REVB=0.0577923;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215333;STB=0.512183;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0206182;OID=.;OPOS=17452492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:11:10:10:10:11:10 chr11 17542439 . T C,G 923.59 PASS AF=0.907692,0.0923077;AO=56,7;DP=63;FAO=59,6;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=22,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451114,0.00126001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.344,154.134;QD=56.8364;RBI=0.0479928,0.0540788;REFB=0,0;REVB=0.0477804,0.0540641;RO=0;SAF=36,2;SAR=20,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.57266e-08,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000496332,0.0385838;OID=.,.;OPOS=17542439,17542439;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:63:65:0:0:56,7:59,6:0.907692,0.0923077:20,5:36,2:0:0:22,5:37,1:0:0 chr11 17547920 . C T 200.94 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=0.0132545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.431;QD=11.8202;RBI=0.0586842;REFB=-0.00640716;REVB=0.0571678;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238016;STB=0.636262;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0131517;OID=.;OPOS=17547920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:30:13:13:12:30:13 chr11 17593709 . T C 492.42 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00836267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.427;QD=20.0988;RBI=0.0134377;REFB=-0.0259547;REVB=-0.0105184;RO=49;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121211;STB=0.571882;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0260034;OID=.;OPOS=17593709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:50:48:48:0.489796:26:22:29:20:26:22:30:20 chr11 17596313 . G A 326.69 PASS AF=0.444444;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0054813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.916;QD=16.1328;RBI=0.00683073;REFB=-0.00131409;REVB=0.00407606;RO=45;SAF=21;SAR=14;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232438;STB=0.506509;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00234497;OID=.;OPOS=17596313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:45:45:35:36:0.444444:14:21:28:17:14:22:28:17 chr11 17600033 . G A 466.15 PASS AF=0.452174;AO=49;DP=110;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0474557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8769;QD=16.2139;RBI=0.0543193;REFB=-0.0288647;REVB=0.0264299;RO=57;SAF=20;SAR=29;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115084;STB=0.544766;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0326925;OID=.;OPOS=17600033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:57:63:49:52:0.452174:29:20:30:27:29:23:33:30 chr11 17615203 . G A 705.76 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.797;QD=62.7338;RBI=0.0413273;REFB=0;REVB=0.0363155;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.50873e-05;OID=.;OPOS=17615203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:24:21:0:0 chr11 17618490 . C T 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0378439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.907;QD=10.8098;RBI=0.037949;REFB=-0.0311657;REVB=0.00282213;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060288;STB=0.535336;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0695103;OID=.;OPOS=17618490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:17:19:9:10:17:19 chr11 17627613 . G C 758.92 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.688;QD=63.2432;RBI=0.0542022;REFB=0;REVB=0.0348241;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151729;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:1:0:45:48:1:14:31:0:1:17:31:0:0 chr11 17631751 . C T 418.42 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1861;QD=53.9898;RBI=0.030063;REFB=-0.0882178;REVB=0.019396;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00280384;OID=.;OPOS=17631751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:1:1:30:30:0.967742:13:17:1:0:13:17:1:0 chr11 17632651 . C T 955.04 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4164;QD=58.7716;RBI=0.0276544;REFB=0;REVB=0.00171295;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233248;OID=.;OPOS=17632651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr11 17656686 . C T 754.16 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2003;QD=54.8482;RBI=0.0596149;REFB=-0.064158;REVB=0.0466043;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229779;STB=0.512191;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.010129;OID=.;OPOS=17656686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:34:20:1:0:34:20:1:0 chr11 17663444 . C T 1267.39 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.804;QD=61.0789;RBI=0.0566655;REFB=0;REVB=0.050345;RO=0;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236155;OID=.;OPOS=17663444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:33:49:0:0:34:49:0:0 chr11 17663742 . G C 1377.5 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.953;QD=62.6137;RBI=0.0779004;REFB=0;REVB=-0.0161667;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111794;OID=.;OPOS=17663742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:33:53:0:0:34:54:0:0 chr11 17948311 . T C 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00352426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.157;QD=60.8524;RBI=0.00596115;REFB=0.00816382;REVB=0.00480779;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000332976;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:0:1:18:28:0:1 chr11 18028151 . C T 194.89 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0110201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7378;QD=17.3235;RBI=0.0128711;REFB=0.00452328;REVB=-0.0066501;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160183;STB=0.599904;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.0175073;OID=.;OPOS=18028151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:10:10:16:8:10:10:17:8 chr11 18108492 . T C 300.37 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00590986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6071;QD=23.1057;RBI=0.07562;REFB=-0.00672792;REVB=0.0753887;RO=22;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167973;STB=0.593156;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00763857;OID=.;OPOS=18108492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:21:9:11:11:21:9:11:11 chr11 18127558 . C CCGG 91.59 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=64;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0383652;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=3;MLLD=181.422;QD=6.91228;RBI=0.0385507;REFB=-0.0186497;REVB=-0.00377686;RO=51;SAF=1;SAR=11;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559503;STB=0.768762;STBP=0.047;TYPE=ins;VARB=0.0543018;OID=.;OPOS=18127559;OREF=-;OALT=CGG;OMAPALT=CCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245283:12:64:13:53:40:2:11:18:22:91:51:1:11:24:27 chr11 18159169 . A G 1438.56 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193907;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.53;QD=63.2334;RBI=0.0248548;REFB=0;REVB=-0.0155487;RO=0;SAF=58;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45581e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161495;OID=.;OPOS=18159169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:33:58:0:0:33:58:0:0 chr11 18159254 . A G 321.05 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00773116;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.101;QD=18.0876;RBI=0.0082037;REFB=-0.0440953;REVB=-0.00274404;RO=36;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453971;STB=0.509634;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0386671;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:37:33:34:0.478873:19:14:17:19:19:15:17:20 chr11 18194944 . T A 144.7 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0225843;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.395;QD=11.1305;RBI=0.0277095;REFB=-0.016277;REVB=-0.0160551;RO=34;SAF=13;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167944;STB=0.599398;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0319023;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:34:18:18:0.346154:5:13:20:14:5:13:20:14 chr11 18195051 . T C 508.44 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0322968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.5987;QD=56.4934;RBI=0.0580803;REFB=-0.116776;REVB=0.0482725;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.523796;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00163049;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:10:25:0:0:10:25:0:1 chr11 18195348 . C T 171.23 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.04319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.524;QD=17.5618;RBI=0.0438302;REFB=-0.0197733;REVB=-0.00746417;RO=20;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160152;STB=0.586096;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0200404;OID=.;OPOS=18195348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:17:1:2:18:17:1:2:19 chr11 18210580 . C T 169.34 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=62;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0217937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2613;QD=10.5836;RBI=0.0599731;REFB=-0.038047;REVB=0.0558732;RO=39;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328137;STB=0.664658;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0642689;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:39:42:20:22:0.34375:6:14:16:23:8:14:16:26 chr11 18210814 . GC AA,GA 192.66 PASS AF=0.434783,0;AO=18,2;DP=46;FAO=20,0;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=11,0;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00676936,0.000765133;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=206.538,171.722;QD=16.7533;RBI=0.0165439,0.014518;REFB=-0.0193823,-0.0162817;REVB=0.0150956,0.0144979;RO=26;SAF=9,2;SAR=9,0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.476737;STB=0.528356,0.5;STBP=0.731,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0213329,0;OID=.,.;OPOS=18210814,18210815;OREF=GC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:18,2:20,0:0.434783,0:9,0:9,2:13:13:9,0:11,0:13:13 chr11 18210849 . C T 247.59 PASS AF=0.55814;AO=18;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0738017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4991;QD=23.0316;RBI=0.0811344;REFB=-0.0269437;REVB=0.0337061;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.589943;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0461573;OID=.;OPOS=18210849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:18:24:0.55814:7:11:9:9:7:17:10:9 chr11 18231289 . C A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00752979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.945;QD=26.3982;RBI=0.0141673;REFB=-0.00191562;REVB=-0.0120006;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128526;STB=0.571351;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00135197;OID=.;OPOS=18231289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:9:9:7:3:9:9:7:3 chr11 18231749 . T G 61.69 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00526514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5493;QD=8.22508;RBI=0.0411996;REFB=-0.0265917;REVB=-0.0408618;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178269;STB=0.59976;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0603011;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:29:30:20:21:9:9:0.3:7:2:7:13:7:2:7:14 chr11 18253176 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0483847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.257;QD=20.2095;RBI=0.052257;REFB=-0.000843862;REVB=-0.0197411;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.591095;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.000285269;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:5:5:4:9:5:5 chr11 18267027 . C T 861.98 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0462465;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9632;QD=56.5233;RBI=0.050423;REFB=-0.106673;REVB=0.0200934;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00165936;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:59:60:0.983607:31:28:0:0:31:29:0:1 chr11 18267463 . A G 45.24 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0549318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2021;QD=2.74167;RBI=0.0573592;REFB=-0.0135442;REVB=-0.0165098;RO=56;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204932;STB=0.638861;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0524268;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:66:56:57:9:9:0.136364:3:6:28:28:3:6:29:28 chr11 18267471 . A G 274.53 PASS AF=0.491803;AO=28;DP=59;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0084457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=18.0016;RBI=0.0121171;REFB=-0.0264313;REVB=-0.00868875;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368469;STB=0.69294;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0295864;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:31:28:30:0.491803:20:8:21:10:21:9:21:10 chr11 18267478 . G A 43.26 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.0177751;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3052;QD=2.93278;RBI=0.0283837;REFB=0.000396796;REVB=0.0221287;RO=48;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247977;STB=0.64817;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00740305;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:60:59:48:51:8:8:0.135593:3:5:20:28:3:5:23:28 chr11 18267597 . T TGGAAA 31.34 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00909875;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=5;MLLD=152.439;QD=9.6428;RBI=0.0103866;REFB=-0.0159846;REVB=-0.0050094;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622566;STB=0.863649;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.0124676;OID=.;OPOS=18267598;OREF=-;OALT=GGAAA;OMAPALT=TGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:5:14:5:13:8:1:4:7:1:31:9:1:4:8:1 chr11 18291321 . T C 477.4 PASS AF=0.489583;AO=46;DP=95;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00350229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.353;QD=19.8916;RBI=0.0182533;REFB=-0.0183041;REVB=0.0179142;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10384;STB=0.562446;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0197066;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:49:49:46:47:0.489583:22:24:31:18:23:24:31:18 chr11 18327684 . G T 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.564;QD=52.5951;RBI=0.020438;REFB=0;REVB=0.0202266;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134842;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 18388128 . G C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.233;QD=59.0135;RBI=0.0279705;REFB=0;REVB=0.026504;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194748;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr11 18424451 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.174;QD=56.9378;RBI=0.017053;REFB=0;REVB=0.00696142;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82376e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr11 18424487 . A G 725.86 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00931925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.173;QD=63.1186;RBI=0.00944106;REFB=0;REVB=-0.00151168;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82643e-05;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr11 18467821 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.051;QD=57.5452;RBI=0.048786;REFB=0;REVB=0.0206493;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96218e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 18505552 . G A 189.06 PASS AF=0.527778;AO=15;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0092012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.349;QD=21.0061;RBI=0.0271676;REFB=-0.0241447;REVB=0.025562;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.526288;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0186909;OID=.;OPOS=18505552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:17:15:19:0.527778:9:6:5:9:9:10:8:9 chr11 18555901 . C G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.033734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.505;QD=11.1312;RBI=0.0398398;REFB=-0.00512375;REVB=-0.0211951;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00711253;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:10:7:4:6:10:7 chr11 18555949 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0252483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.897;QD=12.9746;RBI=0.0379661;REFB=-0.0209245;REVB=-0.028354;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289056;STB=0.517017;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0291589;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:10:8:5:7:10:8 chr11 18600322 . T G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0131407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.824;QD=14.3343;RBI=0.0133857;REFB=-0.0221553;REVB=0.00254947;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400047;STB=0.732852;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0305557;OID=.;OPOS=18600322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:2:8:3:6:2:8 chr11 18633971 . G A 305.5 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0454007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.908;QD=17.7101;RBI=0.0460983;REFB=-0.0212626;REVB=0.00798938;RO=36;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887887;STB=0.549568;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0197433;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:15:18:23:13:15:18:23:13 chr11 18724558 . C T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00154893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.973;QD=15.7836;RBI=0.00700902;REFB=-0.000273572;REVB=0.00683573;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231906;STB=0.635625;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000270997;OID=.;OPOS=18724558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:3:11:10:7:3:11:10:7 chr11 18728650 . T C 276.98 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=0.00382449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.659;QD=13.5112;RBI=0.0102597;REFB=-0.0195529;REVB=0.00952024;RO=48;SAF=18;SAR=14;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906016;STB=0.54856;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0312271;OID=.;OPOS=18728650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:50:32:32:0.390244:14:18:31:17:14:18:32:18 chr11 18735396 . G T 130.77 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.234;QD=43.5891;RBI=0.0648926;REFB=0;REVB=0.0550906;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663336;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:12:0:0:10:12:1:4:6:0:0:6:6:0:0 chr11 18735947 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.261;QD=59.8362;RBI=0.0810657;REFB=0;REVB=0.0171498;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863878;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 18737095 . C T 685.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.128;QD=62.3408;RBI=0.0452899;REFB=0;REVB=0.014587;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201284;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr11 18738281 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.582;QD=55.6525;RBI=0.045279;REFB=0;REVB=-0.00952169;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308192;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 18743180 . C G 377.81 PASS AF=0.470588;AO=38;DP=83;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00255577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.19;QD=17.7792;RBI=0.0317676;REFB=-0.0113646;REVB=0.0316647;RO=45;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791012;STB=0.529397;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0135792;OID=.;OPOS=18743180;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:45:45:38:40:0.470588:18:20:20:25:20:20:20:25 chr11 18764026 . G C 301.76 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0539106;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.979;QD=44.7058;RBI=0.0539382;REFB=-0.0600676;REVB=0.00172653;RO=2;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00596561;STB=0.5232;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00251632;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:27:27:2:3:24:24:0.888889:13:11:1:1:13:11:2:1 chr11 18956194 . T C 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.00130166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.609;QD=13.7244;RBI=0.00757692;REFB=-0.00228939;REVB=-0.00746427;RO=45;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110346;STB=0.562461;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00414094;OID=.;OPOS=18956194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:20:10:11:34:20:10:11:34 chr11 19167850 . A G 397.38 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0144135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2771;QD=18.0629;RBI=0.0181881;REFB=-0.00904317;REVB=0.0110932;RO=46;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206988;STB=0.504082;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0101964;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:47:41:41:0.465909:25:16:17:29:25:16:18:29 chr11 19245854 . T C 788.1 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000633389;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.719;QD=55.3055;RBI=0.0206479;REFB=-0.13707;REVB=0.0206382;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015982;STB=0.508472;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000882597;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:29:27:0:1:29:27:0:1 chr11 19612775 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8125;QD=57.2005;RBI=0.0686635;REFB=0;REVB=-0.0315096;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440729;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr11 19735987 . A G 288.47 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0142348;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.59;QD=19.2316;RBI=0.0190021;REFB=-0.014759;REVB=-0.0125876;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171844;STB=0.613517;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0303826;OID=.;OPOS=19735987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:29:29:31:0.516667:15:14:19:9:17:14:20:9 chr11 19799522 . GCCCCG GCCCC,GCCCG 328.07 PASS AF=0.382353,0.00980392;AO=32,18;DP=104;FAO=39,1;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=13,1;FSAR=26,0;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.01502,-0.36104;FXX=0.0097078;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=93.2921,9.32811;QD=12.8655;RBI=0.0177748,0.36709;REFB=-0.00885866,-0.0765308;REVB=-0.00950491,-0.066368;RO=43;SAF=7,14;SAR=25,4;SRF=18;SRR=25;SSEN=0,0.4;SSEP=0,0.492063;SSSB=-0.246519,0.432495;STB=0.616377,0.989729;STBP=0.072,0.492;TYPE=del,del;VARB=0.0148892,2.02639;OID=.,.;OPOS=19799527,19799523;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353,0.00980392:32,18:104:39,1:102:62:13,1:26,0:32:30:99:43:7,14:25,4:18:25 chr11 19854088 . G A 321.35 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0276397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2745;QD=16.2707;RBI=0.0279446;REFB=-0.00418564;REVB=-0.00411713;RO=43;SAF=22;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722907;STB=0.54831;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00748093;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:43:44:35:35:0.443038:13:22:24:19:13:22:24:20 chr11 19955500 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00996161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.128;QD=56.0118;RBI=0.0133176;REFB=-0.00238723;REVB=0.00883883;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=1.30823e-05;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr11 19970558 . T C 905.72 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00357455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.872;QD=56.6077;RBI=0.0194852;REFB=0.0124713;REVB=-0.0191546;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165659;STB=0.508769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000532925;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:35:28:1:0:35:28:1:0 chr11 19970579 . C G,T 1152.24 PASS AF=0.0886076,0.911392;AO=6,70;DP=77;FAO=7,72;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,36;FSAR=4,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172907,-0.00590946;FXX=0.0246883;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=22.4244,112.23;QD=58.3411;RBI=0.025573,0.0160105;REFB=0,0;REVB=-0.0255145,0.01488;RO=0;SAF=3,36;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.236373,-0.00102401;OID=.,.;OPOS=19970579,19970579;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:77:79:0:0:6,70:7,72:0.0886076,0.911392:3,34:3,36:0:0:4,36:3,36:0:0 chr11 20065779 . C G 73.98 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2185;QD=36.9877;RBI=0.0402488;REFB=0;REVB=0.030148;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050045;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr11 20067064 . C T 214.79 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0332233;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.238;QD=17.1833;RBI=0.0340438;REFB=-0.00710227;REVB=0.00742949;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15774;STB=0.589395;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00823099;OID=.;OPOS=20067064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:15:12:14:9:15:12 chr11 20089792 . G C 628.97 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0165384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.418;QD=26.4828;RBI=0.0250881;REFB=-0.0228617;REVB=-0.0188652;RO=39;SAF=28;SAR=28;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964317;STB=0.505261;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.015279;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:39:56:56:0.589474:28:28:20:19:28:28:20:19 chr11 20089944 . T C 266.49 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0218955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.241;QD=15.9098;RBI=0.0220107;REFB=-0.00566599;REVB=0.00224888;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789203;STB=0.544515;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00663073;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:37:30:30:0.447761:17:13:19:18:17:13:19:18 chr11 20099112 . A T 364.39 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00999423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.132;QD=23.8941;RBI=0.018598;REFB=-0.01806;REVB=-0.0156844;RO=25;SAF=14;SAR=22;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187861;STB=0.603233;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0211702;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:22:14:16:9:22:14:16:9 chr11 20099541 . C T 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0548237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3081;QD=22.6295;RBI=0.0550394;REFB=-0.0356104;REVB=0.00486755;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109699;STB=0.561949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0335772;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:5:3:7:6:5:3 chr11 20101704 . C T 259.55 PASS AF=0.356322;AO=30;DP=86;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.000740313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.42;QD=11.9334;RBI=0.0167928;REFB=-0.0205409;REVB=0.0167764;RO=56;SAF=20;SAR=10;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251281;STB=0.629129;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0340858;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:56:30:31:0.356322:10:20:25:31:11:20:25:31 chr11 20101744 . C A 192.97 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00957294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.884;QD=13.7833;RBI=0.0454212;REFB=-0.0162235;REVB=-0.0444009;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286426;STB=0.66439;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0161042;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:7:16:14:19:7:16:14:19 chr11 20104669 . G A 252.16 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00513975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9839;QD=34.7802;RBI=0.0231011;REFB=-0.00679991;REVB=-0.0225221;RO=7;SAF=19;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371943;STB=0.706753;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00655454;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:3:19:2:5:3:19:2:5 chr11 20112492 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00866721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.661;QD=17.3255;RBI=0.0411277;REFB=-0.0162967;REVB=0.0402041;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1182;STB=0.567499;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0163068;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:12:13:8:12:12:13 chr11 20117232 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.689;QD=59.3221;RBI=0.0281126;REFB=0;REVB=0.0273915;RO=0;SAF=48;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01974e-05;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:20:48:0:0:20:48:0:0 chr11 20124914 . A C 720.69 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.788;QD=62.6688;RBI=0.0128691;REFB=0;REVB=0.00493543;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985441;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr11 20140387 . A G 346.05 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0327981;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7725;QD=20.061;RBI=0.0416623;REFB=-0.0101475;REVB=-0.025691;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230462;STB=0.526301;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00920089;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:22:14:12:21:21:15:12:21 chr11 20140471 . A G 316.77 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00864786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8195;QD=17.8462;RBI=0.027146;REFB=-0.0321686;REVB=-0.0257317;RO=36;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024196;STB=0.519988;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0334546;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:37:34:34:0.478873:18:16:16:20:18:16:16:21 chr11 20177936 . TG T 56.14 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0445007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7113;QD=10.6941;RBI=0.141434;REFB=-0.118103;REVB=-0.134251;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.127146;OID=.;OPOS=20177937;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.47619:10:21:10:21:11:4:6:8:3:54:10:4:6:7:3 chr11 20404613 . T G 736.52 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.949;QD=62.6823;RBI=0.0653807;REFB=0;REVB=0.0533732;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344916;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:42:47:1:19:23:0:0:21:26:0:0 chr11 20429454 . T C 418.19 PASS AF=0.939394;AO=26;DP=29;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.014203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.251;QD=50.6896;RBI=0.02477;REFB=-0.135844;REVB=0.0202935;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515722;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00194653;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:33:2:2:26:31:0.939394:9:17:2:0:13:18:2:0 chr11 20529886 . G A 837.13 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252718;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.836;QD=57.7334;RBI=0.0286238;REFB=0;REVB=0.0134409;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107079;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr11 20623156 . C G 804.84 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0446186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.571;QD=57.4883;RBI=0.153828;REFB=0;REVB=0.147214;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122677;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:46:56:1:22:24:0:0:31:25:0:0 chr11 20639400 . A G 804.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9438;QD=64.3633;RBI=0.0114209;REFB=0;REVB=-0.000755781;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140847;OID=.;OPOS=20639400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 20648364 . G C 192.32 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0507733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3233;QD=16.0263;RBI=0.0543194;REFB=-0.00542891;REVB=-0.0193046;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344844;STB=0.69582;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00393726;OID=.;OPOS=20648364;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:21:7:12:8:21:7 chr11 20648380 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00736106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8909;QD=14.65;RBI=0.00979108;REFB=-0.0302063;REVB=0.00645601;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183534;STB=0.605916;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0332656;OID=.;OPOS=20648380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:13:6:7:7:13:6 chr11 20673867 . G A 332.05 PASS AF=0.375;AO=40;DP=111;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00339509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.194;QD=11.859;RBI=0.0130864;REFB=-0.0150498;REVB=0.0126383;RO=69;SAF=16;SAR=24;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104227;STB=0.560316;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0270322;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:69:70:40:42:0.375:24:16:34:35:25:17:35:35 chr11 20805286 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0162468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.064;QD=11.0196;RBI=0.0162524;REFB=-0.033008;REVB=-0.000428551;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0495935;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:5:3:2:4:5:3 chr11 20805335 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00393239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2335;QD=19.3672;RBI=0.0305727;REFB=0.0121505;REVB=-0.0303187;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051088;STB=0.529353;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=-0.0273698;OID=.;OPOS=20805335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:3:4:5:5:3:4 chr11 21305927 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.174;QD=58.5988;RBI=0.0628522;REFB=0;REVB=0.0380041;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267771;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr11 21581805 . C T 237.57 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0180036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.279;QD=18.6332;RBI=0.0465247;REFB=0.00622255;REVB=0.0429001;RO=26;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547608;STB=0.530781;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00292587;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:14:11:13:13:14:11:13:13 chr11 22242729 . T C 177.27 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0650338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.993;QD=12.2253;RBI=0.0653479;REFB=-0.0120328;REVB=0.00639885;RO=36;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987356;STB=0.557091;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0203704;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:13:9:18:18:13:9:18:18 chr11 22401037 . CT C 87.95 PASS AF=0.5;AO=19;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.131075;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.06064;QD=6.28216;RBI=0.195201;REFB=0.000336289;REVB=-0.144648;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674485;STB=0.519217;STBP=0.78;TYPE=del;VARB=-0.0131386;OID=.;OPOS=22401038;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:19:56:28:56:28:10:18:11:17:73:21:6:13:8:13 chr11 22646571 . T C 456.99 PASS AF=0.429752;AO=50;DP=121;FAO=52;FDP=121;FR=.;FRO=69;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00300114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.247;QD=15.1071;RBI=0.0320133;REFB=-0.0175197;REVB=0.0318724;RO=68;SAF=30;SAR=20;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280899;STB=0.521268;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0234753;OID=.;OPOS=22646571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:69:50:52:0.429752:20:30:39:29:20:32:40:29 chr11 22647008 . G T 221.17 PASS AF=0.44;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000901005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.979;QD=17.6936;RBI=0.146929;REFB=-0.0178441;REVB=0.146926;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108694;STB=0.517494;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00993593;OID=.;OPOS=22647008;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:28:21:22:0.44:7:14:11:9:8:14:17:11 chr11 22647366 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0249566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.35;QD=12.7378;RBI=0.0252773;REFB=-0.022743;REVB=0.00401349;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380371;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0142308;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:3:6:2:6:3:7 chr11 22696451 . A G 602.7 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00647281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.76;QD=60.2703;RBI=0.0925712;REFB=0;REVB=0.0923447;RO=0;SAF=30;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383686;OID=.;OPOS=22696451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:7:30:0:0:10:30:0:0 chr11 22709973 . C A 1453.28 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.793;QD=63.1861;RBI=0.0117413;REFB=0;REVB=-0.0101046;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52368e-05;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr11 22834189 . C T 180.44 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0238545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6928;QD=16.0392;RBI=0.0376064;REFB=0.00126379;REVB=-0.0290724;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173693;STB=0.599893;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00422133;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:14:12:12:7:14:12 chr11 25098938 . G C 215.12 PASS AF=0.302083;AO=26;DP=94;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=49;FWDB=0.0500178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0086;QD=8.96322;RBI=0.0515786;REFB=-0.0118104;REVB=-0.0125926;RO=67;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000880914;STB=0.53486;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0412105;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:67:67:26:29:0.302083:19:7:18:49:20:9:18:49 chr11 26481611 . G A 232.17 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.308;QD=48.8771;RBI=0.0790641;REFB=0;REVB=0.076872;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135557;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:7:12:0:0 chr11 26568966 . A G 494.43 PASS AF=0.50495;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=101;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0321205;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1162;QD=19.5813;RBI=0.0403005;REFB=-0.0270264;REVB=-0.0243394;RO=49;SAF=17;SAR=34;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183026;STB=0.597183;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0305106;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:50:51:51:0.50495:34:17:26:23:34:17:26:24 chr11 26586801 . G A 729.41 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174128;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.8;QD=53.0483;RBI=0.0447844;REFB=-0.135442;REVB=0.0412606;RO=3;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168911;OID=.;OPOS=26586801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:3:0:52:55:1:28:24:0:3:31:24:0:0 chr11 26587133 . T C 1151.39 PASS AF=1;AO=72;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710878;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.279;QD=59.8127;RBI=0.0783575;REFB=0;REVB=0.0329609;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403823;OID=.;OPOS=26587133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:72:77:1:40:32:0:0:41:36:0:0 chr11 26621117 . A C 354.84 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.00232947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.426;QD=12.2359;RBI=0.00309136;REFB=-0.0182671;REVB=-0.00203226;RO=72;SAF=18;SAR=25;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497066;STB=0.531821;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0235778;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:73:43:43:0.37069:25:18:27:45:25:18:27:46 chr11 26656563 . C T 282.49 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0115886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7847;QD=17.3841;RBI=0.0121629;REFB=-0.0172717;REVB=0.00369321;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137981;STB=0.583278;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0200241;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:34:30:31:0.476923:10:20:18:16:10:21:18:16 chr11 26677947 . C T 221.11 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0240733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.565;QD=12.2841;RBI=0.0347841;REFB=0.00368332;REVB=-0.0251079;RO=44;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10341;STB=0.56517;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00746572;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:14:13:17:27:14:13:17:28 chr11 26692733 . T C 361.05 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0123005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8075;QD=20.341;RBI=0.0368432;REFB=0.0161457;REVB=-0.0347292;RO=34;SAF=13;SAR=24;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134268;STB=0.57458;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0164856;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:24:13:17:17:24:13:17:17 chr11 26692742 . G A 335.98 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0136483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.943;QD=19.7634;RBI=0.0287355;REFB=0.00138045;REVB=-0.0252875;RO=33;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12922;STB=0.571882;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00118204;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:35:35:0.514706:22:13:17:16:22:13:17:16 chr11 26694979 . A G 223.97 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0501039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1117;QD=24.2125;RBI=0.0526859;REFB=-0.0228749;REVB=0.0162911;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923117;STB=0.540504;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0294102;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:21:22:0.594595:11:10:9:6:11:11:9:6 chr11 26702664 . C T 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1587;QD=56.9325;RBI=0.0325068;REFB=0;REVB=-0.0289048;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554506;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr11 26705310 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0189238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.259;QD=15.6993;RBI=0.0265926;REFB=-0.0133537;REVB=-0.0186831;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241819;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0131971;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:11:8:10:5:11:8 chr11 26734209 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.166;QD=57.1057;RBI=0.0554588;REFB=0;REVB=0.0237931;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18254e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 27017607 . C G 140.64 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0206266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.778;QD=9.37575;RBI=0.0207732;REFB=-0.0139571;REVB=-0.00246335;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118798;STB=0.507035;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0135035;OID=.;OPOS=27017607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:10:9:19:22:10:9:19:22 chr11 27018019 . G A 63.84 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0229516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.296;QD=9.45792;RBI=0.082393;REFB=-0.00987329;REVB=-0.0791317;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00989722;OID=.;OPOS=27018019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:27:17:18:9:9:0.333333:3:6:12:5:3:6:12:6 chr11 27018626 . G A 105.87 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00416781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.119;QD=21.174;RBI=0.0228404;REFB=-0.0155346;REVB=0.0224569;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00923203;OID=.;OPOS=27018626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:5:3:7:5:5:3 chr11 27077118 . C T 854.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327697;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.108;QD=57.9149;RBI=0.036833;REFB=0;REVB=0.0168171;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16177e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr11 27390089 . T C 732.59 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.301;QD=61.0492;RBI=0.085526;REFB=-0.0988894;REVB=-0.0826934;RO=1;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303164;STB=0.516122;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000442358;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:15:32:0:1:15:32:0:1 chr11 27406844 . G A 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0100635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.234;QD=15.2553;RBI=0.0100661;REFB=-0.0043869;REVB=-0.000227387;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236877;STB=0.634733;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00392059;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:9:11:23:7:9:11:23:7 chr11 27517666 . ACCCT ACCCC,ACCT 112.4 PASS AF=0.375,0.625;AO=5,5;DP=16;FAO=6,10;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216565,0.291467;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=129.225,12.2691;QD=28.0994;RBI=0.0226727,0.406395;REFB=0.0314705,-0.0953075;REVB=0.00671166,0.283203;RO=5;SAF=3,2;SAR=2,3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.5875;SSSB=0.317065,0.179553;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0542042,0.21425;OID=.,.;OPOS=27517670,27517667;OREF=T,C;OALT=C,-;OMAPALT=ACCCC,ACCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.375,0.625:5,5:16:6,10:16:0:4,3:2,7:0:0:38:5:3,2:2,3:1:4 chr11 27518920 . A G 72.33 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0294602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.987;QD=8.26675;RBI=0.0357553;REFB=0.0149166;REVB=0.0202617;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477389;STB=0.542772;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=-0.0191258;OID=.;OPOS=27518920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:24:25:10:10:0.285714:5:5:13:11:5:5:14:11 chr11 27679010 . GTT G,GT,TGT 233.34 PASS AF=0,1,0;AO=6,23,2;DP=34;FAO=0,37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130001,-0.238231,-0.344421;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=2,1,2;MLLD=8.35125,8.20007,13.4222;QD=25.2262;RBI=0.134773,0.246173,0.347908;REFB=-0.00397794,-0.00304492,0.00829449;REVB=-0.035545,-0.0620261,-0.0491339;RO=2;SAF=2,5,2;SAR=4,18,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0772509,-0.0589862,0.639851;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0274955,-0.00825874,0;OID=.,.,.;OPOS=27679011,27679011,27679010;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:34:37:2:0:6,23,2:0,37,0:0,1,0:4,18,0:2,5,2:1:1:0,24,0:0,13,0:0:0 chr11 27679662 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.041;QD=64.4131;RBI=0.0656799;REFB=0;REVB=0.0422103;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171336;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr11 27679916 . C T 147.27 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00173092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.189;QD=11.3285;RBI=0.0181088;REFB=-0.00736526;REVB=-0.0180259;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930886;STB=0.554763;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0146391;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:11:7:16:18:11:7:16:18 chr11 27680744 . A T 300.87 PASS AF=0.5625;AO=24;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0143119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.29;QD=25.0722;RBI=0.0148385;REFB=0.00160847;REVB=0.00391802;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204271;STB=0.555514;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00150481;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:21:24:27:0.5625:9:15:6:11:12:15:9:12 chr11 30255185 . C T 641.55 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.376;QD=61.0996;RBI=0.015468;REFB=0;REVB=-0.0140186;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012685;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:25:17:0:0 chr11 30965855 . A T 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0118105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.722;QD=56.4862;RBI=0.020388;REFB=0.054805;REVB=0.0166187;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.513506;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000521674;OID=.;OPOS=30965855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:18:17:0:0:18:17:0:1 chr11 30974115 . C A 396.75 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.01844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8766;QD=21.4457;RBI=0.0720823;REFB=0.00788683;REVB=-0.0696837;RO=34;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130686;STB=0.572331;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00733979;OID=.;OPOS=30974115;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:27:13:16:18:27:13:16:18 chr11 31327316 . C T 215.75 PASS AF=0.355263;AO=27;DP=76;FAO=27;FDP=76;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0288426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2779;QD=11.3551;RBI=0.0478536;REFB=-0.0154142;REVB=0.0381847;RO=49;SAF=9;SAR=18;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418459;STB=0.524254;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0413297;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:49:27:27:0.355263:18:9:18:31:18:9:18:31 chr11 31458730 . T G 329.3 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7003;QD=52.6872;RBI=0.116594;REFB=0;REVB=0.0108968;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169458;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:1:0:24:25:1:17:7:1:0:17:8:0:0 chr11 31812408 . GCT CTG 70.61 PASS AF=0.1875;AO=11;DP=67;FAO=12;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0371098;FXX=0.0447694;HRUN=5;LEN=3;MLLD=27.3094;QD=4.41323;RBI=0.03714;REFB=-0.0626528;REVB=-0.00149646;RO=32;SAF=11;SAR=0;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.688189;STB=0.828677;STBP=0.036;TYPE=mnp;VARB=0.178208;OID=.;OPOS=31812408;OREF=GCT;OALT=CTG;OMAPALT=CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:67:64:32:50:11:12:0.1875:0:11:28:4:1:11:32:18 chr11 32103440 . T G 233.96 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.00549978;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.066;QD=14.8548;RBI=0.0064481;REFB=-0.0165223;REVB=-0.00336608;RO=36;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103435;STB=0.5584;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0188863;OID=.;OPOS=32103440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:36:27:27:0.428571:10:17:26:10:10:17:26:10 chr11 32124579 . C T 412.67 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00689132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.828;QD=31.744;RBI=0.00859939;REFB=-0.00622687;REVB=-0.00514386;RO=15;SAF=25;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450434;STB=0.524462;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00305695;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:12:25:9:6:12:25:9:6 chr11 32125961 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00657176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.449;QD=8.30771;RBI=0.0483259;REFB=-0.0128195;REVB=-0.047877;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163863;STB=0.510178;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0305555;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:11:7:3:5:11:7 chr11 32624405 . C T 102.39 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0121089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.087;QD=19.5028;RBI=0.0260171;REFB=-0.000502214;REVB=0.0230274;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290321;STB=0.648383;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000512335;OID=.;OPOS=32624405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:8:9:12:12:0.571429:9:3:5:3:9:3:5:4 chr11 32657266 . T C 76.71 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00790934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.379;QD=13.3417;RBI=0.0419142;REFB=-0.00350364;REVB=-0.0411612;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411634;STB=0.737298;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0118076;OID=.;OPOS=32657266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:11:2:6:4:11:2 chr11 32722320 . A T 170.98 PASS AF=0.380952;AO=21;DP=58;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0222896;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=27.7998;QD=10.8558;RBI=0.0760219;REFB=-0.0263893;REVB=-0.0726808;RO=37;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0029945;STB=0.562533;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0426453;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:37:39:21:24:0.380952:13:8:14:23:13:11:14:25 chr11 32874926 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0454248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.078;QD=10.1401;RBI=0.0455096;REFB=-0.00724044;REVB=-0.00277688;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107077;STB=0.56475;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0124056;OID=.;OPOS=32874926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:11:17:9:4:11:17 chr11 32954344 . G A 789.64 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000998464;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=57.4282;RBI=0.0207205;REFB=0;REVB=0.0206964;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123819;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr11 32956244 . A G 167.77 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8212;QD=44.7394;RBI=0.111546;REFB=0;REVB=0.0947251;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00550416;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:1:0:14:15:1:7:7:0:1:8:7:0:0 chr11 32956620 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.625;QD=59.8392;RBI=0.0208293;REFB=0;REVB=-0.0205969;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23834e-05;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr11 33076191 . T C 444.67 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460329;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.297;QD=57.3764;RBI=0.0518097;REFB=0;REVB=0.0237743;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160747;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr11 33076209 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00389209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.718;QD=15.9167;RBI=0.00519503;REFB=-0.0179231;REVB=-0.00344092;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.545384;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0243393;OID=.;OPOS=33076209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:8:5:6:8:8:5:7:8 chr11 33078230 . A G 281.41 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0299393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.061;QD=19.4078;RBI=0.0361065;REFB=-0.0267751;REVB=0.0201823;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102083;STB=0.567855;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.024348;OID=.;OPOS=33078230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:10:20:15:12:10:20:15:13 chr11 33079580 . A G 274.17 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0607925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7176;QD=19.9394;RBI=0.116439;REFB=-0.0127767;REVB=0.0993089;RO=26;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102353;STB=0.556734;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0127232;OID=.;OPOS=33079580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:18:11:7:19:18:11:7:19 chr11 33564123 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00191961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.477;QD=20.8978;RBI=0.0315911;REFB=-0.0299591;REVB=-0.0315327;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0219813;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:2:2:4:4:2:2 chr11 33565593 . C T 156.2 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00818368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.031;QD=15.6201;RBI=0.0651337;REFB=-0.000663034;REVB=0.0646176;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104704;STB=0.559933;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00196935;OID=.;OPOS=33565593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:6:11:17:6:6:11:17:6 chr11 33581306 . G A 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00808533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.69;QD=18.6392;RBI=0.0128447;REFB=0.0153799;REVB=0.00998068;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.588539;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0177673;OID=.;OPOS=33581306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:13:12:8:18:13:12:8:18 chr11 33631423 . G A 236.86 PASS AF=0.490196;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0277722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.206;QD=18.5774;RBI=0.0319192;REFB=-0.0191077;REVB=0.0157334;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923585;STB=0.529111;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0224689;OID=.;OPOS=33631423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:26:23:25:0.490196:11:12:11:15:13:12:11:15 chr11 33640104 . A C 342.35 PASS AF=0.64;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00391576;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.793;QD=27.3877;RBI=0.0156088;REFB=-0.0121746;REVB=-0.0151096;RO=19;SAF=24;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218582;STB=0.627821;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00848919;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:18:32:32:0.64:8:24:9:10:8:24:8:10 chr11 33667333 . A G 52.83 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.000102214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7806;QD=7.04449;RBI=0.00437402;REFB=-0.0175092;REVB=0.00437282;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00726634;STB=0.526249;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0581244;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:5:3:8:13:5:3:9:13 chr11 33680371 . C T 184.0 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0510155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.137;QD=11.8711;RBI=0.0518001;REFB=-0.00658301;REVB=-0.00898203;RO=39;SAF=6;SAR=17;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294526;STB=0.671575;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00878225;OID=.;OPOS=33680371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:17:6:20:19:17:6:20:19 chr11 33881016 . T C 349.25 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.405;QD=53.7314;RBI=0.142228;REFB=0;REVB=0.0154511;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00255011;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:16:4:0:0:17:9:0:0 chr11 34093349 . AT A 473.23 PASS AF=1;AO=48;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158508;FXX=0.0172384;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.8638;QD=33.2093;RBI=0.208717;REFB=0;REVB=0.135787;RO=4;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.368421;SSSB=0.064756;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00139186;OID=.;OPOS=34093350;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:57:57:57:0:23:34:0:0:8:4:21:27:0:4 chr11 34122066 . C T 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0292941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.128;QD=21.7451;RBI=0.0304578;REFB=-0.0029118;REVB=0.00833887;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.62315;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00243295;OID=.;OPOS=34122066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:8:8:14:5:8:8 chr11 34122369 . G T 1095.1 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.01516;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.335;QD=57.6368;RBI=0.0178801;REFB=-0.0399559;REVB=-0.00948016;RO=2;SAF=33;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278067;STB=0.514702;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00129805;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:76:2:2:74:74:0.973684:41:33:2:0:41:33:2:0 chr11 34152939 . T C 977.46 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222731;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.003;QD=57.498;RBI=0.0812936;REFB=0;REVB=0.0781828;RO=1;SAF=30;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154834;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052881;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:1:0:64:68:1:34:30:1:0:36:32:0:0 chr11 34154641 . C T 285.66 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9772;QD=51.9377;RBI=0.0276944;REFB=0;REVB=0.0273702;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254756;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:14:6:0:0:15:7:0:0 chr11 34378381 . G C 522.19 PASS AF=0.455285;AO=57;DP=123;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00618516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5799;QD=16.9817;RBI=0.0137545;REFB=-0.026843;REVB=-0.0122853;RO=64;SAF=34;SAR=23;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166537;STB=0.593182;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0395086;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:67:57:56:0.455285:23:34:27:37:23:33:28:39 chr11 34482908 . C T 762.06 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.026;QD=63.5046;RBI=0.0877295;REFB=0;REVB=0.00575975;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000688949;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:25:23:0:0 chr11 34501596 . A G 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.007;QD=57.1938;RBI=0.0499929;REFB=0;REVB=0.0407009;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475971;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr11 34680598 . C A 64.07 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=5.87782e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.391;QD=11.1429;RBI=0.0111402;REFB=-0.0118538;REVB=-0.0111401;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248624;STB=0.646176;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0199063;OID=.;OPOS=34680598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:3:11:5:4:3:11 chr11 34680634 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.653;QD=53.9111;RBI=0.0162847;REFB=0;REVB=-0.0028642;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27258e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr11 34680853 . G T 137.64 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0115593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.814;QD=15.7301;RBI=0.0115599;REFB=-0.0204302;REVB=-0.00011511;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346962;STB=0.684912;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0398737;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:15:16:0.457143:6:9:4:14:7:9:4:15 chr11 34909926 . T G 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00210486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=345.057;QD=10.3804;RBI=0.00765134;REFB=-8.6595e-05;REVB=0.00735613;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319187;STB=0.518808;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.000201161;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:15:21:10:8:15:21 chr11 34910397 . C T 379.76 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0381045;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.915;QD=23.016;RBI=0.0465805;REFB=-0.0180185;REVB=-0.0267916;RO=28;SAF=13;SAR=24;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122936;STB=0.572918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.020558;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:37:38:0.575758:24:13:6:22:24:14:6:22 chr11 34918375 . A G 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00190748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.416;QD=20.315;RBI=0.0119183;REFB=-0.0190444;REVB=-0.0117647;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164361;STB=0.592924;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0170032;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:8:10:7:12:8:10 chr11 34937813 . G A 289.44 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00116143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=13.949;RBI=0.00407717;REFB=-0.0283085;REVB=0.00390825;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146336;STB=0.587752;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0439636;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:50:33:33:0.39759:17:16:17:32:17:16:17:33 chr11 34937931 . G A 117.43 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0421985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.242;QD=21.3515;RBI=0.0443602;REFB=-0.0022912;REVB=0.013679;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873908;STB=0.549918;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.000536913;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:2:7:11:2:2:7 chr11 34938265 . C T 201.8 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0101839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.696;QD=13.917;RBI=0.0157832;REFB=-0.0174638;REVB=-0.0120581;RO=29;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116742;STB=0.568909;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0196585;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:34:24:24:0.413793:12:12:18:11:12:12:21:13 chr11 34963416 . T C 354.37 PASS AF=0.493333;AO=34;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00335583;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.965;QD=18.8997;RBI=0.00563204;REFB=-0.0077062;REVB=0.00452308;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112581;STB=0.573237;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00908059;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:38:34:37:0.493333:18:16:13:24:18:19:14:24 chr11 34991727 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0023507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8562;QD=11.1307;RBI=0.0345754;REFB=-0.0546383;REVB=-0.0344954;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128126;STB=0.507677;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0469247;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:7:10:6:4:7:10 chr11 34999745 . C G 168.2 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0293517;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8768;QD=21.7026;RBI=0.0296581;REFB=-0.0233023;REVB=-0.00425202;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158079;STB=0.588141;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0218913;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:2:12:12:5:2:12 chr11 35017205 . G T 198.75 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0252763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.109;QD=19.3903;RBI=0.0287043;REFB=-0.017513;REVB=-0.0136032;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15199;STB=0.585871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0154117;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:8:13:9:11:8:13 chr11 35017363 . C A 96.15 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=16;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0228124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.709;QD=22.6228;RBI=0.0707681;REFB=-0.00983538;REVB=0.0669905;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348751;STB=0.702918;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00636999;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:6:6:10:11:0.647059:7:3:5:1:8:3:5:1 chr11 35201842 . C T 93.53 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.028001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3309;QD=9.84569;RBI=0.0594676;REFB=-0.00837881;REVB=-0.0524627;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265646;STB=0.657658;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0204427;OID=.;OPOS=35201842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:6:6:19:7:6:6:19:7 chr11 35226155 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00723428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.183;QD=17.56;RBI=0.0129059;REFB=-0.0179438;REVB=0.0106877;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0210134;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:10:11:10:8:10:11 chr11 35229673 . T C 785.82 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.143;QD=64.1487;RBI=0.0914232;REFB=0;REVB=0.0910203;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036486;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr11 35274829 . A G 614.34 PASS AF=0.525424;AO=60;DP=119;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.0128192;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4251;QD=20.825;RBI=0.0165799;REFB=-0.0258677;REVB=0.0105148;RO=52;SAF=29;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184598;STB=0.518706;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0252831;OID=.;OPOS=35274829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:52:56:60:62:0.525424:31:29:24:28:33:29:24:32 chr11 36103228 . A G 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00745549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.359;QD=57.3906;RBI=0.0254202;REFB=0.0481779;REVB=0.0243023;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267496;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=7.53857e-05;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:17:20:0:1:17:20:0:1 chr11 36293048 . G A 507.89 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.577;QD=56.4326;RBI=0.0352857;REFB=-0.0257094;REVB=0.0260815;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217573;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0020264;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:14:21:1:0:14:21:1:0 chr11 36422792 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00536545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.853;QD=51.9118;RBI=0.00573446;REFB=0;REVB=0.00202384;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08911e-05;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 36472800 . A G 805.83 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195989;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8232;QD=57.5592;RBI=0.0234699;REFB=0;REVB=-0.012912;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60644e-05;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr11 36484208 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.92;QD=57.1057;RBI=0.0428602;REFB=0;REVB=0.0300242;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130925;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:43:11:0:0:44:11:0:0 chr11 36595600 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.211826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6274;QD=45.8066;RBI=0.213432;REFB=0;REVB=-0.0261322;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838126;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr11 36597313 . A G 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0181996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6066;QD=16.8923;RBI=0.0383958;REFB=-0.0294536;REVB=0.0338085;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0263773;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:5:4:5:5:5:4 chr11 36601170 . G A 695.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046004;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.979;QD=61.8021;RBI=0.0047576;REFB=0;REVB=-0.00121289;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533364;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:24:19:0:0:25:20:0:0 chr11 41144553 . C T 1640.14 PASS AF=0.965812;AO=112;DP=117;FAO=113;FDP=117;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0299481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5189;QD=56.0732;RBI=0.0483674;REFB=-0.0346745;REVB=0.0379805;RO=5;SAF=54;SAR=58;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00666661;STB=0.500758;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00594597;OID=.;OPOS=41144553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:117:117:5:4:112:113:0.965812:58:54:2:3:59:54:2:2 chr11 43876698 . C T 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.029108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6634;QD=22.5978;RBI=0.0798204;REFB=-0.0248328;REVB=0.0743238;RO=20;SAF=18;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387426;STB=0.52172;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0241636;OID=.;OPOS=43876698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:5:18:15:5:5:18:15:5 chr11 43905517 . G T 246.29 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0049785;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.409;QD=15.3931;RBI=0.0367842;REFB=-0.00822163;REVB=-0.0364457;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200332;STB=0.613554;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0062422;OID=.;OPOS=43905517;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:36:28:28:0.4375:10:18:16:20:10:18:16:20 chr11 43911365 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.728;QD=55.0978;RBI=0.010173;REFB=0;REVB=-0.00545563;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.27168e-05;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr11 43940644 . G T 161.64 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0237918;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.545;QD=11.9737;RBI=0.026274;REFB=-0.00362443;REVB=-0.0111478;RO=34;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378676;STB=0.720925;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00724595;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:34:20:20:0.37037:15:5:20:14:15:5:20:14 chr11 43946967 . A G 835.78 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2474;QD=55.7186;RBI=0.0448026;REFB=-0.0900925;REVB=0.000247721;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00144884;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr11 43947987 . CTTT CTT,CTTC 172.08 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,12;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,5;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101806,-0.0198942;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=30.9772,54.3334;QD=45.8886;RBI=0.0621828,0.0284768;REFB=0,0;REVB=-0.0613437,0.0203751;RO=0;SAF=0,4;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000564355,0.00484048;OID=.,.;OPOS=43947988,43947990;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTT,CTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.133333,0.866667:2,12:15:2,13:15:0:0,5:2,8:0:0:10:0:0,4:2,8:0:0 chr11 44080210 . T C 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.000741548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9465;QD=16.5261;RBI=0.0287998;REFB=-0.011791;REVB=0.0287902;RO=29;SAF=7;SAR=18;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467062;STB=0.526295;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0161517;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:18:7:7:22:18:7:7:22 chr11 44286566 . G A 892.68 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.969;QD=57.5921;RBI=0.0819044;REFB=0;REVB=0.0767981;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286666;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:62:0:0:58:62:1:40:18:0:0:43:19:0:0 chr11 44286627 . G A 278.88 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00941699;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.506;QD=21.8732;RBI=0.0177459;REFB=-0.0220207;REVB=0.0150412;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187809;STB=0.596341;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0110603;OID=.;OPOS=44286627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:28:28:0.54902:19:9:12:10:19:9:12:11 chr11 44297054 . T C 1368.13 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00973577;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.035;QD=61.4889;RBI=0.0283116;REFB=-0.0519554;REVB=0.026585;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000999194;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:49:39:0:0:49:39:1:0 chr11 44331309 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7525;QD=45.8042;RBI=0.212135;REFB=0;REVB=0.211398;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00820992;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 44331509 . C G 778.5 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0060464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.953;QD=54.6318;RBI=0.0064804;REFB=0.0708298;REVB=-0.00233166;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020053;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000182375;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:32:23:1:0:32:24:1:0 chr11 44636833 . G A 725.38 PASS AF=0.48;AO=69;DP=147;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.00503408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.39;QD=19.3435;RBI=0.00713236;REFB=-0.0150922;REVB=0.00505259;RO=78;SAF=32;SAR=37;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101821;STB=0.506116;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0158133;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:150:78:78:69:72:0.48:37:32:37:41:37:35:37:41 chr11 44636839 . C T 760.0 PASS AF=0.5;AO=73;DP=150;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=0.0159857;FXX=0.0266649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.608;QD=20.8219;RBI=0.02345;REFB=-0.00983203;REVB=-0.0171568;RO=67;SAF=39;SAR=34;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234069;STB=0.527416;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00835466;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:146:67:73:73:73:0.5:34:39:34:33:34:39:35:38 chr11 44640268 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0296747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.388;QD=22.1439;RBI=0.0359183;REFB=-0.00383321;REVB=-0.0202369;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107142;STB=0.559933;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00246154;OID=.;OPOS=44640268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:10:3:6:11:10:3 chr11 44640640 . C G 2091.69 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0287261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.954;QD=61.0713;RBI=0.0288255;REFB=-0.116017;REVB=0.00239203;RO=1;SAF=67;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070424;STB=0.507352;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000570946;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:68:67:1:0:68:67:2:0 chr11 44924950 . GC G,GG 373.35 PASS AF=0.423913,0.0217391;AO=38,4;DP=92;FAO=39,2;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=21,0;FSAR=18,2;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0261599,0.0272372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.472,122.71;QD=16.2327;RBI=0.0278044,0.0288043;REFB=-0.0125338,-0.00967016;REVB=-0.00942042,-0.00937138;RO=49;SAF=22,0;SAR=16,4;SRF=22;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.130303,-0.515933;STB=0.549463,0.994397;STBP=0.407,0.183;TYPE=del,snp;VARB=0.014924,0.0298687;OID=.,.;OPOS=44924951,44924951;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423913,0.0217391:38,4:92:39,2:92:51:21,0:18,2:23:28:99:49:22,0:16,4:22:27 chr11 44925359 . C CT 110.01 PASS AF=0.459459;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0011987;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.2511;QD=11.8933;RBI=0.021954;REFB=-0.00839408;REVB=-0.0219213;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23952;STB=0.563686;STBP=0.552;TYPE=ins;VARB=0.00276102;OID=.;OPOS=44925360;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.459459:14:38:17:37:20:7:10:6:14:99:22:7:7:6:16 chr11 44940828 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0257032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.998;QD=9.47569;RBI=0.0279796;REFB=-0.0280603;REVB=-0.0110546;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.513487;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0578492;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:6:4:7:13:6:4:8:13 chr11 45670395 . C T 352.55 PASS AF=0.903226;AO=27;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00747249;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.069;QD=45.4906;RBI=0.0127068;REFB=-0.0805146;REVB=0.0102774;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.542827;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0264704;OID=.;OPOS=45670395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:31:31:1:3:27:28:0.903226:12:15:1:0:12:16:3:0 chr11 45793154 . A C 169.17 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0341344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6496;QD=13.0129;RBI=0.0342497;REFB=0.00996631;REVB=0.00280843;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974252;STB=0.523786;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0126859;OID=.;OPOS=45793154;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:32:19:20:0.384615:12:7:15:18:12:8:14:18 chr11 45793218 . G C 199.28 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0248182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.5586;QD=12.0778;RBI=0.038199;REFB=-0.00280793;REVB=0.0290383;RO=42;SAF=8;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164635;STB=0.610165;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00621119;OID=.;OPOS=45793218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:41:24:25:0.378788:16:8:20:22:17:8:20:21 chr11 45834198 . T C 277.5 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0140726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.206;QD=15.4168;RBI=0.0195322;REFB=-0.0147269;REVB=-0.013545;RO=39;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876809;STB=0.557517;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0210707;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:32:32:0.444444:20:12:18:21:20:12:19:21 chr11 45848271 . A G 38.0 PASS AF=0.0917431;AO=10;DP=109;FAO=10;FDP=109;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.00877779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.85;QD=1.39465;RBI=0.0276863;REFB=-0.00214246;REVB=-0.026258;RO=98;SAF=7;SAR=3;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264986;STB=0.711016;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0161313;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:109:109:98:99:10:10:0.0917431:3:7:46:52:3:7:46:53 chr11 45848275 . T C 31.92 PASS AF=0.0825688;AO=9;DP=109;FAO=9;FDP=109;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.00978938;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.995;QD=1.17153;RBI=0.043936;REFB=-0.00112764;REVB=0.0428315;RO=98;SAF=6;SAR=3;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220409;STB=0.68634;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.011289;OID=.;OPOS=45848275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:109:98:100:9:9:0.0825688:3:6:46:52:3:6:46:54 chr11 45868850 . C CG 96.85 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0928011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4219;QD=9.22354;RBI=0.0933609;REFB=0.00822135;REVB=-0.0102091;RO=23;SAF=3;SAR=14;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440273;STB=0.548336;STBP=0.674;TYPE=ins;VARB=-0.00489546;OID=.;OPOS=45868851;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:17:41:18:42:24:4:14:4:20:96:23:3:14:4:19 chr11 45903256 . C G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=31;DP=67;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00980484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.331;QD=18.0551;RBI=0.0150009;REFB=-0.00492326;REVB=0.0113531;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180615;STB=0.604336;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00569558;OID=.;OPOS=45903256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:34:35:31:33:0.485294:17:14:9:25:18:15:9:26 chr11 45903613 . A C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0102864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.146;QD=11.8299;RBI=0.069685;REFB=-0.00391529;REVB=-0.0689216;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219335;STB=0.629404;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00553207;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:6:12:5:6:6:12 chr11 45935384 . A G 670.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4101;QD=62.3292;RBI=0.0402719;REFB=0;REVB=-0.0353746;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415523;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 45949534 . C T 414.16 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8271;QD=55.2208;RBI=0.0478109;REFB=0;REVB=-0.0275752;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213621;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:14:15:1:0:14:16:0:0 chr11 46342081 . TG T 449.27 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132372;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.4814;QD=44.927;RBI=0.139914;REFB=0;REVB=0.0453158;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00278232;OID=.;OPOS=46342082;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:40:40:0:14:26:0:0:8:0:13:26:0:0 chr11 46401517 . A G 704.82 PASS AF=0.486111;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=144;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00300904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.008;QD=19.5785;RBI=0.00382001;REFB=-0.0275955;REVB=-0.00235333;RO=73;SAF=30;SAR=39;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00337971;STB=0.509088;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0209428;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:73:74:69:70:0.486111:39:30:32:41:40:30:33:41 chr11 46702920 . T C 1079.5 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00351658;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=212.067;QD=53.9749;RBI=0.0119952;REFB=-0.0743993;REVB=-0.0114681;RO=5;SAF=33;SAR=42;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288482;STB=0.515271;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000893446;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:5:5:75:75:0.9375:42:33:1:4:42:33:1:4 chr11 46726894 . G A 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0232818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.81;QD=14.9479;RBI=0.0232842;REFB=-0.0108632;REVB=-0.000336102;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1644;STB=0.59316;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0177478;OID=.;OPOS=46726894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:23:19:19:12:23:19 chr11 46801502 . T C 257.65 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00417545;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.37;QD=51.5307;RBI=0.00599973;REFB=0;REVB=-0.0043084;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275314;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 46879971 . CAA ACG,CAG 148.99 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,10;DP=14;FAO=1,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189008,0.0256333;FXX=0.0713776;HRUN=6,3;LEN=3,1;MLLD=128.574,179.862;QD=45.8442;RBI=0.0205021,0.0266601;REFB=0,0;REVB=0.00794332,0.00732748;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.042885,0.0114391;OID=.,.;OPOS=46879971,46879973;OREF=CAA,A;OALT=ACG,G;OMAPALT=ACG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:14:13:0:0:2,10:1,12:0.0769231,0.923077:2,3:0,7:0:0:1,4:0,8:0:0 chr11 46879990 . T C 180.31 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.411;QD=42.4258;RBI=0.0371982;REFB=-0.102248;REVB=-0.0293938;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0024606;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:15:16:0.941176:6:9:0:1:6:10:0:1 chr11 46890165 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00359147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.663;QD=48.7373;RBI=0.0131428;REFB=0;REVB=0.0126426;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0522e-05;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr11 46893108 . T C 834.09 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0718656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7815;QD=57.5236;RBI=0.0812077;REFB=0;REVB=-0.0378157;RO=0;SAF=17;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000737016;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:41:17:0:0:41:17:0:0 chr11 46898771 . T C 1182.86 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0977;QD=60.6596;RBI=0.0454262;REFB=0;REVB=0.0422929;RO=0;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417537;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:56:21:0:0:57:21:0:0 chr11 46914583 . T C 454.81 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5491;QD=56.8509;RBI=0.0514349;REFB=0;REVB=-0.0334356;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105494;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr11 46914598 . A G 490.2 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.263;QD=56.0226;RBI=0.0863405;REFB=-0.0725969;REVB=0.0787827;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00307783;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:0:1 chr11 46969616 . T C 1099.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.917;QD=60.2414;RBI=0.0551218;REFB=0;REVB=0.0537474;RO=0;SAF=29;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010866;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:43:29:0:0:43:30:0:0 chr11 47185680 . G A 105.53 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0403596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4123;QD=10.8237;RBI=0.0658361;REFB=-0.0356303;REVB=0.0520144;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356262;STB=0.712855;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0337841;OID=.;OPOS=47185680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:6:7:21:4:6:7:22:4 chr11 47188314 . T C 889.13 PASS AF=0.984127;AO=57;DP=57;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0490828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.781;QD=56.4529;RBI=0.0497128;REFB=-0.0144702;REVB=-0.00788925;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000212422;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:63:0:1:57:62:0.984127:25:32:0:0:25:37:1:0 chr11 47188411 . C T 273.98 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0168314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.373;QD=18.8948;RBI=0.0209699;REFB=0.00151973;REVB=0.0125076;RO=28;SAF=20;SAR=9;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256105;STB=0.526299;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.000364412;OID=.;OPOS=47188411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:28:29:30:0.517241:9:20:20:8:10:20:20:8 chr11 47196982 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0766487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.221;QD=16.8832;RBI=0.0769267;REFB=-0.0177912;REVB=0.0065337;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0185127;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:8:9:8:7:8:9 chr11 47238522 . T C 718.04 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403391;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.727;QD=57.4428;RBI=0.0551704;REFB=0;REVB=0.0376368;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123793;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr11 47259668 . T C 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00472581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.855;QD=20.7684;RBI=0.00501919;REFB=-0.0191617;REVB=-0.00169084;RO=24;SAF=20;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118402;STB=0.56632;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0174868;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:7:20:15:9:7:20:15:9 chr11 47266762 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0202239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.258;QD=14.7987;RBI=0.0202268;REFB=-0.00784322;REVB=0.000340511;RO=12;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521025;STB=0.832592;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0141561;OID=.;OPOS=47266762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:1:10:6:6:1:10:6:7 chr11 47267079 . C T 111.83 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0929625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.671;QD=15.9755;RBI=0.0943363;REFB=-0.0162979;REVB=0.0160414;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0302581;OID=.;OPOS=47267079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:7:5:6:9:7:6:6:9 chr11 47269129 . C T 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0180303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.1524;QD=16.7544;RBI=0.0257382;REFB=0.00403232;REVB=0.0183675;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324886;STB=0.683393;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00409851;OID=.;OPOS=47269129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:19:9:16:8:19:9 chr11 47269159 . T C 258.55 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.000395672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7248;QD=16.4161;RBI=0.00503922;REFB=0.00573521;REVB=-0.00502366;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341367;STB=0.696275;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00827741;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:34:28:29:0.460317:19:9:23:11:20:9:23:11 chr11 47270255 . C T 204.42 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0143211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5128;QD=14.345;RBI=0.0360577;REFB=-0.0316978;REVB=-0.0330917;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135204;STB=0.584836;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0316784;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:13:11:19:13:13:11:20:13 chr11 47298360 . G A 217.88 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00667322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.478;QD=13.6173;RBI=0.0156542;REFB=0.00324513;REVB=-0.0141605;RO=35;SAF=17;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175336;STB=0.610062;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00452353;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:38:26:26:0.40625:9:17:17:18:9:17:18:20 chr11 47303275 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0200907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.476;QD=19.8494;RBI=0.0230417;REFB=-0.0112506;REVB=0.0112821;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.564015;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0108856;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:10:5:6:7:10:5:6:7 chr11 47331116 . T C 472.37 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00736797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.542;QD=55.5732;RBI=0.0251752;REFB=-0.142928;REVB=0.0240729;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000299344;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:0:1:17:16:0:1 chr11 47354787 . C T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0078564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.658;QD=14.7942;RBI=0.0107607;REFB=-0.00813891;REVB=0.00735326;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386588;STB=0.522363;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0114441;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:13:14:10:8:13:14 chr11 47358997 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0674194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.265;QD=16.4246;RBI=0.0682988;REFB=-0.00535412;REVB=0.0109244;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.593059;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00448777;OID=.;OPOS=47358997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:3:8:6:5:3:8 chr11 47364762 . A C,G 608.06 PASS AF=0.0731707,0.926829;AO=3,36;DP=40;FAO=3,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=3,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148009,0.0178981;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.3358,110.684;QD=59.3231;RBI=0.0167555,0.0315517;REFB=0,0;REVB=0.00785385,0.0259839;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.157571,-0.000881346;OID=.,.;OPOS=47364762,47364762;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:40:41:0:0:3,36:3,38:0.0731707,0.926829:3,14:0,22:0:0:3,15:0,23:0:0 chr11 47431703 . A G 75.15 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00490135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1528;QD=11.1337;RBI=0.112784;REFB=0.0104557;REVB=-0.112677;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.581924;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0297357;OID=.;OPOS=47431703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:8:8:4:6:8:9 chr11 47431728 . A G 283.7 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5939;QD=49.339;RBI=0.12902;REFB=-0.0701092;REVB=-0.0147664;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149277;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:22:23:1:13:9:0:1:14:9:0:0 chr11 47434986 . G A 206.91 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.000816399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5425;QD=15.9164;RBI=0.0930523;REFB=-0.0459646;REVB=0.0930488;RO=29;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105176;STB=0.560266;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0574856;OID=.;OPOS=47434986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:19:4:7:22:19:4:7:22 chr11 47459469 . G A 526.95 PASS AF=0.543478;AO=49;DP=91;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.00551827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.287;QD=22.9108;RBI=0.0159598;REFB=-0.0400296;REVB=-0.0149755;RO=42;SAF=16;SAR=33;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646663;STB=0.503397;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0344046;OID=.;OPOS=47459469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:42:42:49:50:0.543478:33:16:14:28:33:17:14:28 chr11 47460306 . A G 208.66 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0628191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.626;QD=25.2916;RBI=0.0630254;REFB=-0.0503271;REVB=-0.00509572;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823354;STB=0.504583;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0310583;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:7:6:9:11:7:6 chr11 47463220 . C T 290.38 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00690091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6189;QD=14.1647;RBI=0.016264;REFB=-0.00120244;REVB=0.0147273;RO=48;SAF=14;SAR=19;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305165;STB=0.522454;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00245481;OID=.;OPOS=47463220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:19:14:19:29:19:14:19:30 chr11 47464258 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0050166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.799;QD=15.2617;RBI=0.0471773;REFB=-0.0124216;REVB=-0.0469098;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581656;STB=0.533926;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00345074;OID=.;OPOS=47464258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:13:3:2:11:13:3 chr11 47469439 . A G 405.56 PASS AF=0.429907;AO=45;DP=106;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.015594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.178;QD=15.1611;RBI=0.0289169;REFB=-0.0238728;REVB=-0.0243519;RO=60;SAF=22;SAR=23;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226197;STB=0.510998;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0246747;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:60:61:45:46:0.429907:23:22:28:32:24:22:28:33 chr11 47579119 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.753;QD=53.911;RBI=0.0106738;REFB=0;REVB=0.0103792;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57527e-05;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr11 47593945 . A C 669.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.895;QD=62.2997;RBI=0.0572876;REFB=0;REVB=0.0555214;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172706;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr11 47600115 . TCCCC TCCC,TCCCCA 32.46 PASS AF=0.16,0.1;AO=10,5;DP=47;FAO=8,5;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5,4;FSAR=3,1;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.0305354,0.000903713;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=11.3513,199.124;QD=2.59684;RBI=0.0333485,0.0118546;REFB=-0.121264,-0.0122931;REVB=0.0134057,-0.0118201;RO=32;SAF=6,4;SAR=4,1;SRF=5;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.518506,0.666062;STB=0.820333,0.917512;STBP=0.116,0.264;TYPE=del,ins;VARB=0.171012,0.044094;OID=.,.;OPOS=47600116,47600120;OREF=C,-;OALT=-,A;OMAPALT=TCCC,TCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16,0.1:10,5:47:8,5:50:37:5,4:3,1:7:30:12:32:6,4:4,1:5:27 chr11 47609867 . G A 679.04 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0116368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.8859;QD=46.83;RBI=0.0533728;REFB=-0.0852611;REVB=0.0520888;RO=4;SAF=31;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133628;STB=0.527918;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.003408;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:58:58:4:6:52:52:0.896552:21:31:2:2:21:31:2:4 chr11 47681370 . T G,TG 115.04 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=9,2;DP=11;FAO=9,2;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574519,-0.00403817;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=122.417,181.051;QD=41.8329;RBI=0.0627898,0.0274963;REFB=0,0;REVB=-0.0625264,-0.0271981;RO=0;SAF=8,1;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00779012,-0.00160278;OID=.,.;OPOS=47681370,47681371;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:11:11:0:0:9,2:9,2:0.818182,0.181818:1,1:8,1:0:0:0,2:9,0:0:0 chr11 47748509 . T C 786.76 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0063022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.43;QD=55.211;RBI=0.0212906;REFB=-0.0473179;REVB=0.0203364;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00155027;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:21:35:1:0:21:35:1:0 chr11 47826090 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.437;QD=47.8224;RBI=0.0576666;REFB=0;REVB=0.0529514;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038836;OID=.;OPOS=47826090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 47834592 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.082;QD=40.7628;RBI=0.0405786;REFB=0;REVB=0.00759161;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00083747;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 47857253 . T C 505.65 PASS AF=1;AO=27;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7216;QD=57.7883;RBI=0.0597665;REFB=0;REVB=-0.00630631;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101006;OID=.;OPOS=47857253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:27:35:1:22:5:0:0:29:6:0:0 chr11 48118347 . T TA 94.41 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0518411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.4208;QD=9.68356;RBI=0.0643534;REFB=0.0467554;REVB=-0.0381296;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341421;STB=0.705283;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=-0.0769805;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.410256:15:39:16:39:23:10:6:6:17:94:23:9:6:6:17 chr11 48145247 . T C 662.14 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0268223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.482;QD=27.5892;RBI=0.0341084;REFB=-0.0170968;REVB=0.0210701;RO=38;SAF=32;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569545;STB=0.531014;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00817059;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:26:32:18:20:26:32:18:20 chr11 48188872 . G A 63.68 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00807974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.316;QD=9.0974;RBI=0.00838267;REFB=-0.00648158;REVB=0.00223317;RO=17;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247444;STB=0.685213;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0268636;OID=.;OPOS=48188872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:8:1:4:13:8:1:5:14 chr11 48190382 . GA AG,GT 766.28 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,34;DP=47;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391366,-0.00447728;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=146.595,170.563;QD=62.5534;RBI=0.0150964,0.0133329;REFB=0,0;REVB=0.0145803,0.0125586;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0392293,-0.000497037;OID=.,.;OPOS=48190382,48190383;OREF=GA,A;OALT=AG,T;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:49:0:0:2,34:2,47:0.0408163,0.959184:2,21:0,13:0:0:2,29:0,18:0:0 chr11 48190527 . T C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9241;QD=63.2825;RBI=0.0403268;REFB=0;REVB=0.0348756;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184213;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr11 48190777 . G T 260.46 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.031022;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8915;QD=14.2719;RBI=0.0483005;REFB=0.0252554;REVB=-0.0370212;RO=43;SAF=16;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747282;STB=0.542408;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.0375716;OID=.;OPOS=48190777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:43:43:30:30:0.410959:14:16:26:17:14:16:26:17 chr11 48238421 . T G 1767.23 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.118;QD=60.939;RBI=0.0643676;REFB=0;REVB=0.0396108;RO=0;SAF=58;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158799;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:58:58:0:0:58:58:0:0 chr11 48238549 . G A 448.14 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.120434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.24;QD=17.5741;RBI=0.120834;REFB=-0.019672;REVB=0.00983173;RO=53;SAF=15;SAR=33;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882592;STB=0.545435;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0185509;OID=.;OPOS=48238549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:54:48:48:0.470588:33:15:21:32:33:15:21:33 chr11 48239071 . C A 171.95 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0773656;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5288;QD=17.1954;RBI=0.103483;REFB=0.0134641;REVB=0.0687268;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253998;STB=0.634468;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0176301;OID=.;OPOS=48239071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:22:18:18:0.45:11:7:15:8:11:7:14:8 chr11 48239182 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0077429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.438;QD=21.1673;RBI=0.0275673;REFB=-0.0477466;REVB=-0.0264575;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288883;STB=0.666221;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00471374;OID=.;OPOS=48239182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:0:3:3:4:0:3 chr11 48267589 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.849;QD=37.4851;RBI=0.0998239;REFB=0;REVB=0.0788194;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00805383;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr11 48285842 . A G 1088.07 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.106;QD=59.6204;RBI=0.0702989;REFB=0;REVB=0.0627787;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143178;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:66:73:1:27:39:0:0:33:40:0:0 chr11 48328644 . C T 556.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.718;QD=60.1849;RBI=0.0296566;REFB=0;REVB=0.0230435;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48195e-05;OID=.;OPOS=48328644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 48346547 . C T 31.16 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0188261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.85;QD=2.35155;RBI=0.0486129;REFB=-0.00400935;REVB=-0.0448195;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509403;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0142784;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:53:46:47:6:6:0.113208:3:3:23:23:3:3:23:24 chr11 48346551 . C A 31.71 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0173293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.727;QD=2.43961;RBI=0.0302783;REFB=-0.0042272;REVB=-0.0248288;RO=45;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129069;STB=0.519167;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0570007;OID=.;OPOS=48346551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:3:3:22:23:3:3:22:24 chr11 48346579 . C A 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0196153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.856;QD=4.65377;RBI=0.0252409;REFB=-0.0150587;REVB=-0.0158852;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221068;STB=0.636116;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0869934;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:46:47:11:11:0.189655:4:7:21:25:4:7:22:25 chr11 48346588 . A C 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.00293132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.054;QD=5.26473;RBI=0.0154248;REFB=-0.0130843;REVB=-0.0151437;RO=54;SAF=10;SAR=5;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167019;STB=0.599863;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0350054;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:54:55:15:15:0.214286:5:10:29:25:5:10:30:25 chr11 48346604 . T G 151.46 PASS AF=0.247191;AO=22;DP=89;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00432994;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.617;QD=6.80715;RBI=0.00987478;REFB=-0.000764167;REVB=0.00887485;RO=66;SAF=12;SAR=10;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018761;STB=0.506167;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00290479;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:66:67:22:22:0.247191:10:12:35:31:10:12:36:31 chr11 48346615 . G A 191.56 PASS AF=0.268041;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.00169721;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4903;QD=7.89942;RBI=0.00725314;REFB=0.00658206;REVB=0.00705177;RO=66;SAF=15;SAR=11;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568219;STB=0.551519;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.0178821;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:66:71:26:26:0.268041:11:15:35:31:11:15:36:35 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 97.5 PASS AF=0.252632;AO=21;DP=99;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=0.0127616;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=9;MLLD=296.714;QD=4.10523;RBI=0.0270077;REFB=-0.00160998;REVB=-0.0238024;RO=64;SAF=12;SAR=9;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107382;STB=0.61862;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.00697063;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252632:21:99:24:95:71:14:10:30:41:97:64:12:9:31:33 chr11 48346681 . G A 197.09 PASS AF=0.263636;AO=28;DP=110;FAO=29;FDP=110;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0050192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.993;QD=7.16703;RBI=0.00527528;REFB=-0.0072625;REVB=0.00162363;RO=81;SAF=17;SAR=11;SRF=33;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242872;STB=0.629542;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0152724;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:81:81:28:29:0.263636:11:17:33:48:12:17:33:48 chr11 48346729 . G C 134.62 PASS AF=0.246914;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=81;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.00740217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.94;QD=6.64771;RBI=0.00752741;REFB=-0.00352655;REVB=0.00136745;RO=61;SAF=4;SAR=16;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305057;STB=0.690265;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0127609;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:61:20:20:0.246914:16:4:25:36:16:4:25:36 chr11 48346791 . C T 80.43 PASS AF=0.255814;AO=10;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00781611;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.833;QD=7.48204;RBI=0.0134914;REFB=-0.0059329;REVB=0.0109967;RO=33;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.599732;STB=0.887082;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0136492;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:33:32:10:11:0.255814:9:1:19:14:10:1:18:14 chr11 48346822 . A C 69.29 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0102703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.916;QD=6.44536;RBI=0.0105531;REFB=-0.00136493;REVB=-0.00242643;RO=33;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278658;STB=0.681415;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00418987;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:8:2:13:20:8:2:13:20 chr11 48346843 . C T 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0264249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.416;QD=6.85053;RBI=0.0274867;REFB=-0.00283365;REVB=-0.00756628;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408161;STB=0.515121;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00670394;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:6:4:13:17:6:4:13:18 chr11 48346916 . G C 49.09 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=69;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0560275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.392;QD=2.8049;RBI=0.0640333;REFB=-0.00186693;REVB=-0.031003;RO=59;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199848;STB=0.599808;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0129791;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:69:70:59:60:9:10:0.142857:5:4:36:23:5:5:37:23 chr11 48346924 . T C 56.69 PASS AF=0.148649;AO=11;DP=73;FAO=11;FDP=74;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0177203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3412;QD=3.0642;RBI=0.0381196;REFB=-0.00183647;REVB=0.0337505;RO=62;SAF=6;SAR=5;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647222;STB=0.549911;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0104118;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:74:62:63:11:11:0.148649:5:6:37:25:5:6:38:25 chr11 48346932 . G A 84.45 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.000121119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.335;QD=3.97393;RBI=0.0154381;REFB=-0.00376985;REVB=-0.0154376;RO=70;SAF=9;SAR=6;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183585;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:6:9:42:28:6:9:42:28 chr11 48346961 . AA TG 108.63 PASS AF=0.191489;AO=18;DP=92;FAO=18;FDP=94;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.0158997;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=213.77;QD=4.62264;RBI=0.0159256;REFB=-0.00255712;REVB=-0.000908203;RO=74;SAF=8;SAR=10;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221243;STB=0.647993;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.0115293;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:74:76:18:18:0.191489:10:8:46:28:10:8:48:28 chr11 48346996 . G A 95.4 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=31;FWDB=0.0489554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5007;QD=3.74098;RBI=0.0624494;REFB=-0.000257329;REVB=0.0387723;RO=85;SAF=12;SAR=5;SRF=54;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100411;STB=0.566847;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00217046;OID=.;OPOS=48346996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:85:85:17:17:0.166667:5:12:54:31:5:12:54:31 chr11 48346999 . T G 192.14 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=102;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=26;FWDB=0.0108544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5091;QD=7.53473;RBI=0.0214494;REFB=-0.00608536;REVB=-0.0185002;RO=74;SAF=17;SAR=10;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251265;STB=0.518854;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.015656;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:74:75:27:27:0.264706:10:17:48:26:10:17:49:26 chr11 48347014 . G A 213.89 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=25;FWDB=0.083479;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.132;QD=8.64191;RBI=0.083598;REFB=-0.0047245;REVB=0.00445885;RO=71;SAF=16;SAR=12;SRF=46;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960715;STB=0.556847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0574173;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:71:71:28:28:0.282828:12:16:46:25:12:16:46:25 chr11 48347023 . C T 204.95 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=98;FAO=28;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=0.0072314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.224;QD=8.36542;RBI=0.0160857;REFB=-0.0126073;REVB=-0.0143686;RO=56;SAF=14;SAR=11;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190536;STB=0.542139;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0149318;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:56:70:25:28:0.285714:11:14:40:16:12:16:44:26 chr11 48347067 . C T 352.91 PASS AF=0.426966;AO=38;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0184466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.284;QD=15.8613;RBI=0.0201106;REFB=-0.0292562;REVB=-0.00801003;RO=51;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962654;STB=0.554217;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0483084;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:38:38:0.426966:20:18:29:22:20:18:29:22 chr11 48347100 . C T 212.23 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0438305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.242;QD=14.3885;RBI=0.048395;REFB=-0.0148544;REVB=0.0205175;RO=34;SAF=6;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321487;STB=0.684527;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0111089;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:19:6:18:16:19:6:18:16 chr11 48347124 . A G 195.02 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0766373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1794;QD=18.141;RBI=0.077624;REFB=-0.0135912;REVB=-0.0123368;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263901;STB=0.68335;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0123832;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:21:23:19:20:0.465116:14:5:11:10:15:5:13:10 chr11 48347130 . C G 209.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.031022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4834;QD=18.6386;RBI=0.0542577;REFB=0.00036398;REVB=0.0445144;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350559;STB=0.700258;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-3.34578e-05;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:16:5:14:10:16:5:14:10 chr11 48347140 . T C 670.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.949;QD=60.9498;RBI=0.100616;REFB=0;REVB=0.0130422;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836252;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:25:18:1:0:25:19:0:0 chr11 48347142 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00993738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.81;QD=16.0426;RBI=0.0107167;REFB=-0.00441665;REVB=0.004012;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260962;STB=0.650994;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00462901;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:13:13:14:5:13:13 chr11 48347144 . T C 165.74 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.046845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.493;QD=14.4117;RBI=0.0471171;REFB=-0.0131911;REVB=-0.00505668;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245614;STB=0.646426;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0122831;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:13:5:13:13:13:5:14:14 chr11 48347267 . T C 146.37 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00373642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.142;QD=7.41112;RBI=0.00970774;REFB=-0.00645605;REVB=-0.00895987;RO=58;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030506;STB=0.501843;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0310181;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:58:58:21:21:0.265823:12:9:25:33:12:9:25:33 chr11 48347306 . G T 126.31 PASS AF=0.204082;AO=19;DP=97;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.000123691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.288;QD=5.15562;RBI=0.00158628;REFB=-0.00426015;REVB=0.00158145;RO=77;SAF=8;SAR=11;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00708289;STB=0.532126;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0148179;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:77:78:19:20:0.204082:11:8:32:45:11:9:32:46 chr11 48347342 . G A 49.68 PASS AF=0.11828;AO=12;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.0675415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.427;QD=2.13657;RBI=0.0741255;REFB=-0.00567146;REVB=-0.0305407;RO=79;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186406;STB=0.603298;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0552421;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:79:82:12:11:0.11828:5:7:34:45:5:6:35:47 chr11 48347346 . A T 56.79 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0345265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.45;QD=2.41672;RBI=0.0575132;REFB=-0.00762205;REVB=-0.0459966;RO=82;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105313;STB=0.574347;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0513827;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:94:94:82:82:12:12:0.12766:6:6:34:48:6:6:34:48 chr11 48347358 . C T 30.88 PASS AF=0.0952381;AO=7;DP=82;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0293205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4607;QD=1.47057;RBI=0.0294932;REFB=-0.0194466;REVB=-0.00318677;RO=73;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522991;STB=0.606888;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0250872;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:82:84:73:76:7:8:0.0952381:4:3:28:45:4:4:29:47 chr11 48347363 . C T 39.76 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=-0.0563211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.701;QD=1.96365;RBI=0.0595456;REFB=-0.00070906;REVB=-0.019329;RO=72;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067945;STB=0.550452;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00667363;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:5:4:28:44:5:4:28:44 chr11 48347392 . T C 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=-0.0264385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.872;QD=2.44629;RBI=0.0307414;REFB=-0.00904799;REVB=-0.0156857;RO=57;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.64582;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0650899;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:4:4:19:38:4:4:19:38 chr11 48347419 . A G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0516359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4087;QD=2.70722;RBI=0.0558914;REFB=0.000442452;REVB=0.0213911;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299512;STB=0.719308;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00186194;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:2:4:17:25:2:4:17:25 chr11 48347492 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0219645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9924;QD=11.1035;RBI=0.022417;REFB=-0.00357045;REVB=0.00448129;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.655317;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00732239;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:3:7:3:4:3:7 chr11 48366958 . T G 85.14 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00200377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.04;QD=10.6426;RBI=0.0159917;REFB=0.0104642;REVB=0.0158657;RO=21;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42004;STB=0.750938;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00855085;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:21:21:11:11:0.34375:3:8:7:14:3:8:7:14 chr11 48366971 . GG CA 100.55 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.011708;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=2;MLLD=268.358;QD=13.407;RBI=0.0145848;REFB=-0.0127027;REVB=-0.008697;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196261;STB=0.615195;STBP=0.316;TYPE=mnp;VARB=0.0212023;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:18:12:12:0.4:5:7:7:11:5:7:7:11 chr11 48367050 . T TAG 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0198949;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.93;QD=6.929;RBI=0.0199096;REFB=-0.00386078;REVB=-0.00076509;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=ins;VARB=0.0113845;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:6:21:6:21:15:4:2:8:7:36:15:4:2:8:7 chr11 48367073 . A C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00240122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.678;QD=44.0923;RBI=0.00259633;REFB=0.0979404;REVB=-0.000987468;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000759043;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:7:10:0:1:7:10:0:1 chr11 48367249 . C T 84.52 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0043452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.842;QD=11.6576;RBI=0.0169871;REFB=-0.00370804;REVB=-0.016422;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196337;STB=0.562387;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00554889;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:29:29:17:18:10:11:0.37931:4:6:7:10:5:6:8:10 chr11 48367252 . G A 85.17 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0412266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7612;QD=11.3557;RBI=0.0508365;REFB=-0.00298069;REVB=0.0297442;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760866;STB=0.545372;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00433099;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:9:10:5:6:9:10 chr11 48367311 . T C 151.88 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0138761;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4085;QD=10.1256;RBI=0.0143636;REFB=-0.00460224;REVB=-0.00371027;RO=40;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304312;STB=0.677252;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00766765;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:40:40:20:20:0.333333:12:8:27:13:12:8:27:13 chr11 48367363 . C T 276.86 PASS AF=0.390244;AO=33;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0171911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6047;QD=13.5052;RBI=0.0362309;REFB=-0.0150845;REVB=-0.0318927;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143506;STB=0.598127;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0198851;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:50:33:32:0.390244:18:15:29:20:18:14:30:20 chr11 48367387 . C T 184.89 PASS AF=0.358209;AO=22;DP=65;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0637093;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4929;QD=11.0385;RBI=0.0664249;REFB=-0.0379402;REVB=-0.0187986;RO=43;SAF=9;SAR=13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907519;STB=0.519335;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0632258;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:43:43:22:24:0.358209:13:9:21:22:13:11:21:22 chr11 48367419 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00554571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.701;QD=9.41572;RBI=0.0283047;REFB=-0.00545303;REVB=-0.0277561;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638048;STB=0.546823;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00950373;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:19:19:8:10:19:20 chr11 48367424 . C G 134.71 PASS AF=0.327273;AO=16;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0260656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.949;QD=9.79711;RBI=0.0387662;REFB=-0.00693068;REVB=-0.028695;RO=37;SAF=9;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573413;STB=0.528424;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0572401;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:16:18:0.327273:7:9:19:18:8:10:19:18 chr11 48367455 . G A 152.16 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0146875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.371;QD=13.2312;RBI=0.0148199;REFB=0.00311545;REVB=-0.00197678;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107954;STB=0.563266;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00627743;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:16:13:6:11:16:13 chr11 48367469 . TG CA 129.18 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000185624;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.715;QD=13.9654;RBI=0.0154026;REFB=-0.0445682;REVB=-0.0154015;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10623;STB=0.576817;STBP=0.428;TYPE=mnp;VARB=0.0378162;OID=.;OPOS=48367469;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:14:15:0.405405:5:9:12:10:5:10:12:10 chr11 48367474 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000560192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.847;QD=14.6658;RBI=0.0180514;REFB=-0.00843102;REVB=-0.0180427;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102929;STB=0.559918;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0047738;OID=.;OPOS=48367474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:12:9:5:10:12:9 chr11 48367499 . A G 75.56 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.056479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.435;QD=11.6242;RBI=0.068734;REFB=-0.00878468;REVB=-0.0391726;RO=16;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528922;STB=0.825746;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0440836;OID=.;OPOS=48367499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:1:9:8:8:1:9:8:8 chr11 48367511 . T G 60.09 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0532013;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.456;QD=12.6507;RBI=0.0542392;REFB=-0.00296802;REVB=-0.0105601;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491325;STB=0.802399;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0246513;OID=.;OPOS=48367511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:5:6:1:7:5:6 chr11 48373748 . C G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0178373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6568;QD=5.78786;RBI=0.0421745;REFB=-0.00666315;REVB=-0.0382168;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577461;STB=0.871716;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0100723;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:15:8:6:1:15:8 chr11 48373805 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0669101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7733;QD=3.73363;RBI=0.0674547;REFB=-0.000182787;REVB=0.00855418;RO=37;SAF=5;SAR=2;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11168;STB=0.576071;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00288003;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:2:5:29:8:2:5:29:8 chr11 48373815 . A G 40.87 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0381378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7104;QD=3.63293;RBI=0.0419603;REFB=-0.00547976;REVB=-0.0174978;RO=38;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121821;STB=0.583117;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0233475;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:2:5:30:8:2:5:30:8 chr11 48373817 . C T 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.00460764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.1;QD=3.54662;RBI=0.0371061;REFB=0.000266281;REVB=-0.0368189;RO=35;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902278;STB=0.559839;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00198433;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:35:39:7:7:0.152174:2:5:27:8:2:5:30:9 chr11 48373827 . G A 48.34 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=-0.0292108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.095;QD=3.7912;RBI=0.0293138;REFB=-0.0179289;REVB=-0.00245493;RO=43;SAF=6;SAR=2;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700805;STB=0.547832;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0319527;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:2:6:34:9:2:6:34:9 chr11 48373885 . A G 160.35 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00822733;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.495;QD=6.82328;RBI=0.0102033;REFB=-0.0116037;REVB=-0.00603474;RO=70;SAF=12;SAR=11;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439453;STB=0.531571;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0436592;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:71:23:23:0.244681:11:12:39:31:11:12:40:31 chr11 48373900 . A G 226.57 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=29;FWDB=-0.00335073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1506;QD=9.24769;RBI=0.00382346;REFB=-0.00853286;REVB=0.0018416;RO=68;SAF=11;SAR=18;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245748;STB=0.639626;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0223654;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:69:29:29:0.295918:18:11:40:28:18:11:40:29 chr11 48373936 . A G 262.65 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0295206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5945;QD=10.5058;RBI=0.0295284;REFB=-0.0119242;REVB=-0.000680341;RO=67;SAF=10;SAR=22;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267242;STB=0.651964;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0193602;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:67:68:32:32:0.32:22:10:36:31:22:10:36:32 chr11 48373946 . C A 291.63 PASS AF=0.354167;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0172045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.561;QD=12.1511;RBI=0.0380835;REFB=-0.00572281;REVB=-0.0339758;RO=61;SAF=18;SAR=16;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132944;STB=0.580952;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00893188;OID=.;OPOS=48373946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:61:62:34:34:0.354167:16:18:25:36:16:18:25:37 chr11 48373976 . T G 154.67 PASS AF=0.271605;AO=21;DP=80;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0285557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.444;QD=7.63782;RBI=0.0315805;REFB=-0.0178025;REVB=-0.0134869;RO=58;SAF=7;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187726;STB=0.583256;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0422163;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:58:59:21:22:0.271605:14:7:28:30:14:8:28:31 chr11 48373986 . A G 153.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0972674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.233;QD=8.89825;RBI=0.0977887;REFB=-0.00847672;REVB=-0.0100841;RO=48;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093338;STB=0.555502;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0143121;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:13:8:22:26:13:8:22:26 chr11 48374000 . C CT 31.22 PASS AF=0.25;AO=10;DP=53;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.145318;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0735;QD=2.83828;RBI=0.166816;REFB=0.00129503;REVB=0.081916;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114632;STB=0.524185;STBP=0.888;TYPE=ins;VARB=-0.0353012;OID=.;OPOS=48374001;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:53:11:44:33:4:7:13:20:31:39:3:7:15:24 chr11 48387335 . C A 51.77 PASS AF=0.242424;AO=7;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000150425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.283;QD=6.27571;RBI=0.0191346;REFB=-0.0073822;REVB=0.019134;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847761;STB=0.512165;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0156569;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:32:33:25:25:7:8:0.242424:4:3:9:16:5:3:9:16 chr11 48387370 . A G 84.14 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0356659;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.699;QD=8.62938;RBI=0.0426948;REFB=-0.0011954;REVB=-0.023469;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384554;STB=0.533274;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00510551;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:39:39:27:28:11:11:0.282051:7:4:9:18:7:4:9:19 chr11 48387424 . G T 117.96 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=37;FWDB=0.001211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.88;QD=7.48961;RBI=0.00871107;REFB=0.000630087;REVB=-0.00862649;RO=43;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332093;STB=0.701313;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00140167;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:45:16:18:0.285714:9:7:8:35:10:8:8:37 chr11 48387490 . G A 148.09 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0100428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.587;QD=9.40233;RBI=0.0258099;REFB=-0.000804711;REVB=-0.0237759;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192697;STB=0.603076;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00150535;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:43:20:20:0.31746:10:10:14:28:10:10:15:28 chr11 48387506 . A G 137.27 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0226279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0461;QD=8.71564;RBI=0.0645375;REFB=-0.0125458;REVB=-0.0604406;RO=41;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972558;STB=0.538422;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0163712;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:44:19:19:0.301587:12:7:12:29:12:7:14:30 chr11 48387526 . G T 122.31 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0299335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3225;QD=8.43534;RBI=0.0428185;REFB=-0.00170894;REVB=0.0306171;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644768;STB=0.552179;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00776487;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:41:17:17:0.293103:10:7:14:25:10:7:14:27 chr11 48387535 . T C 110.85 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0180401;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4263;QD=8.36616;RBI=0.0180446;REFB=-0.00678747;REVB=0.000403739;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150775;STB=0.590677;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.019511;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:38:38:15:15:0.283019:8:7:13:25:8:7:13:25 chr11 48387540 . G T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0317263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.02;QD=7.71892;RBI=0.0353394;REFB=0.000245677;REVB=0.0155665;RO=38;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472702;STB=0.529366;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.000419641;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:9:4:13:25:9:4:13:25 chr11 48387580 . G T 84.3 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0507042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8609;QD=10.538;RBI=0.0588498;REFB=0.00314219;REVB=0.0298726;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177334;STB=0.606739;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00681873;OID=.;OPOS=48387580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:11:10:7:4:11:10 chr11 48387582 . C T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00853313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1588;QD=10.5415;RBI=0.0217077;REFB=-0.0365289;REVB=-0.0199602;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202063;STB=0.606739;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0337658;OID=.;OPOS=48387582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:11:11:0.34375:7:4:11:9:7:4:11:10 chr11 48387584 . A T 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0530191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6753;QD=10.5414;RBI=0.0538347;REFB=0.00164796;REVB=-0.00933546;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177334;STB=0.606739;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000771526;OID=.;OPOS=48387584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:11:10:7:4:11:10 chr11 48387591 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0114374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.073;QD=11.8297;RBI=0.025017;REFB=-0.0247731;REVB=-0.0222494;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881603;STB=0.552534;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0553026;OID=.;OPOS=48387591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:8:10:7:4:8:10 chr11 48387604 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0134113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.603;QD=5.95777;RBI=0.0139274;REFB=0.00581587;REVB=0.00375622;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.587933;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0262892;OID=.;OPOS=48387604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:8:10:4:2:8:10 chr11 48387930 . T C 47.78 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=56;FWDB=0.00992349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.595;QD=1.91101;RBI=0.0306328;REFB=-0.00184925;REVB=0.0289809;RO=89;SAF=3;SAR=8;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132075;STB=0.599808;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00458529;OID=.;OPOS=48387930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:89:89:11:11:0.11:8:3:33:56:8:3:33:56 chr11 48387946 . G T 49.02 PASS AF=0.114583;AO=11;DP=96;FAO=11;FDP=96;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=54;FWDB=-0.0229842;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.344;QD=2.04233;RBI=0.0239255;REFB=-0.00216798;REVB=-0.00664489;RO=75;SAF=3;SAR=8;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138312;STB=0.593706;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.010179;OID=.;OPOS=48387946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:96:96:75:85:11:11:0.114583:8:3:28:47:8:3:31:54 chr11 48387960 . T C 78.1 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=102;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=56;FWDB=-0.00479851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2212;QD=3.06274;RBI=0.0161046;REFB=-0.000958836;REVB=0.0153731;RO=86;SAF=5;SAR=10;SRF=30;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215719;STB=0.52171;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00818665;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:102:102:86:87:15:15:0.147059:10:5:30:56:10:5:31:56 chr11 48387978 . T A 97.19 PASS AF=0.171717;AO=17;DP=99;FAO=17;FDP=99;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0112324;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.169;QD=3.92698;RBI=0.0131142;REFB=-0.00286893;REVB=-0.00676872;RO=82;SAF=6;SAR=11;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176927;STB=0.511614;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0164615;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:99:99:82:82:17:17:0.171717:11:6:30:52:11:6:30:52 chr11 48387983 . T C 96.69 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.00598807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.3;QD=4.02888;RBI=0.0108476;REFB=-0.00473621;REVB=-0.00904504;RO=78;SAF=6;SAR=11;SRF=30;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428855;STB=0.523781;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.114984;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:96:96:78:79:17:17:0.177083:11:6:30:48:11:6:30:49 chr11 48510654 . A C 204.11 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0123714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7717;QD=12.5607;RBI=0.0317093;REFB=-0.0017068;REVB=-0.0291964;RO=40;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819014;STB=0.547132;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00347352;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:10:15:21:19:10:15:21:19 chr11 48510777 . G A 173.09 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00245019;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.829;QD=12.8215;RBI=0.0354082;REFB=-0.0223231;REVB=0.0353233;RO=34;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250192;STB=0.636235;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0180082;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:34:33:21:21:0.388889:13:8:21:13:13:8:20:13 chr11 48997107 . G A 230.31 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0313485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0166;QD=17.7165;RBI=0.0771507;REFB=-0.0275749;REVB=-0.0704947;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529666;STB=0.539139;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0266257;OID=.;OPOS=48997107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:12:13:12:14:12:13:12:15 chr11 48997334 . T G 218.74 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00990426;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0601;QD=22.4352;RBI=0.0162647;REFB=-0.0151549;REVB=0.0129014;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162899;STB=0.561985;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0204815;OID=.;OPOS=48997334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:18:21:21:0.538462:11:10:11:5:11:10:11:7 chr11 49000423 . C G 427.97 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0365339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.842;QD=19.453;RBI=0.0411509;REFB=-0.0105746;REVB=-0.0189386;RO=45;SAF=23;SAR=20;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605277;STB=0.533602;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0123186;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:45:45:43:43:0.488636:20:23:27:18:20:23:27:18 chr11 49000522 . C T 335.64 PASS AF=0.644444;AO=27;DP=43;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00791066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0053;QD=29.8349;RBI=0.0107776;REFB=-0.00567133;REVB=0.00731967;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106049;STB=0.566882;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00594478;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:16:16:27:29:0.644444:16:11:9:7:18:11:9:7 chr11 49000558 . G A 117.07 PASS AF=0.310345;AO=4;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0571586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.405;QD=16.1478;RBI=0.0605838;REFB=0.00334485;REVB=-0.020082;RO=11;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107868;STB=0.742365;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0442027;OID=.;OPOS=49000558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:29:11:13:4:9:0.310345:3:1:2:9:3:6:3:10 chr11 49055751 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0286201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.852;QD=10.0339;RBI=0.0294259;REFB=-0.00229349;REVB=-0.00683924;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00414409;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr11 49059362 . C A 166.45 PASS AF=0.280488;AO=23;DP=82;FAO=23;FDP=82;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00461391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5392;QD=8.1194;RBI=0.0168395;REFB=-0.00516378;REVB=-0.0161951;RO=59;SAF=14;SAR=9;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817288;STB=0.548976;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0118773;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:59:23:23:0.280488:9:14:32:27:9:14:32:27 chr11 49075605 . G A 171.13 PASS AF=0.349206;AO=20;DP=61;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00984735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.339;QD=10.8655;RBI=0.0126527;REFB=-0.0136207;REVB=-0.00794477;RO=41;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695529;STB=0.571365;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0297027;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:41:41:20:22:0.349206:11:9:16:25:11:11:16:25 chr11 49196490 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0569508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.168;QD=14.6494;RBI=0.0572416;REFB=0.00429481;REVB=-0.00576274;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154289;STB=0.567475;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00623072;OID=.;OPOS=49196490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:13:5:6:8:13:6 chr11 49197416 . A G 209.82 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00204206;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.986;QD=15.2595;RBI=0.00429844;REFB=-0.0245431;REVB=-0.00378241;RO=31;SAF=19;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290492;STB=0.667129;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0294886;OID=.;OPOS=49197416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:5:19:17:14:5:19:17:14 chr11 49221885 . T A 273.24 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00978822;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.642;QD=12.5629;RBI=0.0102077;REFB=-0.0119202;REVB=-0.0028963;RO=55;SAF=16;SAR=16;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901679;STB=0.551692;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0217259;OID=.;OPOS=49221885;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:55:55:32:32:0.367816:16:16:23:32:16:16:23:32 chr11 49227620 . A G 197.56 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0344734;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2483;QD=17.9596;RBI=0.0356266;REFB=0.000862055;REVB=0.00899102;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260366;STB=0.514836;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=3.441e-05;OID=.;OPOS=49227620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:7:13:15:9:7:13:15:9 chr11 49598178 . G A 482.04 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00701803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.579;QD=20.5122;RBI=0.0107711;REFB=-0.0106469;REVB=0.00817096;RO=47;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193082;STB=0.510692;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00751048;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:25:22:21:26:25:22:21:26 chr11 49598209 . T C 482.95 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.00678918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.569;QD=20.7718;RBI=0.00688604;REFB=-0.0375251;REVB=-0.00115086;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719696;STB=0.539756;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.033118;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:27:20:16:30:27:20:16:30 chr11 49830142 . G T 344.31 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00568905;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.083;QD=24.1621;RBI=0.00631252;REFB=-0.0415859;REVB=-0.00273546;RO=23;SAF=17;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159528;STB=0.5263;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0225489;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:23:34:34:0.596491:17:17:11:12:17:17:10:13 chr11 49974371 . G A 164.55 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391262;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.16;QD=47.0139;RBI=0.0193495;REFB=0;REVB=0.0189498;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07132e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 49974670 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0149032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1209;QD=8.24617;RBI=0.0150552;REFB=0.0215197;REVB=0.00213393;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376308;STB=0.740173;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0420374;OID=.;OPOS=49974670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:4:3:11:3:4:3:12:3 chr11 49974931 . G A 92.53 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0186759;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.636;QD=8.60747;RBI=0.0187292;REFB=-0.0207624;REVB=-0.00141215;RO=31;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423723;STB=0.765274;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0576507;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:43:31:31:12:12:0.27907:10:2:15:16:10:2:15:16 chr11 51411460 . G A 173.56 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.031769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.659;QD=9.6424;RBI=0.03495;REFB=-0.00880242;REVB=0.0145683;RO=49;SAF=10;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640241;STB=0.53768;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0212014;OID=.;OPOS=51411460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:13:10:24:25:13:10:24:25 chr11 51411510 . C T 575.68 PASS AF=0.561224;AO=45;DP=101;FAO=55;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0279609;FXX=0.0297;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.392;QD=23.4973;RBI=0.0282194;REFB=-0.0221159;REVB=0.00381134;RO=42;SAF=17;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130619;STB=0.567742;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0176459;OID=.;OPOS=51411510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:98:42:41:45:55:0.561224:28:17:22:20:34:21:22:19 chr11 51411740 . A T 116.14 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0298298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.537;QD=14.5179;RBI=0.0342593;REFB=-0.0184835;REVB=0.0168487;RO=18;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355378;STB=0.505487;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0317244;OID=.;OPOS=51411740;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:9:4:5:13:10:4:5:13 chr11 51412327 . T A 236.28 PASS AF=0.777778;AO=19;DP=28;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00138768;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=222.046;QD=35.0049;RBI=0.00599007;REFB=-0.0398545;REVB=0.00582711;RO=5;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167241;STB=0.553141;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00707672;OID=.;OPOS=51412327;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:28:27:5:6:19:21:0.777778:7:12:1:4:9:12:2:4 chr11 51515460 . C T 173.16 PASS AF=0.38;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0335722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4744;QD=13.8532;RBI=0.0474359;REFB=-0.0226174;REVB=0.0335123;RO=31;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207549;STB=0.59081;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0357672;OID=.;OPOS=51515460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:31:31:18:19:0.38:13:5:14:17:13:6:14:17 chr11 51515640 . A G 103.62 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.042232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.891;QD=6.18596;RBI=0.0426231;REFB=-0.0045876;REVB=-0.0057608;RO=50;SAF=6;SAR=10;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131147;STB=0.58924;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0114812;OID=.;OPOS=51515640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:51:16:16:0.238806:10:6:24:26:10:6:25:26 chr11 51515912 . C T 180.26 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0614975;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.4844;QD=15.3417;RBI=0.0648645;REFB=-0.0205379;REVB=-0.0206267;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269508;STB=0.636216;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0593557;OID=.;OPOS=51515912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:28:19:19:0.404255:13:6:16:12:13:6:15:13 chr11 55029787 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.763;QD=44.6898;RBI=0.0291628;REFB=0;REVB=-0.00453547;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222152;OID=.;OPOS=55029787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr11 55339829 . A G 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00814227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.583;QD=52.6956;RBI=0.0159347;REFB=0.0265289;REVB=0.0136973;RO=2;SAF=26;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00226552;STB=0.501204;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=4.54852e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:23:26:1:1:23:26:1:1 chr11 55494267 . ACA GTG 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.044539;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.388;QD=2.18754;RBI=0.0477087;REFB=-0.00109482;REVB=-0.0170997;RO=67;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518662;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=mnp;VARB=0.0081693;OID=.;OPOS=55494267;OREF=ACA;OALT=GTG;OMAPALT=GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:6:3:25:42:6:3:25:42 chr11 55494278 . A G 83.7 PASS AF=0.172414;AO=15;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.00501822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.81;QD=3.84847;RBI=0.00659176;REFB=-0.00527944;REVB=-0.0042742;RO=72;SAF=6;SAR=9;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01461;STB=0.509603;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0255473;OID=.;OPOS=55494278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:87:87:72:72:15:15:0.172414:9:6:28:44:9:6:28:44 chr11 55494281 . G A 90.67 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=-0.0140967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.517;QD=3.94219;RBI=0.0176105;REFB=0.00148754;REVB=-0.0105553;RO=69;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09817;STB=0.524969;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0122855;OID=.;OPOS=55494281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:69:76:16:16:0.173913:9:7:25:44:9:7:31:45 chr11 55494285 . T C 73.7 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.00198809;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.5403;QD=3.23965;RBI=0.0336126;REFB=-0.00083784;REVB=0.0335538;RO=76;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00962452;STB=0.511238;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00159551;OID=.;OPOS=55494285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:90:91:76:77:14:14:0.153846:8:6:32:44:8:6:32:45 chr11 55494298 . A C 88.45 PASS AF=0.163265;AO=16;DP=98;FAO=16;FDP=98;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=-0.00279297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3995;QD=3.61011;RBI=0.004994;REFB=0.000660144;REVB=-0.00413997;RO=82;SAF=7;SAR=9;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136884;STB=0.50908;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00511988;OID=.;OPOS=55494298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:98:98:82:82:16:16:0.163265:9:7:35:47:9:7:35:47 chr11 55541098 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.411;QD=52.6132;RBI=0.0508076;REFB=0;REVB=0.0161938;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560473;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 55563602 . G A 1162.39 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270267;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.774;QD=58.8554;RBI=0.0681375;REFB=-0.0251191;REVB=0.0625482;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506492;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000612825;OID=.;OPOS=55563602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:76:78:0.987342:39:37:1:0:40:38:1:0 chr11 55563738 . G A,C 713.8 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=43,2;DP=45;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354222,0.00277924;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.427,160.944;QD=62.0696;RBI=0.0354887,0.00688296;REFB=0,0;REVB=0.00217063,-0.0062969;RO=0;SAF=25,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00195293,0.00951918;OID=.,.;OPOS=55563738,55563738;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:45:46:0:0:43,2:44,2:0.956522,0.0434783:18,0:25,2:0:0:19,0:25,2:0:0 chr11 55563776 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.03;QD=57.6805;RBI=0.0802883;REFB=0;REVB=0.0345582;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271445;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr11 55578987 . T C 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0348134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.429;QD=48.6074;RBI=0.035323;REFB=-0.00984998;REVB=-0.00597813;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579914;STB=0.531226;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00103727;OID=.;OPOS=55578987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:11:15:2:0:11:15:2:0 chr11 55578991 . C T 428.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3032;QD=57.1574;RBI=0.0707253;REFB=0;REVB=0.0533344;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143081;OID=.;OPOS=55578991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:12:18:0:0 chr11 55579102 . C T 967.8 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0163113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9206;QD=54.5239;RBI=0.0261719;REFB=-0.087189;REVB=-0.0204673;RO=2;SAF=33;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277826;STB=0.507665;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00534178;OID=.;OPOS=55579102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:71:2:3:68:68:0.957746:35:33:2:0:35:33:2:1 chr11 55579145 . C T 35.17 PASS AF=0.0927835;AO=9;DP=97;FAO=9;FDP=97;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0330536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.542;QD=1.45044;RBI=0.0354054;REFB=-0.00307263;REVB=-0.0126888;RO=87;SAF=6;SAR=3;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162001;STB=0.623832;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0331984;OID=.;OPOS=55579145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:97:97:87:88:9:9:0.0927835:3:6:46:41:3:6:47:41 chr11 55579182 . A G 97.01 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=119;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=55;FSRR=45;FWDB=-0.00189579;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.956;QD=3.26079;RBI=0.00660422;REFB=-0.00174815;REVB=-0.00632627;RO=100;SAF=12;SAR=7;SRF=55;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106354;STB=0.57083;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0100479;OID=.;OPOS=55579182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:119:119:100:100:19:19:0.159664:7:12:55:45:7:12:55:45 chr11 55579419 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.466;QD=45.8052;RBI=0.0433225;REFB=0;REVB=0.0271166;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000521309;OID=.;OPOS=55579419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 55579801 . T C 729.92 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.431;QD=63.4708;RBI=0.0399499;REFB=0;REVB=0.0250276;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151005;OID=.;OPOS=55579801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:21:21:0:0:21:25:0:0 chr11 55579863 . CA C,CC,TA 42.05 PASS AF=0.160714,0,0.0357143;AO=7,2,2;DP=56;FAO=9,0,2;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=7,0,0;FSAR=2,0,2;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.133273,0.034679,-0.00618018;FXX=0.0175408;HRUN=4,4,2;LEN=1,1,1;MLLD=18.2691,32.6322,96.3359;QD=3.00385;RBI=0.139334,0.0498317,0.0430443;REFB=0.0032465,0.00401121,0.00664787;REVB=-0.0406471,-0.0357849,-0.0425983;RO=40;SAF=5,1,0;SAR=2,1,2;SRF=10;SRR=30;SSEN=0.354839,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.520231,0.232927,-0.326997;STB=0.85547,0.5,0.992857;STBP=0.043,1,0.331;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0206901,0.079306,0.0829656;OID=.,.,.;OPOS=55579864,55579864,55579863;OREF=A,A,C;OALT=-,C,T;OMAPALT=C,CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:56:40:45:7,2,2:9,0,2:0.160714,0,0.0357143:2,1,2:5,1,0:10:30:2,0,2:7,0,0:13:32 chr11 55587117 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.871;QD=43.4861;RBI=0.0420564;REFB=0;REVB=0.0349202;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160474;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr11 55587511 . A G 711.05 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127036;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.091;QD=54.6958;RBI=0.0162804;REFB=-0.0402474;REVB=0.0101819;RO=1;SAF=12;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119239;STB=0.506327;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.000380944;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:39:12:0:1:39:12:0:1 chr11 55594869 . G A 1565.08 PASS AF=1;AO=83;DP=107;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403313;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.255;QD=59.0595;RBI=0.0406276;REFB=0;REVB=-0.00489737;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.51648e-05;OID=.;OPOS=55594869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:106:0:0:83:106:1:50:33:0:0:60:46:0:0 chr11 55595012 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.204;QD=51.1846;RBI=0.0352297;REFB=0;REVB=0.0242947;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224902;OID=.;OPOS=55595012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr11 55595017 . GA TG 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755384;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=235.635;QD=50.4135;RBI=0.030098;REFB=0;REVB=-0.0291346;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00034166;OID=.;OPOS=55595017;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr11 55595114 . GCG TTC 460.99 PASS AF=1;AO=29;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148352;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.019;QD=57.6238;RBI=0.15324;REFB=0;REVB=0.0383945;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000553181;OID=.;OPOS=55595114;OREF=GCG;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:29:32:1:24:5:0:0:24:8:0:0 chr11 55681494 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0767146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.496;QD=42.1826;RBI=0.0875952;REFB=0;REVB=0.0422821;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219382;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 55681566 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.252;QD=33.4285;RBI=0.0343989;REFB=0;REVB=0.00886336;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000447455;OID=.;OPOS=55681566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 55702929 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.568;QD=35.5755;RBI=0.060726;REFB=0;REVB=0.0493147;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00316988;OID=.;OPOS=55702929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 55703247 . G A 616.64 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511397;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.712;QD=61.6642;RBI=0.0206696;REFB=0;REVB=0.020027;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33054e-05;OID=.;OPOS=55703247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:38:40:1:21:17:0:0:21:19:0:0 chr11 55703728 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.899;QD=48.6233;RBI=0.114563;REFB=-0.0845881;REVB=-0.108015;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000953275;OID=.;OPOS=55703728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:0:1:8:14:0:1 chr11 55746891 . G A 1564.28 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00100186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.573;QD=59.5916;RBI=0.00290297;REFB=0;REVB=-0.00272461;RO=1;SAF=34;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137498;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53181e-06;OID=.;OPOS=55746891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:1:0:103:105:1:69:34:1:0:70:35:0:0 chr11 55761221 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0519;QD=62.0173;RBI=0.0545715;REFB=0;REVB=0.0359666;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907515;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:29:13:0:0:29:13:0:0 chr11 55761457 . G A 40.82 PASS AF=0.123288;AO=8;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.014403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.038;QD=2.23672;RBI=0.0224146;REFB=-0.0112943;REVB=-0.0171746;RO=64;SAF=6;SAR=2;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315747;STB=0.660193;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0835292;OID=.;OPOS=55761457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:73:73:64:64:8:9:0.123288:2:6:31:33:3:6:31:33 chr11 55761528 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.454;QD=59.8385;RBI=0.0197092;REFB=0;REVB=0.0190862;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106009;OID=.;OPOS=55761528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr11 55761738 . T G 708.4 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.966;QD=62.9687;RBI=0.0057569;REFB=0;REVB=0.00557588;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31645e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 55798152 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.062;QD=48.7353;RBI=0.0373803;REFB=0;REVB=0.00236394;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366027;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr11 55861592 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0274174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.868;QD=15.172;RBI=0.0304541;REFB=-0.0108358;REVB=-0.0132566;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222905;STB=0.62947;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00840798;OID=.;OPOS=55861592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:12:12:12:5:12:12 chr11 55872657 . A C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.657;QD=53.2767;RBI=0.0508462;REFB=0;REVB=0.0305405;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476527;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr11 55872876 . C T 1119.66 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0596103;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.165;QD=56.6918;RBI=0.0641511;REFB=-0.156652;REVB=0.0237059;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011684;STB=0.518068;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000823589;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:79:1:3:76:76:0.962025:40:36:0:1:40:36:0:3 chr11 55873024 . A G,T 801.74 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=54,3;DP=57;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=32,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209311,-0.0502042;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.004,81.1331;QD=56.2624;RBI=0.0213407,0.0545956;REFB=0,0;REVB=-0.00416119,-0.0214527;RO=0;SAF=22,0;SAR=32,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.64875e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00102395,0.0684634;OID=.,.;OPOS=55873024,55873024;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:57:57:0:0:54,3:54,3:0.947368,0.0526316:32,3:22,0:0:0:32,3:22,0:0:0 chr11 55873368 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9362;QD=53.2761;RBI=0.00706695;REFB=0;REVB=-0.00566643;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.14185e-05;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 55890257 . C T 739.01 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9184;QD=54.7418;RBI=0.0549167;REFB=-0.0606392;REVB=-0.0500473;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00036005;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:1:0:22:31:1:0 chr11 55999678 . G T 203.36 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00384232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5457;QD=14.2709;RBI=0.0874344;REFB=-0.00481988;REVB=-0.0873499;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15022;STB=0.586132;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00381693;OID=.;OPOS=55999678;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:7:17:19:14:7:17:19:14 chr11 56000403 . C G 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9434;QD=64.1519;RBI=0.0130741;REFB=0;REVB=-0.00734415;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47127e-05;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr11 56043702 . G C 175.6 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.526;QD=46.8273;RBI=0.0401246;REFB=0;REVB=0.0255783;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429573;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr11 56086147 . T G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8206;QD=53.2693;RBI=0.0760117;REFB=0;REVB=0.0146668;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207606;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr11 56113516 . T C 330.55 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0182696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.352;QD=50.8531;RBI=0.0663307;REFB=-0.0422247;REVB=0.0637651;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00054427;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:9:16:0:0:9:16:0:1 chr11 56113575 . ATG GAT,GTG 191.2 PASS AF=0.0652174,0.413043;AO=2,18;DP=47;FAO=3,19;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=1,12;FSAR=2,7;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=4.91276e-05,-0.0151972;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=77.359,117.19;QD=16.6257;RBI=0.00416646,0.015507;REFB=-0.0350868,-0.0159403;REVB=-0.00416617,-0.00308383;RO=23;SAF=1,12;SAR=1,6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.149041,0.015833;STB=0.771171,0.521254;STBP=0.437,0.791;TYPE=mnp,snp;VARB=0.141579,0.0292103;OID=.,.;OPOS=56113575,56113575;OREF=ATG,A;OALT=GAT,G;OMAPALT=GAT,GTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:46:23:24:2,18:3,19:0.0652174,0.413043:1,6:1,12:15:8:2,7:1,12:16:8 chr11 56113593 . C A 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.00609629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.278;QD=15.4097;RBI=0.0152253;REFB=-0.00547497;REVB=-0.0139515;RO=34;SAF=17;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502649;STB=0.528381;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00879087;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:10:17:23:11:10:17:23:11 chr11 56127746 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.413;QD=55.0987;RBI=0.0459236;REFB=0;REVB=0.0431902;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229622;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr11 56128524 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.457;QD=59.4338;RBI=0.039047;REFB=0;REVB=0.0354786;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259954;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 56128673 . A AT 43.25 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.126525;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.018;QD=4.80594;RBI=0.126539;REFB=0.0276403;REVB=-0.00186038;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164556;STB=0.555464;STBP=0.636;TYPE=ins;VARB=-0.110025;OID=.;OPOS=56128674;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:37:12:36:24:6:6:10:14:43:25:6:5:10:15 chr11 56143156 . C T 291.65 PASS AF=0.516667;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00934928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.266;QD=19.4431;RBI=0.00943603;REFB=-0.0272059;REVB=-0.00127654;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890661;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.017303;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:29:30:31:0.516667:17:13:15:13:18:13:15:14 chr11 56143158 . A G 291.54 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00284369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.095;QD=19.4359;RBI=0.00802525;REFB=-0.0235676;REVB=0.00750454;RO=29;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858191;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0195203;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:18:13:15:14:18:13:15:14 chr11 56143424 . A G 234.19 PASS AF=0.46;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0305804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.869;QD=18.7348;RBI=0.0323623;REFB=-0.014483;REVB=-0.0105903;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1888;STB=0.589395;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0155635;OID=.;OPOS=56143424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:27:22:23:0.46:14:8:15:12:14:9:15:12 chr11 56143592 . C T 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=-0.0204753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.317;QD=17.9412;RBI=0.0239656;REFB=-0.0184674;REVB=-0.0124544;RO=22;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400204;STB=0.720951;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0372662;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:8:11:21:1:8:11:21:1 chr11 56143690 . C A 109.21 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.057538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.879;QD=14.0922;RBI=0.0658844;REFB=0.00272387;REVB=-0.0320956;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332251;STB=0.70557;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00827973;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:18:13:13:0.419355:9:4:10:5:9:4:12:6 chr11 56143696 . C T 86.0 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0201409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.877;QD=11.4669;RBI=0.0702387;REFB=-0.0523538;REVB=0.0672891;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140607;STB=0.583194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.147147;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:30:16:18:11:12:0.4:7:4:8:8:7:5:10:8 chr11 56143716 . TG CA 62.09 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0178091;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.412;QD=7.09642;RBI=0.0278485;REFB=-0.00921221;REVB=-0.0214097;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32155;STB=0.651856;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.041928;OID=.;OPOS=56143716;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:34:35:26:26:8:9:0.257143:5:3:17:9:5:4:17:9 chr11 56143723 . T C 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.000270503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.159;QD=7.27143;RBI=0.00436879;REFB=-0.00536976;REVB=-0.00436041;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226365;STB=0.640728;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0213032;OID=.;OPOS=56143723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:16:9:5:4:16:9 chr11 56143725 . C G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0107528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.26;QD=7.03168;RBI=0.0315458;REFB=-0.0024452;REVB=-0.0296566;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24387;STB=0.651856;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0179142;OID=.;OPOS=56143725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:17:9:5:4:17:9 chr11 56143729 . CC TG 61.27 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0108347;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=231.964;QD=6.80722;RBI=0.0192879;REFB=-0.0047537;REVB=-0.0159572;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216967;STB=0.636074;STBP=0.374;TYPE=mnp;VARB=0.0159198;OID=.;OPOS=56143729;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:5:4:17:10:5:4:17:10 chr11 56184888 . G A 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0324709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.453;QD=19.9408;RBI=0.0325919;REFB=-0.0152735;REVB=0.00280614;RO=28;SAF=8;SAR=24;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178947;STB=0.593997;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00788163;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:24:8:12:16:24:8:12:17 chr11 56185224 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0018972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.861;QD=12.3948;RBI=0.0704868;REFB=-0.0214141;REVB=0.0704612;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0213144;OID=.;OPOS=56185224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr11 56185345 . A G 51.45 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0026565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.548;QD=18.7079;RBI=0.00972624;REFB=0.00151225;REVB=-0.00935643;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.000535484;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:1:3:4:3:1:3 chr11 56185684 . C G 204.49 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.023784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8413;QD=22.7214;RBI=0.0254461;REFB=-0.0262683;REVB=-0.0090457;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196189;STB=0.624168;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.021469;OID=.;OPOS=56185684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:13:7:9:6:13:7:10:6 chr11 56294275 . T C 766.14 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5314;QD=63.8451;RBI=0.016163;REFB=0;REVB=0.0114555;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.34844e-07;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr11 56294338 . G A 886.25 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.000538261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.998;QD=53.7122;RBI=0.0425792;REFB=-0.153888;REVB=0.0425758;RO=3;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05544;STB=0.529402;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00185489;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:66:66:3:3:63:63:0.954545:24:39:0:3:24:39:0:3 chr11 56310222 . C T 256.17 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1335;QD=51.2333;RBI=0.06458;REFB=0;REVB=-0.0421441;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109421;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:8:12:0:0 chr11 56310497 . C T 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00586069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.858;QD=10.7151;RBI=0.0504915;REFB=0.000826024;REVB=-0.0501502;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120148;STB=0.558058;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00199834;OID=.;OPOS=56310497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:29:14:14:0.325581:7:7:11:17:7:7:12:17 chr11 56344260 . A G 55.98 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0171649;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7159;QD=9.33009;RBI=0.027161;REFB=0.0204919;REVB=0.0210496;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368003;STB=0.699533;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0106116;OID=.;OPOS=56344260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:4:11:3:5:5:11 chr11 56344993 . C A 575.61 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00855029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.992;QD=60.5907;RBI=0.0465481;REFB=0;REVB=0.0457561;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002654;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:18:16:0:0:22:16:0:0 chr11 56380546 . CCAGA C 114.04 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00838528;FXX=0.0624805;HRUN=2;LEN=4;MLLD=238.529;QD=15.2056;RBI=0.00851669;REFB=-0.0319077;REVB=-0.00149034;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112427;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=del;VARB=0.0238768;OID=.;OPOS=56380547;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:15:31:16:30:14:5:11:6:8:95:13:5:10:6:7 chr11 56431216 . C T 287.58 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0122824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.164;QD=15.9765;RBI=0.013786;REFB=-0.0197685;REVB=0.00626065;RO=39;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2338;STB=0.637845;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0282096;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:40:32:32:0.444444:20:12:24:15:20:12:25:15 chr11 56431834 . A G 54.75 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0428375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2825;QD=10.9509;RBI=0.0435791;REFB=-0.0510292;REVB=-0.0080055;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0441625;OID=.;OPOS=56431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:20:11:12:8:8:0.4:6:2:2:9:6:2:3:9 chr11 56467881 . T C 354.19 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.00160191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8809;QD=13.8898;RBI=0.0029815;REFB=0.00526957;REVB=0.00251461;RO=60;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277617;STB=0.65208;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0082283;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:61:41:41:0.401961:15:26:22:38:15:26:23:38 chr11 56467926 . A G 298.08 PASS AF=0.317073;AO=38;DP=124;FAO=39;FDP=123;FR=.;FRO=84;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=-0.0239555;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4197;QD=9.69356;RBI=0.0409425;REFB=-0.0221105;REVB=-0.0332027;RO=84;SAF=21;SAR=17;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145573;STB=0.591841;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0481357;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:84:84:38:39:0.317073:17:21:36:48:17:22:36:48 chr11 56468020 . TG CA,CG 594.7 PASS AF=0.244444,0.377778;AO=21,32;DP=87;FAO=22,34;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=9,12;FSAR=13,22;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.018074,-0.00798779;FXX=0.0109878;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.64,94.1564;QD=26.4313;RBI=0.0264482,0.00799204;REFB=-0.0464722,-0.0553493;REVB=-0.019309,-0.000260829;RO=32;SAF=8,10;SAR=13,22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0418615,-0.0321037;STB=0.535682,0.5;STBP=0.666,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0170078,0.0351859;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:87:90:32:34:21,32:22,34:0.244444,0.377778:13,22:8,10:11:21:13,22:9,12:12:22 chr11 56468044 . T G 360.6 PASS AF=0.5;AO=36;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.019628;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=253.977;QD=18.9789;RBI=0.0218743;REFB=-0.00830967;REVB=-0.00965536;RO=33;SAF=10;SAR=26;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267388;STB=0.531132;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00797731;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:33:38:36:38:0.5:26:10:10:23:26:12:10:28 chr11 56468047 . AC AT,GT 1044.9 PASS AF=0.430556,0.569444;AO=31,41;DP=74;FAO=31,41;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=9,11;FSAR=22,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221593,0.0115461;FXX=0.0270234;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=122.428,165.73;QD=58.0498;RBI=0.023668,0.0138594;REFB=0,0;REVB=-0.00831491,-0.00766633;RO=0;SAF=9,11;SAR=22,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.15349e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000961405,0.002043;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:74:72:0:0:31,41:31,41:0.430556,0.569444:22,30:9,11:0:0:22,30:9,11:0:0 chr11 56468111 . C T 111.73 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0304793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.794;QD=6.47735;RBI=0.0325193;REFB=-0.00795617;REVB=-0.0113365;RO=52;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155867;STB=0.595049;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0225168;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:52:17:17:0.246377:9:8:18:34:9:8:18:34 chr11 56468155 . T G 67.63 PASS AF=0.196429;AO=9;DP=54;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=0.0142172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.893;QD=4.83097;RBI=0.0147604;REFB=-0.014564;REVB=-0.00396718;RO=45;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268652;STB=0.675404;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0595348;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:54:56:45:45:9:11:0.196429:5:4:11:34:6:5:11:34 chr11 56468198 . A G 203.32 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00271093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8133;QD=14.2683;RBI=0.0515687;REFB=-0.0275268;REVB=-0.0514974;RO=31;SAF=8;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125156;STB=0.574936;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0335393;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:33:24:24:0.421053:16:8:14:17:16:8:15:18 chr11 56468200 . C T 189.04 PASS AF=0.396552;AO=24;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0232001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3526;QD=13.0375;RBI=0.0374178;REFB=-0.00963792;REVB=0.0293573;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178525;STB=0.586777;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0190896;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:24:23:0.396552:16:8:17:17:15:8:17:18 chr11 56468202 . G A 201.49 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00201021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.704;QD=13.8958;RBI=0.0130378;REFB=-0.0234681;REVB=0.0128819;RO=34;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178525;STB=0.602322;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0557431;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:16:8:17:17:16:8:17:17 chr11 56468212 . G A 189.34 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0210301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5043;QD=13.0579;RBI=0.0240195;REFB=-0.0216908;REVB=0.0116049;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231033;STB=0.633774;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.015757;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:17:6:16:19:17:6:16:19 chr11 56468259 . C T 346.14 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00302415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.244;QD=19.5009;RBI=0.0133307;REFB=-0.049765;REVB=0.0129832;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12487;STB=0.562613;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0319251;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:15:21:15:19:15:21:16:19 chr11 56468368 . C T 136.42 PASS AF=0.205357;AO=23;DP=111;FAO=23;FDP=112;FR=.;FRO=89;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=39;FWDB=-0.0152063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.336;QD=4.87196;RBI=0.0764598;REFB=-0.0108296;REVB=-0.0749325;RO=87;SAF=13;SAR=10;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172754;STB=0.50276;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0441436;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:87:89:23:23:0.205357:10:13:48:39:10:13:50:39 chr11 56468403 . G A 94.44 PASS AF=0.162162;AO=18;DP=111;FAO=18;FDP=111;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=45;FWDB=-0.0296614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0969;QD=3.4032;RBI=0.0336465;REFB=0.00047045;REVB=-0.0158836;RO=91;SAF=7;SAR=11;SRF=47;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161602;STB=0.606702;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00515884;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:111:111:91:93:18:18:0.162162:11:7:47:44:11:7:48:45 chr11 56468416 . G A 78.45 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=0.0212004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0078;QD=2.85266;RBI=0.0256931;REFB=-0.00743188;REVB=0.0145148;RO=94;SAF=5;SAR=11;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275065;STB=0.687266;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.057485;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:110:110:94:94:16:16:0.145455:11:5:50:44:11:5:50:44 chr11 56468448 . AA GT 56.2 PASS AF=0.125;AO=12;DP=96;FAO=12;FDP=96;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0159658;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=133.033;QD=2.34154;RBI=0.0234058;REFB=-0.00112162;REVB=-0.017115;RO=82;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579934;STB=0.531749;STBP=0.855;TYPE=mnp;VARB=0.00620212;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:96:96:82:84:12:12:0.125:7:5:38:44:7:5:38:46 chr11 56468452 . A C 56.43 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=-0.0263089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9086;QD=2.37589;RBI=0.0273386;REFB=-0.00639166;REVB=-0.00743247;RO=82;SAF=5;SAR=7;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430259;STB=0.525896;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0528187;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:82:83:12:12:0.126316:7:5:37:45:7:5:37:46 chr11 56468493 . A G 65.05 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00520125;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.669;QD=3.51639;RBI=0.0122818;REFB=-0.00132967;REVB=0.0111261;RO=62;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804698;STB=0.540473;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00266399;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:74:74:62:62:12:12:0.162162:6:6:27:35:6:6:28:34 chr11 56468554 . A C 90.16 PASS AF=0.153846;AO=18;DP=117;FAO=18;FDP=117;FR=.;FRO=99;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=55;FWDB=-0.00896874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1717;QD=3.08225;RBI=0.00928206;REFB=-0.00553187;REVB=-0.00239131;RO=99;SAF=10;SAR=8;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139574;STB=0.593118;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0296075;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:117:117:99:99:18:18:0.153846:8:10:44:55:8:10:44:55 chr11 56468560 . TA CG 66.24 PASS AF=0.125;AO=15;DP=120;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=57;FWDB=0.00426521;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=2;MLLD=162.177;QD=2.20784;RBI=0.0102637;REFB=-0.00507397;REVB=-0.00933552;RO=100;SAF=7;SAR=8;SRF=44;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333636;STB=0.508369;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.0477072;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:120:120:100:105:15:15:0.125:8:7:44:56:8:7:48:57 chr11 56468637 . C T 111.75 PASS AF=0.15493;AO=21;DP=142;FAO=22;FDP=142;FR=.;FRO=120;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.03121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.113;QD=3.14782;RBI=0.0416171;REFB=-0.0234669;REVB=-0.0275303;RO=119;SAF=7;SAR=14;SRF=51;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127015;STB=0.554312;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0887076;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:119:120:21:22:0.15493:14:7:51:68:14:8:51:69 chr11 56468646 . C T 72.05 PASS AF=0.118881;AO=17;DP=142;FAO=17;FDP=143;FR=.;FRO=126;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=-0.0351979;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.867;QD=2.01528;RBI=0.0352033;REFB=-0.000646343;REVB=0.000615569;RO=121;SAF=4;SAR=13;SRF=51;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252644;STB=0.695131;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00396826;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:142:143:121:126:17:17:0.118881:13:4:51:70:13:4:55:71 chr11 56468694 . C T 56.49 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0294214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1317;QD=2.37834;RBI=0.0420452;REFB=-0.00450835;REVB=-0.0300363;RO=83;SAF=2;SAR=10;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292305;STB=0.717075;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0160884;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:12:12:0.126316:10:2:30:53:10:2:30:53 chr11 56468699 . T A 65.52 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=49;FWDB=-0.0601987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.539;QD=2.88005;RBI=0.060199;REFB=0.00124689;REVB=0.000182755;RO=78;SAF=2;SAR=11;SRF=29;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333226;STB=0.739272;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00531405;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:11:2:29:49:11:2:29:49 chr11 56468704 . T C 68.96 PASS AF=0.158537;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=82;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.00828259;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8791;QD=3.3641;RBI=0.00829715;REFB=-0.023042;REVB=0.000491489;RO=68;SAF=2;SAR=11;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364291;STB=0.750146;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0823864;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:81:82:68:69:13:13:0.158537:11:2:27:41:11:2:27:42 chr11 56468720 . T C 58.62 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0681322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.891;QD=3.34976;RBI=0.0681343;REFB=-0.00905127;REVB=-0.000534898;RO=59;SAF=1;SAR=10;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471133;STB=0.838413;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0453948;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:10:1:23:36:10:1:23:36 chr11 56508525 . A G 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0532894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84;QD=17.3987;RBI=0.054255;REFB=-0.0168263;REVB=0.0101906;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181939;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:5:8:8:5:5:8 chr11 56756399 . G T 201.91 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0154523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0449;QD=21.2538;RBI=0.0203129;REFB=-0.0246384;REVB=-0.0131848;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593334;STB=0.533301;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0249032;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:12:6:8:12:12:6 chr11 56756664 . G A,T 489.18 PASS AF=0.911765,0.0882353;AO=31,3;DP=34;FAO=31,3;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334457,-0.0186127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.8927,129.244;QD=57.5511;RBI=0.0390816,0.0186305;REFB=0,0;REVB=0.0202178,0.000814003;RO=0;SAF=12,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.47712e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00270373,0.0465963;OID=.,.;OPOS=56756664,56756664;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:34:34:0:0:31,3:31,3:0.911765,0.0882353:19,0:12,3:0:0:19,0:12,3:0:0 chr11 56956516 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0702;QD=57.3845;RBI=0.0430609;REFB=0;REVB=-0.0187395;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000455086;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr11 57004344 . G T 470.38 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033479;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.135;QD=58.7971;RBI=0.0643474;REFB=0;REVB=0.0549522;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021826;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:17:15:0:0 chr11 57077464 . T C 156.83 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0759457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6209;QD=16.0851;RBI=0.084062;REFB=0.00909401;REVB=-0.0360372;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158032;STB=0.50908;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.017083;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:10:12:9:8:10:12 chr11 57081197 . G C 178.59 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.030094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9714;QD=22.3239;RBI=0.042172;REFB=-0.0251699;REVB=0.0295437;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118923;OID=.;OPOS=57081197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:7:7:9:9:7:7 chr11 57137371 . G A 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00114059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.404;QD=8.22979;RBI=0.0133091;REFB=-0.0127137;REVB=0.0132602;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.023839;OID=.;OPOS=57137371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:10:15:6:4:10:15 chr11 57137424 . C T 104.37 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.108347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7651;QD=10.4372;RBI=0.109019;REFB=-0.0197112;REVB=0.0120934;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433123;STB=0.536909;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0441466;OID=.;OPOS=57137424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:7:6:11:15:7:6:11:16 chr11 57147016 . A G 825.67 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.346;QD=56.9425;RBI=0.0305934;REFB=0;REVB=0.0211184;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205411;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr11 57148175 . A G 1026.77 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458716;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.351;QD=58.6727;RBI=0.0540722;REFB=0;REVB=0.0286286;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897393;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:34:34:0:0:35:35:0:0 chr11 57155001 . G A 2258.1 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443883;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.415;QD=63.6086;RBI=0.0464321;REFB=0;REVB=0.0136243;RO=0;SAF=54;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43341e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88037e-05;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:142:0:0:142:142:1:88:54:0:0:88:54:0:0 chr11 57155288 . T C 2514.82 PASS AF=1;AO=162;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236562;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.669;QD=61.7133;RBI=0.0450905;REFB=0;REVB=0.0383867;RO=0;SAF=76;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.00826e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:162:163:1:86:76:0:0:86:77:0:0 chr11 57157405 . A G 85.76 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0369588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2372;QD=13.722;RBI=0.0396645;REFB=-0.057168;REVB=0.0143986;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355177;STB=0.74022;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0229036;OID=.;OPOS=57157405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:25:11:14:10:10:0.4:2:8:5:6:2:8:6:8 chr11 57313469 . C G 1985.07 PASS AF=0.92638;AO=143;DP=163;FAO=151;FDP=163;FR=.;FRO=12;FSAF=62;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0304767;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.1929;QD=48.7135;RBI=0.071326;REFB=-0.162786;REVB=0.0644869;RO=18;SAF=62;SAR=81;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070188;STB=0.518673;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0269037;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:163:163:18:12:143:151:0.92638:81:62:2:16:89:62:2:10 chr11 57353983 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000836625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.588;QD=51.1831;RBI=0.00254963;REFB=0;REVB=0.00240846;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18368e-05;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr11 57463500 . T C 555.26 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2167;QD=58.4479;RBI=0.0112742;REFB=0;REVB=0.0037013;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165339;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr11 57468129 . T C 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.597;QD=57.8816;RBI=0.107533;REFB=0;REVB=0.00950417;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223306;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr11 57571232 . C T 615.8 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302533;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.24;QD=61.5797;RBI=0.0626957;REFB=0;REVB=-0.0549135;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000742307;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr11 57794197 . C G 642.42 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.828;QD=61.1828;RBI=0.0397122;REFB=0;REVB=0.028129;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495627;OID=.;OPOS=57794197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:27:14:0:0:27:15:0:0 chr11 57798723 . A G 419.6 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.989;QD=55.9471;RBI=0.0567053;REFB=0;REVB=0.0536254;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373947;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:10:20:0:0 chr11 57798942 . A G 625.19 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00873368;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.146;QD=59.5417;RBI=0.0165519;REFB=0.0140601;REVB=-0.0140601;RO=1;SAF=5;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849487;STB=0.545431;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=9.11641e-05;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:36:5:1:0:36:5:1:0 chr11 57948952 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.241;QD=46.848;RBI=0.0506297;REFB=0;REVB=-0.00752032;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427049;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 57958775 . C T 841.35 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297813;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.363;QD=56.0897;RBI=0.0297952;REFB=-0.159201;REVB=-0.000908587;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000914987;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:35:24:0:0:35:24:0:1 chr11 57958972 . C A 312.04 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.076003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0476;QD=49.9262;RBI=0.0771296;REFB=-0.00259667;REVB=-0.0131349;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00184672;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr11 57971195 . G A 562.75 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.206;QD=57.7182;RBI=0.0416461;REFB=-0.0907758;REVB=0.0314325;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00104847;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:21:16:0:1:21:17:0:1 chr11 57971201 . G A 528.53 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00451165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.967;QD=52.8528;RBI=0.00457514;REFB=0.0457286;REVB=0.000759529;RO=2;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.003913;STB=0.515595;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00424076;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:2:3:37:37:0.925:20:17:1:1:20:17:2:1 chr11 57982229 . A G 558.84 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.5;QD=58.8257;RBI=0.0224244;REFB=0;REVB=0.0203331;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354305;OID=.;OPOS=57982229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:20:18:0:0 chr11 57982584 . T C 385.37 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0239499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4606;QD=48.171;RBI=0.0438518;REFB=-0.0714838;REVB=0.0367339;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.502511;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00550405;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:1:3:29:29:0.90625:20:9:1:0:20:9:1:2 chr11 57982620 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.926;QD=55.6561;RBI=0.0243531;REFB=0;REVB=-0.00192015;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130593;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr11 57982726 . G T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.049;QD=37.4845;RBI=0.018327;REFB=0;REVB=0.0157231;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517596;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr11 57982763 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.097;QD=33.4252;RBI=0.108392;REFB=0;REVB=0.0109921;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00458267;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 57982832 . T A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3277;QD=42.1749;RBI=0.0952938;REFB=0;REVB=0.0855641;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239608;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 57982896 . G T 364.65 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180213;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.039;QD=56.0994;RBI=0.0314006;REFB=0;REVB=-0.0257144;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170373;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 57983194 . A G 301.73 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0789293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.871;QD=52.4744;RBI=0.0812193;REFB=0;REVB=0.0191505;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279183;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:10:13:0:0 chr11 57996312 . C G 244.04 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.03359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.58;QD=17.7482;RBI=0.0362005;REFB=-0.00963308;REVB=-0.0134977;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019775;STB=0.508191;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00947884;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:28:26:27:0.490909:15:11:12:15:15:12:12:16 chr11 58034543 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0219304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.919;QD=17.5601;RBI=0.022353;REFB=0.00685344;REVB=0.00432569;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299893;STB=0.670179;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0173196;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:6:15:7:11:6:15 chr11 58034597 . C G 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0155745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.094;QD=17.0333;RBI=0.0205603;REFB=-0.0158593;REVB=-0.0134225;RO=21;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00927431;STB=0.526996;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0126517;OID=.;OPOS=58034597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:13:5:6:15:13:5:7:15 chr11 58034651 . C T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0179956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.9751;QD=10.1414;RBI=0.0214142;REFB=0.0103858;REVB=0.0116072;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250332;STB=0.648423;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00619549;OID=.;OPOS=58034651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:7:18:6:6:7:18 chr11 58123152 . T C 695.37 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0350141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.789;QD=56.7645;RBI=0.0617868;REFB=-0.0686717;REVB=0.050908;RO=3;SAF=21;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625489;STB=0.533319;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00545788;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:3:3:46:46:0.938776:25:21:3:0:25:21:3:0 chr11 58125620 . T C 580.05 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000797747;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.76;QD=61.0574;RBI=0.0614421;REFB=0;REVB=0.0614369;RO=0;SAF=32;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509564;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:37:38:1:5:32:0:0:6:32:0:0 chr11 58126305 . A T 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00575613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.702;QD=37.4175;RBI=0.0207091;REFB=-0.0301005;REVB=-0.0198931;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.590815;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00617461;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:0:4:19:19:0.826087:10:9:0:0:10:9:4:0 chr11 58207204 . A G 852.43 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0372981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.938;QD=53.2771;RBI=0.0393975;REFB=-0.20335;REVB=0.0126891;RO=0;SAF=48;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13514e-08;STB=0.551706;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00204948;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:64:0:3:61:61:0.953125:13:48:0:0:13:48:0:3 chr11 58318619 . C G 714.32 PASS AF=0.947368;AO=51;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00716908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.78;QD=50.1279;RBI=0.00906504;REFB=-0.149903;REVB=-0.00554791;RO=4;SAF=31;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050648;STB=0.514051;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00169813;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:57:57:4:3:51:54:0.947368:20:31:1:3:22:32:1:2 chr11 58478084 . T C 2026.29 PASS AF=0.957447;AO=132;DP=139;FAO=135;FDP=141;FR=.;FRO=6;FSAF=64;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0144891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4341;QD=57.4835;RBI=0.0361741;REFB=-0.0235499;REVB=0.0331456;RO=6;SAF=63;SAR=69;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02572;STB=0.513132;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00457869;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:139:141:6:6:132:135:0.957447:69:63:1:5:71:64:1:5 chr11 58491921 . A T 64.16 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0365342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.931;QD=9.16636;RBI=0.0373827;REFB=-0.0157692;REVB=0.0079192;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486554;STB=0.782082;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0181239;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:28:18:19:8:9:0.321429:3:5:3:15:3:6:4:15 chr11 58602309 . C T 61.76 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0134518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7444;QD=7.71959;RBI=0.0460022;REFB=-0.00751718;REVB=0.0439915;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324104;STB=0.704935;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0223322;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:32:23:23:9:9:0.28125:7:2:11:12:7:2:11:12 chr11 58892558 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00946963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.271;QD=20.4858;RBI=0.0102836;REFB=-0.0200352;REVB=-0.00400992;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126338;STB=0.57133;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0124083;OID=.;OPOS=58892558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:8:6:3:8:8:6:3:8 chr11 58894253 . T C 246.63 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0334289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.723;QD=15.9113;RBI=0.0409624;REFB=-0.0152742;REVB=0.0236732;RO=34;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658498;STB=0.537248;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0331008;OID=.;OPOS=58894253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:19:9:13:21:19:9:13:21 chr11 58894303 . G T 165.31 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0874978;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9343;QD=12.476;RBI=0.0963127;REFB=-0.0179765;REVB=0.0402527;RO=34;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135709;STB=0.564638;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0262935;OID=.;OPOS=58894303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:34:33:20:20:0.377358:15:5:12:22:15:5:11:22 chr11 58894368 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0765796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.012;QD=10.2402;RBI=0.0784396;REFB=-0.0129059;REVB=-0.0169803;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155581;STB=0.509415;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0239346;OID=.;OPOS=58894368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:2:17:9:1:2:17 chr11 58919813 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0127892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.229;QD=11.2569;RBI=0.0513661;REFB=0.00273624;REVB=0.0497484;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359997;STB=0.713795;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000301955;OID=.;OPOS=58919813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:3:9:3:5:3:9 chr11 58978940 . C T 270.67 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0290305;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8092;QD=18.9943;RBI=0.0298058;REFB=-0.0278691;REVB=-0.00675424;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519399;STB=0.528948;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0210067;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:10:18:17:12:10:18 chr11 58982071 . C T 94.46 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0241648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.353;QD=10.7949;RBI=0.0453321;REFB=-0.0223526;REVB=-0.0383544;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211998;STB=0.627234;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0280752;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:4:8:11:12:4:8:11:12 chr11 59058590 . C G 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.301;QD=61.6953;RBI=0.032042;REFB=0;REVB=0.0315536;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13282e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:31:51:0:0:31:51:0:0 chr11 59132798 . G C 637.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9927;QD=60.7453;RBI=0.0582315;REFB=0;REVB=0.0500501;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012857;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr11 59132882 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.874;QD=49.5992;RBI=0.0363317;REFB=0;REVB=0.0347958;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122539;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 59210929 . A AT 41.84 PASS AF=0.375;AO=7;DP=28;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0306418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.4026;QD=6.9734;RBI=0.111948;REFB=-0.0883205;REVB=0.107673;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195617;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=0.156064;OID=.;OPOS=59210930;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:7:28:9:24:15:5:4:7:8:41:20:4:3:8:12 chr11 59211188 . G A 426.66 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4613;QD=56.8885;RBI=0.0177135;REFB=0;REVB=-0.00326641;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190468;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr11 59211265 . T C 175.48 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.976;QD=46.7936;RBI=0.0636977;REFB=0;REVB=0.0127242;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078343;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 59224720 . A G 919.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.991;QD=58.4078;RBI=0.0764732;REFB=0;REVB=9.30743e-06;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264355;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr11 59271637 . T C 238.67 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00574521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.806;QD=14.0396;RBI=0.0196508;REFB=-0.0301931;REVB=-0.0187922;RO=40;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168572;STB=0.596341;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0495999;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:9:19:21:19:9:19:21:19 chr11 59323951 . G A 1386.92 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123763;FXX=0.0217368;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.04;QD=61.641;RBI=0.0188406;REFB=-0.12025;REVB=0.0142055;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119967;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00022452;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:50:39:1:0:50:39:1:0 chr11 59480951 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.313;QD=52.6132;RBI=0.00224554;REFB=0;REVB=1.15983e-05;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00589e-06;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 59611362 . G A 271.2 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000920525;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4954;QD=20.8612;RBI=0.0125856;REFB=-0.0225689;REVB=0.0125519;RO=22;SAF=22;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244717;STB=0.640301;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0219667;OID=.;OPOS=59611362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:22:24:27:28:0.538462:5:22:13:9:6:22:13:11 chr11 59623433 . G A 203.13 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.00492146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.358;QD=17.2873;RBI=0.0110388;REFB=-0.00302348;REVB=0.00988106;RO=25;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123455;STB=0.566607;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0041646;OID=.;OPOS=59623433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:25:26:20:21:0.446809:13:7:6:19:14:7:6:20 chr11 59814173 . G A 618.43 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372546;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7008;QD=61.8431;RBI=0.0336075;REFB=0;REVB=0.0334004;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110581;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr11 59863104 . A G 213.75 PASS AF=0.567568;AO=18;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0117121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9735;QD=23.1085;RBI=0.0308079;REFB=-0.0338057;REVB=0.0284948;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046583;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0107721;OID=.;OPOS=59863104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:16:16:18:21:0.567568:8:10:8:8:11:10:8:8 chr11 59946302 . C T 93.67 PASS AF=0.5;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0236862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.537;QD=20.8164;RBI=0.0366358;REFB=-0.000674224;REVB=-0.0279489;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518377;STB=0.799198;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000909954;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:18:5:6:7:9:0.5:1:6:1:4:1:8:2:4 chr11 59947252 . C T 318.46 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0226574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1032;QD=20.8825;RBI=0.0229789;REFB=-0.0225672;REVB=0.00383058;RO=28;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166653;STB=0.591946;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.016071;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:16:17:20:8:16:17:20:8 chr11 60057525 . T C 159.41 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0317181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6722;QD=17.7125;RBI=0.0317547;REFB=0.00537592;REVB=-0.00152418;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154455;STB=0.588131;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00468602;OID=.;OPOS=60057525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:11:8:10:7:11:8 chr11 60059810 . A G 149.06 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0229578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2634;QD=15.6909;RBI=0.0251938;REFB=0.0357485;REVB=-0.0103763;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128834;STB=0.631969;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0353871;OID=.;OPOS=60059810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:21:21:14:17:0.447368:10:4:4:17:10:7:4:17 chr11 60070176 . A G 125.28 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00555156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.133;QD=11.6539;RBI=0.00565726;REFB=-0.0133469;REVB=0.00108846;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232076;STB=0.635669;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0737487;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:11:16:6:10:11:16 chr11 60073597 . C T 489.26 PASS AF=0.46087;AO=53;DP=115;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0544806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9936;QD=17.0177;RBI=0.0545387;REFB=-0.00458332;REVB=0.00251673;RO=61;SAF=22;SAR=31;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215318;STB=0.515619;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00795451;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:61:62:53:53:0.46087:31:22:24:37:31:22:24:38 chr11 60152563 . T A 770.66 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.724;QD=55.0474;RBI=0.0933088;REFB=-0.0839754;REVB=0.080524;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000693378;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr11 60152584 . G A 955.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9991;QD=58.7756;RBI=0.0438513;REFB=0;REVB=0.00409485;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307097;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:39:25:0:0:39:26:0:0 chr11 60157107 . T G 334.86 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413839;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.81;QD=53.5776;RBI=0.0630959;REFB=0;REVB=0.0476284;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878577;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:12:11:0:0:13:12:0:0 chr11 60157166 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.743;QD=51.1843;RBI=0.0298303;REFB=0;REVB=0.0263347;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144103;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr11 60165352 . ATT A 782.93 PASS AF=1;AO=63;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345941;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.64;QD=48.1802;RBI=0.0351564;REFB=0;REVB=-0.00626248;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.43144e-05;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:67:65:65:0:22:43:0:0:14:0:21:42:0:0 chr11 60172087 . C T 276.52 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951782;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.872;QD=52.6706;RBI=0.0408533;REFB=0;REVB=0.0397292;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174597;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:9:12:0:0 chr11 60173360 . A G 115.3 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.801;QD=41.9265;RBI=0.0338523;REFB=0;REVB=-0.027686;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11243e-05;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:1:9:0:0:1:10:0:0 chr11 60182970 . A T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00704233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.222;QD=9.1;RBI=0.00754342;REFB=0.00128961;REVB=-0.00270349;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864553;STB=0.552731;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00302748;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:12:7:4:5:12:7 chr11 60184191 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0221955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.707;QD=14.6547;RBI=0.0240136;REFB=-0.0354547;REVB=-0.00916588;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0260291;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr11 60184277 . A C 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0232891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.118;QD=13.454;RBI=0.0237748;REFB=-0.0343338;REVB=-0.00478064;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324673;STB=0.51905;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0286523;OID=.;OPOS=60184277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:4:7:10:5:4:7:10:5 chr11 60230531 . C T 296.78 PASS AF=0.54;AO=25;DP=47;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00338043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4697;QD=23.7426;RBI=0.00631732;REFB=-0.0450041;REVB=-0.00533679;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506428;STB=0.518505;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0385475;OID=.;OPOS=60230531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:22:23:25:27:0.54:14:11:11:11:14:13:12:11 chr11 60264947 . C T 673.79 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9168;QD=59.8926;RBI=0.0579585;REFB=0;REVB=0.0418768;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111159;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:45:0:0:42:45:1:21:21:0:0:22:23:0:0 chr11 60265002 . C T 132.78 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00129855;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.652;QD=14.355;RBI=0.0130912;REFB=-0.0039512;REVB=-0.0130266;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.519829;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00497508;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:22:15:15:0.405405:8:7:9:11:8:7:11:11 chr11 60285575 . A G 1078.55 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211973;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.488;QD=59.0984;RBI=0.0362776;REFB=0;REVB=0.0294404;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09531e-05;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:36:35:0:0:37:36:0:0 chr11 60291413 . C T 134.14 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0331843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.853;QD=16.2588;RBI=0.0425764;REFB=-0.0151927;REVB=0.0266749;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963035;STB=0.555481;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0138209;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:9:9:9:6:9:9 chr11 60496978 . G A 377.2 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00944539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.011;QD=33.5285;RBI=0.0105323;REFB=-0.0142315;REVB=-0.00465984;RO=13;SAF=17;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088774;STB=0.537332;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0061912;OID=.;OPOS=60496978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:14:31:31:0.688889:14:17:5:8:14:17:6:8 chr11 60506469 . C T 112.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0299604;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8244;QD=16.059;RBI=0.0332455;REFB=-0.0163665;REVB=-0.0144096;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0237385;OID=.;OPOS=60506469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:7:8:5:8:7:8 chr11 60559805 . A G 524.14 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519802;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.992;QD=59.9018;RBI=0.0638686;REFB=0;REVB=0.0371114;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816428;OID=.;OPOS=60559805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr11 60610039 . G A 133.28 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-8.98094e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=276.395;QD=15.2314;RBI=0.00126525;REFB=-0.011455;REVB=-0.00126206;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=1;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319583;STB=0.685532;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0116925;OID=.;OPOS=60610039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:11:4:1:18:11:4:1:19 chr11 60610065 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.424;QD=60.2307;RBI=0.028974;REFB=0;REVB=0.00102528;RO=0;SAF=6;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84333e-05;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:31:6:0:0:31:6:0:0 chr11 60620585 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.368;QD=51.1843;RBI=0.00610809;REFB=0;REVB=-0.000141583;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7875e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:3:17:0:0:3:17:0:0 chr11 60620590 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4856;QD=54.5147;RBI=0.0378772;REFB=0;REVB=0.00947759;RO=0;SAF=22;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065751;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:3:22:0:0:3:22:0:0 chr11 60635091 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.266;QD=44.6898;RBI=0.0237882;REFB=0;REVB=0.022634;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339961;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr11 60638461 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.905;QD=62.9789;RBI=0.0204676;REFB=0;REVB=0.0128;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06971e-05;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr11 60638470 . A G 689.23 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.058;QD=62.6574;RBI=0.0229612;REFB=0;REVB=0.0228693;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56647e-05;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr11 60689445 . T C 784.37 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.273;QD=56.0261;RBI=0.121348;REFB=0;REVB=-0.00277895;RO=0;SAF=4;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009549;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:51:56:1:47:4:0:0:48:8:0:0 chr11 60695301 . C A 1307.99 PASS AF=0.956522;AO=87;DP=92;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0308077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.987;QD=56.8692;RBI=0.0445373;REFB=-0.0786896;REVB=0.0321629;RO=5;SAF=30;SAR=57;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165692;STB=0.504409;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.000620985;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:92:92:5:4:87:88:0.956522:57:30:1:4:58:30:1:3 chr11 60702918 . G A 76.37 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.06358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.023;QD=25.4563;RBI=0.0639233;REFB=-0.0352799;REVB=0.00661648;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108841;OID=.;OPOS=60702918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:1:2:6:3:1:2 chr11 60703777 . G A 390.82 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.053;QD=53.9063;RBI=0.114403;REFB=0;REVB=0.0285087;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138472;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:29:1:0:27:29:1:12:15:1:0:12:17:0:0 chr11 60705454 . AC CG,GC 768.94 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,43;DP=45;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295826,0.0219256;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=25.4176,59.146;QD=62.7702;RBI=0.0307923,0.0236722;REFB=0,0;REVB=0.00854614,0.00892426;RO=0;SAF=2,22;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.109516,0.00265345;OID=.,.;OPOS=60705454,60705454;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:45:49:0:0:2,43:2,47:0.0408163,0.959184:0,21:2,22:0:0:0,21:2,26:0:0 chr11 60776103 . T C 102.46 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0698917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3966;QD=17.8185;RBI=0.073777;REFB=0.00905858;REVB=0.0236262;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0146924;OID=.;OPOS=60776103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr11 60776209 . C T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00714986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.801;QD=21.7446;RBI=0.0213846;REFB=-0.0546914;REVB=0.0201539;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297228;STB=0.503264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193811;OID=.;OPOS=60776209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:11:4:3:7:11:4:3:8 chr11 60776306 . CG TC,TG 171.65 PASS AF=0.6,0.4;AO=9,6;DP=15;FAO=9,6;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3,2;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100084,0.0466849;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=87.7399,100.825;QD=45.772;RBI=0.106712,0.0467712;REFB=0,0;REVB=-0.0370206,-0.00284126;RO=0;SAF=3,2;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0318799,0.0285379;OID=.,.;OPOS=60776306,60776306;OREF=CG,C;OALT=TC,T;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:15:15:0:0:9,6:9,6:0.6,0.4:6,4:3,2:0:0:6,4:3,2:0:0 chr11 60785352 . A G 589.01 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.187;QD=60.4108;RBI=0.0105389;REFB=0;REVB=-0.00897176;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.32092e-05;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:21:18:0:0 chr11 60785464 . G A 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00744078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.977;QD=21.5096;RBI=0.016969;REFB=-0.00495532;REVB=-0.0152506;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.583245;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00721727;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:4:11:10:8:4:11 chr11 60892606 . A C,G 448.58 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,28;DP=32;FAO=4,28;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211925,0.109317;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=168.519,49.8528;QD=56.0725;RBI=0.0234971,0.120244;REFB=0,0;REVB=-0.0101484,0.0500848;RO=0;SAF=3,16;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0957952,0.0171055;OID=.,.;OPOS=60892606,60892606;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:32:32:0:0:4,28:4,28:0.125,0.875:1,12:3,16:0:0:1,12:3,16:0:0 chr11 60893235 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.167;QD=53.2772;RBI=0.0264353;REFB=0;REVB=0.0110459;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12458e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr11 60899767 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5928;QD=51.9138;RBI=0.0341597;REFB=0;REVB=-0.0302467;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000958638;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr11 61106544 . T C 283.11 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00919885;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.804;QD=14.7071;RBI=0.0110624;REFB=-0.00253878;REVB=-0.0061448;RO=45;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272366;STB=0.515454;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00744122;OID=.;OPOS=61106544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:12:20:27:18:12:20:27:18 chr11 61106892 . G C 520.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2842;QD=59.5016;RBI=0.0723181;REFB=0;REVB=-0.0156416;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102077;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr11 61108974 . G A 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.103137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5535;QD=53.9313;RBI=0.114525;REFB=-0.00227827;REVB=0.0497873;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00334243;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:0:1 chr11 61112802 . C T 761.11 PASS AF=0.965517;AO=51;DP=53;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0704316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8362;QD=52.4906;RBI=0.075918;REFB=0.00571167;REVB=0.0283362;RO=2;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313711;STB=0.515146;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000417513;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:58:2:2:51:56:0.965517:29:22:0:2:32:24:0:2 chr11 61165280 . G A 919.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1606;QD=58.4078;RBI=0.0221574;REFB=0;REVB=-0.0195417;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237555;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr11 61165731 . C CA 145.49 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114082;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=331.541;QD=44.7665;RBI=0.0394912;REFB=0;REVB=0.0378076;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000362251;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:14:13:13:0:6:7:0:0:4:1:6:6:1:0 chr11 61165741 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.194;QD=43.4862;RBI=0.0444534;REFB=0;REVB=0.0219685;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039219;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr11 61166306 . G A 92.7 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111787;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.784;QD=41.2005;RBI=0.0266218;REFB=0;REVB=0.024161;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333257;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr11 61179285 . G A 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00496131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.264;QD=54.8225;RBI=0.0239649;REFB=0.0442703;REVB=0.0234457;RO=1;SAF=32;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014486;STB=0.507689;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=8.80559e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:18:32:1:0:18:32:1:0 chr11 61204361 . A C 786.55 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3383;QD=55.1966;RBI=0.0334189;REFB=-0.054439;REVB=0.00670826;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.510634;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00164383;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:54:56:0.982456:22:32:0:1:23:33:0:1 chr11 61249383 . C A 784.22 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00264935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2094;QD=53.1677;RBI=0.0287661;REFB=-0.14483;REVB=0.0286438;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00742931;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:56:57:0.966102:27:29:0:0:28:29:1:1 chr11 61277031 . C T 102.2 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.478;QD=40.8787;RBI=0.0622646;REFB=0;REVB=-0.00258154;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102418;OID=.;OPOS=61277031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:4:4:0:0:4:6:0:0 chr11 61277698 . A G 730.3 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401794;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.787;QD=55.1168;RBI=0.0432802;REFB=0;REVB=0.0160869;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826639;OID=.;OPOS=61277698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:50:53:1:17:33:0:0:19:34:0:0 chr11 61277775 . A G 919.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.871;QD=58.3533;RBI=0.0150087;REFB=0;REVB=-0.000575894;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46138e-05;OID=.;OPOS=61277775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr11 61277885 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193787;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.797;QD=60.5102;RBI=0.0217913;REFB=0.0736542;REVB=0.00996639;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000151565;OID=.;OPOS=61277885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:1:0:15:30:1:0 chr11 61278246 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.814;QD=58.1416;RBI=0.0366578;REFB=0;REVB=-0.0363236;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246297;OID=.;OPOS=61278246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 61505168 . G A 225.82 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.01433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.442;QD=13.2837;RBI=0.0329167;REFB=-0.0145312;REVB=0.0296338;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136797;STB=0.578255;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.023171;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:22:19:16:11:22:19 chr11 61511133 . G A 403.78 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.022995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.888;QD=22.1251;RBI=0.0426071;REFB=-0.0281512;REVB=0.0358692;RO=33;SAF=26;SAR=14;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429693;STB=0.523652;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.024756;OID=.;OPOS=61511133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:14:26:23:10:14:26:23:10 chr11 61513952 . G A 448.74 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.00869732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.589;QD=15.7452;RBI=0.0179586;REFB=-0.0148301;REVB=-0.0157121;RO=62;SAF=19;SAR=31;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898316;STB=0.542652;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0186536;OID=.;OPOS=61513952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:64:50:50:0.438596:31:19:29:33:31:19:29:35 chr11 61524974 . G A 217.81 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00208238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.31;QD=16.755;RBI=0.0106878;REFB=-0.00245694;REVB=0.010483;RO=28;SAF=8;SAR=16;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324886;STB=0.683393;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00445775;OID=.;OPOS=61524974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:16:8:19:9:16:8:19:9 chr11 61534872 . A C 422.01 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7699;QD=56.2682;RBI=0.0572101;REFB=0;REVB=0.0225311;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777262;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:10:20:0:0 chr11 61551356 . T C 115.18 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0270534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.258;QD=10.7141;RBI=0.0329326;REFB=-0.0114205;REVB=-0.0187795;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269295;STB=0.516106;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0214454;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:9:5:11:18:9:5:11:18 chr11 61578346 . GGCC GC,GGC,GGCT 311.32 PASS AF=0.294118,0.323529,0.132353;AO=14,14,6;DP=66;FAO=20,22,9;FDP=68;FR=.;FRO=17;FSAF=14,17,0;FSAR=6,5,9;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.075131,-0.0381729,-0.0196868;FXX=0.0285673;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=13.5986,10.1146,163.525;QD=18.3127;RBI=0.1234,0.038304,0.0471394;REFB=-0.0283624,-0.0808544,0.00505341;REVB=-0.0978925,0.00316589,-0.0428317;RO=16;SAF=11,12,0;SAR=3,2,6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0,0.366667,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0378376,0.0782118,-0.806147;STB=0.608296,0.573416,0.999059;STBP=0.234,0.433,0;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0120333,0.0903258,0.154784;OID=.,.,.;OPOS=61578347,61578348,61578349;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=GC,GGC,GGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.294118,0.323529,0.132353:14,14,6:66:20,22,9:68:17:14,17,0:6,5,9:15:2:65:16:11,12,0:3,2,6:13:3 chr11 61582708 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.041828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2544;QD=12.0507;RBI=0.0506253;REFB=-0.0416009;REVB=0.0285192;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16722;STB=0.624716;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0443764;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:3:6:6:6:3:6:6:7 chr11 61593816 . C T 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0481434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.854;QD=14.696;RBI=0.0521302;REFB=-0.00252637;REVB=0.0199945;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113489;STB=0.564911;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00675673;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:11:19:11:10:11:19 chr11 61669946 . G A 187.32 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00107547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.132;QD=14.6921;RBI=0.00117373;REFB=-0.00135384;REVB=0.000470127;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243302;STB=0.639864;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00194782;OID=.;OPOS=61669946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:17:13:14:7:17:13 chr11 61672235 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0292721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1441;QD=17.4017;RBI=0.0676582;REFB=0.0236826;REVB=-0.0609981;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.578191;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.029521;OID=.;OPOS=61672235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:7:6:8:5:7:6 chr11 61672265 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0357234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.613;QD=15.5715;RBI=0.0369262;REFB=-0.0191324;REVB=0.00934811;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408741;STB=0.523766;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0240621;OID=.;OPOS=61672265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:6:6:6:5:6:6 chr11 61719387 . T C 365.08 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0406994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4408;QD=52.1538;RBI=0.0409784;REFB=-0.124544;REVB=-0.00477355;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00770157;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr11 61722645 . C A 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00027493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.138;QD=21.7449;RBI=0.0258545;REFB=-0.0264582;REVB=0.0258531;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214124;STB=0.620054;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0234007;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:5:11:8:11:5:11 chr11 61730234 . T C 112.13 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.126;QD=40.7741;RBI=0.0114099;REFB=0;REVB=0.00919577;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161081;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:4:6:0:0:5:6:0:0 chr11 61735059 . A C 60.28 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0164576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.319;QD=6.02759;RBI=0.0319822;REFB=-0.0214675;REVB=-0.0274227;RO=30;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501814;STB=0.841242;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0474219;OID=.;OPOS=61735059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:1:8:16:14:1:8:16:15 chr11 61735080 . G T 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0028161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3565;QD=6.39514;RBI=0.0051381;REFB=-0.0101721;REVB=-0.00429764;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47156;STB=0.822689;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0283904;OID=.;OPOS=61735080;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:1:8:16:12:1:8:16:13 chr11 61906374 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0669741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1846;QD=18.4432;RBI=0.0672612;REFB=0.0238148;REVB=0.0062083;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15431;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0280116;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:4:5:8:3:4:5 chr11 61914260 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0344945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3716;QD=14.6516;RBI=0.0350805;REFB=-0.0310065;REVB=-0.00638503;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.624573;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0504373;OID=.;OPOS=61914260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:2:3:2:4:2:3 chr11 62010863 . C T 1594.47 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.666;QD=58.5126;RBI=0.0152725;REFB=0;REVB=0.00922236;RO=2;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88109e-05;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:109:2:0:107:109:1:56:51:0:2:58:51:0:0 chr11 62236219 . T C 60.21 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00549655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.521;QD=17.2034;RBI=0.0339723;REFB=-0.0399943;REVB=0.0335247;RO=5;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47997;STB=0.749374;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0536589;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:2:6:0:5:2:6:1:5 chr11 62292882 . G T 866.4 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320758;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8911;QD=56.813;RBI=0.05513;REFB=0;REVB=-0.0448381;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292337;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:32:28:1:0:32:29:0:0 chr11 62293822 . C T 752.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.847;QD=56.775;RBI=0.0335564;REFB=0;REVB=0.0300198;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.06263e-05;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:16:36:0:0:16:37:0:0 chr11 62381106 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2142;QD=33.4237;RBI=0.12868;REFB=0;REVB=0.128443;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0120553;OID=.;OPOS=62381106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 62383715 . G C 230.4 PASS AF=1;AO=7;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5163;QD=48.5059;RBI=0.036518;REFB=0;REVB=-0.035345;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11582e-05;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:7:19:1:2:5:0:0:9:10:0:0 chr11 62430659 . T A,C 447.55 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=29,3;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637913,0.00264492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.278,173.283;QD=55.9433;RBI=0.00924309,0.0113849;REFB=0,0;REVB=-0.0066889,-0.0110734;RO=0;SAF=20,1;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000335734,0.188508;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:29,3:30,2:0.9375,0.0625:9,2:20,1:0:0:9,2:21,0:0:0 chr11 62437335 . A G 161.94 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0254475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9794;QD=11.9956;RBI=0.0595415;REFB=-0.0111063;REVB=0.0538295;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131882;STB=0.560722;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.01659;OID=.;OPOS=62437335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:34:20:20:0.37037:13:7:15:17:13:7:15:19 chr11 62439569 . G A 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.963;QD=59.6722;RBI=0.0508662;REFB=0;REVB=0.0468537;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168586;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr11 62473014 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0664795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5384;QD=12.0516;RBI=0.074568;REFB=0.045149;REVB=-0.0337766;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929071;STB=0.555432;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.0310972;OID=.;OPOS=62473014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:6:7:4:5:6:7 chr11 62495890 . A T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0219762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.662;QD=16.8984;RBI=0.0440576;REFB=-0.0146274;REVB=-0.0381853;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130908;STB=0.576311;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0117301;OID=.;OPOS=62495890;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:5:4:3:7:5:4 chr11 62549773 . TGG T,TG 33.9 PASS AF=0.0888889,0.177778;AO=5,9;DP=46;FAO=4,8;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=0,1;FSAR=4,7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00174998,0.00440909;FXX=0.0217344;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.6835,13.5089;QD=3.01346;RBI=0.0540111,0.104196;REFB=-0.0323438,-0.0608295;REVB=-0.0539828,-0.104102;RO=29;SAF=0,0;SAR=5,9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.682128,-0.76395;STB=0.997441,0.857123;STBP=0.026,0.042;TYPE=del,del;VARB=-0.0297041,0.0609736;OID=.,.;OPOS=62549774,62549774;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0888889,0.177778:5,9:46:4,8:45:33:0,1:4,7:18:15:16:29:0,0:5,9:17:12 chr11 62563353 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.824;QD=47.8209;RBI=0.0463638;REFB=0;REVB=0.0311372;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263394;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 62564009 . T C 162.29 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0934526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4603;QD=19.6711;RBI=0.0965133;REFB=0.03519;REVB=0.0241129;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106731;STB=0.518497;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0210255;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:16:17:17:0.515152:10:7:4:10:10:7:6:10 chr11 62609112 . A G 396.75 PASS AF=0.385246;AO=47;DP=122;FAO=47;FDP=122;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=-0.0107962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7923;QD=13.0081;RBI=0.0368415;REFB=0.00162553;REVB=-0.0352242;RO=74;SAF=14;SAR=33;SRF=47;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362598;STB=0.708851;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0032464;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:74:75:47:47:0.385246:33:14:47:27:33:14:48:27 chr11 62609171 . TATT CTGC,TGCT 1779.22 PASS AF=0.701493,0.0447761;AO=131,9;DP=202;FAO=141,9;FDP=201;FR=.;FRO=51;FSAF=40,4;FSAR=101,5;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00110879,0.00426197;FXX=0.00495025;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=197.259,166.387;QD=35.4073;RBI=0.0325301,0.0443811;REFB=-0.0328097,-0.0577065;REVB=0.0325112,0.044176;RO=48;SAF=39,4;SAR=92,5;SRF=27;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148327,-0.143693;STB=0.586159,0.604169;STBP=0.001,0.553;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00964976,-0.00293885;OID=.,.;OPOS=62609171,62609172;OREF=TATT,AT;OALT=CTGC,GC;OMAPALT=CTGC,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:201:48:51:131,9:141,9:0.701493,0.0447761:92,5:39,4:27:21:101,5:40,4:29:22 chr11 62766431 . A T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0113899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.547;QD=9.53624;RBI=0.0261363;REFB=-0.012208;REVB=-0.023524;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116593;STB=0.571303;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0238005;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:3:9:18:9:3:9:18:9 chr11 62847453 . T C 575.4 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00280104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6414;QD=54.7998;RBI=0.0289598;REFB=-0.14051;REVB=0.028824;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.523798;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00433795;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:1:2:38:40:0.952381:19:19:1:0:20:20:2:0 chr11 62848487 . A C 708.69 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.446;QD=62.9942;RBI=0.0320258;REFB=0;REVB=0.0100923;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105256;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:28:16:0:0:29:16:0:0 chr11 62886319 . G C 206.43 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0537819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2612;QD=48.5723;RBI=0.076262;REFB=0;REVB=-0.0540685;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00358978;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr11 62902172 . A C 375.39 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00300631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.362;QD=50.0513;RBI=0.0414687;REFB=-0.189031;REVB=0.0413596;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.529391;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00206698;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:1:2:28:28:0.933333:16:12:0:1:16:12:0:2 chr11 62910849 . T C 863.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.839;QD=57.5921;RBI=0.0233364;REFB=0;REVB=0.0232538;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31123e-05;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:23:36:0:0:23:37:0:0 chr11 62911079 . G C 714.49 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0561344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.383;QD=60.808;RBI=0.0567108;REFB=-0.128116;REVB=0.00806514;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00136922;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr11 63057925 . G A 445.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.962;QD=57.5352;RBI=0.0309267;REFB=0;REVB=0.00670585;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227731;OID=.;OPOS=63057925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr11 63064823 . T C 895.03 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0415984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9656;QD=55.0789;RBI=0.0492802;REFB=-0.178104;REVB=0.0264217;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160049;STB=0.516661;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00352678;OID=.;OPOS=63064823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:65:1:2:63:63:0.969231:34:29:1:0:34:29:2:0 chr11 63072310 . C T 715.07 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.011;QD=60.8573;RBI=0.058084;REFB=-0.0334062;REVB=-0.0565116;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-1.03187e-05;OID=.;OPOS=63072310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr11 63129876 . T G 594.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.38;QD=60.9999;RBI=0.00362673;REFB=0;REVB=-0.00122987;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03517e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr11 63258416 . T C,G 805.76 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0022782,-0.00306579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.734,158.227;QD=56.5444;RBI=0.0207738,0.0940531;REFB=0,0;REVB=0.0206485,-0.0940032;RO=0;SAF=42,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.70796e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00147089,0.0321963;OID=.,.;OPOS=63258416,63258416;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:13,0:42,2:0:0:13,0:42,2:0:0 chr11 63313644 . T C 976.36 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7661;QD=57.4331;RBI=0.0417778;REFB=0.0266912;REVB=0.0392719;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000145749;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:31:36:1:0:31:36:1:0 chr11 63413962 . AAAAT A 596.91 PASS AF=0.980769;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0489816;FXX=0.0370302;HRUN=4;LEN=4;MLLD=254.294;QD=45.9164;RBI=0.0495766;REFB=-0.0170587;REVB=0.00765787;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.287;TYPE=del;VARB=0.000335836;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.980769:43:51:51:52:1:18:33:1:0:6:0:16:27:0:0 chr11 63487386 . T C 693.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514743;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.123;QD=63.0101;RBI=0.0185046;REFB=0;REVB=0.0177743;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87823e-05;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr11 63585804 . C A 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110609;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.74;QD=44.8767;RBI=0.110609;REFB=0;REVB=3.13287e-05;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600322;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr11 63661820 . C T 557.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.101;QD=60.2213;RBI=0.038005;REFB=0;REVB=-0.00325538;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45871e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:17:20:0:0 chr11 63681513 . T C 696.16 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.013;QD=54.6006;RBI=0.032368;REFB=-0.0636157;REVB=0.00579847;RO=1;SAF=41;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113399;STB=0.505745;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00493292;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:48:50:0.980392:7:41:1:0:7:43:1:0 chr11 63884453 . C T 1362.42 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342726;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0475;QD=62.6398;RBI=0.0488915;REFB=0;REVB=0.0348678;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664422;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr11 63884474 . C T 1276.8 PASS AF=0.976744;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0545754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9646;QD=59.3861;RBI=0.0590143;REFB=-0.114021;REVB=0.0224547;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.512192;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00294673;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:86:0:2:82:84:0.976744:43:39:0:0:44:40:2:0 chr11 63885632 . A G 340.47 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0501552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1128;QD=48.6391;RBI=0.0507396;REFB=-0.0156534;REVB=-0.00767897;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.57137;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00404591;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:26:26:0.928571:6:20:0:0:6:20:0:2 chr11 63988045 . G A 629.28 PASS AF=0.941176;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0165786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.338;QD=49.355;RBI=0.0198551;REFB=-0.0804732;REVB=0.0109258;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375874;STB=0.5294;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00145243;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:50:51:2:3:47:48:0.941176:24:23:0:2:24:24:0:3 chr11 63994692 . T C 920.6 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.164;QD=58.4505;RBI=0.0595822;REFB=0;REVB=0.0201076;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47718e-05;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:61:63:1:37:24:0:0:39:24:0:0 chr11 63994696 . T C 703.44 PASS AF=0.901639;AO=52;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00462757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3139;QD=46.1272;RBI=0.0146794;REFB=-0.0205353;REVB=0.013931;RO=9;SAF=13;SAR=39;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239496;STB=0.578917;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0517578;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:61:61:9:6:52:55:0.901639:39:13:9:0:39:16:6:0 chr11 63997329 . A G 1058.76 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00532042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.003;QD=59.6484;RBI=0.0303698;REFB=0;REVB=-0.0299001;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011833;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:37:32:0:0:39:32:0:0 chr11 63997338 . T C 1136.43 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.551;QD=60.6096;RBI=0.0727452;REFB=0;REVB=0.0720899;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127925;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:44:29:0:0:44:31:0:0 chr11 64004643 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.036;QD=47.8215;RBI=0.0375948;REFB=0;REVB=0.0208379;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772202;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 64011441 . T C 634.87 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0933377;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.102;QD=61.9382;RBI=0.0953708;REFB=0;REVB=0.0195872;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187969;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr11 64011556 . A G 34.84 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017913;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=240.985;QD=23.2246;RBI=0.0196656;REFB=-0.0675947;REVB=0.00811533;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000880331;OID=.;OPOS=64011556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr11 64012225 . G C 92.68 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0289969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.33;QD=30.8917;RBI=0.0841457;REFB=-0.119207;REVB=0.0789916;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111763;STB=0.562382;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0117978;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:12:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:0:2:7:3:0:2 chr11 64022459 . A G 1171.72 PASS AF=1;AO=62;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.999;QD=60.8688;RBI=0.0366615;REFB=0;REVB=0.0343835;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91492e-05;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:62:77:1:28:34:0:0:34:43:0:0 chr11 64034911 . G A 182.91 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.115;QD=43.0373;RBI=0.0509259;REFB=-0.126135;REVB=0.0497027;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00179027;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr11 64083221 . G C 71.56 PASS AF=0.2;AO=10;DP=53;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0377948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3498;QD=5.20423;RBI=0.107708;REFB=0.0023935;REVB=0.100859;RO=42;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473314;STB=0.828758;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00700242;OID=.;OPOS=64083221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:53:55:42:44:10:11:0.2:9:1:17:25:10:1:17:27 chr11 64083252 . T C 164.05 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=-0.0399107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.24;QD=13.6711;RBI=0.0399431;REFB=-0.0114367;REVB=0.0016066;RO=30;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173955;STB=0.588149;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.025977;OID=.;OPOS=64083252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:30:17:18:0.375:13:4:4:26:14:4:4:26 chr11 64083269 . G A 127.67 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0111482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3212;QD=11.876;RBI=0.0138678;REFB=-0.0231039;REVB=0.00824817;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16039;STB=0.613905;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0422872;OID=.;OPOS=64083269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:28:15:15:0.348837:11:4:4:21:11:4:4:24 chr11 64083276 . A T 185.2 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0134745;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5477;QD=16.4624;RBI=0.0365358;REFB=-0.0176348;REVB=-0.0339603;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115324;STB=0.587812;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0431119;OID=.;OPOS=64083276;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:26:19:19:0.422222:13:6:5:18:13:6:5:21 chr11 64083290 . G A 150.14 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=27;FWDB=0.0191798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5246;QD=12.2559;RBI=0.0375933;REFB=-0.00534686;REVB=0.0323325;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32042;STB=0.683202;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0154575;OID=.;OPOS=64083290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:5:27:10:7:5:27 chr11 64083293 . G T 141.81 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.00390616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.887;QD=11.1225;RBI=0.00721529;REFB=-0.00675459;REVB=0.00606649;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339855;STB=0.694475;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0280137;OID=.;OPOS=64083293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:10:7:5:29:10:7:5:29 chr11 64083300 . G A 124.82 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=29;FWDB=0.0101211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.975;QD=10.1895;RBI=0.0229144;REFB=-0.00999702;REVB=-0.020558;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442146;STB=0.759632;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0361842;OID=.;OPOS=64083300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:33:34:15:15:0.306122:7:8:5:28:7:8:5:29 chr11 64083318 . G A 149.21 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00995996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.876;QD=11.9369;RBI=0.017;REFB=-0.015162;REVB=-0.0137767;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252317;STB=0.647171;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0223373;OID=.;OPOS=64083318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:8:9:10:23:8:9:10:23 chr11 64083320 . T C 146.08 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.022117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.383;QD=11.9246;RBI=0.0500441;REFB=-0.0129122;REVB=-0.0448915;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239663;STB=0.639656;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0336541;OID=.;OPOS=64083320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:10:22:8:9:10:22 chr11 64083328 . C T 135.34 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.066761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.907;QD=11.0483;RBI=0.0676213;REFB=-0.0109876;REVB=0.0107519;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228698;STB=0.631421;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0365802;OID=.;OPOS=64083328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:33:16:16:0.326531:7:9:11:20:7:9:12:21 chr11 64083331 . C T 138.0 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0233277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.073;QD=11.4998;RBI=0.0273316;REFB=-0.00414635;REVB=-0.0142419;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208533;STB=0.622928;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00463342;OID=.;OPOS=64083331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:12:20:7:9:12:20 chr11 64084113 . A G 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.141;QD=56.9266;RBI=0.0282566;REFB=0;REVB=-0.00942794;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102331;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr11 64085785 . A G 805.13 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.511;QD=64.41;RBI=0.0314544;REFB=0;REVB=0.011937;RO=0;SAF=13;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208436;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:36:13:0:0:37:13:0:0 chr11 64116843 . A C 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.857;QD=51.9083;RBI=0.0614351;REFB=0;REVB=0.0515251;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249392;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr11 64359274 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00618347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.166;QD=12.8687;RBI=0.00922528;REFB=0.000492423;REVB=0.0068462;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00078521;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:6:10:7:4:6:10 chr11 64359286 . C T 190.18 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0366698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.471;QD=25.3573;RBI=0.0378458;REFB=-0.0213432;REVB=0.00936124;RO=10;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641625;STB=0.54995;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0124384;OID=.;OPOS=64359286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:30:30:10:10:18:20:0.666667:9:9:4:6:9:11:4:6 chr11 64360274 . T C 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.000101874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.207;QD=17.9516;RBI=0.00480571;REFB=-0.041261;REVB=-0.00480463;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240616;STB=0.513503;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0370501;OID=.;OPOS=64360274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:9:18:18:10:9:18:18:10 chr11 64367325 . A G 1127.91 PASS AF=1;AO=64;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.861;QD=59.3635;RBI=0.0362344;REFB=0;REVB=0.0182696;RO=0;SAF=22;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00634268;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:64:76:1:42:22:0:0:44:32:0:0 chr11 64367862 . T C 132.82 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0180934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0271;QD=14.7579;RBI=0.0193642;REFB=-0.0296948;REVB=-0.00689936;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306025;STB=0.666481;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0792261;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:12:16:0.444444:6:6:15:4:8:8:16:4 chr11 64418900 . G A 289.21 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00837659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9546;QD=18.9648;RBI=0.0300617;REFB=-0.0671044;REVB=-0.0288711;RO=30;SAF=8;SAR=23;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824761;STB=0.546143;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0550207;OID=.;OPOS=64418900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:23:8:10:20:23:8:10:20 chr11 64497599 . GCCCCCCC GCCCCCC,GCCCCCCA 120.6 PASS AF=0.396396,0.036036;AO=40,5;DP=112;FAO=44,4;FDP=111;FR=.;FRO=63;FSAF=20,0;FSAR=24,4;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0619488,0.0264254;FXX=0.00892777;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.18425,22.0588;QD=4.34604;RBI=0.100363,0.139555;REFB=-0.146607,-0.0834568;REVB=0.0789628,0.13703;RO=50;SAF=21,0;SAR=19,5;SRF=17;SRR=33;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.182337,-0.52301;STB=0.544022,0.996808;STBP=0.447,0.07;TYPE=del,snp;VARB=0.13319,0.130091;OID=.,.;OPOS=64497600,64497606;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCCCC,GCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396396,0.036036:40,5:112:44,4:111:63:20,0:24,4:24:39:99:50:21,0:19,5:17:33 chr11 64507680 . A C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8781;QD=48.7341;RBI=0.0699844;REFB=0;REVB=0.069905;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238258;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:1:16:0:0:1:16:0:0 chr11 64511050 . G C 1065.95 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00739921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.752;QD=58.4084;RBI=0.0571084;REFB=-0.049566;REVB=0.056627;RO=1;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129547;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000313855;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:36:35:0:1:37:35:0:1 chr11 64572018 . T C 66.45 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0606801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6086;QD=8.57462;RBI=0.0618944;REFB=-0.0391197;REVB=0.0122;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958897;STB=0.511605;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.062999;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:30:31:21:21:9:10:0.322581:7:2:6:15:7:3:6:15 chr11 64572557 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.577;QD=55.0971;RBI=0.0432611;REFB=0;REVB=0.0425658;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675931;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr11 64572602 . G A 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0503253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5675;QD=21.2661;RBI=0.0548476;REFB=-0.0310847;REVB=-0.0218089;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338267;STB=0.519062;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0210054;OID=.;OPOS=64572602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:8:6:8:9:8:6 chr11 64591679 . G A 185.46 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.641;QD=46.3659;RBI=0.0679156;REFB=0;REVB=0.00732003;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316937;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr11 64606176 . GC GT,TC 1083.31 PASS AF=0.960526,0.0394737;AO=47,3;DP=77;FAO=73,3;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44,2;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103353,0.0663031;FXX=0.0256377;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=52.0226,22.7657;QD=57.0166;RBI=0.107552,0.0671367;REFB=0,0;REVB=0.0297591,-0.0105464;RO=0;SAF=33,2;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000987138,0.109503;OID=.,.;OPOS=64606177,64606176;OREF=C,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:77:76:0:0:47,3:73,3:0.960526,0.0394737:14,1:33,2:0:0:29,1:44,2:0:0 chr11 64621856 . A G 222.95 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.443;QD=49.5442;RBI=0.0739062;REFB=0;REVB=0.0662415;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000588259;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr11 64622869 . G C 197.24 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0415803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7444;QD=19.2428;RBI=0.0573827;REFB=-0.0268596;REVB=-0.0395456;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.564291;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0283972;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:11:10:12:8:11:10 chr11 64645871 . A G 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00441857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.166;QD=12.3289;RBI=0.0178962;REFB=-0.0206613;REVB=-0.0173421;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452116;STB=0.770897;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0291981;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:7:10:2:9:7:10 chr11 64656757 . G A 172.05 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0188489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0897;QD=26.4687;RBI=0.0502558;REFB=-0.0566454;REVB=0.0465871;RO=9;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028895;STB=0.51611;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0328596;OID=.;OPOS=64656757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:5:12:6:3:5:12:6:3 chr11 64669589 . C G 236.67 PASS AF=0.5;AO=8;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0480603;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4847;QD=18.2051;RBI=0.100787;REFB=-0.1033;REVB=0.0885899;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57291;STB=0.873716;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0985978;OID=.;OPOS=64669589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:14:20:8:26:0.5:1:7:5:9:1:25:11:9 chr11 64673862 . G A 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0205042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.279;QD=13.7531;RBI=0.0250156;REFB=0.0115718;REVB=0.0143302;RO=22;SAF=4;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259214;STB=0.666433;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00989455;OID=.;OPOS=64673862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:11:4:11:11:11:4:12:11 chr11 64677293 . G C 164.4 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124138;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2643;QD=46.9725;RBI=0.124617;REFB=0;REVB=-0.0109092;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498885;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:1:0:14:14:1:7:7:1:0:7:7:0:0 chr11 64680819 . G A 210.67 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00736184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.479;QD=19.1516;RBI=0.0492449;REFB=-0.0288608;REVB=0.0486915;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820088;STB=0.546392;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0353825;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:10:13:10:11:10:13 chr11 64695360 . G A 133.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00377915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.996;QD=15.6938;RBI=0.0503869;REFB=-0.0189364;REVB=-0.050245;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117088;STB=0.56798;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0236013;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:7:12:11:4:7:12 chr11 64789194 . T C 262.68 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0293063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.544;QD=15.0102;RBI=0.0313656;REFB=-0.00961909;REVB=0.0111779;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843808;STB=0.504777;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00731226;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:19:21:16:14:19:21 chr11 64799729 . G A 65.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0550725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.317;QD=10.887;RBI=0.0582366;REFB=-0.00462312;REVB=-0.0189347;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435168;STB=0.77716;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.002923;OID=.;OPOS=64799729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:7:2:9:5:7:2:10:5 chr11 64799998 . T C 148.43 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.000548638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.048;QD=7.81195;RBI=0.0169465;REFB=-0.0103372;REVB=-0.0169376;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963917;STB=0.58419;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0210331;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:55:21:21:0.276316:9:12:24:25:9:12:25:30 chr11 64807294 . G A 419.88 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.000215882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1884;QD=20.4822;RBI=0.00942702;REFB=-0.0580663;REVB=-0.00942455;RO=39;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182639;STB=0.502411;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0549597;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:25:17:15:24:25:17:16:24 chr11 64833935 . G A 653.23 PASS AF=0.449664;AO=67;DP=149;FAO=67;FDP=149;FR=.;FRO=82;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=0.0129442;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.1;QD=17.5364;RBI=0.0130888;REFB=-0.00851538;REVB=0.00194003;RO=77;SAF=36;SAR=31;SRF=20;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2648;STB=0.645604;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00966023;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:77:82:67:67:0.449664:31:36:20:57:31:36:22:60 chr11 64846718 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0174278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.196;QD=22.581;RBI=0.0288933;REFB=-0.0135715;REVB=-0.0230455;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00767408;OID=.;OPOS=64846718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:3:4:6:6:3:4 chr11 64846763 . A AC,ACG 30.66 PASS AF=0.380952,0;AO=5,3;DP=22;FAO=8,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0186776,-0.0396294;FXX=0.0454339;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=18.1714,30.2534;QD=5.83972;RBI=0.0572295,0.0412307;REFB=-0.0630169,-0.0382527;REVB=-0.0540959,0.0113791;RO=13;SAF=5,0;SAR=0,3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705031,-0.64472;STB=0.555414,0.5;STBP=0.77,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0960907,0;OID=.,.;OPOS=64846764,64846764;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0:5,3:22:8,0:21:13:5,0:3,0:7:6:31:13:5,0:0,3:7:6 chr11 64851453 . CT C 234.17 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0948;QD=40.7243;RBI=0.0222504;REFB=0;REVB=-0.0176264;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0011656;OID=.;OPOS=64851454;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:23:23:0:12:11:0:0:5:0:9:11:0:0 chr11 64852421 . T C 541.26 PASS AF=0.95;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0211101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9397;QD=54.1256;RBI=0.0348999;REFB=-0.203347;REVB=0.0277914;RO=2;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223173;STB=0.510568;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.015793;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:39:40:2:2:36:38:0.95:25:11:1:1:26:12:1:1 chr11 64855464 . T G 58.04 PASS AF=0.102041;AO=21;DP=195;FAO=20;FDP=196;FR=.;FRO=176;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=105;FSRR=71;FWDB=-0.119996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1321;QD=1.18457;RBI=0.12334;REFB=-0.00785916;REVB=-0.0285262;RO=172;SAF=3;SAR=18;SRF=103;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533768;STB=0.87394;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.117365;OID=.;OPOS=64855464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:195:196:172:176:21:20:0.102041:18:3:103:69:17:3:105:71 chr11 64855986 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0266916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.337;QD=15.9168;RBI=0.0268661;REFB=-0.0104037;REVB=0.00305698;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045606;STB=0.526276;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0112783;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:4:11:9:4:4:11 chr11 64877197 . C T 200.6 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00648851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4859;QD=20.5741;RBI=0.0396302;REFB=-0.00202962;REVB=-0.0390954;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718662;STB=0.54043;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0012125;OID=.;OPOS=64877197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:11:9:7:12:11:9:7:12 chr11 64878661 . T C 617.77 PASS AF=0.934783;AO=39;DP=44;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0574867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4354;QD=53.7188;RBI=0.0689019;REFB=-0.156901;REVB=0.0379837;RO=3;SAF=13;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096593;STB=0.540522;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0430582;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:46:3:3:39:43:0.934783:26:13:3:0:26:17:3:0 chr11 64882789 . C T 693.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498218;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1993;QD=63.0313;RBI=0.0516619;REFB=0;REVB=0.0136651;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001533;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr11 64884052 . G A 629.23 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0338025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.017;QD=57.2024;RBI=0.0484808;REFB=-0.0165159;REVB=0.0347531;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.510045;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000191492;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:0:2:42:42:0.954545:13:29:0:0:13:29:1:1 chr11 64895202 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.236;QD=59.0187;RBI=0.0321496;REFB=0;REVB=0.0169618;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58346e-05;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr11 64900270 . G T 202.59 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0403181;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8947;QD=12.0952;RBI=0.0572455;REFB=-0.00196926;REVB=0.0406385;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109882;STB=0.568912;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0055752;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:42:25:25:0.373134:14:11:14:27:14:11:14:28 chr11 64972286 . G C 384.12 PASS AF=0.5;AO=28;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0276017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.243;QD=19.6987;RBI=0.0295938;REFB=-0.0429595;REVB=0.0106743;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116334;STB=0.520151;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0461439;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:38:28:39:0.5:19:9:17:23:21:18:16:22 chr11 64981472 . G C 181.75 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0719688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1227;QD=16.9072;RBI=0.07378;REFB=0.00822548;REVB=0.0162475;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108183;STB=0.562095;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0253782;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:13:6:10:14:13:6:10:14 chr11 64981853 . G T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0284694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8117;QD=17.8274;RBI=0.0377556;REFB=-0.00393549;REVB=0.0247987;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10822;STB=0.562393;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00684344;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:5:6:8:4:5:6 chr11 64990041 . G C 93.33 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0307178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.834;QD=19.6476;RBI=0.0323219;REFB=-0.0413994;REVB=0.0100558;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.559889;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0298676;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:7:8:11:11:0.578947:7:4:3:4:7:4:4:4 chr11 65000719 . C T 774.17 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.091;QD=61.9335;RBI=0.0253449;REFB=0;REVB=0.0224961;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234393;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:48:50:1:37:11:0:0:37:13:0:0 chr11 65004301 . G T 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.991;QD=64.1404;RBI=0.0701352;REFB=0;REVB=0.042724;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497901;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr11 65004309 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0252203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.77;QD=18.4896;RBI=0.030113;REFB=-0.00655815;REVB=-0.016454;RO=26;SAF=19;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477778;STB=0.77615;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0209607;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:3:19:12:14:3:19:12:14 chr11 65089792 . G C 182.99 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.10437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1295;QD=25.2397;RBI=0.105911;REFB=-0.0113752;REVB=-0.0180012;RO=11;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00694283;STB=0.503872;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00946545;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:8:10:6:5:8:10:6:5 chr11 65144075 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.984;QD=59.4356;RBI=0.0125716;REFB=0;REVB=-0.00480987;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93738e-05;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:29:6:0:0:29:6:0:0 chr11 65168281 . C T 507.61 PASS AF=0.504762;AO=50;DP=103;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00306255;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.259;QD=19.3377;RBI=0.00340815;REFB=-0.0175217;REVB=-0.00149543;RO=51;SAF=28;SAR=22;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629764;STB=0.52556;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0184779;OID=.;OPOS=65168281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:51:52:50:53:0.504762:22:28:32:19:22:31:33:19 chr11 65180883 . A G 561.15 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414998;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.188;QD=60.6647;RBI=0.0502833;REFB=0;REVB=0.0283934;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144242;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr11 65211940 . C A 183.4 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0370461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6619;QD=13.5855;RBI=0.084419;REFB=-0.021695;REVB=0.0758561;RO=30;SAF=17;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274751;STB=0.629502;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0324592;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:30:32:21:22:0.407407:4:17:18:12:5:17:19:13 chr11 65211979 . G A 388.28 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0469318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9645;QD=21.2757;RBI=0.108906;REFB=-0.0188455;REVB=0.0982748;RO=34;SAF=15;SAR=24;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496435;STB=0.527458;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0147929;OID=.;OPOS=65211979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:34:39:39:0.534247:24:15:15:19:24:15:15:19 chr11 65222952 . T C 722.83 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.195;QD=61.5176;RBI=0.0381181;REFB=0;REVB=0.033407;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207602;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:47:1:0:45:47:1:18:27:0:1:20:27:0:0 chr11 65293395 . GA G 62.48 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0859683;FXX=0.0526177;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.104;QD=6.94171;RBI=0.2043;REFB=-0.0821015;REVB=0.185332;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653851;STB=0.893894;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.095964;OID=.;OPOS=65293396;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:13:38:16:36:20:15:1:8:12:62:19:12:1:7:12 chr11 65307852 . G A 179.09 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0974541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8908;QD=17.9089;RBI=0.0985982;REFB=-0.0162009;REVB=-0.0149768;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162598;STB=0.580567;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0203337;OID=.;OPOS=65307852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:12:6:4:17:13:6:4:17 chr11 65347636 . G C 498.22 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00252975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7102;QD=55.3574;RBI=0.00809148;REFB=-0.0818705;REVB=0.00768586;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.519988;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0244941;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:0:1:12:23:0:1 chr11 65349849 . A T 95.38 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.108;QD=34.6837;RBI=0.00623833;REFB=-0.15028;REVB=0.000490667;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0221654;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:1:9:0:0:1:9:1:0 chr11 65351074 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.016834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.672;QD=11.9196;RBI=0.0212926;REFB=-0.0156725;REVB=-0.013038;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267754;STB=0.66611;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0203472;OID=.;OPOS=65351074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:1:6:6:3:1:6:6:3 chr11 65365697 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0383475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5119;QD=16.9314;RBI=0.0390728;REFB=-0.0143344;REVB=-0.00749365;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0162803;OID=.;OPOS=65365697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:4:8:7:5:4:8:7:5 chr11 65383896 . G C 1494.79 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320999;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5281;QD=63.608;RBI=0.0655574;REFB=0;REVB=-0.0571609;RO=0;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.19147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575117;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:61:33:0:0:61:33:0:0 chr11 65384727 . C T 306.04 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00566382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.763;QD=20.403;RBI=0.00904108;REFB=-0.00462874;REVB=0.00704715;RO=28;SAF=14;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529595;STB=0.529393;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00423254;OID=.;OPOS=65384727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:18:14:14:14:18:14:14:14 chr11 65385606 . A G 799.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1885;QD=63.9627;RBI=0.0355865;REFB=0;REVB=0.0260101;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209065;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr11 65386206 . C G 69.35 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0118323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.706;QD=6.30461;RBI=0.0324568;REFB=-0.0116887;REVB=-0.0302232;RO=34;SAF=6;SAR=4;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866572;STB=0.555443;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0507239;OID=.;OPOS=65386206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:4:6:18:16:4:6:18:16 chr11 65392695 . C T 186.73 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.052879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8457;QD=19.6553;RBI=0.0567961;REFB=0.0166591;REVB=0.020727;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233619;STB=0.633648;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.0131077;OID=.;OPOS=65392695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:8:11:15:4:8:11 chr11 65405699 . C T 461.17 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=58;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00655462;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.513;QD=32.3629;RBI=0.0417336;REFB=-0.00896385;REVB=-0.0412157;RO=15;SAF=36;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20156;STB=0.604984;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00318108;OID=.;OPOS=65405699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:15:16:41:41:0.719298:5:36:10:5:5:36:11:5 chr11 65412467 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0101422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.679;QD=23.6752;RBI=0.0169921;REFB=-0.0383997;REVB=-0.0136333;RO=16;SAF=16;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18765;STB=0.60557;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0250079;OID=.;OPOS=65412467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:5:16:9:7:5:16:9:7 chr11 65421986 . C T 92.19 PASS AF=0.4;AO=11;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0482115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.4767;QD=12.2915;RBI=0.0504525;REFB=-0.0102836;REVB=-0.0148699;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.603118;STB=0.796419;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0101042;OID=.;OPOS=65421986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:30:30:19:18:11:12:0.4:9:2:15:4:9:3:14:4 chr11 65423082 . G A 1033.16 PASS AF=0.972973;AO=67;DP=69;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0213259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6822;QD=55.8465;RBI=0.0218485;REFB=-0.0126436;REVB=0.00475023;RO=2;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00289069;STB=0.500376;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00610973;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:74:2:2:67:72:0.972973:30:37:1:1:35:37:1:1 chr11 65546857 . A C 479.62 PASS AF=0.494737;AO=46;DP=94;FAO=47;FDP=95;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0220888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.387;QD=20.1946;RBI=0.0221961;REFB=-0.0307283;REVB=-0.0021795;RO=47;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494293;STB=0.537512;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0408679;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:47:48:46:47:0.494737:21:25:23:24:21:26:23:25 chr11 65547333 . G A 307.98 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00254072;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.957;QD=15.209;RBI=0.0074124;REFB=-0.010577;REVB=0.00696336;RO=44;SAF=10;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803146;STB=0.559032;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0150441;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:44:47:34:34:0.419753:24:10:16:28:24:10:18:29 chr11 65547393 . G A 311.59 PASS AF=0.460526;AO=32;DP=71;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0385287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8885;QD=16.3992;RBI=0.0759075;REFB=-0.0371919;REVB=0.0654025;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685376;STB=0.515577;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0582873;OID=.;OPOS=65547393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:76:39:41:32:35:0.460526:21:11:11:28:23:12:13:28 chr11 65563503 . A T 119.24 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=28;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0159891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.771;QD=15.3852;RBI=0.0254239;REFB=-0.00650583;REVB=0.0197666;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.587032;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00654785;OID=.;OPOS=65563503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:14:17:12:14:0.451613:5:7:5:9:6:8:7:10 chr11 65617113 . AG A,CA 435.42 PASS AF=1,0;AO=28,3;DP=38;FAO=40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255314,-0.0910312;FXX=0.0243843;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=14.738,5.60715;QD=43.5416;RBI=0.0373706,0.0960884;REFB=-0.0184591,-0.0180158;REVB=0.0272894,0.0307622;RO=3;SAF=10,2;SAR=18,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0593321,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00320851,0.00378955;OID=.,.;OPOS=65617114,65617113;OREF=G,AG;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:40:3:0:28,3:40,0:1,0:18,1:10,2:2:1:23,0:17,0:0:0 chr11 65623519 . G A 212.79 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.024093;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.59;QD=16.0598;RBI=0.0241114;REFB=-0.00264016;REVB=-0.000943218;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647651;STB=0.53671;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00502183;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:14:10:14:15:14:10:14:15 chr11 65624934 . A C 308.47 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0193609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.876;QD=18.416;RBI=0.0230542;REFB=-0.00705003;REVB=0.0125161;RO=33;SAF=5;SAR=28;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417901;STB=0.732298;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00914571;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:33:33:0.492537:28:5:17:16:28:5:17:17 chr11 65629932 . T C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0297681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.035;QD=21.7452;RBI=0.050157;REFB=-0.0257382;REVB=-0.0403681;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132818;STB=0.574392;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00838061;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:11:5:9:10:11:5 chr11 65629934 . G C 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.039443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.858;QD=21.7454;RBI=0.0494404;REFB=0.00206658;REVB=-0.0298095;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132818;STB=0.574392;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.000233503;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:11:5:9:10:11:5 chr11 65631167 . C T 331.68 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00013353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.712;QD=21.3987;RBI=0.0271915;REFB=-0.0192031;REVB=0.0271911;RO=28;SAF=22;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660229;STB=0.536564;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0155376;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:28:34:34:0.548387:12:22:16:12:12:22:16:12 chr11 65631973 . G A 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0030456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.127;QD=19.6963;RBI=0.0405135;REFB=-0.0134403;REVB=0.0403988;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353075;STB=0.519981;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0178148;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:15:7:6:15:15:7 chr11 65632262 . G T 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00189164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.343;QD=21.6115;RBI=0.0281999;REFB=-0.0222991;REVB=0.0281364;RO=22;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026298;STB=0.521721;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0196484;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:6:18:17:5:6:18:18:5 chr11 65636053 . T C 239.35 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.301;QD=50.3896;RBI=0.0171185;REFB=0;REVB=-0.0158489;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178318;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr11 65638719 . G A 224.78 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0581358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3386;QD=19.9802;RBI=0.0653968;REFB=-0.0079032;REVB=-0.0299495;RO=23;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167839;STB=0.595257;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0425554;OID=.;OPOS=65638719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:6:16:13:10:6:16:13:10 chr11 65649774 . A G 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6399;QD=59.8248;RBI=0.0164219;REFB=0;REVB=0.0163334;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106745;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr11 65649984 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.039;QD=40.7623;RBI=0.0508615;REFB=0;REVB=0.04612;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088237;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr11 65664346 . T C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0402185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.647;QD=22.3401;RBI=0.0411697;REFB=-0.0430834;REVB=-0.00879911;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127572;STB=0.571352;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0202123;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:10:4:8:10:10:4 chr11 65684929 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351828;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=326.749;QD=61.684;RBI=0.0353889;REFB=0;REVB=-0.0038134;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26295e-05;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr11 65685225 . T C 191.02 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.416;QD=47.7542;RBI=0.0420812;REFB=0;REVB=0.0186763;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760703;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr11 65713207 . T C 575.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1197;QD=60.5815;RBI=0.0222647;REFB=0;REVB=0.00873168;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.49399e-05;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:26:12:0:0:26:12:0:0 chr11 65727301 . A G 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00733567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.333;QD=7.03212;RBI=0.00801503;REFB=-0.0057754;REVB=0.00322934;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219424;STB=0.63549;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0164569;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:4:5:19:7:4:5:19:7 chr11 65732651 . G A 343.55 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0143156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.231;QD=18.8246;RBI=0.0167488;REFB=-0.0536708;REVB=-0.0086939;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661692;STB=0.520113;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0502857;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:36:36:0.493151:20:16:13:22:20:16:15:22 chr11 65733393 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0237608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.59;QD=15.5689;RBI=0.0247014;REFB=-0.0280568;REVB=0.0067515;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271383;STB=0.652073;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0183676;OID=.;OPOS=65733393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:9:26:13:15:9:26 chr11 65735174 . G C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00477281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.869;QD=16.8227;RBI=0.00812662;REFB=-0.00631901;REVB=0.0065774;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00610174;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr11 65788072 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.946;QD=47.8223;RBI=0.0300046;REFB=0;REVB=0.0257744;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399474;OID=.;OPOS=65788072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 65792968 . G A 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00273337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.47;QD=14.6563;RBI=0.0275981;REFB=0.0124034;REVB=0.0274624;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.528454;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0118618;OID=.;OPOS=65792968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:7:10:7:6:7:10 chr11 65793454 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.925;QD=48.7373;RBI=0.0123951;REFB=0;REVB=0.0112908;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57975e-05;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 65793797 . G A 1380.38 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599085;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.371;QD=62.7447;RBI=0.0334467;REFB=0;REVB=0.0329058;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188744;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr11 65809875 . C A 714.59 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.642;QD=53.9315;RBI=0.030945;REFB=-0.147183;REVB=0.0202674;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000603605;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:53:0:1:51:52:0.981132:27:24:0:0:28:24:1:0 chr11 65810209 . C T 280.11 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.772;QD=48.7155;RBI=0.124098;REFB=-0.117529;REVB=0.0298011;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00356905;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:22:23:1:1:21:22:0.956522:15:6:0:1:15:7:0:1 chr11 65810749 . T C 297.16 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153042;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.855;QD=54.0284;RBI=0.0402219;REFB=0;REVB=0.0371965;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213777;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr11 65820673 . A G 1382.33 PASS AF=0.989011;AO=86;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.159565;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4566;QD=60.7617;RBI=0.164996;REFB=-0.160492;REVB=0.0419839;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106464;STB=0.505617;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00242707;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:86:90:0.989011:44:42:0:1:44:46:0:1 chr11 65826704 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.613;QD=40.7628;RBI=0.0609376;REFB=0;REVB=-0.044105;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00259104;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr11 65868310 . T A 618.83 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0252105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4955;QD=58.9364;RBI=0.0454795;REFB=0.00447357;REVB=-0.0378526;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00225175;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr11 65985000 . A C 421.45 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.54;QD=54.3801;RBI=0.0501142;REFB=-0.132569;REVB=0.046308;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300657;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00747391;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:0:30:31:1:15:15:0:1:16:15:0:0 chr11 66010633 . T C 424.68 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.925;QD=56.6238;RBI=0.01488;REFB=0;REVB=-0.00983903;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.32137e-05;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:11:19:0:0 chr11 66031660 . C T 386.77 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0252057;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.188;QD=51.5696;RBI=0.0282463;REFB=0.0770773;REVB=0.0127486;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901772;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00028139;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:2:1:28:29:0.966667:16:12:1:1:16:13:0:1 chr11 66035286 . CA C 627.73 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815296;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.2219;QD=61.2421;RBI=0.101502;REFB=0;REVB=-0.101174;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00173123;OID=.;OPOS=66035287;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:42:41:41:0:14:27:0:0:4:0:14:27:0:0 chr11 66099987 . C T 182.81 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00594415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.691;QD=43.014;RBI=0.0117263;REFB=-0.0926799;REVB=-0.010108;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036598;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0151444;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:0:1:12:4:0:1 chr11 66100152 . T C 726.99 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000997264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5711;QD=57.0192;RBI=0.0734043;REFB=0;REVB=0.0733975;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992581;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:27:22:0:0:29:22:0:0 chr11 66103451 . CCG C,CCC 53.04 PASS AF=0.363636,0;AO=7,2;DP=24;FAO=8,0;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.197413,-0.0600674;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=27.7208,20.9261;QD=9.64365;RBI=0.197427,0.092069;REFB=-0.076967,-0.0300347;REVB=0.00239025,-0.0697754;RO=14;SAF=1,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.188131,-0.420526;STB=0.678239,0.5;STBP=0.415,1;TYPE=del,snp;VARB=0.148451,0;OID=.,.;OPOS=66103452,66103453;OREF=CG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0:7,2:24:8,0:22:14:2,0:6,0:1:13:53:14:1,0:6,2:1:13 chr11 66105194 . G A 639.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265781;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.493;QD=59.518;RBI=0.0392835;REFB=-0.117105;REVB=0.0289275;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00457026;OID=.;OPOS=66105194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr11 66107674 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3726;QD=54.5156;RBI=0.0248319;REFB=0;REVB=0.0247631;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277106;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr11 66131149 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.998;QD=44.6897;RBI=0.0284681;REFB=0;REVB=-0.0261294;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137898;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr11 66161072 . C T 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.57;QD=55.8721;RBI=0.147544;REFB=0;REVB=-0.00619017;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916895;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:18:13:1:0:18:14:0:0 chr11 66276807 . AG A 44.5 PASS AF=0.5;AO=5;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0958184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.5734;QD=11.1245;RBI=0.0967887;REFB=-0.0416021;REVB=-0.0136706;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434068;STB=0.699646;STBP=0.343;TYPE=del;VARB=0.0621363;OID=.;OPOS=66276808;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:15:8:16:8:6:2:8:0:43:8:4:1:8:0 chr11 66358126 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.483;QD=64.4134;RBI=0.0231376;REFB=0;REVB=0.00846271;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37004e-05;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr11 66472274 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.148;QD=42.1827;RBI=0.0541763;REFB=0;REVB=0.0521693;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409319;OID=.;OPOS=66472274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr11 66834252 . C T 941.91 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.333;QD=57.0857;RBI=0.0486825;REFB=-0.140763;REVB=0.0222777;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.508769;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000507122;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:28:37:0:0:28:37:0:1 chr11 66837965 . T C 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00903683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.995;QD=58.5795;RBI=0.0454986;REFB=0;REVB=0.0445922;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217919;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr11 66995603 . T C 738.88 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000360768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.899;QD=61.5731;RBI=0.0116565;REFB=-0.0237006;REVB=0.0116509;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19795e-05;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:48:1:0:47:48:1:27:20:0:1:28:20:0:0 chr11 67050292 . G A 186.58 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.047;QD=46.6441;RBI=0.0733958;REFB=0;REVB=0.0540271;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010201;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr11 67054004 . GT GA,G 45.76 PASS AF=0.03125,0.40625;AO=2,12;DP=33;FAO=1,13;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=1,11;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0380363,-0.0962983;FXX=0.0302939;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=118.763,9.38324;QD=5.72035;RBI=0.0641878,0.114063;REFB=-0.0118687,-0.078463;REVB=-0.0517042,0.0611307;RO=15;SAF=2,10;SAR=0,2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.61514,0.509371;STB=0.992713,0.818627;STBP=0.235,0.009;TYPE=snp,del;VARB=-0.0219912,0.0837166;OID=.,.;OPOS=67054005,67054005;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.03125,0.40625:2,12:33:1,13:32:18:1,11:0,2:6:12:40:15:2,10:0,2:5:10 chr11 67068859 . T C 428.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5398;QD=57.1719;RBI=0.0631886;REFB=0;REVB=0.0417095;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.41373e-05;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr11 67071584 . C G 739.73 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4787;QD=56.9026;RBI=0.0465008;REFB=0;REVB=-0.0372513;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68346e-05;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:38:14:0:0:38:14:0:0 chr11 67077660 . G A 162.14 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0428199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9317;QD=14.0991;RBI=0.0597925;REFB=-0.0216577;REVB=0.0417325;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169694;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0373835;OID=.;OPOS=67077660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:10:7:16:12:11:7:16:12 chr11 67177278 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.123;QD=49.5959;RBI=0.0447249;REFB=0;REVB=0.0351966;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58965e-05;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr11 67192555 . G A 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=64;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00622548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.627;QD=10.5945;RBI=0.0310135;REFB=-0.0164502;REVB=0.0303822;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505207;STB=0.535682;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0218557;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:42:22:22:0.34375:9:13:26:15:9:13:27:15 chr11 67200819 . C T 165.36 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=29;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0507986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7203;QD=22.0475;RBI=0.0666272;REFB=-0.0526861;REVB=0.0431124;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140495;STB=0.562427;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0412095;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:13:16:17:0.566667:9:7:8:5:9:8:8:5 chr11 67257556 . C T 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0192048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.085;QD=17.9383;RBI=0.0225721;REFB=-0.0177751;REVB=0.0118607;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223922;STB=0.63714;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0259423;OID=.;OPOS=67257556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:11:8:14:7:11:8:15:7 chr11 67257823 . C A 402.6 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0456021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2749;QD=48.8002;RBI=0.0893488;REFB=-0.0441511;REVB=-0.0768353;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227444;STB=0.533311;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0260062;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:1:3:30:30:0.909091:10:20:1:0:10:20:1:2 chr11 67258390 . CA C,CG 403.8 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=3,26;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145502,0.0146454;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.65,149.33;QD=55.697;RBI=0.0386353,0.0935527;REFB=0,0;REVB=0.0357907,0.0923992;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0737752,0.0022027;OID=.,.;OPOS=67258391,67258391;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0689655,0.931034:3,26:29:2,27:29:0:1,17:1,10:0:0:6:0:1,17:2,9:0:0 chr11 67263767 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.353;QD=52.6129;RBI=0.0345352;REFB=0;REVB=0.0299152;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0568e-05;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr11 67288594 . C T 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0463009;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6618;QD=12.052;RBI=0.0557696;REFB=-0.0512228;REVB=0.0310881;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249493;STB=0.643813;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0395175;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:1:12:7:2:1:12 chr11 67351585 . C G 245.73 PASS AF=0.491228;AO=24;DP=54;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.0179219;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0208;QD=17.2445;RBI=0.0513651;REFB=-0.00351407;REVB=0.0481371;RO=28;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178798;STB=0.61897;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0215983;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:28:29:24:28:0.491228:8:16:23:5:12:16:23:6 chr11 67430762 . T C 873.91 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0072688;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.099;QD=58.2603;RBI=0.0283917;REFB=0;REVB=0.0274455;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22629e-05;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:28:32:0:0 chr11 67431974 . C T 188.87 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.000852132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.993;QD=11.1102;RBI=0.00719704;REFB=-0.0167898;REVB=0.00714641;RO=44;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253073;STB=0.514694;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0297993;OID=.;OPOS=67431974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:12:12:21:23:12:12:21:23 chr11 67432804 . T C 410.89 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.624;QD=56.674;RBI=0.0311164;REFB=0;REVB=0.0270041;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192429;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr11 67432854 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.05;QD=54.5122;RBI=0.0449707;REFB=0;REVB=0.00361884;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410846;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr11 67433869 . C T 297.16 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.998;QD=49.5262;RBI=0.0342836;REFB=-0.176827;REVB=0.0221242;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00307728;OID=.;OPOS=67433869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:0:1:23:23:0.958333:8:15:0:0:8:15:1:0 chr11 67434416 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.743;QD=51.9165;RBI=0.02892;REFB=0;REVB=0.0244727;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151697;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr11 67564181 . G A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00693061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.432;QD=24.0303;RBI=0.0551275;REFB=-0.0124023;REVB=0.0546901;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00854084;OID=.;OPOS=67564181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:5:4:8:7:5:4 chr11 67564197 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.272;QD=52.6076;RBI=0.0350315;REFB=0;REVB=-0.00922337;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135633;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr11 67564238 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.495;QD=46.848;RBI=0.0446375;REFB=0;REVB=0.0134737;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036242;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 67564241 . C T 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.042;QD=46.8405;RBI=0.0780652;REFB=0;REVB=0.0169212;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111622;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr11 67572698 . G T 99.63 PASS AF=0.733333;AO=7;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0316615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.095;QD=26.5681;RBI=0.0393866;REFB=-0.0126303;REVB=0.0234276;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.66637;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00523444;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:3:4:7:11:0.733333:3:4:3:0:7:4:4:0 chr11 67663116 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.589;QD=35.5759;RBI=0.0713494;REFB=0;REVB=0.0350974;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519193;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 67765163 . A AG,G 442.68 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=26,4;DP=35;FAO=33,1;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0883093,-0.0160398;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.5108,5.31666;QD=52.0801;RBI=0.0884371,0.0990255;REFB=0,0;REVB=0.00475278,-0.0977178;RO=3;SAF=22,3;SAR=4,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.062683,0.0725463;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00442101,0.00181242;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:35:34:3:0:26,4:33,1:0.970588,0.0294118:4,1:22,3:2:1:7,0:26,1:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 789.24 PASS AF=1,0;AO=49,9;DP=59;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=46,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131734,-0.174437;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.8522,4.9192;QD=54.4306;RBI=0.0131739,0.198947;REFB=0,0;REVB=0.000113252,-0.0956642;RO=1;SAF=8,4;SAR=41,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0113432,0.080744;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000401171,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:1:0:49,9:58,0:1,0:41,5:8,4:0:1:46,0:12,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 669.99 PASS AF=1;AO=55;DP=60;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052505;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3355;QD=47.8564;RBI=0.0564779;REFB=0;REVB=0.0208082;RO=5;SAF=16;SAR=39;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00050194;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:60:56:56:0:16:40:0:0:12:5:16:39:3:2 chr11 67795378 . G GC 142.8 PASS AF=1;AO=11;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.7366;QD=35.7002;RBI=0.025959;REFB=0;REVB=0.0251731;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00256106;OID=.;OPOS=67795379;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:17:16:16:0:5:11:0:0:4:5:3:8:2:3 chr11 67810475 . G C 107.55 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=82;FAO=14;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=53;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0351546;FXX=0.0374953;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.1977;QD=5.58706;RBI=0.077407;REFB=-0.0819041;REVB=-0.0689638;RO=37;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828861;STB=0.552165;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0872611;OID=.;OPOS=67810475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:82:77:37:53:12:14:0.181818:7:5:13:24:7:7:23:30 chr11 67811088 . G A 469.09 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0118049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.66;QD=20.3952;RBI=0.0120083;REFB=-0.0217556;REVB=-0.00220073;RO=46;SAF=22;SAR=24;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789789;STB=0.543707;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0201102;OID=.;OPOS=67811088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:46:46:0.5:24:22:18:28:24:22:18:28 chr11 67814979 . G C 733.15 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0704934;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1868;QD=54.3073;RBI=0.073756;REFB=-0.112908;REVB=0.0216939;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00516821;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:23:29:1:0:24:29:1:0 chr11 67957518 . A T 785.17 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.399;QD=64.0955;RBI=0.0618806;REFB=0;REVB=-0.0145468;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019247;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr11 68030173 . C A 692.65 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00314181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7342;QD=57.7211;RBI=0.0527406;REFB=-0.0296393;REVB=0.0526469;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469098;STB=0.524989;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00845422;OID=.;OPOS=68030173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:48:2:2:44:46:0.958333:25:19:2:0:27:19:2:0 chr11 68171013 . T C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0095567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.343;QD=55.0443;RBI=0.0111715;REFB=-0.125995;REVB=0.00578557;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000307666;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:25:30:0:1:25:30:0:1 chr11 68192690 . G A 794.89 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.281;QD=55.7814;RBI=0.057388;REFB=0;REVB=0.0549808;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481876;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:1:0:53:57:1:28:25:0:1:32:25:0:0 chr11 68549340 . A G 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.288;QD=59.0143;RBI=0.0507929;REFB=0;REVB=0.00753834;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218281;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 68748003 . T C 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0605338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.805;QD=11.7415;RBI=0.0662359;REFB=-0.021233;REVB=-0.026886;RO=36;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108126;STB=0.562754;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0269994;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:12:9:19:17:12:9:19:17 chr11 68777183 . G T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0215571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.14;QD=11.4397;RBI=0.0228753;REFB=-0.0212109;REVB=0.00765319;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316785;STB=0.700542;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0112405;OID=.;OPOS=68777183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:5:4:10:3:5:4:11:3 chr11 68822739 . T C 665.87 PASS AF=1;AO=38;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.608;QD=61.9417;RBI=0.0388986;REFB=0;REVB=0.0320616;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830767;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:38:43:1:16:22:0:0:16:27:0:0 chr11 68834968 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.243;QD=45.8068;RBI=0.0537458;REFB=0;REVB=0.0535877;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919119;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr11 68840397 . T C 69.22 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00877096;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.498;QD=13.8435;RBI=0.0147954;REFB=-0.0186795;REVB=0.0119153;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769224;STB=0.545355;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0594451;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:20:11:11:9:9:0.45:4:5:7:4:4:5:7:4 chr11 68840399 . G A 78.59 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0121166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2959;QD=14.9694;RBI=0.012553;REFB=-0.0201868;REVB=-0.00328134;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341912;STB=0.51996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0445412;OID=.;OPOS=68840399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:7:4:4:6:7:4 chr11 68840412 . C G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00153438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.616;QD=18.4438;RBI=0.00182158;REFB=-0.0258022;REVB=0.00098176;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.013193;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:5:4:4:7:5:4 chr11 68851414 . T C 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00318326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.556;QD=17.6718;RBI=0.0204912;REFB=-0.0237417;REVB=-0.0202424;RO=32;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552241;STB=0.530885;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0246801;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:17:13:12:20:17:13:12:20 chr11 68851466 . G T 288.13 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0209415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.749;QD=16.2324;RBI=0.0339137;REFB=-0.0308109;REVB=0.0266757;RO=33;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786354;STB=0.52904;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0361014;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:33:39:31:32:0.450704:22:9:12:21:22:10:14:25 chr11 69063136 . C T 727.39 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0096;QD=63.2515;RBI=0.0792808;REFB=0;REVB=0.0722792;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650748;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr11 69063393 . T C 768.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410757;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.194;QD=64.0259;RBI=0.0504446;REFB=0;REVB=0.0292822;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66937e-05;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr11 69063510 . G A 77.39 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0229346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.844;QD=14.0713;RBI=0.108311;REFB=0.00634123;REVB=0.105855;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467985;STB=0.770697;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0118428;OID=.;OPOS=69063510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:10:2:7:3:10:2 chr11 69063572 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0360147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.31;QD=22.5346;RBI=0.0448752;REFB=-0.0176814;REVB=-0.0267717;RO=15;SAF=16;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382586;STB=0.718102;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0156722;OID=.;OPOS=69063572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:3:16:7:8:3:16:7:8 chr11 69063728 . G C 73.08 PASS AF=0.36;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0612814;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.036;QD=11.6934;RBI=0.0630204;REFB=-0.0211176;REVB=-0.0147023;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.552509;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0154296;OID=.;OPOS=69063728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:25:11:14:9:9:0.36:7:2:4:7:7:2:4:10 chr11 69063984 . C T 83.64 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0537901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7785;QD=10.1379;RBI=0.0892461;REFB=-0.0204528;REVB=-0.0712145;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349224;STB=0.705559;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0445634;OID=.;OPOS=69063984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:5:6:5:17:5:6:5:17 chr11 69462910 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.031232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.198;QD=26.3056;RBI=0.0318296;REFB=0.0103915;REVB=0.00613878;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137858;STB=0.576846;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00543527;OID=.;OPOS=69462910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:15:6:6:7:15:6:6:7 chr11 70007311 . A G 173.16 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0246456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3176;QD=12.8266;RBI=0.068146;REFB=-0.00418187;REVB=-0.0635332;RO=33;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731997;STB=0.542213;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00356928;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:11:10:18:15:11:10:18:15 chr11 70007392 . A G 80.59 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0294944;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.625;QD=7.16331;RBI=0.0297205;REFB=-0.0235883;REVB=-0.00365913;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315585;STB=0.510186;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0679528;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:46:45:35:34:11:11:0.244444:5:6:19:16:5:6:19:15 chr11 70016247 . T TG 63.43 PASS AF=0.303571;AO=14;DP=59;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0642469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.283;QD=4.53055;RBI=0.120201;REFB=-0.0129311;REVB=0.10159;RO=42;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292512;STB=0.53529;STBP=0.699;TYPE=ins;VARB=0.0393468;OID=.;OPOS=70016248;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571:14:59:17:56:39:10:7:21:18:63:42:8:6:23:19 chr11 70709933 . A T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0237181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.848;QD=14.262;RBI=0.0284517;REFB=-0.0161682;REVB=0.0157145;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217597;STB=0.512642;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0195575;OID=.;OPOS=70709933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:13:11:7:9:13:11 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 38.48 PASS AF=0.258065;AO=6;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0205424;FXX=0;HRUN=4;LEN=12;MLLD=417.187;QD=4.96545;RBI=0.0205953;REFB=-0.00922487;REVB=0.0014762;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.548267;STBP=0.809;TYPE=del;VARB=0.0246982;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065:6:31:8:31:23:4:4:13:10:38:22:4:2:12:10 chr11 71146691 . A G 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0484736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.956;QD=14.6506;RBI=0.0485407;REFB=-0.0123904;REVB=-0.00255111;RO=31;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149975;STB=0.586128;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0111257;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:17:6:12:19:17:6:12:19 chr11 71146952 . G A 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00365073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.419;QD=19.7025;RBI=0.00524045;REFB=-0.0196969;REVB=0.00375959;RO=15;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352672;STB=0.549235;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0144411;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:4:13:11:4:4:13:11:5 chr11 71152461 . A G 172.04 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00427553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8232;QD=18.1091;RBI=0.00638243;REFB=-0.0240415;REVB=-0.00473869;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170494;STB=0.605951;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0258976;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:10:8:5:14:10:8:5:15 chr11 71155153 . A G 287.6 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0203725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.028;QD=13.5341;RBI=0.0340283;REFB=-0.00374407;REVB=-0.027256;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046202;STB=0.531434;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00446173;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:51:52:33:33:0.388235:15:18:30:21:15:18:31:21 chr11 71174553 . C T 219.95 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0483306;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.8771;QD=17.9555;RBI=0.0573464;REFB=-0.00317175;REVB=-0.030867;RO=26;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237933;STB=0.647632;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00668428;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:6:16:13:13:6:16:13:14 chr11 71184678 . A C 2066.99 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0668517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.189;QD=60.7939;RBI=0.078839;REFB=-0.0674751;REVB=0.0417904;RO=3;SAF=76;SAR=57;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243558;STB=0.504201;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000942135;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:136:136:3:1:133:135:0.992647:57:76:0:3:59:76:0:1 chr11 71185479 . T C 238.98 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00797595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.155;QD=14.0577;RBI=0.00958343;REFB=-0.0407118;REVB=0.00531285;RO=40;SAF=5;SAR=23;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436587;STB=0.751617;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.022707;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:23:5:22:18:23:5:22:18 chr11 71185518 . T C 374.39 PASS AF=0.416667;AO=40;DP=96;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0448276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.028;QD=15.5996;RBI=0.0459422;REFB=-0.0181914;REVB=-0.0100583;RO=56;SAF=10;SAR=30;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303083;STB=0.672322;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0174302;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:56:40:40:0.416667:30:10:29:27:30:10:29:27 chr11 71189436 . T C 94.11 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00338936;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.993;QD=9.65202;RBI=0.0102596;REFB=-0.014195;REVB=0.00968354;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343282;STB=0.719621;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0337148;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:28:27:12:12:0.307692:9:3:15:13:9:3:15:12 chr11 71239086 . C A 353.6 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0526347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.71;QD=29.4664;RBI=0.0528927;REFB=-0.00352143;REVB=0.00521768;RO=18;SAF=16;SAR=14;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921317;STB=0.550529;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.001571;OID=.;OPOS=71239086;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:30:30:0.625:14:16:12:6:14:16:12:6 chr11 71249386 . T C 45.56 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0237282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0387;QD=26.0319;RBI=0.11122;REFB=-0.086658;REVB=-0.10866;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281147;STB=0.666027;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00736499;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:1:0:5:1:1:0 chr11 71498591 . C G 50.08 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0629651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.191;QD=33.3882;RBI=0.0829482;REFB=0;REVB=-0.0539981;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0127103;OID=.;OPOS=71498591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 71498601 . G T 34.68 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0663506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.278;QD=23.1206;RBI=0.069107;REFB=-0.134809;REVB=0.019323;RO=1;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166656;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00663048;OID=.;OPOS=71498601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:2:2:1:0:2:3:1:0 chr11 71498648 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.76;QD=35.5757;RBI=0.0693809;REFB=0;REVB=-0.0149092;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107921;OID=.;OPOS=71498648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 71544269 . C T 375.05 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4892;QD=55.5635;RBI=0.134575;REFB=0;REVB=0.027772;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323148;OID=.;OPOS=71544269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:1:0:25:27:1:8:17:1:0:8:19:0:0 chr11 71548465 . A G 506.27 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169744;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5226;QD=59.5608;RBI=0.169902;REFB=0;REVB=0.00732065;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015368;OID=.;OPOS=71548465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:1:0:33:34:1:16:17:0:1:17:17:0:0 chr11 71548492 . C T 150.61 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0443294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1779;QD=20.0819;RBI=0.0450202;REFB=-0.0285681;REVB=0.00785673;RO=14;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403655;STB=0.657918;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0245511;OID=.;OPOS=71548492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:14:16:0.533333:11:3:9:5:11:5:9:5 chr11 71548520 . A T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.929;QD=54.5174;RBI=0.0192749;REFB=0;REVB=-0.00530346;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91465e-05;OID=.;OPOS=71548520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr11 71548544 . A G 167.35 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8069;QD=44.6265;RBI=0.059786;REFB=0;REVB=0.00377097;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194891;OID=.;OPOS=71548544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr11 71707489 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.077;QD=58.5854;RBI=0.028229;REFB=0;REVB=-0.0120889;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140032;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr11 71708013 . G A 426.7 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.943;QD=55.0586;RBI=0.0404029;REFB=0;REVB=0.0162971;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155955;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:22:8:0:1:23:8:0:0 chr11 71714526 . G C 842.58 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0263558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.627;QD=54.3597;RBI=0.0677087;REFB=-0.0615194;REVB=0.0623686;RO=2;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314361;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000315139;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:62:2:2:60:60:0.967742:29:31:0:2:29:31:0:2 chr11 71719818 . T G 175.54 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0145366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9997;QD=13.7677;RBI=0.0499842;REFB=-0.0205652;REVB=-0.0478237;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898566;STB=0.551947;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.030389;OID=.;OPOS=71719818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:8:12:16:15:8:12:16:15 chr11 71941212 . A G 410.65 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9291;QD=56.6411;RBI=0.116547;REFB=0;REVB=-0.0309032;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183868;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr11 72281818 . A G 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00929921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.821;QD=59.4217;RBI=0.0137626;REFB=0;REVB=0.0101457;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33528e-05;OID=.;OPOS=72281818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr11 72281884 . C T 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.247;QD=58.4196;RBI=0.0376481;REFB=0;REVB=0.0132645;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124289;OID=.;OPOS=72281884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:41:21:0:0:41:22:0:0 chr11 72287350 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.078;QD=43.4861;RBI=0.00705451;REFB=0;REVB=0.00705451;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95688e-05;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:12:0:0:0:12:0:0:0 chr11 72289291 . T C 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0526293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.013;QD=12.0499;RBI=0.0539272;REFB=-0.0140544;REVB=0.0117599;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0253557;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:9:9:0.409091:6:3:4:8:6:3:5:8 chr11 72291927 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.505;QD=48.7373;RBI=0.0498986;REFB=0;REVB=0.0396906;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228316;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr11 72293602 . A G 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.864;QD=62.6635;RBI=0.0318321;REFB=0;REVB=0.0292785;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256367;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr11 72295502 . T C,G 954.55 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=62,4;DP=66;FAO=63,3;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=40,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127059,0.0145373;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=190.722,127.901;QD=57.8514;RBI=0.0160718,0.0145494;REFB=0,0;REVB=-0.00984188,0.000593907;RO=0;SAF=23,1;SAR=39,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.75648e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000963767,0.0922732;OID=.,.;OPOS=72295502,72295502;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:66:66:0:0:62,4:63,3:0.954545,0.0454545:39,3:23,1:0:0:40,2:23,1:0:0 chr11 72295906 . A G 184.73 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1843;QD=43.4656;RBI=0.0569697;REFB=0;REVB=0.0514612;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020528;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:7:5:0:0:11:6:0:0 chr11 72368986 . T G 116.3 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0184557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.794;QD=20.2262;RBI=0.0215534;REFB=0.0135554;REVB=-0.0111328;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406607;STB=0.710208;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00229211;OID=.;OPOS=72368986;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:9:10:13:13:0.565217:4:9:1:8:4:9:2:8 chr11 72396990 . G A 33.62 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0193398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.944;QD=19.2125;RBI=0.0296197;REFB=-0.0407052;REVB=0.0224343;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00395505;OID=.;OPOS=72396990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:1:4:0:1:1:4:0:2 chr11 72408657 . C T 377.9 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0213483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.274;QD=24.3808;RBI=0.0343982;REFB=-0.0224992;REVB=-0.026972;RO=25;SAF=14;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107255;STB=0.558924;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0138494;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:23:14:13:12:23:14:13:12 chr11 72532569 . G T 753.28 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5956;QD=61.4921;RBI=0.0372282;REFB=0.0257226;REVB=0.0243859;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00088037;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:21:27:1:0:21:27:1:0 chr11 72532621 . T G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.94;QD=59.8394;RBI=0.0384177;REFB=0;REVB=0.0304745;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120002;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr11 72532708 . C T 340.35 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0235172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.714;QD=48.6211;RBI=0.0242441;REFB=-0.0790398;REVB=0.00589221;RO=2;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579914;STB=0.531226;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000932601;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:15:11:0:2:15:11:0:2 chr11 72945341 . C T 424.59 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=109;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0057865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8815;QD=15.4397;RBI=0.0207132;REFB=-0.0171483;REVB=-0.0198885;RO=61;SAF=27;SAR=21;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199654;STB=0.606698;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0240209;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:61:62:48:48:0.436364:21:27:22:39:21:27:23:39 chr11 72946020 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.557;QD=58.5868;RBI=0.0792341;REFB=0;REVB=-0.000215416;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316954;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr11 72946140 . G C 50.0 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3992;QD=33.3331;RBI=0.0200057;REFB=0;REVB=0.015893;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296386;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr11 73141776 . T C 169.44 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0362063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7849;QD=16.5305;RBI=0.0363056;REFB=-0.0387644;REVB=-0.00268364;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324408;STB=0.682751;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0235483;OID=.;OPOS=73141776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:19:4:9:9:19:4 chr11 73441772 . A C 105.15 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.027903;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.125;QD=32.3529;RBI=0.0302226;REFB=-0.126188;REVB=0.0116117;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754271;STB=0.542293;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0103212;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:8:3:1:1:8:3:1:1 chr11 73543621 . T C 185.77 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162867;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9049;QD=43.7106;RBI=0.0181493;REFB=0.0249074;REVB=0.00800876;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031564;STB=0.51722;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000722596;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:14:2:0:1:14:2:0:1 chr11 73611349 . G C 376.24 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0177846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.78;QD=21.1966;RBI=0.0287127;REFB=-0.0066561;REVB=0.0225417;RO=33;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496178;STB=0.527458;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00435667;OID=.;OPOS=73611349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:14:24:19:14:14:24:19:14 chr11 73620537 . C G 402.64 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0141814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9951;QD=16.6035;RBI=0.189379;REFB=-0.0649993;REVB=-0.188847;RO=38;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093388;STB=0.539197;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0533827;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:38:55:42:42:0.43299:20:22:24:14:20:22:25:30 chr11 73670645 . T C 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00032159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.704;QD=57.5422;RBI=0.00945665;REFB=0;REVB=0.00945118;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09987e-05;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr11 73689104 . G A 284.96 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0153228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8581;QD=23.7462;RBI=0.0307147;REFB=0.00206658;REVB=0.0266196;RO=22;SAF=6;SAR=20;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296536;STB=0.666528;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000475193;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:20:6:12:10:20:6:12:10 chr11 73715542 . G A 194.29 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0147481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.862;QD=24.2865;RBI=0.0473728;REFB=-0.02089;REVB=0.0450186;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102746;STB=0.557317;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0159713;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:8:5:10:9:8:5 chr11 73717254 . A G 223.55 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0143321;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.241;QD=16.559;RBI=0.0165371;REFB=-0.0270765;REVB=-0.00825018;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231517;STB=0.629858;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0403293;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:8:21:12:13:8:21 chr11 73760413 . G T 331.4 PASS AF=0.5;AO=33;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0137811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.419;QD=18.9373;RBI=0.0152873;REFB=-0.00822902;REVB=-0.00661701;RO=35;SAF=11;SAR=22;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225331;STB=0.617381;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00606997;OID=.;OPOS=73760413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:33:35:0.5:22:11:20:15:23:12:20:15 chr11 73789332 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0078349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.464;QD=27.2323;RBI=0.00820325;REFB=-0.0148628;REVB=0.00243055;RO=17;SAF=17;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508589;STB=0.528133;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0101381;OID=.;OPOS=73789332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:9:17:10:7:9:17:10:7 chr11 73806443 . C T 122.73 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00744569;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.591;QD=21.3448;RBI=0.0382779;REFB=-0.0192623;REVB=-0.0375468;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.591095;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00949111;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:5:5:4:9:5:5 chr11 73965138 . C T 47.15 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00201054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.167;QD=11.0949;RBI=0.00964186;REFB=-0.00618487;REVB=0.00942991;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.765078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0123686;OID=.;OPOS=73965138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:5:5:6:1:5:5 chr11 73978243 . G A 296.68 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0525515;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.727;QD=23.7346;RBI=0.0531459;REFB=-0.0327497;REVB=0.00792674;RO=21;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106145;STB=0.558782;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0231637;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:29:29:0.58:10:19:11:10:10:19:11:10 chr11 74043708 . G A 322.42 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.391;QD=53.7367;RBI=0.0839852;REFB=0;REVB=0.029006;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186502;OID=.;OPOS=74043708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:16:8:0:0 chr11 74046975 . C T 101.56 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00614808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.019;QD=8.64335;RBI=0.0128416;REFB=-0.00266965;REVB=0.0112742;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235376;STB=0.644821;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0116763;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:4:9:17:17:4:9:17:17 chr11 74049569 . A G 476.69 PASS AF=0.479592;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00366978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8044;QD=19.4569;RBI=0.0156996;REFB=-0.013723;REVB=-0.0152647;RO=51;SAF=27;SAR=19;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397769;STB=0.528425;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0184889;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:51:51:46:47:0.479592:19:27:32:19:20:27:32:19 chr11 74053547 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00261356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.507;QD=57.1774;RBI=0.00767505;REFB=0;REVB=-0.00721635;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89086e-05;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr11 74109166 . A G 131.2 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0321825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.755;QD=14.184;RBI=0.0332293;REFB=-0.0256235;REVB=0.00827472;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144899;STB=0.598188;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0379196;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:22:14:15:0.405405:4:10:13:9:4:11:13:9 chr11 74167409 . T C 223.03 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2814;QD=49.5618;RBI=0.0739276;REFB=0;REVB=0.0542776;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153286;OID=.;OPOS=74167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 74168411 . A G 237.51 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0668755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8124;QD=18.628;RBI=0.0711277;REFB=-0.00119959;REVB=0.0242243;RO=26;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136863;STB=0.507686;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.000118725;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:16:9:9:17:16:9:9:17 chr11 74203308 . T A 190.25 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0386127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6505;QD=13.5891;RBI=0.0386668;REFB=-0.0140237;REVB=0.00204515;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174825;STB=0.586135;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.039424;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:33:22:23:0.410714:11:11:22:11:11:12:22:11 chr11 74204269 . T G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0526695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.877;QD=57.8838;RBI=0.095485;REFB=0;REVB=0.079645;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110987;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:45:15:0:0:45:15:0:0 chr11 74208029 . C T 185.42 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.012895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.139;QD=8.42801;RBI=0.0222503;REFB=-0.00533967;REVB=-0.0181327;RO=63;SAF=17;SAR=8;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352111;STB=0.708799;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0242247;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:63:25:25:0.284091:8:17:24:39:8:17:24:39 chr11 74208214 . G A 31.75 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0152783;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.899;QD=10.5818;RBI=0.0196911;REFB=0.010079;REVB=0.0124223;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.0144956;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr11 74208592 . G T 74.82 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0205851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8167;QD=13.0124;RBI=0.0423018;REFB=-0.0362951;REVB=0.0369553;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.759911;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0274817;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:22:23:13:13:9:10:0.434783:8:1:5:8:9:1:5:8 chr11 74278090 . C T 1606.55 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.435;QD=64.2619;RBI=0.0278093;REFB=0;REVB=0.0178353;RO=0;SAF=45;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86346e-05;OID=.;OPOS=74278090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:55:45:0:0:55:45:0:0 chr11 74278176 . C T 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0843419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8555;QD=15.7721;RBI=0.0855942;REFB=-0.0347906;REVB=-0.0145881;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327553;STB=0.518505;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0368262;OID=.;OPOS=74278176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:16:17:13:14:16:17 chr11 74329615 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.316;QD=52.6127;RBI=0.0215076;REFB=0;REVB=0.0139103;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033109;OID=.;OPOS=74329615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr11 74396330 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00939958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.323;QD=54.4808;RBI=0.010445;REFB=-0.0709383;REVB=0.00455473;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-2.23772e-05;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr11 74413872 . A G 196.86 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.018621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5228;QD=12.9091;RBI=0.03853;REFB=0.0118397;REVB=-0.0337316;RO=37;SAF=15;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338731;STB=0.519464;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0129865;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:9:15:22:15:9:15:22:15 chr11 74419357 . C T 505.69 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0161094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.279;QD=54.6691;RBI=0.0375121;REFB=-0.0950534;REVB=0.0338768;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.511621;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00983395;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:37:37:1:1:35:36:0.972973:14:21:0:1:15:21:1:0 chr11 74419378 . C T 97.08 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0355047;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0756;QD=9.95668;RBI=0.0772003;REFB=-0.0076117;REVB=-0.0685515;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166153;STB=0.609993;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0342406;OID=.;OPOS=74419378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:40:39:23:26:12:13:0.333333:4:8:12:11:4:9:14:12 chr11 74421964 . C T 302.87 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0726756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7024;QD=14.4225;RBI=0.0794086;REFB=0.00401983;REVB=0.0319997;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117037;STB=0.571387;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00480979;OID=.;OPOS=74421964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:50:34:34:0.404762:17:17:19:30:17:17:19:31 chr11 74546905 . G A 139.87 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00606261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.887;QD=16.9533;RBI=0.00810381;REFB=-0.00498832;REVB=0.00537741;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512395;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00796023;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:7:8:10:7:8:8:10:7 chr11 74553074 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.716;QD=60.229;RBI=0.0916482;REFB=0;REVB=-0.0873793;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382847;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr11 74559446 . G C 350.1 PASS AF=0.6;AO=29;DP=49;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0732967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3072;QD=28.0076;RBI=0.0985268;REFB=-0.0777367;REVB=0.0658417;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136318;STB=0.579948;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0419484;OID=.;OPOS=74559446;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:20:29:30:0.6:15:14:6:14:15:15:6:14 chr11 74559481 . C T 216.26 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0352159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.59;QD=29.8285;RBI=0.0554592;REFB=-0.0328453;REVB=0.0428434;RO=9;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393933;STB=0.521718;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0172827;OID=.;OPOS=74559481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:12:8:3:6:12:8:3:6 chr11 74563077 . G A 218.93 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0191911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.292;QD=11.6764;RBI=0.0216307;REFB=-0.00618025;REVB=0.00997934;RO=48;SAF=15;SAR=12;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13023;STB=0.575166;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.012268;OID=.;OPOS=74563077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:12:15:21:27:12:15:21:27 chr11 74705696 . T C 64.08 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.090142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9664;QD=9.4927;RBI=0.0931672;REFB=-0.0106229;REVB=-0.0235487;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419926;STB=0.713832;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0287801;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:27:16:18:9:9:0.333333:3:6:4:12:3:6:6:12 chr11 74862391 . A G 341.51 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.4108;QD=54.6422;RBI=0.133125;REFB=0;REVB=0.0362173;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206005;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:9:14:0:0:9:16:0:0 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G 54.84 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00284156;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=266.595;QD=8.43718;RBI=0.00735656;REFB=-0.00838965;REVB=-0.00678561;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32668;STB=0.726764;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.0201713;OID=.;OPOS=74873755;OREF=CACAGAAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:7:26:8:26:18:3:5:13:5:54:15:3:4:11:4 chr11 74880370 . G A 324.71 PASS AF=0.418605;AO=34;DP=85;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0105929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.191;QD=15.1025;RBI=0.0135037;REFB=-0.0472383;REVB=0.00837504;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380383;STB=0.530542;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0412962;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:50:34:36:0.418605:15:19:24:22:17:19:29:21 chr11 74883577 . G A 701.82 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.797;QD=62.3843;RBI=0.117061;REFB=0;REVB=0.112289;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340901;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:28:14:0:0:30:15:0:0 chr11 74904362 . T C 1401.76 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134133;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.05;QD=63.0004;RBI=0.0159942;REFB=0;REVB=0.0159378;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308729;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:41:46:0:0:42:47:0:0 chr11 74977067 . C T 156.28 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0197138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.562;QD=15.6276;RBI=0.021119;REFB=-0.0122561;REVB=0.00757478;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198847;STB=0.615243;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.013873;OID=.;OPOS=74977067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:11:12:12:5:11:12 chr11 74995350 . C T 98.43 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0492946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3578;QD=7.71971;RBI=0.0502651;REFB=-0.0167158;REVB=0.00982968;RO=35;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45637;STB=0.747496;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0326732;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:48:51:35:38:13:13:0.254902:4:9:10:25:4:9:13:25 chr11 75145952 . A G 519.93 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.114;QD=59.4205;RBI=0.0246473;REFB=0;REVB=-0.0245252;RO=0;SAF=26;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49928e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:8:26:0:0:8:27:0:0 chr11 75277628 . A G 802.79 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.336;QD=64.2229;RBI=0.0627936;REFB=0;REVB=0.060642;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80383e-05;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:33:14:0:0:36:14:0:0 chr11 75277992 . C T 716.07 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.317;QD=62.2669;RBI=0.0532908;REFB=0;REVB=0.0111485;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133793;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr11 75298797 . A G 96.04 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0107212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.483;QD=12.0049;RBI=0.0112542;REFB=-0.0136404;REVB=0.00342248;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.562397;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0172034;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:8:12:6:6:8:12 chr11 75428958 . A G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.021266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.335;QD=21.227;RBI=0.0225121;REFB=-0.00675537;REVB=-0.00738596;RO=24;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199591;STB=0.511074;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00559758;OID=.;OPOS=75428958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:14:15:13:11:14:15:13:11 chr11 75946552 . G A 311.94 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0121487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.506;QD=14.1789;RBI=0.0151721;REFB=-0.0108325;REVB=-0.00908856;RO=53;SAF=22;SAR=13;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168828;STB=0.596111;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0166086;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:13:22:25:28:13:22:25:28 chr11 76207633 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.851;QD=53.911;RBI=0.0166416;REFB=0;REVB=-0.000757787;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90926e-05;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr11 76368553 . A G 281.59 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00214907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0564;QD=17.0658;RBI=0.045423;REFB=-0.0142517;REVB=0.0453721;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164133;STB=0.592415;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0181616;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:21:10:17:18:21:10:17:18 chr11 76370792 . A G 463.82 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.435;QD=57.9772;RBI=0.029415;REFB=0;REVB=0.0292535;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147949;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr11 76372052 . A G 516.14 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00390206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.307;QD=55.7984;RBI=0.0752592;REFB=-0.102158;REVB=0.075158;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0046775;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:37:1:1:33:36:0.972973:16:17:1:0:19:17:1:0 chr11 76372418 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0008;QD=50.4116;RBI=0.0316867;REFB=0;REVB=0.0284415;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336077;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr11 76400134 . C T 171.3 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00125254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9829;QD=12.4582;RBI=0.0054958;REFB=-0.010797;REVB=0.00535117;RO=34;SAF=20;SAR=1;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613008;STB=0.87179;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0292393;OID=.;OPOS=76400134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:1:20:21:13:1:20:21:13 chr11 76400254 . T C 351.01 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0416796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5033;QD=18.0003;RBI=0.043423;REFB=0.00755471;REVB=-0.0121808;RO=41;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982795;STB=0.554908;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0084013;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:21:16:22:19:21:16:22:19 chr11 76418737 . A G 211.18 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850272;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8784;QD=49.6886;RBI=0.0677805;REFB=0;REVB=-0.0672451;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000928903;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:1:0:17:17:1:7:10:0:1:7:10:0:0 chr11 76507692 . T A 657.43 PASS AF=0.492537;AO=65;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=0.0164137;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0248;QD=19.6248;RBI=0.0259939;REFB=-0.0272222;REVB=0.0201563;RO=68;SAF=21;SAR=44;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132699;STB=0.576047;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.032735;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:68:65:66:0.492537:44:21:31:37:45:21:31:37 chr11 76508378 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.038529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.347;QD=11.9195;RBI=0.055748;REFB=-0.0469149;REVB=-0.0402908;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0311318;OID=.;OPOS=76508378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr11 76637651 . G A 207.57 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.029291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.431;QD=11.3737;RBI=0.0356917;REFB=0.000755206;REVB=-0.0203943;RO=46;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298223;STB=0.523386;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00259533;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:14:12:20:26:14:12:20:27 chr11 76637680 . G A 186.55 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=71;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.107244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.573;QD=9.94935;RBI=0.107696;REFB=0.000897137;REVB=0.00985246;RO=50;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722831;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182635;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:50:50:21:25:0.333333:13:8:22:28:14:11:22:28 chr11 76687399 . A C 279.35 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00734261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.05;QD=18.9387;RBI=0.00810951;REFB=-0.0097156;REVB=0.0034424;RO=28;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119684;STB=0.559441;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00785427;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:19:11:14:14:19:11:14:15 chr11 76701606 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0120679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.227;QD=13.4589;RBI=0.0121281;REFB=-0.0212116;REVB=-0.0012065;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108251;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0287307;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:10:6:10:16:10:6:10:16 chr11 76732308 . G A 181.63 PASS AF=0.404255;AO=17;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00754939;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.089;QD=15.4576;RBI=0.0253612;REFB=-0.000980879;REVB=-0.0242115;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412186;STB=0.530531;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00162603;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:28:17:19:0.404255:11:6:9:14:12:7:9:19 chr11 76732949 . T C 48.92 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0117282;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.1914;QD=11.5108;RBI=0.0247259;REFB=0.00168925;REVB=0.0217674;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.576693;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00124637;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:17:9:10:7:7:0.411765:2:5:5:4:2:5:6:4 chr11 76751541 . CT C 271.5 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122988;FXX=0.0768935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3825;QD=45.2504;RBI=0.0634243;REFB=0;REVB=-0.0622204;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0041624;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:26:24:24:0:19:5:0:0:5:0:19:5:0:0 chr11 76751584 . CT C,CC 737.94 PASS AF=0.924528,0.0754717;AO=49,4;DP=54;FAO=49,4;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=37,3;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00741673,0.00663932;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=259.841,238.733;QD=55.6933;RBI=0.0458536,0.0708995;REFB=0,0;REVB=-0.0452498,-0.070588;RO=0;SAF=37,3;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000941967,0.019315;OID=.,.;OPOS=76751585,76751585;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.924528,0.0754717:49,4:54:49,4:53:0:37,3:12,1:0:0:13:0:37,3:12,1:0:0 chr11 76751603 . CT C 702.86 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.6345;QD=46.0894;RBI=0.108816;REFB=0;REVB=-0.0947684;RO=0;SAF=43;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00309371;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:61:61:61:0:44:17:0:0:13:0:43:17:0:0 chr11 76799004 . T C 209.22 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00465142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.887;QD=18.1927;RBI=0.0402735;REFB=-0.00523327;REVB=0.040004;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878716;STB=0.549952;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00619856;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:12:13:9:12:12:13 chr11 76827360 . A G 278.79 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00803539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.948;QD=16.3993;RBI=0.077291;REFB=-0.0313182;REVB=-0.0768721;RO=37;SAF=11;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15845;STB=0.589332;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0427786;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:20:11:19:18:20:11:19:18 chr11 76836864 . G A 1559.47 PASS AF=0.955752;AO=108;DP=113;FAO=108;FDP=113;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0295511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.327;QD=55.2024;RBI=0.0303917;REFB=-0.0613651;REVB=0.00709878;RO=4;SAF=42;SAR=66;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255659;STB=0.509782;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000241515;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:113:113:4:5:108:108:0.955752:66:42:3:1:66:42:3:2 chr11 76853783 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0159628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.078;QD=16.7278;RBI=0.0231117;REFB=-0.0122483;REVB=-0.0167135;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376286;STB=0.745477;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00582746;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:19:16:16:0.457143:5:11:4:12:5:11:4:15 chr11 76868372 . T C 142.59 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0247284;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8561;QD=12.1355;RBI=0.0424535;REFB=-0.0311522;REVB=0.0345081;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539783;STB=0.531875;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0547665;OID=.;OPOS=76868372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:17:14:8:8:17:14 chr11 76890115 . C T 143.67 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00760821;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.362;QD=13.6826;RBI=0.0188945;REFB=-0.0150024;REVB=-0.017295;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320833;STB=0.687266;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.029979;OID=.;OPOS=76890115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:10:16:5:11:10:16 chr11 76895770 . GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT G 70.5 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00302026;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=22;MLLD=581.139;QD=8.54563;RBI=0.0259952;REFB=-0.00190992;REVB=-0.0258192;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259769;STB=0.713877;STBP=0.104;TYPE=del;VARB=0.00275284;OID=.;OPOS=76895771;OREF=GGAGGCGGGGACACCAGGGCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:12:32:12:33:21:10:2:12:9:70:17:10:2:11:6 chr11 76910766 . C T 394.17 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0268577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.196;QD=19.7087;RBI=0.0291195;REFB=-0.024263;REVB=-0.011252;RO=40;SAF=25;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115942;STB=0.564483;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0225501;OID=.;OPOS=76910766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:40:40:0.5:15:25:20:20:15:25:20:20 chr11 76912636 . A T 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00257396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.02;QD=15.6456;RBI=0.00265048;REFB=-0.0251972;REVB=0.00063228;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124398;STB=0.571361;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0229177;OID=.;OPOS=76912636;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:18:11:6:16:18:11 chr11 76917220 . A G 121.49 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0252921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7461;QD=15.1866;RBI=0.031405;REFB=-0.0160511;REVB=-0.0186169;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0197833;OID=.;OPOS=76917220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:9:9:7:7:9:9 chr11 76919478 . C A 46.51 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0386568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6881;QD=10.3347;RBI=0.0467562;REFB=-0.0173947;REVB=-0.026302;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0480757;OID=.;OPOS=76919478;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:8:3:2:5:8:3 chr11 76928149 . A G 2135.16 PASS AF=0.978723;AO=138;DP=141;FAO=138;FDP=141;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00690411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.299;QD=60.5718;RBI=0.0183503;REFB=-0.142225;REVB=0.017002;RO=3;SAF=63;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855524;STB=0.504501;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.000524407;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:141:141:3:3:138:138:0.978723:75:63:2:1:75:63:2:1 chr11 76954788 . T TA 395.33 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.4513;QD=43.9252;RBI=0.056523;REFB=0;REVB=-0.0533678;RO=7;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00151037;OID=.;OPOS=76954789;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:36:36:36:0:13:23:0:0:7:7:13:16:0:7 chr11 76954812 . T C 501.58 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00492258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.65;QD=59.0089;RBI=0.0443302;REFB=0;REVB=0.044056;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271352;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 76954833 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.572;QD=60.609;RBI=0.055868;REFB=0;REVB=0.0166509;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123229;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr11 76979586 . T G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0190043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.242;QD=14.0975;RBI=0.0297586;REFB=-0.023443;REVB=0.0229;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0321917;OID=.;OPOS=76979586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:7:6:10:8:7:6:10:8 chr11 77033699 . A G 598.57 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128336;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.058;QD=61.392;RBI=0.0143262;REFB=0;REVB=-0.00636697;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332187;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 77378388 . T C 145.51 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00572452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.959;QD=16.1678;RBI=0.00591165;REFB=-0.0150918;REVB=0.00147562;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.534921;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0251947;OID=.;OPOS=77378388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:9:10:9:7:10:10 chr11 77378505 . A G 44.75 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0173765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3301;QD=7.45879;RBI=0.0860883;REFB=-0.0103616;REVB=-0.0843164;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500367;STB=0.80571;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0162656;OID=.;OPOS=77378505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:4:13:2:5:4:13 chr11 77402734 . C A 96.76 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0216032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.826;QD=12.4856;RBI=0.0269114;REFB=-0.01533;REVB=-0.0160475;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292886;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0212386;OID=.;OPOS=77402734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:7:11:7:5:7:12 chr11 77409568 . T C 258.24 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0495705;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.759;QD=22.9546;RBI=0.0503352;REFB=-0.00702854;REVB=0.00874024;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736841;STB=0.548346;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00561315;OID=.;OPOS=77409568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:23:24:0.533333:15:8:9:12:16:8:9:12 chr11 77412158 . A AT,T 44.81 PASS AF=0.225,0;AO=9,2;DP=42;FAO=9,0;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0407774,0.0424909;FXX=0.0476077;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=17.5187,32.0296;QD=4.4809;RBI=0.0641528,0.0611698;REFB=-0.0627794,-0.049478;REVB=0.0495256,-0.0440031;RO=30;SAF=1,1;SAR=8,1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.615898,-0.122046;STB=0.809879,0.5;STBP=0.065,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.11274,0;OID=.,.;OPOS=77412159,77412158;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:42:40:30:31:9,2:9,0:0.225,0:8,1:1,1:19:11:7,0:2,0:20:11 chr11 77412851 . A G 300.34 PASS AF=0.563636;AO=25;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00653561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.47;QD=21.843;RBI=0.0110129;REFB=-0.0238673;REVB=0.00886397;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00777152;STB=0.528948;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0207195;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:24:25:31:0.563636:10:15:14:9:11:20:14:10 chr11 77504709 . C T 155.0 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0561917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0743;QD=15.122;RBI=0.0951243;REFB=-0.0358013;REVB=-0.0767537;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181668;STB=0.605548;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0486053;OID=.;OPOS=77504709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:5:12:13:11:5:12:13:11 chr11 77553638 . T C 276.93 PASS AF=1;AO=12;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134058;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.443;QD=52.7489;RBI=0.0237148;REFB=0;REVB=0.0195621;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120179;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:12:21:1:5:7:0:0:7:14:0:0 chr11 77583266 . G A 70.21 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0311079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3022;QD=6.84969;RBI=0.031124;REFB=-0.0150878;REVB=0.00100218;RO=31;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192755;STB=0.512171;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0307804;OID=.;OPOS=77583266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:5:5:15:16:5:5:15:16 chr11 77597486 . C T 432.27 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0302816;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.764;QD=48.0297;RBI=0.0305771;REFB=-0.0534534;REVB=0.00424065;RO=4;SAF=13;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123883;STB=0.566625;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00266128;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:4:4:32:32:0.888889:19:13:4:0:19:13:4:0 chr11 77597567 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0131312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.101;QD=18.7675;RBI=0.0172808;REFB=-0.0356035;REVB=0.0112338;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0065753;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr11 77597794 . G C 429.83 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.905;QD=57.3102;RBI=0.0541098;REFB=0;REVB=0.0530598;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118784;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:13:17:0:0 chr11 77614592 . C T 48.81 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0226369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5509;QD=2.56895;RBI=0.0271216;REFB=-0.00599672;REVB=-0.0149383;RO=65;SAF=2;SAR=8;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429047;STB=0.807684;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0261902;OID=.;OPOS=77614592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:76:65:66:10:10:0.131579:8:2:36:29:8:2:37:29 chr11 77635882 . A C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.015436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.025;QD=10.7536;RBI=0.0408845;REFB=-0.0153264;REVB=-0.0378585;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855449;STB=0.551103;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0385885;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:12:14:6:7:12:14 chr11 77734209 . T C 746.2 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3052;QD=63.5064;RBI=0.025696;REFB=0;REVB=-0.0225119;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94055e-05;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr11 77790653 . T C 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3204;QD=59.8309;RBI=0.0588533;REFB=0;REVB=-0.0516559;RO=0;SAF=47;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000283118;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:55:47:0:0:55:47:0:0 chr11 77909014 . G A 238.6 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00493062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.835;QD=27.2681;RBI=0.0401658;REFB=-0.0145296;REVB=0.039862;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410802;STB=0.522707;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00527717;OID=.;OPOS=77909014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:8:14:9:4:8:14:9:4 chr11 77920563 . G T 280.1 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00639117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.985;QD=24.898;RBI=0.023211;REFB=-0.0025973;REVB=0.0223138;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359794;STB=0.527376;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00194867;OID=.;OPOS=77920563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:19:25:26:0.577778:12:13:9:10:12:14:9:10 chr11 77920863 . C A 77.64 PASS AF=0.434783;AO=6;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0367408;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.9334;QD=13.5031;RBI=0.0397618;REFB=0.0286854;REVB=0.0152025;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439131;STB=0.653583;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.0493751;OID=.;OPOS=77920863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:23:23:7:13:6:10:0.434783:4:2:6:1:4:6:11:2 chr11 77920930 . A G 36.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0261469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.837;QD=6.12428;RBI=0.0263003;REFB=-0.0368025;REVB=0.00283654;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954119;STB=0.587933;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0808882;OID=.;OPOS=77920930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:24:17:18:6:6:0.25:2:4:10:7:2:4:10:8 chr11 77921527 . G C 168.49 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00226211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.017;QD=12.4805;RBI=0.007223;REFB=-0.0125376;REVB=-0.00685964;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114093;STB=0.578874;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0203991;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:10:10:13:20:10:11:13:20 chr11 77928184 . TC TCATTA,T 66.01 PASS AF=0.25641,0;AO=7,8;DP=39;FAO=10,0;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=1,0;FSAR=9,0;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0797087,-0.540534;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=4,1;MLLD=240.158,16.0262;QD=6.77035;RBI=0.0802331,0.544951;REFB=-0.0170252,-0.0346198;REVB=-0.00915823,-0.0692397;RO=21;SAF=0,6;SAR=7,2;SRF=3;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0.378378;SSSB=-0.656733,0.621881;STB=0.755662,0.5;STBP=0.114,1;TYPE=ins,del;VARB=0.0461218,0;OID=.,.;OPOS=77928186,77928185;OREF=-,C;OALT=ATTA,-;OMAPALT=TCATTA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641,0:7,8:39:10,0:39:29:1,0:9,0:9:20:66:21:0,6:7,2:3:18 chr11 77930138 . T C 259.94 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0155459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.865;QD=31.5076;RBI=0.0287791;REFB=-0.0553631;REVB=0.024219;RO=10;SAF=16;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605245;STB=0.533304;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0233175;OID=.;OPOS=77930138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:7:16:6:4:7:16:6:4 chr11 77930345 . T C 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00147491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.341;QD=21.7463;RBI=0.00147756;REFB=-0.0184475;REVB=8.84261e-05;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179248;STB=0.599914;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0164899;OID=.;OPOS=77930345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:15:5:10:12:15:5 chr11 77936166 . A G 125.86 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0111888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.003;QD=18.6458;RBI=0.068312;REFB=0.033252;REVB=0.0673895;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433833;STB=0.740476;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0062882;OID=.;OPOS=77936166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:0:13:7:7:0:13 chr11 77937800 . G A 405.69 PASS AF=0.460526;AO=29;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00321463;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.628;QD=21.3522;RBI=0.00338295;REFB=-0.011503;REVB=-0.0010538;RO=34;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270524;STB=0.551093;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0224153;OID=.;OPOS=77937800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:29:35:0.460526:18:11:12:22:18:17:13:21 chr11 78369255 . A AC 32.21 PASS AF=0.4;AO=5;DP=23;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0584102;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=79.5865;QD=6.44282;RBI=0.0603525;REFB=-0.00894778;REVB=0.0151876;RO=16;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.620184;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=ins;VARB=0.185234;OID=.;OPOS=78369256;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:23:8:20:12:5:3:8:4:32:16:1:4:13:3 chr11 78437182 . G A 814.3 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0995679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.045;QD=54.2868;RBI=0.103182;REFB=-0.140069;REVB=0.0270706;RO=2;SAF=16;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553746;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00479778;OID=.;OPOS=78437182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:2:1:58:59:0.983333:42:16:2:0:42:17:1:0 chr11 78574164 . A G 320.46 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00735911;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.626;QD=21.0141;RBI=0.0450262;REFB=-0.00642447;REVB=-0.0444208;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108742;STB=0.566351;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00324766;OID=.;OPOS=78574164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:19:14:8:19:19:14:8:20 chr11 78600878 . C T 152.57 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0584742;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.296;QD=11.515;RBI=0.0587181;REFB=-0.00170884;REVB=-0.00534611;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299206;STB=0.675813;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00804531;OID=.;OPOS=78600878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:34:18:19:0.358491:6:12:13:20:6:13:14:20 chr11 79133220 . T C 178.77 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0449578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3742;QD=22.3461;RBI=0.0449718;REFB=0.0149535;REVB=0.00112041;RO=13;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10519;STB=0.538964;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00732936;OID=.;OPOS=79133220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:10:8:4:9:10:8:5:9 chr11 81262829 . G C 157.65 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0164157;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.374;QD=12.1266;RBI=0.0488181;REFB=-0.00717603;REVB=-0.0459753;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126949;STB=0.59494;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.018051;OID=.;OPOS=81262829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:19:19:0.365385:12:7:15:16:12:7:17:16 chr11 81262836 . T A 173.72 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0102132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.743;QD=12.8684;RBI=0.0144539;REFB=-0.0100657;REVB=-0.0102277;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920612;STB=0.553141;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0149286;OID=.;OPOS=81262836;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:17:16:12:9:17:16 chr11 81264998 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00823971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.356;QD=53.9108;RBI=0.0131445;REFB=0;REVB=0.0102413;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46087e-05;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 81265047 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0407002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9884;QD=11.6336;RBI=0.0440483;REFB=-0.00320259;REVB=-0.0168447;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.666325;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.000936367;OID=.;OPOS=81265047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:9:7:7:3:9:7 chr11 82443672 . C G 214.22 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0568104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.271;QD=45.0996;RBI=0.065968;REFB=-0.098021;REVB=0.0335314;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00312488;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:9:9:0:0:9:9:1:0 chr11 82443817 . G A 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2118;QD=56.6906;RBI=0.0568668;REFB=0;REVB=0.00807022;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109235;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr11 82535963 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0102797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.007;QD=19.0004;RBI=0.0708086;REFB=-0.0261908;REVB=-0.0700584;RO=17;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329872;STB=0.690328;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0158211;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:3:14:9:8:3:14:9:8 chr11 82643760 . G T 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.513;QD=53.9051;RBI=0.0486435;REFB=0;REVB=0.0400148;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230435;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 82973004 . C T 213.77 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0753616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.278;QD=45.0034;RBI=0.0755325;REFB=-0.131564;REVB=-0.00507696;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0167267;OID=.;OPOS=82973004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:17:18:0.947368:9:8:0:0:9:9:0:1 chr11 82996986 . A C 233.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00644681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.483;QD=16.98;RBI=0.00678972;REFB=-0.0180515;REVB=0.00213048;RO=28;SAF=16;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269558;STB=0.522371;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0213982;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:10:16:18:10:10:16:19:10 chr11 85195025 . A C 1775.06 PASS AF=0.931298;AO=122;DP=131;FAO=122;FDP=131;FR=.;FRO=9;FSAF=34;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.031861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.464;QD=54.2002;RBI=0.0631005;REFB=0.0337601;REVB=-0.054466;RO=9;SAF=34;SAR=88;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264872;STB=0.513985;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00439746;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:131:131:9:9:122:122:0.931298:88:34:4:5:88:34:4:5 chr11 85195075 . T C 2210.52 PASS AF=0.93865;AO=153;DP=164;FAO=153;FDP=163;FR=.;FRO=10;FSAF=41;FSAR=112;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00303935;FXX=0.00609719;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.267;QD=54.2459;RBI=0.0162922;REFB=0.0128463;REVB=0.0160062;RO=10;SAF=41;SAR=112;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338345;STB=0.517839;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0010509;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:164:163:10:10:153:153:0.93865:112:41:5:5:112:41:5:5 chr11 85195154 . A T 1611.02 PASS AF=0.956897;AO=107;DP=112;FAO=111;FDP=116;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0500883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.718;QD=55.5523;RBI=0.0656506;REFB=-0.0378916;REVB=0.0424402;RO=5;SAF=39;SAR=68;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213705;STB=0.510608;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0027855;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:116:5:5:107:111:0.956897:68:39:3:2:70:41:3:2 chr11 85195185 . T C 755.05 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0213346;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.206;QD=52.0727;RBI=0.0300597;REFB=-0.0250773;REVB=0.021176;RO=3;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119145;STB=0.506327;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.000786607;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:58:3:3:55:55:0.948276:30:25:1:2:30:25:1:2 chr11 85195190 . CA GG 623.33 PASS AF=0.955556;AO=37;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0146306;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.151;QD=55.4073;RBI=0.0290914;REFB=-0.0355287;REVB=0.0251447;RO=2;SAF=19;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129717;STB=0.500517;STBP=0.868;TYPE=mnp;VARB=0.00140572;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:37:43:0.955556:18:19:1:1:22:21:1:1 chr11 85195226 . T C 177.34 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0428841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.585;QD=39.4089;RBI=0.0446483;REFB=0.0394283;REVB=-0.0124269;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012825;STB=0.507033;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.000691033;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:1:1:7:9:1:1 chr11 85374483 . T A 42.42 PASS AF=0.185185;AO=3;DP=45;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0366206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.063;QD=3.14243;RBI=0.036684;REFB=-0.00185166;REVB=0.00215549;RO=41;SAF=2;SAR=1;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239718;STB=0.810986;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0137402;OID=.;OPOS=85374483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:45:54:41:44:3:10:0.185185:1:2:17:24:2:8:18:26 chr11 85374993 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00519539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.842;QD=21.0153;RBI=0.0054143;REFB=-0.0259147;REVB=0.001524;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193001;STB=0.510903;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0321829;OID=.;OPOS=85374993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:6:7:9:7:6:7 chr11 85435730 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.039;QD=63.5823;RBI=0.0580309;REFB=0;REVB=-0.0546001;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296167;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr11 85436352 . G A 861.45 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00285977;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.25;QD=57.4301;RBI=0.00405283;REFB=0;REVB=0.00287179;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011006;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:27:32:0:0:27:33:0:0 chr11 85436394 . T C 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.863;QD=57.3815;RBI=0.0438749;REFB=0;REVB=0.0424914;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9395e-05;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr11 85436500 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.527;QD=56.1911;RBI=0.0588969;REFB=0;REVB=0.0497535;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124266;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr11 85436699 . A G 501.49 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000406694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.207;QD=58.999;RBI=0.0306514;REFB=0;REVB=0.0306487;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159689;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:8:26:0:0 chr11 85436868 . G C 507.68 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0757894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.818;QD=58.0208;RBI=0.0767038;REFB=0;REVB=0.0118084;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165316;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:16:17:0:0:16:19:0:0 chr11 85437896 . A G 412.72 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991445;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3231;QD=55.0289;RBI=0.142136;REFB=0;REVB=0.14179;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0088442;OID=.;OPOS=85437896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:10:18:0:0:12:18:0:0 chr11 85447611 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8176;QD=62.3503;RBI=0.0475025;REFB=0;REVB=0.0380086;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068985;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr11 85456703 . T C 1044.24 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3552;QD=59.6707;RBI=0.0286505;REFB=0;REVB=-0.0260859;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133557;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr11 85968623 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0870692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7428;QD=7.76207;RBI=0.0872553;REFB=-0.0183208;REVB=-0.00569578;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0388905;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:8:4:2:4:9:4 chr11 86098680 . T C 733.89 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5228;QD=61.1571;RBI=0.0295762;REFB=-0.150522;REVB=0.00568972;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019193;STB=0.5102;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00449246;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:0:1:24:23:0:1 chr11 86123467 . G A 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0299687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.567;QD=14.2312;RBI=0.02997;REFB=-0.00903758;REVB=0.000282738;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175592;STB=0.509992;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0104162;OID=.;OPOS=86123467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:14:12:16:20:14:12:16:20 chr11 86153911 . G A 137.8 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00930423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.128;QD=14.5051;RBI=0.0618816;REFB=-0.0781329;REVB=-0.0611781;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199178;STB=0.5345;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0956278;OID=.;OPOS=86153911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:22:13:15:0.394737:7:6:9:4:8:7:9:13 chr11 86161388 . C G 129.6 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0468075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3081;QD=13.2922;RBI=0.046827;REFB=-0.0118641;REVB=0.00135226;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165628;STB=0.596484;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0123608;OID=.;OPOS=86161388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:9:15:7:8:9:15 chr11 86175193 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.649;QD=61.3364;RBI=0.0128453;REFB=0;REVB=0.00716347;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74603e-05;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr11 86267678 . G A 371.59 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00078772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.25;QD=22.8671;RBI=0.0277588;REFB=0.00491331;REVB=0.0277476;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597072;STB=0.532871;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00332712;OID=.;OPOS=86267678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:17:20:13:15:17:20:13:15 chr11 86660886 . G A 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00784271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.202;QD=17.4906;RBI=0.0130366;REFB=0.00972698;REVB=-0.0104136;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105902;STB=0.559542;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.00835271;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:14:16:18:10:14:16 chr11 87908448 . A G 1144.31 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0093908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7794;QD=57.9397;RBI=0.012734;REFB=-0.0785933;REVB=-0.00860045;RO=2;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215028;STB=0.511361;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00481988;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:43:34:0:2:43:34:0:2 chr11 88045582 . TA CG,TG 750.72 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,50;DP=54;FAO=3,51;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379095,0.000999776;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=107.735,72.586;QD=55.6091;RBI=0.0386933,0.0353678;REFB=0,0;REVB=0.00774867,0.0353537;RO=0;SAF=0,26;SAR=3,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.10374e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0364754,-0.000496111;OID=.,.;OPOS=88045582,88045583;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:54:54:0:0:3,50:3,51:0.0555556,0.944444:3,24:0,26:0:0:3,24:0,27:0:0 chr11 88645129 . T A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00225619;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.895;QD=7.27159;RBI=0.00817286;REFB=-0.00417585;REVB=0.00785527;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196606;STB=0.625711;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0111199;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:7:2:9:16:7:2:9:16 chr11 89069084 . C T 311.42 PASS AF=0.507692;AO=32;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0214529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.718;QD=19.164;RBI=0.021507;REFB=-0.0213784;REVB=0.00152512;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699312;STB=0.553402;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0143487;OID=.;OPOS=89069084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:32:32:33:0.507692:19:13:15:16:20:13:16:16 chr11 89070602 . A G 61.52 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=0.00628777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.415;QD=7.03137;RBI=0.0355904;REFB=-0.00205508;REVB=0.0350306;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38028;STB=0.731281;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00948661;OID=.;OPOS=89070602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:20:6:5:4:20:6 chr11 89133449 . C T 962.73 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.99;QD=58.3474;RBI=0.0569591;REFB=0;REVB=0.0200661;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145303;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:64:66:1:34:30:0:0:34:32:0:0 chr11 89443808 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6996;QD=45.8066;RBI=0.0726212;REFB=0;REVB=0.0714022;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254582;OID=.;OPOS=89443808;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr11 89531540 . C T 638.43 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.178;QD=59.3892;RBI=0.0384149;REFB=-0.120085;REVB=-0.0101976;RO=1;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228919;STB=0.512189;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00323458;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:20:22:0:1:20:22:0:1 chr11 89531619 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0371315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.847;QD=5.68917;RBI=0.0396543;REFB=-0.0051341;REVB=0.0139183;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.014847;OID=.;OPOS=89531619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:9:10:3:3:9:10 chr11 89774236 . C G 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0168391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4535;QD=24.0729;RBI=0.0549692;REFB=0.00107873;REVB=0.0523264;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176469;STB=0.59984;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00224211;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:3:4:4:9:3:4 chr11 89774448 . G A 102.76 PASS AF=0.258621;AO=14;DP=57;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0177373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7757;QD=7.08711;RBI=0.063213;REFB=-0.0218919;REVB=0.0606735;RO=43;SAF=7;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991482;STB=0.535915;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0817086;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:43:43:14:15:0.258621:7:7:18:25:8:7:18:25 chr11 89868755 . G A 217.78 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00461505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0494;QD=16.7525;RBI=0.00850766;REFB=-0.0141558;REVB=-0.00714715;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26189;STB=0.653969;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00784154;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:11:13:7:20:11:13:7:21 chr11 89880604 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00406858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.172;QD=15.6453;RBI=0.0167003;REFB=-0.00370187;REVB=0.0161972;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140847;STB=0.568566;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00723273;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:11:11:10:18:11:11:11:18 chr11 89916080 . G C 304.69 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0239401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.403;QD=18.4661;RBI=0.0308628;REFB=-0.0173392;REVB=0.0194778;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152411;STB=0.590439;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0159695;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:32:33:0.5:18:14:20:13:19:14:20:13 chr11 89935586 . G T 141.79 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0989803;FXX=0.0476115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2031;QD=9.45257;RBI=0.103691;REFB=-0.0157519;REVB=-0.0308976;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300076;STB=0.676743;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0270922;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:41:41:19:19:0.316667:7:12:15:26:7:12:15:26 chr11 91545212 . C G 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0290579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1902;QD=17.2251;RBI=0.0396402;REFB=-0.0677566;REVB=-0.0269627;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0555804;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:1:5:5:3:1:5 chr11 92531356 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.572;QD=55.0987;RBI=0.0209083;REFB=0;REVB=0.0203763;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47616e-05;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 92532677 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7801;QD=35.5726;RBI=0.0877817;REFB=0;REVB=-0.0875665;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00710878;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr11 92534442 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0832332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.926;QD=44.6888;RBI=0.0835178;REFB=0;REVB=-0.00688884;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511408;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr11 92623877 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0189234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.102;QD=13.336;RBI=0.0209516;REFB=-0.0153939;REVB=0.00899319;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.571334;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0178961;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:14:10:8:7:14:10 chr11 92627848 . A G 854.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472952;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.49;QD=57.9146;RBI=0.0477138;REFB=0;REVB=0.00630642;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09281e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr11 92629305 . C T 271.93 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0533005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6385;QD=20.9176;RBI=0.0539829;REFB=-0.0450922;REVB=-0.00855622;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241209;STB=0.50276;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0408595;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:23:24:28:28:0.538462:15:13:10:13:15:13:11:13 chr11 92715363 . C T 181.16 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0212015;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.653;QD=12.9397;RBI=0.0569827;REFB=-0.0305927;REVB=-0.0528916;RO=34;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540264;STB=0.531221;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0419099;OID=.;OPOS=92715363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:17:5:9:25:17:5:9:25 chr11 92718105 . G A 86.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0177491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.455;QD=12.8615;RBI=0.0183096;REFB=-0.00146266;REVB=-0.00449547;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00556921;OID=.;OPOS=92718105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:7:9:7:4:7:9 chr11 92718127 . G C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00455303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.175;QD=22.6322;RBI=0.00671709;REFB=-0.011678;REVB=-0.00493854;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19275;STB=0.608533;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00850083;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:2:6:6:7:2:6 chr11 93085537 . T G 915.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.629;QD=58.1584;RBI=0.0210931;REFB=0;REVB=0.020655;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3921e-05;OID=.;OPOS=93085537;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:33:27:0:0:34:29:0:0 chr11 93129483 . GA CG 289.76 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242327;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.233;QD=52.6828;RBI=0.0242523;REFB=0;REVB=0.000974777;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000249348;OID=.;OPOS=93129483;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr11 93141579 . AC A,AA 337.18 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,22;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016814,0.0171431;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.967,265.367;QD=53.9484;RBI=0.0217535,0.0202316;REFB=0,0;REVB=0.0138023,0.0107439;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0795094,-0.0017686;OID=.,.;OPOS=93141580,93141580;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:3,22:25:1,24:25:0:0,8:1,16:0:0:4:0:2,6:1,16:0:0 chr11 93211764 . A G 878.27 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8484;QD=56.6625;RBI=0.0892858;REFB=-0.0862944;REVB=0.075919;RO=1;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219443;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017424;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:62:62:1:0:61:62:1:21:40:0:1:22:40:0:0 chr11 93212254 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.935;QD=64.1534;RBI=0.0375259;REFB=0;REVB=0.027837;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306433;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr11 93400796 . C T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0391973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.725;QD=20.4557;RBI=0.0512867;REFB=-0.0196774;REVB=0.0330741;RO=15;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106919;STB=0.560369;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0243504;OID=.;OPOS=93400796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:8:9:6:9:8:9:6:9 chr11 93402006 . A G 148.4 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.058779;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.39;QD=25.8094;RBI=0.0593419;REFB=-0.0285186;REVB=0.00815413;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156502;STB=0.562414;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0216669;OID=.;OPOS=93402006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:9:8:15:15:0.652174:5:10:4:5:5:10:4:4 chr11 93402096 . C A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3145;QD=49.5962;RBI=0.0907295;REFB=0;REVB=-0.00219846;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000598983;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 93408831 . G A 619.95 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.85;QD=59.0424;RBI=0.0439228;REFB=0.0616016;REVB=-0.0201098;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00021434;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:0:1:27:14:0:1 chr11 93425159 . C A 1087.7 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5126;QD=57.2476;RBI=0.0502564;REFB=-0.0707189;REVB=0.0349833;RO=2;SAF=35;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262641;STB=0.513885;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000921616;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:39:35:2:0:39:35:2:0 chr11 93431931 . C A 73.24 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0111014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.969;QD=11.7191;RBI=0.0117824;REFB=-0.00700909;REVB=-0.0039475;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623591;STB=0.571205;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0218371;OID=.;OPOS=93431931;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:25:25:15:15:6:7:0.28:1:5:12:3:1:6:12:3 chr11 93460160 . A C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0120267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.206;QD=7.76202;RBI=0.023101;REFB=-0.0145018;REVB=-0.0197234;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.74376;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.04548;OID=.;OPOS=93460160;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:7:6:1:5:7:6 chr11 93462607 . A T 184.78 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.028436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5014;QD=12.1167;RBI=0.0336651;REFB=-0.0205727;REVB=0.0180204;RO=38;SAF=6;SAR=17;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425236;STB=0.745191;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0432621;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:17:6:25:13:17:6:25:13 chr11 93464175 . A C 177.4 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00539848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.342;QD=21.5026;RBI=0.0130822;REFB=-0.041054;REVB=0.0119164;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018107;STB=0.510193;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0430534;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:8:7:8:10:8:7 chr11 93474570 . T TGCGTGA 819.49 PASS AF=0.752941;AO=62;DP=92;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0016878;FXX=0.0659268;HRUN=1;LEN=6;MLLD=224.883;QD=38.5644;RBI=0.00269791;REFB=-0.0766884;REVB=0.00210477;RO=23;SAF=36;SAR=26;SRF=21;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177829;STB=0.582065;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.0181066;OID=.;OPOS=93474571;OREF=-;OALT=GCGTGA;OMAPALT=TGCGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.752941:62:92:64:85:21:38:26:19:2:99:23:36:26:21:2 chr11 93517874 . C G 211.16 PASS AF=0.525;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00564369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.78;QD=21.1155;RBI=0.00628699;REFB=-0.0468011;REVB=0.00277038;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102566;STB=0.54541;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0247797;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:19:19:19:21:0.525:13:6:8:11:14:7:8:11 chr11 93517886 . G C 86.98 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0209883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1263;QD=12.8855;RBI=0.0228412;REFB=-0.0413571;REVB=-0.00901171;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119984;STB=0.571292;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00857296;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:6:10:8:3:6:10 chr11 93529655 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00631635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.726;QD=9.4913;RBI=0.00821063;REFB=-0.0079094;REVB=-0.00524577;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0157673;OID=.;OPOS=93529655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:7:11:6:3:7:11 chr11 93545224 . A T 142.55 PASS AF=0.285714;AO=19;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.000889098;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.413;QD=8.1456;RBI=0.00735981;REFB=-0.00688319;REVB=0.00730591;RO=50;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555586;STB=0.514271;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0131082;OID=.;OPOS=93545224;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:50:50:19:20:0.285714:9:10:24:26:10:10:24:26 chr11 93797619 . A G 523.63 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7398;QD=58.1815;RBI=0.0195052;REFB=0;REVB=0.00378102;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332426;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:27:9:0:0 chr11 93845511 . A G 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.818;QD=57.5421;RBI=0.053801;REFB=0;REVB=-0.00128025;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69181e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr11 93862493 . A C 1054.14 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0303055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7426;QD=56.9808;RBI=0.0337139;REFB=0.0429097;REVB=-0.0147718;RO=1;SAF=50;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936655;STB=0.509801;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00743617;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:22:50:1:0:22:50:2:0 chr11 94231257 . C G 520.84 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0212147;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.65;QD=54.8257;RBI=0.0366478;REFB=-0.0983568;REVB=-0.029883;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445069;STB=0.522715;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00127042;OID=.;OPOS=94231257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:35:36:0.947368:20:15:0:2:21:15:0:2 chr11 94231847 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=10;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0416274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.896;QD=8.73776;RBI=0.0419735;REFB=0.00391043;REVB=-0.00537903;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13765;STB=0.650823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00691531;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:10:9:0.310345:6:4:10:9:6:3:11:9 chr11 94245740 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0166667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.003;QD=57.8246;RBI=0.0188099;REFB=-0.0110573;REVB=0.00871959;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000272393;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:23:14:0:1:24:14:0:1 chr11 94261255 . C G 873.14 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0098639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.251;QD=53.7319;RBI=0.0282234;REFB=-0.218468;REVB=0.0264436;RO=2;SAF=32;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285886;STB=0.515147;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00170743;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:65:2:2:61:63:0.969231:29:32:2:0:31:32:2:0 chr11 94320237 . T C 157.84 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0387708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.624;QD=12.1413;RBI=0.0388124;REFB=-0.028099;REVB=-0.00179595;RO=32;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273115;STB=0.649143;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0390426;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:19:19:0.365385:12:7:20:12:12:7:20:13 chr11 94322352 . AG TA 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0198868;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.668;QD=7.79744;RBI=0.0212302;REFB=-0.00643153;REVB=0.00743226;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466156;STB=0.798019;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0079054;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:7:2:14:8:7:2:15:8 chr11 94326765 . G C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0324717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3744;QD=17.1556;RBI=0.0428995;REFB=0.00755934;REVB=0.0280348;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190132;STB=0.60899;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00885293;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:9:11:6:11:9:11 chr11 94337220 . C T 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0138634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.876;QD=28.0204;RBI=0.0196052;REFB=-0.00959615;REVB=-0.0138625;RO=18;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121906;STB=0.567517;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00817241;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:21:7:7:11:21:7:7:11 chr11 94533373 . C T 742.35 PASS AF=0.503268;AO=77;DP=154;FAO=77;FDP=153;FR=.;FRO=76;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.000442943;FXX=0.00649309;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.587;QD=19.4078;RBI=0.0115288;REFB=-0.0098412;REVB=0.0115203;RO=72;SAF=40;SAR=37;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11461;STB=0.555259;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00907467;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:72:76:77:77:0.503268:37:40:28:44:37:40:31:45 chr11 94602414 . C T 58.72 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0302276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.403;QD=14.679;RBI=0.031208;REFB=-0.0369827;REVB=0.00776113;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0354338;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr11 94699507 . A AT,T 894.57 PASS AF=1,0;AO=54,5;DP=64;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100132,-0.00581655;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.838,245.928;QD=55.9109;RBI=0.130047,0.0424699;REFB=0,0;REVB=0.0829808,-0.0420697;RO=5;SAF=27,5;SAR=27,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0159223,0.755783;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000244988,0;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:5:0:54,5:64,0:1,0:27,0:27,5:2:3:30,0:34,0:0:0 chr11 94731759 . G A 175.84 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7647;QD=46.8921;RBI=0.0683395;REFB=0;REVB=-0.066292;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124598;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:10:5:0:0 chr11 94758838 . C T 195.46 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00448744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.179;QD=17.7687;RBI=0.00460015;REFB=-0.00443849;REVB=-0.00101207;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.571354;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00919289;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:10:14:14:6:10:14 chr11 94759726 . C T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0299748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3146;QD=18.7443;RBI=0.0332501;REFB=0.0213847;REVB=-0.0143904;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.699489;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.0157357;OID=.;OPOS=94759726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:4:0:4:3:4:0 chr11 94800902 . G GC 580.22 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171362;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.1619;QD=43.7905;RBI=0.0328461;REFB=-0.0269464;REVB=0.0280217;RO=3;SAF=32;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00438616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00164524;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:55:53:53:0:34:19:0:0:9:3:32:19:2:1 chr11 94862577 . G T 265.14 PASS AF=0.302521;AO=36;DP=119;FAO=36;FDP=119;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0833235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.841;QD=8.91226;RBI=0.0852381;REFB=-0.00739377;REVB=0.0179648;RO=81;SAF=10;SAR=26;SRF=44;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323768;STB=0.690712;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.011057;OID=.;OPOS=94862577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:81:83:36:36:0.302521:26:10:44:37:26:10:45:38 chr11 94963937 . G A 137.9 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0243488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0269;QD=19.0207;RBI=0.0391255;REFB=-0.016807;REVB=-0.0306258;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114631;STB=0.549229;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0168911;OID=.;OPOS=94963937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:9:6:7:6:9:6:7:7 chr11 95512060 . A G 180.74 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0140762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3774;QD=13.9033;RBI=0.0764007;REFB=-0.00288033;REVB=0.0750928;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906091;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00677628;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:8:13:16:14:8:13:17:14 chr11 95521648 . A G 195.78 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0116135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7083;QD=17.798;RBI=0.0228666;REFB=-0.0223914;REVB=0.019698;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145161;STB=0.583245;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0305084;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:9:15:15:5:9:15 chr11 95546675 . A G 109.4 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0493227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.758;QD=14.5866;RBI=0.0495625;REFB=-0.0271142;REVB=0.00486997;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0454397;OID=.;OPOS=95546675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr11 95657111 . T G 153.15 PASS AF=0.33871;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0780229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3508;QD=9.88076;RBI=0.0797022;REFB=-0.0551218;REVB=-0.0162748;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111592;STB=0.587073;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0846441;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:36:41:20:21:0.33871:12:8:18:18:12:9:23:18 chr11 95712897 . G T 508.78 PASS AF=0.45082;AO=55;DP=122;FAO=55;FDP=122;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.0187095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.483;QD=16.6812;RBI=0.0188154;REFB=-0.00999963;REVB=-0.00199362;RO=67;SAF=30;SAR=25;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365232;STB=0.520355;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0113703;OID=.;OPOS=95712897;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:67:67:55:55:0.45082:25:30:39:28:25:30:39:28 chr11 95713024 . G A 387.68 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00725276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.068;QD=18.4611;RBI=0.0164416;REFB=-0.0287755;REVB=0.0147555;RO=44;SAF=15;SAR=25;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183397;STB=0.602358;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0258379;OID=.;OPOS=95713024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:25:15:25:19:25:15:25:19 chr11 96125435 . CTT CTC,C 89.49 PASS AF=0.0571429,0.285714;AO=2,10;DP=35;FAO=2,10;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6;FSAR=2,4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0222613,-0.0580104;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=268.306,47.7224;QD=10.2279;RBI=0.0246768,0.0599861;REFB=0.00511287,0.00654582;REVB=-0.010648,0.0152684;RO=21;SAF=0,6;SAR=2,4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.458427,0.240053;STB=0.993663,0.642579;STBP=0.213,0.314;TYPE=snp,del;VARB=-0.032361,-0.00266326;OID=.,.;OPOS=96125437,96125436;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0571429,0.285714:2,10:35:2,10:35:23:0,6:2,4:9:14:74:21:0,6:2,4:8:13 chr11 96126361 . A G 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00128399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8232;QD=22.9569;RBI=0.0108954;REFB=-0.013056;REVB=-0.0108194;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20758;STB=0.616296;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00632925;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:3:8:7:9:3:8 chr11 97716872 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.154;QD=45.8025;RBI=0.0807203;REFB=0;REVB=0.0498519;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072565;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr11 99690286 . T G 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00472834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.22;QD=12.8974;RBI=0.00474521;REFB=-0.00547954;REVB=0.00039986;RO=30;SAF=13;SAR=4;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349124;STB=0.706264;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0143801;OID=.;OPOS=99690286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:4:13:14:16:4:13:14:16 chr11 99690376 . C T 146.83 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0361174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.414;QD=11.2946;RBI=0.0421787;REFB=-0.00705778;REVB=-0.0217847;RO=34;SAF=14;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396823;STB=0.734884;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.022277;OID=.;OPOS=99690376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:4:14:15:19:4:14:15:19 chr11 99690428 . T G 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0114064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.66;QD=9.93135;RBI=0.0342567;REFB=-0.00707794;REVB=-0.0323019;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345856;STB=0.700555;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0234215;OID=.;OPOS=99690428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:4:11:15:19:4:11:16:19 chr11 100792244 . G A 330.17 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0198505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.615;QD=31.4447;RBI=0.0207302;REFB=-0.0134814;REVB=0.00597488;RO=13;SAF=13;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043035;STB=0.511937;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00780398;OID=.;OPOS=100792244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:14:28:28:0.666667:15:13:7:6:15:13:7:7 chr11 100814570 . A G 976.11 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660904;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.368;QD=59.158;RBI=0.00750767;REFB=0;REVB=0.0035617;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29356e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:47:19:0:0:47:19:0:0 chr11 100846936 . A G 255.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.469;QD=51.1459;RBI=0.0285851;REFB=0;REVB=-0.00165286;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6429e-05;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr11 100847050 . A G 223.22 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.404;QD=49.6035;RBI=0.0683832;REFB=0;REVB=0.000341754;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437364;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr11 100847069 . G A 87.37 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0982409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4823;QD=38.8313;RBI=0.0991354;REFB=0;REVB=-0.0132875;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148011;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:6:1:0:0:8:1:0:0 chr11 100863096 . A G 626.7 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00359769;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.124;QD=52.2251;RBI=0.0235553;REFB=-0.0983273;REVB=0.0232789;RO=5;SAF=17;SAR=26;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119818;STB=0.564072;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00185285;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:48:48:5:5:43:43:0.895833:26:17:5:0:26:17:5:0 chr11 100863354 . C A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00200102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4322;QD=62.6679;RBI=0.00928498;REFB=0;REVB=-0.0090668;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108415;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr11 100864367 . G A 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.822;QD=59.7968;RBI=0.0240938;REFB=-0.055172;REVB=0.0149722;RO=1;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140218;STB=0.507459;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000740825;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:33:10:0:1:33:10:0:1 chr11 101771248 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.154;QD=56.1884;RBI=0.0331143;REFB=0;REVB=-0.0135737;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210612;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr11 101832708 . A T 101.86 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.249377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.355;QD=40.7438;RBI=0.249472;REFB=0;REVB=-0.0068797;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.81244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037274;OID=.;OPOS=101832708;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:1:0:9:10:1:9:0:1:0:9:1:0:0 chr11 101833644 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.321;QD=40.763;RBI=0.0215642;REFB=0;REVB=0.0181775;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40085e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr11 101857758 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.668;QD=51.1842;RBI=0.0144545;REFB=0;REVB=-0.0140765;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277512;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr11 102195923 . AT A 31.75 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.108284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0609;QD=8.46586;RBI=0.109917;REFB=-0.0452126;REVB=0.0188753;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0.509804;SSEP=0;SSSB=0.46433;STB=0.799039;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=0.0902059;OID=.;OPOS=102195924;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:6:15:7:15:8:6:1:3:5:31:8:5:1:3:5 chr11 102398329 . C T 175.07 PASS AF=0.409836;AO=17;DP=59;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0387433;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.742;QD=11.4801;RBI=0.0472165;REFB=-0.010284;REVB=-0.0269881;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212121;STB=0.511802;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0517845;OID=.;OPOS=102398329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:36:17:25:0.409836:12:5:13:14:13:12:18:18 chr11 102495998 . T G 434.85 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0918857;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4943;QD=57.98;RBI=0.130226;REFB=0;REVB=-0.0922806;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00367372;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:13:12:0:0:15:15:0:0 chr11 102563739 . C T 179.02 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0422104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1925;QD=10.8498;RBI=0.0484915;REFB=-0.0230401;REVB=-0.0238685;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360082;STB=0.720534;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0259946;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:41:43:23:23:0.348485:16:7:26:15:16:7:28:15 chr11 102576358 . T C 771.33 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.281;QD=55.0949;RBI=0.0120449;REFB=-0.0441463;REVB=0.00343188;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125721;STB=0.506664;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.000130582;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:18:37:1:0:18:37:1:0 chr11 102576375 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6682;QD=57.2372;RBI=0.0627225;REFB=0;REVB=-0.06271;RO=0;SAF=38;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000700254;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:18:38:0:0:18:38:0:0 chr11 102593248 . T C 1305.27 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00499198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7225;QD=58.012;RBI=0.0767572;REFB=-0.16151;REVB=-0.0765947;RO=2;SAF=37;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024918;STB=0.50777;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00183592;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:89:90:2:3:86:87:0.966667:49:37:2:0:49:38:2:1 chr11 102595492 . G A,T 189.24 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=13,3;DP=16;FAO=15,1;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234356,-0.0341868;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.93,118.599;QD=47.3096;RBI=0.0277614,0.073195;REFB=0,0;REVB=-0.0148818,-0.0647207;RO=0;SAF=11,3;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00165799,0.089611;OID=.,.;OPOS=102595492,102595492;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:16:16:0:0:13,3:15,1:0.9375,0.0625:2,0:11,3:0:0:2,0:13,1:0:0 chr11 102666316 . T C 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0292414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.038;QD=20.4855;RBI=0.0304596;REFB=-0.00940779;REVB=0.00852817;RO=11;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173528;STB=0.59984;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0095154;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:12:2:3:8:12:2:3:8 chr11 102709425 . A G 148.97 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0048775;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.263;QD=11.6838;RBI=0.00539651;REFB=-0.0239398;REVB=-0.00230919;RO=34;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104511;STB=0.583238;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0363375;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:33:17:18:0.352941:11:6:15:19:12:6:15:18 chr11 102713465 . A G 444.72 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00778777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.761;QD=20.4467;RBI=0.0117654;REFB=-0.012905;REVB=0.00881898;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324439;STB=0.517962;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0155685;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:20:24:25:18:20:24:25:18 chr11 102713620 . T C 192.46 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0009641;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=65.892;QD=23.3283;RBI=0.00623194;REFB=-0.008791;REVB=-0.00615692;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127709;STB=0.571354;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0076435;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:5:9:9:10:5:9 chr11 102736642 . T C 124.76 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.088209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3222;QD=10.1845;RBI=0.088238;REFB=-0.00086213;REVB=-0.00226268;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24759;STB=0.647809;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00637965;OID=.;OPOS=102736642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:13:21:6:9:13:21 chr11 102738795 . G T 323.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8843;QD=53.8589;RBI=0.0387392;REFB=0;REVB=-0.0162974;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145467;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr11 102991197 . C T 251.83 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0276497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.978;QD=23.4259;RBI=0.0352078;REFB=-0.0345478;REVB=0.0217963;RO=19;SAF=19;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359457;STB=0.670431;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0300577;OID=.;OPOS=102991197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:4:19:9:10:5:19:9:10 chr11 103027234 . A G 268.5 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0299803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.295;QD=16.2725;RBI=0.0326494;REFB=-0.0171599;REVB=-0.0129292;RO=35;SAF=21;SAR=9;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435075;STB=0.748399;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0317912;OID=.;OPOS=103027234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:9:21:8:27:9:21:8:28 chr11 103029516 . A G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00100283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.925;QD=16.8248;RBI=0.0196084;REFB=-0.0261302;REVB=0.0195827;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177121;STB=0.601061;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0330067;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:17:11:12:9:17:11 chr11 103047007 . C A 1003.59 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6922;QD=59.0345;RBI=0.139028;REFB=0;REVB=-0.127874;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00137811;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr11 103057048 . A G 417.12 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0191801;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.726;QD=19.178;RBI=0.0216773;REFB=-0.00746746;REVB=-0.010101;RO=44;SAF=23;SAR=18;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500683;STB=0.527014;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0077066;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:45:41:42:0.482759:18:23:27:17:18:24:28:17 chr11 103058126 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0276457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.14;QD=15.6259;RBI=0.0318406;REFB=-0.0120774;REVB=-0.0157969;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145384;STB=0.583249;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0242752;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:18:9:9:10:18:9 chr11 103082558 . A G 447.4 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00652591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.255;QD=21.0543;RBI=0.0274426;REFB=-0.0191511;REVB=0.0266553;RO=39;SAF=23;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00844564;STB=0.505086;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0205735;OID=.;OPOS=103082558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:41:44:44:0.517647:21:23:20:19:21:23:21:20 chr11 103082590 . G A 372.77 PASS AF=0.413462;AO=42;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0449187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.863;QD=14.3374;RBI=0.0467483;REFB=-0.00563445;REVB=-0.0129506;RO=61;SAF=15;SAR=27;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766839;STB=0.53338;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00811233;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:42:43:0.413462:27:15:26:35:27:16:26:35 chr11 103124135 . T G 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00928678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.487;QD=20.4561;RBI=0.0188406;REFB=-0.00700719;REVB=0.0163929;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00589778;OID=.;OPOS=103124135;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:11:4:6:11:11:4 chr11 103128425 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00313199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.142;QD=20.4561;RBI=0.00454291;REFB=-0.00653913;REVB=-0.0032907;RO=15;SAF=2;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423938;STB=0.745504;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00560676;OID=.;OPOS=103128425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:15:2:7:8:15:2:7:8 chr11 103152919 . G A 129.09 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0158901;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.136;QD=11.4744;RBI=0.0172299;REFB=-0.00969547;REVB=-0.00666144;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015897;STB=0.5;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0193796;OID=.;OPOS=103152919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:29:30:15:15:0.333333:9:6:12:17:9:6:12:18 chr11 103158278 . C T 907.31 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00688318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9518;QD=56.7071;RBI=0.00938133;REFB=-0.167942;REVB=0.00637425;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.512816;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0029239;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:19:44:0:0:19:44:0:1 chr11 103274940 . A T 705.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.326;QD=62.747;RBI=0.0834248;REFB=0;REVB=0.0823181;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173063;OID=.;OPOS=103274940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:12:32:0:0:12:33:0:0 chr11 103275034 . G T 305.75 PASS AF=0.892857;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00128582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6209;QD=43.6788;RBI=0.00480016;REFB=-0.0374529;REVB=-0.00462474;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839258;STB=0.555511;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0142475;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:28:2:3:23:25:0.892857:13:10:2:0:13:12:3:0 chr11 103277984 . G T 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1444;QD=53.9018;RBI=0.0279026;REFB=0;REVB=0.0276335;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713629;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr11 103278048 . G C 410.38 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.374;QD=56.6046;RBI=0.0320111;REFB=0;REVB=0.0270237;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153711;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr11 103278082 . AC A,AG 370.27 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=8,19;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158889,0.0167147;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.265,158.757;QD=54.8541;RBI=0.0158964,0.0288012;REFB=0,0;REVB=-0.000486232,0.0234547;RO=0;SAF=3,9;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00496441,0.0154019;OID=.,.;OPOS=103278083,103278083;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:8,19:27:1,26:27:0:0,12:1,14:0:0:8:0:3,9:5,10:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112752;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=4;MLLD=282.902;QD=48.8431;RBI=0.0135384;REFB=0;REVB=-0.00749387;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.68166e-05;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:16:16:0:7:9:0:0:4:0:7:9:0:0 chr11 103279098 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7745;QD=58.4186;RBI=0.0359028;REFB=0;REVB=-0.02418;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350863;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr11 103778154 . C T 229.96 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0110828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.237;QD=9.89057;RBI=0.0138506;REFB=-0.00429957;REVB=-0.00830733;RO=63;SAF=13;SAR=16;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00452802;STB=0.503368;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0110479;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:64:29:29:0.311828:16:13:28:35:16:13:29:35 chr11 103780455 . A G 302.98 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=0.0463988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3253;QD=14.6015;RBI=0.0492279;REFB=-0.0228474;REVB=-0.0164482;RO=49;SAF=17;SAR=17;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138431;STB=0.578268;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0283661;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:17:17:31:18:17:17:31:18 chr11 103909483 . TAAAAAAG TAAAAAAGA,TAAAAAG,TAAAAAGT 46.35 PASS AF=0.107692,0.292308,0;AO=6,10,3;DP=60;FAO=7,19,0;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=6,3,0;FSAR=1,16,0;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00542249,0.189627,-0.0220204;FXX=0.0441112;HRUN=3,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=13.2676,6.71672,113.423;QD=2.8524;RBI=0.203603,0.280338,0.0412025;REFB=-0.152347,-0.165994,0.00517442;REVB=0.203531,-0.206473,-0.0348245;RO=25;SAF=6,1,0;SAR=0,9,3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.64869,-0.657428,-0.650786;STB=0.742988,0.832356,0.5;STBP=0.235,0.003,1;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0.254385,0.13032,0.0254031;OID=.,.,.;OPOS=103909491,103909484,103909489;OREF=-,A,AG;OALT=A,-,GT;OMAPALT=TAAAAAAGA,TAAAAAG,TAAAAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.107692,0.292308,0:6,10,3:60:7,19,0:65:39:6,3,0:1,16,0:25:14:36:25:6,1,0:0,9,3:17:8 chr11 103909754 . G C 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0013539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.003;QD=22.7185;RBI=0.019906;REFB=-0.00368858;REVB=0.0198599;RO=9;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478087;STB=0.770304;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0143321;OID=.;OPOS=103909754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:11:3:8:1:11:3:8:1 chr11 104758035 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3118;QD=50.4091;RBI=0.0416458;REFB=0;REVB=-0.0111102;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129547;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr11 104761100 . T C 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.459;QD=55.0899;RBI=0.0612531;REFB=0;REVB=0.0597277;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380935;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr11 104761206 . C T 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7902;QD=57.104;RBI=0.0393559;REFB=0;REVB=-0.0245353;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000572653;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 104763117 . G A 729.14 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.618;QD=63.4038;RBI=0.03289;REFB=0;REVB=0.0195578;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157051;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:19:27:0:0 chr11 104763716 . A G 587.7 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189494;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.624;QD=58.7704;RBI=0.0249961;REFB=0.100165;REVB=0.016301;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164521;STB=0.508767;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000253603;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:1:1:39:39:0.975:28:11:0:1:28:11:0:1 chr11 104768000 . G A,T 666.79 PASS AF=0.844444,0.155556;AO=37,6;DP=43;FAO=38,7;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13,5;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422646,0.00501372;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.2287,21.867;QD=59.2702;RBI=0.0573681,0.0441822;REFB=0,0;REVB=0.0572122,0.0438968;RO=0;SAF=13,5;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00514601,0.157439;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:43:45:0:0:37,6:38,7:0.844444,0.155556:24,1:13,5:0:0:25,2:13,5:0:0 chr11 104768098 . T C 459.8 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8605;QD=55.7337;RBI=0.0398997;REFB=-0.0551286;REVB=0.0255268;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132039;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:23:10:0:0 chr11 104819327 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00702632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.265;QD=63.581;RBI=0.0149472;REFB=0;REVB=0.0131927;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91444e-05;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr11 104839222 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.359;QD=53.9112;RBI=0.00955091;REFB=0;REVB=-0.0023796;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82769e-05;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 104869708 . G C 924.65 PASS AF=1;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720045;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.641;QD=56.0396;RBI=0.0182949;REFB=-0.184547;REVB=0.0168183;RO=0;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049829;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:66:0:0:64:66:1:41:23:0:0:41:25:0:0 chr11 105223502 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3417;QD=61.6816;RBI=0.0210645;REFB=0;REVB=-0.0166221;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395345;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr11 105782654 . C T 1288.78 PASS AF=0.509881;AO=129;DP=253;FAO=129;FDP=253;FR=.;FRO=124;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=59;FSRR=65;FWDB=0.00930432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.927;QD=20.3759;RBI=0.01283;REFB=-0.0108351;REVB=0.00883394;RO=123;SAF=58;SAR=71;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197045;STB=0.512934;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00839232;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:123:124:129:129:0.509881:71:58:58:65:71:58:59:65 chr11 105852683 . AC A 275.42 PASS AF=0.407407;AO=34;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0398608;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7339;QD=13.6009;RBI=0.0574697;REFB=-0.0317616;REVB=-0.0413991;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041083;STB=0.539302;STBP=0.584;TYPE=del;VARB=0.0573972;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:34:82:33:81:48:15:18:25:23:99:47:16:18:24:23 chr11 105878844 . C T 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00984298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5464;QD=24.0284;RBI=0.0342056;REFB=-0.0118966;REVB=-0.0327588;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149138;STB=0.508369;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0094309;OID=.;OPOS=105878844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:8:7:4:5:8:7:4:5 chr11 106680964 . G T 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0896039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0319;QD=2.2871;RBI=0.0898892;REFB=-0.00479874;REVB=-0.007157;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331969;STB=0.706951;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0379759;OID=.;OPOS=106680964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:56:61:49:54:7:7:0.114754:2:5:21:28:2:5:26:28 chr11 107263518 . C A 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0237647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5602;QD=9.93967;RBI=0.0237658;REFB=-0.0137949;REVB=-0.000225019;RO=44;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107493;STB=0.571764;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0378575;OID=.;OPOS=107263518;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:8:14:24:20:8:14:24:21 chr11 107286943 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00923739;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.079;QD=9.11034;RBI=0.0454237;REFB=-0.00655536;REVB=-0.0444745;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205275;STB=0.624707;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00971534;OID=.;OPOS=107286943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:5:11:4:4:5:11 chr11 107299623 . A C 407.03 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0285029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2767;QD=20.1004;RBI=0.0398247;REFB=-0.0205079;REVB=-0.0278135;RO=39;SAF=20;SAR=21;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911602;STB=0.555864;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0421186;OID=.;OPOS=107299623;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:39:40:41:41:0.506173:21:20:15:24:21:20:15:25 chr11 107381765 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0109148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.369;QD=18.7444;RBI=0.0195871;REFB=-0.0851865;REVB=0.0162641;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149414;STB=0.58797;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0233556;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:2:2:2:5:2:2 chr11 107420530 . A G 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.515;QD=61.3284;RBI=0.118052;REFB=0;REVB=0.0193165;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399539;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 107462522 . G C 427.87 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.269;QD=51.8629;RBI=0.0411396;REFB=0.0754249;REVB=0.0385164;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000621071;OID=.;OPOS=107462522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:31:31:0.939394:17:14:0:1:17:14:1:1 chr11 107463159 . A G 1141.02 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=81;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0527172;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.209;QD=57.7732;RBI=0.0676181;REFB=-0.124234;REVB=0.0423451;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242528;STB=0.512817;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00176112;OID=.;OPOS=107463159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:79:2:2:76:77:0.974684:38:38:0:2:38:39:0:2 chr11 107535758 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00861141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.144;QD=16.1988;RBI=0.0114783;REFB=0.0155926;REVB=0.00758921;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00761212;OID=.;OPOS=107535758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr11 107578721 . C G 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.662;QD=56.1869;RBI=0.0217458;REFB=0;REVB=0.00933185;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147956;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr11 107917087 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0187;QD=55.6509;RBI=0.0766737;REFB=0;REVB=-0.00320526;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173136;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr11 108044091 . T A 182.53 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0325126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.824;QD=21.474;RBI=0.0354917;REFB=-0.0226228;REVB=-0.0142337;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553291;STB=0.503102;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0247071;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:8:7:9:10:8:7 chr11 108183167 . A G 283.51 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0459225;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.236;QD=49.3057;RBI=0.072233;REFB=-0.152865;REVB=0.0557559;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.538425;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00356332;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:0:1:22:22:0.956522:6:16:0:0:6:16:0:1 chr11 108380335 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.405;QD=56.7066;RBI=0.0273801;REFB=0;REVB=0.0141273;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201247;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr11 108381247 . C T 839.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00873985;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.572;QD=55.9989;RBI=0.0108984;REFB=-0.0379699;REVB=0.00651079;RO=1;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129277;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00247805;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:59:59:0.983333:36:23:0:1:36:23:0:1 chr11 108382219 . GCCCCC GCCCCG,GCCCC 86.36 PASS AF=0,0.490566;AO=2,23;DP=48;FAO=0,26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=0,20;FSAR=0,6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0936165,-0.174016;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=48.7354,7.73336;QD=6.51788;RBI=0.0941219,0.19253;REFB=-0.0168997,-0.163015;REVB=-0.00974046,0.082379;RO=18;SAF=0,21;SAR=2,2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.444428,0.629924;STB=0.5,0.68612;STBP=1,0.02;TYPE=snp,del;VARB=0,0.127118;OID=.,.;OPOS=108382224,108382220;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCCG,GCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.490566:2,23:48:0,26:53:27:0,20:0,6:12:15:87:18:0,21:2,2:5:13 chr11 108384207 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.375;QD=50.413;RBI=0.0263409;REFB=0;REVB=-0.00975346;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104448;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr11 108409784 . T A 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.755;QD=63.2845;RBI=0.0114979;REFB=0;REVB=0.00578046;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06205e-06;OID=.;OPOS=108409784;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr11 109295829 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00969516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.972;QD=14.2619;RBI=0.0107126;REFB=-0.0106875;REVB=0.00455667;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106728;STB=0.562418;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.023079;OID=.;OPOS=109295829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:12:4:8:16:12:4:8:16 chr11 109298332 . G A 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0256555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9948;QD=27.235;RBI=0.0272104;REFB=-0.0263411;REVB=0.00906656;RO=14;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196324;STB=0.609038;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0101417;OID=.;OPOS=109298332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:16:7:8:6:16:7:8:6 chr11 109963902 . GC G 95.0 PASS AF=0.7;AO=11;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0559043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.7221;QD=19.0004;RBI=0.180339;REFB=-0.120167;REVB=0.171456;RO=7;SAF=11;SAR=0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.840215;STB=0.763199;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0700286;OID=.;OPOS=109963903;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:11:20:14:20:6:12:2:1:5:26:7:11:0:1:6 chr11 110038260 . G T 410.61 PASS AF=0.419643;AO=47;DP=112;FAO=47;FDP=112;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.00809539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.101;QD=14.6647;RBI=0.0233115;REFB=-0.0104292;REVB=-0.0218607;RO=65;SAF=34;SAR=13;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211467;STB=0.6197;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0129337;OID=.;OPOS=110038260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:65:65:47:47:0.419643:13:34:35:30:13:34:35:30 chr11 111156645 . G C 291.37 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0231745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.208;QD=16.891;RBI=0.0550234;REFB=-0.00372313;REVB=-0.049905;RO=37;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218238;STB=0.622721;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00307294;OID=.;OPOS=111156645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:21:11:21:16:21:11:21:16 chr11 111164651 . T C 252.99 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00266252;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.648;QD=14.8819;RBI=0.00409389;REFB=-0.0123325;REVB=-0.00310982;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178403;STB=0.586147;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0138645;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:37:39:29:29:0.426471:17:12:22:15:17:12:22:17 chr11 111167557 . A C 191.09 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00185126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.454;QD=47.7723;RBI=0.00439412;REFB=0;REVB=-0.00398511;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47576e-05;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr11 111167776 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288147;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.062;QD=51.9167;RBI=0.0319461;REFB=0;REVB=0.0137937;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111569;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 111168767 . C T 327.31 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0172282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7409;QD=17.6926;RBI=0.0172956;REFB=-0.00966206;REVB=-0.00152463;RO=39;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315237;STB=0.517637;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0125686;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:20:15:18:21:20:15:18:21 chr11 111325007 . C T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.945;QD=45.8034;RBI=0.0242922;REFB=0;REVB=-0.00984854;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212734;OID=.;OPOS=111325007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr11 111327213 . G A 323.56 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.167;QD=53.9269;RBI=0.0886895;REFB=0;REVB=0.0152345;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758477;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:22:24:1:12:10:0:0:12:12:0:0 chr11 111368047 . G T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.618;QD=57.3852;RBI=0.0554496;REFB=0;REVB=-0.00372061;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223066;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 111420364 . A G 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.658;QD=60.2035;RBI=0.0435988;REFB=0;REVB=0.0387719;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112453;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 597.02 PASS AF=0.933333;AO=53;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0272408;FXX=0.0476115;HRUN=2;LEN=3;MLLD=238.761;QD=39.801;RBI=0.0286874;REFB=-0.0733507;REVB=0.00899479;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.51328;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=0.00336152;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:53:60:56:60:4:31:25:3:1:8:0:31:22:0:0 chr11 111553893 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.103;QD=43.4856;RBI=0.0562683;REFB=0;REVB=0.0389472;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131537;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr11 111724133 . C A,T 367.5 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,25;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00512476,-0.025056;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.474,74.2952;QD=54.4442;RBI=0.0333203,0.0260722;REFB=0,0;REVB=-0.0329239,-0.00720792;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151748,-0.0034325;OID=.,.;OPOS=111724133,111724133;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,25:2,25:0.0740741,0.925926:0,11:2,14:0:0:0,11:2,14:0:0 chr11 111749349 . A T 631.35 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.991;QD=61.5951;RBI=0.0295049;REFB=0;REVB=0.0246666;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50834e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr11 111753191 . A C 138.8 PASS AF=0.363636;AO=17;DP=53;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0119934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.3752;QD=10.0945;RBI=0.0141752;REFB=-0.0193663;REVB=0.00755609;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326489;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0350064;OID=.;OPOS=111753191;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:35:17:20:0.363636:8:9:16:16:11:9:16:19 chr11 111796717 . G T 191.87 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0416385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4621;QD=16.3292;RBI=0.081262;REFB=-0.0234627;REVB=-0.0697836;RO=27;SAF=14;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300025;STB=0.672313;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0351594;OID=.;OPOS=111796717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:6:14:11:16:6:14:11:16 chr11 111848531 . C T 527.38 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3243;QD=57.0143;RBI=0.045512;REFB=0.0218935;REVB=0.0107929;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=1.92191e-05;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:0:1:18:18:0:1 chr11 111853106 . G GC 273.41 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.389;QD=40.5048;RBI=0.143327;REFB=0;REVB=0.0488497;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00596561;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00885659;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:27:27:27:0:15:12:0:0:5:2:13:11:1:1 chr11 111896324 . C T 179.77 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0106427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.226;QD=16.723;RBI=0.0164631;REFB=-0.0169794;REVB=-0.0125605;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367075;STB=0.72947;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0236725;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:18:19:0.44186:14:4:13:10:15:4:14:10 chr11 111908162 . T C 493.16 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247043;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7211;QD=56.3607;RBI=0.0305372;REFB=-0.0674631;REVB=0.0179504;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00134757;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:24:10:0:0:24:10:0:1 chr11 111916647 . G A 166.76 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0704846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1834;QD=14.5004;RBI=0.0735602;REFB=0.000975118;REVB=-0.0210481;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020074;STB=0.525097;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00528948;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:27:28:18:18:0.391304:11:7:11:16:11:7:12:16 chr11 111956989 . C A 1146.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00230392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.3;QD=60.3596;RBI=0.0626073;REFB=0;REVB=0.0625649;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74694e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:38:36:0:0:40:36:0:0 chr11 111959625 . C T 196.88 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0473858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0818;QD=12.9104;RBI=0.0546732;REFB=-0.00298777;REVB=-0.0272716;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924018;STB=0.553146;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0040536;OID=.;OPOS=111959625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:15:9:17:20:15:9:17:20 chr11 112065434 . T C 483.52 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.582;QD=58.6082;RBI=0.0493505;REFB=0;REVB=0.04933;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215464;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr11 112088499 . A C 665.4 PASS AF=0.828125;AO=52;DP=64;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0257808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4408;QD=41.5873;RBI=0.0900075;REFB=-0.155741;REVB=0.0862363;RO=12;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186983;STB=0.590131;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0259653;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:64:64:12:11:52:53:0.828125:24:28:0:12:25:28:0:11 chr11 112123095 . A G 584.66 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.447;QD=59.9655;RBI=0.068618;REFB=0;REVB=-0.0683351;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551889;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:21:18:0:0 chr11 112223299 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00078062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.079;QD=47.8224;RBI=0.0555909;REFB=0;REVB=0.0555854;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267222;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 112832339 . GC G 202.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.1877;QD=47.6072;RBI=0.0834443;REFB=0;REVB=-0.0229267;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00752492;OID=.;OPOS=112832340;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:8:9:0:0:4:0:8:9:0:0 chr11 112832353 . T C 146.59 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222481;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.425;QD=45.1038;RBI=0.023272;REFB=0;REVB=0.006827;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130388;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 112832358 . T C 95.34 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.642;QD=34.6708;RBI=0.0215878;REFB=-0.00966333;REVB=-0.000641624;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000346954;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr11 113103996 . T G 288.38 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.0294465;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0578;QD=14.2408;RBI=0.0570096;REFB=-0.0355243;REVB=0.0488159;RO=49;SAF=9;SAR=24;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960687;STB=0.550267;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0732943;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:48:33:33:0.407407:24:9:10:39:24:9:10:38 chr11 113111501 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.109332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9462;QD=49.5978;RBI=0.115031;REFB=0;REVB=-0.0357553;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00493976;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr11 113113515 . G A 561.97 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627778;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.081;QD=60.753;RBI=0.0741751;REFB=0;REVB=0.0395082;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314439;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr11 113194168 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.841;QD=49.5989;RBI=0.0467006;REFB=0;REVB=-0.0302803;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000415466;OID=.;OPOS=113194168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr11 113200709 . G A 378.54 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00111003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.143;QD=16.4583;RBI=0.00424313;REFB=-0.0120181;REVB=-0.00409536;RO=52;SAF=10;SAR=30;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261365;STB=0.648069;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0195963;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:52:52:40:40:0.434783:30:10:25:27:30:10:25:27 chr11 113212553 . T C 266.29 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0142796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.168;QD=21.3035;RBI=0.0607873;REFB=-0.0275843;REVB=-0.0590863;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125218;STB=0.58058;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0125445;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:10:15:11:13:10:15:11:14 chr11 113264272 . T C 457.02 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00110804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.23;QD=23.1404;RBI=0.0851056;REFB=-0.00161394;REVB=0.0850984;RO=35;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00210927;STB=0.50116;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00109298;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:35:44:44:0.556962:20:24:19:16:20:24:19:16 chr11 113264470 . A C 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000392355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.949;QD=23.9645;RBI=0.0109772;REFB=-0.0183067;REVB=-0.0109702;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131239;STB=0.573211;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0160512;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:10:8:14:9:10:8 chr11 113266821 . G A 120.83 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00175459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.141;QD=14.6462;RBI=0.0456669;REFB=-0.00783284;REVB=0.0456331;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0214071;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr11 113270015 . G C 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0347434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9652;QD=20.1556;RBI=0.0362415;REFB=-0.00100079;REVB=-0.0103124;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344325;STB=0.69617;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.000199112;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:4:12:5:9:4:12:5:9 chr11 113270374 . C T 1231.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.843;QD=60.0658;RBI=0.0728165;REFB=0.0533505;REVB=0.0625758;RO=1;SAF=54;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172124;STB=0.509089;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=7.93025e-06;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:27:54:0:1:27:54:0:1 chr11 113270828 . G A 364.53 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00305374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.095;QD=18.457;RBI=0.00328679;REFB=-0.00424655;REVB=-0.00121559;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109585;STB=0.558851;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00317727;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:41:37:38:0.481013:21:16:22:18:21:17:23:18 chr11 113283477 . A G 114.13 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0233968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1231;QD=18.26;RBI=0.0241562;REFB=-0.0399737;REVB=0.00600931;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321591;STB=0.556873;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0194868;OID=.;OPOS=113283477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:11:12:12:13:0.52:5:7:6:5:5:8:6:6 chr11 113561054 . A G 1612.32 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.879;QD=58.1018;RBI=0.0368515;REFB=0.0552462;REVB=0.0076609;RO=2;SAF=39;SAR=70;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237169;STB=0.512498;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000110351;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:70:39:2:0:70:39:2:0 chr11 113561057 . A G 1551.02 PASS AF=0.963964;AO=107;DP=111;FAO=107;FDP=111;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00272922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5521;QD=55.8926;RBI=0.0179088;REFB=-0.134047;REVB=-0.0176997;RO=4;SAF=37;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485861;STB=0.525636;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00265619;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:111:111:4:4:107:107:0.963964:70:37:4:0:70:37:4:0 chr11 113570405 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7291;QD=51.9166;RBI=0.043677;REFB=0;REVB=0.0358158;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169643;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr11 113576932 . A G 309.69 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0561432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8474;QD=49.5499;RBI=0.0909265;REFB=-0.0260787;REVB=0.0715232;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00147664;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:10:13:1:0:11:13:1:0 chr11 113670052 . T A 400.36 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.118;QD=53.3812;RBI=0.0502088;REFB=-0.0823245;REVB=0.0455735;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.529391;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000781126;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:8:21:0:0:8:21:0:1 chr11 113674561 . A G 160.58 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0104852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.277;QD=18.352;RBI=0.0104991;REFB=-0.00427961;REVB=0.000540823;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210219;STB=0.606768;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00542228;OID=.;OPOS=113674561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:11:6:10:7:11:6:10:8 chr11 113678765 . T C 208.74 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0156874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.569;QD=18.1512;RBI=0.0691736;REFB=-0.0246053;REVB=0.0673713;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283269;STB=0.516114;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0378554;OID=.;OPOS=113678765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:9:16:14:7:9:16 chr11 113679119 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00465464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7184;QD=16.8985;RBI=0.0126471;REFB=-0.0125399;REVB=-0.0117594;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575228;STB=0.533268;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0110332;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:3:6:6:4:3:6 chr11 113803028 . A C 236.23 PASS AF=0.45;AO=25;DP=58;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0195368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.524;QD=15.7484;RBI=0.0200107;REFB=-0.0123305;REVB=-0.00432933;RO=30;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139576;STB=0.620598;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0324073;OID=.;OPOS=113803028;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:33:25:27:0.45:9:16:15:15:9:18:15:18 chr11 113803666 . G A 441.28 PASS AF=0.66129;AO=40;DP=61;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00657164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.449;QD=28.4695;RBI=0.018026;REFB=-0.0273281;REVB=0.0167855;RO=21;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294715;STB=0.520085;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0106254;OID=.;OPOS=113803666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:21:21:40:41:0.66129:21:19:9:12:21:20:9:12 chr11 113848273 . A T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=-0.140806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8976;QD=9.4441;RBI=0.143956;REFB=0.00727819;REVB=0.0299507;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543832;STB=0.811862;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0223108;OID=.;OPOS=113848273;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:0:10:3:3:0:10 chr11 113853989 . C A 83.47 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00904812;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.633;QD=18.5484;RBI=0.0173728;REFB=0.000721267;REVB=-0.0148305;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00122078;OID=.;OPOS=113853989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr11 114393652 . C T 803.73 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174096;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.343;QD=57.4095;RBI=0.0606733;REFB=0;REVB=0.0581219;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141454;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 401.73 PASS AF=0.155172,0.827586,0;AO=5,14,5;DP=58;FAO=9,48,0;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=8,14,0;FSAR=1,34,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0801663,-0.105008,-0.229801;FXX=0;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=160.537,9.40313,11.4524;QD=27.7052;RBI=0.126642,0.736066,0.396272;REFB=-0.0363633,-0.0340052,-0.0899739;REVB=0.0980389,0.728537,0.322835;RO=22;SAF=5,5,3;SAR=0,9,2;SRF=1;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.84895,0.420625,0.672983;STB=0.666218,0.507243,0.5;STBP=0.102,0.614,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0875952,0.0148331,0;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.155172,0.827586,0:5,14,5:58:9,48,0:58:1:8,14,0:1,34,0:0:1:50:22:5,5,3:0,9,2:1:21 chr11 114401577 . T C 847.95 PASS AF=0.938462;AO=60;DP=66;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0188057;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.809;QD=52.1817;RBI=0.0232676;REFB=-0.0575474;REVB=0.0137012;RO=0;SAF=10;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518862;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00232749;OID=.;OPOS=114401577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:66:65:0:4:60:61:0.938462:50:10:0:0:51:10:0:4 chr11 114421857 . T C 30.14 PASS AF=0.171429;AO=5;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00140012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.509;QD=3.44479;RBI=0.0171715;REFB=-0.00347345;REVB=-0.0171143;RO=28;SAF=2;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157493;STB=0.678655;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0287699;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:35:35:28:29:5:6:0.171429:3:2:15:13:4:2:16:13 chr11 114421861 . G A 34.06 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0148665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8607;QD=4.00683;RBI=0.0178233;REFB=0.00110098;REVB=-0.00983132;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240096;STB=0.666112;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00417718;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:4:2:15:13:4:2:15:13 chr11 114441943 . G A 535.88 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0142683;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6082;QD=54.9615;RBI=0.0262303;REFB=-0.0710759;REVB=-0.0220101;RO=2;SAF=7;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302092;STB=0.51612;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00247504;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:30:7:0:2:30:7:0:2 chr11 114442103 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00350302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.946;QD=43.4843;RBI=0.0190786;REFB=0;REVB=-0.0187543;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021612;OID=.;OPOS=114442103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr11 114569054 . A G 709.8 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9705;QD=55.6707;RBI=0.100588;REFB=0;REVB=0.0100618;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341749;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:19:29:0:0:21:30:0:0 chr11 114576626 . A T 297.14 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376341;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=34.5894;QD=51.6762;RBI=0.0683391;REFB=0;REVB=0.0570431;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014389;OID=.;OPOS=114576626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:23:2:0:19:23:1:7:12:2:0:10:13:0:0 chr11 116633825 . C T 153.69 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0224017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.784;QD=14.2965;RBI=0.0327407;REFB=-0.00625915;REVB=-0.0238772;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234768;STB=0.614388;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00763733;OID=.;OPOS=116633825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:26:17:17:0.395349:6:11:10:14:6:11:12:14 chr11 116661826 . T C 769.27 PASS AF=1;AO=47;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.157;QD=56.9828;RBI=0.0370446;REFB=0;REVB=0.017401;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202745;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:47:54:1:23:24:0:0:24:30:0:0 chr11 116662579 . C T 432.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000227228;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.055;QD=57.7049;RBI=0.00554233;REFB=0;REVB=0.00553767;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90171e-05;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr11 116692334 . C T 324.57 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.583;QD=54.095;RBI=0.103276;REFB=0;REVB=0.0887217;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012239;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:11:10:0:0:12:12:0:0 chr11 116693464 . C T 784.38 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.065;QD=57.0455;RBI=0.0667335;REFB=0;REVB=0.00374644;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192109;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr11 116701535 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00701447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.819;QD=15.9167;RBI=0.0167683;REFB=-0.0454452;REVB=-0.0152307;RO=13;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271519;STB=0.571312;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0443794;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:12:13:0.464286:10:2:5:8:10:3:5:10 chr11 117042377 . G A 994.31 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.553;QD=57.6411;RBI=0.0242133;REFB=-0.0875996;REVB=0.0109383;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000510361;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:33:35:1:0:33:35:1:0 chr11 117053433 . C A 256.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.040209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.21;QD=18.6574;RBI=0.042164;REFB=-0.00277244;REVB=-0.0126899;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160426;STB=0.597869;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00204234;OID=.;OPOS=117053433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:12:16:10:16:12:16:10:17 chr11 117074109 . G A 338.23 PASS AF=0.617021;AO=27;DP=45;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0142272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8546;QD=28.7857;RBI=0.0398294;REFB=-0.0376628;REVB=0.0372018;RO=18;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120381;STB=0.575794;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0188629;OID=.;OPOS=117074109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:18:18:27:29:0.617021:15:12:11:7:17:12:11:7 chr11 117076875 . G A 137.88 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00135298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4602;QD=11.0301;RBI=0.0460336;REFB=-0.00782375;REVB=0.0460137;RO=31;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087863;STB=0.562422;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0157713;OID=.;OPOS=117076875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:34:16:16:0.32:7:9:15:16:7:9:16:18 chr11 117077034 . A G 386.8 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.038153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.426;QD=30.3371;RBI=0.0391282;REFB=-0.0138853;REVB=-0.00868122;RO=16;SAF=24;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155001;STB=0.584603;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0115395;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:11:24:7:9:11:24:7:9 chr11 117096652 . G A 144.01 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00698225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6029;QD=15.1591;RBI=0.0150453;REFB=-0.00406521;REVB=-0.013327;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152684;STB=0.588126;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0081118;OID=.;OPOS=117096652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:13:9:9:7:13:9 chr11 117156552 . T C 269.74 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.056;QD=49.044;RBI=0.0412877;REFB=-0.0446121;REVB=0.0412495;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024692;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:22:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr11 117160347 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.514;QD=55.0985;RBI=0.04513;REFB=0;REVB=-0.0397414;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172579;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr11 117163824 . C G 698.39 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0656654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5663;QD=54.7757;RBI=0.0988727;REFB=0.0430487;REVB=0.073918;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000402143;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:50:50:0.980392:19:31:0:0:19:31:0:1 chr11 117225982 . C T 92.35 PASS AF=0.3;AO=11;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0367591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.728;QD=9.2349;RBI=0.0444034;REFB=-0.00901249;REVB=0.0249084;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261869;STB=0.630935;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0259395;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:11:12:0.3:7:4:16:11:7:5:17:11 chr11 117252489 . T C 749.01 PASS AF=0.461538;AO=62;DP=156;FAO=72;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=57;FSAR=15;FSRF=59;FSRR=18;FWDB=0.0142015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.641;QD=19.2054;RBI=0.022118;REFB=-0.0228109;REVB=-0.0169565;RO=68;SAF=49;SAR=13;SRF=51;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551886;STB=0.519464;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0260721;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:68:77:62:72:0.461538:13:49:51:17:15:57:59:18 chr11 117282800 . G T 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0157778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.717;QD=15.1656;RBI=0.0458498;REFB=-0.00627548;REVB=0.0430495;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00776168;OID=.;OPOS=117282800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:13:7:7:8:13:7 chr11 117309989 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00752712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.091;QD=53.911;RBI=0.0873309;REFB=0;REVB=-0.0870059;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000879126;OID=.;OPOS=117309989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr11 117310022 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.764;QD=59.839;RBI=0.0221059;REFB=0;REVB=-0.0179815;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124685;OID=.;OPOS=117310022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr11 117335722 . T C 784.76 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6719;QD=57.0737;RBI=0.0353765;REFB=0;REVB=0.0349394;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376604;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 117693255 . T C 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.355;QD=64.1537;RBI=0.0205654;REFB=0;REVB=0.0194888;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96014e-05;OID=.;OPOS=117693255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 117698762 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5892;QD=62.3484;RBI=0.0711664;REFB=0;REVB=0.0678937;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687066;OID=.;OPOS=117698762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr11 117774291 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1126;QD=43.486;RBI=0.0184897;REFB=0;REVB=0.0136204;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78883e-05;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr11 117781435 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.901;QD=54.5177;RBI=0.0453749;REFB=0;REVB=0.0253271;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304169;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr11 117789342 . T C 479.11 PASS AF=0.676923;AO=40;DP=61;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0950316;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3474;QD=29.484;RBI=0.0954559;REFB=-0.0659743;REVB=0.00899011;RO=20;SAF=25;SAR=15;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342262;STB=0.684702;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0233735;OID=.;OPOS=117789342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:20:21:40:44:0.676923:15:25:1:19:16:28:1:20 chr11 117789345 . G C 405.68 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.116526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7829;QD=25.7574;RBI=0.157403;REFB=-0.0199383;REVB=0.105818;RO=24;SAF=27;SAR=12;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388656;STB=0.712124;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0107087;OID=.;OPOS=117789345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:24:39:39:0.619048:12:27:3:21:12:27:3:21 chr11 117864047 . A G 146.24 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0476273;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.1894;QD=16.7129;RBI=0.0607665;REFB=-0.0377359;REVB=0.0377387;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.578843;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0599344;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:16:16:0.457143:12:4:6:12:12:4:7:12 chr11 117864113 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0168191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.899;QD=14.1697;RBI=0.0605429;REFB=0.0061881;REVB=-0.0581598;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160312;STB=0.509415;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0144836;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:5:7:6:4:5:7 chr11 117869670 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0863411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.647;QD=42.1821;RBI=0.0897947;REFB=0;REVB=0.0246636;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000868368;OID=.;OPOS=117869670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr11 117896135 . C T 504.37 PASS AF=0.293103;AO=67;DP=232;FAO=68;FDP=232;FR=.;FRO=164;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=85;FSRR=79;FWDB=-0.0108836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.36;QD=8.6961;RBI=0.0150017;REFB=-0.00404199;REVB=-0.0103247;RO=163;SAF=28;SAR=39;SRF=84;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118648;STB=0.575627;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0120934;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:163:164:67:68:0.293103:39:28:84:79:40:28:85:79 chr11 117896521 . T A 33.86 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00408976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.484;QD=6.45008;RBI=0.025406;REFB=-0.00762093;REVB=-0.0250746;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294114;STB=0.618673;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0167228;OID=.;OPOS=117896521;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:20:21:15:15:5:6:0.285714:3:2:10:5:3:3:10:5 chr11 117965530 . A G 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0381355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8819;QD=11.8123;RBI=0.045531;REFB=0.000490254;REVB=0.0248748;RO=23;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48297;STB=0.7994;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0010426;OID=.;OPOS=117965530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:12:1:8:15:12:1:8:15 chr11 117965602 . C T 176.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00406939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0813;QD=20.7365;RBI=0.065182;REFB=0.00926241;REVB=0.0650549;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990444;STB=0.555497;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00408417;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:3:13:13:5:3:13 chr11 117982495 . T G 580.95 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0169963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.563;QD=58.0951;RBI=0.0388144;REFB=0.0626429;REVB=0.0348953;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00209101;OID=.;OPOS=117982495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:22:17:0:0:23:16:1:0 chr11 117988082 . T C 943.92 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00829613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.508;QD=55.5245;RBI=0.00976983;REFB=-0.0190991;REVB=0.00515983;RO=2;SAF=37;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248502;STB=0.513154;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.000743405;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:65:66:0.970588:28:37:2:0:29:37:2:0 chr11 118034223 . G A 164.71 PASS AF=0.454545;AO=12;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0364789;FXX=0.0571265;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.647;QD=19.9649;RBI=0.0433671;REFB=-0.0647772;REVB=0.023452;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0271744;OID=.;OPOS=118034223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:33:33:10:12:12:15:0.454545:2:10:7:3:5:10:8:4 chr11 118034228 . T G 184.78 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0604527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8124;QD=18.4781;RBI=0.0619577;REFB=-0.0081478;REVB=0.0135733;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058524;STB=0.533298;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00656378;OID=.;OPOS=118034228;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:12:9:7:12:12:9 chr11 118074337 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8597;QD=53.9065;RBI=0.057588;REFB=0;REVB=0.0571669;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018158;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 118081345 . A T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.842;QD=57.5445;RBI=0.00207198;REFB=0;REVB=-0.000980679;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23936e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr11 118083664 . A G 791.68 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0229189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4704;QD=53.6732;RBI=0.0237127;REFB=-0.0519618;REVB=0.00608392;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0101692;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:28:29:1:0:28:29:2:0 chr11 118107805 . A G 817.95 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.229;QD=57.3998;RBI=0.0536156;REFB=0;REVB=0.0486116;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224943;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:22:35:0:0 chr11 118110977 . T C 1175.48 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9187;QD=59.5182;RBI=0.0586381;REFB=-0.0616665;REVB=-0.0293059;RO=1;SAF=51;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919194;STB=0.504853;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000534786;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:27:51:1:0:27:51:1:0 chr11 118133173 . C T 155.27 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00269;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6601;QD=21.4166;RBI=0.0269437;REFB=-0.0189153;REVB=-0.0268091;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02165;STB=0.53329;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0135799;OID=.;OPOS=118133173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:11:13:16:16:0.551724:4:12:8:3:4:12:9:4 chr11 118179197 . A G 101.44 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0129132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.433;QD=16.9067;RBI=0.0134409;REFB=-0.00655612;REVB=0.00372907;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102811;STB=0.558732;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00392521;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:2:10:9:3:2:10 chr11 118182829 . T A 35.35 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000885956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.397;QD=5.43822;RBI=0.0518998;REFB=0.00196898;REVB=0.0518923;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19752;STB=0.631132;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00910345;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:10:10:4:2:10:10 chr11 118221349 . TG CT,TT 252.37 PASS AF=0,0.450704;AO=25,4;DP=69;FAO=0,32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=0,15;FSAR=0,17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0049933,0.0130994;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.039,176.708;QD=14.2179;RBI=0.0308154,0.062366;REFB=-0.0338055,-0.048421;REVB=0.0304082,0.0609748;RO=37;SAF=12,2;SAR=13,2;SRF=17;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0214741,0.0440733;STB=0.5,0.503976;STBP=1,0.958;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0638772;OID=.,.;OPOS=118221349,118221350;OREF=TG,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:69:71:37:39:25,4:0,32:0,0.450704:13,2:12,2:17:20:0,17:0,15:18:21 chr11 118374647 . C T 325.93 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0044471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.656;QD=29.6304;RBI=0.02401;REFB=-0.0396293;REVB=0.0235946;RO=16;SAF=17;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729131;STB=0.540105;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0194132;OID=.;OPOS=118374647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:16:28:28:0.636364:11:17:8:8:11:17:8:8 chr11 118405068 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.733;QD=42.1826;RBI=0.0126703;REFB=0;REVB=0.000832502;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146567;OID=.;OPOS=118405068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 118405305 . G A 330.05 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.44;QD=50.7761;RBI=0.0342247;REFB=-0.121627;REVB=0.0152073;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487199;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00290632;OID=.;OPOS=118405305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:15:9:1:0:15:10:1:0 chr11 118405835 . G A 162.6 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0851778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.254;QD=19.7087;RBI=0.085686;REFB=-0.0122444;REVB=0.00931786;RO=15;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254537;STB=0.636183;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0120172;OID=.;OPOS=118405835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:17:17:0.515152:14:3:6:9:14:3:6:10 chr11 118406137 . G A 140.13 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00768225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.367;QD=12.7394;RBI=0.0123182;REFB=-0.0142227;REVB=-0.00962917;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.631403;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0353584;OID=.;OPOS=118406137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:16:16:0.363636:4:12:16:10:4:12:16:12 chr11 118406328 . CAGTGTGGA C,CAG 89.09 PASS AF=0.407407,0;AO=7,3;DP=27;FAO=11,0;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0234394,-0.0105833;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=8,6;MLLD=282.633,227.66;QD=13.1991;RBI=0.0247736,0.0138231;REFB=-0.0195464,-0.00577267;REVB=0.00802038,0.00889215;RO=17;SAF=0,2;SAR=7,1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.703954,0.394457;STB=0.562378,0.5;STBP=0.697,1;TYPE=del,del;VARB=0.0277519,0;OID=.,.;OPOS=118406329,118406331;OREF=AGTGTGGA,TGTGGA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407,0:7,3:27:11,0:27:16:2,0:9,0:4:12:89:17:0,2:7,1:5:12 chr11 118430519 . C T 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4478;QD=55.6234;RBI=0.0355492;REFB=0;REVB=-0.0264106;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92794e-05;OID=.;OPOS=118430519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr11 118471423 . T C 740.19 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.255;QD=56.9379;RBI=0.0184553;REFB=0;REVB=-0.0135717;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21473e-05;OID=.;OPOS=118471423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr11 118472354 . C A 918.38 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0808395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6911;QD=54.8288;RBI=0.099327;REFB=-0.226947;REVB=0.0577134;RO=2;SAF=37;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522397;STB=0.509088;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0110002;OID=.;OPOS=118472354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:67:2:1:63:66:0.985075:26:37:1:1:27:39:0:1 chr11 118505676 . GT G,GG 1237.15 PASS AF=0.966292,0.0337079;AO=79,8;DP=89;FAO=86,3;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=42,3;FSAR=44,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280404,0.0208749;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.1363,60.5839;QD=55.6024;RBI=0.03187,0.111541;REFB=0,0;REVB=-0.0151472,-0.109571;RO=0;SAF=41,4;SAR=38,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00246955,-0.0574327;OID=.,.;OPOS=118505677,118505677;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.966292,0.0337079:79,8:89:86,3:89:0:42,3:44,0:0:0:6:0:41,4:38,4:0:0 chr11 118529017 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.801;QD=42.1823;RBI=0.104186;REFB=0;REVB=-0.0190236;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143385;OID=.;OPOS=118529017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr11 118529044 . C CG 239.51 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411076;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=255.435;QD=50.4227;RBI=0.0310182;REFB=0;REVB=0.0307446;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.88647e-05;OID=.;OPOS=118529045;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:8:11:0:0:4:0:8:10:0:0 chr11 118529069 . G C 246.42 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5969;QD=46.9379;RBI=0.0644409;REFB=0.00391741;REVB=0.0481821;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=-0.000684344;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:0:1:12:8:0:1 chr11 118529078 . G C 225.18 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7153;QD=42.8921;RBI=0.0986322;REFB=-0.217106;REVB=0.0964241;RO=2;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0233554;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:21:21:2:2:19:19:0.904762:12:7:0:2:12:7:0:2 chr11 118621824 . AG AGT,GT 521.53 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=33,2;DP=44;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104393,0.0329035;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,2;MLLD=15.6808,13.253;QD=47.4114;RBI=0.21953,0.129315;REFB=0,0;REVB=0.19312,0.125059;RO=1;SAF=19,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0322,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00734917,-0.036181;OID=.,.;OPOS=118621826,118621824;OREF=-,AG;OALT=T,GT;OMAPALT=AGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:44:44:1:0:33,2:43,1:0.977273,0.0227273:14,1:19,1:0:1:17,0:26,1:0:0 chr11 118622744 . G A 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7689;QD=53.9064;RBI=0.0518654;REFB=0;REVB=0.00302711;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131921;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 118744701 . A AAAAG 41.21 PASS AF=0.777778;AO=4;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=4;MLLD=60.123;QD=18.3162;RBI=0.00442016;REFB=-0.243327;REVB=-0.00442016;RO=5;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0553455;OID=.;OPOS=118744702;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:4:9:7:9:2:0:7:0:2:12:5:0:4:0:5 chr11 118765267 . G C 192.61 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0176646;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.758;QD=12.4265;RBI=0.0260191;REFB=-0.0276394;REVB=-0.0191039;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098376;STB=0.535489;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0449828;OID=.;OPOS=118765267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:32:38:23:24:0.387097:13:10:17:15:14:10:18:20 chr11 118769442 . A G 374.3 PASS AF=0.427083;AO=38;DP=93;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0203676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.428;QD=15.5957;RBI=0.0206185;REFB=-0.0137092;REVB=-0.00320723;RO=54;SAF=13;SAR=25;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321632;STB=0.501369;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0165278;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:54:55:38:41:0.427083:25:13:20:34:26:15:20:35 chr11 118772773 . GGC G,GG 58.68 PASS AF=0.533333,0;AO=8,2;DP=17;FAO=8,0;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3,0;FSAR=5,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.068481,-0.240913;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=27.3289,13.9954;QD=15.6475;RBI=0.131753,0.297884;REFB=-0.128343,-0.125725;REVB=0.112557,0.175202;RO=5;SAF=3,2;SAR=5,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0.364532;SSEP=0,0.305263;SSSB=-0.151251,0.589598;STB=0.592984,0.5;STBP=0.487,1;TYPE=del,del;VARB=0.109641,0;OID=.,.;OPOS=118772774,118772775;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0:8,2:17:8,0:15:7:3,0:5,0:4:3:41:5:3,2:5,0:3:2 chr11 118898435 . AC A 445.67 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.9668;QD=43.4802;RBI=0.212608;REFB=0;REVB=0.20767;RO=2;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00951507;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:41:41:0:20:21:0:0:8:2:20:19:0:2 chr11 118899021 . G A 128.01 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0120397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9432;QD=20.4821;RBI=0.0192346;REFB=-0.0272246;REVB=-0.0150006;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465572;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326289;OID=.;OPOS=118899021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:9:5:3:7:9:5:4:7 chr11 118919206 . T C 322.01 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2991;QD=51.5223;RBI=0.0652047;REFB=0;REVB=0.0640758;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200117;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:1:0:23:25:1:11:12:0:1:13:12:0:0 chr11 118925341 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0242616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.646;QD=18.6451;RBI=0.0254863;REFB=-0.0207976;REVB=-0.00780571;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0185018;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:8:5:7:7:8:5 chr11 118927013 . T TC 253.67 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.4195;QD=31.7091;RBI=0.166164;REFB=0;REVB=0.0765498;RO=6;SAF=14;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0115106;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:33:32:32:0:18:14:0:0:5:6:14:12:4:2 chr11 118940957 . C G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.019839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.088;QD=12.4824;RBI=0.0218091;REFB=-0.00952743;REVB=0.00905819;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192474;STB=0.612725;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0166422;OID=.;OPOS=118940957;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:13:6:6:6:13:6 chr11 118947634 . C T 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0249394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3909;QD=13.628;RBI=0.0270852;REFB=-0.00708432;REVB=-0.0105658;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00619445;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:3:6:5:3:3:6 chr11 118949331 . C T 153.34 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00254947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.482;QD=13.9398;RBI=0.0403169;REFB=0.00202319;REVB=0.0402362;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12816;STB=0.574382;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.00392603;OID=.;OPOS=118949331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:9:8:16:11:9:8:16:11 chr11 118962230 . G T 314.08 PASS AF=0.493151;AO=29;DP=65;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0528604;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7798;QD=17.2101;RBI=0.0895512;REFB=-0.0330532;REVB=0.0722855;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277411;STB=0.602209;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0403429;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:73:36:37:29:36:0.493151:11:18:12:24:17:19:12:25 chr11 118967758 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.115;QD=58.5813;RBI=0.0267715;REFB=0;REVB=0.0263424;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120341;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr11 118968623 . G A 414.61 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.022358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.583;QD=19.7431;RBI=0.0223682;REFB=-0.031941;REVB=-0.000674348;RO=42;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572459;STB=0.540469;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0337537;OID=.;OPOS=118968623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:42:40:42:0.5:27:13:16:26:29:13:16:26 chr11 119005088 . C T 612.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.971;QD=61.2654;RBI=0.031586;REFB=0;REVB=0.0315246;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262998;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:28:11:0:0:29:11:0:0 chr11 119005132 . C T 37.75 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00813094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.628;QD=9.43668;RBI=0.00842514;REFB=-0.00690102;REVB=-0.00220699;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.749373;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0127951;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:1:9:3:3:1:9 chr11 119043656 . C T 227.18 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00346407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.121;QD=12.6211;RBI=0.00410359;REFB=-0.0107043;REVB=0.00219993;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095392;STB=0.563196;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0122661;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:44:27:28:0.388889:13:14:18:24:13:15:19:25 chr11 119052826 . C A 1503.35 PASS AF=0.555556;AO=143;DP=263;FAO=145;FDP=261;FR=.;FRO=116;FSAF=91;FSAR=54;FSRF=51;FSRR=65;FWDB=0.0515138;FXX=0.0113632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6921;QD=23.0398;RBI=0.0665251;REFB=-0.0272497;REVB=0.0420943;RO=115;SAF=90;SAR=53;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155908;STB=0.585434;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0252191;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:261:115:116:143:145:0.555556:53:90:51:64:54:91:51:65 chr11 119054488 . C T 250.35 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00224957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.846;QD=20.028;RBI=0.0279482;REFB=-0.0274895;REVB=0.0278575;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204837;STB=0.624896;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0286374;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:9:15:10:15:9:15:10:16 chr11 119059404 . G A 96.71 PASS AF=0.5;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00975598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.734;QD=19.3422;RBI=0.0154173;REFB=-0.0564605;REVB=0.0119379;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243413;STB=0.651938;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0119407;OID=.;OPOS=119059404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:22:20:6:7:9:10:0.5:1:8:6:0:2:8:7:0 chr11 119063908 . C T 57.93 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0275014;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.89;QD=11.5853;RBI=0.0414093;REFB=-0.0127066;REVB=0.0309581;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0350326;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr11 119065709 . G C 130.18 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0524933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3801;QD=15.7794;RBI=0.057117;REFB=0.0053467;REVB=-0.0225122;RO=18;SAF=1;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59096;STB=0.858281;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00728594;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:13:1:9:9:14:1:9:9 chr11 119181170 . T C 125.9 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0138701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.265;QD=18.6512;RBI=0.0142941;REFB=-0.0150908;REVB=-0.00345559;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.518492;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0234177;OID=.;OPOS=119181170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:14:14:0.518519:7:7:7:5:7:7:7:6 chr11 119205830 . A G 508.98 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=129;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0354721;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1236;QD=16.1581;RBI=0.079754;REFB=-0.00154994;REVB=-0.0714313;RO=71;SAF=23;SAR=32;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100914;STB=0.505643;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00137215;OID=.;OPOS=119205830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:71:71:55:55:0.436508:32:23:29:42:32:23:29:42 chr11 119206375 . G A 125.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00693857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.036;QD=18.6424;RBI=0.024383;REFB=0.000245586;REVB=0.0233749;RO=12;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221076;STB=0.692981;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=1.37142e-05;OID=.;OPOS=119206375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:12:13:14:14:0.518519:13:1:2:10:13:1:3:10 chr11 119216231 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.374;QD=58.4183;RBI=0.0136097;REFB=0;REVB=0.0028512;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08699e-05;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr11 119216279 . G A 153.35 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00953601;FXX=0.0357015;HRUN=7;LEN=1;MLLD=267.068;QD=22.7183;RBI=0.015683;REFB=-0.019928;REVB=0.0124508;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1968;STB=0.511608;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011743;OID=.;OPOS=119216279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:27:12:11:10:12:0.444444:2:8:11:1:1:11:10:1 chr11 119229964 . G A 1472.57 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.45;QD=63.3365;RBI=0.0281612;REFB=0;REVB=0.0279782;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46358e-05;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:91:93:1:37:54:0:0:37:56:0:0 chr11 119244094 . A AT 182.33 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369666;FXX=0.0689417;HRUN=0;LEN=1;MLLD=134.268;QD=27.0123;RBI=0.0376531;REFB=0;REVB=0.00715759;RO=26;SAF=0;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549722;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00165728;OID=.;OPOS=119244095;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:27:27:0:12:15:0:0:3:26:0:3:12:14 chr11 119244095 . C G,T 400.36 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=3,26;DP=29;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00636945,0.0203777;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.747,182.026;QD=55.2225;RBI=0.0525611,0.0234276;REFB=0,0;REVB=-0.0521738,0.0115586;RO=0;SAF=0,12;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.199985,-0.000328825;OID=.,.;OPOS=119244095,119244095;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:3,26:2,27:0.0689655,0.931034:3,14:0,12:0:0:2,15:0,12:0:0 chr11 119252199 . T G 3017.77 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=190;FDP=190;FR=.;FRO=0;FSAF=115;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.476;QD=63.5321;RBI=0.0664277;REFB=0;REVB=0.04669;RO=0;SAF=112;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95096e-05;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:190:0:0:187:190:1:75:112:0:0:75:115:0:0 chr11 119265742 . T C,TC 30.28 PASS AF=0,0.116667;AO=6,12;DP=67;FAO=0,7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=0,1;FSAR=0,6;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0543042,-0.0268116;FXX=0.0769112;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=46.7249,51.0649;QD=2.01837;RBI=0.0545635,0.0270423;REFB=-0.000346797,-0.00393649;REVB=0.00531309,-0.0035249;RO=49;SAF=1,0;SAR=5,12;SRF=32;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521668,-0.779249;STB=0.5,0.8641;STBP=1,0.056;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.127503;OID=.,.;OPOS=119265742,119265743;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:67:60:49:53:6,12:0,7:0,0.116667:5,12:1,0:32:17:0,6:0,1:30:23 chr11 119290034 . G C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00816233;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.708;QD=24.3281;RBI=0.00816233;REFB=-0.0163125;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384562;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:0:7:2:0:0:7:2:0 chr11 119369297 . G A 299.74 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0298483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7121;QD=30.7428;RBI=0.032967;REFB=-0.0128629;REVB=-0.0139966;RO=13;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291825;STB=0.516037;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0052656;OID=.;OPOS=119369297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:19:7:4:9:19:7:4:9 chr11 119510644 . A C 2710.01 PASS AF=0.983333;AO=176;DP=179;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=96;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00256907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.253;QD=60.2225;RBI=0.0095936;REFB=-0.0240873;REVB=-0.00924321;RO=2;SAF=81;SAR=95;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116071;STB=0.50909;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000866888;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:179:180:2:3:176:177:0.983333:95:81:2:0:96:81:3:0 chr11 119879425 . T C 527.24 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0233494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8837;QD=56.9989;RBI=0.0430159;REFB=-0.205512;REVB=0.0361271;RO=1;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183585;STB=0.509799;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00286736;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:1:1:36:36:0.972973:25:11:0:1:25:11:0:1 chr11 119986119 . T C 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0202735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.156;QD=11.2664;RBI=0.028044;REFB=-0.0218268;REVB=-0.0193765;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095238;STB=0.547397;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0262217;OID=.;OPOS=119986119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:8:12:18:17:8:12:19:17 chr11 119993897 . CCT C 270.52 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118554;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=283.335;QD=45.086;RBI=0.119027;REFB=0;REVB=0.0106027;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00024939;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:6:18:0:0:5:0:6:17:0:0 chr11 119999191 . A G 918.95 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.503;QD=58.3457;RBI=0.0847153;REFB=0;REVB=0.0149156;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438349;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:24:38:0:0:24:39:0:0 chr11 120040581 . G A 240.54 PASS AF=0.511111;AO=19;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00567938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0316;QD=21.3814;RBI=0.136608;REFB=-0.0544031;REVB=0.13649;RO=19;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252438;STB=0.624166;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0572755;OID=.;OPOS=120040581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:19:22:19:23:0.511111:8:11:16:3:11:12:17:5 chr11 120040642 . C G 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00360372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.168;QD=15.643;RBI=0.022788;REFB=-0.0175758;REVB=-0.0225013;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757044;STB=0.512808;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0252207;OID=.;OPOS=120040642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:8:12:17:11:8:12:18:11 chr11 120041408 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00312384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.812;QD=17.9407;RBI=0.0373106;REFB=-0.0230427;REVB=-0.0371796;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277962;STB=0.660191;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0188395;OID=.;OPOS=120041408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:12:10:4:15:12:10 chr11 120041423 . G A 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00767811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.231;QD=16.4805;RBI=0.0116816;REFB=0.00193755;REVB=0.00880375;RO=25;SAF=17;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50664;STB=0.798275;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0028595;OID=.;OPOS=120041423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:2:17:13:12:2:17:13:12 chr11 120041444 . C T 217.82 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0124863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6461;QD=16.7554;RBI=0.0341091;REFB=0.00269766;REVB=0.0317415;RO=28;SAF=19;SAR=5;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35608;STB=0.703518;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00213355;OID=.;OPOS=120041444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:5:19:13:15:5:19:13:15 chr11 120041928 . C T 59.94 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0265452;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.593;QD=9.99066;RBI=0.0464082;REFB=-0.0281534;REVB=-0.0380667;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477517;STB=0.806805;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0889575;OID=.;OPOS=120041928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:26:24:14:16:8:8:0.333333:1:7:7:7:1:7:8:8 chr11 120041945 . G A 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00083949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.323;QD=12.9721;RBI=0.0159566;REFB=-0.00501805;REVB=0.0159345;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24777;STB=0.66637;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00367061;OID=.;OPOS=120041945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:3:9:9:8:3:9:9:9 chr11 120041956 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00276914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.433;QD=12.6381;RBI=0.00301523;REFB=0.00401565;REVB=-0.0011931;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228943;STB=0.673286;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00646291;OID=.;OPOS=120041956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:21:13:13:0.382353:3:10:11:8:3:10:11:10 chr11 120042082 . G A 35.57 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00220845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.483;QD=5.6915;RBI=0.0431994;REFB=-0.00795568;REVB=-0.0431429;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349537;STB=0.736808;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0194534;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:8:11:5:1:8:11 chr11 120042087 . T C 53.67 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0868442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0328;QD=8.58792;RBI=0.0873078;REFB=-0.0183762;REVB=0.00898612;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.627564;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.048355;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:25:16:17:7:8:0.32:6:1:6:10:6:2:7:10 chr11 120099658 . A G 413.77 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=110;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00387702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.745;QD=15.0463;RBI=0.0611365;REFB=-0.0126685;REVB=-0.0610134;RO=62;SAF=23;SAR=24;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434467;STB=0.519713;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0190501;OID=.;OPOS=120099658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:62:63:47:47:0.427273:24:23:33:29:24:23:33:30 chr11 120099679 . G A 464.22 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.00925368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.459;QD=16.4326;RBI=0.00927167;REFB=-0.0252174;REVB=-0.000577391;RO=61;SAF=26;SAR=25;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786946;STB=0.538928;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0308462;OID=.;OPOS=120099679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:62:51:51:0.451327:25:26:36:25:25:26:36:26 chr11 120099791 . C T 488.01 PASS AF=0.469027;AO=50;DP=109;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=0.020955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.223;QD=17.2745;RBI=0.0489548;REFB=-0.012566;REVB=0.0442432;RO=59;SAF=27;SAR=23;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962205;STB=0.550281;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0128464;OID=.;OPOS=120099791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:113:59:60:50:53:0.469027:23:27:26:33:25:28:26:34 chr11 120100597 . G A 85.8 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0393331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8703;QD=11.8351;RBI=0.0401881;REFB=-0.0148497;REVB=-0.00824568;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199273;STB=0.619488;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0429839;OID=.;OPOS=120100597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:10:8:3:8:10:8 chr11 120111041 . G C 142.57 PASS AF=0.538462;AO=10;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00756278;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.635;QD=21.9337;RBI=0.0974198;REFB=-0.0266188;REVB=0.0971258;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340897;STB=0.648491;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0321354;OID=.;OPOS=120111041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:26:26:11:11:10:14:0.538462:1:9:11:0:1:13:11:0 chr11 120175749 . A C,G 1232.97 PASS AF=0.0365854,0.963415;AO=4,73;DP=77;FAO=3,79;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=3,35;FSAR=0,44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00105397,0.04001;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.871,69.1079;QD=60.1451;RBI=0.00222733,0.0602302;REFB=0,0;REVB=-0.00196218,0.0450208;RO=0;SAF=4,34;SAR=0,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.194839,0.000157123;OID=.,.;OPOS=120175749,120175749;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:77:82:0:0:4,73:3,79:0.0365854,0.963415:0,39:4,34:0:0:0,44:3,35:0:0 chr11 120187971 . G A 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00622411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4413;QD=15.5699;RBI=0.0769208;REFB=-0.0106433;REVB=-0.0766686;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479036;STB=0.775653;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00808391;OID=.;OPOS=120187971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:2:10:3:8:2:10 chr11 120190141 . T C 73.08 PASS AF=0.173333;AO=15;DP=78;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00383207;FXX=0.0384566;HRUN=9;LEN=1;MLLD=169.094;QD=3.89775;RBI=0.0243156;REFB=0.00090867;REVB=-0.0240117;RO=55;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755169;STB=0.570121;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00384439;OID=.;OPOS=120190141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:78:75:55:62:15:13:0.173333:8:7:26:29:8:5:29:33 chr11 120198093 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0172049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.976;QD=15.8391;RBI=0.0231211;REFB=-0.0464382;REVB=-0.0154458;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170899;STB=0.59976;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0134203;OID=.;OPOS=120198093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:5:2:4:4:5:2 chr11 120292570 . T A 859.97 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.291;QD=57.3315;RBI=0.0290854;REFB=0;REVB=0.00184178;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109276;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:40:18:0:0:40:20:0:0 chr11 120340060 . A T 36.29 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.016653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.936;QD=6.91164;RBI=0.0169056;REFB=0.00135999;REVB=-0.00291188;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294114;STB=0.726564;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.00325056;OID=.;OPOS=120340060;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:15:15:5:6:0.285714:2:3:5:10:2:4:5:10 chr11 120355230 . A G 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0406329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9516;QD=18.15;RBI=0.0492788;REFB=-9.18879e-06;REVB=0.0278813;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117994;STB=0.566947;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00207996;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:10:15:10:11:10:15 chr11 120357842 . CTT C 139.45 PASS AF=0.6;AO=9;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0862885;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=43.9927;QD=18.5927;RBI=0.0863284;REFB=-0.00169876;REVB=0.00262457;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198782;STB=0.523596;STBP=0.753;TYPE=del;VARB=-0.00026806;OID=.;OPOS=120357843;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:9:30:18:30:12:7:11:4:8:73:9:4:5:2:7 chr11 120776000 . AG A,AA 522.59 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=9,25;DP=34;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318477,0.0306985;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=234.644,252.467;QD=59.7241;RBI=0.152961,0.171395;REFB=0,0;REVB=0.149609,0.168623;RO=0;SAF=1,23;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.34264e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0252601,0.000632077;OID=.,.;OPOS=120776001,120776001;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:9,25:34:1,34:35:0:1,23:0,11:0:0:4:0:1,23:8,2:0:0 chr11 120823608 . G A 172.54 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0326697;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.529;QD=10.9548;RBI=0.0326961;REFB=-0.0137734;REVB=0.00131423;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213329;STB=0.603085;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0335097;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:41:22:22:0.349206:11:11:12:27:11:11:14:27 chr11 120827609 . A G 479.58 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0101566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6881;QD=53.2864;RBI=0.0499333;REFB=-0.177433;REVB=0.0488895;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127669;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:17:17:1:1:17:17:1:1 chr11 120996292 . A G 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00260905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.427;QD=23.0012;RBI=0.0073941;REFB=-0.0278218;REVB=-0.0069185;RO=22;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129312;STB=0.57138;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0162939;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:14:15:15:7:14:15:15:7 chr11 120998942 . C T 456.94 PASS AF=0.469388;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0168974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.529;QD=18.6506;RBI=0.0169004;REFB=-0.00089905;REVB=-0.000316217;RO=52;SAF=16;SAR=29;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988959;STB=0.513417;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00150243;OID=.;OPOS=120998942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:52:52:45:46:0.469388:29:16:18:34:29:17:18:34 chr11 121000784 . T C 189.21 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0112051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1826;QD=21.0229;RBI=0.0181804;REFB=-0.0229998;REVB=-0.0143169;RO=16;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35805;STB=0.714483;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0192968;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:5:14:5:11:5:14:5:12 chr11 121032978 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.822;QD=56.7065;RBI=0.0199194;REFB=0;REVB=0.00694131;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107251;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr11 121038810 . C T 250.62 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0145246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.138;QD=20.0496;RBI=0.0274162;REFB=-0.0123461;REVB=-0.0232526;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196424;STB=0.611016;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0194212;OID=.;OPOS=121038810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:12:14:8:16:12:14 chr11 121367626 . T C 285.77 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0139024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.428;QD=22.4135;RBI=0.0390431;REFB=-0.0322951;REVB=0.0364841;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110917;STB=0.561361;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00926314;OID=.;OPOS=121367626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:9:13:13:16:9:13 chr11 121403229 . T C 873.11 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521117;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.604;QD=58.207;RBI=0.0523237;REFB=0;REVB=0.00470536;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116847;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:39:20:0:0:39:21:0:0 chr11 121437819 . C G 483.17 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.273;QD=58.5664;RBI=0.0280747;REFB=0;REVB=0.00766584;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.83052e-05;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:22:10:0:0:22:11:0:0 chr11 121461593 . G C 267.26 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0267268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7173;QD=21.8171;RBI=0.0860391;REFB=-0.0233623;REVB=0.0817826;RO=24;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212096;STB=0.619464;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0130107;OID=.;OPOS=121461593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:7:18:12:12:7:18:12:12 chr11 121475922 . T A 187.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0497574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.092;QD=20.3126;RBI=0.0515378;REFB=-0.0238076;REVB=-0.0134294;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704129;STB=0.539731;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0334642;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:10:8:10:9:10:8 chr11 121491782 . G A 714.44 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250264;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3469;QD=63.5058;RBI=0.0268945;REFB=0;REVB=-0.0098485;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56907e-05;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr11 122022927 . C T 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0104867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.168;QD=15.6248;RBI=0.0510467;REFB=-0.0244284;REVB=-0.0499579;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110527;STB=0.563723;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0384764;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:12:11:10:7:12:11 chr11 122322268 . A C 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0661619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.42;QD=14.9196;RBI=0.069029;REFB=0.00770769;REVB=-0.0196875;RO=36;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742837;STB=0.53617;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0127308;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:19:9:14:22:19:9:14:23 chr11 122430682 . C A 483.18 PASS AF=0.676923;AO=43;DP=64;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0315424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.716;QD=29.7338;RBI=0.0371318;REFB=-0.0183714;REVB=0.019592;RO=21;SAF=24;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814691;STB=0.501069;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0165435;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:21:21:43:44:0.676923:19:24:12:9:19:25:12:9 chr11 122665437 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.969;QD=56.9553;RBI=0.0488755;REFB=0;REVB=0.0484363;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157663;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:21:30:0:0:21:31:0:0 chr11 122671963 . T A 259.96 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0203328;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.969;QD=16.5053;RBI=0.0263614;REFB=-0.0156724;REVB=-0.0167779;RO=34;SAF=9;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776803;STB=0.54385;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0305623;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:20:9:13:21:20:9:13:21 chr11 122681534 . A G 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00460282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.555;QD=18.8207;RBI=0.00489671;REFB=-0.0221066;REVB=0.00167086;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0127014;OID=.;OPOS=122681534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:6:4:7:5:6:4 chr11 122742028 . C G 555.77 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.821;QD=60.0828;RBI=0.0620093;REFB=0;REVB=0.0131365;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225949;OID=.;OPOS=122742028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:22:9:0:0:24:13:0:0 chr11 123065683 . C T 1425.36 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4133;QD=62.653;RBI=0.0571299;REFB=0;REVB=0.0278564;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497761;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:42:49:0:0 chr11 123306172 . T C 141.15 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00115432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.493;QD=13.4427;RBI=0.0182137;REFB=-0.0239893;REVB=-0.0181771;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257591;STB=0.515041;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0490132;OID=.;OPOS=123306172;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:7:9:14:12:7:9:14:12 chr11 123477352 . G A 329.08 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=76;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0208443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8905;QD=16.251;RBI=0.0746911;REFB=-0.0389479;REVB=0.0717236;RO=44;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319806;STB=0.540687;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0685794;OID=.;OPOS=123477352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:44:45:32:36:0.444444:17:15:22:22:21:15:22:23 chr11 123480981 . T C 342.43 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0218469;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.868;QD=18.0224;RBI=0.0442749;REFB=-0.0103298;REVB=-0.0385095;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698296;STB=0.533315;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00988099;OID=.;OPOS=123480981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:14:22:21:18:14:22:22:18 chr11 123596703 . A C 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0175379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.95;QD=16.2719;RBI=0.0302163;REFB=-0.0203424;REVB=0.0246058;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013919;OID=.;OPOS=123596703;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:12:6:5:10:12:6 chr11 123598941 . T C 364.31 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00919225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.621;QD=21.1192;RBI=0.0205036;REFB=-0.00797412;REVB=-0.0183276;RO=32;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041156;STB=0.522751;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00677943;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:19:18:14:18:19:18:14:18 chr11 123600475 . A G 293.52 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0245573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2907;QD=19.8999;RBI=0.0359358;REFB=-0.0124117;REVB=-0.0262359;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071869;STB=0.539952;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0114851;OID=.;OPOS=123600475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:14:17:13:15:14:17:13:15 chr11 123676231 . G T 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0103886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.661;QD=13.8496;RBI=0.0112629;REFB=-0.0155355;REVB=0.004351;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159259;STB=0.591731;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0196136;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:19:6:6:10:19:6 chr11 123676413 . G A 248.48 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0248988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9404;QD=25.485;RBI=0.0269101;REFB=-0.0428274;REVB=-0.010208;RO=16;SAF=6;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102796;STB=0.557325;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0231457;OID=.;OPOS=123676413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:17:6:6:10:17:6:6:10 chr11 123753937 . A G 700.38 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.905;QD=62.2556;RBI=0.0120286;REFB=0;REVB=0.00862546;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105534;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr11 123753958 . C T 190.06 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00144173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.417;QD=21.7213;RBI=0.00735404;REFB=-0.0172727;REVB=-0.00721133;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199634;STB=0.540498;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0120958;OID=.;OPOS=123753958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:16:19:19:0.542857:10:9:7:7:10:9:9:7 chr11 123754844 . T C 436.41 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.74;QD=54.5515;RBI=0.0706519;REFB=-0.120715;REVB=0.049866;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00249303;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:12:18:1:0:13:18:1:0 chr11 123777497 . GC AC,AT 217.52 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=6,12;DP=18;FAO=6,12;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341397,0.0330437;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=82.091,131.001;QD=48.3385;RBI=0.0393944,0.0348559;REFB=0,0;REVB=0.0196569,0.0110928;RO=0;SAF=3,8;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0073791,0.0159229;OID=.,.;OPOS=123777497,123777497;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:18:18:0:0:6,12:6,12:0.333333,0.666667:3,4:3,8:0:0:3,4:3,8:0:0 chr11 123777536 . G A 187.36 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0750346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9024;QD=24.1749;RBI=0.0912401;REFB=-0.0118334;REVB=0.0519092;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207715;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172205;OID=.;OPOS=123777536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:11:7:5:7:11:8:5:7 chr11 123777736 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=4.99339e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=293.548;QD=22.6785;RBI=0.00460972;REFB=0.00512486;REVB=-0.00460945;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176021;STB=0.599808;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00314545;OID=.;OPOS=123777736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:1:4:5:5:1:4 chr11 123777986 . T C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.802;QD=60.2308;RBI=0.0433677;REFB=0;REVB=0.027985;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188444;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr11 123778031 . G A 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0225355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.344;QD=27.3906;RBI=0.0231096;REFB=0.00616396;REVB=0.00511908;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554345;STB=0.530656;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00349785;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:13:7:3:8:13:7:3:8 chr11 123778173 . T G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.207075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9314;QD=27.3838;RBI=0.208299;REFB=0.0137272;REVB=0.0225431;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163937;STB=0.593025;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00893252;OID=.;OPOS=123778173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:2:1:7:3:2:1 chr11 123813823 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.008101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.768;QD=21.7443;RBI=0.0257507;REFB=-0.00963291;REVB=0.0244433;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0120477;OID=.;OPOS=123813823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:4:7:10:5:4:7 chr11 123813940 . G C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00268474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.084;QD=26.0262;RBI=0.0335306;REFB=-0.125384;REVB=0.033423;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0157434;OID=.;OPOS=123813940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr11 123814489 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0227235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.557;QD=10.6681;RBI=0.0286681;REFB=-0.000566798;REVB=-0.0174786;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00160793;OID=.;OPOS=123814489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr11 123886681 . A G 36.89 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0149528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.654;QD=2.58869;RBI=0.0175178;REFB=0.00208738;REVB=-0.00912628;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247168;STB=0.676563;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0166413;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:57:49:50:7:7:0.122807:2:5:25:24:2:5:26:24 chr11 123894119 . A G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.017151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.853;QD=2.91653;RBI=0.0353981;REFB=0.00261302;REVB=-0.0309656;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212266;STB=0.656191;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.0305481;OID=.;OPOS=123894119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:20:19:4:2:20:19 chr11 123894136 . A G 58.34 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0213986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.518;QD=4.76223;RBI=0.0290816;REFB=-0.00443449;REVB=-0.0196936;RO=40;SAF=2;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380036;STB=0.755283;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0281618;OID=.;OPOS=123894136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:40:40:9:9:0.183673:7:2:21:19:7:2:21:19 chr11 123900371 . C A 370.48 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00868871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.05;QD=17.2315;RBI=0.0103;REFB=-0.0104744;REVB=-0.00553137;RO=46;SAF=26;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209985;STB=0.623935;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0204361;OID=.;OPOS=123900371;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:47:39:39:0.453488:13:26:21:25:13:26:21:26 chr11 123909695 . G C 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00368964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.866;QD=9.2574;RBI=0.0110225;REFB=-0.00707398;REVB=0.0103867;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02836;STB=0.517213;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0201154;OID=.;OPOS=123909695;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:11:17:7:5:11:17 chr11 124095414 . C G 1368.18 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0214812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.276;QD=60.1399;RBI=0.0285682;REFB=-0.114764;REVB=0.0188335;RO=2;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164759;STB=0.500869;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000661167;OID=.;OPOS=124095414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:2:2:89:89:0.978022:41:48:1:1:41:48:1:1 chr11 124095525 . T C 1008.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6077;QD=59.3057;RBI=0.030461;REFB=0;REVB=-0.0304096;RO=0;SAF=44;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015815;OID=.;OPOS=124095525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:24:44:0:0:24:44:0:0 chr11 124095647 . A C 789.28 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3334;QD=55.3882;RBI=0.116116;REFB=-0.0734446;REVB=0.0260924;RO=1;SAF=11;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433723;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:1:0:56:57:1:45:11:1:0:45:12:0:0 chr11 124096122 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0303565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.45;QD=46.846;RBI=0.0451098;REFB=0;REVB=-0.0333673;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289197;OID=.;OPOS=124096122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 124096195 . G A 74.52 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146703;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.019;QD=37.2619;RBI=0.0777261;REFB=0;REVB=0.076329;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174479;OID=.;OPOS=124096195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:1:0:7:8:1:6:1:0:1:7:1:0:0 chr11 124096247 . G A 232.57 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00132517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.219;QD=46.514;RBI=0.0186119;REFB=-0.191964;REVB=0.0185647;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00134302;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:0:1:8:11:0:1 chr11 124120821 . T C 499.55 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533486;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8974;QD=55.5056;RBI=0.17728;REFB=-0.00934038;REVB=0.169062;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00484097;OID=.;OPOS=124120821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:33:35:0.972222:19:14:1:0:20:15:1:0 chr11 124252422 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00405558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.68;QD=50.4135;RBI=0.00416778;REFB=0;REVB=0.000960586;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1355e-05;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr11 124252718 . G A 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8226;QD=45.7987;RBI=0.110228;REFB=0;REVB=-0.108176;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00611708;OID=.;OPOS=124252718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 124252750 . G A 75.1 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0673478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.844;QD=37.5505;RBI=0.0888634;REFB=0;REVB=0.0579739;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121295;OID=.;OPOS=124252750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr11 124252892 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0469;QD=39.2054;RBI=0.103814;REFB=0;REVB=0.0341651;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00885756;OID=.;OPOS=124252892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr11 124253100 . G A 86.73 PASS AF=0.1875;AO=14;DP=79;FAO=15;FDP=80;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00916698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.902;QD=4.3366;RBI=0.0134425;REFB=-0.00477756;REVB=-0.00983193;RO=65;SAF=6;SAR=8;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610216;STB=0.563366;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0222283;OID=.;OPOS=124253100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:79:80:65:65:14:15:0.1875:8:6:31:34:9:6:31:34 chr11 124253147 . A G 299.03 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00546049;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1651;QD=23.0019;RBI=0.0222099;REFB=-0.0533275;REVB=-0.0215282;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185651;STB=0.59453;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0401977;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:20:10:12:9:20:10:12:10 chr11 124253161 . G A 211.4 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0377106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.0967;QD=19.6648;RBI=0.0393118;REFB=0.00532813;REVB=-0.0111053;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134711;STB=0.566601;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=-0.00872807;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:22:21:21:0.488372:14:7:10:11:14:7:10:12 chr11 124253170 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00561692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.259;QD=19.386;RBI=0.012965;REFB=-0.00708979;REVB=0.0116851;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173788;STB=0.598827;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00671041;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:10:11:14:6:10:11 chr11 124253181 . T C 551.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.48;QD=59.6561;RBI=0.0617345;REFB=0;REVB=0.0102276;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419068;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 124266906 . C T 345.31 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0397806;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.251;QD=43.1641;RBI=0.0397926;REFB=0.00112164;REVB=0.000975767;RO=5;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214648;STB=0.511619;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000632658;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:33:32:5:5:27:27:0.84375:18:9:2:3:18:9:2:3 chr11 124266912 . A G 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0396122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.518;QD=38.4681;RBI=0.0586243;REFB=-0.0212216;REVB=0.0432168;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048209;STB=0.52629;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00288622;OID=.;OPOS=124266912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:12:8:1:3:12:8:1:3 chr11 124294236 . A G 73.63 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00535225;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.089;QD=8.66259;RBI=0.0350585;REFB=-0.0318592;REVB=-0.0346475;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956655;STB=0.558707;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0616088;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:10:14:5:5:10:14 chr11 124294349 . C A 126.93 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00788213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.895;QD=19.5279;RBI=0.0245673;REFB=-0.0359265;REVB=-0.0232685;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980136;STB=0.555479;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0264205;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:3:9:9:5:3:9 chr11 124294377 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00753281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.263;QD=22.5812;RBI=0.0211076;REFB=-0.00496732;REVB=-0.0197177;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139548;STB=0.578819;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0071224;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:2:5:6:6:2:5 chr11 124310622 . A G 80.87 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00523901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.791;QD=19.0286;RBI=0.00573749;REFB=-0.0218846;REVB=0.00233914;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507028;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0201073;OID=.;OPOS=124310622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:6:7:9:10:0.588235:6:3:2:4:7:3:2:5 chr11 124440617 . C T 725.98 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.841;QD=56.9396;RBI=0.0108441;REFB=0;REVB=0.00969556;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49335e-06;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:26:22:0:0:26:25:0:0 chr11 124493199 . C A 368.69 PASS AF=0.534247;AO=38;DP=71;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0204387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=137.723;QD=20.2024;RBI=0.0256051;REFB=-0.0324857;REVB=0.0154234;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191818;STB=0.604189;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.016357;OID=.;OPOS=124493199;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:33:34:38:39:0.534247:19:19:9:24:20:19:9:25 chr11 124501994 . T C 393.95 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=85;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0316043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6647;QD=18.1125;RBI=0.0350355;REFB=0.00806673;REVB=0.0151215;RO=43;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416099;STB=0.516476;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0168174;OID=.;OPOS=124501994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:43:45:41:42:0.482759:22:19:18:25:22:20:20:25 chr11 124623558 . G A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0650443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.454;QD=19.1084;RBI=0.0697829;REFB=-0.0058701;REVB=0.0252762;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.588041;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00536326;OID=.;OPOS=124623558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:2:4:4:5:2:4 chr11 124744033 . G A 197.75 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00516725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.683;QD=18.8334;RBI=0.039135;REFB=-0.0186758;REVB=0.0387924;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197257;STB=0.5999;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0177348;OID=.;OPOS=124744033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:13:8:12:8:13:9 chr11 124754768 . G T 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00380003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.546;QD=16.8237;RBI=0.0388223;REFB=-0.0178517;REVB=-0.0386359;RO=26;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127841;STB=0.589309;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0276489;OID=.;OPOS=124754768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:11:10:9:17:11:10:9:19 chr11 124789755 . T C 773.76 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.705;QD=61.9012;RBI=0.0153335;REFB=-0.18186;REVB=-0.00467642;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0012497;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:28:21:0:0:28:21:0:1 chr11 124793682 . T C 674.31 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768609;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.172;QD=62.7268;RBI=0.00989769;REFB=0;REVB=0.00623605;RO=0;SAF=32;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14997e-05;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:11:32:0:0:11:32:0:0 chr11 124857708 . G A 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0174277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.178;QD=14.0979;RBI=0.0291929;REFB=-0.0210599;REVB=-0.02342;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425352;STB=0.758894;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0184558;OID=.;OPOS=124857708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:9:5:1:10:9:5 chr11 124862514 . A G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0422639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7674;QD=13.9588;RBI=0.0505292;REFB=0.0347763;REVB=0.0276941;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0265659;OID=.;OPOS=124862514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:4:2:5:2:4:3 chr11 124863136 . C A 139.55 PASS AF=0.4;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0470472;FXX=0.0540395;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.06;QD=15.9485;RBI=0.0476376;REFB=-0.010567;REVB=-0.00747704;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115907;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0240579;OID=.;OPOS=124863136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:16:18:14:14:0.4:7:7:10:6:7:7:11:7 chr11 124908352 . T C 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0157585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.04;QD=10.3791;RBI=0.017851;REFB=0.0156729;REVB=-0.00838612;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318917;STB=0.689278;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0294804;OID=.;OPOS=124908352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:12:4:5:4:12:4 chr11 124947149 . G A 104.8 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00776874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.769;QD=10.7483;RBI=0.0246695;REFB=-0.0279665;REVB=-0.0234143;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107536;STB=0.578191;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0562715;OID=.;OPOS=124947149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:8:5:12:13:8:5:13:13 chr11 124947396 . A G 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0363667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.211;QD=19.7023;RBI=0.0395628;REFB=-0.0264414;REVB=0.015578;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131229;STB=0.574537;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0275722;OID=.;OPOS=124947396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:8:8:11:6:8:8 chr11 124951311 . T C 217.65 PASS AF=0.512195;AO=23;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.00102295;FXX=0.0465008;HRUN=9;LEN=1;MLLD=213.716;QD=21.2343;RBI=0.00432261;REFB=-0.0135836;REVB=0.00419983;RO=19;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191248;STB=0.597852;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00796994;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:19:20:23:21:0.512195:10:13:15:4:8:13:16:4 chr11 124955032 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.389;QD=52.6091;RBI=0.0422344;REFB=0;REVB=0.0357634;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471417;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr11 124972208 . A G 563.69 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.296;QD=57.8141;RBI=0.0350102;REFB=0.031006;REVB=0.0313711;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-6.23849e-05;OID=.;OPOS=124972208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr11 124972518 . A G 526.22 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0412767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.866;QD=56.8883;RBI=0.0824596;REFB=-0.0236578;REVB=0.0713849;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.519989;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00483705;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:12:24:0:1:12:24:0:1 chr11 124972522 . T C 585.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.643;QD=60.0048;RBI=0.0780888;REFB=0;REVB=0.0762197;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209779;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:13:24:0:0:15:24:0:0 chr11 125003004 . A G 45.48 PASS AF=0.25;AO=6;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.0634291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.863;QD=5.68447;RBI=0.0758586;REFB=-0.0129685;REVB=-0.0416087;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422596;STB=0.763729;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0367;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:32:23:24:6:8:0.25:4:2:2:21:5:3:2:22 chr11 125301587 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.968;QD=57.3829;RBI=0.0799948;REFB=0;REVB=-0.0796229;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267587;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr11 125443429 . T C 221.08 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00200668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.033;QD=17.6864;RBI=0.016926;REFB=-0.00667877;REVB=0.0168067;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242899;STB=0.509425;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00534384;OID=.;OPOS=125443429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:28:22:22:0.44:13:9:10:16:13:9:11:17 chr11 125443473 . A C 181.05 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0588134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.704;QD=16.4594;RBI=0.0671283;REFB=-0.0212711;REVB=0.0323604;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524828;STB=0.529995;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0344736;OID=.;OPOS=125443473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:8:17:12:7:8:17 chr11 125452300 . A AC 477.12 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409263;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9637;QD=37.4214;RBI=0.0409792;REFB=0;REVB=0.00208222;RO=5;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-6.01053e-05;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:53:51:51:0:19:32:0:0:9:5:20:27:1:4 chr11 125452313 . A G 237.69 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00782726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.988;QD=18.6424;RBI=0.00992718;REFB=-0.0253837;REVB=-0.00610598;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138603;STB=0.578167;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0229501;OID=.;OPOS=125452313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:17:8:12:14:17:8:12:14 chr11 125479363 . G A 126.76 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0220325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.616;QD=8.04803;RBI=0.031483;REFB=-0.00664479;REVB=-0.0224888;RO=45;SAF=4;SAR=14;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323218;STB=0.696974;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0230294;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:14:4:21:24:14:4:21:24 chr11 125479496 . C T 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.006019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.754;QD=9.88521;RBI=0.0507735;REFB=-0.0281841;REVB=-0.0504155;RO=37;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308;STB=0.693327;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0314056;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:37:39:19:19:0.327586:7:12:13:24:7:12:13:26 chr11 125525195 . A G 1486.53 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126125;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.725;QD=60.6748;RBI=0.0143768;REFB=-0.030017;REVB=0.00690056;RO=1;SAF=42;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111554;STB=0.511361;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000268656;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:94:96:0.979592:52:42:1:0:53:43:2:0 chr11 125617317 . A G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.014183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0196;QD=21.353;RBI=0.0245735;REFB=-0.00364012;REVB=-0.0200674;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109623;STB=0.5624;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00095671;OID=.;OPOS=125617317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:5:4:4:9:5:4 chr11 125617606 . G A 129.17 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0208236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8491;QD=21.5289;RBI=0.03421;REFB=0.0161471;REVB=-0.0271423;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00542557;OID=.;OPOS=125617606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:3:7:5:9:3:7 chr11 125617610 . A G 77.95 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0262506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.56;QD=14.1719;RBI=0.0575351;REFB=-0.00245426;REVB=-0.0511976;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405291;STB=0.736388;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00315587;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:9:3:7:3:9:3 chr11 125648503 . G A 357.17 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.131;QD=54.9487;RBI=0.0205436;REFB=0;REVB=-0.00962569;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87339e-05;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr11 125707761 . A C 106.87 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0234721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=12.2133;RBI=0.0496408;REFB=-0.0138214;REVB=0.0437409;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232535;STB=0.636165;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0310299;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:15:7:7:6:15:7 chr11 125708198 . C T 310.24 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.423;QD=51.7059;RBI=0.0365625;REFB=0;REVB=0.0193634;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627018;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:20:24:1:11:9:0:0:13:11:0:0 chr11 125763746 . C G 425.0 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0311683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7468;QD=18.8891;RBI=0.057156;REFB=-0.0381326;REVB=0.0479098;RO=47;SAF=13;SAR=30;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209185;STB=0.616953;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0585219;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:30:13:24:23:30:13:24:23 chr11 125766044 . C A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.264;QD=54.5174;RBI=0.0292443;REFB=0;REVB=-0.0089416;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30745e-05;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr11 125766173 . A C 382.48 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.208;QD=52.7556;RBI=0.0748938;REFB=-0.107452;REVB=0.00327614;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282029;STB=0.515141;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00237971;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:0:1:16:12:0:1 chr11 125769354 . T C 208.77 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00508337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.677;QD=25.305;RBI=0.00635278;REFB=0.0092257;REVB=-0.00381014;RO=13;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645519;STB=0.503594;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00825419;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:14:6:4:9:14:6:4:9 chr11 125788678 . T C 705.85 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.00612363;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.456;QD=17.6464;RBI=0.0191151;REFB=-0.00919203;REVB=0.0181077;RO=85;SAF=28;SAR=47;SRF=30;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210348;STB=0.511642;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0108075;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:85:85:75:75:0.46875:47:28:30:55:47:28:30:55 chr11 125821763 . C T 147.48 PASS AF=0.34;AO=14;DP=48;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0610507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0982;QD=11.7987;RBI=0.113291;REFB=-0.0475498;REVB=0.0954339;RO=33;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186404;STB=0.609507;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.112954;OID=.;OPOS=125821763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:33:33:14:17:0.34:5:9:16:17:6:11:16:17 chr11 125830970 . A T 198.69 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0227007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.39;QD=19.3846;RBI=0.0422554;REFB=-0.0184757;REVB=-0.0356398;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244222;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0306709;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:13:6:12:9:13:7:12:9 chr11 125851055 . A G 376.22 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.00684529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.357;QD=21.1955;RBI=0.0171251;REFB=0.0115076;REVB=-0.0156975;RO=33;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145501;STB=0.580169;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0129799;OID=.;OPOS=125851055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:18:20:23:10:18:20:23:10 chr11 125851181 . G A 195.94 PASS AF=0.431373;AO=15;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00731843;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.753;QD=15.3674;RBI=0.0102245;REFB=-0.00563216;REVB=-0.00714009;RO=26;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242785;STB=0.55927;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0078304;OID=.;OPOS=125851181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:29:15:22:0.431373:13:2:7:19:13:9:9:20 chr11 125871715 . G A 193.14 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0425918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.356;QD=12.0712;RBI=0.043172;REFB=-0.0216101;REVB=-0.00705373;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133858;STB=0.579932;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0265809;OID=.;OPOS=125871715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:40:24:24:0.375:9:15:18:18:9:15:20:20 chr11 125871735 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00367416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.412;QD=9.37563;RBI=0.00693921;REFB=-0.0161964;REVB=0.00588669;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105535;STB=0.562544;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0304924;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:8:11:20:21:8:11:20:21 chr11 126074192 . A G 200.83 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0302013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1647;QD=20.5975;RBI=0.0458538;REFB=-0.00575065;REVB=0.034503;RO=18;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132154;STB=0.589242;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00548399;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:13:7:9:9:13:7:10:9 chr11 126081403 . T C 752.46 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00714141;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.382;QD=64.0389;RBI=0.00759313;REFB=0;REVB=-0.0025799;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000773568;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr11 126135973 . C T 464.22 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0133501;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.98;QD=27.3073;RBI=0.0141507;REFB=-0.0092048;REVB=-0.00469227;RO=25;SAF=21;SAR=22;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155957;STB=0.570227;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00277988;OID=.;OPOS=126135973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:25:25:43:43:0.632353:22:21:18:7:22:21:17:8 chr11 126139100 . T C 557.13 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.884;QD=57.1418;RBI=0.0700002;REFB=-0.0712722;REVB=0.0605356;RO=1;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374231;STB=0.518509;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00161891;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:12:25:0:1:13:25:0:1 chr11 126139313 . T A 520.05 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0841244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6242;QD=54.7421;RBI=0.0842261;REFB=-0.146487;REVB=-0.00413915;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0102744;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:37:38:1:1:36:37:0.973684:18:18:1:0:18:19:1:0 chr11 126151545 . G A 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00390375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.571;QD=16.4438;RBI=0.00863938;REFB=-0.00480984;REVB=0.00770711;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345311;STB=0.696719;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00823108;OID=.;OPOS=126151545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:8:19:7:13:8:19 chr11 126162468 . G A 216.69 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0120891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.013;QD=25.493;RBI=0.0270769;REFB=0.00466463;REVB=-0.0242283;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132283;STB=0.581234;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00178526;OID=.;OPOS=126162468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:34:10:13:18:19:0.558824:11:7:2:8:11:8:3:10 chr11 126174038 . C T 208.69 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0137001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.601;QD=18.1469;RBI=0.0319254;REFB=-0.0179959;REVB=-0.0288365;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15601;STB=0.588395;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0164553;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:16:9:11:10:16:9 chr11 126174164 . C T 199.95 PASS AF=0.466667;AO=19;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0122333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2189;QD=17.773;RBI=0.0586952;REFB=-0.0127766;REVB=0.0574062;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129858;STB=0.551677;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00803855;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:24:19:21:0.466667:12:7:6:18:14:7:6:18 chr11 126176578 . G A 747.71 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808717;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.109;QD=56.4311;RBI=0.0102439;REFB=0;REVB=0.00628768;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173094;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:23:30:0:0 chr11 126201403 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0449399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1616;QD=21.5105;RBI=0.0471224;REFB=0.0172048;REVB=-0.0141749;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00450576;OID=.;OPOS=126201403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:8:11:10:11:8:11 chr11 126228403 . G C 236.08 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.00372722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.561;QD=13.4901;RBI=0.00607042;REFB=-0.0066495;REVB=-0.00479143;RO=42;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969254;STB=0.554937;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0099301;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:20:8:9:33:20:8:9:33 chr11 126277216 . C T 854.22 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0429783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.526;QD=56.0144;RBI=0.0443963;REFB=-0.0964453;REVB=-0.0111308;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000610004;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr11 126278075 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.115;QD=53.2772;RBI=0.0205986;REFB=0;REVB=-0.0101845;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41707e-05;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr11 126294817 . G A 245.68 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151606;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.938;QD=51.7222;RBI=0.0491423;REFB=0;REVB=0.0467453;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596275;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr11 126310082 . A T 178.7 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0335064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.047;QD=22.3369;RBI=0.0337651;REFB=-0.0497526;REVB=-0.00417124;RO=13;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217374;STB=0.608571;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0172848;OID=.;OPOS=126310082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:12:6:8:5:12:6:8:6 chr11 126310299 . T C 107.27 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0869044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.489;QD=12.6201;RBI=0.086924;REFB=-0.00337963;REVB=0.00184703;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193058;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00566628;OID=.;OPOS=126310299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:13:7:7:6:14:7 chr11 126870418 . C G,T 526.3 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,34;DP=36;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00279502,0.0296206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.904,113.858;QD=58.4775;RBI=0.0222602,0.0475158;REFB=0,0;REVB=0.0220841,0.0371534;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.168758,0.00110039;OID=.,.;OPOS=126870418,126870418;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:2,34:2,34:0.0555556,0.944444:0,20:2,14:0:0:0,20:2,14:0:0 chr11 128328830 . AC CA 31.75 PASS AF=0.137931;AO=4;DP=30;FAO=4;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0633833;FXX=0.0333222;HRUN=7;LEN=2;MLLD=44.8046;QD=4.3797;RBI=0.0652375;REFB=-0.0721923;REVB=0.0154433;RO=21;SAF=3;SAR=1;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405269;STB=0.762347;STBP=0.337;TYPE=mnp;VARB=0.0229609;OID=.;OPOS=128328830;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:30:29:21:23:4:4:0.137931:1:3:8:13:1:3:10:13 chr11 128328913 . G A 160.16 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0128756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.511;QD=15.2532;RBI=0.0334907;REFB=-0.0239817;REVB=-0.0309167;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113823;STB=0.547567;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0277809;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:17:18:0.428571:8:9:10:14:9:9:10:14 chr11 128328959 . C T 190.21 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00344038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8803;QD=21.7386;RBI=0.0603858;REFB=-0.0212851;REVB=-0.0602878;RO=16;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720853;STB=0.540498;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0319527;OID=.;OPOS=128328959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:9:10:7:9:9:10:7:9 chr11 128333503 . T C 323.17 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2588;QD=53.8622;RBI=0.0948568;REFB=0;REVB=-0.00903755;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222721;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr11 128638216 . TGGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG 293.06 PASS AF=0,0.793651,0.015873;AO=17,25,3;DP=63;FAO=0,50,1;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=0,21,0;FSAR=0,29,1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0636759,0.120048,0.0508399;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=11.3274,9.27896,22.3768;QD=18.6069;RBI=0.0945305,0.177596,0.0583095;REFB=-0.0194239,-0.0355993,0.00637117;REVB=-0.0698671,-0.130878,-0.0285536;RO=12;SAF=3,13,0;SAR=14,12,3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.36977,-0.0375207,-0.664653;STB=0.5,0.517303,0.98645;STBP=1,0.598,0.516;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.150129,-0.0611057,0.0141697;OID=.,.,.;OPOS=128638217,128638217,128638223;OREF=GG,G,GC;OALT=-,-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.793651,0.015873:17,25,3:63:0,50,1:63:12:0,21,0:0,29,1:4:8:19:12:3,13,0:14,12,3:7:5 chr11 128675292 . T A 176.71 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00994415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.596;QD=14.1366;RBI=0.0137074;REFB=-0.00847122;REVB=-0.00943433;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102072;STB=0.559259;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0127436;OID=.;OPOS=128675292;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:16:15:11:8:16:15 chr11 128781339 . T C 366.04 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0116096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.688;QD=21.5315;RBI=0.01743;REFB=-0.0143587;REVB=0.0130009;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733571;STB=0.540519;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0163533;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:20:17:17:14:20:17:17:14 chr11 128781978 . T G 122.21 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00421983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1731;QD=15.7684;RBI=0.0233829;REFB=0.00215321;REVB=0.022999;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31216;STB=0.677198;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00180591;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:14:3:7:7:14:3 chr11 128782002 . T C 115.18 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00995647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.34;QD=10.7142;RBI=0.0100283;REFB=-0.0028613;REVB=0.00119799;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221222;STB=0.650967;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00350265;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:29:29:13:14:0.325581:6:7:21:8:7:7:21:8 chr11 128782012 . C G 714.9 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.158;QD=60.8429;RBI=0.040191;REFB=0.0204317;REVB=0.0144164;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=6.21808e-05;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:17:29:0:0:17:29:0:1 chr11 128805548 . G A 155.9 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0284782;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5364;QD=14.848;RBI=0.038797;REFB=-0.00147843;REVB=0.0263477;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550525;STB=0.542324;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0025565;OID=.;OPOS=128805548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:8:9:14:10:8:9:15:10 chr11 128805557 . T C 170.24 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0203742;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.204;QD=16.2129;RBI=0.0245355;REFB=-0.0300142;REVB=0.0136704;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139466;STB=0.508012;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0301179;OID=.;OPOS=128805557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:13:11:8:10:13:11 chr11 128839156 . T C 673.71 PASS AF=0.59596;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=99;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00830171;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.931;QD=27.2204;RBI=0.038511;REFB=-0.0447911;REVB=0.0376056;RO=41;SAF=27;SAR=32;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512965;STB=0.533808;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0386908;OID=.;OPOS=128839156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:41:40:59:59:0.59596:32:27:16:25:32:27:15:25 chr11 128839526 . C G 568.18 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0282561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.453;QD=20.2921;RBI=0.030128;REFB=-0.0201907;REVB=0.0104542;RO=54;SAF=27;SAR=31;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349213;STB=0.519224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.019592;OID=.;OPOS=128839526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:31:27:23:31:31:27:23:31 chr11 129312660 . C T 177.11 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00881635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6789;QD=15.7433;RBI=0.0093032;REFB=-0.0010047;REVB=-0.00297011;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195552;STB=0.61278;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00317978;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:13:6:13:13:13:6:13:13 chr11 129722553 . C T 54.12 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0186481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3413;QD=10.8241;RBI=0.0314304;REFB=0.00119752;REVB=-0.0253005;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258458;STB=0.646658;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0228479;OID=.;OPOS=129722553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:20:10:12:7:7:0.35:3:4:3:7:3:4:4:8 chr11 129754644 . A G 65.68 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00330296;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.075;QD=8.75728;RBI=0.00514134;REFB=-0.0028786;REVB=-0.00394003;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244737;STB=0.636055;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00580776;OID=.;OPOS=129754644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:30:20:21:9:9:0.3:3:6:9:11:3:6:10:11 chr11 129758327 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0213913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.312;QD=17.3212;RBI=0.0216825;REFB=-0.0123349;REVB=0.00354128;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136325;STB=0.507803;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0152521;OID=.;OPOS=129758327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:6:10:11:7:6:10:11:7 chr11 129794950 . T C 381.42 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00756879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2671;QD=22.4363;RBI=0.0363541;REFB=-0.0153085;REVB=0.0355575;RO=30;SAF=15;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320621;STB=0.517676;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0094554;OID=.;OPOS=129794950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:23:15:13:17:23:15:13:17 chr11 129801043 . C T 317.22 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0346477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7535;QD=13.0812;RBI=0.0375327;REFB=-0.00962522;REVB=-0.0144303;RO=61;SAF=17;SAR=19;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326961;STB=0.5187;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.020296;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:61:61:36:36:0.371134:19:17:27:34:19:17:27:34 chr11 129801124 . T C 167.46 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00983577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.9;QD=10.1491;RBI=0.0348372;REFB=-0.0133469;REVB=0.0334199;RO=44;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105783;STB=0.561743;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0220403;OID=.;OPOS=129801124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:12:10:16:28:12:10:16:28 chr11 130066335 . C T 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00342385;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.967;QD=48.8433;RBI=0.0295177;REFB=0;REVB=0.0293185;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386759;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr11 130068872 . AC A 126.26 PASS AF=0.606061;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0384403;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.9241;QD=15.3044;RBI=0.103234;REFB=-0.0780425;REVB=0.0958104;RO=14;SAF=18;SAR=0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.84845;STB=0.876416;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0628137;OID=.;OPOS=130068873;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606061:18:33:20:33:13:19:1:5:8:60:14:18:0:5:9 chr11 130271678 . T G 95.62 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0398473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.574;QD=11.5908;RBI=0.0422576;REFB=-0.0117956;REVB=0.0140676;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058873;STB=0.534827;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0130227;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:4:8:15:6:4:8:15:6 chr11 130281488 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0715334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.132;QD=50.4133;RBI=0.088523;REFB=0;REVB=0.0521469;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021293;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr11 130289117 . T C 340.35 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0424418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.084;QD=18.1519;RBI=0.0437038;REFB=-0.00738341;REVB=0.0104264;RO=39;SAF=9;SAR=27;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151855;STB=0.585316;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00851163;OID=.;OPOS=130289117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:27:9:15:24:27:9:15:24 chr11 130332581 . G A 120.17 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0136003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.039;QD=14.1378;RBI=0.0166542;REFB=-0.0155458;REVB=-0.00961215;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203269;STB=0.607315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0239671;OID=.;OPOS=130332581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:10:4:9:10:10:4:9:11 chr11 130750642 . A C 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0176483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.387;QD=16.8724;RBI=0.0179816;REFB=-0.00748171;REVB=-0.00344632;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760636;STB=0.543435;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00870117;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:15:11:10:10:15:11 chr11 130775688 . C T 169.74 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0146147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.755;QD=17.8674;RBI=0.0176333;REFB=-0.0146974;REVB=0.00986634;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121753;STB=0.581306;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00947597;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:8:9:8:12:8:10:8:12 chr11 130775782 . C T 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0266946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.423;QD=13.7529;RBI=0.0292924;REFB=-0.00843722;REVB=0.0120599;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656827;STB=0.538409;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.015743;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:9:14:10:5:9:14 chr11 130776524 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0327117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.131;QD=5.95803;RBI=0.0362678;REFB=-0.0140849;REVB=-0.0156621;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311994;STB=0.70205;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.080227;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:11:7:4:2:11:7 chr11 130777886 . G A 257.26 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00537302;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.34;QD=17.742;RBI=0.0536523;REFB=-0.0444523;REVB=0.0533826;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644264;STB=0.554416;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0313992;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:30:28:28:0.482759:12:16:14:14:12:16:14:16 chr11 130780015 . C T 205.96 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0244959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.717;QD=16.8132;RBI=0.0364435;REFB=-0.00794551;REVB=0.026983;RO=27;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405578;STB=0.722333;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0165887;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:6:15:8:19:6:15:9:19 chr11 130780225 . C A 770.72 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0843576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5247;QD=55.0513;RBI=0.0860363;REFB=-0.111092;REVB=-0.0169126;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00358268;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:1:0:34:21:1:0 chr11 130784396 . G A 460.95 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0167745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.496;QD=23.9456;RBI=0.0287132;REFB=-0.0228606;REVB=0.0233038;RO=30;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194978;STB=0.628793;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0185869;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:30:33:44:44:0.571429:30:14:17:13:30:14:20:13 chr11 130784488 . A G 460.45 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0144803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8494;QD=23.9195;RBI=0.0641939;REFB=-0.0282717;REVB=-0.0625394;RO=32;SAF=16;SAR=28;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156937;STB=0.580451;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0234651;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:32:33:44:44:0.571429:28:16:18:14:28:16:18:15 chr11 130784754 . C G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.045159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2407;QD=15.2583;RBI=0.0467785;REFB=0.0254313;REVB=-0.0122025;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0164855;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr11 130784971 . C G 157.68 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0117768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4291;QD=17.0463;RBI=0.0357923;REFB=-0.016213;REVB=0.0337993;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126365;STB=0.569539;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0183517;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:20:17:17:0.459459:9:8:11:7:9:8:12:8 chr11 130785205 . G A 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0352408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2155;QD=19.1071;RBI=0.0485414;REFB=0.0591927;REVB=0.033382;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0399186;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:3:3:4:5:3:3 chr11 130785304 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00959177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.918;QD=10.3903;RBI=0.00959886;REFB=-0.0111589;REVB=0.000368957;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0206025;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:5:6:3:4:5:6 chr11 131531000 . T C 1504.21 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.574;QD=63.3353;RBI=0.0132893;REFB=0;REVB=0.0128694;RO=0;SAF=46;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20626e-06;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:87:95:1:41:46:0:0:47:48:0:0 chr11 131531015 . T G 1529.58 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.71;QD=57.1804;RBI=0.0242136;REFB=-0.0238597;REVB=0.000113993;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870688;STB=0.500267;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=8.84705e-05;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:107:1:2:104:105:0.981308:50:54:1:0:51:54:1:1 chr11 131531223 . A G 978.73 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1261;QD=58.4316;RBI=0.0263998;REFB=0;REVB=-0.00548629;RO=0;SAF=19;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000359286;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:47:19:0:0:47:20:0:0 chr11 131531564 . A T 1055.47 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.491;QD=59.4634;RBI=0.0229173;REFB=0;REVB=-0.00481728;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7716e-05;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:32:39:0:0 chr11 131531720 . C T 392.61 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.366;QD=56.0874;RBI=0.0080567;REFB=0;REVB=0.000509645;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63376e-05;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr11 132177633 . A C 827.38 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00583806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.502;QD=55.1589;RBI=0.0121239;REFB=-0.0257704;REVB=0.0106257;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000115069;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:57:59:0.983333:34:23:0:0:34:25:0:1 chr11 133306894 . C G 226.91 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=0.00911477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7289;QD=15.6491;RBI=0.0303357;REFB=-0.0017752;REVB=0.028934;RO=32;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144824;STB=0.581337;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00333306;OID=.;OPOS=133306894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:10:16:24:8:10:16:24:8 chr11 133714522 . G A 154.43 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.041114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3945;QD=18.1677;RBI=0.0415898;REFB=-0.00799036;REVB=-0.0062729;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229204;STB=0.619575;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00465159;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:16:17:0.5:11:5:9:7:11:6:10:7 chr11 133715346 . G A 54.88 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=32;FWDB=0.0139374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1173;QD=2.81446;RBI=0.0308212;REFB=-0.000372452;REVB=-0.0274899;RO=66;SAF=6;SAR=5;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374415;STB=0.51987;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00158116;OID=.;OPOS=133715346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:77:78:66:67:11:11:0.141026:5:6:34:32:5:6:35:32 chr11 133788992 . T C 229.21 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00616208;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.737;QD=20.8371;RBI=0.0161446;REFB=-0.0325572;REVB=0.0149223;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199884;STB=0.612146;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0264773;OID=.;OPOS=133788992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:15:7:12:10:15:7 chr11 133805585 . C T 218.95 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0314538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.551;QD=11.6772;RBI=0.0326596;REFB=-0.00608448;REVB=0.00879242;RO=46;SAF=14;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147925;STB=0.59555;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00958927;OID=.;OPOS=133805585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:48:27:27:0.36:13:14:30:16:13:14:32:16 chr11 133814191 . A G 520.46 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=102;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0177238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.023;QD=20.4103;RBI=0.0342146;REFB=-0.0226863;REVB=-0.0292661;RO=48;SAF=26;SAR=27;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118195;STB=0.559325;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0205537;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:49:53:53:0.519608:27:26:17:31:27:26:18:31 chr11 133815981 . C G 74.94 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0119085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.372;QD=13.0333;RBI=0.0269748;REFB=-0.0157459;REVB=0.0242039;RO=13;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260866;STB=0.545336;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0288218;OID=.;OPOS=133815981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:23:23:13:13:7:8:0.347826:1:6:9:4:2:6:9:4 chr11 134151975 . G C 885.78 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00038145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.967;QD=58.0838;RBI=0.0584729;REFB=0;REVB=0.0584716;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111134;OID=.;OPOS=134151975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:28:29:0:0:31:30:0:0 chr11 134158745 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0535945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.838;QD=15.5713;RBI=0.0755087;REFB=0.00792947;REVB=0.0531902;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347389;STB=0.705461;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0103587;OID=.;OPOS=134158745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:6:6:9:2:6:6 chr11 134179637 . C G 124.63 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0105201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8907;QD=9.5865;RBI=0.0108804;REFB=0.00154421;REVB=-0.00277666;RO=36;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228698;STB=0.65197;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00597151;OID=.;OPOS=134179637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:36:36:15:16:0.307692:4:11:20:16:4:12:20:16 chr11 134179686 . C T 336.26 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0447071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.562;QD=28.0219;RBI=0.0653534;REFB=-0.0428023;REVB=0.0476691;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312714;STB=0.517229;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.016965;OID=.;OPOS=134179686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:10:9:15:14:10:9 chr11 134182375 . G A 1143.42 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000751371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.316;QD=58.6368;RBI=0.0777794;REFB=-0.198969;REVB=0.0777757;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00134435;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:76:77:0.987179:39:37:0:0:40:37:1:0 chr11 134188542 . T C 307.03 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0104319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.719;QD=15.5459;RBI=0.0107682;REFB=-0.00323514;REVB=0.00267012;RO=45;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123564;STB=0.56958;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0055585;OID=.;OPOS=134188542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:17:17:17:28:17:17:17:28 chr11 134208765 . T C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0183377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.86;QD=17.8275;RBI=0.0809518;REFB=0.0113482;REVB=0.0788475;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211399;STB=0.619973;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.00576649;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:2:9:7:5:2:9 chr11 134208908 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.043376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.872;QD=23.3999;RBI=0.0584257;REFB=-0.0133315;REVB=-0.0391419;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141139;STB=0.581188;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00815263;OID=.;OPOS=134208908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:1:2:3:5:1:2 chr11 134249321 . T C 841.4 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.606;QD=55.1734;RBI=0.0799408;REFB=0;REVB=0.0793556;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001179;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:61:0:0:52:61:1:21:31:0:0:28:33:0:0 chr12 90902 . C T 972.64 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.165;QD=58.9477;RBI=0.101901;REFB=0;REVB=0.0591065;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647635;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:41:24:0:0:42:24:0:0 chr12 92991 . C G 36.88 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0250156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2768;QD=7.76478;RBI=0.0347703;REFB=0.00622978;REVB=-0.0241494;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414775;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0121922;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:6:7:3:3:6:7 chr12 235021 . C CT 212.31 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108797;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=163.645;QD=47.1802;RBI=0.210504;REFB=0;REVB=-0.180208;RO=16;SAF=2;SAR=0;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.50323e-06;OID=.;OPOS=235022;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:18:18:0:15:3:0:0:4:16:2:0:13:3 chr12 235022 . C T 177.79 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0175247;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.753;QD=39.5077;RBI=0.0196512;REFB=-0.195064;REVB=0.00889127;RO=2;SAF=13;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653276;STB=0.535671;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00210923;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:18:18:2:2:16:16:0.888889:3:13:2:0:3:13:2:0 chr12 248251 . A AGAG 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0238403;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=227.089;QD=14.0438;RBI=0.0238403;REFB=-0.0484927;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.024167;OID=.;OPOS=248252;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=AGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:5:9:5:9:4:5:0:4:0:22:4:5:0:4:0 chr12 284058 . T C 116.17 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0904831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4566;QD=42.2417;RBI=0.125692;REFB=0;REVB=-0.0872426;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26149e-05;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:9:2:0:0 chr12 311949 . A G 240.31 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0430784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0175;QD=28.272;RBI=0.0793609;REFB=0.0534824;REVB=-0.0666513;RO=11;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993793;STB=0.563054;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0296749;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:11:12:22:22:0.647059:18:4:1:10:18:4:1:11 chr12 368953 . T C 180.07 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0677834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4732;QD=23.2344;RBI=0.0880589;REFB=-0.0465237;REVB=0.0562119;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10519;STB=0.55876;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0177127;OID=.;OPOS=368953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:9:4:8:10:9:4 chr12 463248 . G C 154.11 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00890195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.357;QD=14.3353;RBI=0.0302997;REFB=-0.0222128;REVB=-0.0289625;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376303;STB=0.719844;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0389812;OID=.;OPOS=463248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:4:13:11:15:4:13:11:15 chr12 496439 . A T 572.91 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00914498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.202;QD=54.563;RBI=0.0103704;REFB=-0.0260173;REVB=0.0048903;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.501193;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000592099;OID=.;OPOS=496439;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:42:1:2:38:40:0.952381:19:19:1:0:19:21:1:1 chr12 520947 . A C 90.64 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00317764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.56;QD=7.55357;RBI=0.00654029;REFB=-0.00779853;REVB=0.00571647;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257374;STB=0.662501;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0268382;OID=.;OPOS=520947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:48:48:36:36:12:12:0.25:9:3:16:20:9:3:16:20 chr12 662448 . T C 323.44 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-2.22598e-05;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.269;QD=15.4019;RBI=0.00299196;REFB=-0.0378211;REVB=0.00299188;RO=47;SAF=18;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395801;STB=0.507964;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0419778;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:48:35:36:0.428571:17:18:26:21:17:19:26:22 chr12 862989 . T C 905.5 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0569274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7284;QD=56.594;RBI=0.0729372;REFB=-0.0160924;REVB=-0.0455971;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.000669154;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:31:31:1:0:32:31:1:0 chr12 863152 . G A 120.32 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0204389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.829;QD=20.0531;RBI=0.0241894;REFB=-0.0422136;REVB=0.0129374;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984057;STB=0.555478;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0334814;OID=.;OPOS=863152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:3:7:8:6:3:7 chr12 890356 . T C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00386868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.777;QD=17.1565;RBI=0.00389433;REFB=-0.013683;REVB=0.000446244;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967593;STB=0.555489;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0114735;OID=.;OPOS=890356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:11:9:6:11:11:9 chr12 939302 . A G 186.96 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0327615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.893;QD=19.6795;RBI=0.0346012;REFB=-0.0114752;REVB=0.0111324;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687735;STB=0.554854;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0191821;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:12:7:8:10:12:7:9:10 chr12 968489 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0193973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.724;QD=12.7299;RBI=0.034954;REFB=-0.00786667;REVB=0.0290779;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385795;STB=0.7268;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0133032;OID=.;OPOS=968489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:9:3:6:3:9:3 chr12 971291 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.00527969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7637;QD=14.2609;RBI=0.0399733;REFB=-0.0133368;REVB=-0.0396231;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.514688;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0122854;OID=.;OPOS=971291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:5:11:17:7:5:11:17:7 chr12 974355 . T TC 46.19 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.185987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5251;QD=5.13167;RBI=0.186019;REFB=0.00737671;REVB=-0.00344339;RO=27;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382976;STB=0.605828;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=-0.0402301;OID=.;OPOS=974356;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:9:36:10:36:26:2:8:8:18:46:27:1:8:9:18 chr12 974404 . T C 73.89 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000888293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.214;QD=10.1915;RBI=0.00448347;REFB=0.00937781;REVB=-0.00439459;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114488;STB=0.529354;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.0182303;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:20:19:9:10:0.344828:7:2:6:14:7:3:5:14 chr12 987482 . G A 91.51 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00962598;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.979;QD=15.2522;RBI=0.0144169;REFB=0.00277153;REVB=-0.0107325;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121367;STB=0.571292;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.000813502;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:25:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:5:8:8:3:5:8 chr12 990912 . A C 153.71 PASS AF=0.484848;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0131479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0327;QD=18.6313;RBI=0.0216251;REFB=0.00161042;REVB=-0.0171691;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235334;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103552;OID=.;OPOS=990912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:14:16:0.484848:9:5:5:10:10:6:6:10 chr12 994014 . C T 107.16 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0328562;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.022;QD=11.5854;RBI=0.0354321;REFB=-0.0284062;REVB=0.0132631;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125248;STB=0.584621;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0641201;OID=.;OPOS=994014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:8:15:7:6:8:16 chr12 994487 . G C 397.64 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112398;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.349;QD=56.805;RBI=0.0168361;REFB=0;REVB=-0.0125347;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209212;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr12 998365 . G T 76.51 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0578428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4858;QD=12.2411;RBI=0.0719247;REFB=-0.0258754;REVB=0.0427478;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.54229;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0427095;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:15:15:9:10:0.4:5:4:5:10:6:4:5:10 chr12 1017197 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2093;QD=51.1812;RBI=0.0378684;REFB=0;REVB=0.0115866;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005488;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr12 1902766 . T G 457.53 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0233757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.189;QD=20.797;RBI=0.0299023;REFB=-0.0160896;REVB=-0.0186474;RO=40;SAF=26;SAR=18;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101123;STB=0.56679;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0160384;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:40:43:44:45:0.511364:18:26:19:21:18:27:20:23 chr12 1955786 . G A 54.65 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00741565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3105;QD=9.10906;RBI=0.0468227;REFB=-0.0181386;REVB=0.0462317;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153202;STB=0.592808;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0530754;OID=.;OPOS=1955786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:4:12:5:3:4:12 chr12 1965369 . G A 249.21 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0111243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0512;QD=18.4599;RBI=0.0111516;REFB=-0.0188997;REVB=0.000779875;RO=26;SAF=5;SAR=22;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198559;STB=0.606212;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0167006;OID=.;OPOS=1965369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:22:5:9:17:22:5:9:18 chr12 1995403 . T C 1292.57 PASS AF=0.988372;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0261096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.609;QD=60.1193;RBI=0.139335;REFB=0.0889549;REVB=0.136867;RO=2;SAF=41;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000268454;STB=0.506023;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00172203;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:2:1:83:85:0.988372:42:41:1:1:44:41:1:0 chr12 2062323 . T TTGC 113.1 PASS AF=0.464286;AO=10;DP=34;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0217381;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=3;MLLD=105.993;QD=16.1567;RBI=0.0631509;REFB=-0.11895;REVB=0.0592916;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326888;STB=0.768816;STBP=0.013;TYPE=ins;VARB=0.127273;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:10:34:13:28:15:3:10:11:4:99:22:3:7:13:9 chr12 2694638 . C T 334.24 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0299479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.735;QD=19.0993;RBI=0.0314754;REFB=-0.00977353;REVB=-0.00968639;RO=35;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172085;STB=0.596272;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00988595;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:25:10:16:19:25:10:16:19 chr12 2721137 . C T 332.32 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0239831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.086;QD=22.1545;RBI=0.0320306;REFB=-0.0435232;REVB=0.0212314;RO=25;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980208;STB=0.554424;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0209806;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:25:26:33:34:0.566667:16:17:16:9:16:18:17:9 chr12 2750893 . C T 355.14 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0020151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.581;QD=18.941;RBI=0.019678;REFB=-0.0262475;REVB=0.0195745;RO=38;SAF=10;SAR=27;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208158;STB=0.616573;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0262078;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:27:10:18:20:27:10:18:20 chr12 2788879 . G A 220.4 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00746755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.681;QD=16.0288;RBI=0.0309821;REFB=-0.0254108;REVB=0.0300687;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183593;STB=0.604241;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0333149;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:15:15:8:17:15:15 chr12 2791130 . C T 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0169296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.179;QD=12.8974;RBI=0.0182212;REFB=-0.00578599;REVB=0.00673814;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203122;STB=0.618674;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00729663;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:7:10:12:18:7:10:12:18 chr12 2791132 . A G 151.55 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00792165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.088;QD=12.8974;RBI=0.0137029;REFB=-0.00570637;REVB=-0.0111811;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186854;STB=0.618674;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0155585;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:7:10:12:17:7:10:12:18 chr12 2791205 . A C,G 727.47 PASS AF=0.0612245,0.918367;AO=3,45;DP=49;FAO=3,45;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=3,14;FSAR=0,31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253778,0.0311934;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=120.015,171.622;QD=59.3851;RBI=0.032482,0.0401886;REFB=-0.129822,-0.149825;REVB=0.0202742,0.0253397;RO=1;SAF=3,14;SAR=0,31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0323812;STB=0.5,0.517234;STBP=1,0.181;TYPE=snp,snp;VARB=0.178087,0.000978188;OID=.,.;OPOS=2791205,2791205;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:49:49:1:1:3,45:3,45:0.0612245,0.918367:0,31:3,14:1:0:0,31:3,14:1:0 chr12 2937150 . C T 339.31 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00193875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.185;QD=29.5054;RBI=0.0226424;REFB=-0.0359107;REVB=0.0225592;RO=16;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482714;STB=0.513668;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.010802;OID=.;OPOS=2937150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:17:29:29:0.630435:16:13:6:10:16:13:7:10 chr12 2944024 . G C 95.02 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0029903;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.159;QD=6.66837;RBI=0.00326471;REFB=-0.0112952;REVB=0.00131012;RO=40;SAF=1;SAR=13;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.568804;STB=0.856499;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0433893;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:54:57:40:43:14:14:0.245614:13:1:17:23:13:1:17:26 chr12 2944134 . GA G 34.65 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0302839;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.6897;QD=9.24073;RBI=0.110302;REFB=-0.115097;REVB=-0.106064;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.749165;STBP=0.144;TYPE=del;VARB=0.103372;OID=.;OPOS=2944135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:14:7:15:8:1:6:4:4:34:7:1:6:4:3 chr12 2968458 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.082823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0021;QD=40.7605;RBI=0.0851739;REFB=0;REVB=0.0198731;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00412393;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr12 2996174 . A G 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00613753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.642;QD=23.0883;RBI=0.00960547;REFB=-0.0332622;REVB=-0.0073889;RO=18;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243875;STB=0.636665;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0184822;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:7:15:7:11:7:15:7:11 chr12 2997397 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0773718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3204;QD=17.4011;RBI=0.0843339;REFB=-0.0185075;REVB=-0.033553;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817639;STB=0.546694;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0175778;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:3:10:9:4:3:10 chr12 3310439 . C T 221.19 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=49;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00336763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.617;QD=17.3481;RBI=0.00339279;REFB=-0.0409955;REVB=-0.000412446;RO=27;SAF=15;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953447;STB=0.542821;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0462115;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:27:27:22:24:0.470588:7:15:16:11:8:16:16:11 chr12 3393419 . C T 656.27 PASS AF=0.96;AO=49;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167675;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.105;QD=52.5013;RBI=0.0213442;REFB=-0.120077;REVB=0.0132071;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380022;STB=0.502537;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000590864;OID=.;OPOS=3393419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:49:48:0.96:27:22:1:1:27:21:1:1 chr12 3409277 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.461;QD=50.4134;RBI=0.0422092;REFB=0;REVB=0.0361406;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82017e-05;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr12 3701464 . G A 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0100728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9116;QD=4.70027;RBI=0.0176191;REFB=0.0136958;REVB=0.0144558;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611761;STB=0.540869;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0498254;OID=.;OPOS=3701464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:18:11:3:4:18:11 chr12 3749874 . T C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0181921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.76;QD=16.1722;RBI=0.0188888;REFB=-0.0165413;REVB=0.00508284;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842285;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0115494;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:9:7:10:9:9:7:11:9 chr12 3921166 . CTT C,CT 107.48 PASS AF=0,1;AO=2,10;DP=17;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471604,0.0811375;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.75716,8.94805;QD=25.2903;RBI=0.0902733,0.16418;REFB=0,0;REVB=0.0769751,0.142729;RO=5;SAF=0,7;SAR=2,3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.399564;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0385852,0.0142299;OID=.,.;OPOS=3921167,3921167;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:2,10:17:0,17:17:0:0,7:0,10:0:0:3:5:0,7:2,3:0:5 chr12 4406979 . C A 106.03 PASS AF=0.371429;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0008396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1296;QD=12.1182;RBI=0.0237973;REFB=-0.0231827;REVB=-0.0237825;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340994;STB=0.636165;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0217861;OID=.;OPOS=4406979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:22:22:11:13:0.371429:4:7:7:15:6:7:7:15 chr12 4407061 . T C 187.89 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0369414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1978;QD=20.3125;RBI=0.0385342;REFB=-0.0216036;REVB=0.0109644;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204108;STB=0.596445;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0121679;OID=.;OPOS=4407061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:19:19:0.513514:10:9:4:13:10:9:5:13 chr12 4410829 . A C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0121505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8208;QD=14.7015;RBI=0.0139504;REFB=0.0373921;REVB=0.00685415;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224352;STB=0.629428;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.0208204;OID=.;OPOS=4410829;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:4:11:6:6:4:11 chr12 4412762 . A G 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0152066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.902;QD=11.257;RBI=0.0156682;REFB=-0.0180644;REVB=0.00377515;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126983;STB=0.576728;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.021396;OID=.;OPOS=4412762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:6:6:3:5:6:6 chr12 4414126 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.658;QD=37.4881;RBI=0.00858059;REFB=0;REVB=-0.00858059;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000587413;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 4459032 . G A 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0441295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.704;QD=52.7696;RBI=0.0453288;REFB=-0.0673662;REVB=0.0103581;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000958986;OID=.;OPOS=4459032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:12:16:0:1:12:16:0:1 chr12 4462161 . C T 603.23 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.461;QD=60.3232;RBI=0.0233537;REFB=0;REVB=0.00521719;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000934968;OID=.;OPOS=4462161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:29:10:0:0:30:10:0:0 chr12 4478080 . T A 459.53 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.77;QD=57.4406;RBI=0.0600311;REFB=0;REVB=0.0589751;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103847;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:22:10:0:0 chr12 4479549 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000251816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=377.368;QD=33.4285;RBI=0.000251816;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20306e-07;OID=.;OPOS=4479549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr12 4554548 . G C 1148.16 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=75;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0824349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3355;QD=58.1346;RBI=0.0854498;REFB=-0.0787435;REVB=0.022498;RO=2;SAF=29;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540191;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00309016;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:79:2:1:73:78:0.987342:44:29:1:1:47:31:0:1 chr12 4702173 . C T 137.84 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0606731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5736;QD=19.0119;RBI=0.0612664;REFB=0.0206837;REVB=0.00850609;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204528;STB=0.616284;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0218564;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:5:9:6:9:5:9 chr12 4705317 . C T 143.94 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.022066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8409;QD=15.1515;RBI=0.0432565;REFB=-0.00943902;REVB=-0.0372051;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703014;STB=0.526283;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0104262;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:8:8:12:9:8:8:12:10 chr12 4716513 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00117267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.533;QD=16.728;RBI=0.00887841;REFB=-0.0262384;REVB=-0.00880063;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113076;STB=0.565133;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0351928;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:11:5:8:11:11:5:8:11 chr12 4735737 . A G 1236.97 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0206361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.951;QD=58.9032;RBI=0.0661842;REFB=0.0597478;REVB=-0.0628848;RO=2;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236639;STB=0.512497;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0236763;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:39:43:0:2:39:43:0:2 chr12 4736086 . A G 47.08 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00352543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.9404;QD=11.0767;RBI=0.00764798;REFB=-0.022617;REVB=0.00678697;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0310849;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr12 4736495 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.159;QD=56.1909;RBI=0.0453878;REFB=0;REVB=0.00863225;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201781;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr12 4736631 . A G 1344.21 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014531;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0583;QD=62.5216;RBI=0.0167572;REFB=0;REVB=-0.00834597;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164214;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr12 4736677 . G C,T 971.19 PASS AF=0.927536,0.057971;AO=63,4;DP=68;FAO=64,4;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=30,1;FSAR=34,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282875,-0.0270891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.8019,118.922;QD=56.3009;RBI=0.0378285,0.0312907;REFB=-0.0596544,-0.0889605;REVB=-0.025116,-0.0156617;RO=1;SAF=29,1;SAR=34,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0136873,0.119989;STB=0.507244,0.571096;STBP=0.533,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=0.00316222,0.0723834;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:68:69:1:1:63,4:64,4:0.927536,0.057971:34,3:29,1:0:1:34,3:30,1:0:1 chr12 4736690 . A G 835.71 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0123065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2981;QD=55.7142;RBI=0.0317883;REFB=-0.0740996;REVB=0.0293095;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000827553;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr12 4737318 . A G 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.702;QD=50.4045;RBI=0.00739991;REFB=0;REVB=-0.00668428;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69627e-05;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr12 4737459 . C T 421.12 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0462758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.842;QD=49.5432;RBI=0.0468762;REFB=-0.0589688;REVB=0.00747875;RO=2;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517742;STB=0.540515;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00085905;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:2:3:31:31:0.911765:17:14:0:2:17:14:0:3 chr12 4737715 . C A,T 746.63 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=2,51;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509149,0.0656055;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=150.916,208.829;QD=56.3493;RBI=0.0540483,0.0693277;REFB=0,0;REVB=0.0181353,0.0224111;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.97956e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105641,0.000244181;OID=.,.;OPOS=4737715,4737715;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:53:53:0:0:2,51:1,52:0.0188679,0.981132:0,28:2,23:0:0:0,28:1,24:0:0 chr12 4830000 . T G 244.14 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0284796;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.421;QD=15.751;RBI=0.0473737;REFB=-0.0161282;REVB=-0.0378573;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341533;STB=0.507037;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0200319;OID=.;OPOS=4830000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:27:28:0.451613:11:16:19:15:12:16:19:15 chr12 4835882 . T G 297.93 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.023039;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.967;QD=22.9173;RBI=0.0235505;REFB=-0.0240105;REVB=0.00488165;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151329;STB=0.58328;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0155267;OID=.;OPOS=4835882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:16:6:14:16:16:6 chr12 4873163 . G T 462.8 PASS AF=0.472222;AO=44;DP=101;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0309024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1618;QD=17.1406;RBI=0.0335131;REFB=-0.0185582;REVB=0.0129679;RO=56;SAF=18;SAR=26;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127273;STB=0.519049;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0211761;OID=.;OPOS=4873163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:56:57:44:51:0.472222:26:18:30:26:26:25:30:27 chr12 4881766 . C T 138.62 PASS AF=0.355556;AO=17;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00399895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4228;QD=12.3221;RBI=0.032848;REFB=-0.00748823;REVB=0.0326037;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233139;STB=0.6865;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0183279;OID=.;OPOS=4881766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:17:16:0.355556:5:12:14:14:4:12:14:15 chr12 4921228 . T C 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0141203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8313;QD=12.9137;RBI=0.0474829;REFB=-0.00908753;REVB=0.0453348;RO=37;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22746;STB=0.629776;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0140732;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:11:13:12:25:11:13:12:25 chr12 4921301 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0236003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.396;QD=11.9193;RBI=0.0237841;REFB=-0.0144276;REVB=-0.00295124;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0180351;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:2:6:3:4:2:7 chr12 4921689 . C T 113.99 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0388984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6018;QD=18.2384;RBI=0.0391965;REFB=-0.061862;REVB=-0.00482556;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0574611;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr12 4922030 . C G 330.41 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0131629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.131;QD=15.7339;RBI=0.0134928;REFB=-0.015094;REVB=-0.00296523;RO=48;SAF=15;SAR=21;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127042;STB=0.571673;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0235285;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:21:15:26:22:21:15:26:22 chr12 4922734 . A G 132.81 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0225875;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.116;QD=14.3579;RBI=0.0233292;REFB=-0.00537384;REVB=-0.00583594;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.563559;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00792403;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:23:22:15:15:0.405405:12:3:3:20:12:3:3:19 chr12 4923049 . T C 74.15 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0015334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0028;QD=10.2271;RBI=0.0104493;REFB=0.0334426;REVB=0.0103362;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.616207;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.0590344;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:18:19:10:10:0.344828:6:4:10:8:6:4:11:8 chr12 4923364 . T C 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0197756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.343;QD=13.314;RBI=0.0203739;REFB=-0.011707;REVB=0.00490083;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628013;STB=0.527893;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.015217;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:13:9:15:17:13:9:15:18 chr12 4923697 . G T 270.51 PASS AF=0.375;AO=26;DP=81;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0245403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.918;QD=12.2958;RBI=0.0292871;REFB=-0.0110786;REVB=0.0159846;RO=55;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551133;STB=0.515142;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0210235;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:88:55:55:26:33:0.375:12:14:27:28:16:17:27:28 chr12 4923842 . C T 152.13 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0335994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.836;QD=30.4254;RBI=0.0370298;REFB=0.0666515;REVB=-0.0155655;RO=5;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.571326;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.0164092;OID=.;OPOS=4923842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:12:3:2:3:12:3:2:3 chr12 5021984 . T A 306.67 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.321;QD=53.3344;RBI=0.0422232;REFB=0;REVB=0.039453;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391479;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr12 5026471 . C T 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4007;QD=42.175;RBI=0.0651607;REFB=0;REVB=-0.0152249;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00488578;OID=.;OPOS=5026471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr12 5154462 . T C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0785404;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8458;QD=56.7412;RBI=0.0900915;REFB=0;REVB=-0.0441349;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145581;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr12 5603632 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0972243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.519;QD=10.3901;RBI=0.0972895;REFB=-0.0153048;REVB=-0.00356139;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381916;STB=0.726721;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0413594;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:2:9:3:4:2:9 chr12 6030302 . T C 203.21 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00628283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.201;QD=30.1049;RBI=0.017105;REFB=-0.0235002;REVB=0.0159093;RO=8;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177295;STB=0.598219;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00951871;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:27:27:8:8:19:19:0.703704:6:13:3:5:6:13:3:5 chr12 6030405 . A G 173.74 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0453865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4918;QD=14.4786;RBI=0.0652636;REFB=-0.0278263;REVB=-0.0468979;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210139;STB=0.515402;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0390706;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:18:19:0.395833:8:10:15:13:9:10:16:13 chr12 6030437 . A G 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00384744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.585;QD=10.8531;RBI=0.00788751;REFB=-0.00359056;REVB=0.00688549;RO=39;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450928;STB=0.526291;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0065886;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:10:11:22:17:10:11:22:17 chr12 6054395 . A G 147.8 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0387409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.436;QD=11.5924;RBI=0.0449515;REFB=-0.0117041;REVB=-0.0227987;RO=32;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206585;STB=0.539432;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0243535;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:32:33:17:18:0.352941:14:3:6:26:14:4:6:27 chr12 6061069 . T G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00439697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.133;QD=14.262;RBI=0.00817221;REFB=-0.00120854;REVB=0.00688852;RO=24;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662823;STB=0.538414;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00148964;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:7:9:15:9:7:9:15:9 chr12 6091000 . A G 1504.77 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=101;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0452321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.033;QD=58.4377;RBI=0.0452338;REFB=-0.063317;REVB=-0.000391048;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000547251;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:103:0:1:100:102:0.990291:53:47:0:0:53:49:0:1 chr12 6105387 . G A 219.47 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.040925;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.633;QD=22.5092;RBI=0.0426613;REFB=-0.0233378;REVB=-0.0120468;RO=18;SAF=5;SAR=16;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043718;STB=0.524566;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0144513;OID=.;OPOS=6105387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:16:5:5:13:16:5:5:13 chr12 6127535 . T G 37.68 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=89;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.00639189;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.076;QD=1.71252;RBI=0.0179367;REFB=-0.00408253;REVB=-0.0167592;RO=79;SAF=6;SAR=3;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17569;STB=0.635352;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0343005;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:89:88:79:79:9:9:0.102273:3:6:41:38:3:6:41:38 chr12 6127891 . C A 196.63 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0689766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4039;QD=18.2908;RBI=0.0691619;REFB=-0.0117515;REVB=-0.00505942;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0152973;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:12:11:10:10:12:11 chr12 6127919 . T G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0129141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.744;QD=11.4398;RBI=0.0188012;REFB=-0.0197653;REVB=-0.0136642;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382401;STB=0.73781;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0489265;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:9:5:1:8:9:5 chr12 6127943 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.421;QD=53.2732;RBI=0.0429919;REFB=0;REVB=0.0316135;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334343;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr12 6128443 . T C 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00896172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5129;QD=57.6737;RBI=0.0177069;REFB=0;REVB=0.0152716;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62642e-05;OID=.;OPOS=6128443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 6143984 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.158;QD=62.671;RBI=0.0125188;REFB=0;REVB=0.0110286;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68581e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr12 6153514 . A G 243.37 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0238493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.415;QD=15.2106;RBI=0.0385485;REFB=-0.000657851;REVB=0.0302853;RO=36;SAF=15;SAR=13;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758554;STB=0.542859;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00118093;OID=.;OPOS=6153514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:13:15:22:14:13:15:22:14 chr12 6153534 . T C 300.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00762551;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.894;QD=16.2191;RBI=0.0276688;REFB=-0.0155594;REVB=0.0265972;RO=40;SAF=19;SAR=14;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495732;STB=0.519381;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.018343;OID=.;OPOS=6153534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:41:33:33:0.445946:14:19:25:15:14:19:25:16 chr12 6167118 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.026182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.701;QD=11.0824;RBI=0.0272021;REFB=-0.028685;REVB=-0.00737957;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103279;STB=0.559948;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0450673;OID=.;OPOS=6167118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:11:12:18:24:11:12:18:24 chr12 6167196 . A G 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00872664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.316;QD=19.9923;RBI=0.0367449;REFB=-0.0218988;REVB=-0.0356936;RO=23;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985473;STB=0.555506;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0287631;OID=.;OPOS=6167196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:11:11:9:14:11:11:9:14 chr12 6172202 . T C 428.06 PASS AF=0.456311;AO=46;DP=102;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0286393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.85;QD=16.6236;RBI=0.0287483;REFB=-0.0606039;REVB=-0.00250126;RO=56;SAF=23;SAR=23;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701712;STB=0.544536;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0638373;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:56:56:46:47:0.456311:23:23:24:32:23:24:24:32 chr12 6204902 . CA C,CC 605.86 PASS AF=1,0;AO=38,2;DP=40;FAO=40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000118389,-0.0109629;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.6763,36.2772;QD=60.5863;RBI=0.0408232,0.0124341;REFB=0,0;REVB=0.040823,-0.00586698;RO=0;SAF=28,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000525917,0;OID=.,.;OPOS=6204903,6204903;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:38,2:40:40,0:40:0:29,0:11,0:0:0:4:0:28,1:10,1:0:0 chr12 6459159 . T TG 72.03 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0722831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.275;QD=18.0085;RBI=0.0724539;REFB=-0.0858321;REVB=0.00497291;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51435;STB=0.802824;STBP=0.012;TYPE=ins;VARB=0.0513844;OID=.;OPOS=6459160;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:10:16:10:16:6:9:1:2:4:33:6:9:1:2:4 chr12 6495275 . C A 731.91 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0799113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.574;QD=54.2152;RBI=0.0832647;REFB=-0.0401471;REVB=0.0233922;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00163828;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:51:53:0.981481:32:19:0:1:32:21:0:1 chr12 6500105 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.587;QD=35.5759;RBI=0.069054;REFB=0;REVB=0.0340129;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198499;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr12 6560473 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.82;QD=44.6897;RBI=0.00585126;REFB=0;REVB=-0.00217733;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26246e-05;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr12 6562753 . A G 194.39 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0493909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2352;QD=22.8696;RBI=0.110847;REFB=-0.0418528;REVB=0.0992351;RO=14;SAF=16;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447619;STB=0.753363;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0185929;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:15:18:19:0.558824:2:16:7:7:2:17:8:7 chr12 6562810 . A G 154.95 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0580116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.821;QD=22.9562;RBI=0.0580386;REFB=-0.00712423;REVB=0.0017687;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243914;STB=0.637504;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0079928;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:4:7:5:11:4:7 chr12 6572048 . A G 184.88 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0158598;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3809;QD=24.6511;RBI=0.0309736;REFB=-0.0720282;REVB=-0.0266051;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0541015;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:31:30:12:12:18:18:0.6:12:6:6:6:12:6:6:6 chr12 6618871 . C T 87.41 PASS AF=0.769231;AO=7;DP=10;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0554361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.937;QD=26.8947;RBI=0.118033;REFB=-0.0572323;REVB=0.104205;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.588075;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0280532;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:13:3:3:7:10:0.769231:2:5:3:0:3:7:3:0 chr12 6619284 . C G 789.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412485;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.287;QD=64.4238;RBI=0.0419219;REFB=0;REVB=0.00748383;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152639;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 6619402 . T C 46.54 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00202585;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.04;QD=6.00482;RBI=0.032895;REFB=0.000276599;REVB=-0.0328326;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138371;STB=0.611908;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00390264;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:30:31:23:24:7:7:0.225806:2:5:14:9:2:5:14:10 chr12 6631169 . C A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6252;QD=45.8038;RBI=0.0772158;REFB=0;REVB=-0.00477416;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152696;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr12 6637845 . T C 357.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.745;QD=55.0123;RBI=0.0535007;REFB=0;REVB=0.04203;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59288e-05;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:13:13:0:0 chr12 6638116 . C T 200.69 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0104148;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.781;QD=19.5792;RBI=0.0415609;REFB=0.0171158;REVB=0.0402348;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638525;STB=0.536047;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0144011;OID=.;OPOS=6638116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:7:14:12:8:7:14 chr12 6639088 . A G 1052.35 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5079;QD=59.2872;RBI=0.0734946;REFB=0;REVB=0.0358591;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390593;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:67:71:1:40:27:0:0:42:29:0:0 chr12 6639981 . C G 53.12 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0138823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7904;QD=7.32632;RBI=0.0220445;REFB=-0.0232068;REVB=0.0171243;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229193;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0278663;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:19:21:7:8:0.275862:3:4:7:12:4:4:8:13 chr12 6643991 . C G 75.67 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00202557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.924;QD=11.641;RBI=0.106091;REFB=0.00399345;REVB=-0.106072;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376273;STB=0.745234;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00576515;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:15:16:10:10:0.384615:2:8:7:8:2:8:7:9 chr12 6646320 . T C 423.97 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00652373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.09;QD=39.4395;RBI=0.0236055;REFB=0.014032;REVB=0.0226861;RO=8;SAF=21;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988763;STB=0.533612;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000594202;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:8:10:33:33:0.767442:12:21:3:5:12:21:5:5 chr12 6647109 . T C 389.61 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.12188;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.983;QD=31.8052;RBI=0.122105;REFB=-0.0197922;REVB=-0.00739885;RO=15;SAF=26;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267896;STB=0.6774;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0172163;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:15:17:32:32:0.653061:6:26:7:8:6:26:7:10 chr12 6648855 . A G 245.56 PASS AF=0.758621;AO=20;DP=28;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0359591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5492;QD=33.8702;RBI=0.0760449;REFB=-0.0439722;REVB=0.0670058;RO=7;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111737;STB=0.568047;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0146675;OID=.;OPOS=6648855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:7:7:20:22:0.758621:7:13:6:1:9:13:6:1 chr12 6747295 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.00151605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1006;QD=15.1594;RBI=0.0676839;REFB=-0.0125406;REVB=-0.0676669;RO=22;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540073;STB=0.812109;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00551813;OID=.;OPOS=6747295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:3:13:6:16:3:13:6:16 chr12 6835068 . A G 362.12 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0369043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9979;QD=51.731;RBI=0.0417744;REFB=-0.103014;REVB=-0.0195747;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0193067;OID=.;OPOS=6835068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:1:0 chr12 6835081 . G A 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0949334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.471;QD=51.1808;RBI=0.108124;REFB=0;REVB=0.0517546;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000257193;OID=.;OPOS=6835081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr12 6836852 . A G 165.8 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0381971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.8682;QD=41.4491;RBI=0.0657818;REFB=-0.160065;REVB=-0.0535559;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0168051;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:10:5:1:0:10:5:1:0 chr12 6836913 . G T 201.11 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.325;QD=44.6916;RBI=0.0212943;REFB=-0.161034;REVB=-0.00555042;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555487;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00149429;OID=.;OPOS=6836913;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:18:0:1:17:17:0.944444:13:4:0:0:13:4:1:0 chr12 6840209 . G A 368.11 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0991054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5666;QD=47.4974;RBI=0.130879;REFB=0.00224092;REVB=-0.0854835;RO=3;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112306;STB=0.506049;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00185107;OID=.;OPOS=6840209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:17:11:1:2:17:11:1:2 chr12 6926363 . T C 498.14 PASS AF=1;AO=21;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3114;QD=47.4418;RBI=0.15172;REFB=0;REVB=0.0118831;RO=0;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109311;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:0:0:21:42:1:21:0:0:0:22:20:0:0 chr12 6928075 . T C 477.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.974;QD=57.9116;RBI=0.054561;REFB=0;REVB=0.02029;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261942;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:25:6:0:0:26:7:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1080.54 PASS AF=0.915663;AO=76;DP=83;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0769237;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=46.5794;QD=52.074;RBI=0.0773049;REFB=-0.0657619;REVB=-0.0076678;RO=5;SAF=22;SAR=54;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418266;STB=0.530427;STBP=0.122;TYPE=mnp;VARB=0.0071235;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:83:83:5:7:76:76:0.915663:54:22:0:5:54:22:0:7 chr12 6933223 . C T 231.49 PASS AF=0.45;AO=22;DP=55;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00860256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.038;QD=15.4325;RBI=0.0237922;REFB=-0.0431211;REVB=0.0221825;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269658;STB=0.571903;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0586097;OID=.;OPOS=6933223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:60:30:33:22:27:0.45:14:8:19:11:15:12:19:14 chr12 6941021 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0160223;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.759;QD=15.8391;RBI=0.0161184;REFB=-0.00537622;REVB=0.00175748;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.592984;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00556784;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:3:4:3:5:3:4 chr12 6942823 . A G 400.92 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269196;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.09;QD=57.2747;RBI=0.0278644;REFB=0;REVB=-0.00719452;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00033527;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr12 6946247 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00704261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.91;QD=12.7388;RBI=0.0512362;REFB=-0.0386638;REVB=0.0507499;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0404194;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr12 6948468 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0242864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.343;QD=18.4438;RBI=0.0545534;REFB=-0.0405139;REVB=-0.0488492;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164705;STB=0.594426;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0383211;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:6:3:6:5:6:3 chr12 6948528 . T C 109.76 PASS AF=0.5;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0215745;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.871;QD=15.6803;RBI=0.0221302;REFB=-0.0166053;REVB=0.00492812;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21426;STB=0.581274;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.014076;OID=.;OPOS=6948528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:13:14:0.5:10:3:6:8:10:4:6:8 chr12 6950930 . AT A 99.59 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.117646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.7611;QD=11.3814;RBI=0.118502;REFB=-0.0266502;REVB=0.0142207;RO=20;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381446;STB=0.655563;STBP=0.099;TYPE=del;VARB=0.0210138;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:14:35:17:35:18:7:10:13:5:81:20:5:9:15:5 chr12 6954875 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.752;QD=64.4138;RBI=0.0761301;REFB=0;REVB=0.0254291;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024545;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr12 6965194 . A G 1190.35 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.925;QD=61.0434;RBI=0.0335629;REFB=0;REVB=0.0227586;RO=0;SAF=43;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.23589e-05;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:35:43:0:0:35:43:0:0 chr12 6976688 . A G 679.54 PASS AF=0.59633;AO=64;DP=108;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0234513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.139;QD=24.9374;RBI=0.026918;REFB=-0.0463603;REVB=-0.0132142;RO=44;SAF=44;SAR=20;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811007;STB=0.538594;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0296646;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:44:44:64:65:0.59633:20:44:26:18:21:44:26:18 chr12 7015707 . G T 318.79 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00572564;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.544;QD=26.0237;RBI=0.0779764;REFB=-0.00653328;REVB=0.0777659;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155694;STB=0.586047;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00584714;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:28:28:0.571429:15:13:14:7:15:13:14:7 chr12 7022085 . T A 191.97 PASS AF=0.369231;AO=23;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0356759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.423;QD=11.8138;RBI=0.082892;REFB=-0.0326788;REVB=-0.0748218;RO=41;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238331;STB=0.646267;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0333636;OID=.;OPOS=7022085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:41:23:24:0.369231:9:14:16:25:9:15:16:25 chr12 7023123 . A G 143.13 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00719966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6346;QD=14.6802;RBI=0.0225912;REFB=-0.013956;REVB=0.0214133;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.562834;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0209818;OID=.;OPOS=7023123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:6:10:12:11:6:10:12:11 chr12 7026307 . G C 230.19 PASS AF=0.55;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0513427;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0102;QD=23.0194;RBI=0.0658752;REFB=-0.079978;REVB=0.0412732;RO=18;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35973;STB=0.702883;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.054752;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:21:22:0.55:13:8:15:3:14:8:15:3 chr12 7027259 . C T 96.88 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00791327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.765;QD=11.7429;RBI=0.0146384;REFB=-0.00303244;REVB=-0.0123151;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262708;STB=0.654926;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00549892;OID=.;OPOS=7027259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:7:14:5:7:7:14 chr12 7044943 . G A 154.34 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00585032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.396;QD=14.3568;RBI=0.0447255;REFB=-0.0267185;REVB=-0.0443413;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.568883;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0205938;OID=.;OPOS=7044943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:14:12:6:11:14:12 chr12 7053022 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.671;QD=49.5979;RBI=0.021102;REFB=0;REVB=0.0190297;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12114e-05;OID=.;OPOS=7053022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr12 7053836 . C T 60.66 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.015008;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.693;QD=5.39221;RBI=0.0221043;REFB=-0.00867736;REVB=-0.0162283;RO=36;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131291;OID=.;OPOS=7053836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:45:45:36:36:9:9:0.2:3:6:24:12:3:6:24:12 chr12 7055860 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00160086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.736;QD=61.3354;RBI=0.00669534;REFB=0;REVB=0.00650114;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88529e-06;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr12 7065635 . T C 772.65 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00673059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.325;QD=61.8117;RBI=0.0277887;REFB=-0.0705438;REVB=0.0269613;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.001294;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:26:23:0:1:26:23:0:1 chr12 7079215 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.075;QD=53.2771;RBI=0.0206935;REFB=0;REVB=0.0153641;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165674;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr12 7080212 . TT CT,GC,GT 410.32 PASS AF=0.90625,0.03125,0.03125;AO=26,2,3;DP=32;FAO=29,1,1;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0,0;FSAR=24,1,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0314981,-0.0477773,-0.0882108;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,2,1;MLLD=102.975,78.6362,9.72385;QD=51.2903;RBI=0.0849403,0.0672241,0.0967245;REFB=-0.0344888,-0.0834346,-0.0850779;REVB=0.0788842,0.0472907,-0.0396797;RO=1;SAF=5,0,0;SAR=21,2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.021616,0,0;STB=0.510197,0.5,0.5;STBP=0.652,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=-0.00206686,0.167664,0.0380349;OID=.,.,.;OPOS=7080212,7080212,7080212;OREF=T,TT,T;OALT=C,GC,G;OMAPALT=CT,GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:7:32:32:1:1:26,2,3:29,1,1:0.90625,0.03125,0.03125:21,2,3:5,0,0:0:1:24,1,1:5,0,0:0:1 chr12 7170336 . G A 172.07 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00945779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.996;QD=11.666;RBI=0.0222879;REFB=-0.00781771;REVB=-0.0201817;RO=34;SAF=14;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857102;STB=0.527843;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0169686;OID=.;OPOS=7170336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:37:22:22:0.372881:8:14:19:15:8:14:22:15 chr12 7241055 . A G 459.85 PASS AF=0.666667;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.000200477;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.37;QD=29.1967;RBI=0.0119023;REFB=-0.0206476;REVB=-0.0119007;RO=22;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723702;STB=0.547489;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00506311;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:22:21:42:42:0.666667:22:20:13:9:22:20:13:8 chr12 7242204 . C T 329.94 PASS AF=0.6;AO=30;DP=52;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0574918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4499;QD=23.9958;RBI=0.185578;REFB=-0.00149172;REVB=0.176448;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16376;STB=0.59011;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00554368;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:22:22:30:33:0.6:14:16:7:15:15:18:7:15 chr12 7281317 . C T 220.13 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0635878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0399;QD=17.9697;RBI=0.0637437;REFB=-0.00175503;REVB=-0.00445498;RO=26;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253869;STB=0.635711;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00273865;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:22:22:0.44898:15:7:15:11:15:7:15:12 chr12 7309471 . C A 267.35 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00548772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.206;QD=18.4381;RBI=0.00662893;REFB=-0.0116012;REVB=0.00371856;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619243;STB=0.534582;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0260855;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:14:15:17:12:14:15:17:12 chr12 7309473 . G C 240.13 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0140682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.537;QD=16.5609;RBI=0.0167456;REFB=-0.00998133;REVB=-0.00908302;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687579;STB=0.503873;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0320045;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:17:14:12:15:17:14 chr12 7310649 . T C,TC 65.41 PASS AF=0,0.230769;AO=4,9;DP=52;FAO=0,12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=0,6;FSAR=0,6;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0286363,0.00467382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.9933,19.5998;QD=5.03169;RBI=0.0750541,0.0601382;REFB=0.0043536,-0.0480466;REVB=-0.0693764,-0.0599563;RO=39;SAF=2,4;SAR=2,5;SRF=10;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.284562,0.248994;STB=0.5,0.692035;STBP=1,0.165;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.126084;OID=.,.;OPOS=7310649,7310650;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:52:52:39:40:4,9:0,12:0,0.230769:2,5:2,4:10:29:0,6:0,6:10:30 chr12 7362680 . GT TG 35.82 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=33;FWDB=0.0134267;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=32.7236;QD=2.55844;RBI=0.0375963;REFB=-0.0649661;REVB=-0.035117;RO=48;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494363;STB=0.832639;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.0851443;OID=.;OPOS=7362680;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:56:56:48:48:8:8:0.142857:2:6:15:33:2:6:15:33 chr12 7528471 . G A 180.98 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0169114;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.897;QD=13.9216;RBI=0.0170067;REFB=-0.014767;REVB=0.00179849;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300506;STB=0.505613;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0180803;OID=.;OPOS=7528471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:9:12:18:12:9:12:18:13 chr12 7551022 . A T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.848;QD=59.4357;RBI=0.0605904;REFB=0;REVB=0.0387604;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183748;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr12 7551050 . A C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.14;QD=62.3509;RBI=0.0457013;REFB=0;REVB=0.0412089;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42813e-05;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr12 7585971 . A G 371.73 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000879882;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.342;QD=19.8258;RBI=0.0130393;REFB=-0.0280624;REVB=-0.0130096;RO=34;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753063;STB=0.519989;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0360211;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:34:37:38:38:0.506667:19:19:14:20:19:19:17:20 chr12 7772997 . G A 795.75 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.215;QD=63.6598;RBI=0.091491;REFB=0;REVB=0.079252;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140449;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:20:29:0:0:21:29:0:0 chr12 7773058 . C A 609.79 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.188;QD=60.9793;RBI=0.015434;REFB=0;REVB=0.00507779;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58466e-05;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:19:19:0:0:21:19:0:0 chr12 7773096 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.725;QD=55.0971;RBI=0.0448667;REFB=0;REVB=0.00370331;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481838;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 7867847 . G C 322.47 PASS AF=0.539683;AO=33;DP=62;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00570994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0506;QD=20.4742;RBI=0.0555164;REFB=-0.0257252;REVB=0.055222;RO=28;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673239;STB=0.537292;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0103949;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:29:33:34:0.539683:15:18:13:15:16:18:13:16 chr12 7894056 . G A 212.82 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0149847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5967;QD=16.062;RBI=0.0243035;REFB=-0.00420845;REVB=-0.0191343;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150984;STB=0.586131;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00546517;OID=.;OPOS=7894056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:11:18:18:6:11:18 chr12 7966958 . C T 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158557;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.342;QD=58.7817;RBI=0.030296;REFB=0;REVB=0.0258155;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35256e-05;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr12 8008874 . G A 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000423158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.605;QD=26.6377;RBI=0.0102552;REFB=0.00568546;REVB=0.0102465;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714671;STB=0.523779;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0019387;OID=.;OPOS=8008874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:5:11:4:3:5:11:5:3 chr12 8043688 . G C 685.58 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0119717;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.305;QD=54.8467;RBI=0.0182872;REFB=-0.0847547;REVB=0.0138239;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000553345;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:25:24:1:0:25:24:1:0 chr12 8278181 . A T 501.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.172;QD=58.9948;RBI=0.045401;REFB=0;REVB=0.0426593;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222028;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr12 8329652 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9511;QD=35.5757;RBI=0.0749148;REFB=0;REVB=0.0730533;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00729537;OID=.;OPOS=8329652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr12 8329700 . A C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.895;QD=35.5757;RBI=0.0901135;REFB=0;REVB=-0.088867;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141912;OID=.;OPOS=8329700;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 8329833 . G A 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2934;QD=35.5594;RBI=0.0656638;REFB=0;REVB=0.0628515;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416364;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 8374770 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7998;QD=37.4873;RBI=0.10279;REFB=0;REVB=0.0963014;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00885342;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr12 8374781 . C CACG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396147;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=282.285;QD=37.4885;RBI=0.046056;REFB=0;REVB=0.023491;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00052017;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:8:8:8:0:5:3:0:0:4:0:5:3:0:0 chr12 8376110 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.696;QD=52.6132;RBI=0.0341643;REFB=0;REVB=0.0227146;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62202e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr12 8543143 . T A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0490188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3294;QD=23.2183;RBI=0.0490208;REFB=0.0383585;REVB=0.000443392;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00552574;OID=.;OPOS=8543143;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr12 8666296 . G A 68.57 PASS AF=0.5;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0209319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.859;QD=15.237;RBI=0.0217556;REFB=-0.00547288;REVB=-0.00592946;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149044;STB=0.556839;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.005973;OID=.;OPOS=8666296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:8:9:0.5:4:4:6:3:4:5:6:3 chr12 8693333 . G A 66.35 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0881726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0988;QD=15.6123;RBI=0.107215;REFB=0.0414467;REVB=0.0609968;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.603481;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0531751;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:17:17:7:8:7:7:0.411765:4:3:4:3:4:3:5:3 chr12 8926011 . T C 1816.91 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.159;QD=61.0727;RBI=0.082964;REFB=0;REVB=0.0799249;RO=0;SAF=59;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146773;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:119:0:0:115:119:1:56:59:0:0:58:61:0:0 chr12 9004512 . G A 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1214;QD=62.0118;RBI=0.0293215;REFB=0;REVB=0.0126159;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277497;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr12 9004892 . C A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.242;QD=54.513;RBI=0.0230834;REFB=0;REVB=0.0215585;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107061;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr12 9013755 . C T 289.24 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4821;QD=52.5885;RBI=0.0237129;REFB=0;REVB=0.00652692;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423282;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr12 9016573 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.823;QD=62.9817;RBI=0.014789;REFB=0;REVB=-0.01351;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.36104e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr12 9020489 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.63;QD=45.8065;RBI=0.0593972;REFB=0;REVB=0.0506255;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761367;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 9070366 . T A 323.36 PASS AF=0.55;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.020382;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.446;QD=21.5574;RBI=0.0203826;REFB=-0.00784796;REVB=-0.000149234;RO=27;SAF=7;SAR=26;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354188;STB=0.697652;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00666579;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:27:27:33:33:0.55:26:7:16:11:26:7:16:11 chr12 9074259 . C T 80.19 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0282018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.03;QD=16.8831;RBI=0.0421316;REFB=-0.0442422;REVB=-0.0313007;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323222;STB=0.683891;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0559042;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:8:1:5:5:8:1 chr12 9086898 . A G 452.21 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=121;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=48;FWDB=0.0134118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.07;QD=14.8266;RBI=0.0388129;REFB=-0.0304065;REVB=0.0364221;RO=69;SAF=35;SAR=16;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357544;STB=0.706991;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0268655;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:69:71:51:51:0.418033:16:35:23:46:16:35:23:48 chr12 9142297 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0635695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.75;QD=14.0793;RBI=0.0639829;REFB=-0.00563512;REVB=0.00726087;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109071;STB=0.563993;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00523978;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:7:9:8:4:7:9 chr12 9161648 . T C 149.61 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=29;FWDB=0.00452998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.927;QD=11.969;RBI=0.00607525;REFB=-0.00391458;REVB=0.00404821;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374123;STB=0.712603;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00811376;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:4:29:10:7:4:29 chr12 9248233 . T C 1006.0 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.763;QD=59.1764;RBI=0.0308164;REFB=0;REVB=0.020999;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163704;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:35:33:0:0:35:33:0:0 chr12 9305473 . T C 1286.86 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964523;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.315;QD=62.0172;RBI=0.020044;REFB=0;REVB=0.0175708;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01762e-05;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr12 9307373 . T G 1139.6 PASS AF=0.975;AO=74;DP=78;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0346622;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3286;QD=56.9799;RBI=0.0936161;REFB=-0.0265047;REVB=0.0869627;RO=3;SAF=27;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238033;STB=0.503821;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00109726;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:80:3:2:74:78:0.975:47:27:2:1:50:28:1:1 chr12 9315209 . A G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00693655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.803;QD=12.4135;RBI=0.0277709;REFB=0.00594757;REVB=-0.0268907;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202874;STB=0.624353;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00920937;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:9:14:15:21:9:14:15:22 chr12 9316773 . T C 311.38 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0388039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5779;QD=16.6069;RBI=0.0621106;REFB=-0.00955373;REVB=-0.0484973;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199248;STB=0.503935;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0104391;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:41:34:34:0.453333:18:16:18:22:18:16:19:22 chr12 9317784 . A G 200.53 PASS AF=0.48;AO=19;DP=46;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0136463;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.235;QD=16.0422;RBI=0.0398948;REFB=-0.0466075;REVB=0.0374883;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210608;STB=0.560391;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0763451;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:26:26:19:24:0.48:10:9:7:19:15:9:7:19 chr12 9317885 . G A 83.1 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.00180612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.301;QD=9.49762;RBI=0.015111;REFB=-0.0142492;REVB=-0.0150027;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427439;STB=0.749642;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0277007;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:4:20:5:6:4:20 chr12 9345273 . A G 655.26 PASS AF=1;AO=18;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020909;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2215;QD=58.2455;RBI=0.0520893;REFB=0;REVB=0.0477085;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282601;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:18:45:1:5:13:0:0:31:14:0:0 chr12 9345274 . C G 287.24 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0498441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.3;QD=24.4462;RBI=0.0671443;REFB=-0.0523625;REVB=0.0449879;RO=21;SAF=1;SAR=25;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719403;STB=0.913413;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100979;OID=.;OPOS=9345274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:25:1:13:8:25:1:13:8 chr12 9439294 . T C 308.4 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0163726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.875;QD=18.4119;RBI=0.0183328;REFB=-0.0163003;REVB=-0.0082479;RO=34;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015707;STB=0.508767;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0177831;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:14:19:19:15:14:19:19:15 chr12 9450357 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0680965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3336;QD=39.2067;RBI=0.0730498;REFB=0;REVB=0.0264412;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00194936;OID=.;OPOS=9450357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr12 9573130 . C T 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.012281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.034;QD=13.5806;RBI=0.0173754;REFB=-0.0176661;REVB=0.0122915;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00489516;STB=0.502854;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.029925;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:10:18:11:6:10:18 chr12 9573223 . C A 610.8 PASS AF=0.670886;AO=53;DP=79;FAO=53;FDP=79;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0107765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.727;QD=30.9264;RBI=0.0420255;REFB=-0.00794158;REVB=-0.0406203;RO=24;SAF=25;SAR=28;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088212;STB=0.559711;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00868377;OID=.;OPOS=9573223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:26:53:53:0.670886:28:25:15:9:28:25:17:9 chr12 9573224 . C T 203.2 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00104564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.85;QD=10.2887;RBI=0.00138411;REFB=-0.00386908;REVB=0.000906866;RO=53;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212702;STB=0.62453;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00586166;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:9:17:25:28:9:17:25:28 chr12 9574002 . C T 745.55 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.656;QD=63.4514;RBI=0.0764053;REFB=0;REVB=0.0715831;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157525;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:47:0:0:42:47:1:20:22:0:0:23:24:0:0 chr12 9574042 . C A 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0178913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.573;QD=13.7844;RBI=0.0200329;REFB=-0.0192492;REVB=-0.00901223;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244828;STB=0.514006;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0305747;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:18:15:11:12:18:15 chr12 9578197 . A T 304.98 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0211756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3217;QD=32.9705;RBI=0.0320349;REFB=-0.00657856;REVB=0.024038;RO=11;SAF=6;SAR=20;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383593;STB=0.520942;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00658498;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:20:6:2:9:20:6:2:9 chr12 9581791 . T C 115.13 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0415332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.805;QD=10.7098;RBI=0.0415334;REFB=-0.00674249;REVB=-0.000106586;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289235;STB=0.670741;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0209078;OID=.;OPOS=9581791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:20:9:8:6:20:9 chr12 9583324 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00196558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.369;QD=19.1795;RBI=0.0264557;REFB=-0.0417029;REVB=-0.0263826;RO=11;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136262;STB=0.578384;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0321489;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:3:10:7:4:3:10:7:4 chr12 9585578 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.086;QD=23.2183;RBI=0.0373741;REFB=0.00469165;REVB=0.0313921;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000388969;OID=.;OPOS=9585578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr12 9590052 . G A 108.88 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0242917;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.019;QD=21.7759;RBI=0.0469129;REFB=-0.00484894;REVB=0.0401339;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00795021;OID=.;OPOS=9590052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:8:8:12:12:0.6:7:5:4:4:7:5:4:4 chr12 9597776 . G A 1043.33 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00602833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.994;QD=53.5041;RBI=0.0403844;REFB=-0.0485485;REVB=0.0399319;RO=5;SAF=30;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00136967;STB=0.500726;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000704006;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:5:5:73:73:0.935897:43:30:2:3:43:30:2:3 chr12 9750669 . A G 361.74 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0468029;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.862;QD=22.9674;RBI=0.0509191;REFB=-0.00174341;REVB=-0.020056;RO=27;SAF=22;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743095;STB=0.540961;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00184915;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:27:27:36:36:0.571429:14:22:14:13:14:22:14:13 chr12 9906143 . GTT G,GT,TGT 433.52 PASS AF=0,0.976744,0;AO=5,21,13;DP=43;FAO=0,42,0;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,22,0;FSAR=0,20,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.142574,-0.267672,-0.126895;FXX=0.0227221;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=8.36607,12.9936,11.518;QD=40.3275;RBI=0.142723,0.268042,0.376284;REFB=0.0656124,0.0674031,0.0339186;REVB=0.00651544,0.0140829,-0.354242;RO=2;SAF=5,16,0;SAR=0,5,13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0.461538,0.461538,0;SSSB=0.749526,0.0558186,-0.830698;STB=0.5,0.511106,0.5;STBP=1,0.502,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0,-0.00792454,0;OID=.,.,.;OPOS=9906144,9906144,9906143;OREF=TT,T,GT;OALT=-,-,TG;OMAPALT=G,GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:43:43:2:1:5,21,13:0,42,0:0,0.976744,0:0,5,13:5,16,0:1:1:0,20,0:0,22,0:1:0 chr12 9994445 . GTGT G 527.41 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206761;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.602;QD=60.2756;RBI=0.0330432;REFB=0;REVB=0.0257751;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=8.43861e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:35:35:0:18:17:0:0:4:0:18:16:0:0 chr12 10041364 . G A 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.483;QD=63.574;RBI=0.047518;REFB=0;REVB=-0.0461033;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000356998;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr12 10046052 . C A 810.08 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2793;QD=56.8479;RBI=0.117743;REFB=0;REVB=0.0966757;RO=0;SAF=39;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154941;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:15:39:0:0:18:39:0:0 chr12 10069302 . C T 583.27 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0186233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.909;QD=54.258;RBI=0.0235981;REFB=0.0940289;REVB=0.0144928;RO=3;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284843;STB=0.515215;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00160139;OID=.;OPOS=10069302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:43:3:3:40:40:0.930233:18:22:1:2:18:22:1:2 chr12 10078946 . CAAATT C,CAAATC 118.86 PASS AF=0.413793,0.0689655;AO=12,2;DP=29;FAO=12,2;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3,0;FSAR=9,2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0291991,-0.0134575;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=5,1;MLLD=217.513,106.867;QD=16.3949;RBI=0.0318995,0.0262548;REFB=-0.00158842,-0.0103494;REVB=0.0128448,0.0225436;RO=14;SAF=3,0;SAR=9,2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121912,-0.497441;STB=0.599822,0.993586;STBP=0.399,0.208;TYPE=del,snp;VARB=0.00772088,-0.0120029;OID=.,.;OPOS=10078947,10078951;OREF=AAATT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAAATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793,0.0689655:12,2:29:12,2:29:15:3,0:9,2:6:9:99:14:3,0:9,2:5:9 chr12 10131939 . C T 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00566845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7513;QD=8.80845;RBI=0.056353;REFB=-0.00284098;REVB=-0.0560672;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.545308;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00395295;OID=.;OPOS=10131939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:10:11:6:6:0.352941:2:4:8:2:2:4:8:3 chr12 10136672 . G A 723.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.834;QD=56.7105;RBI=0.0446066;REFB=0;REVB=0.0414042;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.82334e-05;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:27:21:0:0:29:22:0:0 chr12 10137557 . A C 224.3 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00170813;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.842;QD=42.7242;RBI=0.00830287;REFB=-0.105463;REVB=-0.00812527;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513355;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000923546;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:12:7:0:0:12:7:1:1 chr12 10147850 . T C 685.86 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0204957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.203;QD=58.3708;RBI=0.0369511;REFB=-0.0804093;REVB=0.0307459;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.527765;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00362459;OID=.;OPOS=10147850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:28:17:1:0:28:17:2:0 chr12 10149406 . T C 666.66 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0176506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3329;QD=57.9708;RBI=0.0187402;REFB=-0.0195014;REVB=-0.00629687;RO=2;SAF=22;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408068;STB=0.521729;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00831024;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:22:22:2:0:22:22:2:0 chr12 10149851 . C T 1208.43 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.724;QD=61.1861;RBI=0.00959385;REFB=0;REVB=0.00707122;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1569e-05;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:52:27:0:0:52:27:0:0 chr12 10151642 . T C 894.2 PASS AF=0.902778;AO=65;DP=72;FAO=65;FDP=72;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00835048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9091;QD=49.6779;RBI=0.1476;REFB=-0.199578;REVB=0.147363;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545441;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00981873;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:72:72:0:7:65:65:0.902778:35:30:0:0:35:30:0:7 chr12 10165469 . A G 437.74 PASS AF=0.494382;AO=43;DP=90;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.00400164;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.031;QD=19.6738;RBI=0.0147263;REFB=-0.025158;REVB=-0.0141722;RO=44;SAF=22;SAR=21;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196793;STB=0.606137;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0324498;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:44:45:43:44:0.494382:21:22:13:31:21:23:14:31 chr12 10167277 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0157751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.358;QD=15.2621;RBI=0.0273156;REFB=-0.0203109;REVB=0.0223;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534704;STB=0.503101;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.022432;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:5:11:9:4:5:11 chr12 10206925 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0213898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.373;QD=14.0959;RBI=0.0233222;REFB=-0.00902754;REVB=0.0092953;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654098;STB=0.538391;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0180852;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:6:8:7:4:6:8 chr12 10236797 . A G 300.59 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.019009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.914;QD=23.1226;RBI=0.0297279;REFB=-0.0192791;REVB=-0.0228562;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16376;STB=0.590272;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00881148;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:14:16:7:15:14:16:7:15 chr12 10236824 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000656446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.268;QD=26.5503;RBI=0.0107655;REFB=-0.018938;REVB=-0.0107454;RO=19;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131486;STB=0.572082;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0149051;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:14:18:7:12:14:18:7:12 chr12 10236921 . G T 159.69 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00346297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5368;QD=26.6154;RBI=0.00941163;REFB=-0.028386;REVB=-0.00875137;RO=8;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198323;STB=0.610967;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0145236;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:5:11:3:5:5:11:3:5 chr12 10236942 . C G 176.25 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00252664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.285;QD=29.3745;RBI=0.0122801;REFB=-0.020452;REVB=0.0120174;RO=7;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120543;STB=0.56693;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00508449;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:6:11:3:4:6:11:3:4 chr12 10251445 . C G 290.41 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0324977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.6036;QD=26.4006;RBI=0.145557;REFB=-0.0731795;REVB=-0.141883;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156375;STB=0.519111;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0333421;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:8:17:25:26:0.590909:15:10:6:2:15:11:8:9 chr12 10366088 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.271;QD=35.5759;RBI=0.0520727;REFB=0;REVB=0.0520727;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956664;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr12 10367240 . CT C 268.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9493;QD=44.7905;RBI=0.0153101;REFB=0;REVB=0.0146317;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00110212;OID=.;OPOS=10367241;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:24:24:24:0:11:13:0:0:5:0:11:13:0:0 chr12 10462052 . T G 612.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.069;QD=61.2892;RBI=0.141212;REFB=0;REVB=0.0183898;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000902617;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 10467533 . T A 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0169586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.485;QD=7.62965;RBI=0.0172809;REFB=-0.0132851;REVB=-0.00332178;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442792;STB=0.7752;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0259642;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:7:13:2:6:7:13 chr12 10525740 . C T 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.005383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.938;QD=13.3417;RBI=0.00942157;REFB=-0.0134839;REVB=-0.00773236;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.36156;STB=0.707127;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0141731;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:7:14:10:22:7:14:10:22 chr12 10532111 . T G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0190817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.409;QD=10.1734;RBI=0.0222696;REFB=-0.00396059;REVB=-0.0114816;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00589533;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:4:5:3:3:4:5 chr12 10532326 . T C 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00477739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.964;QD=21.5094;RBI=0.0174028;REFB=-0.0174802;REVB=0.0167342;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854914;STB=0.548239;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0155088;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:6:13:16:5:6:13 chr12 10562089 . A C 325.32 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00470253;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.291;QD=16.6829;RBI=0.0056676;REFB=-0.0244643;REVB=-0.00316352;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755581;STB=0.527071;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0353185;OID=.;OPOS=10562089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:43:34:35:0.448718:18:16:23:19:18:17:23:20 chr12 10570965 . C G 888.16 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504917;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1931;QD=57.3009;RBI=0.0506373;REFB=0;REVB=0.00383628;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287842;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:23:36:0:0:25:37:0:0 chr12 10571042 . A G 866.93 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0398248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0579;QD=53.3495;RBI=0.0628267;REFB=-0.0669481;REVB=0.048592;RO=2;SAF=30;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304354;STB=0.508438;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00680579;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:2:3:62:62:0.953846:32:30:2:0:32:30:2:1 chr12 10571091 . T G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.862;QD=62.671;RBI=0.0249503;REFB=0;REVB=0.00618719;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.62223e-05;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr12 10571106 . G C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.512;QD=61.3305;RBI=0.0326758;REFB=0;REVB=-0.0195275;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000374075;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr12 10572982 . A G 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5007;QD=58.777;RBI=0.0613297;REFB=0;REVB=0.0294875;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860032;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr12 10573095 . A G 545.43 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.225;QD=57.4133;RBI=0.0256546;REFB=-0.0538939;REVB=0.0163268;RO=1;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000162759;OID=.;OPOS=10573095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:16:21:0:1:16:21:0:1 chr12 10587111 . A G 2750.88 PASS AF=0.777372;AO=213;DP=274;FAO=213;FDP=274;FR=.;FRO=61;FSAF=124;FSAR=89;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.0104288;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.092;QD=40.1588;RBI=0.0122384;REFB=-0.00134046;REVB=-0.00640458;RO=61;SAF=124;SAR=89;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938165;STB=0.549846;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000401179;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:61:61:213:213:0.777372:89:124:22:39:89:124:22:39 chr12 10587645 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.504;QD=40.7615;RBI=0.057716;REFB=0;REVB=-0.0325559;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341738;OID=.;OPOS=10587645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr12 10603670 . T C 1343.45 PASS AF=0.946809;AO=88;DP=93;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=57;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0215902;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=162.583;QD=57.1681;RBI=0.031811;REFB=-0.16579;REVB=0.0233624;RO=5;SAF=56;SAR=32;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472636;STB=0.525071;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.000891056;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:93:94:5:5:88:89:0.946809:32:56:1:4:32:57:1:4 chr12 10658942 . C T 317.22 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0451521;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.429;QD=15.1057;RBI=0.071271;REFB=-0.0128699;REVB=-0.0551439;RO=48;SAF=15;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115846;STB=0.559693;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0202414;OID=.;OPOS=10658942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:35:35:0.416667:20:15:26:22:20:15:26:23 chr12 10659438 . T C 1175.66 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120294;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.904;QD=61.0733;RBI=0.0257472;REFB=0;REVB=0.0227643;RO=0;SAF=23;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18563e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64452e-05;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:54:23:0:0:54:23:0:0 chr12 10659964 . C G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000224385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.419;QD=62.9829;RBI=0.0105431;REFB=0;REVB=0.0105407;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20771e-05;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr12 10675250 . G C,T 437.63 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605976,-0.0131669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1907,29.7351;QD=56.4685;RBI=0.0519039,0.028561;REFB=0,0;REVB=-0.051549,-0.0253449;RO=0;SAF=13,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00275489,-0.023947;OID=.,.;OPOS=10675250,10675250;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:16,2:13,0:0:0:16,2:13,0:0:0 chr12 10763205 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00681217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.689;QD=17.2298;RBI=0.00719778;REFB=0.00700921;REVB=-0.00232431;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.015164;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:2:4:3:5:2:4 chr12 10763236 . G C 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0959788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3118;QD=51.9026;RBI=0.0965925;REFB=0;REVB=-0.0108712;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00312678;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr12 10771779 . C T 565.18 PASS AF=0.382857;AO=66;DP=175;FAO=67;FDP=175;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=0.0119849;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5553;QD=12.9184;RBI=0.0119867;REFB=-0.00574408;REVB=0.000208674;RO=108;SAF=33;SAR=33;SRF=50;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406176;STB=0.533142;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00981497;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:108:108:66:67:0.382857:33:33:50:58:33:34:49:59 chr12 10782115 . T C 375.33 PASS AF=0.673913;AO=30;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0905409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.161;QD=32.6376;RBI=0.0920169;REFB=-0.031378;REVB=-0.0164148;RO=15;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406578;STB=0.516119;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.011893;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:30:31:0.673913:14:16:7:8:15:16:7:8 chr12 10783729 . A G 426.9 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0200697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1868;QD=21.8923;RBI=0.0569288;REFB=-0.0135638;REVB=0.0532738;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232345;STB=0.512814;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0137362;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:19:17:21:21:19:17 chr12 10856219 . C T 47.39 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.137733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4872;QD=13.5391;RBI=0.138628;REFB=0.0110739;REVB=-0.0157246;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00370351;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:6:7:0.5:5:1:2:5:5:2:2:5 chr12 10871667 . A G 739.92 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1894;QD=54.809;RBI=0.125727;REFB=0;REVB=0.123585;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336162;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260993;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:2:0:52:54:1:27:25:0:2:29:25:0:0 chr12 10958657 . A AC 205.18 PASS AF=0.96;AO=4;DP=39;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018232;FXX=0.358882;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.216;QD=32.8289;RBI=0.0481376;REFB=-0.130536;REVB=0.0445514;RO=35;SAF=3;SAR=1;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370803;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.0175167;OID=.;OPOS=10958658;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96:4:39:24:25:1:4:20:0:1:8:35:3:1:14:21 chr12 10958658 . T C 513.2 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=40;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0114985;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.632;QD=52.6362;RBI=0.0673663;REFB=-0.0359657;REVB=0.0663777;RO=3;SAF=15;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084785;STB=0.517232;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000452476;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:39:3:3:35:36:0.923077:20:15:3:0:20:16:2:1 chr12 10978402 . G A 213.87 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.327;QD=47.5269;RBI=0.0346342;REFB=0;REVB=-0.0225283;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302378;OID=.;OPOS=10978402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr12 10999708 . T C 1018.36 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216283;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.823;QD=59.0351;RBI=0.0866898;REFB=0;REVB=0.0866628;RO=0;SAF=55;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440758;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:13:55:0:0:14:55:0:0 chr12 11083356 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.569;QD=62.9801;RBI=0.0473436;REFB=0;REVB=0.0113545;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047119;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr12 11083677 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.607;QD=47.8223;RBI=0.0327039;REFB=0;REVB=0.00513551;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444496;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr12 11091432 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.201;QD=49.5992;RBI=0.0294054;REFB=0;REVB=0.0265275;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49276e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr12 11091693 . T A 422.9 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.071;QD=56.387;RBI=0.0126826;REFB=0;REVB=-0.00483344;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216257;OID=.;OPOS=11091693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr12 11150240 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.146;QD=42.1823;RBI=0.0722044;REFB=0;REVB=0.0414761;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.30717e-05;OID=.;OPOS=11150240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr12 11174276 . GT AC,AT 691.0 PASS AF=0.0888889,0.911111;AO=4,41;DP=46;FAO=4,41;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=3,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273239,0.00239722;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=84.074,84.396;QD=61.4224;RBI=0.0410254,0.0230499;REFB=0,0;REVB=-0.0306021,-0.0229249;RO=0;SAF=1,28;SAR=3,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0277403,0.00336207;OID=.,.;OPOS=11174276,11174276;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:46:45:0:0:4,41:4,41:0.0888889,0.911111:3,13:1,28:0:0:3,13:1,28:0:0 chr12 11174372 . C G 38.24 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0413962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7106;QD=2.83281;RBI=0.079155;REFB=-0.00268892;REVB=-0.0674676;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270329;STB=0.698349;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00882764;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:5:2:24:23:5:2:24:23 chr12 11174380 . C T 39.64 PASS AF=0.137255;AO=6;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0281085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.924;QD=3.10937;RBI=0.0369457;REFB=-0.00242661;REVB=-0.023977;RO=42;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196859;STB=0.689102;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0312762;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:42:44:6:7:0.137255:4:2:21:21:5:2:22:22 chr12 11174390 . G A 32.1 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0433611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.465;QD=2.56821;RBI=0.0464167;REFB=-0.00169397;REVB=-0.0165627;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170968;STB=0.629695;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0281445;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:44:44:6:6:0.12:4:2:21:23:4:2:21:23 chr12 11174416 . A G 37.91 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0301718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.136;QD=2.75688;RBI=0.0302304;REFB=0.00269311;REVB=0.00188106;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355647;STB=0.773295;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0154095;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:6:1:19:29:6:1:19:29 chr12 11174753 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.723;QD=48.7373;RBI=0.0492585;REFB=0;REVB=0.0410566;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023576;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 11183035 . C T 65.84 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.025142;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.845;QD=1.88104;RBI=0.0258492;REFB=-0.00312473;REVB=0.00600507;RO=124;SAF=13;SAR=3;SRF=71;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325478;STB=0.742525;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0348308;OID=.;OPOS=11183035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:140:124:124:16:16:0.114286:3:13:71:53:3:13:71:53 chr12 11183046 . C T 51.99 PASS AF=0.100719;AO=14;DP=139;FAO=14;FDP=139;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=56;FWDB=-0.0269376;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5618;QD=1.49601;RBI=0.0283195;REFB=-0.0104739;REVB=-0.00873866;RO=124;SAF=11;SAR=3;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309867;STB=0.729683;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.107643;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:139:139:124:125:14:14:0.100719:3:11:67:57:3:11:69:56 chr12 11183052 . G A 53.27 PASS AF=0.10219;AO=14;DP=137;FAO=14;FDP=137;FR=.;FRO=123;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=67;FSRR=56;FWDB=-0.0202906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.156;QD=1.55546;RBI=0.0530993;REFB=-0.00336729;REVB=-0.0490696;RO=122;SAF=11;SAR=3;SRF=66;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310207;STB=0.734637;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0331272;OID=.;OPOS=11183052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:137:137:122:123:14:14:0.10219:3:11:66:56:3:11:67:56 chr12 11183066 . A T 36.03 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=70;FSRR=53;FWDB=-0.00705638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.985;QD=1.07538;RBI=0.0261044;REFB=-0.000509186;REVB=-0.0251325;RO=123;SAF=9;SAR=2;SRF=70;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306119;STB=0.757528;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00931003;OID=.;OPOS=11183066;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:134:134:123:123:11:11:0.0820896:2:9:70:53:2:9:70:53 chr12 11183217 . C T 464.76 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.691;QD=58.0949;RBI=0.0317276;REFB=0;REVB=0.00747624;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021733;OID=.;OPOS=11183217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 11183255 . G A 335.02 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.958;QD=53.6025;RBI=0.0173524;REFB=0;REVB=0.00721968;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00336943;OID=.;OPOS=11183255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:10:15:0:0 chr12 11183451 . A T 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.2987;QD=56.9987;RBI=0.0416526;REFB=0;REVB=-0.00711022;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000310605;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr12 11183512 . A G 658.42 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8467;QD=59.8559;RBI=0.0352036;REFB=-0.100713;REVB=-0.0195754;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00403466;OID=.;OPOS=11183512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:19:24:1:0:19:24:1:0 chr12 11183642 . A G 58.67 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0127576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0949;QD=4.99304;RBI=0.0128757;REFB=-0.0143306;REVB=0.00174019;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194776;STB=0.627634;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0600819;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:23:15:5:4:23:15 chr12 11183676 . C T 102.5 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0440237;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.852;QD=8.72359;RBI=0.0451054;REFB=-0.00300024;REVB=0.00981917;RO=34;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107347;STB=0.506569;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00681255;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:34:34:13:13:0.276596:7:6:16:18:7:6:16:18 chr12 11183697 . C A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0476198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1647;QD=6.31115;RBI=0.0479498;REFB=-0.014786;REVB=-0.0056155;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866572;STB=0.555443;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0357098;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:6:4:16:18:6:4:16:18 chr12 11183722 . A C 50.05 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0278655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8387;QD=4.65594;RBI=0.0369702;REFB=0.00241023;REVB=0.0242962;RO=35;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202552;STB=0.635501;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.012783;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:5:3:19:16:5:3:19:16 chr12 11183832 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.104;QD=43.486;RBI=0.0480818;REFB=0;REVB=-0.0479932;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000394827;OID=.;OPOS=11183832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr12 11214145 . C T 1283.43 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.878;QD=61.8521;RBI=0.0241163;REFB=0;REVB=0.0199812;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58146e-06;OID=.;OPOS=11214145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr12 11214212 . A T 850.96 PASS AF=0.926471;AO=62;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00547934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.563;QD=50.0562;RBI=0.0114881;REFB=-0.0949276;REVB=-0.0100972;RO=4;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199298;STB=0.516218;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00374405;OID=.;OPOS=11214212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:68:68:4:5:62:63:0.926471:36:26:1:3:37:26:1:4 chr12 11286088 . A C 1326.88 PASS AF=0.947917;AO=87;DP=93;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.050788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.6389;QD=55.2868;RBI=0.0508016;REFB=-0.0900873;REVB=0.00117318;RO=6;SAF=37;SAR=50;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504851;STB=0.51896;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00908539;OID=.;OPOS=11286088;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:93:96:6:5:87:91:0.947917:50:37:5:1:51:40:4:1 chr12 11286790 . A C 43.69 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0434478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.228;QD=21.8447;RBI=0.044257;REFB=-0.145262;REVB=0.00842433;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101692;OID=.;OPOS=11286790;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:3:3:1:0:3:3:1:1 chr12 11338613 . CA GG 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169177;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=371.402;QD=45.8068;RBI=0.0292084;REFB=0;REVB=0.0238102;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.8462e-05;OID=.;OPOS=11338613;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr12 11338669 . C T 537.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.482;QD=59.6729;RBI=0.0451872;REFB=0;REVB=0.0447374;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295764;OID=.;OPOS=11338669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:19:17:0:0 chr12 11338750 . T C 769.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.687;QD=57.0003;RBI=0.0193856;REFB=0;REVB=0.0143124;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.88419e-06;OID=.;OPOS=11338750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr12 11338781 . C A 784.09 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4607;QD=64.007;RBI=0.0638311;REFB=0;REVB=-0.00756594;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343227;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr12 11418954 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.264;QD=59.0167;RBI=0.0510007;REFB=0;REVB=0.0489924;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260677;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:13:21:0:0 chr12 11461292 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.205;QD=35.5759;RBI=0.170929;REFB=0;REVB=-0.170462;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00206181;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr12 11462275 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.819;QD=51.1846;RBI=0.0347967;REFB=0;REVB=0.0327576;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139017;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr12 11992168 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00693528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.928;QD=21.377;RBI=0.017195;REFB=0.00341845;REVB=-0.0157344;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986588;STB=0.555506;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0039575;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:10:12:15:8:10:12 chr12 12044393 . T TTA 72.1 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0148871;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=214.139;QD=7.58912;RBI=0.023351;REFB=-0.00900404;REVB=-0.0179901;RO=56;SAF=7;SAR=3;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289765;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=ins;VARB=0.0156948;OID=.;OPOS=12044394;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:10:68:10:38:28:7:3:12:16:72:56:7:3:26:30 chr12 12045264 . G T 129.79 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0630799;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.869;QD=12.6619;RBI=0.0631405;REFB=-0.0216299;REVB=0.00276639;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699158;STB=0.529371;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0419439;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:26:14:15:0.365854:11:3:7:20:12:3:6:20 chr12 12230938 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00591957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0666;QD=47.8223;RBI=0.0355179;REFB=0;REVB=-0.0350211;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949979;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr12 12240199 . C T 244.54 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00819911;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.471;QD=15.2838;RBI=0.0088782;REFB=-0.0136609;REVB=-0.00340543;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281902;STB=0.504481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0187611;OID=.;OPOS=12240199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:15:12:17:19:15:13:17:19 chr12 12247616 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0118967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.515;QD=13.8305;RBI=0.0156091;REFB=-0.0175947;REVB=-0.0101051;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110329;STB=0.56295;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0222039;OID=.;OPOS=12247616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:11:16:19:20:11:16:19:20 chr12 12301898 . C T 752.03 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011574;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.581;QD=64.0029;RBI=0.0179656;REFB=0;REVB=-0.0137406;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231887;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:20:27:0:0 chr12 12483275 . G A 207.64 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00689241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2752;QD=13.3959;RBI=0.0238094;REFB=0.000953459;REVB=0.02279;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349392;STB=0.519984;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.000896923;OID=.;OPOS=12483275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:19:18:13:12:19:18 chr12 12483713 . A G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0450239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9549;QD=7.32285;RBI=0.0618789;REFB=-0.00270122;REVB=0.0424482;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331207;STB=0.709008;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0151135;OID=.;OPOS=12483713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:9:5:4:2:9:5 chr12 12510097 . C T 721.81 PASS AF=0.435754;AO=78;DP=179;FAO=78;FDP=179;FR=.;FRO=101;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.0345648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0725;QD=16.1298;RBI=0.0347951;REFB=-0.0142297;REVB=-0.00399647;RO=101;SAF=41;SAR=37;SRF=50;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030992;STB=0.517272;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.018084;OID=.;OPOS=12510097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:101:101:78:78:0.435754:37:41:50:51:37:41:50:51 chr12 12814818 . C T 997.61 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296391;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.541;QD=57.8322;RBI=0.0591794;REFB=0.0619211;REVB=-0.0512223;RO=1;SAF=38;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122766;STB=0.506492;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000233204;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:30:38:1:0:30:38:1:0 chr12 12871099 . T G 237.72 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0320204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3763;QD=11.596;RBI=0.0654975;REFB=-0.017625;REVB=-0.0571369;RO=53;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646927;STB=0.537288;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0292495;OID=.;OPOS=12871099;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:17:12:19:34:17:12:19:34 chr12 12879254 . T G 147.77 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0650788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8807;QD=17.9119;RBI=0.0816648;REFB=-0.025382;REVB=0.0493345;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14083;STB=0.579738;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0275178;OID=.;OPOS=12879254;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:10:6:4:13:10:6:4:13 chr12 12941884 . C T 972.48 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.898;QD=58.9381;RBI=0.0317071;REFB=0;REVB=0.0289224;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67414e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:41:25:0:0:41:25:0:0 chr12 12967127 . C T 441.57 PASS AF=0.488889;AO=43;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0129;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6623;QD=19.6253;RBI=0.0167271;REFB=-0.0076498;REVB=-0.0106483;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248383;STB=0.512815;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00705474;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:47:46:43:44:0.488889:24:19:22:25:25:19:21:25 chr12 13028653 . A C,G 172.09 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,11;DP=13;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972978,0.0212668;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=158.134,209.898;QD=45.8912;RBI=0.0101874,0.022055;REFB=0,0;REVB=0.00301885,-0.00584355;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0911346,-0.00560834;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:15:0:0:2,11:2,13:0.133333,0.866667:1,8:1,3:0:0:1,8:1,5:0:0 chr12 13208552 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.000682463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2462;QD=22.7946;RBI=0.0168195;REFB=0.00831217;REVB=-0.0168057;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603007;STB=0.503368;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.014524;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:15:6:7:17:15:6 chr12 13214537 . A G 316.81 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0281004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.732;QD=20.4393;RBI=0.0295483;REFB=-0.0472969;REVB=0.00913618;RO=28;SAF=26;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226875;STB=0.621303;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0178455;OID=.;OPOS=13214537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:7:26:16:12:7:26:17:12 chr12 13221606 . T C 681.98 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0838273;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7934;QD=60.6202;RBI=0.0852695;REFB=-0.0703655;REVB=-0.0156159;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015927;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000549587;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:29:15:0:1:29:15:0:1 chr12 13349823 . C T 954.24 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4629;QD=58.7221;RBI=0.0314647;REFB=0;REVB=0.0274979;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202664;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr12 13369196 . C T 214.69 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.102089;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3424;QD=27.702;RBI=0.105501;REFB=-0.015486;REVB=-0.0266138;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.584331;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00527671;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:12:11:20:20:0.645161:12:8:8:4:12:8:7:4 chr12 13369574 . A G 157.09 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000845367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.114;QD=16.1114;RBI=0.00206912;REFB=-0.00798231;REVB=0.00188855;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338683;STB=0.69489;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0101615;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:14:8:12:5:14:8 chr12 13525603 . T G 97.0 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0739677;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.802;QD=21.5553;RBI=0.0745499;REFB=0.00450891;REVB=0.00929886;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462643;STB=0.526269;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0026274;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:1:6:9:2:1:6 chr12 13526328 . G T 199.74 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0117105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7587;QD=19.9737;RBI=0.0527981;REFB=-0.00771867;REVB=-0.051483;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00914136;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:10:10:10:10:10:10:10:10 chr12 13593879 . G A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.792;QD=62.0205;RBI=0.0496122;REFB=0;REVB=0.0345574;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97961e-06;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr12 13717508 . G A 231.91 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0107776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.268;QD=14.7242;RBI=0.0115303;REFB=-0.0228653;REVB=-0.00409769;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0364511;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:16:20:15:12:16:20 chr12 14577892 . A T 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00766531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0349;QD=19.8466;RBI=0.0143276;REFB=-0.037321;REVB=0.0121047;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238067;STB=0.513496;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.045091;OID=.;OPOS=14577892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:9:4:5:10:9:4 chr12 14587301 . A G 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0317357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.906;QD=10.7536;RBI=0.0327947;REFB=-0.00309795;REVB=0.00826679;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4951;STB=0.792295;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00437577;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:11:2:14:11:11:2:14:12 chr12 14656768 . G C 171.12 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.000667439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.938;QD=17.5512;RBI=0.0528583;REFB=-0.0162508;REVB=0.0528541;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10994;STB=0.563304;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.01768;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:3:15:16:5:3:15:16:5 chr12 14656851 . T A 195.58 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=53;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.000578335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.934;QD=14.2242;RBI=0.0378582;REFB=-0.0208809;REVB=0.0378538;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178222;STB=0.537516;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0252587;OID=.;OPOS=14656851;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:32:21:23:0.418182:4:17:22:10:6:17:22:10 chr12 14688644 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.449;QD=56.9565;RBI=0.0340041;REFB=0;REVB=-0.00980227;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119784;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 14794062 . G A 819.39 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7345;QD=55.5517;RBI=0.0296936;REFB=-0.145724;REVB=-0.000734028;RO=1;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017147;STB=0.509088;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00860076;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:27:30:0:1:27:31:0:1 chr12 14829893 . A C 2294.15 PASS AF=0.980892;AO=152;DP=155;FAO=154;FDP=157;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=95;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0296414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0658;QD=58.4497;RBI=0.0494913;REFB=-0.20451;REVB=0.0396331;RO=3;SAF=59;SAR=93;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235682;STB=0.512395;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00371323;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:155:157:3:3:152:154:0.980892:93:59:3:0:95:59:3:0 chr12 14927994 . T C 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6556;QD=59.832;RBI=0.0712669;REFB=0;REVB=-0.0430276;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00084694;OID=.;OPOS=14927994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr12 14929872 . A G 921.4 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532836;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.508;QD=58.5019;RBI=0.056899;REFB=0;REVB=0.0199588;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293623;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:28:34:0:0:29:34:0:0 chr12 14930055 . G T 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.5342;QD=56.0104;RBI=0.0253616;REFB=0.0586163;REVB=-0.0150964;RO=1;SAF=9;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491205;STB=0.5263;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00138345;OID=.;OPOS=14930055;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:25:9:1:0:25:9:1:0 chr12 14982352 . G C 788.52 PASS AF=0.424242;AO=84;DP=199;FAO=84;FDP=198;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.0562522;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6148;QD=15.9296;RBI=0.0610884;REFB=-0.0127572;REVB=0.0238217;RO=110;SAF=39;SAR=45;SRF=55;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364082;STB=0.525644;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0157219;OID=.;OPOS=14982352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:110:114:84:84:0.424242:45:39:55:55:45:39:58:56 chr12 15035081 . T C 152.91 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0507457;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8828;QD=9.7085;RBI=0.0508244;REFB=-0.00548262;REVB=0.00282733;RO=43;SAF=12;SAR=8;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767037;STB=0.516264;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0151766;OID=.;OPOS=15035081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:43:42:20:21:0.333333:8:12:23:20:9:12:25:17 chr12 15038703 . G A 167.42 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0281536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4207;QD=23.092;RBI=0.0290868;REFB=-0.0624192;REVB=-0.0073086;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165905;STB=0.59379;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0473182;OID=.;OPOS=15038703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:4:13:7:5:4:13:7:5 chr12 15081897 . A C 772.0 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.812;QD=61.7601;RBI=0.0833839;REFB=-0.014719;REVB=-0.0787609;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000150787;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:31:18:1:0:31:18:1:0 chr12 15095558 . C G 882.41 PASS AF=1;AO=55;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.815;QD=57.8626;RBI=0.0748932;REFB=0;REVB=0.0195195;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187785;OID=.;OPOS=15095558;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:55:61:1:24:31:0:0:23:38:0:0 chr12 15103605 . A G 1528.14 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0506878;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2735;QD=57.6655;RBI=0.0549093;REFB=-0.0750735;REVB=0.0211134;RO=1;SAF=51;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921324;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145743;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:1:2:103:104:0.981132:52:51:1:0:52:52:1:1 chr12 15132119 . A T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0152772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.061;QD=11.6341;RBI=0.0514148;REFB=-0.0216601;REVB=-0.0490927;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0437247;OID=.;OPOS=15132119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:7:9:4:6:7:9 chr12 15262179 . G A 193.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00907015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7839;QD=16.4403;RBI=0.0121931;REFB=-0.00893799;REVB=-0.00814891;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623481;STB=0.526289;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0152348;OID=.;OPOS=15262179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:12:8:12:14:12:8:12:15 chr12 15733669 . G A 129.91 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0544922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.4598;QD=13.6744;RBI=0.0550226;REFB=-0.000172133;REVB=-0.00762144;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101896;STB=0.559362;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00205149;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:10:13:7:8:10:13 chr12 16189694 . T A 996.88 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289917;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.025;QD=59.5153;RBI=0.00553309;REFB=0;REVB=0.00471274;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93917e-05;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr12 16347327 . G A 374.33 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00586046;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.077;QD=18.0402;RBI=0.00776016;REFB=-0.0135453;REVB=0.00508677;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743661;STB=0.541491;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.012122;OID=.;OPOS=16347327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:20:19:18:26:20:19:18:26 chr12 16369828 . A T 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000874924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.452;QD=59.0149;RBI=0.0171677;REFB=0;REVB=0.0171454;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86712e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr12 16377347 . C T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00428778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.149;QD=11.8145;RBI=0.00849918;REFB=-0.0162095;REVB=-0.00733833;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237304;STB=0.525076;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.03668;OID=.;OPOS=16377347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:8:5:8:14:8:5:8:15 chr12 16397677 . G A 1226.97 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.736;QD=61.3486;RBI=0.00917012;REFB=0;REVB=0.00438651;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0208e-06;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr12 16425656 . A T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0343572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.51;QD=16.4438;RBI=0.0347233;REFB=-0.00858698;REVB=0.00502864;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32844;STB=0.689455;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0094003;OID=.;OPOS=16425656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:15:5:15:12:15:5:15:12 chr12 16430284 . G A 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.295;QD=51.1748;RBI=0.106389;REFB=0;REVB=0.0258222;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000686444;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr12 16510584 . A G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0162136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.314;QD=26.4935;RBI=0.0251902;REFB=-0.0392076;REVB=0.0192787;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158275;STB=0.588131;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0244796;OID=.;OPOS=16510584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:7:10:3:6:7:10:3:6 chr12 18473928 . T C 226.93 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0191017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.984;QD=15.6502;RBI=0.0246422;REFB=-0.0130492;REVB=-0.015568;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104705;STB=0.568913;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0214163;OID=.;OPOS=18473928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:13:12:12:20:13:13:12:20 chr12 18499636 . C T 275.81 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0154247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8033;QD=18.0856;RBI=0.0397856;REFB=-0.00949107;REVB=-0.0366739;RO=30;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313114;STB=0.506845;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00706791;OID=.;OPOS=18499636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:12:18:19:11:12:18:19:12 chr12 18511315 . T C 193.06 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00435916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.379;QD=13.7899;RBI=0.00980916;REFB=-0.0169528;REVB=-0.00878735;RO=32;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337837;STB=0.699082;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0166608;OID=.;OPOS=18511315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:33:23:23:0.410714:8:15:10:22:8:15:10:23 chr12 19329493 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3652;QD=51.1835;RBI=0.119189;REFB=0;REVB=-0.00386557;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169011;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr12 19329505 . C T 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0578069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.346;QD=18.8882;RBI=0.0578443;REFB=0.00386;REVB=0.0020792;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00198518;OID=.;OPOS=19329505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr12 19436559 . CGGG CGGC,CGG 37.37 PASS AF=0.0769231,0.230769;AO=4,4;DP=26;FAO=2,6;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=2,5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0462521,-0.12205;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=91.5336,17.4564;QD=5.74847;RBI=0.0568049,0.123765;REFB=-0.00952921,-0.0651605;REVB=-0.0329779,-0.0205355;RO=17;SAF=0,1;SAR=4,3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0.502041;SSEP=0,0;SSSB=-0.753744,-0.538388;STB=0.997006,0.891805;STBP=0.032,0.084;TYPE=snp,del;VARB=0.127134,0.0856888;OID=.,.;OPOS=19436562,19436560;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGGC,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.230769:4,4:26:2,6:26:18:0,1:2,5:14:4:28:17:0,1:4,3:13:4 chr12 19598956 . C A 121.74 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0338285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0385;QD=15.7086;RBI=0.0580456;REFB=-0.0255289;REVB=-0.0471691;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19662;STB=0.61275;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0378169;OID=.;OPOS=19598956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:12:5:7:7:12:5 chr12 19877449 . A G 2049.46 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137811;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.518;QD=62.5791;RBI=0.0213352;REFB=0;REVB=0.0162872;RO=0;SAF=48;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72201e-05;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:132:131:0:0:131:131:1:83:48:0:0:83:48:0:0 chr12 20522252 . G A 86.73 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0488583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8288;QD=12.8482;RBI=0.064694;REFB=-0.0211189;REVB=0.042405;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283924;STB=0.664077;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0344825;OID=.;OPOS=20522252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:13:3:5:6:13:3 chr12 20704509 . T G 779.74 PASS AF=0.574803;AO=73;DP=127;FAO=73;FDP=127;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=71;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.0326995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.387;QD=24.5589;RBI=0.0327979;REFB=-0.00732436;REVB=-0.00253817;RO=53;SAF=2;SAR=71;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.773326;STB=0.935712;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0103463;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:53:54:73:73:0.574803:71:2:34:19:71:2:35:19 chr12 20766559 . C T 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.922;QD=59.8335;RBI=0.0643771;REFB=0;REVB=0.00658696;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136826;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr12 20903757 . T C 173.64 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0500295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9566;QD=12.8624;RBI=0.0597996;REFB=-0.0481834;REVB=-0.0327573;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215344;STB=0.578874;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0788213;OID=.;OPOS=20903757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:54:29:33:21:21:0.388889:10:11:9:20:10:11:13:20 chr12 20905250 . C T 272.39 PASS AF=0.537037;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.000864467;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.723;QD=20.1772;RBI=0.00752758;REFB=-0.012979;REVB=0.00747778;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826047;STB=0.551688;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0102104;OID=.;OPOS=20905250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:25:27:29:0.537037:15:12:14:12:16:13:14:11 chr12 21011480 . T G 122.16 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0057568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.635;QD=8.42465;RBI=0.0233167;REFB=-0.00666474;REVB=0.0225949;RO=41;SAF=3;SAR=14;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121652;STB=0.574038;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0101299;OID=.;OPOS=21011480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:14:3:10:31:14:3:10:31 chr12 21011813 . C T 164.05 PASS AF=0.372549;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0615474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0878;QD=12.8662;RBI=0.0701765;REFB=-0.0411444;REVB=-0.0337144;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130061;STB=0.522798;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0638967;OID=.;OPOS=21011813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:32:16:19:0.372549:6:10:18:17:9:10:18:14 chr12 21013948 . C T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.071077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.785;QD=15.8388;RBI=0.0741277;REFB=0.00536236;REVB=-0.021047;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368767;STB=0.713795;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00595311;OID=.;OPOS=21013948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:1:6:3:5:1:6 chr12 21015760 . G A 228.87 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0229724;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0162;QD=9.5363;RBI=0.0231546;REFB=0.00361562;REVB=0.00289937;RO=64;SAF=11;SAR=18;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179387;STB=0.610754;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00991727;OID=.;OPOS=21015760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:67:29:29:0.302083:18:11:34:30:18:11:36:31 chr12 21036411 . A G 249.93 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0424555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4257;QD=16.6618;RBI=0.0427306;REFB=-0.0150245;REVB=0.00484071;RO=32;SAF=3;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.717022;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0214413;OID=.;OPOS=21036411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:25:3:11:21:25:3:11:21 chr12 21054369 . G A 1134.35 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0482015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.469;QD=56.7173;RBI=0.0497889;REFB=-0.0412721;REVB=0.0124722;RO=3;SAF=42;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326087;STB=0.517237;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000282245;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:80:3:3:77:77:0.9625:35:42:3:0:35:42:3:0 chr12 21054918 . T C 189.73 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0208077;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.65;QD=13.085;RBI=0.0236581;REFB=-0.0185358;REVB=-0.0112582;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163865;STB=0.603623;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0220346;OID=.;OPOS=21054918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:35:23:23:0.396552:8:15:17:17:8:15:17:18 chr12 21176135 . T C 1254.14 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211111;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1024;QD=60.4404;RBI=0.125147;REFB=-0.123319;REVB=0.123353;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.507935;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00123799;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:83:0:1:82:82:0.987952:31:51:0:0:31:51:0:1 chr12 21201663 . G A 529.34 PASS AF=0.474576;AO=56;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00139439;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.446;QD=17.9438;RBI=0.0335512;REFB=-0.0107833;REVB=0.0335222;RO=61;SAF=25;SAR=31;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583024;STB=0.536743;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0137384;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:61:62:56:56:0.474576:31:25:31:30:31:25:32:30 chr12 21243001 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0183655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.551;QD=13.4413;RBI=0.0235864;REFB=-0.00191003;REVB=-0.0147995;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185395;STB=0.608488;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00292434;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:4:9:5:5:4:9 chr12 21329738 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4319;QD=54.513;RBI=0.0944872;REFB=0;REVB=0.0731595;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261649;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr12 21331549 . T C 471.15 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0156445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3516;QD=20.94;RBI=0.0380882;REFB=-0.036907;REVB=0.034727;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177162;STB=0.5098;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0425698;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:20:26:24:20:20:26:24:20 chr12 21331625 . C T 1144.33 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0332035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.622;QD=60.2281;RBI=0.0332038;REFB=0;REVB=-0.000140031;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100107;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:73:76:1:33:40:0:0:35:41:0:0 chr12 21428246 . A C 838.61 PASS AF=0.741935;AO=60;DP=105;FAO=69;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0321136;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2898;QD=36.0691;RBI=0.111724;REFB=-0.0205793;REVB=0.107009;RO=33;SAF=35;SAR=25;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253834;STB=0.52096;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0121774;OID=.;OPOS=21428246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:93:33:24:60:69:0.741935:25:35:18:15:29:40:12:12 chr12 21654831 . G T 764.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.886;QD=62.3704;RBI=0.057627;REFB=0;REVB=0.0315533;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196186;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:37:11:0:0:37:12:0:0 chr12 21712570 . A AT 239.82 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307709;FXX=0.107105;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.7411;QD=38.3703;RBI=0.23339;REFB=0;REVB=-0.231353;RO=25;SAF=0;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.013763;OID=.;OPOS=21712571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:25:25:0:11:14:0:0:5:25:0:3:14:11 chr12 21712574 . C T 409.79 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0768;QD=56.5229;RBI=0.0215509;REFB=0;REVB=0.00200677;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227142;OID=.;OPOS=21712574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr12 21713402 . T C 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.981;QD=64.1497;RBI=0.0428238;REFB=0;REVB=-0.00287875;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41532e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr12 21797029 . A G 339.99 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.801;QD=54.398;RBI=0.0666167;REFB=0;REVB=0.0448269;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567414;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:14:11:0:0 chr12 22017422 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.613;QD=45.8068;RBI=0.0287251;REFB=0;REVB=-0.0050968;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324382;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 22063115 . A G 1005.64 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.797;QD=59.1553;RBI=0.0516954;REFB=0;REVB=0.0412778;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107654;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:39:26:0:0:41:27:0:0 chr12 22213786 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0109912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.753;QD=19.1559;RBI=0.0116215;REFB=-0.00756358;REVB=-0.00377541;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067669;STB=0.538424;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0100314;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:6:15:15:8:6:15:15:8 chr12 22348500 . A G 1325.22 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359995;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.091;QD=59.5603;RBI=0.0459019;REFB=-0.103524;REVB=0.0284785;RO=2;SAF=34;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270506;STB=0.513886;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.000670386;OID=.;OPOS=22348500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:86:87:0.977528:52:34:2:0:52:35:2:0 chr12 22354921 . A G 379.64 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.178;QD=54.2347;RBI=0.048276;REFB=0;REVB=0.0462564;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251304;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr12 22478425 . A G 705.87 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0481525;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.194;QD=52.2867;RBI=0.0481853;REFB=-0.168003;REVB=-0.0017792;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5147;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00123783;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:0:2:52:52:0.962963:33:19:0:0:33:19:0:2 chr12 22602796 . A G 145.42 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0400535;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1667;QD=16.1574;RBI=0.0525081;REFB=-0.0285882;REVB=0.0339531;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317485;STB=0.668724;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0420457;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:15:16:0.444444:6:9:5:14:7:9:5:15 chr12 23998921 . C T 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00885558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.557;QD=18.7121;RBI=0.0172296;REFB=-0.0202441;REVB=0.0147796;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788358;STB=0.544841;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0262075;OID=.;OPOS=23998921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:10:9:7:11:10:9 chr12 24859899 . G A 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0116502;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.55;QD=16.1155;RBI=0.0123728;REFB=-0.010949;REVB=0.00416639;RO=29;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569455;STB=0.532257;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0121552;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:11:13:14:15:11:13:14:15 chr12 24964383 . T C 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0288961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.265;QD=9.91578;RBI=0.0457602;REFB=-0.0280128;REVB=-0.0354825;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403765;STB=0.737273;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0241527;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:14:3:5:4:14:3 chr12 24964523 . C T 61.8 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0682556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6408;QD=7.27038;RBI=0.0780884;REFB=-0.00474825;REVB=0.0379339;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10346;STB=0.55307;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00932926;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:3:6:14:10:3:6:15:10 chr12 24967846 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0272055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.577;QD=9.19978;RBI=0.0475476;REFB=-0.00559168;REVB=0.0389953;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0157891;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:9:4:2:5:9:4 chr12 24968131 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.103;QD=42.1824;RBI=0.0265344;REFB=0;REVB=-0.0151499;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12107e-05;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr12 24968150 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.749;QD=43.4862;RBI=0.014307;REFB=0;REVB=0.00768431;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83907e-05;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr12 24970708 . G A 541.21 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.245;QD=58.5094;RBI=0.0290306;REFB=0;REVB=0.0114256;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026461;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:30:37:1:13:17:0:0:17:20:0:0 chr12 25054891 . G A 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00221437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7316;QD=14.6974;RBI=0.00679347;REFB=0.0107167;REVB=-0.00642244;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177517;STB=0.510194;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0148457;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:15:6:9:21:15:6:9:21 chr12 25148755 . C G 567.29 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00660501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.647;QD=54.0279;RBI=0.0571096;REFB=-0.0819468;REVB=0.0567264;RO=2;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667942;STB=0.551697;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00111116;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:42:2:3:39:39:0.928571:13:26:0:2:13:26:0:3 chr12 25148947 . C A 354.97 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00022623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.174;QD=16.3202;RBI=0.013925;REFB=-0.00123768;REVB=0.0139232;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163041;STB=0.500917;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00166517;OID=.;OPOS=25148947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:21:17:22:27:21:17:22:27 chr12 25242595 . C G 726.82 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805771;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3419;QD=57.0054;RBI=0.0723876;REFB=0;REVB=-0.0719377;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000844997;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr12 25243115 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0110391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.854;QD=11.9535;RBI=0.0110652;REFB=-0.0169498;REVB=0.000759377;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09343;STB=0.555425;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0178772;OID=.;OPOS=25243115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:2:9:6:2:2:9 chr12 25311489 . G T 33.05 PASS AF=0.5;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00243905;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.347;QD=13.2216;RBI=0.0324895;REFB=-0.00582995;REVB=-0.0323979;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397043;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0116853;OID=.;OPOS=25311489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:10:4:5:4:5:0.5:1:3:1:3:1:4:1:4 chr12 25357574 . CAA C,CGA 218.82 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=16,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636023,-0.0191608;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=142.266,100.09;QD=48.6257;RBI=0.0649188,0.0210044;REFB=0,0;REVB=0.0130079,-0.00860525;RO=0;SAF=5,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.36667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00169228,0.0647166;OID=.,.;OPOS=25357575,25357575;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.888889,0.111111:16,2:18:16,2:18:0:5,2:11,0:0:0:10:0:5,2:11,0:0:0 chr12 25357628 . TA T 58.9 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00710429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2915;QD=33.6577;RBI=0.0599706;REFB=0;REVB=-0.0595483;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00197927;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:7:7:7:0:2:5:0:0:4:1:2:4:0:1 chr12 25358432 . AT A 74.88 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0206216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.696;QD=10.6974;RBI=0.0223471;REFB=-0.0157837;REVB=-0.00861062;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222825;STB=0.63354;STBP=0.353;TYPE=del;VARB=0.0279819;OID=.;OPOS=25358433;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:10:28:10:28:18:4:6:11:7:74:18:4:6:11:7 chr12 25361091 . T C 1512.61 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.973;QD=59.9054;RBI=0.0590241;REFB=0;REVB=0.0486783;RO=0;SAF=62;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81722e-05;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:38:62:0:0:38:63:0:0 chr12 25362217 . A G 633.82 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925764;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.8;QD=61.8361;RBI=0.0961007;REFB=0;REVB=0.0257865;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140526;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr12 25362465 . G A 222.63 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.009;QD=49.4726;RBI=0.0524866;REFB=0;REVB=0.0467906;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311541;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:6:10:0:0:7:11:0:0 chr12 25362552 . A C 340.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6939;QD=54.4579;RBI=0.0091972;REFB=0;REVB=-0.00665388;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.562e-07;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr12 25368462 . C T 779.96 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.464;QD=63.6705;RBI=0.0232359;REFB=0;REVB=0.0062981;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67015e-05;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr12 25671759 . T A 855.17 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572505;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7689;QD=57.9774;RBI=0.082985;REFB=0;REVB=0.0827873;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628364;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:29:28:0:0:31:28:0:0 chr12 26491475 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00328611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.109;QD=12.73;RBI=0.00583279;REFB=0.00113243;REVB=0.00481901;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00170183;OID=.;OPOS=26491475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:5:7:4:5:5:7 chr12 26491838 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0329982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.932;QD=15.9158;RBI=0.0340403;REFB=-0.0434918;REVB=-0.00835849;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257566;STB=0.648425;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0277829;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:5:10:5:8:5:10 chr12 26732987 . G A 235.93 PASS AF=0.534884;AO=18;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0687926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.5293;QD=21.9467;RBI=0.0841153;REFB=-0.0580331;REVB=0.0484042;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172572;STB=0.597476;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0313376;OID=.;OPOS=26732987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:18:23:0.534884:7:11:8:11:9:14:8:12 chr12 26733062 . T C 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00556721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.935;QD=17.0333;RBI=0.0362546;REFB=0.0053629;REVB=-0.0358246;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00981228;STB=0.505612;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.00781778;OID=.;OPOS=26733062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:10:8:10:12:10:8:10:12 chr12 26749831 . G A 204.81 PASS AF=0.384615;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0215746;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.611;QD=12.6035;RBI=0.0221001;REFB=-0.0224916;REVB=-0.00479095;RO=40;SAF=21;SAR=3;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462381;STB=0.777512;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0446453;OID=.;OPOS=26749831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:24:25:0.384615:3:21:22:18:3:22:22:18 chr12 26755546 . C T 1299.73 PASS AF=0.475;AO=133;DP=280;FAO=133;FDP=280;FR=.;FRO=147;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=77;FSRR=70;FWDB=-0.0210776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.376;QD=18.5676;RBI=0.030369;REFB=-0.0106118;REVB=-0.0218634;RO=146;SAF=69;SAR=64;SRF=76;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00166612;STB=0.502635;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0139837;OID=.;OPOS=26755546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:280:146:147:133:133:0.475:64:69:76:70:64:69:77:70 chr12 26806955 . G A 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00542507;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.514;QD=12.4668;RBI=0.00552311;REFB=-0.0137923;REVB=0.00103601;RO=33;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301953;STB=0.675496;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0251255;OID=.;OPOS=26806955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:6:14:14:19:6:14:14:19 chr12 26809316 . G A 197.83 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0228592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.066;QD=14.6539;RBI=0.0357765;REFB=-0.00884747;REVB=0.0275212;RO=31;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312271;STB=0.676921;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0030174;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:14:9:22:9:14:9:22:9 chr12 26810777 . T C 202.28 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0226128;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.395;QD=9.86726;RBI=0.0322506;REFB=-0.00797601;REVB=0.0229949;RO=55;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01871;STB=0.51865;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0200733;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:56:26:26:0.317073:16:10:22:33:16:10:23:33 chr12 26810816 . T G 141.04 PASS AF=0.28169;AO=19;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.0352808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0229;QD=7.94609;RBI=0.0605782;REFB=0.0161234;REVB=0.0492442;RO=49;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425531;STB=0.505045;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0282774;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:49:51:19:20:0.28169:13:6:14:35:14:6:15:36 chr12 26834804 . T TACTC 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.00154172;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=293.68;QD=9.73958;RBI=0.00201429;REFB=-0.0147095;REVB=-0.00129632;RO=46;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323501;STB=0.688955;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.03592;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:22:68:22:68:46:8:14:30:16:99:46:8:14:30:16 chr12 27064232 . C T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00191879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.917;QD=57.8849;RBI=0.0144758;REFB=0;REVB=0.014348;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16801e-05;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr12 27066500 . TGGGGG TGGGG,TGGGGT 41.12 PASS AF=0.215686,0.0392157;AO=7,3;DP=51;FAO=11,2;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=7,2;FSAR=4,0;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0196174,0.00641765;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0664,22.4435;QD=3.22497;RBI=0.0254,0.0300192;REFB=-0.0673947,-0.0644985;REVB=0.0161343,0.0293252;RO=32;SAF=5,3;SAR=2,0;SRF=24;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.054754,0.449993;STB=0.588087,0.992594;STBP=0.583,0.339;TYPE=del,snp;VARB=0.131074,0.0425258;OID=.,.;OPOS=27066501,27066505;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGGGG,TGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215686,0.0392157:7,3:51:11,2:51:38:7,2:4,0:28:10:33:32:5,3:2,0:24:8 chr12 27143508 . G A 343.05 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0150766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.218;QD=18.7975;RBI=0.0251069;REFB=-0.00986663;REVB=-0.0200761;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612417;STB=0.534081;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0126701;OID=.;OPOS=27143508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:19:17:15:22:19:17:15:22 chr12 27175640 . A G 762.8 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0433422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4577;QD=61.024;RBI=0.0909268;REFB=0.0981362;REVB=-0.0799321;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00476467;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:0:1:21:28:0:1 chr12 27470866 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.821;QD=59.0185;RBI=0.0442034;REFB=0;REVB=-0.0237101;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26313e-05;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr12 27627805 . G A 146.53 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0557938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.209;QD=10.6569;RBI=0.0574518;REFB=-0.0188773;REVB=-0.0137027;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127348;STB=0.552068;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.037388;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:36:18:19:0.345455:11:7:18:18:11:8:18:18 chr12 27641473 . G A 323.93 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.864;QD=53.9876;RBI=0.0910153;REFB=0;REVB=0.0718504;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637287;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:8:16:0:0 chr12 27648710 . C T 277.26 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00462719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.908;QD=26.406;RBI=0.0369442;REFB=-0.0294329;REVB=-0.0366533;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028013;STB=0.53544;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0379265;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:18:7:5:11:18:7:6:11 chr12 27648777 . C T 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.00595025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6597;QD=9.19836;RBI=0.024598;REFB=-0.0143618;REVB=-0.0238675;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166663;STB=0.599758;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0248596;OID=.;OPOS=27648777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:1:12:6:1:1:12 chr12 27648786 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2651;QD=49.5986;RBI=0.0778648;REFB=0;REVB=0.0765805;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132682;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr12 27788021 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0851118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1922;QD=11.4391;RBI=0.0973326;REFB=-0.0202465;REVB=0.047219;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403276;STB=0.693526;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0198096;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:5:4:1:12:5:4:2:12 chr12 27800746 . G T 982.32 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0165196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.033;QD=54.5735;RBI=0.02002;REFB=-0.0831309;REVB=0.0113094;RO=3;SAF=24;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125724;STB=0.500666;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.017468;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:45:24:1:2:45:24:1:2 chr12 27826778 . T G,TG 189.26 PASS AF=0,1;AO=2,2;DP=20;FAO=0,16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141024,0.0780622;FXX=0.1999;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=14.3762,20.0973;QD=47.3137;RBI=0.155532,0.0884966;REFB=0,0;REVB=-0.0655924,0.0416886;RO=14;SAF=0,1;SAR=2,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576453,-0.0725367;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0339075,0.012362;OID=.,.;OPOS=27826778,27826779;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:20:16:14:0:2,2:0,16:0,1:2,1:0,1:8:6:0,9:0,7:0:0 chr12 27849795 . CA CG,TG 339.72 PASS AF=0.346154,0.576923;AO=8,14;DP=25;FAO=9,15;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,8;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227326,-0.0220336;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=44.9234,149.787;QD=52.2653;RBI=0.0228791,0.0261809;REFB=0,0;REVB=-0.00258521,0.0141407;RO=0;SAF=5,7;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0544974,0.0112839;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:67:25:26:0:0:8,14:9,15:0.346154,0.576923:3,7:5,7:0:0:3,7:6,8:0:0 chr12 27867706 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00429475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.363;QD=13.5054;RBI=0.0252242;REFB=-0.00246595;REVB=0.0248559;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201473;STB=0.599834;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00567261;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:5:7:6:10:5:7:7:10 chr12 27915718 . A T 107.4 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0503454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.009;QD=12.6356;RBI=0.0504928;REFB=-0.0218248;REVB=-0.00385416;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984012;STB=0.558049;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0346079;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:10:11:8:5:10:11 chr12 27959201 . G A 357.87 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.337;QD=53.0183;RBI=0.0365109;REFB=0;REVB=0.0257349;RO=1;SAF=10;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024105;OID=.;OPOS=27959201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:1:0:26:27:1:16:10:1:0:16:11:0:0 chr12 28102840 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.766;QD=55.0978;RBI=0.0262331;REFB=0;REVB=-0.00387658;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175858;OID=.;OPOS=28102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 28457618 . A C 1283.33 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000553077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.768;QD=61.8472;RBI=0.0128614;REFB=0;REVB=0.0128495;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28675e-05;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr12 28605426 . G A 92.16 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.020966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.756;QD=6.24788;RBI=0.0274449;REFB=-0.00297948;REVB=-0.0177101;RO=43;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449049;STB=0.52937;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0123572;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:43:45:14:14:0.237288:6:8:23:20:6:8:24:21 chr12 28658350 . C T 180.89 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00232278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.377;QD=12.921;RBI=0.00321281;REFB=-0.0102936;REVB=-0.00221965;RO=34;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109617;STB=0.56305;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0193834;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:12:10:19:15:12:10:19:15 chr12 29423460 . G A 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.679;QD=62.3421;RBI=0.0641155;REFB=0;REVB=0.0635177;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389038;OID=.;OPOS=29423460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr12 29630081 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00626993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9104;QD=53.9109;RBI=0.0156769;REFB=0;REVB=0.0143685;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264353;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr12 29639186 . T C 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00184012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.133;QD=18.49;RBI=0.0131284;REFB=-0.0216983;REVB=0.0129988;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734584;STB=0.541629;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0298977;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:11:15:11:11:11:15 chr12 29642573 . A C 127.04 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0211359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3028;QD=12.0988;RBI=0.0366145;REFB=-0.0246946;REVB=0.0298981;RO=27;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291788;STB=0.673227;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0434876;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:4:11:13:14:4:11:13:14 chr12 29648275 . G A 162.21 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0246115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.331;QD=9.01188;RBI=0.0255386;REFB=-0.0212863;REVB=-0.00681851;RO=50;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0548378;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:11:11:25:25:11:11:25:25 chr12 30781912 . A G 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.000411195;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.46;QD=21.5108;RBI=0.0140723;REFB=-0.0203976;REVB=0.0140662;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271378;STB=0.652889;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0158806;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:12:6:10:5:12:6:10:5 chr12 30782076 . T C 97.33 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0120764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.014;QD=12.9775;RBI=0.0408362;REFB=0.000345027;REVB=0.0390097;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196261;STB=0.615195;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000120491;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:11:7:7:5:11:7 chr12 30783475 . A G 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.000909856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.969;QD=15.5772;RBI=0.0128147;REFB=-0.0285973;REVB=0.0127824;RO=29;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163212;STB=0.601143;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0279812;OID=.;OPOS=30783475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:14:10:17:12:14:10:18:12 chr12 30823971 . A G 211.46 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0697656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8218;QD=12.0833;RBI=0.0733843;REFB=-0.00607676;REVB=-0.02276;RO=43;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838024;STB=0.54252;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00685157;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:17:9:18:25:17:9:18:26 chr12 30868002 . C T 433.59 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0048635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.286;QD=26.2783;RBI=0.0161536;REFB=-0.0123487;REVB=-0.0154041;RO=25;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565364;STB=0.530886;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00614605;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:18:23:12:13:18:23:12:13 chr12 30877391 . G T 159.71 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.0125114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3857;QD=6.79615;RBI=0.0125571;REFB=-0.00255205;REVB=-0.00107067;RO=70;SAF=11;SAR=12;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796792;STB=0.553027;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00791492;OID=.;OPOS=30877391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:70:71:23:23:0.244681:12:11:29:41:12:11:29:42 chr12 30881809 . T C 260.91 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0216611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.893;QD=14.4952;RBI=0.0307105;REFB=-0.0307397;REVB=0.02177;RO=41;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283384;STB=0.522373;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0295993;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:30:30:0.416667:16:14:18:23:16:14:18:24 chr12 30888001 . T C 412.14 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0115067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.523;QD=15.8514;RBI=0.0144101;REFB=-0.011088;REVB=0.0086746;RO=58;SAF=27;SAR=19;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053268;STB=0.52985;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0130486;OID=.;OPOS=30888001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:19:27:31:27:19:27:31:27 chr12 31107955 . G A 170.48 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00983693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.368;QD=25.2555;RBI=0.00983836;REFB=-0.0287315;REVB=-0.000167657;RO=10;SAF=4;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138246;STB=0.57768;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0103068;OID=.;OPOS=31107955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:13:4:4:6:13:4:4:6 chr12 31132532 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0187289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.125;QD=15.1965;RBI=0.0238376;REFB=-0.0177191;REVB=-0.0147465;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115825;STB=0.566935;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0303008;OID=.;OPOS=31132532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:13:13:7:11:13:13 chr12 31135478 . T C 1554.76 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109319;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8172;QD=59.229;RBI=0.0142117;REFB=0;REVB=-0.00908115;RO=0;SAF=59;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203266;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:44:59:0:0:45:60:0:0 chr12 31135579 . T C 463.44 PASS AF=0.479167;AO=46;DP=96;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0447264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.193;QD=19.3101;RBI=0.0492459;REFB=-0.0205911;REVB=-0.0206085;RO=50;SAF=23;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937363;STB=0.552061;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0322843;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:50:46:46:0.479167:23:23:20:30:23:23:20:30 chr12 31231210 . A C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00253398;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=256.722;QD=21.2932;RBI=0.00643017;REFB=0.000435839;REVB=-0.00590983;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111642;STB=0.562763;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.000437613;OID=.;OPOS=31231210;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:12:13:16:9:12:13 chr12 31237700 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0193816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.425;QD=8.06764;RBI=0.0206921;REFB=-0.0108493;REVB=-0.00724699;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418565;STB=0.757816;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0459854;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:9:3:20:13:9:3:20:13 chr12 31240862 . A T 138.84 PASS AF=0.625;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0285698;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9034;QD=23.1406;RBI=0.0380298;REFB=-0.0841226;REVB=0.0251004;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385055;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0487633;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:24:9:9:14:15:0.625:7:7:5:4:8:7:5:4 chr12 31240925 . A G 385.37 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0156019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.83;QD=23.3555;RBI=0.0598205;REFB=-0.0239496;REVB=0.0577501;RO=28;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316931;STB=0.512309;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0106315;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:28:37:38:0.575758:21:16:11:17:22:16:11:17 chr12 31242399 . T C 344.9 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0183356;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.986;QD=13.2653;RBI=0.0362902;REFB=-0.0288742;REVB=-0.0313175;RO=63;SAF=19;SAR=22;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644613;STB=0.536568;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0429261;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:63:63:41:41:0.394231:22:19:33:30:22:19:33:30 chr12 31249861 . C G 239.91 PASS AF=0.371795;AO=28;DP=77;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0346047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6815;QD=12.303;RBI=0.0959899;REFB=-0.0238959;REVB=0.0895353;RO=48;SAF=14;SAR=14;SRF=35;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254047;STB=0.637983;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0463467;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:48:49:28:29:0.371795:14:14:35:13:14:15:36:13 chr12 31253995 . C T 195.16 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0365176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.05;QD=14.1936;RBI=0.0365353;REFB=-0.0318881;REVB=-0.0011354;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709926;STB=0.554603;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0494566;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:22:23:0.418182:13:9:11:21:13:10:11:21 chr12 31255263 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000584529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.258;QD=7.12534;RBI=0.0149453;REFB=-0.010157;REVB=-0.0149339;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302949;STB=0.699328;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0299896;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:6:12:6:1:6:12 chr12 31256905 . T C 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.014681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.223;QD=5.69643;RBI=0.0172975;REFB=-0.008397;REVB=-0.00914731;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23535;STB=0.646787;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0479123;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:6:3:6:27:6:3:6:27 chr12 31267744 . A C 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0404048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.157;QD=4.85447;RBI=0.0409495;REFB=-0.00695165;REVB=-0.00665696;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892627;STB=0.559158;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0266042;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:4:3:10:18:4:3:10:18 chr12 31282765 . A T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000887896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.005;QD=34.6655;RBI=0.0170622;REFB=-0.00422774;REVB=0.0170391;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00132988;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr12 31282784 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.41;QD=43.4805;RBI=0.0739067;REFB=0;REVB=0.0703425;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150056;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 31285214 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0145784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4594;QD=15.6258;RBI=0.014794;REFB=0.021038;REVB=0.00251615;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214446;STB=0.623733;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0421025;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:13:10:11:6:13:10 chr12 31288955 . G A 573.78 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.223;QD=60.3978;RBI=0.050132;REFB=0;REVB=0.0482623;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9379e-05;OID=.;OPOS=31288955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:21:17:0:0 chr12 31297871 . G A,C 387.53 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,26;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279362,0.0316833;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.7845,51.2295;QD=55.361;RBI=0.0306644,0.048282;REFB=0,0;REVB=0.0126441,0.0364324;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.28381e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0919665,0.00399929;OID=.,.;OPOS=31297871,31297871;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:28:28:0:0:2,26:1,27:0.0357143,0.964286:0,8:2,18:0:0:0,8:1,19:0:0 chr12 31300891 . C A 848.0 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.926;QD=55.6065;RBI=0.022728;REFB=0.0182942;REVB=0.00562902;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000395043;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:61:0:1:58:60:0.983607:29:29:0:0:32:28:1:0 chr12 31301888 . T C 708.86 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385493;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.045;QD=63.0095;RBI=0.0152957;REFB=0;REVB=0.014802;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168666;OID=.;OPOS=31301888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:26:19:0:0 chr12 31310983 . G A 523.7 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.932;QD=58.1886;RBI=0.0131575;REFB=0;REVB=0.00815569;RO=1;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59702e-05;OID=.;OPOS=31310983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:23:12:0:1:24:12:0:0 chr12 31311973 . G A 428.17 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.8988;QD=57.0895;RBI=0.0474174;REFB=0;REVB=-0.0339715;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151492;OID=.;OPOS=31311973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr12 31359083 . C T 1362.22 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.65;QD=61.2234;RBI=0.0177987;REFB=-0.154255;REVB=-0.00217324;RO=0;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74869e-08;STB=0.504503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000681971;OID=.;OPOS=31359083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:55:33:0:0:55:33:0:1 chr12 31604928 . G C 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00145942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.023;QD=16.6186;RBI=0.00556451;REFB=-0.027315;REVB=0.00536971;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174848;STB=0.599228;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0291631;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:9:14:12:16:9:14:12:16 chr12 31605044 . G T 132.9 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0127064;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.816;QD=14.3679;RBI=0.0149814;REFB=-0.00829956;REVB=-0.00793664;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571694;STB=0.533288;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0112087;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:12:10:6:9:12:10 chr12 31648826 . C T 66.21 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00227607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.195;QD=12.0382;RBI=0.0417682;REFB=-0.0230414;REVB=0.0417061;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.536003;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0394318;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:22:22:13:13:6:9:0.409091:3:3:8:5:4:5:8:5 chr12 31659332 . A T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0192424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7204;QD=8.69793;RBI=0.0267559;REFB=-0.00845791;REVB=0.0185905;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795555;STB=0.549158;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0163876;OID=.;OPOS=31659332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:5:9:4:3:5:9 chr12 31944567 . T G 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0488274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.481;QD=29.1638;RBI=0.0562111;REFB=-0.0066271;REVB=0.0278491;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376076;STB=0.713847;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00400742;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:2:9:0:3:2:9:0:3 chr12 31944691 . A C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0107141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.847;QD=14.8515;RBI=0.0307648;REFB=-0.00661528;REVB=-0.0288389;RO=29;SAF=14;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143006;STB=0.583241;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.012025;OID=.;OPOS=31944691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:5:14:18:11:5:14:18:11 chr12 32134240 . C T 515.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.729;QD=58.904;RBI=0.0799177;REFB=0;REVB=-0.00489189;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220743;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:17:18:0:0 chr12 32134638 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.324;QD=40.7629;RBI=0.011048;REFB=0;REVB=-0.000857999;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130091;OID=.;OPOS=32134638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr12 32134943 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.618;QD=43.4796;RBI=0.0136532;REFB=0;REVB=0.0130606;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147055;OID=.;OPOS=32134943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 32135441 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.235;QD=50.4135;RBI=0.0478523;REFB=0;REVB=-0.00877208;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212362;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr12 32137447 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236031;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.234;QD=43.4862;RBI=0.0332908;REFB=0;REVB=0.0234771;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033508;OID=.;OPOS=32137447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 32137512 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.743;QD=44.6891;RBI=0.0159502;REFB=0;REVB=0.00402919;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120644;OID=.;OPOS=32137512;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:4:8:0:0:4:9:0:0 chr12 32260876 . G C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0158367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6418;QD=14.6959;RBI=0.0322186;REFB=0.0130943;REVB=-0.0280578;RO=23;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303677;STB=0.676153;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.0184816;OID=.;OPOS=32260876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:11:5:14:9:11:5:14:9 chr12 32481093 . G C 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00253427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.201;QD=57.1968;RBI=0.00293047;REFB=0;REVB=0.00147144;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7958e-06;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr12 32490764 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0149663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.266;QD=13.5054;RBI=0.0330133;REFB=-0.016885;REVB=0.029426;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0211509;OID=.;OPOS=32490764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:8:9:6:6:8:9 chr12 32530684 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000210846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.828;QD=16.6271;RBI=0.0045744;REFB=-0.00967083;REVB=-0.00456954;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101714;STB=0.519969;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00759614;OID=.;OPOS=32530684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:14:13:13:0.481481:7:6:7:5:7:6:7:7 chr12 32552769 . C G 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00437544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.816;QD=17.7304;RBI=0.00961241;REFB=-0.00499707;REVB=-0.00855886;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181555;STB=0.604188;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00527821;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:5:12:10:9:5:12:10:9 chr12 32735236 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0671534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3368;QD=12.0157;RBI=0.0713055;REFB=-0.00387664;REVB=-0.0239768;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00846352;OID=.;OPOS=32735236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr12 38710819 . C T 403.67 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0219737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0973;QD=19.4538;RBI=0.0355621;REFB=-0.00794063;REVB=0.027961;RO=41;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679939;STB=0.532546;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00933012;OID=.;OPOS=38710819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:41:42:41:41:0.493976:25:16:19:22:25:16:19:23 chr12 38712142 . C G 1969.13 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.826;QD=62.0198;RBI=0.0375383;REFB=0;REVB=0.0234313;RO=0;SAF=78;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58255e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:127:0:0:126:127:1:48:78:0:0:49:78:0:0 chr12 40037595 . A G 44.51 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00706506;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.321;QD=7.12097;RBI=0.0132664;REFB=-0.0293835;REVB=0.0112286;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113243;STB=0.571233;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0375279;OID=.;OPOS=40037595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:12:6:3:4:12:6 chr12 40152900 . G A 863.99 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.381;QD=57.5995;RBI=0.00580948;REFB=0;REVB=-0.00546532;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22229e-06;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr12 40619082 . G A 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.999;QD=58.5965;RBI=0.0179113;REFB=0;REVB=-0.012105;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.63335e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr12 40713834 . C A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00355355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.357;QD=21.5458;RBI=0.0362561;REFB=-0.0187053;REVB=0.0360815;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222321;STB=0.624832;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0113172;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:8:2:7:7:8:2 chr12 40713873 . A G 165.45 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0208695;FXX=0.0357015;HRUN=8;LEN=1;MLLD=258.307;QD=24.5103;RBI=0.0217571;REFB=-0.0146237;REVB=0.00615125;RO=7;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853821;STB=0.55484;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00320308;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:27:7:8:14:15:0.555556:8:6:4:3:8:7:5:3 chr12 40716260 . T C 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0387981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.461;QD=19.9404;RBI=0.0784689;REFB=-0.0228531;REVB=0.0682061;RO=29;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120172;STB=0.506676;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0224258;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:17:15:14:15:17:15:14:15 chr12 40762110 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00277176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.659;QD=13.6609;RBI=0.00707505;REFB=-0.00830088;REVB=0.00650951;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203328;STB=0.6284;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.012175;OID=.;OPOS=40762110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:7:7:14:6:7:7:15:6 chr12 40787264 . A G 154.33 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00983213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4326;QD=10.6436;RBI=0.0123388;REFB=-0.00128814;REVB=0.00745485;RO=38;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155462;STB=0.59034;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00314413;OID=.;OPOS=40787264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:11:9:12:26:11:9:12:26 chr12 40814107 . A G 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0151303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.044;QD=20.8989;RBI=0.0290452;REFB=-0.0285252;REVB=-0.0247931;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241209;STB=0.522145;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0307323;OID=.;OPOS=40814107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:13:15:13:10:13:15:14:10 chr12 40814197 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0182503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.216;QD=18.3008;RBI=0.0467791;REFB=-0.0135032;REVB=-0.0430722;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613768;STB=0.534849;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0167598;OID=.;OPOS=40814197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:10:13:10:10:10:13 chr12 40815007 . C G 69.56 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.011488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.853;QD=16.3675;RBI=0.037185;REFB=-0.0111309;REVB=-0.0353659;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33014;STB=0.691889;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0468036;OID=.;OPOS=40815007;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:2:6:3:6:2:6 chr12 40815060 . C T 87.81 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0993187;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.616;QD=12.5444;RBI=0.101521;REFB=-0.0114327;REVB=-0.0210326;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285657;STB=0.66849;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0181088;OID=.;OPOS=40815060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:6:11:4:7:6:11 chr12 40820403 . C T 259.07 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00550574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6008;QD=15.0185;RBI=0.00726921;REFB=-0.0202797;REVB=-0.00474639;RO=37;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114683;STB=0.561604;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0341942;OID=.;OPOS=40820403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:16:14:13:24:16:14:14:25 chr12 40821176 . G A 79.19 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.016754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1591;QD=6.88577;RBI=0.0207408;REFB=0.0066645;REVB=-0.0122264;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546862;STB=0.523766;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0233403;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:34:35:11:11:0.23913:5:6:17:17:5:6:18:17 chr12 40821278 . G C 138.33 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0317196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9002;QD=8.92458;RBI=0.033897;REFB=-0.00436715;REVB=-0.0119529;RO=42;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730038;STB=0.536633;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0118032;OID=.;OPOS=40821278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:43:19:19:0.306452:12:7:18:24:12:7:18:25 chr12 40821795 . G A 197.09 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.00158384;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.858;QD=12.7152;RBI=0.0115356;REFB=-0.021622;REVB=-0.0114263;RO=40;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449753;STB=0.746574;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0294;OID=.;OPOS=40821795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:40:38:24:24:0.387097:7:17:11:29:7:17:11:27 chr12 40821847 . C A 247.38 PASS AF=0.379747;AO=27;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=0.031587;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.995;QD=12.5257;RBI=0.0397902;REFB=-0.00919283;REVB=-0.0241976;RO=50;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139258;STB=0.609128;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.02345;OID=.;OPOS=40821847;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:50:49:27:30:0.379747:17:10:13:37:17:13:13:36 chr12 40821871 . G T 218.8 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=0.00994855;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.357;QD=11.0783;RBI=0.0193605;REFB=0.0028194;REVB=-0.0166089;RO=52;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781905;STB=0.545235;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.00544192;OID=.;OPOS=40821871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:52:52:27:27:0.341772:17:10:16:36:17:10:16:36 chr12 40823474 . G A 433.57 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0112346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.353;QD=26.2772;RBI=0.0135836;REFB=-0.0126571;REVB=-0.00763517;RO=25;SAF=18;SAR=23;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848464;STB=0.54626;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00490981;OID=.;OPOS=40823474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:23:18:8:17:23:18:8:17 chr12 40826201 . G A 108.5 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.0515226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.225;QD=5.86485;RBI=0.0516398;REFB=-0.00439474;REVB=-0.00347763;RO=56;SAF=10;SAR=7;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242525;STB=0.520637;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0168052;OID=.;OPOS=40826201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:56:57:17:17:0.22973:7:10:34:22:7:10:35:22 chr12 40826535 . T C 190.12 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0306696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.496;QD=21.7277;RBI=0.0344645;REFB=-0.0232795;REVB=0.015722;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649904;STB=0.536547;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0172615;OID=.;OPOS=40826535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:8:8:11:8:8:8 chr12 40835749 . T C 772.88 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.898;QD=61.8303;RBI=0.0230704;REFB=-0.14214;REVB=0.00619109;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268741;STB=0.51428;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00114001;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:1:1:49:49:0.98:32:17:1:0:32:17:1:0 chr12 40837264 . T C 356.55 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.377;QD=54.8537;RBI=0.0659135;REFB=0;REVB=0.0613469;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594253;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr12 40843504 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.891;QD=58.1418;RBI=0.0183446;REFB=0;REVB=0.0128918;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119904;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 41967677 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9924;QD=63.8716;RBI=0.0845129;REFB=0;REVB=-0.0827942;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407835;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr12 42481732 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.364;QD=36.3482;RBI=0.0323372;REFB=0.048931;REVB=0.00892584;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00308234;OID=.;OPOS=42481732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:0:1:7:4:0:1 chr12 42629550 . T C 760.47 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.556;QD=56.3311;RBI=0.0531357;REFB=0;REVB=0.0305663;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55175e-05;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:21:31:0:1:22:32:0:0 chr12 42636124 . A G 556.65 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.843;QD=60.1785;RBI=0.0600943;REFB=0;REVB=0.0591768;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210568;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:25:10:0:0:27:10:0:0 chr12 42737665 . G A 603.87 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.356;QD=60.3872;RBI=0.0241961;REFB=0;REVB=-0.0107587;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105555;OID=.;OPOS=42737665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:24:16:0:0 chr12 42839836 . A C 996.63 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0302317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9767;QD=56.1481;RBI=0.0389813;REFB=0.0289132;REVB=-0.0246087;RO=2;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210027;STB=0.511108;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00460321;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:69:69:0.971831:44:25:0:2:44:25:0:2 chr12 42853084 . C A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8162;QD=58.135;RBI=0.0462207;REFB=0;REVB=0.0424492;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534466;OID=.;OPOS=42853084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr12 42853520 . A G 338.06 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0212727;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.751;QD=46.6288;RBI=0.0214077;REFB=-0.0300563;REVB=-0.00240113;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.52126;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000691991;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:29:1:3:26:26:0.896552:14:12:0:1:14:12:2:1 chr12 43860526 . A G 220.37 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00946935;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.651;QD=22.602;RBI=0.0117082;REFB=-0.0194118;REVB=0.00688574;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156133;STB=0.587297;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0166759;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:12:6:11:10:12:6 chr12 45307633 . T C 239.82 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00605826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.865;QD=14.3178;RBI=0.00913528;REFB=-0.00864232;REVB=0.00683747;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579703;STB=0.533006;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0113042;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:10:18:23:16:10:18:23:16 chr12 45410075 . A G 332.82 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.00391564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.412;QD=19.0185;RBI=0.00427983;REFB=-0.0117102;REVB=0.00172762;RO=35;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919407;STB=0.558107;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0193245;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:35:35:34:35:0.5:15:19:23:12:16:19:23:12 chr12 45417666 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0320949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.973;QD=18.4438;RBI=0.0409781;REFB=-0.012033;REVB=0.0254779;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.012325;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:4:5:9:2:4:5 chr12 45824840 . A T 164.03 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0274738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5569;QD=12.8652;RBI=0.0380789;REFB=0.00206644;REVB=0.0263666;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153402;STB=0.60725;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00441869;OID=.;OPOS=45824840;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:8:11:13:17:8:11:13:19 chr12 45825730 . C G 46.78 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0111571;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.585;QD=8.50533;RBI=0.0273298;REFB=-0.00182025;REVB=-0.0249487;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00225871;OID=.;OPOS=45825730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:8:7:5:2:8:7 chr12 46246206 . G T 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.641;QD=55.6047;RBI=0.0373883;REFB=-0.0186711;REVB=0.0200336;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=8.69374e-05;OID=.;OPOS=46246206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:35:23:0:1:35:23:0:1 chr12 46756135 . TAA TA,T 104.33 PASS AF=0.346154,0.307692;AO=9,7;DP=28;FAO=9,8;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=8,8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.120232,0.0627718;FXX=0.0714031;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.4002,22.4419;QD=16.0514;RBI=0.120311,0.0628029;REFB=-0.0535511,-0.029995;REVB=0.00435189,0.00197317;RO=10;SAF=0,0;SAR=9,7;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.840874,-0.830363;STB=0.888024,0.998675;STBP=0.006,0;TYPE=del,del;VARB=0.0129528,0.0823201;OID=.,.;OPOS=46756136,46756136;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154,0.307692:9,7:28:9,8:26:9:1,0:8,8:8:1:38:10:0,0:9,7:9:1 chr12 46758494 . A G 43.56 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00306551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.339;QD=6.96904;RBI=0.0111335;REFB=-0.00801621;REVB=-0.0107031;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551576;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0220681;OID=.;OPOS=46758494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:25:18:18:6:7:0.28:3:3:9:9:4:3:9:9 chr12 46759017 . T A 46.72 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00446582;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.225;QD=9.34316;RBI=0.0417934;REFB=-0.0111742;REVB=-0.0415541;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0146416;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:21:20:13:13:7:7:0.35:2:5:8:5:2:5:8:5 chr12 46761127 . G A 60.43 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0143696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.758;QD=16.1136;RBI=0.0285595;REFB=-0.0153503;REVB=-0.0246811;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0127521;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr12 47168898 . G A 418.19 PASS AF=0.885714;AO=32;DP=36;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0163381;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.15;QD=47.7934;RBI=0.0181815;REFB=-0.0336466;REVB=0.00797707;RO=3;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169279;STB=0.509428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00254462;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:35:3:4:32:31:0.885714:18:14:1:2:18:13:2:2 chr12 47470223 . T A,TTACTA 343.82 PASS AF=0.0740741,0.888889;AO=3,20;DP=31;FAO=2,24;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0262535,-0.00532975;FXX=0.0689417;HRUN=3,3;LEN=1,5;MLLD=131.945,245.039;QD=50.9363;RBI=0.0314437,0.0130648;REFB=-0.12469,-0.102741;REVB=0.0173049,0.0119283;RO=5;SAF=0,11;SAR=3,9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.658479,0.0549858;STB=0.5,0.521721;STBP=1,0.332;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0108503,0.00348238;OID=.,.;OPOS=47470223,47470224;OREF=T,-;OALT=A,TACTA;OMAPALT=A,TTACTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:31:27:5:1:3,20:2,24:0.0740741,0.888889:3,9:0,11:2:3:2,11:0,13:0:1 chr12 47581629 . T C 404.26 PASS AF=0.443299;AO=39;DP=94;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0212982;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.377;QD=16.6707;RBI=0.0309927;REFB=-0.0185036;REVB=0.0225152;RO=54;SAF=21;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205924;STB=0.503837;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.021923;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:54:54:39:43:0.443299:18:21:28:26:21:22:28:26 chr12 47740069 . C A 1001.0 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000772018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.585;QD=58.8824;RBI=0.0585743;REFB=0;REVB=0.0585692;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125892;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr12 48134695 . T C 98.54 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0464556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8529;QD=14.0771;RBI=0.0555377;REFB=-0.00461959;REVB=0.0304354;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246987;STB=0.642638;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00742717;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:4:12:6:6:4:12 chr12 48144925 . T C 778.68 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.129;QD=63.5654;RBI=0.0598206;REFB=0;REVB=0.0525069;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025975;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:31:14:0:0:32:17:0:0 chr12 48151822 . C G 554.77 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0658165;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6711;QD=24.6566;RBI=0.0720705;REFB=0.00215664;REVB=0.0293658;RO=40;SAF=11;SAR=40;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255561;STB=0.633476;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000381293;OID=.;OPOS=48151822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:40:39:51:51:0.566667:40:11:19:21:40:11:18:21 chr12 48176792 . C T 725.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8738;QD=61.7723;RBI=0.140745;REFB=0;REVB=0.0817175;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00306688;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:26:21:0:0 chr12 48176900 . T G 143.56 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0432971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7286;QD=33.7791;RBI=0.0755818;REFB=0.00323287;REVB=-0.0619513;RO=2;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08263;STB=0.510189;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.000536572;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:10:4:0:2:10:4:1:2 chr12 48177170 . C G 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0134025;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.483;QD=18.6371;RBI=0.020729;REFB=-0.00304983;REVB=-0.0158134;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280067;STB=0.659796;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00299132;OID=.;OPOS=48177170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:6:10:5:11:6:10 chr12 48177238 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.761;QD=63.8719;RBI=0.00133966;REFB=0;REVB=-0.000774813;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02791e-06;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr12 48272895 . A G 439.48 PASS AF=0.5375;AO=43;DP=80;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00466732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.847;QD=21.9742;RBI=0.0182755;REFB=-0.02268;REVB=-0.0176695;RO=37;SAF=24;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829517;STB=0.545751;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0207558;OID=.;OPOS=48272895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:37:43:43:0.5375:19:24:17:20:19:24:17:20 chr12 48375568 . A G 313.12 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.401;QD=52.1869;RBI=0.0241508;REFB=0;REVB=-0.0186042;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000885589;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr12 48375965 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0646393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6427;QD=37.8911;RBI=0.0660929;REFB=-0.0371195;REVB=0.0137854;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178334;STB=0.599814;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00293666;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:10:2:1:0:10:2:1:0 chr12 48376291 . G A 256.66 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251286;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.94;QD=51.3316;RBI=0.0840508;REFB=0;REVB=0.0802065;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010313;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr12 48380682 . G A 212.7 PASS AF=0.416667;AO=24;DP=61;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00274096;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.09;QD=14.1799;RBI=0.00407141;REFB=-0.00986528;REVB=-0.00301057;RO=37;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128775;STB=0.563708;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0128287;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:35:24:25:0.416667:12:12:14:23:13:12:13:22 chr12 48389643 . A C 134.23 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0155922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.487;QD=16.2706;RBI=0.0349648;REFB=-0.00319685;REVB=0.0312957;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106867;STB=0.571339;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00455663;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:4:13:10:5:4:14 chr12 48391416 . G T 273.85 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0227851;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=67.9401;QD=25.4743;RBI=0.0428902;REFB=-0.0166135;REVB=0.0363374;RO=15;SAF=12;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362204;STB=0.554688;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0142594;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:18:25:25:0.581395:13:12:8:7:13:12:11:7 chr12 48398080 . T A 889.77 PASS AF=1;AO=58;DP=63;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214679;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0212;QD=58.3457;RBI=0.0854854;REFB=0;REVB=0.0827459;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644971;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:61:0:0:58:61:1:43:15:0:0:45:16:0:0 chr12 48413944 . C T 453.67 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.115917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.783;QD=54.9898;RBI=0.116506;REFB=-0.111885;REVB=-0.0116967;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510198;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0100027;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:25:8:0:0:24:8:0:1 chr12 48413950 . A C 405.95 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0407519;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4344;QD=52.3811;RBI=0.125567;REFB=-0.177948;REVB=0.118771;RO=4;SAF=5;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193447;STB=0.538435;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0226336;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:31:4:1:28:30:0.967742:23:5:3:1:24:6:1:0 chr12 48418710 . T C 217.6 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0241599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.993;QD=22.9049;RBI=0.0566607;REFB=-0.000954848;REVB=0.0512517;RO=17;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128295;STB=0.571364;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00167894;OID=.;OPOS=48418710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:8:13:13:4:8:13:13:4 chr12 48501161 . A T 817.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9343;QD=57.3499;RBI=0.0304137;REFB=0;REVB=0.0222982;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025481;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:16:40:0:0:17:40:0:0 chr12 48512285 . C A 518.39 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.236;QD=59.2445;RBI=0.0327255;REFB=0;REVB=0.0280611;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28636e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:16:16:0:0:18:17:0:0 chr12 48866585 . A C 460.56 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00321553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.858;QD=23.9252;RBI=0.023389;REFB=-0.00425924;REVB=0.0231669;RO=33;SAF=20;SAR=24;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257362;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:24:20:15:18:24:20:15:18 chr12 48866792 . C T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0488854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.946;QD=21.0138;RBI=0.0489511;REFB=-0.0163929;REVB=0.0025351;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.575126;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0117697;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:7:6:10:6:7:6 chr12 48882759 . CT C 337.57 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0134685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.137;QD=19.5695;RBI=0.0156327;REFB=-0.0185691;REVB=-0.00793598;RO=35;SAF=27;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354638;STB=0.71456;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.018726;OID=.;OPOS=48882760;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:34:70:36:69:33:29:7:14:19:99:35:27:7:16:19 chr12 48883012 . T C 80.23 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0770335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9719;QD=16.8897;RBI=0.0872324;REFB=0.0197192;REVB=0.040931;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787205;STB=0.545367;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00775915;OID=.;OPOS=48883012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:2:7:7:3:2:7 chr12 48919556 . A G 593.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.533;QD=60.8481;RBI=0.0778389;REFB=0;REVB=0.00917006;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587251;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr12 48919793 . T C 348.17 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.443;QD=53.5642;RBI=0.0585021;REFB=0;REVB=-0.0469094;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137513;OID=.;OPOS=48919793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:13:13:0:0 chr12 48954040 . A G 175.45 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0289156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3963;QD=13.2418;RBI=0.0335059;REFB=-0.0148172;REVB=-0.0169273;RO=32;SAF=16;SAR=5;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769351;STB=0.544002;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0151308;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:5:16:26:6:5:16:26:6 chr12 48961745 . A G 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0382416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.496;QD=9.85727;RBI=0.0407605;REFB=-0.00250419;REVB=0.0141068;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153093;STB=0.592449;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00642363;OID=.;OPOS=48961745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:14:15:5:8:14:15 chr12 49048738 . G T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.328;QD=62.9827;RBI=0.0108267;REFB=0;REVB=0.0103371;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41404e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr12 49075811 . T G 542.0 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.33;QD=58.5947;RBI=0.0293001;REFB=0;REVB=0.0282514;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021075;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:7:27:0:0:9:28:0:0 chr12 49086963 . G A 803.53 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0330859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.835;QD=55.4161;RBI=0.0351553;REFB=-0.146835;REVB=0.0118835;RO=1;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017147;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00083617;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:30:27:1:0:30:27:1:0 chr12 49167453 . G A 79.87 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00333275;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.583;QD=12.7792;RBI=0.0111367;REFB=-0.0114307;REVB=0.0106263;RO=15;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376273;STB=0.726777;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0150278;OID=.;OPOS=49167453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:25:15:15:10:10:0.4:8:2:8:7:8:2:8:7 chr12 49221622 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.893;QD=59.4356;RBI=0.0243284;REFB=0;REVB=0.0158014;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111949;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr12 49230035 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.487;QD=44.6888;RBI=0.0382921;REFB=0;REVB=0.019499;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220396;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr12 49308284 . A G 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0416708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6916;QD=16.8238;RBI=0.0504359;REFB=-0.0116175;REVB=-0.0284135;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15707;STB=0.589309;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0148917;OID=.;OPOS=49308284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:9:19:11:10:9:19 chr12 49312593 . A G 457.88 PASS AF=0.54878;AO=43;DP=83;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0176033;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3554;QD=22.3354;RBI=0.0344093;REFB=0.00860975;REVB=0.0295655;RO=39;SAF=25;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147257;STB=0.577743;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00701448;OID=.;OPOS=49312593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:39:37:43:45:0.54878:18:25:16:23:19:26:15:22 chr12 49314862 . C A 311.34 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00961899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6659;QD=16.6046;RBI=0.0114125;REFB=-0.0301238;REVB=-0.00614175;RO=38;SAF=20;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166252;STB=0.512188;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0357629;OID=.;OPOS=49314862;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:41:34:34:0.453333:14:20:23:15:14:20:25:16 chr12 49314994 . A G 46.35 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0257795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.887;QD=9.75796;RBI=0.0482548;REFB=-0.010189;REVB=0.0407915;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.545324;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0171487;OID=.;OPOS=49314994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:6:6:4:3:6:6 chr12 49332092 . G A 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0179131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9987;QD=21.6304;RBI=0.0285983;REFB=0.0115668;REVB=-0.0222931;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175247;STB=0.597336;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0113513;OID=.;OPOS=49332092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:13:11:20:10:13:11 chr12 49334762 . G C 708.4 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.028;QD=62.9684;RBI=0.024836;REFB=0;REVB=-0.0193733;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54875e-05;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:32:13:0:0 chr12 49359587 . T G 344.75 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=82;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0146693;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.103;QD=16.4165;RBI=0.0147572;REFB=-0.0172511;REVB=-0.00160802;RO=46;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156961;STB=0.584571;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0221282;OID=.;OPOS=49359587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:46:47:36:37:0.440476:17:19:17:29:18:19:17:30 chr12 49359989 . G A 200.92 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0315797;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.964;QD=26.7898;RBI=0.0364437;REFB=0.0033873;REVB=0.0181897;RO=11;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693067;STB=0.538422;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000548675;OID=.;OPOS=49359989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:7:12:8:3:7:12:8:3 chr12 49376075 . TC T 150.22 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0429188;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8793;QD=15.8122;RBI=0.147128;REFB=0.0422504;REVB=0.140729;RO=17;SAF=13;SAR=6;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144364;STB=0.545411;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=-0.0258911;OID=.;OPOS=49376076;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:19:38:20:38:18:14:6:14:4:99:17:13:6:14:3 chr12 49391196 . TC CT,T 257.41 PASS AF=0.0855263,0.355263;AO=14,62;DP=151;FAO=13,54;FDP=152;FR=.;FRO=85;FSAF=0,18;FSAR=13,36;FSRF=60;FSRR=25;FWDB=-0.0143108,-0.0508511;FXX=0.0318451;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=114.992,8.60271;QD=6.77404;RBI=0.0154744,0.0757568;REFB=-0.0250384,-0.170251;REVB=-0.00588714,-0.0561538;RO=66;SAF=0,26;SAR=14,36;SRF=46;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.787499,-0.254373;STB=0.999404,0.718817;STBP=0,0.001;TYPE=mnp,del;VARB=0.144764,0.157178;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:151:152:66:85:14,62:13,54:0.0855263,0.355263:14,36:0,26:46:20:13,36:0,18:60:25 chr12 49424534 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00612247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.612;QD=13.6313;RBI=0.0113224;REFB=-0.0183733;REVB=0.00952432;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0250838;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:5:4:6:2:5:4 chr12 49427936 . CT C 37.52 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.251147;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.22377;QD=4.16938;RBI=0.26869;REFB=-0.0882846;REVB=0.0954946;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.322581;SSSB=0.0932572;STB=0.66642;STBP=0.12;TYPE=del;VARB=0.0572127;OID=.;OPOS=49427937;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:13:35:14:36:22:10:4:10:12:37:18:7:6:8:10 chr12 49500398 . G A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.02979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.756;QD=23.412;RBI=0.0301192;REFB=-0.0217265;REVB=-0.00444094;RO=25;SAF=21;SAR=14;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640818;STB=0.535191;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0182156;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:14:21:17:8:14:21:17:8 chr12 49500509 . C T 166.1 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000160729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.997;QD=22.1468;RBI=0.0123159;REFB=-0.0241398;REVB=0.0123148;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205673;STB=0.615861;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0150554;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:8:5:11:6:8:5 chr12 49522578 . T C 65.01 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0239113;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9773;QD=9.63147;RBI=0.103616;REFB=0.0176373;REVB=0.100819;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0229482;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:8:10:5:4:8:10 chr12 49522605 . C T 106.6 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0079962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7204;QD=12.1833;RBI=0.027275;REFB=-0.0130066;REVB=-0.0260765;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154159;STB=0.504418;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.040946;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:7:6:10:11:7:6:10:12 chr12 49579696 . C G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=6.68947e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.904;QD=17.3255;RBI=0.0276936;REFB=-0.0154905;REVB=0.0276935;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263634;STB=0.651006;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0232544;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:14:11:14:6:14:11 chr12 49580180 . T C 327.71 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=0.0435149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9499;QD=15.2424;RBI=0.0525504;REFB=0.0105269;REVB=-0.0294619;RO=50;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145473;STB=0.581648;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0141699;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:50:50:36:36:0.418605:22:14:13:37:22:14:13:37 chr12 49667103 . A T 490.51 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.12;QD=56.0581;RBI=0.0593125;REFB=-0.18385;REVB=-0.0303409;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00192983;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:23:11:0:0:23:11:0:1 chr12 50025221 . TG T 58.42 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0324874;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8175;QD=14.6046;RBI=0.0375604;REFB=-0.0450706;REVB=-0.0188507;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.416667;SSSB=0.226064;STB=0.538372;STBP=0.821;TYPE=del;VARB=0.0294263;OID=.;OPOS=50025222;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:17:9:16:7:7:2:5:2:43:7:7:1:5:2 chr12 50185334 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.191;QD=45.8068;RBI=0.0161464;REFB=0;REVB=-0.0150649;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3328e-05;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr12 50189601 . GA G,GG 596.27 PASS AF=0.125,0.875;AO=7,34;DP=41;FAO=5,35;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=4,13;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659999,0.0671721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=220.693,238.023;QD=59.6265;RBI=0.0662954,0.0672088;REFB=0,0;REVB=-0.00625293,-0.00222072;RO=0;SAF=6,11;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0330308,-0.00419493;OID=.,.;OPOS=50189602,50189602;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:7,34:41:5,35:40:0:4,13:1,22:0:0:21:0:6,11:1,23:0:0 chr12 50189807 . C A 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3322;QD=54.5107;RBI=0.0469198;REFB=0;REVB=-0.0137873;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732591;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr12 50189834 . T G 239.65 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.392;QD=50.4531;RBI=0.057293;REFB=0;REVB=0.0338091;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33639e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:4:14:0:0:5:14:0:0 chr12 50190653 . C T 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.638;QD=51.9039;RBI=0.0314976;REFB=0;REVB=0.031102;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324591;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:18:3:0:0:18:3:0:0 chr12 50190667 . A T 239.38 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.402;QD=50.3965;RBI=0.0250917;REFB=0;REVB=0.0089596;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186633;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:14:5:0:0 chr12 50232169 . A T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.418;QD=35.5759;RBI=0.0304531;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284897;OID=.;OPOS=50232169;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr12 50283307 . G C 463.7 PASS AF=0.494624;AO=46;DP=93;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=-0.0476662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1097;QD=19.9439;RBI=0.0748543;REFB=-0.0322431;REVB=0.0577157;RO=45;SAF=32;SAR=14;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164283;STB=0.508768;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0298817;OID=.;OPOS=50283307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:47:46:46:0.494624:14:32:32:13:14:32:32:15 chr12 50348078 . T C 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.01434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.735;QD=14.4116;RBI=0.0145645;REFB=-0.0243957;REVB=0.0025475;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957581;STB=0.555494;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0363627;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:15:13:10:8:15:13 chr12 50352393 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0781245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3829;QD=8.69118;RBI=0.0781391;REFB=-0.00499627;REVB=-0.00151004;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526782;STB=0.817487;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00448215;OID=.;OPOS=50352393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:13:4:6:2:13:4 chr12 50452708 . C G 1320.54 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.077;QD=62.1431;RBI=0.0310412;REFB=0;REVB=0.0192608;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12576e-05;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr12 50467644 . G T 86.18 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0217885;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0961;QD=9.57564;RBI=0.0228859;REFB=-0.0168022;REVB=0.00700184;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430403;STB=0.755469;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0324746;OID=.;OPOS=50467644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:36:36:25:25:11:11:0.305556:4:7:6:19:4:7:6:19 chr12 50467769 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0444772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.086;QD=12.0157;RBI=0.0444905;REFB=-0.0128803;REVB=0.00108964;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0129877;OID=.;OPOS=50467769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr12 50476158 . G T 2344.35 PASS AF=0.975155;AO=157;DP=162;FAO=157;FDP=161;FR=.;FRO=4;FSAF=98;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0128968;FXX=0.00617246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.93;QD=58.2447;RBI=0.0197852;REFB=-0.0256277;REVB=-0.0150042;RO=3;SAF=98;SAR=59;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011022;STB=0.503283;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=6.79729e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:162:161:3:4:157:157:0.975155:59:98:1:2:59:98:2:2 chr12 50523947 . A G 453.49 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0863871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2433;QD=54.9689;RBI=0.094036;REFB=0.012087;REVB=0.0371489;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0017652;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr12 50523964 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0258676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.793;QD=55.0095;RBI=0.0275636;REFB=0.04056;REVB=-0.00951934;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000418029;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:1:0:20:12:1:0 chr12 50526814 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.242;QD=51.1846;RBI=0.0448677;REFB=0;REVB=0.0408612;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227337;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr12 50537815 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.779;QD=62.0218;RBI=0.0254873;REFB=0;REVB=0.0245073;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112474;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr12 50650057 . T C 519.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3134;QD=59.421;RBI=0.0122897;REFB=0;REVB=0.00699097;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59357e-05;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr12 50744119 . G A 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1825;QD=54.5104;RBI=0.0295938;REFB=0;REVB=-0.0213971;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63783e-05;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:4:21:0:0:4:21:0:0 chr12 50744171 . T C 708.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.312;QD=62.9681;RBI=0.0510068;REFB=0;REVB=0.0110075;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328424;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:10:35:0:0:10:35:0:0 chr12 50744753 . T C 313.31 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0185889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.636;QD=50.1298;RBI=0.0192287;REFB=0.0699042;REVB=0.00491888;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.000566299;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:9:14:0:1:10:14:0:1 chr12 50749221 . G C 339.75 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0199456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0059;QD=48.5357;RBI=0.0217456;REFB=-0.0365334;REVB=-0.00866268;RO=2;SAF=17;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515722;STB=0.527757;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0372353;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:9:17:2:0:9:17:2:0 chr12 50749227 . T G 340.27 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00035446;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.276;QD=48.6097;RBI=0.00811778;REFB=-0.0598962;REVB=-0.00811004;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.515911;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000477437;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:26:26:0.928571:8:18:0:0:8:18:1:1 chr12 50749554 . G T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.364;QD=58.5877;RBI=0.0251078;REFB=0;REVB=-0.0203285;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47247e-05;OID=.;OPOS=50749554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr12 50754563 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00618772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.197;QD=53.9112;RBI=0.0212078;REFB=0;REVB=0.0202851;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03444e-05;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr12 50824275 . C G 268.74 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6385;QD=51.1889;RBI=0.0735973;REFB=0;REVB=0.0531186;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344587;OID=.;OPOS=50824275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr12 50847391 . C T 238.8 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00705946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.776;QD=20.7649;RBI=0.0197993;REFB=-0.023705;REVB=-0.018498;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410084;STB=0.523026;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0220267;OID=.;OPOS=50847391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:8:15:14:9:8:15 chr12 50870145 . G A 2518.09 PASS AF=0.988024;AO=164;DP=167;FAO=165;FDP=167;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0254175;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.099;QD=60.3135;RBI=0.0255313;REFB=-0.0419178;REVB=0.00240749;RO=2;SAF=74;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112902;STB=0.500623;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00106495;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:167:167:2:2:164:165:0.988024:90:74:1:1:91:74:1:1 chr12 50871533 . TTA T,TTT 44.86 PASS AF=0.275862,0;AO=4,2;DP=31;FAO=8,0;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.011442,0.0650582;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=26.0408,20.5863;QD=6.18764;RBI=0.187605,0.0667214;REFB=-0.0557774,-0.00721472;REVB=0.187255,-0.0148046;RO=22;SAF=0,0;SAR=4,2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.671782,-0.539914;STB=0.866316,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,snp;VARB=0.156346,0;OID=.,.;OPOS=50871534,50871535;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0:4,2:31:8,0:29:21:1,0:7,0:13:8:45:22:0,0:4,2:13:9 chr12 51089734 . T A 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0346994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.439;QD=13.6609;RBI=0.0503642;REFB=-0.0122643;REVB=0.0365035;RO=21;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354186;STB=0.709353;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0169492;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:11:3:11:10:11:3:11:10 chr12 51126212 . G A 209.28 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0204842;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.131;QD=17.0841;RBI=0.0207502;REFB=-0.000708069;REVB=0.00331201;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496812;STB=0.528428;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00110621;OID=.;OPOS=51126212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:12:16:13:8:12:16 chr12 51135275 . T C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7743;QD=64.1512;RBI=0.0517969;REFB=0;REVB=0.0514179;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794583;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr12 51141883 . A G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.022681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.194;QD=53.3617;RBI=0.0443078;REFB=-0.0477313;REVB=-0.0380625;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00583447;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:14:14:1:0:14:15:1:0 chr12 51213765 . T C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0295334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.5211;QD=8.80871;RBI=0.0928215;REFB=-0.0116915;REVB=-0.0879978;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390901;STB=0.740006;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0130015;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:8:3:4:2:8:3 chr12 51235317 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.883;QD=56.7065;RBI=0.0292337;REFB=0;REVB=0.00304634;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215341;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr12 51236802 . T C 157.96 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00696928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1894;QD=25.2741;RBI=0.00962966;REFB=-0.0234539;REVB=0.00664525;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469743;STB=0.526282;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0135463;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:5:4:6:10:5:4 chr12 51333796 . C CA 51.14 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.000548547;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.7293;QD=7.57683;RBI=0.0222016;REFB=0.0318782;REVB=-0.0221948;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154457;STB=0.595515;STBP=0.54;TYPE=ins;VARB=-0.0628024;OID=.;OPOS=51333797;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:28:9:27:18:2:7:6:12:51:18:2:7:6:12 chr12 51402905 . T G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.624;QD=63.5796;RBI=0.103767;REFB=0;REVB=0.0970941;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494198;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr12 51404467 . C T 116.09 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0066176;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8793;QD=18.5741;RBI=0.0138277;REFB=-0.00968038;REVB=-0.0121413;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23066;STB=0.634379;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00346011;OID=.;OPOS=51404467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:2:11:8:4:2:11:8:4 chr12 51442944 . G A 365.9 PASS AF=0.412371;AO=39;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.013177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.627;QD=15.0885;RBI=0.017412;REFB=-0.0211797;REVB=0.0113818;RO=57;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777416;STB=0.550618;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0274091;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:57:57:39:40:0.412371:19:20:25:32:19:21:25:32 chr12 51636259 . C T 752.05 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284747;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.925;QD=64.0042;RBI=0.0288017;REFB=0;REVB=0.00432765;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262829;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr12 51681903 . T C 896.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.591;QD=57.8394;RBI=0.025294;REFB=0;REVB=0.024443;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116867;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr12 51685831 . T C 288.36 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.306;QD=48.0598;RBI=0.0450353;REFB=-0.0718817;REVB=0.0256409;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000865778;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:23:24:1:1:22:23:0.958333:14:8:1:0:15:8:1:0 chr12 51696500 . G A 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0150838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5941;QD=11.8138;RBI=0.0296253;REFB=-0.0113459;REVB=-0.0254978;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325853;STB=0.691082;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0164973;OID=.;OPOS=51696500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:5:8:7:16:5:8:7:16 chr12 51707626 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0174157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.95;QD=14.3999;RBI=0.0186323;REFB=-0.00675899;REVB=0.00662249;RO=34;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268908;STB=0.653941;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00920086;OID=.;OPOS=51707626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:18:7:18:16:18:7:18:16 chr12 51722311 . C T 834.2 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.976;QD=55.6131;RBI=0.0316364;REFB=-0.0811595;REVB=-0.00159962;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000695416;OID=.;OPOS=51722311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:58:59:0.983333:29:29:0:0:30:29:1:0 chr12 51740387 . ACTGG A,AATGG 234.62 PASS AF=0.210526,0.789474;AO=4,14;DP=20;FAO=4,15;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140281,0.02818;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=184.149,51.2334;QD=49.3928;RBI=0.014209,0.0366285;REFB=0,0;REVB=-0.00226041,0.0233994;RO=0;SAF=1,7;SAR=3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0181661,0.0227736;OID=.,.;OPOS=51740388,51740388;OREF=CTGG,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.210526,0.789474:4,14:20:4,15:19:0:1,7:3,8:0:0:21:0:1,7:3,7:0:0 chr12 51771040 . T C 293.55 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00729603;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6627;QD=16.085;RBI=0.0334154;REFB=-0.0167011;REVB=0.0326091;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557167;STB=0.565177;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.011174;OID=.;OPOS=51771040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:73:36:41:32:32:0.438356:15:17:17:19:15:17:17:24 chr12 52080965 . C T 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334692;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.159;QD=57.2411;RBI=0.0353125;REFB=0;REVB=0.0112599;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95853e-05;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr12 52204246 . T C 210.47 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0197898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.209;QD=26.3093;RBI=0.0381415;REFB=-0.0198181;REVB=0.0326058;RO=12;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227773;STB=0.512646;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00859825;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:9:11:7:5:9:11:7:5 chr12 52211942 . G A 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00824633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.849;QD=22.9082;RBI=0.00862835;REFB=-0.0093299;REVB=-0.00253901;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381435;STB=0.541966;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00838968;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:17:21:21:0.552632:13:8:5:10:13:8:5:12 chr12 52215102 . T G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0250416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.264;QD=18.8861;RBI=0.0598993;REFB=0.0134114;REVB=-0.0544137;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141787;STB=0.676889;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0130676;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:1:7:3:1:1:7:3:2 chr12 52215205 . C T 57.77 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.025566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0367;QD=15.4049;RBI=0.0255692;REFB=-0.022666;REVB=0.000400359;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374419;STB=0.666295;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0776803;OID=.;OPOS=52215205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:6:7:7:8:0.533333:4:3:0:6:4:4:1:6 chr12 52215894 . GCCCT GCCCC,GCCT,GCCTC 144.9 PASS AF=0.131579,0.447368,0;AO=6,8,3;DP=39;FAO=5,17,0;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=0,13,0;FSAR=5,4,0;FSRF=1;FSRR=15;FWDB=-0.0931964,0.163354,-0.0276511;FXX=0.0256345;HRUN=1,3,3;LEN=1,1,2;MLLD=166.644,12.7202,64.81;QD=15.2526;RBI=0.0993635,0.169678,0.0454111;REFB=-0.00959469,-0.105398,-0.0456874;REVB=-0.0344607,-0.0458941,-0.036022;RO=13;SAF=0,6,3;SAR=6,2,0;SRF=0;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.668369,0.844812;STB=0.996128,0.814846,0.5;STBP=0.411,0.001,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0778579,0.0935235,0;OID=.,.,.;OPOS=52215898,52215895,52215897;OREF=T,C,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=GCCCC,GCCT,GCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.131579,0.447368,0:6,8,3:39:5,17,0:38:16:0,13,0:5,4,0:1:15:87:13:0,6,3:6,2,0:0:13 chr12 52284233 . T C 479.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.189;QD=58.0727;RBI=0.0253235;REFB=0;REVB=-0.0252495;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.61096e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr12 52471159 . C T 281.78 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00639225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8387;QD=20.8725;RBI=0.0303826;REFB=-0.0231803;REVB=-0.0297025;RO=24;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105233;STB=0.563867;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.012549;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:29:30:0.555556:17:12:13:11:18:12:13:11 chr12 52564449 . C T 213.22 PASS AF=0.55;AO=17;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00101947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.6575;QD=21.3216;RBI=0.171469;REFB=-0.0407726;REVB=0.171466;RO=19;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155642;STB=0.589665;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0482208;OID=.;OPOS=52564449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:17:17:22:0.55:6:11:12:7:11:11:12:5 chr12 52565321 . A AT 317.1 PASS AF=0.962963;AO=5;DP=29;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0533211;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=170.439;QD=46.9774;RBI=0.0682504;REFB=-0.064954;REVB=0.0426025;RO=23;SAF=5;SAR=0;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558529;STB=0.509796;STBP=0.646;TYPE=ins;VARB=0.00135818;OID=.;OPOS=52565322;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963:5:29:26:27:1:25:1:1:0:6:23:5:0:22:1 chr12 52565322 . G T 241.42 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00600118;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.34;QD=35.7664;RBI=0.00886119;REFB=-0.20716;REVB=0.00651971;RO=5;SAF=20;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102545;STB=0.553147;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00245266;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:27:27:5:5:21:22:0.814815:1:20:5:0:1:21:5:0 chr12 52602013 . C T 1066.54 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.18;QD=58.4404;RBI=0.0301793;REFB=-0.00542674;REVB=0.0217574;RO=1;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103952;STB=0.505493;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-6.96882e-05;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:45:27:0:1:45:27:0:1 chr12 52631313 . A G 1075.12 PASS AF=1;AO=71;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8505;QD=57.3396;RBI=0.103756;REFB=0;REVB=0.101269;RO=3;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142156;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:3:0:71:75:1:22:49:0:3:25:50:0:0 chr12 52639302 . G C 698.12 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0841686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9786;QD=54.7547;RBI=0.0844996;REFB=-0.114967;REVB=-0.00747139;RO=1;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113466;STB=0.506022;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00204938;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:41:9:0:1:41:9:0:1 chr12 52646239 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00109182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.233;QD=19.8495;RBI=0.00289354;REFB=-0.0118754;REVB=-0.00267964;RO=13;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124619;STB=0.571326;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00898019;OID=.;OPOS=52646239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:12:3:4:9:12:3:4:9 chr12 52648080 . G A 251.23 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0295746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8823;QD=10.2541;RBI=0.0710832;REFB=-0.00830215;REVB=0.0646387;RO=64;SAF=9;SAR=22;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304916;STB=0.674731;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.022671;OID=.;OPOS=52648080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:67:31:31:0.316327:22:9:35:29:22:9:36:31 chr12 52661302 . C A 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0771051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4336;QD=46.0565;RBI=0.0772468;REFB=-0.0175923;REVB=-0.00467804;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00376986;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chr12 52681925 . A C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.029;QD=57.1765;RBI=0.0343108;REFB=0;REVB=-0.0103524;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155866;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr12 52699548 . T C 1402.42 PASS AF=0.988764;AO=68;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.89;QD=63.03;RBI=0.0825669;REFB=0;REVB=0.081225;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385035;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:0:68:88:0.988764:38:30:0:1:58:30:0:0 chr12 52708420 . G A 1238.28 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311514;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.029;QD=61.9139;RBI=0.0467374;REFB=0;REVB=0.0466335;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229272;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr12 52708565 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.676;QD=47.8224;RBI=0.0461462;REFB=0;REVB=0.0371174;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301377;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr12 52712975 . G A 795.84 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.492;QD=63.6671;RBI=0.0563265;REFB=0;REVB=0.0257725;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188253;OID=.;OPOS=52712975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:25:23:0:0:25:25:0:0 chr12 52753861 . C T 804.73 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0582;QD=64.3783;RBI=0.0518051;REFB=0;REVB=0.0446577;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793936;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr12 52774235 . A G 712.76 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351719;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6381;QD=63.3565;RBI=0.0356914;REFB=0;REVB=-0.0060673;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406421;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:19:26:0:0:19:26:0:0 chr12 52777502 . A G 738.1 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.256;QD=56.7771;RBI=0.0311825;REFB=0;REVB=0.00927962;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85243e-05;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:16:35:0:0:17:35:0:0 chr12 52789509 . T C 254.88 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.78;QD=50.9756;RBI=0.0744055;REFB=0;REVB=0.066132;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039809;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:20:0:0:17:20:1:5:12:0:0:5:15:0:0 chr12 52789597 . A G 203.75 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0161377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.463;QD=38.8102;RBI=0.0184717;REFB=-0.0848478;REVB=0.00898775;RO=3;SAF=9;SAR=9;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130661;STB=0.571351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00110036;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:9:9:3:0:9:9:3:0 chr12 52789605 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.181;QD=49.5989;RBI=0.0291314;REFB=0;REVB=0.0121346;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109342;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr12 52818504 . T G 260.87 PASS AF=0.508772;AO=26;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00692169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.315;QD=18.3067;RBI=0.0528247;REFB=-0.0609089;REVB=-0.0523693;RO=14;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227722;STB=0.526681;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0434168;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:14:28:26:29:0.508772:15:11:11:3:15:14:12:16 chr12 52822258 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.016324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.108;QD=18.2512;RBI=0.0182598;REFB=-0.0128271;REVB=0.00818213;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179384;STB=0.601681;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.014706;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:4:11:8:7:4:11 chr12 52824352 . G A 393.04 PASS AF=0.445652;AO=41;DP=92;FAO=41;FDP=92;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0046583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.028;QD=17.0886;RBI=0.0245924;REFB=-0.0204178;REVB=0.0241472;RO=51;SAF=12;SAR=29;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152952;STB=0.586163;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0343149;OID=.;OPOS=52824352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:51:41:41:0.445652:29:12:22:29:29:12:22:29 chr12 52825363 . G A 233.19 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0387202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6478;QD=24.5466;RBI=0.0504939;REFB=-0.0409829;REVB=-0.0324096;RO=14;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693794;STB=0.53395;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0393991;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:14:16:22:22:0.578947:10:12:9:5:10:12:10:6 chr12 52827818 . T C 250.96 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0030559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.507;QD=21.3582;RBI=0.0151625;REFB=-0.0116784;REVB=-0.0148514;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179402;STB=0.60109;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0107544;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:17:7:11:12:17:7:11:12 chr12 52841765 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0194704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.394;QD=17.9568;RBI=0.0222041;REFB=-0.0334539;REVB=-0.0106734;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0238368;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:9:8:7:9:9:8 chr12 52843779 . T C 74.67 PASS AF=0.170732;AO=12;DP=79;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0224704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.697;QD=3.64225;RBI=0.0277277;REFB=-0.00879418;REVB=-0.0162453;RO=64;SAF=6;SAR=6;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194228;STB=0.535161;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0409521;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:79:82:64:68:12:14:0.170732:6:6:33:31:6:8:36:32 chr12 52844265 . T C 431.58 PASS AF=0.5;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00200349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.654;QD=20.0733;RBI=0.0182666;REFB=-0.00587068;REVB=0.0181564;RO=43;SAF=9;SAR=33;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254887;STB=0.645787;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00353789;OID=.;OPOS=52844265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:43:43:42:43:0.5:33:9:19:24:34:9:19:24 chr12 52845531 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00438673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.413;QD=17.645;RBI=0.00647166;REFB=-0.0311689;REVB=0.00475804;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474609;STB=0.783546;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0284233;OID=.;OPOS=52845531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:4:3:8:1:4:3 chr12 52845801 . T C 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0115384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4563;QD=15.1955;RBI=0.0272228;REFB=-0.00627195;REVB=-0.0246566;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698633;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00862037;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:9:9:6:8:9:9 chr12 52863038 . G A 152.91 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0254764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.333;QD=11.9925;RBI=0.0541185;REFB=-0.0228571;REVB=0.0477469;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198537;STB=0.503429;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0391177;OID=.;OPOS=52863038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:33:18:18:0.352941:11:7:13:19:11:7:13:20 chr12 52863213 . C T 353.94 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0105451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.836;QD=16.0881;RBI=0.0374269;REFB=-0.0220966;REVB=-0.0359107;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128626;STB=0.507243;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0334514;OID=.;OPOS=52863213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:17:21:27:23:17:21:27:23 chr12 52863621 . T G 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0167985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.115;QD=20.6011;RBI=0.0265051;REFB=-0.0249582;REVB=0.0205019;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20201;STB=0.614057;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0198317;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:11:8:13:7:11:8 chr12 52866060 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.594;QD=55.0978;RBI=0.0260457;REFB=0;REVB=0.0220413;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244789;OID=.;OPOS=52866060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr12 52886478 . T C 183.5 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00287316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.163;QD=13.1073;RBI=0.00566483;REFB=-0.0289731;REVB=0.00488214;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301997;STB=0.503885;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0304086;OID=.;OPOS=52886478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:33:22:23:0.410714:10:12:17:14:11:12:17:16 chr12 52886490 . A G 316.07 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0205152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.972;QD=18.8701;RBI=0.0216557;REFB=-0.0345024;REVB=-0.00693507;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083309;STB=0.522375;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0263139;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:33:33:34:0.507463:17:16:18:13:17:17:18:15 chr12 52912906 . G T 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0278968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6915;QD=11.8803;RBI=0.0285751;REFB=0.0128578;REVB=0.00618872;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23886;STB=0.64241;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0341109;OID=.;OPOS=52912906;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:11:4:13:15:11:4:13:15 chr12 52912909 . G T 129.06 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0192161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.709;QD=12.5911;RBI=0.0280251;REFB=-0.00384738;REVB=0.0203997;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16369;STB=0.586089;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00478614;OID=.;OPOS=52912909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:15:15:0.365854:10:5:12:13:10:5:12:14 chr12 52938364 . T C 1654.05 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.23;QD=60.1474;RBI=0.0250944;REFB=0;REVB=0.0130888;RO=0;SAF=42;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81788e-05;OID=.;OPOS=52938364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:110:0:0:108:110:1:66:42:0:0:68:42:0:0 chr12 52938497 . A C 124.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5133;QD=41.661;RBI=0.0567842;REFB=0;REVB=0.0145935;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105473;OID=.;OPOS=52938497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr12 52939407 . AGAG A 116.21 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171087;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.294;QD=42.2585;RBI=0.0341806;REFB=0;REVB=0.0295906;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000120133;OID=.;OPOS=52939408;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:11:11:0:4:7:0:0:4:0:4:6:0:0 chr12 52943144 . G A 460.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2491;QD=57.5065;RBI=0.102201;REFB=0;REVB=0.0808897;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239714;OID=.;OPOS=52943144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr12 52965173 . T G 758.74 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.855;QD=63.2286;RBI=0.0273088;REFB=0;REVB=-0.025301;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.43918e-05;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr12 52965722 . T C 610.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.5;QD=61.0685;RBI=0.0788812;REFB=0;REVB=0.0510026;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244494;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:22:16:0:0:24:16:0:0 chr12 52965761 . C T 729.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0825492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.3;QD=57.2319;RBI=0.0963471;REFB=0;REVB=0.049683;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522964;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:32:17:0:0:33:18:0:0 chr12 52965782 . T C 800.57 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8347;QD=64.046;RBI=0.0114718;REFB=0;REVB=-0.00528576;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578605;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:32:17:0:0:33:17:0:0 chr12 52966390 . A T 259.61 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00304446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.156;QD=16.749;RBI=0.0131108;REFB=-0.0288826;REVB=0.0127525;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14093;STB=0.567581;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0535567;OID=.;OPOS=52966390;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:28:29:0.467742:12:16:14:19:13:16:14:19 chr12 52966428 . G C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0137455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.776;QD=16.5275;RBI=0.0188296;REFB=-0.0126674;REVB=0.0128691;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133372;STB=0.575162;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0192751;OID=.;OPOS=52966428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:11:18:12:13:11:18 chr12 52981442 . C A 242.4 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.053451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4605;QD=14.9167;RBI=0.0713382;REFB=-0.0247236;REVB=0.0472454;RO=36;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194623;STB=0.605424;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0271106;OID=.;OPOS=52981442;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:7:21:21:15:7:21:22:15 chr12 52984620 . C T 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00708479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6973;QD=15.1963;RBI=0.038275;REFB=-0.0191681;REVB=0.0376135;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114896;STB=0.566911;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.026908;OID=.;OPOS=52984620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:11:7:4:10:11:7 chr12 52985293 . A G 1093.05 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2869;QD=59.084;RBI=0.0663368;REFB=0;REVB=-0.0175875;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165877;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741409;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:74:1:0:71:74:1:28:43:0:1:29:45:0:0 chr12 52986187 . T A,C 301.39 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=2,21;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163287,0.0129964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.0264,176.393;QD=52.416;RBI=0.0163309,0.0244559;REFB=0,0;REVB=0.000265556,0.0207168;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120176,-0.00145681;OID=.,.;OPOS=52986187,52986187;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:23:23:0:0:2,21:1,22:0.0434783,0.956522:0,12:2,9:0:0:0,12:1,10:0:0 chr12 52992812 . T C 670.56 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0477419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9874;QD=50.6083;RBI=0.0496975;REFB=-0.0263026;REVB=-0.013804;RO=3;SAF=30;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447795;STB=0.5238;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0109549;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:20:30:3:0:20:30:3:0 chr12 52994955 . G A 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00669229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.805;QD=22.7189;RBI=0.00670237;REFB=-0.0170596;REVB=-0.000367305;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018083;STB=0.51019;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0152618;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:3:6:9:5:3:6 chr12 53007492 . C T 310.35 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000472391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.699;QD=20.3505;RBI=0.00765927;REFB=-0.0289539;REVB=0.00764469;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124337;STB=0.55152;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0215876;OID=.;OPOS=53007492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:32:33:0.540984:13:19:12:15:14:19:13:15 chr12 53011955 . G A 362.42 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.000144683;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.011;QD=18.5855;RBI=0.0168132;REFB=0.00433858;REVB=0.0168126;RO=40;SAF=26;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180843;STB=0.601101;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00420398;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:40:40:38:38:0.487179:12:26:20:20:12:26:20:20 chr12 53045615 . A ACCTCCAAAGCCGCTGCCG,G 45.18 PASS AF=0.4,0.3;AO=3,3;DP=10;FAO=4,3;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1,1;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00810446,0.0786149;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=18,1;MLLD=183.884,56.307;QD=18.0734;RBI=0.00858153,0.0847861;REFB=-0.0308808,-0.0302149;REVB=-0.00282142,0.0317551;RO=4;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.642277,0.0848588;STB=0.666019,0.713247;STBP=0.709,0.737;TYPE=ins,snp;VARB=0.0550973,0.0347478;OID=.,.;OPOS=53045616,53045615;OREF=-,A;OALT=CCTCCAAAGCCGCTGCCG,G;OMAPALT=ACCTCCAAAGCCGCTGCCG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:10:10:4:3:3,3:4,3:0.4,0.3:3,2:0,1:1:3:3,2:1,1:0:3 chr12 53045626 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.189;QD=40.7628;RBI=0.012204;REFB=0;REVB=0.00740987;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62917e-05;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr12 53069014 . T C 723.88 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0295331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0739;QD=59.0922;RBI=0.033462;REFB=-0.0333237;REVB=-0.0157322;RO=2;SAF=31;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135605;STB=0.507215;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00185546;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:16:31:1:1:16:31:1:1 chr12 53070121 . T G 685.9 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1408;QD=62.3546;RBI=0.00860066;REFB=0;REVB=-0.00690827;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.12498e-05;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr12 53085089 . T C 323.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.519;QD=53.8639;RBI=0.0444088;REFB=0;REVB=0.0186067;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64692e-05;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr12 53088484 . C T 1047.99 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240656;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0778;QD=59.8852;RBI=0.0345208;REFB=0;REVB=-0.0247494;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00148824;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr12 53096913 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.119;QD=33.4285;RBI=0.00308843;REFB=0;REVB=-0.00308843;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91838e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr12 53162773 . A G 295.21 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0706;QD=51.341;RBI=0.0698351;REFB=0;REVB=-0.027161;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211713;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr12 53164848 . G A 727.79 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.353;QD=63.2861;RBI=0.00821831;REFB=0;REVB=0.00140607;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45636e-05;OID=.;OPOS=53164848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:11:35:0:0:11:35:0:0 chr12 53165940 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.98;QD=59.018;RBI=0.0261554;REFB=0;REVB=-0.0137999;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12923e-05;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 53186088 . G C 218.88 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.000803287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.016;QD=15.9188;RBI=0.00758526;REFB=-0.0191713;REVB=-0.0075426;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298842;STB=0.636785;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0156573;OID=.;OPOS=53186088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:30:24:25:0.454545:12:12:5:22:12:13:8:22 chr12 53186122 . G A 707.18 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493622;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.335;QD=62.8607;RBI=0.0528701;REFB=0;REVB=0.0189373;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194296;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr12 53204614 . C T 616.46 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178275;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.336;QD=58.7103;RBI=0.0250821;REFB=0;REVB=0.0176434;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722756;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:0:0:39:42:1:32:7:0:0:35:7:0:0 chr12 53217701 . C A 167.49 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0448399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.297;QD=19.1414;RBI=0.0449941;REFB=-0.0109658;REVB=-0.00372188;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644334;STB=0.555497;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0114418;OID=.;OPOS=53217701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:17:17:18:0.514286:12:5:4:13:12:6:4:13 chr12 53227803 . A G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00639592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.224;QD=44.682;RBI=0.0579829;REFB=0;REVB=-0.0576291;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467019;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr12 53238387 . C T 116.08 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00315564;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8778;QD=18.5733;RBI=0.00853886;REFB=-0.0268129;REVB=-0.00793436;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0260884;OID=.;OPOS=53238387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:7:6:6:6:7:6:6:6 chr12 53240025 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0689955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.878;QD=17.377;RBI=0.0732315;REFB=-0.0242458;REVB=0.0245454;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116602;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0161374;OID=.;OPOS=53240025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:7:4:5:5:7:4:5:5 chr12 53240584 . A G 126.85 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0564513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.618;QD=19.5156;RBI=0.059884;REFB=-0.00423234;REVB=-0.0199834;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152284;STB=0.58609;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00296158;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:3:9:8:6:3:9 chr12 53242440 . A G 230.67 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0357161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4011;QD=17.7435;RBI=0.0461845;REFB=-0.0365543;REVB=-0.0292809;RO=25;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152979;STB=0.570412;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0467765;OID=.;OPOS=53242440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:27:25:25:0.480769:17:8:12:13:17:8:12:15 chr12 53291266 . G A 33.37 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0233139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6972;QD=3.33703;RBI=0.0254895;REFB=-0.013849;REVB=0.0103042;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541173;STB=0.538337;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0780518;OID=.;OPOS=53291266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:24:10:2:4:24:10 chr12 53294381 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00775979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.927;QD=21.5452;RBI=0.0260787;REFB=-0.0235574;REVB=0.0248975;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147608;STB=0.583217;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0101552;OID=.;OPOS=53294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:3:7:7:7:3:7 chr12 53343461 . A AC 53.52 PASS AF=0.424242;AO=11;DP=36;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0589661;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.3258;QD=6.48786;RBI=0.10419;REFB=-0.0251895;REVB=-0.0858991;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548521;STB=0.520803;STBP=0.86;TYPE=ins;VARB=-0.00574611;OID=.;OPOS=53343462;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.424242:11:36:14:33:19:10:4:13:6:53:25:7:4:17:8 chr12 53343493 . G A 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0318896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.2156;QD=20.2064;RBI=0.0469759;REFB=-0.0082514;REVB=0.0344933;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696635;STB=0.539509;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00337729;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:7:3:5:8:7:3 chr12 53433089 . C A 1008.21 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.417;QD=59.3066;RBI=0.0474906;REFB=0;REVB=0.0361699;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191506;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr12 53433486 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0268355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.091;QD=13.4558;RBI=0.0269334;REFB=-0.0164157;REVB=-0.0022938;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337592;STB=0.693141;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0158674;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:2:13:6:5:2:13 chr12 53449597 . T C 144.97 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0379948;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.055;QD=10.1732;RBI=0.042979;REFB=-0.00310806;REVB=0.0200896;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171336;STB=0.606635;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00493739;OID=.;OPOS=53449597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:19:19:0.333333:10:9:12:25:10:9:12:26 chr12 53451849 . G C 160.51 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0194501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.278;QD=13.9575;RBI=0.0255465;REFB=-0.0215235;REVB=0.0165625;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171346;STB=0.631434;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0370771;OID=.;OPOS=53451849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:28:17:18:0.391304:10:7:15:11:11:7:17:11 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 193.32 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=28;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.00850711;FXX=0.195074;HRUN=2;LEN=11;MLLD=246.14;QD=23.433;RBI=0.0876849;REFB=-0.0555875;REVB=0.0872712;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.62213;STBP=0.182;TYPE=del;VARB=0.0156996;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:20:28:22:33:11:17:5:11:0:62:0:16:4:0:0 chr12 53453456 . C T 535.48 PASS AF=0.491228;AO=55;DP=113;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.00933661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.408;QD=18.7887;RBI=0.010267;REFB=-0.0224214;REVB=0.00427068;RO=56;SAF=20;SAR=35;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974952;STB=0.546203;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0285651;OID=.;OPOS=53453456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:56:58:55:56:0.491228:35:20:15:41:36:20:16:42 chr12 53456619 . C T 38.11 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00414788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.452;QD=11.7275;RBI=0.0925632;REFB=-0.0457201;REVB=0.0924702;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.624638;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0206291;OID=.;OPOS=53456619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:7:7:5:6:0.461538:1:4:6:1:2:4:6:1 chr12 53457618 . C T 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0981903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.946;QD=15.1004;RBI=0.0982688;REFB=-0.00153586;REVB=-0.00392696;RO=31;SAF=4;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360593;STB=0.708462;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00215257;OID=.;OPOS=53457618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:20:4:14:17:20:4:14:17 chr12 53458391 . G A 281.86 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0132024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.447;QD=14.6421;RBI=0.0145165;REFB=-0.00883019;REVB=-0.00603518;RO=45;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121694;STB=0.575787;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0196528;OID=.;OPOS=53458391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:31:32:0.415584:11:20:24:21:11:21:24:21 chr12 53459101 . G A 302.87 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0156866;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=15.1437;RBI=0.0257405;REFB=-0.0214601;REVB=0.0204084;RO=47;SAF=18;SAR=15;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14544;STB=0.595426;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0237129;OID=.;OPOS=53459101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:46:33:34:0.425:15:18:19:28:15:19:18:28 chr12 53607263 . AG AC,A,GA 135.13 PASS AF=0,0.694444,0;AO=2,19,4;DP=37;FAO=0,25,0;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=0,17,0;FSAR=0,8,0;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00468808,0.0554795,0.00586283;FXX=0.0526177;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=158.23,10.0356,62.3207;QD=15.0147;RBI=0.159914,0.0683419,0.113383;REFB=-0.0117078,-0.132608,-0.00192114;REVB=-0.159845,-0.0399079,-0.113231;RO=10;SAF=0,17,1;SAR=2,2,3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.655147,0.246099,-0.457083;STB=0.5,0.516783,0.5;STBP=1,0.78,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.130065,0.00838615;OID=.,.,.;OPOS=53607264,53607264,53607263;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,GA;OMAPALT=AC,A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:37:36:10:11:2,19,4:0,25,0:0,0.694444,0:2,2,3:0,17,1:7:3:0,8,0:0,17,0:8:3 chr12 53647373 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.971;QD=61.6838;RBI=0.0189733;REFB=0;REVB=-0.00404235;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63649e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:12:29:0:0:12:29:0:0 chr12 53662624 . C A 747.03 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.457;QD=63.5773;RBI=0.0417351;REFB=0;REVB=-0.0236025;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13426e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr12 53670545 . C A 960.57 PASS AF=0.945205;AO=64;DP=70;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0128468;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.599;QD=52.6342;RBI=0.0546835;REFB=-0.100905;REVB=0.0531531;RO=4;SAF=38;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180274;STB=0.511054;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00412355;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:73:4:4:64:69:0.945205:26:38:3:1:31:38:3:1 chr12 53681883 . A T 317.16 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011288;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.114;QD=50.7453;RBI=0.0133748;REFB=0.0797719;REVB=0.00717396;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00139199;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr12 53682326 . G A 1340.43 PASS AF=0.970297;AO=94;DP=101;FAO=98;FDP=101;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.101875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2894;QD=53.0864;RBI=0.129005;REFB=-0.116481;REVB=0.0791442;RO=7;SAF=58;SAR=36;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454054;STB=0.518983;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0106062;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:101:7:3:94:98:0.970297:36:58:2:5:38:60:0:3 chr12 53686703 . G A 538.2 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6893;QD=59.8001;RBI=0.116366;REFB=0;REVB=0.113753;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203207;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr12 53700848 . C T 1190.24 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0068068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3959;QD=59.512;RBI=0.0152335;REFB=-0.0807713;REVB=0.0136281;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129652;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00660898;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:80:1:1:77:79:0.9875:36:41:0:1:38:41:0:1 chr12 53700860 . A G 1201.04 PASS AF=0.97619;AO=79;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000947218;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.109;QD=57.1923;RBI=0.0229817;REFB=0.0125712;REVB=0.0229622;RO=3;SAF=43;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014693;STB=0.501172;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=5.62229e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:3:2:79:82:0.97619:36:43:1:2:37:45:1:1 chr12 53703021 . G A 628.46 PASS AF=0.954545;AO=43;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0660775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8176;QD=57.1325;RBI=0.0884617;REFB=-0.102461;REVB=0.0588152;RO=1;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240734;STB=0.526303;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0072086;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:44:1:2:43:42:0.954545:19:24:0:1:18:24:0:2 chr12 53722098 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.927;QD=47.8188;RBI=0.0508076;REFB=0;REVB=-0.0506178;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438475;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr12 53722128 . G A 88.17 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.137228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4655;QD=39.1852;RBI=0.166259;REFB=0;REVB=0.0938646;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168202;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr12 53877210 . GCCCCG GCCC,GCCCG 31.28 PASS AF=0,0.233333;AO=7,14;DP=63;FAO=0,14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=0,2;FSAR=0,12;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0678758,-0.229797;FXX=0.0163908;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=21.6111,14.4419;QD=2.08504;RBI=0.072034,0.232625;REFB=-0.0132653,-0.0607438;REVB=-0.0241201,-0.0361641;RO=38;SAF=1,7;SAR=6,7;SRF=11;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.251643,0.255455;STB=0.5,0.749583;STBP=1,0.07;TYPE=del,del;VARB=0,0.122097;OID=.,.;OPOS=53877214,53877211;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.233333:7,14:63:0,14:60:46:0,2:0,12:18:28:31:38:1,7:6,7:11:27 chr12 54109659 . C T 1079.43 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.111711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9207;QD=56.0744;RBI=0.119665;REFB=-0.0574893;REVB=0.0428988;RO=3;SAF=47;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00250669;STB=0.501326;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00937173;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:27:47:2:1:27:47:2:1 chr12 54109733 . A G 2139.74 PASS AF=0.992754;AO=137;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5527;QD=62.0214;RBI=0.0363688;REFB=0.00739942;REVB=-0.0291103;RO=1;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704294;STB=0.503703;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000106859;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:138:1:1:137:137:0.992754:67:70:0:1:67:70:0:1 chr12 54340077 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.951;QD=63.2868;RBI=0.0116265;REFB=0;REVB=0.0033549;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.688e-05;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr12 54367061 . T G 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.649;QD=56.9933;RBI=0.0591948;REFB=0;REVB=0.0385248;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227424;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr12 54385599 . C T 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0283281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.714;QD=12.4021;RBI=0.0284965;REFB=-0.0233876;REVB=-0.00309257;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140313;STB=0.58356;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0378173;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:13:3:8:21:13:3:8:21 chr12 54674638 . T C 231.25 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0045087;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.175;QD=17.7888;RBI=0.030482;REFB=-0.0239567;REVB=-0.0301467;RO=19;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210061;STB=0.634338;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0244625;OID=.;OPOS=54674638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:27:24:25:0.480769:10:14:6:13:11:14:8:19 chr12 54711574 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.108383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1437;QD=19.1319;RBI=0.11667;REFB=-0.040121;REVB=-0.0431863;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0246604;OID=.;OPOS=54711574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr12 54799450 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00679464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.139;QD=52.6111;RBI=0.0133183;REFB=0;REVB=0.0114547;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56792e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr12 54905815 . C G 700.56 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160978;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.582;QD=60.9185;RBI=0.160999;REFB=0;REVB=0.00262753;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723365;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:30:14:0:0:30:16:0:0 chr12 54970454 . T C 817.62 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6153;QD=57.377;RBI=0.0472501;REFB=0;REVB=0.0435731;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469188;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:31:25:0:0:32:25:0:0 chr12 54972992 . T C 289.23 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2075;QD=52.5878;RBI=0.0436241;REFB=0;REVB=0.0304118;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889609;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:18:4:0:0 chr12 54973623 . T C 758.07 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115914;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.814;QD=63.1725;RBI=0.0392469;REFB=0;REVB=-0.0374961;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139542;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:24:24:0:0 chr12 54975837 . T C 1077.29 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0537072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7202;QD=53.8646;RBI=0.0925761;REFB=-0.0687672;REVB=-0.0754047;RO=5;SAF=30;SAR=45;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725806;STB=0.538451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00468023;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:80:80:5:5:75:75:0.9375:45:30:5:0:45:30:5:0 chr12 55248357 . G T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.674;QD=56.9552;RBI=0.0162253;REFB=0;REVB=0.00634505;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19578e-05;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr12 55250612 . A G 740.08 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137177;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.556;QD=61.6736;RBI=0.0174323;REFB=-0.0269686;REVB=0.0107569;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00257334;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:22:24:1:0:22:25:1:0 chr12 55344024 . G A 197.86 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0142469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7085;QD=14.6565;RBI=0.0849794;REFB=-0.0191581;REVB=0.0837766;RO=30;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255592;STB=0.660243;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0292496;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:22:23:0.425926:13:9:20:10:14:9:21:10 chr12 55344133 . C G 415.7 PASS AF=0.446602;AO=45;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0194535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.787;QD=16.1436;RBI=0.0195518;REFB=-0.00249232;REVB=0.00195807;RO=55;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108755;STB=0.508883;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00365161;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:57:45:46:0.446602:29:16:19:36:30:16:19:38 chr12 55523586 . AT A 103.53 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0595633;FXX=0.040808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.515;QD=8.81116;RBI=0.0703592;REFB=-0.0108638;REVB=-0.0374516;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214925;STB=0.622523;STBP=0.167;TYPE=del;VARB=0.0160633;OID=.;OPOS=55523587;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:20:49:20:47:27:9:11:18:9:99:27:9:11:18:9 chr12 55523685 . C T 550.36 PASS AF=0.539216;AO=55;DP=102;FAO=55;FDP=102;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000799827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.673;QD=21.5829;RBI=0.0291491;REFB=-0.0125191;REVB=-0.0291381;RO=47;SAF=36;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127344;STB=0.57011;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0113989;OID=.;OPOS=55523685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:47:55:55:0.539216:19:36:24:23:19:36:24:23 chr12 55523860 . A C 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0102909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.257;QD=17.5589;RBI=0.0181189;REFB=-0.0292785;REVB=0.0149129;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252104;STB=0.505294;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0425068;OID=.;OPOS=55523860;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:5:13:14:6:5:13:15:6 chr12 55524314 . T C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0433881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.5;QD=10.6347;RBI=0.0613333;REFB=0.00383952;REVB=-0.0433503;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168369;STB=0.602151;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00718923;OID=.;OPOS=55524314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:6:7:3:5:6:7 chr12 55641075 . A G 132.07 PASS AF=0.8;AO=8;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0335359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.831;QD=35.2194;RBI=0.181061;REFB=-0.137757;REVB=0.177928;RO=2;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218484;STB=0.562399;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0124476;OID=.;OPOS=55641075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:8:12:0.8:3:5:0:2:7:5:0:2 chr12 55641255 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0129362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.724;QD=14.2622;RBI=0.019973;REFB=-0.0162997;REVB=-0.0152176;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663586;STB=0.524969;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0197526;OID=.;OPOS=55641255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:8:8:10:13:8:8:11:13 chr12 55641295 . A G 198.86 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00851702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9829;QD=16.2332;RBI=0.0110121;REFB=-0.0306804;REVB=0.0069804;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594165;STB=0.533948;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0465381;OID=.;OPOS=55641295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:15:13:11:10:15:13 chr12 55641328 . G A 180.88 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0546628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0324;QD=12.9202;RBI=0.0769328;REFB=0.00660249;REVB=-0.0541354;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317698;STB=0.527662;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0115509;OID=.;OPOS=55641328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:12:10:16:17:12:10:17:17 chr12 55642071 . G A 72.99 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0250286;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1807;QD=10.0678;RBI=0.0255452;REFB=-0.0113155;REVB=-0.00511142;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620281;STB=0.521696;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.020948;OID=.;OPOS=55642071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:29:29:18:19:9:10:0.344828:4:5:11:7:4:6:12:7 chr12 55688267 . G A 306.39 PASS AF=1;AO=16;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.61;QD=53.2857;RBI=0.105665;REFB=0;REVB=0.104734;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105388;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:16:23:1:11:5:0:0:13:10:0:0 chr12 55714772 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00227645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.089;QD=12.329;RBI=0.00270797;REFB=-0.0139128;REVB=0.00146658;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292487;STB=0.52936;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.01972;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:4:12:8:3:4:13 chr12 55714876 . C G 151.21 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00686297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5686;QD=20.161;RBI=0.0181149;REFB=0.00937395;REVB=0.0167645;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679609;STB=0.538414;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00598193;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:5:9:9:7:5:9 chr12 55715119 . G A 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.022786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.542;QD=18.7928;RBI=0.0257737;REFB=-0.013001;REVB=-0.012045;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935086;STB=0.505296;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0184924;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:12:15:13:10:12:15 chr12 55725746 . A T 225.19 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0180696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.901;QD=15.2669;RBI=0.0338133;REFB=-0.0050093;REVB=0.0285802;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113112;STB=0.564265;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00436845;OID=.;OPOS=55725746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:18:15:9:17:18:15 chr12 55794976 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00692533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.824;QD=15.3788;RBI=0.0188102;REFB=-0.00818571;REVB=0.0174889;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429974;STB=0.749583;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0152907;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:4:10:3:9:4:10 chr12 55805864 . T A 393.19 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00939926;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.921;QD=19.4169;RBI=0.0118056;REFB=-0.0149203;REVB=0.00714317;RO=41;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130275;STB=0.507243;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0167439;OID=.;OPOS=55805864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:41:40:40:0.493827:23:17:18:23:23:17:18:23 chr12 55806238 . A G 277.85 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00480907;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.355;QD=25.8462;RBI=0.0351464;REFB=-0.0145144;REVB=-0.0348158;RO=19;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868166;STB=0.532333;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0109154;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:18:25:25:0.581395:8:17:11:8:8:17:11:7 chr12 55806437 . T C 320.15 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00339921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.399;QD=13.6233;RBI=0.00940897;REFB=-0.00932196;REVB=0.00877349;RO=58;SAF=25;SAR=11;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222146;STB=0.627279;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0122095;OID=.;OPOS=55806437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:58:58:36:36:0.382979:11:25:29:29:11:25:29:29 chr12 55806558 . A G 85.66 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.043771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7307;QD=11.8157;RBI=0.0438819;REFB=-0.0106572;REVB=-0.00311716;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.516748;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0230081;OID=.;OPOS=55806558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:7:10:7:4:7:11 chr12 55806629 . G C 143.11 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.14214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9054;QD=16.8366;RBI=0.147366;REFB=0.0363921;REVB=-0.0388941;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234065;STB=0.634442;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.044775;OID=.;OPOS=55806629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:8:10:5:11:8:10 chr12 55807356 . G A 125.07 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00037744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.515;QD=17.8665;RBI=0.0356227;REFB=-0.00918287;REVB=0.0356207;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278084;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.012933;OID=.;OPOS=55807356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:13:14:0.5:3:10:7:7:4:10:7:7 chr12 55807493 . C T 106.51 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0173566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.569;QD=11.8341;RBI=0.0174218;REFB=-0.0265561;REVB=-0.00150676;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10609;STB=0.573803;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0456489;OID=.;OPOS=55807493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:6:7:14:8:6:7:15:8 chr12 55808469 . C G 983.46 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249975;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7483;QD=57.8506;RBI=0.0700907;REFB=-0.0950906;REVB=-0.0654815;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00153897;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:0:1:67:67:0.985294:37:30:0:0:37:30:1:0 chr12 55820121 . C T 702.01 PASS AF=0.94;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-2.12564e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1413;QD=56.1606;RBI=0.0204911;REFB=0.0211486;REVB=0.0204911;RO=2;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153915;STB=0.525885;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0172239;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:50:2:3:46:47:0.94:15:31:1:1:14:33:1:2 chr12 55863224 . C G 209.63 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0582807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3955;QD=18.6338;RBI=0.059038;REFB=-0.0229503;REVB=-0.00942545;RO=24;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320564;STB=0.685507;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0122279;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:18:3:9:15:18:3:9:15 chr12 55863381 . A G 296.34 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000760515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5524;QD=49.3899;RBI=0.0417626;REFB=-0.00500767;REVB=0.0417556;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.518502;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00330702;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:10:13:1:0:10:13:1:0 chr12 55886294 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0289007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.805;QD=20.8978;RBI=0.0541035;REFB=-0.0869074;REVB=-0.0457377;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749496;STB=0.543368;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0096849;OID=.;OPOS=55886294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:2:2:3:5:2:2 chr12 55886489 . T A 77.15 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0356143;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.8756;QD=13.4173;RBI=0.0357425;REFB=0.00796772;REVB=0.00302374;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603878;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.0173382;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:6:7:6:4:6:7 chr12 55945119 . A G 640.74 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311597;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.195;QD=59.6035;RBI=0.050009;REFB=0;REVB=0.0391148;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318152;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:38:43:1:22:16:0:0:22:21:0:0 chr12 55945856 . A G 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.113156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.063;QD=20.1569;RBI=0.115645;REFB=-0.0385654;REVB=0.0238663;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1969;STB=0.599867;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0281771;OID=.;OPOS=55945856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:16:16:0.533333:12:4:6:7:12:4:6:8 chr12 56030938 . C T 234.7 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.044659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.621;QD=13.0388;RBI=0.0453618;REFB=-0.0119807;REVB=-0.00795409;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127512;STB=0.566619;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0193182;OID=.;OPOS=56030938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:44:28:28:0.388889:17:11:22:21:17:11:22:22 chr12 56031273 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0106686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.36;QD=21.0154;RBI=0.0245229;REFB=-0.00677884;REVB=-0.0220806;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265188;STB=0.633334;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00392468;OID=.;OPOS=56031273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:15:16:0.551724:8:7:2:11:9:7:2:11 chr12 56089357 . C T 1110.0 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.181;QD=60;RBI=0.0515635;REFB=0;REVB=0.00456562;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118174;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:39:35:0:0:39:35:0:0 chr12 56233518 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0130235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8552;QD=12.7384;RBI=0.0420874;REFB=0.0022635;REVB=-0.0400217;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306568;STB=0.677062;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00235;OID=.;OPOS=56233518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:1:9:5:3:1:9 chr12 56236531 . A G 1739.63 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.928;QD=59.9871;RBI=0.110797;REFB=0;REVB=0.0933447;RO=1;SAF=90;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124594;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:116:1:0:111:116:1:21:90:0:1:23:93:0:0 chr12 56295734 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.949;QD=42.1797;RBI=0.0522933;REFB=0;REVB=0.0382274;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634531;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr12 56330572 . G A 321.99 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=-0.000297201;FXX=0.0294089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3254;QD=13.0095;RBI=0.0284306;REFB=-0.0261462;REVB=0.0284291;RO=60;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222665;STB=0.628873;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0429241;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:60:61:38:38:0.383838:21:17:15:45:21:17:15:46 chr12 56335107 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00231785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.691;QD=11.1312;RBI=0.00822313;REFB=-0.00720458;REVB=-0.0078897;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030867;STB=0.518482;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0111235;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:9:8:5:5:9:8 chr12 56348028 . G A 138.06 PASS AF=0.390244;AO=15;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0135515;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8744;QD=13.4694;RBI=0.0201486;REFB=-0.0103642;REVB=-0.0149105;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.51218;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0368775;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:25:15:16:0.390244:7:8:12:13:8:8:12:13 chr12 56351346 . G A 226.53 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0072145;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.469;QD=19.2789;RBI=0.00722091;REFB=-0.0167262;REVB=-0.000304159;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124505;STB=0.570758;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0131251;OID=.;OPOS=56351346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:11:14:15:7:11:14 chr12 56361104 . G A 382.94 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0064558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.405;QD=17.4063;RBI=0.0173652;REFB=-0.00357082;REVB=0.0161206;RO=48;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535435;STB=0.536304;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00390144;OID=.;OPOS=56361104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:39:40:0.454545:19:20:22:26:19:21:22:26 chr12 56398454 . G C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3835;QD=59.4331;RBI=0.048389;REFB=0;REVB=-0.00895786;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105002;OID=.;OPOS=56398454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr12 56435929 . C G 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0790073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4912;QD=49.5931;RBI=0.082505;REFB=0;REVB=0.0237682;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270087;OID=.;OPOS=56435929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr12 56601485 . CA C 108.13 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0331083;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.318;QD=4.50536;RBI=0.0358436;REFB=-0.0074873;REVB=-0.0137332;RO=74;SAF=5;SAR=13;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27391;STB=0.659468;STBP=0.149;TYPE=del;VARB=0.0222099;OID=.;OPOS=56601486;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:18:97:18:96:78:5:13:36:42:99:74:5:13:36:38 chr12 56647911 . G C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.095;QD=55.0956;RBI=0.0169613;REFB=0;REVB=-0.00997549;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287944;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr12 56649601 . A G 1573.18 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.735;QD=59.9306;RBI=0.0747314;REFB=0;REVB=0.058564;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120845;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:56:47:0:0:57:48:0:0 chr12 56722060 . T G 618.89 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0422519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8631;QD=58.9414;RBI=0.0665134;REFB=0.0210173;REVB=0.0513694;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00153559;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:26:13:0:1:26:15:0:1 chr12 56814653 . G A 260.33 PASS AF=0.467742;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0234044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0027;QD=16.7954;RBI=0.0236397;REFB=-0.0225376;REVB=-0.00332768;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229978;STB=0.625338;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0243574;OID=.;OPOS=56814653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:31:33:27:29:0.467742:17:10:19:12:19:10:19:14 chr12 56815922 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0188844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.345;QD=19.4666;RBI=0.0386587;REFB=-0.0129968;REVB=0.0337323;RO=24;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046491;STB=0.526292;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0135046;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:9:13:13:11:9:13:13:11 chr12 56822378 . T A 57.64 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0535019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0935;QD=13.5622;RBI=0.091127;REFB=0.00299818;REVB=0.0737677;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47841;STB=0.791595;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00674265;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:7:1:5:4:7:1:5:4 chr12 56825311 . C T 80.95 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00470503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.905;QD=12.9523;RBI=0.0264996;REFB=-0.0482319;REVB=-0.0260785;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525501;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0224125;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:25:14:14:10:11:0.44:5:5:7:7:6:5:7:7 chr12 56827694 . C G 74.03 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0482826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2662;QD=10.2114;RBI=0.0520697;REFB=-0.00541433;REVB=-0.0194948;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55415;STB=0.830552;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00596452;OID=.;OPOS=56827694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:8:2:14:5:8:2:14:5 chr12 56862886 . T C 701.55 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.03;QD=62.36;RBI=0.0174202;REFB=0;REVB=0.0167642;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484866;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:18:26:0:0:19:26:0:0 chr12 57106660 . A T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6488;QD=53.2755;RBI=0.0196786;REFB=0;REVB=-0.0150104;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349915;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr12 57108203 . A G 671.86 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.292;QD=52.6948;RBI=0.0463216;REFB=-0.0557067;REVB=-0.030579;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335887;STB=0.51785;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00352831;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:22:27:2:0:22:27:2:0 chr12 57109792 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.807;QD=53.909;RBI=0.0462751;REFB=0;REVB=0.0323523;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035688;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr12 57109931 . A T 96.4 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.022;QD=38.5595;RBI=0.188095;REFB=0;REVB=0.17928;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00540754;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:3:6:0:0:4:6:0:0 chr12 57113282 . C T 47.44 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0111734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.84;QD=11.1633;RBI=0.0135543;REFB=-0.0194222;REVB=-0.00767294;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0227728;OID=.;OPOS=57113282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:3:3:4:6:3:4:4:6 chr12 57114100 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314674;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=177.317;QD=43.4861;RBI=0.0455971;REFB=0;REVB=0.0329986;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29346e-05;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 57114307 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9941;QD=51.9161;RBI=0.04876;REFB=0;REVB=0.0230693;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010428;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr12 57133140 . T G 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1341;QD=56.1823;RBI=0.0287187;REFB=0;REVB=0.00271691;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600075;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr12 57137828 . T A 461.74 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.183;QD=55.9683;RBI=0.020254;REFB=0;REVB=0.0193044;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225674;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:33:1:0:32:33:1:17:15:0:1:18:15:0:0 chr12 57390038 . T C 293.48 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0274206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3223;QD=14.8595;RBI=0.027631;REFB=-0.0116314;REVB=0.00340397;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660681;STB=0.537361;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0159366;OID=.;OPOS=57390038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:46:33:33:0.417722:18:15:18:28:18:15:18:28 chr12 57395498 . GGACA G 63.94 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0171965;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=259.378;QD=8.52542;RBI=0.0203496;REFB=-0.0287578;REVB=0.0108806;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217976;STB=0.639731;STBP=0.294;TYPE=del;VARB=0.0464862;OID=.;OPOS=57395499;OREF=GACA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:10:30:11:30:19:8:3:10:9:63:16:7:3:8:8 chr12 57395678 . T G 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0165374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6778;QD=17.288;RBI=0.0299461;REFB=-0.00592582;REVB=0.0249657;RO=33;SAF=19;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00304849;STB=0.501709;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00658455;OID=.;OPOS=57395678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:11:19:21:12:11:19:21:12 chr12 57406444 . T C 486.69 PASS AF=0.452991;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=117;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.00389811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.428;QD=16.6388;RBI=0.0183204;REFB=-0.0148724;REVB=-0.0179009;RO=64;SAF=22;SAR=31;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114666;STB=0.563978;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0204217;OID=.;OPOS=57406444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:64:53:53:0.452991:31:22:34:30:31:22:34:30 chr12 57422934 . G A 130.09 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0126658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4538;QD=13.343;RBI=0.018614;REFB=-0.00473855;REVB=-0.0136403;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530746;STB=0.530993;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00542892;OID=.;OPOS=57422934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:14:10:7:8:14:10 chr12 57449610 . T G 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00333228;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.199;QD=18.8287;RBI=0.0178256;REFB=-0.0128477;REVB=0.0175114;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10207;STB=0.558021;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0149636;OID=.;OPOS=57449610;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:10:12:13:7:10:12 chr12 57449705 . T C 149.3 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00146851;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.303;QD=17.5644;RBI=0.0121268;REFB=-0.00929018;REVB=0.0120376;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0119487;OID=.;OPOS=57449705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:10:8:8:8:10:8 chr12 57451960 . C CT 125.76 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.0906896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.228;QD=13.2377;RBI=0.181984;REFB=0.010888;REVB=-0.157777;RO=18;SAF=16;SAR=2;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11052;STB=0.562841;STBP=0.633;TYPE=ins;VARB=-0.0376554;OID=.;OPOS=57451961;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:18:37:19:38:19:17:2:16:3:99:18:16:2:15:3 chr12 57486762 . C T 60.29 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=0.0208687;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.505;QD=2.87112;RBI=0.0233421;REFB=0.00232772;REVB=-0.0104571;RO=69;SAF=6;SAR=6;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449669;STB=0.52377;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00929645;OID=.;OPOS=57486762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:85:84:69:72:12:12:0.142857:6:6:37:32:6:6:38:34 chr12 57489648 . C T 271.53 PASS AF=0.5;AO=28;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0469259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7925;QD=18.102;RBI=0.0623779;REFB=-0.0290451;REVB=-0.0410969;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131225;STB=0.55019;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.035863;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:28:30:0.5:11:17:14:16:13:17:14:16 chr12 57489709 . T C 305.95 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00446132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7231;QD=20.3969;RBI=0.0121187;REFB=-0.0229844;REVB=-0.0112677;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376856;STB=0.502091;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0294632;OID=.;OPOS=57489709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:17:15:13:15:17:15:13:15 chr12 57548466 . C T 318.31 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00184723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.255;QD=23.1499;RBI=0.00687334;REFB=-0.0314479;REVB=-0.00662046;RO=23;SAF=14;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642833;STB=0.535447;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0243131;OID=.;OPOS=57548466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:18:14:12:11:18:14:12:11 chr12 57552234 . C CG 41.9 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.0101857;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=22.3913;QD=5.23723;RBI=0.0919349;REFB=-0.03425;REVB=0.0913689;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612847;STB=0.884448;STBP=0.045;TYPE=ins;VARB=0.0834524;OID=.;OPOS=57552235;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:8:32:9:32:23:2:7:20:3:41:24:2:6:20:4 chr12 57567762 . C T 262.4 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.586;QD=49.9813;RBI=0.0595696;REFB=0;REVB=0.057358;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348364;OID=.;OPOS=57567762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr12 57588433 . G A 1906.05 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.057;QD=60.9937;RBI=0.0230171;REFB=0;REVB=0.00337253;RO=1;SAF=55;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.44165e-05;OID=.;OPOS=57588433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:125:1:0:124:125:1:69:55:0:1:70:55:0:0 chr12 57589659 . C T 557.49 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0512598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3839;QD=55.7492;RBI=0.0517975;REFB=-0.126322;REVB=0.00744424;RO=2;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939152;STB=0.505492;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00292273;OID=.;OPOS=57589659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:40:40:2:2:37:38:0.95:15:22:1:1:15:23:1:1 chr12 57589783 . CA C,CC 314.53 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,19;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078934,0.112514;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.7144,27.0937;QD=50.3252;RBI=0.0948971,0.126651;REFB=0,0;REVB=-0.0526773,-0.0581459;RO=0;SAF=3,6;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.851e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.145147,0.0142703;OID=.,.;OPOS=57589784,57589784;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:3,19:25:1,24:25:0:0,9:1,15:0:0:5:0:3,6:0,13:0:0 chr12 57590797 . C T 1726.13 PASS AF=0.991453;AO=114;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321933;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.664;QD=59.013;RBI=0.058829;REFB=-0.0661508;REVB=0.0492386;RO=1;SAF=70;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673582;STB=0.503545;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000389082;OID=.;OPOS=57590797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:117:117:1:1:114:116:0.991453:44:70:1:0:46:70:1:0 chr12 57590869 . T C 2393.98 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.945;QD=60.9931;RBI=0.0266758;REFB=0;REVB=-0.00885338;RO=0;SAF=81;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.22712e-06;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:75:81:0:0:76:81:0:0 chr12 57619362 . G A 994.75 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.482;QD=57.6666;RBI=0.0474122;REFB=-0.10806;REVB=0.00338482;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000358346;OID=.;OPOS=57619362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:34:34:1:0:34:34:1:0 chr12 57627074 . G T 785.97 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.677;QD=64.1608;RBI=0.0235287;REFB=0;REVB=0.0188819;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46661e-05;OID=.;OPOS=57627074;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:41:7:0:0:42:7:0:0 chr12 57649840 . C T 175.22 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0143756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.292;QD=13.743;RBI=0.015101;REFB=-0.0214227;REVB=0.0046239;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997143;STB=0.538884;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.035399;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:31:19:20:0.392157:9:10:18:11:9:11:19:12 chr12 57892303 . C T 35.28 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00782488;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.895;QD=2.47581;RBI=0.0199291;REFB=0.000190492;REVB=0.0183287;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305163;STB=0.73464;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00311387;OID=.;OPOS=57892303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:57:57:46:50:7:7:0.122807:5:2:25:21:5:2:28:22 chr12 57958313 . A G 814.86 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.108;QD=57.183;RBI=0.0598458;REFB=0;REVB=0.0292287;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217875;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:26:31:0:0 chr12 57985204 . C T 1302.08 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00214119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.224;QD=62.0039;RBI=0.0179141;REFB=0;REVB=0.0177856;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69843e-05;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr12 57994743 . T G 1287.45 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00606439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4306;QD=61.3073;RBI=0.04616;REFB=0;REVB=-0.0457599;RO=1;SAF=38;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122993;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9518e-05;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:1:0:82:84:1:44:38:1:0:44:40:0:0 chr12 57995089 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.332;QD=54.5176;RBI=0.0500033;REFB=0;REVB=0.0475919;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225835;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr12 58002599 . C T 303.14 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9648;QD=52.7206;RBI=0.103781;REFB=0;REVB=0.0851681;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00218252;OID=.;OPOS=58002599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:8:10:0:0:13:10:0:0 chr12 58010163 . A G 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.121;QD=56.9349;RBI=0.0134884;REFB=0;REVB=0.0106736;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65908e-05;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr12 58017701 . T G 801.61 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.384;QD=64.129;RBI=0.0340037;REFB=0;REVB=0.00240725;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011563;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr12 58019472 . T G 279.55 PASS AF=0.956522;AO=23;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0270359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4874;QD=48.617;RBI=0.0282541;REFB=0.0670621;REVB=0.0082069;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00532701;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:23:22:0.956522:16:7:0:0:15:7:0:1 chr12 58122020 . G A 145.78 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0154488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2798;QD=25.3533;RBI=0.144118;REFB=-0.0364329;REVB=-0.143288;RO=7;SAF=13;SAR=2;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193335;STB=0.617519;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0138763;OID=.;OPOS=58122020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:7:8:15:15:0.652174:2:13:7:0:2:13:8:0 chr12 58159828 . G A 318.43 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.028886;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6547;QD=25.9944;RBI=0.0293252;REFB=-0.0283466;REVB=0.00505653;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076257;STB=0.542139;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0218118;OID=.;OPOS=58159828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:28:28:0.571429:16:12:7:14:16:12:7:14 chr12 58174306 . T C,G 561.33 PASS AF=0.921053,0.0789474;AO=35,3;DP=38;FAO=35,3;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214426,-0.00543341;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.6307,132.982;QD=59.0876;RBI=0.0415815,0.0365274;REFB=0,0;REVB=-0.0415261,-0.0361211;RO=0;SAF=12,2;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00933906,0.0979658;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:38:38:0:0:35,3:35,3:0.921053,0.0789474:23,1:12,2:0:0:23,1:12,2:0:0 chr12 58176614 . T C 412.74 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.039702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8256;QD=53.2569;RBI=0.0501641;REFB=0.0547191;REVB=-0.0306625;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00476081;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:14:16:0:0:14:16:1:0 chr12 58177437 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.211;QD=35.5754;RBI=0.0827261;REFB=0;REVB=0.0314181;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358535;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr12 58203377 . T A 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000694319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.434;QD=59.501;RBI=0.01306;REFB=0;REVB=0.0130415;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39257e-05;OID=.;OPOS=58203377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr12 58204283 . T C 688.36 PASS AF=1;AO=39;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111287;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.461;QD=61.1873;RBI=0.0220121;REFB=0;REVB=0.0189918;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121923;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:39:45:1:25:14:0:0:27:18:0:0 chr12 58335626 . A T 479.33 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00558714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.834;QD=22.5568;RBI=0.0194994;REFB=-0.0274975;REVB=0.0186818;RO=37;SAF=26;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202908;STB=0.512443;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0203693;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:39:46:46:0.541176:20:26:20:17:20:26:21:18 chr12 58345606 . T C 352.33 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00740217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4552;QD=21.0347;RBI=0.0200645;REFB=-0.0142591;REVB=0.0186492;RO=30;SAF=10;SAR=26;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282775;STB=0.651075;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0272832;OID=.;OPOS=58345606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:36:36:0.537313:26:10:18:12:26:10:18:13 chr12 58350631 . C T 1194.53 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218646;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.999;QD=61.258;RBI=0.039416;REFB=0;REVB=-0.0327958;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108255;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:36:42:0:0:36:42:0:0 chr12 59197107 . G A 180.19 PASS AF=0.526316;AO=17;DP=39;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0176822;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.874;QD=18.9671;RBI=0.0396003;REFB=-0.00689444;REVB=-0.0354334;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521373;STB=0.529383;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00893863;OID=.;OPOS=59197107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:17:18:17:20:0.526316:9:8:7:10:11:9:7:11 chr12 62104219 . A C 172.18 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0116767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2348;QD=26.4889;RBI=0.0707759;REFB=-0.0244026;REVB=0.0698061;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158275;STB=0.588131;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0150758;OID=.;OPOS=62104219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:6:3:10:7:6:3 chr12 62114671 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00166341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.334;QD=17.2293;RBI=0.022573;REFB=0.049222;REVB=0.0225116;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0337764;OID=.;OPOS=62114671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr12 62894636 . T A 499.02 PASS AF=0.414815;AO=53;DP=132;FAO=56;FDP=135;FR=.;FRO=79;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00445301;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1115;QD=14.7857;RBI=0.0353652;REFB=-0.0204591;REVB=0.0350837;RO=77;SAF=14;SAR=39;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169127;STB=0.571749;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0404081;OID=.;OPOS=62894636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:77:79:53:56:0.414815:39:14:31:46:40:16:31:48 chr12 62986998 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0752286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.527;QD=12.7914;RBI=0.0802665;REFB=-0.0190804;REVB=0.0279888;RO=23;SAF=2;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566714;STB=0.835559;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0283175;OID=.;OPOS=62986998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:12:2:15:8:12:2:15:8 chr12 63083521 . G A 313.1 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0242444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.971;QD=16.9243;RBI=0.024272;REFB=-0.0350106;REVB=0.00115708;RO=39;SAF=16;SAR=18;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00865901;STB=0.502391;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.04138;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:40:34:34:0.459459:18:16:18:21:18:16:19:21 chr12 63359168 . G A 1249.1 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=7.20351e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.091;QD=60.1978;RBI=0.0217733;REFB=0.0110194;REVB=0.0217732;RO=1;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114108;STB=0.506023;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=1.88207e-05;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:41:41:0:1:41:41:0:1 chr12 63359409 . C A 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0078293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.941;QD=58.2408;RBI=0.0523386;REFB=0.0638559;REVB=-0.0517497;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00134809;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr12 64062023 . A C 105.82 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0159341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.395;QD=21.1636;RBI=0.0183675;REFB=-0.0135466;REVB=-0.00913619;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967732;STB=0.555456;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00927622;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:2:6:10:2:2:6 chr12 64062052 . G A 88.48 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00306843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.334;QD=13.6116;RBI=0.00619446;REFB=-0.0211522;REVB=-0.00538108;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379619;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0268305;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:6:9:7:4:6:9 chr12 64062065 . T C 189.2 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00208641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.069;QD=21.0224;RBI=0.0138524;REFB=-0.0223811;REVB=-0.0136944;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028511;STB=0.5045;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0106869;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:18:19:0.527778:10:8:7:10:11:8:7:10 chr12 64472803 . A T 890.86 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0465444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.905;QD=56.5628;RBI=0.0467055;REFB=-0.1559;REVB=-0.00387576;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00347924;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:63:0:1:61:62:0.984127:28:33:0:0:28:34:0:1 chr12 64519806 . T C 357.82 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0090387;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.157;QD=19.0838;RBI=0.00913741;REFB=-0.0137675;REVB=0.00133946;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142845;STB=0.519547;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.011717;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:38:37:37:0.493333:16:21:21:15:16:21:23:15 chr12 64587633 . C A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.622;QD=57.6807;RBI=0.0407479;REFB=0;REVB=0.0217212;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107332;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr12 64609562 . C T 468.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256154;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.246;QD=58.6058;RBI=0.0308434;REFB=0;REVB=0.0171804;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140817;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr12 64669090 . C A 666.27 PASS AF=0.485507;AO=66;DP=137;FAO=67;FDP=138;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0171148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1679;QD=19.3123;RBI=0.043551;REFB=0.0188361;REVB=-0.0400471;RO=71;SAF=36;SAR=30;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493204;STB=0.522863;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.020269;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:71:71:66:67:0.485507:30:36:35:36:31:36:35:36 chr12 64712511 . A G 487.17 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163062;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.748;QD=59.0507;RBI=0.0294176;REFB=0;REVB=-0.0244847;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78821e-06;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr12 64803798 . A C 197.58 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.014061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.343;QD=14.6354;RBI=0.0155833;REFB=-0.00901412;REVB=0.00671769;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168925;STB=0.613324;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.01264;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:22:23:0.425926:11:11:20:10:12:11:21:10 chr12 65108160 . G C 779.36 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.863;QD=63.6215;RBI=0.0309193;REFB=0;REVB=0.0268242;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39834e-05;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr12 65146532 . C T 836.97 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.08523;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.77;QD=57.7223;RBI=0.0861867;REFB=0;REVB=0.0128062;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000238816;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr12 65150485 . C T 501.38 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1877;QD=58.986;RBI=0.0932521;REFB=0;REVB=0.0879581;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105529;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr12 65154730 . C G 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0484329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0021;QD=19.4662;RBI=0.0497994;REFB=0.00779196;REVB=-0.0115858;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204856;STB=0.615893;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00954333;OID=.;OPOS=65154730;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:14:8:14:10:14:8:14:10 chr12 65332874 . G A 65.07 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=10;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0111373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.621;QD=21.6911;RBI=0.0125611;REFB=-0.0218816;REVB=-0.00580867;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.61088;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0102685;OID=.;OPOS=65332874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:12:2:4:5:8:0.666667:4:1:0:2:7:1:0:4 chr12 65448986 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0237721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.47;QD=15.9155;RBI=0.0287644;REFB=-0.0159658;REVB=-0.0161951;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127637;STB=0.573658;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.037409;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:6:9:6:7:6:9 chr12 65514265 . G C,GC 192.41 PASS AF=0,1;AO=3,4;DP=39;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0738773,-0.00234614;FXX=0.487055;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=92.8756,44.868;QD=38.482;RBI=0.0880581,0.0579635;REFB=-0.0041098,0.0197648;REVB=0.0479205,0.057916;RO=32;SAF=3,4;SAR=0,0;SRF=15;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.551015,0.609966;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.015143;OID=.,.;OPOS=65514265,65514266;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:39:20:32:0:3,4:0,20:0,1:0,0:3,4:15:17:0,4:0,16:0:0 chr12 65514266 . T C 424.58 PASS AF=0.846154;AO=32;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0487534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1562;QD=43.5469;RBI=0.079204;REFB=-0.053769;REVB=0.062421;RO=7;SAF=15;SAR=17;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175479;STB=0.5789;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00780322;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:7:6:32:33:0.846154:17:15:7:0:17:16:6:0 chr12 65641985 . C T 370.59 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00410489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3424;QD=17.2369;RBI=0.0467954;REFB=-0.00997357;REVB=-0.046615;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435989;STB=0.524421;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00960134;OID=.;OPOS=65641985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:19:20:22:25:19:20:22:25 chr12 65672558 . C A 120.61 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00592882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4026;QD=14.619;RBI=0.0297039;REFB=-0.0242076;REVB=0.0291062;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391429;STB=0.729506;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0724195;OID=.;OPOS=65672558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:11:8:11:3:11:8 chr12 66358347 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.072147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8738;QD=57.3856;RBI=0.072173;REFB=0;REVB=0.00193774;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454769;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr12 66359752 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000594264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.507;QD=55.6561;RBI=0.0258306;REFB=0;REVB=0.0258238;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168836;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr12 66532493 . A G 272.82 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0241091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.97;QD=24.2506;RBI=0.0275032;REFB=-0.0201939;REVB=-0.0132353;RO=19;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361465;STB=0.710781;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0243901;OID=.;OPOS=66532493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:7:18:5:14:7:18:5:15 chr12 66546100 . A G 238.22 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176076;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.543;QD=50.1521;RBI=0.0248558;REFB=0;REVB=0.0175437;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59737e-06;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr12 66605228 . A G 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00779772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.497;QD=15.2599;RBI=0.0580474;REFB=-0.0161289;REVB=-0.0575212;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0255134;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:8:8:5:8:8:8 chr12 66686545 . T G 298.18 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0291531;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6259;QD=15.903;RBI=0.0732339;REFB=-0.0163115;REVB=-0.0671811;RO=43;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134186;STB=0.582208;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0186181;OID=.;OPOS=66686545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:43:42:33:33:0.44:14:19:19:24:14:19:18:24 chr12 66696410 . C T 456.13 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.00859837;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9674;QD=20.0497;RBI=0.0861041;REFB=-0.0153052;REVB=-0.0856737;RO=45;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12062;STB=0.572375;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0163305;OID=.;OPOS=66696410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:45:46:45:45:0.494505:19:26:20:25:19:26:20:26 chr12 66725160 . C T 911.4 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.878;QD=56.086;RBI=0.0403274;REFB=-0.0339751;REVB=-0.0211967;RO=2;SAF=21;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428634;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000232509;OID=.;OPOS=66725160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:2:1:63:64:0.984615:42:21:2:0:42:22:1:0 chr12 66731864 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.945;QD=46.848;RBI=0.0433444;REFB=0;REVB=0.0245172;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342934;OID=.;OPOS=66731864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr12 66739539 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.532;QD=60.9777;RBI=0.00765011;REFB=0;REVB=-0.00707561;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09702e-05;OID=.;OPOS=66739539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr12 66786091 . G C 358.64 PASS AF=1;AO=14;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.063;QD=55.1752;RBI=0.0516444;REFB=0;REVB=0.0456768;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628261;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:14:26:1:12:2:0:0:13:13:0:0 chr12 67706466 . G A 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0169729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9862;QD=20.207;RBI=0.035857;REFB=-0.00545444;REVB=-0.0315855;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394853;STB=0.539509;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00422366;OID=.;OPOS=67706466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:5:8:6:3:5:8:7:3 chr12 68045403 . G A 1933.52 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.715;QD=61.8726;RBI=0.0353198;REFB=0;REVB=0.0109618;RO=0;SAF=47;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30395e-05;OID=.;OPOS=68045403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:78:47:0:0:78:47:0:0 chr12 68052178 . G T 526.23 PASS AF=0.847826;AO=38;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0194344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=97.0452;QD=45.7595;RBI=0.0447072;REFB=-0.121763;REVB=0.0402621;RO=7;SAF=11;SAR=27;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529185;STB=0.526747;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00178826;OID=.;OPOS=68052178;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:46:46:7:7:38:39:0.847826:27:11:1:6:28:11:1:6 chr12 68595787 . A G 108.23 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00543738;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.129;QD=21.6457;RBI=0.0248987;REFB=-0.0111269;REVB=-0.0242977;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211319;STB=0.620483;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0201856;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:4:8:3:5:4:8:3:5 chr12 68707287 . G A 349.9 PASS AF=0.480519;AO=34;DP=80;FAO=37;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00362376;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.944;QD=18.1764;RBI=0.032783;REFB=-0.0223148;REVB=-0.0325821;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901754;STB=0.5598;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0282624;OID=.;OPOS=68707287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:37:40:34:37:0.480519:18:16:21:16:20:17:23:17 chr12 68708761 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00296398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.583;QD=15.7005;RBI=0.0338436;REFB=-0.0320789;REVB=-0.0337136;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143553;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0482567;OID=.;OPOS=68708761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:14:5:6:9:14:5 chr12 68720627 . G A 271.01 PASS AF=0.318584;AO=36;DP=111;FAO=36;FDP=113;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0271427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.456;QD=9.59308;RBI=0.0284445;REFB=-0.0100687;REVB=-0.00850674;RO=73;SAF=12;SAR=24;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634592;STB=0.560475;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0253457;OID=.;OPOS=68720627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:73:77:36:36:0.318584:24:12:28:45:24:12:32:45 chr12 68724951 . G T 297.84 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.014175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.411;QD=15.8845;RBI=0.0143331;REFB=-0.0167443;REVB=0.00212285;RO=42;SAF=14;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994346;STB=0.556063;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0239796;OID=.;OPOS=68724951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:19:14:22:20:19:14:22:20 chr12 69187427 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.542;QD=50.4134;RBI=0.0308044;REFB=0;REVB=0.0129732;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222529;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr12 69187585 . G A,GA 668.98 PASS AF=0,1;AO=2,39;DP=43;FAO=0,44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179939,-0.0229149;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=204.56,67.6618;QD=60.8159;RBI=0.0197933,0.109638;REFB=0,0;REVB=0.00824589,0.107216;RO=1;SAF=2,28;SAR=0,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0407079;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000560477;OID=.,.;OPOS=69187585,69187586;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:43:44:1:0:2,39:0,44:0,1:0,11:2,28:0:1:0,12:0,32:0:0 chr12 69265578 . A G 284.65 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00492911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.6;QD=17.7908;RBI=0.0345564;REFB=-0.0198191;REVB=-0.034203;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00272535;STB=0.501525;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0286969;OID=.;OPOS=69265578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:17:14:15:18:17:14:15:18 chr12 69645863 . CA C,CG 74.72 PASS AF=1,0;AO=3,3;DP=8;FAO=8,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203964,-0.0202068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.5,207.383;QD=37.3577;RBI=0.0233111,0.0356239;REFB=0,0;REVB=-0.0112869,-0.0293385;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000163872,-0.00894432;OID=.,.;OPOS=69645864,69645864;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,3:8:8,0:8:0:6,0:2,0:0:0:4:0:3,1:0,2:0:0 chr12 69646914 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.249;QD=51.9167;RBI=0.0390236;REFB=0;REVB=0.0214369;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75165e-05;OID=.;OPOS=69646914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 69794856 . G A 131.87 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.116518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2448;QD=14.6518;RBI=0.122735;REFB=-0.00915162;REVB=0.0385658;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299422;STB=0.693048;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0220248;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:12:3:9:11:12:3:10:11 chr12 69967862 . G A 488.73 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.000145244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.268;QD=21.9654;RBI=0.00142854;REFB=-0.0440467;REVB=-0.00142113;RO=38;SAF=26;SAR=20;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181958;STB=0.591711;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0201185;OID=.;OPOS=69967862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:42:46:47:0.52809:20:26:13:25:21:26:15:27 chr12 69968753 . T G 52.82 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0542755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0157;QD=7.0429;RBI=0.0543393;REFB=-0.0112754;REVB=-0.00263198;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547183;STB=0.858707;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0297987;OID=.;OPOS=69968753;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:29:30:21:22:8:8:0.266667:1:7:9:12:1:7:9:13 chr12 69971500 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.158;QD=39.2068;RBI=0.0302621;REFB=0;REVB=0.0219907;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36319e-06;OID=.;OPOS=69971500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr12 69971713 . C T 825.45 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0260022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.107;QD=54.1281;RBI=0.0454764;REFB=-0.0347062;REVB=0.0373094;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192526;STB=0.519993;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000924083;OID=.;OPOS=69971713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:24:35:0:1:24:35:0:2 chr12 69972381 . G A 113.5 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.372;QD=41.2713;RBI=0.0318368;REFB=0;REVB=-0.0222774;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121331;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:2:9:0:0 chr12 69973192 . CA C 128.14 PASS AF=0.575758;AO=17;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0383493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.7429;QD=15.5317;RBI=0.0996579;REFB=-0.0374268;REVB=-0.0919839;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235764;STB=0.51117;STBP=0.945;TYPE=del;VARB=0.0228055;OID=.;OPOS=69973193;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:17:32:19:33:14:9:10:7:7:72:14:9:8:7:7 chr12 70037520 . G A 302.56 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00847183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.619;QD=12.2244;RBI=0.0085397;REFB=-0.000661221;REVB=0.00107447;RO=64;SAF=12;SAR=23;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039401;STB=0.522714;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00121488;OID=.;OPOS=70037520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:64:64:35:35:0.353535:23:12:24:40:23:12:24:40 chr12 70091432 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.899;QD=54.5167;RBI=0.123761;REFB=0;REVB=0.123646;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618287;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr12 70190408 . A C 100.65 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00455878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4642;QD=16.1044;RBI=0.0556154;REFB=0.00244914;REVB=0.0554282;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506435;STB=0.529362;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-1.13322e-05;OID=.;OPOS=70190408;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:8:5:4:8:8:5 chr12 70209464 . CAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAAC 123.26 PASS AF=0.52,0,0.44;AO=5,3,6;DP=25;FAO=13,0,11;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=5,0,4;FSAR=8,0,7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.155039,0.0277683,0.0274989;FXX=0;HRUN=14,2,14;LEN=1,1,1;MLLD=2.63049,267.667,271.974;QD=19.721;RBI=0.166697,0.0278647,0.0275642;REFB=-0.187109,-0.0139973,-0.0155896;REVB=-0.0612445,0.00231521,0.00189651;RO=5;SAF=2,1,3;SAR=3,2,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.0671606,0.0757641;STB=0.529367,0.5,0.533274;STBP=0.536,1,0.64;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.162833,0.00366531,0.00362322;OID=.,.,.;OPOS=70209465,70209476,70209475;OREF=A,-,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAC,CAAAAAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.52,0,0.44:5,3,6:25:13,0,11:25:1:5,0,4:8,0,7:0:1:50:5:2,1,3:3,2,3:2:3 chr12 70273985 . T G 796.38 PASS AF=0.493976;AO=82;DP=167;FAO=82;FDP=166;FR=.;FRO=84;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=51;FWDB=0.016467;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.544;QD=19.19;RBI=0.0165745;REFB=-0.0329542;REVB=-0.00188437;RO=83;SAF=40;SAR=42;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827149;STB=0.548176;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0249272;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:83:84:82:82:0.493976:42:40:33:50:42:40:33:51 chr12 70321450 . C T 233.81 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.444;QD=49.2236;RBI=0.0640733;REFB=0;REVB=0.0560092;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00542644;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:5:10:0:0:7:12:0:0 chr12 70330087 . A G 267.37 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.023052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.177;QD=18.439;RBI=0.0250096;REFB=-0.0235285;REVB=-0.00969976;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213505;STB=0.618912;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0168205;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:16:13:20:9:16:13:20:9 chr12 70330356 . CA C 103.24 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0470529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=10.8879;QD=12.5135;RBI=0.290682;REFB=0.0114938;REVB=-0.286848;RO=11;SAF=0;SAR=21;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.862248;STB=0.87;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0109621;OID=.;OPOS=70330357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:21:32:22:33:11:1:21:7:4:46:11:0:21:8:3 chr12 70346583 . T C 230.78 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00369057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.433;QD=17.7527;RBI=0.0211036;REFB=-0.0197148;REVB=0.0207783;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0188948;OID=.;OPOS=70346583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:13:14:13:12:13:14 chr12 70351684 . C A 47.54 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0130393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.301;QD=10.5647;RBI=0.0161782;REFB=-0.0074664;REVB=-0.00957665;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441607;STB=0.583117;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0199234;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:6:11:7:7:0.388889:2:5:4:2:2:5:9:2 chr12 70352021 . C T 323.47 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00341813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.764;QD=16.8038;RBI=0.00786003;REFB=-0.0250692;REVB=-0.00707789;RO=41;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146092;STB=0.51612;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0230527;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:35:35:0.454545:14:21:24:17:14:21:24:18 chr12 70715490 . C A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0731753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8201;QD=21.1725;RBI=0.0784607;REFB=-0.0201626;REVB=-0.0283101;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677961;STB=0.538399;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00902366;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:6:2:4:8:6:2 chr12 70748600 . A G 178.9 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0246222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7674;QD=12.5543;RBI=0.0458492;REFB=-0.0113362;REVB=-0.0386769;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346934;STB=0.530152;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0324635;OID=.;OPOS=70748600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:9:13:19:15:9:13:19:16 chr12 70912510 . C T 747.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00043255;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.114;QD=63.6086;RBI=0.0398561;REFB=0;REVB=-0.0398538;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000481353;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr12 70928724 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.918;QD=55.6559;RBI=0.0147588;REFB=0;REVB=0.00762844;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05781e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr12 70953277 . T C 379.7 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=91;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0493824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.687;QD=16.6902;RBI=0.0523643;REFB=-0.00835081;REVB=0.0174182;RO=51;SAF=18;SAR=22;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188139;STB=0.510562;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00862837;OID=.;OPOS=70953277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:51:51:40:40:0.43956:22:18:22:29:22:18:22:29 chr12 70963619 . G A 227.38 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0241888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3917;QD=12.8102;RBI=0.0252363;REFB=-0.0280804;REVB=0.00719502;RO=43;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0884236;STB=0.550571;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0480211;OID=.;OPOS=70963619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:43:28:28:0.394366:12:16:21:22:12:16:21:22 chr12 71002865 . T A 1166.25 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158477;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9564;QD=60.5844;RBI=0.0207604;REFB=0;REVB=0.0134107;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237144;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:39:38:0:0 chr12 71002893 . C T 1365.28 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00474953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0705;QD=58.0971;RBI=0.00863134;REFB=0.0335693;REVB=-0.00720707;RO=3;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00973786;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:3:4:90:90:0.957447:45:45:1:2:45:45:2:2 chr12 71003524 . CTT C,CCT 911.04 PASS AF=0.984127,0.015873;AO=55,3;DP=62;FAO=62,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276868,-0.0366526;FXX=0.0307645;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=286.282,26.1628;QD=57.8435;RBI=0.0280666,0.0410285;REFB=0,0;REVB=0.00460172,-0.0184371;RO=0;SAF=25,1;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000348133,0.136859;OID=.,.;OPOS=71003525,71003525;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.984127,0.015873:55,3:62:62,1:63:0:29,0:33,1:0:0:4:0:25,1:30,2:0:0 chr12 71139664 . T C 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00237695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.654;QD=57.0313;RBI=0.0541542;REFB=0.00396795;REVB=0.054102;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111164;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=2.69802e-05;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:23:42:1:0:23:42:1:0 chr12 71960208 . G A 417.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.554;QD=55.7175;RBI=0.0250523;REFB=0;REVB=-0.0137851;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224591;OID=.;OPOS=71960208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr12 72071045 . A G 459.01 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0070764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.526;QD=51.0011;RBI=0.011766;REFB=-0.0513837;REVB=0.0094002;RO=3;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330979;STB=0.517756;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.000519125;OID=.;OPOS=72071045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:36:36:3:3:33:33:0.916667:15:18:1:2:15:18:1:2 chr12 72307616 . A G 238.86 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0738;QD=50.2871;RBI=0.0449294;REFB=0;REVB=0.028569;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119039;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr12 72372862 . A G 207.9 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0362691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.271;QD=17.6933;RBI=0.0386794;REFB=0.00357206;REVB=-0.0134404;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132481;STB=0.575683;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.00395812;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:14:7:12:14:14:7:12:14 chr12 72416235 . A T 1252.92 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.475;QD=61.1179;RBI=0.0143803;REFB=0;REVB=0.00198872;RO=0;SAF=31;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.85194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66229e-05;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:80:82:1:49:31:0:0:50:32:0:0 chr12 73058186 . G A 955.19 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.64;QD=58.7808;RBI=0.0127598;REFB=0;REVB=0.0113117;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30073e-05;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr12 74932159 . G C 650.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.144;QD=61.9259;RBI=0.00996151;REFB=0;REVB=0.0096802;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86182e-05;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:23:18:0:0:24:18:0:0 chr12 74932327 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0168104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.313;QD=13.631;RBI=0.0246814;REFB=-0.0106374;REVB=-0.0180716;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545356;STB=0.829585;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0141399;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:3:6:1:7:3:6 chr12 74932565 . T C 728.72 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.064474;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5898;QD=52.9981;RBI=0.0674596;REFB=0.00439884;REVB=-0.019847;RO=2;SAF=17;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522466;STB=0.527767;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00248975;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:55:2:2:53:53:0.963636:36:17:2:0:36:17:2:0 chr12 74933166 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.988;QD=60.9785;RBI=0.0444222;REFB=0;REVB=0.0383009;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242937;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 74934634 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.633;QD=50.4109;RBI=0.0453009;REFB=0;REVB=0.0297417;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05836e-05;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr12 74934637 . T C 214.26 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162218;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.383;QD=45.107;RBI=0.0253245;REFB=-0.0419491;REVB=-0.019447;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00023947;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:8:10:0:0:8:10:0:1 chr12 74934743 . G T 36.23 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0154353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.14;QD=6.58808;RBI=0.0172344;REFB=-0.0178105;REVB=-0.00766649;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125021;STB=0.590616;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0386932;OID=.;OPOS=74934743;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:22:13:16:6:6:0.272727:3:3:8:5:3:3:10:6 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 55.34 PASS AF=0.333333,0.047619;AO=7,2;DP=23;FAO=7,1;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1,0;FSAR=6,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.014222,-0.0715764;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=212.755,120.081;QD=10.5413;RBI=0.0147814,0.0822228;REFB=-0.0475909,-0.0149508;REVB=-0.00402791,-0.040465;RO=12;SAF=1,0;SAR=6,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286112,-0.505787;STB=0.66611,0.986032;STBP=0.411,0.517;TYPE=del,mnp;VARB=0.041108,0.0702083;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.047619:7,2:23:7,1:21:13:1,0:6,1:4:9:48:12:1,0:6,2:4:8 chr12 75715330 . C A 201.19 PASS AF=0.45283;AO=20;DP=49;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0207864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.949;QD=15.1838;RBI=0.0224093;REFB=-0.0313982;REVB=-0.00837276;RO=29;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176904;STB=0.532257;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0421196;OID=.;OPOS=75715330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:29:29:20:24:0.45283:13:7:15:14:13:11:15:14 chr12 75737595 . T C 193.66 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00845696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.596;QD=16.8395;RBI=0.0237648;REFB=-0.00412517;REVB=0.0222092;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247383;STB=0.642054;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0122614;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:6:14:12:14:6:14:12:14 chr12 75760742 . G A 334.96 PASS AF=0.440476;AO=26;DP=82;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.033464;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.393;QD=15.9502;RBI=0.0334682;REFB=-1.21005e-05;REVB=-0.000524661;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208716;STB=0.629516;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00123469;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:35:47:26:37:0.440476:19:7:10:25:21:16:10:37 chr12 75785100 . C T 316.69 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0666399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1029;QD=40.8626;RBI=0.0685882;REFB=0.0537035;REVB=0.0162314;RO=6;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524279;STB=0.509992;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00553944;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:6:5:25:26:0.83871:13:12:2:4:14:12:2:3 chr12 75816814 . G GACA 93.83 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0359431;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.888;QD=10.1442;RBI=0.0364523;REFB=0.00758651;REVB=-0.00607152;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45341e-08;STB=0.526271;STBP=0.848;TYPE=ins;VARB=-0.0146652;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324:12:37:12:37:25:3:9:7:18:93:24:3:9:6:18 chr12 75893388 . T A 600.52 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00946663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.913;QD=58.5873;RBI=0.0231441;REFB=-0.106746;REVB=0.0211194;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00103999;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:21:19:0:0:21:19:0:1 chr12 75893404 . C A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0777;QD=57.6797;RBI=0.0443656;REFB=0;REVB=-0.0143482;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000720921;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr12 75902186 . T C 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220605;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.434;QD=56.9837;RBI=0.0293491;REFB=0;REVB=0.0193573;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25205e-05;OID=.;OPOS=75902186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr12 76351726 . C G 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0160875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0132;QD=17.9534;RBI=0.0412881;REFB=-0.00415757;REVB=0.038025;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021362;STB=0.51218;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00783341;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:11:6:6:10:11:6 chr12 76424937 . TTGC CTGT,T 132.92 PASS AF=0.25,0.6;AO=6,7;DP=18;FAO=5,12;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=4,5;FSAR=1,7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0443139,-0.00775237;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=216.304,109.058;QD=26.5844;RBI=0.0995193,0.0692276;REFB=-0.113847,-0.110878;REVB=0.0891087,0.0687922;RO=0;SAF=4,2;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.704971,0.517213;STBP=0.259,0.804;TYPE=mnp,del;VARB=0.0857338,0.0301516;OID=.,.;OPOS=76424937,76424938;OREF=TTGC,TGC;OALT=CTGT,-;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:18:20:0:3:6,7:5,12:0.25,0.6:2,5:4,2:0:0:1,7:4,5:1:2 chr12 76426110 . GGA G,GTG 542.66 PASS AF=0.909091,0;AO=34,2;DP=38;FAO=40,0;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=21,0;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0305193,-0.0193824;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=161.228,84.7987;QD=49.3329;RBI=0.0305328,0.0222494;REFB=-0.00335607,0.00986893;REVB=0.000907551,-0.0109251;RO=0;SAF=16,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.524988,0.5;STBP=0.34,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000906744,0;OID=.,.;OPOS=76426111,76426111;OREF=GA,GA;OALT=-,TG;OMAPALT=G,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091,0:34,2:38:40,0:44:4:21,0:19,0:1:3:19:0:16,2:18,0:0:0 chr12 76427547 . C CTTAAT 142.05 PASS AF=1;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113063;FXX=0.199867;HRUN=2;LEN=5;MLLD=238.422;QD=47.3485;RBI=0.013108;REFB=0;REVB=-0.00663242;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138703;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=4.36742e-05;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:17:12:12:0:8:4:0:0:3:6:7:4:5:1 chr12 76449900 . T C 372.25 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0877072;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=57.9901;QD=51.3444;RBI=0.0971067;REFB=0.0235892;REVB=0.0416793;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.517229;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00103238;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:29:1:1:26:28:0.965517:13:13:1:0:14:14:1:0 chr12 76453966 . G A 769.87 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131104;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5887;QD=64.1558;RBI=0.0184292;REFB=0;REVB=-0.0129519;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47383e-06;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr12 76709606 . T C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.799;QD=64.1539;RBI=0.0168083;REFB=0;REVB=0.0121789;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06035e-05;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr12 76709610 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.609;QD=57.1768;RBI=0.029291;REFB=0;REVB=0.00700397;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32515e-05;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr12 76747084 . T G 66.56 PASS AF=0.529412;AO=3;DP=11;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00975662;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=135.993;QD=15.6619;RBI=0.0401961;REFB=-0.0160417;REVB=-0.038994;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583142;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00653594;OID=.;OPOS=76747084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:11:17:0:8:3:9:0.529412:2:1:0:0:6:3:4:4 chr12 77175467 . A G 210.53 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.011626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2178;QD=19.1391;RBI=0.0269289;REFB=-0.0167477;REVB=0.02429;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199077;STB=0.624878;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.020834;OID=.;OPOS=77175467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:14:7:12:10:14:7:13:10 chr12 77256681 . T G 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0223994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3218;QD=19.7003;RBI=0.0355719;REFB=-0.00634054;REVB=0.0276339;RO=15;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266006;STB=0.638613;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00598236;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:5:12:6:9:5:12:7:9 chr12 77417509 . G T 193.13 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0209925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.514;QD=12.0705;RBI=0.0291057;REFB=-0.00487196;REVB=-0.0201608;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120937;STB=0.564461;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00656559;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:40:24:24:0.375:15:9:18:19:15:9:19:21 chr12 77419571 . T C 213.27 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0192308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.756;QD=16.7269;RBI=0.0192359;REFB=-0.0565849;REVB=-0.000440451;RO=26;SAF=5;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273844;STB=0.681103;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0397363;OID=.;OPOS=77419571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:28:23:23:0.45098:18:5:12:14:18:5:14:14 chr12 77449790 . A G 1008.44 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.813;QD=59.3199;RBI=0.00366163;REFB=0;REVB=0.00279034;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16235e-07;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr12 78225374 . A G 632.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0638;QD=61.6672;RBI=0.057979;REFB=0;REVB=-0.00506745;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356562;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr12 78400884 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0267899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.67;QD=12.6372;RBI=0.0577183;REFB=-3.55848e-05;REVB=-0.0511244;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405815;STB=0.502389;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00116393;OID=.;OPOS=78400884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:8:13:8:5:8:13 chr12 78530979 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00604648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.852;QD=14.6532;RBI=0.0146643;REFB=-0.00858062;REVB=-0.0133597;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507765;STB=0.806804;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00323951;OID=.;OPOS=78530979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:3:5:1:7:3:5 chr12 78598891 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.862;QD=57.6803;RBI=0.0254064;REFB=0;REVB=0.00367201;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128567;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr12 79611374 . C T 592.71 PASS AF=0.609195;AO=53;DP=87;FAO=53;FDP=87;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00882837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4979;QD=27.2509;RBI=0.0372171;REFB=0.0187535;REVB=0.0361548;RO=34;SAF=27;SAR=26;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133205;STB=0.572453;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00949537;OID=.;OPOS=79611374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:34:34:53:53:0.609195:26:27:11:23:26:27:11:23 chr12 79685913 . C A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0166396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6081;QD=14.3338;RBI=0.0250578;REFB=-0.0146649;REVB=-0.0187354;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0168444;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr12 80014907 . A T 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00126933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.455;QD=16.5648;RBI=0.00234224;REFB=-0.00815128;REVB=0.00196847;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545715;STB=0.503066;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00919369;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:20:18:23:25:20:18:23:25 chr12 80168657 . C CA 240.85 PASS AF=1;AO=5;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.145774;FXX=0.096743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.4412;QD=34.4071;RBI=0.18256;REFB=0;REVB=0.1099;RO=27;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.573488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00133616;OID=.;OPOS=80168658;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:32:28:28:0:10:18:0:0:5:27:4:1:7:20 chr12 80190650 . C G 1533.48 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992563;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.728;QD=63.8949;RBI=0.0283193;REFB=0;REVB=0.0265229;RO=0;SAF=33;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322062;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:63:33:0:0:63:33:0:0 chr12 80712420 . G A 867.98 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.69;QD=57.8655;RBI=0.0470974;REFB=0;REVB=-0.00975671;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49167e-05;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr12 80735771 . T A,C 383.87 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883877,0.0363326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=72.4005,158.151;QD=54.8386;RBI=0.024837,0.0407735;REFB=0,0;REVB=0.0232111,0.0185046;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.183014,-3.76422e-05;OID=.,.;OPOS=80735771,80735771;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,25:2,26:0.0714286,0.928571:2,15:0,10:0:0:2,16:0,10:0:0 chr12 80737521 . C T 713.06 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210994;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.777;QD=57.0446;RBI=0.0226888;REFB=0;REVB=-0.00834243;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6291e-05;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr12 80747242 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0835;QD=46.8468;RBI=0.103998;REFB=0;REVB=0.0631519;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00609771;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr12 80752660 . A G 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.778;QD=55.6551;RBI=0.0436069;REFB=0;REVB=-0.0132957;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156948;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr12 80761430 . G A 774.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.547;QD=63.2609;RBI=0.0093004;REFB=0;REVB=-0.0058272;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600888;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr12 80761465 . G A 620.0 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5928;QD=59.048;RBI=0.0234045;REFB=0.0118037;REVB=-0.00603819;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00022211;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:1:0:16:25:1:0 chr12 80765800 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.586;QD=53.9104;RBI=0.0293926;REFB=0;REVB=0.0195083;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39886e-05;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 80771813 . G A 542.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.572;QD=58.6203;RBI=0.0124146;REFB=0;REVB=0.00963485;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000932768;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:15:21:0:0:15:22:0:0 chr12 80816492 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6122;QD=51.1819;RBI=0.0330304;REFB=0;REVB=0.00344764;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000591188;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr12 80818227 . C T 332.79 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00689117;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4225;QD=18.7484;RBI=0.0503961;REFB=-0.0135285;REVB=-0.0499227;RO=36;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674082;STB=0.537456;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0229794;OID=.;OPOS=80818227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:23:12:10:26:23:12:10:26 chr12 80818876 . A G 1030.84 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0556754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2519;QD=57.2686;RBI=0.0606994;REFB=-0.0209978;REVB=-0.0241799;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108712;STB=0.505746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000425308;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:43:28:0:1:43:28:0:1 chr12 80889829 . T A 724.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.729;QD=55.7508;RBI=0.0272405;REFB=0;REVB=0.00557039;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114647;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr12 80899901 . C A 207.54 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.808;QD=48.8321;RBI=0.0733686;REFB=0;REVB=0.0532739;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442894;OID=.;OPOS=80899901;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:9:4:0:0:11:6:0:0 chr12 80900397 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1222;QD=55.0981;RBI=0.0532212;REFB=0;REVB=-0.0366662;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184809;OID=.;OPOS=80900397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 81028838 . C T 321.09 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00449545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.883;QD=18.8878;RBI=0.00786246;REFB=-0.0234977;REVB=-0.00645052;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263904;STB=0.514697;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0216655;OID=.;OPOS=81028838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:16:18:17:17:16:18 chr12 81329536 . A C 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0190084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2214;QD=18.8283;RBI=0.0939627;REFB=-0.0625971;REVB=0.0920199;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046355;STB=0.526289;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0355946;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:11:11:9:11:11:11 chr12 81769581 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0265717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9999;QD=16.1056;RBI=0.0306082;REFB=-0.00588649;REVB=-0.0151923;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152282;STB=0.587057;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0051826;OID=.;OPOS=81769581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:15:7:8:9:15:7 chr12 81833745 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000401394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.742;QD=62.0215;RBI=0.016172;REFB=0;REVB=0.016167;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29299e-05;OID=.;OPOS=81833745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr12 82783668 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00361092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.434;QD=42.1826;RBI=0.00502765;REFB=0;REVB=0.00349836;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32374e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 82792787 . C A 323.46 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.274;QD=53.91;RBI=0.0174071;REFB=0;REVB=0.00300625;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72263e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr12 85432040 . T A 317.39 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0323919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9827;QD=17.8812;RBI=0.0656413;REFB=0.00174323;REVB=-0.0570925;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400253;STB=0.522375;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00275479;OID=.;OPOS=85432040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:16:18:18:19:16:18:18:19 chr12 85438499 . G A 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0307147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.76;QD=8.1267;RBI=0.0310645;REFB=-0.00361763;REVB=-0.0046484;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196918;STB=0.512173;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0128728;OID=.;OPOS=85438499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:4:7:18:11:4:7:18:11 chr12 85449465 . T A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0137095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.755;QD=26.5699;RBI=0.0144907;REFB=-0.0116145;REVB=0.00469374;RO=4;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518926;STB=0.529356;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00731148;OID=.;OPOS=85449465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:9:2:1:3:9:2:1:3 chr12 85466723 . G A 353.57 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0100126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.358;QD=23.9705;RBI=0.0196883;REFB=-0.0239627;REVB=0.0169522;RO=24;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318443;STB=0.5175;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0133615;OID=.;OPOS=85466723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:16:19:12:12:16:19:12:12 chr12 88380094 . T C 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.000874884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.195;QD=18.3408;RBI=0.0215169;REFB=-0.0298119;REVB=0.0214991;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339734;STB=0.693647;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0234462;OID=.;OPOS=88380094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:12:6:12:5:12:6 chr12 88391850 . GTTTTT GTTTT,GTTTTA,TGTTTT 45.25 PASS AF=0.241379,0.0517241,0;AO=9,4,3;DP=58;FAO=14,3,0;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=8,3,0;FSAR=6,0,0;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.046194,0.0383181,-0.0344562;FXX=0.0333278;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=11.038,18.0488,99.0291;QD=3.12102;RBI=0.0830101,0.114886,0.0360438;REFB=-0.106462,-0.0830279,-0.0122667;REVB=0.0689695,0.108307,0.0105792;RO=33;SAF=7,4,3;SAR=2,0,0;SRF=14;SRR=19;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.427303,0.624721,0.567268;STB=0.580196,0.996684,0.5;STBP=0.503,0.079,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.130825,0.148452,0.127191;OID=.,.,.;OPOS=88391851,88391855,88391850;OREF=T,T,GT;OALT=-,A,TG;OMAPALT=GTTTT,GTTTTA,TGTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:58:58:33:41:9,4,3:14,3,0:0.241379,0.0517241,0:2,0,0:7,4,3:14:19:6,0,0:8,3,0:19:22 chr12 88440676 . G C 367.43 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0153659;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=20.4128;RBI=0.017994;REFB=-0.0167896;REVB=0.0093633;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696035;STB=0.538836;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0174482;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:32:34:38:38:0.527778:17:21:15:17:17:21:16:18 chr12 88452656 . T C 269.02 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00724934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.284;QD=17.0807;RBI=0.0205637;REFB=-0.0158544;REVB=0.0192435;RO=33;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230603;STB=0.504851;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0160626;OID=.;OPOS=88452656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:13:16:19:14:13:17:19:14 chr12 88500847 . T C 158.48 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0193133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=63.1288;QD=11.3203;RBI=0.0284086;REFB=-0.00564824;REVB=0.0208337;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127809;STB=0.589199;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00501547;OID=.;OPOS=88500847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:10:10:13:21:10:10:13:23 chr12 88505078 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6589;QD=47.8166;RBI=0.0389189;REFB=0;REVB=0.0334799;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226079;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr12 88508962 . GAAAAAAG GAAAAAGA 36.29 PASS AF=0.375;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0167488;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=79.683;QD=9.07267;RBI=0.0289981;REFB=-0.0124664;REVB=-0.0236721;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622566;STB=0.891803;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.132197;OID=.;OPOS=88508968;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:5:17:6:16:10:5:1:1:9:35:9:4:1:1:8 chr12 88547277 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.353;QD=49.599;RBI=0.0451612;REFB=0;REVB=-0.0129443;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571058;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr12 89743223 . G A 1268.02 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.664;QD=60.3821;RBI=0.0212159;REFB=-0.162698;REVB=0.00390247;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000193336;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:51:32:0:0:51:32:0:1 chr12 89745477 . C A 786.76 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0729657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3987;QD=55.2115;RBI=0.07668;REFB=-0.0673317;REVB=0.0235762;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171432;STB=0.509088;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00296032;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:0:1:27:29:0:1 chr12 89853408 . G A 75.11 PASS AF=0.30303;AO=8;DP=31;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00262767;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.707;QD=9.10437;RBI=0.00935783;REFB=-0.00655293;REVB=0.00898133;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351349;STB=0.660047;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0176147;OID=.;OPOS=89853408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:33:22:23:8:10:0.30303:2:6:10:12:3:7:11:12 chr12 89915722 . T C 148.09 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.105631;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4435;QD=17.4221;RBI=0.105935;REFB=-0.025613;REVB=0.00802927;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670294;STB=0.538413;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0285154;OID=.;OPOS=89915722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:8:10:10:6:8:10 chr12 89917518 . A G 144.59 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.06566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3489;QD=15.6314;RBI=0.0688519;REFB=-0.00675715;REVB=-0.0207209;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106066;STB=0.560902;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.048441;OID=.;OPOS=89917518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:7:14:9:7:7:14 chr12 90028901 . T C 194.92 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00826342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.847;QD=17.3262;RBI=0.0113067;REFB=-0.00445967;REVB=-0.00771729;RO=25;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401324;STB=0.522913;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0057505;OID=.;OPOS=90028901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:8:12:14:11:8:12:14:11 chr12 90035961 . TA T 52.57 PASS AF=0.521739;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.227464;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.62978;QD=9.14185;RBI=0.295375;REFB=-0.0904326;REVB=-0.188431;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.646198;STB=0.820345;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.093665;OID=.;OPOS=90035962;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:10:23:12:23:11:2:10:9:2:42:8:1:9:7:1 chr12 91348786 . G T 226.58 PASS AF=0.475;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00548158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.205;QD=22.658;RBI=0.0308483;REFB=-0.0219916;REVB=-0.0303574;RO=16;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14541;STB=0.571359;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0269585;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:18:19:0.475:6:12:13:3:6:13:13:3 chr12 91449729 . G A 244.26 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00795523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.726;QD=23.263;RBI=0.01474;REFB=-0.00390157;REVB=0.0124089;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.517804;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00337176;OID=.;OPOS=91449729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:9:10:13:10:9:10 chr12 91449990 . C T 177.46 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0299939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.802;QD=39.4353;RBI=0.0317126;REFB=-0.054835;REVB=-0.0102985;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0761434;STB=0.541616;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00355677;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:2:0:5:11:2:0 chr12 92818482 . C T 74.96 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2078;QD=37.4802;RBI=0.111095;REFB=0;REVB=0.104652;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00516972;OID=.;OPOS=92818482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr12 92818785 . A AG 109.11 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135236;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=155.873;QD=39.6746;RBI=0.175849;REFB=0;REVB=-0.112401;RO=12;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000134576;OID=.;OPOS=92818786;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:14:11:11:0:2:9:0:0:4:12:0:2:2:10 chr12 92818786 . A G 118.93 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00713795;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.058;QD=33.9785;RBI=0.0122742;REFB=0.0918078;REVB=-0.00998524;RO=2;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821516;STB=0.545383;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00148904;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:10:2:0:2:10:2:0:2 chr12 92818999 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0712988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.101;QD=48.7373;RBI=0.0731517;REFB=0;REVB=0.0163599;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231178;OID=.;OPOS=92818999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr12 92819139 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9913;QD=43.4857;RBI=0.0323026;REFB=0;REVB=0.0278006;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113164;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 92819699 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.915;QD=40.7629;RBI=0.111975;REFB=0;REVB=0.0290482;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133912;OID=.;OPOS=92819699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr12 92821860 . CT C,CC,CG 894.03 PASS AF=0.984127,0,0.015873;AO=53,5,3;DP=61;FAO=62,0,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,1;FSAR=37,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178166,0.010647,0.0205054;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=89.8605,75.8295,66.2419;QD=56.764;RBI=0.0258865,0.021566,0.0282488;REFB=0,0,0;REVB=0.0187798,-0.0187546,0.0194299;RO=0;SAF=23,0,2;SAR=30,5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.72004e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00345521,0.00789283,-0.0555359;OID=.,.,.;OPOS=92821861,92821861,92821861;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.984127,0,0.015873:53,5,3:61:62,0,1:63:0:25,0,1:37,0,0:0:0:3:0:23,0,2:30,5,1:0:0 chr12 92822903 . G C 175.67 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.805;QD=46.8442;RBI=0.0466701;REFB=0;REVB=-0.00364885;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107138;OID=.;OPOS=92822903;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr12 93102295 . G A 754.37 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.664;QD=62.8637;RBI=0.047082;REFB=0;REVB=-0.0308011;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590586;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr12 93147907 . A T 1190.36 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.532;QD=61.0443;RBI=0.0950645;REFB=0;REVB=0.0595804;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536655;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr12 93150102 . T C 375.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.037;QD=55.5982;RBI=0.0176785;REFB=0;REVB=-0.00805117;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08022e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr12 93155535 . G A 766.25 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.004;QD=63.8543;RBI=0.0370986;REFB=0;REVB=0.03619;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124388;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:29:19:0:0 chr12 93166538 . A G 639.76 PASS AF=0.934783;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.03063;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.511;QD=55.631;RBI=0.0326644;REFB=-0.124581;REVB=0.0113477;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502391;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.000680368;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:46:0:3:43:43:0.934783:30:13:0:0:30:13:1:2 chr12 93166928 . TAAAAAAAC TAAAAAAC,TAAAAATCA,TTAAAAAAC 80.35 PASS AF=0.59375,0,0.03125;AO=4,3,3;DP=25;FAO=19,0,1;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=2,0,0;FSAR=17,0,1;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0823587,-0.0464351,0.378221;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,3,1;MLLD=7.33883,235.639,6.10002;QD=10.0441;RBI=0.106763,0.0474824,0.393215;REFB=-0.0105996,0.0198363,-0.143944;REVB=0.0679361,-0.0099176,0.107548;RO=14;SAF=0,0,0;SAR=4,3,3;SRF=0;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.630327,0.5,0.5;STBP=0.33,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0682478,0,0.0171047;OID=.,.,.;OPOS=93166929,93166934,93166929;OREF=A,AAC,A;OALT=-,TCA,T;OMAPALT=TAAAAAAC,TAAAAATCA,TTAAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.59375,0,0.03125:4,3,3:25:19,0,1:32:12:2,0,0:17,0,1:0:12:24:14:0,0,0:4,3,3:0:14 chr12 93169465 . T G 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00525984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.366;QD=24.2041;RBI=0.0305694;REFB=-0.0222767;REVB=0.0301135;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143906;STB=0.580067;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.014067;OID=.;OPOS=93169465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:9:3:8:10:9:3 chr12 93196421 . T TG 249.34 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056761;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=240.181;QD=49.8684;RBI=0.100999;REFB=0;REVB=-0.0835403;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.737491;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.68202e-05;OID=.;OPOS=93196422;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:20:20:0:14:6:0:0:4:22:0:3:18:4 chr12 93196422 . T G 187.5 PASS AF=0.772727;AO=19;DP=24;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0108604;FXX=0.0832986;HRUN=9;LEN=1;MLLD=203.294;QD=34.091;RBI=0.0220453;REFB=-0.132928;REVB=-0.0191845;RO=4;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360275;STB=0.726972;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0017568;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:24:22:4:5:19:17:0.772727:3:16:0:4:3:14:0:5 chr12 93202801 . C T 1281.33 PASS AF=0.955056;AO=75;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0106745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.29;QD=57.5877;RBI=0.0514471;REFB=-0.0946683;REVB=0.0503276;RO=3;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449887;STB=0.518068;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0104564;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:75:85:0.955056:30:45:0:3:40:45:0:3 chr12 93692934 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0151395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.839;QD=8.7378;RBI=0.0159467;REFB=-0.00600979;REVB=-0.00500916;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117753;STB=0.572359;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0288626;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:11:9:5:4:11:9 chr12 94132057 . G T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00882399;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.133;QD=18.3009;RBI=0.00921097;REFB=-0.033785;REVB=0.0026418;RO=23;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159751;STB=0.591452;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0362589;OID=.;OPOS=94132057;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:15:5:9:14:15:5:9:14 chr12 94132186 . T A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0132302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.455;QD=8.3706;RBI=0.0481202;REFB=-0.00862505;REVB=-0.0462657;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819703;STB=0.505041;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0136115;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:18:10:4:7:18:10 chr12 94543506 . C CT,T 739.96 PASS AF=0.163636,0.836364;AO=7,45;DP=55;FAO=9,46;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=9,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11068,0.143714;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=29.7739,41.3067;QD=53.8153;RBI=0.116287,0.147572;REFB=0,0;REVB=-0.0356723,-0.0335228;RO=1;SAF=0,24;SAR=7,21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794046,-0.0191802;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0954798,0.0235892;OID=.,.;OPOS=94543507,94543506;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:55:55:1:0:7,45:9,46:0.163636,0.836364:7,21:0,24:1:0:9,21:0,25:0:0 chr12 94645255 . A G 822.59 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.892;QD=56.7301;RBI=0.0157584;REFB=0;REVB=0.0059275;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199617;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:36:22:0:0 chr12 94671743 . G C 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0481595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.77;QD=52.5801;RBI=0.0544754;REFB=-0.0692448;REVB=0.0254602;RO=2;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645825;STB=0.503431;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000646161;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:30:21:1:1:30:21:1:1 chr12 94769758 . A G 666.94 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00287222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.001;QD=57.9949;RBI=0.00329877;REFB=0.0273941;REVB=0.00162241;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527765;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.000110051;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:0:2:43:44:0.956522:16:27:0:0:17:27:0:2 chr12 94772742 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0450545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.985;QD=7.62907;RBI=0.0506155;REFB=-0.00152121;REVB=-0.0230656;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306884;STB=0.519183;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00292212;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:7:13:5:3:7:13 chr12 94909304 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7765;QD=40.7619;RBI=0.192662;REFB=0;REVB=0.0757413;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00829293;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr12 94955644 . G T 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000149131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.641;QD=62.6645;RBI=0.0247368;REFB=0;REVB=-0.0247364;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220455;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr12 95470600 . A ATCTT 101.72 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=56;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00723278;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=4;MLLD=208.203;QD=8.84547;RBI=0.0346876;REFB=-0.00880155;REVB=-0.0339251;RO=42;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235444;STB=0.655505;STBP=0.197;TYPE=ins;VARB=0.0132851;OID=.;OPOS=95470601;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=ATCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282609:12:56:13:46:33:5:8:20:13:99:42:4:8:22:20 chr12 95475220 . A G 60.69 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0137003;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.778;QD=14.2808;RBI=0.013702;REFB=0.00772039;REVB=0.000211936;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.574942;STB=0.829585;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0177825;OID=.;OPOS=95475220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:9:8:8:0.470588:1:7:2:6:1:7:3:6 chr12 95478353 . C T 175.97 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00796383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.163;QD=20.7024;RBI=0.00809811;REFB=0.000305101;REVB=-0.0014686;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303894;STB=0.672214;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.000254664;OID=.;OPOS=95478353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:13:5:10:6:13:5:10:6 chr12 95500727 . C G 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00437146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4358;QD=13.6292;RBI=0.0836144;REFB=-0.031892;REVB=0.0835;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295251;STB=0.676948;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0385105;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:4:5:2:6:4:5 chr12 95681554 . C T 122.14 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0123846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.486;QD=9.21784;RBI=0.0152341;REFB=-0.000476666;REVB=-0.00887125;RO=34;SAF=4;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336544;STB=0.680173;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000483206;OID=.;OPOS=95681554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:37:16:16:0.301887:12:4:18:16:12:4:18:19 chr12 95694394 . G A 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0983362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.103;QD=32.7568;RBI=0.0983401;REFB=-0.000320346;REVB=-0.000869678;RO=7;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139813;STB=0.507685;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.000202423;OID=.;OPOS=95694394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:12:8:3:4:12:8:3:4 chr12 95774672 . C G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00327549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.777;QD=13.2053;RBI=0.067931;REFB=0.0117369;REVB=0.067852;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345446;STB=0.713468;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.00107679;OID=.;OPOS=95774672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:3:3:1:5:3:3 chr12 95906603 . C A 195.67 PASS AF=0.408163;AO=17;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0449449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.606;QD=15.973;RBI=0.0517133;REFB=-0.0146096;REVB=-0.0255779;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217802;STB=0.530582;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.023773;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:29:17:20:0.408163:7:10:8:14:10:10:13:16 chr12 95927762 . T C 794.19 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7497;QD=56.7277;RBI=0.0896087;REFB=0;REVB=0.0473823;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988611;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:30:25:1:0:30:26:0:0 chr12 96052721 . G A 191.44 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0139495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.452;QD=15.6277;RBI=0.0197597;REFB=-0.0118187;REVB=0.0139949;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30621;STB=0.673317;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0115688;OID=.;OPOS=96052721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:23:6:10:10:23:6 chr12 96337183 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3347;QD=33.4276;RBI=0.0969787;REFB=0;REVB=-0.0341657;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0125882;OID=.;OPOS=96337183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr12 96346594 . T C 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00196202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4535;QD=8.69002;RBI=0.0520585;REFB=0.00579146;REVB=0.0520216;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232376;STB=0.64321;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0164573;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:10:7:5:3:10:7 chr12 96374562 . T TC 622.96 PASS AF=1;AO=6;DP=52;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312546;FXX=0.019996;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.526;QD=50.8534;RBI=0.148814;REFB=0;REVB=-0.145495;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00173035;OID=.;OPOS=96374563;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:52:49:49:0:30:19:0:0:4:43:1:5:27:16 chr12 96374563 . T C 531.66 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00388321;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.201;QD=41.6984;RBI=0.010427;REFB=0.0413421;REVB=0.00967697;RO=7;SAF=27;SAR=16;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093146;STB=0.541528;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00337816;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:51:7:8:43:43:0.843137:16:27:2:5:16:27:3:5 chr12 96374614 . C T 242.84 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0483142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.582;QD=46.2556;RBI=0.0559372;REFB=0.174531;REVB=0.0281907;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529382;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00218323;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:19:20:0.952381:8:11:0:1:8:12:0:1 chr12 96661610 . TAAAAG T 37.73 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00962944;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=5;MLLD=236.231;QD=7.94408;RBI=0.010587;REFB=-0.0229779;REVB=-0.00439981;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239465;STB=0.631171;STBP=0.542;TYPE=del;VARB=0.0474031;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:6:22:6:19:13:3:3:9:4:37:14:3:3:10:4 chr12 96673764 . T C 298.31 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00110399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0249;QD=29.8314;RBI=0.0463836;REFB=-0.0316809;REVB=0.0463704;RO=14;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114974;STB=0.56317;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0178297;OID=.;OPOS=96673764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:14:12:9:5:14:12:9:5 chr12 96676330 . C A 158.49 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0101941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.41;QD=17.6104;RBI=0.0105388;REFB=-0.0115072;REVB=-0.00267307;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.501637;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0149813;OID=.;OPOS=96676330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:7:9:10:9:8:9:10:9 chr12 96697149 . C T 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0567664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3608;QD=12.9726;RBI=0.0604351;REFB=-0.00424416;REVB=-0.020736;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279999;STB=0.66637;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00184003;OID=.;OPOS=96697149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:9:9:3:9:9:9 chr12 96821251 . A T 1065.98 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3548;QD=58.4101;RBI=0.0878;REFB=-0.134247;REVB=0.0799265;RO=1;SAF=26;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178409;STB=0.509431;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00331548;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:46:26:1:0:46:26:1:0 chr12 96883418 . C T 434.04 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0462886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3249;QD=17.0213;RBI=0.0549318;REFB=-0.00318652;REVB=0.029578;RO=55;SAF=27;SAR=20;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150647;STB=0.583991;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00461323;OID=.;OPOS=96883418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:55:47:47:0.460784:20:27:23:32:20:27:23:32 chr12 96900801 . G T 202.3 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0177663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.956;QD=17.9824;RBI=0.0316396;REFB=-0.0156451;REVB=-0.0261805;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319416;STB=0.695471;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0251213;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:23:24:20:21:0.466667:7:13:7:16:7:14:7:17 chr12 96992494 . C T 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0139147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.445;QD=16.9404;RBI=0.0350469;REFB=-0.0253939;REVB=-0.0321662;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439952;STB=0.50859;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0210085;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:10:9:11:12:10:9:11:13 chr12 97020673 . T C 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0213757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8055;QD=5.46116;RBI=0.0239264;REFB=0.00614243;REVB=-0.0107496;RO=50;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155301;STB=0.59848;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.02869;OID=.;OPOS=97020673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:9:5:24:26:9:5:24:26 chr12 97023937 . A C 59.95 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00914294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9622;QD=5.84856;RBI=0.0843624;REFB=0.00282749;REVB=0.0838655;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671153;STB=0.543382;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00337476;OID=.;OPOS=97023937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:32:32:9:9:0.219512:5:4:16:16:5:4:16:16 chr12 97045481 . C T 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00378382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.004;QD=11.816;RBI=0.00601757;REFB=-0.00302572;REVB=-0.00467908;RO=40;SAF=11;SAR=13;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452134;STB=0.53399;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00408491;OID=.;OPOS=97045481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:13:11:20:20:13:11:21:20 chr12 97098549 . T C 106.2 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00857789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7385;QD=22.3574;RBI=0.00874732;REFB=-0.0695921;REVB=0.0017133;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172885;STB=0.583205;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0424486;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:4:7:6:1:4:8:6:1 chr12 97136239 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0190881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.219;QD=12.0207;RBI=0.0476954;REFB=-0.00855584;REVB=-0.0437092;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031811;STB=0.51877;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0144372;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:15:10:6:8:15:10 chr12 97254620 . G A 385.37 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00442495;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.301;QD=17.7182;RBI=0.0105321;REFB=-0.0288106;REVB=0.00955745;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344259;STB=0.519254;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0309536;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:21:19:24:23:21:19:24:23 chr12 98332904 . TCA T 271.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00704939;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=270.026;QD=51.7831;RBI=0.0143253;REFB=0;REVB=0.0124708;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.77341e-05;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:21:21:0:10:11:0:0:4:0:10:10:0:0 chr12 98811687 . G C 217.81 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00255317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2514;QD=16.7546;RBI=0.0382544;REFB=0.0108501;REVB=-0.0381691;RO=27;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137658;STB=0.595007;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.0132317;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:23:24:0.461538:10:13:19:8:11:13:20:8 chr12 98849314 . A T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0157076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.807;QD=14.4906;RBI=0.0182827;REFB=-0.00191485;REVB=-0.00935558;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118945;STB=0.568893;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00185718;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:16:14:11:8:16:14 chr12 98897267 . C T 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00540288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.408;QD=18.2498;RBI=0.00706457;REFB=-0.00702609;REVB=0.0045516;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121517;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:7:8:8:7:7:8 chr12 99007623 . C T 50.66 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0121582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9356;QD=5.19553;RBI=0.0161363;REFB=-0.00755845;REVB=-0.0106094;RO=31;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280758;STB=0.682794;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0296056;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:5:3:19:12:5:3:19:12 chr12 99477625 . T C 169.33 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0392899;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7031;QD=15.7518;RBI=0.0468136;REFB=0.000871613;REVB=-0.0254522;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233525;STB=0.634768;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00347488;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:11:14:6:12:11:14 chr12 99640428 . T C 249.95 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00116865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.707;QD=16.663;RBI=0.0107327;REFB=-0.0101243;REVB=0.0106689;RO=32;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372165;STB=0.71037;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00750711;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:21:7:20:12:21:7:20:12 chr12 99640557 . T C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.961;QD=57.2376;RBI=0.0548784;REFB=0;REVB=0.0267469;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132068;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr12 100893636 . C T 155.59 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0287622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8557;QD=15.5594;RBI=0.03016;REFB=0.00199204;REVB=-0.00907531;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668603;STB=0.538417;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0037205;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:15:8:7:10:15:8 chr12 101017445 . T C 1122.69 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00868801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.24;QD=59.089;RBI=0.0502603;REFB=-0.0451846;REVB=0.0495037;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000202833;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:0:1:74:75:0.986842:34:40:0:0:35:40:1:0 chr12 101550695 . C T 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0429185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.986;QD=4.23781;RBI=0.0835178;REFB=-0.00470773;REVB=-0.0716466;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287868;STB=0.688839;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.019651;OID=.;OPOS=101550695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:47:47:10:10:0.175439:4:6:17:30:4:6:17:30 chr12 101552075 . G A 657.57 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0249994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7322;QD=59.7787;RBI=0.0407581;REFB=0.0496028;REVB=0.0321909;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284424;STB=0.515144;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.00144193;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:1:0:27:16:1:0 chr12 101560328 . C A 115.65 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00132402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.166;QD=11.0141;RBI=0.0232874;REFB=0.000114233;REVB=0.0232497;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803216;STB=0.547876;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.000285516;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:14:14:8:6:14:14 chr12 101561940 . A T 65.35 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0100861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.465;QD=10.892;RBI=0.0223249;REFB=-0.0257023;REVB=0.0199166;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232278;STB=0.513987;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0373268;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:7:8:5:4:7:8 chr12 101587518 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0270282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.294;QD=22.6322;RBI=0.0344531;REFB=-0.00878105;REVB=0.0213657;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145706;STB=0.581968;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00819917;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:6:2:6:7:6:2 chr12 101595998 . G C 113.38 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00964657;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.448;QD=23.8706;RBI=0.0105533;REFB=-0.0426915;REVB=-0.00427971;RO=3;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387972;STB=0.5384;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0132282;OID=.;OPOS=101595998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:19:19:3:6:12:12:0.631579:9:3:1:2:9:3:1:5 chr12 101680131 . T C 215.12 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0181385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4187;QD=14.8356;RBI=0.0188943;REFB=-0.00634985;REVB=0.00529072;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062728;STB=0.55429;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0136949;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:24:25:0.431034:12:12:14:18:12:13:14:19 chr12 101683929 . C T 97.06 PASS AF=0.48;AO=9;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0124536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.95;QD=15.5302;RBI=0.0125615;REFB=-0.00576774;REVB=-0.00164261;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.683908;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00348992;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:25:25:12:13:9:12:0.48:5:4:8:4:8:4:9:4 chr12 101685783 . C T 164.69 PASS AF=0.318841;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.000513413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.507;QD=9.54735;RBI=0.0118883;REFB=-0.0107842;REVB=-0.0118772;RO=46;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00469301;STB=0.511523;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.021923;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:47:22:22:0.318841:13:9:19:27:13:9:20:27 chr12 101723197 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.076808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.195;QD=12.7298;RBI=0.0779753;REFB=-0.00736963;REVB=0.0134416;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249549;STB=0.652655;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0235429;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:3:9:8:1:3:9 chr12 101734349 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0292403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8479;QD=15.2927;RBI=0.0293283;REFB=-0.0288033;REVB=0.0022702;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.609518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0372297;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:6:3:5:4:6:3 chr12 101750814 . T A 785.85 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.753;QD=64.1511;RBI=0.0165452;REFB=0;REVB=-0.0113769;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.18751e-06;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:19:30:0:0 chr12 101755809 . T C 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00904544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.8;QD=16.8248;RBI=0.00906552;REFB=-0.0211412;REVB=-0.000603145;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0247829;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:16:12:10:11:16:12 chr12 101757446 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.000900145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.092;QD=16.0425;RBI=0.0142918;REFB=0.00142027;REVB=0.0142634;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578976;STB=0.533298;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00190763;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:15:11:7:12:15:11 chr12 101866174 . C A 750.54 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388167;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3173;QD=63.8761;RBI=0.0615068;REFB=0;REVB=-0.0477111;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505691;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:17:30:0:0:17:30:0:0 chr12 102045163 . C G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0197815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8238;QD=9.13233;RBI=0.026184;REFB=-0.0203402;REVB=-0.0171551;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235009;STB=0.644437;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.029496;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:11:11:7:3:11:11 chr12 102064118 . T C 695.56 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6319;QD=60.4838;RBI=0.0223339;REFB=-0.0520035;REVB=-0.0197607;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00650353;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chr12 102069077 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0160499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.874;QD=21.9442;RBI=0.0473558;REFB=0.0103919;REVB=0.0445531;RO=12;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443242;STB=0.749687;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0174865;OID=.;OPOS=102069077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:12:4:10:2:12:4:10:2 chr12 102079418 . G A 258.39 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00524008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.688;QD=19.8762;RBI=0.0246717;REFB=-0.0435405;REVB=0.0241088;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505672;STB=0.535636;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0334179;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:15:11:12:13:16:11:12:13 chr12 102091817 . T C,TC 52.6 PASS AF=0,0.28;AO=2,17;DP=51;FAO=0,14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=0,8;FSAR=0,6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0457426,0.00696104;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=141.439,23.3551;QD=4.20785;RBI=0.0480616,0.0183801;REFB=-0.0161715,-0.0532973;REVB=-0.0147487,-0.0170109;RO=31;SAF=2,8;SAR=0,9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.43203,-0.0853542;STB=0.5,0.55165;STBP=1,0.664;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.243264;OID=.,.;OPOS=102091817,102091818;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:53:51:50:31:36:2,17:0,14:0,0.28:0,9:2,8:17:14:0,6:0,8:18:18 chr12 102117589 . C T 784.9 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.185;QD=57.0836;RBI=0.0116958;REFB=0;REVB=0.010715;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59967e-05;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr12 102140676 . CT C 36.81 PASS AF=0.470588;AO=4;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.02446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4172;QD=8.66082;RBI=0.201855;REFB=-0.0101489;REVB=0.200367;RO=9;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711769;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=0.0482616;OID=.;OPOS=102140677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:4:16:8:17:9:4:4:4:5:36:9:4:0:4:5 chr12 102158763 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.511;QD=51.184;RBI=0.0530899;REFB=0;REVB=0.00650676;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003446;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr12 102173654 . T C 685.98 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.125903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.383;QD=58.3813;RBI=0.127211;REFB=-0.13031;REVB=0.0181973;RO=1;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154108;STB=0.507933;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00579057;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:47:47:1:2:45:45:0.957447:30:15:0:1:30:15:1:1 chr12 102279193 . G A 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3289;QD=54.6337;RBI=0.0330994;REFB=-0.0119192;REVB=-0.0310447;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.509087;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000614754;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:27:24:0:1:27:24:0:1 chr12 102315359 . G T 306.67 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.553;QD=53.3344;RBI=0.0440726;REFB=0;REVB=-0.00227273;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35265e-05;OID=.;OPOS=102315359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr12 102517753 . T C 95.15 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0122617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.347;QD=11.1945;RBI=0.0160557;REFB=-0.0185366;REVB=-0.0103652;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418302;STB=0.524958;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0421276;OID=.;OPOS=102517753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:10:12:7:5:10:12 chr12 102576340 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0345113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4162;QD=10.3903;RBI=0.119611;REFB=-0.000955294;REVB=-0.114524;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.756881;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00935688;OID=.;OPOS=102576340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:8:3:5:2:8:3 chr12 102795623 . G T 327.32 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0127812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.314;QD=17.6928;RBI=0.0153376;REFB=-0.00398773;REVB=-0.00847843;RO=36;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146964;STB=0.531232;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00444157;OID=.;OPOS=102795623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:39:35:35:0.472973:15:20:20:16:15:20:20:19 chr12 103237468 . G C 593.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.292;QD=60.901;RBI=0.00678428;REFB=0;REVB=-0.00618863;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.77683e-06;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr12 103246700 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.327;QD=49.5992;RBI=0.0722706;REFB=0;REVB=0.0615328;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607972;OID=.;OPOS=103246700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr12 103872172 . T G 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0143587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.282;QD=22.9079;RBI=0.0158577;REFB=-0.00812437;REVB=0.00673006;RO=17;SAF=15;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165624;STB=0.593127;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00421829;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:6:15:9:8:6:15:9:8 chr12 104067693 . T G 106.99 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00489627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.268;QD=14.7574;RBI=0.0246057;REFB=-0.0230069;REVB=-0.0241136;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163849;STB=0.513348;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.023266;OID=.;OPOS=104067693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:12:13:0.448276:7:5:6:9:7:6:7:9 chr12 104067812 . C T 397.37 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799468;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.941;QD=56.7676;RBI=0.0806503;REFB=0;REVB=0.0106296;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338732;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr12 104086631 . C T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.949;QD=59.4346;RBI=0.0401657;REFB=0;REVB=-0.00362054;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011768;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr12 104100617 . C T 2679.54 PASS AF=0.994253;AO=173;DP=174;FAO=173;FDP=174;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.91;QD=61.5987;RBI=0.0316671;REFB=0.0463364;REVB=-0.00644949;RO=1;SAF=87;SAR=86;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550273;STB=0.50289;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-5.81823e-05;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:174:1:1:173:173:0.994253:86:87:0:1:86:87:0:1 chr12 104153004 . C G 292.74 PASS AF=0.525424;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00148512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.036;QD=19.8467;RBI=0.00150734;REFB=-0.00659168;REVB=-0.000257898;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264298;STB=0.63667;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00782593;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:28:29:31:0.525424:17:12:19:7:19:12:19:9 chr12 104186946 . G T 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00669714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.696;QD=17.3782;RBI=0.0298419;REFB=-0.0495881;REVB=-0.0290807;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200531;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0315172;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:3:7:5:6:3:7 chr12 104208868 . C T 213.21 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0134896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.779;QD=17.7675;RBI=0.0155705;REFB=-0.0180502;REVB=0.00777645;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12494;STB=0.565978;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0155763;OID=.;OPOS=104208868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:26:20:22:0.458333:11:9:15:11:12:10:15:11 chr12 104254932 . G A 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0140674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2251;QD=12.8972;RBI=0.032539;REFB=-0.0155926;REVB=-0.029341;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129068;STB=0.575825;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0195751;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:14:16:11:6:14:16 chr12 104309559 . C T 231.37 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0715212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5216;QD=10.2832;RBI=0.0763782;REFB=-0.00982677;REVB=-0.026802;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199199;STB=0.517229;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0179616;OID=.;OPOS=104309559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:61:29:29:0.322222:15:14:30:30:15:14:31:30 chr12 104324266 . G A 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0106867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.946;QD=19.4669;RBI=0.0276077;REFB=-0.00876681;REVB=-0.0254554;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677659;STB=0.538426;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00993173;OID=.;OPOS=104324266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:16:8:6:16:16:8 chr12 104341103 . C T 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.813;QD=59.4225;RBI=0.032208;REFB=0;REVB=0.0299242;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121391;OID=.;OPOS=104341103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr12 104349525 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.357;QD=52.612;RBI=0.0609071;REFB=0;REVB=0.0209217;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000614419;OID=.;OPOS=104349525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr12 104359779 . C T 181.51 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0317717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.273;QD=24.2007;RBI=0.0327202;REFB=-0.0360281;REVB=-0.00782108;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273683;STB=0.651015;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0138596;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:10:8:1:11:10:8:1:11 chr12 104380734 . G A 105.76 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0327197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.379;QD=11.4338;RBI=0.0327541;REFB=-0.0398406;REVB=0.00149994;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380116;STB=0.738748;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0277687;OID=.;OPOS=104380734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:10:3:13:10:10:3:14:10 chr12 104382264 . G A 40.8 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0196915;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5802;QD=2.59017;RBI=0.0297185;REFB=-0.00870065;REVB=0.0222584;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131267;STB=0.602928;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0217817;OID=.;OPOS=104382264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:63:51:55:8:8:0.126984:4:4:31:20:4:4:34:21 chr12 104413436 . C T 288.55 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0145839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.114;QD=11.5418;RBI=0.0258147;REFB=-0.0227616;REVB=-0.0213004;RO=64;SAF=13;SAR=21;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046902;STB=0.523916;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0409745;OID=.;OPOS=104413436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:64:66:34:34:0.34:21:13:22:42:21:13:23:43 chr12 104645363 . G A 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0113034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.979;QD=52.5388;RBI=0.0330416;REFB=-0.0665082;REVB=0.0310481;RO=2;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361769;STB=0.519223;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00303017;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:25:25:0:2:25:25:0:2 chr12 104645405 . T C 769.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00503975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.673;QD=56.9841;RBI=0.0329379;REFB=0;REVB=0.0325501;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102379;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:25:27:0:0:27:27:0:0 chr12 104698582 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00495752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.438;QD=9.44486;RBI=0.0248061;REFB=-0.0163088;REVB=-0.0243057;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0281746;OID=.;OPOS=104698582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr12 104703836 . A G 142.92 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.011607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.146;QD=14.2918;RBI=0.0119706;REFB=-0.00279224;REVB=0.00292776;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108217;STB=0.551882;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00970375;OID=.;OPOS=104703836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:6:10:12:11:6:10:13:11 chr12 104709559 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.018807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.356;QD=12.7369;RBI=0.0323467;REFB=-0.00946083;REVB=-0.0263173;RO=28;SAF=14;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370419;STB=0.723801;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0209896;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:2:14:18:10:2:14:18:10 chr12 105245665 . T C 127.57 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0568363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.482;QD=17.0088;RBI=0.0578141;REFB=-0.0212452;REVB=0.0105884;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095735;STB=0.565123;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0211081;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:12:2:3:12:13:2:3:12 chr12 105282893 . T C 177.71 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00688101;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.939;QD=12.2555;RBI=0.00996465;REFB=-0.00537476;REVB=-0.00720735;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18825;STB=0.601911;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0119352;OID=.;OPOS=105282893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:36:22:22:0.37931:7:15:18:17:7:15:19:17 chr12 105380152 . A C 267.47 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0128381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.837;QD=13.7162;RBI=0.0647588;REFB=0.00875317;REVB=-0.0634735;RO=47;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153765;STB=0.586904;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0135036;OID=.;OPOS=105380152;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:19:12:12:35:19:12:12:35 chr12 105433523 . T A 206.08 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00990326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.359;QD=16.8231;RBI=0.0287288;REFB=-0.018275;REVB=-0.0269679;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189471;STB=0.607267;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.021761;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:7:21:12:9:7:21 chr12 105434467 . C T 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0264569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.834;QD=17.5417;RBI=0.0289491;REFB=-0.00856613;REVB=-0.0117508;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414798;STB=0.523777;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00940647;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:6:10:10:5:6:10 chr12 105440719 . C T 531.71 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.010962;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.26;QD=22.1548;RBI=0.0241668;REFB=-0.0152455;REVB=-0.0215376;RO=45;SAF=21;SAR=29;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11702;STB=0.569788;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0152544;OID=.;OPOS=105440719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:45:46:50:50:0.520833:29:21:25:20:29:21:26:20 chr12 105546172 . G A 986.64 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.764;QD=58.9036;RBI=0.0173793;REFB=0;REVB=0.0110362;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11766e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:35:31:0:1:36:31:0:0 chr12 105561664 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.014;QD=52.6132;RBI=0.0396231;REFB=0;REVB=-0.00560684;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330738;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr12 105562711 . C T 50.45 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0182138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7559;QD=4.92204;RBI=0.134549;REFB=-0.0162308;REVB=-0.13331;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163707;STB=0.657114;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0379133;OID=.;OPOS=105562711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:30:33:8:8:0.195122:2:6:19:11:2:6:19:14 chr12 105567068 . T A 669.0 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.263;QD=62.233;RBI=0.00631336;REFB=0;REVB=-0.00442373;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35291e-07;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:27:15:0:0:28:15:0:0 chr12 105567070 . T A 660.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.483;QD=61.4558;RBI=0.0384841;REFB=0;REVB=0.0277914;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015118;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:27:14:0:0:28:15:0:0 chr12 105567089 . T A 576.98 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0246468;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.9511;QD=53.6723;RBI=0.0277668;REFB=-0.210347;REVB=0.0127877;RO=3;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573127;STB=0.530597;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0147006;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:43:3:3:39:40:0.930233:23:16:0:3:23:17:0:3 chr12 105568122 . G A 1707.51 PASS AF=1;AO=111;DP=115;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305351;FXX=0.0423693;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3435;QD=60.4428;RBI=0.0321906;REFB=0;REVB=0.0101905;RO=0;SAF=51;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00367745;OID=.;OPOS=105568122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:113:0:0:111:113:1:60:51:0:0:62:51:0:0 chr12 105568176 . G A 1534.08 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00408915;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8421;QD=63.9201;RBI=0.013838;REFB=0;REVB=-0.01322;RO=0;SAF=35;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209035;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:61:35:0:0:61:35:0:0 chr12 106460938 . G C 208.83 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0985466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.124;QD=18.1594;RBI=0.0989046;REFB=-0.00474639;REVB=0.00840747;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021567;STB=0.545411;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00285231;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:22:25:21:21:0.456522:11:10:11:11:11:10:14:11 chr12 106633569 . C T 237.48 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0951297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9136;QD=20.2107;RBI=0.0990291;REFB=-0.0289041;REVB=-0.0275157;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057389;STB=0.532319;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0464877;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:12:11:13:11:12:11:13:11 chr12 106647842 . C T 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0422477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8555;QD=12.7284;RBI=0.0555596;REFB=-0.0177048;REVB=-0.0360833;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00881748;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:7:5:4:5:7:5 chr12 106704974 . G A 300.44 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.047257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.633;QD=19.0757;RBI=0.0474947;REFB=-0.000177148;REVB=0.00474577;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135048;STB=0.574904;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000325137;OID=.;OPOS=106704974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:18:14:9:22:18:14:9:22 chr12 106763456 . C T 108.4 PASS AF=0.411765;AO=11;DP=31;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.146274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.996;QD=12.7526;RBI=0.147921;REFB=-0.0402652;REVB=-0.0220133;RO=19;SAF=0;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754893;STB=0.530076;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0203542;OID=.;OPOS=106763456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:19:20:11:14:0.411765:11:0:5:14:11:3:5:15 chr12 106838340 . T C 333.63 PASS AF=0.557377;AO=33;DP=60;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0155102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.249;QD=21.8774;RBI=0.0251908;REFB=-0.0258401;REVB=0.0198497;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220302;STB=0.504833;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0163935;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:27:33:34:0.557377:18:15:13:14:18:16:13:14 chr12 106893863 . G T 159.33 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00560771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.849;QD=17.2253;RBI=0.0202102;REFB=-0.0412284;REVB=-0.0194166;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131045;STB=0.574991;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0404997;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:9:11:7:10:9:11 chr12 106893930 . A T 132.92 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0073544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.788;QD=15.6376;RBI=0.00796111;REFB=-0.0130522;REVB=0.00304829;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971452;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0188123;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:6:8:9:10:6:9:9:10 chr12 106903321 . T C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0331275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.697;QD=24.0275;RBI=0.0346796;REFB=-0.0285883;REVB=0.0102588;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122017;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr12 107090201 . T C 1288.64 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.64;QD=61.3639;RBI=0.0544693;REFB=0;REVB=0.00833758;RO=0;SAF=28;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44411e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330471;OID=.;OPOS=107090201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:54:28:0:0:54:30:0:0 chr12 107395106 . A C,G 411.07 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,28;DP=30;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627354,0.0602694;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.905,61.5778;QD=54.8088;RBI=0.00829936,0.115446;REFB=0,0;REVB=0.00543343,0.0984654;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.177884,-0.000968217;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:2,28:2,28:0.0666667,0.933333:0,11:2,17:0:0:0,11:2,17:0:0 chr12 107713696 . G A 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9579;QD=60.6062;RBI=0.0489902;REFB=0;REVB=0.0465284;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402887;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr12 107937768 . G A 156.88 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0331889;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.657;QD=24.1355;RBI=0.0332523;REFB=-0.0576831;REVB=0.00205277;RO=9;SAF=15;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415714;STB=0.731323;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0204812;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:26:9:10:16:16:0.615385:1:15:6:3:1:15:7:3 chr12 108147705 . T C 290.1 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00719629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8213;QD=16.5774;RBI=0.0396196;REFB=-0.0114836;REVB=0.0389606;RO=38;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.514277;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0149134;OID=.;OPOS=108147705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:16:16:18:20:16:16:18:20 chr12 108618630 . C T 274.25 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=85;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0458398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.132;QD=12.9059;RBI=0.0459408;REFB=-0.0149986;REVB=0.00304495;RO=52;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167179;STB=0.588182;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0193911;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:53:32:32:0.376471:16:16:18:34:16:16:19:34 chr12 108918146 . C T 448.69 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00692387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.721;QD=15.7435;RBI=0.0174711;REFB=-0.0204544;REVB=-0.0160405;RO=62;SAF=33;SAR=17;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10125;STB=0.558667;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0279071;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:64:50:50:0.438596:17:33:35:27:17:33:36:28 chr12 108923950 . A G 113.08 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00318899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.685;QD=17.3965;RBI=0.0385831;REFB=-0.0285999;REVB=0.0384511;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103751;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0165535;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:6:6:8:5:6:7:8:5 chr12 108954823 . C T 154.03 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0467349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2542;QD=14.328;RBI=0.0552297;REFB=0.00671432;REVB=0.0294307;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00749782;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:12:14:8:9:12:14 chr12 108955106 . C CT 87.57 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.109814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=31.3227;QD=13.4727;RBI=0.128716;REFB=-0.0138842;REVB=-0.0671468;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412168;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00195531;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:27:13:26:13:5:8:5:8:85:14:5:8:6:8 chr12 108986031 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0423837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8077;QD=17.6424;RBI=0.128963;REFB=-0.0512954;REVB=0.121799;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041038;STB=0.523757;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0496801;OID=.;OPOS=108986031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:5:2:3:6:5:2 chr12 108986112 . G C 199.75 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0147439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.224;QD=19.9749;RBI=0.0153945;REFB=-0.0208871;REVB=0.00442828;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884614;STB=0.54995;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0205896;OID=.;OPOS=108986112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:11:9:11:9:11:9 chr12 109040689 . GA GAA,G 36.99 PASS AF=0.0434783,0.478261;AO=3,9;DP=23;FAO=1,11;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4;FSAR=1,7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.137088,0.0951973;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.39616,8.30183;QD=6.43315;RBI=0.224038,0.194788;REFB=0.0415333,-0.0583842;REVB=-0.177201,0.16994;RO=9;SAF=2,3;SAR=1,6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.341307,0;STB=0.988542,0.547738;STBP=0.518,0.661;TYPE=ins,del;VARB=0.0366568,0.110341;OID=.,.;OPOS=109040690,109040690;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0434783,0.478261:3,9:23:1,11:23:11:0,4:1,7:5:6:33:9:2,3:1,6:3:6 chr12 109182049 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0107458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.925;QD=14.799;RBI=0.0366611;REFB=0.00229724;REVB=-0.0350509;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00688894;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:8:5:3:8:8:5 chr12 109273419 . G A 386.69 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00749642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.644;QD=20.9021;RBI=0.00946703;REFB=-0.0202889;REVB=0.00578171;RO=35;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124115;STB=0.568511;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0133616;OID=.;OPOS=109273419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:20:19:12:23:20:19:12:23 chr12 109277492 . C A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0245199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.104;QD=15.2944;RBI=0.0270515;REFB=-0.0142454;REVB=-0.0114262;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014034;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:6:3:2:6:6:3:3:6 chr12 109309571 . C T 311.36 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0308311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.586;QD=21.473;RBI=0.0319783;REFB=-0.00826037;REVB=-0.00848878;RO=25;SAF=22;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29685;STB=0.67238;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00722542;OID=.;OPOS=109309571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:26:32:32:0.551724:10:22:8:17:10:22:8:18 chr12 109309649 . C CG 59.81 PASS AF=0.254902;AO=17;DP=60;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0240083;FXX=0.0727141;HRUN=0;LEN=1;MLLD=44.9218;QD=4.69126;RBI=0.044333;REFB=-0.0169668;REVB=-0.0372696;RO=42;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268129;STB=0.826002;STBP=0.02;TYPE=ins;VARB=0.133842;OID=.;OPOS=109309650;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254902:17:60:13:51:38:10:3:11:27:59:42:10:7:15:27 chr12 109511256 . T C 649.33 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.401;QD=61.8404;RBI=0.0289209;REFB=0;REVB=0.007776;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014303;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:17:25:0:0 chr12 109519189 . C T 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.036963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0232;QD=14.6528;RBI=0.0507255;REFB=-0.022925;REVB=-0.0347392;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328858;STB=0.519097;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0274027;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:11:6:5:8:11:6 chr12 109524232 . A G 133.39 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0188842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.047;QD=15.6928;RBI=0.0198129;REFB=0.00086285;REVB=-0.00599472;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158751;STB=0.59132;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00192246;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:7:12:7:8:7:12 chr12 109605730 . C T 1320.92 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.182;QD=62.1611;RBI=0.0258758;REFB=0;REVB=0.00527278;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79742e-05;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr12 109617865 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.262;QD=62.6711;RBI=0.0489495;REFB=0;REVB=0.0213835;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017217;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr12 109623516 . G A 70.17 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0685201;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.929;QD=13.3655;RBI=0.0788026;REFB=-0.00580048;REVB=-0.0389211;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11806;STB=0.571253;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00690868;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:2:10:8:1:2:10 chr12 109675029 . T C 662.81 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729639;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.146;QD=61.6571;RBI=0.00793175;REFB=0;REVB=-0.00311051;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400523;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:42:43:1:26:16:0:0:26:17:0:0 chr12 109696838 . G A 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.84;QD=62.4654;RBI=0.0289744;REFB=0;REVB=0.0115023;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86372e-05;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr12 109835590 . A G 162.21 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0358751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.787;QD=19.6618;RBI=0.036294;REFB=-0.0390521;REVB=0.00549844;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765883;STB=0.543427;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0173949;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:8:8:7:10:8:8 chr12 109848567 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0101458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.685;QD=18.2512;RBI=0.0208674;REFB=-0.0131245;REVB=-0.0182349;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174999;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0219584;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:6:9:6:9:6:9 chr12 109883374 . T C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.017905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.199;QD=16.8229;RBI=0.0501822;REFB=-0.0121292;REVB=0.0468792;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00897337;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr12 109962278 . G A 100.29 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0289106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.665;QD=8.91455;RBI=0.0485661;REFB=-0.0220321;REVB=-0.0390237;RO=32;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206716;STB=0.646244;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0283167;OID=.;OPOS=109962278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:12:13:0.288889:7:5:19:13:8:5:19:13 chr12 110222191 . G A 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00245847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9566;QD=24.4919;RBI=0.0199452;REFB=-0.0358996;REVB=-0.0197931;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426929;STB=0.523787;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0173041;OID=.;OPOS=110222191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:7:8:10:11:7:8 chr12 110240838 . T G 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00521116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6668;QD=20.2069;RBI=0.00714444;REFB=-0.0407003;REVB=0.00488741;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355333;STB=0.706053;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0176397;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:5:5:11:2:5:5 chr12 110368201 . G A 234.55 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00500722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.764;QD=17.3737;RBI=0.00623806;REFB=-0.00959437;REVB=0.00372037;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415439;STB=0.501432;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00932481;OID=.;OPOS=110368201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:25:26:0.481481:14:11:12:15:14:12:13:15 chr12 111319026 . G A 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0168294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.766;QD=16.1715;RBI=0.0180439;REFB=-0.00125531;REVB=0.0065079;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296329;STB=0.668724;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00093776;OID=.;OPOS=111319026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:15:5:9:7:15:5 chr12 111375170 . A G 708.94 PASS AF=0.510949;AO=70;DP=137;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00906464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6525;QD=20.6991;RBI=0.0290198;REFB=0.00105303;REVB=-0.0275677;RO=67;SAF=34;SAR=36;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337995;STB=0.518591;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00118071;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:67:70:70:0.510949:36:34:30:37:36:34:30:37 chr12 111375172 . C T 717.88 PASS AF=0.514706;AO=71;DP=136;FAO=70;FDP=136;FR=.;FRO=66;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0327269;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.429;QD=21.114;RBI=0.0327321;REFB=-0.0136644;REVB=0.000582407;RO=65;SAF=34;SAR=37;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285646;STB=0.515147;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0121581;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:65:66:71:70:0.514706:37:34:29:36:36:34:30:36 chr12 111747963 . C T 178.81 PASS AF=0.5625;AO=14;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0205163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.389;QD=22.351;RBI=0.0206091;REFB=-0.0182662;REVB=-0.00195382;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191435;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0128842;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:14:14:18:0.5625:4:10:6:6:8:10:7:7 chr12 111760251 . G C 225.94 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0281362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.962;QD=20.5403;RBI=0.132222;REFB=-0.0181935;REVB=-0.129194;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421225;STB=0.523686;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0158583;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:8:14:13:9:8:14 chr12 111786082 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0432;QD=45.8066;RBI=0.0988756;REFB=0;REVB=0.0963092;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002511;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr12 111786676 . G A 59.44 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00334599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.165;QD=19.8138;RBI=0.0113175;REFB=0.00893313;REVB=-0.0108116;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00596177;OID=.;OPOS=111786676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:12:4:4:6:8:0.666667:5:1:1:3:6:2:1:3 chr12 111786892 . T C 243.31 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0197252;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.852;QD=22.119;RBI=0.0269026;REFB=-0.0280174;REVB=0.0182938;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307167;STB=0.517226;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0203631;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:8:13:15:8:8:13 chr12 111798553 . A G 239.68 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.013158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8321;QD=12.783;RBI=0.0386333;REFB=-0.0419005;REVB=-0.0363236;RO=46;SAF=22;SAR=6;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480332;STB=0.779464;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0208207;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:6:22:16:30:6:23:16:30 chr12 111884608 . T C 751.8 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192126;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.292;QD=63.9833;RBI=0.0195354;REFB=0;REVB=0.0035368;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45015e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr12 111886967 . T A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00544174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.453;QD=15.6192;RBI=0.0114318;REFB=-0.0226961;REVB=0.0100535;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874601;STB=0.55021;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0269541;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:9:16:10:8:9:16 chr12 111993712 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0114887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3795;QD=18.6366;RBI=0.0209702;REFB=-0.00910665;REVB=-0.017543;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00640494;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:8:8:7:8:8:8:8:8 chr12 112191641 . G A 111.37 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0117516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.521;QD=15.9106;RBI=0.106649;REFB=-0.0295428;REVB=0.105999;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0395662;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr12 112194727 . C T 69.61 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00561239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.749;QD=16.3784;RBI=0.00563532;REFB=-0.0172612;REVB=0.000507868;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437433;STB=0.756168;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0112742;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:6:2:7:2:6:2 chr12 112375990 . A C 107.77 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0522295;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4688;QD=13.4712;RBI=0.0524429;REFB=-0.0468976;REVB=-0.0047257;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414547;STB=0.524235;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0760617;OID=.;OPOS=112375990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:8:11:7:6:8:11 chr12 112416586 . C T 178.78 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0392593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5397;QD=31.0923;RBI=0.0569089;REFB=0.00990159;REVB=0.0411987;RO=6;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138331;STB=0.567491;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000654817;OID=.;OPOS=112416586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:6:6:16:17:0.73913:7:9:5:1:7:10:5:1 chr12 112460147 . T G 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0170124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.78;QD=20.7376;RBI=0.0238479;REFB=-0.00565567;REVB=0.0167123;RO=16;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113292;STB=0.56369;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00737546;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:8:10:11:5:8:10:11:5 chr12 112460749 . A G 1381.11 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.69;QD=61.3828;RBI=0.0403998;REFB=-0.0776055;REVB=-0.00742986;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000353565;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:0:1:89:89:0.988889:57:32:0:0:57:32:0:1 chr12 112464893 . C T 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0218229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.963;QD=11.8818;RBI=0.022214;REFB=-0.0247178;REVB=-0.00415001;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723332;STB=0.542799;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0395964;OID=.;OPOS=112464893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:15:13:6:9:15:13 chr12 112477055 . T C 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00518039;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=236.088;QD=9.91525;RBI=0.0148479;REFB=-0.0164407;REVB=-0.0139149;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189101;STB=0.593016;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0359579;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:6:10:4:5:7:10 chr12 112577990 . T C 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00145765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.095;QD=11.0936;RBI=0.0185202;REFB=-0.0186386;REVB=-0.0184627;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0133388;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:2:4:4:1:2:4 chr12 112580071 . C T 277.63 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0342093;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.389;QD=14.612;RBI=0.0381428;REFB=0.0023679;REVB=-0.01687;RO=43;SAF=11;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142004;STB=0.561186;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00240655;OID=.;OPOS=112580071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:44:31:32:0.421053:20:11:21:22:20:12:21:23 chr12 112598321 . G A 60.46 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.021319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.015;QD=6.20149;RBI=0.0477081;REFB=-0.00349461;REVB=-0.0426798;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37389;STB=0.737273;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0126203;OID=.;OPOS=112598321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:29:30:9:9:0.230769:4:5:7:22:4:5:7:23 chr12 112667675 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.414;QD=51.1837;RBI=0.0533445;REFB=0;REVB=0.0301953;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703133;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr12 112703732 . A C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.015201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.814;QD=19.6924;RBI=0.0152913;REFB=-0.00182482;REVB=-0.00165881;RO=25;SAF=19;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315614;STB=0.655046;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00171513;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:25:26:0.509804:6:19:11:14:7:19:11:14 chr12 112704961 . A G 207.39 PASS AF=0.76;AO=17;DP=23;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0550106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.153;QD=33.1819;RBI=0.0600893;REFB=-0.0122282;REVB=0.0241776;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139023;STB=0.519293;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00269591;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:25:6:6:17:19:0.76:9:8:3:3:11:8:3:3 chr12 112705013 . C T 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0292275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.57;QD=31.0653;RBI=0.0312689;REFB=-0.000357424;REVB=0.0111131;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153494;STB=0.585004;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00037076;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:4:2:11:6:4:2 chr12 113312971 . G T 681.0 PASS AF=0.48227;AO=68;DP=143;FAO=68;FDP=141;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.039541;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.975;QD=19.3191;RBI=0.0429395;REFB=-0.0253723;REVB=0.0167425;RO=72;SAF=26;SAR=42;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210469;STB=0.514447;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0204821;OID=.;OPOS=113312971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:72:73:68:68:0.48227:42:26:26:46:42:26:26:47 chr12 113313470 . C T 2454.64 PASS AF=0.959302;AO=165;DP=172;FAO=165;FDP=172;FR=.;FRO=7;FSAF=90;FSAR=75;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.026097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6747;QD=57.0846;RBI=0.0587707;REFB=-0.1403;REVB=0.0526587;RO=4;SAF=90;SAR=75;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00206291;STB=0.506936;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.015028;OID=.;OPOS=113313470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:172:172:4:7:165:165:0.959302:75:90:2:2:75:90:5:2 chr12 113319600 . C T 696.54 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200326;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4164;QD=63.322;RBI=0.0201107;REFB=0;REVB=0.00177081;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159301;OID=.;OPOS=113319600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr12 113325629 . T C 650.61 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00506207;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.947;QD=57.8321;RBI=0.00591728;REFB=-0.0828981;REVB=-0.00306426;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.519222;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000492226;OID=.;OPOS=113325629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:1:2:43:43:0.955556:25:18:0:1:25:18:0:2 chr12 113348870 . G A 574.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9073;QD=60.4886;RBI=0.0202245;REFB=0;REVB=-0.020025;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018323;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr12 113357193 . G A 145.08 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00825822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9592;QD=44.6402;RBI=0.00825861;REFB=0;REVB=-7.95467e-05;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004446;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr12 113357209 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.515;QD=50.4131;RBI=0.0414187;REFB=0;REVB=-0.00863477;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000714864;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr12 113357237 . G C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4841;QD=51.1815;RBI=0.08534;REFB=0;REVB=-0.0719317;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000683958;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr12 113357442 . G A 807.42 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3778;QD=56.6612;RBI=0.0662739;REFB=0;REVB=0.0263758;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130166;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr12 113369715 . TA T 422.27 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.84;QD=54.4866;RBI=0.0240185;REFB=-0.0203391;REVB=0.00651274;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000231364;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:31:31:31:0:17:14:0:0:3:1:15:14:1:0 chr12 113369759 . G C 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9563;QD=56.1735;RBI=0.0329513;REFB=0;REVB=0.0238206;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794604;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 113376388 . G A 780.84 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3336;QD=63.7422;RBI=0.075793;REFB=0;REVB=0.06357;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00147234;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:25:23:1:0:25:24:0:0 chr12 113376452 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.217;QD=55.6561;RBI=0.0491373;REFB=0;REVB=0.0284599;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315825;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr12 113386950 . T C 594.37 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.64;QD=60.9609;RBI=0.0722896;REFB=0;REVB=0.00503091;RO=0;SAF=7;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013815;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:32:7:0:0:32:7:0:0 chr12 113398919 . G A 263.13 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0618926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.934;QD=50.1208;RBI=0.0641838;REFB=0;REVB=-0.0169962;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883305;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:13:8:0:0 chr12 113435450 . A T 791.94 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00144652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0043;QD=55.5748;RBI=0.043238;REFB=-0.0427819;REVB=0.0432138;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864395;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:26:31:0:0 chr12 113448288 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.518;QD=62.9829;RBI=0.0425843;REFB=0;REVB=0.0417307;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81731e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr12 113553481 . C T 261.17 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0215538;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.154;QD=24.2947;RBI=0.0300837;REFB=-0.0126093;REVB=0.0209872;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319766;STB=0.67849;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0041907;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:13:6:17:7:13:6 chr12 113565889 . G A 179.88 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00217093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.991;QD=23.21;RBI=0.0484758;REFB=-0.0814182;REVB=0.0484272;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596025;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0369246;OID=.;OPOS=113565889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:13:18:18:0.580645:9:9:7:5:9:9:7:6 chr12 113724816 . C T 108.54 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0106691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.3;QD=13.5672;RBI=0.026335;REFB=-0.025986;REVB=0.024077;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696731;STB=0.540919;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0381653;OID=.;OPOS=113724816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:12:7:4:9:12:7 chr12 113796566 . A C 92.04 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0158834;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.968;QD=15.3406;RBI=0.020784;REFB=-0.0185567;REVB=-0.013405;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.50381;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.024948;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:6:7:6:5:6:7 chr12 114282496 . C T 1992.32 PASS AF=0.527174;AO=194;DP=368;FAO=194;FDP=368;FR=.;FRO=174;FSAF=84;FSAR=110;FSRF=82;FSRR=92;FWDB=0.0278897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.49;QD=21.6557;RBI=0.0279381;REFB=-0.0110632;REVB=0.0016427;RO=173;SAF=84;SAR=110;SRF=81;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308637;STB=0.518336;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00967239;OID=.;OPOS=114282496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:368:368:173:174:194:194:0.527174:110:84:81:92:110:84:82:92 chr12 114362483 . C T 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00798989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.303;QD=53.9322;RBI=0.0161485;REFB=-0.073034;REVB=0.0140334;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00283242;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:0:1:16:14:0:1 chr12 114374887 . T C 344.5 PASS AF=0.435294;AO=38;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0410762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2749;QD=16.2117;RBI=0.0473542;REFB=-0.0383795;REVB=0.023562;RO=47;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11983;STB=0.554539;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0327533;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:38:37:0.435294:18:20:19:28:18:19:20:28 chr12 114377835 . A G 212.72 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0116276;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.28;QD=11.8176;RBI=0.0212055;REFB=-0.012419;REVB=-0.0177334;RO=45;SAF=12;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684581;STB=0.531294;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0206191;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:46:26:26:0.361111:14:12:18:27:14:12:19:27 chr12 114377877 . T C 189.88 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.000817571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.648;QD=11.3359;RBI=0.021837;REFB=-0.00350827;REVB=0.0218217;RO=43;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153719;STB=0.589278;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00897308;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:9:15:21:22:9:15:21:22 chr12 114377885 . G C 361.72 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0207165;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9679;QD=22.6074;RBI=0.0382636;REFB=-0.0419459;REVB=-0.0321704;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129896;STB=0.562466;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0177736;OID=.;OPOS=114377885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:28:36:36:0.5625:18:18:18:9:18:18:18:10 chr12 114377899 . G C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.47;QD=58.0593;RBI=0.0637887;REFB=0;REVB=0.063328;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129418;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr12 114383651 . C T 270.33 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0091418;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.959;QD=17.164;RBI=0.00915438;REFB=-0.0165734;REVB=-0.000479917;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281512;STB=0.634571;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0184912;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:33:29:30:0.47619:13:16:9:26:14:16:9:24 chr12 114386572 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00695941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.847;QD=23.0934;RBI=0.0149901;REFB=-0.0207887;REVB=-0.0132766;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060464;STB=0.533859;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00922563;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:8:4:7:10:8:4 chr12 114386639 . A G 164.38 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00738383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9268;QD=13.6982;RBI=0.0126078;REFB=0.00907043;REVB=-0.0102194;RO=30;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953373;STB=0.555494;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.023827;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:10:8:16:14:10:8:16:14 chr12 114395651 . T C 329.37 PASS AF=0.473684;AO=34;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0287762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0118;QD=17.3354;RBI=0.0290994;REFB=-0.0087989;REVB=-0.00432541;RO=40;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142144;OID=.;OPOS=114395651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:40:34:36:0.473684:17:17:20:20:18:18:20:20 chr12 114793240 . C T 101.7 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00861633;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.638;QD=15.6464;RBI=0.0142056;REFB=-0.0161599;REVB=-0.0112941;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0375778;OID=.;OPOS=114793240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr12 114793297 . T C 34.87 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0147771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.668;QD=7.34157;RBI=0.0154694;REFB=-0.0298307;REVB=-0.00457591;RO=13;SAF=0;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.722799;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0808112;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:18:19:13:13:5:6:0.315789:5:0:7:6:5:1:7:6 chr12 115120755 . TGGGGC GTGGGG,TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG 566.39 PASS AF=0,0.0222222,0.977778,0,0;AO=2,7,8,5,5;DP=41;FAO=0,1,44,0,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,22,0,0;FSAR=0,1,22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410231,0.255069,0.292844,0.480557,0.0728035;FXX=0;HRUN=1,4,4,4,4;LEN=6,2,2,1,1;MLLD=53.5552,9.74575,18.7248,10.9662,8.7002;QD=50.3459;RBI=0.078761,0.500847,0.298214,0.947767,0.687098;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.067234,-0.43103,-0.0563406,-0.816901,0.68323;RO=9;SAF=2,0,8,2,5;SAR=0,7,0,3,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0.43408,0.43408,0.43408,0;SSEP=0,0,0,0,0.450091;SSSB=0.532037,-0.792135,0.761709,-0.264433,0.69933;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,del,del;VARB=0,-0.0366715,0.016582,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=115120755,115120756,115120759,115120756,115120760;OREF=TGGGGC,GG,GC,G,C;OALT=GTGGGG,-,-,-,-;OMAPALT=GTGGGG,TGGC,TGGG,TGGGC,TGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:4:41:45:9:0:2,7,8,5,5:0,1,44,0,0:0,0.0222222,0.977778,0,0:0,7,0,3,0:2,0,8,2,5:6:3:0,1,22,0,0:0,0,22,0,0:0:0 chr12 117014131 . G GA,GAA 123.19 PASS AF=1,0;AO=14,5;DP=30;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151321,-0.011966;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=6.62607,8.90465;QD=17.599;RBI=0.0198768,0.0139039;REFB=-0.00757313,-0.0107572;REVB=0.0128883,0.00708058;RO=11;SAF=5,2;SAR=9,3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0798372,-0.059321;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00061898,-0.0114649;OID=.,.;OPOS=117014132,117014132;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0:14,5:30:28,0:28:0:10,0:18,0:0:0:3:11:5,2:9,3:5:6 chr12 117217141 . T C 362.57 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185756;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.338;QD=55.7794;RBI=0.0272319;REFB=0;REVB=0.0199128;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448367;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr12 117289613 . G C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0108166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.612;QD=16.9415;RBI=0.010825;REFB=-0.0262196;REVB=0.000424905;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972164;STB=0.567496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0292684;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:11:8:12:11:11:8:13:11 chr12 117290182 . T TTTCCCC 123.19 PASS AF=0.65;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0321284;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=6;MLLD=253.842;QD=24.6376;RBI=0.0322487;REFB=-0.0279388;REVB=0.00278305;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0897445;STB=0.509077;STBP=0.952;TYPE=ins;VARB=0.0131885;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:11:20:13:20:7:4:9:2:5:47:8:3:8:3:5 chr12 117465857 . T C 770.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501574;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.692;QD=64.1996;RBI=0.009553;REFB=0;REVB=0.00813032;RO=0;SAF=31;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00881e-05;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:17:31:0:0:17:31:0:0 chr12 117593387 . G A 2457.9 PASS AF=0.959538;AO=165;DP=174;FAO=166;FDP=173;FR=.;FRO=7;FSAF=87;FSAR=79;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0125788;FXX=0.0057468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.203;QD=56.8301;RBI=0.0233139;REFB=-0.0705097;REVB=0.0196293;RO=7;SAF=87;SAR=78;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034263;STB=0.50192;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.000622062;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:174:173:7:7:165:166:0.959538:78:87:4:3:79:87:4:3 chr12 117593391 . A G 2848.89 PASS AF=1;AO=181;DP=183;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222964;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.427;QD=62.613;RBI=0.0249172;REFB=-0.0962853;REVB=0.0111236;RO=0;SAF=91;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04553e-05;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:182:0:0:181:182:1:90:91:0:0:90:92:0:0 chr12 117669914 . G A 554.09 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0652324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2334;QD=55.4094;RBI=0.0684094;REFB=-0.0989331;REVB=0.0206053;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283818;STB=0.529396;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0034953;OID=.;OPOS=117669914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:22:16:1:0:22:16:2:0 chr12 117685270 . G A 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.557;QD=57.171;RBI=0.0275422;REFB=0;REVB=-0.0227812;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160682;OID=.;OPOS=117685270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr12 117701714 . A G 888.55 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119423;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.542;QD=58.2654;RBI=0.0279242;REFB=0;REVB=-0.0252416;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.96019e-05;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr12 117718572 . G A 368.63 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0582329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.957;QD=19.4016;RBI=0.0597684;REFB=-0.0187586;REVB=0.0134607;RO=36;SAF=20;SAR=18;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0012855;STB=0.513206;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0195896;OID=.;OPOS=117718572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:18:20:19:17:18:20:21:17 chr12 117890947 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.535;QD=59.0165;RBI=0.0287289;REFB=0;REVB=-0.0103391;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71727e-05;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr12 118020115 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0228842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.02;QD=18.1541;RBI=0.0293801;REFB=-0.00720983;REVB=-0.0184257;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109514;STB=0.571358;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00632254;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:6:14:15:10:6:15:15:10 chr12 118199286 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0520732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.86;QD=45.8066;RBI=0.0541627;REFB=0;REVB=0.0148992;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351243;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr12 118467553 . A G 126.64 PASS AF=0.213115;AO=14;DP=66;FAO=13;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.000810585;FXX=0.061529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.4;QD=8.30392;RBI=0.025544;REFB=-0.00847395;REVB=0.0255311;RO=38;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262167;STB=0.692012;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0121871;OID=.;OPOS=118467553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:66:61:38:39:14:13:0.213115:5:9:16:22:4:9:17:22 chr12 118473054 . T C 216.35 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0084556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.545;QD=22.1894;RBI=0.0138785;REFB=-0.0163574;REVB=0.0110053;RO=18;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110708;STB=0.561985;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0141552;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:11:10:11:7:11:10:11:7 chr12 118509191 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0425494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.635;QD=57.2022;RBI=0.0507962;REFB=0;REVB=0.0277452;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114291;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr12 118520170 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0179621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.488;QD=16.6271;RBI=0.0192504;REFB=-0.0117277;REVB=0.00692384;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.011514;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:4:10:8:5:4:10 chr12 118682751 . C T 382.19 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0450147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0311;QD=54.5981;RBI=0.0450217;REFB=0;REVB=0.000790205;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143916;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr12 118827781 . G A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0677791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7971;QD=10.7543;RBI=0.101912;REFB=0.00755958;REVB=-0.0761059;RO=24;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478162;STB=0.80901;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0265375;OID=.;OPOS=118827781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:24:26:13:13:0.333333:2:11:11:13:2:11:11:15 chr12 118828755 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0129326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.612;QD=5.95779;RBI=0.017346;REFB=0.00086259;REVB=0.0115598;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637242;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00251785;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:10:8:3:3:10:8 chr12 118855405 . A G 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00332537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.25;QD=15.8126;RBI=0.0115606;REFB=-0.0080738;REVB=0.011072;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878088;STB=0.563128;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00765227;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:44:34:34:0.435897:14:20:21:21:14:20:21:23 chr12 119431750 . G T 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.962;QD=54.0144;RBI=0.0420415;REFB=-0.131142;REVB=0.0224605;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00129917;OID=.;OPOS=119431750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:1:1:18:17:1:1 chr12 119588962 . G A 769.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1671;QD=56.9894;RBI=0.0284274;REFB=0;REVB=0.0240357;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54581e-05;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr12 119871387 . A G 284.52 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.936;QD=49.4808;RBI=0.0422316;REFB=-0.0711657;REVB=0.00246192;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344484;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:1:0:22:23:1:14:8:1:0:14:9:0:0 chr12 120067561 . T C 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.467;QD=59.3218;RBI=0.0347161;REFB=0;REVB=0.0103926;RO=0;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.33904e-05;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:26:42:0:0:26:42:0:0 chr12 120171995 . T C 194.95 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.042897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9633;QD=17.3285;RBI=0.0473945;REFB=0.0142523;REVB=-0.0201515;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263634;STB=0.651006;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0234304;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:14:11:14:6:14:11 chr12 120189879 . A G 116.16 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00416647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.793;QD=20.2012;RBI=0.039585;REFB=-0.06603;REVB=-0.0393651;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474842;STB=0.526986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0374469;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:4:6:7:6:4:6 chr12 120189888 . T C 120.28 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0522158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0028;QD=24.0559;RBI=0.0545548;REFB=-0.0748456;REVB=0.015803;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11111;STB=0.562406;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0385929;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:2:5:7:6:2:5 chr12 120457035 . A G 223.55 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0193922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3396;QD=14.9033;RBI=0.0201361;REFB=0.016311;REVB=-0.00542252;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656652;STB=0.537162;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0208427;OID=.;OPOS=120457035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:11:23:16:10:11:23 chr12 120536629 . C T 221.39 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00715127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.801;QD=26.0458;RBI=0.0110898;REFB=-0.0294078;REVB=0.00847597;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634418;STB=0.535178;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.014638;OID=.;OPOS=120536629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:5:8:11:10:5:8 chr12 120575549 . A C 916.15 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.76;QD=58.168;RBI=0.0305337;REFB=0;REVB=0.0270736;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157313;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:38:25:0:0 chr12 120589160 . A G 647.68 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0357084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.16;QD=57.5715;RBI=0.0366338;REFB=0.00190943;REVB=-0.00818175;RO=2;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036096;STB=0.519222;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=3.11368e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:25:18:0:2:25:18:0:2 chr12 120649970 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.156;QD=39.2066;RBI=0.0447165;REFB=0;REVB=-0.0435547;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425967;OID=.;OPOS=120649970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr12 120661977 . T C 101.58 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9184;QD=40.6336;RBI=0.078491;REFB=0;REVB=0.0620906;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00832427;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:5:3:0:0:6:4:0:0 chr12 120762765 . C T 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0157259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.224;QD=14.1786;RBI=0.0166002;REFB=-0.0233612;REVB=-0.00531619;RO=53;SAF=16;SAR=19;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134686;STB=0.576458;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0319307;OID=.;OPOS=120762765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:53:35:35:0.397727:19:16:31:22:19:16:31:22 chr12 120882217 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.931;QD=51.1846;RBI=0.01789;REFB=0;REVB=0.0170561;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38932e-05;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr12 120884328 . C T 247.12 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779407;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1635;QD=44.9315;RBI=0.142335;REFB=-0.146023;REVB=0.119098;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0122526;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:23:22:0:1:20:21:0.954545:10:10:0:0:10:11:1:0 chr12 120894973 . GC G,GG 78.68 PASS AF=0.232558,0.162791;AO=11,7;DP=44;FAO=10,7;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6,7;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.125364,0.0634918;FXX=0.0227221;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.05682,25.2074;QD=7.31916;RBI=0.135486,0.0919097;REFB=-0.10331,-0.0611018;REVB=0.0513851,0.0664543;RO=21;SAF=6,7;SAR=5,0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.075548,0.737783;STB=0.626125,0.998443;STBP=0.366,0.003;TYPE=del,snp;VARB=0.144802,0.0662397;OID=.,.;OPOS=120894974,120894974;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232558,0.162791:11,7:44:10,7:43:26:6,7:4,0:11:15:37:21:6,7:5,0:10:11 chr12 120934407 . C T 477.46 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0546959;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.9654;QD=53.051;RBI=0.154721;REFB=-0.0892707;REVB=0.144731;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05184;STB=0.512813;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00737973;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:35:36:2:1:33:35:0.972222:16:17:2:0:16:19:1:0 chr12 120934624 . A C 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8477;QD=53.8892;RBI=0.0227255;REFB=0;REVB=0.0166287;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59858e-05;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr12 120966921 . A G 222.99 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.71;QD=49.5525;RBI=0.0547865;REFB=0;REVB=0.0528729;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000430704;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr12 121017171 . A G 837.53 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180173;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4137;QD=55.8355;RBI=0.0195366;REFB=-0.0924035;REVB=-0.00755348;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00500555;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:26:33:0:0:26:33:0:1 chr12 121093629 . CGTGCGT C,CGTGTGT 56.37 PASS AF=0.25,0.625;AO=2,3;DP=8;FAO=2,5;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1,2;FSAR=1,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0586428,0.126293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=103.443,53.7371;QD=28.1847;RBI=0.0662528,0.169193;REFB=-0.106159,-0.026901;REVB=-0.0308295,0.112589;RO=1;SAF=1,2;SAR=1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.163246;STB=0.665164,0.599598;STBP=0.662,0.517;TYPE=del,snp;VARB=0.0847948,0.048425;OID=.,.;OPOS=121093630,121093633;OREF=GTGCGT,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,CGTGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.625:2,3:8:2,5:8:1:1,2:1,3:1:0:11:1:1,2:1,1:1:0 chr12 121131891 . C T 149.12 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0039183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.332;QD=12.9669;RBI=0.0124375;REFB=-0.0334786;REVB=-0.0118041;RO=29;SAF=12;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207331;STB=0.633976;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0434096;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:4:12:17:12:4:13:17:12 chr12 121174899 . T C 527.76 PASS AF=0.520833;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.063208;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6295;QD=21.9901;RBI=0.063265;REFB=-0.0284447;REVB=0.00268359;RO=45;SAF=26;SAR=24;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691147;STB=0.542697;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0147598;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:45:46:50:50:0.520833:24:26:27:18:24:26:28:18 chr12 121174938 . C T 283.25 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0458787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.77;QD=18.2741;RBI=0.0462367;REFB=-0.00919882;REVB=0.00574253;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390657;STB=0.530469;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00852201;OID=.;OPOS=121174938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:30:31:32:0.516129:18:13:13:15:18:14:15:15 chr12 121175221 . G A 574.14 PASS AF=0.435714;AO=60;DP=140;FAO=61;FDP=140;FR=.;FRO=79;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.00471686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.883;QD=16.404;RBI=0.00577287;REFB=-0.019409;REVB=0.00332825;RO=78;SAF=33;SAR=27;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102265;STB=0.555122;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0231304;OID=.;OPOS=121175221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:78:79:60:61:0.435714:27:33:35:43:28:33:35:44 chr12 121175984 . T C 56.72 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0366395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.978;QD=11.9408;RBI=0.0411437;REFB=-0.000551886;REVB=-0.0187175;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.690085;STB=0.904997;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.000460756;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:10:1:7:1:10:1 chr12 121176679 . C T 162.64 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0220573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.414;QD=19.7143;RBI=0.022393;REFB=-0.0332216;REVB=-0.0038631;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383959;STB=0.521714;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0219792;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:11:6:5:11:11:6:5:11 chr12 121416622 . C G 231.0 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0100488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.835;QD=14.4374;RBI=0.0161813;REFB=-0.0323759;REVB=-0.0126829;RO=33;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321162;STB=0.68028;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0438626;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:64:33:37:27:27:0.421875:9:18:11:22:9:18:13:24 chr12 121416650 . A C 245.2 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0201861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.933;QD=15.5685;RBI=0.0209477;REFB=-0.0162954;REVB=-0.0055971;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229566;STB=0.629538;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0260725;OID=.;OPOS=121416650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:11:17:13:22:11:17:13:22 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 206.55 PASS AF=0.72,0.04;AO=15,3;DP=27;FAO=18,1;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=12,1;FSAR=6,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0443316,-0.00877225;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=168.287,107.402;QD=33.0485;RBI=0.0447972,0.0256386;REFB=-0.00727853,0.00420616;REVB=0.00644203,-0.0240912;RO=7;SAF=11,3;SAR=4,0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0137561,0.618996;STB=0.5,0.985953;STBP=1,0.509;TYPE=ins,snp;VARB=0.00899305,-0.0289995;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:27:25:7:6:15,3:18,1:0.72,0.04:4,0:11,3:5:2:6,0:12,1:4:2 chr12 121435427 . G A 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0237162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.493;QD=15.8387;RBI=0.030288;REFB=-0.014222;REVB=0.0188389;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0220037;OID=.;OPOS=121435427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:3:4:6:2:3:4 chr12 121435475 . G A 149.34 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00754709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.572;QD=17.5695;RBI=0.0159391;REFB=-0.0403508;REVB=0.0140391;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885829;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289697;OID=.;OPOS=121435475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:18:15:16:0.470588:8:7:8:6:8:8:9:9 chr12 121435587 . G T 252.97 PASS AF=0.521739;AO=19;DP=48;FAO=24;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0192481;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.274;QD=21.9972;RBI=0.0427168;REFB=-0.0109916;REVB=0.0381344;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263141;STB=0.592024;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.021101;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:23:22:19:24:0.521739:15:4:10:13:18:6:9:13 chr12 121437221 . T C 818.62 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662052;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2482;QD=57.4469;RBI=0.0701254;REFB=0;REVB=0.0231178;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017736;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr12 121437382 . A G 88.38 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.245;QD=39.2794;RBI=0.208516;REFB=0;REVB=0.0273938;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236275;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:7:1:0:0:7:2:0:0 chr12 121439598 . G A 155.86 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00334071;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.246;QD=9.30508;RBI=0.016518;REFB=-0.011114;REVB=-0.0161766;RO=46;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0903857;STB=0.553546;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.016366;OID=.;OPOS=121439598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:46:46:21:21:0.313433:13:8:21:25:13:8:21:25 chr12 121442199 . T A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0303378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.099;QD=14.6497;RBI=0.0578795;REFB=0.0207769;REVB=0.0492915;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950368;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0141755;OID=.;OPOS=121442199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:7:12:10:4:7:12 chr12 121454257 . T A 774.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8508;QD=56.3114;RBI=0.0288006;REFB=0;REVB=0.0168007;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202361;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:24:29:0:0:26:29:0:0 chr12 121471337 . G A 533.47 PASS AF=0.43609;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=133;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=0.00129956;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.831;QD=16.044;RBI=0.0080808;REFB=-0.0148534;REVB=0.00797562;RO=76;SAF=29;SAR=28;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760152;STB=0.543463;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0173448;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:76:75:57:58:0.43609:28:29:33:43:28:30:33:42 chr12 121600253 . T C 804.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0625;QD=64.3969;RBI=0.043133;REFB=0;REVB=0.0367269;RO=0;SAF=9;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590679;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:41:9:0:0:41:9:0:0 chr12 121615103 . G A 386.95 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=0.0287671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.754;QD=15.3247;RBI=0.0363292;REFB=-0.00696465;REVB=-0.0221871;RO=58;SAF=26;SAR=17;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326289;STB=0.682305;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0131429;OID=.;OPOS=121615103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:43:43:0.425743:17:26:16:42:17:26:16:42 chr12 121622304 . A C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0531934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.632;QD=15.8392;RBI=0.0714531;REFB=-0.0238528;REVB=0.0477075;RO=7;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45905;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0151093;OID=.;OPOS=121622304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:7:1:4:3:7:1:4:3 chr12 121622520 . A T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.858;QD=56.7057;RBI=0.0187496;REFB=0;REVB=0.0185677;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05761e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr12 121622563 . G A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0116084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5625;QD=20.7548;RBI=0.018966;REFB=0.0202294;REVB=0.0149985;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801109;STB=0.545393;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00914011;OID=.;OPOS=121622563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:6:6:9:6:6:6 chr12 121659917 . G A 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00831195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2194;QD=12.869;RBI=0.0359255;REFB=-0.0183573;REVB=0.0349508;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210453;STB=0.646777;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.028638;OID=.;OPOS=121659917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:8:3:7:8:8:3:8:8 chr12 121660787 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0146156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0788;QD=22.1438;RBI=0.028699;REFB=0.0235842;REVB=0.0246986;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226441;STB=0.629043;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.0220855;OID=.;OPOS=121660787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:14:3:5:8:14:3:5:8 chr12 121675575 . G T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0185735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.824;QD=26.6377;RBI=0.0198155;REFB=-0.0337076;REVB=-0.006905;RO=8;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140269;OID=.;OPOS=121675575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:10:6:3:5:10:6:3:5 chr12 121691088 . G T 171.22 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00166451;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5337;QD=24.4595;RBI=0.00496156;REFB=-0.012197;REVB=-0.00467402;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21825;STB=0.620565;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00532616;OID=.;OPOS=121691088;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:1:10:11:6:1:10 chr12 121840634 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.018046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.103;QD=14.0966;RBI=0.0183995;REFB=-0.00494676;REVB=0.0035897;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00629871;OID=.;OPOS=121840634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:10:4:4:7:10:4 chr12 122042844 . A G 264.68 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.081223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1512;QD=50.4147;RBI=0.120805;REFB=0;REVB=0.089424;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0087435;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr12 122079295 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.033295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.644;QD=17.3782;RBI=0.0352548;REFB=-0.018127;REVB=0.0115906;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376028;STB=0.521699;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0124702;OID=.;OPOS=122079295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:5:5:6:5:5:5 chr12 122079668 . A G 61.79 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0353169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5973;QD=7.26943;RBI=0.0820929;REFB=0.00940696;REVB=-0.0741078;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207656;STB=0.640728;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0287188;OID=.;OPOS=122079668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:34:24:25:9:9:0.264706:4:5:9:15:4:5:9:16 chr12 122186268 . C T 63.64 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00197514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7282;QD=9.09137;RBI=0.00202948;REFB=-0.0211964;REVB=-0.000466488;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0538642;OID=.;OPOS=122186268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:10:9:6:3:10:9 chr12 122186317 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.046866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4289;QD=10.8844;RBI=0.0520939;REFB=-0.0108295;REVB=-0.0227455;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528187;STB=0.826739;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0174702;OID=.;OPOS=122186317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:8:7:8:1:8:7 chr12 122234089 . T A 640.19 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6829;QD=60.9708;RBI=0.0628007;REFB=0;REVB=0.0526214;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207582;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:39:42:1:20:19:0:0:22:20:0:0 chr12 122243905 . C T 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.672;QD=60.5462;RBI=0.0912732;REFB=0;REVB=0.0169797;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122814;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:51:24:0:0:51:24:0:0 chr12 122248339 . C T 224.69 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0502603;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8715;QD=14.979;RBI=0.0561037;REFB=-0.0119814;REVB=0.0249303;RO=34;SAF=17;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297617;STB=0.668653;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0119977;OID=.;OPOS=122248339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:9:17:12:22:9:17:12:22 chr12 122248582 . C G 499.8 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.94;QD=54.0319;RBI=0.0150584;REFB=-0.186239;REVB=0.0104819;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00128662;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:20:15:0:1:20:15:1:1 chr12 122261456 . G A 527.39 PASS AF=0.474576;AO=55;DP=108;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0218604;FXX=0.0327842;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.443;QD=17.8776;RBI=0.0236853;REFB=-0.0414083;REVB=0.00911698;RO=52;SAF=24;SAR=31;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119208;STB=0.51981;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.038312;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:118:52:62:55:56:0.474576:31:24:22:30:31:25:30:32 chr12 122295335 . T C 504.91 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427523;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.587;QD=59.4009;RBI=0.0377622;REFB=0;REVB=0.0375194;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599784;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr12 122326812 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4991;QD=55.0962;RBI=0.0359671;REFB=0;REVB=0.00665054;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550893;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr12 122353796 . A G 193.93 PASS AF=0.446429;AO=21;DP=51;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0803617;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.0211;QD=13.8522;RBI=0.0814641;REFB=-0.0283391;REVB=0.0133569;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00665967;STB=0.515747;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0103482;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:56:29:31:21:25:0.446429:10:11:15:14:12:13:17:14 chr12 122355716 . C T 471.7 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00978009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.49;QD=55.4946;RBI=0.0510157;REFB=0.0310066;REVB=0.0500694;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000271107;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:0:1:33:33:0.970588:20:13:0:0:20:13:0:1 chr12 122369762 . C T 61.5 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0752996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.463;QD=7.02837;RBI=0.0753029;REFB=0.0111273;REVB=0.000711742;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271811;STB=0.666349;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0438746;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:6:20:5:4:6:20 chr12 122396395 . C T 378.06 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0103397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.833;QD=21.6034;RBI=0.0114261;REFB=-0.010368;REVB=-0.00486279;RO=32;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1429;STB=0.578906;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00494791;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:22:16:19:13:22:16:19:13 chr12 122405912 . G T 374.31 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0907506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7773;QD=31.8557;RBI=0.120539;REFB=0.0405106;REVB=-0.0793346;RO=16;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921552;STB=0.550264;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0243852;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:12:19:12:4:12:19:12:4 chr12 122674032 . C T 364.15 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4037;QD=52.0212;RBI=0.0497359;REFB=-0.0850167;REVB=-0.0235179;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.51514;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00280546;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:16:11:0:0:16:11:0:1 chr12 122674758 . G A 731.17 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283224;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7243;QD=63.5798;RBI=0.0318156;REFB=0;REVB=0.014494;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308037;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr12 122676013 . A C 1191.21 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.837;QD=60.3146;RBI=0.0235247;REFB=0;REVB=-0.0166559;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22158e-05;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:0:0:77:79:1:41:36:0:0:42:37:0:0 chr12 122689161 . C G 104.76 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0361931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9334;QD=10.7443;RBI=0.0672659;REFB=-0.00692574;REVB=0.0566988;RO=26;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489799;STB=0.529366;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0226339;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:4:9:17:9:4:9:17:9 chr12 122689181 . C G 114.45 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0145269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7561;QD=10.4047;RBI=0.0970796;REFB=-0.0107303;REVB=-0.0959865;RO=27;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338584;STB=0.720226;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0328808;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:30:14:14:0.318182:8:6:20:7:8:6:23:7 chr12 122689244 . C T 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0426341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2259;QD=9.14927;RBI=0.079172;REFB=0.00157785;REVB=0.0667124;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260504;STB=0.674536;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.000501796;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:37:40:18:18:0.310345:11:7:23:14:11:7:26:14 chr12 122691738 . C A 476.16 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409738;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.948;QD=57.7167;RBI=0.0605729;REFB=0;REVB=0.0446119;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135566;OID=.;OPOS=122691738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr12 122692820 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.722;QD=50.4124;RBI=0.027646;REFB=0;REVB=0.026326;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211925;OID=.;OPOS=122692820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr12 122734569 . C T 158.18 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0106701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.817;QD=25.3089;RBI=0.0267312;REFB=-0.0259953;REVB=0.0245094;RO=9;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216767;STB=0.594472;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0165763;OID=.;OPOS=122734569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:15:16:0.64:4:11:4:5:5:11:4:5 chr12 122756342 . G A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0238737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.204;QD=12.7914;RBI=0.0269565;REFB=-0.00010972;REVB=-0.0125178;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576655;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000276419;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:13:9:5:9:13:10 chr12 122989235 . A C 286.61 PASS AF=0.382022;AO=31;DP=87;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0140043;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5657;QD=12.8814;RBI=0.058726;REFB=-0.0135485;REVB=0.0570318;RO=53;SAF=21;SAR=10;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229612;STB=0.549006;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0711117;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:53:55:31:34:0.382022:10:21:36:17:13:21:38:17 chr12 123064536 . T G 63.37 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0085827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.035;QD=8.74116;RBI=0.0229912;REFB=-0.00586949;REVB=-0.0213292;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244923;STB=0.618777;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0252974;OID=.;OPOS=123064536;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:18:20:9:9:0.310345:3:6:8:10:3:6:10:10 chr12 123087442 . AT GG,GT 119.91 PASS AF=0,0.296296;AO=2,8;DP=29;FAO=0,8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=0,0;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.0181926,0.00934447;FXX=0.0689417;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=113.236,112.741;QD=17.7638;RBI=0.0190306,0.0163853;REFB=0.000969663,0.00231088;REVB=0.00558513,0.0134595;RO=12;SAF=2,0;SAR=0,8;SRF=0;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.836514,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00273621;OID=.,.;OPOS=123087442,123087442;OREF=AT,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:29:27:12:12:2,8:0,8:0,0.296296:0,8:2,0:0:12:0,8:0,0:0:12 chr12 123185864 . A G 228.1 PASS AF=0.264151;AO=27;DP=106;FAO=28;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=23;FWDB=-0.0110967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.796;QD=8.60735;RBI=0.0116304;REFB=-0.00714038;REVB=0.00348298;RO=71;SAF=15;SAR=12;SRF=48;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152177;STB=0.606342;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0199088;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:72:27:28:0.264151:12:15:48:23:13:15:49:23 chr12 123185962 . T G 76.17 PASS AF=0.117647;AO=18;DP=153;FAO=18;FDP=153;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=70;FSRR=65;FWDB=0.0125761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4952;QD=1.99136;RBI=0.0364928;REFB=0.00624307;REVB=0.0342574;RO=134;SAF=8;SAR=10;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959795;STB=0.565145;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0484781;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:153:153:134:135:18:18:0.117647:10:8:70:64:10:8:70:65 chr12 123200247 . G C 803.94 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0437925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.578;QD=54.5042;RBI=0.0562837;REFB=-0.110808;REVB=0.0353565;RO=2;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448451;STB=0.511624;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00111582;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:2:1:57:58:0.983051:20:37:0:2:21:37:0:1 chr12 123200768 . T G 92.63 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0157019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.969;QD=10.0137;RBI=0.0162775;REFB=-0.00365098;REVB=-0.00429055;RO=25;SAF=8;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164126;STB=0.618835;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00722147;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:36:37:25:25:11:12:0.324324:3:8:15:10:3:9:15:10 chr12 123253852 . T C 37.57 PASS AF=0.125;AO=5;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=-0.0489585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7083;QD=2.68324;RBI=0.111191;REFB=-0.00738836;REVB=0.0998324;RO=51;SAF=4;SAR=1;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177327;STB=0.612607;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.077409;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:51:49:5:7:0.125:1:4:34:17:3:4:34:15 chr12 123253856 . C CAT,T 939.28 PASS AF=0.589041,0.356164;AO=42,27;DP=73;FAO=43,26;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=33,20;FSAR=10,6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00545119,-0.0277027;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=149.65,76.0434;QD=51.4676;RBI=0.0183742,0.109094;REFB=-0.0581342,-0.0207519;REVB=-0.017547,-0.105518;RO=4;SAF=33,20;SAR=9,7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.169268,0.204561;STB=0.583292,0.624896;STBP=0.003,0.004;TYPE=ins,snp;VARB=0.0302931,0.0183004;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:73:73:4:4:42,27:43,26:0.589041,0.356164:9,7:33,20:0:4:10,6:33,20:0:4 chr12 123333065 . C T 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0189515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.808;QD=9.25695;RBI=0.0446399;REFB=-0.00500961;REVB=-0.0404173;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21647;STB=0.630935;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0146769;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:7:5:17:11:7:5:17:11 chr12 123344021 . G A 202.26 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0142998;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.869;QD=16.1808;RBI=0.0170299;REFB=-0.00533312;REVB=-0.0092483;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258211;STB=0.514693;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00514884;OID=.;OPOS=123344021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:28:22:22:0.44:10:12:16:12:10:12:16:12 chr12 123345736 . C G,T 194.25 PASS AF=0.833333,0.111111;AO=15,2;DP=18;FAO=15,2;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6,0;FSAR=9,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199133,0.032563;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=234.247,174.843;QD=43.1674;RBI=0.0219139,0.033845;REFB=0.0416686,0.0354099;REVB=0.00914774,0.00922665;RO=1;SAF=6,0;SAR=9,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0699995,-0.697199;STB=0.53841,0.993266;STBP=0.313,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.000588823,-0.0131683;OID=.,.;OPOS=123345736,123345736;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:1:1:15,2:15,2:0.833333,0.111111:9,2:6,0:1:0:9,2:6,0:1:0 chr12 123460823 . A C,G 1117.12 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,72;DP=75;FAO=3,72;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=2,49;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180213,0.0507332;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.4664,134.887;QD=59.5796;RBI=0.0180571,0.078083;REFB=0,0;REVB=-0.0011373,0.0593557;RO=0;SAF=2,49;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.15423,-3.18527e-06;OID=.,.;OPOS=123460823,123460823;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:75:75:0:0:3,72:3,72:0.04,0.96:1,23:2,49:0:0:1,23:2,49:0:0 chr12 123467163 . C G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0295669;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.902;QD=25.0397;RBI=0.0295703;REFB=-0.0092572;REVB=0.00044808;RO=20;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123362;STB=0.568718;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00630926;OID=.;OPOS=123467163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:18:8:9:11:18:8:9:11 chr12 123469647 . G T 1002.41 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00780518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.557;QD=56.4739;RBI=0.0348655;REFB=-0.202613;REVB=0.0339806;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027272;STB=0.501443;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000717848;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:71:71:2:2:69:69:0.971831:38:31:1:1:38:31:1:1 chr12 123645803 . G A 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.731;QD=61.212;RBI=0.0142987;REFB=0;REVB=0.00987646;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29663e-07;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr12 123664514 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0724486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5837;QD=46.8472;RBI=0.0742931;REFB=0;REVB=0.016452;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000575564;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr12 123665695 . A G 323.14 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0261435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.916;QD=47.8731;RBI=0.0330146;REFB=-0.0260753;REVB=0.0201613;RO=2;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712357;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00163626;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:13:12:2:0:13:12:2:0 chr12 123746357 . C G 575.18 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1681;QD=60.5456;RBI=0.077923;REFB=0;REVB=-0.0110874;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015647;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr12 123799973 . C CG 169.98 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100479;FXX=0.37918;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.898;QD=37.7728;RBI=0.115652;REFB=0;REVB=0.0572659;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0117778;OID=.;OPOS=123799974;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:30:18:18:0:3:15:0:0:3:27:2:1:12:15 chr12 123799974 . A G,T 400.95 PASS AF=0.896552,0.103448;AO=26,3;DP=29;FAO=26,3;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413317,0.0202023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.7798,34.1161;QD=55.3031;RBI=0.0726985,0.0347351;REFB=0,0;REVB=0.0598061,0.0282559;RO=0;SAF=12,2;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0104947,0.151114;OID=.,.;OPOS=123799974,123799974;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:29:29:0:0:26,3:26,3:0.896552,0.103448:14,1:12,2:0:0:14,1:12,2:0:0 chr12 123810873 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.177;QD=45.8066;RBI=0.0663142;REFB=0;REVB=-0.0604853;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207389;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 123875320 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.00949026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.618;QD=17.8516;RBI=0.0322056;REFB=-0.0255216;REVB=-0.0307756;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23704;STB=0.631511;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0154184;OID=.;OPOS=123875320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:18:18:10:30:18:18:10:30 chr12 123879666 . A G 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00828496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.503;QD=7.67884;RBI=0.0187556;REFB=-0.00248969;REVB=0.0168265;RO=31;SAF=1;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600995;STB=0.881582;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00828937;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:10:1:17:14:10:1:17:14 chr12 123879668 . G C 76.78 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0287676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1666;QD=7.49115;RBI=0.0291718;REFB=0.0162927;REVB=0.00483897;RO=30;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594094;STB=0.88593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0134496;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:40:41:30:30:10:11:0.268293:9:1:17:13:10:1:17:13 chr12 123889486 . G C 107.8 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0345598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.9844;QD=5.74906;RBI=0.0860636;REFB=0.0138897;REVB=-0.0788199;RO=58;SAF=6;SAR=11;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400011;STB=0.743862;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0482638;OID=.;OPOS=123889486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:11:6:40:18:11:6:40:18 chr12 123889492 . A C 109.15 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0188896;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.967;QD=5.98067;RBI=0.01955;REFB=-0.00787183;REVB=-0.00503836;RO=56;SAF=6;SAR=11;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366813;STB=0.724106;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00579302;OID=.;OPOS=123889492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:56:56:17:17:0.232877:11:6:37:19:11:6:37:19 chr12 123892095 . T C 172.79 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0254552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.132;QD=9.46771;RBI=0.0254948;REFB=0.00129351;REVB=0.00141994;RO=48;SAF=5;SAR=18;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294217;STB=0.691177;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00192572;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:50:23:23:0.315068:18:5:21:27:18:5:23:27 chr12 123892186 . T C 254.23 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.000114399;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.942;QD=27.4844;RBI=0.0108654;REFB=-0.0193558;REVB=-0.0108648;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114146;STB=0.526293;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0110571;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:14:23:23:0.621622:15:8:5:10:15:8:4:10 chr12 123892235 . G A 53.16 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0498438;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0255;QD=15.1879;RBI=0.0500176;REFB=-0.00379955;REVB=0.00416674;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414385;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00467194;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:14:14:6:7:7:7:0.5:2:5:1:5:2:5:2:5 chr12 123892590 . C T 84.55 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00150349;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.485;QD=6.50384;RBI=0.0278563;REFB=-0.000223847;REVB=-0.0278157;RO=40;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291387;STB=0.683243;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000541425;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:53:52:40:40:12:12:0.230769:8:4:23:17:8:4:23:17 chr12 123892824 . C T 147.86 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0381658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.753;QD=36.9653;RBI=0.0439257;REFB=0.00588849;REVB=-0.0217449;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.562412;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00275725;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:13:14:0.875:7:6:2:0:7:7:2:0 chr12 123893830 . C T 323.34 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.018;QD=53.8898;RBI=0.0146656;REFB=0;REVB=-0.0059165;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013413;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:23:0:0:0:23:1:0:0 chr12 124008073 . A G 717.27 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2853;QD=56.2565;RBI=0.00429198;REFB=0;REVB=0.00238053;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10306e-06;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:50:51:1:23:27:0:1:24:27:0:0 chr12 124069213 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4164;QD=45.8067;RBI=0.0707277;REFB=0;REVB=0.0101082;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249336;OID=.;OPOS=124069213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 124090453 . A G 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.723;QD=59.1414;RBI=0.0253436;REFB=0;REVB=-0.00318267;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92928e-05;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:45:22:0:0:45:22:0:0 chr12 124209332 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.584;QD=40.7629;RBI=0.0623586;REFB=0;REVB=0.0366759;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134337;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr12 124210782 . T C 482.9 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.309;QD=58.5332;RBI=0.0545581;REFB=0;REVB=0.0475253;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490532;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr12 124229429 . T C 753.06 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.499;QD=61.4743;RBI=0.0364783;REFB=-0.0759147;REVB=0.0333392;RO=1;SAF=19;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241145;STB=0.512815;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000736748;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:29:19:1:0:29:19:1:0 chr12 124243577 . T C 318.39 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00320193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3685;QD=23.1555;RBI=0.00809791;REFB=-0.0351348;REVB=-0.007438;RO=23;SAF=16;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626526;STB=0.527256;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0254793;OID=.;OPOS=124243577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:31:32:0.581818:15:16:10:13:16:16:10:13 chr12 124243707 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.008;QD=55.0986;RBI=0.0289044;REFB=0;REVB=0.0161999;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137613;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr12 124265687 . T C 728.95 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6641;QD=57.1727;RBI=0.0393214;REFB=0;REVB=0.00702329;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186796;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr12 124267703 . T C 1119.59 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234517;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.414;QD=60.5183;RBI=0.0243582;REFB=0;REVB=0.00658329;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45158e-05;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr12 124274474 . A G 1244.46 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00287003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.557;QD=60.7056;RBI=0.0300114;REFB=0;REVB=0.0298739;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83491e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:78:82:1:37:41:0:0:38:44:0:0 chr12 124325977 . T G 318.41 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-9.5182e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.781;QD=15.5322;RBI=0.00565381;REFB=-0.0247029;REVB=-0.00565301;RO=46;SAF=20;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115855;STB=0.571388;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0158152;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:46:47:35:35:0.426829:15:20:21:25:15:20:21:26 chr12 124360037 . C T 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00687073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.771;QD=12.2129;RBI=0.0219512;REFB=-0.00158283;REVB=-0.0208483;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767043;STB=0.545384;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00291629;OID=.;OPOS=124360037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:10:12:8:5:10:12 chr12 124387574 . G A 251.77 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-6.06938e-05;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.786;QD=14.5955;RBI=0.0165853;REFB=-0.0179281;REVB=0.0165852;RO=39;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350761;STB=0.682036;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0222778;OID=.;OPOS=124387574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:40:29:29:0.42029:7:22:17:22:7:22:19:21 chr12 124387586 . A G 320.62 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0183772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.026;QD=16.2337;RBI=0.0192043;REFB=-0.0222591;REVB=0.0055752;RO=44;SAF=24;SAR=11;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216689;STB=0.622353;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.03369;OID=.;OPOS=124387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:11:24:21:23:11:24:21:23 chr12 124417889 . C T 637.85 PASS AF=0.382199;AO=73;DP=191;FAO=73;FDP=191;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=66;FSRR=52;FWDB=0.0335389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2879;QD=13.3581;RBI=0.0348183;REFB=-0.015869;REVB=-0.00935213;RO=117;SAF=31;SAR=42;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151627;STB=0.582977;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0274577;OID=.;OPOS=124417889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:117:118:73:73:0.382199:42:31:66:51:42:31:66:52 chr12 124418674 . C T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0358747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.383;QD=10.0751;RBI=0.0469845;REFB=-0.0115427;REVB=-0.0303406;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380118;STB=0.713729;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0191497;OID=.;OPOS=124418674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:2:6:5:8:2:6:6:8 chr12 124419062 . A C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00924599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.595;QD=12.868;RBI=0.0110903;REFB=-0.00370365;REVB=-0.00612425;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207001;STB=0.619962;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00469802;OID=.;OPOS=124419062;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:3:13:7:4:3:13 chr12 124498909 . G A 258.8 PASS AF=0.6;AO=21;DP=37;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00113922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.347;QD=25.8804;RBI=0.0254621;REFB=-0.0403756;REVB=0.0254366;RO=16;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789132;STB=0.517227;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0220137;OID=.;OPOS=124498909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:16:16:21:24:0.6:10:11:10:6:10:14:10:6 chr12 124829234 . C T 586.93 PASS AF=0.508475;AO=56;DP=115;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00579396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.724;QD=19.8958;RBI=0.0314945;REFB=-0.0253858;REVB=0.0309569;RO=58;SAF=31;SAR=25;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14363;STB=0.558854;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0236093;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:58:58:56:60:0.508475:25:31:23:35:29:31:23:35 chr12 124856660 . T A 357.05 PASS AF=0.536232;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00545569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.906;QD=20.6984;RBI=0.0658308;REFB=-0.0444293;REVB=0.0656043;RO=32;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114552;STB=0.572651;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.026905;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:32:35:37:0.536232:21:14:17:15:23:14:17:15 chr12 124968349 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0084064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7341;QD=15.8817;RBI=0.00963642;REFB=-0.0194521;REVB=0.00471093;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.726776;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0159959;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:6:4:8:2:6:4 chr12 124968359 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0528556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.041;QD=11.9193;RBI=0.0545545;REFB=-0.00720157;REVB=-0.0135088;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599178;STB=0.84542;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0234798;OID=.;OPOS=124968359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:0:9:2:5:0:9 chr12 124979789 . T G 249.89 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.000932576;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.788;QD=24.3791;RBI=0.0109799;REFB=-0.0262399;REVB=0.0109402;RO=17;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137802;STB=0.568902;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0186304;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:18:5:6:11:18:5:6:12 chr12 125270773 . A G 304.99 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0129061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.953;QD=26.5211;RBI=0.0351609;REFB=-0.049496;REVB=0.0327066;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139879;STB=0.57706;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0305704;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:12:15:14:5:12:15:14:5 chr12 125284748 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.43;QD=47.8223;RBI=0.0371183;REFB=0;REVB=-0.0369816;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000550551;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr12 125298877 . G A 254.09 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00135052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.542;QD=13.0303;RBI=0.0514859;REFB=-0.0158104;REVB=0.0514682;RO=45;SAF=12;SAR=18;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209003;STB=0.599933;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0308914;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:48:30:30:0.384615:18:12:27:18:18:12:27:21 chr12 125324553 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-1.07599e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.322;QD=28.5377;RBI=1.07599e-05;REFB=-0.0675719;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165662;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr12 125386076 . T C 246.88 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00402732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.501;QD=47.025;RBI=0.0610852;REFB=-0.167947;REVB=0.0609523;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.51998;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00896229;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:11:8:0:1:12:8:0:1 chr12 125386091 . A G 55.63 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0104799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4094;QD=10.597;RBI=0.0174065;REFB=-0.0132437;REVB=-0.0138982;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434779;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0213938;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:5:7:5:3:5:8 chr12 125386114 . T A 76.79 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0618421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.154;QD=13.354;RBI=0.0619387;REFB=-0.0218226;REVB=-0.00345716;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11072;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0152223;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:5:8:5:5:5:8 chr12 125397364 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0225798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.593;QD=11.9536;RBI=0.0333796;REFB=-0.0053763;REVB=-0.0245836;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00632275;OID=.;OPOS=125397364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr12 125397750 . A G 313.24 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0318831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9326;QD=50.1178;RBI=0.0530508;REFB=0.0437048;REVB=-0.0424012;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00315398;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr12 125398039 . G C 172.53 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0880242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8203;QD=12.5477;RBI=0.0934915;REFB=-0.025602;REVB=0.0315024;RO=34;SAF=13;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345303;STB=0.519981;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.025777;OID=.;OPOS=125398039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:8:13:20:14:8:13:20:14 chr12 125398517 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.497;QD=46.848;RBI=0.0144285;REFB=0;REVB=0.0108431;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28743e-06;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr12 125399068 . C T 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0183;QD=56.6956;RBI=0.125679;REFB=0;REVB=0.0704409;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00379669;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr12 125399150 . G A 525.47 PASS AF=0.519231;AO=53;DP=103;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0193475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.265;QD=20.2104;RBI=0.042895;REFB=-0.0100415;REVB=-0.0382839;RO=48;SAF=30;SAR=23;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522069;STB=0.522719;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0109635;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:48:50:53:54:0.519231:23:30:30:18:23:31:31:19 chr12 125399167 . T C 538.87 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=27;FWDB=0.00394871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.815;QD=17.8139;RBI=0.0429742;REFB=-0.00719253;REVB=-0.0427924;RO=64;SAF=32;SAR=25;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162085;STB=0.508997;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00566143;OID=.;OPOS=125399167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:25:32:37:27:25:32:37:27 chr12 125411882 . GT AC 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.012255;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.493;QD=11.4396;RBI=0.0123252;REFB=0.00497354;REVB=-0.00131327;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872131;STB=0.551788;STBP=0.644;TYPE=mnp;VARB=-0.0113459;OID=.;OPOS=125411882;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:6:7:11:13:6:7:11:13 chr12 125412376 . GAAAAA AAAAAG 30.54 PASS AF=0.2;AO=5;DP=26;FAO=5;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0217171;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=6;MLLD=53.4817;QD=4.88642;RBI=0.0228263;REFB=0.00114016;REVB=-0.0070288;RO=12;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356344;STB=0.757524;STBP=0.251;TYPE=mnp;VARB=-0.00149137;OID=.;OPOS=125412376;OREF=GAAAAA;OALT=AAAAAG;OMAPALT=AAAAAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:26:25:12:20:5:5:0.2:1:4:6:6:1:4:10:10 chr12 125412470 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00339248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.048;QD=9.82163;RBI=0.00549161;REFB=-0.00137005;REVB=-0.00431844;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104359;STB=0.579962;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00359143;OID=.;OPOS=125412470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:7:4:10:12:7:4:11:12 chr12 125424502 . A G 506.23 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.11;QD=56.2475;RBI=0.0139397;REFB=0;REVB=0.00914865;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148017;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:34:36:1:21:13:1:0:21:15:0:0 chr12 125424510 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000862598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.745;QD=60.9786;RBI=0.00458337;REFB=0;REVB=-0.00450147;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.32924e-06;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr12 125432618 . G A 198.33 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00569107;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.327;QD=18.4494;RBI=0.00858685;REFB=-0.0105458;REVB=-0.00643007;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961387;STB=0.554403;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0195994;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:23:23:20:20:0.465116:12:8:7:16:12:8:7:16 chr12 125441359 . T C 89.97 PASS AF=0.37931;AO=12;DP=31;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00206921;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.636;QD=12.4099;RBI=0.0150463;REFB=-0.00188494;REVB=-0.0149033;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105263;STB=0.545369;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00282131;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:31:29:18:18:12:11:0.37931:3:9:12:6:3:8:12:6 chr12 125448960 . C T 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.22;QD=62.9829;RBI=0.0605206;REFB=0;REVB=0.0528295;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157969;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:21:24:0:0:21:24:0:0 chr12 125449470 . G A 428.63 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000443696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.808;QD=57.1512;RBI=0.0721048;REFB=0;REVB=0.0721035;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651319;OID=.;OPOS=125449470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr12 125561151 . A G 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0166903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.339;QD=11.4398;RBI=0.0618646;REFB=-0.00775617;REVB=0.0595706;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247851;STB=0.650796;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0189222;OID=.;OPOS=125561151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:6:8:7:2:6:8 chr12 125562809 . G A 684.32 PASS AF=0.979167;AO=40;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0028866;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.701;QD=57.0265;RBI=0.0293341;REFB=-0.0275544;REVB=-0.0291917;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515145;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00113959;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:40:47:0.979167:14:26:0:0:16:31:0:1 chr12 125562892 . C T 84.43 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0206405;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.52;QD=9.64961;RBI=0.0329589;REFB=-0.0075827;REVB=-0.0256955;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131781;STB=0.567442;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0138217;OID=.;OPOS=125562892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:36:35:23:24:11:11:0.314286:4:7:12:11:4:7:13:11 chr12 125587278 . G A 325.83 PASS AF=0.627451;AO=28;DP=47;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.103501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2355;QD=25.5555;RBI=0.114262;REFB=-0.0311699;REVB=0.0484073;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970159;STB=0.577732;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0183512;OID=.;OPOS=125587278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:19:19:28:32:0.627451:19:9:4:15:19:13:4:15 chr12 125626685 . C T 188.96 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0358939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.302;QD=13.0316;RBI=0.0438416;REFB=-0.0181581;REVB=-0.0251737;RO=35;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373966;STB=0.521454;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0442352;OID=.;OPOS=125626685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:10:13:21:14:10:13:21:14 chr12 125834095 . C A 230.36 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00440417;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.952;QD=14.1759;RBI=0.00470943;REFB=-0.00527288;REVB=-0.00166792;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599782;STB=0.541494;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00560917;OID=.;OPOS=125834095;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:13:14:17:20:13:14:17:21 chr12 125834395 . T C 362.35 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224839;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8855;QD=55.7459;RBI=0.0277866;REFB=0;REVB=-0.016327;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000403286;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr12 125900095 . T A 127.75 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0388907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1476;QD=14.5995;RBI=0.0490365;REFB=-0.0423378;REVB=0.029868;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219017;STB=0.624851;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0236763;OID=.;OPOS=125900095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:16:4:6:9:16:4 chr12 126068417 . T C 1589.89 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.468;QD=59.9959;RBI=0.0511144;REFB=0;REVB=0.00547357;RO=0;SAF=47;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71849e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:58:47:0:0:58:48:0:0 chr12 126137060 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0330935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3708;QD=18.6419;RBI=0.0368353;REFB=-0.0117603;REVB=0.0161759;RO=25;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363483;STB=0.528823;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0101839;OID=.;OPOS=126137060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:11:14:15:10:11:14:16:10 chr12 127068865 . A G 139.54 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.584;QD=42.9347;RBI=0.103555;REFB=0;REVB=0.04333;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042282;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:10:3:0:0 chr12 127068892 . C T 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.688;QD=59.4232;RBI=0.0589234;REFB=0;REVB=-0.0589055;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000573034;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr12 127650467 . G C 4188.97 PASS AF=0.96831;AO=271;DP=281;FAO=275;FDP=284;FR=.;FRO=9;FSAF=110;FSAR=165;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00172036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1037;QD=58.9996;RBI=0.0142736;REFB=-0.0253298;REVB=-0.0141696;RO=8;SAF=109;SAR=162;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267003;STB=0.516034;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00079081;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:281:284:8:9:271:275:0.96831:162:109:7:1:165:110:8:1 chr12 127650471 . AT GG 4424.71 PASS AF=0.973684;AO=258;DP=309;FAO=296;FDP=304;FR=.;FRO=8;FSAF=136;FSAR=160;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0321296;FXX=0.0161807;HRUN=1;LEN=2;MLLD=294.023;QD=58.2199;RBI=0.0390469;REFB=-0.0550952;REVB=0.022189;RO=8;SAF=118;SAR=140;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240453;STB=0.510987;STBP=0.021;TYPE=mnp;VARB=0.00582533;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:309:304:8:8:258:296:0.973684:140:118:7:1:160:136:7:1 chr12 127650538 . A G 11229.8 PASS AF=0.97185;AO=724;DP=745;FAO=725;FDP=746;FR=.;FRO=21;FSAF=290;FSAR=435;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0007338;FXX=0.00133867;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5857;QD=60.2136;RBI=0.0539972;REFB=-0.0399236;REVB=-0.0539923;RO=20;SAF=289;SAR=435;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107157;STB=0.505017;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00224523;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:745:746:20:21:724:725:0.97185:435:289:12:8:435:290:12:9 chr12 127650583 . T G 9404.66 PASS AF=0.966981;AO=611;DP=635;FAO=615;FDP=636;FR=.;FRO=21;FSAF=247;FSAR=368;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0550072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4843;QD=59.1488;RBI=0.055096;REFB=-0.00605405;REVB=-0.00312832;RO=22;SAF=245;SAR=366;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369322;STB=0.500925;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.000276276;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:635:636:22:21:611:615:0.966981:366:245:10:12:368:247:9:12 chr12 127650599 . A G 6336.97 PASS AF=0.978571;AO=369;DP=430;FAO=411;FDP=420;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=154;FSAR=257;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0510675;FXX=0.0186912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.636;QD=60.3521;RBI=0.0514938;REFB=-0.0514562;REVB=0.00661196;RO=14;SAF=111;SAR=258;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125096;STB=0.503492;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00107445;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:430:420:14:9:369:411:0.978571:258:111:4:10:257:154:2:7 chr12 127650616 . G A 734.92 PASS AF=0.286932;AO=100;DP=349;FAO=101;FDP=352;FR=.;FRO=251;FSAF=37;FSAR=64;FSRF=77;FSRR=174;FWDB=-0.0634027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.248;QD=8.35138;RBI=0.0644462;REFB=-0.00185064;REVB=0.0115501;RO=248;SAF=37;SAR=63;SRF=74;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971668;STB=0.54688;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0072009;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:349:352:248:251:100:101:0.286932:63:37:74:174:64:37:77:174 chr12 127650639 . A G 2678.51 PASS AF=0.953052;AO=130;DP=194;FAO=203;FDP=213;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=159;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0533801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.375;QD=50.3006;RBI=0.0556897;REFB=-0.0593816;REVB=0.0158716;RO=6;SAF=41;SAR=89;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145032;STB=0.505718;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00487892;OID=.;OPOS=127650639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:194:213:6:10:130:203:0.953052:89:41:1:5:159:44:3:7 chr12 127650662 . T C 396.9 PASS AF=0.794872;AO=30;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00289656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.31;QD=40.7072;RBI=0.0156254;REFB=-0.0141499;REVB=-0.0153546;RO=8;SAF=5;SAR=25;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557513;STB=0.532142;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00389911;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:30:31:0.794872:25:5:2:6:26:5:2:6 chr12 127650883 . G T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.295;QD=28.5376;RBI=0.162519;REFB=0.0102081;REVB=0.161813;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00342394;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr12 127650890 . G C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0209679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.035;QD=30.7904;RBI=0.0211445;REFB=-0.0387792;REVB=0.00272674;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.666169;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00352192;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:0:1:1:7:0:1 chr12 128778703 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0510143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.593;QD=25.2872;RBI=0.0536464;REFB=-0.0382678;REVB=0.0165973;RO=9;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12882;STB=0.571347;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0269257;OID=.;OPOS=128778703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:4:12:8:1:4:12:8:1 chr12 128899673 . A G 253.09 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00483903;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0706;QD=20.6604;RBI=0.0399716;REFB=-0.000809566;REVB=-0.0396776;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985021;STB=0.555508;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000193349;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:12:13:15:9:12:13 chr12 128900005 . G A 57.28 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00227824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.295;QD=12.7297;RBI=0.00295335;REFB=-0.00895206;REVB=-0.00187934;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1654;STB=0.599733;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0321836;OID=.;OPOS=128900005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:6:4:2:6:6:4 chr12 129181810 . A G 2255.03 PASS AF=1;AO=141;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.341;QD=63.5221;RBI=0.0109215;REFB=0;REVB=-0.0103996;RO=0;SAF=73;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2436e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85485e-06;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:141:142:1:68:73:0:0:69:73:0:0 chr12 129181834 . A G 2474.32 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=162;FDP=162;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400391;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9485;QD=61.0944;RBI=0.0488823;REFB=0;REVB=0.028042;RO=0;SAF=77;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30228e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013407;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:162:0:0:160:162:1:83:77:0:0:84:78:0:0 chr12 129189941 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00331041;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.076;QD=17.6438;RBI=0.00332351;REFB=-0.013103;REVB=-0.000294756;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0173502;OID=.;OPOS=129189941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:4:3:3:6:4:3 chr12 129190021 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9709;QD=37.4855;RBI=0.184736;REFB=0;REVB=0.182457;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109558;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr12 129190474 . G A 459.44 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=97;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00683404;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.522;QD=19.3449;RBI=0.0125724;REFB=-0.0189556;REVB=-0.0105528;RO=48;SAF=13;SAR=32;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213435;STB=0.628513;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0162413;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:48:49:45:46:0.484211:32:13:24:24:33:13:25:24 chr12 129278864 . A G 175.16 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217895;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.7447;QD=46.7089;RBI=0.0332858;REFB=0;REVB=-0.0251627;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45887e-06;OID=.;OPOS=129278864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr12 129298735 . C G 462.19 PASS AF=0.474747;AO=45;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0663814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4968;QD=18.6744;RBI=0.073822;REFB=-0.0513338;REVB=0.0322984;RO=52;SAF=32;SAR=13;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855279;STB=0.566637;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.106338;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:52:45:47:0.474747:13:32:33:19:13:34:32:20 chr12 129298799 . T C 240.91 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.000424016;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6254;QD=14.3824;RBI=0.0418779;REFB=-0.019355;REVB=-0.0418757;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869051;STB=0.541134;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0308691;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:39:28:28:0.41791:17:11:19:21:17:11:18:21 chr12 129298848 . G A 489.25 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=0.0494888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.231;QD=18.2898;RBI=0.0675898;REFB=-0.020865;REVB=0.0460353;RO=55;SAF=10;SAR=42;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062656;STB=0.53487;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0229528;OID=.;OPOS=129298848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:42:10:13:42:42:10:13:42 chr12 129299385 . G A 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0615326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.921;QD=25.7309;RBI=0.0644646;REFB=-0.0120528;REVB=0.0192204;RO=18;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1611;STB=0.60169;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00469945;OID=.;OPOS=129299385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:17:9:10:8:17:9:11:8 chr12 129328752 . C A 211.6 PASS AF=0.415094;AO=19;DP=56;FAO=22;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.025532;FXX=0.0535619;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8251;QD=15.9697;RBI=0.025585;REFB=-0.0445561;REVB=0.0016462;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221404;STB=0.617539;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0628399;OID=.;OPOS=129328752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:21:28:19:22:0.415094:14:5:10:11:14:8:16:12 chr12 129329082 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0338261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9428;QD=11.2568;RBI=0.0575943;REFB=-0.029338;REVB=-0.0466144;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860199;STB=0.55249;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0494512;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:7:1:2:10:7:1:2:10 chr12 129383848 . GTGT G 195.48 PASS AF=0.320513;AO=26;DP=82;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=0.000378127;FXX=0.0487745;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.534;QD=10.0246;RBI=0.00698387;REFB=-0.00999634;REVB=-0.00697363;RO=48;SAF=20;SAR=6;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118131;STB=0.598906;STBP=0.276;TYPE=del;VARB=0.0218785;OID=.;OPOS=129383849;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320513:26:82:25:78:53:19:6:34:19:99:48:20:6:33:15 chr12 129559557 . C T 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.975;QD=58.1356;RBI=0.0346191;REFB=0;REVB=0.00492888;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225101;OID=.;OPOS=129559557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr12 130185054 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000195731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7181;QD=57.1769;RBI=0.00313399;REFB=0;REVB=-0.00312788;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36884e-05;OID=.;OPOS=130185054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr12 130647709 . G C 2369.43 PASS AF=0.993631;AO=156;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0813771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.866;QD=60.3678;RBI=0.0914327;REFB=-0.0432014;REVB=0.0416859;RO=1;SAF=68;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694493;STB=0.503649;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000161351;OID=.;OPOS=130647709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:156:156:0.993631:88:68:1:0:88:68:1:0 chr12 130649543 . C G 507.03 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.642;QD=57.9457;RBI=0.0513421;REFB=0;REVB=0.038778;RO=1;SAF=10;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444566;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973518;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:24:10:1:0:24:11:0:0 chr12 130649672 . G A 121.85 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0602686;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8693;QD=14.3352;RBI=0.0679378;REFB=0.00814745;REVB=-0.0313566;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244948;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0160288;OID=.;OPOS=130649672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:8:12:5:9:8:12 chr12 130649770 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0488697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.801;QD=12.737;RBI=0.0543954;REFB=-0.0109004;REVB=0.0238875;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194986;STB=0.613502;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0142862;OID=.;OPOS=130649770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:8:8:9:19:8:8:9:19 chr12 130649962 . C T 180.56 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00231613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3861;QD=12.8974;RBI=0.0123012;REFB=-0.00477416;REVB=0.0120812;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116998;STB=0.567505;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00413937;OID=.;OPOS=130649962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:14:8:16:18:14:8:16:18 chr12 130650016 . G C 139.03 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0617488;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9137;QD=12.3582;RBI=0.0620808;REFB=-0.0178522;REVB=0.00641249;RO=26;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852039;STB=0.594472;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0301341;OID=.;OPOS=130650016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:29:16:16:0.355556:11:5:10:16:11:5:13:16 chr12 130650041 . G A 228.05 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00843083;FXX=0.0263089;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.096;QD=24.6537;RBI=0.0206657;REFB=-0.0338032;REVB=-0.0188678;RO=8;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622108;STB=0.521226;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0218999;OID=.;OPOS=130650041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:8:15:21:21:0.567568:13:8:4:4:13:8:5:10 chr12 130841638 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00716489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.131;QD=20.2097;RBI=0.00732696;REFB=-0.00995489;REVB=0.00153254;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180782;STB=0.602495;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00538691;OID=.;OPOS=130841638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:3:7:6:7:3:7 chr12 130847389 . A G 276.14 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00983935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8238;QD=18.4091;RBI=0.00986142;REFB=-0.0264759;REVB=0.000659384;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160612;STB=0.564314;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0171122;OID=.;OPOS=130847389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:29:31:0.516667:19:10:15:14:19:12:15:14 chr12 130912757 . C T 218.82 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0184051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9398;QD=23.6564;RBI=0.0426627;REFB=-0.0242116;REVB=-0.0384884;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571216;STB=0.531826;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0457132;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:8:13:11:5:8:13:11:5 chr12 130921471 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0114;QD=42.1823;RBI=0.0408029;REFB=0;REVB=0.00733388;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162682;OID=.;OPOS=130921471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr12 131275484 . G A 549.41 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.37;QD=59.3955;RBI=0.0208976;REFB=0;REVB=0.0115382;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240744;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:21:16:0:0 chr12 131276448 . G T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.952;QD=64.1533;RBI=0.0360398;REFB=0;REVB=0.0190472;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159829;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr12 131296908 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.863;QD=37.4885;RBI=0.0043639;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23984e-05;OID=.;OPOS=131296908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr12 131299974 . A G 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.697;QD=57.168;RBI=0.0288612;REFB=0;REVB=-0.00825901;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86878e-05;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr12 131306314 . C G 612.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6109;QD=61.236;RBI=0.0789609;REFB=0;REVB=0.0787883;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118977;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr12 131360715 . A G 295.16 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772437;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.177;QD=53.6648;RBI=0.0320276;REFB=0;REVB=-0.0310821;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00475791;OID=.;OPOS=131360715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr12 131466562 . T C 775.67 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2331;QD=63.3203;RBI=0.0347626;REFB=0;REVB=0.0330805;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174265;OID=.;OPOS=131466562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:27:22:0:0 chr12 131590404 . G A 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0206713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.774;QD=16.8084;RBI=0.0213534;REFB=-0.0129974;REVB=-0.00535394;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303862;STB=0.669957;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0188209;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:29:13:22:13:29:13 chr12 131620588 . A G 178.88 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00601725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7047;QD=12.5532;RBI=0.0194176;REFB=-0.0186224;REVB=-0.0184617;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120561;STB=0.59168;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0359655;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:35:22:22:0.385965:7:15:19:14:7:15:19:16 chr12 131622735 . T C 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00607862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.759;QD=11.5971;RBI=0.027675;REFB=-0.0319966;REVB=-0.0269992;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231886;STB=0.636153;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0401482;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:6:15:6:6:6:15 chr12 132237796 . A G 154.11 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0217171;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0611;QD=20.5486;RBI=0.0217313;REFB=-0.00968749;REVB=0.000786129;RO=14;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194728;STB=0.61161;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00363865;OID=.;OPOS=132237796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:3:13:9:5:3:13:9:5 chr12 132237848 . T C 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.633;QD=40.7377;RBI=0.0546773;REFB=0;REVB=0.0228077;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734758;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr12 132250712 . G C 253.79 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.02986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.203;QD=21.5987;RBI=0.030303;REFB=-0.0162613;REVB=0.00516278;RO=23;SAF=16;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24328;STB=0.617547;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0280529;OID=.;OPOS=132250712;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:7:16:10:13:8:16:10:13 chr12 132271113 . T C 1007.05 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315834;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.652;QD=59.2381;RBI=0.0249379;REFB=0;REVB=0.0247371;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142237;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:39:28:0:0:39:29:0:0 chr12 132323250 . C G 471.35 PASS AF=0.412214;AO=50;DP=123;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0229286;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.6669;QD=14.3924;RBI=0.0891561;REFB=-0.0487713;REVB=0.0861574;RO=73;SAF=28;SAR=22;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706575;STB=0.500566;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0722671;OID=.;OPOS=132323250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:131:73:77:50:54:0.412214:22:28:36:37:26:28:40:37 chr12 132326298 . G A 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00623483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.84;QD=16.0284;RBI=0.0200942;REFB=-0.0168225;REVB=-0.0191025;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121838;STB=0.568885;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0303725;OID=.;OPOS=132326298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:14:11:17:13:14:11:17:13 chr12 132335592 . G A 112.0 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0109052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.154;QD=8.95981;RBI=0.0120954;REFB=-0.00627029;REVB=0.00523209;RO=36;SAF=3;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538196;STB=0.823103;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00740038;OID=.;OPOS=132335592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:36:14:14:0.28:11:3:25:11:11:3:25:11 chr12 132396603 . C T 781.88 PASS AF=0.482353;AO=79;DP=169;FAO=82;FDP=170;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.00254264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.011;QD=18.3972;RBI=0.0340201;REFB=-0.0391683;REVB=0.0339249;RO=85;SAF=42;SAR=37;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131751;STB=0.507664;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0410763;OID=.;OPOS=132396603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:85:88:79:82:0.482353:37:42:44:41:37:45:47:41 chr12 132401566 . C T 199.66 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0183789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.315;QD=19.9658;RBI=0.0202857;REFB=-0.0235662;REVB=0.00858634;RO=19;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205806;STB=0.624883;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0211612;OID=.;OPOS=132401566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:10:10:14:5:10:10:15:5 chr12 132402020 . T C 888.02 PASS AF=0.941176;AO=62;DP=67;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0341308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.944;QD=52.2364;RBI=0.0511994;REFB=0.0234862;REVB=0.0381637;RO=5;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628163;STB=0.526308;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0211383;OID=.;OPOS=132402020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:68:5:4:62:64:0.941176:35:27:0:5:36:28:0:4 chr12 132403161 . A G 717.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.526;QD=62.3986;RBI=0.0420018;REFB=0;REVB=0.0199723;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65146e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:32:14:0:0:32:14:0:0 chr12 132405879 . G A 97.81 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0391087;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.225;QD=8.69401;RBI=0.0522824;REFB=-0.00641303;REVB=0.0346982;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353531;STB=0.613826;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0748916;OID=.;OPOS=132405879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:45:30:31:9:11:0.244444:7:2:15:15:7:4:16:15 chr12 132416813 . G A 325.32 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0317174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0592;QD=22.4361;RBI=0.0332296;REFB=0.0174126;REVB=-0.00991025;RO=25;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13145;STB=0.572596;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0139276;OID=.;OPOS=132416813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:20:13:14:11:20:13:14:11 chr12 132490820 . G A 237.6 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00978881;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.004;QD=19.3957;RBI=0.0347721;REFB=-0.0119416;REVB=0.0333658;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611233;STB=0.542819;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0099;OID=.;OPOS=132490820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:26:23:23:0.469388:15:8:11:16:15:8:11:15 chr12 132491322 . A G 423.39 PASS AF=0.478261;AO=42;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00591174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6878;QD=18.4081;RBI=0.0542624;REFB=-0.0313828;REVB=0.0539394;RO=46;SAF=9;SAR=33;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314371;STB=0.648076;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0251589;OID=.;OPOS=132491322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:48:42:44:0.478261:33:9:23:23:33:11:24:24 chr12 132508389 . A G 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00557172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5939;QD=14.6955;RBI=0.00568894;REFB=-0.00130953;REVB=-0.0011489;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19448;STB=0.612761;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00162899;OID=.;OPOS=132508389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:10:6:13:10:10:6:13:10 chr12 132527986 . G A 141.87 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0201479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.096;QD=11.1269;RBI=0.0201524;REFB=-0.00440726;REVB=0.000426422;RO=34;SAF=5;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212949;STB=0.62671;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00862021;OID=.;OPOS=132527986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:12:5:16:18:12:5:16:18 chr12 132528835 . G A 579.65 PASS AF=0.39645;AO=67;DP=169;FAO=67;FDP=169;FR=.;FRO=102;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.0266791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8145;QD=13.7195;RBI=0.0296825;REFB=0.004144;REVB=-0.0130105;RO=100;SAF=19;SAR=48;SRF=50;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247654;STB=0.635414;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00820768;OID=.;OPOS=132528835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:100:102:67:67:0.39645:48:19:50:50:48:19:50:52 chr12 132589649 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00100237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.012;QD=11.0826;RBI=0.0190913;REFB=-0.00682535;REVB=-0.0190649;RO=42;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249595;STB=0.644614;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0196779;OID=.;OPOS=132589649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:9:14:16:26:9:14:16:26 chr12 132598995 . C T 67.09 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0398927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8406;QD=13.417;RBI=0.058101;REFB=-0.0324678;REVB=-0.0422409;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36755;STB=0.749499;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0341125;OID=.;OPOS=132598995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:9:11:9:9:0.45:6:3:7:2:6:3:9:2 chr12 132624252 . G A 192.86 PASS AF=0.404762;AO=11;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0052093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.23;QD=18.368;RBI=0.0155351;REFB=-0.048955;REVB=-0.0146356;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531452;STB=0.53394;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.068767;OID=.;OPOS=132624252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:11:17:0.404762:4:7:13:9:6:11:13:9 chr12 132626425 . G A 283.11 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=27;FWDB=-0.0256451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3655;QD=17.4223;RBI=0.0349081;REFB=0.000971287;REVB=0.0236834;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230313;STB=0.633016;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00174419;OID=.;OPOS=132626425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:17:14:7:26:17:14:7:27 chr12 132626668 . T C 198.77 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0172885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.6;QD=28.3953;RBI=0.0347778;REFB=-0.0484523;REVB=0.0301762;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00814684;STB=0.509424;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0161957;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:7:9:18:19:0.678571:8:10:4:3:9:10:5:4 chr12 132627365 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0304918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.702;QD=13.2306;RBI=0.0305512;REFB=-0.0196563;REVB=-0.00190401;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169694;STB=0.588131;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0255586;OID=.;OPOS=132627365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:7:10:12:16:7:10:13:16 chr12 132635521 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0088912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.709;QD=12.7303;RBI=0.0176183;REFB=-0.0133286;REVB=-0.0152103;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.636033;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0078429;OID=.;OPOS=132635521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:2:7:7:4:2:7:7:5 chr12 132682481 . T G 397.36 PASS AF=0.322981;AO=51;DP=160;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.018643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.951;QD=9.87236;RBI=0.0328382;REFB=-0.0238734;REVB=0.027033;RO=108;SAF=27;SAR=24;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121038;STB=0.559396;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.036384;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:161:108:109:51:52:0.322981:24:27:46:62:25:27:47:62 chr12 132682484 . A G 378.27 PASS AF=0.31875;AO=51;DP=160;FAO=51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=63;FWDB=-0.0464728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.913;QD=9.4567;RBI=0.0509115;REFB=-0.0194204;REVB=-0.0207908;RO=108;SAF=27;SAR=24;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121038;STB=0.572759;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.037745;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:108:109:51:51:0.31875:24:27:46:62:24:27:46:63 chr12 132688137 . A G 276.22 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-2.40695e-05;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.748;QD=21.6647;RBI=0.0286925;REFB=-0.0173344;REVB=-0.0286925;RO=23;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174574;STB=0.597411;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0140669;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:20:8:11:12:20:8:11:12 chr12 132824440 . CT CTC,TC 35.62 PASS AF=0.241379,0.0689655;AO=4,3;DP=29;FAO=7,2;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=4,2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.058955,-0.0513156;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,2;MLLD=93.4534,103.401;QD=4.91254;RBI=0.059035,0.0567862;REFB=-0.00504961,-0.00371425;REVB=-0.00307159,-0.0243182;RO=21;SAF=2,0;SAR=2,3;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0816411,-0.617382;STB=0.624653,0.995483;STBP=0.455,0.088;TYPE=ins,mnp;VARB=0.162587,0.108821;OID=.,.;OPOS=132824442,132824440;OREF=-,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:29:29:21:20:4,3:7,2:0.241379,0.0689655:2,3:2,0:12:9:4,2:3,0:12:8 chr12 132862976 . G A 161.35 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00334557;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.397;QD=17.928;RBI=0.0527418;REFB=-0.00694981;REVB=0.0526356;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401143;STB=0.728172;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0146655;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:19:19:17:17:0.472222:12:5:14:5:12:5:14:5 chr12 133158097 . T C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0837382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.004;QD=19.646;RBI=0.0837399;REFB=-0.0100579;REVB=-0.000522277;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362939;STB=0.706071;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0132951;OID=.;OPOS=133158097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:1:7:4:7:1:7 chr12 133158650 . C T 38.63 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0654846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2746;QD=11.038;RBI=0.105445;REFB=-0.0595927;REVB=0.0826464;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216847;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0941931;OID=.;OPOS=133158650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:2:3:3:5:2:4:3:5 chr12 133181399 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.028;QD=61.684;RBI=0.0424257;REFB=0;REVB=-0.0100429;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90328e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr12 133196596 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.452;QD=53.2751;RBI=0.0432311;REFB=0;REVB=-0.0431704;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242203;OID=.;OPOS=133196596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr12 133201947 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.777;QD=52.6085;RBI=0.042307;REFB=0;REVB=0.0267714;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.42673e-05;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr12 133208979 . T C 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.445;QD=58.0587;RBI=0.0190582;REFB=0;REVB=-0.00761278;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11978e-05;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr12 133212582 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.469;QD=55.0987;RBI=0.029743;REFB=0;REVB=-0.0281334;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24444e-05;OID=.;OPOS=133212582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr12 133253995 . G A 558.65 PASS AF=1;AO=24;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.379;QD=60.3943;RBI=0.0338664;REFB=0;REVB=0.0171674;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165199;OID=.;OPOS=133253995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:24:37:1:9:15:0:0:11:26:0:0 chr12 133272470 . G T 313.02 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0365292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0691;QD=50.0833;RBI=0.0415234;REFB=-0.120756;REVB=-0.0197437;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264929;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00639013;OID=.;OPOS=133272470;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:7:17:1:0:7:17:1:0 chr12 133294333 . C T 1223.84 PASS AF=0.943182;AO=81;DP=88;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0727369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6522;QD=55.6291;RBI=0.0760185;REFB=-0.09783;REVB=0.0220943;RO=5;SAF=45;SAR=36;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497579;STB=0.525247;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00348297;OID=.;OPOS=133294333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:88:5:5:81:83:0.943182:36:45:5:0:36:47:5:0 chr12 133303973 . C G 317.85 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4096;QD=52.9748;RBI=0.230587;REFB=0;REVB=0.195769;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109865;OID=.;OPOS=133303973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:16:24:1:6:10:0:0:10:14:0:0 chr12 133306710 . C T 434.55 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107475;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3501;QD=52.6727;RBI=0.114981;REFB=0.0843679;REVB=0.0408626;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00336124;OID=.;OPOS=133306710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:33:33:1:1:30:32:0.969697:16:14:0:1:17:15:0:1 chr12 133318406 . G T 230.54 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0484288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7209;QD=12.1336;RBI=0.0484419;REFB=1.55005e-05;REVB=-0.00112645;RO=47;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839821;STB=0.542522;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.000742488;OID=.;OPOS=133318406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:17:11:22:25:17:11:22:26 chr12 133331364 . G A 578.66 PASS AF=0.867925;AO=46;DP=53;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00769284;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.02;QD=43.6723;RBI=0.00807712;REFB=-0.0545009;REVB=-0.00246172;RO=5;SAF=28;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398344;STB=0.524691;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00217754;OID=.;OPOS=133331364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:5:7:46:46:0.867925:18:28:2:3:18:28:3:4 chr12 133363376 . G T 696.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.23;QD=61.9264;RBI=0.0576773;REFB=0;REVB=-0.0111706;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105231;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:25:16:0:0:25:20:0:0 chr12 133384864 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000365327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.374;QD=43.4859;RBI=0.00610894;REFB=0;REVB=-0.00609801;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.93273e-05;OID=.;OPOS=133384864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 133393323 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.484;QD=58.6485;RBI=0.0494955;REFB=0.00204326;REVB=0.00534537;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=3.2257e-05;OID=.;OPOS=133393323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:0:1:20:20:0:1 chr12 133411987 . G C 1400.16 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.24;QD=61.5454;RBI=0.0369378;REFB=-0.0999804;REVB=-0.0112021;RO=1;SAF=33;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014145;STB=0.507461;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000164173;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:57:33:1:0:57:33:1:0 chr12 133423695 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00418978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.931;QD=52.6132;RBI=0.00677083;REFB=0;REVB=-0.00531882;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24403e-05;OID=.;OPOS=133423695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr12 133433173 . T C 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6353;QD=54.5121;RBI=0.0719329;REFB=0;REVB=-0.0638736;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000805064;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr12 133435716 . T G 834.32 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.283;QD=57.5394;RBI=0.0523239;REFB=0;REVB=0.0480552;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78984e-05;OID=.;OPOS=133435716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:15:40:0:0:18:40:0:0 chr12 133618022 . G A 162.44 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00958403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9166;QD=19.6895;RBI=0.0843469;REFB=-0.0104916;REVB=-0.0838006;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784583;STB=0.544432;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00363338;OID=.;OPOS=133618022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:7:9:8:9:7:9 chr12 133634450 . A C 75.1 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0931129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.49;QD=37.5482;RBI=0.0964666;REFB=0;REVB=0.025215;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103689;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr12 133664110 . CAAAAAAAAAAAG CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG 37.11 PASS AF=0.363636,0.454545;AO=3,3;DP=11;FAO=4,5;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1,3;FSAR=3,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0152758,1.46386;FXX=0;HRUN=1,11;LEN=1,1;MLLD=177.551,3.3377;QD=13.4932;RBI=0.0163739,1.46535;REFB=-0.00837177,-0.0407336;REVB=-0.00589525,0.0659717;RO=2;SAF=0,1;SAR=3,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.272699;STB=0.624469,0.666029;STBP=0.685,0.303;TYPE=del,del;VARB=-0.00787721,0.280073;OID=.,.;OPOS=133664122,133664111;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.363636,0.454545:3,3:11:4,5:11:2:1,3:3,2:0:2:20:2:0,1:3,2:0:2 chr12 133664124 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0314126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.263;QD=15.2585;RBI=0.0314242;REFB=-0.00773401;REVB=0.000854847;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00725162;OID=.;OPOS=133664124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr12 133682655 . A G 69.39 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.923;QD=30.8382;RBI=0.0543716;REFB=-0.164565;REVB=0.0442514;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00540472;OID=.;OPOS=133682655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr12 133683261 . T C 179.78 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562308;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.668;QD=47.9419;RBI=0.0996732;REFB=0;REVB=0.0995145;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121636;OID=.;OPOS=133683261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr12 133683273 . A AT 101.45 PASS AF=1;AO=5;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10832;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=6.6309;QD=19.3243;RBI=0.175624;REFB=-0.0434606;REVB=-0.138241;RO=15;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763349;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000280219;OID=.;OPOS=133683274;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:21:21:21:0:9:12:0:0:3:15:2:3:7:8 chr12 133683280 . A T 239.89 PASS AF=0.954545;AO=17;DP=20;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0813965;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.1354;QD=43.616;RBI=0.160866;REFB=0.0111956;REVB=0.138754;RO=3;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130434;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0134949;OID=.;OPOS=133683280;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:22:3:1:17:21:0.954545:9:8:0:3:12:9:0:1 chr12 133683628 . A T 464.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.632;QD=58.1083;RBI=0.0243233;REFB=0;REVB=-0.0111884;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98341e-05;OID=.;OPOS=133683628;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr12 133683750 . C A 145.01 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.185;QD=44.6186;RBI=0.0331758;REFB=0;REVB=0.0293066;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218204;OID=.;OPOS=133683750;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr12 133697130 . CA GG 147.55 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0142605;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.156;QD=10.9296;RBI=0.0150453;REFB=-0.0188293;REVB=0.0047957;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117326;STB=0.548084;STBP=0.592;TYPE=mnp;VARB=0.0297169;OID=.;OPOS=133697130;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:35:18:19:0.351852:9:9:13:20:10:9:14:21 chr12 133768553 . A T 322.24 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0185205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.284;QD=23.8697;RBI=0.0266104;REFB=-0.0278811;REVB=0.0191077;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25307;STB=0.628916;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0196003;OID=.;OPOS=133768553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:12:19:6:16:13:19:6:16 chr12 133770096 . G A 123.01 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.0818411;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.982;QD=8.48347;RBI=0.0827378;REFB=-0.0176239;REVB=-0.0121484;RO=41;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148674;STB=0.508918;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0314108;OID=.;OPOS=133770096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:11:6:14:27:11:6:14:27 chr12 133778796 . C T 48.92 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00143635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.696;QD=10.2981;RBI=0.00435952;REFB=-0.00294586;REVB=-0.0041161;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116701;STB=0.599747;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0153171;OID=.;OPOS=133778796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:19:11:11:7:8:0.421053:3:4:5:6:3:5:5:6 chr12 133778887 . G A 175.99 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0323413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.027;QD=21.3327;RBI=0.0500827;REFB=0.00015944;REVB=0.0382403;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.565142;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-4.04356e-06;OID=.;OPOS=133778887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:15:17:18:0.545455:12:5:6:9:13:5:6:9 chr12 133779164 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0101849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.61;QD=12.7815;RBI=0.066628;REFB=-0.00546772;REVB=0.0658449;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00924197;OID=.;OPOS=133779164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:7:7:5:5:7:7 chr12 133781231 . GA G 76.45 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.144222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.4701;QD=13.8997;RBI=0.147181;REFB=-0.0228711;REVB=0.0293632;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154239;STB=0.603602;STBP=0.383;TYPE=del;VARB=0.0431575;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:22:11:22:11:7:4:9:2:72:10:7:4:8:2 chr12 133781428 . A C 173.85 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0145863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.359;QD=12.878;RBI=0.0146564;REFB=-0.00398852;REVB=0.0014324;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195454;STB=0.511268;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00569144;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:13:8:12:21:13:8:12:21 chr12 133781605 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00559223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.334;QD=15.3789;RBI=0.00690391;REFB=-0.0225468;REVB=-0.00404857;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0241986;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:7:7:5:7:7:7 chr12 133808129 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0369974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.134;QD=11.131;RBI=0.0448654;REFB=-0.00329207;REVB=-0.025379;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622745;STB=0.877229;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00696154;OID=.;OPOS=133808129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:15:17:10:10:0.37037:1:9:5:10:1:9:6:11 chr12 133810703 . G C 122.76 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.059499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0001;QD=16.3682;RBI=0.0602166;REFB=-0.00540325;REVB=-0.00926825;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419353;STB=0.740408;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00894188;OID=.;OPOS=133810703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:12:4:10:4:12:4 chr13 19600126 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0169668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.031;QD=12.4824;RBI=0.0193789;REFB=-0.00608475;REVB=-0.00936325;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00765717;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:7:12:7:5:7:12 chr13 19600200 . C T 77.33 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00678999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.944;QD=13.4487;RBI=0.0134906;REFB=-0.00620363;REVB=-0.0116573;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00917623;OID=.;OPOS=19600200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:6:7:7:3:6:7 chr13 19600475 . C A 389.98 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0392816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5487;QD=16.4202;RBI=0.0599942;REFB=-0.0128774;REVB=-0.045346;RO=53;SAF=12;SAR=29;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138064;STB=0.584971;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0172661;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:29:12:22:31:29:12:23:31 chr13 19600529 . G A 245.11 PASS AF=0.509091;AO=25;DP=52;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00452662;FXX=0.017854;HRUN=5;LEN=1;MLLD=145.305;QD=17.8262;RBI=0.00516862;REFB=-0.0226098;REVB=-0.00249486;RO=27;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137579;STB=0.563592;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0352109;OID=.;OPOS=19600529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:27:27:25:28:0.509091:12:13:10:17:14:14:10:17 chr13 19748249 . G C 298.77 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0670643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.506;QD=23.9012;RBI=0.0687257;REFB=-0.00764274;REVB=0.01502;RO=23;SAF=5;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309099;STB=0.674184;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00451647;OID=.;OPOS=19748249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:22:5:11:12:22:5:11:12 chr13 19751544 . C T 545.26 PASS AF=0.588235;AO=50;DP=85;FAO=50;FDP=85;FR=.;FRO=35;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0544531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8833;QD=25.6594;RBI=0.0547884;REFB=0.00022748;REVB=-0.00605228;RO=35;SAF=35;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239841;STB=0.631524;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000566603;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:35:50:50:0.588235:15:35:14:21:15:35:14:21 chr13 20000630 . T C 472.57 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.097;QD=55.5959;RBI=0.0351282;REFB=-0.073284;REVB=-0.0284428;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000341271;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr13 20038584 . A G 382.61 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.956;QD=52.7736;RBI=0.0388599;REFB=-0.12983;REVB=-0.011451;RO=1;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054642;STB=0.52939;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00063365;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:8:20:0:1:8:20:0:1 chr13 20277413 . T C 183.38 PASS AF=0.268817;AO=25;DP=91;FAO=25;FDP=93;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0197428;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.776;QD=7.88723;RBI=0.0292231;REFB=-0.0122617;REVB=-0.0215455;RO=65;SAF=10;SAR=15;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383081;STB=0.541816;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0316569;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:65:68:25:25:0.268817:15:10:28:37:15:10:31:37 chr13 20398669 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0557;QD=62.9817;RBI=0.135333;REFB=0;REVB=-0.000585477;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195345;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr13 20398742 . C T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.746;QD=56.1886;RBI=0.0766946;REFB=0;REVB=-0.073589;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559896;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr13 20716411 . C T 242.48 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00275237;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7495;QD=18.6522;RBI=0.0349011;REFB=-0.0346142;REVB=0.0347924;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288466;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0388894;OID=.;OPOS=20716411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:26:26:26:0.5:18:8:7:18:18:8:8:18 chr13 20716533 . G T 828.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0738;QD=57.1299;RBI=0.0831819;REFB=0;REVB=0.028723;RO=0;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685348;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:58:0:0:53:58:1:38:15:0:0:40:18:0:0 chr13 20763380 . T C 367.46 PASS AF=0.385965;AO=44;DP=114;FAO=44;FDP=114;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0087053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3599;QD=12.8934;RBI=0.008816;REFB=-0.0122148;REVB=-0.00139269;RO=70;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800075;STB=0.545434;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.019523;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:70:44:44:0.385965:20:24:33:37:20:24:33:37 chr13 20763642 . C T 245.04 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.0026524;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.25;QD=12.8966;RBI=0.013474;REFB=-0.00564041;REVB=-0.0132103;RO=45;SAF=11;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719581;STB=0.529894;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00876891;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:45:47:29:29:0.381579:18:11:20:25:18:11:20:27 chr13 21063524 . A G 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0515908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4588;QD=9.85686;RBI=0.0691627;REFB=-0.0248638;REVB=-0.0460637;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253517;STB=0.615207;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0272871;OID=.;OPOS=21063524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:29:13:13:0.309524:5:8:10:16:5:8:13:16 chr13 21063533 . T G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00202724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.184;QD=9.33496;RBI=0.0173024;REFB=-0.00371516;REVB=0.0171832;RO=31;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189949;STB=0.615207;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00734992;OID=.;OPOS=21063533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:5:8:14:17:5:8:14:17 chr13 21205192 . G A 852.37 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380708;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6169;QD=56.8243;RBI=0.0380832;REFB=0;REVB=0.000970455;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307692;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:57:60:1:31:26:0:0:32:28:0:0 chr13 21356650 . T A 794.13 PASS AF=0.479769;AO=82;DP=171;FAO=83;FDP=173;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.00291573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.753;QD=18.3614;RBI=0.039656;REFB=-0.0238138;REVB=-0.0395487;RO=88;SAF=43;SAR=39;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118403;STB=0.561661;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0244251;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:88:90:82:83:0.479769:39:43:35:53:39:44:37:53 chr13 21547317 . T C 381.43 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00473326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.266;QD=27.7404;RBI=0.0148655;REFB=-0.000513764;REVB=0.0140918;RO=19;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13364;STB=0.572824;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000368576;OID=.;OPOS=21547317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:19:36:36:0.654545:19:17:13:6:19:17:13:6 chr13 21562568 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0185966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.097;QD=14.0438;RBI=0.0185966;REFB=0.00911389;REVB=0;RO=4;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00753086;OID=.;OPOS=21562568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:0:5:4:0:0:5:4:0 chr13 21562832 . C T 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.087;QD=56.7851;RBI=0.0433143;REFB=-0.0437303;REVB=0.0416083;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.529397;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00199586;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:41:41:0.953488:16:25:0:1:16:25:0:2 chr13 21562948 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0593733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.167;QD=21.0135;RBI=0.0653452;REFB=-0.0298198;REVB=0.0272911;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221094;STB=0.624791;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0313236;OID=.;OPOS=21562948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:1:6:6:5:1:6 chr13 21620085 . T C 934.73 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0154738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.274;QD=54.9844;RBI=0.0210508;REFB=-0.182449;REVB=0.0142722;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255209;STB=0.513509;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000494215;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:68:2:2:65:66:0.970588:36:29:0:2:36:30:0:2 chr13 21714920 . G A 180.94 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.013204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.789;QD=11.135;RBI=0.0186903;REFB=-0.00705655;REVB=0.013228;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105728;STB=0.559948;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0139665;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:42:23:23:0.353846:12:11:23:17:12:11:24:18 chr13 21720956 . C T 166.94 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0299016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5024;QD=11.715;RBI=0.0427308;REFB=0.00351768;REVB=0.0305257;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245471;STB=0.642719;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00807576;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:20:16:14:7:20:16 chr13 21732094 . C T 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157177;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.527;QD=57.738;RBI=0.0137634;REFB=0;REVB=-0.0136734;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05536e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr13 21751528 . A AC,C 269.42 PASS AF=0.909091,0;AO=26,3;DP=46;FAO=40,0;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=9,0;FSAR=31,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.132525,0.0440096;FXX=0.0222173;HRUN=5,3;LEN=1,1;MLLD=10.1618,8.18189;QD=24.4924;RBI=0.142206,0.0440344;REFB=-0.118302,-0.119815;REVB=0.0515707,-0.00147753;RO=16;SAF=4,2;SAR=22,1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.179248,0.375222;STB=0.503245,0.5;STBP=0.986,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.08132,0;OID=.,.;OPOS=21751529,21751528;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:46:44:16:4:26,3:40,0:0.909091,0:22,1:4,2:5:11:31,0:9,0:1:3 chr13 21752154 . G A 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.348;QD=62.0192;RBI=0.026219;REFB=0;REVB=0.0226249;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95539e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr13 22275394 . A G 1463.94 PASS AF=0.990291;AO=99;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281154;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.399;QD=56.8522;RBI=0.043823;REFB=-0.0596442;REVB=0.0336152;RO=4;SAF=48;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378977;STB=0.504853;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000812386;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:103:4:1:99:102:0.990291:51:48:4:0:51:51:1:0 chr13 22275583 . G A,T 986.84 PASS AF=0.955882,0.0441176;AO=65,3;DP=68;FAO=65,3;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=36,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00577283,-0.0136105;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.718,102.013;QD=58.0497;RBI=0.018702,0.0180946;REFB=0,0;REVB=-0.0177888,-0.0119235;RO=0;SAF=29,1;SAR=36,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000787084,0.167118;OID=.,.;OPOS=22275583,22275583;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:68:68:0:0:65,3:65,3:0.955882,0.0441176:36,2:29,1:0:0:36,2:29,1:0:0 chr13 23251016 . CTTTT CTTT,CTTTG 53.28 PASS AF=0.388889,0.0555556;AO=6,2;DP=18;FAO=7,1;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3,0;FSAR=4,1;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.226971,-0.197258;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=26.226,32.8569;QD=11.84;RBI=0.228714,0.212695;REFB=-0.0219549,-0.0193997;REVB=-0.0281805,-0.079553;RO=10;SAF=2,1;SAR=4,1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0383856,0.213474;STB=0.578732,0.985759;STBP=0.622,0.542;TYPE=del,snp;VARB=0.0197716,-0.037117;OID=.,.;OPOS=23251017,23251020;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTT,CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.0555556:6,2:18:7,1:18:10:3,0:4,1:3:7:45:10:2,1:4,1:3:7 chr13 23253313 . T A,C 773.14 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=4,52;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644847,0.00467961;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.8115,128.524;QD=55.2243;RBI=0.103876,0.0136459;REFB=0,0;REVB=-0.103676,0.0128184;RO=0;SAF=1,37;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120946,0.00353927;OID=.,.;OPOS=23253313,23253313;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:0:4,52:3,53:0.0535714,0.946429:3,15:1,37:0:0:2,16:1,37:0:0 chr13 23824783 . T G 2009.28 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00486013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4413;QD=61.352;RBI=0.0393729;REFB=0.00899405;REVB=0.0390718;RO=1;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826413;STB=0.504273;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=3.24275e-05;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:131:1:1:128:130:0.992366:57:71:0:1:58:72:0:1 chr13 23898509 . T C 1718.2 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00764811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3697;QD=58.742;RBI=0.0307584;REFB=-0.0751383;REVB=0.0297924;RO=2;SAF=59;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158235;STB=0.508332;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.001767;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:115:115:0.982906:56:59:2:0:56:59:2:0 chr13 23898664 . A G 1102.87 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.109;QD=58.8196;RBI=0.0495826;REFB=-0.0985236;REVB=-0.0295688;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.506327;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000239929;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:0:1:73:74:0.986667:35:38:0:0:35:39:1:0 chr13 23907677 . C T 1028.66 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.835;QD=58.7807;RBI=0.0168964;REFB=0;REVB=0.00672318;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31496e-05;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:30:39:0:0:31:39:0:0 chr13 23908034 . A G 769.86 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.192;QD=57.0269;RBI=0.0524939;REFB=0;REVB=0.0313481;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309755;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:29:25:0:0 chr13 23911748 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0154557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.135;QD=19.1559;RBI=0.0282701;REFB=-0.0201161;REVB=-0.0236711;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267774;STB=0.529383;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0275818;OID=.;OPOS=23911748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:13:8:9:13:13:8:10:13 chr13 23913827 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0324607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.282;QD=21.0076;RBI=0.0526186;REFB=-0.00642286;REVB=-0.0414128;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198665;STB=0.612668;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00459125;OID=.;OPOS=23913827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:5:14:9:8:5:14:9:8 chr13 23985391 . T C 1537.21 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.366;QD=62.7432;RBI=0.0618034;REFB=0;REVB=0.0230064;RO=0;SAF=29;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352052;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:91:98:1:62:29:0:0:66:32:0:0 chr13 24167505 . T A 634.8 PASS AF=0.445946;AO=62;DP=143;FAO=66;FDP=148;FR=.;FRO=82;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00860165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.448;QD=17.1567;RBI=0.00966426;REFB=-0.0253897;REVB=0.00440563;RO=80;SAF=30;SAR=32;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469146;STB=0.5239;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0293631;OID=.;OPOS=24167505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:148:80:82:62:66:0.445946:32:30:35:45:35:31:35:47 chr13 24234517 . A G 1194.1 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4011;QD=59.7048;RBI=0.0464619;REFB=-0.00269546;REVB=0.011365;RO=1;SAF=52;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172084;STB=0.509089;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000413828;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:27:52:0:1:27:52:0:1 chr13 24243200 . T C 573.37 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.499;QD=60.3548;RBI=0.0577353;REFB=0;REVB=0.0335546;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.93649e-05;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr13 24411772 . T C 1840.9 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.624;QD=61.3632;RBI=0.0498581;REFB=0;REVB=0.04703;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58876e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:66:54:0:0:66:54:0:0 chr13 24465717 . A G 83.9 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0391656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5263;QD=10.1699;RBI=0.0397652;REFB=0.00400468;REVB=-0.0068795;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355427;STB=0.714688;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00534749;OID=.;OPOS=24465717;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:8:3:13:9:8:3:13:9 chr13 24465743 . A G 215.45 PASS AF=0.947368;AO=14;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0575493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.771;QD=45.3572;RBI=0.0713919;REFB=-0.143284;REVB=0.0422478;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824047;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00584114;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:14:18:0.947368:5:9:0:1:8:10:0:1 chr13 24468704 . G A 738.13 PASS AF=0.344569;AO=92;DP=268;FAO=92;FDP=267;FR=.;FRO=175;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=89;FSRR=86;FWDB=0.0286672;FXX=0.0037312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1434;QD=11.0582;RBI=0.0619197;REFB=-0.00507041;REVB=0.0548839;RO=176;SAF=43;SAR=49;SRF=89;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441031;STB=0.527005;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0102638;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:267:176:175:92:92:0.344569:49:43:89:87:49:43:89:86 chr13 24468711 . G C 369.19 PASS AF=0.223881;AO=60;DP=265;FAO=60;FDP=268;FR=.;FRO=208;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=99;FSRR=109;FWDB=-0.00609173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.53;QD=5.5103;RBI=0.015021;REFB=-0.00455022;REVB=-0.0137303;RO=205;SAF=28;SAR=32;SRF=96;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00208033;STB=0.507237;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0240808;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:268:205:208:60:60:0.223881:32:28:96:109:32:28:99:109 chr13 24468763 . T C 91.06 PASS AF=0.1133;AO=23;DP=203;FAO=23;FDP=203;FR=.;FRO=180;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=79;FSRR=101;FWDB=-0.00354535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.358;QD=1.7942;RBI=0.0122716;REFB=-0.00448091;REVB=-0.0117484;RO=179;SAF=10;SAR=13;SRF=79;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00822466;STB=0.503697;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0281765;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:203:203:179:180:23:23:0.1133:13:10:79:100:13:10:79:101 chr13 24471039 . T G 439.54 PASS AF=0.413223;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=121;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.00940725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.797;QD=14.5302;RBI=0.0169749;REFB=-0.00986986;REVB=-0.0141298;RO=71;SAF=27;SAR=23;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928863;STB=0.552272;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0161827;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:71:50:50:0.413223:23:27:32:39:23:27:32:39 chr13 24471048 . C T 472.53 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=116;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.00236438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.538;QD=16.155;RBI=0.00768491;REFB=-0.0145974;REVB=-0.00731215;RO=64;SAF=26;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154353;STB=0.504272;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00571573;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:64:65:52:52:0.444444:26:26:33:31:26:26:33:32 chr13 24876752 . T C 404.84 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0218921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.126;QD=32.3871;RBI=0.0256469;REFB=-0.0535356;REVB=-0.0133602;RO=17;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00720516;STB=0.503935;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0194528;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:21:12:6:11:21:12:6:11 chr13 24890157 . C T 481.76 PASS AF=0.428571;AO=52;DP=124;FAO=54;FDP=126;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=0.0192539;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.563;QD=15.2939;RBI=0.0250881;REFB=-0.0210869;REVB=-0.016084;RO=72;SAF=40;SAR=12;SRF=30;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389002;STB=0.709484;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0226879;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:72:72:52:54:0.428571:12:40:30:42:13:41:30:42 chr13 24890228 . A C 530.18 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0262567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.91;QD=20.7912;RBI=0.0265155;REFB=0.00351069;REVB=-0.00369547;RO=48;SAF=33;SAR=21;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235645;STB=0.629542;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0026208;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:21:33:16:32:21:33:16:32 chr13 24895437 . G A 175.93 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00011836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.386;QD=46.9156;RBI=0.0435447;REFB=0;REVB=0.0435445;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182912;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:15:0:0:13:15:1:4:9:0:0:5:10:0:0 chr13 24895559 . A G 90.57 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0091212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3178;QD=4.96276;RBI=0.0108527;REFB=-0.00267107;REVB=0.00588097;RO=56;SAF=4;SAR=11;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261938;STB=0.657149;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.010382;OID=.;OPOS=24895559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:56:58:15:15:0.205479:11:4:26:30:11:4:26:32 chr13 24895684 . A G 1147.14 PASS AF=0.892473;AO=79;DP=89;FAO=83;FDP=93;FR=.;FRO=10;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00914893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4473;QD=49.3393;RBI=0.0347947;REFB=-0.176938;REVB=0.0335703;RO=10;SAF=44;SAR=35;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924224;STB=0.502392;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0239422;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:89:93:10:10:79:83:0.892473:35:44:6:4:35:48:6:4 chr13 25000617 . C G 311.01 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00440246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.14;QD=13.9778;RBI=0.0176584;REFB=0.00510528;REVB=-0.0171009;RO=54;SAF=23;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154349;STB=0.588104;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00731791;OID=.;OPOS=25000617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:54:35:35:0.393258:12:23:28:26:12:23:28:26 chr13 25008588 . A G 1513.91 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250334;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1469;QD=63.7437;RBI=0.0307728;REFB=0;REVB=0.0178967;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162353;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:46:49:0:0:46:49:0:0 chr13 25008630 . A G 1594.14 PASS AF=0.981818;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-2.29325e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.585;QD=57.9688;RBI=0.0378243;REFB=-0.110726;REVB=0.0378243;RO=1;SAF=55;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0093969;STB=0.500507;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000532293;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:110:1:2:105:108:0.981818:50:55:0:1:51:57:1:1 chr13 25008903 . G T 504.08 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0665683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.123;QD=50.4076;RBI=0.0672763;REFB=-0.116716;REVB=0.00973467;RO=3;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549975;STB=0.538441;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0029935;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:40:40:3:4:36:36:0.9:24:12:0:3:24:12:0:4 chr13 25009099 . A C 1153.44 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6149;QD=60.7075;RBI=0.0214856;REFB=0;REVB=-0.0127095;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62368e-05;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr13 25009297 . G T 192.36 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=41;FAO=20;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0131037;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.32;QD=17.0985;RBI=0.0189232;REFB=-0.000262374;REVB=-0.0136521;RO=15;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309186;STB=0.589196;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000458257;OID=.;OPOS=25009297;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:15:25:15:20:0.444444:4:11:6:9:8:12:11:14 chr13 25009441 . C G 368.74 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00836126;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.495;QD=19.1554;RBI=0.0184056;REFB=-0.0265397;REVB=0.0163968;RO=37;SAF=15;SAR=23;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200999;STB=0.623664;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0236147;OID=.;OPOS=25009441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:39:38:38:0.493506:23:15:23:14:23:15:25:14 chr13 25009485 . C G 230.76 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0149298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8319;QD=17.7505;RBI=0.0199083;REFB=-0.00259804;REVB=0.0131697;RO=27;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37999;STB=0.71504;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00247558;OID=.;OPOS=25009485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:19:6:17:10:19:6:17:10 chr13 25016008 . C T 1400.15 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286537;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.069;QD=62.2288;RBI=0.0299039;REFB=0;REVB=0.0085564;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46507e-05;OID=.;OPOS=25016008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:43:45:0:0:44:46:0:0 chr13 25016092 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3255;QD=57.2023;RBI=0.044569;REFB=0;REVB=0.0306943;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30915e-05;OID=.;OPOS=25016092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr13 25016762 . G A 49.26 PASS AF=0.111111;AO=11;DP=110;FAO=12;FDP=108;FR=.;FRO=96;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=-0.0157676;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.22;QD=1.82446;RBI=0.016081;REFB=-0.00614733;REVB=-0.00315974;RO=96;SAF=1;SAR=10;SRF=53;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54313;STB=0.915973;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0313192;OID=.;OPOS=25016762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:110:108:96:96:11:12:0.111111:10:1:53:43:11:1:53:43 chr13 25020863 . G A 781.72 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.501;QD=56.8527;RBI=0.0209469;REFB=0;REVB=0.000953521;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29385e-05;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:24:30:0:0:25:30:0:0 chr13 25021200 . AG CA,CG 333.68 PASS AF=0.08,0.92;AO=2,22;DP=25;FAO=2,23;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646815,0.0211405;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=108.717,157.754;QD=53.3889;RBI=0.0148099,0.0648177;REFB=0,0;REVB=0.0133227,0.0612732;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0417827,-0.00010038;OID=.,.;OPOS=25021200,25021200;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:2,22:2,23:0.08,0.92:2,9:0,13:0:0:2,9:0,14:0:0 chr13 25021211 . C T 278.99 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0236447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.582;QD=41.3323;RBI=0.0240783;REFB=-0.0264991;REVB=0.00454918;RO=4;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167172;STB=0.590829;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0118552;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:9:14:0:4:9:14:0:4 chr13 25021245 . A G 368.29 PASS AF=0.75;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0261615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0687;QD=36.8286;RBI=0.0691045;REFB=-0.0630244;REVB=-0.0639609;RO=10;SAF=17;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135414;STB=0.566622;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0124805;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:40:10:10:29:30:0.75:12:17:3:7:13:17:3:7 chr13 25021263 . T C 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0550913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.552;QD=5.6958;RBI=0.0554828;REFB=-0.0132076;REVB=0.00657912;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22259;STB=0.644835;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0509139;OID=.;OPOS=25021263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:6:3:17:16:6:3:17:16 chr13 25021323 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0245553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.973;QD=6.25129;RBI=0.024559;REFB=0.00391671;REVB=0.000426888;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334106;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00918358;OID=.;OPOS=25021323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:9:8:3:3:9:8 chr13 25027744 . A G 1806.09 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.858;QD=60.2031;RBI=0.0314769;REFB=0.00612623;REVB=0.0249337;RO=0;SAF=72;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.20685e-08;STB=0.505262;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=8.8714e-05;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:0:1:119:119:0.991667:47:72:0:0:47:72:0:1 chr13 25029218 . C T 1557.52 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603125;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7385;QD=59.9048;RBI=0.0603393;REFB=0;REVB=-0.00179804;RO=0;SAF=56;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029563;OID=.;OPOS=25029218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:48:56:0:0:48:56:0:0 chr13 25265103 . A G 207.89 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0208895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.845;QD=13.4121;RBI=0.0209301;REFB=0.00293062;REVB=-0.00130255;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782858;STB=0.544712;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.00434687;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:13:12:15:22:13:12:15:22 chr13 25265139 . T C 440.29 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0290349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.234;QD=19.5684;RBI=0.0658033;REFB=-0.00476914;REVB=-0.0590513;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798251;STB=0.544251;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00381135;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:25:19:16:30:25:19:16:30 chr13 25266932 . C A 88.96 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.000453822;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.616;QD=13.1797;RBI=0.00049393;REFB=-0.0148925;REVB=0.000194967;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358412;STB=0.711936;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0105862;OID=.;OPOS=25266932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:10:6:8:3:10:6 chr13 25378476 . A G 426.74 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00559968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.709;QD=19.1794;RBI=0.0181403;REFB=-0.0404098;REVB=0.0172544;RO=42;SAF=25;SAR=18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521992;STB=0.553772;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0254947;OID=.;OPOS=25378476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:46:43:43:0.483146:18:25:22:20:18:25:22:24 chr13 25419176 . A G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.544;QD=19.078;RBI=0.0125964;REFB=0.00616793;REVB=0.00852849;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101558;STB=0.556697;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00802139;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:21:11:14:17:21:11:14:17 chr13 25428002 . C A 98.55 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.062754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1413;QD=14.0787;RBI=0.0742649;REFB=-0.0233308;REVB=-0.0397141;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37343;STB=0.683625;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.020125;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:11:12:0.428571:4:7:4:12:5:7:4:12 chr13 25440318 . G A 177.78 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00263638;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0277;QD=12.261;RBI=0.0130267;REFB=-0.0236936;REVB=0.0127572;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840705;STB=0.548735;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0284065;OID=.;OPOS=25440318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:36:22:22:0.37931:15:7:14:22:15:7:14:22 chr13 25460428 . A G 1000.42 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0121918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.835;QD=56.3619;RBI=0.0172813;REFB=0.0293623;REVB=0.0122476;RO=0;SAF=48;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522721;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.000298211;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:71:0:2:69:69:0.971831:21:48:0:0:21:48:0:2 chr13 25466955 . T C 1007.6 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0147814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.483;QD=53.0315;RBI=0.0263519;REFB=-0.0137184;REVB=0.0218159;RO=5;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597297;STB=0.531637;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00021331;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:5:5:71:71:0.934211:37:34:0:5:37:34:0:5 chr13 25487103 . T C 1162.26 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169391;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.235;QD=58.8484;RBI=0.0306522;REFB=-0.0917886;REVB=0.0255465;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000292683;OID=.;OPOS=25487103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:40:37:0:0:41:37:0:1 chr13 25542441 . G A 1261.93 PASS AF=0.90625;AO=86;DP=96;FAO=87;FDP=96;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.11713;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.6291;QD=52.5804;RBI=0.119711;REFB=-0.0967156;REVB=0.024723;RO=10;SAF=19;SAR=67;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599642;STB=0.515992;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00726192;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:96:96:10:9:86:87:0.90625:67:19:2:8:67:20:1:8 chr13 25672792 . CTTTTTC CATTTTC,CATTTTTC,CTTTC,CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC 167.55 PASS AF=0.0689655,0,0.0344828,0.724138,0,0;AO=3,3,4,7,2,2;DP=29;FAO=2,0,1,21,0,0;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=0,0,1,15,0,0;FSAR=2,0,0,6,0,0;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0496125,-0.0480796,-0.032269,-0.0601208,-0.0803717,-0.0570784;FXX=0;HRUN=5,0,5,5,5,1;LEN=1,1,2,1,2,2;MLLD=68.8046,69.3907,15.0317,11.3541,119.616,74.2824;QD=23.1104;RBI=0.0682995,0.058591,0.0639057,0.124125,0.0804512,0.0571103;REFB=-0.0492947,-0.0344701,-0.0276597,-0.0469047,-0.00135267,0.0192037;REVB=0.0469407,-0.0334851,0.0551602,0.108593,-0.00357534,-0.00190859;RO=5;SAF=0,0,4,7,2,1;SAR=3,3,0,0,0,1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0,0;SSSB=-0.622974,-0.622974,0.766476,0.806041,0.705406,0.306614;STB=0.99138,0.5,0.993343,0.609646,0.5,0.5;STBP=0.426,1,0.256,0.04,1,1;TYPE=snp,ins,del,del,mnp,mnp;VARB=0.199987,0.0179247,0.0970172,0.0316002,0,0;OID=.,.,.,.,.,.;OPOS=25672793,25672793,25672793,25672793,25672797,25672792;OREF=T,-,TT,T,TC,CT;OALT=A,A,-,-,CT,TC;OMAPALT=CATTTTC,CATTTTTC,CTTTC,CTTTTC,CTTTTCT,TCTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:13:29:29:5:5:3,3,4,7,2,2:2,0,1,21,0,0:0.0689655,0,0.0344828,0.724138,0,0:3,3,0,0,0,1:0,0,4,7,2,1:1:4:2,0,0,6,0,0:0,0,1,15,0,0:1:4 chr13 25802676 . A G 231.12 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0258913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.444;QD=20.0977;RBI=0.0633846;REFB=-0.0128069;REVB=0.0578554;RO=23;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737692;STB=0.523593;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0109192;OID=.;OPOS=25802676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:23:22:23:0.5:7:15:14:9:8:15:14:9 chr13 25825889 . T C 429.67 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0320169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6174;QD=14.565;RBI=0.0320221;REFB=0.00621017;REVB=-0.000575403;RO=69;SAF=21;SAR=28;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398003;STB=0.522379;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0111628;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:69:69:49:49:0.415254:28:21:27:42:28:21:27:42 chr13 25876011 . G A 467.56 PASS AF=0.351515;AO=57;DP=166;FAO=58;FDP=165;FR=.;FRO=107;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=0.0164709;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.801;QD=11.3348;RBI=0.0164907;REFB=-0.0169061;REVB=-0.000807515;RO=108;SAF=19;SAR=38;SRF=44;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091569;STB=0.539905;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0217252;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:108:107:57:58:0.351515:38:19:44:64:38:20:43:64 chr13 26273385 . G C 1734.26 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965183;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2031;QD=60.3219;RBI=0.039263;REFB=0;REVB=-0.0380582;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59989e-05;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:115:0:0:111:115:1:51:60:0:0:54:61:0:0 chr13 26518801 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0131645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.325;QD=14.2416;RBI=0.0185987;REFB=-0.0109057;REVB=0.013138;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236316;STB=0.636233;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.019943;OID=.;OPOS=26518801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:6:16:16:15:6:16:16:15 chr13 26620777 . G A 542.39 PASS AF=0.528846;AO=55;DP=106;FAO=55;FDP=104;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.00911297;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.098;QD=20.8609;RBI=0.0106226;REFB=-0.014109;REVB=-0.00545833;RO=49;SAF=32;SAR=23;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00882805;STB=0.504856;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0122901;OID=.;OPOS=26620777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:49:49:55:55:0.528846:23:32:29:20:23:32:29:20 chr13 26620924 . G A 339.7 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00984967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.045;QD=15.441;RBI=0.0197536;REFB=-0.0182664;REVB=0.0171227;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474641;STB=0.520604;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0227034;OID=.;OPOS=26620924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:51:37:37:0.420455:18:19:28:22:18:19:28:23 chr13 26620978 . G T 244.26 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0624577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6084;QD=13.0269;RBI=0.0664827;REFB=0.00392473;REVB=0.0227812;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14613;STB=0.583278;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00481663;OID=.;OPOS=26620978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:46:29:29:0.386667:14:15:30:16:14:15:30:16 chr13 27250823 . T C 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.726;QD=62.0076;RBI=0.0280257;REFB=0;REVB=0.0169494;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132598;OID=.;OPOS=27250823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr13 27257004 . C T 749.17 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.107;QD=56.5407;RBI=0.0551809;REFB=0;REVB=0.0538779;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018367;OID=.;OPOS=27257004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:29:22:0:0:30:23:0:0 chr13 27917812 . T C 94.81 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0123428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.245;QD=10.8354;RBI=0.036332;REFB=-0.0102963;REVB=0.0341712;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242187;STB=0.677145;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0184458;OID=.;OPOS=27917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:20:23:12:12:0.342857:7:5:13:7:7:5:16:7 chr13 28009920 . G C 376.91 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00503315;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8139;QD=22.502;RBI=0.0055434;REFB=-0.0517543;REVB=-0.00232307;RO=28;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490548;STB=0.545733;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0145603;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:30:36:37:0.552239:15:21:18:10:16:21:20:10 chr13 28121707 . G A 400.35 PASS AF=0.424242;AO=42;DP=99;FAO=42;FDP=99;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.014432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.698;QD=16.1756;RBI=0.0154715;REFB=-0.00873492;REVB=-0.00557536;RO=56;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194779;STB=0.615328;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00805452;OID=.;OPOS=28121707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:57:42:42:0.424242:28:14:29:27:28:14:30:27 chr13 28143229 . A G 393.44 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=91;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0512719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9442;QD=16.059;RBI=0.0568163;REFB=-0.0165377;REVB=-0.0244802;RO=52;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155157;STB=0.581595;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0211478;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:98:52:56:39:42:0.428571:18:21:20:32:21:21:20:36 chr13 28367956 . C T 104.73 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0443818;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3649;QD=18.2145;RBI=0.0446918;REFB=-0.0531717;REVB=-0.0052541;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562393;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.028085;OID=.;OPOS=28367956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:23:23:9:11:12:12:0.521739:4:8:6:3:4:8:6:5 chr13 28537242 . A C 942.01 PASS AF=0.896104;AO=65;DP=77;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0155242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4305;QD=48.9356;RBI=0.0573369;REFB=-0.00103886;REVB=-0.0551953;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.547606;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00110607;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:0:8:65:69:0.896104:29:36:0:0:31:38:8:0 chr13 28537317 . G A 655.03 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0560794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.155;QD=50.3868;RBI=0.0721916;REFB=-0.083062;REVB=0.0454613;RO=2;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348301;STB=0.507883;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00649298;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:52:52:2:3:49:49:0.942308:26:23:0:2:26:23:1:2 chr13 28610183 . A G 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.546;QD=58.5989;RBI=0.0131892;REFB=0;REVB=0.0128131;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33979e-05;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr13 28624294 . G A 1742.81 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079232;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.504;QD=60.6196;RBI=0.0794332;REFB=0;REVB=-0.00565019;RO=0;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03274e-06;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:114:115:1:62:52:0:0:62:53:0:0 chr13 28636084 . G A 1571.91 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104228;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.075;QD=64.1594;RBI=0.0184539;REFB=0;REVB=0.0152286;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74811e-05;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:40:57:0:0:41:57:0:0 chr13 28835527 . T C,TC 2054.42 PASS AF=0.0300752,0.969925;AO=9,120;DP=141;FAO=4,129;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=3,71;FSAR=1,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00493838,-0.00199516;FXX=0.0499964;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=214.946,237.523;QD=61.7872;RBI=0.00610466,0.00206106;REFB=0,0;REVB=-0.00358877,-0.000517001;RO=8;SAF=4,68;SAR=5,52;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0571344,0.0230361;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0120591,-3.61924e-05;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:141:133:8:0:9,120:4,129:0.0300752,0.969925:5,52:4,68:3:5:1,58:3,71:0:0 chr13 28883061 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.098;QD=60.9785;RBI=0.0233778;REFB=0;REVB=0.0157974;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34608e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr13 28970917 . C T 175.94 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3874;QD=46.9169;RBI=0.12966;REFB=0;REVB=0.12318;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386304;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:4:9:0:0:6:9:0:0 chr13 29274977 . T TA 158.21 PASS AF=0.48;AO=30;DP=77;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.103858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.309;QD=8.43798;RBI=0.104072;REFB=-0.0467151;REVB=0.00667131;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189042;STB=0.532421;STBP=0.608;TYPE=ins;VARB=0.0195502;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:30:77:36:75:39:17:19:16:23:99:42:17:13:16:26 chr13 29275102 . T C 743.26 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.884;QD=61.9386;RBI=0.0267681;REFB=0;REVB=-0.0155226;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118461;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:32:14:0:0:33:15:0:0 chr13 29275129 . C T 79.77 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00123475;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5236;QD=12.7627;RBI=0.0194598;REFB=-0.0402027;REVB=0.0194206;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389694;STB=0.726876;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0134785;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:25:15:15:10:10:0.4:4:6:3:12:4:6:3:12 chr13 29855847 . C T 517.07 PASS AF=0.404255;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=141;FR=.;FRO=84;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.00633462;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.857;QD=14.6687;RBI=0.00658395;REFB=-0.000821909;REVB=-0.00179468;RO=82;SAF=35;SAR=22;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13462;STB=0.583304;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00104189;OID=.;OPOS=29855847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:82:84:57:57:0.404255:22:35:40:42:22:35:40:44 chr13 29898768 . A C 119.92 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00716278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.286;QD=14.1086;RBI=0.0214987;REFB=-0.00526871;REVB=-0.0202704;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101061;STB=0.558741;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00503579;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:12:8:7:7:12:8 chr13 30084173 . G A 1225.07 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.905;QD=61.2535;RBI=0.0328279;REFB=0;REVB=0.0204597;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110183;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:33:45:0:0:34:46:0:0 chr13 30087768 . C T 646.44 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0738203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0971;QD=50.701;RBI=0.0739031;REFB=-0.084903;REVB=-0.00349888;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.533319;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0178371;OID=.;OPOS=30087768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:27:21:1:0:27:21:3:0 chr13 30087778 . T A 739.11 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00854547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.674;QD=54.7486;RBI=0.0182519;REFB=-0.0973803;REVB=0.0161279;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00122614;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:25:28:0:0:25:28:0:1 chr13 30091714 . G A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.404;QD=60.3756;RBI=0.0278084;REFB=0;REVB=0.0276806;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.47162e-05;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 2667.38 PASS AF=0.0497238,0.143646,0.80663;AO=28,36,116;DP=188;FAO=9,26,146;FDP=181;FR=.;FRO=0;FSAF=7,26,65;FSAR=2,0,81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250286,0.067244,0.064446;FXX=0.0163035;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=155.487,167.333,176.305;QD=58.9476;RBI=0.0255711,0.0673653,0.0645736;REFB=0,0,0;REVB=-0.00523942,-0.00403959,-0.0040583;RO=0;SAF=26,35,37;SAR=2,1,79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-9.00013e-08,-7.1823e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00957985,0.000696089,0.0099139;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0497238,0.143646,0.80663:28,36,116:188:9,26,146:181:0:7,26,65:2,0,81:0:0:35:0:26,35,37:2,1,79:0:0 chr13 30107067 . G C 2215.73 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.238;QD=62.415;RBI=0.0232038;REFB=0;REVB=0.0230479;RO=0;SAF=64;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.26516e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.7104e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:142:0:0:135:142:1:71:64:0:0:77:65:0:0 chr13 30339472 . C T 272.65 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00010045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6824;QD=14.9397;RBI=0.0519414;REFB=0.00293707;REVB=-0.0519413;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106726;STB=0.560459;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00652943;OID=.;OPOS=30339472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:13:18:20:22:13:18:20:22 chr13 30781111 . C A 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=34;FWDB=-0.0918038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.465;QD=11.3447;RBI=0.0919691;REFB=-0.0156243;REVB=-0.00551179;RO=37;SAF=3;SAR=19;SRF=5;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00283142;STB=0.511244;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0254083;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:37:39:22:22:0.360656:19:3:5:32:19:3:5:34 chr13 31036642 . C G 198.02 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0241474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.928;QD=11.1558;RBI=0.0261447;REFB=-0.004474;REVB=0.0100222;RO=44;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146901;STB=0.568969;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0161072;OID=.;OPOS=31036642;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:46:25:25:0.352113:12:13:17:27:12:13:19:27 chr13 31036681 . A G 753.5 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.75;QD=61.5099;RBI=0.01945;REFB=-0.0349618;REVB=-0.000725575;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144774;STB=0.507689;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000151519;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:32:16:0:1:32:16:0:1 chr13 31287979 . G GTA 665.8 PASS AF=0.98;AO=44;DP=67;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0829159;FXX=0.0908926;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.023;QD=53.2638;RBI=0.100977;REFB=-0.306202;REVB=0.0576316;RO=23;SAF=17;SAR=27;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602136;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=ins;VARB=0.00849163;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.98:44:67:49:50:1:22:27:1:0:4:23:17:27:11:12 chr13 31287981 . G A 133.39 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0129829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2401;QD=7.96363;RBI=0.0451609;REFB=-0.0184922;REVB=-0.0432545;RO=48;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570255;STB=0.534167;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0414694;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:11:8:18:30:11:8:18:30 chr13 31480827 . A G 73.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00653903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8766;QD=36.6059;RBI=0.225486;REFB=0;REVB=0.225392;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109277;OID=.;OPOS=31480827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr13 31495834 . C A 650.61 PASS AF=0.44375;AO=71;DP=160;FAO=71;FDP=160;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=54;FWDB=-0.023574;FXX=0.0123449;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5413;QD=16.2653;RBI=0.0766124;REFB=-0.00258324;REVB=-0.0728953;RO=89;SAF=25;SAR=46;SRF=35;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443176;STB=0.524708;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.00351355;OID=.;OPOS=31495834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:89:89:71:71:0.44375:46:25:35:54:46:25:35:54 chr13 31728703 . T C 251.62 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0135327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.964;QD=20.1292;RBI=0.0186401;REFB=-0.0140973;REVB=0.0128186;RO=24;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390642;STB=0.546835;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0149427;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:26:24:24:0.48:9:15:14:10:9:15:14:12 chr13 31821240 . C T 1560.38 PASS AF=0.981481;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=53;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0568039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9769;QD=57.7919;RBI=0.0599975;REFB=-0.136402;REVB=-0.0193139;RO=2;SAF=53;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175704;STB=0.509257;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00184266;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:108:2:2:106:106:0.981481:53:53:2:0:53:53:2:0 chr13 31821992 . T C 905.51 PASS AF=0.957746;AO=61;DP=66;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0234672;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.852;QD=51.0149;RBI=0.0403101;REFB=-0.075729;REVB=0.0327749;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184435;STB=0.50704;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00276563;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:71:3:3:61:68:0.957746:33:28:2:1:34:34:2:1 chr13 31891746 . G A 1633.89 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1828;QD=59.4143;RBI=0.0412266;REFB=0;REVB=0.0373018;RO=1;SAF=44;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028742;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:1:0:109:110:1:65:44:1:0:65:45:0:0 chr13 31905557 . C T 889.52 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.233237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.149;QD=53.9101;RBI=0.2657;REFB=0;REVB=0.127266;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164538;OID=.;OPOS=31905557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:63:66:1:38:25:0:0:40:26:0:0 chr13 32360547 . A G 1248.45 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0162492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.85;QD=58.0674;RBI=0.0164328;REFB=-0.149935;REVB=0.00244904;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108876;STB=0.511361;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000499392;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:86:86:1:2:83:84:0.976744:43:40:0:1:43:41:0:2 chr13 32360583 . A G 810.71 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0192803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.89;QD=54.0472;RBI=0.0445668;REFB=-0.111499;REVB=0.0401805;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349001;STB=0.517851;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000977737;OID=.;OPOS=32360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:60:60:2:2:57:58:0.966667:31:26:2:0:31:27:2:0 chr13 32371361 . A G 3069.39 PASS AF=1;AO=193;DP=196;FAO=196;FDP=196;FR=.;FRO=0;FSAF=103;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525868;FXX=0.0101005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.2;QD=62.6406;RBI=0.0559366;REFB=-0.116622;REVB=0.0190665;RO=2;SAF=103;SAR=90;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00066081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470362;OID=.;OPOS=32371361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:196:196:2:0:193:196:1:90:103:1:1:93:103:0:0 chr13 32376718 . A G 785.36 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5167;QD=57.1168;RBI=0.0559811;REFB=0;REVB=-0.00385842;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368423;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr13 32635267 . C T 517.61 PASS AF=0.478261;AO=56;DP=115;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.000918739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.13;QD=18.0039;RBI=0.0691676;REFB=-0.0089552;REVB=-0.0691615;RO=59;SAF=24;SAR=32;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105763;STB=0.550743;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.010887;OID=.;OPOS=32635267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:59:60:56:55:0.478261:32:24:32:27:31:24:32:28 chr13 32660137 . T G 1733.19 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00014435;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.238;QD=60.8136;RBI=0.0174452;REFB=0;REVB=0.0174446;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21853e-05;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:64:49:0:0:64:50:0:0 chr13 32676114 . A G 132.92 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0148034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.935;QD=15.6381;RBI=0.0162293;REFB=-0.000282069;REVB=0.00665221;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.000561778;OID=.;OPOS=32676114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:12:7:7:8:12:7 chr13 32906729 . A C 1145.25 PASS AF=0.974684;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0114109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.497;QD=57.9874;RBI=0.0159996;REFB=-0.0811209;REVB=0.0112151;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129618;STB=0.500494;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000119827;OID=.;OPOS=32906729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:79:1:2:75:77:0.974684:36:39:0:1:37:40:1:1 chr13 32913055 . A G 1674.23 PASS AF=0.99115;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00984205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6837;QD=59.2649;RBI=0.0216237;REFB=-0.0605353;REVB=0.0192541;RO=1;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683158;STB=0.503596;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00119574;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:113:1:1:111:112:0.99115:69:42:0:1:69:43:0:1 chr13 32915005 . G C 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4917;QD=56.9514;RBI=0.0165877;REFB=0;REVB=-0.00697301;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210043;OID=.;OPOS=32915005;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr13 32929387 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6399;QD=51.1842;RBI=0.0227801;REFB=0;REVB=0.0225075;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510576;OID=.;OPOS=32929387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr13 33284188 . C A,CA 334.82 PASS AF=0,0.382653;AO=17,51;DP=206;FAO=0,75;FDP=196;FR=.;FRO=121;FSAF=0,63;FSAR=0,12;FSRF=18;FSRR=103;FWDB=-0.0115961,0.0436195;FXX=0.00507588;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=199.496,9.62796;QD=6.83304;RBI=0.013123,0.0687468;REFB=-0.0106157,-0.139166;REVB=0.00614358,0.0531363;RO=135;SAF=16,43;SAR=1,8;SRF=29;SRR=106;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.742054,0.687057;STB=0.5,0.88162;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.153849;OID=.,.;OPOS=33284188,33284189;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:206:196:135:121:17,51:0,75:0,0.382653:1,8:16,43:29:106:0,12:0,63:18:103 chr13 33590851 . T C 750.0 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00064994;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.814;QD=56.6034;RBI=0.0457771;REFB=0;REVB=0.0457725;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639243;OID=.;OPOS=33590851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:17:34:0:0:18:35:0:0 chr13 33627917 . T G 235.12 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00498546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.881;QD=25.4183;RBI=0.00579061;REFB=-0.00535464;REVB=-0.00294556;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572686;STB=0.522368;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00349907;OID=.;OPOS=33627917;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:15:15:21:22:0.594595:10:11:9:6:10:12:9:6 chr13 33635835 . T C 960.56 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.474;QD=57.3467;RBI=0.0512846;REFB=-0.107539;REVB=0.0159043;RO=1;SAF=18;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255209;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953831;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:1:0:66:67:1:48:18:1:0:48:19:0:0 chr13 33678505 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0122852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.802;QD=17.5599;RBI=0.0169232;REFB=-0.0112816;REVB=0.0116391;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407305;STB=0.538419;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0132941;OID=.;OPOS=33678505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:12:9:9:9:12:9 chr13 33704290 . G A 659.61 PASS AF=0.397849;AO=73;DP=186;FAO=74;FDP=186;FR=.;FRO=112;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=-0.0140471;FXX=0.0158722;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3763;QD=14.1851;RBI=0.0140546;REFB=-0.020097;REVB=0.000457689;RO=110;SAF=33;SAR=40;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996576;STB=0.545865;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0368337;OID=.;OPOS=33704290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:110:112:73:74:0.397849:40:33:60:50:40:34:60:52 chr13 36246436 . T C 439.77 PASS AF=0.383459;AO=50;DP=132;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=0.0096424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.766;QD=13.2262;RBI=0.00996907;REFB=-0.00950425;REVB=-0.00253111;RO=82;SAF=18;SAR=32;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908343;STB=0.542858;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0128906;OID=.;OPOS=36246436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:82:82:50:51:0.383459:32:18:36:46:32:19:36:46 chr13 36348718 . G GAGT,T 538.42 PASS AF=0.372414,0.0482759;AO=53,7;DP=151;FAO=54,7;FDP=145;FR=.;FRO=84;FSAF=21,1;FSAR=33,6;FSRF=42;FSRR=42;FWDB=0.00949619,0.043355;FXX=0.0202689;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=181.206,69.2369;QD=14.853;RBI=0.0149277,0.0448381;REFB=-0.0141317,-0.00541341;REVB=-0.0115177,-0.0114368;RO=88;SAF=21,1;SAR=32,6;SRF=43;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103356,-0.382193;STB=0.56894,0.842122;STBP=0.223,0.088;TYPE=ins,snp;VARB=0.0209229,0.106655;OID=.,.;OPOS=36348719,36348718;OREF=-,G;OALT=AGT,T;OMAPALT=GAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:145:88:84:53,7:54,7:0.372414,0.0482759:32,6:21,1:43:45:33,6:21,1:42:42 chr13 36385031 . G T 536.22 PASS AF=0.463415;AO=57;DP=123;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.0115345;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.995;QD=17.438;RBI=0.0155269;REFB=-0.00224996;REVB=-0.0103942;RO=65;SAF=28;SAR=29;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137216;STB=0.511557;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00213408;OID=.;OPOS=36385031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:65:66:57:57:0.463415:29:28:31:34:29:28:31:35 chr13 36402426 . A G 559.06 PASS AF=0.586207;AO=50;DP=86;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0117083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9605;QD=25.704;RBI=0.0266741;REFB=-0.0481711;REVB=-0.0239671;RO=35;SAF=26;SAR=24;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258335;STB=0.51219;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0218934;OID=.;OPOS=36402426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:36:50:51:0.586207:24:26:17:18:24:27:18:18 chr13 36744910 . C T 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.978;QD=56.9362;RBI=0.0830469;REFB=0;REVB=-0.0182614;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399803;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr13 36801415 . C T 2131.61 PASS AF=0.985612;AO=137;DP=139;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0568797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.972;QD=61.3413;RBI=0.057609;REFB=-0.180798;REVB=0.00913715;RO=1;SAF=74;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748644;STB=0.507811;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000282038;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:139:1:2:137:137:0.985612:63:74:0:1:63:74:0:2 chr13 36828237 . T C 776.04 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0707505;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4685;QD=50.8881;RBI=0.125703;REFB=-0.182086;REVB=0.103902;RO=5;SAF=33;SAR=23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337704;STB=0.511541;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0155523;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:61:61:5:4:56:57:0.934426:23:33:4:1:24:33:3:1 chr13 36855375 . C T 859.72 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.018069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9199;QD=54.5854;RBI=0.0367845;REFB=-0.0430299;REVB=0.0320408;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519993;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00112725;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:61:61:0.968254:24:37:0:0:24:37:0:2 chr13 36855405 . A G 753.86 PASS AF=0.98;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00714786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.729;QD=60.3085;RBI=0.0169538;REFB=-0.153416;REVB=0.0153733;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000245382;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:48:49:0.98:25:23:0:0:25:24:1:0 chr13 36857639 . T C 645.09 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4264;QD=61.4375;RBI=0.0941096;REFB=0;REVB=0.0822259;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149604;OID=.;OPOS=36857639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr13 36877978 . TT CT,TC 233.28 PASS AF=0.681818,0.227273;AO=14,2;DP=22;FAO=15,5;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=9,1;FSAR=6,4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00356916,0.00136104;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=199.739,194.426;QD=42.4154;RBI=0.0233116,0.0200023;REFB=-0.0807635,-0.0748943;REVB=0.0230368,0.0199559;RO=0;SAF=9,1;SAR=5,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512179,0.614874;STBP=0.872,0.568;TYPE=snp,snp;VARB=0.0046943,0.0137389;OID=.,.;OPOS=36877978,36877979;OREF=T,T;OALT=C,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:22:22:0:2:14,2:15,5:0.681818,0.227273:5,1:9,1:0:0:6,4:9,1:1:1 chr13 36886469 . T C 563.88 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.812;QD=57.8334;RBI=0.059042;REFB=-0.144596;REVB=0.049996;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.512189;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00171749;OID=.;OPOS=36886469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:18:20:0:0:18:20:1:0 chr13 36939688 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5344;QD=57.2364;RBI=0.0759292;REFB=0;REVB=-0.0692621;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000535774;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr13 36939758 . A G 1106.54 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.425;QD=59.813;RBI=0.0320871;REFB=0;REVB=0.0252135;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555101;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:34:39:0:0:34:40:0:0 chr13 37269675 . C A 369.89 PASS AF=0.569231;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0231407;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4447;QD=22.7624;RBI=0.0345111;REFB=-0.0465545;REVB=-0.0256032;RO=26;SAF=24;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16476;STB=0.567388;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0272867;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:26:28:36:37:0.569231:12:24:12:14:13:24:14:14 chr13 37269835 . G A 1470.95 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.228;QD=63.2665;RBI=0.0423753;REFB=0;REVB=0.0301712;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140697;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:49:44:0:0:49:44:0:0 chr13 37271163 . C A 104.33 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.011739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.66;QD=10.4334;RBI=0.0120271;REFB=0.00134483;REVB=-0.00261669;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616882;STB=0.536909;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.00357147;OID=.;OPOS=37271163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:11:16:7:6:11:16 chr13 37271428 . GCA G 82.52 PASS AF=1;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974245;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.524;QD=41.2589;RBI=0.116255;REFB=0;REVB=0.063432;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0049748;OID=.;OPOS=37271429;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:10:8:8:0:2:6:0:0:3:0:1:6:0:0 chr13 37372429 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0637;QD=53.9087;RBI=0.0481738;REFB=0;REVB=0.0478036;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827139;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr13 37580139 . G A 845.98 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.034;QD=57.3548;RBI=0.0374841;REFB=0;REVB=0.0288338;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55983e-05;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:29:29:0:0:29:30:0:0 chr13 37583831 . G A 572.88 PASS AF=1;AO=36;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6964;QD=58.7572;RBI=0.101803;REFB=0;REVB=0.0211525;RO=2;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111979;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:2:0:36:39:1:14:22:1:1:16:23:0:0 chr13 37625601 . T C 453.74 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00798765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.374;QD=54.9984;RBI=0.0136583;REFB=0.00876371;REVB=0.0110791;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-5.98952e-06;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:21:11:0:0:21:11:1:0 chr13 37679268 . G T 730.41 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0290313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4786;QD=51.2571;RBI=0.0429068;REFB=-0.0733101;REVB=0.031594;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140652;STB=0.504381;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00331724;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:1:2:53:55:0.964912:20:33:1:0:21:34:1:1 chr13 37679535 . G C 972.51 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.919;QD=58.9397;RBI=0.0161426;REFB=0;REVB=0.00824398;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67529e-05;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:35:31:0:0:35:31:0:0 chr13 37679729 . C T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1053;QD=49.5902;RBI=0.0785817;REFB=0;REVB=-0.00556277;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209237;OID=.;OPOS=37679729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr13 37679776 . G A 106.11 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158627;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.218;QD=42.4432;RBI=0.159298;REFB=0;REVB=-0.0146042;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000653027;OID=.;OPOS=37679776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr13 38162097 . G A 288.82 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0576703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5952;QD=16.2713;RBI=0.0665794;REFB=-0.0232762;REVB=-0.033271;RO=37;SAF=15;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349143;STB=0.503976;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0269079;OID=.;OPOS=38162097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:39:32:32:0.450704:17:15:16:21:17:15:18:21 chr13 38429073 . G A 769.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.109;QD=56.9818;RBI=0.0743549;REFB=0;REVB=0.0623254;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517193;OID=.;OPOS=38429073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:32:22:0:0:32:22:0:0 chr13 38924083 . A T 2229.28 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000813058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.762;QD=63.2421;RBI=0.0012033;REFB=0;REVB=0.00088706;RO=0;SAF=71;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18261e-06;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:138:141:1:67:71:0:0:67:74:0:0 chr13 38924263 . T C 1811.84 PASS AF=1;AO=115;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0415126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.9326;QD=60.3946;RBI=0.0526623;REFB=0;REVB=-0.032404;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103768;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:115:120:1:50:65:0:0:54:66:0:0 chr13 38932208 . AT TA,TT 202.97 PASS AF=0,0.5;AO=2,19;DP=42;FAO=0,23;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=0,15;FSAR=0,8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0987779,0.0100007;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=15.0528,184.188;QD=17.6495;RBI=0.237363,0.0360735;REFB=-0.0357406,-0.00365859;REVB=-0.215834,0.0346596;RO=15;SAF=0,13;SAR=2,6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583083,0.0740321;STB=0.5,0.578024;STBP=1,0.276;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00349302;OID=.,.;OPOS=38932208,38932208;OREF=AT,A;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:46:15:22:2,19:0,23:0,0.5:2,6:0,13:9:6:0,8:0,15:11:11 chr13 39262057 . G A 1512.11 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.081;QD=59.8854;RBI=0.0193058;REFB=0;REVB=0.0159773;RO=0;SAF=33;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73319e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81633e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:67:33:0:0:67:34:0:0 chr13 39262435 . C G 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.011174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.21;QD=14.6979;RBI=0.0117009;REFB=-0.0276565;REVB=-0.00347171;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858883;STB=0.549777;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0330984;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:12:11:9:7:12:11 chr13 39263713 . GT G,GC 419.08 PASS AF=1,0;AO=14,15;DP=31;FAO=30,0;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.069966,-0.0676283;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.007,46.6931;QD=55.8772;RBI=0.0711971,0.387284;REFB=0,0;REVB=-0.0131825,-0.381334;RO=0;SAF=12,4;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000746246,0.0368373;OID=.,.;OPOS=39263714,39263714;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,15:31:30,0:30:0:16,0:14,0:0:0:4:0:12,4:2,11:0:0 chr13 39264690 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00945627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.369;QD=60.6103;RBI=0.0314409;REFB=0;REVB=0.0299851;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126936;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr13 39430313 . A AT 1099.31 PASS AF=1;AO=31;DP=123;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660085;FXX=0.0479962;HRUN=0;LEN=1;MLLD=104.887;QD=36.9517;RBI=0.0778618;REFB=0;REVB=0.0412957;RO=90;SAF=3;SAR=28;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567518;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000194794;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:123:119:119:0:47:72:0:0:24:90:3:28:43:47 chr13 39430314 . C G,T 1628.33 PASS AF=0.224,0.72;AO=26,89;DP=123;FAO=28,90;FDP=125;FR=.;FRO=7;FSAF=0,43;FSAR=28,47;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000373834,8.11913e-05;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=45.369,142.487;QD=52.1066;RBI=0.0109875,0.0199861;REFB=0.0999686,0.0654313;REVB=-0.0109811,0.0199859;RO=7;SAF=0,43;SAR=26,46;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.866283,-0.0121755;STB=0.999364,0.506766;STBP=0,0.635;TYPE=snp,snp;VARB=0.0723883,-0.000688984;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:123:125:7:7:26,89:28,90:0.224,0.72:26,46:0,43:4:3:28,47:0,43:4:3 chr13 39433606 . A G 187.91 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0142611;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.099;QD=8.63965;RBI=0.0183965;REFB=-0.00926606;REVB=-0.0116211;RO=60;SAF=15;SAR=10;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23488;STB=0.627172;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0412687;OID=.;OPOS=39433606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:62:25:25:0.287356:10:15:24:36:10:15:26:36 chr13 39540589 . TC T 163.84 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0113755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.848;QD=9.36202;RBI=0.0172866;REFB=-0.00236913;REVB=-0.0130163;RO=49;SAF=7;SAR=15;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231341;STB=0.643298;STBP=0.118;TYPE=del;VARB=0.00542313;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:22:71:22:70:48:7:15:25:23:99:49:7:15:25:24 chr13 39544363 . G A 563.34 PASS AF=0.54902;AO=55;DP=100;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00684709;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.554;QD=22.0917;RBI=0.0124944;REFB=-0.00617443;REVB=0.0104512;RO=45;SAF=30;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118913;STB=0.572847;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00418336;OID=.;OPOS=39544363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:45:46:55:56:0.54902:25:30:18:27:25:31:18:28 chr13 39584677 . A G 136.93 PASS AF=0.625;AO=13;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00303558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.758;QD=22.8213;RBI=0.0210577;REFB=-0.0533828;REVB=0.0208378;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124041;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0264057;OID=.;OPOS=39584677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:24:9:9:13:15:0.625:7:6:4:5:7:8:4:5 chr13 40229842 . A AG 72.21 PASS AF=0.6;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00790016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.44281;QD=9.62742;RBI=0.0859846;REFB=-0.073245;REVB=0.0856209;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253096;STB=0.578859;STBP=0.337;TYPE=ins;VARB=0.0743774;OID=.;OPOS=40229843;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:16:33:18:30:12:11:7:5:7:43:15:11:5:6:9 chr13 40229891 . G A 569.29 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00709819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9799;QD=23.0017;RBI=0.0349705;REFB=-0.000458822;REVB=0.0342425;RO=44;SAF=42;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236294;STB=0.645783;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000177343;OID=.;OPOS=40229891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:46:53:53:0.535354:11:42:25:19:11:42:25:21 chr13 40229957 . T A 703.87 PASS AF=0.482759;AO=69;DP=145;FAO=70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0119614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.609;QD=19.4171;RBI=0.012815;REFB=-0.0190737;REVB=0.004599;RO=75;SAF=46;SAR=23;SRF=44;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819654;STB=0.539434;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0288719;OID=.;OPOS=40229957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:75:75:69:70:0.482759:23:46:44:31:24:46:44:31 chr13 40230229 . C T 313.14 PASS AF=0.317829;AO=40;DP=126;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=35;FWDB=-0.0234419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8016;QD=9.70963;RBI=0.0337121;REFB=-0.0162135;REVB=-0.0242277;RO=80;SAF=28;SAR=12;SRF=53;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501244;STB=0.56067;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0281144;OID=.;OPOS=40230229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:80:88:40:41:0.317829:12:28:53:27:13:28:53:35 chr13 40230294 . T C 925.81 PASS AF=0.411765;AO=105;DP=255;FAO=105;FDP=255;FR=.;FRO=150;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=64;FSRR=86;FWDB=-0.00525676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.198;QD=14.5226;RBI=0.00974781;REFB=-0.0299526;REVB=0.00820892;RO=150;SAF=43;SAR=62;SRF=64;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01857;STB=0.510384;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0396899;OID=.;OPOS=40230294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:150:150:105:105:0.411765:62:43:64:86:62:43:64:86 chr13 40238175 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0010783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.12;QD=18.1944;RBI=0.00452636;REFB=-0.00745781;REVB=-0.00439604;RO=35;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389691;STB=0.514277;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00724557;OID=.;OPOS=40238175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:17:17:16:19:17:17:17:19 chr13 41133064 . GT TG,TT 53.51 PASS AF=0.114286,0.114286;AO=3,10;DP=31;FAO=4,4;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1,1;FSAR=3,3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.1343,0.0126424;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=18.3864,119.833;QD=6.11537;RBI=0.144138,0.0189617;REFB=0.0790498,-0.0128283;REVB=0.0523396,-0.0141321;RO=11;SAF=0,2;SAR=3,8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.605543,-0.19417;STB=0.653721,0.653721;STBP=0.593,0.593;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0118222,0.0281893;OID=.,.;OPOS=41133064,41133064;OREF=GT,G;OALT=TG,T;OMAPALT=TG,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:31:35:11:27:3,10:4,4:0.114286,0.114286:3,8:0,2:4:7:3,3:1,1:11:16 chr13 41382711 . A T 548.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.818;QD=59.302;RBI=0.0377436;REFB=0;REVB=-0.00688879;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88831e-05;OID=.;OPOS=41382711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:30:6:0:0:31:6:0:0 chr13 41705495 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.074;QD=60.9786;RBI=0.0554441;REFB=0;REVB=0.0499547;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214549;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr13 41706800 . A C,G 747.6 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=3,50;DP=53;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019522,0.0073795;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.8376,199.034;QD=56.4226;RBI=0.0426776,0.00738637;REFB=0,0;REVB=-0.0379508,0.000318604;RO=0;SAF=2,25;SAR=1,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0747617,-3.41614e-05;OID=.,.;OPOS=41706800,41706800;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:53:0:0:3,50:1,52:0.0188679,0.981132:1,25:2,25:0:0:0,26:1,26:0:0 chr13 41834744 . C T 998.94 PASS AF=0.971831;AO=70;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000723061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6541;QD=56.2782;RBI=0.023077;REFB=0.0344204;REVB=0.0230656;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141118;STB=0.515147;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00605318;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:1:2:70:69:0.971831:37:33:1:0:37:32:2:0 chr13 41897192 . G T 71.4 PASS AF=0.164557;AO=10;DP=80;FAO=13;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0284109;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5665;QD=3.61505;RBI=0.0332627;REFB=-0.0037348;REVB=-0.0172982;RO=53;SAF=2;SAR=8;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53045;STB=0.564215;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.050357;OID=.;OPOS=41897192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:79:53:63:10:13:0.164557:8:2:35:18:5:8:34:29 chr13 41902939 . T C 769.17 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0184541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4402;QD=51.2778;RBI=0.0199688;REFB=-0.0216666;REVB=-0.00762885;RO=2;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598535;STB=0.503596;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00133821;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:59:60:2:2:56:58:0.966667:23:33:1:1:23:35:1:1 chr13 42032572 . T C 483.4 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0481329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.836;QD=20.7915;RBI=0.0482008;REFB=-0.0357807;REVB=-0.00255809;RO=45;SAF=21;SAR=26;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115584;STB=0.558476;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0318693;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:46:47:47:0.505376:26:21:26:19:26:21:26:20 chr13 42381889 . T C 321.24 PASS AF=0.443038;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00379103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.535;QD=16.2652;RBI=0.0390529;REFB=-0.0149988;REVB=0.0388684;RO=44;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066414;STB=0.537292;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0146506;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:44:35:35:0.443038:20:15:16:28:20:15:16:28 chr13 42385446 . T C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0047167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.657;QD=24.1063;RBI=0.00579918;REFB=0.00672028;REVB=-0.0033739;RO=19;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10448;STB=0.558092;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00563539;OID=.;OPOS=42385446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:12:12:12:7:12:12:12:7 chr13 42734176 . C T 657.79 PASS AF=0.604167;AO=57;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0155007;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.867;QD=27.408;RBI=0.0183204;REFB=-0.00489571;REVB=0.00976548;RO=37;SAF=22;SAR=35;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114377;STB=0.559979;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00365831;OID=.;OPOS=42734176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:38:57:58:0.604167:35:22:20:17:36:22:20:18 chr13 42772717 . G T 399.01 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0179648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.809;QD=18.3453;RBI=0.0183649;REFB=-0.0132917;REVB=0.00381231;RO=46;SAF=15;SAR=26;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688077;STB=0.538442;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0140468;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:26:15:20:26:26:15:20:26 chr13 42793479 . G A 127.7 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00801807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1714;QD=11.8792;RBI=0.014146;REFB=-0.0244916;REVB=0.0116542;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18797;STB=0.610964;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0449321;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:12:16:6:9:12:16 chr13 42803341 . T C 2550.52 PASS AF=0.988166;AO=167;DP=168;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=98;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0255845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1705;QD=60.3674;RBI=0.0255892;REFB=0.00382855;REVB=0.00048672;RO=1;SAF=69;SAR=98;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0068472;STB=0.507142;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-4.58353e-05;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:168:169:1:2:167:167:0.988166:98:69:1:0:98:69:2:0 chr13 42876103 . C T 168.15 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00142471;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.144;QD=21.0184;RBI=0.00477106;REFB=-0.0426877;REVB=0.00455337;RO=16;SAF=12;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207948;STB=0.56639;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0385839;OID=.;OPOS=42876103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:15:15:17:0.53125:3:12:10:6:3:14:11:4 chr13 43469157 . G A 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.103;QD=58.9621;RBI=0.0407439;REFB=0;REVB=-0.0383447;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110784;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr13 43469211 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.667;QD=60.547;RBI=0.00985151;REFB=0;REVB=-0.00800627;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99795e-06;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:32:43:0:0:32:43:0:0 chr13 43528113 . T G 348.05 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000568851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.396;QD=25.3126;RBI=0.0192855;REFB=-0.057198;REVB=0.0192771;RO=21;SAF=18;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294118;STB=0.51612;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0376749;OID=.;OPOS=43528113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:16:18:12:9:16:18:12:9 chr13 43597865 . A G 462.61 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00436082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.704;QD=25.3485;RBI=0.0214429;REFB=-0.0433541;REVB=-0.0209948;RO=29;SAF=29;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986676;STB=0.546045;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0159922;OID=.;OPOS=43597865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:29:29:43:44:0.60274:14:29:16:13:15:29:16:13 chr13 43788158 . G A 247.49 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0290527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.74;QD=11.5111;RBI=0.0290758;REFB=-0.00991957;REVB=-0.00115983;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375642;STB=0.521725;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0222388;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:16:14:28:28:16:14:28:28 chr13 45554013 . A G 336.8 PASS AF=0.455696;AO=37;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00216606;FXX=0.0124984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=271.917;QD=17.053;RBI=0.00393305;REFB=-0.0149447;REVB=-0.00328285;RO=42;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113787;STB=0.56472;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0149615;OID=.;OPOS=45554013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:43:37:36:0.455696:22:15:22:20:21:15:23:20 chr13 45563464 . G C 954.79 PASS AF=0.457014;AO=99;DP=220;FAO=101;FDP=221;FR=.;FRO=120;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=56;FSRR=64;FWDB=0.00633618;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.649;QD=17.2812;RBI=0.00879229;REFB=-0.0194627;REVB=0.00609567;RO=120;SAF=49;SAR=50;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362144;STB=0.510048;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0217576;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:221:120:120:99:101:0.457014:50:49:55:65:52:49:56:64 chr13 45580336 . GAAAAC GAAAC,GAAAGA 30.54 PASS AF=0.363636,0.0454545;AO=9,2;DP=22;FAO=8,1;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2,0;FSAR=6,1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.188239,-0.0469366;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.4944,136.042;QD=5.55245;RBI=0.199259,0.0665957;REFB=-0.141198,-0.00985487;REVB=-0.0653489,-0.0472434;RO=11;SAF=2,0;SAR=7,2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.166665,-0.523246;STB=0.545336,0.986032;STBP=0.848,0.517;TYPE=del,mnp;VARB=0.148443,0.234145;OID=.,.;OPOS=45580337,45580340;OREF=A,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAC,GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0454545:9,2:22:8,1:22:13:2,0:6,1:4:9:26:11:2,0:7,2:4:7 chr13 46067593 . G A 977.63 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00642881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4914;QD=55.8648;RBI=0.0130878;REFB=0.0142594;REVB=-0.0114001;RO=2;SAF=22;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041039;STB=0.521733;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.000524549;OID=.;OPOS=46067593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:46:22:2:0:46:22:2:0 chr13 46070396 . T C 304.26 PASS AF=0.416667;AO=33;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.0142906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5406;QD=14.4886;RBI=0.0143137;REFB=-0.00498293;REVB=-0.000813713;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102175;STB=0.566002;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00549284;OID=.;OPOS=46070396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:33:35:0.416667:22:11:12:36:23:12:12:37 chr13 46077381 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.519;QD=47.8224;RBI=0.0308529;REFB=0;REVB=0.023245;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46807e-05;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr13 46103935 . A G 715.13 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0379729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.81;QD=51.0809;RBI=0.0793882;REFB=-0.151302;REVB=0.0697175;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527262;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00271056;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:56:56:0:3:53:53:0.946429:26:27:0:0:26:27:0:3 chr13 46108853 . TG CA 1464.8 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590597;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=2;MLLD=252.358;QD=63.0022;RBI=0.00872808;REFB=0;REVB=0.00642643;RO=0;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000181416;OID=.;OPOS=46108853;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:92:93:1:51:41:0:0:51:42:0:0 chr13 46115731 . C A 1545.62 PASS AF=0.99;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0802362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.0341;QD=61.8248;RBI=0.112546;REFB=-0.0541994;REVB=0.0789222;RO=2;SAF=42;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229306;STB=0.505493;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00168025;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:100:2:1:95:99:0.99:53:42:1:1:54:45:1:0 chr13 46137837 . T C 3117.86 PASS AF=1;AO=195;DP=196;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204729;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.523;QD=63.9561;RBI=0.0487279;REFB=0;REVB=0.0442184;RO=0;SAF=78;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16118e-05;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:196:195:0:0:195:195:1:117:78:0:0:117:78:0:0 chr13 46541673 . T A 671.87 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0319767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.672;QD=52.6958;RBI=0.0519747;REFB=-0.0406509;REVB=0.0409739;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469855;STB=0.52499;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000791084;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:19:30:0:2:19:30:0:2 chr13 46562935 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.938;QD=56.9563;RBI=0.0418192;REFB=0;REVB=0.0257548;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119537;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr13 46629944 . A G 683.2 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0677856;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.65;QD=52.5535;RBI=0.0684967;REFB=0.0071032;REVB=0.00984401;RO=2;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408839;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000252517;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:2:2:50:50:0.961538:22:28:0:2:22:28:0:2 chr13 46641466 . A G 221.96 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00718355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.314;QD=14.5546;RBI=0.0187916;REFB=-0.0316416;REVB=0.0173643;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182528;STB=0.603018;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0358626;OID=.;OPOS=46641466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:25:10:12:14:25:10 chr13 46641481 . T C 937.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.889;QD=58.592;RBI=0.0340563;REFB=0;REVB=0.0147657;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19075e-05;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr13 46648094 . C T 142.61 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000677018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.94;QD=8.26698;RBI=0.0117138;REFB=-0.000784659;REVB=0.0116942;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045593;STB=0.535678;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00135173;OID=.;OPOS=46648094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:12:8:21:27:12:8:22:27 chr13 46656669 . A G 2393.12 PASS AF=1;AO=146;DP=149;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522595;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.449;QD=64.2449;RBI=0.0533319;REFB=0;REVB=0.0106411;RO=0;SAF=62;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.04697e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48194e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:149:149:0:0:146:149:1:84:62:0:0:86:63:0:0 chr13 46700642 . G T 400.35 PASS AF=0.525;AO=39;DP=77;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00222574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.159;QD=20.0177;RBI=0.0301312;REFB=-0.0064257;REVB=0.0300489;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034284;STB=0.53428;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00676836;OID=.;OPOS=46700642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:38:38:39:42:0.525:21:18:19:19:24:18:19:19 chr13 46708291 . T C 978.84 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0150129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.53;QD=55.1457;RBI=0.0273136;REFB=-0.0967679;REVB=0.0228177;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512496;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000335722;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:0:2:67:69:0.971831:38:29:0:0:39:30:0:2 chr13 46801792 . C T 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00225261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.886;QD=14.3985;RBI=0.023134;REFB=-0.0121123;REVB=-0.023024;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452201;STB=0.534761;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0137671;OID=.;OPOS=46801792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:11:14:17:16:11:14:17:17 chr13 46801970 . A G 88.34 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0123968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.461;QD=7.36156;RBI=0.0133977;REFB=-0.0149311;REVB=0.00508119;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400584;STB=0.749583;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0175821;OID=.;OPOS=46801970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:48:48:36:36:12:12:0.25:9:3:21:15:9:3:21:15 chr13 46840996 . A C 154.27 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0212179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9545;QD=9.21008;RBI=0.0300762;REFB=-0.00579233;REVB=0.0213162;RO=44;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229401;STB=0.510907;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00888218;OID=.;OPOS=46840996;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:46:21:21:0.313433:12:9:18:26:12:9:19:27 chr13 46844627 . C A 351.11 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00577652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1173;QD=18.0057;RBI=0.00715595;REFB=-0.00141381;REVB=0.00422367;RO=39;SAF=10;SAR=27;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199029;STB=0.615017;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00183376;OID=.;OPOS=46844627;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:41:37:37:0.474359:27:10:18:21:27:10:19:22 chr13 46935652 . C T 226.21 PASS AF=0.298077;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=49;FWDB=0.0215146;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5997;QD=8.70027;RBI=0.0356483;REFB=-0.0127547;REVB=-0.028424;RO=65;SAF=23;SAR=8;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428829;STB=0.77695;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.028304;OID=.;OPOS=46935652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:65:73:31:31:0.298077:8:23:24:41:8:23:24:49 chr13 46946157 . C T 770.49 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.347;QD=55.0347;RBI=0.0451737;REFB=-0.0250138;REVB=0.0428009;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000300656;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:54:55:0.982143:28:26:0:0:29:26:1:0 chr13 46948660 . A G 54.64 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0279266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2941;QD=3.41525;RBI=0.0296178;REFB=-0.00777367;REVB=0.00986492;RO=54;SAF=1;SAR=9;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520324;STB=0.867038;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0352269;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:64:64:54:54:10:10:0.15625:9:1:26:28:9:1:26:28 chr13 46984623 . C A 112.22 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0450146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4926;QD=7.73956;RBI=0.105785;REFB=-0.00452047;REVB=-0.0957296;RO=42;SAF=6;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665766;STB=0.540489;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00923949;OID=.;OPOS=46984623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:10:6:18:24:10:6:18:24 chr13 47260054 . T C 1317.66 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00117081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.737;QD=59.2209;RBI=0.0262713;REFB=-0.0579166;REVB=-0.0262452;RO=2;SAF=51;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377938;STB=0.501995;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00267348;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:36:51:1:1:36:51:1:1 chr13 47273458 . G C 302.43 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.00538891;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.68;QD=13.9049;RBI=0.0146562;REFB=-0.00472585;REVB=-0.0136295;RO=52;SAF=17;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613015;STB=0.540206;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.00785924;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:53:34:34:0.390805:17:17:29:23:17:17:30:23 chr13 47279454 . A G 462.76 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00946726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.399;QD=16.2373;RBI=0.0126323;REFB=-0.0135143;REVB=-0.00836335;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00184747;STB=0.501032;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0164442;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:63:51:51:0.447368:25:26:32:31:25:26:32:31 chr13 47308109 . A G 1869.89 PASS AF=0.976744;AO=123;DP=132;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0360538;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3031;QD=57.9809;RBI=0.0380817;REFB=-0.103498;REVB=0.0122613;RO=1;SAF=68;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085597;STB=0.512603;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000815379;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:132:129:1:3:123:126:0.976744:55:68:0:1:58:68:0:3 chr13 47315984 . T C 1002.63 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.569;QD=58.1234;RBI=0.0964987;REFB=0;REVB=0.0101782;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478694;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:69:0:0:65:69:1:34:31:0:0:34:35:0:0 chr13 47354101 . C T 954.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1428;QD=58.7686;RBI=0.040406;REFB=0;REVB=0.0343562;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543072;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr13 47469940 . G A 477.78 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00901472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.824;QD=22.2223;RBI=0.0230273;REFB=-0.015192;REVB=0.0211894;RO=40;SAF=29;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114017;STB=0.562931;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0126199;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:17:29:20:20:17:29:20:20 chr13 47470824 . C T 392.8 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5763;QD=56.1149;RBI=0.068458;REFB=0;REVB=0.0593496;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611789;OID=.;OPOS=47470824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr13 48033224 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00940856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5126;QD=57.1059;RBI=0.0473108;REFB=0;REVB=-0.0463658;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652358;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr13 48547467 . A T 832.37 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.041;QD=57.4045;RBI=0.0664023;REFB=0;REVB=0.0320545;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620305;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:30:28:0:0 chr13 48611934 . G A 1054.58 PASS AF=0.394231;AO=113;DP=302;FAO=123;FDP=312;FR=.;FRO=189;FSAF=67;FSAR=56;FSRF=76;FSRR=113;FWDB=0.0138716;FXX=0.00636922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.575;QD=13.5202;RBI=0.0457166;REFB=-0.0139691;REVB=0.0435613;RO=180;SAF=66;SAR=47;SRF=75;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181818;STB=0.585729;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0211605;OID=.;OPOS=48611934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:302:312:180:189:113:123:0.394231:47:66:75:105:56:67:76:113 chr13 48954246 . A AAT 93.62 PASS AF=0.224719;AO=14;DP=97;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.133425;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=18.8169;QD=4.20744;RBI=0.174661;REFB=-0.044727;REVB=0.112714;RO=74;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115044;STB=0.580411;STBP=0.418;TYPE=ins;VARB=0.14262;OID=.;OPOS=48954247;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=AAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224719:14:97:20:89:69:7:13:31:38:93:74:5:9:33:41 chr13 49070345 . C T 606.61 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=98;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00833447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.533;QD=24.7594;RBI=0.00857045;REFB=-0.0223834;REVB=-0.00199731;RO=43;SAF=32;SAR=23;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000347952;STB=0.500191;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220989;OID=.;OPOS=49070345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:43:55:55:0.561224:23:32:25:18:23:32:25:18 chr13 49096022 . T C 249.43 PASS AF=0.32;AO=28;DP=104;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=16;FWDB=-0.00503719;FXX=0.0565984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=75.6656;QD=9.9773;RBI=0.00976807;REFB=-0.00850765;REVB=-0.00836911;RO=37;SAF=21;SAR=7;SRF=33;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216912;STB=0.586082;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0192295;OID=.;OPOS=49096022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:100:37:68:28:32:0.32:7:21:33:4:11:21:52:16 chr13 49107241 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.852;QD=63.5815;RBI=0.0618318;REFB=0;REVB=-0.0239439;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341945;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr13 49794650 . C A 846.63 PASS AF=0.533784;AO=79;DP=147;FAO=79;FDP=148;FR=.;FRO=69;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00967175;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.044;QD=22.8818;RBI=0.0118991;REFB=-0.0249148;REVB=0.00693154;RO=67;SAF=46;SAR=33;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174698;STB=0.601844;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0308138;OID=.;OPOS=49794650;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:67:69:79:79:0.533784:33:46:25:42:33:46:25:44 chr13 49840024 . A G 1238.09 PASS AF=0.987952;AO=79;DP=80;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.395;QD=59.6668;RBI=0.0548951;REFB=0.153293;REVB=0.0525675;RO=1;SAF=51;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166052;STB=0.508195;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.00195696;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:83:1:1:79:82:0.987952:28:51:0:1:30:52:0:1 chr13 49866869 . G C 824.36 PASS AF=0.497041;AO=82;DP=174;FAO=84;FDP=169;FR=.;FRO=85;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=41;FWDB=-0.00445842;FXX=0.0342838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2591;QD=19.5115;RBI=0.0170969;REFB=-0.0105422;REVB=-0.0165053;RO=79;SAF=41;SAR=41;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056506;STB=0.50289;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0123872;OID=.;OPOS=49866869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:169:79:85:82:84:0.497041:41:41:40:39:41:43:44:41 chr13 49951142 . T C 214.18 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0038239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.934;QD=14.7713;RBI=0.0147372;REFB=-0.00110453;REVB=-0.0142324;RO=33;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00632571;STB=0.503594;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00139334;OID=.;OPOS=49951142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:10:15:20:13:10:15:20:13 chr13 49951193 . T C 260.72 PASS AF=0.460317;AO=28;DP=65;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0332718;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4329;QD=16.5533;RBI=0.0339018;REFB=-0.0187276;REVB=-0.00650486;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019812;STB=0.566882;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0283011;OID=.;OPOS=49951193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:29:34:28:29:0.460317:11:17:17:12:11:18:17:17 chr13 50008301 . A G 438.42 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.00369613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.378;QD=19.2711;RBI=0.00737314;REFB=-0.00901287;REVB=-0.00637979;RO=47;SAF=17;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982118;STB=0.554674;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0084035;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:47:44:44:0.483516:27:17:23:24:27:17:23:24 chr13 50050620 . A G 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0049662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.3908;QD=14.1944;RBI=0.00627982;REFB=0.0236332;REVB=0.00384356;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968991;STB=0.555506;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0323614;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:14:18:15:8:14:18 chr13 50057097 . G A 242.2 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0164805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9092;QD=16.9961;RBI=0.0670444;REFB=0.00482192;REVB=-0.0649873;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293583;STB=0.665642;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00755169;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:19:8:18:12:19:8:18:12 chr13 50057633 . A G 644.02 PASS AF=0.348018;AO=79;DP=228;FAO=79;FDP=227;FR=.;FRO=148;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.000732109;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.323;QD=11.3484;RBI=0.00948707;REFB=-0.0165406;REVB=-0.00945878;RO=144;SAF=46;SAR=33;SRF=72;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941512;STB=0.562849;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0303082;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:144:148:79:79:0.348018:33:46:72:72:33:46:72:76 chr13 50080847 . A G 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0337919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4756;QD=15.6486;RBI=0.0450237;REFB=-0.013092;REVB=-0.029753;RO=21;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125006;STB=0.572397;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0152538;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:11:5:9:12:11:5:9:12 chr13 50095052 . C T 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00899516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.304;QD=17.4329;RBI=0.00907892;REFB=-0.000166792;REVB=0.00123043;RO=43;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635486;STB=0.535619;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.000124704;OID=.;OPOS=50095052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:23:14:19:24:23:14:19:24 chr13 50106584 . G A 72.05 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0347287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.668;QD=20.5853;RBI=0.0347296;REFB=-0.0381739;REVB=-0.00024689;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.021818;OID=.;OPOS=50106584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr13 50123622 . G C 1378.07 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.697;QD=61.2478;RBI=0.0236849;REFB=-0.084191;REVB=0.0199325;RO=1;SAF=61;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166228;STB=0.50877;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000446718;OID=.;OPOS=50123622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:28:61:0:1:28:61:0:1 chr13 50126382 . G A 464.18 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00519625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7458;QD=58.0224;RBI=0.0192027;REFB=0;REVB=0.0184863;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279938;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr13 50141345 . G A 1029.74 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350009;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.311;QD=59.6952;RBI=0.0491421;REFB=0;REVB=0.0344946;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37524e-06;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr13 50205025 . T C 479.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.976;QD=58.1709;RBI=0.019231;REFB=0;REVB=0.00517207;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35673e-05;OID=.;OPOS=50205025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:13:19:0:0:13:20:0:0 chr13 50206328 . G C 1395.82 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.339;QD=62.7337;RBI=0.0240904;REFB=0;REVB=0.0124108;RO=0;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01908e-05;OID=.;OPOS=50206328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:85:89:1:34:51:0:0:35:54:0:0 chr13 50207133 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0320273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1958;QD=54.4801;RBI=0.0381443;REFB=-0.109062;REVB=-0.020718;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00328613;OID=.;OPOS=50207133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:0:1 chr13 50273831 . T C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1374;QD=61.6822;RBI=0.0199813;REFB=0;REVB=0.0149372;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017058;OID=.;OPOS=50273831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr13 50273970 . C T 613.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00821702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4362;QD=61.3203;RBI=0.0719743;REFB=0;REVB=-0.0715037;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000931907;OID=.;OPOS=50273970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr13 50283819 . T C 1674.93 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.359;QD=60.358;RBI=0.0506721;REFB=0;REVB=0.0237876;RO=0;SAF=42;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81879e-05;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:69:42:0:0:69:42:0:0 chr13 50296115 . C T 470.89 PASS AF=1;AO=21;DP=35;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1645;QD=57.0779;RBI=0.0447683;REFB=0;REVB=-0.0405946;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104536;OID=.;OPOS=50296115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:33:0:0:21:33:1:4:17:0:0:12:21:0:0 chr13 50296116 . G T 82.73 PASS AF=0.305556;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.0288141;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.1476;QD=9.1921;RBI=0.0774961;REFB=0.0180659;REVB=0.0719402;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622819;STB=0.824628;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.012315;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:36:25:25:10:11:0.305556:8:2:20:5:8:3:20:5 chr13 50466990 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0288656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.649;QD=14.1317;RBI=0.0336768;REFB=-0.00428307;REVB=0.0173466;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133008;STB=0.565969;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0101655;OID=.;OPOS=50466990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:10:9:18:12:10:9:18:13 chr13 50587718 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.5;QD=33.428;RBI=0.0734604;REFB=0;REVB=0.0732094;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200425;OID=.;OPOS=50587718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr13 50588496 . T C 120.14 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0498;QD=36.9673;RBI=0.148169;REFB=-0.127675;REVB=0.145542;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0132189;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:13:1:1:11:12:0.923077:2:9:0:1:3:9:0:1 chr13 50591480 . T C 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.458;QD=60.9761;RBI=0.125605;REFB=0;REVB=0.125513;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650026;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr13 50592459 . T C 509.02 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.034536;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.074;QD=23.1371;RBI=0.0394793;REFB=-0.00771124;REVB=0.0191278;RO=39;SAF=30;SAR=18;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036652;STB=0.51219;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0087765;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:39:40:48:48:0.545455:18:30:26:13:18:30:26:14 chr13 51417535 . G A 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0587629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.487;QD=23.2183;RBI=0.0639222;REFB=0.00593346;REVB=0.0251587;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00201158;OID=.;OPOS=51417535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr13 52313195 . C T 435.96 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0118557;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.032;QD=16.4513;RBI=0.0222846;REFB=-0.0184511;REVB=-0.0188692;RO=58;SAF=15;SAR=33;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918178;STB=0.551429;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0266816;OID=.;OPOS=52313195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:58:58:48:48:0.45283:33:15:23:35:33:15:23:35 chr13 52515353 . GA G,GG 1257.09 PASS AF=0.0119048,0.97619;AO=13,72;DP=88;FAO=1,82;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=1,31;FSAR=0,51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0726043,0.0918552;FXX=0.0344788;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.249,183.532;QD=59.8614;RBI=0.077369,0.0949204;REFB=-0.165788,-0.162686;REVB=0.0267315,0.0239269;RO=1;SAF=3,28;SAR=10,44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.128507,-0.0165901;STB=0.5,0.507935;STBP=1,0.281;TYPE=del,snp;VARB=0.00228413,0.00100764;OID=.,.;OPOS=52515354,52515354;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0119048,0.97619:13,72:88:1,82:84:1:1,31:0,51:1:0:5:1:3,28:10,44:1:0 chr13 52515982 . A AAC 818.48 PASS AF=0.885714;AO=57;DP=71;FAO=62;FDP=70;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00731932;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=2;MLLD=225.35;QD=46.7703;RBI=0.00745252;REFB=0.00945581;REVB=0.00140273;RO=13;SAF=21;SAR=36;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343751;STB=0.517922;STBP=0.444;TYPE=ins;VARB=-0.000983218;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.885714:57:71:62:70:8:22:40:4:4:37:13:21:36:6:7 chr13 52523808 . C T 481.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.555;QD=58.3974;RBI=0.0511272;REFB=0;REVB=0.0356097;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002048;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:30:33:1:16:14:0:0:18:15:0:0 chr13 52524488 . T C 1055.42 PASS AF=0.973684;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0129524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2993;QD=55.5486;RBI=0.0194084;REFB=0.00370546;REVB=-0.0144541;RO=3;SAF=22;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602364;STB=0.520828;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00175393;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:3:2:73:74:0.973684:51:22:3:0:51:23:2:0 chr13 52544805 . C G 848.44 PASS AF=0.518293;AO=85;DP=164;FAO=85;FDP=164;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.0316023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4364;QD=20.6936;RBI=0.0366924;REFB=0.00723753;REVB=-0.0186447;RO=79;SAF=32;SAR=53;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11739;STB=0.564482;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00657875;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:79:79:85:85:0.518293:53:32:40:39:53:32:40:39 chr13 52548140 . A C 507.22 PASS AF=0.470085;AO=53;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=0.0174926;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3634;QD=17.341;RBI=0.0337447;REFB=-0.00455443;REVB=0.0288567;RO=53;SAF=34;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158282;STB=0.605965;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00824565;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:53:62:53:55:0.470085:19:34:25:28:21:34:26:36 chr13 52603194 . G T 574.84 PASS AF=0.527273;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=110;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=0.00765273;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.049;QD=20.9033;RBI=0.00832138;REFB=-0.00574517;REVB=0.00326821;RO=52;SAF=29;SAR=29;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08269;STB=0.545439;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00593477;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:52:52:58:58:0.527273:29:29:21:31:29:29:21:31 chr13 52603775 . C T 236.85 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0186144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.854;QD=26.3173;RBI=0.0248152;REFB=-0.0406318;REVB=-0.0164103;RO=13;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563967;STB=0.51775;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0220316;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:14:22:22:0.611111:10:12:6:7:10:12:7:7 chr13 52605792 . T C 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00163026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.454;QD=18.2471;RBI=0.0239169;REFB=-0.048218;REVB=-0.0238613;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167751;STB=0.596124;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0418923;OID=.;OPOS=52605792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:5:7:5:8:5:7 chr13 52607169 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0448461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3506;QD=12.9742;RBI=0.0554374;REFB=0.0115128;REVB=0.0325902;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0121956;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr13 52718050 . C CT 109.12 PASS AF=0.591549;AO=29;DP=73;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0611956;FXX=0.013887;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.8041;QD=6.14761;RBI=0.0639919;REFB=-0.0141956;REVB=-0.0187099;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111628;STB=0.507039;STBP=0.898;TYPE=ins;VARB=0.0545772;OID=.;OPOS=52718051;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.591549:29:73:42:71:29:21:21:15:14:59:34:17:12:16:18 chr13 52971869 . G A 115.16 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0297536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5537;QD=10.7121;RBI=0.0395509;REFB=-0.0169916;REVB=-0.0260577;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225815;STB=0.513494;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0412584;OID=.;OPOS=52971869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:13:16:8:6:13:16 chr13 52971893 . G A 270.95 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00462431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.958;QD=30.1055;RBI=0.0508752;REFB=0.0095302;REVB=0.0506646;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513833;STB=0.528278;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00484901;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:14:10:6:6:14:10:6:6 chr13 53035783 . T C 481.37 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8679;QD=55.0132;RBI=0.0340605;REFB=-0.0962909;REVB=-0.0301931;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00638911;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:32:33:0.942857:16:16:0:1:16:17:0:1 chr13 53035925 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.159;QD=57.2019;RBI=0.103214;REFB=0;REVB=0.0254615;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479499;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr13 53050479 . G A 346.92 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.044728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.788;QD=13.3429;RBI=0.0482823;REFB=0.00078013;REVB=-0.0181822;RO=62;SAF=18;SAR=23;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990839;STB=0.551456;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0025827;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:23:18:33:29:23:18:33:30 chr13 53422549 . CCCCA CCCCG,CCCGG,GCCCG 755.19 PASS AF=0.982143,0.0178571,0;AO=34,3,3;DP=57;FAO=55,1,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1,0;FSAR=36,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100862,-0.0913662,-0.0799356;FXX=0.0344768;HRUN=2,4,4;LEN=1,2,5;MLLD=41.496,23.2777,30.9552;QD=53.9424;RBI=0.106538,0.100805,0.105627;REFB=0,0,0;REVB=-0.0343107,-0.0425887,-0.0690463;RO=0;SAF=10,3,0;SAR=24,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0152874,0.0156475,0.0264583;OID=.,.,.;OPOS=53422553,53422552,53422549;OREF=A,CA,CCCCA;OALT=G,GG,GCCCG;OMAPALT=CCCCG,CCCGG,GCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:57:56:0:0:34,3,3:55,1,0:0.982143,0.0178571,0:24,0,3:10,3,0:0:0:36,0,0:19,1,0:0:0 chr13 53608632 . C T 889.4 PASS AF=0.984127;AO=57;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0617443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.854;QD=56.4695;RBI=0.0633305;REFB=-0.0326701;REVB=-0.0140854;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0019286;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:57:62:0.984127:36:21:0:0:37:25:0:1 chr13 55748673 . T C 1632.57 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00433715;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4073;QD=60.4654;RBI=0.0520135;REFB=0;REVB=0.0518324;RO=0;SAF=48;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155752;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:108:0:0:108:108:1:60:48:0:0:60:48:0:0 chr13 60240961 . C T 694.15 PASS AF=0.589286;AO=65;DP=111;FAO=66;FDP=112;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.0155853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.458;QD=24.7912;RBI=0.0204722;REFB=-0.00935809;REVB=-0.0132744;RO=44;SAF=21;SAR=44;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10496;STB=0.555539;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00749766;OID=.;OPOS=60240961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:44:46:65:66:0.589286:44:21:9:35:44:22:10:36 chr13 60324979 . G A 450.01 PASS AF=0.47;AO=44;DP=94;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0402532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3426;QD=18.0002;RBI=0.04143;REFB=0.000542753;REVB=-0.00980429;RO=50;SAF=26;SAR=18;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898407;STB=0.505947;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00395272;OID=.;OPOS=60324979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:100:50:53:44:47:0.47:18:26:30:20:19:28:31:22 chr13 61986918 . C A 199.78 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0142481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2895;QD=36.3243;RBI=0.0312455;REFB=0.035637;REVB=-0.0278078;RO=4;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227232;STB=0.624858;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00933555;OID=.;OPOS=61986918;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:12:6:4:0:12:6:4:0 chr13 64321070 . G C 98.47 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0174338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6571;QD=13.5825;RBI=0.0583094;REFB=-0.0297445;REVB=0.0556422;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284721;STB=0.650908;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0457849;OID=.;OPOS=64321070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:10:6:8:4:10:7 chr13 64413292 . G C 360.7 PASS AF=0.463415;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0044798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.618;QD=17.5949;RBI=0.0175804;REFB=-0.00944614;REVB=0.0170001;RO=43;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552275;STB=0.524377;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0196775;OID=.;OPOS=64413292;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:44:38:38:0.463415:19:19:19:24:19:19:20:24 chr13 64413296 . A G 359.57 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00121304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.915;QD=17.3287;RBI=0.0206467;REFB=-0.00971296;REVB=-0.020611;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322602;STB=0.518063;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0157252;OID=.;OPOS=64413296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:19:19:21:24:19:19:21:24 chr13 64413891 . T A 345.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000638491;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.584;QD=55.2824;RBI=0.0490637;REFB=0;REVB=-0.0490596;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.20248e-05;OID=.;OPOS=64413891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr13 64413947 . A C 167.22 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0226447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.749;QD=25.7264;RBI=0.0598553;REFB=-0.0604472;REVB=-0.0554065;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688445;STB=0.528269;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0173357;OID=.;OPOS=64413947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:16:17:0.653846:7:9:6:3:7:10:6:3 chr13 64417500 . C G 365.93 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0174791;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.772;QD=21.213;RBI=0.0214837;REFB=-0.00119799;REVB=-0.0124912;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153039;STB=0.584289;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00115187;OID=.;OPOS=64417500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:9:23:20:17:9:23 chr13 67800935 . G A 67.86 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0103077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.933;QD=3.19364;RBI=0.0157238;REFB=-0.00122227;REVB=-0.0118739;RO=72;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306934;STB=0.520839;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0131493;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:6:7:37:35:6:7:37:35 chr13 67802339 . A T 1450.36 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.802;QD=60.4315;RBI=0.0213824;REFB=-0.0163626;REVB=0.00879086;RO=2;SAF=43;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00151015;STB=0.500667;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000265126;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:93:94:0.979167:50:43:1:1:50:44:1:1 chr13 69267981 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.421;QD=54.5177;RBI=0.0350348;REFB=0;REVB=0.00106695;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010279;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr13 70275094 . C A 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0067216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.986;QD=12.9138;RBI=0.0212945;REFB=-0.00687908;REVB=-0.0202058;RO=37;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124967;STB=0.507181;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00847531;OID=.;OPOS=70275094;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:19:5:8:29:19:5:8:29 chr13 70275129 . A C 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0205451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.521;QD=11.3237;RBI=0.0229364;REFB=-0.0191192;REVB=-0.010197;RO=41;SAF=3;SAR=20;SRF=8;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136575;STB=0.580397;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0350013;OID=.;OPOS=70275129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:20:3:8:33:20:3:8:33 chr13 70377107 . A G 747.0 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5291;QD=63.574;RBI=0.112645;REFB=0;REVB=0.0552973;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216259;OID=.;OPOS=70377107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr13 70377165 . C T 580.22 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028661;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.53;QD=61.0762;RBI=0.0339878;REFB=0;REVB=-0.018268;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215732;OID=.;OPOS=70377165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr13 73280182 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.846;QD=59.0179;RBI=0.031353;REFB=0;REVB=0.0199658;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249927;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr13 73301655 . A C 771.88 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0060843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.117;QD=55.1345;RBI=0.0245347;REFB=-0.139636;REVB=0.0237683;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184819;STB=0.5098;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000312605;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:30:25:1:0:30:25:1:0 chr13 73301728 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.975;QD=49.5974;RBI=0.0799964;REFB=0;REVB=-0.0187788;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161256;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr13 73302261 . G A 285.83 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0981692;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.931;QD=17.8646;RBI=0.101466;REFB=-0.0230873;REVB=0.0256556;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161052;STB=0.603207;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.014774;OID=.;OPOS=73302261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:33:31:31:0.484375:20:11:7:27:20:11:6:27 chr13 73329358 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0540014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.651;QD=24.0668;RBI=0.0556111;REFB=-0.00372782;REVB=-0.0132832;RO=10;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510625;STB=0.787503;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0035434;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:3:13:1:9:3:13:1:9 chr13 73343039 . C T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0455226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3804;QD=22.8292;RBI=0.0476637;REFB=-0.0138734;REVB=-0.014125;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726419;STB=0.540928;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0146932;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:5:5:9:6:5:5 chr13 73349359 . G C 346.15 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.000173229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.587;QD=19.5013;RBI=0.000611343;REFB=-0.0393537;REVB=-0.000586287;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416124;STB=0.523102;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0353619;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:15:21:22:13:15:21:22:13 chr13 73369642 . A G 364.41 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00366279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6048;QD=21.1253;RBI=0.00918859;REFB=-0.00520437;REVB=0.00842699;RO=31;SAF=17;SAR=20;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142739;STB=0.569342;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0046356;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:20:17:9:22:20:17:10:22 chr13 73650107 . ACAAAC AAAAAA,ACAAAA,CAAAAA 230.52 PASS AF=0.105263,0.842105,0.0526316;AO=2,10,2;DP=19;FAO=2,16,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12,1;FSAR=0,4,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000768633,-0.0474402,-0.0428801;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=5,1,6;MLLD=102.144,164.058,156.467;QD=48.5312;RBI=0.045616,0.0833018,0.0797854;REFB=0,0,0;REVB=-0.0456095,-0.0684735,-0.067283;RO=0;SAF=2,8,2;SAR=0,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.00473315,-0.0118211,0.038824;OID=.,.,.;OPOS=73650108,73650112,73650107;OREF=CAAAC,C,ACAAAC;OALT=AAAAA,A,CAAAAA;OMAPALT=AAAAAA,ACAAAA,CAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:19:19:0:0:2,10,2:2,16,1:0.105263,0.842105,0.0526316:0,2,0:2,8,2:0:0:0,4,0:2,12,1:0:0 chr13 73650117 . G A 289.31 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.405;QD=52.6023;RBI=0.0191064;REFB=0;REVB=-0.0114394;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57508e-05;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr13 74518210 . G A 557.77 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.055;QD=60.2995;RBI=0.0474171;REFB=0;REVB=0.0460262;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448142;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr13 74863339 . C A,T 656.92 PASS AF=0.888889,0.0888889;AO=40,4;DP=45;FAO=40,4;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=31,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101606,0.0377859;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=128.485,23.7342;QD=58.3926;RBI=0.0179148,0.0392156;REFB=-0.0717899,-0.0791593;REVB=-0.0147547,0.010492;RO=1;SAF=9,0;SAR=31,4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0492729,-0.749895;STB=0.526302,0.995941;STBP=0.117,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00439977,0.131825;OID=.,.;OPOS=74863339,74863339;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:45:45:1:1:40,4:40,4:0.888889,0.0888889:31,4:9,0:1:0:31,4:9,0:1:0 chr13 74988714 . C T 2298.48 PASS AF=0.49359;AO=230;DP=468;FAO=231;FDP=468;FR=.;FRO=237;FSAF=156;FSAR=75;FSRF=145;FSRR=92;FWDB=-0.00302846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.911;QD=19.6451;RBI=0.00438599;REFB=-0.0454748;REVB=-0.00317259;RO=229;SAF=155;SAR=75;SRF=144;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458975;STB=0.535749;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.046058;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:468:229:237:230:231:0.49359:75:155:144:85:75:156:145:92 chr13 75814018 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00931809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.063;QD=47.8224;RBI=0.0528591;REFB=0;REVB=0.0520313;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170899;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr13 75814349 . A T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0138817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.835;QD=17.3212;RBI=0.016116;REFB=-0.0105112;REVB=0.00818667;RO=18;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.609224;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0114491;OID=.;OPOS=75814349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:13:3:6:12:13:3:6:12 chr13 75814384 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0234923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.454;QD=19.976;RBI=0.0235121;REFB=-0.00514334;REVB=-0.000964802;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605841;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:7:13:13:7:7:13 chr13 75884216 . C T 694.79 PASS AF=0.981818;AO=47;DP=49;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.081311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5916;QD=50.5302;RBI=0.084826;REFB=-0.132432;REVB=-0.0241654;RO=1;SAF=11;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408345;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00998403;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:49:55:1:1:47:54:0.981818:36:11:1:0:36:18:1:0 chr13 75936519 . C G 368.69 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0107712;FXX=0.0344709;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.387;QD=52.6698;RBI=0.0265825;REFB=0.010002;REVB=0.0243025;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000107016;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:1:1:27:27:0.964286:12:15:1:0:12:15:1:0 chr13 76055602 . G A 337.1 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0677067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.004;QD=24.9703;RBI=0.0682772;REFB=-0.0064317;REVB=0.00880758;RO=19;SAF=7;SAR=26;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159276;STB=0.514842;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0205863;OID=.;OPOS=76055602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:21:33:33:0.611111:26:7:4:15:26:7:5:16 chr13 76055820 . G C 676.68 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=133;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=-0.0930108;FXX=0.00740686;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.1925;QD=20.1995;RBI=0.0959126;REFB=0.00255725;REVB=-0.0234141;RO=65;SAF=38;SAR=30;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938238;STB=0.501122;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00289081;OID=.;OPOS=76055820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:65:66:68:68:0.507463:30:38:37:28:29:39:38:28 chr13 76124151 . C T 449.4 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0152337;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7231;QD=21.4001;RBI=0.103002;REFB=-0.0216509;REVB=-0.101869;RO=40;SAF=15;SAR=29;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144409;STB=0.579963;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0192797;OID=.;OPOS=76124151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:40:40:44:44:0.52381:29:15:20:20:29:15:20:20 chr13 76143572 . T C 256.81 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00413937;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7961;QD=18.022;RBI=0.0122333;REFB=-0.00899414;REVB=-0.0115117;RO=26;SAF=20;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229464;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00753295;OID=.;OPOS=76143572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:29:28:28:0.491228:8:20:18:8:8:20:18:11 chr13 76378459 . T C 2240.49 PASS AF=0.993151;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.596;QD=61.3833;RBI=0.0171163;REFB=-0.0592017;REVB=0.0131165;RO=2;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133909;STB=0.503401;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000530614;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:2:1:143:145:0.993151:70:73:0:2:72:73:1:0 chr13 76382100 . C T 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.055;QD=55.6498;RBI=0.0416127;REFB=0;REVB=0.00166049;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227076;OID=.;OPOS=76382100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr13 76423248 . T C 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2483;QD=64.4079;RBI=0.0243534;REFB=0;REVB=0.00647308;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207936;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr13 76457183 . T C 989.01 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.989;QD=58.1772;RBI=0.028837;REFB=0;REVB=0.0233425;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157807;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:61:68:1:26:35:0:0:31:37:0:0 chr13 76709108 . G A 674.86 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229975;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.673;QD=62.7778;RBI=0.0583574;REFB=0;REVB=0.0536349;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138731;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:14:27:0:0:16:27:0:0 chr13 76709223 . C A 2189.74 PASS AF=0.972603;AO=91;DP=146;FAO=142;FDP=146;FR=.;FRO=4;FSAF=85;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00329994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.807;QD=59.9928;RBI=0.0417998;REFB=-0.0883859;REVB=0.0416693;RO=0;SAF=84;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516947;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00395907;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:146:146:0:4:91:142:0.972603:7:84:0:0:57:85:0:4 chr13 77458008 . C G 168.31 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00127942;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.082;QD=10.0485;RBI=0.00187734;REFB=-0.0032086;REVB=0.00137386;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889969;STB=0.583597;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00971072;OID=.;OPOS=77458008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:41:45:22:22:0.328358:9:13:21:20:9:13:21:24 chr13 77522725 . GACTT G 399.52 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00406462;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=4;MLLD=234.164;QD=23.1608;RBI=0.00604542;REFB=-0.0127361;REVB=0.00447504;RO=25;SAF=20;SAR=19;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00512559;STB=0.520049;STBP=0.726;TYPE=del;VARB=0.0100168;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217:39:70:39:69:30:20:19:14:16:99:25:20:19:13:12 chr13 77732073 . T G 570.73 PASS AF=0.421053;AO=64;DP=152;FAO=64;FDP=152;FR=.;FRO=88;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=0.0172358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.854;QD=15.0192;RBI=0.0255696;REFB=-0.0102544;REVB=0.0188874;RO=88;SAF=28;SAR=36;SRF=40;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178417;STB=0.509997;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0103054;OID=.;OPOS=77732073;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:88:88:64:64:0.421053:36:28:40:48:36:28:40:48 chr13 77751892 . C T 1334.23 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000977317;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.809;QD=59.9655;RBI=0.016876;REFB=-0.0166783;REVB=0.0168477;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.500129;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000152006;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:89:1:2:87:87:0.977528:43:44:0:1:43:44:1:1 chr13 78146301 . C T 1369.01 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0896625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7603;QD=60.1763;RBI=0.0961548;REFB=-0.136953;REVB=-0.034733;RO=2;SAF=41;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225543;STB=0.511902;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00374478;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:2:2:89:89:0.978022:48:41:2:0:48:41:2:0 chr13 78178550 . G A 346.34 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9414;QD=53.2831;RBI=0.0461548;REFB=0;REVB=-0.0445524;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622459;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:13:12:1:0:13:13:0:0 chr13 78477674 . A G 1190.45 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.854;QD=61.049;RBI=0.036157;REFB=0;REVB=-0.0319061;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09845e-05;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:46:32:0:0 chr13 78521890 . C A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.172;QD=47.8208;RBI=0.161348;REFB=0;REVB=0.00757195;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163147;OID=.;OPOS=78521890;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr13 79174091 . T A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.506;QD=64.4154;RBI=0.0435066;REFB=0;REVB=0.0242576;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124246;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr13 79188534 . T A 1587.81 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.565;QD=64.154;RBI=0.0170832;REFB=0;REVB=0.00255641;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7385e-05;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:58:41:0:0:58:41:0:0 chr13 79194750 . TGA T 745.93 PASS AF=1;AO=46;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150361;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=223.775;QD=55.2542;RBI=0.0483013;REFB=0;REVB=0.0482779;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.78958e-05;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:54:54:54:0:23:31:0:0:4:0:21:25:0:0 chr13 79940811 . T C 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.79;QD=58.5797;RBI=0.0364143;REFB=0;REVB=0.0243004;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144331;OID=.;OPOS=79940811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr13 80910786 . C A 666.33 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0132215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5752;QD=57.9413;RBI=0.0229067;REFB=0.013037;REVB=-0.0187059;RO=2;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00628222;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:28:16:0:2:28:16:0:2 chr13 80910851 . A C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00179955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.121;QD=19.976;RBI=0.00331128;REFB=0.00282145;REVB=-0.0027796;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466294;STB=0.52629;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00273238;OID=.;OPOS=80910851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:7:13:12:8:7:13 chr13 80911525 . G A 445.65 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00506788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.578;QD=26.2146;RBI=0.0233251;REFB=-0.0311386;REVB=0.0227679;RO=26;SAF=14;SAR=28;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204974;STB=0.61219;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0191681;OID=.;OPOS=80911525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:28:14:16:10:28:14:16:10 chr13 86367009 . C A 1063.48 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.666;QD=59.9143;RBI=0.103029;REFB=0;REVB=0.102329;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208168;OID=.;OPOS=86367009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:62:71:1:37:25:0:0:45:26:0:0 chr13 86367973 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCT 183.53 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=17;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482622,-0.0800625;FXX=0.0587889;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=20.1856,7.81231;QD=45.8822;RBI=0.122206,0.0924774;REFB=0,0;REVB=0.12211,0.0462826;RO=0;SAF=11,2;SAR=2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0100013,0.0559255;OID=.,.;OPOS=86367974,86367978;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,2:17:16,0:16:0:14,0:2,0:0:0:4:0:11,2:2,0:0:0 chr13 86369120 . C T 632.44 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.301;QD=60.2325;RBI=0.0459288;REFB=0;REVB=0.00124028;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016337;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:21:21:0:0 chr13 88331240 . AT A,ATTGTA 222.46 PASS AF=0.15,0.8;AO=3,16;DP=20;FAO=3,16;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=3,7;FSAR=0,9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0234385,0.0157103;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=26.1095,269.332;QD=44.4915;RBI=0.0407453,0.0210071;REFB=-0.113804,-0.0843861;REVB=-0.033329,-0.0139458;RO=1;SAF=3,7;SAR=0,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0608641;STB=0.5,0.533291;STBP=1,0.318;TYPE=del,ins;VARB=-0.000532177,0.00433164;OID=.,.;OPOS=88331241,88331242;OREF=T,-;OALT=-,TGTA;OMAPALT=A,ATTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15,0.8:3,16:20:3,16:20:1:3,7:0,9:1:0:15:1:3,7:0,9:1:0 chr13 95034763 . G A 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0277452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.87;QD=19.1078;RBI=0.0319443;REFB=-0.0412922;REVB=-0.0158315;RO=26;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227101;STB=0.627529;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0296413;OID=.;OPOS=95034763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:19:8:14:12:19:8:14:12 chr13 95097956 . C T 411.08 PASS AF=0.45098;AO=45;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0396541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.897;QD=16.1207;RBI=0.0492486;REFB=0.00892865;REVB=0.0292058;RO=57;SAF=24;SAR=21;SRF=16;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249909;STB=0.648475;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0122805;OID=.;OPOS=95097956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:57:56:45:46:0.45098:21:24:16:41:21:25:15:41 chr13 95264604 . C T 1695.27 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.581;QD=60.5453;RBI=0.0266487;REFB=0;REVB=0.0102776;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03331e-05;OID=.;OPOS=95264604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:71:41:0:0:71:41:0:0 chr13 95279505 . TA AA,AT 223.08 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=16,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577252,0.0337892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=235.533,82.1841;QD=49.574;RBI=0.00612847,0.0403756;REFB=0,0;REVB=0.00205819,0.0221016;RO=0;SAF=6,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00524239,0.0125937;OID=.,.;OPOS=95279505,95279505;OREF=T,TA;OALT=A,AT;OMAPALT=AA,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:16,2:16,2:0.888889,0.111111:10,2:6,0:0:0:10,2:6,0:0:0 chr13 95280923 . A T 2604.83 PASS AF=1;AO=166;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1733;QD=60.9317;RBI=0.0893423;REFB=0;REVB=0.0776538;RO=2;SAF=80;SAR=86;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000409979;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184857;OID=.;OPOS=95280923;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:169:171:2:0:166:171:1:86:80:1:1:88:83:0:0 chr13 95351477 . AG GT 32.91 PASS AF=0.123288;AO=14;DP=74;FAO=9;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0167983;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=2;MLLD=74.1826;QD=1.80342;RBI=0.083483;REFB=-0.0238244;REVB=-0.0817755;RO=46;SAF=1;SAR=13;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.727272;STB=0.873724;STBP=0.025;TYPE=mnp;VARB=0.063165;OID=.;OPOS=95351477;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:73:46:64:14:9:0.123288:13:1:33:13:8:1:33:31 chr13 95672950 . A G 255.77 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00524473;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.573;QD=21.7672;RBI=0.0096762;REFB=7.64399e-05;REVB=-0.00813152;RO=23;SAF=3;SAR=21;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216969;STB=0.654054;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-9.55912e-05;OID=.;OPOS=95672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:21:3:6:17:21:3:7:16 chr13 95673135 . C T 166.47 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.002259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8277;QD=9.9386;RBI=0.00377973;REFB=-0.00173067;REVB=0.00303039;RO=42;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511763;STB=0.508189;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00174889;OID=.;OPOS=95673135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:45:22:22:0.328358:10:12:21:21:10:12:24:21 chr13 95673518 . T C 701.61 PASS AF=0.44186;AO=76;DP=172;FAO=76;FDP=172;FR=.;FRO=96;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=0.00998715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.886;QD=16.3165;RBI=0.0340811;REFB=-0.0083938;REVB=-0.0325849;RO=95;SAF=43;SAR=33;SRF=56;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241553;STB=0.509988;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.010427;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:95:96:76:76:0.44186:33:43:56:39:33:43:56:40 chr13 95673938 . TA T,TG 1495.13 PASS AF=0.228571,0.771429;AO=25,78;DP=108;FAO=24,81;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=14,42;FSAR=10,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000499643,0.00701252;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.476,116.943;QD=56.9575;RBI=0.0230517,0.0247095;REFB=0,0;REVB=0.0230463,0.0236935;RO=1;SAF=14,39;SAR=11,39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0319949,-0.0119826;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0120796,-0.00117248;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.228571,0.771429:25,78:108:24,81:105:0:14,42:10,39:0:0:99:1:14,39:11,39:1:0 chr13 95714976 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00161169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.996;QD=18.998;RBI=0.00572564;REFB=0.00472892;REVB=0.00549412;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243786;STB=0.635429;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00500438;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:18:13:21:9:18:13:21:9 chr13 95726541 . A G 587.93 PASS AF=0.557692;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=104;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00316512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.159;QD=22.6126;RBI=0.0206525;REFB=-0.0223063;REVB=0.0204085;RO=45;SAF=24;SAR=34;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692427;STB=0.509533;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.020402;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:45:46:58:58:0.557692:34:24:19:26:34:24:20:26 chr13 95727780 . T C 269.84 PASS AF=0.430556;AO=30;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0290965;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9463;QD=14.9909;RBI=0.0328208;REFB=0.00135986;REVB=-0.0151856;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130083;STB=0.557484;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.00114603;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:30:31:0.430556:21:9:17:24:21:10:17:24 chr13 95858978 . T C 127.74 PASS AF=0.340909;AO=13;DP=45;FAO=15;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.022735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.707;QD=11.6123;RBI=0.0228261;REFB=-0.00381632;REVB=-0.00203772;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222182;STB=0.57821;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00820078;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:29:13:15:0.340909:6:7:8:16:7:8:12:17 chr13 95858996 . T C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0121783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.938;QD=10.4723;RBI=0.0300807;REFB=-0.00434903;REVB=-0.0275052;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.583194;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00775488;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:5:7:11:13:5:7:11:13 chr13 95861804 . A G 1607.06 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.819;QD=64.2823;RBI=0.0533617;REFB=0;REVB=0.0044821;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114107;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr13 95988412 . T C 215.95 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00251079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.596;QD=15.1542;RBI=0.00942759;REFB=-0.0116013;REVB=-0.0090871;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205188;STB=0.519298;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0155667;OID=.;OPOS=95988412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:32:25:25:0.438596:11:14:18:13:11:14:19:13 chr13 96540141 . T C 4441.78 PASS AF=0.979452;AO=282;DP=288;FAO=286;FDP=292;FR=.;FRO=6;FSAF=140;FSAR=146;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00872414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0865;QD=60.8464;RBI=0.00875224;REFB=-0.0249933;REVB=-0.000700715;RO=6;SAF=140;SAR=142;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000140781;STB=0.500216;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00175851;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:288:292:6:6:282:286:0.979452:142:140:3:3:146:140:3:3 chr13 96540143 . T C 4561.64 PASS AF=0.989726;AO=287;DP=290;FAO=289;FDP=292;FR=.;FRO=3;FSAF=142;FSAR=147;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00178482;FXX=0.0101691;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.144;QD=62.4882;RBI=0.0482932;REFB=-0.098875;REVB=0.0482602;RO=3;SAF=142;SAR=145;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976272;STB=0.50505;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000256844;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:290:292:3:3:287:289:0.989726:145:142:0:3:147:142:0:3 chr13 96638636 . A C 1927.62 PASS AF=0.984733;AO=127;DP=131;FAO=129;FDP=131;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0376283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.611;QD=58.8587;RBI=0.0391112;REFB=-0.149133;REVB=0.0106676;RO=1;SAF=54;SAR=73;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00871838;STB=0.509089;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000350278;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:131:131:1:2:127:129:0.984733:73:54:1:0:75:54:2:0 chr13 96821982 . G T 820.2 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00183423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.423;QD=55.6067;RBI=0.0208696;REFB=-0.109419;REVB=0.0207888;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000385275;OID=.;OPOS=96821982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr13 97489457 . G A 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.847;QD=57.3749;RBI=0.0223582;REFB=0;REVB=-0.017966;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63705e-05;OID=.;OPOS=97489457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr13 97639414 . C T 1098.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.113;QD=60.2013;RBI=0.0168312;REFB=0;REVB=-0.000776336;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26089e-05;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:47:26:0:0:47:26:0:0 chr13 98645253 . A G 902.13 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.873;QD=58.2016;RBI=0.0713064;REFB=0;REVB=0.029778;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232644;OID=.;OPOS=98645253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr13 98829176 . T C 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.518;QD=60.7158;RBI=0.0307387;REFB=0;REVB=0.00493106;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71628e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chr13 98896776 . C T 453.75 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0100651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.312;QD=21.1046;RBI=0.0118812;REFB=-0.0122618;REVB=-0.00631328;RO=40;SAF=29;SAR=16;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632056;STB=0.53018;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.012909;OID=.;OPOS=98896776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:16:29:23:17:16:29:24:17 chr13 99088113 . C T 280.2 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0358205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.254;QD=16.7286;RBI=0.036614;REFB=-0.0267233;REVB=0.00758128;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220323;STB=0.519012;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.040193;OID=.;OPOS=99088113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:17:14:15:20:17:14:15:21 chr13 99100547 . T C 1933.24 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.226;QD=61.8636;RBI=0.012053;REFB=0;REVB=0.0118092;RO=0;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31288e-06;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:66:59:0:0:66:59:0:0 chr13 99112680 . C T 301.6 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.712;QD=52.4529;RBI=0.0276592;REFB=0;REVB=-0.00654444;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00080248;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr13 99324248 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.103;QD=37.4885;RBI=0.0852491;REFB=0;REVB=0.0650086;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400039;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr13 99324524 . T C 323.47 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.000259369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8498;QD=28.7532;RBI=0.00142353;REFB=-0.0402548;REVB=-0.00139971;RO=17;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141547;STB=0.577724;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0443667;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:14:14:5:12:14:14:5:12 chr13 99356611 . CA TG 2927.13 PASS AF=1;AO=184;DP=186;FAO=185;FDP=185;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0060686;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.722;QD=63.2893;RBI=0.00814045;REFB=0;REVB=-0.00542577;RO=0;SAF=74;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.41804e-05;OID=.;OPOS=99356611;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:186:185:0:0:184:185:1:110:74:0:0:111:74:0:0 chr13 99373505 . G C 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0122577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.129;QD=22.3967;RBI=0.0216316;REFB=-0.0189277;REVB=-0.0178234;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00149175;STB=0.500834;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.013888;OID=.;OPOS=99373505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:11:12:13:12:11:12 chr13 99447005 . T C 1940.63 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0150595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6005;QD=60.1745;RBI=0.0325175;REFB=0.00252001;REVB=0.0288201;RO=1;SAF=56;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664616;STB=0.506943;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000315497;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:1:2:127:127:0.984496:71:56:0:1:71:56:0:2 chr13 99448441 . T A,C 582.43 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=35,2;DP=37;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107744,0.00575741;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=149.937,110.542;QD=59.7366;RBI=0.0603031,0.0342705;REFB=0,0;REVB=0.0593327,0.0337835;RO=0;SAF=22,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.39865e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000208433,0.206233;OID=.,.;OPOS=99448441,99448441;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:39:0:0:35,2:37,2:0.948718,0.0512821:13,0:22,2:0:0:15,0:22,2:0:0 chr13 99853443 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3302;QD=49.5988;RBI=0.0573417;REFB=0;REVB=-0.0412556;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00286156;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:17:1:0:0:17:1:0:0 chr13 100004108 . G A 205.82 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00326312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.422;QD=23.5221;RBI=0.00326429;REFB=0.00503522;REVB=-8.74828e-05;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141707;STB=0.579535;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00542728;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:14:6:7:8:14:6:7:8 chr13 100188585 . A T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0090278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.129;QD=16.5357;RBI=0.0135582;REFB=-0.0173051;REVB=-0.0101156;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971332;STB=0.555495;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0184173;OID=.;OPOS=100188585;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:8:15:10:8:8:15 chr13 100436131 . CAT C 1538.25 PASS AF=1;AO=99;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321151;FXX=0.0373797;HRUN=1;LEN=2;MLLD=195.008;QD=59.7377;RBI=0.0366614;REFB=0;REVB=0.0176826;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.1795e-05;OID=.;OPOS=100436132;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:99:103:103:103:0:53:50:0:0:9:0:50:49:0:0 chr13 100511247 . G A 335.52 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00768481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.384;QD=13.2878;RBI=0.009315;REFB=-0.0043618;REVB=-0.0052643;RO=61;SAF=13;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160418;STB=0.587366;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00511142;OID=.;OPOS=100511247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:26:13:29:32:26:13:29:33 chr13 100518580 . A G 1723.21 PASS AF=0.982906;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0211087;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.163;QD=58.9131;RBI=0.0239247;REFB=-0.046973;REVB=-0.0112611;RO=1;SAF=57;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825856;STB=0.508619;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00084977;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:117:1:2:115:115:0.982906:58:57:1:0:58:57:2:0 chr13 100537232 . T C 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.936;QD=60.3751;RBI=0.0506055;REFB=0;REVB=0.0284854;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104941;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr13 100617726 . TGGG T,TGGC,TG 2264.76 PASS AF=0,0.0491803,0.934426;AO=24,9,86;DP=181;FAO=0,9,171;FDP=183;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,33;FSAR=0,9,138;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.669581,0.133611,0.98787;FXX=0.0265943;HRUN=5,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=19.0208,114.952,24.8716;QD=49.5029;RBI=0.669922,0.146784,0.988346;REFB=-0.0506324,0.0376649,-0.0723471;REVB=-0.0213512,-0.0607753,-0.0306583;RO=21;SAF=0,0,0;SAR=24,9,86;SRF=19;SRR=2;SSEN=0.375,0,0.375;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.879714,-0.851348,-0.902066;STB=0.5,0.5,0.505376;STBP=1,1,0.43;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00823394,0.145968,0.000301063;OID=.,.,.;OPOS=100617727,100617729,100617727;OREF=GGG,G,GG;OALT=-,C,-;OMAPALT=T,TGGC,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0491803,0.934426:24,9,86:181:0,9,171:183:3:0,0,33:0,9,138:0:3:18:21:0,0,0:24,9,86:19:2 chr13 100741410 . C T 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0147238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1286;QD=12.4792;RBI=0.017019;REFB=-0.0109946;REVB=0.0085356;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891716;STB=0.564867;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0192549;OID=.;OPOS=100741410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:7:5:6:12:7:5:6:13 chr13 100945533 . G A 504.83 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.0225532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.946;QD=16.1547;RBI=0.0263103;REFB=-0.0178917;REVB=-0.0135493;RO=69;SAF=21;SAR=34;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127675;STB=0.567825;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0357499;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:55:55:0.44:34:21:35:34:34:21:35:35 chr13 101278074 . T C 727.95 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3369;QD=63.2999;RBI=0.143239;REFB=0;REVB=0.0380543;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270449;OID=.;OPOS=101278074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:31:12:0:0:31:15:0:0 chr13 101287365 . T C 955.64 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.411;QD=58.8088;RBI=0.0367893;REFB=0;REVB=-0.0276006;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39468e-05;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr13 101320979 . T A,C 767.07 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=2,53;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447483,0.0340705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.1426,120.459;QD=55.7868;RBI=0.0509985,0.048572;REFB=0,0;REVB=-0.024463,0.0346185;RO=0;SAF=0,30;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.72004e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.118347,0.00150305;OID=.,.;OPOS=101320979,101320979;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:0:2,53:1,54:0.0181818,0.981818:2,23:0,30:0:0:1,24:0,30:0:0 chr13 101720300 . T G 396.52 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00283971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.877;QD=15.1055;RBI=0.00337628;REFB=-0.0143997;REVB=0.00182629;RO=59;SAF=23;SAR=22;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197865;STB=0.515863;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0114606;OID=.;OPOS=101720300;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:59:60:45:45:0.428571:22:23:29:30:22:23:29:31 chr13 101735211 . G A 226.34 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00151193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.805;QD=21.0551;RBI=0.00192235;REFB=-0.00613201;REVB=-0.00118721;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101306;STB=0.55691;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00618082;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:10:12:9:12:10:12:9:12 chr13 101736075 . A G 1985.7 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7125;QD=61.572;RBI=0.0739609;REFB=0;REVB=-0.070281;RO=0;SAF=70;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247376;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:125:129:0:0:125:129:1:55:70:0:0:56:73:0:0 chr13 101747984 . G A 194.76 PASS AF=0.431373;AO=23;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00843298;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.678;QD=15.2753;RBI=0.0110561;REFB=-0.010684;REVB=0.00715003;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063522;STB=0.562105;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0145954;OID=.;OPOS=101747984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:23:22:0.431373:13:10:14:14:13:9:15:14 chr13 101795317 . A C 256.08 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00857463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8033;QD=18.9687;RBI=0.00903763;REFB=-0.0184206;REVB=-0.00285561;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471705;STB=0.534734;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0342827;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:26:27:28:0.518519:12:15:12:12:12:16:13:13 chr13 101795422 . A G 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.025066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.996;QD=15.7526;RBI=0.0284212;REFB=-0.0198941;REVB=-0.0133963;RO=46;SAF=11;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154642;STB=0.587553;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0174721;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:24:11:21:25:24:11:21:25 chr13 102220193 . G T 457.26 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.233;QD=57.158;RBI=0.0733603;REFB=0;REVB=0.0245706;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318533;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:20:9:0:0:20:12:0:0 chr13 102366825 . A G 485.85 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.0407548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5188;QD=23.9927;RBI=0.0413081;REFB=-0.0130044;REVB=0.00673842;RO=34;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210391;STB=0.618437;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00720994;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:35:46:46:0.567901:18:28:29:5:18:28:30:5 chr13 102431351 . G C 880.83 PASS AF=0.941176;AO=62;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0181485;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.237;QD=51.8136;RBI=0.0304342;REFB=-0.0217643;REVB=-0.024431;RO=4;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818296;STB=0.543464;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000238989;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:68:4:4:62:64:0.941176:21:41:0:4:21:43:0:4 chr13 103275386 . T C 784.65 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5485;QD=57.0655;RBI=0.130657;REFB=0;REVB=0.0393961;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130446;OID=.;OPOS=103275386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr13 103339365 . A G 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.384;QD=54.747;RBI=0.0166358;REFB=-0.110546;REVB=0.00361614;RO=1;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000595179;OID=.;OPOS=103339365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:34:19:1:0:34:19:1:0 chr13 103346806 . C G 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.026397;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=273.633;QD=53.3607;RBI=0.0286054;REFB=0.100923;REVB=0.0110213;RO=0;SAF=4;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10829e-08;STB=0.509797;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.000312435;OID=.;OPOS=103346806;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:25:4:0:0:25:4:0:1 chr13 103384824 . G A 574.78 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326994;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.363;QD=60.5036;RBI=0.0335066;REFB=0;REVB=0.00731033;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001149;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr13 103385015 . A G 1402.87 PASS AF=0.988889;AO=78;DP=91;FAO=89;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00220377;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.521;QD=62.3498;RBI=0.0641639;REFB=0;REVB=0.064126;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535067;OID=.;OPOS=103385015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:90:0:0:78:89:0.988889:34:44:0:0:45:44:0:0 chr13 103385299 . A C 662.92 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0094242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.19;QD=58.9265;RBI=0.0143756;REFB=-0.16298;REVB=0.0108556;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000732615;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:0:1:23:21:0:1 chr13 103385798 . T C 842.5 PASS AF=0.967742;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00897579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.125;QD=54.3547;RBI=0.0210523;REFB=-0.0362623;REVB=0.019043;RO=2;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241821;STB=0.512816;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00733468;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:62:2:2:58:60:0.967742:38:20:0:2:38:22:0:2 chr13 103386116 . C G 888.61 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0569553;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.823;QD=58.2697;RBI=0.0581155;REFB=0;REVB=0.0115542;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00509e-05;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr13 103386283 . A G 3003.52 PASS AF=1;AO=188;DP=193;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=90;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104218;FXX=0.0207243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.946;QD=63.5666;RBI=0.0360515;REFB=0;REVB=0.0345123;RO=0;SAF=90;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79568e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.56061e-05;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:193:189:0:0:188:189:1:98:90:0:0:99:90:0:0 chr13 103388220 . A G 940.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190759;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.36;QD=58.8106;RBI=0.0226933;REFB=0;REVB=0.022613;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83784e-05;OID=.;OPOS=103388220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr13 103391634 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2275;QD=53.2763;RBI=0.0305008;REFB=0;REVB=0.0123029;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477716;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr13 103394003 . G A 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7597;QD=40.7576;RBI=0.0771346;REFB=0;REVB=0.0598703;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00415081;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr13 103394613 . T G 88.18 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8377;QD=39.1926;RBI=0.0537373;REFB=0;REVB=0.0261895;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468307;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr13 103394716 . T C 704.34 PASS AF=0.979167;AO=42;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.847;QD=58.695;RBI=0.0214711;REFB=-0.112874;REVB=0.00358579;RO=1;SAF=39;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118889;STB=0.506326;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00311464;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:1:1:42:47:0.979167:3:39:1:0:8:39:1:0 chr13 103395819 . C T 1301.0 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.847;QD=61.9522;RBI=0.0113977;REFB=0;REVB=-0.010136;RO=0;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.20667e-06;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:51:33:0:0:51:33:0:0 chr13 103396716 . C G 722.25 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.775;QD=56.647;RBI=0.0419886;REFB=0;REVB=0.0416701;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014744;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:25:24:0:0:27:24:0:0 chr13 103397583 . C G 1519.07 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00805117;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3286;QD=63.2948;RBI=0.0170159;REFB=0;REVB=0.0149906;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44276e-05;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:57:38:0:0:58:38:0:0 chr13 103400083 . G A 1470.8 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4417;QD=63.2604;RBI=0.0258447;REFB=0;REVB=0.020874;RO=0;SAF=34;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146209;OID=.;OPOS=103400083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:58:34:0:0:58:35:0:0 chr13 103400729 . G A 497.91 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9699;QD=55.3231;RBI=0.0270649;REFB=-0.145546;REVB=0.0227288;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00192657;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:15:19:0:1:15:20:0:1 chr13 103402522 . C T 797.69 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.57318e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.405;QD=55.9784;RBI=0.0103386;REFB=0;REVB=0.0103383;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.40509e-05;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:30:27:0:0 chr13 103410782 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000337799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0023;QD=58.1398;RBI=0.0813919;REFB=0;REVB=0.0813912;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056099;OID=.;OPOS=103410782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr13 103410914 . A T 611.41 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00269215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.978;QD=56.8755;RBI=0.0135108;REFB=-0.189468;REVB=0.0132399;RO=2;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018273;STB=0.509748;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00239522;OID=.;OPOS=103410914;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:28:13:1:1:28:13:1:1 chr13 103527849 . G C 704.39 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000943976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.934;QD=58.6989;RBI=0.0304377;REFB=-0.166479;REVB=0.0304231;RO=2;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027646;STB=0.5147;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00107835;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:33:13:0:2:33:13:0:2 chr13 103527930 . G C 683.28 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0135101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.778;QD=50.6134;RBI=0.0176876;REFB=-0.025285;REVB=0.0114162;RO=3;SAF=20;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655245;STB=0.53487;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00259795;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:50:51:0.944444:30:20:3:0:31:20:3:0 chr13 103528337 . G A 1000.13 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0556016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.157;QD=56.3453;RBI=0.0556088;REFB=-0.0404156;REVB=0.000893968;RO=2;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224975;STB=0.511901;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00247918;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:71:2:2:68:69:0.971831:41:27:0:2:41:28:0:2 chr13 103705044 . A C 1231.27 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.637;QD=60.0622;RBI=0.0322795;REFB=-0.0199929;REVB=0.0295861;RO=1;SAF=31;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150285;STB=0.507935;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000134953;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:50:31:1:0:50:31:1:0 chr13 107144320 . G A 364.45 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.030511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.603;QD=18.4532;RBI=0.0315221;REFB=-0.0202433;REVB=-0.00791965;RO=41;SAF=20;SAR=18;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131618;STB=0.507339;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.022482;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:18:20:21:20:18:20:21:20 chr13 107145463 . G C 2179.1 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.984;QD=63.1625;RBI=0.0440633;REFB=0;REVB=0.0133691;RO=0;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85048e-05;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:138:0:0:135:138:1:77:58:0:0:77:61:0:0 chr13 108518444 . G A 161.79 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=-0.0310479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4934;QD=7.19075;RBI=0.0429427;REFB=-0.00929305;REVB=-0.0296666;RO=67;SAF=16;SAR=7;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38533;STB=0.731833;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0271158;OID=.;OPOS=108518444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:7:16:25:42:7:16:25:42 chr13 109472733 . G A 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0746982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8422;QD=17.0626;RBI=0.0850006;REFB=-0.00332348;REVB=-0.0405621;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165824;STB=0.60598;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00228954;OID=.;OPOS=109472733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:21:7:12:18:21:7:13:18 chr13 109661359 . C G 190.89 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0303436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.421;QD=30.5424;RBI=0.0366642;REFB=-0.026156;REVB=0.0205798;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268514;STB=0.648481;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0312347;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:12:6:6:1:12:6:6:1 chr13 109717928 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.721;QD=42.1825;RBI=0.0623655;REFB=0;REVB=0.06233;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040446;OID=.;OPOS=109717928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr13 109779906 . C T 186.52 PASS AF=0.347222;AO=21;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0640335;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0869;QD=10.3624;RBI=0.133654;REFB=-0.0250967;REVB=-0.117317;RO=31;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177628;STB=0.574817;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0136944;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:47:21:25:0.347222:5:16:24:7:8:17:27:20 chr13 109793177 . G A 38.72 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0238564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.264;QD=11.0636;RBI=0.0387063;REFB=-0.0021735;REVB=-0.0304803;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332419;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00272362;OID=.;OPOS=109793177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:8:8:5:6:0.428571:4:1:4:4:4:2:4:4 chr13 109793474 . T C 769.04 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5309;QD=56.9658;RBI=0.146588;REFB=0;REVB=-0.105301;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00271312;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr13 109793720 . A C 1884.27 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289379;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.941;QD=60.7829;RBI=0.03575;REFB=-0.030071;REVB=0.0209919;RO=1;SAF=41;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582953;STB=0.503067;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000300669;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:122:123:0.991935:81:41:0:1:81:42:0:1 chr13 110408608 . C T 1098.49 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.888;QD=60.1911;RBI=0.00454692;REFB=0;REVB=0.000997967;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44068e-06;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:33:38:0:0:35:38:0:0 chr13 110435953 . A G 109.32 PASS AF=0.35;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.0387882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.525;QD=10.932;RBI=0.105138;REFB=-0.0182635;REVB=-0.097721;RO=26;SAF=12;SAR=1;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223484;STB=0.514265;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0250609;OID=.;OPOS=110435953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:26:26:13:14:0.35:1:12:22:4:2:12:22:4 chr13 110436232 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.561;QD=13.486;RBI=0.00265644;REFB=-0.0216847;REVB=0.00265644;RO=11;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00879001;OID=.;OPOS=110436232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:9:0:0:11:9:0:0:11 chr13 110807727 . G A 227.15 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.009144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.92;QD=21.1303;RBI=0.0221087;REFB=-0.0414056;REVB=-0.0201291;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134517;STB=0.584342;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0367415;OID=.;OPOS=110807727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:21:22:22:0.511628:10:12:14:6:10:12:15:6 chr13 110819586 . G A 187.71 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0121481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.423;QD=10.8819;RBI=0.0443774;REFB=-0.023491;REVB=0.0426823;RO=45;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554252;STB=0.532292;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0365862;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:15:9:19:26:15:9:19:26 chr13 110839550 . T G 1151.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7924;QD=60.6306;RBI=0.0466881;REFB=0;REVB=0.0245415;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218915;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:71:76:1:38:33:0:0:38:38:0:0 chr13 110843985 . T C 610.52 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0308701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.625;QD=56.7922;RBI=0.0387432;REFB=-0.0806276;REVB=0.0234109;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.527764;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000995237;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:1:2:40:41:0.953488:23:17:1:0:24:17:2:0 chr13 110850842 . A G 637.35 PASS AF=0.598039;AO=57;DP=99;FAO=61;FDP=102;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0197972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.382;QD=24.9942;RBI=0.020224;REFB=-0.0178198;REVB=-0.00413263;RO=39;SAF=24;SAR=33;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882826;STB=0.544732;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0111546;OID=.;OPOS=110850842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:39:41:57:61:0.598039:33:24:21:18:35:26:22:19 chr13 110857823 . C T 159.35 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0140188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.942;QD=8.38685;RBI=0.015156;REFB=-0.00767842;REVB=-0.00575999;RO=54;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110537;STB=0.565731;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0242414;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:11:11:22:32:11:11:22:32 chr13 110857895 . A G 141.92 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0157976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.264;QD=9.62157;RBI=0.015852;REFB=-0.016221;REVB=0.00131201;RO=40;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337776;STB=0.519979;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0316282;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:11:8:18:22:11:8:18:22 chr13 110859069 . G C 646.79 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0266823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8115;QD=35.4404;RBI=0.0275439;REFB=-0.0115099;REVB=0.00683545;RO=19;SAF=23;SAR=31;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241068;STB=0.501297;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00200274;OID=.;OPOS=110859069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:19:19:54:54:0.739726:31:23:8:11:31:23:8:11 chr13 110861785 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.119;QD=59.0173;RBI=0.0228852;REFB=0;REVB=0.0194757;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187025;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr13 110862303 . G A 418.72 PASS AF=0.61194;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0085924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.519;QD=24.998;RBI=0.0117507;REFB=-0.00761905;REVB=-0.00801555;RO=26;SAF=17;SAR=23;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267662;STB=0.508845;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00905374;OID=.;OPOS=110862303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:40:41:0.61194:23:17:12:14:23:18:12:14 chr13 110864225 . A T 680.09 PASS AF=0.373272;AO=81;DP=217;FAO=81;FDP=217;FR=.;FRO=136;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=71;FSRR=65;FWDB=-0.0140386;FXX=0.00458695;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.078;QD=12.5362;RBI=0.0157478;REFB=-0.0102716;REVB=0.00713519;RO=136;SAF=31;SAR=50;SRF=71;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156314;STB=0.588553;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0168416;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:136:136:81:81:0.373272:50:31:71:65:50:31:71:65 chr13 111077197 . G A 2160.9 PASS AF=0.980132;AO=145;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=71;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0240267;FXX=0.013071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.406;QD=57.2424;RBI=0.046148;REFB=-0.203486;REVB=0.0393999;RO=1;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638339;STB=0.509553;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00123636;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:151:151:1:3:145:148:0.980132:74:71:0:1:77:71:0:3 chr13 111082772 . G T 159.65 PASS AF=0.220339;AO=26;DP=118;FAO=26;FDP=118;FR=.;FRO=92;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0456894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3017;QD=5.4117;RBI=0.0681721;REFB=-0.0107526;REVB=-0.0505956;RO=92;SAF=9;SAR=17;SRF=47;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210298;STB=0.630362;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0361533;OID=.;OPOS=111082772;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:92:92:26:26:0.220339:17:9:47:45:17:9:47:45 chr13 111090909 . T C 451.69 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0103472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.971;QD=24.7504;RBI=0.0103919;REFB=-0.0163951;REVB=-0.000962388;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512069;STB=0.528048;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00846231;OID=.;OPOS=111090909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:20:23:14:16:20:23:14:16 chr13 111090924 . G A 474.71 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=72;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00629372;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.865;QD=26.7444;RBI=0.00670278;REFB=-0.0133182;REVB=0.00230571;RO=26;SAF=21;SAR=23;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370695;STB=0.526676;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00555736;OID=.;OPOS=111090924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:26:27:44:44:0.619718:23:21:11:15:23:21:11:16 chr13 111109157 . G A 549.13 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0229325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.591;QD=26.4641;RBI=0.0644111;REFB=0.00525875;REVB=0.0601904;RO=33;SAF=16;SAR=34;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121785;STB=0.5661;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00112487;OID=.;OPOS=111109157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:34:16:6:27:34:16:6:27 chr13 111109618 . G C 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0239178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1391;QD=17.3782;RBI=0.0659881;REFB=0.0200689;REVB=0.0615009;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197016;STB=0.613825;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0171765;OID=.;OPOS=111109618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:4:6:4:7:4:6 chr13 111109670 . A C 514.56 PASS AF=0.626667;AO=47;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0114237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.21;QD=27.4431;RBI=0.0158743;REFB=-0.0407079;REVB=-0.0110224;RO=28;SAF=24;SAR=23;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072914;STB=0.503971;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0223667;OID=.;OPOS=111109670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:47:47:0.626667:23:24:14:14:23:24:14:14 chr13 111109859 . A G 460.45 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00295262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4513;QD=23.9196;RBI=0.00912624;REFB=-0.0238853;REVB=0.00863541;RO=33;SAF=18;SAR=26;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122012;STB=0.506696;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0132939;OID=.;OPOS=111109859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:33:44:44:0.571429:26:18:14:19:26:18:14:19 chr13 111111173 . G A 450.85 PASS AF=0.52381;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00432578;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.114;QD=21.4689;RBI=0.00723384;REFB=-0.0106254;REVB=0.00579794;RO=39;SAF=23;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955237;STB=0.558226;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0100404;OID=.;OPOS=111111173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:40:44:44:0.52381:21:23:16:23:21:23:16:24 chr13 111111235 . G A 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0150283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.135;QD=27.2217;RBI=0.0208143;REFB=-0.0373754;REVB=0.0144009;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745185;STB=0.541144;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0300319;OID=.;OPOS=111111235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:6:10:13:12:6:10 chr13 111119396 . G C 354.3 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00768691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.954;QD=27.7883;RBI=0.00934109;REFB=-0.0266772;REVB=-0.0053073;RO=18;SAF=13;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041365;STB=0.5226;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0189836;OID=.;OPOS=111119396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:20:13:6:12:20:13:6:12 chr13 111154058 . T A 749.98 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0799;QD=56.6019;RBI=0.0179933;REFB=0;REVB=0.000569996;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132555;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:26:27:0:0 chr13 111154061 . T C 740.45 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0343076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5328;QD=54.8484;RBI=0.0453807;REFB=-0.162262;REVB=0.0297052;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00216958;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:0:1:52:53:0.981481:25:27:0:0:25:28:0:1 chr13 111155773 . T C 582.99 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.828;QD=59.7937;RBI=0.0302751;REFB=0;REVB=0.00504086;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116183;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:17:22:0:0 chr13 111155779 . G A 412.28 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00715418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.065;QD=35.0872;RBI=0.0258206;REFB=-0.00425601;REVB=0.0248097;RO=13;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173756;STB=0.581016;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00103218;OID=.;OPOS=111155779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:14:33:33:0.702128:16:17:11:2:16:17:11:3 chr13 111156499 . C T 2923.09 PASS AF=0.974359;AO=181;DP=186;FAO=190;FDP=195;FR=.;FRO=5;FSAF=96;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0869039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.561;QD=59.9608;RBI=0.0887455;REFB=-0.0321737;REVB=0.0179853;RO=5;SAF=88;SAR=93;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024904;STB=0.512952;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0124698;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:186:195:5:5:181:190:0.974359:93:88:0:5:94:96:0:5 chr13 111158874 . A G 854.07 PASS AF=0.983607;AO=46;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5891;QD=56.0044;RBI=0.0268859;REFB=-0.058824;REVB=0.0179577;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200022;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000904504;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:46:60:0.983607:23:23:0:1:25:35:0:1 chr13 111164614 . T C 347.08 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0137542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.88;QD=15.4257;RBI=0.029213;REFB=-0.0055148;REVB=-0.0257725;RO=50;SAF=16;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368259;STB=0.511106;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00585684;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:36:40:0.444444:20:16:24:26:20:20:24:26 chr13 111176393 . A G 103.88 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00637412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.605;QD=10.1347;RBI=0.0570044;REFB=-0.00426583;REVB=-0.0566469;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210921;STB=0.626672;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0125321;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:16:12:8:5:16:12 chr13 111287841 . C T 75.44 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0287842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.089;QD=6.85852;RBI=0.0447311;REFB=-0.00173365;REVB=-0.0342395;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18014;STB=0.612047;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00591686;OID=.;OPOS=111287841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:20:13:6:5:20:13 chr13 111287871 . A C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0470023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.383;QD=10.4718;RBI=0.0514527;REFB=-0.00956176;REVB=-0.0209321;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0466374;OID=.;OPOS=111287871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:12:12:6:6:12:12 chr13 111298392 . A G 93.25 PASS AF=0.25;AO=11;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00553889;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.656;QD=7.77043;RBI=0.0494728;REFB=-0.0170318;REVB=-0.0491618;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295333;STB=0.69254;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0329809;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:48:48:29:35:11:12:0.25:4:7:11:18:5:7:11:24 chr13 111315405 . G A 61.97 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0449554;FXX=0.0666222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4074;QD=17.7061;RBI=0.105596;REFB=-0.115377;REVB=0.0955483;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439386;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0619019;OID=.;OPOS=111315405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:14:14:7:6:7:8:0.571429:1:6:3:4:2:6:2:4 chr13 111319754 . T C 381.44 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0233018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.417;QD=22.4378;RBI=0.0264284;REFB=-0.00594616;REVB=-0.0124693;RO=30;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450305;STB=0.524787;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00479051;OID=.;OPOS=111319754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:22:16:11:19:22:16:11:19 chr13 111340342 . G A 270.02 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00342095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.17;QD=22.9803;RBI=0.00868723;REFB=-0.014407;REVB=0.00798531;RO=22;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1144;STB=0.563587;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0205548;OID=.;OPOS=111340342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:15:10:6:16:15:10:6:16 chr13 111365104 . A G 1729.52 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7851;QD=60.6849;RBI=0.0466311;REFB=0;REVB=0.0262202;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158553;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:0:0:111:114:1:45:66:0:0:47:67:0:0 chr13 111368163 . CT C,CG 156.66 PASS AF=0.285714,0.714286;AO=4,10;DP=14;FAO=4,10;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016807,0.0161463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.707,135.979;QD=44.761;RBI=0.0330973,0.0320196;REFB=0,0;REVB=0.0285125,0.0276505;RO=0;SAF=1,5;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0815376,-0.0175816;OID=.,.;OPOS=111368164,111368164;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.285714,0.714286:4,10:14:4,10:14:0:1,5:3,5:0:0:20:0:1,5:3,5:0:0 chr13 111371922 . C T 456.2 PASS AF=0.651515;AO=42;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0526907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8015;QD=27.6485;RBI=0.0835921;REFB=-0.0568517;REVB=0.0648948;RO=23;SAF=15;SAR=27;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14048;STB=0.569422;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0428396;OID=.;OPOS=111371922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:42:43:0.651515:27:15:13:10:27:16:13:10 chr13 111372392 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.725;QD=33.4279;RBI=0.110613;REFB=0;REVB=-0.10215;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000959498;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr13 111531885 . C A 910.42 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.538;QD=57.8044;RBI=0.0565448;REFB=0;REVB=0.00642408;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0231e-05;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:33:26:0:0:35:28:0:0 chr13 111532288 . G A 253.73 PASS AF=0.294118;AO=35;DP=118;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00212004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.17;QD=8.52867;RBI=0.00455671;REFB=-0.0129404;REVB=-0.00403349;RO=83;SAF=18;SAR=17;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00453228;STB=0.501681;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0317847;OID=.;OPOS=111532288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:83:84:35:35:0.294118:17:18:43:40:17:18:43:41 chr13 111563052 . C T 509.98 PASS AF=0.421053;AO=56;DP=133;FAO=56;FDP=133;FR=.;FRO=77;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00501832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.045;QD=15.3377;RBI=0.0220003;REFB=-0.0175066;REVB=-0.0214203;RO=77;SAF=39;SAR=17;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27251;STB=0.653392;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0288789;OID=.;OPOS=111563052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:77:56:56:0.421053:17:39:34:43:17:39:34:43 chr13 111806245 . A G 1024.7 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143194;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.212;QD=59.4028;RBI=0.0242986;REFB=0;REVB=0.019631;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223886;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr13 111870037 . T C 720.14 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.221;QD=56.4813;RBI=0.0688822;REFB=0;REVB=0.0631383;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098569;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:19:31:0:0:19:32:0:0 chr13 111980537 . C T 1606.97 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.27;QD=60.0738;RBI=0.0245874;REFB=0;REVB=0.0101123;RO=0;SAF=68;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.95179e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03722e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:39:68:0:0:39:68:0:0 chr13 112725791 . G A 44.44 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00219132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5198;QD=7.11088;RBI=0.0182173;REFB=-0.00374089;REVB=-0.018085;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153245;STB=0.529329;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0147187;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:19:18:6:7:0.28:3:3:12:7:3:4:11:7 chr13 113153217 . C A 330.43 PASS AF=0.377551;AO=36;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.00900405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.238;QD=13.4867;RBI=0.0175522;REFB=-0.00204331;REVB=-0.0150668;RO=61;SAF=21;SAR=15;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171817;STB=0.587446;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00185394;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:61:36:37:0.377551:15:21:26:35:16:21:26:35 chr13 113153271 . G A 284.95 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.00319553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.2;QD=13.4096;RBI=0.020409;REFB=-0.00455602;REVB=0.0201573;RO=49;SAF=14;SAR=18;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993115;STB=0.555523;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00802044;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:49:52:32:33:0.388235:18:14:17:32:18:15:19:33 chr13 113337719 . GT GA,G 37.33 PASS AF=0.0666667,0.333333;AO=5,10;DP=30;FAO=2,10;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2,3;FSAR=0,7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00811946,0.0251059;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=155.433,7.68764;QD=4.9769;RBI=0.0207637,0.144702;REFB=-0.0081723,-0.0991168;REVB=0.0191104,0.142507;RO=13;SAF=5,3;SAR=0,7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.722799,-0.168206;STB=0.994543,0.63608;STBP=0.172,0.335;TYPE=snp,del;VARB=0.092273,0.150607;OID=.,.;OPOS=113337720,113337720;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0666667,0.333333:5,10:30:2,10:30:18:2,3:0,7:9:9:28:13:5,3:0,7:6:7 chr13 113479820 . A G 1432.8 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.652;QD=62.9804;RBI=0.00866432;REFB=0;REVB=0.00845833;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02568e-05;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:45:46:0:0:45:46:0:0 chr13 113508839 . G C 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00749729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5368;QD=22.5994;RBI=0.0445613;REFB=0.00809994;REVB=0.0439261;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15005;STB=0.583603;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00554137;OID=.;OPOS=113508839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:6:14:12:11:6:14 chr13 113512574 . C T 340.49 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00544649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.656;QD=18.1597;RBI=0.00627693;REFB=-0.0408106;REVB=-0.00312019;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876452;STB=0.548934;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0328006;OID=.;OPOS=113512574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:20:16:21:18:20:16:21:18 chr13 113527967 . G A 242.91 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00557551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2163;QD=22.5966;RBI=0.037045;REFB=-0.0403048;REVB=0.0366231;RO=20;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363841;STB=0.520325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0109195;OID=.;OPOS=113527967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:14:9:7:13:14:9:7:13 chr13 113530199 . G A 413.97 PASS AF=0.43;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.000427222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.678;QD=16.5587;RBI=0.0148204;REFB=-0.0141921;REVB=0.0148142;RO=56;SAF=15;SAR=28;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175683;STB=0.604267;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0189115;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:57:43:43:0.43:28:15:29:27:28:15:30:27 chr13 113536132 . T C 639.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.955;QD=59.4607;RBI=0.0422099;REFB=0;REVB=-0.0240825;RO=0;SAF=7;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.48559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114324;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:33:7:0:0:35:8:0:0 chr13 113656216 . C T 1847.17 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.036;QD=60.0706;RBI=0.0234871;REFB=-0.116681;REVB=0.0035585;RO=0;SAF=48;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.16314e-08;STB=0.503401;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000325952;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:120:123:0:1:119:122:0.99187:71:48:0:0:73:49:0:1 chr13 113681243 . C A 235.99 PASS AF=0.292035;AO=32;DP=115;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=28;FWDB=-0.00766777;FXX=0.0583285;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.595;QD=8.35372;RBI=0.0161347;REFB=-0.00450328;REVB=-0.0141963;RO=73;SAF=12;SAR=20;SRF=48;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325567;STB=0.675575;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.014167;OID=.;OPOS=113681243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:113:73:80:32:33:0.292035:20:12:48:25:20:13:52:28 chr13 113720476 . C T 453.91 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0132789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4055;QD=55.0191;RBI=0.0751748;REFB=-0.136148;REVB=0.0739928;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00590719;OID=.;OPOS=113720476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr13 113728781 . G A 2793.58 PASS AF=1;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794201;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.032;QD=62.777;RBI=0.0293695;REFB=0;REVB=0.0282753;RO=0;SAF=84;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04264e-05;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:179:178:0:0:178:178:1:94:84:0:0:94:84:0:0 chr13 113747124 . A G 738.91 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.175;QD=54.7338;RBI=0.0457248;REFB=0.116833;REVB=-0.0387995;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00190026;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr13 113747135 . T C 816.9 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8013;QD=57.3265;RBI=0.0281215;REFB=0;REVB=0.0121522;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154657;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr13 113792754 . T C 521.95 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00380727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.5;QD=50.9221;RBI=0.0291309;REFB=-0.0935923;REVB=0.028881;RO=4;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109707;STB=0.558791;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000522767;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:4:4:37:37:0.902439:15:22:0:4:15:22:0:4 chr13 113801737 . C T 402.38 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00224297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.71;QD=16.5928;RBI=0.0103707;REFB=-0.0130943;REVB=0.0101253;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142737;STB=0.580041;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0146777;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:20:22:21:34:20:22:21:34 chr13 113812962 . G A 293.2 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0162102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.098;QD=22.9964;RBI=0.110083;REFB=-0.03488;REVB=0.108883;RO=22;SAF=9;SAR=20;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00710799;STB=0.503934;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0170808;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:20:9:7:15:20:9:7:15 chr13 113818900 . A G 2292.54 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00150443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5859;QD=63.6816;RBI=0.0296916;REFB=0;REVB=0.0296535;RO=0;SAF=76;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011364;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:67:76:0:0:67:77:0:0 chr13 113897320 . C T 365.57 PASS AF=0.340909;AO=45;DP=131;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=50;FWDB=-0.0112384;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.551;QD=11.0779;RBI=0.0228259;REFB=-0.0170616;REVB=0.0198676;RO=84;SAF=16;SAR=29;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874915;STB=0.548711;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0269042;OID=.;OPOS=113897320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:84:87:45:45:0.340909:29:16:36:48:29:16:37:50 chr13 113909339 . A G 116.42 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00349422;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.856;QD=8.46672;RBI=0.00401907;REFB=-0.00715474;REVB=0.00198578;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191467;STB=0.501153;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170628;OID=.;OPOS=113909339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:9:7:17:22:9:7:17:22 chr13 113965176 . C A 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000395117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.046;QD=39.3141;RBI=0.034493;REFB=-0.0789962;REVB=0.0344908;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128507;STB=0.571311;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00294425;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:10:3:1:0:10:3:1:0 chr13 114083316 . C T 132.41 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0119222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.314;QD=9.99286;RBI=0.0258524;REFB=-0.0129747;REVB=-0.0229393;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172328;STB=0.602617;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0197788;OID=.;OPOS=114083316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:36:36:17:17:0.320755:6:11:18:18:6:11:18:18 chr13 114309226 . G A 1542.02 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328701;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.968;QD=59.3086;RBI=0.0359505;REFB=0;REVB=0.0145601;RO=0;SAF=52;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10058e-05;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:103:104:1:51:52:0:0:51:53:0:0 chr13 114312354 . T G 624.67 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344144;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.165;QD=62.4665;RBI=0.0356323;REFB=0;REVB=0.0092365;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000665034;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr13 114322289 . A G 764.36 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.438;QD=62.3964;RBI=0.0872922;REFB=0;REVB=0.0870425;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205318;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:41:49:1:14:27:0:0:19:30:0:0 chr13 114524944 . A G 3328.78 PASS AF=1;AO=213;DP=213;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.714;QD=62.2201;RBI=0.0210869;REFB=0;REVB=0.00302276;RO=0;SAF=104;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73653e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82273e-05;OID=.;OPOS=114524944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:214:0:0:213:214:1:109:104:0:0:109:105:0:0 chr13 114530114 . G A 417.2 PASS AF=0.606061;AO=40;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0160881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.273;QD=25.285;RBI=0.0205763;REFB=-0.0252743;REVB=0.012828;RO=26;SAF=17;SAR=23;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586597;STB=0.532066;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.016749;OID=.;OPOS=114530114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:40:40:0.606061:23:17:9:17:23:17:9:17 chr13 114531565 . C G 440.98 PASS AF=0.544304;AO=41;DP=78;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0217564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5927;QD=22.328;RBI=0.0226401;REFB=0.0291294;REVB=-0.00626353;RO=36;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807497;STB=0.54319;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.0208995;OID=.;OPOS=114531565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:36:41:43:0.544304:20:21:15:21:21:22:15:21 chr13 114545925 . A G 705.69 PASS AF=0.454545;AO=75;DP=169;FAO=75;FDP=165;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=0.0102144;FXX=0.02941;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0803;QD=17.1076;RBI=0.0144795;REFB=-0.022129;REVB=-0.0102627;RO=84;SAF=21;SAR=54;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207491;STB=0.613604;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.032909;OID=.;OPOS=114545925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:165:84:90:75:75:0.454545:54:21:40:44:54:21:42:48 chr13 114623880 . G A 744.24 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8203;QD=63.3397;RBI=0.0624556;REFB=0;REVB=0.028496;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473288;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr13 114747187 . G C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0394;QD=59.0123;RBI=0.0179789;REFB=0;REVB=-0.00970914;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407765;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr13 114773047 . G A 301.22 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.00649856;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.0051;QD=16.2819;RBI=0.00652105;REFB=-0.0115895;REVB=-0.000541024;RO=39;SAF=20;SAR=13;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28214;STB=0.668692;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0138812;OID=.;OPOS=114773047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:39:41:33:33:0.445946:13:20:12:27:13:20:12:29 chr14 19378030 . T A 62.68 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0042517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.944;QD=20.8927;RBI=0.0877183;REFB=0.0197026;REVB=0.0876152;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226465;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00623594;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:2:6:1:2:2:6:2:2 chr14 20181502 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0365426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9421;QD=14.2621;RBI=0.0691655;REFB=-0.00746325;REVB=-0.0587239;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214953;STB=0.624844;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0138463;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:10:14:6:10:10:14 chr14 20216298 . T C 1490.85 PASS AF=0.765101;AO=112;DP=148;FAO=114;FDP=149;FR=.;FRO=35;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00201662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3471;QD=40.0228;RBI=0.0171954;REFB=-0.0235536;REVB=0.0170767;RO=35;SAF=54;SAR=58;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075271;STB=0.537689;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.006728;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:35:35:112:114:0.765101:58:54:11:24:60:54:11:24 chr14 20248828 . C T 187.38 PASS AF=0.294118;AO=24;DP=84;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00110263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.027;QD=8.81791;RBI=0.006563;REFB=-0.0108295;REVB=-0.00646971;RO=60;SAF=10;SAR=14;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139728;STB=0.594264;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0295566;OID=.;OPOS=20248828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:60:60:24:25:0.294118:14:10:32:28:15:10:32:28 chr14 20249176 . G A 250.56 PASS AF=0.284553;AO=35;DP=123;FAO=35;FDP=123;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0118333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.506;QD=8.14839;RBI=0.0149302;REFB=-0.0133201;REVB=-0.00910403;RO=87;SAF=20;SAR=15;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241659;STB=0.518857;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0256751;OID=.;OPOS=20249176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:87:88:35:35:0.284553:15:20:48:39:15:20:48:40 chr14 20295763 . C T 167.27 PASS AF=0.242424;AO=24;DP=99;FAO=24;FDP=99;FR=.;FRO=75;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0185895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.735;QD=6.75847;RBI=0.0619021;REFB=-0.00912192;REVB=-0.059045;RO=75;SAF=17;SAR=7;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245405;STB=0.650804;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0308436;OID=.;OPOS=20295763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:75:75:24:24:0.242424:7:17:39:36:7:17:39:36 chr14 20295776 . GCCC GCAG 163.44 PASS AF=0.242105;AO=22;DP=94;FAO=23;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=72;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=0.0170486;FXX=0.0206164;HRUN=6;LEN=2;MLLD=258.222;QD=6.88172;RBI=0.0436917;REFB=0.000402093;REVB=-0.0402282;RO=53;SAF=14;SAR=8;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154051;STB=0.666221;STBP=0.079;TYPE=mnp;VARB=-0.00103557;OID=.;OPOS=20295778;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=GCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242105:22:94:23:95:72:15:8:31:41:99:53:14:8:27:26 chr14 20295834 . T C 369.9 PASS AF=0.328571;AO=46;DP=140;FAO=46;FDP=140;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=0.0333613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.113;QD=10.5684;RBI=0.0368266;REFB=-0.000580302;REVB=0.0155955;RO=94;SAF=27;SAR=19;SRF=37;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221935;STB=0.627853;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00194498;OID=.;OPOS=20295834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:94:94:46:46:0.328571:19:27:37:57:19:27:37:57 chr14 20296004 . C T 723.92 PASS AF=0.475309;AO=76;DP=161;FAO=77;FDP=162;FR=.;FRO=85;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=39;FWDB=0.0232957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2703;QD=17.8747;RBI=0.0494903;REFB=-0.0260134;REVB=-0.0436646;RO=84;SAF=37;SAR=39;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463542;STB=0.524994;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0316752;OID=.;OPOS=20296004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:84:85:76:77:0.475309:39:37:45:39:39:38:46:39 chr14 20296010 . G C 778.54 PASS AF=0.47929;AO=79;DP=167;FAO=81;FDP=169;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0228528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2783;QD=18.4271;RBI=0.0311475;REFB=-0.0276246;REVB=-0.0211641;RO=87;SAF=40;SAR=39;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649244;STB=0.538677;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0274837;OID=.;OPOS=20296010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:169:87:88:79:81:0.47929:39:40:50:37:41:40:50:38 chr14 20389606 . G A 108.5 PASS AF=0.175439;AO=20;DP=114;FAO=20;FDP=114;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=64;FWDB=-0.055651;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.533;QD=3.80714;RBI=0.055656;REFB=-0.0056311;REVB=-0.000749157;RO=92;SAF=6;SAR=14;SRF=30;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384474;STB=0.5185;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0220256;OID=.;OPOS=20389606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:92:94:20:20:0.175439:14:6:30:62:14:6:30:64 chr14 20403909 . T C 93.26 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=78;FWDB=-0.0229311;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=174.529;QD=2.93729;RBI=0.0241545;REFB=-0.00206855;REVB=-0.00758992;RO=103;SAF=4;SAR=15;SRF=29;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120117;STB=0.578143;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0118119;OID=.;OPOS=20403909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:127:127:103:108:19:19:0.149606:15:4:29:74:15:4:30:78 chr14 20404238 . G A 67.61 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00798315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0984;QD=3.97692;RBI=0.0163087;REFB=0.00177237;REVB=0.0142212;RO=55;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541562;STB=0.848499;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0113497;OID=.;OPOS=20404238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:67:68:55:56:12:12:0.176471:2:10:21:34:2:10:22:34 chr14 20404495 . G A 166.89 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=-0.0132974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.773;QD=5.47194;RBI=0.0161245;REFB=-0.0102601;REVB=-0.00912037;RO=94;SAF=17;SAR=10;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861006;STB=0.558037;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0247575;OID=.;OPOS=20404495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:94:95:27:27:0.221311:10:17:53:41:10:17:53:42 chr14 20404735 . C T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00823257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.688;QD=7.79844;RBI=0.00942832;REFB=-0.0043331;REVB=0.00459543;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529173;STB=0.81428;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.02247;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:4:19:3:6:4:19 chr14 20444490 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.182;QD=58.5875;RBI=0.0281868;REFB=0;REVB=0.00436865;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120887;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr14 20470737 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.423;QD=57.8834;RBI=0.0218927;REFB=0;REVB=0.0193294;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50937e-06;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr14 20470903 . T C 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00119957;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.473;QD=54.7463;RBI=0.00666371;REFB=-0.00970936;REVB=0.00655485;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=3.79873e-05;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:35:18:0:0:35:18:0:1 chr14 20482471 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.416;QD=37.4885;RBI=0.0520075;REFB=0;REVB=0.0501019;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684801;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr14 20482919 . A C 168.82 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0181117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.458;QD=16.47;RBI=0.0185564;REFB=-0.0114384;REVB=-0.00403812;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0024826;STB=0.501423;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0112282;OID=.;OPOS=20482919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:7:11:14:9:7:11:14:9 chr14 20528207 . G A 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8433;QD=45.7843;RBI=0.144474;REFB=0;REVB=-0.0403937;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439996;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr14 20528250 . G T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0010812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2162;QD=19.1086;RBI=0.0280468;REFB=-0.0044524;REVB=0.0280259;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.533262;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00163013;OID=.;OPOS=20528250;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:5:1:2:7:5:1 chr14 20528321 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1879;QD=39.2064;RBI=0.0821574;REFB=0;REVB=0.0365553;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00499871;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr14 20528495 . G A 68.04 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0104262;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.92;QD=12.3712;RBI=0.0111886;REFB=-0.00658474;REVB=-0.00405959;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162774;STB=0.619962;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0153074;OID=.;OPOS=20528495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:22:13:13:8:9:0.409091:6:2:5:8:7:2:5:8 chr14 20528505 . T A 67.62 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0159826;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.943;QD=10.4032;RBI=0.0579836;REFB=-0.0226571;REVB=0.0557373;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.608434;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0180821;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:6:11:7:2:6:11 chr14 20528528 . G A 135.11 PASS AF=0.441176;AO=16;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0232515;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.572;QD=15.8955;RBI=0.0297407;REFB=-0.00642091;REVB=-0.018544;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609174;STB=0.549935;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00836543;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:16:15:0.441176:10:6:6:13:9:6:6:13 chr14 20528682 . T C 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0309116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.866;QD=10.6294;RBI=0.0325079;REFB=-0.00610673;REVB=0.0100618;RO=44;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754952;STB=0.544003;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0127634;OID=.;OPOS=20528682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:12:11:24:20:12:11:24:20 chr14 20529019 . C T 194.91 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0207531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.088;QD=17.3257;RBI=0.0256771;REFB=-0.00429697;REVB=0.0151202;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33796;STB=0.688816;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0046471;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:19:20:0.444444:8:11:5:18:9:11:5:20 chr14 20529043 . C G 118.9 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0346391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.369;QD=13.2112;RBI=0.0767074;REFB=-0.00708808;REVB=0.0684409;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503388;STB=0.796733;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0120384;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:22:14:14:0.388889:4:10:4:17:4:10:4:18 chr14 20665790 . T A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00603392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.148;QD=8.81111;RBI=0.0258837;REFB=-0.00250033;REVB=-0.0251706;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132203;STB=0.583047;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00401974;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:5:6:4:2:5:6 chr14 20665840 . G A 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0771901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4151;QD=13.4814;RBI=0.0774775;REFB=-0.0346134;REVB=0.00666737;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225517;STB=0.604168;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0278422;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:4:5:3:7:4:5:4:7 chr14 20665887 . G C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0599714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1209;QD=15.2918;RBI=0.0649551;REFB=-0.0319502;REVB=-0.0249519;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0336542;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr14 20697600 . T G 152.82 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.015609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5791;QD=11.9859;RBI=0.0235183;REFB=-0.0137401;REVB=0.0175918;RO=33;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110477;STB=0.565142;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0329459;OID=.;OPOS=20697600;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:13:5:12:21:13:5:12:21 chr14 20757383 . A G 34.84 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147154;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.786;QD=23.2259;RBI=0.0151007;REFB=-0.116631;REVB=-0.00338941;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00235409;OID=.;OPOS=20757383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:4:1:0:0:4:1:0:1 chr14 20770036 . T C 744.11 PASS AF=0.935484;AO=54;DP=61;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000475767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.862;QD=48.0069;RBI=0.0516249;REFB=-0.0609722;REVB=0.0516227;RO=5;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920701;STB=0.534471;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00483897;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:61:62:5:4:54:58:0.935484:23:31:0:5:27:31:0:4 chr14 20784431 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00490432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.006;QD=62.6709;RBI=0.0211216;REFB=0;REVB=0.0205443;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40242e-05;OID=.;OPOS=20784431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr14 20784718 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0793824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.996;QD=48.7364;RBI=0.0796583;REFB=0;REVB=0.00662425;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070643;OID=.;OPOS=20784718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 20811442 . C T 1594.75 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.394;QD=57.9909;RBI=0.0486138;REFB=-0.0988646;REVB=0.0213085;RO=1;SAF=63;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104311;STB=0.501557;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000175091;OID=.;OPOS=20811442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:45:63:0:1:45:63:1:1 chr14 20815013 . C T 137.12 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0600467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.994;QD=39.1768;RBI=0.0616335;REFB=-0.0819658;REVB=0.0138955;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601692;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00850335;OID=.;OPOS=20815013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:14:1:1:12:13:0.928571:5:7:1:0:5:8:1:0 chr14 20837701 . G C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.437;QD=59.4355;RBI=0.0457727;REFB=0;REVB=0.0381172;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135519;OID=.;OPOS=20837701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr14 20841707 . C T 400.27 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.239;QD=53.3698;RBI=0.0443314;REFB=-0.158846;REVB=0.0337279;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00155205;OID=.;OPOS=20841707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr14 20847202 . A G 735.14 PASS AF=0.947368;AO=52;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0121814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.751;QD=51.5884;RBI=0.0466376;REFB=-0.195774;REVB=0.0450187;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254452;STB=0.534871;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00469964;OID=.;OPOS=20847202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:56:57:1:3:52:54:0.947368:34:18:1:0:34:20:3:0 chr14 20852029 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.136;QD=50.412;RBI=0.0544132;REFB=0;REVB=0.0181949;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472071;OID=.;OPOS=20852029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr14 20852817 . G A 643.04 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.945;QD=59.8177;RBI=0.0170667;REFB=0;REVB=0.00808054;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212514;OID=.;OPOS=20852817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:24:17:0:0:25:18:0:0 chr14 20854734 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00335203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.932;QD=62.671;RBI=0.00352504;REFB=0;REVB=-0.0010908;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10803e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:33:11:0:0:33:11:0:0 chr14 20872881 . G T 700.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.988;QD=62.2886;RBI=0.0331074;REFB=0;REVB=0.0295862;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67202e-05;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:32:11:0:0:34:11:0:0 chr14 20928359 . C A 351.18 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00023186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.194;QD=23.412;RBI=0.0139604;REFB=-0.0337175;REVB=0.0139584;RO=25;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0863996;STB=0.547502;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0104503;OID=.;OPOS=20928359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:18:17:15:10:18:17:15:10 chr14 21024619 . A G 343.56 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00579586;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4271;QD=18.8255;RBI=0.0269831;REFB=-0.0182481;REVB=-0.0263533;RO=37;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110783;STB=0.506169;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0153289;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:16:20:21:16:16:20:21:16 chr14 21025220 . T C 179.4 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0107068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3017;QD=12.8143;RBI=0.0291342;REFB=0.00342177;REVB=0.0270955;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09314;STB=0.553523;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00414621;OID=.;OPOS=21025220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:14:20:11:11:14:20 chr14 21052259 . T C 196.76 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0283476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.995;QD=10.7815;RBI=0.0284272;REFB=-0.0131247;REVB=0.00212525;RO=48;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238477;STB=0.500548;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276641;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:48:48:24:25:0.342466:13:11:23:25:13:12:23:25 chr14 21077579 . C T 263.3 PASS AF=0.529412;AO=25;DP=49;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0138015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3038;QD=20.6511;RBI=0.0162168;REFB=-0.00754369;REVB=-0.00851485;RO=24;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271851;STB=0.659464;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00887849;OID=.;OPOS=21077579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:24:24:25:27:0.529412:12:13:5:19:12:15:5:19 chr14 21081642 . T C 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0349474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1441;QD=5.37646;RBI=0.0491027;REFB=0.00566906;REVB=0.0344928;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0156457;OID=.;OPOS=21081642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:11:14:3:4:11:14 chr14 21081996 . C T 912.41 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.034571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3425;QD=55.2977;RBI=0.0463982;REFB=-0.0546411;REVB=0.0309457;RO=1;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192711;STB=0.519994;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00138748;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:66:1:2:64:64:0.969697:24:40:0:1:24:40:0:2 chr14 21082032 . T G 181.06 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00444971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.476;QD=13.9276;RBI=0.00941918;REFB=-0.0190799;REVB=0.00830187;RO=31;SAF=8;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238511;STB=0.636894;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0229884;OID=.;OPOS=21082032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:13:8:19:12:13:8:19:12 chr14 21099400 . G A 180.86 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0194174;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.42;QD=22.6079;RBI=0.0207064;REFB=-0.0343536;REVB=0.00719143;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325719;STB=0.668922;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0295419;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:14:18:18:0.5625:13:5:10:5:13:5:9:5 chr14 21101155 . C T 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00356425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.996;QD=5.12631;RBI=0.0338844;REFB=-0.00922049;REVB=-0.0336964;RO=37;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282351;STB=0.685309;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0360195;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:3:6:16:21:3:6:16:21 chr14 21101228 . G C 52.82 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.027827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.635;QD=5.28221;RBI=0.0296722;REFB=-0.00725073;REVB=-0.0103003;RO=31;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974917;STB=0.549876;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0462833;OID=.;OPOS=21101228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:40:40:31:32:8:8:0.2:4:4:13:18:4:4:14:18 chr14 21108909 . G A 195.76 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.006887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.8;QD=17.7964;RBI=0.00804867;REFB=-0.012918;REVB=-0.00416538;RO=24;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110526;STB=0.562441;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.016794;OID=.;OPOS=21108909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:6:14:19:5:6:14:19:5 chr14 21109141 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0174679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5673;QD=17.6422;RBI=0.0203266;REFB=-0.00587334;REVB=0.0103943;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201011;STB=0.616187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0155418;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:5:2:5:4:5:2 chr14 21109170 . T A 397.24 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974208;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.955;QD=56.7479;RBI=0.0177509;REFB=0;REVB=-0.0148386;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157037;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 21109278 . A T 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00517243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.606;QD=19.9923;RBI=0.0119181;REFB=-0.0255061;REVB=-0.0107372;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123993;STB=0.555506;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0195033;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:12:10:7:15:12:10:8:15 chr14 21109385 . C T 57.01 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0134694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.291;QD=12.6688;RBI=0.0220874;REFB=-0.0110865;REVB=0.0175051;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295637;STB=0.675253;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0104613;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:10:10:8:8:0.444444:3:5:3:7:3:5:3:7 chr14 21109671 . A G 238.56 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00130541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.413;QD=27.2644;RBI=0.0176178;REFB=0.0119383;REVB=-0.0175694;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291635;STB=0.531222;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00844583;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:13:22:22:0.628571:10:12:6:6:10:12:6:7 chr14 21109726 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.10732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8831;QD=20.1605;RBI=0.107387;REFB=-0.0206762;REVB=0.0037936;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715741;STB=0.560268;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0221661;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:6:10:7:6:6:10:7:7 chr14 21128133 . T C 248.19 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0502617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.375;QD=16.275;RBI=0.0511548;REFB=0.00958587;REVB=-0.00951702;RO=33;SAF=18;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983069;STB=0.555515;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0190748;OID=.;OPOS=21128133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:10:18:18:15:10:18:18:15 chr14 21149930 . T C 211.92 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0199544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.553;QD=16.6211;RBI=0.0229863;REFB=-0.0102075;REVB=0.0114102;RO=27;SAF=18;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224844;STB=0.621914;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0204466;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:5:18:16:11:5:18:17:11 chr14 21151483 . T G 929.2 PASS AF=0.480198;AO=93;DP=198;FAO=97;FDP=202;FR=.;FRO=105;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=52;FSRR=53;FWDB=0.0392057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4419;QD=18.4;RBI=0.0512473;REFB=-0.0444574;REVB=0.033003;RO=105;SAF=36;SAR=57;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106279;STB=0.555079;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0495396;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:202:105:105:93:97:0.480198:57:36:52:53:59:38:52:53 chr14 21152167 . G C 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0048868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.434;QD=24.1069;RBI=0.00626012;REFB=-0.00308504;REVB=0.00391259;RO=18;SAF=20;SAR=4;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485173;STB=0.782351;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00286366;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:4:20:5:13:4:20:5:14 chr14 21215997 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00808071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.707;QD=16.1186;RBI=0.0121307;REFB=-0.00559045;REVB=0.00904741;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102811;STB=0.513491;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00797013;OID=.;OPOS=21215997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:3:9:10:2:3:9:10:3 chr14 21216499 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.945;QD=56.1915;RBI=0.0166886;REFB=0;REVB=-0.00537587;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013132;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 21238318 . G A 247.72 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.777;QD=47.1848;RBI=0.0691214;REFB=-0.0768183;REVB=0.0631923;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154336;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr14 21250124 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.096;QD=46.848;RBI=0.0500605;REFB=0;REVB=-0.00168358;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260408;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr14 21250366 . T C 679.33 PASS AF=0.938776;AO=44;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0445767;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6752;QD=55.4558;RBI=0.0652352;REFB=-0.127204;REVB=0.0476292;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529399;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00281243;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:0:3:44:46:0.938776:22:22:0:0:24:22:0:3 chr14 21360216 . C G 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0140484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.166;QD=12.1798;RBI=0.11602;REFB=-0.0168889;REVB=0.115167;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330288;STB=0.691833;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0203453;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:1:9:10:4:1:9:11:4 chr14 21387994 . A G 349.42 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=72;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00299677;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.553;QD=18.3905;RBI=0.0117087;REFB=-0.00844447;REVB=-0.0113187;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645448;STB=0.552435;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00641605;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:35:39:36:37:0.486842:19:17:14:21:19:18:15:24 chr14 21388266 . G C 163.73 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0431549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.655;QD=13.3659;RBI=0.0451257;REFB=-0.0290483;REVB=-0.0131906;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392661;STB=0.522866;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0437244;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:11:20:11:7:11:20 chr14 21431818 . G A 76.02 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0232316;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.982;QD=10.8593;RBI=0.036796;REFB=-0.0110889;REVB=-0.0285348;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526482;STB=0.807185;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00970929;OID=.;OPOS=21431818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:3:15:3:7:3:15 chr14 21458320 . CCCCG C 494.92 PASS AF=0.544;AO=62;DP=129;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=53;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00295205;FXX=0.0234357;HRUN=5;LEN=4;MLLD=222.927;QD=15.8373;RBI=0.00437977;REFB=-0.00457564;REVB=0.0032354;RO=56;SAF=10;SAR=52;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421339;STB=0.672867;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00331608;OID=.;OPOS=21458321;OREF=CCCG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.544:62:129:68:125:57:15:53:31:26:99:56:10:52:31:25 chr14 21467913 . T G 817.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.012;QD=57.3794;RBI=0.0392105;REFB=0;REVB=0.0355747;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268036;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr14 21469151 . T C 105.7 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0416925;FXX=0.0454339;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.229;QD=20.1342;RBI=0.0416954;REFB=-0.0196029;REVB=-0.000494789;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131181;STB=0.588621;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00825124;OID=.;OPOS=21469151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:21:11:9:10:11:0.52381:6:4:6:5:7:4:5:4 chr14 21486137 . G C 739.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2485;QD=56.9125;RBI=0.0363082;REFB=0;REVB=-0.0172533;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586448;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr14 21486387 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0368457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7574;QD=12.0157;RBI=0.0378994;REFB=-0.0011064;REVB=-0.00887466;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191087;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.000664459;OID=.;OPOS=21486387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:2:5:3:3:2:5 chr14 21486590 . C T 104.33 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0242555;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.684;QD=9.70486;RBI=0.0244057;REFB=-0.0101501;REVB=-0.00270332;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1922;STB=0.626141;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0131189;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:30:13:13:0.302326:8:5:15:12:8:5:17:13 chr14 21500121 . G T 157.44 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0136668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.356;QD=20.3145;RBI=0.0188488;REFB=0.00124981;REVB=-0.0129806;RO=14;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109589;STB=0.570643;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.000701831;OID=.;OPOS=21500121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:16:17:0.548387:4:12:9:5:4:13:9:5 chr14 21500455 . T A 148.32 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0101804;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.553;QD=24.7196;RBI=0.0199709;REFB=-0.00970545;REVB=0.0171812;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149138;STB=0.508369;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00649097;OID=.;OPOS=21500455;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:24:9:9:15:15:0.625:7:8:5:4:7:8:5:4 chr14 21511458 . G C 34.85 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6686;QD=23.2308;RBI=0.0647895;REFB=-0.0842638;REVB=-0.0486602;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0197068;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr14 21511497 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.398;QD=48.7365;RBI=0.0219241;REFB=0;REVB=-0.0217957;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285012;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 21511789 . G A 64.32 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00236015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.8945;QD=9.52924;RBI=0.0746963;REFB=0.00250912;REVB=0.074659;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259036;STB=0.682526;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.01201;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:27:18:18:8:9:0.333333:5:3:11:7:6:3:11:7 chr14 21526079 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0201969;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.674;QD=12.3961;RBI=0.0812916;REFB=-0.0212328;REVB=-0.0787427;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317065;STB=0.691596;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.029803;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:4:1:3:2:4:1 chr14 21542753 . G A 311.06 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00083038;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.358;QD=54.0973;RBI=0.0349184;REFB=0;REVB=0.0349085;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402907;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr14 21546354 . C T 158.52 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00865765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.142;QD=17.1376;RBI=0.0223304;REFB=-0.0299033;REVB=0.0205838;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218064;STB=0.623157;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0445486;OID=.;OPOS=21546354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:16:4:7:10:16:4 chr14 21549814 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00762252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.184;QD=16.417;RBI=0.00762972;REFB=-0.0217934;REVB=-0.000331232;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0246273;OID=.;OPOS=21549814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:8:8:6:8:8:8 chr14 21549893 . G C 83.23 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.011349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9049;QD=11.4795;RBI=0.0297643;REFB=-0.0367518;REVB=0.0275157;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2505;STB=0.683863;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0455816;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:28:29:17:18:10:11:0.37931:7:3:9:8:8:3:10:8 chr14 21550499 . G T 512.32 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0193639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0413;QD=18.6298;RBI=0.0282648;REFB=-0.00810409;REVB=-0.0205898;RO=52;SAF=22;SAR=32;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057096;STB=0.507689;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0159372;OID=.;OPOS=21550499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:52:56:54:54:0.490909:32:22:18:34:32:22:22:34 chr14 21551058 . G A 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0496522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.78;QD=15.1561;RBI=0.0684219;REFB=-0.0272641;REVB=0.0470766;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228641;STB=0.640464;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0431921;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:32:25:25:0.438596:17:8:16:13:17:8:18:14 chr14 21551069 . T C 805.07 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.956;QD=64.4056;RBI=0.0213729;REFB=0;REVB=0.0209769;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14543e-05;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chr14 21553004 . C T 123.06 PASS AF=0.313725;AO=14;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0470952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.535;QD=9.65162;RBI=0.0472953;REFB=-0.00592888;REVB=0.00434617;RO=35;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345174;STB=0.588128;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0113902;OID=.;OPOS=21553004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:35:35:14:16:0.313725:8:6:14:21:8:8:13:22 chr14 21553057 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00553041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7772;QD=7.96561;RBI=0.0122604;REFB=-0.0147124;REVB=0.0109422;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210437;STB=0.638633;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00834732;OID=.;OPOS=21553057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:8:17:5:5:8:18 chr14 21556963 . A AT 77.5 PASS AF=0.46875;AO=13;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.124063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.266;QD=9.68804;RBI=0.165353;REFB=-0.0282953;REVB=0.109315;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=0.0550543;OID=.;OPOS=21556964;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46875:13:32:15:32:17:7:8:8:9:77:15:7:6:8:7 chr14 21557021 . G A 180.53 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00732465;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.815;QD=22.5663;RBI=0.0118516;REFB=-0.0020727;REVB=0.00931715;RO=13;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123544;STB=0.535676;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00474618;OID=.;OPOS=21557021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:14:18:18:0.5625:13:5:2:11:13:5:3:11 chr14 21570273 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0243952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.766;QD=18.1185;RBI=0.0248189;REFB=-0.0181159;REVB=-0.00456675;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150387;STB=0.585703;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0191264;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:11:9:11:7:11:9 chr14 21570614 . A C 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0214836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.126;QD=15.9155;RBI=0.0298249;REFB=-0.0101683;REVB=-0.0206876;RO=34;SAF=11;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107235;STB=0.506049;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0157205;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:17:11:13:21:17:11:13:21 chr14 21623290 . T C 738.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.277;QD=56.7935;RBI=0.0583423;REFB=0;REVB=0.0402178;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434967;OID=.;OPOS=21623290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:49:52:1:21:28:0:0:24:28:0:0 chr14 21623303 . G T 264.87 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0203393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.091;QD=20.7741;RBI=0.0291784;REFB=-0.0246088;REVB=0.0209212;RO=24;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195774;STB=0.510909;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0263265;OID=.;OPOS=21623303;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:13:14:13:11:13:14:13:11 chr14 21623489 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0157072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.408;QD=15.5705;RBI=0.0164474;REFB=0.00488105;REVB=-0.00487879;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.586989;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.00512304;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:5:7:8:3:5:7 chr14 21623836 . G A 608.26 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0433204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7388;QD=56.5821;RBI=0.0642894;REFB=-0.00693215;REVB=0.0475024;RO=3;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849852;STB=0.529397;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0053641;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:3:2:40:41:0.953488:15:25:0:3:16:25:0:2 chr14 21770730 . A G 192.68 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.02863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.783;QD=16.0563;RBI=0.0350175;REFB=-0.010266;REVB=-0.0201631;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0132483;OID=.;OPOS=21770730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:25:28:20:20:0.416667:10:10:14:11:10:10:15:13 chr14 21778792 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00838922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.189;QD=12.8688;RBI=0.0116221;REFB=-0.024042;REVB=-0.00804329;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0363638;OID=.;OPOS=21778792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:10:6:4:7:10:6 chr14 21785790 . G A 296.32 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0652232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5189;QD=28.9091;RBI=0.0652687;REFB=0.0237518;REVB=-0.00243502;RO=15;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091775;STB=0.550523;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0106625;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:14:12:9:6:14:12:9:6 chr14 21796784 . G C 54.71 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1714;QD=24.3142;RBI=0.0224693;REFB=-0.0535206;REVB=0.0183062;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.023799;OID=.;OPOS=21796784;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr14 21829129 . C G 785.87 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000415373;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.487;QD=55.1486;RBI=0.000601092;REFB=-0.0293643;REVB=-0.000434485;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000762479;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:29:26:1:0:30:26:1:0 chr14 21831052 . T C 372.16 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00933122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.804;QD=48.02;RBI=0.046603;REFB=-0.1775;REVB=0.0456592;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00345147;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:0:2:28:29:0.935484:13:15:0:0:13:16:1:1 chr14 21871653 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4859;QD=62.3502;RBI=0.0463788;REFB=0;REVB=0.0458574;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667737;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr14 21899631 . C T 334.43 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0632161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.079;QD=19.3873;RBI=0.0632228;REFB=0.00855852;REVB=-0.000920733;RO=34;SAF=10;SAR=25;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907467;STB=0.505048;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.00995528;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:25:10:10:24:25:10:10:24 chr14 21960816 . T C 669.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.305;QD=62.3217;RBI=0.0417826;REFB=0;REVB=-0.0114291;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86374e-05;OID=.;OPOS=21960816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr14 21960969 . G A 212.34 PASS AF=0.645161;AO=18;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0391941;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.605;QD=27.3989;RBI=0.0453287;REFB=0.0128726;REVB=-0.0227709;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564294;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00373493;OID=.;OPOS=21960969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:0:11:18:20:0.645161:10:8:0:0:11:9:3:8 chr14 21993498 . G A 54.9 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0412744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0048;QD=9.54748;RBI=0.107852;REFB=-0.0021408;REVB=0.0996418;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00858701;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:8:7:5:3:8:7 chr14 21993638 . G C 201.5 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.082182;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3252;QD=15.2074;RBI=0.0863019;REFB=-0.00938082;REVB=0.0263464;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141068;STB=0.580689;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0226391;OID=.;OPOS=21993638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:7:16:17:13:7:16:17:13 chr14 22038450 . G A 188.82 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0325939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.62;QD=20.9798;RBI=0.0451939;REFB=-0.0340639;REVB=-0.031307;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165394;STB=0.592501;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0261517;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:4:13:11:8:4:13 chr14 22038525 . G T 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00116188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.608;QD=22.9078;RBI=0.0220472;REFB=-0.0161949;REVB=0.0220165;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308746;STB=0.671381;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00987067;OID=.;OPOS=22038525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:12:9:14:3:12:9:14:3 chr14 22038659 . T C 195.8 PASS AF=1;AO=8;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10621;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.694;QD=48.9489;RBI=0.12216;REFB=0;REVB=0.0603524;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584688;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:8:16:1:6:2:0:0:13:3:0:0 chr14 22102374 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00606034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.761;QD=39.2068;RBI=0.0100272;REFB=0;REVB=0.00798855;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73302e-05;OID=.;OPOS=22102374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr14 22102745 . C A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00457144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.689;QD=14.1689;RBI=0.017376;REFB=-0.0266944;REVB=0.0167639;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454407;STB=0.768666;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0420751;OID=.;OPOS=22102745;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:8:4:8:2:8:4 chr14 22111660 . C T 243.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=78;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.00625698;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.046;QD=12.6435;RBI=0.00846335;REFB=-0.00592973;REVB=0.00569899;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226421;STB=0.629542;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0124204;OID=.;OPOS=22111660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:48:48:29:29:0.376623:12:17:18:30:12:17:18:30 chr14 22133374 . GT G 188.2 PASS AF=0.913043;AO=19;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0061894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=18.1416;QD=32.7303;RBI=0.0990295;REFB=0.0902183;REVB=0.0988359;RO=3;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130869;STB=0.545411;STBP=0.241;TYPE=del;VARB=0.00442557;OID=.;OPOS=22133375;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.913043:19:23:21:23:2:11:10:0:2:6:3:10:9:0:3 chr14 22133416 . A G 173.74 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00591301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.092;QD=19.3042;RBI=0.0370104;REFB=-0.0236014;REVB=-0.036535;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259351;STB=0.645018;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0149241;OID=.;OPOS=22133416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:3:15:10:8:3:15 chr14 22133648 . G A 120.07 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=-0.000122826;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.419;QD=13.3409;RBI=0.00644898;REFB=-0.0135197;REVB=-0.00644781;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215631;STB=0.623506;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0211315;OID=.;OPOS=22133648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:19:3:4:10:19:3 chr14 22133997 . A G 219.02 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00354023;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.359;QD=17.8793;RBI=0.00554552;REFB=0.00334762;REVB=-0.00426843;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564209;STB=0.552167;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00205878;OID=.;OPOS=22133997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:14:12:12:11:15:11 chr14 22236756 . G C 247.26 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0182985;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3109;QD=15.9522;RBI=0.019218;REFB=-0.00583394;REVB=-0.00587337;RO=34;SAF=19;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658498;STB=0.537248;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00625962;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:9:19:21:13:9:19:21:13 chr14 22237070 . C T 189.74 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0101719;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.301;QD=13.0853;RBI=0.0106046;REFB=-0.0246671;REVB=-0.00299808;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222449;STB=0.512771;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.034122;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:35:35:23:23:0.396552:12:11:16:19:12:11:16:19 chr14 22237127 . C T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00961104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.069;QD=59.4253;RBI=0.0299804;REFB=-0.0170805;REVB=0.0283981;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000122969;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:19:23:0:0:19:23:1:0 chr14 22309847 . T C 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00372025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.527;QD=25.0397;RBI=0.00372035;REFB=-0.0118421;REVB=-2.8141e-05;RO=20;SAF=15;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185652;STB=0.510301;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00785183;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:11:15:12:8:11:15:12:8 chr14 22309948 . T C 105.8 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0524168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6221;QD=21.1596;RBI=0.0555144;REFB=-0.0439849;REVB=-0.0182847;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303028;STB=0.517213;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0344394;OID=.;OPOS=22309948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:5:3:5:7:5:3 chr14 22314985 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0108318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.866;QD=17.3255;RBI=0.0108344;REFB=-0.00690115;REVB=0.000238759;RO=25;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189338;STB=0.608582;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00821702;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:14:6:12:13:14:6:12:13 chr14 22315212 . A G 332.9 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0289835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.553;QD=19.0228;RBI=0.0370214;REFB=-0.0189159;REVB=-0.0230335;RO=35;SAF=19;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519785;STB=0.528909;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0178481;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:16:19:21:14:16:19:21:14 chr14 22337393 . G A 786.41 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11936;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8076;QD=56.1725;RBI=0.121489;REFB=0;REVB=-0.0226434;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107216;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:1:0:51:56:1:34:17:1:0:35:21:0:0 chr14 22356491 . G T 266.17 PASS AF=0.510204;AO=26;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0427381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4626;QD=21.728;RBI=0.0428071;REFB=-0.0307575;REVB=0.00242952;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22382;STB=0.594327;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0278821;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:24:26:25:0.510204:18:8:12:9:17:8:12:12 chr14 22356551 . T C 196.65 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00262466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1236;QD=18.2934;RBI=0.084395;REFB=-0.00143007;REVB=0.0843542;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226708;STB=0.627787;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00425163;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:17:6:10:10:17:6 chr14 22362971 . A G 427.18 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0185245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.6541;QD=20.1027;RBI=0.0263962;REFB=-0.0210664;REVB=-0.0188044;RO=41;SAF=25;SAR=18;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482261;STB=0.531502;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0285938;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:42:43:43:0.505882:18:25:26:15:18:25:27:15 chr14 22392304 . G A 130.44 PASS AF=0.339623;AO=17;DP=52;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0118682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5524;QD=9.84457;RBI=0.0171759;REFB=-0.00817222;REVB=0.012416;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247989;STB=0.674807;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0348741;OID=.;OPOS=22392304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:35:17:18:0.339623:6:11:15:20:6:12:14:21 chr14 22392366 . C T 225.69 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00926472;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.62;QD=17.0333;RBI=0.00928564;REFB=-0.0101411;REVB=-0.000623027;RO=27;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2578;STB=0.654728;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00930063;OID=.;OPOS=22392366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:8:17:11:16:8:17:11:17 chr14 22392626 . A C 226.4 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0149344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9409;QD=15.8879;RBI=0.0154928;REFB=-0.0154449;REVB=-0.00412188;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107586;STB=0.560928;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0197162;OID=.;OPOS=22392626;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:17:9:14:17:17:9:14:17 chr14 22392703 . G C 314.05 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.010989;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.735;QD=29.2143;RBI=0.0409712;REFB=0.00249135;REVB=0.03947;RO=16;SAF=18;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767649;STB=0.542341;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.000916271;OID=.;OPOS=22392703;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:16:27:27:0.627907:9:18:9:7:9:18:9:7 chr14 22392807 . T C 277.31 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0162497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.393;QD=26.4102;RBI=0.0517722;REFB=-0.0500765;REVB=0.049156;RO=16;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302626;STB=0.658404;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00793622;OID=.;OPOS=22392807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:17:25:25:0.595238:7:18:5:11:7:18:6:11 chr14 22409571 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0204028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.812;QD=13.4559;RBI=0.0212131;REFB=-0.00368667;REVB=0.00580706;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.561929;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00476511;OID=.;OPOS=22409571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:7:8:7:4:7:8 chr14 22509188 . T C 791.64 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0162191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.564;QD=53.6706;RBI=0.0192557;REFB=-0.0295343;REVB=-0.0103788;RO=2;SAF=22;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040955;STB=0.521731;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00181046;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:35:22:2:0:35:22:2:0 chr14 22521051 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0103961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.08;QD=24.0668;RBI=0.0113721;REFB=0.0111525;REVB=-0.00460925;RO=10;SAF=14;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447987;STB=0.756372;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0155847;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:2:14:4:6:2:14:4:6 chr14 22600490 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00227822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.072;QD=13.661;RBI=0.0300378;REFB=-0.0211289;REVB=0.0299513;RO=21;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386799;STB=0.725488;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0438075;OID=.;OPOS=22600490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:10:4:14:7:10:4:14:7 chr14 22600863 . G A 218.97 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0032881;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.536;QD=19.4638;RBI=0.00371176;REFB=-0.00584574;REVB=-0.00172208;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100444;STB=0.5564;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00618502;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:23:21:22:0.488889:11:10:14:10:12:10:13:10 chr14 22616547 . A G 298.97 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=40;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0251546;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.585;QD=29.1675;RBI=0.0252987;REFB=-0.0264693;REVB=0.00269653;RO=15;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153141;STB=0.588717;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0198544;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:15:25:26:0.634146:14:11:10:5:15:11:10:5 chr14 22631678 . C T 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0120143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.786;QD=21.0076;RBI=0.0143731;REFB=0.000712467;REVB=0.00788935;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385184;STB=0.521716;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.000584839;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:10:7:7:12:10:7 chr14 22636784 . A C 126.53 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.000139869;FXX=0.0270197;HRUN=6;LEN=1;MLLD=232.111;QD=14.0592;RBI=0.0353303;REFB=-0.0395098;REVB=0.03533;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276589;STB=0.620518;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0166041;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:19:11:13:0.361111:5:6:5:13:7:6:5:14 chr14 22636874 . C T 31.04 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0410186;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8219;QD=8.27812;RBI=0.04257;REFB=0.00701219;REVB=-0.0113877;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347085;STB=0.726281;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.012142;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:15:15:10:10:5:5:0.333333:4:1:5:5:4:1:5:5 chr14 22670458 . C T 466.07 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0130179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4376;QD=19.8326;RBI=0.0233733;REFB=-0.00441364;REVB=-0.0194125;RO=48;SAF=25;SAR=21;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370834;STB=0.520571;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00320889;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:21:25:28:20:21:25:28:20 chr14 22670975 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00548478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7784;QD=20.8933;RBI=0.118819;REFB=-0.126946;REVB=-0.118692;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034987;STB=0.519961;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0718111;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:5:1:2:8:5:1 chr14 22690209 . A C 482.93 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0963;QD=58.5375;RBI=0.0396824;REFB=0;REVB=-0.0387036;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102572;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr14 22694926 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0180428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.328;QD=9.84358;RBI=0.0237799;REFB=-0.0124107;REVB=0.01549;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230451;STB=0.640553;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0195673;OID=.;OPOS=22694926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:10:10:7:3:10:10 chr14 22695084 . C T 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0631563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4934;QD=53.2629;RBI=0.0786322;REFB=0;REVB=-0.0468434;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429774;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr14 22695128 . A G 45.99 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00798735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.189;QD=9.19808;RBI=0.0130161;REFB=-0.0191907;REVB=0.0102772;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497665;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0478151;OID=.;OPOS=22695128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:6:7:0.35:1:5:5:8:2:5:5:8 chr14 22788610 . T C 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0207512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.49;QD=19.4662;RBI=0.0216691;REFB=-0.0214714;REVB=0.00624006;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251855;STB=0.642724;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0164983;OID=.;OPOS=22788610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:10:14:7:15:10:14 chr14 22887459 . CG C 199.42 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0950586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.2315;QD=13.5201;RBI=0.129638;REFB=0.0388847;REVB=0.0881474;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.149443;STB=0.555642;STBP=0.366;TYPE=del;VARB=-0.00955274;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525424:30:59:31:59:28:13:18:15:13:99:28:12:18:16:12 chr14 22891794 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00471972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.629;QD=18.2494;RBI=0.0255765;REFB=-0.0126941;REVB=-0.0251373;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590669;STB=0.848884;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00490083;OID=.;OPOS=22891794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:1:12:5:7:1:12:5:7 chr14 22891883 . G C 86.84 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0123302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8257;QD=12.8652;RBI=0.0155122;REFB=-0.0252293;REVB=0.00941249;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304135;STB=0.680509;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0674795;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:7:9:3:8:7:9 chr14 22942890 . G T 203.27 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00598604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.131;QD=10.2919;RBI=0.00839396;REFB=-0.0036294;REVB=-0.00588439;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108268;STB=0.506324;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00513237;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:13:13:27:26:13:13:27:26 chr14 22947903 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00908696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2867;QD=16.4805;RBI=0.0249481;REFB=0.000513353;REVB=-0.0232343;RO=25;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212106;STB=0.622033;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00172398;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:6:13:12:13:6:13:12:13 chr14 22961854 . A G 240.42 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0277312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1519;QD=21.3707;RBI=0.0428034;REFB=0.00272474;REVB=-0.0326055;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135537;STB=0.576042;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00423913;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:13:10:13:9:13:10:13:9 chr14 22972741 . TG CA,TA 869.21 PASS AF=0.0655738,0.934426;AO=4,57;DP=62;FAO=4,57;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=4,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144571,-0.0276284;FXX=0.0161264;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=86.5393,145.437;QD=56.9972;RBI=0.0178968,0.0289144;REFB=0,0;REVB=0.0105492,0.0085274;RO=0;SAF=0,22;SAR=4,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0233037,-0.00609011;OID=.,.;OPOS=22972741,22972742;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:62:61:0:0:4,57:4,57:0.0655738,0.934426:4,35:0,22:0:0:4,35:0,22:0:0 chr14 22972783 . AC A 647.09 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.0352;QD=46.2206;RBI=0.164586;REFB=0;REVB=-0.0758441;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00475262;OID=.;OPOS=22972784;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:54:56:56:0:23:33:0:0:12:0:22:29:0:0 chr14 22972815 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.175;QD=61.684;RBI=0.0101992;REFB=0;REVB=0.0024464;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24268e-05;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr14 22975700 . T G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147099;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.402;QD=57.2377;RBI=0.0150433;REFB=0;REVB=0.00314943;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86209e-05;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr14 22978335 . C T 1896.68 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1036;QD=61.1833;RBI=0.0318999;REFB=0;REVB=0.0210925;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209245;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:124:0:0:122:124:1:64:58:0:0:64:60:0:0 chr14 22984586 . A C 153.63 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0233815;FXX=0.0533262;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.423;QD=8.65539;RBI=0.0233953;REFB=-0.00424769;REVB=0.000802734;RO=48;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378787;STB=0.733575;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0113004;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:48:51:20:20:0.28169:5:15:21:27:5:15:22:29 chr14 22988972 . G C 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0103864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.663;QD=16.4438;RBI=0.0115507;REFB=0.00465356;REVB=-0.00505384;RO=26;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090867;STB=0.534572;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.00481743;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:7:13:19:7:7:13:19:8 chr14 22993278 . A AG 409.16 PASS AF=1;AO=45;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.2089;QD=34.0971;RBI=0.078568;REFB=0;REVB=0.069642;RO=3;SAF=23;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182553;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00121249;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:49:48:48:0:25:23:0:0:9:3:23:22:2:1 chr14 22997524 . A G 1494.94 PASS AF=0.990291;AO=96;DP=98;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0317545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.982;QD=58.0558;RBI=0.0367917;REFB=0.077683;REVB=-0.0185818;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.504672;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00131192;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:103:0:1:96:102:0.990291:46:50:0:0:49:53:1:0 chr14 22998590 . AG A 646.77 PASS AF=1;AO=54;DP=60;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479153;FXX=0.0499917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.8789;QD=45.3872;RBI=0.0121668;REFB=0;REVB=0.0111836;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241545;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00101941;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:60:57:57:0:35:22:0:0:12:1:35:19:0:1 chr14 22998619 . AC A 673.82 PASS AF=1;AO=55;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0665005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.7099;QD=46.4702;RBI=0.0666871;REFB=0;REVB=0.0049853;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184819;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00170942;OID=.;OPOS=22998620;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:55:58:58:58:0:31:27:0:0:12:1:30:25:0:1 chr14 23000062 . T C 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.87;QD=61.6769;RBI=0.0658735;REFB=0;REVB=0.016286;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501449;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr14 23025932 . A T 1616.5 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.446;QD=59.8702;RBI=0.0564609;REFB=0;REVB=0.0300637;RO=0;SAF=44;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010219;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:63:44:0:0:64:44:0:0 chr14 23044002 . G T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00568498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.283;QD=15.8818;RBI=0.019081;REFB=-0.032662;REVB=0.0182145;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22222;STB=0.631288;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0312409;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:6:4:2:8:6:4 chr14 23072587 . G C 55.53 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0310795;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8483;QD=4.11303;RBI=0.032168;REFB=-0.0283491;REVB=-0.00829711;RO=42;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.560654;STB=0.848472;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.141158;OID=.;OPOS=23072587;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:54:42:43:11:11:0.203704:2:9:14:28:2:9:15:28 chr14 23081223 . T C 270.06 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0407139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9774;QD=23.4832;RBI=0.0500447;REFB=-0.0345864;REVB=0.0291007;RO=20;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201228;STB=0.605005;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0360837;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:19:6:9:11:19:6:9:12 chr14 23102784 . AA CG,GA 32.35 PASS AF=0,0.24;AO=2,4;DP=24;FAO=0,6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00573856,-0.00430605;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=112.181,92.7622;QD=5.17527;RBI=0.0533175,0.0549059;REFB=0.00114935,-0.000718574;REVB=-0.0530077,-0.0547368;RO=18;SAF=0,1;SAR=2,3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.499987,-0.238271;STB=0.5,0.736808;STBP=1,0.233;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.000550452;OID=.,.;OPOS=23102784,23102784;OREF=AA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:24:25:18:19:2,4:0,6:0,0.24:2,3:0,1:8:10:0,5:0,1:8:11 chr14 23102969 . G A 40.76 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0134883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1712;QD=11.6456;RBI=0.0548182;REFB=-0.0671604;REVB=0.0531329;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.713701;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0770569;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:14:6:8:6:6:0.428571:3:3:1:5:3:3:1:7 chr14 23103040 . C T 95.63 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00694392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9386;QD=11.5913;RBI=0.125075;REFB=-0.0107157;REVB=-0.124882;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0126433;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:9:12:5:7:9:12 chr14 23103282 . T C 158.12 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0246709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.648;QD=25.2992;RBI=0.0278683;REFB=0.000545509;REVB=0.012961;RO=9;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945429;STB=0.553004;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00185218;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:25:25:9:9:16:16:0.64:11:5:4:5:11:5:4:5 chr14 23103347 . T C 152.31 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0269814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8461;QD=21.0089;RBI=0.0567974;REFB=-0.0475352;REVB=-0.0499794;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171681;STB=0.596299;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0245085;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:3:10:9:7:3:10 chr14 23103354 . AC GT 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0609789;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.359;QD=17.9561;RBI=0.0613423;REFB=-0.0149719;REVB=0.00666729;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232936;STB=0.641277;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=0.0116631;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:9:7:3:13:9:7:3:14 chr14 23235808 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00191541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.324;QD=57.1052;RBI=0.0274401;REFB=0;REVB=0.0273731;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.28585e-05;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr14 23236524 . C T 699.14 PASS AF=0.981481;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.039;QD=51.7881;RBI=0.0343756;REFB=-0.187142;REVB=0.0113683;RO=1;SAF=37;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125594;STB=0.506327;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000594028;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:51:53:0.981481:14:37:1:0:14:39:1:0 chr14 23242828 . T C 185.89 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782371;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5671;QD=46.4733;RBI=0.0782932;REFB=0;REVB=-0.00296372;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00454977;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:10:6:0:0 chr14 23248112 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00219593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9908;QD=21.9444;RBI=0.0533546;REFB=-0.00333049;REVB=0.0533094;RO=12;SAF=2;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51398;STB=0.795022;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00682822;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:14:2:8:4:14:2:8:4 chr14 23282110 . A G 173.78 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.685;QD=46.3409;RBI=0.0754275;REFB=0;REVB=0.0615557;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010489;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr14 23282449 . C T 306.23 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0236851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.018;QD=47.1125;RBI=0.0441399;REFB=0.00532169;REVB=0.0372471;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0188647;STB=0.510195;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.000189414;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:9:15:1:1:9:15:1:1 chr14 23299135 . G T 1138.79 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00544994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.571;QD=59.1581;RBI=0.00748869;REFB=-0.115355;REVB=0.00513601;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119781;STB=0.506327;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000399781;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:75:76:0.987013:39:36:0:1:39:37:0:1 chr14 23299286 . T C 726.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749777;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.386;QD=56.9855;RBI=0.0192077;REFB=0;REVB=0.0176838;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10319e-05;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr14 23303641 . A C 577.22 PASS AF=0.954545;AO=38;DP=41;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0274773;FXX=0.0222173;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.394;QD=52.4743;RBI=0.039642;REFB=-0.0731794;REVB=0.0285743;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322882;STB=0.533317;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00182195;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:44:1:2:38:42:0.954545:24:14:1:0:28:14:2:0 chr14 23306048 . CC TC,TT 257.98 PASS AF=0.863636,0.0909091;AO=19,2;DP=22;FAO=19,2;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=243.783,212.6;QD=46.9046;RBI=0.00877015,0.00888521;REFB=-0.143531,-0.119344;REVB=0.00877015,0.00888521;RO=1;SAF=0,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000922364,-0.00470174;OID=.,.;OPOS=23306048,23306048;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:22:1:1:19,2:19,2:0.863636,0.0909091:19,2:0,0:0:1:19,2:0,0:0:1 chr14 23312594 . G A 203.22 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0134921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.72;QD=14.7795;RBI=0.0138667;REFB=-0.0254494;REVB=-0.00320141;RO=31;SAF=16;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223461;STB=0.527755;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.036368;OID=.;OPOS=23312594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:31:31:22:24:0.436364:6:16:22:9:8:16:22:9 chr14 23321900 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.634;QD=49.598;RBI=0.00290462;REFB=0;REVB=0.00244118;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26223e-06;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 23371055 . G C 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0102513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.24;QD=12.739;RBI=0.0808529;REFB=-0.0249987;REVB=0.0802004;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187303;STB=0.610847;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0266734;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:7:3:4:4:7:3 chr14 23371255 . G GGGC 58.16 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017866;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=3;MLLD=193.117;QD=25.8496;RBI=0.0767256;REFB=-0.0400353;REVB=0.0746165;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=ins;VARB=0.0158918;OID=.;OPOS=23371256;OREF=-;OALT=GGC;OMAPALT=GGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:7:10:7:9:2:3:4:0:2:11:2:3:4:0:2 chr14 23374435 . G A 781.51 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.234;QD=56.8373;RBI=0.0566247;REFB=0;REVB=0.0523468;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180221;OID=.;OPOS=23374435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:43:55:1:27:16:0:0:39:16:0:0 chr14 23374862 . C T 142.06 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.508;QD=43.7101;RBI=0.0372104;REFB=0;REVB=0.0137891;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472749;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr14 23398902 . C T 619.94 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0672138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.899;QD=59.0418;RBI=0.112008;REFB=0.0335659;REVB=0.0895996;RO=1;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323316;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000277148;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:14:27:0:1:14:27:0:1 chr14 23398990 . T G 501.42 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.263;QD=57.3048;RBI=0.0270475;REFB=0;REVB=0.0144528;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202476;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:17:17:0:1:18:17:0:0 chr14 23398995 . G A 95.99 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0242373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0124;QD=11.9983;RBI=0.0272244;REFB=-0.0506268;REVB=-0.0123986;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378639;STB=0.749583;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0815538;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:18:20:12:12:0.375:3:9:7:11:3:9:7:13 chr14 23426181 . G GA 172.46 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.192199;FXX=0.149925;HRUN=0;LEN=1;MLLD=91.0692;QD=40.5787;RBI=0.192205;REFB=0;REVB=-0.00160876;RO=16;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560396;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000739641;OID=.;OPOS=23426182;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:17:17:0:8:9:0:0:3:16:0:2:9:7 chr14 23426182 . C A,G 223.59 PASS AF=0.85,0.15;AO=15,2;DP=18;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156958,-0.0123007;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.517,82.6078;QD=44.7177;RBI=0.157791,0.0328575;REFB=0,0;REVB=0.0161852,0.0304681;RO=0;SAF=8,0;SAR=7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00273661,0.342998;OID=.,.;OPOS=23426182,23426182;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:20:0:0:15,2:17,3:0.85,0.15:7,2:8,0:0:0:7,2:10,1:0:0 chr14 23512430 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0119411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2058;QD=10.3792;RBI=0.034671;REFB=0.00672363;REVB=-0.0325498;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25384;STB=0.651856;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.012882;OID=.;OPOS=23512430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:4:5:5:11:4:5:5:11 chr14 23512751 . C CT 64.99 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.133433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.1688;QD=11.8167;RBI=0.134454;REFB=0.0121757;REVB=0.0165313;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466795;STB=0.650827;STBP=0.236;TYPE=ins;VARB=-0.00536592;OID=.;OPOS=23512752;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:9:22:10:22:12:2:8:5:7:64:13:1:8:6:7 chr14 23512922 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0562541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5849;QD=26.5703;RBI=0.069773;REFB=0.0114057;REVB=0.0412764;RO=3;SAF=9;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901728;STB=0.529356;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=-0.00543496;OID=.;OPOS=23512922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:3:4:11:11:0.733333:2:9:2:1:2:9:3:1 chr14 23530622 . T C 200.86 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0319126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.888;QD=15.1593;RBI=0.0390034;REFB=-0.017717;REVB=-0.0224243;RO=29;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912078;STB=0.539595;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0251073;OID=.;OPOS=23530622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:30:23:23:0.433962:13:10:10:19:13:10:11:19 chr14 23548783 . A AGAACGT,T 336.71 PASS AF=0.267327,0.138614;AO=27,14;DP=101;FAO=27,14;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=16,6;FSAR=11,8;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0161256,-0.0394821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=181.795,68.8204;QD=13.3352;RBI=0.0180603,0.0399793;REFB=-0.0210538,-0.0183501;REVB=-0.00813262,0.00628547;RO=60;SAF=16,6;SAR=11,8;SRF=35;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0112101,-0.1916;STB=0.506591,0.623402;STBP=0.94,0.324;TYPE=ins,snp;VARB=0.040614,0.0712327;OID=.,.;OPOS=23548784,23548783;OREF=-,A;OALT=GAACGT,T;OMAPALT=AGAACGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:60:60:27,14:27,14:0.267327,0.138614:11,8:16,6:35:25:11,8:16,6:35:25 chr14 23549319 . A G 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00488457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.955;QD=12.2165;RBI=0.0255748;REFB=-0.0227538;REVB=-0.025104;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01619;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0314653;OID=.;OPOS=23549319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:14:13:7:8:14:13 chr14 23549378 . GC G,GG 582.63 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=5,33;DP=38;FAO=2,37;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0014773,0.00223696;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=236.865,247.569;QD=59.7572;RBI=0.045397,0.0422332;REFB=0,0;REVB=0.0453729,0.0421739;RO=0;SAF=4,18;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00866757,0.000257589;OID=.,.;OPOS=23549379,23549379;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0512821,0.948718:5,33:38:2,37:39:0:1,21:1,16:0:0:8:0:4,18:1,15:0:0 chr14 23549785 . T C 80.33 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0292607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.861;QD=7.47218;RBI=0.0296795;REFB=-0.00965297;REVB=0.0049682;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145797;STB=0.603258;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0327755;OID=.;OPOS=23549785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:43:31:32:11:11:0.255814:7:4:15:16:7:4:16:16 chr14 23567774 . T A 108.2 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.000169203;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.376;QD=12.3655;RBI=0.0447486;REFB=-0.00878504;REVB=-0.0447483;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289406;STB=0.65494;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0171132;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:21:22:13:13:0.371429:8:5:14:7:8:5:14:8 chr14 23567883 . A T 33.12 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=27;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.033627;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.1658;QD=4.73133;RBI=0.0341383;REFB=-0.00512801;REVB=0.00588622;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212559;STB=0.749531;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.118907;OID=.;OPOS=23567883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:27:28:21:20:6:8:0.285714:4:2:4:17:4:4:3:17 chr14 23569106 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.071;QD=53.9107;RBI=0.0573713;REFB=0;REVB=-0.00530906;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028722;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr14 23571671 . A T 679.25 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.577;QD=61.7503;RBI=0.0497052;REFB=0;REVB=-0.0150964;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139961;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:31:12:0:0:31:13:0:0 chr14 23573960 . C T 144.83 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0216318;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.871;QD=14.8539;RBI=0.0242814;REFB=-0.0367098;REVB=0.0110295;RO=18;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136325;STB=0.510191;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0275724;OID=.;OPOS=23573960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:23:16:16:0.410256:6:10:11:7:6:10:14:9 chr14 23574113 . A G 88.99 PASS AF=0.769231;AO=6;DP=11;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0430194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7791;QD=27.383;RBI=0.0654526;REFB=-0.128508;REVB=0.0493292;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.666324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0225658;OID=.;OPOS=23574113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:13:0:3:6:10:0.769231:5:1:0:0:7:3:3:0 chr14 23595721 . A G 727.72 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000472403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2194;QD=63.2796;RBI=0.0220452;REFB=0;REVB=0.0220402;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189068;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr14 23598952 . A G 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.243;QD=62.9773;RBI=0.0174273;REFB=0;REVB=0.0119125;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79664e-05;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr14 23746269 . C G 264.23 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.00684993;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.279;QD=15.0986;RBI=0.0126798;REFB=-0.0219788;REVB=-0.0106703;RO=41;SAF=19;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507362;STB=0.541638;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0383632;OID=.;OPOS=23746269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:40:29:30:0.428571:10:19:25:16:10:20:24:16 chr14 23777099 . G A 321.33 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00703123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.744;QD=18.9017;RBI=0.0472145;REFB=-0.0329365;REVB=0.046688;RO=34;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792277;STB=0.544092;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.03827;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:17:17:20:14:17:17:20:14 chr14 23777374 . A G 1568.52 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.148;QD=64.0212;RBI=0.011474;REFB=0;REVB=0.000221122;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00459e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr14 23826792 . G A 443.87 PASS AF=0.46875;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.123739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7794;QD=18.4946;RBI=0.136351;REFB=-0.057332;REVB=0.0572727;RO=50;SAF=23;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293919;STB=0.521508;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0688979;OID=.;OPOS=23826792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:51:45:45:0.46875:22:23:24:26:22:23:24:27 chr14 23826822 . C T 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00735086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.873;QD=16.7315;RBI=0.0158434;REFB=-0.00905257;REVB=0.0140349;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464428;STB=0.526095;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0105534;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:17:14:18:18:17:14:18:18 chr14 23830042 . T C 36.68 PASS AF=0.25;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0297689;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3212;QD=6.11369;RBI=0.035399;REFB=0.00643723;REVB=0.0191548;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420114;STB=0.780226;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00586765;OID=.;OPOS=23830042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:24:18:18:6:6:0.25:1:5:9:9:1:5:9:9 chr14 23844979 . C A 275.17 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0210113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.778;QD=13.1035;RBI=0.0274501;REFB=-0.0262826;REVB=-0.0176645;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190478;STB=0.503019;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0396353;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:52:32:32:0.380952:14:18:29:21:14:18:29:23 chr14 23845244 . G A 105.74 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0322082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8524;QD=11.431;RBI=0.0350632;REFB=0.00122065;REVB=0.0138587;RO=22;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452951;STB=0.767462;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00173341;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:22:24:13:13:0.351351:12:1:7:15:12:1:7:17 chr14 23848311 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00879494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.772;QD=14.2613;RBI=0.0135706;REFB=-0.0129897;REVB=0.0103349;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277422;STB=0.670525;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0135554;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:10:6:15:8:10:6:16:8 chr14 23855569 . A G 707.17 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7794;QD=62.8596;RBI=0.0327874;REFB=0;REVB=0.0303738;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314472;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:42:45:1:13:29:0:0:13:32:0:0 chr14 23944505 . G A 128.92 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00340418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6729;QD=12.577;RBI=0.0126098;REFB=-0.0310036;REVB=0.0121416;RO=26;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479883;STB=0.775806;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0411762;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:10:5:21:5:10:5:21:5 chr14 23944514 . C A 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0157858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.457;QD=15.6502;RBI=0.0165774;REFB=-0.0187771;REVB=0.00506135;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447755;STB=0.742482;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0339672;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:11:5:16:4:11:5:16:5 chr14 23947374 . G A 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00352507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.616;QD=11.1849;RBI=0.00389123;REFB=0.000574744;REVB=0.00164789;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858387;STB=0.578864;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.00123254;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:35:19:19:0.351852:8:11:16:16:8:11:16:19 chr14 23992742 . T G 427.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4051;QD=57.0555;RBI=0.0263957;REFB=0;REVB=-0.0203055;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75601e-05;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:18:12:0:0 chr14 23993585 . TGGGGGGC TGGGGGC,TGGGGGCG 131.51 PASS AF=0.681818,0.272727;AO=11,5;DP=22;FAO=15,6;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=5,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.15143,-0.00481033;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.1325,30.4814;QD=23.9108;RBI=0.333485,0.125012;REFB=0.024154,0.0593077;REVB=0.297121,0.124919;RO=2;SAF=8,0;SAR=3,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.526316,0;SSEP=0.576923,0;SSSB=0.0754271,-0.749526;STB=0.545392,0.5;STBP=0.287,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0820628,-0.0320201;OID=.,.;OPOS=23993586,23993591;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGC,TGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.681818,0.272727:11,5:22:15,6:22:1:10,0:5,6:0:1:30:2:8,0:3,5:1:1 chr14 23994517 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.902;QD=58.1419;RBI=0.0241128;REFB=0;REVB=0.0121297;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75983e-05;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr14 24026493 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0212397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7105;QD=8.24606;RBI=0.0271482;REFB=0.0273678;REVB=0.0169085;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236887;STB=0.642522;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0601612;OID=.;OPOS=24026493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:2:13:5:2:2:13 chr14 24028906 . GGC G,GG,GGG 326.61 PASS AF=0,1,0;AO=8,20,3;DP=38;FAO=0,35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20,0;FSAR=0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116852,0.0653899,-0.0498042;FXX=0.0277701;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=7.78598,12.6475,4.89199;QD=37.3273;RBI=0.201227,0.165126,0.334016;REFB=0.00871839,-0.0203828,-0.045911;REVB=-0.163822,0.151628,0.330282;RO=5;SAF=0,14,3;SAR=8,6,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.79802,0.0425992,0.658479;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00591492,0.0869182;OID=.,.,.;OPOS=24028907,24028908,24028908;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:8,20,3:38:0,35,0:35:0:0,20,0:0,15,0:0:0:3:5:0,14,3:8,6,0:3:2 chr14 24261219 . T C 237.54 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0116504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6177;QD=16.1046;RBI=0.0139124;REFB=-0.0259893;REVB=0.00760409;RO=31;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28676;STB=0.652924;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.036728;OID=.;OPOS=24261219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:10:17:10:21:10:17:11:21 chr14 24261273 . G C 184.02 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0279081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.231;QD=14.7215;RBI=0.028816;REFB=-0.0175068;REVB=0.00717611;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245297;STB=0.639871;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0316844;OID=.;OPOS=24261273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:8:22:10:10:8:22 chr14 24261275 . C T 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0157034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.347;QD=15.2556;RBI=0.0327519;REFB=-0.00387757;REVB=-0.0287418;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245297;STB=0.639871;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00204926;OID=.;OPOS=24261275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:8:22:10:10:8:22 chr14 24261340 . A G 61.7 PASS AF=0.346154;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0937321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6533;QD=9.4928;RBI=0.0960078;REFB=-0.00852982;REVB=0.0207794;RO=18;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39729;STB=0.608434;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0206906;OID=.;OPOS=24261340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:18:17:8:9:0.346154:7:1:7:11:7:2:6:11 chr14 24458162 . G C 538.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5916;QD=59.8362;RBI=0.0230881;REFB=0;REVB=-0.0205218;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381079;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr14 24458211 . A T 392.18 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.000878114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.809;QD=19.609;RBI=0.00175118;REFB=-0.0227605;REVB=-0.00151511;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104424;STB=0.563908;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0275937;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:40:39:40:0.5:17:22:27:13:18:22:27:13 chr14 24459493 . G A 32.42 PASS AF=0.16;AO=4;DP=25;FAO=4;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.144039;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.5578;QD=5.18742;RBI=0.160799;REFB=-0.00372203;REVB=0.0714777;RO=17;SAF=2;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333506;STB=0.521631;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.022171;OID=.;OPOS=24459493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:25:25:17:19:4:4:0.16:2:2:9:8:2:2:10:9 chr14 24470138 . C T 175.24 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00957204;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.742;QD=10.0139;RBI=0.0111913;REFB=-0.0114527;REVB=0.00579844;RO=45;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364872;STB=0.50819;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0270067;OID=.;OPOS=24470138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:47:23:23:0.328571:10:13:24:21:10:13:26:21 chr14 24505722 . C G 247.28 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=57;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00808452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.716;QD=16.765;RBI=0.0304507;REFB=-0.0249443;REVB=-0.0293579;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112134;STB=0.586403;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0250578;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:31:26:28:0.474576:10:16:15:15:10:18:15:16 chr14 24507010 . C A 192.01 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0144945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5521;QD=11.8157;RBI=0.035188;REFB=-0.0175366;REVB=-0.0320641;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30977;STB=0.677282;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0310807;OID=.;OPOS=24507010;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:12:29:10:14:12:29 chr14 24526206 . T C 91.34 PASS AF=0.5;AO=6;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0261146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.139;QD=18.2678;RBI=0.0401326;REFB=-0.0505093;REVB=0.0304738;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.555446;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0397895;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:20:7:8:6:10:0.5:4:2:2:5:5:5:3:5 chr14 24527220 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00907337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.086;QD=14.9787;RBI=0.0329122;REFB=0.0076522;REVB=-0.0316368;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151801;STB=0.589287;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00996517;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:3:7:6:5:3:7:6:5 chr14 24529209 . C T 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0392464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.125;QD=14.7948;RBI=0.0393042;REFB=-0.0151793;REVB=0.00213188;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251218;STB=0.649179;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0140773;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:5:8:9:2:5:8 chr14 24529260 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0185505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.648;QD=9.56967;RBI=0.0188152;REFB=-0.00403887;REVB=0.00314524;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178816;STB=0.608437;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00525336;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:5:10:4:4:5:10 chr14 24529890 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.138;QD=51.1843;RBI=0.0724626;REFB=0;REVB=0.0463081;RO=0;SAF=1;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734735;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:19:1:0:0:19:1:0:0 chr14 24543808 . G C 156.95 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00342025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.855;QD=16.0971;RBI=0.00772763;REFB=-0.0147408;REVB=-0.00692951;RO=22;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786889;STB=0.545399;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0286962;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:5:12:14:8:5:12:14:8 chr14 24545375 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8976;QD=45.8057;RBI=0.0463098;REFB=0;REVB=0.0289042;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197172;OID=.;OPOS=24545375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr14 24551796 . A C 32.84 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=96;FAO=9;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=86;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=53;FWDB=-0.0693355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4801;QD=1.38265;RBI=0.0704615;REFB=-0.00319758;REVB=-0.012546;RO=73;SAF=7;SAR=2;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420448;STB=0.827304;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.176586;OID=.;OPOS=24551796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:96:95:73:86:9:9:0.0947368:2:7:30:43:2:7:33:53 chr14 24567498 . A C 1403.13 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146619;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0575;QD=61.6759;RBI=0.0547597;REFB=-0.0124019;REVB=-0.0527603;RO=1;SAF=50;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938573;STB=0.504949;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000568432;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:90:90:0.989011:40:50:1:0:40:50:1:0 chr14 24614361 . T G 1059.52 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.814;QD=58.8621;RBI=0.0518468;REFB=0;REVB=0.051742;RO=1;SAF=49;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297654;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:1:0:70:72:1:21:49:0:1:23:49:0:0 chr14 24615435 . T C 189.55 PASS AF=0.375;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0260205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4727;QD=11.8469;RBI=0.0325794;REFB=-0.0263039;REVB=0.0196048;RO=40;SAF=14;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996773;STB=0.516515;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0520674;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:40:23:24:0.375:9:14:24:16:9:15:24:16 chr14 24617238 . C T 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00528784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.531;QD=15.6247;RBI=0.0393427;REFB=-0.0179442;REVB=0.0389858;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668603;STB=0.538417;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0227844;OID=.;OPOS=24617238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:8:15:10:7:8:15 chr14 24641838 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0254369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.677;QD=19.646;RBI=0.0254997;REFB=-0.0119557;REVB=0.00178801;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335209;STB=0.519196;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00776481;OID=.;OPOS=24641838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:4:4:6:5:4:4 chr14 24642348 . C T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00973544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.147;QD=14.1957;RBI=0.0108508;REFB=-0.0223307;REVB=-0.00479172;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126392;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0251733;OID=.;OPOS=24642348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:13:9:8:7:13:9 chr14 24646406 . G A,GGAA 434.89 PASS AF=0.173913,0.630435;AO=8,27;DP=47;FAO=8,29;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=8,21;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0424117,-0.0138707;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=55.0086,179.684;QD=37.8167;RBI=0.0496225,0.0173576;REFB=-0.0229066,-0.050372;REVB=-0.0257613,-0.010435;RO=11;SAF=8,19;SAR=0,8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.73424,-0.0753749;STB=0.997602,0.551035;STBP=0.265,0.37;TYPE=snp,ins;VARB=0.0305581,0.00113266;OID=.,.;OPOS=24646406,24646407;OREF=G,-;OALT=A,GAA;OMAPALT=A,GGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:47:46:11:9:8,27:8,29:0.173913,0.630435:0,8:8,19:9:2:0,8:8,21:8:1 chr14 24647814 . T C 786.86 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.163;QD=64.2336;RBI=0.0724004;REFB=0;REVB=0.026947;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307425;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:19:28:0:0:21:28:0:0 chr14 24653523 . G C 59.38 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0154375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.73;QD=15.8352;RBI=0.0176102;REFB=-0.0282093;REVB=0.00847384;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372308;STB=0.717291;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0212418;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:6:7:7:8:0.533333:6:1:3:3:7:1:3:4 chr14 24653954 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0108452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.759;QD=18.2488;RBI=0.0300239;REFB=-0.0111144;REVB=0.0279967;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248839;STB=0.514264;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0279999;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:4:8:9:4:4:8 chr14 24653965 . C T 79.11 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0278747;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.485;QD=13.7582;RBI=0.0281957;REFB=0.00889;REVB=-0.00424284;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945612;STB=0.555448;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0220143;OID=.;OPOS=24653965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:4:9:6:4:4:9 chr14 24654489 . T C 671.89 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00959055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.605;QD=52.697;RBI=0.0243933;REFB=-0.00462739;REVB=-0.0224288;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209097;STB=0.52173;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000119592;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:27:22:1:0:27:22:2:0 chr14 24657407 . T G 767.99 PASS AF=1;AO=35;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510087;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.889;QD=56.8881;RBI=0.12382;REFB=0;REVB=0.112825;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135687;OID=.;OPOS=24657407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:35:54:1:7:28:0:0:22:32:0:0 chr14 24683266 . CA C 155.32 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00186189;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.0208;QD=17.7506;RBI=0.099167;REFB=-0.0308689;REVB=-0.0991495;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179656;STB=0.608598;STBP=0.221;TYPE=del;VARB=0.0126638;OID=.;OPOS=24683267;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:20:36:20:35:15:7:13:2:13:92:14:7:13:2:12 chr14 24729687 . C T 412.27 PASS AF=0.460784;AO=42;DP=98;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0037059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.957;QD=16.1675;RBI=0.0360679;REFB=-0.0305046;REVB=0.035877;RO=54;SAF=29;SAR=13;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108921;STB=0.522079;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0367921;OID=.;OPOS=24729687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:54:55:42:47:0.460784:13:29:32:22:17:30:33:22 chr14 24731047 . C T 59.81 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00400884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5494;QD=5.83476;RBI=0.0759998;REFB=-0.00903138;REVB=-0.075894;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549173;STB=0.535633;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0460182;OID=.;OPOS=24731047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:41:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:20:12:3:6:20:12 chr14 24736027 . G A 380.84 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00479847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3294;QD=52.5301;RBI=0.0452598;REFB=-0.122725;REVB=0.0450047;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00663303;OID=.;OPOS=24736027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:13:15:0:0:13:15:0:1 chr14 24736961 . T C 937.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.814;QD=58.5988;RBI=0.0294049;REFB=0;REVB=-0.0110518;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91753e-05;OID=.;OPOS=24736961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr14 24760764 . G A 256.06 PASS AF=0.38961;AO=28;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0142515;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.332;QD=13.302;RBI=0.0360332;REFB=-0.00957023;REVB=-0.0330951;RO=46;SAF=20;SAR=8;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411913;STB=0.738224;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0152417;OID=.;OPOS=24760764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:28:30:0.38961:8:20:15:31:8:22:16:31 chr14 24761467 . G T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0117594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4795;QD=12.8603;RBI=0.0703377;REFB=0.0130347;REVB=-0.0693477;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555391;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0198034;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:2:5:5:2:2:5:5:3 chr14 24768291 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0117474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.616;QD=17.3254;RBI=0.0141208;REFB=-0.00768962;REVB=0.00783553;RO=25;SAF=4;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581099;STB=0.533299;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.010265;OID=.;OPOS=24768291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:16:4:6:19:16:4:6:19 chr14 24771256 . T C 1912.43 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.295;QD=61.6913;RBI=0.0549837;REFB=0;REVB=0.0451465;RO=0;SAF=44;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108676;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:124:0:0:124:124:1:80:44:0:0:80:44:0:0 chr14 24786293 . T G 283.44 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109548;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.71;QD=49.2944;RBI=0.0112316;REFB=0.018488;REVB=0.00247815;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.571357;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00212907;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:19:3:1:0:19:3:1:0 chr14 24786976 . T C 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.144;QD=56.6963;RBI=0.0262329;REFB=0;REVB=0.0246265;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202304;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr14 24793600 . G A 375.54 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.282;QD=55.6361;RBI=0.0172251;REFB=0;REVB=0.00399342;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4243e-05;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:14:12:0:0:14:13:0:0 chr14 24795495 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.001;QD=43.4861;RBI=0.0320804;REFB=0;REVB=-0.000764255;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651178;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr14 24802018 . G A 146.66 PASS AF=0.425;AO=15;DP=42;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0251384;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.973;QD=14.6656;RBI=0.053352;REFB=-0.00726777;REVB=0.0470584;RO=20;SAF=1;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634622;STB=0.872158;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0470774;OID=.;OPOS=24802018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:20:23:15:17:0.425:14:1:11:9:16:1:11:12 chr14 24805463 . G T 111.7 PASS AF=0.4;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0366132;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.605;QD=12.7659;RBI=0.107303;REFB=-0.0154854;REVB=0.100864;RO=20;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387931;STB=0.732942;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0667674;OID=.;OPOS=24805463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:21:13:14:0.4:11:2:9:11:12:2:9:12 chr14 24821299 . C T 221.58 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.019793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0736;QD=18.4651;RBI=0.0418882;REFB=-0.0150934;REVB=-0.0369169;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098829;STB=0.545413;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0158863;OID=.;OPOS=24821299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:10:12:11:14:10:12:12:14 chr14 24839165 . C T 204.07 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0472642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5836;QD=12.5579;RBI=0.0965844;REFB=-0.0152128;REVB=-0.0842297;RO=40;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160923;STB=0.592518;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0222038;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:15:10:22:18:15:10:22:18 chr14 24846757 . A G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00217669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.635;QD=15.1599;RBI=0.00281887;REFB=0.0165853;REVB=-0.00179111;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910968;STB=0.552566;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0208639;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:13:9:8:8:13:9 chr14 24868622 . GGC G,GGG 99.61 PASS AF=0.481481,0;AO=7,5;DP=29;FAO=13,0;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3,0;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.108804,0.0932011;FXX=0.0689417;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.1737,17.1297;QD=14.7576;RBI=0.108805,0.102048;REFB=-0.112304,-0.0041777;REVB=-0.00048746,-0.0415621;RO=15;SAF=3,0;SAR=4,5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0.509542,0;SSEP=0,0;SSSB=0.27463,-0.638275;STB=0.512177,0.5;STBP=0.921,1;TYPE=del,snp;VARB=0.125945,0;OID=.,.;OPOS=24868623,24868624;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481,0:7,5:29:13,0:27:14:3,0:10,0:3:11:98:15:3,0:4,5:3:12 chr14 24878370 . C T 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.020258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.072;QD=18.2893;RBI=0.0225576;REFB=0.0103179;REVB=-0.00992267;RO=33;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100311;STB=0.556062;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0106839;OID=.;OPOS=24878370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:19:13:17:16:19:13:17:16 chr14 24888335 . T C 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.0436776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5955;QD=10.4737;RBI=0.052545;REFB=0.0168865;REVB=-0.0292103;RO=37;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00894064;STB=0.505258;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0312582;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:16:3:6:31:16:3:6:31 chr14 24898558 . C T 466.25 PASS AF=0.8;AO=35;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00485585;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.171;QD=41.4447;RBI=0.00493041;REFB=-0.158389;REVB=-0.000854195;RO=3;SAF=13;SAR=22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964049;STB=0.621554;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00841052;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:3:9:35:36:0.8:22:13:3:0:22:14:9:0 chr14 24906534 . G A 311.47 PASS AF=0.692308;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0298665;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9189;QD=31.9452;RBI=0.0305363;REFB=-0.0294303;REVB=0.00636056;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929935;STB=0.554872;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0157071;OID=.;OPOS=24906534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:40:39:12:12:26:27:0.692308:11:15:5:7:11:16:5:7 chr14 24907508 . C A,CA 524.82 PASS AF=0,0.503876;AO=5,55;DP=135;FAO=0,65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=0,27;FSAR=0,38;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=0.00891598,0.02133;FXX=0.00769172;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.2449,21.233;QD=16.2734;RBI=0.0145288,0.0236669;REFB=-0.015096,-0.0237589;REVB=-0.0114713,0.0102544;RO=74;SAF=0,23;SAR=5,32;SRF=37;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.516679,-0.0846107;STB=0.5,0.526999;STBP=1,0.567;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0153384;OID=.,.;OPOS=24907508,24907509;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:135:129:74:64:5,55:0,65:0,0.503876:5,32:0,23:37:37:0,38:0,27:30:34 chr14 24907552 . C T 402.83 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00246796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.938;QD=19.1823;RBI=0.0125072;REFB=-0.0231659;REVB=-0.0122613;RO=43;SAF=20;SAR=21;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432916;STB=0.524074;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0233824;OID=.;OPOS=24907552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:21:20:23:20:21:20:23:20 chr14 24907580 . G A 260.57 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00968277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.131;QD=18.9507;RBI=0.0138377;REFB=-0.00327984;REVB=0.00988569;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507037;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00412365;OID=.;OPOS=24907580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:27:28:0.509091:17:10:10:17:18:10:10:17 chr14 24909362 . T C 240.2 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0180727;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.518;QD=18.1286;RBI=0.0305341;REFB=-0.0201788;REVB=0.0246111;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840598;STB=0.565988;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0166141;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:11:16:13:13:10:17 chr14 24909475 . C G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0220756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.293;QD=21.3533;RBI=0.0248706;REFB=-0.0168228;REVB=-0.0114548;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109623;STB=0.5624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00788564;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:4:5:9:4:4:5 chr14 24909629 . C A 455.95 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=65;FAO=44;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.213667;FXX=0.0277739;HRUN=6;LEN=1;MLLD=110.66;QD=26.0545;RBI=0.213702;REFB=-0.0177333;REVB=0.00385892;RO=8;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281123;STB=0.58533;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0048889;OID=.;OPOS=24909629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:65:70:8:15:21:44:0.628571:9:12:0:8:28:16:1:14 chr14 24909731 . C T 97.3 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0100391;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3711;QD=11.1205;RBI=0.0251829;REFB=-0.00172899;REVB=-0.0230953;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331989;STB=0.685447;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00361872;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:36:35:24:23:12:12:0.342857:6:6:5:19:6:6:5:18 chr14 24910210 . C A 398.05 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=78;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00195409;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.944;QD=20.6781;RBI=0.0050127;REFB=-0.0156397;REVB=0.00461614;RO=37;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111796;STB=0.561723;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0143542;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:37:40:40:0.519481:22:18:12:25:22:18:12:25 chr14 24910973 . TT GA 281.71 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00353947;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=95.6296;QD=17.0733;RBI=0.0393187;REFB=-0.0244169;REVB=0.0391591;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095826;STB=0.561364;STBP=0.382;TYPE=mnp;VARB=0.0275794;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:15:15:14:21:15:16:14:21 chr14 24911452 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0669573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.522;QD=9.76009;RBI=0.0674227;REFB=0.0131708;REVB=0.00790885;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150055;STB=0.592941;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0402729;OID=.;OPOS=24911452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:5:7:5:2:5:7 chr14 24970942 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0916;QD=50.4076;RBI=0.0348562;REFB=0;REVB=0.00452744;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013443;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr14 24975435 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.937;QD=40.7629;RBI=0.0683863;REFB=0;REVB=-0.00833939;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456978;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr14 25043671 . T C 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00757225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.106;QD=16.9289;RBI=0.0129177;REFB=-0.00874591;REVB=-0.0104655;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755114;STB=0.543407;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0122919;OID=.;OPOS=25043671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:4:8:7:5:4:8 chr14 25102160 . C T 641.25 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9788;QD=61.071;RBI=0.0876149;REFB=0;REVB=0.0866237;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122677;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:23:17:0:0:24:18:0:0 chr14 25288513 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0120161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.231;QD=19.0177;RBI=0.0448821;REFB=0.00362982;REVB=-0.0432436;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146131;STB=0.583221;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00590254;OID=.;OPOS=25288513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:6:8:6:9:6:8 chr14 30045978 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.925;QD=57.1057;RBI=0.0377166;REFB=0;REVB=0.0266248;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.02258e-05;OID=.;OPOS=30045978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr14 31059969 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8097;QD=55.0963;RBI=0.0423278;REFB=0;REVB=-0.0290852;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73339e-05;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr14 31099738 . A G 651.92 PASS AF=0.942308;AO=50;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00828718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8005;QD=50.148;RBI=0.0168557;REFB=-0.13503;REVB=0.0146778;RO=2;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447671;STB=0.515341;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.036603;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:2:3:50:49:0.942308:20:30:0:2:20:29:1:2 chr14 31108977 . T C 353.84 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129496;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.636;QD=50.5483;RBI=0.01811;REFB=0.0682791;REVB=-0.0126602;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000233569;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:26:27:0.964286:11:15:0:0:11:16:0:1 chr14 31355096 . C G 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0149193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.432;QD=22.375;RBI=0.0287318;REFB=-0.0224673;REVB=-0.0245547;RO=27;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550855;STB=0.530369;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0147989;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:18:17:15:12:18:17:15:12 chr14 31359847 . T A 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00259592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5445;QD=60.5969;RBI=0.0487597;REFB=0;REVB=0.0486905;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425138;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr14 31381351 . T C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0577438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.063;QD=11.4386;RBI=0.0585056;REFB=-0.0301449;REVB=0.00941098;RO=24;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323012;STB=0.694123;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0177527;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:10:3:12:12:10:3:12:12 chr14 31582380 . A G 452.98 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0209;QD=54.9071;RBI=0.0653888;REFB=0.0109052;REVB=0.0467977;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00118073;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr14 31790886 . T G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0148083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.109;QD=11.0924;RBI=0.0268263;REFB=0.000797921;REVB=0.0223688;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.000217003;OID=.;OPOS=31790886;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr14 31819047 . C T 266.77 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0178053;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.602;QD=16.6731;RBI=0.0393626;REFB=-0.00983699;REVB=-0.0351054;RO=34;SAF=22;SAR=6;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296517;STB=0.501453;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00509889;OID=.;OPOS=31819047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:34:28:30:0.46875:6:22:26:8:7:23:26:8 chr14 31819913 . A G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0477195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9206;QD=21.015;RBI=0.0722627;REFB=0.00874213;REVB=0.0542655;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140495;STB=0.5793;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00411023;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:5:8:7:9:5:8 chr14 31864485 . G C 1362.17 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.796;QD=61.2213;RBI=0.0158283;REFB=-0.0522556;REVB=0.00106595;RO=1;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902668;STB=0.504761;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000299902;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:52:36:0:1:52:36:0:1 chr14 31926435 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAAAC 46.12 PASS AF=0.173913,0.108696;AO=14,5;DP=46;FAO=8,5;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6,0;FSAR=2,5;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.118991,-0.055956;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.34125,27.9936;QD=4.0105;RBI=0.178818,0.106496;REFB=-0.109966,-0.0577322;REVB=-0.133479,-0.0906109;RO=23;SAF=12,0;SAR=2,5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.322289,0;SSSB=0.36007,-0.709336;STB=0.553706,0.998423;STBP=0.764,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.0597165,0.0872376;OID=.,.;OPOS=31926436,31926441;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913,0.108696:14,5:46:8,5:46:33:6,0:2,5:23:10:25:23:12,0:2,5:14:9 chr14 32071665 . G A 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.937;QD=59.4273;RBI=0.0489639;REFB=0;REVB=0.0200129;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248274;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr14 32414145 . C A,G 714.19 PASS AF=0.9375,0.0416667;AO=45,2;DP=48;FAO=45,2;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018932,0.020385;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=150.486,9.84825;QD=59.516;RBI=0.0377609,0.02325;REFB=0.0250699,-0.0711776;REVB=0.0326721,-0.0111809;RO=0;SAF=24,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.511623,0.993266;STBP=0.321,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=8.97677e-05,0.102047;OID=.,.;OPOS=32414145,32414145;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:1:45,2:45,2:0.9375,0.0416667:21,0:24,2:0:0:21,0:24,2:0:1 chr14 32414265 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.577;QD=53.911;RBI=0.0289055;REFB=0;REVB=0.00670725;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112461;OID=.;OPOS=32414265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr14 32419331 . C T 675.97 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262336;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.237;QD=62.8806;RBI=0.0272884;REFB=0;REVB=0.00751364;RO=0;SAF=9;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067294;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:34:9:0:0:34:9:0:0 chr14 32960254 . G A 850.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6087;QD=57.6865;RBI=0.0493519;REFB=0;REVB=-0.0191401;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632272;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:37:22:0:0:37:22:0:0 chr14 33015014 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00532317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.682;QD=21.1692;RBI=0.0169205;REFB=-0.00769617;REVB=-0.0160613;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00230855;OID=.;OPOS=33015014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr14 33046388 . A G 435.69 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00579324;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.556;QD=54.4617;RBI=0.0288825;REFB=-0.13628;REVB=0.0282955;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321576;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000785198;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:0:1:14:17:0:1 chr14 34393602 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2567;QD=44.6894;RBI=0.0441331;REFB=0;REVB=-0.00547289;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164055;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr14 34394733 . C T 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0419712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.779;QD=18.2494;RBI=0.0420141;REFB=-0.00449814;REVB=0.00189854;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188266;OID=.;OPOS=34394733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:6:9:9:6:6:9 chr14 34395148 . GA G 207.88 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0231424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.606;QD=17.6922;RBI=0.0244251;REFB=-0.0127044;REVB=-0.00781098;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165448;STB=0.59314;STBP=0.319;TYPE=del;VARB=0.0143287;OID=.;OPOS=34395149;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:47:21:47:26:7:14:5:21:99:26:7:14:5:21 chr14 34985645 . G A 121.45 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0452882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.351;QD=14.7211;RBI=0.0536293;REFB=-0.0261956;REVB=0.0287243;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482756;STB=0.795442;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0443883;OID=.;OPOS=34985645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:19:13:14:0.424242:11:2:10:7:12:2:11:8 chr14 35062312 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.487;QD=52.6132;RBI=0.0210824;REFB=0;REVB=0.0191242;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89608e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr14 35099099 . A G 162.44 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0206915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4131;QD=19.6898;RBI=0.0623521;REFB=0.00864383;REVB=-0.0588188;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292813;STB=0.666465;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.0128942;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:12:5:10:6:12:5:10:6 chr14 35181786 . T C 769.09 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0960348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6265;QD=56.9699;RBI=0.0970186;REFB=0;REVB=0.0137817;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110746;OID=.;OPOS=35181786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr14 35242828 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.711;QD=57.2025;RBI=0.0460207;REFB=0;REVB=0.0297331;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292084;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr14 35735967 . A G 215.63 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00801064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.054;QD=16.9118;RBI=0.0222665;REFB=-0.023531;REVB=0.0207757;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374422;STB=0.538429;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0248658;OID=.;OPOS=35735967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:27:23:24:0.470588:14:9:12:16:15:9:12:15 chr14 35761675 . C G 188.98 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0386751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5133;QD=13.0332;RBI=0.0391619;REFB=-0.0256581;REVB=0.00615538;RO=35;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354909;STB=0.709879;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0278618;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:35:22:23:0.396552:7:15:12:23:7:16:12:23 chr14 36004075 . A G 272.02 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.289;QD=51.813;RBI=0.027668;REFB=0;REVB=-0.0129052;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111525;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:2:18:0:0:2:19:0:0 chr14 36153176 . G GC 70.75 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.0356895;FXX=0.37873;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.569;QD=6.90224;RBI=0.0364251;REFB=-0.00557485;REVB=-0.00728338;RO=58;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.648866;STB=0.919574;STBP=0.079;TYPE=ins;VARB=0.0517391;OID=.;OPOS=36153177;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170732:7:66:7:41:34:6:1:8:26:70:58:6:1:13:45 chr14 36153177 . T C 190.91 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0384815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.992;QD=11.5702;RBI=0.0398591;REFB=-0.0123973;REVB=-0.0103887;RO=42;SAF=5;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20948;STB=0.622838;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0303952;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:19:5:15:27:19:5:15:27 chr14 36191030 . A G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00782179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.977;QD=10.4723;RBI=0.00811308;REFB=-0.0121275;REVB=-0.00215446;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20082;STB=0.618632;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0227876;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:6:18:7:5:6:18 chr14 36194290 . T C 139.77 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00764106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.507;QD=12.7065;RBI=0.0139253;REFB=-0.00797538;REVB=0.0116417;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475257;STB=0.53995;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00993738;OID=.;OPOS=36194290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:9:7:13:14:9:7:14:14 chr14 36947081 . C T 250.8 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0254931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0038;QD=19.6708;RBI=0.0310254;REFB=-0.0248562;REVB=-0.0176827;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102403;STB=0.56727;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0145308;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:15:11:13:11:15:11:14:11 chr14 37051517 . C G 132.76 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.022025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.391;QD=15.6189;RBI=0.028958;REFB=-0.0211214;REVB=0.0188007;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403924;STB=0.733022;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0280914;OID=.;OPOS=37051517;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:6:13:4:11:6:13 chr14 37063123 . C T 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0148007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.373;QD=21.0155;RBI=0.0189497;REFB=-0.0181223;REVB=-0.0118335;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715741;STB=0.540489;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0124064;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:6:7:10:6:6:7 chr14 37063294 . A G 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00457633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.846;QD=7.95484;RBI=0.0312655;REFB=-0.00199883;REVB=0.0309287;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296329;STB=0.518472;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00463846;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:9:10:4:4:9:10 chr14 37135752 . C T 273.74 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0144908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.106;QD=17.6607;RBI=0.0154361;REFB=-0.0067118;REVB=-0.00531871;RO=32;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117456;STB=0.565475;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0398599;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:18:12:9:23:18:12:9:23 chr14 37135753 . G C 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0170206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.928;QD=18.998;RBI=0.0280912;REFB=0.00387487;REVB=0.0223475;RO=30;SAF=8;SAR=23;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149301;STB=0.583699;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00132056;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:23:8:12:18:23:8:12:18 chr14 37203697 . G A 357.94 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0109636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1742;QD=19.6132;RBI=0.0117106;REFB=-0.019739;REVB=0.00411554;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229415;STB=0.627027;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0164044;OID=.;OPOS=37203697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:16:21:11:25:16:21:11:25 chr14 37344229 . A AG 52.44 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00990157;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=165.978;QD=9.53529;RBI=0.010347;REFB=-0.00399414;REVB=0.00300316;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296779;STB=0.672562;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.0331567;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:7:23:8:22:14:1:7:4:10:52:15:1:6:5:10 chr14 38061742 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00134243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.816;QD=55.6524;RBI=0.0544094;REFB=0;REVB=0.0543929;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285975;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr14 38218343 . A G 148.61 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0146729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.078;QD=10.808;RBI=0.0163861;REFB=-0.0154725;REVB=-0.00729458;RO=36;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159553;STB=0.59293;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0306585;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:10:9:12:24:10:9:12:24 chr14 38260034 . T C 1018.01 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.743;QD=58.1719;RBI=0.0211554;REFB=-0.0946949;REVB=0.0179796;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388415;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:0:0:69:70:1:41:28:0:0:42:28:0:0 chr14 38725285 . G A 57.34 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00818019;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.687;QD=10.9221;RBI=0.0685705;REFB=-0.0101613;REVB=0.0680808;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104179;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0175423;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:5:8:5:3:5:8 chr14 39556185 . G C 354.26 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.108696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2683;QD=18.6453;RBI=0.108711;REFB=-0.0118538;REVB=0.00176349;RO=39;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938888;STB=0.542792;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.017989;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:22:14:19:20:22:15:19:20 chr14 39644498 . G A 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00742615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.948;QD=17.5401;RBI=0.0141123;REFB=-0.0131236;REVB=0.0120004;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253531;STB=0.643888;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0113458;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:12:4:8:7:12:4 chr14 39650234 . A T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.059;QD=33.4285;RBI=0.0394804;REFB=0;REVB=0.0315558;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664677;OID=.;OPOS=39650234;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 39650924 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0786449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.812;QD=12.3961;RBI=0.0869407;REFB=-0.00883589;REVB=-0.0370629;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.691764;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0523011;OID=.;OPOS=39650924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:0:5:4:1:0:5 chr14 39651193 . A G 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0510779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.997;QD=8.40201;RBI=0.0558809;REFB=-0.00606144;REVB=-0.0226654;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24873;STB=0.651856;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0290848;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:7:14:4:5:7:14 chr14 39703324 . A G 1028.8 PASS AF=0.924051;AO=72;DP=79;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0224297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.298;QD=52.0912;RBI=0.0230688;REFB=0.000537517;REVB=0.0053925;RO=6;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445949;STB=0.522888;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.000891509;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:79:79:6:6:72:73:0.924051:38:34:1:5:39:34:1:5 chr14 39716201 . A G 163.17 PASS AF=0.343284;AO=20;DP=66;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00288077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.807;QD=9.74133;RBI=0.004769;REFB=-0.00507916;REVB=-0.00380059;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110426;STB=0.529158;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00948481;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:44:44:20:23:0.343284:11:9:24:20:12:11:23:21 chr14 39736680 . T C 521.76 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.534;QD=59.6293;RBI=0.0386101;REFB=0;REVB=0.0266263;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84831e-05;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:32:35:1:17:15:0:0:17:18:0:0 chr14 39777676 . G C 663.11 PASS AF=0.45;AO=71;DP=160;FAO=72;FDP=160;FR=.;FRO=88;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.0484298;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6112;QD=16.5777;RBI=0.0509637;REFB=-0.0471667;REVB=0.01587;RO=85;SAF=34;SAR=37;SRF=48;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840201;STB=0.558807;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0359977;OID=.;OPOS=39777676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:85:88:71:72:0.45:37:34:48:37:38:34:51:37 chr14 39784014 . A G 278.91 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.154;QD=48.5067;RBI=0.118229;REFB=-0.0758808;REVB=0.0486925;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00375771;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr14 39818028 . A G 451.89 PASS AF=0.478723;AO=45;DP=95;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0125797;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.426;QD=19.2292;RBI=0.0423905;REFB=-0.0178983;REVB=0.040481;RO=49;SAF=23;SAR=22;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182863;STB=0.510171;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0219519;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:49:49:45:45:0.478723:22:23:26:23:22:23:26:23 chr14 39819734 . T G 287.46 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0214943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.059;QD=13.5273;RBI=0.021649;REFB=-0.0261632;REVB=-0.00258341;RO=52;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324168;STB=0.518507;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.034886;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:52:52:33:33:0.388235:20:13:22:30:20:13:22:30 chr14 39871017 . T C 46.78 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0376565;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.2657;QD=10.3962;RBI=0.0422529;REFB=0.0151219;REVB=0.019165;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293282;STB=0.676457;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0296122;OID=.;OPOS=39871017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:8:3:4:3:8:3 chr14 39901157 . C A 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.131732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2664;QD=24.3252;RBI=0.132043;REFB=-0.034316;REVB=0.00905425;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00912869;OID=.;OPOS=39901157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:1:1:5:2:1:1 chr14 42360633 . T C 294.44 PASS AF=0.58;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.016162;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.404;QD=23.5548;RBI=0.0412166;REFB=-0.0313506;REVB=0.0379157;RO=22;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377415;STB=0.511174;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.022805;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:21:28:29:0.58:19:9:8:14:20:9:7:14 chr14 42997963 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0602681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6957;QD=19.5231;RBI=0.0658485;REFB=0.00997582;REVB=0.0265289;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152284;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.0022291;OID=.;OPOS=42997963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:9:3:6:8:9:3 chr14 42998026 . T C 289.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.32;QD=52.607;RBI=0.0479828;REFB=0;REVB=0.03475;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847346;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr14 44974922 . A T 380.8 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00151796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.412;QD=19.5284;RBI=0.0133155;REFB=-0.0116617;REVB=-0.0132287;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165959;STB=0.592369;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0121596;OID=.;OPOS=44974922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:39:39:39:39:0.5:25:14:21:18:25:14:21:18 chr14 45432870 . G C 55.01 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0141758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1327;QD=9.56764;RBI=0.0485177;REFB=0.0192286;REVB=0.0464006;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380118;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0375063;OID=.;OPOS=45432870;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:13:15:8:8:0.347826:6:2:8:5:6:2:9:6 chr14 45433155 . C G 249.96 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00582235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3987;QD=14.2833;RBI=0.0226867;REFB=-0.00486986;REVB=0.0219269;RO=41;SAF=12;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137686;STB=0.56577;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0094547;OID=.;OPOS=45433155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:16:12:23:18:16:13:23:18 chr14 45515838 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0140772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.131;QD=12.7369;RBI=0.0153092;REFB=-0.0360999;REVB=-0.00601702;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380371;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0179759;OID=.;OPOS=45515838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:3:6:2:6:3:7 chr14 45590169 . AT A 34.82 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0546521;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.5556;QD=6.63247;RBI=0.0570509;REFB=-0.037423;REVB=0.0163694;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0.406721;SSEP=0;SSSB=0.521733;STB=0.844052;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0672745;OID=.;OPOS=45590170;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:22:7:21:14:6:1:5:9:34:14:5:1:5:9 chr14 45606287 . C T 157.46 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0212029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5378;QD=11.2471;RBI=0.03974;REFB=-0.00551087;REVB=0.033611;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127921;STB=0.507455;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00995012;OID=.;OPOS=45606287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:14:22:12:8:14:22 chr14 45650900 . A G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.021257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.032;QD=6.54476;RBI=0.0271082;REFB=0.00238214;REVB=-0.0168225;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14571;STB=0.590707;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0116096;OID=.;OPOS=45650900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:6:2:4:20:6:2:4:20 chr14 45664721 . C G 293.23 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=50;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0243755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.348;QD=22.9986;RBI=0.0805809;REFB=-0.0326372;REVB=0.0768057;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931879;STB=0.541976;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0287547;OID=.;OPOS=45664721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:22:28:29:0.568627:16:12:12:10:16:13:12:10 chr14 45665468 . C G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00756935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.698;QD=18.9999;RBI=0.0253412;REFB=-0.0125761;REVB=-0.0241843;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104463;STB=0.55937;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0150391;OID=.;OPOS=45665468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:9:8:10:7:9:8 chr14 45696037 . T G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.040705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.161;QD=7.83704;RBI=0.0417335;REFB=0.00228182;REVB=-0.00920793;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0114212;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:9:7:4:3:9:7 chr14 45711594 . T C 145.27 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0272717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1992;QD=16.6028;RBI=0.0657794;REFB=-0.022387;REVB=0.0598597;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0424786;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:9:10:10:6:9:10 chr14 47309496 . G T 183.67 PASS AF=0.487179;AO=16;DP=36;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00805126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.881;QD=18.838;RBI=0.00875365;REFB=-0.00789687;REVB=0.00343562;RO=15;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358705;STB=0.651997;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0171727;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:15:20:16:19:0.487179:14:2:6:9:15:4:9:11 chr14 47341131 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00622702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.625;QD=37.4885;RBI=0.0804676;REFB=0;REVB=-0.0802263;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017353;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr14 47528470 . T C 306.07 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.139;QD=53.2292;RBI=0.0415977;REFB=0;REVB=-0.0214594;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294792;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr14 47528551 . T A 313.38 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.776;QD=50.1413;RBI=0.0368988;REFB=-0.0465613;REVB=0.0290913;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526294;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000361569;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:1:0 chr14 48810512 . T C 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0292696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.476;QD=11.0863;RBI=0.0479534;REFB=0.00245802;REVB=0.0379845;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317237;STB=0.687229;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.012334;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:17:8:8:5:17:8 chr14 50088346 . G A 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0137374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.464;QD=16.0433;RBI=0.0162674;REFB=-0.0204762;REVB=-0.00871263;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524828;STB=0.51391;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0218624;OID=.;OPOS=50088346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:12:7:8:17:12:7:9:17 chr14 50195679 . A G 1529.46 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.239;QD=63.7276;RBI=0.0379502;REFB=0;REVB=0.0332829;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91983e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:54:42:0:0:54:42:0:0 chr14 50251369 . A G 680.14 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231542;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.279;QD=63.2684;RBI=0.0233682;REFB=0;REVB=0.00315509;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843469;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr14 50298962 . T A 357.48 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0178201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.859;QD=49.307;RBI=0.0285889;REFB=-0.01889;REVB=0.0223555;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926354;STB=0.549962;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000306221;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:18:9:2:0:18:9:2:0 chr14 50477643 . G C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.803;QD=61.683;RBI=0.0727019;REFB=0;REVB=-0.0692922;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350378;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr14 50535374 . C A 136.89 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0093978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.502;QD=18.2524;RBI=0.0169918;REFB=-0.0131439;REVB=-0.0141563;RO=14;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364097;STB=0.702381;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0125631;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:2:13:8:6:2:13:9:6 chr14 50575411 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.969;QD=47.8223;RBI=0.0353272;REFB=0;REVB=0.0345122;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235853;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr14 50616878 . G A 833.44 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00466667;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.048;QD=56.5045;RBI=0.031683;REFB=-0.0453829;REVB=0.0313374;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610662;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:59:1:0:58:59:1:32:26:0:1:33:26:0:0 chr14 50623657 . G A 823.4 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0960058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5309;QD=51.4623;RBI=0.0979087;REFB=0.0257393;REVB=-0.0192097;RO=4;SAF=19;SAR=41;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00910075;STB=0.504829;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00239358;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:4:4:60:60:0.9375:41:19:1:3:41:19:1:3 chr14 50623679 . G A 350.99 PASS AF=0.8;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.032996;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5356;QD=40.1127;RBI=0.0586146;REFB=-0.0267165;REVB=0.0484451;RO=7;SAF=10;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284068;STB=0.515407;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00746122;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:35:7:7:28:28:0.8:18:10:3:4:18:10:3:4 chr14 50623683 . A G 253.88 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0186706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6889;QD=29.8678;RBI=0.0648572;REFB=-0.0860871;REVB=0.0621117;RO=11;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155447;STB=0.585838;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0247783;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:34:34:11:11:23:23:0.676471:16:7:6:5:16:7:6:5 chr14 50704331 . C T 357.37 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9398;QD=54.9794;RBI=0.0642033;REFB=0;REVB=0.022632;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988297;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:11:13:0:0:12:14:0:0 chr14 50713679 . T A,G 171.86 PASS AF=0.266667,0.733333;AO=3,11;DP=14;FAO=4,11;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010712,0.0227356;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.665,137.859;QD=45.8283;RBI=0.0189839,0.0268363;REFB=0,0;REVB=0.0156729,-0.0142577;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0179692,-0.00507617;OID=.,.;OPOS=50713679,50713679;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:14:15:0:0:3,11:4,11:0.266667,0.733333:0,4:3,7:0:0:0,4:4,7:0:0 chr14 50769717 . G A 115.02 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.119266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5603;QD=19.1703;RBI=0.119664;REFB=-0.0321966;REVB=-0.00975367;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316108;STB=0.703889;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0211888;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:10:11:13:13:0.541667:10:3:6:4:10:3:7:4 chr14 50778816 . A C 167.68 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=3;FWDB=0.00249961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.962;QD=15.2434;RBI=0.0224725;REFB=-0.0118952;REVB=0.022333;RO=22;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548924;STB=0.558764;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0133382;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:26:18:18:0.409091:3:15:19:3:3:15:23:3 chr14 50788213 . C T 334.49 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.000154656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.528;QD=27.3052;RBI=0.051964;REFB=-0.00152983;REVB=-0.0519638;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08253;STB=0.554418;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00106654;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:15:14:7:12:15:14:7:13 chr14 50798743 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0377075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.691;QD=9.19979;RBI=0.0608929;REFB=-0.0140979;REVB=-0.0478131;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34615;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0129935;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:5:8:2:5:5:8 chr14 50799126 . G C 157.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0461429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8817;QD=16.6089;RBI=0.0502232;REFB=-0.00536069;REVB=-0.0198293;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190792;STB=0.610034;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0134254;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:10:11:12:5:10:11 chr14 50802727 . A C 242.99 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0393911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3718;QD=22.6041;RBI=0.0808092;REFB=-0.0141521;REVB=0.0705582;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241065;STB=0.621411;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0173983;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:20:23:23:0.534884:13:10:14:5:13:10:14:6 chr14 50802840 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.011165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.528;QD=15.9165;RBI=0.0361831;REFB=0.00916066;REVB=0.0344175;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159492;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0130847;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:7:8:9:4:7:8 chr14 50824839 . G A 373.58 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.185;QD=55.3444;RBI=0.0374005;REFB=0;REVB=0.0215783;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837508;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr14 50935150 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.221;QD=58.5878;RBI=0.0273056;REFB=0;REVB=0.0266796;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39179e-05;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr14 51057727 . G A 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.918;QD=57.545;RBI=0.039195;REFB=0;REVB=0.0367435;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171619;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr14 51202311 . G C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.628;QD=53.9095;RBI=0.0265369;REFB=0;REVB=0.02285;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191662;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr14 51223789 . C T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.744;QD=52.1532;RBI=0.00505429;REFB=-0.107253;REVB=-0.00474754;RO=1;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226895;STB=0.512186;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00094191;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:20:7:0:1:20:7:0:1 chr14 51224374 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.633;QD=60.9783;RBI=0.0259957;REFB=0;REVB=-0.0218049;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72937e-05;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr14 51224658 . T A 214.3 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.034;QD=45.1151;RBI=0.0786949;REFB=-0.153119;REVB=0.0769956;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00396354;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:0:1:7:11:0:1 chr14 51225132 . G T 582.43 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.969;QD=58.2429;RBI=0.0312432;REFB=-0.0980028;REVB=0.0140695;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00274295;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:23:15:1:0:24:15:1:0 chr14 51237701 . A G 703.55 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.120854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8423;QD=54.1193;RBI=0.12485;REFB=-0.136662;REVB=0.0313325;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.50943;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00405738;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:52:1:1:49:51:0.980769:25:24:0:1:26:25:0:1 chr14 51239067 . C G 726.8 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0279776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9415;QD=52.858;RBI=0.0352151;REFB=-0.0896173;REVB=0.0213859;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51666;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00274336;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:53:53:0.963636:24:29:0:0:24:29:2:0 chr14 51370852 . C G 182.17 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00600241;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.893;QD=22.0817;RBI=0.0110428;REFB=-0.0234666;REVB=-0.00926898;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322033;STB=0.505294;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0163692;OID=.;OPOS=51370852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:15:18:18:0.545455:11:7:6:8:11:7:6:9 chr14 51446216 . T G 1437.36 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=105;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0217376;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.9177;QD=55.2831;RBI=0.0274881;REFB=-0.185325;REVB=-0.0168248;RO=2;SAF=44;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00226325;STB=0.51206;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00157005;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:105:104:2:4:100:100:0.961538:56:44:1:1:56:44:3:1 chr14 51710861 . A G 363.36 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.10088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1157;QD=15.7983;RBI=0.104666;REFB=-0.0228731;REVB=0.0278976;RO=51;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12085;STB=0.557782;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0231588;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:53:39:39:0.423913:16:23:24:27:16:23:26:27 chr14 51716188 . T G 44.16 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.038678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.698;QD=7.06576;RBI=0.0418066;REFB=-0.00344402;REVB=0.0158683;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667706;STB=0.913376;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0487794;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:25:18:18:6:7:0.28:1:5:3:15:1:6:3:15 chr14 51716467 . G A 132.5 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0801507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7275;QD=15.1433;RBI=0.0812857;REFB=-0.00144329;REVB=0.0135365;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00166731;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:11:9:7:8:11:9 chr14 51722690 . T C 132.16 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0127145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.795;QD=9.97396;RBI=0.0402019;REFB=8.69314e-05;REVB=-0.0381383;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242425;STB=0.633035;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0025436;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:36:17:17:0.320755:7:10:13:22:7:10:14:22 chr14 52182081 . T A 144.28 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0105844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.092;QD=12.2791;RBI=0.0164815;REFB=-0.0134167;REVB=0.0126337;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176641;STB=0.617207;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0462582;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:16:17:0.361702:6:10:14:16:6:11:14:16 chr14 52186972 . A G 140.67 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.044842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.802;QD=13.0858;RBI=0.0485562;REFB=-0.00851978;REVB=-0.0186251;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407541;STB=0.511613;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00553528;OID=.;OPOS=52186972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:8:8:14:12:8:8:14:13 chr14 52195290 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00122181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.622;QD=9.44493;RBI=0.0261137;REFB=-0.00640636;REVB=0.0260851;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.599699;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0114195;OID=.;OPOS=52195290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:2:4:7:2:2:4:8:2 chr14 52195320 . A G 63.97 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0294782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.264;QD=12.1838;RBI=0.0295842;REFB=-0.0403923;REVB=-0.00250174;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119998;STB=0.548286;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0556825;OID=.;OPOS=52195320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:20:21:12:12:8:9:0.428571:2:6:10:2:2:7:10:2 chr14 52478315 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.926;QD=57.1049;RBI=0.0119243;REFB=0;REVB=-0.0113199;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56366e-05;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr14 52481917 . C T 152.25 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00756826;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.971;QD=11.4903;RBI=0.0123832;REFB=-0.000404496;REVB=-0.00980131;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185127;STB=0.628555;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000761818;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:33:34:18:19:0.358491:9:9:11:22:9:10:11:23 chr14 52496387 . C A,G 594.55 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011149,-0.0132045;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=255.069,154.208;QD=59.4553;RBI=0.0226333,0.0241406;REFB=0,0;REVB=0.0196969,0.0202091;RO=0;SAF=13,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000614458,0.203288;OID=.,.;OPOS=52496387,52496387;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:25,0:13,2:0:0:25,0:13,2:0:0 chr14 52496407 . C T 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.005;QD=59.0017;RBI=0.0268202;REFB=0;REVB=-0.0105078;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000509097;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr14 52505517 . G A 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0141503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.741;QD=10.8097;RBI=0.0160213;REFB=-0.01876;REVB=0.00751339;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147759;STB=0.588141;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0393037;OID=.;OPOS=52505517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:36:19:19:0.345455:7:12:17:17:7:12:18:18 chr14 52505589 . G A 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0133425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.805;QD=28.1766;RBI=0.0167781;REFB=-0.0352691;REVB=-0.0101727;RO=18;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181418;STB=0.598875;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0233297;OID=.;OPOS=52505589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:20:15:13:5:20:15:13:5 chr14 52507429 . A G 1824.19 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153943;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.587;QD=60.3039;RBI=0.0155217;REFB=-0.0562802;REVB=0.0019845;RO=1;SAF=47;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999792;STB=0.505262;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000359079;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:118:120:0.991736:71:47:1:0:73:47:1:0 chr14 52509501 . T C 153.91 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0773153;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0762;QD=10.6144;RBI=0.0773407;REFB=-0.0477368;REVB=0.00198189;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934542;STB=0.554524;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.08536;OID=.;OPOS=52509501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:24:14:9:11:24:14 chr14 52520368 . C T 148.13 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0131599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.762;QD=17.9551;RBI=0.0178314;REFB=-0.037768;REVB=0.0120323;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668581;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0518737;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:15:16:0.484848:6:9:9:8:7:9:9:8 chr14 52520853 . A G 902.64 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.491;QD=58.2346;RBI=0.0394553;REFB=0;REVB=0.0112203;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132707;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr14 52535648 . G T 676.39 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.596;QD=60.1237;RBI=0.0270182;REFB=-0.0523918;REVB=0.0210346;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00293231;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr14 52536512 . T C 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0146;QD=57.6632;RBI=0.043371;REFB=0;REVB=-8.35755e-05;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000554465;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr14 52906081 . T G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.195;QD=61.327;RBI=0.0278333;REFB=0;REVB=0.0263873;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.28298e-05;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr14 52907353 . C T 734.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.386;QD=62.4953;RBI=0.0133068;REFB=0;REVB=-0.00278674;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08425e-07;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:20:25:0:0:21:26:0:0 chr14 53063621 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.374;QD=39.2067;RBI=0.0177816;REFB=0;REVB=0.0152623;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000431135;OID=.;OPOS=53063621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr14 53098902 . G A 1212.29 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216915;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.644;QD=61.3817;RBI=0.0250203;REFB=0;REVB=0.0249261;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100463;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr14 53130507 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000696618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.613;QD=56.1856;RBI=0.133871;REFB=0;REVB=0.133869;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100508;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr14 53345378 . G A 446.31 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.611;QD=57.5881;RBI=0.0266273;REFB=0;REVB=0.00899778;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139418;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr14 53521165 . C T 117.29 PASS AF=0.195876;AO=19;DP=96;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0814284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1774;QD=4.83674;RBI=0.0952565;REFB=-0.00774339;REVB=-0.049429;RO=77;SAF=8;SAR=11;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428813;STB=0.522628;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0280193;OID=.;OPOS=53521165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:77:78:19:19:0.195876:11:8:35:42:11:8:35:43 chr14 53529669 . A T 708.36 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.783;QD=62.9655;RBI=0.0216404;REFB=0;REVB=0.0178245;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1198e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:15:28:0:0:15:30:0:0 chr14 53619463 . G A 296.67 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.084384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.493;QD=49.4456;RBI=0.104654;REFB=-0.118336;REVB=0.0619016;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00428557;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:0:1:11:12:0:1 chr14 53619476 . GA CC 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0121929;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.621;QD=4.04955;RBI=0.0274696;REFB=-0.000507677;REVB=-0.0246152;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294378;STB=0.712157;STBP=0.287;TYPE=mnp;VARB=0.00226855;OID=.;OPOS=53619476;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:1:6:23:11:1:6:23:11 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 526.05 PASS AF=0.190476,0.738095;AO=8,28;DP=42;FAO=8,31;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=7,20;FSAR=1,11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0287897,-0.0314431;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=93.5415,157.639;QD=50.0998;RBI=0.0433929,0.0448955;REFB=0.0376615,-0.0426796;REVB=0.0324669,0.0320458;RO=4;SAF=7,19;SAR=1,9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.196883,-0.0884659;STB=0.588042,0.534862;STBP=0.66,0.265;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00542909,0.00362623;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:52:42:42:4:3:8,28:8,31:0.190476,0.738095:1,9:7,19:4:0:1,11:7,20:3:0 chr14 53619500 . C G 320.78 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0122901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4568;QD=17.8212;RBI=0.0348096;REFB=-0.0158905;REVB=-0.0325678;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137854;STB=0.501198;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0126102;OID=.;OPOS=53619500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:35:37:34:35:0.486111:16:18:18:17:16:19:20:17 chr14 53619544 . G A 1372.75 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0544699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.584;QD=59.6847;RBI=0.0654464;REFB=0.0148353;REVB=0.0362803;RO=2;SAF=41;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02255;STB=0.511361;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000231375;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:92:2:2:87:90:0.978261:46:41:2:0:47:43:2:0 chr14 54417475 . C G 239.37 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00109934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.695;QD=20.815;RBI=0.00623956;REFB=-0.0138291;REVB=-0.00614195;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195478;STB=0.628145;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0200411;OID=.;OPOS=54417475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:23:23:23:0.5:10:13:7:14:10:13:7:16 chr14 54875276 . C A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00787149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.25;QD=7.04775;RBI=0.0167047;REFB=-0.0176853;REVB=-0.0147339;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15909;STB=0.59976;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.052639;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:4:4:8:14:4:4:8:14 chr14 54903515 . AC CA 36.86 PASS AF=0.28;AO=5;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.128614;FXX=0;HRUN=10;LEN=2;MLLD=38.2814;QD=5.89766;RBI=0.130121;REFB=0.0233542;REVB=0.0197459;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281448;STB=0.737664;STBP=0.216;TYPE=mnp;VARB=-0.00200273;OID=.;OPOS=54903515;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:25:17:18:5:7:0.28:4:1:7:10:6:1:7:11 chr14 55221543 . T C 234.45 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0331294;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4687;QD=13.2086;RBI=0.0669866;REFB=-0.0145949;REVB=0.0582206;RO=41;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122467;STB=0.55663;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0220457;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:41:43:27:28:0.394366:12:15:18:23:13:15:19:24 chr14 55255673 . C T 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00615521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.082;QD=17.2634;RBI=0.0260804;REFB=-0.0260524;REVB=-0.0253436;RO=47;SAF=24;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379404;STB=0.529217;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.032472;OID=.;OPOS=55255673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:47:52:42:42:0.446809:18:24:25:22:18:24:27:25 chr14 55308770 . C A 1120.41 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.063016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4593;QD=58.9688;RBI=0.0730173;REFB=0.159659;REVB=-0.0368851;RO=1;SAF=38;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012289;STB=0.506492;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00467913;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:37:38:1:0:37:38:1:0 chr14 55408294 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.00497381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.692;QD=21.2649;RBI=0.00498382;REFB=-0.0152717;REVB=0.000315786;RO=17;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195602;STB=0.579927;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.016489;OID=.;OPOS=55408294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:6:14:15:2:6:14:15:3 chr14 55617574 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0465518;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.694;QD=11.0924;RBI=0.046584;REFB=0.0015467;REVB=-0.00173042;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0024667;OID=.;OPOS=55617574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr14 55907172 . C G 1445.04 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4466;QD=61.4909;RBI=0.0376632;REFB=-0.0390751;REVB=0.0132221;RO=2;SAF=63;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148115;STB=0.503875;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00313157;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:92:93:0.989362:29:63:2:0:29:64:1:0 chr14 57052511 . G T 402.27 PASS AF=0.394958;AO=48;DP=119;FAO=47;FDP=119;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.0333529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.689;QD=13.5217;RBI=0.0750757;REFB=-0.0324363;REVB=-0.0672603;RO=70;SAF=22;SAR=26;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468684;STB=0.539861;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0388499;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:70:72:48:47:0.394958:26:22:29:41:25:22:29:43 chr14 57072338 . C T 190.64 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.023312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6448;QD=15.251;RBI=0.0480806;REFB=-0.0102094;REVB=-0.0420511;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174197;STB=0.589198;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0176279;OID=.;OPOS=57072338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:11:9:18:11:11:9:18:12 chr14 57099859 . G A 684.03 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.356;QD=62.1844;RBI=0.0768938;REFB=0;REVB=0.0204993;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698122;OID=.;OPOS=57099859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:29:9:0:0:33:11:0:0 chr14 57101682 . A G 265.66 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0260833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7908;QD=13.2832;RBI=0.0261759;REFB=-0.00401728;REVB=-0.00219913;RO=49;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170741;STB=0.597016;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00634691;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:49:49:31:31:0.3875:16:15:16:33:16:15:16:33 chr14 57115622 . C G 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7092;QD=53.8939;RBI=0.0244818;REFB=0;REVB=0.0210939;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405496;OID=.;OPOS=57115622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr14 57866623 . A G 62.91 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.0177112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1506;QD=8.38782;RBI=0.0228419;REFB=-0.0077593;REVB=-0.0144244;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366276;STB=0.713945;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0141941;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:21:21:9:9:0.3:6:3:2:19:6:3:2:19 chr14 57876265 . G A 449.82 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0538485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.118;QD=24.3145;RBI=0.0616795;REFB=-0.0151099;REVB=-0.0300782;RO=31;SAF=29;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2039;STB=0.612083;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0131921;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:31:31:43:43:0.581081:14:29:13:18:14:29:13:18 chr14 57876575 . T C 437.13 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=52;FAO=40;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0796041;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8796;QD=31.2237;RBI=0.265963;REFB=-0.0761197;REVB=0.25377;RO=6;SAF=18;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196917;STB=0.529397;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0356227;OID=.;OPOS=57876575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:6:16:19:40:0.714286:1:18:5:1:16:24:8:8 chr14 57938124 . C T 519.32 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1628;QD=59.3506;RBI=0.0371861;REFB=0;REVB=-0.0111663;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452467;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr14 57938260 . T C 483.74 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4762;QD=58.6351;RBI=0.0267281;REFB=0;REVB=0.0175574;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548408;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr14 57945689 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.686;QD=60.6087;RBI=0.106056;REFB=0;REVB=0.0335308;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000378921;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr14 57948380 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.918;QD=61.3364;RBI=0.0665741;REFB=0;REVB=0.0286722;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239877;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr14 57957664 . T A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=314.657;QD=57.2344;RBI=0.0107065;REFB=-0.00422076;REVB=-0.00204558;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-7.39895e-06;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:35:31:1:0:35:31:1:0 chr14 58701987 . TA T 33.52 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0687598;FXX=0.0256345;HRUN=8;LEN=1;MLLD=13.0479;QD=3.52801;RBI=0.0728181;REFB=-0.00582632;REVB=0.0239702;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119597;STB=0.596983;STBP=0.46;TYPE=del;VARB=-0.00861289;OID=.;OPOS=58701988;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:39:11:38:27:5:6:16:11:33:25:5:6:14:11 chr14 58831142 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0495984;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.145;QD=43.4855;RBI=0.0503701;REFB=0;REVB=-0.00878351;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125103;OID=.;OPOS=58831142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr14 58839339 . A C 545.21 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00713155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.56;QD=57.3907;RBI=0.00773814;REFB=-0.0833397;REVB=-0.0030033;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000376166;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:1:0:23:14:1:0 chr14 58917454 . G A 658.38 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0268237;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6566;QD=52.6703;RBI=0.0271008;REFB=-0.127587;REVB=-0.00386503;RO=1;SAF=8;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119099;STB=0.51219;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00678009;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:50:1:2:47:48:0.96:39:8:0:1:40:8:0:2 chr14 58937416 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0965;QD=64.1503;RBI=0.0495801;REFB=0;REVB=-0.0439493;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000930082;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr14 58953746 . C G 464.46 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8838;QD=58.058;RBI=0.0109244;REFB=0;REVB=-0.00170834;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022547;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr14 59010649 . T C 356.89 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322889;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.634;QD=52.8726;RBI=0.0464876;REFB=-0.0985563;REVB=0.0334444;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126072;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:1:0:25:27:1:17:8:1:0:18:9:0:0 chr14 59112732 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.203;QD=43.486;RBI=0.163882;REFB=0;REVB=-0.163035;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000944825;OID=.;OPOS=59112732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 205.81 PASS AF=0.342857,0.0428571;AO=22,3;DP=71;FAO=24,3;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=9,0;FSAR=15,3;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0174209,0.0201324;FXX=0.0277739;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=209.452,44.885;QD=11.7603;RBI=0.0255034,0.0332566;REFB=-0.0197888,-0.00937149;REVB=-0.0186262,0.0264706;RO=41;SAF=8,0;SAR=14,3;SRF=16;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0317058,-0.457623;STB=0.50199,0.995683;STBP=0.995,0.136;TYPE=del,snp;VARB=0.0383715,0.052772;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857,0.0428571:22,3:71:24,3:70:43:9,0:15,3:16:27:99:41:8,0:14,3:16:25 chr14 59789727 . G A 148.38 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00711648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3618;QD=11.8703;RBI=0.0733414;REFB=0.00860587;REVB=0.0729953;RO=33;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341317;STB=0.699776;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0127613;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:6:11:11:22:6:11:11:22 chr14 59797235 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0245135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.791;QD=14.6578;RBI=0.0247514;REFB=-0.0245916;REVB=-0.00342346;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276679;STB=0.516104;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0313018;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:10:7:5:8:10:7 chr14 59835972 . A C 95.34 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00522777;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=228.126;QD=34.6678;RBI=0.0150551;REFB=-0.0792067;REVB=-0.0141183;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000738582;OID=.;OPOS=59835972;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr14 60004844 . C T 198.34 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.060547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8803;QD=44.0748;RBI=0.0607669;REFB=0.048927;REVB=-0.0051651;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00764804;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:1:0:9:8:1:0 chr14 60031996 . G A 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0113229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.557;QD=55.7008;RBI=0.0117482;REFB=0.00122832;REVB=0.00313244;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295067;STB=0.51562;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-8.61719e-06;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:35:31:2:0:35:31:2:0 chr14 60043422 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.885;QD=58.4186;RBI=0.0516704;REFB=0;REVB=-0.0375881;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54903e-06;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr14 60063472 . A G 1248.82 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452522;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8601;QD=61.6703;RBI=0.0511386;REFB=0;REVB=0.02382;RO=0;SAF=34;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200327;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:47:34:0:0:47:34:0:0 chr14 60574539 . A G 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00117342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.384;QD=14.696;RBI=0.0153931;REFB=-0.00336361;REVB=0.0153483;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219784;STB=0.62489;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00463828;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:8:22:11:10:8:22 chr14 60576750 . T G 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00783194;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.502;QD=20.3167;RBI=0.0517167;REFB=-0.00464383;REVB=0.0511202;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688096;STB=0.538864;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00268195;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:11:8:9:9:11:8:9:9 chr14 60577712 . A G 351.38 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0224628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.669;QD=23.4252;RBI=0.0233666;REFB=-0.018463;REVB=0.00643608;RO=25;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313076;STB=0.517231;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.012452;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:21:14:11:14:21:14:11:14 chr14 60581935 . C T 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00531717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.16;QD=14.6975;RBI=0.00904782;REFB=-0.0320723;REVB=0.00732058;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441393;STB=0.525304;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0339241;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:13:17:11:10:13:17 chr14 60585131 . A G 1062.52 PASS AF=1;AO=55;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00824355;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=64.3191;QD=58.2203;RBI=0.0275616;REFB=0;REVB=0.0262999;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626611;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:55:73:1:23:32:0:0:25:48:0:0 chr14 60591199 . A T 346.72 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0497076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0626;QD=22.3691;RBI=0.0499161;REFB=-0.0227526;REVB=0.00455697;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716219;STB=0.539512;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.016299;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:20:15:14:13:20:15:14:13 chr14 60591829 . T C 1025.94 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.934;QD=59.475;RBI=0.0187527;REFB=0;REVB=-0.0163048;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90046e-05;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr14 60591887 . G A 703.75 PASS AF=1;AO=41;DP=49;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220015;FXX=0.081616;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.806;QD=62.5553;RBI=0.0589059;REFB=0;REVB=0.0546428;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282434;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:45:1:0:41:45:1:20:21:1:0:21:24:0:0 chr14 60601308 . G A 322.39 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.131;QD=53.7319;RBI=0.00699328;REFB=0;REVB=0.00064895;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406188;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:13:8:0:0:16:8:0:0 chr14 60611585 . T C 410.6 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000929216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.31;QD=56.6342;RBI=0.031357;REFB=0;REVB=0.0313432;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001445;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chr14 60611648 . C T 798.28 PASS AF=1;AO=49;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.588;QD=57.0199;RBI=0.0445439;REFB=0;REVB=0.0398031;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112797;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:49:56:1:23:26:0:0:29:27:0:0 chr14 60611675 . G A 873.29 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00992059;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.534;QD=58.2192;RBI=0.0206086;REFB=0;REVB=-0.0180637;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73456e-05;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:31:29:0:0:31:29:0:0 chr14 60616042 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.727;QD=60.6092;RBI=0.0114725;REFB=0;REVB=-0.00996572;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127045;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr14 60864583 . G T 616.11 PASS AF=0.571429;AO=60;DP=105;FAO=60;FDP=105;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00163176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.136;QD=23.4708;RBI=0.0137029;REFB=-0.00918016;REVB=0.0136054;RO=45;SAF=22;SAR=38;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067079;STB=0.536573;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0067007;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:45:45:60:60:0.571429:38:22:13:32:38:22:13:32 chr14 60900113 . C T 414.47 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00712484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.423;QD=21.8142;RBI=0.00785756;REFB=-0.0123237;REVB=-0.00331328;RO=34;SAF=18;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746513;STB=0.534867;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0133376;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:35:41:41:0.539474:23:18:18:16:23:18:18:17 chr14 60903757 . G A 75.07 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0708842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.39;QD=11.1221;RBI=0.0711975;REFB=-0.00992411;REVB=0.00667198;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264257;STB=0.653217;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00906327;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:7:3:2:15:7:3:2:15 chr14 60923782 . AC A,AT 386.64 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.26866e-05,0.0182257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.0679,64.5205;QD=55.2338;RBI=0.0152459,0.029462;REFB=0,0;REVB=-0.0152457,0.0231481;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00692469,0.00635217;OID=.,.;OPOS=60923783,60923783;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,25:28:2,26:28:0:2,9:0,17:0:0:5:0:2,9:1,16:0:0 chr14 60932752 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00407169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.695;QD=19.1785;RBI=0.0535108;REFB=-0.00756489;REVB=-0.0533556;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129697;STB=0.574349;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00560416;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:5:6:9:4:5:6 chr14 60976537 . C A 520.62 PASS AF=0.563218;AO=48;DP=86;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0239874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.123;QD=23.9367;RBI=0.0267893;REFB=-0.041274;REVB=-0.0119278;RO=38;SAF=34;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956556;STB=0.555532;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0247407;OID=.;OPOS=60976537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:38:38:48:49:0.563218:14:34:23:15:14:35:23:15 chr14 61013237 . G T 156.86 PASS AF=0.459459;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0116091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.992;QD=16.9578;RBI=0.0118743;REFB=-0.0189538;REVB=0.00249594;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176831;STB=0.50174;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0220472;OID=.;OPOS=61013237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:20:20:14:17:0.459459:11:3:7:13:11:6:7:13 chr14 61124940 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.236;QD=57.2024;RBI=0.0195569;REFB=0;REVB=-0.00702381;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9976e-05;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr14 61176485 . T C 198.55 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.965;QD=44.1218;RBI=0.0120553;REFB=-0.0566611;REVB=-0.00658668;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000931397;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr14 61180657 . T G 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.523;QD=57.2302;RBI=0.031772;REFB=0;REVB=0.00884428;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48437e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr14 61445967 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.171;QD=58.5874;RBI=0.0798869;REFB=0;REVB=0.0765208;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743687;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr14 61448011 . G C 225.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00335941;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.123;QD=20.0788;RBI=0.00765138;REFB=-0.0256115;REVB=0.00687444;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638561;STB=0.536049;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0235086;OID=.;OPOS=61448011;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:12:11:9:13:12:11 chr14 61449328 . T A 857.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00835458;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.704;QD=56.2036;RBI=0.0185821;REFB=-0.0843282;REVB=0.0165981;RO=1;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011949;STB=0.506327;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0017198;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:39:21:0:1:39:21:0:1 chr14 61509924 . T C 393.15 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.563;QD=56.1641;RBI=0.0327616;REFB=0;REVB=0.0169912;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140211;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr14 61748007 . C T 50.35 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0844788;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6106;QD=16.7826;RBI=0.0853386;REFB=0.00413518;REVB=-0.0120833;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00399039;OID=.;OPOS=61748007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr14 61857969 . A G 132.33 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0291833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.056;QD=18.2517;RBI=0.0299146;REFB=-0.00372082;REVB=0.00657407;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306296;STB=0.648456;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0079599;OID=.;OPOS=61857969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:5:9:4:10:6:9:4:10 chr14 61924239 . G A 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.01979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.748;QD=22.9075;RBI=0.0229426;REFB=-0.00914685;REVB=-0.0116068;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448759;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0115827;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:8:9:11:10:8:9 chr14 61924241 . A C 217.64 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00395989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.677;QD=22.9099;RBI=0.0137663;REFB=-0.00925137;REVB=0.0131845;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184479;STB=0.50251;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0114603;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:21:21:0.552632:11:10:8:8:11:10:8:9 chr14 61997226 . C T 1269.88 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213553;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.733;QD=61.9454;RBI=0.0213949;REFB=0;REVB=-0.00130083;RO=0;SAF=56;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065618;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:26:56:0:0:26:56:0:0 chr14 62213848 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.799;QD=56.7039;RBI=0.0333052;REFB=0;REVB=0.0330172;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337119;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr14 62462766 . T C 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00761706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.676;QD=21.7452;RBI=0.0355482;REFB=-0.0289989;REVB=-0.0347226;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387148;STB=0.521719;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0222121;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:10:10:12:10:10:10 chr14 62463129 . G T 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0605395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.029;QD=20.4559;RBI=0.0638629;REFB=-0.0114296;REVB=0.0203332;RO=15;SAF=4;SAR=13;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417705;STB=0.523533;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0160766;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:13:4:3:12:13:4:3:12 chr14 62463214 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0108145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1354;QD=12.8685;RBI=0.0544514;REFB=-0.0196844;REVB=-0.0533667;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410147;STB=0.74129;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00866011;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:11:5:8:3:11:5 chr14 63174616 . T C 928.88 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0109725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.7763;QD=55.4554;RBI=0.0112252;REFB=0.0081016;REVB=-0.00236847;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000158431;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:67:0:2:65:65:0.970149:40:25:0:0:40:25:0:2 chr14 63784407 . A AG,G 488.08 PASS AF=1,0;AO=23,8;DP=38;FAO=36,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145001,0.0465316;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.1854,10.0748;QD=54.2314;RBI=0.0473832,0.231848;REFB=0,0;REVB=-0.04511,-0.227131;RO=6;SAF=13,2;SAR=10,6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0393825,-0.325838;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00201805,0;OID=.,.;OPOS=63784408,63784407;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:6:0:23,8:36,0:1,0:10,6:13,2:4:2:17,0:19,0:0:0 chr14 64118045 . T C 401.86 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0151442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.576;QD=18.9109;RBI=0.0151443;REFB=-0.0276269;REVB=-6.26617e-05;RO=43;SAF=26;SAR=15;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289641;STB=0.511365;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0212593;OID=.;OPOS=64118045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:44:41:41:0.482353:15:26:26:17:15:26:27:17 chr14 64423187 . C A 538.89 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.018;QD=59.8768;RBI=0.0563474;REFB=0;REVB=0.00249849;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344058;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:16:19:0:0:16:20:0:0 chr14 64447776 . T C 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.019708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.845;QD=15.6421;RBI=0.0198689;REFB=-0.00547879;REVB=0.00252326;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10902;STB=0.55097;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00969704;OID=.;OPOS=64447776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:10:10:11:17:10:10:12:17 chr14 64560091 . TG CA 779.1 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051919;FXX=0.0689536;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.177;QD=57.7109;RBI=0.0230237;REFB=0;REVB=0.0224307;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000210896;OID=.;OPOS=64560091;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr14 64565582 . T C 306.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.047;QD=53.2272;RBI=0.0577356;REFB=0;REVB=0.0572222;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222912;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr14 64612845 . C T 177.73 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00490236;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.867;QD=16.1569;RBI=0.00626743;REFB=-0.014026;REVB=-0.00390481;RO=26;SAF=14;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429549;STB=0.721673;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0165093;OID=.;OPOS=64612845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:25:17:19:0.431818:3:14:12:14:4:15:11:14 chr14 64612858 . C A 630.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.473;QD=61.4857;RBI=0.0195791;REFB=0;REVB=-0.0117022;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90325e-05;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr14 64637147 . C A 53.01 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00103746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2164;QD=6.42529;RBI=0.0077565;REFB=-0.0346705;REVB=-0.0076868;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310598;STB=0.51995;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0446553;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:10:15:5:3:10:15 chr14 64656855 . T C 119.54 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.019388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.349;QD=13.6616;RBI=0.0199685;REFB=-0.0179571;REVB=0.00477995;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240764;STB=0.639808;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0220217;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:14:7:8:6:14:7 chr14 64657684 . C A 1087.54 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854671;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.862;QD=60.4191;RBI=0.00994348;REFB=0;REVB=0.00508197;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127183;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr14 64724051 . C T 462.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.791;QD=56.1048;RBI=0.132941;REFB=0;REVB=0.00422846;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165238;OID=.;OPOS=64724051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr14 64805001 . A G 266.5 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.177;QD=48.4543;RBI=0.154753;REFB=-0.142464;REVB=0.153983;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109333;OID=.;OPOS=64805001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:21:22:0:0:20:22:1:6:14:0:0:8:14:0:0 chr14 64882380 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.752;QD=51.9166;RBI=0.0471756;REFB=0;REVB=0.0442117;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251175;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr14 64935720 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00599088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.695;QD=39.2068;RBI=0.020009;REFB=0;REVB=0.0190911;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043169;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr14 65008251 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9402;QD=55.6554;RBI=0.0475538;REFB=0;REVB=0.0189618;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717123;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr14 65016702 . T G 647.63 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.661;QD=58.8757;RBI=0.0193673;REFB=0.0744596;REVB=0.011763;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0012538;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:16:26:1:0:17:26:1:0 chr14 65031534 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.28;QD=62.0211;RBI=0.0148635;REFB=0;REVB=0.0123216;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72514e-05;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr14 65245956 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.5;QD=33.4285;RBI=0.0580774;REFB=0;REVB=0.0158187;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124996;OID=.;OPOS=65245956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 65245962 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.567;QD=33.4285;RBI=0.0195246;REFB=0;REVB=-0.0194866;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235378;OID=.;OPOS=65245962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 65246623 . T C 478.57 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0279551;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3296;QD=58.0081;RBI=0.0322956;REFB=0;REVB=-0.0161716;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444593;OID=.;OPOS=65246623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:8:25:0:0:8:25:0:0 chr14 65249052 . C G 683.0 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00523449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.762;QD=52.5383;RBI=0.0230628;REFB=-0.0472806;REVB=0.0224609;RO=2;SAF=30;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303527;STB=0.516123;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00199345;OID=.;OPOS=65249052;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:2:2:50:50:0.961538:20:30:2:0:20:30:2:0 chr14 65253232 . T C 1079.74 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7341;QD=59.9858;RBI=0.0157851;REFB=0;REVB=-0.0115059;RO=0;SAF=48;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114946;OID=.;OPOS=65253232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:24:48:0:0:24:48:0:0 chr14 65263300 . C T 885.38 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.387;QD=58.0578;RBI=0.0359164;REFB=0;REVB=0.0285539;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157079;OID=.;OPOS=65263300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:31:29:0:0:32:29:0:0 chr14 65263347 . C T 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.828;QD=59.8517;RBI=0.0360328;REFB=0;REVB=0.0232925;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84982e-05;OID=.;OPOS=65263347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr14 65271780 . G A 695.3 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0646327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6146;QD=53.4845;RBI=0.0866112;REFB=-0.0768501;REVB=0.0576551;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00502904;OID=.;OPOS=65271780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:49:51:0.980769:28:21:0:1:30:21:0:1 chr14 65392722 . T C 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.039013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.526;QD=16.4243;RBI=0.0401305;REFB=-0.0417641;REVB=0.00940449;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155766;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0379391;OID=.;OPOS=65392722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:7:4:6:5:7:4 chr14 65412748 . G C 293.33 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278595;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.268;QD=53.333;RBI=0.0284068;REFB=0;REVB=-0.00554932;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121042;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:14:6:0:0:16:6:0:0 chr14 65417070 . C A 371.49 PASS AF=0.513158;AO=37;DP=75;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0641241;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.31;QD=19.5519;RBI=0.0686325;REFB=-0.0357178;REVB=0.0244646;RO=36;SAF=12;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190025;STB=0.591051;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0292884;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:36:37:37:39:0.513158:25:12:19:17:25:14:20:17 chr14 65419293 . A G 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00596741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4903;QD=55.6479;RBI=0.011321;REFB=0;REVB=-0.00962059;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401195;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr14 65568304 . GAAA GAA,GAAG 135.72 PASS AF=0.757143,0.1;AO=14,6;DP=74;FAO=53,7;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=31,1;FSAR=22,6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.481306,0.0350207;FXX=0.102551;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.57896,161.24;QD=7.75543;RBI=0.530807,0.0887541;REFB=-0.0319955,-0.00462518;REVB=-0.223831,-0.0815527;RO=19;SAF=5,1;SAR=9,5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.26973,-0.525807;STB=0.529903,0.713564;STBP=0.283,0.207;TYPE=del,snp;VARB=0.0849608,-0.0315857;OID=.,.;OPOS=65568305,65568307;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.757143,0.1:14,6:74:53,7:70:10:31,1:22,6:4:6:38:19:5,1:9,5:12:7 chr14 65878909 . C T 196.67 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00232529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.465;QD=18.2952;RBI=0.00954962;REFB=-0.0180845;REVB=0.0092622;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126165;STB=0.558082;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0190312;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:10:10:14:8:10:10:14:9 chr14 66028446 . A G 658.67 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.173815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.017;QD=56.0567;RBI=0.174096;REFB=-0.151617;REVB=0.00988861;RO=1;SAF=4;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116043;STB=0.543457;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00112473;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:1:3:44:44:0.93617:40:4:0:1:40:4:1:2 chr14 66136163 . C A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0587087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.294;QD=20.4561;RBI=0.058754;REFB=-0.0202222;REVB=0.00230493;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290301;STB=0.660638;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0187234;OID=.;OPOS=66136163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:1:14:11:6:1:14 chr14 66188593 . C T 261.65 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0200616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.17;QD=14.7405;RBI=0.0345861;REFB=-0.0129421;REVB=-0.0281732;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681568;STB=0.554766;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0144179;OID=.;OPOS=66188593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:29:30:0.422535:17:12:14:26:17:13:14:27 chr14 66479652 . G T 210.6 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0323047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.9;QD=19.5905;RBI=0.0329153;REFB=-0.0344936;REVB=-0.00631054;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230589;STB=0.631444;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0484507;OID=.;OPOS=66479652;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:10:12:16:5:10:12 chr14 66479768 . A C 295.56 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.021966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5595;QD=20.3836;RBI=0.0334082;REFB=-0.02053;REVB=-0.0251715;RO=26;SAF=16;SAR=15;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202634;STB=0.618712;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.011942;OID=.;OPOS=66479768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:15:16:7:19:15:16:7:20 chr14 66480197 . G A 245.26 PASS AF=0.294118;AO=32;DP=113;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=-0.0100418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7383;QD=8.24391;RBI=0.0321225;REFB=-0.0215213;REVB=-0.0305126;RO=80;SAF=23;SAR=9;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176288;STB=0.637171;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0493202;OID=.;OPOS=66480197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:119:80:84:32:35:0.294118:9:23:47:33:9:26:48:36 chr14 66480247 . CA TC 183.22 PASS AF=0.304688;AO=36;DP=127;FAO=39;FDP=128;FR=.;FRO=89;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00990886;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.379;QD=5.72555;RBI=0.0547461;REFB=-0.0561898;REVB=0.0538419;RO=88;SAF=19;SAR=17;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762692;STB=0.52528;STBP=0.741;TYPE=mnp;VARB=0.151283;OID=.;OPOS=66480247;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:88:89:36:39:0.304688:17:19:47:41:17:22:47:42 chr14 66974474 . T C 66.28 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.152003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0867;QD=12.6241;RBI=0.155215;REFB=-0.0254302;REVB=-0.0314122;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293173;STB=0.522337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0407367;OID=.;OPOS=66974474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:10:12:9:9:0.428571:7:2:2:8:7:2:3:9 chr14 67147816 . T C 45.2 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0198139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1127;QD=8.21778;RBI=0.055798;REFB=-0.0357337;REVB=-0.0521615;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65795e-08;STB=0.519943;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0747611;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:14:15:7:7:0.318182:3:4:8:6:3:4:9:6 chr14 67671701 . C T 68.73 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0587934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2471;QD=15.2744;RBI=0.0588452;REFB=-0.0256038;REVB=-0.00246834;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0543346;OID=.;OPOS=67671701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:4:5:4:4:4:5:4:5 chr14 67769177 . A C 202.01 PASS AF=0.284211;AO=26;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.0103225;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.887;QD=8.50553;RBI=0.0398954;REFB=-0.00632222;REVB=-0.0385368;RO=69;SAF=16;SAR=10;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984493;STB=0.573899;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0181427;OID=.;OPOS=67769177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:69:68:26:27:0.284211:10:16:37:32:10:17:36:32 chr14 67800316 . G A 381.59 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355832;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.846;QD=56.5323;RBI=0.0405554;REFB=0;REVB=-0.0194571;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000271312;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:24:27:1:6:18:0:0:6:21:0:0 chr14 67800815 . G A 198.34 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0662;QD=44.0748;RBI=0.0191264;REFB=0.0347333;REVB=-0.00641941;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00269565;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:0:1:10:7:0:1 chr14 67850106 . A G 46.33 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0309314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7142;QD=9.75404;RBI=0.0412004;REFB=-0.00881672;REVB=0.0272162;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554657;STB=0.842732;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0185569;OID=.;OPOS=67850106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:4:8:1:6:4:8 chr14 67859398 . G C 106.18 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0176608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.473;QD=11.7982;RBI=0.0266058;REFB=-0.0124623;REVB=-0.0198989;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250481;STB=0.646847;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0318187;OID=.;OPOS=67859398;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:16:7:7:6:16:7 chr14 68024134 . A T 125.82 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0404815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6713;QD=18.6394;RBI=0.0453243;REFB=0.00127251;REVB=0.0203847;RO=12;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.636939;STB=0.866014;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000458713;OID=.;OPOS=68024134;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:13:1:8:4:13:1:8:5 chr14 68029118 . C A 250.21 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0698736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.026;QD=26.3379;RBI=0.0699025;REFB=0.000233346;REVB=0.00201151;RO=15;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167828;STB=0.598414;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.000412229;OID=.;OPOS=68029118;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:15:7:8:7:16:7:8:7 chr14 68029313 . G A 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00278399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.262;QD=19.9239;RBI=0.00397301;REFB=-0.0493114;REVB=-0.00283446;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545376;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0270841;OID=.;OPOS=68029313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:8:9:12:12:0.571429:3:9:6:2:3:9:6:3 chr14 68053802 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0169809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.749;QD=10.0335;RBI=0.0877465;REFB=0.00717008;REVB=-0.0860877;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0261858;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr14 68053977 . A C 885.25 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8125;QD=58.0494;RBI=0.0738661;REFB=0;REVB=0.0415363;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687136;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr14 68118132 . C T 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0172821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.573;QD=16.9415;RBI=0.0173049;REFB=-0.0138303;REVB=0.000888816;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367518;STB=0.6839;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00882787;OID=.;OPOS=68118132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:24:19:19:0.44186:7:12:5:17:7:12:7:17 chr14 68172894 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0105428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.969;QD=16.2709;RBI=0.011826;REFB=0.00500582;REVB=-0.00535763;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312891;STB=0.679762;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.014009;OID=.;OPOS=68172894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:6:12:5:10:6:12 chr14 68213744 . G A 457.43 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.558;QD=55.4456;RBI=0.0139449;REFB=-0.134034;REVB=0.00905742;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267255;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:33:1:0:31:33:1:18:13:0:1:20:13:0:0 chr14 68213792 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0164761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.124;QD=7.62905;RBI=0.0417586;REFB=-0.0157838;REVB=0.0383708;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196171;STB=0.624665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0576452;OID=.;OPOS=68213792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:8:12:6:2:8:12 chr14 68214788 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0516032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.131;QD=16.118;RBI=0.0518451;REFB=-0.03157;REVB=-0.00500274;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.032345;OID=.;OPOS=68214788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr14 68218165 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0467079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.936;QD=28.5373;RBI=0.0628571;REFB=-0.0659096;REVB=-0.0420641;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00243969;OID=.;OPOS=68218165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr14 68234539 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.815;QD=57.2024;RBI=0.0869075;REFB=0;REVB=0.0588576;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412448;OID=.;OPOS=68234539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 68264866 . GA G,GG 175.25 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=7,8;DP=15;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127954,0.120684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=233.502,242.419;QD=46.7341;RBI=0.128416,0.121131;REFB=0,0;REVB=0.0108722,0.0104007;RO=0;SAF=5,1;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,-4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0101557,0.00431725;OID=.,.;OPOS=68264867,68264867;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:7,8:15:1,14:15:0:0,6:1,8:0:0:4:0:5,1:2,7:0:0 chr14 68616597 . G A 206.0 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3487;QD=45.7775;RBI=0.0878425;REFB=-0.0645586;REVB=0.0356348;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00496524;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:1:0:17:18:1:10:7:0:1:11:7:0:0 chr14 68935789 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.962;QD=56.9565;RBI=0.0225002;REFB=0;REVB=0.009759;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224032;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr14 69012355 . C G 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.137;QD=62.669;RBI=0.0358595;REFB=0;REVB=0.0262949;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20646e-05;OID=.;OPOS=69012355;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr14 69262441 . A G 769.37 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.411;QD=56.9902;RBI=0.027051;REFB=0;REVB=-0.0211396;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.35193e-05;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr14 69263074 . G A 108.69 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0382155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3774;QD=36.2301;RBI=0.0407861;REFB=-0.0177208;REVB=-0.0142508;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0160214;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr14 69345647 . C T 128.03 PASS AF=0.56;AO=12;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00556852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.572;QD=20.4849;RBI=0.0327884;REFB=-0.00769738;REVB=-0.0323121;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205008;STB=0.57133;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0270473;OID=.;OPOS=69345647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:9:11:12:14:0.56:8:4:1:8:8:6:3:8 chr14 69352230 . G A 352.93 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0035571;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2109;QD=25.6678;RBI=0.0475777;REFB=-0.035032;REVB=0.0474445;RO=22;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195893;STB=0.599944;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0170191;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:22:21:34:34:0.618182:17:17:17:5:17:17:16:5 chr14 69695792 . G A 813.45 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3204;QD=57.0842;RBI=0.0788791;REFB=0;REVB=0.030262;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010195;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr14 69703158 . A G 1671.7 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00182818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.44;QD=60.2413;RBI=0.00568266;REFB=0;REVB=0.00538056;RO=0;SAF=43;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63972e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0355e-05;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:67:43:0:0:68:43:0:0 chr14 69704553 . G T 788.16 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00351339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.991;QD=55.3096;RBI=0.0448717;REFB=-0.150888;REVB=0.0447339;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000960735;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:0:1:56:56:0.982456:27:29:0:0:27:29:1:0 chr14 69795199 . G A 233.84 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0122273;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.764;QD=17.0065;RBI=0.0180313;REFB=-0.0383221;REVB=-0.0132522;RO=29;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116267;STB=0.56541;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0361635;OID=.;OPOS=69795199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:29:26:26:0.472727:12:14:12:17:12:14:12:17 chr14 69922552 . T C 231.82 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0162401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.138;QD=14.2656;RBI=0.0552077;REFB=-0.0128291;REVB=0.0527651;RO=38;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0706158;STB=0.540091;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.016417;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:16:11:13:25:16:11:13:25 chr14 70037611 . A T 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-2.84635e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=300.874;QD=52.6962;RBI=0.0232035;REFB=-0.0212915;REVB=0.0232035;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00380022;STB=0.50202;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.000344197;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:22:27:1:1:22:27:1:1 chr14 70038786 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5095;QD=57.6798;RBI=0.0334561;REFB=0;REVB=0.00987992;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259852;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:27:4:0:0:27:4:0:0 chr14 70180778 . C G 726.13 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2335;QD=63.1416;RBI=0.0294771;REFB=0;REVB=0.0150141;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259933;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:27:19:0:0 chr14 70418881 . G A 281.38 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00838997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.304;QD=19.4053;RBI=0.0575762;REFB=-0.0392679;REVB=-0.0569616;RO=28;SAF=27;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479879;STB=0.773966;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.031922;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:28:30:30:0.517241:3:27:15:13:3:27:15:13 chr14 70477508 . C T 471.86 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0255622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.516;QD=20.9715;RBI=0.0262951;REFB=-0.0334247;REVB=0.00616486;RO=44;SAF=20;SAR=26;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117876;STB=0.565189;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0302542;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:26:20:25:19:26:20:25:19 chr14 70634087 . A G 1106.29 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.942;QD=59.7997;RBI=0.0509007;REFB=0;REVB=-0.0508088;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124047;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:28:45:0:0:28:46:0:0 chr14 70713156 . G A 321.95 PASS AF=0.589286;AO=31;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0154595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2022;QD=22.9966;RBI=0.0828618;REFB=-0.0511359;REVB=-0.0814068;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591612;STB=0.519988;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0219324;OID=.;OPOS=70713156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:31:33:0.589286:20:11:8:15:20:13:8:15 chr14 70827773 . T C 884.64 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0748;QD=58.0088;RBI=0.0556617;REFB=0;REVB=0.0381927;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751154;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 70924462 . A G 289.13 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5121;QD=52.5693;RBI=0.0399738;REFB=0;REVB=-0.0125841;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259595;OID=.;OPOS=70924462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr14 70924501 . C G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0155555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.609;QD=51.5084;RBI=0.0186556;REFB=0.0375667;REVB=-0.0102985;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00070526;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:10:16:1:0:10:16:1:0 chr14 70924507 . A C 140.53 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0140754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.338;QD=21.6194;RBI=0.0694359;REFB=-0.0332105;REVB=0.0679943;RO=11;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231617;STB=0.639793;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0196617;OID=.;OPOS=70924507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:3:11:6:5:3:12:6:5 chr14 70925257 . A G 95.4 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1688;QD=34.6894;RBI=0.0267155;REFB=-0.211577;REVB=-0.00219609;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0102397;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr14 71137844 . G T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00295626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.443;QD=14.7975;RBI=0.0126171;REFB=-0.00572354;REVB=0.0122658;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165392;STB=0.59672;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00815945;OID=.;OPOS=71137844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:7:6:7:4:7:6 chr14 71139279 . G T 334.45 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0032061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.965;QD=19.3886;RBI=0.0148078;REFB=-0.0308774;REVB=-0.0144566;RO=30;SAF=14;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535694;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0172083;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:34:35:35:0.507246:21:14:12:18:21:14:16:18 chr14 71199452 . G A 204.24 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00338018;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.168;QD=22.6931;RBI=0.00984352;REFB=0.00378088;REVB=-0.00924496;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266373;STB=0.541624;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00215527;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:16:20:20:0.555556:7:13:8:5:7:13:9:7 chr14 71204973 . C T 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0136491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.138;QD=34.2037;RBI=0.0152522;REFB=-0.0268581;REVB=-0.00680674;RO=8;SAF=17;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00666681;STB=0.503646;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0142277;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:6:17:6:2:6:17:6:2 chr14 71444788 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.209;QD=49.5992;RBI=0.0372998;REFB=0;REVB=0.0362675;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173415;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 71492983 . A G 276.84 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0450114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3648;QD=13.671;RBI=0.0484689;REFB=-0.00650519;REVB=0.017978;RO=48;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0676691;STB=0.530787;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0101772;OID=.;OPOS=71492983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:49:32:32:0.395062:18:14:18:30:18:14:19:30 chr14 71915415 . T G,TGTG 140.15 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=4,10;DP=15;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060651,-0.0184419;FXX=0.199867;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=58.0193,245.742;QD=46.7159;RBI=0.0836647,0.029907;REFB=0,0;REVB=0.0576302,0.0235442;RO=0;SAF=3,8;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0618562,-0.000419656;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:15:12:0:0:4,10:1,11:0.0833333,0.916667:1,2:3,8:0:0:1,2:0,9:0:0 chr14 72055468 . A C 379.53 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301721;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.959;QD=56.2263;RBI=0.0490767;REFB=0;REVB=0.0387061;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635906;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:6:21:0:0:6:21:0:0 chr14 72117156 . T C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6176;QD=56.1838;RBI=0.0501581;REFB=0;REVB=0.0278927;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000314245;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr14 72945012 . T C 303.06 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00133091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.204;QD=14.6054;RBI=0.0144549;REFB=-0.00510962;REVB=-0.0143935;RO=49;SAF=18;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022602;STB=0.512813;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00776331;OID=.;OPOS=72945012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:49:34:34:0.409639:16:18:27:22:16:18:27:22 chr14 72985128 . C A 151.64 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00899864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.783;QD=10.1095;RBI=0.0177442;REFB=-0.00924382;REVB=-0.0152932;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128186;STB=0.567499;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0139057;OID=.;OPOS=72985128;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:12:8:20:19:12:8:20:20 chr14 73014061 . T C 75.18 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0735237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9156;QD=11.1372;RBI=0.0869756;REFB=-0.0242901;REVB=-0.0464653;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276077;STB=0.671223;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0286411;OID=.;OPOS=73014061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:4:13:9:1:4:13 chr14 73032711 . C G 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0353633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.898;QD=18.6312;RBI=0.0413579;REFB=-0.0333049;REVB=0.0214456;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818777;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0180964;OID=.;OPOS=73032711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:16:16:16:0.5:7:9:7:8:7:9:7:9 chr14 73358945 . A C 1495.64 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.029705;FXX=0.0183469;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.482;QD=55.9117;RBI=0.0307501;REFB=-0.0395743;REVB=-0.00794874;RO=2;SAF=42;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344788;STB=0.502317;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000369483;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:107:2:3:103:104:0.971963:61:42:1:1:61:43:1:2 chr14 73360819 . T TTGTC 463.23 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0130243;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=253.744;QD=37.058;RBI=0.0254187;REFB=-0.0301979;REVB=0.0218284;RO=14;SAF=8;SAR=28;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29853;STB=0.663059;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.00665848;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:36:50:36:50:14:8:28:10:4:99:14:8:28:10:4 chr14 73507448 . G A 37.73 PASS AF=0.291667;AO=3;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.016539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.533;QD=6.28844;RBI=0.0381678;REFB=-0.0158067;REVB=-0.0343983;RO=12;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267894;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0369562;OID=.;OPOS=73507448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:24:24:12:17:3:7:0.291667:2:1:7:5:3:4:10:7 chr14 73528645 . G A 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.006568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.202;QD=57.3928;RBI=0.0498647;REFB=0.0545624;REVB=0.0494302;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519989;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.000546033;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:12:25:0:0:12:25:0:1 chr14 73586669 . T A 407.63 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.024037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.741;QD=20.3814;RBI=0.0260555;REFB=-0.0131617;REVB=0.0100554;RO=38;SAF=12;SAR=29;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101705;STB=0.551771;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00923467;OID=.;OPOS=73586669;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:29:12:15:23:29:12:15:24 chr14 73711394 . A G 742.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.623;QD=63.1906;RBI=0.0458185;REFB=0;REVB=0.0275094;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82172e-05;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:20:24:0:0:23:24:0:0 chr14 73717735 . C T 38.41 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0182798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.197;QD=2.84485;RBI=0.0307212;REFB=-0.00916173;REVB=-0.0246909;RO=46;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265876;STB=0.53449;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.064252;OID=.;OPOS=73717735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:46:47:7:7:0.12963:5:2:14:32:5:2:15:32 chr14 73727509 . T G 251.48 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.502;QD=50.2965;RBI=0.0713881;REFB=0;REVB=-0.00172004;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207234;OID=.;OPOS=73727509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:17:1:0:0:19:1:0:0 chr14 73957772 . A G 145.18 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8748;QD=44.6704;RBI=0.0384849;REFB=0;REVB=0.0172356;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167219;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr14 73958375 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.536;QD=47.8224;RBI=0.00365184;REFB=0;REVB=0.00302319;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52079e-05;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr14 73963383 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.699;QD=62.9829;RBI=0.0704874;REFB=0;REVB=0.0481629;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168356;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr14 73989859 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.757;QD=64.4152;RBI=0.0425684;REFB=0;REVB=-0.0093899;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011132;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr14 74058832 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0302745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.923;QD=16.4545;RBI=0.0572645;REFB=-0.0370383;REVB=0.0486073;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248791;STB=0.642482;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0303301;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:4:0:1:5:4:0 chr14 74061968 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.306;QD=49.5961;RBI=0.0802882;REFB=0;REVB=0.0500607;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264075;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr14 74083846 . C T 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00215326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.286;QD=17.4026;RBI=0.0294691;REFB=-0.0186284;REVB=-0.0293904;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.596881;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00934215;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:11:2:4:9:11:2 chr14 74083901 . G A 85.23 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0229854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.184;QD=11.3646;RBI=0.0324164;REFB=-0.0325153;REVB=-0.0228581;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.538391;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.065196;OID=.;OPOS=74083901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:10:11:0.366667:3:7:10:8:4:7:11:8 chr14 74168625 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.149;QD=56.1915;RBI=0.0228733;REFB=0;REVB=-0.00258512;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81267e-05;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr14 74196686 . T C 1061.75 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7644;QD=58.9862;RBI=0.0459953;REFB=0;REVB=0.0387566;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08419e-05;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr14 74196791 . CT C,CC 638.87 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=10,32;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834698,0.127916;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.4133,84.5457;QD=60.8443;RBI=0.0904891,0.138342;REFB=0,0;REVB=0.0349438,0.052688;RO=0;SAF=9,2;SAR=1,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0172052,0.00720331;OID=.,.;OPOS=74196792,74196792;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:10,32:42:1,41:42:0:1,10:0,31:0:0:4:0:9,2:1,30:0:0 chr14 74196844 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311011;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.904;QD=60.9786;RBI=0.0311099;REFB=0;REVB=-0.00074087;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15583e-05;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr14 74206481 . T C 305.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2495;QD=53.0919;RBI=0.0249528;REFB=0;REVB=0.011865;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027647;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 74340797 . A T 836.97 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700474;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9897;QD=57.722;RBI=0.0752142;REFB=0;REVB=0.0273959;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598561;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr14 74404756 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00787757;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.052;QD=18.4438;RBI=0.00986102;REFB=-0.0120879;REVB=-0.00593159;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0136483;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr14 74428000 . A T 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.011146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.886;QD=22.3952;RBI=0.012994;REFB=-0.0131689;REVB=0.00667908;RO=23;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113563;STB=0.506347;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0196372;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:9:16:15:8:9:16:15:8 chr14 74489735 . G A 356.46 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00272192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.439;QD=19.2683;RBI=0.00986772;REFB=-0.02151;REVB=-0.00948488;RO=37;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144976;STB=0.580509;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0273614;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:17:20:14:23:17:20:14:23 chr14 74514674 . A T 726.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000310638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.373;QD=56.9999;RBI=0.0104707;REFB=0;REVB=-0.0104661;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28617e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr14 74523949 . G A 224.79 PASS AF=0.488889;AO=23;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0122346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4176;QD=19.981;RBI=0.0180393;REFB=0.00221932;REVB=-0.0132563;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076196;STB=0.534382;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00244831;OID=.;OPOS=74523949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:23:23:22:0.488889:13:10:11:10:12:10:12:11 chr14 74539324 . AC AA,CA 186.11 PASS AF=0.527778,0;AO=17,2;DP=36;FAO=19,0;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5,0;FSAR=14,0;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0250979,-0.0346645;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=1,2;MLLD=240.567,21.6333;QD=20.6786;RBI=0.0251449,0.0403823;REFB=-0.00231007,0.0115814;REVB=0.00153579,-0.0207148;RO=12;SAF=4,0;SAR=13,2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0942134,-0.505787;STB=0.551914,0.5;STBP=0.542,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00206227,0;OID=.,.;OPOS=74539325,74539324;OREF=C,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:17:17,2:19,0:0.527778,0:13,2:4,0:4:8:14,0:5,0:6:11 chr14 74727407 . G A 383.04 PASS AF=0.493827;AO=22;DP=79;FAO=40;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.039904;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.715;QD=18.9155;RBI=0.0457347;REFB=-0.0702558;REVB=-0.0223458;RO=27;SAF=5;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893697;STB=0.519245;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0601039;OID=.;OPOS=74727407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:27:41:22:40:0.493827:17:5:8:19:18:22:21:20 chr14 74824365 . A G 63.3 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00798693;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.79;QD=8.73089;RBI=0.00805409;REFB=-0.00608719;REVB=0.00103795;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22771;STB=0.638803;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0195628;OID=.;OPOS=74824365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:7:13:4:5:7:13 chr14 74876181 . T G 512.83 PASS AF=0.514563;AO=53;DP=103;FAO=53;FDP=103;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.000677366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5455;QD=19.9156;RBI=0.0218929;REFB=-0.0319804;REVB=-0.0218824;RO=50;SAF=32;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179586;STB=0.599081;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0359305;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:50:50:53:53:0.514563:21:32:20:30:21:32:20:30 chr14 74991855 . A G 86.27 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=-0.00318921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6062;QD=12.3242;RBI=0.0210195;REFB=0.00525946;REVB=0.0207762;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396301;STB=0.724118;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00487261;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:1:16:7:4:1:16 chr14 75279395 . T A 976.47 PASS AF=1;AO=57;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120382;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.813;QD=59.1799;RBI=0.0359598;REFB=0;REVB=0.0338849;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03332e-05;OID=.;OPOS=75279395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:57:66:1:22:35:0:0:22:44:0:0 chr14 75386576 . G A 256.76 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.00892583;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4296;QD=21.852;RBI=0.0103319;REFB=-0.0297367;REVB=0.00520369;RO=23;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15408;STB=0.585732;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0292777;OID=.;OPOS=75386576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:9:15:18:5:9:15:18:5 chr14 75388183 . C T 260.16 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0390636;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.366;QD=30.6076;RBI=0.0391861;REFB=-0.0179594;REVB=-0.00309655;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164734;STB=0.509426;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0103853;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:34:12:11:23:23:0.676471:14:9:5:7:14:9:4:7 chr14 75412908 . A C,G 723.9 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,48;DP=52;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208636,0.00104375;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.199,95.812;QD=55.6846;RBI=0.0415261,0.00609421;REFB=0,0;REVB=-0.0359044,0.00600417;RO=0;SAF=4,21;SAR=0,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.169336,4.63734e-05;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:52:52:0:0:4,48:4,48:0.0769231,0.923077:0,27:4,21:0:0:0,27:4,21:0:0 chr14 75475894 . G C 201.7 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.000787301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.129;QD=14.1547;RBI=0.00882816;REFB=-0.0062699;REVB=0.00879298;RO=33;SAF=18;SAR=5;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397792;STB=0.73409;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0131115;OID=.;OPOS=75475894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:23:24:0.421053:5:18:14:19:5:19:14:19 chr14 75483812 . T C 479.41 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0374522;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.875;QD=22.298;RBI=0.0375212;REFB=-0.0136769;REVB=0.00227542;RO=40;SAF=24;SAR=22;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123449;STB=0.567947;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00949172;OID=.;OPOS=75483812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:46:46:0.534884:22:24:15:25:22:24:15:25 chr14 75513826 . T C 173.47 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00506541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.851;QD=18.7533;RBI=0.0092998;REFB=-0.0195047;REVB=0.00779922;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.595134;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0265439;OID=.;OPOS=75513826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:18:18:0.486486:10:8:11:6:10:8:12:7 chr14 75513883 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7564;QD=60.6089;RBI=0.075344;REFB=0;REVB=0.0724304;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765221;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr14 75515693 . C T 36.98 PASS AF=0.375;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.023908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.336;QD=9.24487;RBI=0.0262877;REFB=-0.0107298;REVB=0.0109293;RO=10;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504079;STB=0.719306;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0146443;OID=.;OPOS=75515693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:16:10:10:5:6:0.375:1:4:3:7:2:4:3:7 chr14 75537381 . C T 215.12 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00458415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.025;QD=21.512;RBI=0.00901038;REFB=-0.0280152;REVB=0.00775709;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306258;STB=0.517225;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.025062;OID=.;OPOS=75537381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:13:6:6:15:13:6 chr14 75538217 . G T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00156171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4875;QD=26.6016;RBI=0.065527;REFB=0.0340904;REVB=-0.0655084;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0171593;OID=.;OPOS=75538217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:1:1:5:3:1:1 chr14 75567742 . A G 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0366398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.337;QD=13.0863;RBI=0.0386349;REFB=-0.00206822;REVB=0.0122547;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366029;STB=0.521445;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00535647;OID=.;OPOS=75567742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:16:11:6:10:16:11 chr14 75574087 . C T 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0133383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.023;QD=12.6376;RBI=0.0133851;REFB=-0.0147487;REVB=0.0011184;RO=20;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273707;STB=0.506319;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0201488;OID=.;OPOS=75574087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:3:10:15:5:3:10:16:5 chr14 75590822 . G A 467.11 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0554403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.441;QD=28.3098;RBI=0.0554433;REFB=-0.01168;REVB=0.000577726;RO=22;SAF=23;SAR=20;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106307;STB=0.564882;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00930736;OID=.;OPOS=75590822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:23:43:43:0.651515:20:23:8:14:20:23:8:15 chr14 75705656 . G A 185.84 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0018154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8465;QD=14.8672;RBI=0.0203956;REFB=-0.00640141;REVB=0.0203147;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210351;STB=0.607028;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0129929;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:30:20:20:0.4:5:15:16:12:5:15:18:12 chr14 75705863 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00673364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.262;QD=19.6968;RBI=0.00787812;REFB=-0.0169246;REVB=-0.00408935;RO=22;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747535;STB=0.542332;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0229098;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:14:7:9:13:14:7:9:13 chr14 75746690 . C T 458.8 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7396;QD=57.3497;RBI=0.0588403;REFB=0;REVB=0.0462667;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701304;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:21:10:0:0:21:11:0:0 chr14 75758885 . A G,T 651.37 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=41,2;DP=43;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316652,-0.0230263;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.9334,53.3344;QD=60.5925;RBI=0.05988,0.0646471;REFB=0,0;REVB=0.0508226,0.0604072;RO=0;SAF=20,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02085e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00726804,0.27163;OID=.,.;OPOS=75758885,75758885;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:43:43:0:0:41,2:41,2:0.953488,0.0465116:21,0:20,2:0:0:21,0:20,2:0:0 chr14 75904660 . A G 831.87 PASS AF=0.506024;AO=85;DP=166;FAO=84;FDP=166;FR=.;FRO=82;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=0.0107324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.01;QD=20.045;RBI=0.117044;REFB=-0.0338756;REVB=-0.116551;RO=80;SAF=46;SAR=39;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189992;STB=0.506665;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0353862;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:80:82:85:84:0.506024:39:46:45:35:38:46:46:36 chr14 75937022 . G A 68.07 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0802835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.111;QD=14.3301;RBI=0.0813099;REFB=-0.00602959;REVB=-0.0128788;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033981;STB=0.519956;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00533993;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:7:3:3:6:7:3 chr14 76045691 . C T 158.59 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0120211;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.164;QD=16.2657;RBI=0.0237375;REFB=0.000923718;REVB=0.0204685;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629161;STB=0.50908;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000429164;OID=.;OPOS=76045691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:16:17:0.435897:7:9:11:11:8:9:12:10 chr14 76156609 . C T 135.41 PASS AF=0.483871;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00362272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.144;QD=17.4724;RBI=0.0561746;REFB=0.00823454;REVB=0.0560576;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442244;STB=0.766749;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0179247;OID=.;OPOS=76156609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:14:16:13:15:0.483871:10:3:10:4:12:3:11:5 chr14 76175565 . C A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.06062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.892;QD=11.1982;RBI=0.0609376;REFB=-0.000681647;REVB=-0.00621326;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254625;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076304;OID=.;OPOS=76175565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:6:6:10:11:6:6:11:11 chr14 76175594 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.004028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.148;QD=6.81341;RBI=0.0113158;REFB=-0.00454987;REVB=0.0105746;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227677;STB=0.64662;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0166642;OID=.;OPOS=76175594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:9:10:5:2:9:10 chr14 76224153 . T A 868.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.435;QD=57.8772;RBI=0.0627074;REFB=0;REVB=0.0626811;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204399;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr14 76368544 . T C 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0155635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.658;QD=21.2649;RBI=0.0356849;REFB=-0.00775584;REVB=0.0321122;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314531;STB=0.677239;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00697875;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:6:12:6:14:6:12 chr14 76619167 . A C 114.13 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0378021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.581;QD=18.2608;RBI=0.0378039;REFB=-0.0106173;REVB=0.000365626;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755114;STB=0.562406;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0230502;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:5:7:8:4:6:7:8:4 chr14 76662446 . C T 667.38 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2206;QD=62.0819;RBI=0.0510395;REFB=0;REVB=0.00053026;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184756;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:26:15:0:0:28:15:0:0 chr14 76957887 . T C 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2859;QD=59.4329;RBI=0.0496089;REFB=0;REVB=-0.0484527;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050424;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr14 76964655 . C T 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0058993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.092;QD=12.7983;RBI=0.013239;REFB=-0.00735501;REVB=-0.011852;RO=40;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613925;STB=0.544971;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0122496;OID=.;OPOS=76964655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:40:41:26:26:0.38806:9:17:24:16:9:17:24:17 chr14 77236380 . C T 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.000650735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.044;QD=13.6997;RBI=0.0122751;REFB=-0.012383;REVB=0.0122579;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242614;STB=0.616313;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0136243;OID=.;OPOS=77236380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:30:18:18:0.375:8:10:9:19:8:10:11:19 chr14 77239567 . A G 173.19 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0135959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.471;QD=18.7234;RBI=0.0155418;REFB=-0.00894418;REVB=0.00752973;RO=18;SAF=16;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273656;STB=0.687918;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00557618;OID=.;OPOS=77239567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:2:16:13:5:2:16:13:6 chr14 77294950 . C T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000353557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7886;QD=7.96575;RBI=0.0434774;REFB=0.0246597;REVB=0.043476;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277258;STB=0.517207;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0497795;OID=.;OPOS=77294950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:15:11:4:6:15:11 chr14 77323782 . G A 98.13 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00766386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0657;QD=14.0185;RBI=0.0451812;REFB=0.0065412;REVB=-0.0445265;RO=16;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422461;STB=0.524651;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.0105026;OID=.;OPOS=77323782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:7:5:6:10:7:5:6:10 chr14 77332367 . C T 211.83 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0155167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.187;QD=12.2802;RBI=0.0320756;REFB=-0.0183319;REVB=0.0280726;RO=41;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956115;STB=0.555514;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0218063;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:43:25:26:0.376812:15:10:13:28:16:10:13:30 chr14 77332408 . T C 220.56 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0688033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8388;QD=14.2299;RBI=0.0694945;REFB=-0.0253406;REVB=0.00977721;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119315;STB=0.567518;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0319787;OID=.;OPOS=77332408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:10:26:16:10:10:26 chr14 77576243 . G A 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0198508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.653;QD=19.6679;RBI=0.0198795;REFB=-0.011681;REVB=-0.00106765;RO=19;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102566;STB=0.558219;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00993392;OID=.;OPOS=77576243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:6:13:11:8:6:13:11:8 chr14 77579754 . T C 323.34 PASS AF=0.607843;AO=30;DP=49;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0053741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.574;QD=25.36;RBI=0.00604718;REFB=-0.0215902;REVB=-0.00277264;RO=19;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153927;STB=0.507807;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0130554;OID=.;OPOS=77579754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:19:20:30:31:0.607843:18:12:8:11:18:13:8:12 chr14 77691753 . T C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=15;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.000172331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.635;QD=14.6498;RBI=0.0101939;REFB=-0.00556089;REVB=0.0101924;RO=18;SAF=11;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769795;STB=0.520803;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.010243;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:15:14:0.424242:4:11:12:6:4:10:13:6 chr14 77697967 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.814;QD=62.0212;RBI=0.0152736;REFB=0;REVB=-7.89485e-05;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114916;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr14 77703057 . A G 240.79 PASS AF=1;AO=15;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.967;QD=50.6933;RBI=0.0881081;REFB=0;REVB=0.0533964;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103924;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:1:0:15:19:1:13:2:1:0:13:6:0:0 chr14 77737202 . G A 192.66 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.101407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2869;QD=24.8598;RBI=0.127057;REFB=-0.00491549;REVB=0.0765514;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207715;STB=0.519834;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0106941;OID=.;OPOS=77737202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:31:12:12:18:19:0.612903:11:7:5:7:12:7:5:7 chr14 77745193 . A C 805.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.99;QD=64.4016;RBI=0.0293141;REFB=0;REVB=0.0105743;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.03518e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:34:16:0:0:34:16:0:0 chr14 77746112 . T C 41.19 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0234505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.931;QD=16.4759;RBI=0.064552;REFB=-0.105924;REVB=0.0601418;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0127617;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:4:2:0:3:4:2:0:4 chr14 77750141 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0186022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.432;QD=20.4857;RBI=0.0186539;REFB=-0.00413097;REVB=0.00138753;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319331;STB=0.695865;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00304691;OID=.;OPOS=77750141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:10:11:14:14:0.56:9:5:8:2:9:5:9:2 chr14 77751925 . C T 1024.65 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4299;QD=59.3999;RBI=0.0208494;REFB=0;REVB=-0.0199451;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011711;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr14 77793207 . G A 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00521291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.651;QD=11.5417;RBI=0.0340508;REFB=-0.0105861;REVB=0.0336494;RO=51;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159347;STB=0.591864;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0154754;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:13:15:20:31:13:15:20:31 chr14 77794283 . T C 1227.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6578;QD=61.3566;RBI=0.0315246;REFB=0;REVB=-0.0244525;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16455e-05;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:30:50:0:0:30:50:0:0 chr14 77796641 . G A 233.29 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0328909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4264;QD=15.8165;RBI=0.0527406;REFB=-0.0257462;REVB=0.0412282;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138838;STB=0.602679;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.041497;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:26:27:0.457627:18:8:14:18:19:8:15:17 chr14 77843814 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0324248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.016;QD=28.6825;RBI=0.0444528;REFB=-0.0513727;REVB=0.0304085;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179867;STB=0.510181;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0144818;OID=.;OPOS=77843814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:1:1:4:5:1:1 chr14 77844869 . A G 57.64 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0256164;FXX=0.0475964;HRUN=8;LEN=1;MLLD=31.0327;QD=11.5272;RBI=0.0856511;REFB=-0.00407359;REVB=0.0817307;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.051052;OID=.;OPOS=77844869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:21:20:7:9:6:6:0.3:2:4:5:2:2:4:5:4 chr14 77926011 . C T 177.48 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0276533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0056;QD=14.4884;RBI=0.0631408;REFB=0.0218195;REVB=-0.0567632;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206387;STB=0.608398;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.0415141;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:11:8:18:11:11:8:18:12 chr14 77928525 . A G 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0183714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9281;QD=17.1003;RBI=0.0185338;REFB=-0.0214806;REVB=0.00244795;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272544;STB=0.658433;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0168127;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:7:8:11:3:7:8 chr14 77935520 . G A 348.68 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.06091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5625;QD=21.1321;RBI=0.0609609;REFB=-0.0186281;REVB=0.00248965;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087867;STB=0.540518;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0067866;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:35:36:0.545455:20:15:16:14:20:16:16:14 chr14 77951124 . C T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0237302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.801;QD=20.4397;RBI=0.0292406;REFB=-0.0178428;REVB=0.0170848;RO=29;SAF=13;SAR=20;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218888;STB=0.621286;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0161443;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:20:13:19:10:20:13:19:10 chr14 77976325 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.955;QD=48.7372;RBI=0.0280841;REFB=0;REVB=0.0270611;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302181;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr14 78028803 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00177561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.43;QD=17.3782;RBI=0.0143248;REFB=-0.0160889;REVB=0.0142143;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116602;STB=0.567442;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0133119;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:5:5:4:7:5:5 chr14 78174473 . A C 1412.73 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.227;QD=62.788;RBI=0.0537693;REFB=0;REVB=-0.0532524;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000346718;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:59:31:0:0:59:31:0:0 chr14 78184566 . C A 703.47 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.097;QD=62.5303;RBI=0.0194368;REFB=0;REVB=0.013973;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01636e-05;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:22:22:0:0:22:23:0:0 chr14 78197365 . C T 319.53 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.866;QD=53.2541;RBI=0.0563853;REFB=0;REVB=0.0149211;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217232;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr14 78221364 . T G 348.89 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00365034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.637;QD=15.0061;RBI=0.0110261;REFB=-0.00940886;REVB=-0.0104044;RO=54;SAF=26;SAR=12;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201672;STB=0.610048;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0157043;OID=.;OPOS=78221364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:55:38:38:0.408602:12:26:27:27:12:26:28:27 chr14 78287414 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9056;QD=60.6054;RBI=0.102708;REFB=0;REVB=0.0816277;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139096;OID=.;OPOS=78287414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr14 78709814 . T C 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.019602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.57;QD=12.5693;RBI=0.0497074;REFB=-0.0189306;REVB=-0.0456792;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.577458;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0190275;OID=.;OPOS=78709814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:7:8:16:9:7:8:17:9 chr14 80669580 . T C 144.05 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00752378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.197;QD=15.1633;RBI=0.0338894;REFB=-0.00525584;REVB=-0.0330436;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369908;STB=0.509987;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0140939;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:22:16:16:0.421053:9:7:8:12:9:7:10:12 chr14 80963383 . A AGC 228.25 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=59;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00660542;FXX=0.0545355;HRUN=0;LEN=2;MLLD=279.906;QD=17.5573;RBI=0.0180091;REFB=-0.00684493;REVB=-0.016754;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084521;STB=0.543272;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.005672;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:24:59:25:52:27:15:10:14:13:99:32:14:10:16:16 chr14 81251255 . T C 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0300169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.62;QD=26.4932;RBI=0.0424141;REFB=-0.0180717;REVB=-0.0299657;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208503;STB=0.511614;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0109067;OID=.;OPOS=81251255;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:7:10:5:4:7:10:5:4 chr14 81380682 . G A 425.73 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=113;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.0171778;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.441;QD=15.2046;RBI=0.033913;REFB=-0.0249972;REVB=-0.0292407;RO=64;SAF=24;SAR=24;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159018;STB=0.508925;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0356558;OID=.;OPOS=81380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:64:64:48:48:0.428571:24:24:31:33:24:24:31:33 chr14 81574959 . A G 288.84 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0031104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.67;QD=21.0067;RBI=0.0164639;REFB=-0.0148492;REVB=-0.0161674;RO=25;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021978;STB=0.512187;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0129355;OID=.;OPOS=81574959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:16:14:11:14:16:14:11:14 chr14 81575005 . C A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00831785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.231;QD=15.7005;RBI=0.0101338;REFB=-0.0118189;REVB=-0.0057885;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00681493;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.013537;OID=.;OPOS=81575005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:9:10:8:7:9:10 chr14 81610583 . G C 221.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2134;QD=49.1544;RBI=0.0197254;REFB=0;REVB=0.0164182;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919118;OID=.;OPOS=81610583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr14 81612643 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0674495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.009;QD=12.7299;RBI=0.0790972;REFB=-0.00576947;REVB=-0.0413151;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289502;STB=0.669755;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.01411;OID=.;OPOS=81612643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:3:9:4:5:3:9 chr14 81676282 . T C 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00150915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.272;QD=10.4387;RBI=0.00194348;REFB=-0.011169;REVB=0.00122458;RO=27;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616882;STB=0.536909;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0269745;OID=.;OPOS=81676282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:7:6:11:16:7:6:11:16 chr14 81712844 . C G 268.52 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0112813;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4362;QD=18.5189;RBI=0.0335859;REFB=0.00779135;REVB=0.0316345;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150253;STB=0.570682;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00660794;OID=.;OPOS=81712844;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:28:29:0.5:10:18:14:15:11:18:14:15 chr14 81737076 . A C 334.08 PASS AF=0.397849;AO=37;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00343852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4634;QD=14.369;RBI=0.0204129;REFB=-0.0296386;REVB=-0.0201212;RO=56;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806789;STB=0.545748;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0299229;OID=.;OPOS=81737076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:56:37:37:0.397849:19:18:23:33:19:18:23:33 chr14 81744736 . A G 850.96 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4215;QD=57.6922;RBI=0.0607875;REFB=0;REVB=0.0560544;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362502;OID=.;OPOS=81744736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:38:21:0:0:38:21:0:0 chr14 84640016 . A C 261.79 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0159275;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.288;QD=24.3526;RBI=0.0179956;REFB=-0.0134067;REVB=-0.00837583;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119295;STB=0.56661;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0165624;OID=.;OPOS=84640016;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:10:9:8:16:10:9 chr14 86088056 . T C 597.61 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218254;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.631;QD=61.2931;RBI=0.0219096;REFB=0;REVB=-0.00191926;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139219;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr14 86089253 . C T 277.54 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00555578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.183;QD=20.5586;RBI=0.00708158;REFB=-0.00829128;REVB=0.00439113;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176122;STB=0.603102;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0036266;OID=.;OPOS=86089253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:18:10:14:11:19:10:14:11 chr14 86089508 . G T 46.96 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0146192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.339;QD=11.0504;RBI=0.055363;REFB=-0.0126783;REVB=0.0533979;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0388632;OID=.;OPOS=86089508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr14 86091242 . C T 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0190056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.863;QD=8.30796;RBI=0.0199175;REFB=-0.00907609;REVB=0.00595758;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.667591;STB=0.904286;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00879276;OID=.;OPOS=86091242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:1:7:4:14:1:7:4:14 chr14 86091415 . G A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4532;QD=57.1992;RBI=0.00393415;REFB=0;REVB=-0.00378831;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55766e-05;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 86091910 . G T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.035217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.267;QD=16.4544;RBI=0.0354228;REFB=0.00251942;REVB=0.00381309;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297985;STB=0.681121;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00246315;OID=.;OPOS=86091910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:2:2:1:5:2:2 chr14 86092246 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510466;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4301;QD=56.9547;RBI=0.0756707;REFB=0;REVB=0.0558597;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108556;OID=.;OPOS=86092246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr14 86093344 . C T 310.27 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167485;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.465;QD=53.9602;RBI=0.0388994;REFB=0;REVB=0.0351091;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684576;OID=.;OPOS=86093344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr14 86093378 . C T 146.74 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0117047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.142;QD=16.77;RBI=0.0439616;REFB=-0.0130953;REVB=0.0423747;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14369;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0102356;OID=.;OPOS=86093378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:10:5:9:10:10:6:9:10 chr14 86093385 . T C 159.56 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.039475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.066;QD=17.729;RBI=0.0395811;REFB=-0.00790382;REVB=-0.00289551;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417334;STB=0.523782;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00945894;OID=.;OPOS=86093385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:7:12:10:7:7:12 chr14 86093422 . G T 118.68 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0042025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.099;QD=13.187;RBI=0.0150694;REFB=-0.00272608;REVB=-0.0144716;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213991;STB=0.624826;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00358669;OID=.;OPOS=86093422;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:8:14:6:8:8:14 chr14 86094035 . G A 223.26 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0176977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0118;QD=26.2653;RBI=0.0179187;REFB=-0.0202737;REVB=-0.00280545;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033284;STB=0.511101;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0129155;OID=.;OPOS=86094035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:13:7:4:9:14:7:4:9 chr14 86094573 . C T 279.33 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0169156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.887;QD=18.9378;RBI=0.0238435;REFB=-0.0328782;REVB=0.016804;RO=29;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044011;STB=0.524555;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0343773;OID=.;OPOS=86094573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:13:17:15:14:13:17:15:14 chr14 88400449 . T C 272.42 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0355;QD=51.8885;RBI=0.0879119;REFB=0;REVB=0.0819599;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199152;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr14 88400486 . A G 312.98 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00229149;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.79;QD=50.0771;RBI=0.0547093;REFB=-0.0334652;REVB=0.0546612;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370176;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000410308;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:11:12:1:0:11:13:1:0 chr14 88401213 . T C 322.61 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9676;QD=53.7676;RBI=0.13128;REFB=0;REVB=0.115756;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138609;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr14 88407875 . T A 629.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.293;QD=61.4327;RBI=0.0387829;REFB=0;REVB=0.0144512;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102436;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:12:25:0:0:14:27:0:0 chr14 88411947 . T C 1060.93 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.399;QD=59.7708;RBI=0.0216712;REFB=0;REVB=0.0215923;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.16927e-05;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:29:42:0:0:29:42:0:0 chr14 88431898 . C T 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6856;QD=55.6492;RBI=0.0746229;REFB=0;REVB=-0.0731488;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00207127;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr14 88477413 . C T 632.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3629;QD=61.6633;RBI=0.0537409;REFB=0;REVB=-0.0250751;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000947755;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr14 88651826 . A AAC,AC,C 180.07 PASS AF=0.444444,0.0555556,0;AO=10,10,3;DP=63;FAO=16,2,0;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14,1,0;FSAR=2,1,0;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0872853,0.0692996,0.0502037;FXX=0.099975;HRUN=5,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=104.284,106.31,86.4973;QD=20.0077;RBI=0.0878773,0.0694133,0.0511775;REFB=-0.0692211,-0.0680796,-0.0770843;REVB=-0.0101828,-0.00397209,0.00993591;RO=38;SAF=10,6,3;SAR=0,4,0;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.777965,0.307815,0.591457;STB=0.792024,0.549508,0.5;STBP=0.006,0.867,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=0.0764302,0.0733087,0;OID=.,.,.;OPOS=88651827,88651827,88651826;OREF=-,-,A;OALT=AC,C,C;OMAPALT=AAC,AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:36:38:18:10,10,3:16,2,0:0.444444,0.0555556,0:0,4,0:10,6,3:13:25:2,1,0:14,1,0:8:10 chr14 88792816 . T G 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214085;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.777;QD=58.6185;RBI=0.0306902;REFB=0;REVB=0.0306155;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48041e-05;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr14 88852279 . TGGGG TGGG,TGGGT,TTGGG 729.93 PASS AF=0.963636,0,0.0363636;AO=44,3,3;DP=54;FAO=53,0,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,2;FSAR=33,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020972,0.00523419,0.00575504;FXX=0.017854;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=23.2432,23.5356,6.86116;QD=53.0861;RBI=0.0315354,0.073707,0.0103292;REFB=0,0,0;REVB=-0.0235512,-0.0735209,0.00857738;RO=0;SAF=19,0,2;SAR=25,3,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.289157,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00592816,0,-0.0766217;OID=.,.,.;OPOS=88852280,88852283,88852280;OREF=G,G,G;OALT=-,T,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TTGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.963636,0,0.0363636:44,3,3:54:53,0,2:55:0:20,0,2:33,0,0:0:0:8:0:19,0,2:25,3,1:0:0 chr14 88894004 . TA T 139.01 PASS AF=1;AO=14;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.277403;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.7003;QD=23.1676;RBI=0.298626;REFB=-0.0172312;REVB=-0.110566;RO=7;SAF=14;SAR=0;SRF=5;SRR=2;SSEN=0.3125;SSEP=0;SSSB=0.818521;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0197051;OID=.;OPOS=88894005;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:24:24:24:0:20:4:0:0:4:7:14:0:5:2 chr14 89039124 . A G 55.71 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.053969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5252;QD=10.611;RBI=0.057922;REFB=0.00380781;REVB=-0.0210311;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457906;STB=0.768678;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0124199;OID=.;OPOS=89039124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:2:11:3:5:2:11 chr14 89094243 . G C 437.88 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7557;QD=56.5009;RBI=0.0137406;REFB=0;REVB=-0.00886953;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974317;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:16:13:0:0:16:15:0:0 chr14 89306550 . T C 239.92 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00261681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.676;QD=16.8368;RBI=0.0050289;REFB=-0.0234776;REVB=0.00429443;RO=30;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142862;STB=0.580724;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.026916;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:8:19:17:13:8:19:17:13 chr14 89306556 . C T 251.49 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0482475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.303;QD=20.5298;RBI=0.0497693;REFB=-0.00126167;REVB=-0.0122131;RO=25;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104174;STB=0.558773;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00511721;OID=.;OPOS=89306556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:8:16:14:11:8:16:14:11 chr14 89445481 . C T 207.09 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0268758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4035;QD=24.3631;RBI=0.0294716;REFB=-0.012078;REVB=-0.0120941;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370888;STB=0.520689;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00533752;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:7:7:11:9:7:7 chr14 89445503 . C T 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0323334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.266;QD=12.0244;RBI=0.035342;REFB=-0.0256642;REVB=-0.0142692;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520805;STB=0.510735;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0459952;OID=.;OPOS=89445503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:7:5:7:12:7:5:8:12 chr14 89627942 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=44.6896;RBI=0.0138605;REFB=0;REVB=0.0108814;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94607e-05;OID=.;OPOS=89627942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr14 89750819 . A G 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00116477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.333;QD=19.2729;RBI=0.00848505;REFB=-0.029732;REVB=-0.00840473;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839702;STB=0.538428;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.027037;OID=.;OPOS=89750819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:9:14:13:12:9:14:14:12 chr14 89867978 . T C 1524.18 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7562;QD=58.6224;RBI=0.0345482;REFB=-0.0327563;REVB=-0.0114909;RO=1;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350779;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:102:104:1:0:101:104:1:62:39:0:1:63:41:0:0 chr14 90095445 . T C 71.07 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0158132;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.775;QD=12.9226;RBI=0.0160814;REFB=-0.00872674;REVB=0.00292503;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386833;STB=0.685902;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0103035;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:21:22:13:13:8:9:0.409091:3:5:3:10:4:5:3:10 chr14 90178913 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.0653;QD=42.1745;RBI=0.047227;REFB=0;REVB=-0.0246049;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132051;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr14 90341494 . G A 340.07 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0281327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7316;QD=18.1371;RBI=0.0553755;REFB=-0.00978973;REVB=-0.0476969;RO=39;SAF=12;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127499;STB=0.571388;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00774604;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:24:12:18:21:24:12:18:21 chr14 90390968 . T A 93.27 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0102836;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.828;QD=19.6364;RBI=0.0427207;REFB=-0.0113009;REVB=0.0414645;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0113425;OID=.;OPOS=90390968;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:3:5:6:5:3:5 chr14 90398907 . G A 267.89 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.011368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.671;QD=16.2359;RBI=0.0136326;REFB=0.00196356;REVB=0.00752438;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917739;STB=0.55169;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00358192;OID=.;OPOS=90398907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:17:19:13:17:17:19 chr14 90730071 . C T 1043.68 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8333;QD=59.639;RBI=0.0614535;REFB=0;REVB=0.039285;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95125e-05;OID=.;OPOS=90730071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr14 90744546 . C T 217.44 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00367919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.376;QD=19.3276;RBI=0.00644739;REFB=-0.0559374;REVB=-0.00529456;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583233;STB=0.512807;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0167061;OID=.;OPOS=90744546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:18:19:19:0.422222:9:10:9:6:9:10:9:9 chr14 90756760 . A T 171.06 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0164874;FXX=0.0192271;HRUN=6;LEN=1;MLLD=233.145;QD=13.4163;RBI=0.0187508;REFB=-0.000299545;REVB=-0.00893072;RO=30;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155102;STB=0.597962;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00061552;OID=.;OPOS=90756760;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:31:20:20:0.392157:9:11:12:18:9:11:12:19 chr14 90767607 . C T 278.48 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=0.0248855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9867;QD=14.1;RBI=0.0267189;REFB=0.00541434;REVB=0.00972666;RO=45;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514606;STB=0.524925;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.0107774;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:45:47:31:32:0.405063:15:16:21:24:15:17:23:24 chr14 90865462 . C G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00858905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.945;QD=13.2118;RBI=0.0196601;REFB=-0.000425609;REVB=-0.0176847;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171752;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000968958;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:22:14:14:0.388889:8:6:12:8:8:6:12:10 chr14 91084338 . C T 485.54 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0781101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7298;QD=49.7991;RBI=0.0803581;REFB=-0.0749056;REVB=0.0188742;RO=3;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184065;STB=0.504422;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0324245;OID=.;OPOS=91084338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:35:35:0.897436:19:16:1:2:19:16:2:2 chr14 91123575 . T C 67.91 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.013784;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.588;QD=12.3469;RBI=0.0918516;REFB=0.00167974;REVB=-0.0908115;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666262;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00886307;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:6:7:7:2:6:7 chr14 91161862 . C T 5176.86 PASS AF=1;AO=323;DP=326;FAO=327;FDP=327;FR=.;FRO=0;FSAF=218;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00361791;FXX=0.00607884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.523;QD=63.3255;RBI=0.0145142;REFB=0;REVB=0.0140561;RO=0;SAF=216;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79391e-06;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:326:327:0:0:323:327:1:107:216:0:0:109:218:0:0 chr14 91165572 . G A 1208.36 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.222;QD=59.6721;RBI=0.0208182;REFB=-0.0473465;REVB=-0.00446567;RO=0;SAF=22;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=7.08544e-05;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:80:80:0.987654:58:22:0:0:58:22:1:0 chr14 91666162 . G A 183.52 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0364168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.924;QD=11.8402;RBI=0.0397269;REFB=-0.00936643;REVB=0.015876;RO=39;SAF=16;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237495;STB=0.637985;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0146142;OID=.;OPOS=91666162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:7:16:19:20:7:16:19:20 chr14 91739081 . A G 934.97 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.346;QD=58.4356;RBI=0.0787829;REFB=0;REVB=0.0783633;RO=0;SAF=51;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61909e-05;OID=.;OPOS=91739081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:11:51:0:0:12:52:0:0 chr14 91739221 . TG CT,T 86.09 PASS AF=0.0204082,0.428571;AO=2,21;DP=49;FAO=1,21;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=0,1;FSAR=1,20;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0223611,0.199181;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=78.0468,10.4025;QD=7.02765;RBI=0.106119,0.214531;REFB=-0.00779911,-0.0659843;REVB=-0.103737,-0.0796916;RO=25;SAF=0,1;SAR=2,20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0,0.349206;SSEP=0,0;SSSB=-0.47348,-0.6545;STB=0.989488,0.891225;STBP=0.495,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.0130416,0.0928018;OID=.,.;OPOS=91739221,91739222;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:83:49:49:25:27:2,21:1,21:0.0204082,0.428571:2,20:0,1:12:13:1,20:0,1:13:14 chr14 91751788 . TCCCCCT TCCCC,TCCCCT 330.03 PASS AF=0,1;AO=4,30;DP=40;FAO=0,40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326977,0.0700758;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=110.461,11.0413;QD=33.0025;RBI=0.0344411,0.102991;REFB=0,0;REVB=-0.0108191,-0.0754752;RO=1;SAF=4,12;SAR=0,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0372625;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0123073;OID=.,.;OPOS=91751793,91751789;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=TCCCC,TCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,30:40:0,40:40:0:0,19:0,21:0:0:7:1:4,12:0,18:1:0 chr14 91773494 . G A 244.89 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0348327;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.755;QD=22.7804;RBI=0.035434;REFB=-0.0306005;REVB=-0.00649968;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174216;STB=0.597476;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.025251;OID=.;OPOS=91773494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:8:12:9:14:8:12 chr14 91773568 . T C 166.61 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0362046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1794;QD=15.1461;RBI=0.0370783;REFB=-0.00795753;REVB=0.00800148;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358245;STB=0.705662;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00937196;OID=.;OPOS=91773568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:18:8:12:6:18:8 chr14 91792320 . G A 483.01 PASS AF=0.494845;AO=47;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0265475;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3675;QD=19.9179;RBI=0.0509892;REFB=-0.0270199;REVB=0.0435331;RO=45;SAF=15;SAR=32;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180549;STB=0.594163;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0442423;OID=.;OPOS=91792320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:45:49:47:48:0.494845:32:15:23:22:32:16:25:24 chr14 91792386 . A G 192.33 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0654546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.445;QD=16.0276;RBI=0.0672636;REFB=-0.0114879;REVB=-0.015495;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725981;STB=0.541625;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0271071;OID=.;OPOS=91792386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:12:16:10:10:12:16 chr14 91883499 . G A 292.02 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441135;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.878;QD=53.0946;RBI=0.0711369;REFB=0;REVB=0.0558073;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142471;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr14 91942087 . AGTG ATG,ATGA 75.7 PASS AF=0.533333,0.133333;AO=5,2;DP=15;FAO=8,2;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4,2;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0232441,0.0332438;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=35.5907,32.6445;QD=20.1859;RBI=0.0326691,0.0521029;REFB=-0.0281555,-0.0103471;REVB=-0.0229561,-0.0401194;RO=5;SAF=2,2;SAR=3,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162496,0.589598;STB=0.538366,0.992876;STBP=0.738,0.315;TYPE=del,mnp;VARB=0.0190582,0.0604648;OID=.,.;OPOS=91942088,91942088;OREF=G,GTG;OALT=-,TGA;OMAPALT=ATG,ATGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333,0.133333:5,2:15:8,2:15:5:4,2:4,0:3:2:32:5:2,2:3,0:3:2 chr14 92040793 . C G 407.98 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0154652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.09;QD=17.7383;RBI=0.0341405;REFB=-0.0205728;REVB=-0.0304369;RO=50;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231531;STB=0.512947;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0226231;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:50:42:42:0.456522:20:22:25:25:20:22:25:25 chr14 92084004 . C G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4656;QD=56.1914;RBI=0.0340102;REFB=0;REVB=-0.0325027;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815023;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr14 92088016 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000238751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.169;QD=60.6101;RBI=0.037946;REFB=0;REVB=-0.0379452;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151073;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr14 92159558 . A G 118.68 PASS AF=0.684211;AO=11;DP=18;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00976679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.103;QD=24.986;RBI=0.0146537;REFB=-0.00589379;REVB=0.0109243;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.605884;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00390823;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:19:6:6:11:13:0.684211:8:3:3:3:10:3:3:3 chr14 92181337 . G A 113.14 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0290951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.111;QD=17.4057;RBI=0.0419068;REFB=-0.0289737;REVB=-0.0301605;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248839;STB=0.543555;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0255436;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:9:4:4:8:9:4:5:8 chr14 92181405 . G A 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.639;QD=58.2399;RBI=0.0467013;REFB=-0.0169408;REVB=0.0148053;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176923;STB=0.509429;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000476802;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:26:13:0:1:26:13:0:1 chr14 92249126 . G A 902.55 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.804;QD=58.229;RBI=0.0292504;REFB=0;REVB=-0.0215222;RO=0;SAF=15;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7396e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86966e-06;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:46:15:0:0:46:16:0:0 chr14 92268615 . T G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.258;QD=55.0964;RBI=0.0648163;REFB=0;REVB=0.0249464;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000607206;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr14 92270253 . C G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0072057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.456;QD=11.9536;RBI=0.0117709;REFB=-0.00557921;REVB=-0.00930757;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32983;STB=0.695742;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00776875;OID=.;OPOS=92270253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:8:3:5:3:8:3 chr14 92280037 . T C 93.66 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0081219;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.625;QD=16.2891;RBI=0.00812587;REFB=0.011751;REVB=0.00025378;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.0182207;OID=.;OPOS=92280037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:25:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:5:7:7:4:5:7 chr14 92336239 . A G 85.63 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0988686;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.149;QD=6.7159;RBI=0.0993136;REFB=7.04056e-05;REVB=0.00939097;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100065;STB=0.563272;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00190993;OID=.;OPOS=92336239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:53:51:39:39:12:12:0.235294:8:4:16:23:8:4:16:23 chr14 92336242 . C T 89.45 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0249357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.838;QD=7.30175;RBI=0.0276069;REFB=-0.0108112;REVB=0.0118471;RO=37;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593688;STB=0.53725;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0224319;OID=.;OPOS=92336242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:12:12:0.244898:8:4:14:23:8:4:14:23 chr14 92344300 . A G 49.51 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0548037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7001;QD=15.2341;RBI=0.0836432;REFB=0.0221071;REVB=0.063188;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00640541;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr14 92347680 . A G 241.05 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0211248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6019;QD=22.423;RBI=0.0426212;REFB=-0.0224938;REVB=0.0370176;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139244;STB=0.574402;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0222364;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:19:20:22:23:0.534884:15:7:9:10:15:8:10:10 chr14 92537223 . G T 195.15 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0567346;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7413;QD=14.1929;RBI=0.0569188;REFB=0.00272048;REVB=0.00457606;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380893;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00588313;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:32:23:23:0.418182:12:11:16:15:12:11:17:15 chr14 92548785 . C T 133.42 PASS AF=0.441176;AO=16;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0449178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1577;QD=15.6958;RBI=0.0538062;REFB=-0.00324042;REVB=-0.0296227;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990533;STB=0.582175;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00316608;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:16:15:0.441176:10:6:5:13:9:6:5:14 chr14 92549586 . G A 255.18 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00592057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.81;QD=22.1898;RBI=0.0104564;REFB=-0.0091452;REVB=-0.0086188;RO=21;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205794;STB=0.60597;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00615498;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:16:8:12:9:16:8:12:10 chr14 92559678 . G C 99.2 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00488137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.402;QD=14.6956;RBI=0.0272163;REFB=-0.0307058;REVB=0.0267749;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0298604;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:8:7:6:6:8:7 chr14 92588002 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.993;QD=45.8044;RBI=0.103581;REFB=0;REVB=-0.0894832;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00067465;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr14 92792255 . G A 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0035;QD=60.9593;RBI=0.0232415;REFB=0;REVB=0.00582256;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144701;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr14 92909073 . T C,G 634.06 PASS AF=0.883721,0.116279;AO=38,3;DP=42;FAO=38,5;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25,2;FSAR=13,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154082,0.0155838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=178.524,154.256;QD=58.982;RBI=0.0648945,0.015826;REFB=0,0;REVB=0.0630388,0.00275788;RO=0;SAF=25,1;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000833338,0.0330463;OID=.,.;OPOS=92909073,92909073;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:42:43:0:0:38,3:38,5:0.883721,0.116279:13,2:25,1:0:0:13,3:25,2:0:0 chr14 92920371 . C T 1175.85 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.31;QD=59.5365;RBI=0.0344684;REFB=-0.0662378;REVB=0.0282271;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00161274;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:41:37:1:0:41:37:1:0 chr14 92958502 . TG T,TT 654.29 PASS AF=1,0;AO=41,2;DP=43;FAO=42,0;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133654,-0.0164267;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=339.537,318.476;QD=62.3132;RBI=0.0462836,0.0355724;REFB=0,0;REVB=0.0443118,0.0315525;RO=0;SAF=31,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.09277e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000168312,0;OID=.,.;OPOS=92958503,92958503;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,2:43:42,0:42:0:32,0:10,0:0:0:4:0:31,2:10,0:0:0 chr14 92959228 . G A 400.19 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1712;QD=53.3591;RBI=0.0531519;REFB=-0.00944865;REVB=0.0189693;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00214208;OID=.;OPOS=92959228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:0:1:17:12:0:1 chr14 93118674 . G A 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0287413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.001;QD=32.6186;RBI=0.040408;REFB=-0.00736144;REVB=0.0284033;RO=4;SAF=13;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352642;STB=0.698609;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00266897;OID=.;OPOS=93118674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:2:13:1:3:2:13:1:3 chr14 93178191 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.942;QD=57.3856;RBI=0.0486598;REFB=0;REVB=-0.0138928;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194866;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr14 93199080 . C T 274.98 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0062361;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.62;QD=21.5669;RBI=0.0213508;REFB=-0.0129467;REVB=-0.0204198;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118036;STB=0.580948;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0146737;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:27:28:0.54902:15:12:13:9:16:12:14:9 chr14 93276654 . T C 508.49 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00166787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.363;QD=56.4985;RBI=0.0130148;REFB=-0.142441;REVB=0.0129074;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000741595;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:15:20:0:0:15:20:1:0 chr14 93399101 . C T 280.45 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=-0.000753051;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.104;QD=19.0133;RBI=0.0119919;REFB=-0.00437019;REVB=0.0119683;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364867;STB=0.694805;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00523901;OID=.;OPOS=93399101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:29:29:30:0.508475:15:14:23:2:15:15:26:3 chr14 93401178 . A G 108.97 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.136023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3487;QD=36.3217;RBI=0.142973;REFB=-0.0380758;REVB=0.0440351;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000322498;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr14 93407062 . A G 404.5 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475653;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.311;QD=53.9326;RBI=0.0503641;REFB=-0.047118;REVB=0.0165553;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000906859;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:20:9:0:1:20:9:0:1 chr14 93407301 . C A 274.15 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0399924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.436;QD=24.9229;RBI=0.0414309;REFB=-0.0131807;REVB=0.0108226;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172229;STB=0.59633;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00795381;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:19:6:8:11:19:6:8:11 chr14 93673655 . G A 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0169046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.378;QD=14.4109;RBI=0.0485308;REFB=-0.0119939;REVB=0.0454915;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107325;STB=0.562429;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0154971;OID=.;OPOS=93673655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:6:12:16:12:6:12:16:12 chr14 93694159 . G A 251.76 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0106384;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.98;QD=14.5946;RBI=0.0112429;REFB=-0.00832821;REVB=0.0036369;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111888;STB=0.501009;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0116984;OID=.;OPOS=93694159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:40:29:29:0.42029:16:13:17:20:16:13:18:22 chr14 93703854 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0681449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9149;QD=18.7438;RBI=0.0949274;REFB=-0.0218155;REVB=-0.0660869;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0186389;OID=.;OPOS=93703854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr14 93943998 . G A 728.89 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8636;QD=57.1681;RBI=0.0194866;REFB=0;REVB=0.0031375;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184363;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:20:31:0:0:20:31:0:0 chr14 94187832 . C T 224.12 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.014566;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8869;QD=33.2026;RBI=0.0512907;REFB=-0.0287967;REVB=0.049179;RO=6;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129507;STB=0.599893;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00876289;OID=.;OPOS=94187832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:27:6:7:20:20:0.740741:15:5:3:3:15:5:4:3 chr14 94391699 . G A 92.23 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0159358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3858;QD=18.446;RBI=0.0463629;REFB=0.0150105;REVB=-0.0435381;RO=9;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270831;STB=0.658211;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0374821;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:9:2:4:5:9:2:4:5 chr14 94405871 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225667;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.31;QD=39.2068;RBI=0.0319875;REFB=0;REVB=0.0226704;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027833;OID=.;OPOS=94405871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr14 94410275 . CA C 131.32 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00661487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.9928;QD=8.47242;RBI=0.0762016;REFB=0.0583568;REVB=0.075914;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279734;STB=0.512648;STBP=0.878;TYPE=del;VARB=-0.0522206;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:26:62:26:62:36:11:15:16:20:99:31:11:15:14:17 chr14 94417421 . G A 832.89 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412196;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1767;QD=54.6154;RBI=0.0636625;REFB=-0.0143412;REVB=0.0485166;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163153;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:1:0:58:61:1:28:30:0:1:31:30:0:0 chr14 94417541 . A G 381.17 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384202;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.943;QD=56.4692;RBI=0.0405542;REFB=0;REVB=0.0129818;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855192;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:25:27:1:12:13:0:0:12:15:0:0 chr14 94417586 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9725;QD=50.413;RBI=0.0901819;REFB=0;REVB=0.0306168;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293633;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr14 94467549 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00565653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.576;QD=20.4858;RBI=0.00886396;REFB=0.00482075;REVB=0.00682447;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00456409;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:8:3:6:8:8:3 chr14 94510964 . T C,G 488.39 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=31,2;DP=33;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591215,0.00239948;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.0888,57.6336;QD=57.4578;RBI=0.0702641,0.0070932;REFB=0,0;REVB=0.0700149,0.00667502;RO=0;SAF=18,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.33668e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0015716,0.200543;OID=.,.;OPOS=94510964,94510964;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:33:34:0:0:31,2:32,2:0.941176,0.0588235:13,2:18,0:0:0:14,2:18,0:0:0 chr14 94524216 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.962;QD=51.1777;RBI=0.0534592;REFB=0;REVB=0.0487499;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698322;OID=.;OPOS=94524216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr14 94564035 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3854;QD=53.9057;RBI=0.0290872;REFB=0;REVB=0.028529;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465015;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr14 94756450 . T A 195.84 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00969024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0891;QD=25.2692;RBI=0.0281292;REFB=-0.021677;REVB=-0.0264074;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124967;STB=0.569325;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00459221;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:3:9:11:8:3:9 chr14 94756750 . T C 309.04 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0131718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.298;QD=17.9155;RBI=0.0265847;REFB=-0.0252035;REVB=-0.0230922;RO=35;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174368;STB=0.608635;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0219946;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:35:35:32:34:0.492754:17:15:10:25:17:17:10:25 chr14 94756794 . T C 216.75 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00233835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8479;QD=15.4823;RBI=0.00926828;REFB=-0.0293093;REVB=0.00896845;RO=30;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725478;STB=0.529903;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0371111;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:31:25:25:0.446429:14:11:11:19:14:11:12:19 chr14 94776221 . A C 990.62 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.652;QD=59.1412;RBI=0.0371997;REFB=0;REVB=0.02174;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153926;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:43:24:0:0:43:24:0:0 chr14 94844843 . T G 206.43 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0804897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3015;QD=16.851;RBI=0.109939;REFB=-0.00967573;REVB=-0.0748858;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105318;OID=.;OPOS=94844843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:12:16:12:9:12:16 chr14 94849201 . C T 178.47 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0530995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6831;QD=31.0384;RBI=0.0592442;REFB=-0.0261819;REVB=-0.0262738;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153494;STB=0.585004;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00351433;OID=.;OPOS=94849201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:4:2:11:6:4:2 chr14 94912799 . G A 479.35 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.00932521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.162;QD=22.5574;RBI=0.0315125;REFB=-0.0101521;REVB=0.0301011;RO=38;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909792;STB=0.555074;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.012103;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:39:46:46:0.541176:22:24:24:14:22:24:25:14 chr14 94912896 . T G 220.87 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0318861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.142;QD=18.0305;RBI=0.0322943;REFB=-0.00309879;REVB=-0.00511861;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162137;STB=0.591756;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00307679;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:18:9:11:11:18:9 chr14 94929541 . G A 936.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.996;QD=58.5373;RBI=0.0557742;REFB=0;REVB=-0.0477825;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101315;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr14 94931105 . A G 310.05 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152665;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.068;QD=53.9211;RBI=0.0188674;REFB=0;REVB=0.0110866;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14749e-05;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr14 94933473 . C A 244.05 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0163592;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.38;QD=17.4322;RBI=0.0246681;REFB=-0.0130882;REVB=0.0184632;RO=29;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130195;STB=0.573069;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0331253;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:15:12:17:12:15:12:17:12 chr14 94933640 . A T 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0430986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.274;QD=16.5327;RBI=0.0431358;REFB=0.00814592;REVB=0.00179261;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215693;STB=0.624479;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00906796;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:11:12:13:5:11:12 chr14 94933695 . G A 115.02 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00934461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5667;QD=19.1695;RBI=0.0263296;REFB=0.0480529;REVB=-0.0246156;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0428394;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:4:7:8:5:4:7 chr14 94933709 . C T 64.25 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0327401;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.538;QD=13.5266;RBI=0.0328369;REFB=-0.0253284;REVB=0.00251892;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.538374;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0258958;OID=.;OPOS=94933709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:18:19:11:10:7:9:0.473684:5:2:5:6:6:3:4:6 chr14 94935901 . G C 839.42 PASS AF=0.524691;AO=83;DP=161;FAO=85;FDP=162;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=59;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0379442;FXX=0.00613459;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6806;QD=20.7265;RBI=0.038381;REFB=-0.0178295;REVB=0.00577414;RO=78;SAF=26;SAR=57;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2212;STB=0.627338;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0213243;OID=.;OPOS=94935901;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:78:77:83:85:0.524691:57:26:43:35:59:26:43:34 chr14 95029852 . G T 130.55 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0542546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8009;QD=22.704;RBI=0.0592053;REFB=-0.040408;REVB=0.0237002;RO=9;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411273;STB=0.731383;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0221322;OID=.;OPOS=95029852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:4:10:1:8:4:10:1:8 chr14 95080803 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4856;QD=42.1743;RBI=0.10924;REFB=0;REVB=0.108286;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00618587;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr14 95235358 . G A 854.12 PASS AF=0.52795;AO=85;DP=161;FAO=85;FDP=161;FR=.;FRO=76;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.014403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.374;QD=21.2205;RBI=0.0144715;REFB=-0.017926;REVB=-0.00140617;RO=76;SAF=52;SAR=33;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198588;STB=0.608785;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0218286;OID=.;OPOS=95235358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:76:76:85:85:0.52795:33:52:29:47:33:52:29:47 chr14 95553617 . A T 109.97 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.000685195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.024;QD=14.6629;RBI=0.029505;REFB=-0.000263997;REVB=0.0294971;RO=17;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624799;STB=0.873481;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00103124;OID=.;OPOS=95553617;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:12:1:10:7:12:1:10:7 chr14 95555205 . C T 805.1 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2718;QD=64.4076;RBI=0.0253787;REFB=0;REVB=0.0195439;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.04988e-05;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr14 95660242 . A G 159.6 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00941755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.902;QD=17.7338;RBI=0.0148761;REFB=-0.0226543;REVB=0.0115156;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106788;STB=0.560984;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0165523;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:9:10:7:10:9:10 chr14 95688959 . C G 386.14 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0569213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8527;QD=30.891;RBI=0.0578796;REFB=-0.026659;REVB=-0.0104891;RO=18;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118528;STB=0.506489;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0131643;OID=.;OPOS=95688959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:13:19:11:7:13:19:11:7 chr14 95884323 . G A 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0416828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1201;QD=10.6675;RBI=0.0545235;REFB=-0.0224841;REVB=0.0351477;RO=17;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432252;STB=0.749464;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0176482;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:8:2:10:7:8:2:10:8 chr14 95903307 . TAGA T 259.94 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233168;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.507;QD=51.9879;RBI=0.0755246;REFB=0;REVB=-0.0718352;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000248981;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:21:20:20:0:11:9:0:0:4:0:11:9:0:0 chr14 95906321 . G A 2044.46 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.773;QD=61.4876;RBI=0.0388065;REFB=-0.0461274;REVB=0.0232808;RO=1;SAF=45;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145131;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:131:133:1:0:130:133:1:85:45:0:1:87:46:0:0 chr14 95910933 . T C 108.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0159192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0556;QD=13.9674;RBI=0.0344477;REFB=-0.00697569;REVB=-0.0305487;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107692;STB=0.542649;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0129917;OID=.;OPOS=95910933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:7:6:6:11:7:6:7:11 chr14 95918625 . T C 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.019462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3761;QD=18.4835;RBI=0.0335541;REFB=-0.0269543;REVB=-0.0273333;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462776;STB=0.526288;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0213877;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:10:11:9:10:10:11 chr14 95921741 . C T 124.0 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0054614;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.307;QD=13.7781;RBI=0.00558216;REFB=-0.0225867;REVB=-0.00115485;RO=22;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17443;STB=0.617164;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0295499;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:22:22:13:14:0.388889:3:10:14:8:3:11:14:8 chr14 95923670 . A C 158.84 PASS AF=0.515152;AO=15;DP=31;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0280911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.812;QD=19.2532;RBI=0.0281343;REFB=-0.0204122;REVB=-0.00155805;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230768;STB=0.574382;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0197597;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:16:15:17:0.515152:9:6:10:5:9:8:10:6 chr14 95983570 . AC A 31.74 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0731695;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.1128;QD=4.7028;RBI=0.0918279;REFB=-0.122757;REVB=-0.0554851;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.357143;SSSB=-0.132461;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.125631;OID=.;OPOS=95983571;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:25:9:27:18:2:7:4:14:31:16:1:7:3:13 chr14 95983898 . A T 257.68 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00305417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.507;QD=23.4254;RBI=0.0122052;REFB=-0.00310053;REVB=-0.0118169;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164374;STB=0.603361;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00383522;OID=.;OPOS=95983898;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:15:9:11:8:15:9:12:8 chr14 95983975 . G A 209.7 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.010753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1413;QD=18.6401;RBI=0.0107614;REFB=-0.0151533;REVB=0.00042473;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327202;STB=0.686093;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0111264;OID=.;OPOS=95983975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:15:9:15:6:15:9 chr14 95999820 . T C 286.61 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0137409;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.303;QD=17.9131;RBI=0.0139836;REFB=-0.0306612;REVB=-0.00259402;RO=33;SAF=18;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532649;STB=0.529762;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0320963;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:13:18:21:12:13:18:21:12 chr14 96131432 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2228;QD=52.6122;RBI=0.0782129;REFB=0;REVB=-0.0343797;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00244284;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr14 96556914 . T C 705.48 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871418;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.303;QD=56.4385;RBI=0.0375825;REFB=0;REVB=0.0365582;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200793;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr14 96557121 . T C 281.08 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000868265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.318;QD=51.1052;RBI=0.00728688;REFB=0;REVB=-0.00723496;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179601;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:17:5:0:0 chr14 96557873 . G T 222.0 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0113391;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1529;QD=22.7692;RBI=0.0398922;REFB=-0.0320971;REVB=0.0382467;RO=18;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107562;STB=0.542899;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0233958;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:17:21:22:0.564103:7:14:14:4:7:15:13:4 chr14 96558235 . T C 240.73 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0447242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9697;QD=21.8843;RBI=0.0455825;REFB=-0.0111228;REVB=0.0088039;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2002;STB=0.611671;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00910093;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:6:15:11:12:6:15 chr14 96558595 . C T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0141608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.301;QD=15.5729;RBI=0.0243496;REFB=0.00328523;REVB=-0.0198085;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783488;STB=0.523766;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00608469;OID=.;OPOS=96558595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:5:6:5:6:5:6:6:6 chr14 96558694 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00527493;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.515;QD=9.18861;RBI=0.0135545;REFB=-0.0179606;REVB=-0.012486;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237362;STB=0.653205;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.039219;OID=.;OPOS=96558694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:6:5:16:8:6:5:17:8 chr14 96558881 . C G 556.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.684;QD=60.2052;RBI=0.0369957;REFB=0;REVB=0.0360101;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013167;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr14 96559250 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0628919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.477;QD=22.5807;RBI=0.07048;REFB=-0.00437645;REVB=0.0318125;RO=7;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244656;STB=0.640758;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00422409;OID=.;OPOS=96559250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:2:10:4:3:2:10:4:3 chr14 96559459 . C A 158.64 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0531067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.956;QD=17.15;RBI=0.0536592;REFB=-0.016747;REVB=0.00768021;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477634;STB=0.527365;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0199946;OID=.;OPOS=96559459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:8:12:11:6:8:12 chr14 96559723 . G A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00249807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.215;QD=19.976;RBI=0.0325444;REFB=-0.0243806;REVB=0.0324484;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224193;STB=0.626775;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.016101;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:12:8:13:7:12:8 chr14 96559732 . G C 159.51 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0324872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5429;QD=17.7234;RBI=0.0335686;REFB=-0.00928084;REVB=0.00845162;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281066;STB=0.646886;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0149105;OID=.;OPOS=96559732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:6:11:6:12:6:11:7:12 chr14 96559791 . C T 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0464998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.635;QD=21.9428;RBI=0.046522;REFB=-0.0143716;REVB=-0.001436;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234285;STB=0.63142;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00341271;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:9:7:9:3:9:7:9:3 chr14 96560083 . A T 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.021157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.421;QD=14.0966;RBI=0.0224974;REFB=-0.00211243;REVB=-0.00764931;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264132;STB=0.654398;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00290139;OID=.;OPOS=96560083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:7:4:9:5:7:4:9:5 chr14 96560092 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0469416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0511;QD=19.1793;RBI=0.0548064;REFB=-0.0106789;REVB=0.0282884;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271432;STB=0.655383;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0101617;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:4:7:4:9:4:7 chr14 96671207 . GGGTGGGGAC G 304.45 PASS AF=0.590909;AO=32;DP=58;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0229602;FXX=0.0833218;HRUN=4;LEN=9;MLLD=226.1;QD=18.4513;RBI=0.0360037;REFB=-0.0384121;REVB=0.0277326;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507039;STBP=0.905;TYPE=del;VARB=0.0234858;OID=.;OPOS=96671208;OREF=GGTGGGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:32:58:39:66:27:21:18:15:12:99:0:15:17:0:0 chr14 96707457 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0133361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.423;QD=16.4266;RBI=0.0439202;REFB=-0.0129938;REVB=-0.0418465;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079851;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0355778;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:7:4:5:6:7:4 chr14 96708667 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0137542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.147;QD=17.5415;RBI=0.0471033;REFB=-0.00261953;REVB=-0.0450504;RO=16;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348757;STB=0.519973;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00659887;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:6:9:9:7:6:9:9:7 chr14 96709359 . A AC 75.18 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0221222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5567;QD=8.84419;RBI=0.102029;REFB=-0.00618346;REVB=0.099602;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371884;STB=0.72415;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0150381;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:13:34:13:34:21:2:11:9:12:75:21:2:11:9:12 chr14 96730142 . A G 500.94 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0168705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0226;QD=19.6447;RBI=0.050318;REFB=-0.01203;REVB=-0.0474056;RO=50;SAF=18;SAR=33;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642449;STB=0.539009;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0114629;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:50:50:51:52:0.509804:33:18:21:29:34:18:21:29 chr14 96730905 . T C 249.85 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0240639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.611;QD=18.5076;RBI=0.0253713;REFB=-0.0108577;REVB=0.00803952;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105311;STB=0.558739;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0115207;OID=.;OPOS=96730905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:8:19:16:11:8:19 chr14 96771959 . A G 272.48 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00539018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.256;QD=16.2672;RBI=0.00545997;REFB=-0.00709493;REVB=0.000870206;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401565;STB=0.501483;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00610201;OID=.;OPOS=96771959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:36:30:31:0.462687:12:18:19:15:13:18:21:15 chr14 96781912 . T C 287.43 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00170426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6973;QD=13.5259;RBI=0.0231045;REFB=0.00374432;REVB=-0.0230416;RO=51;SAF=18;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797297;STB=0.551251;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00744888;OID=.;OPOS=96781912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:15:18:24:27:15:18:24:28 chr14 96797724 . G A 269.51 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0247254;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.371;QD=22.0012;RBI=0.0308783;REFB=-0.0166956;REVB=-0.0184966;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806712;STB=0.552303;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0211929;OID=.;OPOS=96797724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:8:16:14:10:8:17:14:10 chr14 96809499 . GAAAAC GAAACA 35.16 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0258362;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=43.4441;QD=4.8502;RBI=0.0435818;REFB=-0.022427;REVB=-0.0350979;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553938;STB=0.822428;STBP=0.123;TYPE=mnp;VARB=0.0981742;OID=.;OPOS=96809503;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=GAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.206897:5:29:6:29:23:1:5:13:10:35:18:1:4:13:5 chr14 96829290 . G A 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00047174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.332;QD=14.3909;RBI=0.0274983;REFB=-0.0204588;REVB=-0.0274942;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277199;STB=0.515733;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0255181;OID=.;OPOS=96829290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:17:16:22:26:17:16:22:26 chr14 96851111 . C T 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0272453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0408;QD=20.3135;RBI=0.0415484;REFB=-0.00100546;REVB=-0.0313682;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687735;STB=0.538881;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000916855;OID=.;OPOS=96851111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:8:10:12:7:8:10 chr14 96922752 . C G 556.9 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.513;QD=60.2049;RBI=0.0243207;REFB=0;REVB=0.0136937;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010688;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr14 97104758 . A G 263.79 PASS AF=0.46875;AO=28;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00575843;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.851;QD=16.487;RBI=0.00829832;REFB=-0.0133933;REVB=0.00597517;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491731;STB=0.517733;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0138579;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:34:28:30:0.46875:13:15:17:18:14:16:17:17 chr14 97321689 . C T 316.73 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0503209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.389;QD=17.844;RBI=0.0863234;REFB=-0.0290384;REVB=-0.0701395;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104131;STB=0.50582;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0286415;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:17:20:18:16:17:20 chr14 98435696 . T C 1166.88 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00552234;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.505;QD=58.3442;RBI=0.0672586;REFB=-0.0640183;REVB=0.0670315;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000829953;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:0:1:77:79:0.9875:37:40:0:0:39:40:0:1 chr14 98444369 . T C 620.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.296;QD=60.5674;RBI=0.0242788;REFB=0;REVB=0.0233712;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199231;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr14 98817896 . T C 1081.42 PASS AF=0.986486;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0502783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5153;QD=58.4552;RBI=0.0525674;REFB=0.0142367;REVB=0.0153432;RO=1;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126076;STB=0.506327;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000554271;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:74:1:1:70:73:0.986486:37:33:0:1:39:34:0:1 chr14 99182535 . C T 263.71 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0123735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.377;QD=26.3706;RBI=0.0171883;REFB=-0.0108822;REVB=0.0119304;RO=16;SAF=17;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119791;STB=0.566609;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0150046;OID=.;OPOS=99182535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:7:17:9:7:7:17:9:7 chr14 100189287 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.835;QD=61.684;RBI=0.0162249;REFB=0;REVB=0.0113468;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79714e-05;OID=.;OPOS=100189287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr14 100375707 . C T 689.73 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0092518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2961;QD=23.9907;RBI=0.0122949;REFB=0.016045;REVB=0.00809747;RO=49;SAF=34;SAR=32;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357201;STB=0.519488;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0139854;OID=.;OPOS=100375707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:49:49:66:66:0.573913:32:34:23:26:32:34:23:26 chr14 100380948 . T C 371.47 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00631039;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.053;QD=22.5135;RBI=0.00721986;REFB=-0.00657671;REVB=0.00350789;RO=29;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305041;STB=0.516808;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00420748;OID=.;OPOS=100380948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:29:37:37:0.560606:19:18:13:16:19:18:13:16 chr14 100411737 . C A 171.54 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0536343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.1309;QD=18.0563;RBI=0.0572829;REFB=0.0118399;REVB=-0.020117;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188164;STB=0.60682;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.0127723;OID=.;OPOS=100411737;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:7:13:8:10:7:13 chr14 100411767 . C T 122.93 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00271857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.503;QD=15.862;RBI=0.0133;REFB=-0.0198277;REVB=-0.0130192;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328858;STB=0.542797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0316166;OID=.;OPOS=100411767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:8:5:6:11:8:6:6:11 chr14 100411771 . T G 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0248808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.186;QD=15.1948;RBI=0.0281559;REFB=-0.00651232;REVB=-0.0131796;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0165522;OID=.;OPOS=100411771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:6:12:8:6:6:12 chr14 100411774 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.526;QD=56.7063;RBI=0.087836;REFB=0;REVB=0.0322879;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597932;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr14 100607595 . C T 226.18 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0400673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2804;QD=21.0398;RBI=0.0432675;REFB=-0.0542583;REVB=-0.0163306;RO=19;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945307;STB=0.536049;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0544704;OID=.;OPOS=100607595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:21:22:22:0.511628:16:6:7:12:16:6:7:14 chr14 100615665 . T C 984.24 PASS AF=0.945946;AO=69;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0165915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.472;QD=53.2025;RBI=0.0326001;REFB=-0.105803;REVB=0.0280623;RO=4;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510158;STB=0.527019;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00131058;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:4:4:69:70:0.945946:35:34:0:4:35:35:0:4 chr14 100625902 . C T 729.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5636;QD=57.1899;RBI=0.0481343;REFB=0;REVB=0.0407174;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137978;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:34:16:0:0:35:16:0:0 chr14 100759046 . C A 119.63 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.027645;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.934;QD=19.1405;RBI=0.0288841;REFB=-0.007558;REVB=-0.00836933;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564475;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00653019;OID=.;OPOS=100759046;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:7:6:5:6:7:6:5:7 chr14 100759277 . C T 257.15 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0226466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.43;QD=16.0718;RBI=0.0249379;REFB=-0.014585;REVB=-0.0104419;RO=34;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270524;STB=0.521373;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0260524;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:11:18:22:12:11:18:23:12 chr14 100785617 . C T 75.98 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0139542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9679;QD=12.1573;RBI=0.0410901;REFB=-0.00914446;REVB=0.0386481;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364728;STB=0.71611;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.016496;OID=.;OPOS=100785617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:10:5:7:3:10:5 chr14 100792482 . C A 880.27 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.733;QD=56.7918;RBI=0.0358928;REFB=0;REVB=0.0158345;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060613;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:32:27:0:0:34:28:0:0 chr14 100808813 . GCC GC,G 40.81 PASS AF=0.384615,0;AO=8,3;DP=26;FAO=10,0;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8,0;FSAR=2,0;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.172587,-0.0909279;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.2349,24.4705;QD=6.27849;RBI=0.204725,0.109718;REFB=-0.0340031,-0.0180649;REVB=-0.110118,-0.061402;RO=15;SAF=6,3;SAR=2,0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.255285,0.61006;STB=0.678847,0.5;STBP=0.19,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00741282,0;OID=.,.;OPOS=100808814,100808814;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615,0:8,3:26:10,0:26:16:8,0:2,0:9:7:40:15:6,3:2,0:8:7 chr14 100808845 . G A 805.6 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.399;QD=64.448;RBI=0.0723335;REFB=0;REVB=0.0567077;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416472;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:29:21:0:0 chr14 100832391 . T C 753.89 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.316;QD=56.8974;RBI=0.0609904;REFB=0;REVB=0.0485495;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036417;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr14 100847523 . T C,G 258.21 PASS AF=0.863636,0.0909091;AO=17,3;DP=22;FAO=19,2;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=12,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000164724,-0.0452601;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=75.3779,30.9738;QD=46.9475;RBI=0.0307728,0.0635152;REFB=-0.152371,-0.148874;REVB=-0.0307724,-0.0445613;RO=0;SAF=6,1;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.519979,0.5;STBP=0.53,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00626658,0.106721;OID=.,.;OPOS=100847523,100847523;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:22:0:1:17,3:19,2:0.863636,0.0909091:11,2:6,1:0:0:12,2:7,0:0:1 chr14 100996312 . T C 365.41 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.596;QD=52.2019;RBI=0.0398238;REFB=-0.11182;REVB=-0.00975265;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000590891;OID=.;OPOS=100996312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:17:10:0:0:17:10:1:0 chr14 101005215 . T C 289.5 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.453;QD=52.6355;RBI=0.0834517;REFB=0;REVB=0.0759336;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007284;OID=.;OPOS=101005215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:14:6:0:0:16:6:0:0 chr14 101005236 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.137;QD=48.7355;RBI=0.0257094;REFB=0;REVB=0.0213608;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415329;OID=.;OPOS=101005236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr14 101138230 . A C 714.64 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000452827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6038;QD=48.4499;RBI=0.00310957;REFB=-0.055752;REVB=0.00307642;RO=5;SAF=32;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122162;STB=0.50065;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0336334;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:54:54:0.915254:22:32:3:2:22:32:3:2 chr14 101198417 . A G 932.33 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.299;QD=58.2708;RBI=0.0247482;REFB=0;REVB=0.0227061;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83966e-05;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr14 101200645 . T C 143.72 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00447339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.922;QD=33.8157;RBI=0.00680619;REFB=-0.149423;REVB=-0.00512962;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.557438;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00814409;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:17:0:3:13:14:0.823529:8:5:0:0:9:5:2:1 chr14 101301038 . C G 222.05 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0312169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5073;QD=25.3773;RBI=0.0330919;REFB=0.0223517;REVB=0.0109808;RO=14;SAF=16;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16875;STB=0.594498;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0193241;OID=.;OPOS=101301038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:5:16:8:6:5:16:8:6 chr14 101302211 . G T 123.74 PASS AF=0.5;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.021266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.207;QD=17.6775;RBI=0.0217532;REFB=-0.025416;REVB=-0.00457826;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277674;STB=0.565935;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0184987;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:14:12:14:0.5:11:1:3:11:12:2:3:11 chr14 101348584 . C G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0537937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6557;QD=14.1682;RBI=0.0834498;REFB=-0.0135248;REVB=0.0637975;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296373;STB=0.725242;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.018736;OID=.;OPOS=101348584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:10:10:0.454545:1:9:8:3:1:9:8:4 chr14 101349017 . A G 405.55 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0116987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.433;QD=17.2573;RBI=0.0121995;REFB=0.00313545;REVB=-0.00345959;RO=52;SAF=21;SAR=21;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950131;STB=0.553166;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0041056;OID=.;OPOS=101349017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:21:21:21:31:21:21:21:31 chr14 101350298 . T C 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0224794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7143;QD=11.595;RBI=0.0224804;REFB=-0.026452;REVB=-0.000217155;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127763;STB=0.575634;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0421468;OID=.;OPOS=101350298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:13:8:6:6:13:8 chr14 101507727 . C T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.785;QD=58.1421;RBI=0.0298286;REFB=0;REVB=0.0192138;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59488e-05;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr14 101522589 . C T 286.13 PASS AF=0.33945;AO=35;DP=107;FAO=37;FDP=109;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=46;FWDB=0.0277267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.509;QD=10.5003;RBI=0.0340755;REFB=-0.0077332;REVB=-0.0198084;RO=72;SAF=17;SAR=18;SRF=26;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145776;STB=0.583207;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0201036;OID=.;OPOS=101522589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:72:72:35:37:0.33945:18:17:26:46:19:18:26:46 chr14 102197694 . G A 115.2 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0149639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.291;QD=10.7163;RBI=0.0187442;REFB=-0.0188312;REVB=-0.0112884;RO=29;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098492;STB=0.558539;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0417911;OID=.;OPOS=102197694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:8:6:10:19:8:6:10:19 chr14 102198596 . C T 252.21 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0234841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.128;QD=17.0992;RBI=0.0238291;REFB=-0.0151085;REVB=-0.00403973;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880695;STB=0.504947;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0162421;OID=.;OPOS=102198596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:13:18:16:12:13:18 chr14 102198689 . C T 286.11 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0142802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1898;QD=15.6775;RBI=0.0369859;REFB=-0.0131643;REVB=-0.0341179;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133827;STB=0.575296;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0224522;OID=.;OPOS=102198689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:16:16:15:26:16:16:15:26 chr14 102446161 . G A 145.32 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=61;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0241371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6496;QD=9.22662;RBI=0.0763531;REFB=-0.0191664;REVB=-0.0724375;RO=42;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167952;STB=0.624884;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0459521;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:42:42:19:21:0.333333:9:10:16:26:9:12:16:26 chr14 102463407 . A G 450.18 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.000622625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.337;QD=15.9355;RBI=0.0057632;REFB=-0.0145436;REVB=-0.00572947;RO=61;SAF=22;SAR=28;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674341;STB=0.538063;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0226025;OID=.;OPOS=102463407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:63:50:50:0.442478:28:22:31:30:28:22:32:31 chr14 102493761 . A G 242.18 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0375789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0135;QD=16.9949;RBI=0.037903;REFB=-0.0139448;REVB=0.00494572;RO=29;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00608498;STB=0.514046;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0156174;OID=.;OPOS=102493761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:16:11:12:17:16:11:13:17 chr14 102514227 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00351951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.97;QD=15.172;RBI=0.0283891;REFB=-0.0218858;REVB=-0.0281701;RO=24;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424737;STB=0.748839;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0298029;OID=.;OPOS=102514227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:3:14:11:13:3:14:11:13 chr14 102550803 . G A,T 267.04 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000638034,-0.0222479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.09,172.031;QD=50.8651;RBI=0.0189531,0.0238346;REFB=0,0;REVB=-0.0189424,-0.00855083;RO=0;SAF=8,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0102815,-0.0165116;OID=.,.;OPOS=102550803,102550803;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:11,2:8,0:0:0:11,2:8,0:0:0 chr14 102568296 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8664;QD=58.0608;RBI=0.0822388;REFB=0;REVB=-0.0820845;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494087;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr14 102568367 . T A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00438569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.724;QD=62.3495;RBI=0.0406137;REFB=0;REVB=0.0403762;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223671;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr14 102695693 . T C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0233584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.939;QD=15.8378;RBI=0.0255888;REFB=-0.0235678;REVB=-0.0104486;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158056;STB=0.592984;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0304573;OID=.;OPOS=102695693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:3:4:3:5:3:4 chr14 102808330 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0454361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.708;QD=10.0339;RBI=0.0527796;REFB=-0.0206354;REVB=-0.026856;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260267;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0156559;OID=.;OPOS=102808330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:4:3:1:4:4:3 chr14 102808655 . G C 183.77 PASS AF=0.487805;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00189533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.789;QD=17.9286;RBI=0.0340157;REFB=-0.0204636;REVB=0.0339628;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112459;STB=0.535945;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0321439;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:18:20:0.487805:9:9:8:13:11:9:8:13 chr14 102814945 . G A 425.13 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00818844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.942;QD=24.293;RBI=0.0190432;REFB=-0.00959807;REVB=0.0171928;RO=29;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117573;STB=0.564326;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00809375;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:19:22:20:9:19:22:20:9 chr14 102894593 . G A 170.44 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0291906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.09;QD=25.2507;RBI=0.0396881;REFB=0.0202017;REVB=0.0268897;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00806144;STB=0.504499;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.0251171;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:7:10:6:4:7:10:6:4 chr14 102965387 . A T 40.19 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=13;FAO=4;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.221445;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.278;QD=13.3976;RBI=0.224042;REFB=-0.0178577;REVB=-0.0340136;RO=5;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460738;STB=0.816791;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0791684;OID=.;OPOS=102965387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:13:12:5:6:4:4:0.333333:1:3:1:4:1:3:1:5 chr14 102965435 . A G 45.68 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0277718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3751;QD=8.30514;RBI=0.0314981;REFB=-0.0404919;REVB=0.0148612;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258431;STB=0.516084;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0904028;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:4:11:5:2:4:11 chr14 102965437 . A T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0252508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.642;QD=7.83688;RBI=0.10971;REFB=-0.0271076;REVB=-0.106764;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499583;STB=0.531163;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0544737;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:4:12:5:2:4:12 chr14 103161736 . A AG,G 990.84 PASS AF=1,0;AO=67,5;DP=77;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110913,-0.00218543;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=19.8125,4.43988;QD=52.8447;RBI=0.0771817,0.146846;REFB=0,0;REVB=-0.0763807,-0.14683;RO=5;SAF=29,2;SAR=38,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00438068,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000915552,0.0177997;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:5:0:67,5:75,0:1,0:38,3:29,2:2:3:43,0:32,0:0:0 chr14 103193028 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00886082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1788;QD=59.4334;RBI=0.0247825;REFB=0;REVB=0.0231443;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239067;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr14 103566904 . G A 406.66 PASS AF=0.444444;AO=45;DP=101;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0153425;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.995;QD=16.4306;RBI=0.0190742;REFB=-0.0105119;REVB=0.0113327;RO=55;SAF=28;SAR=17;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00421864;STB=0.510843;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0167031;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:55:55:45:44:0.444444:17:28:34:21:16:28:34:21 chr14 103576395 . G A 540.36 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0200096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.247;QD=22.283;RBI=0.0329755;REFB=-0.0467224;REVB=0.0262107;RO=46;SAF=20;SAR=31;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000769453;STB=0.500424;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0430144;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:31:20:18:28:31:20:18:28 chr14 103576415 . A G 427.17 PASS AF=0.494253;AO=42;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00620888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1632;QD=19.6398;RBI=0.0159619;REFB=-0.0313182;REVB=0.0147048;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147456;STB=0.504585;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0253653;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:42:43:0.494253:27:15:16:27:27:16:16:28 chr14 103576443 . TC CG 337.44 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00213998;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.256;QD=19.8495;RBI=0.00214002;REFB=-0.0161879;REVB=1.2958e-05;RO=33;SAF=10;SAR=25;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192448;STB=0.607412;STBP=0.094;TYPE=mnp;VARB=0.0158814;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:33:33:35:35:0.514706:25:10:16:17:25:10:16:17 chr14 103576526 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0751972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.85;QD=18.8207;RBI=0.0773636;REFB=-0.0479732;REVB=0.0181795;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511116;STB=0.529361;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0482816;OID=.;OPOS=103576526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:3:7:9:3:3:7 chr14 103576775 . C T 198.62 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=34;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00393662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.822;QD=22.6993;RBI=0.007933;REFB=-0.0237218;REVB=0.00688735;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103209;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:15:19:20:0.571429:7:12:9:6:8:12:9:6 chr14 103593025 . C A 252.53 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.139426;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.0541;QD=28.0589;RBI=0.173365;REFB=0.0283299;REVB=0.103032;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215946;STB=0.618947;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00976891;OID=.;OPOS=103593025;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:3:10:10:13:3:10 chr14 103593950 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.87;QD=47.8213;RBI=0.0386443;REFB=0;REVB=0.0309776;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310603;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 103599137 . C G 148.34 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0310743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.21;QD=17.9806;RBI=0.0314896;REFB=-0.00876632;REVB=-0.00509755;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134542;STB=0.576379;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0112982;OID=.;OPOS=103599137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:12:5:7:9:12:5 chr14 103602278 . A G 414.97 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373554;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.668;QD=57.2378;RBI=0.0384705;REFB=0;REVB=-0.0091953;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015622;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr14 103852725 . C T 990.32 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.231;QD=59.1236;RBI=0.00962756;REFB=0;REVB=-0.00836339;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69622e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr14 103934488 . T C 985.8 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179576;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.418;QD=57.148;RBI=0.0185215;REFB=-0.0169389;REVB=-0.0045354;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51018e-05;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:69:69:1:0:67:69:1:33:34:1:0:33:36:0:0 chr14 103958187 . C T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00707085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.794;QD=20.5465;RBI=0.00717471;REFB=-0.0283888;REVB=0.00121636;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253197;STB=0.640911;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.019083;OID=.;OPOS=103958187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:4:18:12:10:4:18 chr14 103986255 . C T 1264.36 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063111;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.281;QD=61.6761;RBI=0.0797899;REFB=0;REVB=0.0488203;RO=0;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297557;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:76:82:1:31:45:0:0:34:48:0:0 chr14 103996396 . G A 710.22 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.834;QD=54.6323;RBI=0.0181805;REFB=9.49955e-05;REVB=0.0116874;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=8.60786e-05;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:0:1:30:21:0:1 chr14 104001032 . C T 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0607261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.013;QD=18.4833;RBI=0.0621459;REFB=-0.0417447;REVB=0.0132079;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09006;STB=0.551127;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0409203;OID=.;OPOS=104001032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:9:12:9:10:9:12 chr14 104001517 . G A 386.31 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0121095;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.503;QD=48.2889;RBI=0.0264257;REFB=-0.196404;REVB=0.0234878;RO=2;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927899;STB=0.537871;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00213114;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:2:3:29:29:0.90625:9:20:0:2:9:20:1:2 chr14 104025893 . T C 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00931946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.938;QD=15.6264;RBI=0.0323568;REFB=0.00111401;REVB=0.0309856;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283926;STB=0.660812;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.00162368;OID=.;OPOS=104025893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:23:17:17:0.425:13:4:10:10:13:4:11:12 chr14 104028270 . T C 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00874897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.727;QD=17.1671;RBI=0.031908;REFB=-0.0148803;REVB=0.0306851;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227115;STB=0.512752;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.015264;OID=.;OPOS=104028270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:14:18:17:12:14:18 chr14 104029449 . G A 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0127334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3525;QD=14.6555;RBI=0.0139826;REFB=-0.0674202;REVB=-0.00577714;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0166509;OID=.;OPOS=104029449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr14 104167075 . C T 317.73 PASS AF=0.492537;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0827088;FXX=0.0563301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1968;QD=18.9692;RBI=0.0838295;REFB=-0.0435042;REVB=-0.0136612;RO=33;SAF=14;SAR=18;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206004;STB=0.611195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0233687;OID=.;OPOS=104167075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:34:32:33:0.492537:18:14:22:11:18:15:23:11 chr14 104167545 . G A 140.66 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0130368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4447;QD=16.5483;RBI=0.0270144;REFB=0.000762469;REVB=0.0236605;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13095;STB=0.562427;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=2.67119e-05;OID=.;OPOS=104167545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:11:4:3:15:12:4:3:15 chr14 104178186 . A G 146.94 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0232959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6174;QD=16.7929;RBI=0.0233189;REFB=-0.0309119;REVB=0.00103551;RO=19;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917711;STB=0.565133;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0272252;OID=.;OPOS=104178186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:5:10:11:8:5:11:11:8 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 70.23 PASS AF=1;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151862;FXX=0.221976;HRUN=2;LEN=12;MLLD=446.56;QD=40.1332;RBI=0.015305;REFB=0;REVB=-0.00190337;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329175;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.0987e-05;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:14:7:7:0:5:2:0:0:3:6:5:2:6:0 chr14 104194196 . C G 1641.75 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000308191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.787;QD=60.2478;RBI=0.017717;REFB=0;REVB=0.0177143;RO=0;SAF=65;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66577e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00673e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:44:65:0:0:44:65:0:0 chr14 104199356 . C T 277.33 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0235347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2105;QD=26.4127;RBI=0.0305807;REFB=-0.0137737;REVB=0.0195269;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234069;STB=0.629114;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00796214;OID=.;OPOS=104199356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:14:11:13:4:14:11:13:4 chr14 104394850 . C T 537.14 PASS AF=0.432836;AO=58;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=0.0074481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4573;QD=16.0341;RBI=0.00870357;REFB=-0.0136211;REVB=0.0045031;RO=73;SAF=20;SAR=38;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168057;STB=0.59911;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0219983;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:73:76:58:58:0.432836:38:20:37:36:38:20:39:37 chr14 104429453 . A G 1339.63 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.373;QD=62.3084;RBI=0.0710944;REFB=0;REVB=0.0599258;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151076;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr14 104436931 . C T 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00494803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.378;QD=11.0866;RBI=0.00592446;REFB=-0.00165091;REVB=0.00325825;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174558;STB=0.594902;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00388095;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:25:13:13:0.342105:6:7:16:7:6:7:17:8 chr14 104452640 . G A 194.84 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000963916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.964;QD=17.3191;RBI=0.0137033;REFB=-0.0359789;REVB=0.0136694;RO=25;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929098;STB=0.553137;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0430946;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:7:13:14:11:7:13:14:11 chr14 104465037 . T C 697.94 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0670275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.072;QD=48.9779;RBI=0.161124;REFB=0.0292066;REVB=0.14652;RO=5;SAF=16;SAR=36;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914241;STB=0.533716;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00931477;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:5:4:52:53:0.929825:36:16:4:1:36:17:3:1 chr14 104480201 . C A 1044.29 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.727;QD=59.6737;RBI=0.0405133;REFB=0;REVB=-0.0140555;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49341e-05;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr14 104481083 . T C 241.5 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00769045;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.852;QD=20.5532;RBI=0.0476083;REFB=-0.0112585;REVB=0.0469831;RO=24;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217165;STB=0.622533;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.012212;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:24:24:23:23:0.489362:8:15:10:14:8:15:10:14 chr14 104491952 . G A 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00250463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.753;QD=18.6419;RBI=0.00719706;REFB=0.00124213;REVB=-0.00674718;RO=25;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147135;STB=0.574165;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00122799;OID=.;OPOS=104491952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:9:16:12:13:9:16:13:13 chr14 104497543 . C T 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0114652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7077;QD=19.2731;RBI=0.0169693;REFB=-0.0211529;REVB=-0.0125102;RO=26;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858497;STB=0.548405;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0214803;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:10:13:17:9:10:13:17:9 chr14 104559552 . G C 109.76 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.010653;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.415;QD=17.5612;RBI=0.0140366;REFB=-0.00801565;REVB=-0.00914009;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35749;STB=0.702182;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00588703;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:25:25:12:12:11:11:0.44:5:6:11:1:5:6:11:1 chr14 104559623 . T C 1147.74 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.527;QD=60.4075;RBI=0.0548059;REFB=0;REVB=0.053908;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018061;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:29:46:0:0:30:46:0:0 chr14 104559852 . T C 158.55 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0637641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4236;QD=11.3248;RBI=0.109708;REFB=-0.00386497;REVB=-0.0892749;RO=34;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228982;STB=0.636222;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00234522;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:36:20:20:0.357143:6:14:17:17:6:14:18:18 chr14 104559919 . T C 149.86 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0963988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6804;QD=15.7744;RBI=0.102583;REFB=-0.00841094;REVB=-0.0350785;RO=21;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356622;STB=0.707894;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0303251;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:3:14:11:10:3:14:11:10 chr14 104559922 . C G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0267029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.032;QD=17.5418;RBI=0.0487042;REFB=-0.0198799;REVB=-0.0407315;RO=16;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43636;STB=0.755411;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.022471;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:2:13:8:8:2:13:8:8 chr14 104563932 . G T 486.13 PASS AF=0.516484;AO=46;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00133065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.714;QD=21.3683;RBI=0.0267438;REFB=-0.00383625;REVB=0.0267106;RO=44;SAF=15;SAR=31;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591046;STB=0.524336;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00424901;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:44:44:46:47:0.516484:31:15:17:27:31:16:17:27 chr14 104641612 . T C 149.86 PASS AF=0.485714;AO=13;DP=32;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0170167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.127;QD=17.127;RBI=0.0181205;REFB=-0.0222311;REVB=0.00622768;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23035;STB=0.529376;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0183753;OID=.;OPOS=104641612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:16:18:13:17:0.485714:11:2:5:11:13:4:5:13 chr14 104641792 . C T 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00638688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.704;QD=22.3981;RBI=0.0232649;REFB=-0.0261842;REVB=0.0223711;RO=19;SAF=20;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230204;STB=0.631437;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0196913;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:2:20:15:4:2:20:15:4 chr14 104642341 . A G 1358.59 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.515;QD=62.4638;RBI=0.0400208;REFB=0;REVB=0.021108;RO=0;SAF=11;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.13519e-06;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:76:11:0:0:76:11:0:0 chr14 104642422 . A G 69.26 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0766073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.966;QD=9.8948;RBI=0.0786714;REFB=-0.010912;REVB=-0.0179026;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42639;STB=0.781906;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0102265;OID=.;OPOS=104642422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:27:28:18:18:9:10:0.357143:8:1:7:11:9:1:7:11 chr14 104643225 . G A 88.75 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00280508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.924;QD=14.792;RBI=0.008611;REFB=-0.0250644;REVB=-0.0081413;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398606;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0457545;OID=.;OPOS=104643225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:4:9:8:3:4:9 chr14 104643721 . C A 142.71 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00305865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.489;QD=22.8329;RBI=0.00894644;REFB=-0.0438189;REVB=0.00840734;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0166165;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:5:5:8:7:5:5 chr14 104643801 . C T 154.43 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0409813;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5745;QD=20.59;RBI=0.0661515;REFB=-0.0288645;REVB=0.0519283;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140495;STB=0.594924;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0376201;OID=.;OPOS=104643801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:14:16:16:0.533333:9:7:8:5:9:7:9:5 chr14 104643859 . A G 95.16 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0163188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.993;QD=13.5945;RBI=0.0190923;REFB=-0.02992;REVB=0.00991029;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.548112;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0348476;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:27:28:16:16:11:12:0.428571:4:7:8:8:5:7:8:8 chr14 104646326 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.695;QD=53.9112;RBI=0.0408246;REFB=0;REVB=0.0406082;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125599;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr14 104646771 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.774;QD=56.1876;RBI=0.0589309;REFB=0;REVB=-0.0588571;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449672;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr14 104647224 . C T 632.1 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00052842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5076;QD=61.6678;RBI=0.00880138;REFB=0;REVB=-0.0087855;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125896;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr14 104710651 . C T 74.52 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0380459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7495;QD=22.9292;RBI=0.0800037;REFB=-0.0185888;REVB=-0.0703783;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34935;STB=0.705321;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00606423;OID=.;OPOS=104710651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:1:8:2:2:1:8:2:2 chr14 104941016 . G A 69.68 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0413264;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.8489;QD=16.395;RBI=0.0507411;REFB=-0.0521005;REVB=-0.0294413;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0532063;OID=.;OPOS=104941016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:3:5:6:3:3:5 chr14 105052848 . G A 652.27 PASS AF=0.433735;AO=72;DP=166;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=48;FSRF=26;FSRR=68;FWDB=0.00892163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5804;QD=15.7174;RBI=0.0289112;REFB=-0.0135362;REVB=0.0275002;RO=93;SAF=24;SAR=48;SRF=26;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062721;STB=0.537027;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0169041;OID=.;OPOS=105052848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:94:72:72:0.433735:48:24:26:67:48:24:26:68 chr14 105054680 . G C,GC 257.76 PASS AF=0,0.482759;AO=12,43;DP=161;FAO=0,70;FDP=145;FR=.;FRO=75;FSAF=0,26;FSAR=0,44;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0102963,0.140197;FXX=0.0268438;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=165.378,8.9154;QD=7.11063;RBI=0.0281665,0.144063;REFB=-0.00930816,-0.0268901;REVB=-0.0262171,0.0331541;RO=89;SAF=11,9;SAR=1,34;SRF=45;SRR=44;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.534973,-0.381441;STB=0.5,0.544317;STBP=1,0.341;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0351998;OID=.,.;OPOS=105054680,105054681;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:161:145:89:75:12,43:0,70:0,0.482759:1,34:11,9:45:44:0,44:0,26:34:41 chr14 105054993 . G C 59.19 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.121268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9668;QD=15.785;RBI=0.130082;REFB=-0.0223912;REVB=0.0470675;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33733;STB=0.732875;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0174108;OID=.;OPOS=105054993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:5:7:8:8:0.533333:4:4:5:0:4:4:7:0 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 501.66 PASS AF=0.878049;AO=34;DP=40;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0263593;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=9;MLLD=301.785;QD=48.9421;RBI=0.0603945;REFB=-0.054518;REVB=0.0543386;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.531007;STBP=0.316;TYPE=del;VARB=0.00828285;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878049:34:40:36:41:5:23:13:2:3:26:0:22:12:0:0 chr14 105167807 . C T 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.711;QD=56.9529;RBI=0.0172543;REFB=0;REVB=0.0158644;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20357e-05;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr14 105177351 . CAG C,CG,CGG 1328.68 PASS AF=0,1,0;AO=12,73,6;DP=94;FAO=0,88,0;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33,0;FSAR=0,55,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735283,0.0213371,0.0263791;FXX=0.0112347;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=62.77,77.4227,64.1644;QD=60.3944;RBI=0.0709861,0.0381229,0.0337091;REFB=0,0,0;REVB=-0.0706042,-0.0315925,0.020987;RO=0;SAF=4,28,0;SAR=8,45,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.1195e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00117196,0;OID=.,.,.;OPOS=105177352,105177352,105177352;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:12,73,6:94:0,88,0:88:0:0,33,0:0,55,0:0:0:7:0:4,28,0:8,45,6:0:0 chr14 105179194 . T C 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.701;QD=58.5971;RBI=0.0135891;REFB=0;REVB=0.0127364;RO=0;SAF=47;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59712e-05;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:17:47:0:0:17:47:0:0 chr14 105180565 . T C 625.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7033;QD=61.0209;RBI=0.0441924;REFB=0;REVB=-0.0152044;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716504;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:21:16:0:0:21:20:0:0 chr14 105180706 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.382;QD=55.0987;RBI=0.0213431;REFB=0;REVB=-0.00590166;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.18745e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr14 105196230 . A C 178.94 PASS AF=0.941176;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0858449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.739;QD=42.1045;RBI=0.128529;REFB=-0.121214;REVB=0.0956569;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363094;STB=0.518496;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00192204;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:17:1:1:13:16:0.941176:1:12:1:0:3:13:1:0 chr14 105196235 . G A 211.27 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230233;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.673;QD=49.7104;RBI=0.0486754;REFB=0;REVB=0.0428861;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368572;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr14 105196365 . T C 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00859624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8512;QD=59.6756;RBI=0.018099;REFB=0;REVB=-0.0159273;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126265;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr14 105211221 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0085766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.46;QD=20.2683;RBI=0.0131558;REFB=-0.00739138;REVB=0.00997586;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210959;STB=0.618934;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00543216;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:8:13:8:13:8:13 chr14 105213343 . A G 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5773;QD=57.2301;RBI=0.154597;REFB=0;REVB=0.0208412;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188716;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr14 105220209 . G GA 834.61 PASS AF=0.971014;AO=29;DP=93;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0512521;FXX=0.168654;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.312;QD=48.3831;RBI=0.0660864;REFB=-0.00588589;REVB=-0.0417208;RO=63;SAF=23;SAR=6;SRF=16;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.587244;STB=0.512817;STBP=0.253;TYPE=ins;VARB=-0.000147783;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971014:29:93:67:69:2:29:38:0:2:7:63:23:6:16:47 chr14 105220210 . G A 563.97 PASS AF=0.586207;AO=50;DP=87;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00177102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.65;QD=25.9295;RBI=0.0392912;REFB=-0.128147;REVB=0.0392512;RO=32;SAF=7;SAR=43;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506958;STB=0.757594;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0109933;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:32:36:50:51:0.586207:43:7:23:9:43:8:24:12 chr14 105222037 . C T 1996.35 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0480053;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6198;QD=61.4263;RBI=0.0481875;REFB=-0.0909714;REVB=0.00418698;RO=1;SAF=65;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736788;STB=0.503875;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000306795;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:1:1:129:129:0.992308:64:65:0:1:64:65:0:1 chr14 105239894 . C T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0255261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.867;QD=14.9777;RBI=0.0316273;REFB=-0.0183509;REVB=0.0186736;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230767;STB=0.64533;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00723569;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:1:9:7:3:1:10 chr14 105269917 . G C 306.07 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00563048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.068;QD=20.4044;RBI=0.00564626;REFB=-0.0452096;REVB=0.000421882;RO=28;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116999;STB=0.506489;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0377502;OID=.;OPOS=105269917;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:13:19:17:11:13:19:17:11 chr14 105310163 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00833339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9692;QD=15.2582;RBI=0.0996846;REFB=-0.0278491;REVB=0.0993357;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0324011;OID=.;OPOS=105310163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr14 105310258 . GCCTCCCCTCCCCT GCCTCCCCT,GCCTCCCCTCCCCTC 69.4 PASS AF=0.5,0;AO=5,2;DP=19;FAO=9,0;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0026729,0.0277857;FXX=0.0526039;HRUN=4,4;LEN=5,1;MLLD=119.461,15.4735;QD=15.4217;RBI=0.00992506,0.0277931;REFB=-0.0337642,-0.0364602;REVB=0.00955837,-0.000639487;RO=5;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.730294,-0.589598;STB=0.754021,0.5;STBP=0.099,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0509943,0.0407836;OID=.,.;OPOS=105310259,105310272;OREF=CCTCC,-;OALT=-,C;OMAPALT=GCCTCCCCT,GCCTCCCCTCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:5,2:19:9,0:18:9:1,0:8,0:4:5:64:5:0,0:5,2:2:3 chr14 105310498 . T C 116.95 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0940518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.0009;QD=14.6191;RBI=0.202203;REFB=-0.0279672;REVB=-0.178998;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111711;STB=0.599845;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0297462;OID=.;OPOS=105310498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:18:12:13:0.40625:7:5:8:7:8:5:10:8 chr14 105310677 . T G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0266108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.613;QD=19.646;RBI=0.0306593;REFB=-0.0332835;REVB=-0.0152269;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026678;OID=.;OPOS=105310677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:3:5:7:4:3:5 chr14 105312054 . A G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00854641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.07;QD=15.9167;RBI=0.0096688;REFB=-0.0230011;REVB=-0.00452155;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314671;STB=0.680587;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0276567;OID=.;OPOS=105312054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:4:11:5:8:4:11 chr14 105312067 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0483398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.79;QD=16.6272;RBI=0.0500292;REFB=-0.000953243;REVB=0.0128913;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290292;STB=0.66642;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00056188;OID=.;OPOS=105312067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:4:10:5:8:4:10 chr14 105344293 . C T 229.49 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0222349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.723;QD=22.389;RBI=0.0357037;REFB=0.0077119;REVB=0.027935;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594771;STB=0.533303;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0035392;OID=.;OPOS=105344293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:10:9:12:10:10:9 chr14 105344761 . C T 174.35 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0639677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.61;QD=19.3718;RBI=0.063994;REFB=-0.0228132;REVB=-0.00183516;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.588134;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0334932;OID=.;OPOS=105344761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:6:11:9:9:6:12:9:9 chr14 105349388 . A C 137.93 PASS AF=0.555556;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.00390138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.122;QD=20.4341;RBI=0.00586125;REFB=-0.0362023;REVB=-0.00437419;RO=11;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680836;STB=0.761535;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00578919;OID=.;OPOS=105349388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:27:11:12:13:15:0.555556:12:1:9:2:12:3:9:3 chr14 105350355 . A G 124.41 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.00915097;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.302;QD=10.1555;RBI=0.00949894;REFB=-0.00946834;REVB=-0.00254749;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352429;STB=0.702879;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0268011;OID=.;OPOS=105350355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:34:15:15:0.306122:6:9:9:23:6:9:10:24 chr14 105354293 . A G 220.94 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0139658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.118;QD=24.5492;RBI=0.0160287;REFB=-0.0309199;REVB=0.00786613;RO=15;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117647;STB=0.565159;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.018315;OID=.;OPOS=105354293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:7:14:12:3:7:14:12:3 chr14 105361934 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0297292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.104;QD=19.6677;RBI=0.0307181;REFB=-0.0127888;REVB=0.00773156;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163049;STB=0.578864;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0154576;OID=.;OPOS=105361934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:8:11:7:11:8:11:8:11 chr14 105393556 . G C 594.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1066;QD=60.931;RBI=0.0789982;REFB=0;REVB=0.0288657;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916867;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr14 105413610 . G A 132.69 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0076334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.78;QD=12.6373;RBI=0.0190308;REFB=-0.0240109;REVB=-0.0174328;RO=25;SAF=12;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382059;STB=0.692054;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0198181;OID=.;OPOS=105413610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:26:15:16:0.380952:3:12:12:13:4:12:12:14 chr14 105414738 . G A 61.9 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0586443;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.71;QD=6.69189;RBI=0.0587296;REFB=-0.0028715;REVB=0.00316488;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108157;STB=0.56871;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00739737;OID=.;OPOS=105414738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:28:28:9:9:0.243243:5:4:15:13:5:4:15:13 chr14 105414789 . AAG AGG,GGC 130.16 PASS AF=0.355556,0;AO=14,2;DP=45;FAO=16,0;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0944763,-0.0138249;FXX=0.0217344;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=42.9053,187.092;QD=11.5696;RBI=0.0963581,0.0600401;REFB=-0.00922834,0.000141289;REVB=-0.0189501,-0.0584267;RO=28;SAF=7,0;SAR=7,2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.201432,-0.559993;STB=0.59988,0.5;STBP=0.322,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0194266,0;OID=.,.;OPOS=105414790,105414789;OREF=A,AAG;OALT=G,GGC;OMAPALT=AGG,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:29:14,2:16,0:0.355556,0:7,2:7,0:19:9:8,0:8,0:19:10 chr14 105414810 . C G 150.89 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0221168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.52;QD=12.574;RBI=0.0500879;REFB=-0.0145939;REVB=0.0449405;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272322;STB=0.666481;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0167811;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:10:7:20:10:10:7:21:10 chr14 105415250 . G C 152.06 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00599569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.164;QD=13.2223;RBI=0.0277951;REFB=-0.00795609;REVB=-0.0271408;RO=29;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15086;STB=0.588131;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0273348;OID=.;OPOS=105415250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:7:10:13:16:7:10:13:16 chr14 105415352 . G C 179.09 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=0.000154361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.001;QD=8.95444;RBI=0.0105611;REFB=-0.0182446;REVB=-0.01056;RO=56;SAF=12;SAR=12;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169811;STB=0.59992;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0524692;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:12:12:36:20:12:12:36:20 chr14 105415731 . C T 168.81 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0213345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8965;QD=24.115;RBI=0.0294999;REFB=-0.0139498;REVB=0.0203735;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948632;STB=0.553128;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00519883;OID=.;OPOS=105415731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:5:6:7:10:5:6 chr14 105417837 . A G 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00191534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.15;QD=19.3856;RBI=0.0122523;REFB=-0.024092;REVB=-0.0121017;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234273;STB=0.633659;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0275145;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:11:10:5:15:11:10 chr14 105417894 . C G 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0386211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.175;QD=20.4862;RBI=0.0407879;REFB=-0.0465862;REVB=0.0131172;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283868;STB=0.66079;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0231534;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:8:3:9:5:8:3 chr14 105461067 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000463669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.078;QD=16.0425;RBI=0.0137863;REFB=-0.00949543;REVB=-0.0137785;RO=26;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210692;STB=0.621048;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0137355;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:7:12:11:15:7:12:11:15 chr14 105477180 . A G 103.19 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0198548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6072;QD=11.7933;RBI=0.0542528;REFB=0.00177364;REVB=-0.0504892;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279135;STB=0.628624;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.00268472;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:8:4:13:9:8:5:13:9 chr14 105916420 . C T 773.93 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230865;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.883;QD=61.9141;RBI=0.040046;REFB=-0.175761;REVB=0.0327215;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020015;STB=0.5102;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0027158;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:50:1:1:48:49:0.98:25:23:1:0:25:24:1:0 chr14 105930406 . G A 197.32 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0109051;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.975;QD=16.4429;RBI=0.0109229;REFB=-0.0228673;REVB=-0.000623615;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103135;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0287204;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:12:8:14:14:12:8:14:14 chr14 105933877 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0445946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.084;QD=5.37737;RBI=0.0570858;REFB=-0.0182412;REVB=-0.0356387;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259258;STB=0.689165;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0443491;OID=.;OPOS=105933877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:23:25:7:7:0.21875:3:4:8:15:3:4:8:17 chr14 105935824 . G A 415.16 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202139;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.964;QD=57.2635;RBI=0.0256567;REFB=0;REVB=0.0158009;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194379;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr14 105953595 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.863;QD=42.1793;RBI=0.0389908;REFB=0;REVB=-0.0130324;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908332;OID=.;OPOS=105953595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr14 105954739 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.655;QD=16.8229;RBI=0.026677;REFB=-0.0172349;REVB=-0.026677;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157915;OID=.;OPOS=105954739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:7:0:0:5:7:0:0:5 chr14 105958972 . T C 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0117861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.395;QD=16.5275;RBI=0.0154685;REFB=-0.0142391;REVB=-0.0100181;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451088;STB=0.514317;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0159795;OID=.;OPOS=105958972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:11:14:17:11:11:14:17:12 chr14 105962234 . T C 884.97 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.447;QD=58.0305;RBI=0.020174;REFB=0;REVB=-0.019049;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.53603e-05;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr14 105962369 . A G 1098.59 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.081;QD=60.1968;RBI=0.0501028;REFB=0;REVB=-0.0465447;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73384e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr14 105995534 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5211;QD=44.6895;RBI=0.118546;REFB=0;REVB=0.117237;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00416078;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr14 106053491 . C T 449.22 PASS AF=0.75;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0144436;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.105;QD=34.5552;RBI=0.022194;REFB=-0.00868951;REVB=0.016851;RO=13;SAF=20;SAR=19;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130222;STB=0.570269;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00256682;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:54:52:13:13:39:39:0.75:19:20:3:10:19:20:3:10 chr14 106053559 . A G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00756627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.424;QD=9.09987;RBI=0.035906;REFB=-0.0121952;REVB=-0.0350997;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126056;STB=0.5998;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0233573;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:6:3:4:13:6:3:4:15 chr14 106053577 . A G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0531338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9784;QD=5.78829;RBI=0.0632282;REFB=-0.0150789;REVB=-0.0342726;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993443;STB=0.564179;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0424151;OID=.;OPOS=106053577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:8:15:4:3:8:15 chr14 106053975 . G A 726.55 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5081;QD=52.8398;RBI=0.0613739;REFB=-0.0616832;REVB=0.0550003;RO=2;SAF=33;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00891212;STB=0.504732;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00323867;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:20:33:1:1:20:33:1:1 chr14 106054568 . A G 1809.18 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.158;QD=60.8128;RBI=0.0388511;REFB=0;REVB=0.0289353;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6e-06;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:60:59:0:0:60:59:0:0 chr14 106066454 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.927;QD=56.938;RBI=0.0571401;REFB=0;REVB=0.0253404;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211161;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr14 106066690 . A C 74.78 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.546;QD=37.3895;RBI=0.0680396;REFB=0;REVB=0.0219202;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486191;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr14 106067298 . T C 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.532;QD=59.8295;RBI=0.0384694;REFB=0;REVB=0.0332122;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014209;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr14 106067958 . C T 1974.09 PASS AF=0.977273;AO=129;DP=135;FAO=129;FDP=132;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0188101;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.616;QD=59.821;RBI=0.0228432;REFB=-0.0419171;REVB=0.0129611;RO=1;SAF=44;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555881;STB=0.500196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000359305;OID=.;OPOS=106067958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:135:132:1:3:129:129:0.977273:85:44:0:1:85:44:1:2 chr14 106090846 . T C 967.76 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.019;QD=57.7767;RBI=0.0540605;REFB=0;REVB=0.0459023;RO=1;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027124;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:32:34:0:1:33:34:0:0 chr14 106090927 . G T 2574.27 PASS AF=1;AO=163;DP=164;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026903;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.925;QD=61.6591;RBI=0.0275767;REFB=0;REVB=0.00605833;RO=0;SAF=85;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26292e-06;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:167:0:0:163:167:1:78:85:0:0:81:86:0:0 chr14 106091329 . G C 1102.42 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176351;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7177;QD=60.4068;RBI=0.0185831;REFB=0;REVB=-0.00585965;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142147;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr14 106091504 . A G 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.654;QD=62.0124;RBI=0.0351795;REFB=0;REVB=0.0350162;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18285e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr14 106091555 . C T 447.07 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.846;QD=57.6862;RBI=0.0681051;REFB=0;REVB=0.0494999;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033224;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:13:18:0:0 chr14 106091696 . A AC 169.47 PASS AF=1;AO=4;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.075991;FXX=0.181736;HRUN=0;LEN=1;MLLD=18.4227;QD=37.6605;RBI=0.126904;REFB=0;REVB=0.101637;RO=18;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0286638;OID=.;OPOS=106091697;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:22:18:18:0:15:3:0:0:3:18:4:0:12:6 chr14 106091697 . T C,G 281.09 PASS AF=0.818182,0.181818;AO=18,4;DP=22;FAO=18,4;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12,4;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853769,0.0122321;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=45.2088,133.553;QD=51.1068;RBI=0.112866,0.0565167;REFB=0,0;REVB=0.0738205,-0.0551771;RO=0;SAF=12,4;SAR=6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0157974,0.150795;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:22:22:0:0:18,4:18,4:0.818182,0.181818:6,0:12,4:0:0:6,0:12,4:0:0 chr14 106091743 . CA C 255.27 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.639;QD=51.053;RBI=0.035402;REFB=0;REVB=0.0245603;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.54265e-06;OID=.;OPOS=106091744;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:20:20:0:9:11:0:0:4:0:7:11:0:0 chr14 106092152 . G A 1307.1 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140975;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.388;QD=62.2428;RBI=0.0244626;REFB=0;REVB=0.0244219;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93305e-05;OID=.;OPOS=106092152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:35:49:0:0:35:49:0:0 chr14 106109752 . A C 1388.37 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0723099;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6214;QD=61.7052;RBI=0.076888;REFB=0.112373;REVB=0.0261351;RO=0;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28712e-08;STB=0.505881;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00110044;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:90:0:1:89:89:0.988889:47:42:0:0:47:42:1:0 chr14 106110137 . C T 1568.51 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.933;QD=64.0207;RBI=0.0300551;REFB=0;REVB=-0.00553132;RO=0;SAF=48;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91349e-05;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:50:48:0:0:50:48:0:0 chr14 106110441 . C T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00983357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.142;QD=12.2166;RBI=0.017671;REFB=-0.010995;REVB=0.0146821;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121943;STB=0.571338;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0155498;OID=.;OPOS=106110441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:9:6:8:19:9:6:8:19 chr14 106110914 . G T 1157.65 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.063;QD=59.3666;RBI=0.0605288;REFB=-0.152565;REVB=0.058249;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.507461;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000650896;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:33:44:0:0:33:44:0:1 chr14 106173790 . A G 135.75 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0138547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6407;QD=27.1499;RBI=0.0145455;REFB=-0.0465629;REVB=-0.00442921;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139697;STB=0.507801;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0120448;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:2:4:9:5:2:4 chr14 106173808 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.026539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3129;QD=8.25493;RBI=0.0323709;REFB=-0.00536191;REVB=0.0185352;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0103905;OID=.;OPOS=106173808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:5:7:4:2:5:7 chr14 106174261 . C G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0121474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.3;QD=19.0786;RBI=0.0208501;REFB=-0.0220045;REVB=-0.016946;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142415;STB=0.507932;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0140492;OID=.;OPOS=106174261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:15:16:16:16:15:16 chr14 106204113 . C T 370.11 PASS AF=0.409524;AO=42;DP=106;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0181261;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.783;QD=14.0993;RBI=0.0239057;REFB=-0.00880882;REVB=0.0155862;RO=59;SAF=23;SAR=19;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582175;STB=0.530128;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0146013;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:59:62:42:43:0.409524:19:23:29:30:20:23:30:32 chr14 106207843 . T C 628.87 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0276044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.469;QD=45.7362;RBI=0.0422793;REFB=-0.0224579;REVB=0.0320241;RO=6;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701641;STB=0.53742;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00443712;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:24:25:1:5:24:25:1:5 chr14 106207862 . G C 101.63 PASS AF=0.225352;AO=14;DP=70;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0271909;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.836;QD=5.72546;RBI=0.0313738;REFB=-0.0190559;REVB=-0.0156516;RO=53;SAF=6;SAR=8;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146491;STB=0.618226;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0662492;OID=.;OPOS=106207862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:53:55:14:16:0.225352:8:6:29:24:10:6:29:26 chr14 106209119 . T C 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0106093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.312;QD=6.0294;RBI=0.0479642;REFB=-0.00737881;REVB=-0.0467761;RO=49;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123975;STB=0.577671;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.020754;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:5:10:28:21:5:10:28:21 chr14 106209340 . T C,G 729.37 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=49,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192354,-0.00177627;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.465,80.8234;QD=56.1057;RBI=0.0402358,0.0260895;REFB=0,0;REVB=0.03534,0.0260289;RO=0;SAF=26,0;SAR=23,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00039173,0.0784753;OID=.,.;OPOS=106209340,106209340;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:49,2:50,2:0.961538,0.0384615:23,2:26,0:0:0:24,2:26,0:0:0 chr14 106235611 . A T 247.9 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00919001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.752;QD=15.9936;RBI=0.102361;REFB=-0.0326033;REVB=-0.101948;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781199;STB=0.561873;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0556927;OID=.;OPOS=106235611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:29:34:28:28:0.451613:13:15:18:11:13:15:22:12 chr14 106236143 . G A 430.55 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00451972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.565;QD=19.5704;RBI=0.00490677;REFB=-0.017393;REVB=0.00191011;RO=43;SAF=21;SAR=22;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105292;STB=0.556708;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0206661;OID=.;OPOS=106236143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:43:45:43:43:0.488636:22:21:16:27:22:21:17:28 chr14 106237624 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0415145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.018;QD=18.8865;RBI=0.0415198;REFB=-0.00145937;REVB=0.000665152;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00141395;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr14 106237642 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.082;QD=44.6893;RBI=0.0403339;REFB=0;REVB=-0.0206226;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71798e-05;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr14 106303846 . C T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.32;QD=60.2275;RBI=0.0406834;REFB=0;REVB=0.0188473;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189119;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr14 106307418 . G A 313.23 PASS AF=0.382979;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00626537;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.035;QD=13.329;RBI=0.0153701;REFB=-0.010908;REVB=0.0140351;RO=57;SAF=18;SAR=17;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896303;STB=0.547054;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0208063;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:94:57:58:35:36:0.382979:17:18:34:23:17:19:35:23 chr14 106321590 . C A 1027.29 PASS AF=0.935065;AO=70;DP=76;FAO=72;FDP=77;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0230263;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.195;QD=53.3656;RBI=0.0806877;REFB=0.0378274;REVB=0.0773324;RO=5;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646123;STB=0.532459;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.000384292;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:77:5:5:70:72:0.935065:34:36:0:5:36:36:0:5 chr14 106321663 . T C 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0117918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.503;QD=13.7266;RBI=0.0150635;REFB=-0.0171484;REVB=-0.00937347;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657946;STB=0.537705;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0295248;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:12:24:18:7:12:24 chr14 106321913 . G A 266.19 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0475881;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.744;QD=48.3977;RBI=0.110278;REFB=-0.171622;REVB=0.0994815;RO=1;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614156;STB=0.533301;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00480915;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:22:1:1:21:21:0.954545:7:14:0:1:7:14:0:1 chr14 106347371 . T A 8412.11 PASS AF=0.98579;AO=531;DP=547;FAO=555;FDP=563;FR=.;FRO=8;FSAF=246;FSAR=309;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0418966;FXX=0.00705455;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.2496;QD=59.7663;RBI=0.0478495;REFB=-0.0563451;REVB=0.0231139;RO=8;SAF=227;SAR=304;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012397;STB=0.50639;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00102783;OID=.;OPOS=106347371;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:547:563:8:8:531:555:0.98579:304:227:0:8:309:246:0:8 chr14 106347420 . T C 7688.72 PASS AF=1;AO=480;DP=481;FAO=486;FDP=486;FR=.;FRO=0;FSAF=187;FSAR=299;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325347;FXX=0.00409828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9286;QD=63.2816;RBI=0.0621626;REFB=0;REVB=0.0529687;RO=0;SAF=182;SAR=298;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.28497e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391113;OID=.;OPOS=106347420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:42:481:486:0:0:480:486:1:298:182:0:0:299:187:0:0 chr14 106354418 . G A 1773.02 PASS AF=1;AO=116;DP=118;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582906;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.997;QD=61.1384;RBI=0.0771681;REFB=0;REVB=0.050568;RO=0;SAF=52;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119911;OID=.;OPOS=106354418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:116:0:0:116:116:1:64:52:0:0:64:52:0:0 chr14 106354450 . A G 953.39 PASS AF=0.865854;AO=57;DP=79;FAO=71;FDP=82;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0060602;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.546;QD=46.5067;RBI=0.0311609;REFB=0.00251574;REVB=0.0305659;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.572614;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000751783;OID=.;OPOS=106354450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:79:82:0:11:57:71:0.865854:32:25:0:0:44:27:10:1 chr14 106357527 . G C 870.12 PASS AF=0.520468;AO=85;DP=163;FAO=89;FDP=171;FR=.;FRO=82;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=35;FWDB=-0.0357691;FXX=0.00581362;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6735;QD=20.3538;RBI=0.0382647;REFB=-0.0404925;REVB=-0.0135924;RO=78;SAF=38;SAR=47;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102073;STB=0.55381;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0280818;OID=.;OPOS=106357527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:171:78:82:85:89:0.520468:47:38:44:34:48:41:47:35 chr14 106359388 . A G 318.74 PASS AF=0.371429;AO=38;DP=104;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=0.00279568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.161;QD=12.1423;RBI=0.0288436;REFB=-0.0143161;REVB=-0.0287077;RO=64;SAF=25;SAR=13;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367773;STB=0.703603;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0141616;OID=.;OPOS=106359388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:64:66:38:39:0.371429:13:25:20:44:13:26:22:44 chr14 106359404 . C T 50.7 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0230854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.978;QD=2.85608;RBI=0.0238433;REFB=0.00193071;REVB=-0.00596392;RO=60;SAF=1;SAR=9;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438401;STB=0.820517;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00690854;OID=.;OPOS=106359404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:70:71:60:61:10:10:0.140845:9:1:23:37:9:1:23:38 chr14 106359406 . A G 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.023714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.785;QD=2.25293;RBI=0.023976;REFB=0.00439266;REVB=0.00353451;RO=60;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372371;STB=0.791597;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.0199124;OID=.;OPOS=106359406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:7:1:23:37:7:1:23:37 chr14 106366544 . G A 312.72 PASS AF=0.532258;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0574966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.078;QD=20.1753;RBI=0.0579869;REFB=-0.0145777;REVB=0.00752485;RO=27;SAF=13;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309142;STB=0.538439;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00883282;OID=.;OPOS=106366544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:27:29:32:33:0.532258:19:13:10:17:19:14:10:19 chr14 106368526 . C T 540.59 PASS AF=0.235616;AO=82;DP=361;FAO=86;FDP=365;FR=.;FRO=279;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=107;FSRR=172;FWDB=0.0740082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0122;QD=5.92422;RBI=0.0771024;REFB=-0.0136656;REVB=0.0216232;RO=279;SAF=26;SAR=56;SRF=107;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934184;STB=0.528659;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0443172;OID=.;OPOS=106368526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:361:365:279:279:82:86:0.235616:56:26:107:172:56:30:107:172 chr14 106368542 . T C 432.88 PASS AF=0.228956;AO=67;DP=295;FAO=68;FDP=297;FR=.;FRO=229;FSAF=23;FSAR=45;FSRF=87;FSRR=142;FWDB=-0.0221402;FXX=0.00335559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.552;QD=5.82998;RBI=0.0326046;REFB=-0.0116378;REVB=-0.0239346;RO=227;SAF=22;SAR=45;SRF=86;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705207;STB=0.535067;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0263175;OID=.;OPOS=106368542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:295:297:227:229:67:68:0.228956:45:22:86:141:45:23:87:142 chr14 106368544 . G C 417.36 PASS AF=0.235507;AO=66;DP=278;FAO=65;FDP=276;FR=.;FRO=211;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=84;FSRR=127;FWDB=-0.0127995;FXX=0.00719399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.488;QD=6.04866;RBI=0.0238212;REFB=-0.00613746;REVB=-0.0200904;RO=210;SAF=23;SAR=43;SRF=86;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822068;STB=0.536202;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0146029;OID=.;OPOS=106368544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:210:211:66:65:0.235507:43:23:86:124:42:23:84:127 chr14 106368551 . A G 395.87 PASS AF=0.240157;AO=61;DP=253;FAO=61;FDP=254;FR=.;FRO=193;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=81;FSRR=112;FWDB=0.00442435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.646;QD=6.23409;RBI=0.00619589;REFB=-0.00511904;REVB=0.00433753;RO=192;SAF=21;SAR=40;SRF=80;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971673;STB=0.561036;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0191009;OID=.;OPOS=106368551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:192:193:61:61:0.240157:40:21:80:112:40:21:81:112 chr14 106369433 . T C 402.41 PASS AF=0.466667;AO=39;DP=91;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.000954449;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.117;QD=17.8849;RBI=0.00442447;REFB=-0.0100979;REVB=0.00432029;RO=48;SAF=27;SAR=12;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140125;STB=0.575225;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00570639;OID=.;OPOS=106369433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:48:48:39:42:0.466667:12:27:27:21:13:29:27:21 chr14 106370370 . C T 248.47 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0238946;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.421;QD=17.1358;RBI=0.0240365;REFB=-0.00430895;REVB=0.00260813;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1966;STB=0.610473;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00442383;OID=.;OPOS=106370370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:18:10:17:13:18:10:17:13 chr14 106370603 . G C 400.11 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0274102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2173;QD=53.3474;RBI=0.0300152;REFB=0.0431669;REVB=0.0122309;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0371629;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:1:0 chr14 106373085 . TT CC 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0274932;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=147.181;QD=15.8821;RBI=0.0485572;REFB=0.00798542;REVB=0.0400241;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.726776;STBP=0.07;TYPE=mnp;VARB=-0.00901521;OID=.;OPOS=106373085;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:6:4:8:2:6:4 chr14 106382687 . C T 288.89 PASS AF=0.565217;AO=20;DP=48;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0241975;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3899;QD=25.1207;RBI=0.0250875;REFB=-0.0320726;REVB=-0.00662268;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166735;STB=0.521219;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0208597;OID=.;OPOS=106382687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:15:20:20:26:0.565217:12:8:3:12:18:8:7:13 chr14 106385332 . G C 1090.33 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4309;QD=57.3856;RBI=0.0377282;REFB=-0.0866829;REVB=-0.034202;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106316;STB=0.511108;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0120878;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:30:44:1:0:30:44:2:0 chr14 106386996 . T C 372.94 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=88;FAO=42;FDP=98;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0610472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.8235;QD=15.2221;RBI=0.0751858;REFB=-0.0376918;REVB=-0.0438878;RO=48;SAF=28;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150526;STB=0.548125;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0493473;OID=.;OPOS=106386996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:98:48:56:39:42:0.428571:11:28:28:20:14:28:33:23 chr14 106436495 . A G 150.32 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0118487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.859;QD=12.2713;RBI=0.025469;REFB=-0.0080114;REVB=-0.0225451;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265687;STB=0.656142;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0193088;OID=.;OPOS=106436495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:13:19:6:11:13:19 chr14 106436780 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.691;QD=55.0971;RBI=0.055394;REFB=0;REVB=0.0409273;RO=0;SAF=23;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472378;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:3:23:0:0:3:23:0:0 chr14 106452766 . T A 263.69 PASS AF=0.6;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0370906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.967;QD=26.369;RBI=0.0382569;REFB=-0.0491273;REVB=0.009374;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159238;STB=0.60118;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0178839;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:24:24:0.6:9:15:6:9:9:15:6:10 chr14 106452817 . A G 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0468769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.797;QD=14.6648;RBI=0.068547;REFB=-0.0151503;REVB=-0.0500124;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263259;STB=0.651978;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0266756;OID=.;OPOS=106452817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:14:7:9:6:14:7 chr14 106471268 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0117;QD=59.0171;RBI=0.0357589;REFB=0;REVB=0.0233766;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610835;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr14 106471273 . C T 544.75 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0878111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0914;QD=57.3416;RBI=0.0903199;REFB=-0.168124;REVB=0.02114;RO=1;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0145783;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:18:19:0:1:18:19:0:1 chr14 106471353 . C T 1227.32 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0539;QD=61.3659;RBI=0.0433469;REFB=0;REVB=-0.0166241;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000423751;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr14 106471388 . C A 1045.37 PASS AF=0.96;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0152058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.617;QD=55.7529;RBI=0.0385325;REFB=-0.0373199;REVB=0.0354053;RO=2;SAF=31;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295294;STB=0.52307;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000297667;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:75:2:3:71:72:0.96:40:31:2:0:41:31:3:0 chr14 106471528 . C A 224.08 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00400592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0124;QD=42.6814;RBI=0.088063;REFB=-0.0684381;REVB=-0.0879719;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834716;STB=0.545407;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0178346;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:0:2:10:9:0:2 chr14 106471534 . A G 259.91 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272631;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1496;QD=51.9822;RBI=0.0528607;REFB=0;REVB=-0.0452877;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230817;OID=.;OPOS=106471534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr14 106471547 . A G 159.73 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2168;QD=45.6357;RBI=0.117721;REFB=0;REVB=0.112708;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00947797;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:5:7:0:0:7:7:0:0 chr14 106471685 . G A 223.81 PASS AF=0.488889;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0406687;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.338;QD=19.8938;RBI=0.0477807;REFB=-0.0282837;REVB=0.0250808;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21372;STB=0.646454;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0210142;OID=.;OPOS=106471685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:23:20:22:0.488889:12:8:15:9:14:8:15:8 chr14 106471689 . A C 254.68 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00751124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.058;QD=22.1458;RBI=0.0675081;REFB=-0.0247735;REVB=-0.067089;RO=22;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223165;STB=0.624896;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0130946;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:9:15:8:14:9:15:8:14 chr14 106478401 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.251;QD=43.4862;RBI=0.0397012;REFB=0;REVB=0.0386055;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302967;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr14 106478513 . C G 453.85 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.12;QD=55.0123;RBI=0.0452365;REFB=-0.138253;REVB=0.0255432;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00136072;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr14 106478556 . T C 154.38 PASS AF=0.64;AO=14;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0667302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.048;QD=24.7001;RBI=0.0876952;REFB=-0.0341849;REVB=0.0568993;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555298;STB=0.513497;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0412026;OID=.;OPOS=106478556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:9:9:14:16:0.64:10:4:2:7:12:4:2:7 chr14 106478560 . T G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.058118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8258;QD=10.8828;RBI=0.0586107;REFB=-0.0189994;REVB=0.00758349;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633357;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0236881;OID=.;OPOS=106478560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:4:11:7:2:4:11 chr14 106478563 . G C 45.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0373732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7972;QD=8.69477;RBI=0.064449;REFB=-0.0227359;REVB=0.0525064;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740731;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0548012;OID=.;OPOS=106478563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:5:2:3:10:5:2:3:11 chr14 106494269 . T C 706.58 PASS AF=1;AO=42;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.401;QD=55.4178;RBI=0.210753;REFB=0;REVB=-0.0172293;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299748;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:42:51:1:24:18:0:0:24:27:0:0 chr14 106518418 . A G 37.32 PASS AF=0.333333;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0191991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.513;QD=9.95221;RBI=0.0308666;REFB=-0.0156266;REVB=0.024169;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106048;STB=0.614877;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0120392;OID=.;OPOS=106518418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:9:9:4:5:0.333333:3:1:3:6:4:1:3:6 chr14 106518848 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0437932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.155;QD=11.9537;RBI=0.0438162;REFB=0.00960302;REVB=-0.0014197;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0151755;OID=.;OPOS=106518848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr14 106539280 . A G 273.55 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0386748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7141;QD=17.6482;RBI=0.0393251;REFB=-0.00260385;REVB=-0.00712233;RO=31;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161226;STB=0.596952;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00237485;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:16:14:20:11:16:14:21:11 chr14 106552667 . A G 56.99 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.10626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2147;QD=11.9977;RBI=0.106268;REFB=-0.0202597;REVB=-0.00124801;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163877;STB=0.580431;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0231811;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:19:9:11:7:8:0.421053:2:5:5:4:2:6:7:4 chr14 106573251 . G A 58.37 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00398268;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.76;QD=12.2874;RBI=0.00841393;REFB=-0.0616094;REVB=0.00741164;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51755;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0462865;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:19:10:11:8:8:0.421053:7:1:6:4:6:2:6:5 chr14 106573311 . C T 33.99 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0390163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.59;QD=3.39906;RBI=0.0682975;REFB=-0.0309528;REVB=-0.056056;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401666;STB=0.681125;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0911893;OID=.;OPOS=106573311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:21:34:6:6:0.15:5:1:10:11:5:1:11:23 chr14 106573662 . A G 111.6 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.024553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4674;QD=18.5995;RBI=0.0276679;REFB=0.0576669;REVB=0.012754;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795217;STB=0.571326;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0340398;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:24:11:11:12:13:0.541667:3:9:9:2:4:9:9:2 chr14 106622076 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00154421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.63;QD=20.1601;RBI=0.015827;REFB=-0.0231611;REVB=-0.0157514;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0218941;OID=.;OPOS=106622076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:7:7:9:7:7:7 chr14 106622284 . G T 151.98 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0243901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.814;QD=20.9633;RBI=0.0280255;REFB=-0.0283922;REVB=-0.0138042;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114985;STB=0.536539;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0243986;OID=.;OPOS=106622284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:15:16:0.551724:11:4:5:8:11:5:5:8 chr14 106667592 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.36;QD=53.2761;RBI=0.0448488;REFB=0;REVB=0.0387308;RO=0;SAF=18;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140308;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:5:18:0:0:5:18:0:0 chr14 106733184 . C A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000788189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.776;QD=15.3784;RBI=0.0127083;REFB=-0.0214438;REVB=0.0126838;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0257133;OID=.;OPOS=106733184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:7:7:6:6:7:7 chr14 106757655 . G A 111.04 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00551648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.184;QD=6.34537;RBI=0.0248649;REFB=-0.00231351;REVB=-0.0242453;RO=52;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082904;STB=0.557721;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0124883;OID=.;OPOS=106757655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:53:17:17:0.242857:8:9:24:28:8:9:24:29 chr14 106757692 . G A 111.17 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00670172;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.281;QD=7.53664;RBI=0.00670174;REFB=-0.00707413;REVB=-1.74782e-05;RO=43;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976768;STB=0.559249;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.016914;OID=.;OPOS=106757692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:43:43:16:16:0.271186:8:8:18:25:8:8:18:25 chr14 106758084 . T C 533.87 PASS AF=0.628205;AO=48;DP=77;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00281715;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2236;QD=27.3781;RBI=0.00806426;REFB=-0.0185628;REVB=0.00755619;RO=29;SAF=22;SAR=26;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796729;STB=0.53943;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.01014;OID=.;OPOS=106758084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:29:29:48:49:0.628205:26:22:10:19:27:22:10:19 chr14 106780634 . G A 128.47 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00924649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.311;QD=6.94419;RBI=0.0114337;REFB=-0.00651299;REVB=-0.00672547;RO=55;SAF=9;SAR=10;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153581;STB=0.593125;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0240621;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:55:19:19:0.256757:10:9:33:22:10:9:33:22 chr14 106780801 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0237245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.271;QD=22.5809;RBI=0.0579385;REFB=-0.00645266;REVB=0.0528584;RO=7;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162618;STB=0.592433;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00281935;OID=.;OPOS=106780801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:4:8:3:4:4:8:3:4 chr14 106780817 . A C 160.77 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.742;QD=45.9328;RBI=0.104504;REFB=0;REVB=-0.0125851;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210385;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:3:7:0:0:4:10:0:0 chr14 106780956 . AG A 238.82 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.8506;QD=45.49;RBI=0.0278858;REFB=0;REVB=0.00358839;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00134581;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:6:15:0:0:4:0:6:15:0:0 chr14 106791119 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.404;QD=51.1845;RBI=0.0116794;REFB=0;REVB=0.000901025;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220772;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr14 106791200 . GC AG 105.14 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00922052;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.153;QD=32.352;RBI=0.0139121;REFB=-0.0465596;REVB=-0.0104177;RO=2;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998761;STB=0.55546;STBP=0.509;TYPE=mnp;VARB=0.0071702;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:8:3:0:2:8:3:0:2 chr14 106815944 . C G 45.01 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4701;QD=30.005;RBI=0.224886;REFB=0;REVB=0.0744462;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160479;OID=.;OPOS=106815944;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:1:0:5:6:1:1:4:0:1:2:4:0:0 chr14 106866565 . C A 388.19 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0347699;FXX=0.0113623;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.075;QD=17.8478;RBI=0.0523478;REFB=-0.0177502;REVB=0.0391324;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234326;STB=0.525456;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0185486;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:43:47:40:40:0.45977:28:12:12:31:28:12:16:31 chr14 106877551 . A C 402.77 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9805;QD=55.5543;RBI=0.10992;REFB=0;REVB=0.0904553;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137156;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:13:13:0:0:16:13:0:0 chr14 106993945 . T C 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0103486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.679;QD=5.95801;RBI=0.0105592;REFB=-0.0219223;REVB=0.00209801;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370753;STB=0.749063;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0887637;OID=.;OPOS=106993945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:8:10:5:1:8:10 chr14 106994009 . GCT TTC 55.48 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00460966;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=199.031;QD=10.0875;RBI=0.0238244;REFB=-0.0210924;REVB=0.0233742;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241788;STB=0.674535;STBP=0.244;TYPE=mnp;VARB=0.0380464;OID=.;OPOS=106994009;OREF=GCT;OALT=TTC;OMAPALT=TTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:6:7:6:2:7:7 chr14 106994015 . G A 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.013288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.382;QD=10.0755;RBI=0.023422;REFB=-0.0501778;REVB=-0.0192878;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283525;STB=0.674535;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0259829;OID=.;OPOS=106994015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:6:2:7:7:6:2:7:7 chr14 106994063 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00432616;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.688;QD=11.0924;RBI=0.0081574;REFB=-0.0286555;REVB=-0.00691575;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0222532;OID=.;OPOS=106994063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr14 107013129 . A C 123.3 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.08359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4877;QD=18.2672;RBI=0.0967569;REFB=-0.0572912;REVB=0.04873;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476449;STB=0.772575;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0531784;OID=.;OPOS=107013129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:11:3:10:3:11:3:10:3 chr14 107013201 . G T 69.66 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0261336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.849;QD=16.3897;RBI=0.0296981;REFB=-0.0152968;REVB=-0.0141071;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422409;STB=0.756168;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0152386;OID=.;OPOS=107013201;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:2:6:2:6:2:7:2:6 chr14 107034981 . G C 135.98 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0146897;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.278;QD=18.13;RBI=0.0150219;REFB=-0.0329739;REVB=-0.00314164;RO=16;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457924;STB=0.726942;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0129459;OID=.;OPOS=107034981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:15:13:15:0.5:11:2:9:7:12:3:9:6 chr14 107035106 . G T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0283366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5109;QD=10.4727;RBI=0.0363642;REFB=-0.000152267;REVB=-0.0227902;RO=35;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138292;STB=0.508187;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.000424218;OID=.;OPOS=107035106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:7:10:21:14:7:10:21:14 chr14 107078567 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.153;QD=59.4339;RBI=0.0456372;REFB=0;REVB=0.0203196;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445638;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr14 107078790 . C T 810.32 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.929;QD=54.0214;RBI=0.0584734;REFB=0;REVB=0.0314562;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240198;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:2:0:57:60:1:28:29:2:0:28:32:0:0 chr14 107095326 . C T 1606.68 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.313;QD=60.0629;RBI=0.0272586;REFB=0;REVB=-0.00188089;RO=0;SAF=28;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44872e-05;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:79:28:0:0:79:28:0:0 chr14 107170005 . T C 700.27 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392902;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.099;QD=60.8934;RBI=0.0393149;REFB=0.0627703;REVB=-0.00139394;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00039346;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:0:1:45:45:0.978261:21:24:0:0:21:24:1:0 chr14 107170219 . C G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00431973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.484;QD=10.6681;RBI=0.00535733;REFB=-0.0151481;REVB=-0.00316873;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123941;STB=0.507448;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0255764;OID=.;OPOS=107170219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:11:7:4:6:11:7 chr14 107178832 . A G 1538.51 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5744;QD=63.4439;RBI=0.0476058;REFB=0;REVB=-0.0469026;RO=0;SAF=62;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95992e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190388;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:34:62:0:0:35:62:0:0 chr14 107259405 . C G 275.95 PASS AF=0.442857;AO=27;DP=67;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00649341;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.002;QD=15.7687;RBI=0.00790406;REFB=-0.0782998;REVB=-0.00450664;RO=39;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110329;STB=0.516119;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0997927;OID=.;OPOS=107259405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:39:39:27:31:0.442857:11:16:19:20:15:16:19:20 chr15 20170150 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0277846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.743;QD=15.1968;RBI=0.0299878;REFB=0.00554895;REVB=0.0112821;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509078;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.0072672;OID=.;OPOS=20170150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:6:8:10:7:6:8:10:8 chr15 20362818 . G T 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0175623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2863;QD=6.5257;RBI=0.0815079;REFB=-0.0032843;REVB=-0.0795933;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856982;STB=0.555391;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0030844;OID=.;OPOS=20362818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:2:5:13:7:2:5:13:7 chr15 20462585 . A G 402.81 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00477185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.158;QD=19.1812;RBI=0.0133177;REFB=-0.0261138;REVB=0.0124334;RO=43;SAF=26;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116986;STB=0.565185;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0267853;OID=.;OPOS=20462585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:15:26:22:21:15:26:22:21 chr15 20462603 . G T 111.58 PASS AF=0.204545;AO=17;DP=87;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.00627816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.272;QD=5.07191;RBI=0.0256057;REFB=0.0048572;REVB=0.0248241;RO=70;SAF=10;SAR=7;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153285;STB=0.536043;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0105484;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:70:70:17:18:0.204545:7:10:42:28:8:10:42:28 chr15 20476942 . C T 611.96 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0130622;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.233;QD=16.652;RBI=0.0468241;REFB=-0.0152581;REVB=-0.0449653;RO=83;SAF=38;SAR=26;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656853;STB=0.543549;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0141395;OID=.;OPOS=20476942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:83:83:64:64:0.435374:26:38:44:39:26:38:43:40 chr15 20645827 . A G 179.82 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=44;FWDB=0.0327713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9388;QD=9.10453;RBI=0.0360485;REFB=-0.00677151;REVB=-0.0150179;RO=52;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219215;STB=0.582475;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0185763;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:55:24:24:0.303797:17:7:8:44:17:7:11:44 chr15 20874846 . G A 319.2 PASS AF=0.213115;AO=52;DP=244;FAO=52;FDP=244;FR=.;FRO=192;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=93;FSRR=99;FWDB=-0.0242692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9699;QD=5.23278;RBI=0.0246838;REFB=-0.00344317;REVB=0.00450519;RO=189;SAF=24;SAR=28;SRF=92;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323553;STB=0.51802;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00532851;OID=.;OPOS=20874846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:189:192:52:52:0.213115:28:24:92:97:28:24:93:99 chr15 20874863 . T C 230.93 PASS AF=0.170455;AO=45;DP=265;FAO=45;FDP=264;FR=.;FRO=219;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=108;FSRR=111;FWDB=-0.0166975;FXX=0.00377344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.701;QD=3.49889;RBI=0.0166989;REFB=-0.00349374;REVB=-0.000210437;RO=218;SAF=19;SAR=26;SRF=108;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949235;STB=0.559161;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0156248;OID=.;OPOS=20874863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:264:218:219:45:45:0.170455:26:19:108:110:26:19:108:111 chr15 20874897 . A G 2844.02 PASS AF=0.771127;AO=216;DP=285;FAO=219;FDP=284;FR=.;FRO=65;FSAF=101;FSAR=118;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0433656;FXX=0.00699276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.064;QD=40.0566;RBI=0.0448177;REFB=-0.0381503;REVB=0.011316;RO=63;SAF=100;SAR=116;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02595;STB=0.51069;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0124261;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:284:63:65:216:219:0.771127:116:100:33:30:118:101:33:32 chr15 20876515 . A G 2206.69 PASS AF=0.872928;AO=157;DP=182;FAO=158;FDP=181;FR=.;FRO=23;FSAF=102;FSAR=56;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0425948;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.394;QD=48.7667;RBI=0.0547624;REFB=-0.0548395;REVB=0.0344181;RO=23;SAF=101;SAR=56;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053975;STB=0.528772;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00867995;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:182:181:23:23:157:158:0.872928:56:101:10:13:56:102:10:13 chr15 22016194 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0264144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.302;QD=10.1733;RBI=0.0351805;REFB=-0.00215185;REVB=-0.0232368;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.59968;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00312817;OID=.;OPOS=22016194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:6:3:3:3:6:3 chr15 22368862 . G A 169.62 PASS AF=0.25;AO=24;DP=96;FAO=24;FDP=96;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0384983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9135;QD=7.06756;RBI=0.0515435;REFB=-0.00273424;REVB=-0.0342726;RO=70;SAF=16;SAR=8;SRF=43;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700999;STB=0.556343;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00930922;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:70:72:24:24:0.25:8:16:43:27:8:16:43:29 chr15 22368905 . G A 88.79 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00638232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.173;QD=6.45736;RBI=0.0183261;REFB=-0.0151162;REVB=0.0171789;RO=42;SAF=9;SAR=4;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214312;STB=0.635079;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0451289;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:42:42:13:13:0.236364:4:9:22:20:4:9:22:20 chr15 22369248 . T C 230.27 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00650581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.526;QD=46.0542;RBI=0.0480168;REFB=-0.112287;REVB=0.047574;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00259056;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr15 22369290 . A G 89.12 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0272967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.092;QD=7.58492;RBI=0.0518105;REFB=-0.0190344;REVB=0.0440366;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513372;STB=0.531862;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0452583;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:47:35:35:12:12:0.255319:6:6:19:16:6:6:19:16 chr15 22369426 . G A 226.51 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=98;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.0129925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.928;QD=9.2453;RBI=0.0131954;REFB=-0.020003;REVB=-0.00230533;RO=68;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144883;STB=0.503169;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0300606;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:69:29:29:0.295918:15:14:32:36:15:14:33:36 chr15 22382655 . A C 91.72 PASS AF=0.25;AO=12;DP=54;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0077277;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7547;QD=7.05566;RBI=0.0377251;REFB=-0.000697811;REVB=0.0369252;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290885;STB=0.702262;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00425247;OID=.;OPOS=22382655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:54:52:33:39:12:13:0.25:5:7:11:22:5:8:13:26 chr15 22382704 . G C 81.92 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0186387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6024;QD=8.62319;RBI=0.0264675;REFB=0.00251306;REVB=-0.0187916;RO=26;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199952;STB=0.646758;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00764053;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:9:2:8:18:9:2:9:18 chr15 22382739 . A G 296.44 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00734089;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.85;QD=49.4058;RBI=0.0368418;REFB=-0.0716214;REVB=0.036103;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000547661;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:10:13:0:0:10:13:0:1 chr15 22382821 . G C 257.79 PASS AF=0.348315;AO=31;DP=89;FAO=31;FDP=89;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0129927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.676;QD=11.5861;RBI=0.0432732;REFB=-0.0120622;REVB=0.0412766;RO=58;SAF=23;SAR=8;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961797;STB=0.555916;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0329036;OID=.;OPOS=22382821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:58:58:31:31:0.348315:8:23:39:19:8:23:39:19 chr15 22382897 . A G 295.95 PASS AF=0.255814;AO=44;DP=172;FAO=44;FDP=172;FR=.;FRO=128;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=73;FSRR=55;FWDB=-0.0244015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7157;QD=6.88252;RBI=0.0827437;REFB=-0.00799581;REVB=-0.0790638;RO=128;SAF=22;SAR=22;SRF=73;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876386;STB=0.552302;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0187398;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:128:128:44:44:0.255814:22:22:73:55:22:22:73:55 chr15 22383064 . C A 155.39 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=82;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00440204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.006;QD=7.57983;RBI=0.00484266;REFB=-0.0038016;REVB=0.00201827;RO=60;SAF=8;SAR=14;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10878;STB=0.565759;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0114128;OID=.;OPOS=22383064;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:60:60:22:22:0.268293:14:8:27:33:14:8:27:33 chr15 22383066 . A G 500.39 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00733284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.427;QD=24.409;RBI=0.0088357;REFB=0.00246274;REVB=0.00492941;RO=35;SAF=15;SAR=31;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202202;STB=0.613649;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00251049;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:46:47:0.573171:31:15:20:15:32:15:20:15 chr15 22383189 . G A 229.96 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00590415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.649;QD=9.89056;RBI=0.0199475;REFB=-0.000538094;REVB=0.0190537;RO=63;SAF=16;SAR=13;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422812;STB=0.529392;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00131827;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:64:29:29:0.311828:13:16:37:26:13:16:38:26 chr15 22383482 . GA G 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00835405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.101;QD=32.1189;RBI=0.0180791;REFB=-0.025244;REVB=0.0160332;RO=11;SAF=10;SAR=15;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828024;STB=0.545418;STBP=0.412;TYPE=del;VARB=0.0102739;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.694444:25:36:25:36:11:10:15:6:5:82:11:10:15:6:5 chr15 22413700 . A G 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5079;QD=46.0549;RBI=0.0384396;REFB=-0.00799691;REVB=-0.0365056;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00232822;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:1:0:14:5:1:0 chr15 22413825 . C T 445.24 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=128;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0117746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.415;QD=13.9136;RBI=0.105515;REFB=-0.016034;REVB=-0.104856;RO=77;SAF=34;SAR=17;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137192;STB=0.577746;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0215408;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:77:77:51:51:0.398438:17:34:42:35:17:34:42:35 chr15 22413954 . C T 319.22 PASS AF=0.283019;AO=45;DP=159;FAO=45;FDP=159;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=74;FSRR=40;FWDB=-0.0183046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.968;QD=8.03063;RBI=0.0185783;REFB=-0.00812328;REVB=-0.00317709;RO=114;SAF=24;SAR=21;SRF=74;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143934;STB=0.584291;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0280941;OID=.;OPOS=22413954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:114:114:45:45:0.283019:21:24:74:40:21:24:74:40 chr15 22414005 . C T 363.09 PASS AF=0.308725;AO=46;DP=149;FAO=46;FDP=149;FR=.;FRO=103;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=58;FSRR=45;FWDB=-0.0317447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.298;QD=9.74741;RBI=0.0325712;REFB=-0.0126929;REVB=-0.00729098;RO=102;SAF=22;SAR=24;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106786;STB=0.558439;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0448768;OID=.;OPOS=22414005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:102:103:46:46:0.308725:24:22:58:44:24:22:58:45 chr15 22414190 . T C 163.46 PASS AF=0.264368;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=87;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.0307712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3638;QD=7.51532;RBI=0.0830764;REFB=0.00096107;REVB=0.0771675;RO=64;SAF=14;SAR=9;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190093;STB=0.511472;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.00126432;OID=.;OPOS=22414190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:64:23:23:0.264368:9:14:38:26:9:14:38:26 chr15 22440297 . A G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0063549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.393;QD=25.3616;RBI=0.0115803;REFB=-0.0668757;REVB=0.00968087;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287518;STB=0.516107;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0321665;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:10:5:3:5:10:5:3:5 chr15 22440322 . A G 161.48 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0364719;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.865;QD=25.8361;RBI=0.0389519;REFB=0.00316474;REVB=-0.0136766;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688445;STB=0.538414;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00043961;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:3:6:9:7:3:6 chr15 22440816 . A G 747.3 PASS AF=0.72619;AO=61;DP=84;FAO=61;FDP=84;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.01308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.842;QD=35.5856;RBI=0.0393203;REFB=-0.0521701;REVB=-0.037081;RO=22;SAF=21;SAR=40;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825706;STB=0.552053;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0212368;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:22:23:61:61:0.72619:40:21:11:11:40:21:12:11 chr15 22448405 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00374439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.478;QD=14.6578;RBI=0.0410228;REFB=-0.0167273;REVB=0.0408516;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322174;STB=0.689341;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0249685;OID=.;OPOS=22448405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:9:8:10:3:9:8 chr15 22448436 . G A 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0177984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.03;QD=13.2305;RBI=0.0278314;REFB=-0.00768384;REVB=0.0213964;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996966;STB=0.558073;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0198423;OID=.;OPOS=22448436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:9:8:11:18:9:8:11:18 chr15 22873784 . C T 263.05 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000401034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.685;QD=23.9134;RBI=0.0128789;REFB=-0.031264;REVB=-0.0128726;RO=19;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264483;STB=0.514694;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0175547;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:14:11:9:10:14:11:9:10 chr15 22926229 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00851436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.356;QD=15.1717;RBI=0.0120685;REFB=-0.0197585;REVB=-0.00855307;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213687;STB=0.623087;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0134574;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:7:10:9:15:7:10:9:15 chr15 23052632 . T C 178.19 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0550242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.838;QD=14.8494;RBI=0.0550865;REFB=-0.00117885;REVB=0.00261869;RO=29;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19259;STB=0.613106;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00200572;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:16:3:8:21:16:3:8:21 chr15 23059393 . A AT 228.57 PASS AF=1;AO=3;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129638;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.2008;QD=45.7131;RBI=0.15192;REFB=0;REVB=0.079207;RO=18;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00179929;OID=.;OPOS=23059394;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:21:20:20:0:12:8:0:0:4:18:3:0:9:9 chr15 23059394 . C T 208.15 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0232049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.222;QD=41.6307;RBI=0.0573453;REFB=-0.0470087;REVB=0.0524406;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00260376;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:8:10:2:0:8:10:2:0 chr15 23098401 . C T 118.12 PASS AF=0.25;AO=16;DP=70;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=15;FWDB=-0.00416229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.79;QD=6.56213;RBI=0.00772775;REFB=-0.0167331;REVB=-0.00651103;RO=54;SAF=13;SAR=3;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157057;STB=0.556419;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0587842;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:54:54:16:18:0.25:3:13:39:15:4:14:39:15 chr15 23098449 . C T 299.19 PASS AF=0.319672;AO=39;DP=123;FAO=39;FDP=122;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=16;FWDB=0.00337425;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.568;QD=9.80961;RBI=0.00877204;REFB=-0.014638;REVB=0.00809711;RO=83;SAF=31;SAR=8;SRF=67;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225579;STB=0.513082;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0262096;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:83:83:39:39:0.319672:8:31:67:16:8:31:67:16 chr15 23099355 . G C 250.85 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00472558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.991;QD=50.1705;RBI=0.108342;REFB=0;REVB=0.108239;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00381661;OID=.;OPOS=23099355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:4:15:0:0:4:16:0:0 chr15 23158339 . G C 913.12 PASS AF=0.897436;AO=68;DP=76;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0273956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.2069;QD=46.8267;RBI=0.0292516;REFB=-0.0443448;REVB=-0.0102537;RO=8;SAF=25;SAR=43;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129658;STB=0.568945;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00660197;OID=.;OPOS=23158339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:76:78:8:8:68:70:0.897436:43:25:8:0:45:25:8:0 chr15 23259835 . C T 137.58 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7806;QD=39.3081;RBI=0.0300714;REFB=-0.053889;REVB=0.0138839;RO=1;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363094;STB=0.51997;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0324908;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:12:1:0:1:12:1:0:1 chr15 23261950 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.869;QD=48.7235;RBI=0.120566;REFB=0;REVB=-0.107061;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195798;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr15 23686598 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0787732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9928;QD=39.206;RBI=0.0863807;REFB=0;REVB=-0.0354459;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00763333;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 23686673 . G A 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8986;QD=46.9593;RBI=0.101017;REFB=-0.127044;REVB=-0.0976531;RO=0;SAF=19;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97126e-08;STB=0.666453;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00570088;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:1:19:0:0:1:19:0:1 chr15 23687176 . C T 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0680609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6826;QD=9.53606;RBI=0.0761252;REFB=0.00951864;REVB=0.0340992;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239462;STB=0.64412;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.031117;OID=.;OPOS=23687176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:7:5:17:10:7:5:17:10 chr15 23687214 . C G 675.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139136;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5164;QD=62.8529;RBI=0.0208104;REFB=0;REVB=-0.0154753;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636559;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr15 23688944 . A G 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00737484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2046;QD=57.7095;RBI=0.0113529;REFB=0;REVB=0.00863134;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102415;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr15 23690543 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.428;QD=39.2067;RBI=0.0495439;REFB=0;REVB=0.0433502;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111536;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr15 23889033 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0995815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.946;QD=43.4825;RBI=0.0999736;REFB=0;REVB=-0.0088466;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151574;OID=.;OPOS=23889033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr15 23931507 . G A 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0133895;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.876;QD=15.7855;RBI=0.0181586;REFB=-0.00977063;REVB=-0.0122661;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057851;STB=0.548319;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.015158;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:7:7:9:7:7:7:10:7 chr15 24921771 . G C 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0374243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4553;QD=16.615;RBI=0.0420029;REFB=0.000771112;REVB=-0.0190701;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019532;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00434155;OID=.;OPOS=24921771;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:9:8:9:11:9:8:9:12 chr15 25307562 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.077;QD=60.6102;RBI=0.0481987;REFB=0;REVB=0.015056;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164602;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr15 25330550 . T A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0412598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.924;QD=13.5054;RBI=0.0416054;REFB=-0.0136344;REVB=0.0053515;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453569;STB=0.777181;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0205074;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:11:1:6:11:11:1:6:11 chr15 25423956 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.091;QD=58.1418;RBI=0.0428348;REFB=0;REVB=0.0321073;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323384;OID=.;OPOS=25423956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr15 25425642 . TCG T,TTG 422.11 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,25;DP=30;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=3,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053758,-0.0499068;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=83.1251,113.998;QD=56.2809;RBI=0.0628892,0.0657717;REFB=0,0;REVB=0.0326364,0.0428396;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0300684,0.00815939;OID=.,.;OPOS=25425643,25425643;OREF=CG,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:3,25:30:3,27:30:0:0,17:3,10:0:0:7:0:0,16:3,9:0:0 chr15 25427566 . G A 177.68 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0368418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3088;QD=21.5372;RBI=0.0643813;REFB=-0.0293932;REVB=0.0527981;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940499;STB=0.505294;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0255677;OID=.;OPOS=25427566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:6:9:11:7:6:9 chr15 25429458 . A G 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9376;QD=53.8911;RBI=0.0307269;REFB=0;REVB=-0.0250419;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120549;OID=.;OPOS=25429458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr15 25434642 . C T 560.85 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405591;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.93;QD=60.6328;RBI=0.0441104;REFB=0;REVB=-0.0173403;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252391;OID=.;OPOS=25434642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr15 25438493 . A G 1522.85 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7775;QD=63.4522;RBI=0.02565;REFB=0;REVB=-0.00117052;RO=0;SAF=41;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.26503e-05;OID=.;OPOS=25438493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:53:41:0:0:55:41:0:0 chr15 25961964 . A G 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00793169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.817;QD=60.5968;RBI=0.0122755;REFB=0;REVB=-0.00936896;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37103e-06;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr15 26327466 . C T 130.63 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.01836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.825;QD=14.5146;RBI=0.0338016;REFB=-0.0142657;REVB=0.0283805;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24913;STB=0.665207;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0176713;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:14:15:0.416667:8:6:4:16:8:7:4:17 chr15 26887693 . A T 236.5 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0153759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.883;QD=13.5144;RBI=0.0266601;REFB=-0.00910992;REVB=0.0217794;RO=42;SAF=7;SAR=21;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31218;STB=0.679551;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0111836;OID=.;OPOS=26887693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:42:28:28:0.4:21:7:22:20:21:7:22:20 chr15 27017536 . G A 587.28 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00117557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.388;QD=23.4911;RBI=0.0144026;REFB=-0.0297547;REVB=0.0143545;RO=46;SAF=24;SAR=30;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267067;STB=0.514667;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0215054;OID=.;OPOS=27017536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:30:24:19:27:30:24:19:27 chr15 27018797 . G A 125.72 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=0.00340936;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.628;QD=9.67078;RBI=0.0177265;REFB=-0.0175108;REVB=-0.0173955;RO=36;SAF=12;SAR=4;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415904;STB=0.524968;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0350886;OID=.;OPOS=27018797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:4:12:26:10:4:12:26:10 chr15 27122774 . C T 208.84 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.040371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.624;QD=25.314;RBI=0.0468429;REFB=-0.00176008;REVB=0.023758;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170103;STB=0.594502;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00130986;OID=.;OPOS=27122774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:9:11:4:9:9:11:4:9 chr15 27182357 . T C 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00702132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.185;QD=58.243;RBI=0.0245032;REFB=0.00124841;REVB=0.0234757;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=8.63232e-05;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:1:0:17:22:1:0 chr15 27185073 . C T 251.89 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0174419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.669;QD=14.8171;RBI=0.0195416;REFB=-0.00714955;REVB=-0.00881224;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355432;STB=0.52694;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0120468;OID=.;OPOS=27185073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:14:15:21:17:14:15:22:17 chr15 27772676 . C T 427.05 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=-0.0263559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.576;QD=14.235;RBI=0.0278954;REFB=-0.00190128;REVB=0.00913907;RO=71;SAF=23;SAR=26;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156963;STB=0.588279;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00234672;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:71:71:49:49:0.408333:26:23:44:27:26:23:44:27 chr15 28090173 . C T 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0251274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.223;QD=17.923;RBI=0.0262092;REFB=-0.0118628;REVB=0.00745202;RO=45;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526896;STB=0.523244;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0166229;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:20:20:20:25:20:20:21:25 chr15 28096538 . A G 307.25 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0354394;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6679;QD=20.483;RBI=0.0460632;REFB=-0.0344568;REVB=0.0294257;RO=28;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197804;STB=0.609663;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.037938;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:28:28:32:32:0.533333:19:13:18:10:19:13:18:10 chr15 28231793 . T C 206.02 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00514775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.038;QD=16.8175;RBI=0.0461413;REFB=-0.024455;REVB=0.0458532;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0285632;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:12:16:11:10:12:16 chr15 28362459 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.3;QD=53.276;RBI=0.0272572;REFB=0;REVB=0.02206;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95126e-05;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 28412872 . G A 142.21 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.00771665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.786;QD=11.154;RBI=0.00905558;REFB=-0.0097877;REVB=-0.00473886;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140196;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:34:16:17:0.333333:5:11:22:12:6:11:22:12 chr15 28414665 . T C 970.27 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1015;QD=58.8041;RBI=0.0783525;REFB=0;REVB=0.0643361;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751012;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr15 28419587 . G A 95.45 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=96;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00565627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.771;QD=3.74322;RBI=0.0669778;REFB=-0.0112419;REVB=-0.0667386;RO=79;SAF=9;SAR=8;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131832;STB=0.539125;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0495855;OID=.;OPOS=28419587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:96:102:79:85:17:17:0.166667:8:9:41:38:8:9:41:44 chr15 28419746 . G A 382.11 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0287902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.341;QD=19.8499;RBI=0.0293782;REFB=-0.0251974;REVB=-0.00584814;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134437;STB=0.507459;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0136706;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:22:17:16:22:22:17:16:22 chr15 28502279 . A G 181.98 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0124188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.822;QD=16.928;RBI=0.0275871;REFB=-0.0288206;REVB=-0.0246337;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118016;STB=0.567496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0313513;OID=.;OPOS=28502279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:13:11:11:8:13:11 chr15 28517436 . T C 534.3 PASS AF=0.491379;AO=55;DP=118;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.0377678;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.537;QD=18.4242;RBI=0.0377681;REFB=-0.0164873;REVB=0.000152003;RO=51;SAF=26;SAR=29;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665356;STB=0.560558;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0107551;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:51:59:55:57:0.491379:29:26:28:23:30:27:35:24 chr15 29033909 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.58;QD=37.4885;RBI=0.0137548;REFB=0;REVB=-0.00776276;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294131;OID=.;OPOS=29033909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr15 29034198 . C T 223.14 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00445962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.313;QD=19.4032;RBI=0.00547826;REFB=-0.0320756;REVB=-0.00318169;RO=23;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112276;STB=0.56332;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0454391;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:23:24:21:22:0.478261:6:15:14:9:6:16:15:9 chr15 29347019 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0376487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.004;QD=10.0739;RBI=0.0685697;REFB=-0.017449;REVB=-0.0573094;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.030044;OID=.;OPOS=29347019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:6:8:3:5:6:8 chr15 29394009 . C T 167.09 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0141211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.45;QD=15.1903;RBI=0.0261392;REFB=-0.0143197;REVB=-0.0219966;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625797;STB=0.536043;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0232995;OID=.;OPOS=29394009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:16:10:8:10:16:10 chr15 29415560 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.024217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.547;QD=11.634;RBI=0.0323099;REFB=0.00491722;REVB=0.0213885;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965511;STB=0.557266;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0088949;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:11:5:4:6:11:5 chr15 29415698 . A G 143.06 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0133651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.71;QD=9.8662;RBI=0.0153513;REFB=-0.00102092;REVB=-0.00755214;RO=39;SAF=15;SAR=4;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424892;STB=0.752616;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0026225;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:4:15:17:22:4:15:17:22 chr15 29418520 . C T 170.92 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00869369;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5386;QD=12.4307;RBI=0.0347153;REFB=-0.0143065;REVB=-0.0336091;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242671;STB=0.507929;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0169852;OID=.;OPOS=29418520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:34:21:21:0.381818:9:12:17:14:9:12:19:15 chr15 29418573 . AT GC 160.41 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00013145;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.854;QD=17.3411;RBI=0.006831;REFB=-0.0201979;REVB=-0.00682973;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278502;STB=0.65912;STBP=0.083;TYPE=mnp;VARB=0.028056;OID=.;OPOS=29418573;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:13:7:11:6:13:7 chr15 29443949 . A G 68.98 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00421188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4938;QD=16.2305;RBI=0.00926725;REFB=-0.0143253;REVB=-0.00825482;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437433;STB=0.756168;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0230365;OID=.;OPOS=29443949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:6:2:7:2:6:2 chr15 29544656 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00972791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.774;QD=55.6558;RBI=0.0216178;REFB=0;REVB=0.0193054;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86846e-05;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr15 30008856 . C A 715.16 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0369663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.576;QD=57.2128;RBI=0.0538186;REFB=-0.112229;REVB=0.0391143;RO=3;SAF=19;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686471;STB=0.53657;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00343696;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:28:19:3:0:28:19:3:0 chr15 30008889 . G A 685.46 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0128992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.202;QD=50.775;RBI=0.0133568;REFB=-0.0557115;REVB=-0.00346644;RO=3;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478193;STB=0.525414;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00415841;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:28:23:0:3:28:23:0:3 chr15 30516531 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0366325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.83;QD=20.2099;RBI=0.0415962;REFB=-0.0368021;REVB=0.0197055;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165885;STB=0.594448;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.039305;OID=.;OPOS=30516531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:6:4:8:5:6:4 chr15 30664453 . C T 325.61 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556354;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8374;QD=54.2674;RBI=0.103472;REFB=0;REVB=0.0872415;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298887;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr15 30665280 . TCA T 43.91 PASS AF=0.28;AO=6;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0151536;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.043;QD=7.02577;RBI=0.015253;REFB=-0.00291097;REVB=0.00173873;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311994;STB=0.628856;STBP=0.418;TYPE=del;VARB=0.00620308;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:6:24:7:25:18:3:4:11:7:43:18:2:4:11:7 chr15 31197564 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0437288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7956;QD=19.1783;RBI=0.0440298;REFB=0.0222073;REVB=0.00513964;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228413;STB=0.627931;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0213856;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:1:10:9:4:1:10 chr15 31229420 . T C 488.35 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0191599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4664;QD=22.1979;RBI=0.0236338;REFB=-0.0163012;REVB=0.0138367;RO=41;SAF=21;SAR=26;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555264;STB=0.530599;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0194205;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:26:21:21:20:26:21:21:20 chr15 31231190 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8971;QD=52.6096;RBI=0.0372789;REFB=0;REVB=-0.0102525;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390743;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr15 31267123 . A T 162.53 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0668852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7073;QD=19.7002;RBI=0.0785998;REFB=-0.000882091;REVB=0.0412833;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232656;STB=0.631428;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00370957;OID=.;OPOS=31267123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:11:5:10:7:11:5 chr15 31267147 . C T 185.83 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0113275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.251;QD=19.059;RBI=0.0191474;REFB=-0.0200451;REVB=-0.0154373;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115484;STB=0.575139;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0195001;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:20:18:19:0.487179:6:12:11:9:6:13:11:9 chr15 31295039 . G A 264.05 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0252617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.526;QD=15.3073;RBI=0.0345945;REFB=-0.0257415;REVB=0.0236353;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118009;STB=0.559496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0362087;OID=.;OPOS=31295039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:17:13:21:17:17:13:21:18 chr15 31330280 . A G 1362.21 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700814;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.073;QD=62.6302;RBI=0.0143077;REFB=0;REVB=0.0124739;RO=0;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27183e-05;OID=.;OPOS=31330280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:47:40:0:0:47:40:0:0 chr15 31342744 . C T 743.21 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0372768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.317;QD=59.4571;RBI=0.0501681;REFB=-0.0851842;REVB=-0.0335749;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229399;STB=0.503423;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00127772;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:28:20:1:0:28:20:1:1 chr15 31362352 . C T 372.39 PASS AF=1;AO=18;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.001;QD=55.1686;RBI=0.0586999;REFB=0;REVB=0.0227795;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260279;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:18:27:1:10:8:0:0:13:14:0:0 chr15 31362654 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000631063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.712;QD=20.1601;RBI=0.0308018;REFB=-0.0228269;REVB=0.0307953;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.560268;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0196908;OID=.;OPOS=31362654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:7:6:10:6:7:7 chr15 31369123 . A G 708.47 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8852;QD=62.975;RBI=0.0720186;REFB=0;REVB=0.0340548;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981145;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr15 31669122 . G A 176.64 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.038881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.044;QD=14.1309;RBI=0.0388885;REFB=-0.00950823;REVB=-0.000765337;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199253;STB=0.512346;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0136194;OID=.;OPOS=31669122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:19:19:0.38:12:7:11:19:12:7:12:19 chr15 32450704 . G A 219.17 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00777614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.222;QD=13.9153;RBI=0.00901659;REFB=-0.0193975;REVB=-0.00456405;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191255;STB=0.608615;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0389399;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:14:12:24:13:14:12:24:13 chr15 32450712 . A G 183.37 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0248273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1706;QD=13.3362;RBI=0.0263278;REFB=-0.0128629;REVB=-0.00876104;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129425;STB=0.581746;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0159966;OID=.;OPOS=32450712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:22:22:0.4:11:11:20:12:11:11:21:12 chr15 32890282 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00904183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9248;QD=37.488;RBI=0.0467127;REFB=0;REVB=-0.0458292;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00289254;OID=.;OPOS=32890282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr15 33010736 . G A 60.31 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0256263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.88;QD=17.2307;RBI=0.0354014;REFB=-0.00582607;REVB=0.0244245;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258094;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00716368;OID=.;OPOS=33010736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:7:8:0.571429:3:4:1:4:3:5:2:4 chr15 33023670 . C T 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0108876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.489;QD=22.7162;RBI=0.0806547;REFB=-0.0173709;REVB=0.0799164;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216917;STB=0.622464;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.014294;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:6:3:9:5:6:3 chr15 33023685 . A C 167.38 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0404529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8199;QD=23.0867;RBI=0.0405089;REFB=-0.0368831;REVB=-0.00212983;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289954;STB=0.662461;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0257876;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:9:3:11:6:9:3 chr15 33023689 . C A 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0191655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3432;QD=23.0937;RBI=0.0895739;REFB=0.0053088;REVB=-0.0874995;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289954;STB=0.662461;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00810179;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:9:3:11:6:9:3 chr15 33023951 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0224438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6517;QD=11.8301;RBI=0.0230379;REFB=-0.00338636;REVB=-0.00519801;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345893;STB=0.520511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00664854;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:12:6:4:7:12:6 chr15 33024567 . C T 81.17 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0569906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8226;QD=18.0373;RBI=0.0786613;REFB=0.00825633;REVB=0.0542188;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18104;STB=0.605828;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.012739;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:5:3:2:8:5:3 chr15 33024767 . A G 194.3 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0124162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.934;QD=12.3367;RBI=0.0247292;REFB=-0.0220516;REVB=-0.0213863;RO=39;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243314;STB=0.514007;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0419019;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:13:11:17:22:13:11:17:22 chr15 33025627 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0177304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.306;QD=16.417;RBI=0.0269576;REFB=-0.00481833;REVB=-0.0203063;RO=16;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359682;STB=0.709353;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00713334;OID=.;OPOS=33025627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:3:11:7:9:3:11:7:9 chr15 33025952 . G A 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0672311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.897;QD=9.19885;RBI=0.0686565;REFB=0.00229982;REVB=0.0139177;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.619384;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.0406659;OID=.;OPOS=33025952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:3:4:5:7:3:4:5:8 chr15 33025979 . C T 64.32 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0461609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8934;QD=23.3892;RBI=0.0518496;REFB=-0.0312168;REVB=-0.0236125;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290717;STB=0.666261;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00577297;OID=.;OPOS=33025979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:3:0:5:3:3:0 chr15 33096555 . TAAAAA TAAAAATT,TAAAA,TAAAAT,TAAA 196.52 PASS AF=0,0,0.947368,0.0526316;AO=2,3,6,2;DP=19;FAO=0,0,18,1;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,9,1;FSAR=0,0,9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553664,0.192704,0.0534471,0.100452;FXX=0;HRUN=6,5,5,5;LEN=2,1,1,2;MLLD=8.65632,9.8892,15.9074,10.4728;QD=41.372;RBI=0.107119,0.3115,0.0680669,0.172256;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0917009,-0.244739,-0.0421487,-0.139934;RO=0;SAF=2,1,4,1;SAR=0,2,2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=ins,del,snp,del;VARB=0.0218495,0,0.00577417,-0.0758405;OID=.,.,.,.;OPOS=33096561,33096556,33096560,33096556;OREF=-,A,A,AA;OALT=TT,-,T,-;OMAPALT=TAAAAATT,TAAAA,TAAAAT,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/4:0,0,0.947368,0.0526316:2,3,6,2:19:0,0,18,1:19:0:0,0,9,1:0,0,9,0:0:0:6:0:2,1,4,1:0,2,2,1:0:0 chr15 33191023 . A G 271.22 PASS AF=0.543478;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0165456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.437;QD=23.5839;RBI=0.0175764;REFB=-0.0177727;REVB=0.00593073;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529031;STB=0.510311;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.016472;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:24:25:0.543478:15:9:8:13:16:9:8:13 chr15 33359574 . C A,G 454.78 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100398,-0.00974548;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=54.9047,64.4239;QD=56.8471;RBI=0.0229877,0.0210935;REFB=0,0;REVB=0.0206794,0.0187072;RO=0;SAF=14,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.56309e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0164944,0.000748071;OID=.,.;OPOS=33359574,33359574;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:16,0:14,2:0:0:16,0:14,2:0:0 chr15 33840414 . A G 94.02 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0129325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1715;QD=10.4471;RBI=0.0729133;REFB=-0.00974734;REVB=-0.0717572;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926362;STB=0.555464;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0505298;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:6:6:10:14:6:6:10:14 chr15 33872177 . C T 369.91 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104501;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5044;QD=52.8443;RBI=0.0167272;REFB=-0.107828;REVB=0.0130612;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00331254;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:0:1 chr15 33954652 . C T 341.08 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.052286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3115;QD=50.5305;RBI=0.0892379;REFB=-0.104568;REVB=0.0723159;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0139019;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:14:11:0:1:15:11:0:1 chr15 34014753 . T C 742.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6098;QD=63.2125;RBI=0.0566497;REFB=0;REVB=0.0448142;RO=0;SAF=33;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105794;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:13:33:0:0:13:34:0:0 chr15 34014913 . C T 519.95 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.69;QD=59.4226;RBI=0.0646518;REFB=0;REVB=0.0644818;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217969;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr15 34015010 . C T 87.77 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0390055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.396;QD=14.6284;RBI=0.0402542;REFB=-0.0123449;REVB=0.0099482;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00943534;OID=.;OPOS=34015010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:12:13:10:11:0.458333:7:3:8:4:7:4:8:5 chr15 34016274 . G A 340.26 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.010937;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.004;QD=48.6086;RBI=0.0167868;REFB=0.0191888;REVB=-0.0127349;RO=2;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294963;STB=0.515911;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.000310568;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:18:8:1:1:18:8:1:1 chr15 34113010 . C T 220.42 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0300093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.142;QD=24.4909;RBI=0.0305512;REFB=0.00500798;REVB=0.00572915;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229482;STB=0.624884;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00281122;OID=.;OPOS=34113010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:20:21:0.583333:8:12:4:10:9:12:4:11 chr15 34113536 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00922853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.52;QD=16.7844;RBI=0.0282139;REFB=-0.00265667;REVB=-0.026662;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1617;STB=0.59728;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0025655;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:14:15:11:21:14:15:11:22 chr15 34158529 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.000582941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7234;QD=15.2622;RBI=0.0116718;REFB=0.00810865;REVB=-0.0116572;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251107;STB=0.646177;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0103766;OID=.;OPOS=34158529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:9:7:9:4:9:7 chr15 34159986 . T C 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.00705499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.568;QD=23.3811;RBI=0.0106899;REFB=-0.016889;REVB=-0.00803131;RO=13;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806582;STB=0.537271;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0209484;OID=.;OPOS=34159986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:18:1:1:12:18:1:1:13 chr15 34354951 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0232891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.464;QD=17.8403;RBI=0.0376447;REFB=-0.0191565;REVB=-0.0295759;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165626;STB=0.6178;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.013372;OID=.;OPOS=34354951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:10:4:6:7:10:4:7:7 chr15 34356988 . G A 709.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.629;QD=63.0223;RBI=0.0415147;REFB=0;REVB=0.0414982;RO=0;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111222;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:13:30:0:0:14:31:0:0 chr15 34357259 . T A 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263315;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.623;QD=47.8797;RBI=0.0270255;REFB=-0.031075;REVB=-0.00608505;RO=2;SAF=5;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153399;STB=0.583261;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.000992114;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:20:5:2:0:20:5:2:0 chr15 34517995 . T G 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.021988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.906;QD=12.1432;RBI=0.0288486;REFB=-0.0116136;REVB=0.0186753;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974252;STB=0.556901;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0206255;OID=.;OPOS=34517995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:12:7:15:18:12:7:15:18 chr15 34522985 . C A,G 762.55 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,52;DP=54;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353401,0.0055306;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.949,92.3284;QD=56.4851;RBI=0.0363223,0.0387752;REFB=0,0;REVB=-0.00838969,0.0383787;RO=0;SAF=1,26;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0400604,0.000645181;OID=.,.;OPOS=34522985,34522985;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:54:0:0:2,52:1,53:0.0185185,0.981481:1,26:1,26:0:0:1,26:0,27:0:0 chr15 34524995 . G T 264.4 PASS AF=0.382716;AO=30;DP=80;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0194399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.224;QD=13.0568;RBI=0.0202999;REFB=-0.0180574;REVB=-0.00584585;RO=49;SAF=15;SAR=15;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055226;STB=0.514755;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0300298;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:49:50:30:31:0.382716:15:15:22:27:16:15:23:27 chr15 34525035 . T C 198.94 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00656397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2746;QD=11.2081;RBI=0.00656877;REFB=0.0199191;REVB=-0.000251035;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207145;STB=0.620017;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0353214;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:15:10:27:19:15:10:27:19 chr15 34528948 . G A 118.84 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.013777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0006;QD=13.5822;RBI=0.0321376;REFB=-0.0248653;REVB=-0.0290348;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146058;STB=0.585244;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0619371;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:12:9:8:6:12:9 chr15 34551082 . G A 262.06 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=60;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0190585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.582;QD=17.1839;RBI=0.0261289;REFB=-0.0149992;REVB=-0.0178744;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339068;STB=0.527254;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0171927;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:32:28:29:0.47541:13:15:16:16:13:16:16:16 chr15 34635200 . C T 202.44 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0160555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3335;QD=13.9615;RBI=0.0178155;REFB=-0.0106407;REVB=0.00772113;RO=30;SAF=6;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272925;STB=0.646928;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0115326;OID=.;OPOS=34635200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:30:34:24:24:0.413793:18:6:15:15:18:6:16:18 chr15 34640218 . C T 870.44 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=68;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.028491;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.4506;QD=51.2024;RBI=0.0461706;REFB=-0.00723457;REVB=0.0363317;RO=4;SAF=38;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120924;STB=0.505702;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.000467137;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:68:4:4:63:64:0.941176:25:38:2:2:26:38:2:2 chr15 34640378 . T C,G 181.51 PASS AF=0.875,0.125;AO=13,2;DP=15;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0936128,-0.0354555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.5681,95.2326;QD=45.3771;RBI=0.093615,0.0401824;REFB=0,0;REVB=-0.000632709,-0.0189086;RO=0;SAF=3,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00396211,0.0840565;OID=.,.;OPOS=34640378,34640378;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:15:16:0:0:13,2:14,2:0.875,0.125:10,2:3,0:0:0:11,2:3,0:0:0 chr15 34649211 . C A 327.52 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000374589;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.26;QD=54.587;RBI=0.0352519;REFB=0;REVB=-0.0352499;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221457;OID=.;OPOS=34649211;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 34649247 . C G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0479204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4366;QD=48.7284;RBI=0.0515602;REFB=0;REVB=0.0190286;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101967;OID=.;OPOS=34649247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr15 34673722 . C T 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00422121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.48;QD=15.7844;RBI=0.0206064;REFB=0.00423104;REVB=0.0201694;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133846;STB=0.576818;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.00574426;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:12:5:6:8:12:5 chr15 35045057 . G A 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00758175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.793;QD=17.167;RBI=0.0110962;REFB=-0.00979514;REVB=0.00810199;RO=32;SAF=22;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301876;STB=0.670776;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00954375;OID=.;OPOS=35045057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:7:22:15:17:7:22:15:17 chr15 35045312 . T A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0170204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.284;QD=15.2589;RBI=0.0174412;REFB=-0.0172773;REVB=0.00380789;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.609426;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0173198;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:3:3:2:5:3:3 chr15 35080931 . T C 177.75 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0153128;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.004;QD=12.9274;RBI=0.0165097;REFB=-0.00863179;REVB=-0.00617153;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317844;STB=0.642006;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0102973;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:33:21:22:0.4:4:17:18:14:5:17:19:14 chr15 35082225 . C T 82.94 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0436064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1651;QD=9.75813;RBI=0.0458169;REFB=-0.0015311;REVB=-0.0140596;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750187;STB=0.545372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00119065;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:34:34:23:23:11:11:0.323529:5:6:11:12:5:6:11:12 chr15 35149008 . C T 857.74 PASS AF=0.844156;AO=64;DP=77;FAO=65;FDP=77;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00572507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.331;QD=44.5578;RBI=0.00612299;REFB=0.00964992;REVB=-0.0021713;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.550825;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00157077;OID=.;OPOS=35149008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:0:12:64:65:0.844156:33:31:0:0:33:32:2:10 chr15 35230934 . A ATAGT 146.74 PASS AF=0.625;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00505162;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=4;MLLD=195.384;QD=24.4566;RBI=0.00517023;REFB=-0.00973189;REVB=-0.00110112;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643851;STB=0.517218;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.00437937;OID=.;OPOS=35230935;OREF=-;OALT=TAGT;OMAPALT=ATAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:14:25:15:24:9:6:9:4:5:66:9:5:9:4:5 chr15 35256624 . C G 152.14 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00373031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.745;QD=13.2292;RBI=0.011685;REFB=-0.00303279;REVB=-0.0110735;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132624;STB=0.588131;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0061303;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:7:10:13:15:7:10:13:16 chr15 35270904 . AG A 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0206052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4503;QD=15.2503;RBI=0.0669199;REFB=-0.0497187;REVB=-0.0636687;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.642384;STBP=0.37;TYPE=del;VARB=0.00750531;OID=.;OPOS=35270905;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:7:13:7:13:6:1:6:2:4:38:6:1:6:2:4 chr15 35273620 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00409441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.549;QD=18.2487;RBI=0.0105944;REFB=0.000856223;REVB=-0.00977128;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000671837;OID=.;OPOS=35273620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:6:7:5:6:6:7:6:6 chr15 36946303 . C G 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.263;QD=63.4746;RBI=0.0580332;REFB=0;REVB=0.045156;RO=0;SAF=32;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26736e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21892e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:62:32:0:0:62:32:0:0 chr15 36983962 . T C 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0118807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.199;QD=17.4276;RBI=0.0185933;REFB=-0.0113146;REVB=-0.0143025;RO=23;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394278;STB=0.723745;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0146167;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:13:6:17:6:13:6:17:6 chr15 37173267 . G A 771.25 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2631;QD=56.091;RBI=0.0598356;REFB=0;REVB=0.00868489;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917449;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:26:27:0:0:28:27:0:0 chr15 37183609 . CT C 105.67 PASS AF=0.557895;AO=40;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.139085;FXX=0.0206164;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.69789;QD=4.44927;RBI=0.247559;REFB=-0.0493541;REVB=-0.204795;RO=34;SAF=15;SAR=25;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249363;STB=0.597548;STBP=0.038;TYPE=del;VARB=0.0548785;OID=.;OPOS=37183610;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557895:40:95:53:95:42:20:33:25:17:94:34:15:25:23:11 chr15 38233869 . T C 702.11 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.135;QD=62.4098;RBI=0.0394787;REFB=0;REVB=0.0270485;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76337e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr15 38614525 . G A 813.64 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.831;QD=57.0977;RBI=0.0274664;REFB=0;REVB=0.0230406;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113381;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:28:25:0:0:31:26:0:0 chr15 38643574 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.967;QD=59.4296;RBI=0.0522044;REFB=0;REVB=0.0257078;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032404;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr15 38791283 . C T 46.51 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.115721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2407;QD=11.6285;RBI=0.117162;REFB=0.0133916;REVB=-0.0183218;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.00911065;OID=.;OPOS=38791283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:16:9:9:6:7:0.4375:4:2:4:5:4:3:4:5 chr15 39545032 . T G 979.44 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.617;QD=58.4738;RBI=0.0478635;REFB=0;REVB=0.0208878;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119329;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr15 39545148 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0123366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.225;QD=14.7015;RBI=0.0188846;REFB=-0.0109454;REVB=0.0142982;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832381;STB=0.548308;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0177424;OID=.;OPOS=39545148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:10:5:5:7:10:5 chr15 39545268 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.565;QD=54.5156;RBI=0.0357767;REFB=0;REVB=0.0341525;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308938;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr15 39546324 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0375919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.144;QD=23.382;RBI=0.0412804;REFB=-0.0321018;REVB=-0.0170563;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289056;STB=0.660223;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0236322;OID=.;OPOS=39546324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:2:12:9:10:2:12 chr15 40099769 . T C 192.83 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0397454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4108;QD=14.8327;RBI=0.040924;REFB=0.0255088;REVB=0.00975103;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255592;STB=0.64542;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0328469;OID=.;OPOS=40099769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:10:20:9:13:10:20 chr15 40226414 . GGCCCCCG GCCCCG,GGCCCC,GGCCCCG 62.14 PASS AF=0,0,0.647059;AO=2,2,6;DP=19;FAO=0,0,11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,9;FSAR=0,0,2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0141476,-0.0798019,-0.0474481;FXX=0.0555247;HRUN=4,5,5;LEN=2,2,1;MLLD=16.4078,20.4397,13.3345;QD=14.6219;RBI=0.296509,0.153011,0.0588155;REFB=0.00315533,-0.0509274,-0.119803;REVB=-0.296172,-0.130553,-0.0347554;RO=6;SAF=0,2,6;SAR=2,0,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0.611111,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794076,0,0;STB=0.5,0.5,0.624814;STBP=1,1,0.337;TYPE=del,del,del;VARB=0,-0.14831,0.135106;OID=.,.,.;OPOS=40226415,40226420,40226416;OREF=GC,CG,C;OALT=-,-,-;OMAPALT=GCCCCG,GGCCCC,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.647059:2,2,6:19:0,0,11:17:6:0,0,9:0,0,2:6:0:30:6:0,2,6:2,0,0:6:0 chr15 40226495 . T C 1030.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00111479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.744;QD=58.032;RBI=0.00802349;REFB=0.0339505;REVB=0.00794566;RO=1;SAF=37;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126076;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.000571256;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:33:37:1:0:33:37:1:0 chr15 40259848 . A C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.205;QD=63.5798;RBI=0.051074;REFB=0;REVB=-0.00947543;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258642;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr15 40265799 . A G 399.78 PASS AF=0.966667;AO=30;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00953315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.968;QD=53.3042;RBI=0.0274089;REFB=-0.0100624;REVB=0.0256976;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000921802;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:30:29:0.966667:16:14:0:0:15:14:0:1 chr15 40309357 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0462003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.825;QD=18.2511;RBI=0.0562045;REFB=-0.00179882;REVB=-0.0320075;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598629;STB=0.5342;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000765076;OID=.;OPOS=40309357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:6:9:8:7:6:9:8:7 chr15 40327290 . A G 2387.91 PASS AF=0.97561;AO=159;DP=166;FAO=160;FDP=164;FR=.;FRO=4;FSAF=72;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0332873;FXX=0.0120475;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.468;QD=58.2416;RBI=0.0384335;REFB=-0.10738;REVB=0.0192116;RO=5;SAF=72;SAR=87;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148086;STB=0.504932;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.000183374;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:166:164:5:4:159:160:0.97561:87:72:1:4:88:72:1:3 chr15 40327301 . G A 2481.1 PASS AF=1;AO=160;DP=160;FAO=161;FDP=161;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136643;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.27;QD=61.6423;RBI=0.0310696;REFB=0;REVB=-0.0279036;RO=0;SAF=71;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363158;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:160:161:0:0:160:161:1:89:71:0:0:89:72:0:0 chr15 40328575 . G C 859.56 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.117;QD=56.3646;RBI=0.0515673;REFB=-0.0425655;REVB=0.0196331;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461117;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:36:24:0:1:37:24:0:0 chr15 40330564 . C T 280.84 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0707233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9874;QD=48.8413;RBI=0.0809282;REFB=-0.0376817;REVB=-0.0393394;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00522186;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:1:1:22:22:0.956522:16:6:0:1:16:6:0:1 chr15 40383347 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.556;QD=54.5177;RBI=0.044977;REFB=0;REVB=0.0352714;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014673;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr15 40383779 . A C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.010899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.62;QD=19.3688;RBI=0.0109886;REFB=0.0030373;REVB=0.00140002;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122361;STB=0.507028;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00227028;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:5:2:3:7:5:2 chr15 40544493 . A G 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0251274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.928;QD=16.5274;RBI=0.0251872;REFB=-0.0232981;REVB=-0.00173467;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716692;STB=0.517074;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0315595;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:29:25:25:0.462963:12:13:15:10:12:13:16:13 chr15 40544520 . G C 139.97 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0357336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1703;QD=15.996;RBI=0.0499839;REFB=-0.0299019;REVB=-0.0349499;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11279;STB=0.526283;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0337092;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:19:15:16:0.457143:10:5:8:10:10:6:8:11 chr15 40544617 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0817385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5521;QD=12.0151;RBI=0.0857481;REFB=0.00374331;REVB=-0.0259144;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.555365;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00116499;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:4:3:2:4:4:3 chr15 40558087 . G A 138.17 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0166845;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.201;QD=11.7589;RBI=0.0753479;REFB=-0.0173258;REVB=-0.0734774;RO=27;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232076;STB=0.594475;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0581138;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:27:31:16:16:0.340426:10:6:16:11:10:6:16:15 chr15 40568174 . AC A,GA 31.59 PASS AF=0.211538,0;AO=10,2;DP=52;FAO=11,0;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.101668,0.095553;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.2781,22.6842;QD=2.42972;RBI=0.133666,0.106277;REFB=-0.0412766,-0.0273637;REVB=0.0867764,0.0465245;RO=31;SAF=9,2;SAR=1,0;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.538936,0.445343;STB=0.721069,0.5;STBP=0.149,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0670327,0;OID=.,.;OPOS=40568175,40568174;OREF=C,AC;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:52:52:31:41:10,2:11,0:0.211538,0:1,0:9,2:16:15:2,0:9,0:24:17 chr15 40568685 . A T 244.22 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0106608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.419;QD=23.2586;RBI=0.0651368;REFB=-0.00817736;REVB=0.0642584;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274939;STB=0.653015;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0126675;OID=.;OPOS=40568685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:14:9:14:5:14:9:14:5 chr15 40573716 . A G 669.78 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7088;QD=62.3055;RBI=0.057262;REFB=0;REVB=-0.0570264;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000491515;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr15 40583876 . T G 175.71 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1664;QD=46.8568;RBI=0.105174;REFB=0;REVB=0.103959;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341257;OID=.;OPOS=40583876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr15 40590134 . G A 157.59 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0238305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.842;QD=18.0098;RBI=0.0510371;REFB=-0.001864;REVB=0.045132;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00189492;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:15:17:0.485714:6:9:9:9:8:9:9:9 chr15 40595474 . A C 331.44 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.00600999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.043;QD=18.6724;RBI=0.0125255;REFB=-0.0135199;REVB=-0.0109895;RO=36;SAF=15;SAR=20;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286548;STB=0.658738;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0159534;OID=.;OPOS=40595474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:20:15:27:9:20:15:27:9 chr15 40595565 . C T 316.93 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0621242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.672;QD=17.8552;RBI=0.0621242;REFB=-0.015311;REVB=-4.44145e-05;RO=37;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214963;STB=0.619605;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0126048;OID=.;OPOS=40595565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:18:16:26:11:18:16:26:11 chr15 40655845 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=51.1575;QD=39.2031;RBI=0.0899288;REFB=0;REVB=0.0360641;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838177;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr15 40655873 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.404;QD=40.7623;RBI=0.0748761;REFB=0;REVB=-0.0493637;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156055;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr15 40656141 . T C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0180548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.529;QD=28.2255;RBI=0.0255056;REFB=-0.0159305;REVB=-0.0180155;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164015;STB=0.590774;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00169037;OID=.;OPOS=40656141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:0:4:9:3:0:4 chr15 40662501 . G A 323.16 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0102961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.876;QD=25.3457;RBI=0.0299571;REFB=-0.0462808;REVB=0.0281321;RO=20;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503104;STB=0.527718;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0303643;OID=.;OPOS=40662501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:22:9:7:13:22:9:7:13 chr15 40710723 . G A 290.02 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0131516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9597;QD=16.5726;RBI=0.0242966;REFB=-0.0203739;REVB=0.0204294;RO=38;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422264;STB=0.523708;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.024935;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:14:18:23:15:14:18:23:15 chr15 40751555 . C A 112.33 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9059;QD=40.8455;RBI=0.0729466;REFB=0;REVB=-0.00365897;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00549941;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr15 40764549 . G A 383.68 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.00371705;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.559;QD=20.194;RBI=0.0140189;REFB=-0.0205676;REVB=-0.0135171;RO=35;SAF=22;SAR=17;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133461;STB=0.555992;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0184924;OID=.;OPOS=40764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:35:37:39:39:0.513158:17:22:25:10:17:22:25:12 chr15 40849408 . C T 785.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8256;QD=64.1124;RBI=0.0653072;REFB=0;REVB=-0.0256512;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470966;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr15 40856989 . C T 215.19 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0141576;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.281;QD=37.4242;RBI=0.0312863;REFB=0.0824478;REVB=0.0278998;RO=3;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161;STB=0.599895;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00106297;OID=.;OPOS=40856989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:23:3:4:18:19:0.826087:11:7:3:0:11:8:4:0 chr15 40920324 . A T 58.76 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0560266;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.0667;QD=11.7511;RBI=0.0603211;REFB=0.00219598;REVB=-0.0223528;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.749249;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0196409;OID=.;OPOS=40920324;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:20:8:12:8:8:0.4:7:1:4:4:7:1:5:7 chr15 41036407 . C CT,T 53.62 PASS AF=0.3,0;AO=5,2;DP=49;FAO=12,0;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=4,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0441373,-0.0838479;FXX=0.183636;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.9635,22.4638;QD=5.3619;RBI=0.21666,0.143524;REFB=-0.0400518,-0.0135655;REVB=-0.212117,-0.116485;RO=42;SAF=3,1;SAR=2,1;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.139132,0.0189872;STB=0.571306,0.5;STBP=0.54,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0052035,0;OID=.,.;OPOS=41036408,41036407;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:49:40:42:28:5,2:12,0:0.3,0:2,1:3,1:20:22:8,0:4,0:12:16 chr15 41036410 . G T 173.64 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00942987;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.285;QD=14.4705;RBI=0.0244248;REFB=-0.00770319;REVB=-0.0225311;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0384886;OID=.;OPOS=41036410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:15:14:10:9:15:14 chr15 41105926 . T G 306.1 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.14;QD=53.2343;RBI=0.0312844;REFB=0;REVB=0.0245728;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021135;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 41148199 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.469;QD=55.6534;RBI=0.0272349;REFB=0;REVB=-0.0180809;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41674e-05;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr15 41149161 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.177;QD=44.6898;RBI=0.0277537;REFB=0;REVB=0.0153968;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24025e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr15 41271718 . C T 1440.97 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.382;QD=62.6507;RBI=0.0204614;REFB=0;REVB=0.0137819;RO=1;SAF=36;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938213;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194219;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:1:0:86:92:1:50:36:0:1:53:39:0:0 chr15 41476209 . T C 382.59 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.742;QD=52.7714;RBI=0.0332226;REFB=-0.0666373;REVB=-0.00568548;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510197;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00128747;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:24:4:0:0:24:4:0:1 chr15 41773160 . TG GT,TGT 32.07 PASS AF=0,0.333333;AO=2,3;DP=24;FAO=0,8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,3;FSAR=0,5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.176409,-0.0982918;FXX=0;HRUN=4,7;LEN=2,1;MLLD=15.9001,11.1639;QD=5.34455;RBI=0.218129,0.0986668;REFB=-0.0181781,-0.00858726;REVB=0.128296,0.00859424;RO=16;SAF=2,1;SAR=0,2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.534299,-0.184637;STB=0.5,0.584891;STBP=1,0.591;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0304699,-0.00427665;OID=.,.;OPOS=41773160,41773162;OREF=TG,-;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:24:24:16:16:2,3:0,8:0,0.333333:0,2:2,1:8:8:0,5:0,3:8:8 chr15 41796800 . C T 186.43 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0273117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5626;QD=15.2186;RBI=0.107405;REFB=-0.0307049;REVB=-0.103874;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109514;STB=0.616618;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0567948;OID=.;OPOS=41796800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:25:29:20:20:0.408163:6:14:15:10:6:14:15:14 chr15 41805236 . C CT 57.72 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00677006;FXX=0.466356;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.387;QD=28.8602;RBI=0.0861326;REFB=-0.0163575;REVB=-0.0858662;RO=12;SAF=1;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391215;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00510836;OID=.;OPOS=41805237;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:15:8:8:0:8:0:0:0:6:12:1:1:10:2 chr15 41805237 . C T 130.84 PASS AF=0.8;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0161106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.839;QD=34.8913;RBI=0.107104;REFB=-0.0407893;REVB=0.105885;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.576783;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00240765;OID=.;OPOS=41805237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:11:12:0.8:1:10:0:1:2:10:1:1 chr15 41815516 . G C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.744;QD=58.0611;RBI=0.0378735;REFB=0;REVB=0.0353449;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011649;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr15 41820200 . C T 414.79 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0486953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1432;QD=41.479;RBI=0.0524886;REFB=-0.0832814;REVB=-0.0195913;RO=8;SAF=5;SAR=27;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40618;STB=0.722062;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00416734;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:40:40:8:8:32:32:0.8:27:5:8:0:27:5:8:0 chr15 41862356 . T C 31.84 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00325155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2429;QD=2.49699;RBI=0.0378849;REFB=-0.00760822;REVB=-0.0377451;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496529;STB=0.857786;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0257258;OID=.;OPOS=41862356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:51:44:45:6:6:0.117647:1:5:17:27:1:5:18:27 chr15 41862436 . A G 31.28 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.000602344;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.565;QD=2.36044;RBI=0.0263135;REFB=-0.00110972;REVB=-0.0263066;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619739;STB=0.547782;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0173074;OID=.;OPOS=41862436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:47:47:6:6:0.113208:4:2:18:29:4:2:18:29 chr15 41865525 . G T 165.19 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00830722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.08;QD=12.4668;RBI=0.0186795;REFB=-0.01146;REVB=-0.0167306;RO=32;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260301;STB=0.645006;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.010573;OID=.;OPOS=41865525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:15:5:15:17:15:5:15:18 chr15 41991315 . A T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6769;QD=55.655;RBI=0.0264463;REFB=0;REVB=-0.018766;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05621e-06;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr15 42026764 . C T 1244.38 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.453;QD=61.4507;RBI=0.0326571;REFB=0;REVB=0.0191545;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34901e-05;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:42:37:0:0:42:39:0:0 chr15 42032383 . C G 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0105654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.701;QD=13.7248;RBI=0.0111077;REFB=-0.0201268;REVB=-0.00342847;RO=44;SAF=14;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849193;STB=0.540368;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0254222;OID=.;OPOS=42032383;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:45:30:30:0.4:16:14:17:27:16:14:18:27 chr15 42041712 . G A 189.22 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.99;QD=47.3046;RBI=0.0707286;REFB=0;REVB=0.0131628;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541124;OID=.;OPOS=42041712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:12:4:0:0 chr15 42109223 . T C 135.03 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0421485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8882;QD=16.8791;RBI=0.0421534;REFB=0.000713087;REVB=0.000642551;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960359;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00070544;OID=.;OPOS=42109223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:8:9:7:8:8:9 chr15 42115747 . G C 245.96 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0344303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.252;QD=11.3086;RBI=0.0351056;REFB=-0.0159343;REVB=-0.00685266;RO=57;SAF=5;SAR=25;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305662;STB=0.68049;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0319406;OID=.;OPOS=42115747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:57:30:30:0.344828:25:5:21:36:25:5:21:36 chr15 42119900 . T C 142.11 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0268978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5638;QD=10.3349;RBI=0.0280628;REFB=0.00451129;REVB=-0.00800188;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911338;STB=0.553379;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0163155;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:9:10:16:20:9:10:16:20 chr15 42128568 . C G 192.93 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0797571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.0105;QD=23.3853;RBI=0.0800017;REFB=-0.0487367;REVB=0.00625187;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946752;STB=0.553134;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0265944;OID=.;OPOS=42128568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:6:8:13:6:6:8 chr15 42134097 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0130551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.99;QD=10.6675;RBI=0.02425;REFB=-0.0115358;REVB=0.0204359;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44565;STB=0.759576;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0122057;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:3:15:4:6:3:15 chr15 42135988 . C T 2339.68 PASS AF=0.986667;AO=148;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0311366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.647;QD=62.3916;RBI=0.0482506;REFB=-0.0741713;REVB=0.0368596;RO=0;SAF=58;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0385e-08;STB=0.501511;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000183872;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:0:2:148:148:0.986667:90:58:0:0:90:58:1:1 chr15 42138321 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.375;QD=37.4885;RBI=0.0176463;REFB=0;REVB=-0.00752724;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115404;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr15 42139642 . C T 245.62 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00127901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.062;QD=23.9633;RBI=0.00909994;REFB=-0.015104;REVB=0.00900961;RO=18;SAF=3;SAR=20;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059477;STB=0.533303;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0138632;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:20:3:3:15:20:3:3:15 chr15 42143533 . T G 118.32 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0144575;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.383;QD=11.2689;RBI=0.0579662;REFB=-0.0240746;REVB=-0.0561343;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163641;STB=0.59776;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0396771;OID=.;OPOS=42143533;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:14:14:9:5:14:14 chr15 42149472 . T C 1038.07 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=7.1057e-05;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.571;QD=58.4828;RBI=0.0200663;REFB=-0.105328;REVB=0.0200661;RO=1;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015007;STB=0.507934;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.000295071;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:71:1:1:70:70:0.985915:31:39:0:1:31:39:0:1 chr15 42149506 . G C 814.19 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000249928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.297;QD=56.1514;RBI=0.0109596;REFB=0;REVB=0.0109568;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21969e-05;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:30:28:0:0 chr15 42154738 . G A,C 1383.85 PASS AF=0.945055,0.0549451;AO=86,5;DP=91;FAO=86,5;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=58,5;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641091,-0.0203624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.9884,134.894;QD=60.8286;RBI=0.0738209,0.020923;REFB=0,0;REVB=0.0365998,0.00481086;RO=0;SAF=58,5;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00089599,0.245737;OID=.,.;OPOS=42154738,42154738;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:91:91:0:0:86,5:86,5:0.945055,0.0549451:28,0:58,5:0:0:28,0:58,5:0:0 chr15 42166500 . C T 1689.22 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100439;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.293;QD=60.3292;RBI=0.0541753;REFB=0;REVB=0.0532361;RO=0;SAF=65;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146971;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:111:112:1:46:65:0:0:47:65:0:0 chr15 42171537 . A G 2159.96 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.07;QD=63.0644;RBI=0.0547896;REFB=0;REVB=0.0379876;RO=0;SAF=85;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101706;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:50:85:0:0:51:86:0:0 chr15 42178155 . T C 1249.93 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0401641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6788;QD=60.2377;RBI=0.0436546;REFB=-0.0247009;REVB=0.0171046;RO=0;SAF=42;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000108724;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:0:1:82:82:0.987952:40:42:0:0:40:42:0:1 chr15 42287606 . T C 240.15 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00824288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.647;QD=16.562;RBI=0.025036;REFB=-0.0124966;REVB=-0.0236402;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938681;STB=0.552827;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0157891;OID=.;OPOS=42287606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:13:14:13:18:13:14:13:18 chr15 42297112 . GC G,GG 195.02 PASS AF=0.438596,0.0877193;AO=21,5;DP=55;FAO=25,5;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15,4;FSAR=10,1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0222748,0.0661769;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.1136,20.2562;QD=13.6858;RBI=0.035963,0.0664473;REFB=0.0253113,0.0288858;REVB=-0.0282342,0.00598855;RO=26;SAF=12,4;SAR=9,1;SRF=15;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00545082,0.292305;STB=0.52379,0.731386;STBP=0.749,0.352;TYPE=del,snp;VARB=0.00947673,-0.189225;OID=.,.;OPOS=42297113,42297113;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.438596,0.0877193:21,5:55:25,5:57:27:15,4:10,1:15:12:99:26:12,4:9,1:15:11 chr15 42371752 . A T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0243411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.368;QD=20.8979;RBI=0.107961;REFB=-0.00108757;REVB=-0.105181;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200046;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:2:6:2:1:2:6:3:1 chr15 42373810 . G C 561.98 PASS AF=0.5;AO=57;DP=107;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=46;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.0498598;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8821;QD=19.3788;RBI=0.0630721;REFB=-0.0419564;REVB=0.0386277;RO=50;SAF=11;SAR=46;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17519;STB=0.64221;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0517223;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:116:50:58:57:58:0.5:46:11:17:33:46:12:25:33 chr15 42377744 . C G 163.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00358509;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.062;QD=17.2404;RBI=0.0245784;REFB=-0.0355501;REVB=-0.0243155;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15372;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0531088;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:21:21:17:17:0.447368:7:10:9:12:7:10:9:12 chr15 42433802 . A G 1115.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.593;QD=60.3035;RBI=0.0218217;REFB=0;REVB=-0.00828902;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31665e-05;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chr15 42434837 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.955;QD=55.0986;RBI=0.0590578;REFB=0;REVB=0.0548035;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266457;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr15 42446362 . A G 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0671014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.602;QD=12.0245;RBI=0.0697651;REFB=-0.0310638;REVB=0.0190937;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328087;STB=0.693562;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0288045;OID=.;OPOS=42446362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:8:4:13:7:8:4:13:7 chr15 42446398 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.000119422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.797;QD=12.2129;RBI=0.00125433;REFB=-0.00279778;REVB=-0.00124863;RO=22;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156584;STB=0.591793;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00419437;OID=.;OPOS=42446398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:6:7:15:7:6:7:15:7 chr15 42448659 . C A 159.79 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0436228;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=74.9078;QD=11.0197;RBI=0.0632814;REFB=-0.00436587;REVB=-0.0458431;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147769;STB=0.562855;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00330338;OID=.;OPOS=42448659;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:37:20:21:0.362069:10:10:24:14:10:11:23:14 chr15 42458347 . T C 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0220932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.549;QD=22.5781;RBI=0.0399828;REFB=-0.0668257;REVB=-0.0333244;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0319192;OID=.;OPOS=42458347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr15 42459034 . T C 268.7 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00017876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.064;QD=22.3918;RBI=0.00524445;REFB=-0.0252344;REVB=0.0052414;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155059;STB=0.508664;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00754126;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:7:16:17:8:7:16 chr15 42483769 . C G 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0134272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.872;QD=7.95464;RBI=0.0159838;REFB=0.0024802;REVB=0.00867135;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113905;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00509289;OID=.;OPOS=42483769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:9:10:5:3:9:10 chr15 42491848 . A C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0117266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.784;QD=24.2464;RBI=0.0142921;REFB=-0.0330094;REVB=0.00817017;RO=20;SAF=14;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166505;STB=0.592519;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0228378;OID=.;OPOS=42491848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:11:14:7:13:11:14:7:13 chr15 42502896 . A T 311.28 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0149649;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.786;QD=18.8653;RBI=0.0164915;REFB=-0.0261339;REVB=-0.00692979;RO=33;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551535;STB=0.530708;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0245504;OID=.;OPOS=42502896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:33:33:33:33:0.5:18:15:13:20:18:15:13:20 chr15 42553219 . T A 96.02 PASS AF=0.421053;AO=4;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0430655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.342;QD=20.2138;RBI=0.0505618;REFB=-0.0114702;REVB=0.0264925;RO=9;SAF=2;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175958;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0187772;OID=.;OPOS=42553219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:19:19:9:7:4:8:0.421053:2:2:3:6:5:3:3:4 chr15 42565588 . C A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.053382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.494;QD=13.2122;RBI=0.0581215;REFB=-0.01416;REVB=0.0229883;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12178;STB=0.571326;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0220583;OID=.;OPOS=42565588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:10:12:6:8:10:12 chr15 42568547 . C G 86.67 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0203291;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.872;QD=11.5559;RBI=0.0292725;REFB=-0.00778793;REVB=-0.021062;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020408;STB=0.512173;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00907554;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:9:10:6:5:9:10 chr15 42570718 . A G 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0146286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.964;QD=14.0972;RBI=0.0150358;REFB=-0.0229102;REVB=-0.00347544;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121367;STB=0.599808;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0270882;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:8:3:5:8:8:3:6:8 chr15 42575963 . A G 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0013771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.802;QD=17.5409;RBI=0.0238049;REFB=0.00221709;REVB=0.023765;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158066;STB=0.590784;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00218113;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:8:8:10:5:8:8 chr15 42579948 . T C 93.79 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0165311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1053;QD=10.1395;RBI=0.0296957;REFB=0.00166979;REVB=0.0246689;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214241;STB=0.629409;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00420825;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:13:12:8:4:13:12 chr15 42640302 . T A 222.89 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0185477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8556;QD=16.5105;RBI=0.0432772;REFB=-0.0243087;REVB=-0.0391012;RO=29;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737094;STB=0.541633;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0342011;OID=.;OPOS=42640302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:14:11:15:14:14:11:15:14 chr15 42643529 . T C 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0351831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.12;QD=15.6435;RBI=0.0353333;REFB=-0.0023478;REVB=0.00325395;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236049;STB=0.529382;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00326746;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:29:20:20:0.408163:12:8:11:15:12:8:13:16 chr15 42696606 . G T 157.67 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.01046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.656;QD=18.5499;RBI=0.0288325;REFB=-0.00856885;REVB=0.0268683;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.587528;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00618722;OID=.;OPOS=42696606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:17:17:15:17:0.5:6:9:6:11:8:9:6:11 chr15 42706022 . A T 140.12 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00188274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.056;QD=10.3794;RBI=0.00465232;REFB=-0.00867456;REVB=0.00425434;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217267;STB=0.627394;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0250804;OID=.;OPOS=42706022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:8:10:13:23:8:10:13:23 chr15 42706287 . T C 207.53 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0161567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5673;QD=17.6619;RBI=0.0290271;REFB=-0.0425127;REVB=-0.0241151;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21122;STB=0.648564;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0475952;OID=.;OPOS=42706287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:20:21:0.446809:8:12:10:16:8:13:9:17 chr15 42742464 . A G 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0169175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.872;QD=22.6321;RBI=0.0333281;REFB=-0.0125849;REVB=0.0287152;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109699;STB=0.561949;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00971366;OID=.;OPOS=42742464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:5:3:7:6:5:3 chr15 42834962 . C T 232.25 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00435927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.17;QD=23.8208;RBI=0.00543355;REFB=-0.0331209;REVB=0.0032435;RO=17;SAF=21;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.591566;STB=0.84378;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0256393;OID=.;OPOS=42834962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:1:21:10:7:1:21:10:7 chr15 43574784 . G A 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0108357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.882;QD=15.1002;RBI=0.0225421;REFB=-0.0112024;REVB=-0.019767;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254187;STB=0.514448;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0164942;OID=.;OPOS=43574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:13:11:15:16:13:11:15:16 chr15 43991225 . C T 397.36 PASS AF=0.382114;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=123;FR=.;FRO=76;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00236347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.408;QD=12.9223;RBI=0.0219391;REFB=-0.004076;REVB=-0.0218114;RO=75;SAF=16;SAR=31;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214016;STB=0.618182;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00960495;OID=.;OPOS=43991225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:75:76:47:47:0.382114:31:16:40:35:31:16:40:36 chr15 44038899 . C T 1183.02 PASS AF=0.952381;AO=81;DP=85;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0293769;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.098;QD=56.3345;RBI=0.0304404;REFB=-0.0743535;REVB=0.0079759;RO=3;SAF=42;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100282;STB=0.500595;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00152947;OID=.;OPOS=44038899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:84:3:4:81:80:0.952381:39:42:2:1:39:41:2:2 chr15 44061802 . C T 785.73 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6781;QD=64.1409;RBI=0.047123;REFB=0;REVB=0.0172787;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174223;OID=.;OPOS=44061802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr15 44120559 . T G 538.0 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0726465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.123;QD=58.1625;RBI=0.077345;REFB=0;REVB=0.0265468;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564865;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:29:37:1:13:16:0:0:19:18:0:0 chr15 44120560 . C G 42.12 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0138823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0085;QD=4.55404;RBI=0.0453561;REFB=-0.0600473;REVB=-0.0431794;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515481;STB=0.849375;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.109852;OID=.;OPOS=44120560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:6:1:17:13:6:1:17:13 chr15 44829408 . G T 433.88 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.145077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4488;QD=25.1522;RBI=0.145382;REFB=-0.0334837;REVB=0.00941672;RO=27;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0039877;STB=0.506326;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0317308;OID=.;OPOS=44829408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:41:42:0.608696:23:18:12:15:24:18:12:15 chr15 44966389 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.525;QD=43.4861;RBI=0.0235564;REFB=0;REVB=-0.00718334;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483583;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr15 45047402 . A G 160.3 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0132053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6678;QD=18.3201;RBI=0.0370531;REFB=-0.00830888;REVB=0.0346201;RO=18;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790844;STB=0.519976;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00767354;OID=.;OPOS=45047402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:16:17:0.485714:11:5:7:11:11:6:7:11 chr15 45047573 . C T 147.24 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.116234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.656;QD=17.3228;RBI=0.116407;REFB=-0.0103224;REVB=-0.00635025;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.512696;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00603081;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:18:16:16:0.470588:11:5:4:12:11:5:6:12 chr15 45048651 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00871411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.991;QD=22.831;RBI=0.0148376;REFB=-0.0108255;REVB=-0.0120092;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234872;STB=0.631413;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00822877;OID=.;OPOS=45048651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:7:8:2:8:7:8:2:8 chr15 45361180 . A T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0264958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.675;QD=3.54004;RBI=0.031695;REFB=-0.00877093;REVB=-0.0173938;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200694;STB=0.642375;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0498981;OID=.;OPOS=45361180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:30:32:6:6:0.157895:2:4:15:15:2:4:16:16 chr15 45392075 . G A 755.02 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0922732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2238;QD=54.9108;RBI=0.103691;REFB=-0.124157;REVB=0.0473025;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00289431;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:55:0:1:53:54:0.981818:27:26:0:0:28:26:0:1 chr15 45400358 . C G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409014;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.994;QD=58.1421;RBI=0.021152;REFB=0;REVB=0.0207528;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78567e-05;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr15 45404066 . G A 1043.61 PASS AF=0.96;AO=71;DP=74;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.029657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.881;QD=55.6591;RBI=0.0298317;REFB=-0.0305443;REVB=0.00322426;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248734;STB=0.518982;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000177365;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:75:2:3:71:72:0.96:34:37:2:0:34:38:3:0 chr15 45408414 . C G 274.41 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3615;QD=52.2677;RBI=0.231557;REFB=0;REVB=0.229632;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0064287;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:14:21:1:5:9:0:0:12:9:0:0 chr15 45408933 . T C 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.854;QD=58.581;RBI=0.0548122;REFB=0;REVB=0.0277083;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124873;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 45444518 . A G 410.95 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.947;QD=56.683;RBI=0.0444675;REFB=0;REVB=-0.00787326;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275926;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr15 45446156 . C T 557.77 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2475;QD=58.7127;RBI=0.0602667;REFB=0;REVB=0.0596103;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127385;OID=.;OPOS=45446156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:23:15:0:0 chr15 45457519 . T G 1531.28 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0670966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5133;QD=57.2439;RBI=0.0701753;REFB=-0.100953;REVB=0.0205577;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.511903;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00313763;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:104:105:0.981308:64:40:1:0:64:41:2:0 chr15 45467540 . C G 339.7 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.638;QD=54.3524;RBI=0.0652033;REFB=0;REVB=0.0177121;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149198;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:14:11:0:0 chr15 45545477 . C CT 190.58 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278742;FXX=0.214209;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.9416;QD=34.6505;RBI=0.144209;REFB=0;REVB=-0.141489;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161224;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0157399;OID=.;OPOS=45545478;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:22:22:0:5:17:0:0:3:25:1:2:8:17 chr15 45545478 . C T 355.57 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0135264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.363;QD=50.7964;RBI=0.0190031;REFB=-0.0972601;REVB=0.0133475;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00120389;OID=.;OPOS=45545478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:25:26:0.928571:18:7:0:0:18:8:1:0 chr15 45554267 . C A 1065.27 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.095;QD=59.1819;RBI=0.0517871;REFB=0;REVB=0.0274725;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177926;OID=.;OPOS=45554267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:43:27:0:0:45:27:0:0 chr15 45654327 . A G 1208.54 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00909714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4593;QD=57.5496;RBI=0.0379212;REFB=0.0297725;REVB=0.0368138;RO=3;SAF=45;SAR=36;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151746;STB=0.508019;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.00176293;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:84:84:3:3:81:81:0.964286:36:45:1:2:36:45:1:2 chr15 45661678 . T A 1249.41 PASS AF=1;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144072;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.731;QD=61.6993;RBI=0.0374309;REFB=0;REVB=0.0345472;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17623e-05;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr15 45694768 . G T 237.05 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.077;QD=49.9048;RBI=0.0645588;REFB=0;REVB=0.0471748;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000980163;OID=.;OPOS=45694768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr15 45695612 . C T 1785.86 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00812613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.741;QD=61.0552;RBI=0.0439095;REFB=0;REVB=0.043151;RO=0;SAF=73;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26857e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22369e-05;OID=.;OPOS=45695612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:44:73:0:0:44:73:0:0 chr15 45695695 . G A 1485.99 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0539218;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1126;QD=61.2779;RBI=0.0722276;REFB=-0.103943;REVB=0.0480549;RO=2;SAF=55;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00345913;STB=0.501668;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00319626;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:94:95:0.979381:39:55:1:1:40:55:1:1 chr15 45779810 . G A 128.19 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0404734;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.65;QD=13.1474;RBI=0.0426627;REFB=-0.0146258;REVB=-0.0134911;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26973;STB=0.606996;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0145442;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:24:14:15:0.384615:9:5:12:7:10:5:12:12 chr15 45968435 . T C 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0148519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.553;QD=7.46506;RBI=0.0188542;REFB=-0.0244789;REVB=0.0116147;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.523944;STB=0.834432;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0472117;OID=.;OPOS=45968435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:7:10:1:6:7:10 chr15 48053229 . C A 94.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0112181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1062;QD=11.0788;RBI=0.0123349;REFB=-0.0251623;REVB=-0.00512882;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599784;STB=0.535656;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0442344;OID=.;OPOS=48053229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:8:14:7:5:8:14 chr15 48058071 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.256;QD=57.6803;RBI=0.106141;REFB=0;REVB=-0.101779;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112697;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:6:25:0:0:6:25:0:0 chr15 48063076 . T C 1590.03 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.877;QD=60.0013;RBI=0.03225;REFB=0;REVB=0.0242149;RO=0;SAF=60;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27457e-05;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:46:60:0:0:46:60:0:0 chr15 48426484 . A G 178.87 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467248;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.58;QD=47.6979;RBI=0.0471365;REFB=0;REVB=0.0062166;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487103;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr15 48443699 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7166;QD=59.8379;RBI=0.0718814;REFB=0;REVB=-0.0658887;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656878;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr15 48460927 . C T 1079.8 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.084;QD=59.989;RBI=0.0552411;REFB=0;REVB=-0.0421959;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260776;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:39:31:0:0:39:33:0:0 chr15 48539587 . T C 622.94 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191221;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.711;QD=62.2942;RBI=0.0517247;REFB=0;REVB=0.0480603;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633321;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr15 48580713 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.341;QD=54.5176;RBI=0.0144634;REFB=0;REVB=-0.00397147;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52082e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:19:6:0:0 chr15 48701029 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00663859;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.241;QD=18.8866;RBI=0.0187936;REFB=-0.00410094;REVB=-0.017582;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260045;STB=0.646763;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00261481;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:0:5:6:2:0:5 chr15 48702457 . C A 109.85 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.000608153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.374;QD=7.3235;RBI=0.0196652;REFB=-0.00570798;REVB=0.0196558;RO=44;SAF=4;SAR=12;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269841;STB=0.666444;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0190981;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:12:4:20:24:12:4:20:24 chr15 48712918 . GCCCT GCC,GCCT 102.9 PASS AF=0,0.406977;AO=12,32;DP=90;FAO=0,35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=0,7;FSAR=0,28;FSRF=43;FSRR=8;FWDB=-0.0180759,-0.129267;FXX=0.0337041;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=107.033,12.5469;QD=4.78606;RBI=0.0180759,0.129345;REFB=-0.0192299,-0.182499;REVB=4.79837e-05,0.00447519;RO=41;SAF=7,8;SAR=5,24;SRF=36;SRR=5;SSEN=0.346804,0.346804;SSEP=0,0;SSSB=-0.430194,-0.575342;STB=0.5,0.847281;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.151768;OID=.,.;OPOS=48712921,48712919;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.406977:12,32:90:0,35:86:51:0,7:0,28:43:8:99:41:7,8:5,24:36:5 chr15 48720652 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0231208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.368;QD=14.2309;RBI=0.0233715;REFB=-0.00630539;REVB=-0.00341363;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202558;STB=0.615296;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00820207;OID=.;OPOS=48720652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:16:10:21:15:16:10:21:15 chr15 48722884 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0111706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.246;QD=16.4805;RBI=0.0253591;REFB=-0.027931;REVB=-0.0227662;RO=25;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114392;STB=0.565686;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0249652;OID=.;OPOS=48722884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:7:12:13:12:7:12:13:12 chr15 48797307 . A G 320.78 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0188828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.159;QD=21.3854;RBI=0.0234665;REFB=-0.00453928;REVB=-0.0139326;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07739;STB=0.542831;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00341205;OID=.;OPOS=48797307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:19:14:14:13:19:14:14:13 chr15 48807637 . C T 1012.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457626;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2515;QD=59.5564;RBI=0.0475152;REFB=0;REVB=0.0127856;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000774523;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr15 49030822 . C G 59.33 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0680322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5455;QD=15.8224;RBI=0.0918651;REFB=-0.0016479;REVB=-0.0617318;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280299;STB=0.666221;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00212718;OID=.;OPOS=49030822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:3:4:2:6:3:4 chr15 49054772 . C A 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00939359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.697;QD=19.3853;RBI=0.0101072;REFB=-0.0171175;REVB=-0.00373039;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668974;STB=0.537859;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0121169;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:10:11:9:11:10:11 chr15 49090175 . G A 172.6 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0127267;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.821;QD=17.7023;RBI=0.0198558;REFB=-0.0316437;REVB=0.0152409;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791737;STB=0.52827;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0359194;OID=.;OPOS=49090175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:21:18:18:0.461538:6:12:13:9:6:12:13:8 chr15 49118087 . C T 147.33 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00058385;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7999;QD=17.8582;RBI=0.0119235;REFB=-0.0479655;REVB=0.0119092;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.577262;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0404199;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:17:15:16:0.484848:7:8:6:10:7:9:7:10 chr15 49168841 . G A 1462.39 PASS AF=0.496644;AO=146;DP=293;FAO=148;FDP=298;FR=.;FRO=150;FSAF=93;FSAR=55;FSRF=85;FSRR=65;FWDB=0.0504013;FXX=0.0229501;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5222;QD=19.6293;RBI=0.0508915;REFB=-0.0226425;REVB=0.00704619;RO=147;SAF=92;SAR=54;SRF=85;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501539;STB=0.532692;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0177554;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:293:298:147:150:146:148:0.496644:54:92:85:62:55:93:85:65 chr15 49288160 . A G 734.32 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6385;QD=61.193;RBI=0.0940235;REFB=-0.143398;REVB=0.0910529;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00446917;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:27:20:0:0:27:20:0:1 chr15 49325289 . A C 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00580366;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.934;QD=15.5754;RBI=0.00660285;REFB=-0.00527582;REVB=0.00314884;RO=31;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145834;STB=0.582667;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00669413;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:15:10:17:14:15:10:17:14 chr15 49491143 . G A 238.0 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0342293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.972;QD=20.2555;RBI=0.0345528;REFB=-0.0209757;REVB=-0.00471723;RO=24;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057389;STB=0.532319;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0200392;OID=.;OPOS=49491143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:11:12:11:13:11:12:11:13 chr15 49716845 . T C 63.31 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0116791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.23;QD=8.73209;RBI=0.0137543;REFB=-0.00601123;REVB=0.00726491;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530842;STB=0.848687;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0265823;OID=.;OPOS=49716845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:20:20:8:9:0.310345:7:1:11:9:8:1:11:9 chr15 50151140 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00155675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.119;QD=11.8304;RBI=0.00525074;REFB=-0.00498848;REVB=0.00501466;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693191;STB=0.540912;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00963796;OID=.;OPOS=50151140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:4:14:8:3:4:14 chr15 50152583 . G T 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.717;QD=57.7122;RBI=0.0164149;REFB=0;REVB=0.00215971;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95467e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr15 50226313 . G T 592.4 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.158799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0946;QD=60.7588;RBI=0.166024;REFB=0;REVB=0.0484449;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00182396;OID=.;OPOS=50226313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:19:20:0:0 chr15 50279662 . T C 401.99 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6153;QD=53.5983;RBI=0.0560237;REFB=-0.121801;REVB=-0.0202295;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546874;STB=0.529391;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00360972;OID=.;OPOS=50279662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:1:0:21:8:1:0 chr15 50311135 . C A 223.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0753207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9292;QD=49.5739;RBI=0.07595;REFB=0;REVB=-0.00975693;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143898;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:4:14:0:0 chr15 50311148 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.786;QD=48.626;RBI=0.025273;REFB=0.0150787;REVB=0.0120318;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00110724;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:1:0:6:16:1:0 chr15 50474766 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.384;QD=45.8068;RBI=0.0479193;REFB=0;REVB=0.0418023;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633018;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr15 50555544 . G A 301.06 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0221319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.822;QD=23.1581;RBI=0.0239614;REFB=-0.0251981;REVB=0.00918286;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929269;STB=0.543757;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0213077;OID=.;OPOS=50555544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:22:29:30:0.576923:19:10:5:16:19:11:6:16 chr15 50773755 . G A 1004.27 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.795;QD=59.0747;RBI=0.025154;REFB=0;REVB=0.0238936;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01552e-05;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr15 50773787 . A G 250.95 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0143963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.15;QD=17.3067;RBI=0.0156493;REFB=-0.0106147;REVB=0.0061357;RO=30;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174112;STB=0.571378;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0126117;OID=.;OPOS=50773787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:30:26:28:0.482759:16:10:17:13:16:12:17:13 chr15 50789423 . G A 152.63 PASS AF=0.5;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00386638;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.333;QD=19.0783;RBI=0.0471429;REFB=-0.0298697;REVB=0.0469841;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316095;STB=0.653657;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0155121;OID=.;OPOS=50789423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:15:16:0.5:5:10:5:11:6:10:5:11 chr15 50867082 . G A 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.025325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1981;QD=24.1892;RBI=0.0258001;REFB=-0.0120998;REVB=0.00492838;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298628;STB=0.666419;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00856528;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:0:6:6:6:0:6 chr15 50878630 . G A 193.19 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0111727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8682;QD=16.4421;RBI=0.0122598;REFB=0.00776999;REVB=-0.00504719;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.478665;STB=0.772932;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0217935;OID=.;OPOS=50878630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:5:15:7:20:5:15:7:20 chr15 50981098 . T C 94.81 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.01735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.701;QD=11.1538;RBI=0.0566013;REFB=-0.0174685;REVB=-0.0538766;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0372887;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:21:22:12:12:0.352941:5:7:10:11:5:7:10:12 chr15 51217361 . T C 632.43 PASS AF=0.558559;AO=58;DP=107;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.018085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.878;QD=22.7904;RBI=0.0181342;REFB=-0.00390883;REVB=0.001336;RO=49;SAF=20;SAR=38;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127708;STB=0.571007;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00217316;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:49:49:58:62:0.558559:38:20:24:25:41:21:24:25 chr15 51502844 . A C 1378.58 PASS AF=0.978261;AO=87;DP=89;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7695;QD=59.9384;RBI=0.155178;REFB=-0.200227;REVB=0.152959;RO=2;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230993;STB=0.511361;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00711046;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:92:2:2:87:90:0.978261:40:47:0:2:43:47:0:2 chr15 51502986 . G A 390.83 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.0189018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.5;QD=13.3618;RBI=0.0220065;REFB=-0.0119489;REVB=0.0112698;RO=70;SAF=24;SAR=22;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383977;STB=0.525992;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0225792;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:70:71:46:46:0.393162:22:24:34:36:22:24:34:37 chr15 51503881 . T A 137.8 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0125013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.716;QD=19.0073;RBI=0.021625;REFB=-0.0361304;REVB=-0.0176454;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224755;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0402238;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:5:9:10:5:5:9 chr15 51503897 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0733641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.163;QD=14.0966;RBI=0.0760517;REFB=-0.000887378;REVB=-0.0200394;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950076;STB=0.555457;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.000912655;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:5:9:6:5:5:9 chr15 51507968 . G A 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00343902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.259;QD=18.5764;RBI=0.00696267;REFB=-0.0291829;REVB=0.00605408;RO=31;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115327;STB=0.564274;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0171556;OID=.;OPOS=51507968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:16:15:19:12:16:15:19:12 chr15 51529112 . T C 318.35 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0208541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8425;QD=18.1917;RBI=0.0444062;REFB=-0.0382262;REVB=0.0392048;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271198;STB=0.515143;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0277461;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:18:18:16:18:18:18 chr15 51669625 . A C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00782622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.196;QD=13.5774;RBI=0.0488371;REFB=-0.0312683;REVB=-0.0482059;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328157;STB=0.692012;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.040177;OID=.;OPOS=51669625;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:7:12:4:9:7:12 chr15 51675625 . C T 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00790529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.303;QD=12.0831;RBI=0.00793226;REFB=0.00627529;REVB=-0.000653577;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137136;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00891293;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:35:21:21:0.375:9:12:19:15:9:12:20:15 chr15 51783820 . T C 331.23 PASS AF=0.420455;AO=34;DP=85;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0328742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6816;QD=15.0559;RBI=0.0334066;REFB=-0.0381208;REVB=0.00593999;RO=48;SAF=6;SAR=28;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27598;STB=0.604556;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0442792;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:48:51:34:37:0.420455:28:6:18:30:28:9:20:31 chr15 51791559 . A G 135.71 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0629701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9877;QD=27.1415;RBI=0.0934433;REFB=-0.03768;REVB=-0.0690393;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810806;STB=0.545388;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0174005;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:5:9:3:3:5:9:3:3 chr15 51795172 . G A 195.32 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0232461;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.699;QD=15.3188;RBI=0.0289644;REFB=0.0115434;REVB=0.0172786;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.655594;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.0129184;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:28:29:22:22:0.431373:15:7:17:11:15:7:17:12 chr15 51914662 . G A 715.97 PASS AF=0.429268;AO=81;DP=195;FAO=88;FDP=205;FR=.;FRO=117;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=72;FSRR=45;FWDB=0.0569724;FXX=0.00966137;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.8253;QD=13.9701;RBI=0.0586578;REFB=-0.0293829;REVB=-0.0139598;RO=112;SAF=58;SAR=23;SRF=73;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786109;STB=0.542338;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0497856;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:205:112:117:81:88:0.429268:23:58:73:39:28:60:72:45 chr15 51914716 . T C 659.42 PASS AF=0.447205;AO=65;DP=155;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=0.0449578;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.523;QD=16.3831;RBI=0.0474093;REFB=-0.024499;REVB=-0.015048;RO=88;SAF=24;SAR=41;SRF=32;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0061826;STB=0.546949;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0288889;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:161:88:89:65:72:0.447205:41:24:32:56:41:31:31:58 chr15 52524869 . G A 136.18 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0458603;FXX=0.0499875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.766;QD=14.3351;RBI=0.0474302;REFB=0.0109679;REVB=-0.0121017;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112654;STB=0.565947;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0259074;OID=.;OPOS=52524869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:10:13:10:5:10:13 chr15 52531941 . A G 305.87 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=91;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00643721;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.622;QD=13.594;RBI=0.0134007;REFB=-0.00821896;REVB=0.0117533;RO=51;SAF=22;SAR=12;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170387;STB=0.583396;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0143129;OID=.;OPOS=52531941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:51:55:34:35:0.388889:12:22:25:26:12:23:29:26 chr15 52539673 . C T 834.28 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2899;QD=57.5366;RBI=0.0759374;REFB=0;REVB=0.0691421;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425941;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr15 52556429 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.183;QD=63.5818;RBI=0.0238327;REFB=0;REVB=-0.0198696;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.00148e-05;OID=.;OPOS=52556429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr15 52570093 . G A 207.62 PASS AF=0.857143;AO=16;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00876949;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.694;QD=39.547;RBI=0.0107691;REFB=0.00824124;REVB=0.00625064;RO=3;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693073;STB=0.509793;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.000662153;OID=.;OPOS=52570093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:22:21:3:3:16:18:0.857143:5:11:2:1:5:13:2:1 chr15 52604136 . A ATTGTCAT,ATTTGTCATT 158.84 PASS AF=0,1;AO=2,9;DP=16;FAO=0,14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743513,0.00986758;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=7,9;MLLD=207.245,234.137;QD=45.3829;RBI=0.00960545,0.0123171;REFB=0,0;REVB=0.00608141,0.00737175;RO=2;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727176,-0.219794;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00108679;OID=.,.;OPOS=52604137,52604137;OREF=-,-;OALT=TTGTCAT,TTTGTCATT;OMAPALT=ATTGTCAT,ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,9:16:0,14:14:0:0,3:0,11:0:0:4:2:0,3:2,6:2:0 chr15 52611451 . A G 434.36 PASS AF=0.356164;AO=50;DP=146;FAO=52;FDP=146;FR=.;FRO=94;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.0127682;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.059;QD=11.9003;RBI=0.0212316;REFB=-0.0170573;REVB=-0.0169633;RO=92;SAF=26;SAR=24;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108479;STB=0.560114;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0239705;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:92:94:50:52:0.356164:24:26:39:53:25:27:40:54 chr15 52652174 . T C 322.87 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.000542503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6802;QD=19.276;RBI=0.00212732;REFB=-0.0192152;REVB=-0.00205698;RO=33;SAF=23;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256211;STB=0.642836;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0247649;OID=.;OPOS=52652174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:11:23:13:20:11:23:13:20 chr15 52667552 . G A 407.95 PASS AF=0.451613;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00120062;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.323;QD=17.5461;RBI=0.00167538;REFB=-0.0158202;REVB=-0.0011685;RO=51;SAF=24;SAR=17;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208366;STB=0.607852;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.013907;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:93:51:51:41:42:0.451613:17:24:19:32:18:24:19:32 chr15 52676392 . A G 643.51 PASS AF=0.461538;AO=49;DP=145;FAO=66;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0086788;FXX=0.0205465;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.711;QD=18.0002;RBI=0.0735791;REFB=-0.0522045;REVB=0.0730655;RO=54;SAF=28;SAR=21;SRF=39;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149309;STB=0.56011;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0597042;OID=.;OPOS=52676392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:143:54:77:49:66:0.461538:21:28:39:15:39:27:40:37 chr15 52689526 . T C 590.8 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3576;QD=56.2664;RBI=0.0211521;REFB=-0.20487;REVB=-0.000557443;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208425;STB=0.521728;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0037679;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:1:2:40:40:0.952381:22:18:0:1:22:18:0:2 chr15 52689631 . T G 105.85 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.151666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0867;QD=11.4435;RBI=0.157364;REFB=-0.0329306;REVB=-0.0419649;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385393;STB=0.549279;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0417788;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:24:13:13:0.351351:8:5:8:11:8:5:11:13 chr15 52901283 . TT CC 401.53 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258426;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=85.4899;QD=55.3833;RBI=0.0460531;REFB=0;REVB=0.0381188;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000669952;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr15 53907948 . G A 116.82 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00581304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3183;QD=17.9726;RBI=0.0249085;REFB=0.0235294;REVB=-0.0242206;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.606586;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0281662;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:12:13:14:0.538462:8:5:7:6:9:5:7:5 chr15 53994493 . A G 253.41 PASS AF=0.519231;AO=24;DP=49;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0519441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.078;QD=19.4933;RBI=0.0524542;REFB=-0.0534509;REVB=-0.00729762;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235357;STB=0.611734;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0384852;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:25:25:24:27:0.519231:10:14:8:17:12:15:8:17 chr15 54003091 . G A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0349115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0847;QD=18.9985;RBI=0.0440605;REFB=-0.010385;REVB=0.0268795;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131229;STB=0.561969;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0102071;OID=.;OPOS=54003091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:17:17:17:0.5:6:11:8:8:6:11:9:8 chr15 54008795 . T C 771.4 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034485;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2926;QD=57.141;RBI=0.062252;REFB=0;REVB=0.0621564;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759983;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr15 54008845 . T C 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.685;QD=57.1033;RBI=0.0393646;REFB=0;REVB=0.0049369;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204165;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr15 54008889 . GA G 80.3 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.029479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8734;QD=8.68058;RBI=0.0382768;REFB=0.0207578;REVB=-0.0244152;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404072;STB=0.745931;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=-0.0285352;OID=.;OPOS=54008890;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.378378:13:37:14:37:23:4:10:16:7:80:23:4:9:16:7 chr15 54306925 . G A 746.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5536;QD=63.56;RBI=0.045655;REFB=0;REVB=-0.0102582;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481629;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr15 54307378 . T A 38.43 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0291022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.564;QD=11.8257;RBI=0.0295723;REFB=-0.05937;REVB=-0.00525197;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0462068;OID=.;OPOS=54307378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr15 54529770 . C T 297.41 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.063549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.8;QD=13.3665;RBI=0.0645258;REFB=-0.00313949;REVB=0.0111848;RO=54;SAF=17;SAR=17;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0997128;STB=0.561762;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00468295;OID=.;OPOS=54529770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:55:34:34:0.382022:17:17:32:22:17:17:33:22 chr15 54919047 . A G 282.89 PASS AF=0.568627;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0215555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.426;QD=22.1872;RBI=0.0393588;REFB=0.00155966;REVB=0.0329314;RO=22;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189408;STB=0.609407;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000442105;OID=.;OPOS=54919047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:28:29:0.568627:10:18:9:13:10:19:9:13 chr15 55619796 . T C 195.7 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00211695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.095;QD=17.7911;RBI=0.00510541;REFB=-0.00725231;REVB=0.00464583;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108155;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0107217;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:9:11:10:13:9:11:11:13 chr15 55632859 . G T 803.61 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.6582;QD=55.4213;RBI=0.0317889;REFB=-0.159513;REVB=-0.0255348;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00266325;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:57:57:0.982759:21:36:0:1:21:36:0:1 chr15 55653031 . A G 40.26 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.000220824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3847;QD=14.6407;RBI=0.0355873;REFB=0.0264501;REVB=-0.0355866;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0291326;OID=.;OPOS=55653031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr15 55664073 . T C 183.14 PASS AF=0.4;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00210493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.158;QD=13.3194;RBI=0.022373;REFB=-0.00242533;REVB=0.0222738;RO=32;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287945;STB=0.657527;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00290256;OID=.;OPOS=55664073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:33:22:22:0.4:7:15:13:19:7:15:14:19 chr15 55664220 . G A 210.47 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00647831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6897;QD=13.1544;RBI=0.00780322;REFB=-0.0200058;REVB=0.00434992;RO=38;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763066;STB=0.553915;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0445604;OID=.;OPOS=55664220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:38:25:26:0.40625:12:13:17:21:12:14:17:21 chr15 55700981 . C A 403.09 PASS AF=0.434343;AO=42;DP=98;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00141111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1304;QD=16.2864;RBI=0.00749389;REFB=-0.0194988;REVB=-0.00735984;RO=55;SAF=19;SAR=23;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573569;STB=0.509661;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.022785;OID=.;OPOS=55700981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:55:56:42:43:0.434343:23:19:28:27:23:20:27:29 chr15 55722882 . C A 88.77 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0344901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0391;QD=14.7955;RBI=0.0499123;REFB=-0.0403808;REVB=-0.0360787;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140078;STB=0.581253;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0483815;OID=.;OPOS=55722882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:6:5:4:9:6:5:4:9 chr15 55970041 . A G 214.97 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00871299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2727;QD=20.9723;RBI=0.0267286;REFB=-0.00350217;REVB=-0.0252686;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169149;STB=0.583843;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00191868;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:8:13:8:11:8:13:9:11 chr15 55972797 . T C 366.11 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0197775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.927;QD=16.2716;RBI=0.0206664;REFB=-0.00642973;REVB=-0.00599615;RO=51;SAF=20;SAR=19;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141078;STB=0.579177;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0067539;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:51:39:39:0.433333:19:20:19:32:19:20:19:32 chr15 56120962 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.309;QD=50.4133;RBI=0.0439269;REFB=0;REVB=0.0313864;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026086;OID=.;OPOS=56120962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr15 56139153 . T C 424.8 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00289791;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.781;QD=56.6401;RBI=0.0957226;REFB=0;REVB=0.0956787;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141061;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:10:19:0:0:11:19:0:0 chr15 56207811 . T G 304.02 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0155938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.001;QD=45.0398;RBI=0.0273582;REFB=-0.199209;REVB=0.022479;RO=2;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264025;STB=0.511173;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00536393;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:27:2:2:24:25:0.925926:16:8:1:1:16:9:1:1 chr15 56208535 . G A 562.55 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00850031;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.712;QD=60.8157;RBI=0.0344526;REFB=0;REVB=-0.0333875;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013872;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:24:13:0:0 chr15 56258659 . A T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.29;QD=63.5817;RBI=0.0560007;REFB=0;REVB=0.00216722;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239401;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr15 56285695 . C T 251.09 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0130259;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.366;QD=19.6934;RBI=0.014601;REFB=-0.031384;REVB=0.00659648;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753359;STB=0.530465;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0194845;OID=.;OPOS=56285695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:12:14:15:9:12:14:15:10 chr15 56322148 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.249;QD=35.5754;RBI=0.0863734;REFB=0;REVB=-0.0786484;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241623;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr15 56386577 . T G 958.69 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0171258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.151;QD=57.235;RBI=0.0171899;REFB=-0.100606;REVB=0.00148301;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-5.44185e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:65:66:0.985075:33:32:0:0:34:32:1:0 chr15 56387142 . G A 293.47 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=37;FWDB=0.00305369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.555;QD=14.8591;RBI=0.010384;REFB=-0.024024;REVB=0.00992482;RO=45;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109981;STB=0.578548;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0316885;OID=.;OPOS=56387142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:32:33:0.417722:23:9:9:36:23:10:9:37 chr15 56387859 . T C 184.87 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.00789148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.721;QD=12.3247;RBI=0.0128764;REFB=-0.0161184;REVB=-0.0101748;RO=36;SAF=5;SAR=18;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880378;STB=0.545413;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0249497;OID=.;OPOS=56387859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:18:5:10:26:18:5:10:27 chr15 56387931 . C T 545.13 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.023984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.678;QD=57.3818;RBI=0.0309298;REFB=-0.0688252;REVB=-0.01953;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0120707;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:1:0:21:16:1:0 chr15 56388033 . T C 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0107437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0949;QD=14.1958;RBI=0.0163189;REFB=0.00786582;REVB=-0.0122832;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625781;STB=0.535684;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.0102734;OID=.;OPOS=56388033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:13:10:12:20:13:10:12:20 chr15 56471449 . T G 144.63 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0257154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.911;QD=13.7743;RBI=0.045913;REFB=-0.0173258;REVB=0.0380359;RO=23;SAF=12;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300881;STB=0.664523;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0260475;OID=.;OPOS=56471449;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:23:25:16:17:0.404762:4:12:11:12:5:12:11:14 chr15 56721264 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.097614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4924;QD=43.4842;RBI=0.0991261;REFB=0;REVB=0.0172479;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314748;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr15 56923714 . G A 523.85 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00438506;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.907;QD=59.869;RBI=0.0235736;REFB=0;REVB=0.0231622;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83742e-05;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr15 56946980 . T G 225.12 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0171372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.455;QD=16.9903;RBI=0.0719459;REFB=-0.0276554;REVB=0.0698752;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385818;STB=0.531889;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0530776;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:14:11:13:14:14:11:14:14 chr15 56959028 . C T 125.36 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.0387615;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.168;QD=7.71431;RBI=0.0388104;REFB=-0.00937783;REVB=-0.00194836;RO=46;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261861;STB=0.659344;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0198425;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:46:47:18:18:0.276923:10:8:11:35:10:8:11:36 chr15 56968865 . C T 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0010929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.209;QD=19.1554;RBI=0.0508382;REFB=-0.0411463;REVB=-0.0508264;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119823;STB=0.567623;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.053163;OID=.;OPOS=56968865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:15:8:10:11:15:8 chr15 57213283 . A G 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00371811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.965;QD=6.0159;RBI=0.00806923;REFB=-0.00611471;REVB=0.00716157;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135998;STB=0.587985;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.021723;OID=.;OPOS=57213283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:12:10:4:3:12:10 chr15 57731335 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.268;QD=51.9163;RBI=0.082975;REFB=0;REVB=0.0797729;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120568;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr15 57731728 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.453;QD=59.0168;RBI=0.0146201;REFB=0;REVB=0.0136459;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13964e-05;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr15 57835903 . T G 84.69 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0148454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8058;QD=10.5867;RBI=0.0181024;REFB=0.0214031;REVB=0.0103592;RO=20;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416209;STB=0.544827;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0385965;OID=.;OPOS=57835903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:11:11:0.34375:4:7:12:8:4:7:12:9 chr15 57839587 . A G 283.01 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00288178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.19;QD=14.895;RBI=0.00812688;REFB=-0.0340003;REVB=-0.00759878;RO=44;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269077;STB=0.515245;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0378527;OID=.;OPOS=57839587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:19:13:19:25:19:13:19:25 chr15 57842667 . A G 241.56 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00244407;FXX=0.0151492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.271;QD=14.8653;RBI=0.00362283;REFB=-0.00923582;REVB=0.00267422;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132846;STB=0.569782;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0135695;OID=.;OPOS=57842667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:32:37:28:28:0.430769:11:17:15:17:11:17:18:19 chr15 57918069 . A G 270.79 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0236496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.479;QD=16.9244;RBI=0.0291228;REFB=-0.00596725;REVB=-0.0169952;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157531;STB=0.588615;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00537258;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:19:11:18:16:19:11:18:16 chr15 57918090 . A G 734.11 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3203;QD=61.1759;RBI=0.0185253;REFB=0.0031469;REVB=0.00390601;RO=1;SAF=23;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200087;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=1.0042e-05;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:24:23:1:0:24:23:1:0 chr15 57925836 . C T 225.56 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0555192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5571;QD=27.3411;RBI=0.0598113;REFB=-0.0478652;REVB=-0.0222489;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430355;STB=0.538868;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0241775;OID=.;OPOS=57925836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:33:11:12:21:21:0.636364:10:11:5:6:10:11:5:7 chr15 57967219 . T C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00616094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.38;QD=57.7124;RBI=0.0107627;REFB=0;REVB=0.00882486;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61621e-06;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr15 58444720 . A T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.979;QD=60.031;RBI=0.0225662;REFB=0;REVB=0.0224614;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66736e-05;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:27:45:0:0:27:45:0:0 chr15 58471368 . C T 1023.04 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.049;QD=59.3066;RBI=0.0147315;REFB=0;REVB=0.014541;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64465e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:46:21:0:0:47:22:0:0 chr15 58476281 . A G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8572;QD=60.607;RBI=0.0129705;REFB=0;REVB=0.0120667;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115791;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr15 58476292 . T C 143.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0015463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.267;QD=15.1567;RBI=0.00439834;REFB=-0.0071153;REVB=0.00411756;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138257;STB=0.580538;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00967709;OID=.;OPOS=58476292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:14:8:4:12:14:8 chr15 58837957 . A G 1199.43 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8083;QD=60.7307;RBI=0.0291544;REFB=0;REVB=0.0263212;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037034;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:75:79:1:37:38:0:0:39:40:0:0 chr15 58838010 . A G 364.78 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00332794;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.644;QD=18.0137;RBI=0.0102173;REFB=-0.0133407;REVB=0.00966008;RO=41;SAF=18;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324054;STB=0.504561;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0289861;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:41:43:38:38:0.469136:20:18:18:23:20:18:20:23 chr15 58853079 . C A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.905;QD=55.0985;RBI=0.0588129;REFB=0;REVB=0.056438;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278037;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr15 58853109 . A G 343.82 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0234624;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.663;QD=49.1165;RBI=0.0428208;REFB=-0.0792057;REVB=0.0358209;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541634;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00155926;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:0:2:26:26:0.928571:11:15:0:0:11:15:0:2 chr15 58983318 . G C 428.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1647;QD=57.1815;RBI=0.0157894;REFB=0;REVB=-0.00631527;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101506;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 58983425 . G C 402.45 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.173;QD=55.5099;RBI=0.0380759;REFB=0;REVB=-0.0129409;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610503;OID=.;OPOS=58983425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr15 58983588 . T A 599.23 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147692;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.605;QD=61.4592;RBI=0.0301236;REFB=0;REVB=-0.0262546;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886774;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr15 58985164 . T G 513.93 PASS AF=1;AO=23;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.4909;QD=54.098;RBI=0.241934;REFB=0;REVB=0.234807;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00747055;OID=.;OPOS=58985164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:23:38:1:8:15:0:0:23:15:0:0 chr15 59147037 . A T 308.33 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0454236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.995;QD=49.3332;RBI=0.0513119;REFB=-0.0810229;REVB=0.0238664;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00285047;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:14:9:1:0:14:10:1:0 chr15 59147413 . T A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.099;QD=57.6793;RBI=0.0121631;REFB=0;REVB=0.0118412;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83654e-05;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr15 59499179 . G A 889.87 PASS AF=0.984127;AO=63;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.178;QD=56.4997;RBI=0.0880255;REFB=-0.131672;REVB=0.0408279;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.510635;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00143298;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:63:62:0.984127:39:24:0:0:39:23:1:0 chr15 59499228 . C T 1084.31 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.815;QD=58.6113;RBI=0.0415774;REFB=0.00220965;REVB=0.0123265;RO=1;SAF=34;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013709;STB=0.507244;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=4.70394e-05;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:39:34:1:0:39:34:1:0 chr15 59499274 . C A 894.31 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0179242;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.311;QD=55.0346;RBI=0.038514;REFB=0.0577938;REVB=0.0340888;RO=2;SAF=34;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269675;STB=0.514281;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000396115;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:29:34:2:0:29:34:2:0 chr15 59500116 . T C 512.59 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000452688;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7195;QD=56.9547;RBI=0.0629946;REFB=-0.158882;REVB=0.062993;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00273233;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:16:18:0:1:17:18:0:1 chr15 59510189 . G A 449.33 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0178447;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.054;QD=21.145;RBI=0.0218507;REFB=-0.0164551;REVB=0.0126103;RO=39;SAF=11;SAR=33;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187756;STB=0.620631;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0166807;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:41:44:44:0.517647:33:11:17:22:33:11:19:22 chr15 59682428 . G A 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0107508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.173;QD=10.6444;RBI=0.027613;REFB=-0.0263191;REVB=-0.0254342;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238057;STB=0.637804;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0370529;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:10:10:11:27:10:10:11:27 chr15 59682486 . G GT 119.75 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.106609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.7468;QD=9.03761;RBI=0.110621;REFB=-0.0272439;REVB=-0.0295186;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116166;STB=0.621267;STBP=0.191;TYPE=ins;VARB=0.0311275;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433962:22:57:23:53:30:8:15:5:25:99:35:7:15:8:27 chr15 59682493 . C T 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0235081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.386;QD=21.9989;RBI=0.03339;REFB=-0.0119149;REVB=-0.0237121;RO=23;SAF=5;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16106;STB=0.590096;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0127891;OID=.;OPOS=59682493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:24:5:7:16:24:5:7:16 chr15 59784493 . C T 993.25 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0172258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.721;QD=55.9578;RBI=0.0172811;REFB=-0.0472008;REVB=0.00138096;RO=2;SAF=36;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255333;STB=0.513154;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=9.73002e-05;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:71:2:2:68:69:0.971831:32:36:2:0:32:37:2:0 chr15 59911421 . A T 178.74 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0168438;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.221;QD=14.2993;RBI=0.0168776;REFB=-0.0371281;REVB=-0.0010676;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394347;STB=0.734455;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0525034;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:5:14:11:19:5:15:11:19 chr15 59911892 . G T 314.31 PASS AF=0.465753;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00629296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.789;QD=17.2224;RBI=0.00686357;REFB=-0.0225747;REVB=0.00273993;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215081;STB=0.630501;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0202681;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:39:33:34:0.465753:16:17:11:27:16:18:11:28 chr15 59911970 . A C 628.89 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=105;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.01132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.158;QD=23.7315;RBI=0.0213884;REFB=-0.0149369;REVB=-0.0181472;RO=43;SAF=26;SAR=35;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830396;STB=0.536428;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.00751216;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:43:45:61:61:0.575472:35:26:23:20:35:26:23:22 chr15 59912253 . A C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0193016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8518;QD=17.3208;RBI=0.0289287;REFB=0.0183451;REVB=0.021548;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243795;STB=0.636649;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0104784;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:16:2:5:11:16:2 chr15 59912625 . G A 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.081;QD=42.1791;RBI=0.03781;REFB=0;REVB=0.0368859;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509715;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr15 59931372 . GAAAGT G 78.84 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00536545;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=5;MLLD=229.909;QD=6.85571;RBI=0.0114071;REFB=-0.0159071;REVB=0.0100664;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0.363008;SSEP=0;SSSB=-0.382624;STB=0.733022;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0267159;OID=.;OPOS=59931373;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.326087:15:45:15:46:31:4:11:19:12:78:20:4:11:13:7 chr15 59963488 . A G 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0113478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.986;QD=7.83708;RBI=0.0130493;REFB=-0.00569801;REVB=0.00644298;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.723385;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0254027;OID=.;OPOS=59963488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:6:10:6:1:6:10 chr15 60678298 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0371722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.277;QD=42.1826;RBI=0.0371767;REFB=0;REVB=-0.000582085;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70021e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr15 60690089 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.469;QD=40.7621;RBI=0.0492025;REFB=0;REVB=0.0468289;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183058;OID=.;OPOS=60690089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr15 60715800 . T G 269.51 PASS AF=0.96;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00637776;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=42.4733;QD=43.121;RBI=0.0663938;REFB=-0.114494;REVB=0.0660868;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116515;STB=0.518503;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00768562;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:25:2:1:21:24:0.96:12:9:1:1:13:11:0:1 chr15 60724117 . C CG 63.94 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178096;FXX=0.49975;HRUN=0;LEN=1;MLLD=139.297;QD=25.574;RBI=0.0347448;REFB=0;REVB=-0.0298332;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540081;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0053223;OID=.;OPOS=60724118;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:20:10:10:0:9:1:0:0:4:17:2:0:8:9 chr15 60724118 . C A,G 244.61 PASS AF=0.15,0.85;AO=3,17;DP=20;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00677033,-0.00386799;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=115.625,144.655;QD=48.9227;RBI=0.0126489,0.00390271;REFB=0,0;REVB=-0.0106845,0.000519431;RO=0;SAF=3,8;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.14916,0.000228352;OID=.,.;OPOS=60724118,60724118;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:20:20:0:0:3,17:3,17:0.15,0.85:0,9:3,8:0:0:0,9:3,8:0:0 chr15 60734697 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.596;QD=51.1821;RBI=0.0370081;REFB=0;REVB=0.0276308;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295462;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr15 60789798 . G T 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.191;QD=60.5922;RBI=0.0341562;REFB=0;REVB=-0.0139237;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118174;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr15 62202482 . C T 1469.86 PASS AF=0.535581;AO=141;DP=265;FAO=143;FDP=267;FR=.;FRO=124;FSAF=58;FSAR=85;FSRF=62;FSRR=62;FWDB=-0.00327792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.026;QD=22.0204;RBI=0.00644788;REFB=0.00189597;REVB=-0.00555252;RO=117;SAF=58;SAR=83;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786409;STB=0.544691;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00150394;OID=.;OPOS=62202482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:267:117:124:141:143:0.535581:83:58:59:58:85:58:62:62 chr15 62259637 . C T 62.97 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0769098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3812;QD=8.39639;RBI=0.0789739;REFB=-0.0287291;REVB=0.0179377;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10924;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0631214;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:20:21:9:9:0.3:5:4:7:13:5:4:8:13 chr15 62539781 . A G 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0259579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.769;QD=5.37736;RBI=0.0417259;REFB=-0.0103625;REVB=-0.0326686;RO=25;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28345;STB=0.687524;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0237968;OID=.;OPOS=62539781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:5:2:13:12:5:2:13:12 chr15 62990971 . C T 626.42 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6476;QD=59.6591;RBI=0.0810335;REFB=0;REVB=-0.056527;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010942;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:25:16:0:1:26:16:0:0 chr15 63009804 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.366;QD=53.9322;RBI=0.0362941;REFB=-0.0323891;REVB=0.0143042;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00142401;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:17:12:0:1:18:12:0:1 chr15 63040604 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000427455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.858;QD=19.9285;RBI=0.0251118;REFB=-0.0170351;REVB=0.0251082;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174365;STB=0.599828;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0139461;OID=.;OPOS=63040604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:4:5:4:8:4:5 chr15 63047778 . C T 959.16 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568266;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6794;QD=59.0255;RBI=0.0804369;REFB=0;REVB=0.0569283;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128805;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr15 63341073 . C A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0116925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.199;QD=57.8251;RBI=0.0237839;REFB=0.0320697;REVB=0.0207113;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-5.90655e-05;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr15 63351840 . C A 182.74 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00291079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8497;QD=42.998;RBI=0.0840714;REFB=-0.102317;REVB=-0.084021;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00433672;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr15 63433766 . G A 811.62 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3838;QD=56.9556;RBI=0.0659817;REFB=0;REVB=0.0119779;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954667;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:54:57:1:26:28:0:0:28:29:0:0 chr15 64215375 . G C 804.75 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00769202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5504;QD=64.3796;RBI=0.0198731;REFB=0;REVB=0.0183241;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211182;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr15 64385851 . T C 419.21 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4875;QD=54.0914;RBI=0.112343;REFB=0;REVB=0.0990854;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123207;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:27:31:1:9:18:0:0:13:18:0:0 chr15 64418397 . G A 204.79 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6486;QD=48.1847;RBI=0.0500219;REFB=0;REVB=-0.023319;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00211044;OID=.;OPOS=64418397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:12:3:0:0:13:4:0:0 chr15 64430607 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=2;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.295;QD=39.206;RBI=0.110887;REFB=0;REVB=-0.00849152;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171941;OID=.;OPOS=64430607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:2:9:1:1:1:0:0:5:4:0:0 chr15 64634884 . C A 384.2 PASS AF=0.966667;AO=25;DP=27;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.188;QD=51.227;RBI=0.0133632;REFB=-0.143192;REVB=-0.000563088;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00415754;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:30:1:1:25:29:0.966667:13:12:0:1:15:14:0:1 chr15 64737225 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.68;QD=50.4134;RBI=0.00784497;REFB=0;REVB=-0.000542467;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.602e-05;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr15 64792896 . G A 867.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.077;QD=57.8071;RBI=0.0155651;REFB=0;REVB=-0.00777059;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76434e-06;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:28:32:0:0 chr15 64793617 . A G 618.32 PASS AF=1;AO=39;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7733;QD=57.5177;RBI=0.0241149;REFB=0;REVB=0.00823564;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227641;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:39:43:1:21:18:0:0:25:18:0:0 chr15 64915106 . C T 781.95 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3269;QD=56.8692;RBI=0.027496;REFB=0;REVB=0.0136151;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439096;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr15 64980973 . C A 102.23 PASS AF=0.288889;AO=11;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.026469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.16;QD=9.08698;RBI=0.0264732;REFB=-0.00565091;REVB=-0.000471804;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300389;STB=0.726906;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0247386;OID=.;OPOS=64980973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:33:32:11:13:0.288889:8:3:17:16:10:3:17:15 chr15 65032108 . ATTTTG ATTTG,ATTTTGT 36.34 PASS AF=0.0555556,0.333333;AO=2,5;DP=18;FAO=1,6;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4;FSAR=1,2;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00195459,-0.0270555;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=15.0869,24.1409;QD=8.07503;RBI=0.0395531,0.0776129;REFB=-0.00807082,-0.0293399;REVB=-0.0395047,0.0727445;RO=10;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.33927,0;STB=0.995012,0.6187;STBP=0.137,0.573;TYPE=del,ins;VARB=0.110572,0.0661326;OID=.,.;OPOS=65032109,65032114;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=ATTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.333333:2,5:18:1,6:18:11:0,4:1,2:9:2:32:10:1,4:1,1:8:2 chr15 65041622 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0869;QD=45.8058;RBI=0.14536;REFB=0;REVB=0.140227;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439322;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr15 65108479 . T C 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0632514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5106;QD=20.1563;RBI=0.0683974;REFB=0.0211981;REVB=0.0260281;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220472;STB=0.624844;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0211463;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:6:10:5:9:6:10:5:9 chr15 65108504 . A T 139.75 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0160016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.482;QD=15.9712;RBI=0.0190745;REFB=-0.0385358;REVB=0.010382;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295851;STB=0.674869;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0391673;OID=.;OPOS=65108504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:19:14:16:0.457143:9:5:12:6:11:5:12:7 chr15 65153690 . G A 255.87 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.027515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.866;QD=18.2762;RBI=0.0338632;REFB=-0.02506;REVB=0.0197393;RO=28;SAF=9;SAR=16;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776015;STB=0.520757;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0267282;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:28:28:25:28:0.5:16:9:8:20:19:9:8:20 chr15 65157482 . C T 56.77 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0442003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.167;QD=11.9508;RBI=0.0507327;REFB=-0.00747453;REVB=-0.0249026;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409206;STB=0.740214;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0111429;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:9:2:5:3:9:2 chr15 65159797 . T G 40.2 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0609408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.893;QD=14.6171;RBI=0.0609443;REFB=0.00858539;REVB=-0.000657017;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.624573;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0209189;OID=.;OPOS=65159797;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:3:2:4:2:3:2 chr15 65347405 . G A 465.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6018;QD=58.1279;RBI=0.0478375;REFB=0;REVB=0.0426639;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689993;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr15 65370353 . T C 1121.82 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776372;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0539;QD=60.6387;RBI=0.0837359;REFB=0;REVB=0.0313712;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784967;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:41:33:0:0 chr15 65449169 . C T 798.18 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.245;QD=63.8542;RBI=0.0207662;REFB=0;REVB=0.0155077;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245265;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:18:30:0:0:18:32:0:0 chr15 65489128 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.634;QD=54.5177;RBI=0.0776173;REFB=0;REVB=0.051443;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049037;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr15 65489688 . T C 785.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.718;QD=64.1313;RBI=0.068934;REFB=0;REVB=-0.06819;RO=0;SAF=38;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000133734;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:11:38:0:0:11:38:0:0 chr15 65490864 . A T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000658419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.49;QD=6.92902;RBI=0.00610827;REFB=-0.0073782;REVB=-0.00607268;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323033;STB=0.71347;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.023651;OID=.;OPOS=65490864;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:9:6:1:5:9:6 chr15 65490901 . T C 445.85 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.649;QD=52.4526;RBI=0.042935;REFB=-0.036532;REVB=-0.041549;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582581;STB=0.53123;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00118191;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:15:17:0:2:15:17:0:2 chr15 65619427 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.083;QD=33.4285;RBI=0.0112264;REFB=0;REVB=0.0112264;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69536e-05;OID=.;OPOS=65619427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr15 65620155 . A AT 126.22 PASS AF=1;AO=3;DP=18;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.277624;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.4191;QD=38.8355;RBI=0.0406121;REFB=0;REVB=0.0406121;RO=15;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00764733;OID=.;OPOS=65620156;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:18:13:13:0:0:13:0:0:3:15:0:3:0:15 chr15 65620156 . C T 166.06 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.645;QD=39.0722;RBI=0.0522991;REFB=-0.106324;REVB=0.0522991;RO=2;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185945;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:17:2:2:15:15:0.882353:15:0:0:2:15:0:0:2 chr15 65621441 . C A 287.32 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.332;QD=52.2405;RBI=0.152099;REFB=0;REVB=0.149068;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142863;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:5:15:0:0:7:15:0:0 chr15 65621857 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2089;QD=61.3287;RBI=0.0827724;REFB=0;REVB=0.0657346;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109983;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr15 65667724 . A G 128.79 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0322738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.415;QD=12.5648;RBI=0.0337535;REFB=-0.0125814;REVB=-0.00988429;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474041;STB=0.527832;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0334401;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:8:7:11:15:8:7:11:15 chr15 65684533 . A G 94.27 PASS AF=0.611111;AO=8;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.136697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0466;QD=20.9483;RBI=0.139509;REFB=-0.0203046;REVB=-0.027868;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.526832;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0225858;OID=.;OPOS=65684533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:6:7:8:11:0.611111:4:4:4:2:4:7:4:3 chr15 65689267 . T C 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00012709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.377;QD=22.3941;RBI=0.00825009;REFB=-0.0215049;REVB=-0.00824912;RO=22;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548052;STB=0.540733;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0264788;OID=.;OPOS=65689267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:22:23:25:25:0.520833:13:12:12:10:13:12:13:10 chr15 65868861 . C T 141.75 PASS AF=0.241379;AO=21;DP=87;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0411065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4058;QD=6.51727;RBI=0.0556946;REFB=0.00166422;REVB=0.0375784;RO=66;SAF=16;SAR=5;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241897;STB=0.650417;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0051373;OID=.;OPOS=65868861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:66:66:21:21:0.241379:5:16:39:27:5:16:39:27 chr15 65916527 . A T 389.91 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00142438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.766;QD=21.6614;RBI=0.0123526;REFB=-0.0258647;REVB=-0.0122702;RO=33;SAF=23;SAR=16;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669525;STB=0.536894;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0258366;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:16:23:22:11:16:23:22:11 chr15 65994733 . C T 209.97 PASS AF=0.393939;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00135875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.569;QD=12.7253;RBI=0.0472806;REFB=-0.00684584;REVB=-0.0472611;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172569;STB=0.568393;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0106861;OID=.;OPOS=65994733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:38:40:25:26:0.393939:14:11:23:15:14:12:23:17 chr15 66011630 . A G 193.47 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0168597;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.109;QD=13.5766;RBI=0.0170425;REFB=-0.0256925;REVB=-0.00248968;RO=34;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579333;STB=0.533304;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0378133;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:16:7:12:22:16:7:12:22 chr15 66023799 . G T 37.73 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0465269;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3612;QD=6.56242;RBI=0.0481037;REFB=0.00613357;REVB=-0.0122154;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267262;STB=0.533225;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0267947;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:23:16:17:6:6:0.26087:2:4:11:5:2:4:12:5 chr15 66257408 . T C 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.327;QD=61.3236;RBI=0.0912384;REFB=0;REVB=0.087354;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134905;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr15 66274690 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6244;QD=49.5981;RBI=0.0577412;REFB=0;REVB=0.0113449;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000926175;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr15 66411441 . C T 376.62 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.000796326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.317;QD=16.3749;RBI=0.0123386;REFB=-0.0141008;REVB=0.0123128;RO=51;SAF=24;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13041;STB=0.578908;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.02088;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:16:24:24:27:16:24:24:28 chr15 66612965 . T C 151.0 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0309866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.86;QD=11.185;RBI=0.0310102;REFB=-0.00343317;REVB=0.00121091;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905506;STB=0.559335;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00713108;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:12:7:10:24:12:7:10:25 chr15 66618342 . A G 163.51 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00674867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.743;QD=13.3475;RBI=0.00733034;REFB=-0.010287;REVB=0.00286171;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146771;STB=0.585491;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0163207;OID=.;OPOS=66618342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:13:18:8:10:13:18 chr15 66640619 . C A 393.06 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.694;QD=56.1508;RBI=0.00543698;REFB=0;REVB=0.00216082;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39102e-05;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr15 66644521 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.904;QD=53.276;RBI=0.0852956;REFB=0;REVB=0.085122;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599147;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr15 66821250 . A G 202.5 PASS AF=0.442308;AO=21;DP=50;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.03521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.179;QD=15.5765;RBI=0.0353706;REFB=-0.0286445;REVB=0.00336673;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283682;STB=0.516764;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0339698;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:29:21:23:0.442308:11:10:13:16:12:11:13:16 chr15 66850075 . T TG 48.42 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.223189;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.0186;QD=6.67825;RBI=0.229153;REFB=-0.0167075;REVB=-0.0519402;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361526;STB=0.845346;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.0262892;OID=.;OPOS=66850076;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:10:30:10:29:19:9:1:9:10:48:18:8:2:9:9 chr15 67009391 . T G 82.02 PASS AF=0.194444;AO=15;DP=70;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0210641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.815;QD=4.55656;RBI=0.0284611;REFB=-0.00892189;REVB=-0.01914;RO=52;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708734;STB=0.584947;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0330878;OID=.;OPOS=67009391;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:70:72:52:58:15:14:0.194444:9:6:18:34:8:6:19:39 chr15 67009393 . C T 74.54 PASS AF=0.183099;AO=14;DP=70;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0257931;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3146;QD=4.19968;RBI=0.0872674;REFB=0.00100927;REVB=-0.0833685;RO=55;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159464;STB=0.534831;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0321416;OID=.;OPOS=67009393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:70:71:55:58:14:13:0.183099:9:5:19:36:8:5:20:38 chr15 67234251 . A G 585.32 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0392549;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.977;QD=57.1041;RBI=0.0462219;REFB=0.00876945;REVB=0.0244032;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028395;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000250283;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:39:40:0.97561:23:16:1:0:23:17:1:0 chr15 67457335 . A G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00665463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.494;QD=19.9045;RBI=0.0100032;REFB=-0.0167341;REVB=0.00746866;RO=27;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110502;STB=0.561363;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0102406;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:15:15:10:17:15:15:10:17 chr15 67486775 . T C 60.65 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00557786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0131;QD=11.5514;RBI=0.0760949;REFB=-0.0269317;REVB=0.0758902;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0397258;OID=.;OPOS=67486775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:21:21:12:12:8:9:0.428571:6:2:5:7:7:2:5:7 chr15 67486847 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00371955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.468;QD=22.5854;RBI=0.0112989;REFB=-0.0151727;REVB=-0.0106692;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.012399;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr15 67494304 . T G 145.57 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0188468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.512;QD=16.1743;RBI=0.0233514;REFB=-0.00539614;REVB=0.0137871;RO=19;SAF=1;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482401;STB=0.810287;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00378707;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:15:1:6:13:15:1:7:13 chr15 67528374 . T G 239.04 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0358861;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8759;QD=20.7859;RBI=0.0444473;REFB=-0.00199325;REVB=0.0262249;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120448;STB=0.567458;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00284672;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:23:23:23:0.5:10:13:16:7:10:13:16:7 chr15 67574440 . C G 62.6 PASS AF=0.243902;AO=9;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00527699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.027;QD=6.1071;RBI=0.0256576;REFB=-0.00874326;REVB=-0.0251091;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.463664;STB=0.82275;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0319499;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:41:41:31:31:9:10:0.243902:8:1:13:18:9:1:13:18 chr15 67692502 . T C 1381.42 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.137;QD=61.3964;RBI=0.041987;REFB=0.0376834;REVB=-0.0392652;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108942;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000741519;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:43:46:0:1:43:46:0:1 chr15 67768151 . G C 1320.04 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.01;QD=62.1195;RBI=0.0575775;REFB=0;REVB=0.0447615;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131739;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr15 67951150 . G T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.019291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.818;QD=9.11044;RBI=0.0471832;REFB=-0.0143806;REVB=-0.0430594;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0442779;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:9:7:5:3:9:7 chr15 68117300 . T A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0304635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.765;QD=22.3968;RBI=0.0324481;REFB=-0.0177981;REVB=-0.0111738;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14598;STB=0.581914;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00981747;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:11:12:17:8:11:12 chr15 68583175 . T C 972.87 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.147;QD=58.9618;RBI=0.052936;REFB=0;REVB=0.0447334;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017395;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:29:37:0:0:29:37:0:0 chr15 68603625 . C T 650.3 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0212616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.08;QD=57.8046;RBI=0.0523656;REFB=-0.0263583;REVB=0.047855;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.501557;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00135187;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:1:2:43:43:0.955556:20:23:1:0:20:23:1:1 chr15 68605169 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.771;QD=58.5878;RBI=0.0402698;REFB=0;REVB=0.0357368;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155352;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr15 68609647 . G T 84.81 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0338261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.831;QD=10.9435;RBI=0.0531062;REFB=-0.0180934;REVB=0.0409397;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208678;STB=0.624061;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.034661;OID=.;OPOS=68609647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:7:13:5:6:7:13 chr15 68624396 . A C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.015;QD=53.9112;RBI=0.0258468;REFB=0;REVB=0.0199883;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010617;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 68628143 . C T 1067.27 PASS AF=0.926829;AO=75;DP=81;FAO=76;FDP=82;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0424513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.462;QD=52.0622;RBI=0.0466578;REFB=-0.204362;REVB=0.0193607;RO=2;SAF=25;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363499;STB=0.55171;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00412468;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:81:82:2:6:75:76:0.926829:50:25:2:0:50:26:6:0 chr15 68649587 . G A 923.69 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.674;QD=56.8425;RBI=0.0541565;REFB=-0.143219;REVB=0.00624487;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00106149;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:31:33:0:0:31:33:0:1 chr15 69019582 . G C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00332877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.981;QD=20.4856;RBI=0.00426903;REFB=-0.0267234;REVB=-0.00267282;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150655;STB=0.585674;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0250157;OID=.;OPOS=69019582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:6:5:9:5:6:5 chr15 69238272 . G T 107.13 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00250703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.207;QD=14.2833;RBI=0.0050015;REFB=-0.0129813;REVB=0.00432779;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189151;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0248854;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:3:9:10:7:4:9:10:7 chr15 69238445 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.197;QD=46.848;RBI=0.1026;REFB=0;REVB=0.0344226;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126909;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr15 69325581 . C T 255.33 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0164733;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1191;QD=17.6088;RBI=0.0173942;REFB=-0.0203212;REVB=0.00558479;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699934;STB=0.539312;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0212762;OID=.;OPOS=69325581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:30:28:28:0.482759:11:17:16:14:11:17:16:14 chr15 69327825 . C T 257.08 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00314751;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.473;QD=22.3546;RBI=0.0150568;REFB=-0.00276845;REVB=-0.0147242;RO=22;SAF=19;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786475;STB=0.544232;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00283078;OID=.;OPOS=69327825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:5:19:16:6:5:19:16:6 chr15 69328226 . C T 199.52 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0383551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4607;QD=15.6485;RBI=0.0426199;REFB=-0.0218786;REVB=0.0185834;RO=28;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19498;STB=0.629868;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0331559;OID=.;OPOS=69328226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:18:4:9:19:18:4:10:19 chr15 69542968 . G A 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9643;QD=45.7916;RBI=0.0445261;REFB=0;REVB=0.00370731;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212882;OID=.;OPOS=69542968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr15 69561518 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5903;QD=35.5759;RBI=0.0834583;REFB=0;REVB=-0.0687522;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00938907;OID=.;OPOS=69561518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr15 69564343 . C T 732.44 PASS AF=0.964286;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0460648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9386;QD=52.3169;RBI=0.0643758;REFB=-0.0580166;REVB=-0.0449698;RO=2;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037641;STB=0.518512;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00321362;OID=.;OPOS=69564343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:56:2:2:52:54:0.964286:24:28:0:2:26:28:0:2 chr15 69683945 . C G 648.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4664;QD=61.7712;RBI=0.0623511;REFB=0;REVB=-0.0208858;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000628724;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:17:25:0:0 chr15 69697756 . G A 487.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357976;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.231;QD=59.0409;RBI=0.0455097;REFB=0;REVB=0.028101;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.44781e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr15 69728949 . A G 1249.99 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00673537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.971;QD=60.2402;RBI=0.0129314;REFB=-0.0820936;REVB=0.0110388;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000355363;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:38:44:1:0:38:44:1:0 chr15 69732736 . C T 445.61 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0199306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.385;QD=52.4247;RBI=0.0226457;REFB=-0.0964315;REVB=0.0107516;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00161399;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:14:18:1:0:14:18:2:0 chr15 69740350 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5906;QD=54.5161;RBI=0.0912884;REFB=0;REVB=0.0562204;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330548;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr15 70345626 . C T 944.66 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0224063;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.927;QD=53.2202;RBI=0.0269009;REFB=-0.0743363;REVB=0.0148867;RO=1;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171796;STB=0.534472;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00100172;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:72:71:1:4:67:67:0.943662:40:27:1:0:40:27:4:0 chr15 70346923 . C T 436.51 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0873379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6558;QD=54.5637;RBI=0.0982778;REFB=-0.141499;REVB=0.0450623;RO=1;SAF=8;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547702;STB=0.529392;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00748312;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:32:32:1:1:31:31:0.96875:23:8:1:0:23:8:1:0 chr15 70347816 . A AG 174.1 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828328;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.081;QD=46.4267;RBI=0.01917;REFB=0;REVB=0.017288;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000411265;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:6:0:0 chr15 70347920 . T C 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.306;QD=62.0074;RBI=0.0156431;REFB=0;REVB=-0.0101282;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21394e-06;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr15 70351788 . T C 692.47 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0272258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.129;QD=60.2148;RBI=0.0274027;REFB=-0.0550016;REVB=-0.0031088;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00209696;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:24:20:1:0:24:21:1:0 chr15 70368432 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0436287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.091;QD=20.16;RBI=0.0859134;REFB=0.0472732;REVB=-0.0740112;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588234;STB=0.533292;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0385568;OID=.;OPOS=70368432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:6:8:8:8:6:8 chr15 70371734 . T G 45.34 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.043831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.825;QD=4.42378;RBI=0.0442362;REFB=-0.00518591;REVB=-0.00597347;RO=32;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608085;STB=0.898541;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.142531;OID=.;OPOS=70371734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:41:41:32:33:8:8:0.195122:1:7:11:21:1:7:11:22 chr15 70960068 . G A 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0238804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.111;QD=30.7848;RBI=0.0280238;REFB=0.068982;REVB=-0.0146649;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.00304574;OID=.;OPOS=70960068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:3:5:0:0:3:5:0:1 chr15 70991924 . A AC 1013.92 PASS AF=0.988506;AO=11;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0822235;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=125.203;QD=46.6168;RBI=0.0891787;REFB=-0.128799;REVB=0.0345273;RO=69;SAF=11;SAR=0;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.678081;STB=0.504761;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.0020758;OID=.;OPOS=70991925;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988506:11:87:86:87:1:52:34:1:0:3:69:11:0:36:33 chr15 70991925 . G C,T 1180.8 PASS AF=0.852273,0.113636;AO=74,11;DP=88;FAO=75,10;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=42,10;FSAR=33,0;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0209876,0.0206499;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=139.764,113.236;QD=53.6725;RBI=0.0213257,0.0398021;REFB=-0.0671013,-0.0125077;REVB=0.00378268,-0.0340262;RO=3;SAF=41,11;SAR=33,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00839897,0.812344;STB=0.504166,0.998117;STBP=0.755,0.1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00233297,0.119184;OID=.,.;OPOS=70991925,70991925;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:32:88:88:3:3:74,11:75,10:0.852273,0.113636:33,0:41,11:2:1:33,0:42,10:2:1 chr15 71125093 . G A 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5039;QD=58.1383;RBI=0.0771886;REFB=0;REVB=0.0770658;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150775;OID=.;OPOS=71125093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:12:20:0:0:12:20:0:0 chr15 71125204 . A G 444.71 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164135;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.2077;QD=57.3821;RBI=0.079277;REFB=0;REVB=-0.0775593;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000722936;OID=.;OPOS=71125204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr15 71184278 . G T 242.72 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0104421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2304;QD=22.5783;RBI=0.0274463;REFB=-0.0346298;REVB=0.0253824;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192942;STB=0.607274;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0352221;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:5:15:12:11:5:15 chr15 71184495 . A G 148.98 PASS AF=0.28;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.000288785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.252;QD=7.94545;RBI=0.0200561;REFB=-0.0289717;REVB=-0.020054;RO=50;SAF=9;SAR=12;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376376;STB=0.525073;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0537089;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:54:21:21:0.28:12:9:23:27:12:9:25:29 chr15 71276480 . GCAA G 388.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134025;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=259.682;QD=55.5208;RBI=0.0252928;REFB=0;REVB=0.0214499;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.48291e-05;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:27:28:28:0:12:16:0:0:4:0:12:15:0:0 chr15 71953045 . G A 206.88 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0142687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.72;QD=17.2399;RBI=0.0267134;REFB=-0.016756;REVB=0.0225835;RO=27;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237614;STB=0.636861;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0201887;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:16:5:12:15:16:5:12:15 chr15 72070075 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.505;QD=59.4354;RBI=0.00573351;REFB=0;REVB=-0.00541496;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.01426e-05;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr15 72105928 . ACCCCCA ACCCCA,ACCCCAC,ACCCCGA 690.95 PASS AF=1,0,0;AO=49,2,3;DP=55;FAO=55,0,0;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,0;FSAR=22,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00310645,0.00324532,0.00332687;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=19.6093,7.06733,83.9327;QD=50.251;RBI=0.0148565,0.0412132,0.0817739;REFB=0,0,0;REVB=-0.0145281,-0.0410852,-0.0817062;RO=0;SAF=31,1,0;SAR=18,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.58521e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.000624216,0.0372328,0;OID=.,.,.;OPOS=72105929,72105933,72105933;OREF=C,CA,C;OALT=-,AC,G;OMAPALT=ACCCCA,ACCCCAC,ACCCCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:49,2,3:55:55,0,0:55:0:33,0,0:22,0,0:0:0:4:0:31,1,0:18,1,3:0:0 chr15 72191266 . C T 755.17 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0436361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4475;QD=53.9409;RBI=0.0638395;REFB=-0.0166634;REVB=0.046598;RO=2;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376599;STB=0.5098;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00185343;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:2:1:54:55:0.982143:24:30:0:2:25:30:0:1 chr15 72432583 . A G 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00838881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.797;QD=51.9105;RBI=0.013478;REFB=0;REVB=-0.0105491;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.624e-05;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr15 72433182 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.897;QD=58.5878;RBI=0.0665431;REFB=0;REVB=0.0271495;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030759;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr15 72637795 . T C 729.26 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.446;QD=57.1969;RBI=0.00937447;REFB=0;REVB=0.00885006;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56965e-05;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:22:29:0:0 chr15 72638892 . T C 451.45 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234078;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.024;QD=58.2516;RBI=0.0242311;REFB=0;REVB=-0.00626277;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.48093e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr15 72879653 . A ATTG 427.88 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00244308;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=262.975;QD=51.8642;RBI=0.0176144;REFB=-0.0158765;REVB=-0.0174442;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774676;STB=0.541639;STBP=0.097;TYPE=ins;VARB=0.000662546;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.939394:30:33:31:33:2:11:20:2:0:9:2:11:19:2:0 chr15 72987588 . G T 648.45 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.421;QD=61.7575;RBI=0.0571491;REFB=0;REVB=-0.0373736;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129685;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr15 73002035 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.737;QD=60.2273;RBI=0.0287438;REFB=0;REVB=0.0272982;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300981;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr15 73023937 . T C 1199.09 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0431473;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.8914;QD=58.492;RBI=0.0437729;REFB=0.0274109;REVB=0.00737438;RO=2;SAF=30;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018561;STB=0.509801;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00371142;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:50:30:0:2:50:30:0:2 chr15 73027478 . T C 357.12 PASS AF=0.641509;AO=34;DP=53;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0165862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2615;QD=26.9523;RBI=0.0271319;REFB=-0.00138617;REVB=0.0214718;RO=19;SAF=15;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133947;STB=0.507324;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00229778;OID=.;OPOS=73027478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:19:34:34:0.641509:19:15:8:11:19:15:8:11 chr15 73044575 . G A 283.72 PASS AF=0.533333;AO=29;DP=59;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00347208;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.732;QD=18.9149;RBI=0.00858497;REFB=-0.0259231;REVB=0.00785153;RO=27;SAF=22;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139075;STB=0.604768;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0301575;OID=.;OPOS=73044575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:28:29:32:0.533333:7:22:17:10:7:25:17:11 chr15 73067234 . T A,C 450.67 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=3,30;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143879,0.0203687;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.6712,113.734;QD=54.6264;RBI=0.0508999,0.0728253;REFB=-0.085593,-0.0601533;REVB=-0.0488241,0.0699188;RO=0;SAF=1,14;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.214178,0.00370495;OID=.,.;OPOS=73067234,73067234;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:33:33:0:0:3,30:1,32:0.030303,0.969697:2,16:1,14:0:0:0,18:1,14:0:0 chr15 73414888 . A G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0037077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.361;QD=26.3717;RBI=0.0118099;REFB=-0.00698557;REVB=-0.0112127;RO=16;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00582195;OID=.;OPOS=73414888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:9:15:10:6:9:15:10:6 chr15 73541513 . A G 199.63 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0303643;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.7142;QD=13.0903;RBI=0.0332178;REFB=-0.00440096;REVB=0.0134696;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131337;STB=0.569561;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00856922;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:37:24:24:0.393443:15:9:17:17:15:9:18:19 chr15 73545732 . T C 62.09 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.733;QD=24.8356;RBI=0.0115438;REFB=-0.00318153;REVB=0.00100542;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00482784;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:3:2:7:8:0.8:2:5:1:2:3:5:1:1 chr15 73564881 . C T 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.013786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.311;QD=6.80687;RBI=0.0256704;REFB=-0.0063564;REVB=0.0216545;RO=27;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302185;STB=0.690494;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.044071;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:6:3:16:11:6:3:16:11 chr15 73614114 . T C 327.44 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019056;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.906;QD=54.5732;RBI=0.019932;REFB=0;REVB=0.00584418;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460908;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr15 74032783 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0320833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.13;QD=15.2587;RBI=0.0459691;REFB=-0.0148312;REVB=0.0329214;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.627576;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0104943;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:5:1:3:4:5:1 chr15 74176557 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0148819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.916;QD=8.81185;RBI=0.019928;REFB=-0.0140853;REVB=0.0132536;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259722;STB=0.660047;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0234669;OID=.;OPOS=74176557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:12:11:7:3:12:11 chr15 74244127 . C A 414.03 PASS AF=0.427273;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=110;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00573778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.383;QD=15.0557;RBI=0.00973613;REFB=-0.0166767;REVB=-0.00786575;RO=60;SAF=22;SAR=25;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350191;STB=0.504468;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0193635;OID=.;OPOS=74244127;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:60:63:47:47:0.427273:25:22:26:34:25:22:29:34 chr15 74244278 . C G 86.68 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00858081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.109;QD=12.842;RBI=0.00996699;REFB=-0.0230779;REVB=0.00507056;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119577;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00972791;OID=.;OPOS=74244278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:15:16:11:11:0.407407:5:6:8:7:5:6:8:8 chr15 74244344 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00241354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.791;QD=53.2772;RBI=0.00680815;REFB=0;REVB=-0.00636598;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.09486e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr15 74277795 . T C 2045.53 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.909;QD=62.4589;RBI=0.0115078;REFB=0;REVB=0.00437137;RO=0;SAF=70;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.8418e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:61:70:0:0:61:70:0:0 chr15 74328116 . A AGG,G 383.21 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=3,25;DP=28;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172079,-0.106134;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=13.3463,56.3776;QD=54.7438;RBI=0.0172167,0.113902;REFB=0,0;REVB=0.000553176,-0.0413428;RO=0;SAF=0,13;SAR=3,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.94263e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.156201,-0.015916;OID=.,.;OPOS=74328117,74328116;OREF=-,A;OALT=GG,G;OMAPALT=AGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:28:28:0:0:3,25:3,25:0.107143,0.892857:3,12:0,13:0:0:3,12:0,13:0:0 chr15 74328206 . G C 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.72;QD=45.7996;RBI=0.118881;REFB=0;REVB=0.00816076;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111094;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr15 74368293 . A G,T 1037.21 PASS AF=0.906667,0.08;AO=67,5;DP=73;FAO=68,6;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=32,0;FSAR=36,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107179,0.0100107;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.4719,43.5047;QD=55.3177;RBI=0.013758,0.0922596;REFB=-0.102567,-0.113526;REVB=-0.00862598,-0.0917149;RO=1;SAF=32,0;SAR=35,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0133112,0;STB=0.506847,0.5;STBP=0.511,1;TYPE=snp,snp;VARB=-3.89428e-05,0.233264;OID=.,.;OPOS=74368293,74368293;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:73:75:1:1:67,5:68,6:0.906667,0.08:35,5:32,0:0:1:36,6:32,0:0:1 chr15 74425410 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.932;QD=56.1914;RBI=0.0433528;REFB=0;REVB=-0.00429624;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449949;OID=.;OPOS=74425410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr15 74425505 . C T 519.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.354;QD=59.3789;RBI=0.024482;REFB=0;REVB=0.0118293;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09359e-05;OID=.;OPOS=74425505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr15 74473167 . A AG,G 32.19 PASS AF=0.272727,0;AO=9,2;DP=34;FAO=9,0;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0104667,-0.00118434;FXX=0.0294031;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=57.9623,163.031;QD=3.90171;RBI=0.02973,0.0118722;REFB=-0.00775147,0.00103956;REVB=0.0278266,-0.011813;RO=23;SAF=2,0;SAR=7,2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.620991,-0.686036;STB=0.859006,0.5;STBP=0.028,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.170228,0;OID=.,.;OPOS=74473168,74473167;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:33:23:24:9,2:9,0:0.272727,0:7,2:2,0:19:4:7,0:2,0:19:5 chr15 74473739 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.838;QD=62.6711;RBI=0.0413774;REFB=0;REVB=0.0233649;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013703;OID=.;OPOS=74473739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr15 74500080 . G C 1331.74 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.667;QD=61.9415;RBI=0.0626205;REFB=0;REVB=0.0613439;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247097;OID=.;OPOS=74500080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:86:0:0:78:86:1:39:39:0:0:46:40:0:0 chr15 74565181 . G A 437.53 PASS AF=0.511905;AO=42;DP=84;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0304576;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3611;QD=20.8347;RBI=0.0321997;REFB=-0.0264861;REVB=0.0104479;RO=39;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052755;STB=0.523006;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0200412;OID=.;OPOS=74565181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:41:42:43:0.511905:23:19:20:19:23:20:21:20 chr15 74622533 . A G 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00788251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.855;QD=24.3898;RBI=0.0129225;REFB=-0.0189964;REVB=0.0102399;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16017;STB=0.599906;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00605022;OID=.;OPOS=74622533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:9:11:10:3:9:11:11:3 chr15 74622678 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00598594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8633;QD=14.7006;RBI=0.0224103;REFB=-0.0257443;REVB=0.0215961;RO=15;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229432;STB=0.636106;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0350793;OID=.;OPOS=74622678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:10:2:5:10:10:2:5:10 chr15 74703022 . G A 53.11 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0179358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1831;QD=7.32545;RBI=0.0256726;REFB=-0.00687019;REVB=-0.0183682;RO=21;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609287;STB=0.881423;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.01737;OID=.;OPOS=74703022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:1:7:7:14:1:7:7:14 chr15 74703929 . T C 727.98 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00668192;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6598;QD=54.9416;RBI=0.020755;REFB=-0.000818194;REVB=0.01965;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00194244;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:18:34:0:1:18:34:0:1 chr15 74706943 . G A 311.54 PASS AF=0.333333;AO=40;DP=120;FAO=40;FDP=120;FR=.;FRO=80;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.0917441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.61;QD=10.3847;RBI=0.0936808;REFB=0.000224916;REVB=0.01895;RO=80;SAF=21;SAR=19;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014459;STB=0.508357;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00143851;OID=.;OPOS=74706943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:80:80:40:40:0.333333:19:21:43:37:19:21:43:37 chr15 74709975 . G A 204.26 PASS AF=0.833333;AO=17;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0349864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.442;QD=34.0435;RBI=0.0368742;REFB=-0.0733225;REVB=0.0116475;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24788;STB=0.576849;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00292324;OID=.;OPOS=74709975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:24:24:6:4:17:20:0.833333:8:9:0:6:11:9:0:4 chr15 74710593 . C T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00586139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.449;QD=43.016;RBI=0.0225974;REFB=-0.0776236;REVB=0.021824;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00332679;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:1:0:8:8:1:0 chr15 74749015 . A G 516.92 PASS AF=0.972973;AO=27;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102869;FXX=0.0749813;HRUN=7;LEN=1;MLLD=113.359;QD=55.8835;RBI=0.0449002;REFB=-0.028693;REVB=0.0437059;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00305945;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:0:1:27:36:0.972973:15:12:0:0:18:18:0:1 chr15 74836316 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.528;QD=35.5709;RBI=0.049075;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219561;OID=.;OPOS=74836316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr15 74888196 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5289;QD=37.4854;RBI=0.0635335;REFB=0;REVB=-0.000221269;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350226;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr15 74889163 . C A,T 708.77 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=3,48;DP=52;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340372,-0.0266171;FXX=0.0192271;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7309,62.4675;QD=55.5895;RBI=0.0562839,0.0527517;REFB=0,0;REVB=-0.0448257,0.0455442;RO=0;SAF=0,25;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137797,0.000751472;OID=.,.;OPOS=74889163,74889163;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:52:51:0:0:3,48:1,50:0.0196078,0.980392:3,23:0,25:0:0:1,25:0,25:0:0 chr15 75012985 . T C 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0192831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.746;QD=11.2144;RBI=0.0322748;REFB=-0.00238933;REVB=-0.025881;RO=33;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540173;STB=0.532093;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00862926;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:9:7:16:17:9:7:16:17 chr15 75093389 . C T 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.206;QD=61.6829;RBI=0.0548487;REFB=0;REVB=0.0183007;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235941;OID=.;OPOS=75093389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr15 75108636 . G A 364.41 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=36;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00949529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.859;QD=39.3955;RBI=0.0159714;REFB=-0.191461;REVB=0.0128424;RO=5;SAF=13;SAR=15;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381036;STB=0.516057;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0033726;OID=.;OPOS=75108636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:36:37:5:8:28:29:0.783784:15:13:3:2:16:13:3:5 chr15 75113083 . A G 547.0 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.025204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.1479;QD=53.3656;RBI=0.0372309;REFB=-0.131119;REVB=-0.0274025;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.530596;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00520266;OID=.;OPOS=75113083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:41:1:3:38:38:0.926829:15:23:1:0:15:23:3:0 chr15 75130093 . T C 167.94 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0470879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6688;QD=17.225;RBI=0.0707681;REFB=-0.0368449;REVB=-0.0528285;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241845;STB=0.61785;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0400545;OID=.;OPOS=75130093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:10:7:14:7:10:8:14:7 chr15 75131661 . A G 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.123;QD=50.3876;RBI=0.0519423;REFB=0;REVB=0.04646;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728098;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr15 75131959 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0057457;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.837;QD=19.4668;RBI=0.0114215;REFB=0.00545357;REVB=0.00987109;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353827;STB=0.519982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.0055731;OID=.;OPOS=75131959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:14:10:10:12:14:10 chr15 75146366 . G T 329.8 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00831713;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.061;QD=15.7049;RBI=0.018854;REFB=-0.00795785;REVB=-0.0169204;RO=48;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288575;STB=0.663172;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0111327;OID=.;OPOS=75146366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:11:25:20:28:11:25:20:28 chr15 75188584 . C T 482.89 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00411306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.706;QD=18.5727;RBI=0.0051592;REFB=-0.0153372;REVB=-0.00311449;RO=52;SAF=27;SAR=24;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259177;STB=0.518764;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0165989;OID=.;OPOS=75188584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:52:53:51:51:0.490385:24:27:29:23:24:27:30:23 chr15 75188640 . A G 498.82 PASS AF=0.5;AO=47;DP=97;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00497549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.174;QD=20.3599;RBI=0.00506423;REFB=-0.00434474;REVB=-0.000943885;RO=49;SAF=27;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409455;STB=0.531304;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00451807;OID=.;OPOS=75188640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:49:49:47:49:0.5:20:27:26:23:20:29:26:23 chr15 75189930 . A G 173.54 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.037014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.501;QD=12.8545;RBI=0.0376014;REFB=-0.0148682;REVB=-0.00661995;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057938;STB=0.540945;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0136524;OID=.;OPOS=75189930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:32:33:21:21:0.388889:9:12:20:12:9:12:21:12 chr15 75305040 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0108437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.838;QD=12.4824;RBI=0.026337;REFB=-0.0211745;REVB=-0.0240011;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0318481;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr15 75336729 . A G 217.7 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.022106;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.861;QD=13.3966;RBI=0.0270094;REFB=-0.0159265;REVB=-0.0155188;RO=37;SAF=18;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140687;STB=0.584348;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0250262;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:26:26:0.4:8:18:21:16:8:18:22:17 chr15 75498548 . A G 632.66 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.117;QD=61.7227;RBI=0.053184;REFB=0;REVB=0.044312;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226796;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:20:21:0:0 chr15 75499602 . C A 590.51 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.869;QD=60.5655;RBI=0.0729828;REFB=0;REVB=0.0426051;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559543;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:36:39:1:26:10:0:0:28:11:0:0 chr15 75499619 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.555;QD=58.1413;RBI=0.0349146;REFB=0;REVB=0.000544708;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119983;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr15 75499861 . G A 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.364;QD=58.568;RBI=0.0202076;REFB=0;REVB=0.00340434;RO=0;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170693;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:4:29:0:0:4:29:0:0 chr15 75499995 . T G 539.89 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00516099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.939;QD=24.5405;RBI=0.0411392;REFB=-0.0445484;REVB=0.0408142;RO=37;SAF=21;SAR=29;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735264;STB=0.535041;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0356217;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:37:38:50:50:0.568182:29:21:19:18:29:21:19:19 chr15 75503147 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.374;QD=57.1768;RBI=0.0730528;REFB=0;REVB=0.033721;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413642;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr15 75913260 . G A 386.62 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00515927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.25;QD=20.8985;RBI=0.00519339;REFB=-0.0181266;REVB=0.000594269;RO=34;SAF=27;SAR=12;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105722;STB=0.545432;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0164693;OID=.;OPOS=75913260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:34:35:39:39:0.527027:12:27:27:7:12:27:27:8 chr15 75932129 . G T 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.393;QD=55.0944;RBI=0.0253538;REFB=0;REVB=0.0249851;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167907;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr15 75970070 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=9;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0629338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.489;QD=28.2258;RBI=0.0629754;REFB=-0.056581;REVB=0.00228745;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212429;STB=0.543407;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0189174;OID=.;OPOS=75970070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:9:12:0.75:2:7:3:1:5:7:3:1 chr15 75971676 . G T 340.82 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.071233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.296;QD=16.2296;RBI=0.0733116;REFB=-0.0288224;REVB=-0.0173335;RO=45;SAF=8;SAR=29;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200949;STB=0.605619;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0307466;OID=.;OPOS=75971676;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:47:37:37:0.440476:29:8:17:28:29:8:17:30 chr15 75977920 . A G 316.26 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0250539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.376;QD=16.2183;RBI=0.0606143;REFB=-0.0144722;REVB=-0.0551942;RO=42;SAF=24;SAR=10;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404996;STB=0.724511;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0102395;OID=.;OPOS=75977920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:43:34:35:0.448718:10:24:12:30:10:25:13:30 chr15 75979782 . G T 285.49 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0208104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.056;QD=12.8308;RBI=0.0214318;REFB=-0.0293851;REVB=0.00512346;RO=51;SAF=16;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109947;STB=0.587745;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0462972;OID=.;OPOS=75979782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:56:33:33:0.370787:17:16:30:21:17:16:35:21 chr15 75980112 . A G 202.5 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0126171;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.527;QD=19.2854;RBI=0.0164415;REFB=-0.0103354;REVB=-0.0105419;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127723;STB=0.582006;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00878019;OID=.;OPOS=75980112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:12:7:11:11:13:7:11:11 chr15 75981507 . A G 116.18 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0162533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.41;QD=11.0645;RBI=0.0285874;REFB=-0.0181288;REVB=-0.0235174;RO=22;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.036664;OID=.;OPOS=75981507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:28:13:14:0.333333:9:4:3:19:10:4:8:20 chr15 75981846 . C T 461.38 PASS AF=0.215517;AO=74;DP=347;FAO=75;FDP=348;FR=.;FRO=273;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=142;FSRR=131;FWDB=0.0116122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.526;QD=5.30321;RBI=0.0116849;REFB=-0.0105674;REVB=0.0013007;RO=272;SAF=26;SAR=48;SRF=141;SRR=131;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21649;STB=0.637509;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0391086;OID=.;OPOS=75981846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:348:272:273:74:75:0.215517:48:26:141:131:49:26:142:131 chr15 75982072 . G A 89.01 PASS AF=0.137681;AO=19;DP=138;FAO=19;FDP=138;FR=.;FRO=119;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=55;FSRR=64;FWDB=-0.0109036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.271;QD=2.57997;RBI=0.0171866;REFB=-0.00220161;REVB=0.013285;RO=118;SAF=4;SAR=15;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343081;STB=0.73662;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00486084;OID=.;OPOS=75982072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:138:138:118:119:19:19:0.137681:15:4:55:63:15:4:55:64 chr15 75982085 . C T 68.43 PASS AF=0.121212;AO=16;DP=132;FAO=16;FDP=132;FR=.;FRO=116;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=61;FWDB=-0.00926148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.284;QD=2.07377;RBI=0.0173919;REFB=-0.00220778;REVB=-0.0147208;RO=116;SAF=4;SAR=12;SRF=55;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28794;STB=0.707729;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.011811;OID=.;OPOS=75982085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:132:132:116:116:16:16:0.121212:12:4:55:61:12:4:55:61 chr15 76030993 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0126925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.234;QD=12.0157;RBI=0.0270016;REFB=-0.00624656;REVB=-0.0238325;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00379097;OID=.;OPOS=76030993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr15 76031008 . C T 47.33 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.127201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1512;QD=11.1365;RBI=0.127925;REFB=-0.0539141;REVB=0.0135925;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309981;STB=0.650814;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0872386;OID=.;OPOS=76031008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:10:10:6:7:0.411765:4:2:1:9:5:2:1:9 chr15 76067987 . A G 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0745977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7393;QD=21.0126;RBI=0.0859117;REFB=-0.0210889;REVB=-0.0426146;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273278;STB=0.651952;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0156611;OID=.;OPOS=76067987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:0:7:8:3:0:7 chr15 76073218 . C A 637.01 PASS AF=0.538462;AO=61;DP=117;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0188502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.94;QD=21.7783;RBI=0.0227423;REFB=-0.0166795;REVB=-0.0127233;RO=52;SAF=22;SAR=39;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105492;STB=0.556168;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0156386;OID=.;OPOS=76073218;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:52:54:61:63:0.538462:39:22:25:27:40:23:26:28 chr15 76191802 . G A 698.94 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00463655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9209;QD=54.8191;RBI=0.0250037;REFB=-0.0404611;REVB=0.0245701;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000106685;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr15 76496232 . G A 104.39 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0717779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0656;QD=19.8838;RBI=0.0726863;REFB=-0.0132589;REVB=0.011456;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328837;STB=0.687193;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0132038;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:8:4:7:2:8:4:7:2 chr15 76496340 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0336062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.092;QD=14.0438;RBI=0.0464099;REFB=-0.00903086;REVB=0.0320079;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341697;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0155948;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:4:0:2:3:4:0 chr15 76496977 . G C 1246.11 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.05;QD=61.5363;RBI=0.0109454;REFB=0;REVB=-0.00994676;RO=0;SAF=31;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97946e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:50:31:0:0:50:31:0:0 chr15 76603679 . G C 92.78 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0754086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1919;QD=7.00214;RBI=0.0798034;REFB=-0.0277519;REVB=-0.0261174;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249831;STB=0.621597;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0572455;OID=.;OPOS=76603679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:40:40:12:13:0.245283:5:7:15:25:6:7:15:25 chr15 76630303 . T C 1562.79 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105561;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.97;QD=63.7873;RBI=0.015247;REFB=0;REVB=0.0110017;RO=0;SAF=11;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.59118e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139798;OID=.;OPOS=76630303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:96:98:1:85:11:0:0:86:12:0:0 chr15 76634680 . T C 204.04 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00693719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.095;QD=22.6713;RBI=0.0105998;REFB=-0.0147084;REVB=0.00801441;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809967;STB=0.545409;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.017793;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:8:8:12:8:8:8 chr15 76673716 . T C 217.45 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00791773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.411;QD=16.7269;RBI=0.0207967;REFB=-0.0214085;REVB=-0.0192305;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631938;STB=0.535685;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0184854;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:11:17:13:11:11:17 chr15 76726465 . G T 514.51 PASS AF=0.569767;AO=49;DP=86;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0320225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6205;QD=23.9308;RBI=0.0619166;REFB=-0.0100901;REVB=-0.0529926;RO=34;SAF=27;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282745;STB=0.507202;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00534449;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:37:49:49:0.569767:22:27:20:14:22:27:21:16 chr15 77176158 . T C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.103321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.729;QD=10.0338;RBI=0.10335;REFB=-0.0123226;REVB=0.00243106;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404236;STB=0.732751;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0334258;OID=.;OPOS=77176158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:0:7:4:1:0:7 chr15 77176200 . A T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0268215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.201;QD=14.0438;RBI=0.0268216;REFB=-0.0796147;REVB=-9.34495e-05;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0073121;OID=.;OPOS=77176200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr15 77324880 . A G 187.98 PASS AF=0.434783;AO=17;DP=43;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.00825426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.554;QD=16.346;RBI=0.0146542;REFB=-0.0175921;REVB=0.0121084;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289312;STB=0.628457;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0217542;OID=.;OPOS=77324880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:25:26:17:20:0.434783:9:8:5:20:12:8:5:21 chr15 77325279 . C T 696.33 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0136328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.261;QD=20.0382;RBI=0.015611;REFB=-0.0186492;REVB=-0.00760606;RO=70;SAF=21;SAR=48;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205356;STB=0.613694;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0199295;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:70:69:69:0.496403:48:21:36:34:48:21:36:34 chr15 77907145 . G A 206.99 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0245768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.333;QD=16.8975;RBI=0.029748;REFB=-0.0118563;REVB=-0.0167609;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265056;STB=0.634495;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0255294;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:9:11:8:20:10:11:8:20 chr15 77907535 . C G 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00268534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.622;QD=18.0532;RBI=0.0450718;REFB=-0.0277446;REVB=-0.0449917;RO=35;SAF=8;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257284;STB=0.6449;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0348991;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:25:8:17:18:25:8:17:18 chr15 77907775 . T C 120.57 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0045134;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.398;QD=12.3663;RBI=0.0100734;REFB=0.00366211;REVB=0.00900568;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400469;STB=0.738768;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00904732;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:3:11:11:14:3:11:11:14 chr15 77907784 . G A 124.53 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00279857;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.466;QD=12.1494;RBI=0.0494972;REFB=-0.00571989;REVB=0.049418;RO=28;SAF=12;SAR=2;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55116;STB=0.821085;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00719887;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:28:26:14:15:0.365854:2:12:11:17:2:13:11:15 chr15 78207528 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.717;QD=49.5992;RBI=0.0131117;REFB=0;REVB=-0.00694168;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129376;OID=.;OPOS=78207528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr15 78207601 . G A 203.74 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0858452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8091;QD=38.8072;RBI=0.105381;REFB=-0.0458004;REVB=-0.0611216;RO=2;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916027;STB=0.523783;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0043212;OID=.;OPOS=78207601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:2:3:18:18:0.857143:9:9:0:2:9:9:1:2 chr15 78208880 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0292;QD=62.67;RBI=0.0572421;REFB=0;REVB=0.0457887;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118237;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr15 78209435 . C CT 154.88 PASS AF=1;AO=4;DP=31;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657003;FXX=0.466511;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.703;QD=38.7193;RBI=0.116312;REFB=0;REVB=-0.0959789;RO=27;SAF=4;SAR=0;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.653684;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00114742;OID=.;OPOS=78209436;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:31:16:16:0:14:2:0:0:4:27:4:0:11:16 chr15 78209436 . C G,T 411.56 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=4,26;DP=30;FAO=4,26;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4,10;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225744,0.0180963;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=54.122,141.226;QD=54.875;RBI=0.105162,0.0185222;REFB=0,0;REVB=-0.102711,-0.00394906;RO=0;SAF=4,10;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.148216,-4.02442e-05;OID=.,.;OPOS=78209436,78209436;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:30:30:0:0:4,26:4,26:0.133333,0.866667:0,16:4,10:0:0:0,16:4,10:0:0 chr15 78211345 . A G 201.93 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.383;QD=47.5139;RBI=0.0366333;REFB=0;REVB=0.00714735;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449711;OID=.;OPOS=78211345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:15:17:1:13:2:0:0:14:3:0:0 chr15 78211393 . A T 300.3 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00344013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.814;QD=24.5145;RBI=0.0435551;REFB=-0.0291413;REVB=-0.0434191;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252462;STB=0.525095;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.014337;OID=.;OPOS=78211393;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:12:15:11:10:12:15:11:11 chr15 78276660 . A G 501.47 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4626;QD=58.997;RBI=0.0152714;REFB=0;REVB=-0.00699837;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52901e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr15 78403004 . A G 381.3 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.241;QD=52.593;RBI=0.0332014;REFB=-0.066037;REVB=0.0244968;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0125776;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr15 78587910 . A G 1093.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.991;QD=59.9075;RBI=0.0294479;REFB=0;REVB=0.0196923;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3858e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:35:36:0:0:36:37:0:0 chr15 78632830 . C G 448.42 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0229714;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1686;QD=23.9157;RBI=0.0242519;REFB=0.000379582;REVB=0.00777622;RO=30;SAF=25;SAR=18;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665706;STB=0.519222;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=-0.00197708;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:32:43:43:0.573333:18:25:20:10:18:25:20:12 chr15 78633595 . T G 169.52 PASS AF=0.439024;AO=13;DP=43;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0230704;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.079;QD=16.5389;RBI=0.0320019;REFB=-0.0284612;REVB=0.0221782;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764642;STB=0.546872;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0570287;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:22:23:13:18:0.439024:8:5:7:15:13:5:8:15 chr15 78758677 . G C 797.14 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108953;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.351;QD=55.9398;RBI=0.0133244;REFB=-0.0525026;REVB=0.00767019;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000257383;OID=.;OPOS=78758677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:57:0:1:56:56:0.982456:31:25:0:0:31:25:1:0 chr15 78780104 . T C 737.63 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424342;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.633;QD=56.7408;RBI=0.046688;REFB=0;REVB=0.0194706;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118132;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr15 78789488 . C T 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0334273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.647;QD=24.2928;RBI=0.0391882;REFB=-0.0174638;REVB=0.0204531;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158253;STB=0.588144;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0117933;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:9:4:10:9:9:4 chr15 78841220 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.244;QD=47.8206;RBI=0.0115299;REFB=0;REVB=-0.00248308;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.92093e-05;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr15 78873119 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0271361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2848;QD=14.7981;RBI=0.0271362;REFB=-0.0140902;REVB=8.66577e-05;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00708296;OID=.;OPOS=78873119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr15 78887709 . G GTCTC 207.34 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0192296;FXX=0.0945818;HRUN=1;LEN=4;MLLD=228.242;QD=12.3786;RBI=0.01929;REFB=-0.0112367;REVB=-0.00152564;RO=46;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260316;STB=0.673549;STBP=0.035;TYPE=ins;VARB=0.0222613;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373134:24:74:25:67:42:16:9:15:27:99:46:15:9:18:28 chr15 78909452 . T C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0238801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.4802;QD=14.0437;RBI=0.035724;REFB=0.00789778;REVB=0.0265697;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.000720133;OID=.;OPOS=78909452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr15 78917399 . A G 293.09 PASS AF=0.417722;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.000334258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.177;QD=14.8398;RBI=0.00219621;REFB=-0.0152087;REVB=-0.00217062;RO=45;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102764;STB=0.58188;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0239152;OID=.;OPOS=78917399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:45:46:33:33:0.417722:15:18:20:25:14:19:20:26 chr15 79045517 . G A 50.77 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0131096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9511;QD=5.2074;RBI=0.0319515;REFB=0.0130115;REVB=0.0291382;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486349;STB=0.536819;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0426078;OID=.;OPOS=79045517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:29:31:8:8:0.205128:5:3:12:17:5:3:13:18 chr15 79045521 . T C 42.44 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00740182;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.139;QD=4.35324;RBI=0.0286386;REFB=-0.00715796;REVB=-0.0276656;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195002;STB=0.634517;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0180056;OID=.;OPOS=79045521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:40:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:14:18:5:2:14:18 chr15 79051721 . G A 121.31 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0277465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.484;QD=16.1743;RBI=0.0326857;REFB=-0.0185371;REVB=-0.0172767;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998555;STB=0.567811;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.024591;OID=.;OPOS=79051721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:16:14:14:0.466667:4:10:12:3:4:10:13:3 chr15 79054900 . C G 118.45 PASS AF=0.619048;AO=9;DP=19;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.159083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9466;QD=22.561;RBI=0.162518;REFB=-0.0208339;REVB=0.0332391;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040409;STB=0.637472;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0773479;OID=.;OPOS=79054900;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:19:21:10:8:9:13:0.619048:5:4:4:6:5:8:2:6 chr15 79058013 . C T 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0365947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.246;QD=10.5426;RBI=0.0375743;REFB=-0.0117368;REVB=-0.00852379;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122215;STB=0.572398;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00975863;OID=.;OPOS=79058013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:4:17:8:3:4:17 chr15 79058572 . T G 125.64 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8094;QD=41.8797;RBI=0.163163;REFB=0;REVB=0.163078;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00716775;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:1:0:11:12:1:1:10:0:1:2:10:0:0 chr15 79058923 . G A 545.37 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0015453;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.281;QD=57.4069;RBI=0.108116;REFB=-0.100171;REVB=0.108105;RO=1;SAF=30;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153519;STB=0.508192;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00108483;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:6:30:1:0:7:30:1:0 chr15 79058968 . T C 207.15 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0432084;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0591;QD=13.3643;RBI=0.0481316;REFB=-0.0341156;REVB=0.0212059;RO=37;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349107;STB=0.519984;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0500478;OID=.;OPOS=79058968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:10:15:21:16:10:15:21:16 chr15 79089007 . T C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3272;QD=62.3422;RBI=0.065324;REFB=0;REVB=0.0637208;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406356;OID=.;OPOS=79089007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr15 79089111 . A G 197.21 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0109234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.303;QD=19.2397;RBI=0.0119224;REFB=-0.00818158;REVB=-0.00477719;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472314;STB=0.5135;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00857389;OID=.;OPOS=79089111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:21:19:20:0.487805:11:8:9:10:11:9:10:11 chr15 79092750 . G C 505.34 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00492387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.048;QD=22.712;RBI=0.0352326;REFB=-0.0234331;REVB=0.0348869;RO=40;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206583;STB=0.505616;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0224069;OID=.;OPOS=79092750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:40:41:48:48:0.539326:24:24:21:19:24:24:21:20 chr15 79189580 . CTTC CTTTTC,TCTT,TTTC 336.42 PASS AF=0.653846,0.153846,0.192308;AO=10,2,9;DP=27;FAO=17,4,5;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8,4,5;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677607,0.0220939,0.029769;FXX=0.0370233;HRUN=2,1,1;LEN=2,4,1;MLLD=34.1614,205.713,202.143;QD=51.7563;RBI=0.0737735,0.0236398,0.0300841;REFB=0,0,0;REVB=0.0291722,-0.00840818,-0.0043432;RO=0;SAF=2,2,9;SAR=8,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=-0.0514493,0.0318074,-0.00947502;OID=.,.,.;OPOS=79189581,79189580,79189580;OREF=-,CTTC,C;OALT=TT,TCTT,T;OMAPALT=CTTTTC,TCTT,TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:33:27:26:0:0:10,2,9:17,4,5:0.653846,0.153846,0.192308:8,0,0:2,2,9:0:0:9,0,0:8,4,5:0:0 chr15 79191209 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.111;QD=61.3361;RBI=0.0359355;REFB=0;REVB=0.0311436;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102103;OID=.;OPOS=79191209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr15 79217690 . G C 477.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00286615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7851;QD=57.86;RBI=0.0130955;REFB=0;REVB=-0.012778;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220954;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr15 79231518 . A G 545.95 PASS AF=0.847826;AO=38;DP=45;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0112045;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.82;QD=47.4741;RBI=0.0158565;REFB=-0.19711;REVB=0.01122;RO=5;SAF=21;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104013;STB=0.523363;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00182119;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:45:46:5:7:38:39:0.847826:17:21:3:2:17:22:5:2 chr15 79231526 . A AG,G 290.36 PASS AF=0.857143,0;AO=15,3;DP=37;FAO=24,0;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=13,0;FSAR=11,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0166684,0.0198083;FXX=0.0344709;HRUN=0,10;LEN=1,1;MLLD=216.61,185.511;QD=41.4795;RBI=0.0228041,0.028939;REFB=-0.0217177,-0.131607;REVB=-0.0155626,-0.0210973;RO=17;SAF=8,0;SAR=7,3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0512395,-0.642845;STB=0.530096,0.5;STBP=0.456,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00309622,0;OID=.,.;OPOS=79231527,79231526;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:37:28:17:4:15,3:24,0:0.857143,0:7,3:8,0:10:7:11,0:13,0:3:1 chr15 79231527 . A G 52.8 PASS AF=0.235294;AO=9;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0213569;FXX=0.0285633;HRUN=10;LEN=1;MLLD=97.8961;QD=6.21203;RBI=0.0268719;REFB=-0.000393396;REVB=0.0163091;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243717;STB=0.749375;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000266517;OID=.;OPOS=79231527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:24:26:9:8:0.235294:6:3:13:11:6:2:15:11 chr15 79277247 . A C 1397.11 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270336;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.47;QD=62.7913;RBI=0.0278949;REFB=0;REVB=0.0068784;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34413e-05;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:44:45:0:0 chr15 79586361 . T C 191.37 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.227;QD=47.8433;RBI=0.0485385;REFB=0;REVB=0.0253526;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197651;OID=.;OPOS=79586361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:5:11:0:0 chr15 79588710 . C T 374.16 PASS AF=0.653061;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00883299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.455;QD=30.5437;RBI=0.0334958;REFB=-0.0452972;REVB=-0.0323102;RO=16;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510124;STB=0.522921;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0236303;OID=.;OPOS=79588710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:16:17:31:32:0.653061:18:13:8:8:19:13:8:9 chr15 79589174 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00630739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.94;QD=35.5759;RBI=0.0790786;REFB=0;REVB=0.0788266;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000893911;OID=.;OPOS=79589174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr15 79590208 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00208026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.503;QD=48.7372;RBI=0.00560698;REFB=0;REVB=0.00520679;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4101e-05;OID=.;OPOS=79590208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr15 79590533 . CT C 34.55 PASS AF=0.28;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0608462;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.6927;QD=5.52734;RBI=0.100942;REFB=0.0319633;REVB=0.0805417;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.304348;SSSB=-0.0196188;STB=0.533234;STBP=0.908;TYPE=del;VARB=-0.0644739;OID=.;OPOS=79590534;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:6:26:7:25:18:1:6:3:15:34:17:1:5:3:14 chr15 79606137 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.381;QD=55.6546;RBI=0.0734056;REFB=0;REVB=0.0732911;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230574;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr15 79614418 . A G 1514.89 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.576;QD=62.4699;RBI=0.0248943;REFB=-0.118981;REVB=0.0207652;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505493;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000245647;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:45:51:0:0:45:51:0:1 chr15 79748603 . C T 185.48 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0463016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.682;QD=13.7394;RBI=0.0476234;REFB=-0.0179371;REVB=-0.0111423;RO=32;SAF=7;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133435;STB=0.576851;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0278542;OID=.;OPOS=79748603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:15:7:14:18:15:7:14:18 chr15 79750307 . T C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00520242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.301;QD=39.3176;RBI=0.0357038;REFB=-0.0220926;REVB=-0.0353228;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555467;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00582871;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:9:4:0:0:9:4:1:0 chr15 79755604 . A G 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00231304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.407;QD=8.5249;RBI=0.00296186;REFB=-0.00518981;REVB=0.00184998;RO=38;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196364;STB=0.612752;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0140829;OID=.;OPOS=79755604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:39:16:16:0.290909:4:12:23:15:4:12:24:15 chr15 79764054 . TTG T,TT,TTT 306.7 PASS AF=0,1,0;AO=4,6,17;DP=34;FAO=0,24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665129,-0.00661458,-0.00668417;FXX=0.11107;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=153.543,156.433,154.936;QD=51.1166;RBI=0.0620683,0.0440464,0.0289915;REFB=0,0,0;REVB=0.0617109,0.0435469,0.0282104;RO=4;SAF=1,4,9;SAR=3,2,8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.223593,0.119263,0.0102057;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0190136,-0.0013393,0.00370152;OID=.,.,.;OPOS=79764055,79764056,79764056;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,6,17:34:0,24,0:24:0:0,13,0:0,11,0:0:0:3:4:1,4,9:3,2,8:2:2 chr15 80191343 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00195813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.821;QD=11.8414;RBI=0.0177409;REFB=-0.00835688;REVB=-0.0176325;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182307;STB=0.510539;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0149638;OID=.;OPOS=80191343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:12:11:18:21:12:11:18:21 chr15 80215300 . T C 141.44 PASS AF=0.363636;AO=17;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00188667;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.051;QD=12.8585;RBI=0.00827904;REFB=-0.0321251;REVB=0.0080612;RO=28;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201723;STB=0.66888;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0334454;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:28:28:17:16:0.363636:4:13:17:11:3:13:17:11 chr15 80216532 . A T 264.81 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00518669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.825;QD=20.7691;RBI=0.0136988;REFB=-0.0216329;REVB=0.0126789;RO=24;SAF=8;SAR=19;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932333;STB=0.551688;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0180304;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:19:8:5:19:19:8:5:19 chr15 80217100 . A G 359.47 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0180461;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0039;QD=16.916;RBI=0.0274275;REFB=-0.0352189;REVB=0.0206545;RO=47;SAF=15;SAR=23;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116015;STB=0.565183;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.034103;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:47:47:38:38:0.447059:23:15:24:23:23:15:24:23 chr15 80259964 . C T 141.53 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0394237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4825;QD=11.1006;RBI=0.0835146;REFB=0.00525448;REVB=-0.0736238;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170102;STB=0.600829;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0185893;OID=.;OPOS=80259964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:17:17:6:11:17:17 chr15 80260014 . T C 152.13 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0961193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4258;QD=13.2284;RBI=0.0968319;REFB=0.00175748;REVB=0.0117257;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285559;STB=0.666473;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0019313;OID=.;OPOS=80260014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:11:18:6:11:11:18 chr15 80263217 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0289275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.935;QD=21.0649;RBI=0.0328359;REFB=-0.00510744;REVB=0.0155369;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370741;STB=0.520816;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00506209;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:12:12:11:13:12:12:11:13 chr15 80263345 . A C 246.94 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0199904;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.378;QD=23.5183;RBI=0.02026;REFB=0.00591879;REVB=0.00329398;RO=18;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707973;STB=0.525965;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00454834;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:19:23:23:0.547619:12:11:7:11:12:11:8:11 chr15 80263406 . C T 113.12 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00625222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9377;QD=17.4032;RBI=0.0167455;REFB=-0.00305713;REVB=-0.0155345;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.58428;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00273211;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:12:13:0.5:9:3:6:7:9:4:6:7 chr15 80454707 . G A 207.88 PASS AF=0.45098;AO=20;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0436579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.963;QD=16.3042;RBI=0.0436866;REFB=-0.0255481;REVB=0.00158331;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848809;STB=0.547403;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.032769;OID=.;OPOS=80454707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:28:20:23:0.45098:7:13:16:12:8:15:16:12 chr15 80672506 . T C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.006208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1312;QD=16.9406;RBI=0.038486;REFB=-0.00121794;REVB=0.037982;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214869;STB=0.623817;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00279651;OID=.;OPOS=80672506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:11:13:14:5:11:13 chr15 80690335 . C T 205.25 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0379208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.071;QD=14.6605;RBI=0.0387266;REFB=-0.015816;REVB=-0.00785881;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267402;STB=0.645443;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0196322;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:17:7:17:14:17:7:17:15 chr15 81047404 . T C 165.45 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0238106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.4798;QD=11.4102;RBI=0.0323814;REFB=-0.012594;REVB=0.0219456;RO=37;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17531;STB=0.602309;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0137968;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:7:14:19:18:7:14:19:18 chr15 81047829 . C A 220.41 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=-0.00416059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.56;QD=16.0295;RBI=0.00473681;REFB=0.00185048;REVB=0.00226426;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308451;STB=0.672291;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00377263;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:6:24:12:13:6:24 chr15 81212608 . G A 392.33 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00317314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.021;QD=50.6226;RBI=0.0166966;REFB=-0.165014;REVB=-0.0163923;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.503368;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0011919;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:29:29:0.935484:16:13:1:0:16:13:1:1 chr15 81429013 . G A 273.31 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00851368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.572;QD=31.2359;RBI=0.0186238;REFB=-0.00858018;REVB=-0.0165639;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126209;STB=0.56932;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0025816;OID=.;OPOS=81429013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:11:11:24:24:0.685714:14:10:7:4:14:10:7:4 chr15 81475223 . C T 183.1 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00141607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.531;QD=25.2545;RBI=0.02397;REFB=0.00957501;REVB=0.0239282;RO=11;SAF=1;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475673;STB=0.67582;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00604239;OID=.;OPOS=81475223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:11:11:17:18:0.62069:16:1:4:7:16:2:4:7 chr15 81578139 . C T 385.18 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.000430205;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.575;QD=20.543;RBI=0.000562981;REFB=-0.0233264;REVB=-0.000363142;RO=36;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786844;STB=0.543666;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0188762;OID=.;OPOS=81578139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:26:13:15:21:26:13:15:21 chr15 81582868 . G A 1171.99 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.865;QD=60.8824;RBI=0.0573312;REFB=0;REVB=0.0397771;RO=0;SAF=29;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156294;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:48:29:0:0:48:29:0:0 chr15 81584925 . C T 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0101935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.201;QD=37.411;RBI=0.0276203;REFB=-0.0173715;REVB=0.0256704;RO=5;SAF=14;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705678;STB=0.558231;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00923979;OID=.;OPOS=81584925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:5:6:23:23:0.793103:9:14:2:3:9:14:2:4 chr15 81600995 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.04;QD=60.9774;RBI=0.0154474;REFB=0;REVB=0.00457988;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29487e-05;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr15 82443939 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0182232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.13;QD=19.179;RBI=0.0327211;REFB=-0.0210013;REVB=-0.0271769;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131312;STB=0.575046;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0234509;OID=.;OPOS=82443939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:5:6:5:8:5:6 chr15 82444437 . A G 186.16 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0702028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3732;QD=19.5954;RBI=0.0702029;REFB=-0.00971049;REVB=-9.37255e-05;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103453;STB=0.558223;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00574577;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:14:5:7:12:14:5 chr15 82444663 . T C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00568886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.621;QD=11.3685;RBI=0.0241111;REFB=-0.0122135;REVB=0.0234304;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279999;STB=0.66637;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0250121;OID=.;OPOS=82444663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:12:7:7:4:12:7 chr15 82456227 . T C 468.5 PASS AF=0.480769;AO=50;DP=104;FAO=50;FDP=104;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00324498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2492;QD=18.0192;RBI=0.0148362;REFB=0.00535591;REVB=0.0144769;RO=52;SAF=26;SAR=24;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713418;STB=0.548714;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0113193;OID=.;OPOS=82456227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:54:50:50:0.480769:24:26:23:29:24:26:23:31 chr15 82512429 . C G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7042;QD=62.0215;RBI=0.038266;REFB=0;REVB=-0.0179731;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119029;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr15 82555242 . A G 155.1 PASS AF=0.355932;AO=16;DP=54;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00779095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.657;QD=10.5151;RBI=0.0121997;REFB=-0.0326839;REVB=0.00938795;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196105;STB=0.527001;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0697242;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:59:38:38:16:21:0.355932:9:7:16:22:13:8:16:22 chr15 82558034 . G C 522.2 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.396;QD=58.0223;RBI=0.0401058;REFB=0;REVB=0.00662403;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102699;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:18:16:0:0:19:17:0:0 chr15 82563991 . C T 194.95 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0358659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.739;QD=17.7226;RBI=0.036876;REFB=-0.0154378;REVB=0.00857168;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286446;STB=0.670236;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0204271;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:19:20:0.454545:12:7:16:8:13:7:16:8 chr15 82574879 . T C 97.31 PASS AF=0.55;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00194655;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.171;QD=19.462;RBI=0.0500788;REFB=-0.00156524;REVB=0.050041;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0016129;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:20:9:9:11:11:0.55:7:4:2:7:7:4:2:7 chr15 82637060 . C CT 122.81 PASS AF=1;AO=3;DP=16;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0925532;FXX=0.312305;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.267;QD=44.6563;RBI=0.0925544;REFB=0;REVB=-0.00046109;RO=12;SAF=3;SAR=0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00220695;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:16:11:11:0:11:0:0:0:3:12:3:0:8:4 chr15 82637061 . C T 99.32 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.108216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.8111;QD=24.8303;RBI=0.14164;REFB=-0.173009;REVB=0.0913842;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591994;STB=0.556863;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0277505;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:16:16:4:5:11:11:0.6875:4:7:3:1:4:7:4:1 chr15 82637078 . C CT 99.52 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586758;FXX=0.0832639;HRUN=0;LEN=1;MLLD=150.413;QD=36.1883;RBI=0.132614;REFB=0;REVB=-0.118927;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497441;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0224848;OID=.;OPOS=82637079;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:16:11:11:0:7:4:0:0:3:14:2:0:9:5 chr15 82637079 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0676569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.334;QD=30.5947;RBI=0.0683867;REFB=-0.0467414;REVB=-0.00996407;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0027506;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:2:0:5:5:2:0 chr15 83215251 . T C 130.28 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.5;QD=43.4268;RBI=0.0388233;REFB=0;REVB=-0.0358899;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0005009;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chr15 83224696 . C T 1034.7 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0305526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.65;QD=56.6957;RBI=0.0305582;REFB=-0.0977107;REVB=0.00058585;RO=2;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236314;STB=0.512496;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.000758292;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:39:32:0:2:39:32:0:2 chr15 83297138 . C T 359.01 PASS AF=1;AO=21;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.903;QD=55.2325;RBI=0.0971298;REFB=0;REVB=0.0949044;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054573;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:21:26:1:8:13:0:0:13:13:0:0 chr15 83428193 . G A 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0160123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.552;QD=30.1269;RBI=0.0176307;REFB=-0.0113174;REVB=-0.00737892;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253442;STB=0.513942;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00575654;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:11:13:6:6:11:13:6:6 chr15 83680287 . A G 2191.54 PASS AF=0.973684;AO=148;DP=152;FAO=148;FDP=152;FR=.;FRO=4;FSAF=73;FSAR=75;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0413882;FXX=0.00653552;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.305;QD=57.672;RBI=0.0414325;REFB=-0.193869;REVB=0.00191624;RO=1;SAF=73;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00629954;STB=0.500178;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.000543012;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:152:152:1:4:148:148:0.973684:75:73:0:1:75:73:2:2 chr15 84488636 . A G 872.05 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0629297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.349;QD=56.2614;RBI=0.0630319;REFB=-0.121952;REVB=-0.00358797;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000271121;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:34:26:1:0:34:27:1:0 chr15 84493651 . T C 1421.21 PASS AF=0.958763;AO=91;DP=96;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0662366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4175;QD=58.6066;RBI=0.0670929;REFB=-0.101027;REVB=-0.0106851;RO=4;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378733;STB=0.519996;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00832829;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:97:4:4:91:93:0.958763:48:43:0:4:48:45:0:4 chr15 84539619 . C G 578.63 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9139;QD=59.3466;RBI=0.0304512;REFB=0;REVB=0.00159005;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519135;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr15 84581904 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00741367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6189;QD=60.2298;RBI=0.142732;REFB=0;REVB=0.14254;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175104;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr15 84582124 . G T 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.401;QD=59.4337;RBI=0.0589673;REFB=0;REVB=0.0588914;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305406;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr15 84639350 . C T 443.71 PASS AF=0.506329;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=28;FWDB=0.0249143;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.409;QD=22.4664;RBI=0.0249928;REFB=-0.0167999;REVB=0.00197871;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=2;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30115;STB=0.642159;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0188981;OID=.;OPOS=84639350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:30:32:39:40:0.506329:23:16:2:28:23:17:4:28 chr15 84651185 . C A 471.82 PASS AF=0.619718;AO=44;DP=71;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.033944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.772;QD=26.5811;RBI=0.0369097;REFB=-0.0101868;REVB=-0.0144958;RO=27;SAF=21;SAR=23;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293787;STB=0.501603;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0053905;OID=.;OPOS=84651185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:27:44:44:0.619718:23:21:13:14:23:21:13:14 chr15 84651290 . T C 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0938823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.515;QD=21.5459;RBI=0.0949591;REFB=-0.00212503;REVB=0.01426;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247621;STB=0.640814;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000914998;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:6:4:10:4:6:4 chr15 84909385 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0837763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5054;QD=23.3996;RBI=0.0945834;REFB=-0.0537233;REVB=-0.0439038;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290717;STB=0.666261;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.025156;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:0:3:3:5:0:3 chr15 84958367 . C T 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0064717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.661;QD=24.3896;RBI=0.0244179;REFB=-0.0293514;REVB=0.0235446;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898413;STB=0.549951;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0219325;OID=.;OPOS=84958367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:10:4:8:12:10:4 chr15 85149771 . G T 267.84 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0619714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0398;QD=16.233;RBI=0.0622906;REFB=-0.00764882;REVB=0.00629759;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010932;STB=0.506156;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0103841;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:17:13:16:20:17:13:16:20 chr15 85163998 . G C 155.97 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00430252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.783;QD=15.9971;RBI=0.042136;REFB=-0.010831;REVB=0.0419158;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408071;STB=0.681208;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0251111;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:22:16:17:0.435897:11:5:15:5:11:6:15:7 chr15 85186876 . ACTTGGCTCCGTGTTCCAT A 81.57 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=82;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=-0.00717572;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=18;MLLD=451.149;QD=4.29332;RBI=0.0165797;REFB=-0.0106659;REVB=-0.0149464;RO=57;SAF=5;SAR=9;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328066;STB=0.502046;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.049461;OID=.;OPOS=85186877;OREF=CTTGGCTCCGTGTTCCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.184211:14:82:14:76:62:5:9:22:40:81:57:5:9:19:38 chr15 85188994 . T C 93.78 PASS AF=0.52381;AO=12;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0382103;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.2;QD=17.8628;RBI=0.0471373;REFB=-0.0119055;REVB=0.0276025;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140099;STB=0.621126;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0073019;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:21:10:10:12:11:0.52381:8:4:5:5:8:3:5:5 chr15 85189362 . CTGGGGGG CTGGGGGT,GCTGGGGG 244.03 PASS AF=0.545455,0;AO=14,2;DP=44;FAO=24,0;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=9,0;FSAR=15,0;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0923198,0.10853;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=31.0725,12.1186;QD=22.1842;RBI=0.0937127,0.109774;REFB=0.0602797,0.0963764;REVB=0.0160975,0.0164793;RO=10;SAF=6,2;SAR=8,0;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0215412,0.612877;STB=0.558774,0.5;STBP=0.449,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0476944,0;OID=.,.;OPOS=85189369,85189362;OREF=G,CTG;OALT=T,GCT;OMAPALT=CTGGGGGT,GCTGGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:10:20:14,2:24,0:0.545455,0:8,0:6,2:4:6:15,0:9,0:10:10 chr15 85200426 . C T 178.95 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00338829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6707;QD=15.5612;RBI=0.0261357;REFB=-0.00934538;REVB=0.0259151;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223845;STB=0.583249;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.014272;OID=.;OPOS=85200426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:27:19:19:0.413043:9:10:18:6:9:10:18:9 chr15 85333953 . A G 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00205579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.27;QD=14.5325;RBI=0.00337664;REFB=-0.00933046;REVB=0.0026787;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103695;STB=0.558842;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0142146;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:13:16:18:22:13:16:18:22 chr15 85360101 . T C 345.1 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.012603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.461;QD=16.6314;RBI=0.0128064;REFB=-0.0233769;REVB=0.00227316;RO=46;SAF=27;SAR=10;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139565;STB=0.578822;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0249108;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:10:27:28:18:10:27:28:18 chr15 85383839 . G A 281.23 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0215169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.698;QD=21.2252;RBI=0.0217662;REFB=-0.0233132;REVB=-0.00328455;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541011;STB=0.530006;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0182622;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:10:14:15:14:10:14 chr15 85401259 . C T 298.38 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0369947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4939;QD=23.8701;RBI=0.0588902;REFB=-0.0325461;REVB=0.0458197;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331718;STB=0.531227;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0294505;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:17:10:9:13:17:10:10:13 chr15 85401419 . T C 184.59 PASS AF=0.328767;AO=23;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0118648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.882;QD=10.1147;RBI=0.0124108;REFB=-0.0268176;REVB=-0.00364097;RO=48;SAF=12;SAR=11;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471311;STB=0.547906;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0346975;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:48:49:23:24:0.328767:11:12:27:21:12:12:28:21 chr15 85401571 . T TC 34.64 PASS AF=0.25;AO=7;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00639637;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=101.562;QD=4.32943;RBI=0.0135214;REFB=-0.00402417;REVB=-0.0119128;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108265;STB=0.653469;STBP=0.34;TYPE=ins;VARB=0.143796;OID=.;OPOS=85401572;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:33:8:32:24:5:3:10:14:34:25:4:3:12:13 chr15 85402610 . G A 458.65 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00486466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9623;QD=23.5204;RBI=0.0274409;REFB=0.00493151;REVB=0.0270063;RO=34;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140295;STB=0.576889;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00331241;OID=.;OPOS=85402610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:22:22:11:23:22:22:11:23 chr15 85411941 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00672152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.824;QD=15.7001;RBI=0.0192228;REFB=-0.0188744;REVB=-0.0180094;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0320482;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:7:12:8:7:7:12 chr15 85467275 . C T 284.29 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0573804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.868;QD=17.768;RBI=0.0573819;REFB=-0.00443664;REVB=0.0004265;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461717;STB=0.502584;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00573041;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:18:13:14:19:18:13:14:19 chr15 85476441 . G A 398.2 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495657;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.466;QD=56.8852;RBI=0.058796;REFB=0;REVB=0.0316262;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617937;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:23:3:0:0:25:3:0:0 chr15 85478410 . A G 418.03 PASS AF=1;AO=24;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4706;QD=53.9398;RBI=0.0787133;REFB=0;REVB=0.0337709;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168754;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:24:31:1:10:14:0:0:12:19:0:0 chr15 86087309 . T C 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00219174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.073;QD=17.064;RBI=0.00291953;REFB=-0.0138581;REVB=0.00192871;RO=31;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330929;STB=0.685789;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0200711;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:19:9:21:10:19:9:21:10 chr15 86122779 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.043279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.172;QD=22.6;RBI=0.043343;REFB=-0.0119655;REVB=-0.00235347;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183616;STB=0.602324;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0067806;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:14:6:12:11:14:6 chr15 86122916 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0211392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.548;QD=21.6305;RBI=0.0227799;REFB=-0.0196342;REVB=0.00848868;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933603;STB=0.55169;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0168627;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:10:14:14:16:10:14 chr15 86123019 . C T 58.59 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0229625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.402;QD=14.6478;RBI=0.041452;REFB=-0.0360578;REVB=0.0345107;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105859;STB=0.562346;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0444943;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:3:5:4:4:3:5 chr15 86123833 . T C 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0201552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.493;QD=23.3814;RBI=0.0204168;REFB=-0.00828239;REVB=0.00325772;RO=14;SAF=15;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268771;STB=0.651997;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.005515;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:4:15:7:7:4:15:7:7 chr15 86123924 . C T 273.84 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.000470953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.158;QD=24.8943;RBI=0.0136409;REFB=-0.0368596;REVB=-0.0136328;RO=19;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136729;STB=0.582213;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0184718;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:24:25:0.568182:11:13:7:12:11:14:7:12 chr15 86123988 . G A 358.86 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00247001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7863;QD=25.1832;RBI=0.0173778;REFB=0.00253482;REVB=-0.0172014;RO=22;SAF=18;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100582;STB=0.505513;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00239445;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:17:18:11:11:17:18:11:11 chr15 86124419 . C T 36.13 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0150578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.498;QD=6.56965;RBI=0.0160196;REFB=-0.00765367;REVB=-0.00546724;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320963;STB=0.705222;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0236917;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:10:6:4:2:10:6 chr15 86124483 . C G 73.84 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0219178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8433;QD=10.1844;RBI=0.0219677;REFB=-0.0030585;REVB=-0.00148022;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.577462;STB=0.830552;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00871064;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:18:19:10:10:0.344828:8:2:14:4:8:2:14:5 chr15 86124555 . G A 133.06 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00611187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.586;QD=15.2066;RBI=0.00906387;REFB=-0.00510469;REVB=0.00669319;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17156;STB=0.627277;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00494606;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:20:13:15:0.428571:8:5:11:9:10:5:11:9 chr15 86124616 . A G 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0247322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.724;QD=14.7347;RBI=0.0396421;REFB=-0.0184076;REVB=-0.030981;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13914;STB=0.578889;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.021057;OID=.;OPOS=86124616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:12:15:15:21:12:15:15:21 chr15 86124946 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0124523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.682;QD=13.2053;RBI=0.014469;REFB=0.00469305;REVB=-0.00736828;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207272;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00499448;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:4:2:3:2:4:2:4:2 chr15 86124968 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0143055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.806;QD=13.6312;RBI=0.0148023;REFB=-0.043574;REVB=0.00380278;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0406357;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:4:4:5:3:4:4:5:4 chr15 86125031 . G A 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0102439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.636;QD=25.4985;RBI=0.0137697;REFB=-0.0227254;REVB=0.00920151;RO=14;SAF=18;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128189;STB=0.553797;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0129514;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:16:23:23:0.589744:5:18:9:5:5:18:11:5 chr15 86287910 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00186349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.148;QD=9.11039;RBI=0.00554354;REFB=-0.01588;REVB=0.00522095;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160269;STB=0.599733;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0369454;OID=.;OPOS=86287910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:10:6:2:6:10:6 chr15 86288518 . G C 145.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.049029;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1729;QD=15.367;RBI=0.0942142;REFB=-0.0174881;REVB=-0.0804516;RO=22;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187268;STB=0.609229;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0223588;OID=.;OPOS=86288518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:12:4:9:13:12:4:9:13 chr15 86292324 . G C 724.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.321;QD=61.6864;RBI=0.034008;REFB=0;REVB=0.026329;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011845;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:19:28:0:0 chr15 86313048 . T C 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0198585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.801;QD=16.1181;RBI=0.0238176;REFB=-0.0116715;REVB=0.0131499;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256116;STB=0.648398;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0210473;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:8:5:8:4:8:5 chr15 86368898 . G A 685.71 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.015;QD=52.7468;RBI=0.016931;REFB=-0.0784422;REVB=0.00133111;RO=2;SAF=37;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247699;STB=0.513153;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00124027;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:52:2:2:50:50:0.961538:13:37:2:0:13:37:2:0 chr15 86368959 . A T 1151.39 PASS AF=0.930233;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0456117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7716;QD=53.5532;RBI=0.0536327;REFB=-0.0242484;REVB=0.0282142;RO=6;SAF=52;SAR=28;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267853;STB=0.514172;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.026889;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:86:86:6:6:80:80:0.930233:28:52:5:1:28:52:5:1 chr15 86807761 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00943919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.29;QD=15.5715;RBI=0.0253342;REFB=-0.00629502;REVB=0.02351;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347389;STB=0.705461;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0125217;OID=.;OPOS=86807761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:6:6:9:2:6:6 chr15 86814866 . A G 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0112984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6483;QD=18.6362;RBI=0.0127135;REFB=0.0223435;REVB=-0.00582919;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269789;STB=0.652492;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0100097;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:4:12:7:9:4:12 chr15 86838497 . C T 255.65 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0288927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.923;QD=29.2176;RBI=0.0419829;REFB=-0.0160526;REVB=-0.0304594;RO=12;SAF=15;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996308;STB=0.50549;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0118719;OID=.;OPOS=86838497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:8:15:8:4:8:15:8:4 chr15 86940622 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.631;QD=57.5449;RBI=0.0489022;REFB=0;REVB=0.0488212;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145206;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr15 87217613 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.6;QD=57.6785;RBI=0.0484847;REFB=0;REVB=0.0219404;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583341;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr15 87531281 . A C 1503.26 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000551253;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9837;QD=61.3575;RBI=0.0414689;REFB=0.130128;REVB=0.0414653;RO=2;SAF=45;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00121382;STB=0.50064;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00277102;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:98:2:2:96:96:0.979592:51:45:1:1:51:45:1:1 chr15 88476365 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.021071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.529;QD=14.3344;RBI=0.0211639;REFB=-0.0200408;REVB=-0.00198102;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05285;STB=0.53069;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0296767;OID=.;OPOS=88476365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:7:10:14:12:7:10:14:12 chr15 88679785 . G A 904.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00307257;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.943;QD=58.3428;RBI=0.0411343;REFB=0;REVB=0.0410194;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406133;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:27:35:0:0:27:35:0:0 chr15 89169858 . A G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00165422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.939;QD=15.5701;RBI=0.0178957;REFB=-0.003746;REVB=-0.0178191;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198913;STB=0.615787;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00532407;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:7:5:7:4:7:5 chr15 89172558 . G C 340.0 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-8.05153e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.164;QD=29.565;RBI=0.00517397;REFB=-0.0132845;REVB=0.00517397;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270325;STB=0.647996;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0077416;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:17:12:14:3:17:12:14:3 chr15 89173657 . A T 126.42 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00245809;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.594;QD=21.9868;RBI=0.00483798;REFB=0.0132543;REVB=0.00416699;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518484;STB=0.522355;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00392306;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:8:9:13:14:0.608696:4:9:5:3:4:10:6:3 chr15 89173732 . T C 572.85 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0677566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5486;QD=55.8878;RBI=0.0684691;REFB=-0.0216919;REVB=0.00985217;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218009;STB=0.522716;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00271367;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:18:21:1:0:18:21:2:0 chr15 89174748 . G C 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0197204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.413;QD=15.7836;RBI=0.0197439;REFB=-0.00908303;REVB=0.000963372;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517366;STB=0.790465;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0129037;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:16:1:9:5:16:1 chr15 89182596 . A G 366.78 PASS AF=0.6;AO=35;DP=59;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.013619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.245;QD=24.4522;RBI=0.0273665;REFB=-0.0206665;REVB=-0.0237371;RO=24;SAF=27;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175332;STB=0.581585;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0245561;OID=.;OPOS=89182596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:24:35:36:0.6:8:27:14:10:9:27:14:10 chr15 89193497 . A T 295.64 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0106666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5504;QD=28.8429;RBI=0.05465;REFB=-0.0154952;REVB=0.0535989;RO=15;SAF=5;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242043;STB=0.634645;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00898734;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:21:5:7:8:21:5:7:8 chr15 89195178 . G C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.468;QD=62.022;RBI=0.0194868;REFB=0;REVB=0.00696114;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04999e-05;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr15 89195245 . C T 92.67 PASS AF=0.428571;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.022043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7702;QD=13.2379;RBI=0.0220765;REFB=-0.0026529;REVB=0.00121515;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.555467;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0061802;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:27:28:16:16:10:12:0.428571:4:6:12:4:4:8:12:4 chr15 89195526 . A G 746.83 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.719;QD=63.56;RBI=0.0359175;REFB=0;REVB=0.0032056;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175136;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr15 89392745 . T C 2105.99 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143351;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5203;QD=62.8653;RBI=0.0201742;REFB=0;REVB=0.0141952;RO=0;SAF=72;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79172e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28025e-05;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:133:134:1:61:72:0:0:61:73:0:0 chr15 89398553 . C A 144.07 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00510163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.439;QD=16.0082;RBI=0.00515872;REFB=-0.0325291;REVB=-0.000765319;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665023;STB=0.555487;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.028416;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:7:8:12:8:8:8:12:8 chr15 89401109 . A G 570.83 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=102;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0159499;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.048;QD=22.6069;RBI=0.0295965;REFB=-0.0106285;REVB=0.0249309;RO=45;SAF=26;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00194458;STB=0.501066;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00728159;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:45:45:56:56:0.554455:30:26:21:24:30:26:21:24 chr15 89401615 . T G 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0719176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.48;QD=18.0473;RBI=0.0719389;REFB=-0.00465663;REVB=-0.00175261;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442187;STB=0.749582;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00654406;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:0:8:4:6:0:8 chr15 89402051 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0418758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.497;QD=21.169;RBI=0.0421333;REFB=-0.0151184;REVB=-0.00465111;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.636015;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00489684;OID=.;OPOS=89402051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:3:0:3:4:3:0 chr15 89402239 . T C 39.3 PASS AF=0.375;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0220098;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.408;QD=9.82572;RBI=0.0258211;REFB=-0.0328654;REVB=0.0135017;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0251227;OID=.;OPOS=89402239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr15 89417238 . A G 86.31 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0406948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.783;QD=12.3297;RBI=0.0589437;REFB=-0.0256024;REVB=-0.0426415;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23631;STB=0.642565;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0276234;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:6:11:9:2:6:11 chr15 89421327 . A G 383.07 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.011913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6384;QD=20.1613;RBI=0.0120907;REFB=-0.0650996;REVB=0.00206528;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790106;STB=0.550966;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0396981;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:23:16:18:18:23:16:19:18 chr15 89421405 . G A 218.14 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.012986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3941;QD=15.5815;RBI=0.0360418;REFB=-0.0327958;REVB=0.033621;RO=31;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13089;STB=0.582667;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0399575;OID=.;OPOS=89421405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:31:31:24:25:0.446429:10:14:14:17:10:15:14:17 chr15 89422286 . C T 295.33 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0196135;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.962;QD=27.4724;RBI=0.0204445;REFB=-0.0188194;REVB=-0.0057697;RO=16;SAF=22;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430087;STB=0.516765;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00583937;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:16:17:26:26:0.604651:4:22:13:3:4:22:14:3 chr15 89430506 . C T 299.01 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=33;FWDB=0.0615965;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.308;QD=15.7373;RBI=0.0631825;REFB=-0.0169903;REVB=-0.0140675;RO=43;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14961;STB=0.583737;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0253079;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:21:12:10:33:21:12:10:33 chr15 89436244 . T C 703.49 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00689907;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1978;QD=62.532;RBI=0.0238091;REFB=0;REVB=0.0227876;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089106;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:31:12:0:0:33:12:0:0 chr15 89436295 . G A 708.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5658;QD=62.9729;RBI=0.0114636;REFB=0;REVB=0.0108508;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113733;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr15 89450003 . G A 113.04 PASS AF=0.5;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0242207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4139;QD=17.3907;RBI=0.0315405;REFB=-0.0283202;REVB=-0.0202031;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022323;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305503;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:13:13:0.5:10:3:3:9:10:3:3:10 chr15 89450546 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.207;QD=63.5829;RBI=0.051829;REFB=0;REVB=0.0446502;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199767;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr15 89450587 . G T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.689;QD=54.4808;RBI=0.0181218;REFB=-0.0441313;REVB=-0.0114374;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00396793;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr15 89739259 . G C 138.11 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.141418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4495;QD=13.1536;RBI=0.144919;REFB=-0.0361784;REVB=0.0316641;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127887;STB=0.558211;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0618577;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:17:8:7:9:17:9 chr15 89740373 . G C 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0864753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.344;QD=18.8191;RBI=0.0864889;REFB=-0.0382791;REVB=-0.00153597;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013628;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0305523;OID=.;OPOS=89740373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:4:6:7:5:4:6 chr15 89740384 . T G 101.52 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00770176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4587;QD=16.9202;RBI=0.0172318;REFB=-0.0251889;REVB=-0.0154149;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296512;STB=0.543407;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0284444;OID=.;OPOS=89740384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:11:12:0.5:7:4:4:8:7:5:4:8 chr15 89740469 . T C 317.25 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0127788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.788;QD=25.8982;RBI=0.0137931;REFB=-0.0418781;REVB=-0.00519158;RO=21;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139848;STB=0.577492;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0184148;OID=.;OPOS=89740469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:11:17:9:12:11:17:9:12 chr15 89740616 . G A 1204.02 PASS AF=1;AO=74;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00813601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0315;QD=60.201;RBI=0.0316445;REFB=0;REVB=0.0305807;RO=0;SAF=55;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220907;OID=.;OPOS=89740616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:74:80:1:19:55:0:0:22:58:0:0 chr15 89744476 . G T 1959.88 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.448;QD=61.7285;RBI=0.054506;REFB=0;REVB=0.00561951;RO=0;SAF=59;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.81283e-05;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:122:127:0:0:122:127:1:63:59:0:0:63:64:0:0 chr15 89804043 . C T 61.49 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0545787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2373;QD=7.23424;RBI=0.0605615;REFB=-0.0382341;REVB=-0.0262462;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530852;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0732924;OID=.;OPOS=89804043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:15:10:4:5:15:10 chr15 89806710 . C T 151.86 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0603061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1234;QD=13.499;RBI=0.0648035;REFB=-0.0157646;REVB=0.0237206;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337261;STB=0.677206;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0178839;OID=.;OPOS=89806710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:5:12:10:16:5:12:12:16 chr15 89836228 . G C 64.44 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0249209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0169;QD=9.9139;RBI=0.0267733;REFB=-0.00305034;REVB=0.00978569;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175982;STB=0.608434;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0122346;OID=.;OPOS=89836228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:7:2:6:11:7:2:6:11 chr15 89838236 . G A 767.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3203;QD=62.6809;RBI=0.0344541;REFB=0;REVB=-0.00277791;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000385757;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:19:28:0:0:21:28:0:0 chr15 89858602 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.761;QD=51.1842;RBI=0.0496604;REFB=0;REVB=0.041605;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750993;OID=.;OPOS=89858602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr15 89876587 . GTC CGT,GT 32.64 PASS AF=0,0.142857;AO=7,16;DP=105;FAO=0,15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=0,2;FSAR=0,13;FSRF=49;FSRR=41;FWDB=-0.00367112,0.127655;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=75.0039,15.199;QD=1.24349;RBI=0.023533,0.130986;REFB=-0.00417506,-0.0171146;REVB=-0.0232449,0.0293524;RO=77;SAF=7,2;SAR=0,14;SRF=40;SRR=37;SSEN=0,0.320755;SSEP=0,0;SSSB=0.574807,-0.527076;STB=0.5,0.859433;STBP=1,0.004;TYPE=mnp,del;VARB=0,-0.0157091;OID=.,.;OPOS=89876587,89876589;OREF=GTC,C;OALT=CGT,-;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:105:105:77:90:7,16:0,15:0,0.142857:0,14:7,2:40:37:0,13:0,2:49:41 chr15 89878377 . A T 1481.13 PASS AF=0.980952;AO=101;DP=105;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0442113;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.357;QD=56.424;RBI=0.0458255;REFB=0.0250115;REVB=-0.0120555;RO=2;SAF=48;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175643;STB=0.509257;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.000221178;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:105:2:2:101:103:0.980952:53:48:0:2:53:50:0:2 chr15 90126121 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0178352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.169;QD=5.00557;RBI=0.0183977;REFB=0.003474;REVB=-0.0045143;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422677;STB=0.78843;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=-0.0104636;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:11:11:1:5:11:11 chr15 90128966 . C T 255.66 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.00101486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.425;QD=11.1155;RBI=0.011362;REFB=-0.00464476;REVB=-0.0113166;RO=58;SAF=14;SAR=17;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227057;STB=0.643409;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0170916;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:58:61:31:31:0.336957:17:14:38:20:17:14:41:20 chr15 90138670 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.062;QD=57.5449;RBI=0.00693715;REFB=0;REVB=-0.00650847;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54274e-06;OID=.;OPOS=90138670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr15 90168108 . C T 724.05 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0494744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.07;QD=54.6455;RBI=0.0652546;REFB=0.0204802;REVB=0.0425494;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000275202;OID=.;OPOS=90168108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:1:0:21:31:1:0 chr15 90168693 . T A 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0145577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.006;QD=17.4026;RBI=0.0360441;REFB=-0.0450625;REVB=0.0329734;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281085;STB=0.539815;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0335209;OID=.;OPOS=90168693;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:5:8:7:5:5:8:7:6 chr15 90170237 . C T 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00795461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.997;QD=22.3942;RBI=0.00968357;REFB=-0.0286971;REVB=-0.00552229;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147024;STB=0.582025;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.035303;OID=.;OPOS=90170237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:8:15:12:13:8:15 chr15 90174789 . C T 285.79 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.053562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1658;QD=15.6598;RBI=0.0556606;REFB=0.00816399;REVB=-0.01514;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297673;STB=0.516785;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00964465;OID=.;OPOS=90174789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:15:17:23:18:15:17:23:18 chr15 90174824 . C T 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000532448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.794;QD=13.0591;RBI=0.000796214;REFB=-0.0145459;REVB=0.000591993;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999708;STB=0.566614;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0276685;OID=.;OPOS=90174824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:40:26:26:0.393939:9:17:22:17:9:17:22:18 chr15 90176073 . C A 233.32 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0834505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.68;QD=16.9683;RBI=0.0843386;REFB=-0.024182;REVB=0.0122071;RO=29;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286041;STB=0.516117;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0243025;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:16:10:12:17:16:10:12:17 chr15 90176432 . T G 1244.05 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.822;QD=61.4347;RBI=0.0226037;REFB=0;REVB=0.00876297;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34138e-05;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:41:38:0:0:42:39:0:0 chr15 90191827 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.719;QD=37.4885;RBI=0.0757833;REFB=0;REVB=0.0747466;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189033;OID=.;OPOS=90191827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr15 90195967 . C G 1220.15 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.7424;QD=60.2543;RBI=0.0315597;REFB=0;REVB=0.00179029;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104059;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.06659e-05;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:81:1:0:80:81:1:45:35:0:1:46:35:0:0 chr15 90196008 . C T 344.23 PASS AF=0.555556;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00364053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.742;QD=21.8557;RBI=0.011292;REFB=-0.0196505;REVB=-0.010689;RO=28;SAF=13;SAR=21;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534664;STB=0.524077;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0119768;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:34:35:0.555556:21:13:9:19:22:13:9:19 chr15 90213229 . G C 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0480893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.349;QD=56.7855;RBI=0.0484191;REFB=-0.0786121;REVB=0.00564166;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125541;STB=0.506696;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00248053;OID=.;OPOS=90213229;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:15:26:1:1:15:26:1:1 chr15 90226947 . C A 251.81 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0221881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2425;QD=14.8124;RBI=0.0519778;REFB=0.00522162;REVB=-0.0470041;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712137;STB=0.540453;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0105029;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:10:19:23:16:10:19:23:16 chr15 90245174 . T A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0268999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.71;QD=13.3418;RBI=0.0362491;REFB=0.0180186;REVB=-0.024298;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597815;STB=0.534572;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0128926;OID=.;OPOS=90245174;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:16:5:9:23:16:5:9:23 chr15 90246336 . A G 58.72 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00354444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.301;QD=6.71094;RBI=0.00354592;REFB=-0.0145462;REVB=-0.000102442;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120907;STB=0.545355;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0387815;OID=.;OPOS=90246336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:34:35:26:26:8:9:0.257143:5:3:10:16:5:4:10:16 chr15 90248819 . A T 112.37 PASS AF=0.419355;AO=14;DP=33;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.000323313;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8369;QD=14.4993;RBI=0.0289631;REFB=-0.00516301;REVB=-0.0289613;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270067;STB=0.649248;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00862068;OID=.;OPOS=90248819;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:16:18:14:13:0.419355:10:4:9:7:9:4:10:8 chr15 90309135 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00350423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.188;QD=12.0207;RBI=0.0243884;REFB=-0.0286819;REVB=-0.0241354;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244899;STB=0.646828;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0568714;OID=.;OPOS=90309135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:3:11:15:10:3:11:15:10 chr15 90344352 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4808;QD=49.5931;RBI=0.0258626;REFB=0;REVB=-0.0238079;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000278595;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr15 90346861 . C T 302.58 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0430552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.621;QD=31.851;RBI=0.0459174;REFB=-0.0547091;REVB=-0.0159579;RO=12;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137843;STB=0.575167;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0047646;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:38:12:12:26:26:0.684211:10:16:10:2:10:16:10:2 chr15 90349558 . C T 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.426;QD=62.4628;RBI=0.0163079;REFB=0;REVB=-0.0159628;RO=0;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73192e-05;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:49:38:0:0:49:38:0:0 chr15 90617539 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00646572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.834;QD=18.8869;RBI=0.0934109;REFB=-0.036222;REVB=0.0931869;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233315;STB=0.631318;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0337547;OID=.;OPOS=90617539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:1:7:5:0:1:7:5:0 chr15 90623052 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0105871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.632;QD=13.959;RBI=0.0134321;REFB=-0.00454688;REVB=-0.0082665;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439386;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00748586;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:3:4:1:6:3:4 chr15 90628537 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0989621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6392;QD=14.6567;RBI=0.0991903;REFB=0.00451048;REVB=-0.00672441;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0032564;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:8:9:7:6:8:9 chr15 90709545 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0154364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5569;QD=22.3981;RBI=0.0589971;REFB=-0.0156989;REVB=0.0569418;RO=18;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290672;STB=0.653699;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.012775;OID=.;OPOS=90709545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:6:16:7:11:6:16:8:11 chr15 90764219 . G A 279.43 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00343742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.757;QD=18.9441;RBI=0.00902653;REFB=-0.0088543;REVB=0.0083464;RO=28;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961608;STB=0.560601;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0104539;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:29:30:30:0.508475:14:16:18:10:14:16:19:10 chr15 90768320 . C T 377.77 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0141218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.555;QD=21.587;RBI=0.0245626;REFB=-0.012518;REVB=0.0200972;RO=32;SAF=13;SAR=25;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213608;STB=0.618174;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0155334;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:25:13:19:13:25:13:19:13 chr15 90771745 . C G 137.07 PASS AF=0.372093;AO=11;DP=44;FAO=16;FDP=43;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00916526;FXX=0.0227221;HRUN=6;LEN=1;MLLD=13.1178;QD=12.7507;RBI=0.259548;REFB=-0.137317;REVB=0.259386;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425352;STB=0.599867;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.10669;OID=.;OPOS=90771745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:44:43:14:20:11:16:0.372093:1:10:9:5:4:12:12:8 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 561.63 PASS AF=0.307692,0,0.692308;AO=7,8,24;DP=39;FAO=12,0,27;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,14;FSAR=8,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136103,0.00872847,0.0146109;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=94.0211,79.7657,98.527;QD=57.6035;RBI=0.0152618,0.0162462,0.0146673;REFB=0,0,0;REVB=-0.00690523,-0.0137022,0.00128568;RO=0;SAF=0,5,13;SAR=7,3,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000496197,0,0.00701755;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.307692,0,0.692308:7,8,24:39:12,0,27:39:0:4,0,14:8,0,13:0:0:51:0:0,5,13:7,3,11:0:0 chr15 90772200 . G A 501.49 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00206376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.912;QD=58.999;RBI=0.0103164;REFB=0;REVB=0.0101079;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66393e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr15 90772831 . C T 428.66 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5506;QD=57.1552;RBI=0.0598798;REFB=0;REVB=0.00550372;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131671;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr15 90774259 . G C 133.08 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0195883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.069;QD=35.4876;RBI=0.0241832;REFB=-0.0766381;REVB=-0.0141819;RO=2;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1501;STB=0.583203;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00654156;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:8:5:2:0:8:5:2:0 chr15 90774447 . TAGAG T 256.08 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651417;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=275.065;QD=51.2154;RBI=0.0664511;REFB=0;REVB=0.0131262;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000393656;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:20:20:0:10:10:0:0:4:0:8:10:0:0 chr15 90784207 . A G 1248.32 PASS AF=1;AO=71;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.455;QD=60.8936;RBI=0.0468627;REFB=0;REVB=0.041966;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012947;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:71:82:1:25:46:0:0:35:47:0:0 chr15 90784250 . T C 1213.23 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109313;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.829;QD=61.4294;RBI=0.0292882;REFB=0;REVB=0.0271717;RO=0;SAF=45;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48128e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:34:45:0:0:34:45:0:0 chr15 90794102 . G A 342.34 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.451;QD=54.7739;RBI=0.0704218;REFB=0;REVB=0.0551797;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386711;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:11:8:0:0:13:12:0:0 chr15 90794757 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.008;QD=47.8219;RBI=0.108539;REFB=0;REVB=0.107714;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150184;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr15 90794845 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.893;QD=54.5137;RBI=0.035394;REFB=0;REVB=-0.0208349;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82415e-05;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr15 90796558 . G A 544.11 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544048;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.424;QD=60.4562;RBI=0.00558788;REFB=0;REVB=-0.00127498;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171574;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr15 90800408 . C G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7197;QD=61.679;RBI=0.0249355;REFB=0;REVB=0.00929723;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041898;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr15 90800449 . C T 437.87 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9812;QD=56.4993;RBI=0.031107;REFB=0;REVB=-0.0306984;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00041877;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr15 90809633 . G A 429.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.509;QD=55.4815;RBI=0.0201023;REFB=0;REVB=0.0196885;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916082;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:21:9:0:0:21:10:0:0 chr15 90818400 . A T 273.34 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00929465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.518;QD=52.0656;RBI=0.0926567;REFB=0;REVB=0.0921894;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955554;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:5:13:0:0:8:13:0:0 chr15 90818469 . C T 147.37 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00256482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.656;QD=16.8423;RBI=0.0183572;REFB=-0.0246268;REVB=0.0181771;RO=18;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0963035;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0258022;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:18:15:17:0.485714:6:9:9:9:8:9:9:9 chr15 90818641 . G C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0143498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1559;QD=14.3343;RBI=0.0233724;REFB=0.0256832;REVB=-0.0184487;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040409;STB=0.523757;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.0441901;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:6:4:4:5:6:4 chr15 90818827 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00292424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.001;QD=40.7626;RBI=0.032872;REFB=0;REVB=0.0327417;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040366;OID=.;OPOS=90818827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr15 90819132 . C T 115.5 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.113;QD=41.9987;RBI=0.0425433;REFB=0;REVB=0.038644;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340145;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr15 90819641 . A C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2195;QD=58.1382;RBI=0.0482286;REFB=0;REVB=0.044292;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654981;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr15 90820063 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.84;QD=45.8068;RBI=0.0185132;REFB=0;REVB=0.00378285;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152265;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr15 90820721 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.509;QD=50.4111;RBI=0.0195716;REFB=0;REVB=-0.0139468;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17157e-06;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr15 90892293 . C T 1560.67 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00521199;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4581;QD=58.893;RBI=0.0219466;REFB=-0.10171;REVB=0.0213188;RO=1;SAF=44;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771683;STB=0.504064;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00145172;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:107:106:1:1:105:105:0.990566:61:44:0:1:61:44:0:1 chr15 90903311 . A G 298.21 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.557;QD=49.7013;RBI=0.0787155;REFB=-0.0040409;REVB=0.0728523;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00088387;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:0:1:7:16:0:1 chr15 91337479 . G A 443.77 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0396662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.435;QD=17.7509;RBI=0.04291;REFB=0.00179435;REVB=-0.0163664;RO=55;SAF=23;SAR=22;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198582;STB=0.511106;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.00281843;OID=.;OPOS=91337479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:22:23:27:28:22:23:27:28 chr15 91346923 . C A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00678786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.041;QD=12.2166;RBI=0.00682486;REFB=-0.00518092;REVB=-0.000709712;RO=27;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948443;STB=0.555485;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0107199;OID=.;OPOS=91346923;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:10:5:7:20:10:5:7:20 chr15 91354505 . C T 265.26 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0129677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.088;QD=17.9838;RBI=0.0155561;REFB=-0.0218367;REVB=-0.00859239;RO=30;SAF=14;SAR=14;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216363;STB=0.610777;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0316416;OID=.;OPOS=91354505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:14:14:8:22:15:14:8:22 chr15 91424574 . G C 1674.49 PASS AF=0.787879;AO=74;DP=171;FAO=130;FDP=165;FR=.;FRO=35;FSAF=49;FSAR=81;FSRF=32;FSRR=3;FWDB=0.00457714;FXX=0.0350857;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.67;QD=40.5938;RBI=0.00936127;REFB=-0.0143724;REVB=0.00816597;RO=0;SAF=3;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.614481;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00502397;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:165:0:35:74:130:0.787879:71:3:0:0:81:49:32:3 chr15 91426323 . GC G 68.02 PASS AF=0.485714;AO=13;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0735212;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.7556;QD=7.77426;RBI=0.0830694;REFB=-0.0650032;REVB=0.0386673;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298151;STB=0.58636;STBP=0.375;TYPE=del;VARB=0.0645405;OID=.;OPOS=91426324;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:13:35:17:35:18:12:5:10:8:67:16:11:2:10:6 chr15 91428290 . C T 111.62 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0289764;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.655;QD=15.3964;RBI=0.0293028;REFB=-0.0348273;REVB=-0.00436181;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194659;STB=0.613455;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0562659;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:8:8:4:9:8:8 chr15 91428521 . CT C,CG 247.38 PASS AF=0.490909,0;AO=23,4;DP=55;FAO=27,0;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17,0;FSAR=10,0;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0212565,-0.0358843;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.399,149.514;QD=17.991;RBI=0.0499009,0.0477914;REFB=-0.0281173,-0.021002;REVB=-0.0451471,-0.0315647;RO=27;SAF=13,4;SAR=10,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252346,0.702329;STB=0.67093,0.5;STBP=0.016,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0248164,0;OID=.,.;OPOS=91428522,91428522;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909,0:23,4:55:27,0:55:28:17,0:10,0:8:20:99:27:13,4:10,0:8:19 chr15 91428589 . T G 115.64 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0129004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.321;QD=11.0134;RBI=0.0211595;REFB=-0.0118953;REVB=-0.0167722;RO=28;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312663;STB=0.685175;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0240329;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:9:5:18:10:9:5:18:10 chr15 91428636 . G A 117.77 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00746172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1206;QD=12.079;RBI=0.0613518;REFB=-0.0311122;REVB=0.0608963;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160562;STB=0.615228;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0480004;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:13:14:0.358974:6:7:17:8:7:7:17:8 chr15 91430436 . T C 927.5 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.089;QD=57.9685;RBI=0.0370716;REFB=0;REVB=0.0370029;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911632;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:31:31:0:0:33:31:0:0 chr15 91436559 . C T 153.28 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.000344004;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.945;QD=13.9346;RBI=0.0737487;REFB=-0.000873867;REVB=-0.0737479;RO=26;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00657522;STB=0.511265;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000563366;OID=.;OPOS=91436559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:4:13:20:6:4:13:21:6 chr15 91452595 . A G 834.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00424134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.723;QD=57.5297;RBI=0.0262286;REFB=0;REVB=-0.0258834;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.64297e-05;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr15 91461571 . C A 120.81 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0455311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6626;QD=14.6442;RBI=0.0471818;REFB=-0.0179447;REVB=-0.012371;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971452;STB=0.556441;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0290839;OID=.;OPOS=91461571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:10:9:8:6:10:9 chr15 91474236 . T C 463.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.128;QD=57.8758;RBI=0.0217072;REFB=0;REVB=0.0194113;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68814e-05;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:20:12:0:0 chr15 91474738 . G C 1208.91 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.213;QD=61.2104;RBI=0.0504081;REFB=0;REVB=0.0345811;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122767;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr15 91478544 . A C 312.98 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7673;QD=50.0765;RBI=0.0561199;REFB=0.00956292;REVB=-0.0543536;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00271572;OID=.;OPOS=91478544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr15 91509592 . T C 309.88 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0683388;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.447;QD=47.6732;RBI=0.0694751;REFB=0.00655815;REVB=0.0125139;RO=2;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00325499;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:2:2:24:24:0.923077:12:12:1:1:12:12:1:1 chr15 91524841 . G T 784.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.758;QD=57.037;RBI=0.0290214;REFB=0;REVB=0.020507;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15443e-07;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr15 91525197 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.316;QD=45.8067;RBI=0.0222757;REFB=0;REVB=8.08686e-05;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266869;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr15 91543761 . C A,T 388.47 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=29;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464754,0.0414505;FXX=0.0344709;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=159.18,167.477;QD=55.4958;RBI=0.0532241,0.0468892;REFB=0,0;REVB=-0.0259392,0.0219192;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0516916,0.000665645;OID=.,.;OPOS=91543761,91543761;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:29:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:0,14:2,12:0:0:0,14:2,12:0:0 chr15 91548601 . G A 802.36 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.963;QD=64.1891;RBI=0.0314934;REFB=0;REVB=0.023742;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216636;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr15 91836683 . T C 552.74 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000203276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.793;QD=59.7561;RBI=0.0717636;REFB=0;REVB=0.0717633;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387276;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:13:22:0:0:14:23:0:0 chr15 92638193 . G A 474.63 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00439119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.447;QD=27.1219;RBI=0.00796153;REFB=-0.0262923;REVB=-0.00664104;RO=24;SAF=21;SAR=23;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686972;STB=0.536948;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.015656;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:24:26:44:44:0.628571:23:21:14:10:23:21:15:11 chr15 92647645 . G C 356.56 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.684;QD=54.8559;RBI=0.00834535;REFB=0;REVB=0.00610451;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02834e-05;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:16:10:0:0 chr15 93007603 . TG GT 150.3 PASS AF=0.32;AO=18;DP=76;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0156859;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.6161;QD=8.01597;RBI=0.154952;REFB=-0.0449335;REVB=0.154156;RO=50;SAF=4;SAR=14;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474584;STB=0.859335;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.160522;OID=.;OPOS=93007603;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:50:51:18:24:0.32:14:4:31:19:21:3:32:19 chr15 93015427 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5875;QD=58.1354;RBI=0.0576454;REFB=0;REVB=-0.0421459;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29788e-05;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr15 93198671 . A G 1050.63 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0366108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2553;QD=59.1906;RBI=0.0395751;REFB=0;REVB=0.015028;RO=0;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132353;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:42:28:0:0:43:28:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 680.88 PASS AF=0.78,0.22;AO=32,8;DP=47;FAO=39,11;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=20,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024733,-0.00353945;FXX=0.0384541;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=191.024,133.31;QD=54.47;RBI=0.0431273,0.00468632;REFB=0,0;REVB=0.0353306,-0.00307146;RO=0;SAF=12,2;SAR=20,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00959346,0.0148712;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.78,0.22:32,8:47:39,11:50:0:19,0:20,11:0:0:80:0:12,2:20,6:0:0 chr15 93510603 . A G 662.83 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.992;QD=60.2571;RBI=0.0380694;REFB=-0.0851218;REVB=0.0319188;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472042;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr15 93521604 . A G 940.98 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.848;QD=57.0293;RBI=0.0236232;REFB=0.0654566;REVB=-0.0121803;RO=1;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171739;STB=0.509088;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000343561;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:27:38:0:1:27:38:0:1 chr15 93570241 . T C 1545.48 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0131037;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.839;QD=62.4438;RBI=0.02134;REFB=-0.142372;REVB=0.016843;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.504949;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00018095;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:48:50:0:0:48:50:1:0 chr15 93586633 . G A 415.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.95;QD=57.2528;RBI=0.00803384;REFB=0;REVB=0.007936;RO=0;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171472;OID=.;OPOS=93586633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:6:23:0:0:6:23:0:0 chr15 93588289 . G A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00903085;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=125.741;QD=20.8963;RBI=0.10273;REFB=-0.0330366;REVB=-0.102332;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196883;STB=0.61088;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0127017;OID=.;OPOS=93588289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:4:0:1:7:4:0 chr15 93588336 . A C 629.53 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.29;QD=61.4176;RBI=0.02236;REFB=0;REVB=-0.000278552;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155108;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr15 93609460 . A T 1228.43 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00257978;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4053;QD=61.4214;RBI=0.0651856;REFB=0;REVB=-0.0651345;RO=1;SAF=46;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100833;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:79:80:1:33:46:1:0:33:47:0:0 chr15 93616933 . C G 1515.26 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.903;QD=62.4851;RBI=0.0665857;REFB=-0.121265;REVB=0.0646266;RO=0;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000860745;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:0:1:96:96:0.989691:43:53:0:0:43:53:1:0 chr15 93616975 . A G 771.5 PASS AF=1;AO=33;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.21;QD=56.1093;RBI=0.0863058;REFB=0;REVB=-0.00158251;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127079;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:33:55:1:23:10:0:0:30:25:0:0 chr15 93750256 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.8;QD=48.7372;RBI=0.0294501;REFB=0;REVB=0.0237183;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04424e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr15 94304132 . C T 95.02 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00582729;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7677;QD=10.2725;RBI=0.0338554;REFB=-0.0134799;REVB=-0.0333501;RO=25;SAF=11;SAR=1;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398728;STB=0.751596;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0197296;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:37:25:25:12:12:0.324324:1:11:18:7:1:11:18:7 chr15 94304189 . T C 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0245541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.911;QD=8.06786;RBI=0.0303758;REFB=-0.0241015;REVB=0.0178825;RO=33;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479068;STB=0.799467;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0484045;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:2:10:15:18:2:10:15:18 chr15 94884108 . G C 242.62 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0285698;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1346;QD=17.0261;RBI=0.0344822;REFB=-0.00958273;REVB=0.0193078;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484632;STB=0.527253;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0121115;OID=.;OPOS=94884108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:13:14:14:16:13:14:14:16 chr15 96289074 . GT G 36.94 PASS AF=0.27907;AO=17;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0542725;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8542;QD=3.43649;RBI=0.229418;REFB=-0.0505758;REVB=-0.222906;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488497;STB=0.896273;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0368699;OID=.;OPOS=96289075;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27907:17:43:12:43:31:1:11:18:13:36:24:3:14:15:9 chr15 98015489 . A G 556.54 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6343;QD=60.1666;RBI=0.118751;REFB=0;REVB=0.022843;RO=1;SAF=13;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173919;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:36:37:1:23:13:1:0:23:14:0:0 chr15 98301845 . C T 239.94 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4055;QD=50.5143;RBI=0.0821044;REFB=0;REVB=0.0669697;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164063;OID=.;OPOS=98301845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:14:19:1:1:13:0:0:4:15:0:0 chr15 98513845 . T C 219.84 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0201191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.382;QD=17.5872;RBI=0.020136;REFB=-0.0295624;REVB=-0.000825434;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197112;STB=0.511226;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0326584;OID=.;OPOS=98513845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:16:12:9:13:16:12 chr15 98995081 . A G 788.23 PASS AF=0.966667;AO=54;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00630743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.74;QD=52.5489;RBI=0.0554573;REFB=-0.0771274;REVB=0.0550974;RO=3;SAF=30;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448247;STB=0.51562;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00149363;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:3:2:54:58:0.966667:24:30:3:0:27:31:2:0 chr15 99465473 . C T 194.33 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0149532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.372;QD=12.3384;RBI=0.0150377;REFB=-0.0144318;REVB=0.00159177;RO=38;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238156;STB=0.645039;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0386574;OID=.;OPOS=99465473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:39:24:24:0.380952:8:16:17:21:8:16:17:22 chr15 99478225 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=-0.00324707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.381;QD=13.314;RBI=0.00338945;REFB=-0.023136;REVB=-0.000972087;RO=33;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301671;STB=0.669563;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0313146;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:13:9:5:28:13:9:5:28 chr15 99503199 . GGTG GATG,GG,GGT 69.52 PASS AF=0,0.473684,0;AO=2,6,2;DP=20;FAO=0,9,0;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0,3,0;FSAR=0,6,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.020253,-0.102565,-0.112156;FXX=0.049975;HRUN=3,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=67.2923,117.121,120.5;QD=14.6362;RBI=0.045902,0.102606,0.112273;REFB=-0.0157307,-0.0841538,-0.0775896;REVB=-0.0411924,0.00290588,-0.00513177;RO=6;SAF=0,3,0;SAR=2,3,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.658493,-0.138347,-0.658493;STB=0.5,0.592381,0.5;STBP=1,0.477,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0498498,0.078255,0;OID=.,.,.;OPOS=99503200,99503200,99503202;OREF=G,GT,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=GATG,GG,GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684,0:2,6,2:20:0,9,0:19:10:0,3,0:0,6,0:5:5:65:6:0,3,0:2,3,2:4:2 chr15 99504437 . C T 1101.72 PASS AF=0.974359;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00518705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.444;QD=56.4982;RBI=0.0100185;REFB=-0.110441;REVB=-0.0085712;RO=2;SAF=36;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255518;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0012326;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:78:2:2:73:76:0.974359:37:36:2:0:40:36:2:0 chr15 99511873 . G A 133.87 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00473596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.422;QD=25.4986;RBI=0.00837758;REFB=0.000476908;REVB=0.00691047;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000133004;OID=.;OPOS=99511873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:3:4:10:4:3:4 chr15 99653800 . T C 199.7 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.037415;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9174;QD=13.7721;RBI=0.194185;REFB=-0.019866;REVB=0.190547;RO=35;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101249;STB=0.532137;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0328641;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:34:23:24:0.413793:9:14:18:17:10:14:18:16 chr15 99670989 . T C 46.1 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0265019;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.337;QD=9.70596;RBI=0.026873;REFB=-0.0432863;REVB=-0.00445074;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602659;STB=0.773931;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0790395;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:13:12:6:7:0.368421:1:5:3:10:2:5:3:9 chr15 99671760 . T C 429.81 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.0255799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.326;QD=19.991;RBI=0.0726757;REFB=-0.00467168;REVB=-0.0680251;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233685;STB=0.628687;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00637279;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:21:22:33:10:21:22:33:10 chr15 99672722 . A G 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00357408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.925;QD=19.0005;RBI=0.0160134;REFB=-0.0219185;REVB=0.0156095;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210219;STB=0.619575;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0197282;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:6:11:7:10:6:11:7:10 chr15 99715352 . A G 657.72 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00268574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7631;QD=59.7922;RBI=0.0485094;REFB=-0.12268;REVB=-0.048435;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170778;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00168038;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:27:16:0:1:27:16:0:1 chr15 100246942 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.506;QD=59.0187;RBI=0.00660773;REFB=0;REVB=0.00648107;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19948e-05;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr15 100252805 . G T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0629489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.529;QD=10.034;RBI=0.0637901;REFB=-0.0126344;REVB=-0.0103251;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.029565;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr15 100256618 . A C 65.36 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0579824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0535;QD=10.8932;RBI=0.059583;REFB=0.000809838;REVB=0.0137179;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44622;STB=0.7992;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00760565;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:8:1:6:8:8:1:7:8 chr15 100257173 . T C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0141954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.648;QD=18.0872;RBI=0.0172329;REFB=-0.0207489;REVB=0.00977054;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101126;STB=0.556958;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0207457;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:18:8:11:16:18:8:11:16 chr15 100257796 . C CCAGCTGTTG 106.63 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0112011;FXX=0;HRUN=3;LEN=9;MLLD=320.59;QD=11.8473;RBI=0.037645;REFB=-0.00654278;REVB=-0.0359399;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363668;STB=0.732918;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=0.0137532;OID=.;OPOS=100257797;OREF=-;OALT=CAGCTGTTG;OMAPALT=CCAGCTGTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:12:36:13:36:23:11:2:13:10:99:23:10:2:13:10 chr15 100269635 . G C 291.49 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0129427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.608;QD=19.4329;RBI=0.0229742;REFB=-0.0314629;REVB=0.0189816;RO=28;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109198;STB=0.550724;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0320379;OID=.;OPOS=100269635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:29:31:0.516667:14:15:11:17:16:15:11:18 chr15 100269680 . G C 204.46 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0354303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.455;QD=16.6902;RBI=0.0376844;REFB=-0.0152411;REVB=-0.0128376;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0212195;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:12:8:12:16:12:9:12:16 chr15 100269737 . G A 149.78 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.103878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1356;QD=28.5295;RBI=0.111255;REFB=-0.044321;REVB=-0.0398368;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309762;STB=0.673226;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00580007;OID=.;OPOS=100269737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:5:1:11:4:5:1 chr15 100269749 . G A 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0133064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.576;QD=21.5455;RBI=0.0292815;REFB=0.00553588;REVB=0.0260834;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000660702;OID=.;OPOS=100269749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:4:6:10:4:4:6 chr15 100269796 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.155;QD=50.4131;RBI=0.0588062;REFB=0;REVB=-0.00478583;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423947;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr15 100332631 . C T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0756932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6393;QD=21.2675;RBI=0.0775424;REFB=-0.0376398;REVB=0.0168333;RO=14;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247952;STB=0.641076;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0271623;OID=.;OPOS=100332631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:4:13:7:7:4:13:7:7 chr15 100332799 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1423;QD=40.7629;RBI=0.0622561;REFB=0;REVB=0.039376;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00546691;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr15 100332807 . C T 95.34 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6411;QD=34.6705;RBI=0.0332566;REFB=-0.138003;REVB=-0.00836873;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0235048;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:1:0:2:8:1:0 chr15 100339897 . T C 680.93 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0676396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.508;QD=56.7439;RBI=0.0728843;REFB=-0.16331;REVB=0.027148;RO=3;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494049;STB=0.526304;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00252723;OID=.;OPOS=100339897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:3:3:45:45:0.9375:27:18:0:3:27:18:0:3 chr15 100339938 . C T 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0328;QD=55.6438;RBI=0.0546464;REFB=0;REVB=-0.00523521;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743067;OID=.;OPOS=100339938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr15 100339996 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.133;QD=37.4884;RBI=0.119408;REFB=0;REVB=-0.0108333;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178695;OID=.;OPOS=100339996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr15 100513117 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.063;QD=53.2767;RBI=0.0457558;REFB=0;REVB=0.0446698;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186918;OID=.;OPOS=100513117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr15 100514417 . CC TG 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00427002;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.939;QD=58.1421;RBI=0.0204134;REFB=0;REVB=0.0199619;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.97413e-05;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr15 100514614 . T C 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.307;QD=60.9722;RBI=0.055397;REFB=0;REVB=0.0372608;RO=0;SAF=34;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201156;OID=.;OPOS=100514614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:5:34:0:0:5:34:0:0 chr15 100672237 . T G 383.89 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.194;QD=54.8409;RBI=0.020123;REFB=0;REVB=0.0172651;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158102;OID=.;OPOS=100672237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:12:14:0:0:14:14:0:0 chr15 100794363 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0992066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2629;QD=52.612;RBI=0.105985;REFB=0;REVB=-0.0372955;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018867;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr15 100942962 . T C 426.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.493;QD=56.8416;RBI=0.170016;REFB=0;REVB=0.0116223;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465214;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:20:8:0:0:20:10:0:0 chr15 101041896 . T C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.956;QD=60.2279;RBI=0.0103457;REFB=0;REVB=0.00548082;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18421e-05;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr15 101324497 . A T 148.26 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0043043;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1409;QD=17.4428;RBI=0.0203786;REFB=-0.0257875;REVB=0.0199189;RO=17;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262578;STB=0.644525;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0390585;OID=.;OPOS=101324497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:18:16:16:0.470588:2:14:12:5:2:14:13:5 chr15 101433181 . GCCCA GCCA,GCCAT 73.17 PASS AF=0.339286,0;AO=20,2;DP=57;FAO=19,0;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=17,0;FSAR=2,0;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.150433,-0.128019;FXX=0.0175408;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=15.0961,25.0093;QD=5.2261;RBI=0.212701,0.173004;REFB=-0.109847,-0.0493715;REVB=-0.150372,-0.116369;RO=31;SAF=17,2;SAR=3,0;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0.516854,0;SSSB=0.460166,0.459502;STB=0.824837,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.070478,0;OID=.,.;OPOS=101433182,101433184;OREF=C,CA;OALT=-,AT;OMAPALT=GCCA,GCCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.339286,0:20,2:57:19,0:56:37:17,0:2,0:19:18:73:31:17,2:3,0:15:16 chr15 101529594 . G A 264.5 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0111824;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.038;QD=15.3334;RBI=0.0115926;REFB=-0.00573113;REVB=0.00305648;RO=39;SAF=12;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106462;STB=0.50602;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0096029;OID=.;OPOS=101529594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:39:30:30:0.434783:18:12:16:23:18:12:16:23 chr15 101551007 . C A 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0029004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.038;QD=20.4556;RBI=0.00293219;REFB=-0.0123011;REVB=-0.000430631;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519842;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0126176;OID=.;OPOS=101551007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:8:7:9:8:8:7 chr15 101562793 . G A 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0586862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8461;QD=11.0174;RBI=0.0588648;REFB=-0.0218708;REVB=0.00458197;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.020177;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr15 101591923 . A G 495.76 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000178496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.225;QD=58.3251;RBI=0.0169638;REFB=0;REVB=0.0169629;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662379;OID=.;OPOS=101591923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr15 101595257 . G A 784.76 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.185;QD=57.0733;RBI=0.0465332;REFB=0;REVB=0.0247647;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011909;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:32:21:0:0:32:23:0:0 chr15 101607450 . T C 766.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.628;QD=63.8357;RBI=0.024393;REFB=0;REVB=-0.0243705;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68249e-05;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:32:15:0:0:33:15:0:0 chr15 101607513 . T C 277.99 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00769612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.448;QD=20.5918;RBI=0.0256906;REFB=-0.0154625;REVB=0.0245107;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147903;STB=0.587565;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0208313;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:20:8:11:14:21:8:11:14 chr15 101717680 . G T 337.6 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00704492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.448;QD=20.1555;RBI=0.00757076;REFB=-0.0310621;REVB=-0.00277229;RO=32;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088891;STB=0.549328;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0303652;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:15:20:15:17:15:20:15:17 chr15 101718700 . G A 123.68 PASS AF=0.466667;AO=10;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00039924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.591;QD=16.4907;RBI=0.00572337;REFB=0.00274532;REVB=0.00570943;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289664;STB=0.564268;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.00406921;OID=.;OPOS=101718700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:10:14:0.466667:4:6:5:11:8:6:5:11 chr15 101718927 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00396118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.42;QD=19.5232;RBI=0.00516723;REFB=-0.00771838;REVB=-0.00331804;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361458;STB=0.520519;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00605415;OID=.;OPOS=101718927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:4:10:9:3:4:10:9:3 chr15 102192548 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.047;QD=42.1826;RBI=0.0695746;REFB=0;REVB=0.0496194;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116503;OID=.;OPOS=102192548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr15 102223771 . G A 731.96 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0735977;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9238;QD=63.6488;RBI=0.0826529;REFB=0;REVB=0.037615;RO=0;SAF=35;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35393e-05;OID=.;OPOS=102223771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:11:35:0:0:11:35:0:0 chr15 102224341 . G A 849.09 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.2;QD=57.5652;RBI=0.0329405;REFB=0;REVB=0.0253923;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08246e-05;OID=.;OPOS=102224341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr15 102284762 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0335642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.401;QD=13.9591;RBI=0.0345887;REFB=-0.000358631;REVB=0.00835623;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456174;STB=0.76852;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=7.47247e-05;OID=.;OPOS=102284762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:1:6:2:5:1:6 chr15 102516350 . G A 81.97 PASS AF=0.217391;AO=13;DP=67;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0324827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8048;QD=4.75199;RBI=0.0328623;REFB=-0.00272398;REVB=-0.00498049;RO=54;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122245;STB=0.619836;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0141021;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:67:69:54:54:13:15:0.217391:8:5:26:28:10:5:26:28 chr15 102516424 . G T 35.48 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=134;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=59;FWDB=-0.036801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.465;QD=1.05902;RBI=0.0587227;REFB=-0.00676467;REVB=-0.0457608;RO=122;SAF=5;SAR=6;SRF=63;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698059;STB=0.560108;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0757115;OID=.;OPOS=102516424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:134:134:122:123:11:11:0.0820896:6:5:63:59:6:5:64:59 chr16 103517 . A C 716.53 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.214;QD=62.3066;RBI=0.0441728;REFB=0;REVB=-0.0395336;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65194e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr16 108424 . C T 197.6 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0943914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.777;QD=26.346;RBI=0.0975718;REFB=0.00629087;REVB=0.0247088;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472971;STB=0.526288;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.000117712;OID=.;OPOS=108424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:5:6:9:10:5:6 chr16 113883 . G GCC 227.16 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406922;FXX=0.130378;HRUN=1;LEN=2;MLLD=35.8661;QD=45.4324;RBI=0.081811;REFB=0;REVB=0.0709731;RO=2;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141082;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000453848;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:23:20:20:0:11:9:0:0:4:2:11:8:1:1 chr16 113886 . GC G 219.14 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661494;FXX=0.0832986;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.1791;QD=39.8429;RBI=0.252996;REFB=0;REVB=0.244195;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0159332;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:22:22:0:13:9:0:0:4:0:12:8:0:0 chr16 129266 . G GT,T 93.8 PASS AF=0.521739,0;AO=9,2;DP=24;FAO=12,0;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0804058,-0.0138169;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=20.6914,242.393;QD=16.3129;RBI=0.086004,0.0203614;REFB=0.086515,0.0174988;REVB=-0.0305219,-0.0149559;RO=12;SAF=4,2;SAR=5,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13278,0.532086;STB=0.521703,0.5;STBP=0.864,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.081532,0;OID=.,.;OPOS=129267,129266;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:24:23:12:11:9,2:12,0:0.521739,0:5,0:4,2:7:5:6,0:6,0:6:5 chr16 129277 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0191489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.869;QD=16.9316;RBI=0.0191557;REFB=-0.0301466;REVB=0.000510175;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0206282;OID=.;OPOS=129277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr16 129654 . C T 125.68 PASS AF=0.56;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0427892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.786;QD=20.1091;RBI=0.0480775;REFB=-0.0362403;REVB=0.0219211;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457974;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0251942;OID=.;OPOS=129654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:25:11:11:12:14:0.56:5:7:7:4:5:9:7:4 chr16 138770 . ACA ACAG,CAG 824.17 PASS AF=1,0;AO=49,3;DP=68;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.285288,-0.107801;FXX=0.0153822;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=20.9539,67.8186;QD=51.5105;RBI=0.288486,0.160919;REFB=0,0;REVB=-0.042839,-0.119473;RO=13;SAF=21,0;SAR=28,3;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.220445,-0.844812;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00563731,0;OID=.,.;OPOS=138773,138770;OREF=-,ACA;OALT=G,CAG;OMAPALT=ACAG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:64:13:0:49,3:64,0:1,0:28,3:21,0:13:0:32,0:32,0:0:0 chr16 322934 . C T 421.72 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.150451;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.012;QD=54.4158;RBI=0.151757;REFB=-0.0251359;REVB=0.019871;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00250659;OID=.;OPOS=322934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:18:12:0:0:18:12:0:1 chr16 324052 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.1;QD=42.1826;RBI=0.0293357;REFB=0;REVB=0.0227154;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277204;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr16 336660 . G A 198.48 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0281861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.631;QD=44.1061;RBI=0.0300543;REFB=-0.174791;REVB=0.0104308;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00305075;OID=.;OPOS=336660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr16 455646 . A G 135.85 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00957895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.661;QD=9.70342;RBI=0.0317183;REFB=-0.00736775;REVB=-0.0302373;RO=37;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07867;STB=0.555494;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0145847;OID=.;OPOS=455646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:8:10:18:19:8:10:18:20 chr16 456416 . T G 317.08 PASS AF=0.568966;AO=31;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.00223088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.267;QD=21.8678;RBI=0.0873699;REFB=-0.00476498;REVB=0.0873414;RO=25;SAF=26;SAR=5;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055049;STB=0.512945;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00718985;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:31:33:0.568966:5:26:20:5:6:27:20:5 chr16 570557 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.844;QD=51.1846;RBI=0.0278813;REFB=0;REVB=0.0236337;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62683e-05;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr16 601632 . T C 1463.36 PASS AF=1;AO=72;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0886;QD=62.9403;RBI=0.0211133;REFB=0;REVB=-0.00703429;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14204e-05;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:72:93:1:45:27:0:0:47:46:0:0 chr16 602313 . C A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0366817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6802;QD=15.2929;RBI=0.0582146;REFB=-0.0195861;REVB=-0.045204;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283852;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0373038;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:3:6:3:6:3:6 chr16 603471 . A G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0232024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.935;QD=9.47507;RBI=0.0296927;REFB=0.00118411;REVB=0.0185286;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395634;STB=0.738674;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00304074;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:7:14:3:7:7:14 chr16 614777 . C T 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00809655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.173;QD=19.3409;RBI=0.0145365;REFB=-0.0183183;REVB=0.012073;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154992;STB=0.588134;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0171724;OID=.;OPOS=614777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:12:6:9:9:12:6:9:9 chr16 679814 . T C 1490.61 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=95;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0270635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9244;QD=62.1088;RBI=0.0393252;REFB=0.118503;REVB=0.0285314;RO=2;SAF=32;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152903;STB=0.503999;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00181273;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:96:2:1:93:95:0.989583:61:32:0:2:62:33:0:1 chr16 700644 . G C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.187;QD=62.0204;RBI=0.0058989;REFB=0;REVB=0.00564838;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40308e-05;OID=.;OPOS=700644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 701711 . T C 160.05 PASS AF=0.459459;AO=18;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0725881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.295;QD=17.3027;RBI=0.0730742;REFB=0.00240778;REVB=0.00841481;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214181;STB=0.596104;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00447607;OID=.;OPOS=701711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:18:17:0.459459:8:10:6:13:8:9:7:13 chr16 705360 . T C 223.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.53;QD=49.5776;RBI=0.0179869;REFB=0;REVB=0.013627;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189312;OID=.;OPOS=705360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr16 705795 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.213;QD=48.7368;RBI=0.0737086;REFB=0;REVB=0.021571;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692456;OID=.;OPOS=705795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr16 705844 . T C 122.84 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.104545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6584;QD=37.7959;RBI=0.105011;REFB=-0.0524586;REVB=0.00988495;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.026254;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr16 709001 . C A 300.45 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0466775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.007;QD=44.5109;RBI=0.0470258;REFB=0.0192643;REVB=-0.00571293;RO=1;SAF=21;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215721;STB=0.533307;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000355306;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:1:3:24:24:0.888889:3:21:1:0:3:21:3:0 chr16 709152 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.722;QD=37.4885;RBI=0.164684;REFB=0;REVB=0.0429374;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139351;OID=.;OPOS=709152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr16 711712 . C T 1319.35 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11887;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.512;QD=60.6599;RBI=0.138326;REFB=0.0583188;REVB=0.0707394;RO=1;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141381;STB=0.507461;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000314634;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:87:1:1:85:86:0.988506:33:52:0:1:33:53:0:1 chr16 711905 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0256;QD=57.2007;RBI=0.022977;REFB=0;REVB=-0.00976839;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7372e-05;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr16 712867 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.541;QD=57.2022;RBI=0.0574569;REFB=0;REVB=0.0114632;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214319;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr16 715990 . G A,C 913.47 PASS AF=0.910448,0.0746269;AO=59,5;DP=67;FAO=61,5;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33,5;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304524,0.0217843;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.8132,159.774;QD=54.5352;RBI=0.083339,0.0366359;REFB=-0.112909,-0.0661707;REVB=0.0775761,-0.0294556;RO=1;SAF=32,5;SAR=27,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0171544,0.767767;STB=0.508769,0.996613;STBP=0.339,0.062;TYPE=snp,snp;VARB=0.0038782,0.0517452;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:67:67:1:1:59,5:61,5:0.910448,0.0746269:27,0:32,5:0:1:28,0:33,5:0:1 chr16 716272 . CT C,CC 532.11 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=7,30;DP=37;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255221,0.027066;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.265,150.043;QD=59.1228;RBI=0.0421194,0.0418867;REFB=0,0;REVB=0.0335062,0.0319676;RO=0;SAF=5,15;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0281906,0.00122351;OID=.,.;OPOS=716273,716273;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:7,30:37:1,35:36:0:1,19:0,16:0:0:4:0:5,15:2,15:0:0 chr16 716287 . C A 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.817;QD=60.9736;RBI=0.00355924;REFB=0;REVB=0.00256921;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37346e-05;OID=.;OPOS=716287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr16 717523 . G T 867.85 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.755;QD=57.8564;RBI=0.0400164;REFB=0;REVB=0.0278511;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011122;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr16 717544 . G C 769.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2351;QD=56.9829;RBI=0.055186;REFB=0;REVB=-0.027545;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000836834;OID=.;OPOS=717544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr16 718514 . C G 232.91 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00362699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.112;QD=46.5815;RBI=0.026689;REFB=-0.128464;REVB=0.0264414;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00116072;OID=.;OPOS=718514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:20:20:1:1:19:19:0.95:6:13:1:0:6:13:1:0 chr16 719592 . G A 724.03 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.026706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.96;QD=54.6441;RBI=0.0371174;REFB=-0.135344;REVB=0.0257778;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00135589;OID=.;OPOS=719592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:21:31:0:0:21:31:0:1 chr16 720151 . A AC 73.29 PASS AF=1;AO=3;DP=14;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000144201;FXX=0.356888;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.14;QD=32.5718;RBI=0.029549;REFB=0;REVB=-0.0295486;RO=11;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541412;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00421828;OID=.;OPOS=720152;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:14:9:9:0:0:9:0:0:3:11:0:3:1:10 chr16 720152 . T C,G 153.75 PASS AF=0.785714,0.214286;AO=11,3;DP=14;FAO=11,3;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0988914,-0.0133738;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=73.7686,67.0606;QD=43.9297;RBI=0.0989027,0.0265809;REFB=0,0;REVB=-0.00148989,-0.0229714;RO=0;SAF=1,0;SAR=10,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0101565,0.215698;OID=.,.;OPOS=720152,720152;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:14:14:0:0:11,3:11,3:0.785714,0.214286:10,3:1,0:0:0:10,3:1,0:0:0 chr16 720960 . C T 199.83 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.844;QD=47.0179;RBI=0.0469625;REFB=0;REVB=-0.011289;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550268;OID=.;OPOS=720960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:6:10:0:0:6:11:0:0 chr16 721780 . A G 304.78 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=25;FWDB=-0.0224905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.463;QD=20.3187;RBI=0.0257184;REFB=-0.0287939;REVB=-0.0124744;RO=27;SAF=3;SAR=28;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332423;STB=0.517846;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0240507;OID=.;OPOS=721780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:31:32:0.533333:28:3:3:24:29:3:3:25 chr16 722331 . C T 88.22 PASS AF=0.909091;AO=5;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.095924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.805;QD=32.0794;RBI=0.096035;REFB=-0.131953;REVB=-0.00461704;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00377859;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:5:10:0.909091:3:2:0:0:4:6:0:1 chr16 722548 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0803241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.654;QD=47.8214;RBI=0.0952715;REFB=0;REVB=0.0512319;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911881;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr16 735921 . T C 59.36 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0867884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3564;QD=15.8295;RBI=0.0878191;REFB=-0.0414646;REVB=-0.0134156;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351206;STB=0.713795;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0663027;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:3:4:1:6:3:5:1:6 chr16 740404 . C G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0422572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7766;QD=13.6602;RBI=0.0455642;REFB=-0.00737695;REVB=-0.0170417;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.542796;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0178283;OID=.;OPOS=740404;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:21:14:14:0.4:7:7:9:9:7:7:12:9 chr16 746884 . A C 2804.8 PASS AF=0.98913;AO=176;DP=180;FAO=182;FDP=184;FR=.;FRO=2;FSAF=89;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0635907;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1259;QD=60.9739;RBI=0.0881002;REFB=-0.0283865;REVB=0.0609743;RO=2;SAF=85;SAR=91;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103461;STB=0.505319;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00560585;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:180:184:2:2:176:182:0.98913:91:85:0:2:93:89:0:2 chr16 746914 . G A 2390.73 PASS AF=0.9875;AO=157;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000803807;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.655;QD=59.7683;RBI=0.0235503;REFB=-0.0311623;REVB=0.0235366;RO=2;SAF=73;SAR=84;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111918;STB=0.505813;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-4.03257e-05;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:2:2:157:158:0.9875:84:73:0:2:85:73:0:2 chr16 772061 . C T 590.17 PASS AF=0.9;AO=44;DP=51;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0173334;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.058;QD=47.2133;RBI=0.0237098;REFB=-0.0159368;REVB=-0.0161774;RO=5;SAF=30;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060479;STB=0.529398;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000777189;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:51:50:5:5:44:45:0.9:14:30:2:3:15:30:2:3 chr16 772141 . G C 695.38 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0242744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.889;QD=56.7657;RBI=0.0443036;REFB=-0.0362292;REVB=0.0370616;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.507606;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00579443;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:48:49:2:3:46:46:0.938776:25:21:1:1:25:21:1:2 chr16 773341 . G A 167.33 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2133;QD=41.8319;RBI=0.0283589;REFB=-0.0271174;REVB=0.0255071;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00749132;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr16 774692 . A G 1043.73 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9398;QD=59.642;RBI=0.0336019;REFB=0;REVB=-0.00133995;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262765;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr16 778024 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.681;QD=57.2014;RBI=0.0469566;REFB=0;REVB=-0.0126099;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334291;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr16 778820 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4937;QD=57.7116;RBI=0.0504225;REFB=0;REVB=0.0497448;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000579352;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr16 781633 . G A 467.31 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341719;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.825;QD=58.4141;RBI=0.0646415;REFB=0;REVB=0.0548708;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000771728;OID=.;OPOS=781633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr16 784765 . C T 280.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.205351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8862;QD=48.8034;RBI=0.205678;REFB=-0.150638;REVB=-0.0115838;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.517226;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0167552;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:1:0:8:14:1:0 chr16 818559 . A G 81.19 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0139591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.421;QD=18.0416;RBI=0.0173229;REFB=-0.0252292;REVB=0.010258;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371898;STB=0.71747;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0428204;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:8:8:10:10:0.555556:8:2:5:3:8:2:5:3 chr16 823248 . C T 473.23 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=102;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0121426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8147;QD=18.3777;RBI=0.0184281;REFB=-0.00609754;REVB=0.0138619;RO=52;SAF=23;SAR=27;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163981;STB=0.503714;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00478669;OID=.;OPOS=823248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:52:53:50:50:0.485437:27:23:23:29:27:23:24:29 chr16 824284 . C T 85.67 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0465107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.133;QD=11.8165;RBI=0.0751104;REFB=-0.00833314;REVB=0.0589773;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.586936;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0182968;OID=.;OPOS=824284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:8:9:7:4:9:9 chr16 824480 . C T 324.35 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0418049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.4114;QD=17.0709;RBI=0.041806;REFB=-0.00760605;REVB=-0.000307755;RO=41;SAF=9;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126627;STB=0.571386;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00936234;OID=.;OPOS=824480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:26:9:15:26:26:9:15:26 chr16 825255 . G A 318.59 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0454166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.116;QD=32.6754;RBI=0.0948176;REFB=0.0148938;REVB=0.0832328;RO=12;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091283;STB=0.549728;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00325268;OID=.;OPOS=825255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:8:19:10:2:8:19:10:2 chr16 835298 . C T 287.95 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0053847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.516;QD=25.0391;RBI=0.0243358;REFB=-0.0370745;REVB=0.0237326;RO=20;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999618;STB=0.555513;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0284737;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:15:11:11:9:15:11:11:9 chr16 839262 . A G 1476.66 PASS AF=0.989474;AO=90;DP=90;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.112397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.353;QD=62.1753;RBI=0.114131;REFB=-0.0686228;REVB=-0.0198174;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00282846;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:95:0:1:90:94:0.989474:55:35:0:0:55:39:1:0 chr16 839269 . G A 417.91 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0660065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6225;QD=17.4129;RBI=0.106396;REFB=-0.00871608;REVB=0.0834457;RO=53;SAF=18;SAR=25;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00355636;STB=0.501991;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.011952;OID=.;OPOS=839269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:53:53:43:43:0.447917:25:18:22:31:25:18:22:31 chr16 839996 . T C 106.76 PASS AF=0.393939;AO=14;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0687983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6132;QD=12.94;RBI=0.126271;REFB=-0.0118022;REVB=-0.105883;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194471;STB=0.704761;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0109612;OID=.;OPOS=839996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:14:13:0.393939:11:3:7:12:11:2:8:12 chr16 840378 . A G 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0418195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8684;QD=6.02663;RBI=0.052528;REFB=-0.00646984;REVB=-0.0317855;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184903;STB=0.628141;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0196243;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:4:5:12:18:4:5:12:19 chr16 840599 . C T 285.07 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0443465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.639;QD=23.7558;RBI=0.0497852;REFB=-0.0158063;REVB=-0.0226262;RO=22;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364656;STB=0.502031;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0187871;OID=.;OPOS=840599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:19:7:6:16:19:7:6:16 chr16 841175 . C T 360.29 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0405576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.594;QD=20.2983;RBI=0.0413322;REFB=-0.0286916;REVB=-0.00796461;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00966541;STB=0.505357;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0350614;OID=.;OPOS=841175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:16:18:20:17:16:18 chr16 843691 . T C 304.16 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0162434;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.239;QD=22.1204;RBI=0.0651864;REFB=-0.0417953;REVB=0.0631301;RO=23;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960731;STB=0.561364;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0194489;OID=.;OPOS=843691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:24:31:31:0.563636:16:15:14:9:16:15:15:9 chr16 847936 . C T 260.95 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00198307;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.973;QD=24.8522;RBI=0.0121526;REFB=-0.0169031;REVB=-0.0119897;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260587;STB=0.645039;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.011057;OID=.;OPOS=847936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:12:6:16:8:12:6 chr16 855717 . C G 222.2 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0224839;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.462;QD=24.6884;RBI=0.0265563;REFB=-0.025062;REVB=0.0141319;RO=15;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150202;STB=0.508372;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0124404;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:13:8:6:9:13:8:6:9 chr16 929711 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0301536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.796;QD=25.4981;RBI=0.0529779;REFB=-0.0190873;REVB=-0.0435594;RO=16;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302011;STB=0.516764;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0165338;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:12:11:7:9:12:11:7:9 chr16 943317 . C CT 187.5 PASS AF=0.644444;AO=25;DP=48;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0208956;FXX=0.062487;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6425;QD=16.6663;RBI=0.083989;REFB=-0.0181656;REVB=0.0813482;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160291;STB=0.566882;STBP=0.231;TYPE=ins;VARB=0.00936964;OID=.;OPOS=943318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.644444:25:48:29:45:16:18:11:7:9:83:20:15:10:8:12 chr16 943361 . T C 630.2 PASS AF=0.553571;AO=62;DP=112;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0534386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8899;QD=22.507;RBI=0.0538562;REFB=-0.00962142;REVB=0.00669434;RO=49;SAF=21;SAR=41;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486142;STB=0.529807;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.010424;OID=.;OPOS=943361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:50:62:62:0.553571:41:21:14:35:41:21:14:36 chr16 1034834 . T C 714.96 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405197;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2075;QD=57.1968;RBI=0.0507423;REFB=0;REVB=-0.030544;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000656328;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr16 1116444 . GA G,GG 158.59 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,11;DP=13;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340701,-0.00417849;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.106,233.929;QD=45.312;RBI=0.112557,0.108044;REFB=0,0;REVB=0.112505,0.107964;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0097551,0.00532383;OID=.,.;OPOS=1116445,1116445;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:2,11:13:2,12:14:0:1,7:1,5:0:0:7:0:1,7:1,4:0:0 chr16 1129872 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.053163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.528;QD=21.8421;RBI=0.0614187;REFB=-0.00718631;REVB=0.0307563;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00518249;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:1:1:3:3:1:1 chr16 1131181 . C T 272.7 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0430218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.614;QD=14.9423;RBI=0.043052;REFB=-0.0211993;REVB=-0.00161245;RO=42;SAF=10;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141637;STB=0.580499;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0107811;OID=.;OPOS=1131181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:21:10:19:23:21:10:19:23 chr16 1131393 . A G 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0112962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.777;QD=15.2913;RBI=0.0430305;REFB=-0.0121033;REVB=-0.0415214;RO=9;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22915;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0117799;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:2:7:5:4:2:7:5:4 chr16 1252369 . C T 205.33 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0337159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.944;QD=23.4666;RBI=0.0524239;REFB=-0.0264748;REVB=0.0401436;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414547;STB=0.523196;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0155462;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:9:6:7:13:9:6 chr16 1259148 . T C 95.73 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0515788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2757;QD=13.204;RBI=0.0515822;REFB=-0.0355244;REVB=0.000596967;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141797;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.033815;OID=.;OPOS=1259148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:29:15:16:11:13:0.448276:6:5:9:6:7:6:10:6 chr16 1260481 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.944;QD=52.611;RBI=0.0386248;REFB=0;REVB=-0.0215809;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308522;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr16 1261219 . A G 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.766;QD=57.1061;RBI=0.0611079;REFB=0;REVB=0.00393388;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360117;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr16 1261222 . A G 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3673;QD=57.2346;RBI=0.0254872;REFB=0;REVB=-0.0182781;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9425e-06;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr16 1261282 . T C 554.69 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0112986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.474;QD=55.4693;RBI=0.0113092;REFB=-0.165387;REVB=0.000490806;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000757189;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:18:20:0:1:18:20:0:2 chr16 1267000 . C T 116.19 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0279568;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4241;QD=10.1037;RBI=0.0286271;REFB=-0.0141536;REVB=-0.00615867;RO=31;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918001;STB=0.571322;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0372999;OID=.;OPOS=1267000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:32:14:14:0.304348:4:10:20:11:4:10:20:12 chr16 1268494 . C T 143.9 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0134591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.216;QD=33.8579;RBI=0.026771;REFB=-0.0942005;REVB=0.0231417;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347762;STB=0.557438;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0146092;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:2:3:14:14:0.823529:9:5:1:1:9:5:2:1 chr16 1269029 . T C 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.059;QD=50.4029;RBI=0.0153401;REFB=0;REVB=-0.0109629;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76245e-06;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 1270162 . G A 717.2 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9472;QD=61.0387;RBI=0.0752038;REFB=-0.129257;REVB=0.0661832;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00353275;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:33:14:0:0 chr16 1270349 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7893;QD=48.7372;RBI=0.0317992;REFB=0;REVB=0.0316006;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581514;OID=.;OPOS=1270349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr16 1270495 . GC G 31.49 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.112217;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.09926;QD=5.03846;RBI=0.140132;REFB=-0.0541114;REVB=-0.0839307;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216798;STB=0.575618;STBP=0.62;TYPE=del;VARB=0.015297;OID=.;OPOS=1270496;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:10:25:10:25:15:7:3:12:3:31:11:6:4:9:2 chr16 1271890 . G T 280.03 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.483;QD=46.6719;RBI=0.116818;REFB=-0.163571;REVB=0.113512;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0097595;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:22:23:0.958333:6:16:1:0:7:16:1:0 chr16 1272038 . G A,C 275.37 PASS AF=0.913043,0.0434783;AO=21,2;DP=23;FAO=21,1;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=6,1;FSAR=15,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0041157,-0.00479396;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.146,35.6433;QD=47.8906;RBI=0.0382406,0.00550242;REFB=-0.0602181,-0.0495691;REVB=0.0380185,-0.00270085;RO=0;SAF=6,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.538424,0.5;STBP=0.209,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000137552,0.104764;OID=.,.;OPOS=1272038,1272038;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:23:23:0:1:21,2:21,1:0.913043,0.0434783:15,0:6,2:0:0:15,0:6,1:1:0 chr16 1272865 . G A 1809.76 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.824;QD=59.8267;RBI=0.00843125;REFB=-0.0907312;REVB=0.00570237;RO=0;SAF=71;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210864;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:121:0:0:117:121:1:46:71:0:0:48:73:0:0 chr16 1278744 . C T 57.34 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0259213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.284;QD=12.7412;RBI=0.0475255;REFB=-0.0146792;REVB=0.0398341;RO=9;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398438;STB=0.776954;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.049605;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:9:10:8:8:0.444444:7:1:4:5:7:1:5:5 chr16 1279584 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0307456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1382;QD=11.9535;RBI=0.0331487;REFB=-0.0117402;REVB=-0.0123913;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270467;STB=0.650717;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0140182;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:7:1:3:7:7:1:3:8 chr16 1279623 . G A 75.59 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0197492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7614;QD=11.6295;RBI=0.0220968;REFB=-0.0224117;REVB=0.00991156;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192383;STB=0.678847;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0153659;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:12:16:8:10:0.384615:6:2:5:7:8:2:7:9 chr16 1291188 . C T 38.44 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0585495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6944;QD=11.827;RBI=0.0607061;REFB=-0.0310554;REVB=0.0160372;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429211;STB=0.732802;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.027179;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:5:6:0.461538:2:3:6:0:2:4:7:0 chr16 1291597 . C G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00637206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.732;QD=15.6503;RBI=0.00746866;REFB=-0.0269431;REVB=-0.00389586;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286975;STB=0.675546;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0486421;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:5:10:8:13:5:11:8:13 chr16 1291621 . CA TG 41.85 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00949499;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=2;MLLD=211.841;QD=3.89344;RBI=0.0100317;REFB=-0.000317301;REVB=-0.00323729;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497208;STB=0.838148;STBP=0.09;TYPE=mnp;VARB=0.00152326;OID=.;OPOS=1291621;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:33:36:7:7:0.162791:6:1:18:15:6:1:19:17 chr16 1306355 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00653986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.807;QD=33.4277;RBI=0.00653986;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001142;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr16 1306559 . AG A,GA 97.01 PASS AF=0.37037,0.0740741;AO=9,3;DP=29;FAO=10,2;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9,0;FSAR=1,2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0018163,-0.0101317;FXX=0.0689417;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=27.4892,186.961;QD=14.3725;RBI=0.0790583,0.0624242;REFB=-0.00965146,-0.00308332;REVB=-0.0790374,0.0615965;RO=15;SAF=9,0;SAR=0,3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.753527,-0.682659;STB=0.739126,0.995901;STBP=0.134,0.094;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00521793,0.0873531;OID=.,.;OPOS=1306560,1306559;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:29:27:15:15:9,3:10,2:0.37037,0.0740741:0,3:9,0:10:5:1,2:9,0:10:5 chr16 1306671 . G A 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0672602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8073;QD=20.6001;RBI=0.0805739;REFB=-0.0144598;REVB=0.0443646;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652459;STB=0.536805;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00738093;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:9:10:12:8:9:10 chr16 1306680 . C T 146.29 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0291862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0436;QD=16.7189;RBI=0.0419353;REFB=-0.0107933;REVB=-0.0301121;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230244;STB=0.631421;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0247216;OID=.;OPOS=1306680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:6:13:7:9:6:13 chr16 1306681 . G A 178.26 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0574886;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.396;QD=20.9716;RBI=0.0587267;REFB=-0.00654833;REVB=0.0119956;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198161;STB=0.612117;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0051163;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:9:7:12:6:9:7 chr16 1306918 . C T 77.78 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00536968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.532;QD=6.22232;RBI=0.0307476;REFB=-0.00446752;REVB=-0.0302751;RO=36;SAF=6;SAR=5;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012341;STB=0.505485;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0300979;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:36:39:11:11:0.22:5:6:20:16:5:6:21:18 chr16 1306921 . G A 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00212777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.946;QD=6.8808;RBI=0.0295692;REFB=-0.00467916;REVB=-0.0294926;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863448;STB=0.554364;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0190249;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:5:7:20:19:5:7:20:19 chr16 1306927 . C T 83.2 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0293857;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4013;QD=6.40011;RBI=0.0553587;REFB=-0.00766424;REVB=-0.0469156;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698429;STB=0.564408;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00283027;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:54:52:38:40:12:12:0.230769:5:7:20:18:5:7:20:20 chr16 1306971 . A G 59.39 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00845729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.665;QD=4.09607;RBI=0.0169495;REFB=-0.00586958;REVB=-0.0146888;RO=46;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149858;STB=0.616208;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0488397;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:46:48:10:10:0.172414:4:6:22:24:4:6:22:26 chr16 1306973 . A G 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0203442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.283;QD=3.96478;RBI=0.0203761;REFB=-0.00356347;REVB=-0.0011399;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162033;STB=0.607893;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0342642;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:47:49:10:10:0.169492:4:6:22:25:4:6:23:26 chr16 1306981 . G A 165.63 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0107453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.601;QD=11.4225;RBI=0.0371845;REFB=-0.00612359;REVB=0.0355982;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409203;STB=0.523787;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0134534;OID=.;OPOS=1306981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:11:10:19:18:11:10:19:18 chr16 1306986 . C T 52.37 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0208161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6339;QD=3.67477;RBI=0.0215807;REFB=-0.00352454;REVB=0.0056934;RO=48;SAF=5;SAR=4;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933158;STB=0.56406;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0113028;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:4:5:23:25:4:5:23:25 chr16 1311333 . A G 200.74 PASS AF=0.403226;AO=20;DP=57;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0242539;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.366;QD=12.9509;RBI=0.031714;REFB=-0.038894;REVB=-0.0204335;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156476;STB=0.584348;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0599686;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:62:37:37:20:25:0.403226:8:12:17:20:10:15:17:20 chr16 1311361 . C T 375.7 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0430683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4511;QD=23.8541;RBI=0.0435056;REFB=-0.0229238;REVB=0.0061531;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144092;STB=0.500863;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189408;OID=.;OPOS=1311361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:20:17:11:14:20:17:12:14 chr16 1312546 . T A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0219646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.316;QD=18.4267;RBI=0.0219807;REFB=-0.0133126;REVB=0.000842582;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488099;STB=0.535689;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0204254;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:14:14:15:12:14:14:16:12 chr16 1312826 . A G 242.42 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0110079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1246;QD=14.9182;RBI=0.0270545;REFB=-0.00604222;REVB=-0.0247138;RO=36;SAF=18;SAR=10;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886819;STB=0.537871;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00991763;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:10:18:26:10:10:18:26:11 chr16 1370597 . G C 300.2 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411659;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.062;QD=50.0325;RBI=0.0589847;REFB=0.0375864;REVB=0.042244;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-2.41415e-05;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:0:1:23:23:0.958333:10:13:0:0:10:13:0:1 chr16 1370614 . C G 255.71 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.164;QD=51.1424;RBI=0.0533143;REFB=0;REVB=0.0519464;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513864;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr16 1370630 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.629;QD=45.8067;RBI=0.0430113;REFB=0;REVB=-0.0430002;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188198;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr16 1374818 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000522682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.952;QD=52.6132;RBI=0.0158453;REFB=0;REVB=-0.0158367;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81962e-05;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr16 1374951 . C G 212.74 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0259976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.809;QD=20.2611;RBI=0.0387937;REFB=-0.00231584;REVB=-0.0287937;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189913;STB=0.605969;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00569798;OID=.;OPOS=1374951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:17:4:8:13:17:4 chr16 1389153 . C A 805.34 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0476157;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6523;QD=51.1325;RBI=0.0516421;REFB=-0.0528135;REVB=0.0199912;RO=4;SAF=47;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527961;STB=0.52808;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00397232;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:59:59:0.936508:12:47:2:2:12:47:2:2 chr16 1393020 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.64;QD=47.821;RBI=0.0498279;REFB=0;REVB=0.0482789;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470793;OID=.;OPOS=1393020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 1394507 . A C 751.17 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000232354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.344;QD=62.5978;RBI=0.0291865;REFB=0;REVB=0.0291856;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111634;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:43:48:1:22:21:0:0:26:22:0:0 chr16 1397815 . C T 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.638;QD=45.8003;RBI=0.06702;REFB=0;REVB=-0.0251467;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021095;OID=.;OPOS=1397815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr16 1415805 . G GA,GAA 54.48 PASS AF=0.375,0;AO=6,4;DP=26;FAO=9,0;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0441621,0.0245658;FXX=0.0768935;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=22.8304,23.8728;QD=9.0793;RBI=0.0839475,0.0438613;REFB=-0.0156096,-0.00883541;REVB=0.0713925,0.0363364;RO=15;SAF=1,0;SAR=5,4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.493865,-0.701367;STB=0.850192,0.5;STBP=0.018,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0431586,0;OID=.,.;OPOS=1415806,1415806;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375,0:6,4:26:9,0:24:15:1,0:8,0:9:6:54:15:1,0:5,4:9:6 chr16 1419947 . A G 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.315;QD=46.845;RBI=0.037954;REFB=0;REVB=-0.0211241;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7429e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr16 1433766 . T C 1007.35 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.046;QD=59.2561;RBI=0.0330594;REFB=0;REVB=-0.0136009;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50709e-05;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr16 1447278 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.325;QD=58.1418;RBI=0.040672;REFB=0;REVB=-0.00133547;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189006;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr16 1479250 . C T 525.58 PASS AF=0.515464;AO=50;DP=97;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00715188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.072;QD=21.6735;RBI=0.00858159;REFB=-0.0253769;REVB=0.00474282;RO=47;SAF=13;SAR=37;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228257;STB=0.626769;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0181964;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:47:50:50:0.515464:37:13:23:24:37:13:23:24 chr16 1484392 . G C 971.86 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8612;QD=58.9009;RBI=0.0783663;REFB=0;REVB=0.0783057;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510595;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr16 1484473 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000787757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.331;QD=57.8849;RBI=0.00331352;REFB=0;REVB=-0.00321852;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.81507e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr16 1503879 . T A 1510.68 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.832;QD=63.6078;RBI=0.0240704;REFB=0;REVB=0.0238431;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15383e-05;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:50:45:0:0:50:45:0:0 chr16 1536372 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.515;QD=43.486;RBI=0.0317982;REFB=0;REVB=0.0267893;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449149;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr16 1536535 . C T 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8848;QD=57.1985;RBI=0.0385923;REFB=0;REVB=0.0283213;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100042;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC,CG 138.66 PASS AF=0.615385,0.230769,0.153846;AO=2,9,2;DP=13;FAO=8,3,2;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,2;FSAR=5,3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031976,0.0714046,0.0154813;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=128.547,120.706,118.164;QD=42.6655;RBI=0.0486358,0.0782755,0.0412102;REFB=0,0,0;REVB=0.0366467,0.0320691,0.0381918;RO=0;SAF=0,3,2;SAR=2,6,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.003725,0.0102703,-0.0665115;OID=.,.,.;OPOS=1537455,1537455,1537455;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.615385,0.230769,0.153846:2,9,2:13:8,3,2:13:0:3,0,2:5,3,0:0:0:15:0:0,3,2:2,6,0:0:0 chr16 1537839 . G A 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.05;QD=58.0596;RBI=0.0602481;REFB=0;REVB=0.0418316;RO=0;SAF=44;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.89926e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273152;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:17:44:0:0:17:44:0:0 chr16 1538363 . C A 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.857;QD=60.8835;RBI=0.0593362;REFB=0;REVB=0.0404627;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29759e-05;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:36:41:0:0:36:41:0:0 chr16 1538433 . A G 887.37 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00265683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9311;QD=56.3409;RBI=0.0604938;REFB=-0.117837;REVB=0.0604355;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00342318;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:1:0:31:31:1:0 chr16 1538464 . C T 528.6 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0276904;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.026;QD=52.86;RBI=0.0326018;REFB=-0.0777232;REVB=0.017208;RO=3;SAF=18;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025247;STB=0.513506;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000764702;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:19:18:2:1:19:18:2:1 chr16 1544301 . GA CG 445.18 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00855657;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.108;QD=53.9615;RBI=0.0246961;REFB=-0.114768;REVB=0.0231664;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533312;STBP=0.111;TYPE=mnp;VARB=0.00142171;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:30:32:0.969697:6:24:0:0:7:25:0:1 chr16 1545448 . A G 684.06 PASS AF=0.531746;AO=65;DP=124;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.00996397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0765;QD=21.7161;RBI=0.0191081;REFB=-0.021904;REVB=-0.0163046;RO=58;SAF=44;SAR=21;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191424;STB=0.606151;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0204322;OID=.;OPOS=1545448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:58:59:65:67:0.531746:21:44:27:31:21:46:28:31 chr16 1545511 . TG T 511.96 PASS AF=0.716535;AO=78;DP=126;FAO=91;FDP=127;FR=.;FRO=36;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0874132;FXX=0.00781189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5721;QD=16.1248;RBI=0.0919523;REFB=-0.0948504;REVB=0.0285334;RO=40;SAF=40;SAR=38;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.372913;SSSB=-0.134117;STB=0.566542;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.106007;OID=.;OPOS=1545512;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.716535:78:126:91:127:36:47:44:27:9:97:40:40:38:29:11 chr16 1547477 . T C 143.29 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0147802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.132;QD=14.6963;RBI=0.0159739;REFB=-0.0245755;REVB=-0.00605881;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110759;STB=0.564024;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0350381;OID=.;OPOS=1547477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:9:14:8:8:9:14 chr16 1552761 . C T 204.35 PASS AF=0.555556;AO=11;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0416609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.853;QD=22.706;RBI=0.0423907;REFB=-0.00151393;REVB=0.00783172;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326299;STB=0.5185;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00126003;OID=.;OPOS=1552761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:16:11:20:0.555556:4:7:4:10:13:7:5:11 chr16 1555589 . A G 107.77 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0487622;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.295;QD=19.5953;RBI=0.0488378;REFB=-0.0109582;REVB=0.00271685;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144193;STB=0.583186;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00475435;OID=.;OPOS=1555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:24:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:4:6:9:3:4:6 chr16 1573890 . G A 291.74 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0256386;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6879;QD=14.5871;RBI=0.0273481;REFB=-0.0225463;REVB=0.00951721;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046859;STB=0.520535;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0310302;OID=.;OPOS=1573890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:18:15:23:23:18:15:23:24 chr16 1614097 . A G 217.93 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.023009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.493;QD=12.1073;RBI=0.0251033;REFB=-0.00586939;REVB=-0.0100381;RO=45;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08977;STB=0.551686;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0146555;OID=.;OPOS=1614097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:11:16:23:22:11:16:23:22 chr16 1616201 . C T 113.82 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00917889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.141;QD=9.89748;RBI=0.0106677;REFB=-0.0104328;REVB=0.00543576;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360591;STB=0.521708;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0222537;OID=.;OPOS=1616201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:7:7:17:15:7:7:17:15 chr16 1676035 . AGGGGGC ACGGGGC,AGGGGC,AGGGGCG 46.93 PASS AF=0,0.3125,0.0625;AO=2,11,7;DP=48;FAO=0,15,3;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=0,8,1;FSAR=0,7,2;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0391622,-0.0729493,-0.0979235;FXX=0.020404;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,2;MLLD=144.73,10.2734,99.4595;QD=3.9109;RBI=0.0643346,0.0984468,0.102057;REFB=-0.00983882,-0.160478,-0.0189926;REVB=-0.0510418,-0.0661073,-0.0287516;RO=21;SAF=0,7,1;SAR=2,4,6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.440476,0;SSSB=-0.458427,0.274871,-0.357051;STB=0.5,0.631413,0.5;STBP=1,0.251,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.130646,0.207766;OID=.,.,.;OPOS=1676036,1676036,1676040;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=ACGGGGC,AGGGGC,AGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.3125,0.0625:2,11,7:48:0,15,3:48:30:0,8,1:0,7,2:10:20:41:21:0,7,1:2,4,6:8:13 chr16 1682281 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2291;QD=54.5099;RBI=0.0713787;REFB=0;REVB=0.000983991;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151836;OID=.;OPOS=1682281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr16 1697025 . C T 240.05 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00342023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.442;QD=16.5553;RBI=0.00497931;REFB=-0.0182322;REVB=0.00361878;RO=31;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252152;STB=0.642651;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0248122;OID=.;OPOS=1697025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:8:19:14:17:8:19:14:17 chr16 1727603 . G A 113.43 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00816231;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3375;QD=16.8037;RBI=0.0746128;REFB=-0.0436264;REVB=0.074165;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133159;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0530826;OID=.;OPOS=1727603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:14:13:13:0.481481:7:6:8:5:7:6:9:5 chr16 1730470 . A G 241.79 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00352692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9728;QD=16.6748;RBI=0.047823;REFB=-0.0244274;REVB=-0.0476927;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230673;STB=0.645463;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0244126;OID=.;OPOS=1730470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:31:27:27:0.465517:10:17:11:18:10:17:11:20 chr16 1812972 . G C 177.41 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0566793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3795;QD=21.5045;RBI=0.0569903;REFB=-0.00114276;REVB=0.00594534;RO=15;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181936;STB=0.603324;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.000430888;OID=.;OPOS=1812972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:14:4:6:9:14:4:6:9 chr16 1814391 . T C 142.38 PASS AF=0.470588;AO=14;DP=32;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-5.25016e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.851;QD=16.7503;RBI=0.022458;REFB=-0.0122362;REVB=-0.022458;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698633;STB=0.533291;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0149783;OID=.;OPOS=1814391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:18:18:14:16:0.470588:8:6:9:9:9:7:9:9 chr16 1818503 . G C 46.02 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00334844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.076;QD=9.20419;RBI=0.00719386;REFB=-0.00190123;REVB=0.00636707;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384023;STB=0.752737;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00582027;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:12:13:7:7:0.35:2:5:4:8:2:5:4:9 chr16 1825336 . G C 30.61 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00953973;FXX=0.0249938;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.7982;QD=3.13908;RBI=0.0131005;REFB=-0.0304238;REVB=-0.00897873;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535347;STB=0.839223;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.152348;OID=.;OPOS=1825336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:40:39:25:33:6:6:0.153846:5:1:16:9:5:1:19:14 chr16 1826148 . G A 175.87 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00925297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9893;QD=13.2729;RBI=0.0182637;REFB=-0.018895;REVB=0.0157463;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781564;STB=0.5045;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0522616;OID=.;OPOS=1826148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:17:15:10:11:17:15 chr16 1827836 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.633;QD=54.5177;RBI=0.0492565;REFB=0;REVB=0.0492018;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229115;OID=.;OPOS=1827836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr16 1836796 . C A 64.93 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0187287;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=93.7304;QD=10.3886;RBI=0.0191599;REFB=-0.00176964;REVB=-0.00404201;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.504494;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00145149;OID=.;OPOS=1836796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:9:6:4:5:9:7 chr16 1838640 . T C 1438.31 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320187;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.219;QD=63.2224;RBI=0.0362973;REFB=0;REVB=0.0170967;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06402e-05;OID=.;OPOS=1838640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:89:91:1:42:47:0:0:44:47:0:0 chr16 1840853 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0003316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.749;QD=14.1697;RBI=0.00467111;REFB=-0.00734093;REVB=0.00465932;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654152;STB=0.521233;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0315794;OID=.;OPOS=1840853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:4:7:7:3:4:8 chr16 1841033 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0089784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.748;QD=16.4263;RBI=0.0274438;REFB=-0.0232824;REVB=0.0259336;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235046;STB=0.636115;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0249227;OID=.;OPOS=1841033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:4:7:4:7:4:7 chr16 1842209 . A G 94.17 PASS AF=0.315789;AO=13;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0172105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.566;QD=9.91218;RBI=0.0504983;REFB=-0.0159464;REVB=0.047475;RO=25;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141802;STB=0.517828;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0249581;OID=.;OPOS=1842209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:25:26:13:12:0.315789:3:10:19:6:3:9:20:6 chr16 1843672 . T C 1896.28 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.862;QD=61.6677;RBI=0.0626316;REFB=0;REVB=0.0299766;RO=0;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.60146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170537;OID=.;OPOS=1843672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:67:56:0:0:67:56:0:0 chr16 1859432 . G C 45.3 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.022809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5216;QD=8.23631;RBI=0.0253428;REFB=-0.00611049;REVB=-0.0110455;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296779;STB=0.691662;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0100503;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:5:10:6:1:5:10 chr16 1869078 . C T 69.08 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0465795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8155;QD=13.1581;RBI=0.0502976;REFB=-0.0132617;REVB=-0.0189791;RO=12;SAF=8;SAR=0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.786876;STB=0.830316;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0362802;OID=.;OPOS=1869078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:21:21:12:12:8:9:0.428571:0:8:5:7:1:8:5:7 chr16 1872312 . G A 138.43 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.000733657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.146;QD=11.7808;RBI=0.00118665;REFB=-0.0213677;REVB=0.000932674;RO=31;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162757;STB=0.595629;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0409002;OID=.;OPOS=1872312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:8:8:11:20:8:8:11:20 chr16 1872922 . C G 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.0301719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.634;QD=21.2928;RBI=0.0527433;REFB=-0.0124671;REVB=0.0432611;RO=25;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452841;STB=0.525335;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0100749;OID=.;OPOS=1872922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:7:18:19:6:7:18:19:6 chr16 1877494 . T C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00236093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.367;QD=23.2182;RBI=0.0359062;REFB=-0.0762325;REVB=0.0358285;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0053697;OID=.;OPOS=1877494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:0:1:2:3:0:1 chr16 1877558 . G A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=12;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0275001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7263;QD=25.7108;RBI=0.0598831;REFB=-0.0339075;REVB=0.0531952;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984044;STB=0.540921;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0130437;OID=.;OPOS=1877558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:12:13:0.684211:6:6:4:2:6:7:4:2 chr16 1878031 . GC AT 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0445442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=169.05;QD=16.884;RBI=0.0470192;REFB=0.00170457;REVB=-0.0150537;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379435;STB=0.521711;STBP=0.874;TYPE=mnp;VARB=-0.00187258;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:4:13:11:4:4:13 chr16 1878067 . C G 47.2 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0201152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.651;QD=11.105;RBI=0.0210059;REFB=-0.0236633;REVB=-0.00605189;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.510175;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.022081;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:3:7:5:2:3:7 chr16 1878492 . G A 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00254132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.432;QD=15.6509;RBI=0.0184369;REFB=-0.0178363;REVB=0.018261;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131328;STB=0.575663;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0104724;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:12:9:9:7:12:9 chr16 1878521 . C G 85.69 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00236253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.095;QD=12.2413;RBI=0.031168;REFB=-0.0100726;REVB=0.0310783;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0225418;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:10:7:4:7:10:7 chr16 1878597 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00563997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6132;QD=9.75957;RBI=0.0366383;REFB=-0.018048;REVB=0.0362016;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0345422;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:6:6:2:5:6:6 chr16 1888037 . G A 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0363549;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3661;QD=14.9568;RBI=0.0433453;REFB=-0.00246785;REVB=-0.0236037;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.578812;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000123438;OID=.;OPOS=1888037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:8:7:4:8:8:7 chr16 1894912 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3697;QD=49.5937;RBI=0.0265871;REFB=0;REVB=0.0196944;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96325e-05;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr16 1894961 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0159967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.772;QD=13.6295;RBI=0.0243802;REFB=-0.0205807;REVB=0.0183983;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401081;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0228805;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:6:3:3:5:6:3 chr16 1912021 . T G 251.43 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0825712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8058;QD=20.5251;RBI=0.0833467;REFB=-0.0075868;REVB=-0.0113434;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127855;STB=0.571853;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00263874;OID=.;OPOS=1912021;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:15:10:13:11:15:10 chr16 1918125 . T G 215.81 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0395836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.226;QD=15.1444;RBI=0.040527;REFB=0.000158024;REVB=0.00869358;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389847;STB=0.522166;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.000399351;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:7:18:22:10:7:18:22:10 chr16 1961674 . G C 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.989;QD=60.6024;RBI=0.0327798;REFB=0;REVB=0.00586924;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128093;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr16 1962046 . CG TA 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464914;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.182;QD=35.5759;RBI=0.063986;REFB=0;REVB=0.0439631;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0022863;OID=.;OPOS=1962046;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 1990994 . T C 134.68 PASS AF=0.454545;AO=16;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00398868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.678;QD=16.3254;RBI=0.00579906;REFB=-0.0137699;REVB=-0.00420945;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.518194;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0120973;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:16:15:0.454545:7:9:8:8:7:8:9:9 chr16 2017804 . T G 47.8 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.00853947;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1645;QD=10.064;RBI=0.0357461;REFB=0.0217838;REVB=0.0347111;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229881;STB=0.529324;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.0331249;OID=.;OPOS=2017804;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:19:13:12:7:7:0.368421:6:1:2:11:6:1:2:10 chr16 2024131 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0841003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3197;QD=8.81167;RBI=0.0848477;REFB=-0.00125815;REVB=0.0112368;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.646611;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00314193;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:8:3:3:3:8:3 chr16 2024389 . G T 138.8 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0193883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.149;QD=19.8287;RBI=0.0195312;REFB=0.0026784;REVB=0.0023585;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395277;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236327;OID=.;OPOS=2024389;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:8:7:5:7:8:7:6:7 chr16 2035868 . C T 299.05 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0725652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.944;QD=16.1647;RBI=0.0737477;REFB=-0.0252084;REVB=-0.013154;RO=40;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539274;STB=0.536138;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0282671;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:41:33:33:0.445946:18:15:16:24:18:15:16:25 chr16 2048826 . C G 193.09 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.029413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.384;QD=40.6494;RBI=0.059283;REFB=-0.0965945;REVB=0.0514718;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.583231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00152053;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:12:5:1:0:12:5:2:0 chr16 2049640 . A G 594.41 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7769;QD=60.9653;RBI=0.0593936;REFB=0;REVB=-0.0523291;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111337;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr16 2096132 . TG T 36.94 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.268806;FXX=0.0285633;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.14789;QD=4.34619;RBI=0.296154;REFB=-0.134547;REVB=-0.124301;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848265;STB=0.526988;STBP=0.824;TYPE=del;VARB=0.181464;OID=.;OPOS=2096133;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:12:34:14:34:20:5:9:8:12:36:17:4:8:7:10 chr16 2152427 . G A 60.11 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0146611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.605;QD=17.1754;RBI=0.0419969;REFB=-0.0360505;REVB=0.0393547;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946669;STB=0.555414;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.057645;OID=.;OPOS=2152427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:3:3:5:3:3:3 chr16 2230316 . C T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0251398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.984;QD=32.6186;RBI=0.0493466;REFB=-0.0235526;REVB=-0.0424627;RO=4;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299345;STB=0.666432;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.000938173;OID=.;OPOS=2230316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:4:11:0:4:4:11:0:4 chr16 2257105 . C G 181.97 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00528733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.984;QD=11.9327;RBI=0.0173851;REFB=-0.0139405;REVB=-0.0165616;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379565;STB=0.529889;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0187672;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:38:23:23:0.377049:11:12:16:17:11:12:18:20 chr16 2260567 . C T 229.35 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0024722;FXX=0.0307645;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.5999;QD=14.5618;RBI=0.00351163;REFB=-0.0089317;REVB=0.00249395;RO=32;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230674;STB=0.609677;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0195326;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:36:27:27:0.428571:12:15:10:22:12:15:13:23 chr16 2260612 . T C 160.4 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00726501;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.949;QD=17.3406;RBI=0.00727492;REFB=-0.0283219;REVB=0.000379419;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127199;STB=0.595486;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0285128;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:20:17:17:0.459459:11:6:5:16:11:6:4:16 chr16 2263146 . A G 185.71 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0601264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4997;QD=19.0471;RBI=0.0602113;REFB=-0.0263837;REVB=0.00319693;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927571;STB=0.539042;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0415865;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:9:10:8:11:9:10:9:11 chr16 2263507 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0113481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.521;QD=16.3859;RBI=0.0118407;REFB=-0.0156223;REVB=-0.00337988;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355772;STB=0.709643;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0149446;OID=.;OPOS=2263507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:5:3:7:2:5:3 chr16 2263516 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0537008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5338;QD=10.3902;RBI=0.0546348;REFB=-0.00254298;REVB=-0.0100588;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497435;STB=0.796364;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0111015;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:2:9:2:5:2:9 chr16 2282256 . G A 303.35 PASS AF=0.892857;AO=10;DP=29;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0655132;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5581;QD=43.3361;RBI=0.0655249;REFB=-0.161172;REVB=0.00123977;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.565165;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00911433;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:28:0:3:10:25:0.892857:6:4:0:0:10:15:0:3 chr16 2285357 . C T 188.7 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00673084;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.505;QD=19.8626;RBI=0.0382078;REFB=-0.0257404;REVB=-0.0376102;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3223;STB=0.693665;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.045506;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:19:19:19:0.5:5:14:8:12:5:14:7:12 chr16 2331430 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.963;QD=53.276;RBI=0.00503522;REFB=0;REVB=-0.00117995;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.04144e-05;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr16 2367336 . G A 68.51 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0607064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.773;QD=10.1493;RBI=0.0607814;REFB=-0.0412122;REVB=-0.00301802;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414426;STB=0.758388;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.124958;OID=.;OPOS=2367336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:6:11:9:1:6:11 chr16 2512522 . C CA 58.96 PASS AF=0.692308;AO=2;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00114324;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.213;QD=18.1425;RBI=0.0546888;REFB=-0.0442075;REVB=0.0546769;RO=10;SAF=1;SAR=1;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103256;STB=0.561271;STBP=0.526;TYPE=ins;VARB=0.0320694;OID=.;OPOS=2512523;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:2:13:9:13:4:4:5:1:3:22:10:1:1:4:6 chr16 2512523 . G A 48.21 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0183151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.587;QD=12.8568;RBI=0.0273781;REFB=-0.0202889;REVB=0.0203499;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0264607;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:8:8:6:7:0.466667:3:3:4:4:4:3:4:4 chr16 2578131 . C T 190.41 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00548322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.981;QD=19.0412;RBI=0.0211769;REFB=-0.0126347;REVB=0.0204547;RO=19;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927571;STB=0.574553;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0152988;OID=.;OPOS=2578131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:19:20:0.5:10:9:11:8:11:9:12:8 chr16 2749899 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0485348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.755;QD=28.2839;RBI=0.0526949;REFB=-0.0232676;REVB=0.0205213;RO=12;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213855;STB=0.619088;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0106992;OID=.;OPOS=2749899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:17:5:6:6:17:5:6:6 chr16 2766482 . CAG AGG,CAC,CA 99.29 PASS AF=0.107143,0,0.535714;AO=3,4,4;DP=26;FAO=3,0,15;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=3,0,8;FSAR=0,0,7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0395919,-0.0250779,0.00986094;FXX=0;HRUN=4,3,3;LEN=2,1,1;MLLD=36.6973,81.4308,12.7793;QD=14.1847;RBI=0.140537,0.0305417,0.174483;REFB=-0.00593765,0.0180165,-0.00517701;REVB=-0.134845,-0.0174326,0.174204;RO=10;SAF=3,2,3;SAR=0,2,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.622111,-0.107009,0.182961;STB=0.9954,0.5,0.526846;STBP=0.138,1,0.762;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0915155,0,0.0681662;OID=.,.,.;OPOS=2766482,2766484,2766484;OREF=CA,G,G;OALT=AG,C,-;OMAPALT=AGG,CAC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:54:26:28:10:10:3,4,4:3,0,15:0.107143,0,0.535714:0,2,1:3,2,3:6:4:0,0,7:3,0,8:6:4 chr16 2790610 . CA AC,CAC 33.31 PASS AF=0.0526316,0.131579;AO=2,7;DP=39;FAO=2,5;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2,3;FSAR=0,2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00227669,-0.00835001;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=67.1569,54.9552;QD=3.50645;RBI=0.0139043,0.00835085;REFB=-0.00771456,-0.018199;REVB=-0.0137166,0.000118582;RO=30;SAF=2,5;SAR=0,2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.429555,0.190123;STB=0.994,0.517172;STBP=0.205,0.951;TYPE=mnp,ins;VARB=0.160533,0.138452;OID=.,.;OPOS=2790610,2790612;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:39:38:30:31:2,7:2,5:0.0526316,0.131579:0,2:2,5:17:13:0,2:2,3:18:13 chr16 2812647 . C T 140.74 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0126144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.481;QD=13.0916;RBI=0.0227345;REFB=-0.0349623;REVB=-0.0189139;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121095;STB=0.635669;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0536283;OID=.;OPOS=2812647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:24:27:14:16:0.372093:6:8:11:13:6:10:11:16 chr16 2812890 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0103927;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.034;QD=20.2097;RBI=0.0109259;REFB=-0.0145736;REVB=-0.00337127;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355333;STB=0.706053;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0096705;OID=.;OPOS=2812890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:5:5:11:2:5:5 chr16 2812939 . C A 55.89 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0272166;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4589;QD=22.3542;RBI=0.0499829;REFB=0.0650658;REVB=0.0419232;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.599755;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0232357;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:10:4:3:7:7:0.7:6:1:1:3:6:1:0:3 chr16 2814162 . G A 102.21 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0218002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.999;QD=17.7749;RBI=0.0282381;REFB=-0.0145764;REVB=-0.0179482;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0106636;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:4:7:5:6:5:7:5:6 chr16 2815237 . A C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1817;QD=58.14;RBI=0.0381101;REFB=0;REVB=0.0358999;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159542;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr16 2818161 . T C 174.49 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0655186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4344;QD=11.8295;RBI=0.068191;REFB=-0.0355179;REVB=-0.018903;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066034;STB=0.515042;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0502154;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:34:37:22:22:0.372881:9:13:18:16:9:13:21:16 chr16 2818704 . T G 118.49 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0322312;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.382;QD=12.1529;RBI=0.0529687;REFB=-0.0371138;REVB=-0.0420337;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170819;STB=0.599867;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0933215;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:25:25:14:14:0.358974:8:6:7:18:8:6:7:18 chr16 2820882 . G T 286.04 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0238035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.498;QD=20.4316;RBI=0.0238039;REFB=-0.00465247;REVB=-0.000135127;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115585;STB=0.564313;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00476902;OID=.;OPOS=2820882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:19:11:13:13:19:11:13:13 chr16 2821525 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00949456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.496;QD=22.3412;RBI=0.0105099;REFB=-0.011295;REVB=0.00450686;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186921;STB=0.604208;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00792034;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:11:3:8:10:11:3 chr16 2871555 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0121064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.497;QD=16.9409;RBI=0.0373999;REFB=-0.0099894;REVB=-0.0353863;RO=24;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430257;STB=0.747755;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00573672;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:4:15:9:15:4:15:9:15 chr16 3065596 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0508726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8475;QD=16.199;RBI=0.0664863;REFB=-0.0560323;REVB=-0.0428065;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0330355;OID=.;OPOS=3065596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr16 3075999 . C G 286.26 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0214363;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.494;QD=17.0903;RBI=0.0214384;REFB=-0.00689683;REVB=-0.000302925;RO=33;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141533;STB=0.555733;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0127392;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:36:31:31:0.462687:14:17:13:20:14:17:16:20 chr16 3079685 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0920991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7514;QD=10.0748;RBI=0.0957865;REFB=-0.0310132;REVB=-0.0263213;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204846;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0552103;OID=.;OPOS=3079685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:3:5:6:8:3:5:6:8 chr16 3085335 . G C 311.93 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0340745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.119;QD=14.1788;RBI=0.0394512;REFB=-0.0356351;REVB=0.0198827;RO=51;SAF=23;SAR=12;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200344;STB=0.614906;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0464438;OID=.;OPOS=3085335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:53:35:35:0.397727:12:23:24:27:12:23:25:28 chr16 3085375 . G A 282.22 PASS AF=0.405063;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00132076;FXX=0.0365809;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.426;QD=14.2895;RBI=0.00812545;REFB=-0.0159656;REVB=-0.00801739;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791125;STB=0.556927;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0154699;OID=.;OPOS=3085375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:39:47:31:32:0.405063:16:15:22:17:16:16:28:19 chr16 3086447 . C G 230.86 PASS AF=0.489362;AO=19;DP=43;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0175551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.218;QD=19.6477;RBI=0.0177982;REFB=-0.0148084;REVB=0.00293122;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351908;STB=0.519982;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0222815;OID=.;OPOS=3086447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:20:24:19:23:0.489362:13:6:7:13:17:6:7:17 chr16 3100095 . C T 392.56 PASS AF=0.4;AO=45;DP=114;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0251741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8734;QD=13.6544;RBI=0.0275472;REFB=-0.0533939;REVB=0.0111854;RO=69;SAF=15;SAR=30;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193093;STB=0.61381;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0474733;OID=.;OPOS=3100095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:69:69:45:46:0.4:30:15:35:34:31:15:35:34 chr16 3117982 . C A 192.86 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0182024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.96;QD=24.1073;RBI=0.0266339;REFB=-0.00949254;REVB=0.0194432;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00584072;OID=.;OPOS=3117982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:13:13:17:19:0.59375:7:10:6:7:9:10:6:7 chr16 3119304 . A G 103.87 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00612732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.096;QD=10.1333;RBI=0.00818168;REFB=-0.00226125;REVB=0.00542179;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433123;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365695;OID=.;OPOS=3119304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:28:13:13:0.317073:7:6:11:15:7:6:13:15 chr16 3132197 . A G 190.6 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.067757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.549;QD=13.3752;RBI=0.0678457;REFB=-0.0202071;REVB=-0.00346857;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129261;STB=0.566038;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0270948;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:9:14:16:17:9:14:17:17 chr16 3207446 . G A 758.87 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0195638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.009;QD=53.2542;RBI=0.0275203;REFB=0.0140346;REVB=0.0193552;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555122;STB=0.502946;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000118031;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:23:32:1:1:23:32:1:1 chr16 3208911 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.461;QD=45.8055;RBI=0.0647988;REFB=0;REVB=0.0106651;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100491;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 3208914 . T C 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.88;QD=45.786;RBI=0.0457439;REFB=0;REVB=-0.00101973;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549318;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 3230588 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.173;QD=45.8068;RBI=0.0451108;REFB=0;REVB=0.0450595;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360797;OID=.;OPOS=3230588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr16 3254470 . T C 453.77 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00879592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9608;QD=55.0026;RBI=0.0705448;REFB=0.0957491;REVB=-0.0699943;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.0117505;OID=.;OPOS=3254470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:1:0:13:19:1:0 chr16 3254972 . T C 516.33 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0277383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.852;QD=54.3504;RBI=0.0280028;REFB=-0.013128;REVB=-0.00383989;RO=2;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583611;STB=0.529395;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00124596;OID=.;OPOS=3254972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:20:15:2:0:20:16:2:0 chr16 3266071 . A G 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0587448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4791;QD=47.8139;RBI=0.0589579;REFB=0.0329612;REVB=-0.00500842;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000686422;OID=.;OPOS=3266071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:12:9:0:0:12:9:0:1 chr16 3297073 . A G 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000361024;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.051;QD=53.9632;RBI=0.0108951;REFB=0;REVB=0.0108891;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21639e-05;OID=.;OPOS=3297073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr16 3297175 . T C 714.16 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0320638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5477;QD=52.9006;RBI=0.0929319;REFB=-0.0117842;REVB=-0.0872253;RO=2;SAF=25;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134251;STB=0.500713;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00279346;OID=.;OPOS=3297175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:2:2:52:52:0.962963:27:25:1:1:27:25:1:1 chr16 3297181 . C T 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.423;QD=57.3803;RBI=0.0370247;REFB=0;REVB=0.0309092;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219695;OID=.;OPOS=3297181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr16 3299749 . G A 1208.92 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.158;QD=61.211;RBI=0.0382335;REFB=0;REVB=0.0371018;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113739;OID=.;OPOS=3299749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:46:33:0:0 chr16 3304626 . C G 679.15 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817765;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.143;QD=60.369;RBI=0.118358;REFB=0;REVB=0.0855645;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002342;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:40:45:1:19:21:0:0:22:23:0:0 chr16 3405994 . A G 883.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.856;QD=57.9543;RBI=0.0213489;REFB=0;REVB=0.0213027;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64029e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:30:31:0:0 chr16 3406387 . C G 325.28 PASS AF=1;AO=12;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6677;QD=50.0423;RBI=0.0389054;REFB=0;REVB=-0.0342069;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238872;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:12:26:1:2:10:0:0:14:12:0:0 chr16 3419934 . G T 357.59 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.461;QD=55.0131;RBI=0.0600181;REFB=0;REVB=-0.0457689;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.17182e-05;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:8:15:0:0:8:18:0:0 chr16 3452193 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00555521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1904;QD=56.1912;RBI=0.00557118;REFB=0;REVB=-0.000421537;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.97488e-05;OID=.;OPOS=3452193;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr16 3486285 . C A 1008.28 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.842;QD=59.3109;RBI=0.0226917;REFB=0;REVB=0.0215134;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4757e-05;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr16 3490922 . G C 446.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7242;QD=57.6518;RBI=0.0752509;REFB=0;REVB=-0.0373758;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00215294;OID=.;OPOS=3490922;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr16 3493786 . C G 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0266943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1728;QD=17.3182;RBI=0.0268754;REFB=-0.024824;REVB=-0.00311479;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581634;STB=0.533291;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0195598;OID=.;OPOS=3493786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:9:9:7:9:9:9 chr16 3534892 . G A 222.09 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.686;QD=46.7561;RBI=0.0929792;REFB=-0.0538146;REVB=0.043622;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102022;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:19:0:0:17:19:1:16:1:0:0:18:1:0:0 chr16 3535116 . T C 1120.76 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0267528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3761;QD=58.9876;RBI=0.0462897;REFB=-0.0944122;REVB=-0.0377759;RO=0;SAF=53;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00114664;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:22:53:0:0:22:53:0:1 chr16 3535540 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.671;QD=58.5877;RBI=0.0445314;REFB=0;REVB=0.0434839;RO=0;SAF=24;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188942;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:9:24:0:0:9:24:0:0 chr16 3536872 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.61;QD=48.7356;RBI=0.0318716;REFB=0;REVB=0.0267398;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053111;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:12:5:0:0 chr16 3586230 . C T 87.46 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0182646;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.017;QD=12.0633;RBI=0.0182771;REFB=-0.0133545;REVB=0.000676963;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254975;STB=0.652768;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0142536;OID=.;OPOS=3586230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:9:9:8:3:9:9 chr16 3613150 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.341;QD=42.1825;RBI=0.0412061;REFB=0;REVB=-0.0156049;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000809774;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr16 3613207 . G A 156.38 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0293868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.348;QD=23.1668;RBI=0.0748248;REFB=-0.0537442;REVB=0.0688126;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208329;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.032122;OID=.;OPOS=3613207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:27:10:11:16:16:0.592593:5:11:4:6:5:11:5:6 chr16 3613637 . GGGGC AGGGC,GGGCG 279.73 PASS AF=0.545455,0;AO=23,2;DP=55;FAO=30,0;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15,0;FSAR=15,0;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00900333,-0.0267811;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=88.6308,18.5192;QD=20.3437;RBI=0.0237776,0.0530462;REFB=-0.00146715,0.0493384;REVB=-0.0220072,-0.0457895;RO=18;SAF=13,0;SAR=10,2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00772773,-0.545442;STB=0.527255,0.5;STBP=0.696,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0011111,0;OID=.,.;OPOS=3613637,3613640;OREF=G,GC;OALT=A,CG;OMAPALT=AGGGC,GGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:25:23,2:30,0:0.545455,0:10,2:13,0:10:8:15,0:15,0:11:14 chr16 3639139 . A G 1585.1 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.739;QD=63.4039;RBI=0.011021;REFB=0;REVB=0.00428691;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58861e-05;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:100:0:0:98:100:1:55:43:0:0:56:44:0:0 chr16 3640274 . G A 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0137342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.668;QD=13.4158;RBI=0.0141499;REFB=-0.0140537;REVB=-0.00340466;RO=37;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658922;STB=0.537619;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0234994;OID=.;OPOS=3640274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:14:11:14:23:14:11:14:23 chr16 3640477 . C T 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0125801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.527;QD=19.1084;RBI=0.0156543;REFB=-0.0235836;REVB=-0.0093167;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207967;STB=0.511619;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0230913;OID=.;OPOS=3640477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:10:16:16:11:10:16 chr16 3656557 . G A 149.58 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0020103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5698;QD=11.9667;RBI=0.00388275;REFB=0.00481119;REVB=0.00332182;RO=33;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626668;STB=0.5368;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.00863639;OID=.;OPOS=3656557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:11:6:10:23:11:6:10:23 chr16 3707747 . G A 219.81 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0219383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2445;QD=11.8814;RBI=0.0303577;REFB=-0.0123692;REVB=0.0209834;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155249;STB=0.588803;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0223658;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:13:34:16:11:13:34 chr16 3708193 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.000952439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.898;QD=16.6156;RBI=0.00474732;REFB=-0.0171624;REVB=-0.00465079;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131328;STB=0.588131;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.017525;OID=.;OPOS=3708193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:21:16:17:0.447368:9:7:12:9:10:7:12:9 chr16 3724465 . G C 885.08 PASS AF=0.562914;AO=84;DP=150;FAO=85;FDP=151;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.0143239;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9498;QD=23.4458;RBI=0.0196004;REFB=0.00754595;REVB=0.0133792;RO=66;SAF=45;SAR=39;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411067;STB=0.519496;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.00329973;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:66:66:84:85:0.562914:39:45:32:34:40:45:32:34 chr16 3900336 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0251094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.702;QD=14.078;RBI=0.0263991;REFB=-0.0189882;REVB=-0.00815045;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422461;STB=0.524651;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0255248;OID=.;OPOS=3900336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:10:6:5:7:10:6 chr16 4013467 . C T 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0338714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.889;QD=16.6157;RBI=0.0430377;REFB=-0.0205902;REVB=0.0265513;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2562;STB=0.646886;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0162068;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:13:8:11:6:13:8 chr16 4015313 . A G 155.69 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=50;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0102397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.772;QD=11.3228;RBI=0.0116045;REFB=-0.0113032;REVB=0.00546009;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135955;STB=0.556508;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0151903;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:34:35:15:20:0.363636:10:5:8:26:14:6:8:27 chr16 4015316 . A G 150.44 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0341507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3299;QD=11.1439;RBI=0.0424153;REFB=0.0151673;REVB=-0.0251552;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11849;STB=0.568653;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0301952;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:8:27:13:6:8:27 chr16 4016676 . A G 224.79 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=7;FWDB=-0.0277885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.946;QD=13.0314;RBI=0.0280228;REFB=-0.0225782;REVB=-0.00361615;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346951;STB=0.694536;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0284257;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:13:14:35:7:13:14:35:7 chr16 4164364 . C T 181.54 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00757745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0883;QD=24.2055;RBI=0.0166923;REFB=-0.01718;REVB=0.0148733;RO=12;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422746;STB=0.523596;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0123037;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:11:7:4:8:11:7:4:8 chr16 4165432 . T C 237.57 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6564;QD=50.0146;RBI=0.129867;REFB=0;REVB=0.0412294;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232966;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:16:3:0:0 chr16 4242028 . A T 98.54 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00715486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.709;QD=14.599;RBI=0.0537993;REFB=-0.000743605;REVB=0.0533214;RO=15;SAF=1;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611014;STB=0.865415;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00313169;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:15:15:12:12:0.444444:11:1:9:6:11:1:9:6 chr16 4242093 . C T 94.32 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0688182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3405;QD=10.7796;RBI=0.0689944;REFB=-0.0178397;REVB=0.00492754;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.677145;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0387309;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:15:7:7:5:16:7 chr16 4245693 . A G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.17;QD=57.0007;RBI=0.0954829;REFB=0;REVB=0.091556;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278402;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr16 4257729 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0109487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.091;QD=13.4558;RBI=0.0393542;REFB=-0.0124768;REVB=0.0378005;RO=14;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326299;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0190789;OID=.;OPOS=4257729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:7:4:10:4:7:4:10:5 chr16 4258005 . C G 49.5 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=12;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0693764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.898;QD=15.2295;RBI=0.0695023;REFB=-0.0459548;REVB=-0.00418216;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0357485;OID=.;OPOS=4258005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:6:6:6:7:0.538462:4:2:2:4:5:2:2:4 chr16 4307646 . A G 482.15 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0878807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9326;QD=49.451;RBI=0.0890393;REFB=-0.0426876;REVB=0.0143169;RO=4;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932598;STB=0.549972;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.041678;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:4:4:35:35:0.897436:18:17:0:4:18:17:0:4 chr16 4310468 . C G 1527.11 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.088;QD=63.6296;RBI=0.0305445;REFB=0;REVB=0.0242733;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94118e-05;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:46:49:0:0:47:49:0:0 chr16 4386814 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.898;QD=57.0008;RBI=0.0331963;REFB=0;REVB=0.0314417;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.24082e-05;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr16 4387261 . A C 262.51 PASS AF=0.351648;AO=30;DP=90;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=-0.0675246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1591;QD=11.5389;RBI=0.0677221;REFB=-0.0452689;REVB=-0.00516816;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210473;STB=0.610516;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0715781;OID=.;OPOS=4387261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:58:59:30:32:0.351648:17:13:36:22:18:14:36:23 chr16 4387579 . C T 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0417603;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.128;QD=14.957;RBI=0.0424924;REFB=-0.0155278;REVB=0.00785364;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134759;STB=0.578812;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.012812;OID=.;OPOS=4387579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:7:8:8:4:7:8 chr16 4390358 . G T 113.97 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0417868;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1498;QD=9.49746;RBI=0.0706087;REFB=-0.00715499;REVB=-0.0569162;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496304;STB=0.530077;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0124748;OID=.;OPOS=4390358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:6:8:18:16:6:8:18:16 chr16 4431202 . A G 406.87 PASS AF=0.441176;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=102;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.0425146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.435;QD=15.9556;RBI=0.0451802;REFB=-0.0118301;REVB=-0.015289;RO=56;SAF=21;SAR=24;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110084;STB=0.565535;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0126531;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:56:57:45:45:0.441176:24:21:20:36:24:21:20:37 chr16 4445327 . C T 170.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0144133;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.209;QD=15.8967;RBI=0.0144191;REFB=-0.0105441;REVB=0.000409353;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763977;STB=0.543992;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0177614;OID=.;OPOS=4445327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:25:25:18:18:0.418605:8:10:12:13:8:10:12:13 chr16 4476089 . T C 294.47 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0282511;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.825;QD=19.9644;RBI=0.028347;REFB=-0.0230073;REVB=-0.00232887;RO=27;SAF=11;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903597;STB=0.536562;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.025633;OID=.;OPOS=4476089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:28:31:31:0.525424:20:11:7:20:20:11:8:20 chr16 4484396 . A T 93.18 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0300481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3167;QD=19.6167;RBI=0.0331958;REFB=0.0157873;REVB=-0.0141092;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897445;STB=0.551626;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0154661;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:5:3:3:8:5:3 chr16 4496973 . T A 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0660087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.128;QD=8.22784;RBI=0.0660155;REFB=-0.0074138;REVB=0.000951117;RO=34;SAF=1;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521954;STB=0.840458;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0191855;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:36:13:13:0.265306:12:1:13:21:12:1:14:22 chr16 4625274 . A G 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0143282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.877;QD=11.9189;RBI=0.0256006;REFB=-0.0184745;REVB=-0.0212154;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0218398;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr16 4709131 . C A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0570404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9263;QD=16.1982;RBI=0.0604706;REFB=5.12061e-06;REVB=0.020077;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.00456078;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr16 4721468 . T C 174.21 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0349697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4396;QD=17.4212;RBI=0.0482056;REFB=-0.00260547;REVB=0.0331798;RO=21;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279819;STB=0.616304;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00188018;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:15:3:8:13:15:4:8:13 chr16 4736316 . C T 832.19 PASS AF=0.983333;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0762135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3465;QD=55.4791;RBI=0.0762963;REFB=-0.133377;REVB=-0.00355453;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00586611;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:60:1:1:57:59:0.983333:33:24:1:0:35:24:1:0 chr16 4748825 . C T 311.97 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0117723;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.879;QD=36.7021;RBI=0.0574793;REFB=-0.0428445;REVB=-0.0562608;RO=9;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964714;STB=0.538432;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0591298;OID=.;OPOS=4748825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:9:8:26:26:0.764706:12:14:3:6:12:14:3:5 chr16 4751045 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0930531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.162;QD=9.44336;RBI=0.0962828;REFB=-0.00314027;REVB=0.0247283;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00786719;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr16 4752133 . CA AG,CG 786.29 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,53;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017353,0.0377816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=96.6694,122.389;QD=56.1637;RBI=0.0308,0.0467132;REFB=0,0;REVB=0.0254462,-0.0274713;RO=0;SAF=3,31;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00717087,8.73507e-05;OID=.,.;OPOS=4752133,4752134;OREF=CA,A;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:56:0:0:3,53:3,53:0.0535714,0.946429:0,22:3,31:0:0:0,22:3,31:0:0 chr16 4787935 . G C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.428;QD=55.0937;RBI=0.0450002;REFB=0;REVB=0.0425496;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551994;OID=.;OPOS=4787935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 4790273 . G A 613.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.32446e-06;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7491;QD=61.3059;RBI=0.0472009;REFB=0;REVB=0.0472009;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735879;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr16 4794873 . C T 646.92 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0120483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.169;QD=50.7389;RBI=0.0121349;REFB=-0.192201;REVB=0.00144706;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177516;STB=0.50741;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00344006;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:1:3:48:48:0.941176:22:26:1:0:22:26:2:1 chr16 4796393 . A G 742.67 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1376;QD=55.0129;RBI=0.0779957;REFB=-0.0287676;REVB=0.0775567;RO=1;SAF=39;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627031;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:54:1:0:51:54:1:12:39:0:1:14:40:0:0 chr16 4797457 . C T 936.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.5741;QD=58.538;RBI=0.0515035;REFB=0;REVB=-0.0512217;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050963;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:25:39:0:0:25:39:0:0 chr16 4802386 . G T 1563.88 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9919;QD=63.8318;RBI=0.119584;REFB=0;REVB=0.0143469;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800498;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:93:98:1:44:49:0:0:44:54:0:0 chr16 4815608 . A G 330.37 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6609;QD=50.8263;RBI=0.0452485;REFB=-0.0571184;REVB=-0.0304705;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00197412;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr16 4861709 . G C 720.82 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00982397;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.903;QD=62.68;RBI=0.0567626;REFB=0;REVB=0.055906;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158757;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:44:46:1:18:26:0:0:18:28:0:0 chr16 4933939 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.17;QD=55.6561;RBI=0.0701737;REFB=0;REVB=0.0108941;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150899;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr16 4934549 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.62;QD=35.5744;RBI=0.0730685;REFB=0;REVB=-0.00403712;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176843;OID=.;OPOS=4934549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 4934564 . C G 88.18 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.95;QD=39.1905;RBI=0.0195518;REFB=0;REVB=0.0174682;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148136;OID=.;OPOS=4934564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chr16 4938160 . T G 786.67 PASS AF=1;AO=55;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.075;QD=55.2051;RBI=0.0462066;REFB=0;REVB=0.0376019;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041432;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:31:26:0:0 chr16 4940809 . A G 1352.74 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0388;QD=62.1947;RBI=0.0189034;REFB=0;REVB=-0.0181487;RO=0;SAF=33;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.41735e-05;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:53:33:0:0:54:33:0:0 chr16 4942099 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.292;QD=57.2376;RBI=0.0221976;REFB=0;REVB=0.0104828;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1195e-05;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr16 4944518 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.119;QD=57.6802;RBI=0.0324034;REFB=0;REVB=0.00217657;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63985e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 5068971 . G A 327.28 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0370328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3453;QD=17.6906;RBI=0.037132;REFB=0.00495694;REVB=-0.00271295;RO=39;SAF=13;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112738;STB=0.563163;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00652282;OID=.;OPOS=5068971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:22:13:19:20:22:13:19:20 chr16 5074952 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.82;QD=43.4862;RBI=0.0113253;REFB=0;REVB=0.00815344;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54984e-06;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr16 5075542 . G A 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0221024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.172;QD=20.9875;RBI=0.0222306;REFB=-0.00223942;REVB=-0.00238371;RO=30;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00799084;STB=0.504422;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00172565;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:16:19:16:14:16:19:16:14 chr16 5075633 . G A 239.43 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0257852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.25;QD=18.0702;RBI=0.0321514;REFB=-0.029468;REVB=0.0192051;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904817;STB=0.550858;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.01962;OID=.;OPOS=5075633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:13:14:16:10:13:14 chr16 5077985 . C T 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00294188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.535;QD=11.4423;RBI=0.00729154;REFB=-0.00172758;REVB=0.00667172;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206442;STB=0.62712;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00154315;OID=.;OPOS=5077985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:8:1:3:11:8:1:3:11 chr16 5097947 . A G 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0527333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3898;QD=11.8306;RBI=0.0668188;REFB=0.000259922;REVB=0.0410359;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00367552;OID=.;OPOS=5097947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:9:9:5:6:9:9 chr16 5106184 . C T 386.36 PASS AF=0.518519;AO=37;DP=73;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00409202;FXX=0.0121936;HRUN=5;LEN=1;MLLD=83.8964;QD=19.0797;RBI=0.0196341;REFB=-0.0255175;REVB=-0.019203;RO=35;SAF=7;SAR=30;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218148;STB=0.650806;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0187479;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:81:35:39:37:42:0.518519:30:7:13:22:35:7:15:24 chr16 5132636 . C T 223.69 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0121045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.391;QD=19.4515;RBI=0.0123864;REFB=-0.0360708;REVB=0.00262716;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803666;STB=0.545413;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0324435;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:13:11:12:10:13:11 chr16 5139217 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000365775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.625;QD=39.2068;RBI=0.0386361;REFB=0;REVB=0.0386344;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374172;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 5140541 . G C 220.43 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000850954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.915;QD=24.4919;RBI=0.00264429;REFB=-0.00124919;REVB=0.00250362;RO=15;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788565;STB=0.543958;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00166094;OID=.;OPOS=5140541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:9:12:7:8:9:12:7:8 chr16 5649140 . T TTAGGAA,TTAGGAAA 285.3 PASS AF=0,1;AO=3,17;DP=29;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531084,0.0549586;FXX=0.124948;HRUN=1,1;LEN=6,7;MLLD=279.833,303.498;QD=54.3436;RBI=0.0531339,0.0550074;REFB=0,0;REVB=-0.00164694,0.00231627;RO=7;SAF=3,10;SAR=0,7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.618996,-0.0694714;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000300452;OID=.,.;OPOS=5649141,5649141;OREF=-,-;OALT=TAGGAA,TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAA,TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,17:29:0,21:21:0:0,14:0,7:0:0:3:7:3,10:0,7:5:2 chr16 6533549 . C A 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0815061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.496;QD=21.0119;RBI=0.0840313;REFB=-0.0124087;REVB=-0.0204453;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09158;STB=0.55166;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0124637;OID=.;OPOS=6533549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:5:8:8:8:5:8 chr16 6923966 . A G 621.27 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4806;QD=59.1685;RBI=0.060239;REFB=-0.108065;REVB=0.053231;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00283011;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:1:0:19:22:1:0 chr16 7054010 . A T 31.27 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00372552;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=197.283;QD=13.8975;RBI=0.126705;REFB=0.0128241;REVB=0.12665;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00123191;OID=.;OPOS=7054010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr16 7102036 . CT C 39.78 PASS AF=0.257143;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0467347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7459;QD=4.54612;RBI=0.162386;REFB=0.0220644;REVB=0.155515;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839024;STB=0.590725;STBP=0.593;TYPE=del;VARB=-0.0342129;OID=.;OPOS=7102037;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143:8:35:9:35:26:6:3:20:6:39:25:6:2:20:5 chr16 7760884 . T G 184.4 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0158475;FXX=0.078416;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.863;QD=15.6935;RBI=0.0173283;REFB=0.000853839;REVB=-0.00700913;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192282;STB=0.61006;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000663294;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:16:11:12:8:16:11 chr16 7761529 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.699;QD=48.7364;RBI=0.0421951;REFB=0;REVB=0.0102158;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305319;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr16 8722629 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0241901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.15;QD=10.0339;RBI=0.0419872;REFB=0.0239056;REVB=0.0343185;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00595047;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:6:1:3:2:6:1 chr16 8728953 . C T 1113.92 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0352543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.18;QD=57.1239;RBI=0.0358978;REFB=-0.031725;REVB=0.00676645;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00120248;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:1:2:75:76:0.974359:36:39:1:0:36:40:1:1 chr16 8729124 . G A 122.35 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0448728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6916;QD=15.7866;RBI=0.055563;REFB=-0.0242021;REVB=0.032767;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231906;STB=0.635625;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0250922;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:7:10:11:3:7:10 chr16 8736028 . T C 1234.65 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00111212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3354;QD=58.7929;RBI=0.0435736;REFB=0.034774;REVB=-0.0435594;RO=2;SAF=35;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262894;STB=0.513885;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00321057;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:47:35:2:0:47:35:2:0 chr16 8738427 . T C 657.49 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00805747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.429;QD=59.7718;RBI=0.0560205;REFB=-0.0969075;REVB=0.055438;RO=1;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140218;STB=0.507459;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000924477;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:10:33:1:0:10:33:1:0 chr16 8738499 . G A 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8326;QD=56.9536;RBI=0.0848993;REFB=0;REVB=0.056323;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813358;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr16 8738579 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.765;QD=55.0985;RBI=0.0494731;REFB=0;REVB=0.0112294;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286199;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr16 8739954 . G A,T 504.48 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=29,6;DP=35;FAO=30,5;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=10,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273147,0.0056014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.0171,217.225;QD=57.6551;RBI=0.0315838,0.00562479;REFB=0,0;REVB=-0.0158571,-0.000512504;RO=0;SAF=19,1;SAR=10,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0167882,0.00752028;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:35:35:0:0:29,6:30,5:0.857143,0.142857:10,5:19,1:0:0:10,5:20,0:0:0 chr16 8740015 . A C 481.01 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0366811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3572;QD=53.4459;RBI=0.0432708;REFB=0.0288334;REVB=-0.0229534;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.505048;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00492153;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:14:20:0:1:14:20:1:1 chr16 8740418 . T C 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.301;QD=59.423;RBI=0.0700912;REFB=0;REVB=-0.0693604;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000973727;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr16 8740503 . G A 520.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.61;QD=59.4834;RBI=0.0434056;REFB=0;REVB=0.0133382;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117334;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:19:16:0:0 chr16 8777235 . C T 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0471706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0214;QD=22.599;RBI=0.0479765;REFB=-0.00696041;REVB=-0.00875666;RO=20;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182515;STB=0.602742;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00341404;OID=.;OPOS=8777235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:17:6:9:11:17:6:9:11 chr16 8844389 . C T 488.9 PASS AF=0.552941;AO=45;DP=82;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.011091;FXX=0.0229859;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1642;QD=23.0069;RBI=0.0229243;REFB=0.00852495;REVB=0.0200627;RO=36;SAF=13;SAR=32;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118318;STB=0.562919;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00677443;OID=.;OPOS=8844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:36:38:45:47:0.552941:32:13:15:21:32:15:17:21 chr16 8868776 . C A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0251511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.476;QD=16.034;RBI=0.0254018;REFB=-0.00771472;REVB=-0.00356019;RO=28;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227376;STB=0.630669;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0145909;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:7:13:12:16:7:13:12:16 chr16 8877854 . C G 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.604;QD=59.4249;RBI=0.0471243;REFB=0;REVB=-0.0264208;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06845e-05;OID=.;OPOS=8877854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr16 8890149 . T C 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0102606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.87;QD=21.7443;RBI=0.0308767;REFB=-0.0226928;REVB=-0.029122;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252524;STB=0.514266;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0163342;OID=.;OPOS=8890149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:10:5:4:7:10:5:4:7 chr16 8952248 . A G 726.29 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.404;QD=56.9637;RBI=0.0186989;REFB=0;REVB=0.0171966;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35511e-05;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:24:27:0:0 chr16 8953081 . C G 409.7 PASS AF=0.45098;AO=44;DP=104;FAO=46;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0186686;FXX=0.0192289;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.035;QD=16.0666;RBI=0.0247147;REFB=-0.0336845;REVB=-0.0161957;RO=43;SAF=14;SAR=30;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183452;STB=0.567537;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0363229;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:43:56:44:46:0.45098:30:14:22:21:30:16:26:30 chr16 8979046 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1114;QD=55.6519;RBI=0.0469976;REFB=0;REVB=-0.0263187;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139323;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 9030444 . C G 480.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0123472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2778;QD=53.3852;RBI=0.0747672;REFB=-0.182443;REVB=0.0737407;RO=1;SAF=28;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716812;STB=0.571383;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00828241;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:34:34:0.944444:6:28:0:1:6:28:0:2 chr16 9187256 . C T 253.34 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0325742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9628;QD=17.4719;RBI=0.0357467;REFB=0.00459816;REVB=-0.0147221;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215459;STB=0.62153;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00463726;OID=.;OPOS=9187256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:20:8:15:15:20:8:15:15 chr16 9693953 . C G 133.12 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0179558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.377;QD=35.4993;RBI=0.022715;REFB=-0.10731;REVB=-0.0139126;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.571319;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00175687;OID=.;OPOS=9693953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:1:2:13:13:0.866667:6:7:0:1:6:7:0:2 chr16 9693997 . C G 100.91 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7962;QD=40.362;RBI=0.2126;REFB=0;REVB=0.210605;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00742429;OID=.;OPOS=9693997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:8:10:1:2:6:0:0:4:6:0:0 chr16 10524656 . GGAC G 43.16 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0296762;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=3;MLLD=234.564;QD=6.39469;RBI=0.0327984;REFB=-0.00253712;REVB=0.0139664;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.533895;STBP=0.844;TYPE=del;VARB=0.00581434;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:8:26:8:27:19:3:5:8:11:43:16:3:5:7:9 chr16 10524957 . G T 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0160134;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.344;QD=14.5589;RBI=0.0160136;REFB=0.00174345;REVB=-7.80339e-05;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756298;STB=0.543047;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00244454;OID=.;OPOS=10524957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:10:16:19:16:10:16:19:16 chr16 10525230 . T C 177.08 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00127799;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.92;QD=20.2375;RBI=0.0447082;REFB=-0.00404644;REVB=0.0446899;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.51427;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00409154;OID=.;OPOS=10525230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:17:18:18:0.514286:9:9:10:8:9:9:9:8 chr16 10575824 . C A 76.11 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0555087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3201;QD=12.1769;RBI=0.0638707;REFB=-0.035726;REVB=-0.0315952;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.599808;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0473194;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:10:5:5:5:10:5 chr16 10631912 . C T 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0111246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.239;QD=19.1559;RBI=0.0260224;REFB=-0.0120447;REVB=-0.0235246;RO=23;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420279;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0146026;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:11:10:12:11:11:10:12:11 chr16 10769958 . T C 825.31 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.845;QD=56.9178;RBI=0.0641187;REFB=0;REVB=0.0588618;RO=0;SAF=46;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78997e-05;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:10:46:0:0:11:47:0:0 chr16 10783113 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00958989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.084;QD=11.0924;RBI=0.0125372;REFB=0.000880549;REVB=-0.00807562;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.7681;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00160237;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:4:2:4:1:4:2 chr16 10788406 . G T 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0257301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.716;QD=12.0532;RBI=0.0277252;REFB=0.00169566;REVB=-0.0103271;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223548;STB=0.631314;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00128477;OID=.;OPOS=10788406;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:10:3:4:5:10:3 chr16 10813648 . C T 211.04 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00977401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.447;QD=19.185;RBI=0.0102304;REFB=-0.0197163;REVB=-0.00302167;RO=21;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228425;STB=0.611399;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0252501;OID=.;OPOS=10813648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:15:6:11:10:15:6:11:12 chr16 10862964 . A G 122.0 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0182913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.265;QD=25.684;RBI=0.0504864;REFB=-0.0129659;REVB=0.0470564;RO=6;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974122;STB=0.554376;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00407691;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:4:9:5:1:4:9:5:1 chr16 10995390 . G A 82.64 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0350423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7836;QD=20.6607;RBI=0.0414418;REFB=-0.0332061;REVB=0.0221237;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.538384;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0202829;OID=.;OPOS=10995390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:9:10:0.625:6:3:3:3:6:4:3:3 chr16 10995933 . A G 288.94 PASS AF=1;AO=19;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.813;QD=52.5337;RBI=0.07781;REFB=0;REVB=0.0751062;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000836817;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:19:22:1:11:8:0:0:12:10:0:0 chr16 11001743 . G A 123.9 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0167604;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.9443;QD=16.5201;RBI=0.0190683;REFB=-0.00428614;REVB=-0.00909344;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.504847;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00623798;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:14:16:14:14:0.466667:6:8:9:5:6:8:9:7 chr16 11002133 . C G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9071;QD=57.2005;RBI=0.0307859;REFB=0;REVB=-0.024374;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.76923e-05;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr16 11002904 . G A 769.21 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.21;QD=56.9783;RBI=0.0554726;REFB=0;REVB=0.0538374;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328926;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:20:33:0:0:20:34:0:0 chr16 11002927 . A G 935.5 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.117;QD=58.469;RBI=0.0377051;REFB=0;REVB=0.0376626;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31918e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:28:35:0:0:28:36:0:0 chr16 11016045 . C T 344.45 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00446751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.514;QD=19.1361;RBI=0.0112337;REFB=-0.0329964;REVB=-0.0103072;RO=36;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025352;STB=0.514099;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0349026;OID=.;OPOS=11016045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:16:20:21:15:16:20:21:15 chr16 11023208 . T C 362.6 PASS AF=0.528571;AO=35;DP=68;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.01605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.74;QD=20.7198;RBI=0.0236188;REFB=-0.0175873;REVB=-0.0173275;RO=33;SAF=16;SAR=19;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155589;STB=0.570401;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0144261;OID=.;OPOS=11023208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:33:33:35:37:0.528571:19:16:21:12:19:18:21:12 chr16 11097016 . G A 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0012631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.063;QD=21.0154;RBI=0.0231908;REFB=-0.0126758;REVB=-0.0231564;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341381;STB=0.504581;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0116891;OID=.;OPOS=11097016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:6:10:8:4:6:10:8:5 chr16 11367143 . G A 347.95 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0363339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.15;QD=51.5479;RBI=0.0399299;REFB=-0.151797;REVB=0.0165603;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000760896;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:1:0:8:18:1:0 chr16 11367154 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0154415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.044;QD=13.5054;RBI=0.0156816;REFB=-0.00919723;REVB=-0.00273376;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218026;STB=0.512799;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0239035;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:11:6:4:8:11:6 chr16 11387117 . A G 1568.49 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.527;QD=64.0198;RBI=0.0218168;REFB=0;REVB=-0.00642985;RO=0;SAF=26;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66786e-05;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:72:26:0:0:72:26:0:0 chr16 11387164 . T C 990.42 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000256065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.871;QD=59.1294;RBI=0.0168254;REFB=0;REVB=0.0168234;RO=0;SAF=13;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08562e-05;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:53:13:0:0:54:13:0:0 chr16 11540712 . T C 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.299;QD=57.191;RBI=0.080333;REFB=0;REVB=0.0332312;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569291;OID=.;OPOS=11540712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr16 11541896 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4066;QD=52.6125;RBI=0.0219382;REFB=0;REVB=0.017768;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678084;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr16 11542894 . C T 380.36 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0331141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.77;QD=15.3679;RBI=0.034463;REFB=-0.0245051;REVB=0.00954738;RO=58;SAF=20;SAR=21;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052386;STB=0.502957;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0328456;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:21:20:28:30:21:20:28:30 chr16 11544509 . C G 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00236563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.307;QD=20.1553;RBI=0.0107361;REFB=-0.0037396;REVB=-0.0104722;RO=25;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109059;STB=0.560862;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00364693;OID=.;OPOS=11544509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:18:10:12:13:18:10:12:13 chr16 11658459 . A AT 357.3 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539837;FXX=0.0714031;HRUN=0;LEN=1;MLLD=159.003;QD=54.969;RBI=0.0217884;REFB=0;REVB=-0.0211091;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000680939;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:29:26:26:0:14:12:0:0:4:1:13:12:1:0 chr16 11852351 . T TC 112.06 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=6.6482;QD=23.5905;RBI=0.0931984;REFB=0;REVB=-0.0885471;RO=18;SAF=1;SAR=1;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00179231;OID=.;OPOS=11852352;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:19:19:0:11:8:0:0:3:18:1:1:11:7 chr16 11852354 . A C 192.8 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00682852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3418;QD=40.5888;RBI=0.0221512;REFB=0.0279667;REVB=0.0210724;RO=2;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174431;STB=0.509543;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0140975;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:7:10:1:1:7:10:1:1 chr16 11940390 . T C 330.17 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.169;QD=23.5839;RBI=0.016152;REFB=-0.0262535;REVB=0.0160868;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825402;STB=0.545427;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0212207;OID=.;OPOS=11940390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:18:15:13:10:18:15:13:10 chr16 11969724 . G C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0285;QD=62.6663;RBI=0.0392876;REFB=0;REVB=-0.00194605;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343189;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr16 12027474 . CAT C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217714;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.903;QD=45.9661;RBI=0.0258878;REFB=0;REVB=0.0140066;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000167668;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:13:13:0:3:10:0:0:4:0:3:10:0:0 chr16 12060163 . A G 620.62 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.852;QD=59.1062;RBI=0.0502971;REFB=-0.151388;REVB=0.0260721;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00117244;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:1:0:22:19:1:0 chr16 12162969 . A G 1246.06 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.845;QD=61.5339;RBI=0.0247715;REFB=0;REVB=0.0114086;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85955e-05;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr16 12183686 . C T 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.858;QD=58.0568;RBI=0.0465868;REFB=0;REVB=0.0194342;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284459;OID=.;OPOS=12183686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr16 12666984 . T A 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0431614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.092;QD=18.4432;RBI=0.0461601;REFB=-0.0123743;REVB=0.016366;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.008407;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr16 12758966 . T C 212.69 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00268865;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.459;QD=19.7855;RBI=0.0027974;REFB=-0.0117731;REVB=0.000772373;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238914;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0119099;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:10:12:12:9:10:12 chr16 12897578 . G T 3229.66 PASS AF=0.99061;AO=210;DP=214;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=110;FSAR=101;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0123822;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5074;QD=60.6509;RBI=0.0718084;REFB=-0.0724733;REVB=0.0707328;RO=1;SAF=109;SAR=101;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469337;STB=0.500201;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00128647;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:214:213:1:2:210:211:0.99061:101:109:0:1:101:110:1:1 chr16 13002359 . T C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.527;QD=57.8849;RBI=0.015747;REFB=0;REVB=0.0118721;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51943e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr16 14041958 . T C 78.88 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0489608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4358;QD=10.1778;RBI=0.0541605;REFB=-0.00485871;REVB=-0.0231559;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21739;STB=0.650891;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0081523;OID=.;OPOS=14041958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:30:31:20:20:10:11:0.354839:4:6:8:12:4:7:8:12 chr16 15083131 . A T 160.41 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.00159407;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.84;QD=11.6664;RBI=0.00577501;REFB=-0.0188314;REVB=-0.00555065;RO=35;SAF=14;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18546;STB=0.608582;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0271936;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:6:14:19:16:6:14:19:16 chr16 15083383 . G A 336.32 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00931948;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.859;QD=27.455;RBI=0.0197934;REFB=-0.00987159;REVB=0.0174621;RO=20;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00128814;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.006333;OID=.;OPOS=15083383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:20:29:29:0.591837:16:13:9:11:16:13:9:11 chr16 15110077 . C T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0379412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8625;QD=9.76019;RBI=0.042989;REFB=0.00339003;REVB=0.0202118;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102163;STB=0.562327;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0036306;OID=.;OPOS=15110077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:4:8:4:3:4:8 chr16 15122812 . C G 137.59 PASS AF=0.263158;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0097122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0312;QD=7.24177;RBI=0.0148221;REFB=-0.0101079;REVB=-0.0111967;RO=54;SAF=12;SAR=8;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929394;STB=0.508188;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0144202;OID=.;OPOS=15122812;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:54:56:20:20:0.263158:8:12:32:22:8:12:33:23 chr16 15155407 . G A 117.29 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000546943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.311;QD=21.3247;RBI=0.00196986;REFB=-0.0479613;REVB=-0.0018924;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225037;STB=0.651933;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0164685;OID=.;OPOS=15155407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:9:4:5:3:9:4:6:3 chr16 15178499 . G A 165.22 PASS AF=0.27381;AO=22;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0252906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.249;QD=7.86737;RBI=0.038481;REFB=-0.0172376;REVB=-0.029003;RO=61;SAF=16;SAR=6;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206378;STB=0.635389;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0430819;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:22:23:0.27381:6:16:35:26:6:17:35:26 chr16 15221957 . T C 48.31 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0509861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6706;QD=3.78909;RBI=0.110896;REFB=-0.0112641;REVB=-0.0984799;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273433;STB=0.676949;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0423446;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:48:51:39:43:8:8:0.156863:6:2:18:21:6:2:19:24 chr16 15680642 . C T 227.25 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0212834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8249;QD=17.151;RBI=0.0484494;REFB=-0.000545974;REVB=0.0435243;RO=26;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870828;STB=0.527251;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000903333;OID=.;OPOS=15680642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:28:25:25:0.471698:12:13:16:10:12:13:16:12 chr16 15689721 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.081656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.813;QD=14.0965;RBI=0.0816705;REFB=-0.00478388;REVB=0.00153911;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564329;STB=0.829203;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00398906;OID=.;OPOS=15689721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:11:3:9:2:11:3 chr16 15711335 . G A 225.89 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0500713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4663;QD=20.5354;RBI=0.0500722;REFB=-0.0108689;REVB=0.000309418;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174142;STB=0.597263;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00935804;OID=.;OPOS=15711335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:13:9:5:17:13:9:5:17 chr16 15781054 . A G 501.67 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.772;QD=59.0197;RBI=0.0826504;REFB=0;REVB=0.0777676;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624467;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:22:9:0:0:24:10:0:0 chr16 15788086 . T C 267.25 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0471922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4141;QD=21.8162;RBI=0.0537204;REFB=0.00616665;REVB=-0.0256667;RO=24;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931919;STB=0.53147;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.0107307;OID=.;OPOS=15788086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:24:24:25:0.510204:18:6:8:16:18:7:8:16 chr16 15793639 . C T 306.14 PASS AF=0.425;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.000481672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7108;QD=15.3072;RBI=0.0129693;REFB=-0.0198858;REVB=-0.0129603;RO=46;SAF=20;SAR=13;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282111;STB=0.6637;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0230094;OID=.;OPOS=15793639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:33:34:0.425:13:20:15:31:13:21:15:31 chr16 15809117 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0281919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.412;QD=18.2475;RBI=0.0910883;REFB=0.0260833;REVB=-0.0866158;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.597414;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0321639;OID=.;OPOS=15809117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:4:8:6:7:4:8 chr16 15811023 . C T 190.53 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0200929;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8445;QD=15.2423;RBI=0.0393658;REFB=-0.0239562;REVB=-0.0338518;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144167;STB=0.555506;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0379345;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:21:21:0.42:5:16:24:4:5:16:24:5 chr16 15811062 . C T 191.46 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.000737172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.086;QD=15.6297;RBI=0.00926735;REFB=-0.026721;REVB=0.00923798;RO=28;SAF=15;SAR=5;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049937;STB=0.535177;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0292543;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:29:20:20:0.408163:5:15:22:6:5:15:23:6 chr16 15818141 . A C 442.1 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0195615;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.104;QD=19.6489;RBI=0.0357763;REFB=-0.0114728;REVB=-0.0299548;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176481;STB=0.509799;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0112839;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:46:44:44:0.488889:25:19:19:27:25:19:19:27 chr16 15818653 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0170378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.614;QD=9.60041;RBI=0.0309327;REFB=-0.00361353;REVB=-0.0258175;RO=36;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979413;STB=0.542738;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00608809;OID=.;OPOS=15818653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:6:11:26:10:6:11:26:11 chr16 15843899 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000588756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=322.732;QD=45.8068;RBI=0.0853394;REFB=0;REVB=0.0853373;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148436;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr16 15865545 . T C 281.29 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0468832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.155;QD=21.2291;RBI=0.0605165;REFB=-0.00762831;REVB=-0.038265;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261428;STB=0.514502;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00531397;OID=.;OPOS=15865545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:13:16:14:10:13:16:14:10 chr16 15971028 . C G 544.29 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0581;QD=58.8423;RBI=0.0550369;REFB=0;REVB=0.0537097;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395857;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr16 15973654 . G T 114.1 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.019297;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.412;QD=16.9039;RBI=0.0355317;REFB=-0.00935529;REVB=0.029835;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149726;STB=0.515128;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00870654;OID=.;OPOS=15973654;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:14:13:13:0.481481:5:8:9:6:5:8:9:5 chr16 16138322 . T C 1358.62 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.28;QD=62.4653;RBI=0.05996;REFB=0;REVB=0.054183;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91448e-05;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr16 16139714 . T C 1028.39 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155219;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5586;QD=57.1327;RBI=0.0712057;REFB=-0.142949;REVB=0.0694933;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331368;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:0:70:72:1:26:44:0:0:28:44:0:0 chr16 16162019 . T C 1015.34 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4277;QD=58.86;RBI=0.125542;REFB=0;REVB=0.121078;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148776;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:37:30:0:0:37:32:0:0 chr16 16271357 . T C 890.52 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.419;QD=57.453;RBI=0.0130094;REFB=0;REVB=0.00178288;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122537;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:32:29:0:0:32:30:0:0 chr16 16272670 . T C 748.78 PASS AF=1;AO=45;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9965;QD=56.512;RBI=0.0488568;REFB=0;REVB=0.0472569;RO=0;SAF=34;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00466804;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:45:53:1:11:34:0:0:18:35:0:0 chr16 16291983 . A G 735.17 PASS AF=0.478261;AO=77;DP=161;FAO=77;FDP=161;FR=.;FRO=84;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=37;FSRR=47;FWDB=-0.00471307;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.94;QD=18.265;RBI=0.00484612;REFB=-0.0177952;REVB=-0.00112778;RO=81;SAF=34;SAR=43;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00271669;STB=0.500572;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0210618;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:81:84:77:77:0.478261:43:34:36:45:43:34:37:47 chr16 16468294 . C T 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00371236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.149;QD=6.57165;RBI=0.00619188;REFB=-0.00925936;REVB=-0.00495558;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606999;STB=0.538393;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0253942;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:5:6:22:15:5:6:22:15 chr16 17196433 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7376;QD=53.2765;RBI=0.0479616;REFB=0;REVB=0.0363226;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129915;OID=.;OPOS=17196433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr16 17196621 . A ATTC 128.36 PASS AF=1;AO=2;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062359;FXX=0;HRUN=8;LEN=3;MLLD=263.199;QD=42.7865;RBI=0.0689671;REFB=0;REVB=0.0294588;RO=10;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000402446;OID=.;OPOS=17196622;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:12:12:12:0:9:3:0:0:4:10:2:0:7:3 chr16 17196622 . T TTC 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00663157;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=288.24;QD=30.5927;RBI=0.0321668;REFB=-0.0200592;REVB=0.0314758;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160541;STB=0.562382;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=0.00504483;OID=.;OPOS=17196623;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:10:13:10:12:2:7:3:2:0:10:3:7:3:2:1 chr16 18823379 . T C 859.82 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00924198;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=188.708;QD=54.592;RBI=0.00956677;REFB=-0.0761059;REVB=0.0024716;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516661;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000161374;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:0:2:61:61:0.968254:32:29:0:0:32:29:2:0 chr16 18844389 . C T 195.19 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0136533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.124;QD=14.1959;RBI=0.0528273;REFB=-0.00837531;REVB=-0.0510324;RO=32;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276697;STB=0.660711;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0198921;OID=.;OPOS=18844389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:19:4:12:20:19:4:12:20 chr16 19041595 . G A 776.38 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0196384;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.597;QD=53.5437;RBI=0.0279775;REFB=0.0390022;REVB=0.0199267;RO=2;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825585;STB=0.503865;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.000557825;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:58:2:2:55:56:0.965517:34:21:1:1:34:22:1:1 chr16 19067933 . G A 698.98 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0193604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2594;QD=54.8221;RBI=0.0194009;REFB=0.0199173;REVB=-0.0012528;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229535;STB=0.51219;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00058878;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:1:0:30:20:1:0 chr16 19080184 . C T 689.48 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1344;QD=62.6802;RBI=0.0225215;REFB=0;REVB=0.0103262;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.70606e-05;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr16 19080227 . C A,CTG,G 338.22 PASS AF=0,0.961538,0;AO=2,15,7;DP=28;FAO=0,25,0;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8,0;FSAR=0,17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00759592,0.014292,-0.0221394;FXX=0.0714031;HRUN=1,0,1;LEN=1,2,1;MLLD=58.733,157.771,65.4745;QD=52.0342;RBI=0.0162144,0.0317824,0.0414178;REFB=0.0790245,0.141647,0.0463198;REVB=-0.0143251,-0.0283876,0.035004;RO=2;SAF=1,7,0;SAR=1,8,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.00714946,-0.782089;STB=0.5,0.529388,0.5;STBP=1,0.267,1;TYPE=snp,ins,snp;VARB=0.0871146,-0.00695425,0.0412605;OID=.,.,.;OPOS=19080227,19080228,19080227;OREF=C,-,C;OALT=A,TG,G;OMAPALT=A,CTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:28:26:2:1:2,15,7:0,25,0:0,0.961538,0:1,8,7:1,7,0:1:1:0,17,0:0,8,0:1:0 chr16 19085298 . C T 1514.52 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018618;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.486;QD=63.7691;RBI=0.0192601;REFB=0;REVB=0.00493166;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40038e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr16 19089441 . C T 414.06 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0214202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.459;QD=19.0373;RBI=0.0220923;REFB=-0.0266851;REVB=0.00540798;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181041;STB=0.600717;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0245314;OID=.;OPOS=19089441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:45:45:42:42:0.482759:25:17:27:18:25:17:27:18 chr16 19297219 . T G 204.38 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0369072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9961;QD=14.5986;RBI=0.0452981;REFB=-0.0241577;REVB=-0.0262637;RO=31;SAF=4;SAR=20;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.5135;STB=0.789212;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.034623;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:32:24:24:0.428571:20:4:20:11:20:4:20:12 chr16 19514468 . A G 687.89 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.218;QD=62.5357;RBI=0.0323053;REFB=0;REVB=0.00857801;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78591e-05;OID=.;OPOS=19514468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:24:20:0:0 chr16 19547747 . C G 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3334;QD=47.8125;RBI=0.0129335;REFB=0;REVB=-0.00801499;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000646668;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 19548116 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.924;QD=45.8068;RBI=0.0347171;REFB=0;REVB=0.0121182;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254589;OID=.;OPOS=19548116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 19548290 . G A 1307.65 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275412;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.196;QD=62.2691;RBI=0.0351156;REFB=0;REVB=0.0350074;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50433e-05;OID=.;OPOS=19548290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:84:84:1:57:27:0:0:57:27:0:0 chr16 19868687 . G C 779.36 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=66;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00517571;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.507;QD=49.4832;RBI=0.023874;REFB=-0.0210202;REVB=0.0233062;RO=4;SAF=30;SAR=27;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277278;STB=0.521228;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00136858;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:66:63:4:5:57:58:0.920635:27:30:3:1:27:31:4:1 chr16 20043330 . T C 559.58 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2433;QD=58.9034;RBI=0.039762;REFB=0;REVB=0.0300276;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015953;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr16 20334679 . C T 1642.56 PASS AF=0.982456;AO=110;DP=113;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.014764;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.3;QD=57.6337;RBI=0.0216191;REFB=-0.0749564;REVB=0.0157926;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500789;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.000515857;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:114:0:2:110:112:0.982456:61:49:0:0:61:51:1:1 chr16 20370810 . C T 268.1 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00943942;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.183;QD=16.0059;RBI=0.00978674;REFB=-0.013188;REVB=0.00258409;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441423;STB=0.515758;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0168116;OID=.;OPOS=20370810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:37:30:30:0.447761:17:13:14:22:17:13:15:22 chr16 20370816 . C T 277.5 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0454415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9353;QD=16.0872;RBI=0.0495827;REFB=-0.012964;REVB=0.0198371;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138848;STB=0.513974;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0337395;OID=.;OPOS=20370816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:18:13:15:22:18:13:15:23 chr16 20376755 . T C 297.52 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0013176;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5064;QD=13.223;RBI=0.057383;REFB=-0.0138502;REVB=0.0573679;RO=56;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121976;STB=0.569711;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00831946;OID=.;OPOS=20376755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:56:56:34:34:0.377778:15:19:25:31:15:19:25:31 chr16 20441053 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0876589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.047;QD=57.6798;RBI=0.088216;REFB=0;REVB=-0.00989818;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360575;OID=.;OPOS=20441053;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr16 20441084 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.615;QD=57.6805;RBI=0.011429;REFB=0;REVB=-0.00323265;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80785e-05;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr16 20471450 . G A 322.77 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.001;QD=53.7952;RBI=0.0798713;REFB=0;REVB=0.0759247;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061761;OID=.;OPOS=20471450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:5:16:0:0:6:18:0:0 chr16 20476852 . T C 796.13 PASS AF=0.895522;AO=55;DP=62;FAO=60;FDP=67;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0244778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.243;QD=47.53;RBI=0.024478;REFB=-0.0500394;REVB=9.84911e-05;RO=7;SAF=33;SAR=22;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683081;STB=0.535942;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00333795;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:62:67:7:7:55:60:0.895522:22:33:2:5:23:37:2:5 chr16 20488696 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.013;QD=39.2066;RBI=0.0542491;REFB=0;REVB=-0.0108961;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620894;OID=.;OPOS=20488696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 20576048 . C A 289.33 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.323;QD=52.6057;RBI=0.0287272;REFB=0;REVB=-0.0248858;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190827;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr16 20635418 . C T 155.68 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0392275;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2864;QD=11.9751;RBI=0.051882;REFB=-0.0098709;REVB=0.0339549;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134633;STB=0.57048;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0338522;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:33:19:19:0.365385:10:9:12:22:10:9:12:21 chr16 20636814 . G A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0191968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.162;QD=8.0678;RBI=0.0232023;REFB=-0.0186982;REVB=-0.0130319;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926273;STB=0.571306;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0400113;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:12:12:0.266667:8:4:13:19:8:4:14:19 chr16 20638576 . A T 789.65 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7709;QD=63.1721;RBI=0.0723636;REFB=0;REVB=0.0532979;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689382;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:32:15:0:0:34:16:0:0 chr16 20648702 . G A 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.000637494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.349;QD=13.3136;RBI=0.00823523;REFB=-0.00682351;REVB=0.00821052;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183786;STB=0.510547;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0139426;OID=.;OPOS=20648702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:7:15:23:10:7:15:23:10 chr16 20748331 . C A 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5411;QD=57.8829;RBI=0.0307759;REFB=0;REVB=0.0226812;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377221;OID=.;OPOS=20748331;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr16 20753123 . T C 1525.71 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.328;QD=59.8318;RBI=0.00985352;REFB=0;REVB=-0.00167918;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00402e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:54:48:0:0:54:48:0:0 chr16 20793084 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0700042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.174;QD=14.6651;RBI=0.0701273;REFB=-0.023094;REVB=-0.00415347;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781561;STB=0.545393;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0350008;OID=.;OPOS=20793084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:11:10:6:9:11:10 chr16 20796387 . G C 849.95 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0543;QD=57.6239;RBI=0.0336148;REFB=0;REVB=-0.0145437;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163444;OID=.;OPOS=20796387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr16 20809283 . C A 902.38 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7528;QD=58.2178;RBI=0.0169678;REFB=0;REVB=0.00334231;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62941e-05;OID=.;OPOS=20809283;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr16 20811681 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.481;QD=59.0187;RBI=0.0526895;REFB=0;REVB=0.0525184;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110807;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr16 20855309 . A G 1098.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0175;QD=60.1953;RBI=0.0466464;REFB=0;REVB=0.0200271;RO=0;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378722;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:36:36:0:0:37:36:0:0 chr16 20873767 . T G 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00271153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.744;QD=16.4099;RBI=0.00949482;REFB=-0.0165572;REVB=-0.0090994;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623504;STB=0.533286;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0181678;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:7:7:8:6:7:7:9:7 chr16 20959918 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.802;QD=61.6828;RBI=0.0303304;REFB=0;REVB=0.0202962;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182888;OID=.;OPOS=20959918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr16 20966273 . G A 211.64 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=-0.00744124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.976;QD=16.5995;RBI=0.0861801;REFB=-0.0266847;REVB=0.0858582;RO=27;SAF=21;SAR=2;SRF=25;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402825;STB=0.528067;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0314556;OID=.;OPOS=20966273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:23:23:0.45098:2:21:25:2:2:21:26:2 chr16 20966362 . T C 287.56 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00949431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0403;QD=25.0053;RBI=0.10765;REFB=-0.0254289;REVB=0.10723;RO=20;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391418;STB=0.521722;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0206464;OID=.;OPOS=20966362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:13:13:11:9:13:13:11:9 chr16 20975069 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0116572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.629;QD=12.4824;RBI=0.0314357;REFB=-0.00290182;REVB=-0.0291943;RO=19;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220102;STB=0.629419;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00237431;OID=.;OPOS=20975069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:5:7:7:12:5:7:7:12 chr16 20975303 . A G 291.43 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00313588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.175;QD=19.4288;RBI=0.00365714;REFB=-0.0210038;REVB=0.00188173;RO=28;SAF=17;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414814;STB=0.531802;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0199913;OID=.;OPOS=20975303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:29:31:31:0.516667:14:17:14:14:14:17:14:15 chr16 20975522 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0392385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.402;QD=17.2297;RBI=0.0414538;REFB=-0.0185254;REVB=0.01337;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0148301;OID=.;OPOS=20975522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:2:4:3:5:2:4 chr16 20976360 . T G 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.023016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6386;QD=24.2445;RBI=0.0276851;REFB=-0.0113055;REVB=-0.0153859;RO=20;SAF=19;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111901;STB=0.56259;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00376846;OID=.;OPOS=20976360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:6:19:13:7:6:19:13:7 chr16 20981162 . T C 442.46 PASS AF=0.46875;AO=44;DP=97;FAO=45;FDP=96;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0146869;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.545;QD=18.4357;RBI=0.0162599;REFB=-0.0212;REVB=-0.00697692;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669401;STB=0.546964;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0236291;OID=.;OPOS=20981162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:48:51:44:45:0.46875:18:26:25:23:19:26:25:26 chr16 21008690 . T C 281.45 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.036541;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.709;QD=19.4106;RBI=0.0365755;REFB=-0.0106044;REVB=0.00158925;RO=26;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115585;STB=0.549364;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00809296;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:28:30:30:0.517241:19:11:13:13:19:11:13:15 chr16 21045369 . A G 97.23 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0710182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5288;QD=12.9645;RBI=0.073696;REFB=0.00184214;REVB=0.0196851;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28767;STB=0.66642;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00182464;OID=.;OPOS=21045369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:4:14:6:6:4:14 chr16 21190853 . A C 590.36 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0325341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.016;QD=56.2248;RBI=0.0363816;REFB=-0.073923;REVB=-0.0162835;RO=2;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00353302;STB=0.502403;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00393604;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:42:2:2:39:40:0.952381:21:18:1:1:22:18:1:1 chr16 21215672 . A G 331.38 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00255396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.327;QD=21.3794;RBI=0.0151399;REFB=0.000574197;REVB=0.0149229;RO=28;SAF=14;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12219;STB=0.572476;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000447636;OID=.;OPOS=21215672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:28:28:33:34:0.548387:19:14:16:12:20:14:16:12 chr16 21217061 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0607034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2802;QD=18.1184;RBI=0.0607094;REFB=-0.0234066;REVB=-0.000853584;RO=20;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412358;STB=0.695129;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0135827;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:14:3:11:9:14:4:11:9 chr16 21222672 . C A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0351197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.297;QD=13.336;RBI=0.0352105;REFB=-0.0131158;REVB=-0.00252709;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233651;STB=0.636186;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0156265;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:9:15:6:9:9:15 chr16 21222941 . C A 138.07 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0124102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.815;QD=12.0058;RBI=0.0140778;REFB=-0.017015;REVB=-0.00664599;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161739;STB=0.60471;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0321847;OID=.;OPOS=21222941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:7:9:12:17:7:9:12:18 chr16 21531133 . C G 62.86 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0453444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9039;QD=9.6707;RBI=0.0558526;REFB=-0.0249729;REVB=-0.0326098;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484;STB=0.555429;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0432279;OID=.;OPOS=21531133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:26:26:16:17:9:9:0.346154:3:6:10:6:3:6:10:7 chr16 21531154 . G C 94.27 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0196702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.287;QD=10.4745;RBI=0.0222175;REFB=-0.0152065;REVB=-0.0103295;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15401;STB=0.565115;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0133468;OID=.;OPOS=21531154;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:4:8:18:5:4:8:18:6 chr16 21531457 . T C 236.37 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0128338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6038;QD=33.7664;RBI=0.0331304;REFB=0.0160428;REVB=-0.0305437;RO=7;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0195071;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:9:12:4:3:9:12:4:3 chr16 21531473 . G A 291.12 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0353695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9567;QD=40.1538;RBI=0.0357587;REFB=-0.0110232;REVB=0.00526111;RO=5;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317162;STB=0.517227;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00592665;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:5:5:24:24:0.827586:12:12:3:2:12:12:3:2 chr16 21531494 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.069;QD=59.0185;RBI=0.0245354;REFB=0;REVB=-0.000756798;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45636e-05;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr16 21531609 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.376;QD=40.6396;RBI=0.025793;REFB=0.010271;REVB=0.014089;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.52937;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000186407;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:0:1:8:6:0:1 chr16 21666714 . C T 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.928;QD=63.5736;RBI=0.0196097;REFB=0;REVB=0.000139711;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001463;OID=.;OPOS=21666714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr16 21690225 . C A 262.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118752;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.682;QD=52.5126;RBI=0.0232764;REFB=0;REVB=0.0200192;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327353;OID=.;OPOS=21690225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr16 21730449 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00147963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.29;QD=17.1563;RBI=0.00147975;REFB=-0.0167945;REVB=-1.8561e-05;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278045;STB=0.515905;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0221997;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:10:10:8:9:10:10 chr16 21732601 . A C 30.08 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0438654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.661;QD=10.0272;RBI=0.0461409;REFB=-0.0130982;REVB=-0.0143113;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0206919;OID=.;OPOS=21732601;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr16 21742188 . G A 64.43 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000866336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.606;QD=9.54448;RBI=0.113115;REFB=-0.0175453;REVB=0.113111;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0205674;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:8:10:4:5:8:10 chr16 21747633 . A C 97.53 PASS AF=0.254545;AO=12;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.00936678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.924;QD=7.09335;RBI=0.0170535;REFB=-0.00772872;REVB=0.0142509;RO=41;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303368;STB=0.721335;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0327053;OID=.;OPOS=21747633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:55:41:41:12:14:0.254545:8:4:24:17:10:4:24:17 chr16 21747639 . G T 111.04 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0202915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1881;QD=7.52813;RBI=0.0289866;REFB=-0.00238427;REVB=-0.0206997;RO=42;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388786;STB=0.73014;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0043454;OID=.;OPOS=21747639;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:12:4:24:18:12:4:24:19 chr16 21747662 . G A 135.93 PASS AF=0.301587;AO=18;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0369677;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.617;QD=8.63071;RBI=0.0376511;REFB=-0.0225911;REVB=0.00714136;RO=43;SAF=4;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411189;STB=0.749722;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0221034;OID=.;OPOS=21747662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:18:19:0.301587:14:4:24:19:15:4:24:20 chr16 22092054 . A G 145.54 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00169853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.825;QD=16.6334;RBI=0.0268083;REFB=-0.0112921;REVB=0.0267545;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173577;STB=0.628421;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0242385;OID=.;OPOS=22092054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:14:16:0.457143:6:8:14:5:8:8:14:5 chr16 22128178 . A AC 38.26 PASS AF=0.2;AO=11;DP=43;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0209181;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=24.0249;QD=3.82635;RBI=0.0489813;REFB=-0.0194944;REVB=0.04429;RO=32;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.638996;STB=0.861027;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.168933;OID=.;OPOS=22128179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:11:43:8:40:32:6:2:7:25:38:32:9:2:7:25 chr16 22144318 . C T 202.12 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9934;QD=47.5582;RBI=0.160063;REFB=0;REVB=0.0477454;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00783416;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:2:0:15:17:1:8:7:2:0:8:9:0:0 chr16 22161136 . T C 658.56 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148455;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.2714;QD=61.2615;RBI=0.148498;REFB=0;REVB=-0.00356912;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230337;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:34:43:1:26:8:0:0:26:17:0:0 chr16 22178256 . G A 829.33 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0505985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8333;QD=56.226;RBI=0.0977916;REFB=0;REVB=0.0836838;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171556;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:0:0:58:59:1:43:15:0:0:44:15:0:0 chr16 22192896 . G A 237.59 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0404571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8125;QD=20.22;RBI=0.0404908;REFB=-0.0228359;REVB=0.00165056;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161771;STB=0.535342;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0116815;OID=.;OPOS=22192896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:24:23:23:0.489362:14:9:9:13:14:9:11:13 chr16 22207121 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0017065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6202;QD=14.0439;RBI=0.0270684;REFB=0.02392;REVB=0.0270145;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543107;STB=0.533194;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00753132;OID=.;OPOS=22207121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:3:1:1:4:3:1 chr16 22237118 . A G 254.02 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0128808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4874;QD=13.0264;RBI=0.0133773;REFB=-0.010715;REVB=-0.00361073;RO=47;SAF=10;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12908;STB=0.56876;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0154157;OID=.;OPOS=22237118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:30:30:0.384615:20:10:21:26:20:10:21:27 chr16 22237273 . C G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0108173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.396;QD=7.52658;RBI=0.014025;REFB=-0.00274901;REVB=0.00892674;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10346;STB=0.565068;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00623756;OID=.;OPOS=22237273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:10:14:6:3:10:14 chr16 22262514 . C A 383.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.808;QD=54.7496;RBI=0.0807645;REFB=0;REVB=-0.0202132;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000777365;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr16 22269867 . A G 323.19 PASS AF=0.925926;AO=21;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.028184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.786;QD=47.8797;RBI=0.0540245;REFB=-0.0963143;REVB=-0.0460903;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549959;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00120245;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:0:2:21:25:0.925926:9:12:0:0:9:16:0:2 chr16 22357850 . C CAG 527.28 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129135;FXX=0.0540395;HRUN=0;LEN=2;MLLD=242.648;QD=60.2604;RBI=0.0367593;REFB=0;REVB=0.0344164;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000107222;OID=.;OPOS=22357851;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:37:35:35:0:17:18:0:0:4:2:17:18:1:1 chr16 22563785 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00397671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8187;QD=11.9166;RBI=0.0177527;REFB=-0.0095317;REVB=0.0173016;RO=36;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205474;STB=0.630012;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00742011;OID=.;OPOS=22563785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:37:22:22:0.372881:6:16:20:16:6:16:20:17 chr16 23078857 . C T 353.87 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=85;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0128016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8262;QD=16.6527;RBI=0.0751313;REFB=-0.0113096;REVB=-0.0740327;RO=46;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827975;STB=0.558411;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0167984;OID=.;OPOS=23078857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:47:37:38:0.447059:20:17:25:21:21:17:26:21 chr16 23360199 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.268;QD=51.1845;RBI=0.0848422;REFB=0;REVB=0.0175177;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270851;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr16 23489711 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.834;QD=55.6561;RBI=0.0205068;REFB=0;REVB=0.00403501;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142606;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 23490353 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.156;QD=37.4885;RBI=0.0357802;REFB=0;REVB=0.00791855;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355598;OID=.;OPOS=23490353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr16 23536684 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.68;QD=53.2772;RBI=0.0311864;REFB=0;REVB=0.0277118;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213917;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 23546561 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8353;QD=53.9049;RBI=0.059176;REFB=0;REVB=-0.0591292;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00104255;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr16 23563501 . C T 2033.72 PASS AF=0.985075;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=134;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=93;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0616858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.171;QD=60.7082;RBI=0.064778;REFB=0.000167814;REVB=0.0197751;RO=2;SAF=39;SAR=93;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694662;STB=0.503655;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=9.73337e-05;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:134:134:2:2:132:132:0.985075:93:39:1:1:93:39:1:1 chr16 23582236 . T C 213.07 PASS AF=0.625;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0112538;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.736;QD=26.6341;RBI=0.011254;REFB=-0.0156872;REVB=6.6266e-05;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133485;STB=0.562438;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00861407;OID=.;OPOS=23582236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:12:12:19:20:0.625:10:9:8:4:10:10:8:4 chr16 23585061 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.799;QD=55.0984;RBI=0.0169085;REFB=0;REVB=-0.0124436;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012467;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr16 23677006 . A G 204.31 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0158896;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.471;QD=12.0184;RBI=0.018219;REFB=-0.0108452;REVB=-0.00891352;RO=43;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163264;STB=0.509426;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0158049;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:13:12:20:23:13:12:20:23 chr16 23701458 . G A 56.72 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0166797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0261;QD=11.941;RBI=0.0377676;REFB=-0.0120619;REVB=0.0338847;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0183373;OID=.;OPOS=23701458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr16 23701538 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0245799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8853;QD=8.40145;RBI=0.057355;REFB=-0.00897048;REVB=-0.0518211;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117753;STB=0.555432;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0308807;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:9:9:0.3:5:4:11:9:5:4:11:10 chr16 23711925 . C G 148.54 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0181609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.745;QD=12.1255;RBI=0.0591745;REFB=-0.00874529;REVB=-0.0563187;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723372;STB=0.524971;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0299732;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:7:9:20:12:7:10:20:12 chr16 24104188 . C T 602.63 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.728;QD=58.7936;RBI=0.0124358;REFB=-0.170708;REVB=-0.00349497;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000828202;OID=.;OPOS=24104188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:40:40:0.97561:24:16:0:0:24:16:0:1 chr16 24166130 . T C,G 692.1 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=41,4;DP=45;FAO=42,4;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28,4;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365598,-0.00544534;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.678,120.343;QD=60.1824;RBI=0.0390817,0.0331888;REFB=0,0;REVB=0.0389103,0.032739;RO=0;SAF=28,4;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0062163,0.0751631;OID=.,.;OPOS=24166130,24166130;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:45:46:0:0:41,4:42,4:0.913043,0.0869565:13,0:28,4:0:0:14,0:28,4:0:0 chr16 24202458 . C T 192.8 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0312959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.662;QD=14.831;RBI=0.0390931;REFB=-0.024237;REVB=-0.0234272;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067306;STB=0.538427;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0333639;OID=.;OPOS=24202458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:13:17:11:11:13:17 chr16 24581031 . G A 160.4 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00548917;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.219;QD=17.3407;RBI=0.0177431;REFB=-0.0285093;REVB=0.0168727;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169315;STB=0.582682;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0285801;OID=.;OPOS=24581031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:20:17:17:0.459459:11:6:11:10:11:6:10:10 chr16 24834233 . C T 310.87 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0125277;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.504;QD=34.5413;RBI=0.0785196;REFB=-0.023579;REVB=0.0775137;RO=10;SAF=15;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648479;STB=0.535371;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.012289;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:36:36:10:10:26:26:0.722222:11:15:7:3:11:15:7:3 chr16 24902194 . T C 1094.58 PASS AF=0.939759;AO=75;DP=84;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0252561;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.3596;QD=52.7507;RBI=0.0343576;REFB=-0.219569;REVB=0.0232932;RO=4;SAF=55;SAR=20;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857032;STB=0.549007;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00812148;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:84:83:4:5:75:78:0.939759:20:55:0:4:23:55:0:5 chr16 24946807 . C T 89.24 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0219384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9216;QD=16.9988;RBI=0.05631;REFB=-0.0386141;REVB=0.0518607;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969297;STB=0.518484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.038661;OID=.;OPOS=24946807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:21:10:10:10:11:0.52381:3:7:6:4:4:7:6:4 chr16 25137289 . G C 160.33 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.319;QD=45.8076;RBI=0.0455351;REFB=0;REVB=0.0161014;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634436;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr16 25137385 . G A 223.33 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.00488877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0782;QD=10.7627;RBI=0.0183506;REFB=-0.0233645;REVB=0.0176874;RO=54;SAF=10;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206448;STB=0.625996;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0496856;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:55:28:28:0.337349:18:10:29:25:18:10:30:25 chr16 25137449 . A T 460.64 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00701396;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.667;QD=20.9382;RBI=0.0237908;REFB=-0.0190453;REVB=-0.0227334;RO=40;SAF=20;SAR=25;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149579;STB=0.571398;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0154109;OID=.;OPOS=25137449;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:40:43:45:45:0.511364:25:20:11:29:25:20:13:30 chr16 25239805 . G C 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0219807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8976;QD=23.0862;RBI=0.0940382;REFB=0.0165324;REVB=0.0914333;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17956;STB=0.599913;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0114133;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:11:11:13:5:11:11:13:5 chr16 25255242 . T A 238.92 PASS AF=0.408451;AO=28;DP=70;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00609583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.587;QD=13.4605;RBI=0.0158038;REFB=-0.00907258;REVB=0.0145808;RO=42;SAF=19;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142399;STB=0.507554;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.018013;OID=.;OPOS=25255242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:42:28:29:0.408451:9:19:28:14:10:19:28:14 chr16 25268368 . A G 37.94 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0127736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.554;QD=10.8386;RBI=0.0166715;REFB=-0.00785199;REVB=-0.0107132;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274957;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194484;OID=.;OPOS=25268368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:14:7:8:5:6:0.428571:3:2:3:4:3:3:4:4 chr16 27226106 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0335559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.184;QD=18.1184;RBI=0.0339987;REFB=-0.0219545;REVB=0.00546927;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297182;STB=0.671025;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0206937;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:10:10:14:4:10:10 chr16 27246617 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00851848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.691;QD=53.911;RBI=0.0149018;REFB=0;REVB=0.012227;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205987;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr16 27373915 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.277;QD=42.1803;RBI=0.0335398;REFB=0;REVB=0.0294751;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592355;OID=.;OPOS=27373915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr16 27373964 . T C 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.215;QD=56.1888;RBI=0.0251371;REFB=0;REVB=0.0245078;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263617;OID=.;OPOS=27373964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr16 27373972 . T C 491.66 PASS AF=0.921053;AO=36;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0384382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7257;QD=51.7535;RBI=0.0391453;REFB=0.0173528;REVB=0.00740658;RO=2;SAF=26;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.507808;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00929184;OID=.;OPOS=27373972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:2:3:36:35:0.921053:10:26:2:0:9:26:2:1 chr16 27374180 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.29;QD=42.1825;RBI=0.0717032;REFB=0;REVB=0.0539623;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34296e-05;OID=.;OPOS=27374180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 27374400 . A G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.744;QD=59.0126;RBI=0.0218826;REFB=0;REVB=0.0202196;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81693e-05;OID=.;OPOS=27374400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr16 27772901 . G A 289.17 PASS AF=0.827586;AO=23;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0349329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.954;QD=39.8859;RBI=0.0361583;REFB=-0.0302167;REVB=-0.00933349;RO=4;SAF=5;SAR=18;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260851;STB=0.666513;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000748172;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:4:5:23:24:0.827586:18:5:4:0:19:5:5:0 chr16 27974487 . T C 136.19 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0356333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3161;QD=17.5722;RBI=0.067618;REFB=0.00856555;REVB=-0.0574671;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34351;STB=0.708067;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.0322757;OID=.;OPOS=27974487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:11:4:10:5:12:4 chr16 28112911 . G T 237.12 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0166119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.83;QD=19.7601;RBI=0.0183955;REFB=-0.0325942;REVB=0.00790187;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0710306;STB=0.540003;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0222006;OID=.;OPOS=28112911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:13:10:9:16:13:10:9:16 chr16 28119001 . G A 172.63 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0272514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.234;QD=11.3201;RBI=0.0289146;REFB=-0.010397;REVB=-0.00966532;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00790699;STB=0.5045;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0232517;OID=.;OPOS=28119001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:12:10:17:21:12:10:18:21 chr16 28123226 . G A 590.84 PASS AF=0.517241;AO=59;DP=115;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.00105207;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2826;QD=20.3736;RBI=0.0151927;REFB=-0.00620212;REVB=-0.0151562;RO=56;SAF=33;SAR=26;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238412;STB=0.625596;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00427113;OID=.;OPOS=28123226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:56:56:59:60:0.517241:26:33:16:40:27:33:16:40 chr16 28354000 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00732546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.464;QD=19.134;RBI=0.0143631;REFB=0.00500118;REVB=0.0123546;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171367;STB=0.59965;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00890057;OID=.;OPOS=28354000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:2:0:1:4:2:0 chr16 28354077 . G A 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0499406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4385;QD=21.9714;RBI=0.0536562;REFB=-0.0481505;REVB=0.0196195;RO=21;SAF=17;SAR=6;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141439;STB=0.57845;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0277689;OID=.;OPOS=28354077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:6:17:18:3:6:17:18:3 chr16 28508447 . A G 556.98 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.635;QD=60.2141;RBI=0.108275;REFB=0;REVB=0.101218;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759537;OID=.;OPOS=28508447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr16 28508716 . T C 152.51 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0789692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.622;QD=40.6684;RBI=0.104153;REFB=-0.167499;REVB=0.0679098;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0034485;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chr16 28602991 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0213623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.807;QD=15.1663;RBI=0.0241026;REFB=-0.0150384;REVB=-0.0111619;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887571;STB=0.550956;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0205318;OID=.;OPOS=28602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:4:16:11:4:4:16 chr16 28603393 . T C 272.17 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0432;QD=51.8424;RBI=0.0456756;REFB=0;REVB=-0.0145956;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180904;OID=.;OPOS=28603393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr16 28617485 . C T 902.09 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.658;QD=58.199;RBI=0.0116384;REFB=0;REVB=-0.00622485;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.46496e-05;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr16 28617507 . C T 69.53 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=0.00780007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.551;QD=3.47648;RBI=0.0330808;REFB=-0.0038867;REVB=-0.0321481;RO=66;SAF=4;SAR=9;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117516;STB=0.574349;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0579488;OID=.;OPOS=28617507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:80:66:67:13:13:0.1625:9:4:26:40:9:4:26:41 chr16 28617552 . C G 73.85 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=90;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=50;FWDB=-0.00455533;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.23;QD=3.2463;RBI=0.0101657;REFB=-0.00356157;REVB=-0.00908795;RO=74;SAF=3;SAR=9;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163895;STB=0.563542;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0159058;OID=.;OPOS=28617552;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:90:91:74:77:12:14:0.153846:9:3:27:47:10:4:27:50 chr16 28619911 . T C 45.49 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=31;FWDB=0.00181561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.175;QD=2.166;RBI=0.0212283;REFB=-0.00397952;REVB=-0.0211505;RO=74;SAF=3;SAR=7;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330906;STB=0.738077;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0204994;OID=.;OPOS=28619911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:84:74:74:10:10:0.119048:7:3:43:31:7:3:43:31 chr16 28619920 . A G 45.15 PASS AF=0.117647;AO=9;DP=84;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0231953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.093;QD=2.12491;RBI=0.0249442;REFB=-0.00625164;REVB=0.00917561;RO=75;SAF=4;SAR=5;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182946;STB=0.670909;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0463631;OID=.;OPOS=28619920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:85:75:75:9:10:0.117647:5:4:45:30:6:4:45:30 chr16 28620120 . C T 192.76 PASS AF=0.264706;AO=27;DP=101;FAO=27;FDP=102;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0174977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8173;QD=7.5592;RBI=0.0722589;REFB=-0.00788527;REVB=-0.0701083;RO=71;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892637;STB=0.54702;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00846445;OID=.;OPOS=28620120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:71:75:27:27:0.264706:16:11:24:47:16:11:26:49 chr16 28621311 . T C 1262.2 PASS AF=0.775194;AO=99;DP=129;FAO=100;FDP=129;FR=.;FRO=29;FSAF=44;FSAR=56;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0162831;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.363;QD=39.1379;RBI=0.0187318;REFB=-0.0546412;REVB=0.00925977;RO=29;SAF=43;SAR=56;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844744;STB=0.545793;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0108552;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:29:29:99:100:0.775194:56:43:7:22:56:44:7:22 chr16 28649787 . G A 32.78 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00442817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8278;QD=16.3902;RBI=0.00724413;REFB=-0.039083;REVB=0.00573313;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00544926;OID=.;OPOS=28649787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr16 28842311 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00413686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.495;QD=50.4135;RBI=0.0264682;REFB=0;REVB=0.0261429;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.64567e-05;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 28909622 . G A 142.67 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.003363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.16;QD=22.8267;RBI=0.0267142;REFB=-0.0157133;REVB=-0.0265017;RO=10;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288616;STB=0.608537;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00903928;OID=.;OPOS=28909622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:10:10:14:15:0.6:12:2:4:6:12:3:4:6 chr16 28915527 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.23;QD=62.9819;RBI=0.0188617;REFB=0;REVB=0.00685676;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71898e-05;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr16 28944396 . C G 154.83 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0333358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4794;QD=22.9382;RBI=0.033806;REFB=-0.0802439;REVB=-0.00561868;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548302;STB=0.530768;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0320054;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:7:4:7:9:7:4 chr16 28995757 . C A 96.72 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0570647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.756;QD=13.8177;RBI=0.0586005;REFB=0.00287626;REVB=-0.0133284;RO=16;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184269;STB=0.606972;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00380823;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:28:16:16:12:12:0.428571:6:6:5:11:6:6:5:11 chr16 29057392 . A G 242.44 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00634871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.42;QD=14.9196;RBI=0.0098197;REFB=0.00365097;REVB=0.00749136;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487122;STB=0.50276;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00615443;OID=.;OPOS=29057392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:20:17:13:15:20:17 chr16 29124409 . C A 249.75 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0573274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8624;QD=16.6501;RBI=0.0589254;REFB=0.0227998;REVB=-0.0136302;RO=32;SAF=5;SAR=23;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220624;STB=0.62575;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0278197;OID=.;OPOS=29124409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:23:5:11:21:23:5:11:21 chr16 29124421 . T C 889.58 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0381457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.92;QD=56.4815;RBI=0.0522851;REFB=-0.0840983;REVB=0.035758;RO=1;SAF=17;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106093;STB=0.505493;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000927763;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:61:62:0.984127:44:17:0:1:45:17:0:1 chr16 29580611 . G A 112.45 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9678;QD=40.8919;RBI=0.0672373;REFB=0;REVB=0.0634364;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104418;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:6:5:0:0 chr16 29679989 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00346934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.506;QD=40.6394;RBI=0.0194672;REFB=-0.106936;REVB=0.0191555;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433252;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00212169;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:1:0:4:10:1:0 chr16 29680389 . A C 88.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0136962;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.469;QD=12.2441;RBI=0.0157703;REFB=-0.0187796;REVB=0.00781758;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118806;STB=0.516748;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0228811;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:29:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:11:6:4:7:11:7 chr16 29708349 . C CG 153.82 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589521;FXX=0.0357015;HRUN=0;LEN=1;MLLD=11.8091;QD=22.7879;RBI=0.21829;REFB=0;REVB=-0.210179;RO=25;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00180632;OID=.;OPOS=29708350;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:28:27:27:0:10:17:0:0:3:25:0:3:11:14 chr16 29708350 . A G 380.11 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00958224;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3693;QD=56.312;RBI=0.07484;REFB=0;REVB=-0.074224;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68542e-05;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr16 29790864 . G A 226.59 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0189456;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9639;QD=20.1416;RBI=0.0472758;REFB=-0.0188106;REVB=0.0433135;RO=24;SAF=5;SAR=17;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213517;STB=0.605494;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0280489;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:23:22:22:0.488889:17:5:10:14:17:5:9:14 chr16 29791561 . T G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6575;QD=58.4184;RBI=0.0193642;REFB=0;REVB=-0.0188139;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000253345;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr16 29791721 . G C 80.23 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00405893;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4116;QD=14.5875;RBI=0.0541241;REFB=-0.02813;REVB=0.0539717;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38819;STB=0.723744;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.03265;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:23:22:12:12:10:10:0.454545:6:4:10:2:6:4:10:2 chr16 29814234 . G A 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0110108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.052;QD=17.0623;RBI=0.0111593;REFB=-0.0422194;REVB=-0.00181478;RO=30;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688529;STB=0.503174;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.050764;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:17:11:12:18:17:11:12:19 chr16 29816417 . A G 172.1 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0183263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.082;QD=26.4775;RBI=0.0260426;REFB=-0.0338845;REVB=-0.018503;RO=8;SAF=15;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156775;STB=0.576823;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00726802;OID=.;OPOS=29816417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:8:9:17:17:0.653846:2:15:6:2:2:15:7:2 chr16 29821744 . G A 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333167;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.498;QD=62.3664;RBI=0.0349842;REFB=0;REVB=0.0106718;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017974;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr16 29825063 . AG A 61.01 PASS AF=0.368421;AO=11;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.110944;FXX=0.0731529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7919;QD=6.42181;RBI=0.138774;REFB=-0.0207618;REVB=-0.0833654;RO=23;SAF=0;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.784856;STB=0.870479;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0612764;OID=.;OPOS=29825064;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:11:40:14:38:24:1:13:12:12:61:23:0:11:12:11 chr16 29825126 . T C 632.17 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3061;QD=61.675;RBI=0.0173819;REFB=0;REVB=0.0127566;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72068e-06;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:29:11:0:0:30:11:0:0 chr16 29882490 . C T 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.334;QD=51.9013;RBI=0.0257479;REFB=0;REVB=-0.0203085;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105482;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr16 29899123 . G T 482.94 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4379;QD=58.5378;RBI=0.109605;REFB=0;REVB=0.0604007;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00320295;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr16 29908433 . C G 610.8 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1729;QD=61.0797;RBI=0.142249;REFB=0;REVB=-0.0149203;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00250773;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr16 29918034 . T C 98.58 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.861;QD=39.431;RBI=0.0728032;REFB=0;REVB=0.0717833;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127659;OID=.;OPOS=29918034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:6:4:0:0 chr16 29994922 . C T 400.44 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0461364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.189;QD=53.3918;RBI=0.0484333;REFB=-0.170678;REVB=-0.0147383;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00157678;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:19:10:0:0:19:10:1:0 chr16 29998200 . A G 825.07 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.424;QD=55.9372;RBI=0.0295384;REFB=-0.0970192;REVB=-0.0114685;RO=0;SAF=13;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105009;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:0:0:58:59:1:45:13:0:0:46:13:0:0 chr16 30018500 . C T 322.81 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0428758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3933;QD=47.8229;RBI=0.0604275;REFB=0.0246524;REVB=0.0425811;RO=2;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661725;STB=0.535686;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00871541;OID=.;OPOS=30018500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:12:13:2:0:12:13:2:0 chr16 30021402 . C T 328.98 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00572985;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=274.719;QD=43.8635;RBI=0.0172958;REFB=-0.0626948;REVB=0.0163191;RO=3;SAF=20;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109577;STB=0.588162;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00307474;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:3:4:26:26:0.866667:6:20:1:2:6:20:1:3 chr16 30035207 . G A 153.88 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=-0.000104834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.283;QD=21.9826;RBI=0.00322759;REFB=-0.0197102;REVB=-0.00322588;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303702;STB=0.666507;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0109114;OID=.;OPOS=30035207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:12:0:4:12:12:0 chr16 30037128 . A C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1493;QD=42.1787;RBI=0.0855381;REFB=0;REVB=0.0110668;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015284;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr16 30119525 . C A 788.36 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150147;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.382;QD=64.3555;RBI=0.0185671;REFB=0;REVB=-0.0109223;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160964;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:37:11:0:0:37:12:0:0 chr16 30198151 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.418;QD=39.2068;RBI=0.0516281;REFB=0;REVB=0.0399764;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75188e-05;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 30393660 . G A 365.41 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0166232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.4;QD=52.2016;RBI=0.0173209;REFB=-0.149873;REVB=-0.00486644;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000609479;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:0:1:10:17:0:1 chr16 30408765 . C T 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6531;QD=59.012;RBI=0.0113179;REFB=0;REVB=0.00912899;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217241;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr16 30518041 . G C 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0318736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.817;QD=22.7927;RBI=0.0368628;REFB=-0.00659891;REVB=0.0185185;RO=20;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265082;STB=0.639482;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0113878;OID=.;OPOS=30518041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:7:17:8:12:7:17:9:12 chr16 30536672 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00337662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.158;QD=13.6302;RBI=0.0178279;REFB=-0.0247587;REVB=0.0175052;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.02312;OID=.;OPOS=30536672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr16 30666367 . C T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0394596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.173;QD=16.9301;RBI=0.0404151;REFB=-0.0114657;REVB=-0.00873611;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00891613;OID=.;OPOS=30666367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:5:7:6:6:5:7 chr16 30724070 . G T 728.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0485241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.999;QD=57.1708;RBI=0.0579126;REFB=0;REVB=0.0316114;RO=0;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021379;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:16:35:0:0:16:35:0:0 chr16 30734963 . C A 246.63 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.503;QD=46.977;RBI=0.0411657;REFB=-0.0836767;REVB=0.0105622;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000579567;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:0:1:20:20:0.952381:8:12:0:0:8:12:1:0 chr16 30762640 . C T 528.83 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.036218;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=163.04;QD=48.0757;RBI=0.0362181;REFB=-0.188156;REVB=-6.12562e-05;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467955;STB=0.522715;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0033119;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:44:44:2:6:38:38:0.863636:19:19:0:2:19:19:2:4 chr16 30772004 . GAA G 51.42 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0240247;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=2;MLLD=27.388;QD=6.85633;RBI=0.0354543;REFB=0.0211454;REVB=-0.0260734;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296486;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=del;VARB=-0.0343286;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:29:10:30:20:4:6:5:15:51:16:3:4:3:13 chr16 30779716 . A G 1687.38 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.036;QD=60.2636;RBI=0.0448929;REFB=0;REVB=0.0319748;RO=0;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93681e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:65:43:0:0:68:44:0:0 chr16 30780828 . A G 223.04 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.946;QD=49.5644;RBI=0.0374011;REFB=0;REVB=-0.0076544;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227842;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr16 30886643 . T C 159.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0829186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8605;QD=18.2309;RBI=0.0847693;REFB=-0.00897918;REVB=0.0176166;RO=18;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965429;STB=0.555485;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.015146;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:15:2:3:15:15:2:3:15 chr16 30936081 . G A 493.67 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.047061;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.1239;QD=19.3597;RBI=0.0493728;REFB=-0.0305626;REVB=0.0149308;RO=49;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607564;STB=0.538447;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0561764;OID=.;OPOS=30936081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:28:24:26:23:28:24:27:23 chr16 30959652 . TAGC T 66.78 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0366598;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.537;QD=11.1301;RBI=0.0377617;REFB=-0.00215616;REVB=0.00905556;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.513987;STBP=0.956;TYPE=del;VARB=0.00316476;OID=.;OPOS=30959653;OREF=AGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:8:23:9:24:15:4:5:7:8:66:15:3:5:7:8 chr16 30964940 . A G 698.8 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0775483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3358;QD=54.808;RBI=0.0776729;REFB=-0.141933;REVB=0.00439735;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209158;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0130585;OID=.;OPOS=30964940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:28:22:1:0:28:22:1:0 chr16 30999462 . T C 164.35 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0517728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.372;QD=13.6962;RBI=0.0518144;REFB=0.00139074;REVB=0.00207664;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291625;STB=0.668739;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00594665;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:20:10:11:7:20:10 chr16 31075175 . G A 181.17 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0157146;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.783;QD=15.7542;RBI=0.0160005;REFB=-0.00418314;REVB=-0.00301088;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118016;STB=0.578864;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00491327;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:27:19:19:0.413043:8:11:11:13:8:11:12:15 chr16 31075707 . AC A,AG 114.6 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,9;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194059,-0.027964;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.968,189.81;QD=41.6743;RBI=0.0237996,0.0386143;REFB=0,0;REVB=0.013778,0.0266286;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0805609,0.000545254;OID=.,.;OPOS=31075708,31075708;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091:2,9:11:1,10:11:0:1,2:0,8:0:0:6:0:1,2:1,7:0:0 chr16 31088347 . G A 522.8 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0323093;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6852;QD=23.4964;RBI=0.0347782;REFB=-0.0238851;REVB=0.0128699;RO=39;SAF=18;SAR=31;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728636;STB=0.503691;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0162173;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:40:49:49:0.550562:31:18:14:25:31:18:15:25 chr16 31088625 . A G 98.47 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0345045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.292;QD=13.5827;RBI=0.0346591;REFB=-0.0218869;REVB=0.00326995;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147429;STB=0.586067;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0310237;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:6:11:6:6:6:11 chr16 31090407 . G C 192.42 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0129054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.737;QD=16.0346;RBI=0.016937;REFB=-0.0259088;REVB=0.0109688;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389704;STB=0.514691;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0377205;OID=.;OPOS=31090407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:14:6:9:18:14:6:9:19 chr16 31092075 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0209079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.862;QD=9.44483;RBI=0.0848827;REFB=0.00122525;REVB=0.0822675;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219799;STB=0.608323;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000149169;OID=.;OPOS=31092075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:9:10:6:6:0.375:2:4:4:5:2:4:5:5 chr16 31093892 . A G 543.27 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.08;QD=58.7314;RBI=0.102692;REFB=0;REVB=0.102678;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117008;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:21:15:0:0:22:15:0:0 chr16 31093954 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0282752;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.968;QD=17.56;RBI=0.0302609;REFB=-0.00731654;REVB=0.0107811;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00832655;OID=.;OPOS=31093954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:10:11:10:8:10:11 chr16 31096164 . G C 96.43 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0173358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.732;QD=22.6903;RBI=0.0209686;REFB=-0.0804725;REVB=0.0117964;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356213;STB=0.702918;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0299893;OID=.;OPOS=31096164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:5:1:8:3:5:1 chr16 31098166 . C T 66.18 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00672407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.335;QD=12.0333;RBI=0.0683024;REFB=0.00536926;REVB=0.0679707;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343366;STB=0.707368;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00378905;OID=.;OPOS=31098166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:7:6:7:2:7:6 chr16 31099011 . T C 346.22 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000768504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.514;QD=32.2069;RBI=0.0243799;REFB=-0.0226916;REVB=0.0243678;RO=14;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950593;STB=0.551964;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00888441;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:15:14:9:5:15:14:9:5 chr16 31102321 . C T 256.78 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.00348312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5377;QD=16.0488;RBI=0.0533338;REFB=-0.0296909;REVB=-0.0532199;RO=34;SAF=5;SAR=24;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210887;STB=0.615296;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0319651;OID=.;OPOS=31102321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:35:29:29:0.453125:24:5:11:23:24:5:11:24 chr16 31141826 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.33;QD=50.4123;RBI=0.0934488;REFB=0;REVB=0.0923431;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184802;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr16 31141880 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.03;QD=49.5976;RBI=0.0320647;REFB=0;REVB=-0.00149885;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234801;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:1:0:17:18:1:11:6:0:1:12:6:0:0 chr16 31153105 . A G 648.69 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0340314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9468;QD=57.661;RBI=0.06504;REFB=-0.0748042;REVB=-0.0554262;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506061;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00200762;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:0:2:42:43:0.955556:16:26:0:0:16:27:1:1 chr16 31193942 . C A 146.38 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.028231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.256;QD=16.7288;RBI=0.0293604;REFB=-0.012795;REVB=0.00806492;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17504;STB=0.59988;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0167156;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:6:13:8:8:6:13 chr16 31195279 . C T 229.97 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0101379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.178;QD=16.4266;RBI=0.0284777;REFB=-0.0283788;REVB=0.0266121;RO=29;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295361;STB=0.654066;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0365547;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:30:25:26:0.464286:19:6:15:14:19:7:16:14 chr16 31230463 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00953165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.381;QD=24.2462;RBI=0.00975712;REFB=-0.0200636;REVB=-0.00208545;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420113;STB=0.523346;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0168941;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:13:7:10:15:13:7 chr16 31336719 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.442;QD=56.7047;RBI=0.0393578;REFB=0;REVB=-0.0201253;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000617106;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr16 31374535 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00880637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.203;QD=26.0264;RBI=0.0168706;REFB=0.152794;REVB=0.0143898;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.00286257;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:0:1:6:6:0.857143:2:4:0:0:2:4:1:0 chr16 31422429 . T C 554.48 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.014428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.245;QD=55.4484;RBI=0.0217879;REFB=-0.0607367;REVB=-0.0163262;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228522;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00630997;OID=.;OPOS=31422429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:18:20:1:0:18:20:1:1 chr16 31422470 . T C 144.75 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0110415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.064;QD=15.6488;RBI=0.0197926;REFB=-0.00818565;REVB=0.0164265;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102765;STB=0.559365;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0161146;OID=.;OPOS=31422470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:10:11:10:6:10:11 chr16 31476458 . C T 351.0 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0137977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.311;QD=23.3997;RBI=0.0189342;REFB=-0.0115226;REVB=-0.0129664;RO=25;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116279;STB=0.564065;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00627012;OID=.;OPOS=31476458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:22:13:13:12:22:13:13:12 chr16 31477460 . G A 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0368375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.975;QD=23.5264;RBI=0.038144;REFB=-0.0256715;REVB=0.00989796;RO=15;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414547;STB=0.523196;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0142909;OID=.;OPOS=31477460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:7:13:9:6:7:13:9:6 chr16 31539934 . G T 158.29 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0302749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1415;QD=35.1759;RBI=0.0370424;REFB=0.0348507;REVB=0.021344;RO=3;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190336;STB=0.605905;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0055902;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:12:3:2:1:12:3:2:1 chr16 31724836 . T C 182.8 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0108034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9501;QD=43.0105;RBI=0.0663794;REFB=-0.0383544;REVB=-0.0654944;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0135013;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:1:0:8:8:1:0 chr16 31765220 . G A 228.43 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0217412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8834;QD=18.6471;RBI=0.0751765;REFB=-0.0621027;REVB=-0.0719641;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159937;STB=0.596197;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0855966;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:15:8:5:20:15:8:5:21 chr16 31926619 . G A 82.1 PASS AF=0.9;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.178;QD=32.8382;RBI=0.0376628;REFB=-0.151964;REVB=7.38528e-05;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00282904;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:0:1:8:9:0.9:5:3:0:0:5:4:1:0 chr16 32077537 . G T 230.83 PASS AF=0.311828;AO=28;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00883426;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.968;QD=9.92816;RBI=0.024128;REFB=-0.0137406;REVB=0.0224525;RO=65;SAF=18;SAR=10;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164212;STB=0.599622;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0249399;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:65:64:28:29:0.311828:10:18:33:32:10:19:33:31 chr16 32077580 . A G 223.21 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.00777186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3358;QD=8.92857;RBI=0.0189995;REFB=0.00260767;REVB=-0.0173373;RO=70;SAF=17;SAR=12;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154036;STB=0.59581;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.0078792;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:71:29:29:0.29:12:17:32:38:12:17:32:39 chr16 32191941 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00725174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.063;QD=11.1978;RBI=0.0206871;REFB=-0.00421475;REVB=-0.0193744;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138903;STB=0.58319;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00707989;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:10:12:8:4:10:12 chr16 33629700 . G A 112.38 PASS AF=0.211765;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=85;FR=.;FRO=67;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0122601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.206;QD=5.28843;RBI=0.0123918;REFB=-0.0070699;REVB=-0.00180183;RO=65;SAF=7;SAR=11;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241109;STB=0.638558;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0265734;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:65:67:18:18:0.211765:11:7:38:27:11:7:38:29 chr16 33629846 . T A 114.94 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00224859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5079;QD=8.84175;RBI=0.0453118;REFB=-0.0115409;REVB=0.0452559;RO=36;SAF=4;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476322;STB=0.775811;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0313724;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:11:4:25:11:11:4:25:12 chr16 33629950 . G T 204.36 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=38;FSRR=2;FWDB=0.000303343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.003;QD=12.5757;RBI=0.00031198;REFB=-0.00574206;REVB=7.28971e-05;RO=39;SAF=12;SAR=13;SRF=37;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506496;STB=0.782975;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0122078;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:40:25:25:0.384615:13:12:37:2:13:12:38:2 chr16 33629973 . G A 214.37 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=7;FWDB=-0.00315391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.337;QD=12.7983;RBI=0.00449816;REFB=-0.0200452;REVB=0.00320723;RO=41;SAF=11;SAR=15;SRF=34;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420071;STB=0.735944;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0220011;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:15:11:34:7:15:11:34:7 chr16 33630022 . A T 113.61 PASS AF=0.233766;AO=17;DP=76;FAO=18;FDP=77;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.000659479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.07;QD=5.90194;RBI=0.0111366;REFB=3.30341e-05;REVB=-0.011117;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367023;STB=0.502921;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.000207409;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:59:59:17:18:0.233766:7:10:33:26:8:10:33:26 chr16 33961317 . G A 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00449438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.229;QD=9.56941;RBI=0.00672403;REFB=0.000850058;REVB=0.00500131;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379089;STB=0.732738;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000664366;OID=.;OPOS=33961317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:9:6:6:2:9:6 chr16 33961327 . G T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0282968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.244;QD=7.76205;RBI=0.0286022;REFB=-0.0163365;REVB=-0.0041686;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373394;STB=0.732613;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0316711;OID=.;OPOS=33961327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:9:4:4:2:9:4 chr16 33961370 . A C 43.66 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0886464;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2306;QD=17.4652;RBI=0.0927418;REFB=-0.0332758;REVB=0.0272555;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168827;STB=0.599679;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0203539;OID=.;OPOS=33961370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:10:4:4:6:6:0.6:3:3:3:1:3:3:3:1 chr16 33961873 . G A 30.99 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.106941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.174;QD=13.7729;RBI=0.109038;REFB=-0.0297981;REVB=0.0212848;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0270778;OID=.;OPOS=33961873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:4:4:4:5:0.555556:2:2:2:2:2:3:2:2 chr16 33961880 . CA TG 41.07 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=9;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00446721;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=76.7156;QD=18.2519;RBI=0.066886;REFB=-0.0564359;REVB=-0.0667366;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571077;STBP=0.794;TYPE=mnp;VARB=0.0264896;OID=.;OPOS=33961880;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:2:3:4:4:0.444444:2:2:1:1:2:2:1:2 chr16 33962542 . T A 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0124947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1541;QD=3.89772;RBI=0.0125214;REFB=-0.00734997;REVB=-0.000816485;RO=42;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152932;STB=0.605794;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0219161;OID=.;OPOS=33962542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:3:5:21:21:3:5:21:21 chr16 33962560 . AGG ACA 398.07 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.000990496;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=147.437;QD=34.6145;RBI=0.0257101;REFB=-0.0569917;REVB=0.025691;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131425;STB=0.549961;STBP=0.38;TYPE=mnp;VARB=0.00974649;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.543478:25:46:25:46:9:10:15:2:7:62:8:10:15:1:7 chr16 33962570 . G A 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0265882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.014;QD=16.0426;RBI=0.0265974;REFB=0.00656268;REVB=0.000698015;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247031;STB=0.641712;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.0058024;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:16:10:12:7:16:10 chr16 33962619 . G A 59.42 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0460978;FXX=0.176419;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.435;QD=8.48879;RBI=0.04611;REFB=-0.0242999;REVB=0.00106257;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469121;STB=0.799314;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0271221;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:34:28:19:20:8:8:0.285714:6:2:13:6:6:2:14:6 chr16 33962641 . G T 64.37 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0229028;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9928;QD=8.58298;RBI=0.02319;REFB=-0.0193885;REVB=-0.00363831;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35593;STB=0.713877;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0507697;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:30:21:21:9:9:0.3:5:4:16:5:5:4:16:5 chr16 33962891 . A T 132.77 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0100876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.676;QD=15.1735;RBI=0.0145943;REFB=-0.00247275;REVB=-0.0105468;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131025;STB=0.575658;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0094156;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:8:12:7:8:8:12 chr16 33962907 . AGGA CAAG,CGGG,TGGG 138.14 PASS AF=0.0810811,0.135135,0.243243;AO=3,4,9;DP=38;FAO=3,5,9;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=2,2,5;FSAR=1,3,4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0132143,0.0220106,0.0114035;FXX=0.0263089;HRUN=2,2,2;LEN=4,4,4;MLLD=121.621,143.543,163.894;QD=14.9335;RBI=0.0132949,0.0333643,0.0210631;REFB=-0.000820702,-0.00839992,-0.00294686;REVB=-0.0014613,-0.0250741,-0.0177092;RO=20;SAF=2,2,5;SAR=1,2,4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.33423,0.174124,0.22771;STB=0.755241,0.542208,0.638803;STBP=0.464,0.815,0.315;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=-0.007938,0.000787976,0.0221844;OID=.,.,.;OPOS=33962907,33962907,33962907;OREF=AGGA,AGGA,AGGA;OALT=CAAG,CGGG,TGGG;OMAPALT=CAAG,CGGG,TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:73:38:37:20:20:3,4,9:3,5,9:0.0810811,0.135135,0.243243:1,2,4:2,2,5:7:13:1,3,4:2,2,5:7:13 chr16 33962918 . G A 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00173054;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.555;QD=3.07322;RBI=0.0251888;REFB=-0.00797239;REVB=-0.0251293;RO=37;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122559;STB=0.589855;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0304621;OID=.;OPOS=33962918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:4:2:16:21:4:2:16:21 chr16 33962923 . G A 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00112348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.546;QD=6.48167;RBI=0.00455429;REFB=-0.00247541;REVB=0.00441354;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279064;STB=0.675345;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00331873;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:4:6:12:21:4:6:12:21 chr16 33962930 . G T 68.9 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00198043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.712;QD=5.99149;RBI=0.0240015;REFB=-0.00297378;REVB=0.0239197;RO=36;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31658;STB=0.699635;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0267036;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:4:6:12:24:4:6:12:24 chr16 33962996 . TG CG,CT 233.87 PASS AF=0.510204,0;AO=25,5;DP=54;FAO=25,0;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=5,0;FSAR=20,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00324479,-0.00374425;FXX=0.109071;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=281.444,133.509;QD=19.0917;RBI=0.00328569,0.0128024;REFB=-0.0050901,0.00350511;REVB=-0.000516817,-0.0122426;RO=24;SAF=6,2;SAR=19,3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.26136,-0.117239;STB=0.67984,0.5;STBP=0.023,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00568219,0;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:49:24:24:25,5:25,0:0.510204,0:19,3:6,2:12:12:20,0:5,0:12:12 chr16 33963000 . T C 222.92 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00195911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.688;QD=16.5125;RBI=0.0398344;REFB=-0.00833311;REVB=0.0397862;RO=29;SAF=5;SAR=19;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313523;STB=0.684521;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00681709;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:19:5:14:15:20:5:14:15 chr16 33963003 . A G 147.82 PASS AF=0.365854;AO=11;DP=55;FAO=15;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00628986;FXX=0.254499;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.142;QD=14.4217;RBI=0.0454924;REFB=-0.0163111;REVB=0.0450555;RO=29;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363382;STB=0.713972;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0337116;OID=.;OPOS=33963003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:41:29:24:11:15:0.365854:9:2:13:16:12:3:12:12 chr16 33963015 . T C 407.77 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00798853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.288;QD=20.3883;RBI=0.0239934;REFB=-0.019152;REVB=0.0226244;RO=38;SAF=10;SAR=31;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185302;STB=0.612231;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0126892;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:39:41:41:0.5125:31:10:16:22:31:10:17:22 chr16 33963020 . C A 795.69 PASS AF=0.680412;AO=56;DP=88;FAO=66;FDP=97;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00931341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.284;QD=32.8118;RBI=0.0165246;REFB=-0.0278651;REVB=0.01365;RO=31;SAF=16;SAR=40;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125257;STB=0.560516;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0147723;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:97:31:31:56:66:0.680412:40:16:14:17:47:19:14:17 chr16 33963046 . T C 4460.08 PASS AF=0.902017;AO=286;DP=320;FAO=313;FDP=347;FR=.;FRO=34;FSAF=136;FSAR=177;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00829679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.04;QD=51.413;RBI=0.0702546;REFB=-0.0180327;REVB=0.069763;RO=33;SAF=135;SAR=151;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344473;STB=0.500665;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.003452;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:347:33:34:286:313:0.902017:151:135:15:18:177:136:15:19 chr16 33963086 . A G 6094.39 PASS AF=0.940092;AO=408;DP=434;FAO=408;FDP=434;FR=.;FRO=26;FSAF=161;FSAR=247;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0471733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5689;QD=56.1695;RBI=0.0494218;REFB=-0.0339325;REVB=0.0147376;RO=23;SAF=161;SAR=247;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000351387;STB=0.500627;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0109023;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:434:434:23:26:408:408:0.940092:247:161:9:14:247:161:10:16 chr16 33963106 . T C 6219.08 PASS AF=0.978261;AO=402;DP=413;FAO=405;FDP=414;FR=.;FRO=9;FSAF=159;FSAR=246;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0209261;FXX=0.00480758;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.996;QD=60.0877;RBI=0.0271379;REFB=-0.0901577;REVB=0.017279;RO=8;SAF=159;SAR=243;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00406266;STB=0.503708;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=1.96962e-05;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:413:414:8:9:402:405:0.978261:243:159:4:4:246:159:5:4 chr16 33963108 . A G 5996.85 PASS AF=0.963592;AO=393;DP=409;FAO=397;FDP=412;FR=.;FRO=15;FSAF=157;FSAR=240;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00589903;FXX=0.0048308;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.398;QD=58.2218;RBI=0.0068358;REFB=-0.00880049;REVB=-0.00345393;RO=14;SAF=156;SAR=237;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00216462;STB=0.500173;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.000114667;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:409:412:14:15:393:397:0.963592:237:156:6:8:240:157:6:9 chr16 33963175 . C G 5455.63 PASS AF=1;AO=342;DP=347;FAO=345;FDP=345;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=198;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211883;FXX=0.0142853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.938;QD=63.2537;RBI=0.0216368;REFB=-0.00985862;REVB=-0.00438249;RO=4;SAF=145;SAR=197;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00735132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15822e-05;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:347:345:4:0:342:345:1:197:145:3:1:198:147:0:0 chr16 33963202 . A G 2835.21 PASS AF=1;AO=180;DP=181;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122404;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.721;QD=62.3124;RBI=0.0159165;REFB=-0.0202656;REVB=0.0101738;RO=1;SAF=70;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675239;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010959;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:182:1:0:180:182:1:110:70:1:0:110:72:0:0 chr16 33963210 . AT GC 1806.07 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=123;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108648;FXX=0.0479962;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.804;QD=60.7082;RBI=0.010877;REFB=-0.0690386;REVB=0.000514984;RO=1;SAF=43;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109162;STB=0.505746;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.000628897;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:119:1:1:117:118:0.991597:74:43:1:0:75:43:1:0 chr16 33963224 . T C 1239.82 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0163023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2548;QD=57.6658;RBI=0.0243039;REFB=0.00515125;REVB=-0.0180254;RO=1;SAF=40;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116923;STB=0.517643;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.000237563;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:86:1:3:82:83:0.965116:42:40:1:0:42:41:3:0 chr16 33963248 . T C 1148.87 PASS AF=0.909091;AO=80;DP=88;FAO=80;FDP=88;FR=.;FRO=8;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00690736;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.926;QD=52.2213;RBI=0.032872;REFB=-0.00845343;REVB=0.0321381;RO=8;SAF=42;SAR=38;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387735;STB=0.520543;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00106894;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:8:8:80:80:0.909091:38:42:6:2:38:42:6:2 chr16 33963279 . T C 1307.63 PASS AF=0.90566;AO=99;DP=106;FAO=96;FDP=106;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0134273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8097;QD=49.3446;RBI=0.015117;REFB=0.00927788;REVB=0.00694493;RO=7;SAF=50;SAR=49;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829677;STB=0.519839;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00187792;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:106:106:7:10:99:96:0.90566:49:50:4:3:49:47:7:3 chr16 33963283 . C CGG,G 1263.69 PASS AF=0.957895,0;AO=77,5;DP=108;FAO=91,0;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=45,0;FSAR=46,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0948463,-0.0214588;FXX=0.0594001;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=38.0383,168.87;QD=53.2082;RBI=0.107178,0.0280454;REFB=-0.0264736,0.0193105;REVB=0.0499129,0.0180572;RO=19;SAF=35,3;SAR=42,2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.123801,-0.254477;STB=0.500231,0.5;STBP=0.906,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00152722,0;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:108:95:19:4:77,5:91,0:0.957895,0:42,2:35,3:15:4:46,0:45,0:2:2 chr16 33963289 . A G 1311.4 PASS AF=0.923077;AO=91;DP=101;FAO=96;FDP=104;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00273259;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.499;QD=50.4385;RBI=0.0224282;REFB=0.0096069;REVB=0.0222611;RO=7;SAF=40;SAR=51;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180282;STB=0.512046;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.000858477;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:101:104:7:8:91:96:0.923077:51:40:4:3:51:45:5:3 chr16 33963329 . T C 1392.18 PASS AF=0.894737;AO=100;DP=112;FAO=102;FDP=114;FR=.;FRO=12;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0071185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9403;QD=48.8486;RBI=0.0223414;REFB=-0.0237302;REVB=0.021177;RO=11;SAF=52;SAR=48;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218435;STB=0.507744;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00593655;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:112:114:11:12:100:102:0.894737:48:52:7:4:50:52:7:5 chr16 33963332 . A G 1531.58 PASS AF=0.931034;AO=107;DP=116;FAO=108;FDP=116;FR=.;FRO=8;FSAF=57;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0163026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5692;QD=52.813;RBI=0.016424;REFB=-0.0278862;REVB=-0.00199295;RO=8;SAF=56;SAR=51;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308326;STB=0.501921;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0011166;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:116:116:8:8:107:108:0.931034:51:56:4:4:51:57:4:4 chr16 33963395 . AT TC 1011.0 PASS AF=0.791667;AO=69;DP=94;FAO=76;FDP=96;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0180441;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.687;QD=42.125;RBI=0.0374876;REFB=-0.022195;REVB=0.0328593;RO=20;SAF=29;SAR=40;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127708;STB=0.506171;STBP=0.824;TYPE=mnp;VARB=0.00556886;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:20:20:69:76:0.791667:40:29:9:11:44:32:9:11 chr16 33963424 . A G 557.0 PASS AF=0.671233;AO=47;DP=72;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00520373;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.491;QD=30.5204;RBI=0.00546563;REFB=-0.0238788;REVB=-0.00167162;RO=24;SAF=18;SAR=29;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00526325;STB=0.511326;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00318474;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:24:24:47:49:0.671233:29:18:9:15:29:20:9:15 chr16 33963426 . CT CC,GC 441.23 PASS AF=0.513889,0.138889;AO=35,5;DP=73;FAO=37,10;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=16,3;FSAR=21,7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00399084,0.00254037;FXX=0.0270234;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=122.822,108.102;QD=24.5126;RBI=0.0212091,0.00845376;REFB=-0.00195643,0.00540593;REVB=0.0208302,0.00806303;RO=24;SAF=15,1;SAR=20,4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0407537,-0.242876;STB=0.529975,0.548919;STBP=0.58,0.734;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00548554,0.00546048;OID=.,.;OPOS=33963427,33963426;OREF=T,CT;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:24:25:35,5:37,10:0.513889,0.138889:20,4:15,1:9:15:21,7:16,3:9:16 chr16 33963437 . T C 792.35 PASS AF=0.666667;AO=65;DP=99;FAO=66;FDP=99;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0398474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.6778;QD=32.0143;RBI=0.0407889;REFB=-0.00704956;REVB=-0.0087133;RO=34;SAF=23;SAR=42;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0086074;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:34:33:65:66:0.666667:42:23:13:21:42:24:12:21 chr16 33963445 . A G 876.85 PASS AF=0.697248;AO=76;DP=109;FAO=76;FDP=109;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00363185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0898;QD=32.1781;RBI=0.00373083;REFB=-0.0245142;REVB=-0.000853659;RO=33;SAF=29;SAR=47;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289954;STB=0.515585;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00999073;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:33:33:76:76:0.697248:47:29:11:22:47:29:11:22 chr16 33963468 . A G 107.14 PASS AF=0.159091;AO=21;DP=132;FAO=21;FDP=132;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=70;FWDB=-0.0279616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.908;QD=3.24679;RBI=0.0280059;REFB=-0.00341014;REVB=-0.00157353;RO=108;SAF=6;SAR=15;SRF=41;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133454;STB=0.580167;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0259183;OID=.;OPOS=33963468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:108:111:21:21:0.159091:15:6:41:67:15:6:41:70 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 937.13 PASS AF=0.457627,0.245763;AO=51,27;DP=119;FAO=54,29;FDP=118;FR=.;FRO=35;FSAF=19,7;FSAR=35,22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.005043,-0.00894618;FXX=0.0247913;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=182.152,118.941;QD=31.767;RBI=0.0245807,0.0296472;REFB=-0.0166663,-0.0214171;REVB=0.0240578,0.0282652;RO=32;SAF=18,6;SAR=33,21;SRF=10;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0316697,-0.115514;STB=0.516346,0.551495;STBP=0.757,0.478;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00812742,0.0101803;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:32:35:51,27:54,29:0.457627,0.245763:33,21:18,6:10:22:35,22:19,7:11:24 chr16 33963490 . T C 436.35 PASS AF=0.433628;AO=49;DP=113;FAO=49;FDP=113;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=-0.0303058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5108;QD=15.4458;RBI=0.0688491;REFB=0.0125508;REVB=0.0618204;RO=64;SAF=22;SAR=27;SRF=19;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158901;STB=0.588594;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0196041;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:64:64:49:49:0.433628:27:22:19:45:27:22:19:45 chr16 33963528 . T C 603.55 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00213348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.228;QD=29.4414;RBI=0.0211369;REFB=-0.0124608;REVB=0.021029;RO=29;SAF=23;SAR=30;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364497;STB=0.519767;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00509752;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:30:23:11:18:30:23:11:18 chr16 33963560 . C A 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0234082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.285;QD=3.1445;RBI=0.0295506;REFB=-0.00836506;REVB=-0.0180358;RO=67;SAF=3;SAR=9;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295879;STB=0.704341;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.041013;OID=.;OPOS=33963560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:9:3:32:35:9:3:32:35 chr16 33963563 . G C 258.38 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00512259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.311;QD=13.9662;RBI=0.0107895;REFB=-0.0112472;REVB=-0.00949589;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830129;STB=0.560104;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00820302;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:42:44:30:30:0.405405:14:16:19:23:14:16:19:25 chr16 33963571 . T C 220.58 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0139233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.916;QD=14.2308;RBI=0.0200507;REFB=0.00322447;REVB=0.0144282;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056658;STB=0.532233;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00582408;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:16:20:13:13:16:20 chr16 33963591 . T C 32.68 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00747956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.354;QD=2.9706;RBI=0.00763437;REFB=0.000118067;REVB=-0.00152965;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255972;STB=0.685957;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000360288;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:2:4:17:21:2:4:17:21 chr16 33963595 . A G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0219604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2463;QD=5.53959;RBI=0.0245897;REFB=-0.00260591;REVB=-0.0110632;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106122;STB=0.611963;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0154218;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:29:29:7:8:0.216216:4:3:15:14:5:3:15:14 chr16 33963597 . C T 33.89 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00947748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.247;QD=3.76501;RBI=0.0202752;REFB=-0.0124014;REVB=-0.0179237;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240096;STB=0.666112;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.046047;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:28:30:6:6:0.166667:4:2:15:13:4:2:16:14 chr16 33963605 . T C 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0114404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4411;QD=7.71676;RBI=0.0400434;REFB=0.0004455;REVB=0.0383743;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152803;STB=0.594412;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000709391;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:5:5:17:10:5:5:17:10 chr16 33963624 . T C 100.41 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0102175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.379;QD=8.03258;RBI=0.0229054;REFB=-0.00241177;REVB=-0.0205002;RO=35;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474688;STB=0.811565;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00439114;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:37:13:13:0.26:2:11:17:18:2:11:17:20 chr16 33963636 . AA GG 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000852371;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=244.965;QD=9.41527;RBI=0.00649542;REFB=-0.00188331;REVB=0.00643925;RO=34;SAF=12;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503434;STB=0.810321;STBP=0.014;TYPE=mnp;VARB=0.00369166;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:2:12:16:18:2:12:16:18 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 57.36 PASS AF=0.266667;AO=10;DP=43;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00278053;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=8;MLLD=294.428;QD=5.09895;RBI=0.0635917;REFB=-0.00438531;REVB=-0.0635308;RO=23;SAF=10;SAR=0;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.758561;STB=0.888635;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.00814351;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:10:43:12:45:33:11:1:15:18:57:23:10:0:13:10 chr16 33963678 . C T 358.54 PASS AF=0.625;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00508854;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.605;QD=29.8782;RBI=0.00509995;REFB=-0.0314792;REVB=-0.000340987;RO=16;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00296699;STB=0.51723;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00906501;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:16:18:29:30:0.625:11:18:10:6:12:18:10:8 chr16 33963708 . GT AC 88.02 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0143412;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=166.959;QD=6.90314;RBI=0.0197836;REFB=-0.000500234;REVB=0.013628;RO=37;SAF=11;SAR=1;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612219;STB=0.899637;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.00404538;OID=.;OPOS=33963708;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:51:51:37:39:12:12:0.235294:1:11:17:20:1:11:17:22 chr16 33963722 . C G 160.28 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00032567;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.02;QD=12.5706;RBI=0.0288835;REFB=-0.00692526;REVB=-0.0288816;RO=32;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107722;STB=0.562436;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0236853;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:9:10:20:12:9:10:20:12 chr16 33963732 . AG CA,CG 166.54 PASS AF=0.0555556,0.333333;AO=3,17;DP=54;FAO=3,18;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=1,9;FSAR=2,9;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0694349,-0.0075439;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=117.836,115.755;QD=12.3365;RBI=0.0700248,0.0195123;REFB=-0.00958877,-0.0239186;REVB=-0.00906941,-0.017995;RO=32;SAF=1,8;SAR=2,9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.261119,-0.13609;STB=0.735394,0.568553;STBP=0.496,0.499;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00533445,0.0210331;OID=.,.;OPOS=33963732,33963732;OREF=AG,A;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:54:32:33:3,17:3,18:0.0555556,0.333333:2,9:1,8:19:13:2,9:1,9:20:13 chr16 33963737 . GC AT 221.68 PASS AF=0.367347;AO=16;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0153193;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.521;QD=18.0959;RBI=0.0160129;REFB=-0.0118495;REVB=-0.00466177;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23249;STB=0.627774;STBP=0.19;TYPE=mnp;VARB=0.00315002;OID=.;OPOS=33963737;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:25:25:16:18:0.367347:8:8:18:7:9:9:18:7 chr16 33963758 . T C 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00532731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.053;QD=5.22794;RBI=0.0135546;REFB=-0.00562003;REVB=-0.0124639;RO=46;SAF=10;SAR=2;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404626;STB=0.766174;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0246352;OID=.;OPOS=33963758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:2:10:25:21:2:10:25:21 chr16 33963783 . G C,T 541.89 PASS AF=0.220339,0.576271;AO=13,34;DP=59;FAO=13,34;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=3,19;FSAR=10,15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00310299,0.00388384;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=159.159,208.996;QD=36.7384;RBI=0.00366069,0.0198511;REFB=-0.0242858,-0.010201;REVB=-0.00194219,-0.0194675;RO=12;SAF=3,19;SAR=10,15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.262554,0.0285757;STB=0.65192,0.515495;STBP=0.14,0.746;TYPE=snp,snp;VARB=0.0122285,0.00114576;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:59:59:12:12:13,34:13,34:0.220339,0.576271:10,15:3,19:6:6:10,15:3,19:6:6 chr16 33963788 . A C 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.000631802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.955;QD=2.3147;RBI=0.0272517;REFB=-0.000425875;REVB=-0.0272443;RO=59;SAF=5;SAR=3;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235984;STB=0.672312;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00178967;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:59:59:8:8:0.119403:3:5:25:34:3:5:25:34 chr16 33963809 . G C 759.5 PASS AF=0.769231;AO=60;DP=80;FAO=60;FDP=78;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0102836;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5144;QD=38.9485;RBI=0.0847026;REFB=-0.0408505;REVB=0.0840761;RO=17;SAF=17;SAR=43;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169368;STB=0.586143;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0182206;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:17:18:60:60:0.769231:43:17:11:6:43:17:11:7 chr16 33963816 . TG GA 392.04 PASS AF=0.476744;AO=40;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.00299912;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.761;QD=18.2342;RBI=0.00432264;REFB=-0.0251447;REVB=0.00311295;RO=45;SAF=5;SAR=35;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529546;STB=0.802128;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0420955;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:40:41:0.476744:35:5:26:19:36:5:26:19 chr16 33963822 . A G 635.91 PASS AF=0.563636;AO=62;DP=111;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=56;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0326346;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.182;QD=23.124;RBI=0.0458984;REFB=-0.00746963;REVB=-0.0322746;RO=48;SAF=6;SAR=56;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549921;STB=0.806657;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0048551;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:48:48:62:62:0.563636:56:6:28:20:56:6:28:20 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 1260.71 PASS AF=0.621118,0.0745342;AO=97,12;DP=161;FAO=100,12;FDP=161;FR=.;FRO=49;FSAF=21,12;FSAR=79,0;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0146733,-0.0189552;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=193.71,102.698;QD=31.322;RBI=0.0170854,0.0318982;REFB=-0.02209,-0.000345159;REVB=0.00875244,-0.0256554;RO=51;SAF=20,12;SAR=77,0;SRF=29;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.286994,0.715443;STB=0.655133,0.998881;STBP=0,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00945301,-0.0440914;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:51:49:97,12:100,12:0.621118,0.0745342:77,0:20,12:29:22:79,0:21,12:29:20 chr16 33963855 . T C 3822.67 PASS AF=0.848485;AO=278;DP=330;FAO=280;FDP=330;FR=.;FRO=50;FSAF=92;FSAR=188;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.013954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8754;QD=46.3354;RBI=0.0854137;REFB=-0.0260877;REVB=0.0842662;RO=50;SAF=92;SAR=186;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909943;STB=0.548374;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0041756;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:330:330:50:50:278:280:0.848485:186:92:31:19:188:92:31:19 chr16 33963875 . A G 6748.83 PASS AF=0.967391;AO=432;DP=448;FAO=445;FDP=460;FR=.;FRO=15;FSAF=183;FSAR=262;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00968798;FXX=0.00432891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1967;QD=58.6855;RBI=0.098178;REFB=0.0618417;REVB=-0.0976988;RO=15;SAF=177;SAR=255;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000643152;STB=0.500378;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00325476;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:448:460:15:15:432:445:0.967391:255:177:6:9:262:183:6:9 chr16 33963881 . C G 6192.83 PASS AF=0.883673;AO=432;DP=493;FAO=433;FDP=490;FR=.;FRO=57;FSAF=179;FSAR=254;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00448147;FXX=0.00608507;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.701;QD=50.5537;RBI=0.0417931;REFB=0.0147984;REVB=-0.0415522;RO=56;SAF=178;SAR=254;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316318;STB=0.515561;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0015866;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:493:490:56:57:432:433:0.883673:254:178:31:25:254:179:31:26 chr16 33963912 . T C 8489.24 PASS AF=0.949239;AO=560;DP=591;FAO=561;FDP=591;FR=.;FRO=30;FSAF=253;FSAR=308;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0100365;FXX=0.00168916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.014;QD=57.4568;RBI=0.0197752;REFB=-0.0475943;REVB=0.017039;RO=26;SAF=253;SAR=307;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172214;STB=0.505922;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00139163;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:591:591:26:30:560:561:0.949239:307:253:17:9:308:253:17:13 chr16 33963961 . C G 8473.56 PASS AF=0.940594;AO=570;DP=612;FAO=570;FDP=606;FR=.;FRO=36;FSAF=231;FSAR=339;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0630494;FXX=0.00980376;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.501;QD=55.9311;RBI=0.0633126;REFB=-0.0628428;REVB=-0.00576671;RO=32;SAF=231;SAR=339;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022979;STB=0.512623;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00310111;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:612:606:32:36:570:570:0.940594:339:231:20:12:339:231:22:14 chr16 33963975 . A G 7572.87 PASS AF=0.904844;AO=523;DP=579;FAO=523;FDP=578;FR=.;FRO=55;FSAF=214;FSAR=309;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0127858;FXX=0.00172709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.667;QD=52.4074;RBI=0.0145967;REFB=-0.0155195;REVB=0.00704171;RO=54;SAF=214;SAR=309;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234217;STB=0.513344;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0010042;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:579:578:54:55:523:523:0.904844:309:214:29:25:309:214:30:25 chr16 33963991 . A G 7272.93 PASS AF=0.937023;AO=488;DP=525;FAO=491;FDP=524;FR=.;FRO=33;FSAF=207;FSAR=284;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0383248;FXX=0.00569249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.83;QD=55.5186;RBI=0.0383517;REFB=-0.0436563;REVB=0.00143627;RO=32;SAF=205;SAR=283;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208119;STB=0.509923;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00309603;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:525:524:32:33:488:491:0.937023:283:205:19:13:284:207:19:14 chr16 33964017 . A G 5297.82 PASS AF=0.921717;AO=338;DP=373;FAO=365;FDP=396;FR=.;FRO=31;FSAF=151;FSAR=214;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0121493;FXX=0.00251883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2879;QD=53.5134;RBI=0.014357;REFB=-0.0182478;REVB=0.00764981;RO=30;SAF=138;SAR=200;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030561;STB=0.515984;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00129978;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:373:396:30:31:338:365:0.921717:200:138:18:12:214:151:19:12 chr16 33964048 . G A 60.12 PASS AF=0.0797101;AO=22;DP=276;FAO=22;FDP=276;FR=.;FRO=254;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=92;FSRR=162;FWDB=-0.00768924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5031;QD=0.871343;RBI=0.00776203;REFB=-0.0022904;REVB=-0.00106049;RO=254;SAF=12;SAR=10;SRF=92;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211719;STB=0.664811;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0122629;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:276:276:254:254:22:22:0.0797101:10:12:92:162:10:12:92:162 chr16 33964050 . G A 65.37 PASS AF=0.0855019;AO=23;DP=269;FAO=23;FDP=269;FR=.;FRO=246;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=161;FWDB=-0.0107844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.517;QD=0.972108;RBI=0.0135162;REFB=-0.00135858;REVB=-0.00814771;RO=246;SAF=13;SAR=10;SRF=85;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257417;STB=0.693886;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0467301;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:269:269:246:246:23:23:0.0855019:10:13:85:161:10:13:85:161 chr16 33964062 . C T 53.77 PASS AF=0.0867347;AO=17;DP=196;FAO=17;FDP=196;FR=.;FRO=179;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=143;FWDB=-0.0377682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.916;QD=1.09725;RBI=0.0382185;REFB=-0.0075181;REVB=0.0058492;RO=179;SAF=5;SAR=12;SRF=36;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149118;STB=0.611567;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0535026;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:196:196:179:179:17:17:0.0867347:12:5:36:143:12:5:36:143 chr16 33964064 . T C 1833.26 PASS AF=0.757895;AO=137;DP=191;FAO=144;FDP=190;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=126;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0188577;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.123;QD=38.5949;RBI=0.0201469;REFB=-0.0121755;REVB=0.00709138;RO=44;SAF=17;SAR=120;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296305;STB=0.651138;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00407612;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:190:44:46:137:144:0.757895:120:17:22:22:126:18:22:24 chr16 33964070 . AG GC 1540.19 PASS AF=0.72;AO=125;DP=177;FAO=126;FDP=175;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=110;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00551601;FXX=0.016853;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.359;QD=35.2044;RBI=0.0073502;REFB=-0.0404981;REVB=0.00485788;RO=47;SAF=16;SAR=109;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293939;STB=0.66344;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0142715;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:175:47:49:125:126:0.72:109:16:22:25:110:16:23:26 chr16 33964082 . T C 1408.54 PASS AF=0.717791;AO=116;DP=164;FAO=117;FDP=163;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=100;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0076325;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.192;QD=34.5654;RBI=0.00766146;REFB=0.00150066;REVB=-0.000665496;RO=44;SAF=17;SAR=99;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206018;STB=0.625084;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00114463;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:163:44:46:116:117:0.717791:99:17:17:27:100:17:19:27 chr16 33964091 . T C 1963.9 PASS AF=0.931034;AO=119;DP=130;FAO=135;FDP=145;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=104;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0730477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.782;QD=54.1765;RBI=0.0735885;REFB=-0.0320232;REVB=0.00890563;RO=10;SAF=19;SAR=100;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626308;STB=0.51631;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00207314;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:130:145:10:10:119:135:0.931034:100:19:4:6:104:31:4:6 chr16 33964108 . G C 679.42 PASS AF=0.59633;AO=64;DP=107;FAO=65;FDP=109;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=47;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0352282;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.001;QD=24.933;RBI=0.041482;REFB=-0.0418867;REVB=0.0219026;RO=43;SAF=17;SAR=47;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754869;STB=0.531336;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0152951;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:43:44:64:65:0.59633:47:17:15:28:47:18:15:29 chr16 33964119 . A G 30.32 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=58;FWDB=-0.015989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.491;QD=1.31841;RBI=0.0163772;REFB=-0.000468582;REVB=0.00354462;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729837;STB=0.565712;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00899899;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:82:84:8:8:0.0869565:5:3:26:56:5:3:26:58 chr16 33964134 . G C 355.12 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0181583;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.141;QD=18.6906;RBI=0.0182731;REFB=-0.000538958;REVB=0.00204463;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331783;STB=0.518508;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00183426;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:39:39:37:37:0.486842:24:13:15:24:24:13:15:24 chr16 33964143 . T C 253.38 PASS AF=0.432836;AO=30;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0448614;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7297;QD=15.127;RBI=0.0640471;REFB=-0.0300326;REVB=-0.0457109;RO=36;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010932;STB=0.50052;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0263342;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:38:30:29:0.432836:17:13:16:20:16:13:17:21 chr16 33964153 . G T 53.4 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00945107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.795;QD=3.2362;RBI=0.0103342;REFB=-0.000969604;REVB=-0.00417997;RO=55;SAF=4;SAR=6;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458916;STB=0.540291;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0046328;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:55:56:10:10:0.151515:6:4:24:31:6:4:25:31 chr16 33964154 . C T 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0342563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.592;QD=9.66826;RBI=0.0347639;REFB=-0.00588101;REVB=0.00591902;RO=41;SAF=10;SAR=11;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421495;STB=0.530163;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0161464;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:44:21:21:0.323077:11:10:18:23:11:10:19:25 chr16 33964168 . G A 104.06 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=57;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0202913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.08;QD=7.30255;RBI=0.0204885;REFB=-0.00509398;REVB=-0.00283588;RO=42;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097069;STB=0.559362;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0119874;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:42:42:15:15:0.263158:7:8:19:23:7:8:19:23 chr16 33964196 . T C 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.020611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.422;QD=5.37246;RBI=0.0208696;REFB=-0.00206709;REVB=-0.0032754;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400657;STB=0.52625;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0100214;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:4:4:16:14:4:4:16:14 chr16 33964202 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00970805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.681;QD=17.56;RBI=0.0235695;REFB=-0.0140025;REVB=-0.0214774;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845838;STB=0.548333;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0176638;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:7:11:11:10:7:11:11:10 chr16 33964204 . T G 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00641675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.468;QD=8.37013;RBI=0.0144998;REFB=0.00416794;REVB=0.0130027;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121025;STB=0.574741;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0258714;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:15:13:4:7:15:13 chr16 33964237 . CT CG,TG 65.81 PASS AF=0.184211,0.0789474;AO=7,3;DP=38;FAO=7,3;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=4,2;FSAR=3,1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00146885,0.00253522;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=162.676,225.813;QD=6.92746;RBI=0.0111238,0.00630138;REFB=-0.00734131,-0.00543612;REVB=-0.0110264,-0.00576888;RO=27;SAF=4,2;SAR=3,1;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0721704,0.0423382;STB=0.559158,0.523649;STBP=0.749,0.959;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0163129,0.034491;OID=.,.;OPOS=33964238,33964237;OREF=T,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:38:38:27:28:7,3:7,3:0.184211,0.0789474:3,1:4,2:17:10:3,1:4,2:18:10 chr16 33964242 . CA CG,GG 57.14 PASS AF=0.0810811,0.162162;AO=3,5;DP=37;FAO=3,6;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=1,5;FSAR=2,1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0204849,-0.0138552;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=110.283,196.966;QD=6.17717;RBI=0.0545751,0.0159008;REFB=-0.00747851,-0.00610633;REVB=-0.0505846,-0.00780172;RO=28;SAF=1,4;SAR=2,1;SRF=18;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.316258,0.22113;STB=0.758476,0.704347;STBP=0.486,0.334;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0024738,0.0375416;OID=.,.;OPOS=33964243,33964242;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:37:37:28:28:3,5:3,6:0.0810811,0.162162:2,1:1,4:18:10:2,1:1,5:18:10 chr16 33965449 . G C 229.73 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.0139701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2233;QD=10.0978;RBI=0.0525659;REFB=-0.00172552;REVB=0.0506756;RO=62;SAF=14;SAR=15;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093252;STB=0.554419;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00471365;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:15:14:25:37:15:14:25:37 chr16 33965456 . T C 407.89 PASS AF=0.456522;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=92;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0170881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0671;QD=17.7345;RBI=0.0201361;REFB=-0.00417744;REVB=0.0106517;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659822;STB=0.530683;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00601025;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:50:42:42:0.456522:22:20:20:29:22:20:21:29 chr16 33965459 . C T 230.59 PASS AF=0.315217;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00492724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9157;QD=10.0256;RBI=0.0318372;REFB=-0.00371866;REVB=-0.0314536;RO=62;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552712;STB=0.537221;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00850393;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:62:63:29:29:0.315217:15:14:27:35:15:14:27:36 chr16 33965460 . G A 57.53 PASS AF=0.130435;AO=13;DP=93;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0111567;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.035;QD=2.50131;RBI=0.0113124;REFB=-0.00580959;REVB=0.00186997;RO=80;SAF=6;SAR=7;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030121;STB=0.554258;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0479919;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:93:92:80:80:13:12:0.130435:7:6:35:45:6:6:35:45 chr16 33965482 . GA G 76.18 PASS AF=0.162791;AO=13;DP=85;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0243673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.482;QD=3.54307;RBI=0.0245916;REFB=-0.0122922;REVB=-0.00331333;RO=72;SAF=5;SAR=8;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144705;STB=0.621037;STBP=0.36;TYPE=del;VARB=0.0588967;OID=.;OPOS=33965483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.162791:13:85:14:86:72:5:9:36:36:76:72:5:8:36:36 chr16 33965489 . A T 99.38 PASS AF=0.186813;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=0.0365785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9771;QD=4.36852;RBI=0.0424354;REFB=-0.00909047;REVB=0.0215123;RO=73;SAF=5;SAR=12;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194022;STB=0.632292;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0480486;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:73:74:17:17:0.186813:12:5:32:41:12:5:33:41 chr16 33965493 . T C 92.37 PASS AF=0.183908;AO=16;DP=87;FAO=16;FDP=87;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.0014346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6194;QD=4.24684;RBI=0.00616882;REFB=-0.0320497;REVB=-0.00599969;RO=71;SAF=5;SAR=11;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216242;STB=0.641074;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0786603;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:87:87:71:71:16:16:0.183908:11:5:34:37:11:5:34:37 chr16 33965496 . A T 84.17 PASS AF=0.172414;AO=16;DP=87;FAO=15;FDP=87;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0212919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.054;QD=3.86989;RBI=0.0275429;REFB=-0.0159413;REVB=-0.017472;RO=70;SAF=4;SAR=12;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311266;STB=0.690557;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0932677;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:87:87:70:72:16:15:0.172414:12:4:34:36:11:4:35:37 chr16 33965505 . C T 94.38 PASS AF=0.192771;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00296147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.536;QD=4.54839;RBI=0.0451884;REFB=-0.00936268;REVB=-0.0450912;RO=67;SAF=5;SAR=11;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249272;STB=0.660812;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.050979;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:83:83:67:67:16:16:0.192771:11:5:34:33:11:5:34:33 chr16 33965507 . G C 291.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.00197421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.183;QD=14.3909;RBI=0.0137917;REFB=-0.023036;REVB=-0.0136497;RO=48;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102598;STB=0.558174;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0416164;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:16:17:20:28:16:17:20:28 chr16 33965533 . A C 450.63 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00179219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2474;QD=24.6922;RBI=0.00780735;REFB=-0.0221729;REVB=-0.00759886;RO=29;SAF=20;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038072;STB=0.52698;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0225318;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:30:43:43:0.589041:23:20:12:17:23:20:12:18 chr16 33965537 . CA CG,TG 397.9 PASS AF=0.393939,0.212121;AO=25,14;DP=64;FAO=26,14;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=12,7;FSAR=14,7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00147187,0.00843173;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=114.683,114.826;QD=24.1148;RBI=0.0292707,0.0427361;REFB=0.00188444,-0.00127845;REVB=-0.0292337,-0.0418961;RO=23;SAF=12,7;SAR=13,7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00149175,0.0229769;STB=0.519388,0.549929;STBP=0.824,0.676;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0149289,0.0365214;OID=.,.;OPOS=33965538,33965537;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:23:26:25,14:26,14:0.393939,0.212121:13,7:12,7:11:12:14,7:12,7:11:15 chr16 33965539 . G GC 43.94 PASS AF=0.3;AO=14;DP=63;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00971918;FXX=0.206316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2237;QD=3.51487;RBI=0.0132229;REFB=-0.0773269;REVB=-0.00896564;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138651;STB=0.513351;STBP=0.951;TYPE=ins;VARB=0.101423;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:14:63:15:50:35:8:7:18:17:43:48:8:6:22:26 chr16 33965542 . C T 69.56 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=65;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0189798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.241;QD=4.28032;RBI=0.0360991;REFB=0.00461672;REVB=-0.0307068;RO=48;SAF=4;SAR=8;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209876;STB=0.631355;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0316369;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:65:65:48:53:12:12:0.184615:8:4:24:24:8:4:26:27 chr16 33965554 . A G 258.54 PASS AF=0.326923;AO=6;DP=46;FAO=17;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=0.00400518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.691;QD=19.8873;RBI=0.00576065;REFB=-0.0024539;REVB=-0.00414048;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544824;STB=0.727066;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0489354;OID=.;OPOS=33965554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:52:16:19:6:17:0.326923:5:1:0:16:9:8:1:18 chr16 33965560 . TT AC,AT 310.83 PASS AF=0.333333,0.270833;AO=15,13;DP=48;FAO=16,13;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=8,6;FSAR=8,7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0329301,-0.0182594;FXX=0.020404;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=210.13,226.44;QD=25.9022;RBI=0.0336423,0.0193638;REFB=-0.0235624,-0.0266621;REVB=0.00688564,0.00644608;RO=19;SAF=8,6;SAR=7,7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00681493,-0.0656314;STB=0.514268,0.538402;STBP=0.923,0.751;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0220313,0.0217674;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:15,13:16,13:0.333333,0.270833:7,7:8,6:10:9:8,7:8,6:10:9 chr16 46565019 . T G 400.27 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00557175;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.983;QD=53.3687;RBI=0.00593717;REFB=-0.0295519;REVB=-0.00205073;RO=1;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216718;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000170921;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:21:8:0:1:21:8:0:1 chr16 46590024 . T C 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0341;QD=60.971;RBI=0.074403;REFB=0;REVB=-0.073351;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00143382;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr16 46655210 . A C,G 490.9 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=2,32;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310211,0.0188666;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=67.3627,110.161;QD=57.7532;RBI=0.0316526,0.0334445;REFB=0,0;REVB=0.00629127,0.0276149;RO=0;SAF=0,19;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120488,0.00121468;OID=.,.;OPOS=46655210,46655210;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:34:34:0:0:2,32:1,33:0.0294118,0.970588:2,13:0,19:0:0:1,14:0,19:0:0 chr16 46696284 . G A 562.33 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014924;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.465;QD=60.7925;RBI=0.0212243;REFB=0;REVB=0.0150912;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321939;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:23:14:0:0 chr16 46773999 . C A 263.23 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0519758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7318;QD=26.3228;RBI=0.0535649;REFB=-0.0146555;REVB=0.0129506;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0118009;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:12:12:8:8:12:12:8:8 chr16 47486705 . CA AC,C 129.43 PASS AF=0,0.736842;AO=2,22;DP=39;FAO=0,28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=0,13;FSAR=0,15;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.122059,-0.118186;FXX=0.0256345;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=61.9364,9.23715;QD=13.6243;RBI=0.123265,0.199873;REFB=-0.0177373,-0.0594636;REVB=0.0172023,0.161187;RO=12;SAF=2,10;SAR=0,12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0.469697;SSSB=0.773311,0.247053;STB=0.5,0.597635;STBP=1,0.054;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.141301;OID=.,.;OPOS=47486705,47486706;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:39:38:12:10:2,22:0,28:0,0.736842:0,12:2,10:1:11:0,15:0,13:1:9 chr16 48122582 . G A 974.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0759896;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9625;QD=59.056;RBI=0.0860685;REFB=0;REVB=0.0404149;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561167;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr16 48234327 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.020477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.209;QD=9.1886;RBI=0.028993;REFB=-0.0150977;REVB=0.0205253;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144506;STB=0.572733;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0253198;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:5:6:10:14:5:6:11:14 chr16 48258198 . C T 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0127189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.198;QD=31.5147;RBI=0.0145009;REFB=-0.0182864;REVB=0.00696459;RO=10;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332008;STB=0.682506;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00944144;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:7:16:1:9:7:16:1:9 chr16 48575878 . G A 200.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0982939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.511;QD=20.5986;RBI=0.100007;REFB=-0.00876171;REVB=0.0184336;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112613;STB=0.56362;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00790977;OID=.;OPOS=48575878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:9:10:13:7:9:10 chr16 49670390 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0129461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.421;QD=13.4417;RBI=0.0173937;REFB=-0.0191731;REVB=-0.0116163;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0235291;OID=.;OPOS=49670390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:3:7:7:5:3:7:8:5 chr16 49672520 . A G 79.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0916448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0865;QD=15.8764;RBI=0.10364;REFB=-0.0131726;REVB=-0.0483993;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873356;STB=0.550917;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00229846;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:5:5:6:4:5:5 chr16 50059279 . C A 277.17 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0136273;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.499;QD=42.6419;RBI=0.0177685;REFB=0.00842869;REVB=0.0114025;RO=1;SAF=4;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10217;STB=0.599907;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000245165;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:1:2:22:24:0.923077:18:4:1:0:20:4:2:0 chr16 50069772 . A G 1026.08 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.2;QD=59.483;RBI=0.028881;REFB=0;REVB=-0.0250236;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.9388e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG 106.08 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0267195;FXX=0.0951928;HRUN=3;LEN=5;MLLD=267.901;QD=22.3333;RBI=0.0305193;REFB=-0.0117777;REVB=-0.0147479;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.63612;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.00383072;OID=.;OPOS=50071012;OREF=-;OALT=TTTAG;OMAPALT=CTTTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.631579:11:21:12:19:7:3:9:4:3:48:7:3:8:4:3 chr16 50263762 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.893;QD=40.763;RBI=0.0460145;REFB=0;REVB=0.045343;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637323;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr16 50265818 . C T 245.77 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8968;QD=49.1541;RBI=0.105059;REFB=0;REVB=-0.076925;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010909;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:1:0:18:20:1:9:9:1:0:9:11:0:0 chr16 50326661 . A G 866.6 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0920655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.778;QD=55.0222;RBI=0.0968855;REFB=-0.149562;REVB=0.0301785;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185022;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00251985;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:60:62:0.984127:35:25:1:0:35:27:0:1 chr16 50368663 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00350918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.495;QD=15.8827;RBI=0.0067855;REFB=-0.0267205;REVB=-0.00580764;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916023;STB=0.553088;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0209154;OID=.;OPOS=50368663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:7:3:4:6:7:3 chr16 50642201 . G C 785.41 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1973;QD=64.1147;RBI=0.0234919;REFB=0;REVB=0.0104215;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403442;OID=.;OPOS=50642201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr16 50667141 . C G 204.32 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=32;FAO=20;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0530509;FXX=0.0624805;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.3111;QD=27.2421;RBI=0.0769871;REFB=-0.104358;REVB=0.0557908;RO=5;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299345;STB=0.69213;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0468901;OID=.;OPOS=50667141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:32:30:5:10:14:20:0.666667:5:9:0:5:8:12:0:10 chr16 50701903 . C T 129.74 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0445644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.697;QD=12.3559;RBI=0.0452056;REFB=-0.0333297;REVB=0.00758679;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555343;STB=0.509541;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0625367;OID=.;OPOS=50701903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:27:15:15:0.357143:7:8:14:12:7:8:14:13 chr16 50783956 . G A,GA 39.55 PASS AF=0,0.391304;AO=4,6;DP=23;FAO=0,9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=0,5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00902284,0.108898;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=210.876,12.7758;QD=6.87839;RBI=0.0362912,0.274633;REFB=0.00766081,-0.0701213;REVB=-0.0351517,-0.252121;RO=13;SAF=0,4;SAR=4,2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736642,-0.0316032;STB=0.5,0.618791;STBP=1,0.372;TYPE=snp,ins;VARB=0.0446795,0.0454286;OID=.,.;OPOS=50783956,50783957;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:23:23:13:14:4,6:0,9:0,0.391304:4,2:0,4:9:4:0,5:0,4:9:5 chr16 51171175 . C T 972.49 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2525;QD=58.9388;RBI=0.064408;REFB=0;REVB=-0.0639355;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357055;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr16 51173559 . G A 139.48 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0155526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.804;QD=12.3985;RBI=0.0530399;REFB=-0.00510904;REVB=0.0507084;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499272;STB=0.529375;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0102451;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:15:14:7:9:15:14 chr16 51175324 . G A 65.76 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00462325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6353;QD=11.4363;RBI=0.0867299;REFB=-0.0311156;REVB=0.0866066;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145537;STB=0.586031;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0537272;OID=.;OPOS=51175324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:11:3:3:6:11:3 chr16 51705448 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.371;QD=53.9112;RBI=0.0346873;REFB=0;REVB=-0.0313782;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147758;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 99.25 PASS AF=0.288889;AO=11;DP=47;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00260754;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=262.673;QD=8.82193;RBI=0.0170952;REFB=0.00182594;REVB=-0.0168951;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205287;STB=0.516104;STBP=0.924;TYPE=ins;VARB=-0.00562686;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288889:11:47:13:45:32:5:8:13:19:99:32:5:6:14:18 chr16 52478206 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00548259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.549;QD=18.6371;RBI=0.00576871;REFB=-0.0233823;REVB=0.00179419;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269789;STB=0.652492;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0229262;OID=.;OPOS=52478206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:12:4:9:7:12:4 chr16 52478215 . C T 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00437694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.018;QD=21.7442;RBI=0.00742226;REFB=-0.0173074;REVB=0.00599436;RO=16;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262645;STB=0.64691;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0228017;OID=.;OPOS=52478215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:11:8:12:4:11:8:12:4 chr16 53242291 . AGG AGA,AG 122.6 PASS AF=0.131579,0.394737;AO=4,12;DP=37;FAO=5,15;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=5,13;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0150418,0.113271;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=204.378,15.5182;QD=12.9056;RBI=0.115893,0.189157;REFB=-0.00188895,-0.0530122;REVB=-0.114913,-0.151493;RO=18;SAF=0,1;SAR=4,11;SRF=17;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.83306,-0.772239;STB=0.998955,0.897715;STBP=0,0;TYPE=snp,del;VARB=0.155914,-0.0540511;OID=.,.;OPOS=53242293,53242292;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.131579,0.394737:4,12:37:5,15:38:18:0,2:5,13:17:1:81:18:0,1:4,11:17:1 chr16 53283966 . G A 346.22 PASS AF=0.690476;AO=25;DP=38;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0370094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.725;QD=32.9733;RBI=0.0505777;REFB=-0.0393505;REVB=0.0344733;RO=13;SAF=6;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114542;STB=0.556921;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.013695;OID=.;OPOS=53283966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:13:13:25:29:0.690476:19:6:5:8:22:7:5:8 chr16 53325691 . G A 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0519492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.664;QD=6.9293;RBI=0.0580713;REFB=-0.0178208;REVB=-0.0259529;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187526;STB=0.618673;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0479285;OID=.;OPOS=53325691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:10:5:3:3:10:5 chr16 53326860 . G A 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0450433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.284;QD=14.7923;RBI=0.107208;REFB=-0.00711221;REVB=-0.0972864;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706959;OID=.;OPOS=53326860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:8:10:15:11:8:10:15:12 chr16 53341748 . T G 280.59 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0039481;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6596;QD=25.5077;RBI=0.0431415;REFB=-0.0179805;REVB=0.0429604;RO=17;SAF=3;SAR=21;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288551;STB=0.63624;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0169443;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:19:24:25:0.568182:21:3:6:11:21:4:7:12 chr16 53358439 . A G 113.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00774814;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8242;QD=16.2046;RBI=0.0234032;REFB=-0.00953483;REVB=0.0220834;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159492;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0176074;OID=.;OPOS=53358439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:9:4:7:8:9:4:7:8 chr16 53371463 . A G 112.84 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.090162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3881;QD=17.3604;RBI=0.139428;REFB=-0.0311902;REVB=-0.106353;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0304363;OID=.;OPOS=53371463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr16 53396356 . T C 745.52 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2535;QD=63.4484;RBI=0.0332716;REFB=0;REVB=0.03037;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617083;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:15:30:0:0:16:31:0:0 chr16 53404203 . C A 483.17 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4086;QD=58.5656;RBI=0.0245534;REFB=0;REVB=0.0048345;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363807;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:21:11:0:1:22:11:0:0 chr16 53503934 . G A 253.32 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00486941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.286;QD=24.7141;RBI=0.0288856;REFB=-0.00233869;REVB=0.0284722;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15186;STB=0.589986;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00628452;OID=.;OPOS=53503934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:14:9:10:7:15:9:10:7 chr16 53504721 . T C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0168718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.666;QD=19.9924;RBI=0.016947;REFB=0.0271378;REVB=-0.00159445;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609466;STB=0.534382;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=-0.00847996;OID=.;OPOS=53504721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:11:12:10:12:11:12 chr16 53513055 . T C 188.5 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0866112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0138;QD=29.0005;RBI=0.110544;REFB=0.0149372;REVB=0.0686905;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025751;STB=0.51427;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.00176572;OID=.;OPOS=53513055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:8:8:18:18:0.692308:12:6:3:5:12:6:3:5 chr16 53524861 . A G 484.27 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=119;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00659794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.125;QD=16.1422;RBI=0.0174625;REFB=-0.0164722;REVB=0.0161681;RO=65;SAF=24;SAR=29;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239207;STB=0.522266;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0191089;OID=.;OPOS=53524861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:65:67:53:53:0.441667:29:24:31:34:29:24:33:34 chr16 53639438 . C T 639.89 PASS AF=0.568807;AO=62;DP=108;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0632655;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9567;QD=23.482;RBI=0.0633358;REFB=-0.0185659;REVB=-0.00298202;RO=45;SAF=32;SAR=30;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381041;STB=0.520703;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0170281;OID=.;OPOS=53639438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:45:47:62:62:0.568807:30:32:21:24:30:32:22:25 chr16 53671754 . C T 37.42 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0888432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2139;QD=8.8049;RBI=0.0959311;REFB=0.000766892;REVB=-0.0361892;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00414264;OID=.;OPOS=53671754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:3:8:5:1:3:8 chr16 53945351 . G A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0493582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8022;QD=18.4264;RBI=0.0494496;REFB=-0.0210427;REVB=-0.00300546;RO=28;SAF=5;SAR=23;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521268;STB=0.529267;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.017089;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:23:5:6:22:23:5:6:22 chr16 54967096 . C A 257.81 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.0207725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.366;QD=18.4148;RBI=0.0234781;REFB=0.012828;REVB=0.010942;RO=27;SAF=2;SAR=26;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115384;STB=0.609283;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0107029;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:26:2:3:24:26:2:4:24 chr16 55325436 . C G 422.47 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0171519;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=151.984;QD=44.4709;RBI=0.0239828;REFB=-0.0673336;REVB=0.0167627;RO=5;SAF=8;SAR=24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109765;STB=0.549967;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00127498;OID=.;OPOS=55325436;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:38:38:5:6:32:32:0.842105:24:8:3:2:24:8:3:3 chr16 55325460 . T C 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.537;QD=62.0192;RBI=0.0337185;REFB=0;REVB=-0.0237839;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.46339e-07;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr16 55523705 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3437;QD=62.0164;RBI=0.0297904;REFB=0;REVB=0.0240293;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45296e-05;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr16 55562466 . G A 447.44 PASS AF=0.401575;AO=51;DP=124;FAO=51;FDP=127;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0140018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.028;QD=14.0927;RBI=0.0230959;REFB=-0.0221702;REVB=-0.0183677;RO=73;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146244;STB=0.576503;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0357106;OID=.;OPOS=55562466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:127:73:76:51:51:0.401575:25:26:27:46:25:26:29:47 chr16 55601388 . A G 150.97 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00116153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.981;QD=11.183;RBI=0.00196695;REFB=-0.0397019;REVB=-0.00158738;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213352;STB=0.632049;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0703551;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:35:19:19:0.351852:11:8:21:13:11:8:22:13 chr16 55731835 . G A 216.89 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0116045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7744;QD=21.6891;RBI=0.0235706;REFB=-0.0322755;REVB=-0.0205161;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0228687;OID=.;OPOS=55731835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:8:11:10:11:8:11 chr16 55844927 . A C 227.78 PASS AF=1;AO=9;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341984;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=174.101;QD=47.9539;RBI=0.0187842;REFB=0;REVB=-0.0184702;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296064;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:9:19:1:5:4:0:0:10:9:0:0 chr16 55880480 . A C 169.12 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.03602;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=65.4349;QD=13.0089;RBI=0.0758952;REFB=-0.0050098;REVB=0.0668029;RO=30;SAF=4;SAR=16;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224985;STB=0.639845;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00884557;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:16:4:11:19:16:4:12:20 chr16 55880534 . G C 268.36 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0197044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.948;QD=19.5167;RBI=0.0266253;REFB=-0.0143252;REVB=0.0179065;RO=26;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256673;STB=0.514276;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0139317;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:17:12:10:16:17:12:10:16 chr16 55883618 . T C 826.22 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137911;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.076;QD=57.9803;RBI=0.0195624;REFB=0;REVB=0.0138742;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223374;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr16 55897289 . C T 233.14 PASS AF=0.3;AO=29;DP=110;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.0576941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0804;QD=7.77147;RBI=0.068985;REFB=-0.0408332;REVB=0.0378195;RO=79;SAF=7;SAR=22;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303316;STB=0.570715;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0764207;OID=.;OPOS=55897289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:120:79:84:29:36:0.3:22:7:37:42:22:14:41:43 chr16 55905636 . A G 905.67 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382941;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1516;QD=58.4303;RBI=0.0383614;REFB=0;REVB=0.00227184;RO=0;SAF=40;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235132;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:22:40:0:0:22:40:0:0 chr16 55907811 . C T 144.61 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.020109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.082;QD=15.2222;RBI=0.0337283;REFB=-0.0245824;REVB=-0.0270781;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.547884;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.037184;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:16:16:0.421053:6:10:11:10:6:10:12:10 chr16 56228066 . A G 692.74 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261591;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.402;QD=62.9764;RBI=0.0421177;REFB=0;REVB=-0.0330091;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00016717;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr16 56368689 . C T 529.07 PASS AF=0.925;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0388385;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.204;QD=52.9065;RBI=0.0613936;REFB=-0.144652;REVB=0.0475472;RO=3;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510354;STB=0.527258;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00261762;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:40:3:3:37:37:0.925:26:11:0:3:26:11:0:3 chr16 56395610 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.000815713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.27;QD=12.5792;RBI=0.0396597;REFB=-0.0187836;REVB=-0.0396513;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129409;STB=0.575596;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0509777;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:11:20:9:8:11:20 chr16 56396486 . C T 162.19 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.000191855;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.922;QD=18.536;RBI=0.0104599;REFB=-0.0183795;REVB=-0.0104582;RO=18;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470158;STB=0.774259;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0168571;OID=.;OPOS=56396486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:18:17:17:0.485714:15:2:9:9:15:2:9:9 chr16 56510299 . A C 117.31 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0275822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6917;QD=21.3285;RBI=0.0288995;REFB=0.00314462;REVB=0.00862566;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203205;STB=0.615207;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00237089;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:22:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:6:3:8:5:6:3 chr16 56534908 . CA AC 79.7 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=-0.0667931;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=33.6542;QD=5.69263;RBI=0.0769869;REFB=-0.0260765;REVB=-0.0382841;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383858;STB=0.892895;STBP=0.004;TYPE=mnp;VARB=0.136219;OID=.;OPOS=56534908;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:56:56:24:40:13:13:0.232143:8:5:18:6:11:2:30:10 chr16 56545175 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.000784142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.128;QD=27.592;RBI=0.0325636;REFB=-0.0574248;REVB=0.0325542;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298628;STB=0.666419;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00407752;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:5:8:0:5:5:8:0:5 chr16 56548501 . C T 357.25 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.485;QD=54.9612;RBI=0.0806203;REFB=0;REVB=0.0779003;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548573;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr16 56601720 . A G 206.25 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00904097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.419;QD=17.1879;RBI=0.0100767;REFB=-0.00179679;REVB=-0.00444984;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.585719;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00327052;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:20:21:0.4375:10:10:10:17:10:11:10:17 chr16 56601722 . T C 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00322198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3227;QD=16.4424;RBI=0.00323271;REFB=0.00801726;REVB=0.000263186;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114232;STB=0.553139;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0100107;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:10:10:10:16:10:10:11:16 chr16 56651456 . C A 243.55 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00923932;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.521;QD=14.9877;RBI=0.0154208;REFB=-0.0173192;REVB=0.0123465;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223542;STB=0.51267;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.021517;OID=.;OPOS=56651456;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:19:18:13:15:19:18 chr16 56660807 . GC G 79.28 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0612898;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1345;QD=9.91017;RBI=0.0908154;REFB=-0.114709;REVB=0.0670148;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292706;STB=0.621681;STBP=0.173;TYPE=del;VARB=0.125024;OID=.;OPOS=56660808;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:17:31:17:32:15:9:8:4:11:74:14:10:7:3:11 chr16 56660841 . C T 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.114576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6814;QD=20.7541;RBI=0.135417;REFB=-0.0473577;REVB=0.0721819;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135688;STB=0.507682;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0427571;OID=.;OPOS=56660841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:5:7:9:6:5:7 chr16 56667242 . T A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0159741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4779;QD=12.0153;RBI=0.0178836;REFB=-0.012064;REVB=-0.00804051;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0137595;OID=.;OPOS=56667242;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:2:5:4:2:2:5 chr16 56667282 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.644;QD=51.1846;RBI=0.0370876;REFB=0;REVB=0.033555;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363245;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 56686470 . C T 176.87 PASS AF=0.475;AO=16;DP=37;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00465503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.064;QD=17.6865;RBI=0.0163764;REFB=-0.00287232;REVB=0.0157009;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525762;STB=0.736593;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.057246;OID=.;OPOS=56686470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:21:21:16:19:0.475:3:13:6:15:5:14:6:15 chr16 56686471 . G T 184.58 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0211928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.444;QD=18.4584;RBI=0.0225357;REFB=-0.00320557;REVB=0.00766309;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365673;STB=0.684017;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0376937;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:19:19:0.475:13:6:14:5:13:6:14:7 chr16 56855496 . C G 556.03 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4487;QD=60.111;RBI=0.0418539;REFB=0;REVB=0.0389831;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660707;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:30:6:0:0:31:6:0:0 chr16 56901065 . A G 790.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.391;QD=56.4544;RBI=0.0886478;REFB=0;REVB=0.0846943;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555998;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:26:26:0:0:30:26:0:0 chr16 56904587 . C G 631.31 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0823;QD=60.1251;RBI=0.0423089;REFB=0;REVB=0.0379864;RO=1;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177076;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146997;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:26:15:0:1:27:15:0:0 chr16 56906626 . C T 428.91 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.953;QD=53.6139;RBI=0.0750389;REFB=-0.0260056;REVB=-0.0296516;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00508356;OID=.;OPOS=56906626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:1:0:29:32:1:13:16:0:1:16:16:0:0 chr16 56919235 . G A 126.7 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.01064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.044;QD=11.2618;RBI=0.0271601;REFB=-0.0123727;REVB=-0.0249893;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407543;STB=0.741616;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0332916;OID=.;OPOS=56919235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:11:4:19:11:11:4:19:11 chr16 56928519 . C T 371.73 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0131034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1688;QD=20.3688;RBI=0.0156607;REFB=-0.0350595;REVB=0.00857659;RO=34;SAF=8;SAR=29;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059264;STB=0.550992;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0253216;OID=.;OPOS=56928519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:37:38:0.520548:29:8:9:25:30:8:10:25 chr16 56933519 . G A 216.93 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0136074;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.38;QD=17.7089;RBI=0.0227404;REFB=-0.0298863;REVB=-0.0182199;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038631;STB=0.508889;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0311567;OID=.;OPOS=56933519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:26:23:23:0.469388:12:11:12:11:12:11:12:14 chr16 56938387 . C T 195.57 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0283892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.5157;QD=12.6174;RBI=0.028759;REFB=0.0158073;REVB=0.00459692;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351724;STB=0.711377;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0292964;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:9:15:10:26:9:15:10:28 chr16 56966011 . G A 1069.12 PASS AF=0.885057;AO=75;DP=85;FAO=77;FDP=87;FR=.;FRO=10;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0154857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.742;QD=49.1548;RBI=0.0538274;REFB=-0.114296;REVB=0.0515518;RO=5;SAF=31;SAR=44;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026087;STB=0.537805;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00259723;OID=.;OPOS=56966011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:85:87:5:10:75:77:0.885057:44:31:1:4:45:32:1:9 chr16 56966043 . CG C,GC 65.31 PASS AF=0.416667,0;AO=21,6;DP=62;FAO=25,0;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=4,0;FSAR=21,0;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0783587,-0.0495507;FXX=0.0476115;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=7.39822,22.7828;QD=4.35378;RBI=0.0891458,0.117368;REFB=-0.151455,-0.0497646;REVB=-0.0425076,-0.106395;RO=27;SAF=4,0;SAR=17,6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.23553,-0.653392;STB=0.614959,0.5;STBP=0.221,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.159441,0.0392102;OID=.,.;OPOS=56966044,56966043;OREF=G,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:62:60:27:35:21,6:25,0:0.416667,0:17,6:4,0:10:17:21,0:4,0:10:25 chr16 56966071 . T G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.918;QD=57.2374;RBI=0.0544676;REFB=0;REVB=-0.000344827;RO=0;SAF=8;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87417e-05;OID=.;OPOS=56966071;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:48:8:0:0:48:8:0:0 chr16 56969148 . G A 400.89 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0206293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.193;QD=36.4447;RBI=0.022707;REFB=-0.0245284;REVB=-0.00948889;RO=11;SAF=19;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151874;STB=0.571588;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00632669;OID=.;OPOS=56969148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:11:12:32:32:0.727273:13:19:3:8:13:19:4:8 chr16 57005937 . ACAT A 173.72 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0169395;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=157.171;QD=16.5444;RBI=0.0204511;REFB=-0.00640118;REVB=0.0114586;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00788839;STB=0.538218;STBP=0.687;TYPE=del;VARB=0.013878;OID=.;OPOS=57005938;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:18:41:19:42:23:12:7:13:10:99:21:11:7:13:8 chr16 57016092 . G A 324.35 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0215757;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.949;QD=28.2046;RBI=0.0449565;REFB=-0.00796556;REVB=0.0394408;RO=18;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906193;STB=0.549964;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00632417;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:18:18:28:28:0.608696:16:12:10:8:16:12:10:8 chr16 57059427 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0234336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.935;QD=17.099;RBI=0.040371;REFB=-0.0186715;REVB=-0.0328737;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21079;STB=0.62245;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0197929;OID=.;OPOS=57059427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:11:3:6:9:11:3:6:9 chr16 57060340 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.033344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9634;QD=12.0156;RBI=0.113694;REFB=-0.0100306;REVB=-0.108695;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00112195;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:4:3:5:1:4:3 chr16 57060353 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0529553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.277;QD=12.0157;RBI=0.0529553;REFB=-0.0305911;REVB=8.74231e-05;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0451062;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:4:3:5:1:4:3 chr16 57067595 . A T 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00208347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.446;QD=19.1779;RBI=0.00887977;REFB=-0.0067041;REVB=-0.00863189;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159391;STB=0.616252;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00200506;OID=.;OPOS=57067595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:9:4:5:5:9:4:6:5 chr16 57068106 . AC GT 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00753904;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=115.702;QD=4.16606;RBI=0.028009;REFB=0.00226456;REVB=-0.0269753;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448861;STB=0.815013;STBP=0.11;TYPE=mnp;VARB=-0.0124209;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:6:1:16:17:6:1:16:17 chr16 57071113 . TA CG,TG 606.08 PASS AF=0.414634,0.585366;AO=17,24;DP=41;FAO=17,24;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14,10;FSAR=3,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00167749,-0.0220975;FXX=0.0238039;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=83.1729,83.9024;QD=59.1301;RBI=0.0439566,0.0621014;REFB=0,0;REVB=-0.0439245,-0.0580369;RO=0;SAF=14,10;SAR=3,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53656e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00477227,0.012072;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:41:41:0:0:17,24:17,24:0.414634,0.585366:3,14:14,10:0:0:3,14:14,10:0:0 chr16 57073683 . G C 798.86 PASS AF=1;AO=35;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7818;QD=63.9091;RBI=0.105456;REFB=0;REVB=-0.101899;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100366;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:35:50:1:24:11:0:0:27:23:0:0 chr16 57095775 . C T 48.89 PASS AF=0.636364;AO=5;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.221322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.212;QD=17.7786;RBI=0.230984;REFB=-0.0849962;REVB=0.06611;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.52624;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0827654;OID=.;OPOS=57095775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:5:4:5:7:0.636364:3:2:3:2:4:3:2:2 chr16 57188286 . G A 279.56 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0986149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7332;QD=14.5224;RBI=0.0986343;REFB=-0.0532216;REVB=-0.00195753;RO=43;SAF=14;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139396;STB=0.517231;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0653595;OID=.;OPOS=57188286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:43:45:31:32:0.415584:17:14:20:23:18:14:21:24 chr16 57392733 . A C 111.94 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.030458;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.913;QD=15.4398;RBI=0.0325932;REFB=-0.00545153;REVB=0.0116028;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290292;STB=0.619395;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0078105;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:12:13:0.448276:6:6:12:3:6:7:12:4 chr16 57689385 . C G 149.84 PASS AF=0.338983;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0125941;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.029;QD=10.1584;RBI=0.0136278;REFB=-0.0119812;REVB=0.00520627;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137165;STB=0.591745;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0223106;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:39:18:20:0.338983:10:8:22:17:12:8:21:18 chr16 57689883 . T C 93.46 PASS AF=0.351351;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0305856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.499;QD=10.1041;RBI=0.0385669;REFB=-0.0710195;REVB=-0.0234931;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831883;STB=0.577857;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0872632;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:34:37:23:24:11:13:0.351351:4:7:13:10:4:9:14:10 chr16 57698931 . A G 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0633356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3167;QD=43.0155;RBI=0.0644623;REFB=-0.0214407;REVB=0.0119992;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00474728;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:1:0:8:8:1:0 chr16 57735900 . G C 772.68 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.275;QD=61.8145;RBI=0.0257607;REFB=-0.0718834;REVB=-0.0222387;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000199194;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:0:1:25:24:0:1 chr16 57760824 . C T 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00403516;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9767;QD=50.495;RBI=0.0118368;REFB=0;REVB=0.0111278;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220057;OID=.;OPOS=57760824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr16 57762401 . T C 1210.22 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00861397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.363;QD=60.5112;RBI=0.0315939;REFB=0;REVB=0.0303969;RO=0;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923692;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:0:77:79:0.9875:37:40:0:0:39:40:0:0 chr16 57786517 . C T 307.69 PASS AF=0.485714;AO=32;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.022733;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.687;QD=17.5823;RBI=0.0232387;REFB=-0.0114563;REVB=-0.00482149;RO=34;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520205;STB=0.542348;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0160591;OID=.;OPOS=57786517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:36:32:34:0.485714:18:14:13:21:18:16:14:22 chr16 57786711 . C T 125.25 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00401005;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.351;QD=16.7001;RBI=0.011013;REFB=-0.0290961;REVB=0.0102569;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307492;STB=0.673261;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0238017;OID=.;OPOS=57786711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:14:2:6:8:14:2 chr16 57795394 . G A 83.92 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0246986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.283;QD=10.1723;RBI=0.0279405;REFB=-0.0232481;REVB=-0.0130633;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126689;STB=0.593048;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0430107;OID=.;OPOS=57795394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:4:7:11:10:4:7:11:11 chr16 57805176 . A G 288.41 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.042933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.576;QD=13.7339;RBI=0.0473216;REFB=-0.0355013;REVB=0.019902;RO=51;SAF=10;SAR=22;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222254;STB=0.632944;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0480261;OID=.;OPOS=57805176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:51:51:32:33:0.392857:22:10:26:25:23:10:26:25 chr16 57937788 . T C 378.13 PASS AF=0.427083;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0189795;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5098;QD=15.7555;RBI=0.0388677;REFB=-0.0083328;REVB=0.0339187;RO=56;SAF=16;SAR=24;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123168;STB=0.569324;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0301558;OID=.;OPOS=57937788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:56:55:40:41:0.427083:24:16:29:27:25:16:28:27 chr16 57937856 . G C,T 789.06 PASS AF=0.492537,0.41791;AO=32,29;DP=66;FAO=33,28;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=19,6;FSAR=14,22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0732377,0.0134211;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6564,148.496;QD=47.1079;RBI=0.0758102,0.0225245;REFB=-0.0744097,-0.0130651;REVB=0.0195813,-0.0180895;RO=2;SAF=18,6;SAR=14,23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00695581,-0.0517134;STB=0.511879,0.568913;STBP=0.762,0.138;TYPE=snp,snp;VARB=0.0354605,0.0317659;OID=.,.;OPOS=57937856,57937856;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:67:2:6:32,29:33,28:0.492537,0.41791:14,23:18,6:1:1:14,22:19,6:3:3 chr16 57950057 . G A 868.88 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8527;QD=54.305;RBI=0.01668;REFB=-0.152656;REVB=0.00971889;RO=2;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325115;STB=0.508194;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00150509;OID=.;OPOS=57950057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:2:1:59:63:0.984375:28:31:0:2:30:33:0:1 chr16 57996960 . C T 255.22 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.037;QD=51.0431;RBI=0.0669181;REFB=0;REVB=0.0279729;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103014;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:10:7:0:0:12:8:0:0 chr16 58030634 . C T 361.03 PASS AF=0.653846;AO=32;DP=50;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0314325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.691;QD=27.7714;RBI=0.0314351;REFB=-0.0197231;REVB=-0.000402022;RO=17;SAF=19;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153205;STB=0.599256;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0109104;OID=.;OPOS=58030634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:17:18:32:34:0.653846:13:19:6:11:13:21:6:12 chr16 58030741 . G A 119.87 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0650707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.642;QD=25.2367;RBI=0.0728024;REFB=-0.0274703;REVB=0.0326496;RO=6;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283365;STB=0.528254;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0189555;OID=.;OPOS=58030741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:6:6:11:12:0.631579:6:5:3:3:7:5:3:3 chr16 58073845 . C T 387.48 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00413821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5476;QD=18.4515;RBI=0.00428832;REFB=-0.0201436;REVB=-0.00112468;RO=43;SAF=25;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288521;STB=0.506326;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0203093;OID=.;OPOS=58073845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:15:25:27:16:15:25:27:17 chr16 58079165 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00216219;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=183.181;QD=9.20039;RBI=0.00736185;REFB=-0.0180148;REVB=0.00703717;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16606;STB=0.6151;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0290991;OID=.;OPOS=58079165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:20:12:13:7:7:0.35:2:5:10:2:2:5:11:2 chr16 58080009 . C T 189.01 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.023097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0628;QD=21.0007;RBI=0.109484;REFB=-0.0146127;REVB=0.10702;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0177021;OID=.;OPOS=58080009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:8:9:11:8:8:9 chr16 58191966 . C T 479.79 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00162755;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.9789;QD=51.8688;RBI=0.0551308;REFB=-0.225482;REVB=0.0551067;RO=3;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510379;STB=0.527381;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0313912;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:37:3:3:34:34:0.918919:12:22:1:2:12:22:1:2 chr16 58314433 . T C 223.5 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0353642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.173;QD=14.8997;RBI=0.0621875;REFB=-0.00871095;REVB=0.0511533;RO=33;SAF=5;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422774;STB=0.736643;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0291117;OID=.;OPOS=58314433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:21:5:19:14:21:5:19:15 chr16 58314598 . C T 363.01 PASS AF=0.653846;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0212119;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.113;QD=27.9241;RBI=0.0250841;REFB=-0.0633014;REVB=0.0133891;RO=17;SAF=12;SAR=21;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320158;STB=0.513506;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0238302;OID=.;OPOS=58314598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:17:18:33:34:0.653846:21:12:7:10:22:12:7:11 chr16 58318604 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=21;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0136281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.429;QD=17.3256;RBI=0.0136375;REFB=-0.023751;REVB=0.000507677;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258549;STB=0.6257;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0260515;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:21:20:0.444444:12:9:17:7:11:9:17:8 chr16 58327645 . AA AG,GG 766.82 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=52,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00370566,0.0136514;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=79.5257,140.435;QD=55.7689;RBI=0.0272762,0.0178519;REFB=0,0;REVB=0.0270233,0.0115034;RO=0;SAF=28,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000393375,0.0251344;OID=.,.;OPOS=58327646,58327645;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:55:0:0:52,2:53,2:0.963636,0.0363636:24,0:28,2:0:0:25,0:28,2:0:0 chr16 58545426 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.863;QD=62.6136;RBI=0.0436215;REFB=0;REVB=0.0168932;RO=0;SAF=40;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43431e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3862e-05;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:48:40:0:0:48:40:0:0 chr16 58549932 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.165;QD=37.4885;RBI=0.0489659;REFB=0;REVB=0.00746029;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233323;OID=.;OPOS=58549932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr16 58550484 . G A,C 589.71 PASS AF=0.902439,0.0731707;AO=37,3;DP=40;FAO=37,3;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18,3;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186207,0.00639645;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.821,64.9585;QD=57.5323;RBI=0.0262729,0.0163756;REFB=-0.121119,-0.122148;REVB=0.0185347,0.0150746;RO=0;SAF=18,3;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.68991e-08,0;STB=0.513506,0.5;STBP=0.534,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00231456,0.031321;OID=.,.;OPOS=58550484,58550484;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:40:41:0:1:37,3:37,3:0.902439,0.0731707:19,0:18,3:0:0:19,0:18,3:1:0 chr16 58552921 . G A 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.545;QD=62.3468;RBI=0.0429116;REFB=0;REVB=-0.00202605;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102737;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr16 58577421 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.76;QD=46.8478;RBI=0.0113806;REFB=0;REVB=-0.00375737;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46158e-05;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr16 58579274 . C T 1649.73 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.836;QD=59.9901;RBI=0.0661821;REFB=0;REVB=0.0461596;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141438;OID=.;OPOS=58579274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:110:0:0:104:110:1:42:62:0:0:43:67:0:0 chr16 58743454 . A C 182.09 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0258429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.882;QD=14.5675;RBI=0.0258543;REFB=3.0736e-05;REVB=-0.000765724;RO=29;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00778986;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274265;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:19:20:0.4:11:8:12:17:12:8:12:18 chr16 58750604 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0610333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8684;QD=17.3781;RBI=0.0610918;REFB=0.0201048;REVB=0.00267314;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578471;STB=0.533274;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0136906;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:7:3:4:7:7:3 chr16 58757668 . A C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00581462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.698;QD=13.0887;RBI=0.0106976;REFB=0.00293363;REVB=-0.00897939;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229812;STB=0.635084;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00275215;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:13:14:5:11:13:14 chr16 58757683 . A G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00606908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.121;QD=13.037;RBI=0.00693792;REFB=0.0015286;REVB=-0.0033617;RO=32;SAF=12;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121535;STB=0.571347;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.00294905;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:6:12:18:14:6:12:18:14 chr16 58804449 . T C 133.82 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0553705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5251;QD=25.4888;RBI=0.0591993;REFB=0.0771241;REVB=-0.0209444;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454578;STB=0.52551;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.0423514;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:3:4:9:5:3:4 chr16 61777269 . C A 308.83 PASS AF=0.6;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0216605;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.852;QD=27.4515;RBI=0.0239976;REFB=-0.00368306;REVB=-0.01033;RO=18;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188777;STB=0.603469;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0027728;OID=.;OPOS=61777269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:18:18:27:27:0.6:16:11:3:15:16:11:3:15 chr16 64980818 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.482;QD=58.5878;RBI=0.0585743;REFB=0;REVB=0.0557476;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180802;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr16 65016087 . A C 975.9 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568215;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.972;QD=59.1451;RBI=0.0569588;REFB=0;REVB=0.00395273;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594379;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr16 65022234 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0178067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2226;QD=22.341;RBI=0.0236154;REFB=-0.0235953;REVB=-0.0155116;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.545403;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0201974;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:6:8:12:6:6:8 chr16 66420885 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.412;QD=56.9372;RBI=0.0117282;REFB=0;REVB=-0.0100488;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02164e-05;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr16 66432423 . TC CT 622.7 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790758;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=93.6629;QD=60.751;RBI=0.0644256;REFB=0;REVB=0.0639385;RO=0;SAF=29;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000490014;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:37:41:1:8:29:0:0:12:29:0:0 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 119.92 PASS AF=0.217172,0.0808081;AO=46,17;DP=201;FAO=43,16;FDP=198;FR=.;FRO=139;FSAF=21,0;FSAR=22,16;FSRF=95;FSRR=44;FWDB=0.114348,-0.0690354;FXX=0.0149246;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.30673,66.704;QD=2.42267;RBI=0.121109,0.0695894;REFB=-0.138519,-0.0197859;REVB=-0.0398978,-0.00876344;RO=110;SAF=23,0;SAR=23,17;SRF=81;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.289149,-0.780817;STB=0.647981,0.999517;STBP=0.042,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.162319,0.103309;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217172,0.0808081:46,17:201:43,16:198:139:21,0:22,16:95:44:67:110:23,0:23,17:81:29 chr16 66575868 . C T 65.36 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0140685;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.516;QD=9.68353;RBI=0.0150011;REFB=0.00417608;REVB=-0.00520678;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620281;STB=0.537732;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.00532957;OID=.;OPOS=66575868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:7:11:5:4:7:11 chr16 66765067 . G A 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00789273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.275;QD=18.4268;RBI=0.00925905;REFB=-0.0376557;REVB=-0.00484094;RO=28;SAF=19;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290468;STB=0.662673;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.036023;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:9:19:10:18:9:19:10:18 chr16 66792714 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0746243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6617;QD=16.931;RBI=0.0868386;REFB=0.00876941;REVB=0.0444089;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169195;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:5:7:7:5:5:7 chr16 66812797 . C T 219.24 PASS AF=0.440678;AO=22;DP=55;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0521504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.237;QD=14.8637;RBI=0.0561678;REFB=-0.0090735;REVB=0.0208605;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317698;STB=0.508468;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0146599;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:59:33:33:22:26:0.440678:12:10:16:17:13:13:16:17 chr16 66851305 . ATTTTTTTTA AATTTTTTTA,ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA 58.2 PASS AF=0,0.0810811,0.486486,0;AO=2,4,10,2;DP=40;FAO=0,3,18,0;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=0,1,10,0;FSAR=0,2,8,0;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.041962,-0.00317972,0.0388058,0.0353903;FXX=0.0512689;HRUN=8,8,8,8;LEN=1,2,1,1;MLLD=16.26,13.6509,7.47599,7.9641;QD=6.29182;RBI=0.0923772,0.0171848,0.0762972,0.0903074;REFB=-0.0890207,0.0437064,-0.07433,-0.130129;REVB=0.0822966,-0.016888,0.0656916,0.0830841;RO=15;SAF=0,3,6,2;SAR=2,1,4,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.482498,0.446526,0.26404,0.61514;STB=0.5,0.538201,0.584323,0.5;STBP=1,0.918,0.304,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,-0.0406175,0.116564,0;OID=.,.,.,.;OPOS=66851306,66851313,66851306,66851313;OREF=T,TA,T,T;OALT=A,-,-,A;OMAPALT=AATTTTTTTA,ATTTTTTT,ATTTTTTTA,ATTTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0810811,0.486486,0:2,4,10,2:40:0,3,18,0:37:16:0,1,10,0:0,2,8,0:6:10:47:15:0,3,6,2:2,1,4,0:5:10 chr16 66885450 . GT G 51.75 PASS AF=0.44898;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.122438;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.04779;QD=4.22435;RBI=0.186299;REFB=-0.103435;REVB=-0.140415;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250896;STB=0.547128;STBP=0.549;TYPE=del;VARB=0.106581;OID=.;OPOS=66885451;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44898:20:49:22:49:27:10:12:10:17:51:24:8:12:9:15 chr16 67132862 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00470372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.759;QD=14.7015;RBI=0.00670091;REFB=-0.0290231;REVB=-0.00477254;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0275018;OID=.;OPOS=67132862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:5:10:8:4:5:10 chr16 67181999 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00696265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.637;QD=10.8848;RBI=0.00959931;REFB=-0.0144033;REVB=0.0066082;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289686;STB=0.67699;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0222939;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:2:7:8:7:2:7:8:7 chr16 67233266 . A C 366.4 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0327058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.514;QD=22.9001;RBI=0.158152;REFB=-0.0301763;REVB=-0.154733;RO=20;SAF=21;SAR=15;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554216;STB=0.582798;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0197855;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:27:36:37:0.578125:15:21:10:10:16:21:10:17 chr16 67685613 . C T 233.41 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0515281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8827;QD=16.9754;RBI=0.0518416;REFB=-0.00306173;REVB=-0.00569322;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780541;STB=0.543876;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00349753;OID=.;OPOS=67685613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:14:12:11:18:14:12:11:18 chr16 67943654 . C T 48.47 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00338575;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.655;QD=10.7705;RBI=0.00580344;REFB=-0.0299841;REVB=-0.00471345;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205271;STB=0.624653;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0463634;OID=.;OPOS=67943654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:7:4:4:3:7:4 chr16 67964203 . T C 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0320054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.241;QD=19.6435;RBI=0.0370901;REFB=-0.0373637;REVB=0.0187438;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253752;STB=0.64333;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0162384;OID=.;OPOS=67964203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:1:7:6:5:1:7 chr16 67969930 . A G 487.03 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00294391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.197;QD=24.3512;RBI=0.0173887;REFB=-0.0289432;REVB=-0.0171377;RO=34;SAF=34;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257348;STB=0.641834;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.028216;OID=.;OPOS=67969930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:12:34:15:19:12:34:15:19 chr16 67997920 . T C 111.4 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0395212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7927;QD=15.9147;RBI=0.052781;REFB=-0.00383096;REVB=-0.0349844;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257566;STB=0.648425;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000852615;OID=.;OPOS=67997920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:10:5:8:5:10:5 chr16 68025801 . G C 657.36 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0464088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1688;QD=50.5661;RBI=0.0655978;REFB=0.0159868;REVB=0.0463605;RO=3;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044767;STB=0.5238;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00293414;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:30:19:0:3:30:19:0:3 chr16 68055495 . G C 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000876733;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.011;QD=20.5427;RBI=0.0198981;REFB=-0.0220774;REVB=-0.0198787;RO=25;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058343;STB=0.532844;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0178958;OID=.;OPOS=68055495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:10:14:13:12:10:14:13:12 chr16 68057096 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5194;QD=57.3843;RBI=0.0751725;REFB=0;REVB=0.040931;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148056;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr16 68088485 . A G 349.2 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0119491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.063;QD=23.6748;RBI=0.0216841;REFB=-0.0246782;REVB=-0.0180947;RO=23;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048941;STB=0.528555;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.017764;OID=.;OPOS=68088485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:24:34:35:0.59322:20:14:8:15:21:14:8:16 chr16 68100461 . C T 208.64 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0757197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1572;QD=18.143;RBI=0.076194;REFB=0.00938707;REVB=-0.0084881;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696018;STB=0.539644;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00563237;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:10:15:14:7:10:15 chr16 68264882 . A AG,G 30.89 PASS AF=0.175,0.05;AO=11,2;DP=40;FAO=7,2;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6,1;FSAR=1,1;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0299408,-0.0382548;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=40.8754,57.4849;QD=3.08858;RBI=0.0672038,0.0807622;REFB=-0.0136825,-0.0088589;REVB=-0.0601656,-0.0711273;RO=27;SAF=8,1;SAR=3,1;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175059,-0.0854882;STB=0.776869,0.575023;STBP=0.143,0.852;TYPE=ins,snp;VARB=0.104304,0.175221;OID=.,.;OPOS=68264883,68264882;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:40:40:27:31:11,2:7,2:0.175,0.05:3,1:8,1:16:11:1,1:6,1:18:13 chr16 68265239 . G A 184.77 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00880293;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7687;QD=13.4377;RBI=0.00935304;REFB=-0.00227506;REVB=0.00316034;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837261;STB=0.560458;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0113245;OID=.;OPOS=68265239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:22:23:0.418182:12:10:12:20:12:11:12:20 chr16 68293320 . T C 334.26 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0328412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.397;QD=12.856;RBI=0.0330839;REFB=-0.0198307;REVB=-0.00400033;RO=60;SAF=10;SAR=30;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187458;STB=0.633262;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0255363;OID=.;OPOS=68293320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:60:64:40:40:0.384615:30:10:24:36:30:10:28:36 chr16 68344696 . C T 171.73 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0238646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.668;QD=11.0796;RBI=0.0357713;REFB=-0.00955045;REVB=-0.0266471;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115019;STB=0.575153;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.012852;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:40:22:22:0.354839:13:9:20:19:13:9:21:19 chr16 68389772 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0201129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.369;QD=8.69717;RBI=0.0468573;REFB=-0.0242299;REVB=0.0423211;RO=14;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594327;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0318587;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:4:3:8:6:4:3:8:6 chr16 68398924 . C T 64.93 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0144676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2673;QD=10.3886;RBI=0.0510252;REFB=-0.0064247;REVB=0.0489312;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193811;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00650101;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:11:4:4:5:11:5 chr16 68569440 . T G 315.0 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.949;QD=52.4998;RBI=0.0400105;REFB=0;REVB=0.0362228;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209273;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:9:15:0:0 chr16 68569459 . T C 342.77 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.746;QD=50.7809;RBI=0.0363977;REFB=0.0675213;REVB=0.0297382;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0033486;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:27:0:1:24:25:0.925926:10:14:0:0:11:14:1:0 chr16 68598007 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6056;QD=49.5967;RBI=0.0371539;REFB=0;REVB=0.0112204;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000884708;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr16 68713730 . G A 820.08 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00188332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.243;QD=55.5986;RBI=0.0379685;REFB=-0.104622;REVB=0.0379218;RO=1;SAF=42;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111015;STB=0.50588;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00396611;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:16:42:1:0:16:42:1:0 chr16 68713821 . ACC AC,ACA 765.59 PASS AF=0.12,0.88;AO=6,44;DP=50;FAO=6,44;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=6,31;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735332,0.102;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.6628,46.3071;QD=61.247;RBI=0.0735423,0.103071;REFB=0,0;REVB=0.00115869,0.0148152;RO=0;SAF=6,31;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.226038,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0395297,-0.00243318;OID=.,.;OPOS=68713822,68713823;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.88:6,44:50:6,44:50:0:6,31:0,13:0:0:29:0:6,31:0,13:0:0 chr16 68721470 . T C 159.88 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0206897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.248;QD=17.7643;RBI=0.0236077;REFB=-0.0162032;REVB=0.0113692;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201851;STB=0.613913;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0162765;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:10:7:4:15:10:7:4:15 chr16 68721533 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.0173529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.023;QD=16.8836;RBI=0.0324645;REFB=-0.00971159;REVB=-0.0274375;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351052;STB=0.704015;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00869928;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:15:15:0.46875:9:6:1:15:9:6:1:16 chr16 68732049 . A C 175.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.281;QD=46.8258;RBI=0.0295918;REFB=0;REVB=0.00860021;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424393;OID=.;OPOS=68732049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr16 68771372 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.703;QD=39.2068;RBI=0.0811211;REFB=0;REVB=0.0614555;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860397;OID=.;OPOS=68771372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr16 68772198 . A AC 50.17 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.148557;FXX=0.0487686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.6078;QD=5.14553;RBI=0.155755;REFB=-0.001982;REVB=-0.0468027;RO=30;SAF=0;SAR=12;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.809175;STB=0.810268;STBP=0.017;TYPE=ins;VARB=0.0722492;OID=.;OPOS=68772199;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:12:42:12:39:27:2:10:16:11:50:30:0:12:20:10 chr16 68857441 . T C 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.072;QD=56.9476;RBI=0.0625556;REFB=0.0136281;REVB=0.0614773;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.512188;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000231719;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:36:36:0.972973:16:20:0:0:16:20:1:0 chr16 68868522 . T C 163.1 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0488221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.446;QD=10.8735;RBI=0.0503886;REFB=-0.0130376;REVB=0.0124667;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409203;STB=0.523787;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0604161;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:39:21:21:0.35:11:10:19:18:11:10:20:19 chr16 68869449 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.318;QD=42.1812;RBI=0.0597144;REFB=0;REVB=-0.0190597;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427466;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 68893953 . T C 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0271721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.605;QD=6.59528;RBI=0.0274208;REFB=-0.00748511;REVB=0.00368514;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119969;STB=0.576747;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0176271;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:16:12:3:6:16:12 chr16 69008037 . C T 181.52 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0113882;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9887;QD=11.1705;RBI=0.0138309;REFB=-0.00390033;REVB=0.00784868;RO=42;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956424;STB=0.539016;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00606692;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:42:42:23:23:0.353846:16:7:16:26:16:7:15:27 chr16 69143577 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00684894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7746;QD=24.1267;RBI=0.0331789;REFB=-0.0107554;REVB=-0.0324643;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262483;STB=0.646886;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00854421;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:3:8:6:11:3:8 chr16 69499731 . T C 178.59 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00504477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8699;QD=31.0587;RBI=0.105296;REFB=-0.0464809;REVB=0.105176;RO=6;SAF=13;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617029;STB=0.534205;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0271736;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:4:13:4:2:4:13:4:2 chr16 69704122 . C CTG 141.66 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645348;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=237.033;QD=43.5879;RBI=0.0752539;REFB=0;REVB=0.0387092;RO=3;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00385465;OID=.;OPOS=69704123;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:13:13:13:0:7:6:0:0:4:3:5:5:2:1 chr16 69725836 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0397285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.497;QD=19.0179;RBI=0.0516798;REFB=-0.0139343;REVB=-0.0330522;RO=14;SAF=5;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119455;STB=0.567483;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0111638;OID=.;OPOS=69725836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:10:5:3:11:10:5:3:11 chr16 69733460 . G A 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00166008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.638;QD=62.3463;RBI=0.0770937;REFB=0;REVB=0.0770759;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000416158;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:15:28:0:0:15:28:0:0 chr16 69733665 . T G 154.97 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0309461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.0166;QD=22.9579;RBI=0.0530462;REFB=-0.0101696;REVB=0.0430841;RO=11;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180541;STB=0.601858;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00714877;OID=.;OPOS=69733665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:5:11:5:6:5:11:5:6 chr16 69735271 . T A 715.85 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.019;QD=60.9233;RBI=0.0874794;REFB=-0.134552;REVB=0.0798834;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00141858;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:21:25:0:0:21:25:1:0 chr16 69744935 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00573081;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.468;QD=8.73786;RBI=0.024692;REFB=-0.0299102;REVB=-0.0240178;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244737;STB=0.650823;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0508085;OID=.;OPOS=69744935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:3:6:9:11:3:6:9:11 chr16 69745145 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00445407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.662;QD=15.1977;RBI=0.0319702;REFB=-0.0347019;REVB=-0.0316584;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22794;STB=0.631397;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0219586;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:6:12:6:8:6:12 chr16 69963355 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.142;QD=53.9112;RBI=0.0312372;REFB=0;REVB=0.0159291;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138334;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr16 69967897 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.839;QD=58.1415;RBI=0.0286008;REFB=0;REVB=-0.0039814;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200538;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr16 69970329 . A G 272.6 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.245;QD=51.9234;RBI=0.0224392;REFB=0;REVB=0.00989319;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282409;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr16 69988373 . T C 632.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3319;QD=61.6644;RBI=0.0443277;REFB=0;REVB=0.0264801;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92476e-05;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr16 69988472 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0395757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.257;QD=12.3288;RBI=0.0552501;REFB=-0.00875401;REVB=-0.0385531;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113573;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0251286;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:8:9:7:4:8:9 chr16 70010516 . ATGT A 93.36 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00608169;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=148.803;QD=19.6556;RBI=0.00621327;REFB=-0.00547101;REVB=0.00127194;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.00322841;OID=.;OPOS=70010517;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578947:10:20:11:19:8:5:6:5:3:56:9:4:6:5:4 chr16 70010589 . T C 229.71 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.0140159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.842;QD=9.09741;RBI=0.0426079;REFB=-0.0168246;REVB=0.0402367;RO=69;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555431;STB=0.511072;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0456057;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:71:30:30:0.29703:19:11:25:44:19:11:25:46 chr16 70010610 . C T 350.87 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=0.0282453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.268;QD=11.8939;RBI=0.0351022;REFB=-0.0120447;REVB=-0.0208415;RO=73;SAF=15;SAR=28;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414701;STB=0.516952;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0201236;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:73:75:43:43:0.364407:28:15:28:45:28:15:28:47 chr16 70016573 . G A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.505;QD=60.716;RBI=0.0482973;REFB=0;REVB=0.0482538;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001255;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr16 70191029 . T G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.503;QD=58.0579;RBI=0.0139577;REFB=0;REVB=0.00790549;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.68679e-05;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr16 70191118 . A G 576.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.347;QD=60.6565;RBI=0.0446819;REFB=0;REVB=0.00549905;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254646;OID=.;OPOS=70191118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:20:18:0:0 chr16 70191333 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.612;QD=55.0963;RBI=0.105792;REFB=0;REVB=0.0748231;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119494;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr16 70287172 . T TG 158.31 PASS AF=0.952381;AO=3;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0998731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6035;QD=30.1551;RBI=0.282638;REFB=0.0809613;REVB=-0.264404;RO=18;SAF=1;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296195;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=ins;VARB=-0.0378232;OID=.;OPOS=70287173;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:3:21:20:21:1:11:9:1:0:4:18:1:2:11:7 chr16 70287177 . A G 317.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0503975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.7053;QD=52.8416;RBI=0.0915651;REFB=0;REVB=-0.0764478;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323811;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr16 70303580 . G A 450.89 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949693;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.818;QD=58.1787;RBI=0.00958694;REFB=0;REVB=-0.00131059;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141779;OID=.;OPOS=70303580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr16 70506907 . T C 401.93 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.59;QD=55.4386;RBI=0.060401;REFB=0;REVB=0.0515506;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641321;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:10:16:0:0:11:18:0:0 chr16 70515355 . C T 157.03 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00139286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8497;QD=16.1057;RBI=0.0671872;REFB=-0.0118399;REVB=-0.0671727;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206074;STB=0.617778;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0151597;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:8:9:7:15:8:9:7:15 chr16 70548297 . G A 562.0 PASS AF=1;AO=30;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8256;QD=59.1575;RBI=0.093413;REFB=0;REVB=0.0918631;RO=0;SAF=26;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.020058;OID=.;OPOS=70548297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:30:38:1:4:26:0:0:12:26:0:0 chr16 70680850 . C G 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00776777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.557;QD=15.5677;RBI=0.00869274;REFB=0.0310756;REVB=-0.00390198;RO=12;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094561;STB=0.555448;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0190556;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:2:9:9:3:2:9:9:3 chr16 70690989 . G C 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.00897204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.729;QD=18.289;RBI=0.0149645;REFB=-0.0213745;REVB=-0.0119766;RO=33;SAF=8;SAR=24;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472403;STB=0.5263;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0193806;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:24:8:7:26:24:8:7:26 chr16 70694000 . C A 190.11 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0891372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8111;QD=21.7269;RBI=0.101358;REFB=-0.0271533;REVB=-0.0482503;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14541;STB=0.571359;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0206289;OID=.;OPOS=70694000;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:18:19:0.542857:12:6:3:13:13:6:3:13 chr16 70726795 . C A 661.42 PASS AF=0.53719;AO=64;DP=120;FAO=65;FDP=121;FR=.;FRO=56;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0187982;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.695;QD=21.865;RBI=0.0609532;REFB=-0.0134893;REVB=0.0579821;RO=54;SAF=29;SAR=35;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146536;STB=0.575198;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0124354;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:54:56:64:65:0.53719:35:29:34:20:35:30:35:21 chr16 70796515 . G A 435.13 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0123828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.115;QD=23.5208;RBI=0.0152271;REFB=-0.0403707;REVB=-0.00886173;RO=30;SAF=25;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12421;STB=0.582108;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0284518;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:30:32:42:42:0.567568:17:25:13:17:17:25:13:19 chr16 70818759 . A G 375.03 PASS AF=0.42268;AO=37;DP=93;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=40;FWDB=-0.0184019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.639;QD=15.4653;RBI=0.0192485;REFB=-0.0423813;REVB=-0.0056458;RO=54;SAF=9;SAR=28;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719433;STB=0.552459;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0502574;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:97:54:56:37:41:0.42268:28:9:16:38:32:9:16:40 chr16 70884524 . C G 181.19 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=0.0129057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.171;QD=9.41244;RBI=0.0203779;REFB=-0.00896538;REVB=-0.0157703;RO=53;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166416;STB=0.509796;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0142453;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:16:8:17:36:16:8:17:36 chr16 70884534 . T A 132.19 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0159206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.124;QD=7.66323;RBI=0.016674;REFB=-0.000309685;REVB=0.00495549;RO=50;SAF=5;SAR=14;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054948;STB=0.533297;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.000712341;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:14:5:15:35:14:5:15:35 chr16 70886630 . C T 140.46 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.046225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.564;QD=13.3771;RBI=0.0591888;REFB=-0.0249521;REVB=0.0369671;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865243;STB=0.562422;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0429707;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:12:13:7:9:12:14 chr16 70889147 . A G 330.95 PASS AF=0.362832;AO=41;DP=113;FAO=41;FDP=113;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00912757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0268;QD=11.7151;RBI=0.00917892;REFB=-0.0101092;REVB=-0.000969559;RO=72;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100017;STB=0.557084;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0180135;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:72:72:41:41:0.362832:22:19:27:45:22:19:27:45 chr16 70894087 . T C 525.67 PASS AF=0.395973;AO=57;DP=148;FAO=59;FDP=149;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=58;FWDB=0.0162642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.987;QD=14.1118;RBI=0.0281942;REFB=-0.00652213;REVB=0.0230302;RO=90;SAF=22;SAR=35;SRF=32;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350694;STB=0.521963;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0113047;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:90:90:57:59:0.395973:35:22:32:58:36:23:32:58 chr16 70896015 . GA G 245.65 PASS AF=0.448598;AO=43;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=39;FWDB=-0.175593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1998;QD=9.18302;RBI=0.17704;REFB=0.000484594;REVB=-0.022594;RO=56;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209615;STB=0.610425;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=-0.0089627;OID=.;OPOS=70896016;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.448598:43:107:48:107:59:26:22:20:39:99:56:22:21:17:39 chr16 70896118 . A G 246.32 PASS AF=0.271318;AO=35;DP=129;FAO=35;FDP=129;FR=.;FRO=94;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=66;FWDB=-0.00266115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7649;QD=7.6378;RBI=0.0176997;REFB=-0.00262927;REVB=-0.0174985;RO=94;SAF=15;SAR=20;SRF=28;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169765;STB=0.599947;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00515031;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:94:94:35:35:0.271318:20:15:28:66:20:15:28:66 chr16 70896122 . A C 238.49 PASS AF=0.274194;AO=33;DP=123;FAO=34;FDP=124;FR=.;FRO=90;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=64;FWDB=-0.00417952;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1615;QD=7.69309;RBI=0.0104035;REFB=-0.0197372;REVB=-0.00952704;RO=87;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142223;STB=0.595089;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0480347;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:87:90:33:34:0.274194:20:13:25:62:20:14:26:64 chr16 70897039 . C G 306.61 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=0.00682218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.805;QD=13.0472;RBI=0.012795;REFB=-0.013751;REVB=0.0108245;RO=59;SAF=23;SAR=12;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187272;STB=0.607484;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0206206;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:12:23:29:30:12:23:29:30 chr16 70902559 . C T 603.86 PASS AF=0.378378;AO=70;DP=182;FAO=70;FDP=185;FR=.;FRO=115;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.00860142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.652;QD=13.0565;RBI=0.0194324;REFB=-0.0223393;REVB=-0.0174251;RO=112;SAF=40;SAR=30;SRF=45;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183355;STB=0.605475;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0514266;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:185:112:115:70:70:0.378378:30:40:45:67:30:40:46:69 chr16 70902568 . C T 546.7 PASS AF=0.392638;AO=64;DP=163;FAO=64;FDP=163;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=0.0191708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.682;QD=13.4159;RBI=0.0234365;REFB=-0.00549929;REVB=-0.0134815;RO=99;SAF=34;SAR=30;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147129;STB=0.582832;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00826002;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:99:99:64:64:0.392638:30:34:39:60:30:34:39:60 chr16 70902683 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000142112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.085;QD=11.0924;RBI=0.00513542;REFB=0.00882404;REVB=0.00513345;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00726482;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr16 70908736 . A G 156.15 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00474874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.301;QD=9.4637;RBI=0.0127446;REFB=-0.00230205;REVB=-0.0118268;RO=41;SAF=11;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979699;STB=0.552277;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00689949;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:45:21:21:0.318182:10:11:25:16:10:11:27:18 chr16 70913386 . G A 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00938324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.196;QD=18.4948;RBI=0.0167283;REFB=-0.0198153;REVB=0.0138489;RO=30;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238596;STB=0.633244;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0175302;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:19:11:19:11:19:11:19:11 chr16 70917855 . A G 405.98 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=113;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.028792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8515;QD=14.3711;RBI=0.035264;REFB=-0.0130342;REVB=-0.020361;RO=65;SAF=27;SAR=19;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115136;STB=0.552669;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0236158;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:65:66:46:47:0.415929:19:27:31:34:20:27:32:34 chr16 70917931 . C G 519.38 PASS AF=0.491228;AO=45;DP=103;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0621605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.835;QD=18.224;RBI=0.063135;REFB=-0.00694937;REVB=0.0110495;RO=57;SAF=20;SAR=25;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415672;STB=0.552613;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0113239;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:114:57:58:45:56:0.491228:25:20:23:34:28:28:23:35 chr16 70942688 . A C 371.5 PASS AF=0.392857;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.010925;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0144;QD=13.2677;RBI=0.0137212;REFB=-0.0230556;REVB=-0.00830153;RO=67;SAF=26;SAR=18;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137209;STB=0.58221;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0421818;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:67:68:44:44:0.392857:18:26:31:36:18:26:31:37 chr16 70954513 . T C 241.74 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00547629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9892;QD=21.0208;RBI=0.0806162;REFB=-0.0277013;REVB=-0.08043;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174487;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0184524;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:13:10:10:12:13:10:10:13 chr16 70954571 . CT TA 169.63 PASS AF=0.45;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0217636;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.636;QD=16.9628;RBI=0.0316968;REFB=-0.0202783;REVB=0.0230442;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968596;STB=0.580022;STBP=0.39;TYPE=mnp;VARB=0.0210621;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:17:18:0.45:9:8:12:9:10:8:13:9 chr16 70954606 . C T 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00430742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.559;QD=15.3799;RBI=0.00567204;REFB=-0.00668359;REVB=0.00369027;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20736;STB=0.620056;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00928125;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:9:5:7:5:9:5 chr16 70954774 . A G 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0246925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.195;QD=12.8598;RBI=0.0532989;REFB=-0.0319116;REVB=-0.0472341;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168179;STB=0.599733;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0434672;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:2:6:4:3:2:6 chr16 70954809 . C A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0207085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.685;QD=14.9786;RBI=0.0254443;REFB=-0.00267779;REVB=-0.0147841;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289235;STB=0.66637;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00474987;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:2:9:5:5:2:9 chr16 70954915 . G T 1015.16 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213668;FXX=0.054787;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.715;QD=58.8499;RBI=0.0247756;REFB=0;REVB=0.0125415;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749585;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:65:69:1:34:31:0:0:36:33:0:0 chr16 70954945 . T A 264.94 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0122061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.146;QD=15.5848;RBI=0.0126933;REFB=-0.0191327;REVB=0.0034833;RO=38;SAF=11;SAR=19;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211475;STB=0.619485;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0173563;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:19:11:22:16:19:11:22:16 chr16 70972595 . T C 39.42 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.0114441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4994;QD=1.92279;RBI=0.0229825;REFB=0.00404783;REVB=-0.0199306;RO=73;SAF=6;SAR=3;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236619;STB=0.677029;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0413648;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:3:6:34:39:3:6:34:39 chr16 70972620 . G C 329.3 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0117638;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.617;QD=20.581;RBI=0.0125075;REFB=-0.0245825;REVB=0.00424868;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217798;STB=0.512075;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.02112;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:30:34:34:0.53125:19:15:14:16:19:15:14:16 chr16 70975667 . T C 680.83 PASS AF=0.55;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=120;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.0217404;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.082;QD=22.6943;RBI=0.0239484;REFB=-0.0134296;REVB=0.0100439;RO=54;SAF=26;SAR=40;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164357;STB=0.590003;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00883301;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:54:66:66:0.55:40:26:32:22:40:26:32:22 chr16 70986480 . G A 734.39 PASS AF=0.461538;AO=78;DP=169;FAO=78;FDP=169;FR=.;FRO=91;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=38;FSRR=53;FWDB=0.0372273;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.258;QD=17.382;RBI=0.0507676;REFB=0.000475829;REVB=-0.0345179;RO=91;SAF=41;SAR=37;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940593;STB=0.557977;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.000835287;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:91:91:78:78:0.461538:37:41:39:52:37:41:38:53 chr16 70989299 . C T 407.21 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0171033;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.581;QD=16.1272;RBI=0.0378966;REFB=-0.00807949;REVB=0.0338177;RO=55;SAF=24;SAR=21;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119801;STB=0.511283;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00925237;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:55:56:45:45:0.445545:21:24:30:25:21:24:31:25 chr16 70989335 . G A 460.13 PASS AF=0.471698;AO=49;DP=103;FAO=50;FDP=106;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00970788;FXX=0.00934492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.269;QD=17.3633;RBI=0.0184579;REFB=-0.0153376;REVB=-0.0156988;RO=53;SAF=23;SAR=26;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902086;STB=0.558667;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0168388;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:106:53:56:49:50:0.471698:26:23:30:23:27:23:32:24 chr16 70993553 . A T 173.59 PASS AF=0.190184;AO=31;DP=162;FAO=31;FDP=163;FR=.;FRO=132;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=87;FSRR=45;FWDB=-0.0202324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.063;QD=4.25993;RBI=0.0322694;REFB=-0.0090221;REVB=-0.0251389;RO=130;SAF=20;SAR=11;SRF=86;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231158;STB=0.5124;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.04056;OID=.;OPOS=70993553;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:130:132:31:31:0.190184:11:20:86:44:11:20:87:45 chr16 70993566 . A G 1390.52 PASS AF=0.678161;AO=118;DP=174;FAO=118;FDP=174;FR=.;FRO=56;FSAF=82;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.00148443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8749;QD=31.9661;RBI=0.0126327;REFB=-0.00520447;REVB=0.0125452;RO=56;SAF=82;SAR=36;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722672;STB=0.538866;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00298787;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:56:56:118:118:0.678161:36:82:33:23:36:82:33:23 chr16 71008169 . T C 391.07 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0289369;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.573;QD=16.4659;RBI=0.029075;REFB=-0.0147598;REVB=0.00282988;RO=54;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753354;STB=0.504235;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0207729;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:54:54:41:41:0.431579:24:17:22:32:24:17:22:32 chr16 71012855 . T C 476.88 PASS AF=0.584416;AO=44;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00215827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.021;QD=24.773;RBI=0.0259052;REFB=-0.018921;REVB=0.0258151;RO=32;SAF=20;SAR=24;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109834;STB=0.500869;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0147542;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:44:45:0.584416:24:20:15:17:24:21:15:17 chr16 71015329 . G T 318.52 PASS AF=0.235849;AO=50;DP=212;FAO=50;FDP=212;FR=.;FRO=162;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=88;FSRR=74;FWDB=0.00347721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.439;QD=6.00973;RBI=0.00920305;REFB=-0.00188136;REVB=-0.00852086;RO=162;SAF=29;SAR=21;SRF=88;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472388;STB=0.528576;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00517794;OID=.;OPOS=71015329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:212:162:162:50:50:0.235849:21:29:88:74:21:29:88:74 chr16 71025245 . C T 239.96 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00805479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.686;QD=17.4517;RBI=0.017017;REFB=-0.00695877;REVB=-0.01499;RO=28;SAF=19;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133909;STB=0.581519;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.007471;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:7:19:17:11:7:20:17:11 chr16 71026076 . C G 148.57 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0651888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1921;QD=10.8052;RBI=0.0699704;REFB=-0.0216703;REVB=-0.0254221;RO=35;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461626;STB=0.533298;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.043443;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:36:18:19:0.345455:7:11:20:15:7:12:21:15 chr16 71026098 . C T 92.56 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0356713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.038;QD=9.25604;RBI=0.0383645;REFB=-0.0209062;REVB=-0.0141206;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356989;STB=0.66637;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0316974;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:27:28:11:12:0.3:9:2:12:15:9:3:13:15 chr16 71054178 . T C 484.54 PASS AF=0.409091;AO=52;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=0.00872932;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175;QD=14.683;RBI=0.0144793;REFB=-0.00880882;REVB=0.011552;RO=75;SAF=18;SAR=34;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118663;STB=0.572945;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0102761;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:75:78:52:54:0.409091:34:18:34:41:36:18:35:43 chr16 71061495 . A G 540.4 PASS AF=0.401361;AO=59;DP=148;FAO=59;FDP=147;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=29;FWDB=-0.00739817;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0811;QD=14.7049;RBI=0.0114289;REFB=-0.0305106;REVB=-0.00871125;RO=84;SAF=40;SAR=19;SRF=57;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000724749;STB=0.505129;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0313764;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:84:88:59:59:0.401361:19:40:57:27:19:40:59:29 chr16 71094434 . G A 339.52 PASS AF=0.191358;AO=62;DP=322;FAO=62;FDP=324;FR=.;FRO=262;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=115;FSRR=147;FWDB=0.00391591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5161;QD=4.19161;RBI=0.0279343;REFB=-0.00425906;REVB=0.0276584;RO=249;SAF=25;SAR=37;SRF=111;SRR=138;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561711;STB=0.529643;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0164219;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:324:249:262:62:62:0.191358:37:25:111:138:37:25:115:147 chr16 71098649 . T C 442.79 PASS AF=0.42735;AO=49;DP=118;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0325947;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5553;QD=15.138;RBI=0.0362381;REFB=-0.0169279;REVB=0.0158363;RO=66;SAF=26;SAR=23;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152419;STB=0.501547;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0181621;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:66:67:49:50:0.42735:23:26:36:30:23:27:36:31 chr16 71100830 . T C 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0412208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.772;QD=3.33184;RBI=0.0413993;REFB=-0.00173734;REVB=0.00383955;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471477;STB=0.518946;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0108823;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:50:51:9:9:0.15:6:3:15:35:6:3:16:35 chr16 71101200 . T C 335.57 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.000177462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.208;QD=22.3714;RBI=0.0478025;REFB=-0.00810678;REVB=0.0478021;RO=26;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130384;STB=0.57195;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00937757;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:20:14:15:11:20:14:15:11 chr16 71101270 . C T 364.41 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0216255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.432;QD=23.8955;RBI=0.048366;REFB=0.00147026;REVB=-0.0432621;RO=25;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145121;STB=0.579666;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00132159;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:20:16:16:9:20:16:16:9 chr16 71103269 . T C 878.81 PASS AF=0.457286;AO=89;DP=198;FAO=91;FDP=199;FR=.;FRO=108;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=55;FSRR=53;FWDB=0.00831007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.58;QD=17.6646;RBI=0.0125961;REFB=-0.00789535;REVB=0.00946596;RO=107;SAF=42;SAR=47;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322816;STB=0.525943;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0090296;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:107:108:89:91:0.457286:47:42:54:53:49:42:55:53 chr16 71109904 . C A 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0196422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.99;QD=18.7852;RBI=0.0212384;REFB=-0.0233275;REVB=0.00807776;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0236264;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:20:13:13:20:20:13:13:20 chr16 71113780 . C T 115.66 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0280367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.095;QD=11.0147;RBI=0.0464114;REFB=-0.00509744;REVB=-0.036986;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10776;STB=0.555473;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.032563;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:4:10:17:10:4:10:18:10 chr16 71122408 . C T 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0563879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.031;QD=17.5581;RBI=0.0675764;REFB=0.016899;REVB=-0.0372422;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301757;STB=0.517222;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.028204;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:10:11:10:8:10:11 chr16 71163579 . C T 150.29 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=75;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00694062;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.285;QD=8.12363;RBI=0.0594007;REFB=-0.00685189;REVB=0.0589938;RO=54;SAF=9;SAR=12;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129874;STB=0.584535;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0145779;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:54:53:21:21:0.283784:12:9:29:25:12:9:29:24 chr16 71163606 . C T 169.25 PASS AF=0.306667;AO=22;DP=74;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0118403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.002;QD=9.02688;RBI=0.0132088;REFB=-0.0189614;REVB=-0.00585485;RO=51;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115362;STB=0.501741;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0459345;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:51:52:22:23:0.306667:11:11:25:26:12:11:25:27 chr16 71163693 . A G 339.09 PASS AF=0.555556;AO=33;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0187795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.786;QD=21.5293;RBI=0.0189629;REFB=-0.0476965;REVB=0.0026311;RO=28;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116448;STB=0.557677;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0384809;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:28:28:33:35:0.555556:11:22:15:13:12:23:15:13 chr16 71237702 . C T 324.75 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543009;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4395;QD=54.1244;RBI=0.0545043;REFB=0;REVB=-0.00470448;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057917;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr16 71264523 . T A 327.54 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191886;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2233;QD=54.5894;RBI=0.024398;REFB=0;REVB=0.0150685;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180523;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr16 71264561 . A G 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0317246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.451;QD=7.04871;RBI=0.0410127;REFB=-0.00168424;REVB=-0.0259922;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228223;STB=0.649727;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00381106;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:5:5:9:20:5:5:9:21 chr16 71316812 . A G 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0208825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.709;QD=18.9663;RBI=0.0219009;REFB=-0.0222889;REVB=-0.00660092;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162594;STB=0.592428;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0303811;OID=.;OPOS=71316812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:13:12:7:15:13:12 chr16 71318577 . T C 193.99 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0125211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.69;QD=16.8689;RBI=0.0154803;REFB=-0.0174713;REVB=0.00910291;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288883;STB=0.640888;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0277631;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:20:20:0.434783:12:8:17:7:12:8:17:9 chr16 71319646 . G A 769.62 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8119;QD=55.9727;RBI=0.0622412;REFB=0;REVB=0.062019;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623415;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:32:20:0:0:34:21:0:0 chr16 71509685 . C G 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0347806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.899;QD=26.4935;RBI=0.035154;REFB=-0.0139526;REVB=0.00511019;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125;STB=0.5693;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00743158;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:10:7:2:7:10:7:2:7 chr16 71660310 . G A 381.99 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2646;QD=52.6889;RBI=0.0979799;REFB=-0.053178;REVB=0.0806031;RO=1;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0253129;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:9:19:1:0:9:19:1:0 chr16 71668634 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.878;QD=53.277;RBI=0.0479669;REFB=0;REVB=0.0174177;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135399;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr16 71674882 . C G 191.1 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8033;QD=47.7756;RBI=0.05075;REFB=0;REVB=-0.0065936;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173569;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 71678932 . T C 340.69 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000699384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.046;QD=54.5102;RBI=0.030912;REFB=0;REVB=-0.0309041;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28758e-05;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr16 71679057 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.565;QD=44.6893;RBI=0.0670179;REFB=0;REVB=-0.0660066;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136443;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr16 71800384 . T A 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.462;QD=45.1044;RBI=0.0524058;REFB=-0.0826577;REVB=-0.0124925;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00101601;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:0:1:13:5:0:1 chr16 71884127 . CCTT C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0355207;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=202.686;QD=11.2565;RBI=0.038149;REFB=-0.0423703;REVB=0.0139151;RO=10;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763832;STB=0.583139;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.0586315;OID=.;OPOS=71884128;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:21:8:20:12:5:3:9:3:56:10:5:3:7:3 chr16 71885423 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0766889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.965;QD=12.3961;RBI=0.078399;REFB=0.0138615;REVB=-0.0162854;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0257852;OID=.;OPOS=71885423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr16 71886530 . T A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.873;QD=51.9164;RBI=0.0219159;REFB=0;REVB=-0.0111644;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52577e-05;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr16 71887103 . GT G 102.86 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0779008;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.0138;QD=13.2719;RBI=0.0886403;REFB=0.00101431;REVB=0.0422913;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.549291;STBP=0.595;TYPE=del;VARB=-0.00388557;OID=.;OPOS=71887104;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.483871:15:32:15:31:16:7:8:9:7:99:16:7:8:9:7 chr16 71889173 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.114;QD=64.4154;RBI=0.016751;REFB=0;REVB=0.0105155;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13561e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr16 71890489 . C G 844.37 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00998866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.221;QD=57.2454;RBI=0.0315654;REFB=0;REVB=0.0299433;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193052;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:16:41:0:0:18:41:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG,G 618.11 PASS AF=0.790323,0.0483871;AO=42,3;DP=62;FAO=49,3;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=20,3;FSAR=29,0;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.0199854,0.0385088;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=4,1;MLLD=212.229,67.9299;QD=39.8782;RBI=0.021444,0.0416857;REFB=-0.0351341,-0.0496567;REVB=-0.00777353,0.0159615;RO=11;SAF=17,3;SAR=25,0;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.193846,0.541412;STB=0.583588,0.993778;STBP=0.006,0.424;TYPE=ins,snp;VARB=0.00579363,-0.0114605;OID=.,.;OPOS=71981415,71981414;OREF=-,C;OALT=TTTG,G;OMAPALT=CTTTG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:11:10:42,3:49,3:0.790323,0.0483871:25,0:17,3:10:1:29,0:20,3:9:1 chr16 71983772 . G C 501.56 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.352;QD=59.0075;RBI=0.0716476;REFB=0;REVB=0.0128613;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343781;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr16 71986946 . A G 545.13 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00294355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2841;QD=57.3817;RBI=0.0114152;REFB=-0.0749364;REVB=0.0110292;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253062;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00211319;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:1:0:19:18:1:0 chr16 71986995 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00279459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.397;QD=52.6132;RBI=0.0124305;REFB=0;REVB=-0.0121123;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34574e-05;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr16 71988106 . C T 739.68 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.061;QD=54.7909;RBI=0.0545217;REFB=-0.170746;REVB=0.0510457;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0010839;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:19:34:0:1:19:34:0:1 chr16 72001136 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00874293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.266;QD=24.1061;RBI=0.0163938;REFB=-0.00310685;REVB=-0.0138679;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041074;STB=0.52567;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00129701;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:10:14:9:8:10:14:10:9 chr16 72007232 . G A 206.68 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00374629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.625;QD=13.1223;RBI=0.00462745;REFB=-0.0123305;REVB=0.00271636;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174696;STB=0.607509;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.016017;OID=.;OPOS=72007232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:38:25:25:0.396825:15:10:21:16:15:10:22:16 chr16 72007399 . C T 114.07 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0706638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.976;QD=18.2504;RBI=0.0715599;REFB=-0.0167777;REVB=0.0112893;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387481;STB=0.723321;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0274652;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:4:8:3:10:4:8 chr16 72011181 . G T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0103618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.45;QD=18.1541;RBI=0.021546;REFB=0.00751065;REVB=-0.0188908;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14936;STB=0.584339;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0106355;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:18:7:9:12:18:7 chr16 72011193 . A C 234.69 PASS AF=0.46;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00566557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8109;QD=18.7755;RBI=0.00744626;REFB=-0.000427058;REVB=0.00483199;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165817;STB=0.577295;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000686861;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:27:23:23:0.46:9:14:20:6:9:14:20:7 chr16 72011261 . A G 235.95 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000712235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5565;QD=13.4828;RBI=0.0119331;REFB=-0.00462038;REVB=-0.0119119;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890435;STB=0.557103;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00771615;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:42:28:28:0.4:14:14:24:17:14:14:25:17 chr16 72013797 . G C 135.97 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0357374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.85;QD=17.5444;RBI=0.0367965;REFB=-0.0168149;REVB=0.00876475;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236024;STB=0.513496;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0222827;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:6:10:9:6:6:10 chr16 72020134 . T C 283.24 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0201445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6385;QD=17.4303;RBI=0.036649;REFB=0.0283649;REVB=-0.0306162;RO=34;SAF=16;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150559;STB=0.508435;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0321135;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:15:16:17:17:15:16:17:17 chr16 72020294 . G A 80.37 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0423212;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6864;QD=15.309;RBI=0.0762009;REFB=-0.0581512;REVB=-0.0633679;RO=6;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296836;STB=0.678806;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0999209;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:21:21:6:11:10:10:0.47619:9:1:2:4:9:1:3:8 chr16 72020323 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.011115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.953;QD=15.5715;RBI=0.0178266;REFB=-0.0240787;REVB=-0.0139371;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192184;STB=0.613407;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0248326;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:4:8:9:2:4:8 chr16 72032231 . T A 169.62 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0212393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.244;QD=16.5481;RBI=0.0254366;REFB=0.00784245;REVB=-0.0139969;RO=23;SAF=13;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233898;STB=0.644561;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0129327;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:23:17:18:0.439024:4:13:13:10:4:14:13:10 chr16 72042682 . A C 643.11 PASS AF=0.907407;AO=46;DP=51;FAO=49;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0200512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.895;QD=47.6381;RBI=0.0434437;REFB=-0.0930296;REVB=0.0385396;RO=2;SAF=16;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013067;STB=0.521959;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000792468;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:54:2:3:46:49:0.907407:30:16:1:1:33:16:2:1 chr16 72184629 . C T 733.54 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0180935;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.379;QD=29.9402;RBI=0.0236184;REFB=-0.0194597;REVB=0.0151807;RO=36;SAF=24;SAR=38;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789284;STB=0.542843;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0100626;OID=.;OPOS=72184629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:38:24:18:18:38:24:18:18 chr16 72818965 . T TA 165.98 PASS AF=0.444444;AO=25;DP=64;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0016661;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.5351;QD=10.5381;RBI=0.0282907;REFB=-0.0119964;REVB=0.0282416;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621123;STB=0.525529;STBP=0.742;TYPE=ins;VARB=0.014465;OID=.;OPOS=72818966;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:25:64:28:63:35:18:10:21:14:99:36:16:9:21:15 chr16 72822296 . G A 238.53 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00220195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.949;QD=27.2604;RBI=0.0202227;REFB=-0.0156191;REVB=0.0201025;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107588;STB=0.559531;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0113103;OID=.;OPOS=72822296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:12:10:8:5:12:10:8:5 chr16 72827758 . T C 536.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.078;QD=59.6608;RBI=0.00884219;REFB=0;REVB=0.0074052;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.50173e-05;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:12:23:0:0:12:24:0:0 chr16 72828403 . A G 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0403622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.484;QD=8.69779;RBI=0.0440101;REFB=0.0066022;REVB=-0.0175438;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.693879;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.021083;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:6:8:2:5:6:8 chr16 72829630 . A G 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0100291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.843;QD=9.18822;RBI=0.030024;REFB=-0.0120259;REVB=0.0282994;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237362;STB=0.653205;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0300957;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:5:6:8:16:5:6:8:17 chr16 72832135 . T A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.491;QD=60.6094;RBI=0.038286;REFB=0;REVB=0.0337044;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148391;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr16 72991660 . C G 91.92 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0359483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4715;QD=18.383;RBI=0.0421136;REFB=-0.0146211;REVB=0.0219379;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241378;STB=0.639731;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0106235;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:5:4:8:3:5:4 chr16 72992667 . C G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0839707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1782;QD=25.4671;RBI=0.103016;REFB=0.0102267;REVB=0.0596766;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387747;STB=0.72665;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0040438;OID=.;OPOS=72992667;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:1:8:1:2:1:8:1:2 chr16 73143402 . C CAGA 303.43 PASS AF=0.862069;AO=22;DP=33;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00947138;FXX=0.121175;HRUN=1;LEN=3;MLLD=190.06;QD=41.8526;RBI=0.0132553;REFB=-0.0104841;REVB=-0.00927342;RO=7;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756942;STB=0.526739;STBP=0.534;TYPE=ins;VARB=0.00288481;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.862069:22:33:25:29:4:11:14:1:3:23:7:10:12:2:5 chr16 73512206 . C A 228.26 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0359257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6296;QD=21.7388;RBI=0.0489238;REFB=-0.0363205;REVB=-0.0332097;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272282;STB=0.657978;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0178318;OID=.;OPOS=73512206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:21:22:0.52381:8:13:6:14:8:14:6:14 chr16 74425299 . C T 96.08 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0297652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7525;QD=22.6063;RBI=0.0298462;REFB=-0.03602;REVB=0.00219653;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144541;STB=0.550468;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.026939;OID=.;OPOS=74425299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:17:6:6:10:11:0.647059:3:7:3:3:4:7:3:3 chr16 74425358 . G A 118.39 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0137174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.449;QD=8.76963;RBI=0.0220009;REFB=-0.00487924;REVB=-0.017201;RO=37;SAF=10;SAR=5;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048774;STB=0.502685;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0225246;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:37:38:15:16:0.296296:5:10:26:11:5:11:26:12 chr16 74425447 . C T 496.77 PASS AF=0.328042;AO=62;DP=190;FAO=62;FDP=189;FR=.;FRO=127;FSAF=47;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=58;FWDB=0.00748928;FXX=0.00526288;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.459;QD=10.5137;RBI=0.0210612;REFB=-0.0180495;REVB=-0.0196847;RO=124;SAF=47;SAR=15;SRF=67;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283133;STB=0.663451;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0400382;OID=.;OPOS=74425447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:189:124:127:62:62:0.328042:15:47:67:57:15:47:69:58 chr16 74425548 . A G 1385.69 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121321;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4362;QD=62.2782;RBI=0.0390477;REFB=0;REVB=0.0371151;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313956;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:88:89:1:38:50:0:0:38:51:0:0 chr16 74425569 . C T 85.4 PASS AF=0.180723;AO=15;DP=83;FAO=15;FDP=83;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.00630605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.919;QD=4.11588;RBI=0.0317724;REFB=-0.016064;REVB=-0.0311403;RO=66;SAF=9;SAR=6;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887469;STB=0.546735;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0675425;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:83:83:66:68:15:15:0.180723:6:9:35:31:6:9:37:31 chr16 74425702 . GG AA 151.07 PASS AF=0.258065;AO=10;DP=94;FAO=24;FDP=93;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0132111;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.962;QD=6.49753;RBI=0.0584106;REFB=-0.0130213;REVB=0.0568969;RO=64;SAF=8;SAR=2;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379982;STB=0.525585;STBP=0.802;TYPE=mnp;VARB=0.0381288;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:64:69:10:24:0.258065:2:8:32:32:13:11:34:35 chr16 74425732 . G T 279.23 PASS AF=0.343137;AO=33;DP=103;FAO=35;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00234778;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.207;QD=10.9501;RBI=0.0530477;REFB=-0.0321124;REVB=-0.0529958;RO=52;SAF=15;SAR=18;SRF=38;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292507;STB=0.599944;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0627291;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:52:67:33:35:0.343137:18:15:38:14:20:15:39:28 chr16 74425769 . C T 288.97 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00773676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8152;QD=11.7948;RBI=0.009721;REFB=-0.0252655;REVB=-0.0058856;RO=64;SAF=14;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169955;STB=0.598029;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0676443;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:20:14:36:28:20:14:36:28 chr16 74425787 . G T 238.59 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=86;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.00885498;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.724;QD=11.2277;RBI=0.0252628;REFB=-0.0159465;REVB=0.02366;RO=55;SAF=9;SAR=20;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290669;STB=0.67422;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0234032;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:55:56:29:29:0.341176:20:9:31:24:20:9:32:24 chr16 74425793 . T C 213.98 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0196385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.29;QD=10.5668;RBI=0.0233407;REFB=-0.0229486;REVB=-0.012614;RO=49;SAF=7;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320495;STB=0.716141;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0406554;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:54:27:27:0.333333:20:7:26:23:20:7:31:23 chr16 74425795 . G A 216.49 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00663075;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6468;QD=10.9617;RBI=0.0132874;REFB=-0.050878;REVB=-0.0115147;RO=51;SAF=7;SAR=20;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360173;STB=0.715503;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0290618;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:20:7:29:22:20:7:30:22 chr16 74425826 . G A 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0233643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.784;QD=12.5672;RBI=0.0235536;REFB=-0.00193752;REVB=-0.00298077;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231845;STB=0.637486;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00339926;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:11:4:12:14:11:4:12:14 chr16 74499589 . G A 875.02 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107468;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.038;QD=58.3345;RBI=0.0168866;REFB=0;REVB=0.0130255;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165444;OID=.;OPOS=74499589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr16 74750405 . G A 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0254352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.957;QD=14.171;RBI=0.0259064;REFB=-0.0213287;REVB=0.00491835;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341912;STB=0.538386;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.023745;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:11:12:10:10:0.454545:4:6:7:4:4:6:8:4 chr16 75146513 . C T 189.72 PASS AF=0.393443;AO=19;DP=57;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0895223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.365;QD=12.4405;RBI=0.0904938;REFB=-0.0188922;REVB=0.0132244;RO=37;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110765;STB=0.558013;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0261985;OID=.;OPOS=75146513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:37:37:19:24:0.393443:16:3:8:29:17:7:8:29 chr16 75204902 . A G 292.83 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=4.28509e-05;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7583;QD=26.0294;RBI=0.0395574;REFB=-0.0329313;REVB=-0.0395574;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103221;STB=0.557332;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0324088;OID=.;OPOS=75204902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:9:10:17:9:9:10 chr16 75238103 . C T 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0686956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5185;QD=57.3924;RBI=0.0703974;REFB=-0.096098;REVB=0.0153853;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00552326;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr16 75258617 . C T 82.3 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0143508;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.247;QD=19.3657;RBI=0.0404209;REFB=-0.025506;REVB=-0.0377876;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051088;STB=0.529353;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0160393;OID=.;OPOS=75258617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:3:4:5:5:3:4 chr16 75269267 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.696;QD=57.6804;RBI=0.0617808;REFB=0;REVB=0.0070999;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027297;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr16 75269534 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00288166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.194;QD=12.868;RBI=0.0689964;REFB=-0.0362789;REVB=0.0689362;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119984;STB=0.571292;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0343308;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:10:6:3:8:10:6 chr16 75271146 . CCG CCC,CC,C 277.74 PASS AF=0,0.210526,0.294737;AO=6,18,14;DP=98;FAO=0,20,28;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=0,5,18;FSAR=0,15,10;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.156742,0.220177,0.0701671;FXX=0.0206164;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=14.1465,11.4389,18.9764;QD=11.6943;RBI=0.158796,0.261751,0.13559;REFB=-0.0383855,-0.0908314,-0.0535547;REVB=-0.0254626,-0.141546,-0.116023;RO=45;SAF=4,0,10;SAR=2,18,4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.255114,-0.782416,0.331554;STB=0.5,0.524247,0.718549;STBP=1,0.833,0.006;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.128365,0.102953;OID=.,.,.;OPOS=75271148,75271148,75271147;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.210526,0.294737:6,18,14:98:0,20,28:95:47:0,5,18:0,15,10:13:34:99:45:4,0,10:2,18,4:20:25 chr16 75563330 . G A 120.35 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00298656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9961;QD=24.0697;RBI=0.0493977;REFB=-0.00702805;REVB=0.0493074;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206184;STB=0.51161;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00894129;OID=.;OPOS=75563330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:3:4:7:6:3:4 chr16 75563746 . T G 46.78 PASS AF=0.296296;AO=6;DP=25;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00107157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.277;QD=6.93058;RBI=0.016188;REFB=-0.0249524;REVB=-0.0161525;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829805;STB=0.538369;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0992961;OID=.;OPOS=75563746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:25:27:19:19:6:8:0.296296:1:5:15:4:2:6:15:4 chr16 75564287 . T C 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000785945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1049;QD=9.19845;RBI=0.0245018;REFB=-0.00643126;REVB=0.0244892;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0473129;OID=.;OPOS=75564287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:12:13:7:7:0.35:3:4:5:7:3:4:6:7 chr16 75590092 . G C 307.23 PASS AF=0.387097;AO=32;DP=88;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0391141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1024;QD=13.2141;RBI=0.0431611;REFB=-0.0632934;REVB=0.0182476;RO=55;SAF=22;SAR=10;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226155;STB=0.5852;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0689655;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:55:57:32:36:0.387097:10:22:27:28:14:22:27:30 chr16 76311602 . G GT 308.74 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.6763;QD=44.1053;RBI=0.0997064;REFB=0;REVB=0.0994338;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00237327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00516933;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:30:28:28:0:15:13:0:0:6:2:14:13:1:1 chr16 76321560 . G A 566.39 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0128384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4236;QD=21.3732;RBI=0.0134826;REFB=-0.0280778;REVB=0.0041175;RO=49;SAF=31;SAR=26;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583629;STB=0.532025;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0211695;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:49:57:57:0.537736:26:31:30:19:26:31:30:19 chr16 76486581 . AG GG,TA 191.81 PASS AF=0.393443,0;AO=22,3;DP=59;FAO=24,0;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=10,0;FSAR=14,0;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00925902,-0.00650797;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=197.295,83.3555;QD=12.5774;RBI=0.021831,0.0191467;REFB=-0.00857192,-0.00741451;REVB=-0.0197703,0.0180068;RO=31;SAF=10,0;SAR=12,3;SRF=16;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0629699,-0.548741;STB=0.509796,0.5;STBP=0.92,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0123661,0;OID=.,.;OPOS=76486581,76486581;OREF=A,AG;OALT=G,TA;OMAPALT=GG,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:37:22,3:24,0:0.393443,0:12,3:10,0:16:15:14,0:10,0:16:21 chr16 76532583 . A G 753.84 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00498597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5121;QD=62.8195;RBI=0.0113665;REFB=0;REVB=0.0102146;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65449e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:34:12:0:0:35:13:0:0 chr16 76587202 . T G 417.27 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=74;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0463523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9803;QD=22.5552;RBI=0.108519;REFB=-0.0333091;REVB=-0.098121;RO=33;SAF=23;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110692;STB=0.560946;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.025683;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:33:41:41:0.554054:18:23:14:19:18:23:14:19 chr16 76587331 . T C 559.68 PASS AF=0.428571;AO=60;DP=140;FAO=60;FDP=140;FR=.;FRO=80;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.0438146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.393;QD=15.9907;RBI=0.0443977;REFB=-0.00968616;REVB=-0.00717191;RO=79;SAF=24;SAR=36;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215481;STB=0.514965;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0131918;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:79:80:60:60:0.428571:36:24:30:49:36:24:30:50 chr16 76902847 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.588;QD=44.6897;RBI=0.070808;REFB=0;REVB=0.0492338;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173509;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 76902850 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.268;QD=44.6884;RBI=0.0224113;REFB=0;REVB=0.0178265;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723958;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 77228629 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8491;QD=39.2062;RBI=0.0123872;REFB=0;REVB=-0.00718528;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118971;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 77228866 . T C 685.83 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0976521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.595;QD=58.3688;RBI=0.104905;REFB=0.0297059;REVB=0.0383289;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00122571;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:0:2:45:45:0.957447:23:22:0:0:23:22:1:1 chr16 77233338 . C T 3469.62 PASS AF=1;AO=222;DP=226;FAO=223;FDP=223;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349978;FXX=0.0261997;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.997;QD=62.2354;RBI=0.0355453;REFB=-0.108439;REVB=0.00621501;RO=1;SAF=100;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140111;OID=.;OPOS=77233338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:226:223:1:0:222:223:1:122:100:1:0:122:101:0:0 chr16 77233394 . A G 3115.1 PASS AF=0.995146;AO=203;DP=205;FAO=205;FDP=206;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=129;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0514924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.455;QD=60.4873;RBI=0.0661965;REFB=-0.120229;REVB=0.0415993;RO=2;SAF=75;SAR=128;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125301;STB=0.503268;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000609424;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:206:2:1:203:205:0.995146:128:75:2:0:129:76:1:0 chr16 77317591 . T C 269.17 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0392943;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1429;QD=21.9729;RBI=0.0404586;REFB=-0.0478574;REVB=0.00963626;RO=24;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124989;STB=0.569977;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0436287;OID=.;OPOS=77317591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:24:25:25:0.510204:11:14:10:14:11:14:10:14 chr16 77323235 . C G,T 694.98 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=48,2;DP=50;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148024,-0.00914579;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.3,54.2932;QD=56.7326;RBI=0.0162038,0.0237086;REFB=0,0;REVB=0.0065918,-0.0218735;RO=0;SAF=24,1;SAR=24,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00477124,0.0250233;OID=.,.;OPOS=77323235,77323235;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:49:0:0:48,2:47,2:0.959184,0.0408163:24,1:24,1:0:0:23,1:24,1:0:0 chr16 77353973 . G T 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=-0.0391453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.68;QD=12.2739;RBI=0.0403248;REFB=-0.00893904;REVB=-0.00968152;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291519;STB=0.668132;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0317268;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:7:25:9:8:7:25 chr16 77359919 . A T 105.56 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00106621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.193;QD=11.4121;RBI=0.0373258;REFB=-0.00885998;REVB=0.0373105;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322518;STB=0.519201;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0288282;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:9:4:8:16:9:4:8:16 chr16 77389956 . A G 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0137818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.311;QD=16.4804;RBI=0.0140829;REFB=-0.00139306;REVB=-0.00289655;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00899099;STB=0.505149;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00239165;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:9:16:12:7:9:16 chr16 77401545 . A G 417.7 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0216323;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.259;QD=17.0491;RBI=0.0233871;REFB=-0.0133899;REVB=-0.00888825;RO=54;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076619;STB=0.547266;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0123251;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:55:43:43:0.438776:23:20:21:33:23:20:21:34 chr16 77769288 . C T 1522.43 PASS AF=0.464497;AO=156;DP=339;FAO=157;FDP=338;FR=.;FRO=181;FSAF=80;FSAR=77;FSRF=87;FSRR=94;FWDB=0.0460166;FXX=0.00294977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.476;QD=18.0169;RBI=0.0510094;REFB=-0.0209289;REVB=-0.0220098;RO=181;SAF=79;SAR=77;SRF=87;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250603;STB=0.515466;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0267788;OID=.;OPOS=77769288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:338:181:181:156:157:0.464497:77:79:87:94:77:80:87:94 chr16 77769369 . C T 2645.45 PASS AF=0.994186;AO=171;DP=173;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0774853;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.09;QD=61.5222;RBI=0.0778276;REFB=-0.082263;REVB=0.00729057;RO=1;SAF=59;SAR=112;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423107;STB=0.502222;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000196718;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:172:1:1:171:171:0.994186:112:59:0:1:112:59:0:1 chr16 77769834 . G A 450.59 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0103693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.988;QD=21.7152;RBI=0.0130752;REFB=-0.00913279;REVB=-0.00796492;RO=39;SAF=25;SAR=18;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125653;STB=0.573285;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00889313;OID=.;OPOS=77769834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:39:43:44:0.53012:18:25:17:22:18:26:17:22 chr16 77775672 . A G 170.53 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0124726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.476;QD=10.8273;RBI=0.0543319;REFB=-0.00921944;REVB=-0.0528809;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638582;STB=0.503722;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0156909;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:9:13:24:17:9:13:24:17 chr16 78013112 . T A 130.96 PASS AF=0.428571;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0124553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2913;QD=14.967;RBI=0.0300526;REFB=-0.0282494;REVB=0.0273501;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224506;STB=0.618879;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0350752;OID=.;OPOS=78013112;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:18:20:14:15:0.428571:10:4:9:9:11:4:9:11 chr16 78013123 . C T 459.13 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214786;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.356;QD=55.652;RBI=0.0214926;REFB=-0.112382;REVB=0.000776053;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0018993;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:21:11:0:0:21:11:0:1 chr16 78013882 . A T 715.92 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.163;QD=62.2543;RBI=0.0232453;REFB=0;REVB=0.0123836;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398412;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr16 78063000 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0380455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9794;QD=22.7234;RBI=0.062046;REFB=-0.0171857;REVB=-0.0490128;RO=16;SAF=15;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228408;STB=0.628894;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0198867;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:5:15:8:8:5:15:8:8 chr16 78063064 . G T 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.045037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5764;QD=18.6412;RBI=0.0457492;REFB=-0.0425056;REVB=-0.00804083;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249743;STB=0.514265;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.038252;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:8:5:5:9:8:5 chr16 78065139 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.755;QD=62.9829;RBI=0.0260631;REFB=0;REVB=0.0224358;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.84105e-05;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr16 78142308 . G T 93.9 PASS AF=0.444444;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0121644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.877;QD=20.8663;RBI=0.0295976;REFB=0.0222604;REVB=0.0269824;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.624687;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00828726;OID=.;OPOS=78142308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:18:6:6:6:8:0.444444:4:2:4:2:5:3:4:2 chr16 78312497 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.154;QD=50.4135;RBI=0.0192896;REFB=0;REVB=0.0158067;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85224e-05;OID=.;OPOS=78312497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr16 78586531 . T C 1084.15 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0151937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4395;QD=58.6029;RBI=0.0256409;REFB=-0.034225;REVB=-0.0206544;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.505616;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000464651;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:72:73:0.986486:44:28:0:0:44:29:0:1 chr16 79245786 . A G 163.32 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0100743;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.882;QD=9.20123;RBI=0.0102385;REFB=-0.0276331;REVB=-0.00182626;RO=49;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163425;STB=0.50965;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0585536;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:49:22:22:0.309859:15:7:15:34:15:7:15:34 chr16 79245930 . G C 193.87 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00501807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.605;QD=16.8584;RBI=0.00856819;REFB=-0.0106632;REVB=-0.00694499;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22793;STB=0.628457;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0132033;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:21:5:8:12:21:5 chr16 79245956 . C G 226.42 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00590307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.927;QD=17.0885;RBI=0.0134217;REFB=-0.00302754;REVB=-0.0120539;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150375;STB=0.584311;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00428304;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:20:8:11:14:20:8 chr16 79245961 . T C 233.48 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00764903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9177;QD=16.9804;RBI=0.0117423;REFB=-0.00844034;REVB=-0.00890921;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110533;STB=0.561998;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00478366;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:20:9:11:15:20:9 chr16 79633805 . TGCC T 106.16 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819286;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=241.392;QD=42.4642;RBI=0.0904584;REFB=0;REVB=0.0383462;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00122199;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:11:10:10:0:2:8:0:0:4:0:2:8:0:0 chr16 80718879 . A G 208.38 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00919462;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.649;QD=13.2304;RBI=0.0101048;REFB=-0.00500136;REVB=0.00419122;RO=37;SAF=8;SAR=17;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677717;STB=0.549889;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00841132;OID=.;OPOS=80718879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:37:38:25:25:0.396825:17:8:14:23:17:8:15:23 chr16 81050965 . A T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.524;QD=60.978;RBI=0.0115367;REFB=0;REVB=-0.0107774;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.68089e-06;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr16 81061827 . G A 1285.89 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416944;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4579;QD=61.9706;RBI=0.0450837;REFB=0;REVB=0.0171499;RO=1;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170379;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:1:0:83:83:1:53:30:0:1:53:30:0:0 chr16 81062171 . C T 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.328;QD=55.6469;RBI=0.0507694;REFB=0;REVB=0.0497967;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100099;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr16 81077915 . T C 191.59 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.313;QD=47.8965;RBI=0.042987;REFB=0;REVB=-0.00616328;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497504;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:9:5:0:0:9:7:0:0 chr16 81095363 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.576;QD=39.2068;RBI=0.11741;REFB=0;REVB=0.113829;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189644;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr16 81142257 . T C 515.95 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9765;QD=58.9652;RBI=0.113089;REFB=0;REVB=0.0487002;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013564;OID=.;OPOS=81142257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:26:6:0:0:28:7:0:0 chr16 81145807 . C G 1312.5 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8377;QD=61.7646;RBI=0.0251521;REFB=0;REVB=-0.0133031;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206207;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:43:41:0:0:43:42:0:0 chr16 81151122 . A C 708.44 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.484;QD=62.9728;RBI=0.115947;REFB=0;REVB=0.00771311;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000575906;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr16 81157324 . G A 551.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9272;QD=59.5767;RBI=0.059975;REFB=0;REVB=-0.0236217;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595512;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr16 81157385 . G T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1337;QD=53.9108;RBI=0.0411116;REFB=0;REVB=0.0362048;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450396;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr16 81161552 . C T 310.16 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266964;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.892;QD=53.9412;RBI=0.023296;REFB=0;REVB=0.0231425;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198086;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 81161569 . T G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4075;QD=54.5172;RBI=0.145948;REFB=0;REVB=-0.142902;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00224688;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr16 81161571 . T C 329.49 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019118;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5347;QD=54.9143;RBI=0.0765885;REFB=0;REVB=0.0741641;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285125;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr16 81161578 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.175;QD=53.277;RBI=0.0764587;REFB=0;REVB=0.0746627;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049748;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr16 81161608 . T C 470.26 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.792;QD=57.0011;RBI=0.0385343;REFB=0;REVB=-0.0353337;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.00205e-05;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr16 81173136 . T C 645.52 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0327;QD=58.6832;RBI=0.0207839;REFB=-0.0743086;REVB=0.0123593;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00357956;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:23:19:1:0:24:19:1:0 chr16 81175103 . G A 674.59 PASS AF=0.507576;AO=67;DP=132;FAO=67;FDP=132;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=54;FWDB=0.00741613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4617;QD=20.4421;RBI=0.0399735;REFB=-0.0444872;REVB=0.0392796;RO=65;SAF=28;SAR=39;SRF=11;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240692;STB=0.631238;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0403754;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:65:65:67:67:0.507576:39:28:11:54:39:28:11:54 chr16 81180995 . T C 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00532006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.353;QD=16.1154;RBI=0.0187385;REFB=-0.020374;REVB=-0.0179674;RO=29;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315996;STB=0.680253;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0136333;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:6:18:13:16:6:18:13:16 chr16 81181066 . G A 223.82 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00590436;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.879;QD=17.2167;RBI=0.0318082;REFB=-0.00938025;REVB=-0.0312554;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179402;STB=0.653337;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0158153;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:23:27:24:25:0.480769:7:17:12:11:7:18:12:15 chr16 81181097 . G T 211.78 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0166056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.488;QD=16.6104;RBI=0.0184101;REFB=-0.0284222;REVB=-0.00794889;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00611655;STB=0.503469;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0316478;OID=.;OPOS=81181097;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:10:13:16:12:10:13:16:12 chr16 81181783 . T C 130.42 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00739903;FXX=0.061212;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.366;QD=11.3406;RBI=0.0198362;REFB=-0.000198111;REVB=-0.0184046;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156924;STB=0.584499;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.000289592;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:46:30:31:15:15:0.326087:10:5:14:16:10:5:14:17 chr16 81181869 . T C 449.03 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.000241146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.106;QD=21.3825;RBI=0.0123158;REFB=-0.0213036;REVB=-0.0123134;RO=39;SAF=26;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146592;STB=0.567655;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0204281;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:40:43:44:0.52381:17:26:17:22:18:26:18:22 chr16 81183325 . T A 335.82 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00716048;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.661;QD=19.468;RBI=0.0083251;REFB=-0.00842294;REVB=0.00424674;RO=34;SAF=15;SAR=20;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898386;STB=0.549971;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00821352;OID=.;OPOS=81183325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:34:34:35:35:0.507246:20:15:18:16:20:15:18:16 chr16 81185412 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0446176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.515;QD=12.7822;RBI=0.0453586;REFB=0.00141174;REVB=0.00816549;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396837;STB=0.733421;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00181071;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:4:10:3:7:4:10 chr16 81185416 . A G 305.76 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.327;QD=53.1757;RBI=0.0702028;REFB=0;REVB=0.0237567;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125888;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr16 81185419 . G C 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0364946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.727;QD=9.4902;RBI=0.0365019;REFB=-0.0172131;REVB=0.000732761;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406201;STB=0.743692;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0509656;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:5:13:3:6:5:13 chr16 81190598 . T C 210.72 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00638437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.728;QD=19.156;RBI=0.0143241;REFB=-0.0206758;REVB=-0.0128226;RO=23;SAF=16;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.545409;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0192035;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:5:16:16:7:5:16:16:7 chr16 81190601 . T C,G 643.79 PASS AF=0.931818,0.0454545;AO=41,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=30,1;FSAR=11,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130254,-0.0469188;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=80.1634,20.1009;QD=58.5264;RBI=0.0180241,0.0503455;REFB=-0.0357379,-0.0455184;REVB=0.0124582,0.0182565;RO=0;SAF=30,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508193,0.665164;STBP=0.615,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00458289,0.173069;OID=.,.;OPOS=81190601,81190601;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:44:44:0:1:41,2:41,2:0.931818,0.0454545:11,1:30,1:0:0:11,1:30,1:1:0 chr16 81190613 . A G 212.5 PASS AF=0.45098;AO=24;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0165571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2268;QD=16.6665;RBI=0.0565289;REFB=-0.0212925;REVB=-0.0540497;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123435;STB=0.536201;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0284057;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:28:24:23:0.45098:8:16:21:6:7:16:21:7 chr16 81194382 . T C 607.58 PASS AF=0.572816;AO=59;DP=103;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.00908639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.929;QD=23.5952;RBI=0.0226472;REFB=-0.00678937;REVB=0.0207445;RO=43;SAF=31;SAR=28;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979721;STB=0.557565;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00616406;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:43:44:59:59:0.572816:28:31:28:15:28:31:29:15 chr16 81197207 . C T 167.9 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0139473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9037;QD=15.6188;RBI=0.0250518;REFB=0.00258643;REVB=0.0208102;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=-0.00237094;OID=.;OPOS=81197207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:12:6:10:15:12:6:10:15 chr16 81198306 . C A 264.32 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00860908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.438;QD=20.7307;RBI=0.0184377;REFB=-0.00921767;REVB=-0.0163044;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238106;STB=0.513265;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00746849;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:14:10:12:15:14:10 chr16 81199520 . T C 464.82 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4067;QD=58.1026;RBI=0.0434491;REFB=0;REVB=0.030742;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92762e-07;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr16 81199538 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00535701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1001;QD=55.0961;RBI=0.0366714;REFB=0;REVB=0.036278;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632929;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr16 81199544 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.446;QD=52.6088;RBI=0.0447924;REFB=0;REVB=-0.00305792;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000381034;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr16 81199554 . CA TG 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106443;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.524;QD=50.4135;RBI=0.106862;REFB=0;REVB=-0.00945689;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000958826;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr16 81208175 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00502654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.079;QD=19.6969;RBI=0.0183768;REFB=-0.00637993;REVB=0.017676;RO=22;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12761;STB=0.572447;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0120517;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:6:15:13:9:6:15:13:9 chr16 81208203 . G T 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.000289187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.803;QD=19.941;RBI=0.0263414;REFB=-0.0254887;REVB=-0.0263398;RO=29;SAF=19;SAR=13;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667621;STB=0.503709;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0226883;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:13:19:17:12:13:19:17:12 chr16 81208515 . G A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0676304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.137;QD=11.257;RBI=0.0676486;REFB=0.0154734;REVB=0.00157261;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0207703;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:3:9:6:2:3:9 chr16 81209207 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.684;QD=50.4104;RBI=0.0159327;REFB=0;REVB=-0.00907211;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06068e-05;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr16 81209234 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0249521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.656;QD=14.7986;RBI=0.034721;REFB=-0.0163319;REVB=-0.0241441;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195771;STB=0.615163;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0301685;OID=.;OPOS=81209234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:7:6:3:8:7:6 chr16 81211496 . C A 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0526995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.11;QD=14.1389;RBI=0.0550069;REFB=-0.0209281;REVB=0.0157646;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231444;STB=0.636628;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0286214;OID=.;OPOS=81211496;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:11:3:8:12:11:3:8:12 chr16 81211548 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0190344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9032;QD=18.8283;RBI=0.0211956;REFB=-0.023306;REVB=-0.00932442;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198794;STB=0.613284;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0272584;OID=.;OPOS=81211548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:11:11:14:6:11:11 chr16 81213378 . A G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0106004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.429;QD=9.13235;RBI=0.0190979;REFB=-0.00731906;REVB=-0.0158859;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283441;STB=0.67653;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0153041;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:2:8:13:9:2:8:13:9 chr16 81219187 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.0560057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.552;QD=16.0285;RBI=0.057512;REFB=-0.00457921;REVB=0.0130763;RO=29;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09916;STB=0.560931;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00736441;OID=.;OPOS=81219187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:30:25:25:0.454545:20:5:4:25:20:5:4:26 chr16 81232275 . G A 37.74 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0319555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.719;QD=9.43576;RBI=0.0378392;REFB=-0.0165736;REVB=0.0202645;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0324756;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:6:4:2:4:6:4 chr16 81232564 . T G 476.92 PASS AF=0.385714;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.029699;FXX=0.0070917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9303;QD=13.6263;RBI=0.0454908;REFB=-0.0042968;REVB=-0.0344584;RO=84;SAF=21;SAR=33;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574843;STB=0.540968;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00537495;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:84:86:54:54:0.385714:33:21:37:47:33:21:39:47 chr16 81241098 . C T 68.95 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000617222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.854;QD=5.99536;RBI=0.00387374;REFB=-0.0153003;REVB=0.00382425;RO=36;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187761;STB=0.620451;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0552883;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:4:6:16:20:4:6:16:20 chr16 81241100 . G C 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00151288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.707;QD=7.08572;RBI=0.00179706;REFB=-0.00399707;REVB=-0.000969856;RO=34;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124755;STB=0.578172;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0101622;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:5:6:15:19:5:6:15:19 chr16 81242102 . G A 101.59 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0120735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.071;QD=8.64566;RBI=0.0120925;REFB=0.00012881;REVB=0.000678466;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062043;STB=0.560343;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000796612;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:31:34:13:13:0.276596:4:9:20:11:4:9:21:13 chr16 81242194 . T C 110.5 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=45;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0076775;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.361;QD=9.02069;RBI=0.0252133;REFB=-0.028715;REVB=-0.024016;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355243;STB=0.51019;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.071612;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:34:35:9:14:0.285714:7:2:17:17:7:7:18:17 chr16 81248716 . C T 3045.42 PASS AF=0.994872;AO=193;DP=195;FAO=194;FDP=195;FR=.;FRO=1;FSAF=110;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00705501;FXX=0.00510178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.214;QD=62.4701;RBI=0.011721;REFB=-0.0593151;REVB=-0.00935995;RO=1;SAF=109;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434915;STB=0.502262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.78423e-05;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:195:195:1:1:193:194:0.994872:84:109:1:0:84:110:1:0 chr16 81279120 . T C 185.32 PASS AF=0.42;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00908199;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.857;QD=14.8255;RBI=0.0236819;REFB=0.00546912;REVB=0.0218712;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148006;STB=0.578234;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.00775857;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:28:29:21:21:0.42:5:16:18:10:5:16:19:10 chr16 81295902 . T C 110.08 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.022887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.82;QD=17.612;RBI=0.0405433;REFB=-0.0169071;REVB=0.0334655;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.634379;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0130317;OID=.;OPOS=81295902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:10:2:4:8:11:2:4:8 chr16 81413522 . TT TG,TGT 242.68 PASS AF=0.0144928,0.391304;AO=7,18;DP=74;FAO=1,27;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=1,20;FSAR=0,7;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0156038,-0.0130784;FXX=0.0799893;HRUN=12,0;LEN=1,1;MLLD=239.278,239.278;QD=14.0681;RBI=0.0182928,0.0160431;REFB=-0.0169888,-0.0156589;REVB=-0.00954703,-0.00929163;RO=23;SAF=7,11;SAR=0,7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699993,0.0024826;STB=0.987444,0.577367;STBP=0.493,0.337;TYPE=snp,ins;VARB=0.00426497,0.0205986;OID=.,.;OPOS=81413523,81413523;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0144928,0.391304:7,18:74:1,27:69:41:1,20:0,7:26:15:99:23:7,11:0,7:14:9 chr16 81497952 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00801084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.144;QD=58.1419;RBI=0.0112005;REFB=0;REVB=0.00782804;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8017e-05;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr16 81641226 . C T 195.15 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0225134;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.849;QD=15.3062;RBI=0.0230249;REFB=-0.0173568;REVB=0.00482661;RO=30;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179026;STB=0.612577;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0220449;OID=.;OPOS=81641226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:30:29:22:22:0.431373:12:10:19:11:12:10:19:10 chr16 81679151 . A G 346.25 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0618914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.733;QD=32.2095;RBI=0.0631247;REFB=-0.0140561;REVB=-0.0124172;RO=14;SAF=21;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197627;STB=0.608616;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0105579;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:8:21:6:8:8:21:6:8 chr16 81726863 . C G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.54872e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.558;QD=59.8559;RBI=0.0108109;REFB=0;REVB=0.0108105;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37254e-05;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr16 81743328 . A G 245.14 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0227438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4413;QD=15.5644;RBI=0.0444854;REFB=0.00601278;REVB=-0.0382318;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983468;STB=0.563591;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.0118135;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:35:28:28:0.444444:12:16:16:18:12:16:16:19 chr16 81819768 . T C 758.12 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00926617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.834;QD=53.2013;RBI=0.0201327;REFB=-0.0315339;REVB=0.0178736;RO=2;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285388;STB=0.515146;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00284738;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:2:2:53:55:0.964912:32:21:0:2:32:23:0:2 chr16 81892708 . T A 42.66 PASS AF=0.388889;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0167919;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.886;QD=9.47888;RBI=0.0295026;REFB=-0.0185216;REVB=-0.0242577;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420034;STB=0.756881;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0224332;OID=.;OPOS=81892708;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:18:12:11:6:7:0.388889:2:4:3:9:2:5:3:8 chr16 81902079 . T C,G 785.62 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=52,3;DP=55;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035534,0.0329624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.7227,31.3651;QD=56.1157;RBI=0.0471461,0.0712612;REFB=0,0;REVB=0.0309853,0.0631794;RO=0;SAF=17,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.31071e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00271921,0.0603466;OID=.,.;OPOS=81902079,81902079;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:55:56:0:0:52,3:53,3:0.946429,0.0535714:35,2:17,1:0:0:35,2:18,1:0:0 chr16 81902139 . G C 994.53 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174364;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9844;QD=59.3751;RBI=0.0190761;REFB=0;REVB=0.00773766;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150941;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr16 81929488 . C T 1476.94 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.687;QD=62.1871;RBI=0.0470161;REFB=-0.10351;REVB=0.0174237;RO=1;SAF=52;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903078;STB=0.504761;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000370941;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:93:94:0.989474:41:52:1:0:42:52:1:0 chr16 81941319 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.092;QD=59.0187;RBI=0.0558596;REFB=0;REVB=0.0542302;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239654;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr16 82033249 . T C 80.16 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000528477;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.255;QD=10.0199;RBI=0.000531922;REFB=0.00214241;REVB=-6.04432e-05;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03601;STB=0.544827;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0026089;OID=.;OPOS=82033249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:32:19:21:10:11:0.34375:6:4:7:12:7:4:9:12 chr16 82101827 . C T 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00294491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.042;QD=14.0453;RBI=0.00765816;REFB=-0.0158622;REVB=-0.00706929;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132711;STB=0.565965;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0388301;OID=.;OPOS=82101827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:8:10:12:16:8:10:13:16 chr16 82182354 . G A 191.13 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=60;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0118927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.461;QD=12.5334;RBI=0.0122682;REFB=-0.0105685;REVB=0.00301213;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615807;STB=0.544268;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.016664;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:37:37:22:24:0.393443:7:15:27:10:8:16:27:10 chr16 82203711 . G T 35.79 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0154135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6368;QD=6.22512;RBI=0.0157811;REFB=-0.0158553;REVB=0.00338615;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161893;STB=0.605698;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0851668;OID=.;OPOS=82203711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:9:8:2:4:9:8 chr16 82203742 . T C 36.62 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0607817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7678;QD=7.3231;RBI=0.0636584;REFB=0.00143846;REVB=-0.0189203;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784305;STB=0.549835;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.00674118;OID=.;OPOS=82203742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:6:8:3:3:6:8 chr16 82487931 . T C 236.12 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0123113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.799;QD=19.2748;RBI=0.0247246;REFB=-0.0070827;REVB=-0.0214415;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421663;STB=0.523789;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00830586;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:18:8:8:15:18:8 chr16 82673047 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.786;QD=57.2377;RBI=0.0316483;REFB=0;REVB=0.0279047;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63347e-05;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr16 83065664 . G A 566.29 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-8.63545e-05;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.154;QD=24.3565;RBI=0.0368159;REFB=-0.0281244;REVB=0.0368158;RO=41;SAF=28;SAR=24;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040816;STB=0.522379;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0232458;OID=.;OPOS=83065664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:41:52:52:0.55914:24:28:20:21:24:28:20:21 chr16 83205185 . G T 51.79 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0100768;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.996;QD=15.9353;RBI=0.0123897;REFB=-0.0274572;REVB=-0.00720855;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0223083;OID=.;OPOS=83205185;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:5:1:1:6:5:1 chr16 83214480 . C A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0412375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.004;QD=16.3859;RBI=0.0420769;REFB=-0.00615013;REVB=0.00836269;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00466348;OID=.;OPOS=83214480;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:4:4:5:4:4:4 chr16 83817019 . A G 188.73 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0206504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.045;QD=29.0355;RBI=0.0206819;REFB=-0.0119129;REVB=0.00114218;RO=8;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219412;STB=0.521715;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0028391;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:8:8:17:18:0.692308:10:7:3:5:10:8:3:5 chr16 83941865 . G C 141.33 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0415504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.469;QD=13.4599;RBI=0.0442137;REFB=-0.0182771;REVB=-0.0151135;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100129;STB=0.558211;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0230091;OID=.;OPOS=83941865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:9:17:9:7:9:17 chr16 83949765 . C T 383.12 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.013634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6513;QD=22.8728;RBI=0.0347813;REFB=-0.0159165;REVB=-0.0319978;RO=29;SAF=13;SAR=25;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237472;STB=0.501307;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0201956;OID=.;OPOS=83949765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:25:13:10:19:25:13:10:19 chr16 83983071 . C T 695.9 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0610726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.347;QD=60.513;RBI=0.0870105;REFB=-0.212175;REVB=0.0619754;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00377974;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chr16 83984776 . A C 687.37 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0341113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4499;QD=50.9164;RBI=0.0477184;REFB=-0.0256345;REVB=-0.0333686;RO=3;SAF=4;SAR=47;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846853;STB=0.550438;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00448924;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:54:54:3:2:51:52:0.962963:47:4:1:2:48:4:1:1 chr16 83984844 . A C 742.29 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019199;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.025;QD=57.0994;RBI=0.0251774;REFB=0;REVB=0.016288;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110583;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 83984850 . C G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.769;QD=64.413;RBI=0.0174042;REFB=0;REVB=0.015291;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69583e-05;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr16 84005801 . G A 285.06 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=-0.0272487;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.885;QD=20.3612;RBI=0.0298803;REFB=0.0051024;REVB=0.0122614;RO=26;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242784;STB=0.638411;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00484879;OID=.;OPOS=84005801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:29:30:0.535714:14:15:6:20:14:16:6:20 chr16 84012104 . T C 241.56 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0182856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.911;QD=21.9599;RBI=0.0204402;REFB=-0.0112474;REVB=0.00913463;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177488;STB=0.587351;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00948619;OID=.;OPOS=84012104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:10:13:7:13:10:13:8:13 chr16 84014482 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.010221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.786;QD=17.9407;RBI=0.0162386;REFB=-0.0285425;REVB=-0.0126183;RO=22;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169672;STB=0.596755;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0341427;OID=.;OPOS=84014482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:7:12:10:12:7:12:10:12 chr16 84028014 . C G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00388869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.837;QD=12.3947;RBI=0.015992;REFB=-0.0098991;REVB=0.015512;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106491;STB=0.562414;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0126624;OID=.;OPOS=84028014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:8:16:8:6:8:16 chr16 84035446 . C G 508.85 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0193844;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.789;QD=18.337;RBI=0.0193863;REFB=-0.0118917;REVB=-0.000272456;RO=56;SAF=18;SAR=36;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775605;STB=0.549001;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0110625;OID=.;OPOS=84035446;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:57:54:54:0.486486:36:18:23:33:36:18:24:33 chr16 84070500 . C G 269.46 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.65;QD=51.3256;RBI=0.0585053;REFB=0;REVB=-0.0236782;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028254;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 84100173 . C T 104.33 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00313309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.735;QD=10.433;RBI=0.0194694;REFB=-0.00984053;REVB=-0.0192156;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283347;STB=0.670321;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0345121;OID=.;OPOS=84100173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:15:12:9:4:15:12 chr16 84115483 . G A 1054.23 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0184863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.272;QD=56.9853;RBI=0.0234798;REFB=-0.0847586;REVB=0.0144761;RO=2;SAF=42;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00437595;STB=0.502314;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000464214;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:30:42:1:1:30:42:1:1 chr16 84217062 . C T 422.78 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0791147;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9812;QD=54.552;RBI=0.0793791;REFB=-0.114108;REVB=-0.00647283;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404935;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00127512;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:1:0:19:11:1:0 chr16 84218565 . T C 178.94 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0282047;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.92;QD=29.8234;RBI=0.04692;REFB=-0.00907925;REVB=0.0374965;RO=7;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355888;STB=0.699733;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00366396;OID=.;OPOS=84218565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:7:7:17:17:0.708333:14:3:5:2:14:3:5:2 chr16 84228237 . A T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0201221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.539;QD=15.2625;RBI=0.031206;REFB=-0.0253194;REVB=0.0238519;RO=16;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337445;STB=0.713862;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0211756;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:12:13:0.448276:11:1:4:12:12:1:4:12 chr16 84229559 . T C 275.73 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0402636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.927;QD=25.6493;RBI=0.0431538;REFB=-0.0035764;REVB=-0.0155274;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651788;STB=0.521804;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00230598;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:11:14:11:6:11:14:11:7 chr16 84256410 . C T 604.46 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00202945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.087;QD=24.4225;RBI=0.0313753;REFB=-0.0182282;REVB=0.0313095;RO=43;SAF=29;SAR=26;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125568;STB=0.512137;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0175909;OID=.;OPOS=84256410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:44:55:55:0.555556:26:29:22:21:26:29:22:22 chr16 84256433 . G C 44.02 PASS AF=0.114754;AO=16;DP=123;FAO=14;FDP=122;FR=.,HEALED;FRO=108;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.178253;FXX=0.00812942;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.6626;QD=1.44327;RBI=0.228469;REFB=-0.0344313;REVB=-0.142912;RO=67;SAF=1;SAR=15;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.637122;STB=0.925749;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.181521;OID=.;OPOS=84256433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:123:122:67:108:16:14:0.114754:15:1:35:32:13:1:59:49 chr16 84270381 . G A 619.85 PASS AF=0.496063;AO=63;DP=127;FAO=63;FDP=127;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0181502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0791;QD=19.5229;RBI=0.0386848;REFB=0.0076276;REVB=0.0341627;RO=64;SAF=31;SAR=32;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642383;STB=0.535453;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00856274;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:64:64:63:63:0.496063:32:31:36:28:32:31:36:28 chr16 84360533 . A G 85.0 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.092093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4765;QD=22.6663;RBI=0.0949427;REFB=-0.0186186;REVB=0.0230865;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0168548;OID=.;OPOS=84360533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:2:3:5:5:2:3 chr16 84438505 . C T 706.08 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1505;QD=62.7628;RBI=0.0704968;REFB=0;REVB=-0.0701729;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000680873;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr16 84438512 . G A 689.25 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.145;QD=62.6589;RBI=0.061482;REFB=0;REVB=-0.0397655;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110679;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr16 84444349 . A C 674.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00917102;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.741;QD=62.7374;RBI=0.0192289;REFB=0;REVB=0.016901;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380219;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr16 84476200 . A T 262.49 PASS AF=0.585366;AO=22;DP=39;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0189587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.322;QD=25.609;RBI=0.0211847;REFB=-0.0134321;REVB=0.00945299;RO=17;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707999;STB=0.55068;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0121254;OID=.;OPOS=84476200;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:17:17:22:24:0.585366:17:5:5:12:19:5:5:12 chr16 84485573 . C A 711.06 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8087;QD=55.7694;RBI=0.0799865;REFB=0;REVB=0.0798297;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119625;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:48:51:1:24:24:0:0:27:24:0:0 chr16 84493144 . C G 539.1 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.307;QD=59.9;RBI=0.063085;REFB=0;REVB=0.0443064;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303764;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr16 84494020 . G T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171148;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.162;QD=51.1826;RBI=0.0711421;REFB=0;REVB=0.0711215;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360346;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr16 84494275 . C T 169.31 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0366328;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.523;QD=16.5177;RBI=0.0386193;REFB=-0.0309585;REVB=0.0122267;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.501423;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0428954;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:23:18:18:0.439024:7:11:9:9:7:11:14:9 chr16 84516309 . G A 780.19 PASS AF=1;AO=45;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.507;QD=56.7413;RBI=0.0655636;REFB=0;REVB=0.0116032;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000672119;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:45:55:1:31:14:0:0:31:24:0:0 chr16 84520325 . T C 173.19 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00155065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9494;QD=46.1829;RBI=0.0749796;REFB=0;REVB=0.0749636;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000742515;OID=.;OPOS=84520325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr16 84520396 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.121;QD=56.7057;RBI=0.0619018;REFB=0;REVB=-0.0560138;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166336;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr16 84520537 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000683165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.541;QD=64.4151;RBI=0.000702756;REFB=0;REVB=0.000164777;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40907e-06;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr16 84522897 . G C 612.97 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1481;QD=61.2973;RBI=0.0664303;REFB=0;REVB=0.0644913;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452287;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr16 84600347 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.369;QD=56.705;RBI=0.0224723;REFB=0;REVB=-0.00541451;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.66223e-05;OID=.;OPOS=84600347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr16 84778685 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0278358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.265;QD=8.81088;RBI=0.0298558;REFB=-0.00537722;REVB=0.0107954;RO=10;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391993;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00626803;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:5:1:5:5:5:1:5:6 chr16 84778762 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00507918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.861;QD=9.44481;RBI=0.00563716;REFB=-0.00614578;REVB=0.0024453;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.545299;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0318588;OID=.;OPOS=84778762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:4:6:4:2:4:6 chr16 84779248 . T G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00650922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.019;QD=11.9536;RBI=0.0181036;REFB=-0.00463493;REVB=-0.0168929;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240651;STB=0.639715;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00690639;OID=.;OPOS=84779248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:6:2:1:10:6:2:1:10 chr16 84796603 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0496174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2911;QD=6.52618;RBI=0.0619263;REFB=0.00619966;REVB=0.0370538;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195617;STB=0.624653;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.0238126;OID=.;OPOS=84796603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:8:12:3:4:8:12 chr16 84883102 . C T 156.99 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00842815;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.549;QD=16.1015;RBI=0.00843918;REFB=-0.00928956;REVB=0.000431348;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492737;STB=0.528269;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.015624;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:10:7:8:14:10:7:8:14 chr16 84922859 . C T 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.661;QD=59.4237;RBI=0.0608646;REFB=0;REVB=0.0230292;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578117;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr16 84942638 . T G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0130941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.113;QD=7.12548;RBI=0.0148021;REFB=-0.0101093;REVB=0.00690257;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131357;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.02278;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:7:11:5:2:7:11 chr16 85008645 . G A 171.14 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0631545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.892;QD=17.5528;RBI=0.0671742;REFB=-0.00527204;REVB=-0.0228887;RO=21;SAF=17;SAR=1;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.707924;STB=0.91343;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0112537;OID=.;OPOS=85008645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:1:17:7:14:1:17:7:14 chr16 85009463 . T C 112.27 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0520521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.34;QD=16.6323;RBI=0.0531063;REFB=-0.01191;REVB=0.0105287;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.515128;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00848573;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:5:9:8:5:5:9 chr16 85009970 . A G 600.57 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018709;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.525;QD=61.5966;RBI=0.027777;REFB=0;REVB=0.0205314;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12902e-05;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr16 85112002 . T G 851.92 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0492582;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.868;QD=55.8634;RBI=0.0494822;REFB=-0.0512776;REVB=-0.00470318;RO=3;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00769443;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0092017;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:3:1:58:60:0.983607:34:24:1:2:36:24:1:0 chr16 85705880 . C T 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00356479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.064;QD=11.6165;RBI=0.0158715;REFB=0.0016775;REVB=-0.015466;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32918;STB=0.690788;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00418747;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:7:12:11:23:7:12:11:23 chr16 85705901 . G A 171.76 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0120289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.686;QD=11.0812;RBI=0.0169564;REFB=-0.00218964;REVB=-0.011951;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24188;STB=0.639649;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00274498;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:13:27:10:12:13:27 chr16 85706047 . A C,G 543.05 PASS AF=0.833333,0.0952381;AO=35,4;DP=42;FAO=35,4;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=11,2;FSAR=24,2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0162402,-0.0014982;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=66.8349,35.6323;QD=51.7193;RBI=0.0162838,0.00396876;REFB=-0.173072,-0.0393654;REVB=0.00119095,-0.00367511;RO=1;SAF=11,2;SAR=24,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0406249,-0.166656;STB=0.559965,0.713404;STBP=0.031,0.323;TYPE=snp,snp;VARB=0.0137316,0.0603235;OID=.,.;OPOS=85706047,85706047;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:42:42:1:3:35,4:35,4:0.833333,0.0952381:24,2:11,2:1:0:24,2:11,2:3:0 chr16 85707289 . C G 160.54 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0167721;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.467;QD=18.3478;RBI=0.0169136;REFB=0.000723817;REVB=0.00218343;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207948;STB=0.598202;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.000463653;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:18:17:17:0.485714:13:4:7:9:13:4:7:11 chr16 85711860 . C T 601.21 PASS AF=0.545455;AO=56;DP=106;FAO=60;FDP=110;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=47;FSRF=9;FSRR=41;FWDB=0.0539267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.668;QD=21.8622;RBI=0.0539931;REFB=-0.0306118;REVB=0.00267772;RO=50;SAF=11;SAR=45;SRF=9;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226743;STB=0.525244;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0248838;OID=.;OPOS=85711860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:50:50:56:60:0.545455:45:11:9:41:47:13:9:41 chr16 85813231 . A C 135.05 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0328419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4651;QD=16.8811;RBI=0.0414475;REFB=-0.014892;REVB=0.0252846;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165929;STB=0.594918;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0177347;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:6:11:7:8:6:11 chr16 85814899 . T TAGTC 416.47 PASS AF=0.842105;AO=31;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00136478;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=225.682;QD=43.839;RBI=0.0162364;REFB=-0.0690932;REVB=-0.016179;RO=6;SAF=21;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059497;STB=0.533561;STBP=0.363;TYPE=ins;VARB=0.0115793;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:31:38:32:38:6:22:10:3:3:33:6:21:10:3:3 chr16 85834818 . G A 253.16 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0167627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2859;QD=15.1141;RBI=0.0289666;REFB=-0.0173352;REVB=-0.0236237;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159072;STB=0.50052;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135369;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:38:29:29:0.432836:13:16:21:16:13:16:21:17 chr16 85838653 . T C 741.81 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107302;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.444;QD=57.0622;RBI=0.0463683;REFB=0;REVB=0.0451096;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408651;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr16 85839211 . G C 255.11 PASS AF=0.467742;AO=23;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0201588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.7019;QD=16.459;RBI=0.0202144;REFB=-0.0489291;REVB=-0.00149753;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825497;STB=0.517796;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0652688;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:23:33:23:29:0.467742:15:8:10:13:21:8:10:23 chr16 86069722 . A G 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0222;QD=59.4265;RBI=0.0246131;REFB=0;REVB=-0.0236835;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00022637;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr16 86547496 . C T 298.1 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0116486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0461;QD=23.8478;RBI=0.0120018;REFB=-0.0120496;REVB=0.00288981;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0997665;STB=0.555514;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00968242;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:10:13:12:15:10:13 chr16 86564671 . G T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00664008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4233;QD=12.0243;RBI=0.021295;REFB=0.0142347;REVB=-0.0202333;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205969;STB=0.638063;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0236972;OID=.;OPOS=86564671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:4:8:9:10:4:8:9:11 chr16 86565826 . C G 754.58 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026454;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.5084;QD=55.8947;RBI=0.0295038;REFB=0;REVB=-0.0130636;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73303e-05;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:26:26:1:0:26:28:0:0 chr16 86565870 . TC T,TG 40.64 PASS AF=0.204545,0.0227273;AO=6,3;DP=46;FAO=9,1;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4,0;FSAR=5,1;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.113513,-0.0395706;FXX=0.0638162;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=17.8045,229.448;QD=3.69435;RBI=0.128681,0.0416776;REFB=-0.0495609,-0.0024733;REVB=0.0606102,-0.0130837;RO=30;SAF=4,0;SAR=2,3;SRF=24;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.420455,0;SSSB=-0.203123,-0.706636;STB=0.742139,0.994897;STBP=0.159,0.139;TYPE=del,snp;VARB=0.100666,0.131984;OID=.,.;OPOS=86565871,86565871;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204545,0.0227273:6,3:46:9,1:44:34:4,0:5,1:26:8:30:30:4,0:2,3:24:6 chr16 86566039 . C T 251.76 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0395713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.258;QD=22.379;RBI=0.0431046;REFB=-0.0157266;REVB=-0.0170915;RO=21;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529031;STB=0.502956;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0289473;OID=.;OPOS=86566039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:15:9:8:13:15:9:8:13 chr16 86566042 . G A 235.38 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0344509;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.86;QD=21.8959;RBI=0.0344514;REFB=-0.0118865;REVB=-0.000179198;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524711;STB=0.520325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0175761;OID=.;OPOS=86566042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:22:23:0.534884:13:9:7:13:14:9:7:13 chr16 86574818 . C G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00273113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.719;QD=14.6539;RBI=0.0140412;REFB=-0.0108862;REVB=0.013773;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122286;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:2:6:6:2:2:6 chr16 86575737 . C T 115.57 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00554327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4569;QD=19.2619;RBI=0.0433214;REFB=-0.0400134;REVB=0.0429653;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232786;STB=0.631394;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0201072;OID=.;OPOS=86575737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:9:2:6:7:9:2 chr16 86614217 . G C 162.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00636981;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.623;QD=25.9277;RBI=0.0247883;REFB=-0.0170868;REVB=0.0239559;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357466;STB=0.519975;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0204983;OID=.;OPOS=86614217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:26:25:9:9:16:16:0.64:8:8:5:4:8:8:5:4 chr16 86614222 . A C 167.16 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0291484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4873;QD=23.8799;RBI=0.0295372;REFB=0.000877812;REVB=0.00477617;RO=11;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757294;STB=0.542324;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00143571;OID=.;OPOS=86614222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:8:9:7:4:8:9:7:4 chr16 87350773 . C A 223.79 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0380498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.656;QD=19.4602;RBI=0.0416041;REFB=-0.0457406;REVB=0.0168259;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318885;STB=0.691178;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.038866;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:16:6:14:9:16:6:15:9 chr16 87417621 . G A 383.55 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.00679982;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.438;QD=16.8592;RBI=0.017539;REFB=0.0013408;REVB=0.0161672;RO=46;SAF=14;SAR=26;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209979;STB=0.624518;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.00136499;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:46:51:40:40:0.43956:26:14:26:20:26:14:29:22 chr16 87436720 . G T 381.88 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438356;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.568;QD=56.575;RBI=0.0447811;REFB=0;REVB=0.00915328;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203824;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 87436764 . A G 487.8 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.02;QD=55.7484;RBI=0.027584;REFB=0.0868353;REVB=-0.00801938;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.000232601;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:12:21:0:1:12:22:0:1 chr16 87445839 . C T 188.09 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0174192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.953;QD=20.3336;RBI=0.0199368;REFB=-0.0237176;REVB=0.00969784;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385184;STB=0.538881;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0199947;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:18:19:19:0.513514:12:7:7:10:12:7:8:10 chr16 87446053 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0251042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.21;QD=21.0139;RBI=0.0461276;REFB=-0.0196963;REVB=0.038698;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09158;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0195179;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:8:5:8:8:8:5 chr16 87446368 . C T 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=1.21907e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.722;QD=18.1153;RBI=0.00209345;REFB=-0.0206826;REVB=0.00209342;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974848;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0230889;OID=.;OPOS=87446368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:9:11:8:10:9:11 chr16 87678441 . C T 180.52 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.000435087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.533;QD=16.0463;RBI=0.0555884;REFB=0.00204258;REVB=0.0555867;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135953;STB=0.578229;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0018453;OID=.;OPOS=87678441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:13:13:12:7:13:13 chr16 87723838 . T C 420.42 PASS AF=0.446602;AO=35;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=0.0150359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.824;QD=16.3268;RBI=0.0387813;REFB=-0.0260537;REVB=-0.0357479;RO=55;SAF=20;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12531;STB=0.593083;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0192772;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:56:35:46:0.446602:15:20:25:30:17:29:26:30 chr16 87729334 . C CA 68.97 PASS AF=0.5;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0309787;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=233.465;QD=15.3259;RBI=0.0367243;REFB=-0.0149588;REVB=0.0197229;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394541;STB=0.736288;STBP=0.088;TYPE=ins;VARB=0.0210953;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:16:9:18:9:2:7:6:3:66:7:2:7:5:2 chr16 87736160 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0079514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.443;QD=22.1885;RBI=0.0214949;REFB=-0.034453;REVB=0.0199701;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942359;STB=0.563125;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0219041;OID=.;OPOS=87736160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:22:24:24:0.521739:13:11:12:9:13:11:13:9 chr16 87736778 . T C 179.57 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0549679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7581;QD=15.6149;RBI=0.0788171;REFB=0.0076251;REVB=-0.0564859;RO=27;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251598;STB=0.645233;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.0143638;OID=.;OPOS=87736778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:6:13:12:15:6:13:12:15 chr16 87737756 . C T 100.69 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.037827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.037;QD=16.1097;RBI=0.041821;REFB=-0.0209294;REVB=-0.0178359;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191053;STB=0.610921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.022372;OID=.;OPOS=87737756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:6:7:4:8:6:7 chr16 87738694 . G A 328.98 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0137831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0572;QD=17.7825;RBI=0.0449017;REFB=-0.0249178;REVB=0.042734;RO=38;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178157;STB=0.503935;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.015884;OID=.;OPOS=87738694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:39:35:35:0.472973:20:15:17:21:20:15:17:22 chr16 87738813 . G C 136.63 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0287896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4976;QD=11.386;RBI=0.051058;REFB=-0.00428141;REVB=-0.0421673;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417682;STB=0.524661;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00648072;OID=.;OPOS=87738813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:11:5:9:23:11:5:9:23 chr16 87738853 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.302;QD=15.5713;RBI=0.0771597;REFB=0.0168169;REVB=0.0221902;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.60957;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0187474;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:3:9:6:5:3:9 chr16 87738858 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0119292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6741;QD=13.4415;RBI=0.0119596;REFB=-0.00909219;REVB=0.000851976;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.521696;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.010493;OID=.;OPOS=87738858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:6:7:5:5:6:7 chr16 87738888 . G T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0214077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.982;QD=22.5808;RBI=0.0214084;REFB=-0.00127218;REVB=-0.000172993;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986635;STB=0.555469;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00171622;OID=.;OPOS=87738888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:6:1:3:9:6:1 chr16 87739087 . A C 163.78 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0014549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.286;QD=13.3694;RBI=0.0272874;REFB=-0.00874833;REVB=-0.0272486;RO=30;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290596;STB=0.652907;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0123876;OID=.;OPOS=87739087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:9:9:7:23:9:9:8:23 chr16 87739125 . G A 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0294723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1664;QD=9.0922;RBI=0.0325853;REFB=-0.0129616;REVB=-0.0138991;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262512;STB=0.657494;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0326322;OID=.;OPOS=87739125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:6:7:10:22:6:7:10:22 chr16 87788864 . G A 198.04 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0374046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.075;QD=11.1572;RBI=0.0374184;REFB=-0.0122058;REVB=-0.00101372;RO=46;SAF=5;SAR=20;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357555;STB=0.710341;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0192986;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:20:5:22:24:20:5:22:24 chr16 87866138 . G C 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.106384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8693;QD=15.2897;RBI=0.110647;REFB=-0.0217171;REVB=-0.0304176;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101784;STB=0.559863;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0522323;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:4:5:6:3:4:5 chr16 87935561 . G A 346.02 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0089978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.464;QD=24.7156;RBI=0.0213572;REFB=-0.0425897;REVB=0.0193693;RO=21;SAF=15;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123574;STB=0.558789;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0334359;OID=.;OPOS=87935561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:22:34:34:0.607143:19:15:13:8:19:15:13:9 chr16 88017809 . C T 64.47 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0163054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2265;QD=7.58494;RBI=0.0359005;REFB=-0.0249597;REVB=0.0319841;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741239;STB=0.627655;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0604769;OID=.;OPOS=88017809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:34:23:24:10:10:0.294118:5:5:10:13:4:6:10:14 chr16 88052161 . C A 204.4 PASS AF=0.27619;AO=29;DP=105;FAO=29;FDP=105;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00214428;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.222;QD=7.7867;RBI=0.00223994;REFB=-0.00599335;REVB=-0.000647622;RO=76;SAF=17;SAR=12;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152349;STB=0.590757;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00970753;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:76:76:29:29:0.27619:12:17:35:41:12:17:35:41 chr16 88061150 . C T 134.15 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0641715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0988;QD=16.2608;RBI=0.0949339;REFB=0.00828861;REVB=0.0699604;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00356763;OID=.;OPOS=88061150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:7:11:8:7:7:11 chr16 88066717 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0351495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.585;QD=17.8252;RBI=0.036718;REFB=0.0106132;REVB=0.010617;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0212007;OID=.;OPOS=88066717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:4:8:5:6:4:8:5:6 chr16 88105725 . G A 435.93 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00282796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9644;QD=23.8864;RBI=0.0031347;REFB=-0.0313258;REVB=0.0013524;RO=27;SAF=29;SAR=13;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135348;STB=0.566947;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0310074;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:27:31:42:42:0.575342:13:29:14:13:13:29:17:14 chr16 88123598 . C G 400.7 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4054;QD=55.2689;RBI=0.0667705;REFB=0;REVB=0.0169156;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138965;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:1:0:28:29:1:13:15:1:0:13:16:0:0 chr16 88123697 . C A 306.59 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2244;QD=53.3191;RBI=0.092408;REFB=0;REVB=0.092006;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236822;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:8:15:0:0 chr16 88124525 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0125765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.832;QD=18.7673;RBI=0.0280426;REFB=-0.0350909;REVB=-0.0250643;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0182021;OID=.;OPOS=88124525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr16 88134285 . A G 535.58 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0747858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2595;QD=56.3771;RBI=0.0879442;REFB=-0.069099;REVB=-0.0462738;RO=2;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435799;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00127309;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:2:1:35:37:0.973684:16:19:1:1:16:21:0:1 chr16 88494947 . T C 606.23 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.7252;QD=59.1443;RBI=0.170107;REFB=0;REVB=-0.169084;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204352;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:31:41:1:13:18:0:0:16:25:0:0 chr16 88494975 . GA G,GC 836.83 PASS AF=0.0169492,0.983051;AO=7,52;DP=59;FAO=1,58;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039877,0.0331759;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=133.078,148.525;QD=56.7341;RBI=0.0458071,0.0350478;REFB=0,0;REVB=-0.0225413,-0.0113009;RO=0;SAF=5,22;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00850882,0.00283787;OID=.,.;OPOS=88494976,88494976;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0169492,0.983051:7,52:59:1,58:59:0:1,26:0,32:0:0:4:0:5,22:2,30:0:0 chr16 88495654 . A G 282.76 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5336;QD=51.4099;RBI=0.0786948;REFB=0;REVB=-0.0604558;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0050312;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:12:9:0:0:12:10:0:0 chr16 88496008 . T C 249.79 PASS AF=0.446154;AO=25;DP=61;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.00138449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.781;QD=15.3715;RBI=0.00158822;REFB=-0.0389869;REVB=0.000778225;RO=35;SAF=2;SAR=23;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440971;STB=0.610408;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0463877;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:35:36:25:29:0.446154:23:2:11:24:24:5:11:25 chr16 88498221 . C T 279.86 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00445976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.661;QD=48.6709;RBI=0.00692029;REFB=-0.19071;REVB=0.0052916;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0032403;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr16 88498297 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.894;QD=39.2068;RBI=0.033333;REFB=0;REVB=-0.033333;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618276;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr16 88499539 . C G 1433.66 PASS AF=0.961538;AO=100;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00179647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.888;QD=55.1407;RBI=0.00530406;REFB=-0.0923365;REVB=0.00499057;RO=1;SAF=58;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810947;STB=0.503154;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.000382393;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:1:4:100:100:0.961538:42:58:1:0:42:58:2:2 chr16 88501971 . T A 122.41 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0172015;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4354;QD=14.8377;RBI=0.0215444;REFB=-0.0188978;REVB=0.0129719;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324568;STB=0.700707;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0274762;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:19:14:14:0.424242:6:8:15:2:6:8:17:2 chr16 88502482 . C T 124.17 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0312737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.448;QD=27.5937;RBI=0.0316228;REFB=0.0101133;REVB=0.00468606;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164447;STB=0.536029;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00338916;OID=.;OPOS=88502482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:4:5:13:13:0.722222:4:9:4:0:4:9:4:1 chr16 88502505 . A G 196.94 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8036;QD=46.3398;RBI=0.116003;REFB=0;REVB=0.115316;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572366;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:8:9:0:0 chr16 88504206 . G T 322.43 PASS AF=0.485714;AO=37;DP=73;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.0031132;FXX=0.0410903;HRUN=8;LEN=1;MLLD=225.84;QD=18.4248;RBI=0.00316868;REFB=-0.00940872;REVB=0.000590356;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910105;STB=0.527011;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0099505;OID=.;OPOS=88504206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:70:36:36:37:34:0.485714:21:16:12:24:21:13:12:24 chr16 88504850 . G C 155.3 PASS AF=0.384615;AO=16;DP=44;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0133542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2115;QD=11.9464;RBI=0.018152;REFB=-0.039687;REVB=-0.0122948;RO=28;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343667;STB=0.547013;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0916238;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:52:28:32:16:20:0.384615:5:11:20:8:9:11:20:12 chr16 88504851 . AGGGGGGGC AGGGGG,AGGGGGGC 108.23 PASS AF=0.310345,0.37931;AO=9,6;DP=32;FAO=9,11;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=2,10;FSAR=7,1;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0597217,-0.0657693;FXX=0.23678;HRUN=7,7;LEN=3,1;MLLD=30.0353,7.35326;QD=14.9288;RBI=0.0839201,0.106173;REFB=-0.0231976,-0.0403342;REVB=-0.0589568,-0.0833495;RO=9;SAF=2,5;SAR=7,1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.603316,-0.415714;STB=0.845502,0.654964;STBP=0.013,0.719;TYPE=del,del;VARB=0.0315444,-0.0317136;OID=.,.;OPOS=88504857,88504852;OREF=GGC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.310345,0.37931:9,6:32:9,11:29:9:2,10:7,1:9:0:47:9:2,5:7,1:9:0 chr16 88504868 . A G 754.16 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.326;QD=56.9179;RBI=0.0271476;REFB=0;REVB=-0.00667666;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72593e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr16 88505635 . A C,G 504.95 PASS AF=0.114286,0.885714;AO=3,31;DP=35;FAO=4,31;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=4,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207315,0.0591768;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.279,56.4596;QD=57.7086;RBI=0.023194,0.0769025;REFB=0,0;REVB=-0.0104004,0.0491132;RO=1;SAF=0,21;SAR=3,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0443701;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.136698,-0.00213871;OID=.,.;OPOS=88505635,88505635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:35:35:1:0:3,31:4,31:0.114286,0.885714:3,10:0,21:0:1:4,10:0,21:0:0 chr16 88505734 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0328092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9406;QD=49.5987;RBI=0.0379405;REFB=0;REVB=0.0190536;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235527;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr16 88535341 . G A,C 984.86 PASS AF=0.893333,0.0666667;AO=67,5;DP=75;FAO=67,5;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=45,0;FSAR=22,5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0184471,0.00976111;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=221.313,160.989;QD=52.5257;RBI=0.0244269,0.00978136;REFB=-0.0423259,-0.0408368;REVB=0.0160118,-0.000629107;RO=3;SAF=45,0;SAR=22,5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.000456159,-0.762666;STB=0.500242,0.996984;STBP=0.955,0.036;TYPE=snp,snp;VARB=0.00171755,0.225568;OID=.,.;OPOS=88535341,88535341;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:75:75:3:3:67,5:67,5:0.893333,0.0666667:22,5:45,0:2:1:22,5:45,0:2:1 chr16 88535407 . C G 755.67 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100347;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4747;QD=57.0318;RBI=0.101308;REFB=0;REVB=-0.0139189;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786416;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr16 88552370 . A G 2120.32 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.168;QD=62.8242;RBI=0.0484559;REFB=0;REVB=0.021622;RO=0;SAF=59;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.59809e-05;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:134:135:1:75:59:0:0:75:60:0:0 chr16 88594567 . C T 134.73 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0520647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0397;QD=16.8412;RBI=0.0570216;REFB=-0.0159499;REVB=0.0232535;RO=15;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204677;STB=0.683919;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0126063;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:17:15:15:0.46875:13:2:4:11:13:2:6:11 chr16 88599023 . A G 607.65 PASS AF=0.450704;AO=60;DP=142;FAO=64;FDP=142;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00158609;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.577;QD=17.1168;RBI=0.0122112;REFB=-0.0171021;REVB=-0.0121078;RO=69;SAF=26;SAR=34;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577103;STB=0.555538;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0184726;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:69:78:60:64:0.450704:34:26:34:35:36:28:42:36 chr16 88644005 . A G 519.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000303674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2236;QD=59.3757;RBI=0.0296459;REFB=0;REVB=-0.0296444;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448418;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr16 88709828 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.134;QD=33.4284;RBI=0.0241815;REFB=0;REVB=0.00694262;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136378;OID=.;OPOS=88709828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 88713236 . A G 624.37 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.291;QD=60.9144;RBI=0.0169465;REFB=0;REVB=-0.00605614;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86638e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr16 88717074 . G A 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00442657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5452;QD=27.3838;RBI=0.0372635;REFB=0.070544;REVB=-0.0369996;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.516097;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.0151368;OID=.;OPOS=88717074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:4:6:2:1:4:6:2:1 chr16 88717104 . G T 35.74 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0825047;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.971;QD=20.4255;RBI=0.0888196;REFB=-0.0700998;REVB=-0.0328921;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0489221;OID=.;OPOS=88717104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr16 88717386 . T C 1216.75 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.321;QD=59.3539;RBI=0.0265082;REFB=-0.0855932;REVB=0.0186757;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114082;STB=0.505881;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00366555;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:39:41:1:0:39:42:1:0 chr16 88724347 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.912;QD=60.9785;RBI=0.0319941;REFB=0;REVB=0.0286978;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135255;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr16 88767769 . G C 94.26 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00628132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8305;QD=10.4729;RBI=0.00629254;REFB=-1.03529e-05;REVB=0.000375638;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139567;STB=0.60991;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.000331828;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:22:24:12:12:0.333333:7:5:12:10:7:5:14:10 chr16 88778510 . G A 345.6 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00641366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.33;QD=23.8346;RBI=0.0338127;REFB=-0.0251044;REVB=0.0331989;RO=24;SAF=26;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203616;STB=0.584564;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0107254;OID=.;OPOS=88778510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:23:34:35:0.603448:8:26:13:11:9:26:13:10 chr16 88778615 . G A 238.73 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00526937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.253;QD=14.0428;RBI=0.0194331;REFB=-0.0183145;REVB=-0.0187051;RO=40;SAF=10;SAR=18;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321466;STB=0.682251;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0224663;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:18:10:27:13:18:10:27:13 chr16 88779032 . G C 345.71 PASS AF=0.375;AO=39;DP=109;FAO=42;FDP=112;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0256113;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.272;QD=12.3468;RBI=0.034557;REFB=-0.0110905;REVB=0.0232002;RO=64;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203825;STB=0.653999;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0320277;OID=.;OPOS=88779032;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:64:70:39:42:0.375:17:22:24:40:17:25:24:46 chr16 88779739 . A G 343.12 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0241544;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.676;QD=15.959;RBI=0.0307351;REFB=-0.0229258;REVB=-0.0190056;RO=49;SAF=30;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262547;STB=0.649909;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0238024;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:49:49:37:37:0.430233:7:30:30:19:7:30:30:19 chr16 88781040 . A G 185.06 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0058583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.945;QD=18.5057;RBI=0.00730582;REFB=-0.0258012;REVB=-0.00436524;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750124;STB=0.554319;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0245661;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:10:8:11:10:11:8:11:10 chr16 88781125 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.662;QD=49.5984;RBI=0.0599341;REFB=0;REVB=0.0411445;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42915e-05;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr16 88781521 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0187362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.128;QD=11.4398;RBI=0.0290696;REFB=-0.0222346;REVB=-0.0222261;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910242;STB=0.554337;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0340052;OID=.;OPOS=88781521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:5:9:5:4:5:9 chr16 88782079 . G A 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00308172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.585;QD=14.792;RBI=0.0120409;REFB=-0.0136502;REVB=0.0116398;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193084;STB=0.610243;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0130245;OID=.;OPOS=88782079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:21:6:7:11:21:6 chr16 88782676 . A G 943.77 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.831;QD=58.0783;RBI=0.0142235;REFB=0;REVB=0.00594969;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69777e-05;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:62:65:1:25:37:0:0:26:39:0:0 chr16 88783449 . C G 400.05 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.036081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6451;QD=53.3394;RBI=0.0360838;REFB=-0.126964;REVB=0.000451386;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00450635;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:26:29:0.966667:12:14:0:0:15:14:0:1 chr16 88783521 . T C 619.89 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000138702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4728;QD=60.4774;RBI=0.0128513;REFB=0;REVB=0.0128506;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195721;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:25:16:0:0 chr16 88787704 . G C 1171.87 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7044;QD=60.8763;RBI=0.0244911;REFB=0;REVB=0.0154322;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140019;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:30:47:0:0:30:47:0:0 chr16 88792047 . A G 859.69 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057072;FXX=0.0322529;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.917;QD=57.3127;RBI=0.0695903;REFB=0;REVB=-0.0398195;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372138;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:28:32:0:0 chr16 88792097 . A G 666.78 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.469;QD=62.0259;RBI=0.0389542;REFB=0;REVB=0.0315276;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3703e-05;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:23:20:0:0 chr16 88803124 . T C 338.66 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0117027;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1573;QD=13.2806;RBI=0.0283302;REFB=-0.00176292;REVB=-0.0258001;RO=63;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348338;STB=0.701608;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00264932;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:63:62:40:40:0.392157:14:26:20:43:14:26:19:43 chr16 88803982 . C G 219.93 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1394;QD=48.8741;RBI=0.0700378;REFB=0;REVB=0.0496215;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389559;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr16 88804734 . A G 428.71 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.818;QD=57.1614;RBI=0.07116;REFB=0;REVB=0.0150498;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000875204;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 88804924 . TC CT,T 219.07 PASS AF=0,1;AO=2,15;DP=19;FAO=0,19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973116,0.0690799;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,1;MLLD=5.29468,20.9382;QD=46.1201;RBI=0.0581834,0.158087;REFB=0,0;REVB=0.0573638,0.142195;RO=1;SAF=1,6;SAR=1,9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0479918;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0138172;OID=.,.;OPOS=88804924,88804925;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:19:19:1:0:2,15:0,19:0,1:1,9:1,6:0:1:0,11:0,8:0:0 chr16 88808743 . A G 476.01 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.087938;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.168;QD=56.001;RBI=0.0886559;REFB=-0.0779946;REVB=0.0112591;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00854745;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:0:1:21:12:0:1 chr16 88809368 . G T 207.58 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00425977;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.91;QD=15.0968;RBI=0.00863649;REFB=-0.00865628;REVB=-0.00751288;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573547;STB=0.532598;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0130475;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:15:16:11:13:15:16 chr16 88809434 . A G 294.53 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0279663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.158;QD=15.1042;RBI=0.062888;REFB=-0.012523;REVB=-0.0563274;RO=44;SAF=7;SAR=26;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222454;STB=0.63654;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0410833;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:26:7:17:27:26:7:18:27 chr16 88809480 . A G 299.11 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0318707;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9889;QD=20.9899;RBI=0.0378326;REFB=-0.0130208;REVB=-0.0203853;RO=26;SAF=6;SAR=25;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135365;STB=0.575605;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00788472;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:26:26:31:31:0.54386:25:6:8:18:25:6:8:18 chr16 88809686 . T C 314.4 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00246645;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9757;QD=19.6501;RBI=0.0515865;REFB=-0.0104031;REVB=-0.0515275;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496596;STB=0.539162;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0114032;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:32:31:33:33:0.515625:12:21:22:10:12:21:22:9 chr16 88809773 . G C 1125.91 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.825;QD=60.0486;RBI=0.0543369;REFB=0;REVB=0.0427516;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110174;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:40:35:0:0:40:35:0:0 chr16 88809893 . GG AC 89.04 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00681861;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=288.544;QD=14.8403;RBI=0.0292772;REFB=-0.00837637;REVB=0.0284722;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253839;STB=0.542088;STBP=0.801;TYPE=mnp;VARB=0.0106903;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:13:13:10:11:0.458333:1:9:10:3:2:9:10:3 chr16 88870967 . T C 59.71 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0583504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0432;QD=18.3715;RBI=0.0587797;REFB=-0.0811443;REVB=0.00709062;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0585757;OID=.;OPOS=88870967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:13:13:4:5:7:7:0.538462:4:3:0:4:4:3:1:4 chr16 88872145 . T C 727.62 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.04;QD=63.2709;RBI=0.0174499;REFB=0;REVB=0.0158716;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109995;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr16 88872229 . A G 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0064356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.438;QD=14.1303;RBI=0.00662563;REFB=-0.00403685;REVB=0.00157542;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176753;STB=0.593448;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00469276;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:31:19:19:0.38:12:7:16:14:12:7:16:15 chr16 88872511 . T C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0467931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.335;QD=27.2217;RBI=0.0468404;REFB=-0.0173102;REVB=0.00210563;RO=16;SAF=15;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722519;STB=0.539968;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.018453;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:10:15:8:8:10:15:8:8 chr16 88874632 . C G 566.84 PASS AF=0.465116;AO=58;DP=126;FAO=60;FDP=129;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.0345593;FXX=0.0227256;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.624;QD=17.5765;RBI=0.0349934;REFB=-0.0047872;REVB=-0.00549462;RO=67;SAF=20;SAR=38;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298573;STB=0.515607;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00559288;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:67:69:58:60:0.465116:38:20:25:42:39:21:26:43 chr16 89167094 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4161;QD=51.1745;RBI=0.0190631;REFB=0;REVB=-0.00659439;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252359;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 89167138 . G C 45.6 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0300498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9589;QD=8.68577;RBI=0.0545167;REFB=-0.0148933;REVB=0.0454871;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0555708;OID=.;OPOS=89167138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:5:9:3:4:5:9 chr16 89167140 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0863858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9721;QD=51.1834;RBI=0.214493;REFB=0;REVB=0.196328;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527312;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr16 89167395 . C T 357.71 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8024;QD=55.032;RBI=0.0510428;REFB=0;REVB=0.0112376;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106154;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr16 89167404 . T C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.916;QD=58.1421;RBI=0.0443196;REFB=0;REVB=0.0425756;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26068e-05;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr16 89167431 . G C 737.5 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.442;QD=56.7311;RBI=0.0675009;REFB=0;REVB=0.0636575;RO=0;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138899;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:10:38:0:0:14:38:0:0 chr16 89167443 . T C 772.64 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000726631;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.459;QD=57.2328;RBI=0.061869;REFB=0;REVB=0.0618648;RO=0;SAF=41;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601741;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:13:41:0:0:13:41:0:0 chr16 89167457 . T TA 778.88 PASS AF=1;AO=7;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843084;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=164.73;QD=54.6579;RBI=0.0846824;REFB=0;REVB=0.00794974;RO=48;SAF=7;SAR=0;SRF=36;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575654;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000271836;OID=.;OPOS=89167458;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:59:57:57:0:41:16:0:0:4:48:7:0:36:12 chr16 89167458 . C A 589.43 PASS AF=0.830508;AO=48;DP=56;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0100556;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.673;QD=39.9614;RBI=0.0370475;REFB=-0.167308;REVB=-0.0356567;RO=8;SAF=36;SAR=12;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456794;STB=0.507486;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00363399;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:56:59:8:10:48:49:0.830508:12:36:7:1:13:36:7:3 chr16 89180883 . G A 318.46 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0130303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.859;QD=27.1033;RBI=0.0130331;REFB=-0.0252442;REVB=-0.00026947;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0121134;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:9:10:14:14:9:10 chr16 89199651 . G A 65.9 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0200684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.745;QD=10.9836;RBI=0.0200713;REFB=-0.00828201;REVB=0.000341804;RO=14;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500501;STB=0.826739;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0164154;OID=.;OPOS=89199651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:8:1:7:7:8:1:8:7 chr16 89234723 . A G 389.16 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=34;FWDB=-0.00287306;FXX=0.0630574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.09;QD=14.9678;RBI=0.0437038;REFB=-0.0224489;REVB=-0.0436093;RO=54;SAF=24;SAR=20;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117278;STB=0.564431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0241909;OID=.;OPOS=89234723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:104:54:60:44:44:0.423077:20:24:23:31:20:24:26:34 chr16 89235258 . C A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00878517;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.542;QD=11.1319;RBI=0.0285744;REFB=-0.0253811;REVB=-0.0271904;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.617414;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0313275;OID=.;OPOS=89235258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:4:6:7:9:4:6:7:10 chr16 89245955 . C T 199.67 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0107392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9468;QD=24.2027;RBI=0.0130301;REFB=-0.010377;REVB=-0.00737925;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116298;STB=0.546878;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0233137;OID=.;OPOS=89245955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:19:20:0.606061:13:6:6:7:13:7:6:7 chr16 89246670 . T C 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0209974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.908;QD=9.13237;RBI=0.0479653;REFB=-0.0132301;REVB=-0.0431252;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260022;STB=0.655968;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0232966;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:16:6:5:5:16:6 chr16 89249974 . G A 50.08 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0748227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4534;QD=4.76948;RBI=0.0787434;REFB=-0.00897222;REVB=0.0245374;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107349;STB=0.571254;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0472252;OID=.;OPOS=89249974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:14:20:4:4:14:20 chr16 89251798 . C T 153.62 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0656902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.397;QD=21.9451;RBI=0.0657786;REFB=-0.018502;REVB=-0.00340974;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4156;STB=0.736787;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00555431;OID=.;OPOS=89251798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:8:4:13:3:8:4 chr16 89251832 . C T 51.03 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0557922;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.242;QD=12.7586;RBI=0.0572911;REFB=-0.0204633;REVB=-0.0130191;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757329;STB=0.54533;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0327126;OID=.;OPOS=89251832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:17:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:2:7:5:2:2:7 chr16 89251851 . A G 31.75 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=14;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00568943;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9325;QD=9.77055;RBI=0.0272167;REFB=-0.0366572;REVB=0.0266154;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127905;STB=0.578664;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0623546;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:8:8:5:5:0.384615:4:1:1:7:4:1:1:7 chr16 89259993 . A G 371.93 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=36;FWDB=-0.00175468;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3741;QD=17.2991;RBI=0.0272004;REFB=-0.0193964;REVB=-0.0271438;RO=48;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948257;STB=0.548996;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0184298;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:48:47:39:39:0.453488:27:12:11:37:27:12:11:36 chr16 89260248 . AG A 47.02 PASS AF=0.666667;AO=4;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.215925;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.86742;QD=12.5374;RBI=0.274873;REFB=-0.118681;REVB=0.170093;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233048;STB=0.580463;STBP=0.653;TYPE=del;VARB=0.0590335;OID=.;OPOS=89260249;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:4:16:10:15:5:1:9:1:4:18:9:1:3:1:8 chr16 89261482 . C A 47.46 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00635035;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.411;QD=7.30199;RBI=0.0128537;REFB=-0.00938848;REVB=0.0111755;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265764;STB=0.644765;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0286496;OID=.;OPOS=89261482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:27:26:18:19:7:7:0.269231:4:3:12:6:4:3:12:7 chr16 89265095 . C T 429.31 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00573578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.696;QD=19.7385;RBI=0.00916066;REFB=-0.0102452;REVB=0.00714272;RO=43;SAF=30;SAR=13;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223085;STB=0.619563;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00799341;OID=.;OPOS=89265095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:43:43:0.494253:13:30:20:23:13:30:21:23 chr16 89265101 . C A 418.52 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=89;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0155593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.17;QD=18.3963;RBI=0.0165756;REFB=-0.00596577;REVB=-0.00571478;RO=47;SAF=29;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222115;STB=0.61894;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0224376;OID=.;OPOS=89265101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:47:48:42:43:0.472527:13:29:22:25:14:29:22:26 chr16 89265466 . AC CG,GC 249.04 PASS AF=0.25,0.75;AO=2,16;DP=20;FAO=5,15;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436117,-0.0237636;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=80.1473,74.8327;QD=49.8089;RBI=0.0478653,0.0277244;REFB=0,0;REVB=0.0197258,-0.0142806;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.07465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-7.41021e-05,0.0357026;OID=.,.;OPOS=89265466,89265466;OREF=AC,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:20:20:0:0:2,16:5,15:0.25,0.75:1,12:1,4:0:0:1,13:4,2:0:0 chr16 89291210 . G GGTGA 84.75 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.023483;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=4;MLLD=260.825;QD=9.97075;RBI=0.0241443;REFB=-0.00983138;REVB=-0.00561225;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831883;STB=0.550468;STBP=0.686;TYPE=ins;VARB=0.0203976;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:11:35:11:34:23:4:7:10:13:84:23:4:7:10:13 chr16 89291951 . C T 55.57 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00484353;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.028;QD=8.89111;RBI=0.00620599;REFB=-0.00973803;REVB=-0.00388002;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.56684;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00484769;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:16:17:8:8:0.32:5:3:7:9:5:3:8:9 chr16 89293271 . A C 304.23 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00544397;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.792;QD=23.8615;RBI=0.0127585;REFB=-0.0180228;REVB=0.0115387;RO=21;SAF=10;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393396;STB=0.521724;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.010672;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:21:30:30:0.588235:20:10:8:13:20:10:8:13 chr16 89293281 . G A 146.43 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.00283351;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.84;QD=10.4592;RBI=0.0152082;REFB=-0.0158014;REVB=-0.0149419;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203266;STB=0.618204;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0190002;OID=.;OPOS=89293281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:11:26:10:9:11:26 chr16 89293525 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0335659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.709;QD=19.1805;RBI=0.0350667;REFB=-0.016228;REVB=-0.010149;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582442;STB=0.533281;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.012872;OID=.;OPOS=89293525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:6:5:5:8:6:5 chr16 89293614 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00575159;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.391;QD=16.1065;RBI=0.00749104;REFB=-0.0097398;REVB=-0.00479947;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217802;STB=0.624856;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0098164;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:7:10:8:14:7:10:8:14 chr16 89293890 . C T 78.97 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0631864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7979;QD=15.7932;RBI=0.0642766;REFB=-0.0296732;REVB=-0.0117881;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0123706;OID=.;OPOS=89293890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr16 89294044 . A G 176.5 PASS AF=0.612903;AO=17;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00533347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.767;QD=22.7743;RBI=0.00694941;REFB=-0.0183964;REVB=0.00445516;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205673;STB=0.616315;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0114227;OID=.;OPOS=89294044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:31:13:12:17:19:0.612903:6:11:5:8:7:12:4:8 chr16 89294184 . G A 153.58 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0107753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.096;QD=21.9393;RBI=0.0371556;REFB=-0.0602653;REVB=-0.0355588;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190956;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0259572;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:9:3:8:8:9:3 chr16 89294305 . G C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0149119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.433;QD=16.4266;RBI=0.0237254;REFB=-0.010825;REVB=0.0184535;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140326;OID=.;OPOS=89294305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:7:4:4:7:7:4 chr16 89294511 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00803882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.68;QD=17.6438;RBI=0.0257466;REFB=-0.00721089;REVB=-0.0244594;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.608447;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00655879;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:3:4:3:6:3:4 chr16 89294827 . A G 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00541154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2004;QD=9.19967;RBI=0.017903;REFB=-0.00432593;REVB=-0.0170655;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527602;STB=0.829762;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00693352;OID=.;OPOS=89294827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:6:1:8:5:6:1:8:5 chr16 89299200 . C A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0154946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.682;QD=18.8207;RBI=0.0320698;REFB=-0.00439009;REVB=-0.0280782;RO=10;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371805;STB=0.713914;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0030228;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:3:9:3:7:3:9:3:7 chr16 89300015 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.641;QD=23.2195;RBI=0.081312;REFB=0.0473583;REVB=0.0776814;RO=1;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121807;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000220327;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:2:3:1:0:2:3:1:0 chr16 89350038 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0626442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5928;QD=22.5852;RBI=0.118323;REFB=-0.011277;REVB=0.100379;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00920852;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr16 89350178 . G A 106.81 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00691923;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.246;QD=9.93609;RBI=0.00704764;REFB=-0.0108255;REVB=0.00133918;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103632;STB=0.563277;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0243048;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:30:13:13:0.302326:10:3:9:21:10:3:9:21 chr16 89590168 . T C,TATCTC 777.5 PASS AF=0.174603,0.761905;AO=11,45;DP=64;FAO=11,48;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=5,23;FSAR=6,25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00298481,-0.00544392;FXX=0.0156226;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=81.9533,201.719;QD=49.365;RBI=0.0180472,0.00722143;REFB=0.0308641,0.0165887;REVB=-0.0177987,0.00474477;RO=4;SAF=5,21;SAR=6,24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0215993,-0.00512026;STB=0.512173,0.501604;STBP=0.925,0.916;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00196837,0.00345889;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:63:64:63:4:4:11,45:11,48:0.174603,0.761905:6,24:5,21:2:2:6,25:5,23:2:2 chr16 89590243 . G A 854.16 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179106;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.946;QD=57.9091;RBI=0.0189175;REFB=0;REVB=0.00608936;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79198e-05;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr16 89644001 . T C 360.98 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0159474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.011;QD=15.1992;RBI=0.0444342;REFB=-0.0170365;REVB=-0.0414739;RO=56;SAF=24;SAR=15;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212796;STB=0.620294;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0254333;OID=.;OPOS=89644001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:15:24:23:33:15:24:23:33 chr16 89653999 . TTGAG T 152.81 PASS AF=0.421053;AO=21;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0528262;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=4;MLLD=238.071;QD=10.7233;RBI=0.0543457;REFB=-0.0261786;REVB=-0.0127612;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00781564;STB=0.504501;STBP=0.954;TYPE=del;VARB=0.0339679;OID=.;OPOS=89654000;OREF=TGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:21:58:24:57:33:14:10:19:14:99:32:11:10:17:15 chr16 89662990 . T C 187.34 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00805514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0814;QD=14.6937;RBI=0.0723368;REFB=-0.0384722;REVB=-0.0718869;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268057;STB=0.654608;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0638386;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:15:6:16:14:15:6:16:14 chr16 89704365 . G C 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000826512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3573;QD=14.1699;RBI=0.00834969;REFB=-0.0430115;REVB=-0.00830869;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0442489;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr16 89724268 . C T 149.01 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.01083;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.117;QD=17.5306;RBI=0.113749;REFB=-0.0370798;REVB=-0.113232;RO=18;SAF=14;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311675;STB=0.682653;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0547798;OID=.;OPOS=89724268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:18:18:16:16:0.470588:2:14:12:6:2:14:12:6 chr16 89760652 . C T 433.0 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.0173978;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.531;QD=25.8505;RBI=0.0177577;REFB=-0.000105114;REVB=-0.00355701;RO=25;SAF=28;SAR=13;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977514;STB=0.558255;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000131137;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:25:26:41:41:0.61194:13:28:20:5:13:28:21:5 chr16 89760712 . G A 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0228976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.792;QD=27.232;RBI=0.0229136;REFB=-0.023679;REVB=-0.000854064;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697262;STB=0.538433;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00829453;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:12:5:10:16:12:5 chr16 89763214 . T C 202.05 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00175932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6801;QD=14.6944;RBI=0.00435907;REFB=-0.0148907;REVB=0.00398827;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336342;STB=0.509083;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0218535;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:30:31:22:24:0.436364:11:11:14:16:12:12:15:16 chr16 89777761 . C T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0031632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.554;QD=19.8253;RBI=0.00317746;REFB=-0.0237417;REVB=0.000300788;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776579;STB=0.554855;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.015706;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:10:17:13:11:10:17:13:12 chr16 89782989 . A G 73.5 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.117687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0572;QD=9.79978;RBI=0.117687;REFB=-0.00269485;REVB=-0.000238145;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00296682;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:11:9:4:6:11:9 chr16 89783187 . C T 728.05 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9045;QD=57.102;RBI=0.0460961;REFB=0;REVB=0.0403589;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137912;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr16 89785603 . A C 141.36 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0324723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.841;QD=21.7474;RBI=0.04456;REFB=0.0542546;REVB=-0.0305147;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.583226;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0359108;OID=.;OPOS=89785603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:3:8:8:7:3:8 chr16 89789898 . T C 574.28 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.000148774;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3835;QD=20.5099;RBI=0.0212013;REFB=-0.0194225;REVB=-0.0212008;RO=49;SAF=18;SAR=40;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1451;STB=0.571403;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0146768;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:49:54:58:58:0.517857:40:18:23:26:40:18:24:30 chr16 89804624 . G C 165.5 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0238144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.457;QD=12.4907;RBI=0.0245938;REFB=-0.0125905;REVB=-0.00614237;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236582;STB=0.614414;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0183083;OID=.;OPOS=89804624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:33:20:20:0.377358:9:11:10:21:9:11:12:21 chr16 89805914 . T C 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.063076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8338;QD=18.0873;RBI=0.0660844;REFB=-0.0234923;REVB=-0.0197121;RO=27;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839273;STB=0.547023;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0114786;OID=.;OPOS=89805914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:14:12:10:17:14:12:10:17 chr16 89806343 . C A 191.91 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.011381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.988;QD=17.0585;RBI=0.011402;REFB=-0.0117412;REVB=-0.00069043;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986702;STB=0.567499;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0133247;OID=.;OPOS=89806343;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:25:19:20:0.444444:11:8:13:12:12:8:13:12 chr16 89806347 . A T 708.12 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.989;QD=62.9438;RBI=0.0295593;REFB=0;REVB=0.0167097;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137382;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr16 89807233 . C G 164.26 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0447016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.206;QD=15.644;RBI=0.0590818;REFB=-0.0275383;REVB=-0.0386319;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554787;STB=0.531879;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0410476;OID=.;OPOS=89807233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:12:12:8:10:12:12 chr16 89825065 . G A 71.64 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.042365;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.948;QD=9.24425;RBI=0.0442457;REFB=-0.00608737;REVB=0.0127626;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526262;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0933252;OID=.;OPOS=89825065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:31:31:21:21:9:10:0.322581:6:3:7:14:7:3:7:14 chr16 89828437 . A G 173.11 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0253679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.385;QD=18.7149;RBI=0.0287148;REFB=-0.0426596;REVB=-0.013454;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287827;STB=0.664346;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0452259;OID=.;OPOS=89828437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:8:11:5:13:8:11 chr16 89836323 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.648;QD=48.6258;RBI=0.068159;REFB=-0.0354139;REVB=0.0660799;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.515138;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00317128;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:1:0:6:16:1:0 chr16 89839766 . G C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00255181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.074;QD=23.3999;RBI=0.0181472;REFB=0.00596908;REVB=0.0179669;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218484;STB=0.666261;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=-0.00281467;OID=.;OPOS=89839766;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:2:3:8:8:0.727273:5:3:2:0:5:3:3:0 chr16 89845194 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.774;QD=48.6224;RBI=0.0394336;REFB=-0.0267144;REVB=0.00905789;RO=1;SAF=17;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264303;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00240768;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:5:17:1:0:5:17:1:0 chr16 89849480 . C T 230.26 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00653686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8489;QD=46.0511;RBI=0.0473642;REFB=0.074346;REVB=0.0469109;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00286349;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:0:1:9:10:0:1 chr16 89857935 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0830294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.474;QD=17.8271;RBI=0.0846075;REFB=-0.0070284;REVB=0.0162652;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457974;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00815698;OID=.;OPOS=89857935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:4:7:7:5:4:7 chr16 89858417 . C A 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000151544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.603;QD=19.1085;RBI=0.0115399;REFB=-0.00988762;REVB=-0.0115389;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152681;STB=0.588041;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00802104;OID=.;OPOS=89858417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:4:2:5:4:4:2 chr16 89866043 . T C 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0084366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.692;QD=57.1894;RBI=0.0446719;REFB=0;REVB=-0.043868;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111832;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr16 89986154 . G A 305.6 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.077;QD=53.1474;RBI=0.0830263;REFB=0;REVB=0.0522163;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104987;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr16 89986163 . C G 133.78 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00609035;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.906;QD=22.296;RBI=0.0147759;REFB=-0.00673079;REVB=-0.0134624;RO=12;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980136;STB=0.526279;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00455821;OID=.;OPOS=89986163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:24:12:10:14:14:0.583333:5:9:9:3:5:9:7:3 chr16 89987270 . C T 294.72 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0367981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.334;QD=20.3253;RBI=0.0372637;REFB=-0.0483333;REVB=0.00587236;RO=27;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141935;STB=0.578406;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0349423;OID=.;OPOS=89987270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:18:13:7:20:18:13:7:20 chr16 90037828 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.138;QD=45.8053;RBI=0.0502778;REFB=0;REVB=0.018407;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972227;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr16 90038786 . C A 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.152;QD=63.8699;RBI=0.0207362;REFB=0;REVB=0.00756314;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62639e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr16 90095484 . C T 402.62 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0108583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.446;QD=16.6031;RBI=0.0127322;REFB=-0.0219132;REVB=0.00664876;RO=52;SAF=16;SAR=26;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823343;STB=0.553727;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0287884;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:55:42:42:0.43299:26:16:24:28:26:16:26:29 chr16 90095561 . C T 126.6 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0319294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.789;QD=19.4774;RBI=0.0335412;REFB=-0.021941;REVB=0.0102725;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246078;STB=0.642621;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0168363;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:12:2:4:8:12:2:4:8 chr16 90096003 . C G 238.43 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0292466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6144;QD=22.1793;RBI=0.0419679;REFB=-0.0433826;REVB=-0.0300988;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654221;STB=0.536554;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0344835;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:12:11:8:12:12:11:8:12 chr16 90096052 . CCTT C 115.62 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=58;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0768593;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=3;MLLD=196.745;QD=8.40886;RBI=0.0783466;REFB=-0.0307641;REVB=-0.0151936;RO=34;SAF=3;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225091;STB=0.659095;STBP=0.139;TYPE=del;VARB=0.0508977;OID=.;OPOS=90096053;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:19:58:20:55:35:3:17:11:24:99:34:3:16:10:24 chr16 90096067 . G A 322.2 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0252643;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.751;QD=21.128;RBI=0.0428148;REFB=-0.0415557;REVB=0.0345662;RO=28;SAF=12;SAR=21;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175802;STB=0.596557;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0210405;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:21:12:5:23:21:12:5:23 chr16 90109711 . A G 178.07 PASS AF=0.73913;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0448631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9289;QD=30.9679;RBI=0.0517471;REFB=-0.019753;REVB=0.0257888;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819515;STB=0.53604;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00495097;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:6:6:16:17:0.73913:8:8:2:4:9:8:2:4 chr16 90110027 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0374051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.719;QD=17.4017;RBI=0.0406888;REFB=-0.0166612;REVB=0.0160135;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365471;STB=0.692012;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00888354;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:9:4:9:3:9:4:9:4 chr16 90110284 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0138999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.131;QD=15.8391;RBI=0.0225066;REFB=-0.0131573;REVB=-0.0177015;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0137961;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr16 90110289 . C A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0126214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.92;QD=20.8965;RBI=0.0502464;REFB=-0.00936476;REVB=0.0486354;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.58313;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0652322;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:6:8:0.666667:2:4:3:1:4:4:3:1 chr16 90130136 . C T 295.02 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00213149;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.765;QD=19.6679;RBI=0.0123444;REFB=-0.00878337;REVB=-0.0121589;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145807;STB=0.567525;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00744271;OID=.;OPOS=90130136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:31:29:31:31:0.516667:15:16:21:10:15:16:19:10 chr16 90141355 . A C 213.87 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0141873;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.851;QD=14.4999;RBI=0.0236328;REFB=-0.0133777;REVB=-0.0189005;RO=34;SAF=17;SAR=8;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103264;STB=0.558397;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0214359;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:34:34:25:25:0.423729:8:17:26:8:8:17:26:8 chr16 90160793 . G C 110.25 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00917089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.715;QD=25.94;RBI=0.0269076;REFB=-0.0876569;REVB=-0.0252965;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896755;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0368295;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:2:3:7:5:2:3 chr16 90160953 . T C 36.27 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00626944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.107;QD=6.9078;RBI=0.00730707;REFB=-0.00312341;REVB=0.00375333;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1089e-08;STB=0.571195;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00831023;OID=.;OPOS=90160953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:15:15:5:6:0.285714:2:3:9:6:3:3:9:6 chr16 90161034 . C A 154.75 PASS AF=0.4;AO=17;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0125729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.403;QD=13.7555;RBI=0.0191798;REFB=-0.0158995;REVB=-0.014484;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776002;STB=0.548332;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0308129;OID=.;OPOS=90161034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:17:18:0.4:6:11:15:11:6:12:16:11 chr16 90161065 . A T 180.07 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0386998;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.284;QD=15.6585;RBI=0.0419356;REFB=-0.0289848;REVB=-0.0161529;RO=27;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812567;STB=0.546552;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0427965;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:7:12:19:8:7:12:19:8 chr16 90161231 . T C 162.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.023281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3671;QD=19.6981;RBI=0.0519878;REFB=-0.0397189;REVB=-0.0464836;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179024;STB=0.521714;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0327556;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:16:17:17:0.515152:6:11:10:5:6:11:11:5 chr16 90232832 . A C 58.41 PASS AF=0.105634;AO=15;DP=142;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=84;FSRR=43;FWDB=-0.069254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.351;QD=1.64525;RBI=0.0895184;REFB=-0.00631575;REVB=-0.0567224;RO=126;SAF=14;SAR=1;SRF=83;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451149;STB=0.862129;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0672087;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:142:142:126:127:15:15:0.105634:1:14:83:43:1:14:84:43 chr16 90232872 . C T 99.44 PASS AF=0.153846;AO=20;DP=130;FAO=20;FDP=130;FR=.;FRO=110;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=75;FSRR=35;FWDB=-0.0498673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.15;QD=3.05967;RBI=0.0532161;REFB=-0.00658159;REVB=0.0185795;RO=107;SAF=11;SAR=9;SRF=72;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163368;STB=0.615156;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0257782;OID=.;OPOS=90232872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:107:110:20:20:0.153846:9:11:72:35:9:11:75:35 chr16 90232890 . C G 143.22 PASS AF=0.210526;AO=24;DP=114;FAO=24;FDP=114;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0125366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.142;QD=5.02513;RBI=0.0131043;REFB=-0.00648948;REVB=-0.00381531;RO=89;SAF=19;SAR=5;SRF=51;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314697;STB=0.704704;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0367569;OID=.;OPOS=90232890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:89:90:24:24:0.210526:5:19:51:38:5:19:51:39 chr16 90232893 . C A 295.82 PASS AF=0.342342;AO=37;DP=111;FAO=38;FDP=111;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=22;FWDB=0.151688;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.4582;QD=10.6602;RBI=0.187443;REFB=-0.032615;REVB=0.110117;RO=73;SAF=16;SAR=21;SRF=51;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299646;STB=0.676681;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0651266;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:73:73:37:38:0.342342:21:16:51:22:22:16:51:22 chr17 6115 . G C 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.268;QD=60.7162;RBI=0.0462761;REFB=0;REVB=0.043459;RO=0;SAF=23;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32856e-05;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:53:23:0:0:53:23:0:0 chr17 6157 . A G 610.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.875;QD=61.0289;RBI=0.01209;REFB=0;REVB=0.00242462;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10637e-05;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr17 181474 . T C 1174.11 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00847945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.011;QD=59.4485;RBI=0.0441662;REFB=-0.0103507;REVB=0.0433446;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.506492;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.000125214;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:77:78:0.987342:38:39:0:0:38:40:0:1 chr17 463705 . G A 356.95 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0181085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1575;QD=22.3093;RBI=0.0182435;REFB=0.0250218;REVB=-0.00221531;RO=27;SAF=14;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152161;STB=0.501824;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.0237264;OID=.;OPOS=463705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:22:14:10:17:22:14:11:17 chr17 636320 . T C,TCTC 97.51 PASS AF=0.125,0.5625;AO=3,9;DP=21;FAO=2,9;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=2,3;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0900054,0.0424206;FXX=0.0587889;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=59.1511,227.497;QD=24.3765;RBI=0.0903405,0.0556113;REFB=-0.0618961,-0.0862251;REVB=-0.0077747,0.0359598;RO=9;SAF=3,3;SAR=0,6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.640421,-0.195767;STB=0.995714,0.555438;STBP=0.09,0.657;TYPE=snp,ins;VARB=0.042955,0.0348213;OID=.,.;OPOS=636320,636321;OREF=T,-;OALT=C,CTC;OMAPALT=C,TCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:21:16:9:5:3,9:2,9:0.125,0.5625:0,6:3,3:5:4:0,6:2,3:1:4 chr17 644986 . A C 789.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103657;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.804;QD=64.4233;RBI=0.0142334;REFB=0;REVB=0.00975412;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.20123e-06;OID=.;OPOS=644986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr17 648157 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.844;QD=51.1824;RBI=0.141962;REFB=0;REVB=0.141298;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866222;OID=.;OPOS=648157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr17 648498 . C T 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.386;QD=53.9022;RBI=0.0416684;REFB=0;REVB=0.0410356;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364756;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 649505 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.247;QD=56.1913;RBI=0.0260211;REFB=0;REVB=0.0256224;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203641;OID=.;OPOS=649505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr17 649935 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5293;QD=53.2764;RBI=0.0382574;REFB=0;REVB=-0.00725777;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683591;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 663472 . C A 400.59 PASS AF=0.815789;AO=30;DP=37;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0143479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5371;QD=42.1677;RBI=0.0528988;REFB=-0.0606039;REVB=-0.0509158;RO=7;SAF=18;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103797;STB=0.508016;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.011113;OID=.;OPOS=663472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:38:7:7:30:31:0.815789:12:18:4:3:12:19:4:3 chr17 663489 . G T 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0201594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.246;QD=5.57559;RBI=0.0238755;REFB=-0.0045116;REVB=-0.012792;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118447;STB=0.576713;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0203777;OID=.;OPOS=663489;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:3:4:16:8:3:4:16:8 chr17 685752 . G A 432.48 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0287558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1837;QD=48.0533;RBI=0.0414148;REFB=-0.172758;REVB=0.0298041;RO=3;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962375;STB=0.538982;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0258248;OID=.;OPOS=685752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:36:36:3:4:32:32:0.888889:13:19:0:3:13:19:1:3 chr17 694925 . T C 42.03 PASS AF=0.12;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=-0.0147124;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.221;QD=2.24165;RBI=0.0208483;REFB=-0.00447215;REVB=-0.0147714;RO=64;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865085;STB=0.545355;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0384118;OID=.;OPOS=694925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:76:75:64:66:9:9:0.12:5:4:24:40:5:4:26:40 chr17 704017 . A G 390.32 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.028755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.1192;QD=52.043;RBI=0.0414794;REFB=-0.132244;REVB=-0.0298948;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344547;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00768589;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:13:15:0:1:13:16:0:1 chr17 704042 . T G 193.13 PASS AF=0.612903;AO=15;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0345111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.1149;QD=24.9199;RBI=0.0619081;REFB=-0.0782381;REVB=0.0513965;RO=10;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269184;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0365305;OID=.;OPOS=704042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:10:12:15:19:0.612903:5:10:7:3:8:11:7:5 chr17 908529 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0191;QD=48.7239;RBI=0.0768084;REFB=0;REVB=-0.0626056;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309204;OID=.;OPOS=908529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr17 925764 . A G 846.77 PASS AF=0.708738;AO=72;DP=104;FAO=73;FDP=103;FR=.;FRO=30;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0287011;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.305;QD=32.8843;RBI=0.0321278;REFB=-0.00599881;REVB=-0.0144374;RO=31;SAF=37;SAR=35;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106809;STB=0.56399;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00300327;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:31:30:72:73:0.708738:35:37:10:21:35:38:9:21 chr17 970413 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0191858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.907;QD=28.5385;RBI=0.0522078;REFB=0.0289155;REVB=0.0485547;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-4.45594e-05;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chr17 1183354 . T C 259.91 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.088005;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1605;QD=51.9813;RBI=0.0883043;REFB=0;REVB=0.00726378;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00276902;OID=.;OPOS=1183354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr17 1183464 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00135331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.625;QD=64.4142;RBI=0.0165469;REFB=0;REVB=-0.0164914;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25652e-05;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr17 1209700 . A G 38.58 PASS AF=0.833333;AO=6;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197221;FXX=0.142653;HRUN=13;LEN=1;MLLD=144.449;QD=25.7229;RBI=0.0201511;REFB=-0.192266;REVB=-0.00413605;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00130455;OID=.;OPOS=1209700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:1:1:6:5:0.833333:4:2:1:0:3:2:1:0 chr17 1209747 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.563;QD=42.1826;RBI=0.131499;REFB=0;REVB=0.131445;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024843;OID=.;OPOS=1209747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 1209772 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.502;QD=42.1826;RBI=0.013549;REFB=0;REVB=0.0069297;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168087;OID=.;OPOS=1209772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr17 1359363 . T C,G 1003.52 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=5,62;DP=67;FAO=6,64;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=4,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908719,0.0400276;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.7558,158.27;QD=57.3442;RBI=0.00933013,0.0402313;REFB=0,0;REVB=-0.00211527,-0.00404299;RO=0;SAF=1,22;SAR=4,40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.174178,-0.000594753;OID=.,.;OPOS=1359363,1359363;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:67:70:0:0:5,62:6,64:0.0857143,0.914286:4,40:1,22:0:0:4,40:2,24:0:0 chr17 1371123 . T C 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9501;QD=57.6717;RBI=0.0195602;REFB=0;REVB=0.00639436;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4425e-05;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr17 1373518 . T C 464.13 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.042;QD=56.258;RBI=0.0503737;REFB=0;REVB=0.0487807;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824434;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:28:33:1:12:16:0:0:16:17:0:0 chr17 1373612 . C T 106.09 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181963;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.642;QD=42.4346;RBI=0.0233632;REFB=0;REVB=0.0146537;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027494;OID=.;OPOS=1373612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 1377943 . A G 191.68 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.115181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0998;QD=40.354;RBI=0.118585;REFB=-0.0791888;REVB=0.0282093;RO=2;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912511;STB=0.545402;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0196077;OID=.;OPOS=1377943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:19:2:2:16:17:0.894737:9:7:0:2:10:7:0:2 chr17 1381176 . A C 251.92 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0155966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0353;QD=27.2346;RBI=0.0162294;REFB=-0.0012438;REVB=0.00448762;RO=14;SAF=17;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189352;STB=0.605382;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.000445861;OID=.;OPOS=1381176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:6:17:7:7:6:17:7:7 chr17 1383893 . G A 269.1 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0245958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9332;QD=29.0922;RBI=0.0248507;REFB=-0.019352;REVB=0.00355037;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292365;STB=0.516116;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00579702;OID=.;OPOS=1383893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:14:10:6:7:14:10:6:7 chr17 1384066 . A G 602.96 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.624;QD=60.2956;RBI=0.0489354;REFB=0;REVB=0.00330627;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118905;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:34:40:1:17:17:0:0:20:20:0:0 chr17 1384067 . C G 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0242373;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.1666;QD=3.15755;RBI=0.0700622;REFB=-0.0215652;REVB=0.0657363;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328589;STB=0.52373;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.010031;OID=.;OPOS=1384067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:3:3:19:17:3:3:19:17 chr17 1424948 . A G 663.55 PASS AF=0.925926;AO=51;DP=55;FAO=50;FDP=54;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0151609;FXX=0.0181785;HRUN=7;LEN=1;MLLD=194.507;QD=49.152;RBI=0.0159368;REFB=-0.159437;REVB=-0.004912;RO=4;SAF=27;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00403097;STB=0.501483;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000709263;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:55:54:4:4:51:50:0.925926:24:27:2:2:24:26:2:2 chr17 1489088 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2402;QD=56.7044;RBI=0.0443808;REFB=0;REVB=-0.0392168;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215945;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr17 1494567 . G A 500.5 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0494469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.583;QD=54.1075;RBI=0.0541018;REFB=-0.0765135;REVB=0.0219547;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00186797;OID=.;OPOS=1494567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:37:1:2:34:35:0.945946:16:18:0:1:17:18:1:1 chr17 1516480 . T C 682.83 PASS AF=0.960784;AO=44;DP=49;FAO=49;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0515033;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.478;QD=53.5552;RBI=0.0526829;REFB=-0.073957;REVB=0.011086;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51428;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000725464;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:51:0:1:44:49:0.960784:15:29:0:0:17:32:0:1 chr17 1538295 . G A 1360.44 PASS AF=0.739726;AO=106;DP=144;FAO=108;FDP=146;FR=.;FRO=38;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.000871479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.322;QD=37.2724;RBI=0.0125008;REFB=-0.0187625;REVB=0.0124704;RO=38;SAF=54;SAR=52;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603951;STB=0.529526;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00669372;OID=.;OPOS=1538295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:38:38:106:108:0.739726:52:54:24:14:52:56:24:14 chr17 1538546 . C T 1628.9 PASS AF=0.982143;AO=108;DP=113;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0119671;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.894;QD=58.1751;RBI=0.0336238;REFB=-0.0584946;REVB=0.0314221;RO=2;SAF=36;SAR=72;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256357;STB=0.512818;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00346206;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:112:2:2:108:110:0.982143:72:36:2:0:72:38:2:0 chr17 1538628 . C G 871.2 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.136;QD=56.2064;RBI=0.0349891;REFB=0.00709035;REVB=-0.00844944;RO=1;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209702;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000267844;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:22:39:0:1:22:39:0:1 chr17 1542153 . G A 367.53 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0623131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.1691;QD=47.4234;RBI=0.0643136;REFB=-0.0484348;REVB=0.0159161;RO=3;SAF=9;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690343;STB=0.537248;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0169847;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:19:9:2:1:19:9:2:1 chr17 1542190 . G A 344.92 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329764;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.943;QD=55.1877;RBI=0.0369837;REFB=0;REVB=0.0368364;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279233;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr17 1630992 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.502;QD=45.8037;RBI=0.207633;REFB=0;REVB=0.207603;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267556;OID=.;OPOS=1630992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 1631340 . TGAGGAGGAGGA TGAGGAGGA,TGAGGAGGAG 163.33 PASS AF=0.9375,0;AO=12,2;DP=17;FAO=15,0;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0271454,0.0267917;FXX=0.0587889;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=242.172,229.524;QD=40.8311;RBI=0.0775018,0.0646257;REFB=0.0321061,0.12201;REVB=0.0725925,0.0588106;RO=0;SAF=6,0;SAR=6,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.529373,0.5;STBP=0.534,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00092014,0.128517;OID=.,.;OPOS=1631341,1631350;OREF=GAG,GA;OALT=-,-;OMAPALT=TGAGGAGGA,TGAGGAGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375,0:12,2:17:15,0:16:1:7,0:8,0:0:1:8:0:6,0:6,2:0:0 chr17 1634104 . C T 445.95 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0185293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.2362;QD=36.404;RBI=0.0516562;REFB=-0.0300473;REVB=0.0482186;RO=13;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128107;STB=0.577917;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0201816;OID=.;OPOS=1634104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:14:35:35:0.714286:17:18:10:3:17:18:11:3 chr17 1637302 . A G 1012.44 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8728;QD=57.8536;RBI=0.0126963;REFB=-0.167148;REVB=-0.007717;RO=1;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141097;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00188202;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:33:36:0:1:33:36:0:1 chr17 1637458 . G A 801.18 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6578;QD=57.2268;RBI=0.106164;REFB=0;REVB=0.101254;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011878;OID=.;OPOS=1637458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr17 1639458 . A G 720.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8068;QD=56.5189;RBI=0.0215893;REFB=0;REVB=0.0103079;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127657;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr17 1640793 . C T 727.55 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1151;QD=63.2655;RBI=0.0206418;REFB=0;REVB=-0.00151253;RO=0;SAF=38;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19647e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255206;OID=.;OPOS=1640793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:8:38:0:0:8:38:0:0 chr17 1641806 . G A 746.22 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2279;QD=60.9158;RBI=0.0344802;REFB=-0.0835091;REVB=0.0296922;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016502;STB=0.508768;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00341276;OID=.;OPOS=1641806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:19:28:1:0:20:28:1:0 chr17 1648502 . C T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=300.652;QD=46.9601;RBI=0.0469524;REFB=-0.034705;REVB=0.0147648;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.538422;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000924375;OID=.;OPOS=1648502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:14:6:0:0:14:6:1:0 chr17 1649056 . C T 50.27 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0387864;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.804;QD=4.371;RBI=0.0410138;REFB=-0.0161722;REVB=0.0133322;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319678;STB=0.521685;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0576014;OID=.;OPOS=1649056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:47:46:38:38:8:8:0.173913:4:4:20:18:4:4:20:18 chr17 1651987 . C T 61.13 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00712208;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.508;QD=6.11335;RBI=0.0123992;REFB=-0.0357001;REVB=-0.0101497;RO=31;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870877;STB=0.505606;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0369487;OID=.;OPOS=1651987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:31:31:9:9:0.225:4:5:17:14:4:5:17:14 chr17 1657653 . G A 75.75 PASS AF=0.194444;AO=13;DP=71;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0217286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3744;QD=4.2084;RBI=0.0379625;REFB=0.00215756;REVB=-0.0311291;RO=57;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214927;STB=0.504304;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0105947;OID=.;OPOS=1657653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:71:72:57:58:13:14:0.194444:8:5:21:36:9:5:21:37 chr17 1658395 . C T 33.14 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00304041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4994;QD=3.15628;RBI=0.00427416;REFB=-0.00134473;REVB=0.00300406;RO=36;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202138;STB=0.64242;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00426891;OID=.;OPOS=1658395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:36:36:6:6:0.142857:3:3:12:24:3:3:12:24 chr17 1674429 . T C 592.44 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4965;QD=60.7632;RBI=0.0352012;REFB=0;REVB=0.0278887;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75434e-05;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:25:12:0:0:27:12:0:0 chr17 1680002 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.798;QD=46.8464;RBI=0.0545064;REFB=0;REVB=-0.033727;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121084;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr17 1686410 . T C 714.94 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0229248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.174;QD=60.8463;RBI=0.0275053;REFB=-0.0336753;REVB=0.0151986;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000305645;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:25:21:1:0:25:21:1:0 chr17 1690752 . G A 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1505;QD=57.3777;RBI=0.0702841;REFB=0;REVB=0.031878;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331932;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr17 1782957 . C T 434.16 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.01137;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.338;QD=42.3571;RBI=0.0132803;REFB=-0.0421299;REVB=0.00686223;RO=6;SAF=18;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606995;STB=0.508923;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0117215;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:42:41:6:8:33:33:0.804878:15:18:2:4:15:18:4:4 chr17 1801065 . G C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.0164243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.418;QD=17.1563;RBI=0.0202499;REFB=-0.0215946;REVB=-0.0118449;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166843;STB=0.623157;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0225675;OID=.;OPOS=1801065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:20:17:17:0.459459:7:10:13:4:7:10:16:4 chr17 1801144 . C T 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00246864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.821;QD=17.5011;RBI=0.00761445;REFB=-0.0140654;REVB=0.00720317;RO=28;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180445;STB=0.60169;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0129972;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:9:17:13:15:9:17:13:15 chr17 1839674 . G C 737.92 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00160617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9612;QD=54.6606;RBI=0.0318216;REFB=-0.0993317;REVB=0.031781;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00267866;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr17 1840468 . C T 1510.85 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.619;QD=63.6146;RBI=0.0386924;REFB=0;REVB=0.038677;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06536e-05;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr17 1943888 . T C 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0302755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.53;QD=31.8503;RBI=0.0392915;REFB=-0.0059596;REVB=0.0250443;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230625;STB=0.627328;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00153248;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:16:6:6:3:16:6:6:3 chr17 1962394 . C T 181.55 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00889412;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.209;QD=33.0093;RBI=0.0135292;REFB=-0.018913;REVB=-0.0101948;RO=5;SAF=15;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759728;STB=0.542116;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00427066;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:23:22:5:5:17:17:0.772727:2:15:4:1:2:15:4:1 chr17 2202943 . T C 641.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.414;QD=61.08;RBI=0.0432702;REFB=0;REVB=-0.0190661;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140747;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:18:23:0:0:18:24:0:0 chr17 2203167 . T G 788.92 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00680471;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2491;QD=57.3759;RBI=0.00795943;REFB=0;REVB=-0.00412898;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886347;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr17 2203453 . A G 191.56 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.303;QD=47.8887;RBI=0.0406391;REFB=0;REVB=0.00137318;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286008;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr17 2266799 . G A 1179.31 PASS AF=0.987805;AO=78;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0779496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7497;QD=57.5271;RBI=0.17454;REFB=-0.120481;REVB=0.156167;RO=3;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232436;STB=0.504853;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00859119;OID=.;OPOS=2266799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:81:82:3:1:78:81:0.987805:28:50:1:2:30:51:1:0 chr17 2266812 . T C 1548.82 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.14;QD=63.8687;RBI=0.0508693;REFB=0;REVB=0.0312315;RO=0;SAF=54;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22727e-05;OID=.;OPOS=2266812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:43:54:0:0:43:54:0:0 chr17 2268311 . G A 926.37 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00262669;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.265;QD=57.0077;RBI=0.0370969;REFB=-0.186221;REVB=0.0370038;RO=1;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119581;STB=0.506327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00135012;OID=.;OPOS=2268311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:39:25:0:1:39:25:0:1 chr17 2275734 . C G 370.72 PASS AF=0.660377;AO=37;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0220876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9927;QD=27.9789;RBI=0.0278682;REFB=-0.0216721;REVB=0.0169934;RO=16;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179439;STB=0.564481;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0220904;OID=.;OPOS=2275734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:18:37:35:0.660377:21:16:2:14:21:14:4:14 chr17 2289610 . TGA T,TG,TGG 133.67 PASS AF=0,0.526316,0.210526;AO=3,7,5;DP=20;FAO=0,10,4;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=0,3,4;FSAR=0,7,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0374126,0.0337371,0.0287641;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=128.721,144.317,141.155;QD=28.1402;RBI=0.0545505,0.0752127,0.0771898;REFB=-0.0615305,-0.0583818,-0.0504933;REVB=0.0396996,0.0672217,0.0716302;RO=4;SAF=1,2,4;SAR=2,5,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.149914,-0.149414,0.268008;STB=0.5,0.538382,0.996662;STBP=1,0.718,0.041;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0462283,0.0293864,0.0295316;OID=.,.,.;OPOS=2289611,2289612,2289612;OREF=GA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=T,TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.526316,0.210526:3,7,5:20:0,10,4:19:5:0,3,4:0,7,0:2:3:30:4:1,2,4:2,5,1:2:2 chr17 2318550 . G C 118.62 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0104244;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2152;QD=7.77852;RBI=0.023203;REFB=0.00352464;REVB=-0.0207295;RO=41;SAF=5;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366926;STB=0.725638;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0118191;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:41:44:17:17:0.278689:12:5:25:16:12:5:27:17 chr17 2585113 . C T 149.75 PASS AF=0.714286;AO=14;DP=20;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0391626;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.331;QD=28.5242;RBI=0.0396236;REFB=-0.0323381;REVB=0.0060267;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226414;STB=0.615249;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0104846;OID=.;OPOS=2585113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:6:6:14:15:0.714286:9:5:0:6:10:5:0:6 chr17 2588722 . TAA T 211.16 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010719;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.531;QD=49.685;RBI=0.0159044;REFB=0;REVB=-0.0117495;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.6983e-06;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:17:17:0:10:7:0:0:4:0:10:7:0:0 chr17 2595964 . G A 252.59 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.065;QD=50.5183;RBI=0.101174;REFB=0;REVB=0.0667771;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143652;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 2600186 . G A 1878.51 PASS AF=0.968992;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=129;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.027185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8083;QD=58.2483;RBI=0.049256;REFB=-0.189338;REVB=0.0410747;RO=3;SAF=47;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202474;STB=0.504171;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00423997;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:129:129:3:4:125:125:0.968992:78:47:1:2:78:47:1:3 chr17 2868935 . T C 715.22 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.72;QD=60.8694;RBI=0.0256023;REFB=-0.176746;REVB=0.00138347;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000982886;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:0:1:27:19:0:1 chr17 2884545 . A G 638.73 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0252094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.857;QD=59.4167;RBI=0.0255281;REFB=0.0189242;REVB=0.00402095;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199732;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00109331;OID=.;OPOS=2884545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:0:1:23:19:0:1 chr17 2937663 . T TA 268.61 PASS AF=0.587302;AO=36;DP=64;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00405415;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.5856;QD=17.0548;RBI=0.0363058;REFB=0.0322036;REVB=0.0360787;RO=27;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722172;STB=0.510304;STBP=0.873;TYPE=ins;VARB=-0.0238052;OID=.;OPOS=2937664;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.587302:36:64:37:63:26:18:19:12:14:99:27:17:19:13:14 chr17 2940759 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00255262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.815;QD=24.2682;RBI=0.00258536;REFB=-0.0123429;REVB=0.000410138;RO=21;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100329;STB=0.567859;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0124771;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:22:33:33:0.6:23:10:9:12:23:10:10:12 chr17 3100827 . T C 218.42 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000211677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.414;QD=31.2023;RBI=0.0162458;REFB=-0.0195625;REVB=0.0162445;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154571;STB=0.585022;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0117245;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:9:11:2:6:9:11:2:6 chr17 3101076 . G C 545.35 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00154753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.838;QD=57.4049;RBI=0.0254207;REFB=-0.0926625;REVB=0.0253735;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000437784;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:20:17:0:0:20:17:0:1 chr17 3101578 . G T 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0288275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.114;QD=22.5344;RBI=0.0371054;REFB=-0.0299044;REVB=-0.0233621;RO=24;SAF=8;SAR=24;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910261;STB=0.549971;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0229228;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:24:8:4:20:24:8:4:20 chr17 3119008 . T C 696.26 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000724342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.449;QD=60.5447;RBI=0.0254083;REFB=-0.139194;REVB=0.025398;RO=1;SAF=29;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159327;STB=0.508471;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00258711;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:46:46:1:1:45:45:0.978261:16:29:1:0:16:29:1:0 chr17 3143968 . G T 68.8 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00254379;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.803;QD=15.2879;RBI=0.0622938;REFB=-0.0182082;REVB=0.0622418;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.615121;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0358708;OID=.;OPOS=3143968;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:5:4:6:3:5:4 chr17 3195503 . C T 715.45 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432508;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.113;QD=57.236;RBI=0.0435161;REFB=0;REVB=0.0047978;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121707;OID=.;OPOS=3195503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr17 3300934 . A T 523.54 PASS AF=0.8125;AO=38;DP=47;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0339892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.148;QD=43.6279;RBI=0.0389531;REFB=-0.0414851;REVB=0.0190283;RO=9;SAF=20;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104316;STB=0.503224;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00765486;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:48:9:9:38:39:0.8125:18:20:5:4:18:21:5:4 chr17 3337057 . A G 39.8 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0171864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0163;QD=13.2667;RBI=0.0171864;REFB=-0.0153595;REVB=0;RO=6;SAF=6;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0522592;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:12:12:6:6:6:6:0.5:0:6:6:0:0:6:6:0 chr17 3343519 . T C 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733858;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0023;QD=57.5641;RBI=0.00807332;REFB=0;REVB=0.00336508;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8362e-05;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr17 3352294 . A G 766.38 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.633;QD=63.8652;RBI=0.010471;REFB=0;REVB=-0.00670394;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41487e-06;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr17 3352331 . C T 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00367983;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.837;QD=62.997;RBI=0.0172951;REFB=0;REVB=-0.016899;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61435e-05;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr17 3416555 . C A 463.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2721;QD=57.8767;RBI=0.0379288;REFB=0;REVB=0.00937653;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264304;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr17 3422032 . G A 854.09 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225692;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.056;QD=57.9044;RBI=0.0397711;REFB=0;REVB=0.0327471;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102025;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr17 3422077 . G A 996.19 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322624;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4036;QD=59.4741;RBI=0.073681;REFB=0;REVB=0.0662422;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637734;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr17 3436080 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00321252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.659;QD=8.50752;RBI=0.0266161;REFB=0.00607988;REVB=-0.0264215;RO=31;SAF=1;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.555393;STB=0.854204;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0105484;OID=.;OPOS=3436080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:11:1:14:17:11:1:14:17 chr17 3436209 . T C 106.12 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.00523671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.2;QD=11.7907;RBI=0.0138016;REFB=-0.0141126;REVB=0.0127696;RO=23;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317263;STB=0.699733;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0152524;OID=.;OPOS=3436209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:6:6:5:18:6:7:5:18 chr17 3445901 . T G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.057;QD=57.3855;RBI=0.0357198;REFB=0;REVB=0.0132332;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184772;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr17 3447914 . C T 145.4 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6421;QD=41.5425;RBI=0.0331314;REFB=-0.0601887;REVB=0.00501898;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105216;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:6:8:0:0 chr17 3458072 . T C 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00314807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.426;QD=57.8246;RBI=0.0100359;REFB=0.0837043;REVB=0.00952939;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00104779;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:19:19:0:0:19:19:1:0 chr17 3486702 . G A 301.17 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.243;QD=52.3771;RBI=0.00463489;REFB=0;REVB=0.00351925;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27865e-06;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:18:23:1:12:6:0:0:17:6:0:0 chr17 3493200 . C G 464.68 PASS AF=0.641791;AO=42;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0378208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.399;QD=27.7423;RBI=0.0417823;REFB=-0.0184521;REVB=-0.0177581;RO=24;SAF=19;SAR=23;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523961;STB=0.532571;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0122106;OID=.;OPOS=3493200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:42:43:0.641791:23:19:9:15:23:20:9:15 chr17 3494361 . G A 381.82 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0182028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.091;QD=34.7113;RBI=0.0587479;REFB=-0.0434996;REVB=0.0558567;RO=13;SAF=14;SAR=17;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088774;STB=0.548356;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0146278;OID=.;OPOS=3494361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:44:44:13:13:31:31:0.704545:17:14:8:5:17:14:8:5 chr17 3514028 . G C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7088;QD=54.5146;RBI=0.0677071;REFB=0;REVB=-0.016845;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000699806;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 3526637 . C T 424.28 PASS AF=0.767442;AO=32;DP=42;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0401256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.565;QD=39.4675;RBI=0.0493891;REFB=-0.0440052;REVB=0.0287962;RO=10;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137627;STB=0.510632;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0122856;OID=.;OPOS=3526637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:43:10:10:32:33:0.767442:15:17:5:5:15:18:5:5 chr17 3553526 . A G 668.61 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00976431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0896;QD=59.4318;RBI=0.0580382;REFB=-0.018207;REVB=0.0572109;RO=1;SAF=29;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159212;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00355146;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:14:29:1:0:15:29:1:0 chr17 3559823 . G A 471.24 PASS AF=0.773585;AO=40;DP=52;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00112334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.044;QD=35.5649;RBI=0.0431279;REFB=-0.0213884;REVB=0.0431132;RO=12;SAF=27;SAR=13;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123839;STB=0.567738;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00794546;OID=.;OPOS=3559823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:52:53:12:12:40:41:0.773585:13:27:11:1:14:27:11:1 chr17 3561396 . C T 1299.97 PASS AF=0.945652;AO=87;DP=92;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0335228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.926;QD=56.5203;RBI=0.0399083;REFB=-0.0492871;REVB=0.021654;RO=5;SAF=43;SAR=44;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05197;STB=0.527466;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.000637525;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:92:92:5:5:87:87:0.945652:44:43:5:0:44:43:5:0 chr17 3563963 . C G 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.076946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.714;QD=3.0732;RBI=0.0789111;REFB=-0.0168979;REVB=-0.0175004;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479275;STB=0.534768;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0553839;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:3:3:20:17:3:3:20:17 chr17 3564068 . G A 110.69 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0601116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9511;QD=26.0454;RBI=0.060248;REFB=-0.0051352;REVB=-0.00405273;RO=5;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147448;STB=0.58319;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0029834;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:4:8:2:3:4:8:2:3 chr17 3564073 . A G 96.88 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.023437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.245;QD=21.5296;RBI=0.0365517;REFB=-0.0640026;REVB=-0.0280488;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174376;STB=0.615187;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00827844;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:10:12:0.666667:4:6:2:4:4:8:2:4 chr17 3564084 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0173977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.741;QD=22.5807;RBI=0.0233743;REFB=-0.0194509;REVB=-0.0156102;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191823;STB=0.608516;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0125281;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:2:5:5:7:2:5 chr17 3564378 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0625941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.04;QD=19.109;RBI=0.0723968;REFB=-0.0456726;REVB=-0.0363768;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436534;STB=0.753262;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0352855;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:1:5:2:7:1:5 chr17 3564400 . TT AG,TG 171.62 PASS AF=0.4,0.6;AO=6,9;DP=15;FAO=6,9;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=4,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389784,0.00593459;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=49.4649,79.0964;QD=45.7642;RBI=0.0993043,0.0812167;REFB=0,0;REVB=0.0992278,0.0809996;RO=0;SAF=2,6;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00284486,0.0186575;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:15:15:0:0:6,9:6,9:0.4,0.6:4,3:2,6:0:0:4,3:2,6:0:0 chr17 3568012 . A G 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00820068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.048;QD=3.24592;RBI=0.024774;REFB=-0.00441933;REVB=-0.0233773;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492277;STB=0.535593;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0315882;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:13:22:4:2:13:22 chr17 3572791 . CTTTTTTAA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA,CTTTTTAAA 155.3 PASS AF=0.185185,0.407407,0.222222,0;AO=5,3,6,2;DP=28;FAO=5,11,6,0;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=0,8,6,0;FSAR=5,3,0,0;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00129989,-0.000229764,-0.0071141,-0.00732505;FXX=0.0689417;HRUN=6,6,6,6;LEN=3,2,1,1;MLLD=23.6834,19.5635,11.4307,7.66304;QD=23.007;RBI=0.18111,0.215742,0.0280306,0.188544;REFB=0.00724351,0.0114002,0.0101736,0.000314059;REVB=-0.181105,-0.215742,-0.0271128,0.188402;RO=5;SAF=1,3,6,2;SAR=4,0,0,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.363118,0.658479,0.751961,0.589598;STB=0.997596,0.52936,0.996917,0.5;STBP=0.009,0.809,0.21,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0306147,0.0282801,0.0814968,0;OID=.,.,.,.;OPOS=3572797,3572797,3572792,3572797;OREF=TAA,TA,T,T;OALT=-,-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA,CTTTTTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.185185,0.407407,0.222222,0:5,3,6,2:28:5,11,6,0:27:5:0,8,6,0:5,3,0,0:4:1:32:5:1,3,6,2:4,0,0,0:3:2 chr17 3577146 . C T 387.79 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0158181;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.702;QD=28.7249;RBI=0.0163445;REFB=-0.0405008;REVB=0.00411457;RO=15;SAF=14;SAR=22;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00631734;STB=0.538276;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.01776;OID=.;OPOS=3577146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:15:18:36:36:0.666667:22:14:6:9:22:14:9:9 chr17 3627840 . G A 196.37 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00705182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.513;QD=34.1507;RBI=0.0297069;REFB=-0.0872095;REVB=0.0288578;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461155;STB=0.502535;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0235521;OID=.;OPOS=3627840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:11:7:2:3:11:7:2:3 chr17 3628212 . T C 116.4 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0124623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.951;QD=33.2572;RBI=0.0190321;REFB=-0.0244224;REVB=-0.0143845;RO=2;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0079624;OID=.;OPOS=3628212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:14:14:2:2:10:10:0.714286:6:4:1:1:6:4:1:1 chr17 3629698 . A G 650.35 PASS AF=0.705128;AO=55;DP=78;FAO=55;FDP=78;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0122669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.688;QD=33.3512;RBI=0.0140847;REFB=-0.0102534;REVB=0.0069212;RO=23;SAF=23;SAR=32;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015136;STB=0.508162;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00538081;OID=.;OPOS=3629698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:23:23:55:55:0.705128:32:23:9:14:32:23:9:14 chr17 3629848 . A G 230.79 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00782447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5991;QD=38.465;RBI=0.0349527;REFB=-0.0319472;REVB=-0.0340656;RO=4;SAF=10;SAR=10;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397155;OID=.;OPOS=3629848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:10:10:2:2:10:10:2:2 chr17 3629867 . G A 109.3 PASS AF=0.8;AO=10;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0188082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.137;QD=29.1471;RBI=0.0312222;REFB=-0.0621033;REVB=0.0249214;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110339;STB=0.550477;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.033943;OID=.;OPOS=3629867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:15:3:3:10:12:0.8:4:6:1:2:5:7:1:2 chr17 3632836 . G A 249.36 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0158928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.188;QD=33.2478;RBI=0.0223894;REFB=-0.00687978;REVB=0.0157703;RO=8;SAF=16;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253885;STB=0.639865;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00877502;OID=.;OPOS=3632836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:6:16:2:6:6:16:2:6 chr17 3649214 . G A 90.06 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0117632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8905;QD=7.66475;RBI=0.0423924;REFB=0.00664377;REVB=0.0407276;RO=33;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473991;STB=0.772757;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0211831;OID=.;OPOS=3649214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:33:35:12:12:0.255319:3:9:11:22:3:9:13:22 chr17 3657159 . C T 72.75 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00619147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.565;QD=4.77078;RBI=0.0193463;REFB=0.0024405;REVB=0.0183288;RO=48;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103501;STB=0.575217;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00484513;OID=.;OPOS=3657159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:7:5:24:24:7:5:25:24 chr17 3657175 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.318;QD=57.7121;RBI=0.0144416;REFB=0;REVB=0.00211355;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.16423e-05;OID=.;OPOS=3657175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr17 3775848 . T C 521.77 PASS AF=0.730159;AO=40;DP=57;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0316931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.337;QD=33.128;RBI=0.0354762;REFB=-0.0417005;REVB=0.0159409;RO=17;SAF=27;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218343;STB=0.599955;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0113872;OID=.;OPOS=3775848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:63:17:17:40:46:0.730159:13:27:5:12:16:30:5:12 chr17 3775916 . T C 518.7 PASS AF=0.725806;AO=39;DP=58;FAO=45;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=3.05366e-05;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2696;QD=33.4647;RBI=0.0335692;REFB=-0.0363516;REVB=-0.0335692;RO=9;SAF=25;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726795;STB=0.58715;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00853253;OID=.;OPOS=3775916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:62:9:17:39:45:0.725806:14:25:4:5:20:25:4:13 chr17 3818788 . G A 545.2 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0434073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.443;QD=57.3897;RBI=0.0493814;REFB=0.180197;REVB=0.0235443;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000696496;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:1:0:21:16:1:0 chr17 3818830 . A G 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3782;QD=59.4179;RBI=0.0214716;REFB=-0.00176399;REVB=-0.00662174;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000147254;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:23:19:1:0:23:19:1:0 chr17 3819002 . T C 340.82 PASS AF=0.707317;AO=24;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00746395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.678;QD=33.2506;RBI=0.00847347;REFB=-0.064624;REVB=0.00401112;RO=7;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887521;STB=0.505047;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0244509;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:7:12:24:29:0.707317:12:12:5:2:15:14:6:6 chr17 3828086 . C G 579.1 PASS AF=0.71831;AO=51;DP=71;FAO=51;FDP=71;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0972979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4958;QD=32.6252;RBI=0.0987428;REFB=-0.0459331;REVB=0.0168305;RO=19;SAF=23;SAR=28;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152412;STB=0.514536;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0185259;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:19:20:51:51:0.71831:28:23:8:11:28:23:8:12 chr17 3909344 . A C 150.98 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0218664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2386;QD=12.5812;RBI=0.0251896;REFB=0.00947235;REVB=-0.0125051;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146336;STB=0.508589;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0368698;OID=.;OPOS=3909344;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:15:16:9:8:15:16 chr17 3947644 . T C 452.73 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0474977;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.4195;QD=32.926;RBI=0.0513184;REFB=-0.079438;REVB=-0.0194305;RO=15;SAF=16;SAR=24;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688894;STB=0.537295;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0320848;OID=.;OPOS=3947644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:24:16:8:7:24:16:8:7 chr17 3968064 . A C 333.08 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0301987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.749;QD=39.1854;RBI=0.0348421;REFB=-0.0125522;REVB=0.0173785;RO=7;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129456;STB=0.570125;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00463916;OID=.;OPOS=3968064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:14:13:1:6:14:13:1:6 chr17 4084608 . C T 527.55 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=64;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0261407;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2627;QD=33.4954;RBI=0.0269053;REFB=-0.0367777;REVB=0.00636853;RO=17;SAF=20;SAR=26;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181573;STB=0.5098;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0118683;OID=.;OPOS=4084608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:17:17:46:46:0.730159:26:20:8:9:26:20:8:9 chr17 4088291 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.256;QD=48.6252;RBI=0.0371732;REFB=-0.0448863;REVB=0.0355232;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00132007;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:14:8:1:0:14:8:1:0 chr17 4337412 . C G 489.98 PASS AF=0.6875;AO=44;DP=64;FAO=44;FDP=64;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0261653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.875;QD=30.624;RBI=0.02798;REFB=-0.0146524;REVB=-0.00991237;RO=20;SAF=19;SAR=25;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484316;STB=0.526227;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00774022;OID=.;OPOS=4337412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:20:20:44:44:0.6875:25:19:7:13:25:19:7:13 chr17 4352539 . C T 254.12 PASS AF=0.294118;AO=34;DP=118;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.005199;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.924;QD=8.54195;RBI=0.0135549;REFB=-0.00784193;REVB=-0.0125182;RO=83;SAF=16;SAR=18;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114669;STB=0.560311;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0166379;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:83:84:34:35:0.294118:18:16:47:36:18:17:48:36 chr17 4356375 . G T 132.43 PASS AF=0.238095;AO=18;DP=82;FAO=20;FDP=84;FR=.;FRO=64;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.00926142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.158;QD=6.30625;RBI=0.0152419;REFB=-0.0163569;REVB=-0.0121055;RO=62;SAF=9;SAR=9;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120835;STB=0.596603;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0476435;OID=.;OPOS=4356375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:62:64:18:20:0.238095:9:9:25:37:9:11:27:37 chr17 4391132 . C T 43.75 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.031378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.012;QD=6.73019;RBI=0.0318343;REFB=-0.0154547;REVB=0.00537066;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136363;STB=0.585974;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.049411;OID=.;OPOS=4391132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:6:13:4:3:6:13 chr17 4391153 . A G 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0112454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.973;QD=6.52645;RBI=0.0162869;REFB=-0.00896662;REVB=-0.0117815;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946595;STB=0.560272;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0196275;OID=.;OPOS=4391153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:7:13:4:3:7:13 chr17 4440907 . A G 418.81 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0823918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.632;QD=31.0228;RBI=0.0930288;REFB=-0.00459096;REVB=-0.0431967;RO=16;SAF=18;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887735;STB=0.548109;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-8.68827e-05;OID=.;OPOS=4440907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:16:38:38:0.703704:20:18:5:11:20:18:5:11 chr17 4446457 . G A 69.42 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00591962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.192;QD=6.31118;RBI=0.006192;REFB=-0.0164914;REVB=-0.0018163;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443098;STB=0.784462;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.045551;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:34:34:10:10:0.227273:2:8:15:19:2:8:15:19 chr17 4451453 . C T 282.18 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0510087;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.443;QD=14.4709;RBI=0.0511508;REFB=-0.0255923;REVB=-0.00380989;RO=45;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166295;STB=0.587525;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.041772;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:46:32:32:0.410256:14:18:18:27:14:18:19:27 chr17 4455500 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.796;QD=62.3494;RBI=0.040484;REFB=0;REVB=0.0131033;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241194;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 4463023 . G A 1284.82 PASS AF=0.929293;AO=92;DP=101;FAO=92;FDP=99;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0354819;FXX=0.0198;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.486;QD=51.9119;RBI=0.0814971;REFB=-0.0734973;REVB=0.0733677;RO=7;SAF=47;SAR=45;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463752;STB=0.524516;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00092643;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:101:99:7:7:92:92:0.929293:45:47:6:1:45:47:6:1 chr17 4463796 . G A 87.17 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=-0.0308274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.558;QD=6.22639;RBI=0.0325616;REFB=-0.00379758;REVB=-0.010485;RO=41;SAF=1;SAR=12;SRF=5;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155128;STB=0.631336;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.014807;OID=.;OPOS=4463796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:54:56:41:43:13:13:0.232143:12:1:5:36:12:1:6:37 chr17 4495682 . G A 73.3 PASS AF=0.215686;AO=10;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0167208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0717;QD=5.74891;RBI=0.0348318;REFB=-0.00519816;REVB=0.030556;RO=40;SAF=4;SAR=6;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182575;STB=0.645127;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0133258;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:51:51:40:40:10:11:0.215686:6:4:22:18:7:4:22:18 chr17 4495740 . G A 407.7 PASS AF=0.714286;AO=32;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0322678;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=117.614;QD=33.2818;RBI=0.140727;REFB=-0.0702255;REVB=0.136978;RO=15;SAF=13;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363238;STB=0.549971;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0137867;OID=.;OPOS=4495740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:14:32:35:0.714286:19:13:7:8:21:14:8:6 chr17 4497160 . T C 416.0 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=33;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0156779;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.956;QD=48.9405;RBI=0.0225084;REFB=-0.0468198;REVB=0.0161503;RO=2;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389373;STB=0.51055;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00344269;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:34:2:3:30:31:0.911765:16:14:1:1:17:14:1:2 chr17 4575283 . A G 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.338;QD=59.0158;RBI=0.0252172;REFB=0;REVB=-0.00240426;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04032e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 4620497 . C T 526.33 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7044;QD=56.9005;RBI=0.0634229;REFB=-0.00841259;REVB=0.0376208;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00340517;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:1:0:14:22:1:0 chr17 4622638 . C T 218.82 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0234549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3087;QD=31.2599;RBI=0.0572572;REFB=-0.0915217;REVB=0.0522327;RO=8;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533158;STB=0.529382;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0132566;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:8:8:20:20:0.714286:12:8:4:4:12:8:4:4 chr17 4637886 . G A 817.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.099;QD=57.3818;RBI=0.0193802;REFB=0;REVB=0.00586506;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4616e-05;OID=.;OPOS=4637886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr17 4638484 . T C 536.7 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.174;QD=59.6336;RBI=0.0203005;REFB=0;REVB=0.0174053;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029987;OID=.;OPOS=4638484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:18:18:0:0 chr17 4638563 . G A 729.06 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.476;QD=57.1812;RBI=0.0288762;REFB=0;REVB=0.022629;RO=0;SAF=35;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60203e-05;OID=.;OPOS=4638563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:15:35:0:0:16:35:0:0 chr17 4638737 . A G 450.75 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172902;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.122;QD=58.1618;RBI=0.0312316;REFB=0;REVB=-0.0260088;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277139;OID=.;OPOS=4638737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr17 4641755 . C T 545.36 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0199773;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.802;QD=57.4065;RBI=0.0206113;REFB=-0.0167467;REVB=0.00507262;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-4.68861e-06;OID=.;OPOS=4641755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:18:19:0:0:18:19:0:1 chr17 4645324 . T C 574.42 PASS AF=0.786885;AO=47;DP=60;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0277293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.761;QD=37.6667;RBI=0.0445491;REFB=0.000949686;REVB=-0.0348671;RO=13;SAF=30;SAR=17;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237521;STB=0.51089;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.000790947;OID=.;OPOS=4645324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:61:13:13:47:48:0.786885:17:30:9:4:17:31:9:4 chr17 4686414 . A C 563.17 PASS AF=0.75;AO=49;DP=64;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0178865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.16;QD=35.198;RBI=0.0181758;REFB=-0.0270128;REVB=0.00323016;RO=15;SAF=23;SAR=26;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08928;STB=0.536924;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0083831;OID=.;OPOS=4686414;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:15:16:49:48:0.75:26:23:4:11:26:22:5:11 chr17 4689572 . T C 188.27 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00366551;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.633;QD=19.8175;RBI=0.0523152;REFB=-0.0313646;REVB=-0.0521867;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299517;STB=0.670469;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0270109;OID=.;OPOS=4689572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:5:14:8:11:5:14:8:11 chr17 4692559 . G T 161.44 PASS AF=0.68;AO=13;DP=26;FAO=17;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00562943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.766;QD=25.8306;RBI=0.0144026;REFB=-0.0272842;REVB=-0.0132568;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302693;STB=0.607351;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0142347;OID=.;OPOS=4692559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:26:25:8:8:13:17:0.68:9:4:6:2:10:7:6:2 chr17 4693054 . G A 41.28 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0159731;FXX=0.0555453;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.388;QD=3.23789;RBI=0.0233212;REFB=-0.010118;REVB=-0.0169923;RO=30;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264104;STB=0.794137;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0514297;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:54:51:30:44:7:7:0.137255:2:5:15:15:2:5:15:29 chr17 4693170 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.905;QD=49.5941;RBI=0.0457583;REFB=0;REVB=-0.0151875;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824542;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 4701019 . C T 724.16 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00518136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3738;QD=54.6539;RBI=0.0432798;REFB=-0.0872345;REVB=-0.0429685;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000476014;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:26:26:1:0:26:26:1:0 chr17 4712395 . A T 36.85 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0097142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.667;QD=7.75692;RBI=0.0204864;REFB=-0.00850088;REVB=-0.0180369;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152232;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0639488;OID=.;OPOS=4712395;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:5:6:0.315789:2:3:6:7:2:4:6:7 chr17 4712617 . C T 362.79 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0130557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.48;QD=45.3482;RBI=0.0130796;REFB=-0.021609;REVB=-0.000790579;RO=4;SAF=19;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108708;STB=0.55878;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00534538;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:9:19:1:3:9:19:1:3 chr17 4796271 . C T 244.26 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0403497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.065;QD=23.2633;RBI=0.0539307;REFB=-0.0347356;REVB=-0.0357831;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14563;STB=0.588401;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0350992;OID=.;OPOS=4796271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:22:23:0.547619:12:10:12:7:13:10:12:7 chr17 4796274 . T C 631.51 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.756;QD=58.7449;RBI=0.0131451;REFB=0.0111293;REVB=-0.00698825;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000905096;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:43:0:1:41:42:0.976744:19:22:0:0:19:23:0:1 chr17 4796286 . C T 636.14 PASS AF=0.958333;AO=43;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.078199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.278;QD=53.0118;RBI=0.0840185;REFB=-0.160605;REVB=0.0307248;RO=5;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701051;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00255881;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:48:48:5:2:43:46:0.958333:24:19:4:1:24:22:1:1 chr17 4801125 . C G 91.61 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00210364;FXX=0.117578;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.829;QD=24.4283;RBI=0.00514512;REFB=-0.0185645;REVB=0.00469542;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327428;STB=0.691832;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00413322;OID=.;OPOS=4801125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:17:15:5:5:10:10:0.666667:9:1:2:3:9:1:2:3 chr17 4801286 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=0;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=216.004;QD=9.11045;RBI=0.0051126;REFB=-0.00394755;REVB=-0.0051126;RO=15;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00633864;OID=.;OPOS=4801286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:8:0:0:15:8:0:0:16 chr17 4836973 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0202258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.405;QD=18.767;RBI=0.0221311;REFB=-0.0270428;REVB=-0.00898335;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0179666;OID=.;OPOS=4836973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr17 4849284 . G A 364.59 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0941532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3236;QD=33.9155;RBI=0.137968;REFB=-0.0737317;REVB=0.100849;RO=13;SAF=12;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120901;STB=0.565993;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0365816;OID=.;OPOS=4849284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:13:13:30:30:0.697674:18:12:8:5:18:12:8:5 chr17 4856376 . A G 468.94 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0206609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7524;QD=39.0784;RBI=0.0329056;REFB=-0.0417858;REVB=0.0256107;RO=11;SAF=18;SAR=18;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196749;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148025;OID=.;OPOS=4856376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:11:12:36:36:0.75:18:18:6:5:18:18:6:6 chr17 4863410 . A G 105.51 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0176104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3086;QD=21.102;RBI=0.0533371;REFB=-0.0119497;REVB=-0.0503459;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00600137;OID=.;OPOS=4863410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:3:5:6:6:3:5 chr17 4875566 . T C 142.18 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0177388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.604;QD=22.7484;RBI=0.0185336;REFB=-0.0307984;REVB=0.00536908;RO=9;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10207;STB=0.618866;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0152358;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:25:9:10:14:15:0.6:2:12:7:2:2:13:7:3 chr17 4883045 . C T 135.75 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00549599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9421;QD=38.7848;RBI=0.0267486;REFB=0.0568084;REVB=0.0261778;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000702081;OID=.;OPOS=4883045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:6:6:1:0:7:6:1:0 chr17 4890932 . C A 171.05 PASS AF=0.545455;AO=16;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0132826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.4668;QD=20.7327;RBI=0.0533681;REFB=-0.0818392;REVB=0.0516887;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.636223;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0681747;OID=.;OPOS=4890932;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:10:15:16:18:0.545455:9:7:7:3:9:9:12:3 chr17 4926882 . A G 142.21 PASS AF=0.215686;AO=22;DP=102;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0201241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.51;QD=5.57695;RBI=0.0205749;REFB=-0.0161734;REVB=-0.00428323;RO=79;SAF=15;SAR=7;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211731;STB=0.637579;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0529778;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:79:80:22:22:0.215686:7:15:41:38:7:15:41:39 chr17 4936898 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0167425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.781;QD=14.6539;RBI=0.0182805;REFB=-0.0317289;REVB=-0.00733942;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0276823;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:6:2:2:6:6:2 chr17 4996915 . AC A 50.11 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.659;QD=33.4055;RBI=0.0677577;REFB=0;REVB=0.0265248;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00318923;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:3:3:0:0:4:0:3:3:0:0 chr17 4997787 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.396;QD=60.9781;RBI=0.0456987;REFB=0;REVB=0.0180065;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51766e-05;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr17 4998030 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.274;QD=40.7625;RBI=0.032735;REFB=0;REVB=0.00977367;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000725345;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 4998586 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.281;QD=39.2059;RBI=0.0274157;REFB=0;REVB=0.0186178;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102691;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr17 4998852 . G C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.284;QD=51.1845;RBI=0.0413508;REFB=0;REVB=-0.027477;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379709;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr17 5037281 . T C 60.86 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.048446;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.426;QD=5.93725;RBI=0.049837;REFB=-0.00323963;REVB=-0.0116925;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141586;STB=0.591198;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00914214;OID=.;OPOS=5037281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:41:32:32:9:9:0.219512:4:5:14:18:4:5:14:18 chr17 5042422 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0114193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.119;QD=25.3678;RBI=0.0271043;REFB=-0.0232465;REVB=-0.0245814;RO=14;SAF=6;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608956;STB=0.533947;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0140215;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:15:6:5:9:15:6:5:9 chr17 5042894 . T C 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.72;QD=58.238;RBI=0.0304258;REFB=0;REVB=0.0242805;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128387;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:36:26:0:0:36:26:0:0 chr17 5044794 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0299145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.181;QD=12.2129;RBI=0.0314758;REFB=-0.00848714;REVB=-0.00979018;RO=22;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452951;STB=0.779924;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.011704;OID=.;OPOS=5044794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:12:1:7:15:12:1:7:15 chr17 5074195 . T C 58.64 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0229743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.141;QD=14.6607;RBI=0.025349;REFB=0.0140966;REVB=-0.0107122;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.699474;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00865758;OID=.;OPOS=5074195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:5:3:6:2:5:3 chr17 5084763 . G A 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00902101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3478;QD=54.5068;RBI=0.0136074;REFB=0;REVB=-0.0101874;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000248391;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr17 5126674 . A G 60.75 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0296684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.317;QD=6.39513;RBI=0.0335412;REFB=-0.00157233;REVB=0.015646;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199952;STB=0.633878;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00466388;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:28:29:9:9:0.236842:4:5:20:8:4:5:21:8 chr17 5280440 . T C 69.67 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0086599;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4307;QD=6.05841;RBI=0.0389071;REFB=-0.00989757;REVB=0.0379311;RO=36;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440996;STB=0.785129;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.06253;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:36:36:10:10:0.217391:2:8:16:20:2:8:16:20 chr17 5284698 . A G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.723;QD=37.893;RBI=0.0301746;REFB=-0.0156488;REVB=-0.00517331;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00204217;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:4:8:0:0:4:8:0:1 chr17 5284719 . T C 223.01 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171035;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.935;QD=46.9489;RBI=0.0845945;REFB=-0.046931;REVB=0.0828475;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845473;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr17 5284770 . G A 272.68 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.037367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.969;QD=43.6285;RBI=0.0459124;REFB=-0.0178117;REVB=0.0266768;RO=3;SAF=3;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205574;STB=0.542818;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00163279;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:25:25:3:2:22:23:0.92:19:3:2:1:19:4:1:1 chr17 5287297 . AG A 268.74 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.4215;QD=44.7907;RBI=0.157003;REFB=0;REVB=-0.129182;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0114492;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:24:24:0:10:14:0:0:5:0:10:12:0:0 chr17 5288760 . A G 104.14 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00372386;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.222;QD=9.68757;RBI=0.011113;REFB=-0.0117793;REVB=-0.0104705;RO=29;SAF=5;SAR=8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374805;STB=0.689381;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0242507;OID=.;OPOS=5288760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:8:5:21:8:8:5:20:10 chr17 5288769 . CA C 59.35 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0430966;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.696;QD=5.7906;RBI=0.0443049;REFB=-0.00176522;REVB=0.0102765;RO=32;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21591;STB=0.638005;STBP=0.421;TYPE=del;VARB=0.0135315;OID=.;OPOS=5288770;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.219512:9:42:9:41:32:4:5:20:12:59:32:4:5:20:12 chr17 5288794 . G C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.110919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9772;QD=7.04915;RBI=0.137913;REFB=-0.0229434;REVB=-0.0819572;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218031;STB=0.646773;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0559176;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:6:4:17:12:6:4:18:12 chr17 5289580 . A G 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.458;QD=57.1796;RBI=0.0599258;REFB=0;REVB=0.00516062;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282182;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr17 5290033 . T C 556.88 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1053;QD=60.203;RBI=0.0695453;REFB=0;REVB=0.0669556;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831622;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr17 5290703 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.411;QD=61.6832;RBI=0.0206864;REFB=0;REVB=0.0111602;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36052e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr17 5294976 . T A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.015;QD=57.6792;RBI=0.00633973;REFB=0;REVB=0.00499234;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05632e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr17 5308377 . C T 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00712072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.715;QD=3.45939;RBI=0.00766727;REFB=-0.00519028;REVB=-0.00284294;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174376;STB=0.622413;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0317005;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:23:17:4:3:23:17 chr17 5326089 . C T 575.74 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.441;QD=59.0499;RBI=0.0154496;REFB=0;REVB=-0.0117606;RO=0;SAF=30;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735378;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:9:30:0:0:9:30:0:0 chr17 5326145 . C G 414.46 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731688;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3791;QD=57.1667;RBI=0.0733204;REFB=0;REVB=0.00471107;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151739;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:5:24:0:0:5:24:0:0 chr17 5326162 . G A 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00404519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3214;QD=50.8305;RBI=0.0199026;REFB=0.0642418;REVB=0.0194872;RO=1;SAF=19;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238057;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00309108;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:6:19:1:0:6:19:1:0 chr17 5328633 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.042;QD=40.7628;RBI=0.0400206;REFB=0;REVB=-0.0263739;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43516e-05;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr17 5334850 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0771477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7328;QD=57.6793;RBI=0.0802295;REFB=0;REVB=0.0220231;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129632;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr17 5334873 . GAAA GAA,GAAG 584.16 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=38,2;DP=41;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=19,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593635,-0.0243974;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=25.0733,7.92717;QD=56.991;RBI=0.061396,0.0637972;REFB=0,0;REVB=0.0156666,0.0589478;RO=0;SAF=19,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00812553,0.0736936;OID=.,.;OPOS=5334874,5334876;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAA,GAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.926829,0.0731707:38,2:41:38,3:41:0:19,1:19,2:0:0:12:0:19,1:19,1:0:0 chr17 5347576 . G A 1026.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.521;QD=59.4971;RBI=0.077284;REFB=0;REVB=0.0757356;RO=0;SAF=19;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500033;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:50:19:0:0:50:19:0:0 chr17 5487164 . C G 1951.15 PASS AF=0.969925;AO=127;DP=132;FAO=129;FDP=133;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.000256271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7018;QD=58.6813;RBI=0.0385602;REFB=-0.141466;REVB=0.0385593;RO=3;SAF=64;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220868;STB=0.515149;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00429235;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:132:133:3:4:127:129:0.969925:63:64:0:3:64:65:0:4 chr17 6014176 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6609;QD=58.1401;RBI=0.0462851;REFB=0;REVB=0.0432264;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710109;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr17 6110583 . C A 143.18 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00953535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.619;QD=26.0324;RBI=0.00954689;REFB=-0.0053684;REVB=-0.000469394;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892086;STB=0.550377;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00618078;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:22:22:7:7:12:12:0.545455:5:7:5:2:5:7:5:2 chr17 6330068 . T C 260.35 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201762;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7869;QD=52.0689;RBI=0.0227365;REFB=0;REVB=-0.010482;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119202;OID=.;OPOS=6330068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:18:2:0:0:18:2:0:0 chr17 6331803 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8435;QD=56.6977;RBI=0.0918868;REFB=0;REVB=0.0850302;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260297;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr17 6353679 . A C 300.09 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.044;QD=50.0146;RBI=0.0202084;REFB=0;REVB=0.0193181;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280287;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310107;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:1:0:22:24:1:6:16:1:0:7:17:0:0 chr17 6364753 . A G 1199.07 PASS AF=1;AO=66;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050003;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.5;QD=61.4905;RBI=0.0519494;REFB=0;REVB=-0.0140867;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041217;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:66:78:1:32:34:0:0:33:45:0:0 chr17 6381939 . G A 60.4 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0126497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.775;QD=4.23828;RBI=0.0153974;REFB=-0.00349645;REVB=0.00877881;RO=45;SAF=3;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288683;STB=0.692192;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0150658;OID=.;OPOS=6381939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:56:57:45:47:10:10:0.175439:7:3:24:21:7:3:25:22 chr17 6406883 . C T 921.35 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.831;QD=57.5846;RBI=0.0323751;REFB=0;REVB=-0.011861;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128013;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:61:64:1:42:19:0:0:45:19:0:0 chr17 6441363 . C T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0439074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7559;QD=6.81307;RBI=0.055546;REFB=-0.0047134;REVB=0.0340221;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169726;STB=0.609427;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00538523;OID=.;OPOS=6441363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:8:11:5:2:8:11 chr17 6483046 . T C 1343.18 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100727;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.025;QD=62.4734;RBI=0.0139485;REFB=0;REVB=0.00964889;RO=0;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202331;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:52:34:0:0:52:34:0:0 chr17 6493198 . T C 2145.72 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00900652;FXX=0.0144917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7886;QD=63.1095;RBI=0.012647;REFB=0;REVB=-0.00887858;RO=0;SAF=68;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.78006e-05;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:138:136:0:0:136:136:1:68:68:0:0:68:68:0:0 chr17 6511781 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.177;QD=62.35;RBI=0.0329657;REFB=0;REVB=-0.0120733;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.33456e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr17 6513329 . G A 885.02 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0254908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.137;QD=53.6378;RBI=0.0326223;REFB=-0.154187;REVB=0.0203576;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149896;STB=0.507216;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.000836736;OID=.;OPOS=6513329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:1:3:63:63:0.954545:31:32:0:1:31:32:2:1 chr17 6515387 . A G 839.98 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415888;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.468;QD=57.9296;RBI=0.0453426;REFB=0;REVB=0.0180645;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102927;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr17 6515454 . C T 470.05 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197296;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.598;QD=56.9756;RBI=0.0318225;REFB=0;REVB=0.0249683;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154857;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:26:33:1:11:15:0:0:16:17:0:0 chr17 6524298 . T A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.38;QD=49.3981;RBI=0.015733;REFB=-0.0695343;REVB=0.000362483;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250351;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00552059;OID=.;OPOS=6524298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:18:5:0:1:18:5:0:1 chr17 6531648 . A G 1767.47 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.328;QD=60.9471;RBI=0.0504303;REFB=0;REVB=0.0144342;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.07668e-05;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chr17 6556538 . G C 915.77 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427576;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0869;QD=58.144;RBI=0.0687171;REFB=0;REVB=0.0537943;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211873;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:31:31:0:0:31:32:0:0 chr17 6556541 . A T 907.3 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.832;QD=54.988;RBI=0.0388953;REFB=-0.163401;REVB=0.0175068;RO=1;SAF=32;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145288;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00046683;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:63:65:0.984848:31:32:1:0:31:34:1:0 chr17 6558768 . C T 189.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.5518;QD=47.3931;RBI=0.128948;REFB=0;REVB=0.128415;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00552366;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:9:7:0:0 chr17 6663895 . C G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00877048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.758;QD=53.3625;RBI=0.0386678;REFB=-0.173038;REVB=0.0376601;RO=1;SAF=16;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00262483;OID=.;OPOS=6663895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:13:16:1:0:13:16:1:0 chr17 6690161 . C T 109.01 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00855357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9715;QD=5.97332;RBI=0.040738;REFB=0.00217417;REVB=-0.0398299;RO=56;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527497;STB=0.532833;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0108582;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:11:6:22:34:11:6:22:34 chr17 6704121 . C T 595.31 PASS AF=0.666667;AO=52;DP=78;FAO=52;FDP=78;FR=.;FRO=26;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00316237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9576;QD=30.5289;RBI=0.0259213;REFB=0.00220031;REVB=0.0257277;RO=26;SAF=30;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11874;STB=0.564332;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00071896;OID=.;OPOS=6704121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:26:26:52:52:0.666667:22:30:10:16:22:30:10:16 chr17 6733672 . T C 489.2 PASS AF=0.721311;AO=43;DP=60;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0307587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9527;QD=32.0785;RBI=0.0497672;REFB=-0.027399;REVB=0.0391238;RO=17;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111429;STB=0.556644;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0179484;OID=.;OPOS=6733672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:17:17:43:44:0.721311:24:19:4:13:25:19:4:13 chr17 6899559 . C G 175.6 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2425;QD=46.8252;RBI=0.0527897;REFB=0;REVB=-0.0262647;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00304404;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr17 6904934 . A G 524.14 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.635;QD=53.7583;RBI=0.0245568;REFB=0.0337218;REVB=0.00961177;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.502331;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000383315;OID=.;OPOS=6904934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:1:2:35:35:0.897436:19:16:1:0:19:16:1:1 chr17 6919093 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5981;QD=48.7365;RBI=0.0347502;REFB=0;REVB=0.0309212;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000744334;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr17 6929924 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.934;QD=57.0005;RBI=0.0287428;REFB=0;REVB=0.00908557;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80235e-05;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 6942108 . C T 454.29 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-5.99437e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.485;QD=55.065;RBI=0.0108986;REFB=-0.163848;REVB=0.0108984;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000877048;OID=.;OPOS=6942108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:19:13:0:0:19:13:0:1 chr17 6943266 . G A 432.84 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0885766;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.375;QD=50.9217;RBI=0.0885783;REFB=-0.156993;REVB=0.000555786;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.526299;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000809844;OID=.;OPOS=6943266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:18:13:0:1:18:14:0:2 chr17 7011129 . C T 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.018902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6395;QD=30.4284;RBI=0.031182;REFB=-0.0793245;REVB=0.0247998;RO=5;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157067;STB=0.586105;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0353315;OID=.;OPOS=7011129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:3:12:5:0:3:12:5:0 chr17 7012073 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0150304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5491;QD=12.3961;RBI=0.0155297;REFB=-0.00340378;REVB=0.00390631;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00632631;OID=.;OPOS=7012073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:4:1:1:4:4:1 chr17 7012077 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00488571;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.038;QD=10.0339;RBI=0.0424854;REFB=-0.0247596;REVB=-0.0422036;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.059989;OID=.;OPOS=7012077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:5:2:1:4:5:2 chr17 7012079 . C T 30.44 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00104024;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.2241;QD=10.1463;RBI=0.116837;REFB=-0.0181243;REVB=-0.116832;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112423;STB=0.571121;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0482304;OID=.;OPOS=7012079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:5:2:1:4:5:2 chr17 7123240 . T C,TGGGCGTGCAGGACGC 81.25 PASS AF=0.0943396,0.150943;AO=5,6;DP=53;FAO=5,8;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=1,5;FSAR=4,3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0142784,-0.0454631;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,15;MLLD=114.061,286.544;QD=6.13228;RBI=0.0185933,0.0454704;REFB=-0.00905142,-0.00232408;REVB=0.0119096,0.000815764;RO=37;SAF=1,5;SAR=4,1;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.43657,0.326746;STB=0.805809,0.564352;STBP=0.207,0.663;TYPE=snp,ins;VARB=0.0249892,0.020299;OID=.,.;OPOS=7123240,7123241;OREF=T,-;OALT=C,GGGCGTGCAGGACGC;OMAPALT=C,TGGGCGTGCAGGACGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:45:53:53:37:40:5,6:5,8:0.0943396,0.150943:4,1:1,5:22:15:4,3:1,5:22:18 chr17 7127718 . T C 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00685039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.337;QD=23.8186;RBI=0.00946961;REFB=-0.0113305;REVB=-0.00653801;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148256;STB=0.598411;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0163362;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:17:22:22:0.564103:15:7:8:8:15:7:9:8 chr17 7128727 . C T 44.06 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0354958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.632;QD=6.52687;RBI=0.036192;REFB=-0.00325621;REVB=-0.00706451;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044619;STB=0.512783;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0111177;OID=.;OPOS=7128727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:6:7:0.259259:4:2:6:14:5:2:6:14 chr17 7129840 . T C 72.87 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.037994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.215;QD=20.8197;RBI=0.0452062;REFB=-0.00130321;REVB=-0.024496;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199671;STB=0.624732;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000646916;OID=.;OPOS=7129840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:14:5:5:8:9:0.642857:4:4:4:1:5:4:4:1 chr17 7132556 . C T 728.46 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.444;QD=60.7046;RBI=0.0831917;REFB=0;REVB=0.0550312;RO=2;SAF=26;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043109;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:2:0:41:48:1:15:26:2:0:17:31:0:0 chr17 7133162 . G A 1037.48 PASS AF=0.616883;AO=95;DP=157;FAO=95;FDP=154;FR=.;FRO=59;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00910904;FXX=0.0191071;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.65;QD=26.9476;RBI=0.00923275;REFB=-0.0113421;REVB=-0.00150633;RO=59;SAF=63;SAR=32;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798217;STB=0.543256;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0112759;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:154:59:59:95:95:0.616883:32:63:33:26:32:63:33:26 chr17 7134129 . A G 453.71 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.035982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7365;QD=54.9956;RBI=0.0399711;REFB=0.0739911;REVB=0.0174066;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0074871;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:19:13:0:1:19:13:0:1 chr17 7139339 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00745769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6228;QD=11.1027;RBI=0.0528888;REFB=-0.0129299;REVB=-0.0523603;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341391;STB=0.713564;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0150559;OID=.;OPOS=7139339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:4:6:6:1:4:6 chr17 7154534 . G A 986.15 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.578;QD=58.8744;RBI=0.046349;REFB=0;REVB=0.0449036;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02564e-05;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:24:39:0:0:27:40:0:0 chr17 7154582 . T C 392.2 PASS AF=0.660714;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0199664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.617;QD=28.014;RBI=0.0243691;REFB=-0.0330895;REVB=0.0139712;RO=19;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499777;STB=0.522232;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0222406;OID=.;OPOS=7154582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:36:37:0.660714:18:18:11:8:18:19:11:8 chr17 7163723 . A C 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0160031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0086;QD=3.93854;RBI=0.0164088;REFB=-0.00255979;REVB=-0.00362601;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248463;STB=0.673247;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0159662;OID=.;OPOS=7163723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:17:18:5:2:17:18 chr17 7163738 . TA CG,TG 619.55 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=2,39;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00318064,-0.00182112;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=101.467,220.496;QD=60.4438;RBI=0.0116601,0.00636172;REFB=0,0;REVB=-0.0112179,0.00609549;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0509956,-0.000368626;OID=.,.;OPOS=7163738,7163739;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:2,39:2,39:0.0487805,0.95122:0,22:2,17:0:0:0,22:2,17:0:0 chr17 7185788 . T C 705.61 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.938;QD=62.721;RBI=0.0344845;REFB=0;REVB=0.00322657;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88921e-05;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:34:8:0:0:37:8:0:0 chr17 7187123 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7538;QD=56.7062;RBI=0.0544318;REFB=0;REVB=-0.0304336;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199227;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr17 7190435 . T G 45.32 PASS AF=0.857143;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0173454;FXX=0;HRUN=29;LEN=1;MLLD=119.384;QD=25.8995;RBI=0.0173719;REFB=0.107409;REVB=-0.000960471;RO=1;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000486782;OID=.;OPOS=7190435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:4:6:0.857143:4:0:0:1:5:1:0:1 chr17 7192091 . C T 574.96 PASS AF=0.694444;AO=50;DP=72;FAO=50;FDP=72;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0443266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.117;QD=31.9424;RBI=0.0487472;REFB=-0.0495434;REVB=0.0202841;RO=22;SAF=27;SAR=23;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226993;STB=0.512272;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0182641;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:22:22:50:50:0.694444:23:27:11:11:23:27:11:11 chr17 7213773 . GGTGT GG,GGT,GGTT,GGTTT 266.81 PASS AF=0.190476,0.809524,0,0;AO=4,14,3,4;DP=25;FAO=4,17,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0,0;FSAR=4,11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337444,0.0302783,0.026494,0.0230048;FXX=0.0454339;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=210.222,220.427,208.441,199.193;QD=50.8211;RBI=0.0382666,0.0358244,0.0314674,0.0264067;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0180458,0.0191471,0.0169784,0.0129652;RO=0;SAF=0,5,1,0;SAR=4,9,2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=0.0334568,-0.00289242,0.0355977,0;OID=.,.,.,.;OPOS=7213775,7213774,7213776,7213776;OREF=TGT,GT,G,G;OALT=-,-,-,T;OMAPALT=GG,GGT,GGTT,GGTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.190476,0.809524,0,0:4,14,3,4:25:4,17,0,0:21:0:0,6,0,0:4,11,0,0:0:0:11:0:0,5,1,0:4,9,2,4:0:0 chr17 7216540 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.592;QD=51.1822;RBI=0.0548959;REFB=0;REVB=0.038308;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723344;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:11:7:0:0:12:8:0:0 chr17 7219230 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6387;QD=58.1416;RBI=0.0645732;REFB=0;REVB=-0.0621252;RO=0;SAF=3;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113528;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:29:3:0:0:29:3:0:0 chr17 7221385 . G A 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.549;QD=56.7053;RBI=0.0306588;REFB=0;REVB=0.0278409;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135088;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr17 7246850 . A AT 144.4 PASS AF=0.68;AO=5;DP=27;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.103909;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=130.107;QD=23.1037;RBI=0.105961;REFB=-0.0411467;REVB=0.0207503;RO=22;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32522;STB=0.571347;STBP=0.322;TYPE=ins;VARB=0.0181258;OID=.;OPOS=7246851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68:5:27:17:25:8:8:9:2:6:51:22:1:4:10:12 chr17 7246851 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0752076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.076;QD=16.1161;RBI=0.0752603;REFB=-0.0252863;REVB=-0.00281716;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309193;STB=0.677144;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.044406;OID=.;OPOS=7246851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:3:10:5:7:3:10 chr17 7257185 . C T 141.07 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0157651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.874;QD=21.7025;RBI=0.0332518;REFB=-0.0286967;REVB=0.029277;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531474;STB=0.562416;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0172327;OID=.;OPOS=7257185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:10:11:14:15:0.576923:8:6:5:5:9:6:6:5 chr17 7257669 . C A 393.09 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0266286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.163;QD=33.4543;RBI=0.0303071;REFB=-0.0268352;REVB=0.0144721;RO=15;SAF=11;SAR=21;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509018;STB=0.527719;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0128825;OID=.;OPOS=7257669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:21:11:4:11:21:11:4:11 chr17 7286326 . T A 158.04 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00958782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.209;QD=25.2861;RBI=0.0554673;REFB=-0.0242399;REVB=0.0546323;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0107984;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:5:4:9:7:5:4 chr17 7292107 . G A 233.05 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00333171;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.45;QD=23.3049;RBI=0.0236196;REFB=-0.0247424;REVB=0.0233834;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140481;STB=0.566453;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0142646;OID=.;OPOS=7292107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:18:22:22:0.55:9:13:7:10:9:13:8:10 chr17 7293715 . C T 384.13 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0039502;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.696;QD=30.1277;RBI=0.0150359;REFB=-0.0179657;REVB=0.0145077;RO=15;SAF=14;SAR=21;SRF=15;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322155;STB=0.681721;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00483345;OID=.;OPOS=7293715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:15:16:35:35:0.686275:21:14:15:0:21:14:16:0 chr17 7297452 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0250118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.459;QD=19.1095;RBI=0.0311747;REFB=-0.00677473;REVB=-0.0186084;RO=25;SAF=22;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413078;STB=0.727086;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0107521;OID=.;OPOS=7297452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:5:22:10:15:5:22:11:15 chr17 7318396 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00481237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.818;QD=56.1911;RBI=0.0469512;REFB=0;REVB=0.0467039;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601414;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr17 7318935 . C T 174.0 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.000200797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1206;QD=7.90909;RBI=0.0329693;REFB=-0.0167998;REVB=0.0329687;RO=62;SAF=15;SAR=9;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171786;STB=0.592408;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0378353;OID=.;OPOS=7318935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:64:24:24:0.272727:9:15:30:32:9:15:32:32 chr17 7322245 . A G 149.7 PASS AF=0.714286;AO=16;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00175358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.373;QD=28.5134;RBI=0.0033788;REFB=-0.0222823;REVB=0.00288812;RO=5;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578027;STB=0.555485;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0114063;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:5:6:16:15:0.714286:11:5:1:4:10:5:1:5 chr17 7366348 . A C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0508072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.565;QD=24.8033;RBI=0.0668572;REFB=0.032092;REVB=-0.043457;RO=4;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359962;STB=0.710001;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00710591;OID=.;OPOS=7366348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:9:1:2:2:9:1:2:2 chr17 7385454 . G A 115.27 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00763441;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.061;QD=10.4793;RBI=0.0231827;REFB=-0.0230722;REVB=0.0218896;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583684;STB=0.522695;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0430333;OID=.;OPOS=7385454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:29:30:14:14:0.318182:7:7:16:13:7:7:16:14 chr17 7386055 . C T 1399.73 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=98;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0206253;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.442;QD=57.7206;RBI=0.0429421;REFB=-0.102598;REVB=0.0376647;RO=3;SAF=26;SAR=66;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279493;STB=0.531965;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.000715867;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:98:97:3:5:92:92:0.948454:66:26:2:1:66:26:4:1 chr17 7386279 . TG CA 696.47 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201137;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.697;QD=63.3155;RBI=0.0426932;REFB=0;REVB=0.0376583;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.67453e-05;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr17 7400137 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.9646;QD=57.6805;RBI=0.0601312;REFB=0;REVB=0.0554475;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715853;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr17 7402600 . T C 505.98 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000541078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.427;QD=57.8262;RBI=0.0589602;REFB=0;REVB=0.0589578;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537654;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:33:35:1:16:17:0:1:17:18:0:0 chr17 7404107 . T C 768.0 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3656;QD=54.8571;RBI=0.0368419;REFB=-0.0952765;REVB=0.0242916;RO=1;SAF=15;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303841;STB=0.516123;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00116317;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:40:15:1:0:40:15:1:0 chr17 7404991 . T C 804.76 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5252;QD=64.3809;RBI=0.0292647;REFB=0;REVB=-0.018978;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54079e-05;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr17 7405937 . C T 139.36 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0221443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.078;QD=12.1179;RBI=0.0223024;REFB=-0.014782;REVB=0.00265047;RO=27;SAF=4;SAR=12;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472535;STB=0.795577;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.028618;OID=.;OPOS=7405937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:30:16:16:0.347826:12:4:19:8:12:4:22:8 chr17 7416683 . A G 115.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.593;QD=42.1553;RBI=0.0388749;REFB=0;REVB=-0.00188902;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598185;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr17 7460517 . G C 192.8 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00796891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1487;QD=24.8769;RBI=0.0125919;REFB=0.0132478;REVB=-0.00974953;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022539;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266396;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:8:11:6:5:8:11:7:5 chr17 7460559 . T G 296.13 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.123;QD=49.3551;RBI=0.042519;REFB=-0.0354879;REVB=0.0149969;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00115151;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:8:15:1:0:8:15:1:0 chr17 7470285 . CA C,CG 649.56 PASS AF=1,0;AO=41,2;DP=51;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252804,-0.00635129;FXX=0.019604;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.6027,65.4169;QD=51.9648;RBI=0.044809,0.0596429;REFB=0,0;REVB=-0.0369966,-0.0593038;RO=0;SAF=25,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000745061,0.0320507;OID=.,.;OPOS=7470286,7470286;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:41,2:51:50,0:50:0:27,0:23,0:0:0:4:0:25,1:16,1:0:0 chr17 7477938 . G C 92.88 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00487186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.946;QD=7.00974;RBI=0.00501819;REFB=-0.000404003;REVB=0.00120303;RO=40;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295092;STB=0.683925;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00252207;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:9:4:22:18:9:4:22:18 chr17 7484101 . C A 91.2 PASS AF=0.155172;AO=18;DP=116;FAO=18;FDP=116;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.00979127;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.54;QD=3.14492;RBI=0.0194365;REFB=-0.00607166;REVB=-0.0167901;RO=98;SAF=10;SAR=8;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830343;STB=0.555494;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0381207;OID=.;OPOS=7484101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:116:116:98:98:18:18:0.155172:8:10:48:50:8:10:48:50 chr17 7484812 . G A 71.83 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0454649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.51;QD=7.98127;RBI=0.0457918;REFB=-0.00987287;REVB=-0.0054615;RO=26;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514202;STB=0.816592;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0299352;OID=.;OPOS=7484812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:8:2:17:9:8:2:17:9 chr17 7490810 . G A 35.58 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0155953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.174;QD=7.48951;RBI=0.106582;REFB=-0.0245059;REVB=0.105435;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519934;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0400048;OID=.;OPOS=7490810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:19:12:13:6:6:0.315789:2:4:8:4:2:4:9:4 chr17 7529902 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00694532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.417;QD=7.79814;RBI=0.00876355;REFB=-0.0091719;REVB=0.00534438;RO=22;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386417;STB=0.7308;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0346487;OID=.;OPOS=7529902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:2:7:10:12:2:7:11:12 chr17 7557419 . A G 631.87 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117883;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7373;QD=61.646;RBI=0.120675;REFB=0;REVB=0.0258092;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116226;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:20:19:0:0:21:20:0:0 chr17 7578115 . T C 271.71 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.512;QD=51.7548;RBI=0.0218964;REFB=0;REVB=-0.0147765;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232273;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 7579472 . G C 254.87 PASS AF=1;AO=11;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260109;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.354;QD=50.9745;RBI=0.0286232;REFB=0;REVB=0.0119467;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178859;OID=.;OPOS=7579472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:11:20:1:6:5:0:0:15:5:0:0 chr17 7613765 . G A 442.0 PASS AF=0.772727;AO=33;DP=43;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0134935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0352;QD=40.1814;RBI=0.0324624;REFB=-0.0344593;REVB=0.0295252;RO=10;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21631;STB=0.610015;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00523488;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:44:10:10:33:34:0.772727:13:20:1:9:14:20:1:9 chr17 7614601 . G A 412.18 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0123213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.69;QD=35.0787;RBI=0.0123225;REFB=-0.0329566;REVB=0.000175444;RO=14;SAF=11;SAR=22;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138823;STB=0.57571;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0138255;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:22:11:8:6:22:11:8:6 chr17 7673928 . C G 514.38 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00569986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.892;QD=43.7771;RBI=0.00596441;REFB=-0.0364659;REVB=0.00175663;RO=9;SAF=19;SAR=19;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592748;STB=0.531898;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0116414;OID=.;OPOS=7673928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:9:9:38:38:0.808511:19:19:3:6:19:19:3:6 chr17 7681412 . C G 307.54 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.023118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3558;QD=34.1714;RBI=0.0422633;REFB=-0.0361328;REVB=0.0353799;RO=10;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609255;STB=0.533307;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0222339;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:16:10:5:5:16:10:5:5 chr17 7722365 . C T 1153.36 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.399;QD=60.7031;RBI=0.0115626;REFB=0;REVB=0.00463833;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87226e-05;OID=.;OPOS=7722365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr17 7735063 . T G 306.36 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.043992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5142;QD=27.2319;RBI=0.0449341;REFB=0.0328859;REVB=-0.00915313;RO=18;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0976214;STB=0.55399;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.0242769;OID=.;OPOS=7735063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:10:17:9:9:10:17:9:9 chr17 7735934 . G A 792.31 PASS AF=0.679612;AO=69;DP=102;FAO=70;FDP=103;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0216653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.437;QD=30.7694;RBI=0.0217885;REFB=-0.0115638;REVB=0.00231351;RO=33;SAF=33;SAR=36;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402964;STB=0.523723;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00526238;OID=.;OPOS=7735934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:33:33:69:70:0.679612:36:33:18:15:37:33:18:15 chr17 7750232 . T C 153.21 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0045332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.502;QD=40.8553;RBI=0.00568573;REFB=-0.119076;REVB=0.00343184;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00090487;OID=.;OPOS=7750232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:15:1:1:13:14:0.933333:5:8:0:1:6:8:0:1 chr17 7751388 . C A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.00146976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.74;QD=6.02724;RBI=0.00696453;REFB=-0.00566915;REVB=-0.00680768;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511107;STB=0.533255;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0239258;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:8:1:4:27:8:1:4:27 chr17 7760397 . G A 923.52 PASS AF=0.705357;AO=79;DP=113;FAO=79;FDP=112;FR=.;FRO=33;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0311207;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7076;QD=32.9828;RBI=0.0367474;REFB=-0.0105385;REVB=-0.0195415;RO=34;SAF=49;SAR=30;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868147;STB=0.541489;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00552776;OID=.;OPOS=7760397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:34:33:79:79:0.705357:30:49:16:18:30:49:16:17 chr17 7760704 . A G 1444.44 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584327;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.245;QD=63.492;RBI=0.0584345;REFB=0;REVB=0.00045242;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.54381e-05;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr17 7761512 . C A 386.94 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0110944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.45;QD=30.3482;RBI=0.0158782;REFB=0.00175589;REVB=-0.0113592;RO=16;SAF=25;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178304;STB=0.597426;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00139961;OID=.;OPOS=7761512;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:10:25:7:9:10:25:7:9 chr17 7794000 . GAA GA,GAG 58.73 PASS AF=0.368421,0.0526316;AO=16,2;DP=38;FAO=14,2;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=4,0;FSAR=10,2;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0645484,0.0038743;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.29605,190.126;QD=6.18175;RBI=0.151325,0.0744835;REFB=-0.121135,-0.0153897;REVB=-0.136867,-0.0743827;RO=16;SAF=4,0;SAR=12,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0698884,-0.468799;STB=0.50979,0.992582;STBP=0.952,0.357;TYPE=del,snp;VARB=0.0936035,0.144615;OID=.,.;OPOS=7794001,7794002;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GA,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421,0.0526316:16,2:38:14,2:38:22:4,0:10,2:6:16:48:16:4,0:12,2:5:11 chr17 7843053 . C T 154.63 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9106;QD=44.1802;RBI=0.13029;REFB=0;REVB=0.0357763;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00598199;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chr17 7847955 . C A 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1349;QD=48.6208;RBI=0.0148465;REFB=-0.064116;REVB=0.0148465;RO=1;SAF=0;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00463778;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:22:0:0:1:22:0:0:1 chr17 7849087 . C G 804.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7368;QD=64.3851;RBI=0.0169638;REFB=0;REVB=-0.013188;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000273318;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr17 7948174 . A AT 373.01 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165473;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.1621;QD=40.3255;RBI=0.104548;REFB=0;REVB=-0.10323;RO=34;SAF=4;SAR=0;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00263506;OID=.;OPOS=7948175;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:37:37:0:22:15:0:0:3:34:4:0:19:15 chr17 7948175 . C T 459.01 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0396618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.644;QD=49.623;RBI=0.0461285;REFB=-0.159293;REVB=-0.0235537;RO=4;SAF=18;SAR=15;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931601;STB=0.536564;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00645018;OID=.;OPOS=7948175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:4:3:33:34:0.918919:15:18:4:0:15:19:3:0 chr17 7950952 . C A 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.406;QD=43.4796;RBI=0.0551488;REFB=0;REVB=-0.0269218;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397943;OID=.;OPOS=7950952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 7951149 . C T 507.03 PASS AF=1;AO=22;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.39;QD=59.6505;RBI=0.092638;REFB=0;REVB=0.0660631;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00746465;OID=.;OPOS=7951149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:22:34:1:12:10:0:0:21:13:0:0 chr17 7951819 . A G 1069.09 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.916;QD=59.3936;RBI=0.0263209;REFB=0;REVB=-0.0253179;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.51734e-05;OID=.;OPOS=7951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:30:39:0:0:32:40:0:0 chr17 7951878 . A G 678.42 PASS AF=1;AO=47;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.849;QD=53.2095;RBI=0.124215;REFB=0;REVB=0.0212019;RO=4;SAF=21;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081541;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122317;OID=.;OPOS=7951878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:4:0:47:51:1:26:21:4:0:26:25:0:0 chr17 7979986 . GC CG,G 75.28 PASS AF=0,0.513514;AO=4,15;DP=39;FAO=0,19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=0,11;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0330978,-0.0587176;FXX=0.0512689;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=68.7772,9.54231;QD=8.13843;RBI=0.0390318,0.093322;REFB=-0.0165725,-0.13437;REVB=-0.0206886,-0.0725344;RO=16;SAF=4,5;SAR=0,10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.666655,-0.158066;STB=0.5,0.565645;STBP=1,0.423;TYPE=mnp,del;VARB=0.0713853,0.0752743;OID=.,.;OPOS=7979986,7979987;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:73:39:37:16:18:4,15:0,19:0,0.513514:0,10:4,5:8:8:0,8:0,11:8:10 chr17 7983681 . G A 367.63 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.000906521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4152;QD=29.4104;RBI=0.0358947;REFB=-0.00952878;REVB=0.0358832;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584872;STB=0.53209;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00782133;OID=.;OPOS=7983681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:17:14:7:12:17:14:7:12 chr17 7983799 . A G 384.27 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0074673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.432;QD=28.4641;RBI=0.0147487;REFB=-0.0290436;REVB=-0.0127186;RO=18;SAF=14;SAR=22;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360738;STB=0.51964;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.014611;OID=.;OPOS=7983799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:22:14:6:12:22:14:6:12 chr17 7983969 . G C 773.45 PASS AF=0.707865;AO=63;DP=90;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00921447;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.07;QD=34.7617;RBI=0.017708;REFB=-0.0377889;REVB=0.0151217;RO=26;SAF=35;SAR=28;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513097;STB=0.527629;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0197641;OID=.;OPOS=7983969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:26:26:63:63:0.707865:28:35:12:14:28:35:12:14 chr17 7984610 . C G 32.06 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=74;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.00701349;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8135;QD=1.7568;RBI=0.00704193;REFB=-0.00914601;REVB=0.000632294;RO=59;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.549727;STB=0.882793;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.172923;OID=.;OPOS=7984610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:74:73:59:65:8:8:0.109589:1:7:23:36:1:7:28:37 chr17 7989464 . G A 559.54 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=71;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.035082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.273;QD=31.5232;RBI=0.045446;REFB=-0.0191812;REVB=0.0288892;RO=21;SAF=17;SAR=32;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770002;STB=0.550686;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00929224;OID=.;OPOS=7989464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:21:22:49:49:0.690141:32:17:10:11:32:17:11:11 chr17 7999957 . G A 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0386114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5643;QD=28.1262;RBI=0.110536;REFB=0.0415362;REVB=0.103573;RO=14;SAF=22;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307101;STB=0.67329;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.015506;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:2:22:10:4:2:22:10:4 chr17 8022065 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0133775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.483;QD=9.56962;RBI=0.017064;REFB=-0.0156222;REVB=0.0105935;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252475;STB=0.651828;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0378432;OID=.;OPOS=8022065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:11:4:4:4:11:4 chr17 8023057 . A C 37.09 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0801302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7003;QD=11.4128;RBI=0.0949807;REFB=-0.0500559;REVB=0.0509949;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32987;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0168368;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:5:2:4:2:5:2 chr17 8023059 . A C 49.95 PASS AF=0.5;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0264752;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.833;QD=14.2723;RBI=0.0359393;REFB=-0.0053915;REVB=-0.0243043;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.639615;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00443638;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:7:7:6:7:0.5:3:3:5:2:4:3:5:2 chr17 8023061 . C T 42.78 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0152515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.789;QD=11.4092;RBI=0.018721;REFB=-0.0500363;REVB=-0.0108566;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162993;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0257757;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:15:15:9:8:6:7:0.466667:3:3:6:3:4:3:6:2 chr17 8023143 . G A 118.67 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0440493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7726;QD=22.6035;RBI=0.0474519;REFB=0.0183646;REVB=0.0176448;RO=8;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141855;STB=0.580516;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00517936;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:9:4:4:4:9:4:4:4 chr17 8024237 . T C 628.96 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3644;QD=61.3621;RBI=0.0718651;REFB=0;REVB=0.00384965;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383576;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:41:0:0:27:41:1:24:3:0:0:33:8:0:0 chr17 8026364 . C T 449.2 PASS AF=0.305;AO=59;DP=199;FAO=61;FDP=200;FR=.;FRO=139;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=86;FSRR=53;FWDB=0.00939503;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.685;QD=8.98398;RBI=0.0317364;REFB=-0.0256397;REVB=-0.0303139;RO=136;SAF=42;SAR=17;SRF=84;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128062;STB=0.554234;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0597524;OID=.;OPOS=8026364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:200:136:139:59:61:0.305:17:42:84:52:19:42:86:53 chr17 8046637 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00135298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.879;QD=24.3281;RBI=0.00619632;REFB=-0.0343866;REVB=0.00604681;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.624651;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00305798;OID=.;OPOS=8046637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:0:2:3:4:0:2 chr17 8052080 . C A 143.92 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000251803;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.6708;QD=14.0409;RBI=0.0146714;REFB=0.00394217;REVB=0.0146692;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451865;STB=0.541349;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00492455;OID=.;OPOS=8052080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:25:16:16:0.390244:6:10:14:10:6:10:14:11 chr17 8062583 . A G 349.1 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0108746;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.982;QD=27.928;RBI=0.0130851;REFB=-0.00152705;REVB=0.00727761;RO=20;SAF=27;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234825;STB=0.631475;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000883746;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:3:27:15:5:3:27:15:5 chr17 8064082 . GT G,GG 354.52 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=7,19;DP=27;FAO=4,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202056,0.0184043;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.698,267.88;QD=54.5418;RBI=0.0749047,0.0792709;REFB=0,0;REVB=0.072128,0.0771048;RO=0;SAF=5,16;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0222384,0.00822985;OID=.,.;OPOS=8064083,8064083;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:7,19:27:4,22:26:0:3,18:1,4:0:0:13:0:5,16:2,3:0:0 chr17 8064779 . C G 64.83 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0131055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8127;QD=10.3731;RBI=0.0340494;REFB=-0.0142063;REVB=0.0314262;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198652;STB=0.621926;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.024639;OID=.;OPOS=8064779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:10:6:2:7:10:6 chr17 8076778 . C T 159.88 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0199004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.132;QD=22.8398;RBI=0.0208048;REFB=-0.0258664;REVB=0.00606726;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.535171;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0170575;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:28:11:11:16:17:0.607143:10:6:3:8:11:6:3:8 chr17 8076802 . T A 250.91 PASS AF=0.676471;AO=21;DP=32;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00856014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0858;QD=29.5193;RBI=0.00898113;REFB=-0.0493073;REVB=0.00271748;RO=8;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316837;STB=0.527197;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0259917;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:34:8:11:21:23:0.676471:13:8:3:5:15:8:3:8 chr17 8079029 . G C 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0249133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6807;QD=24.1898;RBI=0.0700105;REFB=-0.00245973;REVB=0.0654278;RO=6;SAF=1;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529426;STB=0.808166;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00304215;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:11:1:4:2:11:1:4:2 chr17 8090908 . A G 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0266099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9572;QD=26.5497;RBI=0.0521516;REFB=-0.00349568;REVB=-0.0448521;RO=19;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166479;STB=0.591491;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000627288;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:11:21:8:11:11:21:8:11 chr17 8092694 . T G 384.25 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.012216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6682;QD=48.0306;RBI=0.0124589;REFB=-0.00948195;REVB=-0.00244794;RO=3;SAF=19;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680652;STB=0.536561;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0106971;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:10:19:3:0:10:19:3:0 chr17 8108331 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.98;QD=47.8219;RBI=0.0147032;REFB=0;REVB=0.014608;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107013;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 8108339 . G A 48.12 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0314109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0124;QD=12.8329;RBI=0.0631778;REFB=0.0112338;REVB=0.0548159;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00122975;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:4:4:4:3:4:4 chr17 8110940 . G A 76.77 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0126834;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.337;QD=5.38768;RBI=0.0144914;REFB=-0.00412138;REVB=0.00700953;RO=44;SAF=6;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140614;STB=0.596336;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0171908;OID=.;OPOS=8110940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:44:45:12:12:0.210526:6:6:27:17:6:6:28:17 chr17 8126233 . C T 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00723228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.599;QD=9.4152;RBI=0.00840812;REFB=-0.0179468;REVB=0.00428843;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173107;STB=0.604024;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.053949;OID=.;OPOS=8126233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:12:22:7:7:12:22 chr17 8132763 . T C 119.91 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421346;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.237;QD=43.6018;RBI=0.0710053;REFB=0;REVB=0.0571527;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124285;OID=.;OPOS=8132763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 8135061 . TG CA,CG 218.83 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,16;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108153,0.00470789;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=138.536,149.032;QD=48.6299;RBI=0.0110153,0.00483769;REFB=0,0;REVB=-0.0020898,0.00111311;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0132044,-0.00162648;OID=.,.;OPOS=8135061,8135061;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:2,16:2,16:0.111111,0.888889:2,9:0,7:0:0:2,9:0,7:0:0 chr17 8140790 . C T 34.38 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.130559;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.574;QD=3.71718;RBI=0.130576;REFB=-0.00235888;REVB=-0.00214246;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361901;STB=0.751744;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0136775;OID=.;OPOS=8140790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:32:31:6:6:0.162162:5:1:14:18:5:1:13:18 chr17 8141707 . T C 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.1527;QD=60.6046;RBI=0.0736561;REFB=0;REVB=-0.0722666;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129068;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr17 8157310 . C T 830.02 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.188;QD=54.4278;RBI=0.0242119;REFB=-0.109473;REVB=0.0189745;RO=1;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145176;STB=0.50746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000299737;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:61:1:1:59:60:0.983607:32:27:0:1:33:27:0:1 chr17 8161131 . A G 125.24 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0218133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.586;QD=10.4365;RBI=0.0218865;REFB=-0.0326826;REVB=0.00178817;RO=33;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491391;STB=0.529373;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0615508;OID=.;OPOS=8161131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:7:8:19:14:7:8:19:14 chr17 8161149 . C T 329.71 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0216052;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.862;QD=25.3619;RBI=0.0343251;REFB=-0.0183419;REVB=-0.0266726;RO=19;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747407;STB=0.53123;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0111403;OID=.;OPOS=8161149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:20:32:32:0.615385:15:17:8:11:15:17:9:11 chr17 8167600 . T C 124.29 PASS AF=0.608696;AO=10;DP=21;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00431509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.293;QD=21.6151;RBI=0.0133392;REFB=-0.0213591;REVB=0.012622;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214946;STB=0.55805;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0177229;OID=.;OPOS=8167600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:23:9:9:10:14:0.608696:9:1:2:7:12:2:2:7 chr17 8168224 . T C 147.51 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0385134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.918;QD=36.877;RBI=0.0460928;REFB=-0.076572;REVB=0.0253233;RO=2;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347762;STB=0.519203;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0146364;OID=.;OPOS=8168224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:5:9:1:1:5:9:1:1 chr17 8171969 . C T 69.96 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=-0.0102003;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.182;QD=6.21884;RBI=0.0255718;REFB=-0.0141959;REVB=-0.0234494;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436708;STB=0.783159;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0398249;OID=.;OPOS=8171969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:46:45:36:35:10:10:0.222222:6:4:4:32:6:4:3:32 chr17 8172732 . A G 478.34 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0275898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3533;QD=54.6669;RBI=0.0374822;REFB=0.00708963;REVB=-0.0253716;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000129527;OID=.;OPOS=8172732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:17:16:0:1:18:16:0:1 chr17 8339307 . G A 490.66 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6635;QD=56.0755;RBI=0.0620466;REFB=-0.0727186;REVB=0.0548309;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00174998;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:19:14:0:1:20:14:0:1 chr17 8383894 . A G 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.098;QD=55.6233;RBI=0.0453632;REFB=0;REVB=0.0341742;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603966;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 8424270 . G A 536.2 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00473741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.247;QD=54.9948;RBI=0.0221598;REFB=-0.0768077;REVB=0.0216475;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.524987;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00158476;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:0:2:37:37:0.948718:18:19:0:0:18:19:2:0 chr17 8644854 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0500352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1691;QD=10.3785;RBI=0.0625257;REFB=-0.0144058;REVB=-0.0374959;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484;STB=0.529345;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0250911;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:10:6:3:6:10:6 chr17 8647931 . G C 206.86 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0397;QD=48.6725;RBI=0.085412;REFB=0;REVB=0.0494338;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000768598;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr17 8659680 . TGGA T 115.24 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00205993;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=239.127;QD=18.4385;RBI=0.00695129;REFB=0.00674394;REVB=-0.00663906;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=del;VARB=-0.00351198;OID=.;OPOS=8659681;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:15:25:15:25:10:6:9:6:4:60:9:6:9:5:4 chr17 8700982 . C T 74.45 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0294404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9907;QD=22.9085;RBI=0.0684231;REFB=-0.0268931;REVB=0.0617656;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228994;STB=0.63128;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0201139;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:1:3:3:6:1:3 chr17 8701423 . A G 154.82 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0550696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.61;QD=22.9361;RBI=0.056773;REFB=-0.016144;REVB=-0.0138026;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20758;STB=0.616296;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00544177;OID=.;OPOS=8701423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:9:7:8:3:9:7:8:3 chr17 8725214 . A AG 348.68 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00804764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.9963;QD=35.7624;RBI=0.0701276;REFB=0;REVB=0.0696643;RO=8;SAF=19;SAR=15;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00335213;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:43:39:39:0:21:18:0:0:7:8:19:15:3:5 chr17 8791758 . G A 376.17 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00455751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8959;QD=21.1929;RBI=0.0129613;REFB=-0.0447216;REVB=-0.0121336;RO=33;SAF=27;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155648;STB=0.586419;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0450532;OID=.;OPOS=8791758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:11:27:18:15:11:27:18:15 chr17 9395231 . G A 279.76 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.138;QD=48.6535;RBI=0.0165396;REFB=-0.132308;REVB=-0.008287;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00105958;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:15:7:0:0:15:7:0:1 chr17 9471711 . T G 335.09 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0265791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.107;QD=49.6427;RBI=0.0289524;REFB=-0.176424;REVB=0.0114801;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00109271;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:12:13:1:0:13:13:1:0 chr17 9479098 . C A 380.31 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00132821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.622;QD=46.0984;RBI=0.0470645;REFB=-0.116923;REVB=0.0470457;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300429;STB=0.502091;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00226633;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:33:33:1:4:29:29:0.878788:15:14:0:1:15:14:2:2 chr17 9515777 . G A 574.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6129;QD=60.5148;RBI=0.0725838;REFB=0;REVB=0.0360844;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137443;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr17 9586165 . C T 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.012036;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.02;QD=7.67879;RBI=0.0136608;REFB=-0.0117385;REVB=-0.00646176;RO=31;SAF=10;SAR=1;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353589;STB=0.731174;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0373507;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:1:10:23:8:1:10:23:8 chr17 9676134 . G A 523.8 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0016178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.344;QD=56.627;RBI=0.0516917;REFB=-0.142582;REVB=0.0516663;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00141159;OID=.;OPOS=9676134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:0:1:35:36:0.972973:14:21:0:0:15:21:0:1 chr17 9676148 . C T 590.26 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.549;QD=60.5392;RBI=0.086566;REFB=0;REVB=-0.00114664;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291715;OID=.;OPOS=9676148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr17 9712255 . G A 91.09 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0306829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.641;QD=9.34231;RBI=0.0337144;REFB=-0.021352;REVB=0.0139722;RO=26;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218675;STB=0.533279;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0516228;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:38:39:26:27:11:12:0.307692:7:4:9:17:7:5:10:17 chr17 9725101 . G A 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00271969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.919;QD=31.8502;RBI=0.0336457;REFB=-0.0684004;REVB=0.0335356;RO=9;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105832;STB=0.558228;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0265463;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:8:14:4:5:8:14:4:5 chr17 9725338 . G A 510.73 PASS AF=0.796296;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00833391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.826;QD=37.8317;RBI=0.0320822;REFB=-0.069511;REVB=0.0309808;RO=10;SAF=22;SAR=21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004085;STB=0.511622;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00910743;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:10:11:43:43:0.796296:21:22:5:5:21:22:5:6 chr17 9725347 . A G 469.79 PASS AF=0.782609;AO=33;DP=43;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0157784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.532;QD=40.8515;RBI=0.0199483;REFB=-0.0396348;REVB=0.0122056;RO=10;SAF=17;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202443;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:46:10:10:33:36:0.782609:16:17:5:5:18:18:5:5 chr17 10206595 . T C 137.21 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0209964;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.337;QD=8.57586;RBI=0.0301145;REFB=-0.00423968;REVB=-0.0215878;RO=44;SAF=15;SAR=4;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250993;STB=0.646647;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00964302;OID=.;OPOS=10206595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:4:15:27:17:4:15:28:17 chr17 10216516 . C T 650.57 PASS AF=0.612903;AO=57;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0157859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.635;QD=27.9815;RBI=0.0261624;REFB=-0.0386738;REVB=0.0208632;RO=36;SAF=30;SAR=27;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607333;STB=0.533018;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0232373;OID=.;OPOS=10216516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:36:36:57:57:0.612903:27:30:22:14:27:30:22:14 chr17 10216564 . C T 604.41 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0312781;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1813;QD=26.2788;RBI=0.0412782;REFB=-0.0263054;REVB=0.0269364;RO=38;SAF=26;SAR=28;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590579;STB=0.503225;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.011279;OID=.;OPOS=10216564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:38:38:54:54:0.586957:28:26:18:20:28:26:18:20 chr17 10216630 . G A 457.97 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=4.47921e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.924;QD=26.1696;RBI=0.024669;REFB=-0.0261908;REVB=0.024669;RO=24;SAF=10;SAR=33;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526457;STB=0.533198;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0168904;OID=.;OPOS=10216630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:24:27:43:43:0.614286:33:10:7:17:33:10:8:19 chr17 10222149 . A G 894.24 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.825;QD=55.0305;RBI=0.024014;REFB=-0.0436912;REVB=-0.00676314;RO=2;SAF=30;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00138569;STB=0.500734;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000368092;OID=.;OPOS=10222149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:33:30:1:1:33:30:1:1 chr17 10222230 . G A 483.91 PASS AF=0.666667;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0142864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.632;QD=29.328;RBI=0.0153453;REFB=-0.0284533;REVB=0.00560147;RO=22;SAF=29;SAR=15;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13294;STB=0.572335;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.013481;OID=.;OPOS=10222230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:44:44:0.666667:15:29:10:12:15:29:10:12 chr17 10223697 . G T 70.16 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0269904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.615;QD=8.0187;RBI=0.0321834;REFB=-0.0136769;REVB=-0.0175298;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.586034;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0311666;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:34:35:24:25:9:10:0.285714:4:5:11:13:4:6:12:13 chr17 10223714 . T C 289.17 PASS AF=0.714286;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.028309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.862;QD=33.048;RBI=0.0960123;REFB=-0.0593471;REVB=0.091744;RO=9;SAF=12;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276727;STB=0.505716;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00643585;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:35:9:10:24:25:0.714286:12:12:5:4:12:13:5:5 chr17 10231417 . C T 766.75 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.944;QD=63.8956;RBI=0.037117;REFB=0;REVB=-0.0179213;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103408;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:29:18:0:0:29:19:0:0 chr17 10243717 . G A 682.94 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0619193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7809;QD=52.5337;RBI=0.0653391;REFB=-0.0458879;REVB=-0.0208615;RO=2;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869726;STB=0.504884;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00217794;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:30:19:1:1:31:19:1:1 chr17 10318636 . A G 754.17 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.831;QD=56.9186;RBI=0.0614035;REFB=0;REVB=0.0453987;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210515;OID=.;OPOS=10318636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr17 10346781 . T C 779.06 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.921;QD=55.6469;RBI=0.0624132;REFB=0;REVB=-0.00438654;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215487;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:35:20:0:1:36:20:0:0 chr17 10348354 . T C 527.98 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.737;QD=58.6644;RBI=0.0162139;REFB=0;REVB=0.0161223;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205153;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr17 10355371 . C T 409.57 PASS AF=0.9375;AO=27;DP=29;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0286241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.615;QD=51.1961;RBI=0.165085;REFB=-0.014335;REVB=0.162584;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580428;STB=0.531229;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00342697;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:32:2:2:27:30:0.9375:12:15:2:0:15:15:2:0 chr17 10355763 . T C 1265.32 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.603;QD=61.723;RBI=0.0529735;REFB=0;REVB=0.0515646;RO=0;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161926;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:52:29:0:0:53:29:0:0 chr17 10363410 . A G 2137.14 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445788;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.558;QD=62.8572;RBI=0.0535991;REFB=0;REVB=0.0297588;RO=0;SAF=57;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79559e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548947;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:136:0:0:134:136:1:77:57:0:0:78:58:0:0 chr17 10398382 . C T 441.26 PASS AF=0.772727;AO=33;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0355558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5302;QD=40.1144;RBI=0.0355681;REFB=-0.0604951;REVB=-0.000935696;RO=10;SAF=14;SAR=19;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106737;STB=0.502761;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0139224;OID=.;OPOS=10398382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:44:44:10:10:33:34:0.772727:19:14:4:6:20:14:4:6 chr17 10402142 . G A 42.46 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.081039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.802;QD=4.85214;RBI=0.0810537;REFB=0.0033428;REVB=0.00154294;RO=28;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333723;STB=0.732552;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0057304;OID=.;OPOS=10402142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:6:1:10:18:6:1:10:18 chr17 10415777 . C A 92.49 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00547195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1612;QD=9.48659;RBI=0.0127558;REFB=-0.00258688;REVB=-0.0115225;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633679;STB=0.555461;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00532188;OID=.;OPOS=10415777;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:26:27:12:12:0.307692:8:4:10:16:8:4:11:16 chr17 10415840 . A G 338.15 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260398;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.243;QD=52.0229;RBI=0.0324065;REFB=-0.0405736;REVB=0.0192901;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556654;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:26:0:0:24:26:1:19:5:0:0:20:6:0:0 chr17 10427924 . G A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0107297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.314;QD=6.30277;RBI=0.0221239;REFB=-0.00687472;REVB=0.0193479;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227154;STB=0.641293;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0420407;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:6:6:13:28:6:6:13:28 chr17 10448769 . A T 1083.78 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127231;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9336;QD=60.2099;RBI=0.0457007;REFB=0;REVB=-0.0438939;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181284;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:47:25:0:0:47:25:0:0 chr17 10450816 . T C 916.9 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.577;QD=56.4248;RBI=0.0311828;REFB=-0.128129;REVB=0.0213023;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.507934;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00063604;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:1:1:62:64:0.984615:32:30:1:0:33:31:1:0 chr17 10541515 . C T 280.65 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0561366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4308;QD=28.0647;RBI=0.0604319;REFB=-0.0269054;REVB=-0.0223761;RO=15;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276753;STB=0.515263;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0166951;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:11:14:9:6:11:14:9:6 chr17 10543385 . T C 1113.07 PASS AF=0.707692;AO=92;DP=130;FAO=92;FDP=130;FR=.;FRO=38;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.01236;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.987;QD=34.2484;RBI=0.0147208;REFB=-0.0236454;REVB=0.00799592;RO=38;SAF=43;SAR=49;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689255;STB=0.536948;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00762898;OID=.;OPOS=10543385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:38:38:92:92:0.707692:49:43:13:25:49:43:13:25 chr17 10544461 . G A 434.39 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0209476;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.652;QD=36.9697;RBI=0.0214785;REFB=0.00872473;REVB=0.0047459;RO=13;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499058;STB=0.527096;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00530069;OID=.;OPOS=10544461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:34:34:0.723404:19:15:7:6:19:15:7:6 chr17 10614442 . A G 233.79 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0270707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7037;QD=32.2467;RBI=0.0278459;REFB=0.0515386;REVB=-0.00652456;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199116;STB=0.60902;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0207927;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:10:11:1:7:10:11:1:7 chr17 10617803 . G T 144.45 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0795861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6944;QD=25.1209;RBI=0.0800643;REFB=-0.0588962;REVB=-0.00873791;RO=8;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317848;STB=0.678762;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0482847;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:11:4:6:2:11:4:6:2 chr17 11166782 . G A 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0330438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9933;QD=25.7286;RBI=0.0515185;REFB=0.0129768;REVB=-0.0395256;RO=19;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929348;STB=0.505151;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=-0.0107296;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:14:12:9:10:14:12:9:10 chr17 11523082 . A G 608.31 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.154;QD=57.9347;RBI=0.0216416;REFB=-0.0190186;REVB=0.00426717;RO=1;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191432;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000574718;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:24:16:0:1:25:16:0:1 chr17 11583089 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.688;QD=61.3314;RBI=0.0589151;REFB=0;REVB=0.0431604;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261528;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr17 11648332 . C T 428.24 PASS AF=0.864865;AO=31;DP=36;FAO=32;FDP=37;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0618093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1499;QD=46.2962;RBI=0.063963;REFB=-0.112516;REVB=-0.0164583;RO=3;SAF=11;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111446;STB=0.531895;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00833525;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:37:3:5:31:32:0.864865:20:11:3:0:20:12:3:2 chr17 11650958 . G A 563.18 PASS AF=0.704225;AO=46;DP=68;FAO=50;FDP=71;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0806052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6155;QD=31.7284;RBI=0.114874;REFB=-0.0065448;REVB=0.0818457;RO=21;SAF=15;SAR=31;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00475939;STB=0.508596;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00598414;OID=.;OPOS=11650958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:21:21:46:50:0.704225:31:15:7:14:32:18:7:14 chr17 11651057 . A G 84.35 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0764798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4095;QD=10.5435;RBI=0.0769987;REFB=-0.00382228;REVB=-0.00892387;RO=21;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472042;STB=0.795781;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.011538;OID=.;OPOS=11651057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:10:1:8:13:10:1:8:13 chr17 11757556 . C G 445.41 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0581139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9733;QD=31.2566;RBI=0.0581234;REFB=0.0353063;REVB=0.0010526;RO=15;SAF=22;SAR=19;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133097;STB=0.579893;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0114226;OID=.;OPOS=11757556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:15:16:41:41:0.719298:19:22:4:11:19:22:4:12 chr17 11786951 . T C 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0144725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.293;QD=11.8261;RBI=0.0254246;REFB=0.00849271;REVB=0.0209036;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254975;STB=0.652768;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0419171;OID=.;OPOS=11786951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:9:9:8:3:9:9 chr17 12043162 . G A 332.77 PASS AF=0.58;AO=28;DP=49;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00360636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.863;QD=26.6215;RBI=0.0243376;REFB=-0.00438732;REVB=0.0240689;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113153;STB=0.557045;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00335617;OID=.;OPOS=12043162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:21:28:29:0.58:14:14:13:7:15:14:13:8 chr17 12046891 . A G 362.5 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0102009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.5;QD=27.8845;RBI=0.0135959;REFB=-0.0164591;REVB=0.00898829;RO=18;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107636;STB=0.558789;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00898025;OID=.;OPOS=12046891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:19:15:11:7:19:15:11:7 chr17 12820632 . A C 357.39 PASS AF=0.641509;AO=32;DP=51;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0987606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.043;QD=26.9725;RBI=0.0989773;REFB=-0.0163001;REVB=-0.00654527;RO=19;SAF=15;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336249;STB=0.501113;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00884865;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:19:19:32:34:0.641509:17:15:9:10:18:16:9:10 chr17 12820646 . G C 157.81 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0323451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1562;QD=12.1389;RBI=0.0511161;REFB=-0.0304789;REVB=-0.039581;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541842;STB=0.531535;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0534206;OID=.;OPOS=12820646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:14:19:10:9:14:19 chr17 12852459 . A G 235.86 PASS AF=0.628571;AO=19;DP=32;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0183577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.972;QD=26.9553;RBI=0.0995234;REFB=-0.0187572;REVB=0.0978157;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116298;STB=0.58174;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0187762;OID=.;OPOS=12852459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:13:13:19:22:0.628571:13:6:6:7:16:6:6:7 chr17 13399616 . A T 344.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000216417;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.986;QD=55.1453;RBI=0.0133336;REFB=0;REVB=-0.0133318;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014964;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 14095309 . A G 712.03 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058921;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.241;QD=63.292;RBI=0.0591005;REFB=0;REVB=0.00460351;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011283;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr17 14139891 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00781774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.949;QD=46.848;RBI=0.0236824;REFB=0;REVB=0.0223548;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170968;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr17 14140103 . A G 496.59 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0908896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3312;QD=53.6855;RBI=0.106293;REFB=-0.178359;REVB=0.0551118;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05184;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00789473;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:37:2:1:33:36:0.972973:16:17:2:0:18:18:1:0 chr17 14248422 . CT C,CC,CG 127.8 PASS AF=0.5,0.5,0;AO=3,7,2;DP=12;FAO=6,6,0;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5,1,0;FSAR=1,5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713381,0.0461577,0.0485753;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=108.302,108.255,85.771;QD=42.5998;RBI=0.0774232,0.117588,0.0489827;REFB=0,0,0;REVB=-0.030087,-0.10815,0.006305;RO=0;SAF=2,2,2;SAR=1,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00561682,0.0347504,0.0397028;OID=.,.,.;OPOS=14248423,14248423,14248423;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.5,0:3,7,2:12:6,6,0:12:0:5,1,0:1,5,0:0:0:23:0:2,2,2:1,5,0:0:0 chr17 14249167 . C T 502.02 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.284;QD=59.0606;RBI=0.03621;REFB=0;REVB=0.0206803;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141149;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:10:22:0:0:10:24:0:0 chr17 15154966 . T A 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0195224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.345;QD=17.5584;RBI=0.019775;REFB=0.000733188;REVB=0.00315108;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251011;STB=0.642308;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00129403;OID=.;OPOS=15154966;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:8:10:6:15:8:10:6:15 chr17 15207364 . T G 79.88 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.022722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.997;QD=5.80929;RBI=0.0245369;REFB=-0.00916408;REVB=0.0092612;RO=43;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400801;STB=0.749625;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0290379;OID=.;OPOS=15207364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:4:8:14:29:4:8:14:29 chr17 15215660 . T C 71.0 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00904155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.556;QD=5.1634;RBI=0.0328652;REFB=-0.00170301;REVB=0.031597;RO=44;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222942;STB=0.644475;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00311468;OID=.;OPOS=15215660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:55:55:44:44:11:11:0.2:4:7:20:24:4:7:20:24 chr17 15234895 . C T 95.75 PASS AF=0.647059;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0236258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.981;QD=22.5287;RBI=0.0316575;REFB=-0.0223918;REVB=-0.0210718;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230959;STB=0.608495;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00342833;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:10:11:0.647059:4:6:1:4:4:7:2:4 chr17 15311975 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5433;QD=43.486;RBI=0.0451848;REFB=0;REVB=-0.00549866;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136881;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 15341183 . A C 170.19 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=50;FWDB=0.00536026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.249;QD=7.16605;RBI=0.00954699;REFB=-0.00749447;REVB=0.00790017;RO=70;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249679;STB=0.652516;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0279772;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:70:71:24:24:0.252632:12:12:21:49:12:12:21:50 chr17 15343524 . C CCTT 212.03 PASS AF=0.9;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244689;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=3;MLLD=200.462;QD=42.407;RBI=0.0245477;REFB=-0.00699737;REVB=-0.00196494;RO=2;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510627;STB=0.527748;STBP=0.633;TYPE=ins;VARB=0.00156202;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:18:21:18:20:2:1:17:0:2:10:2:1:17:0:2 chr17 15441484 . AAG A,AA,AAA 218.2 PASS AF=0.111111,0.166667,0.722222;AO=2,4,12;DP=18;FAO=2,3,13;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,5;FSAR=2,3,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412391,0.0387497,0.0336922;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=241.289,246.721,246.465;QD=48.4877;RBI=0.0422128,0.0397048,0.0346613;REFB=0,0,0;REVB=-0.00901427,-0.00865624,-0.00813889;RO=0;SAF=0,1,4;SAR=2,3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0371094,-0.00780139,0.0111652;OID=.,.,.;OPOS=15441485,15441486,15441486;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.111111,0.166667,0.722222:2,4,12:18:2,3,13:18:0:0,0,5:2,3,8:0:0:13:0:0,1,4:2,3,8:0:0 chr17 15443734 . A G 106.07 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00445163;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.252;QD=42.4285;RBI=0.0514184;REFB=0;REVB=0.0512254;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256473;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 15443742 . CT GC,GT 283.46 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,20;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491471,0.00933641;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=44.2417,86.5279;QD=51.5382;RBI=0.0504728,0.0523633;REFB=0,0;REVB=0.0114919,0.0515242;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0107966,0.00113836;OID=.,.;OPOS=15443742,15443742;OREF=CT,C;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:0:0:2,20:2,20:0.0909091,0.909091:2,5:0,15:0:0:2,5:0,15:0:0 chr17 15496730 . A G 496.42 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.000291161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2592;QD=29.2009;RBI=0.0441269;REFB=-0.0149524;REVB=-0.0441259;RO=23;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236903;STB=0.628035;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00695689;OID=.;OPOS=15496730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:23:22:20:3:23:22:20:3 chr17 15498181 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0251168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.404;QD=14.6494;RBI=0.0254643;REFB=-0.0085605;REVB=-0.00419256;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.51513;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0141794;OID=.;OPOS=15498181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:10:9:7:7:10:9 chr17 15510888 . G A 788.02 PASS AF=0.673077;AO=70;DP=105;FAO=70;FDP=104;FR=.;FRO=34;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0077834;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.837;QD=30.3085;RBI=0.00807684;REFB=-0.0489535;REVB=0.00215731;RO=34;SAF=39;SAR=31;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349224;STB=0.518842;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0208977;OID=.;OPOS=15510888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:34:34:70:70:0.673077:31:39:17:17:31:39:17:17 chr17 15510988 . T C 462.15 PASS AF=0.754717;AO=39;DP=53;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0279068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.768;QD=34.8793;RBI=0.0371873;REFB=-0.00315296;REVB=0.0245786;RO=13;SAF=13;SAR=26;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243052;STB=0.623738;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000474886;OID=.;OPOS=15510988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:53:53:13:13:39:40:0.754717:26:13:11:2:26:14:11:2 chr17 15532139 . G A 390.05 PASS AF=0.679245;AO=35;DP=51;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0127649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.282;QD=29.4378;RBI=0.0147761;REFB=-0.0226232;REVB=0.00744245;RO=16;SAF=15;SAR=20;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690926;STB=0.549329;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0077783;OID=.;OPOS=15532139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:16:17:35:36:0.679245:20:15:5:11:20:16:5:12 chr17 15554561 . C A 212.8 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00578158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.764;QD=27.4577;RBI=0.0102172;REFB=-0.00881522;REVB=0.008424;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285393;STB=0.645028;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00893807;OID=.;OPOS=15554561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:11:11:19:20:0.645161:9:10:1:10:10:10:1:10 chr17 15611495 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.369;QD=60.6103;RBI=0.0365556;REFB=0;REVB=0.033111;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116341;OID=.;OPOS=15611495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 15620647 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000679813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6957;QD=42.1822;RBI=0.00263926;REFB=0;REVB=-0.00255021;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95387e-05;OID=.;OPOS=15620647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 15690793 . T C 142.55 PASS AF=0.25;AO=19;DP=83;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0470503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.916;QD=6.78797;RBI=0.0475671;REFB=-0.00813799;REVB=0.00699295;RO=63;SAF=6;SAR=13;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149686;STB=0.576196;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0190415;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:63:63:19:21:0.25:13:6:27:36:14:7:27:36 chr17 15690863 . T A 90.73 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00764312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.676;QD=8.06462;RBI=0.0197663;REFB=-0.0187696;REVB=-0.0182288;RO=32;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236514;STB=0.656453;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0402859;OID=.;OPOS=15690863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:44:45:32:33:12:12:0.266667:8:4:17:15:8:4:18:15 chr17 16068340 . C T 163.84 PASS AF=0.222222;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=117;FR=.;FRO=91;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.00482074;FXX=0.0249979;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.908;QD=5.60121;RBI=0.0214199;REFB=-0.0135049;REVB=-0.0208704;RO=90;SAF=15;SAR=11;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131702;STB=0.517228;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0404637;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:90:91:26:26:0.222222:11:15:51:39:12:14:51:40 chr17 16068343 . G A 168.27 PASS AF=0.225;AO=27;DP=119;FAO=27;FDP=120;FR=.;FRO=93;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.0318325;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6992;QD=5.60888;RBI=0.0457969;REFB=-0.0155885;REVB=-0.0329248;RO=91;SAF=15;SAR=12;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00621329;STB=0.505614;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.023191;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:91:93:27:27:0.225:12:15:51:40:12:15:51:42 chr17 16068362 . C T 272.39 PASS AF=0.267606;AO=38;DP=142;FAO=38;FDP=142;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=49;FWDB=-0.0110191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.64;QD=7.67301;RBI=0.0195102;REFB=-0.0138792;REVB=-0.0161005;RO=103;SAF=19;SAR=19;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298018;STB=0.521116;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0315047;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:103:104:38:38:0.267606:19:19:54:49:19:19:55:49 chr17 16068377 . C G 297.92 PASS AF=0.283688;AO=40;DP=143;FAO=40;FDP=141;FR=.;FRO=101;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=50;FSRR=51;FWDB=0.00545081;FXX=0.013985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.819;QD=8.4516;RBI=0.0150035;REFB=-0.000760092;REVB=-0.0139783;RO=97;SAF=19;SAR=21;SRF=47;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115022;STB=0.51437;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00209665;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:97:101:40:40:0.283688:21:19:47:50:21:19:50:51 chr17 16068383 . G A 345.28 PASS AF=0.309859;AO=44;DP=144;FAO=44;FDP=142;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.012964;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.111;QD=9.72627;RBI=0.0154089;REFB=-0.0128581;REVB=-0.0083288;RO=99;SAF=22;SAR=22;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419864;STB=0.514078;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0239531;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:142:99:98:44:44:0.309859:22:22:53:46:22:22:51:47 chr17 16068396 . G A 470.36 PASS AF=0.372414;AO=54;DP=144;FAO=54;FDP=145;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=-0.00132409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.805;QD=12.9754;RBI=0.0179485;REFB=-0.000889449;REVB=0.0178996;RO=84;SAF=26;SAR=28;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199383;STB=0.508177;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00263168;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:84:91:54:54:0.372414:28:26:42:42:28:26:45:46 chr17 16068463 . C T 169.55 PASS AF=0.228814;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=118;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0172394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.236;QD=5.74752;RBI=0.0172413;REFB=-0.0104338;REVB=0.000253521;RO=90;SAF=8;SAR=19;SRF=35;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129122;STB=0.576511;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0296801;OID=.;OPOS=16068463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:90:91:27:27:0.228814:19:8:35:55:19:8:35:56 chr17 16097825 . T G 32.59 PASS AF=0.0738255;AO=11;DP=149;FAO=11;FDP=149;FR=.;FRO=138;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.030224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2328;QD=0.874986;RBI=0.0389532;REFB=-0.00473338;REVB=-0.0245737;RO=135;SAF=3;SAR=8;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242189;STB=0.702258;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0519893;OID=.;OPOS=16097825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:149:149:135:138:11:11:0.0738255:8:3:66:69:8:3:67:71 chr17 16097870 . C A 59.21 PASS AF=0.116667;AO=14;DP=120;FAO=14;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=63;FWDB=-0.00679375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4362;QD=1.97381;RBI=0.00725776;REFB=-0.00534931;REVB=0.00255343;RO=106;SAF=3;SAR=11;SRF=43;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262079;STB=0.694751;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0367359;OID=.;OPOS=16097870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:120:120:106:106:14:14:0.116667:11:3:43:63:11:3:43:63 chr17 16322676 . T C 157.1 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.0142381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.97;QD=9.66794;RBI=0.0144325;REFB=-0.0114735;REVB=-0.00236094;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152161;STB=0.594386;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0251365;OID=.;OPOS=16322676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:12:9:13:30:12:9:13:31 chr17 16325968 . A G 101.52 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00196982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.712;QD=9.02389;RBI=0.00349669;REFB=-0.00296348;REVB=-0.00288906;RO=31;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218802;STB=0.604649;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00741819;OID=.;OPOS=16325968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:12:13:0.288889:4:8:15:16:5:8:15:17 chr17 16326005 . A C 103.94 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00510514;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.808;QD=9.4487;RBI=0.0260966;REFB=-0.00445579;REVB=-0.0255924;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593855;STB=0.515765;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0105746;OID=.;OPOS=16326005;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:31:13:13:0.295455:6:7:16:14:6:7:16:15 chr17 16336992 . C G 35.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00177728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4623;QD=6.24889;RBI=0.0292157;REFB=0.0161893;REVB=-0.0291616;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311628;STB=0.6951;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0489802;OID=.;OPOS=16336992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:4:13:3:3:4:13 chr17 16346932 . G T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0108407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.755;QD=7.27125;RBI=0.0434806;REFB=-0.00111752;REVB=0.0421075;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366372;STB=0.756169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00656943;OID=.;OPOS=16346932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:23:25:9:9:0.264706:7:2:12:11:7:2:14:11 chr17 16524929 . C A 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.015901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.649;QD=8.22803;RBI=0.0404412;REFB=-0.0121409;REVB=-0.037184;RO=36;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541823;STB=0.533283;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0256575;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:7:6:15:21:7:6:15:21 chr17 16593992 . T TG 40.36 PASS AF=0.27451;AO=17;DP=54;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0258305;FXX=0.0377287;HRUN=0;LEN=1;MLLD=76.206;QD=3.16517;RBI=0.0333067;REFB=-0.00603116;REVB=-0.0210267;RO=34;SAF=15;SAR=2;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522088;STB=0.884646;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.136092;OID=.;OPOS=16593993;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27451:17:54:14:51:37:13:1:19:18:40:34:15:2:17:17 chr17 16735618 . G A 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0132942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.725;QD=54.4809;RBI=0.0365658;REFB=-0.075827;REVB=0.0340635;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00123203;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr17 16746358 . G A 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0819134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.597;QD=59.8351;RBI=0.0849806;REFB=0;REVB=0.0226252;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518337;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 16855878 . C T 186.49 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0623932;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.0946;QD=43.8803;RBI=0.0634576;REFB=-0.128954;REVB=-0.0115737;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00342125;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr17 16893462 . T C 299.9 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0349975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.875;QD=19.9931;RBI=0.0391465;REFB=-0.0364674;REVB=0.0175392;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130083;STB=0.562461;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.027412;OID=.;OPOS=16893462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:31:32:0.533333:18:13:16:12:18:14:16:12 chr17 17046024 . C A 289.02 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0238869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6057;QD=46.2432;RBI=0.0279675;REFB=-0.0317174;REVB=-0.0145464;RO=2;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922593;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0244991;OID=.;OPOS=17046024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:14:9:2:0:14:9:2:0 chr17 17062241 . C G 2700.64 PASS AF=0.938144;AO=181;DP=194;FAO=182;FDP=194;FR=.;FRO=12;FSAF=101;FSAR=81;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0065957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.925;QD=55.6834;RBI=0.0171521;REFB=-0.111953;REVB=0.0158332;RO=12;SAF=100;SAR=81;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336692;STB=0.512244;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00145742;OID=.;OPOS=17062241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:194:194:12:12:181:182:0.938144:81:100:10:2:81:101:9:3 chr17 17062244 . C T 1385.67 PASS AF=0.618812;AO=124;DP=202;FAO=125;FDP=202;FR=.;FRO=77;FSAF=74;FSAR=51;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.0121223;FXX=0.00492587;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.805;QD=27.439;RBI=0.0169246;REFB=-0.0488554;REVB=0.0118107;RO=76;SAF=73;SAR=51;SRF=41;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355186;STB=0.518238;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0225502;OID=.;OPOS=17062244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:76:77:124:125:0.618812:51:73:41:35:51:74:42:35 chr17 17069105 . G A 418.72 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5403;QD=52.34;RBI=0.0557886;REFB=-0.0397981;REVB=0.0141534;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00925109;OID=.;OPOS=17069105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:32:1:1:30:31:0.96875:11:19:1:0:11:20:1:0 chr17 17119704 . C CG 52.58 PASS AF=0.25641;AO=14;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0227094;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=29.5845;QD=5.39231;RBI=0.196703;REFB=-0.00501219;REVB=-0.195388;RO=24;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40041;STB=0.822915;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.112064;OID=.;OPOS=17119705;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641:14:39:10:39:29:8:2:10:19:52:24:10:4:8:16 chr17 17168164 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.865;QD=57.2026;RBI=0.0385612;REFB=0;REVB=0.00745203;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103531;OID=.;OPOS=17168164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr17 17179481 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0666213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.257;QD=57.6804;RBI=0.0666773;REFB=0;REVB=0.0027339;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250834;OID=.;OPOS=17179481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:25:6:0:0:25:6:0:0 chr17 17326599 . TGGGGCA TGGGGTG 33.76 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0205158;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.02;QD=2.75565;RBI=0.02053;REFB=-0.00247162;REVB=-0.000762579;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39016;STB=0.788431;STBP=0.194;TYPE=mnp;VARB=0.0275174;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TGGGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.122449:6:51:6:49:43:1:5:20:23:33:30:1:5:14:16 chr17 17397982 . T C 1204.96 PASS AF=0.912088;AO=83;DP=92;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0805568;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.252;QD=52.9655;RBI=0.0805569;REFB=0.00703439;REVB=-8.90053e-05;RO=8;SAF=43;SAR=40;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08582;STB=0.545444;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-6.61364e-05;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:91:8:8:83:83:0.912088:40:43:0:8:40:43:0:8 chr17 17425631 . C T 41.25 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0190016;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.185;QD=3.51032;RBI=0.0371145;REFB=-0.0148004;REVB=-0.0318815;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45429;STB=0.827944;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0581931;OID=.;OPOS=17425631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:48:47:40:40:7:7:0.148936:6:1:20:20:6:1:20:20 chr17 17682484 . G A 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0701746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.601;QD=6.31742;RBI=0.0707261;REFB=-0.000787496;REVB=-0.00881555;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171963;STB=0.610409;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000243591;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:13:12:5:3:13:12 chr17 17696755 . C A 199.03 PASS AF=0.302326;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=47;FWDB=0.0133185;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.4315;QD=9.25721;RBI=0.0191698;REFB=-0.0228657;REVB=-0.0137876;RO=60;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830931;STB=0.548658;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0376706;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:60:60:26:26:0.302326:19:7:13:47:19:7:13:47 chr17 17698254 . G A 435.05 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00660001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.621;QD=37.8303;RBI=0.0157173;REFB=-0.0219298;REVB=0.0142644;RO=11;SAF=24;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128316;STB=0.584475;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00728413;OID=.;OPOS=17698254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:46:46:11:12:34:34:0.73913:10:24:5:6:10:24:5:7 chr17 17700573 . T C 427.12 PASS AF=0.677419;AO=33;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0223659;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.826;QD=27.5564;RBI=0.0225742;REFB=-0.0406347;REVB=-0.0030593;RO=16;SAF=25;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366367;STB=0.712326;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0270799;OID=.;OPOS=17700573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:20:33:42:0.677419:8:25:3:13:9:33:4:16 chr17 17700792 . C T 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0046482;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.107;QD=28.2832;RBI=0.0325629;REFB=-0.0197296;REVB=0.0322294;RO=12;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215583;STB=0.618941;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0113334;OID=.;OPOS=17700792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:13:9:9:3:13:9:9:3 chr17 17715101 . G A 84.66 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00654946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.35;QD=12.094;RBI=0.00846326;REFB=-0.00917797;REVB=-0.00536017;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847732;STB=0.588087;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0343145;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:28:17:17:10:11:0.392857:7:3:4:13:7:4:4:13 chr17 17715317 . C G 265.08 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00558099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.441;QD=34.2036;RBI=0.0128321;REFB=-0.0043268;REVB=0.0115549;RO=8;SAF=6;SAR=17;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135107;STB=0.574256;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000551682;OID=.;OPOS=17715317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:17:6:4:4:17:6:4:4 chr17 17896089 . TC T,TT 431.6 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=28,4;DP=34;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365226,0.109574;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.6162,7.88421;QD=47.9554;RBI=0.22073,0.11264;REFB=0,0;REVB=0.217687,-0.0261003;RO=0;SAF=28,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00301486,0.0557488;OID=.,.;OPOS=17896090,17896090;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.944444,0.0555556:28,4:34:34,2:36:0:31,2:3,0:0:0:9:0:28,2:0,2:0:0 chr17 17896205 . C T 770.59 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0293593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6977;QD=55.0421;RBI=0.0503733;REFB=0.0745013;REVB=0.0409329;RO=1;SAF=21;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219159;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000493265;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:34:21:1:0:34:21:1:0 chr17 18003671 . T G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.781;QD=56.4874;RBI=0.042515;REFB=-0.147415;REVB=0.0236522;RO=1;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346204;STB=0.518508;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00593173;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:13:22:0:1:13:22:0:1 chr17 18023897 . G A 135.38 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1882;QD=41.6565;RBI=0.209131;REFB=0;REVB=0.203753;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01102;OID=.;OPOS=18023897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:10:13:1:8:2:0:0:11:2:0:0 chr17 18041507 . C T 893.62 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6348;QD=57.6527;RBI=0.00527523;REFB=0;REVB=-0.00411887;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32538e-06;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:28:32:0:0:29:33:0:0 chr17 18046898 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5572;QD=46.8466;RBI=0.0525305;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015531;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr17 18047189 . G A 524.33 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.822;QD=55.1921;RBI=0.0141848;REFB=-0.0937013;REVB=-0.00417256;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228293;STB=0.511622;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000929514;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:1:0:16:21:1:0 chr17 18052867 . T C 509.64 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9548;QD=58.2442;RBI=0.0367462;REFB=0;REVB=-0.000206488;RO=0;SAF=27;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121769;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:33:35:1:6:27:0:0:6:29:0:0 chr17 18077175 . T C 1249.65 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171899;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.92;QD=61.7113;RBI=0.0172494;REFB=0;REVB=-0.00143115;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87586e-05;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:36:45:0:0:36:45:0:0 chr17 18087299 . C T 250.39 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289445;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.626;QD=47.6939;RBI=0.0349012;REFB=-0.0682126;REVB=-0.0195016;RO=1;SAF=12;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368683;STB=0.51998;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00488914;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:21:1:1:20:20:0.952381:8:12:1:0:8:12:1:0 chr17 18148485 . G A 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00803973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.43;QD=33.4227;RBI=0.0245953;REFB=0;REVB=0.0232441;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871637;OID=.;OPOS=18148485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 18149714 . G A 598.28 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0830799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4953;QD=56.9785;RBI=0.0890159;REFB=-0.149515;REVB=0.031962;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00505444;OID=.;OPOS=18149714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:42:1:1:39:41:0.97619:24:15:1:0:24:17:0:1 chr17 18167505 . T C 519.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4981;QD=59.4071;RBI=0.0832928;REFB=0;REVB=0.0822488;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139332;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 18219835 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00669065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4538;QD=49.5984;RBI=0.0730377;REFB=0;REVB=0.0727306;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141012;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr17 18220770 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0659376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8308;QD=52.6112;RBI=0.0728403;REFB=0;REVB=-0.0309507;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00283175;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 18230380 . T G 928.73 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0130166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4484;QD=56.2866;RBI=0.0230463;REFB=-0.163067;REVB=0.0190184;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00125944;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:66:0:1:63:65:0.984848:32:31:0:0:32:33:1:0 chr17 18236339 . G A 340.71 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.728;QD=54.5133;RBI=0.0103437;REFB=0;REVB=0.00989515;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32377e-05;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr17 18528623 . A G 742.51 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0505859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3695;QD=53.0366;RBI=0.062555;REFB=-0.0081476;REVB=-0.0367995;RO=3;SAF=20;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065576;STB=0.522719;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00115531;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:3:2:53:54:0.964286:33:20:3:0:33:21:2:0 chr17 18542519 . T G 327.38 PASS AF=0.896552;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0279399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7467;QD=45.1553;RBI=0.0386536;REFB=-0.0406222;REVB=0.0267107;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763937;STB=0.535789;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0189831;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:29:3:3:25:26:0.896552:8:17:1:2:9:17:1:2 chr17 18565350 . G C 684.65 PASS AF=0.674419;AO=58;DP=86;FAO=58;FDP=86;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0037745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.154;QD=31.8442;RBI=0.0234247;REFB=-0.0311182;REVB=0.0231186;RO=28;SAF=36;SAR=22;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755731;STB=0.540887;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0168731;OID=.;OPOS=18565350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:28:28:58:58:0.674419:22:36:14:14:22:36:14:14 chr17 18610134 . T G 537.61 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0350506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9749;QD=32.5824;RBI=0.047505;REFB=-0.0678454;REVB=0.0320652;RO=18;SAF=21;SAR=26;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843896;STB=0.553169;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0274784;OID=.;OPOS=18610134;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:19:47:47:0.712121:26:21:11:7:26:21:12:7 chr17 18630995 . G A 439.35 PASS AF=0.511628;AO=42;DP=83;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00879837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6933;QD=20.4348;RBI=0.0209414;REFB=-0.0108273;REVB=0.0190034;RO=41;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970352;STB=0.546491;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0109171;OID=.;OPOS=18630995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:41:42:42:44:0.511628:20:22:17:24:22:22:17:25 chr17 18647625 . T A 209.79 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0126426;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.642;QD=32.2754;RBI=0.0256056;REFB=-0.0193991;REVB=0.0222669;RO=7;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245848;STB=0.636211;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00771274;OID=.;OPOS=18647625;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:7:7:19:19:0.730769:14:5:5:2:14:5:5:2 chr17 18653070 . G A 627.6 PASS AF=0.726027;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=73;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00932704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1996;QD=34.389;RBI=0.026542;REFB=0.00349538;REVB=0.0248492;RO=20;SAF=31;SAR=22;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791389;STB=0.504263;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.000502779;OID=.;OPOS=18653070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:20:20:53:53:0.726027:22:31:12:8:22:31:12:8 chr17 18653145 . C G 84.47 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.00296944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8332;QD=4.96878;RBI=0.0328662;REFB=-0.00036575;REVB=-0.0327318;RO=54;SAF=13;SAR=1;SRF=34;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521826;STB=0.852485;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00207167;OID=.;OPOS=18653145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:54:54:14:14:0.205882:1:13:34:20:1:13:34:20 chr17 18675998 . TAA T 62.26 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0527839;FXX=0.0587889;HRUN=6;LEN=2;MLLD=15.4359;QD=15.5644;RBI=0.128514;REFB=-0.0773729;REVB=0.117174;RO=7;SAF=0;SAR=8;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.840898;STB=0.888023;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0944465;OID=.;OPOS=18675999;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:8:17:9:16:7:1:8:7:0:33:7:0:8:7:0 chr17 18694277 . G A 340.25 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.481;QD=48.6072;RBI=0.0217841;REFB=-0.0942021;REVB=0.00615784;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.531226;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00718667;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:11:15:1:0:11:15:2:0 chr17 18702220 . T C 1476.83 PASS AF=0.989691;AO=91;DP=92;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237279;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8675;QD=60.9001;RBI=0.0744301;REFB=-0.189318;REVB=0.0705466;RO=1;SAF=43;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108962;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00677464;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:97:1:1:91:96:0.989691:48:43:1:0:52:44:1:0 chr17 18874685 . C CGGT,CGGTG 264.57 PASS AF=0.69697,0;AO=17,4;DP=35;FAO=23,0;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=14,0;FSAR=9,0;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0214337,0.0189525;FXX=0.0294031;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=249.02,240.805;QD=32.0696;RBI=0.0323344,0.0318738;REFB=-0.0204613,-0.021563;REVB=-0.0242097,-0.025627;RO=12;SAF=9,4;SAR=8,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.165672,0.62617;STB=0.529387,0.5;STBP=0.679,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.0070051,0;OID=.,.;OPOS=18874686,18874686;OREF=-,-;OALT=GGT,GGTG;OMAPALT=CGGT,CGGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.69697,0:17,4:35:23,0:33:10:14,0:9,0:7:3:73:12:9,4:8,0:9:3 chr17 18874720 . C G 41.32 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0145355;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5961;QD=3.59299;RBI=0.0323502;REFB=-0.0100184;REVB=0.0289008;RO=38;SAF=5;SAR=2;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111923;STB=0.571216;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0205277;OID=.;OPOS=18874720;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:47:46:38:39:7:7:0.152174:2:5:24:14:2:5:25:14 chr17 18918382 . G A 62.7 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0342579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0812;QD=8.08975;RBI=0.0736718;REFB=-0.0120848;REVB=0.0652222;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219511;STB=0.651833;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0291404;OID=.;OPOS=18918382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:6:3:11:10:6:3:12:10 chr17 18918396 . G C 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0525846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1581;QD=7.32743;RBI=0.0599848;REFB=-0.000957435;REVB=0.0288623;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328417;STB=0.708546;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00111432;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:11:10:6:2:11:10 chr17 18923180 . C T 188.4 PASS AF=0.239669;AO=29;DP=121;FAO=29;FDP=121;FR=.;FRO=92;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=42;FWDB=0.0151371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.355;QD=6.22813;RBI=0.019014;REFB=-0.016159;REVB=-0.0115065;RO=91;SAF=15;SAR=14;SRF=49;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265346;STB=0.519986;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0346979;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:91:92:29:29:0.239669:14:15:49:42:14:15:50:42 chr17 19216917 . T C 157.56 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.934;QD=45.0158;RBI=0.149316;REFB=0;REVB=0.0431922;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00622823;OID=.;OPOS=19216917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:9:5:0:0 chr17 19232078 . T C 820.39 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216479;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.262;QD=57.5712;RBI=0.0442921;REFB=0;REVB=-0.0386415;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386103;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr17 19285381 . C T 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.137697;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.356;QD=43.8422;RBI=0.1377;REFB=0.00348367;REVB=0.000853916;RO=4;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068795;STB=0.53701;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.000228526;OID=.;OPOS=19285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:25:1:0:4:25:1:0:4 chr17 19411482 . C T 172.59 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.011795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.1;QD=26.5521;RBI=0.0124597;REFB=-0.021873;REVB=-0.00401513;RO=9;SAF=8;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861345;STB=0.54789;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00888706;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:26:26:9:9:17:17:0.653846:9:8:3:6:9:8:3:6 chr17 19460972 . G A 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0126455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.548;QD=5.71553;RBI=0.0129775;REFB=-0.00330921;REVB=-0.00291633;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311843;STB=0.699534;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0100626;OID=.;OPOS=19460972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:18:10:5:3:18:10 chr17 19578873 . A T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000447605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.423;QD=57.1768;RBI=0.0195081;REFB=0;REVB=-0.0195029;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103846;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr17 19608773 . G A 143.36 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0270125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.474;QD=8.4328;RBI=0.0295346;REFB=-0.0188792;REVB=-0.0119422;RO=48;SAF=13;SAR=7;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25109;STB=0.64985;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0553727;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:7:13:21:27:7:13:21:27 chr17 19617236 . G T 60.57 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00734583;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.456;QD=5.63454;RBI=0.0143367;REFB=-0.00760087;REVB=0.0123118;RO=32;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385053;STB=0.734257;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0405679;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:43:43:32:34:9:9:0.209302:7:2:17:15:7:2:17:17 chr17 19642952 . G C 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00198574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.916;QD=9.85817;RBI=0.0158376;REFB=-0.0101045;REVB=-0.0157126;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419129;STB=0.749643;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0339075;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:20:9:9:4:20:9 chr17 19644472 . A T 471.92 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=63;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00501266;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.968;QD=30.4465;RBI=0.00918912;REFB=-0.0301201;REVB=-0.0077015;RO=19;SAF=18;SAR=24;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263233;STB=0.507039;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0132522;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:19:20:42:42:0.677419:24:18:9:10:24:18:9:11 chr17 19645938 . A C 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.886;QD=63.5819;RBI=0.0537642;REFB=0;REVB=-0.0338692;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19031e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr17 19678475 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.81;QD=50.4131;RBI=0.0405009;REFB=0;REVB=0.0337302;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496776;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 19713740 . C T 1568.21 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9716;QD=64.0084;RBI=0.0669496;REFB=0;REVB=-0.0403371;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88519e-05;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:40:57:0:0:40:58:0:0 chr17 19729495 . T C 827.9 PASS AF=1;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00590836;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.134;QD=57.0967;RBI=0.00766468;REFB=0;REVB=0.00488248;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012838;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:27:31:0:0 chr17 19768092 . TTA T,TAA 78.2 PASS AF=0.233333,0;AO=14,5;DP=68;FAO=14,0;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=8,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0353541,-0.0276277;FXX=0.0322529;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.2824,19.0515;QD=5.2131;RBI=0.183714,0.153659;REFB=-0.0360922,0.014155;REVB=-0.18028,-0.151155;RO=47;SAF=6,3;SAR=8,2;SRF=21;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0227441,0.168436;STB=0.666444,0.5;STBP=0.188,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0989375,0.0532392;OID=.,.;OPOS=19768093,19768093;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333,0:14,5:68:14,0:60:46:8,0:6,0:16:30:77:47:6,3:8,2:21:26 chr17 19812541 . T C 137.36 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0156306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.135;QD=11.2134;RBI=0.0353977;REFB=-0.0173995;REVB=0.0317598;RO=33;SAF=8;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859621;STB=0.550957;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0218703;OID=.;OPOS=19812541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:8:8:19:14:8:8:19:14 chr17 19861458 . C T 154.4 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00164082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.979;QD=9.0822;RBI=0.0244737;REFB=-0.00925304;REVB=-0.0244186;RO=44;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202542;STB=0.62045;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0261152;OID=.;OPOS=19861458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:47:21:21:0.308824:16:5:17:27:16:5:18:29 chr17 20013802 . G A 51.02 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00905522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.191;QD=5.37039;RBI=0.0101589;REFB=-0.0102325;REVB=0.0046051;RO=29;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403689;STB=0.761648;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0612986;OID=.;OPOS=20013802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:29:30:8:8:0.210526:3:5:8:21:3:5:8:22 chr17 20107773 . T C 310.64 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0327247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2958;QD=35.5022;RBI=0.0328566;REFB=0.0109314;REVB=0.00294116;RO=8;SAF=11;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338222;STB=0.534494;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0102293;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:34:35:8:9:26:26:0.742857:15:11:4:4:15:11:5:4 chr17 20108184 . C G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0073214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.153;QD=10.6681;RBI=0.0660853;REFB=-0.0183442;REVB=0.0656785;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331982;STB=0.6996;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0402617;OID=.;OPOS=20108184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:11:7:7:3:11:7 chr17 20108239 . A T 283.73 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.27;QD=51.5866;RBI=0.0283699;REFB=0;REVB=0.0127516;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439737;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr17 20109189 . C T 368.89 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0241603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0816;QD=27.3251;RBI=0.0249979;REFB=0.003295;REVB=-0.00641686;RO=19;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192235;STB=0.605202;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00414823;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:23:12:12:7:23:12:12:7 chr17 20163528 . CA C,CG 464.27 PASS AF=1,0;AO=9,25;DP=34;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000192573,-0.0922481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=159.774,149.156;QD=54.6202;RBI=0.000291507,0.110006;REFB=0,0;REVB=-0.000218843,-0.0599309;RO=0;SAF=9,8;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000468841,0;OID=.,.;OPOS=20163529,20163529;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,25:34:34,0:34:0:17,0:17,0:0:0:4:0:9,8:0,17:0:0 chr17 20244264 . G C 66.58 PASS AF=0.888889;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02113;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.745;QD=29.5928;RBI=0.0599965;REFB=-0.313466;REVB=-0.0561525;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0270458;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:9:0:1:7:8:0.888889:3:4:0:0:4:4:0:1 chr17 20370735 . T C 68.79 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0158997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4313;QD=15.2877;RBI=0.0166171;REFB=-0.0115825;REVB=-0.00482981;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263859;STB=0.636033;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0143091;OID=.;OPOS=20370735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:8:9:9:9:0.5:7:2:4:4:7:2:4:5 chr17 20370767 . G C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0231619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.361;QD=15.2931;RBI=0.0273209;REFB=-0.0212626;REVB=-0.0144898;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782009;STB=0.565081;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0185119;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:6:3:2:6:6:3:2:7 chr17 20370796 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0196661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.285;QD=18.0506;RBI=0.0206189;REFB=-0.0128551;REVB=-0.00619558;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0101186;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:2:6:7:3:2:6 chr17 20370806 . G A 83.47 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0294264;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4687;QD=18.5497;RBI=0.0473431;REFB=-0.0609837;REVB=0.0370872;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468762;STB=0.526974;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0211818;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:2:6:7:3:2:6 chr17 20483255 . G A 335.51 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0149919;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.045;QD=31.953;RBI=0.0413241;REFB=-0.022975;REVB=0.0385088;RO=14;SAF=11;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671388;STB=0.536815;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0105464;OID=.;OPOS=20483255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:14:14:28:28:0.666667:17:11:7:7:17:11:7:7 chr17 20769862 . T A 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00590034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.987;QD=3.88751;RBI=0.0176983;REFB=-0.00114771;REVB=-0.0166858;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331693;STB=0.726565;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00486615;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:11:18:2:4:11:18 chr17 20769866 . G A 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00760701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3316;QD=3.76495;RBI=0.0347138;REFB=0.00315424;REVB=-0.0338701;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309522;STB=0.713606;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0534028;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:12:18:2:4:12:18 chr17 20769896 . G T 152.76 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0182845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.799;QD=13.5785;RBI=0.0655325;REFB=0.00210538;REVB=-0.06293;RO=28;SAF=14;SAR=3;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490304;STB=0.788371;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00377479;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:3:14:11:17:3:14:11:17 chr17 20769899 . G T 168.63 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0120518;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.278;QD=15.3297;RBI=0.0454146;REFB=-0.00790052;REVB=-0.0437864;RO=26;SAF=15;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471247;STB=0.775525;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0133076;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:3:15:11:15:3:15:11:15 chr17 20769904 . G A 193.16 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0162463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3939;QD=16.4389;RBI=0.022887;REFB=0.00132811;REVB=0.0161206;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398029;STB=0.730518;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0011067;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:4:16:12:15:4:16:12:15 chr17 20769954 . T G 180.49 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0032012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.995;QD=16.0436;RBI=0.00355204;REFB=-0.0319429;REVB=0.00153927;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364312;STB=0.709917;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0323054;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:10:16:5:14:10:16 chr17 20769964 . C A 142.45 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0784972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2437;QD=14.2447;RBI=0.08438;REFB=-0.00166766;REVB=-0.0309545;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359746;STB=0.708334;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00466277;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:5:11:8:16:5:11:8:16 chr17 20769968 . G A 119.47 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.000454539;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.769;QD=12.5753;RBI=0.0109516;REFB=-0.00812305;REVB=-0.0109422;RO=24;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32371;STB=0.689521;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0148896;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:5:9:8:16:5:9:8:16 chr17 20769995 . C T 88.95 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.162236;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6633;QD=13.1783;RBI=0.170684;REFB=-0.0173375;REVB=0.0530323;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153571;STB=0.653058;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0389838;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:27:17:16:9:11:0.407407:4:5:7:10:4:7:6:10 chr17 20770002 . CC AG 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0497797;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.467;QD=14.1699;RBI=0.05017;REFB=-0.0293704;REVB=0.00624631;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943118;STB=0.555443;STBP=0.618;TYPE=mnp;VARB=0.0360415;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:6:6:4:6:6:6 chr17 20799119 . A G 82.01 PASS AF=0.189873;AO=10;DP=76;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=30;FWDB=-0.0475881;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.939;QD=4.15219;RBI=0.0477488;REFB=-0.0147999;REVB=-0.00391368;RO=66;SAF=5;SAR=5;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369347;STB=0.60592;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0656943;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:76:79:66:64:10:15:0.189873:5:5:35:31:9:6:34:30 chr17 20903068 . C A 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0101399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7472;QD=3.37611;RBI=0.0107258;REFB=-0.0078371;REVB=0.00349651;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186445;STB=0.631216;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0343978;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:17:24:3:4:17:24 chr17 20903080 . C A 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00517638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.029;QD=2.70699;RBI=0.00729091;REFB=-0.00338759;REVB=0.00513444;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35978;STB=0.752493;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0266181;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:40:42:6:6:0.125:2:4:14:26:2:4:15:27 chr17 20924523 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0286241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.442;QD=7.79846;RBI=0.0371711;REFB=-0.00309684;REVB=-0.0237139;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624996;STB=0.511602;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00701882;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:21:23:9:9:0.28125:6:3:6:15:6:3:8:15 chr17 21144074 . G A 109.23 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0159147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.055;QD=8.56736;RBI=0.024038;REFB=-0.00136676;REVB=0.0180152;RO=37;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336328;STB=0.70323;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00161748;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:9:5:24:13:9:5:24:13 chr17 21144352 . G A 97.24 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.011924;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.5684;QD=13.4124;RBI=0.0248538;REFB=-0.000583078;REVB=-0.0218066;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374704;STB=0.724211;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0013132;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:9:8:2:10:9:8 chr17 21194843 . T C 77.16 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.029533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.509;QD=6.56687;RBI=0.0303174;REFB=-0.00389123;REVB=-0.00685159;RO=34;SAF=8;SAR=2;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443098;STB=0.811191;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0410005;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:46:47:34:36:10:11:0.234043:2:8:15:19:2:9:15:21 chr17 21194852 . G A 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0079814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.705;QD=7.08572;RBI=0.0101323;REFB=-0.0061299;REVB=0.00624193;RO=34;SAF=9;SAR=2;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517682;STB=0.82412;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0146803;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:2:9:13:21:2:9:13:21 chr17 21194859 . G A 90.36 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00640485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5776;QD=7.85772;RBI=0.00646049;REFB=0.0125972;REVB=-0.000846029;RO=34;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514582;STB=0.820346;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0351836;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:2:10:14:20:2:10:14:20 chr17 21199037 . G A 52.26 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0894322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0571;QD=6.33448;RBI=0.0956235;REFB=-0.0157345;REVB=-0.0338487;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127341;STB=0.575573;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0455677;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:23:25:8:8:0.242424:4:4:9:14:4:4:10:15 chr17 21199390 . C T 128.78 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0125656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2747;QD=12.5635;RBI=0.0229607;REFB=0.00827961;REVB=0.0192171;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103918;STB=0.561319;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=-0.0586359;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:15:11:5:10:15:11 chr17 21199403 . C T 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00815435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.256;QD=16.4412;RBI=0.0741814;REFB=-0.0251852;REVB=-0.0737319;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236049;STB=0.526289;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0266249;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:27:20:20:0.425532:8:12:15:11:8:12:15:12 chr17 21201719 . T C 204.77 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.071653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3405;QD=12.798;RBI=0.0719485;REFB=-0.0214827;REVB=-0.00651382;RO=37;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17808;STB=0.622303;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0458474;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:37:39:25:25:0.390625:18:7:16:21:18:7:18:21 chr17 21202191 . C A 219.35 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0302703;FXX=0.065563;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.0999;QD=15.393;RBI=0.0455093;REFB=-0.0706974;REVB=0.0339825;RO=30;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372782;STB=0.569568;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0752652;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:32:24:25:0.438596:16:8:9:21:16:9:8:24 chr17 21202237 . G C 293.62 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0267856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.534;QD=19.9063;RBI=0.0271306;REFB=-0.042528;REVB=0.00431264;RO=28;SAF=9;SAR=22;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00478289;STB=0.502658;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0219739;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:22:9:8:20:22:9:8:20 chr17 21203893 . T C 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0279073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.806;QD=12.0843;RBI=0.0279081;REFB=-0.00319913;REVB=0.000206333;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126882;STB=0.591983;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00589784;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:12:4:10:19:12:4:11:19 chr17 21203907 . T C 81.89 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00449616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0263;QD=8.62052;RBI=0.00976722;REFB=-0.00892057;REVB=0.00867082;RO=27;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132517;STB=0.58257;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0169118;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:9:2:7:20:9:2:7:20 chr17 21203934 . G A 53.01 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0525335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.758;QD=7.31205;RBI=0.0600929;REFB=-0.00915896;REVB=0.0291786;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144081;STB=0.592958;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0262155;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:4:17:7:1:4:17 chr17 21203941 . G A 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0703242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2551;QD=7.62943;RBI=0.0707626;REFB=0.0244258;REVB=0.00786456;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07735;STB=0.53836;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.05252;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:7:1:3:16:7:1:3:17 chr17 21203949 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0185808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4859;QD=5.9576;RBI=0.0494693;REFB=0.00820022;REVB=-0.0458472;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131115;STB=0.583089;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.028069;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:5:1:2:16:5:1:2:16 chr17 21204187 . G T 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0112216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.14;QD=4.16606;RBI=0.0124773;REFB=-0.00508829;REVB=0.00545515;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00531918;STB=0.503639;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018757;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:19:14:3:4:19:14 chr17 21204210 . C T 56.68 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00963804;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8756;QD=4.36021;RBI=0.0158374;REFB=-0.0101956;REVB=-0.0125671;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110377;STB=0.574304;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.056549;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:52:43:43:9:9:0.173077:5:4:23:20:5:4:23:20 chr17 21204257 . G A 58.48 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0224415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.116;QD=3.96488;RBI=0.0231469;REFB=-0.00819856;REVB=0.0056709;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111534;STB=0.575191;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0349804;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:4:6:25:24:4:6:25:24 chr17 21204266 . T C 154.29 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0203046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.491;QD=10.1173;RBI=0.0313765;REFB=-0.0104351;REVB=-0.0239208;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176128;STB=0.595259;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0258656;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:61:36:40:20:21:0.344262:11:9:22:14:12:9:23:17 chr17 21204290 . G C 58.1 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0528998;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.271;QD=4.00712;RBI=0.0614078;REFB=-0.0164844;REVB=-0.0311853;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311967;STB=0.674034;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0652722;OID=.;OPOS=21204290;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:58:37:48:9:9:0.155172:6:3:22:15:6:3:26:22 chr17 21204308 . G T 45.73 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0108766;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.223;QD=3.32587;RBI=0.0255123;REFB=0.00653955;REVB=0.0230776;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34094;STB=0.728386;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0377452;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:55:49:47:8:8:0.145455:6:2:26:23:6:2:24:23 chr17 21205460 . C T 178.13 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00634828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.089;QD=14.8444;RBI=0.00639402;REFB=-0.0322769;REVB=0.000763398;RO=27;SAF=14;SAR=5;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109537;STB=0.545677;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0557363;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:5:14:22:5:5:14:23:6 chr17 21206556 . C T 349.2 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00917271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9031;QD=25.3963;RBI=0.0379803;REFB=-0.0108828;REVB=0.036856;RO=21;SAF=6;SAR=28;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282739;STB=0.656787;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00758599;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:28:6:10:11:28:6:10:11 chr17 21207813 . T G 113.91 PASS AF=0.185185;AO=20;DP=108;FAO=20;FDP=108;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=43;FSRR=45;FWDB=-0.0321195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7874;QD=4.21887;RBI=0.043539;REFB=-0.00392088;REVB=-0.0293936;RO=87;SAF=6;SAR=14;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253083;STB=0.659451;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0107694;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:88:20:20:0.185185:14:6:43:44:14:6:43:45 chr17 21207834 . C T 429.89 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00372476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.732;QD=17.3692;RBI=0.023717;REFB=-0.00624738;REVB=0.0234227;RO=53;SAF=17;SAR=27;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930048;STB=0.502665;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00849577;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:53:55:44:44:0.444444:27:17:20:33:27:17:21:34 chr17 21207835 . G A 157.25 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00262908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.64;QD=6.35368;RBI=0.0342669;REFB=-0.00199252;REVB=-0.0341659;RO=76;SAF=7;SAR=16;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140995;STB=0.58736;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00776796;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:76:76:23:23:0.232323:16:7:31:45:16:7:31:45 chr17 21208413 . C T 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00787698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.439;QD=6.95129;RBI=0.0223861;REFB=-0.000145703;REVB=-0.0209545;RO=46;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496864;STB=0.53045;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000127667;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:9:7:22:24:9:7:22:24 chr17 21208449 . G T 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00341565;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=274.665;QD=8.99517;RBI=0.0207691;REFB=-0.00467318;REVB=-0.0204863;RO=29;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326651;STB=0.698092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0154157;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:8:4:18:11:8:4:18:11 chr17 21215483 . C T 412.88 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0158284;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.536;QD=14.8784;RBI=0.0158408;REFB=-0.0149493;REVB=0.0006249;RO=64;SAF=18;SAR=29;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744918;STB=0.54193;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0160471;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:29:18:29:35:29:18:29:35 chr17 21215537 . C A 304.15 PASS AF=0.360825;AO=35;DP=97;FAO=35;FDP=97;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.00466514;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.289;QD=12.5423;RBI=0.00713762;REFB=-0.0104942;REVB=0.00540203;RO=62;SAF=15;SAR=20;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662666;STB=0.537973;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0152249;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:62:62:35:35:0.360825:20:15:23:39:20:15:23:39 chr17 21215552 . C T 382.87 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00359577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.514;QD=17.4032;RBI=0.00520682;REFB=0.00255884;REVB=0.00376582;RO=48;SAF=15;SAR=25;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214973;STB=0.512042;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00257121;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:25:15:19:29:25:15:19:29 chr17 21215557 . G A 319.66 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00274094;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.595;QD=15.7857;RBI=0.00595913;REFB=-0.00676403;REVB=-0.00529136;RO=42;SAF=15;SAR=20;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961712;STB=0.547419;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00701522;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:46:35:35:0.432099:20:15:14:28:20:15:16:30 chr17 21216788 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.013283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.85;QD=18.9995;RBI=0.0135562;REFB=-0.0219968;REVB=0.00270791;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425701;STB=0.742563;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.014655;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:4:13:5:12:4:13:5:12 chr17 21216846 . G C 133.43 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0601782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2566;QD=15.6976;RBI=0.0772949;REFB=0.015903;REVB=0.0485085;RO=19;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267316;STB=0.656484;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0152475;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:3:12:11:8:3:12:11:8 chr17 21217513 . G A 228.66 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0144775;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1612;QD=13.8579;RBI=0.0250713;REFB=0.0185832;REVB=-0.0204689;RO=37;SAF=6;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282678;STB=0.680788;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0299238;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:39:27:27:0.409091:21:6:17:20:21:6:19:20 chr17 21217547 . T C 202.97 PASS AF=0.378788;AO=26;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00184995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.394;QD=12.3012;RBI=0.016689;REFB=-0.00530974;REVB=-0.0165862;RO=40;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131329;STB=0.562448;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0172476;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:26:25:0.378788:19:7:15:25:18:7:15:26 chr17 21217586 . G T 248.45 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00229611;FXX=0.0704126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.86;QD=15.0575;RBI=0.0141583;REFB=-0.00932502;REVB=-0.0139709;RO=32;SAF=9;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179183;STB=0.623212;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0118027;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:32:38:28:28:0.424242:19:9:16:16:19:9:20:18 chr17 21217596 . C G 311.07 PASS AF=0.434211;AO=26;DP=75;FAO=33;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0105194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.463;QD=16.3722;RBI=0.0106339;REFB=-0.0200164;REVB=0.00155643;RO=41;SAF=8;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20393;STB=0.571384;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0352033;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:41:41:26:33:0.434211:18:8:20:21:21:12:20:21 chr17 21217660 . C T 302.2 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0012925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.37;QD=14.3903;RBI=0.0180061;REFB=-0.0102904;REVB=0.0179596;RO=49;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11847;STB=0.574954;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0179465;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:34:34:0.404762:23:11:21:28:23:11:22:28 chr17 21217690 . C T 284.73 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0371831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4532;QD=14.4167;RBI=0.037687;REFB=-0.0333388;REVB=0.00614245;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306255;STB=0.514947;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.05061;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:46:32:33:0.417722:19:13:17:28:20:13:17:29 chr17 21217727 . T C 155.94 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0937197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.008;QD=10.9434;RBI=0.0955869;REFB=-0.0103648;REVB=0.0188007;RO=33;SAF=4;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353449;STB=0.743923;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0105504;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:37:20:20:0.350877:16:4:16:17:16:4:20:17 chr17 21217749 . G C 200.81 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0131648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9175;QD=21.1382;RBI=0.0138156;REFB=-0.0619114;REVB=0.00419034;RO=17;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467226;STB=0.549948;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0166784;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:15:5:5:12:15:5:6:12 chr17 21318663 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00287297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.703;QD=9.49165;RBI=0.0134747;REFB=-0.00422355;REVB=-0.0131649;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219477;STB=0.636033;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0073109;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:2:7:11:7:2:7:11:7 chr17 21318698 . C T 119.45 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0523534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3113;QD=13.6514;RBI=0.120308;REFB=-0.00022579;REVB=0.108319;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324013;STB=0.685485;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0074388;OID=.;OPOS=21318698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:17:4:7:7:17:4 chr17 21318770 . G A 76.47 PASS AF=0.211538;AO=10;DP=51;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0211455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.655;QD=5.88211;RBI=0.0270968;REFB=-0.00276234;REVB=0.0169441;RO=41;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108699;STB=0.526268;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0109852;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:51:52:41:41:10:11:0.211538:4:6:21:20:5:6:21:20 chr17 21318773 . G A 77.94 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.013499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.789;QD=6.23555;RBI=0.0431541;REFB=-0.00897857;REVB=0.0409885;RO=38;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137182;STB=0.598331;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0198907;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:38:39:11:11:0.22:4:7:20:18:4:7:20:19 chr17 21318782 . G A 135.44 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00611299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.594;QD=9.67427;RBI=0.0195885;REFB=-0.0181994;REVB=-0.0186103;RO=38;SAF=6;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334861;STB=0.697461;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.034937;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:12:6:24:14:12:6:24:14 chr17 21318867 . G A 171.84 PASS AF=0.245098;AO=25;DP=102;FAO=25;FDP=102;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=57;FSRR=20;FWDB=0.0361851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8064;QD=6.73879;RBI=0.0383085;REFB=0.00378261;REVB=0.0125769;RO=77;SAF=11;SAR=14;SRF=57;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367453;STB=0.7178;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00631508;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:77:77:25:25:0.245098:14:11:57:20:14:11:57:20 chr17 21318897 . G C 409.04 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=102;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0001237;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3781;QD=16.1994;RBI=0.0425175;REFB=-0.0334148;REVB=-0.0425173;RO=56;SAF=29;SAR=16;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112892;STB=0.563338;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0305855;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:56:56:45:45:0.445545:16:29:30:26:16:29:30:26 chr17 21318912 . C A 140.35 PASS AF=0.212963;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=108;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=30;FWDB=0.0121852;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2678;QD=5.19795;RBI=0.0176633;REFB=0.00439113;REVB=0.0127872;RO=83;SAF=12;SAR=11;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165492;STB=0.599592;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0132938;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:83:85:23:23:0.212963:11:12:54:29:11:12:55:30 chr17 21318918 . G A 146.16 PASS AF=0.22;AO=22;DP=100;FAO=22;FDP=100;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=30;FWDB=-0.00117487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6016;QD=5.84643;RBI=0.0430919;REFB=0.00541411;REVB=0.0430759;RO=77;SAF=11;SAR=11;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139119;STB=0.589921;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0127948;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:77:78:22:22:0.22:11:11:47:30:11:11:48:30 chr17 21318948 . C T 70.24 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.0774382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2846;QD=3.64902;RBI=0.0774404;REFB=-0.00918717;REVB=-0.000582274;RO=64;SAF=6;SAR=7;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184102;STB=0.621123;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0326453;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:77:77:64:64:13:13:0.168831:7:6:39:25:7:6:39:25 chr17 21318951 . CA CG,TG 473.74 PASS AF=0.445946,0.175676;AO=33,13;DP=73;FAO=33,13;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=21,6;FSAR=12,7;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0243681,-0.0496071;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=70.3855,154.67;QD=25.6075;RBI=0.0255271,0.0496679;REFB=-0.0135674,-0.0116642;REVB=-0.00760459,-0.00245657;RO=27;SAF=21,6;SAR=12,7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0693877,-0.105416;STB=0.531626,0.574513;STBP=0.639,0.545;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00699752,0.0212498;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:27:28:33,13:33,13:0.445946,0.175676:12,7:21,6:15:12:12,7:21,6:16:12 chr17 21318969 . C T 68.36 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.0121637;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5711;QD=4.0813;RBI=0.0368614;REFB=-0.00775011;REVB=-0.0347966;RO=56;SAF=6;SAR=6;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157055;STB=0.596859;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0471751;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:68:67:56:55:12:12:0.179104:6:6:35:21:6:6:34:21 chr17 21318981 . C T 80.41 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0080905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5045;QD=4.28843;RBI=0.0357135;REFB=-7.8609e-05;REVB=-0.034785;RO=60;SAF=8;SAR=6;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271699;STB=0.511611;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.000379638;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:60:61:14:14:0.186667:6:8:33:27:6:8:34:27 chr17 21319007 . GG AC,GC 470.07 PASS AF=0.530303,0.136364;AO=35,9;DP=69;FAO=35,9;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=23,4;FSAR=12,5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0089036,-0.0134719;FXX=0.043472;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=215.323,189.915;QD=28.4888;RBI=0.0127059,0.0134962;REFB=-0.0127473,-0.0165187;REVB=0.00906457,0.000810792;RO=22;SAF=23,4;SAR=12,5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.149675,-0.0116534;STB=0.58223,0.50723;STBP=0.136,0.964;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0110197,-0.0104044;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:66:22:22:35,9:35,9:0.530303,0.136364:12,5:23,4:10:12:12,5:23,4:10:12 chr17 21319069 . G A 89.5 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=0.0441087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5888;QD=3.76842;RBI=0.0441087;REFB=-0.0072471;REVB=1.00992e-05;RO=78;SAF=9;SAR=7;SRF=48;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687422;STB=0.538414;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0324752;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:95:78:79:16:16:0.168421:7:9:48:30:7:9:48:31 chr17 21319079 . C A 107.26 PASS AF=0.193548;AO=17;DP=93;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0092059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2687;QD=4.61318;RBI=0.0113507;REFB=-0.0104209;REVB=-0.00663993;RO=76;SAF=9;SAR=8;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462605;STB=0.559075;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0421065;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:76:75:17:18:0.193548:8:9:43:33:9:9:43:32 chr17 21319087 . G A 89.57 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=37;FWDB=0.00213147;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.222;QD=3.73193;RBI=0.00477678;REFB=-0.00481556;REVB=0.00427487;RO=80;SAF=8;SAR=8;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472713;STB=0.531211;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0226619;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:80:80:16:16:0.166667:8:8:43:37:8:8:43:37 chr17 21319110 . G A 99.43 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0282848;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5524;QD=4.23125;RBI=0.0310516;REFB=-0.00830909;REVB=0.012813;RO=77;SAF=9;SAR=8;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452827;STB=0.529377;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0204791;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:77:77:17:17:0.180851:8:9:38:39:8:9:38:39 chr17 21319121 . C T 488.57 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0478595;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2583;QD=21.2423;RBI=0.0483614;REFB=-0.00312168;REVB=-0.006949;RO=44;SAF=23;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490522;STB=0.521489;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00710304;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:45:47:47:0.51087:24:23:24:20:24:23:24:21 chr17 21319171 . G A 107.95 PASS AF=0.189474;AO=18;DP=95;FAO=18;FDP=95;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0303648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1109;QD=4.54516;RBI=0.0303717;REFB=-0.00838931;REVB=0.000645391;RO=76;SAF=12;SAR=6;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229372;STB=0.652311;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0414928;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:76:77:18:18:0.189474:6:12:37:39:6:12:37:40 chr17 21319208 . C T 61.34 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.0239823;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.298;QD=4.23016;RBI=0.0241635;REFB=-0.00159442;REVB=0.00295368;RO=47;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31311;STB=0.695005;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00430019;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:58:58:47:48:10:10:0.172414:4:6:16:31:4:6:17:31 chr17 21319230 . G C 136.69 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0437621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.887;QD=10.9354;RBI=0.0481816;REFB=-0.0248582;REVB=-0.0201582;RO=34;SAF=3;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401241;STB=0.742524;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0496258;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:13:3:17:17:13:3:17:17 chr17 21319251 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0064988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.318;QD=2.49541;RBI=0.028927;REFB=-0.00186338;REVB=0.0281876;RO=44;SAF=5;SAR=1;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422221;STB=0.82671;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0104587;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:1:5:21:23:1:5:21:24 chr17 21319272 . C T 68.66 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0103984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.275;QD=5.84337;RBI=0.0395272;REFB=-0.00859011;REVB=-0.038135;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172914;STB=0.612668;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0506868;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:3:7:21:16:3:7:21:16 chr17 21319285 . C T 95.45 PASS AF=0.25;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0392362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2989;QD=6.81805;RBI=0.0413656;REFB=-0.00956799;REVB=0.0131009;RO=42;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612176;STB=0.537988;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0214299;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:56:56:42:42:14:14:0.25:5:9:25:17:5:9:25:17 chr17 21319302 . T C 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00596303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.146;QD=25.811;RBI=0.0165509;REFB=0.000346559;REVB=0.0154394;RO=24;SAF=25;SAR=15;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000156812;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:40:40:0.615385:15:25:15:9:15:25:15:10 chr17 21319311 . C T 102.04 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0280664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.019;QD=5.91547;RBI=0.0366387;REFB=-0.00994113;REVB=-0.0235514;RO=52;SAF=10;SAR=6;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373341;STB=0.532278;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0475455;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:52:53:16:16:0.231884:6:10:31:21:6:10:31:22 chr17 21319369 . G A 127.61 PASS AF=0.201923;AO=21;DP=105;FAO=21;FDP=104;FR=.;FRO=83;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0129574;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.197;QD=4.90799;RBI=0.0131533;REFB=-0.0146203;REVB=-0.0022618;RO=84;SAF=10;SAR=11;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901342;STB=0.561985;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0572806;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:84:83:21:21:0.201923:11:10:46:38:11:10:46:37 chr17 21319392 . G A 115.12 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=107;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=-0.0202813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.048;QD=4.3034;RBI=0.0220672;REFB=-0.0046324;REVB=-0.00869641;RO=87;SAF=11;SAR=9;SRF=42;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851123;STB=0.554567;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0332816;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:87:87:20:20:0.186916:9:11:42:45:9:11:42:45 chr17 21319399 . A G 310.61 PASS AF=0.367925;AO=38;DP=105;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.00748411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.163;QD=11.7211;RBI=0.0154102;REFB=-0.0245775;REVB=-0.0134708;RO=66;SAF=15;SAR=23;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183741;STB=0.589698;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0181493;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:66:67:38:39:0.367925:23:15:37:29:23:16:37:30 chr17 21319407 . C T 96.24 PASS AF=0.168317;AO=17;DP=100;FAO=17;FDP=101;FR=.;FRO=84;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0432537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8939;QD=3.81157;RBI=0.062606;REFB=-0.00277356;REVB=-0.0452619;RO=82;SAF=9;SAR=8;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678315;STB=0.544134;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00548285;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:100:101:82:84:17:17:0.168317:8:9:39:43:8:9:40:44 chr17 21319436 . G A 69.76 PASS AF=0.1625;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=80;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.00286508;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.293;QD=3.48816;RBI=0.012617;REFB=-0.00930806;REVB=0.0122874;RO=65;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201354;STB=0.516104;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0422644;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:80:65:67:13:13:0.1625:8:5:26:39:8:5:27:40 chr17 21319439 . T G 77.6 PASS AF=0.17284;AO=14;DP=81;FAO=14;FDP=81;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=-0.0135033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.661;QD=3.83186;RBI=0.0148497;REFB=-0.00503492;REVB=-0.0061786;RO=67;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329845;STB=0.521708;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0151409;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:81:81:67:67:14:14:0.17284:8:6:27:40:8:6:27:40 chr17 21319452 . G A 65.9 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0151116;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5372;QD=3.71277;RBI=0.0382106;REFB=0.00534503;REVB=-0.0350954;RO=56;SAF=5;SAR=7;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0307193;STB=0.537835;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.031422;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:71:56:59:12:12:0.169014:7:5:22:34:7:5:22:37 chr17 21319465 . T C 33.47 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.056522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9128;QD=2.09188;RBI=0.0822878;REFB=0.00326304;REVB=-0.0598042;RO=55;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124481;STB=0.50683;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=-0.0437492;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:62:64:55:57:7:7:0.109375:4:3:23:32:4:3:24:33 chr17 21319473 . G A 139.08 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0460723;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.853;QD=10.3021;RBI=0.046492;REFB=-0.017313;REVB=-0.00623229;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272213;STB=0.537774;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0306896;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:38:36:18:18:0.333333:10:8:16:22:10:8:14:22 chr17 21319488 . C T 49.41 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00896128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.747;QD=4.20495;RBI=0.026429;REFB=-0.00266688;REVB=-0.0248634;RO=38;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341114;STB=0.724696;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0165964;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:47:38:39:8:8:0.170213:2:6:18:20:2:6:19:20 chr17 21319519 . G C 33.04 PASS AF=0.139535;AO=6;DP=43;FAO=6;FDP=43;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00925342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.171;QD=3.07346;RBI=0.0104857;REFB=-0.00234301;REVB=-0.004932;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326746;STB=0.746735;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0171645;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:37:37:6:6:0.139535:1:5:22:15:1:5:22:15 chr17 21319560 . G T 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00249853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9243;QD=4.72304;RBI=0.0131661;REFB=0.0107114;REVB=0.0129268;RO=44;SAF=8;SAR=2;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321238;STB=0.717471;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0446245;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:2:8:25:19:2:8:25:19 chr17 21319650 . CGAG C 235.81 PASS AF=0.358025;AO=24;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.011082;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=3;MLLD=186.742;QD=11.6451;RBI=0.0111294;REFB=-0.0227808;REVB=0.00102614;RO=49;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224377;STB=0.61478;STBP=0.107;TYPE=del;VARB=0.0430163;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358025:24:80:29:81:52:18:11:23:29:99:49:15:9:21:28 chr17 21319682 . C T 249.94 PASS AF=0.361446;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0136355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7834;QD=12.0455;RBI=0.0148431;REFB=-0.00173072;REVB=0.00586448;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10773;STB=0.570684;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00105182;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:53:53:29:30:0.361446:12:17:26:27:12:18:26:27 chr17 21319716 . G A 181.59 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00546792;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.772;QD=11.1748;RBI=0.0178141;REFB=-0.00390983;REVB=0.0169542;RO=40;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718351;STB=0.542359;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00312078;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:40:42:23:23:0.353846:10:13:20:20:10:13:21:21 chr17 21319728 . T C 165.85 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0810646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8131;QD=9.90138;RBI=0.0810957;REFB=-0.0264198;REVB=0.00224499;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381186;STB=0.522368;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0306041;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:24:21:11:11:24:21 chr17 21319743 . A G 133.59 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0103079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.951;QD=7.97557;RBI=0.0227293;REFB=-0.0154408;REVB=-0.0202575;RO=47;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032064;STB=0.511029;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0277884;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:47:48:19:19:0.283582:9:10:26:21:9:10:26:22 chr17 21319767 . C T 206.04 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0676049;FXX=0.287835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.927;QD=17.5349;RBI=0.0681643;REFB=-0.0311517;REVB=-0.00871495;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563503;STB=0.531886;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0274165;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:47:25:25:22:22:0.468085:11:11:11:14:11:11:11:14 chr17 21319785 . C T 201.83 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0209131;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.383;QD=11.8725;RBI=0.0355465;REFB=-0.014356;REVB=-0.0287436;RO=43;SAF=14;SAR=11;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532787;STB=0.530781;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0200498;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:11:14:22:21:11:14:22:21 chr17 21319786 . G A 84.45 PASS AF=0.205882;AO=14;DP=68;FAO=14;FDP=68;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0213724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7868;QD=4.96783;RBI=0.0213813;REFB=0.00286784;REVB=-0.000616977;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100511;STB=0.55688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.012898;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:68:68:53:54:14:14:0.205882:6:8:26:27:6:8:27:27 chr17 21319845 . C T 87.44 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00700698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.658;QD=5.46476;RBI=0.00808465;REFB=-0.0240148;REVB=0.00403284;RO=49;SAF=6;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150202;STB=0.586544;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0398787;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:64:49:50:14:14:0.21875:8:6:27:22:8:6:27:23 chr17 21319860 . C T 210.62 PASS AF=0.5;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0363911;FXX=0.214247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1678;QD=19.1476;RBI=0.0531453;REFB=-0.0570441;REVB=0.0387312;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122935;STB=0.56784;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0459921;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:44:20:22:22:22:0.5:10:12:8:12:10:12:9:13 chr17 21319868 . G T 55.11 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0115748;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.467;QD=4.15914;RBI=0.0429435;REFB=-0.00712493;REVB=-0.0413541;RO=37;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395151;STB=0.756987;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0348999;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:53:37:44:9:9:0.169811:2:7:17:20:2:7:21:23 chr17 21319908 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0357178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.882;QD=5.8574;RBI=0.0361671;REFB=0.00697069;REVB=-0.0056835;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293562;STB=0.697985;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0321992;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:3:6:13:18:3:6:13:19 chr17 21319943 . A G 103.21 PASS AF=0.48;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0283528;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.669;QD=16.5133;RBI=0.0313304;REFB=-0.014405;REVB=-0.0133311;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917417;STB=0.559345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0141713;OID=.;OPOS=21319943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:10:12:0.48:7:3:5:8:7:5:4:9 chr17 21319955 . G A 44.15 PASS AF=0.291667;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0336411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8515;QD=7.35867;RBI=0.0353166;REFB=-0.0115261;REVB=0.0107486;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515186;STB=0.599733;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0312346;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:24:17:17:6:7:0.291667:4:2:5:12:4:3:5:12 chr17 21319989 . C T 36.93 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0247486;FXX=0.266489;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.003;QD=13.4304;RBI=0.0457625;REFB=-0.037009;REVB=-0.038493;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00329561;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:15:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr17 21319993 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0317036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.749;QD=15.2589;RBI=0.0335848;REFB=-0.00365002;REVB=-0.0110823;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0052161;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:2:4:5:2:2:4 chr17 21320102 . C A 69.03 PASS AF=0.243902;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0182739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.32;QD=6.73456;RBI=0.0225094;REFB=-0.0101065;REVB=-0.013143;RO=29;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262475;STB=0.674311;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0259199;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:41:29:31:9:10:0.243902:7:2:12:17:8:2:12:19 chr17 21320114 . T G 69.76 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0569732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8214;QD=6.64341;RBI=0.088941;REFB=0.000202596;REVB=-0.0682976;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256382;STB=0.666296;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00129855;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:8:2:12:20:8:2:12:20 chr17 21320197 . G C 143.0 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00939215;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.663;QD=10.7927;RBI=0.0102937;REFB=0.00540753;REVB=-0.00421289;RO=35;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480646;STB=0.528271;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.00777569;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:9:9:16:19:9:9:16:19 chr17 21320210 . C T 115.77 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0133038;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.059;QD=8.7375;RBI=0.0163104;REFB=0.00823485;REVB=-0.00943592;RO=33;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725741;STB=0.52236;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0110898;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:53:33:37:15:16:0.301887:6:9:20:13:6:10:22:15 chr17 21320212 . A G 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000624112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.361;QD=18.9487;RBI=0.00421423;REFB=-0.00654142;REVB=-0.00416776;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271321;STB=0.507457;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00539724;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:11:17:15:11:11:17:16:11 chr17 21320252 . G T 211.32 PASS AF=0.317647;AO=27;DP=83;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00233389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.541;QD=9.94452;RBI=0.00412294;REFB=-0.00848784;REVB=-0.00339876;RO=56;SAF=17;SAR=10;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091236;STB=0.555312;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0164135;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:56:58:27:27:0.317647:10:17:31:25:10:17:32:26 chr17 21320263 . T C 217.19 PASS AF=0.321839;AO=26;DP=85;FAO=28;FDP=87;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=5.96279e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.657;QD=9.98568;RBI=0.0207322;REFB=-0.0326212;REVB=-0.0207321;RO=57;SAF=12;SAR=14;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197265;STB=0.597979;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0555962;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:57:59:26:28:0.321839:14:12:36:21:15:13:36:23 chr17 21320279 . C T 232.31 PASS AF=0.315789;AO=29;DP=93;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=0.015233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1458;QD=9.78145;RBI=0.0426156;REFB=-0.00555924;REVB=-0.0398;RO=64;SAF=17;SAR=12;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00974553;STB=0.501786;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0208642;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:64:65:29:30:0.315789:12:17:37:27:13:17:37:28 chr17 21320350 . G A 224.75 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00158445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.012;QD=10.8315;RBI=0.00642259;REFB=0.00712126;REVB=-0.00622408;RO=55;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921328;STB=0.553595;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0119539;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:16:12:28:27:16:12:28:27 chr17 21320365 . T C 170.67 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0218628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4765;QD=9.10258;RBI=0.0223639;REFB=-0.011534;REVB=0.00470801;RO=52;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879708;STB=0.551881;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0248647;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:12:11:21:31:12:11:21:31 chr17 21320404 . AT AA,A 108.48 PASS AF=0.125,0.225;AO=7,6;DP=40;FAO=5,9;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1,5;FSAR=4,4;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.103775,0.0678701;FXX=0.0243843;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.4265,26.9246;QD=10.8481;RBI=0.12717,0.0786609;REFB=0.00810607,0.00129295;REVB=-0.0735052,-0.0397642;RO=26;SAF=1,4;SAR=6,2;SRF=7;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.228453,0.448329;STB=0.581465,0.705124;STBP=0.85,0.206;TYPE=snp,del;VARB=0.132138,-0.0176412;OID=.,.;OPOS=21320405,21320405;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.125,0.225:7,6:40:5,9:40:26:1,5:4,4:7:19:31:26:1,4:6,2:7:19 chr17 21320787 . G A 259.96 PASS AF=0.256944;AO=37;DP=144;FAO=37;FDP=144;FR=.;FRO=107;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=92;FWDB=-0.00930156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.401;QD=7.2212;RBI=0.0217312;REFB=-0.0112414;REVB=-0.0196399;RO=107;SAF=14;SAR=23;SRF=15;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360201;STB=0.706986;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0275956;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:107:107:37:37:0.256944:23:14:15:92:23:14:15:92 chr17 21320796 . C T 628.75 PASS AF=0.481203;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=133;FR=.;FRO=69;FSAF=8;FSAR=56;FSRF=15;FSRR=54;FWDB=0.0151022;FXX=0.00746213;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.566;QD=18.9097;RBI=0.017434;REFB=-0.00751894;REVB=-0.00871011;RO=68;SAF=8;SAR=56;SRF=14;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149033;STB=0.594063;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00858677;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:68:69:64:64:0.481203:56:8:14:54:56:8:15:54 chr17 21320798 . G C 43.56 PASS AF=0.056338;AO=66;DP=133;FAO=4;FDP=71;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=52;FWDB=-0.0300773;FXX=0.46613;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.152;QD=2.45385;RBI=0.0354574;REFB=-2.51403e-05;REVB=-0.0187771;RO=64;SAF=10;SAR=56;SRF=15;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128603;STB=0.533818;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.10909;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:133:71:64:67:66:4:0.056338:56:10:15:49:3:1:15:52 chr17 21320980 . C G 510.79 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.758;QD=21.283;RBI=0.0168864;REFB=-0.0271469;REVB=-0.013225;RO=46;SAF=22;SAR=27;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170696;STB=0.597684;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0267123;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:46:47:49:49:0.510417:27:22:12:34:27:22:12:35 chr17 21320991 . C T 122.61 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=49;FWDB=-0.00503002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.488;QD=5.83868;RBI=0.0187854;REFB=-0.015416;REVB=-0.0180995;RO=62;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398974;STB=0.712343;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0563078;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:65:19:19:0.22619:9:10:13:49:9:10:16:49 chr17 21320993 . G T 347.46 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.0129739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.357;QD=17.1584;RBI=0.017653;REFB=-0.026507;REVB=-0.0119711;RO=44;SAF=15;SAR=22;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162644;STB=0.590505;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0414173;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:44:44:37:37:0.45679:22:15:11:33:22:15:11:33 chr17 21321005 . C A 110.32 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=0.0337686;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4521;QD=6.12889;RBI=0.0359399;REFB=-0.0175006;REVB=0.0123029;RO=50;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202501;STB=0.629494;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0738816;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:50:55:17:17:0.236111:10:7:13:37:10:7:14:41 chr17 21321016 . T C 209.37 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.0387977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.327;QD=13.7291;RBI=0.0389331;REFB=-0.0200903;REVB=-0.00324449;RO=35;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473115;STB=0.53189;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0287644;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:36:25:25:0.409836:20:5:6:29:20:5:6:30 chr17 21321029 . C G 165.61 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=27;FWDB=-0.106626;FXX=0.019996;HRUN=6;LEN=1;MLLD=207.999;QD=13.5194;RBI=0.106848;REFB=-0.00449702;REVB=-0.00689015;RO=30;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0133628;OID=.;OPOS=21321029;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:49:30:30:10:10:0.204082:9:1:3:27:9:1:3:27 chr17 21322972 . GT CC 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00363192;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.135;QD=16.9316;RBI=0.0260494;REFB=0.0154555;REVB=0.025795;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=mnp;VARB=-0.0223636;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:7:5:6:6:7:5 chr17 21322975 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.000478442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.585;QD=15.3788;RBI=0.0241602;REFB=0.00961089;REVB=0.0241554;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.576798;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00734444;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:9:5:6:6:9:5 chr17 21323001 . C T 121.55 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00665173;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.829;QD=18.0074;RBI=0.0066608;REFB=0.000220618;REVB=-0.000347446;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.545377;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.000601179;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:29:27:12:12:12:12:0.444444:4:8:7:5:4:8:7:5 chr17 21323049 . C T 134.56 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0191193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.595;QD=9.61106;RBI=0.0197605;REFB=-0.00729381;REVB=0.00499325;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109081;STB=0.555494;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.029523;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:10:8:20:17:10:8:20:18 chr17 21323096 . G A 190.54 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.016171;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.217;QD=13.1405;RBI=0.0165336;REFB=-0.00769164;REVB=0.00344354;RO=30;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448457;STB=0.504501;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00740309;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:35:23:23:0.396552:11:12:17:13:11:12:18:17 chr17 21323107 . A G 127.85 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00374863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.99;QD=8.24838;RBI=0.0229935;REFB=-0.0139678;REVB=-0.0226858;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278738;STB=0.516111;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0297465;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:44:18:18:0.290323:9:9:20:22:9:9:21:23 chr17 21730703 . G A 293.98 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0209931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.472;QD=34.5861;RBI=0.0305259;REFB=-0.0137929;REVB=0.0221613;RO=9;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122447;STB=0.566522;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00351901;OID=.;OPOS=21730703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:8:17:8:1:8:17:8:1 chr17 21731041 . G A 257.73 PASS AF=0.676471;AO=16;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0225183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.255;QD=30.3216;RBI=0.0273806;REFB=0.0234294;REVB=-0.0155764;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470477;STB=0.540949;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0127311;OID=.;OPOS=21731041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:10:11:16:23:0.676471:12:4:2:8:14:9:3:8 chr17 21825565 . G T 976.14 PASS AF=0.567073;AO=93;DP=164;FAO=93;FDP=164;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00478972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.853;QD=23.8082;RBI=0.0049708;REFB=-0.0159891;REVB=-0.00132946;RO=71;SAF=37;SAR=56;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203836;STB=0.5111;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.012603;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:71:71:93:93:0.567073:56:37:30:41:56:37:30:41 chr17 21826256 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0190096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.771;QD=15.1664;RBI=0.0365271;REFB=-0.0191142;REVB=-0.0311908;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219383;STB=0.627277;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0214833;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:9:11:5:10:9:11 chr17 25972311 . C T 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.00544501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.141;QD=15.6536;RBI=0.00925519;REFB=-0.0118181;REVB=0.00748401;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545155;STB=0.530808;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0173836;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:12:14:19:13:12:14:19:13 chr17 26089867 . T C 1098.11 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.135;QD=60.1707;RBI=0.0193275;REFB=0;REVB=-0.00898999;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4829e-05;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:25:48:0:0:25:48:0:0 chr17 26092631 . A G 751.79 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.171;QD=56.739;RBI=0.0544698;REFB=0;REVB=-0.0143686;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91424e-05;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:27:26:0:0 chr17 26654991 . A C 195.77 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0184016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.404;QD=17.7974;RBI=0.0213853;REFB=0.00728381;REVB=-0.0108956;RO=24;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798477;STB=0.545409;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00403219;OID=.;OPOS=26654991;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:10:10:10:14:10:10:10:14 chr17 26671945 . A AG 751.43 PASS AF=1;AO=61;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.266028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.7155;QD=42.334;RBI=0.280671;REFB=-0.0175617;REVB=0.0894722;RO=9;SAF=42;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253855;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00760251;OID=.;OPOS=26671946;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:71:71:71:0:49:22:0:0:13:9:42:19:7:2 chr17 26674131 . TAGCCAGGTCGTA T 81.83 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00366186;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=12;MLLD=335.229;QD=7.27371;RBI=0.0190811;REFB=0.00298528;REVB=-0.0187264;RO=32;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25128;STB=0.691913;STBP=0.193;TYPE=del;VARB=-0.00873934;OID=.;OPOS=26674132;OREF=AGCCAGGTCGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.244444:11:46:11:45:34:2:9:13:21:81:32:2:9:11:21 chr17 26674151 . CTG C 81.33 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0142766;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.635;QD=7.07213;RBI=0.0195935;REFB=-0.0139926;REVB=-0.0134197;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251814;STB=0.662823;STBP=0.249;TYPE=del;VARB=0.0402263;OID=.;OPOS=26674152;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.23913:11:46:11:46:35:2:9:12:23:81:35:2:9:12:23 chr17 26676135 . C T 383.08 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0152635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1104;QD=22.8706;RBI=0.0223403;REFB=0.00175277;REVB=-0.0163131;RO=29;SAF=24;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200523;STB=0.51103;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00133574;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:14:24:19:10:14:24:19:10 chr17 26684394 . T G 109.01 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0762025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4655;QD=36.3371;RBI=0.0763469;REFB=0.0470002;REVB=-0.00469305;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0111926;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:0:1:9:2:0:1 chr17 26684740 . GC G,GG 50.8 PASS AF=0.204082,0.0612245;AO=13,4;DP=49;FAO=10,3;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=9,2;FSAR=1,1;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.197732,-0.117136;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.0571,27.4787;QD=4.14672;RBI=0.24769,0.131216;REFB=-0.0397479,-0.0200261;REVB=-0.149172,-0.0591343;RO=30;SAF=12,3;SAR=1,1;SRF=15;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.601738,0.284433;STB=0.826801,0.58126;STBP=0.044,0.904;TYPE=del,snp;VARB=-0.017459,0.147637;OID=.,.;OPOS=26684741,26684741;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082,0.0612245:13,4:49:10,3:49:36:9,2:1,1:21:15:37:30:12,3:1,1:15:15 chr17 26684849 . A G 144.39 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0286246;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.152;QD=12.0323;RBI=0.0286829;REFB=-0.00461569;REVB=0.00182813;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665645;STB=0.52125;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00802889;OID=.;OPOS=26684849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:26:32:16:16:0.333333:7:9:13:13:7:9:19:13 chr17 26686416 . G A 356.19 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0451339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.309;QD=19.2534;RBI=0.0461409;REFB=-0.00518639;REVB=0.0095872;RO=37;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121447;STB=0.567531;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00428306;OID=.;OPOS=26686416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:37:37:37:0.5:21:16:21:16:21:16:21:16 chr17 26691916 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.052076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.648;QD=11.6671;RBI=0.0527609;REFB=-0.0157835;REVB=-0.00847376;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243323;STB=0.643161;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0201989;OID=.;OPOS=26691916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:9:17:6:8:9:17 chr17 26694483 . A G 128.81 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0123583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.799;QD=9.72156;RBI=0.0316424;REFB=0.000258943;REVB=-0.0291292;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883986;STB=0.538757;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00070428;OID=.;OPOS=26694483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:36:16:17:0.320755:9:7:18:17:9:8:19:17 chr17 26694861 . G A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00570755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.588;QD=16.8733;RBI=0.0206915;REFB=0.0076525;REVB=0.0198887;RO=26;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346774;STB=0.700809;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00346317;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:4:16:13:13:4:16:13:13 chr17 26708300 . T C 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.167;QD=62.4651;RBI=0.0163897;REFB=0;REVB=0.0162936;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93215e-05;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:55:32:0:0:55:32:0:0 chr17 26708302 . G T 1127.6 PASS AF=0.950617;AO=77;DP=82;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.028059;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.916;QD=55.684;RBI=0.0364822;REFB=-0.0437132;REVB=0.0233162;RO=4;SAF=29;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122192;STB=0.506465;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000311297;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:82:81:4:4:77:77:0.950617:48:29:2:2:48:29:2:2 chr17 26708547 . CTTTC CTTCG 1163.55 PASS AF=1;AO=49;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.228655;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=41.5421;QD=61.2397;RBI=0.25576;REFB=0;REVB=-0.114585;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00112127;OID=.;OPOS=26708550;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CTTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:76:76:76:0:37:39:0:0:6:0:12:37:0:0 chr17 26727721 . GA G 718.2 PASS AF=1;AO=56;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0528093;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7703;QD=45.6002;RBI=0.073817;REFB=0;REVB=-0.0515764;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00138691;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:61:63:63:0:18:45:0:0:13:0:16:40:0:0 chr17 27004821 . C T 102.59 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0232305;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2944;QD=8.73094;RBI=0.023603;REFB=0.00631862;REVB=0.00417637;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689893;STB=0.542307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0106062;OID=.;OPOS=27004821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:5:8:19:15:5:8:19:15 chr17 27009749 . C T 613.81 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00979564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.032;QD=54.5608;RBI=0.0181326;REFB=0.00312859;REVB=0.015259;RO=3;SAF=28;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35165e-05;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:3:3:42:42:0.933333:14:28:2:1:14:28:2:1 chr17 27031068 . G A 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0323224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.03;QD=6.01598;RBI=0.0359607;REFB=-0.005919;REVB=-0.0157618;RO=22;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291872;STB=0.685231;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0212856;OID=.;OPOS=27031068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:3:4:7:15:3:4:7:15 chr17 27074858 . CAG AGC,CAC,CAGC 82.44 PASS AF=0.190476,0,0.380952;AO=5,2,4;DP=20;FAO=4,0,8;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3,0,4;FSAR=1,0,4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0699434,-0.0836815,0.140438;FXX=0;HRUN=5,1,0;LEN=3,1,1;MLLD=40.1318,75.2018,35.5567;QD=15.702;RBI=0.0843373,0.0941955,0.145002;REFB=-0.0326384,-0.0595463,-0.0332588;REVB=-0.0471243,-0.0432458,-0.0360945;RO=8;SAF=4,2,0;SAR=1,0,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.332419,0.590874,-0.703678;STB=0.718863,0.5,0.529338;STBP=0.317,1,0.848;TYPE=mnp,snp,ins;VARB=0.115706,0,0.0843793;OID=.,.,.;OPOS=27074858,27074860,27074861;OREF=CAG,G,-;OALT=AGC,C,C;OMAPALT=AGC,CAC,CAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:50:20:21:8:9:5,2,4:4,0,8:0.190476,0,0.380952:1,0,4:4,2,0:4:4:1,0,4:3,0,4:4:5 chr17 27185827 . C T 495.37 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118293;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9255;QD=58.2792;RBI=0.0186723;REFB=0;REVB=-0.0144471;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519458;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:21:11:0:0:21:13:0:0 chr17 27207453 . G A 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.876;QD=59.8363;RBI=0.0219581;REFB=0;REVB=0.0204626;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011479;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 27211283 . G GC 33.15 PASS AF=0.173913;AO=9;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0924782;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.7966;QD=2.88248;RBI=0.0924867;REFB=-0.00102015;REVB=-0.00124956;RO=37;SAF=1;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641096;STB=0.900093;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.0629907;OID=.;OPOS=27211284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.173913:9:46:8:46:38:1:7:25:13:33:37:1:8:25:12 chr17 27380103 . C T 205.39 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00607717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.583;QD=12.8368;RBI=0.0234766;REFB=-0.000632432;REVB=0.0226764;RO=39;SAF=12;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137697;STB=0.519984;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00108022;OID=.;OPOS=27380103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:24:25:0.390625:12:12:19:20:12:13:19:20 chr17 27438469 . G A 72.45 PASS AF=0.473684;AO=6;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0851631;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=79.4651;QD=15.2532;RBI=0.0869845;REFB=-0.0582053;REVB=-0.0177072;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32405;STB=0.565081;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.038622;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:19:7:9:6:9:0.473684:3:3:6:1:3:6:7:2 chr17 27441077 . C G 185.87 PASS AF=0.512821;AO=17;DP=36;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0702769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.58;QD=19.0636;RBI=0.0766541;REFB=-0.0526767;REVB=0.0306107;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131229;STB=0.593123;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0431734;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:16:19:17:20:0.512821:11:6:8:8:14:6:9:10 chr17 27588806 . C A 62.42 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.091819;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.9966;QD=11.3484;RBI=0.0998042;REFB=-0.0302634;REVB=0.039117;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323874;STB=0.643262;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0533705;OID=.;OPOS=27588806;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:22:8:13:8:9:0.409091:4:4:7:1:5:4:9:4 chr17 27889578 . T C 546.42 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00888774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.173;QD=23.252;RBI=0.0105733;REFB=-0.0312558;REVB=0.00572734;RO=43;SAF=34;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194859;STB=0.607364;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0253721;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:43:43:51:51:0.542553:17:34:19:24:17:34:19:24 chr17 27889963 . C G 151.29 PASS AF=0.346939;AO=14;DP=46;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00250297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.935;QD=12.3498;RBI=0.0102392;REFB=-0.0155437;REVB=0.00992854;RO=32;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188835;STB=0.656142;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0272342;OID=.;OPOS=27889963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:32:32:14:17:0.346939:6:8:13:19:6:11:13:19 chr17 27889986 . T C 139.14 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0113874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.654;QD=12.3676;RBI=0.0204802;REFB=-0.0168164;REVB=0.0170225;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161739;STB=0.594924;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0206514;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:12:17:7:9:12:17 chr17 27901975 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0180118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.594;QD=13.4559;RBI=0.126709;REFB=0.00568948;REVB=-0.125422;RO=15;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467914;STB=0.785857;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00967724;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:1:10:9:6:1:10:9:6 chr17 27904711 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.026843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1104;QD=18.9485;RBI=0.042712;REFB=-0.0175225;REVB=0.033223;RO=27;SAF=16;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175422;STB=0.597869;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0134041;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:12:16:10:17:12:16:10:17 chr17 27954301 . TAAAAAAAG TAAAAAAGA 33.22 PASS AF=0.375;AO=2;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.019299;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=17.7743;QD=8.30419;RBI=0.023438;REFB=-0.0369773;REVB=-0.0132999;RO=4;SAF=0;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623114;STB=0.693701;STBP=0.28;TYPE=mnp;VARB=0.108862;OID=.;OPOS=27954308;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=TAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:2:16:6:16:10:1:5:4:6:25:4:0:2:2:2 chr17 27959903 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0655028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.834;QD=9.49527;RBI=0.0671672;REFB=-0.0152533;REVB=-0.0148598;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202101;STB=0.622811;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0303722;OID=.;OPOS=27959903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:7:4:13:11:7:4:13:11 chr17 28268800 . A C 97.72 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0382657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6699;QD=13.4781;RBI=0.0551062;REFB=-0.0029673;REVB=0.039654;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24777;STB=0.646796;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0045251;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:9:8:3:9:9:8 chr17 28296327 . T G 60.67 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0151505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.7011;QD=17.3348;RBI=0.0280126;REFB=-0.0593873;REVB=0.023562;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0337263;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:2:4:6:2:2:4 chr17 28320248 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.462;QD=58.5878;RBI=0.027512;REFB=0;REVB=-0.000913456;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80273e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 28381141 . C G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.004846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.132;QD=13.5054;RBI=0.00804835;REFB=0.00119085;REVB=-0.00642591;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302407;STB=0.678928;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00289872;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:9:8:9:3:9:8 chr17 28407876 . T G 287.66 PASS AF=0.457143;AO=28;DP=65;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0231401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8603;QD=16.4376;RBI=0.11929;REFB=-0.00777107;REVB=0.117024;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115354;STB=0.587712;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.011177;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:70:37:38:28:32:0.457143:13:15:24:13:17:15:24:14 chr17 28444183 . A C 199.68 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0311696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3752;QD=19.9678;RBI=0.0785091;REFB=-0.0044127;REVB=-0.0720565;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173701;STB=0.527;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00379512;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:20:20:20:0.5:13:7:7:12:13:7:8:12 chr17 28794020 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.053356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7536;QD=57.2335;RBI=0.0554407;REFB=0;REVB=0.0150603;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740581;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:16:40:0:0:16:40:0:0 chr17 28853530 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.316;QD=52.6132;RBI=0.0549379;REFB=0;REVB=0.0166954;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275462;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 28900708 . G T 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00207044;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.047;QD=47.8147;RBI=0.0105569;REFB=0.0762702;REVB=0.0103519;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00050487;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:1:0:10:11:1:0 chr17 29029728 . A C 365.51 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0323605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.333;QD=26.5822;RBI=0.0325401;REFB=-0.0304569;REVB=0.00341338;RO=20;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343366;STB=0.518786;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0170522;OID=.;OPOS=29029728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:14:21:11:9:14:21:11:9 chr17 29159404 . G C 168.96 PASS AF=0.447368;AO=9;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00207664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.887;QD=17.7852;RBI=0.0634603;REFB=-0.0259643;REVB=0.0634263;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295649;STB=0.527365;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0502654;OID=.;OPOS=29159404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:9:17:0.447368:3:6:8:12:11:6:8:12 chr17 29161202 . A T 247.95 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0508554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.769;QD=11.8071;RBI=0.0532402;REFB=0.00510555;REVB=0.015756;RO=54;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401692;STB=0.533311;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00663613;OID=.;OPOS=29161202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:54:54:29:30:0.357143:14:15:26:28:14:16:26:28 chr17 29205072 . T C 286.92 PASS AF=0.417722;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=79;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00949351;FXX=0.0365809;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.75;QD=14.5274;RBI=0.018917;REFB=-0.0190699;REVB=0.0163623;RO=46;SAF=6;SAR=26;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225726;STB=0.634524;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0264715;OID=.;OPOS=29205072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:46:46:32:33:0.417722:26:6:16:30:27:6:16:30 chr17 29286847 . G A 103.41 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0428843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4971;QD=18.8016;RBI=0.0449473;REFB=-0.0252162;REVB=-0.0134608;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173541;STB=0.631344;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.016871;OID=.;OPOS=29286847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:9:10:12:12:0.545455:9:3:4:5:9:3:5:5 chr17 29286855 . G C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0199908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.677;QD=14.6539;RBI=0.0210158;REFB=0.0021165;REVB=-0.00648317;RO=8;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427785;STB=0.760088;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00323662;OID=.;OPOS=29286855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:7:1:4:4:7:1:4:4 chr17 29486152 . G A 747.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.102;QD=63.5964;RBI=0.0363138;REFB=0;REVB=0.00411291;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162396;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:27:20:0:0 chr17 29496819 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.3872;QD=44.6884;RBI=0.0334502;REFB=0;REVB=0.0226145;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.69148e-05;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 29508775 . G A 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.003;QD=62.0127;RBI=0.0388081;REFB=0;REVB=0.00407766;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.91649e-05;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr17 29646032 . G A 1186.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363023;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.544;QD=60.8707;RBI=0.0385729;REFB=0;REVB=0.013039;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113699;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:44:34:0:0 chr17 29705947 . T C 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.108;QD=51.1822;RBI=0.0593342;REFB=0;REVB=0.0043226;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421627;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 29849423 . G A 214.34 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0229725;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4536;QD=14.782;RBI=0.0450613;REFB=-0.0104771;REVB=0.0387658;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100512;STB=0.56638;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.019463;OID=.;OPOS=29849423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:32:33:25:25:0.431034:10:15:16:16:10:15:16:17 chr17 29859146 . C T 205.86 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.00488477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.039;QD=23.527;RBI=0.026884;REFB=0.000571686;REVB=0.0264365;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956088;STB=0.553141;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.000126743;OID=.;OPOS=29859146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:12:3:6:14:12:3 chr17 29859464 . G A 65.04 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00821458;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.892;QD=9.29194;RBI=0.0137193;REFB=0.00413706;REVB=-0.0109881;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.519955;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0153332;OID=.;OPOS=29859464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:28:18:19:9:9:0.321429:4:5:10:8:4:5:10:9 chr17 29890808 . C T 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0171993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.434;QD=16.4256;RBI=0.0343211;REFB=-0.043105;REVB=0.0297006;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.705139;STB=0.908346;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.019918;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:10:1:10:1:10:1:10:1 chr17 30040819 . T G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00695982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.272;QD=8.08965;RBI=0.0242273;REFB=-0.0107637;REVB=0.0232061;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411622;STB=0.525491;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0289695;OID=.;OPOS=30040819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:5:4:9:13:5:4:9:13 chr17 30183857 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.643;QD=53.9081;RBI=0.014574;REFB=0;REVB=0.00928719;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42253e-05;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 30222002 . T C 157.7 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0143482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.28;QD=20.3483;RBI=0.0148366;REFB=0.00182378;REVB=-0.00377542;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174999;STB=0.568881;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0022712;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:12:4:6:8:12:5:6:8 chr17 30625205 . G A 417.99 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00942571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.073;QD=19.9044;RBI=0.0368921;REFB=-0.0225931;REVB=0.0356677;RO=42;SAF=25;SAR=17;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273604;STB=0.651261;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0169994;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:17:25:12:30:17:25:12:30 chr17 31318930 . GCCA GCA,GCCACTG 87.73 PASS AF=0,0.37931;AO=3,8;DP=30;FAO=0,11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.438814,0.0144852;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=22.102,208.044;QD=12.1008;RBI=0.443958,0.0173439;REFB=-0.0738594,-0.0296439;REVB=-0.0673852,0.00953882;RO=11;SAF=3,7;SAR=0,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.232506,0;SSSB=0.630413,0.424693;STB=0.5,0.669074;STBP=1,0.23;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0545768;OID=.,.;OPOS=31318931,31318934;OREF=C,-;OALT=-,CTG;OMAPALT=GCA,GCCACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.37931:3,8:30:0,11:29:18:0,9:0,2:11:7:87:11:3,7:0,1:6:5 chr17 32583269 . T C 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0222044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.836;QD=21.7445;RBI=0.0252821;REFB=-0.0168166;REVB=-0.0120892;RO=16;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349617;STB=0.696224;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0155565;OID=.;OPOS=32583269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:6:13:4:12:6:13:4:12 chr17 32583911 . C T 214.3 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00612947;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6773;QD=20.9073;RBI=0.0355275;REFB=-0.0527319;REVB=-0.0349948;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638654;STB=0.535929;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.022576;OID=.;OPOS=32583911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:9:11:10:11:9:11 chr17 32904586 . C T 209.43 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0256613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3132;QD=18.616;RBI=0.0477452;REFB=-0.0103144;REVB=-0.0402629;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180095;STB=0.602734;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0109115;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:6:15:13:11:6:15:13:11 chr17 32906008 . C G 301.95 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0252033;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.5721;QD=19.4804;RBI=0.0262248;REFB=0.0227978;REVB=-0.00724818;RO=29;SAF=11;SAR=21;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320539;STB=0.523795;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=-0.0362367;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:32:32:0.516129:21:11:9:20:21:11:9:21 chr17 33269648 . C G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.000397024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.145;QD=12.4824;RBI=0.023773;REFB=-0.0142065;REVB=-0.0237696;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223691;STB=0.634666;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0273682;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:2:10:13:6:2:10:13:6 chr17 33286664 . A G 223.61 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0195998;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.822;QD=26.3072;RBI=0.0199838;REFB=-0.0240909;REVB=0.00389887;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148218;STB=0.582096;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0115107;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:4:9:10:11:4:9 chr17 33288363 . C T 2773.58 PASS AF=0.915493;AO=194;DP=214;FAO=195;FDP=213;FR=.;FRO=18;FSAF=63;FSAR=132;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.0328244;FXX=0.00467268;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.152;QD=52.0859;RBI=0.0331654;REFB=-0.0464402;REVB=-0.00474386;RO=17;SAF=63;SAR=131;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103229;STB=0.557574;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000698564;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:214:213:17:18:194:195:0.915493:131:63:16:1:132:63:17:1 chr17 33288882 . T G 843.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.139118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.603;QD=56.2619;RBI=0.140685;REFB=-0.0799659;REVB=0.0209407;RO=0;SAF=15;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137553;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:60:60:0:0:60:60:1:45:15:0:0:45:15:0:0 chr17 33289937 . A T 574.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.876;QD=60.4767;RBI=0.0887306;REFB=0;REVB=0.0186529;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366741;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:21:15:0:0:21:17:0:0 chr17 33332629 . G A 187.98 PASS AF=0.513514;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.030216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0442;QD=20.322;RBI=0.0369039;REFB=-0.0317035;REVB=-0.0211871;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.596225;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.01479;OID=.;OPOS=33332629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:18:18:17:19:0.513514:6:11:9:9:6:13:9:9 chr17 33333066 . GA G 36.01 PASS AF=0.458333;AO=8;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0642003;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.01372;QD=6.00208;RBI=0.064235;REFB=-0.113548;REVB=-0.00211156;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132829;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=0.129308;OID=.;OPOS=33333067;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:8:24:11:24:13:7:4:8:5:35:11:6:2:7:4 chr17 33448818 . T C 564.77 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00769906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9124;QD=53.7874;RBI=0.0780049;REFB=-0.0682038;REVB=-0.077624;RO=3;SAF=17;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312062;STB=0.516679;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0039503;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:22:17:2:1:22:17:2:1 chr17 33454415 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.153;QD=44.6898;RBI=0.0589195;REFB=0;REVB=0.0477676;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536767;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 33464864 . C T 400.25 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0108721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8952;QD=53.3666;RBI=0.0455868;REFB=-0.0737025;REVB=0.0442714;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00384898;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:10:19:0:0:10:19:0:1 chr17 33469279 . G C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4687;QD=49.5957;RBI=0.0642359;REFB=0;REVB=0.0237012;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000995744;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr17 33586187 . G C 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00353507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.706;QD=24.0275;RBI=0.014465;REFB=-0.0324096;REVB=-0.0140264;RO=8;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334373;STB=0.51884;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0167052;OID=.;OPOS=33586187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:3:11:6:2:3:11:6:2 chr17 33680840 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9569;QD=42.1731;RBI=0.0546041;REFB=0;REVB=-0.051064;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00417549;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr17 33689926 . T C 1288.95 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8764;QD=60.6567;RBI=0.0501058;REFB=-0.0913688;REVB=-0.0405318;RO=1;SAF=47;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997231;STB=0.505262;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00095915;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:84:84:0.988235:37:47:1:0:37:47:1:0 chr17 33749546 . A G 235.65 PASS AF=0.5;AO=16;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0531363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.007;QD=21.423;RBI=0.0541488;REFB=-0.0190135;REVB=0.0104225;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570481;STB=0.509083;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0197825;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:16:22:0.5:9:7:8:13:14:8:8:13 chr17 33749919 . A C 113.21 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0103835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.162;QD=17.4176;RBI=0.0229748;REFB=-0.0155664;REVB=-0.0204945;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170408;OID=.;OPOS=33749919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:9:3:4:9:9:4:4:9 chr17 33768199 . G A 287.48 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=-0.0165786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.18;QD=15.9711;RBI=0.0236474;REFB=-0.0298257;REVB=0.0168626;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297233;STB=0.671616;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0384353;OID=.;OPOS=33768199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:19:13:28:11:19:13:29:11 chr17 33768334 . T G 168.82 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00749491;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.456;QD=15.0066;RBI=0.0141938;REFB=-0.00252636;REVB=0.0120537;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152668;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00454755;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:11:16:8:10:11:16 chr17 33768354 . C T 468.68 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0515834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6041;QD=55.1394;RBI=0.109215;REFB=-0.171166;REVB=0.096266;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00898458;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr17 33769034 . G A 428.31 PASS AF=0.696429;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=56;FR=.;FRO=17;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00911813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.095;QD=30.5935;RBI=0.00957839;REFB=0.000186658;REVB=0.00293346;RO=17;SAF=28;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856798;STB=0.546613;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.000185978;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:17:39:39:0.696429:11:28:10:7:11:28:10:7 chr17 33769038 . C A 316.44 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00151722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.142;QD=20.4152;RBI=0.0497062;REFB=-0.0415883;REVB=0.0496831;RO=29;SAF=24;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199449;STB=0.611224;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0306393;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:9:24:15:14:9:24:15:14 chr17 33771996 . G A 46.26 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0181819;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.036;QD=8.04518;RBI=0.0364932;REFB=-0.0191255;REVB=-0.0316413;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871158;STB=0.571216;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0474664;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:17:16:7:7:0.304348:2:5:11:6:2:5:10:6 chr17 33805150 . T C 880.96 PASS AF=0.984375;AO=60;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0243378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3959;QD=55.0599;RBI=0.069752;REFB=-0.0951656;REVB=0.0653683;RO=1;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113736;STB=0.505745;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00108275;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:60:63:0.984375:41:19:0:1:43:20:0:1 chr17 33806546 . G A 302.85 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=70;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00310878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.958;QD=17.0619;RBI=0.00938925;REFB=0.0112516;REVB=0.00885966;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142009;STB=0.58565;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.00668593;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:38:32:33:0.464789:19:13:21:17:20:13:21:17 chr17 33806863 . G A 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0174053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.701;QD=19.0779;RBI=0.0242001;REFB=-0.0182736;REVB=0.0168137;RO=31;SAF=10;SAR=22;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219275;STB=0.622562;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0194164;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:22:10:17:14:22:10:17:14 chr17 33814758 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.489;QD=17.4014;RBI=0.0116154;REFB=-0.0512093;REVB=0.00342162;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148023;STB=0.584294;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0324412;OID=.;OPOS=33814758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:10:3:5:8:10:3 chr17 33880003 . C G 122.09 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0250523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.365;QD=25.7039;RBI=0.0253082;REFB=-0.0289021;REVB=-0.00359015;RO=5;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686393;STB=0.512176;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0105058;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:5:6:13:13:0.684211:6:7:2:3:6:7:3:3 chr17 33881631 . T C 935.6 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.138;QD=58.4749;RBI=0.0103235;REFB=0;REVB=0.00232144;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.00524e-05;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:53:64:1:28:25:0:0:29:35:0:0 chr17 33881718 . G A 647.7 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0373709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.064;QD=57.5729;RBI=0.0479776;REFB=-0.041339;REVB=-0.0300876;RO=2;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00696279;STB=0.50371;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00152271;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:25:18:1:1:25:18:1:1 chr17 33884804 . T C 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00774934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.416;QD=14.0474;RBI=0.0124215;REFB=-0.0115552;REVB=0.00970775;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707777;STB=0.541018;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0206603;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:8:10:18:11:8:10:18:11 chr17 33901917 . TTAAG T 64.54 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.000678561;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=292.562;QD=12.2935;RBI=0.00488246;REFB=-0.0136271;REVB=0.00483508;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=del;VARB=0.0181505;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:7:21:9:21:12:5:4:5:7:64:12:5:2:5:7 chr17 33901965 . C G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0135716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.175;QD=16.8983;RBI=0.0255567;REFB=0.000122413;REVB=-0.0216554;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215579;STB=0.624753;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000861145;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:6:3:6:4:6:3 chr17 33954527 . C G 109.24 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00941015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4904;QD=14.0951;RBI=0.0132829;REFB=-0.0347964;REVB=0.00937472;RO=18;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326367;STB=0.688722;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0501861;OID=.;OPOS=33954527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:8:5:13:5:8:5:13:5 chr17 33998802 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0329998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.098;QD=12.7823;RBI=0.0375378;REFB=-0.0367924;REVB=-0.0178915;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276263;STB=0.666296;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0249666;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:8:6:2:8:8:6 chr17 34072898 . C T 904.88 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.808;QD=56.5548;RBI=0.0388769;REFB=-0.136978;REVB=0.0344751;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000893015;OID=.;OPOS=34072898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:35:28:0:0:35:28:1:0 chr17 34100350 . G C,GC 491.29 PASS AF=0.0571429,0.914286;AO=3,30;DP=39;FAO=2,32;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=2,13;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489126,0.0315496;FXX=0.0540395;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=170.691,195.52;QD=56.1475;RBI=0.0495697,0.0334278;REFB=-0.102447,-0.145317;REVB=0.00804411,0.0110473;RO=5;SAF=2,13;SAR=1,17;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.247694,0.00899694;STB=0.993266,0.512812;STBP=0.227,0.519;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0096908,0.00689947;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:39:35:5:1:3,30:2,32:0.0571429,0.914286:1,17:2,13:2:3:0,19:2,13:0:1 chr17 34303771 . T C 234.86 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.055223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.965;QD=18.7891;RBI=0.0557116;REFB=-0.015804;REVB=-0.00736265;RO=27;SAF=4;SAR=19;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751647;STB=0.542818;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0169054;OID=.;OPOS=34303771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:19:4:6:21:19:4:6:21 chr17 34313612 . G A 267.14 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0389527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1589;QD=18.4236;RBI=0.043951;REFB=-0.00870054;REVB=-0.0203562;RO=29;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642495;STB=0.535955;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00875093;OID=.;OPOS=34313612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:11:18:16:13:11:18:16:13 chr17 34313674 . G A 431.84 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0356449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.577;QD=20.3217;RBI=0.0358342;REFB=-0.0375253;REVB=0.00367842;RO=42;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11635;STB=0.564381;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.033148;OID=.;OPOS=34313674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:43:43:0.505882:21:22:16:26:21:22:16:26 chr17 34328461 . A G 240.38 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0384704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.716;QD=28.2795;RBI=0.0386362;REFB=-0.0168674;REVB=-0.00357565;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532078;STB=0.529385;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00729612;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:12:12:22:22:0.647059:11:11:5:7:11:11:5:7 chr17 34340284 . C T 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00617376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.038;QD=60.8834;RBI=0.00700241;REFB=0;REVB=-0.00330431;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62684e-06;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:46:31:0:0:46:31:0:0 chr17 34391783 . C T 136.95 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.080861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6045;QD=18.2603;RBI=0.0858409;REFB=0.00144089;REVB=0.0288123;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129571;STB=0.5342;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00316576;OID=.;OPOS=34391783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:14:15:14:15:0.5:9:5:7:7:9:6:7:8 chr17 34431287 . G T 1016.87 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.883;QD=58.1068;RBI=0.0124979;REFB=0;REVB=0.00643157;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104505;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:65:70:1:36:29:0:0:38:32:0:0 chr17 34854280 . G A 304.49 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0192953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8851;QD=17.3992;RBI=0.110442;REFB=-0.00604757;REVB=0.108744;RO=37;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128785;STB=0.572002;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00868638;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:16:17:14:23:16:17:14:23 chr17 34956585 . CCA C 194.87 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00301252;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=212.177;QD=11.9922;RBI=0.012786;REFB=-0.0218703;REVB=-0.012426;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=0.0115537;STB=0.515913;STBP=0.842;TYPE=del;VARB=0.0244906;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:30:64:30:65:35:18:12:20:15:99:34:18:12:20:14 chr17 35478362 . T C 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.841;QD=62.0177;RBI=0.031098;REFB=0;REVB=0.0271325;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181146;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr17 35609866 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.955;QD=63.872;RBI=0.0354447;REFB=0;REVB=0.0180368;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88795e-05;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 35696804 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.729;QD=51.1846;RBI=0.0287808;REFB=0;REVB=0.0279225;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117017;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr17 35743010 . C G 187.37 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0295744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3897;QD=14.6959;RBI=0.0410638;REFB=0.00299539;REVB=0.0284884;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144581;STB=0.583252;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00264376;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:14:16:14:7:14:16 chr17 35771468 . C T 230.27 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00581036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7632;QD=46.0533;RBI=0.0109445;REFB=0.105345;REVB=0.00927485;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00835765;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr17 35873399 . TA T 357.94 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=82;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0422094;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.4564;QD=17.6762;RBI=0.0432742;REFB=0.00555735;REVB=0.0095406;RO=32;SAF=21;SAR=27;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461809;STB=0.531868;STBP=0.478;TYPE=del;VARB=-0.00576874;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:48:82:48:81:33:21:27:17:16:99:32:21:27:16:16 chr17 35984410 . T C 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.857;QD=59.8356;RBI=0.0421376;REFB=0;REVB=0.0420746;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176904;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr17 35988672 . C T 769.26 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9757;QD=56.9822;RBI=0.0187164;REFB=0;REVB=-0.00624942;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150869;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr17 35995638 . T A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.793;QD=58.6004;RBI=0.0233039;REFB=0;REVB=0.0170348;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25303e-05;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr17 36003359 . A G 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.479;QD=54.6504;RBI=0.0214631;REFB=-0.000595644;REVB=0.0187752;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140615;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000144298;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:19:33:1:0:19:33:1:0 chr17 36358847 . T A 519.1 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=18;FWDB=0.00524497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1101;QD=16.7451;RBI=0.0100194;REFB=-0.00348237;REVB=-0.00853687;RO=68;SAF=34;SAR=22;SRF=50;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137171;STB=0.576034;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00460973;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:22:34:50:18:22:34:50:18 chr17 36387082 . C T 111.06 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00785954;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6882;QD=14.3308;RBI=0.0127647;REFB=-0.00534762;REVB=0.0100581;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147914;STB=0.586076;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0180676;OID=.;OPOS=36387082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:7:11:6:7:7:11 chr17 36484036 . C G 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0195934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.948;QD=26.4607;RBI=0.0283162;REFB=-0.0273812;REVB=0.0204428;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173557;STB=0.58327;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0147584;OID=.;OPOS=36484036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:18:26:26:0.590909:12:14:5:12:12:14:6:12 chr17 36499599 . GC CG 55.85 PASS AF=0.224138;AO=15;DP=60;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.068976;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=50.5327;QD=3.8517;RBI=0.069259;REFB=-0.00910846;REVB=0.00625494;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225042;STB=0.606141;STBP=0.395;TYPE=mnp;VARB=0.190369;OID=.;OPOS=36499599;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:60:58:38:45:15:13:0.224138:8:7:25:13:7:6:27:18 chr17 36617210 . A G 385.91 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0219485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.473;QD=14.8425;RBI=0.0539762;REFB=-0.0258852;REVB=-0.0493122;RO=58;SAF=27;SAR=17;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100081;STB=0.557424;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.027554;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:58:60:44:44:0.423077:17:27:30:28:17:27:31:29 chr17 36622584 . GA AC 39.4 PASS AF=0.0989011;AO=9;DP=91;FAO=9;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=-0.00883189;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=100.669;QD=1.73179;RBI=0.120358;REFB=-0.004479;REVB=-0.120034;RO=69;SAF=6;SAR=3;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379534;STB=0.593536;STBP=0.575;TYPE=mnp;VARB=0.102559;OID=.;OPOS=36622584;OREF=GA;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:91:91:69:81:9:9:0.0989011:3:6:44:25:3:6:46:35 chr17 36635721 . C T 574.2 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6961;QD=60.4419;RBI=0.033696;REFB=0;REVB=0.0266608;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84444e-05;OID=.;OPOS=36635721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:20:16:0:0:22:16:0:0 chr17 36646386 . A G 1606.42 PASS AF=0.964912;AO=110;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0232905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.127;QD=56.3656;RBI=0.0552067;REFB=-0.154908;REVB=0.0500533;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51587;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00137762;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:114:114:0:4:110:110:0.964912:61:49:0:0:61:49:0:4 chr17 36861983 . T C 1116.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0987882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1123;QD=60.3732;RBI=0.10176;REFB=0;REVB=0.0244117;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000532607;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:48:26:0:0:48:26:0:0 chr17 36890949 . T C 48.18 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0265541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.752;QD=8.75985;RBI=0.0319363;REFB=-0.0113566;REVB=-0.0177429;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.799127;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0149714;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:22:13:14:6:8:0.363636:1:5:7:6:1:7:7:7 chr17 36906480 . G A 202.79 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0467409;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7585;QD=30.0425;RBI=0.0683282;REFB=-0.0411749;REVB=0.0498401;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210188;STB=0.523784;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0161148;OID=.;OPOS=36906480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:27:7:8:18:19:0.703704:11:7:3:4:11:8:4:4 chr17 36909061 . A G 750.5 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6464;QD=56.6413;RBI=0.129547;REFB=0;REVB=-0.0272124;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403779;OID=.;OPOS=36909061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:21:32:0:0 chr17 36922196 . A G 247.41 PASS AF=0.575;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0170541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.675;QD=24.7405;RBI=0.0176561;REFB=-0.0103554;REVB=-0.00457108;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901722;STB=0.529386;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00749237;OID=.;OPOS=36922196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:17:23:23:0.575:15:8:7:8:15:8:7:10 chr17 36922839 . C G 187.39 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0144356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.186;QD=14.6973;RBI=0.0228157;REFB=-0.0007924;REVB=-0.0176683;RO=30;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906091;STB=0.552073;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00150662;OID=.;OPOS=36922839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:13:8:14:16:13:8:14:16 chr17 36926731 . T G 310.06 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0306966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8174;QD=21.3833;RBI=0.0333969;REFB=-0.013102;REVB=0.0131557;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166632;STB=0.599299;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.014374;OID=.;OPOS=36926731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:15:17:8:17:15:17:8:18 chr17 36926767 . G A 310.15 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0351917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3595;QD=28.8508;RBI=0.0405483;REFB=-0.0078126;REVB=-0.0201422;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791562;STB=0.566961;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00203816;OID=.;OPOS=36926767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:16:27:27:0.627907:12:15:6:8:12:15:6:10 chr17 36990036 . GC G 163.22 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.231162;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.5709;QD=12.8012;RBI=0.232434;REFB=0.0135126;REVB=0.024279;RO=24;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.411168;SSSB=-0.0890431;STB=0.528679;STBP=0.682;TYPE=del;VARB=-0.022899;OID=.;OPOS=36990037;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:25:52:26:51:25:12:14:13:12:99:24:11:14:13:11 chr17 37017938 . G A 63.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0176117;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.1685;QD=10.5515;RBI=0.105001;REFB=-0.0332089;REVB=0.103513;RO=13;SAF=9;SAR=0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74713;STB=0.677488;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0640424;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:23:24:13:15:9:9:0.375:0:9:10:3:1:8:11:4 chr17 37017969 . T G 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0466798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4182;QD=16.417;RBI=0.0467424;REFB=0.0117192;REVB=0.00241807;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0111211;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:11:5:7:7:11:5 chr17 37054772 . C T 228.5 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0280234;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.717;QD=20.7727;RBI=0.067909;REFB=-0.00686707;REVB=0.0618572;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199395;STB=0.61329;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00792053;OID=.;OPOS=37054772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:5:17:13:9:5:17:13:9 chr17 37054884 . A G 56.12 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0168136;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.509;QD=8.63455;RBI=0.0244565;REFB=-0.00435296;REVB=0.0177602;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098437;STB=0.574292;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.01053;OID=.;OPOS=37054884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:27:26:17:18:8:8:0.307692:3:5:12:5:3:5:13:5 chr17 37070646 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0283417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.365;QD=21.5108;RBI=0.035635;REFB=-0.0103625;REVB=-0.021601;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221291;STB=0.624858;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00615446;OID=.;OPOS=37070646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:6:9:6:12:6:9 chr17 37070658 . A G 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0510137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2574;QD=9.09902;RBI=0.0530629;REFB=-0.022185;REVB=0.014604;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204999;STB=0.624732;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0477085;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:5:4:12:7:5:4:12:7 chr17 37076331 . G A 80.89 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.00542712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.244;QD=7.89159;RBI=0.00593828;REFB=-0.0245257;REVB=-0.00241031;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394614;STB=0.524545;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0725906;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:8:3:9:21:8:3:9:21 chr17 37101380 . T C 466.83 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00216727;FXX=0.0277701;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.087;QD=53.3522;RBI=0.0280052;REFB=-0.154891;REVB=0.0279212;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.508375;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.000570879;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:35:1:2:33:33:0.942857:21:12:0:1:21:12:1:1 chr17 37213317 . C A 191.15 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6258;QD=47.7865;RBI=0.0618168;REFB=0;REVB=0.0539532;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261445;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr17 37224102 . C T 137.33 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00488622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.094;QD=14.0848;RBI=0.033108;REFB=-0.0281376;REVB=-0.0327455;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034327;STB=0.545399;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0465094;OID=.;OPOS=37224102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:10:5:7:16:10:6:7:16 chr17 37228765 . A G 345.42 PASS AF=0.931034;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0430889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4915;QD=47.6445;RBI=0.0543093;REFB=-0.125995;REVB=-0.0330582;RO=2;SAF=7;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115377;STB=0.555513;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0060698;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:29:2:2:25:27:0.931034:18:7:2:0:19:8:2:0 chr17 37235720 . C T 242.43 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0247461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.601;QD=14.9185;RBI=0.0661815;REFB=-0.0221918;REVB=-0.0613809;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130255;STB=0.573718;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0379631;OID=.;OPOS=37235720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:13:15:15:22:13:15:15:22 chr17 37235754 . C T 216.67 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.035361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5713;QD=13.3333;RBI=0.0355228;REFB=-0.00286575;REVB=-0.00338576;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698438;STB=0.539847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0112341;OID=.;OPOS=37235754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:15:11:14:25:15:11:14:25 chr17 37243927 . A G 192.94 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0465257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.61;QD=23.3867;RBI=0.0509214;REFB=-0.0305402;REVB=-0.0206968;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266819;STB=0.51491;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0323124;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:4:10:13:6:4:10 chr17 37349710 . C G 2251.94 PASS AF=1;AO=138;DP=141;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0639688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.511;QD=61.2774;RBI=0.0777249;REFB=-0.110972;REVB=0.0441492;RO=0;SAF=22;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542022;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:141:147:0:0:138:147:1:116:22:0:0:122:25:0:0 chr17 37410892 . C A,G 734.35 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=2,45;DP=47;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376011,-0.00100422;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.497,164.251;QD=62.498;RBI=0.00403239,0.00139779;REFB=0,0;REVB=0.00145664,0.000972298;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0247562,0.00314512;OID=.,.;OPOS=37410892,37410892;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:47:47:0:0:2,45:1,46:0.0212766,0.978723:2,27:0,18:0:0:1,28:0,18:0:0 chr17 37814080 . G A 155.05 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0251333;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.634;QD=21.3858;RBI=0.0324431;REFB=-0.0498884;REVB=0.0205151;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140495;STB=0.5793;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.041072;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:8:5:9:7:8:5 chr17 37822311 . A C 130.83 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00224768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.613;QD=24.9191;RBI=0.00668784;REFB=-0.0182473;REVB=-0.00629882;RO=7;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810804;STB=0.536792;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00625727;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:3:10:6:1:3:11:6:1 chr17 37828496 . T C 129.22 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00699144;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.78;QD=19.8804;RBI=0.00841992;REFB=-0.00575792;REVB=0.004692;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.609591;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00516788;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:6:6:10:4:6:6 chr17 37828745 . A G 62.65 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00595323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5398;QD=20.8832;RBI=0.0942305;REFB=-0.0294733;REVB=-0.0940423;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239249;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00255733;OID=.;OPOS=37828745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:3:4:8:8:0.666667:4:4:0:3:4:4:0:4 chr17 37828787 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0960077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.441;QD=14.6525;RBI=0.101914;REFB=0.000685466;REVB=-0.0341895;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42622;STB=0.77699;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000658802;OID=.;OPOS=37828787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:2:4:0:4:2:4:0:5 chr17 37829129 . A G 59.76 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0528109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6122;QD=14.9398;RBI=0.0913109;REFB=-0.0181236;REVB=-0.0744895;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528386;STB=0.749374;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0414132;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:16:16:5:8:8:8:0.5:7:1:4:1:6:2:6:2 chr17 37830900 . A G 92.69 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0242006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.441;QD=11.2353;RBI=0.0242027;REFB=-0.0133816;REVB=-0.000317029;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0252102;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:11:10:5:7:11:10 chr17 37879588 . A G 171.2 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0161764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.229;QD=17.5588;RBI=0.0163144;REFB=-0.0568381;REVB=-0.00211742;RO=20;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250214;STB=0.654999;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0598024;OID=.;OPOS=37879588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:21:18:18:0.461538:6:12:8:12:6:12:8:13 chr17 37884037 . C G 173.14 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0234472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8106;QD=18.7178;RBI=0.0377393;REFB=-0.0499188;REVB=0.0295717;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185628;STB=0.612662;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0443135;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:19:18:18:0.486486:5:13:9:8:5:13:10:9 chr17 37898543 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0701977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2206;QD=59.8376;RBI=0.076285;REFB=0;REVB=0.029861;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355956;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr17 38121993 . G A 1298.52 PASS AF=0.988764;AO=83;DP=83;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6583;QD=58.3604;RBI=0.0129204;REFB=-0.0947836;REVB=0.00747711;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00795445;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:89:0:1:83:88:0.988764:30:53:0:0:35:53:1:0 chr17 38131187 . C A 686.7 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.045654;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1662;QD=54.9362;RBI=0.0518857;REFB=-0.114185;REVB=0.0246543;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00407223;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:25:24:0:1:25:24:0:1 chr17 38246286 . A G 189.09 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0131432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.077;QD=21.6099;RBI=0.0146825;REFB=-0.0310127;REVB=0.00654465;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573328;STB=0.503222;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0220862;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:6:10:12:7:6:10 chr17 38273561 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.036794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.561;QD=10.8848;RBI=0.0377747;REFB=-0.011073;REVB=-0.00855175;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160115;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0182088;OID=.;OPOS=38273561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:9:6:5:4:9:6 chr17 38350583 . G A 63.8 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00165133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.855;QD=9.45197;RBI=0.0089998;REFB=-0.0290554;REVB=-0.008847;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180374;STB=0.609518;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0651591;OID=.;OPOS=38350583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:7:11:4:5:7:11 chr17 38457151 . G A 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0251385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.871;QD=8.23025;RBI=0.0252923;REFB=-0.0242727;REVB=0.00278585;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069353;STB=0.542772;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0342959;OID=.;OPOS=38457151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:14:11:5:5:14:11 chr17 38565686 . C A,CA 51.27 PASS AF=0,0.191781;AO=4,14;DP=73;FAO=0,14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=0,1;FSAR=0,13;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0165558,0.0122861;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=96.0644,92.8538;QD=2.80921;RBI=0.0501581,0.0123311;REFB=-0.0165581,-0.00711185;REVB=-0.047347,-0.00105223;RO=54;SAF=0,1;SAR=4,13;SRF=33;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.574419,-0.670546;STB=0.5,0.922296;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.165518;OID=.,.;OPOS=38565686,38565687;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:73:73:54:59:4,14:0,14:0,0.191781:4,13:0,1:33:21:0,13:0,1:34:25 chr17 38640744 . C T 213.88 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00277349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.29;QD=20.866;RBI=0.023643;REFB=-0.041401;REVB=-0.0234797;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206443;STB=0.511617;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0215319;OID=.;OPOS=38640744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:10:10:10:11:10:10 chr17 38645125 . A G 257.65 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0344431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6144;QD=18.4032;RBI=0.0552916;REFB=0.0126859;REVB=-0.0432531;RO=28;SAF=10;SAR=18;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343208;STB=0.519217;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.0180234;OID=.;OPOS=38645125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:18:10:11:17:18:10:11:17 chr17 38855772 . T C 165.87 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.010529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.08;QD=22.1162;RBI=0.0398961;REFB=-0.0158571;REVB=0.0384817;RO=13;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842929;STB=0.547271;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0110871;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:10:7:4:9:10:7:4:9 chr17 38857446 . C A 275.42 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=6.22417e-05;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.79;QD=20.0306;RBI=0.0216787;REFB=-0.0271215;REVB=0.0216786;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12273;STB=0.568078;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0306828;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:26:26:29:29:0.527273:13:16:18:8:13:16:18:8 chr17 38907511 . AC GA 32.82 PASS AF=0.0909091;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=99;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=53;FWDB=0.0373102;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.2753;QD=1.32619;RBI=0.0486864;REFB=-0.00139776;REVB=0.031278;RO=90;SAF=8;SAR=1;SRF=37;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524568;STB=0.904826;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.0200518;OID=.;OPOS=38907511;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:100:99:90:90:9:9:0.0909091:1:8:37:53:1:8:37:53 chr17 38911212 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.154;QD=55.656;RBI=0.0295633;REFB=0;REVB=-0.0225791;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000535192;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 38911327 . C G 96.77 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0490555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6963;QD=12.4859;RBI=0.109935;REFB=-0.00105947;REVB=0.098383;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153067;STB=0.590753;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00962769;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:10:9:4:8:10:9 chr17 38911363 . G A 221.93 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0019068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5995;QD=25.3629;RBI=0.0127053;REFB=0.00504772;REVB=-0.0125614;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253503;STB=0.62253;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00529194;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:14:21:21:0.6:11:10:11:2:11:10:11:3 chr17 38928014 . A G 359.02 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00362997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.523;QD=20.2262;RBI=0.0161089;REFB=-0.00509625;REVB=0.0156946;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416414;STB=0.523064;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00575231;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:14:20:20:17:14:20 chr17 38935812 . A G 739.54 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0409607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3189;QD=54.7809;RBI=0.0414873;REFB=-0.179076;REVB=0.00658938;RO=1;SAF=35;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132734;STB=0.50704;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00396149;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:18:35:1:0:18:35:1:0 chr17 38936659 . C T 160.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0269604;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.199;QD=12.5594;RBI=0.0271584;REFB=0.000524592;REVB=-0.00327363;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04531;STB=0.516511;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.000673711;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:32:19:19:0.372549:10:9:16:15:10:9:16:16 chr17 38938591 . C G 98.18 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0371042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7809;QD=17.8502;RBI=0.0384035;REFB=-0.000149009;REVB=-0.00990525;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.5312;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00185194;OID=.;OPOS=38938591;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:22:9:10:11:12:0.545455:8:3:2:7:9:3:2:8 chr17 38950239 . C T 301.41 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0230206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.445;QD=16.7452;RBI=0.0231581;REFB=-0.0200826;REVB=0.00251999;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896339;STB=0.556641;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0228801;OID=.;OPOS=38950239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:39:33:33:0.458333:16:17:16:22:16:17:16:23 chr17 38950251 . A G 262.58 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.00379877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.76;QD=16.1585;RBI=0.0247177;REFB=-0.0106272;REVB=-0.024424;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173499;STB=0.586501;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0118804;OID=.;OPOS=38950251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:13:16:13:22:14:16:13:22 chr17 38950272 . T C 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0339369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.468;QD=19.6926;RBI=0.0360773;REFB=-0.0286488;REVB=-0.0122414;RO=25;SAF=10;SAR=16;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222689;STB=0.624529;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.012353;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:16:10:16:9:16:10:16:9 chr17 38955961 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00674484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.376;QD=15.2929;RBI=0.0136334;REFB=-0.00941463;REVB=0.0118481;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198782;STB=0.615147;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00905454;OID=.;OPOS=38955961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:7:2:4:5:7:2 chr17 38978536 . A C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.766;QD=43.4847;RBI=0.0327291;REFB=0;REVB=-0.012012;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55897e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 38990834 . G C 177.57 PASS AF=0.411765;AO=17;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0250799;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.315;QD=13.9273;RBI=0.0266582;REFB=-0.0288404;REVB=0.00903663;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303232;STB=0.564911;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.045077;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:17:30:17:21:0.411765:7:10:4:13:11:10:11:19 chr17 38991003 . T C 465.39 PASS AF=0.47619;AO=47;DP=105;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0126932;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.054;QD=17.729;RBI=0.013528;REFB=-0.0166716;REVB=0.00467851;RO=55;SAF=22;SAR=25;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131522;STB=0.507713;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0219807;OID=.;OPOS=38991003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:55:55:47:50:0.47619:25:22:25:30:28:22:25:30 chr17 38991032 . T A 583.76 PASS AF=0.495868;AO=59;DP=120;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0426327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5872;QD=19.2977;RBI=0.0476712;REFB=-0.0320168;REVB=0.0213306;RO=59;SAF=22;SAR=37;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956241;STB=0.565519;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.03141;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:59:61:59:60:0.495868:37:22:28:31:38:22:30:31 chr17 39081713 . A G 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.811;QD=61.6927;RBI=0.0316123;REFB=0;REVB=0.0213724;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.84505e-06;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr17 39084504 . T C 935.66 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.612;QD=58.4788;RBI=0.0780713;REFB=0;REVB=0.0690705;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328769;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:40:22:0:0:42:22:0:0 chr17 39134455 . G A 36.85 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0178777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.984;QD=7.75708;RBI=0.0317166;REFB=-0.0209759;REVB=0.0261979;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125021;STB=0.578691;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0548936;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:5:8:3:3:5:8 chr17 39135205 . A G 725.27 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.338;QD=56.8836;RBI=0.0408864;REFB=0;REVB=0.00341011;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149399;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:32:18:0:0:32:19:0:0 chr17 39135207 . A G 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00517019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.564;QD=17.6161;RBI=0.0260688;REFB=-0.0140217;REVB=0.025551;RO=26;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136499;STB=0.590415;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0186096;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:17:7:11:15:17:7:12:15 chr17 39137297 . C T 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204281;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9757;QD=46.986;RBI=0.0207;REFB=0;REVB=0.00334446;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000756592;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 39150167 . G A 463.3 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0249;QD=52.9484;RBI=0.0435383;REFB=-0.216902;REVB=0.0390659;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00815752;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:18:15:1:0:18:15:1:1 chr17 39150232 . C T 236.82 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00846757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.028;QD=20.1547;RBI=0.0126653;REFB=-0.00446059;REVB=-0.0094186;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735483;STB=0.55339;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00447879;OID=.;OPOS=39150232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:13:9:8:16:13:10:8:16 chr17 39150284 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.98;QD=60.9767;RBI=0.0429331;REFB=0;REVB=-0.04162;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000147959;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 39150357 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.411;QD=56.9537;RBI=0.0503038;REFB=0;REVB=0.0183593;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106328;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr17 39156027 . G A 190.53 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00324323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.31;QD=15.2423;RBI=0.00453286;REFB=-0.0597984;REVB=-0.00316675;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111039;STB=0.55097;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0771449;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:20:20:0.4:11:9:10:19:11:9:11:19 chr17 39186031 . C T 756.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6125;QD=55.0023;RBI=0.0422817;REFB=0;REVB=0.00894626;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00484069;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:41:11:0:0:44:11:0:0 chr17 39186168 . A C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.04;QD=55.098;RBI=0.0535668;REFB=0;REVB=-0.0295923;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205461;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr17 39186220 . G A 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.443;QD=57.6791;RBI=0.00870515;REFB=0;REVB=-0.00473403;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19354e-06;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr17 39190758 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0233735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.155;QD=9.76009;RBI=0.0403186;REFB=-0.00530362;REVB=-0.0328523;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125019;STB=0.50767;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00584679;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:7:5:3:4:7:5 chr17 39197378 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0262287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.962;QD=16.3859;RBI=0.0272863;REFB=-0.0339298;REVB=-0.00752339;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123876;STB=0.571284;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0192954;OID=.;OPOS=39197378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:1:7:7:2:1:7 chr17 39203490 . G C 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.079422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7974;QD=24.3261;RBI=0.131793;REFB=-0.0192687;REVB=0.105174;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00830948;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:0:2:4:3:0:2 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGC G,GTGGTGTCTGAGC 38.76 PASS AF=0.352941,0;AO=6,2;DP=18;FAO=6,0;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0208891,-0.123596;FXX=0.0555247;HRUN=1,2;LEN=13,1;MLLD=330.173,21.0344;QD=9.11984;RBI=0.0626566,0.231534;REFB=-0.0208826,-0.125874;REVB=-0.0590719,-0.195786;RO=7;SAF=3,0;SAR=3,2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0631528,-0.621371;STB=0.58795,0.5;STBP=0.583,1;TYPE=del,del;VARB=0.0434511,0;OID=.,.;OPOS=39203522,39203532;OREF=TGGTGTCTGAGGC,G;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTGGTGTCTGAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0:6,2:18:6,0:17:11:3,0:3,0:4:7:38:7:3,0:3,2:4:3 chr17 39203553 . G T 127.85 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0119051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0914;QD=20.4553;RBI=0.0593985;REFB=-0.00762474;REVB=-0.0581932;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124053;STB=0.507032;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00271215;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:3:8:10:4:3:8 chr17 39211010 . A G 142.12 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000767749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.478;QD=14.9603;RBI=0.0162211;REFB=-0.0126287;REVB=-0.0162029;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103647;STB=0.536378;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0146092;OID=.;OPOS=39211010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:9:6:11:11:9:7:11:11 chr17 39211037 . G C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0123478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.367;QD=10.075;RBI=0.0149334;REFB=-0.0218068;REVB=-0.00839867;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746008;STB=0.545342;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0433354;OID=.;OPOS=39211037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:4:4:6:8:4:4:6:8 chr17 39216302 . T TG 141.46 PASS AF=0.585366;AO=21;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0936778;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.1423;QD=13.8006;RBI=0.0987727;REFB=-0.0259236;REVB=-0.0313132;RO=18;SAF=16;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100989;STB=0.518503;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=0.00916186;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.585366:21:41:24:41:17:16:8:12:5:87:18:16:5:12:6 chr17 39254335 . A AT 313.47 PASS AF=0.546512;AO=42;DP=85;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0847999;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.6765;QD=14.5798;RBI=0.109089;REFB=-0.0209049;REVB=0.0686251;RO=43;SAF=18;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337705;STB=0.514678;STBP=0.784;TYPE=ins;VARB=0.0241467;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546512:42:85:47:86:39:22:25:17:22:99:43:18:24:20:23 chr17 39274069 . G C 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.128986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5754;QD=21.8398;RBI=0.128986;REFB=-0.0535945;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0833129;OID=.;OPOS=39274069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:0:6:2:0:0:6:2:0 chr17 39274518 . C T 217.87 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.0266885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7088;QD=13.6166;RBI=0.0337564;REFB=-0.00580374;REVB=0.0206694;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00465546;STB=0.502658;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00708983;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:17:9:13:25:17:9:13:25 chr17 39305956 . G A 156.98 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0301923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6309;QD=16.1009;RBI=0.0719753;REFB=-0.0130214;REVB=0.0653366;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.534914;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0322534;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:9:8:9:13:9:8:9:13 chr17 39334133 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2115;QD=33.4284;RBI=0.0319206;REFB=0;REVB=0.0218136;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124465;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr17 39334456 . G A 481.04 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.140636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.182;QD=53.4485;RBI=0.199185;REFB=0.12729;REVB=0.141054;RO=2;SAF=21;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424662;STB=0.522714;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00407781;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:13:21:2:0:13:21:2:0 chr17 39340707 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.194;QD=56.1912;RBI=0.073696;REFB=0;REVB=-0.0160344;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289204;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr17 39340910 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.213;QD=37.4885;RBI=0.0854466;REFB=0;REVB=0.0745259;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412982;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr17 39341158 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6608;QD=50.4134;RBI=0.0365824;REFB=0;REVB=-0.0273675;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.95685e-05;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr17 39341266 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.569;QD=42.1826;RBI=0.0681863;REFB=0;REVB=0.00583023;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000923051;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 39341294 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00124425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.782;QD=40.7656;RBI=0.00385978;REFB=0;REVB=-0.00365373;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61909e-06;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr17 39341473 . G C 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0296514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2207;QD=9.76291;RBI=0.0297171;REFB=0.0133927;REVB=-0.0019747;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462091;STB=0.528223;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.0171231;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:3:9:5:2:3:9 chr17 39346518 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.144059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.676;QD=42.1825;RBI=0.14424;REFB=0;REVB=0.00722329;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311452;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr17 39383335 . C G 279.95 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0539016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9226;QD=48.687;RBI=0.0588274;REFB=-0.123281;REVB=0.0235646;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00302023;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:1:0:10:12:1:0 chr17 39394674 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0243332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.771;QD=5.68932;RBI=0.0256932;REFB=0.000484749;REVB=0.00824842;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00126663;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:9:10:3:3:9:10 chr17 39406409 . C A 211.53 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0236717;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6371;QD=11.7515;RBI=0.0426029;REFB=-0.00887409;REVB=0.0354211;RO=46;SAF=5;SAR=20;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313716;STB=0.690626;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0186927;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:46:25:26:0.361111:20:5:20:26:21:5:20:26 chr17 39406447 . A G 206.38 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=92;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00435312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.296;QD=8.97321;RBI=0.0229836;REFB=-0.014208;REVB=-0.0225676;RO=65;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238474;STB=0.514114;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0346163;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:65:27:27:0.293478:14:13:30:35:14:13:30:35 chr17 39406567 . C A 278.91 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0201876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.985;QD=13.9456;RBI=0.0239647;REFB=-0.0197925;REVB=0.0129138;RO=47;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152142;STB=0.594533;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0224643;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:48:32:32:0.4:22:10:21:26:22:10:22:26 chr17 39406589 . A G 1044.26 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.589;QD=59.6721;RBI=0.0373455;REFB=0;REVB=0.0259006;RO=0;SAF=25;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09019e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:45:25:0:0:45:25:0:0 chr17 39406673 . T G 316.91 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0213177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.577;QD=15.2727;RBI=0.0249276;REFB=-0.00650039;REVB=0.0129205;RO=47;SAF=12;SAR=23;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155385;STB=0.594772;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0115836;OID=.;OPOS=39406673;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:48:35:35:0.421687:23:12:23:24:23:12:24:24 chr17 39412372 . G C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0400301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7183;QD=9.65071;RBI=0.0400313;REFB=-0.0126155;REVB=-0.000320704;RO=33;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277397;STB=0.66854;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0414744;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:10:4:17:16:10:4:17:16 chr17 39422677 . C T 645.17 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.736;QD=61.4447;RBI=0.111317;REFB=0;REVB=-0.0039882;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560098;OID=.;OPOS=39422677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:17:21:0:0:19:23:0:0 chr17 39458476 . A T 478.88 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=96;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0110279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.258;QD=19.9532;RBI=0.0373479;REFB=-0.00977172;REVB=-0.0356827;RO=49;SAF=24;SAR=23;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754064;STB=0.541815;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00702605;OID=.;OPOS=39458476;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:49:49:47:47:0.489583:23:24:21:28:23:24:21:28 chr17 39458573 . TGTACAGATGGTTG T 148.94 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00644704;FXX=0;HRUN=1;LEN=13;MLLD=315.574;QD=10.8323;RBI=0.00882962;REFB=-0.00481196;REVB=-0.00603307;RO=36;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217267;STB=0.589262;STBP=0.341;TYPE=del;VARB=0.00779498;OID=.;OPOS=39458574;OREF=GTACAGATGGTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.345455:18:56:19:55:36:10:9:14:22:99:36:10:8:13:23 chr17 39458765 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0289651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6718;QD=27.1546;RBI=0.0312164;REFB=-0.0794501;REVB=0.0116398;RO=6;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388347;STB=0.521708;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0197825;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:8:6:3:3:8:6:3:3 chr17 39458893 . G A 218.05 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0449381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.656;QD=15.5752;RBI=0.0759301;REFB=-0.0314572;REVB=-0.0612042;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00547917;STB=0.503103;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0324014;OID=.;OPOS=39458893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:11:20:16:9:11:20 chr17 39464487 . G C 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0165302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.901;QD=28.1407;RBI=0.026448;REFB=-0.0203852;REVB=0.0206458;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736045;STB=0.540932;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0123164;OID=.;OPOS=39464487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:4:3:9:7:4:3 chr17 39464736 . C G 175.71 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.02379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2078;QD=21.9638;RBI=0.0247603;REFB=-0.0159172;REVB=0.00686334;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805621;STB=0.531215;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0119623;OID=.;OPOS=39464736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:9:8:8:6:9:9:8:6 chr17 39465094 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0120414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.478;QD=10.0339;RBI=0.0167837;REFB=-0.005587;REVB=-0.0116918;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090044;STB=0.555348;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0460547;OID=.;OPOS=39465094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:6:1:1:4:6:1 chr17 39503163 . G A 271.07 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.051903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.451;QD=20.4582;RBI=0.057761;REFB=-0.0116506;REVB=-0.025346;RO=25;SAF=18;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176122;STB=0.611182;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0100503;OID=.;OPOS=39503163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:24:28:29:0.54717:10:18:11:14:10:19:10:14 chr17 39535859 . A G 452.5 PASS AF=0.45045;AO=50;DP=111;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.000874606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.623;QD=16.3064;RBI=0.00601012;REFB=-0.0180594;REVB=-0.00594614;RO=58;SAF=24;SAR=26;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641461;STB=0.538725;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0214799;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:58:61:50:50:0.45045:26:24:24:34:26:24:25:36 chr17 39579112 . G A 124.06 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0268683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2689;QD=13.7847;RBI=0.0289308;REFB=-0.0333246;REVB=-0.0107279;RO=19;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.649766;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.114498;OID=.;OPOS=39579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:13:2:6:13:13:2:6:15 chr17 39580559 . T A 1032.91 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000389264;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.571;QD=59.8787;RBI=0.0356413;REFB=0;REVB=0.0356392;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46739e-05;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr17 39580562 . T C 892.86 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0170199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.367;QD=52.5212;RBI=0.0561178;REFB=-0.0347093;REVB=0.0534746;RO=3;SAF=33;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016353;STB=0.51562;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00102003;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:68:3:4:63:64:0.941176:30:33:1:2:31:33:1:3 chr17 39580660 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.499;QD=47.8217;RBI=0.00190699;REFB=0;REVB=-8.90461e-05;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36191e-05;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 39580739 . C A 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.000176934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.526;QD=20.4827;RBI=0.0292358;REFB=-0.0400328;REVB=-0.0292352;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731378;STB=0.541344;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0350754;OID=.;OPOS=39580739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:8:3:5:9:8:3 chr17 39593768 . A G 904.45 PASS AF=0.984375;AO=64;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0398331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.734;QD=56.5278;RBI=0.0498484;REFB=0.0544289;REVB=-0.0299698;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00934663;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:64:63:0.984375:38:26:0:0:37:26:0:1 chr17 39616430 . G T 394.41 PASS AF=0.966667;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3613;QD=52.588;RBI=0.154274;REFB=-0.105838;REVB=0.152553;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00551128;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:25:29:0.966667:6:19:0:0:8:21:1:0 chr17 39616433 . C T 101.91 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0293337;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4579;QD=14.5589;RBI=0.0467249;REFB=-0.0204678;REVB=0.0363696;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238913;STB=0.59985;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00534366;OID=.;OPOS=39616433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:13:2:4:8:13:3 chr17 39619093 . GT AC 661.16 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374852;FXX=0.0666519;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.464;QD=62.9677;RBI=0.0555602;REFB=0;REVB=0.0410097;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000235563;OID=.;OPOS=39619093;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr17 39619219 . G A 1046.5 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589242;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.2;QD=59.7998;RBI=0.0196714;REFB=0;REVB=0.0187681;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74909e-05;OID=.;OPOS=39619219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:31:35:0:0:31:39:0:0 chr17 39622068 . G T 1324.94 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00652206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.269;QD=60.9167;RBI=0.0132349;REFB=-0.078557;REVB=0.0115163;RO=1;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000420005;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:45:41:0:1:45:41:0:1 chr17 39633317 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8828;QD=45.806;RBI=0.0486509;REFB=0;REVB=-0.0467542;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000994613;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr17 39633354 . C T 234.73 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000693675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.442;QD=44.7095;RBI=0.0323342;REFB=-0.0137306;REVB=-0.0323267;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0038357;OID=.;OPOS=39633354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:18:19:0.904762:8:10:0:0:9:10:0:1 chr17 39646021 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.615;QD=53.2772;RBI=0.063645;REFB=0;REVB=0.0460575;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491594;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr17 39659194 . T C 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3029;QD=59.0075;RBI=0.0360302;REFB=0;REVB=0.00430345;RO=0;SAF=31;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000437731;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:3:31:0:0:3:31:0:0 chr17 39659913 . G A 687.34 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8099;QD=62.4851;RBI=0.0825502;REFB=0;REVB=0.0742687;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000543497;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr17 39661689 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0121513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.781;QD=23.3999;RBI=0.012938;REFB=-0.00301246;REVB=-0.00444275;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226465;STB=0.631225;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00128412;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:1:2:2:6:1:2 chr17 39670912 . G C 414.95 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0831236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4129;QD=53.5422;RBI=0.0839688;REFB=-0.00868314;REVB=0.0118841;RO=1;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.000813232;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:22:8:0:1:22:8:0:1 chr17 39674641 . T C 683.22 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.009567;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.642;QD=52.5554;RBI=0.0160679;REFB=-0.0545283;REVB=0.0129093;RO=2;SAF=22;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408839;STB=0.52173;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0029299;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:2:2:50:50:0.961538:28:22:2:0:28:22:2:0 chr17 39681475 . A G 420.78 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2665;QD=54.2935;RBI=0.0379184;REFB=-0.126506;REVB=0.0127908;RO=1;SAF=17;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266361;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062338;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:1:0:30:31:1:13:17:1:0:13:18:0:0 chr17 39723990 . T A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2493;QD=35.5759;RBI=0.0469893;REFB=0;REVB=0.0360817;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00561703;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 39727816 . T G 207.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3549;QD=48.7473;RBI=0.111328;REFB=0;REVB=0.0624502;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346387;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr17 39728050 . G A 81.78 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3438;QD=32.7112;RBI=0.068847;REFB=-0.0864884;REVB=-0.068847;RO=1;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105267;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:9:0:0:1:9:0:0:1 chr17 39742718 . A G 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.44;QD=62.9788;RBI=0.014624;REFB=0;REVB=-0.00912637;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.31353e-05;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr17 39743081 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.56;QD=61.3358;RBI=0.0760013;REFB=0;REVB=0.0699721;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367469;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr17 39766504 . A G 66.38 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0779336;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.3015;QD=26.5513;RBI=0.0838878;REFB=0.00526713;REVB=-0.0310406;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0101593;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:1:1:5:3:1:1 chr17 39767744 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.071;QD=32.8218;RBI=0.0282142;REFB=-0.00564439;REVB=-0.0135281;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000558898;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr17 39780682 . G A 197.6 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00297853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.888;QD=26.3461;RBI=0.00971544;REFB=-0.0441584;REVB=-0.0092476;RO=10;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12517;STB=0.556359;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0212486;OID=.;OPOS=39780682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:30:10:11:19:19:0.633333:6:13:5:5:6:13:6:5 chr17 39786864 . CG C,CA,CC 598.25 PASS AF=0.9,0.1,0;AO=17,21,2;DP=40;FAO=36,4,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,4,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228167,0.0148805,0.0073955;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=99.3718,83.246,76.9068;QD=59.8251;RBI=0.0272575,0.46039,0.0271382;REFB=0,0,0;REVB=-0.0149121,-0.46015,0.0261111;RO=0;SAF=17,4,2;SAR=0,17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.45803e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0112328,0.0428173,0;OID=.,.,.;OPOS=39786865,39786865,39786865;OREF=G,G,G;OALT=-,A,C;OMAPALT=C,CA,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1,0:17,21,2:40:36,4,0:40:0:19,4,0:17,0,0:0:0:18:0:17,4,2:0,17,0:0:0 chr17 39846091 . C T 319.84 PASS AF=0.591837;AO=26;DP=46;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0362685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.235;QD=26.1092;RBI=0.0544812;REFB=-0.00963158;REVB=0.0406547;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146734;STB=0.596007;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0170912;OID=.;OPOS=39846091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:20:20:26:29:0.591837:12:14:7:13:12:17:7:13 chr17 39871700 . G A 664.23 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0658357;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.417;QD=56.5306;RBI=0.074564;REFB=-0.0914324;REVB=0.0350065;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426567;STB=0.500473;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0128864;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:47:47:2:2:44:45:0.957447:23:21:2:0:23:22:1:1 chr17 39874267 . T A 677.11 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.216;QD=60.1874;RBI=0.023314;REFB=-0.118824;REVB=0.0120918;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028453;STB=0.515145;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000498746;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:1:0:28:16:1:0 chr17 39874283 . T A 676.55 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0082795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9777;QD=60.1373;RBI=0.0225617;REFB=0.0243417;REVB=0.0209876;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51851;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000340107;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:45:44:0.977778:31:14:0:0:31:13:1:0 chr17 39879729 . CAGA C 57.8 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00384834;FXX=0.249688;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.439;QD=38.5307;RBI=0.00752448;REFB=0;REVB=0.00646592;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.06398e-05;OID=.;OPOS=39879730;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:8:6:6:0:5:1:0:0:3:0:4:1:0:0 chr17 39880340 . A C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000358322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.77;QD=51.9167;RBI=0.00887269;REFB=0;REVB=0.00886545;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03118e-05;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr17 39880545 . C T 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0112904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.181;QD=17.6718;RBI=0.012728;REFB=-0.0224472;REVB=-0.00587605;RO=32;SAF=2;SAR=28;SRF=3;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905004;STB=0.551144;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0191269;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:28:2:3:29:28:2:3:29 chr17 39880571 . C A 289.49 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=19;FWDB=0.0354567;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.781;QD=25.7321;RBI=0.0372504;REFB=-0.00980975;REVB=0.0114197;RO=18;SAF=1;SAR=25;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245027;STB=0.637601;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00747671;OID=.;OPOS=39880571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:19:26:26:0.577778:25:1:0:18:25:1:0:19 chr17 39880966 . G T 342.85 PASS AF=0.546875;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0119303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.745;QD=21.4282;RBI=0.0121264;REFB=-0.0194837;REVB=0.00217169;RO=29;SAF=20;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117223;STB=0.556022;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0177614;OID=.;OPOS=39880966;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:29:34:35:0.546875:14:20:13:16:15:20:13:16 chr17 39881003 . C T 432.73 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00527102;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.389;QD=17.8443;RBI=0.0384435;REFB=-0.00100885;REVB=-0.0380805;RO=51;SAF=27;SAR=17;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450726;STB=0.537622;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00119847;OID=.;OPOS=39881003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:51:53:44:44:0.453608:17:27:29:22:17:27:29:24 chr17 39881289 . G A,C 536.28 PASS AF=0.0512821,0.923077;AO=2,35;DP=39;FAO=2,36;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222474,0.00787851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.1611,108.981;QD=55.0034;RBI=0.0747735,0.0463097;REFB=-0.0224601,-0.0206524;REVB=0.0713872,0.0456346;RO=2;SAF=0,18;SAR=2,17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0518991;STB=0.5,0.513506;STBP=1,0.509;TYPE=snp,snp;VARB=0.0146142,0.00303384;OID=.,.;OPOS=39881289,39881289;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:2:1:2,35:2,36:0.0512821,0.923077:2,17:0,18:0:2:2,18:0,18:0:1 chr17 39883595 . T C 150.79 PASS AF=0.459459;AO=15;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0339537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.879;QD=16.3014;RBI=0.0358645;REFB=-0.0182673;REVB=0.0115504;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240166;STB=0.694302;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0165173;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:15:17:0.459459:5:10:7:10:5:12:7:13 chr17 39883672 . G A 224.47 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0311368;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.449;QD=24.941;RBI=0.0343962;REFB=-0.0436717;REVB=0.0146151;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20341;STB=0.613921;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0321288;OID=.;OPOS=39883672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:8:7:15:6:8:7 chr17 39884065 . C A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0387573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.518;QD=22.9154;RBI=0.0388486;REFB=-0.00988351;REVB=0.00266246;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212429;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00332264;OID=.;OPOS=39884065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:3:1:2:7:3:1 chr17 39884091 . G C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=297.221;QD=53.9112;RBI=0.0190111;REFB=0;REVB=0.0170733;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6354e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr17 39884583 . G A 209.64 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=0.015812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7138;QD=18.6347;RBI=0.0484565;REFB=-0.0107548;REVB=0.0458041;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404079;STB=0.730114;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0194787;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:24:21:21:0.466667:10:11:2:21:10:11:2:22 chr17 39887981 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0494909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.469;QD=16.4543;RBI=0.0503057;REFB=0.0258994;REVB=-0.00901713;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0114538;OID=.;OPOS=39887981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr17 39887983 . C T 41.08 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.125798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8669;QD=16.4301;RBI=0.126812;REFB=-0.0299999;REVB=0.016003;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.03353;OID=.;OPOS=39887983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr17 39890715 . A T 303.78 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00484964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.035;QD=22.5024;RBI=0.00898236;REFB=-0.0229021;REVB=0.00756068;RO=19;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790063;STB=0.511425;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0176491;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:19:23:30:31:0.574074:16:14:11:8:17:14:11:12 chr17 39910995 . G A 44.64 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0140688;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=103.699;QD=22.3183;RBI=0.0762865;REFB=-0.0202604;REVB=-0.074978;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000497332;OID=.;OPOS=39910995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr17 39959189 . C G 324.01 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000947707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.336;QD=54.0022;RBI=0.0477245;REFB=0;REVB=0.047715;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384916;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:20:24:1:9:11:0:0:11:13:0:0 chr17 39967442 . T C 319.41 PASS AF=0.658537;AO=25;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00817706;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.129;QD=31.1618;RBI=0.00919685;REFB=0.00354149;REVB=-0.00420923;RO=14;SAF=16;SAR=9;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106789;STB=0.55884;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00129991;OID=.;OPOS=39967442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:25:27:0.658537:9:16:11:3:10:17:11:3 chr17 39974642 . A G 234.88 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0408628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1729;QD=19.5731;RBI=0.0413692;REFB=-0.0297012;REVB=0.00645324;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193155;STB=0.608601;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0316141;OID=.;OPOS=39974642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:25:23:23:0.479167:9:14:9:14:9:14:10:15 chr17 39983808 . G C 246.81 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0113355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.003;QD=17.95;RBI=0.0114579;REFB=0.0109123;REVB=0.00166996;RO=28;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168123;STB=0.509427;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00922092;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:14:13:14:14:14:13:14:14 chr17 39983820 . G A 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0347139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.924;QD=17.0877;RBI=0.0372602;REFB=-0.0150181;REVB=-0.0135377;RO=28;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565471;STB=0.531889;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0234696;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:11:14:14:14:11:14:14:14 chr17 39983849 . G C 146.8 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0578331;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8752;QD=15.8698;RBI=0.0610688;REFB=-0.015891;REVB=0.0196147;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177126;STB=0.601881;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0272131;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:8:13:7:9:8:13 chr17 39987130 . T C 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7014;QD=64.1346;RBI=0.0376844;REFB=0;REVB=0.0262882;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.25193e-06;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 162.39 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.012302;FXX=0.0888691;HRUN=0;LEN=4;MLLD=269.596;QD=15.8424;RBI=0.014943;REFB=-0.00512631;REVB=0.00848269;RO=24;SAF=11;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247079;STB=0.512643;STBP=0.878;TYPE=ins;VARB=0.00755793;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.414634:16:45:17:41:24:11:6:16:8:99:24:11:5:16:8 chr17 39998141 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00639226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.519;QD=12.1823;RBI=0.00639546;REFB=-0.0322434;REVB=-0.000202371;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327049;STB=0.691952;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0256431;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:11:4:6:4:11:4 chr17 40010979 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0274114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.55;QD=11.4391;RBI=0.0406575;REFB=-0.0248537;REVB=-0.0300274;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163296;STB=0.509782;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0456633;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:6:8:5:4:6:8 chr17 40048613 . A G 736.89 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00912663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.668;QD=54.5842;RBI=0.0176834;REFB=-0.00732005;REVB=0.0151462;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=9.49921e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:27:25:0:1:28:25:0:1 chr17 40052842 . G A 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0161722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.997;QD=17.2297;RBI=0.0507025;REFB=-0.0140111;REVB=-0.0480542;RO=6;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492481;STB=0.79459;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00576079;OID=.;OPOS=40052842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:1:7:2:4:1:7:2:4 chr17 40094835 . C T 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00993193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.966;QD=11.4375;RBI=0.0161366;REFB=-0.00452065;REVB=-0.012718;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565464;STB=0.533905;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00767571;OID=.;OPOS=40094835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:7:7:5:4:7:7 chr17 40125864 . G A 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0103917;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.828;QD=18.0496;RBI=0.0220447;REFB=-0.016665;REVB=0.0194417;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.65085;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0238126;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:3:5:3:7:3:5 chr17 40126133 . G A 465.02 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=-0.0119574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.237;QD=20.2181;RBI=0.0394312;REFB=-0.0295328;REVB=-0.0375745;RO=45;SAF=27;SAR=18;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129432;STB=0.580628;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0302715;OID=.;OPOS=40126133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:45:46:45:46:0.5:18:27:33:12:19:27:34:12 chr17 40146970 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0973187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.553;QD=51.1845;RBI=0.100769;REFB=0;REVB=-0.0261428;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00155179;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 40173851 . A C 437.11 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.171;QD=56.4008;RBI=0.0279249;REFB=0;REVB=0.0242261;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317967;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:12:19:0:0 chr17 40257163 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0369649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.121;QD=17.2298;RBI=0.0372057;REFB=0.0128839;REVB=0.00422603;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.519183;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0126126;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:2:4:5:3:2:4 chr17 40274891 . T C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0497308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0951;QD=11.4381;RBI=0.0560851;REFB=-0.0088386;REVB=-0.0259305;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0110687;OID=.;OPOS=40274891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:5:9:4:5:5:9 chr17 40277110 . C G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=272.219;QD=27.3839;RBI=0.00898084;REFB=0.00885061;REVB=0.00898084;RO=3;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188684;OID=.;OPOS=40277110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:10:0:0:3:10:0:0:3 chr17 40282473 . C T 265.16 PASS AF=0.447761;AO=29;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0172973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2163;QD=15.8302;RBI=0.0709791;REFB=-0.00269461;REVB=0.0688392;RO=36;SAF=18;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00994387;STB=0.512492;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00519429;OID=.;OPOS=40282473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:36:37:29:30:0.447761:11:18:22:14:12:18:23:14 chr17 40344455 . C T 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0706057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0539;QD=19.0169;RBI=0.0726084;REFB=-0.021942;REVB=0.0169355;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325116;STB=0.518494;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0464335;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:8:6:7:8:8:6 chr17 40476849 . TAA ATA,TA,T 109.72 PASS AF=0.0810811,0.297297,0.216216;AO=2,9,5;DP=33;FAO=3,11,8;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=0,3,0;FSAR=3,8,8;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00705864,0.00634765,0.00325866;FXX=0;HRUN=1,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=138.048,10.3853,17.313;QD=11.8615;RBI=0.0373995,0.0828867,0.0434075;REFB=0.000847864,-0.0314027,-0.0169331;REVB=-0.0367274,-0.0826432,-0.043285;RO=13;SAF=0,4,0;SAR=2,5,5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.424242,0.424242;SSSB=-0.637912,-0.242158,-0.761162;STB=0.997411,0.756308,0.998696;STBP=0.013,0.04,0;TYPE=mnp,del,del;VARB=-0.0434457,-0.115567,0.0961117;OID=.,.,.;OPOS=40476849,40476850,40476850;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:33:37:13:15:2,9,5:3,11,8:0.0810811,0.297297,0.216216:2,5,5:0,4,0:9:4:3,8,8:0,3,0:11:4 chr17 40689455 . T C 571.03 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.135605;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7734;QD=60.1084;RBI=0.135867;REFB=0;REVB=0.00843305;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170335;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00215246;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:10:27:1:0:10:28:0:0 chr17 40696233 . C G 403.13 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.215365;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.2454;QD=52.0172;RBI=0.225103;REFB=-0.16632;REVB=0.065493;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0300323;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:20:11:0:0 chr17 40699291 . G A 191.69 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.097;QD=47.9217;RBI=0.122475;REFB=0;REVB=0.122301;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133498;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:4:10:0:0:6:10:0:0 chr17 40699332 . T C,G 333.63 PASS AF=0.92,0.08;AO=23,2;DP=25;FAO=23,2;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006735,-0.00420582;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.14,121.62;QD=53.3802;RBI=0.0193275,0.0141845;REFB=0,0;REVB=0.0181161,0.0135467;RO=0;SAF=12,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00126759,0.120538;OID=.,.;OPOS=40699332,40699332;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:25:25:0:0:23,2:23,2:0.92,0.08:11,2:12,0:0:0:11,2:12,0:0:0 chr17 40705100 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.015918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.308;QD=14.6494;RBI=0.0249966;REFB=-0.0184684;REVB=0.019273;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078252;STB=0.54539;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0248602;OID=.;OPOS=40705100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:11:8:7:7:11:8 chr17 40706906 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0301341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.397;QD=14.6542;RBI=0.030238;REFB=0.00568537;REVB=-0.00250454;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327753;STB=0.699398;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0039486;OID=.;OPOS=40706906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:5:3:1:7:5:3 chr17 40714804 . C A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0609346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5862;QD=16.822;RBI=0.136967;REFB=-0.00871059;REVB=0.122666;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363051;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0217652;OID=.;OPOS=40714804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:4:1:5:2:4:1 chr17 40716235 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.69;QD=23.2183;RBI=0.0408131;REFB=-0.0145273;REVB=-0.026685;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00763701;OID=.;OPOS=40716235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr17 40716520 . A G 385.33 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0292761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.808;QD=26.1239;RBI=0.0300155;REFB=-0.0174767;REVB=-0.00662142;RO=22;SAF=8;SAR=29;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110346;STB=0.506037;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00986214;OID=.;OPOS=40716520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:22:37:37:0.627119:29:8:5:17:29:8:5:17 chr17 40722029 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00907179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.77;QD=14.2618;RBI=0.0273308;REFB=0.00660372;REVB=-0.0257814;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978192;STB=0.538414;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0115618;OID=.;OPOS=40722029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:7:8:15:9:7:9:15:9 chr17 40724977 . G A 128.84 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0114042;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.795;QD=19.0872;RBI=0.0300429;REFB=-0.0138958;REVB=-0.0277942;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.590032;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0149006;OID=.;OPOS=40724977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:5:9:6:7:5:9:6:7 chr17 40731597 . T A 177.45 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0371807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6203;QD=14.4858;RBI=0.0526728;REFB=0.00584572;REVB=-0.0373097;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660177;STB=0.511266;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0106703;OID=.;OPOS=40731597;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:30:19:19:0.387755:13:6:9:20:13:6:9:21 chr17 40811919 . A G 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0312365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.8211;QD=9.82119;RBI=0.0475989;REFB=-0.00141959;REVB=-0.0359156;RO=20;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558724;STB=0.826336;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000779704;OID=.;OPOS=40811919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:20:23:11:11:0.323529:1:10:10:10:1:10:13:10 chr17 40818699 . A G 367.59 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0075543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.173;QD=21.9453;RBI=0.00861079;REFB=-0.00420123;REVB=-0.0041326;RO=29;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245072;STB=0.520956;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00521132;OID=.;OPOS=40818699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:18:19:14:15:18:19:14:16 chr17 40821447 . C G 32.09 PASS AF=0.0833333;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=144;FR=.;FRO=132;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=77;FSRR=55;FWDB=0.00150729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7743;QD=0.891258;RBI=0.0138913;REFB=-0.000846845;REVB=-0.0138093;RO=129;SAF=10;SAR=2;SRF=76;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31324;STB=0.765637;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0633157;OID=.;OPOS=40821447;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:143:144:129:132:12:12:0.0833333:2:10:76:53:2:10:77:55 chr17 40822678 . C T 316.89 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00786359;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.741;QD=17.6047;RBI=0.03782;REFB=-0.00717502;REVB=0.0369934;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308563;STB=0.522714;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00864685;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:34:34:0.472222:13:21:24:13:13:21:25:13 chr17 40835922 . A C 514.27 PASS AF=0.434109;AO=57;DP=129;FAO=56;FDP=129;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0344958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6306;QD=15.9464;RBI=0.0778548;REFB=-0.039409;REVB=-0.0697955;RO=70;SAF=26;SAR=31;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151998;STB=0.526585;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0520462;OID=.;OPOS=40835922;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:73:57:56:0.434109:31:26:33:37:31:25:36:37 chr17 40849573 . G A 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00942592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.204;QD=17.0333;RBI=0.0158086;REFB=-0.0201212;REVB=-0.0126911;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436846;STB=0.524972;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0253606;OID=.;OPOS=40849573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:9:9:10:12:9:9:10:12 chr17 40911775 . CA C 169.64 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0111426;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.51;QD=22.6184;RBI=0.0141953;REFB=-0.0414445;REVB=-0.00879473;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948632;STB=0.522062;STBP=0.803;TYPE=del;VARB=0.0211239;OID=.;OPOS=40911776;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:17:31:17:30:13:7:10:6:7:99:11:7:10:6:5 chr17 40931054 . T C 68.6 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0378117;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.232;QD=13.0673;RBI=0.0378138;REFB=4.02157e-05;REVB=0.000394651;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00370921;OID=.;OPOS=40931054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:2:10:7:2:2:10 chr17 40939460 . C T 84.9 PASS AF=0.366667;AO=6;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0310193;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.759;QD=11.3197;RBI=0.032826;REFB=-0.0102367;REVB=-0.01074;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.75317;STB=0.883583;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0249943;OID=.;OPOS=40939460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:30:11:19:6:11:0.366667:6:0:6:5:10:1:12:7 chr17 40939855 . G T 70.7 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0285709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5835;QD=20.1999;RBI=0.0322068;REFB=-0.0301019;REVB=0.0148655;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196883;STB=0.571252;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0235863;OID=.;OPOS=40939855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:8:9:0.642857:7:1:0:4:8:1:1:4 chr17 40957849 . G A 241.41 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0364702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3133;QD=16.9407;RBI=0.0368816;REFB=-0.0283406;REVB=0.00549345;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034568;STB=0.519466;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0320033;OID=.;OPOS=40957849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:18:9:11:19:18:9:11:19 chr17 40962700 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00148466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.454;QD=14.6498;RBI=0.0258448;REFB=-0.00858329;REVB=-0.0258022;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300736;STB=0.675417;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00953986;OID=.;OPOS=40962700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:8:11:4:10:8:11 chr17 41004278 . G C 220.7 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0180894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.358;QD=15.4879;RBI=0.0181928;REFB=-0.0133719;REVB=-0.00193708;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061768;STB=0.502073;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.017516;OID=.;OPOS=41004278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:31:25:26:0.45614:15:10:13:15:15:11:13:18 chr17 41008357 . A G 616.17 PASS AF=0.425926;AO=69;DP=162;FAO=69;FDP=162;FR=.;FRO=93;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=-0.00852921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.299;QD=15.214;RBI=0.0085309;REFB=-0.0072571;REVB=0.000169783;RO=92;SAF=48;SAR=21;SRF=50;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169297;STB=0.592565;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0076479;OID=.;OPOS=41008357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:92:93:69:69:0.425926:21:48:50:42:21:48:51:42 chr17 41116234 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0332;QD=57.2024;RBI=0.0712402;REFB=0;REVB=-0.0530847;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119422;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr17 41121208 . GGGC G,GG,GGG,GGGG 514.05 PASS AF=0.527778,0.0833333,0.388889,0;AO=7,10,7,9;DP=34;FAO=19,3,14,0;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0,7,0;FSAR=14,3,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074346,0.00497055,0.00291568,0.00133865;FXX=0;HRUN=5,5,1,1;LEN=3,2,1,1;MLLD=219.363,221.667,219.878,215.192;QD=57.1164;RBI=0.0203521,0.0146088,0.00985477,0.00617722;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0189456,0.0137372,0.00941357,0.00603043;RO=0;SAF=1,2,2,5;SAR=6,8,5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.00848483,0.000425727,-0.00574226,0.00184401;OID=.,.,.,.;OPOS=41121209,41121210,41121211,41121211;OREF=GGC,GC,C,C;OALT=-,-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.527778,0.0833333,0.388889,0:7,10,7,9:34:19,3,14,0:36:0:5,0,7,0:14,3,7,0:0:0:41:0:1,2,2,5:6,8,5,4:0:0 chr17 41121216 . G A 42.04 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0216392;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=105.99;QD=4.42483;RBI=0.0216509;REFB=-0.00230927;REVB=0.000711494;RO=30;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307269;STB=0.708973;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.000579956;OID=.;OPOS=41121216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:30:31:7:7:0.184211:6:1:10:20:6:1:10:21 chr17 41121217 . G A 250.53 PASS AF=0.621622;AO=24;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0121636;FXX=0.0263089;HRUN=7;LEN=1;MLLD=220.502;QD=27.0847;RBI=0.0138766;REFB=0.000265793;REVB=0.0066788;RO=14;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193045;STB=0.603561;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000118792;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:14:24:23:0.621622:19:5:6:8:18:5:6:8 chr17 41121218 . GA AA,AG 33.3 PASS AF=0.162162,0;AO=7,5;DP=37;FAO=6,0;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1,0;FSAR=5,0;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00880064,-0.0409203;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=164.472,70.5736;QD=3.59982;RBI=0.0103041,0.040953;REFB=-0.000573281,0.0205578;REVB=-0.00535947,-0.00163709;RO=24;SAF=1,5;SAR=6,0;SRF=5;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.133833,0.775738;STB=0.67833,0.5;STBP=0.447,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.104278,0;OID=.,.;OPOS=41121218,41121218;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:24:31:7,5:6,0:0.162162,0:6,0:1,5:5:19:5,0:1,0:10:21 chr17 41133071 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.51;QD=55.0981;RBI=0.0223021;REFB=0;REVB=-0.0197492;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52704e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 41165493 . A G 611.28 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.635;QD=61.1283;RBI=0.0361956;REFB=0;REVB=0.0276989;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159509;OID=.;OPOS=41165493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:7:32:0:0:8:32:0:0 chr17 41165878 . C T 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.296;QD=37.4746;RBI=0.0379737;REFB=0;REVB=0.0378439;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107152;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr17 41174025 . A C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0221709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.868;QD=16.4261;RBI=0.0338541;REFB=-0.0252045;REVB=-0.0255842;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13078;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0244071;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:5:6:7:3:5:6:7:4 chr17 41196407 . TGG GTA,TAG 92.58 PASS AF=0,0.315789;AO=2,7;DP=40;FAO=0,12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=0,9;FSAR=0,3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00587938,0.00264269;FXX=0.0499875;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=137.932,99.0966;QD=9.74497;RBI=0.0172488,0.0155302;REFB=-0.00641353,-0.0123002;REVB=-0.0162159,-0.0153037;RO=20;SAF=2,5;SAR=0,2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.555074,0.357767;STB=0.5,0.729338;STBP=1,0.06;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0177215;OID=.,.;OPOS=41196407,41196408;OREF=TGG,G;OALT=GTA,A;OMAPALT=GTA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:90:40:38:20:26:2,7:0,12:0,0.315789:0,2:2,5:8:12:0,3:0,9:11:15 chr17 41223094 . T C 363.08 PASS AF=0.475;AO=36;DP=78;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0110642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.561;QD=18.1538;RBI=0.0168281;REFB=-0.0139121;REVB=0.0126795;RO=42;SAF=9;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332478;STB=0.674124;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0148488;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:42:42:36:38:0.475:27:9:24:18:28:10:24:18 chr17 41234470 . A G 455.13 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0206562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.479;QD=28.4454;RBI=0.0254293;REFB=-0.0325432;REVB=-0.0148314;RO=22;SAF=24;SAR=18;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159325;STB=0.586626;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0183192;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:18:24:7:15:18:24:7:15 chr17 41244000 . T C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0252917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.168;QD=9.25821;RBI=0.0374734;REFB=-0.016603;REVB=-0.0276511;RO=28;SAF=11;SAR=1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62835;STB=0.889749;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.024248;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:1:11:12:16:1:11:12:16 chr17 41244435 . T C 86.83 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0351936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0182;QD=12.863;RBI=0.045352;REFB=0.0346175;REVB=-0.0286044;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185652;STB=0.610474;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0478244;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:8:3:7:9:8:3:7:9 chr17 41244936 . G A 120.36 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0213361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.28;QD=24.072;RBI=0.0217952;REFB=-0.00419286;REVB=0.00444955;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261482;STB=0.647765;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00199924;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:9:4:5:2:9:4:5:2 chr17 41245237 . A G 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00796916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8044;QD=14.0764;RBI=0.0632504;REFB=0.0266676;REVB=0.0627463;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284721;STB=0.666389;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.020881;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:6:10:4:8:6:10 chr17 41245466 . G A 222.38 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0116003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4001;QD=13.2761;RBI=0.053615;REFB=-0.0177105;REVB=-0.0523451;RO=40;SAF=18;SAR=8;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414156;STB=0.540201;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0260139;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:26:27:0.402985:8:18:29:11:9:18:29:11 chr17 41267763 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0122772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.224;QD=19.1091;RBI=0.030739;REFB=-0.020181;REVB=-0.0281808;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.441617;STB=0.799198;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0220662;OID=.;OPOS=41267763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:6:9:9:0.6:1:8:2:3:1:8:2:4 chr17 41291953 . C G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0186148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1151;QD=9.85809;RBI=0.0387277;REFB=-0.0100655;REVB=-0.0339607;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102844;STB=0.561949;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0210205;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:13:16:6:7:13:16 chr17 41330024 . T C 227.01 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0256943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9903;QD=13.553;RBI=0.0301007;REFB=-0.00880062;REVB=0.0156798;RO=38;SAF=14;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351254;STB=0.518833;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0116735;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:27:27:0.402985:13:14:21:17:13:14:22:18 chr17 41331460 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0171366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.614;QD=12.7388;RBI=0.0288997;REFB=-0.00407571;REVB=-0.0232708;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0067581;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:4:4:4:5:4:4:4:6 chr17 41332804 . T C 115.05 PASS AF=0.8;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00873723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3627;QD=30.6793;RBI=0.0241109;REFB=0.00209919;REVB=-0.0224722;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.533278;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0104372;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:15:1:3:12:12:0.8:6:6:0:1:6:6:1:2 chr17 41361960 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0304969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.667;QD=17.8402;RBI=0.0324546;REFB=-0.00453414;REVB=-0.0111014;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00491401;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:6:8:8:6:6:8 chr17 41362272 . C G 169.87 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0386095;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.075;QD=15.443;RBI=0.0535678;REFB=-0.00641173;REVB=0.0371324;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183322;STB=0.597587;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0146231;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:25:26:18:18:0.409091:13:5:11:14:13:5:11:15 chr17 41454935 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0144416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.901;QD=16.8984;RBI=0.0400783;REFB=0.00220307;REVB=-0.037386;RO=9;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214946;STB=0.627605;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00332204;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:1:9:7:2:1:9:7:2 chr17 41478317 . C A 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0203469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.768;QD=10.436;RBI=0.0379492;REFB=-0.0214964;REVB=-0.0320335;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2737;STB=0.635446;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0311576;OID=.;OPOS=41478317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:8:7:22:9:8:7:22:11 chr17 41843979 . C G 745.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0353;QD=62.1113;RBI=0.0384008;REFB=0;REVB=-0.0173199;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027966;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:29:16:0:0:29:19:0:0 chr17 41846508 . A G 572.05 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.05;QD=60.2162;RBI=0.0828456;REFB=0;REVB=0.0823782;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209111;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:10:26:0:0:12:26:0:0 chr17 41907079 . C T 112.16 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00780796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9662;QD=16.6171;RBI=0.0150371;REFB=-0.00275377;REVB=-0.0128511;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262873;STB=0.515128;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00280301;OID=.;OPOS=41907079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:5:9:8:5:5:9 chr17 41959808 . T C 3102.06 PASS AF=0.980861;AO=205;DP=209;FAO=205;FDP=209;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=130;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00410396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.603;QD=59.3696;RBI=0.00562368;REFB=-0.0844173;REVB=-0.0038449;RO=4;SAF=75;SAR=130;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247217;STB=0.512986;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00172306;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:209:209:4:4:205:205:0.980861:130:75:4:0:130:75:4:0 chr17 41960343 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9615;QD=50.413;RBI=0.0352213;REFB=0;REVB=-0.0349671;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567966;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1585.19 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028452;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.555;QD=58.7108;RBI=0.0303813;REFB=-0.0635843;REVB=0.0106539;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505494;STBP=0.289;TYPE=mnp;VARB=0.000409157;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:106:107:0.990741:44:62:0:0:45:62:0:1 chr17 41961451 . T C 364.79 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.144;QD=54.0429;RBI=0.049336;REFB=0;REVB=0.0433196;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166349;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:15:12:0:0 chr17 41994794 . C T 657.09 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.166;QD=59.7355;RBI=0.0289303;REFB=-0.0706078;REVB=0.0105171;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000569956;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:22:20:0:1:22:21:0:1 chr17 42030531 . G C 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.027763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.584;QD=16.1192;RBI=0.0290666;REFB=-0.012002;REVB=0.00860686;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345229;STB=0.519967;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00823859;OID=.;OPOS=42030531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:6:7:6:6:6:7 chr17 42030743 . G C 1068.37 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0244088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0742;QD=54.788;RBI=0.118241;REFB=-0.185413;REVB=0.115694;RO=4;SAF=47;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385706;STB=0.520403;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00873692;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:78:4:4:73:74:0.948718:26:47:4:0:27:47:4:0 chr17 42085972 . C T 122.95 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0978177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5928;QD=16.3929;RBI=0.146751;REFB=-0.0197932;REVB=0.109396;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841846;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0297489;OID=.;OPOS=42085972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:7:9:8:6:7:9 chr17 42152103 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.000394159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.794;QD=10.1411;RBI=0.0119452;REFB=-0.00679136;REVB=-0.0119387;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809768;STB=0.548936;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0171387;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:15:10:4:8:15:10 chr17 42164885 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.868;QD=46.8475;RBI=0.0217963;REFB=0;REVB=-0.00667366;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000410258;OID=.;OPOS=42164885;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr17 42213347 . G A 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.958;QD=57.7097;RBI=0.0225109;REFB=0;REVB=0.0192208;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24296e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr17 42225547 . A C 205.04 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.644;QD=48.2457;RBI=0.0707738;REFB=0;REVB=0.0477957;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115599;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:11:5:0:0:11:6:0:0 chr17 42228409 . A G 240.37 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00229649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.864;QD=28.2783;RBI=0.0135819;REFB=-0.0323817;REVB=-0.0133863;RO=12;SAF=15;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512975;STB=0.528277;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0170702;OID=.;OPOS=42228409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:7:15:9:3:7:15:9:3 chr17 42248346 . A T 619.92 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0843;QD=59.0401;RBI=0.0438822;REFB=-0.102082;REVB=-0.0415781;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00166625;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr17 42254527 . T G 514.03 PASS AF=1;AO=25;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241795;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.924;QD=58.7464;RBI=0.0242602;REFB=0;REVB=0.00197742;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433917;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:25:35:1:12:13:0:0:18:17:0:0 chr17 42254528 . C G 41.99 PASS AF=0.184211;AO=6;DP=37;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00143722;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.353;QD=4.42005;RBI=0.0255636;REFB=-0.00497271;REVB=0.0255232;RO=30;SAF=0;SAR=6;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.723894;STB=0.868551;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00876197;OID=.;OPOS=42254528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:37:38:30:31:6:7:0.184211:6:0:19:11:6:1:19:12 chr17 42255097 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.072;QD=55.6561;RBI=0.0142173;REFB=0;REVB=0.00492158;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06713e-05;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr17 42270291 . A G 594.29 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00855301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.863;QD=60.953;RBI=0.0549848;REFB=0;REVB=0.0543155;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442576;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr17 42287519 . C T 501.4 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2088;QD=58.9886;RBI=0.0242652;REFB=0;REVB=0.0217997;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409114;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr17 42330551 . GCCCCT GCCC,GCCCT 102.93 PASS AF=0,0.456311;AO=13,30;DP=103;FAO=0,47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=0,5;FSAR=0,42;FSRF=48;FSRR=8;FWDB=-0.0339227,0.0275161;FXX=0.0282992;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=67.7715,10.6731;QD=3.99713;RBI=0.0412668,0.0427666;REFB=-0.023159,-0.143518;REVB=-0.0234988,-0.0327391;RO=55;SAF=3,1;SAR=10,29;SRF=48;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.695092,-0.838912;STB=0.5,0.898865;STBP=1,0;TYPE=del,del;VARB=0,0.119533;OID=.,.;OPOS=42330555,42330552;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.456311:13,30:103:0,47:103:56:0,5:0,42:48:8:99:55:3,1:10,29:48:7 chr17 42338998 . T G 391.87 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0432828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1382;QD=13.5128;RBI=0.0435357;REFB=-0.0102614;REVB=0.00468607;RO=70;SAF=18;SAR=28;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875802;STB=0.549632;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0140388;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:70:46:46:0.396552:28:18:33:37:28:18:33:37 chr17 42392622 . T C 2295.54 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.238;QD=60.8091;RBI=0.0362952;REFB=0;REVB=0.0360777;RO=0;SAF=67;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96138e-05;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:83:67:0:0:83:68:0:0 chr17 42398052 . A G 162.52 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0424926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.443;QD=38.2408;RBI=0.043689;REFB=-0.0262715;REVB=0.0101542;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.562417;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00304598;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:17:17:1:2:15:15:0.882353:7:8:0:1:7:8:0:2 chr17 42398757 . C A 115.94 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.876;QD=42.1586;RBI=0.131515;REFB=0;REVB=0.0431963;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116991;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr17 42463012 . A AC 32.81 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=57;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.106921;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.8157;QD=2.34325;RBI=0.106921;REFB=-0.00426487;REVB=0.000201087;RO=47;SAF=3;SAR=6;SRF=36;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502433;STB=0.935869;STBP=0.059;TYPE=ins;VARB=0.101001;OID=.;OPOS=42463013;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857:9:57:8:56:48:1:7:37:11:32:47:3:6:36:11 chr17 42475983 . G C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00807586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.954;QD=19.0179;RBI=0.0136589;REFB=-0.012932;REVB=-0.0110157;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148555;STB=0.584364;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0122601;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:9:5:8:7:9:5 chr17 42837209 . G C 215.06 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0280689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.437;QD=13.0337;RBI=0.0294513;REFB=-0.00385348;REVB=-0.00891747;RO=39;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905172;STB=0.533308;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00429337;OID=.;OPOS=42837209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:18:8:15:24:18:9:15:24 chr17 42851729 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0141597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.872;QD=20.8931;RBI=0.0232161;REFB=-0.0446948;REVB=-0.0183981;RO=6;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034987;STB=0.519961;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0256537;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:8:2:1:5:8:2:1:5 chr17 42852604 . G T 235.5 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0245903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7959;QD=19.2247;RBI=0.0392482;REFB=-0.0322691;REVB=-0.0305899;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14923;STB=0.591422;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0475423;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:13:10:7:18:13:10:7:19 chr17 42852610 . T C 246.86 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0170533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.22;QD=19.7489;RBI=0.0417568;REFB=-0.0180541;REVB=-0.0381159;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19972;STB=0.600603;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0153211;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:12:11:7:19:13:11:7:19 chr17 42854610 . T C 219.08 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0220986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4367;QD=14.1342;RBI=0.0223481;REFB=-0.0125878;REVB=-0.00332988;RO=34;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802261;STB=0.502616;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0267905;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:34:36:24:26:0.419355:9:15:21:13:10:16:22:14 chr17 42855554 . T C 150.98 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0232306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.5795;QD=12.3248;RBI=0.0356916;REFB=-0.0412398;REVB=-0.0270966;RO=30;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19973;STB=0.637518;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0714212;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:32:17:17:0.346939:6:11:14:16:6:11:14:18 chr17 42857430 . G A 183.03 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0141855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9227;QD=13.3113;RBI=0.014284;REFB=0.00461128;REVB=-0.00167427;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494202;STB=0.527248;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0075415;OID=.;OPOS=42857430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:33:22:22:0.4:11:11:14:17:11:11:15:18 chr17 42857517 . C T 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0316687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.978;QD=21.7437;RBI=0.0317077;REFB=-0.0109405;REVB=-0.00157199;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.571334;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00614615;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:7:4:8:7:7:4 chr17 42880753 . C T 146.98 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00441601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5208;QD=17.292;RBI=0.0542128;REFB=-0.0192422;REVB=-0.0540326;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0171149;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:10:8:8:8:10:8 chr17 42925559 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0168402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.15;QD=10.6681;RBI=0.039652;REFB=-0.000616579;REVB=-0.0358983;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000446639;OID=.;OPOS=42925559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr17 42953409 . A G 128.23 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0136373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.623;QD=12.5099;RBI=0.0361951;REFB=-0.0146402;REVB=-0.0335278;RO=25;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19955;STB=0.649778;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0326383;OID=.;OPOS=42953409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:14:15:0.365854:3:11:16:9:3:12:16:10 chr17 42961009 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00924561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.546;QD=14.6576;RBI=0.0136825;REFB=0.000769127;REVB=0.0100861;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594337;STB=0.845621;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0015993;OID=.;OPOS=42961009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:13:4:11:2:13:4 chr17 42989063 . C T 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0240893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9642;QD=9.91652;RBI=0.0262323;REFB=0.0107868;REVB=-0.0103844;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293136;STB=0.642574;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00967716;OID=.;OPOS=42989063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:4:5:13:3:4:5:13:4 chr17 42989088 . C T 108.35 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0374853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1415;QD=13.5437;RBI=0.0490304;REFB=-0.00677486;REVB=-0.0316043;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544726;STB=0.531744;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0102424;OID=.;OPOS=42989088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:14:5:4:9:14:5 chr17 43037057 . C T 33.03 PASS AF=0.4375;AO=3;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00637373;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.878;QD=8.25656;RBI=0.00720371;REFB=-0.0253252;REVB=0.00335692;RO=6;SAF=1;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5997;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0579478;OID=.;OPOS=43037057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:16:16:6:9:3:7:0.4375:2:1:2:4:2:5:5:4 chr17 43175906 . C T 249.69 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0174922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0531;QD=18.4954;RBI=0.0254006;REFB=-0.0104357;REVB=0.0184177;RO=27;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693332;STB=0.538876;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0136688;OID=.;OPOS=43175906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:17:10:12:15:17:10:12:15 chr17 43181287 . A G 743.51 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.447;QD=63.277;RBI=0.0178872;REFB=0;REVB=0.0148493;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56968e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:21:25:0:0:21:26:0:0 chr17 43183028 . G A 241.88 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0154179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.188;QD=12.5654;RBI=0.0188522;REFB=-0.00586959;REVB=-0.0108487;RO=48;SAF=5;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316278;STB=0.684754;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0207908;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:24:5:19:29:24:5:19:29 chr17 43192548 . GT GTC,TC 192.61 PASS AF=1,0;AO=12,3;DP=18;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124572,0.0473378;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=23.4463,6.62428;QD=45.3198;RBI=0.016419,0.156709;REFB=0,0;REVB=0.010696,-0.149388;RO=2;SAF=7,0;SAR=5,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.11262,-0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000216796,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:2:0:12,3:17,0:1,0:5,3:7,0:2:0:8,0:9,0:0:0 chr17 43195663 . A G 182.54 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0122673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.719;QD=12.5888;RBI=0.0125987;REFB=-0.00978524;REVB=-0.0028705;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25234;STB=0.652849;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0214119;OID=.;OPOS=43195663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:22:23:0.396552:10:12:27:8:11:12:27:8 chr17 43195699 . G A 247.9 PASS AF=0.382716;AO=24;DP=74;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0466954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4215;QD=12.2417;RBI=0.0522961;REFB=-0.0238138;REVB=0.0235462;RO=50;SAF=8;SAR=16;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283987;STB=0.559136;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0261347;OID=.;OPOS=43195699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:50:50:24:31:0.382716:16:8:29:21:16:15:29:21 chr17 43227766 . T TTTGG 278.41 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613832;FXX=0.0869187;HRUN=3;LEN=4;MLLD=246.708;QD=53.0313;RBI=0.0124322;REFB=0;REVB=-0.0108111;RO=3;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000111084;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:21:21:21:0:14:7:0:0:4:3:12:6:2:1 chr17 43318778 . GC CG 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722784;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=233.003;QD=46.848;RBI=0.015841;REFB=0;REVB=0.0140959;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.73624e-05;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr17 43333138 . C T 209.89 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00791498;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.533;QD=18.2511;RBI=0.0145069;REFB=-0.00675124;REVB=0.0121575;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114699;STB=0.555502;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00727216;OID=.;OPOS=43333138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:25:21:21:0.456522:8:13:12:12:8:13:13:12 chr17 43340936 . G A,C 686.33 PASS AF=0.977778,0.0222222;AO=37,5;DP=42;FAO=44,1;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0617792,0.0168531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.617,111.426;QD=61.0068;RBI=0.145022,0.0431137;REFB=0,0;REVB=0.131205,0.0396832;RO=0;SAF=17,0;SAR=20,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000879611,0.42472;OID=.,.;OPOS=43340936,43340936;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:42:45:0:0:37,5:44,1:0.977778,0.0222222:20,5:17,0:0:0:25,0:19,1:0:0 chr17 43342141 . G C 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.918;QD=57.385;RBI=0.0249865;REFB=0;REVB=-0.0106138;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85699e-05;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:28:28:0:0:29:28:0:0 chr17 43364293 . C CG 243.52 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2887;QD=42.3518;RBI=0.0527241;REFB=0;REVB=-0.0211274;RO=3;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00409155;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:24:23:23:0:8:15:0:0:5:3:6:15:3:0 chr17 43506902 . G A 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=30;FWDB=0.0207689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.192;QD=3.93834;RBI=0.0221948;REFB=-0.0103043;REVB=0.00782678;RO=35;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256381;STB=0.666296;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0495168;OID=.;OPOS=43506902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:5:2:5:30:5:2:5:30 chr17 43922640 . G A 30.47 PASS AF=0.384615;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=13;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0230981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.769;QD=9.37456;RBI=0.0233649;REFB=-0.0118279;REVB=0.00352094;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.77305;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00916742;OID=.;OPOS=43922640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:8:8:5:5:0.384615:4:1:5:3:4:1:5:3 chr17 43923180 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00270508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.371;QD=12.86;RBI=0.0211055;REFB=-0.0178285;REVB=-0.0209315;RO=8;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334227;STB=0.519944;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0318264;OID=.;OPOS=43923180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:1:6:7:1:1:6:7:1 chr17 43923898 . A G 159.96 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1088;QD=45.7017;RBI=0.0352156;REFB=0;REVB=-0.0171262;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182312;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 43924412 . T C 1067.71 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215081;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.45;QD=60.1524;RBI=0.02938;REFB=0;REVB=0.0200146;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323352;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:39:32:0:0:39:32:0:0 chr17 44061025 . C T 1418.65 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245576;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.848;QD=61.6803;RBI=0.0270699;REFB=-0.091359;REVB=0.0113889;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.505262;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000551718;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:92:1:1:90:91:0.98913:43:47:1:0:44:47:1:0 chr17 44067382 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.102642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8562;QD=51.1835;RBI=0.10268;REFB=0;REVB=0.00278561;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225303;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 44077044 . T C 54.44 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00631178;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.741;QD=36.2917;RBI=0.0654756;REFB=0;REVB=0.0651706;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312622;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr17 44109474 . G A 492.6 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.833;QD=56.2972;RBI=0.0945801;REFB=0;REVB=0.0932238;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838965;OID=.;OPOS=44109474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:11:21:0:0:14:21:0:0 chr17 44144993 . C G 397.66 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00918135;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.937;QD=56.8087;RBI=0.065212;REFB=0;REVB=0.0645625;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526189;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:15:10:0:0:17:11:0:0 chr17 44998563 . G A 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.737;QD=60.7136;RBI=0.0408295;REFB=0;REVB=-0.0223649;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518942;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr17 45000547 . G C 756.58 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0373229;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2296;QD=55.0243;RBI=0.0867605;REFB=-0.149192;REVB=-0.0783224;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.50704;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00174374;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:55:1:1:54:54:0.981818:19:35:1:0:19:35:1:0 chr17 45126874 . C G 296.73 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.020548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.093;QD=22.3943;RBI=0.0229166;REFB=-0.00774457;REVB=-0.0101464;RO=23;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190053;STB=0.605722;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0080546;OID=.;OPOS=45126874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:22:8:11:12:22:8:11:12 chr17 45214527 . T C 33.1 PASS AF=0.285714;AO=4;DP=14;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0391206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7154;QD=9.45679;RBI=0.114745;REFB=0.00528527;REVB=0.107871;RO=8;SAF=3;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32623e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0311819;OID=.;OPOS=45214527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:14:14:8:8:4:4:0.285714:1:3:6:2:1:3:6:2 chr17 45214544 . T C 36.31 PASS AF=0.24;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0145741;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.618;QD=5.80953;RBI=0.0240957;REFB=-0.0381758;REVB=-0.0191886;RO=20;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455594;STB=0.717261;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0972434;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:25:25:20:19:5:6:0.24:4:1:12:8:4:2:12:7 chr17 45214582 . A G 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.018125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.962;QD=4.81092;RBI=0.0181381;REFB=0.000615833;REVB=0.000689949;RO=23;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223454;STB=0.650654;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0057955;OID=.;OPOS=45214582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:4:2:12:11:4:2:12:11 chr17 45219223 . A G 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.00305195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.135;QD=1.84567;RBI=0.00687514;REFB=0.00218805;REVB=0.00616062;RO=66;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215249;STB=0.660898;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.0157551;OID=.;OPOS=45219223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:66:68:8:8:0.105263:5:3:37:29:5:3:38:30 chr17 45219226 . T G 35.39 PASS AF=0.106667;AO=8;DP=75;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0191492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4454;QD=1.88758;RBI=0.0412771;REFB=-0.00181427;REVB=0.0365664;RO=67;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222115;STB=0.667347;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00752554;OID=.;OPOS=45219226;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:75:75:67:67:8:8:0.106667:5:3:38:29:5:3:38:29 chr17 45219239 . C T 41.27 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0717721;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.375;QD=2.14389;RBI=0.0718029;REFB=-0.00251354;REVB=0.00210305;RO=64;SAF=4;SAR=5;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122702;STB=0.587201;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0221949;OID=.;OPOS=45219239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:78:77:64:68:9:9:0.116883:5:4:35:29:5:4:37:31 chr17 45219241 . A C 40.45 PASS AF=0.113924;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=79;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.00857977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.232;QD=2.04803;RBI=0.0148571;REFB=-0.00152638;REVB=-0.0121294;RO=70;SAF=4;SAR=5;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999054;STB=0.574066;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0112511;OID=.;OPOS=45219241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:79:79:70:70:9:9:0.113924:5:4:37:33:5:4:37:33 chr17 45219255 . A G 34.04 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0218804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8781;QD=1.72367;RBI=0.023313;REFB=0.0027698;REVB=0.00804655;RO=71;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00816779;STB=0.506313;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0356454;OID=.;OPOS=45219255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:4:4:35:36:4:4:35:36 chr17 45219276 . A G 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00754054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.704;QD=2.28977;RBI=0.00914844;REFB=0.00362599;REVB=-0.00518019;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477306;STB=0.528637;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0144692;OID=.;OPOS=45219276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:74:62:65:9:9:0.121622:5:4:30:32:5:4:31:34 chr17 45219283 . T C 44.09 PASS AF=0.128571;AO=7;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0108178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.243;QD=2.51941;RBI=0.0167389;REFB=-0.0104917;REVB=-0.0127736;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180494;STB=0.501604;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0449924;OID=.;OPOS=45219283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:60:61:7:9:0.128571:5:2:26:34:5:4:27:34 chr17 45219296 . G C 38.39 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00561773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.172;QD=2.84355;RBI=0.0384566;REFB=-0.00350318;REVB=-0.0380441;RO=47;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562805;STB=0.540869;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0212408;OID=.;OPOS=45219296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:4:3:18:29:4:3:18:29 chr17 45234298 . G C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0136407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.12;QD=20.2093;RBI=0.0214827;REFB=-0.0119758;REVB=-0.0165963;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238661;STB=0.635555;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0143182;OID=.;OPOS=45234298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:8:5:7:3:8:5:7:3 chr17 45234343 . T G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.00317832;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.881;QD=14.3349;RBI=0.00338709;REFB=-0.00774567;REVB=-0.00117075;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28604;STB=0.66471;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0111837;OID=.;OPOS=45234343;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:18:8:10:7:18:8 chr17 45234360 . A C 154.84 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00439199;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.755;QD=13.4639;RBI=0.00676356;REFB=-0.0217359;REVB=0.00514356;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319143;STB=0.685574;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0214104;OID=.;OPOS=45234360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:19:10:11:6:19:10 chr17 45234403 . TT GG 94.74 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00302253;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=2;MLLD=130.31;QD=9.24269;RBI=0.025594;REFB=-0.0115995;REVB=0.0254149;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393415;STB=0.740335;STBP=0.067;TYPE=mnp;VARB=0.0245196;OID=.;OPOS=45234403;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:42:41:29:29:12:12:0.292683:9:3:17:12:9:3:17:12 chr17 45234406 . CA C 42.02 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0506885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.887;QD=4.54255;RBI=0.0542945;REFB=-0.00853192;REVB=-0.019457;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315258;STB=0.702539;STBP=0.26;TYPE=del;VARB=0.0278446;OID=.;OPOS=45234407;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189189:7:38:7:37:30:5:2:14:16:42:31:5:2:14:17 chr17 45234417 . A G 34.01 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0311429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.97;QD=3.8873;RBI=0.0520936;REFB=-0.00217294;REVB=-0.0417596;RO=29;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142104;STB=0.599658;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0128019;OID=.;OPOS=45234417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:2:4:16:13:2:4:16:13 chr17 45234420 . T G 94.7 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00771096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8114;QD=10.823;RBI=0.0229172;REFB=-0.0134421;REVB=-0.021581;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203466;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0445232;OID=.;OPOS=45234420;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:13:10:5:7:13:10 chr17 45234430 . A G 35.63 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00494409;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.918;QD=4.3188;RBI=0.00794058;REFB=-0.00155855;REVB=-0.00621359;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110448;STB=0.575511;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00911168;OID=.;OPOS=45234430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:35:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:16:11:3:3:16:11 chr17 45266522 . T C 176.08 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0038953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7848;QD=15.3115;RBI=0.0637583;REFB=-0.0303671;REVB=-0.0636392;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286145;STB=0.66494;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0413566;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:16:11:13:6:16:11 chr17 45266535 . T C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0217428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.46;QD=18.0347;RBI=0.0307806;REFB=0.00211946;REVB=-0.0217875;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1888;STB=0.607448;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00638723;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:15:12:14:8:15:12 chr17 45266571 . T A 217.75 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00718096;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.974;QD=17.0784;RBI=0.0139305;REFB=-0.00190255;REVB=-0.011937;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074191;STB=0.509796;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0012736;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:24:27:24:24:0.470588:12:12:10:14:12:12:13:14 chr17 45368337 . A C 1178.8 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0855745;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.39;QD=59.686;RBI=0.0860988;REFB=-0.06428;REVB=0.00948709;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.508472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000428396;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:49:29:0:0:49:29:1:0 chr17 45369777 . A G 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9358;QD=63.2827;RBI=0.0546705;REFB=0;REVB=0.0540195;RO=0;SAF=12;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12678e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362707;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:34:12:0:0:34:12:0:0 chr17 45369789 . G A 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0590256;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.236;QD=56.4877;RBI=0.0604849;REFB=-0.0267006;REVB=0.0132064;RO=1;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153437;STB=0.508192;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000180551;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:30:5:0:1:30:5:0:1 chr17 45388586 . T A 1139.41 PASS AF=0.951807;AO=77;DP=81;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0203258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.29;QD=54.9115;RBI=0.0302294;REFB=-0.0403368;REVB=0.0223758;RO=4;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674241;STB=0.533325;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00839147;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:81:83:4:4:77:79:0.951807:26:51:0:4:28:51:0:4 chr17 45425287 . C T 809.59 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.508;QD=56.8135;RBI=0.0563627;REFB=0;REVB=-0.0327857;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000957091;OID=.;OPOS=45425287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr17 45700384 . C A,CCTA 304.1 PASS AF=0.0333333,0.8;AO=2,24;DP=31;FAO=1,24;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=1,10;FSAR=0,14;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0972332,0.0751474;FXX=0.0322477;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=62.2761,184.068;QD=40.5462;RBI=0.0986952,0.0760077;REFB=-0.0235652,-0.00431573;REVB=-0.0169247,0.0114035;RO=5;SAF=1,10;SAR=1,14;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0967026,-0.0591293;STB=0.986861,0.532137;STBP=0.509,0.456;TYPE=snp,ins;VARB=0.176303,0.00675143;OID=.,.;OPOS=45700384,45700385;OREF=C,-;OALT=A,CTA;OMAPALT=A,CCTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:31:30:5:5:2,24:1,24:0.0333333,0.8:1,14:1,10:3:2:0,14:1,10:3:2 chr17 45760349 . T C 724.16 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0443005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.206;QD=59.1147;RBI=0.0447837;REFB=-0.116297;REVB=-0.00656066;RO=1;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025408;STB=0.526304;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000554014;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:29:18:1:0:29:18:2:0 chr17 45760429 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.934;QD=53.2772;RBI=0.041815;REFB=0;REVB=0.0262562;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181295;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 45760433 . T C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00912726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.384;QD=52.6057;RBI=0.0176595;REFB=0;REVB=0.0151179;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.38299e-05;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr17 45885687 . A G 1023.8 PASS AF=1;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121605;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.35;QD=59.3505;RBI=0.018042;REFB=0;REVB=0.0133281;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472756;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:36:33:0:0 chr17 45885756 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.05;QD=62.0078;RBI=0.0350246;REFB=0;REVB=-0.00681073;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41871e-05;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:55:29:0:0:55:29:0:0 chr17 45887951 . G T 266.62 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.338;QD=50.7845;RBI=0.0553294;REFB=0;REVB=0.0408083;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582145;OID=.;OPOS=45887951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr17 45915788 . T C 478.04 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.566;QD=57.9443;RBI=0.0417095;REFB=0;REVB=0.0310409;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154725;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:22:11:0:0 chr17 45923019 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.792;QD=39.2068;RBI=0.0345584;REFB=0;REVB=0.0211381;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387931;OID=.;OPOS=45923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr17 45994044 . C T 666.64 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4985;QD=62.0131;RBI=0.0725356;REFB=0;REVB=0.0682771;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000649171;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:14:28:0:0:15:28:0:0 chr17 45994094 . T C 851.05 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9497;QD=57.6984;RBI=0.0366718;REFB=0;REVB=0.0181772;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57077e-05;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chr17 45994116 . G T 131.68 PASS AF=0.259259;AO=12;DP=56;FAO=14;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0189994;FXX=0.0357079;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.3601;QD=9.75434;RBI=0.0266642;REFB=-0.0239173;REVB=0.0187083;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144712;STB=0.518492;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0823928;OID=.;OPOS=45994116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:17:34:12:14:0.259259:4:8:9:8:4:10:25:9 chr17 45994154 . G A 379.96 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278021;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5613;QD=56.2896;RBI=0.0379981;REFB=0;REVB=-0.0259018;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324394;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr17 46002744 . G T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.63;QD=63.583;RBI=0.0351362;REFB=0;REVB=0.0177303;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147709;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr17 46005792 . A ACT 708.83 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179142;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.643;QD=54.5254;RBI=0.019218;REFB=-0.11277;REVB=0.00695803;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=ins;VARB=0.000803119;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.980769:50:52:51:52:1:24:27:1:0:4:1:23:27:1:0 chr17 46026156 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000324834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.421;QD=56.191;RBI=0.0776072;REFB=0;REVB=-0.0776065;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221576;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr17 46029962 . ACTCT A 126.23 PASS AF=0.428571;AO=13;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0447825;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=247.408;QD=14.4261;RBI=0.0475787;REFB=-0.0278937;REVB=0.0160704;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514553;STB=0.76523;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0455778;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:13:35:15:35:20:4:11:15:5:99:20:3:10:15:5 chr17 46052883 . G A 277.05 PASS AF=0.52;AO=22;DP=46;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00943915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.666;QD=22.1641;RBI=0.0268738;REFB=-0.0139209;REVB=-0.0251616;RO=23;SAF=18;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437831;STB=0.770982;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00667412;OID=.;OPOS=46052883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:50:23:24:22:26:0.52:4:18:9:14:4:22:9:15 chr17 46136133 . G C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.067036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.493;QD=12.7291;RBI=0.0681031;REFB=-0.0024425;REVB=-0.0120086;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00223963;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:5:7:5:4:5:7 chr17 46137055 . GCTGGAC G 72.69 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00126474;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=282.625;QD=8.81069;RBI=0.0141426;REFB=-0.00960267;REVB=-0.0140859;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361526;STB=0.746137;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.0203499;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:10:32:10:33:23:8:2:11:12:72:18:8:2:9:9 chr17 46166073 . G A 325.39 PASS AF=0.315789;AO=42;DP=133;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0182705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.983;QD=9.78616;RBI=0.0185587;REFB=-0.0161453;REVB=0.003258;RO=90;SAF=20;SAR=22;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243049;STB=0.517605;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0359765;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:90:91:42:42:0.315789:22:20:41:49:22:20:41:50 chr17 46507417 . G A 523.0 PASS AF=0.459016;AO=56;DP=122;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0131631;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.513;QD=17.1474;RBI=0.0217666;REFB=-0.00867365;REVB=0.0173354;RO=66;SAF=18;SAR=38;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267578;STB=0.649226;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00773557;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:66:66:56:56:0.459016:38:18:39:27:38:18:39:27 chr17 46607021 . T C 1491.7 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0140821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4423;QD=56.2907;RBI=0.0168145;REFB=-0.0460929;REVB=0.00918825;RO=2;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163563;STB=0.503244;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.014025;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:2:3:103:103:0.971698:57:46:0:2:57:46:1:2 chr17 46626811 . G GGACA 48.11 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00260754;FXX=0.181653;HRUN=3;LEN=4;MLLD=322.753;QD=21.383;RBI=0.0326917;REFB=-0.00684227;REVB=-0.0325875;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559127;STB=0.79893;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.00483583;OID=.;OPOS=46626812;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=GGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:6:11:6:9:3:5:1:0:3:18:4:5:1:0:4 chr17 46629593 . G T 374.52 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0151778;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.932;QD=38.4122;RBI=0.021446;REFB=-0.154806;REVB=0.0151514;RO=6;SAF=5;SAR=25;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229175;STB=0.632811;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00781942;OID=.;OPOS=46629593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:39:39:6:9:30:30:0.769231:25:5:4:2:25:5:5:4 chr17 46653038 . T A 1045.81 PASS AF=1;AO=23;DP=77;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.224546;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.281;QD=59.7605;RBI=0.234176;REFB=0;REVB=0.0664641;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103245;OID=.;OPOS=46653038;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:70:0:0:23:70:1:17:6:0:0:50:20:0:0 chr17 46670520 . T C 435.1 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00883116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.541;QD=54.3879;RBI=0.0404592;REFB=-0.0644105;REVB=-0.0394836;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00268659;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr17 46684929 . A G 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.375;QD=57.1889;RBI=0.0814683;REFB=0;REVB=-0.0158623;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067763;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr17 46688256 . T C 269.93 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6949;QD=51.4145;RBI=0.0761284;REFB=0;REVB=0.0384594;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00305703;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr17 46689680 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.517;QD=45.8063;RBI=0.0781546;REFB=0;REVB=0.0480478;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567337;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr17 46805443 . A G 645.83 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0283954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0755;QD=48.7421;RBI=0.028411;REFB=-0.0149144;REVB=-0.000940538;RO=4;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722155;STB=0.538446;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0049168;OID=.;OPOS=46805443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:24:25:0:4:24:25:0:4 chr17 46842983 . T C 399.78 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0461876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.521;QD=53.3036;RBI=0.0556296;REFB=0.016471;REVB=0.0310058;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00185336;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:0:1:29:29:0.966667:15:14:0:0:15:14:0:1 chr17 46847364 . C A 111.39 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0738976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3298;QD=15.9124;RBI=0.078171;REFB=-0.016948;REVB=0.0254922;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169167;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0191795;OID=.;OPOS=46847364;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:8:5:8:6:8:5:9:6 chr17 46881748 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0054861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.771;QD=56.7066;RBI=0.0220341;REFB=0;REVB=0.0213403;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62402e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr17 46894377 . A C 369.18 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00727032;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.812;QD=22.0408;RBI=0.0409689;REFB=-0.0422084;REVB=-0.0403186;RO=28;SAF=19;SAR=18;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205841;STB=0.609895;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0183201;OID=.;OPOS=46894377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:28:30:37:37:0.552239:18:19:7:21:18:19:8:22 chr17 46923384 . G A 235.44 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.00281912;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.844;QD=13.08;RBI=0.00771245;REFB=-0.00494404;REVB=-0.00717875;RO=44;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595443;STB=0.534044;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0055096;OID=.;OPOS=46923384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:44:44:28:28:0.388889:13:15:26:18:13:15:26:18 chr17 46926615 . G A 166.08 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.032179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1647;QD=15.4491;RBI=0.0352616;REFB=-0.00966073;REVB=0.0144186;RO=25;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048853;STB=0.528022;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0133814;OID=.;OPOS=46926615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:5:13:19:6:5:13:19:6 chr17 46934001 . GCATTCA GCA,GCATTCC 185.76 PASS AF=0.272727,0.636364;AO=3,6;DP=13;FAO=6,14;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5,10;FSAR=1,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000387686,0.0438206;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=4,1;MLLD=69.2139,68.0712;QD=33.7743;RBI=0.0101694,0.0440976;REFB=-0.0789748,-0.0235017;REVB=0.010162,0.00493451;RO=0;SAF=2,5;SAR=1,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.583085,0.545392;STBP=0.683,0.55;TYPE=del,snp;VARB=0.111172,0.0138941;OID=.,.;OPOS=46934002,46934007;OREF=CATT,A;OALT=-,C;OMAPALT=GCA,GCATTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.272727,0.636364:3,6:13:6,14:22:2:5,10:1,4:2:0:25:0:2,5:1,1:0:0 chr17 46970836 . A G 690.78 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.56;QD=62.7981;RBI=0.0453102;REFB=0;REVB=0.0408963;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176053;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:18:20:0:0:23:21:0:0 chr17 46972479 . ATCTC A 95.24 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00822113;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.493;QD=11.544;RBI=0.0191867;REFB=-0.0162047;REVB=0.0173362;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202063;STB=0.652804;STBP=0.19;TYPE=del;VARB=0.0231736;OID=.;OPOS=46972480;OREF=TCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:11:33:12:33:21:4:8:12:9:95:20:4:7:11:9 chr17 47000251 . C T 197.84 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000625391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.043;QD=12.973;RBI=0.0202553;REFB=-0.0233215;REVB=-0.0202456;RO=34;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707983;STB=0.553146;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0243847;OID=.;OPOS=47000251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:37:24:24:0.393443:15:9:15:19:15:9:17:20 chr17 47014675 . C T 518.3 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2274;QD=59.2338;RBI=0.0343132;REFB=0;REVB=0.0342382;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346416;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr17 47026836 . G C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00693812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.958;QD=15.8387;RBI=0.0799924;REFB=-0.0174633;REVB=0.079691;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0557541;OID=.;OPOS=47026836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:3:5:4:3:3:5:4:3 chr17 47036043 . C G 251.63 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.057806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5067;QD=17.06;RBI=0.0585052;REFB=-0.0219619;REVB=-0.00901745;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591833;STB=0.523793;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.018899;OID=.;OPOS=47036043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:27:28:0.474576:14:13:13:18:15:13:13:18 chr17 47039132 . T C 296.34 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00778235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.554;QD=28.911;RBI=0.00967722;REFB=-0.012295;REVB=-0.00575183;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221316;STB=0.512186;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00600523;OID=.;OPOS=47039132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:13:13:7:8:13:13:7:8 chr17 47210429 . A G 180.5 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0461076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9723;QD=13.8845;RBI=0.0849506;REFB=0.00326809;REVB=-0.0713491;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911861;STB=0.552436;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0104796;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:15:16:9:12:15:16 chr17 47241604 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.608;QD=61.6839;RBI=0.0479039;REFB=0;REVB=0.0456027;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173416;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr17 47293906 . G A 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00436172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.163;QD=11.8157;RBI=0.00437988;REFB=-0.00712262;REVB=-0.000398442;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157058;STB=0.590717;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0110412;OID=.;OPOS=47293906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:23:18:14:10:23:18 chr17 47297297 . T C 1475.25 PASS AF=0.969388;AO=93;DP=98;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0197843;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.092;QD=60.2143;RBI=0.0260409;REFB=-0.0450316;REVB=-0.0169326;RO=3;SAF=45;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0089248;STB=0.504941;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.000218663;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:98:98:3:3:93:95:0.969388:48:45:1:2:48:47:1:2 chr17 47375808 . C A 126.61 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0119611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0458;QD=11.2544;RBI=0.0354589;REFB=-0.00117781;REVB=-0.0333806;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039362;STB=0.523334;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00102987;OID=.;OPOS=47375808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:11:19:9:6:11:19 chr17 47588000 . C T 126.86 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00984706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.8342;QD=19.5172;RBI=0.0156403;REFB=-0.0231957;REVB=-0.0121513;RO=12;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584636;STB=0.533285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.02976;OID=.;OPOS=47588000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:6:8:6:6:6:8:6:6 chr17 47888852 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.77;QD=43.4849;RBI=0.0457823;REFB=0;REVB=0.0184837;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637467;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr17 47903381 . C T 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.029496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.39;QD=14.7949;RBI=0.0296781;REFB=-0.00675824;REVB=-0.00328241;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134978;STB=0.588138;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0101615;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:10:8:15:11:10:8:16:11 chr17 48067439 . G A 109.97 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0101921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.2586;QD=14.6628;RBI=0.0227982;REFB=-0.00593468;REVB=-0.0203932;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330187;STB=0.692012;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.028434;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:6:11:4:9:6:11 chr17 48067953 . T C 381.78 PASS AF=0.558824;AO=37;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=0.000211563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.14;QD=22.4574;RBI=0.0121824;REFB=-0.0146252;REVB=0.0121806;RO=30;SAF=28;SAR=9;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131087;STB=0.567628;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0142639;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:30:30:37:38:0.558824:9:28:26:4:9:29:26:4 chr17 48070820 . G A 442.62 PASS AF=0.54321;AO=42;DP=80;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00498775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4634;QD=21.8579;RBI=0.0630146;REFB=-0.00312167;REVB=0.0628169;RO=37;SAF=31;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261678;STB=0.621072;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00648449;OID=.;OPOS=48070820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:37:37:42:44:0.54321:11:31:17:20:13:31:17:20 chr17 48072225 . G A 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00374879;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.771;QD=11.8415;RBI=0.00701741;REFB=-0.0180383;REVB=-0.00593217;RO=39;SAF=8;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174831;STB=0.5101;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0307288;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:15:8:13:26:15:8:13:26 chr17 48258140 . T C 732.44 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.966;QD=54.2551;RBI=0.0520083;REFB=0.0133516;REVB=0.0371412;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-3.80191e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:29:23:0:1:30:23:0:1 chr17 48258321 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.046;QD=51.1839;RBI=0.0325706;REFB=0;REVB=0.0305763;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262012;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr17 48265495 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.67;QD=50.4129;RBI=0.054194;REFB=0;REVB=0.0528076;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278618;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 48267291 . G C 49.58 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0498623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.184;QD=15.255;RBI=0.0617266;REFB=-0.0359374;REVB=0.0363857;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183473;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0369894;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:4:2:4:3:4:2 chr17 48268223 . A G 239.37 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.498;QD=50.3939;RBI=0.0105576;REFB=0;REVB=-0.00833908;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19974e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:14:5:0:0 chr17 48269903 . A G 228.15 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0566888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9625;QD=13.8274;RBI=0.0656292;REFB=-0.0207832;REVB=-0.0330692;RO=39;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474072;STB=0.527007;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0270558;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:13:14:22:17:13:14:22:17 chr17 48276971 . G C 1011.54 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224448;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.857;QD=59.5022;RBI=0.0238336;REFB=0;REVB=0.00801699;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1747e-05;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:46:22:0:0 chr17 48356260 . G C 208.22 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00632737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.573;QD=18.1065;RBI=0.0156145;REFB=0.00301621;REVB=0.014275;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238229;STB=0.613391;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00183455;OID=.;OPOS=48356260;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:25:20:21:0.456522:12:8:14:7:12:9:16:9 chr17 48585912 . CGC CG,GCG 35.67 PASS AF=0.4,0.05;AO=8,2;DP=22;FAO=8,1;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2,0;FSAR=6,1;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0489924,-0.0502132;FXX=0.0908678;HRUN=5,1;LEN=1,3;MLLD=11.7142,22.0036;QD=7.13362;RBI=0.0625062,0.055332;REFB=-0.143423,-0.0768323;REVB=-0.038817,-0.0232435;RO=10;SAF=1,1;SAR=7,1;SRF=1;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0562132,0.493481;STB=0.639715,0.981909;STBP=0.445,0.636;TYPE=del,mnp;VARB=0.144107,0.156675;OID=.,.;OPOS=48585914,48585912;OREF=C,CGC;OALT=-,GCG;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:22:20:10:11:8,2:8,1:0.4,0.05:7,1:1,1:1:9:6,1:2,0:1:10 chr17 48585922 . CG C 54.14 PASS AF=0.44;AO=13;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0241518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6442;QD=8.66303;RBI=0.0984961;REFB=-0.144134;REVB=-0.0954891;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02024;STB=0.538395;STBP=0.819;TYPE=del;VARB=0.143424;OID=.;OPOS=48585923;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:13:25:11:25:14:2:9:2:12:53:12:2:11:2:10 chr17 48598785 . G A 929.84 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.764;QD=58.1147;RBI=0.0628243;REFB=0;REVB=0.0165632;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019857;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:35:27:0:0:35:29:0:0 chr17 48599450 . A T 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.029;QD=45.1041;RBI=0.0323072;REFB=-0.0236767;REVB=-0.0102397;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000360298;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:14:4:0:0:14:4:0:1 chr17 48603503 . C T 469.41 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203674;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.332;QD=58.6761;RBI=0.0215225;REFB=0;REVB=-0.00695601;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027615;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 48606537 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3794;QD=44.6896;RBI=0.0936066;REFB=0;REVB=-0.0755343;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00627785;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr17 48607614 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.702;QD=39.2068;RBI=0.0384297;REFB=0;REVB=0.0157534;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307901;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 48608717 . T C 1286.85 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00453783;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.914;QD=62.017;RBI=0.0104232;REFB=0;REVB=0.0093836;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41077e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr17 48610272 . G C 1077.04 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175137;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.185;QD=59.016;RBI=0.0588451;REFB=0;REVB=0.0561785;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113753;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:87:73:0:0:77:73:1:33:44:0:0:34:39:0:0 chr17 48613837 . A G 1476.8 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126318;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.191;QD=57.3514;RBI=0.0135146;REFB=-0.00841356;REVB=0.00480445;RO=2;SAF=50;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185965;STB=0.509802;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000207006;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:2:2:101:101:0.980583:51:50:2:0:51:50:2:0 chr17 48628160 . A G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0030633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.939;QD=11.0198;RBI=0.0212159;REFB=-0.0167596;REVB=-0.0209936;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.642419;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0222605;OID=.;OPOS=48628160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:2:6:3:3:2:6 chr17 48628470 . T A 444.56 PASS AF=0.505747;AO=44;DP=87;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0484053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5432;QD=20.4397;RBI=0.055037;REFB=-0.0209595;REVB=-0.0261915;RO=43;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174074;STB=0.59623;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0316934;OID=.;OPOS=48628470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:43:44:44:0.505747:20:24:15:28:20:24:15:28 chr17 48629458 . A G 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0437404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0299;QD=56.9974;RBI=0.043741;REFB=0;REVB=0.000222202;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464572;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr17 48653354 . C A 124.86 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00473488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.488;QD=17.8368;RBI=0.00476714;REFB=-0.00600587;REVB=-0.000553615;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204512;STB=0.6178;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0233372;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:7:7:4:10:7:7 chr17 48701800 . C T 375.5 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9169;QD=55.6295;RBI=0.139729;REFB=0;REVB=0.119739;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470463;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 48703752 . T C 937.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.225;QD=58.5956;RBI=0.018309;REFB=0;REVB=0.0139461;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111645;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr17 48712711 . C G 785.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.372;QD=64.136;RBI=0.043403;REFB=0;REVB=0.019242;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12633e-05;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr17 48735451 . C A 159.74 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0466633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1661;QD=19.9679;RBI=0.0656229;REFB=-0.0177529;REVB=0.0461401;RO=14;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338267;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180503;OID=.;OPOS=48735451;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:15:17:17:0.53125:9:8:6:8:9:8:7:8 chr17 48753423 . C T 428.73 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.934;QD=57.1634;RBI=0.0429096;REFB=0;REVB=0.0327105;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64505e-05;OID=.;OPOS=48753423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr17 48761105 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.461;QD=51.1845;RBI=0.0357477;REFB=0;REVB=0.0147383;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242452;OID=.;OPOS=48761105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr17 48776894 . T C 266.76 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00935631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.995;QD=18.0854;RBI=0.0467753;REFB=-0.0253129;REVB=0.04583;RO=30;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12456;STB=0.5594;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0203928;OID=.;OPOS=48776894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:28:29:0.491525:13:15:12:18:14:15:12:18 chr17 48916935 . G A 169.77 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.00394882;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.995;QD=15.7923;RBI=0.0680319;REFB=0.0156935;REVB=0.0679172;RO=24;SAF=15;SAR=3;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507034;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.0210605;OID=.;OPOS=48916935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:3:15:20:4:3:15:21:4 chr17 48917609 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00813994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.168;QD=14.3337;RBI=0.0587634;REFB=-0.00692337;REVB=-0.0581969;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.786112;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.020273;OID=.;OPOS=48917609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:5:5:8:1:5:5 chr17 48917645 . A C 151.16 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0476842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.571;QD=20.1542;RBI=0.0481825;REFB=0.00571262;REVB=-0.00691161;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257931;STB=0.634435;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00269771;OID=.;OPOS=48917645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:13:14:16:16:0.533333:12:4:7:6:12:4:7:7 chr17 48940422 . T C 66.27 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00898073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0317;QD=12.0497;RBI=0.0373711;REFB=-0.00747484;REVB=0.036276;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0264009;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:5:8:3:6:5:8 chr17 49255306 . TTAATAATAATAAT TTAATAATAAT,TTAATAATAATA 70.28 PASS AF=0.5,0.0625;AO=6,2;DP=16;FAO=8,1;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5,1;FSAR=3,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0331196,0.0257886;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,2;MLLD=199.483,199.569;QD=17.5694;RBI=0.0414687,0.0459881;REFB=0.00237086,0.00455541;REVB=0.0249548,0.0380769;RO=4;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0648362,0.569412;STB=0.526249,0.987707;STBP=0.909,0.502;TYPE=del,del;VARB=-0.00106967,-0.0422949;OID=.,.;OPOS=49255307,49255318;OREF=TAA,AT;OALT=-,-;OMAPALT=TTAATAATAAT,TTAATAATAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.0625:6,2:16:8,1:16:7:5,1:3,0:4:3:45:4:4,2:2,0:3:1 chr17 49338257 . C T 353.79 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0024845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.212;QD=18.6204;RBI=0.00427616;REFB=-0.00543499;REVB=0.00348035;RO=39;SAF=11;SAR=26;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657316;STB=0.536726;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00669036;OID=.;OPOS=49338257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:26:11:14:25:26:11:14:25 chr17 49350802 . A C 310.47 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00601922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.379;QD=23.4317;RBI=0.0063401;REFB=-0.0196828;REVB=0.00199145;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171912;STB=0.594632;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0133578;OID=.;OPOS=49350802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:7:15:14:17:7:15 chr17 49365558 . C T 145.19 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00559962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.087;QD=16.1325;RBI=0.0114498;REFB=-0.0173132;REVB=-0.00998712;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259529;STB=0.514907;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0199634;OID=.;OPOS=49365558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:7:13:10:6:7:13 chr17 49713300 . G A 320.63 PASS AF=0.404494;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.057091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.887;QD=14.4104;RBI=0.0581184;REFB=-0.027638;REVB=0.0108794;RO=50;SAF=14;SAR=21;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245722;STB=0.642126;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0297695;OID=.;OPOS=49713300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:53:35:36:0.404494:21:14:32:18:21:15:35:18 chr17 51901084 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.06;QD=54.5173;RBI=0.051556;REFB=0;REVB=-0.00368593;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018075;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr17 51901205 . G T 103.65 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0268024;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.835;QD=27.6396;RBI=0.0290473;REFB=-0.00363488;REVB=-0.0111972;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986657;STB=0.555457;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00223872;OID=.;OPOS=51901205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:16:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:1:3:6:5:1:3 chr17 51901385 . C T 729.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.1;QD=57.2021;RBI=0.0713003;REFB=0;REVB=0.0662877;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211664;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr17 51901643 . C T 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.519;QD=62.0084;RBI=0.0419252;REFB=0;REVB=-0.0300202;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8893e-06;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr17 51901703 . C G 310.29 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150277;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.655;QD=53.9629;RBI=0.0654103;REFB=0;REVB=-0.0636606;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292089;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:24:23:1:16:8:0:0:15:8:0:0 chr17 51902252 . C T 648.12 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.305;QD=61.7253;RBI=0.0407957;REFB=0;REVB=0.0389632;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18016e-05;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr17 53038654 . A C 107.99 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0394982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9042;QD=13.0901;RBI=0.0720122;REFB=0.00665345;REVB=0.0602133;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.553406;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00908795;OID=.;OPOS=53038654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:9:11:6:7:9:11 chr17 53076799 . G A 54.67 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.012079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.578;QD=9.111;RBI=0.0173213;REFB=-0.0053576;REVB=-0.0124147;RO=16;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570635;STB=0.854614;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00969054;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:1:7:6:10:1:7:6:10 chr17 53237959 . T C 475.0 PASS AF=0.476636;AO=51;DP=107;FAO=51;FDP=107;FR=.;FRO=56;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0484321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.359;QD=17.7569;RBI=0.0521495;REFB=-0.0125621;REVB=-0.0193365;RO=53;SAF=38;SAR=13;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761173;STB=0.554975;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0132916;OID=.;OPOS=53237959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:53:56:51:51:0.476636:13:38:36:17:13:38:37:19 chr17 53238728 . G A 312.49 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0726505;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4295;QD=12.1356;RBI=0.083181;REFB=-0.0157736;REVB=0.040509;RO=65;SAF=18;SAR=20;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647939;STB=0.537018;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0405484;OID=.;OPOS=53238728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:65:65:38:38:0.368932:20:18:27:38:20:18:27:38 chr17 53471105 . T G 273.87 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.000936306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.777;QD=12.7381;RBI=0.00582214;REFB=-0.00638013;REVB=0.00574636;RO=52;SAF=12;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968801;STB=0.557193;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00959344;OID=.;OPOS=53471105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:54:32:32:0.372093:20:12:24:28:20:12:25:29 chr17 53851228 . C T 1012.27 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308588;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.516;QD=59.5456;RBI=0.0314553;REFB=0;REVB=-0.00609663;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227215;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr17 54450038 . C A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.000786303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.766;QD=16.3858;RBI=0.0573061;REFB=-0.0150722;REVB=0.0573007;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207482;STB=0.618816;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0184699;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:7:1:3:6:7:1 chr17 54450134 . G A 149.42 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00601414;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.309;QD=18.6779;RBI=0.0373681;REFB=-0.0103973;REVB=0.0368809;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110637;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:16:16:16:0.5:6:10:11:6:6:10:10:6 chr17 54534634 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0160435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2359;QD=10.6346;RBI=0.0305464;REFB=-0.00151323;REVB=-0.025994;RO=13;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196049;STB=0.621869;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000870718;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:1:7:10:3:1:7:10:3 chr17 54672288 . CGGGGGC CGGG,CGGGGC,CGGGG,CGGGGG 890.75 PASS AF=0,0,0.991071,0;AO=12,16,12,27;DP=112;FAO=0,0,111,0;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0,59,0;FSAR=0,0,52,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.263891,0.730408,0.282917,-0.185493;FXX=0.0175423;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,1,2,1;MLLD=14.2144,8.35785,15.1177,8.37238;QD=31.8126;RBI=0.267897,0.848357,0.299658,0.644031;REFB=-0.0402949,-0.0592633,-0.0300359,0.0174687;REVB=-0.046152,-0.431525,0.0987547,0.616739;RO=13;SAF=0,0,5,26;SAR=12,16,7,1;SRF=13;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0.375;SSSB=-0.867643,-0.873708,-0.504935,-0.185482;STB=0.5,0.5,0.504761,0.5;STBP=1,1,0.304,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=-0.069836,0.179033,0.0108753,-0.00213536;OID=.,.,.,.;OPOS=54672292,54672289,54672293,54672294;OREF=GGC,G,GC,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGGC,CGGGG,CGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,0.991071,0:12,16,12,27:112:0,0,111,0:112:1:0,0,59,0:0,0,52,0:0:1:10:13:0,0,5,26:12,16,7,1:13:0 chr17 54921494 . A C 433.31 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251459;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.236;QD=57.7741;RBI=0.0286817;REFB=0;REVB=0.0137959;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123113;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:15:13:0:0:17:13:0:0 chr17 54978794 . G A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.856;QD=60.9785;RBI=0.0559266;REFB=0;REVB=0.0488374;RO=0;SAF=31;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142563;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:8:31:0:0:8:31:0:0 chr17 55027850 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.515;QD=53.9107;RBI=0.0787223;REFB=0;REVB=0.0607056;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155009;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr17 55182811 . CT C 390.05 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.1093;QD=37.1481;RBI=0.054523;REFB=0;REVB=0.0213745;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00155807;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:42:42:42:0:15:27:0:0:8:0:12:24:0:0 chr17 55183203 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.166;QD=53.2747;RBI=0.0155821;REFB=0;REVB=0.00321746;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141669;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr17 55183716 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.772;QD=57.6754;RBI=0.0460133;REFB=0;REVB=0.026888;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73414e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr17 55822171 . T C 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0168596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.751;QD=11.9165;RBI=0.0344783;REFB=-0.0310967;REVB=-0.030075;RO=36;SAF=14;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179256;STB=0.596126;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0610842;OID=.;OPOS=55822171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:36:37:22:22:0.372881:8:14:17:19:8:14:18:19 chr17 55822214 . T A 188.76 PASS AF=0.338028;AO=24;DP=71;FAO=24;FDP=71;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.013955;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9616;QD=10.6342;RBI=0.0326565;REFB=0.000316639;REVB=-0.0295246;RO=44;SAF=10;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349786;STB=0.508468;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.000952214;OID=.;OPOS=55822214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:47:24:24:0.338028:14:10:17:27:14:10:19:28 chr17 55822467 . G A 384.93 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0233921;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.24;QD=23.329;RBI=0.0240391;REFB=-0.00503089;REVB=-0.00553933;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112221;STB=0.555526;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00321621;OID=.;OPOS=55822467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:27:28:38:38:0.575758:25:13:13:14:25:13:13:15 chr17 55950064 . C T 371.0 PASS AF=0.4;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=0.0196761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.93;QD=14.8402;RBI=0.019677;REFB=-0.00399248;REVB=-0.000189443;RO=60;SAF=16;SAR=23;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251719;STB=0.632549;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00637717;OID=.;OPOS=55950064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:60:60:39:40:0.4:23:16:39:21:23:17:39:21 chr17 55951037 . C T 529.15 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0726638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.154;QD=19.4184;RBI=0.0732058;REFB=-0.0103723;REVB=0.00889128;RO=54;SAF=15;SAR=40;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463693;STB=0.525658;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00812982;OID=.;OPOS=55951037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:40:15:17:37:40:15:17:37 chr17 56050764 . G C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000808289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.242;QD=12.8684;RBI=0.0356796;REFB=-0.0062345;REVB=-0.0356704;RO=16;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185652;STB=0.610474;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0109952;OID=.;OPOS=56050764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:3:8:9:7:3:8:9:7 chr17 56233034 . C A 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00362038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.795;QD=19.0785;RBI=0.0133687;REFB=-0.00736532;REVB=0.0128691;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290032;STB=0.660774;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00386939;OID=.;OPOS=56233034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:19:13:23:8:19:13:23:8 chr17 56274480 . C T 253.02 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.000343061;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.781;QD=17.1541;RBI=0.00760066;REFB=-0.0095929;REVB=-0.00759291;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236494;STB=0.643973;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0138138;OID=.;OPOS=56274480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:31:28:28:0.474576:14:14:22:7:14:14:24:7 chr17 56327999 . A G 44.3 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0205516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.626;QD=6.81569;RBI=0.0423112;REFB=-0.0212036;REVB=-0.0369847;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435122;STB=0.772481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0360695;OID=.;OPOS=56327999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:6:13:2:5:6:13 chr17 56344867 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.01684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.533;QD=14.3341;RBI=0.0357074;REFB=-0.00255941;REVB=0.031487;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138165;STB=0.581216;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00384517;OID=.;OPOS=56344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:6:4:5:4:6:4 chr17 56357818 . C A 307.35 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=54;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0100235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.059;QD=21.9533;RBI=0.0104465;REFB=-0.00524168;REVB=0.00294247;RO=23;SAF=13;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069058;STB=0.532767;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00354949;OID=.;OPOS=56357818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:23:24:30:32:0.571429:17:13:8:15:19:13:8:16 chr17 56424614 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.013589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.377;QD=14.0966;RBI=0.0158452;REFB=-0.00597811;REVB=0.00814924;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148238;STB=0.565099;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00823293;OID=.;OPOS=56424614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:8:5:6:5:8:6 chr17 56435885 . G T 134.23 PASS AF=0.535714;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00309232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6548;QD=19.1751;RBI=0.0804992;REFB=-0.0368996;REVB=0.0804397;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318548;STB=0.58812;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.027759;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:13:12:12:15:0.535714:4:8:4:9:7:8:4:8 chr17 56448297 . C T 122.36 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00796143;FXX=0.086192;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0734;QD=9.23505;RBI=0.0528726;REFB=-0.00175677;REVB=-0.0522698;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195515;STB=0.534399;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0110944;OID=.;OPOS=56448297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:33:37:16:16:0.301887:7:9:18:15:7:9:19:18 chr17 56492800 . T C 228.59 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0392249;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.045;QD=21.2639;RBI=0.0392513;REFB=-0.00580554;REVB=-0.00143946;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147928;STB=0.583445;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0121111;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:11:10:7:15:11:10 chr17 56544280 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.168;QD=46.848;RBI=0.00990272;REFB=0;REVB=-0.00655756;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29911e-05;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr17 56584205 . A C 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0237408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.524;QD=10.4723;RBI=0.0245309;REFB=-0.00596277;REVB=0.00617589;RO=24;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399401;STB=0.736478;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00994576;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:8:4:17:7:8:4:17:7 chr17 56584508 . T C 177.12 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0285135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.239;QD=8.5358;RBI=0.0332191;REFB=-0.00642523;REVB=-0.0170437;RO=56;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633368;STB=0.530095;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0150618;OID=.;OPOS=56584508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:59:24:24:0.289157:12:12:25:31:12:12:27:32 chr17 56585872 . G C 439.71 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00908252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.959;QD=20.4514;RBI=0.00970969;REFB=-0.0157761;REVB=0.00343306;RO=42;SAF=14;SAR=30;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212537;STB=0.617985;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0224074;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:30:14:23:19:30:14:23:19 chr17 56598439 . T C 285.09 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0146587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3143;QD=23.7577;RBI=0.0147558;REFB=-0.0109068;REVB=0.00169035;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373912;STB=0.520817;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0131776;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:13:13:12:10:13:13:12:10 chr17 56618030 . C T 77.13 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0868525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2178;QD=13.4131;RBI=0.0878021;REFB=-0.01495;REVB=0.0128785;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.620451;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0332086;OID=.;OPOS=56618030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:6:4:8:5:6:4:8:5 chr17 56621286 . G T 691.54 PASS AF=0.898305;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=59;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0372986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2972;QD=46.884;RBI=0.0416404;REFB=0.0269969;REVB=-0.0185133;RO=5;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672618;STB=0.545556;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.00512126;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:58:59:5:6:53:53:0.898305:21:32:1:4:21:32:1:5 chr17 56621359 . T C 913.96 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.399;QD=56.2436;RBI=0.0959338;REFB=0;REVB=0.0958829;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057114;OID=.;OPOS=56621359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:58:65:1:31:27:0:0:36:29:0:0 chr17 56636854 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.491;QD=56.7053;RBI=0.0418795;REFB=0;REVB=0.0347427;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172835;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 56659018 . C T 344.69 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0210188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.078;QD=21.8854;RBI=0.0214523;REFB=-0.0127969;REVB=-0.00429097;RO=28;SAF=10;SAR=25;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679537;STB=0.537612;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00846616;OID=.;OPOS=56659018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:25:10:10:18:25:10:10:18 chr17 56690848 . T C 186.01 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0396907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.769;QD=12.4004;RBI=0.0413238;REFB=-0.0244971;REVB=-0.0115024;RO=37;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182212;STB=0.605288;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0167144;OID=.;OPOS=56690848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:15:8:19:18:15:8:19:18 chr17 56709055 . T G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00996407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1558;QD=14.9785;RBI=0.0154899;REFB=0.00902595;REVB=0.0118598;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20973;STB=0.622399;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00926757;OID=.;OPOS=56709055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:7:4:6:4:7:4 chr17 56709077 . A G 122.27 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0262159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.114;QD=15.7768;RBI=0.0664803;REFB=-0.004473;REVB=0.061093;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150849;STB=0.587032;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0108328;OID=.;OPOS=56709077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:10:7:8:6:10:7 chr17 56709107 . T C 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0067972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4601;QD=17.4245;RBI=0.0160618;REFB=0.000285424;REVB=-0.0145526;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294338;STB=0.516778;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.000927228;OID=.;OPOS=56709107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:9:14:11:8:9:14 chr17 56709117 . T C 181.84 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00645241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.439;QD=17.3177;RBI=0.015317;REFB=-0.0151315;REVB=-0.0138916;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0024826;STB=0.516778;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0171303;OID=.;OPOS=56709117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:23:18:19:0.452381:11:7:9:14:11:8:9:14 chr17 56709169 . A G 61.3 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0439506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.192;QD=6.81124;RBI=0.0455883;REFB=-0.00605459;REVB=-0.0121093;RO=25;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145797;STB=0.636033;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0278804;OID=.;OPOS=56709169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:25:27:9:9:0.25:7:2:8:17:7:2:10:17 chr17 56709172 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00915057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.961;QD=8.23035;RBI=0.0103267;REFB=-0.00671775;REVB=-0.00478616;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992643;STB=0.560858;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0192213;OID=.;OPOS=56709172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:6:4:8:17:6:4:8:17 chr17 56738919 . G A 45.47 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.149552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2402;QD=8.66033;RBI=0.150873;REFB=-0.0168642;REVB=-0.0199262;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999021;STB=0.561239;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0545392;OID=.;OPOS=56738919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:3:11:5:2:3:11 chr17 56743948 . G A 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0247312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6895;QD=16.0636;RBI=0.0583554;REFB=-0.0208051;REVB=-0.0528557;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530323;STB=0.540496;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0286315;OID=.;OPOS=56743948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:10:8:9:14:10:8:9:15 chr17 56755092 . TA T 197.01 PASS AF=0.642857;AO=24;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.124729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9761;QD=18.7626;RBI=0.126732;REFB=-0.0241782;REVB=0.0224459;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119436;STB=0.51127;STBP=0.889;TYPE=del;VARB=0.0102205;OID=.;OPOS=56755093;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.642857:24:42:27:42:15:17:10:9:6:77:15:14:10:9:6 chr17 56756977 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0640591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1933;QD=15.1966;RBI=0.0784068;REFB=0.0189029;REVB=0.0452113;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0194472;OID=.;OPOS=56756977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:9:9:7:7:9:9 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 472.24 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=28,6;DP=34;FAO=34,1;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0662014,-0.0658485;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.657,13.3759;QD=53.9704;RBI=0.0666848,0.1428;REFB=0,0;REVB=-0.008015,-0.126712;RO=0;SAF=17,1;SAR=11,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.31638e-08,3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00188514,0.0283298;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.971429,0.0285714:28,6:34:34,1:35:0:18,0:16,1:0:0:4:0:17,1:11,5:0:0 chr17 57287454 . A G 771.25 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0274265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.25;QD=55.0893;RBI=0.0285024;REFB=-0.153373;REVB=0.00775721;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.513509;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000977363;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:18:37:0:1:18:37:0:1 chr17 57290383 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00697159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.159;QD=38.2049;RBI=0.0512656;REFB=-0.0348154;REVB=0.0507893;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101074;STB=0.555483;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00125244;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:7:8:2:0:7:8:2:0 chr17 57477235 . T G 97.02 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0313203;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.128;QD=21.5598;RBI=0.0493726;REFB=-0.0310687;REVB=0.0381667;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193381;STB=0.566892;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0186252;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:8:7:10:11:0.611111:5:5:6:2:5:6:5:2 chr17 57477616 . G A 710.02 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.414;QD=55.6875;RBI=0.0436078;REFB=0;REVB=0.0318632;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011615;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:31:18:0:0:32:19:0:0 chr17 57478276 . T A 397.04 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0129278;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.017;QD=17.6463;RBI=0.0156285;REFB=-0.0153344;REVB=0.00878187;RO=48;SAF=17;SAR=24;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123164;STB=0.563595;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0105521;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:24:17:26:22:24:17:26:23 chr17 57951973 . G A 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0650457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.002;QD=9.47388;RBI=0.0674448;REFB=-0.0128176;REVB=-0.0178284;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0515545;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:7:14:6:4:7:14 chr17 57963537 . A G 311.38 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0573328;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3352;QD=28.3074;RBI=0.0573331;REFB=-0.0360861;REVB=-0.000186777;RO=16;SAF=11;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139367;STB=0.555514;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0179723;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:16:17:26:27:0.613636:15:11:10:6:15:12:10:7 chr17 58024275 . A G 39.78 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0102313;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.393;QD=10.6089;RBI=0.0269272;REFB=-0.019185;REVB=-0.0249077;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162993;STB=0.59968;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0234727;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:9:9:6:6:0.4:3:3:3:6:3:3:3:6 chr17 58024324 . A G 50.73 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0158546;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=226.684;QD=9.66264;RBI=0.020745;REFB=0.0216987;REVB=-0.0133785;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369772;STB=0.713673;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00743965;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:21:21:6:13:5:7:0.333333:2:3:1:5:2:5:5:8 chr17 58031412 . A G 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00216986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.693;QD=20.2095;RBI=0.0175804;REFB=-0.00741294;REVB=0.017446;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795218;STB=0.545383;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00624808;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:4:6:9:4:4:6 chr17 58156064 . G A 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0603247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.3402;QD=17.1518;RBI=0.0639399;REFB=-0.00566811;REVB=0.0211952;RO=19;SAF=16;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371589;STB=0.713954;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00947237;OID=.;OPOS=58156064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:1:16:15:4:1:16:16:4 chr17 58786625 . A G 1175.69 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9347;QD=59.5287;RBI=0.0750899;REFB=-0.0498474;REVB=0.069081;RO=1;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00622124;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:32:46:0:1:32:46:0:1 chr17 58824567 . T C 617.59 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2696;QD=60.2525;RBI=0.098251;REFB=0;REVB=0.0754902;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361031;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:22:17:0:0:22:19:0:0 chr17 59479102 . T C 50.41 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0188451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2968;QD=4.91792;RBI=0.0239593;REFB=-0.00169582;REVB=0.0147956;RO=31;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330543;STB=0.720948;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0100271;OID=.;OPOS=59479102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:31:33:8:8:0.195122:2:6:15:16:2:6:16:17 chr17 59482169 . C G 100.0 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0135073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.102;QD=13.3328;RBI=0.0878348;REFB=-0.0111005;REVB=0.08679;RO=14;SAF=10;SAR=3;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37275;STB=0.660827;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0355829;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:17:13:13:0.433333:3:10:14:0:3:10:16:1 chr17 59482173 . G A 113.08 PASS AF=0.40625;AO=16;DP=35;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.010349;FXX=0.0856898;HRUN=6;LEN=1;MLLD=242.587;QD=14.1355;RBI=0.0112683;REFB=-0.00275196;REVB=0.00445798;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30221;STB=0.618168;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0016957;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:19:19:16:13:0.40625:6:10:17:2:3:10:17:2 chr17 59485555 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00956066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.133;QD=13.4856;RBI=0.0113041;REFB=-0.0280743;REVB=0.00603119;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.652961;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.067126;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:5:6:7:2:5:6 chr17 59533868 . G C 841.33 PASS AF=0.491429;AO=87;DP=175;FAO=86;FDP=175;FR=.;FRO=89;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0125614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0584;QD=19.2303;RBI=0.0329078;REFB=-0.0275194;REVB=0.030416;RO=88;SAF=39;SAR=48;SRF=37;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257765;STB=0.507691;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0279958;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:89:87:86:0.491429:48:39:37:51:48:38:38:51 chr17 59534987 . T G 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0037389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.479;QD=22.7184;RBI=0.026554;REFB=-0.0333714;REVB=0.0262894;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142469;STB=0.580527;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.022633;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:4:5:5:9:4:5 chr17 59560463 . C T 73.5 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0223585;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8452;QD=8.64647;RBI=0.0228102;REFB=-0.0104158;REVB=-0.00451688;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135378;STB=0.581939;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0301063;OID=.;OPOS=59560463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:34:24:24:10:10:0.294118:7:3:5:19:7:3:5:19 chr17 59667953 . G A 346.48 PASS AF=0.506849;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00652482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.836;QD=18.9851;RBI=0.00744897;REFB=-0.0217491;REVB=-0.0035936;RO=36;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264383;STB=0.522838;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0184157;OID=.;OPOS=59667953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:36:37:0.506849:14:22:23:13:15:22:23:13 chr17 59668021 . G C 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0293393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2677;QD=13.5806;RBI=0.0299504;REFB=0.00278345;REVB=-0.0060193;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168616;STB=0.545399;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.00555131;OID=.;OPOS=59668021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:5:12:18:8:5:12:18:10 chr17 59668352 . C T 382.93 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=85;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0016016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1105;QD=17.8106;RBI=0.024771;REFB=-0.00721819;REVB=-0.0247192;RO=46;SAF=16;SAR=23;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17047;STB=0.586284;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00726689;OID=.;OPOS=59668352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:46:46:39:40:0.465116:23:16:27:19:23:17:27:19 chr17 59763465 . T C 463.57 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00179303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.193;QD=52.9795;RBI=0.0324881;REFB=-0.0414159;REVB=0.0324386;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05184;STB=0.527761;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00607046;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:16:17:2:0:16:17:2:0 chr17 59955426 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.261;QD=57.0006;RBI=0.0116948;REFB=0;REVB=0.00844895;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.49957e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr17 59969000 . T C 216.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0291175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0858;QD=22.1862;RBI=0.0391698;REFB=-0.00184322;REVB=0.0262002;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196107;STB=0.510992;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00238063;OID=.;OPOS=59969000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:9:9:10:11:9:9 chr17 60043884 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.502;QD=60.6097;RBI=0.0139122;REFB=0;REVB=0.00739599;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86359e-05;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr17 60345508 . A G 177.47 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0243323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.282;QD=39.4368;RBI=0.0275295;REFB=-0.0345429;REVB=0.0128768;RO=2;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653276;STB=0.535671;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00116244;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:13:3:0:2:13:3:0:2 chr17 60348325 . G A 1562.42 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1765;QD=58.9592;RBI=0.047947;REFB=0;REVB=0.0374497;RO=0;SAF=50;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6754e-05;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:104:106:1:54:50:0:0:55:51:0:0 chr17 60351457 . G A,C 1562.66 PASS AF=0.953704,0.037037;AO=103,4;DP=108;FAO=103,4;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=43,0;FSAR=60,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202491,-0.0103217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=91.4655,148.189;QD=57.8765;RBI=0.0579842,0.030061;REFB=0.0262419,0.0602764;REVB=-0.0543336,-0.0282334;RO=0;SAF=43,0;SAR=60,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505746,0.995941;STBP=0.269,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000755429,0.0760073;OID=.,.;OPOS=60351457,60351457;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:108:108:0:1:103,4:103,4:0.953704,0.037037:60,4:43,0:0:0:60,4:43,0:1:0 chr17 60503892 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.038325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.373;QD=32.822;RBI=0.052304;REFB=0.0781806;REVB=0.0355936;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00194043;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:1:0:6:3:1:0 chr17 60525047 . C T 279.29 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00755933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.611;QD=18.9349;RBI=0.0478977;REFB=0.00888452;REVB=-0.0472974;RO=29;SAF=20;SAR=9;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697038;STB=0.524983;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00988845;OID=.;OPOS=60525047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:9:20:18:11:10:20:18:11 chr17 60683503 . A G 972.25 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.795;QD=58.9241;RBI=0.0583286;REFB=0;REVB=0.0558203;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44576e-05;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:37:29:0:0 chr17 60753904 . A C 231.37 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0112305;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6975;QD=22.573;RBI=0.0117003;REFB=0.00280251;REVB=0.00328232;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219369;STB=0.628709;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00353654;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:19:19:21:22:0.536585:10:11:5:14:10:12:5:14 chr17 60758273 . G C 742.05 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0643281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0492;QD=53.0034;RBI=0.0837683;REFB=-0.0516581;REVB=-0.0536565;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324755;STB=0.517235;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0096964;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:26:28:2:0:26:28:2:0 chr17 60766224 . A G 1116.88 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1329;QD=60.3717;RBI=0.0253824;REFB=0;REVB=-0.00565608;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137631;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr17 60767015 . G A 1135.39 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.266;QD=60.5543;RBI=0.0875937;REFB=0;REVB=0.0799794;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212212;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:37:36:0:0:38:37:0:0 chr17 61315272 . G A 284.33 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0293435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6513;QD=29.9298;RBI=0.0376302;REFB=-0.0518529;REVB=-0.0235582;RO=13;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10798;STB=0.559275;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00864108;OID=.;OPOS=61315272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:12:13:9:4:12:13:9:4 chr17 61497706 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0344815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.553;QD=16.4544;RBI=0.042898;REFB=0.0591265;REVB=0.02552;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0281333;OID=.;OPOS=61497706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr17 61514747 . G A 102.12 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00918336;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.216;QD=15.7113;RBI=0.0227311;REFB=-0.0325975;REVB=0.0207935;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.514262;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0251734;OID=.;OPOS=61514747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:4:9:8:4:5:9 chr17 61514803 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0181696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.298;QD=5.68918;RBI=0.0272742;REFB=-0.0043578;REVB=-0.0203408;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388794;STB=0.74925;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0358927;OID=.;OPOS=61514803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:6:13:2:4:6:13 chr17 61559923 . C T 173.98 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00912065;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.685;QD=18.3142;RBI=0.0197582;REFB=-0.0330901;REVB=0.0175271;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381998;STB=0.521715;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.033289;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:7:11:13:7:7:11:13:7 chr17 61773699 . G T 69.07 PASS AF=0.473684;AO=6;DP=16;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0553782;FXX=0.049975;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.3212;QD=14.542;RBI=0.131107;REFB=-0.0209601;REVB=0.118837;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290708;STB=0.633877;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0090152;OID=.;OPOS=61773699;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:16:19:5:10:6:9:0.473684:1:5:5:0:4:5:8:2 chr17 61805747 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.607;QD=51.9162;RBI=0.0222113;REFB=0;REVB=0.019352;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210619;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr17 61838259 . G A 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0472;QD=58.123;RBI=0.127291;REFB=0;REVB=-0.126635;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00236553;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr17 61889275 . C G 133.09 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0175985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7802;QD=17.1723;RBI=0.061617;REFB=-0.0177333;REVB=0.0590504;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.584302;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0228095;OID=.;OPOS=61889275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:16:14:15:0.483871:9:5:4:7:9:6:9:7 chr17 61901197 . T A 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.511;QD=60.2257;RBI=0.0515693;REFB=0;REVB=0.0515269;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400247;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr17 61903445 . G C 918.54 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.199;QD=58.3199;RBI=0.055184;REFB=0;REVB=0.053302;RO=0;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167616;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:38:24:0:0:39:24:0:0 chr17 61906846 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.268;QD=62.6656;RBI=0.018454;REFB=0;REVB=0.0180699;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16558e-05;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr17 61908271 . C T 885.31 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.841;QD=58.0534;RBI=0.0195029;REFB=0;REVB=-0.0193982;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3292e-05;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:52:61:1:29:23:0:0:33:28:0:0 chr17 61908556 . C T 182.81 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0191308;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.784;QD=16.2495;RBI=0.0214677;REFB=-0.0125577;REVB=0.00974029;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210692;STB=0.621048;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0122165;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:12:7:15:11:12:7:15:11 chr17 61910167 . G A 432.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.491;QD=55.7533;RBI=0.0554424;REFB=0;REVB=0.0406379;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568035;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:18:11:0:0:19:12:0:0 chr17 61986988 . A G 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0633335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8204;QD=31.5136;RBI=0.0642699;REFB=0.0332716;REVB=0.0109308;RO=10;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535888;STB=0.529387;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.0412756;OID=.;OPOS=61986988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:14:9:3:7:14:9:3:7 chr17 61987570 . G T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.042484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.305;QD=15.6179;RBI=0.0446295;REFB=-0.0265234;REVB=0.0136712;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036135;STB=0.52081;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0402468;OID=.;OPOS=61987570;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:10:8:12:13:10:8:12:13 chr17 61987576 . G A 186.73 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00483812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.834;QD=19.6558;RBI=0.0266657;REFB=-0.000536962;REVB=0.0262231;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936717;STB=0.553016;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00135283;OID=.;OPOS=61987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:10:9:11:8:10:9 chr17 62007498 . A G 257.7 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0010551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.471;QD=19.8227;RBI=0.0316884;REFB=-0.026338;REVB=-0.0316708;RO=25;SAF=20;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181431;STB=0.601926;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0318338;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:7:20:14:11:7:20:14:11 chr17 62018773 . T C 389.09 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0269363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.659;QD=18.7514;RBI=0.0278092;REFB=-0.0225889;REVB=0.00691302;RO=42;SAF=14;SAR=26;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772378;STB=0.55068;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0196915;OID=.;OPOS=62018773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:43:40:40:0.481928:26:14:18:24:26:14:19:24 chr17 62020348 . T C 191.01 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00156674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.13;QD=13.4042;RBI=0.0159386;REFB=-0.0337242;REVB=-0.0158614;RO=32;SAF=8;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144845;STB=0.548547;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0529284;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:34:22:23:0.403509:14:8:16:16:14:9:16:18 chr17 62041068 . T C 1431.86 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237569;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.132;QD=62.9387;RBI=0.0577927;REFB=0;REVB=0.0526841;RO=0;SAF=36;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211858;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:90:91:1:54:36:0:0:55:36:0:0 chr17 62079334 . A G 230.87 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0251298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7788;QD=23.0872;RBI=0.0369857;REFB=0.00203626;REVB=-0.0271374;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118842;STB=0.566453;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00218608;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:9:13:8:10:9:13:8:10 chr17 62121278 . C A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0112683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.996;QD=13.442;RBI=0.0283851;REFB=0.00215388;REVB=0.0260527;RO=12;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316368;STB=0.660708;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00232336;OID=.;OPOS=62121278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:12:13:10:10:0.434783:6:4:9:3:6:4:9:4 chr17 62121479 . A AC 166.4 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=3.81652e-10;FXX=0.41922;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.316;QD=36.9772;RBI=0.177184;REFB=0;REVB=0.177184;RO=26;SAF=0;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535537;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0038549;OID=.;OPOS=62121480;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:29:18:18:0:0:18:0:0:3:26:0:3:11:15 chr17 62121480 . T A,C 429.86 PASS AF=0.0322581,0.967742;AO=3,28;DP=31;FAO=1,30;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195133,0.00581135;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.9843,162.927;QD=55.4658;RBI=0.0460653,0.162389;REFB=0,0;REVB=-0.0417283,0.162285;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0631533,0.00336672;OID=.,.;OPOS=62121480,62121480;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:31:31:0:0:3,28:1,30:0.0322581,0.967742:3,17:0,11:0:0:1,19:0,11:0:0 chr17 62125272 . A G 1179.8 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014336;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.318;QD=59.7369;RBI=0.0415912;REFB=-0.0576351;REVB=0.0390424;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.506171;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=9.66642e-05;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:40:38:0:0:40:38:0:1 chr17 62141455 . A G 714.98 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00689652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7376;QD=57.1982;RBI=0.0334043;REFB=-0.0989299;REVB=-0.0326846;RO=3;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199719;STB=0.510634;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00877396;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:24:23:2:1:24:23:2:1 chr17 62782689 . T C 856.95 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100862;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4667;QD=56.1933;RBI=0.0543889;REFB=0.0149992;REVB=0.0534455;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00264592;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:59:60:0.983607:28:31:1:0:29:31:1:0 chr17 62788587 . G T 212.39 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0108794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.278;QD=14.3992;RBI=0.0152876;REFB=-0.0147167;REVB=0.0107401;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189858;STB=0.608022;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0238446;OID=.;OPOS=62788587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:15:10:20:14:15:10:20:14 chr17 62820746 . G T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0190096;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.488;QD=14.7664;RBI=0.0190328;REFB=-0.00400669;REVB=-0.000938902;RO=33;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1941;STB=0.611017;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00496242;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:7:18:18:15:7:18:18:15 chr17 62857056 . A G 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0587028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5391;QD=11.8269;RBI=0.0619218;REFB=-0.00864012;REVB=0.0197049;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118806;STB=0.520511;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0059992;OID=.;OPOS=62857056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:11:6:4:7:12:6 chr17 62950240 . C A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0234081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.3;QD=11.4405;RBI=0.0609969;REFB=-0.0108736;REVB=-0.0563266;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500501;STB=0.809307;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00476756;OID=.;OPOS=62950240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:7:7:1:8:7:7 chr17 63533768 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019926;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.687;QD=47.8153;RBI=0.0299248;REFB=-0.105211;REVB=-0.022326;RO=1;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301145;STB=0.666462;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000595282;OID=.;OPOS=63533768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:1:20:0:1:1:20:0:1 chr17 63533789 . T C 561.58 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187131;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.275;QD=60.7114;RBI=0.0527278;REFB=0;REVB=0.0492954;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73253e-05;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:7:29:0:0:8:29:0:0 chr17 63534250 . T A,C 470.38 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=2,31;DP=33;FAO=2,31;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023294,0.0303167;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.075,121.175;QD=57.0153;RBI=0.137938,0.0726346;REFB=0,0;REVB=-0.135957,0.0660051;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.39343e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0888947,-1.6069e-05;OID=.,.;OPOS=63534250,63534250;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:33:33:0:0:2,31:2,31:0.0606061,0.939394:2,8:0,23:0:0:2,8:0,23:0:0 chr17 63554307 . A G 439.03 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0196362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6875;QD=15.9648;RBI=0.0242684;REFB=-0.0320303;REVB=0.0142609;RO=61;SAF=24;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182438;STB=0.5102;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0262076;OID=.;OPOS=63554307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:61:49:49:0.445455:25:24:31:30:25:24:31:30 chr17 63554591 . G A 64.08 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00856878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9493;QD=9.85806;RBI=0.00980409;REFB=-0.0201477;REVB=0.00476404;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908725;STB=0.555429;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0619245;OID=.;OPOS=63554591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:7:10:6:3:7:10 chr17 64023642 . A G 710.67 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.269;QD=61.797;RBI=0.0360726;REFB=0;REVB=0.0183065;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110642;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:24:21:0:0:25:21:0:0 chr17 64208230 . G A 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00447505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.727;QD=18.4985;RBI=0.00452638;REFB=-0.00192927;REVB=0.000679746;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991601;STB=0.555514;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00263389;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:12:15:12:15:12:15:12:15 chr17 64210757 . C A 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0595027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6895;QD=12.4818;RBI=0.0616386;REFB=-0.0131078;REVB=0.0160857;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.567454;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0352026;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:10:9:7:5:10:9 chr17 64783081 . G A 771.47 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775499;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3406;QD=57.1462;RBI=0.0211202;REFB=0;REVB=0.019645;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199467;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr17 64801021 . A G 520.47 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.062;QD=59.4818;RBI=0.113691;REFB=0;REVB=0.0146865;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104234;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:26:8:0:0:27:8:0:0 chr17 64873552 . G A 476.44 PASS AF=0.452174;AO=52;DP=115;FAO=52;FDP=115;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0133102;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8197;QD=16.5717;RBI=0.0139549;REFB=-0.0102665;REVB=0.00419244;RO=63;SAF=25;SAR=27;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110974;STB=0.506191;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.016679;OID=.;OPOS=64873552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:63:63:52:52:0.452174:27:25:31:32:27:25:31:32 chr17 64881075 . A G 351.49 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00225609;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3303;QD=22.6769;RBI=0.0109598;REFB=-0.0698542;REVB=-0.010725;RO=26;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144188;STB=0.583287;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0280037;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:26:26:35:36:0.580645:15:20:10:16:15:21:10:16 chr17 65066879 . A G 75.64 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0124599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.437;QD=11.6374;RBI=0.01557;REFB=-0.0211698;REVB=0.00933685;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0140155;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:6:10:7:3:6:10 chr17 65104666 . T G 265.76 PASS AF=0.447761;AO=22;DP=66;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0097515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.114;QD=15.8664;RBI=0.0130889;REFB=-0.0297368;REVB=0.00873087;RO=27;SAF=18;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445586;STB=0.680728;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0282725;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:37:22:30:0.447761:4:18:11:16:9:21:14:23 chr17 65104743 . G A 982.46 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.96;QD=58.6545;RBI=0.0686643;REFB=0;REVB=0.0528109;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254174;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:41:21:0:0:44:23:0:0 chr17 65362552 . T A 390.52 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.000261691;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.978;QD=15.3146;RBI=0.00568347;REFB=-0.0409682;REVB=-0.00567744;RO=36;SAF=11;SAR=29;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367063;STB=0.606502;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0453884;OID=.;OPOS=65362552;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:36:53:40:40:0.392157:29:11:25:11:28:12:25:28 chr17 65574283 . A G 168.37 PASS AF=0.395833;AO=17;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0178142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.477;QD=14.031;RBI=0.0190843;REFB=-0.0134892;REVB=0.00684565;RO=27;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300833;STB=0.68771;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0324425;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:17:19:0.395833:7:10:8:19:7:12:9:20 chr17 65739627 . A G 330.48 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.324;QD=52.8772;RBI=0.0282134;REFB=0;REVB=-0.0131485;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317266;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr17 65978851 . T G 441.1 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.145584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3134;QD=53.4667;RBI=0.146601;REFB=-0.127682;REVB=-0.01724;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664988;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0087917;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:2:1:31:32:0.969697:18:13:2:0:18:14:1:0 chr17 65989048 . T C 426.52 PASS AF=0.939394;AO=32;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00949469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3854;QD=51.6989;RBI=0.0655915;REFB=-0.101703;REVB=-0.0649006;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217181;STB=0.523794;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00621787;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:1:2:32:31:0.939394:21:11:0:1:20:11:0:2 chr17 66016006 . T C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0373024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.585;QD=22.5822;RBI=0.0381604;REFB=-0.0184641;REVB=-0.00804684;RO=24;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564343;STB=0.503152;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0105894;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:11:15:14:10:11:15:14:10 chr17 66016096 . C T 213.76 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0128655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7893;QD=20.8545;RBI=0.0132837;REFB=-0.00652116;REVB=0.00330722;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152558;STB=0.586122;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00654484;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:10:10:14:7:10:10 chr17 66195838 . A T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0358077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.367;QD=21.3532;RBI=0.0421855;REFB=-0.046171;REVB=-0.022303;RO=9;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749681;STB=0.54231;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0305949;OID=.;OPOS=66195838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:9:4:2:7:9:4:2:7 chr17 66246416 . A G 638.94 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0049988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.88;QD=59.4364;RBI=0.0052536;REFB=-0.10016;REVB=0.00161627;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184086;STB=0.509799;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-3.80413e-05;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:1:0:17:25:1:0 chr17 66253095 . T A 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0328235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.348;QD=8.08795;RBI=0.0395632;REFB=-0.000266267;REVB=-0.0220877;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930455;STB=0.558007;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.000485686;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:9:13:6:3:9:13 chr17 66264567 . TTA TAT,T 178.0 PASS AF=0,0.350877;AO=3,15;DP=24;FAO=0,20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=0,7;FSAR=0,13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0384232,-0.025842;FXX=0.0338926;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=37.1418,115.372;QD=12.4909;RBI=0.0581268,0.047616;REFB=-0.0351463,-0.0290763;REVB=0.0436163,0.0399935;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.625541;STBP=1,0.167;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0761674;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.350877:3,15:24:0,20:57:37:0,7:0,13:20:17:99:0:0,6:3,9:0:0 chr17 66267691 . A T 129.43 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00573446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.499;QD=12.9425;RBI=0.00601717;REFB=-0.00183076;REVB=-0.00182273;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438595;STB=0.525739;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0027212;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:6:9:14:11:6:9:14:11 chr17 66391232 . A G 352.31 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0432313;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5523;QD=20.7239;RBI=0.0432788;REFB=0.0183207;REVB=-0.00202828;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530973;STB=0.529395;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.0381328;OID=.;OPOS=66391232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:18:18:14:18:18:18:14:18 chr17 66533655 . A G 748.39 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.031;QD=62.3659;RBI=0.0359707;REFB=0;REVB=-0.0107863;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115389;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:21:26:0:0:21:27:0:0 chr17 66536749 . C T 264.74 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0304383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.458;QD=20.7636;RBI=0.0387209;REFB=-0.012241;REVB=-0.0239335;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266619;STB=0.657777;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00379694;OID=.;OPOS=66536749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:18:9:15:8:18:9:16:8 chr17 66538239 . G T 137.79 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0322271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6449;QD=11.4821;RBI=0.0658224;REFB=-0.0156214;REVB=0.0573934;RO=31;SAF=2;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517155;STB=0.807249;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0317755;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:16:16:0.333333:14:2:16:15:14:2:16:16 chr17 66539847 . C T 184.55 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0284902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4838;QD=18.4552;RBI=0.0625563;REFB=-0.0097695;REVB=0.0556919;RO=21;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845586;STB=0.547896;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0131235;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:11:8:7:14:11:8:7:14 chr17 66596463 . C T 417.21 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00275327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.095;QD=15.4521;RBI=0.0276695;REFB=-0.00786448;REVB=0.0275322;RO=61;SAF=33;SAR=14;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143738;STB=0.58095;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00444449;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:14:33:35:26:14:33:35:26 chr17 66872802 . G C 687.27 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0437091;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4278;QD=50.9091;RBI=0.0463338;REFB=-0.201453;REVB=-0.0153734;RO=3;SAF=12;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603571;STB=0.532151;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0117582;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:54:3:3:51:51:0.944444:39:12:2:1:39:12:2:1 chr17 66985991 . T TG 518.97 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699965;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=212.26;QD=54.6283;RBI=0.106908;REFB=0;REVB=-0.0808067;RO=32;SAF=0;SAR=4;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62275;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000855416;OID=.;OPOS=66985992;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:39:38:38:0:19:19:0:0:4:32:0:4:18:14 chr17 66985992 . T G 400.8 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0120371;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=233.329;QD=42.1894;RBI=0.0171609;REFB=-0.0498922;REVB=0.0122314;RO=7;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0895094;STB=0.548356;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.000637222;OID=.;OPOS=66985992;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:14:17:2:5:14:17:2:5 chr17 67028260 . T C 846.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1079;QD=57.3728;RBI=0.0225923;REFB=0;REVB=-0.00717673;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302718;OID=.;OPOS=67028260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:32:27:0:0 chr17 67031457 . C T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4719;QD=62.016;RBI=0.0516146;REFB=0;REVB=-0.0103414;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397265;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr17 67081830 . T C 499.6 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00523785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.033;QD=54.0108;RBI=0.0351641;REFB=0.0139614;REVB=-0.0347718;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00119158;OID=.;OPOS=67081830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:0:2:34:35:0.945946:18:16:0:0:18:17:2:0 chr17 67101718 . C T 695.84 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3096;QD=60.5077;RBI=0.0176327;REFB=0.020468;REVB=0.00104216;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.514279;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000615688;OID=.;OPOS=67101718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:1:0:28:17:1:0 chr17 67125840 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0937235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.847;QD=40.7629;RBI=0.0944605;REFB=0;REVB=0.011777;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209751;OID=.;OPOS=67125840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr17 67178316 . A G 165.22 PASS AF=0.360656;AO=20;DP=59;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0151154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.903;QD=10.8343;RBI=0.0196778;REFB=-0.00869783;REVB=0.0125993;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153681;STB=0.590085;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.013347;OID=.;OPOS=67178316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:36:39:20:22:0.360656:10:10:13:23:11:11:14:25 chr17 67212031 . A G 154.49 PASS AF=0.404762;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0255762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.539;QD=14.7134;RBI=0.0272443;REFB=-0.0337084;REVB=0.00938692;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276392;STB=0.530085;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0437919;OID=.;OPOS=67212031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:25:25:16:17:0.404762:6:10:15:10:6:11:15:10 chr17 67212423 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000161859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.69;QD=11.1979;RBI=0.0254541;REFB=-0.00916407;REVB=0.0254536;RO=22;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139567;STB=0.583194;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0147539;OID=.;OPOS=67212423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:5:7:10:12:5:7:10:12 chr17 67215712 . C T 221.24 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0286599;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.245;QD=23.9173;RBI=0.0491633;REFB=-0.0329035;REVB=-0.0399455;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128079;STB=0.584535;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0303806;OID=.;OPOS=67215712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:15:16:21:21:0.567568:12:9:9:6:12:9:10:6 chr17 67267317 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0438;QD=47.8191;RBI=0.0312579;REFB=0;REVB=0.00412348;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897346;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr17 67273882 . C A 1343.89 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490764;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.458;QD=62.5063;RBI=0.0490769;REFB=0;REVB=-0.000224861;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635764;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:48:38:0:0:48:38:0:0 chr17 67513003 . C A 255.13 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00804679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.242;QD=22.1853;RBI=0.0136835;REFB=-0.0180902;REVB=-0.0110674;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862405;STB=0.54022;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0139299;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:24:24:0.521739:17:7:8:13:17:7:8:14 chr17 67513055 . A G 157.81 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00646584;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.817;QD=16.6117;RBI=0.00777009;REFB=-0.0030088;REVB=0.00430897;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146892;STB=0.573688;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00540937;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:10:7:5:14:10:7:6:15 chr17 67982157 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.465;QD=62.9825;RBI=0.0315142;REFB=0;REVB=0.0191777;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61365e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr17 68131526 . C T 75.21 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0969478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3222;QD=11.1423;RBI=0.113635;REFB=0.0012987;REVB=-0.0592789;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030867;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=-0.0113422;OID=.;OPOS=68131526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:8:9:5:5:8:9 chr17 68172326 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0598931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.774;QD=28.5376;RBI=0.151299;REFB=0.00910783;REVB=0.13894;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00256201;OID=.;OPOS=68172326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:1:0:2:5:1:0 chr17 68173731 . A G 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0288723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.401;QD=19.3674;RBI=0.0572621;REFB=-0.0412885;REVB=0.0494503;RO=7;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214117;STB=0.624724;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0340271;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:8:2:3:4:8:2:3:4 chr17 70325210 . G A 257.49 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0241432;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.637;QD=19.0733;RBI=0.0293115;REFB=-0.00175007;REVB=-0.0166213;RO=26;SAF=20;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237726;STB=0.656131;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00284788;OID=.;OPOS=70325210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:27:28:0.518519:7:20:13:13:7:21:12:14 chr17 70943990 . T C 223.58 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0338624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9187;QD=26.304;RBI=0.0358556;REFB=-0.0081296;REVB=0.0117883;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163485;STB=0.590822;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00601466;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:8:5:13:8:8:5 chr17 71192663 . G A 105.98 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448915;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0957;QD=42.3922;RBI=0.0544654;REFB=0;REVB=0.0308422;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000576552;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 71192873 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.745;QD=43.4819;RBI=0.0360007;REFB=0;REVB=0.0336005;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401952;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr17 71196809 . A G 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8504;QD=58.7761;RBI=0.0457811;REFB=0;REVB=-0.0346292;RO=0;SAF=24;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000507999;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:41:24:0:0:41:24:0:0 chr17 71197439 . C T 560.56 PASS AF=0.577778;AO=51;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0253076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.921;QD=24.9139;RBI=0.0263743;REFB=-0.000344466;REVB=-0.007425;RO=37;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995098;STB=0.543291;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.000570724;OID=.;OPOS=71197439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:38:51:52:0.577778:23:28:25:12:23:29:25:13 chr17 71197748 . G A 255.84 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9655;QD=51.1684;RBI=0.0302574;REFB=0;REVB=0.0278736;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511619;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr17 71205854 . A G 288.39 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.059;QD=52.4337;RBI=0.0846555;REFB=0;REVB=-0.0206454;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385226;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr17 71228436 . GC G 31.52 PASS AF=0.228571;AO=18;DP=72;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.180755;FXX=0.0277739;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.37383;QD=1.80099;RBI=0.180989;REFB=-0.0568112;REVB=0.00921249;RO=39;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155104;STB=0.505428;STBP=0.971;TYPE=del;VARB=0.0263034;OID=.;OPOS=71228437;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571:18:72:16:70:54:7:9:24:30:31:39:6:12:18:21 chr17 71232687 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.406;QD=43.486;RBI=0.027621;REFB=0;REVB=-0.00327864;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031798;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr17 71232804 . C A 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3977;QD=57.1982;RBI=0.0501216;REFB=0;REVB=0.0414481;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000923668;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr17 71232807 . T C 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.819;QD=57.1843;RBI=0.00745208;REFB=0;REVB=0.00720677;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40812e-05;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr17 71232881 . G C 673.87 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105526;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.862;QD=62.6858;RBI=0.0468677;REFB=0;REVB=0.0456642;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542227;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr17 71233130 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7246;QD=45.8067;RBI=0.0176864;REFB=0;REVB=0.0146109;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015975;OID=.;OPOS=71233130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr17 71238433 . G A 1447.87 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3718;QD=62.2739;RBI=0.0319008;REFB=0;REVB=0.03056;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000882628;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:45:46:0:0:45:48:0:0 chr17 71239215 . AA TT 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000365477;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=270.203;QD=46.8479;RBI=0.0469137;REFB=0;REVB=-0.0469123;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.09049e-05;OID=.;OPOS=71239215;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:4:10:0:0:4:11:0:0 chr17 71244630 . C T 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.454;QD=62.666;RBI=0.0486337;REFB=0;REVB=0.0268045;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.80807e-05;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr17 71365314 . A G 1358.57 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.359;QD=62.4628;RBI=0.035505;REFB=0;REVB=0.00915631;RO=0;SAF=28;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011125;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:59:28:0:0:59:28:0:0 chr17 71386577 . G T 1232.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.243;QD=60.1178;RBI=0.0296774;REFB=-0.114032;REVB=0.0183192;RO=0;SAF=28;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50795e-08;STB=0.50877;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00034468;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:53:28:0:0:53:28:1:0 chr17 71429894 . CG C 30.16 PASS AF=0.307692;AO=9;DP=28;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.103449;FXX=0.103413;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.5633;QD=4.6399;RBI=0.104586;REFB=-0.113103;REVB=-0.0153785;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160115;STB=0.659986;STBP=0.309;TYPE=del;VARB=0.153717;OID=.;OPOS=71429895;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:9:28:8:26:18:3:5:11:7:30:15:4:5:9:6 chr17 71468267 . G A 238.89 PASS AF=0.75;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00403319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.941;QD=34.1267;RBI=0.00594638;REFB=-0.0131676;REVB=0.00436953;RO=5;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435648;STB=0.523787;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00501068;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:27:28:5:7:21:21:0.75:10:11:2:3:10:11:3:4 chr17 71503636 . T C 313.78 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.015896;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.335;QD=16.7349;RBI=0.0300908;REFB=-0.000886962;REVB=0.0255494;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188725;STB=0.591387;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00191359;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:41:34:34:0.453333:15:19:14:25:15:19:16:25 chr17 71747278 . G C 519.17 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00633802;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.7;QD=25.6381;RBI=0.00633813;REFB=-0.00834152;REVB=3.75668e-05;RO=33;SAF=22;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485599;STB=0.526524;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00622882;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:26:22:13:20:26:22:13:20 chr17 71747323 . T C 303.38 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0271885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.006;QD=25.8192;RBI=0.0308497;REFB=-0.0328034;REVB=0.0145769;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122015;STB=0.519217;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.031002;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:20:26:27:0.574468:12:14:12:5:12:15:12:8 chr17 71747336 . G A 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0134255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2377;QD=19.6658;RBI=0.0199612;REFB=0.0031851;REVB=0.0147718;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210822;STB=0.620118;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00298246;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:5:14:10:9:5:14:10:9 chr17 71747394 . C T 143.99 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0515031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6706;QD=15.1572;RBI=0.0718377;REFB=0.0187152;REVB=-0.0500808;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910968;STB=0.552566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.0258353;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:9:13:8:8:9:13 chr17 71747397 . G A 154.08 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.118052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6675;QD=14.3332;RBI=0.118058;REFB=0.00250113;REVB=0.00119807;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150139;STB=0.586856;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00813717;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:10:16:8:9:10:16 chr17 71747473 . A G 165.84 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0686454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.298;QD=14.1139;RBI=0.0689601;REFB=0.000503474;REVB=-0.00658138;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131506;STB=0.510626;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.000635756;OID=.;OPOS=71747473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:29:17:18:0.382979:9:8:14:15:9:9:14:15 chr17 71752500 . C CT 803.99 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537501;FXX=0.0508388;HRUN=0;LEN=1;MLLD=172.858;QD=57.4279;RBI=0.0561988;REFB=0;REVB=-0.0164084;RO=6;SAF=32;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.77575e-05;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:61:56:56:0:34:22:0:0:4:6:32:20:3:3 chr17 72233549 . G A 191.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0135367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.851;QD=13.4044;RBI=0.0349057;REFB=-0.0100374;REVB=0.0321739;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11407;STB=0.565293;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0179748;OID=.;OPOS=72233549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:14:20:11:12:14:20 chr17 72301432 . A G 728.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.122;QD=57.1657;RBI=0.024696;REFB=0;REVB=-0.000155207;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81229e-05;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr17 72303449 . G A 1409.4 PASS AF=0.989362;AO=91;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00735401;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.758;QD=59.9744;RBI=0.0334686;REFB=-0.0738422;REVB=0.0326507;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000669772;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:95:94:0:1:91:93:0.989362:50:41:0:0:51:42:0:1 chr17 72305534 . C T 1059.01 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0341367;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.126;QD=57.244;RBI=0.0424534;REFB=-0.0850644;REVB=0.0252385;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255483;STB=0.51351;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000894714;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:74:2:2:72:72:0.972973:36:36:0:2:36:36:0:2 chr17 72305688 . T C 516.93 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131184;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.166;QD=57.437;RBI=0.0243186;REFB=0;REVB=0.0204768;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216983;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:28:7:0:1:29:7:0:0 chr17 72308319 . G A 757.57 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4251;QD=55.0959;RBI=0.0498173;REFB=0;REVB=0.0266846;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077715;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:27:27:1:0:27:28:0:0 chr17 72324649 . G GC 235.68 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8313;QD=39.2804;RBI=0.124322;REFB=0;REVB=0.0557335;RO=3;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0117333;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:23:24:24:0:10:14:0:0:5:3:7:13:2:1 chr17 72346855 . T C 120.0 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0160532;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.918;QD=21.8178;RBI=0.0192857;REFB=-0.00549854;REVB=-0.0106879;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.571317;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00243024;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:5:4:8:5:5:4 chr17 72349040 . C T 394.04 PASS AF=0.612903;AO=37;DP=61;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0474561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.084;QD=25.4218;RBI=0.0489287;REFB=-0.0638145;REVB=0.0119136;RO=24;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031005;STB=0.512042;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0405132;OID=.;OPOS=72349040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:24:24:37:38:0.612903:20:17:10:14:21:17:10:14 chr17 72349067 . C T 141.18 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0240672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0141;QD=13.4461;RBI=0.0374275;REFB=-0.0359909;REVB=0.0286633;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266788;STB=0.515605;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0425304;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:12:4:7:19:12:4:7:19 chr17 72350402 . G A 221.82 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0182702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3281;QD=20.6347;RBI=0.0309413;REFB=-0.0340613;REVB=0.0249713;RO=21;SAF=6;SAR=16;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154997;STB=0.586136;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0326083;OID=.;OPOS=72350402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:16:6:3:18:16:6:3:18 chr17 72350412 . G A 135.68 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0364227;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9077;QD=16.4462;RBI=0.0368364;REFB=-0.0317707;REVB=-0.00550531;RO=17;SAF=2;SAR=13;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17127;STB=0.590774;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0680667;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:18:15:15:0.454545:13:2:4:13:13:2:4:14 chr17 72351406 . C T 259.31 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0232568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.036;QD=11.9223;RBI=0.0243418;REFB=-0.0231971;REVB=-0.00718627;RO=49;SAF=8;SAR=23;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230769;STB=0.659186;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0544935;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:56:31:31:0.356322:23:8:22:27:23:8:27:29 chr17 72351761 . A G 1021.62 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.909;QD=59.2243;RBI=0.0315066;REFB=0;REVB=0.0119408;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7836e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:69:0:0:63:69:1:31:32:0:0:35:34:0:0 chr17 72366695 . C A 763.21 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00178773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.4969;QD=51.7431;RBI=0.0517952;REFB=-0.185627;REVB=0.0517644;RO=1;SAF=35;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132829;STB=0.520541;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0107647;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:1:3:56:56:0.949153:21:35:1:0:21:35:3:0 chr17 72368550 . T C 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0441431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6556;QD=13.0142;RBI=0.0510449;REFB=-0.000811796;REVB=0.0256314;RO=32;SAF=3;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422856;STB=0.749711;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00117113;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:17:3:15:17:17:3:15:17 chr17 72439700 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.432;QD=44.6898;RBI=0.0178931;REFB=0;REVB=0.00564329;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5078e-05;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 72439808 . TG T 236.74 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.135524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8645;QD=9.46941;RBI=0.140199;REFB=-0.0138501;REVB=-0.0359026;RO=55;SAF=21;SAR=21;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275116;STB=0.519991;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.0127549;OID=.;OPOS=72439809;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42:42:100:42:100:58:21:21:27:31:99:55:21:21:26:29 chr17 72469958 . A G 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3583;QD=64.1508;RBI=0.0418075;REFB=0;REVB=0.00343185;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215095;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr17 72469966 . G A 416.03 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=98;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00358025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.739;QD=16.9808;RBI=0.0769165;REFB=-0.0141019;REVB=0.0768331;RO=55;SAF=14;SAR=29;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119797;STB=0.567424;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0223507;OID=.;OPOS=72469966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:55:55:43:43:0.438776:29:14:24:31:29:14:24:31 chr17 72589178 . AT A 32.85 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0851261;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.2634;QD=6.91631;RBI=0.115766;REFB=-0.148796;REVB=-0.0784563;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0.33042;SSEP=0;SSSB=-0.22915;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=del;VARB=0.153614;OID=.;OPOS=72589179;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.526316:9:19:10:19:9:3:7:4:5:32:9:2:7:4:5 chr17 72691928 . T C 526.22 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0218521;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=65.9557;QD=21.4782;RBI=0.0249132;REFB=-0.0269061;REVB=-0.0119647;RO=44;SAF=19;SAR=31;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260362;STB=0.518876;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0203777;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:44:48:50:50:0.510204:31:19:18:26:31:19:20:28 chr17 72700943 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0657276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2356;QD=18.8866;RBI=0.0702949;REFB=-0.00384863;REVB=-0.0249251;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121731;STB=0.57124;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00388268;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:2:3:6:2:2:3 chr17 72773794 . C A 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0371207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.869;QD=17.7314;RBI=0.038506;REFB=-0.00695261;REVB=0.0102353;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339396;STB=0.691617;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00819012;OID=.;OPOS=72773794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:4:15:7:10:4:15 chr17 72784932 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00331317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.536;QD=24.2037;RBI=0.0569367;REFB=0.00251946;REVB=0.0568403;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399905;STB=0.511266;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000853341;OID=.;OPOS=72784932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:17:18:0.6:8:9:7:5:8:10:7:5 chr17 72851133 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.947;QD=44.6897;RBI=0.0323801;REFB=0;REVB=-0.0141159;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230573;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 72889685 . G A 306.57 PASS AF=0.492754;AO=24;DP=75;FAO=34;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=34;FWDB=0.110848;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7859;QD=17.772;RBI=0.124602;REFB=-0.0184451;REVB=-0.0569065;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221437;STB=0.796624;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0131721;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:69:43:35:24:34:0.492754:14:10:10:33:11:23:1:34 chr17 72889696 . A G 142.72 PASS AF=0.369565;AO=15;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=29;FWDB=0.0245768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5217;QD=12.4107;RBI=0.0467492;REFB=-0.015886;REVB=-0.0397677;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609608;STB=0.821991;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0418368;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:15:17:0.369565:7:8:0:29:8:9:0:29 chr17 72927123 . G T 692.54 PASS AF=1;AO=41;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635183;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.733;QD=62.9583;RBI=0.0652216;REFB=0;REVB=0.0148083;RO=0;SAF=1;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27842e-05;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:41:44:1:40:1:0:0:40:4:0:0 chr17 72937851 . G A 723.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00623967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1792;QD=62.8872;RBI=0.00696314;REFB=0;REVB=0.00309062;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263422;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:30:15:0:0:31:15:0:0 chr17 72938100 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.486;QD=57.2026;RBI=0.0556836;REFB=0;REVB=0.0367599;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285808;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr17 72939446 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.668;QD=45.8063;RBI=0.0383596;REFB=0;REVB=0.0193431;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346363;OID=.;OPOS=72939446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr17 72939759 . A C 690.54 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5984;QD=60.0466;RBI=0.0398393;REFB=0.272307;REVB=-0.0258977;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.512815;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00717159;OID=.;OPOS=72939759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:26:18:1:0:26:19:1:0 chr17 72948369 . A G 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00206651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8156;QD=60.8521;RBI=0.0276795;REFB=-0.0533472;REVB=0.0276022;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.512815;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0042103;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:27:19:1:0:27:19:1:0 chr17 72949146 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00768986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.571;QD=45.1037;RBI=0.0312393;REFB=-0.0251768;REVB=0.0302781;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000678072;OID=.;OPOS=72949146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:12:6:0:0:12:6:1:0 chr17 72952017 . A G 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.342;QD=59.0067;RBI=0.0215332;REFB=0;REVB=0.0169675;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173575;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr17 73037868 . C G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0185636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.038;QD=11.0927;RBI=0.0508236;REFB=-0.0227874;REVB=0.047312;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0361971;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:4:2:3:2:4:2 chr17 73089524 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00760172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8158;QD=13.3676;RBI=0.0649813;REFB=-0.00236249;REVB=0.0645351;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136115;STB=0.579959;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0109212;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:19:12:5:13:19:12 chr17 73089852 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7121;QD=56.7063;RBI=0.07411;REFB=0;REVB=0.0305375;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000453568;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 73110279 . C T 1020.19 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590369;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.344;QD=59.1414;RBI=0.0592535;REFB=0;REVB=0.00506153;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027047;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr17 73127217 . G C 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0352077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9732;QD=11.3686;RBI=0.0813487;REFB=0.0163867;REVB=0.0733351;RO=19;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131313;STB=0.578172;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.0212459;OID=.;OPOS=73127217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:5:6:8:11:5:6:8:11 chr17 73221439 . C T 741.08 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0033289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.062;QD=50.2425;RBI=0.0209526;REFB=-0.0126188;REVB=0.0206864;RO=3;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495407;STB=0.517554;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000782893;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:59:59:3:4:55:55:0.932203:27:28:0:3:27:28:1:3 chr17 73222847 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.801;QD=56.1915;RBI=0.0311093;REFB=0;REVB=0.0166397;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214769;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr17 73222865 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251965;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.227;QD=53.2772;RBI=0.0276582;REFB=0;REVB=0.0114067;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139465;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr17 73230856 . C T 1024.79 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261818;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.329;QD=59.4083;RBI=0.0706963;REFB=0;REVB=0.0656695;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313327;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr17 73257986 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.21;QD=35.5758;RBI=0.0192351;REFB=0;REVB=0.0192001;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194845;OID=.;OPOS=73257986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr17 73258479 . C T 753.75 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015369;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.158;QD=61.5303;RBI=0.0415896;REFB=-0.154116;REVB=0.0386457;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00051991;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:18:30:0:0:18:30:0:1 chr17 73269530 . A G 670.09 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3896;QD=62.3335;RBI=0.0314848;REFB=0;REVB=-0.017976;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109315;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr17 73269676 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0079;QD=58.5862;RBI=0.068844;REFB=0;REVB=-0.0371216;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250385;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr17 73279624 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.764;QD=58.1414;RBI=0.0345563;REFB=0;REVB=-0.0145715;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02596e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr17 73315368 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0779763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.856;QD=41.8678;RBI=0.0881942;REFB=0.110711;REVB=0.0412056;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826301;STB=0.545392;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0118163;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:5:10:0:1:5:10:0:1 chr17 73402246 . C A 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3441;QD=35.5523;RBI=0.107027;REFB=0;REVB=-0.00749321;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00879737;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 73428115 . C CAGTT 110.21 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00578463;FXX=0.148093;HRUN=1;LEN=4;MLLD=251.522;QD=19.1668;RBI=0.0342783;REFB=-0.00302519;REVB=-0.0337867;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.658254;STBP=0.149;TYPE=ins;VARB=0.00436728;OID=.;OPOS=73428116;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=CAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:11:29:12:23:11:3:9:6:5:96:17:3:8:8:9 chr17 73428117 . G GTT 31.76 PASS AF=0.266667;AO=4;DP=29;FAO=4;FDP=15;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0123988;FXX=0.44428;HRUN=0;LEN=2;MLLD=141.806;QD=8.46831;RBI=0.0293595;REFB=-0.0038617;REVB=-0.0266129;RO=25;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188394;STB=0.722985;STBP=0.338;TYPE=ins;VARB=0.0210107;OID=.;OPOS=73428118;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:4:29:4:15:11:1:3:6:5:31:25:1:3:10:15 chr17 73488794 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.212;QD=47.8133;RBI=0.116873;REFB=0;REVB=0.013262;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120275;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr17 73491062 . TCCCCCCCT TCCCCCCCC,TCCCCCCT 78.25 PASS AF=0.0526316,0.736842;AO=2,10;DP=20;FAO=1,14;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=0,9;FSAR=1,5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00969514,-0.158335;FXX=0.049975;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=210.499,8.1085;QD=16.4742;RBI=0.0228013,0.265236;REFB=-0.00431297,-0.0887488;REVB=0.0206374,0.212791;RO=6;SAF=0,8;SAR=2,2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.524163,0.444069;STB=0.98415,0.590032;STBP=0.544,0.186;TYPE=snp,del;VARB=-0.0162419,0.141117;OID=.,.;OPOS=73491070,73491063;OREF=T,C;OALT=C,-;OMAPALT=TCCCCCCCC,TCCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.736842:2,10:20:1,14:19:4:0,9:1,5:1:3:12:6:0,8:2,2:1:5 chr17 73495692 . C G 181.05 PASS AF=0.44898;AO=16;DP=42;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0771602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.7123;QD=14.7798;RBI=0.09645;REFB=-0.037468;REVB=-0.0578697;RO=26;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225789;STB=0.522224;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0698284;OID=.;OPOS=73495692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:49:26:27:16:22:0.44898:13:3:9:17:13:9:10:17 chr17 73498220 . C CG 35.96 PASS AF=0.470588;AO=6;DP=21;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.139591;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.0782;QD=8.46031;RBI=0.148471;REFB=-0.0618124;REVB=-0.0505747;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225087;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=0.0587952;OID=.;OPOS=73498221;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:6:21:8:17:9:5:3:5:4:35:15:4:2:7:8 chr17 73498483 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.989;QD=48.7373;RBI=0.0338638;REFB=0;REVB=0.0270176;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18339e-05;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr17 73513156 . G A 80.83 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.126006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.835;QD=10.4296;RBI=0.126027;REFB=-0.0109984;REVB=-0.00225907;RO=20;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465113;STB=0.681445;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0246568;OID=.;OPOS=73513156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:31:31:20:20:10:11:0.354839:9:1:8:12:9:2:8:12 chr17 73513289 . C G 186.8 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.116683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6193;QD=19.663;RBI=0.120186;REFB=-0.00785403;REVB=-0.0288038;RO=19;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11199;STB=0.563688;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00322777;OID=.;OPOS=73513289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:14:5:7:12:14:5:7:12 chr17 73518203 . G C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0231546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.957;QD=7.67879;RBI=0.0252656;REFB=-0.0204613;REVB=-0.0101101;RO=31;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368721;STB=0.73422;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.058172;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:9:2:14:17:9:2:14:17 chr17 73518284 . G C 400.27 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.434;QD=53.3688;RBI=0.0539298;REFB=-0.137346;REVB=0.0498224;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00507173;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:1:0:18:11:1:0 chr17 73518328 . A C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00612399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.996;QD=17.3774;RBI=0.0126862;REFB=-0.0232293;REVB=0.0111102;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.020784;OID=.;OPOS=73518328;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:4:6:5:6:4:6 chr17 73519413 . C T 135.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0202215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.942;QD=16.8783;RBI=0.0634749;REFB=-0.0332255;REVB=0.0601678;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0444569;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:8:7:8:9:8:7:8:9 chr17 73519798 . C T 401.51 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.00109689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.327;QD=18.8945;RBI=0.00595059;REFB=-0.0151156;REVB=-0.00584862;RO=44;SAF=12;SAR=29;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491138;STB=0.527273;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.021061;OID=.;OPOS=73519798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:29:12:11:33:29:12:11:33 chr17 73520352 . G A 182.57 PASS AF=0.72;AO=17;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0679343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.989;QD=29.2106;RBI=0.0738033;REFB=-0.0371427;REVB=0.0288419;RO=7;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289698;STB=0.612105;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0131589;OID=.;OPOS=73520352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:7:7:17:18:0.72:15:2:3:4:15:3:3:4 chr17 73552185 . G A 108.86 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0350762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3751;QD=24.1908;RBI=0.0740886;REFB=0.0584203;REVB=0.0652593;RO=6;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455309;STB=0.760384;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.01868;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:10:2:5:1:10:2:5:1 chr17 73565171 . T C 178.53 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0829212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4099;QD=22.3161;RBI=0.117302;REFB=0.0123206;REVB=-0.0829682;RO=14;SAF=14;SAR=4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25898;STB=0.64688;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.0153555;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:4:14:7:7:4:14:7:7 chr17 73567846 . C T 746.86 PASS AF=0.563492;AO=70;DP=122;FAO=71;FDP=126;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00929966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.405;QD=23.7098;RBI=0.0168136;REFB=-0.054497;REVB=-0.0140076;RO=51;SAF=31;SAR=39;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063588;STB=0.509686;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0365063;OID=.;OPOS=73567846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:51:55:70:71:0.563492:39:31:23:28:39:32:26:29 chr17 73568055 . C T 270.03 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0255453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.239;QD=22.9815;RBI=0.0294202;REFB=-0.0104903;REVB=0.0145941;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216634;STB=0.610082;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.018349;OID=.;OPOS=73568055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:15:10:14:7:15:10:14:8 chr17 73570756 . G T 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00978847;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.963;QD=17.8279;RBI=0.017229;REFB=-0.0419968;REVB=-0.0141783;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972526;STB=0.526272;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0266933;OID=.;OPOS=73570756;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:7:5:3:7:7:5:4:7 chr17 73571030 . A G 49.53 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0153343;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.659;QD=12.3824;RBI=0.0250068;REFB=0.0140283;REVB=0.0197534;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00766537;OID=.;OPOS=73571030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr17 73590830 . T G 498.72 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.74;QD=56.9969;RBI=0.0491026;REFB=0;REVB=0.00699673;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131882;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:34:35:1:21:13:1:0:21:14:0:0 chr17 73609139 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.399;QD=41.8678;RBI=0.0351266;REFB=-0.00289262;REVB=0.0323983;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000422087;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:7:8:0:0:7:8:1:0 chr17 73611598 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0094624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.299;QD=11.9204;RBI=0.0220186;REFB=0.00919695;REVB=-0.0198817;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=-0.0116464;OID=.;OPOS=73611598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:3:6:4:3:3:6 chr17 73625430 . G A 712.0 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0330256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7352;QD=52.7407;RBI=0.0548386;REFB=-0.192691;REVB=0.0437788;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348587;STB=0.518511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00308542;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:54:2:2:52:52:0.962963:26:26:0:2:26:26:0:2 chr17 73625478 . T C 1026.4 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.298;QD=59.5017;RBI=0.0272335;REFB=0;REVB=0.0098049;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43283e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr17 73627539 . T C 473.04 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.062;QD=57.3382;RBI=0.0758127;REFB=0;REVB=0.0751964;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157131;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:15:18:0:0 chr17 73627565 . A G 654.67 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291181;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.38;QD=62.3495;RBI=0.0328584;REFB=0;REVB=-0.0152254;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293215;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr17 73698557 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.732;QD=56.7064;RBI=0.069963;REFB=0;REVB=0.0652359;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656587;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr17 73732428 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0616053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2084;QD=18.8857;RBI=0.0658343;REFB=0.00306468;REVB=0.0232151;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2967;STB=0.676889;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00725171;OID=.;OPOS=73732428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:7:1:2:3:7:1:2:3 chr17 73745031 . G A 576.92 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=0.00873225;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6561;QD=19.8937;RBI=0.0114274;REFB=-0.0110568;REVB=0.00737115;RO=55;SAF=32;SAR=27;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17127;STB=0.593248;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00502242;OID=.;OPOS=73745031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:55:57:59:59:0.508621:27:32:19:36:27:32:20:37 chr17 73753503 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.238;QD=52.6126;RBI=0.022558;REFB=0;REVB=-0.0183621;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126852;OID=.;OPOS=73753503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 73760820 . G A 178.27 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0366649;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4848;QD=29.7115;RBI=0.0545065;REFB=-0.0477924;REVB=0.0403317;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170133;STB=0.611524;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0151308;OID=.;OPOS=73760820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:24:6:7:17:17:0.708333:8:9:1:5:8:9:1:6 chr17 73812909 . A G 2628.05 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257761;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1591;QD=61.1174;RBI=0.0900122;REFB=0;REVB=0.0862426;RO=0;SAF=62;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129087;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:161:172:0:0:158:172:1:96:62:0:0:109:63:0:0 chr17 73816026 . A G 72.81 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000347105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2667;QD=36.405;RBI=0.0491798;REFB=0;REVB=0.0491786;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265918;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:1:6:0:0:2:6:0:0 chr17 73819525 . C T 311.56 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0437989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.508;QD=19.1728;RBI=0.0464117;REFB=0.00134425;REVB=0.0153528;RO=32;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449335;STB=0.524985;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.000612318;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:32:33:33:0.507692:14:19:20:12:14:19:20:12 chr17 73824121 . T C 555.23 PASS AF=0.44697;AO=59;DP=132;FAO=59;FDP=132;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0486202;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4927;QD=16.8251;RBI=0.0573485;REFB=-0.0119732;REVB=-0.0304126;RO=72;SAF=26;SAR=33;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451534;STB=0.52163;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0145721;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:73:59:59:0.44697:33:26:35:37:33:26:35:38 chr17 73827205 . T C 351.6 PASS AF=0.355372;AO=43;DP=123;FAO=43;FDP=121;FR=.;FRO=78;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0369817;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.118;QD=11.6232;RBI=0.038254;REFB=-0.0134897;REVB=-0.00978374;RO=75;SAF=13;SAR=30;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121029;STB=0.568687;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0244695;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:75:78:43:43:0.355372:30:13:30:45:30:13:31:47 chr17 73836162 . C G 115.03 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0207751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3167;QD=19.1719;RBI=0.0428347;REFB=-0.0234037;REVB=-0.0374593;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.510188;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0225475;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:4:7:8:5:4:7 chr17 73886888 . A G 47.82 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.017671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.969;QD=11.9546;RBI=0.0656808;REFB=-0.0169428;REVB=0.063259;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.622323;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.011947;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:8:9:7:7:0.4375:3:4:6:2:3:4:7:2 chr17 73888354 . G A 40.96 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0611419;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6312;QD=12.6029;RBI=0.0857795;REFB=0.00383749;REVB=-0.0601646;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0169257;OID=.;OPOS=73888354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:8:7:6:6:0.461538:3:3:3:5:3:3:3:4 chr17 73888395 . T TC 31.11 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0442298;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.187;QD=6.91407;RBI=0.044231;REFB=-0.00723764;REVB=0.000323404;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312896;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=ins;VARB=0.134067;OID=.;OPOS=73888396;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:7:18:7:18:11:1:6:4:7:31:11:1:6:4:7 chr17 73888423 . A G 86.87 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00823436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.819;QD=12.869;RBI=0.0220158;REFB=-0.00949743;REVB=-0.0204179;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0119885;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:7:9:7:4:7:9 chr17 73888427 . A C 68.29 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0736068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.2186;QD=10.5055;RBI=0.116235;REFB=-0.0343349;REVB=-0.089959;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247851;STB=0.593026;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0562588;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:26:14:16:9:10:0.384615:7:2:6:8:7:3:7:9 chr17 73897046 . A G 225.05 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.00823139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.29;QD=11.1135;RBI=0.00846482;REFB=-0.013168;REVB=-0.00197416;RO=50;SAF=5;SAR=23;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355444;STB=0.729975;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0140905;OID=.;OPOS=73897046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:53:28:28:0.345679:23:5:22:28:23:5:25:28 chr17 73900688 . T C 839.06 PASS AF=0.446701;AO=80;DP=191;FAO=88;FDP=197;FR=.;FRO=109;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=0.0233349;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.239;QD=17.0368;RBI=0.0288548;REFB=-0.0282758;REVB=0.016973;RO=110;SAF=24;SAR=56;SRF=49;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165246;STB=0.569309;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0321511;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:197:110:109:80:88:0.446701:56:24:49:61:58:30:50:59 chr17 73922941 . T C 196.53 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0101046;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.299;QD=25.358;RBI=0.0173885;REFB=-0.0186765;REVB=0.0141512;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689653;STB=0.55051;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0115502;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:31:12:12:18:19:0.612903:12:6:3:9:12:7:3:9 chr17 73926121 . C A 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0358151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8261;QD=13.6292;RBI=0.0359119;REFB=-0.0163272;REVB=0.00263535;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355666;STB=0.705454;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0154191;OID=.;OPOS=73926121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:1:8:4:4:1:8 chr17 73949540 . G C 184.87 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0222297;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1674;QD=17.1972;RBI=0.0227657;REFB=0.00912939;REVB=0.00491116;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647991;STB=0.53715;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00931748;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:15:9:6:13:15:9 chr17 73969835 . C T 260.61 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=-0.0167632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.003;QD=18.9535;RBI=0.0221207;REFB=-0.0307794;REVB=0.0144333;RO=27;SAF=7;SAR=21;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079685;STB=0.544274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0245673;OID=.;OPOS=73969835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:21:7:5:22:21:7:5:22 chr17 73997474 . G A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00904674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.979;QD=14.0966;RBI=0.031988;REFB=-0.0216229;REVB=0.030682;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829035;STB=0.548302;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0196971;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:10:4:4:7:10:4 chr17 74014628 . G A 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0274414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8844;QD=10.9515;RBI=0.03266;REFB=-0.00338138;REVB=0.0177099;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12296;STB=0.56039;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00947872;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:47:25:25:0.347222:17:8:19:26:17:8:19:28 chr17 74014668 . T C 163.58 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0359833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0928;QD=13.3537;RBI=0.0405381;REFB=-0.0111561;REVB=0.0186692;RO=31;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700588;STB=0.540938;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.032565;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:11:7:14:17:11:7:14:17 chr17 74017554 . G T 340.69 PASS AF=0.298013;AO=45;DP=151;FAO=45;FDP=151;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0262244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.703;QD=9.02496;RBI=0.0363928;REFB=-0.00240507;REVB=0.0252333;RO=106;SAF=31;SAR=14;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181266;STB=0.606643;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0057261;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:106:106:45:45:0.298013:14:31:58:48:14:31:58:48 chr17 74017573 . C G 324.62 PASS AF=0.280488;AO=46;DP=164;FAO=46;FDP=164;FR=.;FRO=118;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=61;FWDB=-0.0195403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.858;QD=7.91766;RBI=0.0196293;REFB=-0.0207484;REVB=-0.00186676;RO=116;SAF=31;SAR=15;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237817;STB=0.640852;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0415688;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:116:118:46:46:0.280488:15:31:56:60:15:31:57:61 chr17 74017594 . A G 298.79 PASS AF=0.272152;AO=43;DP=158;FAO=43;FDP=158;FR=.;FRO=115;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=65;FWDB=-0.0126766;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3931;QD=7.56421;RBI=0.0454327;REFB=-0.0103821;REVB=-0.0436284;RO=114;SAF=28;SAR=15;SRF=49;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26996;STB=0.656819;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0215251;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:114:115:43:43:0.272152:15:28:49:65:15:28:50:65 chr17 74056413 . C T 46.33 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0611199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.573;QD=9.75395;RBI=0.0697849;REFB=-0.0246984;REVB=0.0336792;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474209;STB=0.529324;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0481723;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:10:2:1:6:10:2 chr17 74066447 . T A 192.95 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00668658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.598;QD=13.7824;RBI=0.00751546;REFB=-0.013371;REVB=-0.00343102;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167799;STB=0.596523;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0206166;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:7:16:18:15:7:16:18:15 chr17 74076415 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0417906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5325;QD=11.1026;RBI=0.0432245;REFB=-0.0190348;REVB=-0.0110412;RO=10;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101245;STB=0.562306;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0230759;OID=.;OPOS=74076415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:1:6:8:2:1:6:8:2 chr17 74077797 . C T 172.11 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0309826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.338;QD=18.1171;RBI=0.0320708;REFB=-0.025278;REVB=-0.00828345;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741419;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0273485;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:10:8:10:9:10:8:11:9 chr17 74080443 . C T 133.4 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0159341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7923;QD=15.6943;RBI=0.0160094;REFB=-0.00370668;REVB=-0.00155059;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123511;STB=0.571332;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0105989;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:9:10:6:9:9:10 chr17 74383475 . T C 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.02726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.151;QD=21.5104;RBI=0.0323541;REFB=-0.0421874;REVB=-0.0174265;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239574;STB=0.636198;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0377168;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:4:14:8:7:4:14:8:7 chr17 74387284 . C T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00197247;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.945;QD=19.2766;RBI=0.0148054;REFB=-0.0285678;REVB=0.0146734;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703244;STB=0.539061;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0298075;OID=.;OPOS=74387284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:15:19:21:12:15:19:21:12 chr17 74394934 . G A 425.86 PASS AF=0.494253;AO=41;DP=86;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0283163;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.227;QD=19.5799;RBI=0.0618379;REFB=-0.0242948;REVB=0.0549737;RO=44;SAF=21;SAR=20;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746305;STB=0.528642;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0243926;OID=.;OPOS=74394934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:44:44:41:43:0.494253:20:21:19:25:22:21:19:25 chr17 74472998 . G A 900.04 PASS AF=0.494505;AO=90;DP=183;FAO=90;FDP=182;FR=.;FRO=92;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0021941;FXX=0.010869;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4516;QD=19.781;RBI=0.0344634;REFB=-0.032028;REVB=0.0343935;RO=90;SAF=42;SAR=48;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080703;STB=0.544248;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0296164;OID=.;OPOS=74472998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:90:92:90:90:0.494505:48:42:50:40:48:42:51:41 chr17 74475024 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.018825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.2764;QD=13.2075;RBI=0.120876;REFB=-0.0693002;REVB=0.119401;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.713771;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0146181;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:6:0:2:4:6:0 chr17 74475975 . C A 178.48 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0118795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.147;QD=18.7872;RBI=0.0475952;REFB=-0.0467881;REVB=0.0460888;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.554854;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0508213;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:18:19:17:19:0.5:10:7:9:9:12:7:9:10 chr17 74541129 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7107;QD=39.2063;RBI=0.0443214;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00293223;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr17 74652491 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.151;QD=55.653;RBI=0.0459099;REFB=0;REVB=0.0291172;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75129e-05;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr17 74652500 . TAT TTA 273.19 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0635098;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.769;QD=52.0369;RBI=0.0780424;REFB=0;REVB=0.0453556;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000143087;OID=.;OPOS=74652501;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:21:21:21:0:4:17:0:0:4:0:4:14:0:0 chr17 74732507 . A G 559.79 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176955;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0428;QD=60.518;RBI=0.0316408;REFB=0;REVB=0.0262299;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013236;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr17 74733099 . G A 2920.68 PASS AF=0.989418;AO=185;DP=191;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=112;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330875;FXX=0.0104707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.116;QD=61.8133;RBI=0.0495137;REFB=0.00430697;REVB=0.0368351;RO=2;SAF=73;SAR=112;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128638;STB=0.506578;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-2.23982e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:191:189:2:2:185:187:0.989418:112:73:2:0:112:75:2:0 chr17 74846672 . C G 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0215179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.72;QD=21.0086;RBI=0.0243591;REFB=-0.0099959;REVB=-0.0114169;RO=17;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139958;STB=0.507878;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0102002;OID=.;OPOS=74846672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:12:7:6:11:12:7:6:11 chr17 74857676 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.738;QD=57.1773;RBI=0.0413736;REFB=0;REVB=0.0118686;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74853e-05;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr17 74922706 . C T 483.81 PASS AF=0.463158;AO=39;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0135898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0346;QD=20.3711;RBI=0.0559124;REFB=0.0623863;REVB=0.0542357;RO=38;SAF=20;SAR=19;SRF=5;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34027;STB=0.674551;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0185707;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:41:39:44:0.463158:19:20:5:33:19:25:8:33 chr17 74928758 . C T 200.76 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=36;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.000693882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.068;QD=21.1324;RBI=0.0170952;REFB=-0.0208096;REVB=0.0170811;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106267;STB=0.538424;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0123231;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:18:18:20:0.526316:7:11:13:5:7:13:13:5 chr17 74936576 . G A 284.75 PASS AF=0.52;AO=13;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0413313;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4412;QD=22.7797;RBI=0.0606397;REFB=-0.0251424;REVB=0.0443723;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531461;STB=0.605917;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.028532;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:19:21:13:26:0.52:12:1:8:11:19:7:10:11 chr17 74942478 . C T 773.81 PASS AF=0.923077;AO=57;DP=62;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0578614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.563;QD=47.6192;RBI=0.0614595;REFB=-0.238546;REVB=0.0207202;RO=5;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468051;STB=0.525659;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00280335;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:62:65:5:5:57:60:0.923077:28:29:1:4:28:32:1:4 chr17 75085434 . G A 409.9 PASS AF=0.415929;AO=46;DP=111;FAO=47;FDP=113;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.00867417;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.463;QD=14.5099;RBI=0.017013;REFB=-0.0220054;REVB=-0.0146357;RO=64;SAF=17;SAR=29;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401413;STB=0.516007;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0275733;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:64:66:46:47:0.415929:29:17:26:38:29:18:27:39 chr17 75148741 . G A 114.39 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0649391;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2777;QD=9.73512;RBI=0.0686783;REFB=-0.0139892;REVB=0.0223524;RO=22;SAF=1;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642127;STB=0.925078;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0333007;OID=.;OPOS=75148741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:33:13:14:0.297872:12:1:13:9:13:1:22:11 chr17 75158213 . T G 155.95 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000549008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.459;QD=10.9435;RBI=0.0052113;REFB=-0.0144721;REVB=-0.00518231;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156476;STB=0.591457;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.026169;OID=.;OPOS=75158213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:8:12:17:20:8:12:17:20 chr17 75158261 . C G 644.28 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.345;QD=61.3597;RBI=0.0419216;REFB=0;REVB=0.0401012;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026354;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:16:26:0:0 chr17 75190846 . A C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.907;QD=59.8347;RBI=0.0650636;REFB=0;REVB=0.0611674;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358984;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr17 75202387 . C A 114.43 PASS AF=0.451613;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.111224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.074;QD=14.7651;RBI=0.112298;REFB=-0.0402496;REVB=-0.0154933;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107692;STB=0.580533;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0478342;OID=.;OPOS=75202387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:17:17:13:14:0.451613:7:6:6:11:7:7:6:11 chr17 75303298 . T C 767.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.873;QD=63.9253;RBI=0.0427711;REFB=0;REVB=0.0315911;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55958e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:19:29:0:0 chr17 75401191 . C T 495.25 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00466879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.141;QD=23.306;RBI=0.0171879;REFB=-0.0158606;REVB=-0.0165416;RO=36;SAF=16;SAR=31;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198465;STB=0.610315;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0278911;OID=.;OPOS=75401191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:36:38:47:47:0.552941:31:16:21:15:31:16:22:16 chr17 75425078 . G C 405.93 PASS AF=0.56338;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0100228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.446;QD=22.8694;RBI=0.0218198;REFB=-0.0419962;REVB=0.0193816;RO=30;SAF=20;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324532;STB=0.521116;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0316193;OID=.;OPOS=75425078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:30:31:38:40:0.56338:18:20:17:13:20:20:17:14 chr17 75425206 . A G 213.89 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0427543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7651;QD=20.8671;RBI=0.07738;REFB=-0.00440403;REVB=-0.064496;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302676;STB=0.67174;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00289092;OID=.;OPOS=75425206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:16:5:11:9:16:5:11:9 chr17 75425456 . A G 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00835133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.277;QD=6.92806;RBI=0.0103921;REFB=-0.00233973;REVB=-0.00618477;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493865;STB=0.818575;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0176723;OID=.;OPOS=75425456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:9:6:5:1:9:6 chr17 75478481 . C T 734.86 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0079576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.455;QD=61.2385;RBI=0.0083218;REFB=-0.131189;REVB=0.00243494;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.000442323;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:0:1 chr17 75494705 . A G 1088.81 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0325371;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.741;QD=58.8545;RBI=0.0351344;REFB=-0.164152;REVB=0.0132576;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000277629;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:72:73:0.986486:33:39:0:0:33:40:0:1 chr17 75495065 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.824;QD=55.0987;RBI=0.0395411;REFB=0;REVB=0.0267384;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186934;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr17 75495397 . T C 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.863;QD=47.8133;RBI=0.0265815;REFB=-0.0988647;REVB=-0.00787617;RO=1;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000176711;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:15:6:0:1:15:6:0:1 chr17 75496342 . T C 50.1 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0711;QD=33.3999;RBI=0.0446329;REFB=0;REVB=0.0359734;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00665997;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 75496361 . A G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3016;QD=33.4221;RBI=0.0980809;REFB=0;REVB=-0.0916305;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00549726;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 75558676 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.276;QD=37.4885;RBI=0.0640623;REFB=0;REVB=0.0639354;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119642;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 75559019 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.112;QD=60.9785;RBI=0.00411331;REFB=0;REVB=-0.00373306;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39609e-06;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr17 76113954 . G A 60.07 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0227999;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.367;QD=12.0132;RBI=0.0476404;REFB=-0.0240067;REVB=-0.0418303;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252187;STB=0.649658;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.023155;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:21:20:12:12:8:8:0.4:4:4:3:9:4:4:3:9 chr17 76121004 . G A 400.14 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0464947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8626;QD=18.6111;RBI=0.0526991;REFB=-0.00487971;REVB=-0.0248079;RO=45;SAF=25;SAR=16;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797663;STB=0.544329;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00586611;OID=.;OPOS=76121004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:16:25:31:14:16:25:31:14 chr17 76134828 . C A 93.71 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0485681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.816;QD=19.7285;RBI=0.0550911;REFB=-0.0391222;REVB=-0.0260033;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462643;STB=0.5423;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0373343;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:19:19:7:8:11:11:0.578947:9:2:1:6:9:2:1:7 chr17 76135148 . G T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0534397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.956;QD=12.0202;RBI=0.0539855;REFB=-0.000349518;REVB=0.00765726;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332643;STB=0.701788;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.000362081;OID=.;OPOS=76135148;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:12:2:9:16:12:2:9:16 chr17 76157266 . T C 223.18 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=46;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0351767;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.506;QD=18.5981;RBI=0.0366415;REFB=-0.0203544;REVB=0.0102566;RO=24;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446441;STB=0.767851;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0443354;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:24:25:21:23:0.479167:16:5:17:7:18:5:18:7 chr17 76157271 . G A 238.85 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0479201;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.826;QD=19.9044;RBI=0.0579744;REFB=-0.0104033;REVB=0.0326297;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423433;STB=0.738922;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0109274;OID=.;OPOS=76157271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:17:6:18:7:17:6:18:7 chr17 76166939 . C G 207.51 PASS AF=0.375;AO=17;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00856031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.509;QD=20.7513;RBI=0.0398428;REFB=-0.0266709;REVB=-0.0389124;RO=18;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350497;STB=0.518494;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0528086;OID=.;OPOS=76166939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:17:15:0.375:11:6:7:11:9:6:7:12 chr17 76178748 . T C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0332988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.586;QD=19.9755;RBI=0.0523935;REFB=-0.0404693;REVB=0.0404508;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904798;STB=0.55097;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0389711;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:11:9:7:13:11:9:7:13 chr17 76178751 . C T 151.91 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0492388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9845;QD=15.1908;RBI=0.0496162;REFB=-0.0434158;REVB=0.00610742;RO=23;SAF=6;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864659;STB=0.54994;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.102;OID=.;OPOS=76178751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:11:6:10:13:11:6:10:13 chr17 76183043 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0138474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5032;QD=22.585;RBI=0.045871;REFB=0.000463081;REVB=0.043731;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.000362882;OID=.;OPOS=76183043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:3:3:5:6:3:3 chr17 76187108 . G C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.026426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.956;QD=14.7014;RBI=0.027634;REFB=-0.0181622;REVB=0.0080809;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428589;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0212972;OID=.;OPOS=76187108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:9:3:4:10:9:3:4:11 chr17 76188753 . C A 120.2 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0212248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.28;QD=14.1408;RBI=0.054454;REFB=-0.0160898;REVB=0.0501472;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176831;STB=0.604234;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0212172;OID=.;OPOS=76188753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:13:7:3:11:13:7 chr17 76210367 . G C 1081.56 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8667;QD=59.2635;RBI=0.0455199;REFB=0;REVB=-0.0433182;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201088;OID=.;OPOS=76210367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:1:0:72:73:1:34:38:1:0:34:39:0:0 chr17 76219591 . G A 418.28 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0520101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9966;QD=53.9713;RBI=0.0625288;REFB=-0.153093;REVB=0.0347103;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0071304;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:14:16:0:1:14:16:0:1 chr17 76267843 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000188515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1754;QD=12.0151;RBI=0.0191396;REFB=0.0194837;REVB=-0.0191387;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0206291;OID=.;OPOS=76267843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr17 76367052 . A G 134.22 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0247081;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1233;QD=8.01314;RBI=0.0260082;REFB=-0.00914564;REVB=0.0081201;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151589;STB=0.601809;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0203283;OID=.;OPOS=76367052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:46:48:19:19:0.283582:9:10:30:16:9:10:32:16 chr17 76395430 . CC TC,TT 806.41 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=53,2;DP=55;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000483733,-0.00484604;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=83.4541,39.2777;QD=56.5901;RBI=0.0242348,0.0149539;REFB=0,0;REVB=-0.0242299,-0.0141469;RO=0;SAF=40,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00099854,0.0238085;OID=.,.;OPOS=76395430,76395430;OREF=C,CC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:57:0:0:53,2:55,2:0.964912,0.0350877:13,0:40,2:0:0:13,0:42,2:0:0 chr17 76396061 . G A 228.92 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.000203249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.197;QD=16.0647;RBI=0.00159715;REFB=-0.0167355;REVB=-0.00158417;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363373;STB=0.514371;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0191441;OID=.;OPOS=76396061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:7:19:21:9:7:19:22:9 chr17 76415702 . C T 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0122468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.124;QD=11.3682;RBI=0.0306197;REFB=-0.0106262;REVB=-0.0280639;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175257;STB=0.604745;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0267987;OID=.;OPOS=76415702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:9:10:4:7:9:10 chr17 76423097 . G A 964.9 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.877;QD=57.6058;RBI=0.0247283;REFB=-0.00487966;REVB=0.022064;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49123e-05;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:66:67:1:31:35:0:1:32:35:0:0 chr17 76433898 . T C 696.08 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.22;QD=60.529;RBI=0.0517252;REFB=-0.123709;REVB=0.0441333;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00174141;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr17 76449505 . G C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.934;QD=60.6102;RBI=0.0268699;REFB=0;REVB=0.0220223;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97689e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr17 76451921 . A G 525.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.219;QD=58.3806;RBI=0.0472334;REFB=0;REVB=-0.00196639;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337101;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr17 76462770 . G A 1148.16 PASS AF=0.987805;AO=77;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.253;QD=56.0078;RBI=0.0359183;REFB=-0.10668;REVB=0.0317817;RO=4;SAF=47;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350532;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00181578;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:4:1:77:81:0.987805:30:47:1:3:34:47:1:0 chr17 76468839 . C T 79.72 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0404266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.114;QD=15.9449;RBI=0.0469712;REFB=-0.0438448;REVB=-0.0239163;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.649727;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0412871;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:20:9:10:10:10:0.5:5:5:2:7:5:5:2:8 chr17 76468843 . C T 118.81 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.059771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.77;QD=22.6312;RBI=0.0598597;REFB=-0.0456425;REVB=-0.00325751;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985854;STB=0.555473;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0569428;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:2:6:8:5:2:6 chr17 76471366 . G A 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0104356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.379;QD=21.2671;RBI=0.0263952;REFB=-0.0437691;REVB=0.0242447;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013838;STB=0.507803;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0221291;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:8:6:7:10:8:6 chr17 76472768 . G A 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0261584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.933;QD=16.6171;RBI=0.0502229;REFB=-0.0019316;REVB=-0.0428728;RO=26;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16086;STB=0.595816;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00493063;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:26:28:23:23:0.45098:16:7:12:14:16:7:13:15 chr17 76481693 . C G 304.02 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.0231079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7461;QD=14.8302;RBI=0.0524528;REFB=0.0129587;REVB=0.0470885;RO=47;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158186;STB=0.581349;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.017165;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:48:34:34:0.414634:18:16:15:32:18:16:16:32 chr17 76482432 . A G 77.11 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.028579;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5797;QD=11.8626;RBI=0.0419679;REFB=0.01643;REVB=0.0307335;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196337;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0234357;OID=.;OPOS=76482432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:17:16:10:10:0.384615:6:4:10:7:6:4:9:7 chr17 76491127 . TG CC 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027442;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=253.614;QD=62.3147;RBI=0.027694;REFB=0;REVB=0.00372716;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-2.77663e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:40:46:0:0:40:46:0:0 chr17 76496492 . A G 1496.16 PASS AF=0.990385;AO=96;DP=96;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.092;QD=57.5446;RBI=0.0465595;REFB=-0.0773764;REVB=0.0443037;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000159613;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:96:104:0:1:96:103:0.990385:55:41:0:0:58:45:0:1 chr17 76497920 . C A 695.77 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0490829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1282;QD=56.7971;RBI=0.0789451;REFB=-0.0921744;REVB=-0.0618321;RO=2;SAF=31;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153915;STB=0.523326;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00523685;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:2:3:46:46:0.938776:15:31:1:1:15:31:1:2 chr17 76498692 . C T 502.14 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.122;QD=59.075;RBI=0.0449931;REFB=0;REVB=0.00872998;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163305;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr17 76503560 . C A 642.48 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=97;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0177602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1581;QD=26.4938;RBI=0.018226;REFB=-0.00518442;REVB=-0.00409416;RO=40;SAF=25;SAR=32;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491457;STB=0.526793;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00401609;OID=.;OPOS=76503560;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:40:40:57:57:0.587629:32:25:15:25:32:25:15:25 chr17 76503593 . T C 339.45 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0455934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6369;QD=15.4296;RBI=0.0465781;REFB=-0.0194679;REVB=0.00952661;RO=51;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663293;STB=0.537529;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0369636;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:51:51:37:37:0.420455:24:13:21:30:24:13:21:30 chr17 76525565 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1954;QD=54.517;RBI=0.0477418;REFB=0;REVB=-0.02469;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178745;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr17 76528591 . C T 67.4 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0213925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.661;QD=13.48;RBI=0.032489;REFB=0.00367445;REVB=-0.0244519;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.59976;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00547432;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:2:7:6:4:2:7:7:4 chr17 76528790 . A G 251.67 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0119417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.572;QD=17.0623;RBI=0.0211371;REFB=-0.0116857;REVB=-0.0174405;RO=31;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871658;STB=0.549033;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0128303;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:11:17:16:15:11:17:16:15 chr17 76535948 . T C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0206439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9828;QD=16.883;RBI=0.0417881;REFB=-0.00431574;REVB=0.0363329;RO=17;SAF=1;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.641609;STB=0.879373;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00935295;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:14:1:10:7:14:1:10:7 chr17 76557862 . T C 789.52 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00454467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.053;QD=50.9368;RBI=0.0360702;REFB=-0.046173;REVB=-0.0357827;RO=4;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783744;STB=0.541652;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000799512;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:4:4:58:58:0.935484:22:36:0:4:22:36:0:4 chr17 76567707 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.06224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.668;QD=43.0158;RBI=0.0631982;REFB=0.00438895;REVB=0.0109632;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00400211;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:1:0:7:9:1:0 chr17 76795805 . G C 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0529995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7005;QD=22.3984;RBI=0.0738395;REFB=-0.0210698;REVB=-0.0514132;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653289;STB=0.536552;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0216559;OID=.;OPOS=76795805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:11:8:11:11:11:8 chr17 76799835 . C A 230.22 PASS AF=0.36;AO=21;DP=71;FAO=27;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0442221;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4762;QD=12.2786;RBI=0.0613215;REFB=-0.00290124;REVB=0.0424821;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348623;STB=0.515452;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-9.72781e-05;OID=.;OPOS=76799835;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:29:45:21:27:0.36:13:8:12:17:18:9:16:29 chr17 76799860 . T C 182.17 PASS AF=0.328767;AO=18;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0102755;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.957;QD=9.98194;RBI=0.0161327;REFB=-0.00964722;REVB=-0.0124369;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141393;STB=0.581685;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0100448;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:49:18:24:0.328767:12:6:9:19:15:9:13:36 chr17 76799898 . A G 162.22 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=-0.00149815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.772;QD=9.01205;RBI=0.010443;REFB=-0.00629207;REVB=-0.010335;RO=50;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111675;STB=0.565493;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.015851;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:50:50:22:22:0.305556:15:7:12:38:15:7:12:38 chr17 76823227 . T G 147.75 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=26;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0111947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.764;QD=21.1068;RBI=0.0177533;REFB=-0.0394651;REVB=0.0137789;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211639;STB=0.510296;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.025764;OID=.;OPOS=76823227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:28:12:12:14:16:0.571429:9:5:4:8:11:5:4:8 chr17 76823260 . A C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0044755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.504;QD=20.4862;RBI=0.027915;REFB=0.000534745;REVB=0.0275539;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231617;STB=0.632885;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000133913;OID=.;OPOS=76823260;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:11:3:5:6:11:3:5:6 chr17 76970879 . A G 1106.87 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4082;QD=59.8311;RBI=0.0280065;REFB=0;REVB=0.0128452;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162686;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:47:27:0:0 chr17 76988785 . G A 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.6;QD=47.8034;RBI=0.0352616;REFB=0;REVB=0.0254344;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41729e-05;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr17 76989782 . G A 628.52 PASS AF=0.976744;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.909;QD=58.4671;RBI=0.0271805;REFB=-0.0489841;REVB=0.00191256;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.511106;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00273278;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:43:1:1:40:42:0.976744:20:20:1:0:20:22:1:0 chr17 76993546 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.203;QD=56.7064;RBI=0.041121;REFB=0;REVB=0.0393852;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500012;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr17 77039835 . G A 674.64 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0349639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2651;QD=52.9129;RBI=0.119297;REFB=-0.181454;REVB=0.114058;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518511;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00749032;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:2:49:49:0.960784:26:23:0:0:26:23:0:2 chr17 77039852 . G A 1063.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.538;QD=59.8893;RBI=0.0970687;REFB=0;REVB=0.091551;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255768;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr17 77040128 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.203;QD=51.9162;RBI=0.0332534;REFB=0;REVB=0.0244712;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336475;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr17 77040185 . G C 88.26 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.975;QD=39.225;RBI=0.0411038;REFB=0;REVB=0.0393862;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268353;OID=.;OPOS=77040185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr17 77042718 . C T 695.69 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.465;QD=60.4948;RBI=0.0336119;REFB=-0.0773755;REVB=0.000893163;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566436;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000771987;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:44:45:0.978261:25:19:1:1:25:20:0:1 chr17 77073566 . G A 1110.48 PASS AF=0.905882;AO=76;DP=89;FAO=77;FDP=85;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0200971;FXX=0.0555494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.074;QD=52.258;RBI=0.0216318;REFB=-0.0436588;REVB=-0.00800264;RO=8;SAF=35;SAR=41;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296393;STB=0.514851;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00419089;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:89:85:8:8:76:77:0.905882:41:35:5:3:41:36:5:3 chr17 77075670 . C T 536.99 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00730778;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.164;QD=45.7014;RBI=0.0159938;REFB=0.0170925;REVB=0.0142266;RO=2;SAF=13;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170167;STB=0.575718;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00038672;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:2:8:39:39:0.829787:26:13:1:1:26:13:6:2 chr17 77075673 . A G 662.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.684;QD=61.5856;RBI=0.0181747;REFB=0;REVB=-0.00218964;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304048;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr17 77076440 . G T 707.95 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.4;QD=62.9286;RBI=0.083693;REFB=0;REVB=0.0211422;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340939;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:32:12:0:0:32:13:0:0 chr17 77078109 . A G 472.74 PASS AF=0.528736;AO=44;DP=87;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0151283;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.848;QD=21.7353;RBI=0.0162766;REFB=-0.0248774;REVB=0.00600538;RO=39;SAF=14;SAR=30;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110024;STB=0.594493;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0260552;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:39:41:44:46:0.528736:30:14:17:22:32:14:20:21 chr17 77087005 . C CA 185.61 PASS AF=0.342857;AO=19;DP=71;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00713089;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=224.818;QD=10.6064;RBI=0.0161909;REFB=-0.00509328;REVB=0.0145361;RO=43;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375648;STB=0.771934;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0167855;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:19:71:24:70:46:5:19:28:18:99:43:5:14:25:18 chr17 77093768 . T C 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0262881;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.82;QD=17.9507;RBI=0.0981124;REFB=-0.0243598;REVB=-0.094525;RO=28;SAF=5;SAR=22;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669904;STB=0.537357;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0115724;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:22:5:4:24:22:5:4:24 chr17 77984141 . C T 552.92 PASS AF=0.468254;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=126;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00794894;FXX=0.0156238;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.067;QD=17.5529;RBI=0.0224415;REFB=-0.0110596;REVB=-0.0209866;RO=66;SAF=29;SAR=29;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726207;STB=0.539195;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0216706;OID=.;OPOS=77984141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:66:67:58:59:0.468254:29:29:28:38:30:29:28:39 chr17 78013724 . G C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.213;QD=56.1851;RBI=0.0766336;REFB=0;REVB=0.0482999;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623498;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr17 78022378 . C G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0089719;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.557;QD=15.8821;RBI=0.00914802;REFB=0.00549399;REVB=-0.00178645;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253163;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00710532;OID=.;OPOS=78022378;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:3:7:4:6:3:7 chr17 78023722 . C T 109.76 PASS AF=0.368421;AO=12;DP=36;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0085543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2647;QD=11.5535;RBI=0.0748466;REFB=-0.0059791;REVB=0.0743561;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203721;STB=0.566908;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0192364;OID=.;OPOS=78023722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:24:24:12:14:0.368421:10:2:7:17:11:3:7:17 chr17 78055758 . T G 222.71 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0356731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5446;QD=19.3659;RBI=0.0410926;REFB=-0.0329167;REVB=-0.0203969;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154715;STB=0.586969;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.015047;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:17:7:10:12:17:7 chr17 78078499 . TC T 94.91 PASS AF=0.286822;AO=32;DP=126;FAO=37;FDP=129;FR=.;FRO=92;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=-0.174612;FXX=0.00769172;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6904;QD=2.94296;RBI=0.175103;REFB=-0.0580786;REVB=0.0131028;RO=84;SAF=32;SAR=0;SRF=38;SRR=46;SSEN=0.512195;SSEP=0;SSSB=0.813304;STB=0.816765;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.055738;OID=.;OPOS=78078500;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.286822:32:126:37:129:92:32:5:44:48:94:84:32:0:38:46 chr17 78172292 . G A 208.78 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0026194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3641;QD=18.1546;RBI=0.0027767;REFB=0.00709313;REVB=-0.000921302;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258183;STB=0.646917;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00493465;OID=.;OPOS=78172292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:14:7:15:10:14:7:15:10 chr17 78184393 . C T 2250.43 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=147;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559866;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.998;QD=62.0809;RBI=0.0560562;REFB=-0.0699637;REVB=0.00279342;RO=1;SAF=65;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725971;STB=0.503759;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00099903;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:147:145:1:1:143:144:0.993103:78:65:1:0:78:66:1:0 chr17 78187954 . A G 160.1 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.567;QD=45.7433;RBI=0.066295;REFB=0;REVB=0.0653594;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758018;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr17 78215566 . T G 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00377352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.534;QD=15.9167;RBI=0.025213;REFB=-0.026737;REVB=-0.024929;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.568761;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0307501;OID=.;OPOS=78215566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:5:8:10:4:5:8:11:4 chr17 78219065 . C A 481.44 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0503587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.471;QD=53.4936;RBI=0.0576909;REFB=-0.0789977;REVB=0.0281466;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071724;STB=0.538438;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00247287;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:22:12:2:0:22:12:2:0 chr17 78293189 . A T 289.42 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.00186626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.582;QD=14.2923;RBI=0.0212324;REFB=-0.0139738;REVB=-0.0211502;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845857;STB=0.547917;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0218072;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:15:18:30:18:15:18:30:18 chr17 78298938 . A G 755.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00250534;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7853;QD=57.0137;RBI=0.0273433;REFB=0;REVB=-0.0272282;RO=0;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217853;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:37:16:0:0:37:16:0:0 chr17 78302157 . C A 213.48 PASS AF=0.4;AO=24;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0217466;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.343;QD=13.1369;RBI=0.0218626;REFB=-0.00970658;REVB=-0.00224909;RO=40;SAF=13;SAR=11;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232498;STB=0.621406;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0157116;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:39:24:26:0.4:11:13:13:27:12:14:13:26 chr17 78305871 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.325;QD=39.2068;RBI=0.0580483;REFB=0;REVB=0.0336931;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158714;OID=.;OPOS=78305871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr17 78306102 . G C 804.63 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2889;QD=64.3707;RBI=0.038993;REFB=0;REVB=0.0314977;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031965;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr17 78311508 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.7;QD=59.0177;RBI=0.0313456;REFB=0;REVB=0.0313087;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164793;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr17 78319136 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.046;QD=50.413;RBI=0.0497407;REFB=0;REVB=0.0495773;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505708;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr17 78319380 . G C 1113.47 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9681;QD=57.8424;RBI=0.0718011;REFB=0;REVB=0.0526939;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223939;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:37:36:0:0:41:36:0:0 chr17 78327358 . G A 883.93 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.124;QD=57.9627;RBI=0.0537912;REFB=0;REVB=0.0430964;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116848;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:29:32:0:0 chr17 78354661 . C T 224.23 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0115271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.865;QD=42.7097;RBI=0.0169389;REFB=-0.033078;REVB=-0.0124118;RO=1;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317459;STB=0.528271;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000709215;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:5:14:1:0:5:14:1:1 chr17 78401588 . G T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2385;QD=54.517;RBI=0.0653181;REFB=0;REVB=-1.67333e-05;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013153;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 78444658 . T G 237.64 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6566;QD=50.0291;RBI=0.191597;REFB=0;REVB=0.189015;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354456;OID=.;OPOS=78444658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr17 78444679 . T C 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0025484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.711;QD=26.4923;RBI=0.0241307;REFB=-0.017413;REVB=0.0239957;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131465;STB=0.573371;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0160677;OID=.;OPOS=78444679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:6:11:4:5:6:11:4:5 chr17 78445702 . A G 627.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000141511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.231;QD=61.1896;RBI=0.00578863;REFB=0;REVB=-0.0057869;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89106e-05;OID=.;OPOS=78445702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr17 78820329 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00943513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.616;QD=17.617;RBI=0.00973217;REFB=-0.017382;REVB=0.00238608;RO=27;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279848;STB=0.659199;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0135611;OID=.;OPOS=78820329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:18:6:14:13:18:6:14:13 chr17 78854223 . A G 463.08 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00100844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9382;QD=52.9231;RBI=0.0432788;REFB=0.0191966;REVB=-0.043267;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.506325;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.00622567;OID=.;OPOS=78854223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:13:20:1:0:13:20:1:1 chr17 78896529 . C T 286.15 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0409355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.624;QD=24.3535;RBI=0.0409388;REFB=-0.015139;REVB=0.000520679;RO=21;SAF=16;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031098;STB=0.501729;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0152422;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:10:16:13:8:10:16:13:8 chr17 78919558 . C T 435.87 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0393583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8226;QD=18.5476;RBI=0.0496267;REFB=-0.0157901;REVB=0.0302281;RO=49;SAF=15;SAR=29;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890956;STB=0.545433;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0141993;OID=.;OPOS=78919558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:29:15:21:28:29:15:21:29 chr17 78921117 . C T 216.37 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.0174054;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.287;QD=15.184;RBI=0.0192851;REFB=-0.0103715;REVB=-0.00830484;RO=31;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388063;STB=0.7127;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0178718;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:31:32:25:25:0.438596:18:7:21:10:18:7:21:11 chr17 78935197 . C T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0260097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9546;QD=18.9482;RBI=0.0402898;REFB=-0.01643;REVB=-0.0307695;RO=27;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11762;STB=0.565909;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.022466;OID=.;OPOS=78935197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:9:19:15:12:9:19:15:12 chr17 79059230 . C T 694.7 PASS AF=0.483444;AO=72;DP=152;FAO=73;FDP=151;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.0192517;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.354;QD=18.4026;RBI=0.0246219;REFB=-0.022894;REVB=-0.0153496;RO=77;SAF=21;SAR=51;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241041;STB=0.623969;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0257364;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:77:78:72:73:0.483444:51:21:41:36:51:22:41:37 chr17 79082862 . G A 85.91 PASS AF=0.458333;AO=7;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0314641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.796;QD=14.3184;RBI=0.032599;REFB=-0.00546891;REVB=-0.0085267;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118161;STB=0.538392;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00423018;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:13:13:7:11:0.458333:5:2:5:8:6:5:5:8 chr17 79089590 . A G 161.32 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0152549;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.055;QD=17.9243;RBI=0.0163999;REFB=-0.00870488;REVB=-0.00602052;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00483504;OID=.;OPOS=79089590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:19:17:17:0.472222:8:9:9:11:8:9:9:10 chr17 79091103 . G T 40.18 PASS AF=0.266667;AO=3;DP=17;FAO=4;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0231476;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.79;QD=10.7148;RBI=0.0254416;REFB=0.000635465;REVB=-0.0105576;RO=11;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686823;STB=0.776449;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0173496;OID=.;OPOS=79091103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:15:11:9:3:4:0.266667:0:3:4:7:1:3:3:6 chr17 79093822 . A G 88.19 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0579746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1006;QD=14.1106;RBI=0.0782013;REFB=0.029706;REVB=-0.0524824;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251218;STB=0.678877;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.0563561;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:9:2:5:8:9:2:6:8 chr17 79095144 . G A 229.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0216969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.391;QD=22.3943;RBI=0.0217305;REFB=-0.00653646;REVB=0.0012073;RO=19;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100316;STB=0.505613;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00596433;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:6:16:14:5:6:16:14:5 chr17 79095629 . C A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0529828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.343;QD=15.7842;RBI=0.0536693;REFB=-0.00705645;REVB=-0.00855621;RO=17;SAF=12;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406953;STB=0.740338;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0103836;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:2:12:9:8:2:12:9:8 chr17 79139473 . C G 400.32 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00732689;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.507;QD=53.3763;RBI=0.0379079;REFB=-0.0704491;REVB=0.0371931;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000569774;OID=.;OPOS=79139473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr17 79140505 . C CG,G 501.74 PASS AF=0.0810811,0.891892;AO=5,28;DP=37;FAO=3,33;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=2,10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204729,0.0257632;FXX=0.0512689;HRUN=0,7;LEN=1,1;MLLD=117.615,126.596;QD=54.2422;RBI=0.0560099,0.0502209;REFB=-0.00325037,-0.0800215;REVB=-0.0521342,-0.0431091;RO=3;SAF=5,18;SAR=0,10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.762666,0.0593321;STB=0.665547,0.510632;STBP=0.558,0.603;TYPE=ins,snp;VARB=-0.022544,0.00346605;OID=.,.;OPOS=79140506,79140505;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:37:37:3:1:5,28:3,33:0.0810811,0.891892:0,10:5,18:1:2:2,10:1,23:1:0 chr17 79171967 . A G 410.97 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.099;QD=56.6856;RBI=0.0354939;REFB=0;REVB=-0.027185;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68904e-05;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr17 79173184 . T C 238.86 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.571;QD=50.2857;RBI=0.06998;REFB=0;REVB=0.0672949;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125122;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 79173224 . T C,G 280.11 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=19,3;DP=22;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019904,-0.0386836;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.637,101.233;QD=50.9298;RBI=0.0417577,0.0394265;REFB=0,0;REVB=0.0367088,-0.00761777;RO=0;SAF=11,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00597729,0.118834;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:22:22:0:0:19,3:19,3:0.863636,0.136364:8,3:11,0:0:0:8,3:11,0:0:0 chr17 79174221 . T C 1546.24 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00828611;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.181;QD=60.0481;RBI=0.0162698;REFB=0;REVB=0.0140016;RO=0;SAF=31;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118535;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:103:0:0:103:103:1:72:31:0:0:72:31:0:0 chr17 79182778 . T C 600.58 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00207457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3426;QD=58.5928;RBI=0.0138691;REFB=-0.179446;REVB=-0.013713;RO=1;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0120257;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:14:26:0:1:14:26:0:1 chr17 79202864 . CG CC,C,GC 104.03 PASS AF=0,0.425,0;AO=2,9,3;DP=38;FAO=0,17,0;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=0,14,0;FSAR=0,3,0;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0497624,0.0626211,0.0950615;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=24.7872,15.2413,22.6938;QD=10.4031;RBI=0.108353,0.180342,0.116768;REFB=0.000916745,0.00228014,-0.00378528;REVB=-0.0962503,0.169121,0.067809;RO=21;SAF=0,8,3;SAR=2,1,0;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.679093,0.181033,0.4919;STB=0.5,0.538414,0.5;STBP=1,0.761,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0226737,0.0496696;OID=.,.,.;OPOS=79202865,79202865,79202864;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,GC;OMAPALT=CC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:38:40:21:23:2,9,3:0,17,0:0,0.425,0:2,1,0:0,8,3:17:4:0,3,0:0,14,0:18:5 chr17 79202955 . CT C,CC,CG 503.31 PASS AF=0.0857143,0.914286,0;AO=7,26,2;DP=35;FAO=3,32,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7,0;FSAR=1,25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000648021,0.00690134,-0.00340202;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=170.811,180.671,150.151;QD=57.5209;RBI=0.00137787,0.00727067,0.00343342;REFB=0,0,0;REVB=0.00121597,0.00228784,-0.000463294;RO=0;SAF=4,5,0;SAR=3,21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00644626,0.00219013,0;OID=.,.,.;OPOS=79202956,79202956,79202956;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0857143,0.914286,0:7,26,2:35:3,32,0:35:0:2,7,0:1,25,0:0:0:12:0:4,5,0:3,21,2:0:0 chr17 79205783 . C T 383.65 PASS AF=0.567164;AO=36;DP=66;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0662667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5519;QD=22.9042;RBI=0.096483;REFB=-0.0353027;REVB=0.0701263;RO=30;SAF=16;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459741;STB=0.542108;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.029266;OID=.;OPOS=79205783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:29:36:38:0.567164:20:16:15:15:22:16:15:14 chr17 79219419 . TC CT 99.84 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=85;FAO=14;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0106424;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=23.1302;QD=4.75413;RBI=0.0121707;REFB=-0.0794265;REVB=0.00590475;RO=46;SAF=9;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321958;STB=0.71652;STBP=0.086;TYPE=mnp;VARB=0.149341;OID=.;OPOS=79219419;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:85:84:46:57:12:14:0.166667:3:9:23:23:3:11:31:26 chr17 79219500 . AATG A 1105.45 PASS AF=0.897436;AO=101;DP=119;FAO=105;FDP=117;FR=.;FRO=12;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.00342462;FXX=0.0639949;HRUN=2;LEN=3;MLLD=264.944;QD=37.7933;RBI=0.00342546;REFB=-0.011907;REVB=-7.58124e-05;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.556593;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00129071;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.897436:101:119:105:117:12:47:58:12:0:18:0:45:56:0:0 chr17 79220224 . G C 583.4 PASS AF=1;AO=29;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9521;QD=58.3398;RBI=0.271648;REFB=0;REVB=0.250041;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00735616;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:29:40:1:12:17:0:0:20:20:0:0 chr17 79279017 . C G 283.68 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0311175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2754;QD=36.6034;RBI=0.0604759;REFB=-0.083903;REVB=0.051856;RO=7;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123791;STB=0.567511;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0306934;OID=.;OPOS=79279017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:10:14:2:5:10:14:2:5 chr17 79410256 . G A 298.01 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0550064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.842;QD=20.9128;RBI=0.0552333;REFB=-0.0135075;REVB=-0.00500144;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00314054;STB=0.501741;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0106293;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:13:18:15:11:13:18:15:11 chr17 79414307 . A G 93.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00230443;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.364;QD=16.9714;RBI=0.00302368;REFB=-0.0173139;REVB=0.00195761;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0185092;OID=.;OPOS=79414307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:11:11:0.5:8:3:6:5:8:3:6:5 chr17 79419025 . G A 38.51 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0206559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8654;QD=11.0027;RBI=0.0519652;REFB=-0.00580584;REVB=-0.0476835;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542893;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0158799;OID=.;OPOS=79419025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:6:2:5:1:6:2 chr17 79427932 . G A 199.22 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.016401;FXX=0.0588062;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.623;QD=24.9026;RBI=0.0344741;REFB=-0.00984709;REVB=0.0303227;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250314;STB=0.662462;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0135465;OID=.;OPOS=79427932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:13:19:19:0.59375:15:4:6:6:15:4:7:6 chr17 79478019 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00374745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.13;QD=21.5099;RBI=0.0098844;REFB=-0.00274414;REVB=0.00914647;RO=19;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991378;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00242848;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:9:12:13:6:9:12:13:6 chr17 79507107 . CGGG CCGG,CGG,CGGC 161.97 PASS AF=0,1,0;AO=7,5,2;DP=14;FAO=0,15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036813,-0.147384,-0.178768;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=1,1,1;MLLD=16.8118,20.4341,5.67018;QD=43.1933;RBI=0.0597627,0.155356,0.17879;REFB=0,0,0;REVB=0.0470785,0.0491248,-0.00278927;RO=0;SAF=4,0,2;SAR=3,5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=-0.0127586,-0.0112025,0.0743891;OID=.,.,.;OPOS=79507108,79507108,79507110;OREF=G,G,G;OALT=C,-,C;OMAPALT=CCGG,CGG,CGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,5,2:14:0,15,0:15:0:0,7,0:0,8,0:0:0:4:0:4,0,2:3,5,0:0:0 chr17 79507170 . T C 428.14 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.705;QD=57.0851;RBI=0.0689286;REFB=0;REVB=0.0677768;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222962;OID=.;OPOS=79507170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:3:24:0:0:6:24:0:0 chr17 79508400 . T C 716.73 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264284;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.757;QD=57.338;RBI=0.0376027;REFB=0;REVB=0.0267489;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79319e-05;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 79511135 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.72;QD=59.837;RBI=0.00720704;REFB=0;REVB=0.00659288;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.07048e-05;OID=.;OPOS=79511135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 79514832 . G A 346.54 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-3.00527e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.147;QD=47.798;RBI=0.000277338;REFB=-0.184908;REVB=-0.000275705;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.535688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0046851;OID=.;OPOS=79514832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:29:1:2:26:27:0.931034:12:14:0:1:13:14:0:2 chr17 79525118 . T G 575.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1122;QD=60.5964;RBI=0.0538151;REFB=0;REVB=-0.0179151;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360727;OID=.;OPOS=79525118;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr17 79589242 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.728;QD=57.2344;RBI=0.0398581;REFB=-0.0578768;REVB=0.0297107;RO=1;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122726;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000829467;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:38:28:0:1:38:28:0:1 chr17 79596811 . C T 700.8 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.025726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.026;QD=50.9674;RBI=0.0291161;REFB=-0.00337843;REVB=0.0136353;RO=3;SAF=25;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532292;STB=0.528291;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.000241402;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:27:25:3:0:27:25:3:0 chr17 79609410 . G T 416.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02424;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.089;QD=57.5143;RBI=0.0299805;REFB=0;REVB=0.0176424;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113833;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:30:29:1:17:13:0:0:17:12:0:0 chr17 79612161 . C T 1134.17 PASS AF=0.939759;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=83;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00680353;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.552;QD=54.6586;RBI=0.00850561;REFB=-0.186354;REVB=0.00510464;RO=5;SAF=47;SAR=31;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235822;STB=0.512477;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.000841723;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:83:5:5:78:78:0.939759:31:47:4:1:31:47:4:1 chr17 79612333 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.05;QD=33.4285;RBI=0.00561962;REFB=0;REVB=-0.00561962;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000486688;OID=.;OPOS=79612333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr17 79612443 . T C 361.17 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00041379;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.981;QD=55.5638;RBI=0.0623703;REFB=0;REVB=0.0623689;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117895;OID=.;OPOS=79612443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:22:26:1:7:15:0:0:10:16:0:0 chr17 79612621 . G A 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0584975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.713;QD=22.0711;RBI=0.058569;REFB=-0.00820418;REVB=0.00289256;RO=24;SAF=16;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209497;STB=0.615314;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00978267;OID=.;OPOS=79612621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:15:16:6:18:15:16:6:18 chr17 79614481 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.381;QD=39.2057;RBI=0.0600691;REFB=0;REVB=0.0600595;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566124;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr17 79637349 . T C,G 1552.3 PASS AF=0.933962,0.0660377;AO=98,7;DP=105;FAO=99,7;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41,2;FSAR=58,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463755,-0.0430389;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.969,175.739;QD=58.5775;RBI=0.0464902,0.0430488;REFB=0,0;REVB=0.00326378,0.000921753;RO=0;SAF=41,2;SAR=57,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000102685,0.0225625;OID=.,.;OPOS=79637349,79637349;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:105:106:0:0:98,7:99,7:0.933962,0.0660377:57,5:41,2:0:0:58,5:41,2:0:0 chr17 79817064 . T C 73.02 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0112262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.127;QD=9.12747;RBI=0.0258443;REFB=-0.0196246;REVB=-0.0232787;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511128;STB=0.531188;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.077824;OID=.;OPOS=79817064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:12:10:5:5:12:10 chr17 79818260 . G T 36.1 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0181154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.005;QD=6.87624;RBI=0.0270608;REFB=-0.00976913;REVB=-0.0201027;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784305;STB=0.571195;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0699672;OID=.;OPOS=79818260;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:3:3:6:8:3:3:6:9 chr17 79825897 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.571;QD=49.5992;RBI=0.0271016;REFB=0;REVB=0.0144745;RO=0;SAF=17;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205747;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:1:17:0:0:1:17:0:0 chr17 79872241 . A G 385.87 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0314523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.304;QD=48.2341;RBI=0.0346479;REFB=-0.110232;REVB=0.0145338;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664029;STB=0.551688;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00355437;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:2:3:29:29:0.90625:16:13:2:0:16:13:3:0 chr17 79891147 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.203;QD=60.2245;RBI=0.0258776;REFB=0;REVB=0.0191811;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306719;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr17 80006957 . A C 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0209708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6586;QD=21.9431;RBI=0.0209725;REFB=-0.0131049;REVB=0.000266348;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190956;STB=0.607015;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00546968;OID=.;OPOS=80006957;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:8:8:9:3:8:8:9:3 chr17 80007887 . A G 261.48 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0474646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6668;QD=14.7313;RBI=0.0478547;REFB=-0.045459;REVB=0.00609792;RO=40;SAF=18;SAR=12;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264488;STB=0.505878;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0391547;OID=.;OPOS=80007887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:12:18:25:15:12:18:25:16 chr17 80008392 . G T 447.21 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0123913;FXX=0.0531858;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2222;QD=20.0991;RBI=0.018116;REFB=0.0136559;REVB=0.0132153;RO=49;SAF=16;SAR=28;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104388;STB=0.531439;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0131347;OID=.;OPOS=80008392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:89:49:45:44:44:0.494382:28:16:23:26:28:16:19:26 chr17 80013235 . A G 859.63 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.365;QD=57.3087;RBI=0.0222617;REFB=0;REVB=0.00246968;RO=0;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185269;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:39:20:0:0:39:21:0:0 chr17 80059596 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00208345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.716;QD=10.0752;RBI=0.0141419;REFB=-0.007841;REVB=-0.0139876;RO=14;SAF=7;SAR=1;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173784;STB=0.608385;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0191985;OID=.;OPOS=80059596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:1:7:11:3:1:7:11:3 chr17 80071244 . T C 76.11 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0169944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5377;QD=12.177;RBI=0.0176662;REFB=-0.0136873;REVB=0.00482548;RO=15;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376273;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0425338;OID=.;OPOS=80071244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:2:8:7:8:2:8:7:8 chr17 80085633 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.000863613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.987;QD=13.2126;RBI=0.00720327;REFB=0.0240117;REVB=0.00715131;RO=22;SAF=12;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374395;STB=0.724896;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.0220326;OID=.;OPOS=80085633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:2:12:13:9:2:12:13:9 chr17 80086386 . C T 107.87 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.003848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.373;QD=5.75325;RBI=0.00970049;REFB=-0.0182737;REVB=-0.00890463;RO=58;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144002;STB=0.590135;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0559066;OID=.;OPOS=80086386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:17:17:0.226667:6:11:31:27:6:11:31:27 chr17 80086389 . C T 107.88 PASS AF=0.226667;AO=17;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.00525528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.702;QD=5.75354;RBI=0.00836364;REFB=-0.000304724;REVB=-0.00650634;RO=56;SAF=11;SAR=6;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120249;STB=0.590135;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.000799203;OID=.;OPOS=80086389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:56:58:17:17:0.226667:6:11:31:25:6:11:31:27 chr17 80086395 . T C 124.58 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.035367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.092;QD=6.3079;RBI=0.0524127;REFB=-0.00830927;REVB=-0.0386816;RO=59;SAF=11;SAR=8;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06661;STB=0.547729;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0383635;OID=.;OPOS=80086395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:8:11:31:28:8:11:31:29 chr17 80099639 . C A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0306915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0445;QD=15.3783;RBI=0.0398115;REFB=0.0378216;REVB=-0.0253572;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0418374;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:9:5:5:7:9:5 chr17 80103737 . T C 168.45 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=-0.038509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.321;QD=10.3663;RBI=0.0406446;REFB=-0.00348082;REVB=0.0130014;RO=43;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133862;STB=0.577294;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00667266;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:16:6:8:35:16:6:8:35 chr17 80136418 . C T 136.27 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0749199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8847;QD=8.51697;RBI=0.0796614;REFB=-0.0201837;REVB=-0.027073;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225105;STB=0.504945;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0569877;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:45:19:19:0.296875:9:10:24:20:9:10:24:21 chr17 80151881 . G A 476.0 PASS AF=0.521739;AO=46;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00814074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.016;QD=20.6955;RBI=0.0300092;REFB=-0.0308338;REVB=0.0288839;RO=44;SAF=22;SAR=24;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593255;STB=0.52173;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.036182;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:44:46:48:0.521739:24:22:24:20:24:24:24:20 chr17 80159566 . T C 72.68 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.119654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0147;QD=8.81014;RBI=0.146268;REFB=-0.0135016;REVB=-0.0841269;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212608;STB=0.666262;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0178164;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:31:33:21:23:10:10:0.30303:9:1:4:17:9:1:5:18 chr17 80195582 . T C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.437;QD=39.3183;RBI=0.0524353;REFB=-0.0570222;REVB=0.0385393;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00184497;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:0:1:5:8:0:1 chr17 80280865 . G A 1038.72 PASS AF=0.986486;AO=68;DP=71;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011186;FXX=0.0263123;HRUN=5;LEN=1;MLLD=142.52;QD=56.1469;RBI=0.052945;REFB=0.0207717;REVB=0.0517499;RO=3;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531532;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000488854;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:74:3:1:68:73:0.986486:41:27:1:2:43:30:0:1 chr17 80373452 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6202;QD=60.6078;RBI=0.0966085;REFB=0;REVB=0.0518572;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225098;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr17 80377690 . T G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1873;QD=51.1821;RBI=0.0650626;REFB=0;REVB=0.0646578;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206818;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr17 80391684 . A G 1218.26 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0071;QD=60.913;RBI=0.0298194;REFB=0;REVB=-0.0230098;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105181;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:55:24:0:0:55:25:0:0 chr17 80394530 . G T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1764;QD=49.5971;RBI=0.0890326;REFB=0;REVB=0.066366;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384766;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr17 80452592 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.108;QD=48.7346;RBI=0.136429;REFB=0;REVB=0.0253461;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102957;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr17 80481088 . T C 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.016591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.797;QD=14.6968;RBI=0.0205241;REFB=-0.0136098;REVB=0.0120821;RO=30;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243302;STB=0.639864;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0193517;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:14:7:17:13:14:7:17:13 chr17 80614933 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0448243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9827;QD=19.1792;RBI=0.0474143;REFB=-0.00239401;REVB=0.0154561;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23622;STB=0.646799;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00206841;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:11:11:12:13:0.541667:2:10:7:4:2:11:7:4 chr17 80615040 . A C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=56.937;RBI=0.0158987;REFB=0;REVB=0.00799244;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36457e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr17 80674643 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.802;QD=47.8221;RBI=0.0422118;REFB=0;REVB=-0.038745;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174969;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr17 80696410 . A C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00014793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.165;QD=54.5173;RBI=0.0200051;REFB=0;REVB=0.0200045;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161144;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr17 80700592 . T C 768.61 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.369;QD=56.9342;RBI=0.0427243;REFB=0;REVB=-0.00333314;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27005e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:27:26:0:0:27:27:0:0 chr17 80706928 . G A 38.22 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0346464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5587;QD=10.1911;RBI=0.047025;REFB=0.0050223;REVB=0.0317958;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00973372;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr17 80708601 . C G 133.84 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.024883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.797;QD=25.4939;RBI=0.0257241;REFB=-0.0314064;REVB=0.00652409;RO=7;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469771;STB=0.526279;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0167286;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:5:9:5:2:5:9:5:2 chr17 80788465 . T C 402.02 PASS AF=0.633333;AO=37;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00142897;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.627;QD=26.8011;RBI=0.00965593;REFB=-0.0149328;REVB=-0.00954961;RO=21;SAF=24;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879877;STB=0.544484;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00570841;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:22:37:38:0.633333:13:24:11:10:13:25:12:10 chr17 80788492 . A G 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0102665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.26;QD=25.8108;RBI=0.0158199;REFB=-0.00505346;REVB=-0.0120361;RO=25;SAF=27;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088817;STB=0.548663;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00372146;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:13:27:14:11:13:27:14:11 chr17 80863857 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0157494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.276;QD=15.7;RBI=0.0182251;REFB=-0.02163;REVB=-0.00917118;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14369;STB=0.583219;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0174616;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:9:10:10:5:9:10 chr17 80887244 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0200837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.167;QD=11.4398;RBI=0.0227044;REFB=-0.0184763;REVB=0.0105895;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926362;STB=0.529367;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.033236;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:12:13:0.351351:6:6:14:10:6:7:14:10 chr17 80887451 . A G 215.91 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0176006;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2555;QD=16.6084;RBI=0.0249753;REFB=-0.0285786;REVB=-0.0177195;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842958;STB=0.574265;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0207489;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:28:23:24:0.461538:9:14:18:8:10:14:20:8 chr17 80895745 . T C 302.87 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.014992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.053;QD=21.6335;RBI=0.038745;REFB=-0.0472362;REVB=0.0357269;RO=24;SAF=18;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972762;STB=0.563111;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.027918;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:25:31:31:0.553571:13:18:11:13:13:18:11:14 chr17 80895769 . A G 300.57 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00142232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1919;QD=23.1207;RBI=0.0514331;REFB=-0.00143488;REVB=-0.0514134;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323857;STB=0.528478;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000178809;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:13:17:11:10:13:17:11:11 chr17 80895933 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00695881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.779;QD=37.4885;RBI=0.0703953;REFB=0;REVB=0.0700505;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824878;OID=.;OPOS=80895933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr17 80899281 . G A 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00255692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.923;QD=21.7444;RBI=0.0350884;REFB=-0.0264698;REVB=0.0349952;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176946;STB=0.599867;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0176867;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:7:4:9:6:7:4 chr17 80904844 . C T 155.99 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0630329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.076;QD=10.9469;RBI=0.0632146;REFB=-0.00244647;REVB=0.0047888;RO=36;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176128;STB=0.592952;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00939301;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:37:20:20:0.350877:9:11:14:22:9:11:15:22 chr17 80923536 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0359674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.9182;QD=15.3767;RBI=0.106407;REFB=-0.00429309;REVB=0.100144;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662048;STB=0.538398;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0107623;OID=.;OPOS=80923536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:8:6:6:6:8:6 chr17 80992932 . A C 235.99 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0138642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.132;QD=19.2641;RBI=0.0166078;REFB=-0.00382013;REVB=0.00914354;RO=26;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310157;STB=0.517545;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00579477;OID=.;OPOS=80992932;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:9:14:15:11:9:14:15:11 chr17 81006629 . C T 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.057649;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.331;QD=19.5209;RBI=0.0586353;REFB=0.00718927;REVB=-0.0107094;RO=26;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484298;STB=0.502701;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00813098;OID=.;OPOS=81006629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:12:16:15:11:12:16:15:11 chr17 81009622 . C T 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0876579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.128;QD=18.7645;RBI=0.0878655;REFB=-0.0533764;REVB=-0.00603625;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0348923;OID=.;OPOS=81009622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:2:1:3:3:2:1 chr17 81043039 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.199;QD=46.848;RBI=0.0692265;REFB=0;REVB=0.0296279;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017289;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr17 81050982 . G C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.304;QD=56.7064;RBI=0.0776668;REFB=0;REVB=0.0415335;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000751672;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr18 48104 . T C 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0141488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2398;QD=11.2602;RBI=0.0310726;REFB=0.00237199;REVB=0.0276643;RO=27;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316197;STB=0.726942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00511437;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:30:15:15:0.333333:3:12:15:12:3:12:15:15 chr18 49489 . CT C,CC 50.28 PASS AF=1,0;AO=4,2;DP=6;FAO=6,0;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562303,0.0143281;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.74,93.6681;QD=33.5201;RBI=0.0562303,0.0143281;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=4,2;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0015464,0;OID=.,.;OPOS=49490,49490;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,2:6:6,0:6:0:6,0:0,0:0:0:4:0:4,2:0,0:0:0 chr18 49546 . G A 114.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00969404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9512;QD=41.7917;RBI=0.041783;REFB=0;REVB=-0.0406429;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000997153;OID=.;OPOS=49546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr18 49548 . TT GC 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434655;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=246.53;QD=42.1826;RBI=0.0469195;REFB=0;REVB=-0.0176688;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000214197;OID=.;OPOS=49548;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr18 252559 . G A 564.47 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163186;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.932;QD=61.0233;RBI=0.0165174;REFB=0;REVB=0.00255495;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.94991e-05;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr18 319446 . C A 498.01 PASS AF=0.491071;AO=52;DP=109;FAO=55;FDP=112;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0570635;FXX=0.0175423;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.9106;QD=17.7861;RBI=0.0654451;REFB=-0.0192846;REVB=0.032044;RO=56;SAF=23;SAR=29;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375248;STB=0.537713;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0236174;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:112:56:57:52:55:0.491071:29:23:27:29:32:23:28:29 chr18 319512 . CAAAAAAAAAAAAA ACAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA 218.15 PASS AF=0.00990099,0.841584,0.148515,0;AO=4,26,4,16;DP=101;FAO=1,85,15,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26,4,0;FSAR=1,59,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490134,-0.210579,-0.00400681,-0.105882;FXX=0.0288434;HRUN=1,13,13,13;LEN=2,1,1,2;MLLD=15.2196,3.0122,10.6221,4.52495;QD=8.63968;RBI=0.167901,0.457481,0.215928,0.199447;REFB=0,0,0,0;REVB=0.160588,0.406135,0.215891,0.169021;RO=21;SAF=2,7,1,5;SAR=2,19,3,11;SRF=3;SRR=18;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.459734,0.139348,0.196445,0.215933;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,snp,del;VARB=-0.187017,-0.0484004,0.225753,0;OID=.,.,.,.;OPOS=319512,319513,319525,319513;OREF=CA,A,A,AA;OALT=AC,-,G,-;OMAPALT=ACAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:49:101:101:21:0:4,26,4,16:1,85,15,0:0.00990099,0.841584,0.148515,0:2,19,3,11:2,7,1,5:3:18:1,59,11,0:0,26,4,0:0:0 chr18 334758 . T C 935.13 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00408593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.45;QD=57.5462;RBI=0.038425;REFB=0;REVB=0.0382072;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938319;OID=.;OPOS=334758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:39:22:0:0:43:22:0:0 chr18 334994 . A G 754.07 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00430821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.228;QD=56.9107;RBI=0.00559225;REFB=0;REVB=0.00356546;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49453e-06;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:20:33:0:0 chr18 580623 . T C 201.56 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0212038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.339;QD=21.2166;RBI=0.0328969;REFB=-0.0483984;REVB=-0.0251517;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021607;STB=0.547704;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0165265;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:18:20:20:0.526316:7:13:10:6:7:13:10:8 chr18 658035 . AC GA,GC 281.04 PASS AF=0,0.590909;AO=2,26;DP=44;FAO=0,26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=0,18;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00597069,0.00676646;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=24.8241,177.37;QD=25.5487;RBI=0.0603829,0.0135011;REFB=-0.0472205,-0.0315446;REVB=0.060087,0.0116831;RO=14;SAF=0,18;SAR=2,8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.475704,0.268285;STB=0.5,0.672463;STBP=1,0.008;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0104647;OID=.,.;OPOS=658035,658035;OREF=AC,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:44:14:18:2,26:0,26:0,0.590909:2,8:0,18:4:10:0,8:0,18:5:13 chr18 658064 . G C 348.54 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0105165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.445;QD=17.4267;RBI=0.0144788;REFB=-0.0256052;REVB=-0.00995189;RO=43;SAF=13;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159375;STB=0.589424;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0251241;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:24:13:22:21:24:13:22:21 chr18 674320 . A G 249.56 PASS AF=0.432836;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0380657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9056;QD=14.8988;RBI=0.038115;REFB=-0.00176055;REVB=-0.00193779;RO=37;SAF=14;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950777;STB=0.550121;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00223758;OID=.;OPOS=674320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:37:38:28:29:0.432836:14:14:22:15:14:15:23:15 chr18 691266 . A G 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0146361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.119;QD=17.3763;RBI=0.0194603;REFB=-0.0210453;REVB=-0.0128254;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208353;STB=0.621126;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0133592;OID=.;OPOS=691266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:5:5:8:3:5:5 chr18 722009 . TAA T 351.48 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419698;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=159.516;QD=46.8634;RBI=0.0487436;REFB=0;REVB=0.0247885;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000299428;OID=.;OPOS=722010;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:10:20:0:0:6:0:9:20:0:0 chr18 722402 . T C 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.881;QD=59.014;RBI=0.0643276;REFB=0;REVB=0.0148995;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004315;OID=.;OPOS=722402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr18 724612 . A G 330.4 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0681286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3318;QD=50.83;RBI=0.0955328;REFB=-0.0675849;REVB=0.0669702;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529388;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00787594;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:17:8:0:0:17:8:1:0 chr18 907675 . G A 579.57 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0091296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0253;QD=52.688;RBI=0.0242479;REFB=-0.19629;REVB=0.0224635;RO=4;SAF=12;SAR=28;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133192;STB=0.571391;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0159411;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:4:4:40:40:0.909091:28:12:4:0:28:12:4:0 chr18 2538644 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3671;QD=53.276;RBI=0.0397461;REFB=0;REVB=-0.0241539;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000681399;OID=.;OPOS=2538644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr18 2539016 . C G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7465;QD=59.8319;RBI=0.101161;REFB=0;REVB=0.101131;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019446;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr18 2705700 . A G 313.19 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.318;QD=50.1104;RBI=0.0675782;REFB=-0.0227253;REVB=0.0625659;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00231758;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chr18 2707619 . G A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.763;QD=60.2037;RBI=0.0363327;REFB=0;REVB=0.000276858;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9087e-05;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:46:27:0:0:46:27:0:0 chr18 2740714 . A G 736.11 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.669;QD=56.6237;RBI=0.061399;REFB=0;REVB=0.0551828;RO=0;SAF=40;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362158;OID=.;OPOS=2740714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:11:40:0:0:12:40:0:0 chr18 2750477 . A G 501.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0856418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.837;QD=58.9898;RBI=0.0856497;REFB=0;REVB=0.00116445;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100364;OID=.;OPOS=2750477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr18 2774946 . C T 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0188014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0118;QD=10.4295;RBI=0.0276641;REFB=0.0163951;REVB=0.0202931;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196911;STB=0.616286;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0375185;OID=.;OPOS=2774946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:22:8:6:8:22:8 chr18 2778979 . G T 775.32 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.104796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5199;QD=53.4702;RBI=0.105252;REFB=0.0491222;REVB=0.00978046;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314096;STB=0.516661;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0125596;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:29:27:0:2:29:27:0:2 chr18 2920357 . C T 150.16 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00916897;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.469;QD=17.1608;RBI=0.00938899;REFB=-0.00592615;REVB=0.00202069;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243709;STB=0.638126;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.010787;OID=.;OPOS=2920357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:17:19:16:16:0.457143:10:6:11:6:10:6:12:7 chr18 2946291 . C T 1323.67 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00740866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6144;QD=60.8586;RBI=0.0179148;REFB=-0.0535201;REVB=-0.0163111;RO=0;SAF=41;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000748875;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:0:1:85:86:0.988506:44:41:0:0:44:42:0:1 chr18 3067278 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-5.29945e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.116;QD=11.8141;RBI=0.0486448;REFB=-0.0133194;REVB=-0.0486448;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648377;STB=0.538402;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0305058;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:11:12:6:7:11:12 chr18 3075503 . C A,CAAA 690.36 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=3,43;DP=55;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651497,0.0170236;FXX=0.0925755;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=54.703,189.065;QD=56.3561;RBI=0.0653918,0.0205502;REFB=0,0;REVB=0.00562145,0.0115112;RO=6;SAF=3,16;SAR=0,27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637446,-0.0706587;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.020664,0.00240355;OID=.,.;OPOS=3075503,3075504;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:49:6:0:3,43:2,47:0.0408163,0.959184:0,27:3,16:4:2:0,29:2,18:0:0 chr18 3075712 . C A 218.82 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0470423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8779;QD=11.6702;RBI=0.0668513;REFB=-0.00517226;REVB=-0.0474986;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160409;STB=0.598942;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00858096;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:48:27:27:0.36:16:11:26:21:16:11:27:21 chr18 3089522 . G T 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=4.23566e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.621;QD=62.0203;RBI=0.00379083;REFB=0;REVB=0.00379059;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36503e-05;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr18 3176040 . C G 919.61 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000693141;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.269;QD=56.5914;RBI=0.0198869;REFB=0.0187125;REVB=0.0198749;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125954;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000444552;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:37:27:0:1:37:27:0:1 chr18 3188976 . A G 448.34 PASS AF=0.404762;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=56;FWDB=-0.014033;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.96;QD=14.233;RBI=0.0162289;REFB=-0.0183488;REVB=-0.00815178;RO=74;SAF=10;SAR=41;SRF=18;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741571;STB=0.550697;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0320925;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:74:75:51:51:0.404762:41:10:18:56:41:10:19:56 chr18 3215156 . C G 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0105428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.541;QD=14.6648;RBI=0.0106248;REFB=-0.0366258;REVB=-0.001317;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286975;STB=0.666444;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0346559;OID=.;OPOS=3215156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:8:13:5:10:8:13 chr18 3215158 . C G 125.13 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00631105;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.879;QD=14.7209;RBI=0.0347498;REFB=-0.0257939;REVB=0.0341719;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244948;STB=0.642653;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0288479;OID=.;OPOS=3215158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:5:9:8:12:5:9:8:12 chr18 3256112 . A G 104.76 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0197478;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.137;QD=17.4602;RBI=0.0207417;REFB=-0.0107553;REVB=-0.00634364;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192184;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.013607;OID=.;OPOS=3256112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:24:12:12:11:12:0.5:9:2:4:8:9:3:4:8 chr18 3571217 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.908;QD=49.5985;RBI=0.0610709;REFB=0;REVB=0.0590596;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118354;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr18 5292030 . A G 727.49 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00638674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.771;QD=63.2601;RBI=0.019174;REFB=0;REVB=-0.0180791;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149936;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr18 5410574 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.04;QD=57.7123;RBI=0.0190724;REFB=0;REVB=0.00580528;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46878e-05;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr18 5630531 . G A 1425.48 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0309111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.136;QD=60.6585;RBI=0.0403118;REFB=-0.101962;REVB=0.0258755;RO=1;SAF=44;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106524;STB=0.500463;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000354919;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:94:1:2:92:92:0.978723:48:44:1:0:48:44:1:1 chr18 5891415 . T C 363.98 PASS AF=0.407767;AO=43;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.0155246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8858;QD=14.1351;RBI=0.0203746;REFB=-0.0211114;REVB=-0.0131951;RO=59;SAF=32;SAR=11;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234883;STB=0.651583;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0189395;OID=.;OPOS=5891415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:59:61:43:42:0.407767:11:32:32:27:10:32:33:28 chr18 5891637 . C A 103.02 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00636076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.673;QD=9.58281;RBI=0.0404886;REFB=-0.00796994;REVB=0.0399859;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043696;STB=0.549923;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0213297;OID=.;OPOS=5891637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:30:13:13:0.302326:7:6:14:14:7:6:16:14 chr18 5960165 . G A 695.61 PASS AF=0.618557;AO=60;DP=97;FAO=60;FDP=97;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00254619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.746;QD=28.685;RBI=0.0133854;REFB=-0.041934;REVB=-0.0131409;RO=37;SAF=35;SAR=25;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106772;STB=0.558039;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0177554;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:37:60:60:0.618557:25:35:16:21:25:35:16:21 chr18 6046717 . T C 424.12 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.00616324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9192;QD=15.147;RBI=0.0688592;REFB=0.0152812;REVB=0.0685828;RO=63;SAF=29;SAR=19;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239178;STB=0.637774;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0203029;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:64:48:48:0.428571:19:29:23:40:19:29:23:41 chr18 6455000 . C T 153.38 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0128529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.102;QD=13.9433;RBI=0.0367882;REFB=-0.027866;REVB=-0.0344699;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613818;STB=0.535774;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0540777;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:11:6:11:16:11:6:11:16 chr18 6455037 . T C 151.92 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0126554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.135;QD=13.2105;RBI=0.0283795;REFB=-0.0225259;REVB=-0.0254015;RO=29;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208218;STB=0.512181;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0474648;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:12:5:9:20:12:5:9:20 chr18 6851058 . C G 360.27 PASS AF=0.513889;AO=38;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00447766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9765;QD=20.015;RBI=0.0132581;REFB=-0.0408779;REVB=-0.0124791;RO=34;SAF=13;SAR=25;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166666;STB=0.58257;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0381713;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:38:37:0.513889:25:13:18:16:24:13:18:17 chr18 6889973 . A G 313.81 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00437522;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.292;QD=19.613;RBI=0.0161022;REFB=-0.00987308;REVB=-0.0154964;RO=30;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317307;STB=0.511621;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0136462;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:31:33:33:0.515625:11:22:19:11:11:22:20:11 chr18 6890434 . A G 224.9 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0344526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.676;QD=17.6391;RBI=0.0348327;REFB=-0.00249393;REVB=0.00513195;RO=27;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523984;STB=0.538429;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00237364;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:9:14:15:12:9:15:15:12 chr18 6912143 . A C 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0270288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.206;QD=15.9153;RBI=0.0482888;REFB=0.0139278;REVB=0.0400156;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057665;STB=0.533283;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.0157444;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:6:9:7:6:6:9 chr18 6928180 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.666;QD=33.4285;RBI=0.0637485;REFB=0;REVB=-0.0147542;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145493;OID=.;OPOS=6928180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr18 6943264 . G A 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0636161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.271;QD=16.0705;RBI=0.0642234;REFB=-0.0130698;REVB=-0.00881115;RO=34;SAF=22;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3065;STB=0.668162;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0257846;OID=.;OPOS=6943264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:34:35:29:29:0.453125:7:22:16:18:7:22:17:18 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A,ACTAGCTCCAGCTC 36.03 PASS AF=0.142857,0;AO=6,3;DP=25;FAO=6,0;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2,0;FSAR=4,0;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0156503,-0.0535709;FXX=0.0454442;HRUN=1,0;LEN=12,1;MLLD=238.115,61.3866;QD=3.43152;RBI=0.023372,0.0601366;REFB=-0.00307644,-0.00497581;REVB=0.0173586,-0.0273236;RO=11;SAF=2,0;SAR=4,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.22268,-0.657411;STB=0.816101,0.5;STBP=0.173,1;TYPE=del,ins;VARB=0.00978009,0;OID=.,.;OPOS=6956505,6956506;OREF=CAGCTCCAGCTC,-;OALT=-,T;OMAPALT=A,ACTAGCTCCAGCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0:6,3:25:6,0:42:36:2,0:4,0:27:9:36:11:2,0:4,3:6:5 chr18 6978319 . C T 391.61 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.000248732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.082;QD=22.0623;RBI=0.0314899;REFB=-0.0517881;REVB=-0.031489;RO=32;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831619;STB=0.504585;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0351647;OID=.;OPOS=6978319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:24:15:12:20:24:15:12:20 chr18 6980523 . T C 638.84 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00869779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.139;QD=59.4271;RBI=0.0171132;REFB=-0.108185;REVB=0.0147381;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=4.01143e-05;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr18 6985631 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.874;QD=49.5985;RBI=0.0450999;REFB=0;REVB=0.0435119;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794165;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr18 6999628 . T C 185.3 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0151514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.33;QD=15.7701;RBI=0.0212914;REFB=-0.0319757;REVB=0.0149585;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135061;STB=0.591454;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0418891;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:14:6:11:15:14:6:12:15 chr18 7008583 . A C 89.85 PASS AF=0.478261;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0548153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7404;QD=15.6268;RBI=0.0552027;REFB=-0.0209683;REVB=-0.00652823;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413789;STB=0.609182;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0312456;OID=.;OPOS=7008583;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:23:12:12:8:11:0.478261:6:2:8:4:6:5:8:4 chr18 7011413 . G A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00321832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.758;QD=14.0542;RBI=0.0360474;REFB=-0.0179685;REVB=0.0359034;RO=35;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190156;STB=0.608607;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0306222;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:9:16:16:19:9:16:16:19 chr18 7017322 . A G 145.5 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0235211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0991;QD=16.1669;RBI=0.0258516;REFB=-0.00203406;REVB=-0.0107269;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293785;STB=0.666481;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00122878;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:4:16:8:8:4:16 chr18 7567803 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.187;QD=43.4862;RBI=0.0814349;REFB=0;REVB=0.0803424;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592193;OID=.;OPOS=7567803;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr18 8069868 . C T 69.62 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0196939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.523;QD=16.3814;RBI=0.0309284;REFB=-0.0367892;REVB=0.0238478;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44639;STB=0.768498;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0307073;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:1:8:4:4:1:8:4:4 chr18 8387195 . G A 1452.24 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.921;QD=63.1408;RBI=0.0591246;REFB=0;REVB=0.0340443;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172202;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:41:50:0:0:41:51:0:0 chr18 8387219 . G C 878.26 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0254211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4626;QD=54.8912;RBI=0.0259132;REFB=0.0516777;REVB=-0.00502595;RO=2;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037724;STB=0.519993;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000160813;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:24:38:0:2:24:38:0:2 chr18 8471976 . A G 123.09 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0302886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0649;QD=16.4121;RBI=0.0327927;REFB=-0.0237745;REVB=0.0125683;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414199;STB=0.523776;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0297784;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:10:4:4:12:10:4:4:12 chr18 8545736 . A G 421.21 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=56;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00288806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.877;QD=29.0492;RBI=0.0120874;REFB=-0.0720794;REVB=0.0117374;RO=17;SAF=22;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475081;STB=0.540397;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0326478;OID=.;OPOS=8545736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:17:19:39:39:0.672414:17:22:11:6:17:22:13:6 chr18 8545785 . A G 291.51 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0268376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.629;QD=33.3157;RBI=0.0285237;REFB=0.0072907;REVB=-0.00966163;RO=10;SAF=12;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625578;STB=0.534219;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0059071;OID=.;OPOS=8545785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:13:12:6:4:13:12:6:4 chr18 8545823 . T C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0161763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8916;QD=22.9576;RBI=0.0200816;REFB=-0.0410492;REVB=0.0118995;RO=11;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980137;STB=0.56402;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0277559;OID=.;OPOS=8545823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:15:16:0.592593:5:10:6:5:5:11:6:5 chr18 8545859 . A G 127.97 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00951798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.655;QD=20.4749;RBI=0.00954444;REFB=0.0265142;REVB=-0.000710257;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339143;STB=0.545388;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0286892;OID=.;OPOS=8545859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:10:11:14:14:0.56:5:9:6:4:5:9:6:5 chr18 8720368 . C T 245.64 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.013458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.251;QD=23.9648;RBI=0.0157975;REFB=-0.0166146;REVB=0.00827296;RO=18;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223424;STB=0.624112;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00944617;OID=.;OPOS=8720368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:13:10:13:5:13:10:13:5 chr18 8783835 . T C 312.05 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080167;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.212;QD=54.2692;RBI=0.0596398;REFB=0;REVB=-0.0590986;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087345;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr18 8784370 . A G 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.522;QD=60.5094;RBI=0.0206571;REFB=0.0768874;REVB=-0.0175574;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025391;STB=0.513507;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00200826;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:18:27:0:1:18:27:0:1 chr18 8786353 . C CA 92.23 PASS AF=0.666667;AO=2;DP=19;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0495449;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=250.927;QD=20.495;RBI=0.0571426;REFB=-0.032416;REVB=0.0284707;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540081;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=ins;VARB=0.0225031;OID=.;OPOS=8786354;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:2:19:12:18:6:4:8:5:1:38:17:0:2:9:8 chr18 8786354 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0205626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.6;QD=18.0508;RBI=0.0291223;REFB=-0.00985152;REVB=0.0206226;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172877;STB=0.5998;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00770428;OID=.;OPOS=8786354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:5:3:6:4:5:3 chr18 8809445 . G C 190.64 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00162844;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0528;QD=13.1475;RBI=0.0285563;REFB=-0.0245086;REVB=0.0285098;RO=33;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144484;STB=0.583264;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0328438;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:34:23:24:0.413793:13:10:19:14:14:10:19:15 chr18 8826083 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.236;QD=49.5992;RBI=0.0535788;REFB=0;REVB=0.0262478;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41901e-05;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr18 9117867 . T C 367.25 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0259453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.844;QD=19.0781;RBI=0.0266917;REFB=-0.0250556;REVB=0.00626795;RO=37;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059929;STB=0.522484;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0244954;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:37:39:38:38:0.493506:24:14:16:21:24:14:16:23 chr18 9255982 . A G 150.08 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0135791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8446;QD=16.2253;RBI=0.0931793;REFB=-0.0327322;REVB=-0.0921845;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135474;STB=0.616297;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0224266;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:20:16:16:0.432432:7:9:7:10:7:9:7:13 chr18 9402174 . A G 71.4 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00253012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.524;QD=7.51628;RBI=0.0120565;REFB=-0.0145117;REVB=-0.011788;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19172;STB=0.649195;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0629435;OID=.;OPOS=9402174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:28:28:9:10:0.263158:4:5:11:17:4:6:11:17 chr18 9513259 . A G 41.02 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0386416;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.0268;QD=4.31791;RBI=0.203522;REFB=-0.0602763;REVB=-0.19982;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308427;STB=0.788133;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.206002;OID=.;OPOS=9513259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:38:38:20:31:7:7:0.184211:3:4:6:14:3:4:6:25 chr18 9562042 . C T 131.42 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.052293;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.058;QD=21.9041;RBI=0.0561502;REFB=0.00128058;REVB=0.0204521;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136262;STB=0.601405;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.0013029;OID=.;OPOS=9562042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:11:10:13:14:0.583333:10:3:4:7:11:3:4:6 chr18 9618005 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00863594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1259;QD=46.8418;RBI=0.00975783;REFB=0;REVB=0.00454265;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057078;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr18 9618049 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.477;QD=47.8213;RBI=0.0236571;REFB=0;REVB=-0.00861653;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166475;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr18 9887394 . C T 34.84 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.498;QD=23.2299;RBI=0.031056;REFB=-0.245038;REVB=0.031056;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0305295;OID=.;OPOS=9887394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:5:0:0:1:5:0:0:1 chr18 9887546 . G A 64.99 PASS AF=0.888889;AO=6;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0448097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.826;QD=28.8865;RBI=0.0926181;REFB=-0.050639;REVB=0.0810568;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00806204;OID=.;OPOS=9887546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:6:8:0.888889:3:3:0:1:5:3:0:1 chr18 9888069 . A G 767.31 PASS AF=0.949153;AO=54;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277518;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7589;QD=52.0211;RBI=0.0294782;REFB=0.00172917;REVB=-0.00993979;RO=4;SAF=23;SAR=31;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980514;STB=0.504949;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00143841;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:4:3:54:56:0.949153:31:23:2:2:32:24:1:2 chr18 10454960 . C G 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9133;QD=52.5952;RBI=0.0725229;REFB=0;REVB=-0.01463;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163677;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr18 10691357 . G A 160.51 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0321072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.175;QD=18.3442;RBI=0.06655;REFB=-0.032747;REVB=-0.0582926;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176087;STB=0.599886;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0351203;OID=.;OPOS=10691357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:6:12:8:9:6:12 chr18 10696227 . C T 284.52 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0295748;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.917;QD=14.5909;RBI=0.0412188;REFB=0.000591002;REVB=-0.028711;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131789;STB=0.568727;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.000818886;OID=.;OPOS=10696227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:78:45:46:32:32:0.410256:19:13:24:21:19:13:24:22 chr18 10731428 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0326964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3499;QD=11.9193;RBI=0.0327387;REFB=0.0335517;REVB=0.00166395;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218747;STB=0.631215;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0346429;OID=.;OPOS=10731428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:3:6:3:4:3:6 chr18 10741011 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.925;QD=57.7124;RBI=0.0278698;REFB=0;REVB=0.0252516;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58987e-05;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr18 10748603 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.746;QD=55.6558;RBI=0.0471453;REFB=0;REVB=0.0284778;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296708;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr18 10752666 . C T 129.62 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00536577;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.384;QD=19.9422;RBI=0.00728999;REFB=-0.0197083;REVB=0.00493482;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.529369;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0237292;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:13:14:0.538462:4:9:7:5:5:9:7:5 chr18 10758023 . G A 1171.13 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.375;QD=60.8378;RBI=0.00819371;REFB=0;REVB=0.00395725;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20193e-05;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:39:38:0:0:39:38:0:0 chr18 10762962 . G A 670.44 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0339358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1432;QD=52.5833;RBI=0.0625986;REFB=-0.0791699;REVB=0.0526018;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.51666;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0114126;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:29:20:0:1:29:20:0:2 chr18 10763007 . T C 688.88 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6359;QD=62.6252;RBI=0.0112136;REFB=0;REVB=-0.0111116;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118612;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr18 10787038 . CTTTTTTC CTTTTTC,CTTTTTTCA 138.37 PASS AF=0,1;AO=4,4;DP=29;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0668731,0.00751897;FXX=0.2999;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=15.8478,11.0373;QD=26.3556;RBI=0.134098,0.0152532;REFB=0,0;REVB=-0.116233,0.0132712;RO=20;SAF=2,2;SAR=2,2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0.339901,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.114792,-0.114792;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.0139576;OID=.,.;OPOS=10787039,10787046;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=CTTTTTC,CTTTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:4,4:29:0,21:21:0:0,17:0,4:0:0:3:20:2,2:2,2:12:8 chr18 10787047 . G A,T 409.59 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=25,4;DP=30;FAO=25,5;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592652,-0.00891831;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.8882,65.0558;QD=54.6124;RBI=0.0613334,0.015556;REFB=0,0;REVB=0.0157931,0.0127457;RO=0;SAF=14,2;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0033938,0.0440294;OID=.,.;OPOS=10787047,10787047;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:24:30:30:0:0:25,4:25,5:0.833333,0.166667:11,2:14,2:0:0:10,3:15,2:0:0 chr18 11609754 . G A 146.71 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00301711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.266;QD=16.7667;RBI=0.0199819;REFB=-0.0299993;REVB=-0.0197528;RO=18;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259185;STB=0.658351;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0329016;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:9:7:13:5:9:7:14:5 chr18 11609863 . G A 278.44 PASS AF=0.424658;AO=30;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00513297;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.512;QD=15.2568;RBI=0.00528484;REFB=-0.0264631;REVB=0.00125786;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275588;STB=0.656;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0265342;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:41:42:30:31:0.424658:21:9:23:18:22:9:23:19 chr18 11609903 . CA GG 1104.11 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328952;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=314.574;QD=60.499;RBI=0.0333998;REFB=0;REVB=0.0057838;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00373938;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:70:73:1:44:26:0:0:46:27:0:0 chr18 11610052 . T C 127.34 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0256562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.811;QD=9.26097;RBI=0.0781028;REFB=-0.0072351;REVB=-0.0737686;RO=38;SAF=12;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161519;STB=0.597037;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0227626;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:5:12:22:16:5:12:22:16 chr18 11610073 . G A 139.39 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00119798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.245;QD=9.14032;RBI=0.0128507;REFB=-0.00367709;REVB=-0.0127948;RO=41;SAF=11;SAR=8;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07768;STB=0.538421;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00838084;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:8:11:21:20:8:11:22:20 chr18 11610163 . G C 657.1 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0510112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.025;QD=50.5463;RBI=0.0514386;REFB=-0.00623229;REVB=0.00661711;RO=3;SAF=18;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340421;STB=0.538446;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00474594;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:48:49:0.942308:30:18:2:1:31:18:3:0 chr18 11610332 . G T 133.64 PASS AF=0.25974;AO=18;DP=78;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00938783;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.408;QD=6.94221;RBI=0.0121768;REFB=-0.0138445;REVB=0.00775513;RO=56;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684439;STB=0.556364;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0464491;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:56:57:18:20:0.25974:8:10:28:28:9:11:27:30 chr18 11610349 . G A 564.17 PASS AF=0.69863;AO=44;DP=67;FAO=51;FDP=73;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0322581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7096;QD=30.9136;RBI=0.0855654;REFB=-0.0121245;REVB=0.0792518;RO=21;SAF=19;SAR=25;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026802;STB=0.52095;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00472429;OID=.;OPOS=11610349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:73:21:22:44:51:0.69863:25:19:10:11:29:22:11:11 chr18 11610362 . G C 103.15 PASS AF=0.242424;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0039143;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.947;QD=6.25158;RBI=0.0368828;REFB=-0.00689055;REVB=-0.0366745;RO=47;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157063;STB=0.621122;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0186805;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:47:50:15:16:0.242424:7:8:19:28:7:9:20:30 chr18 11610382 . C A 309.81 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0103534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3213;QD=28.8194;RBI=0.0142161;REFB=-0.0226563;REVB=0.0097419;RO=16;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106049;STB=0.558421;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0277669;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:16:11:9:7:16:11:9:7 chr18 11619552 . C T 160.8 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.42;QD=45.9424;RBI=0.0620377;REFB=0;REVB=0.0255073;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627052;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:11:14:1:3:8:0:0:4:10:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 692.65 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=48;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0216874;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=3;MLLD=181.299;QD=60.2301;RBI=0.0418951;REFB=-0.0294097;REVB=0.0358449;RO=1;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170778;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=del;VARB=0.000908027;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.978261:43:48:45:46:1:17:28:0:1:5:1:16:27:0:1 chr18 11625886 . T C 982.09 PASS AF=0.971429;AO=69;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0304923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.604;QD=56.1193;RBI=0.0873827;REFB=-0.0745203;REVB=-0.0818898;RO=1;SAF=46;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201069;STB=0.521733;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00192082;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:1:2:69:68:0.971429:23:46:0:1:22:46:0:2 chr18 11639356 . G C 1557.13 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.883;QD=59.8896;RBI=0.0653163;REFB=0;REVB=0.0647833;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97507e-05;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:54:49:0:0:55:49:0:0 chr18 11853053 . A G 482.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.176;QD=58.4517;RBI=0.0885742;REFB=0;REVB=0.00950447;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242278;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:17:16:0:0 chr18 11853731 . A G 894.54 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272418;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.045;QD=57.7121;RBI=0.0287565;REFB=0;REVB=-0.00920978;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005147;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:21:40:0:0:21:41:0:0 chr18 11886563 . C G 296.93 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00913289;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.924;QD=17.996;RBI=0.0113313;REFB=-0.0273117;REVB=-0.00670736;RO=34;SAF=16;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270859;STB=0.515142;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0284791;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:34:32:32:0.484848:16:16:18:16:16:16:18:16 chr18 11999115 . T C 107.4 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0796417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.695;QD=12.6357;RBI=0.0838331;REFB=-0.0192347;REVB=-0.0261762;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016668;STB=0.502389;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0235619;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:5:8:12:8:5:8:13:8 chr18 12057389 . C G 206.72 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.53;QD=48.6407;RBI=0.0681974;REFB=0;REVB=0.0642536;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663024;OID=.;OPOS=12057389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr18 12057403 . A G 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00868835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.058;QD=44.6064;RBI=0.00883918;REFB=-0.00204273;REVB=-0.00162596;RO=2;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767822;STB=0.541627;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000244412;OID=.;OPOS=12057403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:10:11:2:0:10:11:2:0 chr18 12094031 . G T 426.82 PASS AF=1;AO=26;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.5901;QD=55.0738;RBI=0.171447;REFB=0;REVB=0.0943273;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00658065;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:26:31:1:12:14:0:1:15:16:0:0 chr18 12254956 . G A 205.11 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.013846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9222;QD=15.778;RBI=0.0299901;REFB=-0.0180084;REVB=0.0266026;RO=28;SAF=14;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374422;STB=0.513078;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0198151;OID=.;OPOS=12254956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:9:14:16:12:9:14:17:12 chr18 12274104 . G T 148.89 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0107268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2152;QD=18.6114;RBI=0.0196192;REFB=-0.0155464;REVB=-0.0164271;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0322106;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:10:6:5:11:10:6 chr18 12348285 . T C 487.23 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000533534;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.592;QD=59.0575;RBI=0.00290177;REFB=0;REVB=0.0028523;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29668e-05;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr18 12351342 . C T 1048.49 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.428;QD=58.2495;RBI=0.037209;REFB=-0.100947;REVB=0.0152299;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00051788;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:38:33:0:0:38:33:1:0 chr18 12658600 . A G 378.93 PASS AF=0.411215;AO=44;DP=107;FAO=44;FDP=107;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.00251838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.121;QD=14.1657;RBI=0.0105029;REFB=-0.0168994;REVB=-0.0101965;RO=63;SAF=23;SAR=21;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815171;STB=0.545973;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0217523;OID=.;OPOS=12658600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:63:63:44:44:0.411215:21:23:28:35:21:23:28:35 chr18 12662148 . G A 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0478174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3015;QD=20.8106;RBI=0.0532294;REFB=-0.0174118;REVB=0.0233851;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432862;STB=0.524292;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0201561;OID=.;OPOS=12662148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:8:15:16:7:8:15:16:7 chr18 12662186 . A G 119.92 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.10752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6378;QD=14.9895;RBI=0.107929;REFB=-0.0282738;REVB=0.00938683;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279744;STB=0.660653;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0377574;OID=.;OPOS=12662186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:13:5:8:6:13:5 chr18 12718593 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0499944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6489;QD=14.2619;RBI=0.0530271;REFB=-0.00845439;REVB=-0.0176759;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178287;OID=.;OPOS=12718593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:12:12:8:8:12:12 chr18 12760740 . T A 546.74 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.8313;QD=57.552;RBI=0.0608418;REFB=-0.0848696;REVB=-0.0409779;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00897616;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:0:0:36:38:1:16:20:0:0:18:20:0:0 chr18 12984144 . C A 428.51 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.887;QD=57.134;RBI=0.0434617;REFB=0;REVB=-0.00451856;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260192;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr18 13001512 . G C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00334262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.495;QD=17.4545;RBI=0.00578624;REFB=-0.0234164;REVB=0.00472308;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329533;STB=0.518505;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0227845;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:15:14:14:13:15:14 chr18 13038431 . A G 355.2 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0260125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1923;QD=18.9441;RBI=0.0366942;REFB=-0.0355911;REVB=0.0258807;RO=38;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060878;STB=0.533892;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0214986;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:17:20:18:20:17:20:18:20 chr18 13056682 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0400693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.534;QD=12.8604;RBI=0.0484612;REFB=-0.0262023;REVB=0.0272569;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0228712;OID=.;OPOS=13056682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr18 13068109 . G A 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00330054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.186;QD=10.2987;RBI=0.0101058;REFB=-0.0108202;REVB=-0.00955167;RO=53;SAF=18;SAR=8;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241006;STB=0.641435;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0170571;OID=.;OPOS=13068109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:8:18:26:27:8:18:26:27 chr18 13068132 . T C 1242.46 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746625;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.294;QD=61.3563;RBI=0.0757598;REFB=0;REVB=0.0128474;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201375;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:81:0:0:75:81:1:36:39:0:0:36:45:0:0 chr18 13069782 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.385;QD=56.1903;RBI=0.0374308;REFB=0;REVB=0.0273509;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234678;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr18 13092424 . G A 186.65 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0264033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=12.6543;RBI=0.0270608;REFB=-0.00129644;REVB=-0.00592891;RO=36;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503781;STB=0.528901;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0025725;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:15:8:11:25:15:8:11:25 chr18 13095591 . G A 439.17 PASS AF=0.483516;AO=43;DP=88;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00328684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2165;QD=19.3042;RBI=0.0209594;REFB=-0.0369778;REVB=-0.0207001;RO=45;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219656;STB=0.616384;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0316012;OID=.;OPOS=13095591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:45:47:43:44:0.483516:29:14:25:20:30:14:25:22 chr18 13095609 . T C 1343.27 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109059;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.996;QD=62.4775;RBI=0.0241591;REFB=0;REVB=0.0215575;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.94022e-05;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr18 13100451 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00926515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.926;QD=24.0275;RBI=0.0171401;REFB=-0.00120721;REVB=-0.0144201;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24425;STB=0.636183;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00054739;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:1:7:7:7:1:7 chr18 13116432 . G T 2098.47 PASS AF=0.985401;AO=135;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00334616;FXX=0.0143875;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.566;QD=61.2691;RBI=0.00855816;REFB=-0.017458;REVB=-0.00787689;RO=1;SAF=61;SAR=74;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772922;STB=0.508063;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=6.14805e-06;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:137:1:2:135:135:0.985401:74:61:1:0:74:61:2:0 chr18 13763136 . T C 409.91 PASS AF=0.438095;AO=46;DP=105;FAO=46;FDP=105;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0377939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.711;QD=15.6156;RBI=0.0478838;REFB=-0.0149797;REVB=0.0294021;RO=58;SAF=24;SAR=22;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127193;STB=0.511623;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0218075;OID=.;OPOS=13763136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:59:46:46:0.438095:22:24:31:27:22:24:32:27 chr18 14105923 . T C 595.46 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.010414;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=209.015;QD=52.9295;RBI=0.0145411;REFB=-0.0698833;REVB=-0.0101484;RO=3;SAF=26;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447983;STB=0.512755;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000935992;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:3:4:41:41:0.911111:15:26:2:1:15:26:2:2 chr18 14106039 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.458;QD=45.8021;RBI=0.089761;REFB=0;REVB=0.0321566;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018431;OID=.;OPOS=14106039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr18 14183720 . C T 1109.87 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000202461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6436;QD=59.993;RBI=0.0170322;REFB=0;REVB=0.017031;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213143;OID=.;OPOS=14183720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr18 14186425 . G A 85.14 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=-0.0122927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.656;QD=5.08322;RBI=0.0153606;REFB=6.98866e-05;REVB=-0.00921085;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283588;STB=0.677452;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.000391956;OID=.;OPOS=14186425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:53:53:14:14:0.208955:6:8:18:35:6:8:18:35 chr18 14186497 . G C 362.98 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00857584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.712;QD=39.2411;RBI=0.0163822;REFB=0.016247;REVB=-0.0139582;RO=8;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111101;STB=0.560042;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00759013;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:29:29:0.783784:18:11:1:7:18:11:1:7 chr18 14187255 . A T 37.48 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00856939;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0106;QD=7.1399;RBI=0.0205428;REFB=-0.0163872;REVB=-0.0186701;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154555;STB=0.599657;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.033144;OID=.;OPOS=14187255;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:8:7:2:4:8:7 chr18 14187273 . C G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0138672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.495;QD=9.91657;RBI=0.0159203;REFB=-0.00665285;REVB=-0.00782027;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.517203;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0125163;OID=.;OPOS=14187273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:8:9:5:4:8:9 chr18 14187304 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00909985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.3;QD=8.73782;RBI=0.0156186;REFB=-0.00367363;REVB=-0.0126938;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905072;STB=0.572359;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00730528;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:5:4:10:9:5:4:11:9 chr18 14187327 . T G 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0250105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.478;QD=6.26147;RBI=0.0290987;REFB=0.00531117;REVB=-0.0148731;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110511;STB=0.571225;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=-0.0218225;OID=.;OPOS=14187327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:10:11:3:4:10:11 chr18 14187346 . A G 228.62 PASS AF=0.7;AO=20;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0894979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3805;QD=30.4825;RBI=0.0978876;REFB=-0.035168;REVB=0.0396498;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523787;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0207939;OID=.;OPOS=14187346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:10:9:20:21:0.7:10:10:5:5:10:11:4:5 chr18 14524966 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8817;QD=58.5866;RBI=0.08177;REFB=0;REVB=0.0816766;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013492;OID=.;OPOS=14524966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr18 14537949 . A G 680.51 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231282;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.714;QD=63.3033;RBI=0.00298413;REFB=0;REVB=0.00188571;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633287;OID=.;OPOS=14537949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:30:13:0:0:30:13:0:0 chr18 14542648 . C A 279.01 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0445974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.363;QD=48.5233;RBI=0.0623864;REFB=-0.124454;REVB=0.0436249;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.513501;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00318355;OID=.;OPOS=14542648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:0:1:21:22:0.956522:17:4:0:0:18:4:0:1 chr18 14543057 . T G 647.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.613;QD=61.7005;RBI=0.047752;REFB=0;REVB=0.0419778;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49125e-05;OID=.;OPOS=14543057;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:13:26:0:0:15:27:0:0 chr18 14543098 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.553;QD=62.6711;RBI=0.0329926;REFB=0;REVB=0.00570154;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0233e-05;OID=.;OPOS=14543098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr18 14543139 . T C 574.44 PASS AF=1;AO=30;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6663;QD=60.4675;RBI=0.105641;REFB=0;REVB=-0.039338;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114334;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:30:38:1:17:13:0:0:17:21:0:0 chr18 14779969 . C G 245.07 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00588163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.443;QD=21.3106;RBI=0.00937142;REFB=-0.0317225;REVB=0.00729589;RO=21;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123055;STB=0.592024;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0253939;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:23:24:0.521739:6:17:13:8:6:18:13:9 chr18 14779986 . G A 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0250975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.004;QD=3.89775;RBI=0.0253827;REFB=-0.00699512;REVB=0.00379436;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238011;STB=0.659641;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0348289;OID=.;OPOS=14779986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:4:4:29:13:4:4:29:13 chr18 14780019 . G T 47.81 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.0105989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.908;QD=3.67738;RBI=0.0106719;REFB=-0.00169379;REVB=-0.00124579;RO=44;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226602;STB=0.653498;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0108341;OID=.;OPOS=14780019;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:4:4:30:14:4:4:30:14 chr18 14780024 . T C 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.0421148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.931;QD=3.78963;RBI=0.0433019;REFB=-0.00328269;REVB=0.0100695;RO=43;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216928;STB=0.646723;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0160218;OID=.;OPOS=14780024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:43:43:8:8:0.156863:4:4:29:14:4:4:29:14 chr18 14780037 . C A 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0536876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.519;QD=3.8978;RBI=0.0544536;REFB=-0.00600558;REVB=-0.00910138;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238011;STB=0.659641;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0491583;OID=.;OPOS=14780037;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:4:4:29:13:4:4:29:13 chr18 14796214 . G T 57.42 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0101049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.007;QD=12.0878;RBI=0.0280096;REFB=-0.0185566;REVB=-0.0261234;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555425;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0258207;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:8:11:8:8:0.421053:6:2:2:6:6:2:2:9 chr18 14848820 . C T 277.85 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.011212;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.456;QD=39.6922;RBI=0.0312042;REFB=0.00302582;REVB=0.0291204;RO=4;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115953;STB=0.58434;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00208331;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:28:4:5:23:23:0.821429:8:15:1:3:8:15:1:4 chr18 14848821 . G A 34.57 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00229032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.016;QD=4.46128;RBI=0.00368536;REFB=-0.00722998;REVB=-0.00288727;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204436;STB=0.707668;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0285502;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:19:25:5:6:0.193548:3:2:11:8:4:2:15:10 chr18 14850375 . G A 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0138561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.182;QD=6.57402;RBI=0.0151228;REFB=-0.000492605;REVB=-0.00605861;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143816;STB=0.594887;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.000803906;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:4:12:5:1:4:12 chr18 18529872 . A G 129.44 PASS AF=0.375;AO=12;DP=37;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.011696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.078;QD=12.9443;RBI=0.0130799;REFB=-0.025071;REVB=0.00585543;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114783;STB=0.631413;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0472989;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:25:25:12:15:0.375:5:7:17:8:8:7:17:8 chr18 18529880 . G A 179.66 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0485699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.142;QD=15.6229;RBI=0.0495936;REFB=-0.0157615;REVB=0.0100244;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1937;STB=0.620643;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0144971;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:11:8:16:10:11:8:17:10 chr18 19079853 . A G 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.189;QD=57;RBI=0.0415813;REFB=0;REVB=0.030944;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192129;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr18 19100758 . A ATCT 137.23 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0196358;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=194.268;QD=20.3303;RBI=0.0350983;REFB=-0.00819548;REVB=-0.0290917;RO=12;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448482;STB=0.76429;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.00729918;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:14:27:15:27:12:2:13:7:5:99:12:2:12:7:5 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 340.88 PASS AF=0.68,0.32;AO=11,10;DP=25;FAO=17,8;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7,5;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.207472,0.0674681;FXX=0.0740466;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.8316,51.6681;QD=54.5415;RBI=0.217626,0.0861251;REFB=0,0;REVB=0.0657018,0.0535313;RO=0;SAF=5,7;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.058179,0.068469;OID=.,.;OPOS=19119975,19119992;OREF=AT,T;OALT=-,C;OMAPALT=GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.68,0.32:11,10:25:17,8:25:0:7,5:10,3:0:0:57:0:5,7:6,3:0:0 chr18 19153494 . C T 834.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1154;QD=57.5443;RBI=0.0298019;REFB=0;REVB=-0.00570063;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111696;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:23:34:0:0:24:34:0:0 chr18 19450303 . A G 246.68 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0412946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.868;QD=46.9875;RBI=0.0573141;REFB=-0.0582983;REVB=0.0397449;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.529382;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00166448;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:8:11:0:1:8:12:0:1 chr18 19508949 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0847577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.081;QD=42.1826;RBI=0.0865774;REFB=0;REVB=-0.0176571;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174538;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr18 19751148 . G C 225.65 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.066964;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.204;QD=19.2039;RBI=0.0958664;REFB=-0.0121818;REVB=-0.0686017;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524711;STB=0.527248;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0124196;OID=.;OPOS=19751148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:47:20:25:22:22:0.468085:13:9:7:13:13:9:9:16 chr18 19840623 . A G 785.83 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3863;QD=64.1494;RBI=0.101377;REFB=0;REVB=-0.0042506;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846983;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:35:14:0:0:35:14:0:0 chr18 19995753 . T C 508.74 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.686;QD=58.1422;RBI=0.00309418;REFB=0;REVB=-0.00227797;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373639;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:21:14:0:0 chr18 19996011 . G A 109.2 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0544908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8144;QD=36.4009;RBI=0.117695;REFB=-0.116541;REVB=-0.104321;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127515;STB=0.571292;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0105642;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:0:1:3:8:0:1 chr18 20965034 . G A 72.86 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.669;QD=36.4294;RBI=0.0368038;REFB=0;REVB=-0.00070088;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332228;OID=.;OPOS=20965034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr18 21017835 . CT C,CC 544.99 PASS AF=0.0810811,0.918919;AO=4,34;DP=38;FAO=3,34;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118817,0.0111731;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=252.236,272.827;QD=58.9179;RBI=0.0238051,0.0204716;REFB=0,0;REVB=0.0206278,0.0171537;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00704255,0.000532094;OID=.,.;OPOS=21017836,21017836;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0810811,0.918919:4,34:38:3,34:37:0:3,14:0,20:0:0:8:0:4,13:0,21:0:0 chr18 21100240 . C T 252.17 PASS AF=0.316832;AO=32;DP=101;FAO=32;FDP=101;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0122691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.376;QD=9.98697;RBI=0.0122696;REFB=-0.00931075;REVB=0.000114749;RO=69;SAF=13;SAR=19;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685522;STB=0.540088;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0179612;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:69:69:32:32:0.316832:19:13:32:37:19:13:32:37 chr18 21109250 . T C 83.44 PASS AF=0.323529;AO=8;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0542968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.471;QD=9.81646;RBI=0.0550049;REFB=-0.00866185;REVB=-0.00879774;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520585;STB=0.560395;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0260648;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:21:23:8:11:0.323529:3:5:14:7:3:8:15:8 chr18 21119777 . G A 195.03 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00489067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.176;QD=13.4504;RBI=0.00550667;REFB=-0.0151956;REVB=0.00253076;RO=34;SAF=9;SAR=14;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145083;STB=0.566418;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0176081;OID=.;OPOS=21119777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:34:23:24:0.413793:14:9:18:16:14:10:18:16 chr18 21120444 . T C 35.35 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0343755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.481;QD=5.43826;RBI=0.0360485;REFB=-0.00564919;REVB=0.0108544;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832872;STB=0.555366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0813041;OID=.;OPOS=21120444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:8:12:4:2:8:12 chr18 21124945 . C G 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.023694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.989;QD=9.09987;RBI=0.0237483;REFB=0.0139887;REVB=-0.00160598;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198373;STB=0.623463;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0381468;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:7:12:7:2:7:12 chr18 21330928 . C G 129.18 PASS AF=0.208333;AO=20;DP=98;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.00268941;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2309;QD=5.38246;RBI=0.0027099;REFB=-0.0189053;REVB=-0.000332613;RO=67;SAF=12;SAR=8;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956863;STB=0.52629;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0528736;OID=.;OPOS=21330928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:67:76:20:20:0.208333:8:12:45:22:8:12:48:28 chr18 21402285 . G A 234.16 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0101225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.466;QD=10.7661;RBI=0.0191272;REFB=-0.0196881;REVB=-0.0162291;RO=57;SAF=11;SAR=18;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567016;STB=0.524685;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0279388;OID=.;OPOS=21402285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:58:29:29:0.333333:18:11:19:38:18:11:20:38 chr18 21413869 . T C 523.85 PASS AF=0.53;AO=47;DP=96;FAO=53;FDP=100;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00058911;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.194;QD=20.9539;RBI=0.0223822;REFB=-0.0446054;REVB=0.0223744;RO=49;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574991;STB=0.520582;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0407232;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:100:49:47:47:53:0.53:22:25:23:26:27:26:21:26 chr18 21424991 . C A 209.66 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.031438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.861;QD=18.6366;RBI=0.0563243;REFB=-0.0127458;REVB=-0.0467342;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284033;STB=0.516114;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0190538;OID=.;OPOS=21424991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:13:11:9:12:13:11 chr18 21470071 . C T 100.81 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.017913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.425;QD=8.22952;RBI=0.0241953;REFB=-0.0129289;REVB=0.0162647;RO=36;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205486;STB=0.512639;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0316491;OID=.;OPOS=21470071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:6:7:20:16:6:7:20:16 chr18 21481233 . C G 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0443005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.688;QD=28.5242;RBI=0.0498596;REFB=-0.088471;REVB=-0.0228789;RO=6;SAF=4;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426433;STB=0.523777;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0226804;OID=.;OPOS=21481233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:11:4:2:4:11:4:2:4 chr18 21511034 . C A 220.15 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0235553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.745;QD=17.6123;RBI=0.0350152;REFB=-0.0165844;REVB=-0.0259078;RO=28;SAF=10;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149144;STB=0.584761;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00611647;OID=.;OPOS=21511034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:12:10:17:11:12:10:17:11 chr18 21511089 . A G 800.99 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.983;QD=57.2136;RBI=0.0919151;REFB=0;REVB=0.0156056;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427325;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:23:31:0:0:23:33:0:0 chr18 21513768 . C T 263.45 PASS AF=0.518519;AO=29;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.0322048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2935;QD=19.5147;RBI=0.0326441;REFB=-0.00154756;REVB=-0.00533741;RO=23;SAF=13;SAR=16;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262917;STB=0.676807;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00166847;OID=.;OPOS=21513768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:26:29:28:0.518519:16:13:18:5:16:12:21:5 chr18 21710321 . C T 1859.08 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.985;QD=61.4572;RBI=0.0517192;REFB=0;REVB=-0.0120836;RO=0;SAF=45;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54405e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:75:45:0:0:75:46:0:0 chr18 21736933 . T G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000392947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.008;QD=56.9563;RBI=0.00565975;REFB=0;REVB=-0.00564609;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23384e-05;OID=.;OPOS=21736933;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr18 21739725 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0113787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.571;QD=7.95467;RBI=0.0196282;REFB=-0.00226837;REVB=0.0159934;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149147;STB=0.592369;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00402791;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:7:12:4:4:7:12 chr18 21752366 . A G 343.33 PASS AF=0.57377;AO=33;DP=58;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0285202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.468;QD=22.5136;RBI=0.0310722;REFB=-0.0224237;REVB=-0.0123321;RO=25;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051254;STB=0.522459;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0180224;OID=.;OPOS=21752366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:25:26:33:35:0.57377:18:15:13:12:18:17:14:12 chr18 21759055 . G C 1062.58 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.417;QD=59.0323;RBI=0.042786;REFB=0;REVB=0.0271139;RO=0;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000941915;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:30:39:0:0:33:39:0:0 chr18 21759190 . G C 67.0 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0727321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.082;QD=15.7645;RBI=0.0768191;REFB=-0.00868789;REVB=0.0247228;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.65587;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00104248;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:17:17:7:8:9:9:0.529412:7:2:4:3:7:2:4:4 chr18 21914213 . G A 76.75 PASS AF=0.384615;AO=7;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0430038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.491;QD=11.8084;RBI=0.0430639;REFB=-0.020764;REVB=0.00227477;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.562374;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0321015;OID=.;OPOS=21914213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:12:16:7:10:0.384615:4:3:8:4:4:6:8:8 chr18 22020543 . C G 218.26 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0504215;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.922;QD=17.8168;RBI=0.0539781;REFB=-0.0143775;REVB=0.0192693;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254242;STB=0.514376;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0147663;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:12:14:13:10:12:14 chr18 22642495 . G T 164.76 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0513066;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1093;QD=21.2594;RBI=0.0566581;REFB=0.0174082;REVB=0.0240369;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315068;STB=0.661466;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.0156809;OID=.;OPOS=22642495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:6:11:3:10:6:11:4:10 chr18 22775185 . C T 98.17 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0247571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.859;QD=14.0248;RBI=0.0249939;REFB=0.00704966;REVB=-0.00343246;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.650922;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0166396;OID=.;OPOS=22775185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:16:16:11:12:0.428571:6:5:11:5:7:5:11:5 chr18 23597811 . T C 520.64 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232627;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.3;QD=59.5011;RBI=0.0332572;REFB=0;REVB=0.0237675;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180545;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:34:35:1:12:22:0:0:12:23:0:0 chr18 23873463 . T C 2342.32 PASS AF=0.993243;AO=146;DP=149;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.053655;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.579;QD=63.306;RBI=0.076307;REFB=-0.0979604;REVB=0.0542577;RO=0;SAF=60;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502857;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000786405;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:149:148:0:1:146:147:0.993243:86:60:0:0:87:60:0:1 chr18 23879134 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461564;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=277.77;QD=40.763;RBI=0.0159907;REFB=0;REVB=-0.01531;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17097e-05;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr18 23879142 . T A 131.26 PASS AF=1;AO=7;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275969;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=63.9525;QD=43.7536;RBI=0.251091;REFB=0;REVB=0.24957;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28674;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103964;OID=.;OPOS=23879142;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:2:0:7:12:1:2:5:0:2:7:5:0:0 chr18 24035399 . A G 136.39 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00918518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1084;QD=38.9689;RBI=0.0148897;REFB=-0.13649;REVB=0.0117191;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11262;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0237113;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:2:1:12:13:0.928571:5:7:2:0:5:8:1:0 chr18 24269386 . G A 391.63 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0302966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.882;QD=19.3397;RBI=0.0660333;REFB=-0.0221237;REVB=-0.0586729;RO=41;SAF=13;SAR=27;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340133;STB=0.518879;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.018152;OID=.;OPOS=24269386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:41:40:40:0.493827:27:13:12:29:27:13:12:29 chr18 24445692 . C T 283.26 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0285476;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.944;QD=14.715;RBI=0.0289002;REFB=-0.00946967;REVB=-0.00450062;RO=45;SAF=22;SAR=10;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237036;STB=0.634888;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.017186;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:45:32:32:0.415584:10:22:21:24:10:22:21:24 chr18 25565082 . A G 1396.24 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.719;QD=62.7524;RBI=0.0648136;REFB=0;REVB=0.0564089;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298667;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:89:0:0:86:89:1:48:38:0:0:51:38:0:0 chr18 25570228 . G C 1395.19 PASS AF=0.968085;AO=91;DP=94;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0077295;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.29;QD=59.3698;RBI=0.018458;REFB=-0.162338;REVB=0.0167616;RO=3;SAF=40;SAR=51;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00652269;STB=0.503443;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000561321;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:94:3:3:91:91:0.968085:51:40:1:2:51:40:1:2 chr18 25593694 . C T 91.46 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0147293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.703;QD=8.50767;RBI=0.0147593;REFB=-0.00233023;REVB=0.000939768;RO=30;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239555;STB=0.662049;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0234506;OID=.;OPOS=25593694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:30:31:12:12:0.27907:9:3:13:17:9:3:14:17 chr18 25593713 . G C 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0251769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.323;QD=8.28249;RBI=0.0258374;REFB=-0.00855599;REVB=-0.00580511;RO=32;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210608;STB=0.631344;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0250675;OID=.;OPOS=25593713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:9:3:13:19:9:3:13:19 chr18 28570025 . G T 526.8 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.116;QD=58.5332;RBI=0.0360857;REFB=0;REVB=0.0345412;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739565;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:12:22:0:0:13:23:0:0 chr18 28574472 . G A 101.34 PASS AF=0.5;AO=8;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00634237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.243;QD=18.4249;RBI=0.0259262;REFB=-0.00399438;REVB=0.0251385;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380216;STB=0.660746;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0178391;OID=.;OPOS=28574472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:22:22:10:10:8:11:0.5:5:3:8:2:6:5:8:2 chr18 28586964 . A G 1073.93 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.008;QD=59.663;RBI=0.0457023;REFB=0;REVB=0.0427544;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684243;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:25:44:0:0:27:45:0:0 chr18 28610988 . C T 406.86 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0272885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5344;QD=45.2062;RBI=0.0639896;REFB=0.0134278;REVB=-0.0578793;RO=3;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145355;STB=0.531578;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0324512;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:3:5:31:31:0.861111:13:18:2:1:13:18:4:1 chr18 28611061 . A T 837.68 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203739;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4034;QD=57.7713;RBI=0.039647;REFB=0;REVB=0.0340116;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632484;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr18 28611139 . A C 630.25 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0323602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.719;QD=57.2957;RBI=0.0502609;REFB=-0.218504;REVB=0.0384575;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00479235;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:0:2:42:42:0.954545:24:18:0:0:24:18:1:1 chr18 28720147 . C T 1301.71 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142737;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.305;QD=61.9864;RBI=0.0142788;REFB=0;REVB=0.000383194;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56646e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:38:46:0:0 chr18 28722039 . G A 167.85 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.100603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3338;QD=15.6139;RBI=0.101761;REFB=-0.00048611;REVB=0.0153086;RO=24;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213163;STB=0.634768;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00220368;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:24:25:18:18:0.418605:12:6:13:11:12:6:14:11 chr18 28722103 . T C 205.08 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00267324;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.746;QD=21.0343;RBI=0.0797617;REFB=-0.0060477;REVB=0.0797169;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544063;STB=0.509794;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00679269;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:19:20:20:0.512821:13:7:7:10:13:7:7:12 chr18 28734749 . A G 560.03 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5694;QD=57.4391;RBI=0.0383592;REFB=-0.158248;REVB=0.00204536;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00395552;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:38:39:1:1:37:38:0.974359:15:22:1:0:16:22:1:0 chr18 28934280 . T A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0403363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.007;QD=14.6656;RBI=0.0502398;REFB=-0.00463995;REVB=0.0299503;RO=21;SAF=3;SAR=12;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579924;STB=0.832922;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0076581;OID=.;OPOS=28934280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:12:3:17:4:12:3:17:4 chr18 28968371 . G A 1384.7 PASS AF=0.969697;AO=91;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0343168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3823;QD=55.9474;RBI=0.154152;REFB=-0.126243;REVB=0.150283;RO=8;SAF=60;SAR=31;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475166;STB=0.512193;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0147095;OID=.;OPOS=28968371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:99:99:8:3:91:96:0.969697:31:60:3:5:36:60:3:0 chr18 28968959 . C A,T 770.8 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=2,47;DP=49;FAO=2,47;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297268,0.000512549;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.569,75.7408;QD=62.9226;RBI=0.0297522,0.00451481;REFB=0,0;REVB=0.00123001,0.00448562;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.138002,-0.00515227;OID=.,.;OPOS=28968959,28968959;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:2,47:2,47:0.0408163,0.959184:1,32:1,15:0:0:1,32:1,15:0:0 chr18 28986333 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.426;QD=64.4147;RBI=0.0313566;REFB=0;REVB=-0.00570733;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75886e-05;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr18 28993183 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0148713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8463;QD=7.46503;RBI=0.0562191;REFB=-0.00300187;REVB=0.0542165;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112483;STB=0.5997;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00916822;OID=.;OPOS=28993183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:16:17:7:7:0.291667:2:5:10:6:2:5:10:7 chr18 28993501 . C A 145.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.943;QD=44.6532;RBI=0.103915;REFB=0;REVB=0.0629807;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760584;OID=.;OPOS=28993501;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr18 29055957 . A G 1123.03 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0097746;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8955;QD=60.7044;RBI=0.0267379;REFB=0;REVB=0.0248871;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212736;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:40:34:0:0:40:34:0:0 chr18 29122799 . G A 101.86 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.214;QD=40.7449;RBI=0.0857387;REFB=0;REVB=0.0317462;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697787;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr18 29126670 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.867;QD=50.4134;RBI=0.0320477;REFB=0;REVB=0.0214793;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383215;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr18 29178554 . C T 358.42 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00598369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.009;QD=17.0674;RBI=0.0069295;REFB=-0.0152734;REVB=-0.00349477;RO=44;SAF=15;SAR=23;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591021;STB=0.54689;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0181688;OID=.;OPOS=29178554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:46:38:38:0.452381:23:15:20:24:23:15:22:24 chr18 29339910 . G T 152.46 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.281;QD=40.6549;RBI=0.050105;REFB=-0.106798;REVB=-0.0223739;RO=1;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824047;STB=0.545388;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000849448;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:9:5:1:0:9:5:1:0 chr18 29497573 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.44;QD=61.6832;RBI=0.012228;REFB=0;REVB=-0.00254327;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.89155e-05;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr18 29598847 . C T 270.61 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00134615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.724;QD=14.4326;RBI=0.0114538;REFB=-0.0161066;REVB=-0.0113744;RO=44;SAF=18;SAR=13;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598435;STB=0.533907;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.021876;OID=.;OPOS=29598847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:13:18:28:16:13:18:28:16 chr18 29710880 . A AAG 158.18 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=53;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0137562;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=2;MLLD=327.773;QD=12.1675;RBI=0.0138333;REFB=-0.00419244;REVB=-0.00145913;RO=34;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165231;STB=0.564449;STBP=0.482;TYPE=ins;VARB=0.00690652;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385:17:53:19:52:33:9:10:19:14:99:34:7:10:19:15 chr18 29795076 . T A,C 724.3 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=3,49;DP=52;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,31;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00394954,0.00689934;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.633,233.041;QD=55.7156;RBI=0.00462346,0.0263102;REFB=0,0;REVB=0.00240365,0.0253895;RO=0;SAF=2,31;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.58521e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0437678,-0.00120552;OID=.,.;OPOS=29795076,29795076;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:52:52:0:0:3,49:4,48:0.0769231,0.923077:1,18:2,31:0:0:2,17:2,31:0:0 chr18 29795101 . T C 805.55 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.6;QD=64.4437;RBI=0.0669548;REFB=0;REVB=0.066788;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108827;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:18:31:0:0:19:31:0:0 chr18 30050356 . C T 217.01 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0973821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.963;QD=13.7785;RBI=0.10883;REFB=-0.00956084;REVB=0.0485878;RO=37;SAF=7;SAR=19;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437912;STB=0.748917;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.020067;OID=.;OPOS=30050356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:19:7:26:11:19:7:26:11 chr18 30804756 . C T 590.65 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2449;QD=60.5794;RBI=0.0940997;REFB=0;REVB=-0.0936525;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110047;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr18 30846895 . A T 461.8 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.629;QD=57.7247;RBI=0.00394482;REFB=0;REVB=-0.000456728;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16401e-05;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr18 31318769 . T G 75.56 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0161363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.789;QD=11.6242;RBI=0.0166905;REFB=-0.00963766;REVB=-0.00426522;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455594;STB=0.773622;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.010227;OID=.;OPOS=31318769;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:6:10:2:8:6:10 chr18 31320229 . A G 340.66 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00645123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1146;QD=54.5048;RBI=0.0303018;REFB=0;REVB=0.0296071;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336996;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr18 31324934 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.924;QD=56.189;RBI=0.0672472;REFB=0;REVB=0.0299012;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883067;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr18 31325874 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.100999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.036;QD=15.2925;RBI=0.101057;REFB=0.00592438;REVB=-0.00341875;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00176212;OID=.;OPOS=31325874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:1:8:8:1:1:8 chr18 32558525 . C A 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0284233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.22;QD=6.52646;RBI=0.0355865;REFB=-0.0141296;REVB=-0.0214129;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025065;STB=0.516083;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0381912;OID=.;OPOS=32558525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:9:11:4:3:9:11 chr18 32721078 . C T 198.44 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0831541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.8524;QD=19.3597;RBI=0.0834059;REFB=-0.0358748;REVB=-0.00647587;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246542;STB=0.616915;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0400595;OID=.;OPOS=32721078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:12:8:3:17:12:8:4:17 chr18 32834095 . T C 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00888775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.768;QD=19.3684;RBI=0.0370517;REFB=0.0107893;REVB=0.0359699;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2482;STB=0.640149;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00935505;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:7:9:4:11:7:9:4:11 chr18 32889193 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0269417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.67;QD=19.3434;RBI=0.0280304;REFB=-0.0276373;REVB=-0.00773608;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307624;STB=0.675122;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0284972;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:11:7:13:5:11:7 chr18 32947616 . A ATTTTAT 62.82 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00818614;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=6;MLLD=210.513;QD=7.39019;RBI=0.0382754;REFB=0.0042311;REVB=-0.0373898;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109243;STB=0.526257;STBP=0.947;TYPE=ins;VARB=-0.0111584;OID=.;OPOS=32947617;OREF=-;OALT=TTTTAT;OMAPALT=ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264706:8:37:9:34:25:5:4:13:12:62:28:5:3:15:13 chr18 33647254 . A C 766.4 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.095;QD=63.8669;RBI=0.0378189;REFB=0;REVB=0.006721;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149364;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:12:29:0:0:18:30:0:0 chr18 33702162 . G A 52.97 PASS AF=0.242424;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0118732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.245;QD=6.42089;RBI=0.0237773;REFB=-0.00178354;REVB=0.0206007;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187877;STB=0.638753;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000574525;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:33:22:25:7:8:0.242424:4:3:13:9:5:3:14:11 chr18 33706614 . C G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.997;QD=59.6794;RBI=0.0654638;REFB=0;REVB=0.0651148;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145112;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:26:44:0:0:26:44:0:0 chr18 33721325 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0149168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7222;QD=19.9276;RBI=0.0241797;REFB=-0.014754;REVB=-0.0190301;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173541;STB=0.599822;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00973154;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:3:9:5:4:3:9:5:4 chr18 33754507 . A G 223.04 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0298363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6948;QD=19.3949;RBI=0.0528128;REFB=0.0117955;REVB=0.0435773;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194024;STB=0.609278;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0109456;OID=.;OPOS=33754507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:16:8:12:10:16:8 chr18 33779705 . G A 364.95 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=75;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0176533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.088;QD=18.9586;RBI=0.044315;REFB=-0.00827602;REVB=0.0406471;RO=38;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075564;STB=0.546177;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00823279;OID=.;OPOS=33779705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:38:39:36:38:0.493506:16:20:18:20:17:21:18:21 chr18 33779821 . C A 1131.71 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.847;QD=60.3578;RBI=0.0221915;REFB=0;REVB=-0.011329;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96364e-05;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:37:37:0:0:38:37:0:0 chr18 33779855 . C T 190.9 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0170928;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.1143;QD=13.3969;RBI=0.0266845;REFB=-0.0145959;REVB=0.0204915;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558879;STB=0.522186;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0243364;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:12:11:14:19:12:11:15:19 chr18 33779896 . A G 575.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.179;QD=60.6287;RBI=0.0248312;REFB=0;REVB=0.00929559;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113446;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:19:19:0:0 chr18 33780020 . A G 387.49 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3359;QD=55.3559;RBI=0.00404439;REFB=0;REVB=0.00261476;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68782e-05;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:7:18:0:0:8:20:0:0 chr18 33785093 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0136092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.541;QD=13.774;RBI=0.0198421;REFB=-0.00727462;REVB=0.0144395;RO=30;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152574;STB=0.580702;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0124988;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:14:6:13:17:14:6:13:18 chr18 33785185 . A G 563.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0198661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.696;QD=57.8189;RBI=0.0230375;REFB=-0.0137971;REVB=0.0116647;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000101322;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:22:16:0:1:22:16:0:1 chr18 33831189 . C A 365.35 PASS AF=0.463415;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0359541;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5339;QD=17.8219;RBI=0.0759321;REFB=-0.0163867;REVB=-0.0668804;RO=39;SAF=25;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250665;STB=0.662658;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0137754;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:39:44:37:38:0.463415:12:25:16:23:12:26:17:27 chr18 34205551 . C T 379.42 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0412916;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1228;QD=18.9711;RBI=0.0417497;REFB=-0.0242104;REVB=-0.00616764;RO=40;SAF=21;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035098;STB=0.513507;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0290727;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:41:39:39:0.4875:18:21:20:20:18:21:21:20 chr18 34310668 . C T 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00309274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.768;QD=16.0341;RBI=0.0176137;REFB=0.00311259;REVB=-0.01734;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14559;STB=0.583252;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00533544;OID=.;OPOS=34310668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:18:10:10:10:18:10 chr18 34324091 . G A 230.8 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-4.28586e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2647;QD=17.7539;RBI=0.00693666;REFB=-0.0278164;REVB=0.00693652;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515236;STB=0.536557;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0184983;OID=.;OPOS=34324091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:10:15:17:9:10:15:18:9 chr18 34398883 . G A 113.88 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=-0.00238757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5205;QD=13.3976;RBI=0.00674162;REFB=-0.0175192;REVB=0.00630467;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39948;STB=0.735719;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.027991;OID=.;OPOS=34398883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:13:14:0.411765:6:7:3:17:6:8:3:17 chr18 35237143 . T G 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0174055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.047;QD=16.1642;RBI=0.0301695;REFB=-0.0225737;REVB=-0.0246424;RO=41;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568435;STB=0.532;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0351265;OID=.;OPOS=35237143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:15:18:20:21:15:18:20:21 chr18 39761310 . A G 529.67 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3508;QD=57.2613;RBI=0.0598091;REFB=-0.122576;REVB=0.00853167;RO=1;SAF=10;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00319143;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:37:1:0:36:37:1:26:10:1:0:26:11:0:0 chr18 39761342 . C T 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0242455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.323;QD=10.6681;RBI=0.0262905;REFB=0.0102668;REVB=-0.010166;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240468;STB=0.642595;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0183082;OID=.;OPOS=39761342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:5:13:5:5:5:13 chr18 40554120 . A G 356.33 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00356781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.875;QD=19.2613;RBI=0.00478572;REFB=-0.00632473;REVB=0.00318965;RO=36;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135544;STB=0.569354;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00485341;OID=.;OPOS=40554120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:23:14:19:17:23:14:19:18 chr18 42456653 . G A 534.76 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377228;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.876;QD=59.4172;RBI=0.0396292;REFB=0;REVB=0.0121436;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106555;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:27:8:0:0:28:8:0:0 chr18 42456670 . C CTCTT,T 466.68 PASS AF=0.805556,0.138889;AO=25,7;DP=41;FAO=29,5;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=8,1;FSAR=21,4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0532718,-0.0187644;FXX=0.121921;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=167.15,55.6058;QD=51.853;RBI=0.0554743,0.0230985;REFB=-0.242716,-0.157232;REVB=0.015476,-0.0134698;RO=6;SAF=8,1;SAR=17,6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.13873,0.293682;STB=0.522712,0.59965;STBP=0.434,0.682;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000339142,0.101414;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:41:36:6:2:25,7:29,5:0.805556,0.138889:17,6:8,1:0:6:21,4:8,1:0:2 chr18 42532606 . G A 379.34 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0150592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.039;QD=19.207;RBI=0.0150593;REFB=-0.0181865;REVB=-2.48885e-05;RO=39;SAF=14;SAR=25;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143296;STB=0.586809;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0168542;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:25:14:20:19:25:14:21:19 chr18 42532693 . C A 334.05 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0073796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.712;QD=29.0477;RBI=0.0298352;REFB=-0.0047996;REVB=-0.0289082;RO=17;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110223;STB=0.560497;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00244575;OID=.;OPOS=42532693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:14:15:6:11:14:15:6:11 chr18 42533130 . A G 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.778;QD=60.976;RBI=0.0216271;REFB=0;REVB=0.0078006;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54419e-05;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr18 43206985 . A G 1497.36 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288821;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.521;QD=63.7176;RBI=0.0294658;REFB=0;REVB=-0.00583605;RO=0;SAF=49;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296158;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:45:49:0:0:45:49:0:0 chr18 43246156 . G A 322.67 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00361785;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.721;QD=18.9809;RBI=0.01628;REFB=-0.0130944;REVB=-0.0158729;RO=34;SAF=16;SAR=18;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149094;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:34:34:34:0.5:18:16:16:18:18:16:16:18 chr18 43247001 . C G 244.5 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00898927;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7939;QD=22.7444;RBI=0.0209484;REFB=-0.0117013;REVB=-0.0189216;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295472;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0240453;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:12:8:10:13:12:8 chr18 43262359 . G A 143.86 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0532504;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0376;QD=14.035;RBI=0.0533957;REFB=-0.026456;REVB=-0.00393597;RO=25;SAF=3;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430833;STB=0.753921;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0392025;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:13:3:14:11:13:3:14:11 chr18 43508856 . C G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5798;QD=52.6097;RBI=0.0381232;REFB=0;REVB=0.0214579;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101026;OID=.;OPOS=43508856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr18 43573649 . A G 235.9 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0108692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.188;QD=18.5019;RBI=0.0143346;REFB=-0.0214391;REVB=-0.00934569;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297553;STB=0.683828;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0314468;OID=.;OPOS=43573649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:26:24:25:0.490196:8:16:7:15:9:16:7:19 chr18 43833701 . T TCTG 686.63 PASS AF=0.857143;AO=52;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0162568;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.296;QD=43.5958;RBI=0.0162569;REFB=-0.0303042;REVB=-3.64658e-05;RO=10;SAF=26;SAR=26;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905291;STB=0.539668;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=0.00351782;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:52:63:54:63:9:27:27:7:2:44:10:26:26:8:2 chr18 43843736 . T G 265.93 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00621061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1975;QD=48.3514;RBI=0.150754;REFB=-0.145427;REVB=0.150626;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181038;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:1:0:21:22:1:13:8:0:1:14:8:0:0 chr18 44040660 . T C 106.16 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0218773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8012;QD=11.795;RBI=0.054097;REFB=-0.00411427;REVB=0.0494759;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124865;STB=0.588607;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0128374;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:5:8:11:11:5:8:11:12 chr18 44063598 . G A 554.99 PASS AF=0.443609;AO=59;DP=134;FAO=59;FDP=133;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=0.0185358;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9;QD=16.6914;RBI=0.02774;REFB=-0.00305674;REVB=0.020638;RO=74;SAF=31;SAR=28;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522686;STB=0.529162;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00370136;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:74:74:59:59:0.443609:28:31:35:39:28:31:35:39 chr18 44126909 . T C 322.38 PASS AF=0.55102;AO=23;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00564778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.587;QD=26.3167;RBI=0.0105675;REFB=-0.045012;REVB=-0.0089317;RO=11;SAF=19;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00803127;STB=0.571373;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0396079;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:11:17:23:27:0.55102:4:19:9:2:7:20:10:7 chr18 44135143 . T C 307.31 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0155016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.234;QD=13.2174;RBI=0.0164917;REFB=-0.0085089;REVB=0.00562817;RO=57;SAF=13;SAR=22;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240568;STB=0.506267;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0136055;OID=.;OPOS=44135143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:58:35:35:0.376344:22:13:20:37:22:13:21:37 chr18 44259073 . AT A 95.12 PASS AF=0.65;AO=11;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.141788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.2007;QD=19.0239;RBI=0.146207;REFB=-0.0669449;REVB=0.0356739;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932099;STB=0.614009;STBP=0.214;TYPE=del;VARB=0.0381428;OID=.;OPOS=44259074;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:11:20:13:20:7:7:6:6:1:44:8:7:4:6:2 chr18 44560429 . C A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00807018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.685;QD=10.6347;RBI=0.0172401;REFB=-0.00938118;REVB=-0.0152346;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119123;STB=0.666347;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0143619;OID=.;OPOS=44560429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:11:13:7:8:0.380952:1:6:10:1:2:6:12:1 chr18 44560875 . C A 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00986234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.421;QD=13.7474;RBI=0.0101809;REFB=-0.0122149;REVB=-0.00252676;RO=30;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424638;STB=0.755477;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0135109;OID=.;OPOS=44560875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:32:22:22:0.407407:16:6:21:9:16:6:23:9 chr18 44561100 . C G 59.34 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0119263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7296;QD=15.8251;RBI=0.0592879;REFB=-0.0503677;REVB=0.058076;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0334586;OID=.;OPOS=44561100;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:3:4:5:3:3:4 chr18 44561795 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00523365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.72;QD=12.0147;RBI=0.101677;REFB=-0.0319036;REVB=-0.101542;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0418961;OID=.;OPOS=44561795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr18 44585955 . G A 184.99 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0448046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.495;QD=20.5541;RBI=0.0458377;REFB=-0.0271045;REVB=0.0096769;RO=17;SAF=2;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492587;STB=0.726997;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0109054;OID=.;OPOS=44585955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:16:2:9:8:16:3:9:8 chr18 44610718 . T C 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00202241;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.474;QD=20.8117;RBI=0.00891315;REFB=0.000401065;REVB=0.00868067;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234593;STB=0.632068;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000398693;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:14:9:15:8:14:9 chr18 44624572 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0738765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.569;QD=12.7388;RBI=0.0773498;REFB=0.00268035;REVB=0.0229185;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341689;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0120172;OID=.;OPOS=44624572;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:4:6:2:6:4:6 chr18 44682233 . T TA 30.98 PASS AF=0.275862;AO=12;DP=31;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00947506;FXX=0.0644953;HRUN=0;LEN=1;MLLD=68.4116;QD=4.27294;RBI=0.0098297;REFB=-0.00488695;REVB=0.00261655;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424241;STB=0.762067;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.184588;OID=.;OPOS=44682234;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:12:31:8:29:21:6:2:8:13:30:18:9:3:6:12 chr18 45696158 . G A 75.93 PASS AF=0.409091;AO=7;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0191984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.057;QD=13.8062;RBI=0.021193;REFB=-0.0062915;REVB=0.00897591;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157904;STB=0.644834;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0171034;OID=.;OPOS=45696158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:22:22:12:12:7:9:0.409091:3:4:5:7:3:6:5:7 chr18 45696204 . T C 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00493806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.574;QD=11.5967;RBI=0.00904505;REFB=-0.00596192;REVB=0.00757816;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11507;STB=0.568413;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00813896;OID=.;OPOS=45696204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:10:11:5:7:10:11 chr18 45696256 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00728001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.096;QD=12.1822;RBI=0.0163935;REFB=-0.000924918;REVB=-0.0146884;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13532;STB=0.580483;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000966765;OID=.;OPOS=45696256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:7:8:4:6:7:8 chr18 46001932 . A G 617.33 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.482;QD=58.7936;RBI=0.0215891;REFB=-0.00491032;REVB=-0.00118921;RO=1;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407079;STB=0.51999;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=7.12688e-05;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:42:1:1:39:41:0.97619:11:28:0:1:12:29:0:1 chr18 46284587 . T C 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0204014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1639;QD=11.2957;RBI=0.0320619;REFB=-0.00866434;REVB=-0.0247336;RO=33;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17443;STB=0.613204;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0170027;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:34:18:18:0.346154:6:12:17:16:6:12:17:17 chr18 46343666 . C T 100.77 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0937123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4882;QD=16.1225;RBI=0.127061;REFB=-0.023374;REVB=-0.0858053;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243637;STB=0.640296;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0255605;OID=.;OPOS=46343666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:4:9:5:7:4:9 chr18 46474746 . C T 165.83 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00917428;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.708;QD=30.1517;RBI=0.028358;REFB=-0.105696;REVB=0.026833;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355542;STB=0.562425;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0108232;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:22:22:8:6:14:16:0.727273:6:8:5:3:6:10:5:1 chr18 46545924 . A G 923.37 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.975;QD=56.823;RBI=0.0223005;REFB=-0.0570912;REVB=0.00586501;RO=1;SAF=1;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767941;STB=0.503936;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000188001;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:62:64:0.984615:61:1:0:1:63:1:0:1 chr18 46545979 . A C 1331.98 PASS AF=0.978022;AO=85;DP=89;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.825;QD=58.5484;RBI=0.064226;REFB=-0.033177;REVB=0.064226;RO=2;SAF=0;SAR=85;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000537424;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:91:2:2:85:89:0.978022:85:0:0:2:89:0:0:2 chr18 47318626 . T C 1354.39 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0536149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.315;QD=58.2535;RBI=0.0675328;REFB=-0.201717;REVB=0.0410624;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501073;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00136418;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:93:0:2:89:91:0.978495:49:40:0:0:50:41:1:1 chr18 47405425 . T TGAG 340.16 PASS AF=0.426966;AO=34;DP=92;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0231364;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.985;QD=15.2882;RBI=0.0235523;REFB=-0.0135483;REVB=-0.00440645;RO=53;SAF=11;SAR=23;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854114;STB=0.531213;STBP=0.655;TYPE=ins;VARB=0.0212004;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426966:34:92:38:89:51:13:25:20:31:99:53:11:23:21:32 chr18 47455923 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00568445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.536;QD=9.84391;RBI=0.00573668;REFB=-0.0156955;REVB=-0.000772382;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.535142;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.022251;OID=.;OPOS=47455923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:7:13:6:4:7:13 chr18 47500827 . C T 599.24 PASS AF=0.512605;AO=59;DP=117;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.00758686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.243;QD=20.1424;RBI=0.017005;REFB=-0.0221151;REVB=0.0152187;RO=54;SAF=34;SAR=25;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145468;STB=0.502789;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0231406;OID=.;OPOS=47500827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:54:58:59:61:0.512605:25:34:32:22:27:34:32:26 chr18 47500836 . G A 528.83 PASS AF=0.495575;AO=55;DP=113;FAO=56;FDP=113;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0012893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.298;QD=18.7196;RBI=0.00741564;REFB=-0.0183869;REVB=0.00730269;RO=55;SAF=30;SAR=25;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668458;STB=0.531048;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0214133;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:55:57:55:56:0.495575:25:30:34:21:25:31:35:22 chr18 47563299 . T C 464.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6452;QD=58.1178;RBI=0.0600549;REFB=0;REVB=0.0587476;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131454;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:10:21:0:0:10:22:0:0 chr18 47795629 . C A 885.36 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2007;QD=58.0566;RBI=0.0652148;REFB=0;REVB=0.0546055;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806065;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:58:61:1:22:36:0:1:25:36:0:0 chr18 47800179 . G C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0324467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.194;QD=15.7844;RBI=0.032567;REFB=-0.00540331;REVB=0.00279695;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421714;STB=0.739954;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0069598;OID=.;OPOS=47800179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:3:14:5:9:3:14 chr18 47809946 . A G 64.41 PASS AF=0.347826;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00708048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.666;QD=11.2014;RBI=0.0213459;REFB=-0.026387;REVB=0.0201374;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784305;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0214843;OID=.;OPOS=47809946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:14:6:8:0.347826:3:3:6:8:5:3:6:8 chr18 47810351 . A G 108.93 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0157016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.653;QD=16.1372;RBI=0.0289939;REFB=-0.00344611;REVB=0.0243743;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209438;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00723069;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:27:27:14:14:10:12:0.444444:7:3:7:7:9:3:7:7 chr18 47811669 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.080582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1125;QD=12.0151;RBI=0.0809267;REFB=-0.00929457;REVB=-0.00746107;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00200648;OID=.;OPOS=47811669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr18 47813990 . C A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0510357;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.49;QD=13.2053;RBI=0.0545759;REFB=-0.0118597;REVB=-0.0193361;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.624529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0119039;OID=.;OPOS=47813990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:2:4:5:1:2:4 chr18 47908556 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.649;QD=57.2026;RBI=0.0505012;REFB=0;REVB=-0.0164598;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166388;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr18 47911594 . G T 142.67 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0105112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.522;QD=14.2665;RBI=0.0191643;REFB=-0.0127861;REVB=-0.0160246;RO=24;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947353;STB=0.554729;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00806297;OID=.;OPOS=47911594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:10:6:7:17:10:6:7:17 chr18 47911631 . A G 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.00121041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1805;QD=20.2669;RBI=0.0531346;REFB=-0.00230142;REVB=0.0531209;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189913;STB=0.605969;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00385936;OID=.;OPOS=47911631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:13:8:4:17:13:8:4:17 chr18 47918536 . C T 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00750666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.152;QD=19.7812;RBI=0.0271324;REFB=-0.00714213;REVB=-0.0260733;RO=41;SAF=28;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120171;STB=0.566916;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00519033;OID=.;OPOS=47918536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:13:28:23:18:13:28:23:18 chr18 48190440 . G A 542.98 PASS AF=0.491379;AO=56;DP=115;FAO=57;FDP=116;FR=.;FRO=59;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00221728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3525;QD=18.7236;RBI=0.0173833;REFB=-0.0262399;REVB=0.0172413;RO=59;SAF=35;SAR=21;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797111;STB=0.537773;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0424634;OID=.;OPOS=48190440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:59:56:57:0.491379:21:35:32:27:22:35:32:27 chr18 48248453 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0640685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.552;QD=11.6341;RBI=0.0652887;REFB=-0.0138767;REVB=-0.0125636;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0218574;OID=.;OPOS=48248453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:6:10:7:3:6:10 chr18 48256614 . A G 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0141645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.324;QD=16.0339;RBI=0.0163574;REFB=-0.00679486;REVB=0.00818105;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06687;STB=0.538423;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.010153;OID=.;OPOS=48256614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:8:12:15:13:8:12:15:13 chr18 48325430 . T G 90.46 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0127088;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3745;QD=8.61478;RBI=0.0296137;REFB=-0.0230774;REVB=0.0267481;RO=30;SAF=6;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388855;STB=0.52377;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0467071;OID=.;OPOS=48325430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:42:42:30:30:12:12:0.285714:6:6:14:16:6:6:14:16 chr18 48331524 . G A 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7588;QD=59.432;RBI=0.0359148;REFB=0;REVB=0.027777;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8554e-05;OID=.;OPOS=48331524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr18 48331553 . T C 205.07 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0378496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7833;QD=16.4052;RBI=0.0383506;REFB=-0.00601007;REVB=-0.00617864;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202822;STB=0.511617;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0120687;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:9:12:16:13:9:12:16:13 chr18 48346026 . A G 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0216001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.839;QD=12.2433;RBI=0.0300516;REFB=-0.0168983;REVB=-0.0208934;RO=59;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224439;STB=0.512915;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0248114;OID=.;OPOS=48346026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:18:15:28:31:18:15:28:31 chr18 48577782 . G C 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00721902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.213;QD=11.8272;RBI=0.0451951;REFB=-0.0242394;REVB=-0.0446148;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140607;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0365549;OID=.;OPOS=48577782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:29:16:18:11:11:0.37931:4:7:8:8:4:7:8:10 chr18 48633216 . G T 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00036039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.502;QD=15.626;RBI=0.00358725;REFB=-0.0197447;REVB=-0.0035691;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155405;STB=0.590053;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0210168;OID=.;OPOS=48633216;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:13:10:5:12:13:10 chr18 48723217 . C T 85.33 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.672;QD=34.1329;RBI=0.0645758;REFB=-0.113206;REVB=0.06349;RO=1;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00403094;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:10:10:1:1:9:9:0.9:1:8:0:1:1:8:0:1 chr18 49072801 . C T 218.02 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0807038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4981;QD=15.5732;RBI=0.0992553;REFB=0.00421881;REVB=-0.0577798;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964419;STB=0.56973;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=-0.0115748;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:31:25:25:0.446429:12:13:18:11:12:13:20:11 chr18 49867224 . T C 1788.98 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.405;QD=60.6434;RBI=0.0478195;REFB=0;REVB=0.0147909;RO=0;SAF=53;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09512e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012306;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:117:118:1:64:53:0:0:64:54:0:0 chr18 50432602 . C G 171.1 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0257981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8692;QD=17.5486;RBI=0.0558036;REFB=-0.0291602;REVB=0.0494823;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611687;STB=0.534845;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0396087;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:8:13:10:8:8:13 chr18 50942668 . A C 433.16 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00259998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5106;QD=18.0484;RBI=0.0236982;REFB=-0.0211362;REVB=0.0235552;RO=51;SAF=26;SAR=18;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603577;STB=0.539557;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0278836;OID=.;OPOS=50942668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:51:52:44:44:0.458333:18:26:27:24:18:26:27:25 chr18 51795957 . GCGACGACGAC GCGACGAC,GCGACGACGA 236.93 PASS AF=0.373333,0.0133333;AO=21,8;DP=78;FAO=28,1;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=15,0;FSAR=13,1;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.00435102,0.00350364;FXX=0.0131562;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=181.23,56.261;QD=12.6364;RBI=0.00646207,0.110383;REFB=-0.0341845,-0.0750048;REVB=-0.00477776,-0.110327;RO=34;SAF=14,0;SAR=7,8;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.244874,-0.697284;STB=0.615379,0.987129;STBP=0.146,0.491;TYPE=del,del;VARB=0.0536957,0.139058;OID=.,.;OPOS=51795958,51795967;OREF=CGA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCGACGAC,GCGACGACGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373333,0.0133333:21,8:78:28,1:75:46:15,0:13,1:16:30:99:34:14,0:7,8:15:19 chr18 51820805 . G A 65.76 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000994564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.963;QD=11.4364;RBI=0.0364589;REFB=-0.0134527;REVB=-0.0364453;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103585;STB=0.562357;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0276699;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:6:8:6:3:6:8 chr18 52265308 . A C 175.08 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.000655476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6789;QD=20.0091;RBI=0.0302108;REFB=0.0179668;REVB=0.0302037;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172565;STB=0.597378;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.011509;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:11:6:10:8:11:6 chr18 52570281 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.615;QD=48.7369;RBI=0.0730098;REFB=0;REVB=0.0686388;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326132;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr18 52570345 . C A 235.34 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.431;QD=49.545;RBI=0.0320759;REFB=0;REVB=0.0246672;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.8763e-05;OID=.;OPOS=52570345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr18 52889967 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0119007;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.634;QD=12.9748;RBI=0.0165399;REFB=0.00727277;REVB=0.0114866;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151078;STB=0.588097;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00951055;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:13:5:5:7:13:5 chr18 52895531 . T C 251.14 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00907022;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.929;QD=47.8358;RBI=0.00925494;REFB=0.00833613;REVB=-0.00183981;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317962;STB=0.517224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.000345752;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:6:14:1:0:6:14:1:0 chr18 53070914 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.716;QD=52.6132;RBI=0.0546541;REFB=0;REVB=0.00683318;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382986;OID=.;OPOS=53070914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr18 53177774 . G C 93.3 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0107778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0646;QD=19.6424;RBI=0.0162026;REFB=-0.0376002;REVB=-0.0120981;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0272721;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:3:5:6:5:3:5 chr18 53303101 . C G 930.89 PASS AF=1;AO=49;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464605;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.083;QD=59.1041;RBI=0.12508;REFB=0;REVB=0.124993;RO=0;SAF=42;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517073;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:49:63:1:7:42:0:0:21:42:0:0 chr18 54339818 . C G 1210.64 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4007;QD=59.7846;RBI=0.044708;REFB=-0.119073;REVB=0.0142996;RO=1;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114082;STB=0.506023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00477398;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:41:39:0:1:41:39:0:1 chr18 54448778 . G A 813.6 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455862;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.232;QD=56.1103;RBI=0.0709126;REFB=0;REVB=0.0543185;RO=1;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786445;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:58:1:0:57:58:1:23:34:0:1:24:34:0:0 chr18 54815025 . G T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00822957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4229;QD=15.7831;RBI=0.0120162;REFB=0.0412653;REVB=-0.00875569;RO=17;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00434626;STB=0.502509;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0159116;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:9:5:6:11:9:5:6:11 chr18 54951861 . G A 42.37 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0267522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.332;QD=18.8315;RBI=0.0392543;REFB=0.0150183;REVB=-0.0287265;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23409;STB=0.615062;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00544773;OID=.;OPOS=54951861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:1:4:3:0:1:5:3:0 chr18 55027334 . G T 212.16 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0116473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8788;QD=29.2639;RBI=0.0157331;REFB=-0.0329785;REVB=-0.010577;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170336;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430133;OID=.;OPOS=55027334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:19:20:0.689655:9:10:5:4:9:11:5:4 chr18 55034359 . T C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0115352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.26;QD=22.7214;RBI=0.0115865;REFB=-0.0293977;REVB=-0.00108921;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013118;STB=0.507242;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0216658;OID=.;OPOS=55034359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:10:13:17:14:10:13 chr18 55143766 . C T 197.33 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0263098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.254;QD=26.3106;RBI=0.0492183;REFB=-0.0205299;REVB=0.0415961;RO=11;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598289;STB=0.533298;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00985322;OID=.;OPOS=55143766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:12:7:5:6:12:7:5:6 chr18 55144035 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00809838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.974;QD=15.1663;RBI=0.0571321;REFB=0.00542004;REVB=-0.0565553;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665023;STB=0.538411;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00806301;OID=.;OPOS=55144035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:12:8:7:8:12:8 chr18 55144045 . G A 157.78 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00870478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3576;QD=16.608;RBI=0.0205757;REFB=-0.00784381;REVB=-0.0186436;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.025376;OID=.;OPOS=55144045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:12:9:9:8:12:9 chr18 55144748 . G A 358.02 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0013805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.991;QD=19.6177;RBI=0.02724;REFB=-0.0204743;REVB=0.0272049;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396236;STB=0.521991;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0167478;OID=.;OPOS=55144748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:16:21:22:14:16:21:22:14 chr18 55145575 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6008;QD=60.9784;RBI=0.0277999;REFB=0;REVB=-0.00279898;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490222;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr18 55145764 . GG CA,GC 157.46 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,12;DP=14;FAO=2,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00621174,-0.00791696;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=94.7467,170.199;QD=44.9875;RBI=0.0154281,0.0139409;REFB=0,0;REVB=-0.0141224,0.0114748;RO=0;SAF=0,6;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0618321,-0.00631982;OID=.,.;OPOS=55145764,55145765;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:14:14:0:0:2,12:2,12:0.142857,0.857143:2,6:0,6:0:0:2,6:0,6:0:0 chr18 55145906 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0786272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1212;QD=59.0176;RBI=0.0787061;REFB=0;REVB=0.0035233;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00075137;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr18 55146261 . G A 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00187406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.421;QD=10.0236;RBI=0.0221208;REFB=0.00162346;REVB=0.0220413;RO=37;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282232;STB=0.667899;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00365981;OID=.;OPOS=55146261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:5:13:18:19:5:13:18:19 chr18 55146453 . T C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0215779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.26;QD=22.3411;RBI=0.0222886;REFB=-0.00597243;REVB=-0.00558356;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192786;STB=0.608571;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00468897;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:8:6:12:6:8:6 chr18 55150271 . A C 154.92 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0471439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5627;QD=32.6145;RBI=0.0540182;REFB=-0.0697584;REVB=0.0263707;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127122;STB=0.507033;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.011067;OID=.;OPOS=55150271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:2:2:8:7:2:2 chr18 55151334 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0273755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.664;QD=17.9563;RBI=0.0278314;REFB=-0.000953606;REVB=-0.00501686;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211003;STB=0.563686;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0010011;OID=.;OPOS=55151334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:13:3:1:15:13:3:2:15 chr18 55151424 . C A,CA 35.62 PASS AF=0,0.529412;AO=2,6;DP=15;FAO=0,9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0136596,0.196218;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=224.483,11.0086;QD=8.38201;RBI=0.0172891,0.27655;REFB=0.000732349,-0.0465286;REVB=0.0105985,0.19488;RO=7;SAF=0,5;SAR=2,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.577625,0.413635;STB=0.5,0.583142;STBP=1,0.564;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0924676;OID=.,.;OPOS=55151424,55151425;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:15:17:7:8:2,6:0,9:0,0.529412:2,1:0,5:3:4:0,3:0,6:4:4 chr18 55153371 . T C 201.35 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0150006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.604;QD=28.7636;RBI=0.0156056;REFB=-0.0272859;REVB=-0.00430294;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117176;STB=0.506487;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0081992;OID=.;OPOS=55153371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:13:6:3:6:13:6:3:6 chr18 55154066 . A G 287.37 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0042012;FXX=0.0684838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.16;QD=16.904;RBI=0.00609214;REFB=-0.0032757;REVB=0.00441182;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612004;STB=0.507284;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00306518;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:68:33:37:31:31:0.455882:18:13:16:17:18:13:16:21 chr18 55155489 . A G 785.08 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.5;QD=64.088;RBI=0.0110213;REFB=0;REVB=0.00615519;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.19016e-05;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr18 55155711 . C G 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.017689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.013;QD=21.7463;RBI=0.02426;REFB=-0.00120752;REVB=0.0166025;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032955;STB=0.518502;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.000242487;OID=.;OPOS=55155711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:8:12:14:8:8:12 chr18 55155870 . G A 113.9 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0208869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3782;QD=9.90447;RBI=0.0705041;REFB=-0.0386649;REVB=-0.0673392;RO=31;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136891;STB=0.592461;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.081804;OID=.;OPOS=55155870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:31:32:14:14:0.304348:8:6:17:14:8:6:18:14 chr18 55158489 . A AATTCTGC 186.46 PASS AF=0.75;AO=16;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0114861;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=268.215;QD=31.0774;RBI=0.0227749;REFB=-0.0293688;REVB=0.0196664;RO=6;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112591;STB=0.570675;STBP=0.242;TYPE=ins;VARB=0.0118347;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:16:24:18:24:6:7:11:4:2:36:6:7:9:4:2 chr18 55221648 . T C 498.92 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00268388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.926;QD=24.0441;RBI=0.00915508;REFB=-0.0181714;REVB=0.00875284;RO=36;SAF=22;SAR=25;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047216;STB=0.5259;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00809084;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:25:22:19:17:25:22:19:17 chr18 55226383 . G C 153.37 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0290896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.2384;QD=13.9425;RBI=0.0290991;REFB=-0.0133585;REVB=0.000744327;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147442;STB=0.585269;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0124414;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:18:9:8:9:18:9 chr18 55314820 . C A 153.55 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0144343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.497;QD=13.9595;RBI=0.0191778;REFB=-0.0128478;REVB=0.0126268;RO=27;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349195;STB=0.706795;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.03225;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:14:3:12:15:14:3:12:15 chr18 55317676 . C T 538.36 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.35;QD=59.8182;RBI=0.0710777;REFB=0;REVB=-0.0580993;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00200477;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr18 55335366 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0569853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6638;QD=12.3959;RBI=0.0577553;REFB=0.100018;REVB=-0.00939992;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.0850141;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr18 55346232 . A G 375.41 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5095;QD=55.6161;RBI=0.0424103;REFB=0;REVB=-0.0420573;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110168;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr18 55362532 . T G 888.4 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0389375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.066;QD=56.4065;RBI=0.0598193;REFB=-0.131059;REVB=0.0454116;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165597;STB=0.508472;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0053936;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:33:28:1:0:33:29:1:0 chr18 55364852 . A G 870.95 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00972964;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.312;QD=58.0636;RBI=0.014547;REFB=0;REVB=0.0108143;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09227e-05;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr18 55816791 . G A 366.51 PASS AF=0.4875;AO=38;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00713132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8554;QD=18.3255;RBI=0.010922;REFB=0.00532283;REVB=-0.00827248;RO=41;SAF=12;SAR=26;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148607;STB=0.571391;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00621646;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:38:39:0.4875:26:12:19:22:26:13:19:22 chr18 56148796 . A G 123.2 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.542;QD=37.9065;RBI=0.021799;REFB=-0.0714957;REVB=-0.000342959;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000953507;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:1:0:9:3:1:0 chr18 56149099 . T C 1165.12 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.503;QD=58.2559;RBI=0.0413415;REFB=-0.196371;REVB=0.0227162;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.506848;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00121966;OID=.;OPOS=56149099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:36:42:1:0:36:43:0:1 chr18 56202418 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.055942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8726;QD=39.2058;RBI=0.0898739;REFB=0;REVB=0.0703407;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100104;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr18 56202982 . A T 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.447;QD=57.8801;RBI=0.0291518;REFB=0;REVB=0.0223594;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71734e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr18 56203411 . G C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.036;QD=45.8019;RBI=0.0622271;REFB=0;REVB=0.0616612;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102202;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr18 56203447 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0985;QD=54.5164;RBI=0.155137;REFB=0;REVB=0.140482;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330382;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr18 56203891 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166043;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.933;QD=55.6548;RBI=0.0946387;REFB=0;REVB=0.0931707;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294361;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr18 56203898 . T G 342.03 PASS AF=1;AO=17;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.535;QD=54.7248;RBI=0.0479902;REFB=0;REVB=-0.0178013;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407632;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:17:25:1:7:10:0:0:7:18:0:0 chr18 56204250 . A C 330.41 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0412984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4119;QD=50.8327;RBI=0.0671146;REFB=-0.0750643;REVB=-0.0529038;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00221047;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:9:16:0:0:9:16:1:0 chr18 56204644 . T G 507.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164522;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.661;QD=59.708;RBI=0.0599889;REFB=0;REVB=0.0576888;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396299;OID=.;OPOS=56204644;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr18 56204747 . G A 740.38 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00704495;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.122;QD=54.8426;RBI=0.0130791;REFB=-0.117383;REVB=0.0110196;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000215884;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:53:54:0:1:52:53:0.981481:28:24:0:0:29:24:0:1 chr18 56246439 . CTTTC CTTC,CTTCC,CTTT 337.37 PASS AF=0.609756,0,0.268293;AO=16,9,5;DP=43;FAO=25,0,11;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=15,0,4;FSAR=10,0,7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0167385,-0.0912748,0.170526;FXX=0.0465008;HRUN=3,3,6;LEN=1,1,1;MLLD=24.408,24.0417,7.83269;QD=32.9144;RBI=0.156341,0.398797,0.619377;REFB=0.0626804,0.129183,-0.16245;REVB=-0.155442,-0.388211,0.59544;RO=10;SAF=13,2,3;SAR=3,7,2;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0.55;SSEP=0,0,0.6875;SSSB=0.278322,-0.286347,0.105052;STB=0.571374,0.5,0.691974;STBP=0.096,1,0.044;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.00888506,0,0.163958;OID=.,.,.;OPOS=56246440,56246442,56246443;OREF=T,T,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=CTTC,CTTCC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.609756,0,0.268293:16,9,5:43:25,0,11:41:5:15,0,4:10,0,7:5:0:54:10:13,2,3:3,7,2:5:5 chr18 56247180 . T C 165.71 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00749248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.826;QD=22.0952;RBI=0.0177722;REFB=-0.0331371;REVB=0.0161157;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886073;STB=0.54994;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0205043;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:11:6:6:7:11:6:6:7 chr18 56247567 . A G 130.61 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0428843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.193;QD=18.0156;RBI=0.0429174;REFB=0.00159547;REVB=0.00168452;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644073;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00171833;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:5:9:8:7:5:9 chr18 56247600 . C A 39.89 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0266448;FXX=0.09995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.397;QD=8.86399;RBI=0.038192;REFB=-0.0178871;REVB=-0.0273621;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0174735;OID=.;OPOS=56247600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:20:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:7:5:2:4:7:5 chr18 56279025 . T G 374.84 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00383336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.011;QD=49.9791;RBI=0.00631315;REFB=-0.137056;REVB=-0.0050161;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00616265;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:14:14:1:1:14:14:1:1 chr18 56470255 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.051969;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.4953;QD=35.5756;RBI=0.054426;REFB=0;REVB=0.016168;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00288031;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr18 56593521 . T G 133.53 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0617149;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5855;QD=14.8366;RBI=0.0984674;REFB=0.00872824;REVB=0.0767275;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17989;STB=0.615237;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00795277;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:21:15:15:0.416667:7:8:7:13:7:8:7:14 chr18 56887507 . C A 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00210177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.087;QD=46.0557;RBI=0.0426606;REFB=-0.105798;REVB=0.0426088;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00617608;OID=.;OPOS=56887507;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr18 57000469 . T A 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00748813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.759;QD=29.3798;RBI=0.0220821;REFB=-0.0151859;REVB=-0.0207737;RO=11;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191238;STB=0.605384;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00799933;OID=.;OPOS=57000469;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:13:9:8:3:13:9:8:3 chr18 57571367 . G A 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0189429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5285;QD=8.28173;RBI=0.0555536;REFB=-0.0164939;REVB=-0.0522243;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275941;STB=0.653572;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0118445;OID=.;OPOS=57571367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:30:32:12:12:0.272727:3:9:16:14:3:9:18:14 chr18 57640352 . C CAA,CAAA 407.34 PASS AF=1,0;AO=23,6;DP=38;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275927,-0.0177107;FXX=0.0285633;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=31.2074,22.736;QD=47.9225;RBI=0.0555307,0.0371852;REFB=0,0;REVB=-0.0481903,-0.0326967;RO=5;SAF=12,3;SAR=11,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0257483,-0.0757641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00207126,0;OID=.,.;OPOS=57640353,57640353;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:23,6:38:34,0:34:0:18,0:16,0:0:0:7:5:12,3:11,3:3:2 chr18 59166541 . C T 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0124877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.766;QD=24.2041;RBI=0.0128821;REFB=-0.0520477;REVB=0.00316292;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185735;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:9:9:6:6:9:9:6:6 chr18 59170304 . C G 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.51;QD=58.9623;RBI=0.0211026;REFB=0;REVB=-0.000996972;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80773e-05;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:33:33:0:0:33:33:0:0 chr18 59482283 . A G 237.8 PASS AF=0.605263;AO=21;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0525885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3358;QD=25.0317;RBI=0.219713;REFB=-0.0759491;REVB=0.213326;RO=15;SAF=17;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213592;STB=0.566606;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0477256;OID=.;OPOS=59482283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:21:23:0.605263:4:17:9:6:6:17:9:6 chr18 59483514 . A G 71.71 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00505797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.199;QD=7.96789;RBI=0.0158554;REFB=-0.00515432;REVB=-0.015027;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730335;STB=0.545363;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0158203;OID=.;OPOS=59483514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:14:12:4:6:14:12 chr18 59805532 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0296;QD=62.0162;RBI=0.0757664;REFB=0;REVB=0.0749846;RO=0;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101146;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:35:7:0:0:35:7:0:0 chr18 59807635 . T C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3716;QD=36.3462;RBI=0.047991;REFB=-0.119305;REVB=-0.0275118;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00607755;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr18 59814268 . G A 675.19 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.62;QD=61.3811;RBI=0.0565929;REFB=0;REVB=0.038568;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323958;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:28:16:0:0 chr18 59814324 . G C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.531;QD=57.6805;RBI=0.0226647;REFB=0;REVB=0.00789892;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122359;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr18 60027241 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.275;QD=63.2866;RBI=0.0148972;REFB=0;REVB=-0.00134505;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71711e-05;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr18 60036083 . A G 164.68 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0679351;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.741;QD=47.0519;RBI=0.0682526;REFB=0;REVB=0.00657562;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000930784;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:13:1:0:0 chr18 60111488 . G A 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0193699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6049;QD=14.7987;RBI=0.0607254;REFB=-0.0355411;REVB=-0.0575533;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299066;STB=0.673766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0184219;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:4:9:4:7:4:9 chr18 60191428 . G A 101.98 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2032;QD=40.7917;RBI=0.119947;REFB=0;REVB=0.116867;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00983873;OID=.;OPOS=60191428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr18 60237388 . A G 760.9 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9884;QD=63.408;RBI=0.0307185;REFB=0;REVB=0.0283376;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156391;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:30:17:0:1:31:17:0:0 chr18 60241732 . C T 109.06 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.018;QD=36.3528;RBI=0.037123;REFB=-0.00282915;REVB=-0.0130526;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428878;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.000232759;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:1:10:1:0:1:10:1:0 chr18 60244856 . A G 1807.76 PASS AF=0.991667;AO=117;DP=118;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.027;QD=60.2586;RBI=0.0502862;REFB=-0.0796795;REVB=0.0400128;RO=1;SAF=62;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.007599;STB=0.503936;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000439848;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:120:1:1:117:119:0.991667:55:62:1:0:56:63:1:0 chr18 60995261 . G C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0061967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.179;QD=10.6682;RBI=0.0147238;REFB=0.00142793;REVB=0.0133563;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409998;STB=0.749464;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00159797;OID=.;OPOS=60995261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:2:8:8:10:2:8:8:10 chr18 61022791 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0314949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.794;QD=22.7198;RBI=0.0368;REFB=-0.0180186;REVB=-0.0190344;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.616263;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00857312;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:5:4:10:4:5:4 chr18 61156606 . G C 191.25 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00402538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8231;QD=15.6124;RBI=0.0177556;REFB=-0.0206808;REVB=0.0172932;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887593;STB=0.55097;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0305067;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:10:10:12:17:10:10:12:17 chr18 61160287 . T C 215.46 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0339569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6184;QD=13.4665;RBI=0.0479809;REFB=0.0172519;REVB=-0.0338982;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220483;STB=0.62491;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.02747;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:11:27:13:13:11:27 chr18 61160320 . G C 165.64 PASS AF=0.375;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0676313;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.69;QD=13.8034;RBI=0.0676342;REFB=-0.0118297;REVB=0.000628305;RO=29;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18728;STB=0.593203;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0166721;OID=.;OPOS=61160320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:30:18:18:0.375:10:8:8:21:10:8:9:21 chr18 61170721 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.024;QD=45.8067;RBI=0.0459344;REFB=0;REVB=0.00957252;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161645;OID=.;OPOS=61170721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr18 61170782 . A G 39.88 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0280261;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.591;QD=9.97006;RBI=0.0308636;REFB=-0.0104929;REVB=-0.0129267;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391993;STB=0.749062;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0144482;OID=.;OPOS=61170782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:5:5:1:5:5:5 chr18 61170925 . T C 696.39 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.152;QD=52.5579;RBI=0.0269475;REFB=-0.0316182;REVB=0.00532167;RO=1;SAF=26;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177671;STB=0.50037;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0020582;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:25:26:1:0:25:26:1:1 chr18 61234004 . G C 127.96 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0365997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.976;QD=20.4728;RBI=0.0404321;REFB=-0.0154558;REVB=-0.0171818;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129697;STB=0.584289;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0110127;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:11:11:13:14:0.56:4:9:6:5:4:10:6:5 chr18 61264298 . G A 1054.9 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0196856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.54;QD=57.0214;RBI=0.0378989;REFB=-0.0668986;REVB=0.0323853;RO=2;SAF=36;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255483;STB=0.51351;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00180484;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:36:36:0:2:36:36:0:2 chr18 61264468 . C T 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.911;QD=57;RBI=0.0273566;REFB=0;REVB=0.00567039;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125582;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr18 61322995 . T C 1190.36 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.347;QD=61.0441;RBI=0.0775782;REFB=0;REVB=0.0180389;RO=0;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294984;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:31:46:0:0:32:46:0:0 chr18 61326597 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.648;QD=58.142;RBI=0.0483874;REFB=0;REVB=-0.0188097;RO=0;SAF=31;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193497;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:1:31:0:0:1:31:0:0 chr18 61326602 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.374;QD=60.2296;RBI=0.190252;REFB=0;REVB=0.189891;RO=0;SAF=36;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503265;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:1:36:0:0:1:36:0:0 chr18 61326609 . T G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.095;QD=61.3332;RBI=0.0577888;REFB=0;REVB=0.054635;RO=0;SAF=39;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06141e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032604;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:1:39:0:0:1:39:0:0 chr18 61377579 . A C 724.23 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0638823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.761;QD=59.1208;RBI=0.066642;REFB=0.0215976;REVB=0.018979;RO=1;SAF=16;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284823;STB=0.507215;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.000201426;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:1:2:47:47:0.959184:31:16:1:0:31:16:1:1 chr18 61379838 . T G 761.45 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120854;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8792;QD=57.4678;RBI=0.0652838;REFB=0;REVB=0.0641554;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100061;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr18 61387312 . G A 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0057065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.494;QD=57.2376;RBI=0.0201716;REFB=0;REVB=-0.0193476;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34095e-05;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr18 61387333 . T A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.718;QD=56.9556;RBI=0.00807643;REFB=0;REVB=0.00579772;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80987e-07;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr18 61387389 . G A 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.673;QD=57.2006;RBI=0.0487226;REFB=0;REVB=-0.0163944;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610188;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr18 61390316 . C A 289.51 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.494;QD=46.3215;RBI=0.0137035;REFB=-0.0124807;REVB=-0.00288817;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.000192532;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:0:2:23:23:0.92:10:13:0:0:10:13:0:2 chr18 61390332 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.407;QD=55.6557;RBI=0.0315142;REFB=0;REVB=0.00626163;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174978;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr18 61390361 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.693;QD=56.7066;RBI=0.0175673;REFB=0;REVB=0.00874275;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13457e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr18 61390570 . T G 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0306715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.768;QD=41.8678;RBI=0.0332676;REFB=0.0158424;REVB=0.0128838;RO=1;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000152015;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:8:7:1:0:8:7:1:0 chr18 61564394 . A G 129.9 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0449158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.2613;QD=10.8251;RBI=0.0481736;REFB=-0.0192254;REVB=-0.0174145;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157931;STB=0.560882;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0682156;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:47:48:27:31:12:13:0.270833:5:7:12:15:6:7:14:17 chr18 61570503 . C G 334.45 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0364955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.459;QD=27.3024;RBI=0.0479442;REFB=0.0363844;REVB=-0.0310923;RO=20;SAF=9;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152702;STB=0.584555;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0249923;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:20:9:10:10:20:9:10:10 chr18 61570529 . C G 148.59 PASS AF=0.62963;AO=15;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00179369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.933;QD=22.0129;RBI=0.00717373;REFB=-0.0129065;REVB=-0.00694587;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477344;STB=0.54777;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00834966;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:27:10:10:15:17:0.62963:8:7:4:6:8:9:4:6 chr18 61575232 . A G 516.38 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00884441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.702;QD=19.1251;RBI=0.00914467;REFB=-0.0267313;REVB=0.00232409;RO=54;SAF=23;SAR=31;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10098;STB=0.555841;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.030787;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:31:23:29:25:31:23:29:25 chr18 61650865 . G A 711.88 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437948;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.949;QD=63.2782;RBI=0.0542384;REFB=0;REVB=0.0319973;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215059;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr18 62036875 . G A 201.3 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0101888;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.975;QD=9.70105;RBI=0.0113548;REFB=-0.00521608;REVB=0.00501188;RO=58;SAF=15;SAR=11;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953611;STB=0.510871;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0122703;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:58:57:26:26:0.313253:11:15:33:25:11:15:32:25 chr18 63489378 . C T 313.01 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00242478;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5916;QD=16.6938;RBI=0.0218712;REFB=-0.00901014;REVB=-0.0217364;RO=41;SAF=12;SAR=22;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206054;STB=0.615931;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.015885;OID=.;OPOS=63489378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:41:41:34:34:0.453333:22:12:23:18:22:12:23:18 chr18 63530016 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0134558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.485;QD=14.2416;RBI=0.0173903;REFB=-0.0034681;REVB=0.0110166;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212034;STB=0.610072;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00780924;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:31:22:22:0.415094:10:12:10:20:10:12:11:20 chr18 65178103 . G GCA,GCACA 131.38 PASS AF=0.266667,0.233333;AO=8,5;DP=37;FAO=8,7;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=1,0;FSAR=7,7;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0872146,-0.0605938;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=125.607,148.196;QD=17.5168;RBI=0.0993367,0.0767228;REFB=-0.0131213,-0.0163527;REVB=0.0475541,0.0470614;RO=22;SAF=1,0;SAR=7,5;SRF=20;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.754095,-0.828103;STB=0.92841,0.99896;STBP=0.029,0;TYPE=ins,ins;VARB=0.109079,0.00344284;OID=.,.;OPOS=65178104,65178104;OREF=-,-;OALT=CA,CACA;OMAPALT=GCA,GCACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.233333:8,5:37:8,7:30:15:1,0:7,7:14:1:62:22:1,0:7,5:20:2 chr18 65179829 . G A 471.96 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0183415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.045;QD=55.5252;RBI=0.0312841;REFB=-0.165615;REVB=0.0253433;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00165782;OID=.;OPOS=65179829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:0:1:12:21:0:1 chr18 66504093 . A C 739.23 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.603;QD=55.7912;RBI=0.0519694;REFB=0;REVB=0.0391227;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387385;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:25:25:0:0:26:27:0:0 chr18 66504459 . A T 601.11 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00116259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.69;QD=58.6451;RBI=0.00669107;REFB=-0.0347648;REVB=0.00658929;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.000197398;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:28:12:0:0:28:12:0:1 chr18 66513615 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0403338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0894;QD=12.0506;RBI=0.0407213;REFB=-0.00474413;REVB=0.00560435;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274631;STB=0.666262;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0108661;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:6:7:7:2:6:7 chr18 66513661 . ATG ACG,GAT 158.71 PASS AF=0.485714,0;AO=16,2;DP=35;FAO=17,0;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=4,0;FSAR=13,0;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.00540876,0.0653041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=92.9918,71.1077;QD=18.1381;RBI=0.044694,0.0817569;REFB=0.031151,0.00172719;REVB=0.0443655,-0.049189;RO=15;SAF=4,0;SAR=12,2;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144933,-0.427206;STB=0.597837,0.5;STBP=0.439,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0138524,0;OID=.,.;OPOS=66513662,66513661;OREF=T,ATG;OALT=C,GAT;OMAPALT=ACG,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:18:16,2:17,0:0.485714,0:12,2:4,0:2:13:13,0:4,0:2:16 chr18 66526176 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0676365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.586;QD=35.5759;RBI=0.0718618;REFB=0;REVB=0.024278;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000934311;OID=.;OPOS=66526176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr18 66564514 . G C 447.68 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0747911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8616;QD=23.8765;RBI=0.076634;REFB=-0.0149886;REVB=0.016705;RO=30;SAF=8;SAR=35;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250314;STB=0.629753;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00808378;OID=.;OPOS=66564514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:32:43:43:0.573333:35:8:13:17:35:8:13:19 chr18 67345034 . T C 1252.82 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.012596;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9988;QD=60.3768;RBI=0.0458939;REFB=-0.0968926;REVB=0.0441316;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.505153;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00178111;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:0:1:81:82:0.987952:48:33:0:0:48:34:0:1 chr18 67365668 . A G 154.71 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0104869;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1554;QD=13.7519;RBI=0.0105517;REFB=-0.0198469;REVB=0.00116722;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092905;STB=0.55549;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0304721;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:28:17:17:0.377778:10:7:13:13:10:7:14:14 chr18 67531642 . T C 88.37 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=45;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00145076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.122;QD=7.68455;RBI=0.00877598;REFB=-0.00601952;REVB=0.00865523;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300389;STB=0.697328;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0190833;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:45:46:33:34:11:12:0.26087:8:3:17:16:9:3:17:17 chr18 67718688 . A G 1102.78 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0196667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.4;QD=58.8149;RBI=0.0215347;REFB=-0.105586;REVB=0.00877276;RO=1;SAF=37;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012613;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000372904;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:36:37:1:0:36:38:1:0 chr18 67863850 . T TCTC 234.49 PASS AF=0.807692;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0359501;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=3;MLLD=163.795;QD=36.0749;RBI=0.0393779;REFB=-0.0725748;REVB=0.0160688;RO=6;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323403;STB=0.628688;STBP=0.029;TYPE=ins;VARB=0.0154735;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.807692:20:27:21:26:5:5:16:4:1:28:6:4:16:5:1 chr18 67871343 . A C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.662;QD=58.1418;RBI=0.0571785;REFB=0;REVB=0.049859;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908921;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr18 67994806 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0408991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3616;QD=3.64936;RBI=0.0975685;REFB=0.00325343;REVB=-0.0885826;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375747;STB=0.772193;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0285459;OID=.;OPOS=67994806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:1:5:17:14:1:5:17:14 chr18 67996040 . TACTA T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0268875;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.752;QD=15.2931;RBI=0.0346984;REFB=-0.0236264;REVB=0.0219326;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187606;STB=0.609518;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=0.0203161;OID=.;OPOS=67996041;OREF=ACTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:18:9:18:9:5:4:3:6:65:9:5:4:3:6 chr18 67997284 . A G 242.63 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0273017;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.633;QD=19.4101;RBI=0.0273375;REFB=-0.0137985;REVB=0.00139867;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053429;STB=0.540951;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0129558;OID=.;OPOS=67997284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:25:25:24:25:0.5:14:10:9:16:14:11:9:16 chr18 70209177 . C T 402.14 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0304242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.07;QD=21.7373;RBI=0.0347132;REFB=-0.0503257;REVB=-0.0167145;RO=34;SAF=10;SAR=30;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106957;STB=0.559291;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0435211;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:30:10:12:22:30:10:12:22 chr18 70417396 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.025;QD=61.336;RBI=0.0313486;REFB=0;REVB=0.000914872;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130838;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr18 70532840 . T G 251.6 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00718174;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.929;QD=16.7731;RBI=0.0138963;REFB=-0.00793701;REVB=-0.0118966;RO=32;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16156;STB=0.591701;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0120886;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:22:6:11:21:22:6:11:21 chr18 71894984 . A G 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00330245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.67;QD=18.0481;RBI=0.00332767;REFB=-0.0162279;REVB=-0.000408892;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0226492;OID=.;OPOS=71894984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:4:6:5:3:4:6:5:3 chr18 71996294 . A G 45.0 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0403307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.196;QD=7.82608;RBI=0.0405122;REFB=-0.030166;REVB=-0.0038312;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455337;STB=0.79317;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0394485;OID=.;OPOS=71996294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:8:8:6:1:8:8 chr18 72009544 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0231369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.656;QD=12.8684;RBI=0.0403025;REFB=-0.00636537;REVB=0.0329996;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0139595;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:10:6:6:5:10:6 chr18 72021717 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6698;QD=47.8202;RBI=0.0440129;REFB=0;REVB=-0.00310616;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170443;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr18 72103782 . T C 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00508832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5382;QD=58.5977;RBI=0.0066635;REFB=0;REVB=0.00430248;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.00529e-06;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr18 72114454 . TC T,TT 825.92 PASS AF=1,0;AO=19,30;DP=50;FAO=50,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939231,-0.0591905;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.986,176.185;QD=66.0735;RBI=0.0410556,0.0936168;REFB=0,0;REVB=-0.0399668,-0.0725299;RO=0;SAF=2,21;SAR=17,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.41729e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=1.76158e-05,0;OID=.,.;OPOS=72114455,72114455;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:19,30:50:50,0:50:0:23,0:27,0:0:0:4:0:2,21:17,9:0:0 chr18 72168608 . G A 376.41 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0114563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1517;QD=18.3612;RBI=0.0132704;REFB=-0.0175789;REVB=0.00669745;RO=43;SAF=19;SAR=20;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197856;STB=0.609764;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0431444;OID=.;OPOS=72168608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:20:19:12:31:20:19:12:31 chr18 72176083 . T C 223.72 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00068151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.988;QD=12.9694;RBI=0.0654998;REFB=-0.0280322;REVB=0.0654963;RO=41;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211321;STB=0.627026;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.027525;OID=.;OPOS=72176083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:42:27:27:0.391304:11:16:16:25:11:16:16:26 chr18 72178161 . T C 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00468674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.776;QD=19.2762;RBI=0.019754;REFB=-0.0083944;REVB=0.01919;RO=33;SAF=15;SAR=19;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145244;STB=0.580739;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00789551;OID=.;OPOS=72178161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:19:15:20:13:19:15:20:13 chr18 72223591 . G GTGC 184.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=28;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0601314;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=164.391;QD=30.6922;RBI=0.075998;REFB=-0.121033;REVB=0.0464749;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0368179;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.75:15:28:18:24:6:9:9:3:3:37:9:9:6:5:4 chr18 72226578 . C A 275.27 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0430309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8054;QD=18.0508;RBI=0.0441164;REFB=-0.0208914;REVB=0.00972606;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305206;STB=0.52406;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0207481;OID=.;OPOS=72226578;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:13:17:18:12:13:17:19:12 chr18 72228124 . A G 1163.45 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.698;QD=59.6642;RBI=0.0416297;REFB=0;REVB=-0.0165758;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323451;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:75:78:1:24:51:0:0:26:52:0:0 chr18 72343008 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.939;QD=54.5175;RBI=0.0467456;REFB=0;REVB=0.0325421;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436124;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr18 72776121 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.536;QD=57.3851;RBI=0.0719269;REFB=0;REVB=0.0625019;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000534023;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr18 72914035 . C A 269.48 PASS AF=0.450704;AO=28;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.011541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.23;QD=15.1819;RBI=0.0314586;REFB=-0.023249;REVB=-0.0292652;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463266;STB=0.546638;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0433629;OID=.;OPOS=72914035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:39:28:32:0.450704:16:12:15:24:17:15:15:24 chr18 72914280 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.195;QD=47.8223;RBI=0.0355409;REFB=0;REVB=-0.0105777;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292179;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr18 74208573 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0835037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2893;QD=33.4266;RBI=0.0835037;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0081368;OID=.;OPOS=74208573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr18 74611127 . A G 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.394;QD=62.3392;RBI=0.106819;REFB=0;REVB=0.00654393;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716378;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr18 74671768 . T C 313.84 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00102608;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.954;QD=22.0239;RBI=0.0151723;REFB=0.0116455;REVB=0.0151376;RO=25;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824361;STB=0.545427;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.0101314;OID=.;OPOS=74671768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:20:12:7:18:20:12:7:18 chr18 74680208 . C T 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0468545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.983;QD=24.3898;RBI=0.0468625;REFB=-0.0272662;REVB=-0.000865609;RO=13;SAF=1;SAR=19;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902288;STB=0.647542;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0270042;OID=.;OPOS=74680208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:19:1:1:12:19:1:2:12 chr18 74680259 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00255974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0946;QD=61.6837;RBI=0.0077557;REFB=0;REVB=0.0073211;RO=0;SAF=7;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33091e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.39046e-05;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:34:7:0:0:34:7:0:0 chr18 74682214 . C T 343.97 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0679154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9295;QD=16.3795;RBI=0.10181;REFB=-0.0116278;REVB=-0.0758465;RO=47;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184426;STB=0.603916;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0150109;OID=.;OPOS=74682214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:24:13:25:22:24:13:25:22 chr18 74692336 . A G 244.29 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00154405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.469;QD=13.029;RBI=0.0023369;REFB=-0.0141785;REVB=0.00175414;RO=45;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647816;STB=0.52821;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0299884;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:12:17:29:16:12:17:29:17 chr18 74702864 . G A 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.337;QD=61.6732;RBI=0.06934;REFB=0;REVB=0.0037705;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556843;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr18 74962645 . T C 1030.42 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3216;QD=58.881;RBI=0.0193279;REFB=0;REVB=0.0144068;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226511;OID=.;OPOS=74962645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:29:41:0:0 chr18 74980809 . G A 323.35 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8997;QD=53.8918;RBI=0.0442385;REFB=0;REVB=-0.0210477;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497857;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr18 76752263 . C A 219.7 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0679988;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.433;QD=25.8473;RBI=0.0701486;REFB=-0.0229523;REVB=0.0172335;RO=8;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183856;STB=0.528273;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00667798;OID=.;OPOS=76752263;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:34:8:12:20:20:0.588235:16:4:0:8:16:4:3:9 chr18 76754367 . C T 236.13 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00260324;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.427;QD=19.2757;RBI=0.0146935;REFB=-0.0304144;REVB=0.0144611;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125279;STB=0.570602;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0362657;OID=.;OPOS=76754367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:17:9:11:12:17:9 chr18 76754466 . C T 105.85 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00659549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9261;QD=21.1703;RBI=0.0763107;REFB=0.00429951;REVB=0.0760251;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258061;STB=0.642672;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000184125;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:0:8:10:2:0:8 chr18 76754871 . G T 446.3 PASS AF=0.475728;AO=47;DP=104;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=-0.00833499;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.942;QD=17.3322;RBI=0.0599659;REFB=-0.0104097;REVB=-0.0593838;RO=52;SAF=34;SAR=13;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078551;STB=0.527601;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0102827;OID=.;OPOS=76754871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:52:54:47:49:0.475728:13:34:34:18:15:34:35:19 chr18 76856504 . T C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00256034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.479;QD=14.3349;RBI=0.025465;REFB=-0.0134287;REVB=-0.025336;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228353;STB=0.633267;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0238017;OID=.;OPOS=76856504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:13:13:12:5:13:13 chr18 77067000 . T G 483.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.197;QD=58.5463;RBI=0.0592068;REFB=0;REVB=-0.0309009;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2944e-05;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr18 77171061 . T G 195.38 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149588;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.558;QD=48.8442;RBI=0.149671;REFB=0;REVB=-0.00497893;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010741;OID=.;OPOS=77171061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr18 77211764 . T C 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00412813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.606;QD=9.65097;RBI=0.0323234;REFB=-0.00333219;REVB=-0.0320587;RO=32;SAF=2;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477269;STB=0.802334;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0165845;OID=.;OPOS=77211764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:12:2:16:16:12:2:17:16 chr18 77227476 . A G 319.46 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00608702;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.713;QD=25.0556;RBI=0.0118855;REFB=-0.00233341;REVB=0.0102085;RO=20;SAF=23;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235892;STB=0.630502;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00189366;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:20:20:31:31:0.607843:8:23:9:11:8:23:9:11 chr18 77420703 . C G 246.84 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00981972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3884;QD=17.9517;RBI=0.066324;REFB=-0.0509588;REVB=-0.065593;RO=27;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289208;STB=0.67457;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0105357;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:26:27:0.490909:9:17:9:18:9:18:9:19 chr18 77439532 . T C 191.11 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.226;QD=47.7774;RBI=0.0322949;REFB=0;REVB=0.0295304;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46869e-05;OID=.;OPOS=77439532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr18 77473086 . G A 159.74 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00688193;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.331;QD=12.5283;RBI=0.0330661;REFB=-0.0217273;REVB=0.0323421;RO=32;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276398;STB=0.661982;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0412342;OID=.;OPOS=77473086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:14:5:16:16:14:5:16:16 chr18 77474921 . G A 432.02 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0105348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8279;QD=23.3525;RBI=0.0225874;REFB=-0.0178704;REVB=-0.0199802;RO=26;SAF=20;SAR=22;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971866;STB=0.523798;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0116473;OID=.;OPOS=77474921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:32:42:42:0.567568:22:20:16:10:22:20:17:15 chr18 77475187 . T TGGA 54.86 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=31;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0340616;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=3;MLLD=135.488;QD=9.1425;RBI=0.147264;REFB=-0.0519155;REVB=-0.143271;RO=23;SAF=7;SAR=0;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.680547;STB=0.741696;STBP=0.16;TYPE=ins;VARB=0.0686881;OID=.;OPOS=77475188;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=TGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:31:8:24:16:7:1:10:6:54:23:7:0:16:7 chr18 77513721 . T C 1153.53 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.385;QD=60.712;RBI=0.0266827;REFB=0;REVB=0.000162009;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50151e-05;OID=.;OPOS=77513721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:37:39:0:0:37:39:0:0 chr18 77728135 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.309;QD=57.2022;RBI=0.0173996;REFB=0;REVB=-0.00790505;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87728e-05;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr18 77736735 . T C 273.11 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0311563;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1335;QD=45.5177;RBI=0.0871505;REFB=-0.163414;REVB=-0.081391;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768812;STB=0.541629;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0117536;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:11:11:0:2:11:11:0:2 chr18 77773006 . A G 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0373061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.816;QD=3.33182;RBI=0.0574874;REFB=-0.000590147;REVB=-0.0437386;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256342;STB=0.699521;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00379803;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:49:51:9:9:0.15:7:2:20:29:7:2:22:29 chr18 77773035 . G A 69.94 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0298124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.372;QD=6.66137;RBI=0.031023;REFB=-0.00226751;REVB=-0.00858187;RO=32;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38777;STB=0.749465;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0189156;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:8:2:16:16:8:2:16:16 chr18 77805856 . A C 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.102484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8155;QD=11.4379;RBI=0.107336;REFB=0.0333075;REVB=-0.0319085;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377757;STB=0.728627;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0443926;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:7:2:8:6:7:2:8:6 chr18 77896242 . C T 277.21 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0409278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7733;QD=26.4011;RBI=0.041543;REFB=-0.0436601;REVB=-0.00712305;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145968;STB=0.567309;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0343522;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:12:13:5:11:12:13:6:11 chr18 77918221 . C T 131.59 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00761777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.936;QD=17.5454;RBI=0.0221213;REFB=-0.00410137;REVB=0.0207683;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182502;STB=0.604508;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00359075;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:10:5:8:7:10:5:8:7 chr19 282753 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.013965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.997;QD=16.4544;RBI=0.016489;REFB=-0.0163339;REVB=0.00876727;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.768234;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0049577;OID=.;OPOS=282753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:1:5:1:3:1:5:1:3 chr19 362283 . C T 402.73 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00394647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8271;QD=19.1777;RBI=0.00634464;REFB=-0.0036819;REVB=-0.00496788;RO=43;SAF=24;SAR=17;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111468;STB=0.56203;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00549852;OID=.;OPOS=362283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:43:41:41:0.488095:17:24:20:23:17:24:20:23 chr19 367178 . C T 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0533112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.323;QD=25.7524;RBI=0.0595246;REFB=-0.030597;REVB=0.0264781;RO=26;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359294;STB=0.519641;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.019712;OID=.;OPOS=367178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:20:21:12:14:20:21:12:14 chr19 407900 . A G 275.61 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0348591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.512;QD=18.0729;RBI=0.0506668;REFB=-0.02872;REVB=-0.0367691;RO=29;SAF=23;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161137;STB=0.597741;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0342342;OID=.;OPOS=407900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:31:30:30:0.491803:7:23:18:11:7:23:19:12 chr19 422238 . G T 887.0 PASS AF=0.530488;AO=85;DP=170;FAO=87;FDP=164;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.038553;FXX=0.035292;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.894;QD=21.6342;RBI=0.0400716;REFB=-0.0393932;REVB=-0.0109269;RO=77;SAF=38;SAR=47;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405327;STB=0.515898;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0329419;OID=.;OPOS=422238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:164:77:77:85:87:0.530488:47:38:38:39:47:40:38:39 chr19 453160 . A G 628.6 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00773292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.523;QD=61.3263;RBI=0.0273082;REFB=0;REVB=0.0261904;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93895e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr19 463528 . G A 741.34 PASS AF=0.486667;AO=72;DP=149;FAO=73;FDP=150;FR=.;FRO=77;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0867074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8292;QD=19.7691;RBI=0.0898192;REFB=-0.00660231;REVB=0.0234376;RO=77;SAF=31;SAR=41;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00189226;STB=0.505105;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00752737;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:77:77:72:73:0.486667:41:31:33:44:41:32:33:44 chr19 496532 . G A 76.89 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0153937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2744;QD=19.2237;RBI=0.0949907;REFB=-0.0402157;REVB=0.093735;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174375;STB=0.562382;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0290932;OID=.;OPOS=496532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:16:16:7:6:9:10:0.625:6:3:1:6:7:3:1:5 chr19 498524 . A G 226.31 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00406403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.374;QD=17.0796;RBI=0.00801587;REFB=-0.00459175;REVB=-0.00690926;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297034;STB=0.64853;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.007872;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:28:25:25:0.471698:9:16:8:18:9:16:10:18 chr19 501701 . G A 61.02 PASS AF=0.391304;AO=7;DP=21;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00535822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8872;QD=10.6116;RBI=0.0477512;REFB=-0.0556819;REVB=0.0474496;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152225;STB=0.646728;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0576007;OID=.;OPOS=501701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:21:23:14:14:7:9:0.391304:3:4:6:8:3:6:6:8 chr19 501719 . T C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6622;QD=33.4226;RBI=0.070017;REFB=0;REVB=0.033381;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00902931;OID=.;OPOS=501719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 501725 . G A 34.91 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.647;QD=23.2722;RBI=0.114032;REFB=-0.0426906;REVB=0.111269;RO=1;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119989;STB=0.571154;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0465955;OID=.;OPOS=501725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:4:5:0.833333:1:3:1:0:2:3:1:0 chr19 504830 . C G 162.79 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0133413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.785;QD=12.7679;RBI=0.0163413;REFB=-0.012242;REVB=-0.00943661;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855978;STB=0.549455;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0634451;OID=.;OPOS=504830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:8:24:13:6:8:24 chr19 518957 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0206961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.5055;QD=11.0197;RBI=0.0256722;REFB=-0.0527532;REVB=0.0151899;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162008;STB=0.599657;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0313721;OID=.;OPOS=518957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:4:4:2:4:4:4 chr19 518991 . C G 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.112647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6186;QD=16.447;RBI=0.131374;REFB=-0.100921;REVB=-0.0676008;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0661706;OID=.;OPOS=518991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:2:4:3:1:2:4:3:1 chr19 544083 . C T 372.89 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0292515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.379;QD=20.4321;RBI=0.0321591;REFB=-0.054588;REVB=-0.0133624;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776285;STB=0.561612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0287575;OID=.;OPOS=544083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:35:38:38:0.520548:19:19:19:13:19:19:22:13 chr19 549678 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.752;QD=53.2771;RBI=0.0134222;REFB=0;REVB=0.000690514;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86052e-05;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr19 549725 . T C 63.19 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0612769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.854;QD=12.6374;RBI=0.0744431;REFB=-0.0507906;REVB=0.042272;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419704;STB=0.59976;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0701488;OID=.;OPOS=549725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:19:20:9:11:9:9:0.45:8:1:4:5:7:2:4:7 chr19 572631 . A G 149.9 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0831492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4785;QD=11.1036;RBI=0.103323;REFB=-0.0271307;REVB=-0.0613335;RO=34;SAF=17;SAR=2;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521813;STB=0.821479;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0477448;OID=.;OPOS=572631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:19:19:0.351852:2:17:18:16:2:17:18:17 chr19 582310 . C G 430.84 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0141115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.108;QD=15.9572;RBI=0.0230933;REFB=-0.00170657;REVB=0.0182802;RO=60;SAF=19;SAR=29;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215024;STB=0.512033;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00191546;OID=.;OPOS=582310;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:29:19:25:35:29:19:25:35 chr19 582586 . C T 126.75 PASS AF=0.535714;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0188115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.411;QD=18.1076;RBI=0.020966;REFB=-0.0622217;REVB=-0.00925746;RO=12;SAF=1;SAR=12;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205675;STB=0.626662;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0282173;OID=.;OPOS=582586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:12:13:13:15:0.535714:12:1:2:10:14:1:2:11 chr19 582775 . A G 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.00705164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9218;QD=19.367;RBI=0.0455914;REFB=-0.0164182;REVB=0.0450427;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365629;STB=0.705539;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0116289;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:7:0:5:5:7:0 chr19 603625 . T C 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0126526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.825;QD=11.5637;RBI=0.0127122;REFB=-0.00747108;REVB=0.00122963;RO=28;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114947;STB=0.57821;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0112365;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:8:7:16:12:8:7:17:12 chr19 603634 . T C 138.79 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0258573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.098;QD=12.0688;RBI=0.0288805;REFB=-0.00182639;REVB=-0.0128642;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23012;STB=0.644982;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00514508;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:10:6:17:12:10:6:18:12 chr19 603769 . T C 375.82 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=22;FWDB=-0.0286158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.945;QD=14.595;RBI=0.0306928;REFB=-0.0123423;REVB=0.0110989;RO=59;SAF=23;SAR=19;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839661;STB=0.558071;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0154136;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:60:42:43:0.417476:19:23:37:22:20:23:38:22 chr19 603826 . C T 381.18 PASS AF=0.493827;AO=35;DP=76;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0440212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7963;QD=18.8239;RBI=0.0596737;REFB=-0.00257714;REVB=0.0402876;RO=41;SAF=19;SAR=16;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175896;STB=0.507243;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00471755;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:81:41:41:35:40:0.493827:16:19:23:18:17:23:23:18 chr19 605171 . T C 1515.11 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.915;QD=59.4161;RBI=0.108664;REFB=0;REVB=0.00882332;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206051;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:58:44:0:0 chr19 613898 . T C 901.5 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7788;QD=58.1615;RBI=0.0458497;REFB=0;REVB=0.0452253;RO=0;SAF=47;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92147e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301908;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:14:47:0:0:14:48:0:0 chr19 619021 . G C 105.73 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0114201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.064;QD=20.1397;RBI=0.0156345;REFB=-0.0439658;REVB=-0.0106779;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396222;STB=0.72084;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0186627;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:20:21:8:9:12:12:0.571429:1:11:5:3:1:11:6:3 chr19 621063 . A G 372.92 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0494098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9357;QD=20.7175;RBI=0.0677097;REFB=-0.0156206;REVB=-0.0462955;RO=33;SAF=26;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121744;STB=0.581081;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0127011;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:37:38:0.527778:11:26:19:14:11:27:19:15 chr19 621070 . G A 421.43 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0227777;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.559;QD=20.5577;RBI=0.027324;REFB=-0.0368701;REVB=-0.0150923;RO=37;SAF=27;SAR=15;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915641;STB=0.572692;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0298702;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:37:40:42:42:0.512195:15:27:20:17:15:27:20:20 chr19 621712 . A G 210.38 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000695369;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7679;QD=19.57;RBI=0.100604;REFB=-0.0356337;REVB=-0.100602;RO=21;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515137;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0345033;OID=.;OPOS=621712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:13:8:8:13:13:8:9:13 chr19 625198 . A G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.004443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.227;QD=11.6672;RBI=0.01928;REFB=-0.0058135;REVB=-0.018761;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0108777;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:12:14:8:6:12:14 chr19 630075 . C T 395.66 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00689401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.903;QD=22.9367;RBI=0.0278857;REFB=-0.0341601;REVB=0.0270201;RO=30;SAF=16;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187561;STB=0.510324;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0246889;OID=.;OPOS=630075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:30:30:39:39:0.565217:23:16:13:17:23:16:13:17 chr19 641215 . T C 117.43 PASS AF=0.378378;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000950223;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.003;QD=12.6955;RBI=0.0358461;REFB=-0.0204584;REVB=-0.0358335;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564458;STB=0.540483;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.019384;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:22:23:13:14:0.378378:7:6:9:13:7:7:10:13 chr19 685833 . G T 123.18 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00568208;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.627;QD=11.7315;RBI=0.0254301;REFB=0.00667;REVB=-0.0247871;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220726;STB=0.562619;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0125837;OID=.;OPOS=685833;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:20:27:15:15:0.357143:7:8:15:5:7:8:17:10 chr19 687142 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8797;QD=39.2063;RBI=0.0158747;REFB=0;REVB=-0.000444911;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793582;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 691909 . T C 527.73 PASS AF=0.524752;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0174531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8646;QD=20.9;RBI=0.042763;REFB=-0.0564619;REVB=0.0390393;RO=48;SAF=29;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130016;STB=0.571561;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0349123;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:48:53:53:0.524752:24:29:19:29:24:29:19:29 chr19 731144 . A G 200.97 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00742235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8303;QD=12.5607;RBI=0.00810933;REFB=-0.0321366;REVB=-0.00326647;RO=39;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104839;STB=0.56039;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0437463;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:8:17:23:16:8:17:23:16 chr19 746409 . G A 259.99 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0115108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.658;QD=31.5135;RBI=0.0271415;REFB=-0.0257287;REVB=0.0245797;RO=10;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311909;STB=0.672732;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0120635;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:18:5:7:3:18:5:7:3 chr19 756985 . T G 309.83 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0380635;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0952;QD=18.4971;RBI=0.05485;REFB=-0.0161386;REVB=-0.0394929;RO=33;SAF=10;SAR=23;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230234;STB=0.636972;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0157512;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:34:33:33:0.492537:23:10:18:15:23:10:19:15 chr19 757399 . A C 205.35 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00257132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.098;QD=14.668;RBI=0.0124198;REFB=-0.0046609;REVB=-0.0121507;RO=32;SAF=18;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21751;STB=0.624888;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0112995;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:6:18:18:14:6:18:18:14 chr19 757412 . A G 180.8 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0139632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.884;QD=12.9143;RBI=0.0448879;REFB=-0.0112646;REVB=-0.0426608;RO=34;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200784;STB=0.61682;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0280404;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:5:17:21:13:5:17:21:13 chr19 797517 . G C 107.36 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0772797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.725;QD=12.6306;RBI=0.0787911;REFB=-0.0010884;REVB=-0.0153584;RO=21;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225778;STB=0.513254;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00514071;OID=.;OPOS=797517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:11:2:3:18:11:2:3:18 chr19 804327 . C T 549.67 PASS AF=0.5;AO=57;DP=114;FAO=57;FDP=114;FR=.;FRO=57;FSAF=43;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.0166868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.976;QD=19.2867;RBI=0.0334127;REFB=-0.0252758;REVB=0.0289475;RO=57;SAF=43;SAR=14;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1375;STB=0.576379;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0230076;OID=.;OPOS=804327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:57:57:57:0.5:14:43:36:21:14:43:36:21 chr19 804612 . C T 449.56 PASS AF=0.581081;AO=42;DP=73;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00313769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.453;QD=24.3003;RBI=0.0173231;REFB=-0.0611047;REVB=0.0170365;RO=31;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190722;STB=0.515411;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0341454;OID=.;OPOS=804612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:31:31:42:43:0.581081:20:22:17:14:21:22:17:14 chr19 804959 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0320615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.152;QD=21.1691;RBI=0.0361328;REFB=-0.0375895;REVB=-0.0166625;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0145412;OID=.;OPOS=804959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:2:1:2:5:2:1 chr19 810573 . C A 276.09 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00388192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.543;QD=24.5411;RBI=0.0124637;REFB=-0.00194207;REVB=0.0118438;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129597;STB=0.557332;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00240703;OID=.;OPOS=810573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:25:26:0.577778:17:8:9:10:17:9:9:10 chr19 815086 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.00757772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.727;QD=17.5881;RBI=0.010656;REFB=-0.0104136;REVB=-0.00749184;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090619;STB=0.54282;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0139119;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:28:22:22:0.44:16:6:5:20:16:6:6:22 chr19 815319 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0651403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.774;QD=13.9591;RBI=0.069422;REFB=0.000695886;REVB=-0.0240032;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.768342;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000175361;OID=.;OPOS=815319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:4:3:6:1:4:3 chr19 815845 . TG T 50.42 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0152853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=21.2313;QD=11.8626;RBI=0.0345996;REFB=-0.0580683;REVB=0.0310401;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.222222;SSSB=0.599178;STB=0.845463;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0720688;OID=.;OPOS=815846;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:17:8:17:9:6:2:0:9:50:9:5:2:0:9 chr19 829568 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0014477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.824;QD=21.545;RBI=0.00984782;REFB=-0.0428879;REVB=-0.00974082;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125035;STB=0.562409;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0245978;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:8:10:14:14:0.583333:5:9:5:3:5:9:5:5 chr19 830854 . T C 476.07 PASS AF=0.5;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0485762;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.103;QD=19.0428;RBI=0.0492964;REFB=-0.0188839;REVB=-0.00839611;RO=46;SAF=32;SAR=18;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182193;STB=0.592555;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0190765;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:46:50:50:50:0.5:18:32:20:26:18:32:23:27 chr19 844020 . G A,C 527.42 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=34,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103176,0.0423055;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.204,9.66524;QD=58.6025;RBI=0.0407963,0.0496654;REFB=0,0;REVB=0.0407832,-0.0260173;RO=0;SAF=17,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=2.54983e-07,0.103566;OID=.,.;OPOS=844020,844020;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:34,2:34,2:0.944444,0.0555556:17,2:17,0:0:0:17,2:17,0:0:0 chr19 852400 . GT G 54.19 PASS AF=0.5;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.114112;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.17563;QD=6.37477;RBI=0.209712;REFB=-0.0896995;REVB=0.175947;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624072;STB=0.747315;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.130941;OID=.;OPOS=852401;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:35:17:34:17:11:6:2:15:53:17:11:3:1:16 chr19 880066 . G A 788.22 PASS AF=0.935484;AO=57;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00398614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.404;QD=50.8531;RBI=0.0172367;REFB=-0.0704174;REVB=0.0167694;RO=4;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388123;STB=0.50337;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00258062;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:62:62:4:4:57:58:0.935484:25:32:1:3:26:32:2:2 chr19 885818 . A G 435.76 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0442544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2367;QD=54.4704;RBI=0.0442637;REFB=0.0121322;REVB=0.000905085;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.512812;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00437803;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:12:19:0:0:12:19:1:0 chr19 965043 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.53;QD=55.0986;RBI=0.0259795;REFB=0;REVB=0.00618627;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178608;OID=.;OPOS=965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 966693 . C T 734.22 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0244553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.022;QD=61.1853;RBI=0.0487945;REFB=0.0829657;REVB=0.0422237;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218674;STB=0.511623;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.000543734;OID=.;OPOS=966693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:26:21:1:0:26:21:1:0 chr19 971933 . A G 50.22 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.069145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.051;QD=16.7408;RBI=0.0697664;REFB=-0.0515521;REVB=-0.00929074;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505365;STB=0.713672;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.02727;OID=.;OPOS=971933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:5:5:6:7:0.583333:5:1:4:1:5:2:4:1 chr19 971949 . G A 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.175;QD=39.2022;RBI=0.0407378;REFB=0;REVB=0.0398;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405193;OID=.;OPOS=971949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 972279 . CAG CA,C 69.47 PASS AF=0,0.529412;AO=2,9;DP=17;FAO=0,9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0452205,0.0111998;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=20.6573,157.753;QD=16.3454;RBI=0.319565,0.0695895;REFB=0.0322012,0.00143589;REVB=-0.316349,-0.0686824;RO=5;SAF=0,8;SAR=2,1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.78221,-0.212395;STB=0.5,0.710535;STBP=1,0.184;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0141874;OID=.,.;OPOS=972281,972280;OREF=G,AG;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.529412:2,9:17:0,9:17:8:0,8:0,1:5:3:58:5:0,8:2,1:5:0 chr19 984533 . T C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0105923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.892;QD=7.48174;RBI=0.0122627;REFB=-0.0124979;REVB=0.00617874;RO=28;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467727;STB=0.805221;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0213227;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:9:1:11:17:9:1:11:17 chr19 990281 . G A 156.56 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.015628;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.71;QD=12.7805;RBI=0.0168481;REFB=-0.0163169;REVB=0.0062948;RO=30;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0835138;STB=0.555497;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0292645;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:30:31:18:18:0.367347:6:12:22:8:6:12:23:8 chr19 1003172 . C T 388.96 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00199808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.783;QD=18.7448;RBI=0.00226055;REFB=-0.0379621;REVB=-0.00105726;RO=43;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295924;STB=0.516475;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0239055;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:22:18:18:25:22:18:18:25 chr19 1003374 . G A 225.39 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0051225;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.404;QD=26.5159;RBI=0.110592;REFB=-0.00816033;REVB=0.110473;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120634;STB=0.607369;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00407308;OID=.;OPOS=1003374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:11:13:21:21:0.617647:6:15:6:5:6:15:6:7 chr19 1004687 . T C 108.62 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00755085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.214;QD=13.5768;RBI=0.0775642;REFB=-0.000248388;REVB=-0.0771958;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958068;STB=0.505609;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.003003;OID=.;OPOS=1004687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:6:13:9:4:6:13 chr19 1004740 . T C 296.81 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0115782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.366;QD=16.2635;RBI=0.0119494;REFB=-0.00804702;REVB=0.00295492;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377727;STB=0.530285;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00977618;OID=.;OPOS=1004740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:32:33:0.452055:18:14:16:24:18:15:16:24 chr19 1004844 . T C 175.61 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.000925024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.088;QD=13.7735;RBI=0.00426765;REFB=-0.00774376;REVB=0.0041662;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124398;STB=0.571361;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00886442;OID=.;OPOS=1004844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:12:8:9:22:12:8:9:22 chr19 1005230 . C T 317.26 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=0.0187167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.73;QD=13.0828;RBI=0.0234143;REFB=-0.0281467;REVB=0.0140683;RO=60;SAF=21;SAR=15;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762363;STB=0.54755;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0453699;OID=.;OPOS=1005230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:61:36:36:0.371134:15:21:39:21:15:21:40:21 chr19 1005531 . G C 234.01 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00290337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2634;QD=25.298;RBI=0.00992115;REFB=-0.0114331;REVB=0.00948682;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267747;STB=0.648646;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0359396;OID=.;OPOS=1005531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:14:8:11:4:14:8:11:4 chr19 1009883 . A G 143.15 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0121621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6111;QD=14.6822;RBI=0.0174607;REFB=0.00369682;REVB=-0.0125284;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512805;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=-0.015606;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:8:8:11:11:8:8:11:12 chr19 1010807 . G T 187.9 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0395064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9554;QD=20.313;RBI=0.0877849;REFB=-0.0107652;REVB=0.0783928;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117976;STB=0.566503;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0138839;OID=.;OPOS=1010807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:10:9:11:7:10:9:11:7 chr19 1012120 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.333;QD=16.7275;RBI=0.0139993;REFB=-0.0145597;REVB=-0.00897125;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609174;STB=0.534841;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0114842;OID=.;OPOS=1012120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:6:13:10:6:6:13 chr19 1014377 . A G 320.15 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0243698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3844;QD=19.1135;RBI=0.0256594;REFB=-0.0197806;REVB=-0.00803246;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957318;STB=0.553161;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0154335;OID=.;OPOS=1014377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:12:21:18:16:12:21 chr19 1014398 . A G 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0156046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8127;QD=19.7611;RBI=0.0211161;REFB=-0.0214431;REVB=-0.0142262;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269457;STB=0.652042;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0332803;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:8:15:9:16:8:15:9:16 chr19 1036456 . C G 171.05 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.023603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4266;QD=17.5432;RBI=0.0282892;REFB=-0.0150758;REVB=-0.015594;RO=21;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172758;STB=0.599877;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0373005;OID=.;OPOS=1036456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:3:15:15:6:3:15:15:6 chr19 1036468 . A G 168.44 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0343503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4322;QD=17.7307;RBI=0.111577;REFB=0.000579433;REVB=-0.106158;RO=20;SAF=15;SAR=3;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124079;STB=0.571342;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.00443165;OID=.;OPOS=1036468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:3:15:15:5:3:15:15:5 chr19 1036552 . T C 1523.41 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0592;QD=63.4754;RBI=0.0572634;REFB=0;REVB=-0.0161778;RO=0;SAF=72;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221271;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:24:72:0:0:24:72:0:0 chr19 1036575 . G A 182.08 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00578291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.522;QD=11.5608;RBI=0.0148134;REFB=-0.0126144;REVB=-0.013638;RO=37;SAF=17;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116552;STB=0.586128;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0183672;OID=.;OPOS=1036575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:37:40:23:23:0.365079:6:17:24:13:6:17:25:15 chr19 1036631 . T C 55.05 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0185788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.428;QD=10.4861;RBI=0.0198435;REFB=-0.014265;REVB=0.00697078;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.599771;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.029314;OID=.;OPOS=1036631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:11:13:7:8:0.380952:5:2:2:9:5:3:3:10 chr19 1038995 . A C 2771.51 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00934229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.07;QD=62.633;RBI=0.0096254;REFB=0;REVB=0.00231731;RO=0;SAF=70;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.74971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73132e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:177:0:0:175:177:1:105:70:0:0:107:70:0:0 chr19 1041852 . G T 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0156766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.757;QD=18.3097;RBI=0.0293824;REFB=-0.0357654;REVB=-0.024851;RO=37;SAF=19;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727941;STB=0.558792;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0392684;OID=.;OPOS=1041852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:40:37:37:0.480519:18:19:16:21:18:19:16:24 chr19 1044712 . A G 295.41 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0124187;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5478;QD=20.0275;RBI=0.0141175;REFB=-0.0224887;REVB=-0.00671427;RO=28;SAF=13;SAR=18;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551146;STB=0.530593;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0269274;OID=.;OPOS=1044712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:18:13:10:18:18:13:10:18 chr19 1045173 . G A 103.38 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0258521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8636;QD=18.7957;RBI=0.0277916;REFB=-0.04918;REVB=-0.0102001;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511116;STB=0.529361;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0504816;OID=.;OPOS=1045173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:3:7:9:3:3:7 chr19 1047002 . A G 68.19 PASS AF=0.375;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00392711;FXX=0.0768935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6757;QD=11.3656;RBI=0.0221305;REFB=0.00914705;REVB=-0.0217792;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147874;STB=0.590145;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0168392;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:26:24:15:15:9:9:0.375:7:2:5:10:7:2:5:10 chr19 1047161 . A G 306.06 PASS AF=0.459459;AO=30;DP=70;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0121435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.456;QD=16.5438;RBI=0.0179531;REFB=-0.019107;REVB=-0.013223;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13044;STB=0.575036;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0240425;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:74:39:40:30:34:0.459459:13:17:17:22:14:20:18:22 chr19 1047537 . A C 143.28 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0764046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5782;QD=14.6957;RBI=0.0823731;REFB=-0.0159677;REVB=-0.0307841;RO=23;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1295;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.019299;OID=.;OPOS=1047537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:7:9:10:13:7:9:10:13 chr19 1049305 . C A 893.6 PASS AF=0.459596;AO=91;DP=199;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=55;FWDB=0.0430571;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1767;QD=18.0525;RBI=0.0756717;REFB=-0.0191894;REVB=0.0622278;RO=104;SAF=42;SAR=49;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279055;STB=0.513258;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0243715;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:198:104:107:91:91:0.459596:49:42:51:53:49:42:52:55 chr19 1052005 . C T 403.81 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0250683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.642;QD=22.1267;RBI=0.0269637;REFB=-0.025896;REVB=-0.00993082;RO=32;SAF=26;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225297;STB=0.618122;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0223309;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:33:40:40:0.547945:14:26:12:20:14:26:13:20 chr19 1053524 . C G 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0235212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.015;QD=5.78743;RBI=0.0612701;REFB=0.00801279;REVB=-0.0565755;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464184;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.0391605;OID=.;OPOS=1053524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:6:1:11:11:6:1:11:12 chr19 1054060 . A G 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0362581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.264;QD=13.087;RBI=0.0384366;REFB=-0.0257046;REVB=0.012756;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595853;STB=0.53484;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0361985;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:8:8:12:15:8:8:12:15 chr19 1055191 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.011001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.44;QD=12.0156;RBI=0.0223219;REFB=-0.0156798;REVB=0.0194228;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0225045;OID=.;OPOS=1055191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr19 1056065 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00694265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.392;QD=12.8606;RBI=0.0120624;REFB=-0.0141909;REVB=0.00986418;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397415;STB=0.523743;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0157927;OID=.;OPOS=1056065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:2:6:5:2:2:6 chr19 1056492 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0387215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1479;QD=37.4879;RBI=0.0390603;REFB=0;REVB=0.00513366;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00267256;OID=.;OPOS=1056492;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr19 1058176 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0750351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3987;QD=14.6577;RBI=0.0826225;REFB=-0.0185346;REVB=0.0345863;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503595;STB=0.529366;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0428243;OID=.;OPOS=1058176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:4:9:11:6:4:9:11:6 chr19 1059004 . A G 54.27 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0453268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8684;QD=8.68393;RBI=0.0930777;REFB=0.0101455;REVB=0.0812954;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0167046;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:10:7:3:5:10:7 chr19 1062192 . T C 184.68 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0227121;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.924;QD=17.5889;RBI=0.0302451;REFB=-0.0187746;REVB=0.0199731;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178806;STB=0.601884;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0284724;OID=.;OPOS=1062192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:9:14:8:11:9:14 chr19 1064193 . G A 541.02 PASS AF=0.475;AO=56;DP=118;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0282686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.709;QD=18.034;RBI=0.0296217;REFB=-0.0121218;REVB=0.00885063;RO=62;SAF=27;SAR=29;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00163755;STB=0.501319;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0166688;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:62:63:56:57:0.475:29:27:30:32:30:27:30:33 chr19 1068734 . T C 557.72 PASS AF=0.457364;AO=59;DP=127;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.015868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.518;QD=17.2937;RBI=0.0206534;REFB=-0.0297293;REVB=-0.0132201;RO=68;SAF=20;SAR=39;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609459;STB=0.544274;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0368719;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:68:70:59:59:0.457364:39:20:27:41:39:20:29:41 chr19 1068738 . G A 524.56 PASS AF=0.455285;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.0597679;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.303;QD=17.0588;RBI=0.0678938;REFB=-0.0273669;REVB=0.0322081;RO=67;SAF=19;SAR=37;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676306;STB=0.537743;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0198139;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:67:67:56:56:0.455285:37:19:27:40:37:19:27:40 chr19 1074000 . A T 1843.34 PASS AF=0.991803;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0345788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.438;QD=60.4373;RBI=0.0396324;REFB=-0.130113;REVB=0.0193659;RO=1;SAF=65;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725262;STB=0.503816;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00153841;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:1:1:121:121:0.991803:56:65:1:0:56:65:1:0 chr19 1080311 . G C 152.56 PASS AF=0.933333;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0809317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4194;QD=40.6821;RBI=0.152801;REFB=-0.0890181;REVB=0.129608;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0184652;OID=.;OPOS=1080311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:11:14:0.933333:7:4:1:0:8:6:1:0 chr19 1081617 . A G 115.89 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6471;QD=42.143;RBI=0.0598462;REFB=0;REVB=0.0519067;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132897;OID=.;OPOS=1081617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 1085966 . A G 136.65 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0153116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1721;QD=10.932;RBI=0.0449179;REFB=0.00527573;REVB=-0.0422277;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127383;STB=0.566925;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0152115;OID=.;OPOS=1085966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:16:16:0.32:10:6:16:17:10:6:16:18 chr19 1094004 . G A 919.41 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268842;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.535;QD=58.3754;RBI=0.0277193;REFB=0;REVB=0.00675268;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56062e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr19 1223125 . C G 239.28 PASS AF=0.315789;AO=28;DP=93;FAO=30;FDP=95;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00716323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.913;QD=10.075;RBI=0.0218964;REFB=-0.0178668;REVB=-0.0206916;RO=65;SAF=19;SAR=9;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326882;STB=0.704267;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0345402;OID=.;OPOS=1223125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:65:65:28:30:0.315789:9:19:26:39:9:21:26:39 chr19 1231142 . T C 190.14 PASS AF=1;AO=8;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.168;QD=47.5348;RBI=0.0472752;REFB=0;REVB=0.0419248;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279691;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:8:16:1:1:7:0:0:6:10:0:0 chr19 1231217 . T TC 41.52 PASS AF=0.138889;AO=17;DP=109;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.0389599;FXX=0.00917347;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.8516;QD=1.53772;RBI=0.0434213;REFB=-0.00514615;REVB=-0.0191712;RO=89;SAF=7;SAR=10;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146383;STB=0.590956;STBP=0.482;TYPE=ins;VARB=0.0940111;OID=.;OPOS=1231218;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.138889:17:109:15:108:93:6:9:47:46:41:89:7:10:47:42 chr19 1256998 . C T 269.66 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00922017;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.004;QD=14.0084;RBI=0.0116038;REFB=-0.00385932;REVB=-0.00704534;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519497;STB=0.502957;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00442132;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:46:46:31:31:0.402597:17:14:21:25:17:14:21:25 chr19 1272040 . T C 1717.21 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016964;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.101;QD=60.7863;RBI=0.0281898;REFB=0;REVB=0.0225141;RO=0;SAF=50;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334709;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:63:50:0:0:63:50:0:0 chr19 1277275 . G C 483.6 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00833875;FXX=0.11108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.955;QD=60.4498;RBI=0.0584749;REFB=0;REVB=0.0578773;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224073;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:0:0:31:32:1:8:23:0:0:9:23:0:0 chr19 1357082 . T C 1281.94 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.119;QD=61.7805;RBI=0.0327971;REFB=0;REVB=0.0192571;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16367e-05;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr19 1358726 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.000714853;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.069;QD=19.9928;RBI=0.0237555;REFB=0.0134745;REVB=0.0237448;RO=23;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737692;STB=0.541722;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.0133593;OID=.;OPOS=1358726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:15:7:9:14:15:7:9:14 chr19 1360575 . G A 858.46 PASS AF=0.888889;AO=64;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0253965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2857;QD=47.6919;RBI=0.0307059;REFB=-0.0134025;REVB=0.0172589;RO=8;SAF=29;SAR=35;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621747;STB=0.533062;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0375919;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:8:8:64:64:0.888889:35:29:6:2:35:29:6:2 chr19 1360576 . G A 35.44 PASS AF=0.111111;AO=8;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0146525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.493;QD=1.96898;RBI=0.0193199;REFB=-0.00107118;REVB=0.0125921;RO=62;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349515;STB=0.759634;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.11926;OID=.;OPOS=1360576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:72:72:62:64:8:8:0.111111:2:6:28:34:2:6:29:35 chr19 1367226 . G A 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0102785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.465;QD=17.2468;RBI=0.0140339;REFB=-0.0187476;REVB=-0.00955525;RO=27;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682584;STB=0.538885;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0167946;OID=.;OPOS=1367226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:11:10:11:16:11:10:11:16 chr19 1371354 . T C 441.75 PASS AF=0.471154;AO=41;DP=98;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0549424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.024;QD=16.9905;RBI=0.0569625;REFB=-0.011619;REVB=-0.0150354;RO=55;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464797;STB=0.559225;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0130985;OID=.;OPOS=1371354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:104:55:55:41:49:0.471154:22:19:23:32:23:26:23:32 chr19 1388538 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00705915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.327;QD=19.0005;RBI=0.00921142;REFB=-0.0142772;REVB=0.00591766;RO=14;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124478;STB=0.575127;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0121901;OID=.;OPOS=1388538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:17:17:17:0.5:13:4:5:9:13:4:6:11 chr19 1389043 . CAT C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0136278;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=197.688;QD=11.257;RBI=0.0191498;REFB=-0.02824;REVB=0.0134536;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102563;STB=0.562336;STBP=0.704;TYPE=del;VARB=0.0408951;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:20:8:20:12:6:2:8:4:56:12:6:2:8:4 chr19 1389064 . G T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00656898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.267;QD=15.8391;RBI=0.0267509;REFB=-0.0049905;REVB=-0.0259318;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287934;STB=0.666295;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00180591;OID=.;OPOS=1389064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:6:1:4:4:6:1 chr19 1389517 . C A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0258992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.499;QD=11.6672;RBI=0.0276907;REFB=-0.00354019;REVB=0.00979829;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787773;STB=0.546695;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00519828;OID=.;OPOS=1389517;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:13:13:6:8:13:13 chr19 1389592 . TA T 78.01 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.203983;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.7285;QD=20.8032;RBI=0.20607;REFB=0.012448;REVB=0.0292591;RO=6;SAF=0;SAR=9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.840898;STB=0.856325;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=0.0229674;OID=.;OPOS=1389593;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:9:16:10:15:5:1:9:5:0:29:6:0:9:6:0 chr19 1394466 . G GTGC 46.89 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0449489;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.271;QD=10.421;RBI=0.048094;REFB=-0.0281359;REVB=-0.0171065;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356344;STB=0.613693;STBP=0.435;TYPE=ins;VARB=0.0643859;OID=.;OPOS=1394467;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:5:19:7:18:11:2:5:5:6:46:12:1:4:6:6 chr19 1434842 . C T 63.25 PASS AF=0.7;AO=4;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.169609;FXX=0.0908265;HRUN=7;LEN=1;MLLD=79.4069;QD=25.2994;RBI=0.17077;REFB=-0.127539;REVB=0.0198808;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55539;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00266796;OID=.;OPOS=1434842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:11:10:0:2:4:7:0.7:4:0:0:0:5:2:1:1 chr19 1438865 . C T 130.04 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0159661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.511;QD=13.0043;RBI=0.0166273;REFB=-0.0198308;REVB=0.00464254;RO=25;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306053;STB=0.643873;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0257784;OID=.;OPOS=1438865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:4:10:11:14:5:10:11:14 chr19 1495634 . G A 155.62 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0112952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.836;QD=15.562;RBI=0.0114036;REFB=-0.0191343;REVB=-0.00156832;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152282;STB=0.571347;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0312277;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:9:8:7:15:9:8:8:15 chr19 1497543 . A G 71.78 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00108747;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.48;QD=11.4855;RBI=0.0466924;REFB=-0.0318834;REVB=-0.0466797;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.515118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0673694;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:25:14:16:9:9:0.36:6:3:5:9:6:3:5:11 chr19 1497713 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0239598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.321;QD=17.3781;RBI=0.026788;REFB=-0.026251;REVB=-0.0119802;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.624791;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0260751;OID=.;OPOS=1497713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:2:8:6:5:2:8 chr19 1533972 . C G 1051.58 PASS AF=0.973333;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0172704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6692;QD=56.0841;RBI=0.0197058;REFB=-0.0519857;REVB=0.00948962;RO=2;SAF=31;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295336;STB=0.515147;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00489165;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:2:2:72:73:0.973333:41:31:2:0:41:32:2:0 chr19 1534042 . T C,G 639.57 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=39,3;DP=42;FAO=40,2;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=24,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257066,-0.01556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.1137,129.416;QD=60.9117;RBI=0.0408837,0.0188519;REFB=0,0;REVB=-0.0317906,-0.0106432;RO=0;SAF=15,1;SAR=24,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00134137,0.0847211;OID=.,.;OPOS=1534042,1534042;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:42:0:0:39,3:40,2:0.952381,0.047619:24,2:15,1:0:0:24,2:16,0:0:0 chr19 1535084 . G A 1232.16 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0284844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.366;QD=60.1053;RBI=0.0353675;REFB=0.035255;REVB=0.0209643;RO=1;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129698;STB=0.506665;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000354721;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:36:44:0:1:37:44:0:1 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 785.08 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=53,3;DP=56;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=34,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165642,-0.0109018;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=41.4392,185.867;QD=56.0771;RBI=0.0223101,0.0114801;REFB=0,0;REVB=0.0149455,-0.00359777;RO=0;SAF=19,1;SAR=34,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97342e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00223246,0.0514805;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.946429,0.0535714:53,3:56:53,3:56:0:19,1:34,2:0:0:12:0:19,1:34,2:0:0 chr19 1535205 . G C 766.62 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9814;QD=55.7541;RBI=0.0545373;REFB=0;REVB=-0.052985;RO=1;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31159e-06;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:35:19:0:1:36:19:0:0 chr19 1609267 . A G 525.34 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0276623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.054;QD=56.7933;RBI=0.0409995;REFB=0.0287023;REVB=0.0302614;RO=1;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032238;STB=0.51612;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-8.03355e-05;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:14:21:0:1:15:21:0:1 chr19 1624007 . A G 581.52 PASS AF=0.384181;AO=68;DP=174;FAO=68;FDP=177;FR=.;FRO=109;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=-0.00184289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8622;QD=13.1417;RBI=0.0799809;REFB=-0.0118495;REVB=-0.0799597;RO=106;SAF=38;SAR=30;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840986;STB=0.550435;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0236658;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:177:106:109:68:68:0.384181:30:38:51:55:30:38:52:57 chr19 1782798 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0150629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.549;QD=15.8825;RBI=0.0239843;REFB=-0.019801;REVB=-0.0186644;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.02787;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:7:3:3:6:7:3:3:7 chr19 1789556 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0267545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8521;QD=22.9564;RBI=0.0386632;REFB=-0.0141747;REVB=0.0279113;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02165;STB=0.51218;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0123304;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:4:12:8:3:4:12:8:3 chr19 1796166 . C T 198.36 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000721338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.303;QD=13.2237;RBI=0.0151521;REFB=-0.00629172;REVB=0.0151349;RO=36;SAF=8;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264134;STB=0.651558;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0107275;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:16:8:21:15:16:8:21:15 chr19 1810605 . T C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.418;QD=50.4111;RBI=0.0512196;REFB=0;REVB=-0.0113513;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107957;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr19 1811547 . A G 641.16 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.231;QD=59.6427;RBI=0.0560526;REFB=-0.0929709;REVB=0.0556732;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866787;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:43:0:0:39:43:1:18:21:0:0:22:21:0:0 chr19 1811603 . C T 199.75 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0527246;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.569;QD=19.0239;RBI=0.0537347;REFB=-0.0205772;REVB=0.0103698;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517722;STB=0.529382;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0219871;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:12:10:8:12:12:10 chr19 1818528 . C T 294.21 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.000649178;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.416;QD=17.3064;RBI=0.013619;REFB=-0.00737281;REVB=0.0136036;RO=36;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100957;STB=0.556386;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00787269;OID=.;OPOS=1818528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:13:19:25:11:13:19:25:11 chr19 1819125 . T C 144.95 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0101958;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.42;QD=11.5958;RBI=0.0182422;REFB=-0.0135296;REVB=-0.015127;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180265;STB=0.510626;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.023496;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:9:8:15:18:9:8:15:18 chr19 1821637 . A G 322.78 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.508;QD=53.796;RBI=0.0498725;REFB=0;REVB=0.00612473;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208852;OID=.;OPOS=1821637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:18:5:0:0:18:6:0:0 chr19 1825927 . TCTC T,TCTT 97.32 PASS AF=0.26,0;AO=13,4;DP=55;FAO=13,0;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0018745,0.0114761;FXX=0.0565931;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=173.277,129.438;QD=7.78562;RBI=0.00308424,0.0115548;REFB=-0.00872549,0.000658186;REVB=0.00244924,-0.0013464;RO=31;SAF=5,0;SAR=8,4;SRF=9;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.120507,-0.531141;STB=0.548101,0.5;STBP=0.702,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0178295,0;OID=.,.;OPOS=1825928,1825930;OREF=CTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26,0:13,4:55:13,0:50:37:5,0:8,0:12:25:97:31:5,0:8,4:9:22 chr19 1880950 . T C 211.2 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0376322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.827;QD=12.0684;RBI=0.0496474;REFB=-0.0273744;REVB=-0.0323833;RO=44;SAF=14;SAR=12;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042007;STB=0.52421;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0532188;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:12:14:22:22:12:14:22:22 chr19 1925942 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0120185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.355;QD=30.5927;RBI=0.0341723;REFB=-0.000211543;REVB=0.0319891;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125826;STB=0.571275;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000162021;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:8:2:1:1:8:2:1:1 chr19 1997363 . A G 160.89 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00273963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8467;QD=13.4077;RBI=0.00536553;REFB=-0.0108912;REVB=0.00461339;RO=30;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024103;STB=0.507034;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0240681;OID=.;OPOS=1997363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:30:17:18:0.375:7:10:17:13:8:10:17:13 chr19 2041032 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.748;QD=53.2772;RBI=0.0206431;REFB=0;REVB=-0.0204099;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.28799e-05;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr19 2078488 . T C 156.62 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0287841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.254;QD=17.8992;RBI=0.0310393;REFB=-0.0285275;REVB=-0.0116154;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790844;STB=0.555916;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0299395;OID=.;OPOS=2078488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:16:17:0.485714:5:11:11:7:5:12:11:7 chr19 2230142 . C T 211.85 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.0408389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.841;QD=12.4615;RBI=0.0408436;REFB=-0.0103507;REVB=0.000619771;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153827;STB=0.566697;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0172482;OID=.;OPOS=2230142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:25:26:0.382353:18:7:17:25:18:8:17:25 chr19 2249477 . G T 322.32 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0120094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.625;QD=16.5294;RBI=0.0378412;REFB=-0.00821189;REVB=0.0358849;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201775;STB=0.605738;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00869122;OID=.;OPOS=2249477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:16:19:14:28:16:19:15:28 chr19 2250469 . G A 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0202793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.333;QD=15.65;RBI=0.0212738;REFB=-0.0441842;REVB=0.00642844;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131328;STB=0.575663;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0476198;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:12:9:9:7:12:9 chr19 2251817 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.405;QD=55.653;RBI=0.0145147;REFB=0;REVB=0.000681131;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110806;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr19 2252990 . C G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0196687;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.415;QD=15.4099;RBI=0.0199166;REFB=-0.0143915;REVB=0.00313278;RO=33;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085427;STB=0.558037;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.017897;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:17:10:15:18:17:10:16:18 chr19 2255311 . C G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0906786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.17;QD=16.2711;RBI=0.0938089;REFB=0.015053;REVB=0.0240312;RO=18;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383468;STB=0.721012;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00468612;OID=.;OPOS=2255311;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:11:4:12:6:11:4:12:6 chr19 2278755 . C T 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0113775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.534;QD=30.5927;RBI=0.0141898;REFB=-0.0259728;REVB=-0.00847948;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101229;OID=.;OPOS=2278755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:1:1:5:5:1:1 chr19 2339949 . T C 59.83 PASS AF=0.346154;AO=6;DP=25;FAO=9;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0642049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.214;QD=9.20386;RBI=0.133793;REFB=-0.00188829;REVB=-0.117381;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289152;STB=0.685825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00656884;OID=.;OPOS=2339949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:25:26:14:17:6:9:0.346154:4:2:5:9:7:2:8:9 chr19 2339958 . T C 358.05 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000683339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.977;QD=55.0838;RBI=0.0418088;REFB=0;REVB=0.0418032;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017551;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr19 2340154 . G GC 1502.65 PASS AF=1;AO=124;DP=164;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218762;FXX=0.0064512;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.6604;QD=39.0299;RBI=0.290174;REFB=0;REVB=0.190641;RO=40;SAF=53;SAR=71;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136083;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00411226;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:164:154:154:0:77:77:0:0:30:40:53:71:29:11 chr19 2341301 . G A 573.12 PASS AF=0.5;AO=59;DP=118;FAO=59;FDP=118;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00060811;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.457;QD=19.4279;RBI=0.00669439;REFB=-0.0202412;REVB=0.00666672;RO=58;SAF=33;SAR=26;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536407;STB=0.525621;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0212095;OID=.;OPOS=2341301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:58:59:59:59:0.5:26:33:29:29:26:33:30:29 chr19 2344022 . G A 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0482141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5142;QD=13.6252;RBI=0.0486047;REFB=-0.00739447;REVB=0.00614981;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00553609;OID=.;OPOS=2344022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:4:4:3:5:5:4 chr19 2353150 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0240484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.054;QD=11.9196;RBI=0.0332011;REFB=-0.0221258;REVB=0.0228908;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0309719;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:4:5:4:3:4:5 chr19 2353368 . G A 121.59 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0286969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.121;QD=15.1983;RBI=0.0320487;REFB=-0.0259273;REVB=0.0142691;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113338;STB=0.506569;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0199506;OID=.;OPOS=2353368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:4:14:11:3:4:14 chr19 2353372 . T C 125.82 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.035605;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.798;QD=17.3548;RBI=0.0357984;REFB=-0.00122034;REVB=0.00371622;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378376;STB=0.566842;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00220709;OID=.;OPOS=2353372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:15:14:14:0.482759:11:3:3:13:11:3:2:13 chr19 2389872 . G C 271.47 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0470465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.498;QD=23.6061;RBI=0.0477475;REFB=-0.0226293;REVB=0.00815198;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115497;STB=0.572655;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0160504;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:20:21:25:25:0.543478:14:11:6:14:14:11:6:15 chr19 2396556 . C T 36.29 PASS AF=0.277778;AO=3;DP=17;FAO=5;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00768145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.932;QD=8.06416;RBI=0.0119173;REFB=-0.0234949;REVB=-0.00911142;RO=11;SAF=1;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136146;STB=0.571141;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0774495;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:17:18:11:12:3:5:0.277778:2:1:5:6:3:2:6:6 chr19 2396611 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0255324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.969;QD=7.76201;RBI=0.0278753;REFB=-0.0139999;REVB=-0.011186;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0318499;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:7:6:2:4:7:6 chr19 2398849 . A G 446.03 PASS AF=0.511628;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00128624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.803;QD=20.7455;RBI=0.0103303;REFB=-0.026086;REVB=0.01025;RO=42;SAF=15;SAR=28;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311484;STB=0.509087;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0227194;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:43:44:0.511628:28:15:16:26:28:16:16:26 chr19 2433890 . A G 218.14 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.000925876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.069;QD=18.1782;RBI=0.01423;REFB=-0.0287858;REVB=-0.0141998;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183126;STB=0.610802;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0314612;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:26:21:22:0.458333:9:12:9:15:9:13:10:16 chr19 2733250 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00681733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.557;QD=24.9287;RBI=0.0198377;REFB=-0.0182551;REVB=0.0186295;RO=19;SAF=20;SAR=5;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127582;STB=0.571367;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0170581;OID=.;OPOS=2733250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:5:20:13:6:5:20:13:6 chr19 2762585 . A C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0229386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.225;QD=19.7034;RBI=0.0229494;REFB=-0.0477269;REVB=-0.00070419;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131229;STB=0.574537;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0313223;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:8:8:6:11:8:8 chr19 2767192 . G T 299.46 PASS AF=0.388235;AO=32;DP=80;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0149006;FXX=0.0449388;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.337;QD=14.0923;RBI=0.0190317;REFB=-0.0408455;REVB=-0.0118397;RO=48;SAF=10;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1432;STB=0.581307;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0431703;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:85:48:52:32:33:0.388235:22:10:21:27:23:10:22:30 chr19 2833802 . A G 447.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.17;QD=57.7295;RBI=0.0374555;REFB=0;REVB=0.0371322;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141494;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:14:15:0:0:16:15:0:0 chr19 2833864 . G A 437.35 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8682;QD=56.4323;RBI=0.0567171;REFB=0;REVB=-0.0528727;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786166;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:15:16:0:0 chr19 2853566 . A G 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2342;QD=45.7881;RBI=0.0347985;REFB=0;REVB=-0.0139506;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491999;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 2896818 . C T 680.69 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000360236;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0404;QD=60.5058;RBI=0.0446207;REFB=-0.0518809;REVB=0.0446192;RO=1;SAF=30;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153996;STB=0.508193;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000790233;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:13:30:1:0:14:30:1:0 chr19 2896948 . T C 1056.59 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.105183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.012;QD=55.61;RBI=0.105665;REFB=-0.148335;REVB=0.0100754;RO=3;SAF=45;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304889;STB=0.510414;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00333368;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:76:3:2:72:74:0.973684:27:45:3:0:27:47:2:0 chr19 2896953 . A G 1073.01 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319256;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.831;QD=58.7952;RBI=0.0322151;REFB=0;REVB=0.00430946;RO=0;SAF=44;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152619;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:26:44:0:0:27:46:0:0 chr19 2915738 . T A 208.54 PASS AF=0.356164;AO=27;DP=74;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0259659;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.988;QD=11.4266;RBI=0.0260706;REFB=-0.0172155;REVB=0.00233434;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233665;STB=0.622079;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0409813;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:47:27:26:0.356164:18:9:24:20:17:9:25:22 chr19 2917186 . T C 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0247546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.209;QD=21.6305;RBI=0.027567;REFB=-0.0183771;REVB=0.0121306;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430673;STB=0.51162;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0122879;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:12:18:15:8:12:18:15:9 chr19 2917287 . C A 282.98 PASS AF=0.657895;AO=20;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0327803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2475;QD=29.7878;RBI=0.0348477;REFB=0.0120882;REVB=0.0118241;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13631;STB=0.5464;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.00325496;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:20:25:0.657895:10:10:4:9:14:11:4:9 chr19 2917612 . T C 311.13 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00797742;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.479;QD=23.4816;RBI=0.00817942;REFB=0.00084857;REVB=-0.00180656;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221057;STB=0.512187;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.000569493;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:15:16:12:10:15:16:12:10 chr19 2934282 . T C 320.46 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.018942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5897;QD=27.2731;RBI=0.0521201;REFB=0.00535909;REVB=0.0485562;RO=19;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00562293;STB=0.503103;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00409185;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:16:12:8:11:16:12:8:11 chr19 2936623 . C T 136.55 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00285082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.987;QD=12.7021;RBI=0.0141347;REFB=-0.00731826;REVB=-0.0138442;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049783;STB=0.504419;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.010688;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:9:6:12:15:9:7:12:15 chr19 2993427 . T C 198.3 PASS AF=0.4;AO=23;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00112553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.545;QD=13.2199;RBI=0.00433682;REFB=-0.0246628;REVB=0.00418822;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185273;STB=0.590835;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0324163;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:23:24:0.4:10:13:14:22:11:13:14:22 chr19 2994903 . T C 396.05 PASS AF=0.425926;AO=44;DP=106;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0204202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.593;QD=14.6686;RBI=0.0353545;REFB=-0.0308962;REVB=0.0288609;RO=59;SAF=19;SAR=25;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196987;STB=0.579966;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0331901;OID=.;OPOS=2994903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:59:62:44:46:0.425926:25:19:37:22:25:21:37:25 chr19 2994921 . G A 367.04 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=117;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0278039;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.444;QD=12.6567;RBI=0.0385897;REFB=-0.0118949;REVB=0.0267602;RO=72;SAF=18;SAR=26;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115275;STB=0.565634;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0220405;OID=.;OPOS=2994921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:72:72:44:44:0.37931:26:18:37:35:26:18:37:35 chr19 2997897 . G A 125.48 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00656834;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4021;QD=17.9258;RBI=0.105393;REFB=-0.0128053;REVB=0.105188;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117957;STB=0.581274;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0154172;OID=.;OPOS=2997897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:14:14:14:0.5:10:4:6:9:10:4:6:8 chr19 3062857 . T C 603.46 PASS AF=0.391061;AO=69;DP=180;FAO=70;FDP=179;FR=.;FRO=109;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=49;FSRR=60;FWDB=0.0195254;FXX=0.00555525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.854;QD=13.4851;RBI=0.0243948;REFB=-0.0110424;REVB=0.0146241;RO=108;SAF=49;SAR=20;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298319;STB=0.668846;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0268614;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:179:108:109:69:70:0.391061:20:49:48:60:20:50:49:60 chr19 3150238 . A G 494.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.899;QD=58.1993;RBI=0.117607;REFB=0;REVB=0.0145844;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829011;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:26:6:0:0:26:8:0:0 chr19 3155902 . G A 258.01 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0436307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.367;QD=18.4293;RBI=0.0442966;REFB=-0.024555;REVB=0.00765181;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663602;STB=0.535689;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0156105;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:27:28:0.5:15:12:14:13:15:13:15:13 chr19 3193327 . G A 470.55 PASS AF=0.5;AO=46;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00179095;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.819;QD=20.4585;RBI=0.0297991;REFB=-0.00495429;REVB=0.0297453;RO=45;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290371;STB=0.521812;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00396886;OID=.;OPOS=3193327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:45:46:46:46:0.5:21:25:23:22:21:25:23:23 chr19 3207422 . T C 53.99 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0492318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.793;QD=8.30555;RBI=0.0760487;REFB=-0.00524357;REVB=0.0579624;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259036;STB=0.659986;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0125264;OID=.;OPOS=3207422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:5:3:11:7:5:3:11:7 chr19 3207646 . A G 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0731497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4082;QD=12.8604;RBI=0.0751587;REFB=-0.0209003;REVB=0.0172616;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162992;STB=0.599679;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0190561;OID=.;OPOS=3207646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:6:1:2:6:6:1:2:6 chr19 3208890 . T C 271.52 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0153301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0941;QD=12.3419;RBI=0.0184844;REFB=-0.0163812;REVB=0.0103276;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645941;STB=0.537014;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0359278;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:20:12:18:38:20:12:18:38 chr19 3224896 . G C 325.59 PASS AF=0.461538;AO=32;DP=74;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00564422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.477;QD=16.6969;RBI=0.00653452;REFB=-0.0212996;REVB=0.00329283;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0015494;STB=0.50895;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0246644;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:42:42:32:36:0.461538:19:13:17:25:22:14:17:25 chr19 3534842 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=357.938;QD=51.9167;RBI=0.0214906;REFB=0;REVB=0.00709348;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43434e-05;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr19 3543397 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.872;QD=50.4135;RBI=0.0209874;REFB=0;REVB=-0.00696476;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82352e-05;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 3576314 . CCTT C 262.94 PASS AF=0.896552;AO=24;DP=28;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0269405;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=252.341;QD=36.268;RBI=0.0272534;REFB=-0.0648729;REVB=0.00411817;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549799;STBP=0.181;TYPE=del;VARB=0.00785981;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.896552:24:28:26:29:3:7:19:2:1:10:0:7:17:0:0 chr19 3595923 . G A 93.34 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00148626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.863;QD=19.6506;RBI=0.00872086;REFB=-0.0115711;REVB=0.00859328;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23572;STB=0.615197;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0261374;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:10:11:0.578947:6:4:1:7:7:4:1:7 chr19 3611765 . A G 223.45 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.815;QD=49.6552;RBI=0.0375006;REFB=0;REVB=0.00843641;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211712;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:9:9:0:0 chr19 3611972 . G A 455.72 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.044164;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.991;QD=22.5046;RBI=0.0462019;REFB=0.0074147;REVB=0.0135703;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935995;STB=0.551546;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.0123805;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:20:24:16:21:20:24:16:21 chr19 3614403 . T C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.692;QD=55.0918;RBI=0.0310028;REFB=0;REVB=0.0302576;RO=0;SAF=20;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273355;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:6:20:0:0:6:20:0:0 chr19 3614538 . C T 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0102904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.991;QD=19.6996;RBI=0.0114224;REFB=-0.0150951;REVB=0.00495768;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0128329;OID=.;OPOS=3614538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr19 3618928 . G A 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0299658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.21;QD=12.2129;RBI=0.040649;REFB=-0.0203828;REVB=0.0274662;RO=22;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570767;STB=0.838034;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0248174;OID=.;OPOS=3618928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:2:11:7:15:2:11:7:15 chr19 3637460 . C A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0111582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=303.529;QD=20.4561;RBI=0.0139373;REFB=-0.00637056;REVB=0.00835114;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455802;STB=0.538417;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.00644991;OID=.;OPOS=3637460;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:15:17:17:0.53125:7:10:9:5:7:10:10:5 chr19 3653525 . C T 208.76 PASS AF=0.606061;AO=16;DP=31;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00399223;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=193.487;QD=25.3044;RBI=0.0139988;REFB=-0.0225289;REVB=0.0134175;RO=9;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763025;STB=0.515136;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0146962;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:9:13:16:20:0.606061:7:9:4:5:10:10:7:6 chr19 3728609 . G A 103.47 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00118217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.641;QD=12.1734;RBI=0.0655738;REFB=-0.0131087;REVB=0.0655631;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170124;STB=0.520516;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0225526;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:21:11:13:0.382353:6:5:5:12:7:6:9:12 chr19 3730041 . C T 229.41 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00729399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6465;QD=22.9405;RBI=0.0246126;REFB=0.00502286;REVB=0.0235069;RO=17;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952036;STB=0.566453;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.00354107;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:9:13:8:9:9:13:8:10 chr19 3731985 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00908414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.053;QD=8.81104;RBI=0.010352;REFB=-0.0297158;REVB=0.0049641;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0420737;OID=.;OPOS=3731985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:5:6:3:3:5:6 chr19 3738649 . A C 195.82 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0282308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1484;QD=26.1097;RBI=0.0382666;REFB=-0.0298638;REVB=-0.0258332;RO=11;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699535;STB=0.519979;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0185736;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:13:5:4:7:13:6:4:7 chr19 3738971 . A G 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0147917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.427;QD=21.9445;RBI=0.0148186;REFB=0.0173716;REVB=0.00089373;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190883;STB=0.624844;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.0149712;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:6:10:4:7:6:10:4:8 chr19 3740658 . T G 393.25 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00339551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.673;QD=19.6624;RBI=0.0253437;REFB=-0.0163457;REVB=0.0251152;RO=40;SAF=22;SAR=17;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033392;STB=0.512831;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.016589;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:40:40:39:40:0.5:17:22:24:16:17:23:24:16 chr19 3750205 . T TGG 94.15 PASS AF=0.390244;AO=11;DP=44;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.164255;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=20.7633;QD=9.18564;RBI=0.168207;REFB=-0.0102551;REVB=-0.0362458;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312418;STB=0.523779;STBP=0.828;TYPE=ins;VARB=0.0118676;OID=.;OPOS=3750206;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390244:11:44:16:41:25:4:12:7:18:94:26:1:10:6:20 chr19 3750615 . T C 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00756803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.307;QD=9.33421;RBI=0.00768786;REFB=-0.000922347;REVB=-0.00135207;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259864;STB=0.515765;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0037011;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:6:7:16:15:6:7:16:15 chr19 3750622 . A C 167.9 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0360948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6313;QD=15.2637;RBI=0.0405398;REFB=-0.015704;REVB=-0.0184565;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32844;STB=0.6533;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0245652;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:17:18:0.409091:11:6:17:8:11:7:17:9 chr19 3752515 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0208957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0201;QD=23.1235;RBI=0.0208963;REFB=-0.0555949;REVB=0.000157177;RO=22;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708028;STB=0.539163;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0334892;OID=.;OPOS=3752515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:11:19:12:10:11:19:12:10 chr19 3752874 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0218068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.747;QD=13.6606;RBI=0.0232972;REFB=-0.0186267;REVB=0.00819906;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31134;STB=0.681024;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0475653;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:14:7:9:5:14:7 chr19 3762698 . C T 375.7 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0473458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.192;QD=23.8539;RBI=0.0481875;REFB=-0.0107188;REVB=0.00896718;RO=26;SAF=22;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725052;STB=0.539856;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00803755;OID=.;OPOS=3762698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:15:22:13:13:15:22:13:13 chr19 3767265 . C T 74.93 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.040507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.991;QD=12.4876;RBI=0.0468604;REFB=-0.0363118;REVB=0.0235603;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.663456;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0383521;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:23:24:14:14:9:10:0.416667:6:3:8:6:7:3:8:6 chr19 3784890 . G A 138.1 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.0389866;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.6182;QD=9.20636;RBI=0.043295;REFB=-0.00701126;REVB=0.0188283;RO=39;SAF=2;SAR=17;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00823097;STB=0.515136;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0095214;OID=.;OPOS=3784890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:39:41:19:19:0.316667:17:2:4:35:16:3:6:35 chr19 3831709 . C G,T 282.9 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,20;DP=22;FAO=2,20;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,14;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207468,-0.00530253;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.744,183.953;QD=51.4356;RBI=0.123023,0.00609701;REFB=0,0;REVB=-0.121261,-0.00300944;RO=0;SAF=2,14;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0343803,0.00114747;OID=.,.;OPOS=3831709,3831709;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:22:22:0:0:2,20:2,20:0.0909091,0.909091:0,6:2,14:0:0:0,6:2,14:0:0 chr19 3977486 . A G 287.75 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.542;QD=52.3177;RBI=0.0830573;REFB=0;REVB=0.0797763;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495707;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 3979408 . A G 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0646;QD=53.9076;RBI=0.0618633;REFB=0;REVB=0.0401923;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154615;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chr19 4028783 . C T 404.23 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0760163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.456;QD=48.9971;RBI=0.0787858;REFB=-0.19788;REVB=0.0207056;RO=2;SAF=12;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715384;STB=0.555518;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00533934;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:33:33:2:3:30:30:0.909091:18:12:2:0:18:12:3:0 chr19 4033462 . T C 2088.55 PASS AF=0.985507;AO=134;DP=137;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=73;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0457915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.415;QD=60.5378;RBI=0.0457928;REFB=-0.116697;REVB=-0.000343164;RO=2;SAF=73;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012616;STB=0.500536;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000748998;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:138:2:2:134:136:0.985507:61:73:1:1:63:73:1:1 chr19 4042858 . G A 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00194451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.462;QD=50.6185;RBI=0.0119059;REFB=0.0716841;REVB=0.0117461;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207078;STB=0.501113;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00149982;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:1:1:14:15:1:1 chr19 4042922 . TA CG,TG 696.18 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=2,43;DP=45;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633996,0.0204833;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=63.0396,83.465;QD=61.883;RBI=0.015086,0.021208;REFB=0,0;REVB=-0.0136892,0.00549679;RO=0;SAF=0,24;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0540284,0.000408496;OID=.,.;OPOS=4042922,4042923;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:45:45:0:0:2,43:1,44:0.0222222,0.977778:2,19:0,24:0:0:1,20:0,24:0:0 chr19 4043024 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.834;QD=61.329;RBI=0.0282344;REFB=0;REVB=-0.021133;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16035e-05;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC 94.39 PASS AF=0,0.785714,0.214286;AO=5,4,2;DP=31;FAO=0,22,6;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,6;FSAR=0,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548294,-0.0816022,-0.0084679;FXX=0.096743;HRUN=17,17,17;LEN=3,2,3;MLLD=4.74439,3.45953,217.17;QD=13.4838;RBI=0.199221,0.289691,0.0136064;REFB=0.43116,0.53903,0.0174651;REVB=-0.191528,-0.27796,-0.0106503;RO=3;SAF=3,3,2;SAR=2,1,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.2842,-0.281139,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.193073,0.109781,-0.039412;OID=.,.,.;OPOS=4046431,4046431,4046446;OREF=TTT,TT,TTG;OALT=-,-,GTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.785714,0.214286:5,4,2:31:0,22,6:28:0:0,16,6:0,6,0:0:0:35:3:3,3,2:2,1,0:3:0 chr19 4101062 . G T 952.76 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.767;QD=58.6312;RBI=0.0751135;REFB=0;REVB=0.0223684;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225187;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:32:32:0:0:32:33:0:0 chr19 4154910 . C T 130.51 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.00151716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4648;QD=13.7378;RBI=0.119213;REFB=-0.0119183;REVB=0.119203;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357327;STB=0.70992;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0406909;OID=.;OPOS=4154910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:23:15:15:0.394737:7:8:19:3:7:8:20:3 chr19 4168437 . C A 79.05 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0627234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8423;QD=15.0564;RBI=0.0880174;REFB=-0.026999;REVB=-0.0617482;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249998;STB=0.708714;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0444357;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:9:11:11:10:0.47619:5:6:2:7:4:6:2:9 chr19 4180836 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0130137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.304;QD=12.7915;RBI=0.0310481;REFB=-0.00985502;REVB=0.0281891;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132719;STB=0.578199;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0105987;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:12:11:5:9:12:11 chr19 4186395 . T G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00700105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.448;QD=16.2713;RBI=0.0114483;REFB=-0.0183919;REVB=0.00905809;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861724;STB=0.548323;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0194464;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:18:15:15:0.454545:8:7:9:7:8:7:10:8 chr19 4200156 . G A 225.97 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0151972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1319;QD=20.5425;RBI=0.100033;REFB=-0.037996;REVB=0.0988718;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125399;STB=0.57075;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0639915;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:11:11:14:8:11:11 chr19 4207940 . G A 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0176853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.61;QD=19.3863;RBI=0.0178395;REFB=-0.0166473;REVB=0.00234094;RO=21;SAF=6;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015501;STB=0.508763;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0214975;OID=.;OPOS=4207940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:14:6:6:15:14:6:6:15 chr19 4210356 . G A 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.668;QD=53.9046;RBI=0.023164;REFB=0;REVB=0.0229976;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193609;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 4216910 . G A 95.52 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0553377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6752;QD=34.7349;RBI=0.0999744;REFB=-0.134218;REVB=0.0832624;RO=1;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176689;STB=0.599781;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0102238;OID=.;OPOS=4216910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:2:8:0:1:2:8:0:1 chr19 4217207 . T G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.117;QD=57.6805;RBI=0.0359748;REFB=0;REVB=0.0348092;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197621;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr19 4236996 . G A 410.51 PASS AF=0.571429;AO=40;DP=71;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0296802;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.951;QD=23.4574;RBI=0.0353761;REFB=-0.0252259;REVB=0.0192496;RO=30;SAF=22;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116622;STB=0.564071;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.019165;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:30:30:40:40:0.571429:18:22:12:18:18:22:12:18 chr19 4237067 . A G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.01854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.219;QD=15.7004;RBI=0.0251784;REFB=-0.035626;REVB=-0.0170358;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868987;STB=0.549935;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0411467;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:6:13:9:6:6:13 chr19 4251069 . T C 325.26 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.038122;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4005;QD=16.8968;RBI=0.0385721;REFB=-0.00880289;REVB=-0.00587498;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132678;STB=0.589691;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00859346;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:40:42:35:35:0.454545:12:23:21:19:12:23:21:21 chr19 4254375 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0252212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.525;QD=14.3342;RBI=0.0252247;REFB=-0.0327688;REVB=0.000417761;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0434846;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr19 4288332 . A C,G 250.42 PASS AF=0.15,0.85;AO=3,16;DP=19;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018177,0.0353378;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.0039,179.616;QD=50.0835;RBI=0.0222446,0.0380409;REFB=0,0;REVB=-0.0128227,0.0140839;RO=0;SAF=1,8;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00437608,0.00175029;OID=.,.;OPOS=4288332,4288332;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:19:20:0:0:3,16:3,17:0.15,0.85:2,8:1,8:0:0:2,9:1,8:0:0 chr19 4292597 . C T 147.9 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0156852;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0881;QD=16.9034;RBI=0.0857463;REFB=-0.0132647;REVB=0.0842995;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024879;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0178901;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:9:10:8:8:9:10 chr19 4318365 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0132002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.815;QD=18.9385;RBI=0.0140526;REFB=-0.0333648;REVB=-0.00481976;RO=29;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438242;STB=0.524459;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0348944;OID=.;OPOS=4318365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:18:12:13:16:18:12:13:16 chr19 4324564 . C T 621.43 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.021309;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.928;QD=21.2454;RBI=0.022062;REFB=-0.0204239;REVB=0.00571499;RO=56;SAF=22;SAR=40;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130841;STB=0.567107;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0164285;OID=.;OPOS=4324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:55:62:62:0.529915:40:22:28:28:40:22:27:28 chr19 4325433 . G A 61.42 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00484298;FXX=0.062461;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.876;QD=16.3778;RBI=0.013671;REFB=-0.0030823;REVB=-0.0127845;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00329588;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:15:15:6:7:8:8:0.533333:4:4:3:3:4:4:3:4 chr19 4333711 . C T 1034.65 PASS AF=0.985915;AO=71;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0224787;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9007;QD=58.2899;RBI=0.0732487;REFB=-0.0836948;REVB=0.0697143;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.506492;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00187386;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:1:1:71:70:0.985915:33:38:1:0:32:38:1:0 chr19 4352959 . A G 34.48 PASS AF=0.26087;AO=4;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00164442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.427;QD=5.99701;RBI=0.0295386;REFB=-0.0115268;REVB=0.0294927;RO=16;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639991;STB=0.849223;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0176415;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:23:16:17:4:6:0.26087:1:3:2:14:2:4:2:15 chr19 4357555 . A G 792.12 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0463491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9156;QD=54.6287;RBI=0.0465248;REFB=-0.110038;REVB=0.00404001;RO=1;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171432;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00395082;OID=.;OPOS=4357555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:1:1:56:57:0.982759:29:27:1:0:29:28:1:0 chr19 4362691 . G C 229.69 PASS AF=0.295918;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0350525;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.985;QD=9.37512;RBI=0.0395543;REFB=-0.00402137;REVB=-0.0183265;RO=65;SAF=17;SAR=12;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1643;STB=0.605798;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0114968;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:65:69:29:29:0.295918:12:17:29:36:12:17:30:39 chr19 4442336 . C T 281.52 PASS AF=0.566038;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0627834;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.643;QD=21.2469;RBI=0.0664604;REFB=-0.0317983;REVB=0.0218;RO=21;SAF=9;SAR=19;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129748;STB=0.569705;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0178382;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:21:23:28:30:0.566038:19:9:10:11:19:11:12:11 chr19 4442999 . T G 754.12 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.966;QD=56.9149;RBI=0.0206478;REFB=0;REVB=0.00642941;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.9663e-05;OID=.;OPOS=4442999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr19 4443046 . T C 395.43 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0073942;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.715;QD=19.2894;RBI=0.0100697;REFB=-0.00239793;REVB=0.0068356;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109798;STB=0.500611;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00242622;OID=.;OPOS=4443046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:42:42:40:40:0.487805:19:21:22:20:19:21:22:20 chr19 4454000 . G A 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0246389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.11;QD=11.632;RBI=0.0350318;REFB=-0.0242777;REVB=0.0249029;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364728;STB=0.730897;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0204734;OID=.;OPOS=4454000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:10:5:7:3:11:5 chr19 4457650 . C T 137.15 PASS AF=0.327273;AO=15;DP=52;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00352419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.696;QD=9.97433;RBI=0.00356788;REFB=-0.0185955;REVB=-0.000556611;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00660537;STB=0.563567;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0392207;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:37:37:15:18:0.327273:9:6:15:22:9:9:15:22 chr19 4493708 . A G 419.4 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0267023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.738;QD=20.4584;RBI=0.0268697;REFB=-0.0364392;REVB=-0.00299491;RO=36;SAF=23;SAR=19;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101774;STB=0.538353;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0333561;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:40:42:42:0.512195:19:23:24:12:19:23:25:15 chr19 4504602 . G A 126.88 PASS AF=0.538462;AO=11;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0444451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.177;QD=19.5195;RBI=0.0491563;REFB=-0.0226971;REVB=0.0209993;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198913;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0168059;OID=.;OPOS=4504602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:11:14:0.538462:7:4:7:5:7:7:7:5 chr19 4508945 . A G 689.16 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.076;QD=62.6509;RBI=0.0466732;REFB=0;REVB=0.0429176;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34442e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr19 4510560 . C T 309.27 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.00429167;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1814;QD=20.9675;RBI=0.0396167;REFB=-0.00710085;REVB=0.0393836;RO=27;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230742;STB=0.627044;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00331214;OID=.;OPOS=4510560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:27:27:32:32:0.542373:16:16:6:21:16:16:6:21 chr19 4510615 . G A 203.14 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.04744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.609;QD=21.9606;RBI=0.0810625;REFB=-0.0160636;REVB=0.0657311;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11225;STB=0.571362;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0114142;OID=.;OPOS=4510615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:14:6:3:13:14:6:3:14 chr19 4511140 . C G 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00159249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.889;QD=24.8031;RBI=0.00972277;REFB=-0.0228838;REVB=-0.00959146;RO=4;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23879;STB=0.63608;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0213226;OID=.;OPOS=4511140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:7:3:3:1:7:3:3:1 chr19 4511278 . C T 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0307769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6294;QD=7.04859;RBI=0.0607637;REFB=-0.00363455;REVB=-0.0523928;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119979;STB=0.575605;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0290835;OID=.;OPOS=4511278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:15:15:4:6:15:15 chr19 4511281 . G A 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.058369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0451;QD=12.5694;RBI=0.07302;REFB=-0.0516916;REVB=0.0438745;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322089;STB=0.698156;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0344606;OID=.;OPOS=4511281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:26:15:15:0.365854:10:5:16:9:10:5:17:9 chr19 4511283 . CA TG 60.91 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000202625;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.579;QD=5.9426;RBI=0.00957509;REFB=0.00335682;REVB=-0.00957295;RO=32;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671153;STB=0.543382;STBP=0.805;TYPE=mnp;VARB=-0.0124471;OID=.;OPOS=4511283;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:41:32:32:9:9:0.219512:4:5:16:16:4:5:16:16 chr19 4511350 . T A 289.71 PASS AF=0.78125;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0154133;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.9955;QD=36.2134;RBI=0.0158361;REFB=-0.0337107;REVB=-0.00363503;RO=7;SAF=11;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469244;STB=0.528944;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.010394;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:34:32:7:7:24:25:0.78125:13:11:4:3:14:11:4:3 chr19 4511453 . G A 327.27 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134848;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1809;QD=54.5452;RBI=0.0521567;REFB=0;REVB=0.0503834;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689188;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 4511525 . A G 195.42 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0475215;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.696;QD=48.8538;RBI=0.0481025;REFB=0;REVB=0.00745396;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469998;OID=.;OPOS=4511525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 4511647 . C G 260.03 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8456;QD=49.5303;RBI=0.118204;REFB=0;REVB=0.0811633;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0108531;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:14:5:0:0:16:5:0:0 chr19 4511725 . T C 209.19 PASS AF=1;AO=10;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404113;FXX=0.105208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.1672;QD=49.22;RBI=0.0514529;REFB=0;REVB=-0.0318485;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00235006;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:17:0:0:10:17:1:5:5:0:0:11:6:0:0 chr19 4511730 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.429;QD=55.6556;RBI=0.0264077;REFB=0;REVB=-0.0212943;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119834;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr19 4511737 . T C 108.02 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.05148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6328;QD=14.4027;RBI=0.053596;REFB=-0.030459;REVB=-0.0149113;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135257;STB=0.545388;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0312827;OID=.;OPOS=4511737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:9:4:7:9:9:5:7:9 chr19 4511746 . A T 73.83 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00689325;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.744;QD=8.94933;RBI=0.0124989;REFB=0.000893737;REVB=0.0104261;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0682721;STB=0.555443;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000637861;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:24:23:10:10:0.30303:6:4:11:13:6:4:11:12 chr19 4511791 . A C 121.65 PASS AF=0.3;AO=13;DP=48;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.027282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.037;QD=9.73194;RBI=0.029019;REFB=-0.0169442;REVB=0.00988926;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00524962;STB=0.506693;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0239634;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:35:35:13:15:0.3:7:6:16:19:8:7:16:19 chr19 4511830 . A G 210.33 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00131347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.112;QD=14.7599;RBI=0.0021552;REFB=-0.0171709;REVB=0.00170871;RO=32;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073137;STB=0.551295;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0141671;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:13:11:17:15:14:11:17:15 chr19 4511908 . C T 159.76 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0122713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.797;QD=11.6189;RBI=0.0140909;REFB=-0.0132762;REVB=0.00692609;RO=33;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566634;STB=0.505005;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.019244;OID=.;OPOS=4511908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:35:20:20:0.363636:13:7:10:23:13:7:12:23 chr19 4511927 . G A 199.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.0275384;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0075;QD=15.0909;RBI=0.0284784;REFB=-0.0184486;REVB=0.00725633;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212184;STB=0.619526;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0235783;OID=.;OPOS=4511927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:30:30:23:23:0.433962:13:10:7:23:13:10:7:23 chr19 4511929 . A G 210.67 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0375286;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0245;QD=15.605;RBI=0.0391604;REFB=-0.0147334;REVB=-0.0111864;RO=31;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239971;STB=0.628473;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0101379;OID=.;OPOS=4511929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:31:30:24:24:0.444444:13:11:7:24:13:11:7:23 chr19 4511955 . T C 1012.21 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204244;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.115;QD=59.5417;RBI=0.0204919;REFB=0;REVB=0.00166134;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322364;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr19 4512669 . T C 1512.9 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9733;QD=59.9168;RBI=0.0296601;REFB=0;REVB=0.0173186;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.98344e-05;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr19 4513143 . CA TG 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656639;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=122.988;QD=37.4885;RBI=0.112586;REFB=0;REVB=0.0914545;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00103384;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 4513559 . A G 520.19 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6887;QD=54.7567;RBI=0.0403569;REFB=-0.145406;REVB=0.0189526;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.514278;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00440199;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:35:37:0.973684:19:16:1:0:20:17:1:0 chr19 4525046 . A G 79.75 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0209109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.558;QD=12.7598;RBI=0.021039;REFB=-0.00921217;REVB=-0.00231858;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236675;STB=0.639731;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00950378;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:25:25:14:14:11:11:0.44:8:3:7:7:8:3:7:7 chr19 4538599 . G A 424.2 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0152337;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.637;QD=15.15;RBI=0.0154946;REFB=-0.00941188;REVB=0.00283148;RO=64;SAF=23;SAR=25;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139416;STB=0.577988;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0121388;OID=.;OPOS=4538599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:25:23:22:42:25:23:22:42 chr19 4558431 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5541;QD=44.688;RBI=0.0590807;REFB=0;REVB=0.0393118;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143683;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 4655166 . A G 30.17 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0213009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.553;QD=10.0552;RBI=0.0376158;REFB=-0.0219324;REVB=0.0310036;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0421378;OID=.;OPOS=4655166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr19 4702064 . C T 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0255393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.034;QD=21.2932;RBI=0.0293778;REFB=-0.0129652;REVB=0.0145189;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152979;STB=0.586136;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0148504;OID=.;OPOS=4702064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:13:12:8:17:13:12 chr19 4724069 . G A 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0266832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.656;QD=13.0361;RBI=0.0323078;REFB=-0.00921566;REVB=-0.0182154;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350923;STB=0.70565;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.024587;OID=.;OPOS=4724069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:19:13:13:5:19:13 chr19 4724157 . G A 94.85 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0359296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.317;QD=10.8404;RBI=0.0389047;REFB=0.00403018;REVB=-0.0149212;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036388;STB=0.521703;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.00954901;OID=.;OPOS=4724157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:8:4:7:16:8:4:7:16 chr19 4769740 . C A 215.66 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00206389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.683;QD=10.9193;RBI=0.00760134;REFB=0.000840582;REVB=0.00731579;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722177;STB=0.537009;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.000640795;OID=.;OPOS=4769740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:18:9:20:31:18:9:20:32 chr19 4772202 . A C 140.07 PASS AF=0.363636;AO=17;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.000979716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8641;QD=12.7334;RBI=0.017198;REFB=-0.0135943;REVB=-0.0171701;RO=26;SAF=1;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569209;STB=0.848482;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0179985;OID=.;OPOS=4772202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:17:16:0.363636:16:1:10:16:15:1:11:17 chr19 4794257 . T G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0124365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.184;QD=20.8379;RBI=0.0139592;REFB=-0.00438068;REVB=-0.00633983;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00379267;OID=.;OPOS=4794257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:2:3:6:3:2:3 chr19 4818378 . T C 91.43 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.014243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.057;QD=8.50557;RBI=0.0370143;REFB=-0.014284;REVB=-0.0341642;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360085;STB=0.522052;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0472759;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:19:12:5:7:19:12 chr19 4847713 . A G 763.62 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.454;QD=63.6348;RBI=0.056534;REFB=0;REVB=0.0294884;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299979;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:44:48:1:22:22:0:0:26:22:0:0 chr19 4847874 . A G 787.1 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13403;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.9741;QD=64.2531;RBI=0.135956;REFB=0;REVB=-0.0228068;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106519;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:42:49:1:20:22:0:0:25:24:0:0 chr19 4852106 . A G 1011.96 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.69;QD=57.8264;RBI=0.0297836;REFB=-0.0785607;REVB=0.00923141;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000456671;OID=.;OPOS=4852106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:0:1:69:69:0.985714:28:41:0:0:28:41:1:0 chr19 4852137 . C T 375.69 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0104306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.411;QD=23.8533;RBI=0.0116034;REFB=-0.0222424;REVB=0.0050836;RO=25;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262009;STB=0.507538;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.017019;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:15:22:14:11:15:22:15:11 chr19 4859937 . T C 71.7 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0172908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.753;QD=19.1188;RBI=0.0184766;REFB=-0.0165663;REVB=0.00651261;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377547;STB=0.713876;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0107938;OID=.;OPOS=4859937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:6:0:5:4:6:0 chr19 4945914 . A C 251.64 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0178583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.201;QD=20.5422;RBI=0.0364358;REFB=-0.00891435;REVB=-0.0317592;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540851;STB=0.530362;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00863175;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:8:17:15:9:8:17 chr19 4945917 . C T 251.55 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0311778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.499;QD=20.5348;RBI=0.0311803;REFB=-0.00808909;REVB=-0.00039313;RO=25;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540851;STB=0.530362;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0106431;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:15:9:8:17:15:9:8:17 chr19 4945974 . T C 335.39 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00646849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.575;QD=53.6618;RBI=0.100778;REFB=0;REVB=0.10057;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139806;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:15:8:0:0:17:8:0:0 chr19 4950770 . C T 172.98 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0292022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.525;QD=18.7006;RBI=0.0359674;REFB=-0.0112349;REVB=0.0209973;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181892;STB=0.603655;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.010332;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:9:10:6:12:9:10 chr19 4954454 . C T 235.57 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0104906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.053;QD=26.1741;RBI=0.0142649;REFB=-0.0194483;REVB=-0.0096661;RO=14;SAF=15;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858043;STB=0.547708;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0116406;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:7:15:8:6:7:15:8:6 chr19 4954679 . G GC 222.87 PASS AF=1;AO=13;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.073218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0329;QD=35.6583;RBI=0.0819048;REFB=0;REVB=-0.0367086;RO=11;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00342877;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:25:25:25:0:13:12:0:0:5:11:12:1:1:10 chr19 5135392 . A G 955.86 PASS AF=0.92;AO=68;DP=74;FAO=69;FDP=75;FR=.;FRO=6;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.020434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.349;QD=50.979;RBI=0.0262423;REFB=-0.036247;REVB=0.0164654;RO=6;SAF=50;SAR=18;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133733;STB=0.505779;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00369817;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:74:75:6:6:68:69:0.92:18:50:4:2:19:50:4:2 chr19 5151356 . C T 201.4 PASS AF=0.536585;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0764241;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5429;QD=19.6486;RBI=0.0772219;REFB=-0.053669;REVB=0.0110716;RO=16;SAF=3;SAR=16;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260069;STB=0.524567;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0488399;OID=.;OPOS=5151356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:16:19:19:22:0.536585:16:3:6:10:16:6:6:13 chr19 5206775 . A G 462.96 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5551;QD=57.8694;RBI=0.160466;REFB=0;REVB=0.158662;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468436;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:23:32:1:7:16:0:0:13:19:0:0 chr19 5214697 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.588;QD=62.6667;RBI=0.0374072;REFB=0;REVB=-0.0356772;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16217e-05;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr19 5240315 . G A 297.86 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00844793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6267;QD=15.8859;RBI=0.0247349;REFB=-0.0318979;REVB=0.0232475;RO=42;SAF=8;SAR=25;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114018;STB=0.56464;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.03185;OID=.;OPOS=5240315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:25:8:14:28:25:8:14:28 chr19 5455611 . C T 651.85 PASS AF=0.9;AO=40;DP=45;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.101557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5128;QD=52.1483;RBI=0.133943;REFB=-0.161527;REVB=0.0873317;RO=5;SAF=28;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117019;STB=0.554647;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0387728;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:45:50:5:5:40:45:0.9:12:28:1:4:14:31:1:4 chr19 5455735 . G A 672.7 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5039;QD=61.1546;RBI=0.0534087;REFB=0;REVB=0.0481393;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109861;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr19 5455796 . A G 446.74 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.991;QD=57.6438;RBI=0.0597637;REFB=0;REVB=0.0158417;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396465;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:24:7:0:0 chr19 5455800 . G A 121.59 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00175423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.552;QD=15.1982;RBI=0.00317422;REFB=-0.0223843;REVB=-0.00264544;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07888;STB=0.545392;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0217675;OID=.;OPOS=5455800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:4:14:10:4:4:14 chr19 5455971 . G T 781.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2614;QD=56.8068;RBI=0.0792119;REFB=0;REVB=0.046152;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548654;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr19 5455978 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.019;QD=57.0008;RBI=0.0473251;REFB=0;REVB=0.0422191;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37011e-05;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr19 5455990 . G A 219.91 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0190407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.948;QD=14.6605;RBI=0.061813;REFB=-0.0285269;REVB=0.0588073;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264887;STB=0.636264;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.028033;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:25:26:0.433333:11:14:10:24:12:14:10:24 chr19 5456037 . G A 308.31 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0104658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.885;QD=18.4067;RBI=0.0201374;REFB=-0.0306045;REVB=0.0172041;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404875;STB=0.52259;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0225328;OID=.;OPOS=5456037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:16:18:16:17:16:18 chr19 5456450 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.15;QD=63.8717;RBI=0.0218299;REFB=0;REVB=0.0166793;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6953e-06;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:34:14:0:0:34:14:0:0 chr19 5591735 . G A 244.54 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00454771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.176;QD=30.5671;RBI=0.0594107;REFB=-0.0256221;REVB=0.0592364;RO=9;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380614;STB=0.512284;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0180762;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:32:9:10:22:22:0.6875:5:17:7:2:5:17:8:2 chr19 5610654 . T C 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.00253104;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.956;QD=6.31775;RBI=0.0143507;REFB=-0.0058944;REVB=-0.0141258;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392329;STB=0.744151;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0160177;OID=.;OPOS=5610654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:5:3:18:7:5:3:18:7 chr19 5699115 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00121759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.336;QD=24.0665;RBI=0.0626398;REFB=-0.0562323;REVB=0.0626279;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261245;OID=.;OPOS=5699115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:8:8:5:5:8:8:5:5 chr19 5766090 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.309;QD=49.599;RBI=0.0155512;REFB=0;REVB=-0.0147103;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013891;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 5772950 . G A 181.65 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0102671;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=105.538;QD=16.1464;RBI=0.0202222;REFB=0.00516732;REVB=0.017422;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.523784;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0106317;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:11:8:11:14:11:8:12:14 chr19 5778517 . A T 141.64 PASS AF=0.390244;AO=14;DP=44;FAO=16;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00978102;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5135;QD=13.8183;RBI=0.0134024;REFB=0.0315288;REVB=0.00916278;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239999;STB=0.585262;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0207571;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:41:16:25:14:16:0.390244:6:8:13:3:8:8:16:9 chr19 5778597 . C G 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00896986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.763;QD=13.0369;RBI=0.0251805;REFB=-0.00910765;REVB=-0.0235287;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227421;STB=0.633989;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0168904;OID=.;OPOS=5778597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:13:5:15:17:13:5:15:17 chr19 5783905 . G A 108.71 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0626348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5121;QD=24.1573;RBI=0.135105;REFB=-0.00931402;REVB=0.119708;RO=6;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0146941;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:7:5:3:3:7:5:3:3 chr19 5784370 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0114236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.22;QD=19.107;RBI=0.018664;REFB=-0.0120452;REVB=0.0147596;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.021616;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:3:3:3:6:3:3 chr19 5786815 . G A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00991355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.024;QD=11.8143;RBI=0.0155019;REFB=-0.0191547;REVB=-0.0119176;RO=23;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239631;STB=0.64263;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0377542;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:9:4:12:11:9:4:12:11 chr19 5789565 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0211625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.709;QD=16.728;RBI=0.0214852;REFB=-0.0079986;REVB=-0.00371016;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664805;STB=0.503812;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00928779;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:12:7:6:10:12:7 chr19 5831840 . C T 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.000864004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.821;QD=23.3814;RBI=0.0100923;REFB=-0.0192275;REVB=0.0100552;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606299;STB=0.533945;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00967085;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:7:7:11:8:7:7 chr19 5832209 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0184328;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.867;QD=23.7582;RBI=0.0191495;REFB=-0.0134596;REVB=0.00519009;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120169;STB=0.566725;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00864912;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:7:15:14:12:7:15 chr19 5843784 . A T 61.48 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0174161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.617;QD=9.83662;RBI=0.0376153;REFB=-0.023179;REVB=-0.0333405;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535635;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0381036;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:25:16:16:8:9:0.36:4:4:8:8:4:5:8:8 chr19 5844537 . A G 616.98 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310094;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7799;QD=61.698;RBI=0.0311984;REFB=0;REVB=-0.00342878;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262653;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr19 5844792 . A C 118.44 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0429097;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.192;QD=20.5987;RBI=0.0429385;REFB=-0.00239879;REVB=-0.00157236;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561612;STB=0.80831;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000598994;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:11:10:13:13:0.565217:11:2:9:2:11:2:8:2 chr19 5866654 . A G 147.61 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.010088;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.162;QD=23.6182;RBI=0.0271595;REFB=-0.0165166;REVB=-0.0252164;RO=9;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283077;STB=0.652834;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00788002;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:9:10:14:15:0.6:3:11:4:5:3:12:5:5 chr19 5892954 . T C 149.85 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0160959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2319;QD=19.3358;RBI=0.0273954;REFB=-0.00810475;REVB=-0.0221682;RO=15;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354578;STB=0.704147;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0410507;OID=.;OPOS=5892954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:13:3:8:7:13:3:8:7 chr19 6156483 . T C 719.28 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00780631;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.624;QD=54.2849;RBI=0.066587;REFB=0.0654915;REVB=0.0661278;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000114931;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:27:24:1:0:28:24:1:0 chr19 6312290 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0260588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.537;QD=14.1385;RBI=0.0274438;REFB=-0.0252132;REVB=-0.00860837;RO=20;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182963;STB=0.607315;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.039119;OID=.;OPOS=6312290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:10:4:9:11:10:4:9:11 chr19 6375831 . G A 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0240379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.213;QD=29.965;RBI=0.0251576;REFB=-0.0214367;REVB=0.00742162;RO=13;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882387;STB=0.504851;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0107205;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:17:8:4:9:17:8:4:9 chr19 6376722 . A G 471.93 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0506604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9723;QD=18.3273;RBI=0.0638072;REFB=-0.0193245;REVB=-0.0387928;RO=53;SAF=28;SAR=22;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116746;STB=0.564753;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0220106;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:53:50:50:0.485437:22:28:23:30:22:28:23:30 chr19 6415443 . T C 456.15 PASS AF=0.969697;AO=22;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00514389;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2092;QD=55.2905;RBI=0.0394121;REFB=0.0176161;REVB=0.039075;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000731658;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:22:32:0.969697:7:15:0:0:16:16:0:1 chr19 6415892 . AGGGGGC AGGG,AGGGGC,AGGGG,AGGGGG 73.49 PASS AF=0,0,0.647059,0;AO=2,2,4,2;DP=17;FAO=0,0,11,0;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=0,0,7,0;FSAR=0,0,4,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0375344,0.152129,0.00962292,-0.159863;FXX=0;HRUN=5,5,5,6;LEN=3,1,2,1;MLLD=21.6656,8.65858,18.5458,10.6117;QD=17.2921;RBI=0.265619,0.619277,0.284256,0.186824;REFB=-0.117027,-0.218729,-0.159881,-0.0615367;REVB=-0.262954,-0.6003,-0.284093,0.0966803;RO=2;SAF=0,1,3,2;SAR=2,1,1,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0.457143;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.727176,-0.390188,-0.210252,0;STB=0.5,0.5,0.511607,0.5;STBP=1,1,0.964,1;TYPE=del,del,del,del;VARB=0,0.0265056,0.0446957,0;OID=.,.,.,.;OPOS=6415896,6415893,6415897,6415898;OREF=GGC,G,GC,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGGC,AGGGG,AGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.647059,0:2,2,4,2:17:0,0,11,0:17:6:0,0,7,0:0,0,4,0:4:2:27:2:0,1,3,2:2,1,1,0:2:0 chr19 6417855 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0237348;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.507;QD=17.6452;RBI=0.0241706;REFB=-0.0488898;REVB=-0.00456895;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0235167;OID=.;OPOS=6417855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr19 6419275 . A G 179.48 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0605168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0677;QD=15.6073;RBI=0.12355;REFB=0.01713;REVB=-0.107714;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173827;STB=0.599896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0318385;OID=.;OPOS=6419275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:16:11:11:8:16:11 chr19 6430106 . C T 97.66 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00304691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.991;QD=12.2071;RBI=0.0150942;REFB=-0.0194759;REVB=0.0147835;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374107;STB=0.719653;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0276701;OID=.;OPOS=6430106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:6:14:4:8:6:14 chr19 6456062 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.638;QD=39.2068;RBI=0.0459259;REFB=0;REVB=0.0416328;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855808;OID=.;OPOS=6456062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 6466482 . A G 1139.46 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227399;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.579;QD=60.7712;RBI=0.0252758;REFB=0;REVB=0.0110345;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378722;OID=.;OPOS=6466482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:72:75:1:30:42:0:0:32:43:0:0 chr19 6477256 . G T 512.02 PASS AF=0.823529;AO=42;DP=51;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00115329;FXX=0.0192271;HRUN=9;LEN=1;MLLD=205.459;QD=40.1587;RBI=0.00194023;REFB=-0.00512705;REVB=-0.00156027;RO=8;SAF=30;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116936;STB=0.555528;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000311926;OID=.;OPOS=6477256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:51:8:9:42:42:0.823529:12:30:3:5:12:30:4:5 chr19 6495736 . A G 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0652971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.101;QD=13.2025;RBI=0.0847172;REFB=0.00183077;REVB=0.0539749;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.00339682;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:2:4:3:3:2:4 chr19 6495748 . G A 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0556303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.51;QD=13.9592;RBI=0.0556516;REFB=-0.00191702;REVB=0.00154004;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235769;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00717015;OID=.;OPOS=6495748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:2:5:3:4:2:5 chr19 6535080 . T C 2898.94 PASS AF=1;AO=183;DP=183;FAO=184;FDP=184;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.801;QD=63.0204;RBI=0.0263421;REFB=0;REVB=0.0247895;RO=0;SAF=112;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62724e-05;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:183:184:0:0:183:184:1:71:112:0:0:72:112:0:0 chr19 6586268 . G A 74.69 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00353551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.668;QD=10.6705;RBI=0.0373756;REFB=-0.022199;REVB=-0.037208;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059334;STB=0.535643;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0396672;OID=.;OPOS=6586268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:10:8:5:5:10:8 chr19 6665020 . T C 685.34 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0775164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2284;QD=58.3264;RBI=0.100554;REFB=0.0629189;REVB=-0.0640498;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0150574;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:1:1:20:25:1:1 chr19 6669934 . G A 218.76 PASS AF=0.40625;AO=25;DP=63;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0104883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.662;QD=13.6726;RBI=0.0112579;REFB=-0.0246003;REVB=-0.00409102;RO=35;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207824;STB=0.624902;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0266874;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:38:25:26:0.40625:17:8:18:17:17:9:21:17 chr19 6696597 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.61;QD=40.7619;RBI=0.0173444;REFB=0;REVB=-0.00238631;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303503;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr19 6697406 . A G 1202.52 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.825;QD=60.8868;RBI=0.0243625;REFB=0;REVB=0.0237732;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191413;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:39:40:0:0 chr19 6702157 . C G 606.93 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3349;QD=59.2128;RBI=0.20892;REFB=-0.0644604;REVB=0.208739;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277736;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr19 6709704 . C T 77.22 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0762888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.364;QD=13.4301;RBI=0.0762889;REFB=-0.0100228;REVB=9.44584e-05;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510055;STB=0.785128;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0250825;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:12:13:10:10:0.434783:2:8:3:9:2:8:4:9 chr19 6709848 . C T 156.42 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0260945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.641;QD=24.0653;RBI=0.0272093;REFB=0.0119169;REVB=-0.00770874;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262232;STB=0.514688;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.0113808;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:4:6:9:7:4:6 chr19 6713291 . C T 141.02 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0444922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4848;QD=21.6948;RBI=0.0923944;REFB=0.0385989;REVB=0.0809763;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228296;STB=0.636185;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0238994;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:6:8:3:8:6:9:3:8 chr19 6731057 . T C 464.87 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.682;QD=58.1092;RBI=0.0273461;REFB=0;REVB=0.0258764;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501827;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr19 6737481 . T C,G 350.75 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00246235,0.00469037;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.091,119.541;QD=53.961;RBI=0.0161007,0.0310435;REFB=0,0;REVB=0.0159113,0.0306871;RO=0;SAF=13,2;SAR=11,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00547716,0.0727174;OID=.,.;OPOS=6737481,6737481;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:11,0:13,2:0:0:11,0:13,2:0:0 chr19 6737509 . G A 383.79 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.327;QD=54.8268;RBI=0.083195;REFB=0;REVB=0.0314204;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743225;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:14:14:0:0 chr19 6751279 . A G 108.36 PASS AF=0.297872;AO=13;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0254436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.782;QD=9.22245;RBI=0.0254964;REFB=-0.0110074;REVB=0.00163983;RO=33;SAF=2;SAR=11;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587839;STB=0.861766;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0195945;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:33:13:14:0.297872:11:2:22:11:12:2:22:11 chr19 6751281 . C T 115.52 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0376873;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8372;QD=10.2687;RBI=0.0464697;REFB=-0.000589361;REVB=0.0271864;RO=31;SAF=3;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540055;STB=0.82047;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000965212;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:31:14:14:0.311111:11:3:22:9:11:3:22:9 chr19 6751293 . T G 163.75 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0284788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.351;QD=13.367;RBI=0.0372411;REFB=-0.00836093;REVB=0.023997;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.594835;STB=0.810835;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0231794;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:31:17:18:0.367347:14:3:23:8:14:4:23:8 chr19 6754188 . T C 63.42 PASS AF=0.321429;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0444272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9701;QD=9.06031;RBI=0.0444405;REFB=-0.0224604;REVB=-0.00108547;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31835;STB=0.724771;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0480343;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:18:19:8:9:0.321429:4:4:14:4:5:4:15:4 chr19 6755007 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0169505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.29;QD=15.8821;RBI=0.0173869;REFB=-0.0218483;REVB=0.00387105;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.556701;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0214937;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:4:6:7:3:4:6 chr19 6833777 . A G 1052.04 PASS AF=0.960526;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=76;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0120938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.222;QD=55.3706;RBI=0.0266547;REFB=-0.0536639;REVB=0.0237532;RO=3;SAF=27;SAR=45;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233595;STB=0.511748;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0087441;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:76:76:3:3:72:73:0.960526:45:27:2:1:45:28:2:1 chr19 6833989 . G T 171.43 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957325;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.9117;QD=45.7132;RBI=0.105429;REFB=0;REVB=-0.0441663;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332693;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:8:7:0:0 chr19 6913811 . A G 181.14 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0681776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7316;QD=16.4676;RBI=0.0692754;REFB=-0.0229884;REVB=-0.0122838;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191767;STB=0.510991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00921866;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:11:14:11:8:11:14 chr19 6919624 . A C 121.6 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.033393;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0001;QD=12.8003;RBI=0.0833563;REFB=0.0069998;REVB=-0.0763752;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214869;STB=0.62837;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00283106;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:15:9:3:11:15:9 chr19 6919753 . A G 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0100595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.171;QD=13.4574;RBI=0.0157293;REFB=-0.0120273;REVB=-0.012092;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169053;STB=0.624759;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0115238;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:6:8:8:3:7:8 chr19 6921868 . G A 210.43 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0280101;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.949;QD=18.7052;RBI=0.0285008;REFB=-0.00928059;REVB=0.00526567;RO=24;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061468;STB=0.534851;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00812617;OID=.;OPOS=6921868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:24:24:21:21:0.466667:10:11:11:13:10:11:11:13 chr19 6972357 . C T 156.4 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0270115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.763;QD=15.6399;RBI=0.029793;REFB=0.00987207;REVB=-0.01257;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19448;STB=0.588131;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.0111468;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:10:6:13:10:10:7:13:10 chr19 6974556 . C A 88.59 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00537221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.885;QD=14.7645;RBI=0.011723;REFB=-0.00893098;REVB=0.0104196;RO=11;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376093;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0100303;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:13:10:11:0.458333:3:7:3:8:4:7:5:8 chr19 6974564 . C T 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00178297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.991;QD=17.8266;RBI=0.0133612;REFB=-0.00607833;REVB=0.0132417;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290625;STB=0.64681;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00479565;OID=.;OPOS=6974564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:8:4:7:3:8:4:7:4 chr19 7005905 . T A 191.11 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6576;QD=47.7775;RBI=0.046364;REFB=0;REVB=-0.0145942;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00229808;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:7:6:0:0:7:9:0:0 chr19 7006048 . G A 152.45 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0933704;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.164;QD=18.4791;RBI=0.0962037;REFB=-0.0179803;REVB=0.0231757;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264271;STB=0.61832;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.035564;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:11:4:9:8:11:5:9:8 chr19 7076418 . C A 223.43 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0146472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.465;QD=12.7677;RBI=0.0503039;REFB=0.00169097;REVB=-0.0481242;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107697;STB=0.567576;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.00481973;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:13:14:26:16:13:14:27:16 chr19 7184518 . G A 116.15 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00547113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.563;QD=11.3316;RBI=0.0229039;REFB=-0.00216659;REVB=0.0222409;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130578;STB=0.535161;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00559111;OID=.;OPOS=7184518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:13:14:0.341463:5:8:13:13:6:8:14:13 chr19 7504982 . C T 288.49 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0387332;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5557;QD=29.5884;RBI=0.0593006;REFB=-0.0486278;REVB=0.0449033;RO=14;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20296;STB=0.611029;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00633806;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:14:25:25:0.641026:11:14:12:2:11:14:12:2 chr19 7524846 . C T 661.83 PASS AF=0.587156;AO=64;DP=109;FAO=64;FDP=109;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00342899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7085;QD=24.2875;RBI=0.0478136;REFB=0.00212533;REVB=0.0476905;RO=44;SAF=36;SAR=28;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390838;STB=0.515785;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.000914056;OID=.;OPOS=7524846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:45:64:64:0.587156:28:36:27:17:28:36:27:18 chr19 7524855 . C T 579.02 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0391148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7554;QD=21.6454;RBI=0.0776488;REFB=-0.0218605;REVB=0.0670773;RO=46;SAF=34;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530828;STB=0.535421;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0190261;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:49:58:58:0.542056:24:34:24:22:24:34:25:24 chr19 7528734 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000470688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7715;QD=58.1413;RBI=0.0241774;REFB=0;REVB=-0.0241728;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239097;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr19 7532252 . G C 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0145317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0117;QD=9.85753;RBI=0.0206287;REFB=0.0119111;REVB=0.0146416;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355206;STB=0.706968;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.0180884;OID=.;OPOS=7532252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:7:6:5:24:7:6:5:24 chr19 7533767 . T G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0384486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.677;QD=54.481;RBI=0.0475095;REFB=3.41012e-05;REVB=0.0279079;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51162;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-3.31196e-05;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:0:1:31:31:0.96875:21:10:0:0:21:10:0:1 chr19 7533850 . A G 699.6 PASS AF=0.925926;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0003;QD=51.8221;RBI=0.0233923;REFB=-0.0575481;REVB=0.0193323;RO=2;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285083;STB=0.5147;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0103695;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:49:50:0.925926:32:17:0:2:33:17:0:2 chr19 7537864 . G A 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0108853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.6756;QD=12.4822;RBI=0.0337063;REFB=-0.00399445;REVB=0.0319002;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.567454;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00566887;OID=.;OPOS=7537864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:10:9:7:5:10:9 chr19 7538039 . A G 1302.01 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.341;QD=62.0005;RBI=0.0387597;REFB=0;REVB=0.00779969;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85555e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chr19 7538117 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.829;QD=56.9546;RBI=0.0400737;REFB=0;REVB=0.0120362;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128494;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr19 7547074 . A C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00701347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.429;QD=18.645;RBI=0.0186602;REFB=-0.000506194;REVB=-0.017292;RO=12;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376074;STB=0.698636;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.000270332;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:13:14:14:0.518519:4:10:3:9:4:10:4:9 chr19 7592630 . C T 124.42 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0428879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.112;QD=17.1611;RBI=0.103816;REFB=-0.016427;REVB=-0.0945427;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.593772;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0419242;OID=.;OPOS=7592630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:15:13:14:0.482759:5:8:8:8:5:9:7:8 chr19 7598657 . G A 576.27 PASS AF=0.517241;AO=53;DP=110;FAO=60;FDP=116;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=0.0945789;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.922;QD=19.8712;RBI=0.128639;REFB=-0.0289154;REVB=0.0871941;RO=57;SAF=15;SAR=38;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0934931;STB=0.553054;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0447926;OID=.;OPOS=7598657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:57:56:53:60:0.517241:38:15:21:36:44:16:20:36 chr19 7675771 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.015254;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.841;QD=21.8421;RBI=0.0623188;REFB=-0.0116749;REVB=0.0604231;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215133;STB=0.624607;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00573315;OID=.;OPOS=7675771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:2:0:3:3:2:0 chr19 7685843 . G A 318.62 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00701618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.671;QD=32.6792;RBI=0.0108716;REFB=-0.0199963;REVB=0.00830453;RO=12;SAF=17;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123624;STB=0.567729;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0154897;OID=.;OPOS=7685843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:12:12:27:27:0.692308:10:17:5:7:10:17:5:7 chr19 7703605 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00340753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.026;QD=18.1185;RBI=0.00663357;REFB=-0.0319016;REVB=-0.00569148;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584155;STB=0.533296;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0251383;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:9:11:11:7:9:11 chr19 7706656 . C T 275.16 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=0.0539664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3135;QD=15.5019;RBI=0.0613661;REFB=-0.00768462;REVB=0.0292135;RO=39;SAF=15;SAR=16;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228564;STB=0.632948;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0163758;OID=.;OPOS=7706656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:16:15:10:29:16:15:10:30 chr19 7711221 . T C 441.09 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0140126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.938;QD=22.3336;RBI=0.0145172;REFB=-0.0118984;REVB=0.00379453;RO=36;SAF=15;SAR=28;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108002;STB=0.559622;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0105488;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:28:15:17:19:28:15:17:19 chr19 7712139 . GCCCCG GCCC,GCCCG 100.13 PASS AF=0.457143,0.0571429;AO=12,6;DP=37;FAO=16,2;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8,2;FSAR=8,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0391088,-0.0823887;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=20.5707,10.2762;QD=11.4434;RBI=0.134708,0.305226;REFB=-0.108601,-0.145403;REVB=0.128906,0.293896;RO=16;SAF=6,6;SAR=6,0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.727768;STB=0.515133,0.994775;STBP=0.877,0.162;TYPE=del,del;VARB=0.119101,0.162704;OID=.,.;OPOS=7712143,7712140;OREF=CG,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCC,GCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143,0.0571429:12,6:37:16,2:35:17:8,2:8,0:8:9:87:16:6,6:6,0:8:8 chr19 7712277 . A G 1680.35 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456315;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.139;QD=60.5531;RBI=0.04634;REFB=0;REVB=-0.00807212;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95264e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:64:46:0:0:65:46:0:0 chr19 7743821 . A G 83.49 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0239772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9718;QD=20.8728;RBI=0.0272789;REFB=-0.0275243;REVB=0.0130089;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166463;STB=0.594418;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0083743;OID=.;OPOS=7743821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:5:1:4:6:5:1 chr19 7743879 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00109462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.664;QD=14.1696;RBI=0.010645;REFB=0.000296152;REVB=-0.0105886;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160599;STB=0.592856;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.000788247;OID=.;OPOS=7743879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:10:2:3:7:10:2 chr19 7755056 . G A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.00484519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6294;QD=10.8235;RBI=0.0410332;REFB=-0.00270081;REVB=-0.0407462;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298071;STB=0.673334;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00284693;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:4:19:7:5:4:19 chr19 7916620 . A G 225.84 PASS AF=0.8;AO=19;DP=24;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0445974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.814;QD=36.1347;RBI=0.0445977;REFB=-0.0105197;REVB=0.000135157;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687825;STB=0.540942;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00152411;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:25:5:5:19:20:0.8:11:8:3:2:12:8:3:2 chr19 7928462 . T C 971.28 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.179;QD=58.8655;RBI=0.0112525;REFB=0;REVB=0.00776271;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51518e-05;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:45:20:0:0:46:20:0:0 chr19 7928788 . A C 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.74;QD=50.4108;RBI=0.128379;REFB=0;REVB=-0.0273315;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00346916;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr19 7938306 . A AG 415.31 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.9508;QD=41.5305;RBI=0.0565242;REFB=0;REVB=0.0309507;RO=4;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000182938;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:40:40:40:0:28:12:0:0:8:4:27:8:0:4 chr19 7944348 . TC T 235.43 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405604;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.5248;QD=49.5633;RBI=0.0656188;REFB=0;REVB=-0.0515818;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00106042;OID=.;OPOS=7944349;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:19:19:0:13:6:0:0:4:0:13:6:0:0 chr19 7963914 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.052;QD=51.1843;RBI=0.0369757;REFB=0;REVB=0.0252982;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072816;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr19 7968168 . G A 46.07 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0259553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.614;QD=9.21353;RBI=0.0399341;REFB=-0.0222467;REVB=0.0303489;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102163;STB=0.581866;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0368621;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:12:13:7:7:0.35:3:4:8:4:3:4:9:4 chr19 7975586 . C T 99.63 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0293504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.105;QD=26.5668;RBI=0.0345979;REFB=0.018792;REVB=0.0183186;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215993;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00689807;OID=.;OPOS=7975586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:6:5:2:2:6:5:2:2 chr19 7986638 . C G 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0134838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.992;QD=24.2021;RBI=0.0135651;REFB=-0.0287257;REVB=0.00148322;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175948;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:12:6:4:8:12:6:4:8 chr19 8122737 . G A 95.42 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.044747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.4979;QD=14.136;RBI=0.0643219;REFB=-0.0155165;REVB=-0.0462062;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297828;STB=0.528254;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0175562;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:27:27:13:15:12:12:0.444444:7:5:5:8:7:5:7:8 chr19 8122767 . T C 147.36 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.025372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.062;QD=17.3364;RBI=0.061285;REFB=-0.0145071;REVB=-0.0557863;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513688;STB=0.529375;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0165401;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:8:10:8:8:8:10 chr19 8150350 . ACCCCCA ACCCACA,ACCCCA,ACCCCCAC 32.14 PASS AF=0.0740741,0,0.185185;AO=2,6,3;DP=29;FAO=2,0,5;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2,0,4;FSAR=0,0,1;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.128832,-0.321352,-0.0512525;FXX=0.0357015;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,1;MLLD=135.91,12.7086,18.6312;QD=4.76092;RBI=0.134149,0.323114,0.186126;REFB=-0.00435257,-0.0380807,-0.00182652;REVB=0.0373917,0.0336984,-0.17893;RO=13;SAF=2,6,2;SAR=0,0,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.490041,0.701361,-0.0321514;STB=0.992804,0.5,0.60822;STBP=0.324,1,0.644;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.122677,0.0285918,0.00254056;OID=.,.,.;OPOS=8150354,8150351,8150357;OREF=C,C,-;OALT=A,-,C;OMAPALT=ACCCACA,ACCCCA,ACCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.0740741,0,0.185185:2,6,3:29:2,0,5:27:20:2,0,4:0,0,1:14:6:21:13:2,6,2:0,0,1:9:4 chr19 8152725 . A G 744.06 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4258;QD=56.1556;RBI=0.00766702;REFB=0;REVB=0.00346414;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402733;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr19 8159409 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.048;QD=51.9166;RBI=0.0607964;REFB=0;REVB=0.0602415;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337478;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 8160897 . G C 192.5 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0159057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.731;QD=14.8079;RBI=0.0159195;REFB=-0.0300542;REVB=0.000662153;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336342;STB=0.519213;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.025408;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:14:16:11:11:14:16 chr19 8161450 . C T 214.48 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00513627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.976;QD=21.4476;RBI=0.00520217;REFB=-0.0199227;REVB=0.000825418;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0203247;OID=.;OPOS=8161450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:10:11:10:9:10:11:10:9 chr19 8165868 . G A 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0124873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.125;QD=10.4168;RBI=0.018323;REFB=-0.024002;REVB=-0.0134089;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209815;STB=0.622063;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0339364;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:28:17:13:10:28:17 chr19 8176569 . G A 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0166471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.289;QD=7.46269;RBI=0.0426793;REFB=-0.0103587;REVB=0.0392988;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.611451;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0273835;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:7:10:3:4:7:10 chr19 8176640 . C T 141.25 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0149553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0144;QD=13.4523;RBI=0.0717673;REFB=0.00121939;REVB=-0.0701918;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815884;STB=0.54756;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.00502993;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:15:11:8:8:15:11 chr19 8176919 . C G,T 283.51 PASS AF=0.0833333,0.875;AO=2,21;DP=24;FAO=2,21;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00943729,0.00807427;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.2147,150.13;QD=47.2519;RBI=0.00943934,0.0214896;REFB=-0.0791216,-0.138376;REVB=-0.000196642,0.0199151;RO=1;SAF=0,10;SAR=2,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0401224;STB=0.5,0.521719;STBP=1,0.501;TYPE=snp,snp;VARB=0.196818,6.92984e-05;OID=.,.;OPOS=8176919,8176919;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:1:1:2,21:2,21:0.0833333,0.875:2,11:0,10:0:1:2,11:0,10:0:1 chr19 8183871 . G A 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0774267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.655;QD=6.92813;RBI=0.0779134;REFB=-0.0152446;REVB=-0.00869555;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34828;STB=0.753765;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0252475;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:6:8:5:1:7:8 chr19 8188812 . C T 230.86 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0226201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.468;QD=16.4902;RBI=0.022771;REFB=-0.00989343;REVB=0.00261671;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158789;STB=0.589219;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0104553;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:20:10:13:13:20:10 chr19 8191184 . C T 86.32 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.051259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.6002;QD=13.8117;RBI=0.0512596;REFB=-0.0716539;REVB=0.000236632;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168865;STB=0.509074;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0862555;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:25:14:14:10:11:0.44:3:7:10:4:3:8:10:4 chr19 8191238 . C T 445.9 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.2458;QD=57.5355;RBI=0.0691922;REFB=0;REVB=0.0237832;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182704;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr19 8191248 . A G 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.526;QD=57.1969;RBI=0.0413521;REFB=0;REVB=0.0318724;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153074;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr19 8196444 . C T 658.26 PASS AF=1;AO=34;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189459;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.623;QD=62.6909;RBI=0.0780712;REFB=0;REVB=0.0757375;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417699;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:34:42:1:9:25:0:0:12:30:0:0 chr19 8321562 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.285;QD=62.0189;RBI=0.0289057;REFB=0;REVB=0.0144399;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135889;OID=.;OPOS=8321562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:27:15:0:0 chr19 8326904 . G A 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.539;QD=55.0899;RBI=0.0367763;REFB=0;REVB=-0.0071381;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221534;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr19 8367033 . T C 50.16 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0621882;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7339;QD=13.3765;RBI=0.076651;REFB=-0.0504933;REVB=0.0448106;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.023101;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:4:4:4:3:4:4 chr19 8436028 . TCCCC TCCC,TCCCG 91.57 PASS AF=0.882353,0;AO=8,2;DP=17;FAO=15,0;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=11,0;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.273652,0.0277528;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.1925,13.954;QD=21.545;RBI=0.285058,0.0369567;REFB=0.071058,0.135209;REVB=0.0798284,-0.0244045;RO=5;SAF=4,2;SAR=4,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.446154,0;SSSB=-0.0661115,0.589598;STB=0.599858,0.5;STBP=0.072,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0280489,0;OID=.,.;OPOS=8436029,8436032;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCCC,TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353,0:8,2:17:15,0:17:2:11,0:4,0:0:2:10:5:4,2:4,0:3:2 chr19 8468337 . C T 708.08 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.366;QD=62.9405;RBI=0.117566;REFB=0;REVB=0.0227696;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722791;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr19 8553630 . C T 1463.31 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.484;QD=60.9714;RBI=0.01617;REFB=-0.0624625;REVB=0.0052444;RO=2;SAF=54;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172359;STB=0.509089;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00193644;OID=.;OPOS=8553630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:40:54:2:0:40:54:2:0 chr19 8578035 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.827;QD=60.9786;RBI=0.0243997;REFB=0;REVB=-0.00666079;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41161e-05;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr19 8645785 . CAT CCT,CT,CTC,CTG 723.53 PASS AF=0.981132,0,0.0188679,0;AO=42,7,2,2;DP=53;FAO=52,0,1,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0,1,0;FSAR=27,0,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044832,0.0294823,0.0122751,0.0213148;FXX=0;HRUN=1,1,1,1;LEN=1,1,2,2;MLLD=137.7,119.54,77.7982,101.947;QD=54.6062;RBI=0.0544153,0.037993,0.03132,0.0265997;REFB=0,0,0,0;REVB=0.0308402,0.0239637,0.0288143,0.0159129;RO=0;SAF=15,7,2,2;SAR=27,0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=3.13648e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.00571578,-0.0077055,0.0377776,-0.0025585;OID=.,.,.,.;OPOS=8645786,8645786,8645786,8645786;OREF=A,A,AT,AT;OALT=C,-,TC,TG;OMAPALT=CCT,CT,CTC,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.981132,0,0.0188679,0:42,7,2,2:53:52,0,1,0:53:0:25,0,1,0:27,0,0,0:0:0:3:0:15,7,2,2:27,0,0,0:0:0 chr19 8669931 . G C 915.6 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0574459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.957;QD=56.3444;RBI=0.0584962;REFB=0.075469;REVB=0.011035;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000134435;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:63:64:0.984615:25:38:0:0:26:38:0:1 chr19 8808373 . G T 1117.75 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0592694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4541;QD=58.8288;RBI=0.0815647;REFB=-0.154011;REVB=0.0560352;RO=1;SAF=29;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160347;STB=0.508472;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0113026;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:46:29:1:0:46:29:1:0 chr19 8808942 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.072254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.435;QD=35.5748;RBI=0.104705;REFB=0;REVB=0.0757787;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032549;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 8953801 . TA CA,CG 494.09 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=35;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613259,0.0122433;FXX=0.0285633;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=71.7636,26.8446;QD=58.1284;RBI=0.0213881,0.0147544;REFB=0,0;REVB=-0.02049,-0.00823358;RO=0;SAF=12,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000244846,0.0761625;OID=.,.;OPOS=8953801,8953801;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:20,0:12,2:0:0:20,0:12,2:0:0 chr19 8953922 . C T 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.237;QD=52.594;RBI=0.126212;REFB=0;REVB=-0.00412698;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001103;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr19 8961981 . C G 1566.45 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6704;QD=59.6741;RBI=0.0907196;REFB=0;REVB=0.0893259;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630005;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:54:49:0:0:55:50:0:0 chr19 8999429 . G T 42.02 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=95;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=0.00188247;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.431;QD=1.75098;RBI=0.0106274;REFB=-0.00463682;REVB=-0.0104593;RO=83;SAF=6;SAR=4;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112066;STB=0.579671;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0489743;OID=.;OPOS=8999429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:95:96:83:86:10:10:0.104167:4:6:42:41:4:6:44:42 chr19 8999438 . A T 89.15 PASS AF=0.166667;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=96;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=38;FSRR=42;FWDB=-0.0190629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1515;QD=3.71468;RBI=0.0195117;REFB=-0.00443901;REVB=0.00416114;RO=80;SAF=12;SAR=4;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352015;STB=0.733744;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0374875;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:96:96:80:80:16:16:0.166667:4:12:38:42:4:12:38:42 chr19 8999449 . G T 65.36 PASS AF=0.141304;AO=14;DP=92;FAO=13;FDP=92;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0564073;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7107;QD=2.84174;RBI=0.086029;REFB=-0.0056135;REVB=-0.0649554;RO=77;SAF=10;SAR=4;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281193;STB=0.673199;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0231187;OID=.;OPOS=8999449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:92:92:77:79:14:13:0.141304:4:10:38:39:4:9:39:40 chr19 8999453 . C T 253.6 PASS AF=0.322917;AO=30;DP=95;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.00967236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.487;QD=10.5668;RBI=0.0120543;REFB=-0.0149643;REVB=0.00719382;RO=65;SAF=13;SAR=17;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175458;STB=0.589277;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.028897;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:65:65:30:31:0.322917:17:13:38:27:17:14:38:27 chr19 8999478 . T C 64.87 PASS AF=0.139785;AO=11;DP=92;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.0221218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.715;QD=2.78997;RBI=0.0221219;REFB=-0.00989271;REVB=7.8754e-05;RO=79;SAF=8;SAR=3;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260881;STB=0.724018;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0561451;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:92:93:79:80:11:13:0.139785:3:8:41:38:3:10:42:38 chr19 9002504 . T C 46.8 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.0232762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7935;QD=2.33995;RBI=0.0275938;REFB=-0.00353037;REVB=-0.0148202;RO=67;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907757;STB=0.512475;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0262655;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:67:70:10:10:0.125:5:5:33:34:5:5:36:34 chr19 9002519 . G C 44.94 PASS AF=0.113636;AO=9;DP=87;FAO=10;FDP=88;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00839894;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.25;QD=2.04277;RBI=0.0214244;REFB=-0.00879064;REVB=0.0197094;RO=71;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0662329;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:88:71:78:9:10:0.113636:5:4:33:38:5:5:39:39 chr19 9002576 . T C 31.44 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=-0.0382617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3103;QD=1.41318;RBI=0.0721168;REFB=-0.0112628;REVB=-0.06113;RO=80;SAF=3;SAR=5;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114975;STB=0.587171;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.125511;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:80:81:8:8:0.0898876:5:3:38:42:5:3:38:43 chr19 9003618 . C T 296.15 PASS AF=0.445946;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00839497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.2;QD=16.0079;RBI=0.0238923;REFB=-0.0122628;REVB=-0.0223689;RO=42;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166803;STB=0.569159;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0214111;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:41:32:33:0.445946:23:9:18:24:23:10:17:24 chr19 9003645 . G A 275.24 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0185793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.328;QD=15.5065;RBI=0.0257526;REFB=-0.0126996;REVB=0.0178328;RO=39;SAF=6;SAR=25;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218836;STB=0.636266;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0288962;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:25:6:14:25:25:6:15:25 chr19 9006418 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00899596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.36;QD=3.54006;RBI=0.0246703;REFB=-0.00572292;REVB=-0.0229716;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744072;STB=0.552458;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0325284;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:14:18:3:3:14:18 chr19 9006749 . C T 546.39 PASS AF=0.542553;AO=50;DP=93;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0139956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.182;QD=23.2508;RBI=0.0220879;REFB=-0.0235076;REVB=-0.017088;RO=43;SAF=26;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850372;STB=0.54165;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0138379;OID=.;OPOS=9006749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:43:43:50:51:0.542553:24:26:18:25:25:26:18:25 chr19 9012840 . G A 64.65 PASS AF=0.104938;AO=17;DP=162;FAO=17;FDP=162;FR=.;FRO=145;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=61;FSRR=84;FWDB=-0.0192117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.56;QD=1.59638;RBI=0.0289948;REFB=-0.00339064;REVB=0.0217165;RO=144;SAF=4;SAR=13;SRF=60;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240339;STB=0.685087;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0336764;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:162:162:144:145:17:17:0.104938:13:4:60:84:13:4:61:84 chr19 9014551 . T C 100.27 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0120135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8471;QD=6.68436;RBI=0.0171044;REFB=-0.00918234;REVB=0.0121753;RO=45;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188192;STB=0.615237;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0244717;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:45:45:15:15:0.25:7:8:17:28:7:8:17:28 chr19 9014569 . A G 92.18 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00998037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.267;QD=6.24976;RBI=0.0341069;REFB=-0.00186465;REVB=-0.032614;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163094;STB=0.593092;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00637614;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:41:45:14:14:0.237288:7:7:15:26:7:7:17:28 chr19 9019605 . C G 1459.32 PASS AF=0.990099;AO=97;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0407099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.141;QD=57.795;RBI=0.0583245;REFB=-0.22684;REVB=0.0417666;RO=1;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114268;STB=0.505746;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00274309;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:1:97:100:0.990099:41:56:0:1:43:57:0:1 chr19 9020153 . CA CG,TG 475.57 PASS AF=0.333333,0.666667;AO=11,22;DP=35;FAO=11,22;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=6,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250371,0.0258836;FXX=0.0571265;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=203.722,220.095;QD=57.6442;RBI=0.0259379,0.0265232;REFB=0,0;REVB=-0.00677655,-0.00578956;RO=0;SAF=5,12;SAR=6,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00805462,-0.00386475;OID=.,.;OPOS=9020154,9020153;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:88:35:33:0:0:11,22:11,22:0.333333,0.666667:6,10:5,12:0:0:6,10:5,12:0:0 chr19 9024994 . C T 58.93 PASS AF=0.4;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0241344;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.565;QD=11.7857;RBI=0.0481402;REFB=-0.000464951;REVB=0.0416535;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196632;STB=0.649658;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00077565;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:21:20:12:12:7:8:0.4:3:4:9:3:4:4:9:3 chr19 9028373 . G A 184.64 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0125385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3679;QD=14.2032;RBI=0.0170529;REFB=-0.0333632;REVB=-0.011558;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202822;STB=0.507036;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0476883;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:30:21:22:0.423077:9:12:16:13:10:12:16:14 chr19 9048342 . C T 132.52 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0335852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8487;QD=15.1455;RBI=0.0382391;REFB=-0.0135768;REVB=0.0182827;RO=20;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250154;STB=0.646841;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0438009;OID=.;OPOS=9048342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:12:3:8:12:12:3:8:12 chr19 9048895 . A C 257.79 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0120093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4446;QD=18.4134;RBI=0.0170832;REFB=0.00351049;REVB=-0.0121495;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323845;STB=0.518122;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000925591;OID=.;OPOS=9048895;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:13:15:16:12:13:15 chr19 9057408 . A G 740.79 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.085;QD=56.9841;RBI=0.0372742;REFB=0;REVB=0.0155972;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99834e-05;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr19 9057687 . A G 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.218;QD=59.0079;RBI=0.0575204;REFB=0;REVB=0.00452939;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000365377;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr19 9058907 . G C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.244;QD=51.9148;RBI=0.0600711;REFB=0;REVB=0.0443944;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001004;OID=.;OPOS=9058907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 9059159 . T G 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00214478;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=247.294;QD=54.0133;RBI=0.00370674;REFB=-0.0337464;REVB=-0.00302322;RO=2;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138465;STB=0.507409;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.000139131;OID=.;OPOS=9059159;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:22:13:1:1:22:13:1:1 chr19 9059307 . C T 688.69 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0467697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.438;QD=54.0147;RBI=0.0533379;REFB=-0.0812501;REVB=0.0256423;RO=1;SAF=16;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285;STB=0.51428;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000448866;OID=.;OPOS=9059307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:33:16:1:0:33:17:1:0 chr19 9059808 . A G 958.38 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840839;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.269;QD=58.9771;RBI=0.0172329;REFB=0;REVB=0.0150423;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67681e-05;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr19 9060541 . C T 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00885602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.993;QD=62.3483;RBI=0.0192462;REFB=0;REVB=0.0170876;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54459e-05;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr19 9060605 . G A 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.448;QD=57.1045;RBI=0.0492667;REFB=0;REVB=0.0469093;RO=0;SAF=39;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237313;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:16:39:0:0:16:39:0:0 chr19 9060812 . T C 632.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.169;QD=61.6696;RBI=0.0430606;REFB=0;REVB=-0.00600805;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53251e-05;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr19 9061080 . G C 330.73 PASS AF=0.589286;AO=32;DP=55;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00572277;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=256.371;QD=23.6235;RBI=0.00842338;REFB=-0.0207434;REVB=0.00618087;RO=23;SAF=18;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698323;STB=0.544528;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0122078;OID=.;OPOS=9061080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:23:32:33:0.589286:14:18:15:8:15:18:15:8 chr19 9061559 . C G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.892;QD=60.61;RBI=0.00807612;REFB=0;REVB=0.00112472;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36891e-05;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 9062415 . T G 632.65 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00357676;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.946;QD=61.7219;RBI=0.0264533;REFB=0;REVB=0.0262104;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141276;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr19 9062544 . T G 302.11 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9644;QD=52.5408;RBI=0.0844021;REFB=0;REVB=-0.0810677;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147203;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:1:0:22:23:1:14:8:1:0:14:9:0:0 chr19 9062847 . A G 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0328559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.245;QD=20.8929;RBI=0.0359845;REFB=-0.0121981;REVB=-0.0146755;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268;STB=0.649755;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0137481;OID=.;OPOS=9062847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:0:6:7:3:0:6 chr19 9065203 . T C 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.232;QD=48.7294;RBI=0.0412631;REFB=0;REVB=0.037169;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057648;OID=.;OPOS=9065203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 9065510 . G A 625.07 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9834;QD=59.53;RBI=0.103594;REFB=-0.0418367;REVB=0.101586;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261042;OID=.;OPOS=9065510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:21:20:0:1:22:20:0:0 chr19 9066259 . T C 1238.0 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.786;QD=60.3901;RBI=0.159593;REFB=0;REVB=0.156416;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036272;OID=.;OPOS=9066259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:76:82:0:0:76:82:1:36:40:0:0:40:42:0:0 chr19 9068530 . C T 955.15 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00395769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.593;QD=58.7784;RBI=0.0241087;REFB=0;REVB=-0.0237816;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.01739e-05;OID=.;OPOS=9068530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:39:26:0:0:39:26:0:0 chr19 9070079 . C G 323.25 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.398;QD=53.8747;RBI=0.0252606;REFB=0;REVB=0.00457584;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215191;OID=.;OPOS=9070079;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 9070194 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.046;QD=61.6831;RBI=0.0144187;REFB=0;REVB=0.0120738;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9745e-05;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr19 9070225 . G C 902.5 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.459;QD=58.2259;RBI=0.0659499;REFB=0;REVB=0.0388702;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661581;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr19 9070837 . G A 677.19 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.044578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.814;QD=56.4323;RBI=0.0476627;REFB=0.0149042;REVB=0.0168682;RO=2;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426567;STB=0.531901;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.000527508;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:48:48:2:3:44:45:0.9375:21:23:0:2:22:23:0:3 chr19 9071763 . T A 1360.01 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.898;QD=59.7807;RBI=0.0404374;REFB=-0.0384224;REVB=0.0362143;RO=1;SAF=31;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824214;STB=0.504347;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00030235;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:1:1:88:90:0.989011:57:31:0:1:57:33:0:1 chr19 9071924 . G A 104.93 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0119539;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6898;QD=9.76074;RBI=0.0119918;REFB=-0.0333598;REVB=0.000952109;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3491;STB=0.739378;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0778812;OID=.;OPOS=9071924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:31:30:13:13:0.302326:4:9:12:19:4:9:10:20 chr19 9075021 . G A 346.46 PASS AF=0.4;AO=40;DP=104;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00212785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3996;QD=13.1984;RBI=0.00833497;REFB=-0.006919;REVB=-0.00805878;RO=63;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502424;STB=0.528701;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0130178;OID=.;OPOS=9075021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:63:63:40:42:0.4:21:19:27:36:22:20:27:36 chr19 9075565 . C T 1351.76 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594236;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4816;QD=62.1498;RBI=0.0607199;REFB=0;REVB=-0.0124796;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256076;OID=.;OPOS=9075565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:52:33:0:0:52:35:0:0 chr19 9075737 . T C 636.28 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0749028;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7046;QD=62.0758;RBI=0.0802938;REFB=0;REVB=-0.028925;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00134701;OID=.;OPOS=9075737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr19 9077196 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.238;QD=56.9378;RBI=0.023126;REFB=0;REVB=-0.0230845;RO=0;SAF=14;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.11011e-05;OID=.;OPOS=9077196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:38:14:0:0:39:14:0:0 chr19 9080462 . C G 1840.68 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00127065;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.198;QD=60.3503;RBI=0.042666;REFB=-0.0963719;REVB=0.0426471;RO=0;SAF=53;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=9.66549e-05;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:122:122:0:1:120:121:0.991803:67:53:0:0:67:54:1:0 chr19 9082514 . C A 1302.35 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.627;QD=61.2869;RBI=0.0602572;REFB=0;REVB=0.0369284;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207936;OID=.;OPOS=9082514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:85:0:0:77:85:1:50:27:0:0:55:30:0:0 chr19 9087615 . T A 631.43 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.7822;QD=57.4026;RBI=0.0455228;REFB=-0.0512911;REVB=0.045301;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0134824;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:44:0:0:41:44:1:25:16:0:0:28:16:0:0 chr19 9088017 . T G 423.44 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00392553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.7763;QD=51.3265;RBI=0.0152976;REFB=-0.119841;REVB=0.0147853;RO=2;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443701;STB=0.522713;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00477288;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:32:33:2:2:30:31:0.939394:20:10:0:2:21:10:0:2 chr19 9088722 . G A 857.14 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.422;QD=57.1425;RBI=0.0543732;REFB=0;REVB=0.0476309;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109796;OID=.;OPOS=9088722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:31:29:0:0 chr19 9204307 . A G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00572104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.571;QD=8.99477;RBI=0.00681961;REFB=-0.00317405;REVB=-0.00371171;RO=29;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045013;STB=0.527381;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00841137;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:5:7:18:11:5:7:18:11 chr19 9213132 . A G 36.85 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0628432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5427;QD=7.75866;RBI=0.0780846;REFB=-0.0308708;REVB=0.0463459;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0330731;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:7:6:2:4:7:6 chr19 9213651 . C T 300.33 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00554428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.237;QD=24.5163;RBI=0.00738439;REFB=-0.0287971;REVB=-0.00487751;RO=22;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197946;STB=0.609046;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0216541;OID=.;OPOS=9213651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:16:11:4:18:16:11:4:18 chr19 9225685 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0124144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.037;QD=16.6269;RBI=0.0134546;REFB=-0.030438;REVB=-0.00518729;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225385;STB=0.629024;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0177024;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:4:10:6:7:4:10 chr19 9225940 . G A 64.12 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0813527;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3049;QD=8.54922;RBI=0.0876127;REFB=-0.0146131;REVB=-0.0325227;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343623;STB=0.727463;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0285135;OID=.;OPOS=9225940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:22:21:9:9:0.3:7:2:11:11:7:2:11:10 chr19 9225973 . G A 35.37 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0245848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.909;QD=5.44215;RBI=0.0589161;REFB=-0.00803886;REVB=-0.0535415;RO=20;SAF=2;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591769;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0243461;OID=.;OPOS=9225973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:5:6:0.230769:3:2:9:11:4:2:9:11 chr19 9226017 . C G 358.07 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.915;QD=55.0875;RBI=0.0365778;REFB=0;REVB=0.0335602;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012565;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr19 9236697 . AG AGATGGT,GT 421.39 PASS AF=0.666667,0.179487;AO=26,7;DP=39;FAO=26,7;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=12,3;FSAR=14,4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00651463,0.0175756;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=5,2;MLLD=180.187,129.674;QD=43.2198;RBI=0.0210844,0.0184361;REFB=-0.058102,-0.0118829;REVB=0.0200528,0.00556664;RO=6;SAF=12,3;SAR=14,4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.127853,-0.308536;STB=0.569325,0.680376;STBP=0.132,0.255;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00725939,-0.00343915;OID=.,.;OPOS=9236699,9236697;OREF=-,AG;OALT=ATGGT,GT;OMAPALT=AGATGGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:39:39:6:6:26,7:26,7:0.666667,0.179487:14,4:12,3:5:1:14,4:12,3:5:1 chr19 9236886 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.038;QD=49.5987;RBI=0.025231;REFB=0;REVB=0.0250828;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169893;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr19 9236911 . GAAAAAG GAAAAA,GAAAAG 85.45 PASS AF=0.458333,0;AO=10,3;DP=24;FAO=11,0;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=4,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00787457,-0.0569673;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=99.9554,12.8506;QD=14.2409;RBI=0.0228757,0.0885899;REFB=0.0132584,-0.120262;REVB=-0.0214777,-0.0678447;RO=10;SAF=7,2;SAR=3,1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.315789;SSSB=0.0969297,0.0766313;STB=0.512173,0.5;STBP=0.925,1;TYPE=del,del;VARB=-0.015881,0.0415376;OID=.,.;OPOS=9236917,9236912;OREF=G,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333,0:10,3:24:11,0:24:13:7,0:4,0:8:5:84:10:7,2:3,1:6:4 chr19 9237435 . A G 204.98 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.816;QD=48.2304;RBI=0.0582414;REFB=0;REVB=0.0346671;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815528;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr19 9237542 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.932;QD=33.4285;RBI=0.129201;REFB=0;REVB=0.0751523;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093464;OID=.;OPOS=9237542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 9297261 . C T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0221027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.184;QD=6.92899;RBI=0.0288957;REFB=-0.00709964;REVB=-0.0186127;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385775;STB=0.753765;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0212663;OID=.;OPOS=9297261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:7:8:5:1:7:8 chr19 9297488 . A T 97.52 PASS AF=0.444444;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.033317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9851;QD=14.447;RBI=0.0349387;REFB=-0.00578259;REVB=0.010521;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502873;STB=0.5384;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0139753;OID=.;OPOS=9297488;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:25:27:12:15:10:12:0.444444:8:2:2:10:9:3:3:12 chr19 9325078 . G A 100.77 PASS AF=0.317073;AO=12;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0119862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.391;QD=9.83102;RBI=0.0199745;REFB=-0.0170307;REVB=-0.0159785;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105953;STB=0.547457;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0315903;OID=.;OPOS=9325078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:12:13:0.317073:6:6:11:16:7:6:11:17 chr19 9346427 . T C 362.53 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0906804;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.585;QD=55.7737;RBI=0.106457;REFB=0;REVB=0.0557681;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000761685;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 9346599 . C G 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000966542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5193;QD=59.8336;RBI=0.0145011;REFB=0;REVB=0.0144689;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026973;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr19 9452026 . ACT ACA,A 231.96 PASS AF=0.0952381,0.857143;AO=2,16;DP=22;FAO=2,18;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=2,7;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108443,0.00179199;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=43.8663,183.58;QD=44.1836;RBI=0.120741,0.0520871;REFB=-0.0781419,-0.0883323;REVB=-0.0530898,-0.0520563;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.36667e-08;STB=0.5,0.533296;STBP=1,0.314;TYPE=snp,del;VARB=0.0238774,0.0147286;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.857143:2,16:22:2,18:21:1:2,7:0,11:1:0:10:0:2,5:0,11:0:0 chr19 9490814 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.158;QD=55.0986;RBI=0.00327506;REFB=0;REVB=0.00279371;RO=0;SAF=5;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83839e-05;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:21:5:0:0:21:5:0:0 chr19 9492141 . C T 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7753;QD=59.4311;RBI=0.0278913;REFB=0;REVB=-0.00735464;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279998;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr19 9492370 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.913;QD=46.848;RBI=0.067358;REFB=0;REVB=0.0016201;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340657;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 9524185 . A G 1505.58 PASS AF=0.867188;AO=111;DP=128;FAO=111;FDP=128;FR=.;FRO=17;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.047126;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.6006;QD=47.0494;RBI=0.0534548;REFB=-0.179652;REVB=0.0252301;RO=12;SAF=46;SAR=65;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937918;STB=0.562639;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0224188;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:128:128:12:17:111:111:0.867188:65:46:11:1:65:46:15:2 chr19 9578288 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00640606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.371;QD=16.6273;RBI=0.0116798;REFB=-0.0063316;REVB=0.00976628;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207446;STB=0.631394;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00723516;OID=.;OPOS=9578288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:10:3:6:7:11:3 chr19 9968434 . C T 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00204419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.901;QD=21.3759;RBI=0.0207639;REFB=-0.0257694;REVB=0.0206631;RO=22;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207035;STB=0.511618;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0297918;OID=.;OPOS=9968434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:11:12:12:10:11:12:12:10 chr19 10090649 . A G 60.19 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00701957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9528;QD=17.1966;RBI=0.0109999;REFB=-0.0147983;REVB=-0.00846902;RO=6;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260084;STB=0.655787;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0150186;OID=.;OPOS=10090649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:7:1:2:4:7:1:2:4 chr19 10090684 . GC G 102.76 PASS AF=0.772727;AO=15;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0802506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3277;QD=18.6838;RBI=0.094971;REFB=-0.051187;REVB=-0.0507871;RO=5;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.311301;SSSB=-0.624995;STB=0.856585;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0227774;OID=.;OPOS=10090685;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.772727:15:22:17:22:5:1:16:5:0:28:5:1:14:5:0 chr19 10100061 . C A 224.21 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.0399099;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.482;QD=25.6236;RBI=0.0420164;REFB=0.0126847;REVB=0.0131368;RO=15;SAF=7;SAR=14;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248407;STB=0.627802;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00531234;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:14:21:21:0.6:14:7:1:14:14:7:1:13 chr19 10107158 . G C 250.58 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00196304;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.5052;QD=21.3259;RBI=0.0413159;REFB=-0.065796;REVB=-0.0412693;RO=21;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689383;STB=0.528279;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0584188;OID=.;OPOS=10107158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:21:22:25:25:0.531915:14:11:11:10:14:11:11:11 chr19 10112346 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00866115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.641;QD=61.3364;RBI=0.031357;REFB=0;REVB=0.0301371;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.52897e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr19 10116375 . G T 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0246071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.243;QD=7.04782;RBI=0.0259156;REFB=-0.0133873;REVB=0.00813077;RO=22;SAF=2;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351349;STB=0.723561;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0457234;OID=.;OPOS=10116375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:6:2:12:10:6:2:12:10 chr19 10116508 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0219305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.008;QD=12.396;RBI=0.0965872;REFB=-0.0208254;REVB=0.0940646;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0665819;OID=.;OPOS=10116508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:4:1:4:1:4:1 chr19 10131999 . T C 169.17 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0175391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.612;QD=13.0132;RBI=0.017681;REFB=-0.0130102;REVB=0.00223576;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269164;STB=0.653707;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0237472;OID=.;OPOS=10131999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:24:8:10:10:24:8 chr19 10132290 . C T 119.27 PASS AF=0.342105;AO=8;DP=39;FAO=13;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0163299;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.697;QD=12.5542;RBI=0.0163306;REFB=-0.0057785;REVB=0.000151565;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513871;STB=0.588607;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0219573;OID=.;OPOS=10132290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:38:23:23:8:13:0.342105:7:1:12:11:8:5:12:11 chr19 10218332 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.017518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.995;QD=8.08938;RBI=0.0389794;REFB=-0.0219202;REVB=-0.0348211;RO=22;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244182;STB=0.657116;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0519137;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:8:1:5:17:8:1:5:17 chr19 10218524 . C G 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0349604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0844;QD=15.5707;RBI=0.0501844;REFB=-0.0156454;REVB=-0.0360034;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.609182;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0313289;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:8:4:6:5:8:4 chr19 10225777 . A G 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0123593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.597;QD=22.5809;RBI=0.0159504;REFB=-0.00565366;REVB=0.0100829;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101303;STB=0.557426;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00328458;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:3:4:5:7:3:4 chr19 10229297 . C A 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00471013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.174;QD=8.08957;RBI=0.051018;REFB=-0.00026953;REVB=-0.0508002;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.68807;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-5.24406e-05;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:21:22:9:9:0.290323:2:7:11:10:2:7:12:10 chr19 10265312 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.903;QD=51.1838;RBI=0.075431;REFB=0;REVB=0.0482229;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.72616e-05;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 10267077 . T C 233.67 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00680561;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.867;QD=13.9503;RBI=0.00698895;REFB=-0.00213973;REVB=0.00159031;RO=40;SAF=8;SAR=19;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149194;STB=0.58563;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00493489;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:40:40:27:27:0.402985:19:8:17:23:19:8:17:23 chr19 10271034 . C G 230.69 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0343986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2445;QD=17.7452;RBI=0.0416319;REFB=-0.0137374;REVB=0.023451;RO=27;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821117;STB=0.546304;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0181321;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:9:16:15:12:9:16:15:12 chr19 10273372 . T C 78.6 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0198165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.286;QD=14.9707;RBI=0.0233747;REFB=0.00328862;REVB=0.0123969;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.571292;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00423529;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:4:5:8:3:4:6:8:3 chr19 10291181 . T C 372.92 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00198385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.185;QD=28.1451;RBI=0.006429;REFB=-0.0220697;REVB=0.00611526;RO=18;SAF=10;SAR=25;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00606793;STB=0.503309;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0152159;OID=.;OPOS=10291181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:18:18:35:35:0.660377:25:10:5:13:25:10:5:13 chr19 10428991 . GGC G,GGG 80.66 PASS AF=0.183673,0;AO=17,5;DP=121;FAO=18,0;FDP=98;FR=.;FRO=80;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.0483915,0.0526054;FXX=0.048539;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.4394,18.3937;QD=3.29216;RBI=0.0610159,0.0749859;REFB=-0.0133779,0.00938484;REVB=0.0371646,0.0534374;RO=84;SAF=9,0;SAR=8,5;SRF=29;SRR=55;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=0.233337,-0.433029;STB=0.622321,0.5;STBP=0.296,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0702754,0;OID=.,.;OPOS=10428992,10428993;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673,0:17,5:121:18,0:98:80:9,0:9,0:28:52:81:84:9,0:8,5:29:55 chr19 10431799 . G T 112.64 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00423219;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=146.921;QD=16.6872;RBI=0.00778653;REFB=-0.0209333;REVB=0.00653595;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519969;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0104375;OID=.;OPOS=10431799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:7:6:6:7:7:7 chr19 10449392 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.257;QD=53.2772;RBI=0.0363747;REFB=0;REVB=0.0265019;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180549;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 10475652 . C A 934.45 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.247;QD=58.403;RBI=0.135854;REFB=0;REVB=0.0175824;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450258;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:39:24:0:0:39:25:0:0 chr19 10475654 . G A 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00615969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.914;QD=16.2363;RBI=0.0114839;REFB=-0.0047453;REVB=0.00969215;RO=36;SAF=15;SAR=15;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216574;STB=0.621136;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00789754;OID=.;OPOS=10475654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:15:15:10:26:15:15:10:26 chr19 10488969 . G T 430.59 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00244868;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.641;QD=19.1375;RBI=0.0102548;REFB=-0.0283323;REVB=0.00995815;RO=47;SAF=14;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102156;STB=0.557035;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0230167;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:47:47:43:43:0.477778:29:14:20:27:29:14:20:27 chr19 10579474 . T G 505.01 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0422564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.286;QD=54.5961;RBI=0.115612;REFB=-0.0722321;REVB=0.107613;RO=2;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05184;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00952788;OID=.;OPOS=10579474;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:36:37:2:1:33:36:0.972973:16:17:2:0:18:18:1:0 chr19 10579834 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0162291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.867;QD=13.9591;RBI=0.0424139;REFB=-0.0136931;REVB=-0.0391862;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.65172;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0752707;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:5:2:3:3:5:2:4:3 chr19 10599965 . G A 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00222376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.467;QD=17.1527;RBI=0.00899421;REFB=-0.0088579;REVB=0.00871497;RO=20;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283926;STB=0.664025;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0241234;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:4:13:10:10:4:13:10:10 chr19 10600442 . G C 340.15 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00270804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.969;QD=48.5922;RBI=0.0372084;REFB=0.00162022;REVB=0.0371098;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662357;STB=0.535687;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=3.98088e-06;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:13:13:2:0:13:13:2:0 chr19 10659659 . C T 537.97 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=89;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0209383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.89;QD=24.1785;RBI=0.0251535;REFB=-0.0244387;REVB=0.0139388;RO=38;SAF=17;SAR=33;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471893;STB=0.533548;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0237386;OID=.;OPOS=10659659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:39:50:50:0.561798:33:17:15:23:33:17:16:23 chr19 10668383 . T C 103.87 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0251327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.46;QD=18.8856;RBI=0.0352651;REFB=-0.0371354;REVB=-0.024738;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139548;STB=0.636153;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0357596;OID=.;OPOS=10668383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:22:22:7:10:12:12:0.545455:6:6:5:2:6:6:8:2 chr19 10668452 . A G 127.83 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.856;QD=39.3318;RBI=0.0462011;REFB=-0.113982;REVB=-0.045625;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380648;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr19 10668673 . A G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0213787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.957;QD=10.6295;RBI=0.0214076;REFB=-0.0146275;REVB=-0.00111148;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308435;STB=0.672068;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0266124;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:15:8:27:16:15:8:27:17 chr19 10670184 . C G 187.33 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00609533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.356;QD=14.6928;RBI=0.0165766;REFB=-0.0343025;REVB=-0.0154152;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902056;STB=0.542332;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0447337;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:15:14:12:9:15:15 chr19 10672493 . C T 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0100702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.644;QD=14.6547;RBI=0.0497207;REFB=0.0443655;REVB=0.0486902;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290708;STB=0.666254;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0199682;OID=.;OPOS=10672493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:0:5:5:1:0:5 chr19 10676423 . G A 196.89 PASS AF=0.633333;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00874403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.175;QD=26.2516;RBI=0.00875429;REFB=-0.0393922;REVB=-0.000423714;RO=11;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085039;STB=0.556719;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0287483;OID=.;OPOS=10676423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:30:11:11:18:19:0.633333:7:11:8:3:8:11:8:3 chr19 10676681 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00841287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.042;QD=14.9787;RBI=0.0436035;REFB=-0.0235638;REVB=-0.0427842;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0325005;OID=.;OPOS=10676681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr19 10676691 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0282774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.206;QD=13.486;RBI=0.0283075;REFB=-0.0168157;REVB=-0.00130603;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202897;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0201352;OID=.;OPOS=10676691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:5:6:3:6:5:6 chr19 10683477 . A G 1009.5 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.584;QD=59.3824;RBI=0.0149023;REFB=0;REVB=-0.00629786;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72021e-06;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:68:0:0:64:68:1:31:33:0:0:32:36:0:0 chr19 10692000 . T C 302.15 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.00229882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.775;QD=25.179;RBI=0.00243448;REFB=-0.00775737;REVB=-0.000801337;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23358;STB=0.628617;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0044977;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:4:17:14:13:4:17 chr19 10738639 . C T 101.04 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0772612;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3457;QD=13.9363;RBI=0.0773946;REFB=-0.0127865;REVB=0.00454288;RO=17;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502686;STB=0.806686;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0298257;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:11:1:7:10:11:1:7:10 chr19 10742170 . A G 132.23 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00617213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2114;QD=24.041;RBI=0.0956166;REFB=-0.0127636;REVB=-0.0954172;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00761532;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:4:4:7:7:4:4 chr19 10794123 . GAAAA GAAAC,GAAA 42.53 PASS AF=0.0754717,0.113208;AO=5,7;DP=53;FAO=4,6;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=0,5;FSAR=4,1;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.0720051,-0.118233;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=101.655,13.4717;QD=3.21006;RBI=0.0720841,0.123162;REFB=-0.00269714,-0.0707222;REVB=-0.00337361,-0.0344967;RO=33;SAF=0,2;SAR=5,5;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0.326531;SSSB=-0.583062,-0.0667542;STB=0.996403,0.894912;STBP=0.109,0.105;TYPE=snp,del;VARB=0.0826946,0.11605;OID=.,.;OPOS=10794127,10794124;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAAAC,GAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0754717,0.113208:5,7:53:4,6:53:43:0,5:4,1:13:30:20:33:0,2:5,5:11:22 chr19 10794630 . G T 287.63 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0193955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.564;QD=15.9793;RBI=0.0225385;REFB=-0.017813;REVB=0.0114804;RO=40;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190664;STB=0.510746;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0230417;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:13:19:23:17:13:19:23:17 chr19 10935885 . C T 138.16 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0210528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.323;QD=19.0565;RBI=0.0244786;REFB=-0.012838;REVB=-0.0124891;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930297;STB=0.583221;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0128983;OID=.;OPOS=10935885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:14:15:0.517241:8:6:7:6:9:6:8:6 chr19 10939792 . T C 299.13 PASS AF=0.359223;AO=35;DP=101;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=50;FWDB=-0.0145491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.438;QD=11.6168;RBI=0.0145687;REFB=-0.00675672;REVB=-0.00075511;RO=65;SAF=6;SAR=29;SRF=16;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131797;STB=0.583854;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0144122;OID=.;OPOS=10939792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:65:66:35:37:0.359223:29:6:16:49:31:6:16:50 chr19 10942310 . C T 179.66 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00178123;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.8854;QD=11.0558;RBI=0.0145033;REFB=-0.0120813;REVB=-0.0143935;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00230443;STB=0.501339;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0256757;OID=.;OPOS=10942310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:11:12:22:20:11:12:22:20 chr19 11036403 . T C 104.52 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000675367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.368;QD=10.7202;RBI=0.0240976;REFB=-0.0145543;REVB=-0.0240881;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523028;STB=0.759595;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0320826;OID=.;OPOS=11036403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:12:13:0.333333:10:2:16:10:10:3:16:10 chr19 11105608 . T C 119.94 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.050786;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5874;QD=12.625;RBI=0.0507863;REFB=-0.0352556;REVB=0.000177119;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359931;STB=0.726925;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.064012;OID=.;OPOS=11105608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:24:14:14:0.368421:3:11:11:12:3:11:11:13 chr19 11170839 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.092;QD=39.2057;RBI=0.0432685;REFB=0;REVB=0.035981;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353735;OID=.;OPOS=11170839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 11224265 . A G 37.42 PASS AF=0.375;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.024371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.111;QD=9.35469;RBI=0.032459;REFB=-0.0129227;REVB=0.0214393;RO=9;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.718987;STB=0.749062;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0227576;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:16:9:10:5:6:0.375:0:5:5:4:1:5:5:5 chr19 11230881 . T C 116.61 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.022312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4352;QD=7.40362;RBI=0.0223396;REFB=0.00453175;REVB=0.00111053;RO=45;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00471112;STB=0.510307;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0109433;OID=.;OPOS=11230881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:46:17:17:0.269841:9:8:21:24:9:8:21:25 chr19 11233941 . A G 130.15 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.535;QD=43.3827;RBI=0.0417645;REFB=0;REVB=0.011103;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496772;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr19 11242044 . G A 199.07 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0300118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.752;QD=19.4214;RBI=0.0300157;REFB=-0.0223119;REVB=0.000480054;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203305;STB=0.603682;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0292086;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:13:6:3:18:14:6:3:18 chr19 11244187 . TTATATATATATATAT TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC 56.37 PASS AF=0.25,0.625;AO=2,3;DP=8;FAO=2,5;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1,2;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00927309,0.133262;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=109.805,64.4489;QD=28.1853;RBI=0.0604684,0.185212;REFB=-0.0299529,-0.0262658;REVB=-0.0597532,0.128626;RO=1;SAF=1,1;SAR=1,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.163246;STB=0.665164,0.571154;STBP=0.662,0.616;TYPE=del,snp;VARB=0.0525667,0.0389141;OID=.,.;OPOS=11244188,11244202;OREF=TA,T;OALT=-,C;OMAPALT=TTATATATATATAT,TTATATATATATATAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.625:2,3:8:2,5:8:1:1,2:1,3:0:1:11:1:1,1:1,2:0:1 chr19 11259788 . C T 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00413517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.514;QD=12.9737;RBI=0.0523827;REFB=-0.00224632;REVB=0.0522192;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113436;STB=0.566558;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00548404;OID=.;OPOS=11259788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:11:7:6:6:11:7 chr19 11277232 . G A 321.15 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00353716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4296;QD=18.8914;RBI=0.017434;REFB=-0.022203;REVB=0.0170714;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116619;STB=0.546933;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0190882;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:33:34:33:34:0.5:11:22:18:15:12:22:19:15 chr19 11303943 . A G 388.5 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0447161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6429;QD=55.4999;RBI=0.0447213;REFB=0;REVB=-0.00068511;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010993;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:15:12:0:1:16:12:0:0 chr19 11319636 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0202702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6386;QD=16.9312;RBI=0.0344566;REFB=-0.0255986;REVB=0.0278635;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144308;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0222236;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:5:7:5:7:5:7 chr19 11363146 . A T 404.03 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7748;QD=52.1328;RBI=0.0877136;REFB=-0.092212;REVB=-0.0547352;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00425851;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:31:0:1:28:30:0.967742:22:6:0:0:22:8:0:1 chr19 11411868 . C A 282.38 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0106478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7868;QD=12.4125;RBI=0.0199682;REFB=-0.010897;REVB=-0.0168924;RO=58;SAF=23;SAR=10;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265927;STB=0.653404;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0146236;OID=.;OPOS=11411868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:58:58:33:33:0.362637:10:23:27:31:10:23:27:31 chr19 11465316 . G C 685.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00179247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.715;QD=60.9738;RBI=0.0542456;REFB=0;REVB=-0.0542159;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149829;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:24:20:1:0:24:21:0:0 chr19 11508177 . G A 334.34 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00664529;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.973;QD=19.1052;RBI=0.0376171;REFB=-0.0038496;REVB=0.0370255;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0786674;STB=0.543834;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00344578;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:35:35:35:35:0.5:21:14:17:18:21:14:17:18 chr19 11526759 . G A 785.54 PASS AF=0.952381;AO=55;DP=62;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00769513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7865;QD=49.8755;RBI=0.163121;REFB=-0.194911;REVB=0.162939;RO=6;SAF=29;SAR=26;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035854;STB=0.507934;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00692922;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:63:6:3:55:60:0.952381:26:29:2:4:30:30:2:1 chr19 11526765 . G T 803.44 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264338;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=181.259;QD=55.4099;RBI=0.0314519;REFB=0.0746783;REVB=0.0170433;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.000112159;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:25:32:0:1:25:32:0:1 chr19 11529958 . C T 402.16 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0431544;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2759;QD=21.4483;RBI=0.0459886;REFB=-0.0220822;REVB=0.0158948;RO=35;SAF=13;SAR=27;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120838;STB=0.566946;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0185206;OID=.;OPOS=11529958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:35:35:40:40:0.533333:27:13:16:19:27:13:16:19 chr19 11664068 . A G 134.63 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210017;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.47;QD=44.8759;RBI=0.0210017;REFB=0;REVB=0;RO=1;SAF=12;SAR=0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.831585;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214697;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:1:0:12:12:1:0:12:0:1:0:12:0:0 chr19 11833653 . GTA GAT 51.63 PASS AF=0.12;AO=4;DP=52;FAO=6;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.00426745;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=2;MLLD=56.332;QD=4.13038;RBI=0.0193007;REFB=-0.0178621;REVB=-0.018823;RO=29;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517034;STB=0.526225;STBP=0.992;TYPE=mnp;VARB=0.0925795;OID=.;OPOS=11833654;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12:4:52:6:50:38:1:5:7:31:24:29:0:4:6:23 chr19 11891003 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.275;QD=51.1844;RBI=0.0486948;REFB=0;REVB=0.0305869;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386555;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 11943697 . G A 339.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.39;QD=54.3129;RBI=0.070832;REFB=0;REVB=0.0707834;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291551;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr19 12128726 . T C 97.46 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0134904;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4099;QD=11.8139;RBI=0.0246954;REFB=-0.0316408;REVB=0.0206851;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348022;STB=0.705552;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.100054;OID=.;OPOS=12128726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:14:7:8:4:14:7 chr19 12222381 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00324739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.483;QD=51.9167;RBI=0.0389657;REFB=0;REVB=0.0388302;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159338;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr19 12222861 . T C 224.82 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00363559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.107;QD=17.9858;RBI=0.0110516;REFB=-0.00784632;REVB=-0.0104365;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187016;STB=0.606202;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0158655;OID=.;OPOS=12222861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:21:21:0.42:10:11:9:18:10:11:9:18 chr19 12253327 . C T 286.99 PASS AF=0.327586;AO=38;DP=116;FAO=38;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.186647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6054;QD=9.89615;RBI=0.241325;REFB=-0.0535132;REVB=-0.152973;RO=61;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726703;STB=0.500455;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.103502;OID=.;OPOS=12253327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:61:78:38:38:0.327586:18:20:28:33:18:20:41:37 chr19 12256358 . T G 217.55 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0213521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.956;QD=22.8997;RBI=0.021361;REFB=-0.0536606;REVB=-0.000616406;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095045;STB=0.568058;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0300757;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:13:8:8:8:13:8:9:8 chr19 12256912 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.106845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.216;QD=21.5457;RBI=0.111117;REFB=-0.0128415;REVB=-0.0305155;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00405942;OID=.;OPOS=12256912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:6:4:7:7:6:4 chr19 12383540 . G C 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00604725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.891;QD=22.6321;RBI=0.00721716;REFB=-0.0188329;REVB=-0.00393931;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285713;STB=0.50387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00775043;OID=.;OPOS=12383540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:7:8:13:13:0.619048:5:8:4:3:5:8:5:3 chr19 12384580 . T C 189.5 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00605972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8508;QD=21.0557;RBI=0.0558367;REFB=-0.00312939;REVB=0.055507;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186606;STB=0.605229;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00328126;OID=.;OPOS=12384580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:7:12:7:10:7:12:7:10 chr19 12405552 . T C 878.97 PASS AF=0.457143;AO=90;DP=202;FAO=96;FDP=210;FR=.;FRO=114;FSAF=31;FSAR=65;FSRF=49;FSRR=65;FWDB=-0.0768114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.977;QD=16.7422;RBI=0.076817;REFB=-0.0305328;REVB=-0.000929205;RO=110;SAF=30;SAR=60;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911665;STB=0.563367;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0358473;OID=.;OPOS=12405552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:210:110:114:90:96:0.457143:60:30:46:64:65:31:49:65 chr19 12502457 . A G 51.8 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0216604;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.563;QD=5.45283;RBI=0.0216723;REFB=0.00727113;REVB=-0.000717831;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.624688;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.0295161;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:38:31:30:8:8:0.210526:3:5:14:17:3:5:14:16 chr19 12541532 . C A 222.61 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0121708;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.307;QD=24.7346;RBI=0.0200584;REFB=-0.00615028;REVB=-0.015944;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14505;STB=0.599911;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00365715;OID=.;OPOS=12541532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:15:21:21:0.583333:12:9:4:12:12:9:3:12 chr19 12541547 . T G 217.58 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0157598;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.685;QD=22.9035;RBI=0.0166891;REFB=-0.0161051;REVB=0.00549133;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147497;STB=0.582203;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0141258;OID=.;OPOS=12541547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:11:10:5:12:11:10:5:12 chr19 12542772 . C T 31.35 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0488832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.957;QD=13.9341;RBI=0.166375;REFB=-0.0482591;REVB=0.159032;RO=4;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338535;STB=0.699373;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0548793;OID=.;OPOS=12542772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:4:5:0.555556:1:3:4:0:2:3:4:0 chr19 12551715 . A C 192.56 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0378474;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.895;QD=17.5052;RBI=0.0392295;REFB=-0.0195575;REVB=-0.0103212;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136729;STB=0.577903;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0168617;OID=.;OPOS=12551715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:8:12:11:13:8:12:11:13 chr19 12576049 . G A 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0377214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8964;QD=14.6536;RBI=0.0407113;REFB=-0.012773;REVB=0.0153134;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357663;STB=0.705591;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0163236;OID=.;OPOS=12576049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:13:4:8:5:13:4 chr19 12759982 . T C 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00952103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.251;QD=16.0341;RBI=0.0132269;REFB=-0.0143067;REVB=0.00918154;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192282;STB=0.619716;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.021129;OID=.;OPOS=12759982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:8:12:11:16:8:12:11:17 chr19 12800973 . GC CC,G 43.52 PASS AF=0,0.636364;AO=3,10;DP=23;FAO=0,14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0211122,-0.0367493;FXX=0.0434594;HRUN=2,8;LEN=1,1;MLLD=22.5584,6.73383;QD=7.91253;RBI=0.136368,0.201545;REFB=0.0264707,0.0170073;REVB=-0.134723,0.198166;RO=6;SAF=0,2;SAR=3,8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606014,0.034987;STB=0.5,0.550952;STBP=1,0.673;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0879065;OID=.,.;OPOS=12800973,12800974;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:23:22:6:8:3,10:0,14:0,0.636364:3,8:0,2:1:5:0,11:0,3:1:7 chr19 12958697 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0456644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0848;QD=14.0961;RBI=0.0598389;REFB=-0.0262236;REVB=-0.0386712;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251125;STB=0.643845;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0103445;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:12:2:4:7:12:2 chr19 12963143 . T C 282.66 PASS AF=0.657895;AO=23;DP=36;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.009889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9572;QD=29.7537;RBI=0.069087;REFB=-0.0762363;REVB=0.0683756;RO=13;SAF=7;SAR=16;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00257718;STB=0.511618;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0353697;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:13:13:23:25:0.657895:16:7:4:9:18:7:4:9 chr19 12985576 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0344552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.569;QD=9.91632;RBI=0.0358428;REFB=-0.00974222;REVB=-0.00987662;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149263;STB=0.610901;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0440653;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:7:2:2:13:7:2:2:15 chr19 12989560 . G A 342.06 PASS AF=0.426966;AO=36;DP=89;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0124106;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.381;QD=15.3735;RBI=0.0140923;REFB=-0.0213817;REVB=0.00667612;RO=51;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030457;STB=0.501778;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0319129;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:51:36:38:0.426966:18:18:24:27:20:18:24:27 chr19 12996740 . A G 39.03 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00903466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.554;QD=12.0106;RBI=0.0313537;REFB=-0.0133635;REVB=-0.0300238;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.756614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0242978;OID=.;OPOS=12996740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:3:4:1:5:3:4 chr19 13010520 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0456696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.091;QD=14.0792;RBI=0.0628591;REFB=-0.00808838;REVB=-0.043192;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433444;STB=0.746851;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.014509;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:5:7:2:14:5:7:2:14 chr19 13010581 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0220506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6126;QD=17.6422;RBI=0.0461706;REFB=-0.00941195;REVB=0.0405647;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.676989;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0118035;OID=.;OPOS=13010581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:4:3:7:2:4:3 chr19 13031210 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7575;QD=33.4263;RBI=0.0115972;REFB=0;REVB=0.00205359;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000907645;OID=.;OPOS=13031210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 13445208 . C T 159.92 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0150606;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2709;QD=16.8338;RBI=0.0560726;REFB=-0.0125796;REVB=0.0540121;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0172117;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:9:12:8:9:9:12 chr19 13868669 . G A 170.46 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.023409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.583;QD=25.2529;RBI=0.0235289;REFB=-0.0604828;REVB=-0.00237283;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195324;STB=0.510904;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0197196;OID=.;OPOS=13868669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:8:9:5:5:8:9:5:5 chr19 13885309 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00644793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.463;QD=47.8223;RBI=0.0424292;REFB=0;REVB=0.0419364;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301292;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr19 13885484 . A G 330.37 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9786;QD=50.8258;RBI=0.0293103;REFB=-0.0310697;REVB=-0.0143461;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0107907;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr19 13900981 . G A 243.29 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0344715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5128;QD=12.8047;RBI=0.0365655;REFB=0.0106269;REVB=-0.0121966;RO=45;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381872;STB=0.539639;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0165444;OID=.;OPOS=13900981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:45:47:29:29:0.381579:10:19:28:17:10:19:28:19 chr19 13942221 . A G 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0806353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.908;QD=19.9281;RBI=0.0880058;REFB=0.0426905;REVB=-0.0352558;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213307;STB=0.512175;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0371301;OID=.;OPOS=13942221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:4:5:7:5:4:5 chr19 13947292 . T C 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0391959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.799;QD=21.5458;RBI=0.0439081;REFB=0.0110304;REVB=-0.019789;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314951;STB=0.678749;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0214378;OID=.;OPOS=13947292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:3:7:4:10:3:7 chr19 14030689 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00876304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.749;QD=14.7012;RBI=0.0176844;REFB=0.0037183;REVB=0.0153606;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.636106;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00423703;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:9:12:0.444444:2:7:10:4:2:10:10:5 chr19 14073663 . T C 71.81 PASS AF=0.6;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0112729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0638;QD=19.1493;RBI=0.0444947;REFB=-0.00521169;REVB=-0.0430431;RO=5;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157607;STB=0.615147;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00715698;OID=.;OPOS=14073663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:15:5:6:9:9:0.6:4:5:4:1:4:5:5:1 chr19 14083761 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0222954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9185;QD=14.9772;RBI=0.0392134;REFB=-0.0126915;REVB=0.0322585;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253163;STB=0.666349;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0181548;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:6:4:7:3:6:4:8:3 chr19 14091450 . TGGGGGC CGGGGGC,CTGGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGTC 122.5 PASS AF=0,0,0.1,0.42,0;AO=2,2,6,19,2;DP=56;FAO=0,0,5,21,0;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=0,0,4,4,0;FSAR=0,0,1,17,0;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.135788,-0.00880896,-0.0088539,-0.00279733,0.00459169;FXX=0.122785;HRUN=1,1,5,5,5;LEN=1,2,2,1,1;MLLD=99.2328,101.614,20.5472,11.3747,106.992;QD=9.80016;RBI=0.147079,0.0700016,0.164674,0.195886,0.041614;REFB=0.0119108,-0.00891649,-0.0630506,-0.201592,-0.032146;REVB=-0.0565144,-0.0694451,-0.164436,-0.195866,-0.0413599;RO=16;SAF=2,2,4,3,0;SAR=0,0,2,16,2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0,0,0.326531,0.326531,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.450392,0.450392,-0.11206,-0.528259,-0.656611;STB=0.5,0.5,0.642225,0.772452,0.5;STBP=1,1,0.579,0,1;TYPE=snp,mnp,del,del,snp;VARB=0,0,0.0716791,0.0994033,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=14091450,14091450,14091455,14091451,14091455;OREF=T,TG,GC,G,G;OALT=C,CT,-,-,T;OMAPALT=CGGGGGC,CTGGGGC,TGGGG,TGGGGC,TGGGGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/4:82:56:50:16:24:2,2,6,19,2:0,0,5,21,0:0,0,0.1,0.42,0:0,0,2,16,2:2,2,4,3,0:12:4:0,0,1,17,0:0,0,4,4,0:16:8 chr19 14165278 . G A 60.14 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0638231;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4568;QD=12.6615;RBI=0.0654565;REFB=-0.0126332;REVB=0.0145315;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313604;STB=0.683812;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0637309;OID=.;OPOS=14165278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:20:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:9:2:4:4:9:2 chr19 14165493 . TG CT 31.17 PASS AF=0.0925926;AO=10;DP=109;FAO=10;FDP=108;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.093537;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=102.526;QD=1.15446;RBI=0.0953782;REFB=-0.0046731;REVB=-0.0186503;RO=96;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476189;STB=0.85272;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.146145;OID=.;OPOS=14165493;OREF=TG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:109:108:96:98:10:10:0.0925926:2:8:35:61:2:8:36:62 chr19 14185226 . T C 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0194798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.481;QD=7.79916;RBI=0.0201879;REFB=-0.00686124;REVB=-0.00529982;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411622;STB=0.538922;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0120289;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:9:13:5:4:9:14 chr19 14200109 . T C 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0229242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8168;QD=17.377;RBI=0.0367345;REFB=-0.00820226;REVB=-0.0287038;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00456474;OID=.;OPOS=14200109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:2:8:8:3:2:8 chr19 14231325 . C G 148.41 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0565412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=28.9775;QD=12.6309;RBI=0.0859232;REFB=-0.0811303;REVB=-0.0646983;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.617207;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0919776;OID=.;OPOS=14231325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:30:17:17:0.361702:6:11:8:12:6:11:14:16 chr19 14231330 . A G 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0446145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4069;QD=12.2753;RBI=0.0899498;REFB=-0.0213878;REVB=-0.0781058;RO=32;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200905;STB=0.61844;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0320464;OID=.;OPOS=14231330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:6:11:15:17:6:11:15:17 chr19 14268799 . G A 221.16 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00965764;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0526;QD=11.9545;RBI=0.0125652;REFB=-0.0103914;REVB=-0.00803824;RO=45;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128536;STB=0.563059;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0213878;OID=.;OPOS=14268799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:45:47:27:27:0.364865:18:9:20:25:18:9:20:27 chr19 14273641 . A G 298.29 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0418493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.252;QD=29.8286;RBI=0.0468212;REFB=-0.0315771;REVB=-0.0209965;RO=14;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699087;STB=0.538432;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0142202;OID=.;OPOS=14273641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:12:14:6:8:12:14:6:8 chr19 14512489 . G A 203.96 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016418;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=130.728;QD=47.9909;RBI=0.0491608;REFB=0;REVB=0.0463383;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095753;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:9:5:0:0:11:6:0:0 chr19 14561722 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.604;QD=42.1826;RBI=0.0655939;REFB=0;REVB=-0.00117515;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000792332;OID=.;OPOS=14561722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr19 14582468 . G A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.79;QD=46.0569;RBI=0.0628087;REFB=-0.0659819;REVB=0.0527514;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00224708;OID=.;OPOS=14582468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:1:0:10:9:1:0 chr19 14589378 . C T 210.21 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0110245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8804;QD=26.2761;RBI=0.018947;REFB=-0.0050869;REVB=-0.0154094;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236807;STB=0.630021;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00163933;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:1:11:12:8:1:11 chr19 14590236 . C T 137.97 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0106288;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9761;QD=11.4974;RBI=0.010638;REFB=-0.0164377;REVB=0.000441095;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276833;STB=0.662247;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0430921;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:32:32:16:16:0.333333:7:9:10:22:7:9:10:22 chr19 14629150 . G A 314.48 PASS AF=0.466667;AO=32;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0704779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3822;QD=16.7725;RBI=0.0705139;REFB=-0.0130555;REVB=0.0022556;RO=40;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265009;STB=0.543283;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.01376;OID=.;OPOS=14629150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:40:40:32:35:0.466667:20:12:14:26:20:15:14:26 chr19 14699265 . T G 260.51 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0192515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.833;QD=18.9463;RBI=0.0232966;REFB=-0.0166962;REVB=0.0131192;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238073;STB=0.632769;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0128433;OID=.;OPOS=14699265;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:11:17:9:18:11:17:9:18 chr19 14699276 . A G 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0371692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.793;QD=19.4992;RBI=0.0482453;REFB=-0.00898977;REVB=-0.0307581;RO=30;SAF=20;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224586;STB=0.624922;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0128146;OID=.;OPOS=14699276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:12:20:11:19:12:20:11:19 chr19 14703150 . A G 180.7 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00209261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3292;QD=13.8997;RBI=0.023858;REFB=-0.00609735;REVB=-0.023766;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797329;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00781375;OID=.;OPOS=14703150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:15:16:11:10:15:16 chr19 14705499 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0459643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.053;QD=18.8287;RBI=0.0459677;REFB=-0.0195742;REVB=0.00055542;RO=22;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174815;STB=0.599893;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0207278;OID=.;OPOS=14705499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:5:15:13:9:5:15:13:9 chr19 14705509 . T C 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000251574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.577;QD=21.2915;RBI=0.0238437;REFB=-0.0140502;REVB=-0.0238424;RO=25;SAF=20;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269393;STB=0.652925;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0104212;OID=.;OPOS=14705509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:5:20:14:11:5:20:14:11 chr19 14749131 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.65;QD=53.2735;RBI=0.0899702;REFB=0;REVB=0.0885356;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103669;OID=.;OPOS=14749131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 14769339 . C G 3139.35 PASS AF=1;AO=205;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=134;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531801;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2766;QD=60.372;RBI=0.0624529;REFB=-0.00779998;REVB=0.0327451;RO=0;SAF=134;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050328;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:207:208:0:0:205:208:1:71:134:0:0:74:134:0:0 chr19 14817548 . T A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2294;QD=58.5872;RBI=0.0320144;REFB=0;REVB=-0.0202415;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000863564;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr19 14829749 . C T 614.73 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0618259;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4426;QD=57.1842;RBI=0.0691615;REFB=0.00900894;REVB=0.0309978;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000651043;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:23:18:1:1:23:18:1:1 chr19 14862332 . A T 258.59 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0452843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.991;QD=23.5081;RBI=0.0463289;REFB=-0.00989058;REVB=-0.00978246;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194543;STB=0.605176;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00888798;OID=.;OPOS=14862332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:20:23:24:0.545455:14:9:12:7:14:10:13:7 chr19 14862430 . C G 386.25 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2804;QD=55.1784;RBI=0.0362528;REFB=0;REVB=0.0221417;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317263;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:13:15:0:0 chr19 14910438 . C T 248.4 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0129732;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.951;QD=47.3142;RBI=0.0304992;REFB=-0.057751;REVB=0.0276025;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000543932;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:19:20:0.952381:9:10:1:0:10:10:1:0 chr19 14910573 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.639;QD=55.656;RBI=0.0278957;REFB=0;REVB=0.0165408;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015306;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 14938616 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0452452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.547;QD=43.4859;RBI=0.0885111;REFB=0;REVB=0.0760729;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440397;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 14951898 . G T 40.28 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00336118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5968;QD=14.6467;RBI=0.0864672;REFB=-0.0595416;REVB=0.0864019;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0582417;OID=.;OPOS=14951898;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr19 14974930 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.975;QD=59.8393;RBI=0.0211359;REFB=0;REVB=0.0156529;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0683e-06;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr19 14975040 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0281578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.292;QD=16.3852;RBI=0.029786;REFB=-0.0182085;REVB=0.00971308;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0178932;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:2:6:5:4:2:6 chr19 14991643 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.00229931;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.726;QD=16.9316;RBI=0.0227983;REFB=0.000148122;REVB=0.0226821;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221412;STB=0.624826;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-8.37893e-05;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:1:11:9:3:1:11 chr19 14991963 . C A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0281016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.218;QD=12.0151;RBI=0.0283759;REFB=-0.00873802;REVB=0.00393639;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0154921;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr19 15052982 . GT GTATC,TC 452.74 PASS AF=0.871795,0.0512821;AO=29,2;DP=39;FAO=34,2;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=15,2;FSAR=19,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0237449,-0.0248828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=137.408,157.125;QD=46.4347;RBI=0.0240667,0.0303131;REFB=-0.0332585,0.0909961;REVB=-0.00392262,-0.0173127;RO=5;SAF=12,2;SAR=17,0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159591,0;STB=0.545428,0.5;STBP=0.071,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00088687,0.0267583;OID=.,.;OPOS=15052984,15052982;OREF=-,GT;OALT=ATC,TC;OMAPALT=GTATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:39:39:5:3:29,2:34,2:0.871795,0.0512821:17,0:12,2:5:0:19,0:15,2:3:0 chr19 15063757 . A G 238.6 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8052;QD=50.2321;RBI=0.0443787;REFB=0;REVB=0.0370657;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466516;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 15083693 . C A 516.07 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.447;QD=57.3408;RBI=0.049742;REFB=0;REVB=0.0301512;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148728;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:0:0:30:36:1:12:18:0:0:17:19:0:0 chr19 15133762 . G C 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3226;QD=59.3183;RBI=0.0314684;REFB=0;REVB=-0.0264088;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245674;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr19 15133787 . C A 197.83 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00182307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.629;QD=14.6544;RBI=0.00377049;REFB=-0.0135089;REVB=0.00330046;RO=30;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11009;STB=0.554408;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0192146;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:23:23:0.425926:9:14:15:15:9:14:16:15 chr19 15198024 . A T 63.69 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0499048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.271;QD=9.09836;RBI=0.0501452;REFB=-0.0308279;REVB=0.00490461;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.516093;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0627428;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:4:5:10:8:4:5:11:8 chr19 15198263 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.899;QD=51.1829;RBI=0.0409854;REFB=0;REVB=0.0342623;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200304;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 15198292 . C G 303.05 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242533;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.121;QD=52.7034;RBI=0.0243004;REFB=0;REVB=-0.00151278;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012192;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 15198441 . G T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0254869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.157;QD=12.7389;RBI=0.0257232;REFB=-0.0383887;REVB=-0.0034788;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283851;STB=0.666296;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.038742;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:8:2:4:4:8:2 chr19 15198507 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.308;QD=48.7317;RBI=0.0829827;REFB=0;REVB=-0.0692887;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000828692;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 15198606 . C T 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0190841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4264;QD=3.64922;RBI=0.0256617;REFB=-0.00386469;REVB=-0.0171558;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427743;STB=0.786093;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0120389;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:22:9:4:2:22:9 chr19 15198631 . A C 426.73 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0239558;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.068;QD=39.6962;RBI=0.0239752;REFB=-0.0178755;REVB=0.00096643;RO=10;SAF=22;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166093;STB=0.590108;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00262131;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:43:10:10:33:33:0.767442:11:22:3:7:11:22:3:7 chr19 15198751 . T C 150.36 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0256713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.543;QD=12.2745;RBI=0.0418418;REFB=-0.0105391;REVB=0.0330412;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204578;STB=0.501203;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179561;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:8:9:17:15:8:9:17:15 chr19 15198764 . T C 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0143;QD=56.9561;RBI=0.00435219;REFB=0;REVB=0.0020179;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16163e-05;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:23:29:0:0:23:29:0:0 chr19 15198851 . A T 304.04 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0128057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.984;QD=19.9368;RBI=0.0175312;REFB=-0.00585507;REVB=-0.0119732;RO=29;SAF=20;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955409;STB=0.553158;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00604201;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:12:20:15:14:12:20:15:14 chr19 15225358 . T A 120.07 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147451;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.884;QD=43.6603;RBI=0.0348348;REFB=0;REVB=0.0315602;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011751;OID=.;OPOS=15225358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 15226970 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0725003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0828;QD=15.2927;RBI=0.072501;REFB=-0.023207;REVB=0.000330635;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.556839;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0287077;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:3:6:5:4:3:6 chr19 15229993 . A G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0307574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.668;QD=12.7388;RBI=0.0374461;REFB=0.000132991;REVB=-0.0213587;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00153946;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:7:3:2:6:7:3 chr19 15233581 . C A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0107853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.678;QD=15.9168;RBI=0.0116336;REFB=-0.0194187;REVB=-0.00436103;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139734;STB=0.580879;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0211799;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:8:7:8:5:8:7 chr19 15271771 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00904846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.895;QD=19.1341;RBI=0.0862053;REFB=0.0298832;REVB=0.0857291;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.0102423;OID=.;OPOS=15271771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr19 15278057 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7279;QD=62.666;RBI=0.00716734;REFB=0;REVB=-0.00430879;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79634e-06;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr19 15285052 . T C 404.24 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.735;QD=55.7575;RBI=0.0512964;REFB=0;REVB=0.0259254;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9289e-05;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:19:10:0:0 chr19 15292437 . T C 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00240667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.143;QD=17.288;RBI=0.00296053;REFB=-0.00961757;REVB=0.00172415;RO=33;SAF=8;SAR=22;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139895;STB=0.578892;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0145846;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:22:8:13:20:22:8:13:20 chr19 15295134 . G A 928.2 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000174947;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7683;QD=57.12;RBI=0.0164681;REFB=-0.0279932;REVB=0.0164672;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000809697;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:65:1:1:64:64:0.984615:38:26:1:0:38:26:1:0 chr19 15302844 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1834;QD=49.5984;RBI=0.0583992;REFB=0;REVB=0.0427231;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104945;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:4:12:0:0:5:13:0:0 chr19 15303225 . G A 194.97 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00463324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.707;QD=17.3304;RBI=0.00788955;REFB=-0.0111609;REVB=-0.00638577;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961387;STB=0.523341;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0207399;OID=.;OPOS=15303225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:8:12:16:7:8:12:16:9 chr19 15366938 . C T 42.23 PASS AF=0.352941;AO=3;DP=20;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0161116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.396;QD=9.93725;RBI=0.0218978;REFB=-0.0158252;REVB=-0.0148301;RO=11;SAF=2;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0367383;OID=.;OPOS=15366938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:20:17:11:10:3:6:0.352941:1:2:6:5:3:3:5:5 chr19 15490485 . C T 260.54 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0144248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.855;QD=14.4744;RBI=0.0493997;REFB=-0.034997;REVB=0.0472467;RO=41;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310199;STB=0.511271;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0600166;OID=.;OPOS=15490485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:13:17:22:19:13:17:23:19 chr19 15508362 . G C 1069.44 PASS AF=1;AO=69;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250937;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.379;QD=60.2501;RBI=0.0277598;REFB=0;REVB=0.0118708;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146892;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:69:71:1:28:41:0:0:28:43:0:0 chr19 15533821 . A G 594.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.402;QD=60.9733;RBI=0.0459216;REFB=0;REVB=-0.0112713;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187264;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 15540461 . GC CG,GCG 49.51 PASS AF=0.0147059,0.176471;AO=3,16;DP=75;FAO=1,12;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=0,4;FSAR=1,8;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.023785,-0.0558315;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=70.3008,65.9531;QD=2.91253;RBI=0.0268565,0.0562299;REFB=-0.00165059,-0.00253797;REVB=-0.0124718,-0.00668167;RO=54;SAF=0,5;SAR=3,11;SRF=32;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.502067,-0.340317;STB=0.990873,0.67298;STBP=0.289,0.203;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0499665,0.0826975;OID=.,.;OPOS=15540461,15540463;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:42:75:68:54:55:3,16:1,12:0.0147059,0.176471:3,11:0,5:32:22:1,8:0,4:30:25 chr19 15549939 . C T 224.23 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.15681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.747;QD=42.7113;RBI=0.161337;REFB=-0.0849279;REVB=0.0379481;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297028;STB=0.539525;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.017626;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:15:4:0:1:15:4:1:1 chr19 15580290 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0045;QD=44.6895;RBI=0.0891356;REFB=0;REVB=0.0185829;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00326291;OID=.;OPOS=15580290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 15582863 . C T 400.35 PASS AF=0.966667;AO=20;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.158;QD=53.3805;RBI=0.0153756;REFB=-0.0454603;REVB=0.0102896;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000129684;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:20:29:0.966667:7:13:0:0:14:15:1:0 chr19 15586672 . A T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.186;QD=45.8068;RBI=0.0442752;REFB=0;REVB=0.0367889;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530102;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 15587185 . C T 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.474;QD=63.867;RBI=0.0245759;REFB=0;REVB=0.00356918;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104357;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 15587344 . GT G,GC 469.92 PASS AF=0.030303,0.969697;AO=9,23;DP=33;FAO=1,32;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225309,0.0296896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.425,153.759;QD=56.9594;RBI=0.0233432,0.0439511;REFB=0,0;REVB=-0.00610411,0.0324072;RO=0;SAF=1,5;SAR=8,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0142129,0.0088957;OID=.,.;OPOS=15587345,15587345;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.030303,0.969697:9,23:33:1,32:33:0:1,5:0,27:0:0:10:0:1,5:8,18:0:0 chr19 15726487 . G T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0222613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.826;QD=16.9316;RBI=0.0325047;REFB=-0.0462015;REVB=0.0236852;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722214;STB=0.541598;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0372947;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:5:7:6:6:5:7 chr19 15729056 . C G 213.85 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0311988;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.8147;QD=21.3847;RBI=0.0434736;REFB=-0.0343768;REVB=0.0302753;RO=19;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125848;STB=0.546173;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0241726;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:15:5:7:12:15:6:7:12 chr19 15730498 . G GC 1074.68 PASS AF=1;AO=71;DP=79;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714142;FXX=0.0135117;HRUN=0;LEN=1;MLLD=45.9033;QD=58.8865;RBI=0.113721;REFB=0;REVB=-0.0885009;RO=6;SAF=24;SAR=47;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000191706;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:79:73:73:0:24:49:0:0:6:6:24:47:5:1 chr19 15739596 . CAG C,CCG 173.66 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,13;DP=17;FAO=1,13;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013703,-0.00365477;FXX=0.176367;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=152.642,159.221;QD=49.6171;RBI=0.0445527,0.036911;REFB=0,0;REVB=0.042393,0.0367296;RO=0;SAF=2,8;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00524286,0.0060294;OID=.,.;OPOS=15739597,15739597;OREF=AG,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,13:17:1,13:14:0:0,8:1,5:0:0:6:0:2,8:1,5:0:0 chr19 15757927 . T C 217.2 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00405095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.04;QD=15.2418;RBI=0.00621792;REFB=-0.0210227;REVB=-0.00471724;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16114;STB=0.608305;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0253064;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:30:32:25:25:0.438596:15:10:17:13:15:10:19:13 chr19 15763721 . G A 251.88 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00956919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.927;QD=14.8165;RBI=0.0122421;REFB=-0.0257446;REVB=-0.00763542;RO=39;SAF=10;SAR=19;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124489;STB=0.570765;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0299708;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:19:10:18:21:19:10:18:21 chr19 15769379 . G C 54.72 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0622919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.031;QD=8.75462;RBI=0.0624205;REFB=-0.00424515;REVB=-0.00400536;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241432;STB=0.679182;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0101615;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:7:8:0.32:3:4:6:11:3:5:6:11 chr19 15769529 . GC TT 208.86 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00815281;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.697;QD=25.3158;RBI=0.00859971;REFB=-0.0214873;REVB=0.00273616;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266373;STB=0.514836;STBP=0.851;TYPE=mnp;VARB=0.0130471;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:8:5:7:13:8:5 chr19 15769625 . A G 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0161478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.647;QD=28.0295;RBI=0.0163921;REFB=-0.00527489;REVB=0.0028194;RO=17;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132424;STB=0.572829;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00353244;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:14:13:5:12:14:13:5:12 chr19 15784061 . C A 465.07 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9221;QD=58.1332;RBI=0.0653759;REFB=0;REVB=0.0220026;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137142;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:14:18:0:0 chr19 15784386 . C T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.495;QD=62.0213;RBI=0.0185723;REFB=0;REVB=0.00997933;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.07874e-05;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr19 15789098 . A G 786.79 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0972384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6147;QD=55.2137;RBI=0.0977952;REFB=-0.0930347;REVB=0.0104209;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0100385;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:56:56:0.982456:25:31:0:0:25:31:1:0 chr19 15789140 . A G 742.22 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245944;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.958;QD=57.0942;RBI=0.025331;REFB=0;REVB=0.00606449;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018988;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr19 15791180 . C T 684.43 PASS AF=0.98;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192081;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.123;QD=54.754;RBI=0.047099;REFB=0.109402;REVB=0.0430043;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00117655;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:47:49:0.98:21:26:0:0:23:26:1:0 chr19 15793235 . T C 724.11 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0346474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.554;QD=54.6496;RBI=0.0522205;REFB=0.0487599;REVB=0.0390709;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000342447;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr19 15807884 . A G 512.16 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0054172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1309;QD=48.7775;RBI=0.0463231;REFB=-0.0739512;REVB=-0.0460052;RO=5;SAF=15;SAR=22;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133075;STB=0.57139;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0357573;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:22:15:5:0:22:15:5:0 chr19 15839365 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2999;QD=37.4883;RBI=0.136957;REFB=0;REVB=0.112339;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264401;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 15852242 . C A 654.85 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078458;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.99;QD=62.3665;RBI=0.0908128;REFB=0;REVB=0.0457308;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689679;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:21:21:0:0:21:21:0:0 chr19 15905002 . T C 860.05 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0064846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.271;QD=55.4868;RBI=0.0120458;REFB=-0.0413423;REVB=0.0101514;RO=1;SAF=17;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269469;STB=0.514281;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00112041;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:43:17:1:0:44:17:1:0 chr19 15905431 . T C 1230.84 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528531;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.055;QD=61.5419;RBI=0.056344;REFB=0;REVB=0.0195241;RO=0;SAF=28;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143141;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:52:28:0:0:52:28:0:0 chr19 15905529 . C A 208.69 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4543;QD=46.3752;RBI=0.0786551;REFB=0;REVB=0.0784154;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453573;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr19 15989730 . T C 102.54 PASS AF=0.264151;AO=15;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0603209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3622;QD=7.73868;RBI=0.0659144;REFB=-9.15651e-05;REVB=0.0265726;RO=37;SAF=8;SAR=7;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172017;STB=0.641323;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.00202488;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:39:15:14:0.264151:7:8:25:12:7:7:27:12 chr19 15990431 . C T 164.8 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.017622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.743;QD=21.2651;RBI=0.0337059;REFB=-0.0184403;REVB=-0.0287324;RO=14;SAF=9;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137296;STB=0.577269;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0376461;OID=.;OPOS=15990431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:8:9:5:9:8:9:5:9 chr19 16034714 . A G 733.96 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0590499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4664;QD=61.1635;RBI=0.0590893;REFB=-0.130046;REVB=-0.00215829;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00398336;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:47:47:0.979167:23:24:0:0:23:24:0:1 chr19 16045141 . T C 577.12 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.627;QD=60.749;RBI=0.0809848;REFB=0;REVB=0.0352771;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444961;OID=.;OPOS=16045141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:15:18:0:0:18:20:0:0 chr19 16136923 . T C 499.95 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.492;QD=57.1372;RBI=0.0679867;REFB=0;REVB=0.0670567;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446515;OID=.;OPOS=16136923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:32:35:1:13:19:0:0:15:20:0:0 chr19 16145533 . A G,T 624.47 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=36,4;DP=40;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309892,-0.0894029;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.4208,29.3175;QD=60.9235;RBI=0.0310725,0.0926111;REFB=0,0;REVB=-0.0022735,-0.024165;RO=0;SAF=26,4;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00631768,0.136977;OID=.,.;OPOS=16145533,16145533;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:40:41:0:0:36,4:40,1:0.97561,0.0243902:10,0:26,4:0:0:10,0:30,1:0:0 chr19 16145539 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.744;QD=62.6698;RBI=0.00488201;REFB=0;REVB=0.00473958;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12102e-05;OID=.;OPOS=16145539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chr19 16145653 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.52992e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.316;QD=59.5013;RBI=0.00261949;REFB=0;REVB=-0.00261944;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60783e-06;OID=.;OPOS=16145653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr19 16145731 . C A 556.87 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0139;QD=60.2016;RBI=0.06208;REFB=0;REVB=-0.0609363;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371697;OID=.;OPOS=16145731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr19 16146400 . A G 953.25 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.394;QD=58.6613;RBI=0.0226096;REFB=0;REVB=-0.0221084;RO=0;SAF=48;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56077e-05;OID=.;OPOS=16146400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:16:48:0:0:16:49:0:0 chr19 16238279 . C T 142.66 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0245142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.854;QD=22.8252;RBI=0.0259081;REFB=-0.00798736;REVB=-0.00838361;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00307105;OID=.;OPOS=16238279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:5:5:8:7:5:5 chr19 16268207 . TAA TA,T 174.41 PASS AF=1,0;AO=16,2;DP=20;FAO=20,0;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0260673,-0.0138927;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=12.7824,8.74638;QD=34.8828;RBI=0.0872492,0.0466646;REFB=-0.010322,-0.0141323;REVB=-0.0832642,-0.0445486;RO=1;SAF=5,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0397692,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0111502,0;OID=.,.;OPOS=16268208,16268208;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,2:20:20,0:20:0:6,0:14,0:0:0:3:1:5,0:11,2:0:1 chr19 16275655 . C T 747.75 PASS AF=0.789474;AO=50;DP=67;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0073812;FXX=0.0129853;HRUN=8;LEN=1;MLLD=136.497;QD=39.3553;RBI=0.0376317;REFB=-0.0321286;REVB=0.0369007;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.571061;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00412198;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:67:76:0:16:50:60:0.789474:33:17:0:0:41:19:10:6 chr19 16301312 . A G 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00204756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.108;QD=19.5227;RBI=0.0209852;REFB=-0.0270745;REVB=0.0208851;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675494;STB=0.538407;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0265551;OID=.;OPOS=16301312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:7:5:7:7:7:5 chr19 16339715 . C T 313.63 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0512553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6639;QD=17.1852;RBI=0.0535263;REFB=-0.00547626;REVB=-0.0154259;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051048;STB=0.50286;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0118017;OID=.;OPOS=16339715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:34:34:0.465753:15:19:22:17:15:19:22:17 chr19 16591464 . G A 303.99 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.0506299;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.631;QD=25.3327;RBI=0.051841;REFB=-0.0218834;REVB=0.01114;RO=20;SAF=6;SAR=21;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848432;STB=0.553155;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0172097;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:21:27:27:0.5625:21:6:3:17:21:6:3:18 chr19 16593573 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0265181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.225;QD=18.8286;RBI=0.0391656;REFB=-0.0105673;REVB=0.0288225;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197777;STB=0.511225;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00980009;OID=.;OPOS=16593573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:14:6:7:15:14:6:7:15 chr19 16601194 . C T 230.61 PASS AF=0.480769;AO=26;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0102387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5262;QD=17.7391;RBI=0.0138502;REFB=-0.00155863;REVB=0.00932721;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192601;STB=0.645451;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00462616;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:27:26:25:0.480769:17:9:14:11:17:8:16:11 chr19 16611978 . T C 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0103868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.743;QD=24.2042;RBI=0.0193818;REFB=-0.0102641;REVB=-0.0163637;RO=12;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20792;STB=0.615266;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00721237;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:8:10:10:2:8:10:10:2 chr19 16612011 . T C 165.67 PASS AF=0.586207;AO=13;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0089949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.458;QD=22.8505;RBI=0.0339969;REFB=-0.032354;REVB=-0.0327854;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182354;STB=0.570736;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0309054;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:29:29:12:12:13:17:0.586207:6:7:9:3:7:10:9:3 chr19 16628850 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0125974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.279;QD=14.6535;RBI=0.0136342;REFB=0.00439577;REVB=0.00521507;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00521703;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:4:4:5:3:4:4 chr19 16666101 . G C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00489821;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.396;QD=14.7022;RBI=0.00573342;REFB=-0.0338365;REVB=0.00297988;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152525;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0311847;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:4:11:7:5:4:11 chr19 16686934 . T C 82.96 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0579262;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.627;QD=5.43979;RBI=0.0579285;REFB=-0.00497489;REVB=0.000518794;RO=48;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124184;STB=0.578828;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.011208;OID=.;OPOS=16686934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:62:61:48:48:13:13:0.213115:6:7:21:27:6:7:21:27 chr19 16770837 . AG AC,A 135.94 PASS AF=0,0.52381;AO=2,19;DP=43;FAO=0,22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=0,16;FSAR=0,6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0620215,-0.0603584;FXX=0.0232504;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=43.0052,13.9942;QD=12.9465;RBI=0.0807787,0.069735;REFB=-0.0250944,-0.10292;REVB=-0.0517544,-0.0349262;RO=21;SAF=2,13;SAR=0,6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.613472,0.36215;STB=0.5,0.727066;STBP=1,0.003;TYPE=snp,del;VARB=0.0200262,0.0883718;OID=.,.;OPOS=16770838,16770838;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.52381:2,19:43:0,22:42:20:0,16:0,6:5:15:99:21:2,13:0,6:6:15 chr19 16855265 . A G 332.8 PASS AF=0.622642;AO=31;DP=51;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0119032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.958;QD=25.1167;RBI=0.0206795;REFB=-0.0245387;REVB=0.0169102;RO=19;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256854;STB=0.638031;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0208683;OID=.;OPOS=16855265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:19:20:31:33:0.622642:21:10:13:6:23:10:13:7 chr19 16860105 . G A 446.91 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.496;QD=57.6653;RBI=0.0184835;REFB=0;REVB=0.0151961;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05629e-05;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 16899838 . A T 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.934;QD=58.2383;RBI=0.0543065;REFB=0;REVB=-0.0282434;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19426e-05;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr19 16926067 . A T 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0086482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.589;QD=9.75948;RBI=0.00892878;REFB=-0.0045044;REVB=-0.00222074;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00794712;OID=.;OPOS=16926067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:10:12:7:7:0.368421:5:2:4:6:5:2:4:8 chr19 16976286 . A G 642.2 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00670782;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5564;QD=59.739;RBI=0.00922014;REFB=0.0229653;REVB=0.00632583;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00251336;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:23:19:0:0:23:19:1:0 chr19 16976289 . T C 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.01445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.433;QD=24.9293;RBI=0.0144524;REFB=-0.0239902;REVB=0.000263038;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491534;STB=0.50273;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0182372;OID=.;OPOS=16976289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:13:12:9:10:13:12:9:10 chr19 17006688 . AC A,TA 67.59 PASS AF=0.259259,0;AO=12,2;DP=52;FAO=14,0;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=7,0;FSAR=7,0;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0298845,0.0241462;FXX=0.0181785;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=18.7708,87.6589;QD=5.00677;RBI=0.0632316,0.0284474;REFB=-0.0452505,-0.00291732;REVB=0.0557239,0.0150403;RO=36;SAF=9,0;SAR=3,2;SRF=10;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.527987,-0.350395;STB=0.647955,0.5;STBP=0.224,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.112885,0;OID=.,.;OPOS=17006689,17006688;OREF=C,AC;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:52:54:36:40:12,2:14,0:0.259259,0:3,2:9,0:10:26:7,0:7,0:12:28 chr19 17006718 . ACACACACACACACACACACA ACACACACACACACACACGCG,GCACACACACACACACACACG 167.77 PASS AF=0.875,0.125;AO=5,2;DP=21;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210134,0.0184797;FXX=0.272603;HRUN=1,1;LEN=3,21;MLLD=49.9727,45.9014;QD=41.9413;RBI=0.210249,0.0393084;REFB=0,0;REVB=-0.0069591,-0.0346936;RO=0;SAF=2,0;SAR=3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0950066,-0.0754538;OID=.,.;OPOS=17006736,17006718;OREF=ACA,ACACACACACACACACACACA;OALT=GCG,GCACACACACACACACACACG;OMAPALT=ACACACACACACACACACGCG,GCACACACACACACACACACG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:21:16:0:0:5,2:14,2:0.875,0.125:3,2:2,0:0:0:6,2:8,0:0:0 chr19 17008578 . G C 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0394908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.426;QD=44.0922;RBI=0.0415728;REFB=-0.0957022;REVB=-0.0129911;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0157223;OID=.;OPOS=17008578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:6:11:0:1:6:11:0:1 chr19 17017878 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0850175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.835;QD=39.2068;RBI=0.192226;REFB=0;REVB=0.172403;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00728722;OID=.;OPOS=17017878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 17025292 . G A 310.43 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198988;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.322;QD=53.9871;RBI=0.0199187;REFB=0;REVB=0.000889058;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00039572;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr19 17088319 . G T 38.41 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0138276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.334;QD=10.9736;RBI=0.0340521;REFB=0.0005733;REVB=0.0311182;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00170066;OID=.;OPOS=17088319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:4:4:5:1:4:4 chr19 17091368 . T G 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00142548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.01;QD=17.0641;RBI=0.00669321;REFB=-0.039492;REVB=-0.00653965;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619424;STB=0.534858;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0399788;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:18:10:13:18:18:10:13:18 chr19 17100552 . A G 209.11 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0126068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.96;QD=19.4522;RBI=0.0127096;REFB=-0.0163689;REVB=-0.00161342;RO=18;SAF=13;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354885;STB=0.562582;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.011524;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:22:20:21:0.488372:7:13:11:7:8:13:11:11 chr19 17108135 . C T 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0291367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.709;QD=31.6788;RBI=0.0291848;REFB=-0.0200084;REVB=0.00167407;RO=7;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186264;STB=0.602305;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00741715;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:9:10:1:6:9:10:1:6 chr19 17111297 . A G 154.31 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0241522;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.657;QD=13.7166;RBI=0.0271711;REFB=-0.0162269;REVB=-0.0124475;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215706;STB=0.641795;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0217616;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:28:17:17:0.377778:4:13:16:11:4:13:16:12 chr19 17273893 . G T 441.57 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0491088;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.274;QD=39.251;RBI=0.0635847;REFB=-0.030134;REVB=0.0403899;RO=11;SAF=10;SAR=23;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168222;STB=0.592966;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00736925;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:45:11:11:33:34:0.755556:23:10:7:4:24:10:7:4 chr19 17303774 . T G 436.35 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00941404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.006;QD=21.2852;RBI=0.0342474;REFB=-0.00863483;REVB=-0.0329281;RO=38;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156624;STB=0.59302;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0086362;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:43:43:0.52439:16:27:17:21:16:27:17:22 chr19 17305440 . T C 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00885919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5744;QD=20.6001;RBI=0.0463759;REFB=-0.0242044;REVB=0.0455218;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936166;STB=0.564039;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.017445;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:10:10:11:7:10:10:12:7 chr19 17306031 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0299686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.197;QD=6.92899;RBI=0.030034;REFB=0.00041423;REVB=0.00198046;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370512;STB=0.52373;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.000856739;OID=.;OPOS=17306031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:3:3:8:7:3:3:8:7 chr19 17312992 . C T 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0265459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.102;QD=16.0408;RBI=0.0274046;REFB=0.00163336;REVB=-0.0068066;RO=26;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508608;STB=0.795471;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0034975;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:3:16:10:16:3:16:10:16 chr19 17316782 . T C 44.66 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00283253;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.804;QD=5.25353;RBI=0.00721031;REFB=-0.0162298;REVB=0.00663064;RO=26;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219624;STB=0.627745;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0522497;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:34:34:26:27:7:7:0.205882:4:3:16:10:4:3:16:11 chr19 17317955 . A G 404.82 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0245249;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7319;QD=19.0502;RBI=0.0251138;REFB=-0.0257511;REVB=-0.00540642;RO=42;SAF=22;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760388;STB=0.552301;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0269898;OID=.;OPOS=17317955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:42:44:41:41:0.482353:19:22:26:16:19:22:28:16 chr19 17330060 . T C 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8754;QD=58.9568;RBI=0.0664118;REFB=0;REVB=-0.0495025;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000900646;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr19 17339112 . G A 211.42 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00669453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.233;QD=27.2801;RBI=0.0390686;REFB=-0.0297054;REVB=0.0384907;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107221;STB=0.551951;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0113605;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:30:31:11:11:19:20:0.645161:6:13:9:2:6:14:9:2 chr19 17351535 . G A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.012908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.1951;QD=9.53653;RBI=0.0156858;REFB=-0.0239128;REVB=0.00891213;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180068;STB=0.595586;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0327353;OID=.;OPOS=17351535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:26:27:12:12:0.307692:7:5:15:11:7:5:15:12 chr19 17366278 . T C 162.59 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0120991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.542;QD=19.7078;RBI=0.0248899;REFB=-0.0444914;REVB=0.0217513;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312303;STB=0.678488;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0189262;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:13:4:9:7:13:4:9:7 chr19 17366313 . C T 94.8 PASS AF=0.55;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.068876;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.806;QD=18.96;RBI=0.0703044;REFB=-0.00187865;REVB=0.0140999;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258419;STB=0.713794;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00271072;OID=.;OPOS=17366313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:20:8:9:11:11:0.55:10:1:2:6:10:1:3:6 chr19 17367435 . T C 152.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0399303;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7055;QD=19.6249;RBI=0.0470208;REFB=-0.0170981;REVB=-0.0248298;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117832;STB=0.548327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0160098;OID=.;OPOS=17367435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:8:8:9:5:8:8:9:6 chr19 17370190 . T G 257.49 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0501882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0964;QD=23.9521;RBI=0.0539917;REFB=-0.0225301;REVB=-0.019906;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333929;STB=0.508765;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0301547;OID=.;OPOS=17370190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:19:24:24:0.55814:8:16:12:5:8:16:13:6 chr19 17392571 . T C,TC 38.81 PASS AF=0,0.18018;AO=4,12;DP=113;FAO=0,20;FDP=111;FR=.;FRO=91;FSAF=0,16;FSAR=0,4;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.0175411,-0.00107099;FXX=0.00892777;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=63.6319,42.9051;QD=1.39845;RBI=0.0189201,0.0177664;REFB=-0.0028133,-0.00528456;REVB=-0.00709073,0.0177341;RO=95;SAF=3,9;SAR=1,3;SRF=45;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.226449,0.334163;STB=0.5,0.790913;STBP=1,0.006;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.193923;OID=.,.;OPOS=17392571,17392572;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:113:111:95:91:4,12:0,20:0,0.18018:1,3:3,9:45:50:0,4:0,16:41:50 chr19 17392894 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00613813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7999;QD=15.3777;RBI=0.111428;REFB=-0.0339692;REVB=0.111259;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095208;STB=0.555461;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0385191;OID=.;OPOS=17392894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:4:8:8:6:4:8:8:6 chr19 17393530 . T A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0317892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5755;QD=18.0506;RBI=0.0625596;REFB=-0.0190725;REVB=0.0538809;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44639;STB=0.666296;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0183801;OID=.;OPOS=17393530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:8:8:9:10:0.555556:1:8:4:4:2:8:4:4 chr19 17394124 . T G 403.25 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0287462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0014;QD=14.9351;RBI=0.0305283;REFB=-0.0267623;REVB=-0.0102778;RO=59;SAF=26;SAR=20;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911455;STB=0.556069;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0168346;OID=.;OPOS=17394124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:62:46:46:0.425926:20:26:28:31:20:26:29:33 chr19 17395003 . A G 164.47 PASS AF=0.388889;AO=18;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00909499;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.723;QD=12.1827;RBI=0.0192983;REFB=-0.0209819;REVB=-0.0170208;RO=34;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654866;STB=0.589389;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0369804;OID=.;OPOS=17395003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:33:18:21:0.388889:9:9:19:15:12:9:19:14 chr19 17395055 . C G 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00807431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.912;QD=10.81;RBI=0.00892939;REFB=-0.0227214;REVB=-0.00381306;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15;STB=0.588141;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0335629;OID=.;OPOS=17395055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:18:18:12:7:18:18 chr19 17396549 . T C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0738733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6467;QD=15.4182;RBI=0.0739134;REFB=0.00151566;REVB=-0.00243422;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236646;STB=0.521541;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00143242;OID=.;OPOS=17396549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:37:29:29:0.439394:13:16:19:17:13:16:19:18 chr19 17396600 . A G 281.6 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00927991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9402;QD=19.4209;RBI=0.0769762;REFB=-0.00371833;REVB=-0.0764148;RO=27;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135407;STB=0.588728;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00253507;OID=.;OPOS=17396600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:29:30:0.517241:13:16:19:8:14:16:20:8 chr19 17412119 . G A 458.99 PASS AF=0.462963;AO=49;DP=106;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=0.056978;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6045;QD=16.9996;RBI=0.111019;REFB=-0.00939344;REVB=0.0952823;RO=57;SAF=36;SAR=13;SRF=45;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705675;STB=0.538447;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0130854;OID=.;OPOS=17412119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:57:58:49:50:0.462963:13:36:45:12:14:36:45:13 chr19 17412366 . G A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0276493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8959;QD=16.4522;RBI=0.034548;REFB=-0.0206439;REVB=0.0207142;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00323086;OID=.;OPOS=17412366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr19 17412399 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0168686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.082;QD=19.1341;RBI=0.0258265;REFB=-0.0477006;REVB=0.0195565;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0154458;OID=.;OPOS=17412399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr19 17435884 . T C 95.08 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00187303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.561;QD=22.3719;RBI=0.00454617;REFB=-0.0601539;REVB=0.0041424;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038662;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0273343;OID=.;OPOS=17435884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:17:17:6:6:9:11:0.647059:5:4:3:3:7:4:3:3 chr19 17435887 . C T 82.33 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0197505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.323;QD=19.3728;RBI=0.0360026;REFB=-0.0141157;REVB=0.0301016;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066985;STB=0.512171;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00310491;OID=.;OPOS=17435887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:6:4:3:3:6:4:3:4 chr19 17438642 . A G 197.51 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0207424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.086;QD=18.8109;RBI=0.0259569;REFB=-0.0127493;REVB=0.0156048;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814281;STB=0.546071;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0196028;OID=.;OPOS=17438642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:14:8:9:11:14:8 chr19 17448961 . A C 109.97 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0196486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.219;QD=14.6625;RBI=0.022047;REFB=-0.0348672;REVB=-0.0100002;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0302088;OID=.;OPOS=17448961;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:8:9:6:7:8:9 chr19 17450016 . T C 63.94 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0187489;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2976;QD=19.6747;RBI=0.0395737;REFB=-0.00816851;REVB=-0.0348505;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00124238;OID=.;OPOS=17450016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr19 17463214 . C T 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0417128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.149;QD=18.047;RBI=0.104369;REFB=-0.00230059;REVB=0.0956713;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201161;STB=0.511605;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00366207;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:3:5:6:4:3:5 chr19 17531205 . T A 791.05 PASS AF=0.523179;AO=78;DP=152;FAO=79;FDP=151;FR=.;FRO=72;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=0.0293001;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7726;QD=20.9549;RBI=0.0502336;REFB=-0.0145702;REVB=0.0408034;RO=72;SAF=34;SAR=44;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565144;STB=0.527339;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0147809;OID=.;OPOS=17531205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:72:72:78:79:0.523179:44:34:36:36:44:35:36:36 chr19 17544244 . C T 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0191672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.164;QD=18.2368;RBI=0.0210318;REFB=-0.0180086;REVB=-0.00865784;RO=48;SAF=25;SAR=17;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029708;STB=0.516567;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.017428;OID=.;OPOS=17544244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:17:25:30:18:17:25:30:18 chr19 17547292 . A G 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0128114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.97;QD=18.9977;RBI=0.013664;REFB=-0.0193312;REVB=-0.00475109;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000966427;STB=0.508469;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0186178;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:29:30:31:31:0.508197:15:16:15:14:15:16:16:14 chr19 17556054 . A G 99.05 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0215621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2566;QD=14.6739;RBI=0.0569152;REFB=-0.0329429;REVB=0.0526727;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989856;STB=0.558038;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0649063;OID=.;OPOS=17556054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:5:10:9:3:5:10 chr19 17611490 . T G 204.63 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0591843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.582;QD=20.4632;RBI=0.0617835;REFB=0.00274388;REVB=0.0177321;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126672;STB=0.571359;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=-0.00312093;OID=.;OPOS=17611490;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:7:14:10:9:7:14:10:9 chr19 17612107 . G A 353.8 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0230788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.048;QD=18.6209;RBI=0.0263859;REFB=-0.023743;REVB=0.0127902;RO=39;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167354;STB=0.59317;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0201015;OID=.;OPOS=17612107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:21:16:24:15:21:16:24:15 chr19 17615609 . T C 275.88 PASS AF=0.406977;AO=33;DP=81;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0994055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1892;QD=12.8316;RBI=0.0994073;REFB=-0.0308455;REVB=-0.000602418;RO=48;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375291;STB=0.514278;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0315339;OID=.;OPOS=17615609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:48:51:33:35:0.406977:17:16:25:23:18:17:26:25 chr19 17616171 . G A 424.4 PASS AF=0.569444;AO=30;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.086868;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3912;QD=23.5775;RBI=0.0885234;REFB=-0.0481297;REVB=0.0170392;RO=24;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334173;STB=0.553165;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0313959;OID=.;OPOS=17616171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:24:31:30:41:0.569444:15:15:11:13:15:26:16:15 chr19 17628587 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2596;QD=57.1052;RBI=0.00808324;REFB=0;REVB=-0.00120664;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00921e-05;OID=.;OPOS=17628587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr19 17648350 . T C 247.19 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228819;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.291;QD=52.0407;RBI=0.0342323;REFB=0;REVB=0.0254611;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659238;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:19:0:0:17:19:1:14:3:0:0:15:4:0:0 chr19 17651370 . A G 239.92 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.589;QD=50.5084;RBI=0.128525;REFB=0;REVB=0.0229553;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154611;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:16:19:1:11:5:0:0:11:8:0:0 chr19 17670201 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0244371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.62;QD=14.3246;RBI=0.025829;REFB=-0.0189352;REVB=-0.00836441;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171427;STB=0.598013;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.021049;OID=.;OPOS=17670201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:20:8:17:22:20:8:17:22 chr19 17692324 . TC GC,GG 192.82 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=14,2;DP=16;FAO=15,1;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=11,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030791,0.0284197;FXX=0.0587889;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=193.063,157.274;QD=48.2045;RBI=0.0349056,0.0359157;REFB=0,0;REVB=0.0164412,0.0219604;RO=0;SAF=4,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000407294,0.027024;OID=.,.;OPOS=17692324,17692324;OREF=T,TC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:16:16:0:0:14,2:15,1:0.9375,0.0625:10,2:4,0:0:0:11,1:4,0:0:0 chr19 17729787 . T G 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0384541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8166;QD=15.7848;RBI=0.0490022;REFB=0.019836;REVB=-0.0303727;RO=17;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346905;STB=0.700644;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0276023;OID=.;OPOS=17729787;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:4:10:6:11:4:10:6:11 chr19 17741047 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00964169;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.79;QD=17.7318;RBI=0.0196444;REFB=0.0147426;REVB=0.0171155;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.526285;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0163941;OID=.;OPOS=17741047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:8:11:9:8:8:11 chr19 17746947 . A G 1043.21 PASS AF=1;AO=50;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.719;QD=59.6122;RBI=0.0738812;REFB=0;REVB=0.0263459;RO=0;SAF=8;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102851;OID=.;OPOS=17746947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:50:70:1:42:8:0:0:49:21:0:0 chr19 17885270 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0107855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.098;QD=17.3211;RBI=0.0226336;REFB=-0.0406009;REVB=-0.0198986;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221534;STB=0.624862;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0721487;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:3:15:10:6:3:15 chr19 17886940 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0409661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.302;QD=10.0347;RBI=0.0414533;REFB=-0.000255029;REVB=0.00633706;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15966;STB=0.5996;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0011624;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:3:4:2:3:3:4 chr19 17887024 . T C 214.18 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0533131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.259;QD=17.8483;RBI=0.0598661;REFB=-0.037314;REVB=0.0272335;RO=26;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724936;STB=0.583252;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0478902;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:26:26:20:22:0.458333:15:5:8:18:17:5:9:17 chr19 17892591 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0283087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8147;QD=14.6525;RBI=0.033479;REFB=0.0193681;REVB=0.0178735;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.0152667;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr19 17922795 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0120597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7472;QD=13.4422;RBI=0.0260924;REFB=-0.00112367;REVB=-0.0231383;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.565089;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00289918;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:8:5:5:5:8:5 chr19 17932138 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0462285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2377;QD=7.32292;RBI=0.0474852;REFB=0.016128;REVB=0.010852;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275858;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.027224;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:9:5:1:5:9:5 chr19 17945947 . C T 64.61 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00199032;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6317;QD=4.87606;RBI=0.0130558;REFB=-0.000105511;REVB=-0.0129032;RO=42;SAF=7;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140199;STB=0.604719;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000302587;OID=.;OPOS=17945947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:42:43:10:10:0.188679:3:7:25:17:3:7:25:18 chr19 18180413 . C G 277.23 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0436561;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.7329;QD=16.071;RBI=0.0440966;REFB=0.00447059;REVB=0.00621678;RO=39;SAF=17;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135761;STB=0.569788;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00433423;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:38:31:31:0.449275:14:17:16:23:14:17:16:22 chr19 18180451 . A G 249.88 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0201652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.63;QD=16.6585;RBI=0.0208219;REFB=-0.0216207;REVB=0.00518842;RO=32;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122181;STB=0.568672;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0245313;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:13:15:13:19:13:15:13:19 chr19 18186575 . G A 167.02 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0200758;FXX=0.0714116;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.64;QD=17.1303;RBI=0.0201357;REFB=-0.0119037;REVB=0.00155253;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273796;STB=0.669887;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.024235;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:18:22:17:17:0.435897:13:4:9:9:13:4:11:11 chr19 18186618 . T C 215.01 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00145827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2262;QD=21.5009;RBI=0.0434437;REFB=-0.014537;REVB=-0.0434192;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130599;STB=0.573697;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00891651;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:8:11:15:6:8:11 chr19 18191664 . C G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00476539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.581;QD=7.465;RBI=0.00953204;REFB=0.00851766;REVB=0.00825536;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281128;STB=0.678486;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0237208;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:2:5:8:9:2:5:8:9 chr19 18218444 . A G 58.71 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0945071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0729;QD=14.6773;RBI=0.0949171;REFB=-0.0550539;REVB=-0.00881278;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108737;STB=0.564352;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0722465;OID=.;OPOS=18218444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:4:4:5:3:4:4 chr19 18232492 . CAG CG,CGC 86.31 PASS AF=0.197531,0;AO=11,5;DP=81;FAO=16,0;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=15,0;FSAR=1,0;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.07953,-0.0918882;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=95.1681,109.54;QD=4.26232;RBI=0.079538,0.0919041;REFB=-0.0189174,-0.0130256;REVB=0.00113156,-0.00171453;RO=54;SAF=11,4;SAR=0,1;SRF=24;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.731011,0.37721;STB=0.902314,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.24929,0.255597;OID=.,.;OPOS=18232493,18232493;OREF=A,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=CG,CGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.197531,0:11,5:81:16,0:81:65:15,0:1,0:35:30:71:54:11,4:0,1:24:30 chr19 18248146 . T C 159.07 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0617278;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.606;QD=24.4726;RBI=0.061822;REFB=-0.0299665;REVB=0.00341094;RO=10;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140152;STB=0.578845;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0280805;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:10:10:16:16:0.615385:11:5:5:5:11:5:5:5 chr19 18266699 . C T 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0104993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.157;QD=17.8006;RBI=0.0151278;REFB=-0.022749;REVB=-0.0108911;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.571354;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0393094;OID=.;OPOS=18266699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:14:6:10:14:14:6:10:14 chr19 18273047 . T C 163.4 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0226303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.341;QD=21.0844;RBI=0.0230575;REFB=-0.0206632;REVB=-0.00441807;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109589;STB=0.570643;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0181105;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:12:4:5:9:13:4:5:9 chr19 18279638 . T C 1358.92 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020654;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5703;QD=62.4789;RBI=0.00380996;REFB=0;REVB=0.00320154;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181915;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:87:0:0:87:87:1:44:43:0:0:44:43:0:0 chr19 18288069 . A G 291.44 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.043789;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.268;QD=16.6535;RBI=0.0542315;REFB=-0.0239653;REVB=-0.0319934;RO=37;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708196;STB=0.549968;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0285952;OID=.;OPOS=18288069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:37:38:32:32:0.457143:22:10:14:23:22:10:15:23 chr19 18288898 . T C 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0249729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.076;QD=12.8971;RBI=0.0250096;REFB=-0.0160211;REVB=0.00135489;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241824;STB=0.50251;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0288467;OID=.;OPOS=18288898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:30:17:17:0.361702:9:8:13:16:9:8:14:16 chr19 18288947 . A C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0200087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.375;QD=7.96557;RBI=0.0215941;REFB=-0.00222442;REVB=0.00812152;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00646439;OID=.;OPOS=18288947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:13:13:5:5:13:13 chr19 18305578 . G C 192.83 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0167225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.12;QD=13.7737;RBI=0.0169118;REFB=-0.0278424;REVB=0.00252291;RO=33;SAF=14;SAR=9;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352262;STB=0.520176;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0298286;OID=.;OPOS=18305578;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:9:14:19:14:9:14:19:14 chr19 18306990 . G C 114.78 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00629533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2957;QD=8.34751;RBI=0.0598777;REFB=-0.00294817;REVB=0.0595458;RO=39;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332373;STB=0.714007;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00503539;OID=.;OPOS=18306990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:39:39:15:16:0.290909:4:11:18:21:4:12:18:21 chr19 18311199 . A G 300.7 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.016368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2267;QD=19.4001;RBI=0.0582991;REFB=0.022622;REVB=0.0559542;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.015989;OID=.;OPOS=18311199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:15:15:16:16:15:15 chr19 18329240 . T C 208.52 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00117563;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4486;QD=18.5355;RBI=0.00136526;REFB=-0.0487743;REVB=-0.000694138;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732557;STB=0.529384;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0641988;OID=.;OPOS=18329240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:9:11:15:9:9:12:15:9 chr19 18329784 . C T 200.99 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0391692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.246;QD=15.1687;RBI=0.0445116;REFB=0.00389166;REVB=0.0211437;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448457;STB=0.525513;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00695443;OID=.;OPOS=18329784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:13:17:12:11:13:17 chr19 18359037 . G A 130.09 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.00892529;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.172;QD=13.3422;RBI=0.0179673;REFB=-0.0310053;REVB=-0.0155936;RO=24;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274957;STB=0.659795;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0353542;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:6:9:8:16:6:9:8:16 chr19 18368810 . G T 419.54 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0131932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.153;QD=22.9882;RBI=0.0249029;REFB=-0.0166569;REVB=0.0211209;RO=32;SAF=27;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253796;STB=0.639741;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.010251;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:32:41:41:0.561644:14:27:11:21:14:27:11:21 chr19 18368969 . G A 885.5 PASS AF=0.566434;AO=81;DP=143;FAO=81;FDP=143;FR=.;FRO=62;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0183919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.604;QD=24.7693;RBI=0.0193499;REFB=-0.0175054;REVB=-0.00601312;RO=62;SAF=34;SAR=47;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103066;STB=0.556199;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0131484;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:62:62:81:81:0.566434:47:34:34:28:47:34:34:28 chr19 18368988 . G A 726.86 PASS AF=0.570248;AO=69;DP=121;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0256508;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.096;QD=24.0283;RBI=0.0285484;REFB=-0.0140823;REVB=0.0125319;RO=50;SAF=32;SAR=37;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280104;STB=0.507335;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0112408;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:50:52:69:69:0.570248:37:32:25:25:37:32:25:27 chr19 18369120 . G A 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00835352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.85;QD=11.5962;RBI=0.0116216;REFB=-0.0157255;REVB=-0.00807964;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396511;STB=0.523521;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0304178;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:13:8:5:7:13:8 chr19 18369211 . T G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0270356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.649;QD=9.47552;RBI=0.0458581;REFB=-0.000579221;REVB=0.037041;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43424;STB=0.766562;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0047968;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:8:2:12:9:8:2:12:9 chr19 18369270 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0135902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.74;QD=10.3903;RBI=0.0137053;REFB=-0.000806733;REVB=-0.00177275;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00179298;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:7:4:5:2:7:4 chr19 18369596 . GT AC 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00743503;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.286;QD=10.0339;RBI=0.00921304;REFB=-0.0388675;REVB=0.00544064;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.666109;STBP=0.435;TYPE=mnp;VARB=0.0481382;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:6:1:2:3:6:1 chr19 18375563 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00127756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.112;QD=8.69809;RBI=0.00138398;REFB=-0.0353034;REVB=0.000532205;RO=14;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319625;STB=0.70519;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0550759;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:1:6:9:5:1:6:9:5 chr19 18375659 . C T 270.9 PASS AF=0.376471;AO=31;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=8;FWDB=-0.00179981;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5979;QD=12.748;RBI=0.0276528;REFB=-0.0015575;REVB=-0.0275941;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=45;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368789;STB=0.690044;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00226131;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:51:53:31:32:0.376471:13:18:45:6:14:18:45:8 chr19 18376407 . T A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00378106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.273;QD=12.8607;RBI=0.0113303;REFB=-0.0129014;REVB=0.0106808;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0164742;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr19 18376522 . T G 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0232382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.895;QD=14.0975;RBI=0.0313499;REFB=-0.00397248;REVB=-0.021043;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.568421;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00675344;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:9:9:5:8:9:9 chr19 18377274 . A G 71.99 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0176736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4463;QD=8.22798;RBI=0.0219356;REFB=-0.00861742;REVB=-0.0129929;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.65686;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0277575;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:18:7:5:5:18:7 chr19 18377496 . C G 241.25 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0392921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8998;QD=21.9316;RBI=0.0404395;REFB=-0.0065822;REVB=0.00956487;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2002;STB=0.611671;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00381729;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:12:11:15:6:12:11:15:6 chr19 18378219 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0332835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.529;QD=17.6892;RBI=0.0388696;REFB=-0.00746738;REVB=-0.0200763;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111266;STB=0.503103;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0103058;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:12:9:11:14:12:9:11:15 chr19 18392894 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0753769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2703;QD=11.83;RBI=0.0880072;REFB=0.034106;REVB=0.0454268;RO=18;SAF=10;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420093;STB=0.760267;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0487855;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:1:10:12:6:1:10:12:6 chr19 18392913 . A G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0186098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8918;QD=11.3682;RBI=0.0390694;REFB=-0.0139478;REVB=-0.0343525;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334483;STB=0.691913;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0159648;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:2:9:10:8:2:9:11:8 chr19 18497024 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.538;QD=46.848;RBI=0.0690449;REFB=0;REVB=-0.0647853;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026368;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 18497141 . T A 152.44 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0445135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8457;QD=16.0458;RBI=0.0468139;REFB=-0.0250182;REVB=0.0144944;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177126;STB=0.581444;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0211642;OID=.;OPOS=18497141;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:7:9:8:13:8:9:8:13 chr19 18499238 . G T 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0110568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3456;QD=11.2537;RBI=0.0265788;REFB=-0.0238351;REVB=0.0241698;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0342378;OID=.;OPOS=18499238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:7:5:5:3:7:5 chr19 18502835 . G A 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.344;QD=55.2223;RBI=0.0202082;REFB=-0.0471443;REVB=-0.0163786;RO=1;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00104284;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:30:26:0:1:30:26:0:1 chr19 18507493 . C T 210.04 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0518555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2797;QD=15.5583;RBI=0.055653;REFB=-0.0257795;REVB=0.0202054;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024699;STB=0.514007;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0374064;OID=.;OPOS=18507493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:13:17:13:11:13:17 chr19 18679379 . C G 478.25 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.113142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8449;QD=53.1384;RBI=0.121087;REFB=-0.0690306;REVB=-0.0431402;RO=2;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582943;STB=0.531232;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0312532;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:15:18:0:2:15:19:0:2 chr19 18684563 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.635;QD=35.5759;RBI=0.0612204;REFB=0;REVB=0.0391846;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056878;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 18700047 . A G 357.48 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0273411;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.061;QD=49.3068;RBI=0.0437061;REFB=0.0262368;REVB=-0.0340982;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580428;STB=0.531227;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00115661;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:12:15:2:0:12:15:2:0 chr19 18710535 . G A 697.38 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0501832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.118;QD=51.6579;RBI=0.123529;REFB=-0.1326;REVB=0.112877;RO=4;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626402;STB=0.507934;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0142507;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:4:1:50:53:0.981481:28:22:0:4:31:22:0:1 chr19 18726856 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00820473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.54;QD=55.6052;RBI=0.00867726;REFB=-0.027126;REVB=0.00282441;RO=1;SAF=30;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00139299;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:28:30:1:0:28:30:1:0 chr19 18775077 . C T 1859.26 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.244;QD=61.4631;RBI=0.063556;REFB=0;REVB=0.0263431;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201204;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:121:0:0:121:121:1:53:68:0:0:53:68:0:0 chr19 18977937 . G C 612.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8849;QD=61.2984;RBI=0.0502739;REFB=0;REVB=0.0501609;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305012;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 19040312 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.929;QD=33.4285;RBI=0.0485046;REFB=0;REVB=-0.0362015;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401465;OID=.;OPOS=19040312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr19 19135561 . CTTC CTC,CTCG 100.2 PASS AF=0.372549,0.0196078;AO=21,2;DP=51;FAO=19,1;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=18,1;FSAR=1,0;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0335995,0.00723623;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=15.2853,69.1137;QD=7.85881;RBI=0.0409721,0.0172275;REFB=-0.170808,-0.0483377;REVB=-0.0234475,-0.0156341;RO=28;SAF=19,2;SAR=2,0;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0.302273,0;SSSB=0.464476,0.424235;STB=0.862952,0.98778;STBP=0.004,0.473;TYPE=del,mnp;VARB=0.14175,0.0979339;OID=.,.;OPOS=19135562,19135563;OREF=T,TC;OALT=-,CG;OMAPALT=CTC,CTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372549,0.0196078:21,2:51:19,1:51:31:18,1:1,0:19:12:92:28:19,2:2,0:17:11 chr19 19136541 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.258;QD=53.2756;RBI=0.0532057;REFB=0;REVB=0.0500188;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587774;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 19162559 . C G 43.16 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.01443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.8469;QD=3.52315;RBI=0.0717674;REFB=-0.013147;REVB=-0.0703018;RO=36;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52027;STB=0.832593;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0363315;OID=.;OPOS=19162559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:49:49:36:41:7:7:0.142857:2:5:9:27:2:5:11:30 chr19 19230868 . A G 1580.74 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.886;QD=63.8683;RBI=0.0199401;REFB=0;REVB=0.00901669;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38289e-05;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:51:47:0:0:51:48:0:0 chr19 19446936 . G A 845.78 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00628832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5641;QD=55.4608;RBI=0.00697416;REFB=-0.0624203;REVB=0.00301595;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00500473;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:59:60:0.983607:35:24:0:0:36:24:0:1 chr19 19449686 . G T 1016.52 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.015164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.935;QD=54.2143;RBI=0.0273191;REFB=-0.0422931;REVB=0.0227242;RO=3;SAF=47;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278367;STB=0.524157;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00122223;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:75:75:3:4:71:71:0.946667:24:47:1:2:24:47:1:3 chr19 19467085 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.059;QD=45.8068;RBI=0.0121187;REFB=0;REVB=-0.00900304;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.70244e-06;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 19467937 . T C 222.52 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0304576;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5816;QD=40.4577;RBI=0.0475664;REFB=-0.0309128;REVB=0.0365363;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555499;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0105708;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:23:22:0:3:19:19:0.863636:12:7:0:0:12:7:0:3 chr19 19468709 . GC G,GG 459.92 PASS AF=0.03125,0.96875;AO=4,29;DP=33;FAO=1,31;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=1,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021575,0.0371362;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.314,194.741;QD=57.4894;RBI=0.039258,0.0511346;REFB=0,0;REVB=0.0327981,0.0351518;RO=0;SAF=2,7;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0162343,0.000171153;OID=.,.;OPOS=19468710,19468710;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.03125,0.96875:4,29:33:1,31:32:0:0,9:1,22:0:0:5:0:2,7:2,22:0:0 chr19 19468734 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.203;QD=53.9112;RBI=0.0563253;REFB=0;REVB=0.0198024;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364673;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr19 19735257 . G T 656.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.431;QD=61.1031;RBI=0.0294048;REFB=0;REVB=0.00115859;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43178e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:25:17:1:0:25:18:0:0 chr19 19737686 . C T 68.02 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0101339;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.169;QD=12.9564;RBI=0.0858618;REFB=-0.020408;REVB=-0.0852617;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259257;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0107384;OID=.;OPOS=19737686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:8:3:5:4:8:4 chr19 19766946 . GC AA 173.22 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0397947;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.272;QD=18.7261;RBI=0.041685;REFB=-0.00952428;REVB=0.0124106;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274563;STB=0.664346;STBP=0.062;TYPE=mnp;VARB=0.00896253;OID=.;OPOS=19766946;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:12:5:11:8:13:5:11:8 chr19 19779759 . C G 1374.63 PASS AF=0.491103;AO=137;DP=280;FAO=138;FDP=281;FR=.;FRO=143;FSAF=58;FSAR=80;FSRF=72;FSRR=71;FWDB=0.0167783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6026;QD=19.5677;RBI=0.0185327;REFB=-0.0232095;REVB=0.00787086;RO=143;SAF=57;SAR=80;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082308;STB=0.542848;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0188785;OID=.;OPOS=19779759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:280:281:143:143:137:138:0.491103:80:57:72:71:80:58:72:71 chr19 19789528 . A G 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0146516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.799;QD=24.2431;RBI=0.0158349;REFB=-0.00686236;REVB=0.00600625;RO=20;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131409;OID=.;OPOS=19789528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:10:15:12:8:10:15:12:8 chr19 19823270 . T A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0369027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.736;QD=12.0502;RBI=0.0369052;REFB=-0.00232345;REVB=0.000425577;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.749317;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00299837;OID=.;OPOS=19823270;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:8:1:5:8:8:1:5:8 chr19 19855654 . C T 88.07 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0147374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.249;QD=14.0915;RBI=0.0325387;REFB=-0.017807;REVB=0.0290099;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218381;STB=0.642612;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0133975;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:6:5:9:4:6:5:10:4 chr19 20003109 . A G 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0201974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.832;QD=24.413;RBI=0.0669912;REFB=-0.0331362;REVB=0.063874;RO=4;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254731;STB=0.606552;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0220855;OID=.;OPOS=20003109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:4:5:11:11:0.6875:6:5:4:0:6:5:4:1 chr19 20150125 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0192105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.01;QD=12.6376;RBI=0.0332383;REFB=-0.0091525;REVB=-0.0271246;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156473;STB=0.590783;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0109345;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:17:4:4:9:17:4 chr19 20150175 . G C 62.13 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0129415;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.263;QD=8.56982;RBI=0.0211813;REFB=0.000726483;REVB=-0.0167679;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187422;STB=0.531181;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00108833;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:29:18:20:8:9:0.310345:4:4:12:6:4:5:12:8 chr19 20229486 . G A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00414476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.942;QD=12.3955;RBI=0.0192287;REFB=-0.0255408;REVB=-0.0187767;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471002;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0234733;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:5:0:3:2:5:0 chr19 20369503 . C G 577.07 PASS AF=0.56;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0152594;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5309;QD=23.0826;RBI=0.0299604;REFB=-0.0175284;REVB=-0.0257833;RO=41;SAF=22;SAR=34;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094485;STB=0.558373;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0134199;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:41:44:56:56:0.56:34:22:21:20:34:22:23:21 chr19 20727463 . T C 132.96 PASS AF=0.866667;AO=12;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0538045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.095;QD=35.4546;RBI=0.0557793;REFB=-0.0405363;REVB=-0.0147107;RO=2;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471732;STB=0.529365;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0159446;OID=.;OPOS=20727463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:12:13:0.866667:4:8:1:1:4:9:1:1 chr19 20727932 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.267;QD=35.575;RBI=0.00785533;REFB=0;REVB=-0.00286728;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016635;OID=.;OPOS=20727932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 20808149 . A G 538.48 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.367;QD=59.8312;RBI=0.120877;REFB=0;REVB=0.115874;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076704;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr19 21300462 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110522;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.003;QD=53.911;RBI=0.0198369;REFB=0;REVB=0.0164728;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60175e-05;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr19 21477431 . T C 672.49 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0196361;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.651;QD=52.7441;RBI=0.0374387;REFB=-0.120622;REVB=0.031876;RO=1;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268741;STB=0.527766;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000487275;OID=.;OPOS=21477431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:1:2:49:49:0.960784:32:17:1:0:32:17:2:0 chr19 21492062 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.299;QD=54.5152;RBI=0.0791551;REFB=0;REVB=0.0774092;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629122;OID=.;OPOS=21492062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr19 21544571 . G A 538.31 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.629;QD=59.8123;RBI=0.0274446;REFB=0;REVB=0.0213429;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136121;OID=.;OPOS=21544571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:17:19:0:0 chr19 21606429 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=368.378;QD=44.6898;RBI=0.0502034;REFB=0;REVB=0.031705;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019975;OID=.;OPOS=21606429;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr19 21606725 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00956746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.876;QD=10.3903;RBI=0.0115053;REFB=-0.0326386;REVB=0.00639019;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0559383;OID=.;OPOS=21606725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr19 21688602 . C G 424.15 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115371;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.012;QD=56.5531;RBI=0.0132365;REFB=0;REVB=0.0064885;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.64646e-06;OID=.;OPOS=21688602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:1:0:29:30:1:19:10:0:1:20:10:0:0 chr19 21719401 . T C 57.14 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.175702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.907;QD=28.5709;RBI=0.177045;REFB=-0.190217;REVB=-0.0217695;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538356;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00708045;OID=.;OPOS=21719401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:6:1:0:0:6:1:0:1 chr19 21909948 . G A 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7151;QD=52.6053;RBI=0.0379076;REFB=0;REVB=-0.00540342;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460274;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 22115982 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7897;QD=26.026;RBI=0.0219383;REFB=-0.0482138;REVB=-0.0219383;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115267;OID=.;OPOS=22115982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr19 22156585 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00949636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.871;QD=39.2068;RBI=0.0198342;REFB=0;REVB=0.0174131;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322824;OID=.;OPOS=22156585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr19 22375863 . C CT 330.1 PASS AF=1;AO=5;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.4685;QD=30.707;RBI=0.166127;REFB=-0.0286347;REVB=-0.159586;RO=38;SAF=0;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619811;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0171447;OID=.;OPOS=22375864;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:43:43:43:0:19:24:0:0:5:38:0:5:19:19 chr19 22375868 . C T 601.46 PASS AF=0.953488;AO=37;DP=39;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0451069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9104;QD=55.9498;RBI=0.0452863;REFB=0.0133554;REVB=0.00402692;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.521729;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0167505;OID=.;OPOS=22375868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:43:2:2:37:41:0.953488:22:15:0:2:22:19:0:2 chr19 22575488 . C T 35.91 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0185489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.315;QD=6.24546;RBI=0.0185742;REFB=0.00594337;REVB=-0.000969305;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100585;STB=0.565004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0165566;OID=.;OPOS=22575488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:10:7:3:3:10:7 chr19 22846788 . C A 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0189853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.344;QD=7.81284;RBI=0.0245406;REFB=-0.0144946;REVB=0.0155498;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204081;STB=0.62483;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0376386;OID=.;OPOS=22846788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:10:5:20:20:10:5:20:20 chr19 22868896 . A T 46.43 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0206848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.802;QD=12.3803;RBI=0.133703;REFB=-0.0338558;REVB=0.132094;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247224;STB=0.673053;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0552562;OID=.;OPOS=22868896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:14:15:8:8:6:7:0.466667:2:4:7:1:3:4:7:1 chr19 22868965 . T C 51.4 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0535012;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.552;QD=15.8145;RBI=0.0609773;REFB=-0.0198852;REVB=0.0292549;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372308;STB=0.726508;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0323752;OID=.;OPOS=22868965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:3:3:1:6:3:3 chr19 22937148 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0154506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.537;QD=12.9748;RBI=0.0486938;REFB=-0.00209132;REVB=-0.0461775;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367774;STB=0.521702;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00255541;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:3:9:13:5:3:9:13:5 chr19 22942235 . T C 82.17 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00659989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.234;QD=19.333;RBI=0.0168847;REFB=-0.0157874;REVB=-0.0155414;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.559875;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.021088;OID=.;OPOS=22942235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:16:17:7:7:9:10:0.588235:3:6:4:3:3:7:4:3 chr19 22942325 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00913692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.58;QD=23.2183;RBI=0.0661976;REFB=-0.0871939;REVB=-0.065564;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00966254;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr19 23159486 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00263654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.252;QD=16.627;RBI=0.0259228;REFB=-0.00918553;REVB=0.0257883;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288924;STB=0.664572;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.014363;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:11:3:7:6:11:3 chr19 23316947 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0273153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.529;QD=14.7012;RBI=0.049842;REFB=-0.0041521;REVB=-0.0416905;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.518488;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0127294;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:8:7:6:6:8:7 chr19 23328940 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.035557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.704;QD=10.3792;RBI=0.038522;REFB=-0.00776457;REVB=-0.0148204;RO=16;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407633;STB=0.756057;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0143866;OID=.;OPOS=23328940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:8:1:6:10:8:1:6:10 chr19 23542290 . AG GC 588.59 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154262;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.954;QD=60.3682;RBI=0.0207157;REFB=0;REVB=-0.0138265;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000372307;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr19 23543095 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.103;QD=60.6087;RBI=0.0597513;REFB=0;REVB=0.031948;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389843;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:11:22:0:0:15:23:0:0 chr19 23545004 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.516;QD=33.4285;RBI=0.0399921;REFB=0;REVB=0.0104189;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515599;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 23545447 . A G 102.71 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.615;QD=37.3499;RBI=0.157784;REFB=0;REVB=0.0397248;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456738;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:6:5:0:0 chr19 23836351 . TA T 44.72 PASS AF=0.533333;AO=4;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0678023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.697;QD=11.9258;RBI=0.25384;REFB=-0.0782194;REVB=0.244617;RO=8;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.413374;SSSB=0.272394;STB=0.599733;STBP=0.513;TYPE=del;VARB=0.0981839;OID=.;OPOS=23836352;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:4:15:8:15:7:6:2:4:3:39:8:3:1:4:4 chr19 23837195 . T C 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.502;QD=60.6085;RBI=0.0338562;REFB=0;REVB=0.0133342;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141091;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr19 23837365 . A C 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00439141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1783;QD=41.8649;RBI=0.0562208;REFB=-0.0160123;REVB=-0.056049;RO=1;SAF=14;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314901;STB=0.517219;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00808743;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:1:14:1:0:1:14:1:0 chr19 23869823 . T G 443.33 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4445;QD=57.204;RBI=0.0531824;REFB=0;REVB=-0.0530419;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483048;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr19 23927345 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00396512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.624;QD=24.3281;RBI=0.0110211;REFB=-0.069519;REVB=0.0102831;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.025627;OID=.;OPOS=23927345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr19 23927468 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.242;QD=57.202;RBI=0.0234883;REFB=0;REVB=0.0139117;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118547;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr19 24183515 . G T 519.72 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.671;QD=59.397;RBI=0.0278386;REFB=0;REVB=-0.0040409;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114963;OID=.;OPOS=24183515;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr19 24184114 . A G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00539488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.572;QD=6.54461;RBI=0.00856863;REFB=-0.00763495;REVB=-0.00665708;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465288;STB=0.806805;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0242927;OID=.;OPOS=24184114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:1:7:13:11:1:7:13:11 chr19 24184295 . C T 1235.94 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0162433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.825;QD=58.8542;RBI=0.0234435;REFB=-0.0476116;REVB=-0.0169043;RO=2;SAF=29;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178633;STB=0.509257;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00020432;OID=.;OPOS=24184295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:81:82:0.97619:52:29:0:2:53:29:0:2 chr19 24184551 . G A 279.83 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000644938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.46;QD=18.9715;RBI=0.0467644;REFB=-0.00979755;REVB=-0.04676;RO=29;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011942;STB=0.506662;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00871201;OID=.;OPOS=24184551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:19:11:11:18:19:11:11:18 chr19 24186114 . C G 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5714;QD=53.8927;RBI=0.041209;REFB=0;REVB=0.00250646;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971734;OID=.;OPOS=24186114;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr19 24186163 . C A 130.58 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0976539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7265;QD=43.5276;RBI=0.10306;REFB=0;REVB=0.0329419;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00511754;OID=.;OPOS=24186163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr19 24310032 . A T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0261;QD=50.4107;RBI=0.0145526;REFB=0;REVB=0.00936012;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11877e-05;OID=.;OPOS=24310032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 29724086 . A C 44.55 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0231018;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8646;QD=6.36372;RBI=0.0411793;REFB=0.00190653;REVB=-0.0340887;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160269;STB=0.5;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0037494;OID=.;OPOS=29724086;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:17:21:7:7:0.25:3:4:12:5:3:4:12:9 chr19 29724111 . T G 53.46 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0930365;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6417;QD=6.28922;RBI=0.103996;REFB=-0.0287463;REVB=-0.0464693;RO=26;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0633116;OID=.;OPOS=29724111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:34:26:26:8:8:0.235294:4:4:13:13:4:4:13:13 chr19 29724209 . A G 276.84 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0180455;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4433;QD=25.1669;RBI=0.0400869;REFB=0.0189615;REVB=-0.0357955;RO=19;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163679;STB=0.509084;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.00828731;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:18:7:5:14:18:7:5:14 chr19 30102856 . A G 197.64 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0126143;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.872;QD=17.9668;RBI=0.0126552;REFB=-0.01501;REVB=0.00101729;RO=24;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438718;STB=0.74975;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0157732;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:15:5:17:7:15:5:17:7 chr19 30193721 . G A 501.79 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0130681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.395;QD=18.585;RBI=0.0135674;REFB=-0.0236384;REVB=-0.00364696;RO=55;SAF=18;SAR=35;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243345;STB=0.634954;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.019036;OID=.;OPOS=30193721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:35:18:33:22:35:18:33:22 chr19 30414572 . C G 185.58 PASS AF=0.475;AO=18;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0153825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.648;QD=18.5575;RBI=0.0174168;REFB=-0.0237132;REVB=-0.00816829;RO=21;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0213159;STB=0.521213;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.027526;OID=.;OPOS=30414572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:21:18:19:0.475:4:14:16:5:4:15:16:5 chr19 30414587 . G T 183.82 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0451889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1349;QD=17.9337;RBI=0.0674111;REFB=-0.0217321;REVB=-0.0500222;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827631;STB=0.547393;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0212775;OID=.;OPOS=30414587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:16:6:4:15:16:6 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 377.84 PASS AF=0.53125,0.0625;AO=30,3;DP=66;FAO=34,4;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=20,1;FSAR=14,3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0170808,-0.0202705;FXX=0.0588149;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=127.213,109.986;QD=23.6148;RBI=0.0189744,0.02046;REFB=-0.0448546,-0.00260838;REVB=-0.00826269,0.00277796;RO=25;SAF=19,1;SAR=11,2;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.193695,-0.0753389;STB=0.57195,0.665781;STBP=0.2,0.537;TYPE=del,snp;VARB=0.0411527,0.0216819;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125,0.0625:30,3:66:34,4:64:26:20,1:14,3:11:15:99:25:19,1:11,2:10:15 chr19 31768416 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.537;QD=39.2068;RBI=0.0613598;REFB=0;REVB=0.0141774;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103922;OID=.;OPOS=31768416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr19 31769763 . G A 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0055935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.328;QD=11.6669;RBI=0.100435;REFB=-0.0108789;REVB=0.100279;RO=26;SAF=11;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418181;STB=0.749625;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0114338;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:3:11:11:15:3:11:11:15 chr19 32083696 . T C 1283.37 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.071;QD=61.849;RBI=0.025349;REFB=0;REVB=0.000435625;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18944e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr19 32873698 . A G 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.018524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.074;QD=18.2489;RBI=0.0238834;REFB=-0.017746;REVB=-0.0150758;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239512;STB=0.636165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0102714;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:3:9:6:7:3:9 chr19 33076729 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0308268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0772;QD=9.44312;RBI=0.0443938;REFB=0.0200478;REVB=-0.0319456;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195996;STB=0.62453;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.100411;OID=.;OPOS=33076729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:7:3:1:5:7:3 chr19 33088126 . TAG T 137.07 PASS AF=1;AO=11;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292246;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=2;MLLD=78.057;QD=45.691;RBI=0.0960178;REFB=0;REVB=0.0914622;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00521583;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:14:12:12:0:6:6:0:0:3:0:6:5:0:0 chr19 33096786 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0228876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.127;QD=21.3532;RBI=0.0506527;REFB=0.0183441;REVB=0.0451869;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677349;STB=0.538402;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0167962;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:5:4:7:6:5:4 chr19 33096816 . C T 91.2 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0577059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1372;QD=17.3715;RBI=0.057726;REFB=0.0107972;REVB=-0.00152324;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00497389;OID=.;OPOS=33096816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:4:6:5:6:4:6 chr19 33099277 . T C 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0012178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7993;QD=8.81053;RBI=0.0190679;REFB=0.00104205;REVB=0.019029;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303669;STB=0.675005;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00135239;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:1:5:6:4:1:5:7:4 chr19 33099305 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00899056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.718;QD=12.7823;RBI=0.00918528;REFB=-0.0213188;REVB=-0.00188129;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0167709;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr19 33099336 . A G 95.14 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0124793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.759;QD=11.1934;RBI=0.0127681;REFB=-0.00306066;REVB=0.00270041;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599784;STB=0.535656;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00492934;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:8:14:7:5:8:14 chr19 33106621 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0220641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.908;QD=18.6443;RBI=0.0250256;REFB=-0.0267943;REVB=-0.011809;RO=13;SAF=12;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370519;STB=0.716054;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0304778;OID=.;OPOS=33106621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:2:12:7:6:2:12:7:6 chr19 33167879 . G A 118.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00963222;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.215;QD=20.5553;RBI=0.0156814;REFB=-0.0255881;REVB=-0.0123744;RO=10;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275703;STB=0.659716;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0239259;OID=.;OPOS=33167879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:24:23:10:10:13:13:0.565217:2:11:6:4:2:11:6:4 chr19 33168036 . G GT 159.15 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0824238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.2968;QD=11.3681;RBI=0.144834;REFB=-0.00636064;REVB=0.119093;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426008;STB=0.510196;STBP=0.903;TYPE=ins;VARB=0.013389;OID=.;OPOS=33168037;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:26:59:26:56:30:10:16:11:19:99:32:10:16:11:21 chr19 33168059 . G A 304.9 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0313505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8247;QD=17.6755;RBI=0.0344452;REFB=-0.0134266;REVB=0.0142695;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883548;STB=0.549267;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.014694;OID=.;OPOS=33168059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:20:13:11:25:20:13:11:25 chr19 33168412 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00675474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.959;QD=9.09988;RBI=0.01814;REFB=-0.0219489;REVB=-0.0168355;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291095;STB=0.685213;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0381388;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:5:14:8:1:5:14 chr19 33169003 . A C 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0323803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.519;QD=10.5424;RBI=0.0405772;REFB=-0.00585999;REVB=0.0244546;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744314;STB=0.544827;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0108607;OID=.;OPOS=33169003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:9:12:7:4:9:12 chr19 33372885 . TC T 124.29 PASS AF=0.568627;AO=25;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0889188;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2332;QD=9.74797;RBI=0.175762;REFB=-0.103806;REVB=-0.15161;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=6;SSEN=0.303571;SSEP=0;SSSB=-0.40496;STB=0.663785;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.106405;OID=.;OPOS=33372886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.568627:25:51:29:51:22:9:20:15:7:88:21:6:19:15:6 chr19 33390796 . G A 740.71 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456192;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4618;QD=56.9774;RBI=0.0374024;REFB=0;REVB=-0.0371232;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302816;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 33414420 . A G 173.03 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0783883;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.443;QD=17.7464;RBI=0.0783886;REFB=-0.0089379;REVB=-0.000226603;RO=20;SAF=11;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584155;STB=0.52223;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0074587;OID=.;OPOS=33414420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:21:18:18:0.461538:7:11:11:9:7:11:12:9 chr19 33430816 . T G 494.34 PASS AF=0.61039;AO=45;DP=76;FAO=47;FDP=77;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0207827;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4839;QD=25.68;RBI=0.0316589;REFB=-0.0486848;REVB=0.0238823;RO=29;SAF=12;SAR=33;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391902;STB=0.538445;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0304147;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:29:30:45:47:0.61039:33:12:9:20:35:12:10:20 chr19 33444556 . T C 311.85 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0168537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2555;QD=16.6319;RBI=0.0354701;REFB=0.0106259;REVB=-0.0312102;RO=41;SAF=26;SAR=8;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462055;STB=0.75972;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0191372;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:41:34:34:0.453333:8:26:12:29:8:26:12:29 chr19 33444576 . C T 225.34 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.00867654;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.478;QD=12.8766;RBI=0.00921511;REFB=-0.0234673;REVB=-0.00310415;RO=42;SAF=22;SAR=5;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.541098;STB=0.814582;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.01944;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:42:43:27:27:0.385714:5:22:13:29:5:22:13:30 chr19 33444588 . T G 245.26 PASS AF=0.391892;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=74;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00890395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.751;QD=13.257;RBI=0.0188471;REFB=0.00425586;REVB=0.0166112;RO=44;SAF=24;SAR=5;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.581033;STB=0.82736;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0131486;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:45:29:29:0.391892:5:24:12:32:5:24:13:32 chr19 33444707 . C T 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0522745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.932;QD=22.831;RBI=0.0527615;REFB=-0.00111994;REVB=-0.0071523;RO=10;SAF=1;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27002;STB=0.655991;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000546744;OID=.;OPOS=33444707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:14:1:2:8:14:1:2:8 chr19 33467357 . G A 234.93 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0285106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.505;QD=18.794;RBI=0.0302237;REFB=-0.0245538;REVB=-0.0100311;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133007;STB=0.565161;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0282446;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:27:23:23:0.46:13:10:15:11:13:10:15:12 chr19 33467576 . G A 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.020693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.717;QD=28.283;RBI=0.0222534;REFB=-0.0377851;REVB=0.00818601;RO=12;SAF=7;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512975;STB=0.528277;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0216293;OID=.;OPOS=33467576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:15:7:3:9:15:7:3:9 chr19 33470874 . A G 224.9 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=52;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00620667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.315;QD=16.659;RBI=0.00677074;REFB=-0.00251998;REVB=-0.00270558;RO=21;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877268;STB=0.540315;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00346399;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:21:28:24:26:0.481481:9:15:11:10:11:15:14:14 chr19 33490500 . C T 32.25 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=57;FWDB=0.0615172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4933;QD=1.19431;RBI=0.0635457;REFB=0.00546377;REVB=-0.0159277;RO=99;SAF=3;SAR=6;SRF=42;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106663;STB=0.588034;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.0551834;OID=.;OPOS=33490500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:108:99:99:9:9:0.0833333:6:3:42:57:6:3:42:57 chr19 33490566 . T C 289.63 PASS AF=0.291045;AO=40;DP=135;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.000846304;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.569;QD=8.64573;RBI=0.0413371;REFB=-0.0119843;REVB=-0.0413284;RO=90;SAF=13;SAR=27;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690519;STB=0.535501;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0266329;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:90:95:40:39:0.291045:27:13:34:56:26:13:36:59 chr19 33490585 . G A 65.96 PASS AF=0.119403;AO=16;DP=133;FAO=16;FDP=134;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=77;FWDB=-0.0247578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.23;QD=1.96888;RBI=0.0299195;REFB=7.42475e-05;REVB=0.0167997;RO=117;SAF=8;SAR=8;SRF=40;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199336;STB=0.634173;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000705769;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:133:134:117:118:16:16:0.119403:8:8:40:77:8:8:41:77 chr19 33498978 . A G 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0557444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6484;QD=11.4387;RBI=0.0614396;REFB=-0.0235354;REVB=-0.0258339;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456874;STB=0.767072;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0393843;OID=.;OPOS=33498978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:6:18:4:9:6:18 chr19 33572089 . G C 92.23 PASS AF=0.325581;AO=12;DP=40;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0457343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.213;QD=8.57922;RBI=0.0896572;REFB=-0.0856975;REVB=0.0771154;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02836;STB=0.516106;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.183215;OID=.;OPOS=33572089;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:43:28:29:12:14:0.325581:5:7:17:11:5:9:18:11 chr19 33579128 . T C 132.61 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0520874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0558;QD=15.1556;RBI=0.105086;REFB=-0.0245047;REVB=0.0912682;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072901;STB=0.558061;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0383475;OID=.;OPOS=33579128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:9:6:9:10:9:6:10:10 chr19 33586739 . G C 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0311019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4377;QD=10.6682;RBI=0.0622561;REFB=-0.0385063;REVB=-0.0539304;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279572;STB=0.668771;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0614029;OID=.;OPOS=33586739;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:7:3:10:8:7:3:10:8 chr19 33600764 . T C 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.018476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.815;QD=11.8296;RBI=0.0479113;REFB=-0.0164961;REVB=-0.0442055;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162248;STB=0.596102;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0345097;OID=.;OPOS=33600764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:11:7:6:5:11:7 chr19 33605299 . C CG 79.87 PASS AF=1;AO=2;DP=14;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200207;FXX=0.428266;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.5426;QD=39.9327;RBI=0.2006;REFB=0;REVB=0.0125454;RO=12;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460273;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0372693;OID=.;OPOS=33605300;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:14:8:8:0:8:0:0:0:3:12:2:0:10:2 chr19 33605300 . A G 150.97 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.232396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5947;QD=43.1337;RBI=0.237364;REFB=0;REVB=0.0483084;RO=2;SAF=10;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821516;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158112;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:2:0:12:14:1:2:10:2:0:2:12:0:0 chr19 33605312 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.486;QD=44.6898;RBI=0.0300494;REFB=0;REVB=-0.0127561;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000449302;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr19 33617583 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0252874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.598;QD=11.1312;RBI=0.0418315;REFB=-0.0402862;REVB=-0.0333229;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030867;STB=0.518482;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0655342;OID=.;OPOS=33617583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:9:8:5:5:9:8 chr19 33635761 . C T 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00469551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.914;QD=15.7858;RBI=0.025848;REFB=-0.0073791;REVB=0.025418;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258764;STB=0.648446;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0140214;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:12:5:8:6:12:5 chr19 33647379 . T C 78.21 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.038031;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.395;QD=9.47983;RBI=0.0382565;REFB=-0.00101341;REVB=-0.00414729;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599838;STB=0.905834;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0211675;OID=.;OPOS=33647379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:33:33:22:22:6:9:0.272727:1:5:6:16:1:8:6:16 chr19 33693785 . G A 190.1 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00581096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.501;QD=21.7252;RBI=0.0257264;REFB=-0.00513595;REVB=0.0250615;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10973;STB=0.561975;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00834193;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:6:10:14:5:6:10 chr19 33696354 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0809528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8206;QD=10.0338;RBI=0.0814245;REFB=-0.00839917;REVB=-0.00875139;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0338016;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr19 33696621 . C T 641.24 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0197335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4352;QD=28.82;RBI=0.0199848;REFB=-0.0279565;REVB=0.00315919;RO=33;SAF=22;SAR=34;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653282;STB=0.535427;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0214903;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:56:56:0.629213:34:22:10:23:34:22:10:23 chr19 33697546 . C T 78.59 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0259008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.003;QD=14.9688;RBI=0.0321923;REFB=-0.0230098;REVB=0.0191178;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.571288;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0347809;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:11:11:9:10:0.47619:5:4:4:7:5:5:4:7 chr19 33698291 . T C 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0521675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.643;QD=18.251;RBI=0.0540926;REFB=-0.0232286;REVB=-0.0143027;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192307;STB=0.608563;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0222441;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:3:12:9:6:3:12 chr19 33698448 . G A 182.59 PASS AF=0.408163;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0245269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5398;QD=14.9052;RBI=0.0730443;REFB=-0.0241546;REVB=0.0688033;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353057;STB=0.694862;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.048201;OID=.;OPOS=33698448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:49:27:29:18:20:0.408163:7:11:7:20:7:13:9:20 chr19 33700281 . C A 232.69 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0121961;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=155.629;QD=23.2686;RBI=0.0199692;REFB=0.00971907;REVB=0.0158122;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307584;STB=0.681257;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00160313;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:18:22:22:0.55:14:8:13:4:14:8:14:4 chr19 33870598 . GACCTC G 289.63 PASS AF=0.458333;AO=28;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00286386;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=5;MLLD=256.481;QD=16.0907;RBI=0.00788403;REFB=-0.00710294;REVB=-0.00734549;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0044504;STB=0.506445;STBP=0.943;TYPE=del;VARB=0.00852062;OID=.;OPOS=33870599;OREF=ACCTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:28:72:33:72:39:14:19:17:22:99:34:10:18:12:22 chr19 33878977 . C T 305.62 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.02635;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.091;QD=31.3456;RBI=0.0360514;REFB=-0.0112853;REVB=0.0246044;RO=12;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154826;STB=0.603091;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00645168;OID=.;OPOS=33878977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:12:13:26:26:0.666667:19:7:6:6:19:7:7:6 chr19 34584137 . A G 213.26 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0022257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.357;QD=19.8379;RBI=0.00496118;REFB=-0.0216606;REVB=0.00443391;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421918;STB=0.512183;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0222541;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:11:10:11:10:11:10:11:11 chr19 34706531 . A G 35.93 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00125479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=127.488;QD=6.24808;RBI=0.0228343;REFB=-0.00220684;REVB=0.0227998;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.721525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00996912;OID=.;OPOS=34706531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:11:6:4:2:11:6 chr19 34842488 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.539;QD=60.2303;RBI=0.0410665;REFB=0;REVB=0.0192553;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37363e-05;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr19 34868642 . A G 167.39 PASS AF=0.403846;AO=15;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0154043;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.387;QD=12.8765;RBI=0.0174617;REFB=-0.00858425;REVB=-0.00822318;RO=28;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378267;STB=0.636894;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0159005;OID=.;OPOS=34868642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:28:31:15:21:0.403846:11:4:17:11:13:8:19:12 chr19 34959979 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00628396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.772;QD=14.7016;RBI=0.0220234;REFB=-0.0243882;REVB=-0.0211079;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355293;STB=0.703838;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0296813;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:3:12:5:7:3:12 chr19 34972146 . G C 162.13 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0390974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8652;QD=19.6522;RBI=0.0420323;REFB=0.0168124;REVB=0.0154306;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129484;STB=0.57339;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00838788;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:9:7:10:7:9:7 chr19 35175208 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5282;QD=43.486;RBI=0.0940725;REFB=0;REVB=0.0807225;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00697311;OID=.;OPOS=35175208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 35175775 . C T 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.971;QD=63.5666;RBI=0.0576927;REFB=0;REVB=0.0499986;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472665;OID=.;OPOS=35175775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr19 35270362 . G C 1513.14 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.774;QD=59.9264;RBI=0.041604;REFB=0;REVB=-0.00361498;RO=0;SAF=60;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240459;OID=.;OPOS=35270362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:41:60:0:0:41:60:0:0 chr19 35420841 . A G 176.76 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00603571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.42;QD=13.3402;RBI=0.0287945;REFB=-0.012586;REVB=0.0281548;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902382;STB=0.551922;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0147061;OID=.;OPOS=35420841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:14:18:10:11:14:18 chr19 35422808 . C T 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00774364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7555;QD=18.115;RBI=0.0474246;REFB=-0.018014;REVB=0.0467881;RO=19;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134812;STB=0.565962;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0219844;OID=.;OPOS=35422808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:12:6:9:10:12:6:9:11 chr19 35434237 . CA TG 154.22 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00649216;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.498;QD=14.3463;RBI=0.00807298;REFB=-0.00188176;REVB=-0.00479843;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00791353;STB=0.504499;STBP=0.962;TYPE=mnp;VARB=0.00236424;OID=.;OPOS=35434237;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:11:6:9:16:11:6:9:17 chr19 35434512 . T C 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00671424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.057;QD=11.1309;RBI=0.0401833;REFB=0.00501659;REVB=-0.0396184;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306278;STB=0.683837;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0118548;OID=.;OPOS=35434512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:7:10:3:7:7:10 chr19 35435006 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00732982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.322;QD=17.9564;RBI=0.00808432;REFB=-0.0198147;REVB=-0.00341028;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301645;STB=0.51722;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0198909;OID=.;OPOS=35435006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:8:9:9:7:8:9 chr19 35449409 . G A 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0242881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.482;QD=12.7796;RBI=0.0247474;REFB=-0.02553;REVB=0.0047457;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177933;STB=0.617968;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0413283;OID=.;OPOS=35449409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:10:10:0.416667:6:4:3:10:6:4:3:11 chr19 35449760 . G C 299.41 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0186752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.19;QD=24.4416;RBI=0.0189218;REFB=0.0184236;REVB=0.00304456;RO=22;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143485;STB=0.579383;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.0256487;OID=.;OPOS=35449760;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:15:12:6:16:15:12:6:16 chr19 35450229 . C T 201.14 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00824663;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.871;QD=19.1559;RBI=0.0199229;REFB=-0.0125182;REVB=-0.018136;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170758;STB=0.596603;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0109178;OID=.;OPOS=35450229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:8:14:9:11:8:14 chr19 35590180 . T A 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0262288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.181;QD=21.6116;RBI=0.0310667;REFB=-0.0182805;REVB=0.0166489;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625897;STB=0.535027;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0191204;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:8:15:14:10:8:15 chr19 35597352 . T C,G 361.7 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=24,2;DP=26;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00580835,0.00345269;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.813,79.2084;QD=53.5854;RBI=0.0694763,0.0225731;REFB=0,0;REVB=0.0692331,0.0223075;RO=0;SAF=4,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.83186e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00447441,0.0206865;OID=.,.;OPOS=35597352,35597352;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:27:0:0:24,2:25,2:0.925926,0.0740741:20,0:4,2:0:0:21,0:4,2:0:0 chr19 35597462 . A G 176.56 PASS AF=0.514286;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0257197;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.744;QD=20.1783;RBI=0.0257407;REFB=-0.0205442;REVB=-0.00104017;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154517;STB=0.624866;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0208696;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:17:18:0.514286:9:8:11:6:10:8:12:5 chr19 35597620 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0151093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.727;QD=16.417;RBI=0.0175543;REFB=-0.00489769;REVB=-0.00893649;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00497519;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr19 35597729 . C T 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.039262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.5993;QD=14.1674;RBI=0.041053;REFB=0.0271357;REVB=0.0119938;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.0176802;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr19 35610245 . A G 280.89 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6118;QD=51.0712;RBI=0.0982732;REFB=0;REVB=-0.0950703;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00257413;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:2:19:0:0:2:20:0:0 chr19 35612159 . C G 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0544094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5327;QD=13.2051;RBI=0.125361;REFB=-0.00372275;REVB=0.112938;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.736113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00904755;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:1:5:2:4:1:5 chr19 35614336 . T C 85.69 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0835445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6907;QD=11.8193;RBI=0.106468;REFB=-0.0189974;REVB=-0.0659978;RO=18;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475298;STB=0.52825;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.025995;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:5:6:9:9:5:6:9:9 chr19 35617824 . G A 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00368439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.142;QD=20.0298;RBI=0.0249156;REFB=-0.0273395;REVB=-0.0246417;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144062;STB=0.581059;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0341585;OID=.;OPOS=35617824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:16:10:13:11:16:10 chr19 35622695 . AT GG,GT 520.52 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=2,33;DP=37;FAO=2,34;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117581,0.0544667;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.794,64.0759;QD=57.836;RBI=0.0361208,0.0890284;REFB=0,0;REVB=-0.0341535,0.0704233;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.71297e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0103939,0.011018;OID=.,.;OPOS=35622695,35622695;OREF=AT,A;OALT=GG,G;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:36:0:0:2,33:2,34:0.0555556,0.944444:2,19:0,14:0:0:2,20:0,14:0:0 chr19 35648365 . T G 1008.36 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.634;QD=59.3156;RBI=0.0688471;REFB=0;REVB=0.0172026;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329346;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:38:30:0:0:38:30:0:0 chr19 35649324 . C G 553.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.994;QD=59.8034;RBI=0.0305713;REFB=0;REVB=0.0128707;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.48057e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:37:0:0:33:37:1:21:12:0:0:23:14:0:0 chr19 35655151 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.006;QD=44.6897;RBI=0.0551112;REFB=0;REVB=0.0297676;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146852;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr19 35660508 . G A 635.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0050204;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7756;QD=62.0393;RBI=0.0234662;REFB=0;REVB=0.0229228;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248805;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 35786868 . C T 272.25 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0567204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.553;QD=17.2855;RBI=0.0574675;REFB=-0.0131332;REVB=-0.0092367;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156104;STB=0.587245;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0155517;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:15:15:11:22:15:15:11:22 chr19 35790644 . GC AA 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0141264;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.033;QD=18.7119;RBI=0.0385353;REFB=-0.0259739;REVB=0.0358526;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791356;STB=0.5447;STBP=0.674;TYPE=mnp;VARB=0.0286172;OID=.;OPOS=35790644;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:5:13:15:4:5:13:15:4 chr19 35793589 . C T 93.41 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0210203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.488;QD=9.83282;RBI=0.0277236;REFB=-0.00925883;REVB=-0.018076;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264332;STB=0.661477;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0326114;OID=.;OPOS=35793589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:14:12:3:9:14:12 chr19 35823496 . G A 107.66 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.018196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.179;QD=7.82945;RBI=0.0313279;REFB=-0.0016663;REVB=-0.0255018;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149693;STB=0.573431;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00161372;OID=.;OPOS=35823496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:40:15:15:0.272727:9:6:20:18:9:6:20:20 chr19 35843086 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0203042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.135;QD=14.6538;RBI=0.0332689;REFB=-0.0232535;REVB=-0.0263545;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105859;STB=0.562346;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0362603;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:4:4:5:3:4:4:5:3 chr19 35849926 . G A 379.96 PASS AF=0.391304;AO=45;DP=115;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=-0.00506512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6098;QD=13.216;RBI=0.00767523;REFB=-0.0297168;REVB=0.0057666;RO=67;SAF=18;SAR=27;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328601;STB=0.509021;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0448447;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:67:70:45:45:0.391304:27:18:27:40:27:18:29:41 chr19 35851090 . T C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0287978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.328;QD=7.8373;RBI=0.033924;REFB=-0.0188759;REVB=-0.0179311;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0396192;OID=.;OPOS=35851090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:6:10:4:3:6:10 chr19 35851239 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0211686;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.784;QD=18.767;RBI=0.0277741;REFB=-0.0399175;REVB=0.0179804;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.020608;OID=.;OPOS=35851239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr19 35863707 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0484338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.98;QD=21.169;RBI=0.0611217;REFB=-0.0273097;REVB=0.0372831;RO=3;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295447;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0179881;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:5:2:1:2:5:2:1:2 chr19 35991373 . C T 192.81 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00267127;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.729;QD=22.0355;RBI=0.0260587;REFB=-0.0373369;REVB=-0.0259214;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739392;STB=0.512035;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0256154;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:16:19:19:0.542857:9:10:6:8:9:10:8:8 chr19 35991442 . T G 728.98 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9279;QD=57.1746;RBI=0.0497563;REFB=0;REVB=-0.0164285;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196374;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:31:20:0:0 chr19 36002381 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.559;QD=43.4862;RBI=0.0365067;REFB=0;REVB=-0.0189243;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116358;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr19 36002710 . C A 476.12 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.798;QD=57.7112;RBI=0.0616252;REFB=0;REVB=0.0214565;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141119;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:15:18:0:0 chr19 36004106 . A G 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4364;QD=57.6701;RBI=0.0416822;REFB=0;REVB=0.0303662;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2635e-05;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 36004171 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.929;QD=51.1835;RBI=0.0506689;REFB=0;REVB=0.0397143;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279843;OID=.;OPOS=36004171;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 36017928 . G C 75.26 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.888;QD=37.6311;RBI=0.159034;REFB=0;REVB=0.0198171;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787118;OID=.;OPOS=36017928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:8:0:0:6:8:1:4:2:0:0:4:4:0:0 chr19 36018272 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0530125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.6395;QD=21.8422;RBI=0.0598515;REFB=-0.00162968;REVB=0.0277827;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284202;STB=0.666109;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00411195;OID=.;OPOS=36018272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:0:2:2:4:0:2 chr19 36033460 . C T 1003.54 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.721;QD=59.0319;RBI=0.0176786;REFB=0;REVB=0.0149529;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30688e-06;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:33:35:0:0 chr19 36066570 . A G 2599.67 PASS AF=0.91133;AO=182;DP=200;FAO=185;FDP=203;FR=.;FRO=18;FSAF=70;FSAR=115;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00739446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.363;QD=51.2251;RBI=0.0169633;REFB=-0.0115161;REVB=0.0152668;RO=18;SAF=69;SAR=113;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317177;STB=0.516562;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00105155;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:200:203:18:18:182:185:0.91133:113:69:10:8:115:70:10:8 chr19 36066577 . A G 2500.48 PASS AF=0.896373;AO=171;DP=194;FAO=173;FDP=193;FR=.;FRO=20;FSAF=69;FSAR=104;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00925575;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.033;QD=51.8233;RBI=0.0354879;REFB=-0.0202947;REVB=0.0342596;RO=20;SAF=68;SAR=103;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210909;STB=0.51088;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00172205;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:194:193:20:20:171:173:0.896373:103:68:10:10:104:69:10:10 chr19 36066634 . A G 1920.79 PASS AF=0.896774;AO=137;DP=155;FAO=139;FDP=155;FR=.;FRO=16;FSAF=64;FSAR=75;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0353722;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6665;QD=49.5688;RBI=0.0355876;REFB=-0.0170482;REVB=-0.00390966;RO=15;SAF=63;SAR=74;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262929;STB=0.517046;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00371148;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:155:155:15:16:137:139:0.896774:74:63:9:6:75:64:10:6 chr19 36066642 . A G 1710.87 PASS AF=0.884058;AO=122;DP=138;FAO=122;FDP=138;FR=.;FRO=16;FSAF=57;FSAR=65;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0176211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.184;QD=49.5905;RBI=0.0210852;REFB=0.0179094;REVB=0.0115794;RO=16;SAF=57;SAR=65;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034643;STB=0.518326;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00108406;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:138:138:16:16:122:122:0.884058:65:57:10:6:65:57:10:6 chr19 36066645 . A G 1685.18 PASS AF=0.875912;AO=118;DP=136;FAO=120;FDP=137;FR=.;FRO=17;FSAF=56;FSAR=64;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0196816;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.519;QD=49.2024;RBI=0.0227304;REFB=-0.0306195;REVB=0.0113713;RO=16;SAF=56;SAR=62;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198652;STB=0.515119;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00338798;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:136:137:16:17:118:120:0.875912:62:56:9:7:64:56:10:7 chr19 36066661 . A G 1251.96 PASS AF=0.878788;AO=87;DP=100;FAO=87;FDP=99;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0136187;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.92;QD=50.5844;RBI=0.0159451;REFB=0.0149491;REVB=-0.00829306;RO=12;SAF=39;SAR=48;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310805;STB=0.516487;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0020126;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:99:12:12:87:87:0.878788:48:39:7:5:48:39:7:5 chr19 36066667 . A G 945.26 PASS AF=0.843373;AO=70;DP=85;FAO=70;FDP=83;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.017493;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.435;QD=45.5547;RBI=0.0203234;REFB=-0.043916;REVB=-0.0103459;RO=13;SAF=33;SAR=37;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423523;STB=0.522556;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00618888;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:85:83:13:13:70:70:0.843373:37:33:8:5:37:33:8:5 chr19 36066744 . C T 54.98 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=46;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=1.89662e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.372;QD=4.67885;RBI=0.00211267;REFB=-0.0153299;REVB=0.00211258;RO=37;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434598;STB=0.798448;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0542638;OID=.;OPOS=36066744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:46:47:37:38:8:9:0.191489:6:2:23:14:7:2:23:15 chr19 36066754 . A G 39.14 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0106406;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.537;QD=3.01044;RBI=0.0568402;REFB=-0.00802162;REVB=-0.0558354;RO=31;SAF=2;SAR=5;SRF=27;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642835;STB=0.786074;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0283499;OID=.;OPOS=36066754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:31:45:7:7:0.134615:5:2:27:4:5:2:29:16 chr19 36168914 . T C 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00110233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6461;QD=16.1161;RBI=0.0394194;REFB=-0.0284903;REVB=-0.039404;RO=13;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356077;STB=0.696748;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0273197;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:2:10:13:0:2:10:13:0 chr19 36206836 . T C,TC 39.76 PASS AF=0,0.2;AO=2,6;DP=45;FAO=0,9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=0,2;FSAR=0,7;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0706739,-0.0255836;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=40.6094,14.004;QD=3.53419;RBI=0.0862391,0.036619;REFB=-0.0250579,-0.0657809;REVB=-0.0494205,-0.0261999;RO=37;SAF=1,1;SAR=1,5;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0801307,-0.490237;STB=0.5,0.799361;STBP=1,0.051;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0942456;OID=.,.;OPOS=36206836,36206837;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:45:45:37:36:2,6:0,9:0,0.2:1,5:1,1:22:15:0,7:0,2:22:14 chr19 36214632 . A AG 1133.41 PASS AF=1;AO=96;DP=109;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188585;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.3482;QD=43.1776;RBI=0.188592;REFB=0;REVB=0.00162893;RO=8;SAF=30;SAR=66;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00258935;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:96:109:105:105:0:37:68:0:0:22:8:30:66:5:3 chr19 36223509 . C CG 43.28 PASS AF=0.454545;AO=7;DP=24;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.186157;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.9118;QD=7.86837;RBI=0.187924;REFB=-0.0713805;REVB=0.0257102;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27463;STB=0.639755;STBP=0.292;TYPE=ins;VARB=0.0935071;OID=.;OPOS=36223510;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:7:24:10:22:12:4:6:2:10:43:15:3:4:3:12 chr19 36224705 . A G 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00600897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.142;QD=14.6592;RBI=0.0142944;REFB=-0.00596763;REVB=-0.0129701;RO=16;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344161;STB=0.689341;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00705696;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:3:10:7:9:3:10:8:9 chr19 36235431 . A G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0609863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.488;QD=14.7965;RBI=0.0622988;REFB=0.0144458;REVB=0.0127204;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272125;STB=0.669026;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.024383;OID=.;OPOS=36235431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:5:6:10:2:5:6:11:2 chr19 36236909 . G C 353.73 PASS AF=0.431818;AO=38;DP=88;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.0068049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.964;QD=16.0786;RBI=0.00716678;REFB=-0.0206281;REVB=-0.00224858;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471938;STB=0.526595;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0237499;OID=.;OPOS=36236909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:50:38:38:0.431818:23:15:22:28:23:15:22:28 chr19 36243089 . T C 634.74 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.035425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5492;QD=49.7837;RBI=0.0377089;REFB=-0.168071;REVB=0.0129238;RO=1;SAF=30;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154257;STB=0.525413;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0136804;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:49:51:1:3:48:48:0.941176:18:30:1:0:20:28:3:0 chr19 36243813 . G A 1524.06 PASS AF=0.972477;AO=105;DP=109;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00534813;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.152;QD=55.9289;RBI=0.016674;REFB=-0.0098172;REVB=0.0157931;RO=4;SAF=43;SAR=62;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115009;STB=0.502065;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000159182;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:109:109:4:3:105:106:0.972477:62:43:1:3:63:43:1:2 chr19 36255965 . C G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0790217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0138;QD=12.396;RBI=0.104265;REFB=0.0210886;REVB=0.0680204;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00559668;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:1:4:4:1:1:4 chr19 36258937 . AG A 271.58 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.151807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.8358;QD=43.4521;RBI=0.183706;REFB=0;REVB=-0.103453;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0126569;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:25:25:0:15:10:0:0:5:0:12:10:0:0 chr19 36259415 . G A 168.85 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0416675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.315;QD=12.0607;RBI=0.050618;REFB=-0.0183839;REVB=0.0287402;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114294;STB=0.565976;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0295929;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:13:22:11:10:13:22 chr19 36268771 . C T 248.22 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00433209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.892;QD=16.277;RBI=0.00959773;REFB=-0.0347378;REVB=-0.00856443;RO=32;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385924;STB=0.514275;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0350556;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:12:16:17:15:12:16:18:15 chr19 36270052 . A G 74.64 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0135067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.827;QD=10.6626;RBI=0.0220365;REFB=0.00123526;REVB=-0.017412;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0022417;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:8:10:6:4:8:10 chr19 36271139 . C T 160.45 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0477768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.246;QD=18.3365;RBI=0.065398;REFB=0.0126272;REVB=0.0446573;RO=17;SAF=12;SAR=5;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133591;STB=0.584325;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00974567;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:17:18:17:17:0.485714:5:12:14:3:5:12:15:3 chr19 36278470 . C G 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0121972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.811;QD=20.5431;RBI=0.0161946;REFB=-0.0276416;REVB=-0.0106533;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215287;STB=0.614356;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.021757;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:6:18:13:11:6:18:14:11 chr19 36302921 . T C 516.18 PASS AF=0.455285;AO=54;DP=121;FAO=56;FDP=123;FR=.;FRO=67;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.00280211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.212;QD=16.7865;RBI=0.00285337;REFB=-0.0155184;REVB=0.000538418;RO=66;SAF=31;SAR=23;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028692;STB=0.52893;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0235988;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:66:67:54:56:0.455285:23:31:36:30:23:33:36:31 chr19 36322270 . C T 208.45 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.029223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.367;QD=18.1257;RBI=0.0298127;REFB=-0.025816;REVB=-0.00590034;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284033;STB=0.506323;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0355109;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:12:9:11:13:12:9:11:14 chr19 36342212 . C T 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0446;QD=48.7301;RBI=0.133999;REFB=0;REVB=0.0227406;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212313;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 36355595 . A G 679.57 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4794;QD=61.7794;RBI=0.0894713;REFB=0;REVB=-0.0880836;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00349706;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr19 36430798 . A G 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0048727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.333;QD=25.3155;RBI=0.0887992;REFB=-0.0133021;REVB=-0.0886654;RO=13;SAF=16;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529992;STB=0.529383;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0122373;OID=.;OPOS=36430798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:4:16:11:2:4:16:11:2 chr19 36435564 . G A 71.56 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0180181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.093;QD=19.0827;RBI=0.0543573;REFB=-0.0411836;REVB=-0.0512842;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102872;STB=0.559859;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0130753;OID=.;OPOS=36435564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:2:7:4:2:2:7:4:2 chr19 36486445 . G C 411.65 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.709;QD=56.7799;RBI=0.0726203;REFB=0;REVB=0.0396734;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314422;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr19 36497358 . C G 780.97 PASS AF=0.982759;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0675004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.493;QD=53.8597;RBI=0.069549;REFB=0.00322582;REVB=0.0167559;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.509088;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000813728;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:54:57:0.982759:28:26:1:0:30:27:1:0 chr19 36549684 . G A 169.97 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.024537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1512;QD=16.5821;RBI=0.0659909;REFB=-0.0271748;REVB=0.0612595;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186942;STB=0.610044;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0347042;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:23:18:18:0.439024:12:6:11:10:12:6:12:11 chr19 36590329 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0129683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.378;QD=8.8112;RBI=0.0139521;REFB=-0.0122187;REVB=-0.00514645;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359862;STB=0.730829;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0193801;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:5:6:5:1:5:6 chr19 36594369 . C T 284.9 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00860239;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.443;QD=21.104;RBI=0.0320795;REFB=-0.0133617;REVB=0.0309045;RO=24;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933603;STB=0.55169;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0107447;OID=.;OPOS=36594369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:24:30:30:0.555556:14:16:10:14:14:16:10:14 chr19 36594659 . A T 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164074;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5019;QD=59.8615;RBI=0.0257553;REFB=0;REVB=0.0198528;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452028;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr19 36595436 . A C 238.77 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0192502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.085;QD=21.2236;RBI=0.0378323;REFB=-0.0306693;REVB=-0.0325686;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610948;STB=0.557682;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0310615;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:22:22:23:0.511111:7:15:13:8:7:16:13:9 chr19 36602450 . G A 98.45 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0530432;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.936;QD=21.8785;RBI=0.061801;REFB=-0.0118794;REVB=0.0317142;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00608964;OID=.;OPOS=36602450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:4:3:8:3:4:3 chr19 36602729 . G C 163.64 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0254057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5446;QD=20.4551;RBI=0.0363806;REFB=-0.0316987;REVB=0.0260403;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.538417;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0266463;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:10:7:5:10:10:7:5:10 chr19 36603703 . T A 223.21 PASS AF=0.525;AO=19;DP=38;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0313001;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.715;QD=22.3206;RBI=0.032526;REFB=-0.0147482;REVB=0.00884573;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306423;STB=0.516113;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0197448;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:17:19:19:21:0.525:14:5:4:13:16:5:5:14 chr19 36603843 . A T 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.017731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.805;QD=14.6652;RBI=0.0283404;REFB=0.0134821;REVB=-0.0221086;RO=21;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151309;STB=0.588114;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.0215247;OID=.;OPOS=36603843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:5:10:11:10:5:10:11:10 chr19 36642884 . T C 69.45 PASS AF=0.47619;AO=7;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0166563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.312;QD=13.2292;RBI=0.016955;REFB=-0.00806749;REVB=0.00316862;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.624776;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00821426;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:21:11:11:7:10:0.47619:5:2:2:9:6:4:2:9 chr19 36674305 . A G 179.71 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00175648;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.37;QD=21.7836;RBI=0.007979;REFB=-0.0245876;REVB=-0.00778326;RO=15;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171356;STB=0.596502;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00972113;OID=.;OPOS=36674305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:15:15:18:18:0.545455:7:11:6:9:7:11:6:9 chr19 36727365 . G A 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00804674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.451;QD=13.037;RBI=0.0207309;REFB=-0.00666236;REVB=-0.0191055;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146771;STB=0.575138;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0143602;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:10:8:18:13:10:8:18:14 chr19 36940086 . A G 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0664451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0672;QD=14.0754;RBI=0.0774127;REFB=-0.00102144;REVB=0.0397214;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738293;STB=0.555467;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00343721;OID=.;OPOS=36940086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:11:4:4:8:12:4 chr19 36940698 . A G 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00289588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8171;QD=16.9297;RBI=0.00994676;REFB=-0.00409707;REVB=0.00951588;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218292;STB=0.624804;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00453931;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:3:9:6:6:3:9 chr19 36940760 . G T 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0265979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.54;QD=8.25279;RBI=0.0267458;REFB=-0.00462424;REVB=-0.00280824;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177981;STB=0.610759;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.010477;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:8:4:3:3:8:4 chr19 37004938 . T C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0477262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7127;QD=17.2298;RBI=0.0579706;REFB=-0.0425067;REVB=0.0329059;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0348455;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:4:2:2:6:4:2 chr19 37038416 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00849375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5004;QD=14.7014;RBI=0.0197151;REFB=0.0246211;REVB=-0.0177916;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484683;STB=0.528254;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.0308143;OID=.;OPOS=37038416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:8:7:5:7:8:7 chr19 37039069 . A C 175.7 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0177344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.799;QD=13.7801;RBI=0.0178312;REFB=0.00248563;REVB=-0.00185564;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674753;STB=0.538884;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00498793;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:9:11:19:12:9:11:19:12 chr19 37065732 . A C 45.37 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00152566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.114;QD=8.24817;RBI=0.00306725;REFB=-0.000365849;REVB=0.00266089;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123921;STB=0.576071;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.000653097;OID=.;OPOS=37065732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:2:5:12:3:2:5:12:3 chr19 37068081 . G C 230.27 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.039136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6166;QD=46.0534;RBI=0.0406939;REFB=-0.0851045;REVB=0.0111518;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.555494;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00209607;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:4:15:0:0:4:15:0:1 chr19 37117302 . A G 270.5 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.355;QD=51.5244;RBI=0.0794538;REFB=0;REVB=0.061698;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040143;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:21:0:0:17:21:1:6:11:0:0:7:14:0:0 chr19 37134737 . T C 375.01 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0142994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1935;QD=18.2931;RBI=0.036872;REFB=-0.0209416;REVB=-0.0339863;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155415;STB=0.586549;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0126264;OID=.;OPOS=37134737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:18:21:16:27:18:21:16:27 chr19 37210529 . A G 92.29 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0212356;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.936;QD=16.7794;RBI=0.042372;REFB=0.0256541;REVB=0.0366665;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114818;STB=0.603602;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0246224;OID=.;OPOS=37210529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:12:11:11:11:0.5:7:4:3:9:7:4:2:9 chr19 37210805 . C T 357.96 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1075;QD=55.0709;RBI=0.0461821;REFB=0;REVB=-0.0317509;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84219e-05;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr19 37240622 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0423968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.695;QD=20.8979;RBI=0.0555563;REFB=-0.0148951;REVB=0.0359029;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122398;OID=.;OPOS=37240622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:4:4:2:2:4:4:2:2 chr19 37241141 . A G 172.1 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0070429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.317;QD=18.116;RBI=0.00969566;REFB=-0.00725977;REVB=0.00666358;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121163;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0127135;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:10:8:11:8:10:8:11:9 chr19 37367833 . A G 40.8 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0349002;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.717;QD=10.8807;RBI=0.0479295;REFB=-0.010391;REVB=0.0328514;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373885;STB=0.713469;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0180521;OID=.;OPOS=37367833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:15:8:9:6:6:0.4:1:5:4:4:1:5:5:4 chr19 37441111 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00210143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.247;QD=18.2482;RBI=0.0352434;REFB=-0.0289744;REVB=-0.0351807;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0379392;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:6:6:7:6:6:6 chr19 37441365 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0163977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5213;QD=16.1989;RBI=0.0170291;REFB=-0.0912613;REVB=-0.00459419;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0672169;OID=.;OPOS=37441365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr19 37441462 . T C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00523882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.418;QD=19.1341;RBI=0.0305037;REFB=-0.0258362;REVB=0.0300504;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281149;STB=0.666029;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0518125;OID=.;OPOS=37441462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:2:0:3:2:2:0 chr19 37441980 . A G 91.62 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00642366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6884;QD=13.5736;RBI=0.0433661;REFB=-0.0406237;REVB=0.0428877;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832381;STB=0.548308;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0743833;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:5:10:7:5:5:10 chr19 37482151 . A G 300.23 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0631265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.272;QD=15.3965;RBI=0.0631586;REFB=0.0039337;REVB=-0.00201435;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255589;STB=0.505357;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00651958;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:44:33:34:0.435897:19:14:18:22:19:15:19:25 chr19 37487723 . G A 72.75 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00151798;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.518;QD=8.08371;RBI=0.00166693;REFB=-0.00334566;REVB=0.000688747;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117391;STB=0.572887;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00888727;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:13:13:4:6:13:13 chr19 37487866 . A T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0210065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.0539;QD=22.8291;RBI=0.0301158;REFB=-0.0236207;REVB=-0.0215799;RO=10;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936203;STB=0.553115;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.019757;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:13:2:2:8:13:2:2:8 chr19 37487873 . C A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.107043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.756;QD=24.0668;RBI=0.107043;REFB=-0.00924839;REVB=6.48948e-05;RO=10;SAF=2;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105979;STB=0.559918;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00368751;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:14:2:2:8:14:2:2:8 chr19 37487975 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00204164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.518;QD=19.3436;RBI=0.00381026;REFB=-0.0113802;REVB=-0.00321711;RO=18;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336206;STB=0.695387;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00716452;OID=.;OPOS=37487975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:16:2:6:12:16:2:6:12 chr19 37488197 . G A 275.67 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.056839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.397;QD=25.644;RBI=0.0697584;REFB=-0.0244672;REVB=0.0404421;RO=18;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339979;STB=0.501885;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00888399;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:14:11:8:10:14:11:8:10 chr19 37488299 . A G 161.6 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.151354;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8114;QD=15.3904;RBI=0.158643;REFB=-0.0544948;REVB=0.0475331;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173705;STB=0.610605;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0756612;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:13:4:9:15:14:4:9:15 chr19 37642830 . G A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00222273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.718;QD=16.2717;RBI=0.00920905;REFB=-0.00850173;REVB=-0.00893678;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320536;STB=0.518493;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00767903;OID=.;OPOS=37642830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:3:12:14:4:3:12:14:4 chr19 37642917 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0217342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9154;QD=15.1603;RBI=0.0277291;REFB=-0.00739645;REVB=-0.01722;RO=22;SAF=15;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567235;STB=0.842129;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0089484;OID=.;OPOS=37642917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:1:15:13:9:1:15:13:9 chr19 37643522 . C T 108.49 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0447382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6782;QD=15.4978;RBI=0.0570233;REFB=-0.0794324;REVB=-0.0353575;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403258;STB=0.692012;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0716831;OID=.;OPOS=37643522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:9:3:10:5:9:4:10:5 chr19 37643777 . C T 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00617772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.684;QD=21.5108;RBI=0.0286146;REFB=-0.0391757;REVB=0.0279397;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115188;STB=0.565142;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0263888;OID=.;OPOS=37643777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:5:13:9:6:5:13:9:6 chr19 37644051 . T C 202.56 PASS AF=0.378788;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0411583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.182;QD=12.2762;RBI=0.0460781;REFB=-0.00665955;REVB=0.0207167;RO=40;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160124;STB=0.579986;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00852271;OID=.;OPOS=37644051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:40:41:24:25:0.378788:7:17:23:17:8:17:23:18 chr19 37676528 . G A 260.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00442031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.605;QD=24.8187;RBI=0.0163002;REFB=-0.0455824;REVB=-0.0156894;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221129;STB=0.512285;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0441466;OID=.;OPOS=37676528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:11:7:10:14:11:7 chr19 37677748 . T A 54.26 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0250338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.226;QD=8.34843;RBI=0.0250921;REFB=-0.00490841;REVB=-0.00171066;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256863;STB=0.619299;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.013237;OID=.;OPOS=37677748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:26:18:18:7:8:0.307692:4:3:4:14:5:3:4:14 chr19 37690420 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00141814;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.125;QD=10.6345;RBI=0.0691517;REFB=0.00217319;REVB=0.0691372;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199998;STB=0.555414;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0333681;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:7:8:0.380952:5:2:6:7:5:3:6:7 chr19 37825633 . A T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.025044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5663;QD=20.44;RBI=0.0276516;REFB=-0.00390771;REVB=-0.0117224;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752055;STB=0.54177;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00370878;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:21:12:13:16:21:12:13:16 chr19 37854235 . G T 30.4 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0642733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.322;QD=12.1603;RBI=0.0689149;REFB=-0.0619769;REVB=-0.0248638;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.072809;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:2:3:2:3:2:3:2:3 chr19 37854580 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0393731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5755;QD=12.0155;RBI=0.0393938;REFB=0.013687;REVB=-0.00127736;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090705;STB=0.555365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.0112011;OID=.;OPOS=37854580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:3:4:4:2:3:4 chr19 37879255 . A G 204.53 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0156255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.175;QD=22.7252;RBI=0.0375122;REFB=-0.013086;REVB=0.0341029;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103819;STB=0.57296;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00881387;OID=.;OPOS=37879255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:8:12:7:8:8:12:7:9 chr19 37879589 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00430414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.959;QD=14.1697;RBI=0.0197213;REFB=-0.00937143;REVB=0.0192459;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271484;STB=0.660047;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00843319;OID=.;OPOS=37879589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:7:3:7:5:7:3:7:5 chr19 37958787 . G A 166.27 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.00882323;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.548;QD=9.78054;RBI=0.0158559;REFB=-0.0108222;REVB=-0.0131742;RO=47;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214733;STB=0.619734;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.023768;OID=.;OPOS=37958787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:46:22:22:0.323529:12:10:13:34:12:10:13:33 chr19 38030265 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.754;QD=61.3363;RBI=0.025325;REFB=0;REVB=0.0225777;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85215e-05;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr19 38033251 . C T 60.23 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0410498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2182;QD=17.2097;RBI=0.0694505;REFB=0.0596056;REVB=-0.0560204;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0482503;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:3:3:4:4:3:3 chr19 38046946 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0290294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8638;QD=16.4169;RBI=0.0290976;REFB=0.00634154;REVB=-0.00198992;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137003;STB=0.579092;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00865174;OID=.;OPOS=38046946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:8:8:9:5:8:8 chr19 38046967 . G A 156.64 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00534399;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.899;QD=16.9345;RBI=0.00534831;REFB=-0.0176369;REVB=0.000214857;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.574991;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0186158;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:16:17:0.459459:7:9:9:11:7:10:9:11 chr19 38055612 . A T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0123192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.089;QD=19.9759;RBI=0.0152416;REFB=-0.0374717;REVB=0.00897463;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0255091;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:12:8:8:12:12:8:8:12 chr19 38056574 . T A 230.97 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0474291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2183;QD=23.6895;RBI=0.0474395;REFB=-0.0548799;REVB=0.000991862;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00215817;STB=0.501204;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0465082;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:13:9:7:10:13:9:7:10 chr19 38091932 . A T 213.3 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0246939;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.861;QD=19.8414;RBI=0.027042;REFB=0.000952359;REVB=0.0110219;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244836;STB=0.63479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00103671;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:22:20:21:0.488372:7:13:9:14:7:14:9:13 chr19 38161070 . A T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00156998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.195;QD=18.345;RBI=0.0384228;REFB=-0.0290317;REVB=0.0383907;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205826;STB=0.599886;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.017092;OID=.;OPOS=38161070;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:9:8:12:5:9:8:12:6 chr19 38189440 . T C 315.55 PASS AF=0.56;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00482588;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.723;QD=25.244;RBI=0.0215787;REFB=-0.0202098;REVB=0.0210322;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161338;STB=0.594835;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0114275;OID=.;OPOS=38189440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:22:22:27:28:0.56:14:13:15:7:15:13:15:7 chr19 38189616 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0196211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.664;QD=6.78772;RBI=0.0527747;REFB=-0.0122337;REVB=-0.0489916;RO=23;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201057;STB=0.512788;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0129314;OID=.;OPOS=38189616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:3:5:14:9:3:5:14:9 chr19 38202515 . GA AC,GC 217.15 PASS AF=0.555556,0.444444;AO=10,8;DP=18;FAO=10,8;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181773,0.00473538;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=43.803,100.081;QD=48.2545;RBI=0.0458323,0.15263;REFB=0,0;REVB=0.0420736,0.152557;RO=0;SAF=3,7;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.78849e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00809131,-0.00744542;OID=.,.;OPOS=38202515,38202516;OREF=GA,A;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:18:18:0:0:10,8:10,8:0.555556,0.444444:7,1:3,7:0:0:7,1:3,7:0:0 chr19 38229824 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00185491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.522;QD=7.76161;RBI=0.0980743;REFB=-0.0217372;REVB=0.0980567;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0309079;OID=.;OPOS=38229824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:6:7:2:4:6:7 chr19 38314767 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00109236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.248;QD=17.4276;RBI=0.0166467;REFB=-0.00446173;REVB=-0.0166108;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34537;STB=0.697946;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00644484;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:14:5:14:9:14:5:14:9 chr19 38375666 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00115985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.579;QD=10.8854;RBI=0.00947014;REFB=-0.0188544;REVB=0.00939885;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0258289;OID=.;OPOS=38375666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:8:6:5:4:9:6 chr19 38375830 . G A 479.34 PASS AF=0.592105;AO=44;DP=75;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0127582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.689;QD=25.2283;RBI=0.0178659;REFB=-0.0202373;REVB=0.0125068;RO=31;SAF=29;SAR=15;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234146;STB=0.630571;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0174185;OID=.;OPOS=38375830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:31:31:44:45:0.592105:15:29:11:20:15:30:11:20 chr19 38376485 . T A 356.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.523;QD=54.7799;RBI=0.0198007;REFB=0;REVB=0.00319243;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12491e-05;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr19 38376848 . T C 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00136359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.106;QD=21.9723;RBI=0.0128593;REFB=0.000711047;REVB=0.0127868;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234653;STB=0.630958;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.000744888;OID=.;OPOS=38376848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:6:15:10:13:6:15 chr19 38377564 . T C 270.86 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00853882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.6379;QD=47.1057;RBI=0.0100223;REFB=-0.16986;REVB=0.0052473;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0148958;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:23:1:1:21:22:0.956522:10:11:0:1:10:12:0:1 chr19 38378539 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.369;QD=56.191;RBI=0.0153207;REFB=0;REVB=0.0134713;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62971e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 38379445 . TC T,TT 191.35 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,14;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454693,0.0288766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=129.36,152.003;QD=47.838;RBI=0.0497352,0.0338342;REFB=0,0;REVB=-0.0201528,-0.0176321;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0170286,-0.00070672;OID=.,.;OPOS=38379446,38379446;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:2,14:16:1,15:16:0:1,2:0,13:0:0:5:0:0,3:2,11:0:0 chr19 38380891 . C T 112.67 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00863779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.655;QD=16.6913;RBI=0.0167231;REFB=-0.00886873;REVB=0.0143196;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240656;STB=0.631394;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00926079;OID=.;OPOS=38380891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:14:14:11:13:0.481481:6:5:3:11:7:6:3:11 chr19 38382328 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8313;QD=57.0004;RBI=0.0519065;REFB=0;REVB=-0.0434229;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473745;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr19 38384421 . C G 128.16 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.3279;QD=42.7197;RBI=0.046583;REFB=0;REVB=-0.00593876;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00310457;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 38385695 . C T 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0234447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.355;QD=25.4983;RBI=0.0470737;REFB=-0.0335339;REVB=0.0408201;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09458;STB=0.552527;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0203587;OID=.;OPOS=38385695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:7:9:10:13:7:9 chr19 38698997 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00964826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.772;QD=8.81109;RBI=0.0609006;REFB=0.0054971;REVB=0.0601315;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346033;STB=0.521666;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.0100095;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:7:4:2:4:7:4 chr19 38702777 . C T 689.51 PASS AF=1;AO=39;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.426;QD=62.6823;RBI=0.0844587;REFB=0;REVB=0.0240431;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886649;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:39:44:1:24:15:0:0:26:18:0:0 chr19 38706989 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.37;QD=45.8068;RBI=0.0273086;REFB=0;REVB=0.0175006;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.60601e-05;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 38794895 . T C 456.15 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0399735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.765;QD=20.2734;RBI=0.0402684;REFB=-0.0225616;REVB=0.00486451;RO=44;SAF=22;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504546;STB=0.522201;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0276414;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:23:22:24:20:23:22:24:21 chr19 38798086 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.563;QD=46.848;RBI=0.0487552;REFB=0;REVB=0.04863;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837487;OID=.;OPOS=38798086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr19 38798263 . C T 79.74 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00474194;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7868;QD=14.4984;RBI=0.0277283;REFB=-0.0478006;REVB=-0.0273198;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0252545;OID=.;OPOS=38798263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:7:5:3:7:7:5 chr19 38800165 . C T 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00525041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.637;QD=28.1927;RBI=0.0409683;REFB=-0.0299464;REVB=0.0406304;RO=13;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167216;STB=0.592247;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0196359;OID=.;OPOS=38800165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:13:10:9:4:13:10:9:4 chr19 38800176 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0250675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.728;QD=11.0858;RBI=0.0270172;REFB=-0.00277152;REVB=-0.0100772;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200996;STB=0.620497;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0179173;OID=.;OPOS=38800176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:4:9:13:12:4:9:13:12 chr19 38847431 . T C 203.68 PASS AF=0.396825;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0138839;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.616;QD=12.9323;RBI=0.0141101;REFB=-0.0173165;REVB=0.0025166;RO=39;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237124;STB=0.644326;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0297292;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:38:23:25:0.396825:8:15:17:22:8:17:17:21 chr19 38852453 . C T 73.84 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0910495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.027;QD=9.84511;RBI=0.0924713;REFB=-0.00759931;REVB=0.016153;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084162;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0156531;OID=.;OPOS=38852453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:19:20:10:10:0.333333:7:3:7:12:7:3:7:13 chr19 38855602 . G T 197.65 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00764442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1019;QD=14.6404;RBI=0.017538;REFB=-0.0153656;REVB=0.0157843;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821832;STB=0.546885;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0270181;OID=.;OPOS=38855602;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:15:16:10:13:15:16 chr19 38861362 . T C 279.71 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.00756648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.312;QD=16.9519;RBI=0.0105224;REFB=-0.00547376;REVB=0.00731227;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568372;STB=0.541639;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00356799;OID=.;OPOS=38861362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:20:11:14:20:20:11:15:20 chr19 38876352 . G A 244.23 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0536543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.304;QD=23.2599;RBI=0.0612469;REFB=-0.0372213;REVB=0.0295363;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358705;STB=0.685573;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0141357;OID=.;OPOS=38876352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:19:22:23:0.547619:10:12:2:17:11:12:2:17 chr19 38877306 . G T 217.67 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00688233;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.97;QD=22.9128;RBI=0.0159761;REFB=-0.00934548;REVB=0.0144176;RO=16;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11484;STB=0.549953;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0122467;OID=.;OPOS=38877306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:17:21:21:0.552632:11:10:10:6:11:10:10:7 chr19 38893856 . G C 76.45 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00836284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.883;QD=5.99612;RBI=0.0675586;REFB=-0.00676683;REVB=-0.067039;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230116;STB=0.523423;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0362109;OID=.;OPOS=38893856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:50:51:39:40:11:11:0.215686:6:5:17:22:6:5:17:23 chr19 38896244 . C A 134.84 PASS AF=0.454545;AO=12;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00497879;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.62;QD=16.3439;RBI=0.00498282;REFB=-0.02761;REVB=0.000200477;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0336251;OID=.;OPOS=38896244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:18:12:15:0.454545:8:4:7:12:10:5:6:12 chr19 38899501 . C CAAG 46.57 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00219628;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=3;MLLD=218.421;QD=9.80461;RBI=0.0395031;REFB=-0.00755782;REVB=-0.039442;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065817;STB=0.562327;STBP=0.737;TYPE=ins;VARB=0.0254865;OID=.;OPOS=38899502;OREF=-;OALT=AAG;OMAPALT=CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:32:7:19:12:3:4:4:8:46:26:2:4:10:16 chr19 38912764 . A G 267.25 PASS AF=0.571429;AO=17;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0558332;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1426;QD=25.4527;RBI=0.0692945;REFB=-0.0291721;REVB=-0.0410412;RO=13;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205673;STB=0.645039;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0198141;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:13:18:17:24:0.571429:11:6:8:5:16:8:12:6 chr19 38935280 . A G 1062.35 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6252;QD=59.8507;RBI=0.0723537;REFB=0;REVB=-0.00995815;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338097;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr19 38939408 . T C 659.13 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.26;QD=61.3141;RBI=0.0399912;REFB=0;REVB=0.0396358;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590643;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:28:15:0:0 chr19 38946182 . G A 234.99 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.000477542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.692;QD=18.7994;RBI=0.0391192;REFB=-0.0123713;REVB=0.0391163;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332199;STB=0.687448;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0119535;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:19:8:15:8:19:8 chr19 38956803 . G A 872.05 PASS AF=0.598485;AO=77;DP=131;FAO=79;FDP=132;FR=.;FRO=53;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=42;FWDB=0.0138597;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.133;QD=26.4257;RBI=0.0437361;REFB=-0.0281058;REVB=0.041482;RO=53;SAF=41;SAR=36;SRF=11;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241548;STB=0.633037;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0150392;OID=.;OPOS=38956803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:53:53:77:79:0.598485:36:41:11:42:36:43:11:42 chr19 38959680 . C T 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0477695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.365;QD=15.625;RBI=0.0479259;REFB=-0.0317229;REVB=-0.00386886;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623546;STB=0.536039;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0437484;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:8:15:12:5:8:15 chr19 39063879 . G A 248.1 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0263486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.64;QD=16.2688;RBI=0.0407289;REFB=-0.0315608;REVB=0.0310579;RO=33;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112381;STB=0.563335;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0359589;OID=.;OPOS=39063879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:16:12:18:15:16:12:18:15 chr19 39100594 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0109088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.041;QD=16.4078;RBI=0.0109275;REFB=-0.018327;REVB=-0.000639993;RO=29;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14578;STB=0.583256;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0281454;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:10:11:11:18:10:11:11:18 chr19 39212400 . C T 225.26 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.125883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.048;QD=39.1754;RBI=0.127199;REFB=-0.0822658;REVB=0.0182468;RO=3;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130869;STB=0.565153;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0084283;OID=.;OPOS=39212400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:19:20:0.869565:10:9:3:0:10:10:3:0 chr19 39224413 . A G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0286697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.6;QD=7.62905;RBI=0.068486;REFB=0.00835062;REVB=-0.0621963;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291917;STB=0.678182;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0151946;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:5:15:4:4:5:15 chr19 39233146 . A G 446.54 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.0113573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9278;QD=16.6931;RBI=0.0114152;REFB=-0.0229719;REVB=-0.00114814;RO=58;SAF=18;SAR=31;SRF=16;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098809;STB=0.554877;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0272316;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:31:18:16:42:31:18:16:42 chr19 39367111 . T C 501.72 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00971547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4495;QD=55.7467;RBI=0.0362157;REFB=-0.0408588;REVB=-0.0348882;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00782167;OID=.;OPOS=39367111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:25:10:1:0:25:10:1:0 chr19 39369910 . A G 164.49 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0544098;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2678;QD=28.6076;RBI=0.0624239;REFB=0.0101914;REVB=-0.0305993;RO=7;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00496334;STB=0.502759;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314306;OID=.;OPOS=39369910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:7:7:16:16:0.695652:9:7:3:4:9:7:3:4 chr19 39385532 . T C 205.76 PASS AF=1;AO=12;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.506;QD=48.4138;RBI=0.0786365;REFB=0;REVB=0.0294394;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165486;OID=.;OPOS=39385532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:12:17:1:10:2:0:0:12:5:0:0 chr19 39402455 . C G 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0443949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.455;QD=14.6646;RBI=0.0496596;REFB=-0.0204645;REVB=-0.0222524;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00960055;STB=0.505569;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0227017;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:7:8:11:10:7:8:11:10 chr19 39416887 . C T 728.29 PASS AF=0.546875;AO=70;DP=128;FAO=70;FDP=128;FR=.;FRO=58;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.0471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7369;QD=22.7591;RBI=0.0505484;REFB=-0.0062116;REVB=0.0183503;RO=57;SAF=35;SAR=35;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122534;STB=0.562482;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00586688;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:57:58:70:70:0.546875:35:35:20:37:35:35:21:37 chr19 39432783 . T C 993.64 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00267816;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.245;QD=59.322;RBI=0.0163856;REFB=0;REVB=0.0161652;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115365;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:29:37:0:0:30:37:0:0 chr19 39433299 . A G 526.3 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286998;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.283;QD=60.1481;RBI=0.0288512;REFB=0;REVB=-0.00295118;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032712;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 39589189 . C T 812.43 PASS AF=0.510345;AO=68;DP=147;FAO=74;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=54;FSAR=20;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0134096;FXX=0.0136045;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.692;QD=22.4118;RBI=0.0144729;REFB=-0.0293753;REVB=-0.00544481;RO=47;SAF=51;SAR=17;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262111;STB=0.544134;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0203587;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:47:63:68:74:0.510345:17:51:34:13:20:54:41:22 chr19 39590955 . G A 146.98 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0346202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.807;QD=16.7974;RBI=0.0451172;REFB=-0.0349284;REVB=-0.0289309;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14237;STB=0.567606;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0464159;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:10:5:4:15:11:5:4:15 chr19 39888390 . G C 144.59 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.012466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0398;QD=15.6312;RBI=0.0232927;REFB=0.0203526;REVB=-0.0196761;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062308;STB=0.503593;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0157754;OID=.;OPOS=39888390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:8:13:10:6:8:13 chr19 39905704 . AGGGGGA AGGGGA,AGGGGAC,GAGGGGA 42.61 PASS AF=0.228571,0.0571429,0.0285714;AO=9,2,3;DP=38;FAO=8,2,1;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5,0,1;FSAR=3,2,0;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0876271,-0.0443892,-0.116631;FXX=0.0277701;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=11.3968,99.5896,22.755;QD=4.87025;RBI=0.0906288,0.0444388,0.12008;REFB=-0.137934,-0.0138522,-0.0979916;REVB=-0.0231316,0.00210038,0.0285736;RO=18;SAF=6,0,3;SAR=3,2,0;SRF=8;SRR=10;SSEN=0.414179,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.244923,-0.499987,0.625404;STB=0.594997,0.99466,0.989787;STBP=0.575,0.173,0.456;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.134124,0.012303,0.117364;OID=.,.,.;OPOS=39905705,39905709,39905704;OREF=G,GA,AG;OALT=-,AC,GA;OMAPALT=AGGGGA,AGGGGAC,GAGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:38:35:18:24:9,2,3:8,2,1:0.228571,0.0571429,0.0285714:3,2,0:6,0,3:8:10:3,2,0:5,0,1:12:12 chr19 40023308 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00663047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.215;QD=31.2417;RBI=0.0219882;REFB=-0.0218217;REVB=0.0209646;RO=4;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139787;STB=0.576824;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00505048;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:3:11:4:0:3:11:4:0 chr19 40149297 . T A 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6936;QD=63.5808;RBI=0.0487076;REFB=0;REVB=0.0474747;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379597;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr19 40174236 . G A 628.76 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0607;QD=61.3421;RBI=0.0696387;REFB=0;REVB=0.0616693;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151897;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr19 40196611 . C T 220.39 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0439504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0612;QD=16.0286;RBI=0.0447508;REFB=-0.0156287;REVB=0.00842598;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852271;STB=0.548347;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0194511;OID=.;OPOS=40196611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:8:17:18:12:8:17:18:12 chr19 40197267 . G A 393.61 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0123676;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.478;QD=22.1752;RBI=0.0383825;REFB=-0.0024465;REVB=0.0363353;RO=31;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605364;STB=0.525151;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.001467;OID=.;OPOS=40197267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:31:32:39:39:0.549296:18:21:19:12:18:21:19:13 chr19 40197924 . T C 1100.84 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0414707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.166;QD=58.7117;RBI=0.0609879;REFB=-0.0823537;REVB=0.0447181;RO=1;SAF=30;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0107946;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:44:30:1:0:44:30:1:0 chr19 40199914 . C G 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5353;QD=63.8663;RBI=0.0740131;REFB=0;REVB=-0.000309877;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371842;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr19 40224985 . TA CG,TG 225.34 PASS AF=0.0491803,0.393443;AO=3,24;DP=61;FAO=3,24;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=2,16;FSAR=1,8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00100361,0.00698445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=92.8323,68.4839;QD=14.7765;RBI=0.00170145,0.0115162;REFB=-0.00427185,-0.00632276;REVB=0.00137393,-0.00915638;RO=33;SAF=2,16;SAR=1,8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.126212,0.130957;STB=0.628752,0.585293;STBP=0.699,0.326;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0244409,0.00707306;OID=.,.;OPOS=40224985,40224986;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:61:61:33:34:3,24:3,24:0.0491803,0.393443:1,8:2,16:18:15:1,8:2,16:18:16 chr19 40225646 . G A 171.78 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000512658;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.775;QD=17.1778;RBI=0.00443162;REFB=-0.00599961;REVB=0.00440186;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182845;STB=0.604282;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0150034;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:18:18:0.45:8:10:8:14:8:10:8:14 chr19 40357683 . T G 264.8 PASS AF=0.407895;AO=29;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00975583;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8133;QD=13.9369;RBI=0.0628533;REFB=-0.00946625;REVB=-0.0620915;RO=46;SAF=21;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280174;STB=0.664379;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0114791;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:45:29:31:0.407895:8:21:22:24:8:23:22:23 chr19 40360928 . G A 197.4 PASS AF=0.465116;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00798072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.047;QD=18.363;RBI=0.0130198;REFB=-0.0145269;REVB=-0.010287;RO=23;SAF=14;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230668;STB=0.63985;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0298297;OID=.;OPOS=40360928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:23:19:20:0.465116:5:14:12:11:5:15:12:11 chr19 40363916 . C T 111.79 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0219489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.014;QD=11.179;RBI=0.0222567;REFB=-0.0297394;REVB=-0.00368888;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421631;STB=0.524964;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0623655;OID=.;OPOS=40363916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:7:7:14:12:7:7:14:12 chr19 40366115 . C T 251.36 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0436615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4749;QD=21.3927;RBI=0.0507623;REFB=-0.0513459;REVB=-0.0258938;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553909;STB=0.531058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0665199;OID=.;OPOS=40366115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:11:12:11:13:11:12 chr19 40366362 . G C 648.28 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021635;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.953;QD=61.7409;RBI=0.0437141;REFB=0;REVB=0.0379849;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108144;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr19 40366374 . G C 181.95 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0534662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8583;QD=16.9252;RBI=0.101378;REFB=0.0317639;REVB=-0.0861333;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508962;STB=0.53715;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0470592;OID=.;OPOS=40366374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:24:19:19:0.44186:13:6:8:14:13:6:9:15 chr19 40368391 . G A 31.01 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0139372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6455;QD=1.39363;RBI=0.0207339;REFB=-0.00547137;REVB=-0.0153509;RO=80;SAF=5;SAR=3;SRF=47;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443924;STB=0.530895;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0540212;OID=.;OPOS=40368391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:80:81:8:8:0.0898876:3:5:47:33:3:5:48:33 chr19 40368395 . C T 937.39 PASS AF=0.806818;AO=70;DP=87;FAO=71;FDP=88;FR=.;FRO=17;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0145636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.81;QD=42.6086;RBI=0.0236166;REFB=0.00499086;REVB=0.0185916;RO=16;SAF=42;SAR=28;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909685;STB=0.511138;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.000961898;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:16:17:70:71:0.806818:28:42:10:6:29:42:11:6 chr19 40368498 . AA CC 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302212;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=2;MLLD=238.904;QD=43.7065;RBI=0.0316058;REFB=0;REVB=-0.00925232;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000123556;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 40392482 . A G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=37;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4038;QD=56.9468;RBI=0.0117977;REFB=0.0739151;REVB=-0.00555203;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.0104148;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:37:36:0.972973:12:25:0:0:11:25:0:1 chr19 40392585 . T G 33.15 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.00866301;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.1;QD=1.61704;RBI=0.0549578;REFB=-0.00893507;REVB=-0.0542708;RO=72;SAF=2;SAR=6;SRF=48;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455695;STB=0.823482;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0543295;OID=.;OPOS=40392585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:83:82:72:74:8:8:0.097561:6:2:48:24:6:2:48:26 chr19 40392588 . C T 77.96 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.000822503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.267;QD=3.89806;RBI=0.00280584;REFB=-0.00886506;REVB=0.00268257;RO=65;SAF=9;SAR=5;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569587;STB=0.545388;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0388801;OID=.;OPOS=40392588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:65:66:14:14:0.175:5:9:39:26:5:9:39:27 chr19 40406029 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00290118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.701;QD=49.5991;RBI=0.067339;REFB=0;REVB=0.0672765;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047362;OID=.;OPOS=40406029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 40408532 . G A 172.55 PASS AF=0.349206;AO=23;DP=65;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0171622;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.133;QD=10.9552;RBI=0.0196096;REFB=-0.00433083;REVB=-0.00948661;RO=41;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214399;STB=0.616329;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00751692;OID=.;OPOS=40408532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:41:41:23:22:0.349206:7:16:21:20:7:15:21:20 chr19 40420087 . G A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0174904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.025;QD=17.4279;RBI=0.0214204;REFB=-0.0315758;REVB=0.012366;RO=23;SAF=13;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124548;STB=0.571351;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0294215;OID=.;OPOS=40420087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:6:13:13:10:6:13:13:10 chr19 40421612 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0365963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2347;QD=27.5907;RBI=0.0757071;REFB=0.0169302;REVB=0.0662743;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166735;STB=0.59308;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.0131186;OID=.;OPOS=40421612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:7:6:4:1:7:6:4:1 chr19 40719076 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9273;QD=42.1794;RBI=0.0616984;REFB=0;REVB=-0.0352478;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0030769;OID=.;OPOS=40719076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 40732345 . C A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0144137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.149;QD=21.1692;RBI=0.108856;REFB=0.00748952;REVB=0.107898;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00106467;OID=.;OPOS=40732345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr19 40739513 . A C,G 245.61 PASS AF=0.0909091,0.863636;AO=2,19;DP=22;FAO=2,19;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=0,15;FSAR=2,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0760826,-0.0088417;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.476,83.3153;QD=44.6567;RBI=0.0847485,0.0472402;REFB=-0.165485,-0.156173;REVB=0.0373329,0.0464054;RO=1;SAF=0,15;SAR=2,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.101694;STB=0.5,0.555494;STBP=1,0.104;TYPE=snp,snp;VARB=0.188226,0.00158056;OID=.,.;OPOS=40739513,40739513;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:22:22:1:1:2,19:2,19:0.0909091,0.863636:2,4:0,15:0:1:2,4:0,15:0:1 chr19 40900865 . C T 1222.0 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0429313;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.543;QD=58.8915;RBI=0.0563711;REFB=0.0612289;REVB=0.0365322;RO=2;SAF=33;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278304;STB=0.514702;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000308712;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:83:2:2:81:81:0.975904:48:33:2:0:48:33:2:0 chr19 41123093 . A AG 256.71 PASS AF=1;AO=23;DP=32;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.6948;QD=34.2279;RBI=0.0343127;REFB=0;REVB=-0.0246789;RO=8;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00288027;OID=.;OPOS=41123094;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:32:30:30:0:14:16:0:0:5:8:11:12:3:5 chr19 41211056 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.975;QD=44.6898;RBI=0.104923;REFB=0;REVB=0.0187688;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00190411;OID=.;OPOS=41211056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 41316355 . T C 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0628351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.6824;QD=22.5824;RBI=0.0638083;REFB=-0.0277533;REVB=0.0111015;RO=6;SAF=2;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364473;STB=0.710095;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0330218;OID=.;OPOS=41316355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:9:2:4:2:9:2:4:2 chr19 41350664 . A T 723.96 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0551527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.411;QD=59.0991;RBI=0.0565057;REFB=0.0172705;REVB=-0.0122911;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313349;STB=0.51666;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.0014782;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:29:18:0:2:29:18:0:2 chr19 41354606 . G T 86.16 PASS AF=0.182927;AO=16;DP=83;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00269217;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.744;QD=4.20304;RBI=0.00456511;REFB=-0.00511007;REVB=0.00368679;RO=67;SAF=9;SAR=7;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319232;STB=0.503264;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0271927;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:83:82:67:67:16:15:0.182927:7:9:36:31:7:8:36:31 chr19 41354661 . T C 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000523668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.959;QD=7.27375;RBI=0.0205667;REFB=-0.00696516;REVB=-0.0205601;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148171;STB=0.593048;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0190882;OID=.;OPOS=41354661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:7:4:16:17:7:4:16:17 chr19 41355849 . A G 189.15 PASS AF=0.316456;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00128791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8033;QD=9.57706;RBI=0.0509556;REFB=0.00396844;REVB=-0.0509393;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893698;STB=0.538897;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0114085;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:54:25:25:0.316456:13:12:29:23:13:12:29:25 chr19 41356281 . T C 1419.43 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0341703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3555;QD=61.7146;RBI=0.0382718;REFB=-0.150794;REVB=-0.0172373;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011421;STB=0.506023;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0015545;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:50:41:1:0:50:41:1:0 chr19 41383215 . G C 1012.59 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0400846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9042;QD=57.8624;RBI=0.0543217;REFB=-0.144978;REVB=-0.0366616;RO=1;SAF=35;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133153;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00106072;OID=.;OPOS=41383215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:34:35:1:0:34:35:1:0 chr19 41383799 . G A 990.26 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4576;QD=59.1199;RBI=0.0723965;REFB=0;REVB=0.0711126;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344498;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:41:26:0:0 chr19 41384675 . T C 1676.81 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9021;QD=60.4256;RBI=0.0377984;REFB=0;REVB=0.0274351;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296576;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:45:66:0:0:45:66:0:0 chr19 41386136 . A C 528.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119531;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.988;QD=58.7383;RBI=0.134586;REFB=0;REVB=0.061853;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161274;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:17:17:0:0:18:18:0:0 chr19 41386420 . A C 784.91 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0679677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1616;QD=55.081;RBI=0.0693249;REFB=-0.118259;REVB=0.0136505;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00193858;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:22:34:0:0:22:34:0:1 chr19 41386485 . GCA GAG 654.06 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387976;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.772;QD=60.8431;RBI=0.046429;REFB=0;REVB=-0.0255029;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.64805e-05;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:43:43:43:0:21:22:0:0:4:0:19:16:0:0 chr19 41386488 . A G 41.23 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0594012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.608;QD=3.83527;RBI=0.0781595;REFB=-0.0857181;REVB=0.0507976;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293214;STB=0.704108;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0807129;OID=.;OPOS=41386488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:36:36:7:7:0.162791:5:2:19:17:5:2:19:17 chr19 41386494 . A C 614.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.128;QD=59.9361;RBI=0.0354084;REFB=0;REVB=0.00384596;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16959e-05;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:38:41:1:20:18:0:0:21:20:0:0 chr19 41386527 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.331;QD=53.2767;RBI=0.028048;REFB=0;REVB=0.0278035;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145327;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr19 41387620 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.163636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2317;QD=44.6851;RBI=0.165287;REFB=0;REVB=-0.0233009;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00955623;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr19 41387647 . A G 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0720041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6648;QD=46.8327;RBI=0.0769533;REFB=0;REVB=0.0271519;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00195897;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 41387656 . A T 175.5 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.9942;QD=46.8001;RBI=0.0380708;REFB=0;REVB=0.0244526;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014704;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 41404196 . A G 1093.12 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.845;QD=59.8967;RBI=0.0520806;REFB=0;REVB=0.010253;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91548e-05;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:69:73:1:26:43:0:0:26:47:0:0 chr19 41405962 . T G 651.6 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.957;QD=62.0573;RBI=0.108354;REFB=0;REVB=0.0481752;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895405;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr19 41512841 . G T 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00693484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5778;QD=17.4881;RBI=0.0255163;REFB=-0.0240473;REVB=0.0245559;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873602;STB=0.541854;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0303991;OID=.;OPOS=41512841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:18:10:13:16:18:10:13:17 chr19 41531522 . G T 365.25 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.017141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9247;QD=21.4852;RBI=0.0712783;REFB=0.00439854;REVB=0.0691865;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432152;STB=0.515915;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=-0.00262185;OID=.;OPOS=41531522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:18:19:17:13:18:19:17:14 chr19 41531656 . A C 340.94 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.00638221;FXX=0.0746157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.514;QD=21.9961;RBI=0.0154462;REFB=-0.0345221;REVB=0.014066;RO=28;SAF=20;SAR=14;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173093;STB=0.595089;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0236649;OID=.;OPOS=41531656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:28:28:34:34:0.548387:14:20:22:6:14:20:22:6 chr19 41531705 . G A 330.05 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.000323995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.453;QD=31.4331;RBI=0.00559497;REFB=-0.0564935;REVB=0.00558558;RO=14;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174273;STB=0.595172;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0257961;OID=.;OPOS=41531705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:14:14:11:3:14:14:11:3 chr19 41532005 . G A 857.47 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.051841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.504;QD=51.9679;RBI=0.0714823;REFB=-0.0111031;REVB=0.0492161;RO=2;SAF=21;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105753;STB=0.506022;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.000489084;OID=.;OPOS=41532005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:2:4:62:62:0.939394:41:21:1:1:41:21:1:3 chr19 41594450 . G A 420.4 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.0174921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.315;QD=16.4864;RBI=0.0214472;REFB=-0.0246296;REVB=-0.01241;RO=54;SAF=25;SAR=21;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421969;STB=0.533717;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0267777;OID=.;OPOS=41594450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:56:46:46:0.45098:21:25:27:27:21:25:27:29 chr19 41597751 . C T 593.84 PASS AF=0.431373;AO=66;DP=153;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0445497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.305;QD=15.5253;RBI=0.048007;REFB=-0.016121;REVB=0.0178885;RO=87;SAF=30;SAR=36;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171201;STB=0.509566;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0220413;OID=.;OPOS=41597751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:87:87:66:66:0.431373:36:30:41:46:36:30:41:46 chr19 41622107 . G GC 58.81 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00594845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.1989;QD=6.91939;RBI=0.0986576;REFB=-0.00861317;REVB=-0.0984781;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436168;STB=0.631351;STBP=0.328;TYPE=ins;VARB=0.0015452;OID=.;OPOS=41622108;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:11:34:11:34:23:5:6:15:8:58:17:5:6:15:2 chr19 41622189 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0294204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.075;QD=8.73794;RBI=0.0378376;REFB=-0.00065768;REVB=0.0237933;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39347;STB=0.752252;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00257258;OID=.;OPOS=41622189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:8:1:7:13:8:1:7:13 chr19 41627900 . T C 36.18 PASS AF=0.24;AO=4;DP=23;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0148607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.065;QD=5.78864;RBI=0.0257239;REFB=-0.00674307;REVB=-0.0209971;RO=15;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566186;STB=0.86309;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0496959;OID=.;OPOS=41627900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:23:25:15:19:4:6:0.24:1:3:3:12:1:5:6:13 chr19 41629015 . G A 112.2 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0441097;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8498;QD=7.73796;RBI=0.0477361;REFB=-0.007457;REVB=0.0182501;RO=42;SAF=12;SAR=4;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341609;STB=0.708818;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0230643;OID=.;OPOS=41629015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:42:42:16:16:0.275862:4:12:20:22:4:12:20:22 chr19 41630709 . C T 480.16 PASS AF=0.434426;AO=53;DP=122;FAO=53;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=0.00627694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.824;QD=15.7429;RBI=0.0174635;REFB=-0.0142128;REVB=-0.0162964;RO=69;SAF=40;SAR=13;SRF=45;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128738;STB=0.572505;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0177646;OID=.;OPOS=41630709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:69:53:53:0.434426:13:40:45:24:13:40:45:24 chr19 41633841 . A C 267.31 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0237553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.73;QD=18.4349;RBI=0.0246354;REFB=-0.0243118;REVB=-0.00652611;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062728;STB=0.535085;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.024014;OID=.;OPOS=41633841;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:17:12:14:15:17:12:14:15 chr19 41700493 . G C 208.57 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0164417;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.646;QD=17.0258;RBI=0.0250012;REFB=-0.0203516;REVB=0.0188343;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0222579;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:16:12:10:11:16:12 chr19 41743861 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.827;QD=55.0987;RBI=0.0148684;REFB=0;REVB=0.0131818;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40993e-05;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr19 41748153 . A G 80.1 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0109586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.201;QD=16.0199;RBI=0.0136579;REFB=-0.0208996;REVB=-0.00815155;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22222;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0176175;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:20:20:10:10:10:10:0.5:8:2:4:6:8:2:4:6 chr19 41808432 . A T 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0210995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.093;QD=26.3418;RBI=0.0320734;REFB=-0.0138191;REVB=-0.0241561;RO=11;SAF=14;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376622;STB=0.709917;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00537495;OID=.;OPOS=41808432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:5:14:2:9:5:14:2:9 chr19 41829581 . T A 84.67 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0334091;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.591;QD=19.9226;RBI=0.103632;REFB=-0.000856428;REVB=0.0980989;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871479;STB=0.549903;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00423785;OID=.;OPOS=41829581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:5:2:4:6:5:2 chr19 41829606 . G A 81.38 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0161076;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.857;QD=16.2767;RBI=0.0161736;REFB=-0.0591107;REVB=-0.0014589;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0485021;OID=.;OPOS=41829606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:20:10:10:10:10:0.5:4:6:6:4:4:6:6:4 chr19 41848139 . GC G 130.43 PASS AF=0.789474;AO=12;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.255864;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.6571;QD=27.4579;RBI=0.256572;REFB=-0.062288;REVB=0.01904;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0.397173;SSEP=0;SSSB=0.0308588;STB=0.507033;STBP=0.916;TYPE=del;VARB=0.0166754;OID=.;OPOS=41848140;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:12:19:15:19:4:8:7:2:2:13:3:5:7:1:2 chr19 41858921 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00433804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.921;QD=18.7442;RBI=0.0395218;REFB=0.00756377;REVB=0.039283;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.571204;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00296374;OID=.;OPOS=41858921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:1:3:6:1:1:3 chr19 41869392 . T C 252.55 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0133969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.774;QD=19.0606;RBI=0.0166096;REFB=-0.0324242;REVB=0.00981846;RO=25;SAF=22;SAR=4;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102554;STB=0.50549;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.032775;OID=.;OPOS=41869392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:26:26:27:0.509434:4:22:21:4:4:23:22:4 chr19 41889748 . T C 376.4 PASS AF=0.371901;AO=44;DP=123;FAO=45;FDP=121;FR=.;FRO=76;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.00291735;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3385;QD=12.4428;RBI=0.0175471;REFB=-0.0169154;REVB=0.0173029;RO=77;SAF=19;SAR=25;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168748;STB=0.583905;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0367355;OID=.;OPOS=41889748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:77:76:44:45:0.371901:25:19:45:32:25:20:44:32 chr19 41903220 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0150032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.551;QD=20.0176;RBI=0.0362828;REFB=-0.0182617;REVB=0.0330355;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368656;STB=0.705322;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0216577;OID=.;OPOS=41903220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:15:2:10:8:15:2 chr19 41928652 . C T 49.55 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0967994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9179;QD=15.2456;RBI=0.108746;REFB=0.0437149;REVB=0.0495538;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0244549;OID=.;OPOS=41928652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr19 41930396 . A G 83.47 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0132928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8626;QD=9.82011;RBI=0.0135945;REFB=0.00822994;REVB=0.00284808;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192138;STB=0.511607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0202068;OID=.;OPOS=41930396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:8:15:7:4:8:15 chr19 41932275 . T C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0477219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.008;QD=20.8975;RBI=0.0556221;REFB=-0.0161601;REVB=0.0285733;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567155;STB=0.832405;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0260092;OID=.;OPOS=41932275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:7:1:4:0:7:1:4:0 chr19 41937095 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0229185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.408;QD=15.2556;RBI=0.0229202;REFB=-0.018936;REVB=-0.000278251;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148385;STB=0.571652;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0216501;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:11:9:9:20:11:9:10:20 chr19 41939297 . C G 300.96 PASS AF=0.684211;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00356186;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.61;QD=31.6798;RBI=0.0252416;REFB=-0.0500693;REVB=0.024989;RO=12;SAF=8;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116133;STB=0.567514;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0150062;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:12:12:25:26:0.684211:17:8:6:6:18:8:6:6 chr19 41944237 . T C 165.71 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00435767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1572;QD=14.4096;RBI=0.0174706;REFB=-0.0106709;REVB=-0.0169184;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552757;STB=0.531985;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0177242;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:10:8:11:17:10:8:11:17 chr19 41945837 . T A 250.09 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0245139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.908;QD=20.0068;RBI=0.0253761;REFB=-0.0169719;REVB=0.0065587;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535512;STB=0.518503;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0129232;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:13:11:10:15:13:11:11:15 chr19 41949870 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0134186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.165;QD=17.3212;RBI=0.0355974;REFB=-0.00913045;REVB=0.0329715;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440138;STB=0.735637;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0160199;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:18:16:16:0.470588:11:5:14:3:11:5:14:4 chr19 42071167 . T G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.098;QD=49.3978;RBI=0.0150351;REFB=-0.0135371;REVB=-0.00309967;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.514273;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=4.97591e-05;OID=.;OPOS=42071167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:17:6:0:1:17:6:0:1 chr19 42071289 . T C 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00614389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5085;QD=60.1978;RBI=0.0149924;REFB=0;REVB=-0.0136757;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90948e-05;OID=.;OPOS=42071289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr19 42083673 . T C 988.43 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.323;QD=59.0106;RBI=0.028504;REFB=0;REVB=0.0248338;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59153e-05;OID=.;OPOS=42083673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:40:26:0:0:41:26:0:0 chr19 42083739 . A AGAC 545.12 PASS AF=0.779661;AO=46;DP=60;FAO=46;FDP=59;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00611182;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.374;QD=36.9575;RBI=0.0383232;REFB=-0.02502;REVB=0.0378327;RO=13;SAF=20;SAR=26;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429355;STB=0.52309;STBP=0.515;TYPE=ins;VARB=0.00531256;OID=.;OPOS=42083740;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=AGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.779661:46:60:46:59:13:20:26:7:6:83:13:20:26:7:6 chr19 42083820 . C G 538.69 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.349;QD=59.8545;RBI=0.048011;REFB=0;REVB=0.0379722;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175047;OID=.;OPOS=42083820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:13:21:0:0:13:23:0:0 chr19 42132273 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0311602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.692;QD=14.6525;RBI=0.0314899;REFB=-0.0276219;REVB=0.00454531;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0196776;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr19 42132314 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.771;QD=37.4885;RBI=0.0850484;REFB=0;REVB=0.0760244;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000640775;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 42190859 . A T 269.86 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0436807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5779;QD=22.9663;RBI=0.0445799;REFB=-0.0267817;REVB=-0.00890841;RO=21;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215247;STB=0.611419;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0299206;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:22:25:25:0.531915:17:8:12:9:17:8:12:10 chr19 42221607 . A G 601.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.36;QD=60.1376;RBI=0.0518234;REFB=0;REVB=-0.0125725;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210472;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr19 42260569 . G A 381.63 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00305784;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4048;QD=18.8457;RBI=0.0393748;REFB=-0.00283061;REVB=0.0392558;RO=40;SAF=17;SAR=22;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100987;STB=0.503864;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00567426;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:42:39:39:0.481481:22:17:17:23:22:17:18:24 chr19 42315281 . G T 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00464812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.418;QD=13.4591;RBI=0.0116836;REFB=-0.0038466;REVB=-0.0107192;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16909;STB=0.59923;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00543602;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:14:12:5:11:14:12 chr19 42342319 . A G 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00244579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.702;QD=27.859;RBI=0.012924;REFB=-0.0360563;REVB=-0.0126905;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886834;STB=0.549238;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0165357;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:3:5:8:9:3:5 chr19 42354629 . T C 338.69 PASS AF=0.586207;AO=31;DP=54;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0185087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.734;QD=23.3577;RBI=0.0289198;REFB=-0.0199038;REVB=-0.0222211;RO=22;SAF=13;SAR=18;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043411;STB=0.533879;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0121614;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:22:24:31:34:0.586207:18:13:8:14:20:14:8:16 chr19 42463447 . C T 632.91 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.456;QD=61.747;RBI=0.0758851;REFB=0;REVB=0.05737;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309825;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr19 42471050 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300873;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.854;QD=37.4885;RBI=0.00300873;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40089e-05;OID=.;OPOS=42471050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 42489516 . A C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.712;QD=62.9828;RBI=0.0379841;REFB=0;REVB=0.0348063;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66685e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr19 42572987 . C T 202.55 PASS AF=0.465116;AO=17;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00524153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5525;QD=18.8414;RBI=0.0116702;REFB=-0.00710226;REVB=0.0104269;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233441;STB=0.595498;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0262378;OID=.;OPOS=42572987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:17:20:0.465116:9:8:15:6:9:11:16:6 chr19 42595472 . G A 261.36 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0149528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6954;QD=17.138;RBI=0.0155499;REFB=-0.0317582;REVB=0.00426792;RO=31;SAF=6;SAR=23;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068273;STB=0.533089;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.037273;OID=.;OPOS=42595472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:32:29:29:0.47541:23:6:8:23:23:6:8:24 chr19 42736267 . A G 650.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0990246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.9;QD=61.9952;RBI=0.0996488;REFB=0;REVB=0.0111359;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002604;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr19 42748858 . T A 374.18 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0449817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.637;QD=18.0328;RBI=0.0449981;REFB=-0.00914261;REVB=0.001214;RO=42;SAF=24;SAR=15;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109973;STB=0.550643;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.010176;OID=.;OPOS=42748858;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:39:39:0.46988:15:24:21:21:15:24:23:21 chr19 43013363 . A G 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0330703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1018;QD=19.4192;RBI=0.0422084;REFB=-0.0393081;REVB=0.0262279;RO=27;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229669;STB=0.512812;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0230893;OID=.;OPOS=43013363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:20:9:9:18:20:9:9:18 chr19 43243217 . AA GG 448.91 PASS AF=0.396947;AO=51;DP=130;FAO=52;FDP=131;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00428002;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=109.797;QD=13.7071;RBI=0.0269925;REFB=-0.0105038;REVB=0.026651;RO=78;SAF=14;SAR=37;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234451;STB=0.641085;STBP=0.02;TYPE=mnp;VARB=0.0157401;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:78:79:51:52:0.396947:37:14:37:41:38:14:38:41 chr19 43243238 . A G 323.94 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0205171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.596;QD=12.5804;RBI=0.0332177;REFB=-0.0027941;REVB=-0.026124;RO=64;SAF=9;SAR=30;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245837;STB=0.641632;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00638222;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:30:9:27:37:30:9:27:37 chr19 43411230 . C G 750.22 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00693554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.228;QD=24.0069;RBI=0.0375976;REFB=-0.020378;REVB=-0.0369524;RO=53;SAF=28;SAR=43;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107047;STB=0.554823;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0167048;OID=.;OPOS=43411230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:53:54:71:71:0.568:43:28:28:25:43:28:28:26 chr19 43439793 . G A 1324.38 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410308;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.948;QD=62.3239;RBI=0.00415082;REFB=0;REVB=0.000627769;RO=0;SAF=59;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49486e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:26:59:0:0:26:59:0:0 chr19 43519362 . C T 785.75 PASS AF=1;AO=51;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000342235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.215;QD=57.1456;RBI=0.0128537;REFB=0;REVB=0.0128491;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40541e-05;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:51:55:1:18:33:0:0:22:33:0:0 chr19 43519442 . T C 994.54 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0618827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.729;QD=57.6546;RBI=0.0845187;REFB=-0.105302;REVB=0.0575668;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000470326;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:35:33:0:0:35:33:1:0 chr19 43529026 . CA TG 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03072;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.947;QD=58.1421;RBI=0.0320752;REFB=0;REVB=0.00922503;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00023113;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 43530473 . G C 316.33 PASS AF=0.460526;AO=31;DP=74;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00481148;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.274;QD=16.6487;RBI=0.0121907;REFB=-0.0124894;REVB=-0.0112011;RO=40;SAF=14;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162368;STB=0.525231;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0133773;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:41:31:35:0.460526:17:14:18:22:18:17:18:23 chr19 43679410 . A G 722.14 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.14066e-06;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.035;QD=56.6387;RBI=0.0797706;REFB=0;REVB=0.0797706;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262906;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:20:28:0:0:23:28:0:0 chr19 43680051 . C T 1556.3 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.469;QD=59.8575;RBI=0.0542821;REFB=0;REVB=0.0357172;RO=0;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133473;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:45:59:0:0:45:59:0:0 chr19 43680147 . C T 1011.73 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579901;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.003;QD=59.5134;RBI=0.0247167;REFB=0;REVB=0.0240268;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49061e-05;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:30:38:0:0:30:38:0:0 chr19 43689004 . G A 602.5 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3232;QD=58.7804;RBI=0.0430087;REFB=-0.0899461;REVB=0.0321591;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00200305;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:0:1:21:19:0:1 chr19 43690506 . G C 439.32 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.772;QD=56.6859;RBI=0.0732697;REFB=0;REVB=0.0723002;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141737;OID=.;OPOS=43690506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:11:18:0:0:12:19:0:0 chr19 43699278 . A G 300.57 PASS AF=0.425;AO=32;DP=78;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00948284;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.22;QD=15.0287;RBI=0.00963901;REFB=-0.00475536;REVB=-0.00172808;RO=44;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124347;STB=0.512188;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00548808;OID=.;OPOS=43699278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:44:46:32:34:0.425:12:20:28:16:14:20:28:18 chr19 43699336 . T C 1177.94 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.034198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.973;QD=56.0922;RBI=0.0417958;REFB=-0.148454;REVB=0.0240289;RO=4;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420265;STB=0.522217;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00824861;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:4:4:80:80:0.952381:43:37:0:4:43:37:0:4 chr19 43699417 . A G 1599.16 PASS AF=1;AO=98;DP=101;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6714;QD=59.2281;RBI=0.075668;REFB=0;REVB=0.0756566;RO=0;SAF=37;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832137;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:108:0:0:98:108:1:61:37:0:0:71:37:0:0 chr19 43702342 . C T 2359.03 PASS AF=1;AO=154;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.517;QD=60.8783;RBI=0.0424354;REFB=0;REVB=0.0308079;RO=0;SAF=62;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.698e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60988e-06;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:154:155:1:92:62:0:0:92:63:0:0 chr19 43708926 . G T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.214;QD=30.7903;RBI=0.0146577;REFB=0.0216898;REVB=0.0103605;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00330988;OID=.;OPOS=43708926;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr19 43708968 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.688;QD=43.4862;RBI=0.0315208;REFB=0;REVB=0.0221987;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182833;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 43708977 . TTC T,TT,TTT 115.11 PASS AF=0,1,0;AO=2,7,2;DP=11;FAO=0,11,0;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4,0;FSAR=0,7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054893,0.0498685,0.0438764;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=216.471,221.26,215.829;QD=41.8592;RBI=0.056917,0.0524031,0.0447195;REFB=0,0,0;REVB=0.0150432,0.0161002,0.00864265;RO=0;SAF=0,4,0;SAR=2,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00103762,0.00034984,-0.0343689;OID=.,.,.;OPOS=43708978,43708979,43708979;OREF=TC,C,C;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:2,7,2:11:0,11,0:11:0:0,4,0:0,7,0:0:0:3:0:0,4,0:2,3,2:0:0 chr19 43709619 . C T 364.96 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0289425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1885;QD=52.1371;RBI=0.042582;REFB=-0.0241779;REVB=-0.0312339;RO=1;SAF=22;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206757;STB=0.511103;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00118384;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:5:22:1:0:5:22:1:0 chr19 43709647 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8498;QD=58.1349;RBI=0.0420304;REFB=0;REVB=-0.0315517;RO=0;SAF=26;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.5119e-05;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:6:26:0:0:6:26:0:0 chr19 43709654 . C A 498.68 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.26;QD=55.4094;RBI=0.0493606;REFB=-0.0971563;REVB=0.0447305;RO=1;SAF=29;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158543;STB=0.50847;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00128824;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:5:29:1:0:6:29:1:0 chr19 43709656 . C G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.392;QD=60.2306;RBI=0.0181655;REFB=0;REVB=0.0134238;RO=0;SAF=31;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07394e-05;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:6:31:0:0:6:31:0:0 chr19 43766113 . T C 290.43 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0179993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.252;QD=14.1675;RBI=0.148891;REFB=-0.0120169;REVB=0.147799;RO=48;SAF=24;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257214;STB=0.653748;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0129144;OID=.;OPOS=43766113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:49:33:33:0.402439:9:24:24:24:9:24:24:25 chr19 43773599 . T C 769.91 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129097;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.002;QD=64.1591;RBI=0.0182041;REFB=0;REVB=-0.0128346;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12643e-07;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:49:48:1:28:21:0:0:27:21:0:0 chr19 43857873 . G C 1232.1 PASS AF=1;AO=63;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0923299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.616;QD=61.605;RBI=0.0939502;REFB=0;REVB=0.0173732;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356916;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:63:80:1:37:26:0:0:38:42:0:0 chr19 43864548 . C A 329.73 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0203077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.439;QD=20.9354;RBI=0.0220067;REFB=-0.0336413;REVB=-0.00847906;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158074;STB=0.587252;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0290046;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:17:17:20:9:17:17:20:9 chr19 43910649 . G T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0296902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.324;QD=24.0732;RBI=0.0624615;REFB=-0.0415573;REVB=0.0549539;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660951;STB=0.537134;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0143346;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:2:5:8:5:2:5 chr19 43922061 . A G 318.6 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0242162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.9603;QD=20.8919;RBI=0.0319389;REFB=-0.0077353;REVB=0.0208247;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673239;STB=0.537291;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0107132;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:15:13:18:15:15:13 chr19 43979589 . G T 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00519843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.345;QD=17.956;RBI=0.0259113;REFB=-0.0167052;REVB=-0.0253845;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243709;STB=0.638925;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0252803;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:6:11:6:10:6:11 chr19 43999432 . A T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0176994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.873;QD=18.6447;RBI=0.0210759;REFB=-0.00844921;REVB=0.0114421;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.008427;OID=.;OPOS=43999432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:5:8:10:4:5:8 chr19 44001345 . C T 214.36 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0840696;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0354;QD=14.7834;RBI=0.0970975;REFB=-0.0495505;REVB=0.0485822;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138902;STB=0.571372;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0788076;OID=.;OPOS=44001345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:33:25:25:0.431034:12:13:13:21:12:13:13:20 chr19 44047550 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0813129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0358;QD=46.8475;RBI=0.10682;REFB=0;REVB=0.069273;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498992;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 44047826 . T A 379.78 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516956;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.626;QD=56.2638;RBI=0.0553833;REFB=0;REVB=0.0198713;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218518;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr19 44055726 . T C 201.45 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0121046;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.986;QD=20.145;RBI=0.0123261;REFB=-0.040101;REVB=-0.00232633;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191347;STB=0.578454;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0354513;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:10:10:13:7:10:10 chr19 44081288 . A G 650.41 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250016;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0213;QD=61.9435;RBI=0.0328848;REFB=0;REVB=-0.0213619;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716757;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr19 44082791 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.036522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.442;QD=11.6341;RBI=0.0510042;REFB=-0.00994841;REVB=0.035603;RO=16;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154872;STB=0.593026;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0197058;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:3:7:9:7:3:7:9:7 chr19 44082945 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.203;QD=51.9151;RBI=0.0267971;REFB=0;REVB=-0.0255448;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180155;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 44098963 . C G 485.22 PASS AF=0.473214;AO=52;DP=110;FAO=53;FDP=112;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0184458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.942;QD=17.3291;RBI=0.0265953;REFB=-0.0533038;REVB=0.0191588;RO=57;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149054;STB=0.595162;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0580658;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:57:59:52:53:0.473214:31:21:32:25:32:21:34:25 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGG 85.56 PASS AF=0.42,0;AO=22,6;DP=52;FAO=21,0;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9,0;FSAR=12,0;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0252791,-0.30645;FXX=0.0384541;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=11.8928,13.0381;QD=6.84518;RBI=0.109916,0.306457;REFB=-0.0898752,-0.0842069;REVB=-0.106969,0.00205518;RO=15;SAF=9,6;SAR=13,0;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347962;SSSB=-0.233427,0.683596;STB=0.684922,0.5;STBP=0.047,1;TYPE=del,del;VARB=0.0869589,0;OID=.,.;OPOS=44102990,44102995;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42,0:22,6:52:21,0:50:29:9,0:12,0:22:7:86:15:9,6:13,0:11:4 chr19 44126738 . G A 108.71 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0107578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.545;QD=14.0266;RBI=0.0412962;REFB=-0.00960227;REVB=-0.0398704;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517215;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00601928;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:18:12:13:0.419355:3:9:12:4:4:9:12:6 chr19 44273516 . T C 69.65 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0102255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.002;QD=16.3875;RBI=0.106279;REFB=-0.0336914;REVB=0.105785;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355513;STB=0.699669;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0171603;OID=.;OPOS=44273516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:8:0:3:6:8:0 chr19 44303066 . C G 87.03 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00659107;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.15;QD=15.1349;RBI=0.0336711;REFB=-0.0277344;REVB=0.0330197;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940418;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0373674;OID=.;OPOS=44303066;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:23:23:11:12:10:11:0.478261:8:2:3:8:8:3:4:8 chr19 44351694 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0295335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.384;QD=16.1989;RBI=0.0644454;REFB=-0.0564429;REVB=-0.0572798;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0247867;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr19 44351836 . G A 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0398572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.046;QD=23.3809;RBI=0.0428831;REFB=-0.0242719;REVB=0.0158228;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273118;STB=0.528024;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0147705;OID=.;OPOS=44351836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:11:8:5:8:11:8:5:9 chr19 44352665 . T C 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00280963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.548;QD=11.0174;RBI=0.0062586;REFB=-0.00888569;REVB=0.0055925;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236249;STB=0.642419;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0133552;OID=.;OPOS=44352665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:2:6:3:3:2:6 chr19 44377357 . C T 227.48 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.097843;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2425;QD=50.5517;RBI=0.0993208;REFB=0;REVB=0.0170698;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00226497;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr19 44377669 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0105743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.086;QD=9.19979;RBI=0.0106081;REFB=-0.00640357;REVB=-0.000846232;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.671134;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0239985;OID=.;OPOS=44377669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:6:7:2:5:6:7 chr19 44417575 . A G 87.89 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00645493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0081;QD=14.0631;RBI=0.0224512;REFB=0.0163467;REVB=0.0215033;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.617431;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0234914;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:14:14:10:11:0.44:6:4:8:6:7:4:8:6 chr19 44418077 . C T 223.96 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.023403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9287;QD=12.9832;RBI=0.0258969;REFB=-0.0214982;REVB=-0.0110881;RO=42;SAF=15;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429582;STB=0.524572;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0317367;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:12:15:25:17:12:15:25:17 chr19 44418343 . C T 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.000468923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.275;QD=14.0473;RBI=0.0315848;REFB=-0.0388874;REVB=-0.0315813;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169044;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0270418;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:10:8:12:16:10:8:13:16 chr19 44418544 . A G 207.3 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0837412;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8614;QD=23.0337;RBI=0.0837826;REFB=-0.011325;REVB=-0.00263378;RO=16;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356775;STB=0.6998;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00815919;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:14:6:12:4:14:6:12:4 chr19 44418680 . G C 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0319254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.608;QD=21.0134;RBI=0.03329;REFB=-0.004587;REVB=-0.00943352;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587417;STB=0.53329;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00715658;OID=.;OPOS=44418680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:4:9:12:4:4:9 chr19 44418693 . T C 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0206869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.789;QD=21.2629;RBI=0.0246081;REFB=-0.0241723;REVB=-0.0133272;RO=18;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182887;STB=0.60334;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0166684;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:14:6:9:9:14:6:9:9 chr19 44418824 . C T 154.35 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0568793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0162;QD=14.7004;RBI=0.0830295;REFB=-0.03052;REVB=-0.0604867;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098029;STB=0.566496;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0400872;OID=.;OPOS=44418824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:9:8:9:15:9:8:9:16 chr19 44419030 . A G 276.47 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0544754;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.709;QD=52.6606;RBI=0.057543;REFB=0;REVB=0.0185369;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000758155;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chr19 44470189 . T A 357.31 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.227;QD=54.971;RBI=0.0151125;REFB=0;REVB=0.00395107;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47754e-05;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 44470420 . T C 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0067503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8656;QD=54.4796;RBI=0.0169239;REFB=-0.179729;REVB=0.0155194;RO=1;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266551;STB=0.514277;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00505555;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:14:17:1:0:14:17:1:0 chr19 44470548 . A G 272.32 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1303;QD=51.8701;RBI=0.0678483;REFB=0;REVB=0.0666351;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196619;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 44470663 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0061031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.25;QD=51.9165;RBI=0.00636976;REFB=0;REVB=0.00182375;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12043e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 44471209 . T A 85.88 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0702463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9199;QD=11.8451;RBI=0.0862276;REFB=-0.0275693;REVB=-0.0500066;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498174;STB=0.540912;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0372552;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:8:3:4:13:8:3:4:14 chr19 44471252 . T C 229.59 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0189389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.573;QD=22.3994;RBI=0.0260977;REFB=-0.0146636;REVB=-0.0179558;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129455;STB=0.60274;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0188785;OID=.;OPOS=44471252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:19:22:22:0.536585:15:7:8:9:15:7:10:9 chr19 44471323 . G A 130.49 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0373974;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.366;QD=13.0488;RBI=0.0380188;REFB=-0.0312207;REVB=-0.00684523;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149589;STB=0.599867;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0417031;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:25:15:15:0.375:9:6:13:11:9:6:14:11 chr19 44494215 . T C 66.27 PASS AF=0.36;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0344476;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0403;QD=10.6035;RBI=0.05221;REFB=-0.000875255;REVB=0.0392332;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.575055;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00727854;OID=.;OPOS=44494215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:26:25:16:16:9:9:0.36:5:4:8:8:5:4:9:7 chr19 44496070 . A G 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0153891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.997;QD=10.4744;RBI=0.0242378;REFB=-0.0183039;REVB=-0.0187255;RO=37;SAF=9;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195954;STB=0.61441;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0355558;OID=.;OPOS=44496070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:10:9:24:13:10:9:24:13 chr19 44500478 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00129996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.849;QD=51.1829;RBI=0.0585704;REFB=0;REVB=0.058556;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350285;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 44500761 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.406;QD=58.5878;RBI=0.0172481;REFB=0;REVB=0.00670512;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09531e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr19 44501116 . A G 219.28 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00924452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.867;QD=39.8697;RBI=0.0119507;REFB=-0.0655392;REVB=0.00757347;RO=2;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22684;STB=0.666464;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00579117;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:19:19:0.863636:16:3:2:0:16:3:3:0 chr19 44501227 . A G 503.54 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00981691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6246;QD=55.9486;RBI=0.0633302;REFB=-0.0333092;REVB=0.0625647;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00291842;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:19:15:0:1:19:16:0:1 chr19 44501518 . G A 288.76 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0172231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.241;QD=16.2681;RBI=0.0324779;REFB=-0.00611735;REVB=-0.0275351;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285818;STB=0.524214;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00695625;OID=.;OPOS=44501518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:39:31:32:0.450704:15:16:19:20:15:17:19:20 chr19 44501627 . T C 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00931963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.12;QD=19.386;RBI=0.0108163;REFB=0.000537784;REVB=0.00548973;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107847;STB=0.560915;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000555366;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:8:13:10:10:8:13 chr19 44511223 . T G 817.62 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.913;QD=57.3768;RBI=0.0746776;REFB=0;REVB=0.0730392;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508171;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr19 44515352 . T G 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0174134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.749;QD=28.0163;RBI=0.026595;REFB=-0.00849831;REVB=0.0201014;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622134;STB=0.534224;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0047808;OID=.;OPOS=44515352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:7:13:17:13:7:13 chr19 44515514 . C A 250.04 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0793352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8609;QD=20.4113;RBI=0.0917106;REFB=-0.0306173;REVB=-0.0460081;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053429;STB=0.530011;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0279843;OID=.;OPOS=44515514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:9:16:14:10:9:16 chr19 44564981 . G A 155.56 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0130793;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.828;QD=14.4702;RBI=0.0551391;REFB=-0.0235857;REVB=-0.0535654;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743401;STB=0.576832;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0325285;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:18:26:17:17:0.395349:7:10:12:6:7:10:12:14 chr19 44570551 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0978117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4116;QD=11.9188;RBI=0.0980317;REFB=0.0340886;REVB=0.00656341;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0337012;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:4:5:5:2:4:5 chr19 44591360 . G A 120.85 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00165855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.322;QD=14.6485;RBI=0.0171714;REFB=-0.0088167;REVB=0.0170911;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347309;STB=0.704116;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0214924;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:11:3:10:9:11:3:10:9 chr19 44610665 . A G 162.37 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0244044;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.778;QD=19.1028;RBI=0.0244688;REFB=-0.0189695;REVB=-0.00177362;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104463;STB=0.55937;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0197691;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:10:7:9:8:10:7:9:8 chr19 44610798 . A T 767.82 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137335;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9259;QD=63.985;RBI=0.04289;REFB=0;REVB=0.0406318;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221404;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr19 44611066 . T C 259.9 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00932132;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9128;QD=51.9801;RBI=0.0746819;REFB=0;REVB=0.0740979;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000876916;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 44611420 . A G 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240379;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.873;QD=54.5125;RBI=0.0241764;REFB=-0.0286318;REVB=0.00258353;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425118;STB=0.522715;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000232121;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:21:15:0:2:21:15:0:2 chr19 44612004 . GA G,GG 317.24 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,20;DP=24;FAO=3,21;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3,8;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139352,0.0146691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.077,223.608;QD=52.8727;RBI=0.014144,0.0152892;REFB=0,0;REVB=0.00242137,-0.00431041;RO=0;SAF=3,8;SAR=1,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0242039,0.00565941;OID=.,.;OPOS=44612005,44612005;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:4,20:24:3,21:24:0:3,8:0,13:0:0:9:0:3,8:1,12:0:0 chr19 44612014 . A T 323.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.276;QD=53.8845;RBI=0.0120207;REFB=0;REVB=-0.00141206;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.85594e-05;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr19 44612231 . A G 417.29 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.10077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1456;QD=53.8439;RBI=0.10211;REFB=-0.124163;REVB=0.0164886;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00253679;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chr19 44652954 . G A 940.99 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.82;QD=57.0298;RBI=0.0743725;REFB=-0.111678;REVB=0.0707982;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00154916;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:34:31:0:0:34:31:0:1 chr19 44660967 . A G 105.05 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0241379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4304;QD=32.3223;RBI=0.0253085;REFB=-0.00940048;REVB=-0.00760786;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.507029;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0264847;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:1:2:11:11:0.846154:6:5:1:0:6:5:1:1 chr19 44764064 . A G 1227.47 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00984062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4296;QD=61.3737;RBI=0.0349629;REFB=0;REVB=-0.0335494;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337708;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:39:41:0:0:39:41:0:0 chr19 44777089 . A C 126.17 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00165376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.571;QD=10.971;RBI=0.0158816;REFB=-0.0180754;REVB=0.0157952;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208424;STB=0.639825;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0404102;OID=.;OPOS=44777089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:31:15:15:0.326087:7:8:10:19:7:8:10:21 chr19 44778405 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.114;QD=43.4862;RBI=0.073559;REFB=0;REVB=0.0681851;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644077;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 44778796 . G A 282.54 PASS AF=1;AO=3;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4538;QD=47.0902;RBI=0.0407977;REFB=0;REVB=0.0153993;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551781;OID=.;OPOS=44778796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:3:24:1:2:1:0:0:9:15:0:0 chr19 44778797 . T A 272.55 PASS AF=0.916667;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0303095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7403;QD=45.425;RBI=0.033276;REFB=-0.0269078;REVB=0.0137342;RO=1;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061324;STB=0.512184;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00674767;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:24:1:2:20:22:0.916667:7:13:0:1:8:14:1:1 chr19 44778799 . G A 297.05 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359912;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2743;QD=54.0094;RBI=0.0663534;REFB=0;REVB=0.0557441;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160125;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr19 44792969 . G A 115.04 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.111;QD=41.8328;RBI=0.0530776;REFB=0;REVB=0.0521539;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011769;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 44832684 . T G 861.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.236;QD=57.444;RBI=0.0110052;REFB=0;REVB=-0.00393135;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15959e-06;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:57:60:1:40:17:0:0:42:18:0:0 chr19 44832875 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.128;QD=55.656;RBI=0.0213933;REFB=0;REVB=-0.0048384;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270371;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 44832992 . C G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2675;QD=54.5112;RBI=0.0679516;REFB=0;REVB=0.0657096;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013178;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 44833506 . C T 785.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3277;QD=64.1117;RBI=0.0463985;REFB=0;REVB=0.0437433;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000790063;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr19 44833851 . G C 770.88 PASS AF=1;AO=48;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290735;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.439;QD=57.1021;RBI=0.0636921;REFB=0;REVB=0.0566693;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334024;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:48:54:1:20:28:0:0:25:29:0:0 chr19 44840789 . T C 981.57 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.464;QD=58.601;RBI=0.0324394;REFB=0;REVB=0.0120914;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.581e-05;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:32:33:0:0:32:35:0:0 chr19 44871287 . T C 182.88 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0671573;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.699;QD=16.6253;RBI=0.0705951;REFB=-0.0105404;REVB=0.0217615;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176226;STB=0.600845;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00791616;OID=.;OPOS=44871287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:11:8:15:10:11:8:15:10 chr19 44871293 . T C 557.48 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7216;QD=58.682;RBI=0.0627303;REFB=0;REVB=-0.00611878;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486893;OID=.;OPOS=44871293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:17:19:0:0:19:19:0:0 chr19 44890685 . T G 98.56 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0095676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.398;QD=14.0801;RBI=0.0287318;REFB=0.00203425;REVB=0.027092;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193547;STB=0.586802;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00275384;OID=.;OPOS=44890685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:14:16:12:12:0.428571:3:9:8:6:3:9:10:6 chr19 44891784 . T C 107.26 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0117325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.578;QD=16.5012;RBI=0.0268604;REFB=-0.00302122;REVB=0.0241626;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199178;STB=0.613866;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00934909;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:9:4:7:6:9:4 chr19 44930880 . G A 2311.53 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194765;FXX=0.0320492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.814;QD=61.2325;RBI=0.0230857;REFB=0;REVB=-0.0123942;RO=0;SAF=63;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51606e-05;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:151:0:0:151:151:1:88:63:0:0:88:63:0:0 chr19 44932972 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00886418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.316;QD=18.4437;RBI=0.0132629;REFB=-0.0142761;REVB=0.00986562;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153845;STB=0.588621;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00655633;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:7:4:5:4:7:4:5:4 chr19 44933947 . G A 462.34 PASS AF=0.586667;AO=44;DP=75;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0132664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7037;QD=24.658;RBI=0.0138733;REFB=0.000341118;REVB=-0.00405838;RO=31;SAF=21;SAR=23;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102075;STB=0.555866;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.000407449;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:31:31:44:44:0.586667:23:21:19:12:23:21:19:12 chr19 44934489 . G A 676.68 PASS AF=1;AO=48;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223405;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6396;QD=51.0701;RBI=0.170172;REFB=-0.043487;REVB=0.168699;RO=3;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00910828;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:3:0:48:53:1:30:18:0:3:34:19:0:0 chr19 45001368 . T G,TG 39.55 PASS AF=0.0674157,0.0898876;AO=6,18;DP=90;FAO=6,8;FDP=89;FR=.;FRO=75;FSAF=2,7;FSAR=4,1;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.080249,-0.0842122;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=95.2197,85.2867;QD=1.77741;RBI=0.0814268,0.0848116;REFB=-0.00693134,-0.00631174;REVB=-0.0137988,-0.0100647;RO=65;SAF=2,11;SAR=4,7;SRF=31;SRR=34;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.159788,0.167896;STB=0.626687,0.871403;STBP=0.589,0.047;TYPE=snp,ins;VARB=0.105265,0.135415;OID=.,.;OPOS=45001368,45001369;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:90:89:65:75:6,18:6,8:0.0674157,0.0898876:4,7:2,11:31:34:4,1:2,7:35:40 chr19 45004305 . G C 274.9 PASS AF=0.54902;AO=30;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0134073;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.307;QD=21.561;RBI=0.0134858;REFB=-0.0127216;REVB=0.00145297;RO=22;SAF=5;SAR=25;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302788;STB=0.75899;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00837037;OID=.;OPOS=45004305;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:23:30:28:0.54902:25:5:10:12:25:3:11:12 chr19 45016116 . A G 174.01 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0111993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.178;QD=19.3346;RBI=0.0275268;REFB=-0.0108671;REVB=0.0251456;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.527747;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0142599;OID=.;OPOS=45016116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:9:9:10:8:9:9:10:8 chr19 45016990 . CT CC,C 1286.48 PASS AF=0.0227273,0.965909;AO=4,81;DP=89;FAO=2,85;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=1,37;FSAR=1,48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0449541,0.022718;FXX=0.0112347;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=6.73479,29.0187;QD=58.4765;RBI=0.0814415,0.089739;REFB=-0.0130261,0.0372984;REVB=0.0679106,0.0868158;RO=1;SAF=3,34;SAR=1,47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.272709,0.00996906;STB=0.665164,0.505153;STBP=0.662,0.516;TYPE=snp,del;VARB=-0.0754345,0.00436915;OID=.,.;OPOS=45016991,45016991;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.965909:4,81:89:2,85:88:1:1,37:1,48:0:1:4:1:3,34:1,47:0:1 chr19 45017249 . T C 91.22 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0191555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4621;QD=17.3753;RBI=0.0227623;REFB=0.0134155;REVB=0.0122959;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0124647;OID=.;OPOS=45017249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:10:11:11:0.52381:8:3:3:6:8:3:3:7 chr19 45021252 . G A 76.79 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0429435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.541;QD=14.626;RBI=0.0443576;REFB=-0.00824879;REVB=0.011111;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652168;STB=0.517207;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0075097;OID=.;OPOS=45021252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:21:11:11:9:10:0.47619:6:3:3:8:7:3:3:8 chr19 45024581 . C G 189.3 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0142074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3559;QD=21.0334;RBI=0.0202238;REFB=-0.0495739;REVB=0.0143927;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291595;STB=0.657962;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0185927;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:17:19:19:0.527778:11:8:12:3:11:8:13:4 chr19 45028169 . C T 387.91 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.000823269;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4115;QD=18.2546;RBI=0.0466484;REFB=-0.000927244;REVB=-0.0466411;RO=45;SAF=22;SAR=18;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915628;STB=0.550995;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0005061;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:45:45:40:40:0.470588:18:22:29:16:18:22:29:16 chr19 45033485 . A G 148.78 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00358439;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.724;QD=18.0333;RBI=0.00577935;REFB=-0.0299494;REVB=0.00453354;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132974;STB=0.575665;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.03442;OID=.;OPOS=45033485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:11:6:8:8:11:6 chr19 45162038 . A G 673.8 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021021;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8729;QD=62.6792;RBI=0.0375688;REFB=0;REVB=0.03751;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041478;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr19 45162189 . C A 946.91 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-6.482e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.138;QD=55.7008;RBI=0.00511708;REFB=0.0586109;REVB=-0.00511667;RO=1;SAF=21;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219643;STB=0.506133;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000748147;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:1:2:66:66:0.970588:45:21:1:0:45:21:1:1 chr19 45315539 . G A 301.12 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00368495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.0115;QD=25.0929;RBI=0.036047;REFB=-0.0198274;REVB=0.0358582;RO=21;SAF=13;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796803;STB=0.544154;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0190942;OID=.;OPOS=45315539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:14:13:8:13:14:13:8:13 chr19 45317432 . T C 75.48 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0181269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.392;QD=11.6124;RBI=0.0573161;REFB=-0.00739961;REVB=-0.0543742;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370123;STB=0.730897;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0209405;OID=.;OPOS=45317432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:13:16:10:10:0.384615:7:3:9:4:7:3:11:5 chr19 45322938 . G A 263.39 PASS AF=0.510204;AO=22;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.162512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2524;QD=21.5011;RBI=0.167023;REFB=-0.0212788;REVB=0.0385577;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054207;STB=0.537042;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0265818;OID=.;OPOS=45322938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:24:22:25:0.510204:16:6:8:17:16:9:7:17 chr19 45389224 . A G 276.3 PASS AF=0.956522;AO=20;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321466;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.647;QD=48.0519;RBI=0.0349736;REFB=0.00869759;REVB=0.0137749;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514273;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000115344;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:20:22:0.956522:15:5:0:0:17:5:0:1 chr19 45409167 . C G 395.55 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.0225726;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.808;QD=16.4813;RBI=0.0260572;REFB=-0.0134734;REVB=-0.0130175;RO=52;SAF=13;SAR=28;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799897;STB=0.546854;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0248988;OID=.;OPOS=45409167;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:54:41:42:0.4375:28:13:13:39:29:13:13:41 chr19 45476422 . T C 1169.05 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.07;QD=60.7297;RBI=0.0403019;REFB=0;REVB=-0.00376575;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.25439e-05;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:46:29:0:0:46:31:0:0 chr19 45488567 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.216;QD=40.7613;RBI=0.0293128;REFB=0;REVB=-0.00200564;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318903;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 45490570 . A G 86.29 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00273513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2309;QD=12.7844;RBI=0.00420765;REFB=-0.0307226;REVB=-0.00319741;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259909;STB=0.653058;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.05312;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:10:6:7:4:10:6 chr19 45490636 . T C 94.13 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0449436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7999;QD=12.1452;RBI=0.0450647;REFB=-0.0281908;REVB=0.00330269;RO=18;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105263;STB=0.588079;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0436622;OID=.;OPOS=45490636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:31:31:18:19:12:12:0.387097:9:3:6:12:9:3:7:12 chr19 45561063 . A G 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9029;QD=63.5794;RBI=0.050607;REFB=0;REVB=-0.0221918;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000682876;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr19 45728059 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.071809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2465;QD=13.088;RBI=0.0761381;REFB=-0.00615135;REVB=-0.0253076;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156256;STB=0.5916;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00684575;OID=.;OPOS=45728059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:6:10:13:14:6:10:13:14 chr19 45728123 . C T 129.94 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0111083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.4225;QD=13.6779;RBI=0.0205444;REFB=-0.0236236;REVB=-0.0172823;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827523;STB=0.548322;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0257098;OID=.;OPOS=45728123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:9:6:11:12:9:6:11:12 chr19 45801018 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0058775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.928;QD=37.4885;RBI=0.0300124;REFB=0;REVB=0.0294313;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762111;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:2:6:0:0 chr19 45818835 . A G 429.08 PASS AF=0.708333;AO=33;DP=47;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0196563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.119;QD=35.7563;RBI=0.0201543;REFB=-0.00435268;REVB=-0.00445279;RO=14;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118318;STB=0.556784;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00105821;OID=.;OPOS=45818835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:14:14:33:34:0.708333:21:12:8:6:21:13:8:6 chr19 45868309 . T G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0136145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.393;QD=18.2483;RBI=0.0318912;REFB=-0.015472;REVB=0.0288392;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.544459;STB=0.822889;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0163918;OID=.;OPOS=45868309;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:1:12:6:6:1:12:6:6 chr19 45882962 . T A 109.14 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0755391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6382;QD=14.083;RBI=0.117746;REFB=-0.00597017;REVB=0.0903215;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547742;STB=0.531867;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00918492;OID=.;OPOS=45882962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:5:8:12:6:5:8:12:6 chr19 45909933 . T TA 86.77 PASS AF=0.55;AO=5;DP=32;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.142283;FXX=0.354724;HRUN=0;LEN=1;MLLD=112.435;QD=17.354;RBI=0.142718;REFB=-0.0305;REVB=0.0111282;RO=25;SAF=0;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.71428;STB=0.713794;STBP=0.125;TYPE=ins;VARB=0.0154975;OID=.;OPOS=45909934;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:5:32:11:20:9:1:10:3:6:70:25:0:5:16:9 chr19 45909934 . G A 150.33 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.017979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.979;QD=19.3976;RBI=0.0201255;REFB=-0.0304459;REVB=0.00904376;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461689;STB=0.761583;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0166568;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:4:12:3:12:4:12:3:12 chr19 45910003 . G T 157.89 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.113089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0325;QD=17.0694;RBI=0.113092;REFB=-0.05067;REVB=-0.000781858;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202795;STB=0.613748;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0619731;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:2:18:13:4:2:18 chr19 45912002 . A C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00524696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=306.472;QD=16.199;RBI=0.0241523;REFB=-0.0202978;REVB=0.0235755;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0179239;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:1:2:2:3:1:2 chr19 45912343 . A G 203.3 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0169275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1439;QD=16.596;RBI=0.0200611;REFB=-0.0214017;REVB=-0.010766;RO=28;SAF=5;SAR=15;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172587;STB=0.5704;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.02826;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:15:5:11:17:15:6:11:17 chr19 45912406 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00504428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.588;QD=14.9787;RBI=0.0248813;REFB=0.00882358;REVB=-0.0243646;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.576768;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00983444;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:5:6:4:6:5:6 chr19 46026970 . T A 348.58 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0321467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.513;QD=33.1983;RBI=0.034151;REFB=0.00845937;REVB=0.0115274;RO=13;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557891;STB=0.530457;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00421925;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:14:15:8:5:14:15:8:5 chr19 46029187 . T C 197.06 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00589298;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.822;QD=17.5164;RBI=0.0820354;REFB=8.6197e-05;REVB=-0.0818234;RO=24;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628741;STB=0.543817;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.000455778;OID=.;OPOS=46029187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:7:13:17:7:7:13:18:7 chr19 46029981 . T C 409.59 PASS AF=0.384;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=0.00214985;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2454;QD=13.1069;RBI=0.0383226;REFB=0.0141228;REVB=0.0382622;RO=75;SAF=34;SAR=14;SRF=23;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421105;STB=0.737121;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0197491;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:75:77:48:48:0.384:14:34:23:52:14:34:24:53 chr19 46057081 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.476;QD=58.5872;RBI=0.0227554;REFB=0;REVB=0.0221235;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135081;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr19 46181392 . G C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00377008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.071;QD=15.8828;RBI=0.0105135;REFB=-0.0159613;REVB=0.00981431;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0132142;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr19 46206262 . G A 252.93 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-9.2269e-05;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.893;QD=19.0893;RBI=0.0119251;REFB=-0.0203067;REVB=0.0119248;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229356;STB=0.512811;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0236494;OID=.;OPOS=46206262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:26:27:27:0.509434:17:10:9:17:17:10:9:17 chr19 46214244 . A G 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00693522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.966;QD=15.1965;RBI=0.0154294;REFB=-0.00621018;REVB=-0.0137829;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0961734;STB=0.555478;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0110399;OID=.;OPOS=46214244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:6:8:12:6:6:8:12:6 chr19 46262286 . C A 159.57 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0376131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.042;QD=17.7303;RBI=0.0378644;REFB=0.00866712;REVB=-0.00435495;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211913;STB=0.621118;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0151573;OID=.;OPOS=46262286;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:11:6:11:8:11:6:11:8 chr19 46268902 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00895943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.961;QD=16.172;RBI=0.00987238;REFB=-0.00530825;REVB=0.00414638;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259529;STB=0.514907;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00597566;OID=.;OPOS=46268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:7:13:10:6:7:13 chr19 46289392 . G C 133.99 PASS AF=0.326923;AO=18;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00194109;FXX=0.0188644;HRUN=8;LEN=1;MLLD=212.81;QD=10.3071;RBI=0.0150235;REFB=-0.0122165;REVB=0.0148976;RO=34;SAF=15;SAR=3;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208744;STB=0.692034;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0237127;OID=.;OPOS=46289392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:34:35:18:17:0.326923:3:15:24:10:2:15:25:10 chr19 46289503 . C T 217.12 PASS AF=0.52381;AO=15;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0776228;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9891;QD=20.6781;RBI=0.0876698;REFB=-0.0409998;REVB=0.0407517;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.591027;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0362907;OID=.;OPOS=46289503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:15:22:0.52381:6:9:10:10:8:14:9:11 chr19 46289504 . G T 42.22 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=37;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.022784;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.1609;QD=4.02107;RBI=0.038856;REFB=-0.0821645;REVB=0.031475;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218433;STB=0.651721;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.031659;OID=.;OPOS=46289504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:42:31:35:6:7:0.166667:2:4:15:16:2:5:19:16 chr19 46319415 . G C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00707627;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.825;QD=30.7904;RBI=0.00767313;REFB=-0.0985841;REVB=0.00296704;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00715097;OID=.;OPOS=46319415;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:1:0:2:6:1:0 chr19 46376217 . C A 158.75 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0307576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5925;QD=17.162;RBI=0.0307609;REFB=-0.0153231;REVB=0.000451681;RO=18;SAF=4;SAR=13;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174608;STB=0.568646;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0233584;OID=.;OPOS=46376217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:13:4:2:16:13:4:3:17 chr19 46404579 . A G 739.55 PASS AF=1;AO=41;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.327;QD=56.8881;RBI=0.0833182;REFB=0;REVB=0.0203306;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500477;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:41:52:1:28:13:0:0:33:19:0:0 chr19 46511548 . T C 175.9 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.101;QD=46.9066;RBI=0.0333451;REFB=0;REVB=0.00668909;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408682;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:4:11:0:0 chr19 46520025 . CA C,CG 1227.33 PASS AF=0.109756,0.890244;AO=9,73;DP=83;FAO=9,73;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=8,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259041,0.0247333;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.486,226.385;QD=59.8699;RBI=0.0261059,0.0249217;REFB=0,0;REVB=0.00323936,0.00305894;RO=0;SAF=1,35;SAR=8,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.90268e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0171283,0.00039085;OID=.,.;OPOS=46520026,46520026;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.109756,0.890244:9,73:83:9,73:82:0:1,35:8,38:0:0:29:0:1,35:8,38:0:0 chr19 46627592 . G A 136.38 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0143015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6053;QD=18.1834;RBI=0.070345;REFB=0.0115449;REVB=0.0688758;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381971;STB=0.535165;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.0318197;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:9:6:5:9:9:6:5:10 chr19 46811984 . A G 239.31 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7386;QD=50.381;RBI=0.0703278;REFB=0;REVB=0.0534452;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148529;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 46815499 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4341;QD=43.4853;RBI=0.0386481;REFB=0;REVB=-0.0175603;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00301131;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 46815705 . A C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7339;QD=33.423;RBI=0.0244281;REFB=0;REVB=0.0095914;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013123;OID=.;OPOS=46815705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 46823803 . C T 123.18 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0117811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.213;QD=16.4234;RBI=0.0128972;REFB=-0.00132614;REVB=0.00524824;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115907;STB=0.566573;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00123005;OID=.;OPOS=46823803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:10:6:7:7:10:6 chr19 46825157 . TGGGGC TGGGC,TGGGCT 64.89 PASS AF=0.28169,0.0422535;AO=22,3;DP=72;FAO=20,3;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=1,0;FSAR=19,3;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.020929,0.0628592;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=14.5464,29.8529;QD=3.65555;RBI=0.0724072,0.0660459;REFB=-0.096856,-0.0441056;REVB=-0.0693165,-0.0202677;RO=42;SAF=1,0;SAR=21,3;SRF=17;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.638379,-0.459135;STB=0.879979,0.995718;STBP=0.001,0.148;TYPE=del,mnp;VARB=0.129003,-0.0238977;OID=.,.;OPOS=46825158,46825161;OREF=G,GC;OALT=-,CT;OMAPALT=TGGGC,TGGGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28169,0.0422535:22,3:72:20,3:71:48:1,0:19,3:18:30:51:42:1,0:21,3:17:25 chr19 46857015 . C T 340.69 PASS AF=0.529412;AO=34;DP=66;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0352643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.873;QD=20.0406;RBI=0.0380266;REFB=-0.0174257;REVB=0.0142286;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647068;STB=0.540961;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0141616;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:31:32:34:36:0.529412:15:19:15:16:16:20:15:17 chr19 46893810 . G A 71.6 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0146379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8586;QD=19.0944;RBI=0.0440128;REFB=-0.0119959;REVB=0.0415073;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58021;STB=0.84124;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00602348;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:15:6:6:9:9:0.6:1:8:1:5:1:8:1:5 chr19 46915774 . G T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0124856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.305;QD=19.9285;RBI=0.0294726;REFB=-0.02992;REVB=0.0266973;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266336;STB=0.666419;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0167638;OID=.;OPOS=46915774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:7:1:6:6:8:1 chr19 46971773 . T G 145.81 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0171994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3525;QD=25.3588;RBI=0.0304147;REFB=-0.0229882;REVB=-0.0250846;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016877;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0121079;OID=.;OPOS=46971773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:7:8:15:15:0.652174:6:9:4:3:6:9:5:3 chr19 46973981 . G A 144.07 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00970369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.534;QD=15.1651;RBI=0.0230094;REFB=-0.00563603;REVB=-0.0208631;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096654;STB=0.552566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0196748;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:20:22:16:16:0.421053:8:8:8:12:8:8:9:13 chr19 46974233 . G A 135.06 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00509953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9045;QD=16.8826;RBI=0.00600624;REFB=-0.0148054;REVB=0.00317329;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157511;STB=0.590117;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0368022;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:14:15:0.46875:4:10:9:7:4:11:10:7 chr19 46997522 . C T 226.01 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00137754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.55;QD=21.0246;RBI=0.0389117;REFB=-0.0347267;REVB=0.0388873;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208659;STB=0.602419;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0226714;OID=.;OPOS=46997522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:12:9:14:7:12:10:14:7 chr19 47124714 . T G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0163523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.121;QD=13.9183;RBI=0.0244805;REFB=-0.00417618;REVB=-0.018218;RO=36;SAF=16;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025499;STB=0.503873;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00497687;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:10:16:23:13:10:16:23:14 chr19 47137459 . C T 325.37 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0220002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0382;QD=24.5562;RBI=0.0361124;REFB=0.0168778;REVB=0.0286374;RO=21;SAF=10;SAR=22;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152213;STB=0.583043;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00725577;OID=.;OPOS=47137459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:22:10:3:18:22:10:3:18 chr19 47177913 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5409;QD=61.3305;RBI=0.0823203;REFB=0;REVB=-0.000704949;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703417;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr19 47212593 . A G 69.6 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.124154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1568;QD=16.376;RBI=0.128956;REFB=-0.0149937;REVB=-0.0348627;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.631235;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00330373;OID=.;OPOS=47212593;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:2:6:8:1:2:6 chr19 47223543 . T C 330.15 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0127375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.486;QD=18.3417;RBI=0.0917808;REFB=-0.0114835;REVB=-0.0908927;RO=35;SAF=22;SAR=13;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113978;STB=0.541644;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.015524;OID=.;OPOS=47223543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:37:35:35:0.486111:13:22:26:9:13:22:26:11 chr19 47241478 . G C 58.05 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0308914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5262;QD=2.57978;RBI=0.0312074;REFB=-0.00693104;REVB=-0.0044302;RO=76;SAF=9;SAR=3;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370212;STB=0.757817;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0526582;OID=.;OPOS=47241478;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:90:90:76:78:12:12:0.133333:3:9:34:42:3:9:35:43 chr19 47282162 . G A 90.49 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00244464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.558;QD=16.4524;RBI=0.0320857;REFB=-0.00302437;REVB=-0.0319924;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160306;STB=0.593048;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00444358;OID=.;OPOS=47282162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:5:6:4:7:5:6 chr19 47353979 . GC G 46.45 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0621045;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.57691;QD=5.99293;RBI=0.0835292;REFB=-0.0997778;REVB=-0.0558584;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.106504;OID=.;OPOS=47353980;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.451613:14:30:14:31:17:7:7:9:8:46:14:7:7:7:7 chr19 47544238 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.00707585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.852;QD=13.6305;RBI=0.0360398;REFB=-0.0370461;REVB=-0.0353383;RO=8;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323874;STB=0.705454;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0253913;OID=.;OPOS=47544238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:4:4:1:7:4:4:1:8 chr19 47585517 . G C 220.73 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0237961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.449;QD=18.0191;RBI=0.0278064;REFB=-0.00530666;REVB=0.0143855;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187888;STB=0.607491;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00453164;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:12:15:16:6:12:15 chr19 47588325 . G A 142.6 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0604197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6541;QD=14.2603;RBI=0.0619608;REFB=-0.0112996;REVB=-0.0137335;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12221;STB=0.562418;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0128691;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:12:4:8:15:12:4:8:16 chr19 47761646 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.38;QD=44.6898;RBI=0.0241127;REFB=0;REVB=0.0167155;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215218;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 47768128 . G C 272.43 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000146352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.296;QD=51.8911;RBI=0.0262014;REFB=0;REVB=0.026201;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258931;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr19 47770015 . A C 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5124;QD=62.0164;RBI=0.0424582;REFB=0;REVB=0.0421669;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490653;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 47773647 . C T 432.44 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.027069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.874;QD=48.0491;RBI=0.0299042;REFB=-0.112397;REVB=0.0127093;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.53123;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00248135;OID=.;OPOS=47773647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:1:4:32:32:0.888889:17:15:0:1:17:15:3:1 chr19 47774447 . G A 175.44 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.184;QD=46.7852;RBI=0.0928039;REFB=0;REVB=0.0259005;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846037;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 47774665 . TGAG T,TGAT 254.09 PASS AF=0.952381,0.047619;AO=19,2;DP=22;FAO=20,1;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292595,0.0145356;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=161.11,38.1282;QD=48.3982;RBI=0.0682919,0.0246063;REFB=0,0;REVB=0.0617063,0.019854;RO=0;SAF=4,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.00629e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00152034,-0.128206;OID=.,.;OPOS=47774666,47774668;OREF=GAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.952381,0.047619:19,2:22:20,1:21:0:4,0:16,1:0:0:6:0:4,0:15,2:0:0 chr19 47774772 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.653;QD=40.7629;RBI=0.0218864;REFB=0;REVB=-0.0202524;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168485;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr19 47813165 . G A 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.94;QD=58.5774;RBI=0.0596298;REFB=0;REVB=0.0591119;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450286;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:26:7:0:0:26:7:0:0 chr19 47823038 . G A 109.01 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.09857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.762;QD=36.3368;RBI=0.0992442;REFB=0.020176;REVB=0.0115483;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0207744;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:1:0:7:4:1:0 chr19 47823484 . T C 524.07 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429369;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.031;QD=59.8935;RBI=0.0457123;REFB=0;REVB=-0.0156855;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96124e-05;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr19 47823871 . G T 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3271;QD=63.8693;RBI=0.023516;REFB=0;REVB=-0.00473671;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158734;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr19 47844358 . C T 95.17 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0172243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.625;QD=11.1967;RBI=0.0182171;REFB=-0.0140432;REVB=0.00593189;RO=22;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287461;STB=0.67534;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0334268;OID=.;OPOS=47844358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:10:2:8:14:10:2:8:14 chr19 47858424 . G A 364.55 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00274665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.063;QD=18.4581;RBI=0.0269439;REFB=-0.0148857;REVB=0.0268035;RO=41;SAF=14;SAR=24;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00256825;STB=0.501432;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0187515;OID=.;OPOS=47858424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:24:14:15:26:24:14:15:26 chr19 47865911 . A G 106.08 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0118812;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.105;QD=9.42951;RBI=0.0146058;REFB=-0.00925407;REVB=0.00849509;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286623;STB=0.657494;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0228582;OID=.;OPOS=47865911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:32:13:13:0.288889:6:7:9:22:6:7:10:22 chr19 47879279 . G A 289.53 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0541467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.95;QD=16.5447;RBI=0.0553978;REFB=-0.0299819;REVB=0.0117071;RO=38;SAF=17;SAR=14;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098595;STB=0.562461;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0379454;OID=.;OPOS=47879279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:38:31:32:0.457143:14:17:17:21:14:18:17:21 chr19 47933257 . G A 134.63 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00108866;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=201.676;QD=24.4788;RBI=0.0627791;REFB=0.0104089;REVB=-0.0627697;RO=8;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162078;STB=0.590783;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0054044;OID=.;OPOS=47933257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:8:8:14:14:0.636364:7:7:6:2:7:7:6:2 chr19 47935352 . T C 69.27 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0096852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9383;QD=30.7862;RBI=0.0236445;REFB=-0.0180215;REVB=-0.0215698;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00257432;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:1:7:0:0:1:7:1:0 chr19 47980153 . G A 766.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.761;QD=63.8643;RBI=0.0109709;REFB=0;REVB=0.0107686;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88732e-05;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr19 48182787 . C T 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0587;QD=54.5091;RBI=0.0443605;REFB=0;REVB=0.018654;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000465556;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 48183771 . C T 607.79 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.099;QD=56.5385;RBI=0.0428965;REFB=-0.145076;REVB=0.033837;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529397;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00143006;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:0:2:40:41:0.953488:25:15:0:0:25:16:2:0 chr19 48183900 . C T 138.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0525586;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.116;QD=18.5162;RBI=0.0553351;REFB=-0.0187071;REVB=0.017308;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171792;STB=0.571338;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.01361;OID=.;OPOS=48183900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:15:15:15:0.5:9:6:3:11:9:6:4:11 chr19 48198675 . A G 881.24 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0212;QD=57.7864;RBI=0.0974165;REFB=0;REVB=-0.095623;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537847;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:29:32:0:0 chr19 48201986 . T C 47.42 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0184857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.868;QD=3.64748;RBI=0.0569742;REFB=-0.00474312;REVB=-0.0538919;RO=41;SAF=1;SAR=7;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552988;STB=0.889992;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0652767;OID=.;OPOS=48201986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:51:52:41:44:8:8:0.153846:7:1:24:17:7:1:27:17 chr19 48244194 . A G 45.56 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0120615;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.325;QD=6.28376;RBI=0.0767523;REFB=-0.0179879;REVB=-0.0757986;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181028;STB=0.621021;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0401567;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:29:24:22:7:7:0.241379:3:4:10:14:3:4:9:13 chr19 48282077 . C CGCAGCGG 54.67 PASS AF=0.347826;AO=3;DP=29;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0206033;FXX=0.206825;HRUN=0;LEN=7;MLLD=228.688;QD=9.50702;RBI=0.0341084;REFB=-0.0153003;REVB=-0.0271825;RO=25;SAF=0;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611933;STB=0.565057;STBP=0.677;TYPE=ins;VARB=0.041362;OID=.;OPOS=48282078;OREF=-;OALT=GCAGCGG;OMAPALT=CGCAGCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:3:29:8:23:15:4:4:9:6:54:25:0:3:15:10 chr19 48282078 . C G 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0131215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.224;QD=9.84424;RBI=0.0301179;REFB=-0.0248082;REVB=-0.0271093;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164705;STB=0.5998;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0340132;OID=.;OPOS=48282078;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:9:11:4:6:9:11 chr19 48284163 . C T 40.26 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.109897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0232;QD=14.6393;RBI=0.109912;REFB=-0.0816636;REVB=-0.00181562;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757641;STB=0.545304;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0498693;OID=.;OPOS=48284163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:2:3:3:3:2:3 chr19 48389425 . A G 1048.74 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.562;QD=58.2633;RBI=0.049361;REFB=-0.0133047;REVB=0.0418704;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133173;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000169947;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:35:35:1:0:35:36:1:0 chr19 48495304 . G A 257.31 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00669302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8032;QD=14.295;RBI=0.00670814;REFB=0.0199434;REVB=-0.000450091;RO=42;SAF=19;SAR=10;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132808;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0270519;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:29:30:0.416667:10:19:28:14:10:20:28:14 chr19 48495306 . C T 259.45 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.00385358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.322;QD=14.4136;RBI=0.0103954;REFB=-0.0148935;REVB=-0.00965477;RO=42;SAF=20;SAR=9;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181608;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:9:20:28:14:10:20:28:14 chr19 48519241 . C G 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0129507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4204;QD=21.9411;RBI=0.0168502;REFB=-0.0298803;REVB=0.01078;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234772;STB=0.633959;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0107651;OID=.;OPOS=48519241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:5:7:13:3:5:7 chr19 48525467 . G A 94.88 PASS AF=0.227273;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0518297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.915;QD=5.75047;RBI=0.05356;REFB=-0.00375568;REVB=-0.0135037;RO=51;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880808;STB=0.554768;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0124626;OID=.;OPOS=48525467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:66:51:51:15:15:0.227273:9:6:17:34:9:6:17:34 chr19 48525507 . G A 255.33 PASS AF=0.518519;AO=26;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00915221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.922;QD=18.913;RBI=0.0182926;REFB=-0.0112933;REVB=0.0158384;RO=23;SAF=7;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199083;STB=0.619474;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0153377;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:26:26:28:0.518519:19:7:11:12:21:7:12:14 chr19 48543862 . G A 604.58 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218263;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.127;QD=58.9834;RBI=0.0729399;REFB=0.032297;REVB=0.0695977;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-3.20806e-05;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr19 48578044 . TG GT,T 38.13 PASS AF=0,0.298507;AO=3,29;DP=69;FAO=0,20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=0,2;FSAR=0,18;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.00891662,-0.0600452;FXX=0.0289813;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=81.924,10.0076;QD=2.27617;RBI=0.24111,0.266232;REFB=-0.0193039,-0.205742;REVB=-0.240945,-0.259373;RO=31;SAF=0,4;SAR=3,25;SRF=27;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.757686,-0.661138;STB=0.5,0.891235;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.152774;OID=.,.;OPOS=48578044,48578045;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:69:67:31:47:3,29:0,20:0,0.298507:3,25:0,4:27:4:0,18:0,2:30:17 chr19 48598823 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.857;QD=52.6132;RBI=0.0200265;REFB=0;REVB=0.0155339;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126854;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 48601454 . T C,G 734.7 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=48,4;DP=52;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049739,-0.102724;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=99.7295,20.9214;QD=56.5152;RBI=0.0497554,0.105195;REFB=0,0;REVB=0.00127626,0.0226674;RO=0;SAF=25,3;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00515604,-0.0697884;OID=.,.;OPOS=48601454,48601454;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:52:52:0:0:48,4:51,1:0.980769,0.0192308:23,1:25,3:0:0:23,1:28,0:0:0 chr19 48602948 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4985;QD=51.1838;RBI=0.0431265;REFB=0;REVB=0.0174059;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109945;OID=.;OPOS=48602948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 48608598 . C G 73.65 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0167635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8425;QD=9.50351;RBI=0.0363342;REFB=-0.0390147;REVB=-0.032236;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03601;STB=0.51996;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0937423;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:31:19:21:10:10:0.322581:6:4:7:12:6:4:9:12 chr19 48613788 . T G 205.11 PASS AF=0.174107;AO=39;DP=227;FAO=39;FDP=224;FR=.;FRO=185;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=107;FSRR=78;FWDB=-0.02678;FXX=0.0132153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.027;QD=3.66261;RBI=0.0299122;REFB=-0.00781322;REVB=0.0133256;RO=178;SAF=5;SAR=34;SRF=106;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593866;STB=0.871604;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0380925;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:224:178:185:39:39:0.174107:34:5:106:72:34:5:107:78 chr19 48621036 . C G 67.38 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0171503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.551;QD=7.48645;RBI=0.0216547;REFB=-0.0314269;REVB=-0.0132209;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345007;STB=0.694114;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0899387;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:36:36:24:26:10:10:0.277778:5:5:5:19:5:5:6:20 chr19 48622375 . C T 757.27 PASS AF=0.506579;AO=77;DP=152;FAO=77;FDP=152;FR=.;FRO=75;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0062194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.98;QD=19.9281;RBI=0.00807888;REFB=-0.0329807;REVB=-0.00515628;RO=75;SAF=48;SAR=29;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10803;STB=0.559504;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0285124;OID=.;OPOS=48622375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:75:75:77:77:0.506579:29:48:38:37:29:48:38:37 chr19 48622427 . A G 2626.07 PASS AF=1;AO=167;DP=168;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.304;QD=61.7899;RBI=0.0730366;REFB=0;REVB=0.0182894;RO=1;SAF=78;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168521;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:168:170:1:0:167:170:1:89:78:1:0:89:81:0:0 chr19 48654553 . G T 630.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2835;QD=61.4827;RBI=0.0394187;REFB=0;REVB=-0.0244116;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000918212;OID=.;OPOS=48654553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr19 48668795 . G A 128.28 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0242164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4336;QD=20.5247;RBI=0.0848242;REFB=0.0101172;REVB=0.081294;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283868;STB=0.66079;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00419797;OID=.;OPOS=48668795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:3:8:5:9:3:8 chr19 48668830 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00713084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.902;QD=18.1188;RBI=0.0272163;REFB=-0.0190366;REVB=0.0262655;RO=20;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339387;STB=0.695129;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0154183;OID=.;OPOS=48668830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:14:4:11:9:14:4:11:9 chr19 48685877 . G A 358.09 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.012616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.696;QD=22.3809;RBI=0.012832;REFB=-0.0300023;REVB=-0.00234446;RO=28;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210673;STB=0.511621;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0276499;OID=.;OPOS=48685877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:24:12:10:18:24:12:10:18 chr19 48715153 . T C 174.05 PASS AF=0.68;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0224887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.801;QD=27.8481;RBI=0.0241561;REFB=-0.0242955;REVB=0.00881898;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817028;STB=0.53035;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00731037;OID=.;OPOS=48715153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:24:25:7:8:17:17:0.68:12:5:3:4:12:5:3:5 chr19 48734214 . C T 102.45 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0700096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.149;QD=17.8171;RBI=0.0701592;REFB=-0.00303796;REVB=0.00457875;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377853;STB=0.521703;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00622778;OID=.;OPOS=48734214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:5:6:6:6:5:6 chr19 48737706 . A T 280.79 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0376712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.704;QD=28.0789;RBI=0.037709;REFB=0.00263563;REVB=-0.00168807;RO=15;SAF=5;SAR=20;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369265;STB=0.705701;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00179159;OID=.;OPOS=48737706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:20:5:10:5:20:5:10:5 chr19 48800338 . A G 2587.42 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=168;FDP=168;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143023;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.074;QD=61.6053;RBI=0.0144368;REFB=0;REVB=-0.00196565;RO=0;SAF=60;SAR=106;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.47261e-06;OID=.;OPOS=48800338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:168:0:0:166:168:1:106:60:0:0:107:61:0:0 chr19 48800914 . G A 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00730246;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=272.77;QD=49.3975;RBI=0.0261714;REFB=0.0165907;REVB=0.025132;RO=1;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215476;STB=0.511618;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.000755605;OID=.;OPOS=48800914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:21:2:0:1:21:2:0:1 chr19 48823545 . G A 916.37 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0060067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.086;QD=57.2728;RBI=0.00761272;REFB=0;REVB=0.00467686;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674006;OID=.;OPOS=48823545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 48836673 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.901;QD=50.4122;RBI=0.0427165;REFB=0;REVB=-0.0132143;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236516;OID=.;OPOS=48836673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr19 48863386 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.842;QD=60.6089;RBI=0.0228113;REFB=0;REVB=0.0148518;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141879;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr19 48866687 . CG C 60.52 PASS AF=0.64;AO=10;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00928475;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.54874;QD=9.68367;RBI=0.037543;REFB=0.0190498;REVB=-0.0363768;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339319;STB=0.54266;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=0.0204029;OID=.;OPOS=48866688;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:10:25:16:25:9:9:7:4:5:32:9:8:2:4:5 chr19 48949286 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4;QD=55.6545;RBI=0.0642111;REFB=0;REVB=0.0610312;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121037;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 48954395 . C T 484.02 PASS AF=0.412214;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.00604063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.263;QD=14.7791;RBI=0.00742521;REFB=-0.0178499;REVB=-0.00431794;RO=77;SAF=18;SAR=36;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175259;STB=0.598893;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0171696;OID=.;OPOS=48954395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:77:54:54:0.412214:36:18:38:39:36:18:38:39 chr19 48985178 . TA T 1637.03 PASS AF=1;AO=135;DP=142;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292494;FXX=0.0140835;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4973;QD=46.7722;RBI=0.105873;REFB=0;REVB=-0.105833;RO=0;SAF=63;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00055808;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:135:142:140:140:0:67:73:0:0:30:0:63:72:0:0 chr19 49106995 . G A 76.71 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0193525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.8738;QD=12.7847;RBI=0.0381017;REFB=-0.0141843;REVB=-0.032821;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0110598;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:10:4:2:8:10:4 chr19 49116359 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0180897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5101;QD=11.6338;RBI=0.0876477;REFB=-0.012062;REVB=-0.0857606;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.593026;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0151083;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:7:8:7:3:7:9 chr19 49116438 . A G 129.96 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.097851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2573;QD=13.3293;RBI=0.115126;REFB=0.000595707;REVB=-0.0606556;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343179;STB=0.699741;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00797168;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:5:10:8:16:5:10:8:16 chr19 49116555 . A G 280.66 PASS AF=0.923077;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.133184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7025;QD=43.1786;RBI=0.133255;REFB=-0.0546211;REVB=0.00434711;RO=3;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224139;STB=0.533306;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0190578;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:26:3:2:21:24:0.923077:12:9:1:2:14:10:0:2 chr19 49129255 . G A 53.32 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=0.0424677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7914;QD=7.89915;RBI=0.126986;REFB=0.016377;REVB=0.119674;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473626;STB=0.777297;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0252009;OID=.;OPOS=49129255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:17:2:4:4:17:2 chr19 49141406 . AAGAC A 44.75 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0130226;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=255.414;QD=10.5303;RBI=0.0136209;REFB=-0.0145395;REVB=-0.00399244;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.517192;STBP=0.927;TYPE=del;VARB=0.0283833;OID=.;OPOS=49141407;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:6:18:7:17:10:4:3:6:4:44:11:3:3:6:5 chr19 49173879 . G T 256.28 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0335857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.971;QD=22.7806;RBI=0.0725268;REFB=-0.0288114;REVB=0.0642817;RO=20;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511102;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0373512;OID=.;OPOS=49173879;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:21:24:24:0.533333:12:12:10:10:12:12:11:10 chr19 49183284 . G A 118.5 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0173386;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.25;QD=19.7503;RBI=0.0188844;REFB=-0.0330348;REVB=0.00748304;RO=11;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157818;STB=0.591242;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0239569;OID=.;OPOS=49183284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:11:11:13:13:0.541667:11:2:3:8:11:2:3:8 chr19 49183705 . G A 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0263614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1533;QD=22.7218;RBI=0.0271352;REFB=-0.00737906;REVB=-0.00643412;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32223;STB=0.681625;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00646226;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:10:6:15:5:10:6 chr19 49206603 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.623;QD=57.6789;RBI=0.0645623;REFB=0;REVB=0.0481624;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101142;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 49206631 . A T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00139687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.925;QD=18.6369;RBI=0.0121169;REFB=-0.00629577;REVB=0.0120361;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109669;STB=0.562422;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00817673;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:9:7:9:7:9:7:9:7 chr19 49217261 . A G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6022;QD=57.6771;RBI=0.0379128;REFB=0;REVB=-0.0302338;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.67093e-05;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr19 49217305 . A G 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.088;QD=55.5195;RBI=0.0489156;REFB=-0.110178;REVB=0.0447441;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00226655;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:1:0:19:14:1:0 chr19 49244219 . CG AA,CA 619.5 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=39,2;DP=41;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=8,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184827,0.0177282;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=233.5,181.681;QD=60.4385;RBI=0.0197482,0.0247247;REFB=0,0;REVB=0.00695575,0.0172343;RO=0;SAF=31,0;SAR=8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00543168,-0.175276;OID=.,.;OPOS=49244219,49244220;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:41:0:0:39,2:39,2:0.95122,0.0487805:8,2:31,0:0:0:8,2:31,0:0:0 chr19 49247786 . G A 768.97 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.673;QD=54.9262;RBI=0.0684554;REFB=0.0337241;REVB=0.0668209;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=1.07131e-05;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:27:27:1:0:28:27:1:0 chr19 49259529 . A G 920.19 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.433;QD=58.4248;RBI=0.0413057;REFB=0;REVB=0.00206864;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116741;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:20:42:0:0:20:43:0:0 chr19 49261368 . T C 222.83 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.826;QD=49.5186;RBI=0.0380952;REFB=0;REVB=-0.0151227;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25277e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:13:5:0:0 chr19 49299533 . A G 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00348753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.369;QD=16.4202;RBI=0.0093271;REFB=-0.0222633;REVB=0.00865054;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00688244;STB=0.503873;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0239928;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:13:16:19:15:13:16:19:15 chr19 49318334 . GC CG,G 63.04 PASS AF=0,0.323077;AO=3,27;DP=64;FAO=0,21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=0,8;FSAR=0,13;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.035097,-0.12693;FXX=0.0151492;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=135.949,8.67138;QD=3.87963;RBI=0.048944,0.140585;REFB=-0.0239078,-0.185236;REVB=-0.0341133,-0.0604389;RO=30;SAF=3,13;SAR=0,14;SRF=21;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.47459,-0.203901;STB=0.5,0.682105;STBP=1,0.061;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.153041;OID=.,.;OPOS=49318334,49318335;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:64:64:65:30:44:3,27:0,21:0,0.323077:0,14:3,13:21:9:0,13:0,8:29:15 chr19 49416456 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00128712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.429;QD=42.1822;RBI=0.0139386;REFB=0;REVB=0.013879;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119918;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr19 49421966 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00232146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.189;QD=57.2025;RBI=0.00665551;REFB=0;REVB=0.00623752;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55013e-05;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr19 49438363 . G A 537.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.611;QD=59.7261;RBI=0.0633212;REFB=0;REVB=0.0208126;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150989;OID=.;OPOS=49438363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr19 49442933 . T C 210.02 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00230957;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.09;QD=15.5573;RBI=0.00955968;REFB=0.000230284;REVB=-0.0092765;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176678;STB=0.611023;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.000235156;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:30:24:24:0.444444:12:12:10:21:12:12:9:21 chr19 49445774 . C T 305.29 PASS AF=0.478261;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.105054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1822;QD=17.6979;RBI=0.113841;REFB=-0.0320366;REVB=-0.0438554;RO=34;SAF=9;SAR=23;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246938;STB=0.625038;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0312236;OID=.;OPOS=49445774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:34:36:32:33:0.478261:23:9:18:16:23:10:19:17 chr19 49445817 . T C 197.89 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0444552;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.76;QD=26.3854;RBI=0.0607664;REFB=-0.0352977;REVB=0.0414282;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134246;STB=0.574392;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0217019;OID=.;OPOS=49445817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:31:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:3:8:10:9:3:8 chr19 49447713 . G A 166.57 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0180007;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.1796;QD=16.2508;RBI=0.0196271;REFB=-0.0133322;REVB=0.00782296;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270738;STB=0.505488;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.017965;OID=.;OPOS=49447713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:22:23:17:18:0.439024:7:10:13:9:8:10:13:10 chr19 49560461 . G A 105.96 PASS AF=0.541667;AO=10;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.1083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.2464;QD=17.6601;RBI=0.181886;REFB=-0.0598941;REVB=0.146129;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239425;STB=0.616252;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0614544;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:24:13:11:10:13:0.541667:7:3:7:6:9:4:6:5 chr19 49573438 . A G 260.89 PASS AF=0.571429;AO=22;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00862627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.68;QD=24.847;RBI=0.0736625;REFB=-0.0303617;REVB=0.0731557;RO=19;SAF=4;SAR=18;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216222;STB=0.639403;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0368591;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:18:22:24:0.571429:18:4:7:12:20:4:7:11 chr19 49574125 . G C 213.85 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0138561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9525;QD=20.863;RBI=0.0171762;REFB=-0.00277888;REVB=-0.0101503;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841203;STB=0.547127;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00229295;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:14:7:5:15:14:7:5:15 chr19 49621964 . T C 51.0 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0209318;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.986;QD=4.85701;RBI=0.0306797;REFB=-0.00570967;REVB=0.02243;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288329;STB=0.519183;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.033438;OID=.;OPOS=49621964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:34:34:8:8:0.190476:3:5:22:12:3:5:22:12 chr19 49839015 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.34;QD=45.8066;RBI=0.00971942;REFB=0;REVB=-0.00218629;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136803;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr19 49869051 . T G 545.28 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0073277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.561;QD=57.3982;RBI=0.0393254;REFB=-0.0997756;REVB=-0.0386367;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00147766;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:37:37:0.973684:25:12:0:0:25:12:0:1 chr19 49878115 . G A 734.2 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00961335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.237;QD=61.1834;RBI=0.0364824;REFB=-0.0754682;REVB=0.035193;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00376864;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:22:24:0:1:22:25:0:1 chr19 49878196 . G A 252.29 PASS AF=0.509804;AO=18;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0163649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.532;QD=19.7876;RBI=0.0916679;REFB=-0.029148;REVB=0.0901953;RO=25;SAF=16;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49718;STB=0.548249;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0260512;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:18:26:0.509804:2:16:13:12:10:16:13:12 chr19 49894152 . C T 1328.25 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0547553;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.558;QD=61.0691;RBI=0.0578048;REFB=-0.0678226;REVB=0.0185272;RO=0;SAF=31;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507935;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000258716;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:0:1:86:86:0.988506:55:31:0:0:55:31:1:0 chr19 49899076 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.404;QD=57.6799;RBI=0.0179879;REFB=0;REVB=0.0100204;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84492e-05;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr19 49901318 . T C 347.57 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3717;QD=51.4925;RBI=0.026568;REFB=-0.104564;REVB=-0.00400787;RO=1;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00244829;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:18:8:1:0:18:8:1:0 chr19 49930721 . T C 704.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5556;QD=62.6446;RBI=0.0336215;REFB=0;REVB=0.0335336;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171657;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:19:26:0:0 chr19 49932762 . G T 382.4 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0059055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9983;QD=52.7451;RBI=0.0164489;REFB=0.00334216;REVB=0.0153522;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000906025;OID=.;OPOS=49932762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:11:17:0:0:11:17:0:1 chr19 49950298 . C T 138.33 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00767697;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5099;QD=9.70767;RBI=0.0283004;REFB=0.00379741;REVB=-0.0272392;RO=39;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137165;STB=0.604287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0216923;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:38:18:19:0.333333:8:10:17:22:8:11:16:22 chr19 49950356 . C G 68.22 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.011243;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.7211;QD=5.68516;RBI=0.0916599;REFB=-0.0227056;REVB=-0.0909678;RO=38;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589246;STB=0.538383;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0750364;OID=.;OPOS=49950356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:7:3:13:25:7:3:13:25 chr19 49954803 . C T 210.12 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00675369;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.593;QD=13.7782;RBI=0.00949937;REFB=-0.021305;REVB=-0.00668025;RO=35;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335968;STB=0.699569;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0318055;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:36:25:25:0.409836:18:7:21:14:18:7:22:14 chr19 49954807 . T G 277.21 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0762826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8799;QD=18.4808;RBI=0.0781125;REFB=-0.00986796;REVB=0.0168084;RO=30;SAF=8;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301843;STB=0.677601;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0192289;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:28:30:0.5:20:8:18:12:22:8:18:12 chr19 49964977 . C G 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0259081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.985;QD=14.2699;RBI=0.0382106;REFB=-0.00920034;REVB=-0.0280859;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219411;STB=0.633077;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0206859;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:33:24:24:0.421053:9:15:13:19:9:15:13:20 chr19 49967680 . G A 209.68 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0301559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1598;QD=18.6381;RBI=0.0302239;REFB=0.0141891;REVB=-0.00202665;RO=24;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258549;STB=0.64583;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0174462;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:9:12:7:17:9:12:7:17 chr19 50038017 . C T 63.0 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0132753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.23;QD=13.9995;RBI=0.0165979;REFB=-0.0314876;REVB=-0.00996278;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490059;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0180395;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:18:8:9:7:8:0.444444:4:3:3:5:4:4:4:5 chr19 50045864 . A G 159.75 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00976346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.782;QD=17.7498;RBI=0.0115602;REFB=-0.0151116;REVB=-0.00618966;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259529;STB=0.553204;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0145139;OID=.;OPOS=50045864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:19:16:17:0.472222:6:10:13:7:7:10:13:6 chr19 50098072 . C T 277.29 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0282725;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.972;QD=26.4089;RBI=0.0355153;REFB=-0.0195732;REVB=0.0214943;RO=16;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181102;STB=0.575757;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00551008;OID=.;OPOS=50098072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:17:24:25:0.595238:12:12:12:4:12:13:12:5 chr19 50156896 . T C 435.06 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00621641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.968;QD=54.3827;RBI=0.0125702;REFB=0.00602166;REVB=0.0109255;RO=1;SAF=16;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282472;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000803668;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:14:16:1:0:15:16:1:0 chr19 50162909 . C G 314.97 PASS AF=0.571429;AO=30;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00616512;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.107;QD=22.4979;RBI=0.026923;REFB=-0.0310215;REVB=-0.0262076;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224719;STB=0.639445;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0133783;OID=.;OPOS=50162909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:24:30:32:0.571429:10:20:10:15:10:22:9:15 chr19 50185351 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0141348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.342;QD=14.7014;RBI=0.054033;REFB=0.00373879;REVB=-0.0521514;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234649;STB=0.638051;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00480384;OID=.;OPOS=50185351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:3:9:8:7:3:9:8:7 chr19 50248501 . T C 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00556026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.696;QD=12.1824;RBI=0.00583739;REFB=-0.0270643;REVB=-0.00177726;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302009;STB=0.691952;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0207886;OID=.;OPOS=50248501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:4:6:4:10:4:6:4:11 chr19 50249905 . T C 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.0305041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2481;QD=8.51161;RBI=0.0330538;REFB=0.00759527;REVB=-0.0127301;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248866;STB=0.649094;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0400382;OID=.;OPOS=50249905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:4:6:19:5:4:6:19:5 chr19 50249950 . C T 50.53 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00771618;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9385;QD=3.54563;RBI=0.0184712;REFB=-0.0250965;REVB=-0.0167823;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323122;STB=0.692192;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.113926;OID=.;OPOS=50249950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:56:57:46:47:10:10:0.175439:7:3:26:20:7:3:25:22 chr19 50250401 . C T 142.25 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0201316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.844;QD=15.3788;RBI=0.0202042;REFB=-0.00899057;REVB=-0.00171207;RO=21;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872643;STB=0.532831;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0106418;OID=.;OPOS=50250401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:7:8:13:8:7:9:13:8 chr19 50306198 . G T 243.87 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0271953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.4;QD=17.4195;RBI=0.0330422;REFB=-0.0286379;REVB=0.018767;RO=27;SAF=21;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136206;STB=0.583267;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0219659;OID=.;OPOS=50306198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:29:26:27:0.482143:5:21:19:8:6:21:19:10 chr19 50383591 . A G 761.71 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.007;QD=63.4761;RBI=0.0312574;REFB=0;REVB=-0.00145047;RO=0;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138681;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:36:11:0:0:37:11:0:0 chr19 50383636 . T C 195.51 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0635689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.361;QD=19.0743;RBI=0.0635757;REFB=-0.0429187;REVB=-0.000932595;RO=21;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242105;STB=0.646219;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0420207;OID=.;OPOS=50383636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:16:3:7:14:17:3:7:14 chr19 50387759 . C T 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00583102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.508;QD=17.1669;RBI=0.00617278;REFB=-0.0206523;REVB=-0.00202544;RO=32;SAF=19;SAR=10;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308174;STB=0.517315;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0214426;OID=.;OPOS=50387759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:10:19:20:12:10:19:20:12 chr19 50399384 . GCCCCTC CGCCCTC,GCCCCCT,GCCCCCTC 239.81 PASS AF=0.0144928,0,0.521739;AO=5,4,26;DP=70;FAO=1,0,36;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=1,0,13;FSAR=0,0,23;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0681164,-0.0535468,0.09233;FXX=0;HRUN=1,1,4;LEN=2,2,1;MLLD=139.137,19.1783,15.678;QD=13.9019;RBI=0.0708556,0.0871581,0.157013;REFB=0.00523477,0.00350011,0.00869191;REVB=-0.019511,0.0687697,0.126997;RO=33;SAF=5,4,8;SAR=0,0,18;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.70237,0.666402,-0.0292652;STB=0.991641,0.5,0.522714;STBP=0.248,1,0.718;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0.120406,0.123128,0.0319293;OID=.,.,.;OPOS=50399384,50399389,50399385;OREF=GC,TC,-;OALT=CG,CT,C;OMAPALT=CGCCCTC,GCCCCCT,GCCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:70:69:33:32:5,4,26:1,0,36:0.0144928,0,0.521739:0,0,18:5,4,8:11:22:0,0,23:1,0,13:13:19 chr19 50411742 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.255;QD=56.19;RBI=0.0345011;REFB=0;REVB=0.00947158;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024209;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr19 50412417 . G A 160.28 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.314;QD=45.7928;RBI=0.134191;REFB=0;REVB=0.126942;RO=0;SAF=13;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153233;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:1:13:0:0:1:13:0:0 chr19 50455180 . C T 145.14 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0508034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.166;QD=44.6595;RBI=0.0509597;REFB=0;REVB=-0.00398796;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00266756;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 50464023 . C G 399.16 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0136399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4792;QD=23.8302;RBI=0.0183012;REFB=-0.0328907;REVB=-0.0122019;RO=27;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596377;STB=0.539504;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0107118;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:19:20:16:11:19:20:17:11 chr19 50474571 . A G 87.93 PASS AF=0.769231;AO=9;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00537461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5549;QD=27.0539;RBI=0.0889112;REFB=-0.061688;REVB=-0.0887486;RO=3;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496942;STB=0.538385;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0231696;OID=.;OPOS=50474571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:3:3:9:10:0.769231:4:5:2:1:5:5:2:1 chr19 50475114 . G C 276.21 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0486313;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5764;QD=52.6119;RBI=0.0566179;REFB=0;REVB=0.0289927;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108305;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr19 50484234 . G A 525.69 PASS AF=0.456;AO=56;DP=126;FAO=57;FDP=125;FR=.;FRO=68;FSAF=39;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0306833;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8451;QD=16.822;RBI=0.0317728;REFB=-0.0259613;REVB=0.00824895;RO=67;SAF=38;SAR=18;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103343;STB=0.566241;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0283657;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:67:68:56:57:0.456:18:38:39:28:18:39:39:29 chr19 50485454 . A G 192.77 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0969304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7461;QD=16.4056;RBI=0.0997715;REFB=-0.00618098;REVB=-0.0236399;RO=27;SAF=13;SAR=7;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222387;STB=0.512748;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0112937;OID=.;OPOS=50485454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:7:13:17:10:7:13:17:10 chr19 50510989 . ACAG ACCC 118.97 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0148989;FXX=0.131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=167.907;QD=7.21019;RBI=0.0149097;REFB=-0.00746853;REVB=0.000567476;RO=40;SAF=10;SAR=2;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26072;STB=0.681471;STBP=0.224;TYPE=mnp;VARB=0.0242796;OID=.;OPOS=50510991;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818:12:70:12:66:48:10:2:32:16:74:40:10:2:27:13 chr19 50510999 . TT AC 40.26 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=26;FWDB=-0.0214436;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.132;QD=2.01312;RBI=0.0214719;REFB=-0.00470537;REVB=-0.00110168;RO=60;SAF=8;SAR=1;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435665;STB=0.802169;STBP=0.084;TYPE=mnp;VARB=0.0593755;OID=.;OPOS=50510999;OREF=TT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:70:80:60:71:9:9:0.1125:1:8:35:25:1:8:45:26 chr19 50562372 . T C 528.54 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00122834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.013;QD=52.8537;RBI=0.0174533;REFB=-0.0657513;REVB=0.01741;RO=3;SAF=20;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178195;STB=0.509532;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00420606;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:17:20:2:1:17:20:2:1 chr19 50562459 . T G 866.73 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00905297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.775;QD=57.7821;RBI=0.0106093;REFB=0;REVB=0.00553176;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124035;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr19 50666392 . GCC G,GC 110.89 PASS AF=0,0.833333;AO=3,15;DP=25;FAO=0,20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=0,18;FSAR=0,2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0787438,-0.148795;FXX=0.039984;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=13.0389,10.136;QD=18.4811;RBI=0.167917,0.273447;REFB=-0.00439197,-0.00490893;REVB=0.148309,0.229419;RO=6;SAF=3,14;SAR=0,1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.637446,0.348728;STB=0.5,0.562431;STBP=1,0.401;TYPE=del,del;VARB=0.0354757,0.0133691;OID=.,.;OPOS=50666393,50666393;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.833333:3,15:25:0,20:24:4:0,18:0,2:3:1:14:6:3,14:0,1:4:2 chr19 50726570 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0335796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.896;QD=12.8686;RBI=0.0336088;REFB=-0.0304975;REVB=-0.00140037;RO=16;SAF=1;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545373;STB=0.832592;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0274895;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:10:1:8:8:10:1:8:8 chr19 50760716 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.018;QD=54.5176;RBI=0.0601654;REFB=0;REVB=-0.0326965;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210578;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr19 50762418 . A G 126.78 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00899452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.152;QD=19.5052;RBI=0.0902234;REFB=-0.0166995;REVB=-0.0897739;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312417;STB=0.677173;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0339373;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:9:3:9:5:9:3 chr19 50771609 . G A 64.86 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0313712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.801;QD=10.377;RBI=0.0383933;REFB=-0.00828072;REVB=-0.0221335;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250529;STB=0.515118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.035406;OID=.;OPOS=50771609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:5:11:6:3:5:11 chr19 50796905 . G A 187.98 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0143807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.61;QD=13.4271;RBI=0.0230955;REFB=-0.00475983;REVB=0.018072;RO=32;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506003;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00615641;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:22:23:0.410714:12:10:13:19:13:10:14:19 chr19 50863023 . A G 219.85 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0282938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.175;QD=17.5877;RBI=0.0420594;REFB=-0.0104037;REVB=-0.03112;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223682;STB=0.620292;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0196366;OID=.;OPOS=50863023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:16:6:13:14:16:6:13:15 chr19 50865535 . A G 87.94 PASS AF=0.666667;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0348738;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.203;QD=23.4514;RBI=0.0383984;REFB=-0.0297411;REVB=0.0160703;RO=6;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.538382;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0188291;OID=.;OPOS=50865535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:15:6:5:9:10:0.666667:6:3:3:3:7:3:2:3 chr19 50881066 . G T 110.68 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000778031;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.919;QD=15.2657;RBI=0.024387;REFB=-0.0252877;REVB=0.0243746;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206184;STB=0.521244;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0210624;OID=.;OPOS=50881066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:7:16:13:13:0.448276:7:6:3:4:7:6:8:8 chr19 50881825 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0537841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.907;QD=8.81109;RBI=0.0574702;REFB=-0.0304029;REVB=0.0202507;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61859;STB=0.876102;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0133492;OID=.;OPOS=50881825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:9:2:5:1:9:2 chr19 50881832 . G C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.000918385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.803;QD=8.8111;RBI=0.0343209;REFB=-0.0326324;REVB=-0.0343086;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61859;STB=0.876102;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0267504;OID=.;OPOS=50881832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:9:2:5:1:9:2 chr19 50926264 . T C 229.06 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00219118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.812;QD=22.3472;RBI=0.00956839;REFB=-0.0027725;REVB=-0.00931412;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248172;STB=0.625708;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00212457;OID=.;OPOS=50926264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:19:22:22:0.536585:9:13:5:13:9:13:6:13 chr19 50954584 . C T 96.19 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0384177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.822;QD=12.0243;RBI=0.0601597;REFB=-0.0120586;REVB=-0.0462955;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242187;STB=0.642627;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0230565;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:5:7:7:13:5:7:7:13 chr19 50957397 . G A 476.65 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0173134;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.397;QD=21.6658;RBI=0.0173333;REFB=-0.00496707;REVB=0.000830113;RO=41;SAF=32;SAR=14;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832786;STB=0.541742;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00339119;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:42:46:46:0.522727:14:32:25:16:14:32:26:16 chr19 50965272 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.120831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7152;QD=7.04735;RBI=0.121785;REFB=-0.00588724;REVB=0.0152137;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133332;STB=0.583139;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0179912;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:6:16:5:3:6:16 chr19 50967640 . G A 94.13 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0255819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.699;QD=9.90848;RBI=0.0608509;REFB=0.00019234;REVB=0.0552123;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673181;STB=0.552545;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=8.70216e-05;OID=.;OPOS=50967640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:25:26:12:12:0.315789:6:6:11:14:6:6:11:15 chr19 50983930 . C T 53.7 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0375591;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.274;QD=10.228;RBI=0.0493377;REFB=1.21789e-05;REVB=-0.0319925;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0183554;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:21:21:10:12:6:6:0.285714:4:2:5:5:4:2:6:6 chr19 51128661 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.48;QD=49.5991;RBI=0.0258224;REFB=0;REVB=0.007713;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000344762;OID=.;OPOS=51128661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 51133356 . C G 37.06 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0526519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9103;QD=8.23538;RBI=0.0531152;REFB=0.0067998;REVB=0.00700024;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346033;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0246847;OID=.;OPOS=51133356;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:11:12:6:6:0.333333:4:2:4:7:4:2:5:7 chr19 51159571 . T G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.823;QD=46.9601;RBI=0.0253102;REFB=-0.0894721;REVB=0.00180021;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.555497;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00628874;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:16:4:1:0:16:4:1:0 chr19 51170706 . A G 61.55 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0552;QD=35.1693;RBI=0.163816;REFB=0;REVB=0.158346;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165439;OID=.;OPOS=51170706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:2:5:0:0 chr19 51205756 . TC CT,T 59.16 PASS AF=0,0.5;AO=2,14;DP=32;FAO=0,14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0546605,-0.0957557;FXX=0.124961;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=17.4103,9.88661;QD=8.4516;RBI=0.0598691,0.110007;REFB=-0.0865601,-0.156861;REVB=-0.0244242,0.0541507;RO=12;SAF=0,3;SAR=2,11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.433333;SSSB=-0.481962,-0.0416551;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0489838,0.188706;OID=.,.;OPOS=51205756,51205757;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:59:32:28:12:14:2,14:0,14:0,0.5:2,11:0,3:3:9:0,11:0,3:3:11 chr19 51274851 . A C 31.04 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00605041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6798;QD=2.34253;RBI=0.0230148;REFB=-0.00325525;REVB=-0.0222053;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101578;STB=0.565822;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0450851;OID=.;OPOS=51274851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:3:3:27:19:3:3:27:20 chr19 51329195 . CA AC,CAC 31.34 PASS AF=0.08,0.2;AO=3,4;DP=26;FAO=2,5;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1,1;FSAR=1,4;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0442829,-0.0284573;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=62.0298,56.3151;QD=5.01427;RBI=0.0477073,0.0296496;REFB=-0.00492301,-0.00601972;REVB=0.0177484,0.00832341;RO=18;SAF=1,1;SAR=2,3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0719389,-0.0404939;STB=0.74813,0.526207;STBP=0.709,0.982;TYPE=mnp,ins;VARB=0.166039,0.0994011;OID=.,.;OPOS=51329195,51329197;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:26:25:18:18:3,4:2,5:0.08,0.2:2,3:1,1:5:13:1,4:1,1:4:14 chr19 51359497 . T C 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0874354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4417;QD=11.5953;RBI=0.110553;REFB=0.00335906;REVB=-0.0676531;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401094;STB=0.760766;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0143343;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:19:21:12:12:0.363636:9:3:12:7:9:3:14:7 chr19 51359503 . A G 144.65 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00466489;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.333;QD=15.2259;RBI=0.0402821;REFB=-0.0179218;REVB=0.0400111;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363461;STB=0.709421;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.040432;OID=.;OPOS=51359503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:15:7:11:5:15:7 chr19 51379893 . C T 180.83 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0130924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1834;QD=12.9161;RBI=0.0683458;REFB=-0.0142387;REVB=0.0670801;RO=33;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016415;STB=0.516877;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0266636;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:9:13:20:13:9:13:21:13 chr19 51411636 . G T 769.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.186;QD=56.9832;RBI=0.0127495;REFB=0;REVB=-0.00248833;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88747e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:26:27:0:0:27:27:0:0 chr19 51452250 . T A,C 835.31 PASS AF=0.0508475,0.949153;AO=3,56;DP=59;FAO=3,56;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,43;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018912,-0.0160949;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=180.696,227.085;QD=56.6309;RBI=0.0243933,0.0270247;REFB=0,0;REVB=-0.0154068,-0.0217092;RO=0;SAF=3,43;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.60164e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00589314,-0.000846786;OID=.,.;OPOS=51452250,51452250;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:59:59:0:0:3,56:3,56:0.0508475,0.949153:0,13:3,43:0:0:0,13:3,43:0:0 chr19 51485622 . A G 3147.97 PASS AF=1;AO=205;DP=206;FAO=205;FDP=205;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103525;FXX=0.00485413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2533;QD=61.4239;RBI=0.0374163;REFB=0.0200337;REVB=-0.0359556;RO=0;SAF=109;SAR=96;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.04624e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000452712;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:206:205:0:0:205:205:1:96:109:0:0:96:109:0:0 chr19 51487175 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.92;QD=47.8217;RBI=0.0181683;REFB=0;REVB=0.0118805;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168796;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr19 51507020 . T G 250.66 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.013828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3052;QD=14.5311;RBI=0.0467318;REFB=-0.0247194;REVB=-0.044639;RO=39;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821428;STB=0.538895;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0321862;OID=.;OPOS=51507020;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:29:29:0.42029:14:15:17:22:14:15:18:22 chr19 51517731 . A G 785.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000419786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.571;QD=57.1347;RBI=0.0570429;REFB=0;REVB=0.0570414;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33472e-05;OID=.;OPOS=51517731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:26:29:0:0 chr19 51518084 . C T 428.56 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0173195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.493;QD=22.2629;RBI=0.0288273;REFB=-0.00388709;REVB=-0.0230445;RO=35;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921822;STB=0.550701;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00341447;OID=.;OPOS=51518084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:35:35:42:42:0.545455:23:19:12:23:23:19:12:23 chr19 51519236 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00849283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.509;QD=45.8047;RBI=0.0101959;REFB=0;REVB=0.00564165;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65604e-05;OID=.;OPOS=51519236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr19 51519259 . C T 339.97 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.521;QD=54.3947;RBI=0.0734091;REFB=0;REVB=0.0495723;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685627;OID=.;OPOS=51519259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:8:15:0:0:9:16:0:0 chr19 51519346 . G C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0315152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.631;QD=14.6497;RBI=0.0378726;REFB=-0.00558526;REVB=0.021003;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116789;STB=0.567475;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00943304;OID=.;OPOS=51519346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:8:6:6:13:8:6:6:13 chr19 51519364 . T G 428.5 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.107;QD=57.1332;RBI=0.0635376;REFB=0;REVB=-0.0405895;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00222246;OID=.;OPOS=51519364;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:23:30:1:12:11:0:0:19:11:0:0 chr19 51520487 . A C 958.61 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159459;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8261;QD=58.9913;RBI=0.0165096;REFB=0;REVB=0.00427707;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042997;OID=.;OPOS=51520487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:36:29:0:0:36:29:0:0 chr19 51530693 . G A 1516.84 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.892;QD=63.2017;RBI=0.0640461;REFB=0;REVB=0.0454512;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127948;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:93:96:1:37:56:0:0:39:57:0:0 chr19 51535130 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0105408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9903;QD=11.1029;RBI=0.0721648;REFB=-0.00726056;REVB=-0.0713908;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130818;STB=0.578732;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00607423;OID=.;OPOS=51535130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:7:3:3:4:7:3 chr19 51537682 . C A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.539;QD=43.4834;RBI=0.0526141;REFB=0;REVB=0.035964;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894945;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 51566943 . G A 323.41 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0349781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6995;QD=16.8005;RBI=0.0358666;REFB=-0.00421332;REVB=-0.00793345;RO=41;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139917;STB=0.57043;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00666032;OID=.;OPOS=51566943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:42:35:35:0.454545:18:17:14:27:18:17:15:27 chr19 51582802 . C T 1122.43 PASS AF=0.565217;AO=104;DP=183;FAO=104;FDP=184;FR=.;FRO=80;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=3.70767e-05;FXX=0.00540511;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.918;QD=24.4006;RBI=0.00573908;REFB=-0.0390526;REVB=-0.00573896;RO=77;SAF=48;SAR=56;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859174;STB=0.543851;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0281917;OID=.;OPOS=51582802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:77:80:104:104:0.565217:56:48:44:33:56:48:45:35 chr19 51584916 . G A 64.28 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0111695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.815;QD=9.88847;RBI=0.0503119;REFB=-0.0094182;REVB=0.0490564;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357641;STB=0.521691;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0172851;OID=.;OPOS=51584916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:10:7:4:5:10:7 chr19 51584951 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0544712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3393;QD=9.91676;RBI=0.0544872;REFB=-0.0219084;REVB=0.00131912;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10141;STB=0.561271;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.026973;OID=.;OPOS=51584951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:11:6:4:5:11:6 chr19 51628529 . A G 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.000330475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7263;QD=11.8139;RBI=0.0414477;REFB=0.0032338;REVB=0.0414464;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174558;STB=0.602471;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00188174;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:7:16:7:6:7:16 chr19 51630482 . C A 165.67 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0112573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.188;QD=11.4257;RBI=0.0235514;REFB=-0.0219229;REVB=0.0206867;RO=37;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286442;STB=0.666508;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0364946;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:14:7:22:15:14:7:22:15 chr19 51656454 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.878;QD=56.1916;RBI=0.0432655;REFB=0;REVB=0.0166835;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195464;OID=.;OPOS=51656454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:24:4:0:0:24:4:0:0 chr19 51728477 . C T 289.47 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0129397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.887;QD=25.7309;RBI=0.0150785;REFB=-0.0211144;REVB=0.00774115;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119036;STB=0.565987;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0218211;OID=.;OPOS=51728477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:8:11:11:15:8:11 chr19 51835892 . T TG 351.22 PASS AF=1;AO=19;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.1078;QD=36.9705;RBI=0.0557209;REFB=0;REVB=-0.0147849;RO=18;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410291;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00214953;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:38:38:38:0:9:29:0:0:7:18:8:11:0:18 chr19 51841417 . C T 274.19 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0528202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.584;QD=45.6985;RBI=0.0537388;REFB=-0.163535;REVB=0.00989406;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.549954;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00273647;OID=.;OPOS=51841417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:24:24:1:2:22:22:0.916667:9:13:0:1:9:13:0:2 chr19 51843808 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9947;QD=55.6536;RBI=0.0650687;REFB=0;REVB=0.00730676;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103302;OID=.;OPOS=51843808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr19 51844978 . G T 490.22 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.574;QD=56.0254;RBI=0.0220838;REFB=-0.0774238;REVB=0.0175184;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000258939;OID=.;OPOS=51844978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:1:0 chr19 51845367 . T TG 273.86 PASS AF=1;AO=4;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.12732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=8.8321;QD=28.0878;RBI=0.132731;REFB=0;REVB=0.0375108;RO=35;SAF=1;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00257615;OID=.;OPOS=51845368;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:39:39:39:0:22:17:0:0:7:35:1:3:21:14 chr19 51845371 . T G 485.48 PASS AF=0.897436;AO=36;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0740499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7004;QD=49.7926;RBI=0.075461;REFB=0.0133383;REVB=0.0145249;RO=3;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366776;STB=0.536821;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0272499;OID=.;OPOS=51845371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:39:3:4:36:35:0.897436:15:21:1:2:14:21:1:3 chr19 51871195 . G A 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0702043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.514;QD=10.6649;RBI=0.0772288;REFB=-0.0212589;REVB=-0.0321815;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141912;STB=0.584456;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0408866;OID=.;OPOS=51871195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:5:13:6:4:5:13 chr19 51892683 . T C 55.81 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0131461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4166;QD=10.6302;RBI=0.0165135;REFB=-0.0242801;REVB=-0.00999379;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126983;STB=0.602151;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0522009;OID=.;OPOS=51892683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:6:6:5:3:7:6 chr19 51917735 . G A 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00210706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.552;QD=20.0175;RBI=0.00352295;REFB=0.00971522;REVB=0.00282338;RO=17;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046632;STB=0.526287;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0108317;OID=.;OPOS=51917735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:5:13:13:4:5:13:13:4 chr19 51918112 . A G 180.35 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.035394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1013;QD=16.0307;RBI=0.0376585;REFB=-0.00699062;REVB=-0.0128618;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248915;STB=0.661902;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0500793;OID=.;OPOS=51918112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:7:12:9:15:7:12:9:17 chr19 51918135 . G T 144.05 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00604795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.293;QD=15.1633;RBI=0.00956224;REFB=-0.00494281;REVB=-0.00740667;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910968;STB=0.552566;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00839353;OID=.;OPOS=51918135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:8:8:9:13:8:8:9:13 chr19 51919321 . T C 122.39 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0728387;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9008;QD=14.8355;RBI=0.083235;REFB=-0.0199058;REVB=-0.0402815;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17581;STB=0.586084;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0352743;OID=.;OPOS=51919321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:19:14:14:0.424242:6:8:7:11:6:8:8:11 chr19 51920196 . G T 109.46 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=-0.0347355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9773;QD=8.58543;RBI=0.0353065;REFB=-0.0189015;REVB=0.00632389;RO=36;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0897812;STB=0.559921;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0291893;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:36:37:14:14:0.27451:11:3:6:30:11:3:6:31 chr19 51920613 . C T 235.41 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5064;QD=47.0814;RBI=0.16929;REFB=-0.0469729;REVB=0.081807;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014988;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:20:1:0:19:20:1:11:8:1:0:11:9:0:0 chr19 51920619 . G C 46.38 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0171977;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.346;QD=9.76327;RBI=0.0204604;REFB=-0.0132723;REVB=-0.0110844;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184599;STB=0.644727;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0188686;OID=.;OPOS=51920619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:5:6:5:2:6:6 chr19 51920850 . C T 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0379221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5716;QD=22.7168;RBI=0.0425802;REFB=-0.000856672;REVB=0.0193647;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011206;STB=0.50632;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00371338;OID=.;OPOS=51920850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:4:5:8:6:4:5 chr19 51955632 . A T 435.54 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0293729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7036;QD=54.4429;RBI=0.0301452;REFB=-0.0357492;REVB=0.00677961;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00270792;OID=.;OPOS=51955632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr19 51957556 . T C 698.23 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.003;QD=53.71;RBI=0.054274;REFB=0.0157091;REVB=0.00726713;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000479598;OID=.;OPOS=51957556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:52:0:1:48:51:0.980769:29:19:0:0:30:21:0:1 chr19 51960940 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0294696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.771;QD=12.0517;RBI=0.0349263;REFB=-0.00902077;REVB=0.0187454;RO=13;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120736;STB=0.57128;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0126466;OID=.;OPOS=51960940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:3:6:10:3:3:6:10:3 chr19 51983788 . G C 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0117488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.372;QD=14.6688;RBI=0.01313;REFB=-0.0115436;REVB=0.00586188;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127291;STB=0.50724;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0133754;OID=.;OPOS=51983788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:9:23:17:7:9:23 chr19 51984725 . T A 1553.26 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00368852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.771;QD=62.7578;RBI=0.0528093;REFB=-0.111256;REVB=0.0526803;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104236;STB=0.505493;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000534328;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:53:45:1:0:53:45:1:0 chr19 51984727 . A G 1568.36 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.185;QD=64.0149;RBI=0.0340025;REFB=0;REVB=0.0155674;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84082e-05;OID=.;OPOS=51984727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:52:46:0:0:52:46:0:0 chr19 52000624 . T G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0248017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.319;QD=11.1976;RBI=0.0311578;REFB=-0.0257902;REVB=-0.0188596;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492096;STB=0.555459;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0506159;OID=.;OPOS=52000624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:3:9:15:6:3:9:15:7 chr19 52000672 . G A 111.12 PASS AF=0.3;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00614628;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.318;QD=11.112;RBI=0.00910161;REFB=-0.0226305;REVB=-0.00671286;RO=25;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193011;STB=0.52269;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.064828;OID=.;OPOS=52000672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:41:40:25:26:12:12:0.3:5:7:15:10:5:7:16:10 chr19 52001485 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00355517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.051;QD=21.547;RBI=0.00891741;REFB=-0.0456374;REVB=0.00817808;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278298;STB=0.640814;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0224591;OID=.;OPOS=52001485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:10:4:6:3:10:4:6:4 chr19 52002488 . C A 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0215629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.575;QD=10.4738;RBI=0.0392642;REFB=-0.00538306;REVB=-0.0328133;RO=37;SAF=10;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774475;STB=0.545407;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0119097;OID=.;OPOS=52002488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:9:10:22:15:9:10:22:15 chr19 52002729 . G A 186.2 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00925134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.386;QD=15.2004;RBI=0.0509838;REFB=-0.00355273;REVB=0.0501375;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205789;STB=0.606216;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0114034;OID=.;OPOS=52002729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:29:19:20:0.408163:8:11:20:6:9:11:21:8 chr19 52003331 . G C 399.45 PASS AF=0.45283;AO=44;DP=102;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0126576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.427;QD=15.0735;RBI=0.0126779;REFB=-0.00422148;REVB=-0.000716216;RO=58;SAF=24;SAR=20;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808925;STB=0.564846;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00547244;OID=.;OPOS=52003331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:106:58:58:44:48:0.45283:20:24:27:31:20:28:27:31 chr19 52004743 . G A 224.25 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0071272;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.386;QD=18.3059;RBI=0.0267365;REFB=-0.0217814;REVB=0.025769;RO=27;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052726;STB=0.514912;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0364452;OID=.;OPOS=52004743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:9:12:14:13:10:12:14:13 chr19 52004795 . G T 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0303849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.482;QD=16.4077;RBI=0.032314;REFB=-0.00523624;REVB=-0.0109979;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594165;STB=0.523787;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00689728;OID=.;OPOS=52004795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:29:21:21:0.42:10:11:13:15:10:11:14:15 chr19 52032963 . TC T,TG 339.49 PASS AF=0.5,0.444444;AO=15,11;DP=38;FAO=18,16;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=8,9;FSAR=10,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.171025,0.0249756;FXX=0.0526177;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.2324,198.003;QD=37.7205;RBI=0.172347,0.0397209;REFB=0.225615,0.00649446;REVB=-0.0213116,-0.0308864;RO=2;SAF=5,4;SAR=10,7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.5,0;SSEP=0.833333,0;SSSB=-0.0394328,-0.0399473;STB=0.545405,0.562422;STBP=0.311,0.249;TYPE=del,snp;VARB=-0.0258769,0.028693;OID=.,.;OPOS=52032964,52032964;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.5,0.444444:15,11:38:18,16:36:2:8,9:10,7:0:2:99:2:5,4:10,7:1:1 chr19 52033742 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00840599;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.891;QD=11.8818;RBI=0.00850877;REFB=0.000403784;REVB=-0.00131849;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723332;STB=0.542799;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.000680197;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:15:13:6:9:15:13 chr19 52076974 . C T 428.85 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.1;QD=57.18;RBI=0.0424548;REFB=0;REVB=-0.0408922;RO=0;SAF=25;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40368e-05;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:5:25:0:0:5:25:0:0 chr19 52077069 . G A 50.08 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0134409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.358;QD=4.65902;RBI=0.0214462;REFB=0.00159481;REVB=0.0167118;RO=35;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346181;STB=0.720486;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00705526;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:35:35:8:8:0.186047:4:4:27:8:4:4:27:8 chr19 52096033 . GATAAA G 83.03 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422635;FXX=0.1998;HRUN=1;LEN=5;MLLD=309.862;QD=41.5129;RBI=0.0735096;REFB=0;REVB=0.0601453;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00061306;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:8:8:0:3:5:0:0:3:0:3:5:0:0 chr19 52096053 . T A 250.29 PASS AF=1;AO=12;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=25.6855;QD=47.6743;RBI=0.0934192;REFB=0;REVB=-0.0465309;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00967694;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:12:21:1:6:6:0:0:13:8:0:0 chr19 52096270 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.807;QD=39.2067;RBI=0.0772968;REFB=0;REVB=0.00919763;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108051;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr19 52097460 . G GC 394.39 PASS AF=1;AO=4;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179035;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=107.557;QD=41.5148;RBI=0.17904;REFB=0;REVB=-0.00131219;RO=34;SAF=4;SAR=0;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.567721;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00206477;OID=.;OPOS=52097461;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:38:38:38:0:23:15:0:0:3:34:4:0:19:15 chr19 52097461 . A C,T 543.85 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=36,2;DP=39;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21,2;FSAR=15,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00910416,0.0667264;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=150.38,101.245;QD=55.7794;RBI=0.0114808,0.0671017;REFB=-0.0815379,0.0231257;REVB=-0.00699455,-0.00708747;RO=1;SAF=21,2;SAR=15,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.021769,0;STB=0.511621,0.5;STBP=0.51,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000514615,0.183511;OID=.,.;OPOS=52097461,52097461;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:1:1:36,2:36,2:0.923077,0.0512821:15,0:21,2:1:0:15,0:21,2:1:0 chr19 52115645 . G C 657.8 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197257;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.648;QD=59.8003;RBI=0.021999;REFB=-0.164685;REVB=0.00973922;RO=1;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149113;STB=0.507933;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000828803;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:31:12:0:1:31:12:0:1 chr19 52130488 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8308;QD=50.4104;RBI=0.0941241;REFB=0;REVB=-0.0449451;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00421025;OID=.;OPOS=52130488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 52132325 . A T 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.791;QD=58.597;RBI=0.0966159;REFB=0;REVB=0.00376459;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523852;OID=.;OPOS=52132325;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:40:24:0:0:40:24:0:0 chr19 52220351 . G A 163.08 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00823432;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.804;QD=18.1198;RBI=0.0405322;REFB=-0.0296992;REVB=0.039687;RO=18;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237188;STB=0.501637;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0304659;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:19:17:17:0.472222:9:8:8:10:9:8:9:10 chr19 52222552 . G A 401.03 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0294657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.657;QD=24.3047;RBI=0.0305435;REFB=-0.00184445;REVB=0.00804238;RO=27;SAF=15;SAR=24;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157093;STB=0.586244;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00148581;OID=.;OPOS=52222552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:24:15:16:11:24:15:16:11 chr19 52223121 . A G 593.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.719;QD=60.8716;RBI=0.0509728;REFB=0;REVB=0.0491976;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181398;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:12:27:0:0:12:27:0:0 chr19 52223180 . A G 263.16 PASS AF=0.447761;AO=32;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0187728;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.669;QD=15.7111;RBI=0.0212116;REFB=-0.0214319;REVB=-0.00987508;RO=30;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306964;STB=0.61221;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0279297;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:30:37:32:30:0.447761:21:11:21:9:19:11:21:16 chr19 52249211 . T G 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0226778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.481;QD=12.5695;RBI=0.0270816;REFB=0.0111829;REVB=-0.0148031;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283348;STB=0.664337;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.0179643;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:7:19:7:8:7:19 chr19 52249947 . C G 151.08 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0125564;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6598;QD=18.8844;RBI=0.012565;REFB=-0.00180906;REVB=0.000465971;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248496;STB=0.642666;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00355693;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:12:4:8:8:12:4:8:8 chr19 52250216 . A G 972.79 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.502;QD=58.9571;RBI=0.0454949;REFB=0;REVB=0.0207411;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215795;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:38:28:0:0:38:28:0:0 chr19 52327784 . C T 321.06 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.012695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2877;QD=18.8862;RBI=0.0556742;REFB=-0.0192325;REVB=-0.0542075;RO=34;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285912;STB=0.515938;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.014981;OID=.;OPOS=52327784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:34:34:34:0.5:22:12:13:21:22:12:13:21 chr19 52328213 . C A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0405432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.468;QD=15.8391;RBI=0.0448892;REFB=0.00106713;REVB=-0.0192688;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.000994338;OID=.;OPOS=52328213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:2:5:5:3:2:5 chr19 52328616 . T C 35.72 PASS AF=0.230769;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0124231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.437;QD=5.49537;RBI=0.0148485;REFB=-0.00596956;REVB=0.00813282;RO=20;SAF=3;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172816;STB=0.538334;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0174646;OID=.;OPOS=52328616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:20:20:5:6:0.230769:2:3:9:11:3:3:9:11 chr19 52383556 . C A 290.81 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00315132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8565;QD=26.4376;RBI=0.0245052;REFB=-0.034124;REVB=0.0243017;RO=17;SAF=18;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112354;STB=0.56245;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0192393;OID=.;OPOS=52383556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:17:18:25:26:0.590909:7:18:10:7:8:18:10:8 chr19 52383569 . A C 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00343223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.841;QD=23.0012;RBI=0.00591485;REFB=-0.0145275;REVB=0.00481718;RO=22;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231255;STB=0.628649;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00804168;OID=.;OPOS=52383569;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:8:21:10:12:8:21:10:12 chr19 52468203 . T A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0442825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.367;QD=12.9742;RBI=0.0443694;REFB=-0.00305263;REVB=0.00277657;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00737364;OID=.;OPOS=52468203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:10:8:6:6:10:8 chr19 52468587 . G T 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0140531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.312;QD=14.1951;RBI=0.0163184;REFB=-0.00300699;REVB=-0.00829472;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964467;STB=0.50561;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00512855;OID=.;OPOS=52468587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:6:9:13:9:6:9:13:9 chr19 52468998 . A G 39.04 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0267846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.51;QD=11.1553;RBI=0.0562906;REFB=-0.040458;REVB=-0.0495097;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396745;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0297521;OID=.;OPOS=52468998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:8:6:6:0.428571:4:2:5:1:4:2:5:3 chr19 52471872 . A G 279.12 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00449649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.202;QD=21.8915;RBI=0.00470345;REFB=-0.0194592;REVB=-0.00137987;RO=22;SAF=15;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104843;STB=0.558099;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.012663;OID=.;OPOS=52471872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:22:23:27:28:0.54902:12:15:15:7:12:16:16:7 chr19 52472295 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00860057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.241;QD=15.7911;RBI=0.00982014;REFB=-0.00107578;REVB=-0.00473976;RO=39;SAF=19;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07584;STB=0.542829;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00167129;OID=.;OPOS=52472295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:12:19:21:18:12:19:21:18 chr19 52496149 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.027969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.7758;QD=19.9759;RBI=0.0342619;REFB=-0.0152758;REVB=-0.0197891;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131754;OID=.;OPOS=52496149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:13:7:7:13:13:7 chr19 52497250 . G A 71.62 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.020222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3872;QD=19.0998;RBI=0.0626861;REFB=-0.000194493;REVB=-0.0593348;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787225;STB=0.545355;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00568198;OID=.;OPOS=52497250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:4:5:4:2:4:5:4:2 chr19 52497943 . G A 111.7 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0262761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.09;QD=16.548;RBI=0.0311905;REFB=-0.0243119;REVB=0.0168053;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20736;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0293814;OID=.;OPOS=52497943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:5:7:5:9:5:8:5:9 chr19 52506985 . T C 126.83 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0598785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.104;QD=19.5125;RBI=0.0600921;REFB=-0.00420596;REVB=-0.00506317;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152284;STB=0.58609;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0060272;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:3:9:8:6:3:9 chr19 52519608 . C T 205.5 PASS AF=0.512195;AO=20;DP=42;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0524972;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.817;QD=20.049;RBI=0.0549119;REFB=-0.0414688;REVB=0.0161046;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444401;STB=0.535178;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0359123;OID=.;OPOS=52519608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:20:20:21:0.512195:11:9:10:10:12:9:10:10 chr19 52521296 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00391191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.659;QD=18.4834;RBI=0.0107017;REFB=-0.00438504;REVB=0.00996113;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00577485;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:9:12:10:9:9:12 chr19 52537576 . T G 125.82 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00134423;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.635;QD=17.3552;RBI=0.00580909;REFB=-0.00983808;REVB=0.00565143;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115907;STB=0.551651;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00899102;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:16:15:14:14:0.482759:7:7:6:10:7:7:6:9 chr19 52619065 . T C 216.3 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0264845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.189;QD=22.1849;RBI=0.0332718;REFB=-0.0219105;REVB=0.0201391;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234024;STB=0.631451;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0134064;OID=.;OPOS=52619065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:11:7:14:7:11:7 chr19 52658510 . T C 287.1 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5056;QD=52.2002;RBI=0.051704;REFB=0;REVB=0.0175395;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116988;OID=.;OPOS=52658510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr19 52659991 . A G 453.67 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.371;QD=54.99;RBI=0.0224251;REFB=-0.0643425;REVB=-0.00637961;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444006;STB=0.523794;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00459151;OID=.;OPOS=52659991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:22:10:1:0:22:10:1:0 chr19 52660279 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1258;QD=58.1388;RBI=0.0359381;REFB=0;REVB=-0.0358595;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000408864;OID=.;OPOS=52660279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr19 52803669 . CTG C 63.8 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00846821;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.137;QD=9.45116;RBI=0.0199832;REFB=-0.016158;REVB=0.0181002;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098437;STB=0.542765;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.0118914;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:8:27:9:27:18:6:3:13:5:63:17:5:3:12:5 chr19 52825391 . C T 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00418146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.591;QD=9.76267;RBI=0.0823493;REFB=-0.0297046;REVB=-0.0822431;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604779;STB=0.86855;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00899104;OID=.;OPOS=52825391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:3:9:1:6:3:9 chr19 52869022 . G T 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0941202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1883;QD=10.1418;RBI=0.101109;REFB=-0.00761848;REVB=-0.0369374;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511609;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00887063;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:24:25:12:12:0.324324:5:7:14:10:5:7:15:10 chr19 52869278 . G C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0465957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.404;QD=18.8866;RBI=0.0472452;REFB=0.000796518;REVB=-0.00780673;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.000231567;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:2:3:5:3:2:3 chr19 52869997 . C T 192.74 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0146478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1565;QD=22.6748;RBI=0.0197925;REFB=-0.0122826;REVB=-0.013311;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157268;STB=0.603663;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00976959;OID=.;OPOS=52869997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:15:19:19:0.558824:12:7:8:6:12:7:9:6 chr19 52887246 . T TCAA 71.97 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0173471;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.907;QD=9.28582;RBI=0.0185909;REFB=0.00421402;REVB=-0.00668569;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155879;STB=0.595545;STBP=0.53;TYPE=ins;VARB=-0.0104838;OID=.;OPOS=52887247;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322581:10:31:10:31:21:3:7:9:12:71:21:3:7:9:12 chr19 52887282 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0228351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.187;QD=12.7819;RBI=0.0236016;REFB=-0.0108189;REVB=0.00596623;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.526264;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0167893;OID=.;OPOS=52887282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:5:9:6:4:5:9 chr19 52887427 . A C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0195317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.569;QD=18.4438;RBI=0.0235275;REFB=-0.0122895;REVB=0.0131169;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15431;STB=0.589302;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00769677;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:4:5:8:3:4:5 chr19 52887437 . A C 91.52 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=20;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.028347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8469;QD=17.4321;RBI=0.106453;REFB=0.0248811;REVB=0.10261;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.621126;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.0154993;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:20:21:10:10:10:11:0.52381:7:3:5:5:8:3:5:5 chr19 52887600 . CACGA CA,CACAT 48.07 PASS AF=0.307692,0.230769;AO=4,3;DP=12;FAO=4,3;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1,0;FSAR=3,3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0160441,0.013944;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=165.009,145.443;QD=14.7898;RBI=0.017373,0.0140758;REFB=-0.00850021,0.00112755;REVB=0.00666402,-0.00192187;RO=5;SAF=1,0;SAR=3,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.15474,-0.658479;STB=0.665777,0.99556;STBP=0.471,0.126;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0287529,0.0219829;OID=.,.;OPOS=52887601,52887603;OREF=ACG,GA;OALT=-,AT;OMAPALT=CA,CACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692,0.230769:4,3:12:4,3:13:6:1,0:3,3:3:3:26:5:1,0:3,3:2:3 chr19 52887904 . T C 38.18 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0169381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5807;QD=10.1818;RBI=0.0213637;REFB=-0.0261397;REVB=-0.0130196;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503774;STB=0.812863;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0433732;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:3:6:1:5:3:6 chr19 52888048 . G A 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0454836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.024;QD=15.2921;RBI=0.0492852;REFB=-0.00175181;REVB=-0.0189807;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509498;OID=.;OPOS=52888048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr19 52888210 . T C 88.25 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.311;QD=39.2229;RBI=0.031064;REFB=0;REVB=0.0237714;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000929759;OID=.;OPOS=52888210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:7:2:0:0 chr19 52905311 . G A 177.5 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.00507502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.691;QD=14.4901;RBI=0.00598642;REFB=-0.00878047;REVB=0.00317512;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910018;STB=0.552274;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0189457;OID=.;OPOS=52905311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:14:5:6:24:14:5:6:24 chr19 52917590 . G A 63.17 PASS AF=0.25;AO=3;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0415401;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4666;QD=9.02481;RBI=0.0509172;REFB=-0.0190196;REVB=0.0294446;RO=16;SAF=3;SAR=0;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615578;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0532313;OID=.;OPOS=52917590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:29:28:16:19:3:7:0.25:0:3:8:8:4:3:10:9 chr19 52919119 . A G 66.8 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0189044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6541;QD=12.7229;RBI=0.0312275;REFB=-0.0324035;REVB=0.0248553;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0689862;OID=.;OPOS=52919119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:6:6:4:5:6:6 chr19 52934741 . A C 61.44 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00662186;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.27;QD=6.14403;RBI=0.00665019;REFB=-0.0070805;REVB=-0.000613245;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859985;STB=0.571265;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0316497;OID=.;OPOS=52934741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:41:40:30:31:9:9:0.225:6:3:12:18:6:3:13:18 chr19 52934751 . A G 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0255826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.365;QD=7.04902;RBI=0.0278452;REFB=-0.00411909;REVB=0.0109948;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169236;STB=0.525721;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0187796;OID=.;OPOS=52934751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:29:30:10:10:0.25:6:4:12:17:6:4:13:17 chr19 52934778 . G C 42.3 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0452826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.029;QD=4.70041;RBI=0.048213;REFB=-0.0124871;REVB=-0.0165523;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181373;STB=0.51216;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0575561;OID=.;OPOS=52934778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:4:3:12:17:4:3:12:17 chr19 52937339 . G A 54.35 PASS AF=0.32;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00950524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7227;QD=8.69538;RBI=0.0540016;REFB=-0.0192719;REVB=0.0531584;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871158;STB=0.585139;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0455391;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:17:17:7:8:0.32:5:2:6:11:6:2:6:11 chr19 52938361 . C A 1044.83 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00583522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8877;QD=58.0464;RBI=0.0465108;REFB=-0.0324263;REVB=-0.0461433;RO=1;SAF=29;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160235;STB=0.508472;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.001682;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:41:29:1:0:42:29:1:0 chr19 52938364 . C T 168.76 PASS AF=0.323944;AO=22;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00654252;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3459;QD=9.50737;RBI=0.0193665;REFB=-0.0175682;REVB=0.0182279;RO=47;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751916;STB=0.564145;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0402033;OID=.;OPOS=52938364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:48:22:23:0.323944:14:8:20:27:15:8:21:27 chr19 52938417 . A G 694.29 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0741241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5578;QD=49.5924;RBI=0.0741392;REFB=-0.1342;REVB=0.00149917;RO=1;SAF=20;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229661;STB=0.533321;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00389701;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:56:56:1:3:52:53:0.946429:32:20:1:0:32:21:3:0 chr19 52938459 . A G 618.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215224;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6513;QD=61.8573;RBI=0.0219296;REFB=0;REVB=0.00420623;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00029835;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr19 52941171 . T C 675.38 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0364799;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.2601;QD=58.7283;RBI=0.0527057;REFB=-0.136043;REVB=-0.0380408;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5098;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00861716;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:44:45:0.978261:20:24:0:0:20:25:1:0 chr19 52941540 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.452;QD=37.4885;RBI=0.00853291;REFB=0;REVB=0.00572641;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.98522e-06;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 52941847 . A T 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.837;QD=51.1781;RBI=0.0339702;REFB=0;REVB=-0.0310193;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45751e-05;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 52942159 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.028;QD=37.4884;RBI=0.0360892;REFB=0;REVB=0.0228413;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000781139;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr19 52942445 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.632;QD=35.5758;RBI=0.0458118;REFB=0;REVB=0.0233064;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178231;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr19 52942495 . G A 123.37 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0828825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.434;QD=37.9586;RBI=0.0971313;REFB=-0.152669;REVB=0.0506456;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128042;STB=0.571302;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00855919;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:1:0:9:3:1:0 chr19 52954474 . C T 659.81 PASS AF=0.458065;AO=69;DP=152;FAO=71;FDP=155;FR=.;FRO=84;FSAF=55;FSAR=16;FSRF=54;FSRR=30;FWDB=0.0142671;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.647;QD=17.0273;RBI=0.0217353;REFB=-0.0118442;REVB=-0.0163973;RO=83;SAF=53;SAR=16;SRF=54;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146736;STB=0.591923;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00924;OID=.;OPOS=52954474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:83:84:69:71:0.458065:16:53:54:29:16:55:54:30 chr19 52954507 . T C 952.27 PASS AF=0.502674;AO=92;DP=186;FAO=94;FDP=187;FR=.;FRO=93;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=64;FSRR=29;FWDB=-0.00996662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.84;QD=20.3693;RBI=0.0194423;REFB=-0.0234892;REVB=-0.0166934;RO=93;SAF=56;SAR=36;SRF=64;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778201;STB=0.548594;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.022717;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:187:93:93:92:94:0.502674:36:56:64:29:38:56:64:29 chr19 53014346 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00481157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.555;QD=51.912;RBI=0.0158229;REFB=0;REVB=0.0150735;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146737;OID=.;OPOS=53014346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr19 53015487 . AG A 95.32 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0586453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.9667;QD=14.6648;RBI=0.0631715;REFB=0.0242157;REVB=-0.0234812;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277455;STB=0.659749;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=-0.0347921;OID=.;OPOS=53015488;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:14:26:14:26:12:11:3:6:6:72:12:11:3:6:6 chr19 53016129 . G A 167.42 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2653;QD=41.8559;RBI=0.0310892;REFB=-0.0101968;REVB=-0.0188217;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.526281;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00321899;OID=.;OPOS=53016129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:14:15:0.9375:8:6:0:1:9:6:0:1 chr19 53056953 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00968286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.726;QD=15.9167;RBI=0.0187552;REFB=-0.0137954;REVB=0.0160624;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0126557;OID=.;OPOS=53056953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:8:7:5:8:8:7 chr19 53077411 . T C 804.31 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0551695;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.418;QD=55.4699;RBI=0.0551843;REFB=-0.188305;REVB=-0.00127842;RO=2;SAF=29;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314166;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0146276;OID=.;OPOS=53077411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:2:1:57:57:0.982759:28:29:2:0:28:29:1:0 chr19 53085658 . A AT 236.1 PASS AF=1;AO=3;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00904303;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=115.939;QD=44.9714;RBI=0.0216701;REFB=0;REVB=0.019693;RO=16;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000208035;OID=.;OPOS=53085659;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:21:21:21:0:9:12:0:0:4:16:1:2:8:8 chr19 53085659 . C T 171.68 PASS AF=0.809524;AO=16;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.018505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.017;QD=32.7017;RBI=0.0292504;REFB=0.00740511;REVB=0.0226529;RO=4;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906511;STB=0.542324;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00169002;OID=.;OPOS=53085659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:21:21:4:4:16:17:0.809524:8:8:1:3:9:8:1:3 chr19 53085813 . T C 110.76 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.04;QD=40.2748;RBI=0.0399278;REFB=0;REVB=-0.0059376;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433837;OID=.;OPOS=53085813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:2:8:0:0:2:9:0:0 chr19 53086124 . C A 446.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.127;QD=57.6738;RBI=0.0150299;REFB=0;REVB=-0.0034281;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110231;OID=.;OPOS=53086124;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:13:17:0:0:14:17:0:0 chr19 53086598 . G A 50.07 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.0561;QD=33.3802;RBI=0.158301;REFB=0;REVB=-0.116062;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832111;OID=.;OPOS=53086598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr19 53209553 . GG AT 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0479664;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=169.131;QD=13.9591;RBI=0.0488683;REFB=-0.0135986;REVB=-0.00934517;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=mnp;VARB=0.00704015;OID=.;OPOS=53209553;OREF=GG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:3:4:2:4:3:4:3:4 chr19 53270384 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.295;QD=57.6781;RBI=0.0237458;REFB=0;REVB=-0.0051332;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112492;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 53303527 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00226637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.426;QD=43.486;RBI=0.0351017;REFB=0;REVB=0.0350285;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515165;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 53303890 . C G 120.2 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897324;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.853;QD=43.7096;RBI=0.105543;REFB=0;REVB=0.0555644;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287225;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr19 53304563 . T C 427.6 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0281329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.248;QD=51.8298;RBI=0.0404971;REFB=0.0536913;REVB=0.02913;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466135;STB=0.524984;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00453496;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:0:2:19:12:0:2 chr19 53321171 . G A 320.51 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00664144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.22;QD=27.2773;RBI=0.00956105;REFB=-0.0229057;REVB=-0.00687786;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018837;STB=0.510393;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0169043;OID=.;OPOS=53321171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:11:17:12:7:11:17:12:7 chr19 53384185 . C T 411.57 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.628;QD=56.7689;RBI=0.0134517;REFB=0;REVB=-0.00184232;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58459e-05;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr19 53391453 . T C 109.24 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0611099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7001;QD=36.4146;RBI=0.140572;REFB=-0.162452;REVB=0.126594;RO=1;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471711;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.033779;OID=.;OPOS=53391453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:1:9:1:0:2:9:1:0 chr19 53453777 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00169716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.051;QD=17.6438;RBI=0.0179163;REFB=-0.00777114;REVB=0.0178357;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174375;STB=0.599799;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00438473;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:1:6:6:3:1:6 chr19 53454387 . G C 116.47 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00183403;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.863;QD=17.919;RBI=0.0169205;REFB=-0.0156986;REVB=0.0168208;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171008;STB=0.596881;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0103336;OID=.;OPOS=53454387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:4:9:11:2:4:9:11:2 chr19 53454475 . C CACT 349.07 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255322;FXX=0.0740466;HRUN=0;LEN=3;MLLD=229.765;QD=55.8509;RBI=0.0275367;REFB=0;REVB=-0.010314;RO=4;SAF=16;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.76328e-05;OID=.;OPOS=53454476;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=CACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:31:25:25:0:17:8:0:0:4:4:16:7:4:0 chr19 53454789 . A T 180.4 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0493168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.775;QD=16.0353;RBI=0.072046;REFB=-0.0186941;REVB=-0.0525212;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184768;STB=0.606926;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0228425;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:11:15:14:5:11:15 chr19 53518178 . C G 52.69 PASS AF=0.228571;AO=6;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0505675;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=206.753;QD=6.02197;RBI=0.0510109;REFB=-0.00830209;REVB=0.0067111;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295833;STB=0.503807;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0359699;OID=.;OPOS=53518178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:35:35:19:27:6:8:0.228571:1:5:12:7:3:5:17:10 chr19 53553125 . C T 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=1.17435e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.483;QD=16.8839;RBI=0.00393382;REFB=0.00182342;REVB=0.0039338;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0788801;STB=0.545393;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00218849;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:10:5:7:10:10:5:7:10 chr19 53553686 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0167879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.291;QD=15.3789;RBI=0.0276077;REFB=-0.00480923;REVB=-0.0219168;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39572;STB=0.725286;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0048197;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:2:12:5:7:2:12 chr19 53576589 . C G 676.02 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231009;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2185;QD=62.8855;RBI=0.0241283;REFB=0;REVB=0.00696611;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287905;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr19 53577419 . G C 624.72 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0791273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.261;QD=56.7923;RBI=0.0871046;REFB=0.0225523;REVB=-0.0364154;RO=2;SAF=14;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624129;STB=0.531235;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0112939;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:41:42:0.954545:27:14:2:0:27:15:2:0 chr19 53612311 . T C 206.33 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.889;QD=48.5471;RBI=0.0862195;REFB=0;REVB=0.0854594;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514963;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr19 53612720 . T C 95.42 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0392894;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.709;QD=19.0831;RBI=0.0441432;REFB=-0.0204986;REVB=0.0201237;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320985;STB=0.685364;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0191231;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:20:20:9:9:11:11:0.55:3:8:3:6:3:8:3:6 chr19 53612745 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.003;QD=49.5986;RBI=0.00907322;REFB=0;REVB=-0.00761293;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.36227e-05;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 53612757 . T G 229.51 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0555653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7142;QD=45.9015;RBI=0.127154;REFB=0.0270866;REVB=0.114371;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00231991;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:5:13:1:0:6:13:1:0 chr19 53612989 . A G 292.39 PASS AF=0.577778;AO=25;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0126364;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5772;QD=25.9898;RBI=0.0131396;REFB=-0.00684976;REVB=-0.00360138;RO=19;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928746;STB=0.557332;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00538928;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:25:26:0.577778:16:9:9:10:17:9:9:10 chr19 53667804 . C T 902.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.777;QD=58.2187;RBI=0.0316906;REFB=0;REVB=-0.0177894;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175578;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:24:37:0:0:25:37:0:0 chr19 53667913 . A G 652.57 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=57;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0306102;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.0746;QD=47.4594;RBI=0.0343328;REFB=-0.0495427;REVB=0.0155484;RO=5;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10898;STB=0.558116;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0099095;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:57:55:5:5:50:50:0.909091:19:31:0:5:19:31:0:5 chr19 53667940 . A G 693.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163888;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.908;QD=63.0413;RBI=0.0164147;REFB=0;REVB=0.000922164;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90097e-05;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:19:25:0:0 chr19 53669273 . T C 178.87 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.459;QD=39.7495;RBI=0.0274676;REFB=-0.115532;REVB=0.0221436;RO=2;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225438;STB=0.624826;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00218866;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:18:2:2:16:16:0.888889:13:3:2:0:13:3:2:0 chr19 53669492 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.884;QD=51.1846;RBI=0.0185072;REFB=0;REVB=0.0103825;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161038;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 53727097 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.985;QD=44.6897;RBI=0.0134575;REFB=0;REVB=-0.00517119;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79234e-05;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 53740822 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.199;QD=35.5759;RBI=0.0382449;REFB=0;REVB=0.0191163;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058736;OID=.;OPOS=53740822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 53741068 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0194;QD=53.9101;RBI=0.0217145;REFB=0;REVB=0.0166556;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485921;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 53741188 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.352;QD=57.1053;RBI=0.0239931;REFB=0;REVB=0.0140036;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152101;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr19 53762537 . C T 411.33 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.304;QD=56.735;RBI=0.0309675;REFB=0;REVB=0.0297591;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88793e-05;OID=.;OPOS=53762537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr19 53770569 . G C 34.33 PASS AF=0.112903;AO=6;DP=64;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00137635;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.429;QD=2.21515;RBI=0.0110379;REFB=-0.000355902;REVB=0.0109518;RO=55;SAF=2;SAR=4;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180066;STB=0.686657;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00328943;OID=.;OPOS=53770569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:64:62:55:55:6:7:0.112903:4:2:27:28:5:2:27:28 chr19 53793042 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0015101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.086;QD=8.2462;RBI=0.0214414;REFB=-0.0155986;REVB=-0.0213881;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0178277;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:8:7:5:2:8:7 chr19 53793574 . A G 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0412138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.319;QD=14.2414;RBI=0.0440229;REFB=-0.00658298;REVB=-0.0154738;RO=31;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332943;STB=0.519021;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00915777;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:15:7:9:22:15:7:9:22 chr19 53793911 . T A 118.91 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0324818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.724;QD=33.9729;RBI=0.124069;REFB=0.0748972;REVB=0.119741;RO=2;SAF=11;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753549;STB=0.541601;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00485974;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:1:11:2:0:1:11:2:0 chr19 53879561 . GACAACA GACA,GACAAGT 690.59 PASS AF=0.938776,0.0612245;AO=43,3;DP=50;FAO=46,3;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=28,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111457,-0.00246181;FXX=0.039208;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=202.805,144.263;QD=56.3748;RBI=0.011159,0.035996;REFB=0,0;REVB=-0.000544905,-0.0359117;RO=0;SAF=17,1;SAR=26,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.75441e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00116882,0.0100185;OID=.,.;OPOS=53879562,53879566;OREF=ACA,CA;OALT=-,GT;OMAPALT=GACA,GACAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.938776,0.0612245:43,3:50:46,3:49:0:18,1:28,2:0:0:14:0:17,1:26,2:0:0 chr19 53883987 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0117416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.641;QD=10.6346;RBI=0.0170164;REFB=-0.018867;REVB=-0.0123163;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.026025;OID=.;OPOS=53883987;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:10:3:3:5:10:3 chr19 53884412 . G A 175.36 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8451;QD=46.7628;RBI=0.0166632;REFB=0;REVB=-0.00359919;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068318;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr19 53911510 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.49;QD=49.5992;RBI=0.021236;REFB=0;REVB=0.0185827;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.46678e-05;OID=.;OPOS=53911510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr19 53911973 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.123;QD=47.8201;RBI=0.0356811;REFB=0;REVB=0.0049163;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000616657;OID=.;OPOS=53911973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr19 53912242 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5284;QD=43.4861;RBI=0.0328358;REFB=0;REVB=0.0218179;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95424e-05;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr19 53958126 . T G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0340614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9144;QD=13.9576;RBI=0.0395568;REFB=-0.0169955;REVB=0.0201137;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015756;OID=.;OPOS=53958126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr19 53958263 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0985027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.771;QD=5.68901;RBI=0.109684;REFB=-0.0152275;REVB=-0.0482471;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0739208;OID=.;OPOS=53958263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:10:9:3:3:10:9 chr19 53989975 . C T 159.24 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0119856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3938;QD=10.1105;RBI=0.0132183;REFB=-0.00818755;REVB=-0.00557396;RO=42;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299999;STB=0.51763;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0137692;OID=.;OPOS=53989975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:42:42:21:21:0.333333:14:7:15:27:14:7:15:27 chr19 53994061 . A G 61.37 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0408264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.79;QD=18.8835;RBI=0.0491697;REFB=-0.0202163;REVB=-0.0274019;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0108412;OID=.;OPOS=53994061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr19 53994802 . A T 83.07 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00757169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.389;QD=9.49381;RBI=0.0123425;REFB=-0.028935;REVB=-0.00974716;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191552;STB=0.614779;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0288662;OID=.;OPOS=53994802;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:5:6:17:7:5:6:17:7 chr19 53995004 . G A 82.0 PASS AF=0.9;AO=7;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0724076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7285;QD=32.8005;RBI=0.0794623;REFB=-0.0794884;REVB=-0.032732;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00562542;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:7:9:0.9:1:6:0:0:2:7:1:0 chr19 54132976 . A G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00388899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.124;QD=14.6523;RBI=0.00852425;REFB=0.00607916;REVB=-0.00758542;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00739672;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr19 54182249 . T C 180.47 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00491491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0458;QD=16.0419;RBI=0.0254664;REFB=-0.0128575;REVB=-0.0249876;RO=26;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33112;STB=0.691148;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.031441;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:5:14:11:15:5:14:11:15 chr19 54299187 . G A 126.35 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0112014;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.275;QD=10.3146;RBI=0.0359663;REFB=-0.0173365;REVB=0.0341775;RO=34;SAF=13;SAR=2;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418664;STB=0.758717;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0248373;OID=.;OPOS=54299187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:2:13:20:14:2:13:20:14 chr19 54307322 . G A 164.36 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0196733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1309;QD=15.6534;RBI=0.034183;REFB=-0.0540507;REVB=0.0279542;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00511715;STB=0.516111;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0732916;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:24:17:18:0.428571:10:7:10:14:10:8:10:14 chr19 54378627 . T A 1670.97 PASS AF=0.966387;AO=113;DP=119;FAO=115;FDP=119;FR=.;FRO=4;FSAF=96;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00311682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.36;QD=56.1672;RBI=0.0074963;REFB=-0.135623;REVB=-0.00681762;RO=4;SAF=96;SAR=17;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193721;STB=0.510202;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=5.87079e-05;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:119:119:4:4:113:115:0.966387:17:96:4:0:19:96:4:0 chr19 54378789 . C A,G 1487.12 PASS AF=0.0196078,0.970588;AO=7,91;DP=101;FAO=2,99;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=0,32;FSAR=2,67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00222879,0.00596319;FXX=0.0892777;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.2146,61.0125;QD=58.3185;RBI=0.00232664,0.0104628;REFB=-0.00575981,-0.0958539;REVB=0.000667663,-0.0085971;RO=0;SAF=4,27;SAR=3,64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.02153e-08;STB=0.5,0.503703;STBP=1,0.583;TYPE=snp,snp;VARB=0.212228,0.00012137;OID=.,.;OPOS=54378789,54378789;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:101:102:0:1:7,91:2,99:0.0196078,0.970588:3,64:4,27:0:0:2,67:0,32:0:1 chr19 54379573 . C T 471.44 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0195327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3552;QD=55.4634;RBI=0.0225399;REFB=-0.125793;REVB=0.011248;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00541144;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:0:1:21:12:0:1 chr19 54385820 . C T 1951.66 PASS AF=0.93617;AO=129;DP=139;FAO=132;FDP=141;FR=.;FRO=9;FSAF=61;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.019055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.857;QD=55.3661;RBI=0.0291578;REFB=0.063982;REVB=0.02207;RO=4;SAF=61;SAR=68;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00155395;STB=0.508277;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000868051;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:139:141:4:9:129:132:0.93617:68:61:2:2:71:61:3:6 chr19 54394965 . T C 219.83 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00403011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.328;QD=11.8829;RBI=0.00917834;REFB=-0.00649576;REVB=-0.00824622;RO=45;SAF=18;SAR=9;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530708;STB=0.534627;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00991617;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:45:47:27:27:0.364865:9:18:28:17:9:18:29:18 chr19 54403925 . T C 264.37 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0147145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.5728;QD=21.1495;RBI=0.0199288;REFB=-0.00556908;REVB=-0.0134403;RO=24;SAF=16;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527657;STB=0.542338;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0135891;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:25:25:25:0.5:9:16:14:10:9:16:14:11 chr19 54545186 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.010835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.767;QD=19.107;RBI=0.0108478;REFB=-0.0181317;REVB=0.000525356;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235001;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00722471;OID=.;OPOS=54545186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:2:4:3:6:2:4 chr19 54545390 . A AC 82.77 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=0.00774538;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=90.1587;QD=15.7652;RBI=0.00774538;REFB=0.00149202;REVB=0;RO=10;SAF=11;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000638343;OID=.;OPOS=54545391;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:11:21:11:21:10:11:0:10:0:76:10:11:0:10:0 chr19 54545531 . T C 436.53 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0135814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.579;QD=21.2939;RBI=0.0136864;REFB=-0.0180722;REVB=-0.00169158;RO=38;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138299;STB=0.570103;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0175894;OID=.;OPOS=54545531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:39:43:43:0.52439:24:19:23:15:24:19:23:16 chr19 54578328 . A G 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0310636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.491;QD=8.8111;RBI=0.035282;REFB=-0.0347145;REVB=-0.0167294;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303669;STB=0.675005;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0405325;OID=.;OPOS=54578328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:1:5:6:4:1:5:7:4 chr19 54600232 . A C 339.85 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0542894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9753;QD=13.8715;RBI=0.0988349;REFB=-0.0100203;REVB=-0.0825894;RO=58;SAF=12;SAR=26;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324264;STB=0.684114;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0162326;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:58:60:38:38:0.387755:26:12:36:22:26:12:37:23 chr19 54606209 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.444;QD=48.7365;RBI=0.0168725;REFB=0;REVB=0.00665741;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015729;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr19 54613420 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0057057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.172;QD=20.2083;RBI=0.0248012;REFB=-0.0270484;REVB=0.0241359;RO=10;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159391;STB=0.591095;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0144929;OID=.;OPOS=54613420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:4:9:5:5:4:9:5:5 chr19 54627915 . C T 214.82 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0483528;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.8248;QD=17.1854;RBI=0.0606868;REFB=-0.0603539;REVB=-0.0366728;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449428;STB=0.525461;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0765402;OID=.;OPOS=54627915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:13:10:13:14:13:10:13:14 chr19 54634830 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00437634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.368;QD=14.0785;RBI=0.0231654;REFB=-0.00244823;REVB=0.0227483;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147216;STB=0.586802;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00620189;OID=.;OPOS=54634830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:10:6:3:9:10:6 chr19 54649671 . T C 88.35 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.399;QD=39.2646;RBI=0.136453;REFB=0;REVB=0.0145524;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473291;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:8:0:0:0:8:1:0:0 chr19 54652203 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6323;QD=40.7625;RBI=0.0132523;REFB=0;REVB=0.0103223;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116027;OID=.;OPOS=54652203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr19 54656196 . G A 137.79 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.000215958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.475;QD=19.0053;RBI=0.0272119;REFB=-0.0298601;REVB=0.0272111;RO=13;SAF=2;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382282;STB=0.744835;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0297698;OID=.;OPOS=54656196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:15:15:0.517241:13:2:6:7:13:2:7:7 chr19 54662044 . G A 149.34 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0242638;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.81;QD=10.8611;RBI=0.0368772;REFB=-0.0299749;REVB=-0.0277704;RO=35;SAF=12;SAR=7;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698266;STB=0.551944;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0313338;OID=.;OPOS=54662044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:36:19:19:0.345455:7:12:20:15:7:12:20:16 chr19 54664209 . G C 308.64 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0451626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3433;QD=24.2072;RBI=0.0874049;REFB=-0.0265705;REVB=0.0748329;RO=21;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533057;STB=0.529392;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0163863;OID=.;OPOS=54664209;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:15:15:9:12:15:15:9:12 chr19 54677759 . T C 709.64 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.041;QD=63.0795;RBI=0.0170901;REFB=0;REVB=0.0115198;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04861e-05;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:20:25:0:0 chr19 54697079 . C T 280.8 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00802555;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=201.625;QD=21.1928;RBI=0.0180422;REFB=0.000102882;REVB=0.0161589;RO=24;SAF=11;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671088;STB=0.537287;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-5.91414e-05;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:18:11:11:13:18:11:11:13 chr19 54723355 . A G 785.51 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.238;QD=64.1229;RBI=0.0202391;REFB=0;REVB=-0.0186164;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.69867e-05;OID=.;OPOS=54723355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:25:23:0:0:25:24:0:0 chr19 54723738 . G C 528.26 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.497;QD=58.6951;RBI=0.0286638;REFB=0;REVB=-0.0115994;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146076;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:15:20:0:0:15:21:0:0 chr19 54725930 . C T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00860596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3013;QD=46.843;RBI=0.0755612;REFB=0;REVB=0.0750695;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275124;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr19 54725995 . G A 340.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7218;QD=54.5052;RBI=0.038059;REFB=0;REVB=0.0229305;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000661857;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 54726226 . T C 593.03 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.981;QD=60.8232;RBI=0.0231781;REFB=0;REVB=0.00906277;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00251e-05;OID=.;OPOS=54726226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:16:21:0:0:16:23:0:0 chr19 54726241 . C T 146.82 PASS AF=0.425;AO=14;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0394921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2623;QD=14.6823;RBI=0.0676533;REFB=-0.019554;REVB=0.0549304;RO=23;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263109;STB=0.639327;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0329384;OID=.;OPOS=54726241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:14:17:0.425:4:10:11:12:5:12:11:12 chr19 54726299 . A C 87.06 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00429914;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.222;QD=12.0085;RBI=0.0527086;REFB=-0.0157747;REVB=-0.052533;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229905;STB=0.6519;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0248933;OID=.;OPOS=54726299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:7:10:4:7:7:11 chr19 54726324 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.233;QD=47.8223;RBI=0.0312852;REFB=0;REVB=-0.0294324;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000446335;OID=.;OPOS=54726324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 54726815 . C CT 168.25 PASS AF=0.791667;AO=3;DP=25;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0628975;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=127.508;QD=28.0417;RBI=0.0629153;REFB=-0.0703927;REVB=-0.00149538;RO=22;SAF=0;SAR=3;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602032;STB=0.526288;STBP=0.66;TYPE=ins;VARB=0.0257476;OID=.;OPOS=54726816;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.791667:3:25:19:24:5:10:9:2:3:29:22:0:3:12:10 chr19 54726816 . A T 179.0 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0352799;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.837;QD=29.8334;RBI=0.0354155;REFB=-0.0323192;REVB=-0.00309659;RO=7;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159073;STB=0.588131;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0198802;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:7:7:17:17:0.708333:7:10:2:5:7:10:2:5 chr19 54726833 . T C 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0192898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9821;QD=31.2245;RBI=0.023784;REFB=-0.052237;REVB=-0.0139135;RO=8;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064822;STB=0.535679;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0213856;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:10:10:3:5:10:10:3:5 chr19 54726839 . C T 200.91 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0295403;FXX=0.103413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.25;QD=30.909;RBI=0.0453118;REFB=-0.0328123;REVB=0.0343588;RO=7;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645688;STB=0.555494;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0119179;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:26:7:8:18:18:0.692308:8:10:3:4:8:10:3:5 chr19 54726843 . C G 244.52 PASS AF=0.6875;AO=23;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00931419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.647;QD=30.5651;RBI=0.0165643;REFB=-0.0261927;REVB=0.0136975;RO=9;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623992;STB=0.514273;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00926389;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:9:10:23:22:0.6875:13:10:5:4:12:10:5:5 chr19 54726861 . C T 197.02 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00753445;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7407;QD=24.628;RBI=0.0248179;REFB=-0.00545171;REVB=0.0236465;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470885;STB=0.526288;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.027479;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:10:9:7:6:10:9:7:6 chr19 54726872 . C G 151.53 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00135168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.707;QD=20.2045;RBI=0.00330482;REFB=-0.0306196;REVB=0.00301577;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00420983;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286841;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:14:15:16:0.533333:7:8:7:6:8:8:7:7 chr19 54743758 . C A 161.28 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0987155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.06;QD=18.9743;RBI=0.106014;REFB=0.0103139;REVB=-0.038655;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108843;STB=0.561969;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.011542;OID=.;OPOS=54743758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:8:9:11:6:8:9 chr19 54744799 . G C 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00519889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.974;QD=12.2129;RBI=0.00527351;REFB=-0.0140884;REVB=-0.000883989;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673734;STB=0.539937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0227179;OID=.;OPOS=54744799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:4:9:14:8:4:9:14:8 chr19 54745907 . A G 304.83 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.000128703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4323;QD=32.9549;RBI=0.0571989;REFB=0.0226242;REVB=-0.0571987;RO=11;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849829;STB=0.546401;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.0125132;OID=.;OPOS=54745907;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:11:15:8:3:11:15:8:3 chr19 54746081 . T C 1082.82 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=81;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0127343;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.131;QD=54.141;RBI=0.0275024;REFB=0.0539422;REVB=0.0243766;RO=5;SAF=37;SAR=38;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361787;STB=0.519155;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00114524;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:81:80:5:5:75:75:0.9375:38:37:4:1:38:37:4:1 chr19 54754752 . T C 746.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.331;QD=63.5653;RBI=0.0441737;REFB=0;REVB=0.0428888;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286028;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr19 54755911 . C T 164.65 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0401354;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7504;QD=19.9573;RBI=0.043766;REFB=-0.00922064;REVB=-0.0174533;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131229;STB=0.574537;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0109836;OID=.;OPOS=54755911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:8:8:6:11:8:8 chr19 54755922 . CA TG 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00182292;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.441;QD=23.6751;RBI=0.0313631;REFB=-0.00993249;REVB=-0.03131;RO=16;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095045;STB=0.55314;STBP=0.464;TYPE=mnp;VARB=0.00648316;OID=.;OPOS=54755922;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:8:13:8:8:8:13:8:8 chr19 54759361 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0433359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.147;QD=18.2485;RBI=0.0441536;REFB=-0.0374896;REVB=-0.00845854;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0307584;OID=.;OPOS=54759361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:6:6:6:7:6:6 chr19 54767879 . T C 1337.87 PASS AF=0.977778;AO=85;DP=87;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00134051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.242;QD=59.4608;RBI=0.0420731;REFB=-0.159979;REVB=0.0420517;RO=2;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215219;STB=0.510636;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.000557867;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:87:90:2:2:85:88:0.977778:43:42:0:2:46:42:0:2 chr19 54782919 . C T 180.32 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0342384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.672;QD=16.0281;RBI=0.0395488;REFB=-0.0134056;REVB=-0.019795;RO=25;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23882;STB=0.650994;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0385062;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:5:14:13:12:5:14:13:13 chr19 54783375 . T A 352.55 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0414131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.738;QD=21.0479;RBI=0.0414781;REFB=-0.0241918;REVB=-0.00232248;RO=31;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592661;STB=0.532726;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0193793;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:14:22:21:10:14:22:21:10 chr19 54783919 . T TG 126.58 PASS AF=1;AO=3;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.274354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.0932;QD=33.7545;RBI=0.280794;REFB=0;REVB=-0.0597928;RO=13;SAF=2;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060567;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0243376;OID=.;OPOS=54783920;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:16:15:15:0:9:6:0:0:3:13:2:1:8:5 chr19 54783923 . A G 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3633;QD=46.842;RBI=0.0508199;REFB=0;REVB=0.025744;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000725198;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 54784130 . T C 118.2 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0869018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0367;QD=13.1333;RBI=0.0961272;REFB=-0.0146744;REVB=-0.0410914;RO=18;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378639;STB=0.692045;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0163468;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:18:22:12:14:0.388889:3:9:7:11:5:9:7:15 chr19 54802540 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.436;QD=35.5724;RBI=0.0635235;REFB=0;REVB=0.0627318;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136586;OID=.;OPOS=54802540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 54848684 . G A 90.28 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00102202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.802;QD=16.4146;RBI=0.00840654;REFB=-0.0220094;REVB=0.00834418;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0073778;OID=.;OPOS=54848684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:4:7:6:4:4:7:7:4 chr19 54849463 . C T 186.83 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0169956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2605;QD=19.6663;RBI=0.0574076;REFB=-0.0158953;REVB=0.0548341;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1825;STB=0.604276;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0293237;OID=.;OPOS=54849463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:7:12:15:4:7:12 chr19 54849481 . T G 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0131159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.001;QD=22.7239;RBI=0.0208108;REFB=-0.017305;REVB=0.0161574;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122317;STB=0.568893;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0117261;OID=.;OPOS=54849481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:6:10:15:5:6:10 chr19 54962579 . C T 180.89 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0141643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0096;QD=12.9209;RBI=0.0145731;REFB=-0.0198245;REVB=0.00342756;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183959;STB=0.501676;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0249321;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:34:21:22:0.392857:9:12:20:14:9:13:20:14 chr19 54965860 . G A 230.06 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00279566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.263;QD=22.4452;RBI=0.0162762;REFB=-0.0179671;REVB=0.0160343;RO=19;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127072;STB=0.55747;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0145331;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:12:9:11:8:12:10:11:8 chr19 54966579 . C G 250.09 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.113684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5636;QD=26.3257;RBI=0.138541;REFB=-0.0386334;REVB=-0.0791807;RO=15;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00827004;STB=0.504583;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0180246;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:12:11:7:8:12:11:7:8 chr19 54972719 . A T 319.66 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0542974;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.236;QD=23.2483;RBI=0.0588191;REFB=-0.0100936;REVB=0.0226159;RO=23;SAF=8;SAR=24;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168333;STB=0.593344;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00914;OID=.;OPOS=54972719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:24:8:10:13:24:8:10:13 chr19 54973280 . C G 179.3 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0146003;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.496;QD=12.5825;RBI=0.0152172;REFB=0.00708463;REVB=0.00428895;RO=36;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185804;STB=0.517226;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0101824;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:35:22:22:0.385965:15:7:12:24:15:7:12:23 chr19 54973988 . GCCT G 108.32 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0052627;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=189.335;QD=12.3799;RBI=0.0182516;REFB=-0.0359249;REVB=-0.0174765;RO=16;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=-0.134029;STB=0.610022;STBP=0.301;TYPE=del;VARB=0.0389744;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:16:35:16:35:19:4:12:8:11:99:16:4:12:6:10 chr19 55009497 . A C 387.04 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.059;QD=55.2916;RBI=0.0415975;REFB=0;REVB=0.0230027;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149863;OID=.;OPOS=55009497;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:8:20:0:0 chr19 55019402 . A G 382.56 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.103779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.364;QD=52.7674;RBI=0.10476;REFB=0.0276576;REVB=0.0143044;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000897091;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:10:18:0:1:10:18:0:1 chr19 55045042 . G A 1270.28 PASS AF=0.934783;AO=85;DP=92;FAO=86;FDP=92;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0411599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.085;QD=55.2298;RBI=0.0422092;REFB=-0.0847027;REVB=0.00935301;RO=6;SAF=48;SAR=37;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.507185;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00117424;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:92:92:6:6:85:86:0.934783:37:48:4:2:38:48:4:2 chr19 55086775 . C T 962.42 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151513;FXX=0.0298463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=188.767;QD=59.2256;RBI=0.0241813;REFB=0;REVB=0.0188461;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99647e-05;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr19 55142101 . G A 334.5 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0248945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0606;QD=27.306;RBI=0.025018;REFB=-0.0170635;REVB=0.0024831;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129189;STB=0.571379;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0128993;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:9:11:11:18:9:11 chr19 55142739 . A C 152.58 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00365393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.354;QD=21.0459;RBI=0.00578228;REFB=-0.0310614;REVB=0.00448146;RO=13;SAF=13;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.488712;STB=0.725575;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0258998;OID=.;OPOS=55142739;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:13:15:16:0.551724:2:13:5:8:3:13:5:8 chr19 55143083 . T C 568.86 PASS AF=0.604651;AO=51;DP=85;FAO=52;FDP=86;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00359736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.613;QD=26.4584;RBI=0.00453004;REFB=-0.0136545;REVB=0.00275322;RO=34;SAF=15;SAR=36;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075056;STB=0.533729;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00948191;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:34:34:51:52:0.604651:36:15:13:21:36:16:13:21 chr19 55143156 . TG CA 487.96 PASS AF=0.605263;AO=45;DP=76;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0304603;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=246.274;QD=25.6823;RBI=0.0306396;REFB=-0.02404;REVB=0.00330988;RO=29;SAF=23;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450503;STB=0.513152;STBP=0.773;TYPE=mnp;VARB=0.0131222;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:29:30:45:46:0.605263:22:23:13:16:23:23:14:16 chr19 55143452 . T C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.024366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.734;QD=28.7486;RBI=0.0248862;REFB=-0.0291394;REVB=0.00506161;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979127;STB=0.544199;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0151634;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:19:29:30:0.612245:19:10:4:14:19:11:5:14 chr19 55143491 . G T 362.69 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0110515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5505;QD=18.3639;RBI=0.0149091;REFB=-0.0235592;REVB=0.0100072;RO=41;SAF=14;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12889;STB=0.562085;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0356632;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:23:14:21:20:23:15:21:20 chr19 55174498 . T C 235.02 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0439164;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9846;QD=23.5024;RBI=0.0585716;REFB=-0.0427483;REVB=-0.0387553;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014105;STB=0.538424;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0207317;OID=.;OPOS=55174498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:17:20:21:0.525:13:7:5:10:14:7:7:10 chr19 55175740 . C T 638.08 PASS AF=0.916667;AO=40;DP=44;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.047654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6673;QD=53.1734;RBI=0.0528651;REFB=-0.0149828;REVB=0.022887;RO=4;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109852;STB=0.547597;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0245905;OID=.;OPOS=55175740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:48:4:4:40:44:0.916667:15:25:0:4:19:25:0:4 chr19 55176262 . A G 207.43 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.803;QD=48.8071;RBI=0.0824567;REFB=0;REVB=0.0556653;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000550274;OID=.;OPOS=55176262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:8:7:0:0:9:8:0:0 chr19 55176535 . C T 125.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00852972;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.67;QD=17.3766;RBI=0.108932;REFB=-0.00322977;REVB=-0.108598;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499849;STB=0.785249;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000655299;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:15:14:14:0.482759:2:12:4:8:2:12:6:9 chr19 55178162 . A G 250.21 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00759921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1306;QD=26.3379;RBI=0.0890383;REFB=-0.000948038;REVB=-0.0887134;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195955;STB=0.608601;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00166388;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:5:10:9:14:5:10 chr19 55179143 . A C 275.11 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00301343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.171;QD=15.4992;RBI=0.0127214;REFB=-0.0163775;REVB=0.0123593;RO=40;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589288;STB=0.533251;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0206211;OID=.;OPOS=55179143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:15:16:23:17:15:16:23:17 chr19 55237616 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.976;QD=57.1771;RBI=0.0113754;REFB=0;REVB=0.000604668;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55043e-05;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr19 55237677 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.537;QD=59.8393;RBI=0.0405027;REFB=0;REVB=0.018378;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178447;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr19 55239223 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.135;QD=57.8842;RBI=0.0619832;REFB=0;REVB=0.0612546;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144357;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr19 55246739 . C T 1046.65 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113442;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1497;QD=59.8083;RBI=0.0139288;REFB=0;REVB=0.00808211;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126625;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr19 55286650 . T C 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.01646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.815;QD=15.2923;RBI=0.0275058;REFB=-0.0276692;REVB=0.0220373;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319819;STB=0.689682;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0270375;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:5:4:7:2:5:4 chr19 55294927 . A G 257.61 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00929541;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=15.6127;RBI=0.00932731;REFB=-0.0362045;REVB=0.000770746;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275072;STB=0.654297;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0266731;OID=.;OPOS=55294927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:16:13:27:10:16:13:27:10 chr19 55299773 . A C 282.21 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00994374;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2458;QD=22.5765;RBI=0.0194069;REFB=-0.0276076;REVB=-0.0166658;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530726;STB=0.529391;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0147681;OID=.;OPOS=55299773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:22:28:28:0.56:12:16:14:8:12:16:14:8 chr19 55316329 . A G,T 970.6 PASS AF=0.955224,0.0447761;AO=62,5;DP=67;FAO=64,3;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00858776,-0.00834703;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.478,104.228;QD=57.9464;RBI=0.00868706,0.0417286;REFB=0,0;REVB=-0.00130976,-0.0408852;RO=0;SAF=37,0;SAR=25,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00117025,0.0490381;OID=.,.;OPOS=55316329,55316329;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:67:67:0:0:62,5:64,3:0.955224,0.0447761:25,5:37,0:0:0:27,3:37,0:0:0 chr19 55320279 . G A 884.96 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8411;QD=58.0301;RBI=0.02805;REFB=0;REVB=0.0273252;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310278;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr19 55328959 . G T 867.96 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00661418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.941;QD=57.8638;RBI=0.00694029;REFB=0;REVB=-0.00210244;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42175e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:26:34:0:0:26:34:0:0 chr19 55331419 . C T 481.64 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224129;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.548;QD=53.5158;RBI=0.0256147;REFB=-0.169839;REVB=0.0124007;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00131537;OID=.;OPOS=55331419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:15:19:0:1:15:19:1:1 chr19 55333246 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.774;QD=47.813;RBI=0.0314908;REFB=0;REVB=0.0255782;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440605;OID=.;OPOS=55333246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr19 55333275 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0723899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5094;QD=43.4859;RBI=0.0739982;REFB=0;REVB=-0.015344;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00435458;OID=.;OPOS=55333275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr19 55349031 . G A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0488116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1514;QD=36.3478;RBI=0.0572061;REFB=-0.00199136;REVB=0.0298323;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000621016;OID=.;OPOS=55349031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:0:1:4:7:0:1 chr19 55349273 . C A 976.03 PASS AF=0.972603;AO=67;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00364418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.65;QD=53.4812;RBI=0.0204542;REFB=-0.143193;REVB=0.0201269;RO=3;SAF=29;SAR=38;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464069;STB=0.501363;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00108246;OID=.;OPOS=55349273;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:73:73:3:2:67:71:0.972603:38:29:3:0:39:32:1:1 chr19 55359272 . C G 925.92 PASS AF=0.894737;AO=68;DP=76;FAO=68;FDP=76;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0400926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2014;QD=48.7325;RBI=0.0889643;REFB=-0.063937;REVB=0.0794181;RO=7;SAF=30;SAR=38;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983701;STB=0.545794;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.038022;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:76:76:7:8:68:68:0.894737:38:30:7:0:38:30:7:1 chr19 55361942 . G T 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.033;QD=61.3311;RBI=0.0539767;REFB=0;REVB=0.0501879;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333617;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr19 55362719 . G T 1565.33 PASS AF=1;AO=95;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625057;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.133;QD=63.891;RBI=0.0699826;REFB=0;REVB=0.0314738;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730936;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:95:98:1:47:48:0:0:48:50:0:0 chr19 55378008 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.208;QD=50.4114;RBI=0.0676995;REFB=0;REVB=0.0268318;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133496;OID=.;OPOS=55378008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr19 55441902 . T C 57.86 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0223359;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.885;QD=11.5726;RBI=0.0613996;REFB=-0.00786714;REVB=0.0571928;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206895;STB=0.624687;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0150803;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:12:12:8:8:0.4:5:3:7:5:5:3:7:5 chr19 55441995 . A G 110.72 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0664734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.795;QD=15.2715;RBI=0.067178;REFB=-0.00801511;REVB=-0.00970362;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0145991;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr19 55485899 . G A 36.09 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0285099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.649;QD=6.56261;RBI=0.0286463;REFB=0.00830836;REVB=-0.00279292;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.624574;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0295178;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:13:16:6:6:0.272727:2:4:6:7:2:4:8:8 chr19 55536595 . G A 172.56 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0118296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.602;QD=18.1643;RBI=0.0328991;REFB=-0.00508093;REVB=-0.0306987;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266391;STB=0.529379;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00519284;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:10:8:9:10:10:8:10:10 chr19 55538980 . T C 97.96 PASS AF=0.254545;AO=13;DP=54;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0376296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.534;QD=7.12431;RBI=0.041813;REFB=-0.013383;REVB=0.0182302;RO=41;SAF=8;SAR=5;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979532;STB=0.526278;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0463491;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:54:55:41:41:13:14:0.254545:5:8:22:19:6:8:22:19 chr19 55539072 . T G 262.03 PASS AF=0.369048;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0202207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.149;QD=12.4776;RBI=0.0232309;REFB=0.00121917;REVB=-0.0114366;RO=52;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679115;STB=0.545425;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00375214;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:52:53:31:31:0.369048:13:18:27:25:13:18:27:26 chr19 55568084 . CG TT 140.31 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00133203;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=247.055;QD=13.0524;RBI=0.00154267;REFB=0.000382042;REVB=0.000778157;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169479;STB=0.573821;STBP=0.453;TYPE=mnp;VARB=-0.000650607;OID=.;OPOS=55568084;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:9:6:15:12:9:7:15:12 chr19 55570574 . A G 412.55 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000792027;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.95;QD=22.6054;RBI=0.000950959;REFB=-0.0258553;REVB=-0.000526322;RO=31;SAF=17;SAR=23;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473785;STB=0.52422;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0235224;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:40:41:0.561644:23:17:15:16:24:17:15:17 chr19 55598724 . A G 85.24 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0285211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6257;QD=10.9992;RBI=0.0321471;REFB=-0.00505956;REVB=-0.0148317;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759404;STB=0.559328;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00478099;OID=.;OPOS=55598724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:31:18:20:11:11:0.354839:3:8:12:6:3:8:13:7 chr19 55614923 . T C 52.93 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0846508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0919;QD=21.1708;RBI=0.0965403;REFB=-0.109104;REVB=-0.0464141;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0391778;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr19 55644325 . A C 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.117054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8787;QD=51.9028;RBI=0.117178;REFB=0;REVB=0.00538621;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788371;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr19 55668029 . G T 103.49 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.015661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.458;QD=18.8169;RBI=0.0232471;REFB=-0.0238542;REVB=-0.0171803;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0267433;OID=.;OPOS=55668029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr19 55668509 . A T 294.5 PASS AF=0.553571;AO=27;DP=52;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0256695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.034;QD=21.0356;RBI=0.0312635;REFB=-0.0242367;REVB=0.0178461;RO=25;SAF=7;SAR=20;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218611;STB=0.543451;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0123795;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:25:25:27:31:0.553571:20:7:6:19:21:10:6:19 chr19 55671337 . C T 191.26 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8195;QD=47.8156;RBI=0.0296295;REFB=0;REVB=0.0206538;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793122;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr19 55693244 . T C 315.83 PASS AF=0.416667;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0418283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.166;QD=15.0397;RBI=0.0486493;REFB=-0.0217841;REVB=-0.0248424;RO=49;SAF=15;SAR=20;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432823;STB=0.524462;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0307615;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:49:35:35:0.416667:20:15:19:30:20:15:19:30 chr19 55699454 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.172;QD=62.6699;RBI=0.0492837;REFB=0;REVB=-0.033355;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70899e-05;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr19 55699525 . TCCCCT GTCCCT,TCCCGT,TCCCT,TCCCTG 66.73 PASS AF=0,0,0.333333,0;AO=4,4,10,2;DP=45;FAO=0,0,15,0;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=0,0,13,0;FSAR=0,0,2,0;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0751251,-0.145944,-0.0821738,-0.0973527;FXX=0;HRUN=1,4,4,4;LEN=2,1,1,2;MLLD=20.9568,34.5205,12.0429,18.618;QD=5.93188;RBI=0.0963692,0.150691,0.153535,0.127709;REFB=-0.0540808,-0.0802485,-0.105214,-0.0686893;REVB=-0.0603593,-0.0375231,-0.129694,-0.0826557;RO=23;SAF=3,1,9,1;SAR=1,3,1,1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.394319,-0.180041,0.614613,0.104423;STB=0.5,0.5,0.838224,0.5;STBP=1,1,0.003,1;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,0,0.14218,0.0652285;OID=.,.,.,.;OPOS=55699525,55699529,55699526,55699529;OREF=TC,C,C,CT;OALT=GT,G,-,TG;OMAPALT=GTCCCT,TCCCGT,TCCCT,TCCCTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:67:45:45:23:30:4,4,10,2:0,0,15,0:0,0,0.333333,0:1,3,1,1:3,1,9,1:9:14:0,0,2,0:0,0,13,0:12:18 chr19 55703343 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.103316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.622;QD=16.8235;RBI=0.106099;REFB=-0.0748804;REVB=0.0241374;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290716;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.017695;OID=.;OPOS=55703343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:4:5:7:7:0.583333:4:3:0:4:4:3:1:4 chr19 55708557 . A G 169.18 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0527718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.004;QD=12.0845;RBI=0.0528261;REFB=0.00756376;REVB=0.0023934;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805773;STB=0.549248;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.0106403;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:13:8:15:18:13:8:16:19 chr19 55708573 . G A 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0140162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.861;QD=15.4186;RBI=0.014057;REFB=-0.016303;REVB=-0.0010702;RO=37;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914514;STB=0.551688;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0184802;OID=.;OPOS=55708573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:16:13:20:17:16:13:20:17 chr19 55713535 . G A 204.82 PASS AF=0.337662;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0273919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.137;QD=10.64;RBI=0.0320281;REFB=-0.0162041;REVB=0.0165976;RO=51;SAF=13;SAR=13;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190722;STB=0.610309;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.025937;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:51:26:26:0.337662:13:13:34:17:13:13:34:17 chr19 55715309 . C T 326.11 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0572536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.075;QD=20.0684;RBI=0.0600603;REFB=-0.03188;REVB=-0.0181459;RO=31;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251999;STB=0.513974;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0257918;OID=.;OPOS=55715309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:13:21:20:11:13:21:20:11 chr19 55715319 . C G 275.54 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00475295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.135;QD=18.0683;RBI=0.0184081;REFB=-0.00850047;REVB=-0.0177839;RO=30;SAF=20;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330997;STB=0.512187;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0167015;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:10:20:19:11:10:20:20:11 chr19 55738634 . T C 531.68 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7061;QD=57.4793;RBI=0.133405;REFB=0;REVB=0.127626;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0086413;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:1:0:35:37:1:12:23:0:1:14:23:0:0 chr19 55791091 . C T 493.99 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.914;QD=56.4563;RBI=0.0561552;REFB=0;REVB=0.0555281;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983074;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:30:35:1:13:17:0:0:18:17:0:0 chr19 55815034 . GAC CGA,GA 37.7 PASS AF=0,0.291139;AO=7,24;DP=85;FAO=0,23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=0,10;FSAR=0,13;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0156526,0.105129;FXX=0.0705799;HRUN=1,8;LEN=3,1;MLLD=34.7695,6.81877;QD=1.90894;RBI=0.105272,0.150066;REFB=-0.00998555,-0.120541;REVB=-0.104102,-0.107087;RO=40;SAF=5,8;SAR=2,16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0882849,-0.336901;STB=0.5,0.632322;STBP=1,0.153;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.124725;OID=.,.;OPOS=55815034,55815036;OREF=GAC,C;OALT=CGA,-;OMAPALT=CGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:85:79:40:56:7,24:0,23:0,0.291139:2,16:5,8:26:14:0,13:0,10:35:21 chr19 55816678 . C T 55.79 PASS AF=0.188679;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.045066;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.7558;QD=4.21072;RBI=0.0455315;REFB=-0.019574;REVB=0.00649398;RO=38;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113474;STB=0.604719;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0446514;OID=.;OPOS=55816678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:47:53:38:43:9:10:0.188679:6:3:16:22:7:3:18:25 chr19 55824332 . T G 132.53 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00145051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.648;QD=16.0646;RBI=0.00151077;REFB=-0.0319446;REVB=-0.000422451;RO=18;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123178;STB=0.548323;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0421875;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:18:14:15:0.454545:6:8:8:10:7:8:8:10 chr19 55870104 . G C 885.99 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0139329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.199;QD=56.2534;RBI=0.0156638;REFB=-0.0247166;REVB=0.00715752;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=2.38219e-05;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:27:35:0:0:27:35:0:1 chr19 55870289 . C T 406.38 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0947957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4;QD=56.0527;RBI=0.10168;REFB=0;REVB=0.0367769;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141693;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr19 55870351 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.916;QD=50.4126;RBI=0.0356898;REFB=0;REVB=0.00202355;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013017;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr19 55870600 . C G 309.14 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.957;QD=53.7642;RBI=0.0878536;REFB=0;REVB=0.0518637;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036782;OID=.;OPOS=55870600;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:15:23:1:7:8:0:0:15:8:0:0 chr19 55871019 . A G 95.31 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.164;QD=34.6595;RBI=0.0445278;REFB=-0.117643;REVB=0.0406024;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0198756;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:1:0:3:7:1:0 chr19 55872397 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.251;QD=46.848;RBI=0.0402452;REFB=0;REVB=-0.03051;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55388e-05;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 55872566 . A G 239.05 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8256;QD=50.3271;RBI=0.0592838;REFB=0;REVB=-0.00825652;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105653;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 55873642 . C T 890.14 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134967;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.195;QD=58.3699;RBI=0.0501654;REFB=0;REVB=0.0483157;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154996;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:58:61:1:23:35:0:0:24:37:0:0 chr19 55874338 . C A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0212908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.69;QD=13.3141;RBI=0.0232946;REFB=-0.0120533;REVB=0.00945202;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129855;STB=0.574259;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0143874;OID=.;OPOS=55874338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:12:10:11:22:12:10:11:22 chr19 55877231 . C T 240.28 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0779521;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.3468;QD=43.6878;RBI=0.0864411;REFB=-0.106445;REVB=0.0373567;RO=2;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0575947;STB=0.53122;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.014589;OID=.;OPOS=55877231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:15:5:0:2:15:5:0:2 chr19 55913038 . C T 256.44 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0209383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.544;QD=22.7942;RBI=0.0227175;REFB=0.00486159;REVB=0.00881323;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547387;STB=0.530587;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.00243174;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:10:11:11:13:10:11 chr19 56009305 . G A 148.12 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00123227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.308;QD=17.9538;RBI=0.00376822;REFB=0.0220877;REVB=0.00356103;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142198;STB=0.581292;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.0138099;OID=.;OPOS=56009305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:8:9:6:10:8:9 chr19 56011915 . G A 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0153438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.431;QD=16.8249;RBI=0.028991;REFB=-0.0157303;REVB=-0.0245976;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366753;STB=0.520938;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0261144;OID=.;OPOS=56011915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:11:17:12:9:11:17 chr19 56024519 . T C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0133266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.093;QD=21.0155;RBI=0.0236901;REFB=-0.0272902;REVB=0.0195863;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20758;STB=0.612628;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0217632;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:13:16:16:0.551724:9:7:8:3:9:7:9:4 chr19 56041126 . C T 37.69 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00928076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.926;QD=9.42314;RBI=0.0778481;REFB=-0.0285319;REVB=0.0772929;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.062475;OID=.;OPOS=56041126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chr19 56041255 . C G 102.59 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0041653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.501;QD=17.8409;RBI=0.0219636;REFB=-0.0367363;REVB=0.021565;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254322;STB=0.605879;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0399582;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:3:8:5:6:4:8:5:6 chr19 56047448 . A G 1116.91 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.309;QD=60.3738;RBI=0.0351565;REFB=0;REVB=0.00119177;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52251e-05;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr19 56047540 . G A 898.86 PASS AF=0.569444;AO=82;DP=144;FAO=82;FDP=144;FR=.;FRO=62;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.016273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.81;QD=24.9684;RBI=0.0366471;REFB=-0.0288051;REVB=0.032836;RO=61;SAF=52;SAR=30;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179176;STB=0.594571;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0155731;OID=.;OPOS=56047540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:61:62:82:82:0.569444:30:52:25:36:30:52:26:36 chr19 56056184 . A G 339.47 PASS AF=0.392157;AO=41;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0215549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9716;QD=13.3127;RBI=0.158623;REFB=0.00484422;REVB=-0.157151;RO=61;SAF=29;SAR=12;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138867;STB=0.600059;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00938969;OID=.;OPOS=56056184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:62:41:40:0.392157:12:29:36:25:11:29:36:26 chr19 56089353 . C T 217.25 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0191331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9465;QD=17.3799;RBI=0.0592643;REFB=-0.0137677;REVB=0.0560909;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615519;STB=0.545413;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0502219;OID=.;OPOS=56089353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:28:22:22:0.44:12:10:13:12:12:10:15:13 chr19 56114045 . C T 55.84 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0540595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.195;QD=10.6362;RBI=0.0947762;REFB=-0.0125962;REVB=0.0778467;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31536;STB=0.689206;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0161961;OID=.;OPOS=56114045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:9:4:5:3:9:4 chr19 56114237 . G A 973.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3943;QD=59.0036;RBI=0.225167;REFB=0;REVB=0.207603;RO=0;SAF=43;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314805;OID=.;OPOS=56114237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:21:43:0:0:23:43:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 171.62 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0292222;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=145.549;QD=20.1903;RBI=0.0306029;REFB=-0.0262603;REVB=0.00908861;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691191;STB=0.5619;STBP=0.337;TYPE=del;VARB=0.0169017;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:20:34:21:34:13:8:13:7:6:78:12:8:12:6:6 chr19 56160399 . T C 579.43 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335613;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0136;QD=60.9929;RBI=0.0337657;REFB=0;REVB=-0.00370959;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00034637;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr19 56162776 . C T 137.36 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.0687193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8736;QD=11.2131;RBI=0.0725071;REFB=-0.00861775;REVB=-0.0231288;RO=33;SAF=2;SAR=14;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276992;STB=0.669313;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0209358;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:14:2:9:24:14:2:9:24 chr19 56180968 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0410774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.86;QD=21.43;RBI=0.0483185;REFB=-0.0284345;REVB=0.0254426;RO=29;SAF=17;SAR=18;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540457;STB=0.529867;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0204025;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:18:17:16:13:18:17:16:13 chr19 56241265 . A G 787.42 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934505;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.745;QD=57.2669;RBI=0.0246475;REFB=0;REVB=0.0228073;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51699e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr19 56249615 . G C 226.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.073028;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.769;QD=22.1018;RBI=0.0737474;REFB=-0.0166734;REVB=0.0102755;RO=17;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175807;STB=0.60274;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0114708;OID=.;OPOS=56249615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:19:22:22:0.536585:15:7:9:8:15:7:10:9 chr19 56274424 . C A 332.02 PASS AF=0.244019;AO=51;DP=211;FAO=51;FDP=209;FR=.;FRO=158;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=76;FSRR=82;FWDB=0.00983143;FXX=0.00947822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.87;QD=6.35451;RBI=0.010036;REFB=0.00219386;REVB=0.00201577;RO=153;SAF=23;SAR=28;SRF=75;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049277;STB=0.522813;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00606899;OID=.;OPOS=56274424;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:209:153:158:51:51:0.244019:28:23:75:78:28:23:76:82 chr19 56274453 . G A 275.23 PASS AF=0.277372;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=137;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=48;FWDB=-0.0114167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1865;QD=8.03577;RBI=0.0116483;REFB=-0.000462379;REVB=0.00231155;RO=96;SAF=13;SAR=25;SRF=50;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220339;STB=0.627629;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00105946;OID=.;OPOS=56274453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:99:38:38:0.277372:25:13:50:46:25:13:51:48 chr19 56284090 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00813076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.864;QD=18.7952;RBI=0.0391759;REFB=-0.0305024;REVB=0.0383228;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185968;STB=0.619621;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0195577;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:27:23:23:0.46:12:11:7:18:12:11:7:20 chr19 56284428 . C A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00437108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.526;QD=11.104;RBI=0.024593;REFB=-0.0170673;REVB=-0.0242015;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558176;STB=0.841088;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0370399;OID=.;OPOS=56284428;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:7:3:6:1:7:3 chr19 56284457 . G A 141.7 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00404117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5554;QD=11.1138;RBI=0.0170617;REFB=-0.0328692;REVB=-0.0165762;RO=33;SAF=1;SAR=16;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622183;STB=0.879152;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0505933;OID=.;OPOS=56284457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:16:1:15:18:16:1:15:19 chr19 56284507 . T G 157.88 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.0151636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.436;QD=8.09646;RBI=0.0248931;REFB=-0.00443333;REVB=-0.0197416;RO=55;SAF=1;SAR=21;SRF=18;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587634;STB=0.870713;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0437214;OID=.;OPOS=56284507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:55:56:22:22:0.282051:21:1:18:37:21:1:18:38 chr19 56284511 . C G 157.91 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.013333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.979;QD=8.09775;RBI=0.0208458;REFB=-0.0144633;REVB=-0.0160243;RO=56;SAF=1;SAR=21;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583066;STB=0.870713;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0401929;OID=.;OPOS=56284511;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:21:1:18:38:21:1:18:38 chr19 56284529 . C A 117.61 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0650149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4405;QD=7.5875;RBI=0.0810095;REFB=-0.014722;REVB=-0.0483281;RO=45;SAF=1;SAR=16;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589919;STB=0.87551;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0360181;OID=.;OPOS=56284529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:16:1:18:27:16:1:18:27 chr19 56284535 . A G 81.8 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=52;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0159173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.18;QD=6.05951;RBI=0.0180969;REFB=-0.00352245;REVB=0.00861028;RO=42;SAF=0;SAR=10;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.707454;STB=0.855838;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0209366;OID=.;OPOS=56284535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:52:54:42:42:10:12:0.222222:10:0:18:24:11:1:18:24 chr19 56307583 . A G 226.05 PASS AF=0.6875;AO=21;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0668703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.855;QD=28.2563;RBI=0.0697947;REFB=-0.0449493;REVB=0.0199916;RO=10;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247492;STB=0.615274;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0149451;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:32:10:10:21:22:0.6875:16:5:6:4:16:6:6:4 chr19 56320200 . C T 269.21 PASS AF=0.461538;AO=31;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0201434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7765;QD=16.5667;RBI=0.0589278;REFB=0.00468184;REVB=-0.055378;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124775;STB=0.5481;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00840991;OID=.;OPOS=56320200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:35:31:30:0.461538:19:12:9:25:19:11:10:25 chr19 56320663 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0236341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.994;QD=16.3859;RBI=0.062161;REFB=-0.0026547;REVB=0.0574928;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263859;STB=0.65587;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0039389;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:4:4:7:2:4:4 chr19 56321414 . C A 428.81 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.255;QD=57.1745;RBI=0.0722921;REFB=0;REVB=0.0659504;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699975;OID=.;OPOS=56321414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:15:15:0:0 chr19 56410222 . C T 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00129867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.609;QD=21.1288;RBI=0.0133191;REFB=-0.00955021;REVB=-0.0132556;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223253;STB=0.624891;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0175613;OID=.;OPOS=56410222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:15:6:12:10:15:6 chr19 56419263 . T C 272.79 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0138471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.437;QD=14.9474;RBI=0.0139198;REFB=-0.00579042;REVB=0.0014211;RO=41;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226765;STB=0.503729;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0164325;OID=.;OPOS=56419263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:19:12:15:26:19:12:16:26 chr19 56423074 . C G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00180717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.149;QD=6.25105;RBI=0.0257932;REFB=-0.00883775;REVB=-0.0257298;RO=17;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286369;STB=0.685106;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0509545;OID=.;OPOS=56423074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:2:4:7:10:2:4:7:10 chr19 56423254 . G A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00554378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5046;QD=25.4292;RBI=0.0167403;REFB=-0.0388936;REVB=-0.0157957;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575662;STB=0.531991;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0220335;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:12:10:8:7:12:10:8:7 chr19 56423668 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.403;QD=39.2068;RBI=0.0706658;REFB=0;REVB=-0.0543627;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000284942;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr19 56423692 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.095;QD=39.2067;RBI=0.0240475;REFB=0;REVB=-0.0165814;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75079e-06;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 56423728 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000424686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.611;QD=33.4285;RBI=0.0291592;REFB=0;REVB=-0.0291561;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000407489;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr19 56423893 . G A 723.86 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243167;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.717;QD=56.7733;RBI=0.0287552;REFB=0;REVB=-0.0153478;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422303;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr19 56424443 . T C 87.75 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.228;QD=38.9988;RBI=0.0305119;REFB=0;REVB=0.0111666;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304481;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr19 56424532 . G A 109.22 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0368841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9627;QD=14.0932;RBI=0.0403704;REFB=-0.0348336;REVB=-0.0164113;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19204;STB=0.613308;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0430563;OID=.;OPOS=56424532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:7:11:10:3:7:11 chr19 56443601 . T C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0196968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.088;QD=12.6376;RBI=0.0207163;REFB=-0.0185793;REVB=0.00641875;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195695;STB=0.615207;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0278148;OID=.;OPOS=56443601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:8:5:12:9:8:5:12:9 chr19 56459342 . C T 490.64 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0277002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.038;QD=56.0729;RBI=0.0794429;REFB=0.0318769;REVB=0.0744572;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000226183;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:0:1:16:18:0:1 chr19 56459614 . G C 619.72 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0792729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4162;QD=59.0208;RBI=0.0977064;REFB=-0.172908;REVB=0.0571169;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00856396;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:0:1:21:20:0:1 chr19 56473460 . T C 570.27 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00569023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.692;QD=20.5503;RBI=0.0179455;REFB=-0.00238351;REVB=0.0170195;RO=53;SAF=30;SAR=28;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424567;STB=0.523356;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00242046;OID=.;OPOS=56473460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:28:30:30:23:28:30:30:23 chr19 56477687 . A G 417.28 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1674;QD=53.8424;RBI=0.0402176;REFB=-0.190487;REVB=0.0369954;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0105628;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr19 56477710 . T C 44.21 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0114765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.78;QD=6.80154;RBI=0.0258054;REFB=-0.00951969;REVB=-0.0231129;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111678;STB=0.571225;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0546829;OID=.;OPOS=56477710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:10:9:4:3:10:9 chr19 56487603 . A G 395.69 PASS AF=0.376;AO=47;DP=127;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=-0.0222331;FXX=0.0157468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.345;QD=12.662;RBI=0.0252854;REFB=-0.0205282;REVB=-0.0120432;RO=76;SAF=28;SAR=19;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230226;STB=0.614816;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0474423;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:125:76:78:47:47:0.376:19:28:29:47:19:28:32:46 chr19 56490778 . C T 521.15 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00615805;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7692;QD=59.5597;RBI=0.0475233;REFB=0;REVB=0.0471227;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00290841;OID=.;OPOS=56490778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 56499279 . G C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.895;QD=53.2764;RBI=0.0879467;REFB=0;REVB=0.0126509;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042799;OID=.;OPOS=56499279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr19 56511082 . C G 374.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.029;QD=55.4243;RBI=0.0367355;REFB=0;REVB=0.0116475;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165579;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:16:11:0:0 chr19 56520150 . C G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00333059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.374;QD=9.49165;RBI=0.0264202;REFB=-0.00817666;REVB=-0.0262094;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.644856;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0202303;OID=.;OPOS=56520150;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:6:12:4:5:6:12 chr19 56539240 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.198;QD=57.5452;RBI=0.0183993;REFB=0;REVB=0.0168881;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20815e-05;OID=.;OPOS=56539240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr19 56565164 . G A 194.2 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0688444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.412;QD=24.2749;RBI=0.0742008;REFB=-0.046487;REVB=0.0276806;RO=13;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683169;STB=0.503813;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0178906;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:13:6:4:9:13:6:4:9 chr19 56663213 . GA G 36.43 PASS AF=0.380952;AO=9;DP=22;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0437881;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4593;QD=6.93906;RBI=0.095553;REFB=-0.109827;REVB=-0.0849292;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271144;STB=0.555414;STBP=0.77;TYPE=del;VARB=0.164204;OID=.;OPOS=56663214;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:9:22:8:21:13:5:3:7:6:36:12:5:4:7:5 chr19 56693620 . C G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00372843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.117;QD=16.0654;RBI=0.0229581;REFB=-0.00881318;REVB=-0.0226533;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309716;STB=0.676736;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0205093;OID=.;OPOS=56693620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:7:11:7:17:7:11:7:17 chr19 56694505 . C T 260.85 PASS AF=0.37037;AO=26;DP=78;FAO=30;FDP=81;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00587286;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.362;QD=12.8813;RBI=0.0125268;REFB=-0.0159658;REVB=-0.0110648;RO=37;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162119;STB=0.550424;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.034077;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:37:49:26:30:0.37037:16:10:20:17:20:10:20:29 chr19 56701774 . A T 216.3 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0198902;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.551;QD=12.7234;RBI=0.0304768;REFB=-0.00116395;REVB=-0.0230915;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445202;STB=0.513054;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00435398;OID=.;OPOS=56701774;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:40:42:26:26:0.382353:16:10:17:23:16:10:17:25 chr19 56701778 . A G 172.12 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0146035;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.641;QD=10.9282;RBI=0.0169561;REFB=-0.00639865;REVB=-0.00861667;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203388;STB=0.615283;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0128862;OID=.;OPOS=56701778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:39:41:22:22:0.349206:10:12:14:25:10:12:15:26 chr19 56718585 . A G 263.78 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0239396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7619;QD=12.8672;RBI=0.0359563;REFB=-0.00478836;REVB=-0.0268281;RO=51;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105546;STB=0.560683;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00828333;OID=.;OPOS=56718585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:51:51:31:31:0.378049:21:10:21:30:21:10:21:30 chr19 56719822 . G T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0114943;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.804;QD=11.4399;RBI=0.0500535;REFB=-0.011526;REVB=-0.0487159;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117403;STB=0.507027;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0188239;OID=.;OPOS=56719822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:11:3:2:7:11:3 chr19 56719853 . C A 56.55 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0198262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7643;QD=10.7708;RBI=0.0533464;REFB=-0.0291321;REVB=-0.0495254;RO=11;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09343;STB=0.545336;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00999453;OID=.;OPOS=56719853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:21:21:11:13:8:8:0.380952:2:6:9:2:2:6:9:4 chr19 56733425 . C A 378.4 PASS AF=0.425743;AO=42;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=0.00394113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.372;QD=14.9859;RBI=0.00495043;REFB=-0.0108169;REVB=-0.00299571;RO=58;SAF=13;SAR=29;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207792;STB=0.621549;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0116484;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:58:58:42:43:0.425743:29:13:29:29:30:13:29:29 chr19 56827938 . C A 630.8 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0870993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6028;QD=58.6788;RBI=0.0873838;REFB=-0.0578187;REVB=0.00704612;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199652;STB=0.510633;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000668449;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:23:18:0:1:23:19:0:1 chr19 56888450 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.116;QD=59.8392;RBI=0.0559312;REFB=0;REVB=0.0348666;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491843;OID=.;OPOS=56888450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr19 56935527 . A G 195.61 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424893;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.523;QD=48.9022;RBI=0.004538;REFB=0;REVB=-0.00159378;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538281;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr19 56953272 . G A 290.91 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0285103;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.273;QD=19.0764;RBI=0.033115;REFB=-0.00263588;REVB=0.0168454;RO=30;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011951;STB=0.506662;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00257858;OID=.;OPOS=56953272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:12:19:18:12:12:19:18:12 chr19 56953585 . T C 273.33 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0131331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.837;QD=45.5553;RBI=0.0256983;REFB=-0.165373;REVB=0.022089;RO=1;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280287;STB=0.529386;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00171735;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:22:22:0.916667:16:6:0:1:16:6:0:2 chr19 56953863 . T C 725.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7582;QD=56.9101;RBI=0.0246982;REFB=0;REVB=0.0217509;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399559;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr19 56981382 . T C 505.3 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0115375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.057;QD=22.71;RBI=0.0220393;REFB=0.00116216;REVB=0.0187781;RO=41;SAF=15;SAR=33;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158897;STB=0.587748;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.000696724;OID=.;OPOS=56981382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:41:41:48:48:0.539326:33:15:20:21:33:15:20:21 chr19 57036653 . G A 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00967684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8864;QD=45.79;RBI=0.0209321;REFB=0;REVB=0.018561;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152089;OID=.;OPOS=57036653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 57036678 . G A 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.693;QD=46.8346;RBI=0.0412776;REFB=0;REVB=-0.0410897;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429407;OID=.;OPOS=57036678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr19 57050515 . C G 61.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0364082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7057;QD=6.81826;RBI=0.0364083;REFB=-0.0184364;REVB=-9.21855e-05;RO=27;SAF=5;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157281;STB=0.565081;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0568383;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:27:27:8:9:0.25:3:5:20:7:3:6:20:7 chr19 57058998 . C G 108.65 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0619363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.668;QD=13.5808;RBI=0.0627665;REFB=0.0072613;REVB=-0.010175;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130454;STB=0.56593;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0113969;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:19:13:13:0.40625:10:3:6:12:10:3:6:13 chr19 57062058 . T G 108.64 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0516078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4115;QD=13.5794;RBI=0.0608253;REFB=-0.029282;REVB=-0.0321923;RO=19;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656314;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0385265;OID=.;OPOS=57062058;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:7:6:10:9:7:6:10:9 chr19 57062073 . T C 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00068864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.095;QD=20.1595;RBI=0.000752271;REFB=-0.00208634;REVB=-0.000302797;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00345762;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:7:9:7:7:7:9:7:7 chr19 57088850 . T C 395.92 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00371662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.843;QD=51.0864;RBI=0.00430888;REFB=0.0287523;REVB=0.00218018;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300185;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-5.74964e-05;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:30:31:1:1:28:30:0.967742:15:13:0:1:17:13:0:1 chr19 57089050 . C T 519.97 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5759;QD=59.4252;RBI=0.0605721;REFB=0;REVB=-0.00453053;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535405;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr19 57135195 . G A 330.94 PASS AF=0.373737;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=99;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0292132;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.473;QD=13.3711;RBI=0.0303665;REFB=-0.00469822;REVB=0.00828908;RO=62;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609092;STB=0.534878;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00703089;OID=.;OPOS=57135195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:62:62:37:37:0.373737:24:13:25:37:24:13:25:37 chr19 57175484 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5668;QD=37.4854;RBI=0.103753;REFB=0;REVB=-0.103347;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00766086;OID=.;OPOS=57175484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 57176198 . T G 775.46 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0534655;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.034;QD=55.3903;RBI=0.0543121;REFB=-0.137083;REVB=0.00955207;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00587707;OID=.;OPOS=57176198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:0:1 chr19 57176304 . T G 471.26 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123233;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.881;QD=58.9069;RBI=0.0463071;REFB=0;REVB=0.0446373;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280083;OID=.;OPOS=57176304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr19 57176482 . C T 1472.67 PASS AF=0.979592;AO=87;DP=89;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0538417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9651;QD=60.1091;RBI=0.0794989;REFB=-0.154922;REVB=0.0584906;RO=2;SAF=58;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160582;STB=0.507691;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0175382;OID=.;OPOS=57176482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:98:2:2:87:96:0.979592:29:58:2:0:32:64:2:0 chr19 57176820 . C A 653.79 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0525908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.009;QD=49.3427;RBI=0.052639;REFB=-0.16579;REVB=0.00225289;RO=4;SAF=18;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573239;STB=0.51707;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00262909;OID=.;OPOS=57176820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:4:3:49:50:0.943396:31:18:3:1:31:19:2:1 chr19 57176838 . C G 453.61 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0132133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.24;QD=54.9826;RBI=0.0135442;REFB=0.0353293;REVB=0.00297552;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.00015045;OID=.;OPOS=57176838;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:21:11:0:0:21:11:1:0 chr19 57293394 . A G 780.78 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.2382;QD=56.7841;RBI=0.036452;REFB=0;REVB=0.0286845;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63048e-05;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr19 57293831 . G A 73.41 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.103482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7127;QD=9.47261;RBI=0.103973;REFB=0.00513822;REVB=-0.0100857;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=-0.0226118;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:7:14:6:4:7:14 chr19 57325083 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0049854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.471;QD=12.1823;RBI=0.0112196;REFB=-0.0113685;REVB=-0.0100511;RO=13;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424961;STB=0.739126;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0175195;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:1:9:8:5:1:9:10:5 chr19 57327503 . A G 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0127488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.172;QD=19.9054;RBI=0.0192887;REFB=-0.00463042;REVB=-0.0144748;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155104;STB=0.585817;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00368341;OID=.;OPOS=57327503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:13:17:20:7:13:17:20:7 chr19 57433619 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.572;QD=57.2025;RBI=0.015081;REFB=0;REVB=0.00187367;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02611e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 57641146 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000859954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.417;QD=52.6132;RBI=0.0261243;REFB=0;REVB=0.0261101;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017415;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr19 57641799 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.559;QD=39.2068;RBI=0.0463195;REFB=0;REVB=0.0283994;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707229;OID=.;OPOS=57641799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr19 57642782 . C A 329.89 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000233735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6026;QD=52.7827;RBI=0.0248127;REFB=0;REVB=0.0248116;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143908;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:9:16:0:0 chr19 57643051 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.513;QD=63.2848;RBI=0.0234062;REFB=0;REVB=-0.00457111;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38592e-05;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr19 57643099 . G A 357.15 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4342;QD=54.9462;RBI=0.021283;REFB=0;REVB=-0.0138808;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000660661;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr19 57647015 . A G,T 525.21 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=32,4;DP=36;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022816,-0.00948643;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=57.0284,99.4057;QD=58.357;RBI=0.074569,0.0108922;REFB=0,0;REVB=0.0709927,0.00535231;RO=0;SAF=19,2;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00596544,0.15637;OID=.,.;OPOS=57647015,57647015;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:36:0:0:32,4:33,3:0.916667,0.0833333:13,2:19,2:0:0:13,2:20,1:0:0 chr19 57647236 . T C 400.08 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0143959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.944;QD=53.3442;RBI=0.0366381;REFB=-0.0518398;REVB=0.0336914;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404624;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000759917;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:0:1:11:18:0:1 chr19 57649901 . G A 623.39 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000453449;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.584;QD=59.3705;RBI=0.0179511;REFB=-0.0789936;REVB=0.0179454;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=6.99986e-05;OID=.;OPOS=57649901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:16:24:0:0:17:24:0:1 chr19 57649940 . A T 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.211;QD=61.6811;RBI=0.0617649;REFB=0;REVB=0.0363878;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000507622;OID=.;OPOS=57649940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr19 57723007 . G C 272.12 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0502691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.052;QD=17.2772;RBI=0.0508571;REFB=-0.016747;REVB=-0.00771057;RO=33;SAF=12;SAR=18;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00590211;STB=0.503309;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0208157;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:18:12:13:20:18:12:13:20 chr19 57723013 . G A 233.21 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0285798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.147;QD=15.0457;RBI=0.0453642;REFB=-0.0156794;REVB=-0.0352293;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374231;STB=0.521181;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0157311;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:13:22:16:11:13:22 chr19 57742472 . G C 142.59 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0296061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4048;QD=14.2593;RBI=0.0423;REFB=-0.00854702;REVB=0.030212;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143153;STB=0.564438;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0107127;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:8:7:8:16:9:7:8:16 chr19 57742489 . C T 115.75 PASS AF=0.4;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0227978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0331;QD=13.2282;RBI=0.0255876;REFB=-0.0283477;REVB=-0.0116184;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381561;STB=0.52937;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0460311;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:20:21:13:14:0.4:8:5:7:13:8:6:8:13 chr19 57742493 . AGGACGAGCAGGATT A 49.69 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00679101;FXX=0;HRUN=2;LEN=14;MLLD=391.695;QD=8.6409;RBI=0.00756394;REFB=-0.0134138;REVB=-0.00333098;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.529339;STBP=0.848;TYPE=del;VARB=0.0232476;OID=.;OPOS=57742494;OREF=GGACGAGCAGGATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:23:8:23:15:3:5:5:10:49:14:3:5:5:9 chr19 57764928 . G C 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00618857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.468;QD=24.0302;RBI=0.0193964;REFB=-0.0179014;REVB=-0.0183826;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593147;STB=0.533289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0106553;OID=.;OPOS=57764928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:4:5:7:8:4:5 chr19 57868336 . A G 124.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.841;QD=41.6646;RBI=0.0211173;REFB=0;REVB=2.66573e-05;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293343;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:7:5:0:0 chr19 57909872 . G A 872.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137531;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4726;QD=58.1918;RBI=0.0172637;REFB=0;REVB=0.0104349;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133967;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:34:25:0:0:35:25:0:0 chr19 57955244 . A G 201.31 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0121477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.831;QD=28.7582;RBI=0.0210925;REFB=-0.00164121;REVB=0.0172431;RO=9;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195052;STB=0.608574;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00105134;OID=.;OPOS=57955244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:14:5:5:4:14:5:5:4 chr19 57956828 . T G 162.15 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00437302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7629;QD=19.6552;RBI=0.0305085;REFB=-0.0213725;REVB=0.0301934;RO=16;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232656;STB=0.631428;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.021783;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:7:10:5:11:7:10:5:11 chr19 57967049 . G T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00214907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6802;QD=26.3053;RBI=0.00219386;REFB=-0.0214567;REVB=0.000441043;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148218;STB=0.582096;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0144078;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:4:9:10:11:4:9 chr19 57967133 . G A 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00940407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3255;QD=24.2912;RBI=0.0129656;REFB=-0.0480498;REVB=0.00892588;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158253;STB=0.588144;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0296737;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:4:9:9:10:4:9 chr19 57984426 . C A 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.034479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.5;QD=27.6508;RBI=0.0415877;REFB=-0.00682752;REVB=-0.0232537;RO=9;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30874;STB=0.672867;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00187729;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:14:4:6:3:14:4:6:3 chr19 57984918 . A G 136.13 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=7;FWDB=-0.0241639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.815;QD=10.4715;RBI=0.0780491;REFB=-0.0119993;REVB=0.0742143;RO=34;SAF=12;SAR=5;SRF=27;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128725;STB=0.581308;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0288922;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:5:12:27:7:5:12:28:7 chr19 57985460 . T A 715.48 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0205729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5144;QD=53.9982;RBI=0.0450433;REFB=-0.132245;REVB=-0.0400707;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00279827;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:20:32:1:0:20:32:1:0 chr19 57985566 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00876252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.166;QD=59.8559;RBI=0.064525;REFB=0;REVB=0.0639273;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105444;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:28:43:0:0:28:43:0:0 chr19 57987895 . C T 207.94 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.000493291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.376;QD=13.4157;RBI=0.00994696;REFB=-0.0115657;REVB=-0.00993472;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302089;STB=0.505614;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0167408;OID=.;OPOS=57987895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:9:16:24:12:9:16:24:13 chr19 57987905 . G A 426.88 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00770616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.339;QD=24.7469;RBI=0.0270359;REFB=-0.0180822;REVB=0.0259144;RO=28;SAF=27;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016596;STB=0.509086;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0119159;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:14:27:19:9:14:27:19:9 chr19 57988666 . A AGCC 75.11 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.05199;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=168.465;QD=11.1281;RBI=0.0522484;REFB=-0.0281395;REVB=0.00518928;RO=20;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531912;STB=0.810985;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.0437798;OID=.;OPOS=57988667;OREF=-;OALT=GCC;OMAPALT=AGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:30:10:27:17:2:8:12:5:75:20:2:8:14:6 chr19 58002964 . G C 1361.75 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0092565;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.455;QD=62.6094;RBI=0.0162815;REFB=0;REVB=-0.0133942;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.48004e-05;OID=.;OPOS=58002964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chr19 58003141 . A G 106.58 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0559718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9855;QD=35.5278;RBI=0.0689333;REFB=-0.0921365;REVB=-0.0402363;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00177346;OID=.;OPOS=58003141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:10:11:0.916667:6:4:0:1:7:4:0:1 chr19 58003580 . A G 1360.99 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108035;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.57;QD=62.5743;RBI=0.0143876;REFB=0;REVB=0.00950199;RO=0;SAF=26;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33725e-06;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:60:26:0:0:61:26:0:0 chr19 58003613 . C T 1188.12 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481289;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2779;QD=60.1582;RBI=0.0501413;REFB=0;REVB=0.0140628;RO=0;SAF=17;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600609;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:75:79:1:58:17:0:0:61:18:0:0 chr19 58004346 . G C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2224;QD=58.1391;RBI=0.0891966;REFB=0;REVB=0.0313107;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992171;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr19 58038963 . AT AA,A 1194.48 PASS AF=0.974684,0.0253165;AO=68,10;DP=80;FAO=77,2;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37,1;FSAR=40,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254933,-0.191325;FXX=0.0124984;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.8673,25.6978;QD=60.48;RBI=0.123481,0.209815;REFB=0,0;REVB=0.120821,-0.0861216;RO=0;SAF=35,2;SAR=33,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.00127967,0.0657494;OID=.,.;OPOS=58038964,58038964;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.974684,0.0253165:68,10:80:77,2:79:0:37,1:40,1:0:0:5:0:35,2:33,8:0:0 chr19 58049243 . G A 160.08 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00562983;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.052;QD=16.4188;RBI=0.0120043;REFB=-0.00257189;REVB=-0.0106023;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172774;STB=0.50908;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00356174;OID=.;OPOS=58049243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:16:17:0.435897:7:9:12:10:8:9:12:10 chr19 58049647 . CT AT,C 83.67 PASS AF=0.0769231,0.384615;AO=2,10;DP=27;FAO=2,10;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=0,9;FSAR=2,1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0121063,-0.0851574;FXX=0.0370233;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=49.4492,20.8465;QD=12.8729;RBI=0.0395932,0.0950384;REFB=0.000788366,-0.0422828;REVB=-0.037697,0.0421962;RO=13;SAF=0,9;SAR=2,1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.206687;SSSB=-0.569211,0.486332;STB=0.994416,0.81741;STBP=0.159,0.031;TYPE=snp,del;VARB=0.12351,0.0286703;OID=.,.;OPOS=58049647,58049648;OREF=C,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:70:27:26:13:14:2,10:2,10:0.0769231,0.384615:2,1:0,9:7:6:2,1:0,9:7:7 chr19 58058536 . A G 233.45 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0126844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.322;QD=15.061;RBI=0.0442733;REFB=-0.0152581;REVB=-0.0424174;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217077;STB=0.512306;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0196408;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:16:11:15:20:16:11:15:20 chr19 58101879 . A G 219.25 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0452177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.144;QD=28.2897;RBI=0.0455231;REFB=-0.0132652;REVB=0.00526433;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507685;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0076563;OID=.;OPOS=58101879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:31:10:10:20:21:0.677419:10:10:5:5:11:10:5:5 chr19 58117083 . A G 93.26 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0161454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.307;QD=9.81652;RBI=0.0176249;REFB=-0.0102695;REVB=0.00706855;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139783;STB=0.552545;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0177084;OID=.;OPOS=58117083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:38:26:26:11:12:0.315789:5:6:11:15:6:6:11:15 chr19 58117223 . T A 239.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.336;QD=50.3908;RBI=0.0434546;REFB=0;REVB=-0.00713227;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415016;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr19 58144715 . A G 184.64 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0105978;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.052;QD=17.5847;RBI=0.025979;REFB=-0.015223;REVB=-0.0237191;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00687748;STB=0.513355;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00982846;OID=.;OPOS=58144715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:23:19:19:0.452381:7:12:15:9:7:12:14:9 chr19 58145230 . C T 131.41 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0253035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.776;QD=13.4777;RBI=0.0291707;REFB=-0.00966085;REVB=-0.0145143;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103647;STB=0.536793;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0183071;OID=.;OPOS=58145230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:22:24:15:15:0.384615:9:6:11:11:9:6:11:13 chr19 58151286 . T C 198.95 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.015133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.926;QD=11.3687;RBI=0.0457248;REFB=-0.0113679;REVB=-0.043148;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790948;STB=0.545835;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0327324;OID=.;OPOS=58151286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:23:22:14:11:23:22 chr19 58152361 . T A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0317702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.275;QD=9.44328;RBI=0.0334248;REFB=-0.015634;REVB=-0.0103859;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0249011;OID=.;OPOS=58152361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:6:4:4:2:6:4 chr19 58152795 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0107044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.06;QD=12.3289;RBI=0.0167133;REFB=-0.0379735;REVB=-0.0128355;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285657;STB=0.66849;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0409354;OID=.;OPOS=58152795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:11:6:7:4:11:6 chr19 58152817 . G C 57.34 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0118963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6795;QD=9.17468;RBI=0.0154026;REFB=-0.0308185;REVB=-0.00978363;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0526259;OID=.;OPOS=58152817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:24:25:14:16:8:9:0.36:4:4:9:5:4:5:11:5 chr19 58153000 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0137709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.267;QD=12.7299;RBI=0.0147722;REFB=0.00113306;REVB=0.0053462;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196246;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.000456909;OID=.;OPOS=58153000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:3:9:5:4:3:9 chr19 58153009 . C T 58.47 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0309452;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.971;QD=12.3099;RBI=0.0309593;REFB=-0.0324614;REVB=-0.000934937;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252187;STB=0.631272;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0403716;OID=.;OPOS=58153009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:12:11:8:8:0.421053:4:4:3:9:4:4:3:8 chr19 58198269 . G C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000500704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.666;QD=9.7602;RBI=0.0125175;REFB=-0.0113708;REVB=-0.0125075;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0210586;OID=.;OPOS=58198269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr19 58200099 . T C 116.25 PASS AF=0.538462;AO=12;DP=24;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00156338;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.1519;QD=17.8841;RBI=0.00335874;REFB=-0.000839811;REVB=-0.0029727;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533285;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00321498;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:12:12:12:14:0.538462:6:6:6:6:6:8:6:6 chr19 58200628 . G T 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0128536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4932;QD=20.3162;RBI=0.0194267;REFB=-0.0119058;REVB=-0.0145665;RO=18;SAF=5;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274686;STB=0.656076;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0208101;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:14:5:10:8:14:5:10:8 chr19 58201360 . C T 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.010628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.549;QD=18.6366;RBI=0.0399441;REFB=-0.01003;REVB=0.0385042;RO=15;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225385;STB=0.532745;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00903329;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:10:6:6:9:10:6:7:9 chr19 58213952 . C A 186.82 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0620067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1532;QD=10.83;RBI=0.0624883;REFB=1.06992e-05;REVB=-0.0077434;RO=45;SAF=14;SAR=10;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192894;STB=0.511213;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00196873;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:45:45:24:24:0.347826:10:14:27:18:10:14:27:18 chr19 58258466 . G T 51.04 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00277073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.839;QD=5.37246;RBI=0.0146956;REFB=-0.00164374;REVB=-0.0144321;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380372;STB=0.749376;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00858783;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:13:17:2:6:13:17 chr19 58301766 . TG T 253.0 PASS AF=0.46;AO=39;DP=98;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.223329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5712;QD=10.1201;RBI=0.237951;REFB=-0.0243785;REVB=-0.0821263;RO=52;SAF=8;SAR=31;SRF=21;SRR=31;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=-0.253384;STB=0.537556;STBP=0.52;TYPE=del;VARB=0.0180055;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.46:39:98:46:100:54:15:31:21:33:99:52:8:31:21:31 chr19 58352522 . G A 683.29 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000705499;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.604;QD=52.561;RBI=0.00587408;REFB=-0.128164;REVB=0.00583155;RO=1;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136468;STB=0.51428;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00558609;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:52:1:2:50:50:0.961538:34:16:0:1:34:16:0:2 chr19 58370727 . T G 60.16 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0349201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.573;QD=5.8691;RBI=0.0508657;REFB=-0.00862045;REVB=-0.0369853;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166136;STB=0.591331;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0314402;OID=.;OPOS=58370727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:41:30:32:9:9:0.219512:7:2:10:20:7:2:10:22 chr19 58374130 . C T 238.32 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00918267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.018;QD=27.2362;RBI=0.00924974;REFB=-0.030324;REVB=0.00111193;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180237;STB=0.58755;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0194733;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:13:21:22:0.628571:12:9:9:4:12:10:9:4 chr19 58420152 . C A 144.89 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0121737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.449;QD=10.1677;RBI=0.0163144;REFB=0.00065115;REVB=-0.0108609;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17746;STB=0.604287;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00284034;OID=.;OPOS=58420152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:38:19:19:0.333333:11:8:22:16:11:8:22:16 chr19 58420162 . T C 89.78 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0258624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5255;QD=7.48183;RBI=0.0334868;REFB=0.00343869;REVB=0.0212722;RO=36;SAF=4;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297233;STB=0.684628;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0120901;OID=.;OPOS=58420162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:8:4:21:15:8:4:21:15 chr19 58420167 . T C 90.42 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0085063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.445;QD=7.86228;RBI=0.0384952;REFB=0.00538704;REVB=0.0375437;RO=34;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39285;STB=0.73936;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.0133509;OID=.;OPOS=58420167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:8:4:23:11:8:4:23:11 chr19 58420699 . C A 129.13 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0260123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.045;QD=10.7605;RBI=0.0260123;REFB=-0.0361815;REVB=-8.49494e-06;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315568;STB=0.578837;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0507186;OID=.;OPOS=58420699;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:33:10:15:0.3125:4:6:20:12:4:11:21:12 chr19 58421128 . C T 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0133525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2327;QD=18.8865;RBI=0.0164042;REFB=-0.0255953;REVB=-0.00952931;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199671;STB=0.615111;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00629495;OID=.;OPOS=58421128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:4:1:4:4:4:1 chr19 58455381 . C T 226.3 PASS AF=0.52381;AO=19;DP=39;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0596959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.655;QD=21.5523;RBI=0.0599435;REFB=-0.000106862;REVB=0.00544253;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303562;STB=0.526292;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000348574;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:20:20:19:22:0.52381:12:7:8:12:12:10:8:12 chr19 58600048 . C T 116.2 PASS AF=0.565217;AO=6;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00638963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.45;QD=20.2089;RBI=0.014651;REFB=-0.0237326;REVB=0.0131843;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203317;STB=0.719067;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.016402;OID=.;OPOS=58600048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:6:13:0.565217:3:3:7:3:10:3:7:3 chr19 58640198 . G A 60.28 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0178956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2584;QD=17.2223;RBI=0.0410107;REFB=0.00810747;REVB=0.0369002;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00734785;OID=.;OPOS=58640198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:5:6:8:8:0.571429:4:4:3:2:4:4:3:3 chr19 58718332 . C T 160.62 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0292346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.66;QD=22.1544;RBI=0.0326228;REFB=-0.0149892;REVB=0.0144772;RO=12;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857078;STB=0.547891;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.012919;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:12:12:17:17:0.586207:6:11:9:3:6:11:9:3 chr19 58718360 . A AG,G 224.05 PASS AF=1,0;AO=12,2;DP=20;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434864,-0.0348029;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.7317,157.734;QD=47.1674;RBI=0.0678093,0.0361453;REFB=0,0;REVB=-0.0520291,0.00975947;RO=6;SAF=10,2;SAR=2,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.20841,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00140357,0;OID=.,.;OPOS=58718361,58718360;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:6:0:12,2:19,0:1,0:2,0:10,2:6:0:2,0:17,0:0:0 chr19 58774071 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.539;QD=46.9594;RBI=0.0394873;REFB=-0.0832819;REVB=0.0114254;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00712934;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:1:0:9:11:1:0 chr19 58790675 . T C 439.93 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9468;QD=56.7653;RBI=0.00935455;REFB=0;REVB=0.00290911;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47437e-05;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:24:6:0:0:24:7:0:0 chr19 58790713 . G C 219.07 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0311738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4605;QD=39.83;RBI=0.0416311;REFB=-0.0161371;REVB=0.0275924;RO=3;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121159;STB=0.5664;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0148291;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:14:5:2:1:14:5:2:1 chr19 58806083 . T C 446.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2122;QD=57.6601;RBI=0.0593643;REFB=0;REVB=0.058862;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660935;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:11:19:0:0:12:19:0:0 chr19 58851130 . C CT 193.06 PASS AF=0.447368;AO=31;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0135285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.8517;QD=10.1613;RBI=0.0333229;REFB=-0.000486235;REVB=0.0304532;RO=42;SAF=13;SAR=18;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224163;STB=0.625882;STBP=0.056;TYPE=ins;VARB=-0.00911078;OID=.;OPOS=58851131;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447368:31:76:34:76:42:14:20:27:15:99:42:13:18:27:15 chr19 58864479 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0455286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.806;QD=8.81103;RBI=0.0460743;REFB=-0.014886;REVB=-0.00706967;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340216;STB=0.705311;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0310958;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:2:9:3:3:2:9 chr19 58870087 . TG T 166.78 PASS AF=0.45;AO=22;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=8;FWDB=-0.0498792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.0025;QD=11.1186;RBI=0.0534584;REFB=0.00574033;REVB=0.0192319;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=-0.231259;STB=0.615306;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=-0.0141257;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:22:60:27:60:33:15:12:25:8:99:33:12:10:25:8 chr19 58880184 . T C 301.27 PASS AF=0.404762;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0155247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.012;QD=14.3461;RBI=0.0245217;REFB=-0.0117936;REVB=-0.0189815;RO=48;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985401;STB=0.582125;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0133922;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:48:50:32:34:0.404762:15:17:21:27:15:19:21:29 chr19 58880242 . T C 310.15 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.00663399;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.967;QD=15.7038;RBI=0.00749274;REFB=-0.000715695;REVB=-0.00348301;RO=43;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146232;STB=0.57914;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00124494;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:45:34:34:0.43038:18:16:14:29:18:16:15:30 chr19 58904396 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00625469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5241;QD=18.9487;RBI=0.0247617;REFB=0.00801688;REVB=0.0239588;RO=27;SAF=20;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313253;STB=0.675546;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.00596781;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:8:20:10:17:8:20:10:17 chr19 58945962 . C T 305.01 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.312;QD=53.0449;RBI=0.0432318;REFB=0;REVB=0.034957;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032799;OID=.;OPOS=58945962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:12:9:0:0:14:9:0:0 chr19 58982044 . C T 165.02 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0697996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9981;QD=14.0438;RBI=0.0708721;REFB=-0.0127819;REVB=0.0122832;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128473;STB=0.574387;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0191173;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:11:18:9:9:11:18 chr19 58982384 . A G 753.64 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.49;QD=62.8037;RBI=0.058377;REFB=0;REVB=0.0296918;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.64435e-05;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:43:48:1:22:21:0:0:23:25:0:0 chr19 58991743 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00751824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.017;QD=21.17;RBI=0.00755192;REFB=-0.054204;REVB=-0.000712478;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21311;STB=0.624624;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0159572;OID=.;OPOS=58991743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:1:2:2:5:1:2 chr19 59059729 . G A 140.62 PASS AF=0.316667;AO=18;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0134562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.318;QD=9.37446;RBI=0.0331075;REFB=-0.0104545;REVB=0.0302496;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116167;STB=0.557463;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0136124;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:40:41:18:19:0.316667:9:9:24:16:9:10:25:16 chr19 59061357 . C T 136.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0879481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8277;QD=18.2394;RBI=0.0880009;REFB=-0.0134744;REVB=0.00304764;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208276;STB=0.604508;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.018523;OID=.;OPOS=59061357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:5:10:6:8:5:10:7:8 chr19 59068128 . G T 40.69 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=72;FAO=8;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.0112205;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=32.7617;QD=2.26047;RBI=0.0130571;REFB=-0.00722268;REVB=-0.00667754;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=38;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715991;STB=0.933897;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.010373;OID=.;OPOS=59068128;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:72:72:45:62:7:8:0.111111:6:1:38:7:7:1:46:16 chr19 59074429 . C T 298.03 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0522775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6704;QD=29.8032;RBI=0.0525788;REFB=-0.0203639;REVB=0.00562122;RO=14;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105599;STB=0.558328;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0182971;OID=.;OPOS=59074429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:20:6:5:9:20:6:5:9 chr19 59082368 . C T 572.52 PASS AF=0.429577;AO=61;DP=143;FAO=61;FDP=142;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=0.00578191;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.194;QD=16.1273;RBI=0.0303995;REFB=-0.00672312;REVB=0.0298446;RO=78;SAF=30;SAR=31;SRF=39;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0082369;STB=0.501154;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00782767;OID=.;OPOS=59082368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:78:81:61:61:0.429577:31:30:39:39:31:30:40:41 chr20 76962 . T C 673.84 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.205389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.824;QD=62.683;RBI=0.205943;REFB=0;REVB=0.0150953;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007955;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:37:43:1:15:22:0:0:15:28:0:0 chr20 126155 . GCAAA G 215.91 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00121759;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=4;MLLD=294.318;QD=20.0848;RBI=0.00702688;REFB=-0.00684643;REVB=-0.00692059;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806612;STB=0.542332;STBP=0.608;TYPE=del;VARB=0.00768908;OID=.;OPOS=126156;OREF=CAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488372:21:44:21:43:22:7:14:9:13:99:19:7:14:8:11 chr20 126310 . ACC A 236.77 PASS AF=0.421053;AO=39;DP=95;FAO=40;FDP=95;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.029069;FXX=0.0104156;HRUN=5;LEN=2;MLLD=32.3784;QD=9.96922;RBI=0.0934832;REFB=0.0154408;REVB=0.0888488;RO=46;SAF=23;SAR=16;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669459;STB=0.549047;STBP=0.419;TYPE=del;VARB=-0.0165166;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:39:95:40:95:55:23:17:27:28:99:46:23:16:24:22 chr20 138178 . GCCT GCT,GCTG 1067.13 PASS AF=0.96,0.04;AO=61,3;DP=75;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39,3;FSAR=33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.081221,-0.0205378;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=25.4567,7.12282;QD=56.9136;RBI=0.0814618,0.038762;REFB=0,0;REVB=0.00625933,0.0328739;RO=0;SAF=32,3;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00200176,-0.0404598;OID=.,.;OPOS=138179,138180;OREF=C,CT;OALT=-,TG;OMAPALT=GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96,0.04:61,3:75:72,3:75:0:39,3:33,0:0:0:7:0:32,3:29,0:0:0 chr20 168728 . T A 832.58 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0170808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.215;QD=52.8624;RBI=0.0205845;REFB=-0.133603;REVB=-0.0114877;RO=3;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212542;STB=0.511274;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.000857163;OID=.;OPOS=168728;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:26:34:1:2:26:34:1:2 chr20 238435 . CTGGTCT C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239902;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=289.829;QD=60.2307;RBI=0.0452905;REFB=0;REVB=0.0384148;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000144959;OID=.;OPOS=238436;OREF=TGGTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:37:37:37:0:5:32:0:0:4:0:5:32:0:0 chr20 256727 . T A 221.03 PASS AF=0.402985;AO=22;DP=64;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00786175;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.822;QD=13.1956;RBI=0.0156792;REFB=-0.0168413;REVB=0.0135658;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554305;STB=0.585302;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0492026;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:40:40:22:27:0.402985:11:11:22:18:16:11:22:18 chr20 257733 . A G 219.74 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00743118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.575;QD=15.9811;RBI=0.00814441;REFB=-0.0201521;REVB=0.00333302;RO=30;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775915;STB=0.543825;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0186359;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:12:13:18:12:12:13:18:12 chr20 259969 . G C 2586.36 PASS AF=0.982759;AO=169;DP=173;FAO=171;FDP=174;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=141;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.028757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9289;QD=59.4566;RBI=0.0319305;REFB=-0.141847;REVB=0.0138778;RO=2;SAF=29;SAR=140;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127381;STB=0.504676;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00184599;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:173:174:2:3:169:171:0.982759:140:29:1:1:141:30:1:2 chr20 389376 . C G 30.41 PASS AF=0.0970874;AO=12;DP=99;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.0159766;FXX=0.0282992;HRUN=7;LEN=1;MLLD=41.0241;QD=1.18091;RBI=0.0573792;REFB=-0.00294188;REVB=-0.0551101;RO=79;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268049;STB=0.625518;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.030713;OID=.;OPOS=389376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:99:103:79:93:12:10:0.0970874:9:3:36:43:7:3:40:53 chr20 391170 . C T 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997693;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7525;QD=49.6934;RBI=0.0681058;REFB=0;REVB=-0.067371;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140899;OID=.;OPOS=391170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr20 397928 . C T 1237.89 PASS AF=1;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213881;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5396;QD=61.8943;RBI=0.0536511;REFB=0;REVB=0.0492035;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389275;OID=.;OPOS=397928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:80:0:0:79:80:1:36:43:0:0:36:44:0:0 chr20 401613 . C T 693.23 PASS AF=0.474359;AO=73;DP=155;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=0.0190298;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.37;QD=17.7751;RBI=0.0267253;REFB=-0.0338518;REVB=0.0187646;RO=82;SAF=38;SAR=35;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798889;STB=0.50781;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0408504;OID=.;OPOS=401613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:82:82:73:74:0.474359:35:38:42:40:35:39:42:40 chr20 418199 . T A 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.058;QD=60.2037;RBI=0.0659886;REFB=0;REVB=0.0618973;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019204;OID=.;OPOS=418199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:38:35:0:0:38:35:0:0 chr20 590542 . CG GC 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00401066;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.561;QD=50.4073;RBI=0.0075847;REFB=0;REVB=0.00643757;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000212507;OID=.;OPOS=590542;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr20 628890 . T C 306.36 PASS AF=0.6;AO=26;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0680441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1572;QD=27.2323;RBI=0.0697784;REFB=-0.00995006;REVB=-0.0154605;RO=17;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00829872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433489;OID=.;OPOS=628890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:26:27:0.6:11:15:10:7:12:15:10:8 chr20 741847 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.123;QD=58.0609;RBI=0.0217546;REFB=0;REVB=-0.00952732;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49232e-05;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr20 744570 . G A 2646.26 PASS AF=0.947644;AO=176;DP=190;FAO=181;FDP=191;FR=.;FRO=10;FSAF=111;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0130253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.157;QD=55.419;RBI=0.0595755;REFB=-0.235254;REVB=0.0581342;RO=2;SAF=110;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00284959;STB=0.511706;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00143613;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:190:191:2:10:176:181:0.947644:66:110:1:1:70:111:4:6 chr20 825678 . T C 255.6 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0163485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.3781;QD=15.729;RBI=0.0187691;REFB=-0.0177618;REVB=-0.00921994;RO=35;SAF=27;SAR=2;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497124;STB=0.787237;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0301977;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:2:27:23:12:2:27:24:12 chr20 826513 . C G 370.05 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.000136225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4749;QD=19.736;RBI=0.00902906;REFB=0.0056468;REVB=-0.00902803;RO=37;SAF=19;SAR=19;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132304;STB=0.573296;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00766511;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:37:37:38:38:0.506667:19:19:13:24:19:19:13:24 chr20 826666 . G T 126.17 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0221014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.509;QD=10.9711;RBI=0.030512;REFB=-0.0093115;REVB=-0.0210359;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150051;STB=0.578841;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0221664;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:31:15:15:0.326087:6:9:14:16:6:9:15:16 chr20 853433 . GTTG GT,GTG,GTGG 638.89 PASS AF=0,0.980392,0;AO=13,20,16;DP=53;FAO=0,50,0;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33,0;FSAR=0,17,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.205852,-0.0450966,-0.249484;FXX=0.0192271;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=14.5965,20.4299,16.3595;QD=50.1091;RBI=0.471393,0.0480985,0.474709;REFB=-0.213013,-0.0300138,0.141723;REVB=-0.424071,-0.0167263,0.403865;RO=1;SAF=2,15,15;SAR=11,5,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.17901,-0.0297497,-0.0295327;STB=0.5,0.50746,0.5;STBP=1,0.623,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0417225,-0.000482596,0.00488718;OID=.,.,.;OPOS=853435,853434,853435;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.980392,0:13,20,16:53:0,50,0:51:1:0,33,0:0,17,0:1:0:4:1:2,15,15:11,5,1:1:0 chr20 853502 . G A 496.75 PASS AF=0.45;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0322782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9959;QD=16.5585;RBI=0.0561999;REFB=-0.00669717;REVB=0.0460059;RO=66;SAF=21;SAR=33;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362958;STB=0.520263;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00913917;OID=.;OPOS=853502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:66:66:54:54:0.45:33:21:28:38:33:21:28:38 chr20 854940 . T C 435.83 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0768411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6949;QD=54.479;RBI=0.0769537;REFB=-0.0990142;REVB=0.00416036;RO=1;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00362147;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:13:18:0:1:13:18:0:1 chr20 860426 . G A 239.21 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0114096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.284;QD=20.8006;RBI=0.0171291;REFB=-0.00394583;REVB=-0.012776;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825497;STB=0.546517;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00450412;OID=.;OPOS=860426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:10:13:15:8:10:13 chr20 896790 . T A 258.22 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00527136;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.094;QD=16.1389;RBI=0.0119028;REFB=-0.0254369;REVB=0.0106719;RO=34;SAF=13;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152749;STB=0.591505;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0304058;OID=.;OPOS=896790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:35:29:29:0.453125:16:13:10:24:16:13:10:25 chr20 939130 . T A 112.37 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.000739882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.2432;QD=10.2152;RBI=0.0139015;REFB=-0.0724468;REVB=0.0138818;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239631;STB=0.63464;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00216342;OID=.;OPOS=939130;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:47:44:23:26:13:13:0.295455:4:9:11:12:4:9:13:13 chr20 939161 . A G 128.78 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0464244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1359;QD=12.5642;RBI=0.0488745;REFB=0.00251304;REVB=0.0152805;RO=26;SAF=12;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434117;STB=0.757529;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00175546;OID=.;OPOS=939161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:3:12:11:15:3:12:11:15 chr20 1115919 . A G 175.46 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0511;QD=46.7891;RBI=0.0186738;REFB=0;REVB=0.0145813;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494307;OID=.;OPOS=1115919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr20 1285933 . G A 598.45 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=93;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0233862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.495;QD=25.7396;RBI=0.0264658;REFB=-0.0263527;REVB=0.0123904;RO=39;SAF=36;SAR=18;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106119;STB=0.558117;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.019111;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:39:39:54:54:0.580645:18:36:21:18:18:36:21:18 chr20 1291076 . G C 922.53 PASS AF=0.984615;AO=61;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0668469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.086;QD=56.771;RBI=0.0711049;REFB=-0.133456;REVB=0.0242364;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00172731;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:0:1:61:64:0.984615:29:32:0:0:30:34:1:0 chr20 1293008 . C T 1533.34 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.686;QD=62.5852;RBI=0.0296644;REFB=-0.0877236;REVB=0.0172634;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.504761;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000276433;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:52:45:0:0:52:45:0:1 chr20 1298794 . G A 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9375;QD=62.6677;RBI=0.0439343;REFB=0;REVB=0.0157012;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202425;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr20 1350672 . T C 149.1 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0306477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.076;QD=9.61957;RBI=0.0323415;REFB=-0.00213938;REVB=-0.0103292;RO=41;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215559;STB=0.619944;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00561318;OID=.;OPOS=1350672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:41:42:20:20:0.322581:7:13:19:22:7:13:20:22 chr20 1424303 . G A 753.88 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9149;QD=61.5414;RBI=0.018245;REFB=-0.139962;REVB=-0.00634666;RO=1;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030326;STB=0.516122;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00168144;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:15:33:0:1:15:33:0:1 chr20 1426393 . C T 2778.44 PASS AF=1;AO=178;DP=178;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0408313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3923;QD=62.4369;RBI=0.0408934;REFB=0;REVB=-0.00225287;RO=0;SAF=87;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.90327e-05;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:178:178:0:0:178:178:1:91:87:0:0:91:87:0:0 chr20 1457910 . C A 1667.0 PASS AF=0.97479;AO=110;DP=116;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0108426;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.0682;QD=56.0335;RBI=0.0108626;REFB=-0.150291;REVB=-0.000658066;RO=4;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327036;STB=0.512603;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00276755;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:119:4:3:110:116:0.97479:56:54:0:4:58:58:0:3 chr20 1459060 . T G 746.92 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00674942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.888;QD=63.568;RBI=0.0653746;REFB=0;REVB=0.0650253;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151769;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr20 1532595 . T C,G 1153.9 PASS AF=0.949367,0.0379747;AO=75,3;DP=79;FAO=75,3;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=38,0;FSAR=37,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0168972,-0.0566186;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=126.71,13.5112;QD=58.4255;RBI=0.020286,0.0567493;REFB=0.0374104,0.0986532;REVB=0.0112253,-0.00384936;RO=1;SAF=38,0;SAR=37,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.012289,-0.727144;STB=0.506492,0.994936;STBP=0.525,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=0.000210679,0.144073;OID=.,.;OPOS=1532595,1532595;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:79:79:1:1:75,3:75,3:0.949367,0.0379747:37,3:38,0:1:0:37,3:38,0:1:0 chr20 1546911 . C G 411.68 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.457;QD=54.8911;RBI=0.0553255;REFB=0;REVB=0.0473695;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027349;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:13:15:0:0:14:16:0:0 chr20 1551485 . C T 340.45 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8173;QD=54.4723;RBI=0.0718601;REFB=0;REVB=0.0542439;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232747;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr20 1552430 . T C 4039.46 PASS AF=0.992395;AO=258;DP=260;FAO=261;FDP=263;FR=.;FRO=2;FSAF=145;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00806718;FXX=0.00378774;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.151;QD=61.4367;RBI=0.0343893;REFB=-0.0374436;REVB=0.0334297;RO=0;SAF=144;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=7.75826e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:260:263:0:2:258:261:0.992395:114:144:0:0:116:145:0:2 chr20 1559101 . T G 4916.73 PASS AF=1;AO=313;DP=313;FAO=314;FDP=314;FR=.;FRO=0;FSAF=151;FSAR=163;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.386;QD=62.6335;RBI=0.0443829;REFB=0;REVB=0.0152404;RO=0;SAF=150;SAR=163;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.95318e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32144e-05;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:27:313:314:0:0:313:314:1:163:150:0:0:163:151:0:0 chr20 1610894 . G A 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00678683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.858;QD=50.1329;RBI=0.012382;REFB=-0.0990824;REVB=0.0103563;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000548192;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr20 1610939 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.749;QD=51.9167;RBI=0.0135427;REFB=0;REVB=-0.00399991;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03924e-05;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 1615959 . T C 1088.69 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0269;QD=58.0634;RBI=0.0479634;REFB=-0.129344;REVB=0.0246922;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106301;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00130361;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:44:29:0:1:44:30:0:1 chr20 1616137 . G A 2274.11 PASS AF=1;AO=142;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541318;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.571;QD=63.6114;RBI=0.0676037;REFB=0;REVB=-0.0404969;RO=0;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50276e-05;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:142:143:1:78:64:0:0:78:65:0:0 chr20 1616206 . A G 1146.1 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124384;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.312;QD=60.321;RBI=0.0124419;REFB=0;REVB=-0.000296772;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180106;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:53:22:0:0:54:22:0:0 chr20 1616892 . A G 3070.92 PASS AF=1;AO=199;DP=201;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270408;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.917;QD=61.727;RBI=0.0270415;REFB=0;REVB=-0.000192467;RO=0;SAF=98;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2762e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9675e-05;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:201:199:0:0:199:199:1:101:98:0:0:101:98:0:0 chr20 1895990 . G A 1011.46 PASS AF=0.421053;AO=112;DP=266;FAO=112;FDP=266;FR=.;FRO=154;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=75;FSRR=79;FWDB=0.000257294;FXX=0.00374518;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.384;QD=15.2099;RBI=0.00644343;REFB=-0.0159097;REVB=0.00643829;RO=154;SAF=56;SAR=56;SRF=75;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134835;STB=0.507517;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0197399;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:266:154:154:112:112:0.421053:56:56:75:79:56:56:75:79 chr20 1959939 . G A 1085.08 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00444486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.441;QD=58.6531;RBI=0.00510706;REFB=-0.0878151;REVB=0.00251502;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00033058;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:36:37:0:1 chr20 2082732 . C G 239.39 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0644005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4373;QD=50.398;RBI=0.0846018;REFB=0;REVB=0.0548639;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298186;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr20 2127684 . C T 1970.2 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9741;QD=62.0537;RBI=0.0219827;REFB=0;REVB=0.0107384;RO=0;SAF=55;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82253e-05;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:72:55:0:0:72:55:0:0 chr20 2127930 . C T 668.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8051;QD=62.2047;RBI=0.165268;REFB=0;REVB=0.103219;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00363434;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:29:12:0:0:30:13:0:0 chr20 2290333 . C A 538.76 PASS AF=0.948718;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9375;QD=55.2578;RBI=0.0272942;REFB=-0.0789961;REVB=0.022444;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523797;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00223654;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:39:0:2:34:37:0.948718:17:17:0:0:17:20:2:0 chr20 2321105 . G C 1693.38 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0107372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.638;QD=55.5207;RBI=0.0235663;REFB=-0.123632;REVB=-0.0209782;RO=2;SAF=59;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00027751;STB=0.51681;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000742177;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:122:122:2:6:116:116:0.95082:57:59:1:1:57:59:1:5 chr20 2375262 . A G 1584.53 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.964;QD=64.0212;RBI=0.0398845;REFB=0;REVB=-0.0265913;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58299e-06;OID=.;OPOS=2375262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:53:45:0:0:53:46:0:0 chr20 2380323 . G A 283.46 PASS AF=0.553191;AO=23;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.038572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0596;QD=24.1246;RBI=0.0392167;REFB=-0.0883649;REVB=0.00708169;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184998;STB=0.568718;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0620994;OID=.;OPOS=2380323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:20:23:26:0.553191:15:8:9:6:18:8:9:11 chr20 2398017 . G A 816.18 PASS AF=0.505952;AO=75;DP=161;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=0.00469912;FXX=0.0289001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.22;QD=19.4328;RBI=0.0158133;REFB=-0.0338611;REVB=0.015099;RO=78;SAF=49;SAR=26;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194514;STB=0.583564;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0386017;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:168:78:83:75:85:0.505952:26:49:35:43:32:53:38:45 chr20 2539387 . G A 322.2 PASS AF=0.622222;AO=15;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0385165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.8105;QD=28.6403;RBI=0.165982;REFB=-0.131609;REVB=0.161451;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106803;STB=0.530281;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0856686;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:17:15:28:0.622222:8:7:6:11:20:8:6:11 chr20 2559795 . T C 71.67 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.000340072;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.813;QD=7.1667;RBI=0.0140921;REFB=4.44985e-05;REVB=0.0140879;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196878;STB=0.580493;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00145871;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:40:28:30:10:10:0.25:4:6:21:7:4:6:21:9 chr20 2618140 . T C 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000179364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.362;QD=60.2224;RBI=0.0114884;REFB=0;REVB=0.011487;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52124e-05;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr20 2621998 . T C 635.45 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175485;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.749;QD=61.9954;RBI=0.0167306;REFB=0;REVB=0.0166383;RO=0;SAF=8;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28177e-05;OID=.;OPOS=2621998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:33:8:0:0:33:8:0:0 chr20 2633936 . T C 1102.05 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.211;QD=58.7761;RBI=0.0330641;REFB=-0.00702102;REVB=-0.0136113;RO=1;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155074;STB=0.508194;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=6.3805e-05;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:30:44:0:1:30:44:0:1 chr20 2637071 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00424471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.552;QD=12.4824;RBI=0.0114699;REFB=0.00326125;REVB=-0.0106556;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819582;STB=0.548307;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.00561555;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:8:11:6:6:8:11 chr20 2644407 . C G 181.07 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0172226;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3512;QD=12.9336;RBI=0.031811;REFB=-0.012128;REVB=-0.0267455;RO=34;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188674;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:22:22:0.392857:11:11:17:17:11:11:17:17 chr20 2739583 . T C 198.08 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0181976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.1531;QD=13.2053;RBI=0.0390416;REFB=-0.00703842;REVB=-0.0345412;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0580436;STB=0.541632;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0112003;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:13:11:18:17:13:11:19:17 chr20 2797015 . G A 157.56 PASS AF=0.425;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0208997;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.115;QD=15.7556;RBI=0.0453283;REFB=-0.0146907;REVB=0.0402225;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559472;STB=0.503222;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0143926;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:23:23:17:17:0.425:6:11:15:8:6:11:15:8 chr20 2797364 . G A 317.94 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0165467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.514;QD=15.5091;RBI=0.0219924;REFB=-0.00390897;REVB=0.014487;RO=46;SAF=16;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043271;STB=0.518534;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00541341;OID=.;OPOS=2797364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:47:35:35:0.426829:19:16:23:23:19:16:23:24 chr20 2840773 . C T 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.019512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.663;QD=17.3994;RBI=0.024388;REFB=-0.0373161;REVB=0.0146306;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10936;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0353288;OID=.;OPOS=2840773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:7:6:4:8:7:6:5:8 chr20 2845830 . C T 692.69 PASS AF=0.612245;AO=60;DP=98;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0371324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4958;QD=28.2729;RBI=0.0389668;REFB=-0.00661318;REVB=-0.0118152;RO=38;SAF=35;SAR=25;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161325;STB=0.508769;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.00657554;OID=.;OPOS=2845830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:38:38:60:60:0.612245:25:35:23:15:25:35:23:15 chr20 2996497 . C T 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00238081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.638;QD=9.33493;RBI=0.0128645;REFB=-0.0108507;REVB=-0.0126423;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117185;STB=0.562401;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0304984;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:31:13:13:0.295455:4:9:18:12:4:9:19:12 chr20 3025107 . C T 277.05 PASS AF=0.581395;AO=22;DP=40;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.12483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4586;QD=25.7719;RBI=0.12636;REFB=-0.0569021;REVB=-0.0196069;RO=18;SAF=5;SAR=17;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259941;STB=0.581421;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.042865;OID=.;OPOS=3025107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:18:18:22:25:0.581395:17:5:9:9:17:8:9:9 chr20 3090848 . T G 512.54 PASS AF=0.569767;AO=46;DP=83;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0326141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7046;QD=23.839;RBI=0.0326392;REFB=-0.0130544;REVB=0.00128169;RO=37;SAF=18;SAR=28;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110322;STB=0.50509;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0115083;OID=.;OPOS=3090848;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:37:37:46:49:0.569767:28:18:14:23:31:18:14:23 chr20 3172245 . A AC 215.38 PASS AF=0.530612;AO=5;DP=46;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0409024;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=166.32;QD=17.5818;RBI=0.0529788;REFB=-0.0210765;REVB=-0.0336713;RO=40;SAF=4;SAR=1;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371715;STB=0.50788;STBP=0.942;TYPE=ins;VARB=0.030139;OID=.;OPOS=3172246;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.530612:5:46:26:49:23:12:14:11:12:99:40:4:1:19:21 chr20 3172246 . A C 206.09 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0141224;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=191.626;QD=16.8239;RBI=0.0142849;REFB=0.00347286;REVB=-0.00214811;RO=28;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156676;STB=0.589657;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00508213;OID=.;OPOS=3172246;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:13:8:15:13:13:8:15:13 chr20 3193842 . C A 210.81 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00926975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.972;QD=14.0541;RBI=0.0115583;REFB=-0.000445459;REVB=-0.006904;RO=35;SAF=18;SAR=7;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200487;STB=0.615059;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000636112;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:7:18:19:16:7:18:19:16 chr20 3193978 . G A 1388.3 PASS AF=0.980392;AO=94;DP=97;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00297756;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=48.1942;QD=54.443;RBI=0.0747078;REFB=-0.205356;REVB=0.0746484;RO=3;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293021;STB=0.509998;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0105895;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:102:3:2:94:100:0.980392:47:47:0:3:49:51:0:2 chr20 3204084 . G A 2396.69 PASS AF=1;AO=149;DP=153;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7639;QD=59.9172;RBI=0.0896739;REFB=0;REVB=0.0564093;RO=1;SAF=60;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604984;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:153:160:1:0:149:160:1:89:60:0:1:90:70:0:0 chr20 3210004 . G A 158.56 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0172937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.215;QD=15.8555;RBI=0.0173057;REFB=-0.0183567;REVB=-0.000643981;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428787;STB=0.513579;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0205321;OID=.;OPOS=3210004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:10:7:10:12:10:7:10:13 chr20 3214819 . T G 233.82 PASS AF=0.381579;AO=26;DP=74;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00619017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.605;QD=12.3062;RBI=0.00735053;REFB=-0.023663;REVB=-0.00396384;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790837;STB=0.55336;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0418373;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:46:47:26:29:0.381579:17:9:19:27:19:10:20:27 chr20 3218634 . G C 373.91 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0747298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.954;QD=18.0195;RBI=0.100183;REFB=-0.0195631;REVB=-0.0667239;RO=44;SAF=16;SAR=23;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129041;STB=0.572102;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0193138;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:23:16:24:20:23:16:24:20 chr20 3235916 . T C 492.99 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=119;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0657696;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1441;QD=16.1636;RBI=0.0659111;REFB=-0.0215463;REVB=-0.00431616;RO=65;SAF=22;SAR=31;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470689;STB=0.525006;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0235379;OID=.;OPOS=3235916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:65:68:53:54:0.442623:31:22:24:41:31:23:26:42 chr20 3275239 . G A 706.16 PASS AF=0.522727;AO=69;DP=132;FAO=69;FDP=132;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0211208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6565;QD=21.3988;RBI=0.021135;REFB=-0.0183979;REVB=0.000774701;RO=63;SAF=37;SAR=32;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246598;STB=0.513545;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0136835;OID=.;OPOS=3275239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:63:63:69:69:0.522727:32:37:32:31:32:37:32:31 chr20 3285140 . T A,C 658.49 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=2,41;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.067819,0.00910258;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.5032,89.3865;QD=61.2552;RBI=0.0697865,0.0224658;REFB=0,0;REVB=0.0164542,0.0205391;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0719378,0.00274503;OID=.,.;OPOS=3285140,3285140;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:0:0:2,41:1,42:0.0232558,0.976744:0,17:2,24:0:0:0,17:1,25:0:0 chr20 3324308 . A G 121.51 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.035216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0773;QD=15.1891;RBI=0.0373808;REFB=-0.0167556;REVB=-0.0125362;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151154;STB=0.58662;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0159001;OID=.;OPOS=3324308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:4:14:9:5:4:14 chr20 3564672 . C T 721.47 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.978;QD=54.4503;RBI=0.0195186;REFB=0;REVB=0.0148071;RO=1;SAF=30;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165572;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:51:53:1:21:30:1:0:21:32:0:0 chr20 3624830 . G A 468.32 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.00938868;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.583;QD=16.8765;RBI=0.0418977;REFB=0.000496649;REVB=-0.0408322;RO=59;SAF=22;SAR=29;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074772;STB=0.537405;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00103669;OID=.;OPOS=3624830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:59:60:51:51:0.459459:29:22:30:29:29:22:30:30 chr20 3628918 . T C,G 792.43 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=52,3;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848555,0.0106288;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.65,141.197;QD=56.6018;RBI=0.0137765,0.0124102;REFB=0,0;REVB=0.010853,0.00640627;RO=0;SAF=27,0;SAR=25,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000667327,0.000357723;OID=.,.;OPOS=3628918,3628918;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:56:56:0:0:52,3:54,2:0.964286,0.0357143:25,3:27,0:0:0:27,2:27,0:0:0 chr20 3630107 . G A 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00470173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.725;QD=15.7819;RBI=0.00902786;REFB=-0.0178054;REVB=0.00770687;RO=28;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124307;STB=0.578967;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0126136;OID=.;OPOS=3630107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:11:12:11:17:11:12:11:18 chr20 3640823 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00607859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.697;QD=10.1576;RBI=0.00711706;REFB=-0.00222093;REVB=-0.0037018;RO=28;SAF=11;SAR=3;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108584;STB=0.57132;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00634167;OID=.;OPOS=3640823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:31:14:14:0.311111:3:11:20:8:3:11:22:9 chr20 3640828 . C CG 37.55 PASS AF=0.217391;AO=11;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.000155869;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.7326;QD=3.26493;RBI=0.0610001;REFB=-0.00217125;REVB=-0.0609999;RO=35;SAF=10;SAR=1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447355;STB=0.796736;STBP=0.072;TYPE=ins;VARB=0.039246;OID=.;OPOS=3640829;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:11:47:10:46:36:9:1:23:13:37:35:10:1:23:12 chr20 3675333 . G A 134.94 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0445861;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.89;QD=8.17785;RBI=0.0446427;REFB=-0.0216618;REVB=0.00224686;RO=47;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734923;STB=0.543902;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0458539;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:47:47:19:19:0.287879:8:11:30:17:8:11:30:17 chr20 3675498 . T G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.018678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.258;QD=10.3793;RBI=0.0459424;REFB=-0.0121454;REVB=-0.0419742;RO=16;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356706;STB=0.521689;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0193967;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:1:8:14:2:1:8:14:2 chr20 3677357 . T C 716.53 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.086407;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3298;QD=57.3224;RBI=0.119471;REFB=0;REVB=-0.0825052;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012398;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr20 3677736 . T G 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0154245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.518;QD=20.8718;RBI=0.0383451;REFB=-0.0450506;REVB=-0.035106;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0322604;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr20 3679967 . G A 579.84 PASS AF=0.517544;AO=59;DP=114;FAO=59;FDP=114;FR=.;FRO=55;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00268997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.891;QD=20.3454;RBI=0.00957847;REFB=-0.00961953;REVB=0.00919299;RO=55;SAF=32;SAR=27;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139939;STB=0.576977;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0079573;OID=.;OPOS=3679967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:55:55:59:59:0.517544:27:32:21:34:27:32:21:34 chr20 3682011 . G A 639.4 PASS AF=0.512;AO=63;DP=124;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=41;FSRR=20;FWDB=0.00840538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.493;QD=20.4609;RBI=0.0269025;REFB=-0.0141619;REVB=0.0255557;RO=61;SAF=43;SAR=20;SRF=41;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106678;STB=0.500142;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00921028;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:61:61:63:64:0.512:20:43:41:20:21:43:41:20 chr20 3682275 . A G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00317288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.941;QD=15.2931;RBI=0.0171111;REFB=-0.0206001;REVB=0.0168144;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.018169;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:4:5:4:5:4:5 chr20 3684022 . A G 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00289363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.191;QD=21.0074;RBI=0.0139106;REFB=-0.00248432;REVB=0.0136063;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182151;STB=0.579531;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00338091;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:17:19:19:0.527778:13:6:8:7:13:6:8:9 chr20 3684729 . T C 150.12 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=-0.0138776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7891;QD=13.0539;RBI=0.0215658;REFB=0.00868823;REVB=-0.0165074;RO=29;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105986;STB=0.573675;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0499404;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:29:16:17:0.369565:14:2:5:24:15:2:5:24 chr20 3686436 . C T 705.14 PASS AF=0.442529;AO=76;DP=174;FAO=77;FDP=174;FR=.;FRO=97;FSAF=49;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.000265411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.644;QD=16.2101;RBI=0.00996373;REFB=-0.016104;REVB=-0.00996019;RO=94;SAF=49;SAR=27;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220665;STB=0.620222;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0246656;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:94:97:76:77:0.442529:27:49:40:54:28:49:41:56 chr20 3777336 . C T 271.69 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0177611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.611;QD=14.6859;RBI=0.0237781;REFB=-0.033056;REVB=0.0158095;RO=43;SAF=9;SAR=22;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122307;STB=0.569674;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0486289;OID=.;OPOS=3777336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:22:9:17:26:22:9:17:26 chr20 3838441 . C G 421.78 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.034467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7877;QD=22.799;RBI=0.034879;REFB=-0.033061;REVB=0.00534461;RO=30;SAF=18;SAR=23;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13758;STB=0.548386;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0231018;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:30:33:41:41:0.554054:23:18:8:22:23:18:11:22 chr20 4053254 . A G 540.32 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=97;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00798529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.529;QD=22.0538;RBI=0.0215087;REFB=-0.0291132;REVB=-0.0199714;RO=47;SAF=21;SAR=29;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497679;STB=0.506796;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0238052;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:47:50:51:0.520408:29:21:20:27:30:21:20:27 chr20 4163242 . C T 308.32 PASS AF=0.692308;AO=25;DP=37;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.028668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.672;QD=31.6226;RBI=0.0299278;REFB=-0.0154301;REVB=-0.00859201;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645093;STB=0.523792;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0145471;OID=.;OPOS=4163242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:39:12:12:25:27:0.692308:11:14:8:4:11:16:8:4 chr20 4163302 . A G 257.68 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0115365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.313;QD=19.8216;RBI=0.0211904;REFB=-0.0468229;REVB=-0.0177747;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00418235;STB=0.51514;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0425128;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:25:27:27:0.519231:10:17:15:9:10:17:15:10 chr20 4164283 . A G 252.76 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0692094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.511;QD=21.0633;RBI=0.0708747;REFB=-0.0284119;REVB=-0.0152735;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0463005;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:16:8:7:16:16:8:8:16 chr20 4705756 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0710562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.983;QD=11.0197;RBI=0.0712245;REFB=-0.0285975;REVB=0.00489288;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.027117;OID=.;OPOS=4705756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:4:4:4:2:4:4 chr20 4705865 . T C 225.78 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00855587;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.562;QD=13.0885;RBI=0.0147864;REFB=-0.0214093;REVB=-0.0120597;RO=43;SAF=18;SAR=8;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078655;STB=0.542824;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0330159;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:42:26:27:0.391304:8:18:27:16:8:19:27:15 chr20 4706310 . T C 226.45 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0392003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5702;QD=17.0904;RBI=0.0693845;REFB=-0.0123053;REVB=0.0572499;RO=27;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889548;STB=0.542822;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0185131;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:28:25:25:0.471698:17:8:11:16:17:8:11:17 chr20 4707066 . G C 225.89 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.00045474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.749;QD=13.2875;RBI=0.0121422;REFB=-0.00758472;REVB=-0.0121336;RO=38;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688678;STB=0.537606;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00884723;OID=.;OPOS=4707066;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:41:27:27:0.397059:18:9:15:23:18:9:16:25 chr20 4707388 . G T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0130044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.888;QD=18.3014;RBI=0.035849;REFB=-0.0373511;REVB=-0.0334072;RO=20;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901606;STB=0.588696;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.04087;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:23:20:20:0.465116:8:12:10:10:8:12:10:13 chr20 4708130 . T C 44.54 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0396045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5903;QD=7.12643;RBI=0.0471151;REFB=0.0208138;REVB=0.0255208;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110839;STB=0.507022;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0451632;OID=.;OPOS=4708130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:13:5:2:5:13:5 chr20 4708318 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00987458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.017;QD=13.3677;RBI=0.014238;REFB=-0.011994;REVB=-0.0102573;RO=30;SAF=15;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391877;STB=0.743496;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0267723;OID=.;OPOS=4708318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:31:18:18:0.367347:3:15:16:14:3:15:16:15 chr20 4713176 . A G 204.94 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000115449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.358;QD=14.6387;RBI=0.0071663;REFB=-0.0327343;REVB=-0.00716537;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159318;STB=0.590832;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0546063;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:9:15:15:17:9:15:15:17 chr20 4762577 . C G 328.98 PASS AF=0.418605;AO=36;DP=87;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0170353;FXX=0.0114929;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.516;QD=15.3014;RBI=0.0175111;REFB=-0.0138129;REVB=0.00405438;RO=50;SAF=18;SAR=18;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185993;STB=0.604596;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0147276;OID=.;OPOS=4762577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:50:50:36:36:0.418605:18:18:16:34:18:18:16:34 chr20 4762869 . G A 549.5 PASS AF=0.433824;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=136;FR=.;FRO=77;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=-0.0116617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.955;QD=16.1618;RBI=0.0142417;REFB=-0.00813278;REVB=0.00817503;RO=77;SAF=37;SAR=22;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860715;STB=0.548203;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0147927;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:77:77:59:59:0.433824:22:37:42:35:22:37:42:35 chr20 4764629 . G A 433.54 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0222569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1573;QD=26.2754;RBI=0.0240556;REFB=0.00820667;REVB=-0.00912694;RO=24;SAF=23;SAR=18;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153226;STB=0.57581;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=-0.00578176;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:25:41:41:0.621212:18:23:8:16:18:23:9:16 chr20 4834338 . C T 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0479008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.518;QD=12.3289;RBI=0.0637098;REFB=-0.00914639;REVB=-0.0420054;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.012807;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:6:11:7:4:6:11 chr20 4880308 . G A 351.13 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.01414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.332;QD=18.0068;RBI=0.0373715;REFB=-0.0295587;REVB=0.0345932;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492065;STB=0.527763;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0385845;OID=.;OPOS=4880308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:41:37:37:0.474359:17:20:19:20:17:20:20:21 chr20 5283256 . C G 144.0 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0497541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.58;QD=15.1578;RBI=0.0543634;REFB=0.00675451;REVB=-0.0219067;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113452;STB=0.56514;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0144502;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:6:16:10:6:6:16 chr20 5283376 . G A 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0149468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.031;QD=13.2025;RBI=0.0431841;REFB=-0.0207728;REVB=-0.0405149;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00559149;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:4:2:2:4:4:2 chr20 5527291 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00615351;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.137;QD=48.7372;RBI=0.0096169;REFB=0;REVB=0.00739048;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90114e-06;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr20 5843812 . T C 259.37 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0641082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6192;QD=24.1275;RBI=0.0681064;REFB=-0.0184726;REVB=0.0229917;RO=19;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.508765;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0376122;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:19:19:23:24:0.55814:16:7:6:13:16:8:6:13 chr20 5903067 . T A 260.59 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00672717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9557;QD=24.8184;RBI=0.0213346;REFB=-0.00520303;REVB=-0.0202462;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117313;STB=0.565163;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00409417;OID=.;OPOS=5903067;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:11:7:13:11:11:7 chr20 5903323 . G A 107.98 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8041;QD=39.2643;RBI=0.100279;REFB=0;REVB=0.0869477;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495012;OID=.;OPOS=5903323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:11:0:0:9:11:1:5:4:0:0:6:5:0:0 chr20 5903388 . A C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00717688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.884;QD=12.0156;RBI=0.0348929;REFB=0.0220147;REVB=-0.0341469;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160904;STB=0.599629;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=-0.0208848;OID=.;OPOS=5903388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:5:2:1:5:5:2 chr20 5903517 . A G 869.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230074;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.286;QD=57.9476;RBI=0.0681989;REFB=0;REVB=0.0642008;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199837;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:45:14:0:0:45:15:0:0 chr20 5903563 . G A 160.55 PASS AF=0.382979;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0331332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.592;QD=13.6635;RBI=0.0525665;REFB=-0.00461932;REVB=0.0408097;RO=28;SAF=2;SAR=14;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117136;STB=0.506322;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00516996;OID=.;OPOS=5903563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:28:29:16:18:0.382979:14:2:5:23:15:3:5:24 chr20 5903848 . C G 529.68 PASS AF=0.973684;AO=33;DP=35;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7144;QD=55.7562;RBI=0.0273466;REFB=0.000566673;REVB=0.0120002;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00112037;OID=.;OPOS=5903848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:38:1:1:33:37:0.973684:22:11:1:0:24:13:1:0 chr20 5903894 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0523658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6029;QD=59.4307;RBI=0.0611545;REFB=0;REVB=0.0315864;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274684;OID=.;OPOS=5903894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr20 5904028 . C T 83.74 PASS AF=0.5;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0237289;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.532;QD=16.7484;RBI=0.0289149;REFB=-0.0365891;REVB=-0.016523;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0492935;OID=.;OPOS=5904028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr20 5904040 . G A 61.14 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0471039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3714;QD=9.78311;RBI=0.0471043;REFB=-0.0391953;REVB=0.000178819;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103271;STB=0.586972;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0532499;OID=.;OPOS=5904040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:25:14:16:8:9:0.36:5:3:4:10:5:4:5:11 chr20 5923203 . TT CC 1330.88 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434309;FXX=0.034087;HRUN=2;LEN=2;MLLD=168.52;QD=62.6297;RBI=0.0169941;REFB=0;REVB=0.0164298;RO=0;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.38964e-05;OID=.;OPOS=5923203;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:85:0:0:85:85:1:58:27:0:0:58:27:0:0 chr20 5933108 . C A 423.69 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00290904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.657;QD=18.6238;RBI=0.00351665;REFB=-0.000954815;REVB=-0.00197594;RO=48;SAF=14;SAR=28;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262234;STB=0.649747;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000837417;OID=.;OPOS=5933108;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:28:14:29:19:29:14:29:19 chr20 5935302 . AAT A,ATT 102.59 PASS AF=0.52,0;AO=9,5;DP=37;FAO=13,0;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0177029,-0.0770978;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=28.7368,17.7087;QD=16.4146;RBI=0.121175,0.143719;REFB=-0.0880053,-0.00144956;REVB=0.119875,0.121289;RO=17;SAF=6,5;SAR=3,0;SRF=12;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0485249,0.647219;STB=0.521706,0.5;STBP=0.859,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0957779,0;OID=.,.;OPOS=5935303,5935303;OREF=AT,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52,0:9,5:37:13,0:25:12:7,0:6,0:7:5:91:17:6,5:3,0:12:5 chr20 5935832 . A G 180.76 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0233905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.84;QD=15.7186;RBI=0.0256213;REFB=-0.0177117;REVB=-0.0104564;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999497;STB=0.557543;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0228217;OID=.;OPOS=5935832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:14:13:11:8:14:13 chr20 5935875 . G A 144.21 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0217562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4298;QD=15.1798;RBI=0.0303951;REFB=-0.0574043;REVB=-0.0212257;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412697;STB=0.561964;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0381331;OID=.;OPOS=5935875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:16:16:0.421053:11:5:7:13:11:5:9:13 chr20 5937833 . A G 486.06 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00431713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7275;QD=21.6026;RBI=0.0060587;REFB=-0.0227791;REVB=0.00425091;RO=42;SAF=21;SAR=26;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106492;STB=0.564124;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0238279;OID=.;OPOS=5937833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:43:47:47:0.522222:26:21:24:18:26:21:25:18 chr20 5939214 . A C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0238115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.984;QD=13.4058;RBI=0.0239469;REFB=-0.00855205;REVB=0.00254281;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39454;STB=0.702855;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0153326;OID=.;OPOS=5939214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:22:23:0.403509:16:6:22:12:16:7:22:12 chr20 5953833 . A G 298.81 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0158074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.499;QD=18.6756;RBI=0.0161844;REFB=-0.0087233;REVB=-0.00347267;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11324;STB=0.563201;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0081857;OID=.;OPOS=5953833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:19:13:17:15:19:13:17:15 chr20 5965583 . T A 453.59 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0139816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.589;QD=25.1991;RBI=0.0141694;REFB=-0.0100822;REVB=0.002299;RO=29;SAF=25;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987869;STB=0.554082;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00673757;OID=.;OPOS=5965583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:18:25:13:16:18:25:13:16 chr20 5982604 . T C,G 770.76 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=52,2;DP=54;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00709504,0.00220967;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.476,151.847;QD=56.0549;RBI=0.0097135,0.00260889;REFB=0,0;REVB=-0.0066342,-0.00138697;RO=0;SAF=28,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00196291,0.0816187;OID=.,.;OPOS=5982604,5982604;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:54:55:0:0:52,2:54,1:0.981818,0.0181818:24,0:28,2:0:0:24,0:30,1:0:0 chr20 5988095 . A G 972.91 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0463751;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.102;QD=56.4003;RBI=0.0470929;REFB=-0.212895;REVB=-0.00819072;RO=2;SAF=26;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349656;STB=0.518513;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00108074;OID=.;OPOS=5988095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:69:2:2:67:67:0.971014:41:26:2:0:41:26:2:0 chr20 6057090 . G A 505.94 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0204798;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9286;QD=22.4864;RBI=0.0390789;REFB=-0.0120331;REVB=0.0332827;RO=42;SAF=26;SAR=22;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115573;STB=0.563627;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0100484;OID=.;OPOS=6057090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:22:26:17:25:22:26:17:25 chr20 6064710 . A G 439.26 PASS AF=0.375;AO=49;DP=136;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=45;FSRR=45;FWDB=0.0045493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.011;QD=12.2017;RBI=0.0167572;REFB=-0.00718862;REVB=0.0161279;RO=87;SAF=36;SAR=13;SRF=45;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265507;STB=0.608654;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0136231;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:144:87:90:49:54:0.375:13:36:45:42:18:36:45:45 chr20 6064731 . C T 685.77 PASS AF=0.426966;AO=75;DP=178;FAO=76;FDP=178;FR=.;FRO=102;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=-0.0146234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4928;QD=15.4106;RBI=0.0397747;REFB=-0.0143187;REVB=-0.0369889;RO=101;SAF=45;SAR=30;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139451;STB=0.575701;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0158482;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:101:102:75:76:0.426966:30:45:47:54:31:45:47:55 chr20 6065731 . T C 104.33 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0130939;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.132;QD=9.93589;RBI=0.0369652;REFB=-0.014887;REVB=-0.0345684;RO=26;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433429;STB=0.768817;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0220803;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:29:13:13:0.309524:3:10:10:16:3:10:11:18 chr20 6088265 . G A 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5278;QD=25.3156;RBI=0.0199928;REFB=-0.00322039;REVB=-0.0199928;RO=13;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139285;OID=.;OPOS=6088265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:20:0:0:13:20:0:0:13 chr20 6093177 . A G 376.19 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00216433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.822;QD=21.1938;RBI=0.00382237;REFB=-0.0225725;REVB=-0.00315058;RO=31;SAF=26;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174665;STB=0.585163;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.011587;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:31:33:38:38:0.535211:12:26:15:16:12:26:17:16 chr20 6096632 . G A 196.5 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0040099;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.592;QD=17.467;RBI=0.0075617;REFB=-0.0222383;REVB=0.00641092;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495945;STB=0.516762;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0299092;OID=.;OPOS=6096632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:25:20:20:0.444444:11:9:13:13:11:9:12:13 chr20 6100088 . A G 854.36 PASS AF=0.926471;AO=61;DP=66;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0322321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.71;QD=50.2565;RBI=0.0347812;REFB=-0.134328;REVB=-0.0130699;RO=5;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724271;STB=0.538449;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00221732;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:66:68:5:5:61:63:0.926471:30:31:0:5:30:33:0:5 chr20 6751034 . A G 971.88 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.808;QD=58.9018;RBI=0.0488199;REFB=0;REVB=0.0487834;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96745e-05;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:37:29:0:0 chr20 6759115 . A T 1102.41 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.747;QD=58.7953;RBI=0.0271259;REFB=-0.121174;REVB=0.0104013;RO=1;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165947;STB=0.50877;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00178363;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:28:46:0:1:28:46:0:1 chr20 7915263 . T A 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.022065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.436;QD=13.9476;RBI=0.022349;REFB=-0.00101594;REVB=0.00355175;RO=27;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254716;STB=0.649809;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00247483;OID=.;OPOS=7915263;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:13:4:12:15:13:4:12:15 chr20 7915265 . C A 154.17 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0304127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.374;QD=14.3412;RBI=0.0342275;REFB=0.000499006;REVB=0.0157032;RO=26;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269392;STB=0.658027;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.000652898;OID=.;OPOS=7915265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:13:4:12:14:13:4:12:14 chr20 7962707 . C A 190.98 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0159268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.539;QD=13.4019;RBI=0.0226215;REFB=-0.0170536;REVB=0.0160645;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226173;STB=0.512966;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0271287;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:17:17:11:12:17:17 chr20 7963041 . C T 138.29 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0213894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1543;QD=11.769;RBI=0.0322844;REFB=-0.00308895;REVB=-0.0241821;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140886;STB=0.594475;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0113172;OID=.;OPOS=7963041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:6:10:15:15:6:10:15:16 chr20 7999642 . G A 390.76 PASS AF=0.393162;AO=46;DP=117;FAO=46;FDP=117;FR=.;FRO=71;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0256245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.974;QD=13.3591;RBI=0.0270781;REFB=-0.00788333;REVB=-0.00875278;RO=71;SAF=24;SAR=22;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296189;STB=0.516771;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00831403;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:71:71:46:46:0.393162:22:24:39:32:22:24:39:32 chr20 8737734 . G A 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00631982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.889;QD=19.2723;RBI=0.0325446;REFB=-0.0182469;REVB=-0.0319251;RO=26;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885263;STB=0.549957;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0200325;OID=.;OPOS=8737734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:12:11:10:16:12:11:10:16 chr20 8755243 . T C 320.79 PASS AF=0.507463;AO=31;DP=64;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00374712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.581;QD=19.1517;RBI=0.031912;REFB=-0.0291647;REVB=0.0316913;RO=33;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288079;STB=0.507458;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0318565;OID=.;OPOS=8755243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:33:33:31:34:0.507463:15:16:16:17:17:17:16:17 chr20 8769180 . C T 371.64 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5085;QD=51.2605;RBI=0.0893545;REFB=-0.0345422;REVB=-0.0289708;RO=2;SAF=11;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00688726;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:2:0:27:29:1:16:11:2:0:16:13:0:0 chr20 8770822 . C T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00676447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.341;QD=15.2368;RBI=0.00687222;REFB=-0.010248;REVB=-0.0012122;RO=36;SAF=12;SAR=16;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989421;STB=0.556014;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.013737;OID=.;OPOS=8770822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:16:12:19:17:16:12:19:17 chr20 9288522 . G A 137.38 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.00627324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.275;QD=11.2146;RBI=0.0300517;REFB=-0.00161067;REVB=0.0293896;RO=33;SAF=5;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330447;STB=0.695959;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00392713;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:11:5:20:13:11:5:20:13 chr20 9543622 . C T 151.08 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0358082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1989;QD=20.1445;RBI=0.0445699;REFB=0.00227784;REVB=-0.0265377;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105752;STB=0.560107;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00500168;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:6:8:11:5:6:8 chr20 9547018 . C G 271.67 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.132348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.324;QD=20.8976;RBI=0.133712;REFB=-0.00791115;REVB=-0.0190548;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448212;STB=0.524982;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00451245;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:21:7:7:17:21:7:7:17 chr20 10006682 . T A 657.3 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0391592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3355;QD=59.7545;RBI=0.0402631;REFB=-0.0678062;REVB=-0.00936343;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00278444;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr20 10019093 . A G 314.05 PASS AF=0.455696;AO=32;DP=73;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.045502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3261;QD=15.9014;RBI=0.0635099;REFB=-0.061206;REVB=-0.0443067;RO=41;SAF=19;SAR=13;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224333;STB=0.598832;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0750664;OID=.;OPOS=10019093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:41:43:32:36:0.455696:13:19:15:26:16:20:16:27 chr20 10277621 . C T 252.5 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0132502;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.253;QD=14.6376;RBI=0.0132885;REFB=-0.0102883;REVB=-0.00100779;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033632;STB=0.519112;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0107323;OID=.;OPOS=10277621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:19:10:15:25:19:10:15:25 chr20 10603793 . C T 302.8 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0148174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.062;QD=17.059;RBI=0.0180306;REFB=0.00250267;REVB=0.0102736;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395393;STB=0.522171;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.00426135;OID=.;OPOS=10603793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:17:16:20:18:17:16:20:18 chr20 10653469 . C T 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.000972532;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.615;QD=23.8429;RBI=0.00820194;REFB=-0.0125752;REVB=0.00814408;RO=30;SAF=27;SAR=14;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655986;STB=0.53592;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0103884;OID=.;OPOS=10653469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:30:30:41:41:0.577465:14:27:22:8:14:27:22:8 chr20 11790885 . C CTT 88.84 PASS AF=0.394737;AO=13;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0519179;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=34.5791;QD=9.35186;RBI=0.124785;REFB=-0.0200297;REVB=0.113471;RO=24;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872131;STB=0.599867;STBP=0.344;TYPE=ins;VARB=0.0403051;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:13:38:15:38:23:6:9:13:10:88:24:6:7:13:11 chr20 11791008 . C T 918.16 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8316;QD=58.296;RBI=0.0255076;REFB=0;REVB=-0.0084091;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09338e-05;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:29:34:0:0 chr20 11799583 . G C 505.32 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=89;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0135923;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.689;QD=22.7112;RBI=0.0149821;REFB=-0.0197036;REVB=0.00630197;RO=39;SAF=10;SAR=38;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213355;STB=0.623273;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0140307;OID=.;OPOS=11799583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:39:41:48:48:0.539326:38:10:16:23:38:10:17:24 chr20 11907058 . C T 194.03 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0105553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5573;QD=16.8725;RBI=0.0367442;REFB=0.00317401;REVB=-0.0351955;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229947;STB=0.630313;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00290382;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:7:19:10:10:7:19 chr20 11907260 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0131006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.636;QD=17.3781;RBI=0.0931876;REFB=-0.0182932;REVB=-0.0922621;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0124365;OID=.;OPOS=11907260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:3:7:6:5:3:7 chr20 13029764 . A C 807.14 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0152576;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.974;QD=51.2472;RBI=0.0152651;REFB=-0.156234;REVB=0.000477162;RO=2;SAF=12;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277745;STB=0.52808;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00186017;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:64:63:2:4:59:59:0.936508:47:12:1:1:47:12:2:2 chr20 13029790 . C T 286.84 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00486359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.768;QD=24.4122;RBI=0.020823;REFB=-0.0258559;REVB=-0.020247;RO=21;SAF=7;SAR=19;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107227;STB=0.559873;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00861085;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:19:7:8:13:19:7:8:13 chr20 13029862 . C T 551.69 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4053;QD=59.6424;RBI=0.0482019;REFB=0;REVB=0.0476067;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277988;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:24:13:0:0 chr20 13029920 . C G 847.39 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155166;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.11;QD=53.8023;RBI=0.0324474;REFB=-0.0875929;REVB=0.0284968;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262048;STB=0.513509;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00220653;OID=.;OPOS=13029920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:63:2:2:60:61:0.968254:35:25:0:2:36:25:0:2 chr20 13053018 . T G 147.05 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0132347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.919;QD=9.19064;RBI=0.0174672;REFB=-0.0159258;REVB=-0.0113993;RO=44;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109494;STB=0.506487;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0352756;OID=.;OPOS=13053018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:12:8:18:26:12:8:18:26 chr20 13053035 . A G 115.36 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00777452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.706;QD=8.24028;RBI=0.0160019;REFB=-0.024751;REVB=-0.0139863;RO=39;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00191467;STB=0.50908;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0409385;OID=.;OPOS=13053035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:39:40:16:16:0.285714:9:7:17:22:9:7:17:23 chr20 13371042 . CT CC,C 97.77 PASS AF=0.0869565,0.521739;AO=2,12;DP=23;FAO=2,12;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=2,11;FSAR=0,1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.131589,-0.268559;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=21.4629,16.6922;QD=17.0042;RBI=0.14399,0.27558;REFB=-0.0241043,-0.0539041;REVB=0.0584595,0.0618087;RO=8;SAF=2,11;SAR=0,1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.55315,0.396222;STB=0.992777,0.72084;STBP=0.314,0.102;TYPE=snp,del;VARB=-0.0375816,0.034353;OID=.,.;OPOS=13371043,13371043;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.521739:2,12:23:2,12:23:9:2,11:0,1:6:3:52:8:2,11:0,1:5:3 chr20 13597717 . G A 163.75 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0207349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3271;QD=13.3674;RBI=0.0209387;REFB=0.0245502;REVB=0.00291445;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237241;STB=0.638732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0553518;OID=.;OPOS=13597717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:17:14:12:6:17:14 chr20 13605903 . A T 178.74 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0115224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.212;QD=22.3424;RBI=0.0122121;REFB=-0.0260517;REVB=0.00404592;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200963;STB=0.613897;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0191304;OID=.;OPOS=13605903;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:6:8:14:4:6:8 chr20 13695680 . C T 255.6 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0392287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3553;QD=13.4528;RBI=0.0392372;REFB=0.0119505;REVB=-0.000813701;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219796;STB=0.512536;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.0199933;OID=.;OPOS=13695680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:46:46:30:30:0.394737:17:13:19:27:17:13:19:27 chr20 13747441 . A G 980.03 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.629;QD=58.5092;RBI=0.050353;REFB=0;REVB=0.0374058;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033443;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:38:29:0:0 chr20 13847420 . A G 613.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.615;QD=61.3181;RBI=0.0186609;REFB=0;REVB=0.0067129;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75351e-05;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr20 13954028 . A G 859.63 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506988;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1549;QD=57.3089;RBI=0.141197;REFB=0;REVB=0.131781;RO=2;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180413;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:2:0:58:60:1:36:22:0:2:38:22:0:0 chr20 14203735 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9052;QD=59.8546;RBI=0.0547926;REFB=0;REVB=0.0542286;RO=0;SAF=50;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234437;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:21:50:0:0:21:50:0:0 chr20 14203776 . G A 338.63 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0176521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.976;QD=15.2191;RBI=0.0299922;REFB=-0.00338718;REVB=-0.0242473;RO=50;SAF=22;SAR=15;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153577;STB=0.500945;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00584419;OID=.;OPOS=14203776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:52:37:37:0.41573:15:22:29:21:15:22:31:21 chr20 14306896 . G A 528.45 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.0456858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8537;QD=16.386;RBI=0.0637464;REFB=-0.0100331;REVB=-0.0444568;RO=72;SAF=31;SAR=26;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399281;STB=0.522282;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.011625;OID=.;OPOS=14306896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:72:72:57:57:0.44186:26:31:42:30:26:31:42:30 chr20 15874325 . A G 825.37 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.83;QD=56.922;RBI=0.0272008;REFB=0;REVB=0.00835998;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147562;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:24:32:0:0:24:34:0:0 chr20 15874488 . G A 147.55 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00366887;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3935;QD=12.0448;RBI=0.0345966;REFB=-0.0277163;REVB=0.0344015;RO=30;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223328;STB=0.583847;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0395588;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:32:16:17:0.346939:8:8:9:21:9:8:11:21 chr20 15967719 . T C 96.99 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.000605858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.124;QD=9.94779;RBI=0.00681874;REFB=-0.0175191;REVB=0.00679177;RO=26;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871856;STB=0.525857;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.039781;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:39:39:26:26:12:13:0.333333:6:6:11:15:7:6:11:15 chr20 16033620 . T C 480.69 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00289708;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.699;QD=19.0373;RBI=0.00718156;REFB=0.000110324;REVB=0.00657128;RO=51;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010139;STB=0.505616;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=6.27857e-05;OID=.;OPOS=16033620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:22:28:28:23:22:28:28:23 chr20 16033818 . ATTTG A,AT 236.93 PASS AF=1,0;AO=16,3;DP=21;FAO=21,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263278,0.0143723;FXX=0.0454339;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=173.772,157.477;QD=45.129;RBI=0.029526,0.0207866;REFB=0,0;REVB=-0.0133653,-0.0150173;RO=0;SAF=7,1;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000144985,0.0158803;OID=.,.;OPOS=16033819,16033820;OREF=TTTG,TTG;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:16,3:21:21,0:21:0:8,0:13,0:0:0:4:0:7,1:9,2:0:0 chr20 16359567 . A G 183.92 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.024241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4231;QD=17.9435;RBI=0.0320708;REFB=0.00210808;REVB=-0.0209978;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462776;STB=0.538421;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00418568;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:19:19:0.463415:9:10:10:11:9:10:10:12 chr20 16486698 . G A 501.8 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00744304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.573;QD=18.5852;RBI=0.0142235;REFB=0.00117313;REVB=-0.0121206;RO=55;SAF=25;SAR=28;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117557;STB=0.564948;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-0.000505358;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:28:25:19:36:28:25:19:36 chr20 16493533 . T C 112.22 PASS AF=0.318182;AO=12;DP=41;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00892182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.925;QD=10.2019;RBI=0.019378;REFB=-0.0254654;REVB=0.017202;RO=28;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377564;STB=0.621535;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0520168;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:44:28:30:12:14:0.318182:9:3:16:12:9:5:16:14 chr20 16729138 . T C 487.24 PASS AF=0.5;AO=48;DP=100;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0141423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.152;QD=18.7399;RBI=0.0299912;REFB=-0.0359526;REVB=0.0264474;RO=52;SAF=12;SAR=36;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228487;STB=0.609753;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0309942;OID=.;OPOS=16729138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:52:52:48:52:0.5:36:12:24:28:38:14:24:28 chr20 16963522 . G A,C 832.68 PASS AF=0.0508475,0.949153;AO=3,56;DP=59;FAO=3,56;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324663,-0.0280169;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.4078,81.6771;QD=56.4526;RBI=0.0347758,0.0379884;REFB=0,0;REVB=-0.0124617,-0.0256549;RO=0;SAF=1,26;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.29784e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.187406,0.000496517;OID=.,.;OPOS=16963522,16963522;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:59:59:0:0:3,56:3,56:0.0508475,0.949153:2,30:1,26:0:0:2,30:1,26:0:0 chr20 16963542 . A G 951.03 PASS AF=0.985075;AO=60;DP=60;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0228165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.171;QD=56.778;RBI=0.0671815;REFB=-0.0969156;REVB=0.0631883;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.506492;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00039447;OID=.;OPOS=16963542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:67:0:1:60:66:0.985075:33:27:0:0:38:28:0:1 chr20 17189761 . C G 365.98 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=102;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0287234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9121;QD=14.3522;RBI=0.0302907;REFB=-0.00876412;REVB=-0.00961747;RO=60;SAF=18;SAR=24;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305445;STB=0.517233;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.014734;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:60:60:42:42:0.411765:24:18:24:36:24:18:24:36 chr20 17240936 . G T 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00919319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.891;QD=13.1805;RBI=0.00925844;REFB=-0.00819325;REVB=-0.00109725;RO=56;SAF=20;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173078;STB=0.5989;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0133918;OID=.;OPOS=17240936;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:56:34:34:0.377778:14:20:24:32:14:20:24:32 chr20 17470035 . C G 324.25 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.634;QD=54.0411;RBI=0.0492888;REFB=0;REVB=0.0400433;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101832;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr20 17474791 . G A 198.03 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.00981606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.523;QD=11.1564;RBI=0.00987777;REFB=-0.00888046;REVB=0.00110238;RO=45;SAF=15;SAR=10;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196185;STB=0.606656;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0201427;OID=.;OPOS=17474791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:10:15:19:26:10:15:20:26 chr20 17474968 . T C 1269.23 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134778;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.052;QD=61.9135;RBI=0.0160313;REFB=0;REVB=-0.00868051;RO=0;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182345;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:39:43:0:0:39:43:0:0 chr20 17475217 . C T 412.15 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0110037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.441;QD=35.0762;RBI=0.0387796;REFB=-0.0039764;REVB=0.0371857;RO=14;SAF=18;SAR=15;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217208;STB=0.617464;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00186214;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:15:18:13:1:15:18:13:1 chr20 17477592 . C T 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0211018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7613;QD=24.2463;RBI=0.067941;REFB=-0.0124609;REVB=-0.0645809;RO=19;SAF=21;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241997;STB=0.62931;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0176823;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:20:25:25:0.555556:4:21:12:7:4:21:13:7 chr20 17594714 . GC G 1100.44 PASS AF=0.71875;AO=92;DP=128;FAO=92;FDP=128;FR=.;FRO=36;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.000599633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.04;QD=34.3887;RBI=0.0361318;REFB=-0.0179768;REVB=-0.0361268;RO=36;SAF=45;SAR=47;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14081;STB=0.575334;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0138521;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875:92:128:92:128:36:45:47:8:28:99:36:45:47:8:28 chr20 17594729 . G A 242.68 PASS AF=0.259259;AO=35;DP=135;FAO=35;FDP=135;FR=.;FRO=100;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=47;FSRR=53;FWDB=-0.0145984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.88;QD=7.1905;RBI=0.0167078;REFB=-0.00577407;REVB=-0.0081264;RO=99;SAF=6;SAR=29;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426279;STB=0.757353;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0154376;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:99:100:35:35:0.259259:29:6:47:52:29:6:47:53 chr20 17597482 . G A 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00932166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.773;QD=20.2083;RBI=0.0279788;REFB=0.000658642;REVB=0.0263803;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483496;STB=0.779045;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.000447333;OID=.;OPOS=17597482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:7:3:11:2:7:3 chr20 17600357 . G A 459.78 PASS AF=0.447368;AO=51;DP=114;FAO=51;FDP=114;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=42;FWDB=0.00409474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.8;QD=16.1328;RBI=0.0106004;REFB=-0.0124256;REVB=-0.00977756;RO=62;SAF=27;SAR=24;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186367;STB=0.607321;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0179403;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:63:51:51:0.447368:24:27:21:41:24:27:21:42 chr20 17602196 . A G 276.34 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=33;FWDB=0.0136445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.588;QD=15.7907;RBI=0.0172805;REFB=-0.018193;REVB=0.0106039;RO=39;SAF=9;SAR=22;SRF=6;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179545;STB=0.599943;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0194384;OID=.;OPOS=17602196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:39:31:31:0.442857:22:9:6:33:22:9:6:33 chr20 17605240 . A T 742.34 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.817;QD=56.0256;RBI=0.0134426;REFB=0;REVB=-0.005247;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.4787e-05;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:30:23:0:0 chr20 17705677 . A G 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00394218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.016;QD=54.7401;RBI=0.0383486;REFB=-0.0290253;REVB=-0.0381454;RO=1;SAF=37;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012566;STB=0.506664;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.000182918;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:16:37:1:0:16:37:1:0 chr20 17716416 . C G 512.81 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.0083701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7136;QD=18.4797;RBI=0.0184516;REFB=-0.0171778;REVB=0.0164439;RO=54;SAF=26;SAR=28;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167805;STB=0.504009;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0210511;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:57:54:54:0.486486:28:26:25:29:28:26:27:30 chr20 17932210 . C T 367.09 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00378124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.313;QD=19.0696;RBI=0.00491946;REFB=-0.00679437;REVB=-0.00314694;RO=39;SAF=20;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119479;STB=0.57178;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0080062;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:17:20:16:23:17:21:16:23 chr20 17950545 . A T 187.56 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0259648;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7931;QD=19.237;RBI=0.0402245;REFB=0.000426798;REVB=0.030722;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117232;STB=0.569758;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.000937621;OID=.;OPOS=17950545;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:20:19:19:0.487179:7:12:9:9:7:12:10:10 chr20 17968923 . T C 316.72 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.017226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0962;QD=20.4335;RBI=0.0181512;REFB=0.000691424;REVB=0.00572126;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273066;STB=0.515142;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.000704917;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:14:15:16:17:14:15 chr20 18022362 . G T 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0731555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7141;QD=22.0715;RBI=0.0737378;REFB=0.00490302;REVB=-0.00924867;RO=24;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127291;STB=0.507038;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0017153;OID=.;OPOS=18022362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:16:15:12:12:16:15:12:12 chr20 18143117 . T G 675.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1358;QD=61.3811;RBI=0.069501;REFB=0;REVB=0.0036592;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786873;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:25:17:0:0:25:19:0:0 chr20 18143355 . C T 1677.69 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-7.9104e-05;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.641;QD=58.3546;RBI=0.0300759;REFB=0.0449213;REVB=0.0300758;RO=2;SAF=69;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135623;STB=0.507142;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000233676;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:115:2:2:112:113:0.982609:43:69:2:0:44:69:2:0 chr20 18167977 . T C 1193.02 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.008;QD=59.6512;RBI=0.110622;REFB=0;REVB=0.00177512;RO=1;SAF=30;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720209;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:1:0:76:80:1:46:30:1:0:46:34:0:0 chr20 18296072 . T A 306.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.981;QD=53.2523;RBI=0.0949136;REFB=0;REVB=0.0749907;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992115;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr20 18309650 . GT G 299.15 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.8005;QD=44.3182;RBI=0.045702;REFB=0;REVB=0.0311695;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00313381;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:27:27:27:0:16:11:0:0:6:0:15:11:0:0 chr20 18414356 . A G 779.47 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9596;QD=62.3577;RBI=0.105135;REFB=0;REVB=0.0356676;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254237;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125473;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:31:18:1:0:31:19:0:0 chr20 18433335 . T C 976.17 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121282;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6015;QD=59.1617;RBI=0.126607;REFB=0;REVB=0.0363311;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019319;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr20 18445963 . A G 433.21 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552682;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4182;QD=57.7617;RBI=0.0181832;REFB=0;REVB=0.0173229;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293256;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr20 18462421 . A G 753.5 PASS AF=0.98;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0534921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.818;QD=60.2801;RBI=0.0535368;REFB=-0.0285746;REVB=-0.00218668;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000975518;OID=.;OPOS=18462421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:50:0:1:45:49:0.98:28:17:0:0:28:21:1:0 chr20 18541699 . T TA 347.12 PASS AF=1;AO=35;DP=45;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2055;QD=33.8651;RBI=0.0354793;REFB=-0.0747071;REVB=0.00433176;RO=9;SAF=13;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155261;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.019668;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:45:41:41:0:15:26:0:0:4:9:13:22:3:6 chr20 18810705 . C T 368.59 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00478345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.836;QD=19.3996;RBI=0.016542;REFB=-0.0231231;REVB=0.0158353;RO=38;SAF=17;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141308;STB=0.578471;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.020841;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:38:38:38:0.5:21:17:23:15:21:17:23:15 chr20 19261606 . T C 779.57 PASS AF=0.506757;AO=73;DP=145;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=29;FSRR=44;FWDB=0.0568204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7064;QD=21.0695;RBI=0.0570379;REFB=-0.000296656;REVB=0.0049766;RO=72;SAF=30;SAR=43;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206422;STB=0.514884;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.000313295;OID=.;OPOS=19261606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:148:72:73:73:75:0.506757:43:30:28:44:43:32:29:44 chr20 19261623 . G A 639.67 PASS AF=0.44898;AO=66;DP=147;FAO=66;FDP=147;FR=.;FRO=81;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=-0.0202039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1862;QD=17.4059;RBI=0.031449;REFB=-0.0197454;REVB=0.0241007;RO=79;SAF=25;SAR=41;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656084;STB=0.530735;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0215151;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:79:81:66:66:0.44898:41:25:35:44:41:25:35:46 chr20 19560664 . G A 1491.65 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000354844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.252;QD=63.4746;RBI=0.0122066;REFB=0;REVB=0.0122015;RO=0;SAF=53;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18413e-05;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:41:53:0:0:41:53:0:0 chr20 19702049 . G A 455.08 PASS AF=0.462963;AO=48;DP=107;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0115997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.019;QD=16.8548;RBI=0.0115998;REFB=0.00749354;REVB=4.82237e-05;RO=57;SAF=26;SAR=22;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366547;STB=0.525065;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00772086;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:58:48:50:0.462963:22:26:33:24:23:27:34:24 chr20 19983022 . AT A 110.97 PASS AF=0.619048;AO=21;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.138064;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.59593;QD=10.5684;RBI=0.226701;REFB=-0.0511982;REVB=0.179809;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0.4;SSSB=0.00309058;STB=0.523792;STBP=0.759;TYPE=del;VARB=0.0826122;OID=.;OPOS=19983023;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:21:42:26:42:16:6:20:3:13:50:17:5:16:4:13 chr20 20050397 . G A 126.71 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00214761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.557;QD=11.2628;RBI=0.00299846;REFB=-0.015685;REVB=-0.00209249;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193245;STB=0.615227;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0258587;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:10:5:15:15:10:5:15:15 chr20 20144772 . G A 2102.56 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.801;QD=62.7629;RBI=0.0482169;REFB=0;REVB=0.0463944;RO=0;SAF=70;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94835e-05;OID=.;OPOS=20144772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:134:0:0:134:134:1:64:70:0:0:64:70:0:0 chr20 20152462 . A C 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.63833e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1105;QD=56.9376;RBI=0.0195969;REFB=0;REVB=-0.0195968;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143776;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr20 20341333 . G C 1952.22 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.552;QD=61.9751;RBI=0.0235463;REFB=0;REVB=0.0205702;RO=0;SAF=70;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10403e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:56:70:0:0:56:70:0:0 chr20 20350516 . T G 512.32 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177331;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.441;QD=58.5513;RBI=0.0680543;REFB=0;REVB=0.0657033;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528086;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:17:18:0:0 chr20 20493222 . G A 62.88 PASS AF=0.3;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00615053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.025;QD=8.38415;RBI=0.0189342;REFB=-0.0181645;REVB=-0.0179074;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22957;STB=0.683085;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0274356;OID=.;OPOS=20493222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:17:21:8:9:0.3:4:4:5:12:4:5:6:15 chr20 21142523 . C G 879.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.797;QD=57.6575;RBI=0.0493249;REFB=0;REVB=0.0415411;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.97632e-05;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:25:35:0:0:26:35:0:0 chr20 21142813 . T C 501.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2392;QD=58.9963;RBI=0.0429593;REFB=0;REVB=0.0428286;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040784;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr20 21186161 . A AG 580.52 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.290861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7046;QD=41.4655;RBI=0.298783;REFB=0;REVB=0.0683448;RO=9;SAF=23;SAR=23;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00829493;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:56:56:56:0:30:26:0:0:11:9:23:23:7:2 chr20 21362703 . TA T 1182.5 PASS AF=1;AO=97;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.2192;QD=45.0476;RBI=0.0748233;REFB=0;REVB=-0.0613423;RO=2;SAF=40;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=-0.0034608;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000353503;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:97:105:105:105:0:44:61:0:0:21:2:40:57:1:1 chr20 22562674 . T C 550.62 PASS AF=0.974359;AO=31;DP=40;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224242;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.032;QD=56.4735;RBI=0.0258617;REFB=0.043728;REVB=0.0128834;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00277493;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:39:0:1:31:38:0.974359:18:13:0:0:23:15:0:1 chr20 22758594 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.00915084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.286;QD=12.5458;RBI=0.033653;REFB=-0.00182488;REVB=0.032385;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213735;STB=0.621309;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00409339;OID=.;OPOS=22758594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:32:10:11:15:32:10 chr20 23016970 . T G 291.92 PASS AF=0.355769;AO=36;DP=103;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=-0.00194492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.407;QD=11.2276;RBI=0.0202476;REFB=-0.0163832;REVB=-0.020154;RO=66;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132944;STB=0.561398;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0208142;OID=.;OPOS=23016970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:66:67:36:37:0.355769:17:19:27:39:18:19:28:39 chr20 23017017 . T C 403.68 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=-0.0541933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.816;QD=13.8009;RBI=0.0567243;REFB=-0.0155678;REVB=-0.0167552;RO=67;SAF=27;SAR=20;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132087;STB=0.578608;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0228512;OID=.;OPOS=23017017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:70:47:47:0.401709:20:27:30:37:20:27:31:39 chr20 23017044 . C T 422.26 PASS AF=0.392;AO=49;DP=123;FAO=49;FDP=125;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00101374;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.253;QD=13.5124;RBI=0.0201408;REFB=-0.00527129;REVB=-0.0201153;RO=73;SAF=30;SAR=19;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128339;STB=0.585282;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00802455;OID=.;OPOS=23017044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:73:76:49:49:0.392:19:30:36:37:19:30:36:40 chr20 23017082 . T C 516.07 PASS AF=0.444444;AO=56;DP=126;FAO=56;FDP=126;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0538869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3205;QD=16.3833;RBI=0.0560251;REFB=-0.0110799;REVB=-0.0153302;RO=69;SAF=32;SAR=24;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208324;STB=0.50808;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0223177;OID=.;OPOS=23017082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:69:70:56:56:0.444444:24:32:38:31:24:32:39:31 chr20 23028724 . G A 362.9 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.686;QD=50.0558;RBI=0.0885484;REFB=-0.178688;REVB=0.0825616;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.516118;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00444146;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:0:1:27:28:0.965517:13:14:0:0:13:15:1:0 chr20 23065209 . G A 939.63 PASS AF=0.489474;AO=93;DP=192;FAO=93;FDP=190;FR=.;FRO=97;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.016658;FXX=0.0104161;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.493;QD=19.7816;RBI=0.0231684;REFB=-0.0180922;REVB=0.0161023;RO=94;SAF=34;SAR=59;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978664;STB=0.557907;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0185456;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:190:94:97:93:93:0.489474:59:34:44:50:59:34:46:51 chr20 23065342 . A G 968.96 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257768;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.566;QD=58.7248;RBI=0.0610819;REFB=0;REVB=-0.0553765;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.84409e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:64:66:1:30:34:0:0:31:35:0:0 chr20 23345844 . A C 241.39 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00709973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.965;QD=21.9442;RBI=0.0173477;REFB=-0.00806906;REVB=0.0158284;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192942;STB=0.592737;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0071244;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:21:23:23:0.522727:12:11:5:15:12:11:6:15 chr20 23350790 . C T 107.39 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00703518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.646;QD=12.6337;RBI=0.027816;REFB=-0.0131055;REVB=-0.0269116;RO=21;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46509;STB=0.786309;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0389903;OID=.;OPOS=23350790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:12:1:7:14:12:1:7:14 chr20 23352480 . A G 200.89 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0404186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6548;QD=15.1617;RBI=0.0415384;REFB=-0.0104713;REVB=-0.00958016;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174859;STB=0.599584;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0119392;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:17:13:14:9:17:13 chr20 23355423 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00435845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.05;QD=13.9587;RBI=0.00445976;REFB=-0.0641476;REVB=-0.00094518;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0621965;OID=.;OPOS=23355423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr20 23424613 . T C 294.01 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00145091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.83;QD=18.3759;RBI=0.00622973;REFB=-0.0118784;REVB=-0.00605842;RO=32;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113984;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:31:32:0.5:17:14:15:17:17:15:15:17 chr20 23424660 . G C 214.1 PASS AF=0.480769;AO=22;DP=49;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0340152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.039;QD=16.4691;RBI=0.0341705;REFB=-0.0153099;REVB=-0.00325374;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102583;STB=0.5962;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0217242;OID=.;OPOS=23424660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:26:27:22:25:0.480769:13:9:8:18:13:12:8:19 chr20 23432528 . A G 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0162519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.699;QD=17.6713;RBI=0.017584;REFB=-0.00600431;REVB=0.00671354;RO=31;SAF=21;SAR=9;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238717;STB=0.627498;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00949504;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:9:21:14:17:9:21:15:17 chr20 23472391 . A G 2586.5 PASS AF=0.982857;AO=160;DP=162;FAO=172;FDP=175;FR=.;FRO=3;FSAF=65;FSAR=107;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00976525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.452;QD=59.12;RBI=0.0102149;REFB=-0.0982165;REVB=0.00299728;RO=0;SAF=59;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.54168e-08;STB=0.511277;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000231488;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:162:175:0:3:160:172:0.982857:101:59:0:0:107:65:3:0 chr20 23531276 . G A 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.67;QD=44.0922;RBI=0.0374731;REFB=-0.0424196;REVB=0.0310225;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00373383;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:0:1:9:8:0:1 chr20 23546639 . T G 1848.6 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.061;QD=61.1107;RBI=0.0497343;REFB=0;REVB=0.0218053;RO=0;SAF=58;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57046e-05;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:121:0:0:115:121:1:57:58:0:0:58:63:0:0 chr20 23586360 . G A 379.87 PASS AF=0.465116;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0797167;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2287;QD=17.6684;RBI=0.0805145;REFB=-0.0411645;REVB=0.0113058;RO=46;SAF=11;SAR=28;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166459;STB=0.597688;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0590438;OID=.;OPOS=23586360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:39:40:0.465116:28:11:20:26:29:11:20:26 chr20 23618395 . T C 3172.18 PASS AF=1;AO=202;DP=208;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339621;FXX=0.00476168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.669;QD=60.7115;RBI=0.00566311;REFB=0.0266761;REVB=0.00453173;RO=1;SAF=89;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0041967;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90686e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:208:209:1:0:202:209:1:113:89:0:1:118:91:0:0 chr20 23729722 . G T 3629.12 PASS AF=1;AO=230;DP=231;FAO=231;FDP=231;FR=.;FRO=0;FSAF=131;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385638;FXX=0.00431016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5387;QD=62.8418;RBI=0.0483917;REFB=-0.0891657;REVB=-0.0292334;RO=1;SAF=131;SAR=99;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00362402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279268;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:231:231:1:0:230:231:1:99:131:1:0:100:131:0:0 chr20 23731412 . G A 478.32 PASS AF=0.460177;AO=52;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0064397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.273;QD=16.9317;RBI=0.00659791;REFB=-0.00159113;REVB=0.00143622;RO=61;SAF=22;SAR=30;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131717;STB=0.507335;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00223877;OID=.;OPOS=23731412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:52:52:0.460177:30:22:25:36:30:22:25:36 chr20 23731426 . C T 375.22 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=0.076714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7644;QD=16.3137;RBI=0.0829702;REFB=-0.0317485;REVB=0.0316074;RO=50;SAF=15;SAR=25;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261828;STB=0.528557;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0519744;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:50:52:40:40:0.434783:25:15:20:30:25:15:22:30 chr20 23731494 . A G 464.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4508;QD=58.118;RBI=0.0689411;REFB=0;REVB=0.0421579;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122859;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:22:10:0:0 chr20 23860178 . A G 610.02 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.407;QD=61.0023;RBI=0.0230265;REFB=0;REVB=0.0195412;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196779;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr20 24939590 . G C 929.29 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0211122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.458;QD=55.4799;RBI=0.0299716;REFB=-0.0297899;REVB=0.0212738;RO=2;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377443;STB=0.519994;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00159205;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:65:65:0.970149:24:41:0:2:24:41:0:2 chr20 24954887 . A T 272.47 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.458;QD=51.8993;RBI=0.0679199;REFB=0;REVB=0.066314;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432669;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr20 25027526 . G A 313.82 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0428539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7821;QD=14.5964;RBI=0.0428559;REFB=-0.0167972;REVB=0.000422856;RO=51;SAF=9;SAR=26;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208992;STB=0.619451;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0204573;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:26:9:22:29:26:9:22:29 chr20 25059442 . C T 1087.6 PASS AF=0.532663;AO=106;DP=199;FAO=106;FDP=199;FR=.;FRO=93;FSAF=63;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=-0.00507178;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.01;QD=21.8614;RBI=0.0122328;REFB=-0.0321509;REVB=-0.0111319;RO=93;SAF=63;SAR=43;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959357;STB=0.552462;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0236606;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:93:93:106:106:0.532663:43:63:45:48:43:63:45:48 chr20 25195387 . A AT 50.71 PASS AF=0.315217;AO=16;DP=95;FAO=29;FDP=92;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0759049;FXX=0.0612182;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.74907;QD=2.20487;RBI=0.186954;REFB=-0.0463605;REVB=-0.170852;RO=71;SAF=3;SAR=13;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424055;STB=0.551688;STBP=0.514;TYPE=ins;VARB=-0.0623427;OID=.;OPOS=25195388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315217:16:95:29:92:63:13:16:33:30:50:71:3:13:36:35 chr20 25195394 . C T 278.08 PASS AF=0.359223;AO=33;DP=100;FAO=37;FDP=103;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0140353;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5194;QD=10.7991;RBI=0.0164064;REFB=-0.0145655;REVB=0.00849598;RO=65;SAF=13;SAR=20;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792712;STB=0.542023;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0232884;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:65:66:33:37:0.359223:20:13:30:35:22:15:31:35 chr20 25195509 . A G 1230.88 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422299;FXX=0.0123442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.962;QD=61.5442;RBI=0.00650254;REFB=0;REVB=0.00494463;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44358e-07;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr20 25207074 . T C 592.63 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=45;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0143869;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.067;QD=26.9376;RBI=0.0168303;REFB=-0.0238098;REVB=0.00873356;RO=36;SAF=8;SAR=45;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293296;STB=0.652108;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0154107;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:35:53:53:0.602273:45:8:15:21:45:8:14:21 chr20 25255338 . C T 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0128877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.521;QD=17.6168;RBI=0.0151806;REFB=-0.00903486;REVB=-0.00802227;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00678874;OID=.;OPOS=25255338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:11:13:16:11:11:13:16:11 chr20 25259006 . G T 529.14 PASS AF=0.504587;AO=55;DP=109;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=18;FWDB=-0.0133302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.401;QD=19.418;RBI=0.0178214;REFB=-0.0117005;REVB=0.0118282;RO=54;SAF=27;SAR=28;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157576;STB=0.586796;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0118153;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:54:54:55:55:0.504587:28:27:36:18:28:27:36:18 chr20 25260931 . A G 247.33 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=0.019384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1627;QD=13.7406;RBI=0.0370422;REFB=-0.00791825;REVB=-0.0315656;RO=43;SAF=17;SAR=11;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217331;STB=0.613663;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0112679;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:43:28:29:0.402778:11:17:34:9:11:18:34:9 chr20 25262769 . G A 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0145613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.123;QD=21.8715;RBI=0.0317072;REFB=-0.0268215;REVB=0.0281658;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180183;STB=0.599929;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0136029;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:8:15:12:16:8:15 chr20 25264814 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00791957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9145;QD=13.9114;RBI=0.0398546;REFB=-0.00767518;REVB=0.0390598;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041387;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0116965;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:15:16:10:11:15:16 chr20 25268920 . T C 165.55 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0245939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5077;QD=11.4172;RBI=0.031339;REFB=-0.0437449;REVB=-0.0194236;RO=37;SAF=15;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116487;STB=0.568114;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0816134;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:37:21:21:0.362069:6:15:23:14:6:15:23:14 chr20 25275621 . T C 628.24 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=155;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=54;FWDB=-0.00873386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9563;QD=16.2126;RBI=0.0107745;REFB=-0.0144661;REVB=0.00630954;RO=86;SAF=37;SAR=32;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16255;STB=0.590327;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0295859;OID=.;OPOS=25275621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:86:86:69:69:0.445161:32:37:32:54:32:37:32:54 chr20 25276297 . G A 327.06 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0193128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.594;QD=17.6787;RBI=0.0200862;REFB=0.00132818;REVB=0.0055201;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169446;STB=0.594354;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00118852;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:27:12:17:18:27:12 chr20 25282944 . A G 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0133322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.2;QD=12.5627;RBI=0.0169078;REFB=-0.00557391;REVB=-0.0103983;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213623;STB=0.622534;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0134255;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:12:23:10:12:12:23 chr20 25456698 . C T 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00526485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.139;QD=21.2649;RBI=0.034342;REFB=-0.00980483;REVB=0.033936;RO=17;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114365;STB=0.571364;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0105618;OID=.;OPOS=25456698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:4:16:15:2:4:16:16:2 chr20 25456888 . A G 727.62 PASS AF=0.538462;AO=70;DP=131;FAO=70;FDP=130;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=0.00329779;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0715;QD=22.3882;RBI=0.0192439;REFB=0.00542955;REVB=-0.0189592;RO=60;SAF=24;SAR=46;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220666;STB=0.512097;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0068156;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:60:60:70:70:0.538462:46:24:22:38:46:24:22:38 chr20 25457049 . GCTCCCA G 116.47 PASS AF=0.283333;AO=15;DP=63;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0153075;FXX=0.0624902;HRUN=1;LEN=6;MLLD=199.837;QD=7.76454;RBI=0.0228726;REFB=-0.0104035;REVB=-0.0169952;RO=39;SAF=10;SAR=5;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159259;STB=0.583573;STBP=0.447;TYPE=del;VARB=0.030123;OID=.;OPOS=25457050;OREF=CTCCCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333:15:63:17:60:43:11:6:23:20:99:39:10:5:21:18 chr20 25666737 . C T 221.94 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00416511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9642;QD=18.4946;RBI=0.0132693;REFB=-0.0148478;REVB=-0.0125986;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443258;STB=0.540217;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0380242;OID=.;OPOS=25666737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:15:7:9:16:15:7:10:16 chr20 25755672 . G T 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.00279392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.601;QD=7.8676;RBI=0.00753082;REFB=-0.00186257;REVB=-0.00699338;RO=61;SAF=16;SAR=7;SRF=39;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770942;STB=0.546484;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00590313;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:7:16:39:22:7:16:39:22 chr20 26063560 . G A,T 700.74 PASS AF=0.924528,0.0566038;AO=48,3;DP=52;FAO=49,3;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29,1;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00616485,0.00350753;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.357,165.996;QD=52.8864;RBI=0.0154918,0.0168842;REFB=-0.115332,-0.0750843;REVB=-0.0142124,0.0165159;RO=1;SAF=28,1;SAR=20,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229399,0.163246;STB=0.51219,0.59939;STBP=0.317,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=0.00141396,0.038654;OID=.,.;OPOS=26063560,26063560;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:52:53:1:1:48,3:49,3:0.924528,0.0566038:20,2:28,1:0:1:20,2:29,1:0:1 chr20 26094564 . T G 1384.47 PASS AF=0.427746;AO=147;DP=345;FAO=148;FDP=346;FR=.;FRO=198;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=93;FSRR=105;FWDB=-0.000854339;FXX=0.00288176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0861;QD=16.0054;RBI=0.0177693;REFB=-0.00872925;REVB=-0.0177487;RO=195;SAF=68;SAR=79;SRF=91;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00421012;STB=0.505891;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0200473;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:345:346:195:198:147:148:0.427746:79:68:91:104:80:68:93:105 chr20 26094567 . T C 1771.63 PASS AF=0.497143;AO=171;DP=347;FAO=174;FDP=350;FR=.;FRO=176;FSAF=75;FSAR=99;FSRF=85;FSRR=91;FWDB=0.0156639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.065;QD=20.2472;RBI=0.0188147;REFB=-0.0131622;REVB=0.0104229;RO=173;SAF=75;SAR=96;SRF=83;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381458;STB=0.526418;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0169339;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:350:173:176:171:174:0.497143:96:75:83:90:99:75:85:91 chr20 26094605 . G A 993.61 PASS AF=0.398577;AO=112;DP=282;FAO=112;FDP=281;FR=.;FRO=169;FSAF=46;FSAR=66;FSRF=68;FSRR=101;FWDB=-0.0148066;FXX=0.00354597;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.941;QD=14.1439;RBI=0.021839;REFB=-0.0189125;REVB=-0.0160533;RO=168;SAF=46;SAR=66;SRF=68;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065916;STB=0.505194;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0246174;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:282:281:168:169:112:112:0.398577:66:46:68:100:66:46:68:101 chr20 26094609 . C A 951.06 PASS AF=0.396364;AO=108;DP=272;FAO=109;FDP=275;FR=.;FRO=166;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=67;FSRR=99;FWDB=-0.0265883;FXX=0.00362306;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3643;QD=13.8336;RBI=0.0278058;REFB=0.00419886;REVB=-0.008138;RO=164;SAF=40;SAR=68;SRF=65;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296393;STB=0.517508;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.00695635;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:275:164:166:108:109:0.396364:68:40:65:99:68:41:67:99 chr20 26188912 . A C 33.94 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00871913;FXX=0.0999001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.331;QD=15.0838;RBI=0.00893818;REFB=-0.0979469;REVB=-0.00196669;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0204079;OID=.;OPOS=26188912;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr20 29623179 . A T 32.59 PASS AF=0.0738255;AO=11;DP=149;FAO=11;FDP=149;FR=.;FRO=138;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=-0.000375231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.095;QD=0.874884;RBI=0.00792805;REFB=-0.00198341;REVB=-0.00791916;RO=136;SAF=4;SAR=7;SRF=65;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127227;STB=0.601308;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0405312;OID=.;OPOS=29623179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:149:149:136:138:11:11:0.0738255:7:4:65:71:7:4:65:73 chr20 29623210 . C T 70.02 PASS AF=0.109091;AO=18;DP=165;FAO=18;FDP=165;FR=.;FRO=147;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=67;FSRR=80;FWDB=-0.00959892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.199;QD=1.69741;RBI=0.014767;REFB=7.18336e-05;REVB=-0.0112217;RO=147;SAF=6;SAR=12;SRF=67;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153913;STB=0.613316;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000997337;OID=.;OPOS=29623210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:165:165:147:147:18:18:0.109091:12:6:67:80:12:6:67:80 chr20 29623223 . T C 359.61 PASS AF=0.305732;AO=47;DP=156;FAO=48;FDP=157;FR=.;FRO=109;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=45;FSRR=64;FWDB=-0.00460722;FXX=0.0187488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.311;QD=9.16195;RBI=0.00915201;REFB=-0.0147606;REVB=-0.00790777;RO=105;SAF=22;SAR=25;SRF=45;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047285;STB=0.546285;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0271831;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:105:109:47:48:0.305732:25:22:45:60:25:23:45:64 chr20 29623224 . C A 47.72 PASS AF=0.0886076;AO=14;DP=157;FAO=14;FDP=158;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.0211942;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.39;QD=1.2081;RBI=0.0339896;REFB=-0.00340449;REVB=-0.0265725;RO=134;SAF=6;SAR=8;SRF=60;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022905;STB=0.508275;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0401382;OID=.;OPOS=29623224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:157:158:134:144:14:14:0.0886076:8:6:60:74:8:6:63:81 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG,AGTGAAG 536.68 PASS AF=0.0604027,0.302013,0.0738255;AO=9,45,8;DP=152;FAO=9,45,11;FDP=149;FR=.;FRO=84;FSAF=6,19,4;FSAR=3,26,7;FSRF=36;FSRR=48;FWDB=0.00103175,5.30269e-05,-0.0113723;FXX=0.0132442;HRUN=2,2,3;LEN=1,3,2;MLLD=37.0579,160.751,158.464;QD=14.4075;RBI=0.090408,0.0298149,0.0116547;REFB=0.036948,-0.000794187,-0.00269811;REVB=0.0904021,0.0298148,-0.0025499;RO=78;SAF=6,18,4;SAR=3,27,4;SRF=36;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.238809,-0.0699466,0.0439637;STB=0.70789,0.504229,0.559889;STBP=0.234,0.96,0.718;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.108743,-0.00292818,0.025773;OID=.,.,.;OPOS=29623254,29623249,29623249;OREF=G,AAG,AA;OALT=A,-,GT;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG,AGTGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0604027,0.302013,0.0738255:9,45,8:152:9,45,11:149:84:6,19,4:3,26,7:36:48:99:78:6,18,4:3,27,4:36:42 chr20 29623260 . TG CC 32.21 PASS AF=0.0728477;AO=11;DP=151;FAO=11;FDP=151;FR=.;FRO=140;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=79;FWDB=0.00234883;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=144.527;QD=0.853133;RBI=0.0116458;REFB=-0.000572927;REVB=0.0114065;RO=139;SAF=4;SAR=7;SRF=60;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769067;STB=0.569333;STBP=0.712;TYPE=mnp;VARB=0.0061327;OID=.;OPOS=29623260;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:151:151:139:140:11:11:0.0728477:7:4:60:79:7:4:61:79 chr20 29624020 . GT G,GTT 30.62 PASS AF=0,0.306122;AO=8,15;DP=50;FAO=0,15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=0,7;FSAR=0,8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0803201,0.0788879;FXX=0.019996;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.4993,9.77208;QD=2.49948;RBI=0.157095,0.154015;REFB=0.0215923,-0.0249805;REVB=-0.13501,0.132278;RO=26;SAF=4,7;SAR=4,8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0.475962,0;SSEP=0.405405,0;SSSB=0.23231,0.175881;STB=0.5,0.580007;STBP=1,0.491;TYPE=del,ins;VARB=0,0.031504;OID=.,.;OPOS=29624021,29624021;OREF=T,-;OALT=-,T;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.306122:8,15:50:0,15:49:34:0,7:0,8:12:22:31:26:4,7:4,8:8:18 chr20 29624067 . AT AC,TC 34.95 PASS AF=0.0617284,0.0493827;AO=5,4;DP=81;FAO=5,4;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=3,1;FSAR=2,3;FSRF=30;FSRR=42;FWDB=-0.0156978,-0.017011;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=162.498,184.252;QD=1.72568;RBI=0.0161968,0.0212059;REFB=0.00117358,0.00225859;REVB=0.00398946,-0.0126615;RO=71;SAF=3,1;SAR=2,3;SRF=30;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177895,-0.168762;STB=0.666034,0.672992;STBP=0.513,0.551;TYPE=snp,mnp;VARB=0.014711,-0.054609;OID=.,.;OPOS=29624068,29624067;OREF=T,AT;OALT=C,TC;OMAPALT=AC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:81:81:71:72:5,4:5,4:0.0617284,0.0493827:2,3:3,1:30:41:2,3:3,1:30:42 chr20 29624070 . G A 236.0 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0206948;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.101;QD=11.6545;RBI=0.0215056;REFB=-0.00458859;REVB=-0.00584918;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221334;STB=0.62973;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0135889;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:49:52:29:29:0.358025:13:16:17:32:13:16:18:34 chr20 29625876 . C T 97.32 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=-0.00993536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.158;QD=5.05583;RBI=0.0275034;REFB=-0.00760459;REVB=-0.0256462;RO=59;SAF=6;SAR=10;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207875;STB=0.618743;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0241586;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:77:59:61:16:16:0.207792:10:6:32:27:10:6:32:29 chr20 29625877 . G A 115.98 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=78;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00356526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.147;QD=5.94775;RBI=0.0394146;REFB=-0.00513181;REVB=-0.039253;RO=58;SAF=12;SAR=6;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288789;STB=0.666481;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.016755;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:60:18:18:0.230769:6:12:25:33:6:12:27:33 chr20 29625925 . C CTTG 54.9 PASS AF=0.135802;AO=10;DP=83;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00953793;FXX=0.03571;HRUN=2;LEN=3;MLLD=231.193;QD=2.71106;RBI=0.0336947;REFB=-0.000923149;REVB=-0.0323166;RO=71;SAF=5;SAR=5;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00852044;STB=0.502258;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00524655;OID=.;OPOS=29625926;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.135802:10:83:11:81:70:5:6:32:38:54:71:5:5:35:36 chr20 29625935 . A G 54.1 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=82;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0154668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.629;QD=2.57607;RBI=0.0312766;REFB=-0.00749574;REVB=-0.0271846;RO=72;SAF=3;SAR=7;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229856;STB=0.712132;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.052758;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:82:84:72:72:10:12:0.142857:7:3:35:37:9:3:35:37 chr20 29625979 . C A 81.05 PASS AF=0.15625;AO=16;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.00319648;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.776;QD=3.37699;RBI=0.0393257;REFB=-0.00150473;REVB=-0.0391956;RO=78;SAF=4;SAR=12;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254899;STB=0.642875;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0124206;OID=.;OPOS=29625979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:96:96:78:81:16:15:0.15625:12:4:34:44:11:4:34:47 chr20 29625985 . G A 41.07 PASS AF=0.06;AO=6;DP=100;FAO=6;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=89;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=53;FWDB=-0.0549871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7443;QD=1.64266;RBI=0.0579129;REFB=-0.000432548;REVB=-0.0181746;RO=85;SAF=1;SAR=5;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267966;STB=0.760348;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0498538;OID=.;OPOS=29625985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:100:100:85:89:6:6:0.06:5:1:34:51:5:1:36:53 chr20 29628237 . C A 170.85 PASS AF=0.144531;AO=37;DP=257;FAO=37;FDP=256;FR=.;FRO=219;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=105;FSRR=114;FWDB=-0.0462974;FXX=0.00775164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.574;QD=2.66949;RBI=0.0462983;REFB=-0.00371879;REVB=0.000289523;RO=195;SAF=18;SAR=19;SRF=101;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404454;STB=0.506021;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.036436;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:257:256:195:219:37:37:0.144531:19:18:101:94:19:18:105:114 chr20 29628271 . C T 1039.09 PASS AF=0.46383;AO=110;DP=235;FAO=109;FDP=235;FR=.;FRO=126;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=49;FSRR=77;FWDB=-0.0214299;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6445;QD=17.6866;RBI=0.0632141;REFB=-0.0384273;REVB=-0.0594708;RO=125;SAF=46;SAR=64;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260456;STB=0.518307;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0441332;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:125:126:110:109:0.46383:64:46:49:76:63:46:49:77 chr20 29628328 . C G 145.63 PASS AF=0.214286;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=63;FWDB=-0.0524954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3312;QD=5.20114;RBI=0.0581361;REFB=-0.0180485;REVB=-0.0249807;RO=86;SAF=8;SAR=16;SRF=25;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622981;STB=0.544792;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0524573;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:86:88:24:24:0.214286:16:8:25:61:16:8:25:63 chr20 29628361 . A C 151.38 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0280762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.501;QD=12.3576;RBI=0.0294048;REFB=-0.0204314;REVB=-0.0087389;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10741;STB=0.576838;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0308663;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:32:17:17:0.346939:11:6:8:22:11:6:8:24 chr20 29628415 . T A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=-0.040455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9341;QD=4.05002;RBI=0.0404768;REFB=-0.00400898;REVB=0.00132768;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39619;STB=0.76257;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0239582;OID=.;OPOS=29628415;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:33:34:7:7:0.170732:3:4:8:25:3:4:8:26 chr20 29628431 . C T 251.84 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.017527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.45;QD=27.2256;RBI=0.0239418;REFB=-0.016473;REVB=0.0163099;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0870604;STB=0.557593;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0106477;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:13:14:23:23:0.621622:15:8:3:10:15:8:3:11 chr20 29628439 . A G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00236003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.184;QD=3.8876;RBI=0.00854194;REFB=0.00476282;REVB=0.00820944;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276885;STB=0.685181;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0251266;OID=.;OPOS=29628439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:8:21:3:3:8:21 chr20 29630666 . T C 37.09 PASS AF=0.0846154;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=130;FR=.;FRO=119;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=62;FSRR=57;FWDB=-0.0220883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1809;QD=1.14127;RBI=0.0253002;REFB=-0.00681953;REVB=-0.0123372;RO=119;SAF=6;SAR=5;SRF=62;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278713;STB=0.522431;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0302601;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:130:119:119:11:11:0.0846154:5:6:62:57:5:6:62:57 chr20 29630674 . A T 60.93 PASS AF=0.11194;AO=15;DP=134;FAO=15;FDP=134;FR=.;FRO=119;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=64;FSRR=55;FWDB=0.000346867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.17;QD=1.81882;RBI=0.000849105;REFB=-0.00396227;REVB=-0.000775024;RO=119;SAF=9;SAR=6;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767629;STB=0.556155;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0222264;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:134:134:119:119:15:15:0.11194:6:9:64:55:6:9:64:55 chr20 29630681 . G A 67.88 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=137;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.0143215;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.643;QD=2.01126;RBI=0.0185093;REFB=-0.00124731;REVB=-0.0117256;RO=111;SAF=12;SAR=4;SRF=61;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26391;STB=0.717865;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00965113;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:137:135:111:119:16:16:0.118519:4:12:61:50:4:12:61:58 chr20 29630695 . C A 160.24 PASS AF=0.186667;AO=28;DP=153;FAO=28;FDP=150;FR=.;FRO=122;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0217024;FXX=0.0196066;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.605;QD=4.27314;RBI=0.0338827;REFB=-0.0104547;REVB=-0.02602;RO=123;SAF=16;SAR=12;SRF=58;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127425;STB=0.577891;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0544169;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:150:123:122:28:28:0.186667:12:16:58:65:12:16:58:64 chr20 29630697 . A G 101.33 PASS AF=0.1375;AO=22;DP=160;FAO=22;FDP=160;FR=.;FRO=138;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=75;FWDB=0.00667746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0212;QD=2.5332;RBI=0.0120989;REFB=-0.00165893;REVB=0.0100894;RO=133;SAF=15;SAR=7;SRF=62;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272182;STB=0.692394;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00893422;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:133:138:22:22:0.1375:7:15:62:71:7:15:63:75 chr20 29630725 . T C 240.55 PASS AF=0.20202;AO=40;DP=198;FAO=40;FDP=198;FR=.;FRO=158;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=65;FSRR=93;FWDB=-0.0354159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.654;QD=4.85969;RBI=0.040532;REFB=-0.00470999;REVB=-0.019712;RO=157;SAF=20;SAR=20;SRF=65;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110552;STB=0.570672;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0148086;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:157:158:40:40:0.20202:20:20:65:92:20:20:65:93 chr20 29632638 . C A 101.41 PASS AF=0.25;AO=15;DP=64;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00264144;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.673;QD=6.33825;RBI=0.00562146;REFB=-0.00715584;REVB=0.00496222;RO=47;SAF=3;SAR=12;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342162;STB=0.657684;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0230757;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:47:48:15:16:0.25:12:3:21:26:12:4:21:27 chr20 29632643 . T C 38.18 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.0236016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5655;QD=2.24577;RBI=0.0332162;REFB=-0.00748457;REVB=0.0233726;RO=59;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205263;STB=0.663498;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0816479;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:68:59:60:8:8:0.117647:6:2:24:35:6:2:25:35 chr20 29632662 . G C 221.98 PASS AF=0.366197;AO=25;DP=82;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00888454;FXX=0.144561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9594;QD=12.5057;RBI=0.0121812;REFB=-0.0211061;REVB=-0.00833348;RO=41;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822606;STB=0.568231;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0427956;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:71:41:45:25:26:0.366197:14:11:15:26:14:12:16:29 chr20 29632674 . T TA 80.17 PASS AF=0.284091;AO=17;DP=90;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=-0.14446;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2033;QD=3.64404;RBI=0.153603;REFB=-0.0303183;REVB=0.0522049;RO=69;SAF=2;SAR=15;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452872;STB=0.730647;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=0.0410441;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.284091:17:90:25:88:63:4:21:26:37:80:69:2:15:28:41 chr20 29632707 . G A 56.49 PASS AF=0.126316;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=95;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=59;FWDB=-0.00697204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.265;QD=2.37861;RBI=0.00916244;REFB=-0.00173434;REVB=-0.00594483;RO=83;SAF=5;SAR=7;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171697;STB=0.618957;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0262837;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:95:83:83:12:12:0.126316:7:5:24:59:7:5:24:59 chr20 29632709 . C T 89.57 PASS AF=0.168421;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=95;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=57;FWDB=-0.0252696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3524;QD=3.77123;RBI=0.0399683;REFB=-0.0265246;REVB=-0.0309663;RO=78;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210897;STB=0.638849;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0570622;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:94:95:78:79:16:16:0.168421:9:7:22:56:9:7:22:57 chr20 29632714 . CT AG 74.78 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=53;FWDB=-0.0138993;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=229.413;QD=3.39926;RBI=0.0164231;REFB=-0.00594199;REVB=-0.00874814;RO=74;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196841;STB=0.6287;STBP=0.35;TYPE=mnp;VARB=0.0360049;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:8:6:21:53:8:6:21:53 chr20 29632719 . C T 31.63 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=56;FWDB=-0.0384779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.323;QD=1.45425;RBI=0.0394408;REFB=0.00178193;REVB=-0.00866222;RO=79;SAF=4;SAR=4;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251227;STB=0.68925;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0190235;OID=.;OPOS=29632719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:4:4:23:56:4:4:23:56 chr20 29633900 . A G 54.37 PASS AF=0.117647;AO=11;DP=103;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0567255;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6512;QD=2.13207;RBI=0.0743589;REFB=-0.000655551;REVB=0.0480777;RO=91;SAF=5;SAR=6;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00481237;STB=0.524958;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00751448;OID=.;OPOS=29633900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:103:102:91:90:11:12:0.117647:6:5:41:50:7:5:40:50 chr20 29633916 . G T 360.99 PASS AF=0.45;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.021054;FXX=0.19998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.957;QD=18.0496;RBI=0.036608;REFB=-0.00528505;REVB=-0.0299479;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718184;STB=0.53256;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0180876;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:80:43:44:36:36:0.45:20:16:16:27:20:16:17:27 chr20 29633929 . A G 331.33 PASS AF=0.381443;AO=37;DP=97;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=38;FWDB=-0.0211556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.59;QD=13.6631;RBI=0.0220218;REFB=-0.0120374;REVB=0.00611537;RO=59;SAF=18;SAR=19;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123415;STB=0.574429;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0110866;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:60:37:37:0.381443:19:18:22:37:19:18:22:38 chr20 29633938 . A G 108.58 PASS AF=0.204545;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.056229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2949;QD=4.9353;RBI=0.0563629;REFB=1.73355e-05;REVB=-0.00388285;RO=70;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193735;STB=0.62176;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000177659;OID=.;OPOS=29633938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:70:70:18:18:0.204545:8:10:28:42:8:10:28:42 chr20 29633952 . C T 178.96 PASS AF=0.3;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0200655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.333;QD=8.94822;RBI=0.0356311;REFB=-0.0124162;REVB=-0.029444;RO=56;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100478;STB=0.559274;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0254987;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:56:56:24:24:0.3:13:11:21:35:13:11:21:35 chr20 29652138 . C T 37.83 PASS AF=0.0721649;AO=14;DP=200;FAO=14;FDP=194;FR=.;FRO=180;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=85;FSRR=95;FWDB=-0.0451465;FXX=0.039602;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.133;QD=0.780067;RBI=0.0464693;REFB=-0.000856102;REVB=0.0110085;RO=176;SAF=4;SAR=10;SRF=81;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199234;STB=0.679126;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0158471;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:200:194:176:180:14:14:0.0721649:10:4:81:95:10:4:85:95 chr20 29652165 . C T 98.49 PASS AF=0.132184;AO=22;DP=173;FAO=23;FDP=174;FR=.;FRO=151;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=92;FWDB=-0.0302671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9655;QD=2.26424;RBI=0.0964453;REFB=-0.0116551;REVB=-0.0915729;RO=150;SAF=10;SAR=12;SRF=58;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08729;STB=0.539258;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0993842;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:173:174:150:151:22:23:0.132184:12:10:58:92:13:10:59:92 chr20 29652166 . G A 73.57 PASS AF=0.110465;AO=18;DP=171;FAO=19;FDP=172;FR=.;FRO=153;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=57;FSRR=96;FWDB=-0.0337772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.953;QD=1.71089;RBI=0.0337848;REFB=-4.46529e-05;REVB=0.000715892;RO=153;SAF=10;SAR=8;SRF=57;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221431;STB=0.635075;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-3.54151e-05;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:171:172:153:153:18:19:0.110465:8:10:57:96:9:10:57:96 chr20 29652172 . TG CA,CG 1852.54 PASS AF=0.329193,0.552795;AO=53,89;DP=161;FAO=53,89;FDP=161;FR=.;FRO=19;FSAF=16,36;FSAR=37,53;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00735971,-0.0147023;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=128.502,101.392;QD=46.0259;RBI=0.00741761,0.0220764;REFB=0.0086169,0.0202332;REVB=0.000925038,-0.0164684;RO=19;SAF=16,36;SAR=37,53;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0380101,0.0124106;STB=0.520481,0.506602;STBP=0.614,0.797;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0189665,-0.0075163;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:161:161:19:19:53,89:53,89:0.329193,0.552795:37,53:16,36:7:12:37,53:16,36:7:12 chr20 29652182 . C T 90.66 PASS AF=0.127273;AO=21;DP=164;FAO=21;FDP=165;FR=.;FRO=144;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=92;FWDB=-0.0232722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3771;QD=2.19774;RBI=0.0239413;REFB=-0.00102414;REVB=0.00562049;RO=142;SAF=6;SAR=15;SRF=52;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113491;STB=0.575322;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00913111;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:164:165:142:144:21:21:0.127273:15:6:52:90:15:6:52:92 chr20 29652183 . G A 171.16 PASS AF=0.186747;AO=31;DP=166;FAO=31;FDP=166;FR=.;FRO=135;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=52;FSRR=83;FWDB=-0.0273939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.363;QD=4.12444;RBI=0.0299904;REFB=-0.00922793;REVB=0.0122065;RO=135;SAF=7;SAR=24;SRF=52;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238122;STB=0.653933;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0415237;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:135:135:31:31:0.186747:24:7:52:83:24:7:52:83 chr20 29652190 . T G 65.28 PASS AF=0.10559;AO=17;DP=161;FAO=17;FDP=161;FR=.;FRO=144;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=93;FWDB=-0.0249651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.183;QD=1.62176;RBI=0.0257224;REFB=-0.00466153;REVB=0.0061956;RO=141;SAF=5;SAR=12;SRF=50;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829239;STB=0.561329;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0427156;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:161:161:141:144:17:17:0.10559:12:5:50:91:12:5:51:93 chr20 29652191 . C T 1439.36 PASS AF=0.742138;AO=115;DP=156;FAO=118;FDP=159;FR=.;FRO=41;FSAF=41;FSAR=77;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0306812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6811;QD=36.2103;RBI=0.031349;REFB=-0.0211074;REVB=0.00643616;RO=40;SAF=39;SAR=76;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212513;STB=0.515721;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0127721;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:40:41:115:118:0.742138:76:39:12:28:77:41:12:29 chr20 29652194 . C T 149.47 PASS AF=0.175;AO=28;DP=160;FAO=28;FDP=160;FR=.;FRO=132;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=91;FWDB=0.00777902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.008;QD=3.73678;RBI=0.00920551;REFB=-0.00440738;REVB=0.00492221;RO=132;SAF=12;SAR=16;SRF=41;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161155;STB=0.602183;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0454459;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:132:132:28:28:0.175:16:12:41:91:16:12:41:91 chr20 29652196 . T C 204.24 PASS AF=0.2125;AO=34;DP=161;FAO=34;FDP=160;FR=.;FRO=126;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=83;FWDB=-0.037699;FXX=0.00621079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.891;QD=5.10593;RBI=0.0421985;REFB=-0.0145296;REVB=0.0189604;RO=126;SAF=9;SAR=25;SRF=43;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115497;STB=0.572139;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.054334;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:126:126:34:34:0.2125:25:9:43:83:25:9:43:83 chr20 29652235 . CG CC,GC 974.35 PASS AF=0.735294,0.0686275;AO=67,7;DP=112;FAO=75,7;FDP=102;FR=.;FRO=20;FSAF=22,2;FSAR=53,5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.035597,-0.0279589;FXX=0.128194;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=103.846,147.806;QD=38.2096;RBI=0.0370008,0.0301124;REFB=-0.00634092,-0.0119196;REVB=0.010095,0.011183;RO=18;SAF=16,2;SAR=51,5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0779572,-0.131357;STB=0.538501,0.631788;STBP=0.189,0.456;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00704647,0.032552;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:102:18:20:67,7:75,7:0.735294,0.0686275:51,5:16,2:7:11:53,5:22,2:9:11 chr20 29652237 . T C 39.24 PASS AF=0.0956522;AO=11;DP=115;FAO=11;FDP=115;FR=.;FRO=104;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=74;FWDB=-0.0267876;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.1387;QD=1.36492;RBI=0.0322356;REFB=-0.006644;REVB=-0.017932;RO=103;SAF=9;SAR=2;SRF=30;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56286;STB=0.8971;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0574721;OID=.;OPOS=29652237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:115:115:103:104:11:11:0.0956522:2:9:30:73:2:9:30:74 chr20 29652254 . G A 122.27 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=85;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0705307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.219;QD=5.75374;RBI=0.0725555;REFB=-0.00369373;REVB=0.0170212;RO=65;SAF=6;SAR=13;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152805;STB=0.59081;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00675052;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:65:66:19:19:0.223529:13:6:28:37:13:6:28:38 chr20 29960791 . C T 71.88 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=16;FWDB=-0.0161726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7336;QD=4.63735;RBI=0.0340304;REFB=-0.00759225;REVB=-0.0299418;RO=50;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128156;STB=0.582256;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0313095;OID=.;OPOS=29960791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:5:7:34:16:5:7:34:16 chr20 29965014 . T C 219.17 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0675726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0328;QD=13.9155;RBI=0.0675739;REFB=-0.0216194;REVB=-0.000423921;RO=37;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696095;STB=0.539652;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0307619;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:13:13:16:21:13:13:16:21 chr20 29978216 . T C 183.56 PASS AF=0.4;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0207589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.344;QD=13.3496;RBI=0.0220832;REFB=-0.0199825;REVB=0.00753231;RO=32;SAF=13;SAR=8;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.587227;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0216865;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:32:33:21:22:0.4:8:13:23:9:9:13:24:9 chr20 30064331 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00398629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4499;QD=9.76005;RBI=0.0205339;REFB=-0.00128628;REVB=-0.0201433;RO=12;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16606;STB=0.599747;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000322656;OID=.;OPOS=30064331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:5:2:2:10:5:2:2:10 chr20 30070239 . C A 277.94 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0680385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.508;QD=13.7255;RBI=0.0715521;REFB=-0.0373239;REVB=0.0221464;RO=47;SAF=16;SAR=16;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333913;STB=0.530845;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0510149;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:49:32:32:0.395062:16:16:25:22:16:16:27:22 chr20 30433296 . G A 230.8 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0188033;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.799;QD=21.9806;RBI=0.0198922;REFB=-0.00603945;REVB=0.00649092;RO=20;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179173;STB=0.510041;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0089421;OID=.;OPOS=30433296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:15:7:6:14:15:7:6:14 chr20 30513735 . C T 297.48 PASS AF=0.434211;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.00450864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.835;QD=15.6571;RBI=0.0608319;REFB=-0.0296798;REVB=0.0606646;RO=42;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138394;STB=0.574529;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0346491;OID=.;OPOS=30513735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:42:43:32:33:0.434211:17:15:14:28:18:15:14:29 chr20 30659537 . C T 425.65 PASS AF=0.585714;AO=41;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00189634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.93;QD=24.3226;RBI=0.00193568;REFB=-0.0342879;REVB=-0.000388234;RO=29;SAF=21;SAR=20;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222285;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.020231;OID=.;OPOS=30659537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:29:29:41:41:0.585714:20:21:14:15:20:21:14:15 chr20 30676401 . AG A 330.44 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0572448;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.7858;QD=33.8915;RBI=0.232133;REFB=-0.081295;REVB=0.224963;RO=5;SAF=17;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.618056;SSSB=0.0897583;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0178669;OID=.;OPOS=30676402;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:41:39:39:0:18:21:0:0:3:5:17:14:1:4 chr20 30746248 . T C 398.86 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=121;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0219109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2713;QD=13.1855;RBI=0.0309176;REFB=-0.0220576;REVB=0.021813;RO=74;SAF=26;SAR=21;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137722;STB=0.507809;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0318002;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:74:74:47:47:0.38843:21:26:40:34:21:26:40:34 chr20 30777800 . T C 642.55 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.678;QD=61.1956;RBI=0.0380861;REFB=0;REVB=0.0314599;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136121;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:39:42:1:20:19:0:0:20:22:0:0 chr20 30777860 . A G 348.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4881;QD=53.627;RBI=0.048486;REFB=0;REVB=-0.0063193;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204782;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr20 30789799 . C T 170.15 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.018487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4138;QD=12.8411;RBI=0.0205887;REFB=-0.0362077;REVB=-0.00906244;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200723;STB=0.599909;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0480793;OID=.;OPOS=30789799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:10:10:10:22:11:10:10:22 chr20 30795818 . CT C,CC 953.11 PASS AF=0.0606061,0.939394;AO=13,53;DP=66;FAO=4,62;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=4,52;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410653,0.0511217;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.28,200.153;QD=57.7644;RBI=0.0454137,0.0554593;REFB=0,0;REVB=0.0193917,0.0215014;RO=0;SAF=13,43;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.98469e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.041033,0.000136355;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0606061,0.939394:13,53:66:4,62:66:0:4,52:0,10:0:0:10:0:13,43:0,10:0:0 chr20 30822981 . C G 555.74 PASS AF=0.460938;AO=55;DP=128;FAO=59;FDP=128;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=-0.0286932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.827;QD=17.3669;RBI=0.0291937;REFB=-0.023966;REVB=-0.00538269;RO=53;SAF=24;SAR=31;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364782;STB=0.5352;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0163136;OID=.;OPOS=30822981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:53:69:55:59:0.460938:31:24:21:32:33:26:26:43 chr20 30898190 . G A 277.11 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000494005;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.115;QD=17.8778;RBI=0.0134498;REFB=-0.0202989;REVB=-0.0134407;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13599;STB=0.568581;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0273519;OID=.;OPOS=30898190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:31:32:30:30:0.483871:18:12:17:14:18:12:17:15 chr20 30922398 . C T 94.72 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0136269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.637;QD=10.8251;RBI=0.0289239;REFB=-0.0179843;REVB=-0.0255128;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911075;STB=0.540994;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0326418;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:7:5:11:11:7:5:11:12 chr20 31022959 . T C 935.17 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.372;QD=58.4481;RBI=0.0395656;REFB=0;REVB=0.0295486;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104453;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:25:39:0:0 chr20 31024274 . T C 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0263451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.29;QD=17.9413;RBI=0.0284994;REFB=0.00879599;REVB=0.0108698;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231994;STB=0.510298;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=-0.0111832;OID=.;OPOS=31024274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:9:10:11:10:9:10:12:10 chr20 31025163 . A G 160.41 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0125553;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1857;QD=20.6976;RBI=0.0125588;REFB=-0.00429609;REVB=0.000298107;RO=14;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804595;STB=0.533859;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00479899;OID=.;OPOS=31025163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:16:17:0.548387:6:10:10:4:6:11:10:4 chr20 31025535 . A G 315.21 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00940001;FXX=0.0853554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.424;QD=16.8109;RBI=0.01998;REFB=-0.00367615;REVB=-0.0176306;RO=33;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108508;STB=0.548358;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00694286;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:42:33:33:0.44:17:16:20:13:17:16:24:18 chr20 31035129 . A G 190.28 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00168065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.551;QD=21.7457;RBI=0.0083803;REFB=-0.0172773;REVB=-0.00821004;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334242;STB=0.677223;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0109346;OID=.;OPOS=31035129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:5:14:5:10:5:14:6:10 chr20 31196471 . A G 92.21 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.00866102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5329;QD=9.2214;RBI=0.0480172;REFB=-0.001636;REVB=0.0472296;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152523;STB=0.624812;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00679628;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:40:28:28:11:12:0.3:7:4:7:21:7:5:7:21 chr20 31291625 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0176166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.913;QD=10.3903;RBI=0.0187818;REFB=-0.0131545;REVB=0.0065125;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0278727;OID=.;OPOS=31291625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:3:7:6:1:4:7 chr20 31292298 . CAAAAAAAAAAAAAA CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA 93.23 PASS AF=0.266667,0.6,0.133333;AO=3,3,2;DP=17;FAO=4,9,2;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,8,1;FSAR=0,1,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.187571,-0.042514,-0.0686811;FXX=0.166574;HRUN=15,15,15;LEN=1,1,3;MLLD=3.68025,94.644,10.0503;QD=24.862;RBI=0.299099,0.0426628,0.13695;REFB=-0.219998,-0.162079,-0.144697;REVB=-0.232975,0.00355977,-0.118482;RO=1;SAF=3,2,1;SAR=0,1,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.163246,-0.25849;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0573897,0.0228386,0.0828959;OID=.,.,.;OPOS=31292299,31292312,31292299;OREF=A,A,AAA;OALT=-,G,-;OMAPALT=CAAAAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAAAG,CAAAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.266667,0.6,0.133333:3,3,2:17:4,9,2:15:0:4,8,1:0,1,1:0:0:16:1:3,2,1:0,1,1:1:0 chr20 31367948 . C T 101.55 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00781532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.074;QD=16.9254;RBI=0.0310104;REFB=-0.0219989;REVB=0.0300095;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3641;STB=0.713877;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0215744;OID=.;OPOS=31367948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:6:6:10:2:6:6 chr20 31384801 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.02836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1666;QD=16.1177;RBI=0.0299012;REFB=0.0158542;REVB=-0.00947579;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146769;STB=0.594459;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0156051;OID=.;OPOS=31384801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:13:12:12:0.48:10:2:1:11:10:2:1:12 chr20 31386347 . T C 594.1 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4538;QD=60.9337;RBI=0.0552884;REFB=0;REVB=-0.0117802;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484624;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:19:20:0:0 chr20 31386449 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.73;QD=33.4285;RBI=0.057907;REFB=0;REVB=0.00953606;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662967;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr20 31388636 . T C 705.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.36;QD=55.309;RBI=0.0769055;REFB=0;REVB=0.0321322;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453668;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:29:20:0:0:29:22:0:0 chr20 31436747 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.868;QD=53.9111;RBI=0.0298047;REFB=0;REVB=-0.0293581;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000175873;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr20 31494382 . G A 887.93 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00735724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5552;QD=56.3762;RBI=0.00756288;REFB=-0.00946483;REVB=0.00175163;RO=1;SAF=16;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028583;STB=0.514281;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=4.03502e-05;OID=.;OPOS=31494382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:45:16:1:0:45:17:1:0 chr20 31497682 . G T 274.17 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.030322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6843;QD=24.9248;RBI=0.0534175;REFB=-0.0179393;REVB=0.0439773;RO=19;SAF=16;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251856;STB=0.639888;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0139606;OID=.;OPOS=31497682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:9:16:6:13:9:16:6:13 chr20 31505292 . C T 238.49 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.022766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.124;QD=27.2565;RBI=0.0344431;REFB=-0.00487888;REVB=0.0258464;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955196;STB=0.538426;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0073343;OID=.;OPOS=31505292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:13:21:22:0.628571:14:7:6:7:14:8:6:7 chr20 31584178 . G A 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0107086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.271;QD=20.8719;RBI=0.0107129;REFB=-0.0145416;REVB=-0.000301991;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.562003;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0164889;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:11:10:7:12:11:10:7:13 chr20 31587752 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0241724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.057;QD=15.2624;RBI=0.0331213;REFB=-0.00643895;REVB=-0.0226432;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410341;STB=0.742812;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00694665;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:2:11:8:8:2:11:8:8 chr20 31587793 . A G 138.43 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00352708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2008;QD=12.8774;RBI=0.0271583;REFB=-0.0338865;REVB=0.0269283;RO=27;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444977;STB=0.540931;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0398003;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:5:10:17:10:5:11:17:10 chr20 31609581 . C T 377.47 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00718017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.59;QD=16.2352;RBI=0.0145583;REFB=-0.0159629;REVB=-0.0126644;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504558;STB=0.523232;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.020112;OID=.;OPOS=31609581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:22:18:26:26:22:18:26:27 chr20 31621113 . C T 207.6 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.01606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.882;QD=15.0978;RBI=0.0174971;REFB=-0.0227836;REVB=0.00694444;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176678;STB=0.59992;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0173748;OID=.;OPOS=31621113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:10:21:12:12:10:21 chr20 31622083 . G A 1052.1 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00708561;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.518;QD=58.4498;RBI=0.00823003;REFB=-0.0199039;REVB=0.00418659;RO=1;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00995636;STB=0.505262;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-5.66052e-05;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:72:1:1:71:71:0.986111:47:24:0:1:47:24:0:1 chr20 31627291 . A G 552.33 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.919;QD=59.7113;RBI=0.0471706;REFB=0;REVB=0.00696827;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715373;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:23:12:0:0:24:13:0:0 chr20 31647747 . G A 396.3 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00648088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.949;QD=20.3232;RBI=0.0386332;REFB=-0.0233734;REVB=0.0380858;RO=35;SAF=25;SAR=15;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223645;STB=0.536894;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0201545;OID=.;OPOS=31647747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:35:38:40:40:0.512821:15:25:21:14:15:25:21:17 chr20 31652292 . G A 1227.79 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.764;QD=61.3894;RBI=0.0932831;REFB=0;REVB=0.0650636;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107429;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:47:32:0:0:48:32:0:0 chr20 31656632 . C G 2178.44 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.201;QD=63.1431;RBI=0.0600447;REFB=0;REVB=0.0477209;RO=0;SAF=70;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36036e-05;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:138:0:0:137:138:1:67:70:0:0:67:71:0:0 chr20 31660604 . G T 112.97 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0693168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.601;QD=9.41392;RBI=0.0704492;REFB=-0.0105307;REVB=-0.0125807;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45954;STB=0.785306;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0129285;OID=.;OPOS=31660604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:11:3:20:13:11:3:21:13 chr20 31673846 . A G 1314.59 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269046;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9157;QD=61.8629;RBI=0.0282848;REFB=0;REVB=0.00872758;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392496;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:42:42:0:0:42:43:0:0 chr20 31676804 . A C 916.18 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5682;QD=58.1703;RBI=0.0504016;REFB=0;REVB=-0.033828;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54253e-05;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr20 31682948 . C G 350.85 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=118;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.00950698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.337;QD=11.8931;RBI=0.00997365;REFB=-0.0164876;REVB=0.00301511;RO=75;SAF=16;SAR=27;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787485;STB=0.545096;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0273373;OID=.;OPOS=31682948;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:75:75:43:43:0.364407:27:16:33:42:27:16:33:42 chr20 31812923 . G A 1358.21 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.584;QD=62.4466;RBI=0.0325159;REFB=0;REVB=0.0285463;RO=0;SAF=50;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83292e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:37:50:0:0:37:50:0:0 chr20 31830955 . T C 288.98 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0288595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9687;QD=14.0967;RBI=0.0388779;REFB=-0.052156;REVB=0.0260504;RO=49;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558904;STB=0.521145;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.053203;OID=.;OPOS=31830955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:32:33:0.402439:18:14:24:25:18:15:24:25 chr20 31897554 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.993;QD=50.4129;RBI=0.036972;REFB=0;REVB=-0.0365374;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300575;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr20 31981849 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.206;QD=56.7058;RBI=0.0358429;REFB=0;REVB=0.0221449;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530914;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr20 32212690 . C T 456.78 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00481598;FXX=0.0210504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.108;QD=19.6463;RBI=0.00917624;REFB=-0.00756744;REVB=-0.00781088;RO=37;SAF=18;SAR=27;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00461089;STB=0.519991;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00761595;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:37:48:45:45:0.483871:27:18:15:22:27:18:21:27 chr20 32248163 . C T 226.65 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0613367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.37;QD=14.1656;RBI=0.0635233;REFB=-0.0142142;REVB=-0.0165234;RO=36;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908113;STB=0.561751;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0182423;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:18:9:15:21:18:9:16:21 chr20 32251429 . G C 284.59 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0533086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5676;QD=17.7869;RBI=0.0826381;REFB=-0.0189346;REVB=0.0631447;RO=32;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136531;STB=0.581448;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0199598;OID=.;OPOS=32251429;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:33:31:31:0.484375:19:12:8:24:19:12:8:25 chr20 32256195 . AC A,AT 269.08 PASS AF=0.875,0;AO=18,4;DP=32;FAO=28,0;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=18,0;FSAR=10,0;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.132896,-0.0366235;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=15.6345,81.4714;QD=33.6347;RBI=0.297156,0.067622;REFB=0.0352464,0.0451668;REVB=0.265783,-0.0568459;RO=8;SAF=17,0;SAR=1,4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.392857,0;SSSB=0.585547,-0.67854;STB=0.514695,0.5;STBP=0.674,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00355878,0;OID=.,.;OPOS=32256196,32256196;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.875,0:18,4:32:28,0:32:4:18,0:10,0:3:1:16:8:17,0:1,4:3:5 chr20 32295541 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.252;QD=46.8478;RBI=0.0264804;REFB=0;REVB=0.0109641;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196749;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr20 32379263 . T C 830.04 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.956;QD=56.2741;RBI=0.0712742;REFB=0;REVB=0.0685224;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219119;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:23:33:0:0:24:35:0:0 chr20 32664864 . C CCAG 81.56 PASS AF=0.428571;AO=8;DP=54;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00705103;FXX=0.343643;HRUN=2;LEN=3;MLLD=171.1;QD=15.5352;RBI=0.0266442;REFB=-0.0160319;REVB=-0.0256942;RO=46;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282248;STB=0.761191;STBP=0.098;TYPE=ins;VARB=0.0235581;OID=.;OPOS=32664865;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=CCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:8:54:9:21:12:1:8:5:7:81:46:1:7:13:33 chr20 32664866 . G A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00653181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.86;QD=11.296;RBI=0.0121999;REFB=-0.0160822;REVB=0.010304;RO=34;SAF=1;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58702;STB=0.861781;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0244896;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:17:1:13:21:17:1:13:21 chr20 33097718 . A AT,ATT,T 228.09 PASS AF=0.95,0.05,0;AO=23,5,2;DP=42;FAO=38,2,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0,0;FSAR=19,2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791845,0.0360097,0.0190612;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=1,2,1;MLLD=7.92603,9.16485,194.097;QD=22.8088;RBI=0.117918,0.0648589,0.0376811;REFB=-0.0348831,-0.0367558,-0.0101018;REVB=-0.0873758,-0.0539443,-0.0325044;RO=9;SAF=10,2,2;SAR=13,3,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.118875,-0.264433,0.532037;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00980858,-0.0288269,0;OID=.,.,.;OPOS=33097719,33097719,33097718;OREF=-,-,A;OALT=T,TT,T;OMAPALT=AT,ATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:42:40:9:0:23,5,2:38,2,0:0.95,0.05,0:13,3,0:10,2,2:6:3:19,2,0:19,0,0:0:0 chr20 33104592 . G C 684.9 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0228772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5256;QD=50.7334;RBI=0.0489447;REFB=-0.0418934;REVB=0.0432692;RO=4;SAF=32;SAR=18;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209902;STB=0.51886;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0265657;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:4:3:50:51:0.944444:18:32:2:2:18:33:1:2 chr20 33328338 . C T 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0105415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.693;QD=32.4302;RBI=0.0213343;REFB=-0.00919023;REVB=-0.018548;RO=10;SAF=15;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700319;STB=0.538429;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00471981;OID=.;OPOS=33328338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:9:15:5:5:9:15:5:5 chr20 33337751 . T C 727.02 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0491022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6183;QD=63.2189;RBI=0.0653176;REFB=0;REVB=0.0430739;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.52026e-05;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr20 33470694 . C T 1006.67 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467965;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.542;QD=59.2159;RBI=0.0512075;REFB=0;REVB=0.0207917;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9326e-05;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:38:30:0:0 chr20 33572941 . A G 368.3 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0258235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.688;QD=47.5224;RBI=0.0615116;REFB=-0.0482241;REVB=-0.0558285;RO=3;SAF=12;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103025;STB=0.555516;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00887604;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:16:12:3:0:16:12:3:0 chr20 33574765 . T C 727.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000951319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.35;QD=63.2804;RBI=0.0140471;REFB=0;REVB=0.0140148;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87656e-05;OID=.;OPOS=33574765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:18:28:0:0 chr20 33578188 . CCT C,CC 596.59 PASS AF=0.675325,0;AO=43,8;DP=80;FAO=52,0;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=17,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0.0322722,0.0168989;FXX=0.0128189;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=305.026,295.079;QD=30.9919;RBI=0.0332349,0.0198449;REFB=-0.0140954,-0.0130949;REVB=-0.00794153,-0.0104043;RO=23;SAF=12,4;SAR=31,4;SRF=2;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.166386,0.523445;STB=0.631536,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=del,del;VARB=0.00940498,0;OID=.,.;OPOS=33578189,33578190;OREF=CT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.675325,0:43,8:80:52,0:77:25:17,0:35,0:0:25:99:23:12,4:31,4:2:21 chr20 33578251 . A G 1302.15 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0430875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.208;QD=62.0071;RBI=0.0455577;REFB=0;REVB=0.0147977;RO=0;SAF=29;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01546e-05;OID=.;OPOS=33578251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:55:29:0:0:55:29:0:0 chr20 33578899 . T C 1153.3 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.842;QD=60.7001;RBI=0.00635985;REFB=0;REVB=-0.00556016;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00901e-05;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr20 33583331 . A G 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2548;QD=51.9127;RBI=0.0760907;REFB=0;REVB=-0.0246906;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00291329;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr20 33586193 . C T 654.83 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401132;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.163;QD=62.3649;RBI=0.0403532;REFB=0;REVB=-0.00439437;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.96723e-05;OID=.;OPOS=33586193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:41:42:1:12:29:0:0:13:29:0:0 chr20 33586868 . G T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.016727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.517;QD=17.2272;RBI=0.016727;REFB=0.0317581;REVB=0;RO=6;SAF=8;SAR=0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0343555;OID=.;OPOS=33586868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:0:8:6:0:0:8:6:0 chr20 33587198 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.193;QD=47.8216;RBI=0.0394295;REFB=0;REVB=0.0165084;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00078117;OID=.;OPOS=33587198;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr20 33588698 . TGAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG T,TGAGCCTGGGACAGAATTGCAGA 71.36 PASS AF=1,0;AO=7,2;DP=10;FAO=8,0;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187844,0.0104599;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=22,19;MLLD=479.439,338;QD=35.6786;RBI=0.0803967,0.0322112;REFB=0,0;REVB=0.0781714,0.0304656;RO=0;SAF=5,0;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00103806,0;OID=.,.;OPOS=33588699,33588702;OREF=GAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG,GCTGGGCAAGGGCTGTGGG;OALT=-,CCTGGGACAGAATTGCAGA;OMAPALT=T,TGAGCCTGGGACAGAATTGCAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:7,2:10:8,0:8:0:6,0:2,0:0:0:4:0:5,0:2,2:0:0 chr20 33589107 . G A 244.14 PASS AF=0.952381;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.117571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3956;QD=46.5031;RBI=0.140816;REFB=-0.102892;REVB=0.0774986;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0121283;OID=.;OPOS=33589107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:21:1:1:18:20:0.952381:7:11:0:1:7:13:0:1 chr20 33657126 . G A 937.54 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.451;QD=58.5962;RBI=0.00964521;REFB=0;REVB=0.00641254;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72821e-05;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr20 33703607 . C T 700.43 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0189887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.214;QD=50.9406;RBI=0.0307215;REFB=-0.141019;REVB=0.0241504;RO=3;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462677;STB=0.524581;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0027807;OID=.;OPOS=33703607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:55:55:3:3:52:52:0.945455:29:23:0:3:29:23:0:3 chr20 33834708 . G A 1321.53 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00546028;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.375;QD=60.7598;RBI=0.021499;REFB=-0.0824359;REVB=-0.020794;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839152;OID=.;OPOS=33834708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:85:87:0:0:84:87:1:31:53:0:0:33:54:0:0 chr20 34022196 . C T 478.09 PASS AF=0.567901;AO=44;DP=82;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0650859;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9033;QD=23.6095;RBI=0.0677862;REFB=-0.0133238;REVB=-0.018942;RO=34;SAF=25;SAR=19;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779363;STB=0.556676;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0154339;OID=.;OPOS=34022196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:34:35:44:46:0.567901:19:25:16:18:19:27:16:19 chr20 34022672 . C A 298.06 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0304121;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.651;QD=20.9167;RBI=0.0377948;REFB=-0.0107351;REVB=0.02244;RO=25;SAF=15;SAR=16;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133166;STB=0.580815;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0101433;OID=.;OPOS=34022672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:31:31:0.54386:16:15:8:17:16:15:8:18 chr20 34062642 . C T 332.07 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.000311321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.939;QD=16.1986;RBI=0.0561572;REFB=-0.00910069;REVB=-0.0561563;RO=44;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229579;STB=0.638225;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00587016;OID=.;OPOS=34062642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:44:46:36:36:0.439024:16:20:14:30:16:20:14:32 chr20 34089718 . G T 255.75 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0164423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.361;QD=15.7382;RBI=0.0181562;REFB=-0.0103017;REVB=0.00770044;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180002;STB=0.601198;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0122476;OID=.;OPOS=34089718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:12:24:14:15:12:24 chr20 34090763 . C T 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.052956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1533;QD=21.9444;RBI=0.0538912;REFB=0.00436744;REVB=-0.00999659;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11081;STB=0.562422;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.0106395;OID=.;OPOS=34090763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:5:7:7:9:5:7 chr20 34116307 . C T 251.66 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0100679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9319;QD=27.2063;RBI=0.0424654;REFB=0.0186642;REVB=0.0412546;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141753;STB=0.578386;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00984367;OID=.;OPOS=34116307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:13:10:9:5:13:10:9:5 chr20 34144107 . T C 735.06 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00487247;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.538;QD=61.2548;RBI=0.00795238;REFB=-0.147798;REVB=0.00628485;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.507039;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.000414464;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:0:1:47:47:0.979167:35:12:0:0:35:12:0:1 chr20 34144746 . A G 419.36 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=-0.0356236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6938;QD=17.6571;RBI=0.0359912;REFB=-0.000715444;REVB=0.00513131;RO=49;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281554;STB=0.528484;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00062907;OID=.;OPOS=34144746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:49:52:43:43:0.452632:26:17:18:31:26:17:18:34 chr20 34146779 . T C 359.16 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=61;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00968892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.753;QD=23.1715;RBI=0.0123288;REFB=-0.00971423;REVB=0.00762396;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353628;STB=0.510612;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00608062;OID=.;OPOS=34146779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:26:26:35:36:0.580645:23:12:10:16:23:13:10:16 chr20 34147998 . A G 440.79 PASS AF=0.453704;AO=47;DP=106;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0030204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.422;QD=16.3254;RBI=0.0201114;REFB=-0.0235477;REVB=-0.0198833;RO=57;SAF=17;SAR=30;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215107;STB=0.618667;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0230607;OID=.;OPOS=34147998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:57:59:47:49:0.453704:30:17:33:24:32:17:33:26 chr20 34148001 . C T 436.86 PASS AF=0.441441;AO=48;DP=110;FAO=49;FDP=111;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.0261089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.82;QD=15.7425;RBI=0.0275746;REFB=-0.0162232;REVB=0.00887016;RO=61;SAF=16;SAR=32;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245037;STB=0.623871;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0220669;OID=.;OPOS=34148001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:62:48:49:0.441441:32:16:35:26:32:17:35:27 chr20 34148322 . T G 95.76 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0187691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2821;QD=11.6071;RBI=0.0187713;REFB=-0.0416096;REVB=-0.000290792;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130519;STB=0.565106;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0450801;OID=.;OPOS=34148322;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:12:12:0.363636:8:4:9:11:8:4:9:12 chr20 34150714 . C G 161.77 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0324576;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.524;QD=17.4891;RBI=0.0330766;REFB=-0.00491828;REVB=0.00636909;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311609;STB=0.676729;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00584852;OID=.;OPOS=34150714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:7:10:5:15:7:10:5:15 chr20 34152684 . C T 194.96 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00430664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.896;QD=17.3299;RBI=0.0107019;REFB=0.000803663;REVB=-0.00979712;RO=24;SAF=15;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267686;STB=0.666489;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000776229;OID=.;OPOS=34152684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:24:25:20:20:0.444444:5:15:12:12:5:15:12:13 chr20 34164422 . T C 1175.32 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0130929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2499;QD=59.5098;RBI=0.0234966;REFB=-0.0278366;REVB=-0.0195106;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114055;STB=0.506023;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00521208;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:41:37:0:1:41:37:0:1 chr20 34169971 . T C 122.86 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0220319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.263;QD=22.3389;RBI=0.02337;REFB=-0.0545908;REVB=0.00779427;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589614;STB=0.54539;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0317505;OID=.;OPOS=34169971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:22:22:8:8:13:14:0.636364:7:6:3:5:7:7:3:5 chr20 34170035 . C G 283.98 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0437276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.484;QD=43.689;RBI=0.0476272;REFB=-0.182952;REVB=0.0188744;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922593;STB=0.571366;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00493267;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:9:14:0:2:9:14:0:3 chr20 34170316 . C A 501.52 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.241;QD=59.0023;RBI=0.013458;REFB=0;REVB=0.0085652;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66924e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr20 34173046 . C T 155.31 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00129491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.734;QD=14.7911;RBI=0.0425108;REFB=-0.00912308;REVB=-0.042491;RO=22;SAF=14;SAR=3;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298379;STB=0.676344;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.015773;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:25:17:17:0.404762:3:14:13:9:3:14:15:10 chr20 34173178 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00898292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.634;QD=62.6699;RBI=0.0200874;REFB=0;REVB=0.0179669;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93126e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:27:17:0:0 chr20 34179907 . C T 1525.44 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5972;QD=59.8211;RBI=0.0526315;REFB=0;REVB=-0.0328158;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485984;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr20 34183479 . C T 381.59 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.000226228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.037;QD=19.8229;RBI=0.0427636;REFB=-0.0308786;REVB=-0.042763;RO=38;SAF=24;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338868;STB=0.518819;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0362905;OID=.;OPOS=34183479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:15:24:22:16:15:24:22:16 chr20 34186953 . T C 237.41 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0962101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0216;QD=11.305;RBI=0.0980744;REFB=-0.00397521;REVB=-0.019032;RO=52;SAF=12;SAR=17;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1179;STB=0.56287;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00737321;OID=.;OPOS=34186953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:52:55:29:29:0.345238:17:12:27:25:17:12:28:27 chr20 34187697 . A G 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00029787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.502;QD=11.1286;RBI=0.00500324;REFB=-0.00128109;REVB=0.00499436;RO=17;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588254;STB=0.860051;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00574579;OID=.;OPOS=34187697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:9:1:10:7:9:1:10:7 chr20 34194054 . T C 178.12 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0390064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8725;QD=14.8432;RBI=0.108715;REFB=-0.0173139;REVB=-0.101477;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299476;STB=0.515402;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0269428;OID=.;OPOS=34194054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:10:9:12:15:10:9:13:16 chr20 34194243 . A G 210.45 PASS AF=0.7;AO=9;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.13001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.6158;QD=28.0598;RBI=0.146364;REFB=-0.132491;REVB=0.067228;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.57136;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0821517;OID=.;OPOS=34194243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:29:30:10:9:9:21:0.7:4:5:4:6:9:12:3:6 chr20 34324456 . A T 250.56 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.00551959;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.4705;QD=14.3178;RBI=0.0125379;REFB=-0.019272;REVB=-0.0112576;RO=41;SAF=11;SAR=18;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305742;STB=0.672944;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0276835;OID=.;OPOS=34324456;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:18:11:28:13:18:11:28:13 chr20 34324484 . A C 271.57 PASS AF=0.413333;AO=29;DP=73;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0129666;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.563;QD=14.4834;RBI=0.0223534;REFB=-0.00474354;REVB=0.0182083;RO=42;SAF=14;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141292;STB=0.594143;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00755158;OID=.;OPOS=34324484;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:42:44:29:31:0.413333:15:14:26:16:17:14:27:17 chr20 34535898 . T TG 48.32 PASS AF=0.259259;AO=4;DP=39;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00896681;FXX=0.307613;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.533;QD=7.15849;RBI=0.0288959;REFB=-0.00440576;REVB=-0.0274694;RO=35;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.684969;STB=0.698348;STBP=0.258;TYPE=ins;VARB=0.0134698;OID=.;OPOS=34535899;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:4:39:7:27:20:5:2:9:11:48:35:4:0:10:25 chr20 34535899 . T G 130.14 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0260822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.554;QD=13.3472;RBI=0.0276883;REFB=-0.00774574;REVB=-0.00929302;RO=24;SAF=1;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.640469;STB=0.886249;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0101667;OID=.;OPOS=34535899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:14:1:13:11:14:1:13:11 chr20 34542360 . C T 906.36 PASS AF=0.517241;AO=90;DP=174;FAO=90;FDP=174;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=70;FSRF=18;FSRR=66;FWDB=0.0268546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1536;QD=20.8359;RBI=0.0269486;REFB=-0.0200168;REVB=-0.00224881;RO=84;SAF=20;SAR=70;SRF=18;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101722;STB=0.505575;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0178524;OID=.;OPOS=34542360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:84:84:90:90:0.517241:70:20:18:66:70:20:18:66 chr20 34596371 . C T 327.5 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0428296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=182.076;QD=15.4116;RBI=0.0485518;REFB=-0.011258;REVB=0.022867;RO=49;SAF=11;SAR=24;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844234;STB=0.534463;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0140075;OID=.;OPOS=34596371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:35:36:0.423529:24:11:19:30:24:12:19:30 chr20 34820647 . C T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0335113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2545;QD=12.4133;RBI=0.033853;REFB=-0.0293631;REVB=-0.00479757;RO=35;SAF=11;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783727;STB=0.505075;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0409534;OID=.;OPOS=34820647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:12:11:17:18:12:11:18:19 chr20 35467713 . G A 316.51 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.0120299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.103;QD=15.072;RBI=0.0129958;REFB=-0.0254799;REVB=0.0049166;RO=48;SAF=20;SAR=14;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395516;STB=0.524462;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0334941;OID=.;OPOS=35467713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:49:34:35:0.416667:14:20:30:18:15:20:30:19 chr20 35498645 . C T 348.64 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00281882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.306;QD=17.4317;RBI=0.012423;REFB=-0.00575562;REVB=-0.012099;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073153;STB=0.548361;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.00729124;OID=.;OPOS=35498645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:23:14:19:23:23:14:20:23 chr20 35710453 . T C 193.55 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00561375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.331;QD=16.8303;RBI=0.0110291;REFB=-0.0204257;REVB=0.00949352;RO=26;SAF=6;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00900469;STB=0.505149;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0250202;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:14:6:8:18:14:6:8:18 chr20 35740794 . T C 379.35 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0296745;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0752;QD=16.3163;RBI=0.0354314;REFB=0.00431528;REVB=0.01936;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105695;STB=0.567391;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.00511192;OID=.;OPOS=35740794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:47:53:40:40:0.430108:27:13:20:27:27:13:23:30 chr20 35769592 . T C 227.41 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00638449;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.6132;QD=13.7824;RBI=0.0118813;REFB=-0.00418805;REVB=0.0100201;RO=38;SAF=17;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109752;STB=0.556033;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00612777;OID=.;OPOS=35769592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:10:17:20:18:10:17:21:18 chr20 35769647 . G T 216.16 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0154696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.4953;QD=12.0089;RBI=0.0534733;REFB=-0.039638;REVB=0.0511868;RO=41;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186253;STB=0.601155;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0651668;OID=.;OPOS=35769647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:45:27:27:0.375:13:14:14:27:13:14:16:29 chr20 35783494 . T C 296.07 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=0.00979529;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0375;QD=15.1828;RBI=0.0373235;REFB=0.00315776;REVB=0.0360152;RO=46;SAF=19;SAR=14;SRF=33;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153862;STB=0.58186;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0045381;OID=.;OPOS=35783494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:46:45:33:33:0.423077:14:19:33:13:14:19:32:13 chr20 35807790 . G GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T 104.91 PASS AF=0.170213,0.12766;AO=7,4;DP=51;FAO=8,6;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=4,4;FSAR=4,2;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=-0.0126024,-0.0195595;FXX=0.113186;HRUN=1,2;LEN=29,1;MLLD=548.148,140.574;QD=8.92843;RBI=0.0126072,0.040669;REFB=-0.0054781,-0.0102765;REVB=-0.000350012,-0.0356566;RO=32;SAF=4,2;SAR=3,2;SRF=28;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.443184,-0.498797;STB=0.780007,0.695163;STBP=0.171,0.474;TYPE=ins,snp;VARB=0.0160011,0.000262943;OID=.,.;OPOS=35807791,35807790;OREF=-,G;OALT=CTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T;OMAPALT=GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:51:47:32:33:7,4:8,6:0.170213,0.12766:3,2:4,2:28:4:4,2:4,4:28:5 chr20 35865054 . C T 392.48 PASS AF=0.422018;AO=45;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=46;FSRR=17;FWDB=0.00149244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7751;QD=14.4027;RBI=0.0106625;REFB=-0.0139808;REVB=0.0105575;RO=64;SAF=24;SAR=21;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198152;STB=0.621922;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0363082;OID=.;OPOS=35865054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:63:45:46:0.422018:21:24:46:18:22:24:46:17 chr20 36030939 . G C 1111.68 PASS AF=0.962025;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0140525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6896;QD=56.2877;RBI=0.0778234;REFB=-0.0203186;REVB=0.0765442;RO=3;SAF=38;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358953;STB=0.518982;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0017941;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:79:3:3:75:76:0.962025:37:38:3:0:38:38:3:0 chr20 36031692 . G A 303.16 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0177457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9291;QD=12.9002;RBI=0.0610815;REFB=-0.0224656;REVB=0.0584469;RO=58;SAF=16;SAR=19;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140037;STB=0.574323;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0511166;OID=.;OPOS=36031692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:58:59:35:35:0.37234:19:16:34:24:19:16:34:25 chr20 36146148 . T C 1917.77 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00226281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.266;QD=59.9304;RBI=0.00401587;REFB=-0.00209073;REVB=-0.00331766;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.504132;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-1.76519e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:0:1:126:127:0.992188:59:67:0:0:60:67:0:1 chr20 36603611 . A C 479.34 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=87;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0218191;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.117;QD=22.295;RBI=0.024379;REFB=-0.0320742;REVB=-0.0108748;RO=40;SAF=17;SAR=29;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196619;STB=0.608448;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0260281;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:40:40:46:46:0.534884:29:17:24:16:29:17:24:16 chr20 36603780 . T C 544.47 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00736471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9289;QD=57.3122;RBI=0.0402816;REFB=-0.0097309;REVB=0.0396026;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000610997;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:1:0:21:16:1:0 chr20 36603807 . C T 457.98 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0375476;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.545;QD=55.5125;RBI=0.047313;REFB=-0.102989;REVB=0.0287872;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0009303;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:0:1:32:32:0.969697:17:15:0:0:17:15:1:0 chr20 36841756 . T C 66.27 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0171314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1528;QD=12.05;RBI=0.0305646;REFB=-0.019837;REVB=0.0253122;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0128385;OID=.;OPOS=36841756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:13:13:8:9:0.409091:3:5:5:8:3:6:5:8 chr20 36845738 . C T 322.93 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0162148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.212;QD=19.2792;RBI=0.0417735;REFB=-0.0343204;REVB=0.0384981;RO=31;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139343;STB=0.581105;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0316454;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:33:33:34:0.507463:17:16:20:11:18:16:21:12 chr20 36870122 . T G 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0210374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.254;QD=17.8249;RBI=0.0434029;REFB=-0.0117324;REVB=0.0379637;RO=11;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317615;STB=0.685918;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00640008;OID=.;OPOS=36870122;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:2:10:6:5:2:10:6:5 chr20 36919758 . A G 340.6 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.311;QD=54.4965;RBI=0.00988591;REFB=0;REVB=0.00980454;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77794e-05;OID=.;OPOS=36919758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr20 36932660 . C T 1364.5 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4848;QD=61.3258;RBI=0.0489165;REFB=-0.0557849;REVB=0.0262046;RO=1;SAF=41;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000827328;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:89:1:0:87:89:1:46:41:1:0:46:43:0:0 chr20 36932676 . G C 1453.64 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0205632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.209;QD=57.0054;RBI=0.0301779;REFB=-0.0763898;REVB=0.0220876;RO=1;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921056;STB=0.509613;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000629146;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:1:2:99:100:0.980392:51:48:0:1:51:49:0:2 chr20 36940314 . C T 561.04 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0779136;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.813;QD=60.6529;RBI=0.0791097;REFB=0;REVB=0.0137045;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209802;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr20 36977970 . G A 839.01 PASS AF=0.802469;AO=65;DP=81;FAO=65;FDP=81;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.0467969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.529;QD=41.4328;RBI=0.0527961;REFB=-0.0531279;REVB=0.0244434;RO=9;SAF=20;SAR=45;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146226;STB=0.631221;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00157744;OID=.;OPOS=36977970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:81:81:9:16:65:65:0.802469:45:20:8:1:45:20:15:1 chr20 36999895 . ACC AC,ACT 236.31 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,16;DP=19;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0699732,-0.0501369;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=35.9047,48.6479;QD=49.7493;RBI=0.0891863,0.0566599;REFB=0,0;REVB=-0.0552987,0.0263939;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00688091,0.00459337;OID=.,.;OPOS=36999896,36999897;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,16:19:1,18:19:0:0,11:1,7:0:0:5:0:1,9:1,7:0:0 chr20 37001761 . T C 853.16 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595928;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0274;QD=57.8415;RBI=0.0651599;REFB=0;REVB=0.0263535;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101062;OID=.;OPOS=37001761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr20 37005536 . T C 1244.18 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.432;QD=61.4409;RBI=0.0597723;REFB=0;REVB=-0.00334007;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.33675e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:55:23:0:0:55:26:0:0 chr20 37062583 . T C 405.44 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00523915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.813;QD=22.5244;RBI=0.00947247;REFB=-0.0270549;REVB=-0.0078917;RO=32;SAF=15;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271093;STB=0.514918;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0241833;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:25:15:11:21:25:15:11:21 chr20 37076778 . G C 634.65 PASS AF=0.503937;AO=63;DP=125;FAO=64;FDP=127;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=46;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00673644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.194;QD=19.9889;RBI=0.0154655;REFB=-0.0162883;REVB=0.0139212;RO=62;SAF=17;SAR=46;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272253;STB=0.646636;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.015089;OID=.;OPOS=37076778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:62:63:63:64:0.503937:46:17:34:28:46:18:35:28 chr20 37194121 . A G 746.89 PASS AF=0.493243;AO=73;DP=148;FAO=73;FDP=148;FR=.;FRO=75;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0447312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8651;QD=20.1862;RBI=0.0466191;REFB=0.015559;REVB=-0.0131323;RO=74;SAF=34;SAR=39;SRF=25;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118674;STB=0.568031;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0126529;OID=.;OPOS=37194121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:74:75:73:73:0.493243:39:34:25:49:39:34:25:50 chr20 37203813 . C T 669.75 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.199;QD=62.3021;RBI=0.0184478;REFB=0;REVB=0.0125231;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19554e-05;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr20 37257590 . C G 408.31 PASS AF=0.433962;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=106;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=-0.00526437;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.462;QD=15.4078;RBI=0.0131461;REFB=0.00767839;REVB=0.012046;RO=61;SAF=28;SAR=18;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21731;STB=0.626471;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.0107663;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:61:60:46:46:0.433962:18:28:24:37:18:28:23:37 chr20 37277271 . C T 182.36 PASS AF=0.708333;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0125374;FXX=0.11107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.8;QD=30.3939;RBI=0.0171859;REFB=0.00705416;REVB=-0.0117545;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889661;STB=0.538417;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.0023968;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:26:24:10:7:16:17:0.708333:6:10:5:5:7:10:5:2 chr20 37279376 . TGACGA T 492.09 PASS AF=0.442623;AO=53;DP=124;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00431091;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=5;MLLD=256.233;QD=16.1341;RBI=0.0113716;REFB=-0.0122982;REVB=-0.0105228;RO=65;SAF=26;SAR=27;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168983;STB=0.526689;STBP=0.577;TYPE=del;VARB=0.0153102;OID=.;OPOS=37279377;OREF=GACGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442623:53:124:54:122:68:26:28:36:32:99:65:26:27:33:32 chr20 37501507 . T C 1193.81 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011192;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.071;QD=61.2209;RBI=0.0165507;REFB=0;REVB=0.0121928;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46929e-06;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr20 37534665 . C T 516.25 PASS AF=0.466102;AO=54;DP=115;FAO=55;FDP=118;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.0143683;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.753;QD=17.5001;RBI=0.0237173;REFB=-0.00802632;REVB=-0.0188696;RO=60;SAF=28;SAR=26;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093612;STB=0.541819;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0114209;OID=.;OPOS=37534665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:60:63:54:55:0.466102:26:28:37:23:27:28:37:26 chr20 37547374 . G A 134.31 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00791186;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.933;QD=15.3498;RBI=0.0382987;REFB=0.00573053;REVB=0.0374726;RO=20;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212967;STB=0.512299;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=-0.00627693;OID=.;OPOS=37547374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:20:20:15:15:0.428571:11:4:5:15:11:4:5:15 chr20 37570725 . C T 337.94 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0145621;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.309;QD=20.1757;RBI=0.0149131;REFB=-0.00796091;REVB=0.00321663;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474637;STB=0.53977;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00761527;OID=.;OPOS=37570725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:12:20:19:16:12:20 chr20 37581437 . A G 310.39 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00688597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7466;QD=21.4061;RBI=0.033157;REFB=-0.064108;REVB=0.0324341;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672235;STB=0.528243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0405865;OID=.;OPOS=37581437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:26:26:31:32:0.551724:13:18:13:13:14:18:13:13 chr20 37601243 . A G 250.33 PASS AF=0.48;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0352698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.514;QD=20.0264;RBI=0.0359336;REFB=-0.0204677;REVB=-0.00687491;RO=26;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242899;STB=0.538819;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.02115;OID=.;OPOS=37601243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:26:26:22:24:0.48:13:9:10:16:13:11:10:16 chr20 37667182 . C T 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00444918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.623;QD=23.0864;RBI=0.0101464;REFB=-0.029115;REVB=0.00911885;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598506;STB=0.514838;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0203212;OID=.;OPOS=37667182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:14:8:5:12:14:8:6:12 chr20 37977945 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.463;QD=57.237;RBI=0.0632398;REFB=0;REVB=0.0615115;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234821;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr20 37981504 . C T 512.43 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0116091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.082;QD=18.6338;RBI=0.0149117;REFB=-0.0110881;REVB=-0.00935887;RO=56;SAF=22;SAR=32;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700577;STB=0.538817;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0137811;OID=.;OPOS=37981504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:32:22:27:29:32:22:27:29 chr20 37981578 . A T 670.67 PASS AF=0.496296;AO=67;DP=135;FAO=67;FDP=135;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.00897217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5218;QD=19.8716;RBI=0.0391348;REFB=-0.0229818;REVB=0.0380924;RO=68;SAF=33;SAR=34;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738823;STB=0.540732;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0195442;OID=.;OPOS=37981578;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:68:67:67:0.496296:34:33:28:40:34:33:28:40 chr20 39609426 . C T 587.93 PASS AF=0.508475;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=118;FR=.;FRO=58;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00788114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4448;QD=19.9297;RBI=0.0408381;REFB=0.00360949;REVB=-0.0400704;RO=57;SAF=38;SAR=22;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166873;STB=0.506664;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00334662;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:57:58:60:60:0.508475:22:38:36:21:22:38:36:22 chr20 39634616 . C T 388.93 PASS AF=0.43;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.00489955;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.52;QD=15.557;RBI=0.0196771;REFB=-0.0123668;REVB=-0.0190573;RO=58;SAF=23;SAR=20;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172934;STB=0.515215;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0333636;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:58:57:43:43:0.43:20:23:32:26:20:23:32:25 chr20 39797465 . T C 325.32 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.000201229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.616;QD=22.4359;RBI=0.00491553;REFB=-0.0144537;REVB=0.00491141;RO=25;SAF=8;SAR=25;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078464;STB=0.543451;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0104482;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:25:8:8:17:25:8:8:17 chr20 39832223 . AG A,GA 35.11 PASS AF=0.189189,0.0540541;AO=8,3;DP=37;FAO=7,2;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4,0;FSAR=3,2;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0261812,-0.0391828;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.8199,21.451;QD=3.7953;RBI=0.0598086,0.0451952;REFB=-0.010851,-0.0154009;REVB=0.0537737,-0.0225237;RO=24;SAF=5,0;SAR=3,3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0.4,0;SSEP=0,0;SSSB=0.287035,-0.529206;STB=0.666223,0.993405;STBP=0.399,0.319;TYPE=del,mnp;VARB=0.00477644,0.0551452;OID=.,.;OPOS=39832224,39832223;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:37:37:24:28:8,3:7,2:0.189189,0.0540541:3,3:5,0:9:15:3,2:4,0:10:18 chr20 40043913 . C T 250.0 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.065812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2408;QD=14.9254;RBI=0.0658818;REFB=-0.0278314;REVB=-0.00303192;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115437;STB=0.565173;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0564835;OID=.;OPOS=40043913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:14:15:24:14:14:15:24:14 chr20 40179920 . C T 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00459083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.808;QD=12.8605;RBI=0.0071953;REFB=-0.0135107;REVB=-0.00554046;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351206;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0364624;OID=.;OPOS=40179920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:4:3:6:1:4:3:6:2 chr20 40701456 . G A 699.39 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00698167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.017;QD=54.8538;RBI=0.00805452;REFB=-0.167416;REVB=-0.0040164;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136428;STB=0.507039;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000675417;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:1:1:49:50:0.980392:34:15:0:1:35:15:0:1 chr20 40702071 . G A 393.02 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.675;QD=56.1462;RBI=0.0579385;REFB=0;REVB=0.0266422;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495148;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr20 40714479 . G A 244.82 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00676869;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.671;QD=17.487;RBI=0.018751;REFB=-0.015798;REVB=-0.0174867;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329533;STB=0.500662;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0218969;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:15:14:14:13:14:15 chr20 42089511 . T C 284.42 PASS AF=0.588235;AO=26;DP=47;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00635639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.222;QD=22.3074;RBI=0.00671827;REFB=-0.0205643;REVB=0.00217521;RO=18;SAF=10;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460959;STB=0.512187;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0152151;OID=.;OPOS=42089511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:18:21:26:30:0.588235:16:10:8:10:18:12:9:12 chr20 42225114 . G A 197.79 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0169748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.251;QD=14.651;RBI=0.0272651;REFB=-0.0220237;REVB=-0.0213364;RO=30;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146513;STB=0.509795;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.025564;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:31:23:23:0.425926:13:10:13:17:13:10:14:17 chr20 42310509 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0184878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.117;QD=17.4015;RBI=0.0205786;REFB=-0.0108438;REVB=-0.00903786;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111715;STB=0.596854;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00859367;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:13:13:13:0.5:10:3:4:8:10:3:5:8 chr20 42328639 . T C 1453.7 PASS AF=0.989474;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7676;QD=61.2082;RBI=0.0453712;REFB=-0.0187354;REVB=0.0437444;RO=1;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133474;STB=0.506492;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=6.77958e-05;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:95:1:1:89:94:0.989474:35:54:0:1:38:56:0:1 chr20 42331457 . A G 141.94 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0149001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.475;QD=13.8479;RBI=0.0240181;REFB=-0.0154196;REVB=-0.0188376;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209509;STB=0.621474;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0263984;OID=.;OPOS=42331457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:9:16:7:9:9:16 chr20 42425127 . G A 68.88 PASS AF=0.181818;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=66;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0192551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.763;QD=4.17433;RBI=0.0396802;REFB=-0.0107571;REVB=-0.0346953;RO=54;SAF=10;SAR=2;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334873;STB=0.727416;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0320264;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:66:66:54:54:12:12:0.181818:2:10:33:21:2:10:33:21 chr20 42425178 . A G 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00296628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.657;QD=6.8808;RBI=0.0370358;REFB=-0.0271562;REVB=0.0369168;RO=39;SAF=9;SAR=3;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278099;STB=0.677105;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0654812;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:3:9:21:18:3:9:21:18 chr20 42815190 . G A 344.05 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.075;QD=52.9304;RBI=0.0617151;REFB=0;REVB=0.0306391;RO=1;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630295;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:1:0:25:26:1:20:5:0:1:21:5:0:0 chr20 42825929 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00379861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.334;QD=55.6552;RBI=0.0305716;REFB=0;REVB=-0.0303347;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148278;OID=.;OPOS=42825929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr20 42826350 . A C 785.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.434;QD=64.1624;RBI=0.02972;REFB=0;REVB=0.0155777;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61685e-05;OID=.;OPOS=42826350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr20 42826379 . C T 468.77 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499544;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.844;QD=58.5966;RBI=0.0503022;REFB=0;REVB=0.00590452;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154093;OID=.;OPOS=42826379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr20 42908965 . G C 504.44 PASS AF=0.414141;AO=36;DP=103;FAO=41;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0117112;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.991;QD=20.3813;RBI=0.0133352;REFB=-0.0195776;REVB=-0.00637776;RO=46;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126822;STB=0.598837;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0722511;OID=.;OPOS=42908965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:99:46:47:36:41:0.414141:21:15:25:21:25:16:27:20 chr20 42939750 . T C 214.0 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0439753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7527;QD=45.0524;RBI=0.0584278;REFB=-0.104828;REVB=-0.0384705;RO=1;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278586;STB=0.515135;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0328942;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:16:2:0:1:16:2:0:1 chr20 43059211 . A C 138.3 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0409878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8579;QD=11.7705;RBI=0.0548009;REFB=-0.0152162;REVB=0.036375;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518407;STB=0.530687;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0427066;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:6:10:18:13:6:10:18:13 chr20 43089819 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8347;QD=49.5973;RBI=0.0514645;REFB=0;REVB=0.0468477;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000925582;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr20 43264927 . C T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.491;QD=58.2395;RBI=0.0265186;REFB=0;REVB=0.0178349;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34477e-05;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:18:44:0:0:18:44:0:0 chr20 43348734 . G GA 50.12 PASS AF=0.5;AO=3;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00655739;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=80.7264;QD=12.5291;RBI=0.215517;REFB=-0.0119174;REVB=0.215417;RO=12;SAF=3;SAR=0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.613239;STB=0.624707;STBP=0.381;TYPE=ins;VARB=0.0109259;OID=.;OPOS=43348735;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:3:16:8:16:8:4:4:6:2:48:12:3:0:7:5 chr20 43378770 . A G 1117.27 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00395929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.95;QD=60.3932;RBI=0.0323258;REFB=0;REVB=0.0320824;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09283e-05;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:29:44:0:0:30:44:0:0 chr20 43379263 . CA C,CC 129.11 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374778,-0.0309063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=258.968,264.87;QD=43.0379;RBI=0.0449791,0.0453074;REFB=0,0;REVB=0.0248703,0.0331295;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.8593e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0335305,-0.00301897;OID=.,.;OPOS=43379264,43379264;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:12:1,11:12:0:0,1:1,10:0:0:5:0:0,1:2,9:0:0 chr20 43379454 . T C 288.77 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.019806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5995;QD=48.1288;RBI=0.0442174;REFB=-0.0756763;REVB=0.0395335;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.523789;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0508959;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:22:23:0.958333:9:13:0:0:10:13:0:1 chr20 43547677 . T G 380.96 PASS AF=0.43956;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0219798;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9596;QD=16.7456;RBI=0.0252305;REFB=-0.0144943;REVB=-0.0123881;RO=49;SAF=21;SAR=19;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074544;STB=0.552303;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.009796;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:49:51:40:40:0.43956:19:21:22:27:19:21:22:29 chr20 43565622 . G A 346.81 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00355537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.343;QD=22.3749;RBI=0.0184925;REFB=-0.0389539;REVB=0.0181475;RO=27;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167626;STB=0.582183;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0256122;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:34:35:0.564516:22:12:15:12:22:13:15:12 chr20 43566787 . A G 265.38 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0427664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.042;QD=17.9915;RBI=0.0437748;REFB=-0.0195819;REVB=-0.00934182;RO=29;SAF=13;SAR=16;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924849;STB=0.543296;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0213709;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:29:29:0.491525:16:13:16:13:16:13:16:14 chr20 43933021 . G T 577.56 PASS AF=0.930233;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0587314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.894;QD=53.726;RBI=0.0587479;REFB=-0.149109;REVB=-0.0013938;RO=3;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573127;STB=0.530597;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0034269;OID=.;OPOS=43933021;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:43:3:3:39:40:0.930233:23:16:0:3:23:17:0:3 chr20 43933163 . T C 1769.39 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0014915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9275;QD=59.9792;RBI=0.0290897;REFB=-0.0159337;REVB=0.0290514;RO=0;SAF=82;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000233711;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:0:1:117:117:0.991525:35:82:0:0:35:82:1:0 chr20 43942676 . T C 239.49 PASS AF=0.41791;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00896846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.899;QD=14.298;RBI=0.0210263;REFB=-0.0309823;REVB=-0.0190176;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812418;STB=0.549321;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0657101;OID=.;OPOS=43942676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:39:26:28:0.41791:14:12:20:17:16:12:20:19 chr20 43951032 . C T 337.78 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=-0.00583336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4497;QD=11.4503;RBI=0.0202138;REFB=-0.0148774;REVB=0.0193538;RO=76;SAF=26;SAR=16;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149873;STB=0.508587;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0243063;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:16:26:48:28:16:26:48:28 chr20 43976991 . A G 196.94 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.00238949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.103;QD=12.9139;RBI=0.0195729;REFB=-0.0307435;REVB=-0.0194265;RO=37;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124967;STB=0.507181;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0607391;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:19:5:8:29:19:5:8:29 chr20 43995880 . T G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.486;QD=60.5473;RBI=0.0253829;REFB=0;REVB=0.0128711;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97245e-05;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:43:32:0:0:43:32:0:0 chr20 43996012 . G T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8788;QD=57.1993;RBI=0.0454539;REFB=0;REVB=-0.0226401;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122529;OID=.;OPOS=43996012;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr20 43996132 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374682;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=271.648;QD=59.0187;RBI=0.0467771;REFB=0;REVB=0.0466268;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42309e-05;OID=.;OPOS=43996132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:23:11:0:0:23:11:0:0 chr20 43996466 . C T 746.91 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.197;QD=63.567;RBI=0.0594686;REFB=0;REVB=-0.0266204;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37076e-05;OID=.;OPOS=43996466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr20 44037156 . CG C 48.65 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.134921;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.8035;QD=4.4226;RBI=0.136131;REFB=0.0167422;REVB=0.0181116;RO=32;SAF=1;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448276;STB=0.788809;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=-0.0615153;OID=.;OPOS=44037157;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:11:45:11:44:33:1:10:11:22:48:32:1:10:11:21 chr20 44038574 . A G 191.57 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.09;QD=47.8925;RBI=0.136771;REFB=0;REVB=0.136347;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121756;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:0:15:0:0:1:15:0:0 chr20 44054349 . T C 794.04 PASS AF=0.403587;AO=90;DP=223;FAO=90;FDP=223;FR=.;FRO=133;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=74;FSRR=59;FWDB=0.00362189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.029;QD=14.2428;RBI=0.00837879;REFB=-0.013912;REVB=0.00755553;RO=129;SAF=39;SAR=51;SRF=74;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14708;STB=0.573245;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0226864;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:129:133:90:90:0.403587:51:39:74:55:51:39:74:59 chr20 44141331 . A G 369.22 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.000494248;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=104.26;QD=25.032;RBI=0.0241302;REFB=-0.0116657;REVB=-0.0241252;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108311;STB=0.55929;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00742909;OID=.;OPOS=44141331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:18:18:8:15:18:18:8:15 chr20 44163916 . G T 542.34 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0190774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.691;QD=22.5974;RBI=0.0244313;REFB=0.0135831;REVB=0.0152624;RO=45;SAF=12;SAR=39;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609407;STB=0.533648;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.017338;OID=.;OPOS=44163916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:45:45:51:51:0.53125:39:12:13:32:39:12:13:32 chr20 44174423 . G A 1215.45 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0195362;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.104;QD=60.0222;RBI=0.0223302;REFB=0.00494181;REVB=0.0108155;RO=1;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160447;STB=0.508472;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=6.27205e-06;OID=.;OPOS=44174423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:29:51:0:1:29:51:0:1 chr20 44188489 . A C 199.86 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00166646;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.182;QD=11.4208;RBI=0.0107924;REFB=-4.83943e-05;REVB=0.010663;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020066;STB=0.511619;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=6.3211e-05;OID=.;OPOS=44188489;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:45:45:25:25:0.357143:14:11:19:26:14:11:19:26 chr20 44259549 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00929124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.748;QD=15.6426;RBI=0.0125948;REFB=-0.00121783;REVB=-0.00850311;RO=29;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300043;STB=0.673972;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00179004;OID=.;OPOS=44259549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:15:5:15:14:15:5:15:14 chr20 44313483 . T C 346.02 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00520267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.538;QD=19.4942;RBI=0.00730852;REFB=-0.00982762;REVB=0.0051329;RO=35;SAF=17;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119894;STB=0.506663;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0091161;OID=.;OPOS=44313483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:19:17:17:18:19:17:17:18 chr20 44313544 . T C 288.37 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.000661733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.877;QD=13.7319;RBI=0.00277886;REFB=-0.0241272;REVB=0.00269892;RO=49;SAF=12;SAR=21;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157874;STB=0.579369;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0232654;OID=.;OPOS=44313544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:51:33:33:0.392857:21:12:25:24:21:12:25:26 chr20 44314609 . A G 937.05 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5814;QD=58.5655;RBI=0.0255577;REFB=0;REVB=-0.0137506;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33338e-05;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr20 44378577 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.853;QD=58.1406;RBI=0.0475468;REFB=0;REVB=0.0260234;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348873;OID=.;OPOS=44378577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr20 44417643 . A G 670.0 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9997;QD=62.3258;RBI=0.0660192;REFB=0;REVB=-0.00131516;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000971681;OID=.;OPOS=44417643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr20 44417675 . G C 480.86 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0348055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4012;QD=53.429;RBI=0.0774536;REFB=-0.20217;REVB=0.0691927;RO=2;SAF=28;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00909474;OID=.;OPOS=44417675;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:5:28:2:0:6:28:2:0 chr20 44418564 . A G 651.83 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0518646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.274;QD=62.0794;RBI=0.0593773;REFB=0;REVB=0.0289089;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119632;OID=.;OPOS=44418564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr20 44441403 . C G 536.9 PASS AF=0.361702;AO=39;DP=143;FAO=51;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=81;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.00147738;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.502;QD=15.2312;RBI=0.0178944;REFB=-0.0129311;REVB=0.0178333;RO=78;SAF=19;SAR=20;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442933;STB=0.523456;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0237301;OID=.;OPOS=44441403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:78:81:39:51:0.361702:20:19:41:37:22:29:43:38 chr20 44452697 . C A 296.85 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0164474;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.985;QD=13.0482;RBI=0.0164609;REFB=-0.0153076;REVB=-0.000668444;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137166;STB=0.578361;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0229728;OID=.;OPOS=44452697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:57:57:34:34:0.373626:18:16:34:23:18:16:34:23 chr20 44469290 . G A 214.45 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.146;QD=47.6562;RBI=0.0281174;REFB=0;REVB=0.0277101;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00086748;OID=.;OPOS=44469290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr20 44470676 . T C 1189.16 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.873;QD=60.9824;RBI=0.0436904;REFB=0;REVB=0.00410114;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88598e-05;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:45:31:0:0:46:32:0:0 chr20 44501458 . A G,T 628.01 PASS AF=0.931818,0.0681818;AO=41,3;DP=44;FAO=41,3;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=24,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545101,-0.0639997;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.32,6.89786;QD=57.092;RBI=0.00555726,0.0676952;REFB=0,0;REVB=-0.00108147,0.0220609;RO=0;SAF=17,0;SAR=24,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.2194e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00197776,0.302323;OID=.,.;OPOS=44501458,44501458;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:44:44:0:0:41,3:41,3:0.931818,0.0681818:24,3:17,0:0:0:24,3:17,0:0:0 chr20 44505973 . T C 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0656403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1044;QD=48.7324;RBI=0.0747403;REFB=0;REVB=-0.0357416;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00204783;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr20 44506418 . G A 860.7 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272579;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.375;QD=54.6476;RBI=0.0488708;REFB=-0.0331497;REVB=0.040563;RO=2;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000491064;STB=0.50026;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00163014;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:64:63:2:2:61:61:0.968254:30:31:1:1:30:31:1:1 chr20 44512792 . CTG C 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672079;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.225;QD=39.6162;RBI=0.0674065;REFB=0;REVB=-0.00516983;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000874517;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:8:8:0:2:6:0:0:4:0:2:6:0:0 chr20 44513289 . T C 1152.9 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0782;QD=60.6788;RBI=0.0194624;REFB=0;REVB=0.00800165;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.18748e-05;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:27:49:0:0:27:49:0:0 chr20 44513357 . G A 1077.54 PASS AF=1;AO=61;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256085;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286;QD=59.8632;RBI=0.031686;REFB=0;REVB=0.0186604;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826494;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:61:72:1:28:33:0:0:35:37:0:0 chr20 44523547 . G A 768.52 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676731;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.168;QD=64.0432;RBI=0.0720458;REFB=0;REVB=0.0247174;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355009;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:23:24:0:0:23:25:0:0 chr20 44573555 . G A 34.87 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0352353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.46;QD=2.28679;RBI=0.0365889;REFB=-0.0091353;REVB=-0.00986008;RO=53;SAF=4;SAR=3;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949718;STB=0.579213;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0749851;OID=.;OPOS=44573555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:53:54:7:7:0.114754:3:4:26:27:3:4:26:28 chr20 44578674 . T A 255.85 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0180235;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7067;QD=15.2744;RBI=0.0182784;REFB=-0.0113131;REVB=-0.00304187;RO=37;SAF=18;SAR=11;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187832;STB=0.599306;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0163897;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:38:29:29:0.432836:11:18:16:21:11:18:17:21 chr20 44578961 . A G 314.49 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000890139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.032;QD=14.9758;RBI=0.00641408;REFB=-0.00302239;REVB=-0.00635202;RO=48;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947253;STB=0.554619;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00345618;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:34:35:0.416667:16:18:21:27:16:19:22:27 chr20 44590732 . G A 129.93 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0137243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.116;QD=13.3266;RBI=0.0242983;REFB=-0.0231901;REVB=0.0200512;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978192;STB=0.557019;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0347484;OID=.;OPOS=44590732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:15:9:7:8:15:9 chr20 44596207 . C G 738.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0823024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.371;QD=56.7698;RBI=0.0832999;REFB=0;REVB=0.0128522;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171775;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr20 44639692 . G T 250.21 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00406841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6682;QD=20.0169;RBI=0.0475;REFB=-0.0161184;REVB=0.0473255;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858497;STB=0.538163;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0167121;OID=.;OPOS=44639692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:26:26:23:24:0.48:13:10:9:17:14:10:9:17 chr20 44640225 . A G 881.23 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.298;QD=57.7859;RBI=0.00617549;REFB=0;REVB=-0.00598751;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.89901e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:21:38:0:0:23:38:0:0 chr20 44642406 . G C 523.75 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119222;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.462;QD=59.8572;RBI=0.02422;REFB=0;REVB=-0.0210825;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000629419;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr20 44643111 . G A 3092.44 PASS AF=0.507463;AO=306;DP=601;FAO=306;FDP=603;FR=.;FRO=297;FSAF=110;FSAR=196;FSRF=128;FSRR=169;FWDB=-0.000400464;FXX=0.0016556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0381;QD=20.5137;RBI=0.013417;REFB=-0.0128708;REVB=0.013411;RO=295;SAF=110;SAR=196;SRF=128;SRR=167;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709631;STB=0.537429;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0113111;OID=.;OPOS=44643111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:601:603:295:297:306:306:0.507463:196:110:128:167:196:110:128:169 chr20 44644965 . G A 424.57 PASS AF=0.413793;AO=47;DP=112;FAO=48;FDP=116;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0334548;FXX=0.025208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.229;QD=14.6402;RBI=0.033462;REFB=-0.00919501;REVB=-0.000694821;RO=65;SAF=12;SAR=35;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300504;STB=0.655158;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0163959;OID=.;OPOS=44644965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:65:68:47:48:0.413793:35:12:34:31:35:13:35:33 chr20 44678348 . G A 826.23 PASS AF=0.910448;AO=61;DP=67;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0129479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.703;QD=49.3271;RBI=0.0178644;REFB=-0.111967;REVB=0.012308;RO=6;SAF=31;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00138128;STB=0.500734;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00155375;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:67:67:6:6:61:61:0.910448:30:31:3:3:30:31:3:3 chr20 44688730 . G A 1415.33 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.119;QD=62.9036;RBI=0.0332952;REFB=0;REVB=0.0218689;RO=0;SAF=29;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94418e-06;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:61:29:0:0:61:29:0:0 chr20 44691350 . T G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.619;QD=58.1385;RBI=0.00847422;REFB=0;REVB=-0.00627347;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43651e-05;OID=.;OPOS=44691350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr20 44746982 . T C 751.67 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.033;QD=63.972;RBI=0.0748909;REFB=0;REVB=0.0748369;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269172;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:22:19:0:0:28:19:0:0 chr20 44757407 . G A 68.88 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00716006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.567;QD=15.307;RBI=0.089843;REFB=-0.00160317;REVB=0.0895572;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187606;STB=0.609518;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.000981272;OID=.;OPOS=44757407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:6:3:5:4:6:3 chr20 44806628 . G A 222.8 PASS AF=0.442623;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00154369;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.972;QD=14.61;RBI=0.0266133;REFB=-0.0122287;REVB=-0.0265685;RO=34;SAF=8;SAR=17;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220483;STB=0.638136;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0357456;OID=.;OPOS=44806628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:34:34:25:27:0.442623:17:8:18:16:19:8:18:16 chr20 44996182 . A G 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.203;QD=58.5665;RBI=0.168199;REFB=0;REVB=0.0127933;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725168;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr20 45022253 . A G 573.04 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00875647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.335;QD=22.6945;RBI=0.00989547;REFB=-0.0243087;REVB=0.00460919;RO=45;SAF=19;SAR=37;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110688;STB=0.560796;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0194297;OID=.;OPOS=45022253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:37:19:21:24:37:19:21:24 chr20 45242269 . G C 352.14 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=103;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00110416;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.699;QD=13.8094;RBI=0.00246883;REFB=-0.0139566;REVB=-0.00220816;RO=61;SAF=23;SAR=18;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733536;STB=0.541546;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0223392;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:61:61:41:41:0.401961:18:23:30:31:18:23:30:31 chr20 45717954 . C T 351.2 PASS AF=0.507042;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00281731;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.548;QD=19.7858;RBI=0.0390898;REFB=-0.0155002;REVB=0.0389881;RO=32;SAF=12;SAR=23;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220693;STB=0.647536;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0108106;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:35:35:36:0.507042:23:12:19:13:24:12:22:13 chr20 45817255 . A C 332.22 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0180079;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2929;QD=15.82;RBI=0.0319826;REFB=0.0146861;REVB=0.0264311;RO=46;SAF=15;SAR=21;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231564;STB=0.628836;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0152785;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:36:36:0.428571:21:15:30:16:21:15:31:17 chr20 45839078 . C T 77.12 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00798758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.909;QD=14.6894;RBI=0.00873592;REFB=-0.000589067;REVB=0.00353762;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650008;STB=0.589287;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.000541105;OID=.;OPOS=45839078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:21:10:11:9:10:0.47619:6:3:4:6:7:3:5:6 chr20 45853037 . A G 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.691;QD=61.6805;RBI=0.0688614;REFB=0;REVB=-0.00724746;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448514;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr20 45867563 . GTTTTGC GGTTTGC,GTTTGC,GTTTGCT 71.06 PASS AF=0.116667,0.216667,0.0333333;AO=3,16,3;DP=60;FAO=7,13,2;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=6,6,0;FSAR=1,7,2;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=-0.0139852,-0.117103,-0.0949452;FXX=0.0163908;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,3;MLLD=19.9481,11.051,21.3167;QD=4.73721;RBI=0.0425932,0.152203,0.143229;REFB=-0.0997842,-0.156156,-0.0871365;REVB=-0.0402318,-0.0972252,-0.107238;RO=31;SAF=3,6,0;SAR=0,10,3;SRF=6;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.708627,0.235354,-0.438743;STB=0.935798,0.714473,0.991858;STBP=0.115,0.145,0.382;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0625393,0.182992,0.189295;OID=.,.,.;OPOS=45867564,45867564,45867567;OREF=T,T,TGC;OALT=G,-,GCT;OMAPALT=GGTTTGC,GTTTGC,GTTTGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.116667,0.216667,0.0333333:3,16,3:60:7,13,2:60:38:6,6,0:1,7,2:7:31:37:31:3,6,0:0,10,3:6:25 chr20 46268748 . C T 209.3 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0625269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.295;QD=13.7249;RBI=0.064626;REFB=-0.00952828;REVB=-0.0163373;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804803;STB=0.504596;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0152369;OID=.;OPOS=46268748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:17:19:13:12:17:19 chr20 46279827 . G A 283.8 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.103372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.818;QD=29.8732;RBI=0.111022;REFB=-0.0927515;REVB=0.0404995;RO=13;SAF=19;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20945;STB=0.619613;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0353502;OID=.;OPOS=46279827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:5:19:7:6:5:20:7:6 chr20 46279836 . A G 235.77 PASS AF=0.605263;AO=21;DP=36;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.010809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.209;QD=24.8175;RBI=0.0120622;REFB=-0.067902;REVB=-0.00535358;RO=15;SAF=17;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213592;STB=0.566606;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0431083;OID=.;OPOS=46279836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:15:15:21:23:0.605263:4:17:9:6:6:17:9:6 chr20 46365571 . A G 2197.72 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.096;QD=63.2436;RBI=0.0291668;REFB=0;REVB=0.0283511;RO=0;SAF=46;SAR=93;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70343e-05;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:139:0:0:139:139:1:93:46:0:0:93:46:0:0 chr20 47241618 . A G 194.33 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.018378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.189;QD=24.2907;RBI=0.0201443;REFB=-0.0118934;REVB=-0.00824884;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249112;STB=0.638569;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00641613;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:3:10:8:11:3:10 chr20 47244417 . C T 1140.94 PASS AF=0.479167;AO=115;DP=240;FAO=115;FDP=240;FR=.;FRO=125;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.0224956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.503;QD=19.0156;RBI=0.0246972;REFB=-0.0181623;REVB=0.0101932;RO=125;SAF=62;SAR=53;SRF=49;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138411;STB=0.57617;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0188608;OID=.;OPOS=47244417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:125:125:115:115:0.479167:53:62:49:76:53:62:49:76 chr20 47244450 . G A 1212.17 PASS AF=0.487805;AO=120;DP=246;FAO=120;FDP=246;FR=.;FRO=126;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=44;FSRR=82;FWDB=0.0548619;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6787;QD=19.71;RBI=0.0561844;REFB=-0.0172609;REVB=0.0121187;RO=126;SAF=64;SAR=56;SRF=44;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170439;STB=0.593533;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0126693;OID=.;OPOS=47244450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:246:246:126:126:120:120:0.487805:56:64:44:82:56:64:44:82 chr20 47246077 . C G 432.76 PASS AF=0.448598;AO=47;DP=106;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0447835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9414;QD=16.1778;RBI=0.0799414;REFB=-0.0129704;REVB=-0.0662199;RO=59;SAF=17;SAR=30;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00622441;STB=0.501063;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0142542;OID=.;OPOS=47246077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:59:59:47:48:0.448598:30:17:21:38:31:17:21:38 chr20 47246127 . G A 443.44 PASS AF=0.47;AO=46;DP=100;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=0.00416588;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.307;QD=17.7377;RBI=0.0107086;REFB=-0.0247067;REVB=-0.0098651;RO=54;SAF=18;SAR=28;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991418;STB=0.546439;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0276045;OID=.;OPOS=47246127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:53:46:47:0.47:28:18:16:38:29:18:16:37 chr20 47249116 . G A 413.97 PASS AF=0.333333;AO=52;DP=158;FAO=53;FDP=159;FR=.;FRO=106;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.0242158;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.783;QD=10.4144;RBI=0.0252365;REFB=-0.0185578;REVB=0.00710445;RO=105;SAF=22;SAR=30;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149636;STB=0.587923;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0327346;OID=.;OPOS=47249116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:105:106:52:53:0.333333:30:22:58:47:31:22:58:48 chr20 47249170 . G A 301.57 PASS AF=0.266667;AO=44;DP=166;FAO=44;FDP=165;FR=.;FRO=121;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=57;FWDB=-0.00862565;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.608;QD=7.31072;RBI=0.00879119;REFB=-0.00779149;REVB=0.00169803;RO=120;SAF=16;SAR=28;SRF=64;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210235;STB=0.622166;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0270133;OID=.;OPOS=47249170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:120:121:44:44:0.266667:28:16:64:56:28:16:64:57 chr20 47253150 . T C 1116.79 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0732758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.901;QD=60.3671;RBI=0.0746598;REFB=0;REVB=0.0143088;RO=0;SAF=26;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16077e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204471;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:48:26:0:0:48:26:0:0 chr20 47256335 . G A 400.26 PASS AF=0.476744;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=86;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00849262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.729;QD=18.6165;RBI=0.00883737;REFB=-0.0206676;REVB=-0.00244429;RO=45;SAF=20;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617304;STB=0.534378;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.021287;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:45:41:41:0.476744:21:20:19:26:21:20:19:26 chr20 47258761 . G A 531.05 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00101193;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6815;QD=16.5952;RBI=0.0265428;REFB=-0.00590378;REVB=0.0265235;RO=70;SAF=33;SAR=24;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120773;STB=0.563614;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0161294;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:71:57:57:0.445312:24:33:32:38:24:33:33:38 chr20 47261017 . T C 235.44 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.010519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.274;QD=13.2644;RBI=0.0117747;REFB=-0.00791449;REVB=-0.00529091;RO=42;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250099;STB=0.649192;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0121517;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:43:28:28:0.394366:18:10:25:17:18:10:26:17 chr20 47268030 . G A 275.18 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0352188;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.282;QD=15.2877;RBI=0.0374789;REFB=-0.00205554;REVB=-0.012818;RO=41;SAF=8;SAR=23;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387866;STB=0.719928;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00113897;OID=.;OPOS=47268030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:41:41:31:31:0.430556:23:8:26:15:23:8:26:15 chr20 47273726 . C T 508.23 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=78;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0234849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.41;QD=26.0628;RBI=0.0234968;REFB=-0.0254821;REVB=0.000749539;RO=31;SAF=15;SAR=32;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10595;STB=0.558002;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0152836;OID=.;OPOS=47273726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:31:47:47:0.602564:32:15:14:17:32:15:14:17 chr20 47351095 . G A 126.97 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.0274696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.234;QD=11.286;RBI=0.0275552;REFB=-0.00511367;REVB=-0.00217072;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30362;STB=0.659387;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0170025;OID=.;OPOS=47351095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:7:8:23:6:7:8:23:7 chr20 47626847 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.075;QD=64.4152;RBI=0.0285752;REFB=0;REVB=0.020007;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86981e-05;OID=.;OPOS=47626847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr20 47633802 . G A 248.22 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00333795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.669;QD=16.2769;RBI=0.0625727;REFB=-0.0259008;REVB=-0.0624836;RO=33;SAF=10;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156382;STB=0.588313;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0274842;OID=.;OPOS=47633802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:18:10:17:16:18:10:17:16 chr20 47827009 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 116.31 PASS AF=0.653846,0.115385;AO=14,3;DP=26;FAO=17,3;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=10,2;FSAR=7,1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.088048,0.0520298;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=10.5346,23.6369;QD=17.8935;RBI=0.212011,0.141631;REFB=-0.142111,-0.121569;REVB=0.192863,0.131728;RO=8;SAF=8,2;SAR=6,1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.208803,-0.294841;STB=0.567491,0.635588;STBP=0.328,0.792;TYPE=del,snp;VARB=0.124319,-0.020762;OID=.,.;OPOS=47827010,47827016;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846,0.115385:14,3:26:17,3:26:6:10,2:7,1:5:1:22:8:8,2:6,1:7:1 chr20 47850182 . C T 419.48 PASS AF=0.577465;AO=40;DP=70;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0417014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1579;QD=23.6324;RBI=0.0429319;REFB=0.0166272;REVB=0.0102046;RO=30;SAF=22;SAR=18;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218409;STB=0.622405;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0115154;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:30:30:40:41:0.577465:18:22:8:22:18:23:8:22 chr20 47855496 . C T 137.03 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00349403;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.782;QD=17.129;RBI=0.00402728;REFB=-0.011673;REVB=-0.00200267;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.506485;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00991017;OID=.;OPOS=47855496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:17:15:15:0.46875:9:6:7:10:9:6:7:10 chr20 47862450 . T C 574.86 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0275245;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5099;QD=56.0838;RBI=0.0283267;REFB=-0.0656164;REVB=0.00669371;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183853;STB=0.519221;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00261208;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:1:2:39:39:0.95122:25:14:0:1:25:14:0:2 chr20 47864833 . G A 105.81 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0442574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8743;QD=11.4384;RBI=0.0465874;REFB=0.00138443;REVB=-0.0145489;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425792;STB=0.694123;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0023047;OID=.;OPOS=47864833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:12:13:0.351351:10:2:12:12:10:3:12:12 chr20 47865372 . G A 1129.9 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.098;QD=60.2614;RBI=0.0321148;REFB=0;REVB=0.0140413;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29527e-05;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:50:24:0:0:51:24:0:0 chr20 47886684 . G A 993.96 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.458;QD=57.6207;RBI=0.0303522;REFB=0.0216469;REVB=0.00637713;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.506665;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000171625;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:37:31:0:1:37:31:0:1 chr20 47989722 . G T 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0371392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.487;QD=3.43968;RBI=0.0392535;REFB=-0.00556599;REVB=0.0127089;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273825;STB=0.688478;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0205713;OID=.;OPOS=47989722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:6:3:28:22:6:3:28:22 chr20 48140727 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0595594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0251;QD=14.0783;RBI=0.0625889;REFB=-0.0101215;REVB=0.0192364;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13274;STB=0.535655;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0206564;OID=.;OPOS=48140727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:14:16:12:12:0.428571:6:6:5:9:6:6:7:9 chr20 48156189 . G A 353.46 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0010794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.122;QD=21.4216;RBI=0.0181788;REFB=-0.00445911;REVB=0.0181468;RO=30;SAF=20;SAR=16;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926141;STB=0.505117;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00455344;OID=.;OPOS=48156189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:16:20:17:13:16:20:17:13 chr20 48257149 . C T 619.82 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3559;QD=59.0304;RBI=0.0291285;REFB=-0.0202122;REVB=0.0216978;RO=1;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240543;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000576599;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:19:22:0:1:19:22:0:1 chr20 48259034 . A G 81.95 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0083657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3554;QD=8.62651;RBI=0.00884893;REFB=-0.00856352;REVB=0.00288421;RO=27;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530203;STB=0.837962;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0128376;OID=.;OPOS=48259034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:1:10:15:12:1:10:15:12 chr20 48429508 . GG CC 339.74 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199725;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=250.205;QD=54.3578;RBI=0.20031;REFB=0;REVB=0.0153024;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000860468;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:18:5:0:0:18:7:0:0 chr20 48491258 . T G 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256051;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.907;QD=58.06;RBI=0.0277193;REFB=0;REVB=0.010618;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30645e-05;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:31:30:0:0:31:30:0:0 chr20 48522392 . G A 582.23 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0057163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8471;QD=56.8027;RBI=0.138256;REFB=-0.0769227;REVB=0.138138;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00723392;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:41:1:1:38:40:0.97561:22:16:0:1:24:16:0:1 chr20 48522585 . G A 758.25 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0177958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.576;QD=50.5502;RBI=0.0408399;REFB=-0.148085;REVB=0.0367588;RO=3;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421745;STB=0.512191;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00502144;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:60:60:3:4:56:56:0.933333:32:24:0:3:32:24:1:3 chr20 48524827 . A G 747.84 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.983;QD=63.6458;RBI=0.032184;REFB=0;REVB=-0.000608669;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186354;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr20 48569240 . TGG TG,TGA,TTG 1498.79 PASS AF=0.990566,0.00943396,0;AO=87,7,6;DP=106;FAO=105,1,0;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0,0;FSAR=62,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00109513,0.0496001,-0.0845548;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=24.7533,5.7623,4.95544;QD=56.5581;RBI=0.00316494,0.0795549,0.0860897;REFB=0,0,0;REVB=0.00296944,0.0621997,0.0161838;RO=0;SAF=31,3,6;SAR=56,4,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.00429e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000770243,0.0911883,0;OID=.,.,.;OPOS=48569241,48569242,48569241;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=TG,TGA,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.990566,0.00943396,0:87,7,6:106:105,1,0:106:0:43,0,0:62,1,0:0:0:5:0:31,3,6:56,4,0:0:0 chr20 48569278 . T C 1724.76 PASS AF=0.95935;AO=117;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0242682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.268;QD=56.0897;RBI=0.0721666;REFB=-0.206446;REVB=0.0679637;RO=6;SAF=47;SAR=70;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227274;STB=0.517238;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0020425;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:123:6:5:117:118:0.95935:70:47:1:5:70:48:0:5 chr20 48713049 . G A 374.53 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108794;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.248;QD=49.9368;RBI=0.0111073;REFB=0.00604864;REVB=-0.00223874;RO=2;SAF=9;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237803;STB=0.510302;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-4.25821e-05;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:27:28:0.933333:18:9:1:1:18:10:1:1 chr20 48729677 . C G 175.46 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.446;QD=46.7895;RBI=0.049154;REFB=0;REVB=0.0487972;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500531;OID=.;OPOS=48729677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr20 48894756 . C T 285.39 PASS AF=0.574074;AO=29;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0451881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.6566;QD=21.1403;RBI=0.0452116;REFB=-0.0727983;REVB=0.00146018;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377839;STB=0.544984;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.111262;OID=.;OPOS=48894756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:29:31:0.574074:17:12:9:13:17:14:8:15 chr20 49214156 . A G 1081.7 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.624;QD=60.0944;RBI=0.0500378;REFB=0;REVB=-0.0360966;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13176e-06;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:29:40:0:0:29:43:0:0 chr20 49227764 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00597222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.325;QD=7.95467;RBI=0.0156429;REFB=-0.00712826;REVB=0.014458;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0166187;OID=.;OPOS=49227764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:11:8:4:4:11:8 chr20 49369006 . A G 347.78 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=94;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0633802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6437;QD=14.799;RBI=0.0740713;REFB=-0.0147559;REVB=0.0383341;RO=55;SAF=21;SAR=17;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116398;STB=0.500566;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122817;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:55:56:38:38:0.404255:17:21:31:24:17:21:31:25 chr20 49369074 . AGT A 196.63 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0163827;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.033;QD=12.4845;RBI=0.0189746;REFB=0.00508602;REVB=-0.00957296;RO=39;SAF=17;SAR=7;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170895;STB=0.61495;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=-0.00901573;OID=.;OPOS=49369075;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952:24:66:24:63:39:17:7:21:18:99:39:17:7:22:17 chr20 49369591 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA 47.04 PASS AF=0.166667,0.0714286,0.0714286;AO=6,2,4;DP=43;FAO=7,3,3;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=1,3,0;FSAR=6,0,3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.152087,-0.0327413,-0.00459332;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=11.337,128.002,26.8695;QD=4.48023;RBI=0.159497,0.0327414,0.0137457;REFB=-0.0426832,-0.00110222,-0.00852575;REVB=0.0480477,-5.58558e-05,0.0129555;RO=25;SAF=1,2,0;SAR=5,0,4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.439381,0.47348,-0.633638;STB=0.841959,0.996065,0.996683;STBP=0.063,0.095,0.077;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.111442,-0.0435673,0.115596;OID=.,.,.;OPOS=49369592,49369596,49369591;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:43:42:25:29:6,2,4:7,3,3:0.166667,0.0714286,0.0714286:5,0,4:1,2,0:13:12:6,0,3:1,3,0:16:13 chr20 49369610 . CTCTTTTTTTTT CTCTTTTTTTT,CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC 141.82 PASS AF=0,0.0588235,0.382353,0.0588235;AO=6,2,5,2;DP=36;FAO=0,2,13,2;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1,7,2;FSAR=0,1,6,0;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.108431,-0.131931,-0.013943,-0.015252;FXX=0.105235;HRUN=11,1,1,1;LEN=1,2,3,10;MLLD=3.0804,14.1283,147.435,98.7217;QD=16.685;RBI=0.876228,0.378628,0.0925227,0.0434338;REFB=-0.00364932,0.0520156,0.00882817,0.00646768;REVB=0.869493,0.354899,0.0914661,0.0406678;RO=6;SAF=5,1,4,2;SAR=1,1,1,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.45721,0.168213,0.429493,0.658493;STB=0.5,0.526055,0.538402,0.994775;STBP=1,0.874,0.748,0.162;TYPE=del,mnp,del,mnp;VARB=0.0499489,-0.365769,-0.0113732,-0.00308279;OID=.,.,.,.;OPOS=49369613,49369612,49369611,49369612;OREF=T,CT,TCT,CTTTTTTTTT;OALT=-,TC,-,TTTTTTTTTC;OMAPALT=CTCTTTTTTTT,CTTCTTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.0588235,0.382353,0.0588235:6,2,5,2:36:0,2,13,2:34:17:0,1,7,2:0,1,6,0:8:9:99:6:5,1,4,2:1,1,1,0:2:4 chr20 49577721 . A G 317.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00569605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.956;QD=16.2765;RBI=0.0143762;REFB=-0.0112322;REVB=0.0131996;RO=42;SAF=21;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028706;STB=0.523796;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00941927;OID=.;OPOS=49577721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:43:35:35:0.448718:14:21:24:18:14:21:24:19 chr20 49620783 . G T 1062.34 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.782;QD=59.8503;RBI=0.0880324;REFB=0;REVB=0.000599661;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298581;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:46:25:0:0:46:25:0:0 chr20 50140627 . G C 217.57 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0680637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.537;QD=16.7364;RBI=0.070037;REFB=-0.0347651;REVB=0.0165079;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202251;STB=0.594513;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.044144;OID=.;OPOS=50140627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:7:16:14:14:8:16:14:14 chr20 50217620 . A G 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0172;QD=59.4991;RBI=0.0820964;REFB=0;REVB=0.0819434;RO=0;SAF=42;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466804;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:27:42:0:0:27:42:0:0 chr20 50287736 . C T 1076.27 PASS AF=1;AO=66;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.061;QD=55.1931;RBI=0.115879;REFB=-0.130339;REVB=0.111304;RO=4;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608277;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287726;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:4:0:66:78:1:29:37:0:4:39:39:0:0 chr20 50287790 . A G 871.18 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105159;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.342;QD=58.0787;RBI=0.033259;REFB=0;REVB=0.0315528;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384096;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr20 50408482 . A G 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000190094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.327;QD=58.1264;RBI=0.0248559;REFB=0;REVB=0.0248551;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175861;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr20 51218359 . C T 470.11 PASS AF=0.40458;AO=53;DP=131;FAO=53;FDP=131;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0162913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.549;QD=14.3545;RBI=0.0192484;REFB=-0.0024748;REVB=0.0102515;RO=77;SAF=17;SAR=36;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243601;STB=0.634357;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00419256;OID=.;OPOS=51218359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:77:78:53:53:0.40458:36:17:42:35:36:17:42:36 chr20 51870849 . T C 429.75 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00458821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.5518;QD=17.5406;RBI=0.0250028;REFB=-0.00242313;REVB=0.0245783;RO=52;SAF=11;SAR=33;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197395;STB=0.614402;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00543296;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:54:44:44:0.44898:33:11:22:30:33:11:23:31 chr20 52105972 . C T 689.19 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9878;QD=62.6532;RBI=0.0506192;REFB=0;REVB=-0.0402368;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501743;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr20 52184384 . T A 388.19 PASS AF=0.847826;AO=29;DP=42;FAO=39;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0327688;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=17.3234;QD=33.7554;RBI=0.0428635;REFB=0.0183537;REVB=-0.0276313;RO=9;SAF=11;SAR=18;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175773;STB=0.553116;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0203103;OID=.;OPOS=52184384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:42:46:9:6:29:39:0.847826:18:11:7:2:22:17:5:1 chr20 52573971 . T G 486.15 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.049323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.757;QD=21.3692;RBI=0.0493237;REFB=-0.0133096;REVB=-0.000274269;RO=43;SAF=25;SAR=22;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258001;STB=0.506576;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0124074;OID=.;OPOS=52573971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:43:44:47:47:0.516484:22:25:23:20:22:25:24:20 chr20 52611540 . C A 71.24 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0067905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7387;QD=7.91608;RBI=0.0584928;REFB=-0.0291186;REVB=0.0580973;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815562;STB=0.541096;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0726887;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:24:26:10:10:0.277778:4:6:16:8:4:6:17:9 chr20 52645166 . A G 716.5 PASS AF=0.469512;AO=72;DP=159;FAO=77;FDP=164;FR=.;FRO=87;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.00686528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9079;QD=17.4757;RBI=0.0387253;REFB=-0.0203518;REVB=-0.0381119;RO=86;SAF=37;SAR=35;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206013;STB=0.508926;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0213355;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:164:86:87:72:77:0.469512:35:37:46:40:35:42:46:41 chr20 52645290 . C G 596.48 PASS AF=0.521368;AO=60;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0170694;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6087;QD=20.3924;RBI=0.0182667;REFB=-0.0216178;REVB=0.00650446;RO=54;SAF=17;SAR=43;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190103;STB=0.607457;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0191197;OID=.;OPOS=52645290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:54:56:60:61:0.521368:43:17:26:28:43:18:28:28 chr20 52674615 . A G 214.16 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0111919;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.092;QD=14.7694;RBI=0.0193962;REFB=-0.0286736;REVB=-0.0158416;RO=32;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20693;STB=0.610268;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0374014;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:33:24:25:0.431034:10:14:12:20:11:14:12:21 chr20 52675188 . G T 148.08 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.023489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4315;QD=17.9489;RBI=0.0238055;REFB=0.0132435;REVB=-0.00386904;RO=17;SAF=3;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411352;STB=0.737664;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.020538;OID=.;OPOS=52675188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:13:3:10:7:13:3:10:7 chr20 52771261 . G A 612.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.078091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0467;QD=61.27;RBI=0.0796794;REFB=0;REVB=-0.0158303;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00151263;OID=.;OPOS=52771261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr20 52781091 . C T 589.75 PASS AF=0.512821;AO=58;DP=116;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0949278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5852;QD=20.1623;RBI=0.0953259;REFB=-0.0105774;REVB=-0.00870305;RO=57;SAF=26;SAR=32;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122271;STB=0.574542;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0103775;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:57:57:58:60:0.512821:32:26:18:39:32:28:18:39 chr20 54961463 . T C 897.07 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.264;QD=57.8755;RBI=0.0333272;REFB=0;REVB=0.0282718;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00088105;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:31:31:0:0 chr20 54961541 . A T 600.7 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0256979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9135;QD=58.6052;RBI=0.0380308;REFB=0.0684823;REVB=0.028035;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00237194;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr20 55028167 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.73;QD=47.8224;RBI=0.0157874;REFB=0;REVB=-0.00145128;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90739e-05;OID=.;OPOS=55028167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr20 55033476 . C G 433.85 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00146876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1413;QD=52.5878;RBI=0.00163983;REFB=-0.198323;REVB=-0.000729244;RO=2;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0929272;STB=0.523794;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00780867;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:9:22:0:2:10:22:0:1 chr20 55033635 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.175;QD=53.9112;RBI=0.0269528;REFB=0;REVB=0.00487296;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372018;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr20 55033647 . T C 276.88 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811532;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.127;QD=52.7399;RBI=0.0574399;REFB=0;REVB=0.0568638;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663986;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr20 55033713 . G A 91.13 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.377;QD=36.451;RBI=0.0983178;REFB=0;REVB=0.0698519;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261825;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:10:0:0:9:10:1:5:4:0:0:5:5:0:0 chr20 55066633 . T G 314.49 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00541808;FXX=0.0379699;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9768;QD=16.5519;RBI=0.0414823;REFB=-0.00330079;REVB=0.041127;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159234;STB=0.610028;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00573964;OID=.;OPOS=55066633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:76:45:42:34:34:0.447368:19:15:27:18:19:15:27:15 chr20 55072472 . A G 236.21 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.577;QD=49.7277;RBI=0.0660289;REFB=0;REVB=0.0609775;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266748;OID=.;OPOS=55072472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:17:1:0:0:18:1:0:0 chr20 55088404 . A G 754.51 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.392;QD=56.9444;RBI=0.0285023;REFB=0;REVB=0.0182316;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123037;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:23:29:0:0:24:29:0:0 chr20 55108617 . C A 569.82 PASS AF=0.48;AO=55;DP=120;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0427043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.542;QD=18.2344;RBI=0.0436282;REFB=-0.055021;REVB=0.00893081;RO=64;SAF=19;SAR=36;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634209;STB=0.546496;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0563911;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:125:64:65:55:60:0.48:36:19:26:38:40:20:27:38 chr20 55111273 . C T 121.5 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0182608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.896;QD=15.1873;RBI=0.0782378;REFB=-0.0142644;REVB=-0.076077;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273127;STB=0.656048;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.020719;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:14:4:7:7:14:4 chr20 55111364 . A C 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.021172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.28;QD=19.4996;RBI=0.0280538;REFB=-0.027697;REVB=0.0184055;RO=30;SAF=12;SAR=20;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140845;STB=0.578463;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0226616;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:20:12:16:14:20:12:16:14 chr20 55263544 . AGT A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0294648;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=275.651;QD=17.4015;RBI=0.0308803;REFB=-0.0180496;REVB=0.00924232;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=del;VARB=0.0177865;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:13:26:13:26:13:6:7:5:8:99:13:6:7:5:8 chr20 55263662 . T G 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.05807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1489;QD=53.9309;RBI=0.06485;REFB=0.0462504;REVB=0.0288687;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00316947;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:19:11:0:1:19:11:0:1 chr20 55748206 . G A 195.78 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00209925;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3746;QD=14.2384;RBI=0.0426069;REFB=-0.0115464;REVB=0.0425552;RO=32;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24193;STB=0.63881;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0130539;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:7:16:15:17:7:16:15:17 chr20 56071399 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0661593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.053;QD=21.1721;RBI=0.0681469;REFB=0.0130969;REVB=-0.0163386;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00663196;OID=.;OPOS=56071399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:8:4:4:4:8:4:4:4 chr20 56090807 . A G 161.33 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.00158909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.875;QD=10.5792;RBI=0.0153514;REFB=-0.0218017;REVB=-0.015269;RO=39;SAF=12;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141559;STB=0.588156;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.032168;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:40:21:21:0.344262:9:12:27:12:9:12:28:12 chr20 56098733 . T C 124.04 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0251506;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.043;QD=16.0056;RBI=0.0251541;REFB=-0.000222101;REVB=0.000417884;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.000575122;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:7:10:8:6:7:10 chr20 56131216 . A G 115.06 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0541691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.19;QD=11.2257;RBI=0.103594;REFB=-0.010975;REVB=-0.088303;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10776;STB=0.56442;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0153721;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:10:4:10:17:10:4:10:17 chr20 56137895 . G C 179.94 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.054994;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2934;QD=21.1694;RBI=0.0656521;REFB=-0.00336075;REVB=0.0358589;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220895;STB=0.625864;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00341885;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:7:9:14:4:7:9 chr20 56139403 . T C 336.82 PASS AF=0.376147;AO=41;DP=109;FAO=41;FDP=109;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.038058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6753;QD=12.3602;RBI=0.0383696;REFB=-0.0106967;REVB=0.00487963;RO=68;SAF=18;SAR=23;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01397;STB=0.507962;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0163203;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:68:68:41:41:0.376147:23:18:29:39:23:18:29:39 chr20 56182296 . A C 717.03 PASS AF=0.674157;AO=60;DP=90;FAO=60;FDP=89;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0480924;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.638;QD=32.2263;RBI=0.0484661;REFB=-0.027032;REVB=0.00600771;RO=29;SAF=32;SAR=28;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111469;STB=0.506022;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0143547;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:29:29:60:60:0.674157:28:32:16:13:28:32:16:13 chr20 56186884 . T C 1324.75 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0629308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7398;QD=60.9082;RBI=0.0943244;REFB=-0.0415794;REVB=0.0702624;RO=1;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770317;STB=0.504064;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00089987;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:87:1:1:84:86:0.988506:61:23:0:1:61:25:0:1 chr20 56189985 . C G 1472.52 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.288;QD=63.334;RBI=0.0472958;REFB=0;REVB=0.0440397;RO=0;SAF=37;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9284e-05;OID=.;OPOS=56189985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:55:37:0:0:56:37:0:0 chr20 56190634 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.386;QD=56.1914;RBI=0.0173332;REFB=0;REVB=0.00964316;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60055e-05;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr20 56224602 . G A 211.8 PASS AF=0.5;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0088816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8496;QD=20.1716;RBI=0.015798;REFB=-0.0109103;REVB=-0.013065;RO=19;SAF=19;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403068;STB=0.654994;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0203926;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:19:21:20:21:0.5:1:19:15:4:2:19:16:5 chr20 56227514 . T C 55.75 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00279049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.497;QD=10.6196;RBI=0.0341978;REFB=-0.0141445;REVB=-0.0340838;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0185475;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:11:13:8:8:0.380952:3:5:7:4:3:5:8:5 chr20 56227532 . T C 340.61 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.782;QD=54.4983;RBI=0.0386641;REFB=0;REVB=0.0364379;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413301;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr20 56285540 . T C 578.3 PASS AF=0.56;AO=56;DP=100;FAO=56;FDP=100;FR=.;FRO=44;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00471416;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.949;QD=23.1318;RBI=0.0143507;REFB=-0.0293235;REVB=0.0135543;RO=40;SAF=34;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103003;STB=0.568289;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0181887;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:40:44:56:56:0.56:22:34:19:21:22:34:20:24 chr20 56793706 . G A 146.15 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00451154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0525;QD=8.99358;RBI=0.0211399;REFB=-0.0290754;REVB=0.0206529;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109531;STB=0.538423;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0444266;OID=.;OPOS=56793706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:42:45:20:20:0.307692:10:10:25:17:10:10:25:20 chr20 56793764 . G A 180.17 PASS AF=0.348485;AO=22;DP=65;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0219202;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.402;QD=10.9192;RBI=0.0220192;REFB=-0.0105219;REVB=-0.00208567;RO=41;SAF=7;SAR=15;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198662;STB=0.612664;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.035856;OID=.;OPOS=56793764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:43:22:23:0.348485:15:7:20:21:16:7:20:23 chr20 56807969 . A G 306.4 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00272864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8125;QD=15.3201;RBI=0.0374423;REFB=-0.013134;REVB=0.0373428;RO=42;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110996;STB=0.551385;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0156735;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:46:34:34:0.425:14:20:20:22:14:20:23:23 chr20 56814892 . G T 301.96 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0687735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.593;QD=14.3789;RBI=0.0738285;REFB=0.0222376;REVB=0.0268486;RO=49;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021773;STB=0.510198;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0235381;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:50:33:34:0.404762:23:10:14:35:24:10:14:36 chr20 56821127 . A G 507.09 PASS AF=0.44;AO=55;DP=126;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=0.00569312;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.017;QD=16.2268;RBI=0.0165494;REFB=-0.0211714;REVB=-0.0155393;RO=70;SAF=34;SAR=21;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2718;STB=0.651548;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0197779;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:70:70:55:55:0.44:21:34:24:46:21:34:24:46 chr20 56822536 . G A 86.25 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00426388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.722;QD=12.321;RBI=0.00429413;REFB=0.0140668;REVB=0.000508791;RO=17;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.0131013;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:9:2:5:12:9:2:5:12 chr20 57020556 . G C 385.82 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0535507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.574;QD=15.5888;RBI=0.0555326;REFB=-0.0144585;REVB=0.0147037;RO=57;SAF=19;SAR=22;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100766;STB=0.551597;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.01921;OID=.;OPOS=57020556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:57:58:41:41:0.414141:22:19:32:25:22:19:32:26 chr20 57042665 . A G 1048.88 PASS AF=0.472103;AO=107;DP=229;FAO=110;FDP=233;FR=.;FRO=123;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0279099;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7487;QD=18.0065;RBI=0.0383723;REFB=-0.00714746;REVB=-0.0263339;RO=120;SAF=54;SAR=53;SRF=52;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683039;STB=0.527421;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00646371;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:233:120:123:107:110:0.472103:53:54:52:68:56:54:54:69 chr20 57244493 . G A 396.52 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0064491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.594;QD=17.821;RBI=0.0332384;REFB=-0.0387772;REVB=-0.0326067;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117645;STB=0.506576;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0364171;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:20:21:24:24:20:21:24:24 chr20 57266134 . G A 339.65 PASS AF=0.420455;AO=37;DP=88;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00131724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.691;QD=15.4384;RBI=0.00442969;REFB=-0.00504674;REVB=0.0042293;RO=50;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19641;STB=0.616864;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00703841;OID=.;OPOS=57266134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:51:37:37:0.420455:13:24:23:27:13:24:23:28 chr20 57280575 . T C 993.98 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301055;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5572;QD=59.342;RBI=0.0534482;REFB=0;REVB=0.044163;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29702e-05;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr20 57290347 . C G 431.64 PASS AF=0.488636;AO=40;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0230871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4337;QD=19.6198;RBI=0.0339708;REFB=-0.0186594;REVB=-0.02492;RO=36;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157722;STB=0.615662;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0250592;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:36:43:40:43:0.488636:16:24:15:21:17:26:16:27 chr20 57429233 . T C 459.25 PASS AF=0.469388;AO=43;DP=95;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=0.00328229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.732;QD=18.7449;RBI=0.00649064;REFB=-0.0188711;REVB=-0.00559956;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14386;STB=0.570632;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0181101;OID=.;OPOS=57429233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:50:52:43:46:0.469388:21:22:33:17:22:24:34:18 chr20 57478807 . C T 517.33 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=125;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0409204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.684;QD=16.2939;RBI=0.0415536;REFB=0.0135524;REVB=-0.00722617;RO=69;SAF=23;SAR=33;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11152;STB=0.561504;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.017044;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:69:70:56:57:0.448819:33:23:21:48:33:24:22:48 chr20 57571762 . CA C,CG 1349.82 PASS AF=0.188889,0.811111;AO=17,73;DP=90;FAO=17,73;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=17,30;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321343,0.0373012;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.677,179.677;QD=59.992;RBI=0.0364036,0.0379661;REFB=0,0;REVB=0.0171058,0.00707426;RO=0;SAF=17,30;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00164361,1.43401e-05;OID=.,.;OPOS=57571763,57571763;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.188889,0.811111:17,73:90:17,73:90:0:17,30:0,43:0:0:58:0:17,30:0,43:0:0 chr20 57572675 . A G 1235.9 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070691;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.101;QD=61.7949;RBI=0.0155862;REFB=0;REVB=0.0138909;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15273e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr20 57599016 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00455525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.757;QD=43.4854;RBI=0.00611595;REFB=0;REVB=0.004081;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03952e-05;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 57610059 . C A 255.66 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.000543219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.157;QD=17.9409;RBI=0.0236466;REFB=-0.0207566;REVB=0.0236404;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327601;STB=0.525755;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0282972;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:12:16:17:11:12:16:18:11 chr20 57612390 . C G 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.043;QD=64.4127;RBI=0.0144841;REFB=0;REVB=-0.000100573;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6346e-05;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr20 57829301 . T C 594.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00352883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.634;QD=60.9527;RBI=0.0378549;REFB=0;REVB=-0.0376901;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188551;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr20 57833518 . G A 593.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.945;QD=60.8935;RBI=0.0286613;REFB=0;REVB=0.0284225;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57782e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:21:18:0:0 chr20 57833740 . T C 803.04 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00255273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2058;QD=53.5359;RBI=0.0112333;REFB=-0.142996;REVB=-0.0109394;RO=3;SAF=17;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403773;STB=0.506491;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00504934;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:60:3:2:56:58:0.966667:39:17:2:1:39:19:1:1 chr20 57834150 . A T 670.65 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=58;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00645209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.012;QD=46.2514;RBI=0.0165843;REFB=-0.168629;REVB=0.0152777;RO=5;SAF=24;SAR=28;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055815;STB=0.521268;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0128114;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:58:58:5:6:52:52:0.896552:28:24:4:1:28:24:4:2 chr20 58523102 . AAG A,AA,AAA 101.96 PASS AF=0.1,0.9,0;AO=3,3,6;DP=12;FAO=1,9,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1,0;FSAR=0,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439777,0.0390898,0.0346145;FXX=0;HRUN=11,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=208.167,208.507,206.924;QD=40.7845;RBI=0.0510536,0.0474253,0.044159;REFB=0,0,0;REVB=-0.0259312,-0.0268543,-0.02742;RO=0;SAF=1,1,1;SAR=2,2,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0432085,0.00124421,0.0342105;OID=.,.,.;OPOS=58523103,58523104,58523104;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9,0:3,3,6:12:1,9,0:10:0:1,1,0:0,8,0:0:0:7:0:1,1,1:2,2,5:0:0 chr20 60293919 . C A 2077.46 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0771461;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0782;QD=62.48;RBI=0.0808196;REFB=0;REVB=0.0240892;RO=0;SAF=71;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606492;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:133:0:0:132:133:1:61:71:0:0:62:71:0:0 chr20 60294279 . A G 129.24 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00371881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4653;QD=21.5393;RBI=0.0288467;REFB=9.19748e-05;REVB=-0.028606;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531474;STB=0.530077;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00126142;OID=.;OPOS=60294279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:5:5:8:6:5:5 chr20 60294388 . C T 48.84 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0128744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.292;QD=13.9549;RBI=0.0331895;REFB=-0.0104903;REVB=-0.0305908;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00583677;OID=.;OPOS=60294388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr20 60485627 . C T 1317.63 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0343185;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.056;QD=59.8921;RBI=0.0644774;REFB=-0.237648;REVB=0.0545854;RO=2;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178726;STB=0.509432;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00124562;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:88:88:2:2:86:86:0.977273:52:34:0:2:52:34:0:2 chr20 60503350 . A G 2349.86 PASS AF=0.952381;AO=160;DP=168;FAO=160;FDP=168;FR=.;FRO=8;FSAF=66;FSAR=94;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0218475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1686;QD=55.949;RBI=0.0230204;REFB=-0.0300801;REVB=-0.00725428;RO=8;SAF=66;SAR=94;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542566;STB=0.528568;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0136298;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:168:168:8:8:160:160:0.952381:94:66:8:0:94:66:8:0 chr20 60509142 . C T 374.21 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0438356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.386;QD=18.0343;RBI=0.043997;REFB=-0.00978566;REVB=-0.00376529;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00528599;STB=0.513143;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00980744;OID=.;OPOS=60509142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:44:39:39:0.46988:23:16:17:25:23:16:17:27 chr20 60701416 . T C 247.28 PASS AF=0.510638;AO=22;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0385641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.068;QD=21.045;RBI=0.0425454;REFB=0.0257141;REVB=-0.0179701;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591953;STB=0.557574;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0191687;OID=.;OPOS=60701416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:22:24:0.510638:14:8:7:16:14:10:7:16 chr20 60712511 . A G 219.15 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0204193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.285;QD=17.8897;RBI=0.0250179;REFB=-0.0219008;REVB=-0.0144551;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15399;STB=0.567505;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0251466;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:21:22:0.44898:14:7:13:14:14:8:13:14 chr20 60713311 . G A 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0351128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6678;QD=4.85424;RBI=0.0381795;REFB=0.00835934;REVB=-0.0149923;RO=27;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236942;STB=0.666223;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0363845;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:3:4:10:17:3:4:10:18 chr20 60791404 . C T 611.69 PASS AF=0.578947;AO=54;DP=94;FAO=55;FDP=95;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0418453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.431;QD=25.7552;RBI=0.0424718;REFB=-0.0435774;REVB=0.00726824;RO=40;SAF=25;SAR=29;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494719;STB=0.523247;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0243411;OID=.;OPOS=60791404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:40:40:54:55:0.578947:29:25:16:24:30:25:16:24 chr20 60808026 . C T 619.48 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=16;FSRR=57;FWDB=-0.0153012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.391;QD=18.0871;RBI=0.0197561;REFB=-0.0225287;REVB=-0.012497;RO=71;SAF=21;SAR=43;SRF=15;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132948;STB=0.568931;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0251393;OID=.;OPOS=60808026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:73:64:64:0.467153:43:21:15:56:43:21:16:57 chr20 60831300 . G A 773.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.001;QD=56.2729;RBI=0.0262829;REFB=0;REVB=0.0139415;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201676;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:33:21:0:0:33:22:0:0 chr20 60881330 . G A 1332.1 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00101215;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.232;QD=57.9176;RBI=0.0532546;REFB=-0.115948;REVB=0.0532449;RO=2;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205933;STB=0.500494;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.000474174;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:92:2:4:88:88:0.956522:45:43:0:2:45:43:2:2 chr20 60881780 . T C 1208.56 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.9675;QD=61.1928;RBI=0.0391978;REFB=0;REVB=0.0382152;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282843;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:76:79:1:40:36:0:0:43:36:0:0 chr20 60887581 . G A 205.78 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0469612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.056;QD=16.7981;RBI=0.0611782;REFB=-0.00568458;REVB=0.03921;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.592013;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0103939;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:28:21:21:0.428571:15:6:11:16:15:6:12:16 chr20 60892526 . A G 1680.32 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350938;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.24;QD=60.5521;RBI=0.0351548;REFB=0;REVB=0.00206914;RO=0;SAF=66;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53129e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06398e-05;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:111:0:0:111:111:1:45:66:0:0:45:66:0:0 chr20 60895697 . C T 289.8 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0805203;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8638;QD=25.7595;RBI=0.0822328;REFB=-0.0163336;REVB=0.0166944;RO=17;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147606;STB=0.577719;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0149094;OID=.;OPOS=60895697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:19:26:26:0.577778:13:13:5:12:13:13:6:13 chr20 60897487 . C T 362.83 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.0271312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.07;QD=18.6068;RBI=0.0321189;REFB=-0.0050526;REVB=-0.0171908;RO=35;SAF=24;SAR=13;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244596;STB=0.646181;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0428112;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:35:40:37:38:0.487179:13:24:13:22:13:25:15:25 chr20 60897488 . G A 382.19 PASS AF=0.512821;AO=35;DP=73;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0224359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.559;QD=19.5994;RBI=0.0383568;REFB=-0.00905467;REVB=0.0311107;RO=37;SAF=13;SAR=22;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276611;STB=0.636875;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0698193;OID=.;OPOS=60897488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:78:37:38:35:40:0.512821:22:13:25:12:25:15:25:13 chr20 60897772 . T C 586.62 PASS AF=0.458599;AO=61;DP=146;FAO=72;FDP=157;FR=.;FRO=85;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=50;FSRR=35;FWDB=-0.0511499;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9699;QD=14.9457;RBI=0.05116;REFB=-0.0628835;REVB=0.00101437;RO=70;SAF=34;SAR=27;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843818;STB=0.517981;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0331717;OID=.;OPOS=60897772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:157:70:85:61:72:0.458599:27:34:45:25:32:40:50:35 chr20 60897773 . G C 30.26 PASS AF=0.0679012;AO=11;DP=154;FAO=11;FDP=162;FR=.;FRO=151;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=63;FWDB=-0.0109854;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3274;QD=0.747061;RBI=0.0136993;REFB=-0.0451711;REVB=0.00818488;RO=143;SAF=3;SAR=8;SRF=87;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352767;STB=0.773182;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0721161;OID=.;OPOS=60897773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:154:162:143:151:11:11:0.0679012:8:3:87:56:8:3:88:63 chr20 60899182 . C T 168.84 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.019277;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.731;QD=12.0601;RBI=0.0195566;REFB=-0.0294663;REVB=0.00329464;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711437;STB=0.536808;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0392811;OID=.;OPOS=60899182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:12:9:12:21:12:9:13:22 chr20 60899206 . C T 348.38 PASS AF=0.560606;AO=35;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00438421;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9379;QD=21.114;RBI=0.0406891;REFB=-0.0605753;REVB=-0.0404523;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471541;STB=0.575179;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0575685;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:29:35:37:0.560606:23:12:10:15:25:12:14:15 chr20 60900481 . A G 2242.02 PASS AF=0.993197;AO=133;DP=139;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0566951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.1368;QD=61.0073;RBI=0.0765716;REFB=0.0169265;REVB=0.0514673;RO=5;SAF=63;SAR=70;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362356;STB=0.503546;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00359778;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:147:5:1:133:146:0.993197:70:63:5:0:76:70:1:0 chr20 60900579 . C A 988.81 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0930251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8558;QD=56.5031;RBI=0.0930374;REFB=0.0758698;REVB=0.00151126;RO=2;SAF=27;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551277;STB=0.506171;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.000208943;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:2:1:67:69:0.985714:40:27:1:1:40:29:0:1 chr20 60903419 . C T 358.0 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0195433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4117;QD=22.3752;RBI=0.0331205;REFB=-0.0110312;REVB=-0.02674;RO=27;SAF=18;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014406;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00844126;OID=.;OPOS=60903419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:18:18:13:14:18:18:14:14 chr20 60904853 . T C 596.8 PASS AF=0.722222;AO=50;DP=70;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0123372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.611;QD=33.1553;RBI=0.0265625;REFB=-0.00728124;REVB=0.0235236;RO=19;SAF=28;SAR=22;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149414;STB=0.583854;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00429787;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:19:20:50:52:0.722222:22:28:16:3:23:29:17:3 chr20 60904854 . G C 125.75 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0116051;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.0185;QD=6.98583;RBI=0.0122443;REFB=-0.0644713;REVB=-0.00390437;RO=53;SAF=16;SAR=3;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403186;STB=0.750602;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.199122;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:3:16:30:23:3:16:30:23 chr20 60905878 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3185;QD=35.5746;RBI=0.150583;REFB=0;REVB=-0.0826789;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0169007;OID=.;OPOS=60905878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr20 60907446 . T C 1388.16 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0409529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.594;QD=60.3546;RBI=0.0687121;REFB=-0.039164;REVB=0.0551744;RO=1;SAF=50;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117017;STB=0.512192;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000855163;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:1:2:90:90:0.978261:40:50:0:1:40:50:0:2 chr20 60907675 . G A 721.77 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713606;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.549;QD=56.609;RBI=0.0332615;REFB=0;REVB=0.032487;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171207;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:17:34:0:0:17:34:0:0 chr20 60908964 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.757;QD=44.6895;RBI=0.029729;REFB=0;REVB=0.0272351;RO=0;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000800035;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:1:12:0:0:1:12:0:0 chr20 60908969 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.059;QD=46.8473;RBI=0.0689127;REFB=0;REVB=-0.0514919;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00389065;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:1:14:0:0:1:14:0:0 chr20 60909060 . A G 520.65 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.487;QD=59.5032;RBI=0.0315385;REFB=0;REVB=-0.0297293;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.59196e-05;OID=.;OPOS=60909060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr20 60912683 . T C 875.13 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222024;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.06;QD=58.3417;RBI=0.0236261;REFB=0;REVB=-0.00807732;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210388;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr20 60913127 . A G 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0296825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.239;QD=22.1416;RBI=0.0613467;REFB=-0.00814275;REVB=0.0536877;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842929;STB=0.547271;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00735006;OID=.;OPOS=60913127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:7:10:9:4:7:10:9:4 chr20 60917294 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0119381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6568;QD=14.0436;RBI=0.076133;REFB=0.0185348;REVB=-0.0751912;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.0266387;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:4:0:1:4:4:0 chr20 60920624 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00451912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2224;QD=9.44476;RBI=0.0436783;REFB=-0.0239095;REVB=0.0434439;RO=10;SAF=3;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11246;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0265539;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:5:6:0.375:2:3:7:3:2:4:7:3 chr20 60920887 . G A 179.52 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00968531;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9142;QD=13.8095;RBI=0.0507417;REFB=-0.0112318;REVB=-0.0498088;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395583;STB=0.533301;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0246644;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:9:12:16:14:9:12:16:15 chr20 60921643 . T C 433.64 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159969;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.251;QD=57.8182;RBI=0.112268;REFB=0;REVB=0.111123;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126103;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr20 60927349 . C T 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0345796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.514;QD=58.9876;RBI=0.0646334;REFB=-0.0679612;REVB=0.0546051;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000518876;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:42:33:0:0:42:33:0:1 chr20 60927412 . G A 192.88 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0160691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0879;QD=12.0551;RBI=0.0244537;REFB=-0.0210628;REVB=0.0184328;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106373;STB=0.560927;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0336617;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:40:40:24:24:0.375:16:8:10:30:16:8:10:30 chr20 60937597 . A G 267.01 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0427542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.184;QD=20.1519;RBI=0.0542965;REFB=-0.0391416;REVB=-0.0334693;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441036;STB=0.524572;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0338802;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:12:13:16:12:12:13 chr20 60963494 . C T 436.83 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0621051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1166;QD=18.7882;RBI=0.0834587;REFB=0.0386006;REVB=-0.0557523;RO=47;SAF=14;SAR=30;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885534;STB=0.540965;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0478489;OID=.;OPOS=60963494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:47:49:44:44:0.473118:30:14:19:28:30:14:19:30 chr20 60966318 . G T 537.93 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0729932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7058;QD=59.7697;RBI=0.0994434;REFB=0;REVB=0.0675351;RO=0;SAF=29;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180514;OID=.;OPOS=60966318;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:7:29:0:0:7:29:0:0 chr20 60968596 . A G 586.62 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.00364659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.015;QD=23.4646;RBI=0.0129454;REFB=-0.0162542;REVB=-0.0124211;RO=46;SAF=26;SAR=28;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209397;STB=0.511503;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0125326;OID=.;OPOS=60968596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:28:26:21:25:28:26:21:25 chr20 60986019 . A C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.013081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.671;QD=13.5518;RBI=0.0220767;REFB=-0.0282923;REVB=-0.017784;RO=33;SAF=9;SAR=15;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204465;STB=0.632801;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0518092;OID=.;OPOS=60986019;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:35:24:24:0.40678:15:9:19:14:15:9:21:14 chr20 60989365 . C T 127.83 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0378071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0605;QD=20.4533;RBI=0.0715718;REFB=-0.0615444;REVB=0.0607713;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204611;STB=0.511611;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0526925;OID=.;OPOS=60989365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:6:5:6:8:6:5 chr20 61039932 . GC CG 84.52 PASS AF=0.206897;AO=33;DP=119;FAO=24;FDP=116;FR=.,HEALED;FRO=92;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=58;FSRR=34;FWDB=-0.0605189;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=63.9359;QD=2.91454;RBI=0.0832752;REFB=-0.0150263;REVB=-0.0572034;RO=62;SAF=32;SAR=1;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.67287;STB=0.908127;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.151775;OID=.;OPOS=61039932;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:119:116:62:92:33:24:0.206897:1:32:40:22:1:23:58:34 chr20 61039958 . T C 318.35 PASS AF=0.371429;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.0139845;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.292;QD=12.1274;RBI=0.0165128;REFB=-0.0086446;REVB=0.00878108;RO=64;SAF=21;SAR=18;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958589;STB=0.552722;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0164566;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:64:66:39:39:0.371429:18:21:40:24:18:21:41:25 chr20 61040453 . C G 488.17 PASS AF=0.486486;AO=50;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=50;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.00407967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.144;QD=17.5916;RBI=0.00675698;REFB=-0.0113498;REVB=-0.00538638;RO=57;SAF=47;SAR=3;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.566981;STB=0.792541;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100147;OID=.;OPOS=61040453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:57:57:50:54:0.486486:3:47:35:22:4:50:35:22 chr20 61040951 . C T 550.48 PASS AF=0.471545;AO=58;DP=124;FAO=58;FDP=123;FR=.;FRO=65;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0535736;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7675;QD=17.9018;RBI=0.0568489;REFB=-0.00378559;REVB=0.0190176;RO=62;SAF=21;SAR=37;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162924;STB=0.579606;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00492561;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:62:65:58:58:0.471545:37:21:33:29:37:21:33:32 chr20 61048549 . G A 560.15 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00550869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.131;QD=19.1504;RBI=0.0142946;REFB=-0.0219859;REVB=0.0131906;RO=56;SAF=30;SAR=28;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062991;STB=0.530025;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.018877;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:56:59:58:58:0.495726:28:30:25:31:28:30:27:32 chr20 61143487 . T C 1098.66 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.073;QD=60.2007;RBI=0.0246094;REFB=0;REVB=0.0053871;RO=0;SAF=20;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00808e-05;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:52:20:0:0:53:20:0:0 chr20 61167883 . G A 65.28 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00068006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.185;QD=10.8793;RBI=0.0158675;REFB=-0.0174481;REVB=-0.0158529;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19924;STB=0.59612;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.026814;OID=.;OPOS=61167883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:5:4:9:5:5:4:9:6 chr20 61273578 . C T 229.11 PASS AF=0.469388;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0314328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3366;QD=18.7029;RBI=0.04318;REFB=-0.0281285;REVB=0.0296056;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722181;STB=0.547244;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0340848;OID=.;OPOS=61273578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:26:21:23:0.469388:14:7:7:19:15:8:7:19 chr20 61326380 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.217;QD=58.0606;RBI=0.0421376;REFB=0;REVB=0.039567;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107006;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:19:42:0:0:19:42:0:0 chr20 61431677 . A T 196.39 PASS AF=0.278351;AO=22;DP=92;FAO=27;FDP=97;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0103989;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.542;QD=8.0984;RBI=0.0109297;REFB=-0.00427872;REVB=0.00336467;RO=69;SAF=6;SAR=16;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236495;STB=0.614849;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00952238;OID=.;OPOS=61431677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:97:69:70:22:27:0.278351:16:6:31:38:19:8:31:39 chr20 61448933 . C A 285.92 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=87;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00615583;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.364;QD=13.1456;RBI=0.00658008;REFB=-0.00769432;REVB=-0.00232447;RO=48;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176516;STB=0.629555;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00661289;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:54:33:33:0.37931:15:18:18:30:15:18:18:36 chr20 61448969 . C T 303.33 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0153455;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.542;QD=19.5696;RBI=0.0170845;REFB=-0.0111432;REVB=0.00750968;RO=29;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208589;STB=0.507071;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0076163;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:30:31:32:0.516129:22:9:9:20:22:10:9:21 chr20 61467800 . A G 156.64 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0362722;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8865;QD=10.8025;RBI=0.0362993;REFB=-0.00913835;REVB=0.00140246;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191767;STB=0.604287;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0101804;OID=.;OPOS=61467800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:58:25:38:19:19:0.327586:8:11:14:11:8:11:16:22 chr20 61468571 . T C 3840.04 PASS AF=1;AO=220;DP=225;FAO=243;FDP=243;FR=.;FRO=0;FSAF=147;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208225;FXX=0.00816293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.553;QD=63.2105;RBI=0.0214965;REFB=0;REVB=0.00534076;RO=0;SAF=131;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63424e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17164e-05;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:21:225:243:0:0:220:243:1:89:131:0:0:96:147:0:0 chr20 61512606 . T C 740.28 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.803;QD=56.9444;RBI=0.0452324;REFB=0;REVB=0.00308416;RO=0;SAF=8;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256859;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:44:8:0:0:44:8:0:0 chr20 61528074 . T C 2097.44 PASS AF=1;AO=134;DP=136;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417859;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.12;QD=62.1464;RBI=0.0795976;REFB=0;REVB=0.0677474;RO=1;SAF=58;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062138;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028331;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:136:135:1:0:134:135:1:76:58:0:1:77:58:0:0 chr20 61528306 . A G 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.084;QD=33.4192;RBI=0.055753;REFB=0;REVB=-0.0430885;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00473325;OID=.;OPOS=61528306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr20 61536938 . G A 598.82 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.765;QD=59.8818;RBI=0.0671731;REFB=0;REVB=0.0591885;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040791;OID=.;OPOS=61536938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:1:0:38:40:1:16:22:0:1:17:23:0:0 chr20 61542195 . G A 185.13 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00831588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.647;QD=10.2849;RBI=0.00854074;REFB=-0.0116952;REVB=0.00194689;RO=47;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424075;STB=0.530051;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0201089;OID=.;OPOS=61542195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:48:24:24:0.333333:15:9:16:31:15:9:16:32 chr20 61542373 . C CA 78.25 PASS AF=0.611111;AO=2;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00242088;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=156.341;QD=17.3895;RBI=0.0325198;REFB=-0.0179318;REVB=-0.0324296;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.482498;STB=0.506317;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0303878;OID=.;OPOS=61542374;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.611111:2:18:11:18:7:8:3:5:2:47:15:2:0:10:5 chr20 61542374 . G A 68.83 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00341975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.81;QD=15.295;RBI=0.0115998;REFB=-0.0167654;REVB=-0.0110842;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782009;STB=0.565081;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0304937;OID=.;OPOS=61542374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:8:9:9:9:0.5:3:6:6:2:3:6:7:2 chr20 61594679 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.751;QD=57.2374;RBI=0.0341572;REFB=0;REVB=0.0305973;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70146e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr20 61595636 . C T 136.44 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0445205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4646;QD=11.3702;RBI=0.0448645;REFB=-0.00978841;REVB=-0.00554458;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054004;STB=0.564438;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0284124;OID=.;OPOS=61595636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:32:15:16:0.333333:6:9:20:11:7:9:21:11 chr20 61597946 . CT C 511.2 PASS AF=1;AO=44;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.1101;QD=39.323;RBI=0.0465005;REFB=0;REVB=0.003403;RO=1;SAF=13;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034762;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000675989;OID=.;OPOS=61597947;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:51:52:52:0:18:34:0:0:10:1:13:31:1:0 chr20 61637686 . G A 389.71 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.101399;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.061;QD=37.1156;RBI=0.1014;REFB=-0.0386079;REVB=0.000511178;RO=11;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296724;STB=0.516119;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0242454;OID=.;OPOS=61637686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:42:11:11:31:31:0.738095:15:16:5:6:15:16:5:6 chr20 61834695 . G A 391.65 PASS AF=0.549296;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00586747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4741;QD=22.0648;RBI=0.00943053;REFB=-0.00102832;REVB=-0.00738293;RO=32;SAF=21;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570063;STB=0.531437;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00117712;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:32:39:39:0.549296:18:21:15:17:18:21:15:17 chr20 61869826 . C T 434.14 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00822903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5313;QD=18.2797;RBI=0.0451554;REFB=0.0224396;REVB=0.0443992;RO=51;SAF=27;SAR=17;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014063;STB=0.507845;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0198974;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:51:44:44:0.463158:17:27:32:19:17:27:32:19 chr20 61870727 . G C 45.36 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=2.09026e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.984;QD=8.63913;RBI=0.0674732;REFB=-0.016686;REVB=-0.0674731;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351603;STB=0.68373;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0548235;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:10:3:4:3:10:4 chr20 61873080 . T A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00279123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.898;QD=16.9317;RBI=0.00454492;REFB=-0.0317245;REVB=0.00358683;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0262328;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:4:8:8:4:4:8 chr20 61880169 . T G 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00825427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.559;QD=29.7802;RBI=0.0114679;REFB=-0.000412143;REVB=0.00796108;RO=4;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.000227798;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:7:6:2:2:7:6:2:2 chr20 61881296 . A G 1249.46 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133258;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.526;QD=61.7018;RBI=0.0241723;REFB=0;REVB=0.0201674;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117594;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:37:43:0:0:37:44:0:0 chr20 61918164 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.135;QD=46.848;RBI=0.0657386;REFB=0;REVB=0.0585113;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349502;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:3:12:0:0:3:12:0:0 chr20 61941747 . A G 552.81 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4286;QD=58.1909;RBI=0.0113493;REFB=0;REVB=0.00813686;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375517;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:33:38:1:15:18:0:0:18:20:0:0 chr20 61951489 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4015;QD=28.5382;RBI=0.0477564;REFB=-0.0187759;REVB=-0.0477564;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214352;OID=.;OPOS=61951489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chr20 61981536 . A G 365.0 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00727139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4248;QD=52.1422;RBI=0.0118942;REFB=-0.0531941;REVB=0.00941273;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06184;STB=0.533308;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00242245;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:7:20:0:1:7:20:0:1 chr20 61981554 . C A 549.4 PASS AF=1;AO=28;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283415;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.931;QD=59.3945;RBI=0.0886634;REFB=0;REVB=0.0840116;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176805;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:28:37:1:10:18:0:0:17:20:0:0 chr20 61982085 . A G 1303.62 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343264;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.551;QD=62.0772;RBI=0.0393883;REFB=0;REVB=-0.0193168;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25838e-05;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:41:42:0:0:41:43:0:0 chr20 61982124 . A G 1179.83 PASS AF=0.97561;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0133156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.088;QD=57.5525;RBI=0.0315535;REFB=-0.17508;REVB=0.0286062;RO=2;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236531;STB=0.512192;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00122266;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:82:2:2:78:80:0.97561:39:39:0:2:40:40:0:2 chr20 62038276 . GT GG,G 2739.8 PASS AF=0.983607,0.0163934;AO=140,27;DP=180;FAO=180,3;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=66,0;FSAR=114,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133665,-0.0532917;FXX=0.0161282;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=40.7484,21.7983;QD=59.8864;RBI=0.149488,0.0963736;REFB=-0.0610033,-0.0398868;REVB=0.149482,-0.0802986;RO=1;SAF=57,1;SAR=83,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00826832,-0.303701;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.000427463,0.0560875;OID=.,.;OPOS=62038277,62038277;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.983607,0.0163934:140,27:180:180,3:183:0:66,0:114,3:0:0:4:1:57,1:83,26:1:0 chr20 62070966 . G A 1455.25 PASS AF=1;AO=74;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.708;QD=63.2717;RBI=0.0874045;REFB=0;REVB=0.0873763;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183419;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:74:92:1:28:46:0:0:44:48:0:0 chr20 62126185 . A G 768.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000983763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2844;QD=56.9442;RBI=0.114005;REFB=0;REVB=-0.114;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129579;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:20:34:0:0:20:34:0:0 chr20 62126299 . C T 1924.36 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=128;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344054;FXX=0.0156238;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7339;QD=61.0909;RBI=0.0370277;REFB=0.00759769;REVB=-0.0136865;RO=1;SAF=51;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637804;STB=0.503355;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00044751;OID=.;OPOS=62126299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:126:1:1:125:125:0.992063:74:51:0:1:74:51:0:1 chr20 62172219 . G A 1454.79 PASS AF=0.989474;AO=85;DP=86;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.795;QD=61.2542;RBI=0.16193;REFB=0.0186656;REVB=0.161241;RO=0;SAF=40;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79153e-08;STB=0.505746;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=4.05725e-05;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:95:0:1:85:94:0.989474:45:40:0:0:51:43:1:0 chr20 62173562 . G T 1101.58 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149159;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.443;QD=60.3603;RBI=0.0199533;REFB=0;REVB=0.0132534;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117872;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr20 62174724 . G A 793.55 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4051;QD=63.4838;RBI=0.183554;REFB=0;REVB=0.183421;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224723;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:50:0:0:44:50:1:13:31:0:0:19:31:0:0 chr20 62187186 . GT CG,GC 445.26 PASS AF=0.0606061,0.909091;AO=3,29;DP=33;FAO=2,30;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=2,11;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134505,0.0274289;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=47.395,141.389;QD=53.9711;RBI=0.0350558,0.0513645;REFB=0.0212136,-0.049995;REVB=-0.0323727,0.0434277;RO=1;SAF=3,10;SAR=0,19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0238907;STB=0.993266,0.512812;STBP=0.227,0.539;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0204421,0.00855899;OID=.,.;OPOS=62187186,62187187;OREF=GT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:33:33:1:1:3,29:2,30:0.0606061,0.909091:0,19:3,10:0:1:0,19:2,11:0:1 chr20 62187344 . C T 258.86 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0216122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4014;QD=25.2548;RBI=0.0217153;REFB=-0.0210071;REVB=-0.00211407;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376762;STB=0.50209;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0153416;OID=.;OPOS=62187344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:7:10:14:10:7:10 chr20 62187439 . T C 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.359;QD=51.1748;RBI=0.042434;REFB=0;REVB=0.0167378;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187283;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr20 62191321 . A G 571.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.406;QD=60.1135;RBI=0.0159792;REFB=0;REVB=-0.0154396;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166916;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr20 62191558 . G A 112.59 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0417095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5344;QD=16.6795;RBI=0.0487954;REFB=-0.016676;REVB=0.025324;RO=13;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416664;STB=0.763427;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0581287;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:11:2:7:6:11:2:8:6 chr20 62193019 . C T 117.86 PASS AF=0.424242;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000641003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.977;QD=14.2863;RBI=0.0171108;REFB=-0.0182016;REVB=-0.0170988;RO=19;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599057;STB=0.773743;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0139354;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:19:19:13:14:0.424242:1:12:9:10:2:12:9:10 chr20 62193445 . G A 341.35 PASS AF=0.622642;AO=31;DP=52;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.016913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.297;QD=25.7625;RBI=0.0259065;REFB=-0.0363897;REVB=0.0196238;RO=20;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241883;STB=0.524557;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0174552;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:20:20:31:33:0.622642:16:15:9:11:16:17:9:11 chr20 62194030 . G C 1748.58 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.264;QD=60.8203;RBI=0.0255707;REFB=0;REVB=0.0103159;RO=0;SAF=43;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27313e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:72:43:0:0:72:43:0:0 chr20 62194103 . A G 832.35 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.862;QD=57.4033;RBI=0.0096129;REFB=0;REVB=0.0094097;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19535e-05;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr20 62194128 . G A 346.93 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0278015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8368;QD=17.1322;RBI=0.0368155;REFB=-0.025155;REVB=0.0241342;RO=40;SAF=22;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661712;STB=0.564448;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0248286;OID=.;OPOS=62194128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:44:37:37:0.45679:15:22:21:19:15:22:21:23 chr20 62195220 . C T 143.15 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0183181;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.8814;QD=22.0225;RBI=0.0505534;REFB=0.00950848;REVB=0.0471179;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.671425;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00234604;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:26:26:11:11:15:15:0.576923:9:6:9:2:9:6:9:2 chr20 62195672 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0450818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7489;QD=19.058;RBI=0.0455502;REFB=0.000121798;REVB=-0.00651592;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.569758;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000660508;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:10:10:12:7:10:10 chr20 62196807 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0077164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.697;QD=58.5992;RBI=0.0632328;REFB=0;REVB=0.0627602;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187856;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr20 62196884 . A G 1553.01 PASS AF=0.989899;AO=99;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00957356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.094;QD=62.7479;RBI=0.00962846;REFB=0.0598428;REVB=-0.00102672;RO=0;SAF=69;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=1.25274e-05;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:99:98:0.989899:30:69:0:0:30:68:1:0 chr20 62198236 . G A 524.38 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547429;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.961;QD=59.929;RBI=0.0713004;REFB=0;REVB=0.0456832;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406098;OID=.;OPOS=62198236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr20 62198348 . C T 1003.86 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.413;QD=59.0507;RBI=0.0532697;REFB=0;REVB=0.0242422;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3166e-05;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:37:28:0:0:38:30:0:0 chr20 62198662 . A G 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.039748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.9;QD=50.1338;RBI=0.0545453;REFB=-0.0132285;REVB=-0.0373535;RO=1;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.000394022;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:9:15:0:1:9:15:0:1 chr20 62200575 . T C 631.86 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9467;QD=61.6448;RBI=0.10135;REFB=0;REVB=0.0889996;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447494;OID=.;OPOS=62200575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr20 62200860 . A G 905.94 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.46;QD=56.6212;RBI=0.0331843;REFB=-0.0991919;REVB=0.0151419;RO=1;SAF=45;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103802;STB=0.505493;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00143616;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:18:45:1:0:18:45:1:0 chr20 62221610 . T C 1377.51 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.872;QD=62.6141;RBI=0.0236744;REFB=0;REVB=-0.00873218;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41859e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr20 62227081 . A G 977.01 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580153;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.909;QD=59.2128;RBI=0.0627427;REFB=0;REVB=0.0238929;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66472e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr20 62324289 . C T 2016.47 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00669434;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7221;QD=62.0452;RBI=0.00907388;REFB=0;REVB=0.00612544;RO=0;SAF=68;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904494;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:130:0:0:126:130:1:58:68:0:0:60:70:0:0 chr20 62328267 . C T 1181.17 PASS AF=0.931034;AO=79;DP=87;FAO=81;FDP=87;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0346016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2559;QD=54.3066;RBI=0.0422825;REFB=-0.0483087;REVB=0.024301;RO=6;SAF=27;SAR=52;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942977;STB=0.546863;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00221961;OID=.;OPOS=62328267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:87:87:6:6:79:81:0.931034:52:27:6:0:52:29:6:0 chr20 62328375 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00502914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.637;QD=58.5878;RBI=0.00618227;REFB=0;REVB=-0.00359558;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.35715e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr20 62328453 . T C 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.851;QD=58.9625;RBI=0.0390655;REFB=0;REVB=0.0227777;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126337;OID=.;OPOS=62328453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:32:34:0:0:32:34:0:0 chr20 62328742 . C T 532.76 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.332;QD=59.1953;RBI=0.0360198;REFB=0;REVB=0.00741642;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197684;OID=.;OPOS=62328742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:17:19:0:0 chr20 62328829 . C G 1256.88 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=89;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0445581;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.388;QD=57.1307;RBI=0.0456544;REFB=-0.22735;REVB=-0.00994472;RO=0;SAF=52;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517629;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00235512;OID=.;OPOS=62328829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:89:88:0:4:84:84:0.954545:32:52:0:0:32:52:1:3 chr20 62331989 . T G 1171.56 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.767;QD=60.8601;RBI=0.0266017;REFB=0;REVB=0.0158479;RO=0;SAF=27;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.00287e-05;OID=.;OPOS=62331989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:50:27:0:0:50:27:0:0 chr20 62332641 . T C 1536.36 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104068;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.027;QD=62.7086;RBI=0.0252135;REFB=-0.0166132;REVB=0.0229656;RO=1;SAF=41;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870097;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000209382;OID=.;OPOS=62332641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:1:1:95:97:0.989796:54:41:0:1:54:43:0:1 chr20 62340115 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00613483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.885;QD=55.6556;RBI=0.0156742;REFB=0;REVB=-0.0144238;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114933;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr20 62372813 . G A 707.93 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03318;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.904;QD=54.4561;RBI=0.0341191;REFB=-0.153782;REVB=0.00794986;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.507244;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00042369;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:33:17:0:0:34:17:0:1 chr20 62373545 . G A 67.41 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.04853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.061;QD=13.4814;RBI=0.0497187;REFB=-0.0151936;REVB=-0.0108072;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.016098;OID=.;OPOS=62373545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:4:7:6:3:4:7 chr20 62421622 . A G 2780.79 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=178;FDP=178;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016637;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.561;QD=62.4896;RBI=0.0168444;REFB=0;REVB=0.00263546;RO=0;SAF=109;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.87439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119605;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:178:0:0:175:178:1:66:109:0:0:69:109:0:0 chr20 62422080 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.705;QD=53.2766;RBI=0.042601;REFB=0;REVB=0.042087;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312899;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr20 62522466 . A G 1005.54 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.521;QD=59.1494;RBI=0.0267484;REFB=0;REVB=0.0265545;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91475e-05;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:25:42:0:0:26:42:0:0 chr20 62540460 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.006;QD=56.7048;RBI=0.0217062;REFB=0;REVB=-0.00545452;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000578593;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr20 62576991 . G A 267.36 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0162377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.665;QD=18.4388;RBI=0.0273854;REFB=-0.0115374;REVB=0.0220521;RO=28;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162796;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012244;OID=.;OPOS=62576991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:28:29:29:29:0.5:15:14:13:15:15:14:14:15 chr20 62609648 . AC A,AT 47.47 PASS AF=0.4,0;AO=8,2;DP=30;FAO=12,0;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0695992,-0.0571403;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.99054,102.222;QD=6.32955;RBI=0.204621,0.058136;REFB=-0.0888523,-0.0129443;REVB=0.192421,-0.0107137;RO=16;SAF=8,0;SAR=0,2;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.798869,-0.468799;STB=0.566558,0.5;STBP=0.572,1;TYPE=del,snp;VARB=0.143166,0.0779084;OID=.,.;OPOS=62609649,62609649;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4,0:8,2:30:12,0:30:18:6,0:6,0:7:11:45:16:8,0:0,2:5:11 chr20 62703490 . C T 228.22 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0309787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.707;QD=13.8315;RBI=0.0367117;REFB=-0.0202254;REVB=0.0196994;RO=38;SAF=19;SAR=8;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00843295;STB=0.508015;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0236682;OID=.;OPOS=62703490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:39:27:27:0.409091:8:19:27:11:8:19:27:12 chr20 62714783 . C G 1269.4 PASS AF=0.544248;AO=122;DP=225;FAO=123;FDP=226;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=86;FSRF=32;FSRR=71;FWDB=0.0311878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.356;QD=22.4673;RBI=0.0318632;REFB=-0.0372973;REVB=0.00652569;RO=103;SAF=37;SAR=85;SRF=32;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732627;STB=0.505321;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0332298;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:103:103:122:123:0.544248:85:37:32:71:86:37:32:71 chr20 62737318 . G A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00848289;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.823;QD=16.417;RBI=0.0242125;REFB=-0.0349514;REVB=-0.0226778;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666664;STB=0.538406;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0475395;OID=.;OPOS=62737318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:8:8:8:6:8:8 chr20 62859361 . G A 355.4 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00900481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.678;QD=12.4702;RBI=0.00927358;REFB=-0.0018221;REVB=0.00221648;RO=71;SAF=20;SAR=23;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626358;STB=0.535624;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00358405;OID=.;OPOS=62859361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:71:43:43:0.377193:23:20:29:42:23:20:29:42 chr21 9907271 . A G 659.46 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=129;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.045092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4055;QD=20.1361;RBI=0.105314;REFB=0.0130021;REVB=-0.095172;RO=63;SAF=44;SAR=22;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218043;STB=0.628233;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0183523;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:63:65:66:66:0.503817:22:44:27:36:22:44:27:38 chr21 9907279 . G T 40.2 PASS AF=0.0857143;AO=12;DP=140;FAO=12;FDP=140;FR=.;FRO=128;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=65;FSRR=63;FWDB=-0.0159833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.076;QD=1.14844;RBI=0.0167593;REFB=-0.00124793;REVB=-0.00504067;RO=127;SAF=9;SAR=3;SRF=64;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286795;STB=0.727552;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0102996;OID=.;OPOS=9907279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:140:140:127:128:12:12:0.0857143:3:9:64:63:3:9:65:63 chr21 9907309 . G A 66.29 PASS AF=0.103448;AO=18;DP=174;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=82;FSRR=74;FWDB=0.00945338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.48;QD=1.52382;RBI=0.0114024;REFB=-0.000866802;REVB=0.00637561;RO=156;SAF=11;SAR=7;SRF=82;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104455;STB=0.577734;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00879254;OID=.;OPOS=9907309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:174:174:156:156:18:18:0.103448:7:11:82:74:7:11:82:74 chr21 9907324 . G C 376.56 PASS AF=0.3;AO=49;DP=167;FAO=51;FDP=170;FR=.;FRO=119;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=66;FSRR=53;FWDB=-0.0220198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.791;QD=8.86014;RBI=0.0233848;REFB=-0.0142616;REVB=-0.00787261;RO=117;SAF=28;SAR=21;SRF=66;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00898982;STB=0.503961;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0312523;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:170:117:119:49:51:0.3:21:28:66:51:23:28:66:53 chr21 9907328 . G C 61.07 PASS AF=0.0994152;AO=17;DP=171;FAO=17;FDP=171;FR=.;FRO=154;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=83;FSRR=71;FWDB=0.025172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2275;QD=1.4286;RBI=0.0254902;REFB=0.000465611;REVB=0.00401498;RO=153;SAF=11;SAR=6;SRF=83;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128412;STB=0.600163;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00321412;OID=.;OPOS=9907328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:171:171:153:154:17:17:0.0994152:6:11:83:70:6:11:83:71 chr21 9907340 . A G 1520.46 PASS AF=0.754601;AO=122;DP=162;FAO=123;FDP=163;FR=.;FRO=40;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=2.69845e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.954;QD=37.312;RBI=0.00314239;REFB=-0.0261758;REVB=0.00314227;RO=40;SAF=65;SAR=57;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038373;STB=0.51927;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00724801;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:40:40:122:123:0.754601:57:65:18:22:58:65:18:22 chr21 9907343 . G A 56.13 PASS AF=0.097561;AO=14;DP=162;FAO=16;FDP=164;FR=.;FRO=148;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=-0.00654474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.519;QD=1.36897;RBI=0.0423028;REFB=-0.00801038;REVB=0.0417935;RO=144;SAF=11;SAR=3;SRF=70;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350855;STB=0.808367;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0351156;OID=.;OPOS=9907343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:162:164:144:148:14:16:0.097561:3:11:70:74:3:13:70:78 chr21 9907345 . C T 64.27 PASS AF=0.104294;AO=17;DP=163;FAO=17;FDP=163;FR=.;FRO=146;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=78;FSRR=68;FWDB=0.00565642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.084;QD=1.57729;RBI=0.0434122;REFB=-0.00446012;REVB=-0.0430421;RO=145;SAF=5;SAR=12;SRF=78;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292707;STB=0.713218;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0569636;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:163:163:145:146:17:17:0.104294:12:5:78:67:12:5:78:68 chr21 9907375 . T C 516.63 PASS AF=0.4375;AO=56;DP=129;FAO=56;FDP=128;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.021826;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1262;QD=16.1447;RBI=0.0534554;REFB=-0.00837389;REVB=-0.0487966;RO=71;SAF=26;SAR=30;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136738;STB=0.503366;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0114331;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:71:72:56:56:0.4375:30:26:32:39:30:26:33:39 chr21 9907384 . G A 520.43 PASS AF=0.448;AO=50;DP=126;FAO=56;FDP=125;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=0.0131915;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.812;QD=16.6538;RBI=0.0205381;REFB=-0.0320582;REVB=0.0157415;RO=68;SAF=19;SAR=31;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958971;STB=0.519714;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0199782;OID=.;OPOS=9907384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:68:69:50:56:0.448:31:19:32:36:32:24:32:37 chr21 9907397 . C T 429.05 PASS AF=0.415254;AO=49;DP=118;FAO=49;FDP=118;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0278542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.125;QD=14.544;RBI=0.0371905;REFB=-0.00444328;REVB=-0.024643;RO=68;SAF=20;SAR=29;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119053;STB=0.501432;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0184978;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:69:49:49:0.415254:29:20:27:41:29:20:28:41 chr21 9907416 . C T 62.7 PASS AF=0.13;AO=13;DP=100;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=58;FWDB=-0.0491803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.002;QD=2.50794;RBI=0.0508758;REFB=-0.0108737;REVB=-0.0130247;RO=87;SAF=1;SAR=12;SRF=29;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442748;STB=0.836551;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0743261;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:100:100:87:87:13:13:0.13:12:1:29:58:12:1:29:58 chr21 9907419 . A G 96.2 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=93;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=-0.0186305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.477;QD=4.00837;RBI=0.0215156;REFB=-0.0175006;REVB=-0.0107623;RO=75;SAF=2;SAR=15;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364287;STB=0.755031;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0574574;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:93:96:75:79:17:17:0.177083:15:2:24:51:15:2:26:53 chr21 9907422 . G A 90.98 PASS AF=0.175824;AO=16;DP=91;FAO=16;FDP=91;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=-0.00312293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1615;QD=3.99916;RBI=0.0629622;REFB=-0.0119272;REVB=0.0628847;RO=75;SAF=2;SAR=14;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345269;STB=0.736486;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0543324;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:91:91:75:75:16:16:0.175824:14:2:24:51:14:2:24:51 chr21 9907438 . A T 31.03 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.0641575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.44;QD=1.77339;RBI=0.066267;REFB=-0.00599739;REVB=-0.0165868;RO=62;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196081;STB=0.65754;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0373791;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:62:63:7:7:0.1:6:1:16:46:6:1:16:47 chr21 9908330 . AC GC,GG 1764.09 PASS AF=0.375,0.625;AO=43,75;DP=120;FAO=45,75;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=24,36;FSAR=21,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00806294,-0.00315515;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=136.308,106.012;QD=58.8029;RBI=0.0184822,0.0253616;REFB=0,0;REVB=-0.0166308,-0.0251646;RO=0;SAF=24,36;SAR=19,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.6999e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0484237,0.00100456;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:120:120:0:0:43,75:45,75:0.375,0.625:19,39:24,36:0:0:21,39:24,36:0:0 chr21 9908366 . C T 100.04 PASS AF=0.130682;AO=23;DP=175;FAO=23;FDP=176;FR=.;FRO=153;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=80;FSRR=73;FWDB=-0.0210875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9011;QD=2.27366;RBI=0.0257284;REFB=-0.000710164;REVB=0.01474;RO=152;SAF=11;SAR=12;SRF=80;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603803;STB=0.538694;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00468939;OID=.;OPOS=9908366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:152:153:23:23:0.130682:12:11:80:72:12:11:80:73 chr21 9909078 . G A 820.45 PASS AF=0.485549;AO=84;DP=174;FAO=84;FDP=173;FR=.;FRO=89;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=-0.0149034;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.22;QD=18.97;RBI=0.0789405;REFB=-0.0299494;REVB=0.0775209;RO=89;SAF=32;SAR=52;SRF=49;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160427;STB=0.588576;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0371152;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:89:89:84:84:0.485549:52:32:49:40:52:32:49:40 chr21 9909079 . C T 48.65 PASS AF=0.0872093;AO=15;DP=172;FAO=15;FDP=172;FR=.;FRO=157;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=74;FSRR=83;FWDB=0.0178747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.597;QD=1.13146;RBI=0.0548712;REFB=-0.0134264;REVB=-0.0518782;RO=154;SAF=5;SAR=10;SRF=72;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159584;STB=0.629306;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.090078;OID=.;OPOS=9909079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:172:172:154:157:15:15:0.0872093:10:5:72:82:10:5:74:83 chr21 9909080 . G A 95.19 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=172;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=86;FWDB=-0.0205474;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.862;QD=2.21371;RBI=0.023008;REFB=-0.0117899;REVB=0.0103524;RO=148;SAF=14;SAR=8;SRF=62;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26796;STB=0.678194;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0710142;OID=.;OPOS=9909080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:172:172:148:150:22:22:0.127907:8:14:62:86:8:14:64:86 chr21 9909089 . T C 51.19 PASS AF=0.0874317;AO=16;DP=179;FAO=16;FDP=183;FR=.;FRO=167;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=82;FSRR=85;FWDB=-0.0148823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.687;QD=1.11894;RBI=0.0489658;REFB=-0.00138382;REVB=-0.0466494;RO=163;SAF=6;SAR=10;SRF=82;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149964;STB=0.606762;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.021551;OID=.;OPOS=9909089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:179:183:163:167:16:16:0.0874317:10:6:82:81:10:6:82:85 chr21 9909099 . C T 98.3 PASS AF=0.121212;AO=24;DP=198;FAO=24;FDP=198;FR=.;FRO=174;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=90;FWDB=-0.00781434;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.594;QD=1.98579;RBI=0.0456555;REFB=-0.00644665;REVB=-0.0449818;RO=169;SAF=15;SAR=9;SRF=84;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160882;STB=0.624896;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0829512;OID=.;OPOS=9909099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:198:198:169:174:24:24:0.121212:9:15:84:85:9:15:84:90 chr21 9909103 . G A 63.81 PASS AF=0.0931373;AO=20;DP=204;FAO=19;FDP=204;FR=.;FRO=185;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=97;FSRR=88;FWDB=-0.0131703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6576;QD=1.25114;RBI=0.0210314;REFB=-0.00652926;REVB=-0.016397;RO=172;SAF=9;SAR=11;SRF=84;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046651;STB=0.593123;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.053573;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:204:204:172:185:20:19:0.0931373:11:9:84:88:11:8:97:88 chr21 9909159 . C A 72.11 PASS AF=0.0898438;AO=23;DP=256;FAO=23;FDP=256;FR=.;FRO=233;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=123;FSRR=110;FWDB=0.000245043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.671;QD=1.12666;RBI=0.0370446;REFB=-0.00165791;REVB=0.0370438;RO=233;SAF=8;SAR=15;SRF=123;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211687;STB=0.662591;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0168856;OID=.;OPOS=9909159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:256:256:233:233:23:23:0.0898438:15:8:123:110:15:8:123:110 chr21 9909163 . G A 57.59 PASS AF=0.083004;AO=19;DP=251;FAO=21;FDP=253;FR=.;FRO=232;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=121;FSRR=111;FWDB=0.0181666;FXX=0.00393685;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.754;QD=0.910585;RBI=0.0817083;REFB=-0.00617545;REVB=0.0796632;RO=232;SAF=7;SAR=12;SRF=121;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171703;STB=0.628204;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0714582;OID=.;OPOS=9909163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:251:253:232:232:19:21:0.083004:12:7:121:111:13:8:121:111 chr21 9909176 . C A 1531.85 PASS AF=0.583333;AO=139;DP=240;FAO=140;FDP=240;FR=.;FRO=100;FSAF=73;FSAR=67;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0598129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1541;QD=25.5308;RBI=0.0619842;REFB=-0.0219079;REVB=0.016262;RO=100;SAF=72;SAR=67;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00617076;STB=0.504768;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0178045;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:240:100:100:139:140:0.583333:67:72:51:49:67:73:51:49 chr21 9909204 . C T 49.56 PASS AF=0.0801887;AO=17;DP=212;FAO=17;FDP=212;FR=.;FRO=195;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=104;FSRR=91;FWDB=0.0119442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2196;QD=0.93507;RBI=0.0120169;REFB=-0.00220693;REVB=0.00132018;RO=195;SAF=6;SAR=11;SRF=104;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204184;STB=0.663915;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0144377;OID=.;OPOS=9909204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:212:212:195:195:17:17:0.0801887:11:6:104:91:11:6:104:91 chr21 9909217 . C A 39.81 PASS AF=0.076087;AO=14;DP=184;FAO=14;FDP=184;FR=.;FRO=170;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=89;FSRR=81;FWDB=-0.00914679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.233;QD=0.865369;RBI=0.0161164;REFB=-0.00431242;REVB=-0.0132693;RO=169;SAF=5;SAR=9;SRF=88;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182309;STB=0.652561;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0444113;OID=.;OPOS=9909217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:184:184:169:170:14:14:0.076087:9:5:88:81:9:5:89:81 chr21 9909218 . GT AC,GC 86.99 PASS AF=0.0511364,0.0795455;AO=9,14;DP=175;FAO=9,14;FDP=176;FR=.;FRO=153;FSAF=5,5;FSAR=4,9;FSRF=81;FSRR=72;FWDB=-0.0504183,-0.110231;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=147.464,74.8299;QD=1.97709;RBI=0.0506819,0.110486;REFB=-0.00736794,-0.00827099;REVB=0.00516203,0.0074961;RO=147;SAF=5,5;SAR=4,9;SRF=75;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0455786,-0.176979;STB=0.524807,0.656267;STBP=0.958,0.228;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0552854,0.0335604;OID=.,.;OPOS=9909218,9909219;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:175:176:147:153:9,14:9,14:0.0511364,0.0795455:4,9:5,5:75:72:4,9:5,5:81:72 chr21 10181174 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=-0.00242077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=346.242;QD=8.51181;RBI=0.0194669;REFB=-0.0078597;REVB=-0.0193158;RO=24;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135378;STB=0.581939;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0174607;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:3:7:19:5:3:7:19:5 chr21 10181184 . T C 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00929586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.479;QD=12.7914;RBI=0.0182439;REFB=-0.0220092;REVB=0.015698;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692392;STB=0.540923;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0167287;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:3:11:17:6:3:11:17:6 chr21 10862599 . C T 1142.45 PASS AF=0.784483;AO=91;DP=116;FAO=91;FDP=116;FR=.;FRO=25;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00772422;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.525;QD=39.3947;RBI=0.00772734;REFB=-0.0239471;REVB=0.00021959;RO=25;SAF=47;SAR=44;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631587;STB=0.533679;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00540354;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:25:25:91:91:0.784483:44:47:9:16:44:47:9:16 chr21 10862618 . T C 1251.97 PASS AF=0.761538;AO=99;DP=130;FAO=99;FDP=130;FR=.;FRO=31;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00191974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.913;QD=38.522;RBI=0.00323818;REFB=-0.0221909;REVB=0.00260776;RO=31;SAF=49;SAR=50;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106016;STB=0.556547;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00949999;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:31:31:99:99:0.761538:50:49:8:23:50:49:8:23 chr21 10862846 . A T 1414.77 PASS AF=1;AO=80;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615613;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.494;QD=62.1876;RBI=0.0626269;REFB=0;REVB=0.0115038;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354115;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:0:0:80:91:1:37:43:0:0:38:53:0:0 chr21 10862853 . G A 185.92 PASS AF=0.259615;AO=27;DP=104;FAO=27;FDP=104;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=0.00272056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8106;QD=7.15089;RBI=0.0206469;REFB=0.00669478;REVB=-0.0204668;RO=77;SAF=10;SAR=17;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347567;STB=0.706743;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0108644;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:77:77:27:27:0.259615:17:10:51:26:17:10:51:26 chr21 10862874 . A G 1010.21 PASS AF=0.736842;AO=84;DP=114;FAO=84;FDP=114;FR=.;FRO=30;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0403118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8827;QD=35.4458;RBI=0.0479886;REFB=-0.0491412;REVB=-0.0260359;RO=28;SAF=51;SAR=33;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352795;STB=0.507245;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0175444;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:28:30:84:84:0.736842:33:51:19:9:33:51:19:11 chr21 10862947 . G A 1143.13 PASS AF=0.760331;AO=92;DP=121;FAO=92;FDP=121;FR=.;FRO=29;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0144388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.218;QD=37.7893;RBI=0.0144394;REFB=-0.0140157;REVB=0.000131171;RO=28;SAF=53;SAR=39;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180011;STB=0.505965;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00374568;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:28:29:92:92:0.760331:39:53:15:13:39:53:16:13 chr21 10909652 . G A 131.4 PASS AF=0.294118;AO=16;DP=67;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0132113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.556;QD=7.72913;RBI=0.0231675;REFB=-0.0134785;REVB=-0.0190314;RO=50;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345822;STB=0.676128;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0321514;OID=.;OPOS=10909652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:50:48:16:20:0.294118:5:11:20:30:7:13:19:29 chr21 10910311 . T G 294.37 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00809676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.861;QD=28.0352;RBI=0.0404432;REFB=-0.0184691;REVB=0.0396244;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119251;STB=0.571375;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00818674;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:16:25:26:0.619048:13:12:5:11:13:13:5:11 chr21 10910347 . A G 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0474;QD=57.1768;RBI=0.0551268;REFB=0;REVB=0.0436882;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528818;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr21 10920098 . T C 978.2 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0132903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.598;QD=54.3442;RBI=0.0414652;REFB=-0.0511786;REVB=0.0392776;RO=2;SAF=47;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120242;STB=0.517576;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.000978977;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:68:69:0.958333:21:47:1:1:21:48:1:2 chr21 10935004 . A T 121.91 PASS AF=0.145251;AO=26;DP=179;FAO=26;FDP=179;FR=.;FRO=153;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=-0.0168016;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.112;QD=2.72426;RBI=0.0195349;REFB=0.000480811;REVB=0.00996586;RO=152;SAF=12;SAR=14;SRF=76;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489564;STB=0.535656;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.00285852;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:152:153:26:26:0.145251:14:12:76:76:14:12:77:76 chr21 10942756 . G A 138.9 PASS AF=0.13964;AO=31;DP=223;FAO=31;FDP=222;FR=.;FRO=191;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=88;FSRR=103;FWDB=-0.025946;FXX=0.0044841;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8802;QD=2.50273;RBI=0.0769649;REFB=-0.00613097;REVB=-0.0724596;RO=186;SAF=11;SAR=20;SRF=84;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127305;STB=0.593998;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0379247;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:222:186:191:31:31:0.13964:20:11:84:102:20:11:88:103 chr21 10943003 . C T 45.15 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0252118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6344;QD=2.12488;RBI=0.0365663;REFB=-0.00547198;REVB=-0.0264851;RO=75;SAF=3;SAR=7;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636878;STB=0.547073;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0202082;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:85:85:75:75:10:10:0.117647:7:3:26:49:7:3:26:49 chr21 10951387 . T G 277.99 PASS AF=0.182796;AO=51;DP=285;FAO=51;FDP=279;FR=.;FRO=228;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=102;FSRR=126;FWDB=-0.00820158;FXX=0.0210519;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.711;QD=3.98545;RBI=0.00976766;REFB=-0.0129533;REVB=-0.00530484;RO=226;SAF=9;SAR=42;SRF=101;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394462;STB=0.754991;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0488079;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:279:226:228:51:51:0.182796:42:9:101:125:42:9:102:126 chr21 10951426 . G T 278.99 PASS AF=0.195312;AO=50;DP=255;FAO=50;FDP=256;FR=.;FRO=206;FSAF=9;FSAR=41;FSRF=81;FSRR=125;FWDB=-0.00467704;FXX=0.0038909;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4516;QD=4.35916;RBI=0.0258337;REFB=-0.00929993;REVB=-0.0254067;RO=197;SAF=9;SAR=41;SRF=73;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304368;STB=0.71171;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.056092;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:256:197:206:50:50:0.195312:41:9:73:124:41:9:81:125 chr21 11029596 . AC A 65.33 PASS AF=0.230769;AO=24;DP=91;FAO=21;FDP=91;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.152782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.4744;QD=2.87147;RBI=0.159199;REFB=-0.0425076;REVB=-0.0447413;RO=64;SAF=17;SAR=7;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.227959;SSSB=0.210057;STB=0.53809;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=0.0729738;OID=.;OPOS=11029597;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:24:91:21:91:70:13:8:40:30:65:64:17:7:35:29 chr21 11029616 . G T 160.89 PASS AF=0.237624;AO=24;DP=102;FAO=24;FDP=101;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0488773;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5265;QD=6.37197;RBI=0.0569507;REFB=0.00289502;REVB=-0.02923;RO=76;SAF=14;SAR=10;SRF=46;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282258;STB=0.52135;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.0114802;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:76:77:24:24:0.237624:10:14:46:30:10:14:47:30 chr21 11029624 . C T 124.65 PASS AF=0.19802;AO=20;DP=101;FAO=20;FDP=101;FR=.;FRO=81;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=33;FWDB=-0.0179938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.25;QD=4.93649;RBI=0.0827649;REFB=-0.00293285;REVB=-0.0807853;RO=81;SAF=13;SAR=7;SRF=48;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076984;STB=0.549052;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0104429;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:81:81:20:20:0.19802:7:13:48:33:7:13:48:33 chr21 11029630 . GC G 136.32 PASS AF=0.21;AO=19;DP=100;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0110658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.32;QD=5.45286;RBI=0.0231279;REFB=-0.000199133;REVB=0.0203089;RO=79;SAF=12;SAR=7;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487466;STB=0.519981;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.00116943;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.21:19:100:21:100:79:13:8:47:32:99:79:12:7:47:32 chr21 11029679 . C G 125.72 PASS AF=0.192982;AO=22;DP=114;FAO=22;FDP=114;FR=.;FRO=92;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=45;FWDB=-0.0170252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.736;QD=4.41128;RBI=0.0392183;REFB=-0.00525481;REVB=-0.0353301;RO=88;SAF=10;SAR=12;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432703;STB=0.545413;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0260589;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:88:92:22:22:0.192982:12:10:43:45:12:10:47:45 chr21 11038753 . GAAAAT GAAA,GAAAT 130.51 PASS AF=0.25731,0;AO=24,20;DP=174;FAO=44,0;FDP=171;FR=.;FRO=127;FSAF=43,0;FSAR=1,0;FSRF=126;FSRR=1;FWDB=-0.069962,-0.0936894;FXX=0.0172404;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=27.406,15.2744;QD=3.05288;RBI=0.24778,0.302824;REFB=-0.0375741,-0.0448962;REVB=-0.237698,-0.287966;RO=111;SAF=23,19;SAR=1,1;SRF=111;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.649877,-0.683342;STB=0.662694,0.5;STBP=0.84,1;TYPE=del,del;VARB=0.137602,0;OID=.,.;OPOS=11038757,11038754;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25731,0:24,20:174:44,0:171:127:43,0:1,0:126:1:99:111:23,19:1,1:111:0 chr21 11038796 . T C 86.59 PASS AF=0.0846995;AO=31;DP=366;FAO=31;FDP=366;FR=.;FRO=335;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=193;FSRR=142;FWDB=-0.0279056;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.554;QD=0.946352;RBI=0.0360881;REFB=-0.00204424;REVB=-0.0228828;RO=333;SAF=14;SAR=17;SRF=192;SRR=141;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146259;STB=0.612462;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0210446;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:366:366:333:335:31:31:0.0846995:17:14:192:141:17:14:193:142 chr21 11038802 . G A 1032.42 PASS AF=0.358974;AO=125;DP=353;FAO=126;FDP=351;FR=.;FRO=225;FSAF=75;FSAR=51;FSRF=122;FSRR=103;FWDB=0.0496732;FXX=0.00566556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5072;QD=11.7655;RBI=0.049834;REFB=-0.00712462;REVB=-0.00399986;RO=225;SAF=74;SAR=51;SRF=122;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576658;STB=0.534791;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0182331;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:351:225:225:125:126:0.358974:51:74:122:103:51:75:122:103 chr21 11038843 . G C 2193.79 PASS AF=0.672727;AO=183;DP=273;FAO=185;FDP=275;FR=.;FRO=90;FSAF=118;FSAR=67;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=0.0540323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9816;QD=31.9097;RBI=0.0615426;REFB=-0.045299;REVB=0.0294619;RO=90;SAF=116;SAR=67;SRF=48;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652879;STB=0.53627;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0258617;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:275:90:90:183:185:0.672727:67:116:48:42:67:118:48:42 chr21 11049592 . C T 34.41 PASS AF=0.0620155;AO=16;DP=259;FAO=16;FDP=258;FR=.;FRO=242;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=123;FSRR=119;FWDB=0.0583071;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.36;QD=0.533556;RBI=0.0615396;REFB=-0.00182114;REVB=-0.0196826;RO=242;SAF=9;SAR=7;SRF=124;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528161;STB=0.550956;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.039798;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:259:258:242:242:16:16:0.0620155:7:9:124:118:7:9:123:119 chr21 11057855 . A T 386.96 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00631451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.462;QD=30.3497;RBI=0.00837267;REFB=-0.0134657;REVB=-0.00549806;RO=16;SAF=24;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155001;STB=0.584603;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00603959;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:11:24:7:9:11:24:7:9 chr21 11057888 . T A 187.77 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0145662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.192;QD=12.7299;RBI=0.0201788;REFB=-0.0188382;REVB=-0.0139646;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133657;STB=0.562444;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0308025;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:34:36:23:23:0.389831:8:15:18:16:8:15:20:16 chr21 11057929 . T C 61.01 PASS AF=0.186441;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0251089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5443;QD=4.13652;RBI=0.0252699;REFB=-0.00862092;REVB=0.002848;RO=49;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208941;STB=0.674391;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0756195;OID=.;OPOS=11057929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:59:59:49:48:10:11:0.186441:4:6:21:28:4:7:20:28 chr21 11058226 . G C 467.44 PASS AF=0.307692;AO=58;DP=195;FAO=60;FDP=195;FR=.;FRO=135;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=61;FSRR=74;FWDB=-0.0156654;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.532;QD=9.58855;RBI=0.0158187;REFB=-0.000634124;REVB=-0.00219747;RO=133;SAF=23;SAR=35;SRF=61;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760904;STB=0.549003;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00162743;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:133:135:58:60:0.307692:35:23:61:72:37:23:61:74 chr21 11097557 . A G 95.61 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0291875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3585;QD=11.5894;RBI=0.0296351;REFB=-0.0251656;REVB=-0.00513141;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127763;STB=0.575634;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0956056;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:8:13:6:6:8:13 chr21 11097574 . T A 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0182662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.393;QD=4.0046;RBI=0.0263586;REFB=-0.00774145;REVB=0.0190032;RO=41;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104252;STB=0.571254;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0332801;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:4:4:17:24:4:4:17:24 chr21 11097608 . C T 80.19 PASS AF=0.186667;AO=14;DP=75;FAO=14;FDP=75;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00368601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2115;QD=4.27704;RBI=0.0207667;REFB=-0.0083178;REVB=0.020437;RO=61;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24011;STB=0.654067;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0581089;OID=.;OPOS=11097608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:61:61:14:14:0.186667:6:8:23:38:6:8:23:38 chr21 11098674 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.441;QD=64.4153;RBI=0.070698;REFB=0;REVB=0.0369308;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240785;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:17:33:0:0:17:33:0:0 chr21 11098679 . C T 65.67 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0351171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4551;QD=5.0519;RBI=0.0592732;REFB=-0.0193251;REVB=0.0477504;RO=42;SAF=7;SAR=3;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472389;STB=0.531186;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0945565;OID=.;OPOS=11098679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:52:42:42:10:10:0.192308:3:7:28:14:3:7:28:14 chr21 11098684 . A G 73.34 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0235001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6648;QD=5.53507;RBI=0.0241484;REFB=-0.0374605;REVB=0.00555788;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880253;STB=0.557269;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.049536;OID=.;OPOS=11098684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:53:53:42:42:11:11:0.207547:3:8:28:14:3:8:28:14 chr21 11098704 . A G 40.79 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0190729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8448;QD=3.54662;RBI=0.0302812;REFB=-0.000300227;REVB=0.0235197;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547345;STB=0.538354;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000537129;OID=.;OPOS=11098704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:3:4:24:15:3:4:24:15 chr21 11098723 . T C 239.66 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0356835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.508;QD=18.0874;RBI=0.0418605;REFB=-0.0303058;REVB=-0.0218857;RO=26;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20888;STB=0.631469;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0435404;OID=.;OPOS=11098723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:27:26:26:0.490566:20:6:11:15:20:6:12:15 chr21 11098728 . C T 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.00174236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.333;QD=2.21219;RBI=0.00907135;REFB=-0.00967488;REVB=-0.00890245;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24454;STB=0.672221;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0414925;OID=.;OPOS=11098728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:47:49:6:6:0.109091:3:3:14:33:3:3:15:34 chr21 11098732 . C T 170.81 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00579335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.027;QD=12.2009;RBI=0.00619086;REFB=-0.0314928;REVB=0.00218262;RO=35;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207676;STB=0.621552;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0267262;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:16:5:14:21:16:5:14:21 chr21 11098754 . CAC ACC,CAA,CCA 276.58 PASS AF=0,0.557692,0;AO=2,29,2;DP=55;FAO=0,29,0;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=0,6,0;FSAR=0,23,0;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0584587,-0.0167373,-0.0289114;FXX=0.0545355;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=24.5384,85.7821,68.7457;QD=21.2754;RBI=0.101159,0.0223384,0.0298876;REFB=-0.0262912,-0.0216399,-0.0192094;REVB=-0.0825578,0.0147941,0.00757614;RO=21;SAF=2,6,0;SAR=0,23,2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.514114,-0.256728,-0.494107;STB=0.5,0.650468,0.5;STBP=1,0.024,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0,0.0104897,0;OID=.,.,.;OPOS=11098754,11098756,11098755;OREF=CA,C,AC;OALT=AC,A,CA;OMAPALT=ACC,CAA,CCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:52:21:23:2,29,2:0,29,0:0,0.557692,0:0,23,2:2,6,0:10:11:0,23,0:0,6,0:11:12 chr21 11098763 . C T 336.49 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0231996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.642;QD=24.9255;RBI=0.0312894;REFB=-0.0329094;REVB=0.0209953;RO=21;SAF=8;SAR=25;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123508;STB=0.568138;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0228136;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:25:8:8:13:25:8:8:13 chr21 14419931 . A G 446.62 PASS AF=0.243728;AO=68;DP=279;FAO=68;FDP=279;FR=.;FRO=211;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=96;FSRR=115;FWDB=-0.000738395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.985;QD=6.4032;RBI=0.00395067;REFB=-0.00414098;REVB=0.00388106;RO=211;SAF=39;SAR=29;SRF=96;SRR=115;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149045;STB=0.589209;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0116354;OID=.;OPOS=14419931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:211:211:68:68:0.243728:29:39:96:115:29:39:96:115 chr21 14420005 . A G 1630.33 PASS AF=0.592885;AO=150;DP=253;FAO=150;FDP=253;FR=.;FRO=103;FSAF=75;FSAR=75;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=0.00911377;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.331;QD=25.776;RBI=0.00992842;REFB=-0.0224128;REVB=-0.00393863;RO=98;SAF=75;SAR=75;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.501976;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0120974;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:253:98:103:150:150:0.592885:75:75:49:49:75:75:51:52 chr21 14743754 . C T 34.98 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0044379;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.149;QD=4.24011;RBI=0.0899216;REFB=0.0137086;REVB=0.089812;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212355;STB=0.651597;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.021003;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:19:8:1:5:19:8 chr21 14743772 . C T 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00195795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.086;QD=4.01765;RBI=0.0604604;REFB=-0.00086832;REVB=-0.0604287;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288074;STB=0.675006;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00247189;OID=.;OPOS=14743772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:25:28:6:6:0.176471:1:5:16:9:1:5:19:9 chr21 14743800 . AT TC 44.54 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0655014;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=100.712;QD=6.14327;RBI=0.0666428;REFB=-0.00638465;REVB=-0.0122812;RO=22;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103929;STB=0.567979;STBP=0.746;TYPE=mnp;VARB=0.0150731;OID=.;OPOS=14743800;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:22:22:7:7:0.241379:2:5:14:8:2:5:14:8 chr21 14743804 . G A 52.83 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0142487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2002;QD=7.04363;RBI=0.0143101;REFB=0.0168963;REVB=-0.00132448;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155554;STB=0.599733;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.0418999;OID=.;OPOS=14743804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:2:6:14:8:2:6:14:8 chr21 14743827 . A G 43.42 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0756959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.633;QD=6.20223;RBI=0.0757877;REFB=-0.00396398;REVB=-0.00372774;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124619;STB=0.581152;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.012341;OID=.;OPOS=14743827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:2:5:13:8:2:5:13:8 chr21 14743844 . T A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0190744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.217;QD=5.00556;RBI=0.0193137;REFB=-0.010639;REVB=-0.00303053;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33919;STB=0.734406;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0427828;OID=.;OPOS=14743844;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:13:9:1:5:13:9 chr21 14982886 . G A 49.49 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4275;QD=32.9954;RBI=0.0740312;REFB=0;REVB=-0.0156856;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00781523;OID=.;OPOS=14982886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:3:3:0:0 chr21 15013735 . A G 678.76 PASS AF=0.927273;AO=51;DP=55;FAO=51;FDP=55;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0305571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7456;QD=49.3642;RBI=0.0692338;REFB=-0.109019;REVB=0.0621255;RO=2;SAF=30;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030361;STB=0.51219;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.00547655;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:55:55:2:4:51:51:0.927273:21:30:2:0:21:30:3:1 chr21 15457293 . T G 63.32 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0164077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3062;QD=8.73444;RBI=0.0652292;REFB=0.00290262;REVB=-0.0631319;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385455;STB=0.739278;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00608709;OID=.;OPOS=15457293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:9:11:2:7:9:11 chr21 15457297 . C G 83.06 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=29;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0317749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0722;QD=10.7174;RBI=0.0404471;REFB=0.00181608;REVB=0.0250265;RO=20;SAF=9;SAR=0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775738;STB=0.764184;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00062526;OID=.;OPOS=15457297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:29:31:20:20:9:11:0.354839:0:9:9:11:2:9:9:11 chr21 15457318 . T G 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0222155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2624;QD=19.6678;RBI=0.0456995;REFB=-0.0260902;REVB=0.0399364;RO=19;SAF=16;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366188;STB=0.710854;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0178293;OID=.;OPOS=15457318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:3:16:10:9:3:16:10:9 chr21 15457339 . T G 211.56 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0692022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.581;QD=19.6796;RBI=0.0692671;REFB=-0.000792081;REVB=0.00299871;RO=22;SAF=18;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422121;STB=0.743092;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00406916;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:3:18:11:11:3:18:11:11 chr21 15457350 . TA CG 212.43 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00859618;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=2;MLLD=317.643;QD=19.3121;RBI=0.0418428;REFB=-0.000823485;REVB=-0.0409503;RO=23;SAF=19;SAR=2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543057;STB=0.815581;STBP=0.001;TYPE=mnp;VARB=0.000499792;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:2:19:11:12:2:19:11:12 chr21 15457374 . G C 222.87 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0475943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.087;QD=18.9672;RBI=0.0501304;REFB=-0.0271928;REVB=0.0157427;RO=25;SAF=19;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45981;STB=0.76546;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0639105;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:3:19:12:13:3:19:12:13 chr21 15457399 . G C 224.21 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0003664;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.125;QD=19.4963;RBI=0.00975992;REFB=-0.00970886;REVB=-0.00975304;RO=23;SAF=19;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451601;STB=0.753696;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00922502;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:24:22:22:0.478261:3:19:11:12:3:19:12:12 chr21 15457410 . C G 210.29 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0217139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8163;QD=19.117;RBI=0.0260169;REFB=-0.027241;REVB=-0.0143313;RO=23;SAF=18;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475647;STB=0.773893;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0258553;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:3:18:10:13:3:18:10:13 chr21 15457463 . CACACACAGT C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011439;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=249.561;QD=45.8068;RBI=0.00275825;REFB=0;REVB=-0.00250987;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.20372e-06;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:14:14:14:0:6:8:0:0:4:0:6:8:0:0 chr21 15481365 . G T 690.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.786;QD=62.7425;RBI=0.0531906;REFB=0;REVB=0.0165718;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134894;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr21 15516976 . T A 632.03 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.361;QD=61.6612;RBI=0.0446376;REFB=0;REVB=0.0246039;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987948;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr21 15524921 . C T 124.02 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0121713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6789;QD=17.1066;RBI=0.0530502;REFB=-0.00780528;REVB=-0.0516351;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294556;STB=0.669851;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00436049;OID=.;OPOS=15524921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:6:9:4:10:6:9 chr21 15558346 . G A 221.29 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00532408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.071;QD=14.2769;RBI=0.0164445;REFB=-0.00709558;REVB=-0.0155588;RO=36;SAF=9;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320019;STB=0.526933;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0118242;OID=.;OPOS=15558346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:16:9:14:22:17:9:14:22 chr21 15596772 . T G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000899684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3337;QD=18.1174;RBI=0.0127341;REFB=0.0157323;REVB=0.0127022;RO=20;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178935;STB=0.602529;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.0289865;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:13:5:9:11:13:5:9:11 chr21 15646397 . A G 1298.54 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.391;QD=61.8354;RBI=0.0651537;REFB=0;REVB=0.055968;RO=0;SAF=51;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147014;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:84:0:0:75:84:1:24:51:0:0:26:58:0:0 chr21 15926544 . G A 1142.28 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0031479;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.005;QD=59.339;RBI=0.00996572;REFB=-0.0341594;REVB=0.00945549;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00100737;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:0:1:76:76:0.987013:35:41:0:0:35:41:1:0 chr21 15974409 . T C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0395699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.098;QD=56.0121;RBI=0.0439173;REFB=-0.0399539;REVB=0.0190513;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267062;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000251623;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:17:17:1:0:17:17:1:0 chr21 15984978 . T TA 148.76 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.138384;FXX=0.105208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7135;QD=35.0023;RBI=0.180666;REFB=0;REVB=0.116147;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.701363;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0250091;OID=.;OPOS=15984979;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:17:17:0:4:13:0:0:3:17:2:0:3:14 chr21 15984982 . C A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8441;QD=50.4061;RBI=0.0618357;REFB=0;REVB=0.0525899;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248281;OID=.;OPOS=15984982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr21 16335260 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.016;QD=55.6543;RBI=0.0162059;REFB=0;REVB=0.000161685;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33753e-05;OID=.;OPOS=16335260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr21 16339570 . T A 798.22 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.576;QD=57.0157;RBI=0.115702;REFB=0;REVB=0.0146063;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596732;OID=.;OPOS=16339570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:53:56:1:27:26:0:0:27:29:0:0 chr21 16340289 . C T 386.4 PASS AF=0.966667;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.160817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.292;QD=51.5193;RBI=0.166505;REFB=-0.098734;REVB=0.0431472;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344248;STB=0.516118;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0085905;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:28:30:1:1:27:29:0.966667:13:14:0:1:15:14:0:1 chr21 16424607 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.118;QD=53.2772;RBI=0.0285254;REFB=0;REVB=0.0204629;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.54901e-06;OID=.;OPOS=16424607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr21 16986637 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0761775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.634;QD=19.3695;RBI=0.076386;REFB=-0.027676;REVB=-0.00564104;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0341955;OID=.;OPOS=16986637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:6:9:8:8:6:9 chr21 18827106 . C T 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00923165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5001;QD=13.2118;RBI=0.0476347;REFB=-0.00692629;REVB=0.0467316;RO=22;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198983;STB=0.616766;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0178931;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:9:5:12:10:9:5:12:10 chr21 19163707 . C T 910.98 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167635;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.997;QD=57.8402;RBI=0.0252688;REFB=0;REVB=-0.0189076;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014118;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:32:31:0:0 chr21 19165259 . ACTC AC,ACCA 385.14 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=41,2;DP=44;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438151,0.113732;FXX=0.159055;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=106.403,128.806;QD=41.6366;RBI=0.0438469,0.113755;REFB=0,0;REVB=0.00167055,0.002266;RO=0;SAF=26,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.129162,0.281052;OID=.,.;OPOS=19165260,19165261;OREF=CT,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=AC,ACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0540541,0.945946:41,2:44:2,35:37:0:2,24:0,11:0:0:3:0:26,0:15,2:0:0 chr21 19169218 . G C 301.02 PASS AF=1;AO=15;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000245546;FXX=0.0416493;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.058;QD=52.3514;RBI=0.0152296;REFB=0;REVB=0.0152276;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03547e-06;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:15:23:1:4:11:0:0:12:11:0:0 chr21 19642285 . G T 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00284486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.41;QD=13.037;RBI=0.0106934;REFB=-0.00952638;REVB=-0.010308;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212603;STB=0.608183;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0181919;OID=.;OPOS=19642285;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:8:10:23:8:8:10:23:9 chr21 19651357 . A G 215.98 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00361893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.788;QD=15.1567;RBI=0.00712511;REFB=-0.00275519;REVB=0.00613764;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104705;STB=0.559275;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00445847;OID=.;OPOS=19651357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:12:20:13:12:12:20 chr21 19666910 . A G 82.28 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.02769;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.422;QD=12.19;RBI=0.0482234;REFB=-0.0420339;REVB=0.0394811;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.517211;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.079194;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:26:27:14:16:10:11:0.407407:2:8:10:4:3:8:12:4 chr21 19670118 . G A 96.2 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000372485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.429;QD=12.0244;RBI=0.000887767;REFB=-0.00921362;REVB=0.000805844;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238155;STB=0.642602;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0132313;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:9:3:9:11:9:3:9:11 chr21 21728991 . C A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.879;QD=51.9143;RBI=0.031836;REFB=0;REVB=0.026663;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109204;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr21 22746187 . T C,G 369.78 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=25,2;DP=27;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210872,0.0166841;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=111.593,70.7483;QD=54.7819;RBI=0.0342433,0.0292395;REFB=0,0;REVB=-0.0269803,-0.0240123;RO=0;SAF=14,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=5.02415e-05,0.128025;OID=.,.;OPOS=22746187,22746187;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:27:27:0:0:25,2:26,1:0.962963,0.037037:11,2:14,0:0:0:12,1:14,0:0:0 chr21 22881251 . A G 398.83 PASS AF=0.461538;AO=41;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0179191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.901;QD=17.531;RBI=0.0231552;REFB=-0.011686;REVB=0.0146653;RO=50;SAF=21;SAR=20;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168742;STB=0.605351;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0125718;OID=.;OPOS=22881251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:50:49:41:42:0.461538:20:21:17:33:20:22:16:33 chr21 24804558 . T C 224.23 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.997;QD=42.7099;RBI=0.0319598;REFB=0.0296016;REVB=0.023997;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.549948;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000642076;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:0:2:19:19:0.904762:9:10:0:0:9:10:0:2 chr21 24804562 . G A 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0138184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.716;QD=8.6982;RBI=0.0166442;REFB=-0.00785407;REVB=-0.00927809;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311218;STB=0.693879;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00679092;OID=.;OPOS=24804562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:8:6:5:2:8:6 chr21 26965148 . G A 830.07 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00863911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.424;QD=56.2762;RBI=0.073195;REFB=0;REVB=-0.0726834;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.37544e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:22:35:0:0:23:36:0:0 chr21 26965205 . T C 816.77 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.01;QD=57.3169;RBI=0.0883697;REFB=0;REVB=0.0822808;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333588;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr21 26969703 . T C 351.58 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2478;QD=54.0892;RBI=0.112773;REFB=0;REVB=0.0597981;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00509902;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:13:13:0:0 chr21 26976222 . C T 35.91 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0650959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.069;QD=6.24457;RBI=0.0696514;REFB=-0.0199933;REVB=-0.0247756;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184421;STB=0.642457;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0367924;OID=.;OPOS=26976222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:23:15:17:6:6:0.26087:4:2:3:12:4:2:3:14 chr21 26978950 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.488;QD=43.4858;RBI=0.0374446;REFB=0;REVB=-0.033752;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102286;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr21 27056250 . A G 392.88 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00288969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.007;QD=56.125;RBI=0.0119222;REFB=0;REVB=0.0115667;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101195;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr21 27563105 . G A 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0323976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.464;QD=10.7148;RBI=0.0382023;REFB=0.00233224;REVB=-0.0202438;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176232;STB=0.604508;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.0102067;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:7:7:10:19:7:7:10:19 chr21 27852724 . A G 157.06 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0147211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.891;QD=16.109;RBI=0.0148023;REFB=-0.0101883;REVB=-0.00154832;RO=21;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283311;STB=0.692034;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00907941;OID=.;OPOS=27852724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:15:2:6:15:15:2:7:15 chr21 28212760 . G A 840.02 PASS AF=0.985294;AO=50;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0482707;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.531;QD=49.413;RBI=0.0492299;REFB=0.0253009;REVB=0.00967093;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00414577;OID=.;OPOS=28212760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:0:1:50:67:0.985294:23:27:0:0:26:41:1:0 chr21 28215826 . C CACA 612.59 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329608;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=260.23;QD=61.2592;RBI=0.0597504;REFB=0;REVB=0.0498366;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000261542;OID=.;OPOS=28215827;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:40:40:40:0:13:27:0:0:4:0:13:27:0:0 chr21 28215836 . GC G,GG 703.65 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=43,2;DP=46;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0930897,-0.00789111;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.9739,7.8832;QD=61.187;RBI=0.111267,0.0835342;REFB=0,0;REVB=-0.0609483,-0.0831606;RO=0;SAF=13,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000723645,-0.137988;OID=.,.;OPOS=28215837,28215837;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.978261,0.0217391:43,2:46:45,1:46:0:13,0:32,1:0:0:5:0:13,0:30,2:0:0 chr21 28216038 . C A 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000955896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.32;QD=57.6721;RBI=0.00710511;REFB=0;REVB=-0.00704051;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.0261e-05;OID=.;OPOS=28216038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr21 28216059 . A C,G 544.16 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128018,0.0108348;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.7491,73.4567;QD=58.8277;RBI=0.0353007,0.0155238;REFB=0,0;REVB=0.0328976,0.0111173;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.146135,-0.000670199;OID=.,.;OPOS=28216059,28216059;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:0,17:2,18:0:0:0,17:2,18:0:0 chr21 28216066 . C T 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.923;QD=60.2246;RBI=0.0634273;REFB=0;REVB=0.062152;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354854;OID=.;OPOS=28216066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr21 28216595 . C G 1661.12 PASS AF=0.957983;AO=113;DP=117;FAO=114;FDP=119;FR=.;FRO=5;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.149084;FXX=0.0165276;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.5549;QD=55.8361;RBI=0.151205;REFB=-0.157155;REVB=-0.0252388;RO=3;SAF=40;SAR=73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342809;STB=0.509912;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00740068;OID=.;OPOS=28216595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:117:119:3:5:113:114:0.957983:73:40:3:0:71:43:3:2 chr21 28216674 . G C 282.15 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.917;QD=51.2998;RBI=0.0429903;REFB=0;REVB=-0.0178609;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144507;OID=.;OPOS=28216674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:13:9:0:0 chr21 28216692 . G T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.07;QD=46.8476;RBI=0.098677;REFB=0;REVB=-0.0284188;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000891726;OID=.;OPOS=28216692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr21 28291455 . A G 38.29 PASS AF=0.315789;AO=7;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0464973;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.541;QD=8.061;RBI=0.0573925;REFB=-0.0058877;REVB=-0.0336437;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118161;STB=0.538331;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00836921;OID=.;OPOS=28291455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:13:13:7:6:0.315789:5:2:5:8:4:2:5:8 chr21 28293117 . A G 172.91 PASS AF=0.461538;AO=19;DP=40;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00623303;FXX=0.0249938;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.528;QD=17.7342;RBI=0.0134987;REFB=0.00629296;REVB=-0.0119734;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145897;STB=0.565142;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00543686;OID=.;OPOS=28293117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:21:19:18:0.461538:14:5:8:12:13:5:8:13 chr21 28294090 . T G 157.85 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0175394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.744;QD=12.1423;RBI=0.0310038;REFB=-0.0174083;REVB=0.0255657;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876776;STB=0.550968;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0338526;OID=.;OPOS=28294090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:13:20:10:9:13:20 chr21 28295339 . T C 1408.79 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416357;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1547;QD=61.9247;RBI=0.0824512;REFB=-0.0791329;REVB=0.082346;RO=0;SAF=42;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135756;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:92:91:0:0:90:91:1:48:42:0:0:49:42:0:0 chr21 28296324 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.165;QD=61.6833;RBI=0.0470334;REFB=0;REVB=0.0446254;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311744;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr21 28302354 . CA C,CG 655.96 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=6,36;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=3,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489255,0.0600206;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=207.167,229.956;QD=61.0197;RBI=0.0531011,0.0675959;REFB=0,0;REVB=0.0206405,0.0310924;RO=0;SAF=2,14;SAR=4,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0181224,0.0018888;OID=.,.;OPOS=28302355,28302355;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0697674,0.930233:6,36:43:3,40:43:0:0,16:3,24:0:0:13:0:2,14:4,22:0:0 chr21 28326276 . G A 726.89 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.618;QD=52.8647;RBI=0.0277779;REFB=0.00373119;REVB=0.0103686;RO=2;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00194369;STB=0.501032;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-8.36143e-05;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:25:28:1:1:25:28:1:1 chr21 30250555 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=288.1;QD=61.684;RBI=0.0121148;REFB=0;REVB=0.0110636;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35911e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr21 30250615 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206483;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.92;QD=60.6103;RBI=0.0229785;REFB=0;REVB=0.0100827;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12977e-05;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr21 30255347 . C A 51.79 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0328208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.132;QD=18.8339;RBI=0.14459;REFB=-0.00898956;REVB=0.140816;RO=4;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28888;STB=0.66626;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00752636;OID=.;OPOS=30255347;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:11:4:4:6:7:0.636364:2:4:4:0:3:4:4:0 chr21 30257560 . C G 740.3 PASS AF=0.490446;AO=77;DP=157;FAO=77;FDP=157;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.013368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2135;QD=18.8611;RBI=0.0834262;REFB=-0.0347658;REVB=0.0823482;RO=80;SAF=39;SAR=38;SRF=35;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637059;STB=0.535121;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0268221;OID=.;OPOS=30257560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:80:80:77:77:0.490446:38:39:35:45:38:39:35:45 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 2197.76 PASS AF=0.163399,0.836601;AO=19,117;DP=153;FAO=25,128;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=9,65;FSAR=16,63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.179566,-0.0899257;FXX=0.0129024;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.4507,42.1588;QD=57.4579;RBI=0.191777,0.103612;REFB=0,0;REVB=-0.0673361,-0.0514662;RO=0;SAF=6,55;SAR=13,62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,3.07878e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0104812,-0.00896632;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.163399,0.836601:19,117:153:25,128:153:0:9,65:16,63:0:0:99:0:6,55:13,62:0:0 chr21 30257570 . A C 100.9 PASS AF=0.156627;AO=26;DP=166;FAO=26;FDP=166;FR=.;FRO=140;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=64;FWDB=0.0170513;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.3737;QD=2.43126;RBI=0.0682327;REFB=-0.0242952;REVB=-0.0660678;RO=140;SAF=9;SAR=17;SRF=76;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249676;STB=0.664548;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.188919;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:140:140:26:26:0.156627:17:9:76:64:17:9:76:64 chr21 30331935 . G A 122.28 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00140005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.193;QD=15.7776;RBI=0.0240182;REFB=-0.00385959;REVB=-0.0239773;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312242;STB=0.678337;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0179225;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:4:13:6:8:4:13 chr21 30339120 . C A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0188024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.18;QD=24.3282;RBI=0.0190928;REFB=-0.0287323;REVB=-0.00331723;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216951;STB=0.624651;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00499774;OID=.;OPOS=30339120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:0:2:3:4:0:2 chr21 30339234 . T C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0159432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.347;QD=16.9316;RBI=0.0243783;REFB=-0.00579948;REVB=-0.0184422;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312315;STB=0.681497;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00393748;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:5:7:3:9:5:7 chr21 30341891 . A G 526.8 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.892;QD=56.951;RBI=0.0170585;REFB=-0.118277;REVB=-0.000515868;RO=1;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000614319;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:19:17:1:0:19:17:1:0 chr21 30408670 . A T 336.64 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0130313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.315;QD=17.0451;RBI=0.0211292;REFB=-0.0261579;REVB=0.0166321;RO=42;SAF=12;SAR=24;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748644;STB=0.537016;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0266613;OID=.;OPOS=30408670;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:43:36:36:0.455696:24:12:17:25:24:12:17:26 chr21 30412942 . G A 755.3 PASS AF=0.484663;AO=79;DP=163;FAO=79;FDP=163;FR=.;FRO=84;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=0.017901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0873;QD=18.535;RBI=0.0879876;REFB=0.000487665;REVB=-0.0861474;RO=84;SAF=39;SAR=40;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281285;STB=0.515524;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00119604;OID=.;OPOS=30412942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:84:84:79:79:0.484663:40:39:44:40:40:39:44:40 chr21 30511691 . G A 254.25 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0734731;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7187;QD=27.486;RBI=0.0739162;REFB=-0.0606834;REVB=0.00808161;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158992;STB=0.588157;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0125787;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:15:8:8:6:15:8:8:6 chr21 30552839 . A G 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0250389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.266;QD=20.5622;RBI=0.0274499;REFB=-0.0109618;REVB=-0.0112495;RO=25;SAF=22;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232794;STB=0.630371;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00853305;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:7:22:13:12:7:22:13:12 chr21 30552877 . T C 309.95 PASS AF=0.5;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0141377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.163;QD=18.7848;RBI=0.0176878;REFB=-0.0233981;REVB=0.0106294;RO=33;SAF=25;SAR=8;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250902;STB=0.640934;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0286373;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:33:33:33:0.5:8:25:17:16:8:25:17:16 chr21 30698949 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0146159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.111;QD=12.8607;RBI=0.0148152;REFB=-0.00874583;REVB=0.00242186;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00978866;OID=.;OPOS=30698949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:6:2:3:4:6:2 chr21 30716955 . TTGTGTGTG T 45.99 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=9;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0192429;FXX=0.136302;HRUN=3;LEN=8;MLLD=175.916;QD=9.68176;RBI=0.0411737;REFB=-0.0165935;REVB=-0.0364004;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.776868;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.103678;OID=.;OPOS=30716956;OREF=TGTGTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:5:9:7:19:12:6:1:6:6:45:0:4:1:0:0 chr21 30717151 . C T 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00667767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.963;QD=54.5124;RBI=0.0809257;REFB=0.0300388;REVB=-0.0806497;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492024;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.000473843;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:18:18:0:2:18:18:0:2 chr21 30718201 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.124;QD=51.9167;RBI=0.0244556;REFB=0;REVB=0.0154513;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143503;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr21 30830393 . T G 1207.75 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0191207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4019;QD=57.512;RBI=0.038387;REFB=-0.0463324;REVB=0.033286;RO=3;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108477;STB=0.505732;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0122245;OID=.;OPOS=30830393;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:3:3:81:81:0.964286:41:40:1:2:41:40:1:2 chr21 30925928 . A G 313.24 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00149315;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.797;QD=24.0956;RBI=0.028162;REFB=-0.025976;REVB=-0.0281224;RO=21;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774725;STB=0.542686;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0143098;OID=.;OPOS=30925928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:21:21:31:31:0.596154:18:13:11:10:18:13:11:10 chr21 30969900 . A AC 170.71 PASS AF=1;AO=4;DP=27;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23224;FXX=0.22214;HRUN=0;LEN=1;MLLD=15.9678;QD=32.5152;RBI=0.235156;REFB=0;REVB=0.0369171;RO=23;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0805376;OID=.;OPOS=30969901;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:27:21:21:0:5:16:0:0:4:23:1:3:10:13 chr21 30969901 . T C,G 332.02 PASS AF=0.851852,0.111111;AO=23,3;DP=27;FAO=23,3;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=10,0;FSAR=13,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204711,-0.0128466;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=54.2701,18.3976;QD=49.188;RBI=0.0308507,0.0625777;REFB=-0.00382238,-0.193418;REVB=0.0230803,0.0612448;RO=1;SAF=10,0;SAR=13,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0440445,-0.727144;STB=0.523789,0.994936;STBP=0.315,0.121;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00295032,0.159869;OID=.,.;OPOS=30969901,30969901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:27:1:1:23,3:23,3:0.851852,0.111111:13,3:10,0:1:0:13,3:10,0:1:0 chr21 30971183 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00636792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.413;QD=56.7066;RBI=0.00802033;REFB=0;REVB=0.00487599;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.18879e-05;OID=.;OPOS=30971183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr21 30973567 . A T 242.78 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00937482;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.41;QD=14.7142;RBI=0.0655395;REFB=0.00463527;REVB=-0.0648655;RO=38;SAF=15;SAR=13;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172661;STB=0.509797;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.00558793;OID=.;OPOS=30973567;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:38:28:28:0.424242:13:15:21:17:13:15:21:17 chr21 31062070 . T G 1080.61 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.231;QD=60.0341;RBI=0.0276252;REFB=0;REVB=-0.00695073;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52613e-05;OID=.;OPOS=31062070;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:35:36:0:0:35:37:0:0 chr21 31538840 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0247629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4874;QD=13.2053;RBI=0.0360182;REFB=0.00259729;REVB=-0.0261555;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396745;STB=0.736113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0034224;OID=.;OPOS=31538840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:1:5:2:4:1:5 chr21 31587793 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0103747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.091;QD=17.7319;RBI=0.0111037;REFB=-0.0193842;REVB=-0.0039571;RO=19;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15356;STB=0.588366;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0222025;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:4:13:12:7:4:13:12:7 chr21 31655212 . A C 678.95 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00311252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.276;QD=61.7228;RBI=0.0358003;REFB=0;REVB=0.0356647;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186999;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:23:21:0:0 chr21 31661691 . A G 83.78 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0102688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.066;QD=10.1546;RBI=0.0609963;REFB=0.00276502;REVB=0.0601257;RO=22;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283441;STB=0.603574;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00264554;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:22:22:10:11:0.333333:2:8:13:9:3:8:13:9 chr21 31802768 . G A 98.5 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0238289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1106;QD=14.0707;RBI=0.0252743;REFB=0.0103972;REVB=0.00842438;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317486;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0122581;OID=.;OPOS=31802768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:6:6:8:7:6:6:8:8 chr21 31812772 . C A 143.29 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0307346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.599;QD=14.6968;RBI=0.0347004;REFB=-0.0367935;REVB=-0.0161089;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277964;STB=0.629462;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0477467;OID=.;OPOS=31812772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:21:23:15:16:0.410256:4:11:10:11:5:11:11:12 chr21 31859677 . G A 154.68 PASS AF=0.363636;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.00627203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.431;QD=11.2492;RBI=0.0130177;REFB=-0.0037244;REVB=-0.0114071;RO=34;SAF=12;SAR=7;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905506;STB=0.546157;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00226951;OID=.;OPOS=31859677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:19:20:0.363636:7:12:24:10:7:13:25:10 chr21 31869286 . T C 329.43 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0216923;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.918;QD=18.0507;RBI=0.023567;REFB=-0.0241172;REVB=-0.00921116;RO=38;SAF=16;SAR=19;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209558;STB=0.616628;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0312677;OID=.;OPOS=31869286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:38:38:35:35:0.479452:19:16:26:12:19:16:26:12 chr21 31913981 . AG A,TA 210.35 PASS AF=0.477273,0;AO=19,2;DP=44;FAO=21,0;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13,0;FSAR=8,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0241802,0.0220718;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=261.042,258.353;QD=19.1228;RBI=0.026267,0.0235862;REFB=-0.00202543,-0.00208881;REVB=-0.0102601,-0.00831527;RO=23;SAF=13,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.285333,-0.450372;STB=0.618934,0.5;STBP=0.169,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00586392,0;OID=.,.;OPOS=31913982,31913981;OREF=G,AG;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:19,2:21,0:0.477273,0:6,2:13,0:9:14:8,0:13,0:9:14 chr21 31914000 . T A 270.01 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0161053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.791;QD=22.9794;RBI=0.0166714;REFB=-0.0213319;REVB=0.00430733;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232817;STB=0.630032;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.014554;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:8:14:9:16:8:14 chr21 31964916 . A C 173.4 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0323443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2844;QD=36.5061;RBI=0.0325958;REFB=-0.0868751;REVB=0.00404103;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127953;STB=0.507033;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0085804;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:10:6:1:2:10:6:1:2 chr21 31973516 . T A 1346.79 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162622;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.054;QD=61.2178;RBI=0.0348703;REFB=0.0604892;REVB=0.030846;RO=1;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014141;STB=0.507461;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000658644;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:87:87:0.988636:33:54:0:1:33:54:0:1 chr21 32201969 . GA G 953.72 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.065978;FXX=0.0246883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5602;QD=48.2894;RBI=0.0659794;REFB=0;REVB=-0.000425797;RO=0;SAF=31;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00111595;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:81:79:79:0:31:48:0:0:17:0:31:47:0:0 chr21 32253513 . A T 225.22 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.00806539;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.996;QD=12.5124;RBI=0.0101367;REFB=-0.0123805;REVB=-0.00614014;RO=44;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00780548;STB=0.504947;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0153924;OID=.;OPOS=32253513;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:17:10:16:28:17:10:17:28 chr21 32493031 . A G 2077.49 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134866;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4718;QD=62.0148;RBI=0.0160218;REFB=0;REVB=-0.00864937;RO=0;SAF=81;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000769509;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:134:0:0:129:134:1:48:81:0:0:50:84:0:0 chr21 32499473 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.457;QD=48.7358;RBI=0.0728306;REFB=0;REVB=0.00791116;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131875;OID=.;OPOS=32499473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr21 32638549 . CC AT 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0113711;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=237.969;QD=16.4266;RBI=0.0240754;REFB=-0.012962;REVB=-0.0212208;RO=9;SAF=9;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508469;STB=0.569484;STBP=0.623;TYPE=mnp;VARB=0.0159373;OID=.;OPOS=32638549;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:9:11:11:11:0.5:2:9:7:2:2:9:8:3 chr21 32638963 . G A 213.86 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0980936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1853;QD=28.5145;RBI=0.101259;REFB=-0.0912118;REVB=0.0251216;RO=10;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334927;STB=0.5185;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0372087;OID=.;OPOS=32638963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:30:30:10:10:20:20:0.666667:13:7:3:7:13:7:3:7 chr21 33296950 . TG T 38.86 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.245828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0216;QD=4.44155;RBI=0.246408;REFB=-0.0284174;REVB=0.0169064;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476345;STB=0.700886;STBP=0.15;TYPE=del;VARB=0.11335;OID=.;OPOS=33296951;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:34:11:35:24:2:9:10:14:38:22:1:9:9:13 chr21 33368188 . T C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.231;QD=62.6675;RBI=0.0529553;REFB=0;REVB=0.0139623;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021732;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr21 33370900 . T C 375.93 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.0192686;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2785;QD=23.4955;RBI=0.0344938;REFB=0.020473;REVB=0.0286102;RO=26;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221266;STB=0.62784;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0115382;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:26:27:37:37:0.578125:16:21:7:19:16:21:7:20 chr21 33372749 . T C 753.89 PASS AF=0.519231;AO=70;DP=145;FAO=81;FDP=156;FR=.;FRO=75;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0225464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.092;QD=19.3306;RBI=0.0242882;REFB=-0.0133631;REVB=0.00903205;RO=74;SAF=27;SAR=43;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963499;STB=0.554823;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0112956;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:156:74:75:70:81:0.519231:43:27:36:38:49:32:38:37 chr21 33374318 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.371;QD=56.9381;RBI=0.0175495;REFB=0;REVB=0.0131221;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55042e-06;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr21 33694224 . C G 707.04 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.160664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6184;QD=53.3614;RBI=0.181038;REFB=0.0120858;REVB=0.0834374;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00308459;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:50:52:0.981132:24:26:1:0:25:27:1:0 chr21 33714961 . G GT,GTCACCA 56.88 PASS AF=1,0;AO=4,2;DP=12;FAO=6,0;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129084,0.145261;FXX=0.249688;HRUN=0,0;LEN=1,6;MLLD=70.9031,191.066;QD=37.9172;RBI=0.133503,0.146883;REFB=0,0;REVB=0.0340627,0.0217733;RO=4;SAF=0,0;SAR=4,2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794086,-0.767801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00666008,0;OID=.,.;OPOS=33714962,33714962;OREF=-,-;OALT=T,TCACCA;OMAPALT=GT,GTCACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:4,2:12:6,0:6:0:1,0:5,0:0:0:3:4:0,0:4,2:4:0 chr21 33719695 . C T 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1579;QD=46.9502;RBI=0.0538779;REFB=0.000875017;REVB=0.0516031;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000736469;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr21 33726326 . G A 282.46 PASS AF=0.426667;AO=31;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.000591325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6213;QD=15.0647;RBI=0.0282931;REFB=0.00701196;REVB=0.0282869;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221681;STB=0.631147;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00891819;OID=.;OPOS=33726326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:43:31:32:0.426667:19:12:26:17:20:12:26:17 chr21 33749533 . A C 960.15 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0319924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.901;QD=57.3221;RBI=0.0424554;REFB=-0.12806;REVB=0.0279096;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.509088;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000317966;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:27:39:0:1:27:39:0:1 chr21 33755763 . G A 130.66 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0145818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5842;QD=13.4006;RBI=0.0890158;REFB=-0.0316893;REVB=-0.0878133;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530746;STB=0.530993;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0731371;OID=.;OPOS=33755763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:14:10:7:8:14:10 chr21 33765560 . C T 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00182686;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.734;QD=17.56;RBI=0.0158183;REFB=-0.0145339;REVB=0.0157125;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163499;STB=0.593118;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0207827;OID=.;OPOS=33765560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:10:8:13:8:10:8:13:8 chr21 33766233 . T A 55.82 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0119569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.426;QD=10.6333;RBI=0.0168589;REFB=-0.020179;REVB=0.011885;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.555414;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0296;OID=.;OPOS=33766233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:6:7:5:3:6:7 chr21 33840208 . A G 789.22 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462973;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.499;QD=64.426;RBI=0.0475138;REFB=0;REVB=-0.0106829;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27427e-05;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr21 33887130 . C CA 32.56 PASS AF=0.0625;AO=8;DP=70;FAO=3;FDP=48;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0109905;FXX=0.314241;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.183;QD=2.71359;RBI=0.0224539;REFB=-0.00391657;REVB=-0.0195802;RO=58;SAF=0;SAR=8;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684402;STB=0.683724;STBP=0.563;TYPE=ins;VARB=0.0774817;OID=.;OPOS=33887131;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0625:8:70:3:48:45:1:2:24:21:32:58:0:8:34:24 chr21 33887131 . G A 120.3 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0049403;FXX=0.0422476;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.239;QD=7.07635;RBI=0.0199329;REFB=-0.0165814;REVB=-0.019311;RO=42;SAF=12;SAR=5;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173355;STB=0.66766;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0642522;OID=.;OPOS=33887131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:51:17:17:0.25:5:12:24:18:5:12:25:26 chr21 33951068 . T C 284.07 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.00858262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.107;QD=12.767;RBI=0.00945111;REFB=0.00155449;REVB=0.00395753;RO=55;SAF=9;SAR=24;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253764;STB=0.503874;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.00267509;OID=.;OPOS=33951068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:55:56:33:33:0.370787:24:9:14:41:24:9:15:41 chr21 33956579 . T C 116.39 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0282202;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1326;QD=11.3551;RBI=0.0394621;REFB=-0.0158994;REVB=0.0275841;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184738;STB=0.629753;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0466009;OID=.;OPOS=33956579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:26:27:14:14:0.341463:11:3:9:17:11:3:10:17 chr21 34163742 . A G 597.28 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730434;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.741;QD=59.7281;RBI=0.0185005;REFB=0;REVB=0.0169975;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486763;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr21 34166190 . A T 964.43 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0466753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3064;QD=55.9092;RBI=0.0508219;REFB=-0.114842;REVB=-0.0201068;RO=2;SAF=34;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000842368;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00138938;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:2:1:66:68:0.985507:32:34:1:1:34:34:1:0 chr21 34166343 . C T 833.1 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0115205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.195;QD=48.2955;RBI=0.0418812;REFB=-0.0456937;REVB=0.0402655;RO=7;SAF=31;SAR=31;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136266;STB=0.507244;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0306702;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:7:7:62:62:0.898551:31:31:4:3:31:31:4:3 chr21 34169317 . C CT 390.37 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358366;FXX=0.0588062;HRUN=0;LEN=1;MLLD=114.996;QD=48.7965;RBI=0.0402431;REFB=0;REVB=0.0183096;RO=1;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00262298;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:33:32:32:0:8:24:0:0:7:1:8:24:0:1 chr21 34400779 . T C 102.67 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.021332;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.679;QD=27.3773;RBI=0.0247364;REFB=-0.0442907;REVB=0.0125233;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185599;STB=0.604744;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0153461;OID=.;OPOS=34400779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:15:15:4:4:11:11:0.733333:4:7:1:3:4:7:1:3 chr21 34444106 . C T 386.24 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0199881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1849;QD=18.1761;RBI=0.0203369;REFB=-0.016646;REVB=-0.00375032;RO=45;SAF=17;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401205;STB=0.522404;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0205575;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:23:17:21:24:23:17:21:24 chr21 34614255 . T G 75.74 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0142515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.064;QD=11.6527;RBI=0.0188751;REFB=-0.00913567;REVB=0.0123759;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389311;STB=0.730897;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0114109;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:11:5:7:3:11:5 chr21 34640788 . A G 243.26 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00641912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.181;QD=17.071;RBI=0.00905174;REFB=-0.0279991;REVB=0.00638191;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127993;STB=0.562131;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0182177;OID=.;OPOS=34640788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:13:14:11:18:13:14:12:18 chr21 34666376 . A G 357.87 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4534;QD=55.0565;RBI=0.117935;REFB=0;REVB=-0.0886594;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00312065;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr21 34668747 . A G 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0125;QD=45.7887;RBI=0.0358315;REFB=0;REVB=0.0348723;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112296;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr21 34715699 . G C 184.31 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00956152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6551;QD=10.0993;RBI=0.0557297;REFB=-0.0304113;REVB=-0.0549034;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137118;STB=0.57619;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0617333;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:49:24:24:0.328767:13:11:16:31:13:11:17:32 chr21 34787312 . A G 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.63;QD=59.8545;RBI=0.0366956;REFB=0;REVB=0.0340548;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156483;OID=.;OPOS=34787312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr21 34821570 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.769;QD=44.6888;RBI=0.0612824;REFB=0;REVB=0.0555293;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407197;OID=.;OPOS=34821570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr21 34822150 . T A 323.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5551;QD=53.8861;RBI=0.0518069;REFB=0;REVB=-0.00547937;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135917;OID=.;OPOS=34822150;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr21 34822452 . T C 330.33 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0508748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.595;QD=50.82;RBI=0.0508844;REFB=-0.0745677;REVB=-0.000983342;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00165319;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:13:12:0:1:13:12:0:1 chr21 34897113 . C T 1102.71 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00659046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.424;QD=58.8115;RBI=0.0159515;REFB=-0.0954015;REVB=0.0145264;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137108;STB=0.507244;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=7.35612e-06;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:34:40:0:1:34:40:0:1 chr21 34925142 . C T 435.81 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.778;QD=54.4764;RBI=0.0376727;REFB=-0.114045;REVB=-0.0163307;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00975535;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:15:16:0:0:15:16:1:0 chr21 34926260 . C T 1029.68 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00683547;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.395;QD=59.6915;RBI=0.00934139;REFB=0;REVB=-0.00636694;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100401;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr21 34939598 . A T 64.02 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0540948;FXX=0.0416493;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.732;QD=11.1346;RBI=0.0591371;REFB=-0.0332902;REVB=-0.0238945;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0391909;OID=.;OPOS=34939598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:22:23:7:10:6:6:0.26087:3:3:3:4:3:3:4:6 chr21 34948684 . G GA 438.96 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.16723;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.907;QD=39.019;RBI=0.168221;REFB=0;REVB=0.0182381;RO=7;SAF=12;SAR=27;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00833276;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:48:45:45:0:14:31:0:0:9:7:12:27:3:4 chr21 34948696 . GA G,GC 654.91 PASS AF=0.976744,0.0232558;AO=41,2;DP=43;FAO=42,1;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=31,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608492,0.059131;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.0268,65.5572;QD=60.9216;RBI=0.0638119,0.0593358;REFB=0,0;REVB=-0.0192181,0.00492536;RO=0;SAF=11,1;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000199817,0.0031049;OID=.,.;OPOS=34948697,34948697;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.976744,0.0232558:41,2:43:42,1:43:0:11,1:31,0:0:0:6:0:11,1:30,1:0:0 chr21 35201947 . C T 241.87 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0320916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6577;QD=16.9732;RBI=0.0690878;REFB=-0.0156434;REVB=0.0611822;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124969;STB=0.570417;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0201416;OID=.;OPOS=35201947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:17:10:15:15:17:10:15:15 chr21 35237608 . T C 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.718;QD=46.958;RBI=0.0220009;REFB=-0.0317349;REVB=-0.0144762;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00058787;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:0:1:11:9:0:1 chr21 35260481 . T C 165.88 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0392624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.91;QD=13.0098;RBI=0.039896;REFB=-0.0172455;REVB=-0.00708213;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04531;STB=0.536045;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.035352;OID=.;OPOS=35260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:9:10:15:16:9:10:15:17 chr21 35275955 . G A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.14;QD=49.5943;RBI=0.0337524;REFB=0;REVB=0.0147551;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419007;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr21 35281393 . A G 715.11 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.411;QD=60.8604;RBI=0.0279025;REFB=-0.0974151;REVB=0.0103442;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000839227;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:46:46:0.978723:19:27:0:0:19:27:0:1 chr21 35467645 . A G 1163.26 PASS AF=0.975;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00352174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.19;QD=58.1628;RBI=0.0120568;REFB=-0.0948325;REVB=-0.0115309;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.500642;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0004673;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:80:80:1:2:77:78:0.975:40:37:1:0:41:37:1:1 chr21 35469193 . C A 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1321;QD=46.8408;RBI=0.0642409;REFB=0;REVB=-0.0632043;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133049;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr21 35469708 . G A,GA 336.29 PASS AF=0,0.963636;AO=3,35;DP=56;FAO=0,53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=0,26;FSAR=0,27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.064661,0.180959;FXX=0.017854;HRUN=4,6;LEN=1,1;MLLD=9.18505,9.25261;QD=24.4573;RBI=0.0825903,0.188057;REFB=0.0292837,-0.016239;REVB=-0.051382,-0.0511766;RO=15;SAF=0,18;SAR=3,17;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.682659,-0.0844193;STB=0.5,0.518512;STBP=1,0.268;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0327188;OID=.,.;OPOS=35469708,35469709;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:7:56:55:15:2:3,35:0,53:0,0.963636:3,17:0,18:10:5:0,27:0,26:2:0 chr21 35469726 . G GT 575.5 PASS AF=1;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0657041;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.0218;QD=45.1373;RBI=0.0727949;REFB=0;REVB=-0.0313381;RO=3;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148178;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00320676;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:54:51:51:0:27:24:0:0:11:3:26:23:2:1 chr21 35469852 . C A 481.37 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0808601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5784;QD=53.4854;RBI=0.0820077;REFB=-0.0302666;REVB=-0.0136715;RO=2;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776698;STB=0.541642;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00758912;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:11:23:0:2:11:23:0:2 chr21 35470042 . G T 271.86 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.866;QD=51.7818;RBI=0.0118538;REFB=0;REVB=0.00792538;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03891e-05;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:8:13:0:0 chr21 35470210 . T G 355.38 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0080805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.408;QD=49.0175;RBI=0.0110914;REFB=-0.144818;REVB=-0.00759761;RO=2;SAF=12;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713042;STB=0.535688;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00101302;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:29:2:2:26:27:0.931034:14:12:2:0:14:13:2:0 chr21 35470213 . C A 365.77 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00946412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.1497;QD=52.2528;RBI=0.0499188;REFB=0.00600742;REVB=-0.0490135;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000265927;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr21 35471716 . T G 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00528564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.195;QD=18.948;RBI=0.0185377;REFB=-0.0131951;REVB=0.0177682;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112336;STB=0.562698;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0176156;OID=.;OPOS=35471716;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:13:15:11:16:13:15:11:16 chr21 35471815 . T C 654.41 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.803;QD=58.1697;RBI=0.0252289;REFB=-0.100891;REVB=0.0150201;RO=2;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029222;STB=0.51219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000804846;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:2:1:43:44:0.977778:23:20:1:1:24:20:1:0 chr21 35472989 . T C 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00662505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.479;QD=12.8689;RBI=0.0313945;REFB=-0.0168992;REVB=0.0306875;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122544;STB=0.507233;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.020145;OID=.;OPOS=35472989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:10:6:4:7:10:6 chr21 35474410 . G A 149.59 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216616;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.695;QD=46.0286;RBI=0.0293296;REFB=0;REVB=0.0197738;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202738;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr21 35474604 . T C 147.46 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0321155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7589;QD=17.8744;RBI=0.0324044;REFB=0.011717;REVB=-0.00431761;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193565;STB=0.610548;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0134272;OID=.;OPOS=35474604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:6:10:7:10:6:10:7:10 chr21 35475823 . G A 223.34 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0202761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1915;QD=19.4209;RBI=0.0237557;REFB=-0.019224;REVB=0.012378;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160733;STB=0.590826;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0120988;OID=.;OPOS=35475823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:14:10:13:9:14:10 chr21 35893737 . T C 554.47 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0404239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3023;QD=56.8683;RBI=0.0499784;REFB=-0.0758406;REVB=0.0293897;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00151139;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:38:38:0.974359:23:15:0:0:24:14:1:0 chr21 36042203 . G C 115.86 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7604;QD=42.1309;RBI=0.0739885;REFB=0;REVB=0.0225481;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00271958;OID=.;OPOS=36042203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr21 36411119 . G T 239.3 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00242472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.758;QD=50.3797;RBI=0.0489579;REFB=0;REVB=0.0488978;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341156;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr21 37429679 . G C 134.61 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562188;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6399;QD=44.8697;RBI=0.0851132;REFB=0;REVB=0.0639038;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397862;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 37443480 . T G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0132081;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.905;QD=9.56969;RBI=0.0132179;REFB=-0.0154454;REVB=0.000508369;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100478;STB=0.561641;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0231802;OID=.;OPOS=37443480;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:7:8:5:3:7:8 chr21 37507745 . C T 834.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00490794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.563;QD=57.5304;RBI=0.0133016;REFB=0;REVB=-0.0123631;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39419e-05;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr21 37507769 . C T 210.26 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00527051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.012;QD=15.5749;RBI=0.02149;REFB=-0.0134446;REVB=-0.0208337;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125562;STB=0.571368;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0134855;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:15:9:15:15:15:9:15:15 chr21 37518706 . G A 187.98 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=18;FWDB=-0.011762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.765;QD=19.7875;RBI=0.0215587;REFB=-0.005033;REVB=0.0180675;RO=18;SAF=3;SAR=16;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193775;STB=0.614359;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0023888;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:16:3:1:17:16:3:1:18 chr21 37617630 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.642;QD=44.6884;RBI=0.0606102;REFB=0;REVB=-0.056564;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000544153;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr21 37781046 . C T 873.95 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.155162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3183;QD=57.3081;RBI=0.166872;REFB=0;REVB=0.0614107;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247662;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:1:0:59:61:1:37:22:1:0:38:23:0:0 chr21 38081562 . T G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.164;QD=42.181;RBI=0.0350466;REFB=0;REVB=0.0155823;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000264573;OID=.;OPOS=38081562;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr21 38081577 . C G 102.08 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.272;QD=40.8308;RBI=0.123015;REFB=0;REVB=0.069933;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000830461;OID=.;OPOS=38081577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:6:4:0:0 chr21 38444863 . C T 1080.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.363;QD=60.0309;RBI=0.0576272;REFB=0;REVB=0.0342146;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335803;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:38:34:0:0:38:34:0:0 chr21 38495270 . A AT 373.31 PASS AF=1;AO=30;DP=42;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.20429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.2167;QD=39.2957;RBI=0.224156;REFB=0;REVB=0.0922578;RO=8;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123016;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00308427;OID=.;OPOS=38495271;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:42:38:38:0:19:19:0:0:7:8:13:17:6:2 chr21 38512956 . A G 373.82 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0084953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.486;QD=51.5607;RBI=0.00862935;REFB=-0.0228356;REVB=-0.00151514;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00256257;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:17:10:1:0:17:11:1:0 chr21 38525356 . T C 815.95 PASS AF=1;AO=55;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0943749;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.594;QD=56.2724;RBI=0.0963584;REFB=0;REVB=0.0194508;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116967;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:55:58:1:38:17:0:0:39:19:0:0 chr21 38532058 . TG T,TT 440.96 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=29,2;DP=32;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152226,-0.000631622;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.3508,7.35963;QD=55.1203;RBI=0.0158493,0.00470691;REFB=0,0;REVB=0.00441289,0.00466434;RO=0;SAF=13,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000480421,0.0774497;OID=.,.;OPOS=38532059,38532059;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.96875,0.03125:29,2:32:31,1:32:0:14,1:17,0:0:0:6:0:13,2:16,0:0:0 chr21 38532068 . G GA 359.35 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.1461;QD=46.3682;RBI=0.123456;REFB=0;REVB=0.0689127;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00737776;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:32:31:31:0:14:17:0:0:6:1:14:16:1:0 chr21 38539844 . G A 164.4 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152042;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3015;QD=46.9701;RBI=0.0300954;REFB=0;REVB=0.0259724;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154849;OID=.;OPOS=38539844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr21 38563686 . G C 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00290917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.826;QD=18.8274;RBI=0.0154794;REFB=-0.0223326;REVB=-0.0152036;RO=21;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267355;STB=0.504946;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.022116;OID=.;OPOS=38563686;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:8:12:12:9:8:12:13:9 chr21 38563725 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8426;QD=55.65;RBI=0.0538157;REFB=0;REVB=-0.0431211;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256086;OID=.;OPOS=38563725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr21 38568009 . G C 714.87 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2824;QD=60.8398;RBI=0.028864;REFB=0.0716081;REVB=-0.0164676;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.510634;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00120087;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:23:23:1:0:23:23:1:0 chr21 38568308 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2726;QD=47.8218;RBI=0.0609011;REFB=0;REVB=-0.0453811;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00348473;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr21 38587916 . A G 485.22 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012952;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7996;QD=58.8145;RBI=0.142158;REFB=0;REVB=0.141567;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179351;OID=.;OPOS=38587916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:32:33:1:12:20:0:0:13:20:0:0 chr21 38885442 . A G 190.93 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00394881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.515;QD=15.5857;RBI=0.0243088;REFB=-0.0123405;REVB=-0.023986;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289935;STB=0.50103;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149738;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:8:11:16:13:9:11:16:13 chr21 38997701 . G A 394.13 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=-0.0234344;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.602;QD=17.7135;RBI=0.0248846;REFB=-0.00125391;REVB=-0.00837077;RO=49;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256159;STB=0.652849;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00112787;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:48:40:41:0.460674:18:22:14:35:18:23:13:35 chr21 39086965 . T C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0417607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.701;QD=13.486;RBI=0.0436058;REFB=-0.011314;REVB=0.0125504;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404446;STB=0.738775;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0116049;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:6:3:0:10:6:3:0:11 chr21 39213020 . G A 125.78 PASS AF=0.4375;AO=15;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0242266;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8831;QD=15.7218;RBI=0.030619;REFB=-0.0138872;REVB=-0.0187243;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316188;STB=0.540482;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0273102;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:18:18:15:14:0.4375:7:8:9:9:6:8:9:9 chr21 39671476 . G A 374.08 PASS AF=0.558824;AO=36;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00274034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.714;QD=22.0046;RBI=0.0184606;REFB=-0.0221602;REVB=-0.0182561;RO=29;SAF=25;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156694;STB=0.572842;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0172687;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:30:36:38:0.558824:11:25:15:14:12:26:16:14 chr21 39672624 . C G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.888;QD=51.9137;RBI=0.0647542;REFB=0;REVB=-0.0281964;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334911;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr21 39673299 . C T 212.48 PASS AF=0.740741;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0291652;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.925;QD=31.479;RBI=0.0409476;REFB=-0.0159989;REVB=0.0287419;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206499;STB=0.599911;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0120776;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:28:27:7:7:18:20:0.740741:12:6:0:7:14:6:0:7 chr21 39870310 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00538067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.546;QD=8.25449;RBI=0.0234733;REFB=-0.00621402;REVB=0.0228483;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181968;STB=0.61499;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0145265;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:6:6:4:2:6:6 chr21 40191431 . T G 223.55 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00145088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3037;QD=14.9036;RBI=0.00456808;REFB=-0.0172734;REVB=-0.00433155;RO=33;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135335;STB=0.593041;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0337314;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:33:34:25:26:0.433333:11:14:14:19:11:15:14:20 chr21 40191638 . A G 176.69 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.01642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.318;QD=13.3353;RBI=0.0240263;REFB=-0.00802997;REVB=-0.0175399;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786929;STB=0.523443;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0151214;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:30:32:21:21:0.396226:11:10:12:18:11:10:14:18 chr21 40195164 . AT A 36.06 PASS AF=0.217391;AO=14;DP=93;FAO=20;FDP=92;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=-0.0412215;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.8959;QD=1.56787;RBI=0.0749507;REFB=-0.0299186;REVB=0.0625971;RO=64;SAF=12;SAR=2;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.614187;STB=0.884729;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0708765;OID=.;OPOS=40195165;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:14:93:20:92:72:17:3:22:50:36:64:12:2:21:43 chr21 40195277 . T A 480.33 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.013148;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5178;QD=20.0137;RBI=0.0212602;REFB=0.0148804;REVB=-0.0167071;RO=50;SAF=9;SAR=38;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689327;STB=0.541733;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.0159709;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:50:49:47:47:0.489583:38:9:12:38:38:9:12:37 chr21 40552307 . A G 215.97 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0535295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.654;QD=15.1561;RBI=0.0537736;REFB=-0.00132189;REVB=-0.00511778;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487715;STB=0.527714;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00238348;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:16:9:13:19:16:9:13:19 chr21 40559007 . T C 208.85 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00746533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.715;QD=25.3155;RBI=0.0293321;REFB=-0.0165671;REVB=0.0283662;RO=13;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266373;STB=0.514836;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00900367;OID=.;OPOS=40559007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:7:13:8:5:7:13:8:5 chr21 40571246 . A G 384.88 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0104806;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.89;QD=17.4947;RBI=0.0126916;REFB=-0.00997035;REVB=0.00715776;RO=47;SAF=13;SAR=27;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266276;STB=0.654656;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.011697;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:48:40:40:0.454545:27:13:28:19:27:13:29:19 chr21 40574305 . A G 334.98 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00901341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.569;QD=18.1071;RBI=0.0117425;REFB=-0.0412154;REVB=0.0075262;RO=36;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381982;STB=0.525564;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0265114;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:36:38:35:36:0.486486:12:23:25:11:13:23:26:12 chr21 40584598 . C T 224.81 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00683175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9679;QD=19.9829;RBI=0.009346;REFB=-0.029687;REVB=0.00637769;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609466;STB=0.534382;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0490386;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:11:12:10:12:11:12 chr21 40670460 . G C 352.46 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0167402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.666;QD=18.3094;RBI=0.0210946;REFB=-0.0198692;REVB=0.0128354;RO=40;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12792;STB=0.57119;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0149315;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:19:18:14:26:19:18:14:26 chr21 40686020 . C T 658.0 PASS AF=0.561404;AO=64;DP=114;FAO=64;FDP=114;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0204359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.772;QD=23.0876;RBI=0.0227846;REFB=-0.0286851;REVB=0.0100752;RO=50;SAF=30;SAR=34;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571467;STB=0.53124;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0242891;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:50:50:64:64:0.561404:34:30:27:23:34:30:27:23 chr21 40686078 . G C 520.24 PASS AF=0.5;AO=55;DP=110;FAO=55;FDP=110;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0256542;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.417;QD=18.918;RBI=0.0261591;REFB=-0.0192494;REVB=-0.00511481;RO=55;SAF=22;SAR=33;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.564552;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0191868;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:55:55:55:0.5:33:22:29:26:33:22:29:26 chr21 40686327 . T C 203.29 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0104943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.458;QD=14.2661;RBI=0.0139885;REFB=-0.0238461;REVB=0.0092492;RO=33;SAF=5;SAR=19;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420656;STB=0.523899;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0273795;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:19:5:6:27:19:5:6:27 chr21 40769290 . A G 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.966;QD=42.1747;RBI=0.140495;REFB=0;REVB=0.130937;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00413759;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr21 40823981 . G A 1077.16 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.966;QD=59.842;RBI=0.0704459;REFB=0;REVB=0.0694153;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36219e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:29:42:0:0:30:42:0:0 chr21 40871810 . T C 631.78 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=42;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0666913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1919;QD=56.158;RBI=0.136424;REFB=0.0703325;REVB=0.119012;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228826;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00617779;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:45:1:1:41:44:0.977778:20:21:0:1:23:21:0:1 chr21 40883671 . G GAGA 422.21 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0141907;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.897;QD=44.4434;RBI=0.0290374;REFB=-0.0916299;REVB=0.0253336;RO=6;SAF=17;SAR=15;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894216;STB=0.548143;STBP=0.152;TYPE=ins;VARB=0.0127424;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.842105:32:38:32:38:6:17:15:5:1:33:6:17:15:5:1 chr21 40969826 . G C 557.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.852;QD=60.2448;RBI=0.0446809;REFB=0;REVB=0.0205623;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146934;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr21 41032740 . T C 392.43 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.139;QD=56.0612;RBI=0.0263361;REFB=0;REVB=0.0263119;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67439e-05;OID=.;OPOS=41032740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:10:16:0:0:12:16:0:0 chr21 41032804 . G A 784.81 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00205037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.849;QD=62.7848;RBI=0.0687802;REFB=0;REVB=0.0687496;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225198;OID=.;OPOS=41032804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr21 41034215 . G A 378.73 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0119345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.527;QD=29.1328;RBI=0.0366519;REFB=-0.0373715;REVB=-0.0346544;RO=16;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402714;STB=0.534084;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0140161;OID=.;OPOS=41034215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:16:17:35:35:0.673077:13:22:9:7:13:22:9:8 chr21 41137499 . A G 158.63 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0188356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.016;QD=17.1494;RBI=0.0234146;REFB=-0.00887609;REVB=-0.0139092;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234864;STB=0.634456;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0136954;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:6:11:8:12:6:11:8:12 chr21 41137507 . G C 218.59 PASS AF=0.525;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00385736;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8907;QD=21.859;RBI=0.0115082;REFB=-0.00117435;REVB=0.0108425;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.548647;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00508214;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:19:21:21:0.525:10:11:8:11:10:11:8:11 chr21 41142932 . C T 310.65 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0145189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.647;QD=16.35;RBI=0.0145516;REFB=-0.00820584;REVB=-0.000975238;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00551917;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00748721;OID=.;OPOS=41142932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:20:22:18:16:20:22 chr21 41151202 . C T 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0237335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.691;QD=14.3247;RBI=0.0270152;REFB=-0.0244947;REVB=-0.012905;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342345;STB=0.519467;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0464671;OID=.;OPOS=41151202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:18:21:16:12:18:21 chr21 41165462 . C A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0167347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.599;QD=13.5055;RBI=0.0200397;REFB=-0.00956802;REVB=-0.0110245;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0166049;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:9:8:5:7:9:8 chr21 41297992 . C T 467.81 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0871808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5705;QD=23.1017;RBI=0.110306;REFB=-0.0283013;REVB=0.0675796;RO=36;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538492;STB=0.529592;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0200861;OID=.;OPOS=41297992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:23:22:20:16:23:22:20:16 chr21 41465748 . G A 645.17 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0346764;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.25;QD=60.0156;RBI=0.0356572;REFB=-0.138532;REVB=0.00830597;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000740094;OID=.;OPOS=41465748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:43:0:1:42:42:0.976744:28:14:0:0:28:14:1:0 chr21 42539569 . AC A 260.54 PASS AF=0.504425;AO=52;DP=113;FAO=57;FDP=113;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.151048;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.743;QD=9.2228;RBI=0.189334;REFB=0.014098;REVB=0.114156;RO=49;SAF=25;SAR=27;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100236;STB=0.504853;STBP=0.912;TYPE=del;VARB=0.0275137;OID=.;OPOS=42539570;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.504425:52:113:57:113:56:26:31:25:31:99:49:25:27:23:26 chr21 42622786 . C T 501.24 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.974;QD=58.9693;RBI=0.00572461;REFB=0;REVB=-0.00340351;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79274e-06;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr21 42717662 . T C 711.0 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0408497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.449;QD=53.66;RBI=0.0594944;REFB=-0.157959;REVB=0.0432538;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00173791;OID=.;OPOS=42717662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:51:52:0.981132:23:28:0:0:24:28:1:0 chr21 42720579 . G A 149.96 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0193914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.013;QD=19.35;RBI=0.0405229;REFB=-0.0167131;REVB=0.035582;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137855;STB=0.578216;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0232309;OID=.;OPOS=42720579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:9:6:9:7:9:6 chr21 42775555 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6338;QD=37.4834;RBI=0.0686322;REFB=0;REVB=-0.0573915;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162548;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr21 42812891 . C T 191.05 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0475017;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.294;QD=21.2272;RBI=0.0508303;REFB=-0.0361204;REVB=-0.0180916;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252917;STB=0.529381;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0363677;OID=.;OPOS=42812891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:18:17:19:19:0.527778:10:9:8:10:10:9:7:10 chr21 42817930 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0230212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.188;QD=19.0007;RBI=0.0234851;REFB=-0.0120025;REVB=0.00464472;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132974;STB=0.587528;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00945305;OID=.;OPOS=42817930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:16:17:0.5:8:8:11:6:9:8:11:6 chr21 42821113 . T C 197.75 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0065821;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.001;QD=17.977;RBI=0.00660582;REFB=-0.000799141;REVB=-0.000559335;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126165;STB=0.590821;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000696381;OID=.;OPOS=42821113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:24:20:20:0.454545:10:10:14:8:10:10:16:8 chr21 42824661 . A G 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0100715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.481;QD=20.2719;RBI=0.0235464;REFB=-0.014611;REVB=0.0212837;RO=24;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152842;STB=0.58648;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0357571;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:16:7:11:13:16:7:11:13 chr21 42838104 . G C 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.115527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8484;QD=22.9149;RBI=0.115833;REFB=-0.039208;REVB=-0.00841445;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107529;STB=0.561271;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0277166;OID=.;OPOS=42838104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:1:3:5:4:1:3 chr21 42845374 . G A 823.51 PASS AF=0.529032;AO=82;DP=156;FAO=82;FDP=155;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.029925;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9947;QD=21.2519;RBI=0.0340859;REFB=-0.0548314;REVB=0.0163199;RO=72;SAF=43;SAR=39;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267122;STB=0.517613;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0463043;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:72:73:82:82:0.529032:39:43:40:32:39:43:41:32 chr21 42848560 . CAG C,CG 158.11 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=11,3;DP=15;FAO=13,1;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230017,-0.0230277;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=249.712,237.498;QD=45.173;RBI=0.0361408,0.0416954;REFB=0,0;REVB=0.0278761,0.0347596;RO=0;SAF=5,2;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-5.59147e-05,0.00771519;OID=.,.;OPOS=42848561,42848561;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.928571,0.0714286:11,3:15:13,1:14:0:6,1:7,0:0:0:6:0:5,2:6,1:0:0 chr21 43161022 . C T 277.19 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0280644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.752;QD=26.3994;RBI=0.0296475;REFB=-0.0532548;REVB=0.00955859;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651788;STB=0.536034;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0321138;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:11:6:11:14:11:6 chr21 43161357 . T C 264.4 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0358671;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3025;QD=25.7949;RBI=0.0715209;REFB=-0.0215621;REVB=-0.0618773;RO=17;SAF=18;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322169;STB=0.679841;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00969015;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:17:17:24:24:0.585366:6:18:6:11:6:18:6:11 chr21 43161805 . G A 317.25 PASS AF=0.571429;AO=27;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0166963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.782;QD=25.8982;RBI=0.0177954;REFB=-0.031967;REVB=0.00615712;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137052;STB=0.581337;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0171636;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:27:28:0.571429:12:15:8:13:12:16:8:13 chr21 43161877 . C T 186.15 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0574936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.69;QD=19.5945;RBI=0.0579581;REFB=-0.0309562;REVB=-0.00732273;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472314;STB=0.526732;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0349249;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:9:10:11:8:9:10 chr21 43162150 . G A 435.25 PASS AF=0.458333;AO=41;DP=93;FAO=44;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00177781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.524;QD=18.1354;RBI=0.0420186;REFB=-0.0127067;REVB=0.041981;RO=39;SAF=22;SAR=19;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020979;STB=0.562472;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0188364;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:39:52:41:44:0.458333:19:22:20:19:22:22:20:32 chr21 43164232 . C A 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0106846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.256;QD=32.2489;RBI=0.0160418;REFB=-0.0918284;REVB=0.0119657;RO=6;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201418;STB=0.610987;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0173698;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:11:7:5:1:11:7:5:1 chr21 43218520 . G A 828.95 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.291;QD=57.169;RBI=0.0228309;REFB=0;REVB=0.0226824;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33517e-05;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr21 43218807 . C T 534.27 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2581;QD=57.7591;RBI=0.070064;REFB=0;REVB=0.029041;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00510515;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:7:28:0:0:9:28:0:0 chr21 43219728 . A T 801.23 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.162;QD=57.2308;RBI=0.026522;REFB=0;REVB=0.0139922;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14634e-05;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr21 43220380 . C A 457.91 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176941;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.361;QD=57.2388;RBI=0.0347249;REFB=0;REVB=0.0298788;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120315;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:16:16:0:0 chr21 43221482 . GA G,GG 205.5 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=4,13;DP=17;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396049,0.0345201;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.168,180.035;QD=48.3536;RBI=0.0752332,0.0558428;REFB=0,0;REVB=0.0639648,0.0438951;RO=0;SAF=3,5;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0184302,0.0113207;OID=.,.;OPOS=43221483,43221483;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:4,13:17:1,16:17:0:1,7:0,9:0:0:4:0:3,5:1,8:0:0 chr21 43221826 . T C 446.94 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0845874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.929;QD=57.6693;RBI=0.089523;REFB=0;REVB=-0.0293147;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413686;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr21 43236176 . G A 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0483839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.003;QD=16.9408;RBI=0.0487935;REFB=0.000898062;REVB=0.00630924;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00439952;STB=0.50859;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00158056;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:9:10:12:11:9:10:13:11 chr21 43239972 . A G,T 620.97 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=38,2;DP=40;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650568,0.0422898;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.413,54.3824;QD=60.5822;RBI=0.0822584,0.0449976;REFB=0,0;REVB=0.0503394,0.015374;RO=0;SAF=14,2;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.76123e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000497161,0.0547104;OID=.,.;OPOS=43239972,43239972;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:41:0:0:38,2:39,2:0.95122,0.0487805:24,0:14,2:0:0:25,0:14,2:0:0 chr21 43243585 . A G 638.24 PASS AF=0.48855;AO=64;DP=136;FAO=64;FDP=131;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.0130287;FXX=0.036762;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9421;QD=19.4882;RBI=0.0622259;REFB=-0.0136801;REVB=-0.0608466;RO=65;SAF=31;SAR=33;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631964;STB=0.526421;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0152004;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:131:65:67:64:64:0.48855:33:31:27:38:33:31:29:38 chr21 43256252 . C T 235.71 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0219016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.396;QD=13.4689;RBI=0.023098;REFB=-0.0363011;REVB=0.00733737;RO=41;SAF=9;SAR=18;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337078;STB=0.681149;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0374143;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:42:27:28:0.4:18:9:27:14:18:10:28:14 chr21 43267260 . C T 319.26 PASS AF=0.540984;AO=32;DP=59;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0232561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.858;QD=20.9353;RBI=0.0240363;REFB=-0.0246643;REVB=-0.00607462;RO=27;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051044;STB=0.512041;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0208048;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:27:28:32:33:0.540984:15:17:16:11:15:18:16:12 chr21 43325877 . C CG 43.12 PASS AF=0.183673;AO=10;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00656164;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=109.389;QD=3.52035;RBI=0.00985989;REFB=-0.00274117;REVB=-0.0073595;RO=39;SAF=1;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.500234;STB=0.822018;STBP=0.067;TYPE=ins;VARB=0.0981082;OID=.;OPOS=43325878;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.183673:10:49:9:49:40:1:8:17:23:43:39:1:9:17:22 chr21 43327793 . C T 837.52 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0606474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.746;QD=55.8344;RBI=0.0740449;REFB=-0.0879898;REVB=0.0424799;RO=1;SAF=21;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219355;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000354391;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:38:21:1:0:38:21:1:0 chr21 43408317 . T TAAAGA 49.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0310216;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=203.98;QD=13.9997;RBI=0.0315757;REFB=-0.0308705;REVB=0.00588916;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216791;STB=0.574264;STBP=0.688;TYPE=ins;VARB=0.028917;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:15:7:14:7:3:4:2:5:45:8:1:4:3:5 chr21 43413731 . C T 293.56 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0382012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.164;QD=19.9025;RBI=0.0392349;REFB=-0.00544177;REVB=0.00894688;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108871;STB=0.560401;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0032122;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:18:10:15:16:18:10 chr21 43442385 . C T 107.47 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0870163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7356;QD=12.6441;RBI=0.0922801;REFB=-0.00803151;REVB=-0.0307207;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130543;STB=0.528258;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0158427;OID=.;OPOS=43442385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:21:21:12:13:0.382353:5:7:12:9:5:8:12:9 chr21 43504228 . T C 289.43 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00557847;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.273;QD=22.7003;RBI=0.0157627;REFB=0.000292677;REVB=0.0147426;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.004934;STB=0.50273;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.000168211;OID=.;OPOS=43504228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:12:10:13:16:12:10 chr21 43506649 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0117548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.877;QD=11.8306;RBI=0.0117575;REFB=0.000192102;REVB=0.000251684;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191819;STB=0.612712;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00031531;OID=.;OPOS=43506649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:5:13:6:5:5:13 chr21 43510514 . C G 173.0 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0525764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4108;QD=18.7032;RBI=0.0533215;REFB=-0.0115951;REVB=-0.00888278;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197068;STB=0.612662;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0190031;OID=.;OPOS=43510514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:13:5:9:10:13:5:9:10 chr21 43522349 . T C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0667563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.869;QD=15.2606;RBI=0.0679099;REFB=-0.0157655;REVB=0.012464;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967959;STB=0.505609;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0171877;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:6:10:8:5:6:10 chr21 43523941 . C A 660.0 PASS AF=0.489051;AO=64;DP=135;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=-0.00513821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.157;QD=19.2701;RBI=0.00583906;REFB=-0.0221443;REVB=-0.0027737;RO=70;SAF=40;SAR=24;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2129;STB=0.624797;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0191134;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:70:70:64:67:0.489051:24:40:28:42:24:43:28:42 chr21 43524018 . G A 605.9 PASS AF=0.488372;AO=60;DP=125;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0214913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.67;QD=18.7877;RBI=0.0608412;REFB=-0.00674316;REVB=0.056919;RO=62;SAF=30;SAR=30;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148227;STB=0.519206;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00687129;OID=.;OPOS=43524018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:129:62:66:60:63:0.488372:30:30:30:32:32:31:30:36 chr21 43531008 . T C 1062.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.484;QD=59.8471;RBI=0.0450738;REFB=0;REVB=0.0398781;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52366e-05;OID=.;OPOS=43531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:25:46:0:0:25:46:0:0 chr21 43531553 . A C 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.792;QD=57.1966;RBI=0.0112866;REFB=0;REVB=0.00211159;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.28349e-05;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr21 43531632 . T C 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.826;QD=56.9972;RBI=0.026489;REFB=0;REVB=0.0207174;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26892e-05;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr21 43547788 . T C 149.71 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0260034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.922;QD=19.3171;RBI=0.0264573;REFB=-0.0202412;REVB=-0.00487999;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435331;STB=0.561308;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0376983;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:11:13:0.419355:6:5:7:7:8:5:7:7 chr21 43691232 . G A 330.02 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00537471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.585;QD=15.715;RBI=0.00985284;REFB=-0.0207596;REVB=0.00825778;RO=47;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.002404;STB=0.504019;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0265877;OID=.;OPOS=43691232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:48:36:36:0.428571:20:16:21:26:20:16:21:27 chr21 43732346 . CG C 60.53 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0549122;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.5941;QD=5.0438;RBI=0.0578214;REFB=-0.0542656;REVB=-0.0181097;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165108;STB=0.523051;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=0.0729643;OID=.;OPOS=43732347;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:17:47:18:48:30:6:12:11:19:60:25:5:12:11:14 chr21 43786512 . C T 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00280644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.747;QD=21.7428;RBI=0.0268642;REFB=-0.0198889;REVB=-0.0267172;RO=11;SAF=11;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296397;STB=0.668272;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0175973;OID=.;OPOS=43786512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:4:11:4:7:4:11:4:7 chr21 43786606 . G A 117.18 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0142745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.613;QD=12.018;RBI=0.0164654;REFB=-0.00241278;REVB=-0.00820667;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323337;STB=0.533285;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00278643;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:6:8:13:11:6:8:13:12 chr21 43792869 . C T 851.07 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000653488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.337;QD=57.6996;RBI=0.0295642;REFB=0;REVB=0.029557;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2551e-05;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:35:23:0:0:36:23:0:0 chr21 43803167 . T C 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00331877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.589;QD=17.824;RBI=0.016919;REFB=-0.0353945;REVB=0.0165903;RO=11;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107737;STB=0.56194;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0384111;OID=.;OPOS=43803167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:5:7:5:6:5:7:5:6 chr21 43803308 . C CTA 92.05 PASS AF=0.342857;AO=11;DP=36;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0169296;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.472;QD=10.5195;RBI=0.0186475;REFB=-0.0085661;REVB=-0.0078179;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178993;STB=0.540994;STBP=0.808;TYPE=ins;VARB=0.0183492;OID=.;OPOS=43803309;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342857:11:36:12:35:23:5:7:11:12:92:23:4:7:12:11 chr21 43805637 . C T 211.83 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00425791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3709;QD=16.6141;RBI=0.0063139;REFB=0.00265409;REVB=0.00466214;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374422;STB=0.521258;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00533743;OID=.;OPOS=43805637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:12:16:14:9:12:16 chr21 43824106 . A G 626.4 PASS AF=0.454545;AO=63;DP=141;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=0.0405251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.132;QD=17.5216;RBI=0.0412395;REFB=-0.0267728;REVB=0.00764251;RO=77;SAF=24;SAR=39;SRF=33;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491465;STB=0.521928;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0330942;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:143:77:78:63:65:0.454545:39:24:33:44:40:25:33:45 chr21 43824123 . G C 483.42 PASS AF=0.412214;AO=53;DP=130;FAO=54;FDP=131;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.00661046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.984;QD=14.7608;RBI=0.00879449;REFB=-0.021049;REVB=-0.00580042;RO=75;SAF=19;SAR=34;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167065;STB=0.507557;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0301481;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:75:77:53:54:0.412214:34:19:28:47:35:19:28:49 chr21 43824136 . C T 416.7 PASS AF=0.379845;AO=49;DP=129;FAO=49;FDP=129;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.0641593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5112;QD=12.921;RBI=0.0765691;REFB=-0.00787809;REVB=0.0417901;RO=77;SAF=17;SAR=32;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792342;STB=0.535504;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0115786;OID=.;OPOS=43824136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:77:80:49:49:0.379845:32:17:32:45:32:17:32:48 chr21 43855067 . A C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00877647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.916;QD=56.9567;RBI=0.0228808;REFB=0;REVB=0.0211306;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02575e-05;OID=.;OPOS=43855067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr21 43863521 . A G 770.59 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0962527;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9727;QD=64.2162;RBI=0.0965822;REFB=0;REVB=-0.00797184;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101523;OID=.;OPOS=43863521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr21 43985955 . G A 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.383;QD=58.5835;RBI=0.0110799;REFB=0;REVB=0.00605901;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11964e-05;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr21 44189166 . T C 172.71 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0230602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.468;QD=11.3254;RBI=0.0356208;REFB=-0.00404553;REVB=-0.0271491;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467762;STB=0.539439;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00368686;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:39:22:22:0.360656:8:14:25:12:8:14:27:12 chr21 44189172 . A C 171.05 PASS AF=0.354839;AO=20;DP=60;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0109902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.947;QD=11.0356;RBI=0.0113019;REFB=-0.00825914;REVB=0.00263612;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207964;STB=0.527307;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0133149;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:39:40:20:22:0.354839:7:13:26:13:8:14:27:13 chr21 44270229 . C T 558.95 PASS AF=0.410256;AO=64;DP=158;FAO=64;FDP=156;FR=.;FRO=92;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0288206;FXX=0.0126574;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.106;QD=14.332;RBI=0.0298192;REFB=-0.0174518;REVB=0.00765251;RO=89;SAF=24;SAR=40;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103929;STB=0.562894;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.020227;OID=.;OPOS=44270229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:89:92:64:64:0.410256:40:24:42:47:40:24:44:48 chr21 44273858 . G A 176.34 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0222875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5568;QD=14.1068;RBI=0.0223019;REFB=-0.0092278;REVB=-0.000802553;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04531;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0121719;OID=.;OPOS=44273858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:10:9:16:15:10:9:16:15 chr21 44293744 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0095019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1449;QD=17.9401;RBI=0.0803382;REFB=0.0205409;REVB=-0.0797743;RO=22;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35732;STB=0.705646;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0323995;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:4:15:10:12:4:15:10:12 chr21 44323590 . T G 71.65 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00516982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5247;QD=7.96078;RBI=0.0425494;REFB=0.000158165;REVB=-0.0422341;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117391;STB=0.572887;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=-0.00129487;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:4:6:13:13:4:6:13:13 chr21 44324365 . G A 189.6 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0131229;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3002;QD=11.3193;RBI=0.0182937;REFB=-0.00717041;REVB=-0.0127455;RO=42;SAF=7;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40338;STB=0.738047;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0131453;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:24:24:0.358209:17:7:28:14:17:7:29:14 chr21 44327015 . G A 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0301672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.522;QD=8.23034;RBI=0.0306302;REFB=-0.000377456;REVB=-0.00530514;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115678;STB=0.558022;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00048504;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:24:25:10:10:0.285714:6:4:12:12:6:4:12:13 chr21 44371114 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.809;QD=48.7368;RBI=0.0196058;REFB=0;REVB=-0.0114846;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06294e-05;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr21 44437074 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0405044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.022;QD=14.1956;RBI=0.0424484;REFB=-0.0325687;REVB=-0.0126989;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134948;STB=0.568869;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.037433;OID=.;OPOS=44437074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:11:4:8:13:11:4:8:14 chr21 44437142 . A G 64.43 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0070234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2684;QD=9.2044;RBI=0.0129703;REFB=-0.0418057;REVB=0.0109041;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705676;STB=0.555438;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0709416;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:28:18:19:9:9:0.321429:6:3:5:13:6:3:5:14 chr21 44480616 . G A 199.84 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0135749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9711;QD=21.6045;RBI=0.0248846;REFB=-0.0458054;REVB=-0.0208559;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249112;STB=0.610583;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0332815;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:13:16:19:21:0.567568:8:11:3:10:9:12:5:11 chr21 44589215 . C T 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.347;QD=58.2387;RBI=0.0636388;REFB=0;REVB=0.0550076;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017509;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr21 44592483 . T G 106.64 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00162909;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=239.716;QD=12.1869;RBI=0.0254933;REFB=-0.0109313;REVB=-0.0254412;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.552551;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0145152;OID=.;OPOS=44592483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:22:12:13:0.371429:5:7:7:9:6:7:10:12 chr21 44835508 . A G 39.5 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0542245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.152;QD=13.1671;RBI=0.0542453;REFB=0.0276318;REVB=-0.00150382;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229845;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0166005;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:3:3:1:4:3:3:2:4 chr21 44837550 . CGGGGG CAGGGA,CGAGGA 230.24 PASS AF=0.689655,0;AO=16,2;DP=29;FAO=20,0;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=14,0;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0278883,0.0115476;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=5,4;MLLD=214.23,152.08;QD=31.7573;RBI=0.0533386,0.0449711;REFB=-0.0616519,-0.0377525;REVB=0.045467,0.0434632;RO=6;SAF=12,0;SAR=4,2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0564865,-0.719959;STB=0.50442,0.5;STBP=0.978,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0147903,0;OID=.,.;OPOS=44837551,44837552;OREF=GGGGG,GGGG;OALT=AGGGA,AGGA;OMAPALT=CAGGGA,CGAGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655,0:16,2:29:20,0:29:7:14,0:6,0:5:2:37:6:12,0:4,2:5:1 chr21 45092257 . T A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.915;QD=63.5795;RBI=0.0368742;REFB=0;REVB=0.0212653;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184061;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr21 45096206 . G A 446.42 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.182;QD=57.6029;RBI=0.0509821;REFB=0;REVB=0.0509206;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170172;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:9:20:0:0:11:20:0:0 chr21 45107518 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.417;QD=60.2306;RBI=0.0367911;REFB=0;REVB=-0.00710597;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00473e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr21 45107562 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.1;QD=58.1389;RBI=0.0640412;REFB=0;REVB=0.0523879;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231413;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr21 45168884 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.137;QD=56.0119;RBI=0.0345654;REFB=-0.0909552;REVB=0.028421;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000766117;OID=.;OPOS=45168884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:12:22:1:0:12:22:1:0 chr21 45181189 . C G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.997;QD=57.8836;RBI=0.030326;REFB=0;REVB=0.0275917;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39818e-05;OID=.;OPOS=45181189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr21 45215055 . C G 940.75 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372556;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.903;QD=58.7971;RBI=0.0140754;REFB=0;REVB=0.0135734;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37907e-05;OID=.;OPOS=45215055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr21 45217559 . T C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.126;QD=59.6783;RBI=0.0273268;REFB=0;REVB=0.0101908;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57827e-05;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr21 45217929 . T C 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521864;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.12;QD=62.0385;RBI=0.0534166;REFB=0;REVB=0.011398;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195411;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr21 45219524 . T C 556.71 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0423;QD=60.1848;RBI=0.0495814;REFB=0;REVB=0.0165846;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304225;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr21 45220483 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.604;QD=59.4357;RBI=0.0433464;REFB=0;REVB=0.0128532;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166065;OID=.;OPOS=45220483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:27:8:0:0:27:8:0:0 chr21 45220787 . A G 575.59 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8703;QD=60.5889;RBI=0.019097;REFB=0;REVB=-0.00925227;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64038e-05;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr21 45404974 . C A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.022703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.145;QD=12.782;RBI=0.0227035;REFB=-0.0210193;REVB=0.000145773;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139625;STB=0.58316;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.032781;OID=.;OPOS=45404974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:6:8:7:3:6:8 chr21 45506819 . T C 292.63 PASS AF=0.484848;AO=30;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.02252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.489;QD=17.7351;RBI=0.0393718;REFB=-0.0402748;REVB=-0.0322953;RO=33;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485816;STB=0.549102;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.038325;OID=.;OPOS=45506819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:30:32:0.484848:13:17:17:16:13:19:17:17 chr21 45528919 . G A 341.36 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0235735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.174;QD=15.6947;RBI=0.0370118;REFB=-0.0362395;REVB=0.0285336;RO=47;SAF=24;SAR=13;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264251;STB=0.653787;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0215301;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:50:37:37:0.425287:13:24:18:29:13:24:19:31 chr21 45538647 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00514968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.155;QD=15.2558;RBI=0.00564373;REFB=-0.0186934;REVB=0.00230922;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0277916;OID=.;OPOS=45538647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:18:12:8:12:18:12 chr21 45538725 . C A 282.88 PASS AF=0.56;AO=21;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0331463;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.838;QD=22.6305;RBI=0.033191;REFB=-0.0213626;REVB=0.001722;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340697;STB=0.539972;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0184184;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:22:21:28:0.56:12:9:8:9:14:14:9:13 chr21 45540919 . A G 541.57 PASS AF=0.574713;AO=50;DP=87;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0133232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.371;QD=24.8999;RBI=0.022378;REFB=-0.0266327;REVB=-0.0179796;RO=36;SAF=19;SAR=31;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515585;STB=0.523387;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0174135;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:37:50:50:0.574713:31:19:16:20:31:19:16:21 chr21 45544594 . T C 286.26 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00416989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.184;QD=18.1751;RBI=0.00528945;REFB=-0.0165379;REVB=0.00325428;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854921;STB=0.539558;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0189535;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:30:31:0.492063:16:14:12:20:17:14:12:20 chr21 45553596 . T C 202.08 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00885611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7057;QD=9.85732;RBI=0.0419091;REFB=-0.0365326;REVB=0.0409627;RO=53;SAF=13;SAR=13;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119427;STB=0.548743;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0500602;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:53:56:26:26:0.317073:13:13:21:32:13:13:24:32 chr21 45557227 . G A 190.26 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0278057;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.373;QD=21.7436;RBI=0.0332277;REFB=-0.00779223;REVB=0.0181912;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158719;STB=0.588152;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00745044;OID=.;OPOS=45557227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:14:5:2:14:14:5:2:14 chr21 45565473 . C T 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0165073;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.964;QD=22.6325;RBI=0.0177984;REFB=-0.0269759;REVB=0.00665523;RO=8;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112223;STB=0.563996;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0131657;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:11:2:2:6:11:2:2:6 chr21 45649494 . A G 254.94 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0984875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.94;QD=50.9877;RBI=0.0988558;REFB=0;REVB=0.00852595;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148492;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr21 45649499 . G A 71.35 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.034556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.093;QD=15.0207;RBI=0.0350084;REFB=-0.0159137;REVB=0.00561036;RO=9;SAF=0;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.798848;STB=0.805219;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0171091;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:9:0:5:4:9:1:5:4 chr21 45649778 . A G 336.99 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0242546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.487;QD=17.5057;RBI=0.0268839;REFB=-0.0262028;REVB=-0.0115956;RO=41;SAF=22;SAR=14;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480934;STB=0.526867;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.028123;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:14:22:27:14:14:22:27:14 chr21 45649848 . T C 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.0101598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.993;QD=13.4163;RBI=0.0156601;REFB=-0.00542854;REVB=-0.0119171;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=29;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116998;STB=0.549211;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00891703;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:7:18:29:7:7:18:29:8 chr21 45708277 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0201244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.982;QD=8.69144;RBI=0.0207446;REFB=-0.00708082;REVB=-0.00503465;RO=16;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570635;STB=0.865038;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.017036;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:7:1:10:6:7:1:11:6 chr21 45732116 . C T 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.683;QD=57.8819;RBI=0.0167401;REFB=0;REVB=-0.00591355;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.72215e-05;OID=.;OPOS=45732116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr21 45751822 . G A 314.65 PASS AF=0.465753;AO=32;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.014342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2012;QD=17.2412;RBI=0.0160255;REFB=-0.0309216;REVB=0.00714996;RO=39;SAF=8;SAR=24;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260801;STB=0.633401;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0445709;OID=.;OPOS=45751822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:39:32:34:0.465753:24:8:19:20:25:9:19:20 chr21 45819189 . C T 554.61 PASS AF=0.525253;AO=52;DP=99;FAO=52;FDP=99;FR=.;FRO=47;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.010189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.939;QD=22.4084;RBI=0.0135061;REFB=-0.0155238;REVB=0.00886555;RO=45;SAF=33;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182394;STB=0.610827;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.019189;OID=.;OPOS=45819189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:45:47:52:52:0.525253:19:33:19:26:19:33:19:28 chr21 45833864 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0126255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.392;QD=17.8403;RBI=0.0154431;REFB=-0.0371594;REVB=0.00889305;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662356;STB=0.537988;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0440417;OID=.;OPOS=45833864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:8:6:5:9:8:6 chr21 45844751 . A G 3033.99 PASS AF=0.985294;AO=200;DP=204;FAO=201;FDP=204;FR=.;FRO=3;FSAF=84;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0439594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.139;QD=59.49;RBI=0.0480001;REFB=-0.101073;REVB=-0.0192764;RO=2;SAF=83;SAR=117;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00807159;STB=0.501279;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00098799;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:204:204:2:3:200:201:0.985294:117:83:0:2:117:84:1:2 chr21 45876821 . C T 193.17 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0381989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7966;QD=16.4399;RBI=0.0386872;REFB=-0.0285015;REVB=-0.00612775;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0056272;STB=0.503223;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0426475;OID=.;OPOS=45876821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:9:11:15:12:9:11:15:12 chr21 45878637 . A G 50.8 PASS AF=0.636364;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.116611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.397;QD=18.473;RBI=0.121328;REFB=-0.0742333;REVB=0.0335036;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354507;STB=0.691659;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0376317;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:11:3:4:6:7:0.636364:5:1:2:1:6:1:2:2 chr21 45928781 . C T 397.82 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00895882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.636;QD=18.0827;RBI=0.0136908;REFB=-0.0185022;REVB=0.0103527;RO=47;SAF=20;SAR=21;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421518;STB=0.523534;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0197095;OID=.;OPOS=45928781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:21:20:25:22:21:20:25:22 chr21 45994843 . G C 44.37 PASS AF=0.269231;AO=8;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.003796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.829;QD=6.82653;RBI=0.0103176;REFB=-0.0216135;REVB=0.00959395;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280775;STB=0.609427;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0492357;OID=.;OPOS=45994843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:15:19:8:7:0.269231:3:5:9:6:2:5:11:8 chr21 46011468 . G A 62.3 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0477752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3296;QD=20.7667;RBI=0.0477752;REFB=-0.140919;REVB=7.63057e-05;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0653428;OID=.;OPOS=46011468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:12:12:4:4:6:8:0.666667:4:2:1:3:5:3:1:3 chr21 46011745 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0683474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.767;QD=23.2183;RBI=0.0891657;REFB=-0.0471662;REVB=-0.0572639;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00844725;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr21 46012240 . A G 130.4 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00116712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8161;QD=43.4681;RBI=0.0371381;REFB=0;REVB=-0.0371197;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00187488;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr21 46020527 . C T 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0337456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.149;QD=50.62;RBI=0.0471342;REFB=-0.0430454;REVB=0.0329069;RO=2;SAF=23;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132186;STB=0.571376;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00187331;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:6:23:0:2:6:23:0:2 chr21 46021370 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.192;QD=37.4885;RBI=0.0848874;REFB=0;REVB=0.036888;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00169763;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr21 46021607 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9245;QD=43.4814;RBI=0.086647;REFB=0;REVB=0.0835103;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00269719;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr21 46021759 . A G 788.3 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395341;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.253;QD=57.3307;RBI=0.0418537;REFB=0;REVB=0.0137402;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06514e-05;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr21 46021934 . C T 312.47 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345808;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.268;QD=54.3425;RBI=0.0451567;REFB=0;REVB=0.0290395;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243477;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr21 46021946 . C G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6672;QD=54.5147;RBI=0.0727297;REFB=0;REVB=-0.0726549;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102997;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr21 46021954 . CTG C 339.05 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518903;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.974;QD=54.2486;RBI=0.00520408;REFB=0;REVB=0.00039548;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.59065e-06;OID=.;OPOS=46021955;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:25:25:0:16:9:0:0:4:0:15:8:0:0 chr21 46032094 . A G 272.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.674;QD=51.9812;RBI=0.0392799;REFB=0;REVB=0.0221501;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641929;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:6:14:0:0:6:15:0:0 chr21 46047418 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.457;QD=23.2147;RBI=0.0736676;REFB=-0.0249492;REVB=0.0621806;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00699688;OID=.;OPOS=46047418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:3:2:0:0:3:2:1:0 chr21 46047632 . T TG 85.73 PASS AF=1;AO=2;DP=16;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955258;FXX=0.249844;HRUN=0;LEN=1;MLLD=61.1431;QD=28.5753;RBI=0.115515;REFB=0;REVB=-0.0649512;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.569211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0149664;OID=.;OPOS=46047633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:16:12:12:0:7:5:0:0:3:13:2:0:6:7 chr21 46047633 . A C,G 186.96 PASS AF=0.1875,0.8125;AO=2,13;DP=15;FAO=3,13;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035721,0.0243541;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.555,84.0797;QD=46.7402;RBI=0.0526341,0.0748602;REFB=0,0;REVB=-0.0386569,-0.070788;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.157897,-0.00330925;OID=.,.;OPOS=46047633,46047633;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:15:16:0:0:2,13:3,13:0.1875,0.8125:0,7:2,6:0:0:0,7:3,6:0:0 chr21 46047710 . T C 74.58 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.401;QD=33.1476;RBI=0.0395767;REFB=-0.0773247;REVB=0.0175161;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203485;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:6:3:0:0 chr21 46047857 . C T 45.81 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.898;QD=26.1748;RBI=0.056631;REFB=-0.144158;REVB=0.0318365;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00555186;OID=.;OPOS=46047857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr21 46047925 . G T 77.93 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.966;QD=34.6355;RBI=0.120657;REFB=0;REVB=0.00921225;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00343507;OID=.;OPOS=46047925;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:9:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr21 46047971 . T C 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.3389;QD=33.4127;RBI=0.0534113;REFB=0;REVB=-0.0426158;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00643888;OID=.;OPOS=46047971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr21 46048053 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.452;QD=39.2049;RBI=0.0645701;REFB=0;REVB=0.0621322;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192186;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr21 46048060 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.969;QD=40.7629;RBI=0.0528801;REFB=0;REVB=-0.0173912;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808194;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr21 46048265 . C T 182.87 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0472323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.764;QD=43.0274;RBI=0.058779;REFB=-0.0987522;REVB=0.0349868;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.555483;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00161358;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:12:4:1:0:12:4:1:0 chr21 46057391 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=8;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0339003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.895;QD=9.76023;RBI=0.0344336;REFB=-0.00761006;REVB=-0.00603667;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313604;STB=0.742287;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0115643;OID=.;OPOS=46057391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:8:7:0.368421:4:4:9:2:4:3:10:2 chr21 46057393 . T A 183.87 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1741;QD=45.9667;RBI=0.0434538;REFB=0;REVB=0.0202105;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00419333;OID=.;OPOS=46057393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:6:10:0:0 chr21 46057417 . AG CC 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0894204;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.836;QD=10.0299;RBI=0.0921525;REFB=-0.00798551;REVB=-0.0222726;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231237;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=mnp;VARB=0.012379;OID=.;OPOS=46057417;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:3:2:4:2:3:2:5:2 chr21 46057422 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.011202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.031;QD=10.0339;RBI=0.0132252;REFB=-0.0181866;REVB=-0.00703006;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286688;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0591269;OID=.;OPOS=46057422;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:5:2:3:2:5:2 chr21 46057548 . A C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.717;QD=50.4081;RBI=0.103742;REFB=0;REVB=0.100099;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918676;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr21 46057590 . A T 141.34 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0193142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.415;QD=21.7443;RBI=0.0355761;REFB=-0.00694486;REVB=0.0298768;RO=10;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323641;STB=0.689453;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0081264;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:10:11:15:15:0.576923:6:9:10:0:6:9:11:0 chr21 46057958 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=6;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.122482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0777;QD=23.2138;RBI=0.139232;REFB=-0.020837;REVB=0.0662083;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0267024;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:6:5:0.833333:5:1:0:0:4:1:0:1 chr21 46074202 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.122;QD=40.7628;RBI=0.0474483;REFB=0;REVB=0.0154998;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520424;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr21 46074565 . C G 180.51 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0238981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.5183;QD=16.4102;RBI=0.0281846;REFB=0.016716;REVB=-0.0149416;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267159;STB=0.551672;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.022666;OID=.;OPOS=46074565;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:25:19:19:0.431818:13:6:2:19:13:6:6:19 chr21 46077946 . A C,G 488.02 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313597,-0.0218419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.583,56.1288;QD=57.4144;RBI=0.0520686,0.0319843;REFB=0,0;REVB=-0.0415658,-0.0233651;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.125152,0.00374802;OID=.,.;OPOS=46077946,46077946;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:0,11:2,21:0:0:0,11:2,21:0:0 chr21 46086718 . GA CG 38.87 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0484136;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=182.734;QD=9.14657;RBI=0.0664266;REFB=-0.0296082;REVB=-0.045482;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.58795;STBP=0.583;TYPE=mnp;VARB=0.0528687;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:10:11:6:6:0.352941:3:3:4:6:3:3:4:7 chr21 46086757 . GC AT,GT 183.76 PASS AF=0.875,0.125;AO=13,2;DP=16;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101777,0.0585118;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=200.546,105.096;QD=45.9409;RBI=0.106577,0.0621526;REFB=0,0;REVB=0.0316233,0.02096;RO=0;SAF=4,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0325539,-0.0435837;OID=.,.;OPOS=46086757,46086758;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:16:16:0:0:13,2:14,2:0.875,0.125:9,2:4,0:0:0:9,2:5,0:0:0 chr21 46086827 . C A 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00477883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8325;QD=22.5808;RBI=0.0191776;REFB=-0.044018;REVB=0.0185726;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0300692;OID=.;OPOS=46086827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr21 46101939 . C T 60.22 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.000831201;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9371;QD=8.92138;RBI=0.0373652;REFB=-0.0078261;REVB=0.0373559;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.636106;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0178003;OID=.;OPOS=46101939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:28:27:18:18:8:9:0.333333:5:3:3:15:6:3:3:15 chr21 46102015 . C T 271.57 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0071229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.5;QD=27.8533;RBI=0.0264747;REFB=-0.067586;REVB=0.0254985;RO=14;SAF=7;SAR=17;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514841;STB=0.515139;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0302959;OID=.;OPOS=46102015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:24:25:0.641026:17:7:5:9:17:8:5:9 chr21 46117792 . G A 42.21 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0412334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.052;QD=18.7614;RBI=0.0421876;REFB=-0.0540882;REVB=-0.00892227;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0418845;OID=.;OPOS=46117792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr21 46233863 . G C 151.89 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00412181;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.407;QD=17.3583;RBI=0.00794125;REFB=-0.018854;REVB=0.0067878;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.513498;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0531102;OID=.;OPOS=46233863;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:18:16:17:0.485714:7:9:10:9:8:9:10:8 chr21 46271452 . C T 238.61 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.00656376;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.345;QD=13.8325;RBI=0.0168426;REFB=-0.0119621;REVB=-0.015511;RO=40;SAF=4;SAR=24;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286781;STB=0.662203;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0115125;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:41:28:28:0.405797:24:4:13:27:24:4:13:28 chr21 46311813 . A G 902.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0760023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8246;QD=58.2252;RBI=0.0922115;REFB=0;REVB=-0.0522168;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261774;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr21 46314907 . T A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.626;QD=62.3492;RBI=0.0462318;REFB=0;REVB=0.0270856;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024638;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr21 46323316 . G A 209.11 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.00237958;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.271;QD=9.39821;RBI=0.00521803;REFB=-0.0111334;REVB=-0.00464386;RO=61;SAF=8;SAR=19;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223948;STB=0.638831;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0266893;OID=.;OPOS=46323316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:62:27:27:0.303371:19:8:29:32:19:8:30:32 chr21 46328099 . T C 272.08 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0499265;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.432;QD=14.1341;RBI=0.0508058;REFB=-0.00398482;REVB=-0.00941143;RO=45;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170801;STB=0.593483;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00488528;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:45:46:31:31:0.402597:24:7:16:29:24:7:16:30 chr21 46330628 . C T 168.61 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00468808;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.951;QD=15.3284;RBI=0.0205513;REFB=-0.0257064;REVB=-0.0200094;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173553;STB=0.599891;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0362558;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:10:16:8:10:10:16 chr21 46353637 . T C 406.17 PASS AF=0.337748;AO=50;DP=151;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=54;FWDB=-0.0135516;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.529;QD=10.7596;RBI=0.0198239;REFB=-0.00389113;REVB=0.0144687;RO=95;SAF=23;SAR=27;SRF=42;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205997;STB=0.507039;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00847002;OID=.;OPOS=46353637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:95:100:50:51:0.337748:27:23:42:53:27:24:46:54 chr21 46353985 . A G 235.51 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0197425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.6879;QD=17.4452;RBI=0.0384321;REFB=0.0165046;REVB=-0.0329736;RO=29;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0121892;OID=.;OPOS=46353985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:28:25:26:0.481481:13:12:15:14:13:13:14:14 chr21 46354055 . A G 838.36 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1355;QD=55.8909;RBI=0.0041492;REFB=0;REVB=-0.00223877;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120665;OID=.;OPOS=46354055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:55:60:1:20:35:0:0:23:37:0:0 chr21 46354837 . C T 243.25 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0518822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.912;QD=19.4599;RBI=0.0531656;REFB=-0.022331;REVB=-0.0116111;RO=25;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384939;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0334298;OID=.;OPOS=46354837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:23:24:0.48:12:11:13:12:12:12:13:13 chr21 46355710 . A G 468.61 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0225346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.3;QD=15.6202;RBI=0.0248505;REFB=-0.0167095;REVB=-0.0104756;RO=67;SAF=26;SAR=26;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525557;STB=0.533321;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0230831;OID=.;OPOS=46355710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:68:52:52:0.433333:26:26:30:37:26:26:30:38 chr21 46387078 . G T 35.13 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00889645;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.372;QD=14.0513;RBI=0.0562421;REFB=-0.0312761;REVB=0.055534;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0112027;OID=.;OPOS=46387078;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:3:2:3:2:3:2:3:2 chr21 46396659 . G C 1122.94 PASS AF=0.489177;AO=112;DP=230;FAO=113;FDP=231;FR=.;FRO=118;FSAF=41;FSAR=72;FSRF=37;FSRR=81;FWDB=-0.0118621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.384;QD=19.4448;RBI=0.0258601;REFB=-0.0257761;REVB=0.0229791;RO=115;SAF=40;SAR=72;SRF=36;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449432;STB=0.527626;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0213783;OID=.;OPOS=46396659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:231:115:118:112:113:0.489177:72:40:36:79:72:41:37:81 chr21 46572572 . A G 640.29 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7627;QD=60.98;RBI=0.0714321;REFB=0;REVB=-0.0184772;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140271;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr21 46705345 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0116165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.504;QD=13.5055;RBI=0.0268014;REFB=-0.00352961;REVB=-0.0241532;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104933;STB=0.560881;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00484709;OID=.;OPOS=46705345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:14:3:3:9:14:3 chr21 46705621 . G A 230.5 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00126123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.657;QD=19.6169;RBI=0.00481752;REFB=-0.020236;REVB=0.00464949;RO=23;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609466;STB=0.532319;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0122295;OID=.;OPOS=46705621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:22:23:0.489362:12:10:12:11:12:11:13:11 chr21 46875564 . T C 769.24 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.766;QD=56.9808;RBI=0.0367495;REFB=0;REVB=0.0126234;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50687e-05;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:35:19:0:0:35:19:0:0 chr21 46951556 . A G 498.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.739;QD=58.6087;RBI=0.0347633;REFB=0;REVB=0.0267616;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52821e-05;OID=.;OPOS=46951556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:12:21:0:0:12:22:0:0 chr21 46957794 . T C 1525.7 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000763007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.325;QD=59.8313;RBI=0.0547704;REFB=0;REVB=0.054765;RO=0;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128916;OID=.;OPOS=46957794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:49:53:0:0:49:53:0:0 chr21 47329352 . T C 892.32 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.43;QD=56.6555;RBI=0.0539681;REFB=0;REVB=0.033105;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911322;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:63:0:0:58:63:1:32:26:0:0:37:26:0:0 chr21 47404302 . G A 967.84 PASS AF=0.49505;AO=94;DP=202;FAO=100;FDP=202;FR=.;FRO=102;FSAF=52;FSAR=48;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=0.0127515;FXX=0.00492587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.872;QD=19.1652;RBI=0.0136377;REFB=-0.0186701;REVB=0.00483593;RO=103;SAF=52;SAR=42;SRF=61;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375901;STB=0.534599;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0193425;OID=.;OPOS=47404302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:103:102:94:100:0.49505:42:52:61:42:48:52:60:42 chr21 47409503 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.283;QD=57.1984;RBI=0.0237046;REFB=0;REVB=0.010249;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113503;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr21 47417415 . C A 184.46 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.114606;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.8166;QD=24.5943;RBI=0.116763;REFB=-0.0442993;REVB=-0.022337;RO=13;SAF=2;SAR=16;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750421;STB=0.52938;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00918881;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:31:30:13:12:18:18:0.6:16:2:2:11:16:2:1:11 chr21 47420725 . TC T,TG 990.12 PASS AF=0.0972222,0.902778;AO=10,51;DP=68;FAO=7,65;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,40;FSAR=6,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443225,-0.127057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.2129,53.701;QD=55.0067;RBI=0.0449718,0.128258;REFB=0,0;REVB=0.0076145,0.0175079;RO=1;SAF=1,36;SAR=9,15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0471711,0.0303527;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00962057,0.0161521;OID=.,.;OPOS=47420726,47420726;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0972222,0.902778:10,51:68:7,65:72:0:1,40:6,25:0:0:15:1:1,36:9,15:0:1 chr21 47536546 . C T 723.84 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0413493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.033;QD=54.6292;RBI=0.04517;REFB=-0.0280631;REVB=-0.0181814;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159663;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000796551;OID=.;OPOS=47536546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:1:0:23:29:1:0 chr21 47538960 . G A 235.04 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024493;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.508;QD=44.7688;RBI=0.0307858;REFB=-0.0830158;REVB=0.018651;RO=1;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705879;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0138798;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:21:21:1:1:19:20:0.952381:6:13:0:1:7:13:0:1 chr21 47542861 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3929;QD=45.8066;RBI=0.0312349;REFB=0;REVB=0.0241148;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153709;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr21 47545155 . A G 949.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.603;QD=58.4063;RBI=0.0261081;REFB=0;REVB=0.00215699;RO=0;SAF=49;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344191;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:15:49:0:0:16:49:0:0 chr21 47545768 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2678;QD=48.7363;RBI=0.0795894;REFB=0;REVB=-0.07845;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00181278;OID=.;OPOS=47545768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr21 47545823 . G A 495.74 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0107453;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.334;QD=52.1835;RBI=0.0401547;REFB=-0.0896333;REVB=0.0386903;RO=3;SAF=23;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00155754;STB=0.500834;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00108368;OID=.;OPOS=47545823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:12:23:2:1:12:23:2:1 chr21 47545826 . C T 521.41 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00243588;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8511;QD=54.8852;RBI=0.0288583;REFB=-0.109695;REVB=0.0287553;RO=2;SAF=23;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389783;STB=0.520822;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00690405;OID=.;OPOS=47545826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:2:2:36:36:0.947368:13:23:2:0:13:23:2:0 chr21 47545913 . G A 871.3 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.451;QD=56.2129;RBI=0.021396;REFB=-0.105513;REVB=0.0111822;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000688142;OID=.;OPOS=47545913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:1:0:24:37:1:0 chr21 47556793 . C T 303.51 PASS AF=0.925926;AO=23;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0417493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.8947;QD=44.9642;RBI=0.0429004;REFB=-0.159105;REVB=0.00987117;RO=1;SAF=19;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237537;STB=0.544004;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00355287;OID=.;OPOS=47556793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:1:2:23:25:0.925926:4:19:1:0:4:21:1:1 chr21 47575372 . C T 39.58 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0139569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4896;QD=13.1949;RBI=0.0435036;REFB=-0.0151266;REVB=0.041204;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138347;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0466443;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:3:3:4:2:3:3:4:2 chr21 47608580 . G A 124.72 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0144091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.241;QD=10.1811;RBI=0.0748235;REFB=-0.009339;REVB=-0.0734229;RO=33;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755652;STB=0.558743;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0245015;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:5:10:20:13:5:10:20:14 chr21 47609677 . A G 268.08 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0103911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.457;QD=28.9821;RBI=0.145149;REFB=0.0198517;REVB=-0.144777;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00683284;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:12:13:24:24:0.648649:10:14:7:5:10:14:7:6 chr21 47610066 . T C 200.69 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0928145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.594;QD=20.5837;RBI=0.0934006;REFB=-0.0574557;REVB=0.0104473;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3765;STB=0.73112;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0187968;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:14:6:13:4:14:6:15:4 chr21 47612466 . A G 193.36 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0729472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.462;QD=12.6793;RBI=0.0746734;REFB=-0.0388955;REVB=0.0159631;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112232;STB=0.56465;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0484742;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:21:16:8:16:21:16 chr21 47612471 . T C 174.04 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0350283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4697;QD=11.6029;RBI=0.0513999;REFB=-0.0432385;REVB=0.0376161;RO=38;SAF=15;SAR=7;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122138;STB=0.571125;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0833392;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:7:15:22:16:7:15:22:16 chr21 47612512 . C CTG 83.53 PASS AF=0.289474;AO=9;DP=50;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0635752;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=2;MLLD=147.221;QD=8.79312;RBI=0.0638772;REFB=-0.0238254;REVB=-0.00620357;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370541;STB=0.647635;STBP=0.272;TYPE=ins;VARB=0.0646184;OID=.;OPOS=47612513;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:9:50:11:38:27:5:6:18:9:83:37:3:6:24:13 chr21 47613004 . T C 50.11 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0199587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4666;QD=5.89564;RBI=0.092966;REFB=-0.0184216;REVB=-0.0907982;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171073;STB=0.589049;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0485409;OID=.;OPOS=47613004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:34:34:24:26:8:8:0.235294:6:2:9:15:6:2:9:17 chr21 47613623 . C T 60.56 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=-0.0703129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0165;QD=3.1872;RBI=0.0832759;REFB=-0.0201067;REVB=-0.0446204;RO=62;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239119;STB=0.504497;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.111544;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:76:76:62:64:12:12:0.157895:7:5:27:35:7:5:27:37 chr21 47614469 . A C 238.32 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00924154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.537;QD=16.1571;RBI=0.00935549;REFB=-0.018572;REVB=-0.00145576;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682444;STB=0.538433;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0201068;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:15:12:12:20:15:12:12:20 chr21 47635176 . T C 117.73 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0833841;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4134;QD=8.40925;RBI=0.0833938;REFB=-0.00707275;REVB=-0.00127287;RO=38;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16843;STB=0.605127;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0145458;OID=.;OPOS=47635176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:40:16:16:0.285714:5:11:21:17:5:11:22:18 chr21 47635627 . C G 163.66 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.025046;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.715;QD=14.2312;RBI=0.0267086;REFB=-0.0293663;REVB=0.00927602;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0465487;OID=.;OPOS=47635627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:28:17:18:0.391304:9:8:15:14:9:9:14:14 chr21 47641794 . C T 183.04 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0210225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2417;QD=13.3119;RBI=0.0212051;REFB=-0.0113858;REVB=0.00277713;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222312;STB=0.62779;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0123825;OID=.;OPOS=47641794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:8:14:14:19:8:14:14:19 chr21 47642609 . G A 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00573748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.164;QD=15.4091;RBI=0.00734536;REFB=-0.00530713;REVB=0.00458647;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755555;STB=0.536695;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00760701;OID=.;OPOS=47642609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:34:27:27:0.442623:19:8:12:21:19:8:12:22 chr21 47650362 . C T 128.33 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00501236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.327;QD=12.2218;RBI=0.0053797;REFB=0.0013716;REVB=0.00195382;RO=25;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17037;STB=0.57682;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.00267666;OID=.;OPOS=47650362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:27:15:15:0.357143:6:9:11:14:6:9:13:14 chr21 47676711 . G A 187.92 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0156746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7454;QD=20.3161;RBI=0.042945;REFB=-0.0307715;REVB=0.0399823;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117232;STB=0.566301;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0300597;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:9:9:12:7:9:9 chr21 47685939 . A G 242.27 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0130175;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.141;QD=18.6365;RBI=0.0153483;REFB=0.000347205;REVB=0.00813111;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885669;STB=0.595515;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=-0.000202191;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:26:25:26:0.5:14:11:12:10:15:11:16:10 chr21 47703649 . G A 143.54 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0227314;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.666;QD=8.32139;RBI=0.0264467;REFB=-0.014856;REVB=0.0135171;RO=48;SAF=15;SAR=5;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174268;STB=0.615261;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0426538;OID=.;OPOS=47703649;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:5:15:30:18:5:15:30:19 chr21 47704896 . G A 105.33 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0207559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8527;QD=11.087;RBI=0.0210099;REFB=-0.0117103;REVB=0.00325668;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410508;STB=0.761917;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0086415;OID=.;OPOS=47704896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:2:10:13:12:2:11:13:12 chr21 47734659 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00169625;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.601;QD=15.1604;RBI=0.0225478;REFB=-0.0170901;REVB=-0.0224839;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131328;STB=0.562422;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0223562;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:7:9:9:12:7:9:10:12 chr21 47773103 . C A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0201268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.873;QD=13.0887;RBI=0.0565806;REFB=-0.0155519;REVB=-0.0528799;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30247;STB=0.677196;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0216131;OID=.;OPOS=47773103;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:11:16:5:11:11:16 chr21 47777063 . G A 283.42 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0116817;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.563;QD=49.2898;RBI=0.0124654;REFB=-0.0157294;REVB=0.00435037;RO=1;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709088;STB=0.538425;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-2.37392e-05;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:6:16:0:1:6:16:0:1 chr21 47783796 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.779;QD=55.6558;RBI=0.0148909;REFB=0;REVB=-0.00421746;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62342e-05;OID=.;OPOS=47783796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr21 47786817 . C G 729.35 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236522;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6627;QD=63.4217;RBI=0.0561931;REFB=0;REVB=0.0509728;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067314;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr21 47787002 . T C 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00937412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.603;QD=56.1739;RBI=0.014566;REFB=0;REVB=-0.0111487;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.66385e-05;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr21 47836653 . C T 222.57 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.014672;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5717;QD=24.7298;RBI=0.0163664;REFB=-0.0023231;REVB=0.00725204;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117574;STB=0.592404;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00119872;OID=.;OPOS=47836653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:10:15:21:21:0.583333:8:13:6:4:8:13:6:9 chr21 47850484 . G C 58.18 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00712937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.773;QD=4.95151;RBI=0.067217;REFB=-0.00729276;REVB=-0.0668378;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163049;STB=0.607243;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0253482;OID=.;OPOS=47850484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:5:4:22:16:5:4:22:16 chr21 47851753 . A G 213.6 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0336613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.696;QD=27.5615;RBI=0.0337592;REFB=-0.0518865;REVB=0.00256915;RO=10;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353048;STB=0.711644;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0112588;OID=.;OPOS=47851753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:30:31:10:11:20:20:0.645161:15:5:8:2:15:5:9:2 chr21 47863757 . A C 264.05 PASS AF=0.6;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00576798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.808;QD=26.4049;RBI=0.0210511;REFB=-0.0309309;REVB=0.0202454;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213591;OID=.;OPOS=47863757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:16:24:24:0.6:12:12:8:7:12:12:8:8 chr21 47910523 . A G 47.0 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0298525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.697;QD=10.4443;RBI=0.0662252;REFB=-0.00321312;REVB=0.0591152;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.509776;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00372978;OID=.;OPOS=47910523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:3:8:5:2:3:8 chr21 47945533 . GCTC G 101.09 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.00349786;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.588;QD=13.9434;RBI=0.0319198;REFB=-0.00876609;REVB=0.0317276;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257536;STB=0.610947;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=0.0154616;OID=.;OPOS=47945534;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:12:31:12:29:17:8:4:14:3:99:16:8:4:14:2 chr21 47959692 . G A 361.09 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0133984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.441;QD=32.8263;RBI=0.0274959;REFB=-0.0352937;REVB=-0.0240105;RO=14;SAF=18;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059802;STB=0.532688;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0123186;OID=.;OPOS=47959692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:14:30:30:0.681818:12:18:7:7:12:18:7:7 chr21 47959698 . C T 344.05 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0117467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.822;QD=31.2771;RBI=0.0192686;REFB=-0.0359071;REVB=0.015274;RO=14;SAF=17;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948452;STB=0.541372;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0179273;OID=.;OPOS=47959698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:15:29:29:0.659091:12:17:6:8:12:17:7:8 chr21 47961711 . G A 410.33 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0243557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1536;QD=18.2368;RBI=0.0306122;REFB=-0.013876;REVB=0.0185448;RO=46;SAF=12;SAR=30;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277251;STB=0.666584;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0171848;OID=.;OPOS=47961711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:48:42:42:0.466667:30:12:26:20:30:12:28:20 chr21 47970581 . G A 286.4 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0251146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2432;QD=24.374;RBI=0.0251339;REFB=0.000486701;REVB=0.000985233;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486878;STB=0.51484;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00103672;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:21:26:26:0.553191:14:12:8:12:14:12:9:12 chr21 47974582 . A G 236.05 PASS AF=0.469388;AO=24;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.127428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7605;QD=19.269;RBI=0.127604;REFB=-0.0131176;REVB=-0.00668934;RO=25;SAF=7;SAR=17;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257361;STB=0.679835;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00814717;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:24:23:0.469388:17:7:14:11:17:6:15:11 chr21 47978321 . G C,GC 1223.26 PASS AF=0,1;AO=4,78;DP=85;FAO=0,83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,46;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0684252,0.000506824;FXX=0.0119033;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=5.66249,26.0741;QD=58.9521;RBI=0.138563,0.109594;REFB=0,0;REVB=0.120489,0.109593;RO=3;SAF=4,41;SAR=0,37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.705357,-0.0099094;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00154833;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:85:83:3:0:4,78:0,83:0,1:0,37:4,41:2:1:0,37:0,46:0:0 chr21 47985655 . C T 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00315292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.195;QD=22.9576;RBI=0.00318761;REFB=-0.0110194;REVB=-0.000468989;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143451;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0114125;OID=.;OPOS=47985655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:7:9:4:7:7:9:4:7 chr21 48022230 . C G 119.52 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0203689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.084;QD=13.6595;RBI=0.0207411;REFB=0.00255255;REVB=0.00391173;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122488;STB=0.571329;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00328661;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:7:7:13:8:7:7:13:8 chr21 48063476 . C G 865.32 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.024261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4391;QD=50.9013;RBI=0.0465441;REFB=-0.0350882;REVB=-0.039721;RO=5;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061201;STB=0.532457;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0169852;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:5:5:63:63:0.926471:36:27:0:5:36:27:0:5 chr21 48084820 . C G 220.42 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0409453;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.42;QD=16.0307;RBI=0.040985;REFB=-0.0265452;REVB=0.00180326;RO=30;SAF=6;SAR=19;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395973;STB=0.725003;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0207197;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:30:30:25:25:0.454545:19:6:19:11:19:6:19:11 chr22 16287372 . C T 78.59 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00665183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.956;QD=6.41541;RBI=0.0128044;REFB=-0.00548553;REVB=-0.010941;RO=38;SAF=8;SAR=3;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133712;STB=0.586042;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0121146;OID=.;OPOS=16287372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:3:8:24:14:3:8:24:14 chr22 17072483 . A G 397.09 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175016;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.393;QD=56.7267;RBI=0.0336139;REFB=0;REVB=0.0286983;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336097;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr22 17073066 . A G 336.51 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0128043;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.562;QD=51.7714;RBI=0.03921;REFB=-0.17142;REVB=0.0370604;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00287878;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:10:15:1:0:10:15:1:0 chr22 17264565 . G T 613.69 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.2;QD=61.3685;RBI=0.0236515;REFB=0;REVB=0.0222983;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102254;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr22 17265124 . A C 95.53 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00621418;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.849;QD=34.7391;RBI=0.0106354;REFB=-0.18129;REVB=-0.00863113;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00228151;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr22 17446991 . C T 594.15 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0652023;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3531;QD=56.5853;RBI=0.0906418;REFB=-0.032302;REVB=-0.0629651;RO=3;SAF=27;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498376;STB=0.509429;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0021938;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:3:2:40:40:0.952381:13:27:1:2:13:27:1:1 chr22 17469026 . G A 676.85 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0113278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.362;QD=60.1643;RBI=0.029284;REFB=-0.0457269;REVB=0.0270043;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00028115;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:30:14:0:0:30:14:0:1 chr22 17469049 . C A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.702;QD=59.0167;RBI=0.0334961;REFB=0;REVB=0.0164235;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148135;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr22 17590303 . A AC 30.51 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.074029;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.3361;QD=5.30674;RBI=0.096972;REFB=-0.0289198;REVB=0.0626361;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499583;STB=0.531163;STBP=0.886;TYPE=ins;VARB=0.0989839;OID=.;OPOS=17590304;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:23:7:23:16:5:2:12:4:30:16:5:2:12:4 chr22 17600497 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0647193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.61;QD=16.199;RBI=0.0660961;REFB=-0.0513724;REVB=0.0134206;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0380182;OID=.;OPOS=17600497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr22 17600977 . G A 223.53 PASS AF=0.490196;AO=18;DP=44;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00834166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.043;QD=17.5315;RBI=0.235386;REFB=-0.00658888;REVB=0.235238;RO=24;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152093;STB=0.626445;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0118646;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:51:24:26:18:25:0.490196:7:11:18:6:14:11:18:8 chr22 17602839 . G A 63.26 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0264739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.59;QD=8.72566;RBI=0.0468831;REFB=-0.00627729;REVB=-0.0386931;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192227;STB=0.618777;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0198801;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:10:10:6:3:10:10 chr22 17603503 . G A 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0201257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0429;QD=22.9242;RBI=0.0394152;REFB=0.00826459;REVB=0.0338897;RO=24;SAF=12;SAR=22;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178262;STB=0.590854;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00478384;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:22:12:14:10:22:12:14:11 chr22 17630486 . C A 133.4 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00380039;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.547;QD=22.2339;RBI=0.00396262;REFB=-0.0349347;REVB=-0.00112221;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984057;STB=0.555478;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0256336;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:7:3:6:8:7:3 chr22 17669306 . T C 71.93 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0390824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5239;QD=8.22002;RBI=0.0498695;REFB=0.0119423;REVB=0.0309763;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787474;STB=0.548919;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0301654;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:7:3:9:16:7:3:9:16 chr22 17990852 . G A 177.08 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0336798;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.222;QD=20.2375;RBI=0.0338522;REFB=-0.0127278;REVB=0.00341249;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723083;STB=0.540938;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0103419;OID=.;OPOS=17990852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:8:9:11:7:8:9 chr22 18209612 . CA C,CG 344.67 PASS AF=0.384615,0.615385;AO=7,17;DP=24;FAO=10,16;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810806,-0.0916197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.2401,62.1562;QD=53.0258;RBI=0.0812582,0.0981263;REFB=0,0;REVB=-0.00536946,-0.0351371;RO=0;SAF=7,2;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.95117e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00683994,0.0136911;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.384615,0.615385:7,17:24:10,16:26:0:10,1:0,15:0:0:49:0:7,2:0,15:0:0 chr22 18324564 . C T 717.52 PASS AF=0.982759;AO=50;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.21705;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.255;QD=49.4841;RBI=0.226864;REFB=-0.150192;REVB=0.0660032;RO=7;SAF=23;SAR=27;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12374;STB=0.509088;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00422909;OID=.;OPOS=18324564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:7:1:50:57:0.982759:27:23:7:0:27:30:0:1 chr22 18571008 . G A 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0138187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.201;QD=6.57158;RBI=0.0197867;REFB=-0.0144585;REVB=-0.0141619;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214621;STB=0.636116;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0450544;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:20:17:7:4:20:17 chr22 18571828 . T C 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.622;QD=57.1912;RBI=0.0467625;REFB=0;REVB=-0.0166787;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250522;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:24:6:0:0:24:6:0:0 chr22 18572106 . T A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0570721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4341;QD=13.206;RBI=0.0915964;REFB=-0.0338073;REVB=0.0716428;RO=6;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372539;STB=0.713771;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.025891;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:2:4:6:0:2:4:6:0 chr22 18609642 . C T 289.15 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0358508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0685;QD=25.7023;RBI=0.0474778;REFB=0.00369629;REVB=-0.0311264;RO=19;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219314;STB=0.622251;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00421655;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:19:7:10:9:19:7:10:9 chr22 18628436 . T C 155.79 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00950468;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.59;QD=22.2555;RBI=0.010644;REFB=-0.00584605;REVB=-0.00479113;RO=12;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221621;STB=0.624844;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00905131;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:12:16:16:0.571429:10:6:8:4:10:6:8:4 chr22 18628499 . G T 354.34 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00839691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.118;QD=21.4753;RBI=0.00973345;REFB=-0.0130758;REVB=-0.00492259;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18627;STB=0.602616;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00931639;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:19:17:21:9:19:17:21:9 chr22 18628632 . C T 290.06 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0200722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1513;QD=16.5746;RBI=0.0646899;REFB=-0.00623379;REVB=0.061497;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131274;STB=0.573667;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00856974;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:17:15:23:15:17:15:23:15 chr22 18628715 . C T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00454523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.508;QD=18.2485;RBI=0.0052238;REFB=-0.00662044;REVB=-0.00257468;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167751;STB=0.596124;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00382439;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:7:5:8:5:7:5 chr22 18900750 . G A 410.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00794247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.682;QD=56.6784;RBI=0.012672;REFB=0;REVB=0.00987404;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109546;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr22 18901004 . C T 193.0 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0264761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.434;QD=40.6304;RBI=0.0357305;REFB=-0.153558;REVB=-0.0239934;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436347;STB=0.509543;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00571199;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:10:7:0:1:10:7:1:1 chr22 18904414 . A G 229.41 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0322447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.447;QD=45.8814;RBI=0.0346709;REFB=-0.0594051;REVB=0.0127416;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00286131;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:18:19:0.95:11:7:0:0:12:7:1:0 chr22 18907124 . G A 577.0 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0226238;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=179.08;QD=52.4542;RBI=0.0231169;REFB=-0.200125;REVB=0.00474887;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.502277;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00237669;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:44:44:1:4:40:40:0.909091:19:21:0:1:19:21:2:2 chr22 18908875 . A G 561.12 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9325;QD=57.5508;RBI=0.14393;REFB=0;REVB=-0.0910691;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00402632;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:2:0:37:39:1:19:18:2:0:19:20:0:0 chr22 18910355 . G T 264.41 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0149289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6664;QD=20.7382;RBI=0.0746395;REFB=0.00202006;REVB=0.0731313;RO=24;SAF=19;SAR=8;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046949;STB=0.502616;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=8.12958e-05;OID=.;OPOS=18910355;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:8:19:17:7:8:19:17:7 chr22 18912678 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3947;QD=63.5816;RBI=0.0128551;REFB=0;REVB=-0.0127394;RO=0;SAF=12;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79383e-05;OID=.;OPOS=18912678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:35:12:0:0:35:12:0:0 chr22 19026613 . A G 226.91 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0409877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3326;QD=15.6488;RBI=0.0840756;REFB=0.00520367;REVB=-0.0734078;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229121;STB=0.630148;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00708675;OID=.;OPOS=19026613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:18:8:17:15:18:8:17:15 chr22 19028643 . C T 474.35 PASS AF=0.417323;AO=53;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.0186437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.247;QD=14.9402;RBI=0.0189263;REFB=-0.0209716;REVB=0.00325844;RO=74;SAF=28;SAR=25;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409583;STB=0.523004;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0334481;OID=.;OPOS=19028643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:74:74:53:53:0.417323:25:28:42:32:25:28:42:32 chr22 19034240 . A G 1316.77 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.995;QD=61.9655;RBI=0.0648943;REFB=0;REVB=0.053223;RO=0;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40248e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156133;OID=.;OPOS=19034240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:85:0:0:81:85:1:30:51:0:0:33:52:0:0 chr22 19034274 . G A 454.81 PASS AF=0.494505;AO=44;DP=90;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0268794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.55;QD=19.9915;RBI=0.0332282;REFB=-0.052591;REVB=-0.0195348;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101613;STB=0.549686;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0429989;OID=.;OPOS=19034274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:46:46:44:45:0.494505:24:20:26:20:24:21:26:20 chr22 19048413 . A G 830.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692422;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.278;QD=57.2888;RBI=0.0714057;REFB=0;REVB=0.0174441;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915714;OID=.;OPOS=19048413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:35:22:0:0:35:23:0:0 chr22 19048449 . G A 247.15 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0682281;FXX=0.0444346;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.289;QD=22.9904;RBI=0.0685861;REFB=-0.0385972;REVB=0.0069983;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122935;STB=0.576546;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0234068;OID=.;OPOS=19048449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:22:23:0.534884:12:10:12:8:13:10:12:8 chr22 19121721 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00405972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.078;QD=13.2049;RBI=0.0320002;REFB=-0.035607;REVB=-0.0317416;RO=6;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202122;STB=0.624529;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0294468;OID=.;OPOS=19121721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:5:1:2:4:5:1:2:4 chr22 19122665 . C T 726.14 PASS AF=0.65;AO=63;DP=98;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0042478;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.624;QD=29.0454;RBI=0.0187969;REFB=-0.0243694;REVB=0.0183106;RO=34;SAF=24;SAR=39;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155767;STB=0.58062;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0110972;OID=.;OPOS=19122665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:34:35:63:65:0.65:39:24:21:13:39:26:22:13 chr22 19124866 . G A 86.85 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00482323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9803;QD=12.8669;RBI=0.0184866;REFB=-0.0273349;REVB=0.0178463;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259909;STB=0.653058;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0498485;OID=.;OPOS=19124866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:6:10:4:7:6:10 chr22 19163577 . C CAT 713.33 PASS AF=1;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648911;FXX=0.0384541;HRUN=0;LEN=2;MLLD=260.844;QD=57.066;RBI=0.0721402;REFB=0;REVB=0.0315175;RO=2;SAF=20;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00752343;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000184293;OID=.;OPOS=19163578;OREF=-;OALT=AT;OMAPALT=CAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:53:50:50:0:20:30:0:0:4:2:20:30:1:1 chr22 19167385 . C A 370.88 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0520039;FXX=0.0253133;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3782;QD=19.2662;RBI=0.0765391;REFB=-0.0221435;REVB=-0.056159;RO=38;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500406;STB=0.522484;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0291376;OID=.;OPOS=19167385;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:38:38:0.493506:24:14:16:22:24:14:16:23 chr22 19167409 . T C 935.36 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.020147;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7862;QD=55.8422;RBI=0.0338775;REFB=-0.0340194;REVB=-0.0272356;RO=2;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242098;STB=0.512496;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00594352;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:2:2:64:65:0.970149:38:26:0:2:39:26:0:2 chr22 19172006 . T C 1503.36 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00499924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.935;QD=63.2995;RBI=0.00499966;REFB=0;REVB=-6.47679e-05;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.95457e-06;OID=.;OPOS=19172006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:92:95:1:40:52:0:0:43:52:0:0 chr22 19184095 . T C 260.53 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0566916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.606;QD=24.8123;RBI=0.0573143;REFB=-0.0159713;REVB=-0.00842582;RO=18;SAF=3;SAR=21;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14814;STB=0.583256;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0138836;OID=.;OPOS=19184095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:21:3:4:14:21:3:4:14 chr22 19189003 . A AC,C 370.87 PASS AF=1,0;AO=17,11;DP=31;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101944,-0.205005;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.9639,4.44058;QD=52.9811;RBI=0.132858,0.205014;REFB=0,0;REVB=0.0851978,0.00191626;RO=3;SAF=2,10;SAR=15,1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.125713,0.400429;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00909221,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:28:3:0:17,11:28,0:1,0:15,1:2,10:1:2:16,0:12,0:0:0 chr22 19197896 . T C 746.41 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.855;QD=63.5241;RBI=0.0501507;REFB=0;REVB=0.042482;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82884e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr22 19435266 . T C 302.82 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00160726;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.174;QD=16.8233;RBI=0.0136646;REFB=-0.0080308;REVB=-0.0135697;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395393;STB=0.515142;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0104113;OID=.;OPOS=19435266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:38:39:33:33:0.458333:17:16:20:18:17:16:20:19 chr22 19486600 . C T 241.61 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.025492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.155;QD=21.9643;RBI=0.0279657;REFB=-0.0236781;REVB=-0.0114995;RO=21;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00176574;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172282;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:11:12:11:10:11:12:11:10 chr22 19511925 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00722147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.204;QD=20.8379;RBI=0.0210666;REFB=-0.0151719;REVB=-0.0197902;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536388;STB=0.815495;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0124077;OID=.;OPOS=19511925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:1:4:1:8:1:4 chr22 19868218 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1591;QD=50.4115;RBI=0.0610831;REFB=0;REVB=0.0599592;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250826;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr22 19898886 . C T 594.71 PASS AF=0.616279;AO=52;DP=86;FAO=53;FDP=86;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00881953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1947;QD=27.6609;RBI=0.0117409;REFB=-0.0311319;REVB=-0.00775009;RO=33;SAF=25;SAR=27;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404125;STB=0.518299;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0107897;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:33:33:52:53:0.616279:27:25:14:19:28:25:14:19 chr22 19907099 . C A 192.94 PASS AF=0.324675;AO=25;DP=77;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0587956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6652;QD=10.0229;RBI=0.0649353;REFB=-0.00141639;REVB=0.0275619;RO=51;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353923;STB=0.527726;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00492658;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:52:25:25:0.324675:11:14:27:24:11:14:27:25 chr22 19907118 . G A 195.41 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00442929;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.276;QD=10.5625;RBI=0.00588814;REFB=-0.0267023;REVB=0.00387964;RO=49;SAF=13;SAR=12;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120723;STB=0.507037;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0573488;OID=.;OPOS=19907118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:12:13:26:23:12:13:26:23 chr22 19920949 . G A 149.04 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0337178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.583;QD=18.6301;RBI=0.0357282;REFB=-0.00598068;REVB=-0.0118157;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.531457;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.01024;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:8:8:7:9:8:8 chr22 19921003 . T C 289.28 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0632602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.537;QD=52.5962;RBI=0.0633084;REFB=0;REVB=-0.00246929;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000383908;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr22 19951207 . C G 269.2 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00842275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.063;QD=14.1685;RBI=0.0321448;REFB=-0.0120783;REVB=0.0310217;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232183;STB=0.637496;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0180961;OID=.;OPOS=19951207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:31:31:0.407895:12:19:17:27:12:19:17:28 chr22 19959473 . C T 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0557489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.705;QD=13.0877;RBI=0.0647525;REFB=-0.00983933;REVB=0.0329385;RO=27;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114319;STB=0.567595;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.04106;OID=.;OPOS=19959473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:13:3:7:20:13:3:7:20 chr22 19959955 . A G 178.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0440267;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.133;QD=13.7584;RBI=0.0461327;REFB=-0.0297774;REVB=-0.0137794;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171895;STB=0.590079;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0229888;OID=.;OPOS=19959955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:31:21:21:0.403846:12:9:19:13:12:9:18:13 chr22 19969075 . A G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00473191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.055;QD=7.04787;RBI=0.0320545;REFB=-0.0131173;REVB=-0.0317033;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569244;STB=0.53325;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0402657;OID=.;OPOS=19969075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:20:22:8:8:0.266667:4:4:9:11:4:4:10:12 chr22 20041098 . C T 161.51 PASS AF=0.62963;AO=16;DP=26;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00662702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5976;QD=23.9273;RBI=0.0485108;REFB=-0.0310741;REVB=-0.048056;RO=10;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444459;STB=0.532125;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.017749;OID=.;OPOS=20041098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:26:27:10:10:16:17:0.62963:4:12:7:3:4:13:7:3 chr22 20103158 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00795472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.942;QD=10.1722;RBI=0.0192457;REFB=-0.0101803;REVB=-0.0175248;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119748;OID=.;OPOS=20103158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:3:6:4:2:3:6 chr22 20458029 . A C 184.85 PASS AF=0.342857;AO=23;DP=69;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0040704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.997;QD=10.5626;RBI=0.0164367;REFB=-0.0139769;REVB=-0.0159247;RO=45;SAF=8;SAR=15;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115163;STB=0.571367;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0262907;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:45:46:23:24:0.342857:15:8:20:25:16:8:20:26 chr22 20458122 . C T 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=0.0347362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.859;QD=1.70756;RBI=0.0352306;REFB=0.00182654;REVB=0.00588196;RO=79;SAF=3;SAR=6;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587814;STB=0.545351;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0151325;OID=.;OPOS=20458122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:6:3:30:49:6:3:30:49 chr22 20739059 . G C 111.37 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0623588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5909;QD=16.4985;RBI=0.0623588;REFB=-0.0264688;REVB=2.42319e-05;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.64263;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0209973;OID=.;OPOS=20739059;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:14:14:11:13:0.481481:4:7:6:8:4:9:6:8 chr22 20771144 . A T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.945;QD=64.4145;RBI=0.0192609;REFB=0;REVB=0.0186694;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118088;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr22 20862646 . T G 739.46 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026808;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.638;QD=56.8812;RBI=0.0290444;REFB=0;REVB=0.0111762;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.32555e-05;OID=.;OPOS=20862646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:36:16:0:0:36:16:0:0 chr22 21044848 . A T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0238675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.781;QD=32.6186;RBI=0.0244408;REFB=2.67476e-06;REVB=-0.00526245;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201273;STB=0.610968;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000195022;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:4:0:8:7:4:0 chr22 21045405 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0358733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.484;QD=16.199;RBI=0.099015;REFB=-0.0166256;REVB=0.092288;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0160508;OID=.;OPOS=21045405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr22 21066789 . A G 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0153414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.628;QD=19.1095;RBI=0.0322226;REFB=-0.0176152;REVB=-0.0283362;RO=26;SAF=18;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495727;STB=0.527757;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0206247;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:9:18:16:10:9:18:16:10 chr22 21079909 . A G 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0159829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.608;QD=20.8979;RBI=0.0531832;REFB=-0.0420192;REVB=0.0507248;RO=4;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348619;STB=0.699532;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0177795;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:3:5:0:4:3:5:0:4 chr22 21141300 . T C 173.03 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0125224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8535;QD=18.706;RBI=0.0352548;REFB=-0.00938958;REVB=-0.0329559;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306817;STB=0.673286;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0136588;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:14:5:11:7:14:5 chr22 21167787 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0310335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.158;QD=11.8815;RBI=0.0312968;REFB=-0.0137908;REVB=0.00405099;RO=28;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820829;STB=0.504848;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0196016;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:9:6:11:17:9:6:11:17 chr22 21213416 . A G 251.87 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00381884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.745;QD=14.816;RBI=0.0134567;REFB=-0.0129284;REVB=-0.0129035;RO=39;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135327;STB=0.507671;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0194094;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:13:16:21:18:13:16:21:18 chr22 21304408 . A G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0210844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.971;QD=19.0169;RBI=0.0300148;REFB=-0.0178997;REVB=0.0213621;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0260689;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr22 21306743 . A G 197.77 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0430989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7791;QD=14.6495;RBI=0.0737038;REFB=0.000646174;REVB=0.0597891;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174729;STB=0.599911;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.000538484;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:16:15:15:8:16:15 chr22 21307706 . GTTTTAAAAC GTTTAAAAC,GTTTTAA,GTTTTAAAC 38.53 PASS AF=0,0.28,0;AO=3,6,4;DP=24;FAO=0,7,0;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=0,4,0;FSAR=0,3,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.334511,-0.043942,-0.0844463;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,3,1;MLLD=14.5714,181.84,13.1599;QD=6.16404;RBI=0.346206,0.0439944,0.29658;REFB=-0.0812309,-0.0152477,-0.110551;REVB=0.0892229,-0.00214757,-0.284303;RO=4;SAF=3,4,0;SAR=0,2,4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0.325513,0.325513;SSEP=0.325513,0,0;SSSB=0.729277,0.279564,-0.687804;STB=0.5,0.702782,0.5;STBP=1,0.247,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0163175,0.0453517,0;OID=.,.,.;OPOS=21307707,21307713,21307711;OREF=T,AAC,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTTTAAAAC,GTTTTAA,GTTTTAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.28,0:3,6,4:24:0,7,0:25:18:0,4,0:0,3,0:5:13:37:4:3,4,0:0,2,4:1:3 chr22 21327589 . C T 596.79 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0391727;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.562;QD=56.8374;RBI=0.041809;REFB=-0.0942231;REVB=0.0146115;RO=2;SAF=29;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248513;STB=0.513268;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00123431;OID=.;OPOS=21327589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:11:29:1:1:11:29:1:1 chr22 21331043 . A T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.406;QD=49.5934;RBI=0.00487251;REFB=0;REVB=-0.00372018;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40352e-05;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr22 21335259 . C A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490447;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.228;QD=62.3509;RBI=0.064446;REFB=0;REVB=0.041808;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167071;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr22 21335606 . C T 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0743544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5452;QD=40.6397;RBI=0.0823962;REFB=-0.109747;REVB=-0.0355044;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179609;STB=0.599839;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00411151;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:1:0:12:2:1:0 chr22 21335611 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.682;QD=47.8224;RBI=0.0486838;REFB=0;REVB=0.0233031;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500854;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr22 21354970 . C G 766.13 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00755499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.978;QD=56.75;RBI=0.0527199;REFB=0;REVB=0.0521758;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298913;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:48:54:1:21:27:0:0:25:29:0:0 chr22 21377301 . C A 1191.0 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00264088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.083;QD=59.5501;RBI=0.0161938;REFB=-0.11282;REVB=-0.015977;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000196407;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:0:1:78:79:0.9875:33:45:0:0:33:46:0:1 chr22 21385277 . C T 225.13 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0209716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1045;QD=20.4668;RBI=0.0449142;REFB=-0.015955;REVB=0.0397175;RO=22;SAF=7;SAR=15;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971811;STB=0.554408;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0126268;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:15:7:5:17:15:7:5:17 chr22 21385843 . G A 170.26 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0501209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4505;QD=17.026;RBI=0.0532468;REFB=-0.00751672;REVB=0.0179754;RO=22;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273901;STB=0.657554;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00780352;OID=.;OPOS=21385843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:13:5:12:10:13:5:12:10 chr22 21386019 . G A 32.31 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.169693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.135;QD=16.1529;RBI=0.17052;REFB=0.000742285;REVB=0.016769;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201109;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00664771;OID=.;OPOS=21386019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:4:3:4:5:0.625:2:2:1:3:2:3:0:3 chr22 21797094 . C G 80.92 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194388;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.2611;QD=32.3679;RBI=0.0737389;REFB=0.0513007;REVB=0.0711306;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00592878;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr22 21800444 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.574;QD=57.1052;RBI=0.0621731;REFB=0;REVB=0.0396838;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230523;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr22 21801588 . T A 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.933;QD=57.6594;RBI=0.0310933;REFB=0;REVB=-0.00514037;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14701e-05;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr22 21822725 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9712;QD=56.1859;RBI=0.036821;REFB=0;REVB=-0.0159995;RO=0;SAF=3;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106047;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:25:3:0:0:25:3:0:0 chr22 21982892 . C T 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.376;QD=36.3434;RBI=0.0375886;REFB=-0.144713;REVB=-0.0225122;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00335975;OID=.;OPOS=21982892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr22 21984205 . A G 1249.18 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318159;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2683;QD=61.6877;RBI=0.0469341;REFB=0;REVB=-0.0345046;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194152;OID=.;OPOS=21984205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:80:81:1:39:41:0:0:39:42:0:0 chr22 21988411 . AG A 56.62 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0621534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.60056;QD=10.7847;RBI=0.164092;REFB=-0.125683;REVB=0.151866;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0.345511;SSSB=0.484843;STB=0.687164;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.120464;OID=.;OPOS=21988412;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:12:21:13:21:8:11:2:4:4:33:8:11:1:4:4 chr22 22277571 . A C 232.63 PASS AF=0.325843;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=89;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=49;FWDB=-0.0647621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.063;QD=10.4553;RBI=0.0688884;REFB=-0.0111974;REVB=-0.0234837;RO=56;SAF=1;SAR=28;SRF=9;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468612;STB=0.813244;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0134837;OID=.;OPOS=22277571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:60:29:29:0.325843:28:1:9:47:28:1:11:49 chr22 22312315 . C T 140.11 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0196472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3475;QD=20.7569;RBI=0.0201372;REFB=-0.0499788;REVB=-0.00441498;RO=10;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12026;STB=0.559922;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0259914;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:10:12:15:15:0.555556:7:8:7:3:7:8:8:4 chr22 22312350 . GG CC 105.01 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0694702;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=78.8418;QD=20.0025;RBI=0.0773472;REFB=0.024156;REVB=-0.0340071;RO=9;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236841;STB=0.606124;STBP=0.296;TYPE=mnp;VARB=-0.0202457;OID=.;OPOS=22312350;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:9:9:11:12:0.571429:7:4:6:3:7:5:6:3 chr22 22330082 . T C 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.016622;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.116;QD=20.3167;RBI=0.100036;REFB=-6.88217e-05;REVB=-0.0986452;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122433;STB=0.568895;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.000489979;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:9:10:12:6:9:10:12:6 chr22 22453513 . C T 324.01 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=44;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0123643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.952;QD=28.8009;RBI=0.0180975;REFB=-0.00613619;REVB=0.0132152;RO=14;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205356;STB=0.606644;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00346034;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:14:17:28:28:0.622222:19:9:9:5:19:9:10:7 chr22 22516998 . C T 214.37 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0118008;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.894;QD=17.1498;RBI=0.0400178;REFB=-0.0133267;REVB=-0.0382383;RO=27;SAF=6;SAR=17;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849899;STB=0.548343;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0198807;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:17:6:9:18:17:6:9:18 chr22 22517026 . T C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.509;QD=60.2308;RBI=0.0150889;REFB=0;REVB=0.00525933;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12116e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr22 22550401 . C G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0166291;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.373;QD=16.8248;RBI=0.0168287;REFB=-0.0214966;REVB=-0.00258442;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201114;STB=0.589657;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0276052;OID=.;OPOS=22550401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:28:18:21:0.428571:8:10:8:15:8:13:13:15 chr22 22550510 . T C,G 716.87 PASS AF=0.0526316,0.894737;AO=4,49;DP=56;FAO=3,51;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=1,18;FSAR=2,33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0136648,0.0143749;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.1718,172.976;QD=50.3068;RBI=0.0268494,0.0144507;REFB=-0.0471129,-0.0395277;REVB=-0.0231119,0.00147795;RO=3;SAF=1,17;SAR=3,32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0725463,0.00162808;STB=0.5,0.501193;STBP=1,0.953;TYPE=snp,snp;VARB=0.0914783,0.00165943;OID=.,.;OPOS=22550510,22550510;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:56:57:3:3:4,49:3,51:0.0526316,0.894737:3,32:1,17:1:2:2,33:1,18:1:2 chr22 22556270 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0276458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.406;QD=10.1733;RBI=0.0364793;REFB=-0.017792;REVB=0.0238002;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504538;STB=0.799198;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0305967;OID=.;OPOS=22556270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:8:1:4:2:8:1 chr22 22556368 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0140185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7412;QD=10.8843;RBI=0.0175327;REFB=-0.00127199;REVB=0.0105298;RO=14;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172341;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00179309;OID=.;OPOS=22556368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:7:2:5:9:7:2:6:9 chr22 22569448 . T A 375.06 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.057127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4808;QD=55.5644;RBI=0.0872366;REFB=0;REVB=-0.0659297;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215622;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr22 22569554 . C A 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8812;QD=56.1834;RBI=0.0165758;REFB=0;REVB=0.00439066;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368762;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr22 22569640 . T G 232.85 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0273803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6062;QD=40.4962;RBI=0.0416982;REFB=-0.201535;REVB=-0.0314493;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.551674;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0253457;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:23:23:1:3:20:20:0.869565:13:7:0:1:13:7:0:3 chr22 22599215 . AT GC 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0280914;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=188.923;QD=6.54489;RBI=0.0291999;REFB=-0.0185312;REVB=-0.00796911;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0487811;OID=.;OPOS=22599215;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:2:6:18:6:2:6:18:6 chr22 22677176 . T C 55.46 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0240341;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.459;QD=8.87353;RBI=0.0273966;REFB=-0.0312193;REVB=-0.0131506;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.64321;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0240074;OID=.;OPOS=22677176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:3:5:7:10:3:5:7:10 chr22 22677182 . C A 80.97 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0120524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.368;QD=10.7957;RBI=0.0260895;REFB=-0.0210877;REVB=-0.0231387;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192793;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0559914;OID=.;OPOS=22677182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:29:30:19:19:10:11:0.366667:4:6:8:11:4:7:8:11 chr22 22682039 . A G 192.63 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0264411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5034;QD=14.8177;RBI=0.0393855;REFB=-0.0269701;REVB=0.0291906;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134913;STB=0.576855;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0261567;OID=.;OPOS=22682039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:11:11:19:11:11:11:19:11 chr22 22698027 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2415;QD=60.2239;RBI=0.0291836;REFB=0;REVB=0.0102676;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006869;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr22 22707275 . C A 154.18 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.00264515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.162;QD=9.06929;RBI=0.00715645;REFB=-0.00923314;REVB=-0.00664966;RO=47;SAF=14;SAR=7;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188581;STB=0.612135;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0122363;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:7:14:24:23:7:14:24:23 chr22 22707299 . A C 153.11 PASS AF=0.287671;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.073056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9023;QD=8.38935;RBI=0.0845914;REFB=-0.0421588;REVB=0.0426442;RO=43;SAF=13;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720926;STB=0.586124;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.033749;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:52:21:21:0.287671:8:13:24:19:8:13:26:26 chr22 22707316 . T C 99.5 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.00660153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.902;QD=5.45205;RBI=0.0437854;REFB=-0.0238577;REVB=-0.0432849;RO=57;SAF=9;SAR=7;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152942;STB=0.595807;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0845717;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:57:57:16:16:0.219178:7:9:25:32:7:9:25:32 chr22 22707349 . C A 30.42 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=55;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0172317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.261;QD=2.21224;RBI=0.0287929;REFB=-0.00261639;REVB=-0.0230674;RO=49;SAF=1;SAR=5;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316004;STB=0.754444;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0435631;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:49:49:6:6:0.109091:5:1:20:29:5:1:20:29 chr22 22712467 . T G 703.67 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963499;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7127;QD=56.2933;RBI=0.0366702;REFB=0;REVB=0.0353818;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146413;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:17:32:0:0:17:33:0:0 chr22 22724341 . A C 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00889688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.483;QD=64.1539;RBI=0.00949788;REFB=0;REVB=-0.00332494;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56016e-06;OID=.;OPOS=22724341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chr22 22724394 . T C 1374.69 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=96;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.019901;FXX=0.0208312;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.374;QD=58.4973;RBI=0.031711;REFB=-0.0688545;REVB=0.0246888;RO=1;SAF=43;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108952;STB=0.504457;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.000190753;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:96:94:1:3:90:91:0.968085:47:43:1:0:48:43:1:2 chr22 22730359 . C T 693.43 PASS AF=1;AO=31;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7374;QD=61.6382;RBI=0.0669846;REFB=0;REVB=0.0347514;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098486;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:31:45:1:9:22:0:0:19:26:0:0 chr22 22730634 . G A 349.17 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=37;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000811181;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6722;QD=38.7965;RBI=0.0173892;REFB=0.00506846;REVB=-0.0173702;RO=8;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116473;STB=0.563196;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00140872;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:8:8:28:28:0.777778:13:15:2:6:13:15:2:6 chr22 22730696 . C T 79.55 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0293143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5706;QD=5.13241;RBI=0.0313796;REFB=-0.00919081;REVB=-0.0111959;RO=46;SAF=5;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117148;STB=0.584252;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0946832;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:62:62:46:49:13:13:0.209677:8:5:22:24:8:5:24:25 chr22 22730702 . A G 87.35 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0166793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.155;QD=5.45949;RBI=0.0278694;REFB=-0.000673971;REVB=-0.0223272;RO=48;SAF=5;SAR=9;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178509;STB=0.613472;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00211532;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:48:50:14:14:0.21875:9:5:24:24:9:5:25:25 chr22 22730787 . GG AA 56.98 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.0157604;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=2;MLLD=106.745;QD=3.73652;RBI=0.0162564;REFB=-0.000148896;REVB=0.00398507;RO=50;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206185;STB=0.649176;STBP=0.343;TYPE=mnp;VARB=-0.00104994;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:50:51:10:10:0.163934:7:3:23:27:7:3:24:27 chr22 22730799 . GA CC 58.49 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0194488;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=2;MLLD=154.865;QD=4.77502;RBI=0.0196737;REFB=-0.00134052;REVB=-0.00296646;RO=29;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598522;STB=0.675288;STBP=0.275;TYPE=mnp;VARB=0.00439194;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:50:49:29:40:9:9:0.183673:6:3:11:18:6:3:22:18 chr22 22730829 . G A 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.048465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9474;QD=3.33877;RBI=0.079395;REFB=0.0041311;REVB=0.0628864;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133333;STB=0.596161;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0180924;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:4:2:15:19:4:2:15:19 chr22 22764491 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=2;FWDB=-0.00769902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.36;QD=19.1095;RBI=0.00825432;REFB=-0.0214845;REVB=0.00297641;RO=26;SAF=16;SAR=11;SRF=24;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326323;STB=0.678904;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0208754;OID=.;OPOS=22764491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:11:16:24:2:11:16:24:2 chr22 22842206 . T C 168.56 PASS AF=0.409091;AO=19;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00648135;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3524;QD=15.3235;RBI=0.028597;REFB=-0.007318;REVB=0.0278528;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378676;STB=0.536043;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0118314;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:19:18:0.409091:11:8:10:16:10:8:10:16 chr22 22842957 . T G 235.58 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0213157;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.416;QD=15.4479;RBI=0.0304623;REFB=-0.0213068;REVB=-0.0217622;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11893;STB=0.566963;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0291644;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:10:24:16:11:10:24 chr22 22843118 . C T 137.9 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0340742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.219;QD=11.4912;RBI=0.0341025;REFB=-0.0131495;REVB=-0.00138692;RO=32;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351377;STB=0.520807;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0421805;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:8:8:15:17:8:8:15:17 chr22 22899234 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.649;QD=56.1913;RBI=0.0157011;REFB=0;REVB=-0.0131481;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51481e-05;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr22 23029263 . T C 882.52 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.031589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8936;QD=56.0329;RBI=0.0358595;REFB=0.0243649;REVB=0.0169717;RO=1;SAF=27;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171646;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0130121;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:35:27:1:0:34:28:0:1 chr22 23029526 . G C 213.94 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00368189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.739;QD=20.8723;RBI=0.00574815;REFB=-0.031236;REVB=-0.00441417;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108694;STB=0.561343;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0369897;OID=.;OPOS=23029526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:7:14:11:9:7:14:11:9 chr22 23029698 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0516555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.021;QD=55.6549;RBI=0.0586544;REFB=0;REVB=0.0277858;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020632;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr22 23040462 . T C 165.66 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0165447;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.69;QD=20.708;RBI=0.0166536;REFB=-0.0436185;REVB=0.00190134;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784583;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0374486;OID=.;OPOS=23040462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:15:17:17:0.53125:8:9:7:9:8:9:7:8 chr22 23040767 . G T 657.34 PASS AF=0.612903;AO=51;DP=93;FAO=57;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0255471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.857;QD=28.2725;RBI=0.0255926;REFB=-0.00843001;REVB=0.00152596;RO=28;SAF=17;SAR=34;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905491;STB=0.528516;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00642443;OID=.;OPOS=23040767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:28:36:51:57:0.612903:34:17:6:22:34:23:12:24 chr22 23047053 . G T 114.99 PASS AF=0.541667;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0348233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9206;QD=19.1656;RBI=0.0988024;REFB=0.0212661;REVB=0.0924621;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579899;STB=0.510188;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0111704;OID=.;OPOS=23047053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:10:11:12:13:0.541667:4:8:6:4:5:8:7:4 chr22 23047069 . C A 99.47 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0119115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.619;QD=15.3035;RBI=0.0289495;REFB=-0.034316;REVB=0.0263854;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646038;STB=0.533279;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0348698;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:14:14:10:12:0.461538:3:7:9:5:5:7:9:5 chr22 23047104 . G A 212.54 PASS AF=0.564103;AO=15;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.125564;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=25.3599;QD=21.7992;RBI=0.128051;REFB=0.0289872;REVB=0.0251106;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325116;STB=0.527002;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0215886;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:16:15:22:0.564103:7:8:8:6:7:15:10:6 chr22 23047290 . G A 253.02 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00703214;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7737;QD=22.0015;RBI=0.0205883;REFB=-0.00561041;REVB=0.0193502;RO=22;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114343;STB=0.56426;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00541655;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:17:7:9:13:17:7:9:13 chr22 23047298 . C T 241.27 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0280761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.108;QD=21.9335;RBI=0.0286324;REFB=-0.0322228;REVB=-0.00561646;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898561;STB=0.566312;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0275725;OID=.;OPOS=23047298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:23:23:0.522727:16:7:8:12:16:7:9:12 chr22 23055421 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00192186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.505;QD=24.0668;RBI=0.027437;REFB=-0.0412315;REVB=0.0273696;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111394;STB=0.562422;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0242443;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:9:7:6:4:9:7:6:4 chr22 23055440 . C A 411.75 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.853;QD=56.7927;RBI=0.0315345;REFB=0;REVB=0.0291974;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231502;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:17:12:0:0 chr22 23055533 . G A 296.23 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0041473;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.404;QD=17.9532;RBI=0.00615305;REFB=-0.0182795;REVB=0.00454532;RO=33;SAF=23;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204636;STB=0.609038;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0204699;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:32:32:0.484848:9:23:17:16:9:23:18:16 chr22 23055539 . G T 292.7 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0327469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5789;QD=17.2179;RBI=0.0327473;REFB=0.000548056;REVB=-0.000152319;RO=36;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173243;STB=0.597649;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-8.66144e-05;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:9:23:20:16:9:23:20:16 chr22 23063171 . C T 157.17 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0444719;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.974;QD=13.3758;RBI=0.0449913;REFB=-0.0351482;REVB=-0.00681681;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314864;STB=0.696905;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.054255;OID=.;OPOS=23063171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:28:30:17:17:0.361702:7:10:8:20:7:10:8:22 chr22 23063353 . T G 57.35 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0174202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5683;QD=12.7435;RBI=0.0175239;REFB=-0.017534;REVB=0.00190314;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186888;STB=0.538369;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0244206;OID=.;OPOS=23063353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:8:1:2:6:8:2 chr22 23063484 . T G 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00428647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.519;QD=20.2669;RBI=0.009953;REFB=-0.0144052;REVB=0.00898267;RO=21;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108162;STB=0.561342;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0212565;OID=.;OPOS=23063484;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:16:5:7:14:16:5:7:14 chr22 23063618 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00578113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.299;QD=5.68932;RBI=0.017834;REFB=-0.00947861;REVB=0.0168709;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39826;STB=0.768238;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0288332;OID=.;OPOS=23063618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:9:10:5:1:9:10 chr22 23077554 . TT CC,TC 564.05 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,36;DP=38;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285098,0.000355314;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=51.8717,152.516;QD=59.3736;RBI=0.0484341,0.0191289;REFB=0,0;REVB=-0.0391542,0.0191256;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.9376e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0819298,-0.000284446;OID=.,.;OPOS=23077554,23077555;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:2,36:2,36:0.0526316,0.947368:0,20:2,16:0:0:0,20:2,16:0:0 chr22 23089941 . ACTCTCT ACTCTCTC,ACTCT 89.19 PASS AF=0,0.315789;AO=4,10;DP=37;FAO=0,12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=0,4;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.197354,-0.0855361;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=58.1188,191.25;QD=9.3887;RBI=0.197356,0.0855693;REFB=2.03396e-05,-0.017753;REVB=0.00105286,0.00238422;RO=21;SAF=4,2;SAR=0,8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.668547,-0.301733;STB=0.5,0.642615;STBP=1,0.249;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0210549;OID=.,.;OPOS=23089948,23089942;OREF=-,CT;OALT=C,-;OMAPALT=ACTCTCTC,ACTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.315789:4,10:37:0,12:38:26:0,4:0,8:14:12:89:21:4,2:0,8:9:12 chr22 23101255 . C A 117.23 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0900023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.0407;QD=21.3136;RBI=0.101805;REFB=-0.0671434;REVB=0.0475793;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.056537;OID=.;OPOS=23101255;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:7:6:2:7:7:6:2:7 chr22 23101280 . C T 36.75 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0189591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8078;QD=7.73704;RBI=0.045327;REFB=-0.0314691;REVB=0.0411714;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216016;STB=0.640492;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0286656;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:4:9:5:1:4:9 chr22 23101301 . A G 46.95 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.000761736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.954;QD=8.16558;RBI=0.00995766;REFB=-0.0140787;REVB=-0.00992848;RO=14;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319625;STB=0.678645;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0280828;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:23:14:16:7:7:0.304348:6:1:5:9:6:1:5:11 chr22 23101523 . G A 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=-0.0144132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.553;QD=14.5969;RBI=0.0144623;REFB=-0.014468;REVB=-0.00119089;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089227;STB=0.550677;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0233974;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:53:53:36:36:0.404494:22:14:25:28:22:14:25:28 chr22 23101559 . G T 347.42 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00843804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.334;QD=17.1565;RBI=0.00844012;REFB=-0.0171443;REVB=-0.000187176;RO=42;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443245;STB=0.519989;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0268134;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:42:44:37:37:0.45679:24:13:13:29:24:13:14:30 chr22 23114327 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.277;QD=52.6125;RBI=0.0429343;REFB=0;REVB=-0.0228308;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195675;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr22 23114350 . A G 266.43 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.032;QD=50.7481;RBI=0.156813;REFB=0;REVB=-0.0321748;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445412;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:17:2:0:0:17:4:0:0 chr22 23114993 . G A 308.44 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0017035;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.572;QD=15.6174;RBI=0.0229858;REFB=0.000998107;REVB=0.0229226;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00670544;STB=0.502241;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=-0.00102617;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:44:45:34:34:0.43038:16:18:23:21:16:18:24:21 chr22 23241705 . G A 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00629139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9143;QD=12.0129;RBI=0.0065276;REFB=-0.0172042;REVB=0.00174013;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624638;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0287466;OID=.;OPOS=23241705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:0:7:6:6:0.461538:2:4:0:0:2:4:6:1 chr22 23241752 . CT CTA,TA 665.01 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=30,6;DP=44;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131405,0.012742;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=101.67,131.955;QD=60.4551;RBI=0.280584,0.127884;REFB=0,0;REVB=0.280276,-0.127248;RO=8;SAF=25,1;SAR=5,5;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.360692,0.074933;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000487519,-0.00915741;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:44:44:8:0:30,6:43,1:0.977273,0.0227273:5,5:25,1:1:7:17,0:26,1:0:0 chr22 23247082 . C G 470.6 PASS AF=0.56962;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0162194;FXX=0.0246883;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3807;QD=23.8278;RBI=0.0224906;REFB=-0.0248529;REVB=0.0155807;RO=34;SAF=29;SAR=15;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611089;STB=0.525986;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0180285;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:44:45:0.56962:15:29:20:14:16:29:20:14 chr22 23248758 . G A 232.94 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=35;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0485957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.789;QD=25.1822;RBI=0.0521036;REFB=-0.0223223;REVB=-0.0187949;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299533;STB=0.513357;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0165423;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:15:15:20:22:0.594595:14:6:5:10:14:8:5:10 chr22 23256464 . G C 911.22 PASS AF=0.969697;AO=65;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0093819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0477;QD=55.2253;RBI=0.00948961;REFB=-0.0668735;REVB=0.00142575;RO=1;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160106;STB=0.501432;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00226745;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:65:64:0.969697:36:29:1:0:35:29:1:1 chr22 23263602 . C T 1119.32 PASS AF=0.988636;AO=45;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0241381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.676;QD=50.8783;RBI=0.125546;REFB=-0.122703;REVB=0.123204;RO=1;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850856;STB=0.505375;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00727867;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:45:87:0.988636:5:40:0:1:46:41:0:1 chr22 23264785 . C A 66.81 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00210801;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.873;QD=12.7252;RBI=0.0171694;REFB=-0.018097;REVB=-0.0170396;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.516093;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0273373;OID=.;OPOS=23264785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:21:11:12:6:9:0.428571:3:3:6:5:4:5:7:5 chr22 23503170 . A G 267.2 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0224243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3599;QD=28.126;RBI=0.0831904;REFB=-0.00648123;REVB=-0.0801112;RO=12;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128904;STB=0.591855;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00214487;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:12:14:24:24:0.631579:13:11:3:9:13:11:3:11 chr22 23503205 . G C 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0313512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.031;QD=31.8502;RBI=0.0333746;REFB=-0.0528639;REVB=0.0114441;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114394;STB=0.562447;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0241736;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:16:6:1:8:16:6:1:8 chr22 23504862 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00209591;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.116;QD=14.6541;RBI=0.0133189;REFB=-0.0196903;REVB=0.013153;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23873;STB=0.642474;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0145322;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:4:4:2:6:4:4 chr22 23504916 . G A 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0361879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.502;QD=20.7372;RBI=0.0365323;REFB=-0.00424755;REVB=-0.00500467;RO=16;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384389;STB=0.521715;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.00265686;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:12:6:6:10:12:6:6:10 chr22 23504959 . C T 203.64 PASS AF=0.428571;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00519066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.902;QD=16.6234;RBI=0.037342;REFB=-0.0165102;REVB=0.0369795;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122888;STB=0.554212;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0267711;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:28:28:20:21:0.428571:11:9:16:12:11:10:16:12 chr22 23513128 . C G 464.69 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00284636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3151;QD=22.1279;RBI=0.00323015;REFB=-0.0263688;REVB=0.00152712;RO=39;SAF=26;SAR=19;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326525;STB=0.517986;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0199903;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:19:26:24:15:19:26:24:15 chr22 23513523 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0567936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.437;QD=50.4118;RBI=0.0709533;REFB=0;REVB=0.0425305;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106555;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr22 23585132 . A G 139.48 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00519981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.448;QD=12.3979;RBI=0.00591526;REFB=-0.0190088;REVB=0.00281997;RO=29;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241842;STB=0.616297;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.053061;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:6:9:11:18:7:9:11:18 chr22 23627369 . A G 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.023966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.05;QD=13.3411;RBI=0.0256026;REFB=-0.0258727;REVB=0.00900686;RO=32;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286512;STB=0.662979;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0201059;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:10:11:8:24:10:11:8:24 chr22 23656799 . C T 193.91 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00057045;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.025;QD=16.1594;RBI=0.0128237;REFB=-0.0292375;REVB=-0.012811;RO=27;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214925;STB=0.611003;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0355078;OID=.;OPOS=23656799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:9:11:9:18:9:11:10:18 chr22 23915610 . A T 217.39 PASS AF=0.583333;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0276868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.028;QD=24.1544;RBI=0.0315811;REFB=-0.0456186;REVB=0.0151923;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153156;STB=0.592404;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.020543;OID=.;OPOS=23915610;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:15:20:21:0.583333:12:8:8:5:13:8:9:6 chr22 23915652 . G A 169.48 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.02008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.438;QD=16.5344;RBI=0.0220537;REFB=-0.02729;REVB=0.00911931;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106479;STB=0.560909;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0345758;OID=.;OPOS=23915652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:9:14:9:9:9:14 chr22 24034288 . A G 157.21 PASS AF=0.375;AO=15;DP=45;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0114386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.176;QD=13.101;RBI=0.0593947;REFB=0.00114208;REVB=0.0582828;RO=26;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497306;STB=0.538417;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00254845;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:26:30:15:18:0.375:3:12:20:6:4:14:22:8 chr22 24035970 . C T 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.628;QD=57.1975;RBI=0.0507646;REFB=0;REVB=0.0179771;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535799;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr22 24038847 . T C 363.87 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302171;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8195;QD=55.9792;RBI=0.101453;REFB=0;REVB=0.0968485;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214814;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:26:0:0:22:26:1:11:11:0:0:15:11:0:0 chr22 24086107 . A G 857.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170178;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.986;QD=56.2028;RBI=0.0442842;REFB=-0.0677591;REVB=-0.0408838;RO=1;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185022;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0023981;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:35:25:1:0:35:25:1:0 chr22 24087319 . A C 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0380133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.088;QD=13.4059;RBI=0.0386317;REFB=-0.0038816;REVB=0.00688447;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278069;STB=0.665538;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00442378;OID=.;OPOS=24087319;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:22:11:14:9:23:11 chr22 24108412 . G A 183.64 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0275989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.1;QD=43.21;RBI=0.0307164;REFB=-0.14616;REVB=0.0134832;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529375;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00487317;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:0:1:16:16:0.941176:8:8:0:0:8:8:1:0 chr22 24143502 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.345;QD=53.2772;RBI=0.143205;REFB=0;REVB=0.0244121;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512204;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr22 24158899 . C A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.271;QD=55.6561;RBI=0.023388;REFB=0;REVB=-0.00598973;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6826e-05;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr22 24167643 . CAAAAC CAAACA 35.02 PASS AF=0.0909091;AO=6;DP=55;FAO=5;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0535289;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=2;MLLD=90.7901;QD=2.54715;RBI=0.0745659;REFB=-0.00687083;REVB=-0.0519108;RO=30;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327483;STB=0.744709;STBP=0.309;TYPE=mnp;VARB=0.162573;OID=.;OPOS=24167647;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0909091:6:55:5:55:47:1:4:21:26:22:30:1:5:12:18 chr22 24167650 . GTTTTG GTTTG,GTTTGT 40.02 PASS AF=0.263158,0.0350877;AO=14,4;DP=57;FAO=15,2;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10,0;FSAR=5,2;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00293085,-0.0583538;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=12.7126,47.6117;QD=2.80865;RBI=0.0955582,0.12344;REFB=-0.10666,-0.0236008;REVB=-0.0955132,-0.108776;RO=33;SAF=9,1;SAR=5,3;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0.33871,0;SSSB=0.219768,-0.237147;STB=0.674467,0.994108;STBP=0.137,0.191;TYPE=del,mnp;VARB=0.142561,0.100812;OID=.,.;OPOS=24167651,24167654;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTG,GTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158,0.0350877:14,4:57:15,2:57:40:10,0:5,2:17:23:37:33:9,1:5,3:15:18 chr22 24237463 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000842862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.332;QD=14.7986;RBI=0.0248001;REFB=0.0158456;REVB=0.0247858;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504152;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00747325;OID=.;OPOS=24237463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:4:7:7:5:4:7:8:5 chr22 24238079 . T A 179.51 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00801763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.405;QD=15.2775;RBI=0.0300083;REFB=-0.0219678;REVB=0.0289173;RO=27;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961317;STB=0.526999;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0230949;OID=.;OPOS=24238079;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:28:18:19:0.404255:9:9:11:16:10:9:12:16 chr22 24459438 . T C 1332.42 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.038;QD=61.9731;RBI=0.0448641;REFB=0;REVB=0.0379455;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511323;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:86:0:0:82:86:1:46:36:0:0:47:39:0:0 chr22 24535238 . GCT GTC 96.48 PASS AF=0.30137;AO=4;DP=97;FAO=22;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.118122;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=2;MLLD=43.285;QD=5.28683;RBI=0.138675;REFB=-0.0149208;REVB=0.0726493;RO=64;SAF=0;SAR=4;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537813;STB=0.915753;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.171737;OID=.;OPOS=24535239;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30137:4:97:22:73:51:1:21:24:27:97:64:0:4:38:26 chr22 24535243 . TTA T,TTT 300.34 PASS AF=0.622951,0;AO=13,15;DP=70;FAO=38,0;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=15,0;FSAR=23,0;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=-0.0691875,0.242976;FXX=0.0468677;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=26.9811,14.0201;QD=19.6946;RBI=0.093824,0.247918;REFB=-0.0576098,-0.0236978;REVB=0.0633722,-0.0492546;RO=36;SAF=5,0;SAR=8,15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0660885,-0.758879;STB=0.627914,0.5;STBP=0.033,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0450914,0;OID=.,.;OPOS=24535244,24535245;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622951,0:13,15:70:38,0:61:23:15,0:23,0:2:21:99:36:5,0:8,15:12:24 chr22 24579049 . G A 178.54 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0422612;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.003;QD=14.2835;RBI=0.0444262;REFB=-0.0164874;REVB=-0.0136996;RO=30;SAF=12;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139706;STB=0.580564;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0297902;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:8:12:14:16:8:12:14:16 chr22 24579157 . GA TC 166.44 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00631555;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.892;QD=14.7947;RBI=0.0338313;REFB=-0.0259667;REVB=-0.0332366;RO=27;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234981;STB=0.636209;STBP=0.151;TYPE=mnp;VARB=0.0311532;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:6:12:12:15:6:12:12:15 chr22 24717850 . A G 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.553;QD=45.7979;RBI=0.0511838;REFB=0;REVB=0.0441638;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025023;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr22 24761467 . G A 489.86 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6669;QD=55.984;RBI=0.0691386;REFB=-0.0327347;REVB=0.0667162;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0079042;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:1:0 chr22 24964128 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.826;QD=61.3339;RBI=0.0256963;REFB=0;REVB=-0.0175341;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64313e-06;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr22 25003922 . G A 283.27 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0382785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7218;QD=14.9087;RBI=0.0383068;REFB=-0.0125738;REVB=0.00147071;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274131;STB=0.508259;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0152311;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:43:44:32:32:0.421053:15:17:24:19:15:17:24:20 chr22 25003934 . G A 117.09 PASS AF=0.243243;AO=17;DP=73;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.010763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.448;QD=6.32925;RBI=0.0158102;REFB=-0.0138347;REVB=-0.0115811;RO=55;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474409;STB=0.555494;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.038646;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:55:56:17:18:0.243243:9:8:28:27:10:8:29:27 chr22 25045855 . G A 189.36 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0143153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.819;QD=37.8722;RBI=0.0357845;REFB=-0.124901;REVB=0.0327964;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.571347;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00707268;OID=.;OPOS=25045855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:20:20:1:3:17:17:0.85:8:9:1:0:8:9:3:0 chr22 25145453 . C T 400.26 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000339466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.007;QD=53.3676;RBI=0.0104178;REFB=-0.131612;REVB=0.0104122;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0015462;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr22 25145471 . A G 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0352728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.126;QD=17.8276;RBI=0.0355237;REFB=-0.0151477;REVB=0.00421481;RO=11;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341189;STB=0.697328;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0168076;OID=.;OPOS=25145471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:3:9:4:7:3:9:4:7 chr22 25263061 . G A 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.0287491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.579;QD=4.87888;RBI=0.0423657;REFB=-0.0160013;REVB=-0.0311182;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248994;STB=0.659886;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0620652;OID=.;OPOS=25263061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:4:5:29:10:4:5:29:10 chr22 25294369 . G A 287.08 PASS AF=0.553191;AO=25;DP=46;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0224666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6537;QD=24.4321;RBI=0.0678223;REFB=-0.0153529;REVB=0.0639932;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240149;STB=0.506574;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0151896;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:21:25:26:0.553191:13:12:9:11:14:12:10:11 chr22 25294376 . C T 287.94 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0119376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0748;QD=25.0379;RBI=0.0232179;REFB=-0.0113085;REVB=-0.0199139;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486878;STB=0.527006;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00790653;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:14:12:8:12:14:12:8:12 chr22 25322719 . CT C,TC 129.7 PASS AF=0.555556,0.0555556;AO=26,8;DP=60;FAO=30,3;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=14,1;FSAR=16,2;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0936516,-0.0431811;FXX=0.114735;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=9.10994,13.8302;QD=9.60709;RBI=0.136719,0.138377;REFB=-0.070058,-0.0218197;REVB=-0.0996058,-0.131467;RO=20;SAF=9,5;SAR=17,3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0869229,0.199028;STB=0.515779,0.587632;STBP=0.803,0.688;TYPE=del,mnp;VARB=0.0985782,-0.0464144;OID=.,.;OPOS=25322720,25322719;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:60:54:20:21:26,8:30,3:0.555556,0.0555556:17,3:9,5:9:11:16,2:14,1:9:12 chr22 25334184 . G T 213.89 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00903139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.787;QD=20.8674;RBI=0.0091139;REFB=-0.0156853;REVB=-0.00122362;RO=20;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114026;STB=0.564452;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0141068;OID=.;OPOS=25334184;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:6:15:12:8:6:15:12:8 chr22 25425340 . T C 129.51 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00959021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.552;QD=21.5849;RBI=0.0215498;REFB=-0.00223658;REVB=0.0192982;RO=9;SAF=11;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204625;STB=0.549925;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0013336;OID=.;OPOS=25425340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:9:10:13:14:0.583333:2:11:6:3:3:11:7:3 chr22 25435536 . TG T 30.92 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0879419;FXX=0.0302939;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.7619;QD=3.86466;RBI=0.0879629;REFB=-0.0888516;REVB=-0.00192008;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166732;STB=0.533255;STBP=0.918;TYPE=del;VARB=0.111993;OID=.;OPOS=25435537;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:9:31:9:32:23:1:8:3:20:30:19:1:8:2:17 chr22 25436904 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0162552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.163;QD=11.8141;RBI=0.0169946;REFB=-0.0135937;REVB=-0.00495821;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380116;STB=0.726905;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0308127;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:10:13:3:10:10:13 chr22 25466323 . G C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.000862946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.279;QD=13.0912;RBI=0.00446517;REFB=-0.00967657;REVB=-0.00438099;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435919;STB=0.752944;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0159062;OID=.;OPOS=25466323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:5:15:4:9:5:15 chr22 25466395 . G T 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0179884;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.726;QD=12.2166;RBI=0.0179992;REFB=9.89499e-05;REVB=0.000621063;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338324;STB=0.695425;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.000229092;OID=.;OPOS=25466395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:7:8:6:21:7:8:6:21 chr22 25573431 . G A 272.0 PASS AF=0.395062;AO=30;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0167299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.25;QD=13.4321;RBI=0.0168331;REFB=-0.0203256;REVB=0.00186141;RO=49;SAF=16;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471377;STB=0.506169;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0304687;OID=.;OPOS=25573431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:49:49:30:32:0.395062:14:16:24:25:16:16:24:25 chr22 25577688 . G A 128.76 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00490655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5251;QD=12.5618;RBI=0.0896358;REFB=-0.00492104;REVB=0.0895014;RO=26;SAF=10;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0605125;STB=0.535666;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0154726;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:5:10:16:10:5:10:16:10 chr22 25577733 . T C 146.59 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00038606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.36;QD=16.288;RBI=0.00930025;REFB=-0.0220701;REVB=-0.00929224;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0260129;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:11:9:8:8:11:9 chr22 25601196 . C G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9568;QD=60.9781;RBI=0.0377364;REFB=0;REVB=0.0204133;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00017333;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr22 25617463 . C G 95.66 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0233993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3103;QD=11.5954;RBI=0.0657572;REFB=-0.0175342;REVB=-0.061453;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527134;STB=0.515126;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0264918;OID=.;OPOS=25617463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:6:6:9:11:6:6:10:11 chr22 25714218 . A T 297.54 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112402;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.479;QD=54.0985;RBI=0.0309972;REFB=0;REVB=0.0288874;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149335;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr22 25753231 . G A 871.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453687;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8605;QD=58.0853;RBI=0.0111478;REFB=0;REVB=0.0101828;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25665e-05;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr22 26159289 . G A 256.11 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373171;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.226;QD=51.221;RBI=0.0393449;REFB=0;REVB=-0.0124683;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105327;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:7:10:0:0:9:11:0:0 chr22 26164079 . C T 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3325;QD=49.397;RBI=0.0399219;REFB=0.0591477;REVB=-0.00918056;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00173986;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:0:1:15:8:0:1 chr22 26164413 . C T 45.52 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0571896;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.8421;QD=9.58315;RBI=0.0705038;REFB=-0.0201709;REVB=-0.0412328;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160434;STB=0.535609;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0420207;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:11:12:7:7:0.368421:5:2:3:8:5:2:4:8 chr22 26166900 . G C 415.63 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155463;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.792;QD=57.3288;RBI=0.0388761;REFB=0;REVB=0.0356324;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175267;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr22 26173661 . T C 159.14 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.025;QD=45.4674;RBI=0.0540851;REFB=0;REVB=0.0449001;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367094;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr22 26193982 . C G 736.8 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9318;QD=56.6768;RBI=0.116638;REFB=0;REVB=0.116193;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807975;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:52:0:0:48:52:1:22:26:0:0:25:27:0:0 chr22 26194045 . T C 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.00467983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.709;QD=12.9746;RBI=0.020832;REFB=-0.0183274;REVB=-0.0202995;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28251;STB=0.66242;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0204737;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:3:15:7:5:3:15 chr22 26239850 . C A 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6135;QD=50.3901;RBI=0.0701029;REFB=0;REVB=-0.0155093;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177523;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr22 26838430 . A C 243.91 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00213215;FXX=0.0555453;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.811;QD=19.1304;RBI=0.0513692;REFB=-0.000515462;REVB=-0.051325;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000756343;OID=.;OPOS=26838430;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:16:9:13:13:16:9 chr22 26853905 . C A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00594705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.487;QD=59.4261;RBI=0.0388106;REFB=0;REVB=0.0383523;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208546;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr22 26854441 . G A 411.01 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.803;QD=56.6909;RBI=0.0492076;REFB=0;REVB=0.0453768;RO=0;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522435;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:23:6:0:0:23:6:0:0 chr22 26859942 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.997;QD=55.0987;RBI=0.0296783;REFB=0;REVB=0.0136104;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114256;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr22 26862212 . T C 499.79 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.749;QD=58.7987;RBI=0.0272556;REFB=0;REVB=0.0245989;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56855e-05;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr22 26879967 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.04;QD=33.4285;RBI=0.0494598;REFB=0;REVB=0.0465986;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173958;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr22 26884039 . G A 563.81 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0267912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.248;QD=57.8264;RBI=0.0269028;REFB=-0.108808;REVB=-0.00244826;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00129548;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:21:17:0:0:21:17:1:0 chr22 26895337 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.659;QD=63.8717;RBI=0.0364395;REFB=0;REVB=0.015526;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180417;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr22 26932150 . G A 207.92 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0359541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3243;QD=17.6952;RBI=0.0626122;REFB=0.00263876;REVB=-0.05126;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00376557;STB=0.502144;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00725821;OID=.;OPOS=26932150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:10:16:13:8:10:16 chr22 26937327 . C G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.783;QD=56.9569;RBI=0.0582986;REFB=0;REVB=0.0396595;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100921;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr22 26951185 . C G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0510289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.673;QD=11.0198;RBI=0.0538854;REFB=-0.00143291;REVB=0.0173117;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.646649;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0054936;OID=.;OPOS=26951185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:1:7:4:2:1:7 chr22 27021456 . T TC 353.45 PASS AF=1;AO=6;DP=48;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163373;FXX=0.20829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.476;QD=37.2057;RBI=0.0483441;REFB=0;REVB=-0.0454999;RO=42;SAF=0;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.687289;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00658517;OID=.;OPOS=27021457;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:48:38:38:0:16:22:0:0:3:42:0:6:26:16 chr22 27021457 . T C 727.07 PASS AF=0.979592;AO=42;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.511;QD=59.3527;RBI=0.06163;REFB=-0.120395;REVB=0.0592385;RO=2;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551181;STB=0.511106;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00177762;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:1:42:48:0.979592:16:26:0:2:22:26:0:1 chr22 28248840 . C T 239.65 PASS AF=0.490566;AO=20;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0192596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.179;QD=18.0869;RBI=0.0193807;REFB=-0.014675;REVB=-0.00216338;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234464;STB=0.568126;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.014193;OID=.;OPOS=28248840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:27:20:26:0.490566:6:14:18:7:6:20:18:9 chr22 28316591 . T TG 311.39 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.2707;QD=36.6346;RBI=0.107235;REFB=0;REVB=-0.0878884;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00313505;OID=.;OPOS=28316592;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:34:34:0:14:20:0:0:6:0:14:17:0:0 chr22 28378472 . A G 165.08 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.019164;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.857;QD=20.6346;RBI=0.0192411;REFB=0.00551989;REVB=0.00172076;RO=15;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369535;STB=0.713979;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00539403;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:15:2:6:9:15:2:6:9 chr22 28559120 . G C 210.86 PASS AF=0.645161;AO=16;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00332758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4808;QD=27.2073;RBI=0.00881498;REFB=-0.0686156;REVB=-0.00816279;RO=11;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143451;STB=0.531117;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0325974;OID=.;OPOS=28559120;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:16:20:0.645161:9:7:7:4:9:11:7:4 chr22 29182500 . C A 820.37 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279538;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.778;QD=57.5699;RBI=0.0313513;REFB=0;REVB=0.0141947;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94612e-05;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr22 29446611 . A C 318.61 PASS AF=0.460526;AO=29;DP=70;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.0337819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.398;QD=16.7692;RBI=0.0536802;REFB=-0.0246446;REVB=0.0417174;RO=40;SAF=22;SAR=7;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.077578;STB=0.501741;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0277776;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:76:40:41:29:35:0.460526:7:22:28:12:11:24:28:13 chr22 29450923 . A G 464.34 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.624;QD=58.0424;RBI=0.051233;REFB=0;REVB=0.0494645;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526152;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr22 29453027 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.271;QD=53.9028;RBI=0.029343;REFB=0;REVB=0.0262524;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239389;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 29453193 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.401;QD=59.0185;RBI=0.0330714;REFB=0;REVB=-0.00690067;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213641;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr22 29456733 . T C 1548.85 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8024;QD=63.8702;RBI=0.0567999;REFB=0;REVB=0.0533874;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468568;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:59:38:0:0:59:38:0:0 chr22 29542744 . C CA 501.76 PASS AF=1;AO=10;DP=71;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.17502;FXX=0.0908953;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9615;QD=33.4505;RBI=0.177377;REFB=0.0116459;REVB=0.0288231;RO=61;SAF=9;SAR=1;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575529;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00622425;OID=.;OPOS=29542745;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:71:60:60:0:32:28:0:0:8:61:9:1:26:35 chr22 29542748 . C A 957.03 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.312;QD=58.0021;RBI=0.088372;REFB=0;REVB=-0.0150841;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545551;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:31:31:0:0:34:32:0:0 chr22 29621128 . C G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000969276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.716;QD=16.8981;RBI=0.0210957;REFB=-0.023231;REVB=0.0210734;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.014464;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:6:3:3:7:6:3 chr22 29656158 . C A 256.4 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0206916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.282;QD=22.7913;RBI=0.0209055;REFB=-0.0258791;REVB=0.00298244;RO=21;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129319;STB=0.572568;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0250416;OID=.;OPOS=29656158;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:17:7:9:12:17:7:9:12 chr22 29727866 . C T 195.3 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347907;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2609;QD=48.826;RBI=0.0372428;REFB=0;REVB=0.0132903;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146853;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr22 29755888 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.672;QD=63.8695;RBI=0.0115803;REFB=0;REVB=0.00926929;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45221e-06;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr22 29885594 . A T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00846706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.8;QD=21.8422;RBI=0.0143224;REFB=0.039085;REVB=0.0115517;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0140847;OID=.;OPOS=29885594;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:1:1:3:3:1:1 chr22 29885861 . T C 84.87 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.227;QD=37.7197;RBI=0.0703009;REFB=0;REVB=0.070228;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293428;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:5:2:0:0:7:2:0:0 chr22 29886413 . A G 296.44 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0697163;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0152;QD=47.4306;RBI=0.0817076;REFB=-0.0870307;REVB=0.0426117;RO=1;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264303;STB=0.524207;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00655587;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:1:2:22:23:0.92:17:5:0:1:17:6:1:1 chr22 29886891 . CAG ACT,CAT 218.87 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,14;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125271,-0.0137408;FXX=0;HRUN=5,2;LEN=3,1;MLLD=209.251,178.63;QD=48.6382;RBI=0.0150299,0.0184961;REFB=0,0;REVB=-0.00830474,-0.0123812;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0134322,-0.00335919;OID=.,.;OPOS=29886891,29886893;OREF=CAG,G;OALT=ACT,T;OMAPALT=ACT,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:18:18:0:0:2,14:2,16:0.111111,0.888889:1,11:1,3:0:0:1,11:1,5:0:0 chr22 29913272 . C T 747.01 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00224467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.803;QD=63.5756;RBI=0.00635898;REFB=0;REVB=0.00594963;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61402e-05;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr22 29957570 . G A 223.95 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0416856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.11;QD=12.9829;RBI=0.0478866;REFB=-0.00858893;REVB=-0.0235677;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293095;STB=0.516766;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0104293;OID=.;OPOS=29957570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:16:11:16:26:16:11:16:26 chr22 30367014 . A T 125.39 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=-0.0183494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7449;QD=18.5765;RBI=0.0295677;REFB=-0.0164766;REVB=-0.0231851;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379429;STB=0.709456;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0243321;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:0:13:9:5:0:13 chr22 30403996 . C T 402.48 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0109924;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.862;QD=24.0289;RBI=0.0144389;REFB=-0.0109555;REVB=0.00936205;RO=27;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149351;STB=0.501154;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00837129;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:27:28:39:39:0.58209:18:21:14:13:18:21:15:13 chr22 30423744 . G A 55.57 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0177812;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.441;QD=8.89082;RBI=0.0198397;REFB=-0.00299247;REVB=-0.00879999;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175566;STB=0.560295;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00458876;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:3:5:13:4:3:5:12:5 chr22 30681257 . C G 129.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00890665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.588;QD=43.3237;RBI=0.0689495;REFB=0;REVB=0.0683718;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232008;OID=.;OPOS=30681257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:6:6:0:0 chr22 30685363 . C CA 1234.99 PASS AF=0.988764;AO=12;DP=98;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.15005;FXX=0.0531858;HRUN=0;LEN=1;MLLD=136.868;QD=55.5051;RBI=0.160352;REFB=-0.309862;REVB=0.0565492;RO=85;SAF=2;SAR=10;SRF=64;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.634669;STB=0.504131;STBP=0.598;TYPE=ins;VARB=0.00205839;OID=.;OPOS=30685364;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988764:12:98:88:89:1:60:28:1:0:4:85:2:10:64:21 chr22 30685364 . G A,C 1305.58 PASS AF=0.88172,0.107527;AO=79,10;DP=93;FAO=82,10;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=60,2;FSAR=22,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.045179,0.0660857;FXX=0.0106372;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=166.769,17.0482;QD=56.1538;RBI=0.0645788,0.0760794;REFB=-0.0930759,-0.16727;REVB=0.046144,0.0376929;RO=1;SAF=58,1;SAR=21,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00809358,-0.290714;STB=0.504131,0.599781;STBP=0.602,0.146;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000396455,0.238201;OID=.,.;OPOS=30685364,30685364;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:33:93:93:1:1:79,10:82,10:0.88172,0.107527:21,9:58,1:1:0:22,8:60,2:1:0 chr22 30700607 . T G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.885;QD=47.8179;RBI=0.0264233;REFB=0;REVB=0.0106643;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.08364e-05;OID=.;OPOS=30700607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr22 30714684 . A C 328.91 PASS AF=1;AO=12;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.069;QD=54.8189;RBI=0.235206;REFB=0;REVB=0.234889;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109139;OID=.;OPOS=30714684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:12:24:1:1:11:0:0:13:11:0:0 chr22 30733111 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000502091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.667;QD=42.1826;RBI=0.000502091;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05127e-06;OID=.;OPOS=30733111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr22 30762140 . G A 666.89 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00952145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.314;QD=62.036;RBI=0.0344882;REFB=0;REVB=0.0331478;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122616;OID=.;OPOS=30762140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:24:19:0:0 chr22 30765502 . G A 528.47 PASS AF=0.926829;AO=35;DP=38;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0312882;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0827;QD=51.5583;RBI=0.032398;REFB=-0.0976179;REVB=0.00840696;RO=2;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174978;STB=0.502761;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0135221;OID=.;OPOS=30765502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:38:41:2:3:35:38:0.926829:23:12:1:1:24:14:1:2 chr22 30770602 . C CA 449.72 PASS AF=1;AO=4;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816768;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=213.198;QD=47.3385;RBI=0.0833347;REFB=0;REVB=0.0165401;RO=35;SAF=0;SAR=4;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000211803;OID=.;OPOS=30770603;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:40:38:38:0:13:25:0:0:8:35:0:4:14:21 chr22 30770603 . T A 517.8 PASS AF=0.95;AO=34;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0161472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.958;QD=51.7796;RBI=0.0257889;REFB=-0.12733;REVB=0.0201081;RO=2;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424662;STB=0.51999;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00106086;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:2:2:34:38:0.95:21:13:0:2:24:14:0:2 chr22 30770626 . G C 698.76 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0428862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0244;QD=54.8048;RBI=0.0630947;REFB=-0.089018;REVB=0.0462787;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.50746;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00146351;OID=.;OPOS=30770626;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:33:17:0:0:33:17:0:1 chr22 30771554 . T G 708.49 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.699;QD=62.977;RBI=0.0745589;REFB=0;REVB=-0.0703542;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200769;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr22 30775675 . G A 435.8 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00611059;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.922;QD=58.1067;RBI=0.0213459;REFB=0;REVB=0.0204525;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371434;OID=.;OPOS=30775675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr22 30776095 . C T 728.71 PASS AF=0.901639;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0182145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.527;QD=47.7844;RBI=0.0183442;REFB=-0.256368;REVB=-0.00217739;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559978;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00476229;OID=.;OPOS=30776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:61:61:0:6:55:55:0.901639:33:22:0:0:33:22:6:0 chr22 30820707 . A G 401.43 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3533;QD=55.37;RBI=0.0470115;REFB=0;REVB=0.00874352;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224075;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:25:29:1:12:13:0:0:13:16:0:0 chr22 30823113 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766793;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.327;QD=51.1846;RBI=0.0108445;REFB=0;REVB=0.00766858;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29525e-08;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr22 30823196 . T C 451.42 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080388;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.151;QD=58.2482;RBI=0.00804365;REFB=0;REVB=0.00027929;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341854;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr22 30857373 . A C 322.67 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3249;QD=53.7775;RBI=0.038954;REFB=0;REVB=0.0106654;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333833;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr22 30857448 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.436;QD=58.1414;RBI=0.0182822;REFB=0;REVB=0.00127778;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79832e-05;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr22 30862400 . T A 718.69 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.549;QD=56.3681;RBI=0.0155225;REFB=0;REVB=0.00110377;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782089;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:32:17:0:0:32:19:0:0 chr22 30864610 . A G 753.29 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1979;QD=56.8517;RBI=0.0535915;REFB=0;REVB=-0.0123602;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013941;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:51:53:1:29:22:0:0:30:23:0:0 chr22 30927975 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5838;QD=47.8208;RBI=0.0884093;REFB=0;REVB=0.0207762;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228361;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr22 30934816 . T C 785.62 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00425059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.654;QD=64.132;RBI=0.00951413;REFB=0;REVB=-0.00851182;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136468;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr22 30934887 . G A 389.82 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0217156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4118;QD=44.551;RBI=0.0576978;REFB=-0.135241;REVB=0.0534553;RO=5;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108086;STB=0.558102;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0200291;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:35:35:5:5:30:30:0.857143:19:11:0:5:19:11:0:5 chr22 30953295 . C T 358.12 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7332;QD=55.0954;RBI=0.132205;REFB=0;REVB=0.0536247;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216501;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr22 31011610 . G C 123.07 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0112561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.838;QD=37.8668;RBI=0.012072;REFB=0.000977914;REVB=-0.00436296;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.000366093;OID=.;OPOS=31011610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:0:1:12:12:0.923077:3:9:0:0:3:9:1:0 chr22 31032909 . C T 256.54 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0448953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.365;QD=44.6159;RBI=0.0530883;REFB=-0.125141;REVB=0.0283333;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.545411;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00441322;OID=.;OPOS=31032909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:0:2:21:21:0.913043:11:10:0:0:11:10:2:0 chr22 31032920 . A G 260.47 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140477;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5016;QD=52.0944;RBI=0.0245107;REFB=0;REVB=-0.0200857;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283433;OID=.;OPOS=31032920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 31060029 . G C 175.52 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.065;QD=46.8041;RBI=0.0699679;REFB=0;REVB=-0.00819795;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177685;OID=.;OPOS=31060029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr22 31266546 . T C 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.577;QD=59.0131;RBI=0.0541758;REFB=0;REVB=0.0495899;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449402;OID=.;OPOS=31266546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr22 31302125 . C G 365.04 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2883;QD=52.148;RBI=0.0489512;REFB=-0.0391093;REVB=0.0305851;RO=1;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102756;STB=0.555511;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00155622;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:4:23:0:1:4:23:0:1 chr22 31302233 . T C 800.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.079;QD=57.1591;RBI=0.0224621;REFB=0;REVB=0.0214537;RO=0;SAF=18;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75569e-05;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:36:18:0:0:37:19:0:0 chr22 31303619 . TAA TAAA,TA,TAT 193.59 PASS AF=0,0.767677,0.0909091;AO=15,35,10;DP=103;FAO=0,76,9;FDP=99;FR=.;FRO=14;FSAF=0,52,1;FSAR=0,24,8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.478172,0.459918,0.0304165;FXX=0.0571374;HRUN=11,11,11;LEN=1,1,1;MLLD=4.76348,4.02935,169.095;QD=7.82187;RBI=0.486833,0.462599,0.0513006;REFB=0.057482,-0.063952,-0.00354907;REVB=0.0914209,-0.0497279,-0.0413109;RO=32;SAF=14,17,1;SAR=1,18,9;SRF=25;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.384356,-0.254288,-0.71826;STB=0.5,0.519995,0.83635;STBP=1,0.407,0.024;TYPE=ins,del,snp;VARB=-0.150028,0.210427,0.0202664;OID=.,.,.;OPOS=31303620,31303620,31303621;OREF=-,A,A;OALT=A,-,T;OMAPALT=TAAA,TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.767677,0.0909091:15,35,10:103:0,76,9:99:14:0,52,1:0,24,8:8:6:40:32:14,17,1:1,18,9:25:7 chr22 31333631 . T C,G 711.86 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=46,3;DP=49;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26,3;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00580283,0.0040738;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.306,134.034;QD=53.7255;RBI=0.0216497,0.0208742;REFB=0,0;REVB=0.0208575,-0.0204728;RO=0;SAF=26,3;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00231497,0.0134411;OID=.,.;OPOS=31333631,31333631;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:49:53:0:0:46,3:50,3:0.943396,0.0566038:20,0:26,3:0:0:24,0:26,3:0:0 chr22 31342376 . G C 1124.05 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00962903;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.638;QD=59.1606;RBI=0.0662074;REFB=0.0055185;REVB=0.0655034;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000124151;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:76:0:1:75:75:0.986842:47:28:0:0:47:28:1:0 chr22 31354653 . G A 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.281;QD=60.5101;RBI=0.0134875;REFB=-0.00671035;REVB=0.00546222;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=7.78446e-05;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:1:0:19:26:1:0 chr22 31533796 . G C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=-0.0233642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.715;QD=14.5589;RBI=0.0245243;REFB=-0.00956662;REVB=0.00745362;RO=35;SAF=16;SAR=10;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141888;STB=0.580053;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0144032;OID=.;OPOS=31533796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:10:16:26:9:10:16:26:9 chr22 31535872 . G C 150.08 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0744264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6367;QD=19.3657;RBI=0.0837138;REFB=-0.0242051;REVB=-0.0383236;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199204;STB=0.613586;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0185946;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:7:8:5:11:7:8 chr22 31535995 . C G 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0463134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.619;QD=17.8267;RBI=0.0473512;REFB=-0.0199019;REVB=0.00985943;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325459;STB=0.68503;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0100721;OID=.;OPOS=31535995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:7:5:9:2:7:5:9:2 chr22 31536133 . A C 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8686;QD=62.3422;RBI=0.0388311;REFB=0;REVB=0.0332357;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012124;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr22 31556103 . A G 396.83 PASS AF=0.278049;AO=56;DP=204;FAO=57;FDP=205;FR=.;FRO=148;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=69;FSRR=79;FWDB=-0.00572577;FXX=0.00485413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.53;QD=7.74294;RBI=0.00615686;REFB=-0.00483995;REVB=0.00226328;RO=146;SAF=26;SAR=30;SRF=68;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180904;STB=0.505408;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00962794;OID=.;OPOS=31556103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:205:146:148:56:57:0.278049:30:26:68:78:30:27:69:79 chr22 31602671 . C T 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=60;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0292572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9053;QD=3.33224;RBI=0.0293687;REFB=0.00902561;REVB=-0.00255759;RO=51;SAF=1;SAR=8;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457775;STB=0.831727;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0134722;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:60:60:51:51:9:9:0.15:8:1:22:29:8:1:22:29 chr22 31654347 . G T 101.67 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0149167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.224;QD=4.67427;RBI=0.0166432;REFB=-0.0108799;REVB=0.00738174;RO=67;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176934;STB=0.625528;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0565399;OID=.;OPOS=31654347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:70:17:17:0.195402:8:9:26:41:8:9:26:44 chr22 31663842 . C A,G 362.66 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=2,25;DP=27;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024309,0.0186008;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=185.98,110.721;QD=53.728;RBI=0.0274029,0.0265799;REFB=0,0;REVB=-0.0272949,0.0189868;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0966595,-2.10974e-05;OID=.,.;OPOS=31663842,31663842;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:27:27:0:0:2,25:1,26:0.037037,0.962963:0,16:2,9:0:0:0,16:1,10:0:0 chr22 31673111 . A G 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0126906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.028;QD=12.7356;RBI=0.0256355;REFB=0.00292278;REVB=-0.0222739;RO=28;SAF=3;SAR=13;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605898;STB=0.850389;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00877237;OID=.;OPOS=31673111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:13:3:22:6:13:3:22:6 chr22 31673116 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0323151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.715;QD=11.0159;RBI=0.0323223;REFB=-0.00527776;REVB=0.00068246;RO=27;SAF=2;SAR=12;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.656422;STB=0.888395;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00572857;OID=.;OPOS=31673116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:12:2:21:6:12:2:22:6 chr22 31674637 . C T 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00155734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.323;QD=13.9183;RBI=0.0183145;REFB=-0.00139913;REVB=0.0182482;RO=36;SAF=17;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472378;STB=0.520623;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00220393;OID=.;OPOS=31674637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:9:17:22:14:9:17:23:14 chr22 31679110 . G C,GC 353.49 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=18,4;DP=27;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377169,0.0338973;FXX=0.0357015;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=148.538,139.188;QD=52.3687;RBI=0.13854,0.0627753;REFB=0,0;REVB=0.133308,-0.0528367;RO=2;SAF=12,1;SAR=6,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.130434,0.210252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00364984,0.0198575;OID=.,.;OPOS=31679110,31679111;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:27:27:2:0:18,4:24,3:0.888889,0.111111:6,3:12,1:0:2:11,2:13,1:0:0 chr22 31685256 . C G 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.002496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.297;QD=12.8974;RBI=0.0196751;REFB=-0.0152451;REVB=0.0195161;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104339;STB=0.561026;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0172277;OID=.;OPOS=31685256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:13:17:8:9:13:17 chr22 31743180 . G A 274.92 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0247838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.8906;QD=18.9599;RBI=0.0686404;REFB=-0.09761;REVB=0.0640099;RO=25;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185241;STB=0.599933;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0914127;OID=.;OPOS=31743180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:25:28:29:30:0.517241:11:18:10:15:12:18:11:17 chr22 31744072 . G A 84.8 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.00689528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.357;QD=10.9413;RBI=0.00793404;REFB=-0.0110305;REVB=-0.00392481;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314474;STB=0.518763;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.017237;OID=.;OPOS=31744072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:5:15:8:3:5:15 chr22 31859859 . A G 152.34 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.012647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.204;QD=21.0123;RBI=0.0126491;REFB=-0.0354103;REVB=0.000230988;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248947;STB=0.641074;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0295075;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:11:5:8:5:11:5:8:5 chr22 31971258 . T C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0450767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8061;QD=56.0122;RBI=0.0990352;REFB=-0.101053;REVB=0.088182;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00447928;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:10:24:0:0:10:24:0:1 chr22 32011225 . T C 44.7 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.15773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.5404;QD=8.94027;RBI=0.175362;REFB=-0.0551808;REVB=-0.0766374;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.677143;STB=0.599679;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.070458;OID=.;OPOS=32011225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:19:20:11:13:6:7:0.35:6:0:1:10:6:1:3:10 chr22 32015450 . T G 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00772661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.443;QD=21.3528;RBI=0.0786162;REFB=-0.042371;REVB=-0.0782356;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177266;STB=0.599854;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00483097;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:7:2:6:7:7:2 chr22 32134506 . C T 65.18 PASS AF=0.3;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0177051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.371;QD=8.69002;RBI=0.0177191;REFB=-0.00537746;REVB=-0.000705663;RO=20;SAF=1;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482351;STB=0.7992;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.020139;OID=.;OPOS=32134506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:29:30:20:21:9:9:0.3:8:1:9:11:8:1:9:12 chr22 32334021 . T A 268.25 PASS AF=0.538462;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00366601;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.808;QD=20.6348;RBI=0.00464421;REFB=-0.0146423;REVB=0.00285115;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0125777;OID=.;OPOS=32334021;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:25:24:25:28:0.538462:14:11:11:14:16:12:10:14 chr22 32377135 . T C 206.95 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000975012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.306;QD=48.6932;RBI=0.0172555;REFB=0;REVB=0.0172279;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024515;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr22 32546946 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00918917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.963;QD=15.2624;RBI=0.025168;REFB=-0.0237817;REVB=-0.0234305;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957353;STB=0.55547;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0323133;OID=.;OPOS=32546946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:6:7:7:9:6:7:7:9 chr22 32547012 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0156034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.17;QD=7.95465;RBI=0.0217212;REFB=-0.0150465;REVB=-0.0151111;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921344;STB=0.557987;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0401928;OID=.;OPOS=32547012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:6:13:6:2:6:13 chr22 32554985 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000510328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.14;QD=58.5877;RBI=0.00465675;REFB=0;REVB=0.0046287;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20533e-05;OID=.;OPOS=32554985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:9:23:0:0:9:24:0:0 chr22 32587023 . C G 327.5 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=130;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00388716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4412;QD=10.0769;RBI=0.0292836;REFB=-0.01649;REVB=-0.0290245;RO=87;SAF=22;SAR=20;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326333;STB=0.514699;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0351865;OID=.;OPOS=32587023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:87:88:42:42:0.323077:20:22:48:39:20:22:48:40 chr22 32587027 . G C 292.3 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=42;FWDB=-0.000624978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.749;QD=9.06358;RBI=0.0106943;REFB=-0.010421;REVB=-0.010676;RO=88;SAF=22;SAR=17;SRF=48;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223938;STB=0.521693;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0223714;OID=.;OPOS=32587027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:90:39:39:0.302326:17:22:48:40:17:22:48:42 chr22 32589023 . C T 320.51 PASS AF=0.378947;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=95;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0249539;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8771;QD=13.4949;RBI=0.0262907;REFB=-0.00733245;REVB=-0.0082767;RO=57;SAF=17;SAR=19;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114424;STB=0.553906;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0158532;OID=.;OPOS=32589023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:57:59:36:36:0.378947:19:17:33:24:19:17:33:26 chr22 32589034 . T C 312.83 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0188971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.46;QD=14.3829;RBI=0.0234787;REFB=-0.0146545;REVB=0.0139337;RO=52;SAF=15;SAR=20;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155441;STB=0.588185;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0146183;OID=.;OPOS=32589034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:35:35:0.402299:20:15:30:22:20:15:30:22 chr22 32589090 . C T 291.88 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0088631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7837;QD=21.6206;RBI=0.0164279;REFB=-0.00390308;REVB=-0.013832;RO=24;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180429;STB=0.599933;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00540419;OID=.;OPOS=32589090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:18:12:15:9:18:12:15:9 chr22 32590449 . G A 158.32 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0496355;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.164;QD=11.3083;RBI=0.0513184;REFB=-0.0177235;REVB=0.0130341;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167549;STB=0.61667;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0252001;OID=.;OPOS=32590449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:13:7:17:17:13:7:19:17 chr22 32651262 . A G 156.52 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0475656;FXX=0.0454442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7423;QD=14.9067;RBI=0.092323;REFB=0.0200176;REVB=-0.0791269;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288764;STB=0.518288;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0269688;OID=.;OPOS=32651262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:22:25:17:17:0.404762:8:9:11:11:8:9:14:11 chr22 32754103 . A C 89.09 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00313832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.088;QD=5.74763;RBI=0.0343918;REFB=5.2257e-05;REVB=0.0342483;RO=48;SAF=3;SAR=11;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527425;STB=0.825754;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-5.3849e-05;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:11:3:32:16:11:3:32:16 chr22 32754230 . A G 150.93 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0346026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5779;QD=11.1801;RBI=0.0360597;REFB=-0.0326323;REVB=0.0101469;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101912;STB=0.559774;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0200785;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:12:7:16:19:12:7:16:19 chr22 32754232 . C T 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0188735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.943;QD=10.4736;RBI=0.022619;REFB=-0.0259733;REVB=0.0124664;RO=37;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752888;STB=0.544331;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.034697;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:12:7:16:21:12:7:16:21 chr22 32754306 . T C 173.01 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0268739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.453;QD=11.3452;RBI=0.028568;REFB=-0.0167046;REVB=-0.00969162;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346848;STB=0.533511;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0281802;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:39:22:22:0.360656:13:9:14:23:13:9:14:25 chr22 32756407 . A G 369.67 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00224369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.058;QD=22.404;RBI=0.0606868;REFB=-0.0091624;REVB=-0.0606453;RO=29;SAF=27;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134428;STB=0.574426;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00624562;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:29:37:37:0.560606:10:27:17:12:10:27:17:12 chr22 32756555 . G C 682.51 PASS AF=0.448485;AO=74;DP=165;FAO=74;FDP=165;FR=.;FRO=91;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=66;FWDB=-0.0242128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2012;QD=16.5456;RBI=0.0242153;REFB=0.0160457;REVB=-0.000345832;RO=91;SAF=36;SAR=38;SRF=25;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212785;STB=0.617588;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0160236;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:91:91:74:74:0.448485:38:36:25:66:38:36:25:66 chr22 32756583 . C T 752.59 PASS AF=0.503448;AO=73;DP=146;FAO=73;FDP=145;FR=.;FRO=72;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.0181735;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.227;QD=20.7612;RBI=0.0253146;REFB=-0.0182142;REVB=-0.0176225;RO=71;SAF=37;SAR=36;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189273;STB=0.599672;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0194814;OID=.;OPOS=32756583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:71:72:73:73:0.503448:36:37:21:50:36:37:22:50 chr22 32756744 . A G 75.81 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0531341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0538;QD=5.83119;RBI=0.0555352;REFB=-0.0055509;REVB=-0.0161532;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189051;STB=0.620478;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0167;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:16:25:5:6:16:25 chr22 32759025 . G C 121.23 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0180019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6814;QD=14.6942;RBI=0.0440176;REFB=-0.0411197;REVB=-0.0401681;RO=18;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331196;STB=0.539114;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0479137;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:19:14:14:0.424242:5:9:11:7:5:9:11:8 chr22 32766927 . A G 670.3 PASS AF=0.38806;AO=78;DP=201;FAO=78;FDP=201;FR=.;FRO=123;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=76;FWDB=0.0131993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.099;QD=13.3393;RBI=0.0299319;REFB=-0.016296;REVB=0.0268644;RO=121;SAF=34;SAR=44;SRF=46;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061811;STB=0.533743;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0348417;OID=.;OPOS=32766927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:201:121:123:78:78:0.38806:44:34:46:75:44:34:47:76 chr22 32795641 . C T 250.53 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00766012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.975;QD=19.6492;RBI=0.0149357;REFB=-0.0257708;REVB=0.0128217;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016234;STB=0.509084;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0251764;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:12:13:14:12:12:13 chr22 32811952 . A G 176.64 PASS AF=0.407407;AO=19;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0840208;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.151;QD=13.0842;RBI=0.0854642;REFB=-0.035038;REVB=0.015641;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974252;STB=0.546057;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0370431;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:32:19:22:0.407407:12:7:15:18:14:8:14:18 chr22 32831809 . A G 224.78 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0133458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.553;QD=19.9808;RBI=0.0172238;REFB=-0.0110145;REVB=0.0108881;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771839;STB=0.555506;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0125966;OID=.;OPOS=32831809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:9:12:15:8:10:12:15:8 chr22 32871365 . G A 380.5 PASS AF=0.362205;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=127;FR=.;FRO=81;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=0.0116807;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.478;QD=11.9842;RBI=0.0130396;REFB=-0.008937;REVB=0.00579573;RO=57;SAF=34;SAR=12;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236414;STB=0.697535;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0123631;OID=.;OPOS=32871365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:57:81:46:46:0.362205:12:34:30:27:12:34:36:45 chr22 32875190 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.808;QD=57.2368;RBI=0.0224812;REFB=0;REVB=-0.0190112;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.51719e-05;OID=.;OPOS=32875190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr22 32887150 . C T 495.77 PASS AF=1;AO=27;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.935;QD=58.326;RBI=0.0213915;REFB=0;REVB=-0.0125634;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00654181;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:27:34:1:11:16:0:0:12:22:0:0 chr22 33253280 . T C 537.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.291;QD=59.7175;RBI=0.0188659;REFB=0;REVB=0.00099528;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363892;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr22 33253290 . TCC TC,TCT 296.43 PASS AF=0.40625,0.5;AO=7,16;DP=31;FAO=13,16;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=3,10;FSAR=10,6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0171648,-0.0398706;FXX=0.0302939;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.985,92.4092;QD=37.0539;RBI=0.278892,0.062298;REFB=-0.178548,-0.164939;REVB=-0.278363,-0.0478683;RO=5;SAF=0,10;SAR=7,6;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.826071,-0.182147;STB=0.666388,0.56514;STBP=0.024,0.246;TYPE=del,snp;VARB=-0.048452,0.0794626;OID=.,.;OPOS=33253291,33253292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.40625,0.5:7,16:31:13,16:32:3:3,10:10,6:3:0:85:5:0,10:7,6:5:0 chr22 34022284 . G A 628.59 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.229;QD=59.8659;RBI=0.0275858;REFB=0;REVB=0.0225739;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177418;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr22 35463162 . A G 727.93 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.96;QD=63.2986;RBI=0.025671;REFB=0;REVB=0.0244047;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05529e-05;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr22 35463179 . T C 820.86 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523101;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.379;QD=57.6044;RBI=0.0115018;REFB=0;REVB=0.0102434;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7535e-05;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr22 35463249 . C T 765.18 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00369151;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.245;QD=51.8765;RBI=0.0359088;REFB=0.0221209;REVB=0.0357186;RO=3;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159568;STB=0.508472;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.00011011;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:28:28:2:1:28:28:2:1 chr22 35660875 . G T 197.5 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0294193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4692;QD=26.3333;RBI=0.0306896;REFB=-0.00772988;REVB=-0.0087383;RO=11;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126582;STB=0.507035;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0130102;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:9:10:6:5:9:10:6:5 chr22 35679951 . T C 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00524245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.886;QD=16.923;RBI=0.00530284;REFB=-0.000638216;REVB=-0.000798002;RO=34;SAF=17;SAR=13;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145933;STB=0.581896;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.000392401;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:13:17:14:20:13:17:14:20 chr22 35742925 . T G 229.77 PASS AF=0.46;AO=21;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=-0.0136592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.792;QD=18.3814;RBI=0.027321;REFB=-0.0338237;REVB=0.0236614;RO=26;SAF=2;SAR=19;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536057;STB=0.538426;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0197963;OID=.;OPOS=35742925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:26:27:21:23:0.46:19:2:3:23:21:2:3:24 chr22 35743124 . G C 73.28 PASS AF=0.47619;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0103822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8674;QD=13.9589;RBI=0.083067;REFB=-0.0597444;REVB=-0.0824156;RO=4;SAF=8;SAR=0;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.775448;STB=0.81741;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00849488;OID=.;OPOS=35743124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:21:21:4:11:8:10:0.47619:0:8:3:1:1:9:5:6 chr22 36007045 . G A 779.62 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.599;QD=55.687;RBI=0.0877735;REFB=0;REVB=0.0837519;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589381;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:35:20:0:0:36:20:0:0 chr22 36007075 . C T 791.77 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00913675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.992;QD=53.6795;RBI=0.0327443;REFB=0.00761005;REVB=-0.0314438;RO=2;SAF=18;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495519;STB=0.526306;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.000538659;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:39:18:2:0:39:18:2:0 chr22 36122930 . C T 941.18 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303723;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.165;QD=58.8237;RBI=0.0334442;REFB=0;REVB=-0.0140014;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4352e-05;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:39:25:0:0:39:25:0:0 chr22 36124860 . C G 703.2 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6177;QD=62.5063;RBI=0.0156019;REFB=0;REVB=0.0133082;RO=0;SAF=11;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07735e-05;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:34:11:0:0:34:11:0:0 chr22 36537500 . A T 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0266082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.825;QD=21.267;RBI=0.0271122;REFB=-0.0135237;REVB=-0.00520334;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179543;STB=0.601441;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0101398;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:6:11:6:8:6:11:6:8 chr22 36537893 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0348966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.583;QD=12.3961;RBI=0.0353392;REFB=-0.00756545;REVB=0.00557506;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.487487;STB=0.798798;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00152451;OID=.;OPOS=36537893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:4:1:4:1:4:1 chr22 36545137 . A T 752.44 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525933;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.211;QD=64.0376;RBI=0.0151711;REFB=0;REVB=0.0142304;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010527;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr22 36556823 . G T 676.64 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0362604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5681;QD=60.1457;RBI=0.0376289;REFB=-0.145723;REVB=0.0100558;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.512815;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0107841;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:18:25:0:1:19:25:0:1 chr22 36573945 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.4881;QD=55.6509;RBI=0.0259089;REFB=0;REVB=0.0255884;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042129;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr22 36575664 . G A 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0219965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.963;QD=56.0078;RBI=0.0234106;REFB=-0.0737694;REVB=0.00801325;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000376333;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:1:0:36:24:1:0 chr22 36587202 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.796;QD=44.6898;RBI=0.0168225;REFB=0;REVB=-0.00533016;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122836;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr22 36587222 . TG TC,TT 202.57 PASS AF=0.352941,0.647059;AO=6,8;DP=17;FAO=6,11;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3,4;FSAR=3,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276788,0.0288825;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=187.429,195.951;QD=47.6641;RBI=0.036393,0.0364046;REFB=0,0;REVB=0.0236292,0.0221607;RO=0;SAF=3,3;SAR=3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0188833,0.013187;OID=.,.;OPOS=36587223,36587223;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=TC,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.352941,0.647059:6,8:17:6,11:17:0:3,4:3,7:0:0:32:0:3,3:3,5:0:0 chr22 36587279 . A G 417.9 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2736;QD=53.923;RBI=0.0625551;REFB=-0.0450042;REVB=0.0412693;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266159;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00103109;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:29:30:0.967742:17:12:0:1:18:12:0:1 chr22 36587486 . A G 456.54 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00691278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.9226;QD=50.7267;RBI=0.0103879;REFB=-0.101973;REVB=0.00775384;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.530594;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00699956;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:1:3:33:33:0.916667:23:10:0:1:23:10:0:3 chr22 36587511 . C T 357.99 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4747;QD=55.0749;RBI=0.0345919;REFB=0;REVB=-0.033042;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102764;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr22 36587844 . AA AACT,CT 139.87 PASS AF=0.705882,0.117647;AO=10,2;DP=18;FAO=12,2;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=7,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00541004,-0.011775;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=2,2;MLLD=244.951,211.03;QD=32.9114;RBI=0.029609,0.029036;REFB=-0.0118566,-0.00619893;REVB=0.0291106,0.0265412;RO=4;SAF=6,2;SAR=4,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175933,0.687939;STB=0.615195,0.995982;STBP=0.123,0.062;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00628479,-0.00293307;OID=.,.;OPOS=36587846,36587844;OREF=-,AA;OALT=CT,CT;OMAPALT=AACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:18:17:4:3:10,2:12,2:0.705882,0.117647:4,0:6,2:1:3:5,0:7,2:0:3 chr22 36591380 . A G 366.71 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216351;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.614;QD=54.328;RBI=0.112483;REFB=0;REVB=0.110383;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538937;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:1:0:26:27:1:12:14:0:1:13:14:0:0 chr22 36598049 . C G 464.71 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8162;QD=58.0881;RBI=0.086008;REFB=0;REVB=0.0392867;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023349;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr22 36598058 . T C 478.08 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000880724;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.858;QD=56.2451;RBI=0.00201542;REFB=-0.125756;REVB=0.0018128;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00103907;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:17:16:1:0:17:16:1:0 chr22 36623731 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000750979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.964;QD=62.6687;RBI=0.0308016;REFB=0;REVB=0.0307924;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40295e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr22 36661330 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.819;QD=62.3485;RBI=0.0318863;REFB=0;REVB=0.000400943;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67087e-05;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr22 36661536 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00753375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3534;QD=46.8471;RBI=0.0200332;REFB=0;REVB=0.0185627;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275223;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr22 36661566 . G A 347.7 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.309;QD=51.5118;RBI=0.014737;REFB=0.00476874;REVB=-0.00174515;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265471;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-6.07074e-06;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:0:1:17:9:0:1 chr22 36661646 . G A 464.47 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8429;QD=58.0586;RBI=0.110337;REFB=0;REVB=0.102349;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030379;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr22 36661842 . G A 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.562;QD=32.8222;RBI=0.0722234;REFB=0.0194248;REVB=0.0712867;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000409575;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:0:1:6:3:0:1 chr22 36677400 . G A 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.001802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.016;QD=15.7844;RBI=0.00553798;REFB=-0.0203591;REVB=-0.00523661;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19662;STB=0.61275;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0258564;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:12:5:7:7:12:5 chr22 36678389 . G A 196.61 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0946768;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.9837;QD=17.4763;RBI=0.0946932;REFB=-0.0495182;REVB=0.00176373;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0203011;OID=.;OPOS=36678389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:10:10:12:11:10:10:13:12 chr22 36678453 . C G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0964088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.496;QD=17.9554;RBI=0.0968534;REFB=-0.0168592;REVB=-0.00926992;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134542;STB=0.576379;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0169224;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:9:7:5:12:9:7:5:12 chr22 36678476 . C A 64.85 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000309471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.71;QD=10.3759;RBI=0.0317902;REFB=-0.0206619;REVB=-0.0317887;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433491;STB=0.763038;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.067577;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:6:10:2:7:6:10 chr22 36684354 . T C 165.39 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0348086;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.484;QD=17.8795;RBI=0.0667137;REFB=-0.00307453;REVB=-0.0569129;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302351;STB=0.515135;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00472679;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:17:18:0.486486:7:10:10:8:8:10:10:9 chr22 36684358 . C A 211.75 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0132004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.994;QD=19.6976;RBI=0.0132504;REFB=-0.0155425;REVB=0.00114942;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0301201;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:10:12:10:11:10:12 chr22 36691607 . A C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.919;QD=59.0121;RBI=0.0229329;REFB=0;REVB=0.0101559;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72545e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr22 37163329 . C T 542.93 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119279;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4196;QD=57.1503;RBI=0.0390487;REFB=-0.160593;REVB=0.0371823;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00633238;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:12:25:0:0:12:25:1:0 chr22 37196971 . C A 364.21 PASS AF=0.928571;AO=16;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00957967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.768;QD=52.0297;RBI=0.164658;REFB=0.035118;REVB=0.164379;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053738;STB=0.529389;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00116301;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:16:26:0.928571:8:8:1:0:18:8:1:0 chr22 37260081 . G A 397.95 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00508683;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.285;QD=26.095;RBI=0.0062829;REFB=-0.0249071;REVB=-0.00368768;RO=23;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00878166;STB=0.504801;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0125893;OID=.;OPOS=37260081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:23:23:38:38:0.622951:17:21:13:10:17:21:13:10 chr22 37319293 . C T 228.88 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0228176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7374;QD=16.0619;RBI=0.067327;REFB=0.0141648;REVB=0.0633426;RO=31;SAF=17;SAR=9;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919762;STB=0.505197;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0158275;OID=.;OPOS=37319293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:31:31:26:26:0.45614:9:17:20:11:9:17:20:11 chr22 37329999 . C T 148.98 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0361686;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6145;QD=15.682;RBI=0.0423052;REFB=-0.021244;REVB=-0.0219444;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938807;STB=0.561964;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0299359;OID=.;OPOS=37329999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:20:22:16:16:0.421053:5:11:12:8:5:11:13:9 chr22 37333794 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.292;QD=37.488;RBI=0.0671104;REFB=0;REVB=0.00765585;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916074;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr22 37398195 . C T 297.17 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0321907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1805;QD=18.2875;RBI=0.047442;REFB=-0.0297286;REVB=-0.0348497;RO=33;SAF=11;SAR=21;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105323;STB=0.505879;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0279663;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:21:11:11:22:21:11:11:22 chr22 37398201 . C A 282.27 PASS AF=0.477612;AO=30;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.00957626;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.739;QD=16.8522;RBI=0.0101946;REFB=-0.0297896;REVB=0.00349644;RO=35;SAF=8;SAR=22;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056365;STB=0.501084;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0373797;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:30:32:0.477612:22:8:11:24:22:10:11:24 chr22 37409319 . T C 186.91 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.00627995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7232;QD=10.6803;RBI=0.0415102;REFB=-0.00742568;REVB=-0.0410325;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147623;STB=0.585645;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0138509;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:12:12:17:29:12:12:17:29 chr22 37420890 . C T 81.11 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0262431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.885;QD=18.0247;RBI=0.0262776;REFB=-0.0298057;REVB=0.00134584;RO=7;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390506;STB=0.6996;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00622047;OID=.;OPOS=37420890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:7:3:6:1:7:3:6:2 chr22 37453452 . C T 862.86 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0923231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.378;QD=53.9284;RBI=0.0928527;REFB=-0.0580064;REVB=0.0099033;RO=2;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01136;STB=0.506313;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00104449;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:64:2:2:60:62:0.96875:40:20:1:1:42:20:1:1 chr22 37462926 . G A 258.75 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0124341;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.688;QD=13.9866;RBI=0.0124641;REFB=-0.0156618;REVB=0.000864066;RO=44;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140358;STB=0.579839;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0207738;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:44:30:30:0.405405:17:13:25:19:17:13:25:19 chr22 37462936 . A G 1044.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575775;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1277;QD=59.7031;RBI=0.0742771;REFB=0;REVB=0.0469246;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549225;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:30:36:0:0:33:37:0:0 chr22 37469591 . G A 563.6 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242096;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.225;QD=60.9299;RBI=0.0384236;REFB=0;REVB=0.0298373;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414341;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr22 37480181 . A G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0338346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.783;QD=16.4144;RBI=0.0497684;REFB=-0.0475479;REVB=-0.0364981;RO=16;SAF=13;SAR=1;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279997;STB=0.666369;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0509657;OID=.;OPOS=37480181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:1:13:13:3:1:13:13:3 chr22 37480269 . A G 82.3 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0196362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.012;QD=8.89716;RBI=0.0247478;REFB=-0.0160172;REVB=-0.0150623;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744983;STB=0.558717;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0372804;OID=.;OPOS=37480269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:5:6:12:13:5:6:12:14 chr22 37480797 . C T 265.3 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0196554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4792;QD=27.2105;RBI=0.0197047;REFB=-0.0139165;REVB=0.00139355;RO=15;SAF=16;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32188;STB=0.677819;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00988134;OID=.;OPOS=37480797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:8:16:3:12:8:16:3:12 chr22 37485724 . T C 601.24 PASS AF=0.469697;AO=62;DP=133;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.00195627;FXX=0.0149243;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.273;QD=18.2194;RBI=0.00547682;REFB=-0.0130452;REVB=-0.00511552;RO=67;SAF=34;SAR=28;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804203;STB=0.540858;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0150121;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:67:70:62:62:0.469697:28:34:31:36:28:34:33:37 chr22 37524619 . G T 367.68 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00313028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.019;QD=21.9508;RBI=0.0165075;REFB=-0.0678816;REVB=-0.016208;RO=29;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692099;STB=0.502511;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0484995;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:30:37:37:0.552239:22:15:12:17:22:15:12:18 chr22 37531436 . G A 93.0 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0220234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.513;QD=6.41355;RBI=0.0254171;REFB=-0.00851588;REVB=0.0126886;RO=41;SAF=4;SAR=10;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141509;STB=0.56808;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0247424;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:58:58:41:44:14:14:0.241379:10:4:16:25:10:4:16:28 chr22 37578388 . C T 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0458805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.779;QD=18.2462;RBI=0.0494299;REFB=-0.0326217;REVB=-0.0183928;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0285417;OID=.;OPOS=37578388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr22 37578579 . C T 236.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0907222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7659;QD=20.5452;RBI=0.0918427;REFB=-0.0252635;REVB=0.0143023;RO=23;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794133;STB=0.544708;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0298828;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:14:9:11:12:14:9:11:12 chr22 37578652 . G A 240.48 PASS AF=0.490909;AO=25;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0268223;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.55;QD=17.4896;RBI=0.0443684;REFB=-0.00527485;REVB=-0.0353428;RO=19;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.527007;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0220521;OID=.;OPOS=37578652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:19:28:25:27:0.490909:12:13:14:5:13:14:16:12 chr22 37602583 . G C,GC 344.07 PASS AF=0,1;AO=3,23;DP=28;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587687,0.0128981;FXX=0.0357015;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=4.78376,21.7911;QD=50.9728;RBI=0.0657558,0.0778417;REFB=0,0;REVB=0.0294969,-0.0767657;RO=1;SAF=2,14;SAR=1,9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0319244;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00252765;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:28:27:1:0:3,23:0,27:0,1:1,9:2,14:1:0:0,11:0,16:0:0 chr22 37637653 . G C 1406.61 PASS AF=0.978495;AO=91;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.569;QD=60.4992;RBI=0.0162276;REFB=-0.109068;REVB=-0.00367851;RO=2;SAF=38;SAR=53;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242914;STB=0.512818;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000593567;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:93:2:2:91:91:0.978495:53:38:2:0:53:38:2:0 chr22 37678551 . A G 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0178975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.209;QD=16.1064;RBI=0.0189529;REFB=-0.00856981;REVB=-0.00623617;RO=22;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216683;STB=0.625253;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0114866;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:12:5:11:11:12:5:11:11 chr22 37678565 . G A 251.66 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0157402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.999;QD=20.5436;RBI=0.0164059;REFB=-0.021604;REVB=-0.00462615;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058343;STB=0.532844;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0274412;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:12:13:14:10:12:13 chr22 37699377 . T C 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.9208;QD=60.6051;RBI=0.0238321;REFB=0;REVB=0.0165645;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.63949e-06;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr22 37770066 . G T 833.76 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4619;QD=57.5006;RBI=0.0331847;REFB=0;REVB=-0.0156916;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72964e-05;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr22 37770357 . A G 834.25 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0053355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.3857;QD=57.5346;RBI=0.0401984;REFB=0;REVB=-0.0398427;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000187175;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr22 37771158 . G A 266.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2941;QD=50.8183;RBI=0.019184;REFB=0;REVB=0.00779646;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135947;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr22 37771985 . A G 447.43 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4014;QD=57.7327;RBI=0.0601476;REFB=0;REVB=0.0556333;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520828;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:23:8:0:0 chr22 37906308 . GCTCCTT G 754.77 PASS AF=0.606838;AO=69;DP=100;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.034771;FXX=0.0639949;HRUN=1;LEN=6;MLLD=152.144;QD=25.8041;RBI=0.03691;REFB=-0.0125188;REVB=0.0123824;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578724;STBP=0.039;TYPE=del;VARB=0.0119166;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606838:69:100:71:117:46:32:39:30:16:99:0:32:37:0:0 chr22 38005179 . C A 36.77 PASS AF=0.0819672;AO=5;DP=60;FAO=5;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=-0.00573666;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.6693;QD=2.41103;RBI=0.106211;REFB=-0.0316536;REVB=0.106056;RO=36;SAF=1;SAR=4;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.476358;STB=0.876865;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.125948;OID=.;OPOS=38005179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:60:61:36:51:5:5:0.0819672:4:1:23:13:4:1:35:16 chr22 38043444 . C A 429.02 PASS AF=1;AO=15;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028937;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=320.655;QD=57.2026;RBI=0.0326241;REFB=0;REVB=0.0150659;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94965e-05;OID=.;OPOS=38043444;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:15:30:1:15:0:0:0:22:8:0:0 chr22 38046695 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.616;QD=52.6125;RBI=0.0514762;REFB=0;REVB=0.0508629;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070934;OID=.;OPOS=38046695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr22 38065590 . GTCC G 276.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768951;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=258.577;QD=52.6754;RBI=0.0271794;REFB=0;REVB=0.026069;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000162308;OID=.;OPOS=38065591;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:8:13:0:0:4:0:8:13:0:0 chr22 38119213 . G A 634.67 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.1;QD=60.445;RBI=0.0723801;REFB=0;REVB=0.0495367;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226741;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:18:21:0:0:20:22:0:0 chr22 38130472 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.943;QD=57.1766;RBI=0.0570063;REFB=0;REVB=-0.0556579;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159046;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr22 38202552 . T C 466.56 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00957908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.4088;QD=51.8399;RBI=0.0443999;REFB=-0.0168079;REVB=0.0433543;RO=2;SAF=10;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846394;STB=0.545427;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00197869;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:2:2:33:34:0.944444:23:10:2:0:24:10:2:0 chr22 38202642 . G T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100347;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=282.153;QD=43.4861;RBI=0.017071;REFB=0;REVB=-0.0138104;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09212e-05;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr22 38202734 . G C 176.42 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.829;QD=47.0457;RBI=0.0423333;REFB=0;REVB=0.0384542;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414086;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:4:8:0:0:4:11:0:0 chr22 38204089 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.502;QD=60.6102;RBI=0.0576021;REFB=0;REVB=0.00226736;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197439;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:8:30:0:0:8:30:0:0 chr22 38341134 . T C 817.53 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.46;QD=57.3706;RBI=0.0698306;REFB=0;REVB=0.002908;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195372;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr22 38369976 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.255;QD=35.5758;RBI=0.0400915;REFB=0;REVB=-0.0244458;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68716e-05;OID=.;OPOS=38369976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr22 38474696 . A G 303.27 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211507;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.662;QD=50.5449;RBI=0.0225155;REFB=-0.117556;REVB=0.00771973;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00408105;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:25:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:1:0:15:8:1:0 chr22 38477930 . G A 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2984;QD=53.8936;RBI=0.0800871;REFB=0;REVB=0.0624773;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250161;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr22 38483174 . A T 60.56 PASS AF=0.206897;AO=7;DP=28;FAO=6;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0180811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.3501;QD=8.35319;RBI=0.19183;REFB=-0.030239;REVB=-0.190976;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113243;STB=0.514238;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0770919;OID=.;OPOS=38483174;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:28:29:18:20:7:6:0.206897:3:4:12:6:2:4:13:7 chr22 38503846 . G GT 286.28 PASS AF=1;AO=4;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0870452;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=84.655;QD=45.8044;RBI=0.0870544;REFB=0;REVB=-0.0012649;RO=20;SAF=1;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434246;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000542033;OID=.;OPOS=38503847;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:25:25:25:0:14:11:0:0:4:20:1:3:13:7 chr22 38503847 . C T 240.76 PASS AF=0.84;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0192025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0428;QD=38.5208;RBI=0.0412532;REFB=-0.114418;REVB=0.0365115;RO=4;SAF=13;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128158;STB=0.560726;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00619786;OID=.;OPOS=38503847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:24:25:4:4:20:21:0.84:7:13:1:3:8:13:1:3 chr22 38506509 . A G 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00405495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.716;QD=39.3203;RBI=0.023222;REFB=-0.161634;REVB=0.0228652;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00224447;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:1:0:4:9:1:0 chr22 38512402 . G A 164.65 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0553386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0151;QD=21.2456;RBI=0.0628701;REFB=-0.027378;REVB=0.0298377;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128419;STB=0.572433;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0173345;OID=.;OPOS=38512402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:8:6:10:7:8:6 chr22 38611080 . C G 658.43 PASS AF=0.528455;AO=65;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-5.33118e-06;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1155;QD=21.4123;RBI=0.0537778;REFB=-0.0450365;REVB=-0.0537778;RO=53;SAF=23;SAR=42;SRF=18;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128153;STB=0.505087;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.033979;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:53:58:65:65:0.528455:42:23:18:35:41:24:22:36 chr22 38612372 . A C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0169637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6693;QD=14.3343;RBI=0.0257349;REFB=-0.0495318;REVB=0.0193525;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312786;STB=0.681452;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0372957;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:8:2:5:4:8:2 chr22 38622871 . G A 157.72 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.00971808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9007;QD=11.2657;RBI=0.0151926;REFB=0.00832581;REVB=0.011678;RO=36;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203387;STB=0.511846;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0149821;OID=.;OPOS=38622871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:13:7:12:24:13:7:12:24 chr22 38823136 . T C 399.45 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0136081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2079;QD=53.2598;RBI=0.0252644;REFB=0.0231213;REVB=0.0212863;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.000301652;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr22 38879609 . G GA 57.94 PASS AF=0.352941;AO=10;DP=36;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.010899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7249;QD=6.81611;RBI=0.0280247;REFB=-0.0379539;REVB=0.0258186;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787474;STB=0.521702;STBP=0.87;TYPE=ins;VARB=0.0824303;OID=.;OPOS=38879610;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:10:36:12:34:22:4:8:8:14:57:25:3:7:9:16 chr22 39178701 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.81;QD=57.6766;RBI=0.0590254;REFB=0;REVB=0.0140567;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703507;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr22 39222652 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.849;QD=61.682;RBI=0.0283654;REFB=0;REVB=0.0242405;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13228e-05;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr22 39357581 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.999;QD=37.4885;RBI=0.0449467;REFB=0;REVB=0.0274667;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297219;OID=.;OPOS=39357581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr22 39381826 . A G 128.58 PASS AF=0.295082;AO=17;DP=60;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0138531;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.719;QD=8.43113;RBI=0.0144227;REFB=-0.0191509;REVB=-0.00401307;RO=43;SAF=7;SAR=10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199545;STB=0.595563;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0458873;OID=.;OPOS=39381826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:43:43:17:18:0.295082:10:7:25:18:10:8:25:18 chr22 39381999 . T C 83.03 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0672444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.081;QD=4.54934;RBI=0.0705691;REFB=-0.0130779;REVB=-0.0214056;RO=59;SAF=7;SAR=7;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955619;STB=0.561557;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0585853;OID=.;OPOS=39381999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:73:73:59:59:14:14:0.191781:7:7:34:25:7:7:34:25 chr22 39382079 . C A 306.55 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0846586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.982;QD=53.3121;RBI=0.0887183;REFB=0;REVB=0.02653;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623694;OID=.;OPOS=39382079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr22 39387558 . C T 296.99 PASS AF=0.339286;AO=38;DP=112;FAO=38;FDP=112;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=43;FWDB=0.0250792;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3061;QD=10.6068;RBI=0.0250881;REFB=0.0011688;REVB=-0.000667824;RO=74;SAF=14;SAR=24;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607909;STB=0.535165;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00194647;OID=.;OPOS=39387558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:74:74:38:38:0.339286:24:14:31:43:24:14:31:43 chr22 39477566 . A G 538.49 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9551;QD=59.8325;RBI=0.144377;REFB=0;REVB=0.133419;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227674;OID=.;OPOS=39477566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr22 39496322 . TAAC T 620.12 PASS AF=0.8;AO=62;DP=66;FAO=64;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0263375;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=3;MLLD=256.491;QD=31.006;RBI=0.0271811;REFB=-0.0349833;REVB=-0.0067194;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.556855;STBP=0.055;TYPE=del;VARB=0.00572378;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:62:66:64:80:16:34:30:13:3:56:0:34:28:0:0 chr22 39496336 . G T 995.47 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440131;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.575;QD=59.4309;RBI=0.0445035;REFB=0;REVB=-0.00658848;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.95946e-05;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr22 39496412 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.908;QD=60.2298;RBI=0.0232647;REFB=0;REVB=0.019912;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120989;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr22 39497404 . G C 1146.31 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.022895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.54;QD=58.0411;RBI=0.0299498;REFB=-0.183361;REVB=0.0193082;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150214;STB=0.515621;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000809623;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:77:77:0.974684:46:31:1:0:46:31:2:0 chr22 39497452 . A G 546.27 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0159853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2133;QD=53.2942;RBI=0.0319371;REFB=0.0555223;REVB=-0.0276487;RO=3;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123329;STB=0.506593;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0168001;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:22:16:1:2:22:16:1:2 chr22 39497454 . G C 543.18 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00989678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.4455;QD=52.993;RBI=0.0318979;REFB=-0.0384601;REVB=0.0303237;RO=3;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123329;STB=0.506593;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00204841;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:22:16:1:2:22:16:1:2 chr22 39497509 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.152071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8577;QD=39.3171;RBI=0.156092;REFB=-0.131962;REVB=-0.0352033;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00679336;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:8:5:0:0:8:5:0:1 chr22 39498038 . G C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.27;QD=46.8389;RBI=0.127475;REFB=0;REVB=0.0746484;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000484279;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr22 39499653 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0073931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.903;QD=40.7629;RBI=0.0616881;REFB=0;REVB=0.0612434;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000615267;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr22 39528802 . GA G 34.86 PASS AF=0.533333;AO=4;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00287359;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0388;QD=9.29563;RBI=0.259533;REFB=-0.0362205;REVB=0.259517;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448885;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=del;VARB=0.0794351;OID=.;OPOS=39528803;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:4:15:8:15:7:2:6:3:4:32:7:1:3:2:5 chr22 39712981 . A G 365.4 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.941;QD=54.1331;RBI=0.027946;REFB=0;REVB=0.0192415;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58734e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:17:9:0:0:18:9:0:0 chr22 39770597 . A G 95.52 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.653;QD=34.7346;RBI=0.054445;REFB=-0.128639;REVB=-0.00172654;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00859354;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr22 39777822 . C CCAA 433.75 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=37;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444671;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=269.516;QD=54.2189;RBI=0.0444867;REFB=0.0130296;REVB=0.00132083;RO=6;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031892;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=ins;VARB=-0.000281446;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:30:37:31:32:1:13:18:0:1:5:6:12:18:3:3 chr22 39781585 . C T 786.51 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0101589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.19;QD=55.1938;RBI=0.0366136;REFB=-0.0826854;REVB=0.0351761;RO=1;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192399;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0116547;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:24:32:0:1:24:32:0:1 chr22 39886217 . C G 213.21 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.905;QD=44.8871;RBI=0.0659862;REFB=-0.0786064;REVB=0.0563652;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436347;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00108395;OID=.;OPOS=39886217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:17:18:0.947368:7:10:1:0:8:10:1:0 chr22 39887686 . A G 445.52 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000817556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.129;QD=55.6904;RBI=0.010494;REFB=0;REVB=0.0104621;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63483e-05;OID=.;OPOS=39887686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:0:0:30:32:1:14:16:0:0:15:17:0:0 chr22 39913557 . G A 108.7 PASS AF=0.3;AO=13;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0309929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9467;QD=8.69575;RBI=0.0499687;REFB=-0.00392656;REVB=0.0391958;RO=36;SAF=10;SAR=3;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343717;STB=0.610959;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0262109;OID=.;OPOS=39913557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:35:13:15:0.3:3:10:18:18:5:10:18:17 chr22 39917515 . A C 48.06 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0102691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.752;QD=13.7315;RBI=0.0145626;REFB=-0.0195682;REVB=0.0103254;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090705;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0324733;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:6:7:0.5:2:4:4:3:2:5:4:3 chr22 39966856 . C T 47.12 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=15;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0714627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5552;QD=12.5657;RBI=0.140518;REFB=0.00196778;REVB=0.120989;RO=4;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848588;STB=0.545263;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0556749;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:15:15:4:8:3:5:0.333333:2:1:1:3:4:1:2:6 chr22 40054948 . T C 120.27 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0355457;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8572;QD=43.7338;RBI=0.0373994;REFB=0;REVB=0.0116282;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000967681;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr22 40057273 . T C 1041.8 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.383;QD=59.5312;RBI=0.0369789;REFB=0;REVB=0.0339212;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103155;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:31:39:0:0:31:39:0:0 chr22 40365525 . C G 201.97 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.000338501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.857;QD=21.2605;RBI=0.035564;REFB=-0.0320884;REVB=-0.0355624;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112803;STB=0.575841;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0288094;OID=.;OPOS=40365525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:9:11:7:10:9:11:7:11 chr22 40417780 . C T 354.81 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0111542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.182;QD=14.1926;RBI=0.011305;REFB=-0.0205189;REVB=-0.00184072;RO=61;SAF=16;SAR=23;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053407;STB=0.530383;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0413765;OID=.;OPOS=40417780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:23:16:28:33:23:16:28:33 chr22 40417820 . A G 165.81 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=49;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0190594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.752;QD=12.7545;RBI=0.0245199;REFB=-0.0058649;REVB=0.0154261;RO=30;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904899;STB=0.592924;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0124473;OID=.;OPOS=40417820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:30:32:17:20:0.384615:12:5:11:19:15:5:12:20 chr22 40574169 . TT AA,TA 212.79 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,15;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312431,0.00215754;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=15.7889,30.9012;QD=44.7976;RBI=0.0237347,0.048212;REFB=-0.0632147,-0.0473708;REVB=0.0235281,0.0481637;RO=1;SAF=2,3;SAR=0,12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0365123;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.06319,-0.0113777;OID=.,.;OPOS=40574169,40574170;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:19:19:1:0:2,15:2,17:0.105263,0.894737:0,12:2,3:0:1:0,14:2,3:0:0 chr22 40673999 . C T 141.19 PASS AF=0.484848;AO=13;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0295548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0876;QD=17.1143;RBI=0.0719823;REFB=-0.00121089;REVB=0.0656351;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383131;STB=0.547469;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00307793;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:17:13:16:0.484848:7:6:9:9:9:7:9:8 chr22 40720704 . A G 1311.85 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9971;QD=61.0165;RBI=0.0406373;REFB=-0.0505175;REVB=-0.00924794;RO=1;SAF=51;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137286;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974587;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:1:0:85:86:1:34:51:0:1:35:51:0:0 chr22 40722745 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.775;QD=53.9112;RBI=0.0436029;REFB=0;REVB=0.0380506;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228085;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr22 40726749 . C T 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.083;QD=61.1858;RBI=0.0332331;REFB=-0.138361;REVB=-0.00543744;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00233609;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:27:20:0:1:27:20:0:1 chr22 40726762 . A G 638.0 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1042;QD=59.3489;RBI=0.0620385;REFB=-0.0686965;REVB=0.00743051;RO=1;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253627;STB=0.513507;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0138829;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:24:18:1:0:24:18:1:0 chr22 40728545 . ATTC A 56.37 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000327741;FXX=0.172354;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.759;QD=9.39581;RBI=0.0118374;REFB=0.00399576;REVB=0.0118329;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=del;VARB=-0.00528029;OID=.;OPOS=40728546;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:23:9:24:15:4:5:8:7:56:13:4:5:8:5 chr22 40731768 . G A,GAAAA,GAAAAAA 236.66 PASS AF=0.3,0.15,0.55;AO=2,3,4;DP=27;FAO=6,3,11;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,3,7;FSAR=3,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049368,-0.0534743,-0.0364156;FXX=0.259163;HRUN=2,8,8;LEN=1,4,6;MLLD=26.1409,22.3392,24.791;QD=47.3313;RBI=0.190228,0.322075,0.213488;REFB=0,0,0;REVB=-0.190164,-0.317605,-0.21036;RO=12;SAF=1,3,2;SAR=1,0,2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.175485,0.590401,-0.185955;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=0.00722022,-0.106782,-0.0485219;OID=.,.,.;OPOS=40731768,40731769,40731769;OREF=G,-,-;OALT=A,AAAA,AAAAAA;OMAPALT=A,GAAAA,GAAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:33:27:20:12:0:2,3,4:6,3,11:0.3,0.15,0.55:1,0,2:1,3,2:8:4:3,0,4:3,3,7:0:0 chr22 40731777 . G A 63.61 PASS AF=0.264706;AO=12;DP=37;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.010719;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.129;QD=7.48372;RBI=0.0177462;REFB=-0.00224109;REVB=0.0141432;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.639684;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0130778;OID=.;OPOS=40731777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:37:34:24:25:12:9:0.264706:5:7:11:13:3:6:12:13 chr22 40803186 . G T 489.97 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.050217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4513;QD=55.9969;RBI=0.0571212;REFB=-0.106654;REVB=0.0272228;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00540315;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chr22 40814500 . T C 292.41 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248146;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.433;QD=53.1652;RBI=0.0248241;REFB=0;REVB=-0.000684562;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156319;OID=.;OPOS=40814500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:15:6:0:0:15:7:0:0 chr22 40820274 . G A 197.49 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.013957;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.034;QD=25.482;RBI=0.0177857;REFB=-0.0356379;REVB=0.0110242;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.57135;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0336834;OID=.;OPOS=40820274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:31:12:12:19:19:0.612903:5:14:7:5:5:14:7:5 chr22 41075543 . A G 382.28 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0056879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3438;QD=52.7282;RBI=0.0322597;REFB=0.118344;REVB=-0.0317543;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00712136;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:0:1:17:11:0:1 chr22 41075695 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.743;QD=52.613;RBI=0.0792818;REFB=0;REVB=0.0105105;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499024;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr22 41521906 . A G 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.017455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.17;QD=15.1955;RBI=0.0308027;REFB=-0.0109502;REVB=-0.0253798;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143297;STB=0.583212;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0118212;OID=.;OPOS=41521906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:9:9:9:5:9:9 chr22 41547959 . CA C 35.12 PASS AF=0.235294;AO=10;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0904321;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.7826;QD=2.75429;RBI=0.13612;REFB=0.00257526;REVB=-0.101738;RO=37;SAF=1;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.487805;SSSB=-0.57572;STB=0.892264;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.0327177;OID=.;OPOS=41547960;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:10:51:12:51:39:1:11:21:18:35:37:1:9:20:17 chr22 41551039 . T A 767.58 PASS AF=0.934426;AO=56;DP=60;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00320322;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.687;QD=50.333;RBI=0.0045827;REFB=-0.119976;REVB=0.00327727;RO=3;SAF=27;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495519;STB=0.534471;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00122509;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:61:3:4:56:57:0.934426:29:27:3:0:30:27:4:0 chr22 41604399 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.624;QD=40.7627;RBI=0.0482009;REFB=0;REVB=0.0396338;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122922;OID=.;OPOS=41604399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr22 41617318 . G C 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=-0.0109868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.699;QD=13.4046;RBI=0.023816;REFB=-0.0224788;REVB=-0.0211304;RO=34;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306533;STB=0.673935;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0300122;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:10:13:9:25:10:13:9:25 chr22 41829794 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.387;QD=46.848;RBI=0.0258593;REFB=0;REVB=0.00280335;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13267e-05;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr22 41833116 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0867027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.318;QD=37.8934;RBI=0.0870246;REFB=-0.0543461;REVB=0.00747774;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00376205;OID=.;OPOS=41833116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr22 41911525 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.062;QD=51.1821;RBI=0.0433703;REFB=0;REVB=0.0289799;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003745;OID=.;OPOS=41911525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr22 42089623 . T C 499.7 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.46;QD=57.1083;RBI=0.0147489;REFB=0;REVB=0.00962821;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322582;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:14:21:0:0 chr22 42159229 . G T 464.84 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0315442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4431;QD=58.1044;RBI=0.034224;REFB=0;REVB=0.0132758;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035434;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr22 42276742 . G C 1367.37 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0514497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8493;QD=60.1042;RBI=0.0517368;REFB=0.0159395;REVB=0.00544233;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111504;STB=0.511625;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00115811;OID=.;OPOS=42276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:1:2:89:89:0.978022:47:42:1:0:47:42:2:0 chr22 42276804 . G T 179.73 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0641466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8276;QD=11.7857;RBI=0.0688855;REFB=-0.00570838;REVB=0.0251083;RO=37;SAF=3;SAR=19;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239236;STB=0.585821;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00781708;OID=.;OPOS=42276804;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:22:23:0.377049:19:3:10:27:19:4:10:28 chr22 42336172 . G A 177.09 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00285961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.593;QD=10.4168;RBI=0.0078229;REFB=-0.0124255;REVB=0.00728151;RO=45;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893453;STB=0.552079;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0231224;OID=.;OPOS=42336172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:12:11:18:27:12:11:18:27 chr22 42416056 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.662;QD=59.4355;RBI=0.0353504;REFB=0;REVB=0.00236856;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123078;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr22 42423110 . G C 481.36 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0222741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.993;QD=53.484;RBI=0.0315056;REFB=0.019678;REVB=-0.0222816;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942795;STB=0.505048;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00172648;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:14:20:1:1:14:20:1:1 chr22 42428727 . A T 1225.33 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0381068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3875;QD=61.2665;RBI=0.0599628;REFB=0;REVB=0.0462969;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11895e-05;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:42:37:0:0:43:37:0:0 chr22 42463814 . C T 545.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00665784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0196;QD=57.3811;RBI=0.0294929;REFB=-0.0771694;REVB=0.0287316;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00149749;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:1:0:23:14:1:0 chr22 42473603 . C T 277.74 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0167519;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.375;QD=20.5735;RBI=0.017044;REFB=-0.0395815;REVB=-0.00314185;RO=24;SAF=21;SAR=8;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361022;STB=0.708944;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0184044;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:25:29:29:0.537037:8:21:7:17:8:21:7:18 chr22 42522613 . G C 206.21 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0228774;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.624;QD=22.9123;RBI=0.0245025;REFB=-0.00952435;REVB=0.0087746;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388861;STB=0.533865;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00369472;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:11:9:6:9:11:9:6:10 chr22 42523943 . A G 1048.94 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035516;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.032;QD=59.9393;RBI=0.0366986;REFB=0;REVB=-0.00924104;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162642;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr22 42524795 . A G 110.65 PASS AF=0.3;AO=12;DP=47;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0141106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6696;QD=8.85187;RBI=0.095034;REFB=-0.0322283;REVB=0.0939806;RO=35;SAF=12;SAR=0;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711489;STB=0.618866;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0473658;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:35:35:12:15:0.3:0:12:27:8:2:13:27:8 chr22 42525132 . G C 46.62 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0621975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.876;QD=10.9705;RBI=0.0640688;REFB=-0.0258208;REVB=0.0153715;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0418338;OID=.;OPOS=42525132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:17:8:10:6:7:0.411765:4:2:2:6:4:3:4:6 chr22 42525756 . G A 474.99 PASS AF=0.567901;AO=38;DP=74;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0232317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.02;QD=23.4562;RBI=0.0658312;REFB=-0.0331868;REVB=0.0615957;RO=28;SAF=23;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137923;STB=0.564802;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0160662;OID=.;OPOS=42525756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:81:28:35:38:46:0.567901:15:23:12:16:17:29:17:18 chr22 42526694 . G A 760.11 PASS AF=0.666667;AO=68;DP=103;FAO=68;FDP=102;FR=.;FRO=34;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0482424;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.139;QD=29.8081;RBI=0.0486204;REFB=-0.0376011;REVB=0.0060502;RO=30;SAF=35;SAR=33;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462148;STB=0.504903;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0172414;OID=.;OPOS=42526694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:30:34:68:68:0.666667:33:35:13:17:33:35:17:17 chr22 42536313 . G A 183.89 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.00826442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.743;QD=17.9408;RBI=0.00842463;REFB=-0.0182788;REVB=0.00163516;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219509;STB=0.610247;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0217876;OID=.;OPOS=42536313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:10:8:5:17:11:8:5:17 chr22 42537196 . T C 181.83 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255329;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.061;QD=48.4891;RBI=0.0373252;REFB=0;REVB=0.0272257;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012867;OID=.;OPOS=42537196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr22 42537252 . G A 58.94 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0203919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6145;QD=5.1251;RBI=0.0204046;REFB=-0.0248004;REVB=-0.00071961;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153284;STB=0.597872;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0982314;OID=.;OPOS=42537252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:46:35:37:9:9:0.195652:4:5:15:20:4:5:16:21 chr22 42537271 . T C 492.85 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0464381;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.875;QD=33.9898;RBI=0.0496104;REFB=-0.00855872;REVB=0.0174555;RO=15;SAF=20;SAR=23;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637756;STB=0.534397;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00345973;OID=.;OPOS=42537271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:15:15:43:43:0.741379:23:20:5:10:23:20:5:10 chr22 42537404 . G C 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.819;QD=62.0214;RBI=0.0250659;REFB=0;REVB=-0.002055;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150902;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr22 42537597 . A G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0194322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.966;QD=11.0158;RBI=0.0426452;REFB=-0.0106478;REVB=-0.0379605;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120148;STB=0.571329;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0213408;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:7:7:17:11:7:7:17:11 chr22 42538029 . A G 484.01 PASS AF=1;AO=30;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.17;QD=58.6677;RBI=0.0318565;REFB=0;REVB=-0.00686534;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203806;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:30:33:1:20:10:0:0:20:13:0:0 chr22 42538508 . AG GA 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0127088;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.574;QD=41.8661;RBI=0.0615053;REFB=-0.0463952;REVB=0.060178;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=mnp;VARB=0.00622502;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr22 42538514 . T C,TC 129.22 PASS AF=0,0.875;AO=2,7;DP=16;FAO=0,14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=0,7;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0143508,0.0260002;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=151.544,18.6023;QD=32.305;RBI=0.0296329,0.0360788;REFB=0.044126,-0.0490976;REVB=-0.0259261,-0.0250134;RO=6;SAF=1,3;SAR=1,4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.359974,-0.308536;STB=0.5,0.562412;STBP=1,0.229;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0345992;OID=.,.;OPOS=42538514,42538515;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:16:16:6:2:2,7:0,14:0,0.875:1,4:1,3:5:1:0,7:0,7:2:0 chr22 42538669 . C T 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0246262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.371;QD=6.92823;RBI=0.0267237;REFB=-0.0198854;REVB=-0.0103781;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.571195;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.071074;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:3:3:5:9:3:3:6:9 chr22 42538670 . G T 107.77 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00530854;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.443;QD=18.7424;RBI=0.0254222;REFB=-0.0264567;REVB=0.0248618;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0341779;OID=.;OPOS=42538670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:24:23:9:11:12:12:0.521739:8:4:3:6:8:4:4:7 chr22 42538876 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.139;QD=40.762;RBI=0.0622854;REFB=0;REVB=0.0595435;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837262;OID=.;OPOS=42538876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr22 42606257 . C T 131.6 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0162677;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.942;QD=21.933;RBI=0.032997;REFB=-0.0317195;REVB=0.0287083;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252219;STB=0.642653;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0102411;OID=.;OPOS=42606257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:10:10:14:14:0.583333:5:9:3:7:5:9:3:7 chr22 42912106 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0276402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.624;QD=17.1;RBI=0.0306676;REFB=-0.00491723;REVB=0.0132861;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263751;STB=0.51513;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00519278;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:6:9:8:6:6:9 chr22 42961277 . T C 50.45 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0283619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5855;QD=16.816;RBI=0.0475448;REFB=-0.0082696;REVB=-0.038159;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763028;STB=0.545316;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0042894;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:4:1:1:6:4:1 chr22 42965169 . A AG 140.76 PASS AF=0.625;AO=12;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0194847;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=201.926;QD=23.4598;RBI=0.0199954;REFB=-0.00535401;REVB=-0.00449009;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416756;STB=0.508369;STBP=0.95;TYPE=ins;VARB=0.00311861;OID=.;OPOS=42965170;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:12:24:15:24:9:8:7:5:4:65:9:6:6:5:4 chr22 42970032 . T C 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0724529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.895;QD=14.3334;RBI=0.078321;REFB=-0.0121208;REVB=0.0297449;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322491;STB=0.689242;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0316852;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:3:7:3:6:3:7 chr22 43036245 . G A 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.096;QD=57.1062;RBI=0.0205811;REFB=0;REVB=0.0189297;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4337e-05;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:38:17:0:0:38:17:0:0 chr22 43089053 . T TC 149.24 PASS AF=1;AO=2;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0469671;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5818;QD=37.3094;RBI=0.0506675;REFB=0;REVB=0.0190075;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00210183;OID=.;OPOS=43089054;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:18:16:16:0:10:6:0:0:3:15:2:0:7:8 chr22 43089055 . G C 152.1 PASS AF=0.875;AO=9;DP=17;FAO=14;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0132995;FXX=0.0587889;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.2404;QD=38.0241;RBI=0.169771;REFB=-0.156024;REVB=-0.16925;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12691;STB=0.562412;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0207885;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:16:2:2:9:14:0.875:3:6:2:0:7:7:2:0 chr22 43195147 . A G 205.85 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.026638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2248;QD=23.5253;RBI=0.026822;REFB=0.0176019;REVB=0.00313605;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159973;STB=0.507197;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.0122224;OID=.;OPOS=43195147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:20:20:0.571429:11:9:6:8:11:9:7:8 chr22 43203137 . C T 207.36 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00778067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.77;QD=24.3949;RBI=0.0108817;REFB=-0.0520069;REVB=-0.00760745;RO=14;SAF=13;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268697;STB=0.64985;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.032438;OID=.;OPOS=43203137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:7:13:4:10:7:13:4:10 chr22 43206950 . A C 177.16 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0985242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4363;QD=14.4617;RBI=0.117073;REFB=0.0121466;REVB=0.063239;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841413;STB=0.548755;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.014726;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:15:15:11:8:15:15 chr22 43278220 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=2;FWDB=0.001741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.329;QD=14.2621;RBI=0.0141838;REFB=-0.0115437;REVB=0.0140766;RO=24;SAF=14;SAR=2;SRF=22;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109004;STB=0.562429;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0133299;OID=.;OPOS=43278220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:2:14:22:2:2:14:22:2 chr22 43289473 . G A 129.41 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.050558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.36;QD=12.9408;RBI=0.0509663;REFB=-0.00962393;REVB=0.00643843;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17037;STB=0.599867;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0141636;OID=.;OPOS=43289473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:14:11:9:6:14:11 chr22 43435812 . C T 185.35 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0625758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.065;QD=35.304;RBI=0.0733897;REFB=-0.204046;REVB=0.0383448;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00567123;STB=0.55301;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0107572;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:21:21:2:4:17:17:0.809524:9:8:1:1:9:8:3:1 chr22 43455432 . G A 311.98 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0150272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.227;QD=16.6389;RBI=0.046049;REFB=-0.0265254;REVB=-0.0435281;RO=41;SAF=17;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146644;STB=0.573291;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0280353;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:41:41:33:34:0.453333:16:17:15:26:17:17:15:26 chr22 43459864 . G A 234.76 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0355162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8145;QD=18.781;RBI=0.0379195;REFB=-0.00833397;REVB=0.013285;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178125;STB=0.59992;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0129793;OID=.;OPOS=43459864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:6:21:14:9:6:21 chr22 43465814 . A G 186.15 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.01877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.608;QD=19.5948;RBI=0.0201476;REFB=-0.0182627;REVB=0.00732217;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491355;STB=0.52783;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0205488;OID=.;OPOS=43465814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:7:12:11:8:7:12:11:8 chr22 43466217 . A G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0053029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.695;QD=19.7025;RBI=0.020894;REFB=-0.0152613;REVB=-0.0202098;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0140477;OID=.;OPOS=43466217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:7:9:9:8:7:9 chr22 43466247 . G C 326.97 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407495;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.946;QD=54.4957;RBI=0.0467212;REFB=0;REVB=0.0228549;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242104;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:15:9:0:0 chr22 43529314 . G C 1189.66 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.045;QD=61.0081;RBI=0.0810784;REFB=0;REVB=0.0394635;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165119;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:46:28:0:0:46:32:0:0 chr22 43529384 . GC CG,GCG 36.04 PASS AF=0.0819672,0.0819672;AO=9,7;DP=61;FAO=5,5;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=2,3;FSAR=3,2;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0250462,-0.0275485;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=97.0744,88.8975;QD=2.36313;RBI=0.0250462,0.0278398;REFB=-0.00195108,-0.000816943;REVB=-2.37535e-05,-0.00401728;RO=45;SAF=2,3;SAR=7,4;SRF=21;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.320458,-0.0458486;STB=0.511067,0.666033;STBP=0.992,0.513;TYPE=mnp,ins;VARB=0.133743,0.113962;OID=.,.;OPOS=43529384,43529386;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:20:61:61:45:51:9,7:5,5:0.0819672,0.0819672:7,4:2,3:21:24:3,2:2,3:21:30 chr22 43558926 . A G 773.77 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8593;QD=56.274;RBI=0.0389105;REFB=0;REVB=0.000772919;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121614;OID=.;OPOS=43558926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:29:26:0:0 chr22 43558972 . G A 126.67 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0095235;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.26;QD=10.7803;RBI=0.0544617;REFB=-0.00650689;REVB=0.0536226;RO=30;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39047e-08;STB=0.519973;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0174707;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:32:15:15:0.319149:7:8:16:14:7:8:18:14 chr22 43563270 . C T 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0704743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4479;QD=12.2109;RBI=0.0705906;REFB=-0.0323974;REVB=-0.00404985;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158237;STB=0.591712;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0248117;OID=.;OPOS=43563270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:10:3:3:19:10:3:3:19 chr22 43565703 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0121631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.991;QD=21.0651;RBI=0.0122632;REFB=-0.00910013;REVB=0.00156365;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546921;STB=0.52196;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.010049;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:15:9:10:13:15:9:10:14 chr22 43568512 . C T 183.55 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00642718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.203;QD=11.8417;RBI=0.0172632;REFB=0.0015711;REVB=0.0160221;RO=39;SAF=4;SAR=19;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59781;STB=0.84359;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00264414;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:19:4:29:10:19:4:29:10 chr22 43576904 . G A 48.75 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0221361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0591;QD=13.9289;RBI=0.0671368;REFB=-0.0699228;REVB=0.0633825;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0581436;OID=.;OPOS=43576904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:4:3:3:4:4:3 chr22 43594636 . G C 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0190655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.645;QD=21.6112;RBI=0.0218572;REFB=-0.0107109;REVB=0.0106886;RO=23;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189612;STB=0.510629;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00805503;OID=.;OPOS=43594636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:12:12:11:12:12:12:11:12 chr22 43606143 . C G,T 758.39 PASS AF=0.0357143,0.946429;AO=2,54;DP=56;FAO=2,53;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=1,24;FSAR=1,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0201323,0.0441814;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.835,56.0464;QD=54.1705;RBI=0.0285138,0.0592085;REFB=-0.0464769,-0.107436;REVB=-0.0201923,0.0394164;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.5102;STBP=0.662,0.304;TYPE=snp,snp;VARB=0.159379,-0.00300923;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:1:2,54:2,53:0.0357143,0.946429:1,29:1,25:0:0:1,29:1,24:1:0 chr22 43614316 . C G 179.83 PASS AF=0.452381;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00120254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.004;QD=17.1265;RBI=0.0126956;REFB=-0.0242461;REVB=-0.0126385;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359294;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0244406;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:23:23:17:19:0.452381:9:8:10:13:9:10:10:13 chr22 43623395 . C G 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0802672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6255;QD=16.384;RBI=0.0839226;REFB=0.0562208;REVB=-0.0244988;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0448147;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:5:3:3:6:5:3 chr22 43831023 . C T 107.75 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0445533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.943;QD=6.95183;RBI=0.0458737;REFB=-0.00814971;REVB=-0.0109267;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158927;STB=0.596658;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0225222;OID=.;OPOS=43831023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:46:46:16:16:0.258065:8:8:29:17:8:8:29:17 chr22 43976396 . G A 289.71 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.000105434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.197;QD=18.9974;RBI=0.0359318;REFB=-0.0175849;REVB=0.0359316;RO=28;SAF=20;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349901;STB=0.506325;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0126955;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:30:31:31:0.508197:11:20:17:11:11:20:19:11 chr22 44083442 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0585398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.567;QD=14.0786;RBI=0.0591342;REFB=-0.00869258;REVB=-0.00836323;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27891;STB=0.666349;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0132494;OID=.;OPOS=44083442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:6:10:10:2:6:10 chr22 44112845 . C T 951.99 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0994266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0888;QD=58.5839;RBI=0.100246;REFB=0;REVB=0.0127917;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00035889;OID=.;OPOS=44112845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:35:30:0:0:35:30:0:0 chr22 44178103 . T C 342.52 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=0.0194417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.248;QD=12.0183;RBI=0.0226806;REFB=-0.0147743;REVB=0.0116802;RO=71;SAF=24;SAR=18;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117511;STB=0.571395;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0199919;OID=.;OPOS=44178103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:72:42:42:0.368421:18:24:33:38:18:24:33:39 chr22 44221565 . C CAATA 363.32 PASS AF=0.789474;AO=25;DP=39;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0265225;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=4;MLLD=213.4;QD=38.2439;RBI=0.0388846;REFB=-0.00558068;REVB=0.0284354;RO=10;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114515;STB=0.559401;STBP=0.183;TYPE=ins;VARB=0.00210801;OID=.;OPOS=44221566;OREF=-;OALT=AATA;OMAPALT=CAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.789474:25:39:30:38:8:14:16:6:2:52:10:12:13:7:3 chr22 44282276 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.871;QD=52.6123;RBI=0.02005;REFB=0;REVB=-0.00674353;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16108e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr22 44282307 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00528681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.049;QD=55.0983;RBI=0.0200244;REFB=0;REVB=0.0193139;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113784;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr22 44285765 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.432;QD=56.7065;RBI=0.0209955;REFB=0;REVB=0.0197407;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110626;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr22 44286950 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0103799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.008;QD=17.6438;RBI=0.0119172;REFB=-0.0362109;REVB=-0.00585483;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0138995;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr22 44287062 . A G 255.13 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00891426;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9489;QD=16.7298;RBI=0.0203447;REFB=-0.100884;REVB=-0.0182878;RO=28;SAF=12;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119095;STB=0.576108;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0398996;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:31:30:30:0.491803:18:12:15:13:18:12:17:14 chr22 44287629 . G A 230.86 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0257997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.12;QD=23.0863;RBI=0.0420788;REFB=-0.0204689;REVB=0.0332416;RO=17;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0952036;STB=0.541628;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0198754;OID=.;OPOS=44287629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:13:9:9:8:13:9:9:9 chr22 44324727 . C G 200.86 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00621792;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.056;QD=13.6174;RBI=0.00773743;REFB=-0.0190378;REVB=-0.00460492;RO=35;SAF=15;SAR=9;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232262;STB=0.632801;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0201092;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:9:15:14:21:9:15:14:21 chr22 44324730 . C T 225.27 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0167636;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5603;QD=15.2728;RBI=0.0246487;REFB=-0.0135852;REVB=0.0180704;RO=32;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260879;STB=0.63907;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0134411;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:25:26:0.440678:9:16:12:20:10:16:12:21 chr22 44328930 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0374259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.935;QD=18.2503;RBI=0.0388393;REFB=0.00340326;REVB=0.0103823;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125748;STB=0.571338;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00285046;OID=.;OPOS=44328930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:4:11:9:6:4:11 chr22 44342116 . A G 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0028999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.563;QD=56.0116;RBI=0.0192634;REFB=0.0275304;REVB=0.0190439;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207798;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00129975;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:22:12:0:1:22:12:0:1 chr22 44368122 . A G 174.05 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0264418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.736;QD=19.3389;RBI=0.0288806;REFB=-0.0143478;REVB=0.0116156;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195856;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0230371;OID=.;OPOS=44368122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:11:7:11:7:11:7 chr22 44368204 . A G 751.66 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0264505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.901;QD=56.7293;RBI=0.0295614;REFB=0;REVB=-0.0132003;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494295;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr22 44372632 . C T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0469959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.716;QD=10.3792;RBI=0.0490479;REFB=-0.0272426;REVB=0.0140383;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325515;STB=0.69952;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0462011;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:8:8:7:2:8:8 chr22 44379822 . T C 657.77 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0133056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.816;QD=55.9805;RBI=0.0145412;REFB=-0.0160903;REVB=0.0058656;RO=3;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939517;STB=0.505008;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0011812;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:18:26:2:1:18:26:2:1 chr22 44379838 . A G 713.74 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.42;QD=62.0644;RBI=0.0221786;REFB=0;REVB=0.014427;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153837;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:19:26:0:0:19:27:0:0 chr22 44379852 . C G 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0475697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.107;QD=18.2999;RBI=0.0479882;REFB=-0.0112136;REVB=-0.00632343;RO=23;SAF=13;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848779;STB=0.548338;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0164279;OID=.;OPOS=44379852;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:7:13:13:10:7:13:13:10 chr22 44386281 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0456787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3678;QD=12.3946;RBI=0.0462132;REFB=0.00975791;REVB=0.00700839;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280665;STB=0.516506;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.0147603;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:8:16:9:5:8:16 chr22 44395451 . T C 104.96 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0440438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4644;QD=14.477;RBI=0.0528153;REFB=-0.0262519;REVB=0.029148;RO=14;SAF=10;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250011;STB=0.711851;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0590266;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:16:12:13:0.448276:2:10:9:5:2:11:9:7 chr22 44489868 . T C 568.65 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8049;QD=59.8576;RBI=0.0490222;REFB=0;REVB=-0.0405311;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174472;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr22 44489896 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.662;QD=52.6118;RBI=0.078451;REFB=0;REVB=0.0304882;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295867;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr22 44495983 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0654723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2378;QD=12.7818;RBI=0.0658539;REFB=-0.0180571;REVB=-0.00707899;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341696;STB=0.705428;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0212471;OID=.;OPOS=44495983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:7:7:2:8:7:7 chr22 44546582 . A G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.016542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.74;QD=13.2121;RBI=0.0258266;REFB=-0.0174884;REVB=-0.0198337;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305179;STB=0.67669;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0299798;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:6:16:6:8:6:16 chr22 44582499 . T C 257.63 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516348;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.699;QD=51.5256;RBI=0.0516914;REFB=0;REVB=0.00241837;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353386;OID=.;OPOS=44582499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:11:7:0:0:11:9:0:0 chr22 44594584 . C G 209.43 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00674231;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.559;QD=17.8241;RBI=0.0069834;REFB=-0.0277586;REVB=0.0018191;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699397;STB=0.539839;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0278571;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:13:13:12:9:13:13 chr22 44602229 . A C,G 696.91 PASS AF=0.914894,0.0638298;AO=43,3;DP=47;FAO=43,3;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29,2;FSAR=14,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0151679,0.0202714;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=157.25,105.209;QD=59.3118;RBI=0.0166888,0.0238565;REFB=-0.132821,-0.122665;REVB=-0.0069606,0.0125778;RO=1;SAF=29,2;SAR=14,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0159212,-0.163246;STB=0.508471,0.59939;STBP=0.591,0.681;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0039396,0.0915842;OID=.,.;OPOS=44602229,44602229;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:47:47:1:1:43,3:43,3:0.914894,0.0638298:14,1:29,2:1:0:14,1:29,2:1:0 chr22 44640466 . G A 166.55 PASS AF=0.681818;AO=13;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0392941;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.798;QD=30.2815;RBI=0.063073;REFB=-0.0534224;REVB=-0.0493374;RO=2;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929408;STB=0.52171;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0197999;OID=.;OPOS=44640466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:22:22:2:4:13:15:0.681818:6:7:1:1:6:9:2:2 chr22 44640472 . A G 147.63 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0134809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.619;QD=26.8421;RBI=0.0226209;REFB=-0.0292964;REVB=0.018165;RO=6;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137956;STB=0.599866;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.028245;OID=.;OPOS=44640472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:6:9:2:4:6:9:2:5 chr22 44681612 . A G 518.13 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6411;QD=59.2144;RBI=0.023282;REFB=0;REVB=-0.00754867;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000570645;OID=.;OPOS=44681612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:14:21:0:0 chr22 44891370 . T C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00618395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.435;QD=15.7844;RBI=0.00762494;REFB=-0.00928843;REVB=-0.00446078;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439096;STB=0.751869;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0101973;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:10:4:13:4:10:4:13:4 chr22 44893563 . A G 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0311178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3989;QD=13.452;RBI=0.0771715;REFB=-0.0184497;REVB=-0.0706196;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340578;STB=0.703929;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0195417;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:7:8:9:2:7:8 chr22 44965320 . G A 709.26 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9435;QD=61.6748;RBI=0.119112;REFB=0;REVB=0.108791;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00200677;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:45:46:1:25:20:0:1:26:20:0:0 chr22 45075738 . T C 497.65 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.374;QD=58.5471;RBI=0.0169063;REFB=0;REVB=0.0168652;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52083e-05;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:19:14:0:0:19:15:0:0 chr22 45126775 . T C 1158.63 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.051;QD=59.4172;RBI=0.0263492;REFB=-0.137183;REVB=-0.00380215;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.506171;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000321743;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:75:77:0.987179:40:35:0:0:40:37:0:1 chr22 45244930 . C T 117.72 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0890251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.85;QD=12.3918;RBI=0.0895883;REFB=-0.00615532;REVB=0.0100297;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749621;STB=0.571326;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00930493;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:24:14:14:0.368421:8:6:11:11:8:6:13:11 chr22 45255580 . G C 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0479732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.337;QD=5.5398;RBI=0.0509497;REFB=-0.00225218;REVB=-0.0171592;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103706;STB=0.567402;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00958548;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:29:29:8:8:0.216216:4:4:12:17:4:4:12:17 chr22 45255637 . G C 269.55 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.000482123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1594;QD=14.1866;RBI=0.0229816;REFB=0.00317054;REVB=-0.0229766;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007981;STB=0.508016;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00603146;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:31:31:0.407895:19:12:17:27:19:12:18:27 chr22 45277909 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.899;QD=58.1419;RBI=0.0758871;REFB=0;REVB=0.0662445;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630713;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr22 45278065 . A T 230.35 PASS AF=0.421875;AO=26;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0537526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9429;QD=14.397;RBI=0.0539196;REFB=-0.00833799;REVB=0.00423984;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21419;STB=0.601301;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0090718;OID=.;OPOS=45278065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:37:26:27:0.421875:15:11:24:14:15:12:23:14 chr22 45278187 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.427;QD=55.6561;RBI=0.0230794;REFB=0;REVB=0.00667321;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64564e-05;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr22 45566843 . A G 109.81 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00773646;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.259;QD=12.2012;RBI=0.018033;REFB=-0.00185897;REVB=0.0162891;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459362;STB=0.777298;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00402271;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:12:11:11:2:12:11 chr22 45566912 . C A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00526704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.118;QD=13.2126;RBI=0.0161172;REFB=-0.00805828;REVB=-0.0152322;RO=22;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377212;STB=0.723341;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0123018;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:11:3:12:10:11:3:12:10 chr22 45577231 . T C 111.85 PASS AF=0.52;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0380565;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9053;QD=17.8954;RBI=0.0400036;REFB=-0.0359228;REVB=-0.0123287;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239512;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0239236;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:12:12:13:13:0.52:7:6:9:3:7:6:9:3 chr22 45580789 . C A 183.01 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0379865;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9666;QD=13.3101;RBI=0.0494406;REFB=-0.0126621;REVB=-0.031645;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0599914;OID=.;OPOS=45580789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:10:12:18:15:10:12:18:15 chr22 45583898 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0373349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.086;QD=49.3976;RBI=0.0405113;REFB=0.0428928;REVB=0.0157246;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00491104;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:9:14:0:0:9:14:0:1 chr22 45599054 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0916111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.376;QD=13.6307;RBI=0.0965612;REFB=-0.0671134;REVB=0.0305201;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335325;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0648298;OID=.;OPOS=45599054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:9:8:8:0.470588:6:2:5:3:6:2:5:4 chr22 45603638 . A G 660.59 PASS AF=0.431953;AO=68;DP=164;FAO=73;FDP=169;FR=.;FRO=96;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.00844264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.659;QD=15.6352;RBI=0.00936995;REFB=-0.00670233;REVB=0.00406419;RO=91;SAF=37;SAR=31;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106768;STB=0.576138;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0113277;OID=.;OPOS=45603638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:91:96:68:73:0.431953:31:37:40:51:32:41:41:55 chr22 45608192 . G A 45.39 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.030802;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.393;QD=6.72398;RBI=0.0309668;REFB=-0.000763801;REVB=0.00318995;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713947;STB=0.560272;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.000847704;OID=.;OPOS=45608192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:7:12:4:3:7:13 chr22 45683246 . C T 484.88 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8666;QD=57.0442;RBI=0.0799853;REFB=0;REVB=0.031926;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563626;OID=.;OPOS=45683246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:30:34:1:20:10:0:0:21:13:0:0 chr22 45683304 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.081;QD=42.1826;RBI=0.0466856;REFB=0;REVB=-0.00205749;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247769;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr22 45685002 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00586991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.175;QD=15.3789;RBI=0.00587233;REFB=-0.00381456;REVB=-0.000168294;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333238;STB=0.691067;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00451008;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:3:11:5:7:3:11 chr22 45691594 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.044534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0593;QD=17.8397;RBI=0.046069;REFB=-0.0161294;REVB=-0.011793;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163847;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:7:7:7:7:7:7:7:7 chr22 45723854 . C G 140.65 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0407784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.48;QD=13.0833;RBI=0.0418648;REFB=-0.0115226;REVB=0.0094753;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740772;STB=0.54323;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0263615;OID=.;OPOS=45723854;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:9:7:10:17:9:7:10:17 chr22 45723947 . A G 163.88 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.036415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.117;QD=17.2505;RBI=0.0365521;REFB=-0.0249381;REVB=-0.00316229;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502955;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0668901;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:20:18:18:0.473684:8:10:10:8:8:10:11:9 chr22 45736485 . C T 330.9 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0121177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.812;QD=15.947;RBI=0.0659649;REFB=-0.0129969;REVB=-0.0648423;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246951;STB=0.642969;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.015761;OID=.;OPOS=45736485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:47:36:36:0.433735:16:20:14:32:16:20:14:33 chr22 45748339 . A G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0131611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.566;QD=14.6531;RBI=0.0157875;REFB=-0.0227142;REVB=-0.0087195;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211205;STB=0.624687;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0169779;OID=.;OPOS=45748339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:3:5:3:5:3:5 chr22 45749983 . G T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.119547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.299;QD=15.196;RBI=0.120761;REFB=-0.0257781;REVB=-0.0170821;RO=25;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111247;STB=0.543813;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0367121;OID=.;OPOS=45749983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:12:6:6:19:12:6:7:19 chr22 45767369 . A G 54.05 PASS AF=0.25;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0455346;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4283;QD=6.75616;RBI=0.0455356;REFB=0.0045882;REVB=-0.000290421;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179244;STB=0.593524;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.0107067;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:32:23:24:8:8:0.25:4:4:15:8:4:4:15:9 chr22 45767455 . A G 85.24 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00130342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5929;QD=11.3647;RBI=0.0110592;REFB=-0.00961131;REVB=-0.0109821;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.572193;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0255782;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:10:9:4:7:10:9 chr22 45789642 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.01;QD=52.613;RBI=0.0538884;REFB=0;REVB=0.0528186;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731633;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr22 45810278 . A AC,C 346.88 PASS AF=1,0;AO=18,6;DP=26;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.242278,-0.140805;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=25.2733,4.59787;QD=53.3655;RBI=0.243597,0.141273;REFB=0,0;REVB=0.0253064,0.0115003;RO=2;SAF=1,6;SAR=17,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.275858,0.767694;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0132798,0;OID=.,.;OPOS=45810279,45810278;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:2:0:18,6:26,0:1,0:17,0:1,6:1:1:18,0:8,0:0:0 chr22 45826880 . G A 285.94 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00524379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.018;QD=21.9956;RBI=0.0180057;REFB=-0.0224301;REVB=0.0172252;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818894;STB=0.545301;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0137825;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:13:16:15:8:13:16:15:8 chr22 45898117 . T C 136.79 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0134997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9649;QD=8.68494;RBI=0.016614;REFB=-0.00705455;REVB=-0.00968403;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195364;STB=0.62403;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0309174;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:44:19:19:0.301587:12:7:23:20:12:7:24:20 chr22 45898130 . A T 149.43 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00158472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4984;QD=9.05644;RBI=0.00596747;REFB=0.000349356;REVB=-0.00575321;RO=44;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136421;STB=0.586125;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.000548401;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:20:21:0.318182:11:9:25:19:12:9:25:20 chr22 45923827 . A G 1650.24 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.001;QD=60.0086;RBI=0.0100949;REFB=0;REVB=0.00492677;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154118;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:50:59:0:0:50:60:0:0 chr22 45944497 . C T 86.51 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0211239;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2438;QD=10.8142;RBI=0.0220885;REFB=0.00756036;REVB=0.00645603;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237364;STB=0.51426;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0104301;OID=.;OPOS=45944497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:11:10:5:6:11:10 chr22 46638628 . GCACACACACACACACACACACACACACACAG GCACACACACACACACACACACACACACA,GCACACACACACACACACACACACACACACACAG,GCACACACACACACACACACACACACACAG 169.73 PASS AF=0,0.375,0.5625;AO=2,3,5;DP=17;FAO=0,6,9;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,4;FSAR=0,5,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0355774,0.0356203,0.0224232;FXX=0.0587889;HRUN=1,0,1;LEN=3,2,2;MLLD=116.917,77.6783,71.8665;QD=42.4336;RBI=0.082384,0.120381,0.0618992;REFB=-0.0286454,-0.155624,-0.0791925;REVB=-0.074306,0.11499,-0.057695;RO=1;SAF=1,1,2;SAR=1,2,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.25849,0.163246,0.121807;STB=0.5,0.54531,0.545355;STBP=1,0.659,0.528;TYPE=del,ins,del;VARB=0,0.198048,0.0275488;OID=.,.,.;OPOS=46638657,46638629,46638629;OREF=CAG,-,CA;OALT=-,CA,-;OMAPALT=GCACACACACACACACACACACACACACA,GCACACACACACACACACACACACACACACACAG,GCACACACACACACACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.375,0.5625:2,3,5:17:0,6,9:16:1:0,1,4:0,5,5:0:1:41:1:1,1,2:1,2,3:0:1 chr22 46657108 . TA AT 164.22 PASS AF=0.244898;AO=4;DP=41;FAO=12;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=0.0213194;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=64.7486;QD=13.4055;RBI=0.146675;REFB=-0.00611582;REVB=-0.145117;RO=23;SAF=2;SAR=2;SRF=22;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.649391;STB=0.911673;STBP=0.01;TYPE=mnp;VARB=0.0306118;OID=.;OPOS=46657108;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:41:49:23:28:4:12:0.244898:2:2:22:1:10:2:25:3 chr22 46677607 . T C 491.61 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0290968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3608;QD=51.7489;RBI=0.0323379;REFB=-0.0411698;REVB=0.0141108;RO=2;SAF=9;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0931064;STB=0.571386;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0179267;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:38:2:3:34:35:0.921053:25:9:2:0:26:9:3:0 chr22 46722400 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.318;QD=60.9775;RBI=0.0217775;REFB=0;REVB=-0.0158909;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.04812e-06;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr22 46858809 . G A 71.2 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-8.76934e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.222;QD=9.82106;RBI=0.00807196;REFB=0.00184337;REVB=-0.00807148;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.679662;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.000682318;OID=.;OPOS=46858809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:28:29:18:19:9:10:0.344828:4:5:6:12:4:6:6:13 chr22 46860088 . G C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0462617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2865;QD=21.169;RBI=0.0575594;REFB=-0.00781986;REVB=-0.0342482;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.636015;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00418429;OID=.;OPOS=46860088;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:3:0:3:4:3:0 chr22 46929692 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.052;QD=57.3854;RBI=0.00574645;REFB=0;REVB=-0.00448074;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91823e-06;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr22 46931077 . G C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.185;QD=59.8391;RBI=0.0207889;REFB=0;REVB=0.00472639;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5503e-05;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr22 46931793 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.168;QD=44.6898;RBI=0.023428;REFB=0;REVB=0.0144202;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.66777e-05;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr22 46931838 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.732;QD=42.1826;RBI=0.0334302;REFB=0;REVB=-0.0185018;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300979;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr22 47058992 . T C 2579.56 PASS AF=0.982558;AO=169;DP=175;FAO=169;FDP=172;FR=.;FRO=3;FSAF=100;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0217411;FXX=0.0171419;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6355;QD=59.9897;RBI=0.0609632;REFB=0.0578709;REVB=-0.0569547;RO=3;SAF=100;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0025754;STB=0.501353;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=-0.00103631;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:175:172:3:3:169:169:0.982558:69:100:2:1:69:100:2:1 chr22 47075462 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00928536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.092;QD=58.1418;RBI=0.109626;REFB=0;REVB=-0.109232;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000840008;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr22 47185265 . G C,T 376.47 PASS AF=0.107143,0.892857;AO=2,25;DP=27;FAO=3,25;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525663,-0.0130491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.66,82.5541;QD=53.7812;RBI=0.0144323,0.0264354;REFB=0,0;REVB=-0.0134409,0.0229902;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137343,-0.012295;OID=.,.;OPOS=47185265,47185265;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:27:28:0:0:2,25:3,25:0.107143,0.892857:0,10:2,15:0:0:0,10:3,15:0:0 chr22 47311404 . A T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.054;QD=57.1774;RBI=0.0787376;REFB=0;REVB=0.0781719;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241644;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr22 47569571 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.891;QD=54.5175;RBI=0.102871;REFB=0;REVB=0.0249533;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960196;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr22 47857537 . T C 598.73 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.0270924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.493;QD=19.7928;RBI=0.0277161;REFB=-0.007884;REVB=0.0058466;RO=59;SAF=36;SAR=25;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028187;STB=0.505049;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00696774;OID=.;OPOS=47857537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:59:60:61:61:0.504132:25:36:35:24:25:36:36:24 chr22 47857551 . T G 583.63 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=0.0328649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8238;QD=19.2935;RBI=0.0343796;REFB=-0.0144827;REVB=0.0100922;RO=61;SAF=35;SAR=25;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00641764;STB=0.503545;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0149636;OID=.;OPOS=47857551;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:61:60:60:0.495868:25:35:36:25:25:35:36:25 chr22 47857576 . A G 480.62 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0110874;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.04;QD=18.3092;RBI=0.011399;REFB=-0.0244214;REVB=-0.00264714;RO=52;SAF=30;SAR=21;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440571;STB=0.51219;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0209083;OID=.;OPOS=47857576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:54:51:51:0.485714:21:30:33:19:21:30:33:21 chr22 48023241 . G T 918.38 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.588;QD=58.3098;RBI=0.0337876;REFB=0;REVB=-0.021017;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49268e-06;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chr22 48940553 . T C 769.99 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328925;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.352;QD=64.1659;RBI=0.0382916;REFB=0;REVB=0.0196043;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61393e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr22 48940644 . C T 1070.17 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028359;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8565;QD=60.2912;RBI=0.0284993;REFB=0;REVB=-0.00282474;RO=0;SAF=18;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134876;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:53:18:0:0:53:18:0:0 chr22 48942315 . T G 215.67 PASS AF=0.547619;AO=18;DP=38;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00311431;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.4361;QD=20.5403;RBI=0.0467209;REFB=-0.0384349;REVB=0.046617;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303281;STB=0.55212;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0139155;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:42:20:19:18:23:0.547619:4:14:16:4:7:16:15:4 chr22 49246723 . A C 464.7 PASS AF=0.49;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=-0.0400183;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9413;QD=18.5879;RBI=0.048959;REFB=-0.0539625;REVB=-0.0282048;RO=47;SAF=12;SAR=37;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106938;STB=0.573739;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0328063;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:100:47:51:49:49:0.49:37:12:16:31:35:14:21:30 chr22 50277835 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00944766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.072;QD=53.276;RBI=0.0101786;REFB=0;REVB=-0.00378749;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000141586;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr22 50277883 . A G 263.72 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.82;QD=50.2316;RBI=0.111824;REFB=0;REVB=-0.0269757;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138871;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:9:10:0:0:9:12:0:0 chr22 50278438 . A G 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.553;QD=54.504;RBI=0.0317907;REFB=0;REVB=-0.0159652;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1305e-05;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr22 50278568 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.615;QD=47.8203;RBI=0.0608881;REFB=0;REVB=0.0101764;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740904;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr22 50278642 . C T 190.62 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4159;QD=47.6561;RBI=0.0468509;REFB=0;REVB=0.0355772;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161949;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr22 50280136 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.483;QD=53.2678;RBI=0.0768952;REFB=0;REVB=0.0509922;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605656;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr22 50281344 . G A 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.019278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2284;QD=7.96477;RBI=0.0274926;REFB=-0.0137324;REVB=-0.019601;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127655;STB=0.597357;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0402729;OID=.;OPOS=50281344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:7:3:10:15:7:3:11:15 chr22 50281917 . A G 610.11 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00160472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.16;QD=56.7542;RBI=0.0024813;REFB=-0.106412;REVB=0.00189254;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.502875;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00033803;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:40:41:0.953488:22:18:0:0:23:18:1:1 chr22 50356693 . T C 250.86 PASS AF=0.422535;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0206699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7332;QD=14.1331;RBI=0.0227204;REFB=-0.0195348;REVB=0.00943264;RO=40;SAF=18;SAR=11;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12606;STB=0.586248;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0234973;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:40:41:29:30:0.422535:11:18:20:20:11:19:20:21 chr22 50435480 . A G 273.89 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0757608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.2927;QD=15.0076;RBI=0.0966602;REFB=0.00775362;REVB=-0.0600291;RO=40;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210593;STB=0.620992;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.0231857;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:42:31:31:0.424658:10:21:19:21:10:21:20:22 chr22 50468907 . C G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000225097;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.282;QD=9.76017;RBI=0.0103151;REFB=-0.0102855;REVB=-0.0103126;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073775;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0165277;OID=.;OPOS=50468907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:6:6:3:4:6:6 chr22 50493062 . T C 62.9 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00769782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.19;QD=8.11613;RBI=0.00776888;REFB=-0.00947425;REVB=-0.00104839;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435895;STB=0.707889;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0158313;OID=.;OPOS=50493062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:22:22:8:9:0.290323:2:6:8:14:3:6:8:14 chr22 50502526 . A G 129.29 PASS AF=0.32;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00773314;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.958;QD=10.3431;RBI=0.0136354;REFB=-0.0140784;REVB=-0.0112305;RO=34;SAF=3;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344365;STB=0.708799;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.035552;OID=.;OPOS=50502526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:34:34:16:16:0.32:13:3:15:19:13:3:15:19 chr22 50502544 . G A 172.17 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.035361;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4093;QD=13.5034;RBI=0.102103;REFB=-0.027035;REVB=0.0957847;RO=31;SAF=3;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374915;STB=0.721227;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0864008;OID=.;OPOS=50502544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:31:20:20:0.392157:17:3:13:18:17:3:13:18 chr22 50515270 . T C 55.4 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0113235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.299;QD=10.0725;RBI=0.0150436;REFB=-0.00085448;REVB=-0.00990386;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44244;STB=0.749375;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00138857;OID=.;OPOS=50515270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:9:4:6:2:9:5 chr22 50515273 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000992518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.247;QD=11.4393;RBI=0.0178805;REFB=-0.0125622;REVB=0.0178529;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310035;STB=0.685308;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0195913;OID=.;OPOS=50515273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:9:5:6:3:9:5 chr22 50515843 . C A 460.14 PASS AF=0.4;AO=51;DP=129;FAO=52;FDP=130;FR=.;FRO=78;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.00207616;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.264;QD=14.1581;RBI=0.00951947;REFB=-0.0174762;REVB=0.00929031;RO=77;SAF=24;SAR=27;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326542;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0240047;OID=.;OPOS=50515843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:77:78:51:52:0.4:27:24:36:41:28:24:36:42 chr22 50528623 . C A 65.32 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0274649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3194;QD=26.1284;RBI=0.072096;REFB=-0.0742581;REVB=-0.0666597;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125389;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0178763;OID=.;OPOS=50528623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:7:8:0.8:1:6:2:0:1:7:2:0 chr22 50528977 . A C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0462668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.225;QD=22.5824;RBI=0.0464155;REFB=-0.0166367;REVB=-0.00371172;RO=24;SAF=21;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170189;STB=0.595989;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0176413;OID=.;OPOS=50528977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:5:21:16:8:5:21:16:8 chr22 50529105 . T TG,TTG 86.78 PASS AF=0.111111,0.222222;AO=6,6;DP=45;FAO=4,8;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1,2;FSAR=3,6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0824796,-0.0896333;FXX=0.0526177;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=107.963,103.699;QD=9.64267;RBI=0.0895898,0.0968713;REFB=-0.0421085,-0.0434521;REVB=0.0349777,0.0367413;RO=33;SAF=1,2;SAR=5,4;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.454727,-0.250098;STB=0.774541,0.749375;STBP=0.332,0.136;TYPE=ins,ins;VARB=0.0823299,0.121379;OID=.,.;OPOS=50529106,50529106;OREF=-,-;OALT=G,TG;OMAPALT=TG,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.222222:6,6:45:4,8:36:24:1,2:3,6:14:10:48:33:1,2:5,4:18:15 chr22 50529134 . T C 54.47 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0128021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.7068;QD=8.06948;RBI=0.0550658;REFB=0.00797479;REVB=0.0535569;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136697;STB=0.594386;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.0141863;OID=.;OPOS=50529134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:27:18:19:8:8:0.296296:6:2:3:15:6:2:3:16 chr22 50529146 . C T 64.83 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0209954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0941;QD=10.3724;RBI=0.0263338;REFB=0.00792937;REVB=-0.0158953;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553985;STB=0.533262;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0183054;OID=.;OPOS=50529146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:3:13:7:2:3:13 chr22 50529148 . C G 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0282938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.2137;QD=8.69115;RBI=0.0334819;REFB=-0.00884145;REVB=-0.0179024;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117295;STB=0.571265;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0202455;OID=.;OPOS=50529148;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:3:14:6:2:3:14 chr22 50529462 . A G 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.016714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.363;QD=13.5763;RBI=0.0297101;REFB=-0.0227616;REVB=-0.0245628;RO=19;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197372;STB=0.613344;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00877044;OID=.;OPOS=50529462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:4:9:16:3:4:9:16:3 chr22 50530501 . A T 589.52 PASS AF=0.602273;AO=49;DP=84;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00798209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.353;QD=26.7963;RBI=0.0381976;REFB=-0.0366583;REVB=0.0373543;RO=35;SAF=27;SAR=22;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932363;STB=0.532122;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0252166;OID=.;OPOS=50530501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:35:35:49:53:0.602273:22:27:15:20:26:27:15:20 chr22 50546666 . C T 205.36 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0184187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.54;QD=12.8347;RBI=0.0268232;REFB=-0.000897651;REVB=-0.0194996;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166153;STB=0.595558;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00133895;OID=.;OPOS=50546666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:16:9:20:19:16:9:20:19 chr22 50547247 . A G 1400.67 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4532;QD=61.5678;RBI=0.0438847;REFB=-0.100841;REVB=0.0390383;RO=0;SAF=27;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.000628525;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:62:27:0:0:62:28:0:1 chr22 50555619 . C T 1515.4 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.723;QD=62.4909;RBI=0.0249313;REFB=-0.0477174;REVB=0.0219855;RO=0;SAF=44;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000318999;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:0:1:95:96:0.989691:51:44:0:0:52:44:1:0 chr22 50572473 . G A 263.19 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0300973;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.259;QD=24.4826;RBI=0.0321139;REFB=-0.014191;REVB=-0.0112007;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.56661;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0109567;OID=.;OPOS=50572473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:9:10:16:8:9:10 chr22 50581707 . T C 83.48 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0146584;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.527;QD=18.5516;RBI=0.021699;REFB=-0.0194308;REVB=-0.0159993;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.605828;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0215053;OID=.;OPOS=50581707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:9:8:10:10:0.555556:8:2:4:5:8:2:3:5 chr22 50582550 . C A 202.03 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-6.18356e-05;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7953;QD=12.0615;RBI=0.0498866;REFB=0.000178617;REVB=0.0498866;RO=42;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264897;STB=0.65986;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.000741621;OID=.;OPOS=50582550;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:24:25:0.373134:12:12:31:11:13:12:31:11 chr22 50582626 . A G 368.38 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00480148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.899;QD=16.7444;RBI=0.0377538;REFB=-0.0117242;REVB=-0.0374472;RO=49;SAF=18;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108629;STB=0.560944;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0112642;OID=.;OPOS=50582626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:21:18:28:21:21:18:28:21 chr22 50584201 . A C 170.29 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0104549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.584;QD=17.029;RBI=0.0118924;REFB=-0.0258446;REVB=0.00566783;RO=21;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129221;STB=0.586981;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0320774;OID=.;OPOS=50584201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:7:11:10:11:7:11:10:12 chr22 50585528 . G A 126.25 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0317133;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.0957;QD=21.9562;RBI=0.0529358;REFB=-0.0167709;REVB=0.0423847;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.622464;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0417456;OID=.;OPOS=50585528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:20:23:7:9:13:14:0.608696:9:4:4:3:9:5:6:3 chr22 50585595 . G A 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0425103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5271;QD=7.62872;RBI=0.075349;REFB=-0.00698782;REVB=0.0622122;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357716;STB=0.71984;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0291322;OID=.;OPOS=50585595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:6:14:3:5:6:14 chr22 50617593 . GGCCCCCG GCCCCG,GGCCCCCC,GGCCCCG 50.47 PASS AF=0.36,0,0;AO=4,2,3;DP=26;FAO=9,0,0;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0780685,0.0265081,-0.19239;FXX=0;HRUN=5,1,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.9678,180.119,10.8872;QD=8.07458;RBI=0.239515,0.0392325,0.217647;REFB=0.00334672,0.00181279,-0.0318187;REVB=-0.226435,-0.0289224,0.101765;RO=14;SAF=3,0,3;SAR=1,2,0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0.416667,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.141006,-0.608678,0.583079;STB=0.689278,0.5,0.5;STBP=0.221,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-0.0382596,0,0.0232149;OID=.,.,.;OPOS=50617594,50617600,50617595;OREF=GC,G,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=GCCCCG,GGCCCCCC,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0,0:4,2,3:26:9,0,0:25:16:4,0,0:5,0,0:12:4:49:14:3,0,3:1,2,0:9:5 chr22 50618278 . A G 366.39 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00554544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.394;QD=21.5526;RBI=0.00709307;REFB=-0.00450016;REVB=-0.00442263;RO=29;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141069;STB=0.57916;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00336469;OID=.;OPOS=50618278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:31:37:37:0.544118:23:14:16:13:23:14:17:14 chr22 50618641 . C T 90.12 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0149424;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.513;QD=16.3845;RBI=0.0378109;REFB=-0.00648861;REVB=0.0347331;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079851;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0056752;OID=.;OPOS=50618641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:7:4:5:6:7:4 chr22 50637597 . G C 445.88 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.661;QD=57.5327;RBI=0.0209647;REFB=0;REVB=0.00335111;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36218e-05;OID=.;OPOS=50637597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr22 50646936 . G C 77.1 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.042301;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.6507;QD=13.4093;RBI=0.0487814;REFB=-0.0629593;REVB=0.0242951;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266518;STB=0.653583;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0472857;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:4:6:11:2:4:6:11:2 chr22 50656430 . G A 164.46 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00262794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.233;QD=13.7051;RBI=0.00354835;REFB=-0.0071877;REVB=-0.00238427;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224696;STB=0.63059;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0152131;OID=.;OPOS=50656430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:18:12:11:7:18:12 chr22 50657010 . C G 687.23 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.140043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.429;QD=53.9007;RBI=0.142365;REFB=-0.0559345;REVB=0.0256073;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00232211;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:27:22:0:0:27:23:1:0 chr22 50664612 . A G 805.12 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7438;QD=64.4092;RBI=0.0319711;REFB=0;REVB=0.0279914;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001101;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr22 50678620 . G C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0235518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.324;QD=12.7822;RBI=0.0263828;REFB=-0.010384;REVB=0.0118896;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288616;STB=0.666388;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0133006;OID=.;OPOS=50678620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:12:2:4:6:12:2 chr22 50684256 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0760046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8136;QD=5.44281;RBI=0.0792681;REFB=0.018983;REVB=0.0225107;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420114;STB=0.809726;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.0629004;OID=.;OPOS=50684256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:18:20:6:6:0.230769:5:1:9:9:5:1:11:9 chr22 50684415 . T C 64.54 PASS AF=0.36;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000137788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.345;QD=10.3259;RBI=0.0067137;REFB=-0.0357719;REVB=0.00671228;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.529345;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0285806;OID=.;OPOS=50684415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:25:15:16:8:9:0.36:6:2:6:9:6:3:6:10 chr22 50684747 . C T 130.04 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00455592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1233;QD=13.3371;RBI=0.0354458;REFB=-0.00197665;REVB=0.0351518;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194053;STB=0.636186;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00703814;OID=.;OPOS=50684747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:24:15:15:0.384615:9:6:13:9:9:6:15:9 chr22 50686830 . G A 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.000157375;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.83;QD=7.81283;RBI=0.0155741;REFB=-0.0103445;REVB=-0.0155733;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267231;STB=0.666465;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0210578;OID=.;OPOS=50686830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:40:15:15:0.272727:7:8:12:27:7:8:12:28 chr22 50687178 . C T 322.99 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0211575;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.761;QD=18.9994;RBI=0.0252134;REFB=-0.020352;REVB=0.0137141;RO=33;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038807;STB=0.515445;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0190266;OID=.;OPOS=50687178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:21:13:14:19:21:13:14:20 chr22 50687328 . C A 211.85 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.102431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1082;QD=16.6154;RBI=0.107756;REFB=-0.00673721;REVB=0.0334556;RO=28;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448534;STB=0.525525;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00961048;OID=.;OPOS=50687328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:18:5:7:21:18:5:7:21 chr22 50687595 . A G 78.74 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0182594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.094;QD=15.7471;RBI=0.0520784;REFB=-0.033111;REVB=0.0487725;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0659715;OID=.;OPOS=50687595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:19:20:10:10:9:10:0.5:7:2:4:6:8:2:4:6 chr22 50688348 . A G 893.04 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1795;QD=57.6153;RBI=0.0403649;REFB=0;REVB=-0.0279213;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65717e-05;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr22 50693889 . G A 205.1 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0142204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3429;QD=22.7883;RBI=0.0394688;REFB=-0.0232523;REVB=0.036818;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525291;STB=0.545409;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00514088;OID=.;OPOS=50693889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:20:20:0.555556:12:8:7:8:12:8:8:8 chr22 50694297 . A G 375.8 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.527;QD=55.6736;RBI=0.0270807;REFB=0;REVB=0.0185248;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010763;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr22 50695370 . G A 127.23 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0855782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5646;QD=20.3565;RBI=0.0855971;REFB=-0.027098;REVB=0.00179889;RO=11;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150655;STB=0.585674;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0305911;OID=.;OPOS=50695370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:11:11:14:14:0.56:5:9:5:6:5:9:5:6 chr22 50696678 . G A 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0031617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8923;QD=17.0968;RBI=0.0514363;REFB=0.0102726;REVB=-0.051339;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329044;STB=0.69113;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.018654;OID=.;OPOS=50696678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:3:11:7:8:3:11:7:8 chr22 50699668 . A G 701.84 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.258105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4509;QD=52.9692;RBI=0.259084;REFB=0;REVB=0.0224967;RO=2;SAF=14;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626232;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005908;OID=.;OPOS=50699668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:2:0:51:53:1:37:14:2:0:37:16:0:0 chr22 50704661 . T C 676.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260183;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.268;QD=62.9256;RBI=0.0103229;REFB=0;REVB=-0.00998962;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000829175;OID=.;OPOS=50704661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr22 50705059 . A G 594.18 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.386;QD=59.4176;RBI=0.0346742;REFB=0;REVB=-0.0109579;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129966;OID=.;OPOS=50705059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:35:40:1:23:12:0:0:24:16:0:0 chr22 50705466 . A G 244.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.232;QD=48.9625;RBI=0.0290296;REFB=0;REVB=-0.0114959;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216692;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:7:13:0:0 chr22 50706381 . G A 139.12 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0830483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.647;QD=20.6106;RBI=0.0832701;REFB=0.000184751;REVB=0.00607373;RO=12;SAF=2;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537436;STB=0.530569;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000796362;OID=.;OPOS=50706381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:27:12:12:15:15:0.555556:13:2:2:10:13:2:2:10 chr22 50713866 . G C 302.93 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.095;QD=52.6832;RBI=0.0426455;REFB=0;REVB=0.0196093;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545773;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:6:16:0:0:7:16:0:0 chr22 50721492 . C T 351.14 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0107252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6832;QD=23.409;RBI=0.0228796;REFB=-0.0101207;REVB=0.0202101;RO=25;SAF=11;SAR=24;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672181;STB=0.536869;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00711736;OID=.;OPOS=50721492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:24:11:6:19:24:11:6:19 chr22 50722408 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.403;QD=8.25453;RBI=0.00851334;REFB=0.00280968;REVB=0.00851334;RO=12;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00615757;OID=.;OPOS=50722408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:6:0:0:12:6:0:0:12 chr22 50728062 . T C 65.48 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00277185;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.282;QD=9.70011;RBI=0.0219208;REFB=-0.0201399;REVB=-0.0217449;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660765;STB=0.540449;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0344835;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:7:11:6:3:7:11 chr22 50752133 . C T 288.62 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.013216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.832;QD=17.7612;RBI=0.0209752;REFB=-0.0199936;REVB=-0.0162879;RO=33;SAF=14;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168936;STB=0.599938;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.020365;OID=.;OPOS=50752133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:33:33:31:32:0.492308:17:14:21:12:18:14:21:12 chr22 50877164 . GCG CGC,GC,GCC 625.7 PASS AF=0.047619,0,0.952381;AO=3,5,12;DP=42;FAO=2,0,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,26;FSAR=0,0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614593,0.0617453,0.0562965;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=124.794,138.585,145.497;QD=59.5902;RBI=0.081413,0.0789241,0.082104;REFB=0,0,0;REVB=0.0533932,0.0491583,0.0597643;RO=0;SAF=3,4,9;SAR=0,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0075993,0.0167317,0.00376493;OID=.,.,.;OPOS=50877164,50877166,50877166;OREF=GCG,G,G;OALT=CGC,-,C;OMAPALT=CGC,GC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:12:42:42:0:0:3,5,12:2,0,40:0.047619,0,0.952381:0,1,3:3,4,9:0:0:0,0,14:2,0,26:0:0 chr22 50878196 . G A 267.36 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0911962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0839;QD=16.2036;RBI=0.122085;REFB=-0.0162999;REVB=0.0811659;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110964;STB=0.555518;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0225611;OID=.;OPOS=50878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:36:30:30:0.454545:12:18:17:18:12:18:18:18 chr22 50882752 . CTTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT 179.06 PASS AF=0.0769231,0.551282,0.192308,0;AO=10,21,13,3;DP=80;FAO=6,43,15,0;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=4,27,4,0;FSAR=2,16,11,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0157049,0.0348709,0.0677895,-0.0297758;FXX=0.0249969;HRUN=12,12,12,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=6.3741,3.74033,13.4126,13.0494;QD=9.18271;RBI=0.0617896,0.121051,0.0798483,0.0424172;REFB=-0.083421,-0.157019,-0.0890729,-0.0683173;REVB=0.0597604,0.115919,0.0421941,-0.0302096;RO=18;SAF=8,16,4,0;SAR=2,5,9,3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.361526,0.250638,-0.202649,-0.604808;STB=0.571184,0.514724,0.659775,0.5;STBP=0.729,0.697,0.106,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.0497077,0.0585177,-0.0576561,-0.0574655;OID=.,.,.,.;OPOS=50882753,50882753,50882764,50882752;OREF=TT,T,T,CT;OALT=-,-,A,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTA,TCTTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:71:80:78:18:14:10,21,13,3:6,43,15,0:0.0769231,0.551282,0.192308,0:2,5,9,3:8,16,4,0:9:9:2,16,11,0:4,27,4,0:8:6 chr22 50883057 . TG T,TT 63.7 PASS AF=0.421053,0;AO=3,5;DP=22;FAO=8,0;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0297137,0.0323508;FXX=0.173837;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.774,213.404;QD=13.4098;RBI=0.0348253,0.0372334;REFB=0.0152114,0.0134295;REVB=-0.0181632,-0.0184324;RO=13;SAF=2,2;SAR=1,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223739,-0.06903;STB=0.52625,0.5;STBP=0.927,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0233302,0.0133842;OID=.,.;OPOS=50883058,50883058;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0:3,5:22:8,0:19:11:4,0:4,0:6:5:39:13:2,2:1,3:6:7 chr22 50885775 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.409;QD=44.6898;RBI=0.0353336;REFB=0;REVB=0.0352695;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560212;OID=.;OPOS=50885775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr22 50923217 . T C 92.17 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0796238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.699;QD=8.9922;RBI=0.0798582;REFB=-0.00787224;REVB=-0.00611475;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273809;STB=0.677126;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0210542;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:12:16:4:8:12:17 chr22 50926366 . G A 94.09 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=66;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.00158923;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.881;QD=5.61713;RBI=0.0161668;REFB=-0.0118274;REVB=-0.0160885;RO=49;SAF=9;SAR=6;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125052;STB=0.544246;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0782047;OID=.;OPOS=50926366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:66:67:49:52:15:15:0.223881:6:9:34:15:6:9:34:18 chr22 50928026 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0609894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1365;QD=9.44461;RBI=0.0609999;REFB=-0.0138837;REVB=0.00113078;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0221096;OID=.;OPOS=50928026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:5:5:3:3:5:5 chr22 50941985 . T C 181.53 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0338224;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1801;QD=31.5703;RBI=0.0449555;REFB=0.0510836;REVB=-0.0296148;RO=7;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127666;STB=0.593801;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0234495;OID=.;OPOS=50941985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:7:6:17:17:0.73913:8:9:2:5:8:9:1:5 chr22 50944128 . G A 46.55 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000277279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.015;QD=10.3441;RBI=0.00284932;REFB=-0.0137273;REVB=-0.00283579;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396358;STB=0.749166;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.017711;OID=.;OPOS=50944128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:6:5:1:6:6:5 chr22 50944163 . G A 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0089608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.817;QD=19.849;RBI=0.039142;REFB=-0.0292748;REVB=0.0381025;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802345;STB=0.545395;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0197567;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:9:4:6:9:9:4 chr22 50960682 . C T 242.0 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00354036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5005;QD=16.9823;RBI=0.0367766;REFB=0.000634237;REVB=-0.0366058;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173283;STB=0.509746;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00112736;OID=.;OPOS=50960682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:14:13:15:15:14:13:15:15 chr22 50961169 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0595158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.782;QD=33.4285;RBI=0.0658018;REFB=0;REVB=-0.0280669;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301593;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr22 50962208 . T G 381.57 PASS AF=0.47619;AO=38;DP=82;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0197239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.992;QD=18.1702;RBI=0.0197297;REFB=-0.00888018;REVB=-0.000482089;RO=44;SAF=27;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130205;STB=0.548468;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00944615;OID=.;OPOS=50962208;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:44:44:38:40:0.47619:11:27:26:18:13:27:26:18 chr22 50962782 . C G 120.11 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00878651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8435;QD=13.727;RBI=0.0677959;REFB=-0.00951744;REVB=0.0672241;RO=21;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014849;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:4:10:15:6:4:10:15:6 chr22 50988062 . G T 411.62 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0459238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0994;QD=19.6009;RBI=0.0591695;REFB=0.0074898;REVB=-0.0373099;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219607;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00629253;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:41:42:41:42:0.5:20:21:20:21:21:21:21:21 chr22 50988695 . T C 38.3 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0227775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.791;QD=12.7672;RBI=0.0228781;REFB=-0.00865874;REVB=0.00214262;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429493;STB=0.780223;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00998475;OID=.;OPOS=50988695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:11:12:6:6:5:6:0.5:1:4:2:4:1:5:2:4 chr22 50989326 . A G 31.73 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0106837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1136;QD=14.104;RBI=0.0340924;REFB=-0.0134843;REVB=-0.0323752;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0029664;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:4:0:1:4:4:0 chr22 51009953 . C T 63.65 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.105152;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.48;QD=16.9726;RBI=0.105152;REFB=0.00507065;REVB=0.000215777;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355666;STB=0.666295;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000714476;OID=.;OPOS=51009953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:17:15:9:7:8:8:0.533333:4:4:8:1:4:4:6:1 chr22 51012311 . G T 273.45 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0033804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.702;QD=18.5392;RBI=0.0150544;REFB=-0.0517419;REVB=0.0146699;RO=29;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628569;STB=0.54335;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0345488;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:13:16:18:11:14:16:18:11 chr22 51015838 . T C 56.23 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.035633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3491;QD=11.246;RBI=0.0478793;REFB=-0.0214269;REVB=-0.03198;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.59976;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0276755;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:4:8:4:4:4:8 chr22 51043277 . AG A,AA 370.26 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,26;DP=29;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370336,0.0526684;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.114,191.761;QD=54.8538;RBI=0.0668362,0.0821353;REFB=0,0;REVB=0.055638,0.0630258;RO=0;SAF=1,12;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0577157,0.000798707;OID=.,.;OPOS=51043278,51043278;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,26:29:1,26:27:0:1,12:0,14:0:0:6:0:1,12:2,14:0:0 chr22 51045433 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.766;QD=43.4851;RBI=0.0440089;REFB=0;REVB=0.0434555;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619299;OID=.;OPOS=51045433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr22 51048721 . G A 54.04 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0209233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.691;QD=8.31447;RBI=0.0259269;REFB=-0.0162144;REVB=-0.0153107;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124219;STB=0.576735;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0519499;OID=.;OPOS=51048721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:18:18:8:8:0.307692:4:4:7:11:4:4:7:11 chrX 200860 . T C 1060.9 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105272;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.177;QD=58.1316;RBI=0.0557528;REFB=0;REVB=0.0547499;RO=0;SAF=46;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216502;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:68:73:1:22:46:0:0:27:46:0:0 chrX 207362 . C T 1959.37 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0367522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.482;QD=60.2884;RBI=0.0455024;REFB=-0.0320246;REVB=0.0268281;RO=2;SAF=59;SAR=69;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015834;STB=0.508332;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000205698;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:69:59:2:0:69:59:2:0 chrX 228879 . G C 220.98 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=-0.0371501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.431;QD=8.18437;RBI=0.0413015;REFB=-0.0271425;REVB=0.0180467;RO=76;SAF=2;SAR=29;SRF=48;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715824;STB=0.925634;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0496551;OID=.;OPOS=228879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:76:77:31:31:0.287037:29:2:48:28:29:2:48:29 chrX 228892 . C A 264.03 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00486435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8892;QD=27.7925;RBI=0.0280892;REFB=-0.113353;REVB=-0.0276648;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196978;STB=0.608606;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.029648;OID=.;OPOS=228892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:10:4:14:10:10:4 chrX 228933 . C CG 188.75 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000996359;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=23.9882;QD=41.9452;RBI=0.123705;REFB=-0.0171202;REVB=0.123701;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291053;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0116293;OID=.;OPOS=228934;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:18:18:0:13:5:0:0:3:17:1:1:13:4 chrX 228934 . A G 158.16 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000102548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8224;QD=35.1466;RBI=0.0168791;REFB=-0.0235381;REVB=0.0168788;RO=3;SAF=12;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190336;STB=0.605905;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00580785;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:3:12:1:2:3:12:1:2 chrX 228940 . A G 242.22 PASS AF=0.952381;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.67;QD=46.1367;RBI=0.0393127;REFB=-0.0559421;REVB=0.0262254;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181457;STB=0.538422;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00638557;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:2:1:17:20:0.952381:4:13:0:2:6:14:0:1 chrX 228976 . G C 262.11 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.030593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.215;QD=14.767;RBI=0.0821349;REFB=-0.0707818;REVB=0.0762247;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122525;STB=0.582036;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0488322;OID=.;OPOS=228976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:41:30:30:0.422535:14:16:16:23:14:16:16:25 chrX 229137 . A G 669.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.682;QD=62.3098;RBI=0.110225;REFB=0;REVB=0.107778;RO=0;SAF=36;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793135;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:7:36:0:0:7:36:0:0 chrX 295132 . T C 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9452;QD=46.8407;RBI=0.0443338;REFB=0;REVB=0.0107968;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237486;OID=.;OPOS=295132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 295231 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.809;QD=53.9098;RBI=0.0165916;REFB=0;REVB=0.0100397;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123113;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chrX 299362 . A G 576.64 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.917;QD=60.6988;RBI=0.0173706;REFB=0;REVB=-0.00662325;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96708e-05;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:18:18:0:0:18:20:0:0 chrX 299591 . A G 1772.14 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206407;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.044;QD=61.1083;RBI=0.0213248;REFB=0;REVB=-0.00535823;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5376e-05;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chrX 305984 . G A 482.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1336;QD=58.425;RBI=0.0353399;REFB=0;REVB=0.0326564;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370647;OID=.;OPOS=305984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chrX 306056 . G A 153.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0940553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.6749;QD=40.9057;RBI=0.0956986;REFB=-0.162976;REVB=0.0176584;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0220391;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:15:15:0:1:14:14:0.933333:4:10:0:0:4:10:1:0 chrX 306152 . T G 116.35 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.053;QD=42.3095;RBI=0.0540279;REFB=0;REVB=0.0384652;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00587242;OID=.;OPOS=306152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:4:4:0:0:6:5:0:0 chrX 322161 . A G 2913.63 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=186;FDP=186;FR=.;FRO=0;FSAF=121;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.539;QD=62.6587;RBI=0.0162397;REFB=0;REVB=-0.0059198;RO=0;SAF=115;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74355e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172057;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:180:186:0:0:179:186:1:64:115:0:0:65:121:0:0 chrX 322193 . C T 3702.05 PASS AF=0.979508;AO=238;DP=245;FAO=239;FDP=244;FR=.;FRO=5;FSAF=152;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0318885;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5946;QD=60.6893;RBI=0.0338924;REFB=-0.042303;REVB=0.0114811;RO=6;SAF=152;SAR=86;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320886;STB=0.513965;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000847994;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:245:244:6:5:238:239:0.979508:86:152:0:6:87:152:0:5 chrX 610715 . C G 476.33 PASS AF=0.269841;AO=67;DP=252;FAO=68;FDP=252;FR=.;FRO=184;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=85;FSRR=99;FWDB=-0.010528;FXX=0.00395241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.059;QD=7.56078;RBI=0.0144864;REFB=-0.00772381;REVB=-0.00995074;RO=181;SAF=37;SAR=30;SRF=83;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115518;STB=0.559806;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0216069;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:181:184:67:68:0.269841:30:37:83:98:31:37:85:99 chrX 1460740 . A G 646.42 PASS AF=0.924528;AO=49;DP=53;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0111605;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.548;QD=48.7862;RBI=0.0239758;REFB=-0.0608323;REVB=0.0212198;RO=4;SAF=24;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368501;STB=0.519622;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0010782;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:53:53:4:4:49:49:0.924528:25:24:3:1:25:24:3:1 chrX 1522163 . CA C 321.42 PASS AF=0.381443;AO=32;DP=95;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00450592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.996;QD=13.2546;RBI=0.00787912;REFB=-0.0156752;REVB=0.00646353;RO=58;SAF=14;SAR=18;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12737;STB=0.552294;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=0.0253034;OID=.;OPOS=1522164;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.381443:32:95:37:97:60:16:21:31:29:99:58:14:18:32:26 chrX 1531648 . C T 2731.97 PASS AF=0.983516;AO=178;DP=182;FAO=179;FDP=182;FR=.;FRO=3;FSAF=101;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00773958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6371;QD=60.0434;RBI=0.0106688;REFB=-0.133103;REVB=0.00734314;RO=3;SAF=100;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00336109;STB=0.503866;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00240014;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:182:182:3:3:178:179:0.983516:78:100:2:1:78:101:1:2 chrX 1537002 . C G 1932.47 PASS AF=0.992126;AO=124;DP=126;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0410204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2511;QD=60.8653;RBI=0.0481306;REFB=-0.105965;REVB=-0.025177;RO=0;SAF=47;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000643465;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:127:0:1:124:126:0.992126:77:47:0:0:78:48:1:0 chrX 1546792 . G A 153.78 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125799;FXX=0.133244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.706;QD=47.3174;RBI=0.0890428;REFB=0;REVB=0.0881497;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833611;OID=.;OPOS=1546792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chrX 1546873 . C CG 245.48 PASS AF=1;AO=6;DP=43;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0966906;FXX=0.292612;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.5775;QD=33.8597;RBI=0.0975629;REFB=0;REVB=-0.0130171;RO=37;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153616;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0123862;OID=.;OPOS=1546874;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:43:29:29:0:14:15:0:0:5:37:4:2:20:17 chrX 1546876 . A G 631.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1566;QD=61.5712;RBI=0.0230462;REFB=0;REVB=-0.0102734;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.39867e-05;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chrX 1713021 . C T 1480.87 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0686584;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5579;QD=57.5097;RBI=0.0691646;REFB=-0.0693632;REVB=0.00835317;RO=2;SAF=55;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165389;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00140289;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:103:2:1:101:102:0.990291:46:55:1:1:46:56:0:1 chrX 1718360 . G A 145.63 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.134;QD=44.8082;RBI=0.209258;REFB=0;REVB=0.209028;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267326;OID=.;OPOS=1718360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:4:7:0:0:6:7:0:0 chrX 1719897 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.429;QD=40.7629;RBI=0.0174698;REFB=0;REVB=-0.00784261;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42391e-05;OID=.;OPOS=1719897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 2139186 . C T 2165.3 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00361357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.761;QD=61.8658;RBI=0.00480305;REFB=0.000975398;REVB=0.00316407;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50303;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=1.86615e-05;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:139:139:0.992857:83:56:0:0:82:57:0:1 chrX 2139200 . T C 2218.06 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121458;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.243;QD=63.3732;RBI=0.0130085;REFB=0;REVB=0.00465832;RO=0;SAF=56;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156361;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:140:0:0:139:140:1:83:56:0:0:83:57:0:0 chrX 2609983 . T C 77.02 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00776506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.4291;QD=15.4047;RBI=0.0188901;REFB=-0.0033965;REVB=-0.0172203;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973785;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0269806;OID=.;OPOS=2609983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:9:10:9:10:0.5:5:4:3:6:5:5:4:6 chrX 2645366 . G C 4834.33 PASS AF=0.98125;AO=314;DP=320;FAO=314;FDP=320;FR=.;FRO=6;FSAF=157;FSAR=157;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0236162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.582;QD=60.4291;RBI=0.0271199;REFB=-0.100259;REVB=0.0133329;RO=6;SAF=157;SAR=157;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178755;STB=0.509374;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00028705;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:320:320:6:6:314:314:0.98125:157:157:0:6:157:157:0:6 chrX 2715425 . A G 85.32 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00709973;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.818;QD=9.75095;RBI=0.0074668;REFB=-0.0203398;REVB=0.00231235;RO=26;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364363;STB=0.747092;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0481148;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:37:35:26:24:11:11:0.314286:1:10:19:7:1:10:17:7 chrX 2724760 . T C 881.96 PASS AF=1;AO=46;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135184;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.338;QD=58.7971;RBI=0.118872;REFB=0;REVB=0.118101;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320895;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:60:0:0:46:60:1:24:22:0:0:37:23:0:0 chrX 2748253 . G C 1478.56 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.264;QD=61.6068;RBI=0.0652972;REFB=0;REVB=0.0285496;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116325;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:96:0:0:90:96:1:45:45:0:0:45:51:0:0 chrX 2777985 . C T 3194.53 PASS AF=1;AO=199;DP=200;FAO=199;FDP=199;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=110;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102395;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7141;QD=64.2117;RBI=0.0278837;REFB=0;REVB=0.0259355;RO=0;SAF=89;SAR=110;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27308e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:200:199:0:0:199:199:1:110:89:0:0:110:89:0:0 chrX 2779570 . A G 2357.6 PASS AF=1;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348149;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7196;QD=64.1523;RBI=0.00518806;REFB=0;REVB=0.00384645;RO=0;SAF=66;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94291e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.03283e-07;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:149:147:0:0:147:147:1:81:66:0:0:81:66:0:0 chrX 2825403 . A G 524.15 PASS AF=0.397351;AO=59;DP=150;FAO=60;FDP=151;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=-0.0082893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.423;QD=13.8847;RBI=0.0699828;REFB=0.00256066;REVB=-0.0694901;RO=91;SAF=30;SAR=29;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026808;STB=0.50993;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0049469;OID=.;OPOS=2825403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:91:91:59:60:0.397351:29:30:44:47:30:30:44:47 chrX 2832739 . C T 273.83 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0271765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.374;QD=12.7361;RBI=0.0352333;REFB=-2.45136e-05;REVB=-0.0224237;RO=54;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156262;STB=0.590173;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000782144;OID=.;OPOS=2832739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:23:9:22:32:23:9:22:32 chrX 2832742 . G C 1283.27 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2509;QD=61.8443;RBI=0.0502816;REFB=0;REVB=0.0392342;RO=0;SAF=30;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59436e-05;OID=.;OPOS=2832742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:53:30:0:0:53:30:0:0 chrX 2836037 . G C 226.69 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0293239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7723;QD=21.0876;RBI=0.0527279;REFB=-0.033032;REVB=0.0438217;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602592;STB=0.533867;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0164194;OID=.;OPOS=2836037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:11:10:12:10:11:10 chrX 2852951 . G A 2351.8 PASS AF=1;AO=154;DP=154;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.805;QD=61.0856;RBI=0.0252616;REFB=0;REVB=0.00942481;RO=0;SAF=74;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51072e-05;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:154:0:0:154:154:1:80:74:0:0:80:74:0:0 chrX 2856155 . C G,T 1340.63 PASS AF=0.0888889,0.9;AO=8,81;DP=90;FAO=8,81;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=0,36;FSAR=8,45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327935,0.0284308;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.3678,148.828;QD=59.5835;RBI=0.037438,0.034678;REFB=-0.0652633,-0.0128227;REVB=-0.0180607,-0.0198558;RO=0;SAF=0,36;SAR=8,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.42691e-08;STB=0.997736,0.506848;STBP=0.043,0.287;TYPE=snp,snp;VARB=0.079852,-0.00313057;OID=.,.;OPOS=2856155,2856155;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:90:90:0:1:8,81:8,81:0.0888889,0.9:8,45:0,36:0:0:8,45:0,36:1:0 chrX 2942109 . T C 1504.67 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0220495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9859;QD=55.2172;RBI=0.0337282;REFB=0.0082131;REVB=-0.0255228;RO=4;SAF=40;SAR=64;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269115;STB=0.514257;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000911672;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:108:109:4:4:104:105:0.963303:64:40:3:1:65:40:3:1 chrX 3002687 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7047;QD=52.6108;RBI=0.0351463;REFB=0;REVB=-0.0343941;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102052;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chrX 3195109 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.727;QD=47.8221;RBI=0.0462163;REFB=0;REVB=0.00532857;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633107;OID=.;OPOS=3195109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chrX 3228144 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.909;QD=54.5173;RBI=0.0689184;REFB=0;REVB=-0.0447203;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97166e-05;OID=.;OPOS=3228144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chrX 3228411 . G A 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.696;QD=54.7444;RBI=0.0123449;REFB=-0.0534135;REVB=-0.00118468;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0034633;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chrX 3228891 . A G 1540.6 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.299;QD=59.8291;RBI=0.0117345;REFB=0;REVB=0.00671199;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.2816e-06;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:59:44:0:0:59:44:0:0 chrX 3235724 . C T 3426.03 PASS AF=0.991031;AO=219;DP=224;FAO=221;FDP=223;FR=.;FRO=2;FSAF=116;FSAR=105;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000547536;FXX=0.00446409;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.216;QD=61.4535;RBI=0.0185609;REFB=-0.0395666;REVB=0.0185528;RO=1;SAF=116;SAR=103;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00408983;STB=0.500224;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.000139241;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:223:1:2:219:221:0.991031:103:116:1:0:105:116:1:1 chrX 3236028 . C T 857.37 PASS AF=0.557047;AO=81;DP=150;FAO=83;FDP=149;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.0607956;FXX=0.0197355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3157;QD=23.0167;RBI=0.0608815;REFB=-0.009903;REVB=-0.003232;RO=67;SAF=28;SAR=53;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177402;STB=0.577517;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00941725;OID=.;OPOS=3236028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:67:66:81:83:0.557047:53:28:37:30:53:30:35:31 chrX 3238167 . T G 578.49 PASS AF=0.392045;AO=64;DP=171;FAO=69;FDP=176;FR=.;FRO=107;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=67;FWDB=0.00926884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=324.421;QD=13.1474;RBI=0.016191;REFB=-0.0122794;REVB=0.0132754;RO=105;SAF=25;SAR=39;SRF=39;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222532;STB=0.529243;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0189985;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:105:107:64:69:0.392045:39:25:39:66:40:29:40:67 chrX 3238733 . G A 489.16 PASS AF=0.432;AO=53;DP=124;FAO=54;FDP=125;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.0189709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8787;QD=15.653;RBI=0.0189976;REFB=-0.00903536;REVB=0.00100553;RO=71;SAF=20;SAR=33;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276574;STB=0.511178;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0139832;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:71:71:53:54:0.432:33:20:25:46:34:20:25:46 chrX 3239545 . C T 784.77 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0032;QD=57.0746;RBI=0.0700206;REFB=0;REVB=-0.0450357;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24557e-05;OID=.;OPOS=3239545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:27:26:0:0:27:28:0:0 chrX 3239979 . G A 187.91 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00904231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.848;QD=20.3147;RBI=0.0458642;REFB=-0.015476;REVB=-0.044964;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228824;STB=0.630079;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0235639;OID=.;OPOS=3239979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:9:9:5:14:9:9 chrX 3240343 . G A 465.13 PASS AF=0.484211;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0261646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4208;QD=19.5846;RBI=0.0434576;REFB=0.00459653;REVB=0.0346984;RO=48;SAF=17;SAR=29;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656696;STB=0.532096;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.0036319;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:48:49:46:46:0.484211:29:17:21:27:29:17:21:28 chrX 3241050 . G A 260.48 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0165972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.425;QD=14.4708;RBI=0.0225111;REFB=-0.0188808;REVB=-0.015208;RO=40;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258707;STB=0.628803;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0190064;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:40:42:30:30:0.416667:14:16:11:29:14:16:13:29 chrX 3241256 . T C 414.49 PASS AF=1;AO=27;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306185;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5472;QD=57.1709;RBI=0.0314532;REFB=0;REVB=-0.00719792;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361832;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:13:16:0:0 chrX 3241284 . A G 178.39 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.018537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.748;QD=15.1824;RBI=0.0261396;REFB=-0.0118582;REVB=-0.0184299;RO=28;SAF=13;SAR=6;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671307;STB=0.503872;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.029994;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:6:13:19:9:6:13:19:9 chrX 3241317 . T C,G 989.97 PASS AF=0.828571,0.171429;AO=59,9;DP=68;FAO=58,12;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=46,12;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995998,0.00435015;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.294,110.401;QD=56.5696;RBI=0.0197267,0.0254637;REFB=0,0;REVB=0.0170277,0.0250893;RO=0;SAF=47,9;SAR=12,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.56963e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00797705,0.0178213;OID=.,.;OPOS=3241317,3241317;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:57:68:70:0:0:59,9:58,12:0.828571,0.171429:12,0:47,9:0:0:12,0:46,12:0:0 chrX 3241791 . G A 118.31 PASS AF=0.243243;AO=18;DP=74;FAO=18;FDP=74;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0384105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3448;QD=6.39502;RBI=0.0462102;REFB=-0.00546561;REVB=-0.0256908;RO=54;SAF=8;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228479;STB=0.528669;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0143263;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:56:18:18:0.243243:10:8:25:29:10:8:27:29 chrX 3261847 . G C 50.28 PASS AF=0.130952;AO=12;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=38;FWDB=-0.0233353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.3992;QD=2.3941;RBI=0.0234551;REFB=-0.00538683;REVB=-0.00236764;RO=71;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129153;STB=0.557132;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.118678;OID=.;OPOS=3261847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:84:84:71:73:12:11:0.130952:5:7:34:37:5:6:35:38 chrX 3261850 . C G 46.26 PASS AF=0.150685;AO=9;DP=74;FAO=11;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=62;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00674763;FXX=0.0135117;HRUN=6;LEN=1;MLLD=26.0322;QD=2.5348;RBI=0.00782826;REFB=-0.0204303;REVB=0.00396876;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188117;STB=0.552144;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.114355;OID=.;OPOS=3261850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:74:73:33:62:9:11:0.150685:3:6:17:16:5:6:30:32 chrX 3592725 . G A 2410.66 PASS AF=0.964286;AO=162;DP=168;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=71;FSAR=91;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0161811;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.586;QD=57.3968;RBI=0.0321116;REFB=-0.181407;REVB=0.0277368;RO=5;SAF=71;SAR=91;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208514;STB=0.514275;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00110779;OID=.;OPOS=3592725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:168:168:5:6:162:162:0.964286:91:71:4:1:91:71:5:1 chrX 5810090 . A G 122.0 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0662909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.883;QD=25.6834;RBI=0.0672009;REFB=-0.131109;REVB=-0.0110214;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729992;STB=0.540921;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.040877;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:2:4:7:6:2:4 chrX 6451864 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9685;QD=35.5759;RBI=0.018504;REFB=0;REVB=-0.018504;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147577;OID=.;OPOS=6451864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chrX 6451869 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.484;QD=35.5759;RBI=0.0340786;REFB=0;REVB=0.0340786;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438188;OID=.;OPOS=6451869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chrX 6975782 . C G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00277184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.845;QD=11.0865;RBI=0.0184236;REFB=-0.0165157;REVB=-0.0182139;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688201;STB=0.540921;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0349532;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:15:10:6:7:15:10 chrX 6995315 . C T 325.72 PASS AF=0.341667;AO=41;DP=122;FAO=41;FDP=120;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00822918;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.934;QD=10.8574;RBI=0.00826768;REFB=-0.00375693;REVB=-0.000796919;RO=78;SAF=20;SAR=21;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721908;STB=0.537132;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00797862;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:78:79:41:41:0.341667:21:20:43:35:21:20:43:36 chrX 6995417 . C T 313.2 PASS AF=0.361111;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=108;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00749341;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.297;QD=11.5999;RBI=0.0263011;REFB=-0.00620411;REVB=-0.0252111;RO=68;SAF=25;SAR=14;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238609;STB=0.63239;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00652618;OID=.;OPOS=6995417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:69:39:39:0.361111:14:25:29:39:14:25:30:39 chrX 6995438 . C T 344.17 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=0.0124123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.758;QD=14.0476;RBI=0.0143362;REFB=-0.00731781;REVB=-0.00717374;RO=59;SAF=25;SAR=13;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366385;STB=0.710856;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0140475;OID=.;OPOS=6995438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:60:38:38:0.387755:13:25:18:41:13:25:18:42 chrX 7023678 . G A 246.27 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0122831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.337;QD=13.4943;RBI=0.0183345;REFB=-0.0110138;REVB=-0.0136116;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175989;STB=0.510041;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0149104;OID=.;OPOS=7023678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:44:29:29:0.39726:13:16:25:19:13:16:25:19 chrX 7066051 . A C 154.89 PASS AF=0.344262;AO=19;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00983655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.955;QD=10.1567;RBI=0.0117296;REFB=-0.0278217;REVB=-0.00638944;RO=40;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547922;STB=0.536198;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0606618;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:19:21:0.344262:8:11:25:15:9:12:25:15 chrX 7116610 . ATTTTTTTC AGTTTTTTC,ATTTTTT,ATTTTTTC,GATTTTTTC 225.93 PASS AF=0,0,0.839286,0;AO=2,6,28,4;DP=57;FAO=0,0,47,0;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0,37,0;FSAR=0,0,10,0;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00596339,-0.00991274,0.120129,0.110829;FXX=0;HRUN=7,7,7,1;LEN=1,2,1,2;MLLD=91.3911,17.6478,8.20214,15.4016;QD=16.1381;RBI=0.0489285,0.140389,0.154702,0.111931;REFB=-0.00462495,-0.0127598,-0.0664025,-0.0569637;REVB=-0.0485638,-0.140038,-0.0974767,0.0156629;RO=16;SAF=0,5,26,0;SAR=2,1,2,4;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.74148,-0.0927251,0.117464,-0.79999;STB=0.5,0.5,0.525077,0.5;STBP=1,1,0.491,1;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.000809728,0,0.140853,0;OID=.,.,.,.;OPOS=7116611,7116617,7116611,7116610;OREF=T,TC,T,AT;OALT=G,-,-,GA;OMAPALT=AGTTTTTTC,ATTTTTT,ATTTTTTC,GATTTTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:23:57:56:16:9:2,6,28,4:0,0,47,0:0,0,0.839286,0:2,1,2,4:0,5,26,0:14:2:0,0,10,0:0,0,37,0:8:1 chrX 7268179 . G A 741.99 PASS AF=0.467456;AO=78;DP=168;FAO=79;FDP=169;FR=.;FRO=90;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.0484742;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2251;QD=17.5618;RBI=0.0484768;REFB=-0.00613256;REVB=0.000503025;RO=89;SAF=43;SAR=35;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108622;STB=0.559865;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00528271;OID=.;OPOS=7268179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:89:90:78:79:0.467456:35:43:39:50:35:44:40:50 chrX 7812017 . C T 35.1 PASS AF=0.24;AO=5;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.043012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.552;QD=5.61594;RBI=0.161001;REFB=-0.00161033;REVB=-0.155149;RO=15;SAF=4;SAR=1;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192305;STB=0.610731;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.000193578;OID=.;OPOS=7812017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:15:19:5:6:0.24:1:4:10:5:2:4:10:9 chrX 7812052 . G A 150.88 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0201913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2358;QD=12.573;RBI=0.0911498;REFB=0.0181465;REVB=-0.0888853;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200233;STB=0.618896;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0563342;OID=.;OPOS=7812052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:13:4:12:19:13:4:12:19 chrX 8138080 . G C 170.9 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00794591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0458;QD=17.5279;RBI=0.0163314;REFB=-0.0111427;REVB=-0.0142681;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218046;STB=0.598743;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0139732;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:21:18:18:0.461538:7:11:7:12:7:11:9:12 chrX 8138160 . T C 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0448782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0986;QD=17.9557;RBI=0.0513;REFB=0.0239399;REVB=-0.0248524;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351234;STB=0.700127;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0300898;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:5:11:5:12:5:11:5:12 chrX 8138165 . C G 88.9 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0393717;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.256;QD=13.1703;RBI=0.0405851;REFB=-0.00824096;REVB=-0.00984984;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194738;STB=0.635527;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0146526;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:27:27:16:16:10:11:0.407407:5:5:5:11:5:6:5:11 chrX 8138170 . CT GC 62.84 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0235341;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.592;QD=9.31021;RBI=0.0298867;REFB=-0.0703487;REVB=0.0184217;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.599822;STBP=0.393;TYPE=mnp;VARB=0.117993;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:6:10:5:6:6:10 chrX 8138182 . A G 67.08 PASS AF=0.380952;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00617623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.57;QD=12.7767;RBI=0.0165662;REFB=-0.0432292;REVB=-0.0153719;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597745;STB=0.804188;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0236888;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:21:10:11:6:8:0.380952:1:5:2:8:2:6:2:9 chrX 8434367 . C T 229.95 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=1;FWDB=0.0115564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.951;QD=17.6888;RBI=0.0320681;REFB=-0.0114097;REVB=0.0299134;RO=26;SAF=22;SAR=3;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210338;STB=0.620612;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0171688;OID=.;OPOS=8434367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:3:22:25:1:3:22:26:1 chrX 8497510 . C T 672.17 PASS AF=0.368664;AO=80;DP=216;FAO=80;FDP=217;FR=.;FRO=137;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=59;FSRR=78;FWDB=-0.02503;FXX=0.0180987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.261;QD=12.3902;RBI=0.0362352;REFB=-0.0183195;REVB=-0.026201;RO=131;SAF=37;SAR=43;SRF=59;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134074;STB=0.520274;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0287888;OID=.;OPOS=8497510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:131:137:80:80:0.368664:43:37:59:72:43:37:59:78 chrX 8503641 . G A 216.92 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.0209495;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9676;QD=21.6923;RBI=0.0575032;REFB=-0.0217307;REVB=-0.0535513;RO=20;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330493;STB=0.69216;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0118245;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:19:20:21:0.525:9:11:18:2:9:12:18:1 chrX 8504833 . C T 630.06 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0140795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0777;QD=29.3052;RBI=0.0548312;REFB=0.0378156;REVB=-0.0529927;RO=31;SAF=21;SAR=34;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655366;STB=0.535506;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.0196364;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:34:21:9:22:34:21:9:22 chrX 9369866 . C G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00343257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.17;QD=54.5177;RBI=0.0435142;REFB=0;REVB=0.0433786;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143276;OID=.;OPOS=9369866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chrX 9370299 . A T 210.08 PASS AF=0.260504;AO=31;DP=119;FAO=31;FDP=119;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=60;FSRR=28;FWDB=0.00531444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.425;QD=7.06153;RBI=0.00808324;REFB=-0.0194446;REVB=0.00609061;RO=83;SAF=13;SAR=18;SRF=58;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333161;STB=0.687128;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0360399;OID=.;OPOS=9370299;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:83:88:31:31:0.260504:18:13:58:25:18:13:60:28 chrX 9684738 . A G 504.45 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=41;FSRR=43;FWDB=0.00415552;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.175;QD=14.4128;RBI=0.00861131;REFB=-0.00758951;REVB=0.0075423;RO=84;SAF=19;SAR=37;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165394;STB=0.593549;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0125806;OID=.;OPOS=9684738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:84:84:56:56:0.4:37:19:41:43:37:19:41:43 chrX 9687624 . G A 61.44 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0289226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1512;QD=4.3885;RBI=0.0536377;REFB=-0.00571705;REVB=-0.0451717;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251911;STB=0.668772;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0165878;OID=.;OPOS=9687624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:7:3:23:23:7:3:23:23 chrX 9842669 . G A 316.08 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0145758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5812;QD=31.6076;RBI=0.0376653;REFB=-0.0436353;REVB=-0.0347307;RO=13;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118435;STB=0.506489;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0258332;OID=.;OPOS=9842669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:14:13:6:7:14:13:6:7 chrX 9859098 . A G 2513.22 PASS AF=0.62536;AO=216;DP=348;FAO=217;FDP=347;FR=.;FRO=130;FSAF=111;FSAR=106;FSRF=78;FSRR=52;FWDB=0.000887161;FXX=0.00287348;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.989;QD=28.9708;RBI=0.0131861;REFB=0.00783943;REVB=-0.0131562;RO=128;SAF=110;SAR=106;SRF=77;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639578;STB=0.533213;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00442844;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:347:128:130:216:217:0.62536:106:110:77:51:106:111:78:52 chrX 9935526 . G T 613.24 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=116;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0319016;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6366;QD=21.517;RBI=0.0348225;REFB=-0.00228357;REVB=0.0139603;RO=50;SAF=20;SAR=41;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476702;STB=0.544577;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00164128;OID=.;OPOS=9935526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:50:53:61:61:0.535088:41:20:19:31:41:20:22:31 chrX 9935844 . C T 176.27 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0302498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.148;QD=20.7379;RBI=0.0383045;REFB=-0.0472476;REVB=0.0234986;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949381;STB=0.553631;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0351768;OID=.;OPOS=9935844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:8:8:11:7:8:8 chrX 10085674 . T C 179.99 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106533;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.995;QD=47.9963;RBI=0.0107671;REFB=0;REVB=0.00156122;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435001;OID=.;OPOS=10085674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chrX 10112338 . C A 260.4 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00979138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.851;QD=18.9382;RBI=0.0116331;REFB=-0.0294844;REVB=0.00628163;RO=27;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117005;STB=0.565172;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0162355;OID=.;OPOS=10112338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:15:13:9:18:15:13:9:18 chrX 10202343 . C T 93.8 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.015831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.77;QD=10.1409;RBI=0.0277409;REFB=-0.012285;REVB=-0.0227801;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414208;STB=0.745391;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.043411;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:7:18:4:8:7:18 chrX 10202748 . G T 143.43 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0380778;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.198;QD=10.0652;RBI=0.0400983;REFB=-0.0074532;REVB=-0.0125678;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014145;OID=.;OPOS=10202748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:38:18:19:0.333333:9:9:20:17:9:10:20:18 chrX 10205581 . C A 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000387465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.663;QD=10.7535;RBI=0.0197694;REFB=-0.00595714;REVB=-0.0197656;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00802613;OID=.;OPOS=10205581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:8:5:10:16:8:5:10:16 chrX 12725701 . C G 3037.1 PASS AF=0.990099;AO=199;DP=202;FAO=200;FDP=202;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=122;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.010239;FXX=0.00980344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.194;QD=60.1405;RBI=0.0330739;REFB=-0.128095;REVB=0.031449;RO=2;SAF=77;SAR=122;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00225713;STB=0.501144;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00081433;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:202:202:2:2:199:200:0.990099:122:77:1:1:122:78:1:1 chrX 12809661 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0463903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.005;QD=16.6271;RBI=0.0475668;REFB=-0.0117611;REVB=0.0105135;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.517215;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0119094;OID=.;OPOS=12809661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:6:8:7:6:6:8 chrX 12924826 . A G 1090.85 PASS AF=0.938272;AO=77;DP=83;FAO=76;FDP=81;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0208947;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.543;QD=53.8692;RBI=0.0209061;REFB=-0.105908;REVB=0.000690844;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534238;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00167022;OID=.;OPOS=12924826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:83:81:0:5:77:76:0.938272:35:42:0:0:34:42:0:5 chrX 12937513 . C T 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0179257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.948;QD=46.0558;RBI=0.110767;REFB=-0.109542;REVB=-0.109307;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.53842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000536175;OID=.;OPOS=12937513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:0:1:19:19:0.95:6:13:0:0:6:13:0:1 chrX 12937804 . C T 2297.35 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138005;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.292;QD=60.857;RBI=0.0161322;REFB=0;REVB=0.00835432;RO=0;SAF=89;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68903e-05;OID=.;OPOS=12937804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:61:89:0:0:62:89:0:0 chrX 12939112 . G C 1785.78 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5698;QD=61.0523;RBI=0.0428384;REFB=0;REVB=0.0308315;RO=0;SAF=72;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025016;OID=.;OPOS=12939112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:117:0:0:117:117:1:45:72:0:0:45:72:0:0 chrX 12939412 . C A 725.66 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.391;QD=63.1007;RBI=0.00712797;REFB=0;REVB=-0.00158887;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5767e-06;OID=.;OPOS=12939412;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chrX 12939928 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.628e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.327;QD=49.5991;RBI=0.0403369;REFB=0;REVB=0.0403369;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130225;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chrX 13337059 . C T 972.6 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.905;QD=58.9455;RBI=0.012724;REFB=0;REVB=-8.79535e-05;RO=0;SAF=29;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32824e-05;OID=.;OPOS=13337059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:36:29:0:0:36:30:0:0 chrX 13337115 . C T 259.63 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00720302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.167;QD=9.89049;RBI=0.0195444;REFB=-0.0164691;REVB=-0.0181686;RO=71;SAF=10;SAR=24;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113311;STB=0.566286;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0379541;OID=.;OPOS=13337115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:24:10:27:44:24:10:27:44 chrX 13681115 . C T 236.35 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.000322208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.603;QD=17.5075;RBI=0.0181336;REFB=-0.0259494;REVB=-0.0181307;RO=27;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181643;STB=0.519985;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.02575;OID=.;OPOS=13681115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:12:14:14:13:12:14:14:14 chrX 13681638 . C T 161.66 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=97;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0165021;FXX=0.0309246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.644;QD=6.87907;RBI=0.030978;REFB=-0.001416;REVB=-0.0262167;RO=70;SAF=11;SAR=12;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444705;STB=0.52172;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00544525;OID=.;OPOS=13681638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:94:70:71:23:23:0.244681:12:11:36:34:12:11:36:35 chrX 13681679 . G T 156.15 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00946738;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.771;QD=7.71101;RBI=0.0396511;REFB=0.0114199;REVB=-0.0385043;RO=59;SAF=9;SAR=13;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120945;STB=0.572815;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.0330504;OID=.;OPOS=13681679;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:59:59:22:22:0.271605:13:9:30:29:13:9:30:29 chrX 13681990 . C T 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0103163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.575;QD=15.1662;RBI=0.0107258;REFB=-0.00852496;REVB=-0.00293547;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783139;STB=0.544516;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0110295;OID=.;OPOS=13681990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:12:11:12:18:12:11:12:18 chrX 13682066 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0333398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.417;QD=15.7005;RBI=0.0333472;REFB=-0.0145152;REVB=-0.00070377;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0205074;OID=.;OPOS=13682066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:12:7:6:9:12:7 chrX 13682577 . G A 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0325163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.455;QD=17.3252;RBI=0.0348391;REFB=-0.00281243;REVB=-0.0125081;RO=25;SAF=17;SAR=3;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375864;STB=0.718778;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00713716;OID=.;OPOS=13682577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:3:17:14:11:3:17:14:11 chrX 13682715 . G A 107.94 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.020559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9901;QD=13.0836;RBI=0.0216811;REFB=0.0218194;REVB=-0.00688458;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193058;STB=0.612735;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0330622;OID=.;OPOS=13682715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:7:13:6:7:7:13 chrX 13683170 . G A 1001.39 PASS AF=0.378205;AO=119;DP=313;FAO=118;FDP=312;FR=.;FRO=194;FSAF=60;FSAR=58;FSRF=104;FSRR=90;FWDB=-0.0301327;FXX=0.00319479;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.889;QD=12.8384;RBI=0.0310974;REFB=-0.0162494;REVB=-0.00768587;RO=191;SAF=61;SAR=58;SRF=102;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234967;STB=0.517178;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0229945;OID=.;OPOS=13683170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:312:191:194:119:118:0.378205:58:61:102:89:58:60:104:90 chrX 13684432 . T A 1098.18 PASS AF=0.393846;AO=114;DP=329;FAO=128;FDP=325;FR=.,HEALED;FRO=197;FSAF=68;FSAR=60;FSRF=105;FSRR=92;FWDB=-0.0170242;FXX=0.0181263;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.28;QD=13.516;RBI=0.0263256;REFB=-0.018865;REVB=-0.0200802;RO=144;SAF=59;SAR=55;SRF=91;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115942;STB=0.501062;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0274584;OID=.;OPOS=13684432;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:329:325:144:197:114:128:0.393846:55:59:91:53:60:68:105:92 chrX 13758375 . G A 88.69 PASS AF=0.292683;AO=10;DP=39;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.012699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.479;QD=8.65296;RBI=0.0133726;REFB=-0.0162107;REVB=0.00419082;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765413;STB=0.535654;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0389022;OID=.;OPOS=13758375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:39:41:28:29:10:12:0.292683:7:3:10:18:8:4:11:18 chrX 15353615 . G A 462.19 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0268847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8204;QD=26.4107;RBI=0.0339062;REFB=-0.0689158;REVB=0.0206602;RO=26;SAF=20;SAR=24;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129247;STB=0.570261;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.032781;OID=.;OPOS=15353615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:24:20:7:19:24:20:7:19 chrX 15381314 . CT C,CA 37.47 PASS AF=0.140625,0.0234375;AO=13,10;DP=130;FAO=18,3;FDP=128;FR=.;FRO=107;FSAF=4,0;FSAR=14,3;FSRF=67;FSRR=40;FWDB=-0.0974443,-0.0208364;FXX=0.022899;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.1938,177.613;QD=1.17084;RBI=0.120797,0.0519426;REFB=-0.0793215,-0.00863136;REVB=-0.0713905,-0.0475802;RO=104;SAF=10,0;SAR=3,10;SRF=62;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.232693,-0.646437;STB=0.821162,0.997405;STBP=0.006,0.039;TYPE=del,snp;VARB=0.110748,0.106789;OID=.,.;OPOS=15381315,15381315;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.140625,0.0234375:13,10:130:18,3:128:107:4,0:14,3:67:40:18:104:10,0:3,10:62:42 chrX 15415583 . C T 591.51 PASS AF=0.354369;AO=73;DP=206;FAO=73;FDP=206;FR=.;FRO=133;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=83;FSRR=50;FWDB=0.00603412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4576;QD=11.4857;RBI=0.0676799;REFB=0.0084061;REVB=0.0674104;RO=132;SAF=31;SAR=42;SRF=83;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227794;STB=0.626668;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0120652;OID=.;OPOS=15415583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:132:133:73:73:0.354369:42:31:83:49:42:31:83:50 chrX 15800751 . G A 1012.37 PASS AF=0.502439;AO=103;DP=205;FAO=103;FDP=205;FR=.;FRO=102;FSAF=37;FSAR=66;FSRF=36;FSRR=66;FWDB=0.000659251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.839;QD=19.7535;RBI=0.013599;REFB=-0.0132924;REVB=0.013583;RO=99;SAF=37;SAR=66;SRF=35;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00552971;STB=0.503401;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0126781;OID=.;OPOS=15800751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:99:102:103:103:0.502439:66:37:35:64:66:37:36:66 chrX 15838366 . C T 508.48 PASS AF=0.392157;AO=59;DP=152;FAO=60;FDP=153;FR=.;FRO=93;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=37;FSRR=56;FWDB=-0.0162278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.39;QD=13.2937;RBI=0.0224313;REFB=-0.00436738;REVB=-0.0154862;RO=92;SAF=26;SAR=33;SRF=37;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423852;STB=0.522081;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00666331;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:92:93:59:60:0.392157:33:26:37:55:34:26:37:56 chrX 16859628 . G A 1896.42 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.885;QD=61.672;RBI=0.0320133;REFB=0;REVB=0.0115646;RO=0;SAF=92;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95785e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:31:92:0:0:31:92:0:0 chrX 17166219 . C T 1377.45 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.771;QD=62.6114;RBI=0.0301806;REFB=0;REVB=-0.0132909;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012822;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chrX 17705850 . C CT,T 2267.26 PASS AF=1,0;AO=139,9;DP=173;FAO=169,0;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=89,0;FSAR=80,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532497,0.0169934;FXX=0.0116952;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=21.4877,203.177;QD=53.663;RBI=0.0741375,0.0183911;REFB=-0.0292556,-0.0239253;REVB=-0.0515832,-0.00703245;RO=15;SAF=79,1;SAR=60,8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0185314,-0.608985;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00437437,0;OID=.,.;OPOS=17705851,17705850;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:169:15:0:139,9:169,0:1,0:60,8:79,1:10:5:80,0:89,0:0:0 chrX 17746244 . T C 1341.38 PASS AF=0.362187;AO=158;DP=434;FAO=159;FDP=439;FR=.;FRO=280;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=119;FSRR=161;FWDB=0.0173742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.88;QD=12.2222;RBI=0.0174107;REFB=-0.00786529;REVB=0.00112653;RO=276;SAF=79;SAR=79;SRF=118;SRR=158;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816379;STB=0.545853;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0173816;OID=.;OPOS=17746244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:439:276:280:158:159:0.362187:79:79:118:158:80:79:119:161 chrX 17772589 . C T 346.82 PASS AF=0.394231;AO=41;DP=104;FAO=41;FDP=104;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0183232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.375;QD=13.3393;RBI=0.018561;REFB=-0.0117877;REVB=0.00296131;RO=62;SAF=25;SAR=16;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399379;STB=0.526408;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.01916;OID=.;OPOS=17772589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:63:41:41:0.394231:16:25:40:22:16:25:41:22 chrX 17819376 . AT A,AC 61.74 PASS AF=0.142857,0.857143;AO=2,5;DP=7;FAO=1,6;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160048,0.128506;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.232,140.97;QD=35.2791;RBI=0.166531,0.142072;REFB=0,0;REVB=0.0460113,0.0605859;RO=0;SAF=1,2;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0409267,-0.00806037;OID=.,.;OPOS=17819377,17819377;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.142857,0.857143:2,5:7:1,6:7:0:0,3:1,3:0:0:6:0:1,2:1,3:0:0 chrX 18230715 . A C 238.89 PASS AF=0.388889;AO=27;DP=71;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00905135;FXX=0.0399947;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.799;QD=13.2718;RBI=0.0177526;REFB=-0.0115486;REVB=-0.0152718;RO=42;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555741;STB=0.533874;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.019706;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:44:27:28:0.388889:9:18:26:16:10:18:26:18 chrX 19041592 . C T 1043.9 PASS AF=0.537634;AO=99;DP=186;FAO=100;FDP=186;FR=.;FRO=86;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00900716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.818;QD=22.4495;RBI=0.0115897;REFB=-0.0173091;REVB=0.00729322;RO=86;SAF=40;SAR=59;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102911;STB=0.557975;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0137093;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:86:86:99:100:0.537634:59:40:45:41:60:40:45:41 chrX 19375782 . A C 317.78 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=50;FSRR=36;FWDB=-0.0240939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.129;QD=10.0089;RBI=0.0296569;REFB=-0.0121216;REVB=-0.017292;RO=85;SAF=19;SAR=22;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144547;STB=0.579351;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0263241;OID=.;OPOS=19375782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:85:86:41:41:0.322835:22:19:50:35:22:19:50:36 chrX 19482476 . C T 664.21 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4706;QD=61.7869;RBI=0.143655;REFB=0;REVB=0.0152774;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153748;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chrX 20470345 . C T 1290.89 PASS AF=0.950495;AO=89;DP=95;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0187802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2566;QD=51.1245;RBI=0.0238499;REFB=-0.195112;REVB=-0.0147012;RO=3;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113411;STB=0.504437;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00604966;OID=.;OPOS=20470345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:101:3:5:89:96:0.950495:43:46:1:2:47:49:3:2 chrX 21508666 . A G 222.78 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00380601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9886;QD=18.9603;RBI=0.00949205;REFB=-0.0175522;REVB=-0.00869559;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172845;STB=0.597614;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0274745;OID=.;OPOS=21508666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:9:16:10:12:9:16 chrX 21861434 . A G 886.97 PASS AF=0.403292;AO=98;DP=244;FAO=98;FDP=243;FR=.;FRO=145;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=57;FSRR=88;FWDB=0.00611958;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.58;QD=14.6003;RBI=0.006245;REFB=0.000739388;REVB=0.0012453;RO=143;SAF=37;SAR=61;SRF=57;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235562;STB=0.509823;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00145877;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:143:145:98:98:0.403292:61:37:57:86:61:37:57:88 chrX 21876112 . A G 136.66 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0551525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6624;QD=10.9327;RBI=0.0562674;REFB=0.00267956;REVB=-0.0111459;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137893;STB=0.581988;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00386471;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:9:7:19:15:9:7:19:15 chrX 21876221 . A G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0480287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7095;QD=4.28881;RBI=0.0557598;REFB=0.00286449;REVB=0.0283266;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086052;STB=0.558655;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0114522;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:16:16:4:3:16:16 chrX 22025268 . C A 672.22 PASS AF=0.464516;AO=71;DP=154;FAO=72;FDP=155;FR=.;FRO=83;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=-0.00205951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.565;QD=17.3477;RBI=0.043032;REFB=-0.0132028;REVB=-0.0429827;RO=82;SAF=51;SAR=20;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687748;STB=0.545831;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0151923;OID=.;OPOS=22025268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:82:83:71:72:0.464516:20:51:54:28:20:52:54:29 chrX 23398214 . T C 131.28 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00424475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2668;QD=8.90064;RBI=0.0153831;REFB=-0.000763776;REVB=-0.0147859;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710869;STB=0.542326;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00128242;OID=.;OPOS=23398214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:9:9:23:18:9:9:23:18 chrX 23858452 . G A 1255.6 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0859879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9731;QD=59.0871;RBI=0.0989107;REFB=-0.0287746;REVB=-0.0488815;RO=2;SAF=43;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215174;STB=0.511361;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00353958;OID=.;OPOS=23858452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:85:2:2:83:83:0.976471:40:43:2:0:40:43:2:0 chrX 23925834 . A T 1208.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.06;QD=61.211;RBI=0.0430437;REFB=0;REVB=0.00928956;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014989;OID=.;OPOS=23925834;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chrX 24232095 . C T 677.79 PASS AF=0.43787;AO=74;DP=170;FAO=74;FDP=169;FR=.;FRO=95;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.00138363;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.919;QD=16.0423;RBI=0.0036294;REFB=-0.0217477;REVB=-0.00335531;RO=94;SAF=39;SAR=35;SRF=57;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804238;STB=0.541313;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0293155;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:169:94:95:74:74:0.43787:35:39:57:37:35:39:57:38 chrX 24232160 . G A 552.84 PASS AF=0.504348;AO=57;DP=115;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0779493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1034;QD=19.229;RBI=0.0801924;REFB=-0.0161166;REVB=-0.0188343;RO=58;SAF=35;SAR=22;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265784;STB=0.503596;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0321068;OID=.;OPOS=24232160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:57:57:58:0.504348:22:35:34:24:23:35:34:23 chrX 24381387 . G C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.000104812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.72;QD=22.1434;RBI=0.0327537;REFB=-0.00817943;REVB=-0.0327536;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00648642;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:8:5:8:9:8:5 chrX 24383061 . C T 203.15 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0242241;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.728;QD=14.0102;RBI=0.0246776;REFB=0.00933576;REVB=0.00470896;RO=33;SAF=17;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241389;STB=0.631464;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.0102179;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:33:34:24:24:0.413793:7:17:16:17:7:17:17:17 chrX 24383096 . C G 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0351087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.519;QD=13.0146;RBI=0.0353136;REFB=-0.0135863;REVB=0.00379835;RO=32;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332173;STB=0.519212;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0193809;OID=.;OPOS=24383096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:10:10:17:15:10:10:17:15 chrX 24576191 . T C 292.17 PASS AF=0.58;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0046719;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0409;QD=23.3733;RBI=0.0100523;REFB=-0.00180854;REVB=-0.00890063;RO=21;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155694;STB=0.576871;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00229606;OID=.;OPOS=24576191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:21:28:29:0.58:15:13:14:7:15:14:14:7 chrX 24578803 . C T 466.24 PASS AF=0.489362;AO=44;DP=92;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0208457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0029;QD=19.84;RBI=0.0329245;REFB=0.00769167;REVB=-0.0254849;RO=48;SAF=16;SAR=28;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132247;STB=0.568869;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.00755273;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:48:48:44:46:0.489362:28:16:24:24:29:17:24:24 chrX 24751958 . T C 1982.68 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000192272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.637;QD=61.4786;RBI=0.0450978;REFB=0;REVB=0.0450974;RO=0;SAF=47;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.20685e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1239e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:119:129:0:0:119:129:1:72:47:0:0:82:47:0:0 chrX 26157220 . C T 474.02 PASS AF=0.385714;AO=53;DP=139;FAO=54;FDP=140;FR=.;FRO=86;FSAF=41;FSAR=13;FSRF=65;FSRR=21;FWDB=-0.0146934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.537;QD=13.5433;RBI=0.0165456;REFB=-0.0135017;REVB=-0.00760645;RO=86;SAF=40;SAR=13;SRF=65;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00161739;STB=0.502885;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0242783;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:86:86:53:54:0.385714:13:40:65:21:13:41:65:21 chrX 26157792 . C T 149.16 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.029708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.997;QD=9.62333;RBI=0.0421043;REFB=-0.0120165;REVB=-0.0298364;RO=42;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0196083;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:10:10:21:21:10:10:21:21 chrX 26213219 . T C 139.04 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00192851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5351;QD=12.0902;RBI=0.0201106;REFB=-0.00518759;REVB=0.0200179;RO=30;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875898;STB=0.578221;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00623751;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:15:16:0.347826:10:5:8:22:10:6:8:22 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 135.74 PASS AF=0,0.34;AO=2,13;DP=54;FAO=0,17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00728353,-0.0138982;FXX=0.0384541;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=159.611,211.644;QD=10.8593;RBI=0.0132576,0.0146515;REFB=-0.0142016,-0.0127207;REVB=0.0110776,0.00463766;RO=35;SAF=2,6;SAR=0,7;SRF=15;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468453,0.0395404;STB=0.5,0.508465;STBP=1,0.953;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0230146;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:50:35:33:2,13:0,17:0,0.34:0,7:2,6:15:20:0,10:0,7:14:19 chrX 26808285 . T G 3315.3 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=215;FDP=215;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552501;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.325;QD=61.6801;RBI=0.0452284;REFB=-0.0658236;REVB=0.0448897;RO=0;SAF=123;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010707;OID=.;OPOS=26808285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:215:0:0:211:215:1:88:123:0:0:90:125:0:0 chrX 27766045 . A G 410.17 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=62;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0151686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.295;QD=26.4625;RBI=0.0185288;REFB=-0.0314387;REVB=-0.010641;RO=23;SAF=14;SAR=25;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115567;STB=0.563225;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0169973;OID=.;OPOS=27766045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:23:39:39:0.629032:25:14:12:11:25:14:12:11 chrX 27766776 . G A 369.32 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.00892253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.932;QD=30.1482;RBI=0.0616472;REFB=-0.0475416;REVB=0.060998;RO=18;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2234;STB=0.622464;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0361519;OID=.;OPOS=27766776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:19:12:13:5:19:12:13:5 chrX 27839572 . T C 788.3 PASS AF=0.559701;AO=75;DP=134;FAO=75;FDP=134;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.00826452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.9558;QD=23.5312;RBI=0.0245399;REFB=0.00368672;REVB=-0.0231064;RO=56;SAF=39;SAR=36;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296953;STB=0.519995;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=-0.00386332;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:56:59:75:75:0.559701:36:39:27:29:36:39:28:31 chrX 27839617 . G A 632.64 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.000230899;FXX=0.00812942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.974;QD=20.7422;RBI=0.0172637;REFB=-0.0254187;REVB=-0.0172622;RO=59;SAF=33;SAR=30;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13215;STB=0.572627;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0236312;OID=.;OPOS=27839617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:30:33:22:37:30:33:22:37 chrX 30236878 . G A 3919.71 PASS AF=0.991968;AO=247;DP=249;FAO=247;FDP=249;FR=.;FRO=2;FSAF=134;FSAR=113;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-7.70214e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1041;QD=62.9672;RBI=0.00600468;REFB=0.15693;REVB=0.00600419;RO=2;SAF=134;SAR=113;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00706072;STB=0.503703;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00269501;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:249:249:2:2:247:247:0.991968:113:134:2:0:113:134:2:0 chrX 30254361 . G A 713.75 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214224;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4167;QD=57.1001;RBI=0.0216764;REFB=0;REVB=-0.0033088;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156513;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:36:14:0:0:36:14:0:0 chrX 30254376 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.666;QD=61.3352;RBI=0.0284116;REFB=0;REVB=0.020306;RO=0;SAF=5;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118605;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:35:5:0:0:35:5:0:0 chrX 30254530 . A G 340.58 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3248;QD=54.4928;RBI=0.00895992;REFB=0;REVB=-0.00886269;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189547;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chrX 30255519 . GC G,GT 1766.99 PASS AF=0.0840336,0.915966;AO=15,101;DP=120;FAO=10,109;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=0,52;FSAR=10,57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170857,0.0196451;FXX=0.00833264;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.642,191.062;QD=59.3945;RBI=0.0327842,0.0383658;REFB=0,0;REVB=0.02798,0.0329546;RO=0;SAF=6,45;SAR=9,56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.15371e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0112236,0.000357406;OID=.,.;OPOS=30255520,30255520;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0840336,0.915966:15,101:120:10,109:119:0:0,52:10,57:0:0:22:0:6,45:9,56:0:0 chrX 30261002 . A G 882.5 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.39;QD=56.9353;RBI=0.0457318;REFB=0;REVB=0.0394209;RO=0;SAF=20;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102921;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:41:20:0:0:41:21:0:0 chrX 30261158 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.163;QD=43.486;RBI=0.0280334;REFB=0;REVB=0.0176147;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307542;OID=.;OPOS=30261158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chrX 30269887 . T A 2124.53 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00720498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.679;QD=62.03;RBI=0.0176634;REFB=-0.0444215;REVB=0.0161271;RO=1;SAF=63;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646797;STB=0.503401;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.48201e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:137:137:1:1:136:136:0.992701:73:63:0:1:73:63:0:1 chrX 30323916 . T G 656.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7309;QD=59.6996;RBI=0.0515084;REFB=-0.0301339;REVB=0.0492007;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.510199;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00616093;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:24:19:0:1:24:19:0:1 chrX 30326983 . C T 323.37 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00293618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2174;QD=53.8957;RBI=0.0901321;REFB=0;REVB=0.0900842;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159558;OID=.;OPOS=30326983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:5:19:0:0:5:19:0:0 chrX 30577846 . A C 945.09 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.018135;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.21;QD=57.2781;RBI=0.0452273;REFB=-0.0933665;REVB=0.0414322;RO=1;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011663;STB=0.506022;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0010354;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:40:24:0:1:41:24:0:1 chrX 30715827 . C T 1538.39 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.654;QD=59.1689;RBI=0.055951;REFB=0;REVB=0.0550614;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01916e-05;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:100:104:1:40:60:0:0:42:62:0:0 chrX 30848956 . G C 124.9 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0195314;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.292;QD=16.6534;RBI=0.0201607;REFB=-0.0148887;REVB=-0.00499789;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178685;STB=0.510294;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0109108;OID=.;OPOS=30848956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:10:6:5:9:10:6 chrX 30849176 . G A 888.36 PASS AF=0.56129;AO=84;DP=155;FAO=87;FDP=155;FR=.;FRO=68;FSAF=32;FSAR=55;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.0334126;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.063;QD=22.9255;RBI=0.0340393;REFB=-0.0230869;REVB=-0.00650209;RO=66;SAF=32;SAR=52;SRF=26;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110715;STB=0.50683;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0197674;OID=.;OPOS=30849176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:66:68:84:87:0.56129:52:32:26:40:55:32:26:42 chrX 30872602 . A G 1396.37 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00161018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.821;QD=62.758;RBI=0.0163146;REFB=0;REVB=0.0162349;RO=0;SAF=48;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.64618e-05;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:41:48:0:0:41:48:0:0 chrX 31089777 . G A 92.6 PASS AF=0.13986;AO=19;DP=142;FAO=20;FDP=143;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=73;FSRR=50;FWDB=-0.0223914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.442;QD=2.5903;RBI=0.0253416;REFB=-0.0135385;REVB=-0.0118668;RO=122;SAF=13;SAR=6;SRF=73;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115985;STB=0.551697;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0648926;OID=.;OPOS=31089777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:142:143:122:123:19:20:0.13986:6:13:73:49:7:13:73:50 chrX 31089930 . C T 326.38 PASS AF=0.297297;AO=43;DP=152;FAO=44;FDP=148;FR=.;FRO=104;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=60;FWDB=0.015648;FXX=0.0326776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4342;QD=8.82111;RBI=0.0183517;REFB=-0.00153481;REVB=0.00958773;RO=104;SAF=18;SAR=25;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00552848;STB=0.506267;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00444489;OID=.;OPOS=31089930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:148:104:104:43:44:0.297297:25:18:44:60:25:19:44:60 chrX 31139563 . G A 110.8 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=-0.0400622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7794;QD=6.3316;RBI=0.0463334;REFB=-0.0312179;REVB=-0.0232766;RO=52;SAF=15;SAR=2;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487536;STB=0.806028;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.106493;OID=.;OPOS=31139563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:52:53:17:17:0.242857:2:15:29:23:2:15:30:23 chrX 31496350 . C T 317.61 PASS AF=0.371134;AO=36;DP=97;FAO=36;FDP=97;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0164767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.896;QD=13.0972;RBI=0.0191717;REFB=-0.0139915;REVB=-0.0098017;RO=60;SAF=15;SAR=21;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738211;STB=0.537501;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0235358;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:60:61:36:36:0.371134:21:15:29:31:21:15:29:32 chrX 31496426 . T C 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0108407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.634;QD=13.8305;RBI=0.0236586;REFB=-0.0200329;REVB=-0.0210288;RO=39;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711052;STB=0.540605;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0204342;OID=.;OPOS=31496426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:17:10:17:22:17:10:17:22 chrX 31496431 . T A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00999455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4828;QD=14.1187;RBI=0.0131407;REFB=-0.0137854;REVB=0.00853156;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824933;STB=0.547044;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0216962;OID=.;OPOS=31496431;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:17:10:17:21:17:10:17:21 chrX 31893307 . T G 111.25 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0200768;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.024;QD=6.35702;RBI=0.0330826;REFB=-0.00485431;REVB=-0.0262942;RO=52;SAF=11;SAR=6;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183287;STB=0.620369;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0197435;OID=.;OPOS=31893307;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:52:53:17:17:0.242857:6:11:26:26:6:11:26:27 chrX 32503194 . T C 274.31 PASS AF=0.516667;AO=25;DP=63;FAO=31;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0121413;FXX=0.0476115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.158;QD=18.2872;RBI=0.0241235;REFB=-0.0774924;REVB=0.0208455;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00777152;STB=0.509304;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0586742;OID=.;OPOS=32503194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:23:28:25:31:0.516667:10:15:14:9:15:16:15:13 chrX 32591931 . T C 37.21 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0145975;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.726;QD=6.76476;RBI=0.0226536;REFB=-0.00845633;REVB=-0.0173234;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225245;STB=0.666111;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0210723;OID=.;OPOS=32591931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:17:16:6:6:0.272727:4:2:9:8:4:2:9:7 chrX 34648280 . G A 236.09 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00451662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2446;QD=19.2725;RBI=0.0186541;REFB=-0.00660148;REVB=0.0180991;RO=25;SAF=6;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151649;STB=0.578651;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00835854;OID=.;OPOS=34648280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:17:6:10:15:17:6:10:16 chrX 34674970 . C G 700.35 PASS AF=0.507353;AO=69;DP=136;FAO=69;FDP=136;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=18;FWDB=0.00583226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.92;QD=20.5984;RBI=0.0212896;REFB=-0.00175132;REVB=-0.0204752;RO=67;SAF=30;SAR=39;SRF=49;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260926;STB=0.643041;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00293147;OID=.;OPOS=34674970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:67:67:69:69:0.507353:39:30:49:18:39:30:49:18 chrX 34962909 . A C 344.67 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103157;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9754;QD=55.1477;RBI=0.104662;REFB=0;REVB=0.0176883;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206554;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chrX 35820265 . C T 447.99 PASS AF=0.371429;AO=52;DP=140;FAO=52;FDP=140;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0204645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.542;QD=12.7998;RBI=0.0204909;REFB=-0.0126614;REVB=0.00103982;RO=88;SAF=22;SAR=30;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981144;STB=0.555841;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0217868;OID=.;OPOS=35820265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:88:88:52:52:0.371429:30:22:45:43:30:22:45:43 chrX 35820425 . C T 184.68 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.016146;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1735;QD=9.98279;RBI=0.0322592;REFB=-0.013112;REVB=0.0279279;RO=52;SAF=5;SAR=19;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27422;STB=0.672865;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0322924;OID=.;OPOS=35820425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:52:50:24:24:0.324324:19:5:21:31:19:5:21:29 chrX 35820696 . G A 53.67 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0082938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.687;QD=7.9512;RBI=0.0130145;REFB=-0.0180331;REVB=0.0100294;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157867;STB=0.599733;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0403982;OID=.;OPOS=35820696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:12:7:2:6:12:7 chrX 35820795 . A G 488.14 PASS AF=0.407186;AO=55;DP=154;FAO=68;FDP=167;FR=.;FRO=99;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=58;FWDB=0.00596041;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.37;QD=11.692;RBI=0.0548235;REFB=-0.00458498;REVB=0.0544985;RO=93;SAF=39;SAR=16;SRF=37;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34746;STB=0.602633;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00914766;OID=.;OPOS=35820795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:167:93:99:55:68:0.407186:16:39:37:56:28:40:41:58 chrX 35821055 . AT GA 143.34 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.0586842;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=156.578;QD=9.88536;RBI=0.0587691;REFB=-0.0127074;REVB=-0.0031569;RO=38;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125813;STB=0.561607;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=0.0304228;OID=.;OPOS=35821055;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:39:19:19:0.327586:11:8:12:26:11:8:13:26 chrX 35821127 . C T 95.65 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.036691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.374;QD=11.5937;RBI=0.0368237;REFB=-0.0137362;REVB=-0.00312395;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149667;STB=0.588097;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0246225;OID=.;OPOS=35821127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:6:15:7:5:6:15 chrX 35821302 . C G 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.051096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.652;QD=16.727;RBI=0.0516098;REFB=-0.0228035;REVB=0.00726413;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117301;STB=0.56685;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.030329;OID=.;OPOS=35821302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:5:14:10:6:5:14 chrX 35821308 . C T 161.67 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0230567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4325;QD=19.0201;RBI=0.0953146;REFB=-0.00798984;REVB=0.0924838;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079858;STB=0.532781;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0100283;OID=.;OPOS=35821308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:17:17:16:17:0.5:10:6:5:12:11:6:5:12 chrX 35821464 . A G 178.17 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00420169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.314;QD=14.8472;RBI=0.025135;REFB=-0.0129619;REVB=-0.0247813;RO=28;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882419;STB=0.542951;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0516852;OID=.;OPOS=35821464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:13:6:11:17:13:6:11:18 chrX 35821558 . G A 57.79 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0347318;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.476;QD=9.63147;RBI=0.0359486;REFB=-0.00945861;REVB=-0.00927362;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.552494;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0178513;OID=.;OPOS=35821558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:25:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:5:10:6:2:5:11 chrX 35821763 . G A 55.55 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=41;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0344614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0517;QD=5.29018;RBI=0.0365119;REFB=0.0004127;REVB=0.0120636;RO=33;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197392;STB=0.551606;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=1.1555e-05;OID=.;OPOS=35821763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:41:42:33:33:8:9:0.214286:6:2:13:20:6:3:13:20 chrX 35821789 . T G 65.2 PASS AF=0.25;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00147897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.308;QD=6.52008;RBI=0.0017788;REFB=-0.0087988;REVB=-0.000988319;RO=30;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247433;STB=0.58316;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0487675;OID=.;OPOS=35821789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:40:40:30:30:9:10:0.25:7:2:12:18:7:3:12:18 chrX 35938045 . C T 1079.45 PASS AF=0.529703;AO=104;DP=197;FAO=107;FDP=202;FR=.;FRO=95;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=39;FWDB=0.0170957;FXX=0.00980344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5715;QD=21.3752;RBI=0.0448094;REFB=-0.0188594;REVB=0.04142;RO=93;SAF=47;SAR=57;SRF=57;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138293;STB=0.570466;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0175635;OID=.;OPOS=35938045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:202:93:95:104:107:0.529703:57:47:57:36:60:47:56:39 chrX 35969297 . G A 447.14 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0941021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2846;QD=18.4385;RBI=0.094104;REFB=-0.00951824;REVB=0.000600617;RO=51;SAF=20;SAR=25;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128597;STB=0.564678;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0140705;OID=.;OPOS=35969297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:25:20:16:35:25:20:17:35 chrX 35988996 . T C 801.14 PASS AF=0.515924;AO=81;DP=156;FAO=81;FDP=157;FR=.;FRO=76;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=0.00476486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.261;QD=20.4112;RBI=0.00505797;REFB=-0.0361031;REVB=0.00169681;RO=69;SAF=41;SAR=40;SRF=22;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157563;STB=0.566567;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0226438;OID=.;OPOS=35988996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:69:76:81:81:0.515924:40:41:22:47:40:41:28:48 chrX 35993454 . C T 325.13 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=85;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0518894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9043;QD=14.9483;RBI=0.0518943;REFB=-0.0308779;REVB=0.000710516;RO=50;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814524;STB=0.543057;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0212233;OID=.;OPOS=35993454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:50:51:35:36:0.413793:19:16:19:31:20:16:19:32 chrX 36007614 . T G 646.43 PASS AF=0.533333;AO=64;DP=120;FAO=64;FDP=120;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0127478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2946;QD=21.5476;RBI=0.0490307;REFB=-0.0431824;REVB=0.0473446;RO=54;SAF=22;SAR=42;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576381;STB=0.524992;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0359078;OID=.;OPOS=36007614;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:54:56:64:64:0.533333:42:22:22:32:42:22:22:34 chrX 36057261 . A G 510.65 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0139885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.502;QD=18.4018;RBI=0.0140893;REFB=-0.0164003;REVB=-0.00168196;RO=56;SAF=29;SAR=25;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485178;STB=0.530828;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0195822;OID=.;OPOS=36057261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:57:54:54:0.486486:25:29:33:23:25:29:34:23 chrX 37518806 . C T 887.81 PASS AF=0.54717;AO=86;DP=158;FAO=87;FDP=159;FR=.;FRO=72;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=38;FSRR=34;FWDB=-0.0470198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7375;QD=22.3347;RBI=0.0477419;REFB=-0.0117727;REVB=-0.00827193;RO=70;SAF=46;SAR=40;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169882;STB=0.505669;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0116043;OID=.;OPOS=37518806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:70:72:86:87:0.54717:40:46:36:34:40:47:38:34 chrX 37527659 . T C 891.38 PASS AF=0.583942;AO=61;DP=137;FAO=80;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.0459258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.793;QD=26.0256;RBI=0.0570209;REFB=-0.0466264;REVB=0.0337965;RO=55;SAF=20;SAR=41;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211561;STB=0.528632;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0348696;OID=.;OPOS=37527659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:55:57:61:80:0.583942:41:20:31:24:42:38:31:26 chrX 37932882 . A T 680.54 PASS AF=0.609524;AO=62;DP=103;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00319386;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.352;QD=25.9252;RBI=0.00684621;REFB=-0.0132885;REVB=0.00605557;RO=41;SAF=39;SAR=23;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107166;STB=0.548776;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0088535;OID=.;OPOS=37932882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:41:41:62:64:0.609524:23:39:20:21:25:39:20:21 chrX 38144822 . C T 306.89 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00193763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6462;QD=18.0521;RBI=0.0539336;REFB=-0.0326662;REVB=-0.0538988;RO=35;SAF=22;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225331;STB=0.626184;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0318157;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:11:22:15:20:11:22:15:20 chrX 38144856 . G A 301.44 PASS AF=0.507692;AO=21;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0247072;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.751;QD=18.5503;RBI=0.0247689;REFB=-0.0102119;REVB=-0.00174734;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925042;STB=0.631498;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00420217;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:32:21:33:0.507692:10:11:13:17:11:22:13:19 chrX 38158323 . G A 910.12 PASS AF=0.564626;AO=82;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00259915;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.136;QD=24.7653;RBI=0.0207562;REFB=-0.0152094;REVB=0.0205928;RO=60;SAF=46;SAR=36;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217142;STB=0.522303;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00952305;OID=.;OPOS=38158323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:60:64:82:83:0.564626:36:46:32:28:36:47:33:31 chrX 38422214 . T A 59.45 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=30;FWDB=-0.0023452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.3441;QD=5.66154;RBI=0.00237584;REFB=0.00578111;REVB=0.000380326;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460917;STB=0.542768;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00616087;OID=.;OPOS=38422214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:40:42:31:33:9:9:0.214286:8:1:3:28:8:1:3:30 chrX 38425551 . C T 251.65 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00115613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9196;QD=12.4273;RBI=0.0074386;REFB=-0.00816005;REVB=0.00734821;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797293;STB=0.55169;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0114115;OID=.;OPOS=38425551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:51:30:30:0.37037:14:16:23:27:14:16:23:28 chrX 38482304 . G A 367.34 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0381924;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.095;QD=18.8378;RBI=0.0382186;REFB=-0.00204895;REVB=-0.0014144;RO=39;SAF=13;SAR=24;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076742;STB=0.504482;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.002148;OID=.;OPOS=38482304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:39:40:37:38:0.487179:24:13:14:25:25:13:14:26 chrX 38547862 . G A 330.11 PASS AF=0.330709;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=127;FR=.;FRO=85;FSAF=3;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=53;FWDB=-0.0177387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.858;QD=10.397;RBI=0.0383551;REFB=-0.00458905;REVB=-0.0340066;RO=83;SAF=3;SAR=39;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557984;STB=0.831605;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0249697;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:83:85:42:42:0.330709:39:3:32:51:39:3:32:53 chrX 39914742 . G A 266.64 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0464545;FXX=0.0769112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.063;QD=17.7757;RBI=0.0480326;REFB=-0.0015608;REVB=0.0122111;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27096;STB=0.660264;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000430766;OID=.;OPOS=39914742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:60:30:31:29:29:0.483333:20:9:18:12:20:9:19:12 chrX 39932907 . T C 84.38 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0581964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5096;QD=22.5009;RBI=0.0609623;REFB=0.00236187;REVB=0.0181544;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.017257;OID=.;OPOS=39932907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:8:10:0.666667:4:4:3:2:4:6:3:2 chrX 39933339 . A G 242.97 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0104309;FXX=0.063482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.749;QD=16.4722;RBI=0.0104334;REFB=-0.000283942;REVB=-0.000229025;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138954;STB=0.605519;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.000225097;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:29:32:27:27:0.457627:10:17:14:15:10:17:14:18 chrX 40541136 . T C 788.96 PASS AF=0.513514;AO=75;DP=148;FAO=76;FDP=148;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.0328638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7036;QD=21.3233;RBI=0.0373649;REFB=-0.00339853;REVB=0.0177793;RO=70;SAF=39;SAR=36;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00754685;STB=0.506057;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00398746;OID=.;OPOS=40541136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:70:72:75:76:0.513514:36:39:37:33:36:40:37:35 chrX 40573157 . G A 513.36 PASS AF=0.427481;AO=56;DP=132;FAO=56;FDP=131;FR=.;FRO=75;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=-0.0149724;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9484;QD=15.6751;RBI=0.0229932;REFB=-0.00569439;REVB=-0.0174504;RO=74;SAF=25;SAR=31;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133752;STB=0.503994;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00777269;OID=.;OPOS=40573157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:74:75:56:56:0.427481:31:25:34:40:31:25:34:41 chrX 41556195 . A T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.282;QD=55.5205;RBI=0.0405306;REFB=-0.150343;REVB=0.0175041;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000725272;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:1:0:14:19:1:0 chrX 41587218 . T C 2740.97 PASS AF=1;AO=173;DP=177;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203894;FXX=0.0276228;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.243;QD=62.2947;RBI=0.0520446;REFB=0;REVB=0.0478844;RO=0;SAF=84;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49581e-05;OID=.;OPOS=41587218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:176:0:0:173:176:1:89:84:0:0:91:85:0:0 chrX 41587569 . C G 1083.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124658;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8256;QD=60.2113;RBI=0.0553817;REFB=0;REVB=0.0539605;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176522;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:72:72:1:31:41:0:0:31:41:0:0 chrX 41588169 . T C 2027.99 PASS AF=1;AO=129;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.819;QD=62.3998;RBI=0.0655947;REFB=0;REVB=0.0650498;RO=0;SAF=62;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76028e-05;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:130:0:0:129:130:1:67:62:0:0:68:62:0:0 chrX 42033560 . A G 190.89 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00666084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7942;QD=11.5693;RBI=0.0371533;REFB=0.00515583;REVB=0.0365514;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577603;STB=0.523541;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=-0.00876054;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:10:14:26:15:10:14:26:16 chrX 43591036 . G T 1881.02 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468063;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.509;QD=61.6727;RBI=0.0468315;REFB=0;REVB=0.00153753;RO=0;SAF=58;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.3636e-05;OID=.;OPOS=43591036;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:64:58:0:0:64:58:0:0 chrX 43603391 . T C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.013;QD=56.9991;RBI=0.0292865;REFB=0;REVB=0.0253709;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17771e-05;OID=.;OPOS=43603391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chrX 44202890 . G GC 1807.1 PASS AF=1;AO=146;DP=171;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551473;FXX=0.0722848;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.3434;QD=46.9377;RBI=0.0556681;REFB=0;REVB=0.00759735;RO=21;SAF=40;SAR=106;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00104105;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:146:171:154:154:0:42:112:0:0:33:21:40:106:7:14 chrX 44632077 . A G 205.86 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00182167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.875;QD=19.1498;RBI=0.0204287;REFB=-0.0263231;REVB=-0.0203474;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0516742;OID=.;OPOS=44632077;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:10:11:10:11:10:11:10:12 chrX 44929077 . C A 342.89 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0111289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.442;QD=21.4304;RBI=0.0116409;REFB=-0.023845;REVB=0.00341451;RO=29;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359198;STB=0.519844;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0189575;OID=.;OPOS=44929077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:19:16:12:17:19:16:12:17 chrX 45051111 . C T 313.67 PASS AF=0.315789;AO=38;DP=131;FAO=42;FDP=133;FR=.;FRO=91;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=55;FSRR=36;FWDB=0.0022713;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.308;QD=9.4336;RBI=0.0185768;REFB=-0.0107231;REVB=0.0184374;RO=91;SAF=15;SAR=23;SRF=54;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235623;STB=0.650388;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.021288;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:91:91:38:42:0.315789:23:15:54:37:26:16:55:36 chrX 46472826 . G A 849.44 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0107535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.827;QD=50.7131;RBI=0.0222676;REFB=-0.101408;REVB=0.0194989;RO=4;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471465;STB=0.530854;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00103025;OID=.;OPOS=46472826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:67:67:4:5:62:62:0.925373:38:24:0:4:38:24:0:5 chrX 46618321 . C G 1936.29 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=128;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.115195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1959;QD=60.5091;RBI=0.116411;REFB=-0.0322958;REVB=-0.0167816;RO=1;SAF=57;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0069365;STB=0.503597;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00226172;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:128:128:1:1:125:127:0.992188:68:57:0:1:69:58:0:1 chrX 46740032 . G A 1556.52 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.022075;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.233;QD=62.8898;RBI=0.0264671;REFB=-0.0300293;REVB=-0.0146013;RO=1;SAF=36;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012992;STB=0.506848;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.000613159;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:1:1:98:98:0.989899:62:36:1:0:62:36:1:0 chrX 46920599 . C A 1231.62 PASS AF=0.94382;AO=83;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0032997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.47;QD=55.3539;RBI=0.007445;REFB=-0.0693214;REVB=0.00667383;RO=5;SAF=31;SAR=52;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00303911;STB=0.501134;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00023462;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:83:84:0.94382:52:31:2:3:52:32:2:3 chrX 46946966 . T C 461.19 PASS AF=0.485714;AO=46;DP=103;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0102304;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.388;QD=17.569;RBI=0.0214231;REFB=-0.0176892;REVB=0.0188226;RO=57;SAF=21;SAR=25;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000379933;STB=0.505616;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0202629;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:57:54:46:51:0.485714:25:21:26:31:27:24:26:28 chrX 47057647 . A G 868.21 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.993;QD=57.8809;RBI=0.0335439;REFB=0;REVB=0.0261074;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128417;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chrX 47062534 . G A 1779.62 PASS AF=0.991597;AO=116;DP=119;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00676299;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.538;QD=59.8191;RBI=0.121407;REFB=-0.0354823;REVB=0.121219;RO=1;SAF=68;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979084;STB=0.50495;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00101847;OID=.;OPOS=47062534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:119:1:1:116:118:0.991597:48:68:0:1:50:68:0:1 chrX 47064944 . A G 105.34 PASS AF=0.208791;AO=18;DP=91;FAO=19;FDP=91;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=-0.056075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.5708;QD=4.63011;RBI=0.0594601;REFB=-0.00903672;REVB=-0.0197762;RO=71;SAF=0;SAR=18;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.774618;STB=0.941119;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.094208;OID=.;OPOS=47064944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:72:18:19:0.208791:18:0:41:30:18:1:42:30 chrX 47101922 . G C,GC 50.45 PASS AF=0,0.242424;AO=3,4;DP=34;FAO=0,8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0492086,0.0440946;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=47.6433,37.7353;QD=6.11568;RBI=0.0825496,0.0606909;REFB=-0.0436685,-0.0947669;REVB=0.0662793,0.0417019;RO=27;SAF=3,3;SAR=0,1;SRF=6;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.699993,0.553542;STB=0.5,0.932563;STBP=1,0.051;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.11886;OID=.,.;OPOS=47101922,47101923;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:34:33:27:25:3,4:0,8:0,0.242424:0,1:3,3:6:21:0,1:0,7:4:21 chrX 47103958 . GC CG,GCG 70.28 PASS AF=0.0235294,0.2;AO=4,15;DP=88;FAO=2,17;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=1,13;FSAR=1,4;FSRF=9;FSRR=57;FWDB=0.0170837,0.0133297;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=2,1;MLLD=31.2158,23.0687;QD=3.30732;RBI=0.0410222,0.037685;REFB=-0.00999952,-0.00941662;REVB=-0.0372957,-0.0352488;RO=67;SAF=2,12;SAR=2,3;SRF=11;SRR=56;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.395324,0.689228;STB=0.851175,0.89982;STBP=0.736,0.006;TYPE=mnp,ins;VARB=0.134545,0.130831;OID=.,.;OPOS=47103958,47103960;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:88:85:67:66:4,15:2,17:0.0235294,0.2:2,3:2,12:11:56:1,4:1,13:9:57 chrX 47445940 . C T 1460.68 PASS AF=0.936937;AO=102;DP=109;FAO=104;FDP=111;FR=.;FRO=7;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0652478;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.8702;QD=52.637;RBI=0.0721254;REFB=-0.216668;REVB=0.0307376;RO=7;SAF=61;SAR=41;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329957;STB=0.517697;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0135826;OID=.;OPOS=47445940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:109:111:7:7:102:104:0.936937:41:61:6:1:43:61:6:1 chrX 47487912 . T TG 917.62 PASS AF=1;AO=80;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872951;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1397;QD=43.696;RBI=0.0337554;REFB=0;REVB=0.0326071;RO=5;SAF=33;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0214105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000951918;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:80:85:84:84:0:35:49:0:0:15:5:33:47:3:2 chrX 47695547 . T C 820.53 PASS AF=0.384298;AO=93;DP=241;FAO=93;FDP=242;FR=.;FRO=149;FSAF=61;FSAR=32;FSRF=87;FSRR=62;FWDB=-0.0118915;FXX=0.00819639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9983;QD=13.5624;RBI=0.0274696;REFB=-0.0325246;REVB=0.0247623;RO=140;SAF=61;SAR=32;SRF=85;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565796;STB=0.54765;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0530596;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:140:149:93:93:0.384298:32:61:85:55:32:61:87:62 chrX 47695742 . CT CC,C 119.11 PASS AF=0.0909091,0.363636;AO=3,9;DP=31;FAO=3,12;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=2,9;FSAR=1,3;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00571414,-0.0660637;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.8583,24.1697;QD=14.4376;RBI=0.0578421,0.0767069;REFB=-0.0383916,-0.026481;REVB=-0.0575591,-0.0389813;RO=17;SAF=2,7;SAR=1,2;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.458325,0.546755;STB=0.831747,0.796419;STBP=0.468,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0.00952171,0.00718288;OID=.,.;OPOS=47695743,47695743;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0909091,0.363636:3,9:31:3,12:33:18:2,9:1,3:4:14:86:17:2,7:1,2:4:13 chrX 48049666 . C T 922.82 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233845;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3016;QD=58.5919;RBI=0.00859264;REFB=0;REVB=-0.00826832;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93039e-05;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chrX 48054740 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.469;QD=61.3357;RBI=0.0643361;REFB=0;REVB=0.0569219;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291682;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chrX 48125798 . T C 294.42 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.0143517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5556;QD=15.0983;RBI=0.047442;REFB=-0.0159781;REVB=0.0452192;RO=44;SAF=13;SAR=20;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107409;STB=0.56518;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0179744;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:45:33:33:0.423077:20:13:13:31:20:13:13:32 chrX 48156264 . G A 159.77 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00618161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.642;QD=11.6199;RBI=0.0290177;REFB=-0.0171154;REVB=0.0283517;RO=35;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781249;STB=0.545409;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0236436;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:10:10:20:15:10:10:20:15 chrX 48161189 . A G 177.28 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0421707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5275;QD=12.2259;RBI=0.0544403;REFB=0.0032025;REVB=-0.0344293;RO=36;SAF=5;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299436;STB=0.674918;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.00983091;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:17:5:17:19:17:5:17:19 chrX 48163105 . A G 255.29 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0129187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.187;QD=13.2616;RBI=0.0139087;REFB=-0.022095;REVB=-0.00515362;RO=46;SAF=9;SAR=21;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246945;STB=0.636269;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0203632;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:47:30:30:0.38961:21:9:24:22:21:9:24:23 chrX 48163717 . C T 227.36 PASS AF=0.298969;AO=26;DP=94;FAO=29;FDP=97;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0313921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.305;QD=9.37585;RBI=0.0341995;REFB=-0.0158691;REVB=0.0135697;RO=64;SAF=14;SAR=12;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290313;STB=0.540434;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0360132;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:64:68:26:29:0.298969:12:14:36:28:12:17:36:32 chrX 48382174 . G T 364.44 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0290838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.717;QD=23.8974;RBI=0.0360494;REFB=-0.0125417;REVB=-0.0213001;RO=25;SAF=13;SAR=23;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152912;STB=0.584148;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0159194;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:23:13:14:11:23:13:14:11 chrX 48418126 . A G 1511.12 PASS AF=0.60177;AO=136;DP=228;FAO=136;FDP=226;FR=.;FRO=90;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=-0.00654728;FXX=0.00877155;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.283;QD=26.7454;RBI=0.0105272;REFB=-0.0360759;REVB=0.00824346;RO=86;SAF=59;SAR=77;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586191;STB=0.504299;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0217228;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:226:86:90:136:136:0.60177:77:59:38:48:77:59:40:50 chrX 48418659 . G A 483.32 PASS AF=0.49505;AO=50;DP=101;FAO=50;FDP=101;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0502021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.823;QD=19.1413;RBI=0.0521272;REFB=-0.0399828;REVB=0.0140353;RO=51;SAF=27;SAR=23;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00970343;STB=0.505374;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0395326;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:51:51:50:50:0.49505:23:27:27:24:23:27:27:24 chrX 48435928 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.489;QD=59.8393;RBI=0.0296482;REFB=0;REVB=0.0235299;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223694;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chrX 48459102 . C G 261.05 PASS AF=0.434783;AO=35;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0194394;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0681;QD=15.1333;RBI=0.0233161;REFB=-0.0105713;REVB=-0.0128745;RO=33;SAF=10;SAR=25;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821776;STB=0.604589;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0456117;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:39:35:30:0.434783:25:10:7:26:20:10:7:32 chrX 48460314 . A G 1590.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.768;QD=60.0192;RBI=0.0200714;REFB=0;REVB=-0.0169023;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57873e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:104:106:1:42:62:0:0:42:64:0:0 chrX 48681900 . ACCCCCCC ACCCCCC,ACCCCCCA 48.64 PASS AF=0.319149,0.0638298;AO=15,2;DP=47;FAO=15,3;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=8,1;FSAR=7,2;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.11756,0.0346042;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.60487,24.6941;QD=4.13917;RBI=0.294574,0.136505;REFB=-0.125779,-0.0764015;REVB=0.270099,0.132046;RO=24;SAF=9,1;SAR=6,1;SRF=6;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.356631,0.260902;STB=0.666465,0.560592;STBP=0.141,0.867;TYPE=del,snp;VARB=0.16465,0.13703;OID=.,.;OPOS=48681901,48681907;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=ACCCCCC,ACCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.319149,0.0638298:15,2:47:15,3:47:29:8,1:7,2:8:21:37:24:9,1:6,1:6:18 chrX 48681958 . TTG GTC,GTT,T 108.4 PASS AF=0,0,0.394737;AO=2,3,6;DP=44;FAO=0,0,15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=0,0,1;FSAR=0,0,14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0421094,-0.0362317,0.00338767;FXX=0.0256345;HRUN=2,2,2;LEN=3,3,2;MLLD=87.2413,65.5098,25.5403;QD=11.4102;RBI=0.0862548,0.120993,0.114223;REFB=-0.012497,0.00901802,-0.146627;REVB=-0.0752774,-0.115441,0.114172;RO=28;SAF=0,0,1;SAR=2,3,5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.437493,-0.527771,-0.356515;STB=0.5,0.5,0.86536;STBP=1,1,0.007;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0,0.158174;OID=.,.,.;OPOS=48681958,48681958,48681959;OREF=TTG,TTG,TG;OALT=GTC,GTT,-;OMAPALT=GTC,GTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:44:38:28:23:2,3,6:0,0,15:0,0,0.394737:2,3,5:0,0,1:12:16:0,0,14:0,0,1:11:12 chrX 48751471 . A G 59.76 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0182451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3659;QD=5.6912;RBI=0.021004;REFB=0.00228043;REVB=-0.0104058;RO=33;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481951;STB=0.808399;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.0116354;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:2:7:12:21:2:7:12:21 chrX 48759204 . C T 84.19 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00715881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6565;QD=5.90837;RBI=0.0200328;REFB=-0.0167201;REVB=0.01871;RO=42;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219941;STB=0.615828;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0737494;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:57:57:42:44:13:13:0.22807:7:6:27:15:7:6:27:17 chrX 48847497 . T C 738.77 PASS AF=0.521739;AO=70;DP=136;FAO=72;FDP=138;FR=.;FRO=66;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0255395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.931;QD=21.4135;RBI=0.0494156;REFB=-0.0246836;REVB=0.042304;RO=65;SAF=41;SAR=29;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109688;STB=0.547982;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0317315;OID=.;OPOS=48847497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:65:66:70:72:0.521739:29:41:30:35:31:41:31:35 chrX 48888074 . T C 1275.06 PASS AF=0.587629;AO=113;DP=197;FAO=114;FDP=194;FR=.;FRO=80;FSAF=43;FSAR=71;FSRF=24;FSRR=56;FWDB=-0.00047234;FXX=0.0152277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.365;QD=26.2899;RBI=0.00913612;REFB=-0.0165921;REVB=0.0091239;RO=79;SAF=43;SAR=70;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628568;STB=0.534443;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0106622;OID=.;OPOS=48888074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:194:79:80:113:114:0.587629:70:43:24:55:71:43:24:56 chrX 48921463 . G C,GC 35.23 PASS AF=0,0.207317;AO=5,14;DP=92;FAO=0,17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=0,1;FSAR=0,16;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.114109,0.241778;FXX=0.03529;HRUN=2,6;LEN=1,1;MLLD=31.5018,7.87266;QD=1.71838;RBI=0.143399,0.25463;REFB=-0.0278623,-0.110698;REVB=-0.0868468,-0.0798736;RO=69;SAF=0,1;SAR=5,13;SRF=24;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.470122,-0.491644;STB=0.5,0.861266;STBP=1,0.01;TYPE=snp,ins;VARB=0.0991128,0.0960117;OID=.,.;OPOS=48921463,48921464;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:92:82:69:65:5,14:0,17:0,0.207317:5,13:0,1:24:45:0,16:0,1:22:43 chrX 49021256 . A G 1938.92 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275152;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.999;QD=62.0454;RBI=0.0346461;REFB=0;REVB=0.0210539;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37009e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:55:69:0:0:56:69:0:0 chrX 49021537 . G C 1460.67 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1809;QD=62.1561;RBI=0.0217773;REFB=-0.0936639;REVB=0.00950425;RO=1;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00758646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219092;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:94:94:1:0:93:94:1:62:31:0:1:63:31:0:0 chrX 49022700 . T C 716.45 PASS AF=1;AO=47;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185206;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.697;QD=56.1923;RBI=0.0300203;REFB=-0.1646;REVB=0.0236263;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425991;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:51:0:0:47:51:1:19:28:0:0:23:28:0:0 chrX 49071964 . A G 45.58 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0299905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.962;QD=8.68101;RBI=0.0377776;REFB=-0.00705701;REVB=0.0229721;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242376;STB=0.65172;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0286957;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:7:7:5:2:7:7 chrX 49081291 . G A 352.65 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=101;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0494951;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1755;QD=13.8293;RBI=0.0799559;REFB=-0.0332607;REVB=0.0627947;RO=58;SAF=24;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519296;STB=0.527073;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0372306;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:61:40:41:0.401961:16:24:32:26:17:24:33:28 chrX 49082487 . C T 342.87 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00417044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.193;QD=13.8533;RBI=0.00482183;REFB=-0.0167396;REVB=-0.00242023;RO=60;SAF=16;SAR=22;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678027;STB=0.533963;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0284413;OID=.;OPOS=49082487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:61:38:38:0.383838:22:16:29:31:22:16:29:32 chrX 49103224 . G A 135.62 PASS AF=0.326531;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=5;FWDB=0.00749231;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.534;QD=11.0708;RBI=0.0162102;REFB=-0.00615644;REVB=-0.0143748;RO=34;SAF=10;SAR=5;SRF=28;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227533;STB=0.639199;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0145345;OID=.;OPOS=49103224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:33:15:16:0.326531:5:10:28:6:5:11:28:5 chrX 49179698 . A G 50.25 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0293196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8181;QD=4.78585;RBI=0.0296109;REFB=-0.00709545;REVB=0.00414367;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180578;STB=0.618767;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0433524;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:22:12:4:4:22:12 chrX 49710052 . G GC 165.25 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.2076;QD=41.3118;RBI=0.0466457;REFB=0;REVB=0.0445349;RO=5;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218489;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00531458;OID=.;OPOS=49710053;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:19:16:16:0:5:11:0:0:4:5:5:9:2:3 chrX 49767832 . A G 427.67 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.029319;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=228.211;QD=51.8394;RBI=0.0293194;REFB=-0.0490265;REVB=-0.000148767;RO=2;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517742;STB=0.52776;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000442492;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:14:17:2:0:14:17:2:0 chrX 49767835 . A G 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0370875;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.777;QD=53.9326;RBI=0.0374929;REFB=0.172916;REVB=0.00549828;RO=1;SAF=18;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000899556;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:12:18:1:0:12:18:1:0 chrX 50121146 . A AG 624.87 PASS AF=1;AO=52;DP=63;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171091;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.5087;QD=42.3639;RBI=0.171516;REFB=0;REVB=0.0120772;RO=8;SAF=25;SAR=27;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00611362;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:63:59:59:0:31:28:0:0:12:8:25:27:5:3 chrX 50146570 . C T 231.44 PASS AF=0.7;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0771885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.575;QD=30.8585;RBI=0.081385;REFB=-0.040263;REVB=0.0257962;RO=9;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571198;STB=0.519981;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0147392;OID=.;OPOS=50146570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:30:9:9:20:21:0.7:13:7:4:5:13:8:4:5 chrX 50350728 . TTCC T,TTCT 227.24 PASS AF=0.318841,0.0869565;AO=17,11;DP=63;FAO=22,6;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=6,2;FSAR=16,4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00782876,-0.0772471;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=125.952,46.7773;QD=13.1735;RBI=0.026691,0.0781009;REFB=-0.0434481,-0.0213741;REVB=-0.025517,-0.0115167;RO=23;SAF=6,2;SAR=11,9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.214446,-0.457414;STB=0.694428,0.693814;STBP=0.034,0.344;TYPE=del,snp;VARB=0.114085,0.0368502;OID=.,.;OPOS=50350729,50350731;OREF=TCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318841,0.0869565:17,11:63:22,6:69:41:6,2:16,4:23:18:99:23:6,2:11,9:13:10 chrX 51075841 . A G 95.82 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=20;FWDB=0.00294402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.553;QD=4.79096;RBI=0.0193482;REFB=-0.00425804;REVB=-0.0191229;RO=62;SAF=15;SAR=1;SRF=44;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481749;STB=0.841679;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0117286;OID=.;OPOS=51075841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:62:64:16:16:0.2:1:15:44:18:1:15:44:20 chrX 51644748 . C A 81.19 PASS AF=0.266667;AO=10;DP=43;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0106986;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.598;QD=7.2173;RBI=0.010829;REFB=-0.0160527;REVB=0.00167601;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514156;STB=0.733029;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0415242;OID=.;OPOS=51644748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:43:45:30:33:10:12:0.266667:5:5:27:3:6:6:27:6 chrX 52825546 . C G 634.19 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00428297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3946;QD=60.399;RBI=0.00671265;REFB=0;REVB=0.00516874;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019474;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:41:42:1:21:20:1:0:21:21:0:0 chrX 52891645 . A G 145.29 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=83;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0232861;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3981;QD=7.08746;RBI=0.0382559;REFB=-0.00373071;REVB=-0.0303525;RO=54;SAF=14;SAR=7;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22644;STB=0.677252;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0126284;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:54:61:21:21:0.256098:7:14:26:28:7:14:26:35 chrX 52891653 . C T 144.58 PASS AF=0.256098;AO=21;DP=82;FAO=21;FDP=82;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0572563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2884;QD=7.05261;RBI=0.066864;REFB=0.0173885;REVB=0.0345328;RO=59;SAF=14;SAR=7;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312217;STB=0.698229;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0374211;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:59:61:21:21:0.256098:7:14:24:35:7:14:24:37 chrX 53108953 . T TAC 48.69 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=85;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=-0.0228935;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.346;QD=2.52919;RBI=0.0510822;REFB=-0.0298921;REVB=-0.0456649;RO=70;SAF=6;SAR=4;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530972;STB=0.542467;STBP=0.844;TYPE=ins;VARB=0.190364;OID=.;OPOS=53108954;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=TAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12987:10:85:10:77:67:6:4:37:30:48:70:6:4:39:31 chrX 53262659 . GCCCCCCCCA GCCCCCCC,GCCCCCCCA 41.45 PASS AF=0.16129,0.129032;AO=10,13;DP=63;FAO=10,8;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9,6;FSAR=1,2;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.00109665,0.0399395;FXX=0.0158705;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=14.7939,6.74499;QD=2.67413;RBI=0.0443447,0.116818;REFB=-0.0355159,-0.0890682;REVB=0.0443311,0.109778;RO=29;SAF=8,12;SAR=2,1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124924,0.418517;STB=0.758389,0.548654;STBP=0.144,0.847;TYPE=del,del;VARB=0.0800409,0.0843343;OID=.,.;OPOS=53262667,53262660;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GCCCCCCC,GCCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129,0.129032:10,13:63:10,8:62:44:9,6:1,2:31:13:15:29:8,12:2,1:21:8 chrX 53457622 . T C 708.75 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.931;QD=62.9997;RBI=0.0344348;REFB=0;REVB=0.00763731;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18697e-05;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:28:17:0:0 chrX 53561636 . C T 777.77 PASS AF=0.6;AO=70;DP=118;FAO=72;FDP=120;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00214973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.041;QD=25.9258;RBI=0.00701668;REFB=-0.0371228;REVB=-0.00667926;RO=46;SAF=23;SAR=47;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385997;STB=0.524877;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0151704;OID=.;OPOS=53561636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:46:48:70:72:0.6:47:23:13:33:47:25:14:34 chrX 53563589 . A G 493.46 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.773;QD=58.0536;RBI=0.036769;REFB=0;REVB=-0.0255586;RO=0;SAF=5;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028536;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:28:5:0:0:29:5:0:0 chrX 53577887 . T C 382.61 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=0.00326497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4221;QD=15.7776;RBI=0.0407874;REFB=-0.0298728;REVB=0.0406565;RO=53;SAF=27;SAR=14;SRF=39;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893674;STB=0.536596;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0439094;OID=.;OPOS=53577887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:56:41:41:0.42268:14:27:39:14:14:27:40:16 chrX 53641647 . T C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.658;QD=58.4181;RBI=0.104181;REFB=0;REVB=0.0406466;RO=0;SAF=19;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263478;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:44:19:0:0:44:19:0:0 chrX 53652838 . GG AG,CA 759.55 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=53,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=38,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000735848,-0.00230162;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=138.115,102.046;QD=54.2534;RBI=0.00177385,0.0081377;REFB=-0.0872649,-0.0123825;REVB=-0.00161402,0.00780543;RO=1;SAF=38,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0303689,0.697199;STB=0.516123,0.993266;STBP=0.181,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000493413,0.0118679;OID=.,.;OPOS=53652838,53652838;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:1:1:53,2:53,2:0.946429,0.0357143:15,0:38,2:0:1:15,0:38,2:0:1 chrX 53652845 . G GT 1149.98 PASS AF=1;AO=11;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0765224;FXX=0.0114929;HRUN=0;LEN=1;MLLD=181.258;QD=53.4874;RBI=0.0799615;REFB=0;REVB=-0.0231986;RO=75;SAF=1;SAR=10;SRF=55;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000355821;OID=.;OPOS=53652846;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:87:86:86:0:56:30:0:0:7:75:1:10:55:20 chrX 53652846 . G T 1013.72 PASS AF=0.824176;AO=75;DP=91;FAO=75;FDP=91;FR=.;FRO=16;FSAF=55;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00132744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.925;QD=44.559;RBI=0.0606579;REFB=-0.0794632;REVB=0.0606433;RO=16;SAF=55;SAR=20;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226659;STB=0.621228;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00191122;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:91:91:16:16:75:75:0.824176:20:55:2:14:20:55:2:14 chrX 53652852 . T G 1915.19 PASS AF=0.992063;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0039512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.783;QD=60.7996;RBI=0.0298152;REFB=0.0401524;REVB=0.0295522;RO=1;SAF=70;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00673909;STB=0.503546;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000199564;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:126:1:1:123:125:0.992063:53:70:1:0:55:70:1:0 chrX 53659047 . C A,T 2643.43 PASS AF=0.0574713,0.942529;AO=11,163;DP=174;FAO=10,164;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=6,63;FSAR=4,101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698363,0.0403447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.964,69.7349;QD=60.7685;RBI=0.00881241,0.0404236;REFB=0,0;REVB=0.0053747,-0.00252496;RO=0;SAF=7,62;SAR=4,101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.061585,-0.00589818;OID=.,.;OPOS=53659047,53659047;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:174:174:0:0:11,163:10,164:0.0574713,0.942529:4,101:7,62:0:0:4,101:6,63:0:0 chrX 54209387 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0907769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.421;QD=51.9166;RBI=0.0936414;REFB=0;REVB=0.0229839;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00046323;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chrX 54275428 . C CT,T 31.38 PASS AF=0.184211,0;AO=6,2;DP=39;FAO=7,0;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0923995,-0.0158401;FXX=0.0256345;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=17.7438,243.844;QD=3.30333;RBI=0.0981494,0.0176447;REFB=-0.0402951,-0.0019255;REVB=-0.0331004,0.00777353;RO=30;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=13;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.273648,0.488183;STB=0.856124,0.5;STBP=0.063,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.130154,0;OID=.,.;OPOS=54275429,54275428;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:38:30:31:6,2:7,0:0.184211,0:2,0:4,2:13:17:1,0:6,0:13:18 chrX 54836361 . A G 805.11 PASS AF=0.623932;AO=73;DP=117;FAO=73;FDP=117;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00423792;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.085;QD=27.525;RBI=0.016153;REFB=-0.0419377;REVB=-0.0155872;RO=42;SAF=38;SAR=35;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08303;STB=0.535159;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0206801;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:42:44:73:73:0.623932:35:38:27:15:35:38:27:17 chrX 54836505 . A G 606.09 PASS AF=0.606742;AO=53;DP=88;FAO=54;FDP=89;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0155321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.884;QD=27.2399;RBI=0.0433845;REFB=-0.0205072;REVB=0.0405089;RO=34;SAF=27;SAR=26;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990445;STB=0.561775;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0179074;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:34:35:53:54:0.606742:26:27:22:12:27:27:23:12 chrX 54837340 . C T 674.08 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00332493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.929;QD=23.652;RBI=0.0174856;REFB=-0.0217039;REVB=-0.0171666;RO=48;SAF=32;SAR=33;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103217;STB=0.560208;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0113115;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:48:49:65:65:0.570175:33:32:30:18:33:32:31:18 chrX 54838077 . C T 452.64 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00884991;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6523;QD=22.3528;RBI=0.0462785;REFB=-0.0210123;REVB=-0.0454244;RO=37;SAF=24;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490396;STB=0.527015;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0346219;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:37:37:44:44:0.54321:20:24:18:19:20:24:18:19 chrX 54956673 . T C 129.07 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00506361;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.093;QD=12.0066;RBI=0.0163228;REFB=-0.00893188;REVB=-0.0155176;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196609;STB=0.543666;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0139404;OID=.;OPOS=54956673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:28:14:15:0.348837:10:4:9:21:11:4:9:19 chrX 55052383 . GC G,GG 47.26 PASS AF=0.234375,0;AO=7,3;DP=54;FAO=15,0;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=9,0;FSAR=6,0;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.144563,-0.0499362;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=10.066,20.0899;QD=2.95343;RBI=0.188621,0.073067;REFB=-0.157106,-0.0973873;REVB=-0.121159,0.0533401;RO=37;SAF=7,0;SAR=0,3;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.445161,0;SSSB=0.632707,-0.605259;STB=0.569527,0.5;STBP=0.539,1;TYPE=del,snp;VARB=0.16994,0.00844693;OID=.,.;OPOS=55052384,55052384;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234375,0:7,3:54:15,0:64:49:9,0:6,0:25:24:47:37:7,0:0,3:25:12 chrX 55116466 . C G 1396.15 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000694146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0363;QD=62.7482;RBI=0.0435307;REFB=0;REVB=0.0435252;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028065;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chrX 55172537 . G A 1157.3 PASS AF=0.728682;AO=94;DP=130;FAO=94;FDP=129;FR=.;FRO=35;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00986328;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6942;QD=35.8853;RBI=0.0138316;REFB=-0.0147968;REVB=-0.00969679;RO=35;SAF=53;SAR=41;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633733;STB=0.533901;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00572307;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:35:35:94:94:0.728682:41:53:24:11:41:53:24:11 chrX 55172645 . C T 1527.51 PASS AF=0.589744;AO=138;DP=234;FAO=138;FDP=234;FR=.;FRO=96;FSAF=85;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=49;FWDB=-0.0263373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0748;QD=26.1113;RBI=0.0264601;REFB=-0.00295936;REVB=-0.00254614;RO=84;SAF=85;SAR=53;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499692;STB=0.55342;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00351669;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:234:84:96:138:138:0.589744:53:85:46:38:53:85:47:49 chrX 55172675 . C T 101.14 PASS AF=0.115556;AO=25;DP=225;FAO=26;FDP=225;FR=.,HEALED;FRO=199;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=113;FSRR=86;FWDB=0.101748;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0407;QD=1.798;RBI=0.110424;REFB=0.00148003;REVB=-0.0429056;RO=171;SAF=16;SAR=9;SRF=86;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173694;STB=0.579829;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0105594;OID=.;OPOS=55172675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:171:199:25:26:0.115556:9:16:86:85:9:17:113:86 chrX 55172686 . CT CC,TC 1276.62 PASS AF=0.518182,0.05;AO=114,11;DP=220;FAO=114,11;FDP=220;FR=.;FRO=95;FSAF=76,9;FSAR=38,2;FSRF=45;FSRR=50;FWDB=0.0293218,-0.0222349;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=52.3317,179.399;QD=23.2112;RBI=0.0298437,0.0246787;REFB=0.016565,-0.00592837;REVB=0.00555713,-0.0107074;RO=94;SAF=76,9;SAR=38,2;SRF=45;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.164409,0.408149;STB=0.592576,0.811926;STBP=0.004,0.042;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0107379,0.0327731;OID=.,.;OPOS=55172687,55172686;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:220:220:94:95:114,11:114,11:0.518182,0.05:38,2:76,9:45:49:38,2:76,9:45:50 chrX 55172708 . T G 1372.72 PASS AF=0.609137;AO=120;DP=197;FAO=120;FDP=197;FR=.;FRO=77;FSAF=96;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=0.00912968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.445;QD=27.8724;RBI=0.0231565;REFB=0.00469949;REVB=-0.0212808;RO=77;SAF=96;SAR=24;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317965;STB=0.673335;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0035582;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:77:77:120:120:0.609137:24:96:34:43:24:96:34:43 chrX 55185568 . A G 182.58 PASS AF=0.224806;AO=29;DP=129;FAO=29;FDP=129;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=0.00571997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.58;QD=5.6614;RBI=0.0107572;REFB=-0.00489972;REVB=-0.0091104;RO=100;SAF=22;SAR=7;SRF=49;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354188;STB=0.719526;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0184733;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:100:100:29:29:0.224806:7:22:49:51:7:22:49:51 chrX 55247030 . C G 2928.69 PASS AF=0.989418;AO=187;DP=189;FAO=187;FDP=189;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=121;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0040537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.013;QD=61.9828;RBI=0.00795309;REFB=0.00341861;REVB=-0.00684245;RO=0;SAF=66;SAR=121;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.29617e-08;STB=0.501702;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-1.06956e-05;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:189:189:0:2:187:187:0.989418:121:66:0:0:121:66:1:1 chrX 55287031 . T G 1751.19 PASS AF=0.391051;AO=201;DP=516;FAO=201;FDP=514;FR=.;FRO=313;FSAF=107;FSAR=94;FSRF=183;FSRR=130;FWDB=0.0078803;FXX=0.0058026;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7091;QD=13.628;RBI=0.0105876;REFB=-0.0272361;REVB=0.00707101;RO=310;SAF=107;SAR=94;SRF=181;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563545;STB=0.532128;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0503195;OID=.;OPOS=55287031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:516:514:310:313:201:201:0.391051:94:107:181:129:94:107:183:130 chrX 55289774 . T C 1079.69 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00744631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.251;QD=56.088;RBI=0.0149025;REFB=0.123913;REVB=0.0129087;RO=2;SAF=21;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131512;STB=0.518057;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00231779;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:2:3:74:74:0.961039:53:21:1:1:53:21:2:1 chrX 55479294 . TGGGGG TGGGGA,TGGGG 725.4 PASS AF=0.396694,0.371901;AO=42,28;DP=122;FAO=48,45;FDP=121;FR=.;FRO=28;FSAF=22,15;FSAR=26,30;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0141173,0.0584413;FXX=0.0162588;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=56.1156,9.58514;QD=23.9802;RBI=0.0228073,0.148864;REFB=-0.0295512,-0.127603;REVB=-0.0179129,-0.136913;RO=29;SAF=18,4;SAR=24,24;SRF=22;SRR=7;SSEN=0,0.305556;SSEP=0,0;SSSB=-0.242333,-0.592471;STB=0.59344,0.648081;STBP=0.034,0.003;TYPE=snp,del;VARB=0.00629987,0.0469261;OID=.,.;OPOS=55479299,55479295;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.396694,0.371901:42,28:122:48,45:121:28:22,15:26,30:20:8:99:29:18,4:24,24:22:7 chrX 55514818 . C T 445.45 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.122349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1068;QD=23.4446;RBI=0.123361;REFB=0.0244027;REVB=0.0157689;RO=33;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183665;STB=0.510093;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.0114501;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:43:43:0.565789:27:16:13:20:27:16:13:20 chrX 55651001 . T C 411.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0346359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.846;QD=56.7283;RBI=0.0628736;REFB=0;REVB=0.0524732;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244325;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:13:16:0:0 chrX 57313357 . T C 447.47 PASS AF=0.368794;AO=51;DP=140;FAO=52;FDP=141;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=57;FWDB=0.0694513;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.508;QD=12.6941;RBI=0.0794236;REFB=-0.0175648;REVB=-0.0385307;RO=87;SAF=16;SAR=35;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392407;STB=0.537299;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0398119;OID=.;OPOS=57313357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:87:89:51:52:0.368794:35:16:30:57:36:16:32:57 chrX 57358061 . G A 47.55 PASS AF=0.0857143;AO=12;DP=172;FAO=15;FDP=175;FR=.;FRO=160;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=65;FSRR=95;FWDB=-0.0375475;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.634;QD=1.08682;RBI=0.0487889;REFB=-0.00364837;REVB=-0.0311536;RO=157;SAF=5;SAR=7;SRF=63;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173464;STB=0.614774;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0365662;OID=.;OPOS=57358061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:172:175:157:160:12:15:0.0857143:7:5:63:94:7:8:65:95 chrX 57405163 . T C 1556.33 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.479;QD=58.7296;RBI=0.0435553;REFB=-0.0917851;REVB=0.0246732;RO=1;SAF=36;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129986;STB=0.506848;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.000371535;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:69:36:1:0:69:36:1:0 chrX 57475132 . T C 346.09 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0675291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6847;QD=22.6945;RBI=0.0744981;REFB=-0.0106244;REVB=0.0314609;RO=26;SAF=10;SAR=24;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208163;STB=0.618486;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0098332;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:24:10:14:12:25:10:14:12 chrX 57619648 . G T 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.301;QD=61.8525;RBI=0.0279183;REFB=0;REVB=0.0133372;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9885e-05;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:41:42:0:0:41:42:0:0 chrX 57622607 . G A 227.96 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00894055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.801;QD=11.5424;RBI=0.025246;REFB=-0.0025842;REVB=0.0236099;RO=51;SAF=11;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216531;STB=0.625024;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00437704;OID=.;OPOS=57622607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:17:11:30:21:17:11:30:21 chrX 57623460 . A G 297.81 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0313726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7878;QD=15.8831;RBI=0.044946;REFB=-0.0353225;REVB=0.0321855;RO=41;SAF=15;SAR=18;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328743;STB=0.525532;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0497438;OID=.;OPOS=57623460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:42:33:33:0.44:18:15:20:21:18:15:21:21 chrX 65382685 . T C 821.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119884;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9911;QD=57.6411;RBI=0.0177729;REFB=0;REVB=0.0131208;RO=0;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010991;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:41:16:0:0:41:16:0:0 chrX 65822607 . T C 2981.65 PASS AF=1;AO=188;DP=188;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=106;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.678;QD=63.1036;RBI=0.0045416;REFB=0;REVB=0.00226193;RO=0;SAF=83;SAR=105;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97427e-05;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:188:189:0:0:188:189:1:105:83:0:0:106:83:0:0 chrX 65824986 . C T 1989.69 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.046;QD=62.1778;RBI=0.0265871;REFB=0;REVB=0.0240184;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51305e-06;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:71:57:0:0:71:57:0:0 chrX 67321920 . C T 344.09 PASS AF=0.440476;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00488239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8774;QD=16.3851;RBI=0.00873128;REFB=-0.00344372;REVB=-0.00723862;RO=47;SAF=18;SAR=19;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103545;STB=0.558109;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00408341;OID=.;OPOS=67321920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:47:37:37:0.440476:19:18:18:29:19:18:18:29 chrX 67674209 . A T 31.13 PASS AF=0.09375;AO=4;DP=57;FAO=6;FDP=64;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=-0.041249;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=126.299;QD=1.94589;RBI=0.0523799;REFB=-0.00115607;REVB=-0.0322827;RO=50;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.674723;STB=0.846067;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0230609;OID=.;OPOS=67674209;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:57:64:50:58:4:6:0.09375:0:4:12:38:2:4:13:45 chrX 68060416 . G C 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0523497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2069;QD=17.6435;RBI=0.0525056;REFB=0.0176538;REVB=-0.00404308;RO=7;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668609;STB=0.888023;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00364382;OID=.;OPOS=68060416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:8:1:7:0:8:1:7:0 chrX 69258515 . T G 1494.29 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0339262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.4719;QD=54.8364;RBI=0.0344441;REFB=0.00544544;REVB=0.00595071;RO=3;SAF=54;SAR=50;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078538;STB=0.500525;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.000783262;OID=.;OPOS=69258515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:3:4:104:105:0.963303:50:54:2:1:51:54:2:2 chrX 69478421 . G T 289.25 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=120;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.0141739;FXX=0.00833264;HRUN=6;LEN=1;MLLD=238.386;QD=9.72276;RBI=0.0162843;REFB=-0.00428017;REVB=0.00801737;RO=80;SAF=15;SAR=23;SRF=50;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26408;STB=0.656211;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00864992;OID=.;OPOS=69478421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:80:81:38:38:0.319328:23:15:50:30:23:15:51:30 chrX 69478736 . T C 101.84 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0388063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.269;QD=8.85543;RBI=0.0529316;REFB=-0.013934;REVB=-0.0359975;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106837;STB=0.563543;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0490751;OID=.;OPOS=69478736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:33:13:13:0.282609:8:5:9:21:8:5:10:23 chrX 69478942 . T G 411.66 PASS AF=0.360294;AO=50;DP=136;FAO=49;FDP=136;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.000670124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3269;QD=12.1076;RBI=0.0132712;REFB=-0.00704136;REVB=0.0132543;RO=86;SAF=28;SAR=22;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668933;STB=0.529081;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0125951;OID=.;OPOS=69478942;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:86:87:50:49:0.360294:22:28:43:43:22:27:44:43 chrX 69510335 . C T 1306.3 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116131;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.657;QD=62.2047;RBI=0.0378941;REFB=0;REVB=0.0360707;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80456e-05;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chrX 69644836 . T TC 118.83 PASS AF=0.110512;AO=60;DP=375;FAO=41;FDP=371;FR=.;FRO=330;FSAF=38;FSAR=3;FSRF=111;FSRR=219;FWDB=0.00870124;FXX=0.00802118;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.906;QD=1.28123;RBI=0.0567499;REFB=-0.0059057;REVB=-0.0560789;RO=313;SAF=49;SAR=11;SRF=104;SRR=209;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580483;STB=0.949499;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0740023;OID=.;OPOS=69644837;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.110512:60:375:41:371:330:38:3:111:219:99:313:49:11:104:209 chrX 69652762 . A G 1102.03 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0461161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1793;QD=58.775;RBI=0.0573901;REFB=0.0420601;REVB=-0.0341604;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00679602;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chrX 69668463 . A G 753.47 PASS AF=0.601695;AO=67;DP=115;FAO=71;FDP=118;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0198984;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.31;QD=25.5415;RBI=0.0199494;REFB=-0.0564732;REVB=0.00142571;RO=45;SAF=19;SAR=48;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17081;STB=0.562628;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0234563;OID=.;OPOS=69668463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:45:47:67:71:0.601695:48:19:22:23:48:23:22:25 chrX 69722092 . T G 83.94 PASS AF=0.138462;AO=18;DP=130;FAO=18;FDP=130;FR=.;FRO=112;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=-0.00803744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.588;QD=2.5827;RBI=0.010159;REFB=-0.00227915;REVB=0.00621327;RO=111;SAF=9;SAR=9;SRF=68;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142804;STB=0.592209;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0153003;OID=.;OPOS=69722092;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:130:130:111:112:18:18:0.138462:9:9:68:43:9:9:68:44 chrX 69772000 . A G 929.67 PASS AF=0.54491;AO=89;DP=165;FAO=91;FDP=167;FR=.;FRO=76;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0108287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.552;QD=22.2675;RBI=0.0441278;REFB=-0.014172;REVB=0.0427785;RO=71;SAF=48;SAR=41;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00336722;STB=0.506492;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0119528;OID=.;OPOS=69772000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:71:76:89:91:0.54491:41:48:38:33:42:49:42:34 chrX 69774517 . A T 983.64 PASS AF=0.945205;AO=69;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0106018;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.62;QD=53.8982;RBI=0.0140274;REFB=-0.152968;REVB=-0.00918528;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508124;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00121945;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:73:73:0:4:69:69:0.945205:25:44:0:0:25:44:2:2 chrX 69890301 . C T 445.97 PASS AF=0.573333;AO=42;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00838375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6975;QD=23.785;RBI=0.0107988;REFB=-0.029485;REVB=0.00680633;RO=32;SAF=22;SAR=20;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586908;STB=0.508376;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0277203;OID=.;OPOS=69890301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:42:43:0.573333:20:22:17:15:21:22:17:15 chrX 69964084 . GAAAAAAA GAAAAAA,GAAAAAAT 183.15 PASS AF=0.714286,0.142857;AO=19,3;DP=40;FAO=25,5;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0;FSAR=24,5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.168971,0.0307672;FXX=0.124969;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=8.74973,239.291;QD=20.9311;RBI=0.170954,0.0324567;REFB=0.0683281,0.00820309;REVB=0.0259604,-0.0103353;RO=8;SAF=0,0;SAR=19,3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.8313,-0.576989;STB=0.547135,0.5;STBP=0.615,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0261503,0.00723872;OID=.,.;OPOS=69964085,69964091;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAA,GAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.142857:19,3:40:25,5:35:5:1,0:24,5:0:5:25:8:0,0:19,3:1:7 chrX 70066017 . ACAT A 272.81 PASS AF=0.54902;AO=26;DP=53;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0124967;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=3;MLLD=268.08;QD=21.3971;RBI=0.0153769;REFB=-0.0209225;REVB=-0.00896001;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728211;STB=0.542571;STBP=0.542;TYPE=del;VARB=0.0180629;OID=.;OPOS=70066018;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.54902:26:53:28:51:23:11:17:7:16:99:23:10:16:7:16 chrX 70073159 . T C 462.92 PASS AF=0.72;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000705974;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.68;QD=37.0336;RBI=0.0165042;REFB=-0.0332085;REVB=-0.0164891;RO=14;SAF=12;SAR=24;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054131;STB=0.529395;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0138894;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:14:36:36:0.72:24:12:6:8:24:12:6:8 chrX 70146398 . A G 2200.43 PASS AF=0.992908;AO=140;DP=141;FAO=140;FDP=141;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.173;QD=62.4237;RBI=0.0464254;REFB=0.0617274;REVB=0.0329592;RO=0;SAF=82;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-6.61392e-05;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:141:0:1:140:140:0.992908:58:82:0:0:58:82:0:1 chrX 70146475 . G C 563.26 PASS AF=0.527778;AO=56;DP=109;FAO=57;FDP=108;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0372883;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.909;QD=20.8616;RBI=0.0373362;REFB=-0.0219003;REVB=0.00189151;RO=52;SAF=24;SAR=32;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569279;STB=0.523657;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0220361;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:52:51:56:57:0.527778:32:24:19:33:33:24:19:32 chrX 71349774 . T C 153.94 PASS AF=0.1875;AO=11;DP=64;FAO=12;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0124557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.534;QD=9.62127;RBI=0.0307929;REFB=-0.0171147;REVB=0.0281613;RO=42;SAF=8;SAR=3;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150509;STB=0.559897;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0607559;OID=.;OPOS=71349774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:64:64:42:42:11:12:0.1875:3:8:26:16:4:8:25:17 chrX 71351443 . A G 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0110488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.05;QD=8.81176;RBI=0.0207418;REFB=-0.00540415;REVB=-0.0175541;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233732;STB=0.642579;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0214275;OID=.;OPOS=71351443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:9:14:4:6:9:14 chrX 71351519 . C A 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0113425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4092;QD=37.8916;RBI=0.0392913;REFB=0.0554385;REVB=0.0376185;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178334;STB=0.599814;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00128241;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:10:2:1:0:10:2:1:0 chrX 71363415 . C T 638.82 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135621;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.138;QD=59.4248;RBI=0.0138231;REFB=-0.0670764;REVB=-0.00267362;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00143175;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:1:0:26:16:1:0 chrX 71379881 . G A 1625.74 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.061;QD=59.6603;RBI=0.0327324;REFB=0;REVB=0.0238504;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.33165e-05;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:109:0:0:106:109:1:54:52:0:0:56:53:0:0 chrX 71401607 . G A 592.9 PASS AF=0.488;AO=61;DP=123;FAO=61;FDP=125;FR=.;FRO=64;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0210572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.965;QD=18.9728;RBI=0.0210982;REFB=-0.0193706;REVB=-0.00131405;RO=62;SAF=44;SAR=17;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278642;STB=0.648291;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0279785;OID=.;OPOS=71401607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:62:64:61:61:0.488:17:44:27:35:17:44:29:35 chrX 71401614 . C A 612.49 PASS AF=0.508197;AO=62;DP=122;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=43;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0072064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.021;QD=20.0817;RBI=0.0143994;REFB=-0.0237235;REVB=-0.0124663;RO=60;SAF=43;SAR=19;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215333;STB=0.619102;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0227984;OID=.;OPOS=71401614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:60:60:62:62:0.508197:19:43:28:32:19:43:28:32 chrX 71406301 . T C 1707.79 PASS AF=0.97479;AO=113;DP=115;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=58;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0151649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.872;QD=57.4048;RBI=0.0658089;REFB=0.0947551;REVB=0.0640378;RO=0;SAF=57;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28685e-08;STB=0.512603;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0015583;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:119:0:3:113:116:0.97479:56:57:0:0:58:58:3:0 chrX 71416721 . C T 458.05 PASS AF=0.300971;AO=62;DP=206;FAO=62;FDP=206;FR=.;FRO=144;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.0217943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.695;QD=8.89414;RBI=0.0514097;REFB=-0.0173857;REVB=-0.0465615;RO=144;SAF=24;SAR=38;SRF=68;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104555;STB=0.560956;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0477258;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:144:144:62:62:0.300971:38:24:68:76:38:24:68:76 chrX 71418669 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124057;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.881;QD=46.848;RBI=0.0465702;REFB=0;REVB=0.0448875;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014146;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 71521867 . G C 273.9 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00570031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3748;QD=17.671;RBI=0.0218286;REFB=-0.00344713;REVB=0.0210712;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230465;STB=0.628369;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00321671;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:9:23:14:16:9:23 chrX 71549512 . G C 563.01 PASS AF=0.415584;AO=63;DP=154;FAO=64;FDP=154;FR=.;FRO=90;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=-0.017984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2829;QD=14.6236;RBI=0.0480781;REFB=-0.00398038;REVB=-0.0445878;RO=87;SAF=34;SAR=29;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125532;STB=0.505121;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00485204;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:87:90:63:64:0.415584:29:34:48:39:29:35:50:40 chrX 71791912 . C T 478.96 PASS AF=0.430894;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=123;FR=.;FRO=70;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.010729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.303;QD=15.5758;RBI=0.0234879;REFB=-0.00957192;REVB=0.0208943;RO=70;SAF=27;SAR=26;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125579;STB=0.570222;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0125911;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:70:70:53:53:0.430894:26:27:27:43:26:27:27:43 chrX 71819691 . A G 242.49 PASS AF=0.311321;AO=33;DP=106;FAO=33;FDP=106;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=0.0175068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.728;QD=9.15049;RBI=0.0180729;REFB=-0.0107522;REVB=0.00448805;RO=72;SAF=11;SAR=22;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710506;STB=0.537908;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0231464;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:72:73:33:33:0.311321:22:11:28:44:22:11:28:45 chrX 71904407 . C T 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0299765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.656;QD=5.44274;RBI=0.047527;REFB=-0.0163326;REVB=-0.0368812;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581081;STB=0.538334;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0538965;OID=.;OPOS=71904407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:9:11:3:3:9:11 chrX 72906953 . GTT G,GT 124.4 PASS AF=0,1;AO=3,18;DP=27;FAO=0,26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161674,0.243976;FXX=0.0370233;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=10.4992,7.42531;QD=19.1383;RBI=0.168204,0.259761;REFB=0.00287346,0.00207499;REVB=0.0464129,0.0891708;RO=5;SAF=0,2;SAR=3,16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.658479,-0.228127;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.055114,0.00878031;OID=.,.;OPOS=72906954,72906954;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:3,18:27:0,26:26:0:0,4:0,22:0:0:3:5:0,2:3,16:2:3 chrX 73043817 . T C 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0256229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.342;QD=13.8496;RBI=0.0331253;REFB=-0.00253932;REVB=0.0209942;RO=25;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18464;STB=0.60855;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00595984;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:12:4:10:15:12:4:10:15 chrX 73045315 . AT A 63.1 PASS AF=0.327273;AO=13;DP=59;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.252388;FXX=0.0677851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.2296;QD=4.58885;RBI=0.274295;REFB=0.00223505;REVB=0.107416;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412379;STB=0.783688;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.00844049;OID=.;OPOS=73045316;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273:13:59:18:55:37:14:4:13:24:63:31:9:4:10:21 chrX 73062010 . AT AA,A 153.14 PASS AF=0,0.630137;AO=7,19;DP=62;FAO=0,46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=0,2;FSAR=0,44;FSRF=1;FSRR=26;FWDB=-0.121002,-0.098944;FXX=0.0874891;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.60022,7.75836;QD=8.39096;RBI=0.121134,0.17689;REFB=-0.0463617,-0.0156377;REVB=0.00564073,-0.14663;RO=25;SAF=0,0;SAR=7,19;SRF=1;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.617599,-0.77674;STB=0.5,0.5147;STBP=1,0.828;TYPE=snp,del;VARB=-0.13427,0.0324596;OID=.,.;OPOS=73062011,73062011;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.630137:7,19:62:0,46:73:27:0,2:0,44:1:26:71:25:0,0:7,19:1:24 chrX 73066439 . T C 202.53 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.0132227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.951;QD=12.6581;RBI=0.035456;REFB=-0.00754635;REVB=0.0328981;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=32;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243824;STB=0.627818;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0105881;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:39:39:24:25:0.390625:9:15:32:7:9:16:32:7 chrX 73462520 . T C 1156.12 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0108446;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.499;QD=57.0925;RBI=0.0606145;REFB=-0.0258416;REVB=0.0596365;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.508142;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0020872;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:1:3:78:78:0.962963:43:35:1:0:43:35:2:1 chrX 73641569 . T C 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0421331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.459;QD=9.1886;RBI=0.0466146;REFB=-0.00597966;REVB=-0.0199429;RO=25;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439832;STB=0.75692;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0154461;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:5:6:4:21:5:6:4:21 chrX 74494470 . T G 1063.44 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.503;QD=59.9119;RBI=0.0560389;REFB=0;REVB=0.0107509;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03717e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:69:71:1:37:32:0:0:37:34:0:0 chrX 74511202 . G C 1512.64 PASS AF=1;AO=100;DP=105;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293693;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.562;QD=58.7432;RBI=0.0318336;REFB=0;REVB=0.0122811;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209171;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:103:0:0:100:103:1:54:46:0:0:56:47:0:0 chrX 75107229 . A G 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.011045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.678;QD=16.4439;RBI=0.0135981;REFB=-0.0101691;REVB=-0.00793193;RO=26;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136615;STB=0.584688;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0112239;OID=.;OPOS=75107229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:13:7:6:20:13:7:6:21 chrX 75107236 . GA AG,G 35.72 PASS AF=0,0.214286;AO=2,6;DP=41;FAO=0,9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.024244,-0.0379968;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=29.1307,16.6385;QD=3.40158;RBI=0.0253605,0.0482721;REFB=-0.0361258,-0.0564282;REVB=0.00744173,-0.0297732;RO=30;SAF=2,2;SAR=0,4;SRF=7;SRR=23;SSEN=0,0.429712;SSEP=0,0;SSSB=0.613854,0.146684;STB=0.5,0.713878;STBP=1,0.203;TYPE=mnp,del;VARB=0.0718451,0.0838764;OID=.,.;OPOS=75107236,75107237;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:41:42:30:33:2,6:0,9:0,0.214286:0,4:2,2:7:23:0,4:0,5:9:24 chrX 75394713 . A G 146.69 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0188247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1084;QD=10.4777;RBI=0.0611005;REFB=-0.00757216;REVB=-0.0581283;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213709;STB=0.626724;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0131045;OID=.;OPOS=75394713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:14:5:16:21:14:5:16:21 chrX 75648551 . A C 151.84 PASS AF=0.369565;AO=16;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0116775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0264;QD=13.2031;RBI=0.0482079;REFB=-0.0213592;REVB=-0.0467722;RO=30;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776913;STB=0.525518;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0375144;OID=.;OPOS=75648551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:29:16:17:0.369565:13:3:7:23:13:4:6:23 chrX 75649298 . TGGGGGAC GTGGGGAC,TGGGGAC,TGGGGACG,TGGGGAGC 34.77 PASS AF=0,0.411765,0,0;AO=6,6,3,3;DP=35;FAO=0,14,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=0,13,0,0;FSAR=0,1,0,0;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0111203,0.000359388,-0.121051,-0.168613;FXX=0;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,1,3,2;MLLD=24.5742,8.20786,69.1648,72.7681;QD=4.09;RBI=0.0431497,0.015455,0.123732,0.17013;REFB=-0.0445143,-0.184241,-0.0247176,-0.0199018;REVB=0.0416921,0.0154508,0.0256171,-0.0226705;RO=14;SAF=6,5,3,3;SAR=0,1,0,0;SRF=7;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.53125,0,0;SSSB=0.734683,0.41176,0.626624,0.626624;STB=0.5,0.770675,0.5,0.5;STBP=1,0.066,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0.0690745,0.194025,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=75649298,75649299,75649303,75649303;OREF=TG,G,GAC,GA;OALT=GT,-,ACG,AG;OMAPALT=GTGGGGAC,TGGGGAC,TGGGGACG,TGGGGAGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:37:35:34:14:20:6,6,3,3:0,14,0,0:0,0.411765,0,0:0,1,0,0:6,5,3,3:7:7:0,1,0,0:0,13,0,0:14:6 chrX 76937963 . G C 882.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.402;QD=56.9216;RBI=0.020876;REFB=0;REVB=0.00674286;RO=0;SAF=14;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116074;OID=.;OPOS=76937963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:46:14:0:0:48:14:0:0 chrX 77268502 . G C 1695.65 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6879;QD=60.5591;RBI=0.0336328;REFB=0;REVB=0.0218575;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290306;OID=.;OPOS=77268502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:53:58:0:0:53:59:0:0 chrX 77298857 . G A 759.02 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.722;QD=56.2234;RBI=0.0640542;REFB=0;REVB=0.063763;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248283;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:22:30:0:0:24:30:0:0 chrX 77301954 . A G 1411.12 PASS AF=1;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.129;QD=62.0271;RBI=0.0552031;REFB=0;REVB=0.0338572;RO=1;SAF=34;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013734;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239448;OID=.;OPOS=77301954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:1:0:89:91:1:55:34:1:0:55:36:0:0 chrX 78011737 . T C 937.1 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.619;QD=58.5688;RBI=0.0343543;REFB=0;REVB=0.029793;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35351e-05;OID=.;OPOS=78011737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chrX 78012578 . A AT 408.45 PASS AF=0.723404;AO=10;DP=67;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00746668;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=197.277;QD=34.762;RBI=0.114311;REFB=-0.00776282;REVB=-0.114067;RO=57;SAF=7;SAR=3;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428706;STB=0.5057;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=0.00281184;OID=.;OPOS=78012579;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.723404:10:67:34:47:13:15:19:6:7:98:57:7:3:19:38 chrX 78012579 . A T 228.04 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00812403;FXX=0.0147037;HRUN=12;LEN=1;MLLD=201.321;QD=13.6146;RBI=0.00969875;REFB=0.00897916;REVB=0.00529772;RO=40;SAF=9;SAR=18;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103177;STB=0.58563;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.00952581;OID=.;OPOS=78012579;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:40:40:27:27:0.402985:18:9:17:23:19:8:17:23 chrX 78216024 . A C 189.26 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0156573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5681;QD=13.0521;RBI=0.0948007;REFB=-0.0140033;REVB=0.0934987;RO=35;SAF=18;SAR=5;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294608;STB=0.67124;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0264053;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:5:18:19:16:5:18:19:16 chrX 79699998 . T A 1343.94 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0223416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.048;QD=61.0882;RBI=0.032505;REFB=-0.0792941;REVB=-0.0236099;RO=1;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885716;STB=0.504672;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000413025;OID=.;OPOS=79699998;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:53:34:0:1:53:34:0:1 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 437.8 PASS AF=0.548387,0.451613;AO=14,18;DP=36;FAO=17,14;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=5,3;FSAR=12,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078486,0.0575822;FXX=0.0882094;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=148.388,113.408;QD=56.4908;RBI=0.0793247,0.0576442;REFB=0,0;REVB=0.0115049,0.00267271;RO=0;SAF=3,4;SAR=11,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00180717,0.0155796;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.548387,0.451613:14,18:36:17,14:31:0:5,3:12,11:0:0:99:0:3,4:11,14:0:0 chrX 79943569 . T C 2842.82 PASS AF=1;AO=179;DP=181;FAO=183;FDP=183;FR=.;FRO=0;FSAF=94;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206782;FXX=0.00543449;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1026;QD=62.1381;RBI=0.0549526;REFB=-0.0654802;REVB=0.0509137;RO=2;SAF=92;SAR=87;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108169;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463393;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:183:2:0:179:183:1:87:92:0:2:89:94:0:0 chrX 79989018 . C G 754.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.945;QD=56.9376;RBI=0.0145948;REFB=0;REVB=0.00911324;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72217e-06;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:35:17:0:0:36:17:0:0 chrX 84309333 . CCT CCC,CC,C 48.6 PASS AF=0,0,0.188889;AO=4,15,11;DP=98;FAO=0,0,17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=0,0,5;FSAR=0,0,12;FSRF=20;FSRR=53;FWDB=-0.142116,-0.169038,-0.0466971;FXX=0.0322546;HRUN=9,9,7;LEN=1,1,2;MLLD=10.2361,5.0225,12.4012;QD=2.15987;RBI=0.144694,0.173178,0.0467195;REFB=0.0165473,0.0135741,-0.0116682;REVB=0.027193,0.0376403,-0.00144693;RO=42;SAF=0,7,3;SAR=4,8,8;SRF=13;SRR=29;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.491355,0.19524,-0.0547206;STB=0.5,0.5,0.519977;STBP=1,1,0.889;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0,0.0450942;OID=.,.,.;OPOS=84309335,84309335,84309334;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.188889:4,15,11:98:0,0,17:90:73:0,0,5:0,0,12:20:53:47:42:0,7,3:4,8,8:13:29 chrX 84350010 . A G 338.51 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0649302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3569;QD=26.5501;RBI=0.0668802;REFB=-0.0250884;REVB=0.016032;RO=19;SAF=7;SAR=25;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905784;STB=0.549883;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00680701;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:25:7:6:13:25:7:6:13 chrX 84358864 . C T 460.46 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.015649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.555;QD=21.1707;RBI=0.0157543;REFB=-0.00221422;REVB=0.00181838;RO=40;SAF=26;SAR=19;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671383;STB=0.538007;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00184764;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:40:42:45:45:0.517241:19:26:20:20:19:26:21:21 chrX 84363140 . A G 750.6 PASS AF=0.464706;AO=79;DP=170;FAO=79;FDP=170;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=49;FSRR=42;FWDB=-0.0327779;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8232;QD=17.6613;RBI=0.0334117;REFB=-0.00346475;REVB=0.00647709;RO=86;SAF=37;SAR=42;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627241;STB=0.537491;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00374029;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:86:91:79:79:0.464706:42:37:46:40:42:37:49:42 chrX 84534383 . A C 1396.33 PASS AF=0.95283;AO=60;DP=108;FAO=101;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0105399;FXX=0.0185168;HRUN=10;LEN=1;MLLD=130.886;QD=52.6917;RBI=0.160069;REFB=-0.0535897;REVB=0.159722;RO=2;SAF=33;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00307191;STB=0.50736;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00178327;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:106:2:5:60:101:0.95283:27:33:1:1:45:56:2:3 chrX 84537206 . T C 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.009644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.525;QD=4.46184;RBI=0.0781784;REFB=-0.00361213;REVB=0.0775813;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222387;STB=0.651662;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0135422;OID=.;OPOS=84537206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:2:4:12:13:2:4:12:13 chrX 84563135 . T A 3517.41 PASS AF=1;AO=219;DP=220;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=105;FSAR=119;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.279;QD=62.8109;RBI=0.0329672;REFB=0;REVB=0.0276316;RO=0;SAF=102;SAR=117;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63349e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:220:224:0:0:219:224:1:117:102:0:0:119:105:0:0 chrX 85403837 . C T 1565.71 PASS AF=0.620536;AO=139;DP=225;FAO=139;FDP=224;FR=.;FRO=85;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=0.0333326;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2021;QD=27.9591;RBI=0.0421338;REFB=-0.0211762;REVB=0.0257719;RO=86;SAF=73;SAR=66;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317169;STB=0.515058;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0135761;OID=.;OPOS=85403837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:86:85:139:139:0.620536:66:73:49:37:66:73:48:37 chrX 86082784 . C T 537.87 PASS AF=0.712121;AO=46;DP=65;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.000595931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.759;QD=32.5979;RBI=0.0392946;REFB=-0.0135749;REVB=-0.0392901;RO=19;SAF=21;SAR=25;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122621;STB=0.568094;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00655419;OID=.;OPOS=86082784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:19:19:46:47:0.712121:25:21:13:6:26:21:13:6 chrX 86887244 . C T 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0289799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.436;QD=16.5274;RBI=0.0290282;REFB=-0.019882;REVB=-0.00167386;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821512;STB=0.554354;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0218292;OID=.;OPOS=86887244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:13:12:11:17:13:12:11:18 chrX 88008423 . A C 1106.31 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7458;QD=59.0031;RBI=0.0992648;REFB=-0.0804768;REVB=0.090663;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150156;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00334006;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:1:0:74:75:1:31:43:0:1:32:43:0:0 chrX 88008807 . G A 36.54 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0186756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.393;QD=7.69226;RBI=0.0297565;REFB=-0.00535656;REVB=-0.0231661;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0202498;OID=.;OPOS=88008807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:5:8:5:1:5:8 chrX 88009322 . A G 1581.18 PASS AF=0.972973;AO=108;DP=111;FAO=108;FDP=111;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0101533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.576;QD=56.9795;RBI=0.0125936;REFB=-0.0466524;REVB=-0.00745041;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504256;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000269032;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:111:0:3:108:108:0.972973:55:53:0:0:55:53:1:2 chrX 88009687 . CCAGA C 70.01 PASS AF=0.236111;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=72;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.00624323;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=4;MLLD=282.847;QD=3.88937;RBI=0.00633189;REFB=-0.00032876;REVB=0.00105587;RO=55;SAF=8;SAR=9;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00264415;STB=0.51553;STBP=0.857;TYPE=del;VARB=0.000924246;OID=.;OPOS=88009688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236111:17:72:17:72:55:8:9:27:28:70:55:8:9:26:29 chrX 88009700 . T C 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0126662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.578;QD=7.07537;RBI=0.0192326;REFB=-0.00423317;REVB=-0.0144728;RO=54;SAF=9;SAR=10;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130821;STB=0.507951;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0132041;OID=.;OPOS=88009700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:10:9:25:29:10:9:25:29 chrX 90693458 . A T 2075.71 PASS AF=1;AO=104;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=72;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6347;QD=61.5027;RBI=0.0989153;REFB=0;REVB=0.0867617;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199107;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:104:135:1:43:61:0:0:63:72:0:0 chrX 91578936 . G T 48.27 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0024936;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.518;QD=5.21788;RBI=0.0167269;REFB=-0.0119486;REVB=-0.0165399;RO=31;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219043;STB=0.686083;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0441248;OID=.;OPOS=91578936;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:39:37:31:30:7:7:0.189189:3:4:12:19:3:4:10:20 chrX 91585410 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000484867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.432;QD=53.9112;RBI=0.00752223;REFB=0;REVB=0.00750659;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93002e-05;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chrX 91874939 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00770469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.074;QD=12.329;RBI=0.0141519;REFB=-0.00129763;REVB=0.0118707;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952078;STB=0.52936;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00197322;OID=.;OPOS=91874939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:15:17:11:11:0.392857:8:3:3:12:8:3:4:13 chrX 92927634 . G C 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00384041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.549;QD=7.52769;RBI=0.00492286;REFB=-0.0104517;REVB=-0.0030799;RO=43;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546255;STB=0.533291;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0271227;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:6:10:25:18:6:10:25:18 chrX 99355146 . C T 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.512;QD=57.545;RBI=0.0214279;REFB=0;REVB=0.0174193;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2482e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:26:32:0:0:26:32:0:0 chrX 99657666 . GCCCA GC,GCA,GCC,GCCA 373.48 PASS AF=0.0114943,0.241379,0,0.563218;AO=22,21,10,24;DP=98;FAO=1,21,0,49;FDP=87;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,0,19;FSAR=1,21,0,30;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.0498963,-0.0182983,-0.0591486,-0.0353961;FXX=0.112233;HRUN=3,3,3,3;LEN=3,2,2,1;MLLD=92.3766,18.8396,85.0005,9.20561;QD=17.1713;RBI=0.0608,0.0219076,0.0682479,0.0425685;REFB=-0.0366171,-0.126135,-0.0161012,-0.236354;REVB=-0.034742,-0.0120465,-0.0340474,-0.0236472;RO=16;SAF=0,0,8,9;SAR=22,21,2,15;SRF=16;SRR=0;SSEN=0.338776,0.338776,0.338776,0.338776;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.883063,-0.882229,-0.449334,-0.429404;STB=0.998798,0.999459,0.5,0.648089;STBP=0.028,0,1,0;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.103876,0.149452,0,-0.125742;OID=.,.,.,.;OPOS=99657668,99657667,99657669,99657667;OREF=CCA,CC,CA,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GC,GCA,GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/4:0.0114943,0.241379,0,0.563218:22,21,10,24:98:1,21,0,49:87:16:0,0,0,19:1,21,0,30:16:0:37:16:0,0,8,9:22,21,2,15:16:0 chrX 99663194 . G T 344.15 PASS AF=0.390476;AO=41;DP=105;FAO=41;FDP=105;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0397441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4546;QD=13.1104;RBI=0.0601541;REFB=-0.00698885;REVB=0.0451545;RO=63;SAF=19;SAR=22;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547239;STB=0.535194;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0120639;OID=.;OPOS=99663194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:63:64:41:41:0.390476:22:19:26:37:22:19:26:38 chrX 99849017 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0288226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.961;QD=13.0148;RBI=0.032473;REFB=-0.00517842;REVB=-0.0149584;RO=31;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501522;STB=0.516113;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00626306;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:12:8:11:20:12:8:12:20 chrX 99941705 . T C 666.92 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0282344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9086;QD=57.9933;RBI=0.0620276;REFB=-0.0277676;REVB=0.055229;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323695;STB=0.509046;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00146413;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:30:14:1:0:30:14:1:1 chrX 100098355 . TAAG T,TAAT 2902.76 PASS AF=0.876289,0.123711;AO=163,25;DP=196;FAO=170,24;FDP=194;FR=.;FRO=0;FSAF=78,14;FSAR=92,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755397,-0.0556149;FXX=0.0891977;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=173.423,86.1336;QD=59.8506;RBI=0.0122359,0.057429;REFB=0,0;REVB=-0.0096257,-0.0143203;RO=1;SAF=78,15;SAR=85,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00556564,0.044143;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0105232,-0.00886489;OID=.,.;OPOS=100098356,100098358;OREF=AAG,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.876289,0.123711:163,25:196:170,24:194:0:78,14:92,10:0:0:99:1:78,15:85,10:0:1 chrX 100243459 . G T 1494.55 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050037;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.103;QD=59.7821;RBI=0.0531285;REFB=0;REVB=0.0178589;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.10694e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:52:47:0:0:52:48:0:0 chrX 100245606 . A G 990.52 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3005;QD=59.1352;RBI=0.05129;REFB=0;REVB=0.0195375;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289789;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:27:40:0:0:27:40:0:0 chrX 100375370 . TA AT,T,TT 179.81 PASS AF=0.025,0.45,0;AO=2,12,4;DP=39;FAO=1,18,0;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=0,10,0;FSAR=1,8,0;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00711389,0.0058959,0.00522764;FXX=0.0243843;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=226.003,229.143,228.416;QD=17.9814;RBI=0.0114375,0.00975272,0.0110423;REFB=-0.00329101,-0.00284566,-0.0028459;REVB=-0.00895601,-0.00776877,-0.00972643;RO=17;SAF=1,7,2;SAR=1,5,2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0291305,0.113103,0.0333506;STB=0.987551,0.593118,0.5;STBP=0.473,0.297,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.05708,-0.000786259,-0.00634578;OID=.,.,.;OPOS=100375370,100375371,100375371;OREF=TA,A,A;OALT=AT,-,T;OMAPALT=AT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:39:40:17:21:2,12,4:1,18,0:0.025,0.45,0:1,5,2:1,7,2:8:9:1,8,0:0,10,0:8:13 chrX 100395663 . G T 150.85 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0235772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.396;QD=12.5705;RBI=0.0237482;REFB=-0.0237837;REVB=-0.0028451;RO=31;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500547;STB=0.529377;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0370557;OID=.;OPOS=100395663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:9:8:16:15:9:8:16:15 chrX 100517135 . T C 637.86 PASS AF=0.543103;AO=63;DP=116;FAO=63;FDP=116;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0198456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.857;QD=21.9952;RBI=0.0206657;REFB=-0.0301148;REVB=0.005764;RO=53;SAF=24;SAR=39;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078426;STB=0.543038;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0242856;OID=.;OPOS=100517135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:53:53:63:63:0.543103:39:24:25:28:39:24:25:28 chrX 100518165 . T C 508.95 PASS AF=0.461538;AO=54;DP=120;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=-0.0115376;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.14;QD=17.3999;RBI=0.025654;REFB=-0.00182387;REVB=0.0229132;RO=62;SAF=24;SAR=30;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381576;STB=0.525803;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00200781;OID=.;OPOS=100518165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:62:63:54:54:0.461538:30:24:30:32:30:24:31:32 chrX 100532621 . T C 454.47 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0252955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.077;QD=17.9989;RBI=0.0556269;REFB=-0.0437473;REVB=0.0495428;RO=53;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190996;STB=0.515883;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.050093;OID=.;OPOS=100532621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:53:47:48:0.475248:24:23:27:26:25:23:27:26 chrX 100547933 . A G 2532.38 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=164;FDP=164;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333857;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1807;QD=61.7654;RBI=0.0416288;REFB=0;REVB=-0.0248667;RO=0;SAF=72;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178266;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:164:0:0:164:164:1:92:72:0:0:92:72:0:0 chrX 100608191 . G A 464.99 PASS AF=0.422764;AO=52;DP=121;FAO=52;FDP=123;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0196776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220;QD=15.1217;RBI=0.0258223;REFB=-0.00533003;REVB=-0.0167208;RO=69;SAF=20;SAR=32;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00717064;STB=0.51443;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0069944;OID=.;OPOS=100608191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:69:71:52:52:0.422764:32:20:27:42:32:20:29:42 chrX 100645467 . T C 341.22 PASS AF=0.386792;AO=40;DP=106;FAO=41;FDP=106;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.00456491;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.056;QD=12.8763;RBI=0.00570989;REFB=-0.00846952;REVB=-0.00342993;RO=66;SAF=18;SAR=22;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104032;STB=0.555274;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0160229;OID=.;OPOS=100645467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:65:40:41:0.386792:22:18:36:30:22:19:36:29 chrX 100668489 . T G 247.09 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00980071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.782;QD=24.7086;RBI=0.0159553;REFB=-0.0212905;REVB=0.0125903;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.010408;OID=.;OPOS=100668489;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:9:8:11:12:9:8 chrX 100743037 . C T 300.93 PASS AF=0.4;AO=32;DP=82;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00979512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.594;QD=14.1614;RBI=0.0194301;REFB=-0.0250715;REVB=-0.0167804;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989048;STB=0.541324;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.035555;OID=.;OPOS=100743037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:47:51:32:34:0.4:18:14:25:22:19:15:26:25 chrX 100743546 . C T 545.52 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=126;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=39;FWDB=0.01564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.145;QD=17.318;RBI=0.0165212;REFB=-0.00523923;REVB=0.00532359;RO=68;SAF=33;SAR=25;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137947;STB=0.576708;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00647272;OID=.;OPOS=100743546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:68:68:58:58:0.460317:25:33:29:39:25:33:29:39 chrX 100743826 . A G 215.05 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0339747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.578;QD=21.5047;RBI=0.0345708;REFB=-0.0233473;REVB=0.00639199;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169743;STB=0.503646;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0249531;OID=.;OPOS=100743826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:19:20:21:0.525:11:9:8:9:12:9:8:11 chrX 100745823 . GCT CTC,GCC 61.37 PASS AF=0,0.232558;AO=2,8;DP=43;FAO=0,10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=0,8;FSAR=0,2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00113763,-0.0396196;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=3,1;MLLD=44.9658,159.089;QD=5.70876;RBI=0.0236447,0.0456414;REFB=0.00847834,-0.00893752;REVB=0.0236173,-0.0226589;RO=28;SAF=2,7;SAR=0,1;SRF=15;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.451606,0.470698;STB=0.5,0.722916;STBP=1,0.145;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.030089;OID=.,.;OPOS=100745823,100745825;OREF=GCT,T;OALT=CTC,C;OMAPALT=CTC,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:61:43:43:28:33:2,8:0,10:0,0.232558:0,1:2,7:15:13:0,2:0,8:18:15 chrX 100748078 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0955;QD=58.587;RBI=0.0276976;REFB=0;REVB=0.0240625;RO=0;SAF=29;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501634;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:4:29:0:0:4:29:0:0 chrX 100871148 . T C 37.87 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0253287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.517;QD=10.8199;RBI=0.201089;REFB=-0.000703706;REVB=0.199488;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33255;STB=0.726563;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0112092;OID=.;OPOS=100871148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:6:2:4:2:6:2 chrX 100880857 . G A 513.9 PASS AF=0.519608;AO=52;DP=103;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00761397;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1683;QD=20.1528;RBI=0.0573745;REFB=-0.0204044;REVB=0.0568671;RO=50;SAF=28;SAR=24;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696277;STB=0.538049;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0189584;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:50:49:52:53:0.519608:24:28:23:27:25:28:22:27 chrX 100911066 . C T 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1449;QD=60.975;RBI=0.0175883;REFB=0;REVB=0.00585998;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104029;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chrX 100946613 . T C 1887.14 PASS AF=0.474699;AO=182;DP=400;FAO=197;FDP=415;FR=.;FRO=218;FSAF=77;FSAR=120;FSRF=102;FSRR=116;FWDB=0.0177156;FXX=0.00479605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.555;QD=18.1893;RBI=0.0179298;REFB=-0.0243156;REVB=-0.0027632;RO=218;SAF=62;SAR=120;SRF=101;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128306;STB=0.541709;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0251421;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:400:415:218:218:182:197:0.474699:120:62:101:117:120:77:102:116 chrX 101091164 . T C 332.0 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0167004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.304;QD=18.7041;RBI=0.0441003;REFB=-0.0148509;REVB=-0.0408158;RO=36;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218413;STB=0.505879;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0191628;OID=.;OPOS=101091164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:36:36:34:35:0.492958:20:14:14:22:21:14:14:22 chrX 101138792 . T C 805.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.664;QD=64.44;RBI=0.0585787;REFB=0;REVB=0.058549;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176338;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:26:24:0:0 chrX 101911337 . C T 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0659701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.005;QD=17.0998;RBI=0.0691448;REFB=-0.00906682;REVB=-0.0207111;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917792;STB=0.552414;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0209759;OID=.;OPOS=101911337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:4:11:9:5:4:11 chrX 101970316 . A C 663.19 PASS AF=0.384615;AO=75;DP=195;FAO=75;FDP=195;FR=.;FRO=120;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=55;FSRR=65;FWDB=0.0153885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6298;QD=13.6039;RBI=0.0378668;REFB=-0.0106679;REVB=-0.034599;RO=120;SAF=39;SAR=36;SRF=55;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671439;STB=0.537884;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0134268;OID=.;OPOS=101970316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:195:120:120:75:75:0.384615:36:39:55:65:36:39:55:65 chrX 102471531 . G T 1563.87 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=76;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0062197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.253;QD=56.868;RBI=0.0063833;REFB=0.00452905;REVB=-0.00143593;RO=3;SAF=76;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234334;STB=0.512357;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000135462;OID=.;OPOS=102471531;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:3:3:107:107:0.972727:31:76:1:2:31:76:1:2 chrX 102564583 . A G 1200.57 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00742608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.459;QD=58.5645;RBI=0.013434;REFB=-0.0527655;REVB=0.011195;RO=1;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126242;STB=0.513155;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00042956;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:1:2:80:80:0.97561:37:43:0:1:37:43:0:2 chrX 102979486 . T C 1492.87 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015086;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.224;QD=63.5263;RBI=0.0394617;REFB=0;REVB=0.0364642;RO=0;SAF=49;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7676e-06;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:44:49:0:0:45:49:0:0 chrX 103042882 . T C 537.49 PASS AF=0.467213;AO=56;DP=121;FAO=57;FDP=122;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.0105589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.449;QD=17.6225;RBI=0.0125147;REFB=-0.03516;REVB=-0.0067177;RO=65;SAF=30;SAR=26;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115789;STB=0.568132;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0373378;OID=.;OPOS=103042882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:65:65:56:57:0.467213:26:30:27:38:26:31:27:38 chrX 103046526 . TG T 767.01 PASS AF=0.9875;AO=67;DP=83;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0066088;FXX=0.0361402;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.3607;QD=38.3505;RBI=0.0425802;REFB=-0.0761143;REVB=0.0420642;RO=5;SAF=25;SAR=42;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375525;STB=0.50877;STBP=0.283;TYPE=del;VARB=0.0106844;OID=.;OPOS=103046527;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.9875:67:83:79:80:1:28:51:1:0:8:5:25:42:2:3 chrX 103267865 . C T 537.68 PASS AF=0.475;AO=57;DP=120;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0657976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3796;QD=17.9227;RBI=0.065965;REFB=-0.0402932;REVB=0.00469786;RO=60;SAF=30;SAR=27;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398191;STB=0.517992;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0411819;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:60:63:57:57:0.475:27:30:29:31:27:30:31:32 chrX 103268333 . G A 292.7 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0368187;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.387;QD=14.6351;RBI=0.0369176;REFB=-0.00267936;REVB=0.00269979;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070698;STB=0.540067;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00395621;OID=.;OPOS=103268333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:17:16:26:21:17:16:26:21 chrX 104464276 . CA C 247.43 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305827;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.3875;QD=44.9865;RBI=0.149922;REFB=0;REVB=-0.14677;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.010087;OID=.;OPOS=104464277;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:22:22:0:13:9:0:0:5:0:13:9:0:0 chrX 104464281 . TC T 253.97 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.123843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.3197;QD=40.6344;RBI=0.127049;REFB=0;REVB=0.0283617;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.30137;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00791456;OID=.;OPOS=104464282;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:25:25:25:0:16:9:0:0:5:1:13:8:1:0 chrX 104992963 . T C 435.74 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00437998;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.038;QD=18.5421;RBI=0.0560608;REFB=0.00763645;REVB=0.0558894;RO=47;SAF=26;SAR=18;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955527;STB=0.55966;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00741668;OID=.;OPOS=104992963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:50:44:44:0.468085:18:26:23:24:18:26:24:26 chrX 105150508 . TAA TA,TAT 35.95 PASS AF=0.108911,0.049505;AO=11,5;DP=101;FAO=11,5;FDP=101;FR=.;FRO=85;FSAF=1,0;FSAR=10,5;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=0.010609,-0.00378274;FXX=0.00980296;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.93702,242.525;QD=1.42388;RBI=0.161612,0.023989;REFB=-0.0326315,-0.00236266;REVB=-0.161263,-0.0236889;RO=67;SAF=5,0;SAR=6,5;SRF=32;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0.33042,0;SSSB=-0.0285079,-0.524546;STB=0.889503,0.997874;STBP=0.012,0.015;TYPE=del,snp;VARB=-0.47926,0.0440304;OID=.,.;OPOS=105150509,105150510;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.108911,0.049505:11,5:101:11,5:101:85:1,0:10,5:42:43:15:67:5,0:6,5:32:35 chrX 105152282 . G A 481.53 PASS AF=0.342857;AO=60;DP=175;FAO=60;FDP=175;FR=.;FRO=115;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=66;FWDB=-0.0065133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.397;QD=11.0064;RBI=0.0345267;REFB=-0.00656414;REVB=-0.0339068;RO=115;SAF=25;SAR=35;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011084;STB=0.506352;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0143191;OID=.;OPOS=105152282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:115:115:60:60:0.342857:35:25:49:66:35:25:49:66 chrX 105153001 . A G 1255.38 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.031404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6579;QD=59.0766;RBI=0.0442896;REFB=-0.0512078;REVB=0.0312308;RO=2;SAF=32;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053738;STB=0.502838;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00162665;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:2:2:83:83:0.976471:51:32:1:1:51:32:1:1 chrX 105278361 . C A 386.35 PASS AF=0.481928;AO=39;DP=82;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0244186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.059;QD=18.6194;RBI=0.0250392;REFB=-0.00155584;REVB=0.00554003;RO=42;SAF=9;SAR=30;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687184;STB=0.538442;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0015282;OID=.;OPOS=105278361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:42:43:39:40:0.481928:30:9:12:30:31:9:12:31 chrX 106200202 . G A 3112.8 PASS AF=1;AO=195;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5483;QD=63.8522;RBI=0.0433929;REFB=0;REVB=-0.00917525;RO=0;SAF=101;SAR=94;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45713e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.08266e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:195:195:1:94:101:0:0:94:101:0:0 chrX 106845185 . CG C 97.38 PASS AF=0.8;AO=12;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.244313;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.5821;QD=19.4768;RBI=0.281705;REFB=0.0400715;REVB=-0.140247;RO=6;SAF=9;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0149184;OID=.;OPOS=106845186;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:12:20:16:20:4:12:4:3:1:15:6:9:3:5:1 chrX 107037795 . C A 769.36 PASS AF=0.432292;AO=82;DP=191;FAO=83;FDP=192;FR=.;FRO=109;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.00548035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6888;QD=16.0283;RBI=0.0733749;REFB=-0.00745976;REVB=-0.0731699;RO=107;SAF=49;SAR=33;SRF=53;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105373;STB=0.559772;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0120851;OID=.;OPOS=107037795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:192:107:109:82:83:0.432292:33:49:53:54:34:49:53:56 chrX 107084075 . A C 583.56 PASS AF=0.561224;AO=52;DP=95;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0309628;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7829;QD=23.8187;RBI=0.0448188;REFB=-0.0235231;REVB=-0.0324041;RO=43;SAF=17;SAR=35;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00125665;STB=0.518212;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0155529;OID=.;OPOS=107084075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:43:43:52:55:0.561224:35:17:14:29:35:20:14:29 chrX 107224660 . C T 199.44 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0365968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3468;QD=15.6421;RBI=0.0653219;REFB=0.00777079;REVB=0.0541075;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222721;STB=0.637579;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00454403;OID=.;OPOS=107224660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:29:22:22:0.431373:15:7:15:13:15:7:16:13 chrX 107417730 . G A 757.91 PASS AF=0.417526;AO=81;DP=198;FAO=81;FDP=194;FR=.;FRO=113;FSAF=29;FSAR=52;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=0.0118923;FXX=0.0251244;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.118;QD=15.6269;RBI=0.0143898;REFB=0.00194942;REVB=0.00810177;RO=104;SAF=29;SAR=52;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119251;STB=0.588089;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0024429;OID=.;OPOS=107417730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:194:104:113:81:81:0.417526:52:29:49:55:52:29:57:56 chrX 107418906 . A G 1993.81 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=81;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000649148;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1386;QD=61.348;RBI=0.057358;REFB=-0.0702646;REVB=0.0573543;RO=1;SAF=48;SAR=81;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979725;STB=0.505154;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00048578;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:130:1:1:129:129:0.992308:81:48:1:0:81:48:1:0 chrX 107431903 . G A 1134.79 PASS AF=0.473469;AO=114;DP=242;FAO=116;FDP=245;FR=.;FRO=129;FSAF=35;FSAR=81;FSRF=39;FSRR=90;FWDB=-0.00130648;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.061;QD=18.5272;RBI=0.00381871;REFB=-0.0185383;REVB=-0.00358827;RO=127;SAF=34;SAR=80;SRF=40;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018898;STB=0.500376;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.017057;OID=.;OPOS=107431903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:245:127:129:114:116:0.473469:80:34:40:87:81:35:39:90 chrX 107433688 . A G 1083.93 PASS AF=0.506977;AO=108;DP=216;FAO=109;FDP=215;FR=.;FRO=106;FSAF=45;FSAR=64;FSRF=38;FSRR=68;FWDB=0.00782468;FXX=0.00921617;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.586;QD=20.1662;RBI=0.0100678;REFB=-0.00289208;REVB=0.00633524;RO=106;SAF=44;SAR=64;SRF=38;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461936;STB=0.527901;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00376835;OID=.;OPOS=107433688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:215:106:106:108:109:0.506977:64:44:38:68:64:45:38:68 chrX 107449592 . G A 196.91 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00239737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.683;QD=12.9123;RBI=0.051033;REFB=-0.0297243;REVB=-0.0509767;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145818;STB=0.57371;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0433408;OID=.;OPOS=107449592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:37:24:24:0.393443:12:12:23:13:12:12:23:14 chrX 107457351 . G A 471.99 PASS AF=0.417323;AO=52;DP=127;FAO=53;FDP=127;FR=.;FRO=74;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0259846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5041;QD=14.8658;RBI=0.0585702;REFB=0.00825711;REVB=0.0524907;RO=72;SAF=31;SAR=21;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100802;STB=0.542203;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0191839;OID=.;OPOS=107457351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:72:74:52:53:0.417323:21:31:36:36:22:31:38:36 chrX 107464388 . G C 332.39 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00410777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9058;QD=26.5909;RBI=0.0101276;REFB=-0.0284611;REVB=0.00925714;RO=21;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151582;STB=0.508374;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0190264;OID=.;OPOS=107464388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:13:16:12:9:13:16:12:9 chrX 107827780 . G A 1540.91 PASS AF=0.513793;AO=148;DP=292;FAO=149;FDP=290;FR=.;FRO=141;FSAF=44;FSAR=105;FSRF=38;FSRR=103;FWDB=-0.00866636;FXX=0.0169486;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.322;QD=21.254;RBI=0.0114453;REFB=-0.00529625;REVB=-0.00747589;RO=131;SAF=44;SAR=104;SRF=36;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234195;STB=0.515255;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00885756;OID=.;OPOS=107827780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:290:131:141:148:149:0.513793:104:44:36:95:105:44:38:103 chrX 107829907 . G C 840.7 PASS AF=0.382239;AO=99;DP=258;FAO=99;FDP=259;FR=.;FRO=160;FSAF=34;FSAR=65;FSRF=86;FSRR=74;FWDB=-0.00178523;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.562;QD=12.9838;RBI=0.00180279;REFB=-0.000906335;REVB=-0.000251012;RO=153;SAF=34;SAR=65;SRF=81;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206104;STB=0.622679;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00244656;OID=.;OPOS=107829907;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:259:153:160:99:99:0.382239:65:34:81:72:65:34:86:74 chrX 107834453 . T G 627.87 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=48;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.00488352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.998;QD=20.5858;RBI=0.0102705;REFB=-0.0274328;REVB=0.00903521;RO=59;SAF=15;SAR=48;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955899;STB=0.552828;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0259232;OID=.;OPOS=107834453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:59:59:63:63:0.516393:48:15:19:40:48:15:19:40 chrX 107845128 . T C 1914.93 PASS AF=0.438298;AO=204;DP=472;FAO=206;FDP=470;FR=.;FRO=264;FSAF=105;FSAR=101;FSRF=137;FSRR=127;FWDB=-0.0232261;FXX=0.00634236;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4034;QD=16.2973;RBI=0.041426;REFB=-0.0130962;REVB=-0.0343024;RO=262;SAF=104;SAR=100;SRF=136;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00942487;STB=0.505187;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.014617;OID=.;OPOS=107845128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:472:470:262:264:204:206:0.438298:100:104:136:126:101:105:137:127 chrX 107850076 . G A 299.0 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.000764318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.17;QD=14.5853;RBI=0.00350235;REFB=-0.0242471;REVB=-0.00341793;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04871;STB=0.524376;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.032125;OID=.;OPOS=107850076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:47:48:33:34:0.414634:16:17:22:25:17:17:22:26 chrX 107909784 . A G 1082.19 PASS AF=0.456349;AO=114;DP=252;FAO=115;FDP=252;FR=.;FRO=137;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=-0.0445287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8128;QD=17.1776;RBI=0.0492015;REFB=-0.0185675;REVB=0.0209278;RO=136;SAF=35;SAR=79;SRF=63;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166874;STB=0.58675;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.021661;OID=.;OPOS=107909784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:252:252:136:137:114:115:0.456349:79:35:63:73:79:36:63:74 chrX 107913935 . A G 341.81 PASS AF=0.408163;AO=39;DP=99;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.0170747;FXX=0.048539;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.841;QD=13.9512;RBI=0.0185158;REFB=-0.00860344;REVB=-0.00716176;RO=58;SAF=21;SAR=18;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324717;STB=0.511358;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0200795;OID=.;OPOS=107913935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:58:58:39:40:0.408163:18:21:33:25:18:22:33:25 chrX 107976940 . G C 222.87 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0828366;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4615;QD=16.509;RBI=0.0968123;REFB=0.00472314;REVB=0.050107;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100735;STB=0.556823;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.005281;OID=.;OPOS=107976940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:12:13:12:17:12:13:12:17 chrX 107979512 . C T 611.45 PASS AF=0.371728;AO=71;DP=191;FAO=71;FDP=191;FR=.;FRO=120;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=0.0123834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.419;QD=12.8052;RBI=0.0151744;REFB=-0.0252644;REVB=-0.00877013;RO=120;SAF=24;SAR=47;SRF=67;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247551;STB=0.640517;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0448541;OID=.;OPOS=107979512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:120:120:71:71:0.371728:47:24:67:53:47:24:67:53 chrX 108297336 . TG AA 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102636;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=223.008;QD=39.2068;RBI=0.0102636;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.64189e-05;OID=.;OPOS=108297336;OREF=TG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chrX 108297345 . TTTT AGCA 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233625;FXX=0;HRUN=5;LEN=4;MLLD=345.668;QD=47.8224;RBI=0.00233625;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=16;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.90702e-06;OID=.;OPOS=108297345;OREF=TTTT;OALT=AGCA;OMAPALT=AGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:0:16:0:0:0:16:0:0 chrX 108297375 . T C 3068.99 PASS AF=1;AO=198;DP=201;FAO=202;FDP=202;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=142;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3436;QD=60.7721;RBI=0.00681678;REFB=-0.0922516;REVB=0.0019221;RO=1;SAF=60;SAR=138;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343906;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112017;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:201:202:1:0:198:202:1:138:60:0:1:142:60:0:0 chrX 108297445 . A G 4576.62 PASS AF=0.986755;AO=292;DP=296;FAO=298;FDP=302;FR=.;FRO=4;FSAF=117;FSAR=181;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00223254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.936;QD=60.6175;RBI=0.00445111;REFB=-0.0217061;REVB=0.00385073;RO=4;SAF=116;SAR=176;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00396533;STB=0.501982;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-4.42543e-07;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:296:302:4:4:292:298:0.986755:176:116:1:3:181:117:1:3 chrX 108297500 . G C 2596.31 PASS AF=0.966292;AO=171;DP=177;FAO=172;FDP=178;FR=.;FRO=6;FSAF=66;FSAR=106;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0389411;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.627;QD=58.3441;RBI=0.0476753;REFB=-0.0902619;REVB=0.027505;RO=6;SAF=66;SAR=105;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773849;STB=0.504135;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00163409;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:177:178:6:6:171:172:0.966292:105:66:3:3:106:66:3:3 chrX 108297573 . A G 357.84 PASS AF=0.875;AO=26;DP=31;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0414444;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.595;QD=44.7296;RBI=0.0611958;REFB=-0.0627638;REVB=0.0450254;RO=5;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00367395;STB=0.514914;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0109298;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:31:32:5:4:26:28:0.875:21:5:1:4:23:5:1:3 chrX 108297602 . T C 399.07 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00453745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.457;QD=53.2094;RBI=0.00706046;REFB=-0.072318;REVB=-0.0054094;RO=1;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175737;STB=0.509085;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00160384;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:26:2:0:1:27:2:0:1 chrX 108297641 . G A 404.87 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.000913323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.116;QD=43.77;RBI=0.0428387;REFB=-0.0323855;REVB=0.042829;RO=6;SAF=2;SAR=29;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112682;STB=0.561246;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00553908;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:29:2:1:5:29:2:1:5 chrX 108297699 . T C 116.83 PASS AF=0.722222;AO=11;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0122914;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.375;QD=25.9632;RBI=0.0160637;REFB=-0.0246036;REVB=-0.0103424;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213785;STB=0.599866;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.000600115;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:19:18:5:5:11:13:0.722222:8:3:0:5:10:3:0:5 chrX 108297702 . A G 127.33 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0358842;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.84;QD=28.2955;RBI=0.0359033;REFB=-0.0142866;REVB=0.0011687;RO=5;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196536;STB=0.608548;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00360283;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:18:5:5:13:13:0.722222:9:4:0:5:9:4:0:5 chrX 108297713 . T C 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00542533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.278;QD=28.6827;RBI=0.0146205;REFB=0.0389939;REVB=0.0135766;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147719;STB=0.583156;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000761363;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:0:2:5:4:0:2 chrX 108297794 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.419;QD=35.5759;RBI=0.0186499;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106163;OID=.;OPOS=108297794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chrX 108297832 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.227;QD=33.4285;RBI=0.0639157;REFB=0;REVB=-0.0604891;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00255327;OID=.;OPOS=108297832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chrX 108708516 . C T 1614.84 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456666;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.989;QD=59.8089;RBI=0.0155081;REFB=0;REVB=-0.0148205;RO=0;SAF=43;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.94558e-05;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:64:43:0:0:65:43:0:0 chrX 108867302 . A T 200.46 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0281621;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6184;QD=15.1287;RBI=0.0315699;REFB=-0.00113362;REVB=-0.0142673;RO=29;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335861;STB=0.511659;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00112021;OID=.;OPOS=108867302;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:30:23:23:0.433962:8:15:18:11:8:15:19:11 chrX 112099286 . G A 2083.63 PASS AF=0.932886;AO=139;DP=149;FAO=139;FDP=149;FR=.;FRO=10;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00495899;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.862;QD=55.9365;RBI=0.022348;REFB=-0.0222119;REVB=0.0217909;RO=10;SAF=61;SAR=78;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463771;STB=0.524456;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00361423;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:149:149:10:10:139:139:0.932886:78:61:8:2:78:61:8:2 chrX 113193211 . A T 134.16 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0164169;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.675;QD=9.41449;RBI=0.0570292;REFB=-0.009899;REVB=-0.0546151;RO=38;SAF=13;SAR=5;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605713;STB=0.541517;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0191248;OID=.;OPOS=113193211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:39:18:18:0.315789:5:13:29:9:5:13:30:9 chrX 113219823 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0305268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.147;QD=15.1604;RBI=0.0310983;REFB=0.000387739;REVB=-0.00593423;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152684;STB=0.588126;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.000205643;OID=.;OPOS=113219823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:13:9:9:7:13:9 chrX 114424597 . G A 110.58 PASS AF=0.619048;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00209398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.85;QD=21.0636;RBI=0.249632;REFB=-0.0723562;REVB=0.249623;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430006;STB=0.510188;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.047759;OID=.;OPOS=114424597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:21:21:10:8:11:13:0.619048:1:10:6:4:3:10:6:2 chrX 114425400 . G A 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0742;QD=51.5079;RBI=0.0413461;REFB=-0.0644071;REVB=0.0383532;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00311076;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:1:0:15:11:1:0 chrX 114426171 . C T 102.8 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0113621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.094;QD=29.3701;RBI=0.0579468;REFB=-0.049963;REVB=0.0568219;RO=3;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901728;STB=0.550922;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0107288;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:14:14:3:3:11:11:0.785714:9:2:1:2:9:2:1:2 chrX 114426917 . C T 727.04 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.761;QD=63.2209;RBI=0.0738034;REFB=0;REVB=0.0591652;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400551;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:17:27:0:0:19:27:0:0 chrX 115590299 . C G 395.14 PASS AF=0.396552;AO=46;DP=115;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=-0.0457188;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7583;QD=13.6256;RBI=0.0464497;REFB=-0.0162332;REVB=-0.00820764;RO=68;SAF=20;SAR=26;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069275;STB=0.531;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0231306;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:68:70:46:46:0.396552:26:20:34:34:26:20:34:36 chrX 117700140 . C CG 454.16 PASS AF=1;AO=8;DP=58;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467781;FXX=0.019996;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.8792;QD=37.0739;RBI=0.0729395;REFB=0;REVB=0.055964;RO=50;SAF=8;SAR=0;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.714245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0170888;OID=.;OPOS=117700141;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:58:49:49:0:20:29:0:0:3:50:8:0:19:31 chrX 117700141 . A G 593.48 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0243355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.88;QD=47.4783;RBI=0.0433235;REFB=-0.131113;REVB=0.0358429;RO=8;SAF=13;SAR=29;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218705;STB=0.617589;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0173037;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:50:50:8:8:42:42:0.84:29:13:8:0:29:13:8:0 chrX 117810555 . CT CA,C,CTT 42.96 PASS AF=0.0327869,0.155738,0;AO=11,25,14;DP=124;FAO=4,19,0;FDP=122;FR=.;FRO=99;FSAF=0,7,0;FSAR=4,12,0;FSRF=77;FSRR=22;FWDB=0.00634374,0.117515,-0.120507;FXX=0.0161277;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=106.974,7.01919,9.38292;QD=1.40859;RBI=0.073534,0.192728,0.188611;REFB=-0.00331439,-0.0632192,0.0604404;REVB=-0.0732598,-0.152756,0.145094;RO=70;SAF=0,13,13;SAR=11,12,1;SRF=58;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.811811,-0.400593,0.286812;STB=0.99874,0.808749,0.5;STBP=0,0.024,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.144158,0.163416,-0.0209967;OID=.,.,.;OPOS=117810556,117810556,117810556;OREF=T,T,-;OALT=A,-,T;OMAPALT=CA,C,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0327869,0.155738,0:11,25,14:124:4,19,0:122:99:0,7,0:4,12,0:77:22:26:70:0,13,13:11,12,1:58:12 chrX 117819773 . A C 983.0 PASS AF=0.533708;AO=95;DP=177;FAO=95;FDP=178;FR=.;FRO=83;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0137896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.196;QD=22.0899;RBI=0.0152692;REFB=-0.0125381;REVB=0.006557;RO=82;SAF=49;SAR=46;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546811;STB=0.527001;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0110625;OID=.;OPOS=117819773;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:82:83:95:95:0.533708:46:49:37:45:46:49:38:45 chrX 117819902 . A G 270.06 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00749479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.462;QD=12.0024;RBI=0.0182837;REFB=-0.00234939;REVB=-0.016677;RO=58;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233454;STB=0.633256;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00743439;OID=.;OPOS=117819902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:58:58:32:32:0.355556:16:16:17:41:16:16:17:41 chrX 117904433 . T C 396.58 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0110558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.859;QD=17.824;RBI=0.0204243;REFB=-0.0287724;REVB=-0.0171733;RO=47;SAF=23;SAR=18;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485086;STB=0.533096;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0257031;OID=.;OPOS=117904433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:48:41:41:0.460674:18:23:24:23:18:23:24:24 chrX 117938928 . G A 480.23 PASS AF=0.377483;AO=57;DP=150;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0191805;FXX=0.013071;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.106;QD=12.7214;RBI=0.0386525;REFB=-0.0143594;REVB=-0.0335579;RO=92;SAF=22;SAR=35;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793282;STB=0.552613;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0266224;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:92:94:57:57:0.377483:35:22:42:50:35:22:44:50 chrX 118108785 . T C 862.87 PASS AF=0.475676;AO=88;DP=185;FAO=88;FDP=185;FR=.;FRO=97;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=43;FWDB=-0.0190567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.497;QD=18.6566;RBI=0.0229734;REFB=-0.0230205;REVB=-0.0128304;RO=97;SAF=52;SAR=36;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333357;STB=0.518421;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0277649;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:97:97:88:88:0.475676:36:52:54:43:36:52:54:43 chrX 118146810 . C T 359.8 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0306147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.305;QD=13.8384;RBI=0.0325141;REFB=-0.0183344;REVB=0.0109504;RO=56;SAF=10;SAR=32;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315544;STB=0.709254;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0189002;OID=.;OPOS=118146810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:56:62:42:42:0.403846:32:10:29:27:32:10:35:27 chrX 118148229 . A G 434.68 PASS AF=0.463158;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0227619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.383;QD=18.3025;RBI=0.0356711;REFB=-0.0262074;REVB=0.027465;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137922;STB=0.500244;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0259201;OID=.;OPOS=118148229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:51:43:44:0.463158:25:18:21:29:25:19:22:29 chrX 118219347 . T C 340.35 PASS AF=0.4625;AO=34;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.00945956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.62;QD=17.0176;RBI=0.0430354;REFB=-0.0203418;REVB=0.0419829;RO=40;SAF=28;SAR=6;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00244092;STB=0.507859;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0255319;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:40:43:34:37:0.4625:6:28:33:7:9:28:33:10 chrX 118220720 . A G 285.16 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0018377;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0094;QD=21.5212;RBI=0.0320062;REFB=-0.0341285;REVB=-0.0319534;RO=23;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150901;STB=0.588327;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0338446;OID=.;OPOS=118220720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:29:30:0.566038:11:18:10:13:11:19:10:13 chrX 118222360 . T A 253.1 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0205641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4573;QD=17.4551;RBI=0.0208174;REFB=-0.0174624;REVB=0.00323808;RO=30;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131397;STB=0.541854;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0127912;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:26:28:0.482759:18:8:13:17:18:10:13:17 chrX 118281538 . C A 1165.49 PASS AF=0.975309;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00525621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0564;QD=57.5552;RBI=0.0471109;REFB=-0.0272483;REVB=0.0468168;RO=2;SAF=36;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255682;STB=0.51351;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00845095;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:78:79:0.975309:42:36:2:0:43:36:2:0 chrX 118557712 . A C 329.28 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0352828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7514;QD=20.9064;RBI=0.0393331;REFB=-0.00468504;REVB=0.0173844;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143252;STB=0.579401;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00537355;OID=.;OPOS=118557712;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:21:13:16:13:21:13:16:13 chrX 118587003 . C T 163.64 PASS AF=0.375;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00549193;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.034;QD=11.6884;RBI=0.0116929;REFB=-0.00454104;REVB=0.0103229;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662251;STB=0.555504;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00946832;OID=.;OPOS=118587003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:20:21:0.375:12:8:12:23:12:9:12:23 chrX 118587321 . A G 129.43 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=40;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=0.0671959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2395;QD=12.6268;RBI=0.0706551;REFB=-0.0280681;REVB=0.0218368;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283258;STB=0.678726;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0508151;OID=.;OPOS=118587321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:26:26:14:15:0.365854:8:6:5:21:8:7:5:21 chrX 118602583 . G C 1079.11 PASS AF=0.407534;AO=118;DP=291;FAO=119;FDP=292;FR=.;FRO=173;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=0.0199484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.564;QD=14.7823;RBI=0.0204156;REFB=-0.0165235;REVB=0.0043422;RO=171;SAF=62;SAR=56;SRF=80;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608942;STB=0.536226;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0224481;OID=.;OPOS=118602583;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:171:173:118:119:0.407534:56:62:80:91:56:63:81:92 chrX 118603844 . T G 1576.55 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=109;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0130256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.223;QD=57.8551;RBI=0.0152725;REFB=-0.0799112;REVB=-0.0079738;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.511903;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00201938;OID=.;OPOS=118603844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:109:109:0:2:107:107:0.981651:66:41:0:0:66:41:2:0 chrX 118604436 . T A,C 1094.94 PASS AF=0.0405405,0.959459;AO=3,70;DP=73;FAO=3,71;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=2,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143308,-0.000813634;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.5334,107.753;QD=59.1862;RBI=0.0160406,0.0124684;REFB=0,0;REVB=-0.00720613,0.0124418;RO=0;SAF=1,31;SAR=2,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00436403,0.00213374;OID=.,.;OPOS=118604436,118604436;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:73:74:0:0:3,70:3,71:0.0405405,0.959459:2,39:1,31:0:0:2,40:1,31:0:0 chrX 118678364 . G A 407.52 PASS AF=0.387097;AO=47;DP=125;FAO=48;FDP=124;FR=.;FRO=76;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00467007;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.944;QD=13.1458;RBI=0.00510762;REFB=-0.00592925;REVB=0.00206839;RO=73;SAF=18;SAR=29;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135415;STB=0.586383;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00752281;OID=.;OPOS=118678364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:73:76:47:48:0.387097:29:18:37:36:30:18:39:37 chrX 118699320 . A G 2786.17 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212044;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6136;QD=61.9148;RBI=0.0230191;REFB=0;REVB=0.00895833;RO=0;SAF=98;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.60037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470739;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:180:0:0:175:180:1:77:98:0:0:82:98:0:0 chrX 118893054 . C A 145.31 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1609;QD=44.7092;RBI=0.141891;REFB=0;REVB=0.0037048;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564732;OID=.;OPOS=118893054;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chrX 118893137 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6716;QD=33.4283;RBI=0.115004;REFB=0;REVB=0.0418182;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00770525;OID=.;OPOS=118893137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chrX 118893413 . T C 2399.72 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0401968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.471;QD=61.1393;RBI=0.0449767;REFB=0;REVB=0.0201774;RO=0;SAF=72;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11163e-07;OID=.;OPOS=118893413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:157:0:0:156:157:1:84:72:0:0:84:73:0:0 chrX 119005705 . C G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.934;QD=57.3858;RBI=0.0553849;REFB=0;REVB=0.0123668;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135739;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chrX 119387833 . C CTGA 321.83 PASS AF=0.710526;AO=25;DP=59;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0222771;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=209.13;QD=33.8774;RBI=0.0307607;REFB=-0.0551012;REVB=0.0212121;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351646;STB=0.502956;STBP=0.967;TYPE=ins;VARB=0.00686819;OID=.;OPOS=119387834;OREF=-;OALT=TGA;OMAPALT=CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.710526:25:59:27:38:11:15:12:6:5:81:33:13:12:16:17 chrX 119389966 . C T 313.62 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00320026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.297;QD=50.1797;RBI=0.00825944;REFB=-0.115385;REVB=0.00761424;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370176;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00115846;OID=.;OPOS=119389966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:11:12:1:0:11:13:1:0 chrX 119390465 . A G 275.4 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108042;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.883;QD=52.4564;RBI=0.108802;REFB=0;REVB=0.012836;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113404;OID=.;OPOS=119390465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:16:4:0:0:16:5:0:0 chrX 119391880 . G A 272.49 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7792;QD=51.9021;RBI=0.0370923;REFB=0;REVB=0.0335805;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500518;OID=.;OPOS=119391880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chrX 119576455 . G C 487.05 PASS AF=0.546512;AO=44;DP=84;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.014127;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6442;QD=22.6536;RBI=0.0340523;REFB=-0.0104081;REVB=-0.0309836;RO=38;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302189;STB=0.502981;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00734587;OID=.;OPOS=119576455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:38:39:44:47:0.546512:23:21:18:20:25:22:18:21 chrX 119590533 . T A 1567.17 PASS AF=0.401376;AO=174;DP=434;FAO=175;FDP=436;FR=.;FRO=261;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=172;FSRR=89;FWDB=0.00488603;FXX=0.00228828;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8653;QD=14.3777;RBI=0.0492306;REFB=-0.0105182;REVB=0.0489875;RO=256;SAF=95;SAR=79;SRF=172;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137785;STB=0.570886;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.015183;OID=.;OPOS=119590533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:434:436:256:261:174:175:0.401376:79:95:172:84:80:95:172:89 chrX 120008979 . T C 543.28 PASS AF=1;AO=27;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.172;QD=58.7328;RBI=0.0632259;REFB=0;REVB=0.0286611;RO=0;SAF=24;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18447e-05;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:27:37:1:3:24:0:0:4:33:0:0 chrX 120008980 . G C 67.59 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=36;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=3;FWDB=-0.0709497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.1849;QD=7.11518;RBI=0.078921;REFB=-0.0756383;REVB=0.0345639;RO=27;SAF=8;SAR=1;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514256;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.196256;OID=.;OPOS=120008980;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:36:38:27:28:9:10:0.263158:1:8:24:3:1:9:25:3 chrX 120182294 . C T 186.73 PASS AF=0.212766;AO=30;DP=141;FAO=30;FDP=141;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=69;FSRR=42;FWDB=0.00048422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.305;QD=5.29731;RBI=0.0271311;REFB=-0.00310346;REVB=-0.0271268;RO=111;SAF=15;SAR=15;SRF=69;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155429;STB=0.595683;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0107739;OID=.;OPOS=120182294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:111:111:30:30:0.212766:15:15:69:42:15:15:69:42 chrX 122250996 . G T 1649.43 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.823;QD=59.9792;RBI=0.0438227;REFB=0;REVB=0.0363639;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53318e-05;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:53:56:0:0:53:57:0:0 chrX 122318386 . A AG 2458.77 PASS AF=1;AO=154;DP=172;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447996;FXX=0.0479013;HRUN=0;LEN=1;MLLD=231.143;QD=61.856;RBI=0.0453147;REFB=0;REVB=0.00681253;RO=7;SAF=84;SAR=70;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000116502;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:154:172:159:159:0:87:72:0:0:14:7:84:70:7:0 chrX 122336600 . T TG 1240.12 PASS AF=1;AO=107;DP=133;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0373186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.8501;QD=39.0588;RBI=0.0382215;REFB=0;REVB=0.00825868;RO=22;SAF=41;SAR=66;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000324934;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:107:133:127:127:0:50:77:0:0:24:22:41:66:8:14 chrX 122338337 . A G 534.53 PASS AF=0.423358;AO=57;DP=137;FAO=58;FDP=137;FR=.;FRO=79;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=-0.0214169;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.194;QD=15.6066;RBI=0.0223927;REFB=-0.0132817;REVB=-0.00653831;RO=78;SAF=20;SAR=37;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222745;STB=0.631668;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0220418;OID=.;OPOS=122338337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:78:79:57:58:0.423358:37:20:44:34:38:20:45:34 chrX 122537277 . T C 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.921;QD=57.8829;RBI=0.0293041;REFB=0;REVB=0.028581;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82334e-05;OID=.;OPOS=122537277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chrX 123041043 . A G 233.36 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00190278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.588;QD=15.0552;RBI=0.0106555;REFB=-0.0238555;REVB=0.0104842;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816209;STB=0.546185;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0282621;OID=.;OPOS=123041043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:14:21:14:13:14:21 chrX 123042424 . G A 582.29 PASS AF=0.504274;AO=59;DP=120;FAO=59;FDP=117;FR=.;FRO=58;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00684366;FXX=0.0330551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.252;QD=19.9075;RBI=0.00927218;REFB=-0.00837448;REVB=-0.00625601;RO=58;SAF=42;SAR=17;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267677;STB=0.648296;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0105639;OID=.;OPOS=123042424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:117:58:58:59:59:0.504274:17:42:25:33:17:42:25:33 chrX 123042707 . T C 1761.16 PASS AF=0.46056;AO=180;DP=393;FAO=181;FDP=393;FR=.;FRO=212;FSAF=70;FSAR=111;FSRF=83;FSRR=129;FWDB=0.0212429;FXX=0.00757557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.912;QD=17.9253;RBI=0.0230321;REFB=-0.00427251;REVB=0.00890055;RO=205;SAF=68;SAR=112;SRF=82;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226926;STB=0.502708;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00479502;OID=.;OPOS=123042707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:393:393:205:212:180:181:0.46056:112:68:82:123:111:70:83:129 chrX 123043324 . TGTATA T,TGTCTA 426.94 PASS AF=0.262821,0.0961538;AO=39,15;DP=159;FAO=41,15;FDP=156;FR=.;FRO=100;FSAF=11,9;FSAR=30,6;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.000410972,0.0758357;FXX=0.0188667;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=196.959,48.5823;QD=10.9472;RBI=0.00896655,0.0777726;REFB=-0.00361255,-0.017029;REVB=0.00895713,-0.0172488;RO=97;SAF=10,10;SAR=29,5;SRF=52;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.351481,0.16713;STB=0.687678,0.570328;STBP=0.006,0.578;TYPE=del,snp;VARB=0.0177828,0.0685161;OID=.,.;OPOS=123043325,123043327;OREF=GTATA,A;OALT=-,C;OMAPALT=T,TGTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262821,0.0961538:39,15:159:41,15:156:100:11,9:30,6:52:48:99:97:10,10:29,5:52:45 chrX 124456399 . A G 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.020452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.25;QD=18.4834;RBI=0.0253563;REFB=-0.00703986;REVB=-0.0149886;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913696;STB=0.55155;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00274907;OID=.;OPOS=124456399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:14:5:4:17:14:5:4:17 chrX 124456694 . T C 67.58 PASS AF=0.375;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0336316;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.868;QD=11.264;RBI=0.0336573;REFB=-0.00113206;REVB=0.0013155;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185755;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00735735;OID=.;OPOS=124456694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:25:24:15:15:8:9:0.375:2:6:9:6:3:6:9:6 chrX 125298690 . G A 2213.78 PASS AF=0.993056;AO=140;DP=146;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348958;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.697;QD=61.494;RBI=0.101921;REFB=-0.110116;REVB=0.095761;RO=1;SAF=59;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583422;STB=0.504132;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000700977;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:146:144:1:1:140:143:0.993056:81:59:0:1:83:60:1:0 chrX 125299188 . T G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.861;QD=62.3461;RBI=0.0214414;REFB=0;REVB=0.00249969;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72812e-05;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chrX 125299467 . G T 2388.02 PASS AF=0.9875;AO=158;DP=160;FAO=158;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1236;QD=59.7006;RBI=0.0308408;REFB=0.0189993;REVB=0.0159877;RO=1;SAF=68;SAR=90;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00525741;STB=0.500887;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00111135;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:160:160:1:2:158:158:0.9875:90:68:0:1:90:68:1:1 chrX 125954900 . C T 628.77 PASS AF=0.588235;AO=60;DP=102;FAO=60;FDP=102;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0136797;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.477;QD=24.6578;RBI=0.0189677;REFB=0.00775096;REVB=-0.0131393;RO=41;SAF=16;SAR=44;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110617;STB=0.556942;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00460456;OID=.;OPOS=125954900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:41:42:60:60:0.588235:44:16:16:25:44:16:16:26 chrX 125955199 . T C 276.3 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=99;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00879096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.116;QD=11.1636;RBI=0.00985304;REFB=-0.0129864;REVB=0.00444988;RO=65;SAF=14;SAR=19;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182101;STB=0.609868;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0234206;OID=.;OPOS=125955199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:66:33:33:0.333333:19:14:38:27:19:14:39:27 chrX 125955428 . G A 1080.47 PASS AF=0.435424;AO=117;DP=272;FAO=118;FDP=271;FR=.;FRO=153;FSAF=70;FSAR=48;FSRF=103;FSRR=50;FWDB=-0.00987902;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.408;QD=15.9478;RBI=0.0741656;REFB=-0.0264738;REVB=0.0735047;RO=150;SAF=70;SAR=47;SRF=99;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659944;STB=0.547605;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.027377;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:150:153:117:118:0.435424:47:70:99:51:48:70:103:50 chrX 128780176 . A AAGC 69.33 PASS AF=0.384615;AO=6;DP=33;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0260729;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=3;MLLD=171.086;QD=10.6662;RBI=0.0270661;REFB=-0.0800789;REVB=0.00726481;RO=25;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845942;STB=0.599815;STBP=0.506;TYPE=ins;VARB=0.0963531;OID=.;OPOS=128780177;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:6:33:10:26:16:6:4:12:4:69:25:4:2:15:10 chrX 128781864 . C A 428.54 PASS AF=0.545455;AO=42;DP=77;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0201901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.49;QD=22.262;RBI=0.0233157;REFB=-0.00106018;REVB=-0.0116612;RO=32;SAF=21;SAR=21;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172659;STB=0.571395;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000376799;OID=.;OPOS=128781864;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:35:42:42:0.545455:21:21:9:23:21:21:12:23 chrX 128880614 . T C 2348.59 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.768;QD=60.6088;RBI=0.0331369;REFB=0;REVB=0.0025584;RO=0;SAF=71;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6227e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61017e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:153:155:1:82:71:0:0:83:72:0:0 chrX 129147079 . T C 793.33 PASS AF=0.936508;AO=57;DP=61;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0114584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5137;QD=50.37;RBI=0.0150728;REFB=-0.0230879;REVB=-0.00979256;RO=4;SAF=32;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553863;STB=0.527768;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0100886;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:63:4:4:57:59:0.936508:25:32:4:0:25:34:4:0 chrX 129200301 . C G 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0181147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9654;QD=12.2751;RBI=0.0221024;REFB=-0.0239415;REVB=-0.0126639;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642725;STB=0.537852;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0318481;OID=.;OPOS=129200301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:15:17:10:7:15:17 chrX 129283520 . A G 322.29 PASS AF=0.37037;AO=38;DP=108;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0196288;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.852;QD=11.9366;RBI=0.0206393;REFB=-0.0112364;REVB=-0.00637904;RO=68;SAF=20;SAR=18;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127599;STB=0.570933;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0125279;OID=.;OPOS=129283520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:68:68:38:40:0.37037:18:20:28:40:19:21:28:40 chrX 129338766 . G A 862.27 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.029965;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.28;QD=54.7474;RBI=0.0390554;REFB=-0.136891;REVB=-0.0250483;RO=2;SAF=20;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116429;STB=0.506171;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00176363;OID=.;OPOS=129338766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:63:2:2:61:61:0.968254:41:20:1:1:41:20:1:1 chrX 129349295 . T G 1103.0 PASS AF=0.95;AO=75;DP=81;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0105795;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.139;QD=55.1499;RBI=0.0135278;REFB=-0.0379999;REVB=0.00843061;RO=3;SAF=23;SAR=52;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303724;STB=0.524657;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00220271;OID=.;OPOS=129349295;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:81:80:3:4:75:76:0.95:52:23:2:1:52:24:3:1 chrX 129629716 . A G 118.63 PASS AF=0.174603;AO=22;DP=127;FAO=22;FDP=126;FR=.;FRO=104;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=-0.00897452;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.448;QD=3.76614;RBI=0.0144396;REFB=-0.00327624;REVB=-0.011312;RO=103;SAF=8;SAR=14;SRF=53;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193025;STB=0.628868;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0144667;OID=.;OPOS=129629716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:103:104:22:22:0.174603:14:8:53:50:14:8:54:50 chrX 130223137 . G A 1078.77 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.476;QD=59.9316;RBI=0.027431;REFB=0;REVB=0.0187983;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32818e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:30:40:0:0:32:40:0:0 chrX 130416958 . C T 2100.87 PASS AF=0.958904;AO=132;DP=141;FAO=140;FDP=146;FR=.;FRO=6;FSAF=81;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.11417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9488;QD=57.558;RBI=0.114333;REFB=-0.0166718;REVB=0.00610682;RO=7;SAF=74;SAR=58;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402978;STB=0.52419;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00175111;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:141:146:7:6:132:140:0.958904:58:74:1:6:59:81:0:6 chrX 130420006 . T C 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.738;QD=62.6144;RBI=0.0385362;REFB=0;REVB=0.0163849;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79642e-05;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chrX 130420415 . T C 704.64 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0592367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.335;QD=58.7199;RBI=0.0605368;REFB=-0.0781639;REVB=0.0124787;RO=1;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200022;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309843;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:23:23:1:0:23:23:1:1 chrX 130678467 . A G 2142.24 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383548;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.735;QD=63.0071;RBI=0.040222;REFB=0;REVB=0.0121126;RO=0;SAF=55;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.37631e-05;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:81:55:0:0:81:55:0:0 chrX 130678844 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.163;QD=52.613;RBI=0.0303892;REFB=0;REVB=0.00134843;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.36276e-05;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chrX 132161673 . C T 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.109144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9367;QD=9.14798;RBI=0.109893;REFB=-0.00102658;REVB=-0.012804;RO=39;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311319;STB=0.696733;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00200634;OID=.;OPOS=132161673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:40:18:18:0.310345:14:4:18:21:14:4:19:21 chrX 132437337 . G A 1702.43 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424072;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.025;QD=60.8012;RBI=0.0425919;REFB=0;REVB=-0.00396205;RO=0;SAF=47;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.8673e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45812e-05;OID=.;OPOS=132437337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:65:47:0:0:65:47:0:0 chrX 132438872 . C A 676.02 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887174;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1582;QD=62.886;RBI=0.0892438;REFB=0;REVB=0.00967942;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312805;OID=.;OPOS=132438872;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:33:10:0:0:33:10:0:0 chrX 133379551 . C T 1347.65 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.761;QD=61.9609;RBI=0.0173007;REFB=0;REVB=0.00316675;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03882e-05;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:84:87:1:47:37:0:0:47:40:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 766.24 PASS AF=0.90566,0.0943396;AO=28,7;DP=63;FAO=48,5;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=20,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673174,0.0736702;FXX=0.23185;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=113.598,128.441;QD=57.8297;RBI=0.133928,0.0754266;REFB=0,0;REVB=0.11578,-0.0161829;RO=0;SAF=15,4;SAR=13,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0121731,0.0439344;OID=.,.;OPOS=133380035,133380063;OREF=GT,GT;OALT=-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.90566,0.0943396:28,7:63:48,5:53:0:28,2:20,3:0:0:29:0:15,4:13,3:0:0 chrX 133923158 . G A 213.26 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0106698;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.743;QD=12.0147;RBI=0.0371723;REFB=-0.0152868;REVB=-0.0356081;RO=43;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542658;STB=0.517378;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0238559;OID=.;OPOS=133923158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:45:26:26:0.366197:14:12:22:21:14:12:22:23 chrX 134125475 . C G 386.42 PASS AF=0.423077;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=37;FWDB=0.00717671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.705;QD=14.8623;RBI=0.00851458;REFB=-0.0221968;REVB=-0.0045818;RO=57;SAF=14;SAR=30;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372437;STB=0.541973;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0285056;OID=.;OPOS=134125475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:57:60:44:44:0.423077:30:14:20:37:30:14:23:37 chrX 134126394 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.263;QD=60.6103;RBI=0.0306254;REFB=0;REVB=0.0147682;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135819;OID=.;OPOS=134126394;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chrX 134156121 . G C 320.12 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2889;QD=51.2187;RBI=0.129212;REFB=0;REVB=-0.090812;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160209;OID=.;OPOS=134156121;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:1:0:24:25:1:14:10:1:0:14:11:0:0 chrX 134185997 . T A 3082.64 PASS AF=1;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=193;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00165416;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.158;QD=63.889;RBI=0.0451447;REFB=0;REVB=0.0451144;RO=0;SAF=92;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55348e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68694e-05;OID=.;OPOS=134185997;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:194:193:0:0:193:193:1:101:92:0:0:101:92:0:0 chrX 134465799 . G A 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0189707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.684;QD=12.8726;RBI=0.035617;REFB=-0.0329424;REVB=-0.0301443;RO=31;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023668;STB=0.503102;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.069196;OID=.;OPOS=134465799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:10:9:14:17:10:9:15:17 chrX 134655252 . GC CG,GCG 47.68 PASS AF=0.0142857,0.171429;AO=6,10;DP=73;FAO=1,12;FDP=70;FR=.;FRO=57;FSAF=0,1;FSAR=1,11;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0303775,-0.0285278;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=82.9015,78.7733;QD=2.72447;RBI=0.0308511,0.0285292;REFB=-0.000322614,-0.00205739;REVB=-0.00538476,0.000279368;RO=57;SAF=0,1;SAR=6,9;SRF=16;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.523044,-0.342546;STB=0.985905,0.781822;STBP=0.488,0.107;TYPE=mnp,ins;VARB=0.160876,0.144496;OID=.,.;OPOS=134655252,134655254;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:73:70:57:57:6,10:1,12:0.0142857,0.171429:6,9:0,1:16:41:1,11:0,1:16:41 chrX 134807790 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.817;QD=40.7628;RBI=0.0546231;REFB=0;REVB=0.039167;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184476;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chrX 134948034 . A G 889.12 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107928;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.813;QD=58.303;RBI=0.0218807;REFB=0;REVB=-0.0190337;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137815;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:34:27:0:0:34:27:0:0 chrX 135307049 . G A 172.96 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00498971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5715;QD=18.6988;RBI=0.0329983;REFB=0.0309422;REVB=0.0326188;RO=19;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178792;STB=0.600557;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0295584;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:11:7:4:15:11:7:4:15 chrX 135310785 . T C 887.8 PASS AF=0.54375;AO=87;DP=160;FAO=87;FDP=160;FR=.;FRO=73;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0264387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.947;QD=22.195;RBI=0.0265306;REFB=-0.0256434;REVB=0.00220702;RO=72;SAF=33;SAR=54;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171326;STB=0.590789;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.016262;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:72:73:87:87:0.54375:54:33:42:30:54:33:42:31 chrX 135313034 . T G 420.97 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.00843684;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.239;QD=15.8855;RBI=0.011122;REFB=-0.0123447;REVB=-0.00724703;RO=58;SAF=25;SAR=22;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315677;STB=0.513073;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0137437;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:59:47:47:0.443396:22:25:29:29:22:25:30:29 chrX 135474420 . C A 1584.01 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.604;QD=64.0002;RBI=0.0298879;REFB=0;REVB=0.0258641;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102413;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:51:47:0:0:52:47:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1383.32 PASS AF=0.988764;AO=85;DP=96;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00539056;FXX=0.0729091;HRUN=1;LEN=3;MLLD=220.53;QD=62.1715;RBI=0.0286681;REFB=-0.00979435;REVB=0.0281568;RO=1;SAF=41;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114144;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=del;VARB=9.02538e-05;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988764:85:96:88:89:1:41:47:1:0:4:1:41:44:1:0 chrX 135480126 . T C 935.7 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021478;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=46.0855;QD=58.4811;RBI=0.0530868;REFB=0;REVB=-0.0530433;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00055395;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chrX 135496398 . G A 1695.09 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.978;QD=60.5388;RBI=0.0491218;REFB=0;REVB=-0.0470848;RO=0;SAF=49;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120098;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:63:49:0:0:63:49:0:0 chrX 135593198 . GA G,GT 33.72 PASS AF=0.0633803,0.0492958;AO=17,12;DP=130;FAO=9,7;FDP=142;FR=.;FRO=126;FSAF=1,0;FSAR=8,7;FSRF=49;FSRR=77;FWDB=-0.160352,-0.0540888;FXX=0.00699252;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.9719,56.4936;QD=0.949809;RBI=0.19292,0.0918139;REFB=-0.100537,-0.0234007;REVB=-0.107263,-0.0741902;RO=87;SAF=2,0;SAR=15,12;SRF=39;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.481221,-0.650821;STB=0.823901,0.998202;STBP=0.067,0.014;TYPE=del,snp;VARB=0.171687,0.143892;OID=.,.;OPOS=135593199,135593199;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0633803,0.0492958:17,12:130:9,7:142:126:1,0:8,7:49:77:8:87:2,0:15,12:39:48 chrX 135961585 . ATG A,AT,ATT 1013.09 PASS AF=0.378378,0,0.621622;AO=23,9,28;DP=75;FAO=28,0,46;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,28;FSAR=16,0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328592,-0.00345067,-0.00357516;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=144.235,145.754,145.265;QD=54.7618;RBI=0.0551998,0.0753167,0.0726773;REFB=0,0,0;REVB=0.0551019,0.0752376,0.0725893;RO=0;SAF=9,4,21;SAR=14,5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.84921e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00830194,-0.00729061,0.00522263;OID=.,.,.;OPOS=135961586,135961587,135961587;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=A,AT,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.378378,0,0.621622:23,9,28:75:28,0,46:74:0:12,0,28:16,0,18:0:0:52:0:9,4,21:14,5,7:0:0 chrX 138067202 . A G 1751.3 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0154821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0421;QD=59.8734;RBI=0.0241079;REFB=0.0133;REVB=-0.0184796;RO=1;SAF=51;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725069;STB=0.503816;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000795961;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:65:51:0:1:65:51:0:1 chrX 138774209 . C T 4046.19 PASS AF=1;AO=257;DP=259;FAO=261;FDP=261;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=166;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.024;QD=62.0105;RBI=0.0193564;REFB=0;REVB=0.0149136;RO=0;SAF=93;SAR=164;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23064e-05;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:261:0:0:257:261:1:164:93:0:0:166:95:0:0 chrX 138811003 . G A 1415.24 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5037;QD=62.8996;RBI=0.0646919;REFB=0;REVB=0.058902;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181291;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:42:47:0:0:42:48:0:0 chrX 138897130 . A C 1467.35 PASS AF=1;AO=75;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7065;QD=63.7978;RBI=0.121718;REFB=0;REVB=-0.00103469;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468938;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:75:92:1:49:26:0:0:49:43:0:0 chrX 139099828 . T A 962.34 PASS AF=0.865854;AO=69;DP=82;FAO=71;FDP=82;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00591744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2464;QD=46.9434;RBI=0.0282663;REFB=0.00426826;REVB=-0.0276399;RO=11;SAF=25;SAR=44;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989521;STB=0.548224;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00142696;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:82:82:11:11:69:71:0.865854:44:25:8:3:44:27:8:3 chrX 139858438 . TCGG T 1498.28 PASS AF=1;AO=92;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149866;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=3;MLLD=285.448;QD=59.338;RBI=0.0269771;REFB=0;REVB=0.0224314;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.81955e-05;OID=.;OPOS=139858439;OREF=CGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:100:101:101:0:52:49:0:0:8:0:48:44:0:0 chrX 139865862 . G A 194.52 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.027295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.54;QD=17.2904;RBI=0.0281103;REFB=-0.00995896;REVB=0.00672133;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.5111;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0196121;OID=.;OPOS=139865862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:25:20:20:0.444444:10:10:12:11:10:10:13:12 chrX 140008321 . CT TC 34.29 PASS AF=0.0472441;AO=9;DP=253;FAO=12;FDP=254;FR=.,HEALED;FRO=240;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=124;FSRR=116;FWDB=0.14623;FXX=0.00392141;HRUN=1;LEN=2;MLLD=18.4428;QD=0.540072;RBI=0.154687;REFB=-0.0833929;REVB=0.0504456;RO=199;SAF=1;SAR=8;SRF=103;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363186;STB=0.91475;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=-0.0405531;OID=.;OPOS=140008321;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:253:254:199:240:9:12:0.0472441:8:1:103:96:11:1:124:116 chrX 140008385 . G T 968.76 PASS AF=0.374593;AO=115;DP=305;FAO=115;FDP=307;FR=.;FRO=192;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=73;FSRR=119;FWDB=0.000137624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.035;QD=12.6223;RBI=0.0184684;REFB=-0.014789;REVB=-0.0184679;RO=190;SAF=43;SAR=72;SRF=72;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00592863;STB=0.504195;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0265209;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:305:307:190:192:115:115:0.374593:72:43:72:118:72:43:73:119 chrX 140270418 . T C 450.63 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347995;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.189;QD=58.146;RBI=0.0358253;REFB=0;REVB=0.0356559;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124468;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chrX 140271268 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4563;QD=37.4885;RBI=0.0296415;REFB=0;REVB=-0.0251403;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00275961;OID=.;OPOS=140271268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chrX 140967121 . A T 485.05 PASS AF=0.377483;AO=56;DP=151;FAO=57;FDP=151;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=57;FWDB=0.0541735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2105;QD=12.849;RBI=0.0542186;REFB=-0.00909733;REVB=-0.00221172;RO=90;SAF=30;SAR=26;SRF=36;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146937;STB=0.592689;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0176462;OID=.;OPOS=140967121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:90:94:56:57:0.377483:26:30:36:54:26:31:37:57 chrX 140967165 . T C 1419.37 PASS AF=0.944444;AO=101;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0674099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8026;QD=52.5692;RBI=0.0708808;REFB=-0.0608099;REVB=-0.0219089;RO=7;SAF=51;SAR=50;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025692;STB=0.518515;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00278618;OID=.;OPOS=140967165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:108:108:7:6:101:102:0.944444:50:51:5:2:51:51:5:1 chrX 140967195 . T A 1103.18 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000176904;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.686;QD=60.448;RBI=0.0152625;REFB=0;REVB=-0.0152614;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230421;OID=.;OPOS=140967195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chrX 140968628 . G T 167.33 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=0.0236627;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.086;QD=7.96783;RBI=0.0239155;REFB=-0.00566082;REVB=-0.0034682;RO=61;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366874;STB=0.716367;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0174707;OID=.;OPOS=140968628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:9:14:18:43:9:14:18:43 chrX 140968664 . C T 83.51 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0109508;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.341;QD=4.77173;RBI=0.0112832;REFB=-0.0197559;REVB=-0.00271839;RO=56;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298212;STB=0.685486;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0339218;OID=.;OPOS=140968664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:7:7:15:41:7:7:15:41 chrX 140985098 . C T 1244.47 PASS AF=0.492248;AO=127;DP=259;FAO=127;FDP=258;FR=.;FRO=131;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=55;FSRR=76;FWDB=-0.0410448;FXX=0.00386085;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.909;QD=19.2941;RBI=0.0424676;REFB=-0.00850094;REVB=0.0109007;RO=130;SAF=51;SAR=76;SRF=55;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205032;STB=0.509614;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00797924;OID=.;OPOS=140985098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:130:131:127:127:0.492248:76:51:55:75:76:51:55:76 chrX 140993821 . T G 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=-0.00358321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.536;QD=5.99314;RBI=0.0302786;REFB=-0.00491601;REVB=-0.0300658;RO=36;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229504;STB=0.654174;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0301183;OID=.;OPOS=140993821;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:9:1:7:29:9:1:7:29 chrX 140994171 . C G 228.04 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0266621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.309;QD=29.4248;RBI=0.0399475;REFB=-0.0392828;REVB=-0.0297479;RO=8;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745479;STB=0.571798;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0286694;OID=.;OPOS=140994171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:31:31:8:10:21:21:0.677419:11:10:5:3:11:10:7:3 chrX 140994280 . A G 38.76 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0234524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9333;QD=4.69815;RBI=0.0261008;REFB=-0.00993487;REVB=0.0114559;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523806;STB=0.877044;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0824027;OID=.;OPOS=140994280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:32:33:24:26:6:7:0.212121:5:1:15:9:6:1:17:9 chrX 141290865 . C T 1758.41 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2346;QD=59.6071;RBI=0.0559611;REFB=0.00656513;REVB=-0.00971023;RO=1;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00904417;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00728015;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:116:118:1:0:114:118:1:52:62:0:1:55:63:0:0 chrX 141291149 . CA C 34.84 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0318427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.5581;QD=6.05945;RBI=0.168515;REFB=-0.0411704;REVB=-0.165479;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.563371;STB=0.826995;STBP=0.163;TYPE=del;VARB=0.0441889;OID=.;OPOS=141291150;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:23:7:23:16:3:4:15:1:34:16:3:4:15:1 chrX 142716114 . G A 1940.61 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000277817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.123;QD=60.1738;RBI=0.00108743;REFB=-0.0845111;REVB=0.00105135;RO=2;SAF=64;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146163;STB=0.507691;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=2.90991e-07;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:63:64:2:0:63:64:2:0 chrX 142795225 . G A 117.84 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00844421;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.142;QD=11.4969;RBI=0.0210798;REFB=-0.0120917;REVB=0.0193146;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389154;STB=0.712513;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0278119;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:27:14:14:0.341463:12:2:9:12:12:2:10:17 chrX 142967468 . T G 804.92 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.0116;QD=64.3936;RBI=0.0184946;REFB=0;REVB=-0.000592678;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20864e-05;OID=.;OPOS=142967468;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chrX 142968082 . A C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.73;QD=57.8849;RBI=0.0223909;REFB=0;REVB=0.00664645;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38932e-05;OID=.;OPOS=142968082;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chrX 144337289 . A G 578.29 PASS AF=0.483871;AO=59;DP=123;FAO=60;FDP=124;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0205875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8718;QD=18.6546;RBI=0.0356602;REFB=-0.00137271;REVB=-0.0291171;RO=64;SAF=26;SAR=33;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480006;STB=0.531137;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000448053;OID=.;OPOS=144337289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:64:64:59:60:0.483871:33:26:25:39:33:27:25:39 chrX 144904882 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.898;QD=50.4135;RBI=0.0126969;REFB=0;REVB=-0.00279245;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51777e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 144905438 . C T 192.6 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0230867;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.813;QD=11.8524;RBI=0.0232539;REFB=-0.02077;REVB=0.00278373;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120025;STB=0.569174;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0278587;OID=.;OPOS=144905438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:12:12:25:16:12:12:25:16 chrX 144905744 . T C 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0410774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.087;QD=58.2249;RBI=0.0435917;REFB=-0.0767524;REVB=0.0145906;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00061478;OID=.;OPOS=144905744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:39:32:0:0:39:32:0:1 chrX 144909301 . T G 1942.92 PASS AF=1;AO=120;DP=124;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356013;FXX=0.108688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.044;QD=63.1843;RBI=0.0638011;REFB=0;REVB=0.0529446;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092228;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463217;OID=.;OPOS=144909301;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:124:123:1:0:120:123:1:69:51:1:0:69:54:0:0 chrX 144909302 . C G 52.49 PASS AF=0.1;AO=13;DP=138;FAO=14;FDP=140;FR=.;FRO=126;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=53;FSRR=73;FWDB=0.00203558;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.8961;QD=1.49968;RBI=0.0245324;REFB=0.0154009;REVB=0.0244478;RO=125;SAF=10;SAR=3;SRF=52;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401379;STB=0.812807;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0182953;OID=.;OPOS=144909302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:138:140:125:126:13:14:0.1:3:10:52:73:3:11:53:73 chrX 144910936 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.463;QD=62.6711;RBI=0.0287554;REFB=0;REVB=-0.0182496;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32415e-06;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chrX 146340338 . CT C 317.07 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.88;QD=52.8442;RBI=0.0509349;REFB=0;REVB=0.0203972;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000496426;OID=.;OPOS=146340339;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:24:24:24:0:6:18:0:0:4:0:6:17:0:0 chrX 147014960 . C T 2684.44 PASS AF=0.928205;AO=180;DP=195;FAO=181;FDP=195;FR=.;FRO=14;FSAF=67;FSAR=114;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=-0.00222021;FXX=0.0101518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.957;QD=55.0655;RBI=0.0290301;REFB=-0.0689431;REVB=-0.0289451;RO=15;SAF=67;SAR=113;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037714;STB=0.523274;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00396333;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:195:195:15:14:180:181:0.928205:113:67:2:13:114:67:1:13 chrX 147903704 . C T 3023.77 PASS AF=1;AO=191;DP=193;FAO=191;FDP=191;FR=.;FRO=0;FSAF=109;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288981;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9607;QD=63.3249;RBI=0.0303059;REFB=-0.0201233;REVB=-0.00912926;RO=1;SAF=109;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434897;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.08308e-05;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:193:191:1:0:191:191:1:82:109:1:0:82:109:0:0 chrX 147903927 . C T 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.14;QD=57.3843;RBI=0.0625196;REFB=0;REVB=0.00584368;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021897;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:44:13:0:0:44:13:0:0 chrX 148577970 . C G 31.26 PASS AF=0.107692;AO=9;DP=66;FAO=7;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0290814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5563;QD=1.92365;RBI=0.0929936;REFB=-0.00281258;REVB=-0.0883294;RO=42;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260926;STB=0.524816;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00558932;OID=.;OPOS=148577970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:66:65:42:57:9:7:0.107692:3:6:19:23:3:4:31:26 chrX 148627384 . A G 75.48 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.226805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.907;QD=37.7423;RBI=0.226824;REFB=0;REVB=0.00291843;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00383031;OID=.;OPOS=148627384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:4:8:1:3:1:0:0:3:5:0:0 chrX 148628490 . A T 295.07 PASS AF=0.923077;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0328562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.723;QD=45.3954;RBI=0.0342425;REFB=-0.15594;REVB=0.00964435;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031885;STB=0.514274;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00236185;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:26:1:2:22:24:0.923077:8:14:1:0:8:16:1:1 chrX 149013727 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.938;QD=60.9774;RBI=0.0457143;REFB=0;REVB=-0.045699;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000326396;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chrX 149826503 . G A 331.67 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0243875;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.619;QD=21.0587;RBI=0.0256243;REFB=-0.00557822;REVB=0.00786463;RO=29;SAF=10;SAR=24;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542213;STB=0.529937;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00519023;OID=.;OPOS=149826503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:24:10:7:22:24:10:7:22 chrX 149931106 . C T 558.13 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=96;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0018691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.34;QD=23.0156;RBI=0.00829494;REFB=-0.0222445;REVB=-0.00808161;RO=44;SAF=19;SAR=33;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387996;STB=0.527989;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.020503;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:44:45:52:52:0.536082:33:19:18:26:33:19:19:26 chrX 149933317 . TTA T,TAA 49.25 PASS AF=0.156863,0;AO=16,6;DP=120;FAO=16,0;FDP=102;FR=.;FRO=86;FSAF=6,0;FSAR=10,0;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.109482,-0.0895721;FXX=0.0285687;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=21.8974,19.8516;QD=1.93136;RBI=0.141574,0.0928955;REFB=-0.033025,0.000730855;REVB=-0.0897608,0.0246257;RO=90;SAF=6,6;SAR=10,0;SRF=49;SRR=41;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.211438,0.50296;STB=0.651987,0.5;STBP=0.207,1;TYPE=del,snp;VARB=0.127835,0;OID=.,.;OPOS=149933318,149933318;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156863,0:16,6:120:16,0:102:86:6,0:10,0:48:38:50:90:6,6:10,0:49:41 chrX 149933341 . T C 421.31 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=106;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0102989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.924;QD=15.8984;RBI=0.0126347;REFB=-0.0285046;REVB=-0.00731898;RO=59;SAF=21;SAR=26;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14482;STB=0.580971;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0368267;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:59:59:47:47:0.443396:26:21:35:24:26:21:35:24 chrX 149937404 . T C 99.72 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0194226;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.688;QD=13.754;RBI=0.0610799;REFB=-0.0961878;REVB=0.0579096;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.566363;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0658359;OID=.;OPOS=149937404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:17:17:12:12:0.413793:5:7:8:9:5:7:8:9 chrX 149999696 . C T 299.75 PASS AF=0.348624;AO=38;DP=109;FAO=38;FDP=109;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00759034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.259;QD=10.9998;RBI=0.00771087;REFB=-0.0116037;REVB=0.00135805;RO=69;SAF=16;SAR=22;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161164;STB=0.592259;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0204889;OID=.;OPOS=149999696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:69:71:38:38:0.348624:22:16:39:30:22:16:40:31 chrX 150573543 . CT C 53.23 PASS AF=0.1875;AO=43;DP=224;FAO=42;FDP=224;FR=.;FRO=182;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=51;FSRR=131;FWDB=-0.181225;FXX=0.0132153;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.6893;QD=0.9506;RBI=0.208963;REFB=-0.0458744;REVB=0.104036;RO=157;SAF=32;SAR=11;SRF=43;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551785;STB=0.82981;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0364001;OID=.;OPOS=150573544;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.1875:43:224:42:224:182:31:11:51:131:53:157:32:11:43:114 chrX 150840185 . T C 1390.09 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.011219;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.3;QD=60.4388;RBI=0.0164799;REFB=-0.157803;REVB=0.0120714;RO=2;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178795;STB=0.509432;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=4.94374e-05;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:92:92:2:2:90:90:0.978261:52:38:0:2:52:38:0:2 chrX 150869267 . A G 2230.64 PASS AF=0.993243;AO=147;DP=150;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266502;FXX=0.0198662;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.971;QD=60.2875;RBI=0.0284195;REFB=-0.0862562;REVB=0.00987093;RO=1;SAF=98;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00482881;STB=0.502538;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00137789;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:148:1:1:147:147:0.993243:49:98:1:0:49:98:1:0 chrX 150909307 . G T 651.61 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0125963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9224;QD=50.1235;RBI=0.0204895;REFB=0.0231814;REVB=-0.0161603;RO=2;SAF=19;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869726;STB=0.51681;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0156535;OID=.;OPOS=150909307;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:52:2:3:49:49:0.942308:30:19:1:1:30:19:2:1 chrX 151122772 . A G 429.33 PASS AF=0.381679;AO=50;DP=131;FAO=50;FDP=131;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=43;FWDB=0.0191785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.177;QD=13.1095;RBI=0.0202103;REFB=-0.020832;REVB=-0.0063751;RO=79;SAF=30;SAR=20;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129852;STB=0.581506;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0415761;OID=.;OPOS=151122772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:81:50:50:0.381679:20:30:38:41:20:30:38:43 chrX 151138179 . A C 1754.58 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5208;QD=59.9857;RBI=0.0563694;REFB=-0.0960705;REVB=0.0381039;RO=0;SAF=57;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138746;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:117:117:0:0:116:117:1:59:57:0:0:59:58:0:0 chrX 151303393 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.518;QD=57.1774;RBI=0.0195721;REFB=0;REVB=0.0176692;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47451e-05;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chrX 151303596 . C T 272.12 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.025;QD=51.8329;RBI=0.0453097;REFB=0;REVB=-0.013088;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36624e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chrX 151899913 . T C 1345.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.607;QD=61.8426;RBI=0.00996083;REFB=0;REVB=0.00885536;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87617e-05;OID=.;OPOS=151899913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:87:0:0:81:87:1:46:35:0:0:52:35:0:0 chrX 151904487 . C CA 1406.41 PASS AF=1;AO=17;DP=167;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490488;FXX=0.0119753;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.948;QD=34.0948;RBI=0.13535;REFB=0;REVB=-0.12615;RO=148;SAF=12;SAR=5;SRF=78;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221618;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000990569;OID=.;OPOS=151904488;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:167:165:165:0:91:74:0:0:32:148:12:5:78:70 chrX 151904488 . C A 2135.02 PASS AF=0.904762;AO=151;DP=169;FAO=152;FDP=168;FR=.;FRO=16;FSAF=82;FSAR=70;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0112212;FXX=0.00591681;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.277;QD=50.8338;RBI=0.0146216;REFB=-0.0200804;REVB=0.00937415;RO=16;SAF=81;SAR=70;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276309;STB=0.514216;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00544399;OID=.;OPOS=151904488;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:169:168:16:16:151:152:0.904762:70:81:11:5:70:82:11:5 chrX 151904489 . C A 51.21 PASS AF=0.0935673;AO=16;DP=171;FAO=16;FDP=171;FR=.;FRO=155;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=83;FSRR=72;FWDB=-0.00698076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.555;QD=1.19779;RBI=0.02803;REFB=-0.00185059;REVB=-0.0271468;RO=155;SAF=11;SAR=5;SRF=83;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184422;STB=0.642945;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.205862;OID=.;OPOS=151904489;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:171:171:155:155:16:16:0.0935673:5:11:83:72:5:11:83:72 chrX 152018832 . T G 899.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.749;QD=58.011;RBI=0.0608136;REFB=0;REVB=0.0606699;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76349e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:29:30:0:0:31:31:0:0 chrX 152226542 . T C 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4557;QD=63.5767;RBI=0.0185148;REFB=0;REVB=0.0124908;RO=0;SAF=32;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148935;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:15:32:0:0:15:32:0:0 chrX 152227132 . C T 866.03 PASS AF=0.454082;AO=89;DP=196;FAO=89;FDP=196;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=0.00262406;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.506;QD=17.674;RBI=0.00269457;REFB=-0.00183169;REVB=-0.000612374;RO=103;SAF=34;SAR=55;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121855;STB=0.563523;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00294827;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:196:103:107:89:89:0.454082:55:34:52:51:55:34:53:54 chrX 152227338 . C T 399.29 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.0259505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.032;QD=15.9717;RBI=0.0260194;REFB=-0.000203461;REVB=-0.00189302;RO=56;SAF=29;SAR=13;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946417;STB=0.556475;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.000497322;OID=.;OPOS=152227338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:56:58:42:42:0.42:13:29:34:22:13:29:35:23 chrX 152228332 . A G 378.88 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0380767;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1939;QD=18.71;RBI=0.0383404;REFB=-0.0264217;REVB=0.00448895;RO=42;SAF=15;SAR=24;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175097;STB=0.597651;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0463009;OID=.;OPOS=152228332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:24:15:24:18:24:15:24:18 chrX 152228523 . T C 137.31 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0696678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7413;QD=12.7732;RBI=0.0717553;REFB=-0.0412055;REVB=0.0171819;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34889;STB=0.662121;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0672209;OID=.;OPOS=152228523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:26:27:14:16:0.372093:11:3:13:13:12:4:13:14 chrX 152228776 . C T 428.89 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=42;FSRF=18;FSRR=38;FWDB=-0.100532;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.771;QD=16.656;RBI=0.100684;REFB=-0.00355942;REVB=-0.00553814;RO=56;SAF=5;SAR=42;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362289;STB=0.707066;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00343549;OID=.;OPOS=152228776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:56:56:47:47:0.456311:42:5:18:38:42:5:18:38 chrX 152228778 . T G 441.41 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=38;FWDB=0.054115;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.2014;QD=17.4815;RBI=0.0665221;REFB=0.00233772;REVB=-0.0386878;RO=53;SAF=5;SAR=42;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334765;STB=0.68789;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00324177;OID=.;OPOS=152228778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:54:47:47:0.465347:42:5:16:37:42:5:16:38 chrX 152482198 . G A 233.84 PASS AF=0.435484;AO=26;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0129658;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.213;QD=15.0867;RBI=0.0170561;REFB=-0.0271645;REVB=-0.0110813;RO=36;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123673;STB=0.566618;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.044325;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:35:26:27:0.435484:14:12:21:15:14:13:21:14 chrX 152482917 . T C 220.92 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0279106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7864;QD=22.6586;RBI=0.0289622;REFB=-0.0275319;REVB=0.00773346;RO=17;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174984;STB=0.505046;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0261296;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:17:21:22:0.564103:14:7:6:11:14:8:6:11 chrX 152609668 . T C 957.56 PASS AF=0.468182;AO=96;DP=212;FAO=103;FDP=220;FR=.;FRO=117;FSAF=69;FSAR=34;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=0.0186276;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.527;QD=17.4102;RBI=0.0226473;REFB=-0.0164756;REVB=0.0128808;RO=116;SAF=69;SAR=27;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175855;STB=0.560963;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0186249;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:220:116:117:96:103:0.468182:27:69:65:51:34:69:66:51 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 129.56 PASS AF=0.320755;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0386603;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=9;MLLD=316.018;QD=9.77777;RBI=0.0434891;REFB=-0.0120889;REVB=-0.0199169;RO=33;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258367;STB=0.584164;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.0276732;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:16:55:17:53:36:4:13:12:24:99:33:3:13:12:21 chrX 152613112 . C T 467.02 PASS AF=0.542169;AO=45;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0568085;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.105;QD=22.5072;RBI=0.0578091;REFB=-0.00975698;REVB=-0.0107093;RO=38;SAF=6;SAR=39;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225723;STB=0.625998;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00671147;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:45:45:0.542169:39:6:11:27:39:6:11:27 chrX 152613702 . A G 854.0 PASS AF=0.505882;AO=86;DP=170;FAO=86;FDP=170;FR=.;FRO=84;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=0.00397412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.76;QD=20.0941;RBI=0.00536207;REFB=-0.0146476;REVB=-0.00359975;RO=84;SAF=42;SAR=44;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639088;STB=0.535111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0135071;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:84:84:86:86:0.505882:44:42:47:37:44:42:47:37 chrX 152613826 . G A 321.45 PASS AF=0.36036;AO=39;DP=110;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=0.00491598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.438;QD=11.5838;RBI=0.0168083;REFB=-0.00621706;REVB=-0.0160733;RO=67;SAF=12;SAR=27;SRF=24;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634699;STB=0.519484;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0101221;OID=.;OPOS=152613826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:67:71:39:40:0.36036:27:12:24:43:27:13:25:46 chrX 152616741 . A T 286.15 PASS AF=0.450704;AO=30;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0064718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0496;QD=16.1211;RBI=0.00792057;REFB=-0.00757999;REVB=0.00456632;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514901;STB=0.521114;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0121691;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:39:39:30:32:0.450704:14:16:21:18:16:16:21:18 chrX 152616952 . A G 532.58 PASS AF=0.448819;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=41;FWDB=0.00458482;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.062;QD=16.7742;RBI=0.00471772;REFB=-0.0145391;REVB=-0.00111192;RO=70;SAF=30;SAR=27;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110392;STB=0.561498;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0141482;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:70:70:57:57:0.448819:27:30:29:41:27:30:29:41 chrX 152616983 . G C 495.96 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.00317452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8986;QD=17.8725;RBI=0.010911;REFB=-0.0136753;REVB=-0.010439;RO=57;SAF=28;SAR=25;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.577388;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0169094;OID=.;OPOS=152616983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:25:28:21:36:25:28:22:36 chrX 152770230 . G A 1154.37 PASS AF=0.424658;AO=123;DP=292;FAO=124;FDP=292;FR=.;FRO=168;FSAF=54;FSAR=70;FSRF=71;FSRR=97;FWDB=0.00689302;FXX=0.00680249;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.041;QD=15.8133;RBI=0.00792619;REFB=-0.0113769;REVB=0.0039129;RO=165;SAF=54;SAR=69;SRF=69;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218517;STB=0.50754;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0146244;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:292:292:165:168:123:124:0.424658:69:54:69:96:70:54:71:97 chrX 152771509 . C T 546.97 PASS AF=0.414966;AO=61;DP=150;FAO=61;FDP=147;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00711271;FXX=0.0516096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.71;QD=14.8836;RBI=0.00763077;REFB=-0.0261927;REVB=0.00276371;RO=84;SAF=26;SAR=35;SRF=39;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399077;STB=0.52309;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.048349;OID=.;OPOS=152771509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:147:84:86:61:61:0.414966:35:26:39:45:35:26:40:46 chrX 152815089 . A G 787.75 PASS AF=1;AO=42;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.327;QD=57.2906;RBI=0.0757177;REFB=0;REVB=0.0174059;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268181;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:42:55:1:30:12:0:0:30:25:0:0 chrX 152823728 . G C 1513.77 PASS AF=0.989691;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0473194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8424;QD=62.4235;RBI=0.0648688;REFB=-0.0964721;REVB=0.0443715;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129878;STB=0.506848;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00200543;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:97:1:1:94:96:0.989691:58:36:1:0:60:36:1:0 chrX 152846543 . TTT TTG,TTGT,TTGTT 300.99 PASS AF=0,0.96,0;AO=7,6,3;DP=25;FAO=0,24,0;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10,0;FSAR=0,14,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190959,0.018325,0.0175526;FXX=0;HRUN=15,0,0;LEN=1,1,2;MLLD=205.007,206.576,204.371;QD=48.1588;RBI=0.0643119,0.0541074,0.0273884;REFB=-0.0572361,-0.0533138,-0.0496122;REVB=-0.0614115,-0.0509098,-0.0210245;RO=0;SAF=2,2,1;SAR=5,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.27427e-08,0,0;STB=0.5,0.52379,0.5;STBP=1,0.298,1;TYPE=snp,ins,ins;VARB=-2.49672e-05,0.00387052,0;OID=.,.,.;OPOS=152846545,152846545,152846544;OREF=T,-,-;OALT=G,G,TG;OMAPALT=TTG,TTGT,TTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.96,0:7,6,3:25:0,24,0:25:1:0,10,0:0,14,0:1:0:6:0:2,2,1:5,4,2:0:0 chrX 152959631 . C T 159.98 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0137047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.402;QD=8.53209;RBI=0.0146275;REFB=-0.0101651;REVB=-0.00511303;RO=51;SAF=6;SAR=16;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183887;STB=0.626905;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0178617;OID=.;OPOS=152959631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:53:22:22:0.293333:16:6:21:30:16:6:23:30 chrX 152967473 . C T 515.12 PASS AF=0.252427;AO=78;DP=309;FAO=78;FDP=309;FR=.;FRO=231;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=109;FSRR=122;FWDB=0.0632671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.505;QD=6.66818;RBI=0.0632762;REFB=-0.00537681;REVB=-0.00107348;RO=229;SAF=30;SAR=48;SRF=109;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116906;STB=0.566751;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0145734;OID=.;OPOS=152967473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:309:309:229:231:78:78:0.252427:48:30:109:120:48:30:109:122 chrX 153010059 . G T 34.72 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=-0.0225592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.898;QD=1.80339;RBI=0.0282667;REFB=-0.00433062;REVB=-0.017032;RO=69;SAF=2;SAR=6;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245289;STB=0.691801;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0333156;OID=.;OPOS=153010059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:69:69:8:8:0.103896:6:2:31:38:6:2:31:38 chrX 153010066 . C T 383.59 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00491568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6934;QD=20.189;RBI=0.0278996;REFB=-0.00643931;REVB=0.0274632;RO=37;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517634;STB=0.528665;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00904813;OID=.;OPOS=153010066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:37:37:39:39:0.513158:22:17:14:23:22:17:14:23 chrX 153010083 . G A 353.34 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0665435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.99;QD=21.0947;RBI=0.0697279;REFB=-0.0114198;REVB=0.0208311;RO=31;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753687;STB=0.548993;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0109261;OID=.;OPOS=153010083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:31:35:36:0.537313:22:13:9:22:22:14:9:22 chrX 153010090 . G A 40.81 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00577331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.744;QD=2.59127;RBI=0.00605155;REFB=-0.00368199;REVB=-0.00181388;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159811;STB=0.632672;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0171992;OID=.;OPOS=153010090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:52:55:8:8:0.126984:6:2:19:33:6:2:21:34 chrX 153010092 . G A 40.8 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00538064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.237;QD=2.5907;RBI=0.0137961;REFB=-0.0106942;REVB=0.0127036;RO=55;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178408;STB=0.632672;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.05934;OID=.;OPOS=153010092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:63:55:55:8:8:0.126984:6:2:21:34:6:2:21:34 chrX 153039502 . G C 666.76 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0511937;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.147;QD=57.9791;RBI=0.0626782;REFB=-0.163594;REVB=0.0361631;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036109;STB=0.519222;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00252489;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:25:19:0:2:25:19:0:2 chrX 153041544 . T C 1012.11 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.522;QD=57.8348;RBI=0.057459;REFB=0.0155521;REVB=0.0536129;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129488;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-2.92477e-05;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:36:32:0:1:37:32:0:1 chrX 153042690 . AGGGGGGGGT AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG,AGGGGGGTGT 615.88 PASS AF=0.888889,0,0.10101;AO=32,15,12;DP=104;FAO=88,0,10;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=41,0,10;FSAR=47,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199219,-0.208597,-0.0936834;FXX=0.0571374;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=8.50172,11.9119,179.482;QD=24.8842;RBI=0.605973,0.425304,0.102447;REFB=0.00552662,-0.0149842,0.0152805;REVB=0.605645,0.370635,0.0414587;RO=34;SAF=16,15,11;SAR=16,0,1;SRF=6;SRR=28;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.301475,0.852652,0.759061;STB=0.506023,0.5,0.5;STBP=0.289,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0272918,0,0.151418;OID=.,.,.;OPOS=153042691,153042698,153042697;OREF=G,GT,G;OALT=-,TG,T;OMAPALT=AGGGGGGGT,AGGGGGGGTG,AGGGGGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.888889,0,0.10101:32,15,12:104:88,0,10:99:1:41,0,10:47,0,0:1:0:43:34:16,15,11:16,0,1:6:28 chrX 153045812 . C T 2129.13 PASS AF=0.962264;AO=145;DP=158;FAO=153;FDP=159;FR=.;FRO=6;FSAF=78;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0382035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.845;QD=53.5631;RBI=0.0592131;REFB=-0.070316;REVB=0.0452403;RO=12;SAF=77;SAR=68;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768712;STB=0.519228;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00137465;OID=.;OPOS=153045812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:158:159:12:6:145:153:0.962264:68:77:0:12:75:78:0:6 chrX 153048655 . CCA C,CC,CCC 369.09 PASS AF=0,0.518519,0.481481;AO=6,9,16;DP=31;FAO=0,14,13;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=0,14,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.0357015;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=261.053,266.097,266.071;QD=54.6805;RBI=0.0266362,0.0257834,0.0247089;REFB=0,0,0;REVB=0.0266362,0.0257834,0.0247089;RO=0;SAF=0,0,1;SAR=6,9,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0182339,-0.00256279,-0.00190171;OID=.,.,.;OPOS=153048656,153048657,153048657;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.518519,0.481481:6,9,16:31:0,14,13:27:0:0,0,0:0,14,13:0:0:25:0:0,0,1:6,9,15:0:0 chrX 153049535 . A C,G 982.72 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=5,54;DP=59;FAO=2,68;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=2,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00605875,0.108387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.2153,117.065;QD=56.1554;RBI=0.00996168,0.109227;REFB=0,0;REVB=0.00790738,0.0135269;RO=0;SAF=0,19;SAR=5,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.86274e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0284254,-0.00153544;OID=.,.;OPOS=153049535,153049535;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:59:70:0:0:5,54:2,68:0.0285714,0.971429:5,35:0,19:0:0:2,43:0,25:0:0 chrX 153050984 . G A 2740.07 PASS AF=0.994382;AO=174;DP=182;FAO=177;FDP=178;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530208;FXX=0.0219768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3045;QD=61.5746;RBI=0.0530514;REFB=-0.0565186;REVB=-0.00180135;RO=1;SAF=85;SAR=89;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055673;STB=0.502857;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000398941;OID=.;OPOS=153050984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:182:178:1:1:174:177:0.994382:89:85:1:0:90:87:1:0 chrX 153051907 . G A 1223.11 PASS AF=0.97619;AO=78;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0191049;FXX=0.0232531;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.227;QD=58.2432;RBI=0.0299217;REFB=-0.128016;REVB=0.0230285;RO=3;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423248;STB=0.51351;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.000938883;OID=.;OPOS=153051907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:3:2:78:82:0.97619:32:46:0:3:36:46:0:2 chrX 153063113 . G A 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00332018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.629;QD=20.892;RBI=0.00332478;REFB=-0.044478;REVB=0.000174756;RO=27;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886022;STB=0.54899;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0319508;OID=.;OPOS=153063113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:14:18:18:9:14:18:18:9 chrX 153073319 . G A 4557.07 PASS AF=1;AO=293;DP=302;FAO=296;FDP=296;FR=.;FRO=0;FSAF=141;FSAR=155;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603142;FXX=0.0231015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.132;QD=61.582;RBI=0.0692184;REFB=-0.0154707;REVB=0.0339613;RO=1;SAF=140;SAR=153;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339436;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.632e-05;OID=.;OPOS=153073319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:302:296:1:0:293:296:1:153:140:1:0:155:141:0:0 chrX 153149708 . G GC 951.39 PASS AF=0.987342;AO=69;DP=82;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00273048;FXX=0.0124984;HRUN=0;LEN=1;MLLD=228.885;QD=48.1717;RBI=0.0179954;REFB=-0.108552;REVB=0.0177871;RO=6;SAF=33;SAR=36;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00328358;STB=0.50704;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.00119102;OID=.;OPOS=153149709;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.987342:69:82:78:79:1:35:43:1:0:11:6:33:36:3:3 chrX 153149715 . C G 1025.22 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00788324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.598;QD=55.4174;RBI=0.00975845;REFB=0.00401594;REVB=-0.00575169;RO=3;SAF=35;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129366;STB=0.50704;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000165109;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:74:3:3:70:71:0.959459:35:35:2:1:36:35:2:1 chrX 153171993 . A G 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0163318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.364;QD=12.7823;RBI=0.0212064;REFB=-0.0190206;REVB=0.0135271;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212892;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0156988;OID=.;OPOS=153171993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:10:4:5:5:10:4 chrX 153176254 . A G 730.62 PASS AF=0.450867;AO=78;DP=173;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=41;FSRR=54;FWDB=-0.024377;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.197;QD=16.8928;RBI=0.0282384;REFB=-0.0287269;REVB=0.0142539;RO=93;SAF=31;SAR=47;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331452;STB=0.519412;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0313354;OID=.;OPOS=153176254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:93:95:78:78:0.450867:47:31:40:53:47:31:41:54 chrX 153215085 . G C 252.6 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=0.0166932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7482;QD=12.63;RBI=0.0177168;REFB=-0.00511508;REVB=0.00593473;RO=50;SAF=14;SAR=16;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279714;STB=0.658027;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0139895;OID=.;OPOS=153215085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:16:14:11:39:16:14:11:39 chrX 153218365 . C A 1674.27 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9096;QD=60.3339;RBI=0.0742932;REFB=0;REVB=0.0307085;RO=0;SAF=57;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330715;OID=.;OPOS=153218365;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:111:0:0:108:111:1:51:57:0:0:52:59:0:0 chrX 153219665 . C T 641.92 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0169884;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3638;QD=59.7136;RBI=0.0524967;REFB=-0.012375;REVB=0.0496719;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00027834;OID=.;OPOS=153219665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:29:13:1:0:29:13:1:0 chrX 153221657 . T C,G 434.76 PASS AF=0.852941,0.0882353;AO=27,5;DP=34;FAO=29,3;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=20,0;FSAR=9,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0371507,-0.0749336;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=117.763,34.3635;QD=51.1486;RBI=0.0415928,0.0828276;REFB=-0.118966,0.00964695;REVB=-0.0187026,0.0352897;RO=1;SAF=18,2;SAR=9,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0251379,-0.169284;STB=0.514129,0.994603;STBP=0.547,0.202;TYPE=snp,snp;VARB=0.00255311,0.0158286;OID=.,.;OPOS=153221657,153221657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:34:34:1:2:27,5:29,3:0.852941,0.0882353:9,3:18,2:1:0:9,3:20,0:1:1 chrX 153222835 . G C 1164.13 PASS AF=0.930233;AO=80;DP=86;FAO=80;FDP=86;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0220516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.07;QD=54.1455;RBI=0.0420664;REFB=-0.0798521;REVB=0.0358233;RO=5;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569232;STB=0.535705;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0033323;OID=.;OPOS=153222835;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:86:86:5:6:80:80:0.930233:39:41:0:5:39:41:0:6 chrX 153247720 . G GT 413.81 PASS AF=1;AO=9;DP=79;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501768;FXX=0.0675584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.55748;QD=23.9889;RBI=0.115375;REFB=0;REVB=0.103892;RO=70;SAF=7;SAR=2;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419885;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00422242;OID=.;OPOS=153247721;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:79:69:69:0:31:38:0:0:11:70:7:2:29:41 chrX 153247722 . C G,T 1011.89 PASS AF=0.108108,0.864865;AO=7,65;DP=74;FAO=8,64;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=7,23;FSAR=1,41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0220235,0.0469808;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.1778,52.141;QD=54.6969;RBI=0.0544141,0.067916;REFB=-0.053487,-0.0648462;REVB=0.049758,0.0490448;RO=2;SAF=6,24;SAR=1,41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223089,-0.00789347;STB=0.635964,0.504614;STBP=0.246,0.777;TYPE=snp,snp;VARB=0.0242033,0.0111314;OID=.,.;OPOS=153247722,153247722;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:74:74:2:2:7,65:8,64:0.108108,0.864865:1,41:6,24:1:1:1,41:7,23:1:1 chrX 153247745 . A G 1096.72 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.59;QD=60.0941;RBI=0.0207504;REFB=0;REVB=0.0115398;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.87096e-05;OID=.;OPOS=153247745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:44:27:0:0:46:27:0:0 chrX 153247954 . C T 1960.84 PASS AF=0.963768;AO=130;DP=138;FAO=133;FDP=138;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=78;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.035316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.887;QD=56.8359;RBI=0.0418183;REFB=-0.210987;REVB=0.0223954;RO=6;SAF=52;SAR=78;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374832;STB=0.500505;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00250344;OID=.;OPOS=153247954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:138:138:6:5:130:133:0.963768:78:52:5:1:78:55:2:3 chrX 153248248 . G A 7010.42 PASS AF=0.991189;AO=449;DP=456;FAO=450;FDP=454;FR=.;FRO=4;FSAF=268;FSAR=182;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00855603;FXX=0.00438587;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.713;QD=61.7659;RBI=0.0610174;REFB=-0.0578672;REVB=0.0604145;RO=4;SAF=267;SAR=182;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00165423;STB=0.500874;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.000184397;OID=.;OPOS=153248248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:456:454:4:4:449:450:0.991189:182:267:2:2:182:268:2:2 chrX 153418514 . G A 1732.43 PASS AF=0.951613;AO=118;DP=125;FAO=118;FDP=124;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=79;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0297684;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.234;QD=55.8847;RBI=0.0327265;REFB=-0.120279;REVB=0.0135965;RO=3;SAF=39;SAR=79;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351356;STB=0.535708;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00126396;OID=.;OPOS=153418514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:125:124:3:6:118:118:0.951613:79:39:3:0:79:39:6:0 chrX 153418516 . G T 1839.58 PASS AF=0.991935;AO=117;DP=118;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2507;QD=59.3412;RBI=0.0679001;REFB=-0.00777151;REVB=-0.0655158;RO=1;SAF=39;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120209;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000620308;OID=.;OPOS=153418516;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:124:1:1:117:123:0.991935:78:39:1:0:79:44:1:0 chrX 153629155 . A G 789.1 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239621;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.072;QD=64.4166;RBI=0.0283446;REFB=0;REVB=-0.0151405;RO=0;SAF=34;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.48883e-05;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:15:34:0:0:15:34:0:0 chrX 153633359 . G C 1031.88 PASS AF=0.892857;AO=74;DP=84;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0329723;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.829;QD=49.1372;RBI=0.0438519;REFB=-0.0670997;REVB=0.0289105;RO=9;SAF=34;SAR=40;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01972;STB=0.509552;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00170822;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:84:84:9:9:74:75:0.892857:40:34:5:4:40:35:5:4 chrX 153649813 . G C 3300.11 PASS AF=1;AO=183;DP=213;FAO=216;FDP=216;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=174;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.286288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.348;QD=61.1132;RBI=0.286401;REFB=0;REVB=0.00803134;RO=0;SAF=16;SAR=167;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594787;OID=.;OPOS=153649813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:213:216:0:0:183:216:1:167:16:0:0:174:42:0:0 chrX 153657083 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.192;QD=59.4334;RBI=0.0448414;REFB=0;REVB=-0.00114292;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205689;OID=.;OPOS=153657083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:30:5:0:0:30:5:0:0 chrX 153691815 . C G 395.03 PASS AF=0.565217;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=34;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0247503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.511;QD=22.9001;RBI=0.0257701;REFB=-0.0191138;REVB=0.00717765;RO=29;SAF=5;SAR=34;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20903;STB=0.633742;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0198743;OID=.;OPOS=153691815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:30:39:39:0.565217:34:5:8:21:34:5:9:21 chrX 153762282 . G A 230.89 PASS AF=0.25;AO=34;DP=136;FAO=34;FDP=136;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.000732339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.127;QD=6.79082;RBI=0.0515286;REFB=0.00298433;REVB=-0.0515234;RO=101;SAF=13;SAR=21;SRF=56;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212895;STB=0.624496;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00822911;OID=.;OPOS=153762282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:101:102:34:34:0.25:21:13:56:45:21:13:56:46 chrX 153994596 . G T 2257.95 PASS AF=0.993333;AO=149;DP=151;FAO=149;FDP=150;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153114;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.476;QD=60.2119;RBI=0.0163713;REFB=-0.131752;REVB=-0.00579488;RO=1;SAF=76;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00647113;STB=0.503401;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00017688;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:151:150:1:1:149:149:0.993333:73:76:0:1:73:76:0:1 chrX 154020114 . C A 1230.48 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199202;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.431;QD=61.5239;RBI=0.026839;REFB=0;REVB=-0.0179866;RO=0;SAF=35;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.18703e-05;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:45:35:0:0:45:35:0:0 chrX 154159156 . C G 141.77 PASS AF=0.137339;AO=31;DP=232;FAO=32;FDP=233;FR=.;FRO=201;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=87;FSRR=114;FWDB=-0.0141776;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.692;QD=2.43378;RBI=0.0208534;REFB=-0.0116082;REVB=-0.0152925;RO=200;SAF=12;SAR=19;SRF=86;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561721;STB=0.551807;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0572083;OID=.;OPOS=154159156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:233:200:201:31:32:0.137339:19:12:86:114:20:12:87:114 chrX 154279977 . C T 197.65 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00770331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8355;QD=18.8241;RBI=0.0144969;REFB=-0.0130656;REVB=0.0122809;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00423538;STB=0.502401;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0162417;OID=.;OPOS=154279977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:12:10:9:11:12:10 chrX 154456747 . A G 817.18 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=170.503;QD=57.3461;RBI=0.035909;REFB=0;REVB=0.0137213;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12944e-05;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chrX 155004437 . G T 67.01 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0426436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5609;QD=8.64609;RBI=0.0509896;REFB=-0.0268517;REVB=-0.0279547;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504172;STB=0.715943;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0569314;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:31:31:21:21:9:10:0.322581:8:1:10:11:8:2:10:11 chrX 155005254 . C T 1147.25 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.047;QD=60.3817;RBI=0.048552;REFB=0;REVB=0.0309698;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410847;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:41:31:0:0:45:31:0:0 chrX 155006050 . C T 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6836;QD=49.592;RBI=0.0541601;REFB=0;REVB=-0.0533378;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149534;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chrX 155006982 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2149;QD=57.202;RBI=0.015988;REFB=0;REVB=0.00243479;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298848;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chrX 155008583 . G A 239.18 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0590049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2866;QD=50.3537;RBI=0.068087;REFB=0;REVB=0.0339745;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000409292;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:3:15:0:0:4:15:0:0 chrX 155008671 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.184;QD=57.0007;RBI=0.033483;REFB=0;REVB=0.0315408;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75509e-05;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chrX 155009102 . G A 801.09 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.749;QD=57.2205;RBI=0.115682;REFB=0;REVB=0.00894441;RO=0;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233479;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:38:18:0:0:38:18:0:0 chrX 155009225 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.722;QD=49.5989;RBI=0.0229758;REFB=0;REVB=0.00175821;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274816;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chrX 155009829 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.932;QD=62.3509;RBI=0.00272461;REFB=0;REVB=0.00140969;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.94395e-06;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chrX 155009948 . G A 257.26 PASS AF=0.521739;AO=21;DP=44;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0289612;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.001;QD=22.3705;RBI=0.0386007;REFB=-0.00709956;REVB=-0.0255198;RO=22;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267774;STB=0.539739;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00628997;OID=.;OPOS=155009948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:22:22:21:24:0.521739:8:13:13:9:9:15:12:10 chrX 155010062 . G A 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.274;QD=60.6041;RBI=0.0212641;REFB=0;REVB=0.0104484;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39865e-05;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chrX 155010077 . G A 478.24 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.09;QD=57.9684;RBI=0.0622731;REFB=0;REVB=0.0501674;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348525;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chrX 155010230 . A C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0226299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1587;QD=12.3286;RBI=0.0284875;REFB=0.00195535;REVB=-0.0173039;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136212;STB=0.5805;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0089173;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:6:5:10:7:6:5:10:7 chrX 155010308 . G A 698.01 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000346834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0322;QD=59.4049;RBI=0.057173;REFB=-0.14512;REVB=-0.0571719;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.50943;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00373883;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:45:46:0.978723:19:26:0:0:20:26:1:0 chrX 155011216 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.015;QD=50.4134;RBI=0.0310043;REFB=0;REVB=-0.0167249;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08683e-05;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chrX 155011276 . C T 306.31 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00978568;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.574;QD=47.125;RBI=0.0139314;REFB=-0.137044;REVB=-0.00991584;RO=2;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840195;STB=0.545416;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00163793;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:10:14:0:2:10:14:0:2 chrX 155011472 . T A 632.38 PASS AF=0.954545;AO=31;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00747131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.156;QD=57.4894;RBI=0.0302263;REFB=-0.0829869;REVB=0.0292883;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933164;STB=0.50331;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0014357;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:31:42:0.954545:13:18:1:1:24:18:1:1 chrX 155252758 . A G 57.71 PASS AF=0.0771812;AO=22;DP=299;FAO=23;FDP=298;FR=.;FRO=275;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=101;FSRR=174;FWDB=-0.00427363;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.686;QD=0.774634;RBI=0.0190482;REFB=-0.00375026;REVB=-0.0185626;RO=263;SAF=13;SAR=9;SRF=97;SRR=166;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250686;STB=0.712093;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0545437;OID=.;OPOS=155252758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:299:298:263:275:22:23:0.0771812:9:13:97:166:9:14:101:174 chrX 155252868 . T A 277.55 PASS AF=0.184783;AO=51;DP=276;FAO=51;FDP=276;FR=.;FRO=225;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=108;FSRR=117;FWDB=-0.0314757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.251;QD=4.02241;RBI=0.0591321;REFB=-0.0204675;REVB=-0.0500589;RO=224;SAF=33;SAR=18;SRF=108;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214323;STB=0.637012;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0568807;OID=.;OPOS=155252868;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:276:276:224:225:51:51:0.184783:18:33:108:116:18:33:108:117 chrX 155254962 . G A 838.97 PASS AF=0.526667;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=150;FR=.;FRO=71;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.000959486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.287;QD=22.3726;RBI=0.0152273;REFB=-0.0277139;REVB=-0.015197;RO=67;SAF=40;SAR=39;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365933;STB=0.506328;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0236917;OID=.;OPOS=155254962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:67:71:79:79:0.526667:39:40:31:36:39:40:35:36 chrY 9930510 . C T 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0142478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8647;QD=18.767;RBI=0.0145487;REFB=-0.0384662;REVB=0.0029436;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0229772;OID=.;OPOS=9930510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:0:3:4:2:0:3 chrY 9930537 . C A 54.73 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00923905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.881;QD=24.3225;RBI=0.0350194;REFB=-0.13979;REVB=0.0337787;RO=2;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145918;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00785811;OID=.;OPOS=9930537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:5:2:0:2:5:2:0:2 chrY 9930540 . G A 35.05 PASS AF=0.625;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00221368;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.899;QD=17.5246;RBI=0.0317885;REFB=0.00323967;REVB=-0.0317113;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00190878;OID=.;OPOS=9930540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:9:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chrY 9930543 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00771924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.14;QD=28.5377;RBI=0.0197992;REFB=-0.0316895;REVB=0.0182324;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796435;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0103497;OID=.;OPOS=9930543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:0:1:5:2:0:1 chrY 9930558 . C T 32.37 PASS AF=0.625;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00550569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.604;QD=16.1866;RBI=0.0600929;REFB=-0.0142632;REVB=-0.0598401;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00649961;OID=.;OPOS=9930558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:7:8:2:3:5:5:0.625:3:2:0:2:3:2:0:3 chrY 9930570 . A G 56.89 PASS AF=0.875;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.103823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6856;QD=28.4435;RBI=0.128836;REFB=-0.12845;REVB=-0.0762857;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54533;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0128662;OID=.;OPOS=9930570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:6:8:0:1:6:7:0.875:4:2:0:0:5:2:0:1 chrY 10034887 . CC CG,TG 146.1 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=7,6;DP=14;FAO=7,6;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=5,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928825,0.0254931;FXX=0.0713776;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=48.9146,189.588;QD=44.9549;RBI=0.0937667,0.0265868;REFB=0,0;REVB=-0.0128461,-0.00754714;RO=0;SAF=2,2;SAR=5,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00844722,0.00130695;OID=.,.;OPOS=10034888,10034887;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:14:13:0:0:7,6:7,6:0.538462,0.461538:5,4:2,2:0:0:5,4:2,2:0:0 chrY 10034941 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.502;QD=44.6891;RBI=0.0631674;REFB=0;REVB=0.0503345;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936305;OID=.;OPOS=10034941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chrY 10034953 . CA CG,TG 86.78 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=6,2;DP=8;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=5,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265797,0.0435716;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=78.7949,60.8356;QD=38.5682;RBI=0.0473462,0.0473076;REFB=0,0;REVB=0.0391814,0.0184261;RO=0;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0113837,0.0273735;OID=.,.;OPOS=10034954,10034953;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:9:0:0:6,2:7,2:0.777778,0.222222:4,2:2,0:0:0:5,2:2,0:0:0 chrY 10035793 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0727992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7864;QD=33.4284;RBI=0.0767321;REFB=0;REVB=0.0242507;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00766044;OID=.;OPOS=10035793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chrY 10035889 . T G 61.04 PASS AF=1;AO=4;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.674;QD=34.8822;RBI=0.232925;REFB=0;REVB=0.23291;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00674104;OID=.;OPOS=10035889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:4:7:1:3:1:0:0:6:1:0:0 chrY 10036057 . GT AC 130.17 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0212822;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=107.127;QD=37.19;RBI=0.0884786;REFB=-0.00210918;REVB=-0.0858809;RO=1;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293687;STB=0.666346;STBP=0.064;TYPE=mnp;VARB=0.00365162;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:1:11:0:1:1:12:0:1 chrY 10036088 . A G 1979.92 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.393;QD=61.8724;RBI=0.0210113;REFB=0;REVB=0.00265177;RO=0;SAF=66;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.95645e-05;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:128:0:0:126:128:1:60:66:0:0:61:67:0:0 chrY 10036105 . T C 3273.04 PASS AF=1;AO=211;DP=219;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=158;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000250501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.949;QD=59.7816;RBI=0.104351;REFB=0;REVB=0.104351;RO=0;SAF=158;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748509;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:219:219:0:0:211:219:1:53:158:0:0:61:158:0:0 chrY 10036107 . T C 3527.24 PASS AF=1;AO=224;DP=227;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=163;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107087;FXX=0.0132153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.206;QD=62.9864;RBI=0.0548905;REFB=0;REVB=0.0538358;RO=0;SAF=163;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.26223e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4684e-05;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:227:224:0:0:224:224:1:61:163:0:0:61:163:0:0 chrY 10036132 . T C 4121.81 PASS AF=1;AO=264;DP=267;FAO=266;FDP=266;FR=.;FRO=0;FSAF=203;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807239;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0559;QD=61.9821;RBI=0.0373534;REFB=-0.0595535;REVB=0.0364707;RO=1;SAF=201;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00236624;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347227;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:267:266:1:0:264:266:1:63:201:1:0:63:203:0:0 chrY 10036156 . G C 4020.67 PASS AF=1;AO=259;DP=260;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151678;FXX=0.00384601;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.175;QD=62.0952;RBI=0.0216031;REFB=-0.0824042;REVB=0.0153828;RO=1;SAF=198;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00240181;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32398e-05;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:260:259:1:0:259:259:1:61:198:1:0:61:198:0:0 chrY 10036164 . T C 4037.96 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=259;FDP=259;FR=.;FRO=0;FSAF=198;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.764;QD=62.3624;RBI=0.0102811;REFB=0;REVB=-0.00761288;RO=0;SAF=197;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.85719e-07;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:22:259:259:0:0:258:259:1:61:197:0:0:61:198:0:0 chrY 10036171 . A G 4001.86 PASS AF=1;AO=258;DP=259;FAO=258;FDP=258;FR=.;FRO=0;FSAF=197;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368837;FXX=0.00386085;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.993;QD=62.0443;RBI=0.0370202;REFB=-0.0229818;REVB=0.00317637;RO=1;SAF=197;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241399;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38694e-05;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:259:258:1:0:258:258:1:61:197:1:0:61:197:0:0 chrY 10036189 . C CCGTT 3864.97 PASS AF=1;AO=236;DP=254;FAO=244;FDP=244;FR=.;FRO=0;FSAF=191;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217618;FXX=0.0161284;HRUN=2;LEN=4;MLLD=217.553;QD=63.3601;RBI=0.021921;REFB=0.0598604;REVB=0.00263763;RO=9;SAF=184;SAR=52;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224899;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.84039e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:236:254:244:244:0:191:53:0:0:16:9:184:52:5:4 chrY 10036204 . T C 3782.95 PASS AF=1;AO=238;DP=239;FAO=239;FDP=239;FR=.;FRO=0;FSAF=193;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427329;FXX=0.00416649;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8325;QD=63.3129;RBI=0.0501723;REFB=-0.00804654;REVB=0.0262898;RO=1;SAF=192;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00247602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274956;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:239:239:1:0:238:239:1:46:192:1:0:46:193:0:0 chrY 10036229 . T C 2459.79 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=160;FDP=160;FR=.;FRO=0;FSAF=153;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368755;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.247;QD=61.4948;RBI=0.012835;REFB=0;REVB=-0.0122939;RO=0;SAF=151;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.25063e-05;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:159:160:0:0:158:160:1:7:151:0:0:7:153:0:0 chrY 10036233 . G C 2257.13 PASS AF=0.973154;AO=142;DP=146;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=141;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0296562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.083;QD=60.5941;RBI=0.0307859;REFB=-0.0500261;REVB=0.00826328;RO=4;SAF=138;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135824;STB=0.506992;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000309222;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:146:149:4:4:142:145:0.973154:4:138:4:0:4:141:4:0 chrY 10036269 . A G 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.858;QD=44.0914;RBI=0.0424232;REFB=0.0121897;REVB=-0.0344474;RO=1;SAF=16;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278054;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.000392458;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:1:16:1:0:1:16:1:0 chrY 10036362 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00396929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.025;QD=35.5759;RBI=0.031558;REFB=0;REVB=-0.0313074;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234608;OID=.;OPOS=10036362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrY 10036374 . CA TG 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000572766;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.185;QD=35.5759;RBI=0.0601482;REFB=0;REVB=-0.0601455;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00139018;OID=.;OPOS=10036374;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chrY 10036383 . G C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00699005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.843;QD=40.7629;RBI=0.0248023;REFB=0;REVB=0.0237969;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300907;OID=.;OPOS=10036383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chrY 10036408 . C A 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0312122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.061;QD=36.3467;RBI=0.0314722;REFB=-0.0258308;REVB=-0.00403688;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815441;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00315983;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:0:1:5:6:0:1 chrY 10036422 . C T 118.91 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0258956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.083;QD=33.9737;RBI=0.0309474;REFB=-0.0265961;REVB=-0.0169458;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149612;STB=0.583194;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0131282;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:0:2:5:7:0:2 chrY 10036438 . C T 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.000435905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.247;QD=28.2253;RBI=0.0357068;REFB=0.00410027;REVB=-0.0357041;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255539;STB=0.642627;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00293489;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:5:7:0:4:5:7:0:4 chrY 10036483 . T C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.532;QD=53.2719;RBI=0.0425356;REFB=0;REVB=0.0346608;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192976;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrY 10036486 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.459;QD=53.277;RBI=0.0333147;REFB=0;REVB=0.0310785;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68261e-05;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chrY 10036503 . T C 45.69 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0730019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.608;QD=8.30752;RBI=0.0733251;REFB=-0.0148132;REVB=-0.00687691;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150055;STB=0.633402;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.05092;OID=.;OPOS=10036503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:12:15:7:7:0.318182:2:5:7:5:2:5:8:7 chrY 10036518 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0264791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.875;QD=25.4947;RBI=0.0351384;REFB=-0.0387674;REVB=0.0230989;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127549;STB=0.571328;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0132996;OID=.;OPOS=10036518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:5:2:7:7:5:2 chrY 10036519 . G A,GTTGA 43.13 PASS AF=0.0909091,0.227273;AO=2,5;DP=22;FAO=2,5;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1,4;FSAR=1,1;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00116799,-0.0109946;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=161.641,186.035;QD=7.84253;RBI=0.0152635,0.0132457;REFB=-0.00236962,0.00532893;REVB=-0.0152188,-0.00738692;RO=15;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.033478,0.333329;STB=0.529121,0.726282;STBP=0.874,0.293;TYPE=snp,ins;VARB=0.00905091,-0.00387079;OID=.,.;OPOS=10036519,10036520;OREF=G,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,GTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:22:22:15:15:2,5:2,5:0.0909091,0.227273:1,1:1,4:8:7:1,1:1,4:8:7 chrY 10036530 . A G 50.1 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-3.13989e-05;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.589;QD=9.54263;RBI=0.0381796;REFB=-0.00897401;REVB=0.0381796;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125019;STB=0.547808;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0277614;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:21:21:12:14:7:7:0.333333:4:3:5:7:4:3:7:7 chrY 10036544 . CT CC,TC 300.06 PASS AF=0.913043,0.0869565;AO=21,2;DP=23;FAO=21,2;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=8,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514098,-0.0106498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=199.479,90.9661;QD=52.1841;RBI=0.0220681,0.0163035;REFB=0,0;REVB=0.021461,0.0123444;RO=0;SAF=13,1;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000825532,0.00259454;OID=.,.;OPOS=10036545,10036544;OREF=T,CT;OALT=C,TC;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:21,2:21,2:0.913043,0.0869565:8,1:13,1:0:0:8,1:13,1:0:0 chrY 10036549 . A C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0127392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.859;QD=11.4394;RBI=0.0533414;REFB=-0.012103;REVB=-0.0517978;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103585;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0241528;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:8:6:3:6:8:6 chrY 10036552 . C T 100.76 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00543233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.186;QD=16.1216;RBI=0.0371518;REFB=-0.0187328;REVB=0.0367525;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.011445;OID=.;OPOS=10036552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:7:6:5:7:7:6 chrY 10036561 . T C 65.32 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00246587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.139;QD=10.8874;RBI=0.0226657;REFB=0.00966886;REVB=-0.0225312;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145524;STB=0.588033;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.013068;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:8:7:3:6:8:7 chrY 10036586 . TG CA,CG 157.83 PASS AF=0.411765,0.470588;AO=7,8;DP=17;FAO=7,8;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=3,6;FSAR=4,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00280706,-0.00618567;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=184.637,141.174;QD=37.1364;RBI=0.00334984,0.00618988;REFB=-0.0074897,0.0117781;REVB=-0.00182807,-0.000228359;RO=2;SAF=3,6;SAR=4,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174483,0.288883;STB=0.599732,0.666221;STBP=0.37,0.124;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00712101,0.0114672;OID=.,.;OPOS=10036586,10036586;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:17:17:2:2:7,8:7,8:0.411765,0.470588:4,2:3,6:0:2:4,2:3,6:0:2 chrY 10036590 . T G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0111242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.444;QD=9.44485;RBI=0.0145668;REFB=-0.00849607;REVB=-0.00940443;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0124612;OID=.;OPOS=10036590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:6:4:3:3:6:4 chrY 10036617 . C G 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0475698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.4083;QD=17.6281;RBI=0.0475962;REFB=-0.0468464;REVB=-0.00158618;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301282;STB=0.676989;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0320504;OID=.;OPOS=10036617;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:4:3:7:2:4:3 chrY 10036621 . TG CA,CC,CG 168.95 PASS AF=0.133333,0.6,0.266667;AO=2,8,4;DP=14;FAO=2,9,4;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,3;FSAR=2,7,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379885,-0.0621729,-0.110782;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=91.9523,80.4969,63.7864;QD=45.0533;RBI=0.0523896,0.0752824,0.125387;REFB=0,0,0;REVB=0.036077,0.0424495,0.0587292;RO=0;SAF=0,2,3;SAR=2,6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-5.58669e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=-0.0085064,0.000540206,0.00712843;OID=.,.,.;OPOS=10036621,10036621,10036621;OREF=TG,TG,T;OALT=CA,CC,C;OMAPALT=CA,CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:24:14:15:0:0:2,8,4:2,9,4:0.133333,0.6,0.266667:2,6,1:0,2,3:0:0:2,7,1:0,2,3:0:0 chrY 10037768 . T C 1910.05 PASS AF=0.850299;AO=142;DP=167;FAO=142;FDP=167;FR=.;FRO=25;FSAF=77;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.00544427;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.443;QD=45.7496;RBI=0.0102467;REFB=-0.0399454;REVB=0.00868074;RO=25;SAF=77;SAR=65;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853954;STB=0.545218;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00464884;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:25:25:142:142:0.850299:65:77:6:19:65:77:6:19 chrY 10037786 . G A 108.12 PASS AF=0.127551;AO=25;DP=191;FAO=25;FDP=196;FR=.;FRO=171;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=96;FSRR=75;FWDB=-0.00942433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.376;QD=2.20661;RBI=0.0246454;REFB=-0.00288883;REVB=-0.0227723;RO=166;SAF=6;SAR=19;SRF=96;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415989;STB=0.774366;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0216757;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:196:166:171:25:25:0.127551:19:6:96:70:19:6:96:75 chrY 10037791 . C G 2454.78 PASS AF=0.85782;AO=181;DP=211;FAO=181;FDP=211;FR=.;FRO=30;FSAF=109;FSAR=72;FSRF=6;FSRR=24;FWDB=0.00906656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.337;QD=46.5361;RBI=0.0250494;REFB=-0.0347335;REVB=0.023351;RO=30;SAF=109;SAR=72;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110117;STB=0.558252;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00471439;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:30:30:181:181:0.85782:72:109:6:24:72:109:6:24 chrY 10037797 . T C 2561.37 PASS AF=0.847534;AO=186;DP=223;FAO=189;FDP=223;FR=.;FRO=34;FSAF=116;FSAR=73;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.00160796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.96;QD=45.9438;RBI=0.02216;REFB=-0.0293315;REVB=0.0221016;RO=33;SAF=116;SAR=70;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120816;STB=0.559207;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0048732;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:33:34:186:189:0.847534:70:116:7:26:73:116:8:26 chrY 10037807 . T C 2901.34 PASS AF=0.869748;AO=204;DP=236;FAO=207;FDP=238;FR=.;FRO=31;FSAF=123;FSAR=84;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0399143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.063;QD=48.762;RBI=0.0547821;REFB=-0.033683;REVB=0.0375223;RO=31;SAF=120;SAR=84;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917878;STB=0.54883;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00694028;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:238:31:31:204:207:0.869748:84:120:7:24:84:123:7:24 chrY 10037819 . T C 2981.03 PASS AF=0.872;AO=218;DP=254;FAO=218;FDP=250;FR=.;FRO=32;FSAF=130;FSAR=88;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0405499;FXX=0.0157474;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5484;QD=47.6965;RBI=0.0987071;REFB=-0.105213;REVB=0.0899933;RO=32;SAF=130;SAR=88;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780376;STB=0.541216;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182227;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:250:32:32:218:218:0.872:88:130:9:23:88:130:9:23 chrY 10037877 . G GC 1147.77 PASS AF=0.988166;AO=130;DP=200;FAO=167;FDP=169;FR=.;FRO=2;FSAF=113;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0877426;FXX=0.0611077;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.91773;QD=27.1662;RBI=0.185681;REFB=0.0594318;REVB=0.163642;RO=57;SAF=87;SAR=43;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349832;STB=0.502384;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=0.0176572;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988166:130:200:167:169:2:113:54:1:1:13:57:87:43:35:22 chrY 10037892 . A G 2085.05 PASS AF=0.944828;AO=62;DP=150;FAO=137;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=95;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.084256;FXX=0.0202689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.513;QD=57.5186;RBI=0.0888456;REFB=0.00181614;REVB=-0.0281864;RO=11;SAF=23;SAR=39;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222087;STB=0.535853;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000433818;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:150:145:11:8:62:137:0.944828:39:23:4:7:42:95:1:7 chrY 10037899 . T C 1783.33 PASS AF=0.938462;AO=120;DP=129;FAO=122;FDP=130;FR=.;FRO=8;FSAF=87;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0368094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4833;QD=54.8717;RBI=0.0377131;REFB=-0.0491999;REVB=0.00820645;RO=8;SAF=86;SAR=34;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486665;STB=0.524883;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00439601;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:129:130:8:8:120:122:0.938462:34:86:3:5:35:87:3:5 chrY 10037912 . T G 792.62 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00304664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7732;QD=53.7368;RBI=0.0217298;REFB=-0.145072;REVB=-0.0215152;RO=2;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00282326;STB=0.501497;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00291135;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:2:2:57:57:0.966102:26:31:1:1:26:31:1:1 chrY 10037914 . T C 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.221;QD=57.3827;RBI=0.0553942;REFB=0;REVB=0.0272264;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357211;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chrY 13263067 . A C 720.45 PASS AF=1;AO=3;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100825;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.542;QD=46.4809;RBI=0.138818;REFB=0;REVB=0.0954192;RO=0;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384351;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:62:0:0:3:62:1:2:1:0:0:31:31:0:0 chrY 13263091 . G A 894.66 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443765;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.142;QD=57.7201;RBI=0.0416666;REFB=0;REVB=0.0414297;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06304e-05;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:34:27:0:0:34:28:0:0 chrY 13524639 . C T 33.47 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0709265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1482;QD=19.1235;RBI=0.0717926;REFB=0.0266681;REVB=-0.0111182;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00420163;OID=.;OPOS=13524639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chrY 21152662 . CAA C 366.59 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408499;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=2;MLLD=39.805;QD=47.3021;RBI=0.0641245;REFB=0;REVB=0.0494292;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00107084;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:31:31:0:17:14:0:0:7:0:16:12:0:0 chrY 21152701 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.898;QD=56.1913;RBI=0.0163948;REFB=0;REVB=-0.000656313;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101416;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chrY 21152719 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0571064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.649;QD=46.0582;RBI=0.065089;REFB=-0.12121;REVB=0.031232;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540538;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00233502;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:1:0:11:8:1:0 chrY 21153609 . T C 913.04 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0657736;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3417;QD=57.0653;RBI=0.0876361;REFB=-0.123978;REVB=0.0579131;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00335425;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:64:0:1:63:63:0.984375:29:34:0:0:29:34:1:0 chrY 21154426 . G A 740.97 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348184;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.913;QD=56.9975;RBI=0.0396138;REFB=0;REVB=-0.0188927;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011449;OID=.;OPOS=21154426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chrY 21154466 . T A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.154;QD=62.9801;RBI=0.0522738;REFB=0;REVB=0.0249565;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.09675e-05;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0